JP2018164451A

JP2018164451A - シミになり易さを判定する方法

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Publication number: JP2018164451A
Application number: JP2018049784A
Authority: JP
Inventors: 良子森野; Ryoko Morino
Original assignee: Evergene Co Ltd
Current assignee: Evergene Co Ltd
Priority date: 2017-03-28
Filing date: 2018-03-16
Publication date: 2018-10-25

Abstract

【課題】それぞれの被験者について、シミになり易さを網羅的に把握できる方法の提供。【解決手段】被験者由来のDNA含有試料において、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている特定の群から選択される一以上の一塩基多型、及び／或いは、該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は、塩基繰り返し多型を検出する工程を含むことにより、被験者のシミになり易さを網羅的に把握できる方法。【選択図】なし

Description

本発明は、遺伝子多型を検出する工程を含む被験者のシミになり易さを判定する方法に関する。さらに詳しくは、被験者由来のDNA含有試料において特定の遺伝子多型を検出する工程を含む被験者のシミになり易さを判定する方法に関する。

皮膚が紫外線にさらされること等により、メラノサイトがメラニン色素を過剰に生成することによってシミとなる。シミになり易さはヒトによって異なるため、近年ではそれぞれの肌質に適した化粧品の提供等を目的としてシミになり易さを判別する方法が検討されている。

例えば、特許文献１では、ヒトメラノサイト刺激ホルモン１受容体(MC1R)のアミノ酸配列において、特定の箇所のアミノ酸の変異が存在する場合に、皮膚におけるシミもしくはソバカス又は毛髪における茶色の髪の発生確率が高いと鑑別する方法が開示されている。
また、特許文献２では、被験者から単離した生体試料について、ASIP遺伝子の特定の箇所の遺伝子型を決定し、決定された各々の遺伝子型に基づき、被験者がシミを生じるリスクが高い肌質であるか否か等を判定する方法が開示されている。

さらに、特許文献３では、MLSTD1、MOGAT1、FADS2、FADS1、HSD3B1、ELOVL3、BG1、PECR、FABP7、FA2H、HAO2、ALOX15B、PDE6A、LZTS1、SEC14L4、BAMBI、CIDEA、TERE1、GAL、THRSP、INSIG1、CUTL2から選ばれるタンパク質をコードする遺伝子の発現が正常な表皮中の発現に比べて亢進している場合、もしくはRBBP6、MSMB、WIF1、ANKRD12、FLG、SYNE2、SCEL、NKTR、AMBPから選ばれるタンパク質をコードする遺伝子の発現が低下している場合に当該皮膚がシミを形成し易い皮膚であると判断する方法が開示されている。
しかし、これらに開示されている方法では特定の遺伝子の特定のアミノ酸配列や遺伝型のみを対象とするものであり、シミになり易さを網羅的に把握できる方法は提供されていなかった。

特許第4817666号特開2013-226096号公報特開2007-289063号公報

それぞれの被験者について、シミになり易さを網羅的に把握できる方法の提供を課題とする。

本発明者らは、前記課題を解決するために鋭意研究を行い、複数のヒトのシミになり易さと遺伝型との関連を調べた結果、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜４に示される群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を対象として解析することにより、網羅的に被験者のシミになり易さを判定することができることを見出し、本発明を完成するに至った。

さらに本発明者らは、これらの遺伝子多型を含む遺伝子か該遺伝子の近傍の遺伝子としてPPARGC1B遺伝子を見出し、この遺伝子の発現を制御することや、合成されたタンパク質の作用を抑制することが、シミの予防又は治療に有用であることを見出した。

