[go: up one dir, main page]

RS60207B1 - Adeno-povezani virioni virusa sa varijantama kapsida i postupci za njihovu primenu - Google Patents

Adeno-povezani virioni virusa sa varijantama kapsida i postupci za njihovu primenu

Info

Publication number
RS60207B1
RS60207B1 RS20200498A RSP20200498A RS60207B1 RS 60207 B1 RS60207 B1 RS 60207B1 RS 20200498 A RS20200498 A RS 20200498A RS P20200498 A RSP20200498 A RS P20200498A RS 60207 B1 RS60207 B1 RS 60207B1
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
seq
cell
aav
amino acids
capsid protein
Prior art date
Application number
RS20200498A
Other languages
English (en)
Inventor
David V Schaffer
Ryan R Klimczak
James T Koerber
John G Flannery
Mourot Deniz Dalkara
Meike Visel
Leah C T Byrne
Original Assignee
Univ California
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Univ California filed Critical Univ California
Publication of RS60207B1 publication Critical patent/RS60207B1/sr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • C12N15/861—Adenoviral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701—Specific hybridization probes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • A61K38/1703—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • A61K38/1709—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/0008—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'non-active' part of the composition delivered, e.g. wherein such 'non-active' part is not delivered simultaneously with the 'active' part of the composition
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/0008—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'non-active' part of the composition delivered, e.g. wherein such 'non-active' part is not delivered simultaneously with the 'active' part of the composition
    • A61K48/0025—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'non-active' part of the composition delivered, e.g. wherein such 'non-active' part is not delivered simultaneously with the 'active' part of the composition wherein the non-active part clearly interacts with the delivered nucleic acid
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/0008—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'non-active' part of the composition delivered, e.g. wherein such 'non-active' part is not delivered simultaneously with the 'active' part of the composition
    • A61K48/0025—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'non-active' part of the composition delivered, e.g. wherein such 'non-active' part is not delivered simultaneously with the 'active' part of the composition wherein the non-active part clearly interacts with the delivered nucleic acid
    • A61K48/0041—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'non-active' part of the composition delivered, e.g. wherein such 'non-active' part is not delivered simultaneously with the 'active' part of the composition wherein the non-active part clearly interacts with the delivered nucleic acid the non-active part being polymeric
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/0075—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the delivery route, e.g. oral, subcutaneous
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/0019—Injectable compositions; Intramuscular, intravenous, arterial, subcutaneous administration; Compositions to be administered through the skin in an invasive manner
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/0048—Eye, e.g. artificial tears
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
    • A61P27/02—Ophthalmic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
    • A61P27/02—Ophthalmic agents
    • A61P27/06—Antiglaucoma agents or miotics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/08—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
    • A61P3/10—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • C12N15/864—Parvoviral vectors, e.g. parvovirus, densovirus
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
    • G01N33/5058—Neurological cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/33—Fusion polypeptide fusions for targeting to specific cell types, e.g. tissue specific targeting, targeting of a bacterial subspecies
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering nucleic acids [NA]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C12N2320/32—Special delivery means, e.g. tissue-specific
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14021—Viruses as such, e.g. new isolates, mutants or their genomic sequences
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14121—Viruses as such, e.g. new isolates, mutants or their genomic sequences
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14122—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2750/14142—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector virus or viral particle as vehicle, e.g. encapsulating small organic molecule
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2750/14143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2750/14145—Special targeting system for viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14151—Methods of production or purification of viral material
    • C12N2750/14152—Methods of production or purification of viral material relating to complementing cells and packaging systems for producing virus or viral particles
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2810/00—Vectors comprising a targeting moiety
    • C12N2810/40—Vectors comprising a peptide as targeting moiety, e.g. a synthetic peptide, from undefined source
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Ophthalmology & Optometry (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Dermatology (AREA)
  • Marine Sciences & Fisheries (AREA)
  • Diabetes (AREA)

