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CN109154027A - 用于监测和治疗癌症的方法 - Google Patents

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CN109154027A
CN109154027A CN201780030399.XA CN201780030399A CN109154027A CN 109154027 A CN109154027 A CN 109154027A CN 201780030399 A CN201780030399 A CN 201780030399A CN 109154027 A CN109154027 A CN 109154027A
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CN201780030399.XA
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J·瓦林
P·黑格德
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F Hoffmann La Roche AG
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Abstract

本发明提供用于癌症的治疗和诊断方法和组合物。本发明格外提供治疗癌症的方法和监测具有癌症的患者对用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体)的治疗的响应的方法。

Description

用于监测和治疗癌症的方法
序列表
本申请含有序列表，已经以ASCII格式电子提交且据此通过援引以其全部收录。于2017年4月13日创建的所述ASCII拷贝，名称为50474-128WO2_Sequence_Listing_4_13_17_ST25且大小为86,716个字节。
发明领域
本发明一般涉及用于诊断，监测，和治疗癌症的方法。
发明背景
癌症仍然是人类健康的最致命威胁之一。仅仅在美国，癌症每年侵袭几乎130万新患者，而且是位居心血管疾病之后的第二位死亡原因，大约占四例死亡中的一例。实体瘤对大多数那些死亡负有责任。虽然某些癌症的医学治疗有显著进步，但是所有癌症的总体5年存活率在过去20年中仅仅改善了约10％。特别是，肾癌的发病率自二十世纪九十年代升高，而且现在是男性和女性二者中的10种最常见癌症之一。
因而，本领域对用于癌症的改善的疗法和诊断方法存在未满足的需要。
发明概述
本发明提供用于监测，诊断，和治疗癌症，例如肾癌(例如转移性肾细胞癌(mRCC))的组合物和方法。
在一个方面，本发明特征在于一种监测具有癌症的患者对用VEGF拮抗剂的治疗的响应的方法，该方法包含：(a)在施用该VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中测定下列基因中一种或多种的表达水平：CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1；CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13；或GZMB，KLRK1，或SLAMF7；并(b)与参照水平比较该生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，由此监测该患者对用该VEGF拮抗剂的治疗的响应。
在一些实施方案中，CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平与肿瘤微环境中CD8+T效应(Teff)细胞的存在有关联。在一些实施方案中，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平与肿瘤微环境中Th1趋化因子的存在有关联。在一些实施方案中，GZMB，KLRK1，或SLAMF7的存在与肿瘤微环境中天然杀伤(NK)细胞的存在有关联。
在一些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平。在一些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，或至少六种的表达水平。在一些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，和PRF1的表达水平。
在一些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平。在一些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中至少两种或至少三种的表达水平。在一些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，和CXCL13的表达水平。
在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平。在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中至少两种的表达水平。在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，和SLAMF7的表达水平。
在一些实施方案中，该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平；(ii)参照群体中该一种或多种基因的表达水平；(iii)该一种或多种基因的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平组成的组。在一些实施方案中，该一种或多种基因的表达水平在自该患者获得的生物学样品中相对于该参照水平升高。
在一些实施方案中，CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。在一些实施方案中，CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。在一些实施方案中，CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约7倍。
在一些实施方案中，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。在一些实施方案中，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。在一些实施方案中，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约6倍。
在一些实施方案中，GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。在一些实施方案中，GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。在一些实施方案中，GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约8倍。
在一些实施方案中，该一种或多种基因的升高的表达水平指示该患者响应该VEGF拮抗剂。
在另一个方面，本发明特征在于一种监测具有癌症的患者对用VEGF拮抗剂的治疗的响应的方法，该方法包含：(a)测定在施用该VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平；并(b)与参照水平比较该生物学样品中MHC-I的表达水平，由此监测该患者对用该VEGF拮抗剂的治疗的响应。在一些实施方案中，该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中MHC-I的表达水平；(ii)参照群体中MHC-I的表达水平；(iii)MHC-I的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平组成的组。
在一些实施方案中，在自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平相对于该参照水平升高。在一些实施方案中，MHC-I的表达水平相对于该参照水平升高至少2倍。在一些实施方案中，MHC-1的升高的表达指示该患者响应该VEGF拮抗剂。
在另一个方面，本发明特征在于一种监测具有癌症的患者对用VEGF拮抗剂的治疗的响应的方法，该方法包含：(a)在施用该VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中测定下列基因中一种或多种的表达水平：CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10；并(b)与参照水平比较该生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，由此监测该患者对用该VEGF拮抗剂的治疗的响应。
