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JP2019167340A - アジド基を含む修飾アミノ酸 - Google Patents

アジド基を含む修飾アミノ酸 Download PDF

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ディー． サノス，クリストファー
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Abstract

【課題】アジド基を含む修飾アミノ酸の提供。【解決手段】式ＩＩ又は式Ｉ：の化合物。【選択図】なし

Description

（関連出願への相互参照）
[0001] 本出願は、２０１２年８月３１日出願の「ＭＯＤＩＦＩＥＤ ＡＭＩＮＯ ＡＣＩＤ」と題した米国仮特許出願第６１／６９６，０８７号の利益及びそれに対する優先権を主張する。
[0002] 本明細書では、アジド基を含む修飾アミノ酸、修飾アミノ酸を含むポリペプチド、抗体及びコンジュゲートが提供され、加えて修飾アミノ酸を含むポリペプチド、抗体及びコンジュゲートを製造する方法が提供される。ポリペプチド、抗体及びコンジュゲートは、治療及び予防方法、検出方法、及び診断方法に有用である。
[0003] 改変ポリペプチドは治療及び診断の用途に広く使用されている。治療用抗体は、例えば癌及び炎症状態の治療に長年使用されてきた。治療用ポリペプチドは、血液状態及びウィルス感染の治療及び予防にも使用される。診断用ポリペプチドは、健康な細胞及び組織と患部細胞及び組織との識別に使用され、成功してきた。
[0004] 多くのポリペプチドは、特定の細胞に対する標的ターゲティング機能をもたらすことができる。特定のポリペプチドの選択的親和性を使用して、所望のほぼあらゆる細胞又は組織、例えば抗原発現細胞を標的にすることができる。ポリペプチドは、標的細胞又は組織を遅滞させるか又は破壊する分子ペイロードを保有することができる。したがって、ポリペプチドには癌、炎症性疾患、自己免疫疾患及び移植拒否などの症状の治療に使用されてきた。
[0005] 特定の用途では、治療用ポリペプチドは分子シールドに結合し、生体内のその寿命を延長させる。ポリペプチドは診断法としても使用されている。これらのポリペプチドは、細胞表面又は組織内に標的受容体が存在することを示す標識を保有することができる。これらの標識は通常、共有結合によってポリペプチドに結合する。
[0006] 今日まで、分子シールド及び標識を含む分子ペイロードなどの分子部分にポリペプチドを結合させる技術には、ポリペプチドへの結合の程度及び位置の不均一性、低い収率、及び活性消失などの制限があった。典型的な結合部位には、ポリペプチド鎖上のランダムな位置、例えばアミノ酸側鎖上のランダムなアミン、及び特定のポリペプチド鎖のＮ末端が含まれる。このような技術では、１つの位置でコンジュゲートに結合するポリペプチドもあれば、別の位置で同じコンジュゲートに結合するポリペプチドもあり、全く結合しないポリペプチドもある。
[0007] したがって、例えば治療及び診断におけるポリペプチドの使用がさらに有望になるように、均一性、収率及び／又は活性を最適化し、部位特異的位置で修飾されたポリペプチドが必要とされている。
[0008] 本明細書では、アジド基を含む修飾アミノ酸、修飾アミノ酸を含むポリペプチド、抗体及びコンジュゲートが提供され、さらに、修飾アミノ酸を含むポリペプチド、抗体及びコンジュゲートを製造する方法が提供される。ポリペプチド、抗体及びコンジュゲートは、治療及び予防方法、検出方法、及び診断方法において有用である。
[0009] １つの態様では、式Ｉによる化合物又はその塩が提供される。

式中、Ｄは−Ａｒ−Ｗ３−又は−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−であり、Ａｒは、

であり、
Ｗ１、Ｗ２及びＷ３はそれぞれ独立に単結合又は低級アルキレンであり、各Ｘ１は独立に−ＮＨ−、−Ｏ−、又は−Ｓ−であり、各Ｙ１は独立に単結合、−ＮＨ−、又は−Ｏ−であり、各Ｙ２は独立に単結合、−ＮＨ−、−Ｏ−、又はＮ−結合若しくはＣ−結合ピロリジニレンであり、Ｚ１、Ｚ２、及びＺ３のうち１つは−Ｎ−であり、他のＺ１、Ｚ２、及びＺ３は独立に−ＣＨ−である。
[0010] 他の態様では、式Ｉの化合物に対応するアミノ酸残基を含むポリペプチド及び抗体が提供される。特定の実施形態では、ポリペプチドとペイロードのコンジュゲートが提供される。他の実施形態では、抗体とペイロードのコンジュゲートが提供される。
[0011] 別の態様では、式Ｉの化合物に対応するアミノ酸残基でアミノアシル化された直交ｔＲＮＡが提供される。関連する態様では、ポリペプチドを産生する方法であって、式Ｉの化合物に対応するアミノ酸残基でアミノアシル化した直交ｔＲＮＡにポリペプチドを接触させることを含む方法が提供される。
[0012] 本明細書に記載の式Ｉの化合物は、当業者に知られている任意のポリペプチドに取り込むことができる。このようなポリペプチドにはタンパク質、抗体、抗体フラグメント、酵素、及び核酸が含まれるが、これらに限定されない。
[0013]化合物（３０）、（４０）及び（５０）と化合物（６０）との反応の概略図である。 [0014]化合物（３０）、化合物（４０）及び化合物（５０）と化合物（６０）とを反応させるｋｏｂｓ対［アジド］のプロットである。図２では、ｋｏｂｓを縦軸に秒−１の単位で０〜０．００６までプロットし、［アジド］を横軸にｍＭの単位で０〜３までプロットする。図２では、化合物（３０）の結果を白抜きの円で、化合物（４０）の結果を塗りつぶした三角形で、化合物（５０）の結果を塗りつぶした円で示す。図２に示すように、化合物（３０）及び（４０）は、１．４Ｍ−１秒−１の１次速度定数を示したが、これは化合物（５０）の０．２Ｍ−１秒−１という１次速度定数の約７倍である。 [0015]ＧＦＰのＹ５０ＴＡＧ部位にてｐＡＭＦを取り込む時間経過のプロットである。図３では、ＲＦＵを縦軸に０〜４０００００までプロットし、時間を横軸に分の単位で０〜６００までプロットする。図３では、ターボＧＦＰの結果を塗りつぶした四角形（上）で、ｐＣＮＦＲＳ Ｄ２８６Ｒ ｐＡＭＦの結果を塗りつぶしたダイヤモンド形（中）で、Ｙ５０ＴＡＧの結果を塗りつぶした三角形（下）で示す。図３に示すように、ターボＧＦＰは２００分で約２５０，０００ＲＦＵであり、ｐＣＮＦＲＳ Ｄ２８６Ｒ ｐＡＭＦは２００分で約１３０，０００ＲＦＵであり、Ｙ５０ＴＡＧは２００分で約０ＲＦＵである。図３に示すように、ターボＧＦＰは４００分で約３４０，０００ＲＦＵであり、ｐＣＮＦＲＳ Ｄ２８６Ｒ ｐＡＭＦは４００分で約１６０，０００ＲＦＵであり、Ｙ５０ＴＡＧは４００分で約０ＲＦＵである。図３に示すように、ターボＧＦＰは６００分で約３７０，０００ＲＦＵであり、ｐＣＮＦＲＳ Ｄ２８６Ｒ ｐＡＭＦは６００分で約１７０，０００ＲＦＵであり、Ｙ５０ＴＡＧは６００分で約０ＲＦＵである。 [0016]アミノ酸類似体（３０）、（１）、及び（２）と反応する間のＤＢＣＯ−ＮＨ２（６１）フラクション残留量対時間（時間）のプロットである。図４では、ＤＢＣＯ−ＮＨ２（６１）フラクション残留量を縦軸に無単位の値で０〜１．２までプロットし、時間を横軸に０時間〜２０時間の単位でプロットする。図４では、化合物（３０）の結果を塗りつぶしたダイヤモンド形で、化合物（１）の結果を塗りつぶした四角形で、化合物（２）の結果を塗りつぶした三角形で示す。図４に示すように、化合物（１）及び（３０）は同等の速度で化合物（６１）と反応し、化合物（２）と化合物（６１）との反応速度は、化合物（１）と（６１）及び化合物（３０）と（６１）との反応速度より２倍〜４倍遅かった。
[0017] 本明細書では、式Ｉの化合物、式Ｉの化合物に対応するアミノ酸残基を含むポリペプチド、抗体及びコンジュゲートが提供され、加えて式Ｉの化合物に対応する修飾アミノ酸残基を含むポリペプチド、抗体及びコンジュゲートを産生する方法が提供される。
定義
[0018] 本明細書で提供される化合物に言及する場合、特に示さない限り、以下の用語は以下の意味を有する。特に定義されない限り、本明細書で使用するすべての専門用語及び科学用語は、当業者に一般的に理解されているものと同じ意味を有する。本明細書の用語に複数の定義がある場合は、特に示さない限り、本セクションの定義が優先する。
[0019] 本明細書で使用する「アルキル」という用語は、特に明記しない限り、直鎖状又は分岐の飽和炭化水素を指す。特定の実施形態では、アルキル基は第１級、第２級、又は第３級炭化水素である。特定の実施形態では、アルキル基は１個〜１０個の炭素原子を含む、すなわち、Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである。特定の実施形態では、アルキル基はメチル、ＣＦ３、ＣＣｌ３、ＣＦＣｌ２、ＣＦ２Ｃｌ、エチル、ＣＨ２ＣＦ３、ＣＦ２ＣＦ３、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓ−ブチル、ｔ−ブチル、ペンチル、イソペンチル、ネオペンチル、ヘキシル、イソヘキシル、３−メチルペンチル、２，２−ジメチルブチル、及び２，３−ジメチルブチルからなる群から選択される。この用語は、ハロゲン化アルキル基を含む置換及び非置換アルキル基の両方を含む。特定の実施形態では、アルキル基はフッ化アルキル基である。アルキル基と置換できる部分の非限定的な例は、ハロゲン（フルオロ、クロロ、ブロモ又はヨード）、ヒドロキシル、カルボニル、スルファニル、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、アルコキシ、アリロキシ、ニトロ、シアノ、スルホン酸、硫酸塩、ホスホン酸、リン酸塩、又はホスホン酸塩からなる群から選択され、これは当業者に知られ、Ｇｒｅｅｎｅ他のＰｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ、第２版、１９９１、参照により本明細書に組み込まれる）に教示されているように、必要に応じて非保護又は保護状態である。
[0020] 本明細書で使用する「低級アルキル」という用語は、特に明記しない限り、１個から６個の炭素原子を有する直鎖状又は分岐の飽和炭化水素、すなわちＣ１〜Ｃ６アルキルを指す。特定の実施形態では、低級アルキル基は第１級、第２級、又は第３級炭化水素である。この用語は、置換及び非置換部分の両方を含む。
[0021] 本明細書で使用する「シクロアルキル」という用語は、特に明記しない限り、飽和環状炭化水素を指す。特定の実施形態では、シクロアルキル基は飽和、及び／又は架橋、及び／又は非架橋、及び／又は融合二環基とすることができる。特定の実施形態では、シクロアルキル基は３個から１０個の炭素原子を含む、すなわちＣ３〜Ｃ１０シクロアルキルである。幾つかの実施形態では、シクロアルキルは３個から１５個（Ｃ３−１５）、３個から１０個（Ｃ３−１０）、又は３個から７個（Ｃ３−７）の炭素原子を有する。特定の実施形態では、シクロアルキル基はシクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘキシメチル、シクロヘプチル、ビシクロ［２．１．１］ヘキシル、ビシクロ［２．２．１］ヘプチル、デカリニル又はアダマンチルである。この用語は、ハロゲン化シクロアルキル基を含む置換及び非置換シクロアルキル基の両方を含む。特定の実施形態では、シクロアルキル基はフッ化シクロアルキル基である。シクロアルキル基と置換できる部分の非限定的な例は、ハロゲン（フルオロ、クロロ、ブロモ又はヨード）、ヒドロキシル、カルボニル、スルファニル、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、アルコキシ、アリロキシ、ニトロ、シアノ、スルホン酸、硫酸塩、ホスホン酸、ホスホン酸、又はリン酸塩から選択され、これは必要に応じて非保護又は保護状態である。
[0022] 「アルキレン」は、特に１個から１１個の炭素原子を有し、直鎖状又は分岐状であることもある二価飽和脂肪族炭化水素を指す。特定の実施形態では、アルキレン基は１個から１０個の炭素原子を含む。この用語は、置換及び非置換部分の両方を含む。この用語の例には、メチレン（−ＣＨ２−）、エチレン（−ＣＨ２ＣＨ２−）、プロピレン異性体（例えば−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−及び−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２−）などの基がある。用語はハロゲン化アルキレン基を含む。特定の実施形態では、アルキレン基はフッ化アルキレン基である。アルキレン基と置換できる部分の非限定的な例は、必要に応じて保護又は非保護状態のハロゲン（フルオロ、クロロ、ブロモ又はヨード）、ヒドロキシル、カルボニル、スルファニル、アミノ、アルキルアミノ、アルキルアリール、アリールアミノ、アルコキシ、アリロキシ、ニトロ、シアノ、スルホン酸、硫酸塩、ホスホン酸、リン酸塩、及びホスホン酸塩からなる群から選択される。
[0023] 「アルケニル」は、一価のオレフィン性不飽和炭化水素の基を指し、特定の実施形態では最大約１１個の炭素原子、２個から８個の炭素原子、又は２個から６個の炭素原子を有し、直鎖状又は分岐状であることもあり、少なくとも１個又は１個から２個のオレフィン性不飽和部位を有する。用語は置換部分と非置換部分の両方を含む。例示的アルケニル基にはエテニル（すなわち、ビニル、又は−ＣＨ＝ＣＨ２）、ｎ−プロペニル（−ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２）、イソプロペニル（−Ｃ（ＣＨ３）＝ＣＨ２）などが含まれる。用語は、ハロゲン化アルケニル基を含む。特定の実施形態では、アルケニル基はフッ化アルケニル基である。アルケニル基と置換することができる部分の非限定的な例は、必要に応じて保護又は非保護状態のハロゲン（フルオロ、クロロ、ブロモ又はヨード）、ヒドロキシル、カルボニル、スルファニル、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、アルコキシ、アリロキシ、ニトロ、シアノ、スルホン酸、硫酸塩、ホスホン酸、リン酸塩、又はホスホン酸塩からなる群から選択される。
[0024] 本明細書で使用する「シクロアルケニル」という用語は、特に明記しない限り、不飽和環状炭化水素を指す。特定の実施形態では、シクロアルケニルは少なくとも１つの二重結合を含む一環式又は多環式環構造を指す。特定の実施形態では、シクロアルケニル基は架橋、非架橋及び／又は融合二環式基でよい。特定の実施形態では、シクロアルキル基は３個から１０個の炭素原子を含む、すなわちＣ３〜Ｃ１０シクロアルキルである。幾つかの実施形態では、シクロアルケニルは３個から７個（Ｃ３−１０）、又は４個から７個（Ｃ３−７）の炭素原子を有する。この用語は、ハロゲン化シクロアルケニル基など、置換及び非置換シクロアルケニル基の両方を含む。特定の実施形態では、シクロアルケニル基はフッ化シクロアルケニル基である。シクロアルケニル基と置換することができる部分の非限定的な例は、必要に応じて非保護又は保護状態のハロゲン（フルオロ、クロロ、ブロモ又はヨード）、ヒドロキシル、カルボニル、スルファニル、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、アルコキシ、アリロキシ、ニトロ、シアノ、スルホン酸、硫酸塩、ホスホン酸、リン酸塩、又はホスホン酸塩からなる群から選択される。
[0025] 「アルケニレン」は、二価のオレフィン性不飽和炭化水素の基を指し、特定の実施形態では最大約１１個の炭素原子、又は２個から６個の炭素原子を有し、直鎖状又は分岐状であることがあり、少なくとも１個又は１個から２個のオレフィン性不飽和部位を有する。この用語の例にはエテニレン（−ＣＨ＝ＣＨ−）、プロペニレン異性体（例えば−ＣＨ＝ＣＨＣＨ２−及び−Ｃ（ＣＨ３）＝ＣＨ−及び−ＣＨ＝Ｃ（ＣＨ３）−）などの基がある。用語はハロゲン化アルケニレン基など、置換及び非置換アルケニレン基の両方を含む。特定の実施形態では、アルケニレン基はフッ化アルケニレン基である。アルケニレン基と置換できる部分の非限定的な例は、必要に応じて非保護又は保護状態のハロゲン（フルオロ、クロロ、ブロモ又はヨード）、ヒドロキシル、カルボニル、スルファニル、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、アルコキシ、アリロキシ、ニトロ、シアノ、スルホン酸、硫酸塩、ホスホン酸、リン酸塩、又はホスホン酸塩からなる群から選択される。
[0026] 「アルキニル」は、アセチレン性不飽和炭化水素の基を指し、特定の実施形態では最大約１１個の炭素原子又は２個から６個の炭素原子を有し、これは直鎖状又は分岐状であることがあり、少なくとも１個又は１個から２個のアルキニル不飽和部位を有する。アルキニル基の非限定的な例にはアセチレン基、エチニル基（−Ｃ≡ＣＨ）、プロパルギル基（−ＣＨ２Ｃ≡ＣＨ）などが含まれる。用語は、ハロゲン化アルキニル基など、置換及び非置換アルキニル基の両方を含む。特定の実施形態では、アルキニル基はフッ化アルキニル基である。アルキニル基と置換できる部分の非限定的な例は、必要に応じて非保護又は保護状態のハロゲン（フルオロ、クロロ、ブロモ又はヨード）、ヒドロキシル、カルボニル、スルファニル、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、アルコキシ、アリロキシ、ニトロ、シアノ、スルホン酸、硫酸塩、ホスホン酸、リン酸塩、又はホスホン酸塩からなる群から選択される。
[0027] 本明細書で使用する「アリール」という用語は、特に明記しない限り、フェニル、ビフェニル又はナフチルを指す。用語は置換及び非置換部分の両方を含む。アリール基は、当業者に知られているように、例えばＧｒｅｅｎｅ他のＰｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ、第２版、１９９１）で教示されているように、ハロゲン（フルオロ、クロロ、ブロモ又はヨード）、アルキル、ハロアルキル、ヒドロキシ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、アルコキシ、アリロキシ、ニトロ、シアノ、スルホン酸、硫酸塩、ホスホン酸、リン酸塩又はホスホン酸塩からなる群から選択され、必要に応じて非保護又は保護状態の１つ又は複数の部分を含むが、これらに限定されない任意の記載された部分で置換することができる。
[0028] 「アルコキシ」は、−ＯＲ’基を指し、ここで、Ｒ’はアルキル又はシクロアルキルである。アルコキシ基は例示により、メトキシ、エトキシ、ｎ−プロポキシ、イソプロポキシ、ｎ−ブトキシ、ｔ−ブトキシ、ｓ−ブトキシ、ｎ−ペントキシ、ｎ−ヘキソキシ、１，２−ジメチルブトキシなどを含む。
[0029] 「アルコキシカルボニル」は−Ｃ（Ｏ）−アルコキシ基を指し、ここで、アルコキシは本明細書で定義されている。
[0030] 「アミノ」は、−ＮＨ２基を指す。
[0031] 「カルボキシル」又は「カルボキシ」は−Ｃ（Ｏ）ＯＨ基を指す。
[0032] 「アルキルアミノ」又は「アリールアミノ」という用語は、それぞれ１個又は２個のアルキル又はアリール置換基を有するアミノ基を指す。特定の実施形態では、アルキル置換基は低級アルキルである。別の実施形態では、アルキル又は低級アルキルは非置換状態である。
[0033] 「ハロゲン」又は「ハロ」はクロロ、ブロモ、フルオロ又はヨードを指す。
[0034] 「チオアルコキシ」は、−ＳＲ’基を指し、ここで、Ｒ’はアルキル又はシクロアルキルである。
[0035] 「ヘテロシクリル」又は「ヘテロ環」は、一価一環式非芳香環構造及び／又は少なくとも１つの非芳香環を含む多環式環構造を指し、ここで非芳香環原子のうち１個又は複数は、Ｏ、Ｓ又はＮから独立に選択されるヘテロ原子であり、残りの環原子は炭素原子である。特定の実施形態では、ヘテロシクリル又はヘテロ環基は３個から２０個、３個から１５個、３個から１０個、３個から８個、４個から７個、又は５個から６個の環原子を有する。ヘテロシクリル基は、非芳香環を通して分子の残りの部分に結合する。特定の実施形態では、ヘテロシクリルは一環、二環、三環、又は四環式環構造であり、融合又は架橋環構造を含むことができ、任意に窒素又はイオウ原子を酸化することができ、窒素原子は任意に四級化することができ、部分的又は完全に飽和するか、芳香族である環もある。ヘテロシクリルは、任意のヘテロ原子又は炭素原子にて主要構造に取り付けることができ、その結果、安定した化合物が生成される。このようなヘテロ環基の例にはアゼピニル、ベンゾジオキサニル、ベンゾジオキソリル、ベンゾフラノニル、ベンゾピラノニル、ベンゾピラニル、ベンゾテトラヒドロフラニル、ベンゾテトラヒドロチエニル、ベンゾチオピラニル、ベンゾキサジニル、β−カルボリニル、クロマニル、クロモニル、シンノリニル、クマリニル、デカヒドロイソキノリニル、ジヒドロベンジソチアジニル、ジヒドロベンジソキサジニル、ジヒドロフリル、ジヒドロイソインドリル、ジヒドロピラニル、ジヒドロピラゾリル、ジヒドロピラジニル、ジヒドロピリジニル、ジヒドロピリミジニル、ジヒドロピロリル、ジオキソラニル、１，４−ジチアニル、フラノニル、イミダゾールイジニル、イミダゾリニル、インドリニル、イソベンゾテトラヒドロフラニル、イソベンゾテトラヒドロチエニル、イソクロマニル、イソクマリニル、イソインドリニル、イソチアゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、オクタヒドロインドリル、オクタヒドロイソインドリル、オキサゾリジノニル、オキサゾリジニル、オキシラニル、ピペラジニル、ピペリジニル、４−ピペリドニル、ピラゾリジニル、ピラゾリニル、ピロリジニル、ピロリニル、キヌクリジニル、テトラヒドロフリル、テトラヒドロイソキノリニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロチエニル、チアモルホリニル、チアゾリジニル、テトラヒドロキノリニル、及び１，３，５−トリチアニルが含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、ヘテロ環も本明細書に記載するように任意で置換することができる。
[0036] 「ヘテロアリール」という用語は、一価一環式芳香基及び／又は少なくとも１つの芳香環を含む多環式芳香基を指し、少なくとも１つの芳香環は、環中のＯ、Ｓ及びＮから独立に選択された１つ又は複数のヘテロ原子を含む。ヘテロアリール基は、芳香環を通して分子の残りの部分に結合する。ヘテロアリール基の各環は、各環のヘテロ原子の総数が４以下であり、各環が少なくとも１個の炭素原子を含む限り、１個又は２個のＯ原子、１個又は２個のＳ原子及び／又は１個から４個のＮ原子を含むことができる。特定の実施形態では、ヘテロアリールは５個から２０個、５個から１５個、又は５個から１０個の環原子を有する。一環式ヘテロアリール基の例にはフラニル、イミダゾリル、イソチアゾリル、イソキサゾリル、オキサジアゾリル、オキサジアゾリル、オキサゾリル、ピラジニル、ピラゾリル、ピリダジニル、ピリジル、ピリミジニル、ピロリル、チアジアゾリル、チアゾリル、チエニル、テトラゾリル、トリアジニル及びトリアゾリルが含まれるが、これらに限定されない。二環式ヘテロアリール基の例にはベンゾフラニル、ベンジミダゾリル、ベンゾイソキサゾリル、ベンゾピラニル、ベンゾチアジアゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾチエニル、ベンゾトリアゾリル、ベンゾキサゾリル、フラピリジル、イミダゾピリジニル、イミダゾチアゾリル、インドリジニル、インドリル、インダゾリル、イソベンゾフラニル、イソベンゾチエニル、イソインドリル、イソキノリニル、イソチアゾリル、ナフチリジニル、オキサゾロピリジニル、フタラジニル、プテリジニル、プリニル、ピリドピリジル、ピロロピリジル、キノリニル、キノキサリニル、キナゾリニル、チアジアゾロピリミジル、及びチエノピリジルが含まれるが、これらに限定されない。三環式ヘテロアリール基の例にはアクリジニル、ベンジンドリル、カルバゾリル、ジベンゾフラニル、ペリミジニル、フェナントロリニル、フェナントリジニル、フェナルサジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル及びキサンテニルが含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、ヘテロアリール基も本明細書に記載するように任意で置換することができる。
[0037] 「アルキルアリール」という用語は、アルキル置換基を有するアリール基を指す。「アラルキル」又は「アリールアルキル」という用語は、アリール置換基を有するアルキル基を指す。
[0038] 本明細書で使用する「保護基」という用語は、特に定義されない限り、さらなる反応を防止する、又は他の目的のために酸素、窒素又はリン原子に付加される基を指す。多種多様な酸素及び窒素保護基が、有機合成の当業者に知られている。
[0039] 「薬学的に許容可能な塩」は、本明細書で提供され、生物学的特性を保持し、薬剤として使用するのに毒性ではない、又は他の意味で望ましくないものではない化合物の任意の塩を指す。このような塩は、当技術分野で周知の多様な有機及び無機対イオンから誘導することができる。このような塩は以下を含むが、これらに限定されない。すなわち、（１）塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸、スルファミン酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、トリクロロ酢酸、プロピオン酸、ヘキサン酸、シクロペンチルプロピオン酸、グリコール酸、グルタル酸、ピルビン酸、酪酸、マロン酸、コハク酸、ソルビン酸、アスコルビン酸、リンゴ酸、マレイン酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、３−（４−ヒドロキシベンゾイル）安息香酸、ピクリン酸、桂皮酸、マンデル酸、フタル酸、ラウリン酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、１，２−エタン−ジスルホン酸、２−ヒドロキシエタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、４−クロロベンゼンスルホン酸、２−ナフタレンスルホン酸、４−トルエンスルホン酸、樟脳酸、樟脳スルホン酸、４−メチルビシクロ［２．２．２］−オクト−２−エン−１−カルボン酸、グルコヘプトン酸、３−フェニルプロピオン酸、トリメチル酢酸、ｔ−ブチル酢酸、ラウリル硫酸、グルコン酸、安息香酸、グルタミン酸、ヒドロキシナフトエ酸、サリチル酸、ステアリン酸、シクロヘキシルスルファミン酸、キナ酸、ムコン酸及び同様の酸などの有機酸又は無機酸で形成された酸付加塩、又は（２）親化合物中に存在する酸性プロトンが、（ａ）金属イオン、例えばアルカリ金属イオン、アルカリ土類イオン又はアルミニウムイオン、又はアルカリ金属又はアルカリ土類金属水酸化物、例えばナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、アルミニウム、リチウム、亜鉛、及びバリウム水酸化物、アンモニアで置換された、又は（ｂ）有機塩基、例えば脂肪族、脂環式、又は芳香族有機アミン、例えばアンモニア、メチルアミン、ジメチルアミン、ジエチルアミン、ピコリン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミン、エチレンジアミン、リシン、アルギニン、オルニチン、コリン、Ｎ，Ｎ’−ジベンジルエチレン−ジアミン、クロロプロカイン、ジエタノールアミン、プロカイン、Ｎ−ベンジルフェネチルアミン、Ｎ−メチルグルカミンピペラジン、トリ（ヒドロキシメチル）−アミノメタン、テトラメチルアンモニウム水酸化物などと配位結合した場合に形成される塩基付加塩である。
[0040] 薬学的に許容可能な塩はさらに、例示により、及び制限なく、ナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、アンモニウム、テトラアルキルアンモニウムなどを含み、化合物が塩基性官能基を含む場合は、ヒドロハライドなどの無毒性有機酸又は無機酸の塩、例えば塩酸塩及び臭化水素酸塩、硫酸塩、リン酸塩、スルファミン酸塩、硝酸塩、酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、トリクロロ酢酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、シクロペンチルプロピオン酸塩、グリコール酸塩、グルタル酸塩、ピルビン酸塩、乳酸塩、マロン酸塩、コハク酸塩、ソルビン酸塩、アスコルビン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、フマル酸塩、酒石酸塩、クエン酸塩、安息香酸塩、３−（４−ヒドロキシベンゾイル）安息香酸塩、ピクリン酸塩、桂皮酸塩、マンデル酸塩、フタル酸塩、ラウリン酸塩、メタンスルホン酸塩（メシレート）、エタンスルホン酸塩、１，２−エタン−ジスルホン酸塩、２−ヒドロキシエタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩（ベシレート）、４−クロロベンゼンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、４−トルエンスルホン酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、４−メチルビシクロ［２．２．２］−オクト−２−エン−１−カルボン酸塩、グルコヘプトン酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、トリメチル酢酸塩、ｔ−ブチル酢酸塩、ラウリル硫酸塩、グルコン酸塩、安息香酸塩、グルタミン酸塩、ヒドロキシナフトエ酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、シクロヘキシルスルファミン酸塩、キナ酸塩、ムコン酸塩などを含む。
[0041] 「アシル」又は「Ｏ−結合エステル」という用語は、式Ｃ（Ｏ）Ｒ’の基を指し、ここで、Ｒ’はアルキル又はシクロアルキル（低級アルキルを含む）、アミノ酸のカルボキシレート残基、フェニルを含むアリール、アルカリル、ベンジルを含むアリールアルキル、メトキシメチルを含むアルコキシアルキル、フェノキシメチルなどのアリールオキシアルキル、又は置換アルキル（低級アルキルを含む）、任意にクロロ、ブロモ、フルオロ、ヨード、Ｃ１からＣ４アルキル又はＣ１からＣ４アルコキシで置換されたフェニルを含むアリール、メタンスルホニルを含むアルキル又はアリールアルキルスルホニルなどのスルホン酸エステル、一、二又は三リン酸エステル、トリチル又はモノメトキシ−トリチル、置換ベンジル、アルカリル、ベンジルを含むアリールアルキル、メトキシメチルを含むアルコキシアルキル、フェノキシメチルなどのアリールオキシアルキルである。エステルのアリール基は任意にフェニル基を含む。特に、アシル基はアセチル、トリフルオロアセチル、メチルアセチル、シクロプロピルアセチル、プロピオニル、ブチリル、ヘキサノイル、ヘプタノイル、オクタノイル、ネオ−ヘプタノイル、フェニルアセチル、２−アセトキシ−２−フェニルアセチル、ジフェニルアセチル、α−メトキシ−α−トリフルオロメチル−フェニルアセチル、ブロモアセチル、２−ニトロ−ベンゼンアセチル、４−クロロ−ベンゼンアセチル、２−クロロ−２，２−ジフェニルアセチル、２−クロロ−２−フェニルアセチル、トリメチルアセチル、クロロジフルオロアセチル、ペルフルオロアセチル、フルオロアセチル、ブロモジフルオロアセチル、メトキシアセチル、２−チオフェンアセチル、クロロスルホニルアセチル、３−メトキシフェニルアセチル、フェノキシアセチル、ｔ−ブチルアセチル、トリクロロアセチル、モノクロロ−アセチル、ジクロロアセチル、７Ｈ−ドデカフルオロ−ヘプタノイル、ペルフルオロ−ヘプタノイル、７Ｈ−ドデカ−フルオロヘプタノイル、７−クロロドデカフルオロ−ヘプタノイル、７−クロロドデカフルオロ−ヘプタノイル、７Ｈ−ドデカフルオロヘプタノイル、７Ｈ−ドデカ−フルオロヘプタノイル、ノナ−フルオロ−３，６−ジオキサ−ヘプタノイル、ノナフルオロ−３，６−ジオキサヘプタノイル、ペルフルオロヘプタノイル、メトキシベンゾイル、メチル３−アミノ−５−フェニルチオフェン−２−カルボキシル、３，６−ジクロロ−２−メトキシ−ベンゾイル、４−（１，１，２，２−テトラフルオロ−エトキシ）−ベンゾイル、２−ブロモ−プロピオニル、オメガ−アミノカプリル、デカノイル、ｎ−ペンタデカノイル、ステアリール、３−シクロペンチル−プロピオニル、１−ベンゼン−カルボキシル、Ｏ−アセチルマンデリル、ピバロイルアセチル、１−アダマンタン−カルボキシル、クロロヘキサン−カルボキシル、２，６−ピリジンジカルボキシル、シクロプロパン−カルボキシル、シクロブタン−カルボキシル、ペルフルオロシクロヘキシルカルボキシル、４−メチルベンゾイル、クロロメチルイソキサゾリルカルボニル、ペルフルオロシクロヘキシルカルボキシル、クロトニル、１−メチル−１Ｈ−インダゾール−３−カルボニル、２−プロペニル、イソバレリル、１−ピロリジンカルボニル、４−フェニルベンゾイルを含む。
[0042] 「アミノ酸」という用語は、天然に生じる、及び合成のα、β、γ又はδアミノ酸を指し、タンパク質中に見られるアミノ酸、すなわち、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、プロリン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸塩、グルタミン酸塩、リシン、アルギニン及びヒスチジンを含むが、これらに限定されない。特定の実施形態では、アミノ酸はＬ配置である。あるいは、アミノ酸はアラニル、バリニル、ロイシニル、イソロイシニル、プロリニル、フェニルアラニニル、トリプトファニル、メチオニニル、グリシニル、セリニル、トレオニニル、システイニル、チロシニル、アスパラギニル、グルタミニル、アスパルトイル、グルタロイル、リシニル、アルギニニル、ヒスチジニル、β−アラニル、β−バリニル、βロイシニル、β−イソロイシニル、β−プロリニル、β−フェニルアラニニル、β−トリプトファニル、β−メチオニニル、β−グリシニル、βセリニル、β−トレオニニル、β−システイニル、β−チロシニル、β−アスパラギニル、β−グルタミニル、β−アスパルトイル、β−グルタロイル、β−リシニル、β−アルギニニル又はβ−ヒスチジニルの誘導体とすることができる。
[0043] 「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」という用語は、本明細書では区別なく使用され、アミノ酸残基のポリマーを指す。すなわち、ポリペプチドを指示する記述は、ペプチドの記述及びタンパク質の記述に等しく当てはまり、その逆もある。この用語は、天然に生じるアミノ酸ポリマー、さらに１個又は複数のアミノ酸残基が修飾アミノ酸であるアミノ酸ポリマーに当てはまる。また、このような「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」は、完全長タンパク質などの任意の長さのアミノ酸鎖を含み、アミノ酸残基はペプチド共有結合によって結合する。
[0044] ヌクレオシド組成物に関して「実質的に〜がない」又は「実質的に〜が存在しない」という用語は、そのヌクレオシドの指定鏡像体の重量で少なくとも８５％又は９０％、特定の実施形態では重量で９５％、９８％、９９％又は１００％を含むヌクレオシド組成物を指す。特定の実施形態では、本明細書で提供する方法及び化合物において、化合物には実質的に鏡像体がない。
[0045] 同様に、ヌクレオシド組成物に関して「分離した」という用語は、ヌクレオシドの重量で少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％から１００％を含み、残りは他の化学種又は鏡像体を含むヌクレオシド組成物を指す。
[0046] 「溶媒和物」は、非共有分子間力によって結合された計算又は非計算量の溶媒をさらに含む、本明細書で提供される化合物又はその塩を指す。溶媒が水である場合、溶媒和物は水和物である。
[0047] 「同位体組成」は、所与の原子に存在する各同位体の量を指し、「天然同位体組成」は所与の原子について天然に生じる同位体の組成又は発生量を指す。その天然同位体組成を含む原子を、本明細書では「非濃縮」原子と呼ぶこともある。特に指定されない限り、本明細書に記載の化合物の原子は、その原子の任意の安定した同位体を表すものとする。例えば、特に示さない限り、位置が特に「Ｈ」又は「水素」と指定されている場合、その位置は天然同位体組成に水素を有すると理解される。
[0048] 「同位体濃縮」は、原子の天然同位体発生量の代わりに、ある量の特異的同位体を分子中の所与の原子に取り込むパーセンテージを指す。例えば、所与の位置における１％の重水素濃縮とは、所与の試料中の分子の１％が指定された位置に重水素を含有するという意味である。自然界で生じる重水素の分布は約０．０１５６％であるので、非濃縮出発原料を使用して合成した化合物中の任意の位置における重水素濃縮は、約０．０１５６％である。本明細書で提供する化合物の同位体濃縮は、質量分光測光及び核磁気共鳴分光法など、当業者に知られている従来の分析法を使用して判定することができる。
[0049] 「同位体濃縮」とは、その原子の天然同位体組成とは異なる同位体組成を有する原子を指す。「同位体濃縮」は、その原子の天然同位体組成とは異なる同位体組成を有する原子を少なくとも１個含む化合物を指すこともある。
[0050] 本明細書で使用する「アルキル」、「シクロアルキル」、「アルケニル」、「シクロアルケニル」、「アルキニル」、「アリール」、「アルコキシ」、「アルコキシカルボニル」、「アミノ」、「カルボキシル」、「アルキルアミノ」、「アリールアミノ」、「チオアルキオキシ」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロアリール」、「アルキルヘテロシクリル」、「アルキルヘテロアリール」、「アシル」、「アラルキル」、「アルカリル」、「プリン」、「ピリミジン」、「カルボキシル」及び「アミノ酸」基は、任意に、水素原子が存在する１つ又は複数の位置に重水素を含み、１つ又は複数の原子の重水素組成は天然同位体組成とは異なる。
[0051] また、本明細書で使用する「アルキル」、「シクロアルキル」、「アルケニル」、「シクロアルケニル」、「アルキニル」、「アリール」、「アルコキシ」、「アルコキシカルボニル」、「カルボキシル」、「アルキルアミノ」、「アリールアミノ」、「チオアルキオキシ」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロアリール」、「アルキルヘテロシクリル」、「アルキルヘテロアリール」、「アシル」、「アラルキル」、「アルカリル」、「プリン」、「ピリミジン」、「カルボキシル」及び「アミノ酸」基は、任意に天然同位体組成とは異なる量の炭素−１３を含む。
[0052] 本明細書で使用するＥＣ５０は、特定の試験化合物によって誘導、誘発又は強化される特定の応答の最大発現の５０％で、用量依存性応答を惹起する特定の試験化合物の用量、濃度又は量を指す。
[0053] 本明細書で使用するＩＣ５０は、このような応答を測定するアッセイにて、最大応答の５０％阻害を達成する特定の試験化合物の量、濃度又は用量を指す。
[0054] 本明細書で使用する「宿主」という用語は、ウィルスが中で自己複製することができる任意の単細胞又は多細胞生物を指し、細胞系統及び動物、特定の実施形態ではヒトが含まれる。あるいは、宿主はウィルスゲノムの一部を保持することができ、その自己複製又は機能は、本明細書に記載の化合物及び組成物で変更することができる。宿主という用語は特に、感染した細胞、ウィルスゲノムの全部又は一部が移入された細胞、及び動物、特に霊長類（チンパンジーを含む）及びヒトを含む。大部分の動物用途では、宿主はヒトの患者である。しかし、特定の適用では本開示により明らかに獣医学的用途が予想される（チンパンジーなど）。
[0055] 本明細書で使用する「対象」及び「患者」という用語は、本明細書では区別なく使用される。「対象」という用語は、非霊長類（例えばウシ、ブタ、ウマ、ネコ、イヌ、ラット、及びマウス）及び霊長類（例えばカニクイザルなどのサル、チンパンジー及びヒト）を含む哺乳類などの動物、及び例えばヒトを指す。特定の実施形態では、対象はＣ型肝炎感染の現在の治療に対して難治性又は非反応性である。別の実施形態では、対象は家畜（例えばウマ、ウシ、ブタなど）又はペット（例えばイヌ又はネコ）である。特定の実施形態では、対象はヒトである。
[0056] 本明細書で使用する「治療薬」という用語は、障害又はその１つ又は複数の症状の治療又は予防に使用することができる任意の作用物質を指す。特定の実施形態では、「治療薬」は本明細書で提供する化合物を含む。特定の実施形態では、治療薬は障害又はその１つ又は複数の症状の治療又は予防に有用であることが知られている、又はそれに使用されてきた、又は現在使用されている作用物質である。
[0057] 「治療的有効量」は、疾患の治療のために対象に投与した場合、その疾患のこのような治療を実現するのに十分な量の化合物又は組成物を指す。「治療的有効量」は、特に化合物、疾患及びその重症度、及び治療される対象の年齢、体重などに応じて変化することがある。
[0058] 任意の疾患又は障害の「治療処置」又は「治療」は、特定の実施形態では対象に存在する疾患又は障害を改善することを指す。別の実施形態では、「治療処置」又は「治療」は少なくとも１つの物理的パラメータを改善することを含み、これは、対象は識別できないことがある。さらに別の実施形態では、「治療処置」又は「治療」は疾患又は障害を物理的に調節する（例えば識別できる症状を安定させる）又は生理学的に調節する（例えば物理的パラメータを安定させる）、又はその両方のことを含む。さらに別の実施形態では、「治療処置」又は「治療」は疾患又は障害の発症を遅延することを含む。
[0059] 本明細書で使用する「予防薬」という用語は、障害又はその１つ又は複数の症状の防止に使用することができる任意の作用物質を指す。特定の実施形態では、「予防薬」という用語は本明細書で提供する化合物を含む。特定の他の実施形態では、「予防薬」という用語は本明細書で提供する化合物を指さない。例えば、予防薬は障害の発症、発現、進行及び／又は重症度を防止又は妨げるために有用であると知られている、又はそのために使用されてきた、又は現在使用されている作用物質である。
[0060] 本明細書で使用する「予防的に有効な量」という語句は、障害に伴う１つ又は複数の症状の発現、再発又は発症の防止又は軽減につながる、又は別の療法（例えば別の予防薬）の予防効果を強化又は改善するのに十分である療法（例えば予防薬）の量を指す。
[0061] 修飾アミノ酸残基を含む組成物に関して「実質的に純粋」という用語は、組成物の残りの部分に対して修飾アミノ酸残基を重量で少なくとも８０％、８５％、９０％又は９５％、特定の実施形態では重量、例えば乾燥重量で９５％、９８％、９９％又は１００％含む組成物を指す。重量パーセントは、組成物中のタンパク質の総重量との比較、又は組成物中の修飾アミノ酸残基の総重量との比較とすることができる。純度は、当業者に明白な技術によって判定することができる。
[0062] 「抗体」という用語は、当業者によって抗体と認識されるような任意の高分子を指す。抗体には、結合、及び当業者によって認識される免疫グロブリン遺伝子のいずれかによってコードすることができるポリペプチド鎖と実質的に同一である少なくとも１つのポリペプチド鎖などの共通の特性がある。免疫グロブリン遺伝子はκ、λ、α、γ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４）、δ、ε及びμ定常領域遺伝子、さらに免疫グロブリン可変領域遺伝子を含むが、これらに限定されない。この用語は、当業者に認識される完全長抗体及び抗体フラグメント、及びその変形を含む。
[0063] 「抗体フラグメント」という用語は、完全長の形態以外の抗体の任意の形態を指す。本明細書の抗体フラグメントは、完全長抗体内に存在するこれより小さい成分である抗体、及び改変されている抗体を含む。抗体フラグメントはＦｖ、Ｆｃ、Ｆａｂ、及び（Ｆａｂ’）２、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、二官能性ハイブリッド抗体、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、ＣＤＲの組み合わせ、可変領域、フレームワーク領域、定常領域などを含むが、これらに限定されない（Ｍａｙｎａｒｄ及びＧｅｏｒｇｉｏｕ、２０００、Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｍｅｄ． Ｅｎｇ． ２：３３９−７６；Ｈｕｄｓｏｎ、１９９８、Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ９：３９５−４０２）。
[0064] 「免疫グロブリン（Ｉｇ）」という用語は、免疫グロブリン遺伝子の１つによって実質的にコードされた１つ又は複数のポリペプチドで構成されたタンパク質、又はアミノ酸配列がそれと実質的に同一であるタンパク質を指す。免疫グロブリンは抗体を含むが、これらに限定されない。免疫グロブリンは幾つかの構造様式を有することができ、それには完全長抗体、抗体フラグメント、及びＶＨ、Ｃγ１、Ｃγ２、Ｃγ３、ＶＬ及びＣＬを含むが、これらに限定されない個々の免疫グロブリンドメインが含まれるが、これらに限定されない。
[0065] 「免疫グロブリン（Ｉｇ）ドメイン」という用語は、免疫グロブリン遺伝子によって実質的にコードされたポリペプチドで構成されたタンパク質ドメインを指す。ＩｇドメインはＶＨ、Ｃγ１、Ｃγ２、Ｃγ３、ＶＬ及びＣＬを含むが、これらに限定されない。
[0066] 抗体の「可変領域」という用語はＶＨ免疫グロブリンドメイン、ＶＬ免疫グロブリンドメイン、又はＶＨ及びＶＬ免疫グロブリンドメインで構成された１つ又は複数のポリペプチドを指す。可変領域は、分離状態のこの又はこれらのポリペプチドを、Ｆｖフラグメントと、ｓｃＦｖフラグメントと、これより大きい抗体フラグメントの状況でこの領域と、又は完全長抗体又は代替的に非抗体骨格分子の状況でこの領域と呼ぶことができる。
[0067] 「可変」という用語は、可変ドメインの特定の部分が、抗体間で配列が広範囲に異なり、特定の抗原に対するその特定の各抗体の結合特異性の原因であることを指す。しかし、可変性は、抗体の可変領域全体に均一に分布するのではない。これは、軽鎖及び重鎖可変ドメインの両方で、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる３つのセグメントに集中する。可変ドメインのうち保存性が比較的高い部分をフレームワーク領域（ＦＲ）と呼ぶ。相対的に重い鎖と軽い鎖それぞれの可変ドメインは、ほぼβシート構成を取り入れ、３つ又は４つのＣＤＲによって接続された４つのＦＲ領域を含み、これはβシート構造を接続する、及び場合によってはその一部を形成するループを形成する。各鎖のＣＤＲは、ＦＲ領域によって非常に近接して集められ、他の鎖からのＣＤＲとともに抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔ他のＳｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ（第５版、Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ， Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ， Ｂｅｔｈｅｓｄａ， Ｍｄ． （１９９１）参照）。
[0068] 定常領域は通常、抗原への抗体の結合に直接関与しないが、様々なエフェクタ機能を示す。その重鎖の定常領域のアミノ酸配列に応じて、抗体又は免疫グロブリンを異なるクラスに割り当てることができる。免疫グロブリンには５つの主要なクラス、すなわち、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭがあり、その幾つかはさらに下位クラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２に分割することができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常領域を、それぞれα、δ、ε、γ及びμと呼ぶ。様々なヒト免疫グロブリンのクラスのうち、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＭのみが補体を活性化することが知られている。
[0069] 「コンジュゲート」という用語は、本明細書で説明するように修飾アミノ酸残基に接続することができる任意の部分を指す。幾つかの実施形態では、「コンジュゲート」と「ペイロード」という用語は区別なく使用される。コンジュゲートは小分子又は高分子でよい。幾つかの実施形態では、コンジュゲートはタンパク質、ペプチド、核活性又はそのハイブリッドを含むが、これらに限定されない生理活性分子である。幾つかの実施形態では、コンジュゲートはポリエチレングリコールなどのポリマーである。幾つかの実施形態では、コンジュゲートは商業的に入手可能な薬品などの治療薬である。幾つかの実施形態では、コンジュゲートは、標的細胞にとって有害である分子ペイロードなどの特定の標的を認識し、それに結合することができる標識、又は検出又は診断に有用な標識である。幾つかの実施形態では、コンジュゲートはリンカーを介して修飾アミノ酸残基に接続する。幾つかの実施形態では、コンジュゲートはリンカーなしで修飾アミノ酸残基に直接接続する。
[0070] 「可変タンパク質配列」という用語は、アミノ酸のアイデンティティが別の同様のタンパク質配列とは異なる１つ又は複数の残基を有するタンパク質配列を指す。前記同様のタンパク質配列は、天然の野生型タンパク質配列、又は野生型配列の別の変異体でよい。変異体は、１つ又は複数のアミノ酸の挿入、欠失又は置換を有するタンパク質を含む。変異体は、１つ又は複数の翻訳後修飾アミノ酸を有するタンパク質も含む。
[0071] 「親抗体」という用語は、本明細書の記述に従って修飾される、当業者に知られた抗体を指す。修飾は、親抗体の１つ又は複数のアミノ酸を物理的に、すなわち化学的又は生化学的に置換又は修飾して、本明細書の記述の範囲に入る抗体を生成することができる。修飾は概念的でもよい。すなわち、親抗体の１つ又は複数のポリペプチド鎖の配列を使用し、本明細書の記述による１つ又は複数の部位特異的修飾アミノ酸を含む抗体をデザインする。親抗体は天然に生じる抗体、又はラボラトリでデザイン又は開発された抗体でよい。親抗体は人工的又は改変抗体、例えばキメラ又はヒト化抗体でもよい。
[0072] 「保存的に修飾した変異体」という用語は、アミノ酸配列の保存的置換によって関連タンパク質とは異なるタンパク質を指す。コードされた配列中の単一のアミノ酸又は小さいパーセンテージのアミノ酸を変更、付加又は欠失するペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質配列の置換、欠失又は付加が「保存的に修飾した変異体」であり、変更の結果、あるアミノ酸が化学的に同様のアミノ酸で置換されることが、当業者には認識される。機能的に同様のアミノ酸を提供する保存的置換の表が、当技術分野でよく知られている。このように保存的に修飾した変異体は、多形変異体、種間相同体、及び対立遺伝子に加えられるもので、これを排除するものではない。
[0073] 以下の８つの群はそれぞれ、相互に保存的な置換を有するアミノ酸を含む。
１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）、
２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）、
３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）、
４）アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）、
５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）、
６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）、
７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、及び
８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）。
例えばＣｒｅｉｇｈｔｏｎ、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ Ｈ Ｆｒｅｅｍａｎ ＆ Ｃｏ．、第２版（１９９３年１２月））を参照されたい。
[0074] ２つ以上のポリペプチド配列の文脈で「同一の」又は「同一性」という用語は、２つ以上の配列又は部分配列が同じであることを指す。配列は、比較窓又は以下の配列比較アルゴリズムのうち１つを使用して測定した専用領域で、最大対応について比較し、整列された場合に、又は手動で整列させ、目視検査することによって、あるパーセンテージのアミノ酸残基又はヌクレオチドが同じである（すなわち、特定の領域にわたって約６０％の同一性がある、任意に約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、又は約９５％の同一性がある）場合、「実質的に同一」である。同一性は、少なくとも約５０個のアミノ酸又はヌクレオチドの長さの領域、又は７５〜１００個のアミノ酸又はヌクレオチドの長さの領域、又は指定されていない場合は、配列又はポリペプチド全体にわたって存在することがある。抗体の場合、同一性は可変ＣＤＲの外側で測定することができる。比較のための配列の最適整列は、Ｓｍｉｔｈ及びＷａｔｅｒｍａｎ（（１９７０） Ａｄｖ． Ａｐｐｌ． Ｍａｔｈ． ２：４８２ｃ）の局所相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ及びＷｕｎｓｃｈ（（１９７０） Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ４８：４４３）の相同性整列アルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ及びＬｉｐｍａｎ（（１９８８） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ’ｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８５：２４４４）の類似性探索方法によって、これらのアルゴリズムをコンピュータ化して実現することによって（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ ＰａｃｋａｇｅのＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ， ５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．、ウィスコンシン州マジソン））、又は手動式整列及び目視検査（例えばＡｕｓｕｂｅｌ他、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （１９９５ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ）参照）によって実行することができる。
[0075] パーセント配列同一性及び配列類似性を判定するために適切なアルゴリズムの例には、それぞれＡｌｔｓｃｈｕｌ他（（１９７７） Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：３３８９−３４０２）及びＡｌｔｓｃｈｕｌ他（（１９９０） Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２１５：４０３−４１０）に記載されたＢＬＡＳＴ及びＢＬＡＳＴ ２．０アルゴリズムが含まれる。ＢＬＡＳＴ解析を実行するソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎを通して公的に入手可能である。ＢＬＡＳＴアルゴリズムのパラメータＷ、Ｔ及びＸは、整列の感度及び速度を判定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列用）は、デフォルトとして１１の語長（Ｗ）、１０の期待値、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、及び両方のストランドの比較を使用する。アミノ酸配列の場合は、ＢＬＡＳＴＰプログラムが、デフォルトとして３の語長、１０の期待値（Ｅ）、及びＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリクス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ及びＨｅｎｉｋｏｆｆ（（１９８９） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８９：１０９１５）参照）、５０のアラインメント（Ｂ）、１０の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、及び両方のストランドの比較を使用する。ＢＬＡＳＴアルゴリズムは通常、「低複雑度」フィルタをオフに切り換えた状態で実行する。幾つかの実施形態では、ＢＬＡＳＴアルゴリズムは通常、「低複雑度」フィルタをオンに切り換えた状態で実行する。
[0076] ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、２つの配列間の類似性の統計解析も実行する（Ｋａｒｌｉｎ及びＡｌｔｓｃｈｕｌ（（１９９３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９０：５８７３−５７８７）参照）。ＢＬＡＳＴアルゴリズムによって提供される類似性の一つの尺度は、最低合計確率（Ｐ（Ｎ））であり、これは２つのヌクレオチド又はアミノ酸配列間に偶然に一致が生じる確率の指標を提供する。例えば、試験核酸と基準核酸の比較によって最低合計確率が約０．２未満である、さらに好ましくは約０．０１未満、最も好ましくは約０．００１未満である場合、核酸は基準核酸に類似していると見なされる。
[0077] 「アミノ酸」という用語は、自然に発生する、及び自然以外で発生するアミノ酸、さらにプロリンなどのアミノ酸、自然に発生するアミノ酸と類似した方法で機能するアミノ酸類似体及びアミノ酸模倣物質を指す。
[0078] 自然にコードされたアミノ酸は、当業者に知られているタンパク新生アミノ酸である。それには２０種の一般的なアミノ酸（アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリン）、及びそれほど一般的ではないピロリシン及びセレノシステインが含まれる。自然にコードされたアミノ酸にはプレニル化アミノ酸、イソプレニル化アミノ酸、ミリストイル化アミノ酸、パルミトイル化アミノ酸、Ｎ−結合グリコシル化アミノ酸、Ｏ−結合グリコシル化アミノ酸、リン酸化アミノ酸及びアシル化アミノ酸などの自然に発生する２２種のアミノ酸の翻訳後変異体が含まれる。
[0079] 「修飾アミノ酸」という用語は、タンパク新生アミノ酸ではないアミノ酸、又は翻訳後修飾されたその変異体を指す。特に、この用語は、一般的な２０種のアミノ酸又はピロリシン又はセレノシステインのうち１つではないアミノ酸、又は翻訳後修飾されたその変異体を指す。
化合物
[0080] 本明細書では式Ｉによる化合物、又はその塩が提供され、