Description

Opis
POZADINA
[0001] Fotoreceptori su prvi neuroni u retini koji primaju i obrađuju vizuelne informacije, pretvarajući vidljivo elektromagnetno zračenje u hiperpolarizovane odgovore kroz fototransdukciju. Velika većina naslednih bolesti retine dovodi do gubitka ovih ćelija, bilo direktno, kao što su dominantne mutacije koje utiču na zatezanje proteina rodopsina ili indirektno, kao što su recesivne mutacije koje utiču na puteve reciklaže retine kod retinalnog pigmentnog epitela (RPE) .
[0002] AAV pripada porodici Parvoviridae i rodu Dependovirusa, čiji članovi zahtevaju ko-infekciju pomoću pomoćnog virusa kao što je adenovirus za promovisanje replikacije, a AAV uspostavlja latentnu infekciju u odsustvu pomagača. Virioni su sastavljeni od 25 nm ikosadarnog kapsida koji obuhvata 4.9-kanalni jednostruki DNK genom sa dva otvorena okvira čitanja: rep i cap. Nestrukturni rep gen gen kodira četiri regulatorna proteina neophodna za replikaciju virusa, dok cap kodira tri strukturna proteina (VP1-3) koji se sastavljaju u 60-mer kapsidnu školjku. Ovaj virusni kapsid posreduje sposobnosti AAV vektora da prevlada mnoge biološke barijere transdukcije virusa - uključujući vezivanje receptora ćelijske površine, endocitozu, intracelularni saobraćaj i rasipanje u jezgru.
Literatura
[0003] U.S. objava patenta br.2005/0053922; U.S. objava patenta br.2009/0202490; Allocca i dr. (2007) J. Virol.81:11372; Boucas i dr. (2009) J. Gene Med.11:1103.
SAŽETAK PRONALASKA
[0004] Predmetno obelodanjenje pruža adeno-pridruženog virione virusa (AAV) sa izmenjenim kapsidnim proteinom, gde AAV virioni pokazuju veću infektivnost ćelije mrežnjače, kada se primenjuju intratralno ubrizgavanjem, u poređenju sa divljim tipom AAV. Predmetno obelodanjenje dalje pruža metode isporuke genskog proizvoda kod retinalne ćelije kod pojedinca i metode lečenja očnih bolesti.
[0005] Rekombinantni adeno-povezani virion virus (rAAV) ili farmaceutsk sastav koje sadrži takav virion, za upotrebu u postupku lečenja očne bolesti kod pojedinca kome je potrebna, pri čemu kompozicija sadrži farmaceutski prihvatljiv ekscipijent i gde rekombinantni adeno-pridruženi virion virus (rAAV) sadrži: a) varijantni AAV kapsidni protein, pri čemu varijantni AAV kapsidni protein sadrži umetanje peptida u GH petlju kapsidnog proteina u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein,
LALGETTRPA (SEQ ID NO:45); LANETITRPA (SEQ ID NO:46), LAKAGQANNA (SEQ ID
NO:47), LAKDPKTTNA (SEQ ID NO:48), KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID
NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), STGKVPN (SEQ ID NO:60), LAKDTDTTRA (SEQ ID
NO:61), LARAGGSVGA (SEQ ID NO:62), LAAVDTTKFA (SEQ ID NO:63), and LASTGKVPNA (SEQ ID NO:64); i
b) heterologna nukleinska kiselina koja sadrži sekvencu nukleotida koja kodira genski proizvod; gde varijantni protein kapsida inficira retinalnu ćeliju.
[0006] Prema pronalasku, obezbeđen je rekombinantni adeno-pridruženi virus (rAAV) virion koji sadrži:
a) varijantni AAV kapsidnog proteina, pri čemu varijantni AAV kapsidnog proteina sadrži umetanje peptida u petlju kapsidnog proteina GH u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, pri čemu ubacivanje sadrži aminokiselinsku sekvencu odabranu iz LALGETTRPA (SEQ ID NO:45);
LANETITRPA (SEQ ID NO:46), LAKAGQANNA (SEQ ID NO:47), LAKDPKTTNA (SEQ ID
NO:48), LAKDTDTTRA (SEQ ID NO:61), LARAGGSVGA (SEQ ID NO:62), LAAVDTTKFA (SEQ
ID NO:63), i LASTGKVPNA (SEQ ID NO:64, i gde varijanta kapsidnog proteina daje infektivnost ćelije mrežnice; i
b) heterologna nukleinska kiselina koja sadrži nukleotidnu sekvencu koja kodira genski proizvod.
[0007] Prema pronalasku obezbeđena je farmaceutski sastav koji sadrži:
a) rekombinantni adeno-pridruženi virus viriona ovog pronalaska; i
b) farmaceutski prihvatljiv ekscipijens.
[0008] Prema pronalasku obezbeđena je izolovana nukleinska kiselina koja sadrži nukleotidnu sekvencu koja kodira varijantu kapsidnog proteina sa adeno-asociranim virusom (AAV) ovog pronalaska.
[0009] Prema pronalasku obezbeđena je izolovana, genetski modifikovana ćelija domaćina koja sadrži nukleinsku kiselinu ovog pronalaska.
KRATAK OPIS CRTEŽA
[0010]
Slika 1 pruža reprezentativni trodimenzionalni model AAV2 koji sadrži slučajni heptamer koji sledi aminokiselinu 587.
Slika 2 prikazuje veće nivoe intravitrealne transdukcije pomoću varijante AAV2 7M8 (desno), u odnosu na AAV2 (levo).
Slika 3 pruža reprezentativne fluorescentne slike krio isečaka retinalnih ćelija koji pokazuju eksprimiranje zelenog fluorescentnog proteina (GFP) koja je rezultat 7M8 koja nosi GFP gen pod kontrolom sveobuhvatnog CAG promotera (levo) ili Rho promotera specifičnog za fotoreceptor (desno).
Slika 4 prikazuje GFP<+>fotoreceptorske ćelije na milion ćelija retine, računato protočnom citometrijom, nakon transdukcije pomoću 7M8 ili 7M8 koji nosi 4 tirozinske mutacije (7m8.4IF). Slika 5 daje aminokiselinsku sekvencu AAV2 VP1 (SEQ ID NO: 1).
Slika 6 pruža sekvence aminokiselina koje odgovaraju aminokiselinama 570-610 AAV2 (Slika 5) AAV kapsidnog proteina VP 1 različitih AAV serotipova.
Slike 7A-I prikazuju strukturna poboljšanja u retlini Rslh-l- miša nakon prenosa gena.
Slike 8A-D prikazuju funkcionalno spasavanje elektroretinograma A i B talasa nakon isporuke RS1 gena.
Slike 9A-E prikazuju trajna poboljšanja debljine retine merene na 10 meseci posle tretmana 7m8-rho-RS1.
Slika 10 pruža aminokiselinsku sekvencu retinozisina.
Slika 11 pruža aminokiselinsku sekvencu neurotrofičnog faktora izvedenog iz mozga.
Slika 12 pruža aminokiselinsku sekvencu RPE65.
Slike 13A-C pružaju nukleotidnu sekvencu konstrukcije 7m8-rho-RS1.
Slika 14 pruža aminokiselinsku sekvencu periferina-2.
Slika 15 pruža aminokiselinsku sekvencu periferina.
Slika 16 pruža aminokiselinsku sekvencu retinitis pigmentoze GTPase regulator-interagujućeg proteina-1.
Slike 17A-C pružaju poravnanje aminokiselinskih sekvenci AAV kapsidnih proteinskih petlje IV (GH petlje). Nalepnice su prikazane podebljane i podvučene.
Slike 18A-C pružaju poravnanje aminokiselinskih sekvenci AAV kapsidnih proteina GH petlje regiona, sa heterolognim peptidnim insertima.
Slika 19 pruža sliku fluorescencije fundusa koja pokazuje GFP eksprimiranje u centralnoj primatnoj retini 9 nedelja posle primene 7m8 koja nosi GFP pod kontrolom promoterskog konektina36.
DEFINICIJE
[0011] Izraz „retinalna ćelija“ ovde može da se odnosi na bilo koju od ćelija koju sadrži retina, kao što su ćelije retinalne ganglije, amakrine ćelije, horizontalne ćelije, bipolarne ćelije i ćelije fotoreceptora uključujući štapićaste i kupaste, Milerove glialne ćelije, i epitelijum pigmentiranog retinalnog organa.
[0012] „AAV“ je skraćenica za adeno-pridruženi virus, i može se koristiti da se odnosi na sam virus ili njegove derivate. Izraz obuhvata sve podtipove i oba prirodna i rekombinantna oblika, osim ako to nije potrebno drugačije. Skraćenica „rAAV“ se odnosi na rekombinantni adeno-pridruženi virus, koji se takođe naziva rekombinantnim AAV vektorom (ili „rAAV vektor“). Izraz „AAV“ obuhvata AAV tip 1 (AAV-1), AAV tip 2 (AAV-2), AAV tip 3 (AAV-3), AAV tip 4 (AAV-4), AAV tip 5 (AAV-5) , AAV tip 6 (AAV-6), AAV tip 7 (AAV-7), AAV tip 8 (AAV-8), ptičji AAV, goveđi AAV, pseći AAV, konjski AAV, primatski AAV, neprimatski AAV i ovčji AAV. „Primatski AAV“ odnosi se na AAV koji napada primate, „neprimatski AAV“ odnosi se na AAV koji napada neprimatske sisare, „goveđi AAV“ odnosi se na AAV koji napada goveđe sisare itd.
[0013] Genomske sekvence različitih serotipova AAV-a, kao i sekvence prirodnih terminalnih ponavljanja (TR), Rep-proteina i podjedinica kapsida poznate su u struci. Takve sekvence mogu se naći u literaturi ili u javnim bazama podataka kao što je GenBank. Pogledati npr. GenBank Accession Numbers NC_002077 (AAV-1), AF063497 (AAV-1), NC_001401 (AAV-2), AF043303 (AAV-2), NC_001729 (AAV-3), NC_001829 (AAV-4), U89790 (AAV-4), NC_006152 (AAV-5), AF513851 (AAV-7), AF513852 (AAV-8), and NC_006261 (AAV-8); za podučavanje AAV nukleinske kiseline i aminokiselinske sekvence. Pogledati takođe, npr., Srivistava i dr. (1983) J. Virology 45:555; Chiorini i dr. (1998) J. Virology 71:6823; Chiorini i dr. (1999) J. Virology 73:1309; Bantel-Schaal i dr. (1999) J. Virology 73:939; Xiao i dr. (1999) J. Virology 73:3994; Muramatsu i dr. (1996) Virology 221:208; Shade i dr.,(1986) J. Virol. 58:921; Gao i dr. (2002) Proc. Nat. Acad. Sci. USA 99:11854; Moris i dr. (2004) Virology 33:375-383; Međunarodne patentne publikacije WO 00/28061, WO 99/61601, WO 98/11244; i U.S. Pat. No.6,156,303.
[0014] „rAAV vektor“ koji se ovde koristi odnosi se na AAV vektor koji sadrži polinukleotidnu sekvencu koja nije AAV porekla (tj., polinukleotid heterologan za AAV), tipično sekvencu koja je od interesa za genetsku transformaciju ćelije. Uopšteno, heterologni polinukleotid je okružen sa najmanje jednom, a generalno sa dve, AAV inverzne terminalne ponavljajuće sekvence (ITR). Izraz rAAV vektor obuhvata rAAV vektorske čestice i rAAV vektorske plazmide. Vektor rAAV može biti jednostruk (ssAAV) ili samokomplementarni (scAAV).
[0015] „AAV virus“ ili „AAV virusna čestica“ ili „vektorska čestica rAAV“ se odnosi na virusnu česticu koja se sastoji od najmanje jednog AAV kapsidnog proteina (obično od svih kapsidnih proteina AAV divljeg tipa) i enkapsidirani polinukleotidni rAAV vektor. Ako čestica sadrži heterologni polinukleotid (tj. polinukleotid koji nije genotip AAV divljeg tipa, kao što je transgen koji se isporučuje u ćeliju sisara), obično se naziva „rAAV vektorska čestica“ ili jednostavno „rAAV vektor“. Stoga, proizvodnja rAAV čestice nužno uključuje proizvodnju rAAV vektora, jer se takav vektor nalazi unutar jedne rAAV čestice.
[0016] „Pakovanje“ se odnosi na niz intracelularnih događaja koji rezultuju sastavljanjem i enkapsidacijom AAV čestice.
[0017] AAV „rep“ i „cap“ geni odnose se na polinukleotidne sekvence koje kodiraju replikacione i enkapsidacijske proteine adeno-povezanog virusa. AAV rep i cap ovde se nazivaju AAV „geni za pakovanje“.
[0018] „Pomoćni virus“ za AAV se odnosi na virus koji dozvoljava AAV (npr. divlji tip AAV) da se replicira i pakuje od strane ćelija sisara. Različiti takvi pomoćni virusi za AAV su poznati u struci, uključujući adenoviruse, herpesviruse i poksviruse kao što je vaccinia. Adenovirusi obuhvataju niz različitih podgrupa, iako se najčešće koristi adenovirus tip 5 podgrupe C. Brojni adenovirusi ljudskog, ne-ljudskog sisarskog i ptičjeg porekla su poznati i dostupni od depozitorijuma kao što je ATCC. Virusi familije herpesa uključuju, na primer, viruse herpes simpleksa (HSV) i Epstajn-Bar viruse (EBV), kao i citomegaloviruse (CMV) i pseudorabies viruse (PRV); koji su takođe dostupni od depozitorija kao što je ATCC.
[0019] „Funkcija pomoćnog virusa“ odnosi se na funkciju kodiranu u genom pomoćnog virusa koja omogućava replikaciju AAV i pakovanje (zajedno sa drugim zahtevima za replikaciju i pakovanje koji su ovde opisane). Kao što je ovde opisano, „funkcija pomoćnog virusa“ može se pružiti na više načina, uključujući pružanje pomoćnog virusa ili pružanje, na primer, polinukleotidnih sekvenci koje kodiraju potrebne funkcije na ćeliju proizvođača u trans. Na primer, plazmid ili drugi vektor eksprimiranja koji sadrže nukleotidne sekvence koji kodiraju jedan ili više adenovirusnih proteina transfekuju se u ćeliju proizvođača zajedno sa vektorom rAAV.
[0020] „Zarazni“ virus ili virusna čestica je ona koja sadrži kompetentno sastavljen virusni kapsid i sposobna je da isporuči polinukleotidnu komponentu u ćeliju za koju je virusna vrsta tropična. Izraz ne podrazumeva nijedan potencijal replikacije virusa. Analize za brojanje infektivnih virusnih čestica opisane su na drugim mestima u ovom obelodanjenju i u struci. Virusna infektivnost se može izraziti kao odnos zaraznih virusnih čestica sa ukupnim virusnim česticama. Postupci određivanja odnosa zaraznih virusnih čestica sa ukupnim virusnim česticama su poznati u struci. Pogledati, npr., Grainger i dr. (2005) Mol. Ther.11:S337 (describing a TCID50 infectious titer assay); and Zolotukhin i dr. (1999) Gene Ther.6:973. Pogledati takođe i primere.
[0021] Virus „sposoban za replikaciju“ (npr. sposoban za replikaciju AAV) odnosi se na fenotipski virus divljeg tipa koji je infektivan i takođe se može replicirati u inficiranoj ćeliji (tj. U prisustvu pomoćnog virusa ili funkcija pomoćnog virusa). U slučaju AAV-a, sposobnost replikacije generalno zahteva prisustvo funkcionalnih gena za pakovanje AAV-a. Generalno, vektori rAAV kao što je ovde opisano su nesposobne za replikaciju u ćelijama sisara (naročito u ljudskim ćelijama) zbog nedostatka jednog ili više AAV pakovanja gena. Tipično, takvi vektori rAAV-a nemaju sekvence gena za pakovanje AAV-a, kako bi se smanjila mogućnost da se AAV kompetencije replikacije generišu rekombinacijom između AAV pakovanja gena i dolazećeg rAAV vektora. U mnogim otelotvorenjima rAAV vektorski preparati kao što su ovde opisani su oni koji sadrže malo, ako uopšte, AAV sposobnih za replikaciju (rcAAV, takođe poznat kao RCA) (npr. manje od oko 1 rcAAV po 102 rAAV čestica, manje od oko 1 rcAAV po 104 rAAV čestica, manje od oko 1 rcAAV na 108 rAAV čestica, manje od oko 1 rcAAV na 1012 rAAV čestica ili bez rcAAV).
[0022] Izraz „polinukleotid“ se odnosi na polimerni oblik nukleotida bilo koje dužine, uključujući dezoksiribonukleotide ili ribonukleotide ili njihove analoge. Polinukleotid može da sadrži modifikovane nukleotide, kao što su metilovani nukleotidi i nukleotidni analozi, i mogu se prekinuti ne-nukleotidnim komponentama. Ukoliko su prisutne, modifikacije nukleotidne strukture mogu se preneti pre ili nakon montaže polimera. Izraz polinukleotid, kako se ovde koristi, odnosi se na zamenjive na dvostruke i jednostruke molekule. Osim ako nije drugačije naznačeno ili obavezno, bilo koje ovde opisano otelotvorenje pronalaska, to jest polinukleotida, obuhvata i dvostruki oblik i svaki od dva komplementarna jednostrana oblika poznata ili predviđena da sastavljaju dvostruki oblik.
[0023] Reakcije hibridizacije nukleinske kiseline mogu se izvesti u uslovima različite „strogosti“. Uslovi koji povećavaju strogost reakcije hibridizacije poznati su i objavljeni u struci. Pogledati, npr., Sambrook i dr. Molecular Clowning, A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989. Na primer, pogledati stranicu 7.52 od Sambrook i dr. Primeri relevantnih uslova uključuju (u poređenju sa povećanjem strogosti): temperature inkubacije od 25°C, 37°C, 50°C i 68°C; Koncentracije pufera od 10 x SSC, 6 x SSC, 1 x SSC, 0,1 x SSC (gde je 1 x SSC 0,15 M NaCl i 15 mM citratni pufer) i njihovi ekvivalenti koristeći druge sisteme pufera; Koncentracije formamida od 0%, 25%, 50% i 75%; inkubacijska vremena od 5 minuta do 24 sata; 1, 2 ili više koraka pranja; vreme inkubacije pranja od 1, 2 ili 15 minuta; i rastvori za pranje 6 x SSC, 1 x SSC, 0,1 x SSC ili dejonizovana voda. Primer strogih uslova hibridizacije je hibridizacija na 50°C ili više i 0,13SSC (15 mM natrijum hlorid/1,5 mM natrijum citrat). Još jedan primer strogih uslova hibridizacije je inkubacija preko noći na 42°C u rastvoru: 50% formamida, 1 x SSC (150 mM NaCl, 15 mM natrijum citrata), 50 mM natrijum fosfata (pH 7,6), 5 x Denhardtov rastvor, 10 % dekstran sulfata i 20 mg/ml denaturisan, DNK sperme lososa, nakon čega se filteri peru u 0,1 x SSC na oko 65°C. Kao još jedan primer, strogi uslovi hibridizacije obuhvataju: prehribidizaciju tokom 8 sati preko noći na 65°C u rastvoru koji sadrži 6X jednog citratnog jedinjenja (SSC) (1X SSC je 0,15 M NaCl, 0,015 M Na citrat, pH 7,0), 5X Denhardtov rastvor, 0,05% natrijum pirofosfata i DNK sperme haringe 100 mg/ml; hibridizacija tokom 18-20 sati na 65°C u rastvoru koji sadrži 6X SSC, 1X Denhardtov rastvor, tRNK kvasca 100 mg/ml i 0,05% natrijum pirofosfata; i pranje filtera na 65°C tokom 1 časa u rastvoru koji sadrži 0,2X SSC i 0.1% SDS (natrijum dodecil sulfat).
[0024] Strogi uslovi hibridizacije su uslovi hibridizacije koji su barem toliko strogi kao gore navedeni reprezentativni uslovi. Ostali strogi uslovi hibridizacije su poznati u struci i mogu se takođe koristiti za identifikaciju nukleinskih kiselina ovog konkretnog otelotvorenja pronalaska.
[0025] „Tm“ je temperatura u stepenima celzijusa na kojoj je 50% polinukleotidnog dupleksa napravljenog od komplementarnih vodoničnih vlakana povezano u paralelnom pravcu pomoću Votson-Krik baznog uparivanja disocijata u pojedinačne linije pod uslovima eksperimenta. Tmse može predvite prema standardnoj formuli, kao što je:
Tm= 81,5 16,6 log[X<+>] 0,41 (%G/C) – 0,61 (%F) – 600/L
gde je [X<+>] koncentracija katjona (najčešće natrijum jon, Na<+>) u mol/L; (% G/C) je broj ostataka G i C kao procenat ukupnih ostataka u dupleksu; (% F) je procenat formamida u rastvoru (wt/vol); i L je broj nukleotida u svakoj vrsti dupleksa.
[0026] Polinukleotid ili polipeptid imaju određeni procenat „identičnosti sekvence“ sa drugim polinukleotidom ili polipeptidom, što znači da kada su poravnati, taj procenat baza ili aminokiselina je isti kada se uporede dve sekvence. Sličnost sekvence može se odrediti na više različitih načina. Da bi se utvrdila identičnost sekvence, sekvence mogu biti poravnate koristeći postupke i računarske programe, uključujući BLAST, dostupne putem Interneta na ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/. Drugi algoritam poravnanja je FASTA, dostupan u paketu Genetics Computing Group (GCG) iz Madison, Wisconsin, USA, podružnica u potpunom vlasništvu Oxford Molecular Group, Inc. Ostale tehnike za poravnjanje opisane su u Methods in Enzymology, vol. 266: Computer Methods for Macromolecular Sequence Analysis (1996), ed. Doolittle, Academic Press, Inc., a division of Harcourt Brace & Co., San Diego, California, USA. Od posebnog interesa su programi poravnanja koji dozvoljavaju praznine u nizu. Smit-Voterman je jedna vrsta algoritma koji dozvoljava praznine u poravnanju sekvence. Pogledati Meth. Mol. Biol.70: 173-187 (1997). Takođe, GAP program koji koristi postupak poravnanja Nidlemen i Vunš može se koristiti za usklađivanje sekvenci. Pogledati J. Mol. Biol.48: 443-453 (1970).
[0027] Interesantan je program BestFit koji koristi lokalni homologni algoritam Smit i Voterman (Advances in Applied Mathematics 2: 482-489 (1981)) kako bi se utvrdila identičnost sekvence. Penal za stvaranje jaza se uglavnom kreće od 1 do 5, obično 2 do 4, a u mnogim otelotvorenjima će biti 3. Penal za produžavanja jaza se uglavnom kreće od oko 0,01 do 0,20 i u mnogim slučajevima biti 0,10. Program ima podrazumevane parametre određene sekvencama upisanim za upoređivanje. Poželjno, identičnost sekvence se određuje koristeći koristeći podrazumevane parametre određene programom. Ovaj program je dostupan i iz paketa Genetics Computing Group (GCG) iz Madison, Wisconsin, SAD.
[0028] Drugi program od interesa je FastDB algoritam. FastDB je opisan u Current Methods in Sequence Comparison and Analysis, Macromolecule Sequencing and Synthesis, Selected Methods and Applications, pp.127-149, 1988, Alan R. Liss, Inc. Procenat identičnosti sekvene izračunava FastDB na osnovu sledećih parametara:
Mismatch Penalty: 1,00;
Gap Penalty: 1,00;
Gap Size Penalty: 0,33; i
Joining Penalty: 30,0.
[0029] „Gen“ se odnosi na polinukleotid koji sadrži bar jedan otvoren okvir za čitanje koji je sposoban da kodira određeni protein nakon što se transkribuje i prevede.
[0030] „Gen proizvod“ je molekul koji proizilazi iz eksprimiranja određenog gena. Geni proizvodi uključuju, na primer, polipeptid, aptamer, interferišući RNK, mRNK i slično.
[0031] „Mala interferencija“ ili „RNK kratke interferencije“ ili siRNK je dupleks nukleotida RNK koja je ciljana za gen od interesa („ciljani gen“). „RNK dupleks“ odnosi se na strukturu formiranu komplementarnim uparivanjem između dve regije molekula RNK. siRNK je „ciljana“ na gen po tome što je nukleotidna sekvenca dupleks dela siRNK komplementarna nukleotidnoj sekvenci ciljanog gena. U nekim otelotvorenjima dužina dupleksa siRNK je manja od 30 nukleotida. U nekim otelotvorenjima dupleks može biti 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11 ili 10 nukleotida dužine. U nekim otelotvorenjima dužina dupleksa je dužine 19-25 nukleotida. RNK dupleks deo siRNK može biti deo strukture ukosnice. Osim dupleksa, struktura ukosnice može sadržati deo petlje postavljen između dve sekvence koje formiraju dupleks. Petlja može varirati u dužini. U nekim otelotvorenjima petlja je dužine 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ili 13 nukleotida. Struktura ukosnice može takođe sadržati 3' ili 5' višak delove. U nekim otelotvorenjima, višak je 3' ili 5' višak dužine 0, 1, 2, 3, 4 ili 5 nukleotida.
[0032] „Kratka ukosnica RNK“, ili shRNK, je polinukleotidni konstrukt koji se može napraviti da eksprimira interferišuću RNK kao što je siRNK.
[0033] „Rekombinantno“, kao što se primenjuje na polinukleotid, znači da je polinukleotid proizvod različitih kombinacija kloniranja, ograničenja ili postupaka ligiranja i drugih postupaka koji rezultuju konstruktom koji se razlikuje od polinukleotida koji se nalazi u prirodi. Rekombinantni virus je virusna čestica koja sadrži rekombinantni polinukleotid. Izrazi su, između ostalog, i replikacije prvobitnog polinukleotidnog konstrukta i potomstva prvobitnog virusa.
[0034] „Kontrolni element“ ili „kontrolna sekvenca“ je nukleotidna sekvenca uključena u interakciju molekula koja doprinosi funkcionalnoj regulaciji polinukleotida, uključujući replikaciju, dupliranje, transkripciju, spajanje, translaciju ili degradaciju polinukleotida. Regulacija može uticati na frekvenciju, brzinu ili specifičnost procesa i može se po prirodi poboljšati ili inhibirati. Kontrolni elementi poznati u struci uključuju, na primer, transkripcijske regulatorne sekvence, kao što su promoteri i poboljšivači. promoter je regija DNK sposobna pod određenim uslovima na vezivanje RNK polimeraze i iniciranje transkripcije kodirajuće regije koja se obično nalazi nizvodno (u 3' pravcu) od promotera.
[0035] „Operativno povezano“ odnosi se na poređenje susednih genetičkih elemenata, pri čemu su elementi u odnosu koji dozvoljavaju da rade na očekivan način. Na primer, promoter je operativno povezan sa regijom kodiranja ako promoter pomaže da inicira transkripciju kodiranja sekvence. Možda postoje intervencioni ostaci između promotera i regije kodiranja sve dok se ovaj funkcionalni odnos održava.
[0036] „Vektor eksprimiranja“ je vektor koji obuhvata regiju koja kodira polipeptid od interesa i koristi se za efektivno eksprimiranje proteina u ciljanu ćelijsku ćeliju. Vektor eksprimiranja takođe sadrži kontrolne elemente koji su operativno povezani sa regijom kodiranja da bi olakšali eksprimiranje proteina u meti. Kombinacija kontrolnih elemenata i gena ili više gena kojima su operativno povezani za eksprimiranje ponekad se nazivaju „eksprimirajuća kaseta“, od kojih je veliki broj poznat i dostupan u struci ili se mogu lako konstruisati iz komponenti koje su dostupni u struci.
[0037] „Heterologno“ znači izvedeno iz genotipski različitog entiteta od onog od ostatka entiteta na koji se poredi. Na primer, polinukleotid uveden tehnikom genetskog inženjeringa u plazmid ili vektor izveden iz druge vrste je heterologni polinukleotid. promoter uklonjen iz svoje matične kodirajuće sekvence i operativno povezan sa kodirajućom sekvencom sa kojom nije prirodno povezan je heterologni promoter. Tako, na primer, rAAV koji uključuje heterolognu nukleinsku kiselinu koja kodira heterologni genski proizvod je rAAV koji uključuje nukleinsku kiselinu koja se normalno ne uključuje u AAV divljeg tipa, a kodirani heterologni 25 genski proizvod je genski proizvod koji obično nije kodiran prirodnim AAV divljim tipom.
[0038] Izrazi „genetske promena“ i „genetske modifikacije“ (i njihove gramatičke varijante) koriste se ovde međusobno zamenjivo kako bi se odnosio na postupak u kojem se genetski element (npr., polinukleotid) unosi u ćeliju drugačiju od mitoze ili mejoze. Element može biti heterologan ćeliji ili može biti dodatna kopija ili poboljšana verzija elementa koji je već prisutan u ćeliji. Genetska promena može se izvršiti, na primer, transfektovanjem ćelije sa rekombinantnim plazmidom ili drugim polinukleotidom kroz bilo koji postupak poznat u struci, kao što je elektroporacija, precipitacija kalcijum fosfata ili kontaktiranje sa kompleksom polinukleotida-lipozoma. Genetska promena takođe može biti izvedena, na primer, transdukcijom ili infekcijom sa DNK ili RNK virusom ili virusnim vektorom. Generalno, genetski element se unosi u hromozom ili mini hromozom u ćeliji; ali svaka izmena koja menja fenotip i/ili genotip ćelije i njeno potomstvo je uključena u ovaj izraz.
[0039] Za ćeliju se tvrdi da je „stabilno“ promenjena, transdukovana, genetski modifikovana ili transformisana genetskom sekvencom ako je sekvenci moguće da izvršava svoju funkciju tokom proširene kulture ćelije in vitro. Generalno, takva ćelija je „heritično“ izmenjena (genetski modifikovana) po tome što se uvodi genetska promena koja je takođe nasledna od strane potomstva izmenjene ćelije.
[0040] Izrazi „polipeptid“, „peptid“ i „protein“ se ovde koriste međusobno zamenjivo kako bi se odnosili na polimere aminokiselina bilo koje dužine. Izrazi takođe obuhvataju polimer aminokiselina koji je modifikovan; na primer, formiranje disulfidnih veza, glikozilacija, lipidacija, fosforilacija ili konjugacija sa etiketirajućom komponentom. Polipeptidi kao što su anti-angiogeni polipeptidi, neuroprotektivni polipeptidi i slično, kada se diskutuje u kontekstu isporuke genskog proizvoda pacijentu sisaru, i njihovi sastavi odnose se na odgovarajući netaknuti polipeptid ili bilo koji fragment ili njegov genetski izvedeni derivat, koji zadržava željenu biohemijsku funkciju intaktnog proteina. Slično tome, reference na nukleinske kiseline koje kodiraju anti-angiogene polipeptide, nukleinske kiseline koje kodiraju neuroprotektivne polipeptide i druge takve nukleinske kiseline za upotrebu u isporuci genskog proizvoda pacijentu sisaru (koji se mogu nazvati „transgeni“ koji se dostavljaju ćeliji primaocu), uključuju polinukleotide koji kodiraju netaknuti polipeptid ili bilo koji fragment ili genetski izvedeni derivat koji poseduje željenu biohemijsku funkciju.
[0041] „Izolovani“ plazmid, nukleinska kiselina, vektor, virus, virion, ćelija domaćin ili druga supstanca se odnose na preparat supstance bez najmanje neke od drugih komponenti koje takođe mogu biti prisutne tamo gde se supstanca ili slična supstanca prirodno javljaju ili se inicijalno pripremaju. Tako, na primer, izolovana supstanca može biti pripremljena korišćenjem tehnike prečišćavanja kako bi se obogatila iz izvorne smeše. Obogaćivanje se može meriti na apsolutnoj osnovi, kao što je težina po zapremini rastvora ili se može meriti u odnosu na drugu potencijalno interferišuću supstancu koja je prisutna u smeši izvora. Povećanje obogaćenja otelotvorenja ovog obelodanjenja sve je više izolovano. Izolovani plazmid, nukleinska kiselina, vektor, virus, ćelija domaćin ili druga supstanca u nekim otelotvorenjima su prečišćeni, npr. od oko 80% do oko 90% čisti, najmanje oko 90% čisti, najmanje oko 95% čisti, najmanje oko 98% čisti, ili najmanje oko 99%, ili više, čisti.
[0042] Kao što se ovde koristi, Izrazi „tretman“, „lečenje“ i slično odnose se na dobijanje željenog farmakološkog i/ili fiziološkog efekta. Efekat može biti profilaktičan u smislu potpunog ili delimičnog sprečavanja bolesti ili njenog simptoma i/ili može biti terapeutski u smislu delimičnog ili potpunog lečenja za bolest i/ili negativan efekat koji se može pripisati bolesti. „Tretman“, kako se ovde koristi, obuhvata svaki tretman bolesti kod sisara, naročito kod čoveka, i uključuje: (a) sprečavanje nastanka bolesti kod pacijenta koji može biti predisponiran na bolest ili je u riziku od sticanja bolesti, ali još uvek nije dijagnostikovan da ga ima; (b) inhibiranje bolesti, tj. zaustavljanje njenog razvoja; i (c) ublažavanje bolesti, tj. uzrokovanje regresije bolesti.
[0043] Pojmovi „pojedinac“, „domaćin“ i „pacijent“ se ovde koriste međusobno zamenjivo i odnose se na sisara, uključujući, ali ne ograničavajući se na ljude i ostale primate, uključujući simijane i ljude; sportske životinje sisare (npr., konji); stočarske životinje sisare (npr., ovce, koze, itd.); kućne ljubimce sisare (psi, mačke, itd.); i glodare (npr., miševi, pacovi, itd.).
[0044] Ako je dat niz vrednosti, podrazumeva se da svaka intervenišuća vrednost do desetine jedinice donje granice, osim ako kontekst jasno ne diktira drugačije, između gornje i donje granice tog opsega i bilo koje druge navedene ili intervenišuće vrednosti u navedenom opsegu, obuhvaćena je u okviru pronalaska. Gornja i donja granica ovih manjih opsega mogu nezavisno biti uključene u manje opsege, a takođe su obuhvaćene u pronalasku, u zavisnosti od bilo koje izričito isključene granice u navedenom opsegu. Tamo gde naveden opseg uključuje jednu ili obe granice, opsezi koji isključuju bilo koja ili oba od navedenih ograničenja takođe su uključeni u pronalazak.
[0045] Sve dok se ne definiše drugačije, svi tehnički i naučni pojmovi koji se ovde koriste imaju isto značenje kao što je obično poznato od strane stručnjaka u oblasti kojoj pripada ovaj pronalazak. Iako svi postupci i materijali slični ili ekvivalentni onima opisanim ovde mogu takođe biti korišćeni u praksi ili testiranju ovog pronalaska, sada su opisani poželjni postupci i materijali.
[0046] Treba napomenuti da se, kad se koristi ovde i u priloženim patentnim zahtevima, oblici jednine uključuju i oblike množine, ukoliko kontekst jasno ne diktira drugačije. Tako, na primer, upućivanje na „rekombinantni AAV virion“ obuhvata mnoštvo takvih viriona, a upućivanje na „fotoreceptorsku ćeliju“ uključuje upućivanje na jednu ili više fotoreceptorskih ćelija i njihove ekvivalente poznate stručnjacima i sl.
DETALJAN OPIS
[0047] Ovo obelodanjenje pruža adeno-povezane virusne (AAV) virione sa izmenjenim kapsidnim proteinom, gde AAV virion pokazuje veću infektivnost ćelije retine, kada se primenjuje putem intravitrealne injekcije, u poređenju sa AAV divljeg tipa, kada se primenjuje putem intravitrealne injekcije. Ovo obelodanjenje dalje pruža postupke isporučivanja genskog proizvoda u ćeliju retine kod pojedinca, kao i postupke lečenja očne bolesti.
[0048] Ćelija retine može biti fotoreceptor (npr. štapićasta, kupasta), retinalna ćelija ganglije (RGC), Milerova ćelija (Milerova glialna ćelija), bipolarna ćelija, amakrina ćelija, horizontalna ćelija ili retinalna pigmentirana epitelna (RPE) ćelija.
VARIJANTNI AAV KAPSIDNI POLIPEPTIDI
[0049] Sadašnje obelodanjenje pruža varijantni AAV kapsidni protein, pri čemu varijantni AAV kapsidni protein sadrži umetanje od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina na mestu unošenja u GH petlji ili IV petlji kapsidnog proteina, u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, i gde varijantni kapsidni protein, kada je prisutan u AAV virionu, daje povećanu infektivnost ćelije retine u poređenju sa infektivnošću ćelije retine sa AAV virionom koji sadrži odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein. U nekim slučajevima, ćelija retine je fotoreceptorna ćelija (npr. štapićasta, kupasta). U drugim slučajevima, ćelija retine je RGC. U drugim slučajevima, ćelija retine je RPE ćelija. U drugim slučajevima, ćelija retine je Milerova ćelija. Druge retinalne ćelije uključuju ćelije amakrina, bipolarne ćelije i horizontalne ćelije. „Umetanje od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina“ ovde se ovde naziva „peptidnim umetanjem“ (npr., Heterologno peptidno umetanje). „Odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein“ odnosi se na AAV kapsidni protein istog AAV serotipa, bez peptidnog umetanja.
[0050] Mesto umetanja je u GH petlji, ili IV petlja, AAV kapsidnog proteina, na primer, u delu GH petlje ili IV petlje AAV kapsidnog proteina kom može pristupiti rastvaraču. Za GH petlju/IV petlju AAV kapsida, pogledati, npr., Vliet i dr. (2006) Mol. Ther. 14:809; Padron i dr. (2005) J. Virol. 79:5047; and Shen i dr.
(2007) Mol. Ther. 15:1955. Na primer, mesto umetanja može biti u aminokiselinama 411-650 AAV kapsidnog proteina, kao što je prikazano na slikama 17A i 17B. Na primer, mesto umetanja može biti unutar aminokiselina 570-611 AAV2, u aminokiselinama 571-612 AAV1, unutar aminokiselina 560-601 od AAV5, u aminokiselinama 571 do 612 AAV6, u aminokiselinama od 572 do 613 AAV7, u aminokiselinama od 573 do 614 AAV8, u aminokiselinama 571 do 612 AAV9 ili u aminokiselinama 573 do 614 AAV10, kao što je prikazano na slici 6.
[0051] U nekim slučajevima, od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina ubačeno je u mesto umetanja u GH petlji ili IV petlji kapsidnog proteina u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein. Na primer, mesto umetanja može biti između aminokiselina 587 i 588 AAV2, ili odgovarajućih položaja kapsidne podjedinice drugog AAV serotipa. Treba napomenuti da je mesto umetanja 587/588 zasnovano na AAV2 kapsidnom proteinu. Od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina može se ubaciti na odgovarajuće mesto u AAV serotipu koji nije AAV2 (npr., AAV8, AAV9 itd.). Stručnjaci u ovoj oblasti bi znali na osnovu poređenja aminokiselinskih sekvenci kapsidnih proteina različitih AAV serotipova, gde bi mesto umetanja „odgovaralo aminokiselinama 587-588 od AAV2“ bilo u kapsidnom proteinu bilo kog datog AAV serotipa. Sekvence koje odgovaraju aminokiselinama 570-611 kapsidnog proteina VP1 AAV2 (pogledati Sliku 5) u različitim AAV serotipovima prikazane su na Slici 6. Pogledati, npr. GenBank Accession No. NP_049542 for AAV1; GenBank Accession No. AAD13756 for AAV5; GenBank Accession No. AAB95459 for AAV6; GenBank Accession No. YP_077178 for AAV7; GenBank Accession No. YP_077180 za AAV8; GenBank Accession No. AAS99264 za AAV9 i GenBank Accession No. AAT46337 za AAV10.