在一些实施方案中，测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中至少两种，至少三种，至少四种，或至少五种的表达水平。在一些实施方案中，测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和CXCL10的表达水平。
在一些实施方案中，该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平；(ii)参照群体中该一种或多种基因的表达水平；(iii)该一种或多种基因的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平组成的组。
在一些实施方案中，该一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高。在一些实施方案中，该一种或多种基因的升高的表达水平指示该患者响应该VEGF拮抗剂。
在任何前述方面的一些实施方案中，在施用该VEGF拮抗剂后约15至约18天获得来自该患者的生物学样品。在一些实施方案中，该方法进一步包含将另外的一剂或多剂VEGF拮抗剂施用于其MHC-I或该一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高的患者的步骤。
在另一个方面，本发明特征在于一种用VEGF拮抗剂治疗具有癌症的患者的方法，该方法包含：(a)在施用VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中测定下列基因中一种或多种的表达水平：CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1；CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13；或GZMB，KLRK1，或SLAMF7；(b)与参照水平比较该生物学样品中该一种或多种基因的表达水平；并(c)如果其一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高的话，继续将该VEGF拮抗剂施用于该患者。
在一些实施方案中，CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平与肿瘤微环境中CD8+T效应(Teff)细胞的存在有关联。在一些实施方案中，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平与肿瘤微环境中Th1趋化因子的存在有关联。在一些实施方案中，GZMB，KLRK1，或SMALF7的存在与肿瘤微环境中天然杀伤(NK)细胞的存在有关联。
在一些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平。在一些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，或至少六种的表达水平。在一些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，和PRF1的表达水平。
在一些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平。在一些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中至少两种或至少三种的表达水平。在一些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，和CXCL13的表达水平。
在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平。在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中至少两种的表达水平。在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，和SLAMF7的表达水平。
在一些实施方案中，该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平；(ii)参照群体中该一种或多种基因的表达水平；(iii)该一种或多种基因的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平组成的组。
在一些实施方案中，CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。在一些实施方案中，CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。在一些实施方案中，CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约7倍。
在一些实施方案中，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。在一些实施方案中，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。在一些实施方案中，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约6倍。
在一些实施方案中，GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。在一些实施方案中，GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。在一些实施方案中，GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约8倍。
在另一个方面，本发明特征在于一种用VEGF拮抗剂治疗具有癌症的患者的方法，该方法包含：(a)测定在施用该VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平；(b)与参照水平比较该生物学样品中MHC-I的表达水平；并(c)如果其一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高的话，继续将该VEGF拮抗剂施用于该患者。在一些实施方案中，该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中MHC-I的表达水平；(ii)参照群体中MHC-I的表达水平；(iii)MHC-I的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平组成的组。在一些实施方案中，MHC-I的表达水平相对于该参照水平升高至少2倍。
在另一个方面，本发明特征在于一种用VEGF拮抗剂治疗具有癌症的患者的方法，该方法包含：(a)在施用VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中测定下列基因中一种或多种的表达水平：CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10；(b)与参照水平比较该生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，由此监测该患者对用该VEGF拮抗剂的治疗的响应；并(c)如果其一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高的话，继续将该VEGF拮抗剂施用于该患者。在一些实施方案中，测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中至少两种，至少三种，至少四种，或至少五种的表达水平。在一些实施方案中，测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和CXCL10的表达水平。在一些实施方案中，该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平；(ii)参照群体中该一种或多种基因的表达水平；(iii)该一种或多种基因的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平组成的组。
在任何前述方面的一些实施方案中，在施用该VEGF拮抗剂后约15至约18天获得来自该患者的生物学样品。在一些实施方案中，该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗。
在任何前述方面的一些实施方案中，该方法进一步包含将第二治疗剂施用于该患者。在一些实施方案中，该第二治疗剂选自由免疫疗法剂，细胞毒剂，生长抑制剂，放射疗法剂，抗血管发生剂，和其组合组成的组。