すなわち、本発明は次の（１）〜（８）の被験者のシミになり易さを判定する方法等に関する。
（１）被験者由来のDNA含有試料において遺伝子多型を検出する工程を含む被験者のシミになり易さを判定する方法であって、検出する遺伝子多型が米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜４に示される群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型である、被験者のシミになり易さを判定する方法。
（２）被験者由来のDNA含有試料において遺伝子多型を検出する工程を含む被験者のシミになり易さを判定する方法であって、検出の対象となる一塩基多型がrs75548653、rs79694606、rs79489540、rs4235745、rs78814834、rs4705384、rs67393352、rs17110447、rs77655035、rs251468、rs80069564、rs109075、rs109076、rs251467、rs251466、rs17110463、rs251465、rs251464、rs251463、rs4705385、rs109077、rs112183859、rs251460、rs76390604、rs17600568、rs10491360、rs251459、rs79435714、rs32587、rs2003602、rs28282、rs17653577、rs32583、rs17110586、rs32581、rs45560442、rs76994147、rs32580、rs32579、rs32578、rs45520937、rs45588534、rs45543631、rs75739000、rs6579761、rs1549186、rs1549187、rs1549188、rs26122、rs1107344、rs2341294、rs888853、rs7712296、rs17653703、rs7070575、rs10444110、rs11198112、rs10444039、rs17096850、rs4751640、rs35563099、rs7098111、rs4752116、rs61865972、rs6585463、rs10749252、rs7085292、rs4752119、rs10749253、rs11198135、rs10886151、rs1925264、rs11498896、rs199983705、rs11198141、rs2094020、rs61866015、rs10787800、rs7098136、rs12250372、rs7916406、rs61866016及びrs61866017からなる群から選択される一以上の一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型である、上記（１）に記載の方法。
（３）rs75548653のアレルCを保有する遺伝型、rs79694606のアレルGを保有する遺伝型、rs79489540のアレルCを保有する遺伝型、rs4235745のアレルCを保有する遺伝型、rs78814834のアレルCを保有する遺伝型、rs4705384のアレルTを保有する遺伝型、rs67393352のアレルGを保有する遺伝型、rs17110447のアレルAを保有する遺伝型、rs77655035のアレルCを保有する遺伝型、rs251468のアレルCを保有する遺伝型、rs80069564のアレルGを保有する遺伝型、rs109075のアレルTを保有する遺伝型、rs109076のアレルTを保有する遺伝型、rs251467のアレルTを保有する遺伝型、rs251466のアレルCを保有する遺伝型、rs17110463のアレルCを保有する遺伝型、rs251465のアレルAを保有する遺伝型、rs251464のアレルGを保有する遺伝型、rs251463のアレルGを保有する遺伝型、rs4705385のアレルCを保有する遺伝型、rs109077のアレルTを保有する遺伝型、rs112183859のアレルAを保有する遺伝型、rs251460のアレルTを保有する遺伝型、rs76390604のアレルTを保有する遺伝型、rs17600568のアレルCを保有する遺伝型、rs10491360のアレルTを保有する遺伝型、rs251459のアレルGを保有する遺伝型、rs79435714のアレルCを保有する遺伝型、rs32587のアレルTを保有する遺伝型、rs2003602のアレルGを保有する遺伝型、rs28282のアレルCを保有する遺伝型、rs17653577のアレルAを保有する遺伝型、rs32583のアレルCを保有する遺伝型、rs17110586のアレルCを保有する遺伝型、rs32581のアレルGを保有する遺伝型、rs45560442のアレルGを保有する遺伝型、rs76994147のアレルGを保有する遺伝型、rs32580のアレルCを保有する遺伝型、rs32579のアレルCを保有する遺伝型、rs32578のアレルGを保有する遺伝型、rs45520937のアレルGを保有する遺伝型、rs45588534のアレルCを保有する遺伝型、rs45543631のアレルCを保有する遺伝型、rs75739000のアレルGを保有する遺伝型、rs6579761のアレルGを保有する遺伝型、rs1549186のアレルTを保有する遺伝型、rs1549187のアレルCを保有する遺伝型、rs1549188のアレルAを保有する遺伝型、rs26122のアレルCを保有する遺伝型、rs1107344のアレルGを保有する遺伝型、rs2341294のアレルGを保有する遺伝型、rs888853のアレルAを保有する遺伝型、rs7712296のアレルCを保有する遺伝型、rs17653703のアレルCを保有する遺伝型、rs7070575のアレルCを保有する遺伝型、rs10444110のアレルTを保有する遺伝型、rs11198112のアレルCを保有する遺伝型、rs10444039のアレルCを保有する遺伝型、rs17096850のアレルAを保有する遺伝型、rs4751640のアレルAを保有する遺伝型、rs35563099のアレルCを保有する遺伝型、rs7098111のアレルCを保有する遺伝型、rs4752116のアレルCを保有する遺伝型、rs61865972のアレルCを保有する遺伝型、rs6585463のアレルAを保有する遺伝型、rs10749252のアレルAを保有する遺伝型、rs7085292のアレルCを保有する遺伝型、rs4752119のアレルAを保有する遺伝型、rs10749253のアレルGを保有する遺伝型、rs11198135のアレルCを保有する遺伝型、rs10886151のアレルGを保有する遺伝型、rs1925264のアレルCを保有する遺伝型、rs11498896のアレルGを保有する遺伝型、rs199983705のアレルTを保有する遺伝型、rs11198141のアレルTを保有する遺伝型、rs2094020のアレルGを保有する遺伝型、rs61866015のアレルAを保有する遺伝型、rs10787800のアレルCを保有する遺伝型、rs7098136のアレルTを保有する遺伝型、rs12250372のアレルGを保有する遺伝型、rs7916406のアレルGを保有する遺伝型、rs61866016のアレルGを保有する遺伝型、又はrs61866017のアレルGを保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はシミになり易いと判定する工程を含む、上記（２）に記載の方法。
（４）被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のシミになり易さを判定する方法であって、検出の対象となる挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型がrs140364236、rs77002482、rs5872148、rs143978112及びrs148896299からなる群から選択される一以上の挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型である、上記（１）に記載の方法。
（５）rs140364236のアレルATAAGGを保有する遺伝型、rs77002482のアレルCAAを保有する遺伝型、rs5872148のアレルTを保有する遺伝型、rs143978112のアレルTを保有する遺伝型、又はrs148896299のアレルGTTTAを保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はシミになり易いと判定する工程を含む、上記（４）に記載の方法。
（６）上記（１）〜（５）のいずれかに記載の一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を検出するためのプローブ又はプライマーとして用いることができる、被験者のシミになり易さの判定用ポリヌクレオチド。
（７）上記（６）に記載のポリヌクレオチドからなるプローブ及び／又はプライマーを含む、被験者のシミになり易さの判定用キット。
（８）PPARGC1B遺伝子の発現を制御し、又は該タンパク質の作用を抑制するシミの予防又は治療のための組成物。

本発明の方法により、対象となるヒトそれぞれのシミになり易さを網羅的に把握することができる。また、判定用ポリヌクレオチドや判定用キットの使用により、シミになり易さを簡便に把握することも可能となる。