[0052] U nekim otelotvorenjima, mesta umetanja su pojedinačna mesta umetanja između dve susedne aminokiseline smeštene između aminokiselina 570-614 od VP1 bilo kog AAV serotipa, npr. umetanje između dve susedne aminokiseline koje se nalaze u aminokiselinama 570-610, aminokiselinama 580-600, aminokiselinama 570-575, aminokiselinama 575-580, aminokiselinama 580-585, aminokiselinama 585-590, aminokiselinama 590-600, ili aminokiselinama 600-614, od VP1 bilo kog AAV serotipa ili varijante. Na primer, umetanje može biti između aminokiselina 580 i 581, aminokiselina 581 i 582, aminokiselina 583 i 584, aminokiseline 584 i 585, aminokiselina 585 i 586, aminokiselina 586 i 587, aminokiselina 587 and 588 , aminokiselina 588 i 589, odnosno aminokiselina 589 i 590. Umetanje može biti između aminokiselina 575 i 576, aminokiselina 576 i 577, aminokiselina 577 i 578, aminokiselina 578 i 579, ili aminokiselina 579 i 580. Mesto umetanja može biti između aminokiselina 590 i 591, aminokiselina 591 i 592, aminokiselina 592 i 593, aminokiselina 593 i 594, aminokiselina 594 i 595, aminokiselina 595 i 596, aminokiselina 596 i 597, aminokiselina 597 i 598, aminokiselina 598 i 599 ili aminokiselina 599 i 600.
[0053] Na primer, mesto umetanja može biti između aminokiselina 587 i 588 od AAV2, između aminokiselina 590 i 591 od AAV1, između aminokiselina 575 i 576 od AAV5, između aminokiselina 590 i 591 od AAV6, između aminokiselina 589 i 590 od AAV7 između aminokiselina 590 i 591 od AAVB, između aminokiselina 588 i 589 od AAV9 ili između aminokiselina 588 i 589 od AAV10.
[0054] Kao još jedan primer, mesto umetanja može biti između aminokiselina 450 i 460 od AAV kapsidnog proteina, kao što je prikazano na slici 17A. Na primer, mesto umetanja može biti na (na pr., odmah N-terminalno) aminokiselini 453 od AAV2, aminokiselini 454 od AAV1, aminokiselini 454 od AAV6, aminokiselini 456 od AAV7, aminokiselini 456 od AAV8, aminokiselini 454 od AAV9 ili aminokiselini 456 od AAV10, kao što je prikazano na slici 17A.
[0055] U nekim otelotvorenjima, kapsidni protein pacijenta sadrži GH petlju koja sadrži sekvencu aminokiselina koja ima najmanje oko 85%, najmanje oko 90%, najmanje oko 95%, najmanje oko 98%, najmanje oko 99%, ili 100% identičnosti aminokiselinske sekvence sa aminokiselinskom sekvencom koja je prikazana na slici 18A-C.
Umetni peptidi
[0056] Kako je navedeno gore, peptid dužine od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina umetnut je u GH petlju AAV kapsida. Umetni peptid ima dužinu od 5 aminokiselina, 6 aminokiselina, 7 aminokiselina, 8 aminokiselina, 9 aminokiselina, 10 aminokiselina, ili 11 aminokiselina.
[0057] Umetni peptid može da obuhvata aminokiselinsku sekvencu bilo koje od dole navedenih formula.
[0058] Na primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu I:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr; X1, ako je prisutan, je izabran od Leu, Asn, i Lys;
X2je izabran od Gly, Glu, Ala, i Asp;
X3je izabran od Glu, Thr, Gly, i Pro;
X4je izabran od Thr, Ile, Gln, i Lys;
X5je izabran od Thr i Ala;
X6je izabran od Arg, Asn, i Thr; X7, ako je prisutan, je izabran od Pro i Asn.
[0059] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu IIa:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr; svaki od X1- X4je bilo koja aminokiselina;
X5je Thr;
X6je Arg; i X7je Pro.
[0060] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu IIb:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr; X1, ako je prisutan, je izabran od Leu i Asn;
X2, ako je prisutan, je izabran od Gly i Glu;
X3 je izabran od Glu i Thr;
X4 je izabran od Thr i Ile;
X5je Thr;
X6 je Arg; i X7je Pro.
[0061] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu III:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1 -Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr; X1, ako je prisutan, je Lys;
X2 je izabran od Ala i Asp;
X3 je izabran od Gly i Pro;
X4 je izabran od Gin i Lys;
X5 je izabran od Thr i Ala;
X6 je izabran od Asn i Thr;
X7, ako je prisutan, je Asn.
[0062] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu IV:
1
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1 -Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr;
X1, ako je prisutan, je aminokiselina sa pozitivnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Leu, Asn, Arg, Ala, Ser, i Lys;
X2 je aminokiselina sa negativnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Gly, Glu, Ala, Val, Thr, i Asp;
X3 je aminokiselina sa negativnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Glu, Thr, Gly, Asp, ili Pro;
X4 je izabran od Thr, He, Gly, Lys, Asp, i Gln;
X5 je polarna aminokiselina, alkohol (aminokiselina koja ima slobodnu hidroksilnu grupu), ili hidrofobna aminokiselina; ili je izabran od Thr, Ser, Val, i Ala;
X6 je aminokiselina sa pozitivnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Arg, Val, Lys, Pro, Thr, i Asn; and
X7, ako je prisutan, je aminokiselina sa pozitivnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Pro, Gly, Phe, Asn, i Arg.
[0063] Kao neograničavajući primeri, umetni peptid može da obuhvata aminokiselinsku sekvencu izabranu od LGETTRP (SEQ ID NO: 13), NETITRP (SEQ ID NO: 14), KAGQANN (SEQ ID NO:15), KDPKTTN (SEQ ID NO: 16), KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60).
[0064] U nekim slučajevima, umetni peptid ima od 1 do 4 spacer aminokiseline (Y1-Y4) na amino terminusu i/ili karboksil terminusu bilo koje od LGETTRP (SEQ ID NO: 13), NETITRP (SEQ ID NO: 14), KAGQANN (SEQ ID NO:15), KDPKTTN (SEQ ID NO: 16), KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60). Odgovarajuće spacer aminokiseline uključuju, ali nisu ograničene na, leucin, alanin, glicin i serin.
[0065] na primer, u nekim slučajevima, umetni peptid ima jednu od narednih aminokiselinskih sekvenci: LALGETTRPA (SEQ ID NO:45); LANETITRPA (SEQ ID NO:46), LAKAGQANNA (SEQ ID NO:47), LAKDPKTTNA (SEQ ID NO:48), LAKDTDTTRA (SEQ ID NO:61), LARAGGSVGA (SEQ ID NO:62), LAAVDTTKFA (SEQ ID NO:63), i LASTGKVPNA (SEQ ID NO:64). Kao drugi primer, u nekim slučajevima, umetni peptid ima jednu od narednih aminokiselinskih sekvenci:
AALGETTRPA (SEQ ID NO:49); AANETITRPA (SEQ ID NO:50), AAKAGQANNA (SEQ ID NO:51), i AAKDPKTTNA (SEQ ID NO:52). Kao još jedan primer, u nekim slučajevima, umetni peptid ima jednu od narednih aminokiselinskih sekvenci: GLGETTRPA (SEQ ID NO:53); GNETITRPA (SEQ ID NO:54), GKAGQANNA (SEQ ID NO:55), i GKDPKTTNA (SEQ ID NO:56). Kao drugi primer, u nekim slučajevima, umetni peptid se sastoji od KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60), okružen na C-terminusu sa AA i na N-terminusu sa A; ili se sastoji od KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60) okružen na C-terminusu sa G i na N-terminusu sa A.
[0066] U nekim primerima, predmetni varijantni AAV kapsid ne uključuje nijedne aminokiselinske supstitucije, umetanja i brisanja, osim umetanja od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein. U drugim primerima, predmetni varijantni AAV kapsid uključuje od 1 do oko 25 aminokiselinskih umetanja, brisanja ili supstitucija, u poređenju sa roditeljskim AAV kapsidnim proteinom, kao dodatak umetanju od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein. Na primer, u nekim primerima, predmetni varijantni AAV kapsid uključuje od 1 do oko 5, od oko 5 do oko 10, od oko 10 do oko 15, od oko 15 do oko 20, ili od oko 20 do oko 25 aminokiselinskih umetanja, brisanja ili supstitucija, u poređenju sa roditeljskim AAV kapsidnim proteinom, kao dodatak umetanju od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0067] U nekim otelotvorenjima, predmetni varijantni kapsidni polipeptid ne uključuje jednu, dve, tri ili četiri od narednih aminokiselinskih supstitucija: Y273F, Y444F, Y500F, i Y730F.
[0068] U nekim otelotvorenjima, predmetni varijantni kapsidni polipeptid obuhvata, kao dodatak umetnom peptidu kako je opisano gore, jednu, dve, tri ili četiri od narednih aminokiselinskih supstitucija: Y273F, Y444F, Y500F, i Y730F.
[0069] U nekim primerima, varijantni AAV kapsidni polipeptid je himerni kapsid, npr., kapsid obuhvata deo AAV kapsida prvog AAV serotipa i deo AAV kapsida drugog serotipa; i obuhvata umetanje od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0070] U nekim primerima, predmetni varijantni kapsidni protein obuhvata aminokiselinsku sekvencu koja ima najmanje oko 85%, najmanje oko 90%, najmanje oko 95%, najmanje oko 98%, ili najmanje oko 99%, identičnosti aminokiselinske sekvence sa aminokiselinskom sekvencom datom na Slici 5; i umetanje od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0071] U nekim otelotvorenjima, predmetni varijantni kapsidni protein je izolovan, npr., pročišćen. U nekim slučajevima, predmetni varijantni kapsidni protein je uključen u AAV vektor, koji je takođe dat. Kako je u nastavku opisano detaljno, predmetni varijantni kapsidni protein može biti uključen u rekombinantni AAV virion.
REKOMBINANTNI AAV VIRION
[0072] Ovo obelodanjenje pruža rekombinantni adeno-povezani virusni (rAAV) virion koji sadrži: a) varijantni AAV kapsidni proteina, pri čemu varijantni AAV kapsidni protein sadrži umetanje od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina u mestu umetanja u GH petlji ili IV petlji kapsidnog proteina, u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, i gde varijantni kapsidni protein pruža povećanu infektivnost ćelije retine u poređenju sa inaktivnošću ćelije retine sa AAV virionom koji sadrži odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein; i b) heterologna nukleinska kiselina koja sadrži nukleotidnu sekvencu koja kodira genski proizvod. U nekim slučajevima, ćelija retine je fotoreceptorna ćelija (npr. štapićasta i/ili kupasta). U drugim slučajevima, ćelija retine je RGC ćelija. U drugim slučajevima, ćelija retine je RPE ćelija. U drugim slučajevima, ćelija retine je Milerova ćelija. U drugim slučajevima, ćelije retine mogu uključivati amakrine ćelije, bipolarne ćelije i horizontalne ćelije. „Umetanje od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina“ ovde se ovde naziva „peptidnim umetanjem“ (npr., heterologno peptidno umetanje). „Odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein“ odnosi se na AAV kapsidni protein istog AAV serotipa, bez peptidnog umetanja.
[0073] Mesto umetanja je u GH petlji ili IV petlji AAV kapsidnog proteina, na primer, u delu GH petlje, ili IV petlje od AAV kapsidnog proteina. Za GH petlju, pogledati, npr., van Vliet i dr. (2006) Mol. Ther.14:809; Padron i dr. (2005) J. Virol.79:5047; i Shen i dr. (2007) Mol. Ther.15:1955. Na primer, mesto umetanja je unutar aminokiselina 570-611 od AAV2, unutar aminokiselina 571-612 od AAV1, unutar aminokiselina 560-601 od AAV5, unutar aminokiselina 571 do 612 od AAV6, unutar aminokiselina od 572 do 613 od AAV7, unutar aminokiselina 573 do 614 od AAV8, unutar aminokiselina od 571 do 612 od AAV9 ili unutar aminokiselina od 573 do 614 AAV10.
[0074] Od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina umetnuto je u mesto za umetanje u GH petlji ili IV petlji kapsidnog proteina u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein. Na primer, mesto umetanja može biti između aminokiselina 587 i 588 od AAV2, ili odgovarajućih položaja kapsidne podjedinice drugog AAV serotipa. Treba napomenuti da je mesto umetanja 587/588 zasnovano na AAV2 kapsidnom proteinu. Od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina može se umetnuti na odgovarajuće mesto u AAV serotipu koji nije AAV2 (npr., AAV8, AAV9 itd.). Stručnjaci u ovoj oblasti bi znali na osnovu poređenja aminokiselinskih sekvenci kapsidnih proteina različitih AAV serotipova, gde bi mesto umetanja „odgovarajuće aminokiselinama 587-588 od AAV2“ bilo u kapsidnom proteinu bilo kog datog AAV serotipa. Sekvence koje odgovaraju aminokiselinama 570-611 kapsidnog proteina VP1 AAV2 (pogledati Sliku 5) u različitim AAV serotipovima su prikazane na Slici 6.
[0075] U nekim otelotvorenjima, mesto umetanja je pojedinačno mesto umetanja između dve susedne aminokiseline koje se nalaze između aminokiselina 570-614 od VP1 od bilo kog AAV serotipa, npr., mesto umetanja je između dve susedne aminokiseline koje se nalaze u aminokiselinama 570-614, aminokiselinama 580-600, aminokiselinama 570-575, aminokiselinama 575-580, aminokiselinama 580-585, aminokiselinama 585-590, aminokiselinama 590-600, ili aminokiselinama 600-610, od VP1 od bilo kog AAV serotipa ili varijante. Na primer, mesto umetanja može biti između aminokiselina 580 i 581, aminokiselina 581 i 582, aminokiselina 583 i 584, aminokiselina 584 i 585, aminokiselina 585 i 586, aminokiselina 586 i 587, aminokiselina 587 i 588, aminokiselina 588 i 589, ili aminokiselina 589 i 590. Mesto umetanja može biti između aminokiselina 575 i 576, aminokiselina 576 i 577, aminokiselina 577 i 578, aminokiselina 578 i 579, ili aminokiselina 579 i 580. Mesto umetanja može biti između aminokiselina 590 i 591, aminokiselina 591 i 592, aminokiselina 592 i 593, aminokiselina 593 i 594, aminokiselina 594 i 595, aminokiselina 595 i 596, aminokiselina 596 i 597, aminokiselina 597 i 598, aminokiselina 598 i 599, ili aminokiselina 599 i 600.
[0076] Na primer, mesto umetanja može biti između aminokiselina 587 i 588 od AAV2, između aminokiselina 590 i 591 od AAV1, između aminokiselina 575 i 576 od AAV5, između aminokiselina 590 i 591 od AAV6, između aminokiselina 589 i 590 od AAV7, između aminokiselina 590 i 591 od AAV8, između aminokiselina 588 i 589 od AAV9, ili između aminokiselina 589 i 590 od AAV10.
Umetni peptidi
[0077] Kako je navedeno gore, predmetni rAAV virion obuhvata peptid dužine od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina umetnut u GH petlju AAV kapsida. Umetni peptid ima dužinu od 5 aminokiselina, 6 aminokiselina, 7 aminokiselina, 8 aminokiselina, 9 aminokiselina, 10 aminokiselina, ili 11 aminokiselina.
[0078] Umetni peptid može da obuhvata aminokiselinsku sekvencu bilo koje od dole navedenih formula.
[0079] Na primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu I:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr; X1, ako je prisutan, je izabran od Leu, Asn, i Lys;
X2je izabran od Gly, Glu, Ala, i Asp;
X3je izabran od Glu, Thr, Gly, i Pro;
X4je izabran od Thr, He, Gin, i Lys;
X5je izabran od Thr i Ala;
X6je izabran od Arg, Asn, i Thr;
X7, ako je prisutan, je izabran od Pro i Asn.
[0080] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu IIa:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr; svaki od X1 - X4 je bilo koja aminokiselina;
X5 je Thr; X6 je Arg; i
X7 je Pro.
[0081] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu IIb:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr;
X1, ako je prisutan, je izabran od Leu i Asn;
X2, ako je prisutan, je izabran od Gly i Glu;
X3 je izabran od Glu i Thr;
1
X4 je izabran od Thr i Ile;
X5 je Thr;
X6 je Arg; i
X7 je Pro.
[0082] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu III:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr; X1, ako je prisutan, je Lys;
X2 je izabran od Ala i Asp;
X3 je izabran od Gly i Pro;
X4 je izabran od Gln i Lys;
X5 je izabran od Thr i Ala; X6je izabran od Asn i Thr; X7, ako je prisutan, je Asn.
[0083] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu IV:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr;
X1, ako je prisutan, je aminokiselina sa pozitivnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Leu, Asn, Arg, Ala, Ser, i Lys;
X2 je aminokiselina sa negativnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Gly, Glu, Ala, Val, Thr, i Asp;
X3 je aminokiselina sa negativnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Glu, Thr, Gly, Asp, ili Pro;
X4 je izabran od Thr, He, Gly, Lys, Asp, i Gln;
X5 je polarna aminokiselina, alkohol ( aminokiselina koja ima slobodnu hidroksilnu grupu), ili hidrofobna aminokiselina; ili je izabran od Thr, Ser, Val, i Ala;
X6 je aminokiselina sa pozitivnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Arg, Val, Lys, Pro, Thr, i Asn; i
X7, ako je prisutan, je aminokiselina sa pozitivnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Pro, Gly, Phe, Asn, i Arg.
[0084] Kao neograničavajući primeri, umetni peptid može da obuhvata aminokiselinsku sekvencu izabranu od LGETTRP (SEQ ID NO: 13), NETITRP (SEQ ID NO:14), KAGQANN (SEQ ID NO:15), KDPKTTN (SEQ ID NO:16), KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60).
[0085] U nekim slučajevima, umetni peptid ima od 1 do 4 spacer aminokiseline (Y1-Y4) na amino terminusu i/ili karboksil terminusu bilo koje od LGETTRP (SEQ ID NO: 13), NETITRP (SEQ ID NO:14), KAGQANN (SEQ ID NO:15), KDPKTTN (SEQ ID NO:16), KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60). Odgovarajuće spacer aminokiseline uključuju, ali nisu ograničene na, leucin, alanin, glicin i serin.
[0086] Na primer, u nekim slučajevima, umetni peptid ima jednu od narednih aminokiselinskih sekvenci: LALGETTRPA (SEQ ID NO:45); LANETITRPA (SEQ ID NO:46), LAKAGQANNA (SEQ ID NO:47), LAKDPKTTNA (SEQ ID NO:48), LAKDTDTTRA (SEQ ID NO:61), LARAGGSVGA (SEQ ID NO:62), LAAVDTTKFA (SEQ ID NO:63), i LASTGKVPNA (SEQ ID NO:64). Kao drugi primer, u nekim slučajevima, umetni peptid ima jednu od narednih aminokiselinskih sekvenci: AALGETTRPA (SEQ ID NO:49); AANETITRPA (SEQ ID NO:50), AAKAGQANNA (SEQ ID NO:51), i AAKDPKTTNA (SEQ ID NO:52). Kao još jedan primer, u nekim slučajevima, umetni peptid ima jednu od narednih aminokiselinskih sekvenci: GLGETTRPA (SEQ ID NO:53); GNETITRPA (SEQ ID NO:54), GKAGQANNA (SEQ ID NO:55), i GKDPKTTNA (SEQ ID NO:56). Kao drugi primer, u nekim slučajevima, umetni peptid se sastoji od KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60), okružen na C-terminusu sa AA i na N-terminusu sa A; ili se sastoji od KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60) okružen na C-terminusu sa G i na N-terminusu sa A.
[0087] U nekim primerima, predmetni rAAV virion kapsid ne uključuje nijedne aminokiselinske supstitucije, umetanja i brisanja, osim umetanja od od oko 7 aminokiseline do oko 10 aminokiseline u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein. U drugim primerima, predmetni rAAV virion kapsid uključuje od 1 do oko 25 aminokiselinskih umetanja, brisanja ili supstitucija, u poređenju sa roditeljskim AAV kapsidnim proteinom, kao dodatak umetanju od od oko 7 aminokiseline do oko 10 aminokiseline u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein. Na primer, u nekim primerima, predmetni rAAV virion kapsid uključuje od 1 do oko 5, od oko 5 do oko 10, od oko 10 do oko 15, od oko 15 do oko 20, ili od oko 20 do oko 25 aminokiselinskih umetanja, brisanja ili supstitucija, u poređenju sa roditeljskim AAV kapsidnim proteinom, kao dodatak umetanju od od oko 7 aminokiseline do oko 10 aminokiseline u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0088] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion kapsid ne uključuje jednu, dve, tri ili četiri od narednih aminokiselinskih supstitucija: Y273F, Y444F, Y500F, i Y730F.
[0089] U nekim otelotvorenjima, predmetni varijantni kapsidni polipeptid obuhvata, kao dodatak umetnom peptidu kako je opisano gore, jednu, dve, tri ili četiri od narednih aminokiselinskih supstitucija: Y273F, Y444F, Y500F, i Y730F.
[0090] U nekim primerima, predmetni rAAV virion kapsid je himerni kapsid, npr., kapsid obuhvata deo AAV kapsida prvog AAV stereotipa i deo AAV kapsida drugog stereotipa; i obuhvata umetanje od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0091] U nekim primerima, predmetni rAAV virion obuhvata kapsidni protein koji obuhvata aminokiselinsku sekvencu koja ima najmanje oko 85%, najmanje oko 90%, najmanje oko 95%, najmanje oko 98%, ili najmanje oko 99%, identičnosti aminokiselinske sekvence sa aminokiselinskom sekvencom datom na Slici 5; i umetanje od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0092] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion obuhvata kapsidni protein koji uključuje GH petlju koja obuhvata aminokiselinsku sekvencu koja ima najmanje oko 85%, najmanje oko 90%, najmanje oko 95%, najmanje oko 98%, najmanje oko 99%, ili 100%, identičnosti aminokiselinske sekvence sa aminokiselinskom sekvencom datom na Slici 18A-C.
[0093] Predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost retinalnih ćelija, u poređenju sa infektivnosti retinalnih ćelija sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0094] U nekim slučajevima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost retinalnih ćelija, kada se daje putem intraviteralne injekcije, u poređenju sa infektivnosti retinalnih ćelija sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, kada se daje putem intraviteralne injekcije.
[0095] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost fotoreceptor (štapićasta ili kupasta) ćelija, u poređenju sa infektivnosti fotoreceptor ćelije sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0096] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje -ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost fotoreceptor (štapićasta ili kupasta) ćelija, kada se daje putem intraviteralne injekcije, u
1
poređenju sa infektivnosti fotoreceptor ćelije sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, kada se daje putem intraviteralne injekcije.
[0097] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost RGC, u poređenju sa infektivnosti RGC sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0098] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost RGC, kada se daje putem intraviteralne injekcije, u poređenju sa infektivnosti RGC sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, kada se daje putem intraviteralne injekcije.
[0099] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost RPE ćelija, u poređenju sa infektivnosti RPE ćelije sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0100] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost RPE ćelija, kada se daje putem intraviteralne injekcije, u poređenju sa infektivnosti RPE ćelija sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, kada se daje putem intraviteralne injekcije.
[0101] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost Milerovih ćelija, u poređenju sa infektivnosti Milerovih ćelija sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0102] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost Milerovih ćelija, kada se daje putem intraviteralne injekcije, u poređenju sa infektivnosti Milerovih ćelija sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, kada se daje putem intraviteralne injekcije.
[0103] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje -ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost bipolar cell, u poređenju sa infektivnosti bipolarne ćelije sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0104] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost bipolar cell, kada se daje putem intraviteralne injekcije, u poređenju sa infektivnosti bipolar cell sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, kada se daje putem intraviteralne injekcije.
[0105] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost amakrinih ćelija, u poređenju sa infektivnosti amakrinih ćelija sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0106] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost amakrinih ćelija, kada se daje putem intraviteralne injekcije, u poređenju sa infektivnosti amakrinih ćelija sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, kada se daje putem intraviteralne injekcije.
[0107] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost horizontalnih ćelija, u poređenju sa infektivnosti horizontalnih ćelija sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein.
[0108] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-
1
ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost horizontalnih ćelija, kada se daje putem intraviteralne injekcije, u poređenju sa infektivnosti horizontalnih ćelija sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, kada se daje putem intraviteralne injekcije.
[0109] U nekim slučajevima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanje sposobnosti da pređe unutrašnju limitirajuću membranu (ILM), u poređenju sa sposobnosti AAV viriona koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein da pređe ILM.
[0110] U nekim slučajevima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanje sposobnosti, kada se daje putem intraviteralne injekcije, da pređe unutrašnju limitirajuću membranu (ILM), u poređenju sa sposobnosti AAV viriona koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein da pređe ILM kada se daje putem intraviteralne injekcije.
[0111] A predmetni rAAV virion može da pređe ILM, i takođe može da prelazi kroz ćelijske slojeve, uključujući Milerove ćelije, amakrine ćelije, itd., kako bi dostigao fotoreceptor ćelije i/ili RPE ćelije. Na primer, predmetni rAAV virion, kada se daje putem intraviteralne injekcije, može da pređe ILM, i takođe može da prelazi kroz ćelijske slojeve, uključujući Milerove ćelije, amakrine ćelije, itd., kako bi dostigao fotoreceptor ćelije i ili RPE ćelije.
[0112] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion selektivno inficira retinalne ćelije, npr., predmetni rAAV virion inficira retinalne ćelija sa 10-ostrukom, 15-ostrukom, 20-ostrukom, 25-ostrukom, 50-ostrukom, ili više nego 50-ostrukom specifičnosti nego ne-retinalne ćelija, npr., ćelije spoljnog oka. Na primer, u nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion selektivno inficira retinalne ćelija, npr., predmetni rAAV virion inficira fotoreceptor ćeliju sa 10-ostrukom, 15-ostrukom, 20-ostrukom, 25-ostrukom, 50-ostrukom, ili više nego 50-ostrukom specifičnosti nego ne-retinalnih ćelija, npr., ćelije spoljnog oka.
[0113] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion selektivno inficira fotoreceptor ćeliju, npr., predmetni rAAV virion inficira fotoreceptor ćeliju sa 10-ostrukom, 15-ostrukom, 20-ostrukom, 25-ostrukom, 50-ostrukom, ili više nego 50-ostrukom specifičnosti nego ne-fotoreceptor ćelija pristuna u oku, npr., retinalna ganglijska ćelija, Milerova ćelija, itd.
[0114] U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion pokazuje najmanje 10-ostruko, najmanje 15-ostruko, najmanje 20-ostruko, najmanje 25-ostruko, najmanje 50-ostruko, ili više nego 50-ostruko, povećanu infektivnost fotoreceptor ćelije, kada se daje putem intraviteralne injekcije, u poređenju sa infektivnosti fotoreceptor ćelije sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, kada se daje putem intraviteralne injekcije.
Genski proizvodi
[0115] Predmetni rAAV virion sadrži heterolognu nukleinsku kiselinu koja sadrži nukleotidnu sekvencu koja kodira genski proizvod. U nekim otelotvorenjima, genski proizvod predstavlja interferišuću RNK. U nekim otelotvorenjima, genski proizvod je aptamer. U nekim otelotvorenjima, genski proizvod je polipeptid. U nekim otelotvorenjima, genski proizvod je nukleaza specifična za mesto, koja pruža izbacujuću funkciju gena specifičnu za mesto.
Interferišuća RNK
[0116] Kada je genski proizvod interferišuća RNK (RNKi), pogodna RNKi uključuje RNKi koja smanjuju nivo apoptotskog ili angiogenog faktora u ćeliji. Na primer, RNKi može biti shRNK ili siRNK koja smanjuje nivo genskog proizvoda koji indukuje ili promoviše apoptozu u ćeliji. Geni čiji genski proizvodi izazivaju ili promovišu apoptozu ovde se nazivaju „pro-apoptotski geni“, a proizvodi tih gena (mRNK, proteini) se nazivaju „proapoptotički genski proizvodi“. Pro-apoptotski genski proizvodi uključuju, npr., Bax, Bid, Bak i Bad genske proizvode. Pogledati, npr., U.S. Patent No.7,846,730.
[0117] Interferšuće RNK takođe mogu biti protiv angiogenog proizvoda, na primer VEGF (npr. Cand5, pogledati, npr. U.S. objava patenta br. 2011/0143400; U.S. objava patenta br. 2008/0188437; i Reich i dr. (2003) Mol. Vis.9:210), VEGFR1 (npr., Sirna-027; pogledati, npr., Kaiser i dr. (2010) Am. J. Ophthalmol.
150:33; i Shen i dr. (2006) Gene Ther.13:225), ili VEGFR2 (Kou i dr. (2005) Biochem.44:15064). Pogledati takođe, U.S. Patent Nos. 6,649,596, 6,399,586, 5,661,135, 5,639,872, i 5,639,736; i U.S. Patent Nos.
7,947,659 i 7,919,473.
1
Aptameri
[0118] Kada je genski proizvod aptamer, primerni aptameri od interesa uključuju aptamer protiv vaskularnog endotelijalnog faktora rasta (VEGF). Pogledati, npr., Ng i dr. (2006) Nat. Rev. Drug Discovery 5:123; i Lee i dr. (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:18902. Na primer, VEGF može da obuhvata nukleotidnu sekvencu 5’-cgcaaucagugaaugcuuauacauccg-3’ (SEQ ID NO: 17). Takođe odgovarajući za primenu je PDGF-specifični aptamer, npr., E10030; pogledati, npr., Ni and Hui (2009) Ophthalmologica 223:401; i Akiyama i dr. (2006) J. Cell Physiol.207:407).
Polipeptidi
[0119] Kada je genski produkt polipeptid, polipeptid je generalno polipeptid koji pospešuje funkciju retine ćelije, npr. funkcija štapićaste ili kupaste fotoreceptor ćelije, retinalne ganglijske ćelije, Milerove ćelije, bipolarne ćelije, amakrine ćelije, horizontalne ćelije ili retinalne pigmentirane epitelne ćelije. Primeri polipeptida uključuju neuroprotektivne polipeptide (npr., GDNF, CNTF, NT4, NGF i NTN); anti-angiogene polipeptide (npr. rastvorljivi vaskularni endotelijalni faktor rasta (VEGF) receptor; i VEGF-vezujuće antitelo; i VEGF-vezujući fragment antitela (npr. jednolančano antiVEGF antitelo); endostatin, tumstatin, angiostatin, rastvorljivi Flt polipeptid (Lai i dr. (2005) Mol. Ther.12:659); Fc fuzioni protein koji sadrži rastvorljivi Flt polipeptid (pogledati npr. Pechan i dr. (2009) Gene Ther. 16:10), pigmentni epitel-izveden faktor (PEDF), rastvorljivi receptor Tie-2 i dr.); inhibitor tkiva metaloproteinaze-3 (TIMP-3); opsin osetljiv na svetlo, npr., rodopsin; anti-apoptotične polipeptide (npr., Bcl-2, Bcl-X1); i slično. Pogodni polipeptidi uključuju, ali se ne ograničavaju na, neurotrofični faktor izveden glialom (GDNF); faktor rasta fibroblasta 2; neurturin (NTN); ciliarni neurotrofični faktor (CNTF); faktor rasta nerva (NGF); neurotrofin-4 (NT4); neurotrofni moždani faktor (BDNF; na primer, polipeptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu koja je najmanje oko 90%, najmanje oko 95%, najmanje oko 98%, najmanje oko 99% ili 100%, identičnosti aminokiselinske sekvence sa susednim delom od oko 200 aminokiselina do 247 aminokiselina aminokiselinske sekvence opisane na Slici 11 (SEQ ID NO: 11)); epidermalni faktor rasta; rodopsin; X-vezani inhibitor apoptoze; i Sonic hedgehog.
[0120] Pogodni opsini osetljivi na svetlo uključuju, na primer, opsine osetljive na svetlo kako je opisano u U.S. objava patenta br. 2007/0261127 (npr., ChR2; Chop2); U.S. objava patenta br. 2001/0086421; U.S. objava patenta br.2010/0015095; i Diester i dr. (2011) Nat. Neurosci.14:387.
[0121] Pogodni polipeptidi takođe uključuju retinozin (npr. polipeptid koji sadrži sekvencu aminokiselina koja ima najmanje oko 90%, najmanje oko 95%, najmanje oko 98%, najmanje oko 99% ili 100%, identičnosti aminokiselinske sekvencu sa susednim predelom od oko 200 aminokiselina do 224 aminokiselina aminokiselinske sekvence opisane na Slici (SEQ ID NO: 10). Odgovarajući polipeptidi uključuju, npr. retinitis pigmentosa GTP regulator (RGPR)-interakujući protein-1 (pogledati npr. GenBank Accession Nos. Q96KN7, Q9EPQ2, and Q9GLM3) (npr. polipeptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu koja ima najmanje oko 90%, najmanje oko 95%, najmanje oko 98%, najmanje oko 99% ili 100% identičnosti aminokiselinske sekvence sa susednim predelom od oko 1150 aminokiselina do oko 1200 aminokiselina ili od oko 1200 aminokiselina do 1286 aminokiselina aminokiselinske sekvence opisane na Slici 16 (SEQ ID NO: 21 ), periferin-2 (Prph2) (pogledati, npr. GenBank Accession No. NP_000313 (npr. polipeptid sadrži aminokiselinsku sekvencu koja ima najmanje oko 90%, najmanje oko 95%, najmanje oko 98%, najmanje oko 99% ili 100% identičnosti aminokiseline sa susednim delom od oko 300 aminokiselina do 346 aminokiselina aminokiselinske sekvence opisane na Slici 14 (SEQ ID NO: 19); i Travis i dr. (1991) Genomics 10:733); periferin (npr. Polipeptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu koja ima najmanje oko 90%, najmanje oko 95%, najmanje oko 98%, najmanje oko 99% ili 100%, identičnost aminokiseline sa susednim predelom od oko 400 aminokiseline do oko 470 aminokiselina aminokiselinske sekvence opisane na Slici 15 (SEQ ID NO: 20); i epitel-specifični protein retinalnog pigmenta (RPE65), (na primer, polipeptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu koja ima najmanje oko 90%, najmanje oko 95%, najmanje oko 98%, najmanje oko 99% ili 100% identičnosti aminokiselinske sekvence sa susednim predelom od oko 200 aminokiselina do 247 aminokiselina aminokiselinske sekvence prikazane na Slici 12 (SEQ ID NO: 12)) (pogledati npr. GenBank AAC39660; and Morimura i dr. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:3088) i slično.
[0122] Pogodni polipeptidi takođe obuhvataju: CHM (horoidermija (Rab escort protein 1)), polipeptid koji, kada je defektan ili nedostaje, izaziva horoidermiju (pogledati npr. Donnelly i dr. (1994) Hum. Mol. Genet.
3:1017; i van Bokhoven i dr. (1994) Hum. Mol. Genet. 3:1041); i Crumbs homolog 1 (CRB1), polipeptid koji, kada je defektan ili nedostaje, izaziva Leber urođenu amaurozu i retinitis pigmentzua (pogledati, npr. den Hollander i dr. (1999) Nat. Genet.23:217; i GenBank Accession No. CAM23328).
1
[0123] Pogodni polipeptidi takođe obuhvataju polipeptide koji, kada su defektni ili nedostaju, dovode do ahromotopzije gde takvi polipeptidi obuhvataju, npr. kupasti fotoreceptor cGMP kanal podjedinicu alfa (CNGA3) (pogledati, npr. GenBank Accession No. NP_001289; i Booij i dr. (2011) Ophthalmology 118:160-167); kupasti fotoreceptor cGMP kanal podjedinicu beta (CNGB3) (pogledati, npr., Kohl i dr.(2005) Eur J Hum Genet. 13(3):302); gvanin nukleotid vezujući protein (G-protein), polipeptid aktivnosti alfatransdukcije 2 (GNAT2) (ACHM4); i ACHM5; i polipeptide koji, kada su defektni ili nedostaju, dovode do različitih oblika slepila na boje (npr. L-opsin, M-opsin i S-opsin). Pogledati Mancuso i dr. (2009) Nature 461(7265):784-787.