在一些实施方案中，该免疫疗法剂是PD-L1轴结合拮抗剂。在一些实施方案中，该PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂，PD-1结合拮抗剂，和PD-L2结合拮抗剂组成的组。在一些实施方案中，该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中，该PD-L1结合拮抗剂是抗体，例如MPDL3280A(阿特珠单抗(atezolizumab))，YW243.55.S70，MDX-1105，MEDI4736(度伐单抗(durvalumab))，或MSB0010718C(阿维单抗(avelumab))。
在任何前述方面的一些实施方案中，该癌症是乳腺癌，黑素瘤，非小细胞肺癌(NSCLC)，膀胱癌，肾细胞癌，结肠直肠癌，卵巢癌，胃癌，或肝癌。在一些实施方案中，该癌症是肾细胞癌，例如转移性肾细胞癌。
在任何前述方面的一些实施方案中，该表达水平是mRNA表达水平。在一些实施方案中，使用选自由定量聚合酶链式反应(qPCR)，逆转录qPCR(RT-qPCR)，RNA测序，微阵列分析，原位杂交，和基因表达系列分析(SAGE)组成的组的方法测定该mRNA表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中，该表达水平是蛋白质表达水平。在一些实施方案中，使用选自由免疫组织化学(IHC)，免疫荧光，质谱术，流式细胞术，和Western印迹组成的组的方法测定该蛋白质表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中，自该患者获得的生物学样品是肿瘤样品或细胞样品。在一些实施方案中，该肿瘤样品是福尔马林固定且石蜡包埋的，新鲜的，存档的，或冷冻的。在一些实施方案中，该细胞样品包含外周CD8+T细胞。
在任何前述方面的一些实施方案中，该患者是人患者。
在另一个方面，本发明特征在于VEGF拮抗剂，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的下列基因中一种或多种的表达水平：CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1；CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13；或GZMB，KLRK1，或SLAMF7。
在另一个方面，本发明特征在于有效量的VEGF拮抗剂在制造供治疗罹患癌症的患者中使用的药物中的用途，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的下列基因中一种或多种的表达水平：CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1；CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13；或GZMB，KLRK1，或SLAMF7。
在另一个方面，本发明特征在于一种包含有效量的VEGF拮抗剂的组合物，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的免疫基因签名的表达水平，该免疫基因签名包含下列基因中的一种或多种：CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1；CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13；或GZMB，KLRK1，或SLAMF7。
在另一个方面，本发明特征在于VEGF拮抗剂，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的MHC-I的表达水平。
在另一个方面，本发明特征在于有效量的VEGF拮抗剂在制造供治疗罹患癌症的患者中使用的药物中的用途，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的MHC-I的表达水平。
在另一个方面，本发明特征在于一种包含有效量的VEGF拮抗剂的组合物，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的MHC-I的表达水平。
在另一个方面，本发明特征在于VEGF拮抗剂，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的选自CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10的一种或多种基因的表达水平。
在另一个方面，本发明特征在于有效量的VEGF拮抗剂在制造供治疗罹患癌症的患者中使用的药物中的用途，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的选自CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10的一种或多种基因的表达水平。
在另一个方面，本发明特征在于一种包含有效量的VEGF拮抗剂的组合物，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的选自CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10的一种或多种基因的表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中，该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗。
附图简述
图1是显示接受阿特珠单抗和贝伐珠单抗组合治疗的肾细胞癌(RCC)患者间随时间的肿瘤负荷的图。该图上的点显示靶损害的最长直径之和(SLD)方面自基线的最大降低。PR，部分响应；PD，进展性疾病；SD，稳定的疾病。
图2是显示每位RCC患者的研究治疗的持续时间的图。第一次PR或CR的时间以圆圈指示；第一次PD的时间以三角形指示；治疗中止以黑色条指示；而到分析时仍然在治疗中的患者以箭标示。
图3是显示贝伐珠单抗(“Bev”)治疗后肿瘤生物标志物的基因表达水平的图。相对于基线表达水平(治疗前)显示治疗时肿瘤样品的表达水平。血管签名基因(ANGPT2，CD34，DLL4，EGFL7，和ESM1)以黑色显示，CD8T细胞效应基因(CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，IFNG，和PRF1)以有图案的灰色显示，Th1趋化因子(CXCL10，CXCL11，CXCL13，和CXCL9)以白色显示，而天然杀伤(NK)细胞基因(GZMB，KLRK1，和SLAMF7)以实心灰色显示。
图4是显示阿特珠单抗和贝伐珠单抗组合(“Bev+Atezo”)治疗后肿瘤生物标志物的基因表达水平的图。相对于基线表达水平(治疗前)显示治疗时肿瘤样品的表达水平。血管签名基因(ANGPT2，CD34，DLL4，EGFL7，和ESM1)以黑色显示，CD8T细胞效应基因(CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，IFNG，和PRF1)以有图案的灰色显示，Th1趋化因子(CXCL10，CXCL11，CXCL13，和CXCL9)以白色显示，而NK细胞基因(GZMB，KLRK1，和SLAMF7)以实心灰色显示。
图5是显示来自患者3的肿瘤样品中免疫和血管系统标志物的蛋白质表达的一系列代表性图像，如通过免疫组织化学(IHC)评估的。CD31染成深灰色(第一行)，CD8染成深灰色(第二行)，MHC-I染成深灰色(第三行)，而PD-L1染成深灰色(第四行)。治疗前样品显示于左手栏，贝伐珠单抗后样品显示于中间栏，而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。
图6是显示指定时间点时免疫和血管系统标志物的量化的一系列图，如通过IHC评估的。CD31表达显示于顶部小图，CD8表达显示于中间小图，而MHC-I表达显示于底部小图。通过配对t检验确定P值。“VPOSVE”是血管密度的度量。
图7是显示来自患者3的肿瘤样品的系列切片中免疫和血管系统标志物的蛋白质表达的一系列代表性图像，如通过IHC评估的。第一行显示CD34，α平滑肌肌动蛋白(αSMA)，和podoplanin的表达。第二行显示CD8和Ki67的表达。第三行显示CD68和CD163的表达。治疗前样品显示于左手栏，贝伐珠单抗后样品显示于中间栏，而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。
图8是显示肿瘤样品中CD34和αSMA的蛋白质表达的一系列代表性图像，如通过IHC评估的。治疗前样品显示于左手栏，贝伐珠单抗后样品显示于中间栏，而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。在每一行上排列个体患者1-6的切片。还指示每一名患者的响应。