本発明の「被験者のシミになり易さを判定する方法」とは、被験者由来のDNA含有試料において遺伝子多型を検出する工程を含む被験者のシミになり易さを判定する方法のことをいう。本発明の方法はさらに、被験者のシミになり易さを判定するために有用なその他の工程を含むものであっても良い。
ここで検出する一塩基多型とは、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜４に示される群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型のことを指す。
なお、表１〜４において“他のrs番号”とは“rs番号”で特定されるある遺伝子多型を他の番号で示したものであり、実質的に同一な遺伝子多型を示すもののことをいう。例えば遺伝子多型がrs4235745である場合、“他のrs番号”に示されるrs59586541も同じ遺伝子多型を示すものである。

なお、本発明における一塩基多型(Single Nucleotide Polymorphism、SNP)とは、ヒトのゲノム配列において、国際標準配列と比較して母集団中１％以上の頻度で存在する、一つの塩基が他の塩基に置換変異したものを指す。
また、本発明において連鎖不平衡にある一塩基多型とは、rs番号で特定される本発明のいずれかの一塩基多型との間の連鎖不平衡係数(r2)が0.8以上である一塩基多型をいう。

検出の対象となる一塩基多型として、例えば、表１〜３に示されるrs75548653、rs79694606、rs79489540、rs4235745(rs59586541)、rs78814834、rs4705384、rs67393352(rs67393353)、rs17110447(rs56596245,rs56659429)、rs77655035、rs251468(rs56801770)、rs80069564、rs109075(rs858453,rs1007020,rs1264258,rs2546185,rs61296391,rs74294145)、rs109076(rs707140,rs2546184)、rs251467(rs57819581)、rs251466(rs60609841)、rs17110463、rs251465(rs403267,rs13154361,rs61188717)、rs251464(rs1264257,rs13154929,rs17110504,rs52797270,rs61238636)、rs251463(rs858452,rs1264256,rs56678313,rs386568577)、rs4705385、rs109077(rs251461,rs59527205)、rs112183859、rs251460(rs57145640,rs386568576)、rs76390604、rs17600568(rs56568254)、rs10491360(rs17110529)、rs251459、rs79435714、rs32587(rs57401245,rs386581403)、rs2003602(rs4382155)、rs28282(rs858450,rs2003603,rs17110578,rs57320177)、rs17653577、rs32583、rs17110586、rs32581(rs60318360,rs386581402)、rs45560442、rs76994147、rs32580(rs410596,rs58895466)、rs32579(rs60849863)、rs32578(rs433263,rs74294146)、rs45520937、rs45588534(rs61749640,rs386479590)、rs45543631(rs61749641)、rs75739000、rs6579761、rs1549186、rs1549187(rs17600714,rs59648855,rs111191920)、rs1549188、rs26122(rs61132396)、rs1107344(rs61496852)、rs2341294、rs888853(rs3733664,rs60607280)、rs7712296(rs17600756,rs57480361)、rs17653703(rs74294147)、rs7070575、rs10444110(rs12171898)、rs11198112(rs59053580)、rs10444039(rs11198113,rs59327236)、rs17096850(rs56450698)、rs4751640(rs59171484)、rs35563099(rs58021464)、rs7098111、rs4752116、rs61865972、rs6585463(rs57109501)、rs10749252、rs7085292、rs4752119(rs58693353)、rs10749253(rs60957769)、rs11198135(rs57195428)、rs10886151(rs61174077)、rs1925264(rs59929167)、rs11498896(rs12220208,rs55748296)、rs199983705、rs11198141(rs113926753)、rs2094020(rs34172551)、rs61866015、rs10787800(rs57827262)、rs7098136(rs59511480)、rs12250372(rs56494925)、rs7916406(rs61125669)、rs61866016及びrs61866017等が挙げられる。

このうち一塩基多型がrs75548653の場合ではアレルがGかCであり、リスクアレルがCである。従って、被験者のシミになり易さは遺伝型がC/C＞G/C＞G/Gの順番となる。また、rs79694606の場合ではアレルがAかGであり、リスクアレルがGである。従って、遺伝型がG/G＞A/G＞A/Aの順番で被験者はシミになり易いと判定される。
なお、対応するアレルがGかCまたはAかTである一塩基多型については、リスクアレルを判定するための配列情報を表５に示した。本発明において“rs番号”で特定される遺伝子多型で記載しているアレルのストランドはいずれもNCBI SNPデータベースのバージョンGRCh37または米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校（UCSC）データベースのバージョンhg19のリファレンスストランドに等しい。