Endonukleaze specifične za mesto
[0124] U nekim slučajevima, genski proizvod koji je od interesa predstavlja specifičnu endonukleazu specifičnu za mesto, koja pruža izbacujuću funkciju gena specifičnu za mesto, npr. tamo gde endonukleaza izbacuje alel koji je povezan sa bolestima retine. Na primer, gde dominantni alel kodira neispravnu kopiju gena koji, kada je divlji tip, strukturalni proteini retine i/ili pruža normalnu funkciju retine, specifična endonukleaza specifična za mesto može biti usmerena na defektni alel i izbaciti defektni alel.
[0125] Pored izbacivanja defektnog alela, nukleaza specifičnu za mesto takođe se može koristiti za stimulisanje homologne rekombinacije sa donorskom DNK koja kodira funkcionalnu kopiju proteina kodiranog defektnim alelom. Tako, npr., predmetni rAAV virion se može koristiti za isporučivanje endonukleaze specifične za mesto koja eliminiše defektni alel i može se koristiti za isporučivanje funkcionalne kopije defektnog alela, što rezultuje popravkom defektnog alela, čime se omogućava proizvodnja funkcionalnog proteina retine (npr. funkcionalni retinozin, funkcionalni RPE65, funkcionalni periferin, itd.). pogledati, npr., Li i dr. (2011) Nature 475:217. U nekim otelotvorenjima, predmetni rAAV virion sadrži heterolognu nukleotidnu sekvencu koja kodira endonukleazu specifičnu za mesto; i heterolognu nukleotidnu sekvencu koja kodira funkcionalnu kopiju defektnog alela, gde funkcionalna kopija kodira funkcionalni protein retine. Funkcionalni proteini retine uključuju, na primer, retinošisin, RPE65, retinitis pigmentoza GTPase regulator (RGPR)-interakujući protein-1, periferin, periferin-2 i slično.
[0126] Endonukleaze specifične za mesto koje su pogodne za upotrebu uključuju, na primer, nukleaze prstiju cinka (ZFN); i efektorske nukleaze poput tenarektora (TALEN), u kojima se takve endonukleaze specifične za mesto ne javljaju prirodno i koje su modifikovane kako bi se usmeravale na određeni gen. Takve nukleaze specifične za mesto mogu se dizajnirati kako bi se smanjile specifična mesta unutar genoma, i nehomolosko povezivanje na kraju može onda popraviti prekid dok ubacuje ili briše nekoliko nukleotida. Takve endonukleaze specifične za mesto (takođe nazvane „INDEL“) potom bacaju protein iz okvira i efikasno izbacuju gen. pogledati, npr., U.S. objava patenta br.2011/0301073.
Regulatorne sekvence
[0127] U nekim otelotvorenjima, nukleotidna sekvenca koja kodira genski proizvod od interesa je operativno vezana za konstitutivni promoter. U drugim otelotvorenjima, nukleotidna sekvenca koja kodira genski proizvod od interesa je operativno povezana sa inducibilnim promoterom. U nekim slučajevima, nukleotidna sekvenca koja kodira genski proizvod od interesa je operativno povezana sa regulatornim elementom specifičnim za tkivo ili ćelijskim tipom. Na primer, u nekim slučajevima, nukleotidna sekvenca koja kodira genski proizvod od interesa funkcionalno je povezana sa regulatornim elementom specifičnim za fotoreceptore (npr. promoter specifičan za fotoreceptore), npr. regulatorni element koji daje selektivno eksprimiranje operativno povezanog gena u fotoreceptorskoj ćeliji. Pogodni regulatorni elementi specifični za fotoreceptore uključuju, na primer, promoter rodopsina; promoter rodopsin kinaze (Young i dr. (2003) Ophthalmol. Vis. Sci. 44:4076); promoter gena beta fosfodiesteraze (Nicoud i dr. (2007) J. Gene Med.
9:1015); promoter gena retinitisa pigmentoze (Nicoud i dr. (2007) supra); interferotoreceptor retinoidvezujući protein (IRBP) genski poboljšivač (Nicoud i dr. (2007) supra); promoter IRBP gena (Yokoyama i dr. (1992) Exp Eye Res.55:225).
FARMACEUTSKI SASTAVI
[0128] Ovo obelodanjenje pruža farmaceutski sastav koja sadrži: a) predmetni rAAV virion, kao što je gore opisano; i b) farmaceutski prihvatljiv nosač, razblaživač, ekscipijent ili pufer. U nekim otelotvorenjima, farmaceutski prihvatljiv nosač, razblaživač, ekscipijent ili pufer je pogodan za upotrebu kod čoveka.
[0129] Takvi ekscipijenti, nosači, razblaživači i puferi uključuju bilo koji farmaceutski agens koje se može davati bez nepotrebne toksičnosti. Farmaceutski prihvatljivi ekscipijenti uključuju, ali nisu ograničeni na, tečnosti kao što su voda, fiziološki rastvor, glicerol i etanol. Njima se mogu priključiti farmaceutski
1
prihvatljive soli, na primer, soli mineralnih kiselina kao što su hidrohloridi, hidrobromidi, fosfati, sulfati i slično; i soli organskih kiselina kao što su acetati, propionati, malonati, benzoati i slično. Pored toga, na takvim nosačima mogu biti prisutne pomoćne supstance, kao što su ovlaživači ili emulgatori, agensi za puferovanje pH i slično. Širok izbor farmaceutski prihvatljivih ekscipijenata je poznat u struci i ovde se ne treba podrobno razmatrati. Farmaceutski prihvatljivi ekscipijenti su dobro opisani u različitim publikacijama, uključujući, na primer, A. Gennaro (2000) "Remington: The Science and Practice of Pharmacy," 20th edition, Lippincott, Williams, & Wilkins; Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems (1999) H.C. Ansel i dr., eds., 7th ed., Lippincott, Williams, & Wilkins; and Handbook of Pharmaceutical Excipients (2000) A.H. Kibbe i dr., eds., 3rd ed. Amer. Pharmaceutical Assoc.
POSTUPCI ISPORUKE GENSKOG PROIZVODA U RETINALNU ĆELIJU I TRETMAN
POSTUPCI
[0130] Ovo obelodanjenje pruža postupak isporuke genskog proizvoda u retinalnu ćelije kod pojedinca, i postupak obuhvata davanje pojedincu predmetnog rAAV viriona kao što je gore opisano. Genski proizvod može biti polipeptid ili interferirajuća RNK (npr. ShRNK, siRNK i slično), aptamer ili endonukleaza specifična za mesto, kao što je gore opisano. Isporuka genskog proizvoda u ćeliju retine može da pruži lečenje bolesti retine. Retinalna ćelija može biti fotoreceptor, ćelija retinalne ganglija, Milerova ćelija, bipolarna ćelija, amakrina ćelija, horizontalna ćelija ili retinalna pigmentirana epitelna ćelija. U nekim slučajevima, ćelija retine je fotoreceptorska ćelija, npr. štapićasta ili kupasta ćelija.
[0131] Ovo obelodanjenje pruža postupak lečenja bolesti retine, gde postupak obuhvata davanje pojedincu kom je to potrebno efikasne količinu predmetnog rAAV viriona kao što je gore opisano. Predmetni rAAV virion se može primeniti intraokularnom injekcijom, intravitrealnom injekcijom ili bilo kojim drugim pogodnim režimom ili putem primene. Ostali praktični načini ili načini primene uključuju, npr., intravensko, intranazalno, itd.
[0132] „Terapeutski efikasna količina“ će pasti u relativno širok opsegu koji se može odrediti eksperimentisanjem i/ili kliničkim ispitivanjem. Na primer, za in vivo injekciju, tj. injekciju direktno u oko, terapeutski efikasna doza će biti od oko 106 do oko 1015 rAAV viriona, npr. od oko 108 do 1012 rAAV viriona. Za transdukciju in vitro, efikasna količina rAAV viriona koja će biti isporučena ćelijama biće od oko 108 do oko 1013 rAAV viriona. Druge efektivne doze lako se mogu ustanoviti od strane stručnjaka u oblasti kroz rutinska ispitivanja koja utvrđuju krive odgovora na dozu.
[0133] U nekim otelotvorenjima, više od jedne primene (npr. dve, tri, četiri ili više primena) mogu se koristiti za postizanje željenog nivoa eksprimiranja gena tokom perioda različitih intervala, npr. dnevno, nedeljno, mesečno, godišnje, itd.
[0134] Okularne bolesti koje mogu biti tretirane korišćenjem predmetnog postupka obuhvataju, ali nisu ograničene na, akutnu makularnu neuroretinopatiju; Behketovu bolest; Horoidalna neovaskularizacija; dijabetički uveitis; histoplazmoza; makularna degeneracija, kao što je akutna makularna degeneracija, makularna degeneracija koja nije povezana sa godinama koja nije eksuktivna i makularna degeneracija povezana sa godinama koja nije eksuktivna; edem, kao što je makularni edem, cistoidni makularni edem i dijabetički makularni edem; multifokalni horoidiitis; očna trauma koja utiče na posteriorno oko; očni tumori; poremećaji retine, kao što je okluzija centralne retinalne vene, dijabetička retinopatija (uključujući proliferativnu dijabetičku retinopatiju), proliferativna vitreoretinopatija (PVR), okluzivna bolest retinalne arterije, odvajanje retine, uveitiska retinalna bolest; simpatetička opalalmija; Vogt Kojanagi-Harada (VKH) sindrom; uvealna difuzija; posteriorno očno stanje izazvano ili pod uticajem laserskog lečenja; posteriorno očno stanje izazvano ili pod uticajem fotodinamičke terapije; fotokutulacija, retinopatija zračenja; poremećaji epiretinalne membrane; okluzija grane retinalne venee; anteriorna ishemijska optička neuropatija; nestabilnost dijabetske retinalne disfunkcije; retinoskizis; retinitis pigmentosa; glaukom; Ušerov sindrom, kupasta-štapićasta distrofija; Stargardova bolest (fundus flavimaculatus); nasleđena makularna degeneracija; horioretinalna degeneracija; Leber kongenitalna amauroza; urođena stacionarna noćna slepila; horoideremija; Bardet-Biedl sindrom; makularna telangiektazija; Leberova nasledna optička neuropatija; mladalačka retinopatija; i poremećaje vida boja, uključujući ahromatopsiju, protanopiju, deuteranopiju i tritanopiju.
NUKLEINSKE KISELINE I ĆELIJE DOMAĆINI
[0135] Ovo obelodanjenje pruža izolovanu nukleinsku kiselinu koja obuhvata nukleotidnu sekvencu koja kodira predmetnu varijantni adeno-povezani virus (AAV) kapsidni protein kako je opisano gore, gde
2
varijantni AAV kapsidni protein obuhvata umetanje od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina u GH petlji ili IV petlji u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, i gde varijantni kapsidni protein, kada je prisutan u AAV virion, omogućava povećanu infektivnost retinalnih ćelija u poređenju sa infektivnosti retinalnih ćelija sa AAV virionom koji obuhvata odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein. Predmetna izolovana nukleinska kiselina može biti AAV vektor, npr., rekombinantni AAV vektor.
Umetni peptidi
[0136] Varijantni AAV kapsidni protein kodiran predmetnom nukleinskom kiselinom koji ima umetani peptid dužine od oko 5 aminokiselina do oko 11 aminokiselina umetnut je u GH petlju AAV kapsida. Umetni peptid ima dužinu od 5 aminokiselina, 6 aminokiselina, 7 aminokiselina, 8 aminokiselina, 9 aminokiselina, 10 aminokiselina, ili 11 aminokiselina.
[0137] Umetni peptid može da obuhvata aminokiselinsku sekvencu bilo koje od dole navedenih formula.
[0138] Na primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu I:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr; X1, ako je prisutan, je izabran od Leu, Asn, i Lys;
X2je izabran od Gly, Glu, Ala, i Asp;
X3je izabran od Glu, Thr, Gly, i Pro;
X4je izabran od Thr, He, Gln, i Lys;
X5je izabran od Thr i Ala;
X6je izabran od Arg, Asn, i Thr;
X7, ako je prisutan, je izabran od Pro i Asn.
[0139] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu IIa:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr;
svaki od X1 - X4 je bilo koja aminokiselina;
X5 je Thr; X6 je Arg; i
X7 je Pro.
[0140] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu IIb:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr;
X1, ako je prisutan, je izabran od Leu i Asn;
X2, ako je prisutan, je izabran od Gly i Glu;
X3 je izabran od Glu i Thr;
X4 je izabran od Thr i Ile;
X5 je Thr;
X6 je Arg; i
X7 je Pro.
[0141] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu III:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr;
X1, ako je prisutan, je Lys;
X2 je izabran od Ala i Asp;
X3 je izabran od Gly i Pro;
X4 je izabran od Gln i Lys;
X5 je izabran od Thr i Ala; X6je izabran od Asn i Thr; X7, ako je prisutan, je Asn.
[0142] Kao drugi primer, umetni peptid može biti peptid dužine od 5 do 11 aminokiselina, gde umetni peptid ima Formulu IV:
Y1Y2X1X2X3X4X5X6X7Y3Y4
gde:
svaki od Y1-Y4, ako je prisutan, je nezavisno izabran od Ala, Leu, Gly, Ser, i Thr;
X1, ako je prisutan, je aminokiselina sa pozitivnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Leu, Asn, Arg, Ala, Ser, i Lys;
X2 je aminokiselina sa negativnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Gly, Glu, Ala, Val, Thr, i Asp;
X3 je aminokiselina sa negativnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Glu, Thr, Gly, Asp, ili Pro;
X4 je izabran od Thr, He, Gly, Lys, Asp, i Gln;
X5 je polarna aminokiselina, alkohol ( aminokiselina koja ima slobodnu hidroksilnu grupu), ili hidrofobna aminokiselina; ili je izabran od Thr, Ser, Val, i Ala;
X6 je aminokiselina sa pozitivnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Arg, Val, Lys, Pro, Thr, i Asn; i
X7, ako je prisutan, je aminokiselina sa pozitivnim naponom ili aminokiselina bez napona; ili je izabran od Pro, Gly, Phe, Asn, i Arg.
[0143] Kao neograničavajući primeri, umetni peptid može da obuhvata aminokiselinsku sekvencu izabranu od LGETTRP (SEQ ID NO: 13), NETITRP (SEQ ID NO:14), KAGQANN (SEQ ID NO:15), KDPKTTN (SEQ ID NO:16), KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60).
[0144] U nekim slučajevima, umetni peptid ima od 1 do 4 spacer aminokiseline (Y1-Y4) na amino terminusu i/ili karboksil terminusu bilo koje od LGETTRP (SEQ ID NO: 13), NETITRP (SEQ ID NO:14), KAGQANN (SEQ ID NO:15), KDPKTTN (SEQ ID NO:16), KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60). Odgovarajuće spacer aminokiseline uključuju, ali nisu ograničene na, leucin, alanin, glicin i serin.
[0145] Na primer, u nekim slučajevima, umetni peptid ima jednu od narednih aminokiselinskih sekvenci: LALGETTRPA (SEQ ID NO:45); LANETITRPA (SEQ ID NO:46), LAKAGQANNA (SEQ ID NO:47), LAKDPKTTNA (SEQ ID NO:48), LAKDTDTTRA (SEQ ID NO:61), LARAGGSVGA (SEQ ID NO:62), LAAVDTTKFA (SEQ ID NO:63), i LASTGKVPNA (SEQ ID NO:64). Kao drugi primer, u nekim slučajevima, umetni peptid ima jednu od narednih aminokiselinskih sekvenci: AALGETTRPA (SEQ ID NO:49); AANETITRPA (SEQ ID NO:50), AAKAGQANNA (SEQ ID NO:51), i AAKDPKTTNA (SEQ ID NO:52). Kao još jedan primer, u nekim slučajevima, umetni peptid ima jednu od narednih aminokiselinskih sekvenci: GLGETTRPA (SEQ ID NO:53); GNETITRPA (SEQ ID NO:54), GKAGQANNA (SEQ ID NO:55), i GKDPKTTNA (SEQ ID NO:56). Kao drugi primer, u nekim slučajevima, umetni peptid se sastoji od KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60), okružen na C-terminusu sa AA i na N-terminusu sa A; ili se sastoji od KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), i STGKVPN (SEQ ID NO:60) okružen na C-terminusu sa G i na N-terminusu sa A.
[0146] Predmetni rekombinantni AAV vektor može se koristiti da generiše predmetni rekombinantni AAV virion, kako je opisano gore. Stoga, ovo obelodanjenje pruža rekombinantni AAV vektor koji, kada se uvede u odgovarajuću ćeliju, može da pruži zaštitu od predmetnog rekombinantnog AAV viriona.
[0147] Ovao otelotvorenje dalje pruža ćelije domaćine, npr., izolovane (genetski modifikovane) ćelije domaćine, koje obuhvataju predmetnu nukleinsku kiselinu. Predmetna ćelija domaćin može biti izolovana ćelija, npr., ćelija u in vitro kulturi. Predmetna ćelija domaćin je korisna za proizvodnju predmetnog rAAV viriona, kako je opisano u nastavku. Kada se lija domaćin koristi za proizvodnju predmetnog rAAV viriona, naziva se „ćelija za pakovanje“. U nekim otelotvorenjima, predmetna ćelija domaćin je stabilno genetski modifikovana sa predmetnom nukleinskom kiselinom. U drugim otelotvorenjima, predmetna ćelija domaćin je prelazno genetski modifikovana sa predmetnom nukleinskom kiselinom.
[0148] Predmetna nukleinska kiselina se uvodi stabilno ili prelazno u ćeliju domaćina, koristeći utvrđene tehnike, uključujući, ali ne ograničavajući se na, elektroporaciju, precipitaciju kalcijum fosfata, transfekciju posredovanu lipozomom i slično. Za stabilnu transformaciju, predmetna nukleinska kiselina će generalno dodatno uključiti selektivni marker, npr. bilo koji od nekoliko poznatih markera koji se mogu odabrati, kao što je otpornost na neomicin i slično.
[0149] Predmetna ćelija domaćin generiše se uvođenjem predmetne nukleinske kiseline u bilo koju od različitih ćelija, npr. ćelija sisara, uključujući, na primer, ćelije miševa i ćelije primata (npr., ljudske ćelije). Pogodne ćelije sisara uključuju, ali se ne ograničavaju na, primarne ćelije i ćelijske linije, gde pogodne ćelijske linije uključuju, ali nisu ograničene na, 293 ćelije, COS ćelije, HeLa ćelije, Vero ćelije, 3T3 fibroblaste miša, fibroblaste C3H10T1/2, CHO ćelije i slično. Neograničavajući primeri pogodnih ćelija domaćina uključuju npr. HeLa ćelije (npr. American Type Culture Collection (ATCC) No. CCL-2), CHO ćelije (npr., ATCC Nos. CRL9618, CCL61, CRL9096), 293 ćelije (npr., ATCC No. CRL-1573), Vero ćelije, NIH 3T3 ćelije (npr., ATCC No. CRL-1658), Huh-7 ćelije, BHK ćelije (npr., ATCC No. CCL10), PC12 ćelije (ATCC No. CRL1721), COS ćelije, COS-7 ćelije (ATCC No. CRL1651), RAT1, L ćelije miševa (ATCC No. CCLI.3), bubrežne ćelije ljudskog embrionalna (HEK) (ATCC No. CRL1573), HLHepG2 ćelije i slično. Predmetna ćelija domaćina se takođe može napraviti pomoću bakulovirusa za zarazne ćelije insekata kao što su Sf9 ćelije, koje proizvode AAV (pogledati, npr. U.S. Patent No.7,271,002; US patent application 12/297,958)
[0150] U nekim otelotvorenjima, predmetna genetski modifikovana ćelija domaćin obuhvata, pored nukleinske kiseline koja sadrži nukleotidnu sekvencu koja kodira varijantni AAV kapsidni protein, kao što je gore opisano, nukleinsku kiselinu koja sadrži nukleotidnu sekvencu koja kodira jedan ili više AAV rep protein. U drugim otelotvorenjima, predmetna ćelija domaćina dalje sadrži rAAV vektor. rAAV virion može se generisati koristeći ćeliju domaćina. Postupci generisanja rAAV viriona su opisani u, na primer, U.S. objava patenta br.2005/0053922 i U.S. objava patenta br.2009/0202490.
PRIMERI
[0151] Sledeći primeri su dati tako da pruže stručnjacima sa uobičajenim iskustvom u oblasti kompletno obelodanjenje i opis kako napraviti i koristiti ovaj pronalazak, i nemaju nameru da ograniče obim onoga šta pronalazači smatraju za svoj izum, niti su nameravani da predstavljaju da su eksperimenti ispod navedeni svi ili jedini eksperimenti. Uloženi su napori kako bi se osigurala tačnost u odnosu na brojeve koji se koriste (npr. količine, temperature, itd.), ali neke eksperimentalne greške i odstupanja treba uzeti u obzir. Osim ako nije drugačije naznačeno, udeli su težinski udeli, molekulska masa je prosečna težina molekulske mase, temperatura je u stepenima celzijusa, a pritisak je u atmosferi ili blizu nje. Mogu se koristiti standardne skraćenice, npr. bp, bazni par; kb, kilobaza; pl, pikolitar; s ili sek, sekunde; min, minut; h ili hr, sat; aa, aminokiselina; kb, kilobaza; bp, bazni par; nt, nukleotid; i.m., intramuskularno; i.p., intraperitonealno; s.c., potkožno; i slično.
Primer 1: AAV varijanta sa poboljšanom transdukcijom retinalnih ćelija
[0152] Pristup je bio da stvori biblioteku prikaza peptida uvođenjem jedinstvenog AvrII mesta u divlji tip AAV2 genoma između aminokiselina 587 i 588 putem mutageneze lančane reakcije polimeraze (PCR).
2
Nasumično 21 nukleotidnia umetak, 7mer For, je korišćen za sintezu dsDNK umetaka, uz antisens prajmera 7mer Rev. Nastali dsDNK umetci su klonirani u AvrII mestu genoma posle digestije sa NheI, proizvodeći raznovrsnu 7mer biblioteku prikaza koja je zatim upakovana (Perabo i dr., 2003; Muller i dr., 2003). Virus je generisan tako da je svaki virusni genom pakovan ili enkapsidiran unutar varijantog kapsidnog proteina koji taj genoma kodira. U tom pogledu, funkcionalna poboljšanja identifikovana kroz selekciju mogu biti povezana sa sekvencom genoma koja kodira ovu poboljšanu funkciju sadržanu u virusnom kapsidu.
[0153] Ova biblioteka je podvrgnuta pozitivnoj selekcijom u miševima rho-GFP (Wensel i dr. (2005) Vision Res. 45:3445). Ukratko, u jednom krugu selekcije, odrasli rho-GFP miševi su intravitrealno injektirani sa 2mL fosfatnim puferom (PBS)-dijalizovanom, jodiksanol-prečišćenom bibliotekom genomskog titra oko 1x10<12>virusnih genoma (vg)/mL. Ultrafina igla sa promerom 30 1⁄2 prošla je kroz skleru životinjskog oka, na ekvatoru i pored udova, u staklenu šupljinu. Injekcija 2ml virusa napravljena je direktnim posmatranjem igle u centru staklenaste šupljine. Nedelju dana posle injekcije, oči su bile bez jezgra i retina je disocirana koristeći svetlost, tretman papain proteaze, zatim fluorescencijom aktiviranu sorter ćelija (FACS) izolaciju fotoreceptor populacija. Uspešni virioni su zatim PCR pojačani iz naknadnih genomskih ekstrakcija i dalje klonirani i prepakovani za injekciju.
[0154] Dalje iteracije ovog izbora su obavljene, sužavajući bazu varijanti sa podskupom sa najproporcionalnijim mutacijama. Posle tri iteracije, izvedena je runda PCR sklonih greškama kako bi se stvorila nova generacija varijanti za izbor. Ukupno, ovaj proces je ponovljen u dve generacije. U tom pogledu, ovaj proces usmerene evolucije stvorio je fotoreceptor-dopuštajuće varijante AAV kroz primenu pozitivne selekcije i indukovane mutageneze, slično procesu prirodne evolucije.
[0155] Nakon toga, cap geni pedeset varijanti su sekvencirani kako bi odredili najistaknutije i uspešne varijante da imaju permisivne mutacije za intravitrealnu fotoreceptorsku transdukciju. Od 50 klonova, 46 dalo je čitljive sekvence 7mernog umetka. Izuzetno, gotovo dve trećine klonova sadržalo je isti istaknut 7mer motiv (∼<588>LGETTRP∼; SEQ ID NO:13). Zanimljivo, sledeća najistaknutiji varijanta (∼<588>NETITRP∼; SEQ ID NO: 14) takođe sadrži sličan bočni motiv koji se sastoji od pozitivno napunjenog arginin ostatka između polarnog treonin i nepolarnog prolin ostataka (TRP).
Tabela 1
[0156] Tabela 1 Sekvenciranje izolovanih varijanti iz usmerene evolucije otkriva visok stepen konvergencije u virusnim bibliotekama. Sve varijante su izvedene iz AAV2 7mer biblioteke, sa oko 64% varijanti koji sadrže isti 7mer motiv (∼<588>LGETTRP∼ (SEQ ID NO:13)).
[0157] Među 7mer umetnim sekvencama bilo je umerenih preferencija na određenim pozicijama, npr., pozitivno naelektrisana aminokiselina na poziciji 1; negativno naelektrisana aminokiselina na poziciji 2; alkohol (npr., aminokiselina koja ima alkoholnu grupu (slobodnu hidroksilnu grupu), kao što je Thr ili Ser) na položaju 5.
[0158] 7mer umetci su okruženi spacerima, kao što je prikazano u Tabeli 2:
[0159] Slika 1. Reprezentativni trodimenzionalni kapsidni model AAV2 koji sadrži slučajni heptamer (prikazan u narandžastoj boji) posle aminokiseline 587. Ova oblast AAV2 kapsida verovatno učestvuje u vezivanju receptora ćelijske površine.
[0160] U svetlu visokog stepena konvergencije biblioteke iz gore opisane selekcije, rekombinantni oblik AAV2 AAV2 ∼<588>LGETTRP∼ (SEQ ID NO:13; po imenu 7M8) je kloniran i upakovan vektor sa scCAG-GFP transgenom da vizuelizuje svoj profil transdukcije. Tri nedelje nakon intravitrealne injekcije kod odraslih miševa primećen je robustan izraz u brojnim ćelijskim ćelijama, uključujući ćelije retinalne ganglije (RGC) i Milerove ćelije. Važnije, transdukcija fotoreceptorima u retine ubrizgana sa 7M8, kako je viđeno GFP eksprimiranjem u spoljašnjoj nuklearne sloju (ONL) jezgara (crvene strelice) i spoljašnjim segmentima (Slika 2, plava strelica), primećena je, dok AAV2 nije pokazao nikakvo prepoznatljivo eksprimiranje fotoreceptora.
[0161] Slika 2 AAV27M8 varijanta (desno) pokazuje veći nivo intravitrealne fotoreceptorske transdukcije u odnosu na AAV2 (levo). Konkocijalna mikroskopija transverzalnih mrežnih sekcija tri nedelje nakon intravitrealne injekcije 2mL 1x10<12>vg/mL AAV27M8 i AAV2 scCAG GFP kod odraslih miševa. Crvene strelice (vrh) označavaju jezgra fotoreceptora i plava strelica (vrh) označava spoljne segmente fotoreceptora.
[0162] U svetlu ovih dobitaka u transdukciji retinalnih ćelija, učinjen je pokušaj da se poveća specifičnost eksprimiranja putem upotrebe ssRho-eGFP transgena koji sadrži rodopsin promoter fotoreceptora specifičan da bolje reši efikasnost transdukcije, konkretno kod fotoreceptora (Slika 3). Zaista, korišćenje specifičnog fotoreceptorskog Rho promotera ograničilo je GFP eksprimiranje na fotoreceptore. Urađen je pokušaj da se poboljša 7M8 efikasnost transdukcije kombinovanjem racionalnog pristupa dizajniranja prema prethodnom usmerenom evolucionom pristupu. Stoga, četiri površinski izložena tirozin ostataka su mutirana do fenilalanina na 7M8 kapsidu (I273F, I444F, I500F i I730F) za koji je prethodno dokazano da povećava infektivnost fotoreceptora (Petrs-Silva i dr., 2009). Zanimljivo dodavanje mutacija smanjenjem broja transdukovanih fotoreceptora u odnosu na originalni virus kao što je prikazano pomoću FACS sortiranja kod GFP(+) fotoreceptora od 7M8 ili 7m8-4IF zaraženih retina (Slika 4).
[0163] Slika 3. Slike reprezentativne fluorescencije krio isečaka retine prikazuju eksprimiranje GFP usled 7M8 koji nosi GFP gen pod kontrolom sveprisutnog CAG promotera (levo) ili fotoreceptor specifičnog Rho promotera (desno).
[0164] Slika 4. GFP(+) fotoreceptor ćelije po milion ćelija retinalnih ćelija kao što je računato sa protočnom citometrijom. 7m8 transdukuje više od 2x količine fotoreceptora u poređenju sa 7m8 sa 4 tirozinskim mutacijama (vrh).
Primer 2: Lečenje retinozisa
[0165] Koristeći eksprimirajući konstrukt 7m8-rho-RS 1, funkcionalni retinozisin (RS1) protein je isporučen definiszin deficitarnim miševima (miševi sa deficitarnim Rslh-om, Rslh je mišji homologa humanog RS1). Vektor sadrži nukleotidnu sekvencu koja kodira funkcionalni retinozisin protein pod transkripcionom kontrolom promotera rodopsina. Pogledati Slike 13A-C, gde je podebljana i podvučena nukleotidna sekvenca (nukleotidi 4013-4851) kao promoter rodopsina; i nukleotidi 4866-5540 (sa početnim atg i zaustavnim tga sekvencama prikazanim masnim slovima) kodiraju humani RS1 protein.
[0166] 7m8-rho-RS 1 konstrukt je primenjiva intravitrealno na Rslh-/-miševe na P15. Rslh-/-miševi su
2
generisani ciljanim prekidom eksona 3 iz Rslh gena, kao što je opisano (Weber i dr. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:6222). Rllh-/-miševi su deficijentni u produktu Rslh proteina, imaju elektronegativan ERG (npr. redukovani bvave sa relativnim očuvanjem a-talasa) i razdvajanje slojeva retine, slično onome što se pogledati kod ljudskih pacijenata sa retinozisom. Injekcija 7m8-rho-RS 1 vektora u Rslh-/- dovela je do visokih nivoa eksprimiranja RSr1 iz fotoreceptora u retini. Eksprimiranje RS1 dovodi do poboljšane morfologije retine sa smanjenjem broja i veličine šupljina u retini kao što se pogledati u slikanju optičke koherentne tomografije (SD-OCT) (Slika 7A-I), spašavanje ERG b-talasa (Slike 8A-D) i dugoročno strukturalno očuvanje retine (Slike 9A-E).
[0167] Slike 7A-I. Reprezentativne SD-OCT slike sa retinama ubrizganim sa 7m8-rho-GFP (leva kolona), 7m8-rho-RS1 (srednja kolona) ili neinjektirane VT životinje (desna kolona). Slike fonda su uzete preko unutrašnjeg nuklearnog sloja superiorne retine i isključuju druge slojeve (a-c). Transverzne slike superiorne (d-f) i inferiorne (g-i) retine uzete su koristeći glavu optičkog nerva kao orijentir.
[0168] Netretirana RS 1 retina povećava ukupnu debljinu kada se meri od unutrašnje limite membrane (ILM) do fotoreceptora, jer se patologija odvija zahvaljujući šizi koji razdvaja unutrašnju retinu. Ovaj proces se razlikuje od onog koji je primećen kod većine degenerativnih bolesti retinalnih organa (RDD) koji ne formiraju šizu, ali pokazuju progresivnu smrt ćelija fotoreceptora u INL-u i istovremenp proređivanje retina i gubitak ERG amplitude. U RS1, ONL se smanjuje kako fotoreceptori umiru od bolesti, ali to se razlikuje od ukupne promene debljine retine. Uopšteno govoreći, uspešna terapija za RS1 vraća ukupnu debeljinu retine do divljeg tipa i poboljšava gubitak fotoreceptora u ONL. U većini RDD-a osim Rs1, gubitak fotoreceptora, obeležen ONL smanjivanjem, praćen je smanjenjem fiziološkog autputa retine, mereno pomoću ERG amplitude. RS 1 je jedan od retkih primera bolesti retina u kojoj patologija povećava debljinu retine uz istovremeni gubitak amplitude erga. Ukratko, vraćanje RS1 genskog proizvoda, ekstracelularnog retinalnog lepka, oslobađa retinu nazad u debljinu divljeg tipa, i amplituda erga se vraća na normalne nivoe dok se šiza rešava.
[0169] Slika 8a pokazuje upoređivanje funkcionalnog spasavanja neobrađenih Rs1 -/- očiju na oči AAV2-rho-RS1, 7m8-rho-GFP i 7m8-rho-RS1 oči i mesec dana (levo) i 4 meseca (desno ) Nakon injekcije. Jednomesečni post-injekcija, 7m8-rho-RS1 dovela je do značajnog spašavanja ERG b-talasne amplitude, dok je AAV2-rho.RS1 statistički ne može se razlikovati od nezdravljenih očiju.
[0170] Nakon 4 meseca, amplituda 7m8-rho-RS1 dalje se povećava prema amplitudi divljeg tipa (desno). Slika 8b pokazuje reprezentativne tragove ERG od 7m8-rho-RS1-injektiranih očiju i pokazuje poboljšanu amplitudu a-talasa i b-talasa i talasnog oblika bližeg očima divljeg tipa, u poređenju sa 7m8-rho-GFP injektiranim očima. Na Slici 8c prikazana je amplituda celokupnog polja skotopskog b-talasa koja je rezultat visokog intenziteta (1 log cd x s/m2) stimulusa koji je zabeležen na mesečnom nivou, počevši od mesec dana nakon injekcije na P15 za svako stanje. Tri odgovora su zabeležena i uprosečena za svako oko u svakom trenutku.
[0171] Srednje ERG b-talasne amplitude su plotirane kao funkcija vremena posle injekcije. N = 7 je korišćen za oba stanja. Slika 8d pokazuje analizu odgovora ERG-a pod skotopskim (gornji tragovi, opseg stimulusa od -3 do 1 log cd x/m2) i fototopskim (niži tragovi, u rasponu od -0,9 do 1,4 log cd x/m2) uslovima koji ukazuju na poboljšanu funkciju štapićaste i kupaste ćelije u nizu intenziteta stimulusa.
[0172] Slike 9A-E. Održana poboljšanja u debljini retine merene na 10 meseci posle tretmana sa 7m8-rho-RS1. Reprezentativne transverzalne SD-OCT slike a) 7m8-rho-RS1 ili b) ili 7m8-rho-GFP tretirane retine 10 meseci posle injekcije usredsređene na glavi optičkog nerva. Merenja c) debljine retine, d) debljine ONL i e) i unutrašnja i spoljašnja debljina segmenta su plotirani kao funkcija udaljenosti od glave optičkog nerva.
Primer 3: AAV varijanta koja se koristi za isporuku proteina retinalnim ćelijama kod makakijia
[0173] Generisan je rekombinantni AAV2 virion (7m8 koji nosi GFP pod kontrolom promoterskog koneksina36). Rekombinantni AAV2 virion obuhvatio je varijantu AAV2 kapsida sa umetanjem LALGETTRPA peptida između aminokiselina 587 i 588 AAV2 kapsida i GFP pod kontrolom transkripcije promoterom koneksina36, koji je izražen u interneuronima. Virus rAAV2 je injektiran intravitrealno u oko makakija. Podaci su prikazani na Slici 18.
[0174] Slika 18 pruža sliku fundusa fluorescencije koja pokazuje GFP eksprimiranje na zadnjoj strani retine 9 nedelja nakon primene 7m8 koja nosi GFP pod kontrolom promoterskog koneksina36. U poređenju sa roditeljskim AAV2 serotipom (Yin et al, IOVS 52(5); 2775), u fovealnom prstenu je primećen veći nivo eksprimiranja, a vidljiva fluorescencija je primećena u centralnoj retini izvan fovee.
2
REFERENCE
[0175]
Daiger SP, Bowne SJ, Sullivan LS (2007) Perspective on genes and mutations causing retinitis pigmentosa. Arch Ophthalmol 125: 151-158.
Dalkara D, Kolstad KD, Caporale N, Visel M, Klimczak RR, i dr. (2009) Inner Limiting Membrane Barriers to AAV Mediated Retinal Transduction from the Vitreous. Mol Ther.
den Hollander AI, Roepman R, Koenekoop RK, Cremers FP (2008) Leber congenital amaurosis: genes, proteins and disease mechanisms. Prog Retin Eye Res 27: 391-419.
Gruter O, Kostic C, Crippa SV, Perez MT, Zografos L, i dr. (2005) Lentiviral vector-mediated gene transfer in adult mouse photoreceptors is impaired by the presence of a physical barrier. Gene Ther 12: 942-947.
Maguire AM, Simonelli F, Pierce EA, Pugh EN, Jr., Mingozzi F, i dr. (2008) Safety and efficacy of gene transfer for Leber’s congenital amaurosis. N Engl J Med 358: 2240-2248.
Mancuso K, Hauswirth WW, Li Q, Connor TB, Kuchenbecker JA, i dr. (2009) Gene therapy for redgreen colour blindness in adult primates. Nature 461: 784-787.
McGee Sanftner LH, Abel H, Hauswirth WW, Flannery JG (2001) Glial cell line derived neurotrophic factor delays photoreceptor degeneration in a transgenic rat model of retinitis pigmentosa. Mol Ther 4: 622-629.
Muller OJ, Kaul F, Weitzman MD, Pasqualini R, Arap W, i dr. (2003) Random peptide libraries displayed on adenoassociated virus to select for targeted gene therapy vectors. Nat Biotechnol 21: 1040-1046.
Nakazawa T. i dr. (2007) Attenuated glial reactions and photoreceptor degeneration after retinal detachment in mice deficient in glial fibrillary acidic protein and vimentin. Invest Ophthamol Vis Sci 48: 2760-8.
Nakazawa T. i dr. (2006) Characterization of cytokine responses to retinal detachment in rats. Mol Vis 12: 867-78. Perabo L, Buning H, Kofler DM, Ried MU, Girod A, i dr. (2003) In vitro selection of viral vectors with modified tropism: the adeno-associated virus display. Mol Ther 8: 151-157.
Petrs-Silva H, Dinculescu A, Li Q, Min SH, Chiodo V, i dr. (2009) High-efficiency transduction of the mouse retina by tyrosine-mutant AAV serotype vectors. Mol Ther 17: 463-471.
Reme CE, Grimm C, Hafezi F, Wenzel A, Williams TP (2000) Apoptosis in the Retina: The Silent Death of Vision. News Physiol Sci 15: 120-124.
Rolling F (2004) Recombinant AAV-mediated gene transfer to the retina: gene therapy perspectives. Gene Ther 11 Suppl 1: S26-32.
Wensel TG, Gross AK, Chan F, Sykoudis K, Wilson JH (2005) Rhodopsin-EGFP knock-ins for imaging quantal gene alterations. Vision Res 45: 3445-3453.
Zhong L, Li B, Mah CS, Govindasamy L, Agbandje-McKenna M, i dr. (2008) Next generation of adeno-associated virus 2 vectors: point mutations in tyrosines lead to high-efficiency transduction at lower doses. Proc Natl Acad Sci USA 105: 7827-7832.
2
2
�
1
2
4
�
4
4
�
�
�
�
1
2
4
1
2
4
1
2
4