图9是显示来自肿瘤的系列切片中免疫和血管系统标志物的蛋白质表达的一系列代表性图像，如通过IHC评估的。第一行显示CD34，αSMA，和podoplanin的表达。第二行显示CD8和Ki67的表达。第三行显示CD68和CD163的表达。贝伐珠单抗后样品显示于左手栏，而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。
图10是显示贝伐珠单抗+阿特珠单抗后来自肿瘤的系列切片中免疫和血管系统标志物的蛋白质表达的一系列代表性图像，如通过IHC评估的。顶部图像显示CD34，αSMA，和podoplanin的表达。中间图像显示CD8和Ki67的表达。底部图像显示CD68和CD163的表达。
图11是显示肿瘤中响应贝伐珠单抗和贝伐珠单抗+阿特珠单抗治疗的VEGF转录物表达的上调的图。针对持家(HK)基因表达将表达标准化。每条线代表一名个体患者。
图12是显示来自肿瘤切片的CD8(染成深灰色)的蛋白质表达的一系列代表性图像，如通过IHC评估的。治疗前样品显示于左手栏，贝伐珠单抗后样品显示于中间栏，而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。在每一行上排列个体患者1-6的切片。还指示每一名患者的响应。
图13是显示来自肿瘤切片的CD8和Ki67的蛋白质表达的一系列代表性图像，如通过IHC评估的。治疗前样品显示于左手栏，贝伐珠单抗后样品显示于中间栏，而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。在每一行上排列个体患者1-6的切片。
图14A-14C是显示在治疗前时间点时每一名患者的每平方毫米(mm2)肿瘤面积中表达CD8或Ki67和CD8二者的细胞的数目的一系列图。图14A显示患者1和2的数据。图14B显示患者3和4的数据。图14C显示患者5的数据。还指示每一名患者的响应。
图15A-15C是显示在贝伐珠单抗后时间点时每一名患者的每mm2肿瘤面积中表达CD8或Ki67和CD8二者的细胞的数目的一系列图。图15A显示患者1和2的数据。图15B显示患者3和5的数据。图15C显示患者6的数据。还指示每一名患者的响应。
图16A-16C是显示在贝伐珠单抗+阿特珠单抗后时间点时每一名患者的每mm2肿瘤面积中表达CD8或Ki67和CD8二者的细胞的数目的一系列图。图16A显示患者1和2的数据。图16B显示患者3和4的数据。图16C显示患者5和6的数据。还指示每一名患者的响应。
图17A和17B是显示表达CX3CR1的肿瘤样品中外周CD8+细胞的百分比的一系列流式细胞术图。治疗前样品显示于左手栏，贝伐珠单抗后样品显示于中间栏，而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。每一行显示个体患者的结果。图17A显示患者2和3的数据。图17B显示患者5和6的数据。
图18是作为总CD8+细胞的百分比(左)和作为肿瘤抗原特异性(Dex-APC+)T细胞的百分比(右)显示CX3CR1的表达的图，基于流式细胞术分析。
图19是显示血液中抗原特异性T细胞的代表频率的一系列流式细胞术图。显示来自两名HLA-A2-阳性患者的代表性数据，具有与肿瘤活检时间点匹配的采血。
图20是显示在指定治疗时间点时肿瘤中趋化因子表达(CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和CXCL10)的变化的一系列图。将表达针对持家(HK)基因表达标准化。
图21A-21C是显示来自患者6的肿瘤样品中在治疗之前和之后浸润性淋巴细胞(TIL)的TCRβ测序的结果的一系列图。显示每个组的头等克隆(直至25)。趋势性TCRβ克隆群体的流行度在图21A(底部小图)，22B，和22C中以更深的线显示。
图22是显示在贝伐珠单抗+阿特珠单抗治疗之前和之后来自患者3TIL的TCRβ测序的结果的图。
图23A和23B是显示来自患者2，3，和6的治疗前PBMC，贝伐珠单抗+阿特珠单抗后外周血单个核细胞(PBMC)，和贝伐珠单抗+阿特珠单抗后TIL的TCRβ测序的结果的一系列图。图23A显示患者2和3的数据，而图23B显示患者6的数据。显示每个组的头等克隆(直至25)。
图24是显示对于患者3和6，在每个治疗时间点时PBMC池对TIL池中病毒抗原特异性克隆的数目的热图。
发明详述
I.导言
本发明提供用于诊断，监测，和治疗癌症(例如肾癌)的方法。本发明至少部分基于下述发现，即用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗导致生物标志物(例如免疫学生物标志物，例如与CD8+Teff细胞有关的基因(例如CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，和PRF1)，Th1趋化因子(例如CXCL9，CXLC10，CXCL11，和CXCL13)，NK细胞(例如GZMB，KLRK1，和SLAMF7)，抗原呈递(例如MHC-I)，和免疫运输分子(例如CCL2，CCL5，CCR5，CXCL1，CCR7，和CXCL10))的表达水平中的变化。本发明提供用于监测具有癌症(例如肾癌)的患者对用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体)的治疗的响应的方法，其通过检测和比较本发明的生物标志物的表达水平。本发明还提供用于治疗具有癌症(例如肾癌)的患者的方法，其通过基于本发明的生物标志物的表达水平将VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)施用于患者。
II.定义
要理解的是，本文中描述的发明的各个方面和实施方案包括“包含”，“由……组成”，和“基本上由……组成”方面和实施方案。如本文中使用的，单数形式“一个”，“一种”，和“所述/该”包括复数提及物，除非另外指明。
如本文中使用的，术语“约”指此技术领域中的技术人员容易知道的相应数值的通常误差范围。本文中提到“约”数值或参数包括(且描述)涉及该数值或参数本身的实施方案。
如本文中使用的，术语“个体”，“患者”，或“受试者”可互换使用且指想要治疗的任何单一动物，更优选哺乳动物(包括非人动物，诸如例如犬，猫，马，家兔，动物园动物，牛，猪，绵羊，和非人灵长类)。在特定实施方案中，本文中的患者是人。患者可以是“癌症患者”，即罹患癌症，或有风险罹患癌症，或罹患癌症的一种或多种症状的患者。
术语“癌症”和“癌性”指或描述哺乳动物中典型地以不受调节的细胞生长为特征的生理疾患。此定义中包括的是良性和恶性癌症以及休眠肿瘤或微转移。癌症的例子包括但不限于癌，淋巴瘤，母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)，肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)，神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤，胃泌素瘤，和胰岛细胞癌)，间皮瘤，施旺细胞瘤(包括听神经瘤)，脑膜瘤，腺癌，黑素瘤，和白血病或淋巴样恶性。此类癌症的更具体例子包括肾癌(例如肾细胞癌(RCC)，例如转移性RCC)，鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌)，肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC)，非小细胞肺癌(NSCLC)，肺的腺癌，和肺的鳞癌)，腹膜癌，肝细胞癌，胃的癌或胃癌(包括胃肠癌)，胰腺癌，成胶质细胞瘤，宫颈癌，卵巢癌，肝癌，肝瘤，乳腺癌(包括转移性乳腺癌)，膀胱癌，结肠癌，直肠癌，结肠直肠癌，子宫内膜或子宫癌，唾液腺癌，前列腺癌，外阴癌，甲状腺癌，肝的癌，肛门癌，阴茎癌，梅克尔细胞癌，蕈样真菌病，睾丸癌，食管癌，胆管肿瘤，头和颈癌，以及B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金(Hodgkin)氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞性NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无核裂细胞NHL；贮积病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦(Waldenstrom)氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成髓细胞性白血病；和移植后淋巴增殖性病症(PTLD)，以及与瘢痣病，水肿(诸如与脑瘤有关的)，和梅格斯(Meigs)氏综合征有关的异常血管增殖。在一些实施方案中，癌症是肾癌。在特定实施方案中，肾癌是RCC(例如mRCC)。