即ち、本発明の検出対象が次の一塩基多型である場合、１）〜８３）のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者であればシミになり易いと判定されることになる。
１）rs75548653のアレルCを保有する遺伝型、２）rs79694606のアレルGを保有する遺伝型、３）rs79489540のアレルCを保有する遺伝型、４）rs4235745のアレルCを保有する遺伝型、５）rs78814834のアレルCを保有する遺伝型、６）rs4705384のアレルTを保有する遺伝型、７）rs67393352のアレルGを保有する遺伝型、８）rs17110447のアレルAを保有する遺伝型、９）rs77655035のアレルCを保有する遺伝型、１０）rs251468のアレルCを保有する遺伝型、１１）rs80069564のアレルGを保有する遺伝型、１２）rs109075のアレルTを保有する遺伝型、１３）rs109076のアレルTを保有する遺伝型、１４）rs251467のアレルTを保有する遺伝型、１５）rs251466のアレルCを保有する遺伝型、１６）rs17110463のアレルCを保有する遺伝型、１７）rs251465のアレルAを保有する遺伝型、１８）rs251464のアレルGを保有する遺伝型、１９）rs251463のアレルGを保有する遺伝型、２０）rs4705385のアレルCを保有する遺伝型、２１）rs109077のアレルTを保有する遺伝型、２２）rs112183859のアレルAを保有する遺伝型、２３）rs251460のアレルTを保有する遺伝型、２４）rs76390604のアレルTを保有する遺伝型、２５）rs17600568のアレルCを保有する遺伝型、２６）rs10491360のアレルTを保有する遺伝型、２７）rs251459のアレルGを保有する遺伝型、２８）rs79435714のアレルCを保有する遺伝型、２９）rs32587のアレルTを保有する遺伝型、３０）rs2003602のアレルGを保有する遺伝型、３１）rs28282のアレルCを保有する遺伝型、３２）rs17653577のアレルAを保有する遺伝型、３３）rs32583のアレルCを保有する遺伝型、３４）rs17110586のアレルCを保有する遺伝型、３５）rs32581のアレルGを保有する遺伝型、３６）rs45560442のアレルGを保有する遺伝型、３７）rs76994147のアレルGを保有する遺伝型、３８）rs32580のアレルCを保有する遺伝型、３９）rs32579のアレルCを保有する遺伝型、４０）rs32578のアレルGを保有する遺伝型、４１）rs45520937のアレルGを保有する遺伝型、４２）rs45588534のアレルCを保有する遺伝型、４３）rs45543631のアレルCを保有する遺伝型、４４）rs75739000のアレルGを保有する遺伝型、４５）rs6579761のアレルGを保有する遺伝型、４６）rs1549186のアレルTを保有する遺伝型、４７）rs1549187のアレルCを保有する遺伝型、４８）rs1549188のアレルAを保有する遺伝型、４９）rs26122のアレルCを保有する遺伝型、５０）rs1107344のアレルGを保有する遺伝型、５１）rs2341294のアレルGを保有する遺伝型、５２）rs888853のアレルAを保有する遺伝型、５３）rs7712296のアレルCを保有する遺伝型、５４）rs17653703のアレルCを保有する遺伝型、５５）rs7070575のアレルCを保有する遺伝型、５６）rs10444110のアレルTを保有する遺伝型、５７）rs11198112のアレルCを保有する遺伝型、５８）rs10444039のアレルCを保有する遺伝型、５９）rs17096850のアレルAを保有する遺伝型、６０）rs4751640のアレルAを保有する遺伝型、６１）rs35563099のアレルCを保有する遺伝型、６２）rs7098111のアレルCを保有する遺伝型、６３）rs4752116のアレルCを保有する遺伝型、６４）rs61865972のアレルCを保有する遺伝型、６５）rs6585463のアレルAを保有する遺伝型、６６）rs10749252のアレルAを保有する遺伝型、６７）rs7085292のアレルCを保有する遺伝型、６８）rs4752119のアレルAを保有する遺伝型、６９）rs10749253のアレルGを保有する遺伝型、７０）rs11198135のアレルCを保有する遺伝型、７１）rs10886151のアレルGを保有する遺伝型、７２）rs1925264のアレルCを保有する遺伝型、７３）rs11498896のアレルGを保有する遺伝型、７４）rs199983705のアレルTを保有する遺伝型、７５）rs11198141のアレルTを保有する遺伝型、７６）rs2094020のアレルGを保有する遺伝型、７７）rs61866015のアレルAを保有する遺伝型、７８）rs10787800のアレルCを保有する遺伝型、７９）rs7098136のアレルTを保有する遺伝型、８０）rs12250372のアレルGを保有する遺伝型、８１）rs7916406のアレルGを保有する遺伝型、８２）rs61866016のアレルGを保有する遺伝型、８３）rs61866017のアレルGを保有する遺伝型。

また、本発明の検出の対象には挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型も含まれる。このような多型は例えば、表４に示されるrs140364236（rs141163096）、rs77002482（rs146771303）、rs5872148（rs35367267,rs147516092）、rs143978112（rs202020135）及びrs148896299等が挙げられる。

このうち挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型がrs140364236の場合では、アレルがAかATAAGGであり、リスクアレルがATAAGGである。従って、被験者のシミになり易さは遺伝型がATAAGG/ATAAGG＞A/ATAAGG＞A/Aの順番で高いと判定される。また、rs77002482の場合ではアレルがCかCAAであり、リスクアレルがCAAである。従って、遺伝型がCAA/CAA＞C/CAA＞C/Cの順番で被験者のシミになり易さが高いと判定することになる。

即ち、本発明の検出対象が次の挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型である場合、１）〜５）のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者であればシミになりやすいと判定されることになる。
１）rs140364236のアレルATAAGGを保有する遺伝型、２）rs77002482のアレルCAAを保有する遺伝型、３）rs5872148のアレルTを保有する遺伝型、４）rs143978112のアレルTを保有する遺伝型、５）rs148896299のアレルGTTTAを保有する遺伝型。

本発明の方法の判定対象となる被験者はヒトであれば良く、アジア人種、特に東アジア人、さらには日本人であることが好ましく、性別は問わない。
また「被験者由来のDNA試料」とは、ゲノムDNA、cDNA、又はmRNAのいずれであっても良く、シミになり易さを判定する対象の被験者から得られるものであれば良く、例えば、唾液、唾、髪の毛、血液、リンパ液、骨髄液、精液、腹腔液、尿等の体液、髪の毛等を由来として調製される試料等が挙げられる。

本発明の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型の検出にあたり、従来知られているいずれの方法を用いても良く、例えばTaqMan（登録商標）PCR、LAMP法等のPCRによってこれらの遺伝子多型を含む断片を増幅する方法やDNAシーケンサー等で塩基配列を直接決定し、これらの遺伝子多型を検出する方法等が挙げられる。また、DNAチップやGeneチップ等のマイクロアレイによる検出方法を使用しても良い。

