JP6043395B2

JP6043395B2 - ＦｃＲｎへの変異結合を有するＦｃ変異体

Info

Publication number: JP6043395B2
Application number: JP2015075006A
Authority: JP
Inventors: チェンバレン，アーロン; ダイヤット，バシル; デスジャルレイス，ジョン，ルドルフ; カルキ，シェール，バハドル; アランラザー，グレゴリー
Original assignee: ゼンコアインコーポレイテッド
Priority date: 2007-12-26
Filing date: 2015-04-01
Publication date: 2016-12-14
Anticipated expiration: 2028-12-22
Also published as: EP3825329A1; LTPA2019019I1; CY2019046I1; AU2021236525A1; RU2529951C2; JP2023085354A; EP2235059A1; KR20100099179A; AU2019213332A1; IL236082A0; JP2024105662A; RU2019127861A; DK2808343T3; CA2703997C; JP7051266B2; JP2022020674A; LTPA2019020I1; HUE024903T2; BRPI0821604B1; CN105418762A

Description

本出願は、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）に基づき、２００７年１２月２６日に出願された第ＵＳＳＮ６１／０１６，７９３号、２００８年２月２５日に出願された第ＵＳＳＮ６１／０３１，３５３号、２００８年４月１８日に出願された第ＵＳＳＮ６１／０４６，３５３号、２００８年５月２日に出願された第ＵＳＳＮ６１／０５０，１７２号、２００８年７月１０日に出願された第ＵＳＳＮ６１／０７９，７７９号、および２００８年９月２２日に出願された第ＵＳＳＮ６１／０９９，１７８号に対する利益を主張し、かつ２００７年１０月３１日に出願された第ＵＳＳＮ１１／９３２，１５１号の一部継続出願であり、それは、２００６年５月１７日に出願された第ＵＳＳＮ１１／４３６，２６６号の一部継続出願であり、それは、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）に基づき、２００７年７月２４日に出願された第ＵＳＳＮ６０／９５１，５３６号に対する利益を主張し、かつ２００５年１１月１４日に出願された第ＵＳＳＮ１１／２７４，０６５号の一部継続出願であり、それは、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）に基づき、２００４年１１月１２日に出願された第ＵＳＳＮ６０／６２７，７６３号、２００５年１月１１日に出願された第ＵＳＳＮ６０／６４２，８８６号、２００５年２月２日に出願された第ＵＳＳＮ６０／６４９，５０８号、２００５年３月１５日に出願された第ＵＳＳＮ６０／６６２，４６８号、２００５年４月６日に出願された第ＵＳＳＮ６０／６６９，３１１号、２００５年５月１６日に出願された第ＵＳＳＮ６０／６８１，６０７号、２００５年６月１３日に出願された第ＵＳＳＮ６０／６９０，２００号、２００５年７月５日に出願された第ＵＳＳＮ６０／６９６，６０９号、２００５年７月２７日に出願された第ＵＳＳＮ６０／７０３，０１８号、および２００５年１０月１２日に出願された第ＵＳＳＮ６０／７２６，４５３号に対する利益を主張し、すべて参照することによりその全体が組み込まれる。

本出願は、最適化されたＩｇＧ免疫グロブリン変異体、それらを生成するための工学方法、および、特に治療目的のそれらの応用に関する。

抗体は、それぞれ特定の抗原に結合する免疫タンパク質である。ヒトおよびマウスを含むほとんどの哺乳動物において、抗体は、対になった重鎖および軽鎖のポリペプチド鎖から構築される。各々の鎖は、個々の免疫グロブリン（Ｉｇ）ドメインで形成され、したがって一般用語の免疫グロブリンが、このようなタンパク質に対して使用される。各鎖は、はっきりと異なる２つの領域から成り、これらは可変領域および定常領域と称される。軽鎖および重鎖の可変領域は、抗体間で顕著な配列多様性を示し、標的抗原の結合を担う。定常領域は、さほど配列多様性を示さず、重要な生化学的事象を誘起する数々の天然タンパク質の結合を担う。ヒトでは、５つの異なるクラスの抗体があり、ＩｇＡ（サブクラスＩｇＡ１およびＩｇＡ２を含む）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ（サブクラスＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４を含む）、およびＩｇＭが含まれる。Ｖ領域には微妙な違いが存在し得るが、これらの抗体クラス間を区別する特徴は、それらの定常領域にある。ＩｇＧ抗体は、２つの重鎖および２つの軽鎖から構成される四量体タンパク質である。ＩｇＧ重鎖は、Ｎ末端からＣ末端へ、それぞれ重鎖可変ドメイン、重鎖定常ドメイン１、重鎖定常ドメイン２、および重鎖定常ドメイン３を指す、ＶＨ−ＣＨ１−ＣＨ２−ＣＨ３の順で連結する、４つの免疫グロブリンドメインから構成される（それぞれ重鎖可変ドメイン、定常ガンマ１ドメイン、定常ガンマ２ドメイン、および定常ガンマ３ドメインを指す、ＶＨ−Ｃγ１−Ｃγ２−Ｃγ３とも称される）。ＩｇＧ軽鎖は、Ｎ末端からＣ末端へ、それぞれ軽鎖可変ドメインおよび軽鎖定常ドメインを指す、ＶＬ−ＣＬの順で連結する、２つの免疫グロブリンドメインから構成される。

ＩｇＧでは、Ｆｃ上のＣγ２ドメインとＣγ３ドメインとの間の部位が、新生児の受容体ＦｃＲｎとの相互作用を媒介する。ＦｃＲｎへの結合により、エンドサイトーシスされた抗体がエンドソームから血流へ再利用される（Ｒａｇｈａｖａｎｅｔａｌ．，１９９６，ＡｎｎｕＲｅｖＣｅｌｌＤｅｖＢｉｏｌ１２：１８１−２２０、Ｇｈｅｔｉｅｅｔａｌ．，２０００，ＡｎｎｕＲｅｖＩｍｍｕｎｏｌ１８：７３９−７６６、ともに参照することによりその全体が組み込まれる）。このプロセスは、完全長分子のサイズが大きいことによる腎臓ろ過の除外と対になって、１〜３週間の範囲の好都合な抗体血清半減期をもたらす。また、ＦｃのＦｃＲｎへの結合は、抗体輸送において鍵となる役割を果たす。また、Ｆｃ上のＦｃＲｎ結合部位は、細菌のタンパク質ＡおよびＧが結合する部位でもある。これらのタンパク質による密接な結合は、典型的にはタンパク質精製中にタンパク質Ａまたはタンパク質Ｇ親和性クロマトグラフィーを用いることにより、抗体精製の手段として活用される。故に、Ｆｃ上のこの領域の忠実度は、抗体の臨床的特性およびそれらの精製の双方にとって重要である。ラットＦｃ／ＦｃＲｎ錯体（Ｂｕｒｍｅｉｓｔｅｒｅｔａｌ．，１９９４，Ｎａｔｕｒｅ，３７２：３７９−３８３、Ｍａｒｔｉｎｅｔａｌ．，２００１，ＭｏｌＣｅｌｌ７：８６７−８７７、ともに参照することによりその全体が組み込まれる）、およびＦｃとタンパク質ＡおよびＧとの錯体（Ｄｅｉｓｅｎｈｏｆｅｒ，１９８１，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ２０：２３６１−２３７０、Ｓａｕｅｒ−Ｅｒｉｋｓｓｏｎｅｔａｌ．，１９９５，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ３：２６５−２７８、Ｔａｓｈｉｒｏｅｔａｌ．，１９９５，ＣｕｒｒＯｐｉｎＳｔｒｕｃｔＢｉｏｌ５：４７１−４８１、すべて参照することによりその全体が組み込まれる）の入手可能な構造は、Ｆｃのこれらのタンパク質との相互作用への洞察を与える。ＦｃＲｎ受容体は、新生児の内臓および成人の腸管上皮の内腔へのＩｇＧの輸送にも関与する（ＧｈｅｔｉｅａｎｄＷａｒｄ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２０００，１８：７３９−７６６、Ｙｏｓｈｉｄａｅｔａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，２００４，２０（６）：７６９−７８３、ともに参照することにより
その全体が組み込まれる）。

ラットおよびヒトのＦｃドメインの研究によって、ＦｃＲｎの結合に対する一部のＦｃ残基の重要性が示されている。ラットおよびヒト配列は、Ｆｃ領域において約６４％の配列同一性を有する（ＥＵインデックスの付番で残基２３７〜４４３）。Ｆｃ、ＦｃＲｎ重鎖、およびＦｃＲｎ軽鎖（ベータ−２−ミクログロブリン）のラット／ヒト整合については、図３、４、および５を参照されたい。ヒトのＦｃ／ＦｃＲｎ錯体のモデルは、ラットのＦｃ／ＦｃＲｎ錯体の既存構造から構築されている（Ｍａｒｔｉｎｅｔａｌ．，２００１，ＭｏｌＣｅｌｌ７：８６７−８７７、参照することによりその全体が組み込まれる）。ラットおよびヒト配列は、Ｈ３１０およびＨ４３５等の、ＦｃＲｎ結合に極めて重要ないくつかの残基を共有する（Ｍｅｄｅｓａｎｅｔａｌ．，１９９７Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５８（５）：２２１−７、Ｓｈｉｅｌｄｓｅｔａｌ．，２００１，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６（９）：６５９１−６６０４、ともに参照することによりその全体が組み込まれる）。しかしながら、多くの位置において、ヒトおよびラットのタンパク質は異なるアミノ酸を有し、それにより、ヒト配列の残基にラット配列とは異なる環境、および恐らく異なる同一性を与える。この可変性は、１つの同族体から他の同族体へ特性を輸送する能力を制限する。

マウスＦｃでは、Ｔ２５２、Ｔ２５４、およびＴ２５６の部位におけるランダム変異およびファージディスプレイ選択は、３．５倍増のＦｃＲｎ親和性および１．５倍増の血清半減期を有するＴ２５２Ｌ／Ｔ２５４Ｓ／Ｔ２５６Ｆの三重変異体をもたらす（Ｇｈｅｔｉｅｅｔａｌ．，１９９７，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．１５（７）：６３７−６４０、参照することによりその全体が組み込まれる）。また、２５３、３１０、および４３５位での突然変異によるＦｃ／ＦｃＲｎ相互作用の阻害は、生体内半減期の減少に通じる（ＭｅｄｅｓａｎｅｔａｌＪ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９７１５８（５）：２２１１−７、参照することによりその全体が組み込まれる）。

ヒトＦｃγにおける突然変異研究がＦｃＲｎへの結合に重要である一部の残基で行われ、血清半減期の増加を示した。ヒトＦｃγ１において、Ｈｉｎｔｏｎらは、３つの残基を個々に他の１９個の通常アミノ酸に突然変異させた。Ｈｉｎｔｏｎらは、いくつかの点変異の二重変異が、ＦｃＲｎ結合親和性を増加させたことを見出した（Ｈｉｎｔｏｎｅｔａｌ．，２００４，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（８）：６２１３−６２１６、Ｈｉｎｔｏｎｅｔａｌ．ＪｏｕｒｎａｌｏｆＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ２００６，１７６：３４６−３５６、ともに参照することによりその全体が組み込まれる）。２つの突然変異は、サルの半減期を増加させた。Ｓｈｉｅｌｄｓらは、ほぼＡｌａのみに残基を突然変異させ、それらのＦｃＲｎおよびＦｃγＲへの結合について研究した（Ｓｈｉｅｌｄｓｅｔａｌ．，２００１，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７６（９）：６５９１−６６０４、参照することによりその全体が組み込まれる）。

Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａらは、ファージディスプレイを使用して、高い親和性を有するＦｃＲｎに結合するＦｃ突然変異を選択した（Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａｅｔａｌ．２００２，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６９：５１７１−５１８０、参照することによりその全体が組み込まれる）。選択したＤＮＡ配列は、主に二重および三重突然変異体であった。該参照文献は、それらの選択された配列の多くによってコード化されたタンパク質を発現し、野生型Ｆｃよりもさらに強くＦｃＲｎに結合するいくつかのものを見出した。

治療薬としての抗体およびＦｃ融合タンパク質の投与は、タンパク質のクリアランスおよび半減期の特性に関する規定の頻度での注射を必要とする。より長い生体内半減期によって、注射をほとんど打たないこと、またはより低量の投与が可能になり、明らかに利点である。Ｆｃドメインにおける過去の突然変異は、増加したＦｃＲｎ結合親和性および生体内半減期を有するいくつかのタンパク質をもたらしたが、これらの突然変異は、最適な突然変異および増加した生体内半減期を特定しなかった。

Ｆｃ領域の１つの特徴は、Ｎ２９７で生じる保存されたＮ連結グリコシル化である。この炭水化物、またはオリゴサッカライド（時としてこのように称される）は、抗体にとって決定的な構造的かつ機能的役割を果たし、哺乳動物発現系を使用して抗体を産生しなければならない主要な理由の１つである。 ADDIN ENRfu Ｕｍａnａｅｔａｌ．，１９９９，ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ１７：１７６−１８０、Ｄａｖｉｅｓｅｔａｌ．，２００１，ＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌＢｉｏｅｎｇ７４：２８８−２９４、Ｍｉｍｕｒａｅｔａｌ．，２００１，ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ２７６：４５５３９−４５５４７、Ｒａｄａｅｖｅｔａｌ．，２００１，ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ２７６：１６４７８−１６４８３、Ｓｈｉｅｌｄｓｅｔａｌ．，２００１，ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ２７６：６５９１−６６０４、Ｓｈｉｅｌｄｓｅｔａｌ．，２００２，ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ２７７：２６７３３−２６７４０、Ｓｉｍｍｏｎｓｅｔａｌ．，２００２，ＪＩｍｍｕｎｏｌＭｅｔｈｏｄｓ２６３：１３３−１４７、 ADDIN ENRfu Ｒａｄａｅｖｅｔａｌ．，２００１，ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ２７６：１６４６９−１６４７７、および ADDIN ENRfu Ｋｒａｐｐｅｔａｌ．，２００３，ＪＭｏｌＢｉｏｌ３２５：９７９−９８９、すべて参照することによりその全体が組み込まれる）。

治療用途のための抗体が開発されている。そのような療法に関連する代表的な刊行物には、ＡＤＤＩＮＥＮＲｆｕＣｈａｍｏｗｅｔａｌ．，１９９６，ＴｒｅｎｄｓＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ１４：５２−６０、Ａｓｈｋｅｎａｚｉｅｔａｌ．，１９９７，ＣｕｒｒＯｐｉｎＩｍｍｕｎｏｌ９：１９５−２００、ＡＤＤＩＮＥＮＲｆｕＣｒａｇｇｅｔａｌ．，１９９９，ＣｕｒｒＯｐｉｎＩｍｍｕｎｏｌ１１：５４１−５４７、Ｇｌｅｎｎｉｅｅｔａｌ．，２０００，ＩｍｍｕｎｏｌＴｏｄａｙ２１：４０３−４１０、ＡＤＤＩＮＥＮＲｆｕＭｃＬａｕｇｈｌｉｎｅｔａｌ．，１９９８，ＪＣｌｉｎＯｎｃｏｌ１６：２８２５−２８３３、およびＡＤＤＩＮＥＮＲｆｕＣｏｂｌｅｉｇｈｅｔａｌ．，１９９９，ＪＣｌｉｎＯｎｃｏｌ１７：２６３９−２６４８が含まれ、すべて参照することによりその全体が組み込まれる。現在抗癌療法については、死亡率におけるいかなる小さな改善も、成功と定義される。本明細書で開示する特定のＩｇＧ変異体は、抗体の、さらなる成長を制限するか、あるいは少なくとも部分的に標的癌細胞を破壊する能力を強化する。

抗体の抗腫瘍作用は、ＡＤＣＣ、ＡＤＣＰ、およびＣＤＣ等の細胞傷害性エフェクター機能を媒介するそれらの能力の強化を介する。例には、ＡＤＤＩＮＥＮＲｆｕＣｌｙｎｅｓｅｔａｌ．，１９９８，ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ９５：６５２−６５６、Ｃｌｙｎｅｓｅｔａｌ．，２０００，ＮａｔＭｅｄ６：４４３−４４６およびＡＤＤＩＮＥＮＲｆｕＣａｒｔｒｏｎｅｔａｌ．，２００２，Ｂｌｏｏｄ９９：７５４−７５８が含まれ、ともに参照することによりその全体が組み込まれる。

ヒトＩｇＧ１が治療目的で最も一般的に使用される抗体であり、工学研究の大半は、この文脈において構築されている。しかしながら、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４を含む、ＩｇＧクラスのこれらの異なるアイソタイプは、独自の物理的特性、生物学的特性、および臨床特性を有する。当該技術分野において、改善されたＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４変異体を設計する必要性がある。さらに、ＦｃＲｎへの結合を強化する、および／または天然ＩｇＧポリペプチドと比較して生体内半減期を増加するように、そのような変異体を設計する必要性がある。さらに、薬物動態特性を有する変異体と、修飾を有する変異体とを組み合わせて、変更されたＦｃガンマＲ結合を介して効率を向上させる必要性がある。本出願は、これらの必要性および他の必要性に対応する。

本出願は、ポリペプチドのＦｃ領域内の少なくとも１つの修飾を含む、親ポリペプチドのＦｃ変異体を対象とする。さまざまな実施形態では、変異ポリペプチドは、親ポリペプチドと比較して、ＦｃＲｎへの変更された結合を呈する。特定の変異体では、修飾は、４２８Ｌ、４３４Ｍ、および４３４Ｓから成る群から選択され、付番は、ＫａｂａｔらのＥＵインデックスによる。

別の実施形態では、Ｆｃ変異体は、２５２Ｙ／４２８Ｌ、４２８Ｌ／４３４Ｈ、４２８Ｌ／４３４Ｆ、４２８Ｌ／４３４Ｙ、４２８Ｌ／４３４Ａ、４２８Ｌ／４３４Ｍ、および４２８Ｌ／４３４Ｓから成る群から選択される少なくとも２つの修飾を含む。

別の実施形態では、Ｆｃ変異体は、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ、Ｖ３０８Ｆ／Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓから成る群から選択される少なくとも１つの修飾を含む。

別の実施形態では、Ｆｃ変異体は、２５９Ｉ／４３４Ｓ、３０８Ｆ／４３４Ｓ、３０８Ｆ／４２８Ｌ／４３４Ｓ、２５９Ｉ／３０８Ｆ／４３４Ｓ、３０７Ｑ／３０８Ｆ／４３４Ｓ、２５０Ｉ／３０８Ｆ／４３４Ｓ、および３０８Ｆ／３１９Ｌ／４３４Ｓから成る群から選択される少なくとも１つの修飾を含む。

別の実施形態では、Ｆｃ変異体は、少なくとも１つの修飾を含む。

別の実施形態では、本発明は、本出願に記載するＦｃ変異体の有効量を投与するステップを含む、該治療を必要とする患者を治療する方法を含む。

別の実施形態では、本発明は、本出願に記載する修飾に従い、Ｆｃを修飾して抗体またはイムノアデヘシンの半減期を増加させる方法を含む。

別の変異体において、本発明は、エフェクター機能を調節するさらなるＦｃ変異体との強化されたＦｃＲｎ結合を持つＦｃ変異体を含む。

ヒトＩｇＧ定常重鎖の配列整合。灰色はＩｇＧ１との差異を示し、枠付きの残基は、ヒト集団における一般的なアロタイプ異形を示す。図１ａの説明の通り。（配列番号１〜６）本発明において使用される定常領域のアミノ酸配列。（配列番号７〜１２）例示的な変異定常領域のアミノ酸配列。（配列番号１３〜２２）本発明において使用されるＶＨおよびＶＬ可変領域のアミノ酸配列。（配列番号２３〜２９）例示的な変異抗体のアミノ酸配列。図５ａの説明の通り。ＷＴおよび選択変異ＩｇＧ１抗ＶＥＧＦ抗体による相対的ＶＥＧＦ結合。プロットは、抗体分析物が固定化したＶＥＧＦ抗原へ結合する会合相の最後のＢｉａｃｏｒｅ反応単位（ＲＵ）を示す。負の対照として抗Ｈｅｒ２ＩｇＧ１抗体を使用した。低（６．０）ｐＨおよび高（７．４）ｐＨでの固定化ヒトＦｃＲｎに対するＷＴおよび変異ＩｇＧ１抗体のＢｉａｃｏｒｅセンサーグラム。Ｂｉａｃｏｒｅにより判定される、ｐＨ６．０でのヒトＦｃＲｎに対するＷＴおよび選択変異ＩｇＧ１抗体のＦｃＲｎ結合親和性。グラフは、対数目盛上の偽親和定数（Ｋａ＊）のプロットを示す。Ｂｉａｃｏｒｅにより判定される、変異ＩｇＧ１抗ＶＥＧＦ抗体のヒトＦｃＲｎに対する相対的結合。表は、ヒトＷＴ（天然）ＩｇＧ１に対するそれぞれの変異体のＫａ＊の倍数を示す。ｎはそれぞれの変異体が試験された回数を示し、平均値およびＳＤは、ｎ回の結合実験にわたるそれぞれの変異体の、それぞれ平均および標準偏差を示す。それぞれの各結合実験内で、ＷＴＩｇＧ１に対してＦｃＲｎ倍数をすべての変異体について算出した。ＮＢは、結合が検出されなかったことを示す。ＮＤは、その特定の変異体について、結合が判定されなかったことを示す。ＮＦは、結合データから近似することができなかったことを示す。図９ａの説明の通り。図９ａの説明の通り。図９ａの説明の通り。Ｂｉａｃｏｒｅにより判定される、変異ＩｇＧ２およびＩｇＧ１／２抗ＶＥＧＦ抗体のヒトＦｃＲｎへの相対的結合。表は、図９について記載したとおりである。図１０ａの説明の通り。図１０ａの説明の通り。図１０ａの説明の通り。相加的および相乗的な置換の組み合わせの分析。図１１ａは、単一変異体の産物により決定された予測ＦｃＲｎ結合倍数に対する、それぞれの変異体によるヒトＦｃＲｎへの実験的に決定した結合倍数のプロットを示す。変異体のデータ点を表示し、線は完全な相加性を表す。図１１ｂは、各変異体組み合わせについての実験的倍数と予測倍数との間の差異を示す。図１１ｃは、各変異体組み合わせの相乗作用を示す。相乗作用％は、１００×［（実験的倍数／予測倍数）−１］］として算出される。図１１ａの説明の通り。図１１ａの説明の通り。Ｂｉａｃｏｒｅにより判定される、変異抗ＴＮＦ、−ＣＤ２５、−ＥＧＦＲ、および−ＩｇＥ抗体のヒトＦｃＲｎに対する相対的結合。表は、図９について記載したとおりである。図１２ａの説明の通り。図１２ａの説明の通り。図１２ａの説明の通り。ｍＦｃＲｎ−／−ｈＦｃＲｎ＋マウスにおける、ＷＴおよび変異抗体の生体内薬物動態。グラフは、単回静脈内投与後の、時間に対する抗体の血清濃度をプロットする。図１３ａは、ＩｇＧ１抗体（研究３）を用いて行われた４度の研究のうちの１つからのデータを示し、図１３ｂは、ＩｇＧ２抗体（研究５）用いて行われた研究からのデータを示す。図１３ａの説明の通り。変異抗体およびＷＴ抗体を用いてｍＦｃＲｎ−／−ｈＦｃＲｎ＋マウスにおいて行われた、すべての生体内ＰＫ研究からの近似したＰＫパラメータ。Ｎは、１群当たりのマウスの数を表し、ＰＫパラメータについて平均値および標準偏差（ＳＤ）データを提供する。半減期は、血清からの抗体の脱離により特徴分析されるベータ相を表す。Ｃｍａｘは、観測される最大血清濃度であり、ＡＵＣは、濃度時間曲線下面積であり、クリアランスは血清からの抗体のクリアランスである。半減期倍数は、それぞれの研究内で、ＷＴＩｇＧ１またはＩｇＧ２の親のものに対する変異抗体の半減期として算出される。図１４ａの説明の通り。ｍＦｃＲｎ−／−ｈＦｃＲｎ＋マウスにおけるＩｇＧ１（図１５ａ）およびＩｇＧ２（図１５ｂ）変異抗体の半減期と、ＷＴＩｇＧ１に対するＦｃＲｎ結合倍数との相関関係。ｙ軸上のデータは、図１４からのものであり、ｘ軸上のデータは、図９および１０からのものである。選択変異体を表示し、反復実験からの変異体データには丸を付けた。図１５ｃは、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２の両方の相関データを示し、黒色および灰色の線は、それぞれＩｇＧ１およびＩｇＧ２のデータの近似を表す。図１５ａの説明の通り。図１５ａの説明の通り。（配列番号３０〜３５）本発明において使用される変異および親抗ＴＮＦＦｃイムノアドヘシンのアミノ酸配列。図１６ａの説明の通り。Ｂｉａｃｏｒｅにより判定される、抗ＴＮＦイムノアドヘシンのＴＮＦ抗原への結合。Ｂｉａｃｏｒｅにより判定される、変異ＦｃイムノアドヘシンのヒトＦｃＲｎへの相対的結合。表は、ヒトＷＴ（天然）ＩｇＧ１に対するそれぞれの変異体のＫａ＊の倍数を示す。ｎはそれぞれの変異体が試験された回数を示し、平均値およびＳＤは、ｎ回の結合実験にわたるそれぞれの変異体の、それぞれ平均および標準偏差を示す。それぞれの各結合実験内で、それぞれのＩｇＧの親に対して、ＦｃＲｎ倍数をすべての変異体について算出した。ｍＦｃＲｎ−／−ｈＦｃＲｎ＋マウスにおける、親および変異Ｆｃイムノアドヘシンの生体内薬物動態。グラフは、単回静脈内投与後の、時間に対するＦｃ融合の血清濃度をプロットする。ｍＦｃＲｎ−／−ｈＦｃＲｎ＋マウスにおける、Ｆｃ融合生体内ＰＫ研究からの近似したＰＫパラメータ。パラメータは、図１４について記載したとおりである。半減期の増加％は、１００×変異Ｆｃ融合の半減期÷ＷＴＩｇＧ１またはＩｇＧ２の親の半減期として算出される。Ｂｉａｃｏｒｅにより判定される、変異ＩｇＧ１抗ＶＥＧＦ抗体のカニクイザルおよびヒトＦｃＲｎへの相対的結合。図２１ａは、表形式でデータを示す。図の説明は図９にあるとおりであり、ヒトＦｃＲｎへの結合に関するデータは図９から取られている。図２１ｂは、該データのプロットを示す。図２１ａの説明の通り。カニクイザルにおけるＷＴおよび変異抗体の生体内薬物動態。グラフは、単回静脈内投与後の、時間に対する抗体の血清濃度をプロットする。変異抗体およびＷＴ抗体を用いた、カニクイザルにおける生体内ＰＫ研究からの近似したＰＫパラメータ。パラメータは、図１４について記載したとおりである。

本発明は、ＦｃＲｎ受容体への増加した結合を有し、抗体、Ｆｃ融合、および免疫接着に見られるものを含む、Ｆｃドメインの新しい変異体の産生を開示する。本出願に記載するとおり、ＦｃＲｎへの結合は、より長い血清の生体内の滞留がもたらされる。