式中、Ｄは−Ａｒ−Ｗ３−又は−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−であり、Ａｒは下式であり、

Ｗ１、Ｗ２及びＷ３はそれぞれ独立に単結合又は低級アルキレンであり、各Ｘ１は独立に−ＮＨ−、−Ｏ−又は−Ｓ−であり、各Ｙ１は独立に単結合、−ＮＨ−又は−Ｏ−であり、各Ｙ２は独立に単結合、−ＮＨ−、−Ｏ−又はＮ−結合若しくはＣ−結合ピロリジニレンであり、Ｚ１、Ｚ２及びＺ３のうち１つは−Ｎ−であり、Ｚ１、Ｚ２及びＺ３のそれ以外は独立に−ＣＨ−である。
[0081] ある実施形態では、Ｄは−Ａｒ−Ｗ３−であり、Ａｒ及びＷ３は式Ｉの文脈で定義された通りである。特定の実施形態では、Ｄは−Ａｒ−Ｗ３−であり、Ａｒは下式であり、

Ａｒ、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３及びＷ３は式Ｉの文脈で定義された通りである。特定の実施形態では、Ｄは−Ａｒ−Ｗ３−であり、Ａｒは下式であり、

Ａｒ、Ｚ１、Ｚ３、Ｘ１及びＷ３は式Ｉの文脈で定義された通りである。特定の実施形態では、Ｄは−Ａｒ−Ｗ３−であり、Ｗ３は−ＣＨ２−であり、Ａｒは下式であり、

Ｚ１及びＺ２は式Ｉの文脈で定義された通りである。
[0082] ある実施形態では、Ｄは−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−であり、Ｗ１、Ｗ２、Ｙ１及びＹ２は式Ｉの文脈で定義された通りである。特定の実施形態では、Ｄは−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−であり、各Ｙ１は独立に−ＮＨ−又は−Ｏ−であり、Ｗ１、Ｗ２及びＹ２は式Ｉの文脈で定義された通りである。特定の実施形態では、Ｄは−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−であり、各Ｙ２は独立にＮ−結合又はＣ−結合ピロリジニレンであり、各Ｗ２は単結合であり、Ｗ１及びＹ１は式Ｉの文脈で定義された通りである。特定の実施形態では、Ｄは−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−であり、各Ｙ２は独立に単結合、−ＮＨ−又は−Ｏ−であり、各Ｗ２は低級アルキレンであり、Ｗ１及びＹ１は式Ｉの文脈で定義された通りである。
[0083] ある実施形態では、式Ｉａによる化合物が提供され、

式中、Ｄは式Ｉの文脈で定義された通りである。
[0084] ある実施形態では、式Ｉ及びＩａのいずれかの化合物が提供され、ここで、Ｗ２及びＷ３はそれぞれ独立にＣ１−Ｃ３アルキレンである。別の実施形態では、式Ｉ及びＩａのいずれかの化合物が提供され、ここで、Ｗ２及びＷ３はそれぞれ独立にＣ１−Ｃ２アルキレンである。
[0085] ある実施形態では、式ＩＩによる化合物又はその塩が提供され、

式中、Ｗ４はＣ１−Ｃ１０アルキレンである。他の実施形態では、Ｗ４はＣ１−Ｃ５アルキレンである。ある実施形態では、Ｗ４はＣ１−Ｃ３アルキレンである。ある実施形態では、Ｗ４はＣ１アルキレンである。
[0086] ある実施形態では、式３０による化合物、又はその塩が提供される。
[0087] ある実施形態では、式１〜２９及び４０のいずれかによる化合物、又はその塩が提供される。

[0088] ある実施形態では、式Ｉ、Ｉａ、ＩＩ、１〜３０又は４０の化合物に対応するアミノ酸残基を含むポリペプチドが提供される。ある実施形態では、ペイロードに結合した式Ｉ、Ｉａ、ＩＩ、１〜３０又は４０の化合物に対応するアミノ酸残基を含むポリペプチドを含み、及び任意にポリペプチドとペイロードの間の結合部分を含むコンジュゲートが提供される。
[0089] ある実施形態では、式Ｉ、Ｉａ、ＩＩ、１〜３０又は４０の化合物に対応するアミノ酸残基を含む抗体が提供される。ある実施形態では、ペイロードに結合した式Ｉ、Ｉａ、ＩＩ、１〜３０又は４０の化合物に対応するアミノ酸残基を含む抗体を含み、及び任意に抗体とペイロードの間の結合部分を含むコンジュゲートが提供される。
[0090] ある実施形態では、式Ｉ、Ｉａ、ＩＩ、１〜３０又は４０の化合物に対応するアミノ酸残基でアミノアシル化された直交ｔＲＮＡが提供される。関連する実施形態では、ポリペプチドを産生する方法であって、アミノ酸残基をポリペプチドに取り込むのに適切な状態で、式Ｉ、Ｉａ、ＩＩ、１〜３０又は４０の化合物に対応するアミノ酸残基でアミノアシル化された直交ｔＲＮＡにポリペプチドを接触させることを含む方法が提供される。ある態様では、直交ｔＲＮＡ塩基は、通常はアミノ酸と会合しないコドンと対合する。別の態様では、接触は、式Ｉ、Ｉａ、ＩＩ、１〜３０又は４０の化合物で直交ｔＲＮＡをアミノアシル化することができるｔＲＮＡ合成酵素を含む反応混合物中で生じる。
[0091] 特定の実施形態では、以下の式のいずれかにより、修飾アミノ酸残基を含むポリペプチドが提供され、ここで、Ｄは式Ｉの文脈で定義された通りである。