Claims (15)

Patentni zahtevi
1. Rekombinantni adeno-povezani virion virus (rAAV), ili farmaceutski sastav koji obuhvata navedeni virion, za primenu u postupku tretmana očne bolesti kod pojedinca koji ima potrebu za tim, gde sastav obuhvata farmaceutski prihvatljiv ekscipijent, i gde rekombinantni adeno-povezani virusni (rAAV) virion sadrži:
a) varijantni AAV kapsidni protein, gde varijantni AAV kapsidni protein sadrži umetanja peptida u GH petlju kapsidnog proteina u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, gde umetanja sadrže aminokiselinsku sekvencu izabranu od LALGETTRPA (SEQ ID NO:45); LANETITRPA (SEQ ID NO:46), LAKAGQANNA (SEQ ID NO:47), LAKDPKTTNA (SEQ ID NO:48), KDTDTTR (SEQ ID NO:57), RAGGSVG (SEQ ID NO:58), AVDTTKF (SEQ ID NO:59), STGKVPN (SEQ ID NO:60), LAKDTDTTRA (SEQ ID NO:61), LARAGGSVGA (SEQ ID NO:62), LAAVDTTKFA (SEQ ID NO:63), i LASTGKVPNA (SEQ ID NO:64); i
b) heterolognu nukleinsku kiselinu koja obuhvata nukleotidnu sekvencu koja kodira genski proizvod;
gde varijantni kapsidni protein inficira retinalnu ćeliju.
2. rAAV virion ili farmaceutski sastav za primenu prema patentnom zahtevu 1, gde je mesto umetanja unutar aminokiselina 570-611 od AAV2 kapsidnog proteina datog u SEQ ID NO:1, ili odgovarajući položaj u kapsidnom proteinu drugog AAV serotipa.
3. rAAV virion ili farmaceutski sastav za primenu prema patentnom zahtevu 1 ili 2, gde je retinalna ćelija fotoreceptor, retinalna ćelija ganglije, Milerova ćelija, bipolarna ćelija, amakrina ćelija, horizontalna ćelija, ili retinalna pigmentovana epitelna ćelija.
4. rAAV virion ili farmaceutski sastav za primenu prema bilo kom patentnom zahtevu 1 do 3, gde je navedeni tretman intraokularnom injekcijom.
5. rAAV virion ili farmaceutski sastav za primenu prema bilo kom patentnom zahtevu 1 do 4, gde je navedeni tretman intravitrealnom injekcijom.
6. rAAV virion ili farmaceutski sastav za primenu prema bilo kom patentnom zahtevu 1 do 5, gde je okularna bolest glaukom, retinitis pigmentoza, makularna degeneracija, retinošiza, Leberova kongenitalna amauroza, dijabetička retinopatija, ahromotopsija, ili slepilo na boje.
7. Rekombinantni adeno-povezani virion virus (rAAV) koji obuhvata:
a) varijantni AAV kapsidni protein, gde varijantni AAV kapsidni protein sadrži umetanja peptida u GH petlju kapsidnog proteina u odnosu na odgovarajući roditeljski AAV kapsidni protein, gde umetanja sadrže aminokiselinsku sekvencu izabranu od LALGETTRPA (SEQ ID NO:45); LANETITRPA (SEQ ID NO:46), LAKAGQANNA (SEQ ID NO:47), LAKDPKTTNA (SEQ ID NO:48), LAKDTDTTRA (SEQ ID NO:61), LARAGGSVGA (SEQ ID NO:62), LAAVDTTKFA (SEQ ID NO:63), i LASTGKVPNA (SEQ ID NO:64), i gde varijantni kapsidni protein daje infektivnost retinalnih ćelija; i
b) heterolognu nukleinsku kiselinu koji obuhvata nukleotidnu sekvencu koja kodira genski proizvod.
8. rAAV virion prema patentnom zahtevu 7, gde je mesto umetanja unutar aminokiselina 570-611 od AAV2 kapsidnog proteina ili odgovarajućeg položaja u kapsidnom proteinu drugog serotipa AAV.
9. rAAV virion prema bilo kom patentnom zahtevu 7 do 8, gde je retinalna ćelija fotoreceptor, retinalna ćelija ganglije, 35 Milerova ćelija, bipolarna ćelija, amakrina ćelija, horizontalna ćelija, ili retinalna pigmentovana epitelna ćelija.
10. rAAV virion prema patentnom zahtevu 7, gde je mesto umetanja unutar aminokiselina 587-588 AAV2 kapsidnog proteina utvrđenog u SEQ ID NO:1 ili odgovarajućeg položaja u kapsidnom proteinu drugog AAV serotipa.
11. RAAV virion prema bilo kojem od patentnih zahteva 7 do 10, gde je genski proizvod interferentna RNA, aptamer ili polipeptid.
12. rAAV virion prema patentnom zahtevu 10, gde je polipeptid izabran iz grupe koju čine: glialno izveden neurotrofični faktor, fibroplastički faktor rasta 2, neurturin, ciliarni neurotrofični faktor, faktor rasta nerava, neurotrofični faktor izveden iz mozga, faktor epidermalnog rasta, rodopsin, X-vezani inhibitor apoptoze, retinošizin, RPE65, retinitis pigmentoza GTPaza-interakujući protein-1 , periferin, periferin-2, rodopsin i Sonic hedgehog.
13. Farmaceutski sastav koji obuhvata:
a) rekombinantni adeno-povezani virusni virion bilo kog patentnog zahteva 7 do 12; i
b) farmaceutski prihvatljiv ekscipijent.
14. Izolovana nukleinska kiselina koja obuhvata nukleotidnu sekvencu koja kodira varjinantni adenopovezani virusni (AAV) kapsidni protein, gde je varijantni AAV kapsidni protein kako je definisano bilo kojim patentnim zahtevom 7 do 12.
15. Izolovana, genetski modifikovana ćelija domaćin koja obuhvata nukleinsku kiselinu prema patentnom zahtevu 14.
RS20200498A 2011-04-22 2012-04-20 Adeno-povezani virioni virusa sa varijantama kapsida i postupci za njihovu primenu RS60207B1 (sr)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201161478355P 2011-04-22 2011-04-22
EP17168534.0A EP3254703B1 (en) 2011-04-22 2012-04-20 Adeno-associated virus virions with variant capsid and methods of use thereof