“早期癌症”或“早期肿瘤”意指并非侵入性或转移性的，或者归类为0，1，或2期癌症的癌症。
“晚期”癌症是通过局部侵入或转移任一而扩散到起源的部位或器官之外的癌症。
“顽固性/不应性”癌症是即使对癌症患者施用抗肿瘤剂，诸如化疗剂仍然进展的癌症。顽固性/不应性癌症的一个例子是铂不应性的癌症。
“复发性”癌症是在对初始疗法的响应之后，在初始部位或在远端部位任一再次生长的癌症。
术语“细胞增殖性病症”和“增殖性病症”指与一定程度的异常细胞增殖有关的病症。在一个实施方案中，细胞增殖性病症是癌症。
如本文中使用的，术语“肿瘤”指所有赘生性细胞生长和增殖，无论是恶性的还是良性的，及所有癌前和癌性细胞和组织。
术语“癌症”，“癌性”，“细胞增殖性病症”，“增殖性病症”，和“肿瘤”在本文中提到时并不互相排斥。
“病症”是会受益于治疗的任何状况，包括但不限于慢性和急性病症或疾病，包括那些使哺乳动物易患上所讨论病症的病理状况。
术语“检测”包括任何检测手段，包括直接和间接检测。
如本文中使用的，术语“样品”指自感兴趣患者和/或个体获得或衍生的，含有要例如基于物理，生化，化学，和/或生理特征来表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体的组合物。例如，短语“疾病样品”及其变异指自感兴趣患者获得的，会预期或已知含有要表征的细胞和/或分子实体的任何样品。样品包括但不限于组织样品，原代或培养的细胞或细胞系，细胞上清液，细胞裂解物，血小板，血清，血浆，玻璃体液，淋巴液，滑液，滤泡液(follicular fluid)，精液，羊水，乳液，全血，血液衍生的细胞，尿液，脑脊髓液，唾液，痰，泪液，汗液，粘液，肿瘤裂解物，和组织培养液，组织提取物诸如匀浆化组织，肿瘤组织，细胞提取物，和其组合。
如本文中使用的，表述“细胞”，“细胞系”，和“细胞培养物”可互换使用且所有此类名称包括后代。如此，词语“转化子/转化体”和“转化细胞”包括原代受试细胞和自其衍生的培养物，不管转移的次数。还理解的是，由于有意或无意的突变，所有后代可以是在DNA内容方面不是精确相同的。具有与在原始转化细胞中筛选的相同的功能或生物学活性的突变后代包括在内。在旨在不同命名的情况中，根据上下文会是清楚的。
术语“生物标志物”和“标志物”在本文中可互换使用，指其在患者的样品中的表达或存在可通过标准方法(或本文中公开的方法)来检测的DNA，RNA，蛋白质，碳水化合物，糖脂，或基于细胞的分子标志物。此类生物标志物包括但不限于表2中列出的基因和蛋白质。在一些实施方案中，标志物可以是细胞(例如CD8+T细胞，例如T效应(Teff)细胞)。此类生物标志物的表达可测定为在自对VEGF拮抗剂敏感性或响应性的患者获得的样品中比参照水平(包括例如来自一组/群患者，例如具有癌症且正在测试对VEGF拮抗剂的响应性的患者的样品中生物标志物的中值表达水平；来自一组/群患者，例如具有癌症且鉴定为不响应VEGF拮抗剂的患者的样品中生物标志物的中值表达水平；在在先时间时先前自个体获得的样品中的水平；或来自接受过原发性肿瘤设置中的用VEGF拮抗剂的在先治疗且现在可能经历转移的患者的样品中的水平)要高或低。
如本文中使用的，术语“CD8A”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CD8A，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CD8A以及源自细胞中的加工的任何形式的CD8A。该术语还涵盖CD8A的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CD8A的核酸序列在SEQ ID NO：1中列出。一种例示性的由人CD8A编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：2中显示。
如本文中使用的，术语“CD8B”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CD8B，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CD8B以及源自细胞中的加工的任何形式的CD8B。该术语还涵盖CD8B的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CD8B的核酸序列在SEQ ID NO：3中列出。一种例示性的由人CD8B编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：4中显示。
如本文中使用的，术语“EOMES”指来自任何脊椎动物来源的任何天然EOMES(Eomesodermin)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的EOMES以及源自细胞中的加工的任何形式的EOMES。该术语还涵盖EOMES的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人EOMES的核酸序列在SEQ ID NO：5中列出。一种例示性的由人EOMES编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ IDNO：6中显示。
如本文中使用的，术语“GZMA”指来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMA(粒酶A)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的GZMA以及源自细胞中的加工的任何形式的GZMA。该术语还涵盖GZMA的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人GZMA的核酸序列在SEQ ID NO：7中列出。一种例示性的由人GZMA编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：8中显示。
如本文中使用的，术语“GZMB”指来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMB(粒酶B)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的GZMB以及源自细胞中的加工的任何形式的GZMB。该术语还涵盖GZMB的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人GZMB的核酸序列在SEQ ID NO：9中列出。一种例示性的由人GZMB编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：10中显示。
如本文中使用的，术语“IFNG”指来自任何脊椎动物来源的任何天然IFNG(干扰素，伽马)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的IFNG以及源自细胞中的加工的任何形式的IFNG。该术语还涵盖IFNG的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人IFNG的核酸序列在SEQ IDNO：11中列出。一种例示性的由人IFNG编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：12中显示。
如本文中使用的，术语“PRF1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然PRF1(穿孔蛋白1；也称作孔形成蛋白)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的PRF1以及源自细胞中的加工的任何形式的PRF1。该术语还涵盖PRF1的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人PRF1的核酸序列在SEQ ID NO：13中列出。一种例示性的由人PRF1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：14中显示。
如本文中使用的，术语“CXCL9”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL9(趋化因子(C-X-C基序)配体9)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CXCL9以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL9。该术语还涵盖CXCL9的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL9的核酸序列在SEQ ID NO：15中列出。一种例示性的由人CXCL9编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：16中显示。