タンパク質は一般にＬ−アミノ酸で構成されていることが当業者には認識される。しかし、修飾アミノ酸の場合、本明細書の方法及び組成物により開業者はＬ−、Ｄ−又はラセミ体修飾アミノ酸を使用することができる。特定の実施形態では、本明細書に記載の修飾アミノ酸は、Ｄ形の天然アミノ酸及びラセミ体形の天然アミノ酸を含む。
ヒュスゲン環化付加反応
[0092] 本明細書で提供する式Ｉ、Ｉａ、ＩＩ、１〜３０又は４０のいずれかによる化合物などのアジド基を含む修飾アミノ酸、及びそれを含むポリペプチドにより、アルキン基を含む第二化合物との選択的かつ効率的な反応が促進されるので有利である。アジド基及びアルキン基は１，３−双極環化付加反応で反応し、修飾アミノ酸（又は修飾アミノ酸を含むポリペプチド）を第二化合物に結合する１，２，３−トリアゾリレン部分を形成すると考えられる。トリアゾールを形成するこのアジドとアルキン間の反応は、当業者には一般にヒュスゲン環化付加反応として知られている。
[0093] アジド及びアルキン官能基の一意の反応性により、これはポリペプチド及び他の生物学的分子の選択的修飾に極めて有用になる。有機アジド、特に脂肪族アジド、及びアルキンは、一般的な反応性化学的状態に向かって概ね安定している。特に、アジド及びアルキン官能基は両方とも、自然に発生するポリペプチドに見られる一般的な２０種のアミノ酸の側鎖（すなわち、Ｒ基）に対して不活性である。しかし、近接させるとアジド基とアルキン基の「ばね式」の性質が明らかになり、ヒュスゲン［３＋２］環化付加反応を介して選択的かつ効率的に反応して、対応するトリアゾールを生成する。例えばＣｈｉｎ Ｊ．他のＳｃｉｅｎｃｅ ３０１：９６４−７ （２００３）、Ｗａｎｇ， Ｑ．他のＪ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． １２５， ３１９２−３１９３ （２００３）、Ｃｈｉｎ， Ｊ． Ｗ．他のＪ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． １２４：９０２６−９０２７ （２００２）を参照されたい。
[0094] ヒュスゲン環化付加反応は、求核置換ではなく選択的環化付加反応を含むので（例えばＰａｄｗａ， Ａ．、ＣＯＭＰＲＥＨＥＮＳＩＶＥ ＯＲＧＡＮＩＣ ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ、第４巻（Ｔｒｏｓｔ， Ｂ． Ｍ．編集、１９９１）、ｐ． １０６９−１１０９、Ｈｕｉｓｇｅｎ， Ｒ．、１，３−ＤＩＰＯＬＡＲ ＣＹＣＬＯＡＤＤＩＴＩＯＮ ＣＨＥＭＩＳＴＲＹ（Ｐａｄｗａ， Ａ．編集、１９８４）、ｐ． １−１７６参照）、アジド及びアルキン含有側鎖を有して自然以外でコードされたアミノ酸を取り込むことにより、その結果のポリペプチドを、自然以外でコードされたアミノ酸の位置で選択的に修飾することができる。アジド又はアルキン含有化合物を伴う環化付加反応は、Ｃｕ（ＩＩ）をＣｕ（Ｉ）に還元する還元剤が触媒量だけインシチューで存在する状態で、Ｃｕ（ＩＩ）（触媒量のＣｕＳＯ４の形態を含むが、これらに限定されない）を付加することにより、水性状態で室温にて実行することができる。例えばＷａｎｇ， Ｑ．他のＪ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． １２５， ３１９２−３１９３ （２００３）、Ｔｏｒｎｏｅ， Ｃ． Ｗ．他のＪ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ． ６７：３０５７−３０６４ （２００２）、Ｒｏｓｔｏｖｔｓｅｖ他のＡｎｇｅｗ． Ｃｈｅｍ． Ｉｎｔ． Ｅｄ． ４１：２５９６−２５９９ （２００２）を参照されたい。例示的還元剤にはアスコルビン酸塩、金属銅、キニン、ハイドロキニン、ビタミンＫ、グルタチオン、システイン、Ｆｅ２＋、Ｃｏ２＋、及び印加電位が含まれるが、これらに限定されない。
ポリペプチド
[0095] 本明細書では、少なくとも１つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列における部位特異的位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸残基を含むポリペプチドが提供される。ある実施形態では、組成物は、少なくとも１つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列における部位特異的位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸残基を含む抗体である。
[0096] ポリペプチドは、当業者によって認識さえる任意のポリペプチド、すなわち、親ポリペプチドと高い配列同一性を共有することができる。特定の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列は、部位特異的位置にある修飾アミノ酸以外の親ポリペプチドのアミノ酸配列と同一である。他の実施形態では、本明細書で提供されるポリペプチドは、部位特異的位置にある１つ又は複数の修飾アミノ酸に加えて、親ポリペプチドに対して１つ又は複数の挿入、欠失又は突然変異を有することができる。特定の実施形態では、本明細書で提供されるポリペプチドは、当業者によってポリペプチドと認識される限り、一意の１次配列を有することができる。この実施形態の特定の態様では、ポリペプチドは抗体である。
[0097] 本明細書に記載する組成物及び方法は、少なくとも１つの修飾アミノ酸をポリペプチドに取り込む。修飾アミノ酸は、ポリペプチドの任意の末端位置又は任意の内部位置を含め、ポリペプチドの任意の位置に存在してよい。修飾アミノ酸は、相同性の自然に生じるアミノ酸ポリペプチドに対してポリペプチドの活性及び／又は３次構造を破壊しないことが好ましい。但し、活性及び／又は３次構造のこのような破壊が、修飾アミノ酸をポリペプチドに取り込む目的の１つであった場合は除く。さらに、修飾アミノ酸をポリペプチドに取り込むと、活性及び／又は３次構造の破壊を十分には引き起こさずに、相同性の自然に生じるアミノ酸ペプチドに対して、ポリペプチドの活性（例えばポリペプチドの治療有効性を操作する、ポリペプチドの安全性プロフィールを改善する、ポリペプチド薬物動態、薬理学的性質及び／又は薬力学的性質を調節する（例えば水溶性、バイオアベイラビリティを向上させる、血清中半減期を延ばす、治療半減期を延ばす、免疫原生を調整する、生物活性を調節する、又は循環時間を延ばす）、ポリペプチドの追加の機能性を提供する、タグ、標識又は検出可能な信号をポリペプチドに組み込む、ポリペプチドの分離特性を容易にする、及び上述した修飾の任意の組み合わせ）及び／又は３次構造をある程度修飾することができる。このような活性及び／又は３次構造の修飾は、このような取り込みを実行する目的の１つであることが多いが、ポリペプチドへの修飾アミノ酸の取り込みは、相同性の自然に生じるアミノ酸ポリペプチドに対するポリペプチドの活性及び／又は３次構造にもわずかな影響を与えることができる。それに対応して、修飾アミノ酸ポリペプチド、修飾アミノ酸ポリペプチドを含む組成物、このようなポリペプチド及びポリペプチド組成物を作製する方法、このようなポリペプチド及びポリペプチド組成物を精製、分離、及び特徴付ける方法、及びこのようなポリペプチド及びポリペプチド組成物を使用する方法は、本開示の範囲に入ると見なされる。さらに、本明細書に記載の修飾アミノ酸ポリペプチドは、別のポリペプチド（例示により修飾アミノ酸ポリペプチド又は自然に生じるアミノ酸ポリペプチドを含む）に連結することもできる。
[0098] 本明細書に記載の方法、組成物、方策及び技術は、ポリペプチド又はタンパク質の特定のタイプ、クラス又はファミリに限定されない。実際、事実上いずれのポリペプチドも本明細書に記載する少なくとも１つの修飾アミノ酸を含むことができる。一例としてのみ、ポリペプチドは以下からなる群から選択される治療用タンパク質と相同とすることができる。すなわち、α−１抗トリプシン、アンギオスタチン、抗血友病因子、抗体、アポリポタンパク質、アポタンパク質、心房性ナトリウム利尿因子、心房性ペプチド、Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン、Ｔ３９７６５、ＮＡＰ−２、ＥＮＡ−７８、ｇｒｏ−ａ、ｇｒｏ−ｂ、ｇｒｏ−ｃ、ＩＰ−１０、ＧＣＰ−２、ＮＡＰ−４、ＳＤＦ−１、ＰＦ４、ＭＩＧ、カルシトニン、ｃ−ｋｉｔリガンド、サイトカイン、ＣＣケモカイン、単球化学誘引物質タンパク質−２、単球化学誘引物質タンパク質−３、単球炎症タンパク質−１アルファ、単球炎症タンパク質−１ベータ、ＲＡＮＴＥＳ、１３０９、Ｒ８３９１５、Ｒ９１７３３、ＨＣＣ１、Ｔ５８８４７、Ｄ３１０６５、Ｔ６４２６２、ＣＤ４０、ＣＤ４０リガンド、ｃ−ｋｉｔリガンド、コラーゲン、コロニ刺激因子（ＣＳＦ）補体因子５ａ、補体阻害剤、補体受容体１、サイトカイン、上皮好中球活性化ペプチド−７８、ＭＩＰ−１６、ＭＣＰ−１、上皮成長因子（ＥＧＦ）、上皮好中球活性化ペプチド、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、剥脱毒素、第ＩＸ因子、第ＶＩＩ因子、第ＶＩＩＩ因子、第Ｘ因子、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）、フィブリノゲン、フィブロネクチン、４へリックス束タンパク質、Ｇ−ＣＳＦ、ｇｌｐ−１、ＧＭ−ＣＳＦ、グルコセレブロシダーゼ、ゴナドトロピン、成長因子、成長因子受容体、ｇｒｆ、ハリネズミタンパク質、ヘモグロビン、肝細胞成長因子（ｈＧＦ）、ヒルジン、ヒト成長因子（ｈＧＦ）、ヒト血清アルブミン、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−１受容体、ＬＦＡ−１、ＬＦＡ−１受容体、インスリン、インスリン様成長因子（ＩＧＦ）、ＩＧＦ−Ｉ、ＩＧＦ−ＩＩ、インタフェロン（ＩＦＮ）、ＩＦＮ−アルファ、ＩＦＮ−ベータ、ＩＦＮ−ガンマ、インタロイキン（ＩＬ）、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ケラチノサイト成長因子（ＫＧＦ）、ラクトフェリン、白血病抑制因子、ルシフェラーゼ、ニュールツリン、好中球抑制因子（ＮＩＦ）、オンコスタチンＭ、骨形成タンパク質、癌遺伝子産生物、パラシトニン、副甲状腺ホルモン、ＰＤ−ＥＣＳＦ、ＰＤＧＦ、ペプチドホルモン、プレイオトロフィン、プロテインＡ、プロテインＧ、ｐｔｈ、発熱性外毒素Ａ、発熱性外毒素Ｂ、発熱性外毒素Ｃ、ｐｙｙ、リラキシン、レニン、ＳＣＦ、生合成小タンパク質、可溶性補体受容体Ｉ、可溶性Ｉ−ＣＡＭ１、可溶性インタロイキン受容体、可溶性ＴＮＦ受容体、ソマトメジン、ソマトスタチン、ソマトトロピン、ストレプトキナーゼ、超抗原、ブドウ球菌腸毒素、ＳＥＡ、ＳＥＢ、ＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＤ、ＳＥＥ、ステロイドホルモン受容体、スーパーオキシドジスムターゼ、毒ショック症候群毒素、チモシンアルファ１、組織プラスミノーゲン活性化因子、腫瘍成長因子（ＴＧＦ）、腫瘍壊死因子、腫瘍壊死因子アルファ、腫瘍壊死因子ベータ、腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦＲ）、ＶＬＡ−４タンパク質、ＶＣＡＭ−１タンパク質、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、ウロキナーゼ、ｍｏｓ、ｒａｓ、ｒａｆ、ｍｅｔ、ｐ５３、ｔａｔ、ｆｏｓ、ｍｙｃ、ｊｕｎ、ｍｙｂ、ｒｅｌ、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、テストステロン受容体、アルドステロン受容体、ＬＤＬ受容体、及びコルチコステロンである。関連の、又は他の実施形態では、修飾アミノ酸ポリペプチドは成長ホルモンスーパーファミリの任意のポリペプチドメンバに対しても相同とすることができる。
[0099] 特定の実施形態では、修飾アミノ酸はポリペプチド内の任意の位置、すなわち、Ｎ末端、Ｃ末端、又はポリペプチド内にあってよい。有利な実施形態では、修飾アミノ酸はポリペプチド内の選択された位置に配置される。これらの位置は、修飾アミノ酸と置換するために最適な部位を提供するものとして識別される。各部位は、ポリペプチドを産生するために最適の構造、機能及び／又は方法で修飾アミノ酸を保持することができる。
[00100] 特定の実施形態では、部位特異的な置換位置は、安定したポリペプチドを提供する。安定性は、当業者にとって明白な任意の技術で測定することができる。
[00101] 特定の実施形態では、部位特異的な置換位置は、最適な機能特性を有するポリペプチドを提供する。例えば、ポリペプチドは、部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して、その標的に対する結合親和性の喪失を少なく、又はなくすことができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して強化された結合を示すことができる。この実施形態の特定の態様では、ポリペプチドは抗体であり、標的は抗原である。
[00102] 特定の実施形態では、部位特異的な置換位置は、有利に作成できるポリペプチドを提供する。例えば、特定の実施形態では、ポリペプチドは本明細書で検討する合成方法で有利な特性を示す。特定の実施形態では、ポリペプチドは、部位特異的な修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して、産生収量の低下を少なく、又はなくすことができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して、産生収量の強化を示すことができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して、本明細書に記載するｔＲＮＡ抑制の喪失を少なく、又はなくすことができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して、産生時に本明細書に記載するｔＲＮＡ抑制を強化することができる。この実施形態の特定の態様では、ポリペプチドは抗体である。
[00103] 特定の実施形態では、部位特異的な置換位置は有利な可溶性を有するポリペプチドを提供する。特定の実施形態では、ポリペプチドは、部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して、可溶性の喪失を少なく、又はなくすことができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して強化した可溶性を示すことができる。この実施形態の特定の態様では、ポリペプチドは抗体である。
[00104] 特定の実施形態では、部位特異的な置換位置は、有利な発現を有するポリペプチドを提供する。特定の実施形態では、ポリペプチドは、部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して発現の喪失を少なく、又はなくすことができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して強化した発現を示すことができる。この実施形態の特定の態様では、ポリペプチドは抗体である。
[00105] 特定の実施形態では、部位特異的な置換位置は有利に折り畳まれるポリペプチドを提供する。特定の実施形態では、ポリペプチドは、部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して適切な折り畳みの喪失を少なく、又はなくすことができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、部位特異的修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して強化した折り畳みを示すことができる。この実施形態の特定の態様では、ポリペプチドは抗体である。
[00106] 特定の実施形態では、部位特異的な置換位置は、有利に結合することができるポリペプチドを提供する。本明細書に記載するように、幾つかの修飾アミノ酸は、ポリペプチドの第二作用物質との直接、又はリンカーを介した結合を促進する側鎖又は官能基を有する。特定の実施形態では、ポリペプチドは、他の位置に同じ又は他の修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して強化した結合効率を示すことができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、他の位置に同じ又は他の修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して強化した結合収量を示すことができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、他の位置に同じ又は他の修飾アミノ酸がないポリペプチドと比較して強化された結合特異性を示すことができる。この実施形態の特定の態様では、ポリペプチドは抗体である。
[00107] 特定の実施形態では、本明細書でさらに、本明細書に記載のポリペプチド及び抗体の保存的に修飾された変異体が提供される。ポリペプチドの保存的に修飾された変異体は、当業者が評価した場合にポリペプチドの構造及び／又は機能を破壊しない１つ又は複数の挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は、２０以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は１５以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は１０以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は９個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は８個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は７個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は６個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は５個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は４個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は３個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は２個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、保存的に修飾された変異体は１個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、置換は保存的であり、本明細書に記載するように同じクラス内のアミノ酸と置換する。特定の実施形態では、ポリペプチドは抗体である。
[00108] 特定の実施形態では、ポリペプチドを修飾して、構造、安定性及び／又は活性を調節することができる。このような実施形態では、修飾は保存的又は保存的以外とすることができる。修飾は、本明細書に記載する方法を実行し、組成物を使用する開業医にとって適切であればよい。ポリペプチドが抗体である特定の実施形態では、修飾は抗原結合親和性を低下するが、なくすことはない。ポリペプチドが抗体である特定の実施形態では、修飾は抗原結合親和性を増大させる。特定の実施形態では、修飾はポリペプチドの構造又は安定性を強化する。特定の実施形態では、修飾はポリペプチドの構造又は安定性を低下させるが、なくすことはない。特定の実施形態では、修飾された変異体は２０以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は１５以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は１０以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は９個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は８個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は７個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は６個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は５個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は４個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は３個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は２個以下のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。特定の実施形態では、修飾された変異体は１個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を含む。
[00109] 範囲には翻訳後修飾変異体も入る。本明細書で提供されるポリペプチドのいずれも、当業者に認識される任意の方法で翻訳後修飾することができる。ポリペプチドの典型的な翻訳後修飾には、鎖間Ｓ−Ｓ結合、分子内Ｓ−Ｓ結合、Ｎ結合糖鎖形成及びタンパク質分解が含まれる。本明細書では、リン酸化、Ｏ結合糖鎖形成、メチル化、アセチル化、糖質化、ＧＰＩ固定、ミリストイル化及びプレニル化などの修飾を有する他の翻訳後修飾ポリペプチドも提供される。翻訳後修飾はインビボ、インビトロ又はその他で産生中に実行することができる。特定の実施形態では、翻訳後修飾は、例えば開業医が本明細書で提供される方法を使用して意図的に修飾することでもよい。特定の実施形態では、ポリプロピレンは抗体である。
[00110] さらに、他のペプチド又はポリペプチドに融合したポリペプチドが含まれる。例示的融合には、例えば組み換え発現に由来するポリペプチドのＮ末端にメチオニンが結合するメチオニルポリペプチド、精製を目的とする融合（ポリヒスチジン又は親和性エピトープを含むが、これらに限定されない）、他の生物学的活性分子との結合を目的とする融合、血清アルブミン結合ペプチドとの融合、及び血清アルブミンなどの血清タンパク質との融合が含まれるが、これらに限定されない。ポリペプチドは、プロテアーゼ分割配列、反応基、ポリペプチド結合ドメイン（ＦＬＡＧ又はポリＨｉｓを含むが、これらに限定されない）、又は他の親和性系配列（ＦｌＡＧ、ポリＨｉｓ、ＧＳＴなどを含むが、これらに限定されない）を有することができる。ポリペプチドは、結合分子（ビオチンを含むが、これらに限定されない）も含むことができ、これはポリペプチドの検出（ＧＦＰを含むが、これらに限定されない）、精製又は他の特徴を改善する。特定の実施形態では、ポリペプチドは完全長ポリペプチドの精製を促進するＣ末端親和性配列を有する。特定の実施形態では、このようなＣ末端親和性配列はポリＨｉｓ配列、例えば６−Ｈｉｓ配列である。特定の実施形態では、ポリペプチドは抗体である。
[00111] 本明細書では、１つ又は複数の結合部分に結合するポリペプチドも提供される。結合部分は、当業者に有用とされる任意の結合部分でよい。例えば、結合部分は、インビトロ又はインビボでポリペプチドの安定性を改善できるポリエチレングリコールなどのポリマーでよい。結合部分は治療活性を有し、それによってポリペプチドと薬物のコンジュゲートを生成することができる。結合部分は、標的細胞にとって有害な分子ペイロードであることがある。結合部分は、検出又は診断に有用な標識でもよい。特定の実施形態では、結合部分は直接共有結合を介してポリペプチドに結合する。特定の実施形態では、結合部分はリンカーを介してポリペプチドに結合する。有利な実施形態では、結合部分又はリンカーは、ポリペプチドの修飾アミノ酸の１つを介して付着する。例示的結合部分及びリンカーについて本明細書に記載する。特定の実施形態では、ポリペプチドは抗体である。
[00112] 親ポリペプチドは、当業者に知られている、又は今後発見される任意のポリペプチドでよく、限定はない。特定の実施形態では、ポリペプチドは抗体である。親ポリペプチドは、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、ラクダ、ヒトコブラクダ、サル、特段に哺乳類及び特段にヒト、及び特段にマウス及びラットを含むが、これらに限定されない任意の生体からの１つ又は複数のポリペプチド遺伝子から実質的にコードすることができる。１つの実施形態では、親ポリペプチドは、遺伝子導入マウス又は他の動物を使用して例えば患者又は対象から（抗体の例についてはＢｒｕｇｇｅｍａｎｎ及びＴａｕｓｓｉｇ、１９９７、Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ８：４５５−４５８を参照）、又は選択方法で結合したヒトポリペプチドライブラリ（抗体の例についてはＧｒｉｆｆｉｔｈｓ及びＤｕｎｃａｎ、１９９８、Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ９：１０２−１０８を参照）から得た完全にヒトでよい。親ポリペプチドは、人工又は自然発生を含め、任意の発生源からのものでよい。例えば、親ポリペプチドは、キメラポリペプチド及びヒト化ポリペプチドを含むが、これらに限定されない改変ポリペプチド（抗体の例についてはＣｌａｒｋ、２０００、Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｔｏｄａｙ ２１：３９７−４０２を参照）であるか、組み合わせライブラリ由来のものでよい。また、親ポリペプチドは、１つ又は複数の天然ポリペプチド遺伝子によって実質的にコードされたポリペプチドの改変変異体とすることができる。例えば、１つの実施形態では、親ポリペプチドは、親和性成熟によって識別されているポリペプチドである。
[00113] 親ポリペプチドは、当技術分野で知られている任意のポリペプチド、又は当業者によって開発された任意のポリペプチドでよく、制限はない。抗体の例には、抗ＴＮＦ抗体（米国特許第６，２５８，５６２号）、抗ＩＬ−１２及び／又は抗ＩＬ−１２ｐ４０抗体（米国特許第６，９１４，１２８号）、抗ＩＬ−１８抗体（米国特許公開第２００５／０１４７６１０号）、抗０５、抗ＣＢＬ、抗ＣＤ１４７、抗ｇｐ１２０、抗ＶＬＡ−４、抗ＣＤ１１ａ、抗ＣＤ１８、抗ＶＥＧＦ、抗ＣＤ４０Ｌ、抗ＣＤ−４０（例えばＰＣＴ特許公開ＷＯ２００７／１２４２９９号参照）、抗Ｉｄ、抗ＩＣＡＭ−１、抗ＣＸＣＬ１３、抗ＣＤ２、抗ＥＧＦＲ、抗ＴＧＦ−β２、抗ＨＧＦ、抗体ｃＭｅｔ、抗ＤＬＬ−４、抗ＮＰＲ１、抗ＰＬＧＦ、抗ＥｒｂＢ３、抗Ｅ−セレクチン、抗第ＶＩＩ因子、抗Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、抗Ｆｇｐ、抗ＣＤ１１／１８、抗ＣＤ１４、抗ＩＣＡＭ−３、抗ＲＯＮ、抗ＳＯＳＴ、抗ＣＤ−１９、抗ＣＤ８０（例えばＰＣＴ特許公開ＷＯ２００３／０３９４８６号参照）、抗ＣＤ４、抗ＣＤ３、抗ＣＤ２３、抗β２−インテグリン、抗α４β７、抗ＣＤ５２、抗ＨＬＡＤＲ、抗ＣＤ２２（例えば米国特許第５，７８９，５５４号参照）、抗ＣＤ２０、抗ＭＩＦ、抗体ＣＤ６４（ＦｃＲ）、抗ＴＣＲαβ、抗ＣＤ２、抗ＨｅｐＢ、抗ＣＡ１２５、抗ＥｐＣＡＭ、抗ｇｐ１２０、抗ＣＭＶ、抗体ｇｐＩＩｂＩＩＩａ、抗ＩｇＥ、抗ＣＤ２５、抗ＣＤ３３、抗ＨＬＡ、抗ＩＧＦ１，２、抗ＩＧＦＲ、抗ＶＮＲインテグリン、抗ＩＬ１−アルファ、抗ＩＬ−１ベータ、抗ＩＬ−１受容体、抗ＩＬ−２受容体、抗ＩＬ−４、抗ＩＬ−４受容体、抗ＩＬ５、抗ＩＬ−５受容体、抗ＩＬ−６、抗ＩＬ−８、抗ＩＬ−９、抗ＩＬ−１３、抗ＩＬ−１３受容体、抗ＩＬ−１７、抗ＩＬ−６Ｒ、抗ＲＡＮＫＬ、抗ＮＧＦ、抗ＤＫ、抗αＶ３、抗ＩＬ−１７Ａ、抗ＩＬ２３ｐ１９及び抗ＩＬ−２３（Ｐｒｅｓｔａ， Ｌ．Ｇ． （２００５）、Ｊ． Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １１６：７３１−６参照）がある。
[00114] 親ポリペプチドは、臨床試験又は臨床用の開発に使用することが承認された様々な治療用ポリペプチドからも選択することができる。このような治療用ポリペプチドの抗体の例には、リツキシマブ（ＲｉｔｕｘａｎＲ、ＩＤＥＣ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）（例えば米国特許第５，７３６，１３７号参照）、非ホジキンリンパ腫の治療に承認されたキメラ抗ＣＤ２０抗体、ＨｕＭａｘ−ＣＤ２０、現在Ｇｅｎｍａｂが開発中の抗ＣＤ２０、米国特許第５，５００，３６２号に記載された抗ＣＤ２０抗体、ＡＭＥ−１３３（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ）、ｈＡ２０（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ， Ｉｎｃ．）、ＨｕｍａＬＹＭ（Ｉｎｔｒａｃｅｌ）、及びＰＲＯ７０７６９（ＰＣＴ特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０４０４２６号）、トラツズマブ（ＨｅｒｃｅｐｔｉｎＲ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）（例えば米国特許第５，６７７，１７１号参照）、乳癌の治療に承認されたヒト化抗Ｈｅｒ２／ｎｅｕ抗体現在Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈが開発中のパーツズマブ（ｒｈｕＭａｂ−２Ｃ４、ＯｍｎｉｔａｒｇＲ）抗Ｈｅｒ２抗体（米国特許第４，７５３，８９４号）、セツキシマブ（ＥｒｂｉｔｕｘＲ、Ｉｍｃｌｏｎｅ）（米国特許第４，９４３，５３３号、ＰＣＴ特許出願ＷＯ９６／４０２１０号）、様々な癌について臨床試験中のキメラ抗ＥＧＦＲ抗体、現在Ａｂｇｅｎｉｘ−Ｉｍｍｕｎｅｘ−Ａｍｇｅｎが開発中のＡＢＸ−ＥＧＦ（米国特許第６，２３５，８８３号）、現在Ｇｅｎｍａｂが開発中のＨｕＭａｘ−ＥＧＦｒ（米国特許第７，２４７，３０１号）、４２５、ＥＭＤ５５９００、ＥＭＤ６２０００、及びＥＭＤ７２０００（Ｍｅｒｃｋ ＫＧａＡ）（米国特許第５，５５８，８６４号；Ｍｕｒｔｈｙ他、（１９８７）、Ａｒｃｈ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． ２５２（２）：５４９−６０；Ｒｏｄｅｃｋ他、（１９８７） Ｊ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． ３５（４）：３１５−２０；Ｋｅｔｔｌｅｂｏｒｏｕｇｈ他、（１９９１） Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ． ４（７）：７７３−８３）、ＩＣＲ６２（Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）（ＰＣＴ特許公開ＷＯ９５／２００４５号；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ他、（１９９３） Ｊ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． ２２（１−３）：１２９−４６；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ他、（１９９３） Ｂｒ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ ６７（２）：２４７−５３；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ他、（１９９６） Ｂｒ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ ７３（２）：２２８−３５；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ他、（２００３） Ｉｎｔ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ １０５（２）：２７３−８０）、ＴｈｅｒａＣＩＭ ｈＲ３（ＹＭ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｃａｎａｄａ ａｎｄ Ｃｅｎｔｒｏ ｄｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉａ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ， Ｃｕｂａ（米国特許第５，８９１，９９６号、米国特許第６，５０６，８８３号、Ｍａｔｅｏ他、（１９９７） Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌ． ３（１）：７１−８１）、ｍＡｂ−８０６（Ｌｕｄｗｉｇ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、Ｍｅｍｏｒｉａｌ Ｓｌｏａｎ−Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ）（Ｊｕｎｇｂｌｕｔｈ他、（２００３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ． １００（２）：６３９−４４）、ＫＳＢ−１０２（ＫＳ Ｂｉｏｍｅｄｉｘ）、ＭＲ１−１（ＩＶＡＸ、米国癌研究所）（ＰＣＴ特許公開ＷＯ０１／６２９３１Ａ２号）、及びＳＣ１００（Ｓｃａｎｃｅｌｌ）（ＰＣＴ特許公開ＷＯ０１／８８１３８号）、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標）、Ｍｉｌｌｅｎｉｕｍ）、Ｂ細胞慢性リンパ性白血病の治療について現在承認されているヒト化ｍＡｂ、ムロモナブＣＤ３（Ｏｒｔｈｏｃｌｏｎｅ ＯＫＴ３（登録商標））、Ｏｒｔｈｏ Ｂｉｏｔｅｃｈ／Ｊｏｈｎｓｏｎ ＆ Ｊｏｈｎｓｏｎが開発した抗ＣＤ３抗体、イブリツモマブチウキセタン（Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標））、ＩＤＥＣ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧが開発した抗ＣＤ２０抗体、ゲムツズマブオゾガミシン（Ｍｙｌｏｔａｒｇ（登録商標））、Ｃｅｌｌｔｅｃｈ／Ｗｙｅｔｈが開発した抗ＣＤ３３（ｐ６７タンパク質）抗体、アレファセプト（Ａｍｅｖｉｖｅ（登録商標））、Ｂｉｏｇｅｎが開発した抗ＬＦＡ−３Ｆｃ融合）、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ／Ｌｉｌｌｙが開発したアブシキシマブ（ＲｅｏＰｒｏ（登録商標））、Ｎｏｖａｒｔｉｓが開発したバシリキシマブ（Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（登録商標））、Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅが開発したパリビズマブ（Ｓｙｎａｇｉｓ（登録商標））、Ｃｅｎｔｏｃｏｒが開発した抗ＴＮＦα抗体であるインフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））、Ａｂｂｏｔｔが開発した抗ＴＮＦα抗体であるアダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、Ｃｅｌｌｔｅｃｈが開発した抗ＴＮＦα抗体であるＨｕｍｉｃａｄｅ（登録商標）、Ｃｅｎｔｏｃｏｒが開発した全ヒトＴＮＦ抗体であるゴリムマブ（ＣＮＴＯ−１４８）、Ｉｍｍｕｎｅｘ／ Ａｍｇｅｎが開発したｐ７５ＴＮＦ受容体Ｆｃ融合であるエタナーセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、Ｒｏｃｈｅが以前に開発したｐ５５ＴＮＦ受容体Ｆｃ融合であるＩｅｎｅｒｃｅｐｔ、Ａｂｇｅｎｉｘが開発中の抗ＣＤ１４７抗体であるＡＢＸ−ＣＢＬ、Ａｂｇｅｎｉｘが開発中の抗ＩＬ８抗体であるＡＢＸ−ＩＬ８、Ａｂｇｅｎｉｘが開発中の抗ＭＵＣ１８抗体であるＡＢＸ−ＭＡ１、Ａｎｔｉｓｏｍａが開発中の抗ＭＵＣ１抗体であるペムツモマブ（（Ｒ１５４９、９０Ｙ−ｍｕＨＭＦＧｌ）、Ａｎｔｉｓｏｍａが開発中の抗ＭＵＣ１抗体であるセレクス（Ｒ１５５０）、Ａｎｔｉｓｏｍａが開発中のアンジオマブ（ＡＳ １４０５）、Ａｎｔｉｓｏｍａが開発中のＨｕＢＣ−１、Ａｎｔｉｓｏｍａが開発中のチオプラチン（ＡＳ １４０７）、Ｂｉｏｇｅｎが開発中のＡｎｔｅｇｒｅｎ（登録商標）（ナタリズマブ）、抗α−４−β−１（ＶＬＡ−４）及びα−４−β−７抗体、Ｂｉｏｇｅｎが開発中の抗ＶＬＡ−１インテグリン抗体であるＶＬＡ−１ｍＡｂ、Ｂｉｏｇｅｎが開発中の抗リンホトキシンβ受容体（ＬＴＢＲ）抗体であるＬＴＢＲｍＡｂ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙが開発中の抗ＴＧＦ−β抗体であるＣＡＴ−１５２、Ａｂｂｏｔｔが開発中の抗ＩＬ−１２ｐ４０抗体であるＡＢＴ ８７４ （Ｊ６９５）、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｇｅｎｚｙｍｅが開発中の抗ＴＧＦβ１抗体であるＣＡＴ−１９２、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙが開発中の抗Ｅｏｔａｘｉｎ１抗体であるＣＡＴ−２１３、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｃ．が開発中の抗Ｂｌｙｓ抗体であるＬｙｍｐｈｏＳｔａｔ−Ｂ（登録商標）、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｉｎｃ．が開発中の抗ＴＲＡＩＬ−Ｒ１抗体であるＴＲＡＩＬ−Ｒ１ ｍＡｂ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈが開発中の抗ＶＥＧＦ抗体であるＡｖａｓｔｉｎ（登録商標）ベバシズマブ（ｒｈｕＭＡｂ−ＶＥＧＦ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈが開発中の抗ＨＥＲ受容体ファミリ抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈが開発中の抗組織因子抗体であるＡｎｔｉ−Ｔｉｓｓｕｅ Ｆａｃｔｏｒ（ＡＴＦ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈが開発中の抗組織因子抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈが開発中の抗ＩｇＥ抗体であるＸｏｌａｉｒ（登録商標）（オマリズマブ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ ａｎｄ Ｘｏｍａが開発中の抗ＣＤ１１ａ抗体であるＲａｐｔｉｖａ（登録商標）（エファリズマブ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ ａｎｄ Ｍｉｌｌｅｎｉｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓが開発中のＭＬＮ−０２抗体（以前のＬＤＰ−０２）、Ｇｅｎｍａｂが開発中の抗ＣＤ４抗体であるＨｕＭａｘ ＣＤ４、Ｇｅｎｍａｂ ａｎｄ Ａｍｇｅｎが開発中の抗ＩＬ１５抗体であるＨｕＭａｘ−ＩＬ１５、Ｇｅｎｍａｂ ａｎｄ Ｍｅｄａｒｅｘが開発中のＨｕＭａｘ−Ｉｎｆｌａｍ、Ｇｅｎｍａｂ ａｎｄ Ｍｅｄａｒｅｘ ａｎｄ Ｏｘｆｏｒｄ ＧｃｏＳｃｉｅｎｃｅｓが開発中の抗ヘパラナーゼＩ抗体であるＨｕＭａｘ−Ｃａｎｃｅｒ、Ｇｅｎｍａｂ ａｎｄ Ａｍｇｅｎが開発中のＨｕＭａｘ−Ｌｙｍｐｈｏｍａ、Ｇｅｎｍａｂが開発中のＨｕＭａｘ−ＴＡＣ、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓが開発中の抗ＣＤ４０Ｌ抗体であるＩＤＥＣ−１３１、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓが開発中の抗ＣＤ４抗体であるＩＤＥＣ−１５１（クレノリキシマブ）、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓが開発中の抗ＣＤ８０抗体であるＩＤＥＣ−１１４、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓが開発中の抗ＣＤ２３であるＩＤＥＣ−１５２、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓが開発中の抗マクロファージ移動因子（ＭＩＦ）抗体、Ｉｍｃｌｏｎｅが開発中の抗イディオタイプ抗体であるＢＥＣ２、Ｉｍｃｌｏｎｅが開発中の抗ＫＤＲ抗体であるＩＭＣ−１Ｃ１１、Ｉｍｃｌｏｎｅが開発中の抗ｆｌｋ−１抗体であるＤＣ１０１、Ｉｍｃｌｏｎｅが開発中の抗ＶＥカドヘリン抗体、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓが開発中の抗癌胎児抗原（ＣＥＡ）抗体であるＣＥＡ−Ｃｉｄｅ（登録商標）（イアベツズマブ）、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓが開発中の抗ＣＤ２２抗体であるＬｙｍｐｈｏＣｉｄｅ（登録商標）（エプラツズマブ）、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓが開発中のＡＦＰ−Ｃｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓが開発中のＭｙｅｌｏｍａＣｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓが開発中のＬｋｏＣｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓが開発中のＰｒｏｓｔａＣｉｄｅ、Ｍｅｄａｒｅｘが開発中の抗ＣＴＬＡ４抗体であるＭＤＸ−０１０、Ｍｅｄａｒｅｘが開発中の抗ＣＤ３０抗体であるＭＤＸ−０６０、Ｍｅｄａｒｅｘが開発中のＭＤＸ−０７０、Ｍｅｄａｒｅｘが開発中のＭＤＸ−０１８、Ｍｅｄａｒｅｘ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏ−Ｄｅｓｉｇｎｅｄ Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓが開発中の抗Ｈｅｒ２抗体であるＯｓｉｄｅｍ（登録商標）（ＩＤＭ−１）、Ｍｅｄａｒｅｘ ａｎｄ Ｇｅｎｍａｂが開発中の抗ＣＤ４抗体であるＨｕＭａｘ（登録商標）−ＣＤ４、Ｍｅｄａｒｅｘ ａｎｄ Ｇｅｎｍａｂが開発中の抗ＩＬ１５抗体であるＨｕＭａｘ−ＩＬ１５、Ｍｅｄａｒｅｘ ａｎｄ Ｃｅｎｔｏｃｏｒ／Ｊ＆Ｊが開発中の抗ＴＮＦａ抗体であるＣＮＴＯ １４８、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ／Ｊ＆Ｊが開発中の抗サイトカイン抗体であるＣＮＴＯ １２７５、ＭｏｒｐｈｏＳｙｓが開発中の抗細胞間接着分子（ＩＣＡＭ−１）（ＣＤ５４）抗体であるＭＯＲ１０１及びＭＯＲ１０２、ＭｏｒｐｈｏＳｙｓが開発中の抗線維芽細胞成長因子受容体３（ＦＧＦＲ−３）抗体であるＭＯＲ２０１、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓが開発中の抗ＣＤ３抗体であるＮｕｖｉｏｎ（登録商標）（ビシリズマブ）、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓが開発中の抗癌マインタフェロン抗体であるＨｕＺＡＦ（登録商標）、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓが開発中の抗α５β１インテグリン、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓが開発中の抗ＩＬ−１２、Ｘｏｍａが開発中の抗Ｅｐ−ＣＡＭ抗体であるＩＮＧ−１、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ ａｎｄ Ｎｏｖａｒｔｉｓが開発したヒト化抗ＩｇＥ抗体であるＸｏｌａｉｒ（登録商標）（オマリズマブ）、及びＸｏｍａが開発中の抗β２インテグリン抗体であるＭＬＮ０１が含まれるが、これらに限定されない。別の実施形態では、治療にはＫＲＮ３３０（Ｋｉｒｉｎ）、ｈｕＡ３３抗体（Ａ３３、Ｌｕｄｗｉｇ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、ＣＮＴＯ９５（アルファＶインテグリン、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ）、ＭＥＤＩ−５２２（アルファＶβ３インテグリン、Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅ）ボロシキシマブ（アルファＶβ１インテグリン、Ｂｉｏｇｅｎ／ＰＤＬ）、ヒトｍＡｂ２１６（Ｂ細胞グリコシル化エピトープ、ＮＣＩ）、ＢｉＴＥ ＭＴ１０３（二重特異性ＣＤ１９×ＣＤ３、Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅ）、４