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RS60207B1 true RS60207B1 (sr) 2020-06-30

Family

ID=47042176

Family Applications (4)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20220014A RS62795B1 (sr) 2011-04-22 2012-04-20 Adeno-povezani virioni virusa sa varijantama kapsida i postupci za njihovu primenu
RS20170855A RS56246B1 (sr) 2011-04-22 2012-04-20 Adeno-povezani virioni virusa sa varijantama kapsida i postupci za njihovu primenu
RS20200498A RS60207B1 (sr) 2011-04-22 2012-04-20 Adeno-povezani virioni virusa sa varijantama kapsida i postupci za njihovu primenu
RS20241274A RS66184B1 (sr) 2011-04-22 2012-04-20 Adeno-povezani virioni virusa sa varijantama kapsida i postupci za njihovu primenu

Family Applications Before (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20220014A RS62795B1 (sr) 2011-04-22 2012-04-20 Adeno-povezani virioni virusa sa varijantama kapsida i postupci za njihovu primenu
RS20170855A RS56246B1 (sr) 2011-04-22 2012-04-20 Adeno-povezani virioni virusa sa varijantama kapsida i postupci za njihovu primenu

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20241274A RS66184B1 (sr) 2011-04-22 2012-04-20 Adeno-povezani virioni virusa sa varijantama kapsida i postupci za njihovu primenu

Country Status (26)

Country Link
US (9) US9193956B2 (sr)
EP (5) EP4005603B1 (sr)
JP (6) JP6072772B2 (sr)
KR (4) KR102391725B1 (sr)
CN (3) CN105755044A (sr)
AU (4) AU2012245328B2 (sr)
BR (1) BR112013027120B1 (sr)
CA (2) CA2833870C (sr)
CY (3) CY1119765T1 (sr)
DK (4) DK3254703T3 (sr)
ES (4) ES2904638T3 (sr)
FI (1) FI4005603T3 (sr)
HR (4) HRP20241577T1 (sr)
HU (4) HUE049629T2 (sr)
IL (2) IL280819B2 (sr)
LT (4) LT4005603T (sr)
MX (1) MX349138B (sr)
PL (4) PL4005603T3 (sr)
PT (4) PT2699270T (sr)
RS (4) RS62795B1 (sr)
RU (2) RU2611202C2 (sr)
SG (3) SG194583A1 (sr)
SI (4) SI3693025T1 (sr)
SM (4) SMT202000386T1 (sr)
WO (1) WO2012145601A2 (sr)
ZA (2) ZA201307968B (sr)