如本文中使用的，术语“CXCL10”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL10(趋化因子(C-X-C基序)配体10)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CXCL10以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL10。该术语还涵盖CXCL10的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL10的核酸序列在SEQ ID NO：17中列出。一种例示性的由人CXCL10编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：18中显示。
如本文中使用的，术语“CXCL11”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL11(趋化因子(C-X-C基序)配体11)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CXCL11以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL11。该术语还涵盖CXCL11的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL11的核酸序列在SEQ ID NO：19中列出。一种例示性的由人CXCL11编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：20中显示。
如本文中使用的，术语“CXCL13”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL13(趋化因子(C-X-C基序)配体11)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CXCL13以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL13。该术语还涵盖CXCL13的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL13的核酸序列在SEQ ID NO：21中列出。一种例示性的由人CXCL13编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：22中显示。
如本文中使用的，术语“KLRK1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然KLRK1(杀伤细胞凝集素样受体亚家族K(卡帕)，成员1)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的KLRK1以及源自细胞中的加工的任何形式的KLRK1。该术语还涵盖KLRK1的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人KLRK1的核酸序列在SEQ ID NO：23中列出。一种例示性的由人KLRK1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：24中显示。
如本文中使用的，术语“SLAMF7”指来自任何脊椎动物来源的任何天然SLAMF7(SLAM家族成员7)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的SLAMF7以及源自细胞中的加工的任何形式的SLAMF7。该术语还涵盖SLAMF7的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人SLAMF7的核酸序列在SEQ ID NO：25中列出。一种例示性的由人SLAMF7编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：26中显示。
如本文中使用的，术语“CX3CR1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CX3CR1(CXC3趋化因子受体1，在本领域中也称作fractalkine受体或G蛋白偶联受体13(GPR13))，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CX3CR1以及源自细胞中的加工的任何形式的CX3CR1。该术语还涵盖CX3CR1的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CX3CR1的核酸序列在SEQID NO：27中列出。一种例示性的由人CX3CR1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：28中显示。
如本文中使用的，术语“CCL2”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL2(趋化因子(C-C基序)配体2)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CCL2以及源自细胞中的加工的任何形式的CCL2。该术语还涵盖CCL2的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CCL2的核酸序列在SEQ ID NO：29中列出。一种例示性的由人CCL2编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ IDNO：30中显示。
如本文中使用的，术语“CCL5”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCL5(趋化因子(C-C基序)配体5)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CCL5以及源自细胞中的加工的任何形式的CCL5。该术语还涵盖CCL5的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CCL5的核酸序列在SEQ ID NO：31中列出。一种例示性的由人CCL5编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ IDNO：32中显示。
如本文中使用的，术语“CCR5”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCR5(趋化因子(C-C基序)受体5)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CCR5以及源自细胞中的加工的任何形式的CCR5。该术语还涵盖CCR5的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CCR5的核酸序列在SEQ ID NO：33中列出。一种例示性的由人CCR5编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ IDNO：34中显示。
如本文中使用的，术语“CX3CL1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CX3CL1(趋化因子(C-X3-C基序)配体1；在本领域中也称作fractalkine)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CX3CL1以及源自细胞中的加工的任何形式的CX3CL1。该术语还涵盖CX3CL1的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CX3CL1的核酸序列在SEQ ID NO：35中列出。一种例示性的由人CX3CL1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO：36中显示。
如本文中使用的，术语“CCR7”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CCR7(趋化因子(C-C基序)受体7)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的CCR7以及源自细胞中的加工的任何形式的CCR7。该术语还涵盖CCR7的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CCR7的核酸序列在SEQ ID NO：37中列出。一种例示性的由人CCR7编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ IDNO：38中显示。