Ｇ７ｘＨ２２（二重特異性Ｂ細胞×ＦＣガンマＲ１、Ｍｅｄａｒｅｘ／Ｍｅｒｃｋ ＫＧａ）、ｒＭ２８（二重特異性ＣＤ２８×ＭＡＰＧ、ＥＰ特許第ＥＰ１４４４２６８号）、ＭＤＸ４４７（ＥＭＤ ８２６３３）（二重特異性ＣＤ６４×ＥＧＦＲ、Ｍｅｄａｒｅｘ）、Ｃａｔｕｍａｘｏｍａｂ（レモバブ）（二重特異性ＥｐＣＡＭ×抗ＣＤ３、Ｔｒｉｏｎ／Ｆｒｅｓ）、Ｅｒｔｕｍａｘｏｍａｂ（二重特異性ＨＥＲ２／ＣＤ３、Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、オレゴボマブ（ＯｖａＲｅｘ）（ＣＡ−１２５、ＶｉＲｅｘｘ）、Ｒｅｎｃａｒｅｘ（登録商標）（ＷＸ Ｇ２５０）（炭酸脱水酵素ＩＸ、Ｗｉｌｅｘ）、ＣＮＴＯ ８８８（ＣＣＬ２、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ）、ＴＲＣ１０５（ＣＤ１０５（エンドグリン）、Ｔｒａｃｏｎ）、ＢＭＳ−６６３５１３（ＣＤ１３７アゴニスト、Ｂｒｙｓｔｏｌ Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＭＤＸ−１３４２（ＣＤ１９、Ｍｅｄａｒｅｘ）、シプリズマブ（ＭＥＤＩ−５０７）（ＣＤ２、Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅ）、オファツムマブ（Ｈｕｍａｘ−ＣＤ２０）（ＣＤ２０、ゲンマブ）、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ）（ＣＤ２０、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ベルツズマブ（ｈＡ２０）（ＣＤ２０、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、エプラツズマブ（ＣＤ２２、Ａｍｇｅｎ）、ルミリキシマブ（ＩＤＥＣ １５２）（ＣＤ２３、Ｂｉｏｇｅｎ）ムロモナブ−ＣＤ３（ＣＤ３、Ｏｒｔｈｏ）、ＨｕＭ２９１（ＣＤ３ｆｃ受容体、ＰＤＬ Ｂｉｏｐｈａｒｍａ）、ＨｅＦｉ−１、ＣＤ３０、ＮＣ１）、ＭＤＸ−０６０（ＣＤ３０、Ｍｅｄａｒｅｘ）、ＭＤＸ−１４０１（ＣＤ３０、Ｍｅｄａｒｅｘ）、ＳＧＮ−３０（ＣＤ３０、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｎｔｉｃｓ）、ＳＧＮ−３３ （リンツズマブ）（ＣＤ３３、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｎｔｉｃｓ）ザノリムマブ（ＨｕＭａｘ−ＣＤ４）（ＣＤ４、Ｇｅｎｍａｂ）、ＨＣＤ１２２（ＣＤ４０、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＳＧＮ−４０（ＣＤ４０、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｎｔｉｃｓ）、Ｃａｍｐａｔｈ１ｈ（アレムツズマブ）（ＣＤ５２、Ｇｅｎｚｙｍｅ）、ＭＤＸ−１４１１（ＣＤ７０、Ｍｅｄａｒｅｘ）ｈＬＬ１（ＥＰＢ−１）（ＣＤ７４．３８、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ガリキシマブ（ＩＤＥＣ−１４４）（ＣＤ８０、Ｂｉｏｇｅｎ）、ＭＴ２９３（ＴＲＣ０９３／Ｄ９３）（分割コラーゲン、Ｔｒａｃｏｎ）、ＨｕＬｕｃ６３（ＣＳ１、ＰＤＬ Ｐｈａｒｍａ）、イピリムマブ（ＭＤＸ−０１０）（ＣＴＬＡ４、Ｂｒｙｓｔｏｌ Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、トレメリムマブ（トリシリムマブ、ＣＰ−６７５，２）（ＣＴＬＡ４、Ｐｆｉｚｅｒ）、ＨＧＳ−ＥＴＲ１（マパツムマブ）（ＤＲ４ＴＲＡＩＬ−Ｒ１アゴニスト、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ／Ｇｌａｘｏ Ｓｍｉｔｈ Ｋｌｉｎｅ）、ＡＭＧ−６５５（ＤＲ５、Ａｍｇｅｎ）、アポマブ（ＤＲ５、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＣＳ−１００８（ＤＲ５、Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ＨＧＳ−ＥＴＲ２（レキサツムマブ）（ＤＲ５ＴＲＡＩＬ−Ｒ２アゴニスト、ＨＧＳ）、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ）（ＥＧＦＲ、Ｉｍｃｌｏｎｅ）、ＩＭＣ−１１Ｆ８、（ＥＧＦＲ、Ｉｍｃｌｏｎｅ）、ニモツズマブ（ＥＧＦＲ、ＹＭ Ｂｉｏ）パニツムマブ（Ｖｅｃｔａｂｉｘ）（ＥＧＦＲ、Ａｍｇｅｎ）、ザルツムマブ（ＨｕＭａｘＥＧＦｒ）（ＥＧＦＲ、Ｇｅｎｍａｂ）、ＣＤＸ−１１０（ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＡＶＡＮＴ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）アデカツムマブ（ＭＴ２０１）（Ｅｐｃａｍ、Ｍｅｒｃｋ）エドレコロマブ（Ｐａｎｏｒｅｘ、１７−１Ａ）（Ｅｐｃａｍ、Ｇｌａｘｏ／Ｃｅｎｔｏｃｏｒ）、ＭＯＲＡｂ−００３葉酸受容体ａ、Ｍｏｒｐｈｏｔｅｃｈ）、ＫＷ−２８７１（ガングリオシドＧＤ３、Ｋｙｏｗａ）、ＭＯＲＡｂ−００９（ＧＰ−９、Ｍｏｒｐｈｏｔｅｃｈ）、ＣＤＸ−１３０７（ＭＤＸ−１３０７）（ｈＣＧｂ、Ｃｅｌｌｄｅｘ）、トラツズマブ（ハーセプチン）（ＨＥＲ２、Ｃｅｌｌｄｅｘ）パーツズマブ（ｒｈｕＭＡｂ ２Ｃ４）（ＨＥＲ２（ＤＩ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、アポリズマブ（ＨＬＡ−ＤＲβ鎖、ＰＤＬ Ｐｈａｒｍａ）、ＡＭＧ−４７９（ＩＧＦ−１Ｒ、Ａｍｇｅｎ）、抗ＩＧＦ−１Ｒ Ｒ１５０７（ＩＧＦ１−Ｒ、Ｒｏｃｈｅ）、ＣＰ ７５１８７１（ＩＧＦ１−Ｒ、Ｐｆｉｚｅｒ）、ＩＭＣ−Ａ１２（ＩＧＦ１−Ｒ、Ｉｍｃｌｏｎｅ）、ＢＩＩＢ０２２（ＩＧＦ−ＩＲ、Ｂｉｏｇｅｎ）、Ｍｉｋ−β−１（ＩＬ−２Ｒｂ（ＣＤ１２２）、Ｈｏｆｆｍａｎ ＬａＲｏｃｈｅ）、ＣＮＴＯ ３２８（ＩＬ６、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ）、抗ＫＩＲ（１−７Ｆ９）（キラー細胞Ｉｇ様受容体（ＫＩＲ）、Ｎｏｖｏ）、Ｈｕ３Ｓ１９３（Ｌｅｗｉｓ（ｙ）、Ｗｙｅｔｈ、Ｌｕｄｗｉｇ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、ｈＣＢＥ−１１（ＬＴβＲ、Ｂｉｏｇｅｎ）、ＨｕＨＭＦＧ１（ＭＵＣ１、Ａｎｔｉｓｏｍａ／ＮＣｌ）、ＲＡＶ１２（Ｎ結合炭水化物エピトープ、Ｒａｖｅｎ）、ＣＡＬ（副甲状腺ホルモン関連タンパク質（ＰＴＨ−ｒＰ）、カリフォルニア大学）、ＣＴ−０１１（ＰＤ１、ＣｕｒｅＴｅｃｈ）、ＭＤＸ−１１０６（オノ−４５３８）（ＰＤ１、Ｍｅｄａｒｅｘ／Ｏｎｏ）、ＭＡｂ ＣＴ−０１１（ＰＤ１、Ｃｕｒｅｔｅｃｈ）、ＩＭＣ−３Ｇ３（ＰＤＧＦＲａ、Ｉｍｃｌｏｎｅ）、バビツキシマブ’ホスファチジルセリン、Ｐｅｒｅｇｒｉｎｅ）、ｈｕＪ５９１（ＰＳＭＡ、Ｃｏｒｎｅｌｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ）、ｍｕＪ５９１（ＰＳＭＡ、Ｃｏｒｎｅｌｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ）、ＧＣ１００８（ＴＧＦｂ （パン）阻害物質（ＩｇＧ４）、Ｇｅｎｚｙｍｅ）、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ）（ＴＮＦａ、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ）、Ａ２７．１５（トランスフェリン受容体、Ｓａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、ＩＮＳＥＲＮ ＷＯ２００５／１１１０８２）、Ｅ２．３（トランスフェリン受容体、Ｓａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）、ベバシズマブ（アバスチン）（ＶＥＧＦ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＨｕＭＶ８３３（ＶＥＧＦ、Ｔｓｕｋｕｂａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂ、ＰＣＴ特許公開ＷＯ／２０００／０３４３３７号、テキサス大学）、ＩＭＣ−１８Ｆ１（ＶＥＧＦＲ１、Ｉｍｃｌｏｎｅ）ＩＭＣ−１１２１（ＶＥＧＦＲ２、Ｉｍｃｌｏｎｅ）が含まれる。
[00115] 特定の実施形態では、本明細書で提供されるポリペプチドは部位特異的位置に１つの修飾アミノ酸を含む。特定の実施形態では、本明細書で提供されるポリペプチドは部位特異的位置に２つの修飾アミノ酸を含む。特定の実施形態では、本明細書で提供されるポリペプチドは、部位特異的位置に３つの修飾アミノ酸を含む。特定の実施形態では、本明細書で提供されるポリペプチドは部位特異的位置に３つより多い修飾アミノ酸を含む。
抗体
[00116] 特定の実施形態では、本明細書では、本明細書に記載するような１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む１つ又は複数のポリペプチドを含む抗体が提供される。特定の実施形態では、抗体は２つの同一の軽（Ｌ）鎖及び２つの同一の重（Ｈ）鎖を有するヘテロ四量体である。各軽鎖は、１つの共有ジスルフィド結合によって重鎖に結合することができる。各重鎖は、１つ又は複数の共有ジスルフィド結合によって他の重鎖に結合することができる。各重鎖及び各軽鎖は、１つ又は複数の鎖内ジスルフィド結合も有することができる。当業者に知られているように、各重鎖は通常、可変ドメイン（ＶＨ）の後に幾つかの定常ドメインがある。各軽鎖は通常、一方端の可変ドメイン（ＶＬ）及び定常ドメインを有する。当業者に知られているように、抗体は通常、その標的分子、すなわち、抗原に対して選択的親和性を有する。
[00117] 本明細書で提供される抗体は、当業者に知られている任意のポリペプチド形態を有することができる。これは完全長又はフラグメントとすることができる。例示的完全長抗体にはＩｇＡ、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭなどが含まれる。例示的フラグメントにはＦｖ、Ｆａｂ、Ｆｃ、ｓＦｖなどが含まれる。
[00118] １つ又は複数の修飾アミノ酸は、抗体の少なくとも１つのポリペプチド鎖の選択された部位特異的位置に配置することができる。ポリペプチド鎖は、制限なく、抗体の任意のポリペプチド鎖でよく、軽鎖又は重鎖のいずれかが含まれる。部位特異的位置は、任意の可変ドメイン及び任意の定常ドメインを含め、抗体の任意のドメインにあってよい。
[00119] 部位特異的な置換位置は、当業者に知られている任意のポリペプチド命名体系で記述することができる。ポリペプチドが抗体である実施形態では、番号付け方式はＫａｂａｔ番号付け方式でよく、部位特異的位置は重鎖残基Ｈ００５、Ｈ０２３、Ｈ０４２、Ｈ０６５、Ｈ０７４、Ｈ０８４、Ｈ１１８、Ｈ１１９、Ｈ１３２、Ｈ１３４、Ｈ１３５、Ｈ１３６、Ｈ１３７、Ｈ１３８、Ｈ１３９、Ｈ１５５、Ｈ１６０、Ｈ１６２、Ｈ１６５、Ｈ１７２、Ｈ１７４、Ｈ１７６、Ｈ１７７、Ｈ１９１、Ｈ１９４、Ｈ２１９、Ｈ２３８、Ｈ２３９、Ｈ２４１、Ｈ２４３、Ｈ２４６、Ｈ２６２、Ｈ２６４、Ｈ２６５、Ｈ２６７、Ｈ２６８、Ｈ２６９、Ｈ２７０、Ｈ２７１、Ｈ２７２、Ｈ２７４、Ｈ２７５、Ｈ２７８、Ｈ２８０、Ｈ２８１、Ｈ２８２、Ｈ２８３、Ｈ２８６、Ｈ２８９、Ｈ２９２、Ｈ２９３、Ｈ２９４、Ｈ２９５、Ｈ２９６、Ｈ２９７、Ｈ２９８、Ｈ２９９、Ｈ３００、Ｈ３０１、Ｈ３０３、Ｈ３０５、Ｈ３１７、Ｈ３２０、Ｈ３２４、Ｈ３２６、Ｈ３２７、Ｈ３２９、Ｈ３３０、Ｈ３３２、Ｈ３３３、Ｈ３３４、Ｈ３３５、Ｈ３３７、Ｈ３３９、Ｈ３４０、Ｈ３４４、Ｈ３５５、Ｈ３５６、Ｈ３５８、Ｈ３５９、Ｈ３６０、Ｈ３７５、Ｈ３８３、Ｈ３８４、Ｈ３８６、Ｈ３８９、Ｈ３９２、Ｈ３９８、Ｈ４２０、Ｈ４２１、Ｈ４３６、及びＨ４３８にある。詳細には、本明細書ではＫａｂａｔ残基Ｈ００５、Ｈ０２３、Ｈ０４２、Ｈ０６５、Ｈ０７４、Ｈ０８４、Ｈ１１８、Ｈ１１９、Ｈ１３２、Ｈ１３４、Ｈ１３５、Ｈ１３６、Ｈ１３７、Ｈ１３８、Ｈ１３９、Ｈ１５５、Ｈ１６０、Ｈ１６２、Ｈ１６５、Ｈ１７２、Ｈ１７４、Ｈ１７６、Ｈ１７７、Ｈ１９１、Ｈ１９４、Ｈ２１９、Ｈ２３８、Ｈ２３９、Ｈ２４１、Ｈ２４３、Ｈ２４６、Ｈ２６２、Ｈ２６４、Ｈ２６５、Ｈ２６７、Ｈ２６８、Ｈ２６９、Ｈ２７０、Ｈ２７１、Ｈ２７２、Ｈ２７４、Ｈ２７５、Ｈ２７８、Ｈ２８０、Ｈ２８１、Ｈ２８２、Ｈ２８３、Ｈ２８６、Ｈ２８９、Ｈ２９２、Ｈ２９３、Ｈ２９４、Ｈ２９５、Ｈ２９６、Ｈ２９７、Ｈ２９８、Ｈ２９９、Ｈ３００、Ｈ３０１、Ｈ３０３、Ｈ３０５、Ｈ３１７、Ｈ３２０、Ｈ３２４、Ｈ３２６、Ｈ３２７、Ｈ３２９、Ｈ３３０、Ｈ３３２、Ｈ３３３、Ｈ３３４、Ｈ３３５、Ｈ３３７、Ｈ３３９、Ｈ３４０、Ｈ３４４、Ｈ３５５、Ｈ３５６、Ｈ３５８、Ｈ３５９、Ｈ３６０、Ｈ３７５、Ｈ３８３、Ｈ３８４、Ｈ３８６、Ｈ３８９、Ｈ３９２、Ｈ３９８、Ｈ４２０、Ｈ４２１、Ｈ４３６、及びＨ４３８から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00120] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ残基Ｈ００５、Ｈ０２３、Ｈ０７４、Ｈ０８４、Ｈ１１８、Ｈ１１９、Ｈ１３２、Ｈ１３４、Ｈ１３５、Ｈ１３６、Ｈ１３７、Ｈ１３９、Ｈ１６０、Ｈ１６２、Ｈ１６５、Ｈ１７２、Ｈ１９１、Ｈ１９４、Ｈ２３９、Ｈ２４１、Ｈ２４６、Ｈ２６７、Ｈ２６８、Ｈ２６９、Ｈ２７０、Ｈ２７１、Ｈ２７２、Ｈ２７４、Ｈ２７５、Ｈ２８０、Ｈ２８１、Ｈ２８２、Ｈ２８３、Ｈ２８６、Ｈ２８９、Ｈ２９２、Ｈ２９３、Ｈ２９４、Ｈ２９５、Ｈ２９６、Ｈ２９７、Ｈ２９８、Ｈ２９９、Ｈ３００、Ｈ３０１、Ｈ３０３、Ｈ３０５、Ｈ３１７、Ｈ３２０、Ｈ３２４、Ｈ３２６、Ｈ３２７、Ｈ３２９、Ｈ３３０、Ｈ３３２、Ｈ３３３、Ｈ３３４、Ｈ３３５、Ｈ３３７、Ｈ３３９、Ｈ３４０、Ｈ３４４、Ｈ３５５、Ｈ３５９、Ｈ３７５、Ｈ３８６、Ｈ３８９、Ｈ３９２、Ｈ３９８、Ｈ４２０、Ｈ４２１、及びＨ４３８から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00121] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ残基Ｈ００５、Ｈ０８４、Ｈ１１８、Ｈ１３２、Ｈ１３６、Ｈ２３９、Ｈ２９３、Ｈ３３４、Ｈ３５５、Ｈ３５９、及びＨ３８９から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00122] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ残基Ｈ０２３、Ｈ０７４、Ｈ１１９、Ｈ１３４、Ｈ１３５、Ｈ１３７、Ｈ１３９、Ｈ１６０、Ｈ１６２、Ｈ１６５、Ｈ１７２、Ｈ１９１、Ｈ１９４、Ｈ２４１、Ｈ２４６、Ｈ２６７、Ｈ２６８、Ｈ２６９、Ｈ２７０、Ｈ２７１、Ｈ２７２、Ｈ２７４、Ｈ２７５、Ｈ２８０、Ｈ２８１、Ｈ２８２、Ｈ２８３、Ｈ２８６、Ｈ２８９、Ｈ２９２、Ｈ２９４、Ｈ２９５、Ｈ２９６、Ｈ２９７、Ｈ２９８、Ｈ２９９、Ｈ３００、Ｈ３０１、Ｈ３０３、Ｈ３０５、Ｈ３１７、Ｈ３２０、Ｈ３２４、Ｈ３２６、Ｈ３２７、Ｈ３２９、Ｈ３３０、Ｈ３３２、Ｈ３３３、Ｈ３３５、Ｈ３３７、Ｈ３３９、Ｈ３４４、Ｈ３５５、Ｈ３７５、Ｈ３８６、Ｈ３９２、Ｈ３９８、Ｈ４２０、Ｈ４２１、Ｈ３４０及びＨ４３８から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数のアミノ酸を含む抗体が提供される。
[00123] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ残基Ｈ０４２、Ｈ０６５、Ｈ１３８、Ｈ１５５、Ｈ１７４、Ｈ１７６、Ｈ１７７、Ｈ２１９、Ｈ２３８、Ｈ２４３、Ｈ２６２、Ｈ２６４、Ｈ２６５、Ｈ２７８、Ｈ３５６、Ｈ３５８、Ｈ３６０、Ｈ３８３、Ｈ３８４及びＨ４３６から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00124] 特定の実施形態では、本明細書ではＨ２９２〜Ｈ３０１、Ｈ３０３、及びＨ３０５に対応するＫａｂａｔ残基から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00125] Ｃｈｏｔｈｉａの抗体番号付け方式では、これらの位置は重鎖残基Ｈ００５、Ｈ０２３、Ｈ０４２、Ｈ０６５、Ｈ０７４、Ｈ０８４、Ｈ１１８、Ｈ１１９、Ｈ１３２、Ｈ１３４、Ｈ１３５、Ｈ１３６、Ｈ１３７、Ｈ１３８、Ｈ１３９、Ｈ１５５、Ｈ１６０、Ｈ１６２、Ｈ１６５、Ｈ１７２、Ｈ１７４、Ｈ１７６、Ｈ１７７、Ｈ１９１、Ｈ１９４、Ｈ２１９、Ｈ２３８、Ｈ２３９、Ｈ２４１、Ｈ２４３、Ｈ２４６、Ｈ２６２、Ｈ２６４、Ｈ２６５、Ｈ２６７、Ｈ２６８、Ｈ２６９、Ｈ２７０、Ｈ２７１、Ｈ２７２、Ｈ２７４、Ｈ２７５、Ｈ２７８、Ｈ２８０、Ｈ２８１、Ｈ２８２、Ｈ２８３、Ｈ２８６、Ｈ２８９、Ｈ２９２、Ｈ２９３、Ｈ２９４、Ｈ２９５、Ｈ２９６、Ｈ２９７、Ｈ２９８、Ｈ２９９、Ｈ３００、Ｈ３０１、Ｈ３０３、Ｈ３０５、Ｈ３１７、Ｈ３２０、Ｈ３２４、Ｈ３２６、Ｈ３２７、Ｈ３２９、Ｈ３３０、Ｈ３３２、Ｈ３３３、Ｈ３３４、Ｈ３３５、Ｈ３３７、Ｈ３３９、Ｈ３４０、Ｈ３４４、Ｈ３５５、Ｈ３５６、Ｈ３５８、Ｈ３５９、Ｈ３６０、Ｈ３７５、Ｈ３８３、Ｈ３８４、Ｈ３８６、Ｈ３８９、Ｈ３９２、Ｈ３９８、Ｈ４２０、Ｈ４２１、Ｈ４３６、及びＨ４３８にある。詳細には、本明細書ではＣｈｏｔｈｉａ残基Ｈ００５、Ｈ０２３、Ｈ０４２、Ｈ０６５、Ｈ０７４、Ｈ０８４、Ｈ１１８、Ｈ１１９、Ｈ１３２、Ｈ１３４、Ｈ１３５、Ｈ１３６、Ｈ１３７、Ｈ１３８、Ｈ１３９、Ｈ１５５、Ｈ１６０、Ｈ１６２、Ｈ１６５、Ｈ１７２、Ｈ１７４、Ｈ１７６、Ｈ１７７、Ｈ１９１、Ｈ１９４、Ｈ２１９、Ｈ２３８、Ｈ２３９、Ｈ２４１、Ｈ２４３、Ｈ２４６、Ｈ２６２、Ｈ２６４、Ｈ２６５、Ｈ２６７、Ｈ２６８、Ｈ２６９、Ｈ２７０、Ｈ２７１、Ｈ２７２、Ｈ２７４、Ｈ２７５、Ｈ２７８、Ｈ２８０、Ｈ２８１、Ｈ２８２、Ｈ２８３、Ｈ２８６、Ｈ２８９、Ｈ２９２、Ｈ２９３、Ｈ２９４、Ｈ２９５、Ｈ２９６、Ｈ２９７、Ｈ２９８、Ｈ２９９、Ｈ３００、Ｈ３０１、Ｈ３０３、Ｈ３０５、Ｈ３１７、Ｈ３２０、Ｈ３２４、Ｈ３２６、Ｈ３２７、Ｈ３２９、Ｈ３３０、Ｈ３３２、Ｈ３３３、Ｈ３３４、Ｈ３３５、Ｈ３３７、Ｈ３３９、Ｈ３４０、Ｈ３４４、Ｈ３５５、Ｈ３５６、Ｈ３５８、Ｈ３５９、Ｈ３６０、Ｈ３７５、Ｈ３８３、Ｈ３８４、Ｈ３８６、Ｈ３８９、Ｈ３９２、Ｈ３９８、Ｈ４２０、Ｈ４２１、Ｈ４３６、及びＨ４３８から選択される１つ又は複数の位置の１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00126] 特定の実施形態では、本明細書ではＣｈｏｔｈｉａ残基Ｈ００５、Ｈ０２３、Ｈ０７４、Ｈ０８４、Ｈ１１８、Ｈ１１９、Ｈ１３２、Ｈ１３４、Ｈ１３５、Ｈ１３６、Ｈ１３７、Ｈ１３９、Ｈ１６０、Ｈ１６２、Ｈ１６５、Ｈ１７２、Ｈ１９１、Ｈ１９４、Ｈ２３９、Ｈ２４１、Ｈ２４６、Ｈ２６７、Ｈ２６８、Ｈ２６９、Ｈ２７０、Ｈ２７１、Ｈ２７２、Ｈ２７４、Ｈ２７５、Ｈ２８０、Ｈ２８１、Ｈ２８２、Ｈ２８３、Ｈ２８６、Ｈ２８９、Ｈ２９２、Ｈ２９３、Ｈ２９４、Ｈ２９５、Ｈ２９６、Ｈ２９７、Ｈ２９８、Ｈ２９９、Ｈ３００、Ｈ３０１、Ｈ３０３、Ｈ３０５、Ｈ３１７、Ｈ３２０、Ｈ３２４、Ｈ３２６、Ｈ３２７、Ｈ３２９、Ｈ３３０、Ｈ３３２、Ｈ３３３、Ｈ３３４、Ｈ３３５、Ｈ３３７、Ｈ３３９、Ｈ３４０、Ｈ３４４、Ｈ３５５、Ｈ３５９、Ｈ３７５、Ｈ３８６、Ｈ３８９、Ｈ３９２、Ｈ３９８、Ｈ４２０、Ｈ４２１、及びＨ４３８から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00127] 特定の実施形態では、本明細書ではＣｈｏｔｈｉａ残基Ｈ００５、Ｈ０８４、Ｈ１１８、Ｈ１３２、Ｈ１３６、Ｈ２３９、Ｈ２９３、Ｈ３３４、Ｈ３５５、Ｈ３５９、及びＨ３８９から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00128] 特定の実施形態では、本明細書ではＣｈｏｔｈｉａ残基Ｈ２９２〜Ｈ３０１、Ｈ３０３、及びＨ３０５から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00129] 特定の実施形態では、本明細書ではＣｈｏｔｈｉａ残基Ｈ０２３、Ｈ０７４、Ｈ１１９、Ｈ１３４、Ｈ１３５、Ｈ１３７、Ｈ１３９、Ｈ１６０、Ｈ１６２、Ｈ１６５、Ｈ１７２、Ｈ１９１、Ｈ１９４、Ｈ２４１、Ｈ２４６、Ｈ２６７、Ｈ２６８、Ｈ２６９、Ｈ２７０、Ｈ２７１、Ｈ２７２、Ｈ２７４、Ｈ２７５、Ｈ２８０、Ｈ２８１、Ｈ２８２、Ｈ２８３、Ｈ２８６、Ｈ２８９、Ｈ２９２、Ｈ２９４、Ｈ２９５、Ｈ２９６、Ｈ２９７、Ｈ２９８、Ｈ２９９、Ｈ３００、Ｈ３０１、Ｈ３０３、Ｈ３０５、Ｈ３１７、Ｈ３２０、Ｈ３２４、Ｈ３２６、Ｈ３２７、Ｈ３２９、Ｈ３３０、Ｈ３３２、Ｈ３３３、Ｈ３３５、Ｈ３３７、Ｈ３３９、Ｈ３４４、Ｈ３５５、Ｈ３７５、Ｈ３８６、Ｈ３９２、Ｈ３９８、Ｈ４２０、Ｈ４２１、Ｈ３４０、及びＨ４３８から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00130] 特定の実施形態では、本明細書ではＣｈｏｔｈｉａ残基Ｈ０４２、Ｈ０６５、Ｈ１３８、Ｈ１５５、Ｈ１７４、Ｈ１７６、Ｈ１７７、Ｈ２１９、Ｈ２３８、Ｈ２４３、Ｈ２６２、Ｈ２６４、Ｈ２６５、Ｈ２７８、Ｈ３５６、Ｈ３５８、Ｈ３６０、Ｈ３８３、Ｈ３８４、及びＨ４３６から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00131] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基Ｌ２２、Ｌ７及びＬ１５２から選択される１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00132] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基Ｌ０４３、Ｌ０４９、Ｌ０５６、Ｌ０５７、Ｌ０６０、Ｌ０６７、Ｌ０６８、Ｌ１０９、Ｌ１１２、Ｌ１１４、Ｌ１４４、Ｌ１５３、Ｌ１５６、Ｌ１５７、Ｌ１６８、Ｌ１８４、Ｌ２０２、Ｌ２０３及びＬ２０６から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基Ｌ０４３、Ｌ０４９、Ｌ０５６、Ｌ０５７、Ｌ０６０、Ｌ０６７、Ｌ０６８、Ｌ１０９、Ｌ１１２、Ｌ１１４、Ｌ１４４、Ｌ１５３、Ｌ１５６、Ｌ１６８、Ｌ１８４、Ｌ２０２及びＬ２０３から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基Ｌ０４３、Ｌ０４９、Ｌ０５６、Ｌ０５７、Ｌ０６０、Ｌ０６７、Ｌ０６８、Ｌ１０９、Ｌ１４４、Ｌ１５３、Ｌ１５６、Ｌ１８４、Ｌ２０２及びＬ２０３から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基Ｌ０４９、Ｌ０５６、Ｌ０５７、Ｌ０６０、Ｌ０６７、Ｌ１０９、Ｌ１５３、Ｌ２０２及びＬ２０３から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00133] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基（−）Ｌ００１、Ｌ００３、Ｌ００５、Ｌ００７、Ｌ００８、Ｌ００９、Ｌ０１０、Ｌ０１６、Ｌ０１７、Ｌ０１８、Ｌ０２０、Ｌ０２２、Ｌ０２６、Ｌ０２７、Ｌ０４５、Ｌ０５８、Ｌ０６３、Ｌ０６５、Ｌ０６６、Ｌ０７０、Ｌ０７７、Ｌ０７９、Ｌ１０７、Ｌ１３８、Ｌ１４２、Ｌ１４３、Ｌ１５２、Ｌ１７１、Ｌ１８２、Ｌ１８８、Ｌ１９９及びＬ２０１から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基−１、Ｌ００３、Ｌ００５、Ｌ００７、Ｌ００８、Ｌ００９、Ｌ０１０、Ｌ０１６、Ｌ０１７、Ｌ０１８、Ｌ０２０、Ｌ０２２、Ｌ０２６、Ｌ０２７、Ｌ０４５、Ｌ０５８、Ｌ０６３、Ｌ０６５、Ｌ０６６、Ｌ０７０、Ｌ０７７、Ｌ０７９、Ｌ１０７、Ｌ１４２、Ｌ１４３、Ｌ１５２、Ｌ１７１、Ｌ１８２、Ｌ１８８、Ｌ１９９及びＬ２０１から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基（−）Ｌ００１、Ｌ００３、Ｌ００５、Ｌ００７、Ｌ００８、Ｌ００９、Ｌ０１６、Ｌ０１７、Ｌ０１８、Ｌ０２０、Ｌ０２２、Ｌ０２６、Ｌ０２７、Ｌ０４５、Ｌ０５８、Ｌ０６３、Ｌ０６５、Ｌ０６６、Ｌ０７０、Ｌ０７７、Ｌ０７９、Ｌ１０７、Ｌ１４２、Ｌ１５２、Ｌ１７１、Ｌ１８２、Ｌ１８８及びＬ１９９から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基−１、Ｌ００５、Ｌ００７、Ｌ００８、Ｌ０１６、Ｌ０１７、Ｌ０１８、Ｌ０２０、Ｌ０２２、Ｌ０２７、Ｌ０４５、Ｌ０５８、Ｌ０６３、Ｌ０７７、Ｌ０７９、Ｌ１０７、Ｌ１４２、Ｌ１５２、Ｌ１８２、Ｌ１８８及びＬ１９９から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基（−）Ｌ００１、Ｌ０１６、Ｌ０６３及びＬ１９９から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00134] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基（−）Ｌ００１、Ｌ００７、Ｌ００８、Ｌ０１６、Ｌ０２２、Ｌ０６３、Ｌ０１４、Ｌ０７０、Ｌ１３８、Ｌ１４２、Ｌ１４３及びＬ１５２から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00135] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基（−）Ｌ００１、Ｌ００７、Ｌ００８、Ｌ０１６、Ｌ０２２、Ｌ０６３、Ｌ０７０、Ｌ１３８、Ｌ１４２、Ｌ１４３、Ｌ１５２及びＬ２０１から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00136] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの２２、７及び１５２に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00137] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの１、３、５、７、８、９、１０、１６、１７、１８、２０、２２、２６、２７、４５、５８、６３、６５、６６、７０、７７、７９、１０７、１３８、１４２、１４３、１５２、１７１、１８２、１８８、１９９及び２０１に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00138] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの１、３、５、７、８、９、１６、１７、１８、２０、２２、２６、２７、４５、５８、６３、６５、６６、７０、７７、７９、１０７、１４２、１４３、１５２、１７１、１８２、１８８、１９９及び２０１に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00139] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの−１、３、５、７、８、９、１６、１７、１８、２０、２２、２６、２７、４５、５８、６３、６５、６６、７０、７７、７９、１０７、１４２、１５２、１７１、１８２、１８８及び１９９に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00140] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの１、５、７、８、１６、１７、１８、２０、２２、２７、４５、５８、６３、７７、７９、１０７、１４２、１５２、１８２、１８８及び１９９に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00141] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの−１、１６、６３及び１９９に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00142] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの−１、７、８、１６、２２、６３、１４、７０、１３８、１４２、１４３及び１５２に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00143] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの−１、７、８、１６、２２、６３、７０、１３８、１４２、１４３、１５２及び２０１に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00144] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの４３、４９、５６、５７、６０、６７、６８、１０９、１１２、１１４、１４４、１５３、１５６、１５７、１６８、１８４、２０２、２０３及び２０６に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00145] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの４３、４９、５６、５７、６０、６７、６８、１０９、１１２、１４４、１５３、１５６、１６８、１８４、２０２及び２０３に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00146] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの４３、４９、５６、５７、６０、６７、６８、１０９、１４４、１５３、１５６、１８４、２０２及び２０３に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00147] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの４９、５６、５７、６０、６７、１０９、１５３、２０２及び２０３に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00148] すなわち、本明細書では配列ＩＤ番号１による代表的重鎖ポリペプチドの４０７、１２４、１８３、１３９、２５、４０、１１９、１９３、２２５、１９、５２、７１、１１７又は２２４に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置、及び配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの２２、７及び１５２に対応する位置から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00149] 部位特異的位置は、基準抗体のポリペプチド鎖のアミノ酸配列に対して識別することもできる。例えば、基準重鎖のアミノ酸配列は、配列ＩＤ番号１にて提供される。基準重鎖にて、部位特異的位置は残基５、２３、４２、６６、７５、８８、１２１、１２２、１３５、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１５８、１６３、１６５、１６８、１７５、１７７、１７９、１８０、１９４、１９７、２２２、２４１、２４２、２４４、２４６、２４９、２６５、２６７、２６８、２７０、２７１、２７２、２７３、２７４、２７５、２７７、２７８、２８１、２８３、２８４、２８５、２８６、２８９、２９２、２９５、２９６、２９７、２９８、２９９、３００、３０１、３０２、３０３、３０４、３０６、３０８、３２０、３２３、３２７、３２９、３３０、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３８、３４０、３４２、３４３、３４７、３５８、３５９、３６１、３６２、３６３、３７８、３８６、３８７、３８９、３９２、３９５、４０１、４２３、４２４、４３９及び４４１にある。詳細には、本明細書では配列ＩＤ番号１による代表的重鎖の５、２３、４２、６６、７５、８８、１２１、１２２、１３５、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１５８、１６３、１６５、１６８、１７５、１７７、１７９、１８０、１９４、１９７、２２２、２４１、２４２、２４４、２４６、２４９、２６５、２６７、２６８、２７０、２７１、２７２、２７３、２７４、２７５、２７７、２７８、２８１、２８３、２８４、２８５、２８６、２８９、２９２、２９５、２９６、２９７、２９８、２９９、３００、３０１、３０２、３０３、３０４、３０６、３０８、３２０、３２３、３２７、３２９、３３０、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３８、３４０、３４２、３４３、３４７、３５８、３５９、３６１、３６２、３６３、３７８、３８６、３８７、３８９、３９２、３９５、４０１、４２３、４２４、４３９及び４４１に対応する位置から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00150] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号１による代表的重鎖抗体の５、２３、７５、８８、１２１、１２２、１３５、１３７、１３８、１３９、１４０、１４２、１６３、１６５、１６８、１７５、１９４、１９７、２４２、２４４、２４９、２７０、２７１、２７２、２７３、２７４、２７５、２７７、２７８、２８３、２８４、２８５、２８６、２８９、２９２、２９５、２９６、２９７、２９８、２９９、３００、３０１、３０２、３０３、３０４、３０６、３０８、３２０、３２３、３２７、３２９、３３０、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３８、３４０、３４２、３４３、３４７、３５８、３６２、３７８、３８９、３９２、３９５、４０１、４２３、４２４及び４４１に対応する位置から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00151] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号１による代表的重鎖抗体の５、８８、１２１、１３５、１３９、２４２、２９６、３３７、３５８、３６２及び３９２に対応する位置から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00152] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号１による代表的重鎖抗体の２３、７５、１２２、１３７、１３８、１４０、１４２、１６３、１６５、１６８、１７５、１９４、１９７、２４４、２４９、２７０、２７１、２７２、２７３、２７４、２７５、２７７、２７８、２８３、２８４、２８５、２８６、２８９、２９２、２９５、２９７、２９８、２９９、３００、３０１、３０２、３０３、３０４、３０６、３０８、３２０、３２３、３２７、３２９、３３０、３３２、３３３、３３５、３３６、３３８、３４０、３４２、３４３、３４７、３５８、３７８、３８９、３９５、４０１、４２３、４２４及び４４１に対応する位置から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00153] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号１による代表的重鎖抗体の４２、６６、１４１、１５８、１７７、１７９、１８０、２２２、２４１、２４６、２６５、２６７、２６８、２８１、３５９、３６１、３６３、３８６、３８７及び４３９に対応する位置から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00154] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号１による代表的重鎖抗体の２９２〜３０１、３０３及び３０５に対応する位置から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00155] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式による重鎖又は軽鎖残基Ｈ４０４、Ｈ１２１、Ｈ１８０、Ｈ２４１、Ｌ２２、Ｌ７、Ｌ１５２、Ｈ１３６、Ｈ２５、Ｈ４０、Ｈ１１９、Ｈ１９０、Ｈ２２２、Ｈ１９、Ｈ５２、又はＨ７０から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00156] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式による重鎖又は軽鎖残基Ｈ４０４、Ｈ１２１、Ｈ１８０、Ｈ２４１、Ｌ２２、Ｌ７、Ｌ１５２、Ｈ１３６、Ｈ２５、Ｈ４０、Ｈ１１９、Ｈ１９０及びＨ２２２から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00157] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式による重鎖又は軽鎖残基Ｈ４０４、Ｈ１２１、Ｈ１８０、Ｈ２４１、Ｌ２２、Ｌ７、Ｌ１５２及びＨ１３６から選択される１つ又は複数の位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00158] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号１に対して少なくとも７０％、８０％又は９０％の相同性を有し、配列ＩＤ番号１により代表的重鎖ポリペプチドの残基４０４、１２１、１８０、２４１、１３６、２５、４０、１１９、１９０、２２２、１９、５２又は７０に対応する部位から選択される部位に１つ又は複数の修飾アミノ酸を有するポリペプチド鎖を含む抗体が提供される。
[00159] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２に対して少なくとも７０％、８０％又は９０％の相同性を有し、配列ＩＤ番号２により代表的重鎖ポリペプチドの残基２２、７及び１５２に対応する部位から選択される部位に１つ又は複数の修飾アミノ酸を有するポリペプチド鎖を含む抗体が提供される。
[00160] 特定の実施形態では、本明細書では２つ以上の部位特異的修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。特定の実施形態では、各修飾アミノ酸は抗体の任意のポリペプチド鎖の最適に置換可能な位置からなる群から特異的位置で独立に選択される。
[00161] 特定の実施形態では、抗体は単一の軽鎖ポリペプチド内に２つ以上の部位特異的修飾アミノ酸を含む。特定の実施形態では、抗体は単一の重鎖ポリペプチド内に２つ以上の部位特異的修飾アミノ酸を含む。特定の実施形態では、抗体は軽鎖ポリペプチド内に少なくとも１つの部位特異的修飾アミノ酸を、及び重鎖ポリペプチド内に少なくとも１つの部位特異的修飾アミノ酸を含む。
[00162] 特定の実施形態では、抗体は、軽鎖ポリペプチド内に少なくとも１つの部位特異的修飾アミノ酸を、及び２つの重鎖ポリペプチドそれぞれに少なくとも１つの部位特異的修飾アミノ酸を含む。特定の実施形態では、抗体は２つの軽鎖ポリペプチドそれぞれに少なくとも１つの部位特異的修飾アミノ酸を、及び重鎖ポリペプチドに少なくとも１つの部位特異的修飾アミノ酸を含む。特定の実施形態では、抗体は、２つの軽鎖ポリペプチドそれぞれに少なくとも１つの部位特異的修飾アミノ酸を、及び２つの重鎖ポリペプチドそれぞれに少なくとも１つの部位特異的修飾アミノ酸を含む。
[00163] 特定の実施形態では、抗体は３つ以上、４つ以上、５つ以上、又は６つ以上の部位特異的修飾アミノ酸を含む。特定の実施形態では、抗体は２つから６つの修飾アミノ酸を含む。
[00164] 部位特異的な置換位置は、当業者に知られている任意の抗体命名体系で記述することができる。Ｋａｂａｔ番号付け方式では、これらの位置は重鎖又は軽鎖残基Ｈ４０４、Ｈ１２１、Ｈ１８０、Ｌ２２、Ｌ７、Ｌ１５２、Ｈ１３６、Ｈ２５、Ｈ４０、Ｈ１１９、Ｈ１９０、Ｈ２２２、Ｈ１９、Ｈ５２、Ｈ７０、Ｈ１１０及びＨ２２１にある。すなわち、本明細書ではＫａｂａｔ残基Ｈ４０４、Ｈ１２１、Ｈ１８０、Ｌ２２、Ｌ７、Ｌ１５２、Ｈ１３６、Ｈ２５、Ｈ４０、Ｈ１１９、Ｈ１９０、Ｈ２２２、Ｈ１９、Ｈ５２、Ｈ７０、Ｈ１１０及びＨ２２１から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00165] 幾つかの実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ残基Ｈ４０４、Ｈ１２１、Ｈ１８０、Ｈ１３６、Ｈ２５、Ｈ４０、Ｈ１１９、Ｈ１９０、Ｈ２２２、Ｈ１９、Ｈ５２、Ｈ７０、Ｈ１１０及びＨ２２１から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00166] 特定の実施形態では、本明細書ではＫａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式により残基Ｌ２２、Ｌ７及びＬ１５２から選択される少なくとも１つ又は複数の位置に２つ以上の修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00167] 特定の実施形態では、Ｋａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式による重鎖又は軽鎖残基Ｈ４０４、Ｈ１２１、Ｈ１８０、Ｌ２２、Ｌ７、Ｌ１５２、Ｈ１３６、Ｈ２５、Ｈ４０、Ｈ１１９、Ｈ１９０、Ｈ２２２、Ｈ１９、Ｈ５２、Ｈ７０、Ｈ１１０又はＨ２２１から選択される残基に対応する配列位置に２つ以上の部位特異的修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00168] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号１による代表的重鎖ポリペプチドの残基４０７、１２４、１８３、１３９、２５、４０、１１９、１９３、２２５、１９、５２、７１、１１７又は２２４から選択される残基に対応する配列位置に２つ以上の部位特異的修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00169] 特定の実施形態では、本明細書では配列ＩＤ番号２による代表的軽鎖ポリペプチドの残基２２、７又は１５２から選択される残基に対応する配列位置に２つ以上の部位特異的修飾アミノ酸を含む抗体が提供される。
[00170] 抗体は、当業者によって認識された任意の抗体形態を有することができる。抗体は単一のポリペプチド鎖、すなわち、単一の重鎖又は単一の軽鎖を含むことができる。抗体は、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ホモ多量体、及びヘテロ多量体などの当業者によって認識される多量体も形成することができる。これらの多量体は結合しても、結合していなくてもよい。有用な結合には、ポリペプチド分子に典型的な鎖間Ｓ−Ｓ結合が含まれる。多量体は、本明細書に記載の修飾アミノ酸を含め他のアミノ酸によって結合することもできる。抗体は、ＩｇＡ、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４及びＩｇＭを含む任意のクラス又はサブクラスなどの免疫グロブリンでよい。抗体は、Ｆｖ、Ｆｃ、Ｆａｂ及び（Ｆａｂ’）２及びｓｃＦｖを含む任意の抗体フラグメントの形態でよい。
[00171] 親抗体は、当業者に知られている、又は今後発見される任意の抗体に対する親和性を有することができる。事実上いかなる物質も、親抗体、すなわち、本明細書に記載された抗体の抗原となり得る。有用な抗原の例にはα１−抗トリプシン、アンジオスタチン、抗溶血因子、ポリペプチド、アポリポタンパク質、アポタンパク質、心房性ナトリウム利尿因子、心房性ナトリウム利尿ポリペプチド、心房性ペプチド、Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン（例えばＴ３９７６５、ＮＡＰ−２、ＥＮＡ−７８、Ｇｒｏ−ａ、Ｇｒｏ−ｂ、Ｇｒｏ−ｃ、ＩＰ−１０、ＧＣＰ−２、ＮＡＰ−４、ＳＤＦ−１、ＰＦ４、ＭＩＧ）、カルシトニン、ＣＣケモカイン（例えば単球化学誘引物質タンパク質−３、単球炎症性タンパク質−１α、単球炎症性タンパク質−１β、ＲＡＮＴＥＳ、１３０９、Ｒ８３９１５、Ｒ９１７３３、ＨＣＣ１、Ｔ５８８４７、Ｄ３１０６５、Ｔ６４２６２）、ＣＤ４０リガンド、Ｃ−ｋｉｔリガンド、コラーゲン、コロニ刺激因子（ＣＳＦ）、補体因子５ａ、補体阻害剤、補体受容体１、サイトカイン（例えば上皮好中球活性化ペプチド−７８、ＧＲＯ／ＭＧＳＡ、ＧＲＯ、ＧＲＯ、ＭＩＰ−１６、ＭＩＰ−１、ＭＣＰ−１）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、エリスロポエチン（「ＥＰＯ」）、剥脱毒素Ａ及びＢ、第ＩＸ因子、第ＶＩＩ因子、第ＶＩＩＩ因子、第Ｘ因子、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）、フィブリノゲン、フィブロネクチン、Ｇ−ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、グルコセレブロシダーゼ、ゴナドトロピン、成長因子、ハリネズミタンパク質（例えばＳｏｎｉｃ、Ｉｎｄｉａｎ、Ｄｅｓｅｒｔ）、ヘモグロビン、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）、ヒルジン、ヒト血清アルブミン、インスリン、インスリン様成長因子（ＩＧＦ）、インタフェロン（例えばＩＦＮ−ａ、ＩＦＮ−、ＩＦＮ−ガンマ）、インタロイキン（例えばＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２など）、ケラチノサイト成長因子（ＫＧＦ）、ラクトフェリン、白血病抑制因子、ルシフェラーゼ、ニュールツリン、好中球抑制因子（ＮＩＦ）、オンコスタチンＭ、骨形成タンパク質、副甲状腺ホルモン、ＰＤ−ＥＣＳＦ、ＰＤＧＦ、ペプチドホルモン（例えばヒト成長ホルモン）、プレイオトロフィン、プロテインＡ、プロテインＧ、発熱性外毒素Ａ、Ｂ及びＣ、リラキシン、レニン、ＳＣＦ、可溶性補体受容体Ｉ、可溶性Ｉ−ＣＡＭ１、可溶性インタロイキン受容体（ＩＬ−１、２、３、４、５、６、７、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５）、可溶性ＴＮＦ受容体、ソマトメジン、ソマトスタチン、ソマトトロピン、ストレプトキナーゼ、超抗原、すなわち、ブドウ球菌腸毒素（ＳＥＡ、ＳＥＢ、ＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＤ、ＳＥＥ）、スーパーオキシドジスムターゼ、毒ショック症候群毒素（ＴＳＳＴ−１）、チモシンアルファ１、組織プラスミノーゲン活性化因子、腫瘍壊死因子（ＴＮＦベータ）、腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦＲ）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦアルファ）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、ウロキナーゼその他が含まれるが、これらに限定されない。これらの抗原は、当業者に知られている方法で、例えば商業的供給源から、又は公開されているポリペプチド又はポリヌクレオチド配列（例えばＧｅｎｂａｎｋ）から得ることができる。
[00172] 追加的抗原には転写及び発現活性化因子が含まれるが、これらに限定されない。例示的転写及び発現活性化因子には、細胞の増殖、分化、調整などを修飾する遺伝子及びタンパク質が含まれる。発現及び転写活性化因子は、原核生物、ウィルス、及び真核生物、例えば真菌、植物、及び動物、例えば哺乳類に見られ、広範囲の治療標的を提供する。発現及び転写活性化因子は多くのメカニズムによって、例えば受容体に結合する、情報伝達カスケードを刺激する、転写因子の発現を調整する、プロモータ及びエンハンサに結合する、プロモータ及びエンハンサに結合するタンパク質に結合する、ＤＮＡをほどく、プレｍＲＮＡをスプライスする、ＲＮＡをポリアデニル化する、及びＲＮＡを分解することによって、転写を調整することが認識される。抗原にはサイトカインなどの発現活性化因子、炎症性分子、成長因子、その受容体、及び発癌遺伝子産生物、例えばインタロイキン（例えばＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−８など）、インタフェロン、ＦＧＦ、ＩＧＦ−Ｉ、ＩＧＦ−ＩＩ、ＦＧＦ、ＰＤＧＦ、ＴＮＦ、ＴＧＦ−α、ＴＧＦ−β、ＥＧＦ、ＫＧＦ、ＳＣＦ／ｃ−Ｋｉｔ、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ４０、ＶＬＡ−４ＶＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−ｌ／ＬＦＡ−１、及びヒアルリン／ＣＤ４４と、情報伝達分子及び対応する発癌遺伝子産生物、例えばＭｏｓ、Ｒａｓ、Ｒａｆ、及びＭｅｔと、転写活性化因子及び抑制因子、例えばｐ５３、Ｔａｔ、Ｆｏｓ、Ｍｙｃ、Ｊｕｎ、Ｍｙｂ、Ｒｅｌ、及びエストロゲン、プロゲステロン、テストステロン、アルドステロン、ＬＤＬ受容体リガンド及びコルチコステロンの受容体などのステロイドホルモン受容体とが含まれるが、これらに限定されない。
[00173] ワクチンタンパク質は抗原でよく、それにはアスペルギルス、カンジダ種などの感染性真菌からのタンパク質と、病原菌のモデルとなる特に大腸菌などの細菌、さらにブドウ球菌（例えば黄色ブドウ球菌）又は連鎖球菌（例えば肺炎連鎖球菌）などの医療上重要な細菌と、胞子虫（例えばプラズモディウム）、根足虫（例えばエントアメーバ）及び鞭毛虫（トリパノソーマ、リーシュマニア、トリコモナス、ジアルディアなど）のような原生動物と、（＋）ＲＮＡウィルス（例には牛痘などのポックスウィルス、ポリオなどのピコマウィルス、風疹などのトガウィルス、ＨＣＶなどのフラビウィルス、及びコロナウィルスが含まれる）、（−）ＲＮＡウィルス（例えばＶＳＶなどのラブドウィルス、ＲＳＶなどのパラミクソウィルス、インフルエンザなどのオルソミクソウィルス、ブニヤウィルス、及びアレナウィルス）、ｄｓＤＮＡウィルス（例えばレオウィルス）、ＲＮＡ−ＤＮＡウィルス、すなわち、レトロウィルス、例えばＨＩＶ及びＨＴＬＶ、及びＢ型肝炎などの特定のＤＮＡ−ＲＮＡウィルスのようなウィルスとが含まれるが、これらに限定されない。
[00174] 抗原は、アミダーゼ、アミノ酸ラセマーゼ、アシラーゼ、デハロゲナーゼ、ジオキシゲナーゼ、ジアリールプロパンペルオキシダーゼ、エピメラーゼ、エポキシドヒドロラーゼ、エステラーゼ、イソメラーゼ、キナーゼ、グルコースイソメラーゼ、グリコシダーゼ、グリコシルトランスフェラーゼ、ハロペルオキシダーゼ、モノオキシゲナーゼ（例えばｐ４５０ｓ）、リパーゼ、リグニンペルオキシダーゼ、ニトリルヒドラターゼ、ニトリラーゼ、プロテアーゼ、ホスファターゼ、サブチリシン、トランスアミナーゼ、及びヌクレアーゼを含むが、これらに限定されない酵素でよい。
[00175] 昆虫抵抗性タンパク質（例えばクライタンパク質）、デンプン及び脂質産生酵素、植物及び昆虫毒素、毒素抵抗性タンパク質、マイコトキシン解毒タンパク質、植物成長酵素、（例えばルビロース１，５−二リン酸カルボキシラーゼ／オキシゲナーゼ、「ＲＵＢＩＳＣＯ」）、リポキシゲナーゼ（ＬＯＸ）、及びホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）カルボキシナーゼなどの農業関連のタンパク質も、抗原とすることができる。
[00176] 例えば、抗原は、Ｂ細胞イディオタイプ、悪性Ｂ細胞上のＣＤ２０、白血病芽細胞上のＣＤ３３、及び乳癌上のＨＥＲ２／ｎｅｕなどの腫瘍表面抗原のような疾患関連分子とすることができる。あるいは、抗原は成長因子受容体とすることができる。成長因子の例には上皮細胞成長因子（ＥＧＦ）、トランスフェリン、インスリン様成長因子、形質転換成長因子（ＴＧＦ）、インタロイキン−１、及びインタロイキン−２が含まれるが、これらに限定されない。例えば、ＥＧＦ受容体の高度発現が、多種多様なヒト上皮細胞原発腫瘍で見られている。ＴＧＦ−αは、癌細胞の自己分泌刺激経路を媒介することが知られている。幾つかのネズミ単クローン抗体は、ＥＧＦ受容体と結合して、リガンドのＥＧＦ受容体との結合を遮断し、培養及び異種移植片モデルにおいて様々なヒト癌細胞系統の増殖を阻害できることが実証されている（Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ及びＢａｓｅｌｇａ（１９９５）の成長因子及び受容体に対する抗体、Ｂｉｏｌｏｇｉｃ Ｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，第２版， Ｊ Ｂ Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ， Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ， ｐｐ ６０７−６２３）。したがって、抗体を使用して様々な癌を治療することができる。
[00177] 抗原は、血小板糖タンパク質ＩＩｂ／ＩＩＩａ受容体などの冠状動脈疾患、ＣＤ４、ＡＭＰＡＴＨ１及びグラム陰性菌リポ多糖類の脂質Ａ領域などの自己免疫疾患に関連する細胞表面タンパク質又は受容体でもよい。ＣＤ４に対するヒト化抗体は、菌状息肉腫、汎発性膿疱性乾癬、重症乾癬、及びリウマチ様関節炎の患者の治療において、臨床試験で試験されている。グラム陰性菌リポ多糖類の脂質Ａ領域に対する抗体は、敗血症性ショックの治療で臨床試験されている。ＣＡＭＰＡＴＨ−１に対する抗体も、難治性リウマチ様関節炎の治療で臨床試験されている。したがって、本明細書で提供する抗体は、様々な自己免疫疾患の治療に使用することができる。
[00178] 有用な抗原には、例えばインタロイキン−１（ＩＬ−１）などの炎症媒介物タンパク質などのヒトアレルギ疾患、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、ロイコトリエン受容体及び５−リポキシゲナーゼ、及びＶ−ＣＡＭ／ＶＬＡ−４などの接着分子に関連するタンパク質又はペプチドも含まれる。また、ＩｇＥは、喘息などのＩ型即時過敏症アレルギ反応に重要な役割を果たすので、ＩｇＥも抗原として働くことがある。研究によると、合計血清ＩｇＥのレベルは疾患、特に喘息の重症度と相関する傾向がある。Ｂｕｒｒｏｗｓ他（１９８９）の「Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｏｆ ａｓｔｈｍａ ｗｉｔｈ ｓｅｒｕｍ ＩｇＥ ｌｅｖｅｌｓ ａｎｄ ｓｋｉｎ−ｔｅｓｔ ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ ｔｏ ａｌｌｅｒｇｅｎｓ」（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ． Ｌ． Ｍｅｄ． ３２０：２７１−２７７）。したがって、ＩｇＥに対して選択された抗体を、アレルギ疾患の治療に使用して、正常な免疫機能に実質的に影響を与えずに、ＩｇＥのレベルを低下させるか、ＩｇＥと肥満細胞及び好塩気球との結合を遮断することができる。
[00179] 抗原は、宿主の免疫応答を誘発する抗原として働くことがあるウィルス表面又はコアタンパク質であることもある。これらのウィルスタンパク質の例には糖タンパク質（又は表面抗原、例えばＧＰ１２０及びＧＰ４１）及びカプシッドタンパク質（又は構造タンパク質、例えばＰ２４タンパク質）と、Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型又はＥ型肝炎ウィルスの表面抗原又はコアタンパク質（例えばＢ型肝炎ウィルスの小型Ｂ型肝炎表面抗原（ＳＨＢｓＡｇ）及びＣ型肝炎ウィルスのコアタンパク質、ＮＳ３、ＮＳ４及びＮＳ５抗原）と、呼吸性発疹ウィルス（ＲＳＶ）の糖タンパク質（Ｇタンパク質）又は融合タンパク質（Ｆタンパク質）と、単純ヘルペスウィルスＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２の表面及びコアタンパク質（例えばＨＳＶ−２の糖タンパク質Ｄ）とが含まれるが、これらに限定されない。