生体内のＦｃタンパク質の滞留を増加するために、約ｐＨ７．４で低い親和性を維持しながら、結合親和性における増加は、約ｐＨ６でなければならない。まだ実験中であるが、Ｆｃ領域は、エンドソ−ム内のｐＨ６のＦｃＲｎへの結合は、Ｆｃを封鎖するため、より長い生体内半減期を有すると考えられている（ＧｈｅｔｉｅａｎｄＷａｒｄ，１９９７ＩｍｍｕｎｏｌＴｏｄａｙ．１８（１２）：５９２−５９８、参照することによりその全体が組み込まれる）。次いで、エンドソ−ム区画は、細胞表面にＦｃを再利用する。区画が細胞外空間に開かれると、より高いｐＨ（約７．４）は、血液中へＦｃを放出し戻すことを誘導する。マウスにおいて、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａらは、実際に、ｐＨ６およびｐＨ７．４で増加したＦｃＲｎ結合を有するＦｃ突然変異が血清濃度および野生型Ｆｃと同じ半減期を減少させたことを示した（Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａｅｔａｌ．２００２，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６９：５１７１−５１８０、参照することによりその全体が組み込まれる）。ｐＨ７．４のＦｃＲｎに対するＦｃの親和性の増加は、血液にＦｃを放出し戻すことを防止したことによるものである。したがって、Ｆｃの生体内半減期を増加させるＦｃ突然変異は、高いｐＨでＦｃの放出を可能にしながら、低いｐＨでＦｃＲｎ結合を理想的に増加させる。アミノ酸ヒスチジンは、６．０〜７．４の範囲のｐＨでその電荷状態を変更する。したがって、Ｆｃ／ＦｃＲｎ錯体内の重要な位置でＨｉｓ残基が見られることは珍しくない（図６）。

本発明の付加的態様は、エンドソ−ム内のＦｃ／ＦｃＲｎ結合を促進するために、特に低いｐＨ（約ｐＨ６．０）で野生型上のＦｃＲｎ結合における増加である。変性ＦｃＲｎ結合およびＦｃ受容体の別のクラスへの変性結合を有するＦｃ変異体も開示し、ＦｃγＲへの異なる結合、具体的には、ＦｃγＲＩＩＩｂへの増加した結合およびＦｃγＲＩＩｂへの減少した結合としてＦｃγＲ（ＦｃガンマＲと表記される場合もある）は、効率の低下をもたらすことがわかっている。

定義

本出願がより完全に理解され得るために、以下にいくつかの定義を説明する。そのような定義は、文法的な同等物を含むことを意図する。

本出願に使用する「ＡＤＣＣ」または「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害」とは、ＦｃγＲを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の結合した抗体を認識し、標的細胞の溶解を実質的にもたらす、細胞媒介性反応を意味する。

本出願に使用する「ＡＤＣＰ」または「抗体依存性細胞媒介性食作用」とは、ＦｃγＲを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の結合した抗体を認識し、標的細胞の食作用を実質的にもたらす、細胞媒介性反応を意味する。

本出願に使用する「修飾」とは、ポリペプチド配列におけるアミノ酸置換、挿入および／または欠失、またはタンパク質に化学的に結合した部分への変更を意味する。例えば、修飾は、変更された炭水化物またはタンパク質に付着したＰＥＧ構造であり得る。本出願に使用する「アミノ酸修飾」とは、ポリペプチド配列におけるアミノ酸置換、挿入、および／または欠失を意味する。

本出願に使用する「アミノ酸置換」または「置換」とは、別のアミノ酸を有する親ポリペプチド内の特定の位置におけるアミノ酸の置換を意味する。例えば、置換Ｅ２７２Ｙは、変異ポリペプチドを指し、この場合、位置２７２においてグルタミン酸がチロシンで置換されたＦｃ変異体を指す。

本出願に使用する「アミノ酸挿入」または「挿入」とは、親ポリペプチド配列内の特定の位置におけるアミノ酸配列の追加を意味する。例えば、−２３３Ｅまたは＾２３３Ｅは、位置２３３の後で位置２３４の前のグルタミン酸の挿入をいう。さらに、−２３３ＡＤＥまたは＾２３３ＡＤＥは、位置２３３の後で位置２３４の前のＡｌａＡｓｐＧｌｕの挿入をいう。

本出願に使用する「アミノ酸欠失」または「欠失」とは、親ポリペプチド配列内の特定の位置におけるアミノ酸配列の欠失を意味する。例えば、Ｅ２３３−またはＥ２３３＃は、位置２３３におけるグルタミン酸の欠失をいう。さらに、ＥＤＡ２３３−またはＥＤＡ２３３＃は、位置２３３で開始する配列ＧｌｕＡｓｐＡｌａの欠失をいう。

本出願に使用する「変異タンパク質」または「タンパク質変異体」、もしくは「変異体」とは、少なくとも１つのアミノ酸修飾によって、親タンパク質と異なるタンパク質を意味する。タンパク質変異体は、タンパク質そのもの、タンパク質を含む組成物、またはそれをコ−ド化するアミノ配列を指し得る。好適には、タンパク質変異体は、親タンパク質と比較して、少なくとも１つのアミノ酸修飾、例えば、親タンパク質と比較して、約１〜約７０個のアミノ酸修飾、および好適には約１〜約５個のアミノ酸修飾を有する。好適には、本出願のタンパク質変異配列は、親タンパク質配列を有する、少なくとも約８０％の相同性、最も好適には、少なくとも約９０％の相同性、さらに好適には、少なくとも約９５％の相同性を有する。変異タンパク質は、変異タンパク質そのもの、タンパク質変異体を含む組成物、またはそれをコ−ド化するＤＮＡ配列を指すことができる。したがって、本出願に使用する「抗体変異体」または「変異抗体」とは、少なくとも１つのアミノ酸修飾によって、親抗体と異なる抗体を意味し、本出願に使用する「ＩｇＧ変異体」または「変異ＩｇＧ」とは、少なくとも１つのアミノ酸修飾によって、親ＩｇＧと異なる抗体を意味し、本出願に使用する「免疫グロブリン変異体」または「変異免疫グロブリン」とは、少なくとも１つのアミノ酸修飾によって、親免疫グロブリン配列と異なる免疫グロブリン配列を意味する。本出願に使用する「Ｆｃ変異体」または「変異Ｆｃ」とは、Ｆｃドメイン内の修飾を含むタンパク質を意味する。本発明のＦｃ変異体は、それらを構成するアミノ酸修飾に従い定義される。したがって、例えば、Ｎ４３４Ｓまたは４３４Ｓは、親Ｆｃポリペプチドと比べて、位置４３４に置換セリンを有するＦｃ変異体であり、該付番はＥＵインデックスによるものである。同様に、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓは、親Ｆｃポリペプチドと比べて、置換Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ．Ａを有するＦｃ変異体を定義する。ＷＴアミノ酸の特定は、特定されなくてもよく、その場合、前述の変異体は、４２８Ｌ／４３４Ｓと称される。置換が提供される順番は、任意であることに留意されたい、つまり、例えば、４２８Ｌ／４３４Ｓは、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓと同一Ｆｃ変異体である。本発明において説明するすべての位置の付番は、ＥＵインデックスに従う。ＥＵイ
ンデックスまたはＫａｂａｔのＥＵインデックスまたはＥＵ付番スキ−ムは、ＥＵ抗体の付番を指す（Ｅｄｅｌｍａｎｅｔａｌ．，１９６９，ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ６３：７８−８５、参照することによりその全体が本出願に組み込まれる）。修飾は、追加、欠失、または置換であってもよい。置換は、自然発生のアミノ酸、非自然発生のアミノ酸を含むことができる。変異体は、非自然発生のアミノ酸を含んでもよい。例は、米国特許第６，５８６，２０７号、国際公開第ＷＯ９８／４８０３２号、第ＷＯ０３／０７３２３８号、米国特許第２００４−０２１４９８８Ａ１号、第ＷＯ０５／３５７２７Ａ２号、第ＷＯ０５／７４５２４Ａ２号、Ｊ．Ｗ．Ｃｈｉｎｅｔａｌ．，（２００２），ＪｏｕｒｎａｌｏｆｔｈｅＡｍｅｒｉｃａｎＣｈｅｍｉｃａｌＳｏｃｉｅｔｙ１２４：９０２６−９０２７、Ｊ．Ｗ．Ｃｈｉｎ，＆Ｐ．Ｇ．Ｓｃｈｕｌｔｚ，（２００２），ＣｈｅｍＢｉｏＣｈｅｍ１１：１１３５−１１３７、Ｊ．Ｗ．Ｃｈｉｎ，ｅｔａｌ．，（２００２），ＰＩＣＡＳＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓｏｆＡｍｅｒｉｃａ９９：１１０２０−１１０２４、およびＬ．Ｗａｎｇ，＆Ｐ．Ｇ．Ｓｃｈｕｌｔｚ，（２００２），Ｃｈｅｍ．１−１０を含み、すべて参照することによりその全体が組み込まれる。

本出願に使用する「タンパク質」とは、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド、およびペプチドを含む、少なくとも２つの共有結合したアミノ酸を意味する。ペプチジル基は、自然発生するアミノ酸およびペプチド結合、またはペプトイド等の合成ペプチド模範体構造、つまり、「アナログ」を含んでもよい（Ｓｉｍｏｎｅｔａｌ．，ＰＮＡＳＵＳＡ８９（２０）：９３６７（１９９２）参照、参照することによりその全体が組み込まれる）。アミノ酸は、自然発生または非自然発生のいずれかであってもよく、当業者に理解されるものである。例えば、ホモ−フェニルアラニン、シトルリン、およびノルロイシンは、本発明の目的に考えられるアミノ酸であり、Ｄ−およびＬ−（ＲまたはＳ）構造のアミノ酸を使用し得る。本発明の変異体は、Ｃｒｏｐｐ＆Ｓｈｕｌｔｚ，２００４，ＴｒｅｎｄｓＧｅｎｅｔ．２０（１２）：６２５−３０、Ａｎｄｅｒｓｏｎｅｔａｌ．，２００４，ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ１０１（２）：７５６６−７１、Ｚｈａｎｇｅｔａｌ．，２００３，３０３（５６５６）：３７１−３、およびＣｈｉｎｅｔａｌ．，２００３，Ｓｃｉｅｎｃｅ３０１（５６３５）：９６４−７に記載の方法を含むが、これらに限定されない、例えば、Ｓｃｈｕｌｔｚと共同研究者とにより開発された技術を使用して導入される非天然アミノ酸の使用を含む修飾を含み得、当該文献は、すべて参照することによりその全体が組み込まれる。また、ポリペプチドは、１つ以上の鎖または末端の合成誘導体化、グリコシル化、ＰＥＧ化、円順列、環化、他の分子へのリンカー、タンパク質またはタンパク質ドメインへの融合、およびペプチドタグまたは標識の追加を含んでもよい。

本出願に使用する「残基」とは、タンパク質およびその関連するアミノ酸同一性における位置を意味する。例えば、アスパラギン２９７（Ａｓｎ２９７またはＮ２９７ともいう）は、ヒト抗体ＩｇＧ１内の位置２９７の残基である。

本出願に使用する「Ｆａｂ」または「Ｆａｂ領域」とは、ＶＨ、ＣＨ１、ＶＬ、およびＣＬ免疫グロブリンドメインを含むポリペプチドを意味する。Ｆａｂは、単離したこの領域、または完全長抗体、抗体フラグメント、またはＦａｂ融合タンパク質に関連するこの領域を指し得る。本出願に使用する「Ｆｖ」または「Ｆｖフラグメント」または「Ｆｖ領域」は、単一抗体のＶＬおよびＶＨドメインを含むポリペプチドを意味する。

本出願に使用する「ＩｇＧサブクラス修飾」とは、１つのＩｇＧアイソタイプの１つのアミノ酸と異なり、整列したＩｇＧアイソタイプの対応するアミノ酸に変換する、アミノ酸修飾を意味する。例えば、ＩｇＧ１は、ＥＵ位置２９６にチロシンおよびＩｇＧ２ａフェニルアラニンを有するため、ＩｇＧ２におけるＦ２９６Ｙ置換は、ＩｇＧサブクラス修飾と考えられる。

本出願に使用する「非自然発生の修飾」とは、同形ではないアミノ酸修飾を意味する。例えば、ＩｇＧのいずれも位置４３４にセリンを含まないため、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４における置換４３４Ｓは、非自然発生の修飾と考えられる。

本出願に使用する「アミノ酸」および「アミノ酸同一性」とは、２０個の自然発生するアミノ酸の１つ、または特別に定義された位置で存在し得る、いかなる非天然アナログをも意味する。

本出願に使用する「エフェクター機能」とは、抗体Ｆｃ領域のＦｃ受容体またはリガンドとの相互作用から生じる生化学的事象を意味する。エフェクター機能は、ＡＤＣＣ、ＡＤＣＰ、およびＣＤＣを含むが、それらに限定されない。

本出願に使用する「ＩｇＧＦｃリガンド」とは、ＩｇＧ抗体のＦｃ領域に結合して、Ｆｃ／Ｆｃリガンド錯体を形成する、任意の有機体からの分子、好適には、ポリペプチドを意味する。Ｆｃリガンドは、ＦｃγＲ、ＦｃγＲ、ＦｃγＲ、ＦｃＲｎ、Ｃ１ｑ、Ｃ３、マンナン結合レクチン、マンノ−ス受容体、ブドウ球菌タンパク質Ａ、連鎖球菌タンパク質Ｇ、およびウイルスＦｃγＲを含むが、それらに限定されない。Ｆｃリガンドは、ＦｃγＲに同種であるＦｃ受容体群であるＦｃ受容体ホモログ（ＦｃＲＨ）も含む（Ｄａｖｉｓｅｔａｌ．，２００２，ＩｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌＲｅｖｉｅｗｓ１９０：１２３−１３６、参照することによりその全体が組み込まれる）。Ｆｃリガンドは、Ｆｃを結合する未発見の分子を含んでもよい。具体的なＩｇＧＦｃリガンドは、ＦｃＲｎおよびＦｃガンマ受容体である。本出願に使用する「Ｆｃリガンド」とは、抗体のＦｃ領域に結合して、Ｆｃ／Ｆｃリガンド錯体を形成する、任意の有機体からの分子、好適には、ポリペプチドを意味する。

本出願に使用する「Ｆｃγ受容体」、「ＦｃγＲ」、または「ＦｃガンマＲ」とは、ＩｇＧ抗体Ｆｃ領域を結合し、ＦｃγＲ遺伝子によってコード化するタンパク質群の任意の成員を意味する。ヒトにおいて、この群は、アイソフォームＦｃγＲＩａ、ＦｃγＲＩｂ、およびＦｃγＲＩｃを含む、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、アイソフォームＦｃγＲＩＩａ（アロタイプＨ１３１およびＲ１３１を含む）、ＦｃγＲＩＩｂ（ＦｃγＲＩＩｂ−１およびＦｃγＲＩＩｂ−２を含む）、およびＦｃγＲＩＩｃを含む、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）、およびアイソフォームＦｃγＲＩＩＩａ（アロタイプＶ１５８およびＦ１５８を含む）およびＦｃγＲＩＩＩｂ（アロタイプＦｃγＲＩＩｂ−ＮＡ１およびＦｃγＲＩＩＩｂ−ＮＡ２を含む）を含む、ＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６） ADDIN ENRfu （Ｊｅｆｆｅｒｉｓｅｔａｌ．，２００２，ＩｍｍｕｎｏｌＬｅｔｔ８２：５７−６５、参照することによりその全体が組み込まれる）、ならびに任意の未発見のヒトＦｃγＲもしくはＦｃγＲアイソフォームまたはアロタイプを含むが、それらに限定されない。ＦｃγＲは、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、およびサルを含むが、それらに限定されない、いかなる有機体からであってもよい。マウスＦｃγＲは、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）、ＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）、およびＦｃγＲＩＩＩ−２（ＣＤ１６−２）、ならびにいかなる未発見のマウスＦｃγＲもしくはＦｃγＲアイソフォームまたはアロタイプも含むが、それらに限定されない。

本出願に使用する「ＦｃＲｎ」または「新生児Ｆｃ受容体」とは、ＩｇＧ抗体のＦｃ領域を結合し、ＦｃＲｎ遺伝子によって少なくとも部分的にコード化されるタンパク質を意味する。ＦｃＲｎは、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、サルを含むが、それらに限定されない、いかなる有機体からであってもよい。当該技術分野において周知のとおり、機能性ＦｃＲｎタンパク質は、２つのポリペプチドを含み、しばしば、重鎖および軽鎖と言われる。軽鎖は、β−２−ミクログロブリンであり、重鎖は、ＦｃＲｎ遺伝子によってコード化される。本出願に記載がない限り、ＦｃＲｎまたはＦｃＲｎタンパク質は、ベータ−２−ミクログロブリンを有するＦｃＲｎ重鎖の錯体を指す。ＦｃＲｎの特定関心対象、特にヒト種の配列を図に示す。

本出願に使用する「親ポリペプチド」とは、変異体を生成するために後で修飾される、未修飾のポリペプチドを意味する。親ポリペプチドは、自然発生するポリペプチド、もしくは変異体または自然発生するポリペプチドの操作された型であってもよい。親ポリペプチドは、ポリペプチドそのもの、親ポリペプチドを含む組成物、またはそれをコード化するアミノ酸配列を指し得る。さらに、本出願に使用する「親免疫グロブリン」とは、変異体を生成するために修飾される、未修飾免疫グロブリンポリペプチドを意味し、本出願に使用する「親抗体」とは、変異抗体を生成するために修飾される、未修飾抗体を意味する。以下に記載するとおり、「親抗体」は、商業的に周知で、遺伝子組み換え技術で生成された抗体であることに留意されたい。

本出願に使用する「位置」とは、タンパク質の配列内の場所を意味する。位置は、連続的、または確立したフォーマット、例えば、抗体付番のためのＥＵインデックスに従って付番されてもよい。

本出願に使用する「標的抗原」とは、所与の抗体の可変領域によって特異的に結合する分子を意味する。標的抗原は、タンパク質、炭水化物、脂質、または他の化学物質であってもよい。

本出願に使用する「標的細胞」という用語は、標的抗原を発現する細胞を意味する。

本出願に使用する「可変領域」という用語は、Ｖκ、Ｖλ、および／またはそれぞれ、κ、λ、および重鎖免疫グロブリン遺伝子座を構成するＶＨ遺伝子のいずれかによって実質的にコード化された、１つ以上のＩｇドメインを含む、免疫グロブリンの領域を意味する。

本出願に使用する「野生型またはＷＴ」とは、対立遺伝子変異を含む、野生にあるアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を意味する。ＷＴタンパク質は、意図的に修飾されていないアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を有する。

本発明は、野生型抗体に対し、ＦｃＲｎへの増加された結合を呈する抗体を対象とする。例えば、いくつかの例では、結合の増加は、抗体の細胞の再利用をもたらし、それによって、半減期を増加させる。また、増加したＦｃＲｎへの結合、および変更された他のＦｃ受容体（例えば、ＦｃγＲ）への結合を呈する抗体は、本発明に役立つ。
抗体

本出願は、ＦｃＲｎへの結合を調節するアミノ酸修飾を含む、抗体を対象とする。特に関心対象は、低いｐＨで減少したＦｃＲｎへの結合親和性を示し、高いｐＨで結合の実質的な変化を呈さない、Ｆｃ領域またはその機能的変異体を最小限に含む抗体である。

典型的に、従来の抗体構造単位は、四量体を含む。典型的に、それぞれの四量体は、ポリペプチド鎖の２つの同一対から構成され、それぞれの対は、１つの「軽」鎖（典型的に、約２５ｋＤａの分子量を有する）を有し、１つは、「重」鎖（典型的に、約５０〜７０ｋＤａの分子量を有する）を有する。ヒト軽鎖は、κおよびλ軽鎖として分類される。重鎖は、μ、δ、γ、α、またはεとして分類され、それぞれ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ、およびＩｇＥとして抗体のアイソタイプを定義する。ＩｇＧは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４を含むが、それらに限定されない、いくつかのサブクラスを有する。ＩｇＭは、ＩｇＭ１およびＩｇＭ２を含むが、それらに限定されないサブクラスを有する。したがって、本出願に使用する「アイソタイプ」は、定常領域の化学的および抗原的特性によって定義された免疫グロブリンのサブクラスのいずれかを意味する。周知のヒト免疫グロブリンのアイソタイプは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＭ１、ＩｇＭ２、ＩｇＤ、およびＩｇＥである。

それぞれの鎖のアミノ末端部分は、約１００〜１１０の可変領域、または主に抗原認識を担うさらなるアミノ酸を含む。可変領域では、３つのループは、重鎖および軽鎖のＶドメインのそれぞれに集まり、抗原結合部位を形成する。ループのそれぞれは、アミノ酸配列内の変異が最も著しい、相補的決定領域（以下、「ＣＤＲ」という）という。

鎖のそれぞれのカルボキシ末端部分は、主にエフェクター機能を担う定常領域を画定する。Ｋａｂａｔらは、重鎖および軽鎖の可変領域の多くの一次配列を収集した。配列の保存程度により、彼らは、単独の一次配列をＣＤＲおよびフレームワークに分類し、そのリストを作成した（ＳＥＱＵＥＮＣＥＳＯＦＩＭＭＵＮＯＬＯＧＩＣＡＬＩＮＴＥＲＥＳＴ，５ｔｈｅｄｉｔｉｏｎ，ＮＩＨｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ，Ｎｏ．９１−３２４２，Ｅ．Ａ．Ｋａｂａｔｅｔａｌ．参照、参照することによりその全体が組み込まれる）。

免疫グロブリンのＩｇＧサブクラスでは、重鎖内にさまざまな免疫グロブリンドメインがある。本出願に使用する「免疫グロブリン（Ｉｇ）ドメイン」とは、異なる三次構造を有する免疫グロブリンの領域を意味する。本発明の関心対象は、定常重鎖（ＣＨ）ドメインおよびヒンジドメインを含む、重鎖ドメインである。ＩｇＧ抗体では、ＩｇＧアイソタイプのそれぞれは、３つのＣＨ領域を有する。したがって、ＩｇＧにおける「ＣＨ」ドメインは、以下のとおりである。「ＣＨ１」は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスに従う、位置１１８−２２０で指す。「ＣＨ２」は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスに従う、位置２３７−３４０を指し、「ＣＨ３」は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスに従う、位置３４１−４４７を指す。

重鎖のＩｇドメインの別の種類は、ヒンジ領域である。本出願に使用する「ヒンジ」または「ヒンジ領域」、もしくは「抗体ヒンジ領域」、または「免疫グロブリンヒンジ領域」は、抗体の第１と第２定常ドメインとの間のアミノ酸を含む、柔軟なポリペプチドを意味する。構造的に、ＩｇＧのＣＨ１ドメインは、ＥＵ位置２２０で終端し、ＩｇＧのＣＨ２ドメインは、ＥＵ位置２３７の残基で開始する。したがって、ＩｇＧでは、抗体のヒンジは、位置２２１（ＩｇＧ１内のＤ２２１）〜２３６（ＩｇＧ１内のＧ２３６）を含むように本出願で定義され、付番は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスに従う。いくつかの実施形態では、例えば、Ｆｃ領域では、低いヒンジが含まれ、典型的に、「低いヒンジ」は、位置２２６または２３０を指す。

本発明の関心対象は、Ｆｃ領域である。本出願に使用される「Ｆｃ」または「Ｆｃ領域」は、第１の定常領域免疫グロブリンドメイン、およびいくつかの例において、一部のヒンジを除く抗体の定常領域を含むポリペプチドを意味する。したがって、Ｆｃは、ＩｇＡ、ＩｇＤ、およびＩｇＧの最後の２つの定常領域免疫グロブリンドメイン、ＩｇＥおよびＩｇＭの最後の３つの定常領域免疫グロブリンドメイン、およびこれらのドメインに柔軟なヒンジＮ末端を指す。ＩｇＡおよびＩｇＭでは、Ｆｃは、Ｊ鎖を含んでもよい。図１に図示するとおり、ＩｇＧでは、Ｆｃは、免疫グロブリンドメインＣγ２およびＣγ３（Ｃｇ２およびＣｇ３）、およびＣγ１（Ｃｇ１）とＣγ２（Ｃｇ２）との間の低いヒンジ領域を含んでもよい。Ｆｃ領域の境界は異なり得るが、通常、ヒトＩｇＧの重鎖Ｆｃ領域は、残基Ｃ２２６またはＰ２３０をそのカルボキシル末端に含まれるように定義され、付番は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスに従う。以下に記載するとおり、Ｆｃは、単離するこの領域、またはＦｃポリペプチドにおけるこの領域を指し得る。本出願に使用する「Ｆｃポリペプチド」は、すべてまたは一部のＦｃ領域を含む、ポリペプチドを意味する。Ｆｃポリペプチドは、抗体、Ｆｃ融合、単離Ｆｃ、およびＦｃフラグメントを含む。

いくつかの実施形態では、抗体は、完全長である。本出願に記載するとおり、本出願において使用する「完全長抗体」は、１つ以上の修飾を含む、変異および定常領域を含む、抗体の自然の生物学的形状を構成する構造を意味する。

あるいは、抗体は、それぞれ、抗体フラグメント、単クローン抗体、二重特異性抗体、ミニボディ、ドメイン抗体、合成抗体（本出願において、「抗体模倣」という場合もある）、キメラ抗体、ヒト化抗体、抗体融合（本出願において「抗体共役体」と称される場合もある）、およびそれぞれのフラグメントを含むが、それらに限定されない、さまざまな構造であってもよい。

抗体フラグメント

一実施形態では、抗体は、抗体フラグメントである。Ｆｃ領域、Ｆｃ融合、および重鎖の定常領域（ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２−ＣＨ３）を含み、定常重領域融合をも含む、抗体が、特に関心対象となる。

特定の抗体フラグメントは、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、およびＣＨ１ドメインから成るＦａｂフラグメント、（ｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインから成るＦｄフラグメント、（ｉｉｉ）単一抗体のＶｌおよびＶＨドメインから成るＦｖフラグメント、（ｉｖ）単一変異から成るｄＡｂフラグメント（Ｗａｒｄｅｔａｌ．，１９８９，Ｎａｔｕｒｅ３４１：５４４−５４６、参照することによりその全体が組み込まれる）、（ｖ）単離したＣＤＲ領域、（ｖｉ）Ｆ（ａｂ′）２フラグメント、２つの結合したＦａｂフラグメントを含む二価フラグメント、（ｖｉｉ）ＶＨドメインおよびＶＬドメインが、２つのドメインを抗体結合部位を形成するために結合可能にさせるペプチドリンカーによって結合される、単鎖Ｆｖ分子（ｓｃＦｖ）（Ｂｉｒｄｅｔａｌ．，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ２４２：４２３−４２６、Ｈｕｓｔｏｎｅｔａｌ．，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：５８７９−５８８３、参照することによりその全体が組み込まれる）、（ｖｉｉｉ）二重特異性単鎖Ｆｖ（国際公開第ＷＯ０３／１１１６１号、参照することにより組み込まれる）、および（ｉｘ）「ダイアボディ」または「トリアボディ」、遺伝子融合によって構成される多価または多特異的フラグメント（Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎｅｔａｌ．，２０００，ＭｅｔｈｏｄｓＥｎｚｙｍｏｌ．３２６：４６１−４７９、国際公開第ＷＯ９４／１３８０４号、Ｈｏｌｌｉｇｅｒｅｔａｌ．，１９９３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６４４４−６４４８、これらすべては参照することによりその全体が組み込まれる）を含むが、これらに限定されない。抗体フラグメントは、修飾されてもよい。例えば、分子は、ＶＨおよびＶＬドメインを結合するジスルフィド架橋の組み込みによって安定化されてもよい（Ｒｅｉｔｅｒｅｔａｌ．，１９９６，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈ．１４：１２３９−１２４５、参照することによりその全体が組み込まれる）。