如本文中使用的，术语“MHC-I”指来自任何脊椎动物来源的任何天然MHC-I(主要组织相容性复合物-I)，包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。人MHC-I也称作人白细胞抗原I(HLA-I)。MHC-I或HLA-I的表达水平可通过测定任何HLA-I基因或假基因(例如HLA-A，HLA-B，HLA-C，HLA-E，HLA-F，HLA-G，HLA-K，或HLA-L)，或其单体型的表达水平来评估。表达水平可通过检测基因或假基因的整个或一部分(例如MHC-Iα链或HLA-I组织相容性抗原α链)来评估。
术语“表达的水平”或“表达水平”一般可互换使用且一般指生物学样品中生物标志物的量。“表达”一般指信息(例如基因编码和/或表观遗传的信息)转化成细胞中存在且运转的结构的过程。因此，如本文中使用的，“表达”可以指转录成多核苷酸，翻译成多肽，或甚至多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸，翻译的多肽，或多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)的片段也应视为表达的，无论是它们源自通过可变剪接生成的转录物或降解的转录物，或者是源自多肽的翻译后加工，例如通过蛋白水解。“表达的基因”包括那些转录成多核苷酸为mRNA，然后翻译成多肽的，还有那些转录成RNA但不翻译成多肽的(例如转运和核糖体RNA)。
“升高的表达”，“升高的表达水平”，“升高的水平”，“上升的表达”，“上升的表达水平”，或“上升的水平”指相对于对照，诸如没有罹患疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体，内部对照(例如持家型生物标志物)，或在施用疗法(例如包括VEGF拮抗剂的抗癌症疗法)前获得的样品中生物标志物的水平，个体中生物标志物的升高的表达或升高的水平。
“降低的表达”，“降低的表达水平”，“降低的水平”，“下降的表达”，“下降的表达水平”，或“下降的水平”指相对于对照，诸如没有罹患疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体，内部对照(例如持家型生物标志物)，或在施用疗法(例如包括VEGF拮抗剂的抗癌症疗法)前获得的样品中生物标志物的水平，个体中生物标志物的降低的表达或降低的水平。在一些实施方案中，降低的表达是很少的表达或不表达。
“表达”感兴趣蛋白质的样品或细胞是其中测定出存在编码该蛋白质的mRNA或该蛋白质，包括其片段的样品或细胞。
生物标志物与个体增加的临床益处有关的“量”或“水平”是生物学样品中的可检测水平。这些可通过本领域技术人员知道的且本文中公开的方法来测量。可使用所评估的生物标志物的表达水平或量来确定对治疗的响应。
在本文中使用时，短语“基于”意味着使用关于一种或多种生物标志物的信息来告知治疗决定，包装插页上提供的信息，或营销/促销指导，等。
术语“持家型生物标志物”指典型地在所有细胞类型中相似存在的一种生物标志物或一组生物标志物(例如多核苷酸和/或多肽)。在一些实施方案中，持家型生物标志物是“持家基因”。“持家基因”在本文中指编码其活性对于细胞功能的维持而言是必要的且典型地在所有细胞类型中相似存在的蛋白质的一种基因或一组基因。
如本文中使用的，“扩增”一般指生成多个拷贝的期望序列的过程。“多个拷贝”意指至少两个拷贝。“拷贝”并不必然意味着与模板序列的完全序列互补性或同一性。例如，拷贝可包括核苷酸类似物诸如脱氧肌苷，有意的序列改变(诸如经由包含与模板可杂交但不互补的序列的引物引入的序列改变)，和/或扩增期间发生的序列错误。
术语“多重PCR”指为了在单个反应中扩增两种或更多种DNA序列的目的使用超过一套引物在自单一来源(例如个体)获得的核酸上进行的单个PCR反应。
如本文中使用的，“聚合酶链式反应”或“PCR”技术一般指其中如例如美国专利No.4,683,195中所述扩增微量的核酸，RNA和/或DNA的特定区段的规程。一般地，来自感兴趣区域的末端或以外的序列信息需要是可得的，使得能设计寡核苷酸引物；这些引物会是在序列上与要扩增的模板的相对链相同或相似的。两种引物的5’末端核苷酸可以与所扩增物质的末端一致。可使用PCR自总基因组DNA，和自总细胞RNA转录的cDNA，噬菌体，或质粒序列，等扩增特定RNA序列，特定DNA序列。一般参见Mullis et al.,Cold Spring HarborSymp.Quant.Biol.51:263(1987)及Erlich,ed.,PCR Technology,(Stockton Press,NY,1989)。如本文中使用的，PCR视为用于扩增核酸测试样品，包含使用已知核酸(DNA或RNA)作为引物的核酸聚合酶反应方法的一个但非唯一的例子且利用核酸聚合酶来扩增或生成特定核酸区段或扩增或生成与特定核酸互补的特定核酸区段。
“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每一个步骤时测量PCR产物的量。这种技术已经描述于多份出版物，包括例如Cronin et al.,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)；Ma et al.,Cancer Cell.5:607-616(2004)。
术语“微阵列”指可杂交阵列元素，优选多核苷酸探针在基片上的有序排列。
术语“诊断”在本文中用于指分子或病理状态，疾病或状况(例如癌症)的鉴定或归类。例如，“诊断”可以指特定类型的癌症的鉴定。“诊断”还可以指特定亚型的癌症的归类，例如通过组织病理学标准或通过分子特征(例如通过一种或一组生物标志物(例如特定基因或由所述基因编码的蛋白质)的表达表征的亚型)。
如本文中使用的，“肿瘤浸润性免疫细胞”指肿瘤或其样品中存在的任何免疫细胞。肿瘤浸润性免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞，肿瘤周围免疫细胞，其它肿瘤基质细胞(例如成纤维细胞)，或其任何组合。此类肿瘤浸润性免疫细胞可以是例如T淋巴细胞(诸如CD8+T淋巴细胞和/或CD4+T淋巴细胞)，B淋巴细胞，或其它骨髓谱系细胞，包括粒细胞(例如嗜中性细胞，嗜曙红细胞，和嗜碱性细胞)，单核细胞，巨噬细胞(例如CD68+/CD163+巨噬细胞)，树突细胞(例如指状树突细胞)，组织细胞，和天然杀伤(NK)细胞。
如本文中使用的，“肿瘤细胞”指肿瘤或其样品中存在的任何肿瘤细胞。可使用本领域已知的和/或本文中描述的方法来区分肿瘤细胞与肿瘤样品中可能存在的其它细胞，例如基质细胞和肿瘤浸润性免疫细胞。
如本文中使用的，“参照样品”，“参照细胞”，“参照组织”，“对照样品”，“对照细胞”，或“对照组织”指用于比较目的的样品，细胞，组织，标准，或水平。在一个实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是自同一患者或个体的身体的健康和/或无疾病部分(例如组织或细胞)获得的。例如，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织可以是邻近患病细胞或组织的健康和/或无疾病细胞或组织(例如邻近肿瘤的细胞或组织)。在另一个实施方案中，参照样品是自同一患者或个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得的。在还有另一个实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是自不是患者或个体的个体的身体的健康和/或无疾病部分(例如组织或细胞)获得的。在甚至另一个实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是自不是患者或个体的个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得的。在另一个实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是在施用疗法(例如包括VEGF拮抗剂的抗癌症疗法)前自患者获得的。
“关联”意指以任何方式比较第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果。例如，可以在进行第二方案中使用第一分析或方案的结果和/或可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就多肽分析或方案的实施方案而言，可以使用多肽表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。就多核苷酸分析或方案的实施方案而言，可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。