Families Citing this family (296)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9441244B2 (en) 2003-06-30 2016-09-13 The Regents Of The University Of California Mutant adeno-associated virus virions and methods of use thereof
US9233131B2 (en) 2003-06-30 2016-01-12 The Regents Of The University Of California Mutant adeno-associated virus virions and methods of use thereof
US8663624B2 (en) 2010-10-06 2014-03-04 The Regents Of The University Of California Adeno-associated virus virions with variant capsid and methods of use thereof
SI3693025T1 (sl) * 2011-04-22 2022-04-29 The Regents Of The University Of California Virioni adeno-povezanega virusa z varianto kapsida in postopki za njihovo uporabo
TWI698240B (zh) 2012-05-15 2020-07-11 澳大利亞商艾佛蘭屈澳洲私營有限公司 使用腺相關病毒(aav)sflt-1治療老年性黃斑部退化(amd)
EP2931899A1 (en) 2012-12-12 2015-10-21 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions, methods, knock out libraries and applications thereof
SG10201707569YA (en) 2012-12-12 2017-10-30 Broad Inst Inc Delivery, Engineering and Optimization of Systems, Methods and Compositions for Sequence Manipulation and Therapeutic Applications
EP3434776A1 (en) 2012-12-12 2019-01-30 The Broad Institute, Inc. Methods, models, systems, and apparatus for identifying target sequences for cas enzymes or crispr-cas systems for target sequences and conveying results thereof
US10266845B2 (en) * 2013-02-08 2019-04-23 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Enhanced AAV-mediated gene transfer for retinal therapies
WO2014124282A1 (en) 2013-02-08 2014-08-14 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Enhanced aav-mediated gene transfer for retinal therapies
US10137176B2 (en) 2013-03-15 2018-11-27 The Trustee Of The University Of Pennsylvania Compositions and methods for treating MPSI
WO2014186160A1 (en) * 2013-05-16 2014-11-20 Applied Genetic Technologies Corporation Promoters, expression cassettes, vectors, kits, and methods for the threatment of achromatopsia and other diseases
US11136557B2 (en) 2013-05-31 2021-10-05 The Regents Of The University Of California Adeno-associated virus variants and methods of use thereof
WO2014204727A1 (en) 2013-06-17 2014-12-24 The Broad Institute Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions methods, screens and applications thereof
WO2014204725A1 (en) 2013-06-17 2014-12-24 The Broad Institute Inc. Optimized crispr-cas double nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation
AU2014281031B2 (en) 2013-06-17 2020-05-21 Massachusetts Institute Of Technology Delivery, use and therapeutic applications of the CRISPR-Cas systems and compositions for targeting disorders and diseases using viral components
JP6738728B2 (ja) 2013-06-17 2020-08-19 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド 肝臓ターゲティングおよび治療のためのＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系、ベクターおよび組成物の送達および使用
WO2014204724A1 (en) 2013-06-17 2014-12-24 The Broad Institute Inc. Delivery, engineering and optimization of tandem guide systems, methods and compositions for sequence manipulation
WO2014207190A1 (en) * 2013-06-28 2014-12-31 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for expressing a polynucleotide of interest in the retina of a subject
JP6571075B2 (ja) 2013-07-08 2019-09-04 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル アンチセンスオリゴヌクレオチド介在性エクソンスキッピングを、それを必要とする対象の網膜において行うための方法
ES2739288T3 (es) 2013-09-13 2020-01-30 California Inst Of Techn Recuperación selectiva
WO2015089473A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 The Broad Institute Inc. Engineering of systems, methods and optimized guide compositions with new architectures for sequence manipulation
MX374529B (es) * 2013-12-12 2025-03-06 Broad Inst Inc Suministro, uso y aplicaciones terapeuticas de sistemas y composiciones crispr-cas para edicion del genoma.
MX2016007325A (es) 2013-12-12 2017-07-19 Broad Inst Inc Composiciones y metodos de uso de sistemas crispr-cas en desordenes debidos a repeticion de nucleotidos.
WO2015089364A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 The Broad Institute Inc. Crystal structure of a crispr-cas system, and uses thereof
JP6793547B2 (ja) 2013-12-12 2020-12-02 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド 最適化機能ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系による配列操作のための系、方法および組成物
JP2017527256A (ja) 2013-12-12 2017-09-21 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド ＨＢＶ及びウイルス性疾患及び障害のためのＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系及び組成物の送達、使用及び治療適用
GB201403684D0 (en) 2014-03-03 2014-04-16 King S College London Vector
WO2015126972A1 (en) * 2014-02-21 2015-08-27 University Of Florida Research Foundation, Inc. Methods and compositions for gene delivery to on bipolar cells
WO2015134643A1 (en) * 2014-03-04 2015-09-11 University Of Florida Research Foundation, Inc. Improved raav vectors and methods for transduction of photoreceptors and rpe cells
EP3114227B1 (en) 2014-03-05 2021-07-21 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating usher syndrome and retinitis pigmentosa
US11141493B2 (en) 2014-03-10 2021-10-12 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290-associated disease
US11339437B2 (en) 2014-03-10 2022-05-24 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290-associated disease
US9938521B2 (en) 2014-03-10 2018-04-10 Editas Medicine, Inc. CRISPR/CAS-related methods and compositions for treating leber's congenital amaurosis 10 (LCA10)
WO2015138616A1 (en) * 2014-03-11 2015-09-17 Wayne State University A modified mglur6 promoter and methods of use
CN106414474B (zh) 2014-03-17 2021-01-15 阿德夫拉姆生物技术股份有限公司 用于视锥细胞中增强的基因表达的组合物和方法
EP3981876A1 (en) 2014-03-26 2022-04-13 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating sickle cell disease
EP3540061A1 (en) 2014-04-02 2019-09-18 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating primary open angle glaucoma
PL3137497T5 (pl) 2014-05-02 2025-06-09 Genzyme Corporation Wektory AAV do terapii genowej siatkówki i OUN
EP3151866B1 (en) 2014-06-09 2023-03-08 Voyager Therapeutics, Inc. Chimeric capsids
KR20170036085A (ko) * 2014-07-31 2017-03-31 더 보드 오브 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 오클라호마 포유동물 rpe65의 높은 아소머로하이드롤라아제 활성 돌연변이
CN116585492A (zh) * 2014-09-16 2023-08-15 建新公司 用于治疗肌纤蛋白(myoc)青光眼的腺伴随病毒载体
MX2017005834A (es) 2014-11-05 2017-11-17 Voyager Therapeutics Inc Polinucleotidos aad para el tratamiento de la enfermedad de parkinson.
KR20230145206A (ko) 2014-11-14 2023-10-17 보이저 테라퓨틱스, 인크. 조절성 폴리뉴클레오티드
MX2017006216A (es) 2014-11-14 2018-08-29 Voyager Therapeutics Inc Composiciones y métodos para tratar la esclerosis lateral amiotrófica (ela).
EP3985115A1 (en) 2014-12-12 2022-04-20 The Broad Institute, Inc. Protected guide rnas (pgrnas)
WO2016094783A1 (en) 2014-12-12 2016-06-16 Voyager Therapeutics, Inc. Compositions and methods for the production of scaav
EP3237615B2 (en) 2014-12-24 2023-07-26 The Broad Institute, Inc. Crispr having or associated with destabilization domains
WO2016131009A1 (en) * 2015-02-13 2016-08-18 University Of Massachusetts Compositions and methods for transient delivery of nucleases
US10648000B2 (en) 2015-02-16 2020-05-12 University Of Florida Research Foundation, Incorporated rAAV vector compositions, methods for targeting vascular endothelial cells and use in treatment of type I diabetes
CN108347932B (zh) * 2015-02-20 2022-09-13 衣阿华大学研究基金会 用于治疗遗传性眼病的方法和组合物
BR112017018846A2 (pt) * 2015-03-02 2018-07-31 Adverum Biotechnologies, Inc. composições e métodos para entrega intravítrea de polinucleotídeos a cones retinianos.
AU2016235163B2 (en) * 2015-03-24 2022-03-24 The Regents Of The University Of California Adeno-associated virus variants and methods of use thereof
US10081659B2 (en) 2015-04-06 2018-09-25 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Dept. Of Health And Human Services Adeno-associated vectors for enhanced transduction and reduced immunogenicity
EP3286571B1 (en) 2015-04-24 2021-08-18 Editas Medicine, Inc. Evaluation of cas9 molecule/guide rna molecule complexes
US20180140626A1 (en) * 2015-05-14 2018-05-24 Joslin Diabetes Center, Inc. Retinol-binding protein 3 (rbp3) as a protective factor in non-diabetic retinal degeneration
WO2016205759A1 (en) 2015-06-18 2016-12-22 The Broad Institute Inc. Engineering and optimization of systems, methods, enzymes and guide scaffolds of cas9 orthologs and variants for sequence manipulation
CA2989830A1 (en) 2015-06-18 2016-12-22 The Broad Institute, Inc. Crispr enzyme mutations reducing off-target effects
ES2872798T3 (es) * 2015-12-04 2021-11-02 Univ Sorbonne Promotores y usos de los mismos
US11510998B2 (en) 2015-12-11 2022-11-29 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Gene therapy for combined methylmalonic acidemia/aciduria and hyperhomocysteinemia/homocystinuria, cobalamin C type, and deficiency of MMACHC
EP3387137B1 (en) * 2015-12-11 2021-02-03 California Institute of Technology TARGETING PEPTIDES FOR DIRECTING ADENO-ASSOCIATED VIRUSES (AAVs)
GB2545763A (en) 2015-12-23 2017-06-28 Adverum Biotechnologies Inc Mutant viral capsid libraries and related systems and methods
JP7360241B2 (ja) 2016-02-03 2023-10-12 ザ・トラステイーズ・オブ・ザ・ユニバーシテイ・オブ・ペンシルベニア ムコ多糖症ｉ型を治療するための遺伝子治療
WO2017165862A1 (en) 2016-03-25 2017-09-28 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for treating alpha 1-antitrypsin (a1at) deficiency
JP7046828B2 (ja) 2016-04-15 2022-04-04 ザ・トラステイーズ・オブ・ザ・ユニバーシテイ・オブ・ペンシルベニア 滲出型加齢性黄斑変性の治療のための組成物
CA3022600A1 (en) 2016-04-29 2017-11-02 Adverum Biotechnologies, Inc. Evasion of neutralizing antibodies by a recombinant adeno-associated virus
US11299751B2 (en) 2016-04-29 2022-04-12 Voyager Therapeutics, Inc. Compositions for the treatment of disease
EP3448874A4 (en) 2016-04-29 2020-04-22 Voyager Therapeutics, Inc. COMPOSITIONS FOR TREATING A DISEASE
CN110267673B (zh) 2016-04-29 2023-05-16 珍视生物股份公司 利用chrimson来进行光遗传视觉恢复
US11866462B2 (en) 2016-05-04 2024-01-09 Oregon Health & Science University Recombinant adeno-associated viral vectors
PT4206216T (pt) 2016-05-13 2025-12-03 4D Molecular Therapeutics Inc Cápsides variantes de vírus adeno-associado e métodos de utilização das mesmas
KR102652994B1 (ko) 2016-05-18 2024-04-01 보이저 테라퓨틱스, 인크. 조절성 폴리뉴클레오티드
JP7220080B2 (ja) 2016-05-18 2023-02-09 ボイジャー セラピューティクス インコーポレイテッド ハンチントン病治療組成物及び方法
MA44546B1 (fr) * 2016-06-15 2021-03-31 Univ California Virus adéno-associés variants et procédés d'utilisation
LT3795181T (lt) 2016-06-16 2025-12-29 Adverum Biotechnologies, Inc. Amd gydymas naudojant aav2 variantą su afliberceptu
LT3472317T (lt) * 2016-06-16 2022-06-27 Adverum Biotechnologies, Inc. Kompozicijos ir būdai, skirti neovaskuliarizacijos akyse sumažinimui
EP3490531A4 (en) * 2016-07-29 2020-06-03 The Regents of The University of California ADENO ASSOCIATED VIRUS VIRIONS WITH VARIABLE CAPSIDE AND METHOD FOR USE THEREOF
EP3494220A1 (en) 2016-08-02 2019-06-12 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating cep290 associated disease
IL310142A (en) 2016-08-29 2024-03-01 Univ Wayne State Identification of mutant canlopsin variants with enhanced photosensitivity and methods for their use
WO2018044933A1 (en) 2016-08-30 2018-03-08 The Regents Of The University Of California Methods for biomedical targeting and delivery and devices and systems for practicing the same
AU2017345470B2 (en) 2016-10-19 2023-08-03 Adverum Biotechnologies, Inc. Modified AAV capsids and uses thereof
US11180537B2 (en) * 2016-11-06 2021-11-23 Nancoscope Technologies LLC Optogenetic modulation by Multi-Characteristic Opsins for vision restoration and other applications
US11236360B2 (en) 2016-12-09 2022-02-01 Regents Of The University Of Minnesota Adeno-associated viruses engineered for selectable tropism
EP3589277A4 (en) * 2017-02-28 2020-08-26 Adverum Biotechnologies, Inc. MODIFIED AVA CAPSIDES AND USE OF THESE LATEST
WO2018170184A1 (en) 2017-03-14 2018-09-20 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for the treatment of hemoglobinopathies
EA201992001A1 (ru) 2017-03-17 2020-01-24 Адверум Байотекнолоджис, Инк. Композиции и способы повышения экспрессии генов
EP4219806A3 (en) * 2017-04-11 2023-09-27 Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg Adeno-associated virus library
BR112019021569A2 (pt) 2017-04-14 2020-05-12 Regenxbio Inc. Precursor de iduronato-2-sulfatase humana recombinante glicosilada (ids), método para tratar um sujeito humano diagnosticado com mucopolissacaridose tipo ii (mps ii)
AU2018261790B2 (en) 2017-05-05 2024-10-03 Voyager Therapeutics, Inc. Compositions and methods of treating amyotrophic lateral sclerosis (ALS)
SG11201909868YA (en) 2017-05-05 2019-11-28 Voyager Therapeutics Inc Compositions and methods of treating huntington's disease
EP3622070A2 (en) 2017-05-10 2020-03-18 Editas Medicine, Inc. Crispr/rna-guided nuclease systems and methods
JOP20190269A1 (ar) 2017-06-15 2019-11-20 Voyager Therapeutics Inc بولي نوكليوتيدات aadc لعلاج مرض باركنسون
BR112019019015A2 (pt) 2017-06-30 2020-04-14 Univ California vírions de vírus adeno-associado com capsídeos variantes e seus métodos de uso
CA3068328A1 (en) 2017-07-06 2019-01-10 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Aav9-mediated gene therapy for treating mucopolysaccharidosis type i
CA3070087A1 (en) 2017-07-17 2019-01-24 Voyager Therapeutics, Inc. Trajectory array guide system
JP2020534788A (ja) 2017-08-28 2020-12-03 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア アデノ随伴ウイルスカプシド変異体及びその使用方法
UA127455C2 (uk) * 2017-09-20 2023-08-30 4Д Молекьюлар Терапьютикс Інк. Капсид аденоасоційованого вірусу і спосіб його застосування
MX2020003042A (es) 2017-09-29 2020-11-18 Voyager Therapeutics Inc Rescate del fenotipo neurológico central y periférico de la ataxia de friedreich mediante administración intravenosa.
EP4454654A3 (en) 2017-10-16 2025-02-19 Voyager Therapeutics, Inc. Treatment of amyotrophic lateral sclerosis (als)
TW202413649A (zh) 2017-10-16 2024-04-01 美商航海家醫療公司 肌萎縮性脊髓側索硬化症(als)之治療
EP3697896A1 (en) 2017-10-16 2020-08-26 Vigeneron GmbH Aav vectors
AU2018350992A1 (en) 2017-10-18 2020-05-21 Regenxbio Inc. Fully-human post-translationally modified antibody therapeutics
EP3697449A1 (en) 2017-10-18 2020-08-26 REGENXBIO Inc. Treatment of ocular diseases and metastatic colon cancer with human post-translationally modified vegf-trap
JP7420710B2 (ja) * 2017-10-20 2024-01-23 アンセルム（アンスティチュート・ナシオナル・ドゥ・ラ・サンテ・エ・ドゥ・ラ・ルシェルシュ・メディカル） 組換えａａｖ９由来ベクターの治療有効量の網膜下送達を含む、対象の錐体視細胞において目的のポリヌクレオチドを発現させる方法
US11851671B2 (en) 2017-10-23 2023-12-26 Regents Of The University Of Minnesota Programmable assembly of virus composites for receptor-targeted gene delivery
CN111770999A (zh) 2017-11-27 2020-10-13 4D分子治疗有限公司 腺相关病毒变体衣壳和用于抑制血管生成的应用
US10610606B2 (en) 2018-02-01 2020-04-07 Homology Medicines, Inc. Adeno-associated virus compositions for PAH gene transfer and methods of use thereof
US20190256867A1 (en) 2018-02-01 2019-08-22 Homology Medicines, Inc. Adeno-associated virus compositions for restoring pah gene function and methods of use thereof
WO2019157395A1 (en) * 2018-02-08 2019-08-15 Applied Stemcells, Inc Methods for screening variant of target gene
CN112041437A (zh) 2018-02-19 2020-12-04 同源药物公司 用于恢复f8基因功能的腺相关病毒组合物和其使用方法
EP3765614A1 (en) 2018-03-14 2021-01-20 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for the treatment of hemoglobinopathies
EP3773743A1 (en) 2018-04-03 2021-02-17 Stridebio, Inc. Virus vectors for targeting ophthalmic tissues
US20210231560A1 (en) 2018-04-29 2021-07-29 Regenxbio Inc. Systems and methods of spectrophotometry for the determination of genome content, capsid content and full/empty ratios of adeno-associated virus particles
EP3787771A1 (en) 2018-04-29 2021-03-10 REGENXBIO Inc. Scalable clarification process for recombinant aav production
CN112368391A (zh) 2018-05-11 2021-02-12 马萨诸塞眼科耳科诊所 腺相关病毒的肝脏特异性嗜性
EP3794126A1 (en) 2018-05-15 2021-03-24 Voyager Therapeutics, Inc. Compositions and methods for the treatment of parkinson's disease
US11821009B2 (en) 2018-05-15 2023-11-21 Cornell University Genetic modification of the AAV capsid resulting in altered tropism and enhanced vector delivery
EP3808840A4 (en) * 2018-06-14 2022-03-23 Avixgen Inc. Pharmaceutical composition comprising fusion protein of cell-penetrating peptide and rpe65 for treatment of leber's congenital amaurosis
CN112469822A (zh) 2018-06-14 2021-03-09 再生生物股份有限公司 用于重组aav生产的阴离子交换色谱
US12398181B2 (en) 2018-07-11 2025-08-26 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Methods and compositions for delivery of agents across the blood-brain barrier
EP3833745A1 (en) 2018-08-10 2021-06-16 REGENXBIO Inc. Scalable method for recombinant aav production
SG11202103102WA (en) 2018-09-26 2021-04-29 California Inst Of Techn Adeno-associated virus compositions for targeted gene therapy
EP3856762A1 (en) 2018-09-28 2021-08-04 Voyager Therapeutics, Inc. Frataxin expression constructs having engineered promoters and methods of use thereof
CA3113975A1 (en) 2018-10-01 2020-04-09 Ultragenyx Pharmaceutical Inc. Gene therapy for treating propionic acidemia
CN113166208B (zh) 2018-10-02 2024-11-22 沃雅戈治疗公司 重新定向aav衣壳的嗜性
KR20210075994A (ko) 2018-10-15 2021-06-23 리젠엑스바이오 인크. 복제 결함 바이러스 벡터 및 바이러스의 감염성을 측정하는 방법
BR112021009913A2 (pt) * 2018-12-05 2021-08-17 Abeona Therapeutics, Inc. vetor viral adeno-associado recombinante para inserção gênica
BR112021010926A2 (pt) 2018-12-12 2021-08-24 Tesseract Health, Inc. Aparelho óptico e dispositivos associados para identificação biométrica e determinação de condições de saúde
WO2020132578A1 (en) 2018-12-21 2020-06-25 Chien Wade Wei De Adeno-associated viruses and their uses for inner ear therapy
CN110437317B (zh) * 2019-01-30 2023-05-02 上海科技大学 具有变异衣壳蛋白的腺相关病毒及其用途
US11718834B2 (en) 2019-02-15 2023-08-08 Sangamo Therapeutics, Inc. Compositions and methods for producing recombinant AAV
BR112021016501A2 (pt) 2019-02-25 2021-10-26 Novartis Ag Composições e métodos para tratar distrofia cristalina de bietti
JP2022520875A (ja) 2019-02-25 2022-04-01 ノバルティス アーゲー Ｂｉｅｔｔｉクリスタリン網膜症を治療するための組成物及び方法
EP3930694A1 (en) 2019-02-28 2022-01-05 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Adeno-associated virus vectors for the delivery of therapeutics
CN111621502B (zh) * 2019-02-28 2023-05-02 武汉纽福斯生物科技有限公司 视网膜劈裂蛋白的编码序列、其表达载体构建及其应用
WO2020180951A1 (en) 2019-03-04 2020-09-10 Adverum Biotechnologies, Inc. Sequential intravitreal administration of aav gene therapy to contralateral eyes
EP3715358A1 (en) * 2019-03-28 2020-09-30 Universität zu Köln Mutated adeno-associated virus capsid proteins, aav particle comprising the same and liver directed aav vector gene therapy
EP3947700A4 (en) 2019-04-01 2023-01-04 Tenaya Therapeutics, Inc. Adeno-associated virus with engineered capsid
WO2020206098A1 (en) 2019-04-03 2020-10-08 Regenxbio Inc. Gene therapy for eye pathologies
TW202102526A (zh) * 2019-04-04 2021-01-16 美商銳進科斯生物股份有限公司 重組腺相關病毒及其用途
PL3953483T3 (pl) 2019-04-11 2024-04-22 Regenxbio Inc. Sposoby chromatografii wykluczania do charakteryzowania kompozycji rekombinowanych wirusów towarzyszących adenowirusom
US20220143115A1 (en) 2019-04-19 2022-05-12 Regenxbio Inc. Adeno-Associated Virus Vector Formulations and Methods
WO2020218419A1 (ja) 2019-04-24 2020-10-29 タカラバイオ株式会社 脳に指向性を有するａａｖ変異体
CN114144197A (zh) 2019-04-24 2022-03-04 再生生物股份有限公司 完全人类翻译后修饰的抗体治疗剂
TWI862583B (zh) * 2019-04-26 2024-11-21 美商愛德維仁生物科技公司 用於玻璃體內遞送之變異體aav蛋白殼
JP2022530845A (ja) * 2019-04-27 2022-07-04 オクジェン アイエヌシー． 眼疾患に対するａｄｅｎｏ随伴ウイルス連ウイルスベクター媒介遺伝子治療
US11737665B2 (en) 2019-06-21 2023-08-29 Tesseract Health, Inc. Multi-modal eye imaging with shared optical path
WO2020264438A2 (en) 2019-06-27 2020-12-30 University Of Florida Research Foundation, Incorporated Enhancing aav-mediated transduction of ocular tissues with hyaluronic acid
EP3997225A1 (en) 2019-07-10 2022-05-18 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for the treatment of epilepsy
FI3997214T3 (fi) * 2019-07-11 2023-11-02 Centre Nat Rech Scient Kemiallisesti modifioitu adeno-associated virus
US10801042B1 (en) 2019-07-15 2020-10-13 Vigene Biosciences, Inc. Use of ion concentrations to increase the packaging efficiency of recombinant adeno-associated virus
US10557149B1 (en) 2019-07-15 2020-02-11 Vigene Biosciences, Inc. Recombinantly-modified adeno-associated virus helper vectors and their use to improve the packaging efficiency of recombinantly-modified adeno-associated virus
US10653731B1 (en) 2019-07-15 2020-05-19 Vigene Biosciences Inc. Recombinantly-modified adeno-associated virus (rAAV) having improved packaging efficiency
JP2022544004A (ja) 2019-07-26 2022-10-17 リジェネックスバイオ インコーポレイテッド 操作された核酸調節エレメントならびにその使用方法
RU2751592C2 (ru) 2019-08-22 2021-07-15 Общество С Ограниченной Ответственностью "Анабион" Выделенный модифицированный белок VP1 капсида аденоассоциированного вируса 5 серотипа (AAV5), капсид и вектор на его основе
CN114502197A (zh) 2019-08-26 2022-05-13 再生生物股份有限公司 用全人经翻译后修饰的抗VEGF Fab治疗糖尿病性视网膜病变
AU2020345915A1 (en) 2019-09-11 2022-03-24 Adverum Biotechnologies, Inc. Methods of treating ocular neovascular diseases using AAV2 variants encoding aflibercept
CN114729384A (zh) * 2019-09-12 2022-07-08 博德研究所 工程化腺相关病毒衣壳
GB201913974D0 (en) 2019-09-27 2019-11-13 King S College London Vector
WO2021067598A1 (en) 2019-10-04 2021-04-08 Ultragenyx Pharmaceutical Inc. Methods for improved therapeutic use of recombinant aav
AU2020362119A1 (en) 2019-10-07 2022-05-26 Regenxbio Inc. Adeno-associated virus vector pharmaceutical composition and methods
CN115175991A (zh) 2019-10-16 2022-10-11 博德研究所 工程化肌肉靶向组合物
CN118221785A (zh) * 2019-10-16 2024-06-21 上海药明康德新药开发有限公司 新的aav变体
KR20220093163A (ko) * 2019-10-31 2022-07-05 유니버시태트 베른 안구 유전자 전달을 위한 aav 벡터 변이체
CN114746125B (zh) * 2019-11-08 2025-08-08 瑞泽恩制药公司 用于x连锁青少年型视网膜劈裂症疗法的crispr和aav策略
WO2021099394A1 (en) 2019-11-19 2021-05-27 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Antisense oligonucleotides and their use for the treatment of cancer
US20230057380A1 (en) * 2019-11-26 2023-02-23 University Of Massachusetts Recombinant adeno-associated virus for delivery of kh902 (conbercept) and uses thereof
KR20220107222A (ko) 2019-11-28 2022-08-02 리젠엑스바이오 인크. 마이크로디스트로핀 유전자 치료 작제물 및 이의 용도
EP4087602A4 (en) * 2020-01-10 2023-11-29 The Brigham & Women's Hospital, Inc. Methods and compositions for delivery of immunotherapy agents across the blood-brain barrier to treat brain cancer
TW202140791A (zh) 2020-01-13 2021-11-01 美商霍蒙拉奇醫藥公司 治療苯酮尿症之方法
BR112022014563A2 (pt) 2020-01-22 2022-09-13 Regenxbio Inc Método para tratamento de um sujeito humano diagnosticado com mucopolissacaridose i (mps i)
KR20220148162A (ko) 2020-01-29 2022-11-04 리젠엑스바이오 인크. 인간 신경 또는 신경아교 세포에 의해 생성된 재조합 인간 이두로네이트-2-설파타아제 (ids)를 사용한 점액다당류증 ii의 치료
IL294638A (en) 2020-01-29 2022-09-01 Regenxbio Inc Treatment of mucopolysaccharidosis iva
IL294781A (en) 2020-02-14 2022-09-01 Ultragenyx Pharmaceutical Inc Gene therapy for the treatment of cdkl5-deficient disorder
WO2021188892A1 (en) 2020-03-19 2021-09-23 Ultragenyx Pharmaceutical Inc. Compositions and methods for reducing reverse packaging of cap and rep sequences in recombinant aav
WO2021202532A1 (en) 2020-03-31 2021-10-07 Ultragenyx Pharmaceutical Inc. Gene therapy for treating propionic acidemia
US20230159609A1 (en) * 2020-04-10 2023-05-25 Sorbonne Université G-protein-gated-k+ channel-mediated enhancements in light sensitivity in rod-cone dystrophy (rcd)
EP4138929A1 (en) 2020-04-24 2023-03-01 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Methods for preventing induction of immune responses to the transduced cells expressing a transgene product after ocular gene therapy
US11198858B2 (en) 2020-04-27 2021-12-14 4D Molecular Therapeutics Inc. Codon optimized GLA genes and uses thereof
CA3182970A1 (en) 2020-05-13 2021-11-18 Voyager Therapeutics, Inc. Redirection of tropism of aav capsids
TW202208632A (zh) 2020-05-27 2022-03-01 美商同源醫藥公司 用於恢復ｐａｈ基因功能的腺相關病毒組成物及其使用方法
CA3179597A1 (en) 2020-05-29 2021-12-02 John G. Flannery Adeno-associated virus virions with variant capsids and methods of use thereof
US20240018524A1 (en) 2020-07-10 2024-01-18 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating epilepsy
JP2023538129A (ja) * 2020-08-21 2023-09-06 カプシダ， インコーポレイテッド 好ましい発現レベルを有するアデノ随伴ウイルス組成物
CN112226461B (zh) * 2020-08-21 2022-04-22 华侨大学 Cd4阳性细胞特异性基因传递载体及其应用
US12129287B2 (en) 2020-09-14 2024-10-29 President And Fellows Of Harvard College Recombinant adeno associated virus encoding clarin-1 and uses thereof
US20250326861A1 (en) 2020-09-15 2025-10-23 Regenxbio Inc. Vectorized lanadelumab and administration thereof
WO2022060916A1 (en) 2020-09-15 2022-03-24 Regenxbio Inc. Vectorized antibodies for anti-viral therapy
CN113717248B (zh) * 2020-09-30 2022-07-08 广州派真生物技术有限公司 腺相关病毒突变体及其应用
TW202228648A (zh) 2020-10-07 2022-08-01 美商銳進科斯生物股份有限公司 諸如高黏度調配物之用於脈絡膜上投與之調配物
JP2023545722A (ja) 2020-10-07 2023-10-31 リジェネックスバイオ インコーポレイテッド 遺伝子治療剤の眼送達のためのアデノ随伴ウイルス
WO2022076750A2 (en) 2020-10-07 2022-04-14 Regenxbio Inc. Recombinant adeno-associated viruses for cns or muscle delivery
CA3194861A1 (en) 2020-10-07 2022-04-14 Regenxbio Inc. Formulations for suprachoroidal administration such as gel formulations
JP2023544799A (ja) 2020-10-07 2023-10-25 レジェンクスバイオ インコーポレーテッド 凝集体形成物を含む製剤などの脈絡膜上投与用の製剤
WO2022094157A1 (en) 2020-10-28 2022-05-05 Regenxbio Inc. Vectorized anti-cgrp and anti-cgrpr antibodies and administration thereof
TW202233841A (zh) 2020-10-28 2022-09-01 美商銳進科斯生物股份有限公司 用於眼適應症之載體化抗ＴＮＦ－α抗體
WO2022094255A2 (en) 2020-10-29 2022-05-05 Regenxbio Inc. Vectorized factor xii antibodies and administration thereof
EP4237453A1 (en) 2020-10-29 2023-09-06 RegenxBio Inc. Vectorized tnf-alpha antagonists for ocular indications
CN117062615A (zh) * 2020-11-10 2023-11-14 阿维麦克思生物制药公司 工程化的病毒衣壳及使用方法
WO2022120022A1 (en) 2020-12-02 2022-06-09 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr sam biosensor cell lines and methods of use thereof
WO2022126189A1 (en) * 2020-12-16 2022-06-23 Children's Medical Research Institute Adeno-associated virus capsids and vectors
IL303614A (en) 2020-12-16 2023-08-01 Regenxbio Inc Method of producing a recombinant adeno-associated virus particle
US20240309076A1 (en) 2020-12-29 2024-09-19 Regenxbio Inc. Tau-specific antibody gene therapy compositions, methods and uses thereof
EP4281568A1 (en) 2021-01-21 2023-11-29 RegenxBio Inc. Improved production of recombinant polypeptides and viruses
WO2022173605A2 (en) 2021-02-10 2022-08-18 Regenxbio Inc. Treatment of mucopolysaccharidosis ii with recombinant human iduronate-2-sulfatase (ids)
CN113121652B (zh) * 2021-04-19 2022-10-11 上海信致医药科技有限公司 视网膜和肌肉高亲和性腺相关病毒衣壳蛋白及相关应用
CN113121651B (zh) * 2021-04-19 2023-11-17 信念医药科技(上海)有限公司 低中和抗体腺相关病毒衣壳蛋白
US20240197913A1 (en) 2021-04-20 2024-06-20 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Compositions and methods for treating retinal degenerative disorders
KR20240004564A (ko) 2021-04-26 2024-01-11 리젠엑스바이오 인크. 디스트로핀병증의 치료를 위한 마이크로디스트로핀 유전자 치료법 투여
CA3215855A1 (en) 2021-04-27 2022-11-03 Julie Clark Methods of treating ocular diseases using aav2 variants encoding aflibercept
WO2022235614A2 (en) 2021-05-04 2022-11-10 Regenxbio Inc. Novel aav vectors and methods and uses thereof
US20240358857A1 (en) 2021-05-11 2024-10-31 Regenxbio Inc. Treatment of duchenne muscular dystrophy and combinations thereof
CN117716043A (zh) 2021-05-26 2024-03-15 节约视觉公司 G蛋白门控的k+通道介导的视杆-视锥细胞营养不良（rcd）中光敏感性的增强
CA3219898A1 (en) 2021-05-28 2023-11-21 Wentao Zhang Recombinant adeno-associated virus having variant capsid, and application thereof
AU2022283898A1 (en) * 2021-06-03 2024-01-04 Dyno Therapeutics, Inc. Capsid variants and methods of using the same
US20250276088A1 (en) 2021-07-07 2025-09-04 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Synergistic combination of rdcfv2 and rdcvf2l for the treatment of tauopathies
EP4367251A1 (en) 2021-07-08 2024-05-15 Tenaya Therapeutics, Inc. Optimized expression cassettes for gene therapy
WO2023004331A1 (en) 2021-07-19 2023-01-26 New York University Auf1 combination therapies for treatment of muscle degenerative disease
WO2023019168A1 (en) 2021-08-11 2023-02-16 Ultragenyx Pharmaceutical Inc. Compositions and methods for treating a muscular dystrophy
CA3229580A1 (en) 2021-08-20 2023-02-23 Anna Nikolaevna STRELKOVA Method for producing modified adeno-associated virus capsid
AR126840A1 (es) 2021-08-20 2023-11-22 Llc «Anabion» Proteína de la cápside vp1 modificada aislada del virus adeno-asociado de serotipo 5 (aav5), cápside y vector basado en esta
AR126839A1 (es) 2021-08-20 2023-11-22 Llc «Anabion» Proteína de la cápside vp1 modificada aislada del virus adeno-asociado de serotipo 9 (aav9), cápside y vector basado en esta
CN118202060A (zh) 2021-10-05 2024-06-14 再生生物股份有限公司 用于重组aav生产的组合物和方法
WO2023060113A1 (en) 2021-10-05 2023-04-13 Regenxbio Inc. Compositions and methods for recombinant aav production
WO2023060269A1 (en) 2021-10-07 2023-04-13 Regenxbio Inc. Recombinant adeno-associated viruses for targeted delivery
EP4413019A2 (en) 2021-10-07 2024-08-14 RegenxBio Inc. Recombinant adeno-associated viruses for cns tropic delivery
CA3234664A1 (en) 2021-10-08 2023-04-13 Dyno Therapeutics, Inc. Capsid variants and methods of using the same
EP4163296A1 (en) 2021-10-11 2023-04-12 Sparingvision G-protein-gated-k+ channel-mediated enhancements in light sensitivity in patients with rod-cone dystrophy (rcd)
US20250025574A1 (en) 2021-10-28 2025-01-23 Regenxbio Inc. Engineered nucleic acid regulatory elements and methods and uses thereof
IL311861A (en) 2021-11-02 2024-06-01 Voyager Therapeutics Inc Aav capsid variants and uses thereof
CN120187407A (zh) * 2021-12-15 2025-06-20 健达九州(北京)生物科技有限公司 重组aav载体及其用途
AU2023216244A1 (en) 2022-02-02 2024-08-08 Adverum Biotechnologies, Inc. Methods of treating ocular neovascular diseases using aav2 variants encoding aflibercept
KR20240161978A (ko) 2022-02-16 2024-11-13 애드베룸 바이오테크놀로지스, 인코포레이티드 재조합 아데노 관련 바이러스에 의한 신혈관성 amd의 cst 변동을 감소시키는 방법
CA3244355A1 (en) * 2022-02-17 2023-08-24 Skyline Therapeutics Limited RECOMBINANT ADENOVIRUS-ASSOCIATED VIRUS (AAV) COMPRISING MODIFIED AAV CAPSID POLYPEPTIDES
US20250230418A1 (en) 2022-03-07 2025-07-17 Ultragenyx Pharmaceutical Inc. Modified batch aav production systems and methods
TW202346590A (zh) 2022-03-13 2023-12-01 美商銳進科斯生物股份有限公司 經修飾之肌肉特異性啟動子
US20250213727A1 (en) 2022-03-25 2025-07-03 Regenxbio Inc. Dominant-negative tumor necrosis factor alpha adeno-associated virus gene therapy
AU2023250660A1 (en) 2022-04-06 2024-10-24 Regenxbio Inc. Pharmaceutical composition comprising a recombinant adenoassociated virus vector with an expression cassette encoding a transgene for suprachoroidal administration
TW202404651A (zh) 2022-04-06 2024-02-01 美商銳進科斯生物股份有限公司 用於脈絡膜上投與之調配物諸如形成聚集體之調配物
TW202345913A (zh) 2022-04-06 2023-12-01 美商銳進科斯生物股份有限公司 用於脈絡膜上投與之調配物諸如凝膠調配物
TW202404993A (zh) 2022-04-11 2024-02-01 美商特納亞治療股份有限公司 具經工程化蛋白殼之腺相關病毒
CN120590489A (zh) * 2022-04-12 2025-09-05 合肥星眸生物科技有限公司 一种融合型腺相关病毒及其应用
WO2023201277A1 (en) 2022-04-14 2023-10-19 Regenxbio Inc. Recombinant adeno-associated viruses for cns tropic delivery
US20250249127A1 (en) 2022-04-14 2025-08-07 Regenxbio Inc. Gene therapy for treating an ocular disease
CN116970648A (zh) * 2022-04-24 2023-10-31 上海朗昇生物科技有限公司 新型aav衣壳改造株及其用途
WO2023215806A2 (en) 2022-05-03 2023-11-09 Regenxbio Inc. Vectorized anti-complement antibodies and complement agents and administration thereof
WO2023215807A1 (en) 2022-05-03 2023-11-09 Regenxbio Inc. VECTORIZED ANTI-TNF-α INHIBITORS FOR OCULAR INDICATIONS
AU2023285075A1 (en) 2022-06-07 2025-01-23 Adverum Biotechnologies, Inc. Melanopsin variants for vision restoration
WO2023239627A2 (en) 2022-06-08 2023-12-14 Regenxbio Inc. Methods for recombinant aav production
EP4558149A1 (en) 2022-07-21 2025-05-28 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and compositions for treating chronic pain disorders
EP4568710A1 (en) 2022-08-11 2025-06-18 Institute Of Molecular And Clinical Ophthalmology Basel (Iob) Human cone photoreceptor optogenetic constructs
JP2025527658A (ja) 2022-08-24 2025-08-22 リジェネックスバイオ インコーポレイテッド 組換えアデノ随伴ウイルス及びその使用
JP2025534347A (ja) 2022-09-30 2025-10-15 リジェネックスバイオ インコーポレイテッド 抗ｖｅｇｆ ｆａｂをコードする組換えウイルスベクターを用いる眼疾患の処置
JP2025534666A (ja) 2022-10-11 2025-10-17 リジェネックスバイオ インコーポレイテッド 操作された核酸調節エレメントならびにその使用方法
AU2023362592A1 (en) 2022-10-20 2025-05-08 Centre National De La Recherche Scientifique Compositions and methods for treating retinal degenerative disorders
EP4357359A1 (en) 2022-10-20 2024-04-24 Sparingvision G-protein-gated-k+ channel-mediated enhancements in light sensitivity in rod-cone dystrophy (rcd)
IL320124A (en) 2022-11-16 2025-06-01 Regeneron Pharma Fusion proteins that include membrane-bound IL-12 with protease-cleavable ligands
CN120752339A (zh) 2023-01-06 2025-10-03 国家医疗保健研究所 静脉内施用用于治疗疼痛的反义寡核苷酸
CN118359687A (zh) * 2023-01-18 2024-07-19 上海朗昇生物科技有限公司 一种新衣壳蛋白变体以及其用途
AU2024214634A1 (en) 2023-02-02 2025-06-26 Quethera Limited Recombinant adeno-associated virus vector
KR20250169640A (ko) 2023-03-10 2025-12-03 디노 테라퓨틱스, 인코포레이티드 캡시드 폴리펩타이드 및 이의 사용 방법
EP4680741A2 (en) 2023-03-15 2026-01-21 RegenxBio Inc. Exon skipping gene therapy constructs, vectors and uses thereof
EP4689184A1 (en) 2023-04-05 2026-02-11 Adverum Biotechnologies, Inc. Immune landscape signatures for ocular inflammation
WO2024211780A1 (en) 2023-04-07 2024-10-10 Regenxbio Inc. Compositions and methods for recombinant aav production
WO2024215655A1 (en) 2023-04-10 2024-10-17 Tenaya Therapeutics, Inc. Cardioprotective bag3 therapies
WO2024215653A1 (en) 2023-04-10 2024-10-17 Tenaya Therapeutics, Inc. Guide rnas, vectors, and virions for targeting mutations in the pln gene
WO2024216244A2 (en) 2023-04-13 2024-10-17 Regenxbio Inc. Targeting aav capsids, methods of manufacturing and using same
WO2024229389A1 (en) * 2023-05-03 2024-11-07 Voyager Therapeutics, Inc. Compositions and methods for the treatment of tau-related disorders
TW202444917A (zh) * 2023-05-04 2024-11-16 美商航海家醫療公司 Ａａｖ衣殼變異體及其用途
WO2024233529A2 (en) 2023-05-07 2024-11-14 Regenxbio Inc. Compositions and methods for recombinant aav production
WO2024238853A1 (en) 2023-05-16 2024-11-21 Regenxbio Inc. Adeno-associated viruses for ocular delivery of gene therapy
WO2024238867A1 (en) 2023-05-16 2024-11-21 Regenxbio Inc. Vectorized anti-complement antibodies and administration thereof
WO2024238859A1 (en) 2023-05-16 2024-11-21 Regenxbio Inc. Vectorized c5 inhibitor agents and administration thereof
CN121219325A (zh) * 2023-05-23 2025-12-26 北京因诺惟康医药科技有限公司 一种腺相关病毒衣壳蛋白、包含其的腺相关病毒、载体及应用
WO2025008406A1 (en) 2023-07-04 2025-01-09 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Antisense oligonucleotides and their use for the treatment of cancer
WO2025015317A2 (en) 2023-07-13 2025-01-16 Kriya Therapeutics, Inc. Complement pathway inhibitor fusions and methods of using the same
CN117230117A (zh) * 2023-08-04 2023-12-15 中国科学院深圳先进技术研究院 重组腺相关病毒包装质粒、突变体及其制备方法和应用
TW202525832A (zh) 2023-08-31 2025-07-01 美商戴諾治療公司 衣殼多肽及其使用方法(二)
CN117143203A (zh) * 2023-09-06 2023-12-01 广州译码基因科技有限公司 可提高aav病毒全眼感染能力的衣壳蛋白突变体及其应用
WO2025075963A1 (en) 2023-10-02 2025-04-10 Regenxbio Inc. Methods and formulations for treating mucopolysaccharidosis ii-associated hearing loss with recombinant human iduronate-2-sulfatase
WO2025090962A1 (en) 2023-10-25 2025-05-01 Regenxbio Inc. Compositions and methods for recombinant aav production
CN117247434B (zh) * 2023-11-10 2024-02-02 上海朗昇生物科技有限公司 衣壳修饰型病毒载体及其制备和用途
WO2025106374A1 (en) 2023-11-13 2025-05-22 Juno Therapeutics, Inc. Aav production method
WO2025108407A2 (en) 2023-11-23 2025-05-30 Neuexcell Therapeutics (Suzhou) Co., Ltd. Gene therapy compositions and methods for treating glioma
WO2025113676A1 (en) 2023-11-29 2025-06-05 Neuexcell Therapeutics (Suzhou) Co., Ltd. Compositions and methods for treating stroke in primates
WO2025129085A1 (en) 2023-12-15 2025-06-19 Port Therapeutics, Inc. Use of thermal bioswitches in aav-based gene therapy
CN119080889B (zh) * 2024-09-18 2025-06-24 广州译码基因科技有限公司 提高aav对眼组织感染能力的衣壳蛋白突变体及应用
WO2025171227A1 (en) 2024-02-08 2025-08-14 Dyno Therapeutics, Inc. Capsid polypeptides and methods of use thereof
WO2025217214A2 (en) 2024-04-08 2025-10-16 Regenxbio Inc. Recombinant adeno-associated viruses and uses thereof
WO2025217230A1 (en) * 2024-04-08 2025-10-16 Regenxbio Inc. Vectorized anti-complement antibodies and complement agents and administration thereof
WO2025214408A1 (en) 2024-04-10 2025-10-16 Skyline Therapeutics (Shanghai) Co., Ltd. Optogenetic modulation for vision restoration
WO2025214404A1 (en) 2024-04-10 2025-10-16 Skyline Therapeutics (Shanghai) Co., Ltd. Optogenetic modulation for vision restoration
WO2025237990A1 (en) 2024-05-14 2025-11-20 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Antisense oligonucleotides and their use for the treatment of pulmonary fibrosis
WO2026006341A1 (en) 2024-06-24 2026-01-02 Regenxbio Inc. Microdystrophin gene therapy administration for treatment of dystrophinopathies
WO2026019885A1 (en) 2024-07-16 2026-01-22 Adverum Biotechnologies, Inc. Methods of treating ocular neovascular diseases using aav2 variants encoding aflibercept
CN118955654B (zh) * 2024-10-15 2025-05-16 朗信启昇(苏州)生物制药有限公司 具有变异衣壳的腺相关病毒病毒体及其用途