キメラおよびヒト化抗体

いくつかの実施形態では、足場成分は、異種からの混合物であってもよい。その場合、タンパク質が抗体である場合は、そのような抗体は、キメラおよび／またはヒト化抗体であってもよい。一般的に、「キメラ抗体」および「ヒト化抗体」の両方は、１つ以上の種からの領域を組み合わせる抗体を指す。例えば、従来、「キメラ抗体」は、マウス（または、いくつかの場合では、ラット）からの可変領域およびヒトからの定常領域を含む。一般的に、「ヒト化抗体」は、ヒト抗体に見られる配列を交換した変異体ドメインのフレームワーク領域を有した非ヒト抗体を指す。一般的に、ヒト化抗体では、ＣＤＲを除く、すべての抗体は、ヒト由来のポリヌクレオチドによってコード化され、そのＣＤＲ内を除く、そのような抗体に同一である。非ヒト有機体に由来する核酸によってコード化されたいくつかまたはすべてのＣＤＲは、抗体を形成するためにヒト抗体可変領域のβシートフレームワークに移植され、その特異性は、移植されたＣＤＲによって決定される。そのような抗体の形成は、例えば、国際公開第ＷＯ９２／１１０１８号、Ｊｏｎｅｓ，１９８６，Ｎａｔｕｒｅ３２１：５２２−５２５、Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎｅｔａｌ．，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ２３９：１５３４−１５３６に記載され、これらすべては、参照することによりその全体が組み込まれる。対応するドナー残基に選択したアクセプターフレームワーク残基の「復帰突然変異」は、しばしば、当初の移植された構築で失った親和性を回復する必要がある（ＵＳ第５５３０１０１号、ＵＳ第５５８５０８９号、ＵＳ第５６９３７６１号、ＵＳ第５６９３７６２号、ＵＳ第６１８０３７０号、ＵＳ第５８５９２０５号、ＵＳ第５８２１３３７号、ＵＳ第６０５４２９７号、ＵＳ第６４０７２１３号、これらすべては、参照することによりその全体が組み込まれる）。最適に、ヒト化抗体は、少なくとも一部の免疫グロブリン定常領域、典型的には、ヒト免疫グロブリンも含み、したがって、典型的にヒトＦｃ領域を含む。ヒト化抗体は、遺伝子操作された免疫系を有するマウスを使用して生成することもできる（Ｒｏｑｕｅｅｔａｌ．，２００４，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｐｒｏｇ．２０：６３９−６５４、参照することによりその全体が組み込まれる）。非ヒト抗体をヒト化および再形成する、さまざまな技術および方
法は、当該技術分野において周知である（Ｔｓｕｒｕｓｈｉｔａ＆Ｖａｓｑｕｅｚ，２００４，ＨｕｍａｎｉｚａｔｉｏｎｏｆＭｏｎｏｃｌｏｎａｌＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙｏｆＢＣｅｌｌｓ，５３３−５４５、ＥｌｅｓｅｖｉｅｒＳｃｉｅｎｃｅ（ＵＳＡ）、および本出願に引用した参考文献を参照し、これらすべては、参照することによりその全体が組み込まれる）。ヒト化方法は、Ｊｏｎｅｓｅｔａｌ．，１９８６，Ｎａｔｕｒｅ３２１：５２２−５２５、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎｅｔａｌ．，１９８８，Ｎａｔｕｒｅ３３２：３２３−３２９、Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎｅｔａｌ．，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４−１５３６、Ｑｕｅｅｎｅｔａｌ．，１９８９，ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉ，ＵＳＡ８６：１００２９−３３、Ｈｅｅｔａｌ．，１９９８，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６０：１０２９−１０３５、Ｃａｒｔｅｒｅｔａｌ．，１９９２，ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ８９：４２８５−９、Ｐｒｅｓｔａｅｔａｌ．，１９９７，ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．５７（２０）：４５９３−９、Ｇｏｒｍａｎｅｔａｌ．，１９９１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８８：４１８１−４１８５、Ｏ‘Ｃｏｎｎｏｒｅｔａｌ．，１９９８，ＰｒｏｔｅｉｎＥｎｇ１１：３２１−８に記載される方法を含むが、これらに限定されず、これらは、参照することによりその全体が組み込まれる。ヒト化または非ヒト抗体可変領域の免疫原性を低下させる他の方法は、例えば、参照することにより組み込まれる、Ｒｏｇｕｓｋａｅｔａｌ．，１９９４，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９１：９６９−９７３に記載されるとおり、最表面化する方法を含んでもよい。一実施形態では、親抗体は、当該技術分野で周知のとおり、親和性が成熟している。構造ベースの方法は、例えば、ＵＳＳＮ第１１／００４，５９０号に記載するとおり、ヒト化および親和性成熟に使用してもよい。選択ベースの方法は、ヒト化および／または親和性成熟抗体の可変領域に使用してもよく、Ｗｕｅｔａｌ．，１９９９，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９４：１５１−１６２、Ｂａｃａｅｔａｌ．，１９９７，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２（１６）：１０６
７８−１０６８４、Ｒｏｓｏｋｅｔａｌ．，１９９６，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１（３７）：２２６１１−２２６１８、Ｒａｄｅｒｅｔａｌ．，１９９８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９５：８９１０−８９１５、Ｋｒａｕｓｓｅｔａｌ．，２００３，ＰｒｏｔｅｉｎＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ１６（１０）：７５３−７５９に、記載される方法を含むが、それらに限定されない。他のヒト化方法は、ＣＤＲの一部のみを移植するステップを伴い、第ＵＳＳＮ０９／８１０，５１０号、Ｔａｎｅｔａｌ．，２００２，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６９：１１１９−１１２５、ＤｅＰａｓｃａｌｉｓｅｔａｌ．，２００２，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６９：３０７６−３０８４（参照することによりその全体が組み込まれる）に記載される方法を含むが、それらに限定されない。

二重特異性抗体

一実施形態では、本発明の抗体は、多特異的抗体および特に二重特異性抗体であり、「ダイアボディ」とも言われる場合もある。２つ（またはそれ以上）の異なる抗原に結合する抗体がある。ダイアボディは、当該技術分野において周知のさまざまな方法（例えば、ハイブリドーマ）で製造することができる（ＨｏｌｌｉｇｅｒａｎｄＷｉｎｔｅｒ，１９９３，ＣｕｒｒｅｎｔＯｐｉｎｉｏｎＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．４：４４６−４４９、参照することによりその全体が組み込まれる）。

ミニボディ

一実施形態では、抗体は、ミニボディである。ミニボディは、ＣＨ３ドメインに結合したｓｃＦｖを含む最小化された抗体様タンパク質である（Ｈｕｅｔａｌ．，１９９６，ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．５６：３０５５−３０６１、参照することによりその全体が組み込まれる）。いくつかの場合では、ｓｃＦｖは、Ｆｃ領域に結合することができ、いくつかまたはすべてのヒンジ領域を含んでもよい。

抗体融合

一実施形態では、本発明の抗体は、抗体融合タンパク質（本明細書において、「抗体共役体」と称する場合もある）である。抗体融合の１つの種類は、Ｆｃ領域を共役相手に結合させるＦｃ融合を含む。本出願に使用する「Ｆｃ融合」は、１つ以上のポリペプチドが機能し得るようにＦｃ領域に結合される、タンパク質を意味する。本出願において、Ｆｃ融合は、従来の技術（Ｃｈａｍｏｗｅｔａｌ．，１９９６，ＴｒｅｎｄｓＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：５２−６０、Ａｓｈｋｅｎａｚｉｅｔａｌ．，１９９７，ＣｕｒｒＯｐｉｎＩｍｍｕｎｏｌ．９：１９５−２００、ともに参照することによりその全体が組み込まれる）に使用されるとおり、「イムノアドヘシン」、「Ｉｇ融合」、「Ｉｇキメラ」、および「受容体グロブリン」（ダッシュがつく場合もある）という用語と同義語である。一般的に、Ｆｃ融合は、免疫グロブリンのＦｃ領域と、いかなるタンパク質または小分子であってもよい融合相手を組み合わせる。事実上、いかなるタンパク質または小分子も、Ｆｃに結合して、Ｆｃ融合を生成してもよい。タンパク質融合相手は、抗体の可変領域、受容体の標的結合領域、接着分子、リガンド、酵素、サイトカイン、ケモカインまたは別のタンパク質またはタンパク質ドメインをも含むが、それらに限定されない。小分子融合相手は、Ｆｃ融合を治療用標的に誘導するいかなる治療剤を含んでもよい。そのような標的は、いかなる分子、好適には、疾患を担う細胞外受容体であってもよい。したがって、ＩｇＧ変異体は、１つ以上の融合相手に結合することができる。１つの代替的実施形態では、ＩｇＧ変異体は、別の治療化合物に共役または機能し得るように結合する。治療化合物は、細胞毒性剤、化学療法剤、毒素、放射線同位体、サイトカイン、または他の治療的活性剤であってもよい。ＩｇＧは、さまざまな非タンパク質の性質のポリマー、例えば、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアリキレン、またはポリエチレングリコールおよびポリプロピレングリコールの共ポリマーの１つに結合されてもよい。

Ｆｃ融合の他に、抗体融合は、１つ以上の融合相手（ここでも、いかなる抗体の可変領域も含む）を有する重鎖の定常領域融合を含み、他の抗体融合は、融合相手と実質的または完全に完全長抗体である。一実施形態では、融合相手の役割とは、標的結合を介在することであり、したがって、機能的に、抗体の可変領域に類似する（および、実際類似してもよい）。事実上、いかなるタンパク質または小分子も、Ｆｃに結合して、Ｆｃ融合（または抗体融合）を生成してもよい。タンパク質融合相手は、受容体の標的結合領域、接着分子、リガンド、酵素、サイトカイン、キモカインを含むが、それらに限定されず、いくつかの他のタンパク質またはタンパク質ドメイン小分子融合相手は、Ｆｃ融合を治療標的に誘導するいかなる治療剤を含んでもよい。そのような標的は、いかなる分子、好適には、疾患を担う細胞外受容体であってもよい。

共役相手は、タンパク質性質または非タンパク質性質であってもよく、一般的に、後者は、抗体および共役相手上の官能基を使用して生成される。例えば、リンカーは、当該技術分野において周知であり、例えば、ホモ−ヘテロ−二機能リンカーは、周知である（１９９４ＰｉｅｒｃｅＣｈｅｍｉｃａｌＣｏｍｐａｎｙｃａｔａｌｏｇ、ｔｅｃｈｎｉｃａｌｓｅｃｔｉｏｎｏｎｃｒｏｓｓ−ｌｉｎｋｅｒｓ，ｐａｇｅｓ１５５−２００参照。参照することにより本出願に組み込まれる）。

適切な共役体は、以下に記載する標識、細胞毒性剤（例えば、化学療法剤）を含むが、それらに限定されない、薬剤および細胞毒性剤、もしくは毒素またはそのような毒素の活性フラグメントを含むが、それらに限定されない。適切な毒素およびそれらの対応するフラグメントは、ジフテリアＡ鎖、外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、クルシン、クロチン、フェノマイシン、エノマイシン等を含む。細胞毒性剤は、放射性同位体を抗体に共役させる、または抗体に共有結合しているキレート剤への放射性核種の結合させることで、製造された放射化学も含む。付加的実施形態は、カリケアマイシン、アウリスタチン、ゲルダナマイシン、メイタンシン、およびデュオカルマイシン、ならびにアナログを使用し、後者については、米国第２００３／００５０３３１Ａ１号を参照し、参照することによりその全体が組み込まれる。

抗体の共有結合修飾

抗体の共有結合修飾は、本発明の範囲内に含まれ、常にではないが、一般的に、翻訳後に行われる。例えば、抗体の共有結合修飾のいくつかの種類は、抗体の特異的アミノ酸残基を、選択した側鎖もしくはＮまたはＣ末端残基と反応することが可能な有機誘導体化剤と反応させて分子に導入される。

最も一般的なシステイニル残基は、クロロ酢酸またはクロロアセトアミド等のα−ハロアセテート（および対応するアミン）と反応させ、カルボキシメチルまたはカルボキシアミドメチル誘導体を得る。また、システイニル残基は、ブロモトリフルオロアセトン、α−ブロモ−β−（５−イミドゾイル）プロピオン酸、クロロアセチルリン酸、Ｎ−アルキルマレイミド、３−ニトロ−２−ピリジルジスルフィド、メチル２−ピリジルジスルフィド、ｐ−クロロ安息香酸水銀、２−クロロ水銀−４−ニトロフェノール、またはクロロ−７−ニトロベンゾ−２−オキサ−１、３−ジアゾール等との反応によって誘導体化されてもよい。

ジエチルピロカーボネートは、ヒスチジル側鎖に比較的特異的であるため、ヒスチジル残基は、ｐＨ５．５〜７．０でジエチルピロカーボネートとの反応によって誘導化される。パラーブロモフェナシルブロミドも有用であり、好適には、反応は、ｐＨ６.０の０．１Ｍのカコジル酸ナトリウム中で実施する。

リジニルおよびアミノ末端残基は、コハク酸または他のカルボン酸無水物と反応させる。これらの薬剤との誘導体化は、リジニル残基の電荷を反転させる効果を有する。アルファアミノ含有残基を誘導体化するための他の適切な試薬は、メチルピコリンイミダート等のイミドエステル、ピリドキサルリン酸、ピリドキサル、クロロホウカ水素、トリニトロベンゼンスルホン酸、Ｏ−メチルイソ尿素、２，４−ペンダンジオン、およびグリオキシル酸とのトランスアミナーゼ触媒反応を含む。

アルギニル残基は、１つまたはいくつかの従来の試薬、とりわけ、フェニルグリオキサール、２，３−ブタンジオン、１，２−チクロヘキサンジオン、およびニンヒドリンとの反応により修飾される。アルギニン残基の誘導体化には、グアニジン官能基のｐＫａが高いため、アルカリ性条件で実施されることが必要である。さらに、これらの試薬は、リジン基ならびにアルギニンエプシロンアミノ基と反応させてもよい。

チロシル残基の特異的修飾は、分光標識をチロシル残基に導入させることに特に関心をもって、芳香族ジアゾニウム化合物またはテトラニトロメタンとの反応によって行われた。通常、Ｎ−アセチルイミジゾールおよびテトラニトロメタンを使用して、それぞれ、Ｏ−アセチルチロシル種および３−ニトロ誘導体を形成する。チロシル残基は、１２５Ｉまたは１３１Ｉを使用して要素化され、ラジオイムノアッセイ、適切とされる上述のクロラミンＴ方法に使用するための標識タンパク質を調製する。

カルボキシル側基（アスパルチルまたはグルタミン）は、カルボジイミド（Ｒ′−Ｎ＝Ｃ＝Ｎ――Ｒ′）との反応により、選択的に修飾され、ＲおよびＲ′は、１−シクロヘキシル基−３−（２−モルホリニル−４−エチル）カルボジイミド、または１−エチル−３−（４−アゾニア−４，４−ジメチルペンチル）カルボジイミド等の任意に異なるアルキル基である。さらに、アスパルチルおよびグルタミン残基は、アンモニウムイオンとの反応により、アスパラギニルおよびグルタミニル残基に変換される。

二官能性物質との誘導体化は、抗体を、以下に記載する方法の他に、さまざまな方法に使用する不水溶性支持マトリックスまたは表面に架橋するのに有用である。通常使用される架橋剤は、例えば、１，１−ビス（ジアゾアセチル）−２−フェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル（例えば、４−アジドサリチル酸を有するエステル、３，３′−ジチオビス（スクシンイミジルプロピオナート）等のジスクシンイミジルエステルを含む、ホモ二官能性イミドエステル、およびビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタン等の二官能性マレイミドを含む。メチル−３−［（ｐ−アジドフェニール）ジチオ］プロピオイミダート等の誘導体化剤は、光の存在下で架橋を形成することが可能な光活性化可能な中間体を産生する。あるいは、米国特許第３，９６９，２８７号、第３，６９１，０１６号、第４，１９５，１２８号、第４，２４７，６４２号、第４，２２９，５３７号、および第４，３３０，４４０号に記載し、参照することによりその全体が組み込まれる、シアン臭化物活性化炭水化物および反応基質等の反応性不水溶性マトリックスは、タンパク質固定化に使用される。

グルタミニルおよびアスパラギニル残基は、それぞれ、対応するグルタミンおよびアスパルチル残基に頻繁に脱アミド化される。あるいは、これらの残基は、弱酸性条件下で脱アミド化される。これらの残基のいずれかの形状は、本発明の範囲内である。他の修飾は、プロリンおよびリジンの水酸化、セリルまたはトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リジン、アルギニン、およびヒスチジン側鎖のα−アミノ基のメチル化（Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎ：ＳｔｒｕｃｔｕｒｅａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＰｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，ＳａｎＦｒａｎｃｉｓｃｏ，ｐｐ．７９−８６［１９８３］、参照することによりその全体が組み込まれる）、Ｎ末端アミンのアセチル化、およびＣ末端カルボキシル基のいずれかのアミド化を含む。

グリコシル化

共有結合修飾の別の種類は、グリコシル化である。別の実施形態では、本出願に開示するＩｇＧ変異体は、１つ以上の改変糖鎖を含むように修飾することができる。本出願に使用する「改変糖鎖」は、ＩｇＧに共有結合する炭水化物組成物を意味し、該炭水化物組成物は、親ＩｇＧのそれと化学的に異なる。改変糖鎖は、エフェクター機能の増強または低減を含むが、それらに限定されない、さまざまな目的に有用であり得る。改変糖鎖は、当該技術分野において周知のさまざまな方法で生成してもよい（Ｕｍａｎａｅｔａｌ．，１９９９，ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ１７：１７６−１８０、Ｄａｖｉｅｓｅｔａｌ．，２００１，ＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌＢｉｏｅｎｇ７４：２８８−２９４、Ｓｈｉｅｌｄｓｅｔａｌ．，２００２，ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ２７７：２６７３３−２６７４０、Ｓｈｉｎｋａｗａｅｔａｌ．，２００３，ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ２７８：３４６６−３４７３、ＵＳ第６，６０２，６８４号、第ＵＳＳＮ１０／２７７，３７０号、第ＵＳＳＮ１０／１１３，９２９号、ＰＣＴ第ＷＯ００／６１７３９Ａ１号、ＰＣＴ第ＷＯ０１／２９２４６Ａ１号、ＰＣＴ第ＷＯ０２／３１１４０Ａ１号、ＰＣＴ第ＷＯ０２／３０９５４Ａ１号、これらすべては参照することによりその全体が組み込まれる）（Ｐｏｔｅｌｌｉｇｅｎｔ（登録商標）技術［Ｂｉｏｗａ，Ｉｎｃ．，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，ＮＪ］、ＧｌｙｃｏＭＡｂ（登録商標）グリコシル化工学技術［ＧｌｙｃａｒｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＡＧ，Ｚｕｒｉｃｈ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ］。これらの技術の多くは、例えば、さまざまな有機体または細胞株内にＩｇＧを発現させるか、さもなければ操作するか（例えば、Ｌｅｅ−１３ＣＨＯ細胞またはラットハイブリドーマＹＢ２／０細胞）、グリコシル化経路に伴う酵素を抑制するか（例えば、ＦＵＴ８［α１，６−フコシルトランスフェラーゼ］および／またはβ１−４−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩ［ＧｎＴＩＩＩ］）、またはＩｇＧが発現した後に炭水化物を修飾することによって、フコシル化のレベルを制御する、および／またはＦｃ領域に共有結合するオリゴ糖を分割することに基づく。典型的に、改変糖鎖は、異なる炭水化物またはオリゴサッカリドを指し、したがって、ＩｇＧ変異体、例えば、抗体
またはＦｃ融合は、改変糖鎖を含むことができる。あるいは、改変糖鎖は、異なる炭水化物またはオリゴサッカリドを含む、ＩｇＧ変異体を指し得る。当該技術分野において周知のとおり、グリコシル化のパターンは、タンパク質の配列（例えば、以下に記載する特定のグリコシル化アミノ酸残基の有無）、もしくはタンパク質が産生される宿主細胞または有機体の両方によって異なってもよい。特定の発現系を以下に説明する。

典型的に、ポリペプチドのグリコシル化は、Ｎ連結型またはＯ連結型のいずれかである。Ｎ連結型は、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物部分の結合を指す。トリ−ペプチド配列アスパラギン−Ｘ−セリン、およびアスパラギン−Ｘ−トレオニン（Ｘは、プロリンを除く任意のアミノ酸である）は、炭水化物部分のアスパラギン側鎖への酵素結合の認識配列である。したがって、ポリペプチド内のこれらのトリ−ペプチド配列のいずれかの存在は、潜在的グリコシル化部位を形成する。Ｏ連結グリコシル化は、５−ヒドロキシプロリンまたは５−ヒドロキシリジンも使用してもよいが、糖類であるＮ−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、またはキシロースのうちの１つのヒドロキシアミノ酸、通常セリンまたはトレオニンへの付着を指す。

抗体へのグリコシル化部位の追加は、１つ以上の上述のトリ−ペプチド配列（Ｎ連結グリコシル化部位）を含むようにアミノ酸配列を変化させて簡便に達成される。変更は、１つ以上のセリンまたはトレオニン残基の（Ｏ連結グリコシル化部位の）開始配列への追加、または置換によって行われてもよい。容易にするために、抗体アミノ酸配列は、ＤＮＡレベルの変更を介して、特に、コドンが生成されるように事前選択し、所望のアミノ酸に変換される塩基で標的ポリペプチドをコード化するＤＮＡを変化させることで、好適に変更される。

抗体上の炭水化物部分の数を増加させる別の方法は、タンパク質への化学的または酵素的結合によるものである。これらの手段は、Ｎ−およびＯ連結グリコシル化のグリコシル化が可能な宿主細胞においてタンパク質の産生を必要としないため、有益である。使用する結合モードによって、糖類は、（ａ）アラジニンおよびヒスチジン、（ｂ）遊離カルボキシル基、（ｃ）システインの遊離スルフヒドリル基等の遊離スルフヒドリル基、（ｄ）セリン、トレオニン、またはヒドロキシプロリンの遊離ヒドロキシル基等の遊離ヒドロキシル基、（ｅ）フェニルアラニン、チロシン、またはトリプトファン、芳香族残基等の芳香族残基、または（ｆ）グルタミンのアミド基に付着してもよい。これらの方法は、国際公開第ＷＯ８７／０５３３０号、およびＡｌｐｉｎａｎｄＷｒｉｓｔｏｎ，１９８１，ＣＲＣＣｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，ｐｐ．２５９−３０６に説明され、両方は、参照することによりその全体が組み込まれる。

出発抗体上に存在する炭水化物部分の除去は、化学的または酵素的に達成されてもよい。化学的脱グリコシル化は、トリフルオロメタンスルホン酸または同等の化合物へのタンパク質の暴露を必要とする。この処理により、ポリペプチドを無傷のまま、連結する糖類（Ｎ−アセチルグルコサミンまたはＮ−アセチルガラクトサミン）を除く、糖類のほとんど、またはすべての開裂がもたらされる。化学的脱グリコシル化は、Ｈａｋｉｍｕｄｄｉｎｅｔａｌ．，１９８７，Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２５９：５２、およびＥｄｇｅｅｔａｌ．，１９８１，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１１８：１３１に説明され、両方は、参照することによりその全体が組み込まれる。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的開裂は、Ｔｈｏｋａｋｕｒａｅｔａｌ．，１９８７，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１３８：３５０に説明され、参照することによりその全体が組み込まれる、さまざまなエンド−およびエキソ−グルコシダーゼを使用して達成することができる。潜在的なグリコシル化部位におけるグリコシル化は、参照することによりその全体が組み込まれる、Ｄｕｓｋｉｎｅｔａｌ．，１９８２，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５７：３１０５に説明され、化合物ツニカマイシンの使用によって防止し得る。ツニカマイシンは、タンパク質−Ｎ−グリコシド連結の形成を阻害する。

抗体の共有結合修飾の別の種類は、例えば、ＮｅｋｔａｒＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓの２００５−２００６ＰＥＧカタログ（Ｎｅｋｔａｒ社のウェブサイトで入手可能）、米国特許第４，６４０，８３５号、第４，４９６，６８９号、第４，３０１，１４４号、第４，６７０，４１７号、第４，７９１，１９２号、または第４，１７９，３３７号（すべては、参照することによりその全体が組み込まれる）に説明する方法で、さまざまなポリオール（ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアリキレン等）を含むが、それらに限定されない、さまざまな非タンパク質の性質のポリマーを含む。また、当該技術分野において周知のとおり、アミノ酸置換は、ＰＥＧ等のポリマーの追加を容易にするように、抗体内のさまざまな位置で行われてもよい。例えば、参照することによりその全体が組み込まれる、米国広報第２００５／０１１４０３７Ａ１号を参照されたい。

標識された抗体

いくつかの実施形態では、本発明の抗体の共有結合修飾は、１つ以上の標識の追加を含む。いくつかの場合では、これらは、抗体融合と考えられる。「標識基」という用語は、いかなる検出可能な標識も意味する。いくつかの実施形態では、標識基は、さまざまな長さのスペーサーアームを介して抗体に結合され、潜在的な立体傷害を減少する。タンパク質を標識するためのさまざまな方法は、当該技術分野において周知であり、本発明を実施する上で使用されてもよい。

一般的に、標識は、それらが検出されるアッセイによって、さまざまなクラス、ａ）放射性または重同位体であってもよい同位体標識、ｂ）磁気標識（例えば、磁気粒子）、ｃ）レドックス活性部分、ｄ）光学色素、酵素基（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、ｅ）ビオチン化基、およびｆ）二次レポーター（例えば、ロイシンジッパー対の配列、二次抗体の結合部位、金属、結合ドメイン、エピトープタグ等）によって認識される所定のポリペプチドエピトープに分類される。いくつかの実施形態では、標識基は、さまざまな長さのスペーサーアームを介して抗体に結合され、潜在的な立体障害を低減する。タンパク質を標識するためのさまざまな方法は、当該技術分野において周知であり、本発明を実施する上で使用されてもよい。

特異的標識は、発色団、発光体および蛍光体を含むが、それらに限定されない光学色素を含み、後者は多くの例において特異的である。蛍光体は、「小分子」蛍光または、タンパク質の性質の蛍光のいずれかであってもよい。

「蛍光標識」は、その特有の蛍光特性を介して検出されてもよい、任意の分子を意味する。適切な蛍光標識は、フルオレセイン、ローダミン、テトラメチルローダミン、エオシン、エリトロシン、クマリン、メチル−クマリン、ピレン、マラカイトグリーン、スチルベン、ルシファーイエロー、カスケードブルーＪ、テキサスレッド、ＩＡＥＤＡＮＳ、ＥＤＡＮＳ、ＢＯＤＩＰＹＦＬ、ＬＣレッド６４０、Ｃｙ５、Ｃｙ５.５、ＬＣレッド７０５、オレゴングリーン、Ａｌｅｘａ−Ｆｌｕｏｒ染料（ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ３５０、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ４３０、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ４８８、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ５４６、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ５６８、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ５９４、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ６３３、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ６６０、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ６８０）、カスケードブルー、カスケードイエローおよびＲ−フィコエリトリン（ＰＥ）（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＰｒｏｂｅｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）、ＦＩＴＣ、ローダミン、およびテキサスレッド（Ｐｉｅｒｃｅ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）、Ｃｙ５、Ｃｙ５.５、Ｃｙ７（ＡｍｅｒｓｈａｍＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅ，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，ＰＡ）を含むが、それらに限定されない。適切な光学色素は、ＲｉｃｈａｒｄＰ．ＨａｕｇｌａｎｄによるＭｏｌｅｃｕｌａｒＰｒｏｂｅｓＨａｎｄｂｏｏｋ（参照することによりその全体が組み込まれる）に説明される蛍光を含む。