本発明の「被験者のシミになり易さの判定用ポリヌクレオチド」とは、本発明の検出対象として特定されている一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型の塩基配列を含み得るポリヌクレオチドを指す。
例えば検出対象となる遺伝子多型が一塩基多型であるrs75548653の場合は、G/G、C/G、C/Cのいずれに該当するか検出するために、その箇所の塩基配列を含むポリヌクレオチドとなる。このポリヌクレオチドは検出対象となる一塩基多型及びこれに連続する少なくとも15〜30塩基対からなる塩基配列であることが好ましく、これに相補的な塩基配列も本発明の「被験者のシミになり易さの判定用ポリヌクレオチド」に該当し得る。
そして、この「被験者のシミになり易さの判定用ポリヌクレオチド」は、一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型を検出するためのプローブ又はプライマーとして用いることができる。

本発明の「被験者のシミになり易さの判定用キット」とは、「被験者のシミになり易さの判定用ポリヌクレオチド」からなるプローブ及び／又はプライマーを少なくとも含むキットのことをいう。このキットはさらに、一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を検出する各方法に適した試薬等を含むものであってもよく、支持体に固定化されたマイクロアレイ等としてキットに含まれてもよい。

本発明の「シミの予防又は治療のための組成物」とは、シミの発生の予防や既に発生しているシミを治療するための組成物のことをいう。この組成物はPPARGC1B遺伝子の発現を制御することでこのタンパク質の合成を抑制したり、合成されたタンパク質の作用を抑制したりすることができる。
特にPPARgammma又はエストロゲン受容体を刺激するタンパク質をコードする遺伝子であるPPARGC1B遺伝子の発現を制御できる組成物であることが好ましい。
このような組成物は、シミの予防や治療のための化粧品、医薬品等の有効成分とすることができ、この化粧品、医薬品等は全身又は局所的に投与することが可能である。

以下、実施例をあげて本発明をさらに詳細に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。

１．DNAサンプル
株式会社エムティーアイの女性のヘルスケアに関するウェブサイト及びアプリの使用者であり、かつ、任意に募集したシミ（形質）に関するアンケートに回答した者をDNAサンプル提供の対象者とした。この対象者は2回の募集によって集められ、1回目のステージ(以下、LL01と示す場合がある)では12085名、2回目のステージ(以下、LL02と示す場合がある)では14407名が集まった。
このうち、eメールアドレス、個人情報等によるスクリーニングを経て、LL01では7000名、LL02では9321名がサンプル提供の対象者となった。
なお、シミに関するアンケートはSurvey Monkey（http://www.surveymonkey.com）によって作成され、オンラインにより対象者から回答を受けた。

LL01の対象者のDNAサンプルは、唾液採取キット（OraGene(登録商標） DNA；DNA Genotek社）により2015年3月から6月まで郵送にて集められた（nLL01=5882）。また、LL02の対象者のサンプルは同様に2015年9月から2016年4月の間に集められた（n_LL02=5783）。
本発明にあたり、同意書、アンケート項目、及び遺伝型判定について、つくば国際臨床薬理クリニックの倫理審査委員会によって承認を受けた。同意書のサインにて同意を受けたサンプル提供者よりサンプル収集を行い、遺伝型判定、シミについてのアンケート、及びゲノムワイド関連解析による形質分析を行った。

２．遺伝型の決定
サンプル提供の対象者から得た唾液サンプルはタカラバイオ株式会社によって処理された。
LL01及びLL02のサンプルはそれぞれ、エバージーン株式会社によって東アジア人を対象とするようにカスタムされたAxiom（登録商標）アレイ（EverGen1）によって遺伝型の決定が行われた。
このEverGen1チップは合計610093の多型を含む。そのうち569104多型は1000 Genomesプロジェクトの日本人系統サンプルにおいてMAFを有したAxiom CHB-1チップのSNPから選ばれ、疾患上又は表現型上の既知の関連性を有する40989多型を追加したものである。
LL01及びLL02について、それぞれAffymetrix（登録商標） Analysis Suite 1.1.0616によって遺伝型データを得た。

３．IBD解析によるサンプルQC
LL01及びLL02から解析対象として適したサンプルを選択した。
遺伝型データを利用して同一個体及び近縁関係にある2個体を抽出した。PLINK2 ver. 1.90p（2016年8月16日リリース）｛Purcell et al.、2007、 #42652｝を利用して、総当りの2個体のPIHAT値を算出し、0.5以上のペアを11組検出した。それぞれの11ペアについて、個体Call Rate値の悪い個体を解析対象から除外した。

４．PCA解析によるサンプルQC
PCA解析を利用してLL01及びLL02から日本人由来の個体を選択した。
1000 GenomesプロジェクトのPhase 3サンプル集団から2504個体のサンプルの遺伝型データ（ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/release/20130502/）をダウンロードし、人種の教師データとした。
教師データとLL01及びLL02の遺伝型データを結合し、PCA解析を行なった。PCA解析に利用したSNPは121595座位で、これらはPLINK2 v1.90pにより連鎖不平衡の低いSNPとして選択した。選択基準はr²<0.2とした{Purcell et al.、2007、 #42652; Chang et al.、2015、 #66208}。
第1主成分得点、第２主成分得点をそれぞれ横軸、縦軸にとった散布図を描画し、日本人教師データの近傍にあるLL01及びLL02の個体を解析対象として選択した{Yamaguchi-Kabata et al.、 2008、 #51107; Tian et al.、 2008、 #28781}。
シミに関するアンケートデータと遺伝型データの両方を有するサンプルで、IBD解析及びPCA解析により解析対象として選択した個体数は、LL01が5750個体、LL02は5628個体であった。