[00180] 抗原は、腫瘍抑制機能を喪失している突然変異癌抑制遺伝子産生物でもよく、癌に対する細胞の感受性を向上させることができる。癌抑制遺伝子は、細胞の成長と分割のサイクルを阻害し、したがって腫瘍の発生を防止する機能を果たす遺伝子である。癌抑制遺伝子の突然変異により、細胞が抑制信号のネットワークの成分のうち１つ又は複数を無視して、細胞周期のチェックポイントを克服し、その結果、抑制される細胞成長−癌の率が高くなる。癌抑制遺伝子の例にはＤＰＣ−４、ＮＦ−１、ＮＦ−２、ＲＢ、ｐ５３、ＷＴ１、ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２が含まれるが、これらに限定されない。ＤＰＣ−４は膵臓癌に関与し、細胞分割を阻害する細胞質経路に参加する。ＮＦ−１は、Ｒａｓを阻害するタンパク質、すなわち、細胞質阻害タンパク質をコードする。ＮＦ−１は、神経系の神経線維腫及び褐色細胞腫及び骨髄性白血病に関与する。ＮＦ−２は、神経系の髄膜腫、神経鞘腫、及び脳室上皮腫に関与する核タンパク質をコードする。ＲＢは、細胞周期の主要な阻害物質である核タンパク質であるｐＲＢタンパク質をコードする。ＲＢは、網膜芽細胞腫、さらに骨、膀胱、小細胞肺及び乳癌に関与する。ｐ５３は、細胞分割を調整するｐ５３タンパク質をコードし、アポトーシスを誘発することができる。ｐ５３の突然変異及び／又は反応低下は広範囲の癌で見られる。ＷＴ１は腎臓のウィルムス腫瘍に関与する。ＢＲＣＡ１は乳癌及び卵巣癌に関与し、ＢＲＣＡ２は乳癌に関与する。したがって、抗体を使用して、腫瘍の発生及び発現の経路における遺伝子産生物と他のタンパク質又は生化学的物質との相互作用を遮断することができる。
[00181] 抗原は、ＣＤ１ａ、ＣＤ１ｂ、ＣＤ１ｃ、ＣＤ１ｄ、ＣＤ２、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ９、ＣＤ１０、ＣＤ１１ａ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤｗｌ２、ＣＤ１３、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１５ｓ、ＣＤ１６ａ、ＣＤ１６ｂ、ＣＤ１８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ２５、ＣＤ２６、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ２９、ＣＤ３０、ＣＤ３１、ＣＤ３２、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３５、ＣＤ３６、ＣＤ３７、ＣＤ３８、ＣＤ３９、ＣＤ４０、ＣＤ４１、ＣＤ４２ａ、ＣＤ４２ｂ、ＣＤ４２ｃ、ＣＤ４２ｄ、ＣＤ４３、ＣＤ４４、ＣＤ４５、ＣＤ４５Ｒ、ＣＤ４６、ＣＤ４７、ＣＤ４８、ＣＤ４９ａ、ＣＤ４９ｂ、ＣＤ４９ｃ、ＣＤ４９ｄ、ＣＤ４９ｅ、ＣＤ４９ｆ、ＣＤ５０、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ５３、ＣＤ５４、ＣＤ５５、ＣＤ５６、ＣＤ５７、ＣＤ５８、ＣＤ５９、ＣＤｗ６０、ＣＤ６１、ＣＤ６２Ｅ、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ６２Ｐ、ＣＤ６３、ＣＤ６４、ＣＤ６５、ＣＤ６６ａ、ＣＤ６６ｂ、ＣＤ６６ｃ、ＣＤ６６ｄ、ＣＤ６６ｅ、ＣＤ６６ｆ、ＣＤ６７、ＣＤ６８、ＣＤ６９、ＣＤｗ７０、ＣＤ７１、ＣＤ７２、ＣＤ７３、ＣＤ７４、ＣＤｗ７５、ＣＤｗ７６、ＣＤ７７、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９Ｐ、ＣＤ８０、ＣＤ８１、ＣＤ８２、ＣＤ８３、ＣＤ８４、ＣＤ８５、ＣＤ８６、ＣＤ８７、ＣＤ８８、ＣＤ８９、ＣＤ９０、ＣＤ９１、ＣＤｗ９２、ＣＤ９３、ＣＤ９４、ＣＤ９５、ＣＤ９６、ＣＤ９７、ＣＤ９８、ＣＤ９９、ＣＤ１００、ＣＤ１０１、ＣＤ１０２、ＣＤ１０３、ＣＤ１０４、ＣＤ１０５、ＣＤ１０６、ＣＤ１０７ａ、ＣＤ１０７ｂ、ＣＤｗｌ０８、ＣＤｗｌ０９、ＣＤ１１Ｏ−１１３、ＣＤ１１４、ＣＤ１１５、ＣＤ１１６、ＣＤ１１７、ＣＤ１１８、ＣＤ１１９、ＣＤ１２０ａ、ＣＤ１２０ｂ、ＣＤ１２１ａ、ＣＤ１２１ｂ、ＣＤ１２２、ＣＤ１２３、ＣＤｗｌ２４、ＣＤ１２５、ＣＤ１２６、ＣＤｗｌ２７、ＣＤｗｌ２８ａ、ＣＤｗｌ２８ｂ、ＣＤ１２９、ＣＤｗｌ３０、ＣＤ１３１、ＣＤ１３２、ＣＤ１３３、ＣＤ１３４、ＣＤ１３５、ＣＤ１３６、ＣＤｗｌ３７、ＣＤ１３８、ＣＤ１３９、ＣＤ１４０ａ、ＣＤ１４０ｂ、ＣＤ１４１、ＣＤ１４２、ＣＤ１４３、ＣＤ１４４、ＣＤｗｌ４５、ＣＤ１４６、ＣＤ１４７、ＣＤ１４８、ＣＤｗｌ４９、ＣＤ１５０、ＣＤ１５１、ＣＤ１５２、ＣＤ１５３、ＣＤ１５４、ＣＤ１５５、ＣＤ１５６、ＣＤ１５７、ＣＤ１５８ａ、ＣＤ１５８ｂ、ＣＤ１６１、ＣＤ１６２、ＣＤ１６３、ＣＤ１６４、ＣＤ１６５、ＣＤ１６６及びＴＣＲζを含むが、これらに限定されないＣＤ分子とすることができる。抗原はＶＥＧＦ、ＶＥＧＦ受容体、ＥＧＦＲ、Ｈｅｒ２、ＴＮＦａ、ＴＮＦＲＩ受容体、ＧＰＩＩｂ／ＩＩＩａ、Ｉｌ−２Ｒα鎖、ＩＬ−２Ｒβ鎖、ＲＳＶＦタンパク質、α４インテグリン、ＩｇＥ、ＩｇＥ受容体、ジゴキシン、ジュウタンクサリヘビの毒液、補体Ｃ５、ＯＰＧＬ、ＣＡ−１２５腫瘍抗原、ブドウ球菌タンパク質、表皮ブドウ球菌タンパク質、黄色ブドウ球菌タンパク質、ブドウ球菌感染に関与するタンパク質（黄色ブドウ球菌及び表皮ブドウ球菌を含むが、これらに限定されない）、ＩＬ−６受容体、ＣＴＬＡ−４、ＲＳＶ、ＩＬ−２受容体のＴａｃサブユニット、ＩＬ−５、及びＥｐＣａｍとすることができる。抗原は分子のフラグメントとすることができる。
[00182] 有用な二重特異性親抗体の例には、腫瘍細胞抗体をターゲティングする１つの抗体及び細胞毒誘発分子に対する他の抗体を有する二重特異性親抗体、例えば抗ＦｃγＲＩ／抗ＣＤ１５、抗ｐ１８５ＨＥＲ２／ＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）、抗ＣＤ３／抗悪性Ｂ細胞（１Ｄ１０）、抗ＣＤ３／抗ｐ１８５ＨＥＲ２、抗ＣＤ３／抗ｐ９７、抗ＣＤ３／抗腎細胞癌、抗ＣＤ３／抗ＯＶＣＡＲ−３、抗ＣＤ３／Ｌ−Ｄ１（抗大腸癌）、抗ＣＤ３／抗メラノサイト刺激ホルモン類似体、抗ＥＧＦ受容体／抗ＣＤ３、抗ＣＤ３／抗ＣＡＭＡ１、抗ＣＤ３／抗ＣＤ１９、抗ＣＤ３／ＭｏＶ１８、抗神経細胞接着分子（ＮＣＡＭ）／抗ＣＤ３、抗葉酸結合タンパク質（ＦＢＰ）／抗ＣＤ３、抗汎癌関連抗原（ＡＭＯＣ−３１）／抗ＣＤ３と、腫瘍抗原に特異的に結合する１つの抗体と毒素に結合する別の抗体を有する二重特異性抗体、例えば抗サポリン／抗Ｉｄ−１、抗ＣＤ２２／抗サポリン、抗ＣＤ７／抗サポリン、抗ＣＤ３８／抗サポリン、抗ＣＥＡ／抗リシンＡ鎖、抗インタフェロンａ（ＩＦＮ−ａ）／抗ハイブリドーマイディオタイプ、抗ＣＥＡ／抗ビンカアルカロイドと、酵素活性プロドラッグを変換する二重特異性抗体、例えば抗ＣＤ３０／抗アルカリ性ホスファターゼ（リン酸マイトマイシンプロドラッグのマイトマイシンアルコールへの変換を触媒する）と、線維素溶解素として使用できる二重特異性抗体、例えば抗繊維素／抗組織プラスミノーゲン活性因子（ｔＰＡ）、抗繊維素／抗ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性因子（ｕＰＡ）と、免疫複合体に細胞表面受容体を標的とさせる二重特異性抗体、例えば抗低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）／抗Ｆｃ受容体（例えばＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ又はＦｃγＲＩＩＩ）と、感染性疾患の治療に使用する二重特異性抗体、例えば抗ＣＤ３／抗単純ヘルペスウィルス（ＨＳＶ）、抗Ｔ細胞受容体：ＣＤ３複合体／抗インフルエンザ、抗ＦｃγＲ／抗ＨＩＶと、インビトロ又はインビボで腫瘍を検出する二重特異性抗体、例えば抗ＣＥＡ／抗ＥＯＴＵＢＥ、抗ＣＥＡ／抗ＤＰＴＡ、抗抗ｐ１８５ＨＥＲ２／抗ハプテンと、ワクチンアジュバントとしての二重特異性抗体（参照により本明細書に組み込まれるＦａｎｇｅｒ， Ｍ Ｗ他のＣｒｉｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ． １９９２； １２（３４）：１０１−２４参照）と、診断ツールとしての二重特異性抗体、例えば抗ウサギＩｇＧ／抗フェリチン、抗西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）／抗ホルモン、抗ソマトスタチン／抗物質Ｐ、抗ＨＲＰ／抗ＦＩＴＣ、抗ＣＥＡ／抗Ｐガラクトシダーゼ（参照により本明細書に組み込まれるＮｏｌａｎ， Ｏ及びＲ． Ｏ’ＫｅｎｎｅｄｙのＢｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ． １９９０ Ａｕｇ． １； １０４０（１）：１−１１を参照）とが含まれるが、これらに限定されない。三重特異性抗体の例には抗ＣＤ３／抗ＣＤ４／抗ＣＤ３７、抗ＣＤ３／抗ＣＤ５／抗ＣＤ３７及び抗ＣＤ３／抗ＣＤ８／抗ＣＤ３７が含まれる。
リンカー及びペイロード
[00183] 特定の実施形態では、ポリペプチドは本明細書に記載するように反応性基を有する修飾アミノ酸を含む。当業者は反応性基を使用して、直接又はリンカーを介して間接的に、修飾アミノ酸との共有結合を形成することができる任意の分子成分にポリペプチドを結合させることができる。したがって、本明細書では、ペイロードに結合した式Ｉ、Ｉａ、ＩＩ、１〜３０又は４０の化合物に対応するアミノ酸残基を含むポリペプチドを含み、任意にポリペプチドとペイロードの間の結合成分を含むコンジュゲートが提供される。
[00184] 有用なリンカーには、本明細書に記載するリンカーが含まれる。特定の実施形態では、リンカーは当業者に知られている任意の二価又は多価リンカーである。通常、リンカーは修飾アミノ酸の官能性部分及びα炭素と共有結合を形成することができる。有用な二価リンカーには化学結合、アルキレン、置換アルキレン、ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン及び置換ヘテロアリーレンが含まれる。特定の実施形態では、リンカーはＣ１−１０アルキレン又はＣ１−１０ヘテロアルキレンである。
[00185] 分子ペイロードは、当業者がポリペプチドと結合させたいと思う任意の分子成分とすることができる。特定の実施形態では、ペイロードは治療用部分である。このような実施形態では、ポリペプチドコンジュゲートを使用して、治療用部分に分子標的を標的とさせることができる。特定の実施形態では、ペイロードは標識付け部分である。このような実施形態では、ポリペプチドコンジュゲートを使用して、ポリペプチドの標的との結合を検出することができる。特定の実施形態では、ペイロードは細胞毒性部分である。このような実施形態では、コンジュゲートを使用して、細胞毒性部分に罹患細胞、例えば癌細胞を標的とさせ、細胞の破壊又は除去を開始することができる。当業者に明白な他の分子ペイロードを含むコンジュゲートは、本明細書に記載のコンジュゲートの範囲に入る。
[00186] 特定の実施形態では、コンジュゲートは標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリエチレングリコール、ポリエチレングリコールの誘導体、光架橋剤、細胞毒性化合物、放射性核種、薬物、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物、樹脂、第二タンパク質又はポリペプチド又はポリペプチド類似体、抗体又は抗体フラグメント、金属キレート剤、補助因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、アンチセンスポリヌクレオチド、ペプチド、水溶性デンドリマ、シクロデキストリン、抑制性リボ核酸、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射性部分、新規の官能基、他の分子と共有又は非共有結合する基、光ケージ部分、光異化可能な部分、ビオチン、ビオチンの誘導体、ビオチン類似体、重原子を取り込んだ部分、化学的に切断可能な基、光切断可能な基、伸張した側鎖、炭素連鎖糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識した部分、生物物理学的プローブ、リン光基、化学発光基、高電子密度基、磁性基、挿入基、発色団、エネルギー伝達作用物質、生物学的活性剤、検出可能な標識、小分子、又はその任意の組み合わせからなる群から選択されるペイロードを有することができる。ある実施形態では、ペイロードは標識、色素、ポリマー、細胞毒性化合物、放射性核種、薬物、親和性標識、樹脂、タンパク質、ポリペプチド、ポリペプチド類似体、抗体、抗体フラグメント、金属キレート剤、補助因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド、フルオロフォア、又は炭素連鎖糖である。別の実施形態では、ペイロードは標識、色素、ポリマー、薬物、抗体、抗体フラグメント、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はペプチドである。
[00187] 有用な薬物ペイロードには任意の細胞毒素、細胞分裂阻害剤、又は免疫調節剤が含まれる。細胞毒素又は免疫調節剤の有用なクラスには、例えば抗チューブリン剤、オーリスタチン、ＤＮＡ小溝結合剤、ＤＮＡ複製阻害剤、アルキル化剤（例えばシスプラチン、モノ（プラチナ）、ビス（プラチナ）及び三核プラチナ錯体などのプラチナ錯体、及びカルボプラチン）、アントラサイクリン、抗生物質、抗葉酸剤、代謝拮抗剤、カルモジュリン阻害剤、化学療法感作物質、デュオカルマイシン、エトポシド、フッ化ピリミジン、イオノフォア、レキシトロプシン、メイタンシノイド、ニトロソ尿素、プラチノール、ポア形成化合物、プリン代謝拮抗剤、ピューロマイシン、放射線感作物質、ラパマイシン、ステロイド、タキサン、トポイソメラーゼ阻害剤、ビンカアルカロイドなどが含まれる。
[00188] 個々の細胞毒素又は免疫調節剤には、例えばアンドロゲン、アントラマイシン（ＡＭＣ）、アスパラギナーゼ、５−アザシチジン、アザチオプリン、ブレオマイシン、ブスルファン、ブチオニンスルホキシミン、カリチアマイシン、カリチアマイシン誘導体、カンプトテシン、カルボプラチン、カルムスチン（ＢＳＮＵ）、ＣＣ−１０６５、クロラムブシル、シスプラチン、コルヒチン、シクロホスファミド、シタラビン、シチジンアラビノシド、サイトカラシンＢ、ダカルバジン、ダクチノマイシン（以前のアクチノマイシン）、ダウノルビシン、デカルバジン、ＤＭ１、ＤＭ４、ドセタキセル、ドキソルビシン、エトポシド、エストロゲン、５−フルオロデキシウリジン、５−フルオロウラシル、ゲムシタビン、グラミシジンＤ、ヒドロキシ尿素、イダルビシン、イホスファミド、イリノテカン、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、マイタンシン、メクロレタミン、メルファラン、６０メルカプトプリン、メトトレキサート、ミトラマイシン、ミトマイシンＣ、ミトキサントロン、ニトロイミダゾール、パクリタキセル、パリトキシン、プリカマイシン、プロカルビジン、リゾキシン、ストレプトゾトシン、テニポシド、６−チオグアニン、チオＴＥＰＡ、トポテカン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビノレルビン、ＶＰ−１６及びＶＭ−２６が含まれる。
[00189] 幾つかの実施形態では、適切な細胞毒素には、例えばＤＮＡ小溝結合剤（例えばエンジイン及びレキシトロプシン、ＣＢＩ化合物、米国特許第６，１３０，２３７号も参照）、デュオカルマイシン、タキサン（例えばパクリタキセル及びドセタキセル）、ピューロマイシン、ビンカアルカロイド、ＣＣ−１０６５、ＳＮ−３８、トポテカン、モルホリノ−ドキソルビシン、リゾキシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、エキノマイシン、コンブレタスタチン、ネトロプシン、エポチロンＡ及びＢ、エストラムスチン、クリプトフィシン、セマトチン、マイタンシノイド、ディスコデルモリド、エリュテロビン、及びミトキサントロンが含まれる。
[00190] 幾つかの実施形態では、ペイロードは抗チューブリン剤である。抗チューブリン剤の例には、タキサン（例えばＴａｘｏｌ（登録商標）（パクリタキセル）、Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標）（ドセタキセル））、Ｔ６７（ツラリク）及びビンカアルカロイド（例えばビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデシン、及びビノレルビン）が含まれるが、これらに限定されない。他の抗チューブリン剤には、例えば、バッカチン誘導体、タキサン類似体、エポチロン（例えばエポチロンＡ及びＢ）、ノコダゾール、コルヒチン及びコルセミド、エストラムスチン、クリプトフィシン、セマドチン、マイタンシノイド、コンブレタスタチン、ディスコデルモリド、及びエリュテロビンが含まれる。
[00191] 特定の実施形態では、細胞毒素は、マイタンシノイド、抗チューブリン剤の他の群である。例えば、特有の実施形態では、マイタンシノイドはマイタンシン又はＤＭ１（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ， Ｉｎｃ．；Ｃｈａｒｉ他（１９９２）のＣａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ５２：１２７−１３１も参照）でよい。
[00192] 幾つかの実施形態では、ペイロードは、オーリスタチンＥ又はその誘導体などのオーリスタチンである。例えば、オーリスタチンＥ誘導体は、オーリスタチンＥとケト酸の間で形成されたエステルとすることができる。例えば、オーリスタチンＥは、ｐ−アセチル安息香酸又はベンゾイル吉草酸と反応して、それぞれＡＥＢ及びＡＥＶＢを産生することができる。他の典型的なオーリスタチン誘導体には、ＡＦＰ、ＭＭＡＦ、及びＭＭＡＥが含まれる。オーリスタチン誘導体の合成及び構造は、米国特許出願公開第２００３−００８３２６３号、第２００５−０２３８６４９号及び第２００５−０００９７５１号、国際特許公開ＷＯ０４／０１０９５７号、国際特許公開ＷＯ０２／０８８１７２号、及び米国特許第６，３２３，３１５号、第６，２３９，１０４号、第６，０３４，０６５号、第５，７８０，５８８号、第５，６６５，８６０号、第５，６６３，１４９号、第５，６３５，４８３号、第５，５９９，９０２号、第５，５５４，７２５号、第５，５３０，０９７号、第５，５２１，２８４号、第５，５０４，１９１号、第５，４１０，０２４号、第５，１３８，０３６号、第５，０７６，９７３号、第４，９８６，９８８号、第４，９７８，７４４号、第４，８７９，２７８号、第４，８１６，４４４号、及び第４，４８６，４１４号に記載されている。
[00193] 幾つかの実施形態では、ペイロードは放射性同位体ではない。幾つかの実施形態では、ペイロードは放射性ではない。
[00194] 幾つかの実施形態では、ペイロードは代謝拮抗剤である。代謝拮抗剤は、例えば、プリンアンタゴニスト（例えばアザチオプリン又はミコフェノール酸モフェチル）、ジヒドロ葉酸レダクターゼ阻害剤（例えばメトトレキサート）、アシクロビル、ガングシクロビル、ジドブジン、ビダラビン、リババリン、アジドチミジン、シチジン、アラビノシド、アマンタジン、ジデオキシウリジン、ヨードデオキシウリジン、フォスカルネット、又はトリフルリジンでよい。
[00195] 他の実施形態では、ペイロードはタクロリムス、シクロスポリン、ＦＵ５０６又はパラマイシンである。さらに他の実施形態では、薬物はアルデスロイキン、アレムツズマブ、アリトレチノイン、アロプリノール、アルトレタミン、アミホスチン、アナストロゾール、３酸化砒素、ベキサロテン、カルステロン、カペシタビン、セレコキシブ、クラドリビン、ダルベポエチンアルファ、デニロイキンジフチトクス、デキストラゾキサン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピルビシン、エポエチンアルファ、エストラムスチン、エキセメスタン、フィルグラスチム、フロクスウリジン、フルダラビン、フルベストラント、ゲムシタビン、ゲムツズマブオゾガマイシン（ＭＹＬＯＴＡＲＧ）、ゴセレリン、イダルビシン、イホスファミド、メシル酸イマチニブ、インターフェロンアルファ−２ａ、イリノテカン、レトロゾール、ロイコボリン、レバミソール、メクロレタミン又は窒素マスタード、メゲストロール、メスナ、メトトレキサート、メトキサレン、マイトマイシンＣ、ミトーテン、ナンドロロン、フェンプロピオネート、オプレルベキン、オキサリプラチン、パミドロネート、ペガデマーゼ、ペグアスパルガーゼ、ペグフィルグラスチム、ペントスタチン、ピポブロマン、プリカマイシン、ポルフィマナトリウム、プロカルバジン、キナクリン、ラスブリカーゼ、リツキシマブ、サルグラモスチム、ストレプトゾシン、タモキシフェン、テモゾロミド、テニポシド、テストラクトン、チオグアニン、トレミフェン、トシツモマブ、トラスツズマブ（ハーセプチン）、トレチノイン、ウラシルマスタード、バルルビシン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビノレルビン又はゾレドレネートである。
[00196] 幾つかの実施形態では、ペイロードは免疫調節剤である。免疫調節剤は、例えば、ガングシクロビル、エタネルセプト、タクロリムス、シクロスポリン、ラパマイシン、シクロホスファミド、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル又はメトトレキサートとすることができる。あるいは、免疫調節剤は、例えば、グルココルチコイド（例えばコルチゾール又はアルドステロン）又はグルココルチコイド類似体（例えばプレドニソン又はデキサメタソン）とすることができる。
[00197] 幾つかの実施形態では、免疫調節剤は、アリールカルボキシル誘導体、ピラゾール含有誘導体、オキシカム誘導体及びニコチン酸誘導体などの抗炎症剤である。抗炎症剤のクラスには、例えば、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤、及びロイコトリエン受容体アンタゴニストが含まれる。
[00198] 適切なシクロオキシゲナーゼ阻害剤には、メクロフェナム酸、メフェナム酸、カルプロフェン、ジクロフェナク、ジフルニサル、フェンブフェン、フェノプロフェン、インドメタシン、ケトプロフェン、ナブメトン、スリンダク、テノキシカム及びトルメチンが含まれる。
[00199] 適切なリポキシゲナーゼ阻害剤には、酸化還元阻害剤（例えばカテコールブタン誘導体、ノルジヒドログアイアレチン酸（ＮＤＧＡ）、マソプロコール、フェニドン、イアノパレン、インドゾリノン、ナファザトロム、ベンゾフラノール、アルキルヒドロキシルアミン）、及び非酸化還元阻害剤（例えばヒドロキシチアゾール、メトキシアルキルチアゾール、ベンゾピラン及びその誘導体、メトキシテトラヒドロピラン、ボスウェリア酸及びボスウェリア酸のアセチル化誘導体、及びシクロアルキル基で置換したキノリンメトキシフェニル酢酸）、及び酸化還元阻害剤の前駆物質が含まれる。
[00200] 他の適切なリポキシゲナーゼ阻害剤には、抗酸化剤（例えばフェノール、没食子酸プロピル、フラボノイド及び／又は自然に生じてフラボノイドを含有する物質、フラボンの水酸化誘導体、フラボノール、ジヒドロケルセチン、ルテオリン、ガランギン、オロボル、カルコンの誘導体、４，２’−４’−トリヒドロキシカルコン、オルト−アミノフェノール、Ｎ−ヒドロキシ尿素、ベンゾフラノール、エブセレン及びセレン含有酵素の活性を増大させる種）、鉄キレート化剤（例えばヒドロキサム酸及びその誘導体、Ｎ−ヒドロキシ尿素、２−ベンジル−１−ナフトール、カテコール、ヒドロキシルアミン、カルノソールトロロクスＣ、カテコール、ナフトール、スルファサラジン、ジロートン、５−ヒドロキシアントラニル酸及び４−（オメガ−アリールアルキル）フェニルアルカン酸）、イミダゾール含有化合物（例えばケトコナゾール及びイトラコナゾール）、フェノチアジン、及びベンゾピラン誘導体が含まれる。
[00201] さらに他の適切なリポキシゲナーゼ阻害剤には、エイコサノイド（例えばオクタデカテトラエン酸、エイコサテトラエン酸、ドコサペンタエン酸、エイコサヘキサエン酸及びドコサヘキサエン酸及びそのエステル、ＰＧＥ１（プロスタグランジンＥ１）、ＰＧＡ２（プロスタグランジンＡ２）、ビトロストール、１５−モノヒドロキシエイコサテトラエン酸、１５−モノヒドロキシ−エイコサトリエン酸及び１５−モノヒドロキシエイコサペンタエン酸、及びロイコトリエンＢ５、Ｃ５及びＤ５）の阻害剤、カルシウムの流れを妨害する化合物、フェノチアジン、ジフェニルブチルアミン、ベラパミル、フコシド、クルクミン、クロロゲン酸、カフェイン酸、５，８，１１，１４−エイコサテトラエン酸（ＥＴＹＡ）、ヒドロキシフェニルレチンアミド、イオンアパレン、エスクリン、ジエチルカルバマジン、フェナントロリン、バイカレイン、プロキシクロミル、チオエーテル、ジアリルスルフィド及びジ−（１−プロペニル）スルフィドが含まれる。
[00202] ロイコトリエン受容体アンタゴニストには、カルシトリオール、オンタゾラスト、Ｂａｙｅｒ Ｂａｙ−ｘ−１００５、Ｃｉｂａ−Ｇｅｉｇｙ ＣＧＳ−２５０１９Ｃ、エブセレン、Ｌｅｏ Ｄｅｎｍａｒｋ ＥＴＨ−６１５、Ｌｉｌｌｙ ＬＹ−２９３１１１、Ｏｎｏ ＯＮＯ−４０５７、Ｔｅｒｕｍｏ ＴＭＫ−６８８、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｌｅｈｅｉｍ ＢＩ−ＲＭ−２７０、Ｌｉｌｌｙ ＬＹ ２１３０２４、Ｌｉｌｌｙ ＬＹ ２６４０８６、Ｌｉｌｌｙ ＬＹ ２９２７２８、Ｏｎｏ ＯＮＯ ＬＢ４５７、Ｐｆｉｚｅｒ １０５６９６、Ｐｅｒｄｕｅ Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ ＰＦ １００４２、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ ＲＰ ６６１５３、ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ＳＢ−２０１１４６、ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ＳＢ−２０１９９３、ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ＳＢ−２０９２４７、Ｓｅａｒｌｅ ＳＣ−５３２２８、Ｓｕｍｉｔａｍｏ ＳＭ １５１７８、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｈｏｍｅ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ ＷＡＹ １２１００６、Ｂａｙｅｒ Ｂａｙ−ｏ−８２７６、Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒｔ ＣＩ−９８７、Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒｔ ＣＩ−９８７ＢＰＣ−１５ＬＹ ２２３９８２、Ｌｉｌｌｙ ＬＹ ２３３５６９、Ｌｉｌｌｙ ＬＹ−２５５２８３、ＭａｃｒｏＮｅｘ ＭＮＸ−１６０、Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏ． ＭＫ−５９１、Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏ． ＭＫ−８８６、Ｏｎｏ ＯＮＯ−ＬＢ−４４８、Ｐｕｒｄｕｅ Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ ＰＦ−５９０１、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ ＲＧ１４８９３、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ ＲＰ ６６３６４、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ ＲＰ ６９６９８、Ｓｈｉｏｎｏｏｇｉ Ｓ−２４７４、Ｓｅａｒｌｅ ＳＣ−４１９３０、Ｓｅａｒｌｅ ＳＣ−５０５０５、Ｓｅａｒｌｅ ＳＣ−５１１４６、Ｓｅａｒｌｅ ＳＣ−５２７９８、ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ＳＫ＆Ｆ−１０４４９３、Ｌｅｏ Ｄｅｎｍａｒｋ ＳＲ−２５６６、Ｔａｎａｂｅ Ｔ−７５７、及びＴｅｉｊｉｎ ＴＥＩ−１３３８が含まれる。
[00203] 他の有用な薬物ペイロードには、癌の治療に有用な化合物が含まれる。化学療法剤の例には、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ Ｐｈａｒｍ．）、ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標）、Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ Ｐｈａｒｍ．）、フルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ステント（ＳＵ１１２４８、Ｐｆｉｚｅｒ）、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＰＴＫ７８７／ＺＫ ２２２５８４（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、オキサリプラチン（Ｅｌｏｘａｔｉｎ（登録商標）、Ｓａｎｏｆｉ）、５−ＦＵ（５−フルオロウラシル）、ロイコボリン、ラパマイシン（Ｓｉｒｏｌｉｍｕｓ、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＧＳＫ５７２０１６、Ｇｌａｘｏ Ｓｍｉｔｈ Ｋｌｉｎｅ）、ロナファルニブ（ＳＣＨ ６６３３６）、ソラフェニブ（ＢＡＹ４３−９００６、Ｂａｙｅｒ Ｌａｂｓ）、及びゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＡＧ１４７８、ＡＧ１５７１（ＳＵ ５２７１；Ｓｕｇｅｎ）と、チオテパ及びＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロホスファミドなどのアルキル化剤と、ブスルファン、インプロスファン及びピポスルファンなどのスルホン酸アルキルと、ベンゾドパ、カルボコン、メツレデパ及びウレデパなどのアジリジンと、アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド及びトリメチロメラミンを含むエチレンイミン及びメチルアメルアミンと、アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）と、カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）と、ブリオスタチンと、カリスタチンと、ＣＣ−１０６５（そのアドレゼシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成類似体を含む）と、クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）と、ドラスタチンと、デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）と、エリュテロビンと、パンクラチスタチンと、サルコジクチインと、スポンジスタチンと、クロランブシル、クロマファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミン酸化物、メルファラン、ノブエンビキン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタードなどの窒素マスタードと、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン及びラニムスチンなどのニトロソウレアと、エンジイン抗生物質（例えばカリケアマイシン、特にカリケアマイシンガンマル及びカリケアマイシンオメガル（Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍ． Ｉｎｔｌ． Ｅｄ． Ｅｎｇｌ． （１９９４） ３３：１８３−１８６）と、ジネミシンＡなどのジネミシンと、クロドロネートなどのビスホスホネートと、エスペラミシン、さらにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エネジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６０ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＵＡＭＹＣＩＮ（登録商標）（ドキソルビシン）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシン）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、ミトマイシンＣなどのミトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、プロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン、メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの代謝拮抗剤のような抗生物質と、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸類似体と、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアムニプリン、チオグアニンなどのプリン類似体と、アクチタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロキシウリジンなどのピリミジン類似体と、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲンと、アミノグルテチオミド、ミトタン、トリロスタンなどの副腎阻害剤と、フォリン酸などの葉酸補充剤と、アセグラトンと、アルドホスファミドグリコシドと、アミノレブリン酸と、エニルウラシルと、アムサクリンと、ベストラブシルと、ビサントレンと、エダトラキセートと、デホファミンと、デメコルシンと、ジアジクオンと、エルホルミチンと、酢酸エリプチニウムと、エポチロンと、エトグルシドと、硝酸ガリウムと、ヒドロキシ尿素と、レンチナンと、ロニダミンと、マイタンシン及びアンサミトシンなどのマイタンシノイドと、ミトグアゾンと、ミトキサントロンと、モピダモールと、ニトラエリンと、ペントスタチンと、フェナメットと、ピラルビシンと、ロソキサントロンと、ポドフィリン酸と、２−エチルヒドラジドと、プロカルバジンと、ＰＳＫ（登録商標）多糖錯体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ、オレゴン州ユージーン）と、ラゾキサンと、リゾキシンと、シゾフランと、スピロゲルマニウムと、テヌアゾン酸と、トリアジクオンと、２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミンと、トリコテセン（特にＴ−２トキシン、ベラクリンＡ、ロリジンＡ及びアンギジン）と、ウレタンと、ビンデシンと、ダカルバジンと、マンノムスチンと、ミトブロニトールと、ミトラクトールと、ピポブロマンと、ガシトシンと、アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）と、シクロホスファミドと、チオテパと、タキソイド、例えばＴＡＸＯＬ（登録商標）（パクリタキセル、；Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、ニュージャージー州プリンストン）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）（クレモホールを含まない）、パクリタキセルのアルブミン改変ナノ粒子配合（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐａｒｔｎｅｒｓ、イリノイ州ショームバーグ）、及びＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）（ドキセタキセル；Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ、フランスＡｎｔｏｎｙ）と、クロランブシルと、ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）（ゲムシタビン）と、６−チオグアニンと、メルカプトプリンと、メトトレキサートと、シスプラチン及びカルボプラチンなどのプラチナ類似体と、ビンブラスチンと、エトポシド（ＶＰ−１６）と、イホスファミドと、ミトキサントロンと、ビンクリスチンと、ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標）（ビノレルビン）と、ノバントロンと、テニポシドと、エダトレキサートと、ダウノマイシンと、アミノプテリンと、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））と、イバンドロネートと、ＣＰＴ−１１と、トポイソメラーゼ阻害剤ＲＳＦ ２０００と、ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）と、レチノイン酸などのレチノイドと、以上のいずれかの薬学的に許容可能な塩、酸及び誘導体とが含まれる。
[00204] 他の有用なペイロードには、（ｉ）例えば、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）；酢酸タモキシフェン）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、４−ヒドロキシタモキシフェン、トロキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、及びＦＡＲＳＴＯＮ（登録商標）（酢酸トレミフェン）を含む抗エストロゲン及び選択的エストロゲン受容体調節剤（ＳＥＲＭ）などの、腫瘍へのホルモンの作用を調整又は阻害するように作用する抗ホルモン剤と、（ｉｉ）例えば、４（５）−イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標）（酢酸メゲストロール）、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）（エキセメスタン、Ｐｆｉｚｅｒ）、ホルメスタン、ファドラゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）（ボロゾール）、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）（レトロゾール、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、及びＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）（アナストロゾール、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）と、（ｉｉｉ）フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド、及びゴセレリン、さらにトロキサシタビン（１，３−ジオキソラン、ヌクレオシドシトシン類似体）などの抗アンドロゲンと、（ｉｖ）タンパク質キナーゼ阻害剤と、（ｖ）脂質キナーゼ阻害剤と、（ｖｉ）例えば、ＰＫＣ−α、Ｒａｌｆ及びＨ−Ｒａｓなどのアンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関連するシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するものと、（ｖｉｉ）ＶＥＧＦ発現阻害剤（例えばＡＮＧＩＯＺＹＭＥ（登録商標））及びＨＥＲ２発現阻害剤などのリボザイムと、（ｖｉｉｉ）例えば、ＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）と、ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）ｒＩＬ−２と、ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）などのトポイソメラーゼ１阻害剤と、ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨなどの遺伝子治療剤のようなワクチンと、（ｉｘ）ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）などの抗血管新生剤と、（ｘ）以上のいずれかの薬学的に許容可能な塩、酸及び誘導体とが含まれる。他の抗血管新生剤には、ＭＭＰ−２（マトリクス−金属タンパク質分解酵素２）阻害剤、ＭＭＰ−９（マトリクス−金属タンパク質分解酵素９）阻害剤、ＣＯＸ−ＩＩ（シクロオキシゲナーゼＩＩ）阻害剤、及びＶＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤が含まれる。本明細書の化合物／組成物と組み合わせて使用することができるこのようなマトリクス金属タンパク質分解酵素阻害剤の例が、ＷＯ９６／３３１７２号、ＷＯ９６／２７５８３号、ＥＰ８１８４４２号、ＥＰ１００４５７８号、ＷＯ９８／０７６９７号、ＷＯ９８／０３５１６号、ＷＯ９８／３４９１８号、ＷＯ９８／３４９１５号、ＷＯ９８／３３７６８号、ＷＯ９８／３０５６６号、ＥＰ６０６，０４６号、ＥＰ９３１，７８８号、ＷＯ９０／０５７１９号、ＷＯ９９／５２９１０号、ＷＯ９９／５２８８９号、ＷＯ９９／２９６６７号、ＷＯ９９／０７６７５号、ＥＰ９４５８６４号、米国特許第５，８６３，９４９号、米国特許第５，８６１，５１０号、及びＥＰ７８０，３８６号に記載され、これはすべて参照により全体が本明細書に組み込まれる。ＶＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤の例には、４−（４−ブロモ−２−フルオノアリニノ）−６−メトキシ−７−（１−メチルピペリジン−４−イルメトキシ）キナゾリン（ＺＤ６４７４；ＷＯ０１／３２６５１号の実施例２）、４−（４−フルオロ−２−メチルインドール−５−イルオキシ）−６−メトキシ−７−（３−ピロリジン−１−イルプロポキシ）キナゾリン（ＡＺＤ２１７１；ＷＯ００／４７２１２号の実施例２４０）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７；ＷＯ９８／３５９８５号）及びＳＵ１１２４８（スニチニブ；ＷＯ０１／６０８１４号）、及びＰＣＴ特許公開ＷＯ９７／２２５９６号、ＷＯ９７／３００３５号、ＷＯ９７／３２８５６号、及びＷＯ９８／１３３５４号で開示されたような化合物が含まれる。
[00205] 特定の実施形態では、ペイロードは抗体又は抗体フラグメントである。特定の実施形態では、ペイロード抗体又はフラグメントは、当業者が認識する免疫グロブリン遺伝子のいずれかでコードすることができる。免疫グロブリン遺伝子にはκ、λ、α、γ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４）、δ、ε及びμ定常領域遺伝子、さらに免疫グロブリン可変領域遺伝子が含まれるが、これらに限定されない。この用語は、当業者が認識する完全長抗体及び抗体フラグメント、及びその変異体を含む。例示的フラグメントには、Ｆｖ、Ｆｃ、Ｆａｂ、及び（Ｆａｂ’）２、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、二官能性ハイブリッド抗体ポリペプチド、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、ＣＤＲの組み合わせ、可変領域、フレームワーク領域、定常領域などが含まれるが、これらに限定されない。
[00206] 特定の実施形態では、ペイロードは１つ又は複数の水溶性ポリマーである。多種多様な高分子ポリマー及び他の分子を本明細書に記載のポリペプチドと結合して、ポリペプチドの生物学的特性を調節する、及び／又はポリペプチドに新しい生物学的特性を提供することができる。これらの高分子ポリマーは、自然にコードされたアミノ酸を介して、自然以外でコードされたアミノ酸、又は天然又は修飾アミノ酸の任意の機能置換物、又は天然又は修飾アミノ酸に付加された任意の置換物又は官能基を介してポリペプチドに結合することができる。ポリマーの分子量は広範囲になることができ、約１００Ｄａと約１００，０００Ｄａの間、又はそれ以上を含むが、これらに限定されない。
[00207] 選択されるポリマーは、これが付着するタンパク質が生理学的環境のような水性環境に沈殿しないように、水溶性とすることができる。ポリマーは、分岐鎖であっても非分岐鎖であってもよい。治療で最終産生物の調製に使用する場合、ポリマーは薬学的に許容可能であることが好ましい。
[00208] 特定の実施形態では、ポリペプチド分子に対するポリエチレングリコール分子の割合は、反応混合物中の濃度のように変動する。概して、（余剰未反応タンパク質又はポリマーが最小限である反応効率に関して）最適比率は、選択されたポリエチレングリコールの分子量によって、及び使用可能な反応性基の数に基づいて決定することができる。分子量に関して、通常、ポリマーの分子量が高くなるほど、タンパク質に付着できるポリマー分子の数は少なくなる。同様に、これらのパラメータを最適化する場合は、ポリマーの分岐を考慮しなければならない。通常、分子量が高い（又は分岐が多い）ほど、ポリマー：タンパク質の比率が高くなる。
[00209] 水溶性ポリマーは、線状、二叉又は分岐を含むが、これらに限定されない任意の構造的形態とすることができる。通常、水溶性ポリマーはポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）などのポリ（アルキレングリコール）であるが、他の水溶性ポリマーも使用することができる。例示により、ＰＥＧを使用して特定の実施形態について述べる。
[00210] ＰＥＧは、市販されている、又は当技術分野で周知の方法によるエチレングリコールの開環重合によって調製することができる周知の水溶性ポリマーである（Ｓａｎｄｌｅｒ及びＫａｒｏ、Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， Ｖｏｌ． ３， ｐａｇｅｓ １３８−１６１）。「ＰＥＧ」という用語は、サイズ又はＰＥＧの端部での修飾に関係なく、任意のポリエチレングリコール分子を含むものと広義に使用され、式ＸＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−ＣＨ２ＣＨ２−Ｙによってポリペプチドに結合した状態で表すことができ、式中、ｎは２〜１０，０００であり、ＸはＨ又は末端の修飾であり、Ｃ１−４アルキルを含むが、これらに限定されない。
[00211] 場合によっては、ＰＥＧは一方端はヒドロキシ又はメトキシで終端する、すなわち、ＸはＨ又はＣＨ３である（「メトキシＰＥＧ」）。あるいは、ＰＥＧは反応性基で終端し、それによって二官能性ポリマーを形成することができる。典型的な反応性基には、２０種の一般的アミノ酸に見られる官能基との反応に通常使用される反応性基（マレイミド基、活性炭（ｐ−ニトロフェニルエステルを含むが、これらに限定されない）、活性エステル（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド、ｐ−ニトロフェニルエステルを含むが、これらに限定されない）及びアルデヒドを含むが、これらに限定されない）、さらに２０種の一般的アミノ酸に対して不活性であるが、自然以外でコードされたアミノ酸に存在する補体官能基と特異的に反応する官能基（アジド基、アルキン基を含むが、これらに限定されない）が含まれる。上記の式のＹで示されたＰＥＧの他方の末端が、ポリペプチドに直接、又は自然に生じる、又は自然以外でコードされたアミノ酸を介して付着することが分かる。例えば、Ｙは、ポリペプチドのアミノ基（リシンのイプシロンアミン又はＮ末端を含むが、これらに限定されない）とのアミド、カルバメート又は尿素結合とすることができる。あるいは、Ｙはチオール基（システインのチオール基を含むが、これらに限定されない）とのマレイミド結合とすることができる。あるいは、Ｙは、２０種の一般的アミノ酸を介して普通にアクセス可能ではない残基との結合とすることができる。例えば、ＰＥＧのアジド基は、ポリペプチドのアルキン基と反応して、ヒュスゲン［３＋２］付加環化産生物を形成することができる。あるいは、ＰＥＧのアルキン基は、本明細書に記載の修飾アミノ酸などの自然以外でコードされるアミノ酸に存在するアジド基と反応して、同様の産生物を形成することができる。幾つかの実施形態では、強求核剤（ヒドラジン、ヒドラジド、ヒドロキシルアミン、セミカルバジドを含むが、これらに限定されない）は、自然以外でコードされたアミノ酸に存在するアルデヒド基又はケトン基と反応して、ヒドラゾン、オキシム又はセミカルバゾンを適宜形成することができ、これは場合によっては、適切な還元剤で処理することによってさらに還元することができる。あるいは、強求核剤は、自然以外でコードされたアミノ酸を介してポリペプチドに取り込み、水溶性ポリマーに存在するケトン基又はアルデヒド基との優先的反応に使用することができる。
[00212] ＰＥＧの任意の分子量を、実際の所望に応じて使用することができ、それには所望に応じて約１００ダルトン（Ｄａ）〜１００，０００Ｄａ以上（場合によっては０．１〜５０ｋＤａ又は１０〜４０ｋＤａを含むが、これらに限定されない）が含まれるが、これらに限定されない。各鎖が１〜１００ｋＤａ（１〜５０ｋＤａ又は５〜２０ｋＤａを含むが、これらに限定されない）の範囲の分子量（ＭＷ）を有するＰＥＧ分子を含むが、これらに限定されない分岐鎖ＰＥＧも使用することができる。広範囲のＰＥＧ分子が、参照により本明細書に組み込まれるＳｈｅａｒｗａｔｅｒ Ｐｏｌｙｍｅｒｓ， Ｉｎｃ．のカタログ「Ｎｅｋｔａｒ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ」を含むが、これらに限定されないカタログに記載されている。
[00213] 通常、ＰＥＧ分子の少なくとも一方の末端が、自然以外でコードされたアミノ酸との反応に使用可能である。例えば、アミノ酸側鎖と反応するアルキン部分及びアジド部分を有するＰＥＧ誘導体を使用して、本明細書に記載するような自然以外でコードされたアミノ酸にＰＥＧを付着させることができる。自然以外でコードされたアミノ酸がアジドを含む場合は、ＰＥＧが一般的に、［３＋２］付加環化産生物の形成を実行するアルキン部分、又はアミド結合の形成を実行するホスフィン基を含有する活性ＰＥＧ種（すなわち、エステル、カーボネート）を含有する。あるいは、自然以外でコードされたアミノ酸がアルキンを含む場合は、ＰＥＧが一般的に、［３＋２］ホスゲンヒュスゲン付加環化産生物の形成を実行するアジド部分を含有する。自然以外でコードされたアミノ酸がカルボニル基を含む場合、ＰＥＧは一般的に、それぞれ対応するヒドラゾン、オキシム、及びセミカルバゾン結合の形成を実行するために、有力な求核剤（ヒドラジド、ヒドラジン、ヒドロキシルアミン、又はセミカルバジド官能基を含むが、これらに限定されない）を含む。他の代替物では、本明細書に記載する反応性基の方向を逆転することができる。すなわち、自然以外でコードされたアミノ酸のアジド部分を、アルキンを含有するＰＥＧ誘導体と反応させることができる。
[00214] 幾つかの実施形態では、ＰＥＧ誘導体を有するポリペプチド変異体は、自然以外でコードされたアミノ酸の側鎖に存在する化学官能基と反応する化学官能基を含有する。
[00215] 特定の実施形態では、ペイロードは、約８００Ｄａ〜約１００，０００Ｄａの平均分子量を有する水溶性ポリマーバックボーンを含むアジド又はアセチレン含有ポリマーである。水溶性ポリマーのポリマーバックボーンは、ポリ（エチレングリコール）でよい。しかし、ポリ（エチレン）グリコールを含むが、これらに限定されない多種多様な水溶性ポリマー、及びポリ（デキストラン）及びポリ（プロピレングリコール）を含む他の関連ポリマーも、使用に適しており、ＰＥＧ又はポリ（エチレングリコール）という用語を使用するのは、このような分子をすべて包含するよう意図されていることを理解されたい。ＰＥＧという用語には、二官能性ＰＥＧ、多アームＰＥＧ、誘導ＰＥＧ、二叉ＰＥＧ、分岐ＰＥＧ、懸垂ＰＥＧ（すなわち、ポリマーバックボーンに懸垂する１つ又は複数の官能基を有するＰＥＧ又は関連ポリマー）、又は自身内に分解可能な結合を有するＰＥＧなど、任意の形態のポリ（エチレングリコール）が含まれるが、これらに限定されない。
[00216] ポリマーバックボーンは線状又は分岐状でよい。分岐状ポリマーバックボーンは当技術分野で一般的に知られている。通常、分岐状ポリマーは、中心の枝コア部分及び中心枝コアに結合する複数の線状ポリマー鎖を有する。ＰＥＧは通常、グリセロール、グリセロールオリゴマ、ペンタエリトリトール及びソルビトールなどの様々な多価アルコールに酸化エチレンを付加することによって調製できる分岐状の形態で使用される。中心の枝部分は、リシンなどの幾つかのアミノ酸から誘導することもできる。分岐状ポリ（エチレングリコール）は、Ｒ（−ＰＥＧ−ＯＨ）ｍという一般式で表すことができ、ここで、Ｒはグリセロール、グリセロールオリゴマ、又はペンタエリトリトールなどのコア部分から誘導され、ｍはアームの数を表す。それぞれが参照により全体が本明細書に組み込まれる米国特許第５，９３２，４６２号、第５，６４３，５７５号、第５，２２９，４９０号、第４，２８９，８７２号、米国特許出願第２００３／０１４３５９６号、ＷＯ９６／２１４６９号、及びＷＯ９３／２１２５９号に記載されているような多アームＰＥＧ分子も、ポリマーバックボーンとして使用することができる。
[00217] 分岐状ＰＥＧは、ＰＥＧ（−ＹＣＨＺ２）ｎで表される二叉ＰＥＧの形態でもよく、ここで、Ｙは結合基であり、Ｚは規定された長さの原子鎖によってＣＨに結合した活性末端基である。
[00218] さらに別の分岐状形態である懸垂ＰＥＧは、ＰＥＧ鎖の端部ではなく、ＰＥＧバックボーンに沿ってカルボキシルなどの反応性基を有する。
[00219] これらの形態のＰＥＧに加えて、バックボーンに弱い又は分解可能な結合を有するポリマーも調製することができる。例えば、ポリマーバックボーン中に加水分解されるエステル結合があるＰＥＧを調製することができる。本明細書で示すように、この加水分解の結果、ポリマーが、これより小さい分子量を有するフラグメントに分割される。すなわち、−ＰＥＧ−ＣＯ２−ＰＥＧ−＋Ｈ２Ｏ→ＰＥＧ−ＣＯ２Ｈ＋ＨＯ−ＰＥＧ−である。ポリ（エチレングリコール）又はＰＥＧという用語は、当技術分野で知られ、本明細書で開示するものを含むが、これらに限定されないすべての形体を表す、又は含むことが、当業者には理解される。
[00220] 多くの他のポリマーも使用に適している。幾つかの実施形態では、２〜約３００の末端を有する水溶性のポリマーバックボーンが、特にそうである。適切なポリマーの例には、ポリ（プロピレングリコール）（「ＰＰＧ」）などの他のポリ（アルキレングリコール）、その共重合体（エチレングリコール及びプロピレングリコールの共重合体を含むが、これらに限定されない）、その三元重合体、その混合物などが含まれるが、これらに限定されない。ポリマーバックボーンの各鎖の分子量は変動することがあるが、通常は約８００Ｄａ〜約１００，０００Ｄａの範囲であり、約６，０００Ｄａ〜約８０，０００Ｄａであることが多い。
[00221] 実質的に水溶性のバックボーンの以上のリストは決して網羅的ではなく、単に例示であり、本明細書に記載する性質を有するポリマー材料はすべて、使用に適していると想定されることが、当業者には認識される。
[00222] 幾つかの実施形態では、ポリマー誘導体は「多官能性」であり、これはポリマーバックボーンが少なくとも２つの末端、場合によっては約３００もの末端を有し、官能基で官能性を与えるか活性化できるという意味である。多官能性ポリマー誘導体には、２つの末端を有し、各末端が同じ又は異なる官能基に結合される線状ポリマーが含まれるが、これらに限定されない。
[00223] アジド官能基は、アリールエステルを含有するペイロード部分と選択的に反応し、アリールホスフィン部分で適切に官能性を与えて、アミド結合を生成することができる。アリールホスフィン基はインシチューでアジドを還元し、次にその結果のアミンが近位エステル結合と効率的に反応して、対応するアミドを生成する。例えばＥ． Ｓａｘｏｎ及びＣ． ＢｅｒｔｏｚｚｉのＳｃｉｅｎｃｅ ２８７， ２００７−２０１０ （２０００）を参照されたい。幾つかの実施形態では、アジド含有アミノ酸は、アルキルアジド（２−アミノ−６−アジド−１−ヘキサン酸を含むが、これらに限定されない）又はアリールアジド（−アジド−フェニルアラニン）である。
[00224] アリールエステル及びホスフィン部分を含有する例示的ペイロード部分は、下式のように表すことができる。