また、適切なタンパク質の性質の蛍光標識は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰのウミシイタケ、ウミエラ、またはオワンクラゲ種を含む（Ｃｈａｌｆｉｅｅｔａｌ．，１９９４，Ｓｃｉｅｎｃｅ２６３：８０２−８０５）、ＥＧＦＰ（ＣｌｏｎｔｅｃｈＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号Ｕ５５７６２）、青色蛍光タンパク質（ＢＥＰ，ＱｕａｎｔｕｍＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．，１８０１ｄｅＭａｉｓｏｎｎｅｕｖｅＢｌｖｄ．Ｗｅｓｔ，８ｔｈＦｌｏｏｒ，Ｍｏｎｔｒｅａｌ，Ｑｕａｂｅｃ，ＣａｎａｄａＨ３Ｈ１Ｊ９、Ｓｔａｕｂｅｒ，１９９８，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ２４：４６２−４７１、Ｈｅｉｍｅｔａｌ．，１９９６，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．６：１７８−１８２）、強化黄色蛍光タンパク質（ＥＹＦＰ，ＣｌｏｎｔｅｃｈＬａｂｏｒａｔｏｉｅｓ，Ｉｎｃ．）、ルシフェラーゼ（Ｉｃｈｉｋｉｅｔａｌ．，１９９３，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０：５４０８−５４１７）、βガラクトシダーゼ（Ｎｏｌａｎｅｔａｌ．，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：２６０３−２６０７）、およびウミシイタケ（国際公開第ＷＯ９２／１５６７３号、第ＷＯ９５／０７４６３号、第ＷＯ９８／１４６０５号、第ＷＯ９８／２６２７７号、第ＷＯ９９／４９０１９号、米国特許第５２９２６５８号、第５４１８１５５号、第５６８３８８８号、第５７４１６６８号、第５７７７０７９号、第５８０４３８７号、第５８７４３０４号、第５８７６９９５号、第５９２５５５８号）を含むが、それらに限定されない。本項に引用した上述の参考文献のすべては、参照することにより明確に組み込まれる。

ＩｇＧ変異体

一実施形態では、本発明は、変異ＩｇＧタンパク質を提供する。最低でも、ＩｇＧ変異体は、重鎖のＣＨ２−ＣＨ３領域を含む、抗体断片フラグメントを含む。また、適切なＩｇＧ変異体は、Ｆｃドメイン（例えば、低いヒンジ領域を含む）、ならびに本発明にも有用である重鎖の定常領域を含むＩｇＧ変異体（ＣＨ１−ヒンジ−ＣＨ２−ＣＨ３）を含む、これらすべては、融合相手に融合することができる。

ＩｇＧ変異体は、親ＩｇＧポリペプチドに相対的、いくつかの場合では、野生型ＩｇＧに相対的な１つ以上のアミノ酸修飾を含む。ＩｇＧ変異体は、１つ以上の最適化された特性を有することができる。ＩｇＧ変異体は、少なくとも１つのアミノ酸修飾の理由から、アミノ酸配列においてその親ＩｇＧから異なる。したがって、ＩｇＧ変異体は、親ＩｇＧと比較して、少なくとも１つのアミノ酸修飾を有する。あるいは、ＩｇＧ変異体は、親ＩｇＧと比較して、１つ以上のアミノ酸修飾、例えば、約１〜５０個のアミノ酸修飾、好適には、約１〜１０個のアミノ酸修飾、最も好適には、親ＩｇＧと比較して、約１〜約５個のアミノ酸修飾を有してもよい。

したがって、ＩｇＧ変異体の配列および親Ｆｃポリペプチドの配列は、実質的に同種である。例えば、本出願の変異ＩｇＧの変異体配列は、約８０％の親ＩｇＧの変異体配列との相同性、好適には少なくとも約９０％、および最も好適には少なくとも約９５％の相同性を有する。修飾は、分子生物学を使用して、遺伝子的に行われてもよい、もしくは酵素的または化学的に行われてもよい。

抗体の標的抗原

事実上、いかなる抗原も、以下のリストの標的抗原（サイトカインおよび膜等の可溶性因子および膜貫通受容体等の結合因子の両方を含む）に属するタンパク質、サブユニット、ドメイン、モチーフ、および／またはエピトープを含むが、それらに限定されない、ＩｇＧ変異体によって標的にされてもよい。１７−ＩＡ、４−１ＢＢ、４Ｄｃ、６−ケト−ＰＧＦ１ａ、８−イソ−ＰＧＦ２ａ、８−オクソ−ｄＧ、Ａ１アデノシン受容体、Ａ３３、ＡＣＥ、ＡＣＥ−２、アクチビン、アクチビンＡ、アクチビンＡＢ、アクチビンＢ、アクチビンＣ、アクチビンＲＩＡ、アクチビンＲＩＡＡＬＫ−２、アクチビンＲＩＢＡＬＫ−４、アクチビンＲＩＩＡ、アクチビンＲＩＩＢ、ＡＤＡＭ、ＡＤＡＭ１０、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭ１７／ＴＡＣＥ、ＡＤＡＭ８、ＡＤＡＭ９、ＡＤＡＭＴＳ、ＡＤＡＭＴＳ４、ＡＤＡＭＴＳ５、アドレシン，ａＦＧＦ、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＫ、ＡｌＫ−１、ＡＬＫ−７、アルファ−１−抗トリプシン、アルファ−Ｖ／ベータ−１アンタゴニスト、ＡＮＧ、Ａｎｇ、ＡＰＡＦ−１、ＡＰＥ、ＡＰＪ、ＡＰＰ、ＡＰＲＩＬ、ＡＲ、ＡＲＣ、ＡＲＴ、アルテミン、抗−Ｉｄ、ＡＳＰＡＲＴＩＣ、心房性ナトリウム利尿因子、ａｖ／ｂ３インテグリン、Ａｘｌ、ｂ２Ｍ、Ｂ７−１、Ｂ７−２、Ｂ７−Ｈ、Ｂ−リンパ球刺激因子（ＢｌｙＳ）、ＢＡＣＥ、ＢＡＣＥ−１、Ｂａｄ、ＢＡＦＦ、ＢＡＦＦ−Ｒ、Ｂａｇ−１、ＢＡＫ、Ｂａｘ、ＢＣＡ−１、ＢＣＡＭ、Ｂｃｌ、ＢＣＭＡ、ＢＤＮＦ、ｂ−ＥＣＧＦ、ｂＦＧＦ、ＢＩＤ、Ｂｉｋ、ＢＩＭ、ＢＬＣ、ＢＬ−ＣＡＭ、ＢＬＫ、ＢＭＰ、ＢＭＰ−２、ＢＭＰ−２ａ、ＢＭＰ−３オステオゲニン、ＢＭＰ−４ＢＭＰ−２ｂ、ＢＭＰ−５、ＢＭＰ−６Ｖｇｒ−１、ＢＭＰ−７（ＯＰ−１）、ＢＭＰ−８（ＢＭＰ−８ａ、ＯＰ−２）、ＢＭＰＲ、ＢＭＰＲ−ＩＡ（ＡＬＫ−３）、ＢＭＰＲ−ＩＢ（ＡＬＫ−６）、ＢＲＫ−２、ＲＰＫ−１、ＢＭＰＲ−ＩＩ（ＢＲＫ−３）、ＢＭＰ、ｂ−ＮＧＦ、ＢＯＫ、ボンベシン、骨由来神経栄養因子、ＢＰＤＥ、ＢＰＤＥ−ＤＮＡ、ＢＴＣ、補体因子３（Ｃ３）、Ｃ３ａ、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ５ａ、Ｃ１０、ＣＡ１２５、ＣＡＤ−８、カルシトニン、ｃＡＭＰ、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、癌関連抗原、カテプシンＡ、カテプシンＢ、カテプシンＣＤＰＰＩ、カテプシンＤ、カテプシンＥ、カテプシン
Ｈ、カテプシンＬ、カテプシンＯ、カテプシンＳ、カテプシンＶ、カテプシンＸ／Ｚ／Ｐ、ＣＢＬ、ＣＣＩ、ＣＣＫ２、ＣＣＬ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１２、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２、ＣＣＬ２０、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ６、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＣＬ９／１０、ＣＣＲ、ＣＣＲ１、ＣＣＲ１０、ＣＣＲ１０、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＣＲ８、ＣＣＲ９、ＣＤ１、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ７、ＣＤ８、ＣＤ１０、ＣＤ１１ａ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１３、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ１８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２５、ＣＤ２７Ｌ、ＣＤ２８、ＣＤ２９、ＣＤ３０、ＣＤ３０Ｌ、ＣＤ３２、ＣＤ３３（ｐ６７タンパク質）、ＣＤ３４、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４４、ＣＤ４５、ＣＤ４６、ＣＤ４９ａ、ＣＤ５２、ＣＤ５４、ＣＤ５５、ＣＤ５６、ＣＤ６１、ＣＤ６４、ＣＤ６６ｅ、ＣＤ７４、ＣＤ８０（Ｂ７−１）、ＣＤ８９、ＣＤ９５、ＣＤ１２３、ＣＤ１３７、ＣＤ１３８、ＣＤ１４０ａ、ＣＤ１４６、ＣＤ１４７、ＣＤ１４８、ＣＤ１５２、ＣＤ１６４、ＣＥＡＣＡＭ５、ＣＦＴＲ、ｃＧＭＰ、ＣＩＮＣ、ボツリヌス菌毒素、ウェフシュキン毒素、ＣＫｂ８−１、ＣＬＣ、ＣＭＶ、ＣＭＶＵＬ、ＣＮＴＦ、ＣＮＴＮ−１、ＣＯＸ、Ｃ−Ｒｅｔ、ＣＲＧ−２、ＣＴ−１、ＣＴＡＣＫ、ＣＴＧＦ、ＣＴＬＡ−４、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸＣＬ、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ４、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ６、ＣＸＣＬ７、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１５、ＣＸＣＬ１６、ＣＸＣＲ、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ５、ＣＸＣＲ６、サイトケラチン腫瘍関連抗原、ＤＡＮ、ＤＣＣＤｃＲ３、ＤＣ−ＳＩＧＮ、分解促進因子、デス（１−３）−ＩＧＦ−Ｉ（脳ＩＧＦ−１）、Ｄｈｈ、ジゴキシン、ＤＮＡＭ−１、Ｄナーゼ、Ｄｐｐ、ＤＰＰＩＶ／ＣＤ２６、Ｄｔｋ、ＥＣＡＤ、ＥＤＡ、ＥＤＡ−Ａ１、ＥＤＡ−Ａ２、
ＥＤＡＲ、ＥＧＦ、ＥＧＦＲ（ＥｒｂＢ−１）、ＥＭＡ、ＥＭＭＰＲＩＮ、ＥＮＡ、エンドセリン受容体、エンケファリナーゼ、ｅＮＯＳ、Ｅｏｔ、エオタキシン１、ＥｐＣＡＭ、エフリンＢ２／ＥｐｈＢ４、ＥＰＯ、ＥＲＣＣ、E−セレクチン、ＥＴ−１、因子ＩＩａ、因子ＶＩＩ、因子ＶＩＩｃ、因子ＩＸ、線維芽細胞活性化タンパク質（ＦＡＰ）、Ｆａｓ、ＦｃＲ１、ＦＥＮ−１、フェリチン、ＦＧＦ、ＦＧＦ−１９、ＦＧＦ−２、ＦＧＦ３、ＦＧＦ−８、ＦＧＦＲ、ＦＧＦＲ−３、フィブリン、ＦＬ、ＦＬＩＰ、Ｆｌｔ−３、Ｆｌｔ−４、卵胞刺激ホルモン、フラクタルカイン、ＦＺＤ１、ＦＺＤ２、ＦＺＤ３、ＦＺＤ４、ＦＺＤ５、ＦＺＤ６、ＦＺＤ７、ＦＺＤ８、ＦＺＤ９、ＦＺＤ１０、Ｇ２５０、Ｇａｓ６、ＧＣＰ−２、ＧＣＳＦ、ＧＤ２、ＧＤ３、ＧＤＦ、ＧＤＦ−１、ＧＤＦ−３（Ｖｇｒ−２）、ＧＤＦ−５（ＢＭＰ−１４、ＣＤＭＰ−１）、ＧＤＦ−６（ＢＭＰ−１３、ＣＤＭＰ−２）、ＧＤＦ−７（ＢＭＰ−１２、ＣＤＭＰ−３）、ＧＤＦ−８（ミオスタチン）、ＧＤＦ−９、ＧＤＦ−１５（ＭＩＣ−１）、ＧＤＮＦ、ＧＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＧＦＲａ−１、ＧＦＲ−α１、ＧＦＲ−α２、ＧＦＲ−α３、ＧＩＴＲ、グルカゴン、Ｇｌｕｔ４、グリコタンパク質ＩＩｂ／ＩＩＩａ（ＧＰＩＩｂ／ＩＩＩａ）、ＧＭ−ＣＳＦ、ｇｐ１３０、ｇｐ７２、ＧＲＯ、成長ホルモン放出因子、ハパテン（ＮＰ−ｃａｐまたはＮＩＰ−ｃａｐ）、ＨＢ−ＥＧＦ、ＨＣＣ、ＨＣＭＶｇＢエンベロープ糖タンパク質、ＨＣＭＶｇＨエンベロープ糖タンパク質、ＨＣＭＶＵＬ、造血成長因子（ＨＧＦ）、ＨｅｐＢｇｐ１２０、ヘパラナーゼ、Ｈｅｒ２、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ（ＥｒｂＢ−２）、Ｈｅｒ３（ＥｒｂＢ−３）、Ｈｅｒ４（ＥｒｂＢ−４）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ｇＢグリコタンパク質、ＨＳＶｇＤグリコタンパク質、ＨＧＦＡ、高分子量メラノーマ関連抗原（ＨＭＷ−ＭＡＡ）、ＨＩＶｇｐ１２０、ＨＩＶＩＩＩＢｇｐ１２０Ｖ３ループ、ＨＬＡ、ＨＬＡ−ＤＲ、ＨＭ１.２４、ＨＭＦＧＰＥＭ、ＨＲＧ、Ｈｒｋ、ヒト心臓ミオシン、ヒトサイトロメガロウイルス（ＨＣＭＶ）、ヒト成長ホルモン（ＨＧＨ）、ＨＶＥＭ、Ｉ−３０９、ＩＡＰ、ＩＣＡＭ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−３、ＩＣＥ、ＩＣＯＳ、ＩＦＮｇ、Ｉｇ、ＩｇＡ受容体、ＩｇＥ、ＩＧＦ、ＩＧＦ結合タンパク質、ＩＧＦ
−１Ｒ、ＩＧＦＢＰ、ＩＧＦ−Ｉ、ＩＧＦ−ＩＩ、ＩＬ、ＩＬ−１、ＩＬ−１Ｒ、ＩＬ−２、ＩＬ−２Ｒ、ＩＬ−４、ＩＬ−４Ｒ、ＩＬ−５、ＩＬ−５Ｒ、ＩＬ−６、ＩＬ−６Ｒ、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１８、ＩＬ−１８Ｒ、ＩＬ−２３、インターフェロン（ＩＮＦ）−α、ＩＮＦ−β、ＩＮＦ−γ、インヒビン、ｉＮＯＳ、インスリンＡ−鎖、インスリンＢ−鎖、インスリン様成長因子１、インテグリンα２、インテグリンα３、インテグリンα４、インテグリンα４／β１、インテグリンα４／β７、インテグリンα５（αＶ）、インテグリンα５／β１、インテグリンα５／β３、インテグリンα６、インテグリンβ１、インテグリンβ２、インターフェロンγ、ＩＰ−１０、Ｉ−ＴＡＣ、ＪＥ、カリクレイン２、カリクレイン５、カリクレイン６、カリクレイン１１、カリクレイン１２、カリクレイン１４、カリクレイン１５、カリクレインＬ１、カリクレインＬ２、カリクレインＬ３、カリクレインＬ４、ＫＣ、ＫＤＲ、ケラチノサイト成長因子（ＫＧＦ）、ラミニン５、ＬＡＭＰ、ＬＡＰ、ＬＡＰ（ＴＧＦ−１）、潜在性ＴＧＦ−１、潜在性ＴＧＦ−１ｂｐ１、ＬＢＰ、ＬＤＧＦ、ＬＥＣＴ２、レフティー、ルイス−Ｙ抗原、ルイス−Ｙ関連抗原、ＬＦＡ−１、ＬＦＡ−３、Ｌｆｏ、ＬＩＦ、ＬＩＧＨＴ、リポタンパク質、ＬＩＸ、ＬＫＮ、Ｌｐｔｎ、Ｌ−セレクチン、ＬＴ−ａ、ＬＴ−ｂ、ＬＴＢ４、ＬＴＢＰ−１、肺表面活性剤、黄体形成ホルモン、リンホトキシンβ受容体、Ｍａｃ−１、ＭＡｄＣＡＭ、ＭＡＧ、ＭＡＰ２、ＭＡＲＣ、ＭＣＡＭ、ＭＣＡＭ，ＭＣＫ−２、ＭＣＰ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＤＣ、Ｍｅｒ、金属、ＬＯＰＲＯＴＥＡＳＥＳ、ＭＧＤＦ受容体、ＭＧＭＴ、ＭＨＣ（ＨＬＡ−ＤＲ）、ＭＩＦ、ＭＩＧＭＩＰ、ＭＩＰ−１−α、ＭＫ、ＭＭＡＣ１、ＭＭＰ、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−１０、ＭＭＰ−１１、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−１３、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−１５、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−２４、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−７、ＭＭＰ−８、ＭＭＰ−９、ＭＰＩＦ、Ｍｐｏ、ＭＳＫ、ＭＳＰ、ムチン（Ｍｕｃ１）、ＭＵＣ１８、ミュラー管抑制物質、Ｍｕｇ、ＭｕＳＫ、ＮＡＩＰ、ＮＡＰ、ＮＣＡＤ、Ｎ−カドヘリン、ＮＣＡ９０、ＮＣＡＭ、ＮＣＡＭ、ネプリリシン、ニューロトロフィン−３，−４，または−６、ニュートリン、神経細
胞成長因子（ＮＧＦ）、ＮＧＦＲ、ＮＧＦ−β、ｎＮＯＳ、ＮＯ、ＮＯＳ、Ｎｐｎ、ＮＲＧ−３、ＮＴ、ＮＴＮ、ＯＢ、ＯＧＧ１、ＯＰＧ、ＯＰＮ、ＯＳＭ、ＯＸ４０Ｌ、ＯＸ４０Ｒ、ｐ１５０、ｐ９５、ＰＡＤＰｒ、副甲状腺ホルモン、ＰＡＲＣ、ＰＡＲＰ、ＰＢＲ、ＰＢＳＦ、ＰＣＡＤ、Ｐ−カドヘリン、ＰＣＮＡ、ＰＤＧＦ、ＰＤＧＦ、ＰＤＫ−１、ＰＥＣＡＭ、ＰＥＭ、ＰＦ４、ＰＧＥ、ＰＧＦ、ＰＧＩ２、ＰＧＪ２、ＰＩＮ、ＰＬＡ２、胎盤アルカリホスファターゼ（ＰＬＡＰ）、ＰｌＧＦ、ＰＬＰ、ＰＰ１４、プロインスリン、プロレラキシン、タンパク質Ｃ、ＰＳ、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＰＴＥＮ、ＰＴＨｒｐ、Ｐｔｋ、ＰＴＮ、Ｒ５１、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫＬ、ＲＡＮＴＥＳ、ＲＡＮＴＥＳ、レラキシンＡ−鎖、レラキシンＢ−鎖、レニン、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）Ｆ、ＲＳＶＦｇｐ、Ｒｅｔ、リウマチ因子、ＲＬＩＰ７６、ＲＰＡ２、ＲＳＫ、Ｓ１００、ＳＣＦ／ＫＬ、ＳＤＦ−１、ＳＥＲＩＮＥ、血清アルブミン、ｓＦＲＰ−３、Ｓｈｈ、ＳＩＧＩＲＲ、ＳＫ−１、ＳＬＡＭ、ＳＬＰＩ、ＳＭＡＣ、ＳＭＤＦ、ＳＭＯＨ、ＳＯＤ、ＳＰＡＲＣ、Ｓｔａｔ、ＳＴＥＡＰ、ＳＴＥＡＰ−ＩＩ、ＴＡＣＥ、ＴＡＣＩ，ＴＡＧ−７２（腫瘍関連グリコタンパク質−７２）、ＴＡＲＣ、ＴＣＡ−３、Ｔ−細胞受容体（例えば、Ｔ−細胞受容体α／β）、ＴｄＴ、ＴＥＣＫ、ＴＥＭ１、ＴＥＭ５、ＴＥＭ７、ＴＥＭ８、ＴＥＲＴ、精巣ＰＬＡＰ様アルカリホスファターゼ、ＴｆＲ、ＴＧＦ、ＴＧＦ−α、ＴＧＦ−β、ＴＧＦ−βパン特異性、ＴＧＦ−βＲＩ（ＡＬＫ−５）、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＧＦ−βＲＩＩｂ、ＴＧＦ−βＲＩＩＩ、ＴＧＦ−β１、ＴＧＦ−β２、ＴＧＦ−β３、ＴＧＦ−β４、ＴＧＦ−β５、トロンビン、胸腺Ｃｋ−１、甲状腺刺激ホルモン、Ｔｉｅ、ＴＩＭＰ、ＴＩＱ、組織因子、ＴＭＥＦＦ２、Ｔｍｐｏ、ＴＭＰＲＥＳＳ２、ＴＮＦ、ＴＮＦ−α、ＴＮＦ−αβ、ＴＮＦ−β２、ＴＮＦｃ、ＴＮＦ−ＲＩ、ＴＮＦ−ＲＩＩ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ（ＴＲＡＩＬＲ１Ａｐｏ−２、ＤＲ４）、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ（ＴＲＡＩＬＲ２ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＩＣＫ−２Ａ、ＴＲＩＣＫ−Ｂ）、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｃ（ＴＲＡＩＬＲ３ＤｃＲ１、ＬＩＴ、ＴＲＩＤ）、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｄ（ＴＲＡＩＬＲ４ＤｃＲ２、ＴＲＵＮＤＤ）、ＴＮＦ
ＲＳＦ１１Ａ（ＲＡＮＫＯＤＦＲ、ＴＲＡＮＣＥＲ）、ＴＮＦＲＳＦ１１Ｂ（ＯＰＧＯＣＩＦ、ＴＲ１）、ＴＮＦＲＳＦ１２（ＴＷＥＡＫＲＦＮ１４）、ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ（ＴＡＣＩ）、ＴＮＦＲＳＦ１３Ｄ（ＢＡＦＦＲ）、ＴＮＦＲＳＦ１４（ＨＶＥＭＡＴＡＲ、ＨｖｅＡ、ＬＩＧＨＴＲ、ＴＲ２）、ＴＮＦＲＳＦ１６（ＮＧＦＲｐ７５ＮＴＲ）、ＴＮＦＲＳＦ１７（ＢＣＭＡ）、ＴＮＦＲＳＦ１８（ＧＩＴＲＡＩＴＲ）、ＴＮＦＲＳＦ１９（ＴＲＯＹＴＡＪ、ＴＲＡＤＥ）、ＴＮＦＲＳＦ１９Ｌ（ＲＥＬＴ）、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ（ＴＮＦＲＩＣＤ１２０ａ、ｐ５５−６０）、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ（ＴＮＦＲＩＩＣＤ１２０ｂ、ｐ７５−８０）、ＴＮＦＲＳＦ２６（ＴＮＦＲＨ３）、ＴＮＦＲＳＦ３（ＬＴｂＲＴＮＦＲＩＩＩ、ＴＮＦＣＲ）、ＴＮＦＲＳＦ４（ＯＸ４０ＡＣＴ３５、ＴＸＧＰ１Ｒ）、ＴＮＦＲＳＦ５（ＣＤ４０ｐ５０）、ＴＮＦＲＳＦ６（ＦａｓＡｐｏ−１、ＡＰＴ１、ＣＤ９５）、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ（ＤｃＲ３Ｍ６８、ＴＲ６）、ＴＮＦＲＳＦ７（ＣＤ２７）、ＴＮＦＲＳＦ８（ＣＤ３０）、ＴＮＦＲＳＦ９（４−１ＢＢＣＤ１３７、ＩＬＡ）、ＴＮＦＲＳＦ２１（ＤＲ６）、ＴＮＦＲＳＦ２２（ＤｃＴＲＡＩＬＲ２ＴＮＦＲＨ２）、ＴＮＦＲＳＦ２３（ＤｃＴＲＡＩＬＲ１ＴＮＦＲＨ１）、ＴＮＦＲＳＦ２５（ＤＲ３Ａｐｏ−３、ＬＡＲＤ、ＴＲ−３、ＴＲＡＭＰ、ＷＳＬ−１）、ＴＮＦＳＦ１０（ＴＲＡＩＬＡｐｏ−２リガンド、ＴＬ２）、ＴＮＦＳＦ１１（ＴＲＡＮＣＥ／ＲＡＮＫリガンドＯＤＦ、ＯＰＧリガンド）、ＴＮＦＳＦ１２（ＴＷＥＡＫＡｐｏ−３リガンド、ＤＲ３リガンド）、ＴＮＦＳＦ１３（ＡＰＲＩＬＴＡＬＬ２）、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ（ＢＡＦＦＢＬＹＳ、ＴＡＬＬ１、ＴＨＡＮＫ、ＴＮＦＳＦ２０）、ＴＮＦＳＦ１４（ＬＩＧＨＴＨＶＥＭリガンド、ＬＴｇ）、ＴＮＦＳＦ１５（ＴＬ１Ａ／ＶＥＧＩ）、ＴＮＦＳＦ１８（ＧＩＴＲリガンドＡＩＴＲリガンド、ＴＬ６）、ＴＮＦＳＦ１Ａ（ＴＮＦ−コネクチン、ＤＩＦ、ＴＮＦＳＦ２）、ＴＮＦＳＦ１Ｂ（ＴＮＦ−ｂＬＴａ、ＴＮＦＳＦ１）、ＴＮＦＳＦ３（ＬＴｂＴＮＦＣ、ｐ３３）、ＴＮＦＳＦ４（ＯＸ４０リガンドｇｐ３４、ＴＸＧＰ１）、ＴＮＦＳＦ５（ＣＤ４０リガンドＣＤ１５４、ｇｐ３９、ＨＩＧＭ１、ＩＭＤ３、ＴＲＡＰ）、
ＴＮＦＳＦ６（ＦａｓリガンドＡｐｏ−１リガンド、ＡＰＴ１リガンド）、ＴＮＦＳＦ７（ＣＤ２７リガンドＣＤ７０）、ＴＮＦＳＦ８（ＣＤ３０リガンドＣＤ１５３）、ＴＮＦＳＦ９（４−１ＢＢリガンドＣＤ１３７リガンド）、ＴＰ−１、ｔ−ＰＡ、Ｔｐｏ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬＲ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＴＲＡＮＣＥ、伝達受容体、ＴＲＦ、Ｔｒｋ、ＴＲＯＰ−２、ＴＳＧ、ＴＳＬＰ、腫瘍関連抗原ＣＡ１２５、腫瘍関連抗原発現ルイスＹ関連炭水化物、ＴＷＥＡＫ、ＴＸＢ２、Ｕｎｇ、ｕＰＡＲ、ｕＰＡＲ−１、ウロキナーゼ、ＶＣＡＭ、ＶＣＡＭ−１、ＶＥＣＡＤ、ＶＥ−カドヘリン、ＶＥ−カドヘリン−２、ＶＥＦＧＲ−１（ｆｌｔ−１）、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ、ＶＥＧＦＲ−３（ｆｌｔ−４）、ＶＥＧＩ、ＶＩＭ、ウイルス抗原、ＶＬＡ、ＶＬＡ、ＶＬＡ−１、ＶＬＡ−４、ＶＬＲインテグリン、フォン・ヴィレブランド因子、ＷＩＦ−１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ２、ＷＮＴ２Ｂ／１３、ＷＮＴ３、ＷＮＴ３Ａ、ＷＮＴ４、ＷＮＴ５Ａ、ＷＮＴ５Ｂ、ＷＮＴ６、ＷＮＴ７Ａ、ＷＮＴ７Ｂ、ＷＮＴ８Ａ、ＷＮＴ８Ｂ、ＷＮＴ９Ａ、ＷＮＴ９Ａ、ＷＮＴ９Ｂ、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ１０Ｂ、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１６、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、ＸＣＲ１、ＸＣＲ１、ＸＥＤＡＲ、ＸＩＡＰ、ＸＰＤ、ならびにホルモンおよび成長因子の受容体。