５．SNPのQC
LL01及びLL02それぞれの集団を対象に、解析対象SNPを選択した。選択基準は、1) SNPコールレート≧99%以上、2) MAF≧0.01、3) HWE P値≧1x10^-6とした。
さらにLL01とLL02には329個体の重複サンプルが存在する。本研究では、これら重複個体についてLL01とLL02で決定されたSNPの遺伝型の一致率を算出し、一致率が90%以上のSNPを解析対象とした。
その結果、536506個のSNPが解析対象として選択された。そのうち2417個は挿入-欠失多型（INDEL）であった。

６．表現型データの処理
シミの形質についてのアンケート項目は、「シミができやすい」という質問に対して、「とても当てはまる」、「やや当てはまる」、「当てはまらない」の三つに選択肢から回答するものであり、「とても当てはまる」及び「やや当てはまる」と回答した場合を“シミになり易い”ケースとした。

７．統計解析及び遺伝型予測
マイナーアレルに傾向性様式を仮定し、関連性の有無をロジスティック回帰分析法を用いて評価した。ソフトウェアはPLINK2 v1.90pを利用した。
１つのサンプル集団で探索解析を行ない関連候補遺伝子多型を選択し、もう1つの独立サンプルで検証解析を行った{Zeng et al., 2016, #85331}。実際にはLL01及びLL02それぞれで関連解析を実施し、一方を探索解析、もう一方を検証解析とした。
探索解析における有意水準をP_discovery≦1x10^-4とし、検証解析における有意水準をP_evaluation<0.05とした。
検証解析ではBenjamini-HochbergのFDR値による評価も行った。FDR値に対する基準はP_evaluation<0.2とした。
2つの解析結果を統合するためにオッズ比に対するメタ解析を実施した。メタ解析によるP値に対する有意水準はP_{Meta-analysis}<5x10^-8とした。

８．ゲノムインピュテーションによる評価
探索解析と検証解析によって関連候補遺伝子多型を決定し、その周辺の未観測遺伝子多型の遺伝型を擬似的に推定した。先ずBEAGLE 4.1{Browning and Browning、 2007、 #74753}を用いてLL01/LL02遺伝型判定データセットをプレフェージング（pre-phasing）し、次にBEAGLE 4.1を用い、1000Genomes Phase 3の参照ハプロタイプを用いて遺伝型をインピュテーションした{Browning and Browning、 2016、 #55674}。
ゲノムインピュテーションにより擬似的に推定された遺伝型を用いて、関連解析を行った。同様にLL01及びLL02にそれぞれについて関連解析を行ない、メタ解析により2つの解析結果を統合し評価した。

９．機能解析(In Silico)
HaploReg 4.1{Ward and Kellis、2012、 #42668}を用いて多型のアノテーション付けを行った。これは、転写因子結合部位（TFBS）についての制御系アノテーション、DNase高感受性部位（DHS）、DNAメチル化、進化的な保存度のスコア（GERP）、遺伝子オーバーラップ、及びeQTL アノテーションを含むものであった。

１０．結果
上記１．〜９．の解析の結果、ヒトのシミになり易さを判定するために有用な遺伝子多型として、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜３に示される一塩基多型を特定した。また、表４に示される挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を特定した。そして、これらの遺伝子多型を含む遺伝子、又は該遺伝子の近傍の遺伝子としてPPARGC1B遺伝子又はRAB11FIP2遺伝子を見出した。

表１〜３に示される一塩基多型及び表４に示される挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型において、リスクアレルを含む遺伝型ほど“シミになり易い”と判定され得た。例えば、一塩基多型が次の１）〜８３）に示されるものである場合は、遺伝型が次の順番で“シミになり易い”と判定され得た。また、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型であれば次の１）〜５）に示される遺伝型である場合に“シミになり易い”と判定され得た。さらにPPARGC1B遺伝子はシミの発生に関連し得る遺伝子と推定された。