式中、Ｘは−Ｏ−、−ＮＨ−、−Ｓ−又は単結合であり、Ｐｈはフェニルであり、Ｗはペイロード部分であり、ＲはＨ、アルキル、アリール、置換アルキル及び置換アリール基である。例示的Ｒ基には−ＣＨ２、−Ｃ（ＣＨ３）３、−ＯＲ’、−ＮＲ’Ｒ”、−ＳＲ’、−ハロゲン、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＣＯＮＲ’Ｒ”、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’Ｒ”、−ＣＮ及び−ＮＯ２が含まれるが、これらに限定されない。Ｒ、Ｒ”、Ｒ’”及びＲ””はそれぞれ独立に水素、置換又は非置換ヘテロアルキル、置換又は非置換アリールであり、１−３ハロゲンに置換されたアリール、置換又は非置換アルキル、アルコキシ又はチオアルコキシ基、又はアリールアルキル基を含むが、これらに限定されない。本明細書に記載の化合物が、例えば複数のＲ基を含む場合、各Ｒ基は、Ｒ’、Ｒ”、Ｒ’”及びＲ””基のうち複数が存在する場合、これらの各基のように独立に選択される。Ｒ’及びＲ”が同じ窒素原子に付着する場合、これは窒素原子と化合して、５−、６−、又は７−員環を形成することができる。例えば、−ＮＲ’Ｒ”は、１−ピロリジニル及び４−モルホリニルを含むが、これらに限定されないものとする。置換基に関する以上の検討から、「アルキル」という用語は、ハロアルキル（−ＣＦ３及び−ＣＨ２ＣＦ３を含むが、これらに限定されない）及びアシル（−Ｃ（Ｏ）ＣＨ３、−Ｃ（Ｏ）ＣＦ３、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＯＣＨ３などを含むが、これらに限定されない）などの、水素基以外の基に結合した炭素原子を含む基を含むものとすることが、当業者には理解される。
[00225] アジド官能基は、チオエステルを含有して、アリールホスフィン部分で適切に官能性を与えられたペイロード部分と選択的に反応し、アミド結合を形成することもできる。アリールホスフィン基はインシチューでアジドを還元し、次にその結果のアミンがチオエステル結合と効率的に反応して、対応するアミドを生成する。チオエステル及びホスフィン部分を含有する例示的水溶性ポリマーは、下式のように表すことができる。