当業者は、前述のリストの標的は、特異的タンパク質および生体分子だけでなく、生化学的経路またはそれらを含む経路も指すことを理解するであろう。例えば、標的抗原としてのＣＴＬＡ−４への言及は、Ｔ細胞の共刺激経路を構成するリガンドおよび受容体（ＣＴＬＡ−４、Ｂ７−１、Ｂ７−２、ＣＤ２８、およびこれらのタンパク質を結合する、任意の他の未発見のリガンドまたは受容体を含む）も標的であることを意味する。したがって、本出願に使用する標的は、特異的生体分子だけでなく、該標的およびその標的が属する生化学的通路の成員と相互作用する一連のタンパク質も指す。当業者は、前述の標的抗原、リガンド、またはそれを結合する受容体のいずれか、もしくはそれらの対応する生化学的経路の他の成員は、Ｆｃ融合を生成するために、機能し得るように本発明のＦｃ変異体に結合されてもよいことをさらに理解するであろう。したがって、例えば、ＥＧＦＲを標的とするＦｃ変異体は、発見または未発見の、ＥＧＦＲを結合するＦｃ変異体をＥＧＦ、ＴＧＦ−ｂ、または任意の他のリガンドに機能し得るように連結させて構築することができる。あるいは、発見または未発見の、本発明のＦｃ変異体は、ＥＧＦＲを結合する、ＥＧＦ、ＴＧＦ−ｂ、またはその他のリガンドを結合するＦｃ融合を生じるためにＥＧＦＲに機能し得るように連結し得る。したがって、事実上、リガンド、受容体、もしくはその他のタンパク質またはタンパク質ドメイン（それらの対応する生化学的経路を含む前述の標的およびタンパク質を含むが、それらに限定されない）であれ、いかなるポリペプチドも、Ｆｃ融合を展開するために、本発明のＦｃ変異体に機能し得るように連結されてもよい。

適切な抗原の選択は、所望の適用に依存する。抗癌治療では、発現が癌細胞に制限される標的を有することが望ましい。抗体治療に特に適していることが証明されている、いくつかの標的は、シグナル伝達機能を有するものである。他の治療抗体は、受容体とその同種リガンドとの間の結合を抑制して、受容体の信号を阻害することで効果を発揮する。治療抗体の他の作用機構は、受容体下方制御をもたらすことである。他の抗体は、それらの標的抗原を介する信号伝達によって機能しない。いくつかの場合では、感染症の薬剤に向けた抗体を使用する。

一実施形態では、本発明のＦｃ変異体は、サイトカインに対する抗体に組み込まれる。あるいは、Ｆｃ変異体は、サイトカインに融合または共役される。本出願に使用する「サイトカイン」は、一細胞群から放出され、細胞間媒介物質として別の細胞に作用するタンパク質を表す一般用語を意味する。例えば、Ｐｅｎｉｃｈｅｔｅｔａｌ．，２００１，ＪＩｍｍｕｎｏｌＭｅｔｈｏｄｓ２４８：９１−１０１（参照することにより明確に組み込まれる）に記載のように、サイトカインを抗体に融合させて、一連の望ましい特性を提供することができる。そのようなサイトカインの例には、リンホカイン、モノカイン、および従来のポリペプチドホルモンが挙げられる。サイトカインには、成長ホルモン（ヒト成長ホルモン、Ｎ−メチオニルヒト成長ホルモン、およびウシ成長ホルモン等）、副甲状腺ホルモン、チロキシン、インシュリン、プロインシュリン、リラキシン、プロリラキシン、糖タンパク質ホルモン（濾胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、および黄体形成ホルモン（ＬＨ）等、肝細胞成長因子、線維芽細胞成長因子、プロラクチン、胎盤ラクトゲン、腫瘍壊死因子−アルファおよび−ベータ、ミュラー管抑制物質、マウス性腺刺激ホルモン関連ペプチド、インヒビン、アクチビン、血管内皮成長因子、インテグリン、トロンボポエチン（ＴＰＯ）、ＮＧＦ−ベータ等の神経成長因子、血小板成長因子、ＴＧＦ−アルファおよびＴＧＦ−ベータ等のトランスフォーミング成長因子（ＴＧＦ）、インシュリン様成長因子−Ｉおよび−ＩＩ、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、骨誘導（ｏｓｔｅｏｉｎｄｕｃｔｉｖｅ）因子、インターフェロン（インターフェロン−アルファ、ベータ、およびガンマ等）、コロニー刺激因子（ＣＳＦ）（マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ）、顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）、および顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）等）、インターロイキン（ＩＬ）（ＩＬ−１、ＩＬ−１アルファ、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５等）、ＴＮＦ−アルファまたはＴＮＦ−ベータ等の腫瘍壊死因子、Ｃ５ａ、ならびにＬＩＦおよびキット（ｋｉｔ）リガンド（ＫＬ）を含む他のポリペプチド因子が含まれる。本出願に使用する
サイトカインの用語は、天然の供給源由来または組み換え細胞培養由来のタンパク質、および天然配列のサイトカインの生物学的に活性な等価物が含まれる。

ＴＮＦスーパーファミリーの成員等のサイトカインおよび可溶性標的は、本発明の変異体との使用に好適な標的である。例えば、抗ＶＥＧＦ、抗ＣＴＬＡ−４、および抗ＴＮＦ抗体、またはそれらのフラグメントは、ＦｃＲｎ結合を増加させるＦｃ変異体の使用に特に良い抗体である。これらの標的に対する治療は、しばしば、自己免疫疾患の治療を伴い、長い期間にわたって複数の注射を必要とする。したがって、本発明の変異体によってもたらされる、より長い血清半減期およびより頻度の少ない治療は、特に好適である。

臨床試験または開発における使用に承認された多くの抗体およびＦｃ融合は、本発明のＦｃ変異体から効果を受け得る。本出願において、これらの抗体およびＦｃ融合は、「臨床産物および候補」を指す。したがって、好適な実施形態では、本発明のＦｃポリペプチドは、臨床産物および候補の範囲において用途を見出し得る。例えば、ＣＤ２０を標的とする多くの抗体は、本発明のＦｃポリペプチドから効果を受け得る。例えば、本発明のＦｃポリペプチドは、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標），ＩＤＥＣ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）（例えば、ＵＳ第５，７３６，１３７号参照）、非ホジキリンパ腫を治療するために認可された、キメラ抗ＣＤ２０抗体、ＨｕＭａｘ−ＣＤ２０、Ｇｅｎｍａｂにより現在開発されている抗ＣＤ２０、ＵＳ第５，５００，３６２号に記載される抗ＣＤ２０抗体、ＡＭＥ−１３３（ＡｐｐｌｉｅｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＥｖｏｌｕｔｉｏｎ）、ｈＡ２０（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、ＨｕｍａＬＹＭ（Ｉｎｔｒａｃｅｌ）、およびＰＲＯ７０７６９（「ＩｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎＶａｒｉａｎｔｓａｎｄＵｓｅｓＴｈｅｒｅｏｆ」と題する、ＰＣＴ／ＵＳ第２００３／０４０４２６号）と実質的に同様である抗体において用途を見出し得る。上皮成長因子受容体群の成員（ＥＧＦＲ（ＥｒｂＢ−１）、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ（ＥｒｂＢ−２）、Ｈｅｒ３／ｎｅｕ（ＥｒｂＢ−３）、Ｈｅｒ４／ｎｅｕ（ＥｒｂＢ−４）を含む）を標的とする多くの抗体は、本発明のＦｃポリペプチドから効果を受け得る。例えば、本発明のＦｃポリペプチドは、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標），Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）（例えば、ＵＳ第５，６７７，１７１号参照）、乳癌を治療するために認可されたヒト化抗Ｈｅｒ２／ｎｅｕ抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈにより現在開発されているパーツズマブ（ｒｈｕＭａｂ−２Ｃ４，Ｏｍｎｉｔａｒｇ（登録商標））、ＵＳ第４，７５３，８９４号に記載される抗Ｈｅｒ２抗体、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標），Ｉｍｃｌｏｎｅ）（ＵＳ第４，９４３，５３３号、ＰＣＴ第ＷＯ９６／４０２１０号）、さまざまな癌の臨床試験におけるキメラ抗ＥＧＦＲ抗体、Ａｂｇｅｎｉｘ−Ｉｍｍｕｎｅｘ−Ａｍｇｅｎによって現在開発されているＡＢＸ−ＥＧＦ（ＵＳ第６，２３５，８８３号
）、Ｇｅｎｍａｂによって現在開発されているＨｕＭａｘ−ＥＧＦｒ（第ＵＳＳＮ１０／１７２，３１７号）、４２５、ＥＭＤ５５９００、ＥＭＤ６２０００、およびＥＭＤ７２０００（ＭｅｒｃｋＫＧａＡ）（ＵＳ第５，５５８，８６４号、Ｍｕｒｔｈｙｅｔａｌ．，１９８７，ＡｒｃｈＢｉｏｃｈｅｍＢｉｏｐｈｙｓ．２５２（２）：５４９−６０、Ｒｏｄｅｃｋｅｔａｌ．，１９８７，ＪＣｅｌｌＢｉｏｃｈｅｍ．３５（４）：３１５−２０、Ｋｅｔｔｌｅｂｏｒｏｕｇｈｅｔａｌ．，１９９１，ＰｒｏｔｅｉｎＥｎｇ．４（７）：７７３−８３）、ＩＣＲ６２（ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＣａｎｃｅｒＲｅｓｅａｒｃｈ）（ＰＣＴ第ＷＯ９５／２００４５号、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉｅｔａｌ．，１９９３，Ｊ．ＣｅｌｌＢｉｏｐｈｙｓ．１９９３，２２（１−３）：１２９−４６、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉｅｔａｌ．，１９９３，ＢｒＪＣａｎｃｅｒ．１９９３，６７（２）：２４７−５３、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉｅｔａｌ．，１９９６，ＢｒＪＣａｎｃｅｒ，７３（２）：２２８−３５、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉｅｔａｌ．，２００３，ＩｎｔＪＣａｎｃｅｒ，１０５（２）：２７３−８０）、ＴｈｅｒａＣＩＭｈＲ３（ＹＭＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＣａｎａｄａａｎｄＣｅｎｔｒｏｄｅＩｍｍｕｎｏｌｏｇｉａＭｏｌｅｃｕｌａｒ，Ｃｕｂａ（ＵＳ第５，８９１，９９６号、ＵＳ第６，５０６，８８３号、Ｍａｔｅｏｅｔａｌ．，１９９７，Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，３（１）：７１−８１）、ｍＡｂ−８０６（ＬｕｄｗｉｇＩｎｓｔｉｔｕｅｆｏｒＣａｎｃｅｒＲｅｓｅａｒｃｈ，ＭｅｍｏｒｉａｌＳｌｏａｎ−Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ）（Ｊｕｎｇｂｌｕｔｈｅｔａｌ．，２００３，ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ．１００（２）：６３９−４４）、ＫＳＢ−１０２（ＫＳＢｉｏｍｅｄｉｘ）、ＭＲ１−１（ＩＶＡＸ，ＮａｔｉｏｎａｌＣａｎｃｅｒＩｎｓｔｉｔｕｔｅ）（ＰＣＴ第ＷＯ０１６２９３１Ａ２号）、およびＳＣ１００（Ｓｃａｎｃｅｌｌ）（ＰＣＴ第ＷＯ０１／８８１３８号）と実質的に同様である抗体において用途を見出し得る。別の好適な実施形態では、本発明のＦｃポリペプチドは、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標），Ｍｉｌｌｅｎｉｕｍ）
、Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病の治療に現在承認されているヒト化モノクローナル抗体において用途を見出し得る。本発明のＦｃポリペプチドは、他の臨床産物および候補と実質的に同様であるさまざまな抗体またはＦｃ融合において用途を見出し得、それらは、ムロモナブ−ＣＤ３（ＯｒｔｈｏｃｌｏｎｅＯＫＴ３（登録商標））、ＯｒｔｈｏＢｉｏｔｅｃｈ／Ｊｏｈｎｓｏｎ＆Ｊｏｈｎｓｏｎによって開発された抗ＣＤ３抗体、イブリツモマブ・チウキセタン（Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標））、ＩＤＥＣ／ＳｃｈｅｒｉｎｇＡＧによって開発された抗ＣＤ２０抗体、ゲムツズマブオゾガマイシン（Ｍｙｌｏｔａｒｇ（登録商標））、Ｃｅｌｌｔｅｃｈ／Ｗｙｅｔｈによって開発された抗ＣＤ３３（ｐ６７タンパク質）抗体、アレファセプト（Ａｍｅｖｉｖｅ（登録商標））、Ｂｉｏｇｅｎによって開発された抗ＬＦＡ−３Ｆｃ融合、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ／Ｌｉｌｌｙによって開発されたアビシキシマブ（ＲｅｏＰｒｏ（登録商標））、Ｎｏｖａｒｔｉｓによって開発されたバシリキシマブ（Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（登録商標））、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅによって開発されたパリビズマブ（Ｓｙｎａｇｉｓ（登録商標））、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））、Ｃｅｎｔｏｃｏｒによって開発された抗ＴＮＦアルファ抗体、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、Ａｂｂｏｔｔによって開発された抗ＴＮＦアルファ抗体、Ｈｕｍｉｃａｄｅ（登録商標）、Ｃｅｌｌｔｅｃｈによって開発された抗ＴＮＦアルファ抗体、エタナーセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、Ｉｍｍｕｎｅｘ／Ａｍｇｅｎによって開発された抗ＴＮＦアルファＦｃ融合、ＡＢＸ−ＣＢＬ、Ａｂｇｅｎｉｘによって開発されている抗ＣＤ１４７抗体、ＡＢＸ−ＩＬ８、Ａｂｇｅｎｉｘによって開発されている抗ＩＬ８抗体、ＡＢＸ−ＭＡ１、Ａｂｇｅｎｉｘによって開発されている抗ＭＵＣ１８抗体、ペムツモマブ（Ｒ１５４９、９０Ｙ−ｍｕＨＭＦＧ１）、Ａｎｔｉｓｏｍａによって開発されている抗ＭＵＣ１、Ｔｈｅｒｅｘ（Ｒ１５５０）、Ａｎｔｉｓｏｍａによって開発されている抗ＭＵＣ１抗体、Ａｎｔｉｓｏｍａによって開発されているＡｎｇｉｏＭａｂ（ＡＳ１４０５）、Ａｎｔｉｓｏｍａによって開発されているＨｕＢＣ−１、Ａｎｔｉｓｏｍａによって開発されているチオプラチン（ＡＳ１４０７）、Ａｎｔｅ
ｇｒｅｎ（登録商標）（ナタリズマブ）、Ｂｉｏｇｅｎによって開発されている抗アルファ−４−ベータ−１（ＶＬＡ−４）およびアルファ−４−ベータ−７抗体、ＶＬＡ−１ｍＡｂ、Ｂｉｏｇｅｎによって開発されている抗ＶＬＡ−１インテグリン抗体、ＬＴＢＲｍＡｂ、Ｂｉｏｇｅｎによって開発されている抗リンホトキシンβ受容体（ＬＴＢＲ）抗体、ＣＡＴ−１５２、ＣａｍｂｒｉｄｇｅＡｎｔｉｂｏｄｙＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙによって開発されている抗ＴＧＦ−β２抗体、Ｊ６９５、ＣａｍｂｒｉｄｇｅＡｎｔｉｂｏｄｙＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙおよびＡｂｂｏｔｔによって開発されている抗ＩＬ−１２抗体、ＣＡＴ−１９２、ＣａｍｂｒｉｄｇｅＡｎｔｉｂｏｄｙＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙおよびＧｅｎｚｙｍｅによって開発されている抗ＴＧＦβ１抗体、ＣＡＴ−２１３、ＣａｍｂｒｉｄｇｅＡｎｔｉｂｏｄｙＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙによって開発されている抗エオタキシン１抗体、ＬｙｍｐｈｏＳｔａｔ−Ｂ（登録商標）、ＣａｍｂｒｉｄｇｅＡｎｔｉｂｏｄｙＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙおよびＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＳｃｉｅｎｃｅｓＩｎｃ．によって開発されている抗Ｂｌｙｓ抗体、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１ｍＡｂ、ＣａｍｂｒｉｄｇｅＡｎｔｉｂｏｄｙＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙおよびＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＳｃｉｅｎｃｅｓＩｎｃ．によって開発されている抗ＴＲＡＩＬ−Ｒ１抗体、Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）（ベバシズマブ、ｒｈｕＭＡｂ−ＶＥＧＦ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって開発されている抗ＶＥＧＦ抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって開発されている抗ＨＥＲ受容体群抗体、抗組織因子（ＡＴＦ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって開発されている抗組織因子抗体、Ｘｏｌａｉｒ（登録商標）（オマリズマブ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって開発されている抗ＩｇＥ抗体、Ｒａｐｔｉｖａ（登録商標）（エファリズマブ）、ＧｅｎｅｎｔｅｃｈおよびＸｏｍａによって開発されている抗ＣＤ１１ａ抗体、ＧｅｎｅｎｔｅｃｈおよびＭｉｌｌｅｎｉｕｍＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されているＭＬＮ−０２抗体（以前のＬＤＰ−０２）、ＨｕＭａｘＣＤ４、Ｇｅｎｍａｂによって開発されている抗−ＣＤ４抗体、ＨｕＭａｘ−ＩＬ１５、ＧｅｎｍａｂおよびＡｍｇｅｎによって開発されている抗ＩＬ１５抗体、ＧｅｎｍａｂおよびＭｅｄａｒｅｘに
よって開発されているＨｕＭａｘ−炎症、ＨｕＭａｘ−癌、ＧｅｎｍａｂおよびＭｅｄａｒｅｘ、ならびにＯｘｆｏｒｄＧｃｏＳｃｉｅｎｃｅｓによって開発されている抗ヘパラナーゼＩ抗体、ＧｅｎｍａｂおよびＡｍｇｅｎによって開発されているＨｕＭａｘ−リンパ腫、Ｇｅｎｍａｂによって開発されているＨｕＭａｘ−ＴＡＣ、ＩＤＥＣ−１３１，ＩＤＥＣＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されている抗−ＣＤ４０Ｌ抗体、ＩＤＥＣ−１５１（クレノリキシマブ）、ＩＤＥＣＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されている抗ＣＤ４抗体、ＩＤＥＣ−１１４、ＩＤＥＣＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されている抗ＣＤ８０抗体、ＩＤＥＣ−１５２、ＩＤＥＣＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されている抗ＣＤ２３、ＩＤＥＣＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されている抗マクロファージ遊走因子（ＭＩＦ）抗体、ＢＥＣ２、Ｉｍｃｌｏｎｅによって開発されている抗イディオタイプ抗体、ＩＭＣ−１Ｃ１１、Ｉｍｃｌｏｎｅによって開発されている抗ＫＤＲ抗体、ＤＣ１０１、Ｉｍｃｌｏｎｅによって開発されている抗ｆｌｋ−１抗体、Ｉｍｃｌｏｎｅによって開発されている抗ＶＥカドヘリン抗体、ＣＥＡ−Ｃｉｄｅ（登録商標）（ラベツズマブ）、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されている抗癌胎児性抗原（ＣＥＡ）抗体、ＬｙｍｐｈｏＣｉｄｅ（登録商標）（エプラツズマブ）、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されている抗ＣＤ２２抗体、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されているＡＦＰ−Ｃｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されているＭｙｅｌｏｍａＣｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されているＬｋｏＣｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されているＰｒｏｓｔａＣｉｄｅ、ＭＤＸ−０１０、Ｍｅｄａｒｅｘによって開発されている抗ＣＴＬＡ４抗体、ＭＤＸ−０６０、Ｍｅｄａｒｅｘによって開発されている抗ＣＤ３０抗体、Ｍｅｄａｒｅｘによって開発されているＭＤＸ−０７０、Ｍｅｄａｒｅｘによって開発されているＭＤＸ−０１８、Ｏｓｉｄｅｍ（登録商標）（ＩＤＭ−１）、および、ＭｅｄａｒｅｘおよびＩｍｍｕｎｏ−ＤｅｓｉｇｎｅｄＭｏｌｅｃｕｌｅｓによって開発されている抗Ｈｅｒ２抗体、ＨｕＭａｘ（登録商標）−ＣＤ４、Ｍｅ
ｄａｒｅｘおよびＧｅｎｍａｂによって開発されている抗ＣＤ４抗体、ＨｕＭａｘ−ＩＬ１５、ＭｅｄａｒｅｘおよびＧｅｎｍａｂによって開発されている抗ＩＬ１５抗体、ＣＮＴＯ１４８、ＭｅｄａｒｅｘおよびＣｅｎｔｏｃｏｒ／Ｊ＆Ｊによって開発されている抗ＴＮＦα抗体、ＣＮＴＯ１２７５、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ／Ｊ＆Ｊによって開発されている抗サイトカイン抗体、ＭＯＲ１０１およびＭＯＲ１０２、ＭｏｒｐｈｏＳｙｓによって開発されている抗細胞内接着分子−１（ＩＣＡＭ−１）（ＣＤ５４）抗体、ＭｏｒｐｈｏＳｙｓによって開発されている抗線維芽細胞増殖因子受容体３（ＦＧＦＲ−３）抗体、Ｎｕｖｉｏｎ（登録商標）（ビジリズマブ）、ＰｒｏｔｅｉｎＤｅｓｉｇｎＬａｂｓによって開発されている抗ＣＤ３抗体、ＨｕＺＡＦ（登録商標）、ＰｒｏｔｅｉｎＤｅｓｉｇｎＬａｂｓによって開発されている抗γインターフェロン抗体、ＰｒｏｔｅｉｎＤｅｓｉｇｎＬａｂｓによって開発されている抗α５β１インテグリン、ＰｒｏｔｅｉｎＤｅｓｉｇｎＬａｂｓによって開発されている抗ＩＬ−１２、ＩＮＧ−１、Ｘｏｍａによって開発されている抗Ｅｐ−ＣＡＭ抗体、およびＭＬＮ０１、Ｘｏｍａによって開発されている抗ベータ２インテグリン抗体を含むが、それらに限定されず、本項において上述に引用した参考文献のすべては、参照することにより本出願に明確に組み込まれる。

本発明のＦｃポリペプチドは、前述の臨床候補および産物、またはそれらに実質的に同様である抗体およびＦｃ融合に組み込まれてもよい。本発明のＦｃポリペプチドは、他の方法でヒト化、親和性の成熟、操作、または修飾された、前述の臨床候補および産物のバージョンに組み込まれてもよい。

一実施形態では、本発明のＦｃポリペプチドは、自己免疫、炎症、または移植の兆候の治療に使用される。そのような疾患に関連する標的抗原ならびに臨床産物および候補は、ＬＤＰ−０２等の抗α４β７インテグリン抗体、ＬＤＰ−０１等の抗β２インテグリン抗体、５Ｇ１．１等の抗補体（Ｃ５）抗体、ＢＴＩ−３２２等の抗ＣＤ２抗体、ＭＥＤＩ−５０７、ＯＫＴ３等の抗ＣＤ３抗体、ＳＭＡＲＴ抗ＣＤ３、ＩＤＥＣ−１５１等の抗−ＣＤ４抗体、ＭＤＸ−ＣＤ４、ＯＫＴ４Ａ、抗ＣＤ１１ａ抗体、ＩＣ１４等の抗ＣＤ１４抗体、抗ＣＤ１８抗体、ＩＤＥＣ１５２等の抗ＣＤ２３抗体、Ｚｅｎａｐａｘ等の抗ＣＤ２５抗体、５ｃ８等の抗ＣＤ４０Ｌ抗体、Ａｎｔｏｖａ、ＩＤＥＣ−１３１、ＭＤＸ−３３等の抗ＣＤ６４抗体、ＩＤＥＣ−１１４等の抗ＣＤ８０抗体、ＡＢＸ−ＣＢＬ等の抗ＣＤ１４７抗体、ＣＤＰ８５０等の抗Ｅ−セレクチン抗体、ＲｅｏＰｒｏ／Ａｂｃｉｘｉｍａ等の抗ｇｐＩＩｂ／ＩＩａ抗体、ＩＣＭ３等の抗ＩＣＡＭ−３抗体、ＶＸ−７４０等の抗ＩＣＥ抗体、ＭＤＸ−３３等の抗−ＦｃＲ１抗体、ｒｈｕＭａｂ−Ｅ２５等の抗−ＩｇＥ抗体、ＳＢ−２４０６８３等の抗ＩＬ−４抗体、ＳＢ−２４０５６３等の抗ＩＬ−５抗体、ＳＣＨ５５７００、ＡＢＸ−ＩＬ８等の抗ＩＬ−８抗体、抗インターフェロンγ抗体、ＣＤＰ５７１等の抗ＴＮＦ（ＴＮＦ、ＴＮＦａ、ＴＮＦａ、ＴＮＦ−アルファ）抗体、ＣＤＰ８７０、Ｄ２Ｅ７、インフリキシマブ、ＭＡＫ−１９５Ｆ、およびＡｎｔｅｇｒｅｎ等の抗ＶＬＡ−４抗体を含むが、それらに限定されない。

ＦｃＲｎへの結合の増加を有するもの等の本発明のＦｃ変異体は、向上した特性を提供するために、ＴＮＦ阻害剤分子に使用されてもよい。有用なＴＮＦ阻害剤分子は、哺乳類のＴＮＦ−α作用を阻害するいかなる分子も含む。適切な例は、ＦｃｆｕｓｉｏｎＥｎｂｒｅｌ（登録商標）（エタネルセプト）およびＡｎｔｉｂｏｄｙＨｕｍｉｒａ（登録商標）（アダリムマブ）ならびにＲｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）（インフリキシマブ）を含む。ＦｃＦｎ連結を増加させるために本発明のＦｃ変異体を使用して操作されたモノクローナル抗体（ＲｅｍｉｃａｄｅおよびＨｕｍｉｒａ等）は、半減期の増加を介し、より優れた有効性につながり得る。

いくつかの実施形態では、感染性疾患に対する抗体が使用される。真核細胞に対する抗体は、サッカロマイセス・セレヴィシエ、ハンゼヌラ・ゼニゴケ、クリュイベロミセスフラジリスおよびＫ．乳糖、ならびに、ピチア・グレリモンディー（guillerimondii）およびＰ．パストリス、シゾサッカロミセス・ポンベ、プラスモジウム・ファルシパリウム、ならびにヤロウィア・リポリティカを含むが、それらに限定されない酵母細胞を標的にする抗体を含む。