Family Cites Families (103)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB9206016D0 (en) 1992-03-19 1992-04-29 Sandoz Ltd Improvements in or relating to organic compounds
US5639872A (en) 1993-07-27 1997-06-17 Hybridon, Inc. Human VEGF-specific oligonucleotides
US6440425B1 (en) 1995-05-01 2002-08-27 Aventis Pasteur Limited High molecular weight major outer membrane protein of moraxella
US6001650A (en) * 1995-08-03 1999-12-14 Avigen, Inc. High-efficiency wild-type-free AAV helper functions
AU1686997A (en) 1995-12-08 1997-06-27 Hybridon, Inc. Modified vegf antisense oligonucleotides for treatment of skin disorders
US6096548A (en) 1996-03-25 2000-08-01 Maxygen, Inc. Method for directing evolution of a virus
CA2251738A1 (en) 1996-04-16 1997-10-23 Immusol Incorporated Targeted viral vectors
EP0932694A2 (en) 1996-09-11 1999-08-04 THE UNITED STATES GOVERNMENT as represented by THE DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES Aav4 vector and uses thereof
US6156303A (en) 1997-06-11 2000-12-05 University Of Washington Adeno-associated virus (AAV) isolates and AAV vectors derived therefrom
US6710036B2 (en) 1997-07-25 2004-03-23 Avigen, Inc. Induction of immune response to antigens expressed by recombinant adeno-associated virus
AU9319198A (en) 1997-09-19 1999-04-05 Trustees Of The University Of Pennsylvania, The Methods and vector constructs useful for production of recombinant aav
EP1030861A4 (en) 1997-10-31 2001-09-05 Maxygen Inc MODIFICATION OF VIRUSTROPISMIUS AND THE ECONOMIC SPECTRUM BY VIRAL GENOM MIXING
US6410300B1 (en) 1998-01-12 2002-06-25 The University Of North Carolina At Chapel Hill Methods and formulations for mediating adeno-associated virus (AAV) attachment and infection and methods for purifying AAV
US6551795B1 (en) * 1998-02-18 2003-04-22 Genome Therapeutics Corporation Nucleic acid and amino acid sequences relating to pseudomonas aeruginosa for diagnostics and therapeutics
JP4060531B2 (ja) 1998-05-28 2008-03-12 アメリカ合衆国 Ａａｖ５ベクターおよびその使用
DE19827457C1 (de) 1998-06-19 2000-03-02 Medigene Ag Strukturprotein von AAV, seine Herstellung und Verwendung
US6451594B1 (en) * 1998-09-11 2002-09-17 The Regents Of The University Of California Recombinant adenovirus for tissue specific expression in heart
CA2349838C (en) 1998-11-05 2011-06-07 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Adeno-associated virus serotype 1 nucleic acid sequences, vectors and host cells containing same
DE69941905D1 (de) * 1998-11-10 2010-02-25 Univ North Carolina Virusvektoren und verfahren für ihre herstellung und verabreichung.
US6943153B1 (en) 1999-03-15 2005-09-13 The Regents Of The University Of California Use of recombinant gene delivery vectors for treating or preventing diseases of the eye
US6498244B1 (en) 1999-05-28 2002-12-24 Cell Genesys, Inc. Adeno-associated virus capsid immunologic determinants
US7314912B1 (en) 1999-06-21 2008-01-01 Medigene Aktiengesellschaft AAv scleroprotein, production and use thereof
DE19933288A1 (de) 1999-07-15 2001-01-18 Medigene Ag Strukturprotein von Adeno-assoziiertem Virus mit veränderter Antigenität, seine Herstellung und Verwendung
DE19933719A1 (de) 1999-07-19 2001-01-25 Medigene Ag Strukturprotein in Adeno-assoziiertem Virus mit veränderten chromatographischen Eigenschaften, seine Herstellung und Verwendung
US8232081B2 (en) 1999-09-21 2012-07-31 Basf Se Methods and microorganisms for production of panto-compounds
DE10001363A1 (de) 2000-01-14 2001-07-26 Windmoeller & Hoelscher Extruderdüsenkopf
US6855314B1 (en) 2000-03-22 2005-02-15 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services AAV5 vector for transducing brain cells and lung cells
NZ525283A (en) * 2000-09-22 2008-06-30 Virxsys Corp Conditionally replicating vectors, methods for their production and use
US7749492B2 (en) * 2001-01-05 2010-07-06 Nationwide Children's Hospital, Inc. AAV vectors and methods
WO2002053703A2 (en) * 2001-01-05 2002-07-11 Children's Hospital, Inc. Aav2 vectors and methods
EP1386004A4 (en) 2001-04-05 2005-02-16 Ribozyme Pharm Inc MODULATION OF GENE EXPRESSION ASSOCIATED WITH INFLAMMATORY PROLIFERATION AND GROWTH OF NEURITIES BY METHODS INVOLVING NUCLEIC ACID
US20030144221A1 (en) 2001-07-17 2003-07-31 Isis Pharmaceuticals Inc. Antisense modulation of BCL2-associated X protein expression
US20030129203A1 (en) * 2001-08-27 2003-07-10 Nautilus Biotech S.A. Mutant recombinant adeno-associated viruses
US7647184B2 (en) 2001-08-27 2010-01-12 Hanall Pharmaceuticals, Co. Ltd High throughput directed evolution by rational mutagenesis
EP1572893B1 (en) 2001-11-09 2009-01-07 THE GOVERNMENT OF THE UNITED STATES OF AMERICA as represented by THE SECRETARY of the DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES Production of adeno-associated virus in insect cells
JP4677187B2 (ja) 2001-11-13 2011-04-27 ザ・トラステイーズ・オブ・ザ・ユニバーシテイ・オブ・ペンシルベニア 新規なアデノ随伴ウイルス（ａａｖ）７配列、それを含むベクターおよびそれらの使用
JP2005512569A (ja) 2001-12-21 2005-05-12 メディジーン・アクチェンゲゼルシャフト 目的とする細胞指向性をもつウイルスクローンの同定に有用な修飾した構造遺伝子またはキャプシド修飾した粒子のライブラリー
DE10216005A1 (de) 2002-04-11 2003-10-30 Max Planck Gesellschaft Verwendung von biologischen Photorezeptoren als direkt lichtgesteuerte Ionenkanäle
US20060292117A1 (en) 2002-04-17 2006-12-28 Loiler Scott A Improved rAAv vectors
AU2003223775A1 (en) 2002-04-30 2003-11-17 Duke University Adeno-associated viral vectors and methods for their production from hybrid adenovirus and for their use
AU2003237159A1 (en) 2002-04-30 2003-11-17 University Of Florida Treatment for phenylketonuria
US7254489B2 (en) 2002-05-31 2007-08-07 Microsoft Corporation Systems, methods and apparatus for reconstructing phylogentic trees
US7148342B2 (en) 2002-07-24 2006-12-12 The Trustees Of The University Of Pennyslvania Compositions and methods for sirna inhibition of angiogenesis
US7220577B2 (en) 2002-08-28 2007-05-22 University Of Florida Research Foundation, Inc. Modified AAV
US20060223756A1 (en) * 2002-12-18 2006-10-05 Gene Liau Endothelial cell specifically binding peptides
US20070172460A1 (en) 2003-03-19 2007-07-26 Jurgen Kleinschmidt Random peptide library displayed on aav vectors
WO2004108922A2 (en) 2003-04-25 2004-12-16 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Use of aav comprising a capsid protein from aav7 or aav8 for the delivery of genes encoding apoprotein a or e genes to the liver
CA2524499A1 (en) * 2003-05-14 2004-11-25 Istituto Di Ricerche Di Biologia Molecolare P. Angeletti Spa Broadening adenovirus tropism
EP1486567A1 (en) 2003-06-11 2004-12-15 Deutsches Krebsforschungszentrum Stiftung des öffentlichen Rechts Improved adeno-associated virus (AAV) vector for gene therapy
HUE034597T2 (en) 2003-06-19 2018-02-28 Genzyme Corp Reduced immunoreactivity of AAV virions and their applications
EP1644038A2 (en) 2003-06-23 2006-04-12 A & G Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for restoring sensitivity of tumor cells to antitumor therapy and inducing apoptosis
US9441244B2 (en) 2003-06-30 2016-09-13 The Regents Of The University Of California Mutant adeno-associated virus virions and methods of use thereof
US9233131B2 (en) 2003-06-30 2016-01-12 The Regents Of The University Of California Mutant adeno-associated virus virions and methods of use thereof
EP1670897A4 (en) 2003-09-24 2008-02-27 Univ Leland Stanford Junior IGF-1 FORM OF NERVOUS STEM CELLS OF THE CENTRAL NERVOUS SYSTEM ADULTS PLURIPOTENT TO AN OLIGODENDROGICAL LINE
NZ545628A (en) 2003-09-30 2009-04-30 Univ Pennsylvania Adeno-associated virus (AAV) clades, sequences, vectors containing same, and uses therefor
KR100550967B1 (ko) 2003-12-03 2006-02-13 주식회사 엘지생활건강 유중수형 화장료 조성물
EP2636739B1 (en) 2004-03-12 2014-12-10 Alnylam Pharmaceuticals Inc. iRNA agents targeting VEGF
US7427396B2 (en) 2004-06-03 2008-09-23 Genzyme Corporation AAV vectors for gene delivery to the lung
ES2385837T3 (es) * 2004-12-15 2012-08-01 The University Of North Carolina At Chapel Hill Vectores quiméricos
US20060211650A1 (en) 2004-12-16 2006-09-21 Forest Laboratories, Inc. Reducing carbohydrate derivatives of adamantane amines, and synthesis and methods of use thereof
WO2006101634A1 (en) 2005-02-17 2006-09-28 The Regents Of The University Of California Müller cell specific gene therapy
EP2359866B1 (en) 2005-04-07 2013-07-17 The Trustees of The University of Pennsylvania Modified AAV rh48 capsids, compositions containing same and uses thereof
EP2465925A1 (en) 2005-07-22 2012-06-20 The Board Of Trustees Of The Leland Light-activated cation channel and uses thereof
CN1834255A (zh) * 2005-12-23 2006-09-20 上海交通大学附属第一人民医院 加快并提高腺相关病毒介导的基因在视网膜细胞内表达的方法
WO2007089632A2 (en) 2006-01-27 2007-08-09 The University Of North Carolina At Chapel Hill Heparin and heparan sulfate binding chimeric vectors
WO2007120542A2 (en) 2006-03-30 2007-10-25 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Aav capsid library and aav capsid proteins
CA2685900A1 (en) 2006-05-04 2007-11-15 Wayne State University Restoration of visual responses by in vivo delivery of rhodopsin nucleic acids
WO2007148971A2 (en) * 2006-06-21 2007-12-27 Amsterdam Molecular Therapeutics B.V. Vectors with modified initiation codon for the translation of aav-rep78 useful for production of aav in insect cells
US7872118B2 (en) 2006-09-08 2011-01-18 Opko Ophthalmics, Llc siRNA and methods of manufacture
CN1966082B (zh) * 2006-11-03 2010-06-30 许瑞安 一种防治结直肠癌的基因药物及其制备方法和用途
US9725485B2 (en) 2012-05-15 2017-08-08 University Of Florida Research Foundation, Inc. AAV vectors with high transduction efficiency and uses thereof for gene therapy
CA2683443A1 (en) 2007-04-13 2008-10-23 Catalyst Biosciences, Inc. Modified factor vii polypeptides and uses thereof
EP1985708B1 (en) * 2007-04-27 2015-04-15 Universität Rostock Selective targeting of viruses to neural precursor cells
WO2009137006A2 (en) 2008-04-30 2009-11-12 The University Of North Carolina At Chapel Hill Directed evolution and in vivo panning of virus vectors
US20120093772A1 (en) 2008-05-20 2012-04-19 Alan Horsager Vectors for delivery of light sensitive proteins and methods of use
EP2297185A1 (en) 2008-06-17 2011-03-23 Amsterdam Molecular Therapeutics (AMT) B.V. Parvoviral capsid with incorporated gly-ala repeat region
EP2396343B1 (en) 2009-02-11 2017-05-17 The University of North Carolina At Chapel Hill Modified virus vectors and methods of making and using the same
CN101532024A (zh) * 2009-04-30 2009-09-16 许瑞安 一种用于基因治疗的新型细胞特异性内含microRNA结合序列的基因HAAVmir
WO2010138263A2 (en) 2009-05-28 2010-12-02 University Of Massachusetts Novel aav 's and uses thereof
WO2011117258A2 (en) 2010-03-22 2011-09-29 Association Institut De Myologie Methods of increasing efficiency of vector penetration of target tissue
EP2571512B1 (en) 2010-05-17 2017-08-23 Sangamo BioSciences, Inc. Novel dna-binding proteins and uses thereof
US8663624B2 (en) * 2010-10-06 2014-03-04 The Regents Of The University Of California Adeno-associated virus virions with variant capsid and methods of use thereof
JP6042825B2 (ja) * 2011-02-10 2016-12-14 ザ・ユニヴァーシティ・オヴ・ノース・キャロライナ・アト・チャペル・ヒル 改変された形質導入プロファイルを有するウイルスベクターならびにその製造および使用の方法
SI3693025T1 (sl) 2011-04-22 2022-04-29 The Regents Of The University Of California Virioni adeno-povezanega virusa z varianto kapsida in postopki za njihovo uporabo
WO2013029030A1 (en) 2011-08-24 2013-02-28 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University New aav capsid proteins for nucleic acid transfer
WO2013170078A1 (en) 2012-05-09 2013-11-14 Oregon Health & Science University Adeno associated virus plasmids and vectors
TWI698240B (zh) 2012-05-15 2020-07-11 澳大利亞商艾佛蘭屈澳洲私營有限公司 使用腺相關病毒(aav)sflt-1治療老年性黃斑部退化(amd)
CN104937100B (zh) 2012-12-25 2020-04-03 宝生物工程株式会社 Aav 变体
WO2014124282A1 (en) 2013-02-08 2014-08-14 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Enhanced aav-mediated gene transfer for retinal therapies
AU2014273085B2 (en) 2013-05-29 2020-10-22 Cellectis New compact scaffold of Cas9 in the type II CRISPR system
US11136557B2 (en) 2013-05-31 2021-10-05 The Regents Of The University Of California Adeno-associated virus variants and methods of use thereof
EP3633041A3 (en) 2013-09-26 2020-07-29 University of Florida Research Foundation, Inc. Synthetic combinatorial aav capsid library for targeted gene therapy
LT3459965T (lt) 2013-10-11 2021-03-10 Massachusetts Eye & Ear Infirmary Viruso prototipo sekų ir jų panaudojimo prognozavimo metodai
CN106414474B (zh) 2014-03-17 2021-01-15 阿德夫拉姆生物技术股份有限公司 用于视锥细胞中增强的基因表达的组合物和方法
PL3137497T5 (pl) 2014-05-02 2025-06-09 Genzyme Corporation Wektory AAV do terapii genowej siatkówki i OUN
WO2015191693A2 (en) 2014-06-10 2015-12-17 Massachusetts Institute Of Technology Method for gene editing
BR112017018846A2 (pt) 2015-03-02 2018-07-31 Adverum Biotechnologies, Inc. composições e métodos para entrega intravítrea de polinucleotídeos a cones retinianos.
ES2806054T3 (es) 2015-03-06 2021-02-16 Massachusetts Eye & Ear Infirmary Terapias de aumento génico de la degeneración retiniana causada por mutaciones en el gen PRPF31
US20190000940A1 (en) 2015-07-31 2019-01-03 Voyager Therapeutics, Inc. Compositions and methods for the treatment of aadc deficiency
PT4206216T (pt) 2016-05-13 2025-12-03 4D Molecular Therapeutics Inc Cápsides variantes de vírus adeno-associado e métodos de utilização das mesmas
MA44546B1 (fr) * 2016-06-15 2021-03-31 Univ California Virus adéno-associés variants et procédés d'utilisation
BR112019019015A2 (pt) * 2017-06-30 2020-04-14 Univ California vírions de vírus adeno-associado com capsídeos variantes e seus métodos de uso
JP2020534788A (ja) 2017-08-28 2020-12-03 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア アデノ随伴ウイルスカプシド変異体及びその使用方法

Also Published As

Publication number Publication date
PL3254703T3 (pl) 2020-10-05
WO2012145601A3 (en) 2012-12-20
ES2994914T3 (en) 2025-02-04
DK3254703T3 (da) 2020-05-11
ZA201307968B (en) 2015-03-25
KR20200016988A (ko) 2020-02-17
US20140294771A1 (en) 2014-10-02
EP3254703A1 (en) 2017-12-13
HUE069642T2 (hu) 2025-03-28
AU2012245328A1 (en) 2013-11-07
CA2833870C (en) 2020-03-10
IL228976B (en) 2021-02-28
AU2012245328B2 (en) 2016-09-29
RU2742724C1 (ru) 2021-02-10
AU2018236725B2 (en) 2020-07-02
JP6072772B2 (ja) 2017-02-01
SG10202110919YA (en) 2021-11-29
SI2699270T1 (sl) 2017-11-30
CN103561774A (zh) 2014-02-05
LT2699270T (lt) 2017-10-10
LT4005603T (lt) 2025-01-10
EP4005603B1 (en) 2024-09-25
AU2016273850B2 (en) 2018-11-01
SI3693025T1 (sl) 2022-04-29
AU2020244399B2 (en) 2024-01-25
CA3069946C (en) 2023-10-24
ZA201409129B (en) 2016-09-28
JP2025039615A (ja) 2025-03-21
HRP20171334T1 (hr) 2017-11-17
SG10201800873WA (en) 2018-03-28
EP4471424A2 (en) 2024-12-04
US20160376323A1 (en) 2016-12-29
IL280819B2 (en) 2024-06-01
CA3069946A1 (en) 2012-10-26
CY1124905T1 (el) 2023-01-05
SI3254703T1 (sl) 2020-07-31
JP2020028308A (ja) 2020-02-27
US9193956B2 (en) 2015-11-24
HUE049629T2 (hu) 2020-09-28
AU2018236725A1 (en) 2018-10-18
US20140364338A1 (en) 2014-12-11
US20160375151A1 (en) 2016-12-29
ES2791499T3 (es) 2020-11-04
RS66184B1 (sr) 2024-12-31
HK1247855A1 (en) 2018-10-05
IL280819B1 (en) 2024-02-01
KR20140024395A (ko) 2014-02-28
CN107012171B (zh) 2021-07-13
KR102391725B1 (ko) 2022-04-28
KR102121355B1 (ko) 2020-06-11
ES2904638T3 (es) 2022-04-05
DK4005603T3 (da) 2024-11-25
ES2638342T3 (es) 2017-10-19
SMT202000386T1 (it) 2020-09-10
CY1122902T1 (el) 2021-10-29
PT2699270T (pt) 2017-08-30
US20150225702A1 (en) 2015-08-13
US20220243291A1 (en) 2022-08-04
EP2699270A2 (en) 2014-02-26
JP2017113002A (ja) 2017-06-29
PT3693025T (pt) 2022-01-20
IL280819A (en) 2021-04-29
PT3254703T (pt) 2020-05-20
AU2016273850A1 (en) 2017-01-12
BR112013027120B1 (pt) 2022-02-01
CN103561774B (zh) 2016-12-14
SI4005603T1 (sl) 2025-03-31
DK2699270T3 (en) 2017-10-02
US11236402B2 (en) 2022-02-01
EP3693025B1 (en) 2021-10-13
BR112013027120A2 (pt) 2017-08-01
HUE057102T2 (hu) 2022-04-28
SMT202400520T1 (it) 2025-01-14
KR20220056884A (ko) 2022-05-06
US9458517B2 (en) 2016-10-04
CA2833870A1 (en) 2012-10-26
HRP20241577T1 (hr) 2025-01-31
LT3693025T (lt) 2022-02-10
RU2611202C2 (ru) 2017-02-21
EP3693025A1 (en) 2020-08-12
JP2014518614A (ja) 2014-08-07
KR102202908B1 (ko) 2021-01-15
RU2013151885A (ru) 2015-05-27
RU2742724C9 (ru) 2021-07-12
US9856539B2 (en) 2018-01-02
AU2020244399A1 (en) 2020-10-29
US10214785B2 (en) 2019-02-26
CN107012171A (zh) 2017-08-04
US20150232953A1 (en) 2015-08-20
PT4005603T (pt) 2024-12-02
JP2021121638A (ja) 2021-08-26
EP2699270B1 (en) 2017-06-21
CY1119765T1 (el) 2018-06-27
PL4005603T3 (pl) 2025-02-24
US20190218627A1 (en) 2019-07-18
FI4005603T3 (fi) 2024-11-25
SG194583A1 (en) 2013-12-30
HUE034510T2 (en) 2018-02-28
HRP20220036T1 (hr) 2022-04-01
WO2012145601A2 (en) 2012-10-26
MX2013012384A (es) 2014-11-10
DK3693025T3 (da) 2022-01-10
PL2699270T3 (pl) 2017-12-29
PL3693025T3 (pl) 2022-03-14
US10202657B2 (en) 2019-02-12
KR20210006514A (ko) 2021-01-18
US20160184394A1 (en) 2016-06-30
LT3254703T (lt) 2020-05-25
HRP20200762T1 (hr) 2020-07-24
EP4005603A1 (en) 2022-06-01
SMT202200036T1 (it) 2022-03-21
JP2022125201A (ja) 2022-08-26
US9587282B2 (en) 2017-03-07
RS62795B1 (sr) 2022-02-28
RS56246B1 (sr) 2017-11-30
MX349138B (es) 2017-07-13
EP4471424A3 (en) 2025-03-05
EP3254703B1 (en) 2020-02-19
IL228976A0 (en) 2013-12-31
EP2699270A4 (en) 2014-12-10
SMT201700443T1 (it) 2017-11-15
CN105755044A (zh) 2016-07-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US11236402B2 (en) Adeno-associated virus virions with variant capsid
HK40119673A (en) Adeno-associated virus virions with variant capsid and methods of use thereof
HK40035863B (en) Adeno-associated virus virions with variant capsid and methods of use thereof
HK40035863A (en) Adeno-associated virus virions with variant capsid and methods of use thereof
HK1247855B (en) Adeno-associated virus virions with variant capsid and methods of use thereof
HK1194982A (en) Adeno-associated virus virions with variant capsid and methods of use thereof
HK1194982B (en) Adeno-associated virus virions with variant capsid and methods of use thereof