式中、ｎは１〜１０であり、ＸはＯ、Ｎ、Ｓになり得るか、存在せず、Ｐｈはフェニルであり、Ｗはペイロード部分である。
[00226] １つの実施形態では、ポリマー誘導体はＸ−Ａ−ＰＡＹ−Ｂ−アルキニルという構造を有し、ここで、Ｂは結合部分であり、存在しても存在しなくてもよく、ＰＡＹはペイロード部分であり、Ａは結合部分であり、存在しても存在しなくてもよく、Ｂと同じでも異なってもよく、Ｘは第二官能基である。Ａ及びＢの結合部分の例には、最大１８個、さらに好ましくは１〜１０個の炭素原子を含有する多官能性アルキル基が含まれるが、これらに限定されない。窒素、酸素又はイオウなどの異種原子がアルキル鎖に含まれることもある。アルキル鎖は、異種原子にて分岐することもある。Ａ及びＢの結合部分の他の例には、最大１０個、さらに好ましくは５〜６個の炭素原子を含有する多官能性アリール基が含まれるが、これらに限定されない。アリール基は、１個又は複数の炭素原子、窒素、酸素又はイオウ原子で置換することができる。適切な結合基の他の例には、米国特許第５，９３２，４６２号、第５，６４３，５７５号、及び米国特許出願公開第２００３／０１４３５９６号に記載された結合基が含まれ、これはそれぞれ参照により本明細書に組み込まれる。結合部分の以上のリストは決して網羅的ではなく、単に例示であり、本明細書に記載する性質を有する結合部分はすべて、使用に適していると想定されることが、当業者には認識される。
[00227] Ｘとして使用するのに適切な官能基の例には、ヒドロキシル、保護ヒドロキシル、アルコキシル、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル及び１ベンゾトリアゾリルエステルなどの活性エステル、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルカーボネート及び１−ベンゾトリアゾリルカーボネートなどの活性カーボネート、アセタール、アルデヒド、抱水アルデヒド、アルケニル、アクリレート、メタクリレート、アクリルアミン、活性スルホン、アミン、アミノオキシ、保護アミン、ヒドラジド、保護ヒドラジド、保護チオール、カルボン酸、保護カルボン酸、イソシアネート、イソチオシアネート、マレイミド、ビニルスルホン、ジチオピリジン、ビニルピリジン、ヨードアセトアミド、エポキシド、グリオキサル、ジオン、メシレート、トシレート、トレシレート、アルケン、及びケトンが含まれるが、これらに限定されない。当業者に理解されるように、選択されたＸ部分は、アルキニル基との反応が生じないように、アルキニル基と融和性がなければならない。アルキニル含有ポリマー誘導体はホモ二官能性、すなわち、第二官能基（すなわちＸ）もアルキニル部分であるか、ヘテロ二官能性、すなわち、第二官能基が異なる官能基であるようにすることができる。
[00228] 「保護」という用語は、特定の反応条件で化学反応性官能基の反応を防止する保護基又は部分が存在することを指す。保護基は、保護されている化学反応性基のタイプに応じて変化する。例えば、化学反応性基がアミン又はヒドラジドである場合、保護基はｔ−ブチルオキシカルボニル（ｔ−Ｂｏｃ）及び９０フルオレニルメトキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）から選択することができる。化学反応性基がチオールである場合、保護基はオルトピリジルジスルフィドとすることができる。化学反応性基が酪酸又はプロピオン酸などのカルボン酸、又はヒドロキシル基である場合、保護基はメチル、エチル、又はｔ−ブチルなどのベンジル又はアルキル基とすることができる。当技術分野で知られている他の保護基も使用することができる。
[00229] 文献にある末端官能基の特定の例には、Ｎ−スクシンイミジルカーボネート（例えば米国特許第５，２８１，６９８号、第５，４６８，４７８号参照）、アミン（例えばＢｕｃｋｍａｎｎ他のＭａｋｒｏｍｏｌ． Ｃｈｅｍ． １８２：１３７９ （１９８１）、Ｚａｐｌｉｐｓｋｙ他のＥｕｒ． Ｐｏｌｙｍ． Ｊ． １９：１１７７ （１９８３）参照）、ヒドラジド（例えばＡｎｄｒｅｓｚ他のＭａｋｒｏｍｏｌ． Ｃｈｅｍ． １７９：３０１ （１９７８）参照）、スクシンイミジルプロピオネート及びスクシンイミジルブタノエート（例えばＯｌｓｏｎ他のＰｏｌｙ（ｅｔｈｙｌｅｎｅ ｇｌｙｃｏｌ） Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ＆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， ｐｐ １７０−１８１、Ｈａｒｒｉｓ ＆ Ｚａｐｌｉｐｓｋｙ Ｅｄｓ．， ＡＣＳ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｄ．Ｃ．， １９９７参照、米国特許第５，６７２，６６２号も参照）、スクシンイミジルスクシネート（例えばＡｂｕｃｈｏｗｓｋｉ 他のＣａｎｃｅｒ Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． ７：１７５ （１９８４）及びＪｏｐｐｉｃｈ他のＭａｃｒｏｌｏｌ． Ｃｈｅｍ． １８０：１３８１ （１９７９）参照）、スクシンイミジルエステル（例えば米国特許第４，６７０，４１７号参照）、炭酸ベンゾトリアゾール（例えば米国特許第５，６５０，２３４号参照）、グリシジルエーテル（例えばＰｉｔｈａ他のＥｕｒ． Ｊ Ｂｉｏｃｈｅｍ． ９４：１１ （１９７９）、Ｅｌｌｉｎｇ他のＢｉｏｔｅｃｈ． Ａｐｐｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． １３：３５４ （１９９１）参照）、オキシカルボニルイミダゾール（例えばＢｅａｕｃｈａｍｐ他のＡｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． １３１：２５ （１９８３）、Ｔｏｎｄｅｌｌｉ他のＪ． Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ １：２５１ （１９８５）参照）、ｐ−炭酸ニトロフェニル（例えばＶｅｒｏｎｅｓｅ他のＡｐｐｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｔｅｃｈ．， １１：１４１ （１９８５）、及びＳａｒｔｏｒｅ他のＡｐｐｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｔｅｃｈ．， ２７：４５ （１９９１）参照）、アルデヒド（例えばＨａｒｒｉｓ他のＪ． Ｐｏｌｙｍ． Ｓｃｉ． Ｃｈｅｍ． Ｅｄ． ２２：３４１ （１９８４）、米国特許第５，８２４，７８４号、米国特許第５，２５２，７１４号参照）、マレイミド（例えばＧｏｏｄｓｏｎ他のＢｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ８：３４３ （１９９０）、Ｒｏｍａｎｉ他のＣｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ２：２９ （１９８４）、及びＫｏｇａｎのＳｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｃｏｍｍ． ２２：２４１７ （１９９２）参照）、オルトピリジル−ジスルフィド（例えばＷｏｇｈｉｒｅｎ他のＢｉｏｃｏｎｊ． Ｃｈｅｍ． ４：３１４（１９９３）参照）、アクリロール（例えばＳａｗｈｎｅｙ他のＭａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ， ２６：５８１ （１９９３）参照）、ビニルスルホン（例えば米国特許第５，９００，４６１号参照）が含まれるが、これらに限定されない。以上の参考文献及び特許はすべて、参照により本明細書に組み込まれる。
[00230] 特定の実施形態では、ポリマー誘導体は、Ｘ−ＣＨ２ＣＨ２Ｏ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−ＣＨ２ＣＨ２−アルキニルの構造を有するポリマーバックボーンを含み、ここで、Ｘは本明細書に記載するような官能基であり、ｎは約２０〜約４０００である。別の実施形態では、ポリマー誘導体は、Ｘ−ＣＨ２ＣＨ２Ｏ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−（ＣＨ２）ｍ−Ｗ−アルキニルという構造を有するポリマーバックボーンを含み、ここで、Ｗは１〜１０個の炭素原子を含む脂肪族又は芳香族リンカー部分であり、ｎは約２０〜約４０００であり、Ｘは本明細書に記載するような官能基であり、ｍは１と１０の間である。適切な官能基の例には、ヒドロキシル、保護ヒドロキシル、アセタール、アルケニル、アミン、アミノオキシ、保護アミン、保護ヒドラジド、保護チオール、カルボン酸、保護カルボン酸、マレイミド、ジチオピリジン、及びビニルピリジン、及びケトンが含まれるが、これらに限定されない。
[00231] アルキニル含有ＰＥＧ誘導体は、当技術分野で知られている及び／又は本明細書で開示する様々な方法で調製することができる。アルキニル含有ポリマー誘導体の調製方法では、アルキニル官能性を有する結合剤をペイロード部分と接触させ、ここで、結合剤はＰＥＧポリマー上の化学官能と選択的に反応する化学官能を有し、それによってアルキニル含有ポリマー誘導体産生物を形成し、ここで、アルキニルは結合剤によってポリマーバックボーンから分離される。
[00232] 例示的反応方式は、本明細書ではＸ−ＰＥＧ−Ｍ＋Ｎ−リンカー−アルキニル→ＰＧ−Ｘ−ＰＥＧ−リンカー−アルキニルと示され、ここで、ＰＥＧはポリ（エチレングリコール）であり、Ｘはアルコキシなどのキャッピング基又は本明細書に記載するような官能基であり、Ｍは、アルキニル官能と反応しないが、Ｎ官能基と効率的かつ選択的に反応する官能基である。適切な官能基の例には、カルボン酸であるＭ、Ｎがアミンである場合はカーボネート又は活性エステル、Ｎがヒドラジド又はアミノオキシ部分である場合はケトンであるＭ、Ｎが求核剤である場合は脱離基であるＭが含まれるが、これらに限定されない。
[00233] 粗産生物の精製は、既知の方法で遂行することができ、それには産生物を沈殿させ、その後に必要に応じてクロマトグラフィにかけることが含まれるが、これらに限定されない。
[00234] 本明細書では、ＰＥＧジアミンのケースでさらに詳細な例が示されており、ここではアミンの１つをｔ−ブチル−Ｂｏｃなどの保護基部分で保護し、その結果のモノ保護ＰＥＧを、アルキニル官能、すなわち、ＢｏｃＨＮ−ＰＥＧ−ＮＨ２＋ＨＯ２Ｃ−（ＣＨ２）３−アルキニルを有する結合部分と反応させる。この場合、アミノ基は、様々な塩化チオニルなどの活性剤又はカルボジイミド試薬及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド又はＮ−ヒドロキシベンゾトリアゾールを使用して、カルボン酸基と結合させ、モノアミンＰＥＧ誘導体とアルキニル含有リンカー部分との間のアミド結合を生成することができる。アミド結合の形成に成功した後、Ｎ−ｔ−ブチル−Ｂｏｃ−保護アルキニル−含有誘導体を直接使用して、生物活性分子を修飾するか、さらに合成して他の有用な官能基を取り付けることができる。例えば、Ｎ−ｔ−Ｂｏｃ基を強酸で処理することによって加水分解し、オメガ−アミノ−ＰＥＧ−アジドを生成することができる。その結果のアミノを合成とってとして使用し、貴重なヘテロ二官能性試薬の生成のためにマレイミド基、活性ジスルフィド、活性エステルなどの他の有用な官能基を取り付けることができる。
[00235] 別の実施形態では、ポリマー誘導体はＸ−Ａ−ＰＡＹ−Ｂ−Ｃ≡Ｃ−Ｒという構造を有し、ＲはＨ又はアルキル、アルケン、アルコキシ、又はアリール又は置換アリール基とすることができ、Ｂは存在しても存在しなくてもよい結合部分であり、ＰＡＹはペイロード部分であり、Ａは存在しても存在しなくてもよく、Ｂと同じ又は異なってよい結合部分であり、Ｘは第二官能基である。
[00236] Ａ及びＢの結合部分の例には、最大１８個、さらに好ましくは１〜１０個の炭素原子を含有する多官能性アルキル基が含まれるが、これらに限定されない。窒素、酸素又はイオウなどの異種原子がアルキル鎖に含まれることもある。アルキル鎖は、異種原子にて分岐することもある。Ａ及びＢの結合部分の他の例には、最大１０個、さらに好ましくは５〜６個の炭素原子を含有する多官能性アリール基が含まれるが、これらに限定されない。アリール基は、１個又は複数の炭素原子、窒素、酸素又はイオウ原子で置換することができる。適切な結合基の他の例には、米国特許第５，９３２，４６２号、第５，６４３，５７５号、及び米国特許出願公開第２００３／０１４３５９６号に記載された結合基が含まれ、これはそれぞれ参照により本明細書に組み込まれる。結合部分の以上のリストは決して網羅的ではなく、単に例示として意図され、本明細書に記載する性質を有する多種多様な結合部分は、有用であると想定されることが、当業者には認識される。
[00237] Ｘとして使用するのに適切な官能基の例には、ヒドロキシル、保護ヒドロキシル、アルコキシ、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル及び１−ベンゾトリアゾリルエステルなどの活性エステル、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルカーボネート及び１−ベンゾトリアゾイルカーボネートなどの活性カーボネート、アセタール、アルデヒド、水酸化アルデヒド、アルケニル、アクリレート、メタクリレート、アクリルアミド、活性スルホン、アミン、アミノオキシ、保護アミン、ヒドラジド、保護ヒドラジド、保護チオール、カルボン酸、保護カルボン酸、イソシアネート、イソチオシアネート、マレイミド、ビニルスルホン、ジチオピリジン、ビニルピリジン、ヨードアセトアミド、エポキシド、グリオキサル、ジオン、メシレート、トシレート、及びトレシレート、アルケン、ケトン、及びアセチレンが含まれる。理解されるように、選択されたＸ部分は、アセチレン基との反応が生じないように、アセチレン基と融和性がなければならない。アセチレン含有ポリマー誘導体はホモ二官能性、すなわち、第二官能基（すなわちＸ）もアセチレン部分であるか、ヘテロ二官能性、すなわち、第二官能基が異なる官能基であるようにすることができる。
[00238] 別の実施形態では、ポリマー誘導体は、Ｘ−ＣＨ２ＣＨ２Ｏ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−（ＣＨ２）ｍ−Ｃ≡ＣＨという構造を有するポリマーバックボーンを含み、ここで、Ｘは本明細書に記載するような官能基であり、ｎは約２０〜約４０００であり、ｍは１と１０の間である。各ヘテロ二官能ＰＥＧポリマーの特定の例が本明細書で示されている。
[00239] アセチレン含有ＰＥＧ誘導体は、当業者に知られている及び／又は本明細書で開示する方法を使用して調製することができる。１つの方法では、約８００Ｄａ〜約１００，０００Ｄａの平均分子量を有する水溶性ポリマーバックボーン、すなわち、第一官能基に結合した第一末端及び適切な求核基に結合した第二末端を有するポリマーバックボーンを、ＰＥＧの求核基と反応するのに適切な脱離基及びアセチレン官能との両方を有する化合物と反応させる。求核部分を有するＰＥＧポリマーと脱離基を有する分子とを化合させると、脱離基が求核変位して、求核部分で置換され、所望のアセチレン含有ポリマーを提供する。すなわち、Ｘ−ＰＥＧ−Ｎｕ＋Ｌ−Ａ−Ｃ→Ｘ−ＰＥＧ−Ｎｕ−Ａ−Ｃ≡ＣＲ’である。
[00240] ここで示されるように、反応に使用するのに好ましいポリマーバックボーンは、Ｘ−ＰＥＧ−Ｎｕという式を有し、ここで、ＰＥＧはポリ（エチレングリコール）であり、Ｎｕは求核部分であり、ＸはＮｕ、Ｌ又はアセチレン官能基と反応しない官能基である。
[00241] Ｎｕの例にはアミン、アルコキシ、アリールオキシ、スルフヒドリル、イミノ、カルボキシレート、ヒドラジド、主にＳＮ２−型の機序を介して反応するアミノキシ基が含まれるが、これらに限定されない。Ｎｕ基の追加的な例には、主に求核付加反応を介して反応する官能基が含まれる。Ｌ基の例には塩化物、臭化物、ヨウ化物、メシレート、トレシレート、及びトシレート及び求核変位すると予想される他の基、さらにケトン、アルデヒド、チオエステル、オレフィン、アルファ−ベータ不飽和カルボニル基、炭酸塩及び求核基によって付加されると予想される他の求電子基が含まれる。
[00242] 別の実施形態では、Ａは炭素原子が１〜１０個の脂肪族リンカー、又は炭素原子が６〜１４個の置換アリール環である。Ｘは、アルキニル基と反応しない官能基であり、Ｌは適切な脱離基である。
[00243] アセチレン含有ポリマー誘導体を調製する別の方法では、約８００Ｄａ〜約１００，０００Ｄａの平均分子量を有し、一方の末端に保護官能基又はキャッピング剤を、他方の末端に適切な脱離基を有するＰＥＧポリマーを、アセチレンアニオンと接触させる。
[00244] 水溶性ポリマーは、ポリペプチドと結合することができる。水溶性ポリマーは、自然以外でコードされてポリペプチドに取り込まれたアミノ酸、又は自然以外でコードされたか自然にコードされたアミノ酸の任意の官能基又は置換基、又は自然以外でコードされたか自然にコードされたアミノ酸に付加された任意の官能基又は置換基を介して結合することができる。ある実施形態では、自然以外でコードされたアミノ酸は、本明細書に記載するような修飾アミノ酸である。あるいは、水溶性ポリマーは、自然に生じるアミノ酸（システイン、リシン又はＮ末端残基のアミノ基を含むが、これらに限定されない）を介して、自然以外でコードされたアミノ酸を取り込んだ抗原結合抗体に結合する。幾つかのケースでは、ポリペプチドは１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個の修飾アミノ酸を含み、ここで１個又は複数の自然以外でコードされたアミノ酸は水溶性ポリマー（ＰＥＧ及び／又はオリゴ糖を含むが、これらに限定されない）に結合する。幾つかのケースでは、ポリペプチドはさらに、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれ以上の自然にコードされ、水溶性ポリマーに結合したアミノ酸を含む。幾つかのケースでは、ポリペプチドは、水溶性ポリマーに結合した１個又は複数の自然以外でコードされたアミノ酸、及び水溶性ポリマーに結合した１個又は複数の自然にコードされたアミノ酸を含む。幾つかの実施形態では、水溶性ポリマーは、非結合形態に対してポリペプチドの血清中半減期を延長させる。
[00245] ポリペプチドに結合する水溶性ポリマーの数（すなわち、ＰＥＧ化又はグリコシル化の程度）を調節して、インビボ半減期などの薬理学的、薬物動態学的、又は薬力学的特徴を変更する（増加又は減少を含むが、これらに限定されない）ことができる。幾つかの実施形態では、ポリペプチドの半減期は非修飾ポリペプチドより少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、５倍、１０倍、５０倍、又は少なくとも約１００倍増加する。
[00246] １つの実施形態では、カルボニルを含有し自然以外でコードされたアミノ酸を含むポリペプチドが、ＰＥＧバックボーンに直接結合する末端ヒドラジン、ヒドロキシアミン、ヒドラジド、又はセミカルバジド部分を含有するＰＥＧ誘導体で修飾される。
[00247] 幾つかの実施形態では、ヒドロキシアミン末端ＰＥＧ誘導体はＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）ｍ−Ｏ−ＮＨ２という構造を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００である（すなわち、平均分子量は５〜４０ｋＤａである）。
[00248] 幾つかの実施形態では、ヒドラジン又はヒドラジド含有ＰＥＧ誘導体はＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）ｍ−Ｘ−ＮＨ−ＮＨ２という構造を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００であり、Ｘは任意に存在しても存在しなくてもよいカルボニル基（Ｃ＝０）である。
[00249] 幾つかの実施形態では、セミカルバジド含有ＰＥＧ誘導体はＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）ｍ−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−ＮＨ２という構造を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００である。
[00250] 別の実施形態では、カルボニル含有アミノ酸を含むポリペプチドは、アミド結合によってＰＥＧバックボーンに結合する末端ヒドロキシルアミン、ヒドラジド、ヒドラジン、又はセミカルバジド部分を含有するＰＥＧ誘導体で修飾される。
[00251] 幾つかの実施形態では、ヒドロキシアミン末端ＰＥＧ誘導体はＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍ−Ｏ−ＮＨ２という構造を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００である（すなわち、平均分子量は５〜４０ｋＤａである）。
[00252] 幾つかの実施形態では、ヒドラジン又はヒドラジド含有ＰＥＧ誘導体はＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍ−Ｘ−ＮＨ−ＮＨ２の構造を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００であり、Ｘは任意に存在しても存在しなくてもよいカルボニル基（Ｃ＝０）である。
[00253] 幾つかの実施形態では、セミカルバジド含有ＰＥＧ誘導体はＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍ−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−ＮＨ２という構造を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００である。
[00254] 別の実施形態では、カルボニル含有アミノ酸を含むポリペプチドは、末端ヒドラジド、ヒドロキシルアミン、ヒドラジド又はセミカルバジド部分を含有する分岐状ＰＥＧ誘導体で修飾され、分岐状ＰＥＧの各鎖は１０〜４０ｋＤａ、さらに好ましくは５〜２０ｋＤａの範囲のＭＷを有する。
[00255] 別の実施形態では、自然以外でコードされたアミノ酸を含むポリペプチドは、分岐構造を有するＰＥＧ誘導体で修飾される。例えば、幾つかの実施形態ではヒドラジン又はヒドラジド末端ＰＥＧ誘導体は以下の構造、すなわち、［ＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）］２ＣＨ（ＣＨ２）ｍ−Ｘ−ＮＨ−ＮＨ２を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００であり、Ｘは任意に存在しても存在しなくてもよいカルボニル基（Ｃ＝０）である。
[00256] 幾つかの実施形態では、セミカルバジド基を含有するＰＥＧ誘導体は［ＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−ＣＨ２−ＣＨ２］２ＣＨ−Ｘ−（ＣＨ２）ｍ−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−ＮＨ２という構造を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、Ｘは任意にＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ（Ｏ）であるか、存在せず、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００である。
[00257] 幾つかの実施形態では、ヒドロキシルアミン基を含有するＰＥＧ誘導体は［ＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−ＣＨ２−ＣＨ２］２ＣＨ−Ｘ−（ＣＨ２）ｍ−Ｏ−ＮＨ２という構造を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、Ｘは任意にＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ（Ｏ）、又は存在せず、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００である。
[00258] 水溶性ポリマーがポリペプチドに結合できる程度及び部位は、抗原又は受容体に対するポリペプチドの結合を調整することができる。
[00259] ポリマー活性化、さらにペプチド結合の方法及び化学的特性は、文献で記述されており、当技術分野で知られている。ポリマーを活性化するために一般的に使用されている方法は、臭化シアン、過ヨウ素酸塩、グルタルアルデヒド、バイエポキシド、エピクロロヒドリン、ジビニルスルホン、カルバジイミド、ハロゲン化スルホニル、トリクロロトリアジンなどで官能基を活性化することを含むが、これらに限定されない（Ｒ． Ｆ． Ｔａｙｌｏｒ（１９９１）、ＰＲＯＴＥＩＮ ＩＭＭＯＢＩＬＩＳＡＴＩＯＮ． ＦＵＮＤＡＭＥＮＴＡＬ ＡＮＤ ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ、Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ、Ｎ．Ｙ．；Ｓ． Ｓ． Ｗｏｎｇ、（１９９２）、ＣＨＥＭＩＳＴＲＹ ＯＦ ＰＲＯＴＥＩＮ ＣＯＮＪＵＧＡＴＩＯＮ ＡＮＤ ＣＲＯＳＳＬＩＮＫＩＮＧ、ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ；Ｇ． Ｔ． Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ他、（１９９３）、ＩＭＭＯＢＩＬＩＺＥＤ ＡＦＦＩＮＩＴＹ ＬＩＧＡＮＤ ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｎ．Ｙ．；Ｄｕｎｎ， Ｒ． Ｌ．他、Ｅｄｓ． ＰＯＬＹＭＥＲＩＣ ＤＲＵＧＳ ＡＮＤ ＤＲＵＧ ＤＥＬＩＶＥＲＹ ＳＹＳＴＥＭＳ、ＡＣＳ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ Ｖｏｌ． ４６９、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｄ．Ｃ． １９９１参照）。
[00260] ＰＥＧの機能付与及び結合に関する幾つかのレビュー及びモノグラフが入手可能である。例えば、Ｈａｒｒｉｓ、Ｍａｃｒｏｎｏｌ． Ｃｈｅｍ． Ｐｈｙｓ． Ｃ２５：３２５−３７３ （１９８５）；Ｓｃｏｕｔｅｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １３５：３０−６５ （１９８７）；Ｗｏｎｇ他、Ｅｎｚｙｍｅ Ｍｉｃｒｏｂ． Ｔｅｃｈｎｏｌ． １４：８６６−８７４ （１９９２）；Ｄｅｌｇａｄｏ他、Ｃｒｉｔｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ｉｎ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ ９：２４９−３０４ （１９９２）；Ｚａｌｉｐｓｋｙ、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ． ６：１５０−１６５ （１９９５）を参照されたい。
[00261] ポリマー活性化の方法はＷＯ９４／１７０３９号、米国特許第５，３２４，８４４号、ＷＯ９４／１８２４７号、ＷＯ９４／０４１９３号、米国特許第５，２１９，５６４号、米国特許第５，１２２，６１４号、ＷＯ９０／１３５４０号、米国特許第５，２８１，６９８号、及びＷＯ９３／１５１８９号にも見られ、活性化ポリマーと酵素との結合については、結合第ＶＩＩＩ因子（ＷＯ９４／１５６２５号）、ヘモグロビン（ＷＯ９４／０９０２７号）、酸素運搬分子（米国特許第４，４１２，９８９号）、リボヌクレアーゼ及びスーパーオキシドジスムターゼ（Ｖｅｒｏｎｅｓｅ他、Ａｐｐ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． １１：１４１−４５ （１９８５））が含まれるが、これらに限定されない。本明細書で引用する参考文献及び特許はすべて、参照により全体が本明細書に組み込まれる。
[00262] ｐ−アジド−Ｌ−フェニルアラニンなどの自然以外でコードされたアミノ酸を含有するポリペプチドのＰＥＧ化（すなわち、任意の水溶性ポリマーの付加）は、都合の良い方法で実行される。例えば、ポリペプチドはアルキン末端ｍＰＥＧ誘導体でＰＥＧ化される。簡潔に述べると、過剰な固体ｍＰＥＧ（５０００）−Ｏ−ＣＨ２−Ｃ≡ＣＨを、室温で攪拌してｐ−アジド−Ｌ−Ｐｈｅ−含有ポリペプチドの水溶液に添加する。通常、水溶液は、反応を実行するｐＨ（一般的に約ｐＨ４〜１０）に近いｐＫａを有する緩衝剤で緩衝する。ｐＨ７．５でＰＥＧ化するために適切な緩衝剤の例には、例えばＨＥＰＥＳ、リン酸塩、ホウ酸塩、ＴＲＩＳ−ＨＣｌ、ＥＰＰＳ、及びＴＥＳが含まれるが、これらに限定されない。ｐＨを連続的にモニタし、必要に応じて調節する。通常は反応が約１〜４８時間継続できるようにする。
[00263] 反応生成物は、その後、疎水性相互作用クロマトグラフィにかけて、ＰＥＧ化したポリペプチド変異体を、遊離ｍＰＥＧ（５０００）−Ｏ−ＣＨ２−Ｃ≡ＣＨから、及び分子の両端で非ブロックＰＥＧが活性化した場合にＰＥＧ化ポリペプチドの高分子量複合体が形成された場合はそれから分離し、それによってポリペプチド変異体分子を架橋する。疎水性相互作用クロマトグラフィの作動中の状態は、遊離ｍＰＥＧ（５０００）−Ｏ−ＣＨ２−Ｃ≡ＣＨがカラムを通って流れる一方、架橋したＰＥＧ化ポリペプチド変異体複合体があれば、１つ又は複数のＰＥＧ基に結合した１つのポリペプチド変異体分子を含有する所望の形態の後に溶離するような状態である。適切な状態は、架橋した複合体と所望のコンジュゲートとの相対的サイズに応じて変化し、当業者によって容易に決定される。所望のコンジュゲートを含有する溶離液を限外濾過で濃縮し、ダイアフィルトレーションで脱塩する。
[00264] 必要に応じて、疎水性クロマトグラフィから得られたＰＥＧ化ポリペプチドは、当業者に知られている１つ又は複数の手順でさらに精製することができ、その手順には親和性クロマトグラフィ、陰イオン又は陽イオン交換クロマトグラフィ（ＤＥＡＥ ＳＥＰＨＡＲＯＳＥを含むが、これらに限定されないツールを使用する）、シリカを使用するクロマトグラフィ、逆相ＰＨＬＣ、ゲル濾過（ＳＥＰＨＡＤＥＸ Ｇ−７５を含むが、これらに限定されないツールを使用する）、疎水性相互作用クロマトグラフィ、サイズ排除クロマトグラフィ、金属キレートクロマトグラフィ、限外濾過／ダイアフィルトレーション、エタノール沈殿、硫酸アンモニウム沈殿、クロマトフォーカシング、置換クロマトグラフィ、電気泳動法（分離用等電点電気泳動を含むが、これらに限定されない）、示差溶解性（硫酸アンモニウム沈殿を含むが、これらに限定されない）、又は抽出が含まれるが、これらに限定されない。見かけの分子量は、球状タンパク質の標準と比較することにより、ＧＰＣで推定することができる（ＰＲＯＴＥＩＮ ＰＵＲＩＦＩＣＡＴＩＯＮ ＭＥＴＨＯＤＳ， Ａ ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ ＡＰＰＲＯＡＣＨ（Ｈａｒｒｉｓ及びＡｎｇａｌ編集）ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ １９８９， ２９３−３０６）。ポリペプチド−ＰＥＧ結合の純度は、タンパク質分解（トリプシン分解を含むが、これらに限定されない）、及びその後の質量分析法によって評価することができる。Ｐｅｐｉｎｓｋｙ Ｂ．他、Ｊ． Ｐｈａｒｍｃｏｌ． ＆ Ｅｘｐ． Ｔｈｅｒ． ２９７（３）：１０５９−６６ （２００１）．
[00265] ポリペプチドのアミノ酸に結合した水溶性ポリマーはさらに、制限なく誘導又は置換することができる。
[00266] 別の実施形態では、自然以外でコードされたアミノ酸の側鎖に存在するアルキン部分と反応するアジド部分を含有するＰＥＧ誘導体で、ポリペプチドを修飾する。概して、ＰＥＧ誘導体は１〜１００ｋＤａの、幾つかの実施形態では１０〜４０ｋＤａの範囲の平均分子量を有する。
[00267] 幾つかの実施形態では、アジド末端ＰＥＧ誘導体はＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）ｍ−Ｎ３という構造を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００である（すなわち、平均分子量は５〜４０ｋＤａの間である）。
[00268] 別の実施形態では、アジド末端ＰＥＧ誘導体はＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）ｍ−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｐ−Ｎ３という構造を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜２０であり、ｐは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００である（すなわち、平均分子量は５〜４０ｋＤａの間である）。
[00269] 別の実施形態では、アルキン含有アミノ酸を含むポリペプチドを、末端アジド部分を含有する分岐状ＰＥＧ誘導体で修飾し、分岐状ＰＥＧの各鎖は１０〜４０ｋＤａ、さらに好ましくは５〜２０ｋＤａの範囲のＭＷを有する。例えば、幾つかの実施形態ではアジド末端ＰＥＧ誘導体は以下の構造、すなわち、［ＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）］２ＣＨ（ＣＨ２）ｍ−Ｘ−（ＣＨ２）ｐ−Ｎ３を有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｐは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００であり、Ｘは存在しても存在しなくてもよい各ケースで、任意にＯ、Ｎ、Ｓ又はカルボニル基（Ｃ＝０）である。
[00270] 別の実施形態では、本明細書に記載する修飾アミノ酸のように、自然以外でコードされたアミノ酸の側鎖に存在するアジド部分と反応するアルキン部分を含有するＰＥＧ誘導体で、ポリペプチドを修飾する。
[00271] 幾つかの実施形態では、アルキン末端ＰＥＧ誘導体は以下の構造、すなわち、ＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）ｍ−Ｃ≡ＣＨを有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００である（すなわち、平均分子量は５〜４０ｋＤａの間である）。
[00272] 別の実施形態では、アミド結合によってＰＥＧバックボーンに結合した末端アジド又は末端アルキン部分を含有するＰＥＧ誘導体で、アルキンを含有し自然以外でコードしたアミノ酸を含むポリペプチドを修飾する。
[00273] 幾つかの実施形態では、アルキン末端ＰＥＧ誘導体は以下の構造、すなわち、ＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）ｍ−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｐ−Ｃ≡ＣＨを有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜１０であり、ｐは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００である。
[00274] 別の実施形態では、末端アルキン部分を含有する分岐状ＰＥＧ誘導体で、アジド含有アミノ酸を含むポリペプチドを修飾し、分岐状ＰＥＧの各鎖は１０〜４０ｋＤａ、さらに好ましくは５〜２０ｋＤａの範囲のＭＷを有する。例えば、幾つかの実施形態ではアルキン末端ＰＥＧ誘導体は以下の構造、すなわち、［ＲＯ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）］２ＣＨ（ＣＨ２）ｍ−Ｘ−（ＣＨ２）ｐＣ≡ＣＨを有し、ここで、Ｒは簡単なアルキル（メチル、エチル、プロピルなど）であり、ｍは２〜２０であり、ｐは２〜１０であり、ｎは１００〜１，０００であり、Ｘは任意にＯ、Ｎ、Ｓ又はカルボニル基（Ｃ＝０）であるか、存在しない。
[00275] 別の実施形態では、活性官能基（エステル、カーボネートを含むが、これらに限定されない）を含有し、さらに自然以外でコードされたアミノ酸の側鎖に存在するアジド部分と反応するアリールホスフィン基を含むＰＥＧ誘導体で、ポリペプチドを修飾する。概して、ＰＥＧ誘導体は１〜１００ｋＤａ、幾つかの実施形態では１０〜４０ｋＤａの範囲の平均分子量を有する。
[00276] ポリペプチドに結合できる他の例示的ＰＥＧ分子、さらにＰＥＧ化方法は、例えば参照により本明細書に組み込まれる米国特許公開第２００４／０００１８３８号、第２００２／００５２００９号、２００３／０１６２９４９号、２００４／００１３６３７号、２００３／０２２８２７４号、２００３／０２２０４４７号、２００３／０１５８３３３号、２００３／０１４３５９６号、２００３／０１１４６４７号、２００３／０１０５２７５号、２００３／０１０５２２４号、２００３／００２３０２３号、２００２／０１５６０４７号、２００２／００９９１３３号、２００２／００８６９３９号、２００２／００８２３４５号、２００２／００７２５７３号、２００２／００５２４３０号、２００２／００４００７６号、２００２／００３７９４９号、２００２／０００２２５０号、２００１／００５６１７１号、２００１／００４４５２６号、２００１／００２７２１７号、２００１／００２１７６３号、米国特許第６，６４６，１１０号、５，８２４，７７８号、５，４７６，６５３号、５，２１９，５６４号、５，６２９，３８４号、５，７３６，６２５号、４，９０２，５０２号、５，２８１，６９８号、５，１２２，６１４号、５，４７３，０３４号、５，５１６，６７３号、５，３８２，６５７号、６，５５２，１６７号、６，６１０，２８１号、６，５１５，１００号、６，４６１，６０３号、６，４３６，３８６号、６，２１４，９６６号、５，９９０，２３７号、５，９００，４６１号、５，７３９，２０８号、５，６７２，６６２号、５，４４６，０９０号、５，８０８，０９６号、５，６１２，４６０号、５，３２４，８４４号、５，２５２，７１４号、６，４２０，３３９号、６，２０１，０７２号、６，４５１，３４６号、６，３０６，８２１号、５，５５９，２１３号、５，６１２，４６０号、５，７４７，６４６号、５，８３４，５９４号、５，８４９，８６０号、５，９８０，９４８号、６，００４，５７３号、６，１２９，９１２号、ＷＯ９７／３２６０７号、ＥＰ２２９，１０８号、ＥＰ４０２，３７８号、ＷＯ９２／１６５５５号、ＷＯ９４／０４１９３号、ＷＯ９４／１４７５８号、ＷＯ９４／１７０３９号、ＷＯ９４／１８２４７号、ＷＯ９４／２８０２４号、ＷＯ９５／００１６２号、ＷＯ９５／１１９２４号、Ｗ０９５／１３０９０号、ＷＯ９５／３３４９０号、ＷＯ９６／０００８０号、ＷＯ９７／１８８３２号、ＷＯ９８／４１５６２号、ＷＯ９８／４８８３７号、ＷＯ９９／３２１３４号、ＷＯ９９／３２１３９号、ＷＯ９９／３２１４０号、ＷＯ９６／４０７９１号、ＷＯ９８／３２４６６号、ＷＯ９５／０６０５８号、ＥＰ４３９５０８号、ＷＯ９７／０３１０６号、ＷＯ９６／２１４６９号、ＷＯ９５／１３３１２号、ＥＰ９２１１３１号、ＷＯ９８／０５３６３号、ＥＰ８０９９９６号、ＷＯ９６／４１８１３号、ＷＯ９６／０７６７０号、ＥＰ６０５９６３号、ＥＰ５１０３５６号、ＥＰ４００４７２号、ＥＰ１８３５０３号及びＥＰ１５４３１６号に記載されたものを含む。本明細書に記載のＰＥＧ分子はいずれも任意の形態で使用することができ、それには単鎖、分岐鎖、多アーム鎖、単官能、二官能、多官能、又はその任意の組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。
[00277] 特定の実施形態では、ポリペプチドは、修飾アミノ酸と反応することができる１つ又は複数のリンカーでペイロードに結合することができる。１つ又は複数のリンカーは、当業者に明白な任意のリンカーでよい。「リンカー」という用語は、通常は化学反応の結果として形成され、通常は共有結合である基又は結合を指すために使用される。加水分解安定結合とは、結合が水中で実質的に安定し、有用なｐＨ値では水と反応しない、という意味であり、これには長期間、おそらくは無期限にさえなる生理学的状態を含むが、これらに限定されない。加水分解で不安定又は分解可能な結合とは、結合が水中で、又は例えば血液などの水溶液中で分解可能であることを意味する。酵素学的に不安定又は分解可能な結合とは、結合が１つ又は複数の酵素で分解可能であることを意味する。当技術分野で理解されるように、ＰＥＧ及び関連するポリマーは、ポリマーバックボーンに、又はポリマーバックボーンとポリマー分子の末端官能基の１つ又は複数との間のリンカー基に分解可能な結合を含むことがある。例えば、ＰＥＧカルボキシル酸又は活性ＰＥＧカルボキシル酸と生物学的活性剤のアルコール基との反応によって形成されたエステル結合は、通常、生理的状態で加水分解し、作用物質を放出する。他の加水分解結合には、炭酸結合と、アミンとアルデヒドとの反応の結果であるイミン結合と、アルコールとリン酸基との反応によって形成されるリン酸エステル結合と、ヒドラジドとアルデヒドとの反応産生物であるヒドラゾン結合と、アルデヒドとアルコールとの反応生成物であるアセタール結合と、ギ酸塩とアルコールとの反応産生物であるオルトエステル結合と、ＰＥＧなどのポリマーの端部及びペプチドのカルボキシル基を含むが、これらに限定されないアミン基によって形成されるペプチド結合と、リマの端部、及びオリゴヌクレオチドの５’ヒドロキシ基を含むが、これらに限定されないホスホラミダイト基によって形成されるオリゴヌクレオチド結合と、が含まれるが、これらに限定されない。分岐状リンカーをポリペプチド中で使用することができる。幾つかの異なる分割可能なリンカーが当業者に知られている。米国特許第４，６１８，４９２号、第４，５４２，２２５号、及び第４，６２５，０１４号を参照されたい。これらのリンカー基から作用物質を放出するメカニズムには、例えば感光性結合の照射及び酸性触媒による加水分解が含まれる。例えば、米国特許第４，６７１，９５８号には、患者の補体系のタンパク質分解酵素によってインビボの標的部位で分割されるリンカーを含む免疫コンジュゲートの記述がある。リンカーの長さは、ポリペプチドとそれに結合する分子との所望の空間関係に応じて予め決定するか、選択することができる。様々な放射線診断用化合物、放射線治療用化合物、薬物、毒素、及び他の作用物質をポリペプチドに付着させるために多数の方法が報告されていることに鑑みて、当業者は所与の作用物質をポリペプチドに付着させる適切な方法を決定することができる。
[00278] 任意のヘテロ又はホモ二官能リンカーを使用して、コンジュゲートを結合することができる。リンカーは、広範囲の分子量又は分子長を有することができる。ポリペプチドと結合成分との間に所望の空間関係又はコンフォメーションを提供するために、使用するリンカーの分子量を変更することができる。ポリペプチドと結合成分との間に所望の空間又は融通性を提供するために、使用するリンカーの分子長も変更することができる。同様に、特定の形状又はコンフォメーションを有するリンカーを使用して、ポリペプチドがその標的に到達する前又は到達後に、特定の形状又はコンフォメーションをポリペプチド又は結合した成分に与えることができる。リンカーの各端に存在する官能基は、所望の状態でポリペプチド又はペイロードの放出を調整するように選択することができる。ポリペプチドと結合成分との間のこのような空間関係の最適化は、新しい、調整された、又は所望の特性を分子に提供することができる。
[00279] 幾つかの実施形態では、ａ）ポリマーバックボーンの少なくとも第一端にあるアジド、アルキン、ヒドラジン、ヒドラジド、ヒドロキシルアミン、又はカルボニル含有部分、及びｂ）ポリマーバックボーンの第二端にある少なくとも第二官能基と、を含むダンベル形構造を有する水溶性二官能リンカーが本明細書で提供される。第二官能基は、第一官能基と同じ、又は異なってよい。第二官能基は、幾つかの実施形態では第一官能基に反応しない。幾つかの実施形態では、分岐状分子構造の少なくとも１本のアームを有する水溶性化合物が提供される。例えば、分岐状分子構造は樹状構造とすることができる。
ポリペプチド組成物
[00280] 本明細書に記載のポリペプチドは、当技術分野で使用可能な方法及び本明細書で開示する方法を使用して配合し、組成物にすることができる。本明細で開示する組成物はいずれも、適切な医薬組成物で提供し、適切な投与経路によって投与することができる。
[00281] 特定の実施形態では、本明細書で提供するポリペプチド組成物はさらに薬学的に許容可能な担体を含む。担体は、希釈剤、賦形剤、又は医薬組成物を投与する手段であるビヒクルとすることができる。このような医薬担体は、水及び油などの無菌液体とすることができ、それには石油、動物油、植物油、又は合成油、例えばピーナツ油、ダイズ油、鉱物油、ゴマ油などが含まれる。塩水及びデキストロース及びグリセロール水溶液も液体担体として、特に注射液に使用することができる。適切な薬剤賦形剤にはデンプン、ブドウ糖、乳糖、蔗糖、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、滑石、塩化ナトリウム、乾燥脱脂乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどが含まれる。組成物は、所望に応じて微量の湿潤剤又は乳化剤、又はｐＨ緩衝剤も含有することができる。これらの組成物は、溶液、懸濁液、乳濁液、錠剤、丸薬、カプセル、粉末、徐放性組成物などの形態を取ることができる。経口組成物は、薬剤等級のマンニトール、乳糖、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ナトリウムサッカリン、セルロース、炭酸マグネシウムなどの標準的担体を含むことができる。適切な医薬担体の例がＥ．Ｗ． Ｍａｒｔｉｎ（１９９０）のＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ）に記載されている。
[00282] 幾つかの実施形態では、医薬組成物はヒト対象への投与に適切な形態で提供される。幾つかの実施形態では、医薬組成物は、患者に適切に投与するための形態を提供するように、適切な量の担体とともに予防又は治療上有効な量のポリペプチドを含有する。配合は、投与様式に適切なものでなければならない。
[00283] 幾つかの実施形態では、医薬組成物は静脈内投与に適した形態で提供される。通常、静脈内投与に適切な組成物は、無菌等張水性緩衝液中の溶液である。必要に応じて、組成物は、溶解補助剤、及び注射部位の疼痛を緩和するリグノカインなどの局所麻酔薬も含むことができる。しかし、このような組成物は静脈内投与以外の経路で投与してもよい。
[00284] 特定の実施形態では、医薬組成物は皮下投与に適している。特定の実施形態では、医薬組成物は筋肉内投与に適している。
[00285] 医薬組成物の成分は別個に、又は単位用量形態で混合して、例えば凍結乾燥粉末又は水分を含まない濃縮物として供給することができる。組成物を点滴で投与する場合は、無菌で薬剤等級の水又は塩水を入れた点滴瓶で配量することができる。組成物を注射で投与する場合は、投与前に成分を混合できるように、注射用無菌水又は塩水のアンプルを提供することができる。
[00286] 幾つかの実施形態では、医薬組成物は、対象に投与するために適切な濃度に再構成することができる無菌凍結乾燥粉末として供給される。幾つかの実施形態では、ポリペプチドは水分を含まない濃縮物として供給される。幾つかの実施形態では、ポリペプチドは少なくとも０．５ｍｇ、少なくとも１ｍｇ、少なくとも２ｍｇ、少なくとも３ｍｇ、少なくとも５ｍｇ、少なくとも１０ｍｇ、少なくとも１５ｍｇ、少なくとも２５ｍｇ、少なくとも３０ｍｇ、少なくとも３５ｍｇ、少なくとも４５ｍｇ、少なくとも５０ｍｇ、少なくとも６０ｍｇ、又は少なくとも７５ｍｇの単位用量の無菌凍結乾燥粉末として供給される。
[00287] 別の実施形態では、医薬組成物は液体形態で供給される。幾つかの実施形態では、医薬組成物は液体形態で提供され、実質的に界面活性剤及び／又は無機塩がない。幾つかの実施形態では、ポリペプチドは少なくとも０．１ｍｇ／ｍＬ、少なくとも０．５ｍｇ／ｍＬ、少なくとも１ｍｇ／ｍＬ、少なくとも２．５ｍｇ／ｍＬ、少なくとも３ｍｇ／ｍＬ、少なくとも５ｍｇ／ｍＬ、少なくとも８ｍｇ／ｍＬ、少なくとも１０ｍｇ／ｍＬ、少なくとも１５ｍｇ／ｍＬ、少なくとも２５ｍｇ／ｍＬ、少なくとも３０ｍｇ／ｍＬ、又は少なくとも６０ｍｇ／ｍＬの単位用量で液体形態として供給される。
[00288] 幾つかの実施形態では、医薬組成物は塩形態として配合される。薬学的に許容可能な塩には、塩酸、リン酸、酢酸、シュウ酸、酒石酸などから誘導したような陰イオンで形成した塩、及びナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、水酸化第二鉄、イソプロピルアミン、トリエチルアミン、２−エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどから誘導したような陽イオンで形成した塩が含まれる。
[00289] 治療で使用する際に、開業医は、予防又は治療に従って、及び年齢、体重、感染段階、及び治療する対象に特異的な他の要因に従って、最も適切な薬量を決定する。特定の実施形態では、用量は成人には約１〜約１０００ｍｇ／日、又は成人には約５〜約２５０ｍｇ／日又は約１０〜５０ｍｇ／日である。特定の実施形態では、用量は成人には約５〜約４００ｍｇ／日又は２５〜２００ｍｇ／日である。特定の実施形態では、約５０〜約５００ｍｇ／日の用量率も想定される。
治療又は予防用の使用方法
[00290] 本明細書で提供する特定のポリペプチドは、当業者に適切とされる任意の疾患又は症状の治療又は予防に使用することができる。概して、治療又は予防方法は、治療又は予防的に有効な量のポリペプチド又はポリペプチド組成物を、それを必要とする対象に投与し、疾患又は症状を治療又は予防することを含む。
[00291] ポリペプチド又は組成物の治療的有効量は、特定の疾患又は症状の重症度、持続時間及び／又は症候を低下させるのに有効な量である。特定の疾患の予防、管理、治療及び／又は回復において治療的に有効なポリペプチド又は組成物の量は、標準的な臨床技術で決定することができる。投与されるポリペプチド又は組成物の正確な量は、一部は投与経路、特定の疾患又は症状の重症度に左右され、開業医の判断及び各対象の環境に従って決定しなければならない。
[00292] 幾つかの実施形態では、本明細書で提供されるポリペプチドの有効な量は、ヒト対象の体重１ｋｇ当たり約０．０２５ｍｇと約１０００ｍｇの間である。特定の実施形態では、ポリペプチドはヒト対象に体重１ｋｇ当たり約１０００ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約９５０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約９００ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約８５０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約８００ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約７５０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約７００ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約６５０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約６００ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約５５０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約５００ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約４５０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約４００ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約３５０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約３００ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約２５０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約２００ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約１５０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約１００ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約９５ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約９０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約８５ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約８０ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約７５ｍｇ以下、体重１ｋｇ当たり約７０ｍｇ以下、又は体重１ｋｇ当たり約６５ｍｇ以下の量で投与される。
[00293] 幾つかの実施形態では、本明細書で提供されるポリペプチドの有効な量は、ヒト対象の体重１ｋｇ当たり約０．０２５ｍｇと約６０ｍｇの間である。幾つかの実施形態では、本明細書で提供される医薬組成物のポリペプチドの有効な量は、約０．０２５ｍｇ／ｋｇ以下、約０．０５ｍｇ／ｋｇ以下、約０．１０ｍｇ／ｋｇ以下、約０．２０ｍｇ／ｋｇ以下、約０．４０ｍｇ／ｋｇ以下、約０．８０ｍｇ／ｋｇ以下、約１．０ｍｇ／ｋｇ以下、約１．５ｍｇ／ｋｇ以下、約３ｍｇ／ｋｇ以下、約５ｍｇ／ｋｇ以下、約１０ｍｇ／ｋｇ以下、約１５ｍｇ／ｋｇ以下、約２０ｍｇ／ｋｇ以下、約２５ｍｇ／ｋｇ以下、約３０ｍｇ／ｋｇ以下、約３５ｍｇ／ｋｇ以下、約４０ｍｇ／ｋｇ以下、約４５ｍｇ／ｋｇ以下、約５０ｍｇ／ｋｇ又は約６０ｍｇ／ｋｇ以下である。
[00294] この方法の医薬組成物は、当業者に知られている任意の方法を使用して投与することができる。例えば、医薬組成物は、筋肉内、皮内、腹膜内、静脈内、皮下投与、又はその組み合わせで投与することができる。幾つかの実施形態では、医薬組成物を皮下投与する。幾つかの実施形態では、組成物を静脈内投与する。幾つかの実施形態では、組成物を筋肉内投与する。
検出又は診断用の使用方法
[00295] 本明細書で提供されるポリペプチドは、当業者に適切とされる任意の標的の検出に、又は任意の疾患又は症状の診断に使用することができる。方法は、適切な位置、例えば適切な身体、組織又は細胞にてポリペプチドの標的との結合を検出することを含む。方法では、ポリペプチドと標的との間の複合体の形成は、当業者に知られている任意の方法で検出することができる。その例には、２次検出試薬を使用するアッセイ、ＥＬＩＳＡ及び免疫沈降及び凝集アッセイが含まれる。これらのアッセイに関する詳細な記述は、例えばＨａｒｌｏｗ及びＬａｎｅのＰｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ １９８８ ５５５−６１２）、Ｍａｅｒｔｅｎｓ及びＳｔｕｙｖｅｒに帰されるＷＯ９６／１３５９０号、Ｚｒｅｉｎ他（１９９８）、及びＷＯ９６／２９６０５号にある。
[00296] ポリペプチドは、インシチュー診断ではポリペプチドとアミロイドタンパク質上のエピトープ領域との間に特異的結合が生じるように、例えば静脈内、鼻腔内、腹膜内、脳内、動脈内注射など、当技術分野で知られている方法で対象に投与することができる。ポリペプチド／標的複合体は、ポリペプチドに付着した標識により、又は当技術分野で知られている任意の他の検出方法で検出できるので都合がよい。
[00297] 本明細書では、検出又は診断キットがさらに提供される。例示的キットは、１つ又は複数のポリペプチドとその標的との複合体を検出するために有用な１つ又は複数の試薬とともに、本明細書で提供される１つ又は複数のポリペプチドを含む。
修飾アミノ酸を含むポリペプチドの調製
[00298] 本明細書に記載のポリペプチドは、制限なく、当業者に明白な任意の技術によって調製することができる。有用な調製技術には、例えば修飾ｔＲＮＡ及びｔＲＮＡ合成酵素でのインビボ合成、例えば修飾ｔＲＮＡ及びｔＲＮＡ合成酵素での無細胞合成、固相ポリペプチド合成、及び液相ポリペプチド合成が含まれる。例示的技術を本セクション及び本明細書の実施例で説明する。特定の実施形態では、ポリペプチドは抗体又は抗体フラグメントである。
[00299] 特定の実施形態では、ポリペプチドは、ポリペプチドをコードする１つ又は複数のポリヌクレオチドから翻訳及び／又は転写される。したがって、本明細書では、１つ又は複数のポリペプチド鎖の部位特異的位置に１つ又は複数の修飾アミノ酸を有するポリペプチドをコードすることができるポリヌクレオチドが提供される。特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、修飾アミノ酸の部位特異的ポリペプチド位置に対応するポリヌクレオチドの位置にて、通常はアミノ酸と会合しないコドンを含む。このようなコドンの例には、終止コドン、４ｂｐのコドン、５ｂｐのコドンなどが含まれる。反応混合物は通常、前記コドンを相補する（抑制する）ｔＲＮＡを作成することができるｔＲＮＡ合成酵素を含む。これらのサプレッサｔＲＮＡは、修飾アミノ酸と結合して、それがサプレッサコドンの部位にてポリペプチドに取り込まれるのを促進する。
[00300] ポリペプチドは、ポリヌクレオチドを発現させて、修飾アミノ酸をポリペプチドの部位特異的位置に取り込むために当業者に知られている技術によって調製することができる。このような技術は、例えば米国特許第７，０４５，３３７号及び第７，０８３，９７０号、米国特許出願公開第ＵＳ２００８／０３１７６７０号、第ＵＳ２００９／００９３４０５号、第ＵＳ２０１０／００９３０８２号、第ＵＳ２０１０／００９８６３０号、第ＵＳ２００８／００８５２７７号、及び国際特許公開ＷＯ２００４／０１６７７８Ａｌ号及びＷＯ２００８／０６６５８３Ａ２号に記載され、その内容は参照により全体が本明細書に組み込まれる。
[00301] 特定の実施形態では、ポリペプチドは、修飾アミノ酸でアミノアシル化した少なくとも１つの直交ｔＲＮＡを含む無細胞反応混合物中で調製することができ、直交ｔＲＮＡ塩基は、通常はアミノ酸と会合しないコドン、例えば終止コドン、４ｂｐのコドンなどと対合する。反応混合物は、修飾アミノ酸で直交ｔＲＮＡをアミノアシル化することができるｔＲＮＡ合成酵素も含む。使用可能な１つのｔＲＮＡ合成酵素が、米国特許公開第２００８／０２３３６１１号に配列ＩＤ番号５５及び５６として示されている。野生型チロシルｍ． ｊａｎａｓｈｃｉｉのｔＲＮＡも使用することができる。通常、細菌細胞抽出物に存在するプロテアーゼによって分解しやすい直交ｔＲＮＡ合成酵素は、外生合成し、ポリペプチド合成の開始前に反応混合物に付加する。直交ｔＲＮＡは、細胞抽出物が得られる細菌細胞中で合成するか、ポリペプチド合成反応中に新規合成するか、反応混合物に外生的に付加することができる。
[00302] 特定の実施形態では、任意に、反応混合物に修飾アミノ酸の挿入及びタンパク質の挿入又は折り畳みに影響する成分を付加する。このような成分には、終結因子１及び２の効果を最小化し、さらに直交成分の濃縮を最適化する翻訳因子の濃度上昇が含まれる。タンパク質シャペロン（酸化還元酵素及び異性化酵素のＤｓｂ系、ＧｒｏＥＳ、ＧｒｏＥＬ、ＤＮＡＪ、ＤＮＡＫ、Ｓｋｐなど）を外生的に反応混合物に付加するか、細胞抽出物の調製に使用する源細胞中で過剰発現させることができる。反応は、大規模反応器、小規模反応器を使用するか、多重化して複数の同時反応を実行することができる。連続反応は、フィード機構を使用して試薬の流れを導入し、プロセスの一部として最終生成物を分離することができる。バッチシステムも関係があり、追加の試薬を導入して、活性化合成の期間を延長することができる。反応器は、バッチ、長時間バッチ、セミバッチ、半連続的、流加及び連続的などの任意のモードで運転することができ、これは用途に従って選択される。反応器は任意の容積とすることができ、小規模反応器、通常は少なくとも約１μＬ及び約１５μＬ以下であるか、拡大した反応器であり、ここで、反応器容積は少なくとも約１５μＬ、通常は少なくとも約５０μＬ、さらに一般的には少なくとも約１００μＬで、５００μＬ、１０００μＬ、又はそれ以上とすることができる。原則的に、反応は、必要に応じて十分な酸素（又は他の電子受容体）が供給される限り、任意の規模で実行することができる。
[00303] 延長中にポリペプチドストランドに少なくとも１つの修飾アミノ酸を導入する合成にとって有用な方法は、（Ｉ）外生的に精製した直交合成酵素、修飾アミノ酸、及び直交ｔＲＮＡを無細胞反応に付加すること、（ＩＩ）外生的に精製した直交合成酵素及び修飾アミノ酸を反応混合物に付加するが、直交ｔＲＮＡは無細胞反応中に転写されている状態であること、（ＩＩＩ）外生的に精製した直交合成酵素及び修飾アミノ酸を反応混合物に付加するが、直交ｔＲＮＡが細胞抽出源の生体によって合成された状態であることと、を含むが、これらに限定されない。特定の実施形態では、直交成分は調整可能なプロモータの作用を受け、したがって合成レベルを制御することができるが、付加又は特異的消化によって関連するＤＮＡテンプレートのレベルを制御するなど、他の手段を使用することができる。
[00304] 特定の実施形態では、ｔＲＮＡ合成酵素を外生的に合成し、無細胞反応混合物に付加する。特定の実施形態では、反応混合物は、ｏｍｐＴが不活性化されているか、自然に不活性である細菌細胞から調製される。ｏｍｐＴは、ｔＲＮＡ合成酵素などの反応混合物の成分を分解すると考えられる。
[00305] 無細胞抽出物、遺伝子テンプレート、及びアミノ酸などの以上の成分に加えて、タンパク質合成に特異的に必要とされる材料を、反応に付加することができる。これらの材料には、塩、ホリニン酸、ｃＡＭＰ、タンパク質又は核酸分解酵素の阻害剤、タンパク質合成の阻害剤又は調整剤、酸化／還元タンパク質の調節体、非変性界面活性剤、緩衝成分、スペルミン、スペルミジン、プトレッシンなどが含まれる。
[00306] 塩は、（例えば酢酸又はグルタミン酸の）カリウム、マグネシウム、及びアンモニウム塩を含むことが好ましい。このような塩のうち１つ又は複数は、対陰イオンとして代替アミノ酸を有することができる。最適濃度のために、イオン種間に相互依存がある。これらのイオン種は通常、タンパク質生成に関して最適化される。反応媒質の特定の成分の濃度が変化する場合は、別の成分の濃度も相応して変化させることができる。例えば、ヌクレオチド及びエネルギー源化合物などの幾つかの成分の濃度は、他の成分の濃度変化に従って同時に調節することができる。また、反応器内の成分の濃度レベルも経時的に変更することができる。酸化／還元電位の調節剤は、ジチオスレイトール、アスコルビン酸、グルタチオン及び／又はその酸化型とすることができる。
[00307] 特定の実施形態では、反応は透析モード、ダイアフィルトレーションバッチモード、流加モード、又は半連続運転モードで進行することができる。特定の実施形態では、膜又は注入ユニットを通してフィード溶液を反応器に供給することができる。合成したポリペプチドが反応器内に蓄積し、その後にシステム運転の収量後に分離又は精製することができる。ポリペプチドを含有するベシクルも、反応流体が吸着基質を過ぎて給送されるので、例えばインシチューで、又は循環ループ内での反応混合物からのアフィニティ吸着によって、連続的に分離することができる。
[00308] 反応器内でのタンパク質合成中に、所望のタンパク質を選択的に分離するタンパク質分離手段は、所望の合成タンパク質を吸着するために、ポリペプチド分子又は他の分子でコーティングされた粒子を詰め込んだユニットを含むことができる。タンパク質分離手段は、交互に使用するために２つのカラムを含むことが好ましい。
[00309] その結果のポリペプチドは、標準的技術で精製又は分離することができる。例示的技術を本明細書の実施例で提供する。
アッセイ方法
[00310] ポリペプチドは、当業者に明白な任意のアッセイにより、その予想される活性又は新しい活性をアッセイすることができる。結果となるポリペプチドは、機能的アッセイで、又は非機能的アッセイで存在するタンパク質の量の定量化、例えば免疫染色法、ＥＬＩＳＡ、Ｃｏｏｍａｓｉｅ又は銀着色ゲルなど、及び総タンパク質に対する生物学的活性タンパク質の比率の判定によって、活性をアッセイすることができる。
[00311] 翻訳反応で生成されるタンパク質の量は、様々な方法で測定することができる。１つの方法は、翻訳されている特定のタンパク質の活性を測定するアッセイの使用可能性に依拠する。タンパク質活性を測定するアッセイの例は、発光酵素アッセイシステム、又はクロラムフェニカルアセチル転移酵素アッセイシステムである。これらのアッセイは、翻訳反応から生成された機能的に活性のタンパク質の量を測定する。活性アッセイは、不適切なタンパク質の折り畳み、又はタンパク質活性に必要な他の翻訳後修飾の欠如により不活性である完全長タンパク質は測定しない。
[00312] 組み合わせたインビトロ転写と翻訳反応で生成されたタンパク質の量を測定する別の方法は、３５Ｓ−メチオニン、３Ｈ−ロイシン又は１４Ｃ−ロイシンなどの放射標識したアミノ酸を既知の量使用して、反応を実行し、その後に新しく翻訳されたタンパク質に取り込まれた放射標識付きアミノ酸の量を測定することである。取り込みアッセイは、切断されたタンパク質生成物など、インビトロ翻訳反応で生成された全タンパク質の放射標識付きアミノ酸の量を測定する。さらに、放射標識したタンパク質をタンパク質ゲル上で分離し、オートラジオグラフィにより、生成物が適切なサイズであり、２次タンパク質生成物が生成されていなかったことを確認する。
修飾アミノ酸の調製
[00313] 本明細書で提供される化合物は、当業者に明白な任意の方法で調製、分離又は得ることができる。本明細書で提供される化合物は、本明細書で提供される一般的調製方式により調製することができる。一般的調製方式で提供されていない反応の条件、ステップ及び反応物は、当業者にとって明白であり、当業者に知られている。