とりわけ、カンジダ菌株（カンジダグラブラータ、カンジダアルビカンス、Ｃ・クルーセイ、Ｃ・ルシタニエ、およびＣ・マルトーサを含む）、ならびにアルペルギルス、クリプトコッカス、ヒストプラズマ、コクシジオイデス、ブラストミセス、およびペニシリウムの種に関連する標的抗原を含む、付加的な真菌細胞に対する抗体も有用である。
原虫に関連する標的抗原に対する抗体は、トリパノソーマ、ドノバン・リーシュマニアを含むリーシュマニア種、プラスモジウムｓｐｐ．、ニューモシスティス・カリニ、クリプトスポリジウム・パルウム、ランブル鞭毛虫、赤痢アメーバ、およびサイクロスーポラ・カネタネンシスに関連した抗体を含むが、それらに限定されない。
原核抗原に対する抗体も有用であり、菌（炭疽菌、ビブリオ属（例えば、コレラ菌）、エシェリキア属（例えば、腸管毒素原性大腸菌）、シゲラ菌（例えば、Ｓ・ディゼンテリエ）、サルモネラ菌（例えば、チフス菌）、マイコバクテリウム（例えば、結核菌、ハンセン菌）、クロストリジウム属（例えば、ボツリヌス菌、破傷風菌、Ｃ・ディフィシレ、ウェルシュ菌）、コリネバクテリウム（例えば、Ｃジフテリア菌）、連鎖球菌（例えば、化膿連鎖球菌、肺炎連鎖球菌）、ブドウ球菌（例えば、黄色ブドウ球菌）、ヘモフィルス属（例えば、インフルエンザ菌）、ナイセリア（例えば、髄膜炎菌、淋菌）、エルシニア属（例えば、Y・ランブル鞭毛虫、Y・ペスト菌）、シュードモナス菌（例えば、緑膿菌、P・プチダ）、クラミジア（例えば、クラミジア・トラコマチス）、ボルデテラ属（例えば、百日咳菌）、トレポネーマ属（例えば、梅毒トレポネーマ）、炭疽菌、ペスト菌、ブルセラ菌種、野兎病菌、鼻疽菌、類鼻疽菌、鼻疽菌、類鼻疽菌、ボツリヌス菌、サルモネラ種、ＳＥＢコレラ毒素Ｂ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７、リステリア菌種、トリコスポロン・ベイゲリ、ロドトルラ種、ハンセヌラ・アノマーラ、エンテロバクター種、クレブシエラ種、リステリア菌種、マイコプラズマ種等）を含むが、それらに限定されない、病原性および非病原性の原核生物等の適切な細菌に対する抗体を含む。

いくつかの態様では、抗体は、ウイルス感染に対し、これらのウイルスは、オルトミクソ・ウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、呼吸器合胞体ウイルス、ムンプスウイルス、麻疹ウイルス）、アデノウイルス、ライノウイルス、コロナウイルス、レオウイルス、トガウイルス（例えば、風疹ウイルス）、パルボウイルス、ポックスウイルス（例えば、天然痘ウイルス、ワクシニアウイルス）、エンテロウイルス（例えば、ポリオウイルス、コクサッキーウイルス）、ヘルペスウイルス（Ａ、Ｂ、およびＣを含む）、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス、水痘帯状ヘルペスウイルス、サイトメガロウイルス、エスプタイン・バーウイルス）、ロタウイルス、ノーウォークウイルス、ハンタウイルス、アレナウイルス、ラブドウイルス（例えば、狂犬病ウイルス）、レトロウイルス（ＨＩＶ、ＨＴＬＶ−ＩおよびＩＩを含む）、パポバウイルス（例えば、パピローマウイルス）、ポリオーマウイルス、およびピコルナウイルス等を含むが、それらに限定されない。

最適化されたＩｇＧ変異体特性

本出願は、さまざまな治療的に関連する特性に最適化されたＩｇＧ変異体も提供する。本出願において、１つ以上の最適化された特性を表示するように操作または予測されたＩｇＧ変異体は、「最適化されたＩｇＧ変異体」を指す。最適化されてもよい最も好適な特性は、ＦｃＲｎの親和性の強化または低下、および生体内半減期の増加または減少を含むが、それらに限定されない。適切な実施形態は、通常の放出率でエンドソームへの取り込みの増加を可能にするように、高いｐＨ（７．４等）で減少した親和性を維持しながら、エンドソームに関連するｐＨ等、低いｐＨ（例えば、ｐＨ６．０）でＦｃＲｎへの増加した結合親和性を呈する抗体を含む。同様に、変調されたＦｃＲｎ結合を有するこれらの抗体は、第ＵＳＳＮ１１／１７４，２８７号、第１１／１２４，６４０号、第１０／８２２，２３１号、第１０／６７２，２８０号、第１０／３７９，３９２号、および出願第１１／２５６，０６０号を有する、２００５年１０月２１日に出願された、名称「ＩｇＧＩｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎｖａｒｉａｎｔｓｗｉｔｈｏｐｔｉｍｉｚｅｄｅｆｆｅｃｔｏｒｆｕｎｃｔｉｏｎ」の特許出願に概略されるもの等の変調されたＦｃγＲ結合等、他の所望特性を任意に有してもよい。つまり、最適化特性は、ＦｃγＲの親和性の強化または減少を含むが、それらに限定されない。１つの任意の実施形態では、ＩｇＧ変異体は、ＦｃＲｎ結合プロファイルの他に、ヒト活性ＦｃγＲ、好適には、ＦｃγＲＩＩＩａの強化された親和性を有するように、最適化される。さらに別の任意の代替的実施形態では、ＩｇＧ変異体は、ヒト阻害受容体ＦｃγＲＩＩｂの減少した親和性を有するように最適化される。つまり、具体的な実施形態は、ＦｃＲｎへの増加した結合、およびＦｃγＲＩＩＩａへの減少した結合を示す抗体の使用を含む。他の実施形態は、ＦｃＲｎへの減少した結合、およびＦｃγＲＩＩＩａへの増加した結合を示す抗体の使用を活用する。これらの実施形態は、ヒトの強化された治療的特性を有するＩｇＧポリペプチド、例えば、強化されたエフェクター機能およびより高い抗癌作用を提供することが見込まれる。代替的実施形態では、ＩｇＧ変異体は、ＦｃＲｎの増加または減少した親和性、およびヒトＦｃγＲ（対立遺伝子変異のＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ
、ＦｃγＲＩＩｃ、ＦｃγＲＩＩＩａ、およびＦｃγＲＩＩＩｂを含むが、それらに限定されない）の増加または減少した親和性を有するように最適化される。これらの実施形態は、ヒトの向上した治療特性、例えば、増加した血清半減期および減少したエフェクター機能を有する、ＩｇＧポリペプチドを提供することが見込まれる。別の実施形態では、ＩｇＧ変異体は、ＦｃＲｎの強化された親和性、および１つ以上のＦｃγＲの強化された親和性、さらに、１つ以上の他のＦｃγＲの減少した親和性を提供する。例えば、ＩｇＧ変異体は、ＦｃＲｎおよびＦｃγＲＩＩＩａへの強化された結合、さらに、ＦｃγＲＩＩｂへの減少された結合を有してもよい。あるいは、ＩｇＧ変異体は、ＦｃＲｎおよびＦｃγＲへの減少した結合を有してもよい。別の実施形態では、ＩｇＧ変異体は、ＦｃＲｎの減少した親和性、およびＦｃγＲＩＩｂの強化した親和性、さらに、１つ以上の活性ＦｃγＲへの減少した親和性を有してもよい。さらに別の実施形態では、ＩｇＧ変異体は、増加した血清半減期および減少したエフェクター機能を有してもよい。

好適な実施形態は、ヒトＦｃＲｎおよびＦｃγＲへの結合の最適化を含むが、代替的実施形態では、ＩｇＧ変異体は、げっ歯類および非ヒト霊長類を含むが、それらに限定されない、非ヒト有機体からのＦｃＲｎおよびＦｃγＲの強化または減少した親和性を有する。非ヒトＦｃＲｎへの結合に最適化されたＩｇＧ変異体は、実験において用途を見出し得る。例えば、マウスモデルは、所与の薬物候補の有効性、毒性、および薬物動態等の特性を試験することが可能なさまざまな疾患に使用可能である。当該技術分野において周知のとおり、癌細胞は、ヒトの癌を模倣するためにマウスに移植または注入することができ、プロセスは、異種皮膚移植という。ＦｃＲｎに最適化されたＩｇＧ変異体を含む、ＩｇＧ変異体の試験は、タンパク質のクリアランス特性、そのクリアランス機構等に関する有益情報を提供し得る。また、ＩｇＧ変異体は、アグリコシル化された形態の向上した機能性および／または溶液特性に最適化されてもよい。Ｆｃリガンドは、ＦｃＲｎ、ＦｃγＲ、Ｃ１ｑ、ならびにタンパク質ＡおよびＧを含むが、それらに限定されず、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、またはサルを含むが、それらに限定されない、任意の源、好適には、ヒトから得てもよい。好適な実施形態では、ＩｇＧ変異体は、親ＩｇＧ変異体のアグリコシル化された形態よりも安定および／または可溶性になるように最適化される。

ＩｇＧ変異体は、ＦｃＲｎおよびＦｃγＲではなくＦｃリガンドとの相互作用を調節する修飾を含むことができ、補体タンパク質、およびＦｃ受容体同族体（ＦｃＲＨ）を含むが、それらに限定されない。ＦｃＲＨは、ＦｃＲＨ１、ＦｃＲＨ２、ＦｃＲＨ３、ＦｃＲＨ４、ＦｃＲＨ５、およびＦｃＲＨ６を含むが、これらに限定されない（Ｄａｖｉｓｅｔａｌ．，２００２，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖｉｅｗｓ１９０：１２３−１３６、参照することによりその全体が組み込まれる）。

好適には、ＩｇＧ変異体のＦｃリガンドの特異性は、その治療的実用性を決定する。治療目的の所与のＩｇＧ変異体の実用性は、標的抗原のエピトープまたは形態、および治療される疾患または兆候による。ほとんどの標的および兆候では、強化されたＦｃＲｎ結合は、血清半減期の増加をもたらし得るため、強化されたＦｃＲｎ結合は、好適であり得る。より長い血清半減期により、頻度の少ない投薬または低量の投薬が可能になる。これは、治療剤が反復投与を必要とする兆候に対して与えられるときに、特に好適である。いくつかの標的および兆候では、減少したＦｃＲｎ親和性は、好適であり得る。これは、増加したクリアランスまたは減少した血清半減期を有する変異Ｆｃが望ましいとき、例えば、造影剤または放射線治療薬として使用されるＦｃポリペプチドにおいて、特に好適であり得る。

強化された活性ＦｃγＲを有するＦｃＲｎの強化された親和性および／または阻害ＦｃγＲの減少した親和性を提供するＩｇＧ変異体を含む、ＩｇＧ変異体は、使用されてもよい。いくつかの標的および兆候では、異なる活性ＦｃγＲに異なる選択性を提供するＩｇＧ変異体を使用することがさらに有益であり得、例えば、いくつかの場合では、ＦｃγＲＩではなく、ＦｃγＲＩＩａおよびＦｃγＲＩＩＩａへの増加した結合が所望であり得る一方、他の場合では、ＦｃγＲＩＩａのみへの増加した結合が所望であり得る。特定の標的および兆候では、ＦｃＲｎ結合を変更し、ＦｃγＲ媒介および補体媒介エフェクター機能の両方を強化するＩｇＧ変異体を使用することが好適であり得る一方、他の場合では、ＦｃＲｎ結合または血清半減期、およびＦｃγＲ媒介および補体媒介エフェクター機能のいずれかを強化するＩｇＧ変異体を使用することが有利であり得る。いくつかの標的または癌の兆候では、例えば、Ｃ１ｑ、１つ以上のＦｃγＲ、ＦｃＲｎ、または１つ以上の他のＦｃリガンドへの結合を不活性化させて、１つ以上のエフェクター機能を減少または除去するのに有利であり得る。他の標的および兆候では、阻害ＦｃγＲＩＩｂへの増加した結合、さらに、ＷＴレベル、活性ＦｃγＲへの小さくなった結合を提供するＩｇＧ変異体を使用することが好適であり得る。これは、例えば、ＩｇＧ変異体の目標が、炎症または自己免疫疾患を抑制する、または何らかの方法で免疫系を調節することであるときに、特に有用であり得る。一般的に、自己免疫疾患は、長期にわたり、治療は、反復投与で行われるため、増加したＦｃＲｎからの増加した半減期を有するＦｃ変異体でのこれらの治療は、好適である。

修飾は、ＩｇＧ安定性、可溶性、機能、または臨床使用を向上するために行われてもよい。好適な実施形態では、ＩｇＧ変異体は、ヒトの免疫原性を減少するように修飾を含むことができる。最も好適な実施形態では、ＩｇＧ変異体の免疫原性は、参照することによりその全体が組み込まれる、第ＵＳＳＮ１１／００４，５９０号に記載される方法を用いて減少した。代替的実施形態では、ＩｇＧ変異体は、ヒト化されている（ ADDIN ENRfu Ｃｌａｒｋ，２０００，ＩｍｍｕｎｏｌＴｏｄａｙ２１：３９７−４０２、参照することによりその全体が組み込まれる）。

ＩｇＧ変異体は、免疫原性を減少させる修飾を含むことができる。免疫原性を減少させるための修飾は、親配列由来の処理されたペプチドのＭＨＣタンパク質への結合を減少させる修飾を含むことができる。例えば、アミノ酸修飾は、高い親和性を有し、関連するＭＨＣ対立遺伝子へ結合することが予想される免疫エピトープもない、または最少数であるように操作されてもよい。タンパク質配列のＭＨＣ結合エピトープを特定するいくつかの方法は、当該技術分野において周知であり、ＩｇＧ変異体のエピトープをスコアするために使用されてもよい。例えば、国際公開第ＷＯ９８／５２９７６号、第ＷＯ０２／０７９２３２号、第ＷＯ００／３３１７号、第ＵＳＳＮ０９／９０３，３７８号、第ＵＳＳＮ１０／０３９，１７０号、第ＵＳＳＮ６０／２２２，６９７号、第ＵＳＳＮ１０／７５４，２９６号、ＰＣＴ第ＷＯ０１／２１８２３号、およびＰＣＴ第ＷＯ０２／００１６５号、Ｍａｌｌｉｏｓ，１９９９，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ１５：４３２−４３９、Ｍａｌｌｉｏｓ，２００１，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ１７：９４２−９４８、Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏｅｔａｌ．，１９９９，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈ．１７：５５５−５６１、第ＷＯ９８／５９２４４号、第ＷＯ０２／０６９２３２号、第ＷＯ０２／７７１８７、Ｍａｒｃｈａｌｌｅｔａｌ．，１９９５，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４：５９２７−５９３３、およびＨａｍｍｅｒｅｔａｌ．，１９９４，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１８０：２３５３−２３５８を参照されたい、これらすべては参照することによりその全体が組み込まれる。配列ベースの情報は、所与のペプチド−ＭＨＣ相互作用の結合スコアを決定するために使用することができる（例えば、Ｍａｌｌｉｏｓ，１９９９，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ１５：４３２−４３９、Ｍａｌｌｉｏｓ，２００１，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ１７：ｐ９４２−９４８、Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏｅｔａｌ．，１９９９，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈ．１７：５５５−５６１参照、これらすべては、参照することによりその全体が組み込まれる）。

ＩｇＧ変異体の操作

本発明の変異体は、さまざまな方法によって設計されてもよい。本出願に記載するとおり、変異体は、挿入、欠失、置換、他の修飾、またはそれらの組み合わせおよび他の変更であってもよい。本発明の特に新しい実施形態は、ＦｃポリペプチドのＦｃリガンドへの結合を増加させるか、または減少させる挿入および欠失の設計である。本出願に開示するとおり、挿入または欠失は、ＦｃポリペプチドのＦｃＲｎへの親和性を増加または減少させるように作成される。挿入および欠失は、合理的な方法、または使用またはランダムまたはセミランダムライブラリー作成またはスクリーニング等のランダム成分を含む方法によって設計されてもよい。代替的な実施形態では、ＦｃポリペプチドのＦｃＲｎへの親和性を増加または減少する置換を開示する。

骨格修飾：挿入および欠失

変異Ｆｃポリペプチドは、Ｆｃポリペプチドの位置の親アミノ酸の代わりに、変異アミノ酸置換することによって形成されてもよい。Ｆｃポリペプチド内の変異アミノ酸の１つ以上のアミノ酸を置換することによって、これらの位置の側鎖は、変更される。最も有用な置換は、Ｆｃ側鎖を変更することによってＦｃ特性を修飾する。置換された側鎖は、Ｆｃ機能または特性と関連するＦｃ結合相手と直接または間接的に相互作用し得る。少なくとも１つの置換は、親Ｆｃポリペプチドの１つ以上の側鎖の共有構造を変更する。

あるいは、親Ｆｃポリペプチドの骨格の共有構造を変化する変異Ｆｃポリペプチドは、形成されてもよい。タンパク質内の骨格原子は、ペプチド窒素、アルファ炭素、カルボニルまたはペプチド炭素、およびカルボニル酸素である。骨格の共有構造の変化は、Ｆｃポリペプチドの特性を変更するための付加的方法を提供する。Ｆｃ骨格の共有構造は、骨格に原子を追加する（例えば、１つ以上のアミノ酸を挿入する）、または骨格から原子を取り除く（例えば、１つ以上のアミノ酸を欠失する）ことによって変更されてもよい。また、骨格の共有結合は、骨格の個別の原子を他の原子に変化させることによって変更されてもよい（Ｄｅｅｃｈｏｎｇｋｉｔｅｔａｌ．，ＪＡｍＣｈｅｍＳｏｃ．２００４.１２６（５１）：１６７６２−７１、参照することによりその全体が組み込まれる）。当該技術分野において周知であり、本出願に示すとおり、Ｆｃポリペプチド内のアミノ酸の挿入または欠失は、ＤＮＡをコード化するＦｃポリペプチド内の対応するヌクレオチドを挿入または欠失することにより行われてもよい。あるいは、当該技術分野において周知のとおり、アミノ酸の挿入または欠失は、Ｆｃポリペプチドの合成中に行われてもよい。

Ｆｃポリペプチドの１つ以上の結合相手（例えば、ＦｃγＲ、ＦｃＲｎ、Ｃ１ｑ）との相互作用を変更するアミノ酸の挿入または欠失の設計は、Ｆｃポリペプチドの錯体の構造およびその結合相手を考慮して行われてもよい。あまり好適ではない実施形態では、設計は、Ｆｃポリペプチドの構造および結合相手の結合に伴うＦｃ領域の情報を考慮して行われてもよい。この情報は、突然変異誘導実験、相同性比較、コンピュータモデリングまたは他の手段によって得られてもよい。

Ｆｃ結合相互作用に影響を及ぼすが、Ｆｃポリペプチドの全体の構造、安定性、発現、または使用に影響を及ぼさない挿入または欠失のアミノ酸配列内の好適な位置は、Ｆｃ／Ｆｃ−結合相手の相互作用を担うループ内である。ＦｃポリペプチドへのＦｃＲｎ結合を変更するために、位置２４４−２５７、２７９−２８４、３０７−３１７、３８３−３９０、および４２８−４３５は、挿入または欠失の好適なループ位置である（ＫａｂａｔらのＥＵインデックスからの付番、Ｂｕｒｍｅｉｓｔｅｒｅｔａｌ．，１９９４，Ｎａｔｕｒｅ，３７２：３７９−３８３、Ｍａｒｔｉｎｅｔａｌ．，２００１，ＭｏｌＣｅｌｌ７：８６７−８７７、これらすべては、参照することによりその全体が組み込まれる）。ＦｃポリペプチドへのＦｃγ受容体の結合を変更するために、位置２２９−２３９、２６６−２７３、２９４−２９９、および３２４−３３１は、挿入または欠失の好適なループ位置である（ＫａｂａｔらのＥＵインデックスからの付番、ＰＤＢコード１Ｅ４Ｋ．ｐｄｂＳｏｎｄｅｒｍａｎｎｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２０００４０６：２６７、これらすべては参照することによりその全体が組み込まれる）。ループは、アルファらせん構造またはベータシート構造に関与しないポリペプチドの領域である。ループ位置は、アルファらせん構造またはベータシート構造内のいずれかではない位置である（ｖａｎＨｏｌｄｅ，ＪｏｈｎｓｏｎａｎｄＨｏ．ＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓｏｆＰｈｙｓｉｃａｌＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．ＰｒｅｎｔｉｃｅＨａｌｌ，ＮｅｗＪｅｒｓｅｙ１９９８，Ｃｈａｐｔｅｒ１ｐｐ２−６７、参照することによりその全体が組み込まれる）。ループ位置は、典型的に、骨格原子が、アルファらせんおよびベータシートの骨格原子と比較してより柔軟であり、水素結合を担うことが少ないため、好適である。したがって、１つ以上のアミノ酸の挿入または欠失によるループの延長または短縮は、安定性または他の問題を含む、Ｆｃポリペプチドへの大きく、破壊的な変化につながることが少ない。

挿入および欠失は、ポリペプチドの長さを変更するために使用されてもよい。例えば、ループ領域では、ループの長さを変更することによって、ループの柔軟性および配座エントロピーの変更が生じる。一般的に、ループへの挿入は、ループの配座エントロピーを増加させ、それは、可能な配座の数の自然対数によって乗じられたボルツマン定数として定義されてもよい（ｖａｎＨｏｌｄｅ，ＪｏｈｎｓｏｎａｎｄＨｏ．ＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓｏｆＰｈｙｓｉｃａｌＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．ＰｒｅｎｔｉｃｅＨａｌｌ，ＮｅｗＪｅｒｓｅｙ１９９８，ｐｐ７８、参照することによりその全体が組み込まれる）。少なくとも１つのアミノ酸をポリペプチドに挿入することによって、ポリペプチドに可能な配座の総数は増加する。これらの付加的配座は、ポリペプチドがＦｃ結合タンパク質を結合する上で付加的配座の１つを使用してもよいため、好ましいＦｃ／Ｆｃ結合相手の相互作用を形成するのに有益であり得る。この場合、挿入は、より強いＦｃ／Ｆｃ結合相手の相互作用をもたらし得る。付加的配座が結合接点に使用されない場合は、挿入は、付加的配座が結合するコンピテント配座と競合し得るため、より弱いＦｃ／Ｆｃ結合相手の相互作用をもたらし得る。同様に、ポリペプチド断片の欠失は、より強いまたは弱いＦｃ／Ｆｃ結合相手の相互作用のいずれかをももたらし得る。骨格配座の可能な数を減少させる断片の欠失が結合するコンピテント配座を除去する場合は、欠失は、より弱いＦｃ／Ｆｃ結合相手の相互作用をもたらし得る。欠失が結合するコンピテント配座を除去しない場合は、欠失は、欠失が結合するコンピテント配座と競合する配座を除去し得るため、より強いＦｃ／Ｆｃ結合相手の相互作用をもたらし得る。

挿入および欠失は、Ｆｃポリペプチド内のアミノ酸の位置および配向を変更するために使用されてもよい。挿入および欠失が骨格の共有構造に変化をもたらすため、それらは、骨格原子の位置の変化を必然的にもたらす。図７は、３つの異なる骨格において、Ｌ１〜Ｌ４と印された、いくつかのループ断片の骨格位置を比較する。参照骨格構造は、ループ断片を含むのに対して、欠失骨格は、断片Ｌ１が不足し、挿入断片は、断片Ｌ１の前、つまり、Ｎ末端に付加的断片を含む。欠失および挿入は、挿入または欠失の部位近くの骨格構造において最大の変化をもたらす。ループのＮ末端近くの断片、例えば、断片Ｌ１を除去することによって、ループは短くなり、残りの断片は、ループのＮ末端の末端に近い位置に移動する。これは、Ｌ２断片をＬ１断片の元の位置に向かい、またループのＮ末端の終端に向かって移動させる効果を有する。Ｌ１断片に向かったＬ２断片の位置のこの変更は、Ｆｃ／Ｆｃ結合相手の錯体の結合を強化し、アミノ酸またはＬ２に位置するアミノ酸がＦｃ結合相手と好ましい相互作用を行うことを示唆する事前情報があるときに、好適である。例えば、Ｌ２がアラニンおよびチロシンを含み、以前にアラニンおよびチロシンの２つのＬ１アミノ酸の置換が、増加した結合を有するＦｃ変異体をもたらす場合は、Ｌ１の欠失は、Ｆｃ結合相手の増加した親和性を有するＦｃ変異体を形成し得る。

同様に、ループのＮ末端側のＦｃポリペプチドへのポリペプチド断片の挿入によって、ループ断片の位置は、ループのＣ末端側へ移動される。図７では、断片Ｌ１の前、つまり、Ｎ末端側への１つ以上のアミノ酸の挿入は、骨格配座を変更し、Ｌ１断片のループのＣ末端の末端に向かった移動を含む。この種類の挿入は、挿入によって、より強いＦｃ／Ｆｃ結合相手の相互作用をもたらされ得るため、断片Ｌ１に位置するアミノ酸がＬ２の位置にあるときに好ましい相互作用をするといわれる場合に、好適である。より弱いＦｃ／Ｆｃ結合相手の相互作用が望ましい場合は、挿入を使用して、好ましくないアミノ酸を新しい位置へ移動してもよい。挿入された断片、欠失された断片、および参照断片（図７のＬ１〜Ｌ４）は、Ｆｃポリペプチド内の１つ、または１つ以上のアミノ酸であってもよい。

あるいは、挿入または欠失は、ループのＮ末端の終端の挿入または欠失と類似する方法で、ループのＣ末端の終端に使用されてもよい。ループＣ末端の挿入は、ループＮ末端に向かった挿入のＮ末端位置の移動をもたらし得る。ループＣ末端の終端の欠失は、ループＣ末端に向かった欠失のＮ末端位置の移動をもたらし得る。ループのＮ末端またはＣ末端の末端で挿入または欠失を使用する選択は、ループ内に位置するアミノ酸、増加または減少したＦｃ／Ｆｃ結合相手の親和性、および所望の位置の移動による。

挿入または欠失は、ループ、アルファらせん、およびベータシート領域を含む、Ｆｃポリペプチドのいかなる領域で使用されてもよい。挿入および欠失の好適な位置は、ループ領域を含み、それらは、アルファらせんまたはベータシート領域ではないループ領域である。一般的に、ループは、アルファらせんまたはベータシートよりも骨格における変更により対応するため、ループは、好適である。より強いタンパク質／タンパク質相互作用をもたらす挿入または欠失の特に好適な位置は、ループのＮ末端またはＣ末端の端である。ループの側鎖がＦｃ／Ｆｃ結合相手の相互作用を担う場合は、端の挿入または欠失は、結合相互作用において非常に有害な変化をもたらす可能性が低い。ループの正確な中央内の欠失は、Ｆｃ／Ｆｃ結合相手の接点において重要な残基を除去する可能性が高く、ループの正確な中央内の挿入は、Ｆｃ／Ｆｃ結合相手の接点において好ましくない相互作用を引き起こす可能性が高い。欠失または挿入された残基の数は、好適とされる１５個以下の残基の挿入または欠失、より好適とされる１０個以下の残基の挿入または欠失、および最も好適とされる５個以下の残基の挿入または欠失に所望な骨格の変化のサイズによって決定される。

Ｆｃ欠失変異体の位置およびサイズが設計されると、全体のポリペプチド配列は、完全に決定され、ポリペプチドは、当該技術分野において周知の方法で構成されてもよい。

しかしながら、Ｆｃ挿入変異体は、挿入される少なくとも１つのアミノ酸の配列を設計する付加的ステップを有する。Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓを含む、極性残基の挿入は、Ｆｃポリペプチド内で暴露されると予想される位置で好適である。Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、およびＡｌａを含む、より小さいアミノ酸は、小さいサイズがＦｃ／Ｆｃ結合相手の相互作用と立体的に阻害する可能性が低いため、特に好適である。ＳｅｒおよびＴｈｒは、Ｆｃ結合相手上の原子と水素結合する能力も有する。