＜一塩基多型＞
１）rs75548653のアレルCを保有する遺伝型、２）rs79694606のアレルGを保有する遺伝型、３）rs79489540のアレルCを保有する遺伝型、４）rs4235745のアレルCを保有する遺伝型、５）rs78814834のアレルCを保有する遺伝型、６）rs4705384のアレルTを保有する遺伝型、７）rs67393352のアレルGを保有する遺伝型、８）rs17110447のアレルAを保有する遺伝型、９）rs77655035のアレルCを保有する遺伝型、１０）rs251468のアレルCを保有する遺伝型、１１）rs80069564のアレルGを保有する遺伝型、１２）rs109075のアレルTを保有する遺伝型、１３）rs109076のアレルTを保有する遺伝型、１４）rs251467のアレルTを保有する遺伝型、１５）rs251466のアレルCを保有する遺伝型、１６）rs17110463のアレルCを保有する遺伝型、１７）rs251465のアレルAを保有する遺伝型、１８）rs251464のアレルGを保有する遺伝型、１９）rs251463のアレルGを保有する遺伝型、２０）rs4705385のアレルCを保有する遺伝型、２１）rs109077のアレルTを保有する遺伝型、２２）rs112183859のアレルAを保有する遺伝型、２３）rs251460のアレルTを保有する遺伝型、２４）rs76390604のアレルTを保有する遺伝型、２５）rs17600568のアレルCを保有する遺伝型、２６）rs10491360のアレルTを保有する遺伝型、２７）rs251459のアレルGを保有する遺伝型、２８）rs79435714のアレルCを保有する遺伝型、２９）rs32587のアレルTを保有する遺伝型、３０）rs2003602のアレルGを保有する遺伝型、３１）rs28282のアレルCを保有する遺伝型、３２）rs17653577のアレルAを保有する遺伝型、３３）rs32583のアレルCを保有する遺伝型、３４）rs17110586のアレルCを保有する遺伝型、３５）rs32581のアレルGを保有する遺伝型、３６）rs45560442のアレルGを保有する遺伝型、３７）rs76994147のアレルGを保有する遺伝型、３８）rs32580のアレルCを保有する遺伝型、３９）rs32579のアレルCを保有する遺伝型、４０）rs32578のアレルGを保有する遺伝型、４１）rs45520937のアレルGを保有する遺伝型、４２）rs45588534のアレルCを保有する遺伝型、４３）rs45543631のアレルCを保有する遺伝型、４４）rs75739000のアレルGを保有する遺伝型、４５）rs6579761のアレルGを保有する遺伝型、４６）rs1549186のアレルTを保有する遺伝型、４７）rs1549187のアレルCを保有する遺伝型、４８）rs1549188のアレルAを保有する遺伝型、４９）rs26122のアレルCを保有する遺伝型、５０）rs1107344のアレルGを保有する遺伝型、５１）rs2341294のアレルGを保有する遺伝型、５２）rs888853のアレルAを保有する遺伝型、５３）rs7712296のアレルCを保有する遺伝型、５４）rs17653703のアレルCを保有する遺伝型、５５）rs7070575のアレルCを保有する遺伝型、５６）rs10444110のアレルTを保有する遺伝型、５７）rs11198112のアレルCを保有する遺伝型、５８）rs10444039のアレルCを保有する遺伝型、５９）rs17096850のアレルAを保有する遺伝型、６０）rs4751640のアレルAを保有する遺伝型、６１）rs35563099のアレルCを保有する遺伝型、６２）rs7098111のアレルCを保有する遺伝型、６３）rs4752116のアレルCを保有する遺伝型、６４）rs61865972のアレルCを保有する遺伝型、６５）rs6585463のアレルAを保有する遺伝型、６６）rs10749252のアレルAを保有する遺伝型、６７）rs7085292のアレルCを保有する遺伝型、６８）rs4752119のアレルAを保有する遺伝型、６９）rs10749253のアレルGを保有する遺伝型、７０）rs11198135のアレルCを保有する遺伝型、７１）rs10886151のアレルGを保有する遺伝型、７２）rs1925264のアレルCを保有する遺伝型、７３）rs11498896のアレルGを保有する遺伝型、７４）rs199983705のアレルTを保有する遺伝型、７５）rs11198141のアレルTを保有する遺伝型、７６）rs2094020のアレルGを保有する遺伝型、７７）rs61866015のアレルAを保有する遺伝型、７８）rs10787800のアレルCを保有する遺伝型、７９）rs7098136のアレルTを保有する遺伝型、８０）rs12250372のアレルGを保有する遺伝型、８１）rs7916406のアレルGを保有する遺伝型、８２）rs61866016のアレルGを保有する遺伝型、８３）rs61866017のアレルGを保有する遺伝型。

＜挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型＞
１）rs140364236のアレルATAAGGを保有する遺伝型、２）rs77002482のアレルCAAを保有する遺伝型、３）rs5872148のアレルTを保有する遺伝型、４）rs143978112のアレルTを保有する遺伝型、５）rs148896299のアレルGTTTAを保有する遺伝型

本発明の方法により、対象となるヒトそれぞれのシミになり易さを網羅的に把握することができる。また、判定用ポリヌクレオチドや判定用キットの使用により、シミになり易さを簡便に把握することも可能となる。
さらに、本発明によりシミに関連する遺伝子の発現等を制御することでシミの予防又は治療のための組成物を提供することも可能となる。