[00314] 一般的調製方式１ａでは、Ｄは式Ｉのコンテキストで示されているものとして定義される。一般的調製方式１ｂでは、Ｗ４は式ＩＩのコンテキストで示されているものとして定義される。
実施例
[00315] 本明細書で使用するように、これらのプロセス、方式及び実施例で使用される記号及び規則は、特定の略語が特に規定されているか否かに関係なく、現代の科学的文献、例えばｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙで使用されているものと一致する。
[00316] 以下の実施例ではすべて、当業者に知られている標準的なワークアップ及び精製方法を使用することができる。特に指定されない限り、すべての温度は℃（摂氏）で表される。すべての方法は、特に注釈のない限り、室温で実施する。
実施例１
２−アミノ−３−（５−アジドメチル−ピリジン−２−イル）−プロピオン酸（１）の調製

化合物Ａ２の調製
[00317] 無水酢酸（０．４２ｍＬ、４．５ミリモル、１．１当量）を、Ａｌ（ＨＣｌ塩、１．０ｇ、４．１ミリモル、１当量）及びＫ２ＣＯ３（１．１８ｇ、８．６ミリモル、２．１当量）の水溶液（２０ｍＬ）に室温で徐々に添加した。反応混合物を室温で１時間攪拌した。Ｒｏｔｏｖａｐｏｒで水分を除去し、残留物をメタノールで処理した。濾過して固体を除去した。メタノール溶液を濃縮し、残留物をＦＣＣで精製すると（ＭｅＯＨ／ＤＣＭ＝１／１０）、アセトアミドＡ２（０．７３ｇ、７１％）が白色固体の形で得られた。ＬＣＭＳｍ／ｚ：２５３（Ｍ＋１）。
化合物Ａ３の調製
[00318] 塩化チオニル（０．３２ｍＬ、４．３ミリモル、１．５当量）を、アセトアミドＡ２（０．７３ｇ、２．９ミリモル、１当量）及びＤＭＦ（２２μＬ、０．２９ミリモル）のＣＨＣｌ３溶液（２５ｍＬ）に室温で徐々に加えた。４時間後、追加のＳＯＣｌ２（８０μＬ、１．１ミリモル）を加え、混合物をさらに４時間攪拌した。反応混合物をＣＨＣｌ３（５０ｍＬ）で希釈し、次に飽和ＮａＨＣＯ３で洗浄した。ＣＨＣｌ３で水性層を２回抽出した。組み合わせた有機層をＭｇＳＯ４上で乾燥した。未加工生成物Ａ３（０．７４ｇ、９５％）を、次の反応に直接使用した。ＬＣＭＳｍ／ｚ：２７１（Ｍ＋ｌ）。
化合物Ａ４の調製
[00319] 塩素Ａ３（１．３３ｇ、４．９ミリモル、１当量）、ＮａＮ３（０．６４ｇ、９．８ミリモル、２当量）及びＮａＩ（７３ｍｇ、０．４９ミリモル、０．１当量）の混合物をＤＭＦ（２０ｍＬ）中で１５時間、６０℃で攪拌した。次に、反応混合物を乾燥状態まで濃縮した。未加工生成物をＦＣＣ（ＥＡ）で精製して、アジド生成物Ａ４（０．９５ｇ、７１％）が得られた。ＬＣＭＳｍ／ｚ：２７８（Ｍ＋ｌ）。
化合物Ａ５の調製
[00320] メチルエステルＡ４（０．９５ｇ、３．４ミリモル、１当量）及びＬｉＯＨ−Ｈ２Ｏ（０．２９ｇ、６．８ミリモル、２当量）の混合物が入ったＴＨＦ／水（６ｍＬ／３ｍＬ）を室温で３時間攪拌した。反応混合物を１ＮのＨＣｌでｐＨ７まで中和し、次に乾燥状態まで濃縮した。未加工生成物Ａ５（約０．９１ｇ、定量）を次の反応に直接使用した。ＬＣＭＳｍ／ｚ：２６４（Ｍ＋１），２６２（Ｍ−１）。
化合物（１）の調製
[00321] アシラーゼＩ（１００ｍｇ、シグマ、Ａ３０１０、グレードＩ）をアセトアミドＡ５（０．９１ｇ、３．４ミリモル）の水溶液（６０ｍＬ）に加えた。溶液のｐＨを１Ｎの水酸化リチウム水溶液で７．８に調節した後、反応混合物を３８℃で１６時間攪拌した。活性炭素（２ｇ）を加え、溶液を１０分間攪拌した。混合物をセライトのパッドで濾過した。濾液を約２０ｍＬまで濃縮し、ＨＰＬＣで精製するためにこれを直接使用した。純粋な生成物（１）を含む画分を組み合わせて、乾燥状態まで濃縮した。最終試料を凍結乾燥で乾燥させ、アミノ酸（１）（０．３５ｇ、４６％）が白色粉末の形で得られた。ＬＣＭＳｍ／ｚ：２２２（Ｍ＋１）、２２０（Ｍ−１）。１ＨＮＭＲ（３００ＭＨｚ，Ｄ２Ｏ）δ８．３６（ｓ，１Ｈ）、７．７１（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，１Ｈ）、７．２６（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，１Ｈ）、４．３６（ｓ，２Ｈ）、３．９８（ｄｔ，Ｊ＝２．７及び６．５Ｈｚ，１Ｈ）、３．３２−３．１６（ｍ，２Ｈ）。
実施例２
化合物（３）の調製
化合物（３）を調製する一般的手順
[00322] ピリミジン置換アミノ酸Ｐ（２ｇ、８．６ミリモル、１．０当量）のＤＣＭ溶液にトリエチルアミン（３ｍＬ、２１．５ミリモル、２．５当量）を加えた。反応混合物を氷浴中で０℃まで冷却し、無水酢酸（０．９７４ｍＬ、１０．３ミリモル、１．２当量）を１滴ずつ５分間加えた。混合物を室温まで温め、３時間攪拌した。溶媒と揮発分をすべて除去し、残留物（未加工ＰＩ）を真空で乾燥して、さらに精製せずに次のステップで使用した。
[00323] 以上の未加工ＩＰを無水メタノール（２０ｍＬ）中に溶解し、氷浴中で０℃に冷却した。塩化チオニル（１．８７ｍＬ、２５．８ミリモル、３．０当量）を１滴ずつ１０分間加えた。混合物を室温まで温め、一晩攪拌した。溶媒を除去して、酢酸エチル／ＮａＨＣＯ３（３ｘ）中に溶解させ、Ｎａ２ＳＯ４上で完成させて、所与の未加工Ｐ２まで濃縮し、これをシリカゲルカラムで精製し（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝９：１）、Ｐ２（５５０ｍｇ、２５％）にした。
[00324] Ｐ２（５５０ｍｇ、２．１８ミリモル、１．０当量）のクロロホルム溶液（１０ｍＬ）に２滴のＤＭＦを加えた。反応混合物を氷浴中で０℃まで冷却し、塩化チオニル（６３４μＬ、８．７２ミリモル、４当量）を１滴ずつ５分間加えた。混合物を室温まで温め、一晩攪拌した。反応をＤＣＭ／ＮａＨＣＯ３で精密検査した。有機層をＮａ２ＳＯ４上で乾燥させ、シリカゲルカラム（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝９：１）で精製し、生成物（４５０ｍｇ、７６％）が得られた。
[00325] Ｐ３（４５０ｍｇ、１．６７ミリモル、１．０当量）のＤＭＦ溶液（１０ｍＬ）にＮａＮ３（２１７ｍｇ、３．３４ミリモル、２．０当量）及びＮａＩ（２５ｍｇ、０．１６７ミリモル、０．１当量）を加えた。反応混合物を６０℃で一晩加熱した。反応をＤＣＭ／ＮａＨＣＯ３で精密検査した。有機層をＮａ２ＳＯ４上で乾燥させ、ｐｒｅｐＨＰＬＣで精製し、生成物Ｐ４（４００ｍｇ、８６％）が得られた。
[00326] Ｐ４（４００ｍｇ、１．４４ミリモル、１．０当量）のＭｅＯＨ溶液（５ｍＬ）にＬｉＯＨ（５ｍＬのＨ２Ｏ中に３０３ｍｇ、７．２ミリモル、５当量）を加えた。反応物を室温で２時間攪拌した。溶媒を除去し、残留物は、さらに精製せずに次のステップに直接使用した。
[00327] 少量のＤＭＳＯ及び５０ｍＭのＮａＨ２ＰＯ４−Ｎａ２ＨＰＯ４緩衝液（２０ｍＬ）に以上の残留物を入れた溶液に、５ｍＬの緩衝液に入れたアクリレース（１００ｍｇ）を加えた。混合物を３７℃に７２時間加熱した。木炭（２００ｍｇ）を反応物に加え、室温で１０分間攪拌し、セライトのパッドで濾過した。濾液を濃縮し、ｐｒｅｐ−ＨＰＬＣで精製し、生成物（３）（８５ｍｇ）がＨＣｌ塩の形で得られた。ＬＣ−ＭＳ（ＥＳＩ）：２２２（Ｍ＋ｌ）、２２０（Ｍ−ｌ）。１ＨＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ８．５０（ｄ，Ｊ＝４．８Ｈｚ，１Ｈ）、８．１７（ｓ，１Ｈ）、７．３３（ｓ，１Ｈ）、７．２７（ｄ，Ｊ＝５．４Ｈｚ，１Ｈ）、４．４９（ｓ，２Ｈ）、４．０３（ｍ，１Ｈ）、３．４２（ｄｄ，１Ｈ，Ｊ＝３．６及び１２．０Ηｚ，１Ｈ）、３．２７（ｍ，２Ｈ）。
実施例３
化合物（２）の調製
化合物（２）を調製する一般的手順
[00328] ピリミジン置換アミノ酸Ｎ（２ｇ、８．６ミリモル、１．０当量）のメタノール溶液（２０ｍＬ）に０℃で塩化チオニル（１．２５ｍＬ、１７．８２ミリモル、２．０当量）の滴を１０分間加えた。混合物を室温で一晩攪拌した。溶媒を除去して残留物（未加工Ｎ１）が得られ、これを真空で乾燥し、さらに精製せずに次のステップに使用した。
[00329] 未加工Ｎ１及びトリエチルアミン（４．８ｍＬ、３４．４ミリモル、４．０当量）のＴＨＦ溶液（２０ｍＬ）に０℃で無水酢酸（１．２２ｍＬ、１２．９ミリモル、１．５当量）を１滴ずつ１０分間加えた。混合物を室温で３時間攪拌した。反応物をＤＣＭで希釈し、ＮａＨＣＯ３（３ｘ）で洗浄して、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、シリカゲルカラム（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝９：１）で精製して、生成物Ｎ２（１．０ｇ、４６％）が得られた。
[00330] Ｎ２（２ｇ、７．９４ミリモル、１．０当量）のクロロホルム溶液（２０ｍＬ）に４滴のＤＭＦを加えた。反応混合物を氷浴内で０℃まで冷却し、塩化チオニル（２．３ｍＬ、３１．７６ミリモル、４当量）を１滴ずつ１０分間加えた。混合物を室温で一晩攪拌した。反応物をＤＣＭ／ＮａＨＣＯ３で精密検査した。有機層をＮａ２ＳＯ４上で乾燥させ、シリカゲルカラム（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝９：１）で精製し、生成物Ｎ３（１ｇ、４７％）が得られた。
[00331] Ｎ３（１ｇ、３．７ミリモル、１．０当量）のＤＭＦ溶液（２０ｍＬ）にＮａＮ３（４８１ｍｇ、７．４ミリモル、２．０当量）及びＮａＩ（５５．５ｍｇ、０．３７ミリモル、０．１当量）を加えた。反応混合物を油浴中で６０℃に一晩加熱した。反応物をＤＣＭで希釈した。有機層をＮａＨＣＯ３で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させて、シリカゲルカラム（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝９：１）で精製し、生成物Ｎ４（１．８ｇ、９８％）が黄色油の形で得られた。
[00332] Ｎ４（１ｇ、３．６ミリモル、１．０当量）のＭｅＯＨ溶液（２０ｍＬ）にＬｉＯＨ（１０ｍＬの水中に７５７ｍｇ、１８ミリモル、５当量）を加えた。反応物を室温で２時間攪拌した。溶媒を除去し、残留物をさらに精製せずに次のステップに直接使用した。
[00333] 少量のＤＭＳＯ及び５０ｍＭのＮａＨ２ＰＯ４−Ｎａ２ＨＰＯ４緩衝液（１００ｍＬ）に以上の残留物を入れた溶液にアクリレース（１００ｍｇ）を加えた。混合物を３７℃に４８時間加熱した。木炭（２００ｍｇ）を反応混合物に加え、室温で１０分間攪拌して、セライトで濾過した。濾液を濃縮し、ＭｅＯＨから再結晶させて、生成物（２）（１．３ｇ）が得られた。ＬＣ−ＭＳ（ＥＳＩ）：２２２（Ｍ＋ｌ）、２２０（Ｍ−ｌ）。１ＨＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ−ｄ６）δ８．４４（ｓ，１Ｈ）、７．７６（ｄ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，１Ｈ）、７．３３（ｄ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，１Ｈ）、４．４４（ｓ，２Ｈ）、３．４５（ｍ，１Ｈ）、２．９８−３．１２（ｍ，２Ｈ）、３．２７（ｍ，２Ｈ）。
[00334]
実施例４
化合物（３０）の調製
化合物（３０）を調製する一般的手順
[00335] ＰｈｅメチルエステルＢ１（５０ｇ、２３２ミリモル、１．０当量）のＤＣＭ溶液（３００ｍＬ）にトリエチルアミン（８１ｍＬ、５８０ミリモル、２．５当量）を０℃で加え、無水酢酸（３３ｍＬ、３４８ミリモル、１．５当量）を１滴ずつ１５分間加えた。混合物を室温で３時間攪拌した。反応物をＮａＨＣＯ３（２ｘ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、シリカゲルカラム（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝９：１）で精製して、生成物Ｂ２（５０ｇ、９７％）が白色固体の形で得られた。
[00336] エステルＢ２（５２ｇ、０．２３５モル、１．０当量）、ＭＯＭ−Ｃｌ（１３６ｍＬ、１．７９モル、７．６当量）及びＺｎＣｌ２（１２８ｇ、０．９４モル、４．０当量）の混合物を６〜８℃で８時間攪拌した。Ｒｏｔａｖａｐｏｒ上で揮発分を６〜８℃で除去した後、残留物を氷水に注入し、酢酸エチル（３ｘ）で抽出した。組み合わせた有機層をＮａＨＣＯ３で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、小さな体積になるまで濃縮した。次にエーテル（５０ｍＬ）を加えた。エーテル溶液を−２０℃の冷蔵庫に一晩入れておいた。結晶化した生成物を濾過し、真空中で乾燥させ、生成物Ｂ３（３１ｇ、４９％）が白色固体の形で得られた。
[00337] Ｂ３（２０ｇ、７４．２ミリモル、１．０当量）のＤＭＦ溶液（１００ｍＬ）にＮａＮ３（９．６４ｇ、１４８ミリモル、２．０当量）及びＮａＩ（１．１１ｇ、７．４２ミリモル、０．１当量）を加えた。反応混合物を油浴中で６０℃に一晩加熱した。Ｒｏｔａｖａｐｏｒ上で溶媒ＤＭＦを除去し、反応混合物を酢酸エチル中に溶解させ、ＮａＨＣＯ３（３ｘ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させて、シリカゲルカラム（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝９：１）で精製し、生成物Ｂ４（２０．５ｇ、１００％）が黄色油の形で得られた。
[00338] Ｂ４（２０ｇ、７２４ミリモル、１．０当量）のＴＨＦ：ＭｅＯＨ：Ｈ２Ｏ（５０ｍＬ：５０ｍＬ：２０ｍＬ）混合溶液にＬｉＯＨ−Ｈ２Ｏ（６．９４ｇ、１４４．８ミリモル、２当量）を加えた。反応物を室温で２時間攪拌した。溶媒を除去して残留物にし、これを酢酸エチルで精密検査した。有機層を１ＮのＨＣｌ（３ｘ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させて濃縮し、生成物Ｂ５（１８．３ｇ、９６％）が黄色油の形で得られた。
[00339] 上記アミドＢ５（１８ｇ、６８．７ミリモル）をＤＭＳＯ（２０ｍＬ）及び５０ｍＭのＮａＨ２ＰＯ４−Ｎａ２ＨＰＯ４緩衝液（１．８Ｌ）に入れた溶液にアクリレース（１ｇ）を加えた。溶液を３７℃で４８時間加熱した。木炭（２０ｇ）を反応混合物に加え、室温で１０分間攪拌し、セライトで濾過した。濾液を酢酸エチルで洗浄した。水性層を小さい体積になるまで濃縮し、生成物が白色固体の形で沈殿した。固体を濾過し、真空中で乾燥させ、生成物（３０）（１０ｇ、６６％）が白色固体の形で得られた。ＬＣ−ＭＳ（ＥＳＩ）：２２１（Ｍ＋ｌ）。１ＨＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ−ｄ６）δ７．２７（ｂｒ ｓ，４Ｈ）、４．３７（ｓ，２Ｈ）、３．４３（ｍ，２Ｈ）、３．１７（ｍ，１Ｈ）、２．８４（ｍ，１Ｈ）。
実施例５
化合物（４０）の調製


ジオキサン中に４ＮのＨＣｌ
化合物（４０）を調製する一般的手順
[00340] Ｊ（１０ｇ、５５．２ミリモル、１．０当量）のＤＭＳＯ溶液（１００ｍＬ）に攪拌しながらアジ化ナトリウム（５．４ｇ、８２．８ミリモル、１．５当量）を幾つかに分けて加えた。混合物を４０〜５０℃で５時間加熱した。室温まで冷ました後、混合物を水（２００ｍＬ）で希釈し、エーテル（３ｘ）で抽出した。組み合わせた有機層を鹹水で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濃縮し、生成物Ｊ１（７．８ｇ、９８．７％）が油の形で得られた。
[00341] 上記の生成物Ｊ１（７．８ｇ、５４．５ミリモル）を水（１００ｍＬ）中のＬｉＯＨ（１１．４ｇ、２７４ミリモル、５．０当量）とＭｅＯＨ（２０ｍＬ）との混合物中に懸濁させた。混合物を室温で１時間攪拌できるようにし、水（２００ｍＬ）で希釈して、エーテル（３ｘ）で抽出した。水性層を１ＮのＨＣｌでｐＨ２に酸化し、エーテル（３ｘ）で抽出した。組み合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濃縮して、生成物Ｊ２（７ｇ、１００％）が油の形で得られた。
[00342] Ｊ２（５００ｍｇ、３．８８ミリモル、１．０当量）のＤＣＭ溶液に０℃でＮ−メチルモルホリン（ＮＭＭ、５１０μＬ、４．６５ミリモル、１．２当量）及びクロロギ酸イソブチル（６０７μＬ、４．６５ミリモル、１．２当量）を加えた。混合物を室温で２時間攪拌した。以上の溶液にＢｏｃ−Ｌｙｓメチルエステル（１．１５ｇ、３．８８ミリモル、１．０当量）を加えた。混合物を室温で３時間攪拌し、水で急冷した。反応物をＤＣＭ（３ｘ）で抽出した。有機層を鹹水で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、次に濃縮して生成物Ｊ３（９００ｍｇ、６３％）が油の形で得られた。
[00343] Ｊ３（９００ｍｇ、２．４２ミリモル、１．０当量）をＴＨＦ：ＭｅＯＨ：Ｈ２Ｏ（５ｍＬ：３ｍＬ：２ｍＬ）の混合物に入れた溶液にＬｉＯＨ（５０８ｍｇ、１２．１ミリモル、５．０当量）を加えた。混合物を室温で１時間攪拌できるようにし、乾燥状態まで濃色して、未加工ナトリウム塩Ｊ４が得られた。
[00344] 未加工Ｊ４をジオキサン（１０ｍＬ）中の４ＮのＨＣｌで処理し、室温で１時間攪拌して、濃縮し、未加工生成物（４０）が得られ、これをｐｒｅｐＨＰＬＣで精製して純粋な（４０）（３３２ｍｇ、５３％）が白色固体の形で得られた。ＬＣ−ＭＳ（ＥＳＩ）：２５８（Ｍ＋ｌ）、２５６（Ｍ−ｌ）。１ＨＮＭＲ（３００ＭＨｚ，Ｄ２０）δ３．５２（ｔ，Ｊ＝６．９Ｈｚ，１Ｈ）、３．１５（ｔ，Ｊ＝６．６Ｈｚ，２Ｈ）、２．９９（ｔ，Ｊ＝６．９Ｈｚ，２Ｈ）、２．１２（ｔ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，２Ｈ）、１．６６（ｍ，４Ｈ）、１．３５（ｍ，２Ｈ）、１．１８（ｍ，２Ｈ）。
実施例６
化合物（３０）及び（４０）の反応性の評価
[00345] この実施例は、基準化合物であるｐ−アジド−フェニルアラニン（５０）と比較して、化合物（３０）及び（４０）の反応速度を評価する。
[00346] ＤＢＣＯ類似体（６０）をアセトニトリル中に６０μＭの濃度まで溶解させた。９６ウェルのマイクロタイタプレートのウェルにて、アミノ酸類似体（３０）、（４０及び（５０）をＰＢＳ緩衝剤で１８０μＬの体積まで希釈した。２０μＬのＤＢＣＯ類似体のストック溶液を各ウェルに加え、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘプレートリーダを使用して、ＤＢＣＯが失われて追加的付加物が形成される動態を、２５℃で３１０ｎｍに吸光があることでモニタした。化合物（３０）、（４０）及び（５０）と化合物（６０）との反応の概要を図１に示す。動態は、１次崩壊がＡ３１０＝Ａ０＊（１−ｅｘｐ（−ｋｏｂｓ＊ｔ））に正確に適合し、ここで、ｋｏｂｓは［アジド化合物］＞＞［ＤＢＣＯ］という状態で、秒−１を単位とする疑似１次速度定数である。ｋｏｂｓ対［アジド］のプロットで、各アミノ酸の２次速度定数（Ｍ−１秒−１の単位）が生成され、これは各アミノ酸の固有化学反応性の尺度である。
[00347] 実験の結果を図２に示す。驚くことに、化合物（３０）及び（４０）は１．４Ｍ−１秒−１という１次速度定数を示し、これは化合物（５０）の０．２Ｍ−１秒−１という１次速度定数の約７倍である。同様の実験を実施して、化合物（１）、（２）及び（３）の反応性を評価すると、化合物（１）、（２）及び（３）の反応は３０分で９０％超が完了し、２時間未満で完了した。このことは、化合物（１）、（２）及び（３）が化合物（３０）及び（４０）と同様の速度定数を示すことを示唆する。
実施例７
例示的ポリペプチドＧＦＰへの化合物（３０）の取り込み
[00348] 本実施例は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）への化合物（３０）の取り込みについて述べる。ＧＦＰの合成をモニタするために、発色団の前にアンバコドン（停止コドン）を含有するターボＧＦＰをコードするＤＮＡを、ＯＣＦＳ発現ベクタｐｈＤ３１７中にクローニングした。ターボＧＦＰの結晶構造に従って５０番目のアミノ酸にあるアミノ酸チロシンに対応するヌクレオチドにおける重複ＰＣＲの突然変異誘発により、停止コドン（ＴＡＧ）を挿入する（ｐｄｂ２Ｇ６Ｘ）。この部位に関する以前の研究では、この位置で非芳香族置換すると蛍光がなくなり、停止コドンにて芳香族ｎｎＡＡで抑制すると蛍光が生じることが実証された。
[00349] 反応物は、分光光度計（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘＭ５）内で接着性カバー（ＶＷＲ、９５０３１３０）を使用して、３０℃で５時間インキュベートし、１０分間隔、λＥｘ＝４７６ｎｍ及びλＥｍ＝５１で傾向の強度を測定した。ＯＣＦＳ反応混合物は、ＤＥＰＣ処理水（Ｇ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、７８６−１０９）中に３０％のＳ３０抽出物、２４μｇ／ｍＬのＴ７ ＲＮＡポリメラーゼ、１ｍＭのＬ−チロシン（Ｓｉｇｍａ、Ｔ８５６６）、プレミックス＊、１０μΜのｔＲＮＡ、５μΜのｐＣＮＦＲＳ Ｄ２８６Ｒ、１ｍＭの化合物（３０）、及び３ｎＭのターボＧＦＰプラスミド（Ｅｖｒｏｇｅｎ、ロシア、ＰＹＤ３１７ベクタ中にサブクローニング）を含有する３０μＬの最終反応ボリュームのマイクロプレートに即座に加えた。停止コドンがないターボＧＦＰを使用した正の対照反応を使用して、反応が以前に観察したものと同様の速度で進行することを確認し、その一方でｔＲＮＡがなくターボＧＦＰ Ｙ５０ＴＡＧを含む反応も実行して、ｐＡＭＦの取り込みに関与するシステムがない状態で蛍光が検出されなかった（負の対照）ことを確認した。ｐＡＭＦをＧＦＰに取り込むと、部位特異的方法でタンパク質の回収率を比較的高くすることができる。図３は、ＧＦＰのＹ５０ＴＡＧ部位におけるｐＡＭＦ取り込みの時間経過を示す。
実施例８
例示的ポリペプチドＧＭ−ＣＳＦへの化合物（３０）の取り込み
[00350] アンバコドンがあるヒトＧＭＣＳＦをコードするＤＮＡを、発現ベクタｐＹＤ３１７中にクローニングした。位置６にあるアミノ酸セリンに対応するヌクレオチドにおける重複ＰＣＲ突然変位誘発により、ＴＡＧコドンを挿入した。
[00351] ｔＲＮＡ ＣＵＡを含有する無細胞抽出物を室温まで融解し、５０μＭのヨードアセトアミドで３０分間インキュベートした。３０％（ｖ／ｖ）ヨードアセトアミドで処理した抽出物を含む無細胞反応を、８ｍＭのグルタミン酸マグネシウム、１０ｍＭのグルタミン酸アンモニウム、１３０ｍＭのグルタミン酸カリウム、３５ｍＭのピルビン酸ナトリウム、１．２ｍＭのＡＭＰ、それぞれ０．８６ｍＭのＧＭＰ、ＵＭＰ及びＣＭＰ、０．５ｍＭで付加したチロシン及びフェニルアラニンを除く１８種類のアミノ酸全部の２ｍＭのアミノ酸、４ｍＭのシュウ酸ナトリウム、１ｍＭのプトレッシン、１００ｎＭのＴ７ ＲＮＡＰ、１．３μＭの大腸菌ＤｓｂＣ、２ｍＭの酸化（ＧＳＳＧ）グルタチオン、１μＭのｔＲＮＡ合成酵素、及び１ｍＭの化合物（３０）で、３０℃にて最大１０時間実行した。ＧＭＣＳＦ ＴＡＧ変異体プラスミドの濃度は５μｇ／ｍＬであった。１４Ｃで合成タンパク質を標識するために、３．３３％（ｖ／ｖ）の１−［Ｕ−１４Ｃ］−ロイシン（３００ｍＣｉ／ミリモル；ＧＥ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、ニュージャージー州Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ）も反応物に付加した。
[00352] 還元ゲルについては、４μＬの試料、１μＬの１Ｍ ＤＴＴ、７μＬのＤＩ Ｈ２Ｏ及び４μＬの４Ｘ ＬＤＳ緩衝剤（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）を混合し、ホットブロット内で７０℃にて５分間加熱した。試料は、製造業者の推奨方法に従い、４〜１２％のＢｉｓ−Ｔｒｉｓ ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）で分析した。ゲルを乾燥させ、１６時間露光の後、Ｓｔｏｒｍ ８４０ Ｐｈｏｓｐｈｏｌｍａｇｅｒを使用してオートラジオグラフィで分析した。
[00353] オートラジオグラフィは、化合物（３０）を含有する無傷の完全長ＧＭＣＳＦが作成されたことを実証した。
実施例９
例示的ポリペプチドＩｇＧへの化合物（３０）の取り込み
[00354] ＩｇＧへの化合物（３０）の取り込みの可能性を実証するために、アンバコドンを含有するトラスツズマブ重鎖をコードするＤＮＡ及びトラスツズマブ軽鎖をコードするＤＮＡを、発現ベクタｐＹＤ３１７中にクローニングした。ＣＨ１ドメインのＥＵインデックスによって位置１３６にあるアミノ酸セリンに対応するヌクレオチドにおける重複ＰＣＲ突然変異誘発により、ＴＡＧコドンを挿入した。
[00355] 無細胞抽出物を室温まで融解し、５０μＭのヨードアセトアミドで３０分間インキュベートした。３０％（ｖ／ｖ）ヨードアセチルアミド処理した抽出物を含む無細胞反応を、８ｍＭのグルタミン酸マグネシウム、１０ｍＭのグルタミン酸アンモニウム、１３０ｍＭのグルタミン酸カリウム、３５ｍＭのピルビン酸ナトリウム、１．２ｍＭのＡＭＰ、それぞれ０．８６ｍＭのＧＭＰ、ＵＭＰ及びＣＭＰ、０．５ｍＭで付加したチロシン及びフェニルアラニンを除く１８種類アミノ酸全部の２ｍＭのアミノ酸、４ｍＭのシュウ酸ナトリウム、１ｍＭのプトレッシン、１．５ｍＭのスペルミジン、１．５ｍＭのリン酸カリウム、１００ｎＭのＴ７ ＲＮＡＰ、１．３μＭの大腸菌ＤｓｂＣ、５μＭの酵母ＰＤＩ、２ｍＭの酸化（ＧＳＳＧ）グルタチオン、１５ｍＭのｔＲＮＡ、１μＭのｔＲＮＡ合成酵素、及び１ｍＭの化合物（３０）で、３０℃にて最大１０時間実行した。重鎖ＴＡＧ変異体プラスミド及び野生型軽鎖プラスミドの濃度は、それぞれ７．５μｇ／ｍＬ及び２．５μｇ／ｍＬであった。１４Ｃで合成タンパク質を標識するために、３．３３％（ｖ／ｖ）の１−［Ｕ−１４Ｃ］−ロイシン（３００ｍＣｉ／ｍｍｏｌｅ；ＧＥ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、ニュージャージー州Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ）も反応物に付加した。
[00356] 非還元ゲルについては、ゲルに装填する前に４μＬの試料、８μＬのＤＩ Ｈ２Ｏ及び４μＬの４Ｘ ＬＤＳ緩衝剤（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）を混合した。還元ゲルについては、４μＬの試料、１μＬの１Ｍ ＤＴＴ、７μＬのＤＩ Ｈ２Ｏ及び４μＬの４Ｘ ＬＤＳ緩衝剤（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）を混合し、ホットブロット内で７０℃にて５分間加熱した。試料は、製造業者の推奨方法に従い、４〜１２％のＢｉｓ−Ｔｒｉｓ ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）で分析した。ゲルを乾燥させ、１６時間露光の後、Ｓｔｏｒｍ ８４０ Ｐｈｏｓｐｈｏ Ｉｍａｇｅｒを使用してオートラジオグラフィで分析した。
[00357] オートラジオグラフィは、化合物（３０）を含有する無傷の完全長ＩｇＧが作成されたことを実証した。
実施例１０
化合物（３０）、（１）及び（２）の反応性の評価
[00358] 本実施例は、ＤＢＣＯ−ＮＨ２（６１）（以下で示す）で化合物（３０）、（１）及び（２）の反応速度を評価する。
[00359] ＤＢＣＯ−ＮＨ２（６１）をｐＨ７．４のリン酸緩衝食塩水に溶解させ、５００μＭの溶液にした。アミノ酸類似体（３０）、（１）及び（２）を同じ緩衝液に溶解させて、５ｍＭの透明な溶液にし、次に同じ緩衝液を使用して５００ｍＭの濃度に希釈した。１００マイクロリットルの各アミノ酸類似体を１００μＬの化合物（６１）と混合し、渦発生させた。ＮＡＮＯＤＲＯＰ １０００ＵＶ分光計を使用して、３１０ｎｍで化合物（６１）の吸収をモニタした。０、０．５、２、６及び２０時間で測定値を取得した。化合物（６１）の吸収の低下は、アミノ酸類似体との反応を示す。
[00360] 実験の結果を図４に示す。化合物（１）及び（３０）は、化合物（６１）と１：１当量で容易に反応し、６時間でほぼ定量値の回収率を生じた。化合物（１）と化合物（６１）との反応速度は、化合物（３０）と化合物（６１）との反応速度と同等であった。化合物（２）と化合物（６１）との反応速度は、他の２つのアミノ酸類似体と化合物（６１）との反応速度より２倍から４倍遅かった。しかし、共通の比較手段としての化合物（３０）に基づき、化合物（２）の反応速度は、実施例６の化合物（５０）の反応速度より速いはずである。
配列リスト
＜２１０＞ 配列ＩＤ番号１
＜２１１＞ 長さ：４４９
＜２１２＞ 型：ＰＲＴ
＜２１３＞ 生体：人工配列
＜２２０＞ 特徴：
＜２２３＞ 他の情報：配列は合成されている
＜４００＞ 配列：１

配列リスト
＜２１０＞ 配列ＩＤ番号２
＜２１１＞ 長さ： ２１４
＜２１２＞ 型：ＰＲＴ
＜２１３＞ 生体：人工配列
＜２２０＞ 特徴：
＜２２３＞ 他の情報：配列は合成されている
＜４００＞ 配列：２

Claims (22)

  1. 式ＩＩ又は式Ｉ：

    の化合物、又はその塩であって、式中、
    Ｄが、−Ａｒ−Ｗ３−又は−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−であり、
    Ａｒが、

    であって、
    Ｗ１、Ｗ２及びＷ３が、それぞれ独立に単結合又は低級アルキレンであり、
    Ｗ４が、Ｃ１−Ｃ１０アルキレンであり、
    各Ｘ１が、独立に−ＮＨ−、−Ｏ−、又は−Ｓ−であり、
    各Ｙ１が、独立に単結合、−ＮＨ−又は−Ｏ−であり、
    各Ｙ２が、独立に単結合、−ＮＨ−、−Ｏ−、又はＮ−結合若しくはＣ結合ピロリジニレンであり、
    Ｚ１、Ｚ２及びＺ３のうち１つが−Ｎ−であり、Ｚ１、Ｚ２及びＺ３のうちその他が独立に−ＣＨ−である、化合物。
  2. Ｄが、−Ａｒ−Ｗ３−である、請求項１に記載の化合物。
  3. Ｄが、−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−である、請求項１に記載の化合物。
  4. Ｄが、−Ａｒ−Ｗ３−であり、
    Ａｒが、

    である、請求項１に記載の化合物。
  5. Ｄが、−Ａｒ−Ｗ３−であり、
    Ａｒが、

    である、請求項１に記載の化合物。
  6. Ｄが、−Ａｒ−Ｗ３−であり、
    Ｗ３が、−ＣＨ２−であり、
    Ａｒが、

    である、請求項１に記載の化合物。
  7. Ｄが、−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−であり、
    各Ｙ１が、独立に−ＮＨ−又は−Ｏ−である、請求項１に記載の化合物。
  8. Ｄが、−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−であり、
    各Ｙ２が、独立にＮ−結合又はＣ−結合ピロリジニレンであり、
    各Ｗ２が、単結合である、請求項１に記載の化合物。
  9. Ｄが、−Ｗ１−Ｙ１−Ｃ（Ｏ）−Ｙ２−Ｗ２−であり、
    各Ｙ２が、独立に単結合、−ＮＨ−又は−Ｏ−であり、
    各Ｗ２が、低級アルキレンである、請求項１に記載の化合物。
  10. 式Ｉａ：

    で表される請求項１に記載の化合物。
  11. Ｗ２及びＷ３が、それぞれ別個のＣ１−Ｃ３アルキレンである、請求項１に記載の化合物。
  12. 式ＩＩ：

    で表される請求項１に記載の化合物、又はその塩であり、Ｗ４がＣ１−Ｃ１０アルキレンである、化合物。
  13. 式３０：

    で表される請求項１２に記載の化合物、又はその塩。
  14. 式１〜２９及び４０：



    のいずれかで表される請求項１に記載の化合物、又はその塩。
  15. 請求項１〜１４のいずれか１項に記載の化合物に対応するアミノ酸残基を含む、ポリペプチド。
  16. ペイロードに結合した請求項１５のポリペプチドを含み、任意に前記ポリペプチドと前記ペイロードの間に結合部分を含む、コンジュゲート。
  17. 請求項１〜１４のいずれか１項に記載の化合物に対応するアミノ酸残基を含む、抗体。
  18. ペイロードに結合した請求項１７に記載の抗体を含み、任意に前記抗体と前記ペイロードの間に結合部分を含む、コンジュゲート。
  19. 請求項１〜１４のいずれかに記載の化合物に対応するアミノ酸残基でアミノアシル化された直交ｔＲＮＡ。
  20. ポリペプチドを製造する方法であって、前記アミノ酸残基を前記ポリペプチドに取り込むのに適切な条件で、請求項１９に記載の直交ｔＲＮＡにポリペプチドを接触させることを含む、方法。
  21. 前記直交ｔＲＮＡ塩基が、通常はアミノ酸と会合しないコドンと対合する、請求項２０に記載の方法。
  22. 前記接触が、請求項１〜１４のいずれかに記載の化合物で前記直交ｔＲＮＡをアミノアシル化することができるｔＲＮＡ合成酵素を含む反応混合物で生じる、請求項２０に記載の方法。
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