挿入は、より強いＦｃ／Ｆｃ結合相手の結合が所望のときに所望であり得るように、挿入されたポリペプチドがＦｃ結合相手と好ましい相互作用を行うように設計され得る、追加された柔軟性も有する。骨格挿入の長さは、挿入される単純な一般的配列を有する変異骨格をモデルとして決定されてもよい。例えば、異なる長さのポリセリン、ポリグリシン、またはポリアラミンの挿入は、構成されモデルにされてもよい。モデリングは、挿入を含む、同族体の周知の３次元構造に基づく相同性モデリングを含む、さまざまな方法、および、ＭＯＤＥＬＬＥＲ（Ｍ．Ａ．Ｍａｒｔｉ−Ｒｅｎｏｍｅｔａｌ．，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．２９，２９１−３２５，２０００）およびＲＯＳＥＴＴＡ（Ｋｕｈｌｍａｎｅｔａｌ．（２００３）.Ｓｃｉｅｎｃｅ３０２，１３６４−８）（ともに参照することによりその全体が組み込まれる）を含み、コンピュータモデリングによって行われてもよい。典型的に、さまざまな骨格配座は、最初に生成され、最終骨格構造は、側鎖の特定が確立した後に決定されてもよい。側鎖は、ＰＤＡ（登録商標）アルゴリズムによって設計されてもよい（ＵＳ第６，１８８，９６５号、第６，２６９，３１２号、第６，４０３，３１２号、第６，８０１，８６１号、第６，８０４，６１１号、第６，７９２，３５６号、第６，９５０，７５４号、および第ＵＳＳＮ０９／７８２，００４号、第０９／９２７，７９０号、第１０／１０１，４９９号、第１０／６６６，３０７号、第１０／６６６３１１号、第１０／２１８，１０２、これらすべては参照することによりその全体が組み込まれる）。

挿入および欠失は、ＦｃＲｎ結合特性を変更するための説明した方法と類似する方法で、ＦｃポリペプチドのＦｃγＲへの結合を変更するために使用されてもよい。Ｆｃドメインは、図１に示す位置で、ＦｃγＲに結合する。ＰＤＢコード１Ｔ８９および１ＩＩＳ（ＲａｄａｅｖＳｅｔａｌ．，ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ.ｖ２７６，ｐ．１６４６９−１６４７７、参照することによりその全体が組み込まれる）を含む、Ｆｃ／ＦｃγＲ錯体の構造は、２つの構造との間の相互作用残基およびループを表す。ＵＳ第１１／１２４６２０号およびＵＳ第６７３７０５６号（両方は、参照することによりその全体が組み込まれる）に見られるもの等、突然変異生成の結果は、すべて骨格の位置付けの決定された適切な移動における有用性を有する。

挿入および欠失は、本出願に記載する方法によって、Ｆｃポリペプチドの横のいかなるポリペプチド内に設計されてもよい。例えば、ＴＮＦスーパーファミリー成員、ＡＰＲＩＬ内の挿入または欠失は、その３次元構造を用いて設計されてもよい（ＰＤＢコード１ＸＵ１．ｐｄｂ，Ｈｙｍｏｗｉｔｚ，ｅｔａｌ．，（２００５）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８０：７２１８、参照することによりその全体が組み込まれる）。挿入または欠失は、ＡＰＲＩＬのその受容体、ＴＡＣＩへの結合を増加するように設計されてもよい。挿入または欠失部位として好適なループ残基は、Ｓｅｒ１１８−Ｖａｌ１２４、Ａｓｐ１６４−Ｐｈｅ１６７、Ｐｒｏ１９２−Ａｌａ１９８、Ｐｒｏ２２１−Ｌｙｓ２２６である。これらのループは、ＡＰＲＩＬ／ＴＡＣＩ錯体内のＴＡＣＩと相互作用し、結合を介在する。

ポリペプチドを組み込んだ変異体

ＩｇＧ変異体は、ヒトＩｇＧ配列に基づくことができ、したがって、ヒトＩｇＧ配列は、他の有機体からの配列（例えば、げっ歯類および霊長類の配列）を含むが、それらに限定されない、他の配列が比較される「塩基」配列として使用される。ＩｇＧ変異体は、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＤ、ＩｇＭ等の他の免疫グロブリンクラスからの配列も含んでもよい。ＩｇＧ変異体は、１つの親ＩｇＧとの関連で操作されるが、変異体は、別の第２の親ＩｇＧとの関連で操作される、または「転送」され得ると考えられる。これは、典型的に、配列またはＩｇＧの配列との間の構造的相同性に基づき、第１と第２のＩｇＧとの間の「等価」または「対応」残基および置換を決定して行われる。相同性を確立するために、本出願に概説する第１のＩｇＧのアミノ酸配列は、第２のＩｇＧの配列と直接比較される。配列を整合した後、当該技術分野において周知の１つ以上の相同性整合プログラムを使用して、（例えば、種との間の保存残基を使用して）、整合を維持するために必要な挿入および欠失を可能にしながら（つまり、任意の欠失および挿入を介する保存残基の除去を回避して）、第１のＩｇＧ変異体の１次配列内の特定のアミノ酸に等価する残基を定義する。好ましくは、保存残基の整合は、そのような残基を１００％保存しなければならない。しかしながら、保存残基の７５％以上またはわずか５０％の整合は、等価残基を定義するのにも十分である。また、等価残基は、ＩｇＧの３次構造のレベルであり、その構造が決定されている、第１と第２のＩｇＧとの間の構造的相同性を決定して定義されてもよい。この場合、等価残基は、親または前躯体の特定のアミノ酸残基の２つ以上の主鎖原子の原子座標（Ｎ対Ｎ、ＣＡ対ＣＡ、Ｃ対Ｃ、およびＯ対Ｏ）が整合後に０．１３ｎｍ、好適には、０．１ｎｍ以内であるものとして定義される。整合は、最良のモデルがタンパク質の非水素タンパク質原子の原子座標の最大の重複を与えるように配向され、位置付けられた後に、達成される。どのように等価または対応残基が決定されるかどうかにかかわらず、また、ＩｇＧが形成される親ＩｇＧの特定にかかわらず、伝えるべきことは、発見されたＩｇＧ変異体は、ＩｇＧ変異体との有意な配列または構造的相同性を有する、任意の第２の親ＩｇＧに操作することができるということである。したがって、例えば、
親抗体がヒトＩｇＧ１である変異抗体が、等価残基を決定するための上述の方法または他の方法を使用して生成される場合は、変異抗体は、異なる抗原、ヒトＩｇＧ２親抗体、ヒトＩｇＡ親抗体、マウスＩｇＧ２ａ、またはＩｇＧ２ｂ親抗体等を結合する、別のＩｇＧ１親抗体内で操作されてもよい。上述のとおり、ここでもまた、親ＩｇＧ変異体の関連は、ＩｇＧ変異体を他の親ＩｇＧへ輸送する能力に影響を及ぼさない。

ＩｇＧ変異体を操作し、産生し、スクリーニングする方法を提供する。記載する方法は、動作のいかなる特定の応用または理論にも制限するように意図されていない。むしろ、一般的に、提供する方法は、１つ以上のＩｇＧ変異体を操作し、産生し、スクリーニングして、最適化されたエフェクター機能を有するＩｇＧ変異体を得てもよいことを説明するように意図されている。抗体およびタンパク質変異体を設計、産生、および試験するためのさまざまな方法は、第ＵＳＳＮ１０／７５４，２９６号および第ＵＳＳＮ１０／６７２，２８０号に記載され、両方は、参照することによりその全体が組み込まれる。

さまざまなタンパク質を操作する方法は、最適化されたエフェクター機能を有するＩｇＧ変異体を設計するために使用してもよい。一実施形態では、入手可能な構造情報を使用して、置換、挿入または欠失を誘導する、構造ベースの操作方法を使用してもよい。い。好適な実施形態では、置換がコンピュータ計算におけるそのエネルギー適合性に基づいて設計される、コンピュータによるスクリーニング方法を使用してもよい。例えば、第ＵＳＳＮ１０／７５４，２９６号、および第ＵＳＳＮ１０／６７２，２８０号、および本出願に引用する参考文献を参照し、これらすべては、参照することによりその全体が組み込まれる。

配列整合を使用して、特定した位置で置換を誘導してもよい。当業者は、配列情報を使用して、タンパク質構造に潜在的に有害である置換の導入を抑制し得ることを理解するであろう。配列源は、大きく異なり得、Ｋａｂａｔデータベース（ＮｏｒｔｈｗｅｓｔｅｒｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、Ｊｏｈｎｓｏｎ＆Ｗｕ，２００１，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．２９：２０５−２０６、Ｊｏｈｎｓｏｎ＆Ｗｕ，２０００，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．２８：２１４−２１８）、ＩＭＧＴデータベース（ＩＭＧＴ、ｔｈｅｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｓｙｓｔｅｍ（登録商標）、Ｌｅｆｒａｎｃｅｔａｌ．，１９９９，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．２７：２０９−２１２、Ｒｕｉｚｅｔａｌ．，２０００ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．２８：２１９−２２１、Ｌｅｆｒａｎｃｅｔａｌ．，２００１，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．２９：２０７−２０９、Ｌｅｆｒａｎｃｅｔａｌ．，２００３，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．３１：３０７−３１０）、およびＶＢＡＳＥを含むが、それらに限定されず、すべては参照することによりその全体が組み込まれる、１つ以上の周知のデータベースを含む。抗体配列情報は、哺乳類を含むが、それらに限定されない、任意の有機体からの生殖細胞配列または自然発生抗体の配列の配列整合から得る、コンパイルする、および／または生成することができる。当業者は、ヒトまたは実質的にヒトである配列の使用は、ヒトに投与されたときに低い免疫原性であるという利点をさらに有し得ることを理解するであろう。より一般的な核酸またはタンパク質データベースである、他のデータベース、つまり、特に抗体に限定しないデータベースは、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＧｅｎＢａｎｋＥｎｔｒｅｚ、およびＥＭＢＬヌクレオチド配列データベースを含むが、これらに限定されない。整合された配列は、ＶＨ、ＶＬ、ＣＨ、および／またはＣＬ配列を含むことができる。当該技術分野において周知の多くの配列ベースの整合プログラムおよび方法があり、これらのすべては、配列整合の生成に役立つ。

あるいは、ランダムまたはセミランダム突然変異生成方法を使用して、所望の位置でアミノ酸修飾を行ってもよい。これらの場合では、位置は、ランダムに選択されるか、またはアミノ酸の変化は、単純な規則を使用して行われる。例えば、すべての残基は、アラニンに変異されてもよく、それは、アラニンスキャンニングと言われる。そのような方法は、より高いレベルの配列多様性をスクリーニングするために選択方法を使用する、より高度な操作方法と連結されてもよい。当該技術分野において周知のとおり、例えば、以下に示すとおり、ファージ表示、リボソーム表示、細胞表面表示等の表示技術を含む、そのような方法に使用されてもよい、さまざまな選択技術がある。

ＩｇＧ変異体の産生およびスクリーニングするための方法は、当該技術分野において周知である。抗体の分子生物学、発現、精製、およびスクリーニングのための一般的な方法は、ＡｎｔｉｂｏｄｙＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ｅｄｉｔｅｄｂｙＤｕｅｂｅｌ＆Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，２００１、およびＨａｙｈｕｒｓｔ＆Ｇｅｏｒｇｉｏｕ，２００１，ＣｕｒｒＯｐｉｎＣｈｅｍＢｉｏｌ５：６８３−６８９、Ｍａｙｎａｒｄ＆Ｇｅｏｒｇｉｏｕ，２０００，ＡｎｎｕＲｅｖＢｉｏｍｅｄＥｎｇ２：３３９−７６に記載されている。第ＵＳＳＮ１０／７５４，２９６号、第ＵＳＳＮ１０／６７２，２８０号、ならびに第ＵＳＳＮ１０／８２２，２３１号および第１１／１２４，６２０号に記載される方法も参照し、これらすべては、参照することによりその全体が組み込まれる。本発明の好適な変異体は、図８に見られる変異体を含む。あるいは、本発明の好適な変異体は、図９に見られる変異体を含む。また、あるいは、本発明の好適な変異体は、図１０に見られる変異体を含む。これらの変異体は、実施例に示すとおり、Ｆｃ受容体、ＦｃＲｎへの結合の増加を示した。

ＩｇＧ変異体の生成

ＩｇＧ変異体は、当該技術分野において周知の任意の方法によって形成することができる。一実施形態では、ＩｇＧ変異体配列を使用して、メンバー配列をコード化し、次いで、所望により宿主細胞にクローン化、発現、および分析することができる核酸を形成する。これらの実践は周知の手法を使用して実行され、用途を見出し得る多様な方法が、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ−ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，３^ｒｄＥｄ．（Ｍａｎｉａｔｉｓ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，ＮｅｗＹｏｒｋ，２００１）、およびＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ（ＪｏｈｎＷｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ）に記載されており、ともに参照することによりその全体が組み込まれる。核酸ＩｇＧ変異体をコード化する核酸を、タンパク質を発現するように発現ベクターに組み込むことができる。発現ベクターには、典型的に、制御もしくは調節配列と機能し得るように連結された、つまり、制御もしくは調節配列と機能的関係に置かれたタンパク質、選択可能なマーカー、任意の融合相手、および／または追加要素を含む。ＩｇＧ変異体は、Ｆｃ変異体をコードする核酸を含有する核酸、好ましくは発現ベクターを形質移入された宿主細胞を、タンパク質の発現を誘発するかまたは引き起こすのに適切な条件下で培養することにより産生することができる。多岐にわたる、適した宿主細胞を使用することができ、それには哺乳動物細胞、細菌、昆虫細胞、および酵母が含まれるが、これらに限定されない。例えば、用途を見出し得るさまざまな細胞株が、ＡｍｅｒｉｃａｎＴｙｐｅＣｕｌｔｕｒｅＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎから入手可能なＡＴＣＣ細胞株カタログに記載されており、これは、参照することによりその全体が組み込まれる。外来核酸を宿主細胞に導入する方法は、当該技術分野において周知であり、使用する宿主細胞によって異なる。

好ましい実施形態では、ＩｇＧ変異体は、発現後に精製または単離される。抗体は、当業者に周知のさまざまな様式で単離または精製することができる。標準的な精製方法には、クロマトグラフィー技法、電気泳動、免疫学、沈殿、透析、ろ過、濃縮、およびクロマト分画が含まれる。当該技術分野において周知であるように、さまざまな天然タンパク質が抗体、例えば細菌のタンパク質Ａ、Ｇ、およびＬに結合し、これらのタンパク質は、精製において用途を見出し得る。精製は、しばしば特定の融合相手により可能にすることができる。例えば、タンパク質は、ＧＳＴ融合体が用いられている場合はグルタチオン樹脂を、Ｈｉｓ−タグが用いられている場合はＮｉ^＋２親和性クロマトグラフィーを、あるいは、ｆｌａｇ−タグが使用されている場合は固定化抗ｆｌａｇ抗体を使用して、精製することができる。適切な精製技術の一般的手引きには、ＡｎｔｉｂｏｄｙＰｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：ＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓａｎｄＰｒａｃｔｉｃｅ，３^ｒｄＥｄ．，Ｓｃｏｐｅｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，ＮＹ，１９９４を参照されたく、該文献は、参照することによりその全体が組み込まれる。

ＩｇＧ変異体のスクリーニング

Ｆｃ変異体は、生体外アッセイ、生体内および細胞をベースとするアッセイ、ならびに選択技法を使用するものを含むが、これらに限定されない、さまざまな方法を使用してスクリーニングすることができる。スクリーニングの手順において、自動化および高処理量スクリーニング技法を利用することができる。スクリーニングは、融合相手、または例えば、免疫標識、同位体標識、または蛍光もしくは比色染料等の低分子標識等を使用することができる。

好適な実施形態では、Ｆｃ変異体の機能的および／または生物物理的特性は、生体外アッセイでスクリーニングされる。好適な実施形態では、タンパク質は、機能性、例えば、反応を触媒するその能力、またはその標的への結合親和性をスクリーニングされる。

当該技術分野において周知のとおり、スクリーニング方法のサブセットは、ライブラリーの好ましい成員に選択されるものである。本出願において、方法は、「選択方法」を指し、これらの方法は、Ｆｃ変異体をスクリーニングするための本発明に役立つ。タンパク質ライブラリーが選択方法を使用してスクリーニングされるとき、好ましい、つまり選択基準を満たすライブラリーのこれらの成員のみが増殖、単離、および／または観測される。タンパク質ライブラリーをスクリーニングするための本発明において用途を見出し得る、さまざまな選択方法は、当該技術分野において周知である。本発明において用途を見出し得る、他の選択方法は、生体内方法等、表示に頼らない方法を含む。「定方向進化」方法という選択方法のサブセットは、選択中の好ましい配列の接合またはブレッディングを含み、しばしば、新しい得全変異を組み込むものである。

好適な実施形態では、Ｆｃ変異体は、１つ以上の細胞をベースとする、あるいは生体内アッセイを使用して、スクリーニングされる。そのようなアッセイには、典型的に、細胞がライブラリーに属する個々の変異体または変異体のプールに暴露されるように、精製または未精製タンパク質を外来的に追加する。これらのアッセイは、典型的に、常にではないが、Ｆｃポリペプチドの機能、つまり、Ｆｃポリペプチドのその標的に結合し、一部の生化学的事象、例えば、エフェクター機能、リガンド／受容体結合抑制、アポトーシス等を媒介する能力に基づく。そのようなアッセイは、しばしば、例えば、細胞の生存、細胞の死、細胞形態の変化、細胞の天然遺伝子もしくはレポーター遺伝子の発現等の転写活性化等の、ＩｇＧに対する細胞の反応をモニターすることを含む。例えば、そのようなアッセイは、ＡＤＣＣ、ＡＤＣＰ、またはＣＤＣを誘起するＦｃ変異体の能力を測定し得る。一部のアッセイには、標的細胞に加えて、付加的細胞または成分、例えば、血清の補体、または末梢血単球（ＰＢＭＣ）、ＮＫ細胞、マクロファージ等のエフェクター細胞を追加する必要があり得る。そのような付加的細胞は、いかなる有機体由来でもよく、好ましくは、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、およびサル由来である。抗体は、抗体の標的を発現しているある細胞株のアポトーシスを引き起こし得るか、または、それらは、アッセイに追加された免疫細胞による標的細胞への攻撃を媒介し得る。細胞の死亡または生存度をモニターする方法は当該技術分野において周知であり、染料、免疫化学、細胞化学、および放射活性試薬の使用を含む。転写活性化も、細胞をベースとするアッセイにおいて機能をアッセイする方法として役立ち得る。あるいは、Ｆｃ変異体をコードする核酸で形質転換または形質移入された細胞を使用して、細胞をベースとするスクリーニングを実施する。つまり、Ｆｃ変異体は、細胞に外来的に追加されない。

ＩｇＧ変異体の生物学的特性は、細胞、組織および有機体全体での実験で特徴分析することができる。当該技術分野において周知であるように、薬物は、しばしば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、およびサルを含むが、これらに限定されない動物で、疾病または疾病モデルの治療に関する薬物の有効性を測定するために、または薬物の薬物動態、毒性、および他の特性を測定するために試験される。該動物は、疾病モデルと称されることがある。治療薬は、しばしば、ヌードマウス、ＳＣＩＤマウス、異種移植マウス、および遺伝子組み換えマウス（ノックインおよびノックアウトを含む）を含むが、これらに限定されないマウスで試験される。このような実験は、治療薬として使用されるタンパク質の潜在能力の決定にとって意味のあるデータを提供し得る。任意の有機体、好ましくは哺乳動物を、試験に使用することができる。例えば、そのヒトとの遺伝的類似性のために、サルは、適した治療モデルであり得、したがってＩｇＧの効力、毒性、薬物動態または他の特性の試験に使用することができる。薬物としての承認にはヒトにおける試験が最終的に必要とされ、したがって、当然これらの実験が考えられる。したがって、ＩｇＧをヒトで試験して、それらの治療有効性、毒性、免疫原性、薬物動態、および／または他の臨床的特性について判定することができる。

ＩｇＧ変異体の使用方法

ＩｇＧ変異体は、広範囲にわたる産物において用途を見出し得る。一実施形態では、ＩｇＧ変異体は、治療薬、診断薬、または研究試薬であり、好適には、治療薬である。ＩｇＧ変異体は、単クローンまたは多クローンである抗体組成物において用途を見出し得る。好適な実施形態では、ＩｇＧ変異体は、標的抗原を有する標的細胞、例えば、癌細胞を死滅させるために使用される。代替的な実施形態では、ＩｇＧ変異体は、標的抗原を阻害、拮抗、または刺激、例えば、サイトカインまたはサイトカイン受容体を拮抗するために、使用される。代替の好適な実施形態では、ＩｇＧ変異体は、標的抗原を阻害、拮抗、または刺激し、標的抗原を有する標的細胞を死滅させるために使用される。

ＩｇＧ変異体は、さまざまな治療目的に使用することができる。好適な実施形態では、ＩｇＧ抗体を含む抗体が、抗体関連疾患を治療するために、患者に投与される。該目的の「患者」は、ヒトおよび他の動物、好適には哺乳動物、最も好適にはヒトを含む。本出願における「抗体関連疾患」、または「抗体反応性疾患」、または「状態」、または「疾病」は、ＩｇＧ変異体を含む医薬組成物の投与によって改善され得る疾患を意味する。抗体関連疾患には、自己免疫疾患、免疫疾患、感染性疾病、炎症性疾病、神経系疾病、ならびに癌を含む腫瘍学的および新生物疾患が含まれるが、これらに限定されない。本出願における「癌」および「癌性」は、典型的に、調節されていない細胞成長を特徴とする哺乳動物の生理的状態を指すか、またはこれを説明する。癌の例には、癌腫、リンパ腫、芽腫、肉腫（脂肪肉腫を含む）、神経内分泌系腫瘍、中皮腫、シュワン腫、髄膜腫、腺癌、黒色腫、および白血病またはリンパ性悪性疾患が含まれるが、これらに限定されない。

一実施形態では、ＩｇＧ抗体が、患者に投与される唯一の治療活性剤である。あるいは、ＩｇＧ抗体は、細胞毒性剤、化学療法剤、サイトカイン、増殖抑制剤、抗ホルモン薬、キナーゼ阻害剤、抗血管形成剤、心臓保護剤、または他の治療剤を含むが、これらに限定されない、１つ以上の他の治療剤と組み合わせて投与される。ＩｇＧ変異体は、１つ以上の他の治療レジメンと併用して投与され得る。例えば、ＩｇＧ変異体は、化学療法、放射線治療、あるいは化学療法と放射線治療の両方と一緒に患者に投与され得る。一実施形態では、ＩｇＧ変異体は、ＩｇＧ変異体であっても、そうでなくてもよい、１つ以上の抗体と併用して投与され得る。別の実施形態に従って、ＩｇＧ変異体および１つ以上の他の抗癌療法を用いて、体内で癌細胞が治療される。そのような体内治療は、骨髄移植、特に自家骨髄移植に有用であることが考えられる。ＩｇＧ変異体を、手術等のさらに他の治療手技と組み合わせて用い得ることが、当然考えられる。

さまざまな他の治療剤は、ＩｇＧ変異体との投与において用途を見出し得る。一実施形態では、ＩｇＧは、抗血管形成剤とともに投与される。本出願に使用する「抗抗血管形成剤」は、血管の成長をある程度まで遮断または阻害する化合物を意味する。例えば、抗血管形成因子は、小分子またはタンパク質、例えば、血管形成の促進を担う成長因子または成長因子受容体に結合する抗体、Ｆｃ融合、またはサイトカインであってもよい。本出願の好適な抗血管形成因子は、内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）に結合する抗体である。代替的な実施形態では、ＩｇＧは、適応免疫反応を誘導または強化する治療剤、例えば、ＣＴＬＡ−４を標的にする抗体とともに投与される。代替的な実施形態では、ＩｇＧは、チロシンキナーゼ阻害剤とともに投与される。本出願に使用する「チロシンキナーゼ阻害剤」は、チロシンキナーゼのチロシンキナーゼ活性をある程度まで阻害する分子を意味する。代替的な実施形態では、ＩｇＧ変異体は、サイトカインとともに投与される。

医薬組成物は、ＩｇＧ変異体および１つ以上の治療活性剤が製剤化されることを意図する。ＩｇＧ変異体の製剤は、所望の程度の純度を有するＩｇＧを、凍結乾燥製剤または水性溶液の形態の任意の薬学的に許容される担体、賦形剤または安定剤と混合して、保管用に製剤化される（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ１６ｔｈｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ．Ａ．Ｅｄ．，１９８０，参照することによりその全体が組み込まれる）。生体内投与に使用される製剤は、好適には、無菌性である。これは、除菌膜または他の方法を介するろ過により容易に達成される。また、本出願に開示するＩｇＧ変異体および他の治療的活性剤は、免疫リポゾームとして、および／またはマイクロカプセルに封入して製剤化されてもよい。

製剤の治療的活性ＩｇＧ変異体の濃度は、約０．１〜１００重量％で異なり得る。好適な実施形態では、ＩｇＧの濃度は、０．００３〜１．０モルの範囲である。患者を治療するために、ＩｇＧ変異体の治療有効量を投与してもよい。本出願の「治療有効量」は、それが投与される効果をもたらす投与量を意味する。正確な投与量は、治療目的によって異なり、当業者は、周知の技術を使用して確認することができるであろう。容量は、体重１ｋｇまたはそれ以上当たり０．０１〜１００ｍｇの範囲、例えば、体重１ｋｇ当たり０．０１、０．１、１．０、１０、または５０ｍｇであってもよく、１ｋｇ当たり１〜１０ｍｇが好適である。当該技術分野において周知のとおり、タンパク質分解の調整、全身対局所的送達、および新たなプロテアーゼ合成率、ならびに、年齢、体重、一般的健康、性別、食事、投与時間、薬物相互作用、および状態の重傷度が必要であり得、当業者は、定期的な実験で確認することができるであろう。

好適には、無菌水性溶液の形態である、ＩｇＧを含む医薬組成物の投与は、経口、皮下、静脈内、非経口、鼻腔内、耳内、眼球内、直腸内、膣内、経皮、局所（例えば、ジェル、軟膏、ローション、クリーム等）、腹腔内、筋肉内、肺内（例えば、Ａｒａｄｉｇｍから販売されるＡＥＲｘ（登録商標）吸入可能技術、またはＮｅｋｔａｒＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓから販売されるＩｎｈａｎｃｅ（登録商標）肺送達システム等）を含むが、それらに限定されない、さまざまな方法で行われてもよい。本出願に記載する治療薬は、他の治療薬と同時に投与されてもよい、つまり、本出願に記載する治療薬は、たとえば、小分子、他の生物学的製剤、放射線治療、手術等を含む、他の治療または治療薬と同時に投与されてもよい。

本発明を示すために、下記の実施例を提供する。これらの実施例は、本発明をいかなる特定の適用または操作理論に制限することも意味しない。本発明で説明するすべての位置について、付番は、Ｋａｂａｔ（Ｋａｂａｔｅｔａｌ．，１９９１，ＳｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＰｒｏｔｅｉｎｓｏｆＩｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌＩｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈＥｄ．，ＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓＰｕｂｌｉｃＨｅａｌｔｈＳｅｒｖｉｃｅ，ＮａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓｏｆＨｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ、参照することによりその全体が組み込まれる）においてと同様、ＥＵインデックスに従う。抗体の分野における当業者は、この慣習が、免疫グロブリン配列の特定領域における非連続的付番から成り、免疫グロブリンファミリー中で保存された位置への標準化された参照を可能にすることを理解するであろう。したがって、ＥＵインデックスによって定義される任意の所与の免疫グロブリンの位置は、必ずしもその連続的配列に対応しない。