Claims

被験者由来のDNA含有試料において遺伝子多型を検出する工程を含む被験者のシミになり易さを判定する方法であって、検出する遺伝子多型が米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜４に示される群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型である、被験者のシミになり易さを判定する方法。
被験者由来のDNA含有試料において遺伝子多型を検出する工程を含む被験者のシミになり易さを判定する方法であって、検出の対象となる一塩基多型がrs75548653、rs79694606、rs79489540、rs4235745、rs78814834、rs4705384、rs67393352、rs17110447、rs77655035、rs251468、rs80069564、rs109075、rs109076、rs251467、rs251466、rs17110463、rs251465、rs251464、rs251463、rs4705385、rs109077、rs112183859、rs251460、rs76390604、rs17600568、rs10491360、rs251459、rs79435714、rs32587、rs2003602、rs28282、rs17653577、rs32583、rs17110586、rs32581、rs45560442、rs76994147、rs32580、rs32579、rs32578、rs45520937、rs45588534、rs45543631、rs75739000、rs6579761、rs1549186、rs1549187、rs1549188、rs26122、rs1107344、rs2341294、rs888853、rs7712296、rs17653703、rs7070575、rs10444110、rs11198112、rs10444039、rs17096850、rs4751640、rs35563099、rs7098111、rs4752116、rs61865972、rs6585463、rs10749252、rs7085292、rs4752119、rs10749253、rs11198135、rs10886151、rs1925264、rs11498896、rs199983705、rs11198141、rs2094020、rs61866015、rs10787800、rs7098136、rs12250372、rs7916406、rs61866016及びrs61866017からなる群から選択される一以上の一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型である、請求項１に記載の方法。
rs75548653のアレルCを保有する遺伝型、
rs79694606のアレルGを保有する遺伝型、
rs79489540のアレルCを保有する遺伝型、
rs4235745のアレルCを保有する遺伝型、
rs78814834のアレルCを保有する遺伝型、
rs4705384のアレルTを保有する遺伝型、
rs67393352のアレルGを保有する遺伝型、
rs17110447のアレルAを保有する遺伝型、
rs77655035のアレルCを保有する遺伝型、
rs251468のアレルCを保有する遺伝型、
rs80069564のアレルGを保有する遺伝型、
rs109075のアレルTを保有する遺伝型、
rs109076のアレルTを保有する遺伝型、
rs251467のアレルTを保有する遺伝型、
rs251466のアレルCを保有する遺伝型、
rs17110463のアレルCを保有する遺伝型、
rs251465のアレルAを保有する遺伝型、
rs251464のアレルGを保有する遺伝型、
rs251463のアレルGを保有する遺伝型、
rs4705385のアレルCを保有する遺伝型、
rs109077のアレルTを保有する遺伝型、
rs112183859のアレルAを保有する遺伝型、
rs251460のアレルTを保有する遺伝型、
rs76390604のアレルTを保有する遺伝型、
rs17600568のアレルCを保有する遺伝型、
rs10491360のアレルTを保有する遺伝型、
rs251459のアレルGを保有する遺伝型、
rs79435714のアレルCを保有する遺伝型、
rs32587のアレルTを保有する遺伝型、
rs2003602のアレルGを保有する遺伝型、
rs28282のアレルCを保有する遺伝型、
rs17653577のアレルAを保有する遺伝型、
rs32583のアレルCを保有する遺伝型、
rs17110586のアレルCを保有する遺伝型、
rs32581のアレルGを保有する遺伝型、
rs45560442のアレルGを保有する遺伝型、
rs76994147のアレルGを保有する遺伝型、
rs32580のアレルCを保有する遺伝型、
rs32579のアレルCを保有する遺伝型、
rs32578のアレルGを保有する遺伝型、
rs45520937のアレルGを保有する遺伝型、
rs45588534のアレルCを保有する遺伝型、
rs45543631のアレルCを保有する遺伝型、
rs75739000のアレルGを保有する遺伝型、
rs6579761のアレルGを保有する遺伝型、
rs1549186のアレルTを保有する遺伝型、
rs1549187のアレルCを保有する遺伝型、
rs1549188のアレルAを保有する遺伝型、
rs26122のアレルCを保有する遺伝型、
rs1107344のアレルGを保有する遺伝型、
rs2341294のアレルGを保有する遺伝型、
rs888853のアレルAを保有する遺伝型、
rs7712296のアレルCを保有する遺伝型、
rs17653703のアレルCを保有する遺伝型、
rs7070575のアレルCを保有する遺伝型、
rs10444110のアレルTを保有する遺伝型、
rs11198112のアレルCを保有する遺伝型、
rs10444039のアレルCを保有する遺伝型、
rs17096850のアレルAを保有する遺伝型、
rs4751640のアレルAを保有する遺伝型、
rs35563099のアレルCを保有する遺伝型、
rs7098111のアレルCを保有する遺伝型、
rs4752116のアレルCを保有する遺伝型、
rs61865972のアレルCを保有する遺伝型、
rs6585463のアレルAを保有する遺伝型、
rs10749252のアレルAを保有する遺伝型、
rs7085292のアレルCを保有する遺伝型、
rs4752119のアレルAを保有する遺伝型、
rs10749253のアレルGを保有する遺伝型、
rs11198135のアレルCを保有する遺伝型、
rs10886151のアレルGを保有する遺伝型、
rs1925264のアレルCを保有する遺伝型、
rs11498896のアレルGを保有する遺伝型、
rs199983705のアレルTを保有する遺伝型、
rs11198141のアレルTを保有する遺伝型、
rs2094020のアレルGを保有する遺伝型、
rs61866015のアレルAを保有する遺伝型、
rs10787800のアレルCを保有する遺伝型、
rs7098136のアレルTを保有する遺伝型、
rs12250372のアレルGを保有する遺伝型、
rs7916406のアレルGを保有する遺伝型、
rs61866016のアレルGを保有する遺伝型、又は
rs61866017のアレルGを保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はシミになり易いと判定する工程を含む、請求項２に記載の方法。
被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のシミになり易さを判定する方法であって、検出の対象となる挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型がrs140364236、rs77002482、rs5872148、rs143978112及びrs148896299からなる群から選択される一以上の挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型である、請求項１に記載の方法。
rs140364236のアレルATAAGGを保有する遺伝型、
rs77002482のアレルCAAを保有する遺伝型、
rs5872148のアレルTを保有する遺伝型、
rs143978112のアレルTを保有する遺伝型、又は
rs148896299のアレルGTTTAを保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はシミになり易いと判定する工程を含む、請求項４に記載の方法。
請求項１〜５のいずれかに記載の一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を検出するためのプローブ又はプライマーとして用いることができる、被験者のシミになり易さの判定用ポリヌクレオチド。
請求項６に記載のポリヌクレオチドからなるプローブ及び／又はプライマーを含む、被験者のシミになり易さの判定用キット。
PPARGC1B遺伝子の発現を制御し、又は該タンパク質の作用を抑制するシミの予防又は治療のための組成物。