Ha studiato alla Theatre Academy della sua città conseguendo un diploma di professore d'arte drammatica. Dal 1989 lavora come regista indipendente alternando cinema e teatro. La sua carriera di regista prende avvio nel 1998 con I'm just a simple person, ritratto intimo di una sangallese emigrata in Canada per amore negli anni Trenta. Nel 2000 seguirà Increschantüm, un documentario sulla musica folclorica dell'Engadina, nota per i suoi accenti nostalgici. Il pluripremiato Utopia Blues (2002), che si è aggiudicato il premio miglior fiction del cinema svizzero, narra la vita di un adolescente melomane disposto a tutto per assecondare la sua sete di libertà. Nel 2004, in collaborazione con Christian Davi, Fredi Murer e Kaspar Kaiscs, Stefan Haupt ha realizzato Downtown Switzerland, un documentario sulla città di Zurigo.
Da Catalogo del 60° Festival del film di Locarno - 2007