実施例１：Ｆｃ変異体のＤＮＡ構築、発現、および精製

新生児のＦｃ受容体であるＦｃＲｎに対するそれらの親和性を改善するために、抗体のＦｃ領域におけるアミノ酸の修飾を操作した。ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ならびにＣＨ１およびＩｇＧ１の上ヒンジおよびＩｇＧ２のＦｃ領域を含有する混成ＩｇＧ配列を含む、多くの異なるヒトＩｇＧ定常鎖（図２）の関連において、変異体をスクリーニングした。当業者は、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２Ｆｃ領域の、ＦｃγＲおよび補体との異なる相互作用のために、これらの異なる親Ｆｃ領域が、異なるＦｃγＲおよび補体媒介エフェクター機能特性を有することを理解するであろう。これらの親ＩｇＧ定常鎖の関連におけるＦｃ変異体の例示的な配列を、図３に示す。

血管内皮因子（ＶＥＧＦ）を標的とする抗体の関連において、Ｆｃ変異体を操作した。重鎖および軽鎖可変領域（ＶＨおよびＶＬ）は、抗体Ａ４．６．１のヒト化型のものであり、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））とも称され、さまざまな癌の治療用に承認されている。該抗体のＶＨおよびＶＬ領域のアミノ酸配列を、図４に示す。

哺乳動物発現ベクターｐＴＴ５中に、抗ＶＥＧＦ抗体の重鎖および軽鎖をコード化する遺伝子を構築した。ヒトＩｇＧ１およびＩｇＧ２定常鎖遺伝子をＩＭＡＧＥクローンから取得し、ｐＴＴ５ベクターにサブクローン化した。ＩｇＧ１／２遺伝子は、ＰＣＲ突然変異誘発を用いて構築した。抗ＶＥＧＦ抗体をコード化するＶＨおよびＶＬ遺伝子を商業的に合成し（ＢｌｕｅＨｅｒｏｎＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，ＢｏｔｈｅｌｌＷＡ）、適切なＣＬ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、およびＩｇＧ１／２定常鎖をコード化するベクターにサブクローン化した。アミノ酸の修飾は、ＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ（登録商標）部位特異的突然変異誘発法（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、ＬａＪｏｌｌａＣＡ）を用いる部位特異的突然変異誘発を用いて、構築した。すべてのＤＮＡを配列決定し、配列の忠実度を確認した。

重鎖遺伝子（ＶＨ−Ｃγ１−Ｃγ２−Ｃγ３）を含有するプラスミドを、リポフェクタミン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，ＣａｒｌｓｂａｄＣＡ）を使用して、軽鎖遺伝子（ＶＬ−Ｃκ）を含有するプラスミドとともに、２９３Ｅ細胞に同時導入し、ＦｒｅｅＳｔｙｌｅ２９３培地中で成長させた（（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，ＣａｒｌｓｂａｄＣＡ）。５日間成長させた後、ＭａｂＳｅｌｅｃｔ樹脂（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用し、タンパク質Ａ親和性によって培養上澄から抗体を精製した。抗体濃度は、ビシンコニン酸（ＢＣＡ）アッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ）によって判定した。

実施例２．Ｆｃ変異抗体は抗原への結合を維持する

発現した変異抗体の忠実度は、それらが抗原に対する特異性を維持することを示すことによって確認した。ＶＥＧＦ結合は、Ｂｉａｃｏｒｅ３０００装置を使用して実施される、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）（Ｂｉａｃｏｒｅ）を使用してモニターした。標準的な方法を用いて、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド／Ｎ−エチル−Ｎ’−（−３−メチルアミノ−プロピル）カルボジイミド（ＮＨＳ／ＥＤＣ）との結合により、組み換えＶＥＧＦ（ＶＥＧＦ−１６５、ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ，ＲｏｃｋｙＨｉｌｌ，ＮＪ）をＣＭ５チップ表面に付着させた。ＷＴおよび変異抗体を分析物として注射し、共鳴単位（ＲＵ）で測定される反応を得た。解離相は遅すぎて正確な平衡定数を測定することができなかったため、相対的結合は、会合相の最後にＲＵを測定することによって判定し、これは、タンパク質濃度（実験中一定に保たれる）および会合速度計数に比例するはずであった。データ（図６）は、変異抗ＶＥＧＦ抗体が、ＶＥＧＦに結合しない負の対照の抗Ｈｅｒ２抗体とは対照的に、抗原への結合を維持することを示す。

実施例３．ヒトＦｃＲｎに対する結合の測定

変異抗体のヒトＦｃＲｎへの結合を、エンドソーム中で自然に結合されるｐＨである、ｐＨ６．０で測定した。ベータ２ミクログロブリンおよびＦｃＲｎのＨｉｓタグ付きアルファ鎖遺伝子をコード化するベクターを構築し、２９３Ｔ細胞に同時導入し、ニッケルクロマトグラフィーを使用して精製した。標準的なＮＨＳ／ＥＤＣ化学反応を用いて、ヒトＦｃＲｎをＣＭ５チップ表面に結合することにより、Ｂｉａｃｏｒｅ３０００装置でｐＨ６．０でのヒトＦｃＲｎ（ｈＦｃＲｎ）の抗体親和性を測定した。ＷＴおよび変異抗体を２５〜１００ｎＭの濃度の移動相中で使用して、反応を共鳴単位で測定した。ｐＨ６．０で会合相および解離相を得、その後ｐＨ７．４のバッファを注入し、より高いｐＨでの受容体からの抗体の放出を測定した。抗体およびバッファのサイクルは、ベースライン反応のみを提供し、これを各試料のセンサーグラムから差し引いた。

図７は、２つの関連するｐＨでの、天然ＩｇＧ１および選択Ｆｃ変異抗体のヒトＦｃＲｎへの結合についてのＢｉａｃｏｒｅセンサーグラムを示す。データは、野生型および変異抗体がｐＨ６．０でＦｃＲｎチップに容易に結合し、エンドソームにおいてと同様に、該ｐＨでゆっくりと解離し、さらにエンドソーム膜への再利用、およびより高いｐＨの血清への暴露時と同様、ｐＨ７．４で急速に放出することを示す。

ＦｃＲｎ会合／解離曲線は、恐らく抗体および受容体が多原子価であるか、またはチップが不均質であるために、単純なＬａｎｇｍｕｉｒモデルとは近似しなかった。偽Ｋａ値（Ｋａ^＊と称される）は、０ＲＵに固定した屈折率（ＲＩ）での変化を用いる配座変化モデルに近似させることにより判定した。選択変異抗体についてのこれらの値を図８にプロットする。それぞれの変異体のその親ＩｇＧと比較した相対的親和性を、等式、倍数＝（ＷＴＫａ^＊／変異体Ｋａ^＊）によって算出した。ＩｇＧ１Ｆｃ領域におけるすべてのＦｃ変異体についての相対的結合データを図９に示し、ＩｇＧ２Ｆｃ領域（定常鎖ＩｇＧ１およびＩｇＧ１／２）を持つ抗体における変異体についての結合データを図１０に示す。多くの変異体について、結合実験を複数回（ｎ）繰り返し、これについて、それぞれの特定の結合実験内でＷＴＩｇＧの親を参照して、倍数を算出した。これらのデータの平均化により、図９および１０に示す平均値および標準偏差が提供された。

図９および１０は、多くの操作された変異体が、ＷＴＩｇＧ１と比べて、ｐＨ６．０でヒトＦｃＲｎにより高い親和性で結合することを示す。改善は、所与の位置における置換の同一性に大きく依存した。例えば、２倍を結合の改善の基準として用いると、ＩｇＧ２の４３４位での多くの突然変異は、親和性を増加させ（Ａ、Ｓ、Ｙ、Ｆ、およびＷ）、一部は中立であり（ＷＴＩｇＧ２の２倍以内）（Ｇ、Ｈ、Ｍ、およびＴ）、多くの置換は親和性を減少させた（＜０．５倍）（Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、ＲおよびＶ）。ＩｇＧ１の関連におけるより強い結合が、必ずしもＩｇＧ２におけるより強い結合であるとは限らなかった（例えば、４３４ＴはＩｇＧ１では改善したが、ＩｇＧ２では改善しなかった）。さらに、単一変異体によって提供された改善が、組み合わされると、常に相加的であるわけではなかった。図１１ａは、選択二重置換変異体による実験的ＦｃＲｎ結合倍数を、それらを構成する個々の単一変異体によるＦｃＲｎ結合倍数の産物に対してプロットすることにより、これをグラフで示す。直線は、完全な相加性、つまり、単一置換の産物から予期または予測される値を表す。多くの二重変異体がこの線に該当するか、あるいはそれに近い（２５９Ｉ／３１９Ｉ、２５９Ｉ／４２８Ｌ、３１９Ｉ／４２８Ｌおよび３０８Ｆ／４２８Ｌ）。いくつかの変異体は、相加的よりも少ない（３１９Ｉ／３０８Ｆ、２５２Ｙ／４２８Ｌおよび４２８Ｌ／４３４Ｍ）。これらの変異体について、特に最後の２つの場合（２５２Ｙ／４２８Ｌおよび４２８Ｌ／４３４Ｍ）、単一置換の親和性の改善は、組み合わされると、互いに不適合となるように思われる。意外にも、変異体２５９Ｉ／３０８Ｆおよび４２８Ｌ／４３４ＳのＦｃＲｎ親和性の改善は、それらのそれぞれ単一置換の親和性から予期されたよりも強かった。これらの特定の単一置換は、組み合わされると、予期しない相乗的改善を有した。実験的親和性と、単一変異体の親和性から予期されたものとの間の差異を、変異体をそれらの複合単一変異体によって分類して、図１１ｂにプロットする（左に２５９Ｉ、３０８Ｆおよび３１９Ｉ、そして右に４８２Ｌとの組み合わせ）。相乗作用は、予測値に対する実験値の倍数を算出し、次いで１に標準化し、百分率に変換することにより、定量化することができる（相乗作用％＝１００ｘ［（実験的倍
数／予測倍数）−１］］。この分析を、変異体をそれらの複合単一変異体によって分類して、図１１ｂにプロットする。本グラフは、再度、一部の変異体、特に２５９Ｉ／３０８Ｆおよび４２８Ｌ／４３４Ｓの相乗作用を強調している。また、図１１ｂおよび１１ｃは、スクリーニングから、いくつもの最良の単一置換の組み合わせの、予測不可能な性質を強調している。例えば、４２８Ｌの、４３４Ｓおよび２５９Ｉとの組み合わせが相乗的な結合の改善を提供するのに対して、２５２Ｙまたは４３４Ｍは、４２８Ｌと組み合わされると否定的な影響がある。４２８Ｌの４３４Ｓとの組み合わせと、４３４Ｍとの組み合わせとの間の著しい差異は、所与の位置での置換の特定のアミノ酸同一性の重要性をさらに強調している。

実施例４．他の抗体の関連における変異体の試験

選択変異体は、ＴＮＦ（ＴＮＦα）、ＣＤ２５（ＴＡＣ）、ＥＧＦＲ、およびＩｇＥを含む、他の抗原を標的とする抗体の関連において構築した。図４は、本発明において使用された、これらの抗原を標的とする抗体のＶＨおよびＶＬ領域のアミノ酸配列を提供する。ＷＴおよびＦｃ変異体抗ＴＮＦ抗体は、関節リウマチ（ＲＡ）、若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）、乾癬性関節炎（ＰｓＡ）、強直性脊椎炎（ＡＳ）、およびクローン病（ＣＤ）の治療用に現在承認されている、完全ヒト抗体であるアダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））の可変領域を含有する。ＷＴおよびＦｃ変異抗ＣＤ２５抗体は、Ｈ１．８／Ｌ１抗ＴＡＣと称される、抗ＴＡＣ抗体のヒト化型である（Ｊｕｎｇｈａｎｓｅｔａｌ．，１９９０，ＣａｎｃｅｒＲｅｓｅａｒｃｈ５０：１４９５−１５０２）。ＷＴおよびＦｃ変異抗ＥＧＦＲ抗体は、Ｈ４．４２／Ｌ３．３２Ｃ２２５と称される、マウス抗体Ｃ２２５のヒト化型である。最後に、ＷＴおよびＦｃ変異抗ＩｇＥ抗体は、アレルギー性喘息の治療用に承認されている、ヒト化抗体、オマリズマブ（Ｘｏｌａｉｒ（登録商標））の可変領域を含有する。

ＷＴおよび変異抗体は、前述のとおり構築、発現、および精製した。前述のとおりＢｉａｃｏｒｅによって、ｐＨ６．０で、ヒトＦｃＲｎへの結合について抗体を試験した。変異抗ＴＮＦ、−ＣＤ２５、−ＥＧＦＲ、および−ＩｇＥ抗体のヒトＦｃＲｎへの相対的結合データを、図１２に提供する。理解され得るように、変異体は、さまざまな抗原を標的とする抗体の関連において、ＦｃＲｎ親和性を改善する。

実施例５．ヒトＦｃＲｎノックインマウスにおける薬物動態実験

選択変異体が半減期を改善する能力を生体内で試験するために、マウスＦｃＲｎのヘテロ接合ノックアウト、およびヒトＦｃＲｎのヘテロ接合ノックイン（ｍＦｃＲｎ^−／−、ｈＦｃＲｎ^＋）である、Ｂ６マウス（本出願においてｈＦｃＲｎまたはｈＦｃＲｎ^＋マウスと称される）において、薬物動態実験を実施した（Ｐｅｔｋｏｖａｅｔａｌ．，２００６，ＩｎｔＩｍｍｕｎｏｌ１８（１２）：１７５９−６９、参照することによりその全体が組み込まれる）。抗ＶＥＧＦ抗体の単回静脈内尾静脈注射（２ｍｇ／ｋｇ）を、体重によってランダム化した（２０〜３０ｇの範囲）、４〜７匹のメスマウスの群に行った。血液（約５０ｕｌ）を各時間点で眼窩叢（ｏｒｂｉｔａｌｐｌｅｘｕｓ）から抜き、血清に処理し、分析まで−８０℃で保存した。研究期間は２８日間または４９日間であった。これらの研究期間中、動物を傷つけることはなかった。

抗体濃度は、２回のＥＬＩＳＡアッセイを使用して決定した。最初の２つの研究（研究１および研究２と称される）では、ヤギ抗ヒトＦｃ抗体（ＪａｃｋｓｏｎＩｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）をプレートに付着させ、ウェルをＰＢＳＴ（０．０５％のＴｗｅｅｎを含むリン酸緩衝食塩水）で洗浄し、ＰＢＳＴ中３％のＢＳＡでブロックした。血清または較正基準を添加し、次いでＰＢＳＴ洗浄、ユーロピウムで標識した抗ヒトＩｇＧ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）の追加、そしてさらにＰＢＳＴ洗浄を行った。時間分解蛍光シグナルを収集した。研究３〜５については、血清濃度を同様のＥＬＩＳＡを使用して検出したが、組み換えＶＥＧＦ（ＶＥＧＦ−１６５、ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ，ＲｏｃｋｙＨｉｌｌ，ＮＪ）を捕獲試薬として使用し、ビオチン化抗ヒトカッパ抗体、およびユーロピウムで標識したストレプトアビジンを用いて検出を行った。ＰＫパラメータは、ＷｉｎＮｏｎＬｉｎ（ＰｈａｒｓｉｇｈｔＩｎｃ、ＭｏｕｎｔａｉｎＶｉｅｗＣＡ）を使用して非区分モデルを用いて個々のマウスについて決定した。時間点の均一な計量とともに、公称時間および用量を使用した。使用した時点（ラムダＺ範囲）は、４日目から研究の最後までであったが、より早く除去される突然変異体、Ｐ２５７ＮおよびＰ２５７Ｌについてはすべての時点を使用した。

ｍＦｃＲｎ^−／−ｈＦｃＲｎ^＋マウスにおいて、５つの抗体ＰＫ研究を行った。図１３は、それぞれＷＴおよび変異体のＩｇＧ１（研究３）およびＩｇＧ２（研究５）抗体の血清濃度データを示す。ｍＦｃＲｎ^−／−ｈＦｃＲｎ^＋マウスにおいて行われた、すべての生体内ＰＫ研究からの近似したＰＫパラメータを、図１４に提供する。ＰＫデータには、血清からの抗体の除去を特徴付けるベータ相を表す半減期、観測される最大血清濃度を表すＣｍａｘ、濃度時間曲線下面積を表すＡＵＣ、および血清からの抗体のクリアランスを表すクリアランスが含まれる。また、各変異体について、ＩｇＧ１またはＩｇＧ２親抗体に対する、半減期の改善または減少の算出倍数を提供する［半減期倍数＝半減期（変異体）／半減期（ＷＴ）］。

データは、強化されたＦｃＲｎ親和性を有する多くの操作されたＦｃ変異抗体が、ｐＨ６．０で生体内半減期を延ばすことを示す。図１５ａは、ＩｇＧ１抗体のＦｃＲｎ結合倍数に対する生体内半減期のプロットを、選択変異体を表示して示す。反復実験からの結果（図内で丸が付けられた）は、生体内モデルからのデータが再現可能であることを示す。最良の単一変異体は３０８Ｆおよび４３４Ｓを含み、最良の二重変異体は２５９Ｉ／３０８Ｆ、３０８Ｆ／４２８Ｌ、３０８Ｆ／４３４Ｓ、および４２８Ｌ／４３４Ｓを含み、最良の三重変異体は２５９Ｉ／３０８Ｆ／４２８Ｌである。ＦｃＲｎに対する親和性と生体内半減期との間に一般的相関はあるが、完全に予測可能ではない。とりわけ、変異体２５７Ｌおよび２５７Ｎは、ＦｃＲｎ結合をそれぞれ３．４倍および３．５倍改善したが、生体内半減期をそれぞれ０．６および０．３減少した。また、プロットは、所与の位置での置換のアミノ酸相同性の重要性を再度強調し、一方、３０８Ｆ／４３４Ｓは実質的な半減期の改善を提供し、３０８Ｆ／４３４ＭはかろうじてＷＴＩｇＧ１よりも良かった。

図１５ｂは、ＩｇＧ２変異抗体のＦｃＲｎ結合倍数に対する生体内半減期のプロットを、変異体を表示して示す。ＩｇＧ２生体内データをＩｇＧ１生体内データと比較すると（図１５ｃ）、意外な結果が得られた。変異体は、ＩｇＧ１Ｆｃ領域においてよりも、ＩｇＧ２Ｆｃ領域の関連において、生体内半減期に対して実質的に大きな改善を提供した。５つのすべての研究のうちのすべての抗体からの、単一変異体および二重変異体の最も長い半減期は、４３４ＳＩｇＧ２および４２８Ｌ／４３４ＳＩｇＧ２によって提供された、それぞれ１２．２および１６．５であった。ＩｇＧ１と比べて、ＩｇＧ２変異体の半減期の著しい改善は、ＩｇＧ２における変異体による改善倍数が、ＩｇＧ１においてと同等、またはさらに低かったにも関わらずであった（４３４ＳＩｇＧ１倍数＝３．８、４３４ＳＩｇＧ２倍数＝４．９、４２８Ｌ／４３４ＳＩｇＧ１倍数＝１７．３、４２８Ｌ／４３４ＳＩｇＧ２倍数＝１４．８）。したがって、予想外に、ＩｇＧ２抗体が、哺乳動物における生体内半減期を改善するために、Ｆｃ変異体に対して最良の適用であり得る。

実施例６．変異イムノアドヘシン

本発明のＦｃ変異体を、イムノアドヘシン（Ｆｃ融合とも称される）の半減期を改善するそれらの能力についても評価した。選択Ｆｃ変異体を、抗ＴＮＦイムノアドヘシン、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））に操作した。エタネルセプトは、ヒトＴＮＦ受容体２（ＴＮＦＲＩＩ）とヒトＩｇＧ１のＦｃ領域との融合物であり、関節リウマチ、若年性特発性関節炎、強直性脊椎炎、乾癬性関節炎、および乾癬の治療用に、臨床的に承認されている。このＦｃ融合物のＩｇＧ２Ｆｃ領域の形も構築し、選択Ｆｃ変異体をこの関連において構築した。本発明において特徴分析される抗ＴＮＦイムノアドヘシンのアミノ酸配列を、図１６に提供する。再帰的ＰＣＲを用いて遺伝子を構築し、ｐＴＴ５ベクターにサブクローン化し、Ｆｃ変異体は、ＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ（登録商標）突然変異誘発法を用いて構築した。イムノアドヘシンを２９３Ｅ細胞において発現させ、前述のとおり精製した。

精製したイムノアドヘシンの結合特異性を、Ｂｉａｃｏｒｅによって組み換えＴＮＦへの結合を試験することにより確認した。イムノアドヘシンを、標準的な１級アミン結合を用いて精製した、固定化したタンパク質Ａ／Ｇ（Ｐｉｅｒｃｅ）ＣＭ５バイオセンサーチップ（Ｂｉａｃｏｒｅ）上に捕獲した。イムノアドヘシンをタンパク質Ａ／Ｇの表面上に固定化し、連続希釈液中の組み換えＴＮＦを抗体結合表面に注入し、その後解離相に移った。各サイクル後、表面をバッファで再生した。データは、注入による変化を説明するために、受容体の注入前の時間および反応をゼロに合わせ、参照チャネルから差し引いて処理した。動的データを１：１結合モデル（Ｌａｎｇｍｕｉｒ）に近似させた。これらの近似から得られた平衡会合定数（Ｋａ）を図１７に提供する。結果は、変異イムノアドヘシンが、ＴＮＦに対して市販のエンブレルと同等の親和性を保持したことを示す。

前述のとおりＢｉａｃｏｒｅを使用して、ｐＨ６．０でのヒトＦｃＲｎへの結合について、変異イムノアドヘシンを試験した。結果（図１８）は、抗体の関連においてと同様、該変異体が、それらのＩｇＧ１およびＩｇＧ２親イムノアドヘシンタンパク質と比べて、ＦｃＲｎへの結合を改善することを示す。

変異イムノアドヘシンの半減期を、前述のｍＦｃＲｎ^−／−ｈＦｃＲｎ^＋マウスにおいて試験した。１群当たり１２匹のマウスに、２ｍｇ／ｋｇの変異および親ＩｇＧ１イムノアドヘシンを注射した。ヤギ抗ヒトＴＮＦＲＩＩ抗体を捕獲試薬として使用したことを除いて、前述のものと同様のＥＬＩＳＡを用いて血清濃度を検出し、検出は、ビオチン化抗ヒトカッパ抗体、およびユーロピウムで標識したストレプトアビジンを用いて行った。図１９は、ＷＴＩｇＧ１Ｆｃおよび変異Ｆｃイムノアドヘシンについての血清濃度データを示す。ＰＫ研究からの、前述の近似したＰＫパラメータを、図２０に提供する。また、各変異体について、１００×変異Ｆｃ融合物の半減期÷ＷＴＩｇＧ１Ｆｃ親の半減期として算出される、半減期の算出増加％も提供する。結果は、変異体が、イムノアドヘシンの関連において、生体内半減期を延ばすことを示す。

実施例７．非ヒト霊長動物における薬物動態実験

非ヒト霊長動物における生物製剤のＰＫ特性は、ヒトにおけるそれらの特性を予測するものとして十分に確立されている。非ヒト霊長動物における、変異抗ＶＥＧＦ抗体の血清半減期を改善する能力を評価するために、カニクイザル（ｍａｃａｃａｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）においてＰＫ研究を行った。

カニクイザルにおけるＰＫ研究の準備として、ｐＨ６．０での変異抗体のカニクイザル（ｃｙｎｏ）ＦｃＲｎ（ｃＦｃＲｎ）への結合を測定した。ヒトＦｃＲｎについて前述したとおり、ｃＦｃＲｎを構築、発現、および精製した。変異抗ＶＥＧＦ抗体のｃＦｃＲｎへの結合は、前述のとおりＢｉａｃｏｒｅを使用して測定した。データを図２１に提供する。結果は、変異体は、ヒトＦｃＲｎについてと同様、ｃｙｎｏＦｃＲｎに対する親和性を改善することを示す。また、より高いｐＨ（７．４）での解離も、ヒトＦｃＲｎに対する結合で観測されたと同様、非常に急速であった（データ図示せず）。これらの結果は、ヒトとｃｙｎｏ受容体との高い配列相同性を鑑みれば意外ではない（ＦｃＲｎアルファ鎖９６％、ベータ−２−ミクログロブリン９１％）。

変異体のＰＫを、非ヒト霊長動物の生体内で研究した。２．３〜５．１ｋｇの重さのオスのカニクイザル（ｍａｃａｃａｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ、カニクイマカクとも称される）を体重によりランダム化し、１群当たり３匹のサルの５群に分けた。サルには、４ｍｇ／ｋｇの抗体を、単回で、１時間、末梢静脈注入した。注入の終了後、５分〜９０日間、血液試料（１ｍｌ）を別個の静脈から抜き、血清に処理し、−７０℃で保存した。これらの研究期間中、動物を傷つけることはなかった。

前述のＶＥＧＦ捕獲法を用いて、抗体濃度を決定した。マウスＰＫ研究において行われたのと同様、濃度対時間を非区分モデルに近似させることによって、ＰＫパラメータを決定した。しかし、ＰＫパラメータの決定に、１０日〜９０日の時間点を用いた。ＰＫ結果を図２２にプロットし、近似したパラメータを図２３に提供する。結果は、変異体が最大３．２倍、抗体の生体内半減期を向上させたことを示す。最も良い事例では（４２８Ｌ／４３４Ｓ変異体）、半減期が９．７日から３１．１日に延びた。カニクイザルにおいて得られたＰＫ結果は、ｍＦｃＲｎ^−／−ｈＦｃＲｎ^＋マウスにおいて得られたものと一致し、変異体の生体内ＰＫ特性を評価するためのシステムとしてのｈＦｃＲｎマウスモデルの正当性を確認し、それらの研究からの結論を支持する。

本発明の具体的な実施形態を説明目的で上述したが、当業者は、付属の特許請求の範囲に記載される本発明から逸脱することなく、詳細の多くの修正を行い得ることを理解するであろう。本出願において引用されるすべての参考文献は、本出願にその全体が組み込まれる。

Claims

医薬として使用するための有効量のポリペプチドを含む医薬組成物であって、前記ポリペプチドが、ヒトＩｇＧＦｃポリペプチドのＦｃ変異体を含み、前記Ｆｃ変異体が４２８位にロイシンを、そして４３４位にセリンを含み、前記Ｆｃ変異体が前記ＩｇＧＦｃポリペプチドと比較して増大した生体内半減期を示し、前記の付番はＫａｂａｔらのＥＵインデックスによる、医薬組成物。
前記のＦｃ変異体を含むポリペプチドがサイトカイン、可溶性タンパク質因子、及び癌細胞で発現するタンパク質から成る群から選択される標的分子に特異性を有する、請求項１に記載の医薬組成物。
前記のＦｃ変異体を含むポリペプチドが抗体である、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
前記抗体がキメラ抗体、ヒト化抗体、又はヒト抗体から成る群から選択される、請求項３に記載の医薬組成物。
前記のＦｃ変異体を含むポリペプチドがＦｃ融合体である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の医薬組成物。
前記医薬組成物が更に、薬学的に許容される担体、賦形剤および安定剤のうちの１又は複数を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の医薬組成物。