如本文中使用的，“治疗/处理”(和其语法变异)指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预，而且可以是为了预防或在临床病理学的过程中任一实施的。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发，缓解症状，削弱疾病的任何直接或间接病理学后果，预防转移，减缓疾病进展的速率，改善或减轻疾病状态，和消退或改善的预后。在一些实施方案中，使用抗体(例如抗VEGF抗体)来延迟疾病的发生或减缓疾病或病症的进展。
如本文中使用的，“施用”意指将一定剂量的化合物(例如VEGF拮抗剂，例如抗VEGF抗体)或组合物(例如药物组合物，例如包括VEGF拮抗剂的药物组合物)给予患者的方法。本文中描述的方法中利用的组合物可以例如肌肉内，静脉内，皮内，经皮，动脉内，腹膜内，损害内，颅内，关节内，前列腺内，胸膜内，气管内，鞘内，鼻内，阴道内，直肠内，表面，肿瘤内，腹膜，皮下，结膜下，囊内，粘膜，心包内，脐内，眼内，眶内，玻璃体内(例如通过玻璃体内注射)，通过滴眼剂，口服，表面，透皮，通过吸入，通过注射，通过植入，通过输注，通过连续输注，通过直接沐浴靶细胞的局部灌注，通过导管，通过灌洗，在乳剂中，或在脂质组合物中施用。本文中描述的方法中利用的组合物还可以系统或局部施用。施用的方法可以随多个因素(例如所施用的化合物或组合物和所治疗的状况，疾病，或病症的严重程度)而变化。
“治疗有效量”指治疗剂在哺乳动物中治疗或预防疾病或病症的量。在癌症的情况中，治疗有效量的治疗剂可减少癌细胞的数目；缩小原发性肿瘤尺寸；抑制(即一定程度减缓，优选阻止)癌细胞浸润入周围器官；抑制(即一定程度减缓，优选阻止)肿瘤转移；一定程度抑制肿瘤生长；和/或一定程度减轻与病症有关的一种或多种症状。就药物可阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度而言，它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒性的。对于癌症疗法，体内功效可以通过例如评估存活的持续时间，距疾病进展的时间(TTP)，响应率(例如完全响应(CR)和部分响应(PR))，响应的持续时间，和/或生活质量来测量。
术语“并行”在本文中用于指施用两种或更多种治疗剂，其中至少部分施用在时间上交叠。因而，并行施用包括如下的剂量给药方案，一种或多种药剂的施用在中止一种或多种其它药剂的施用后继续。
“降低或抑制”意指引起20％，30％，40％，50％，60％，70％，75％，80％，85％，90％，95％，或更大的总体降低的能力。例如，降低或抑制可以指所治疗的病症的症状，转移的存在或大小，或原发性肿瘤的大小。
治疗剂的“固定的”(fixed)或“平坦的”(flat)剂量在本文中指不管患者的重量(WT)或体表面积(BSA)而施用于人患者的剂量。因此，固定的或平坦的剂量不是作为mg/kg剂量或mg/m2剂量提供的，而是作为治疗剂的绝对量提供的。
“加载”(loding)剂量在本文中一般包含施用于患者的治疗剂的初始剂量，而且继以其一个或多个维持剂量。一般地，施用单个加载剂量，但是本文中涵盖多个加载剂量。通常，所施用的加载剂量的量超过所施用的维持剂量的量和/或加载剂量的施用比维持剂量更频繁，从而比用维持剂量所能实现更早实现治疗剂的期望稳态浓度。
“维持”(maintenance)剂量或“延长”剂量在本文中指在治疗期里施用于患者的一剂或多剂量治疗剂。通常，维持剂量以隔开的治疗间隔施用，诸如大约每周，大约每2周，大约每3周，或大约每4周。
短语“响应性”在本发明的语境中指示罹患，怀疑罹患或倾向于罹患癌症(例如肾癌，例如RCC，例如转移性RCC)的患者显示对疗法，例如VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)的响应。技术人员会容易掌握确定依照本发明的方法用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)治疗的人是否显示响应。例如，响应可以反映为降低的来自癌症的痛苦，诸如降低和/或停止的肿瘤生长，肿瘤大小的缩小，和/或癌症的一种或多种症状的改善。优选地，响应可以反映为降低或减小的癌症的转移性转化的指标或癌症的指标，例如预防转移的形成或降低转移的数目或大小。
术语“抗癌症疗法”指在治疗癌症中有用的疗法。抗癌治疗剂的例子包括但不限于细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，放射疗法中使用的药剂，抗血管发生剂，凋亡剂，抗微管蛋白剂，和治疗癌症的其它药剂，例如抗CD20抗体，血小板衍生生长因子抑制剂(例如GLEEVECTM(甲磺酸伊马替尼))，COX-2抑制剂(例如塞来考昔)，干扰素，细胞因子，结合一种或多种下述靶物的拮抗剂(例如中和性抗体)：PDGFR-β，BlyS，APRIL，BCMA受体，TRAIL/Apo2，其它生物活性和有机化学剂，等等。其组合也包括在本发明中。
“抗血管发生剂”或“血管发生抑制剂”指或是直接或是间接抑制血管发生(angiogenesis)，血管生成(vasculogenesis)，或不想要的血管通透性的小分子量物质，多核苷酸，多肽，分离的蛋白质，重组蛋白，抗体，或其缀合物或融合蛋白。应当理解的是，抗血管发生剂包括那些结合血管发生性因子或其受体并阻断其血管发生性活性的药剂。例如，抗血管发生剂是上文定义的血管发生剂的抗体或其它拮抗剂，例如VEGF-A的或VEGF-A受体(例如KDR受体或Flt-1受体)的抗体，抗PDGFR抑制剂诸如GleevecTM(甲磺酸伊马替尼)。抗血管发生剂还包括天然血管发生抑制剂，例如血管他丁，内皮他丁，等。参见例如Klagsbrunand D'Amore,Annu.Rev.Physiol.,53:217-39(1991)；Streit and Detmar,Oncogene,22:3172-3179(2003)(例如列举恶性黑素瘤中的抗血管发生疗法的表3)；Ferrara&Alitalo,Nature Medicine 5(12):1359-1364(1999)；Tonini et al.,Oncogene,22:6549-6556(2003)及Sato,Int.J.Clin.Oncol.,8:200-206(2003)。
如本文中使用的，术语“细胞毒剂”指抑制或防止细胞的功能和/或引起细胞的破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At211，I131，I125，Y90，Re186，Re188，Sm153，Bi212，P32，和Lu的放射性同位素)，化疗剂，例如甲氨蝶呤，阿霉素，长春花生物碱(长春新碱，长春碱，依托泊苷)，多柔比星，美法仑，丝裂霉素C，苯丁酸氮芥，柔红霉素或其它嵌入剂，酶和其片段诸如溶核酶，抗生素，和毒素诸如小分子毒素或细菌，真菌，植物或动物起源的酶活性毒素，包括其片段和/或变体，和下文公开的各种抗肿瘤或抗癌剂。杀肿瘤剂引起肿瘤细胞的破坏。
“化疗剂”包括在治疗癌症中有用的化学化合物。化疗剂的例子包括厄洛替尼(erlotinib)(Genentech/OSI Pharm.)，硼替佐米(bortezomib)(Millennium Pharm.)，双硫仑(disulfiram)，没食子酸表没食子儿茶精(epigallocatechin gallate)，salinosporamide A，carfilzomib，17-AAG(格尔德霉素(geldanamycin))，根赤壳菌素(radicicol)，乳酸脱氢酶A(LDH-A)，氟维司群(fulvestrant)(AstraZeneca)，舒尼替尼(sunitib)(Pfizer/Sugen)，来曲唑(letrozole)(Novartis)，甲磺酸伊马替尼(imatinib mesylate)(Novartis)，finasunate(Novartis)，奥沙利铂(oxaliplatin)(Sanofi)，5-FU(5-氟尿嘧啶)，甲酰四氢叶酸(leucovorin)，雷帕霉素(Rapamycin)(西罗莫司(Sirolimus)，Pfizer)，拉帕替尼(Lapatinib)(GSK572016，Glaxo Smith Kline)，Lonafamib(SCH 66336)，索拉非尼(sorafenib)(Bayer Labs)，吉非替尼(gefitinib)(AstraZeneca)，AG1478，烷化剂(alkylating agent)，诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclophosphamide)；磺酸烷基酯(alkylsulfonate)，诸如白消安(busulfan)，英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶(aziridine)，诸如苯佐替派(benzodopa)，卡波醌(carboquone)，美妥替派(meturedopa)，和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺(ethylenimine)和甲基蜜胺(methylamelamine)，包括六甲蜜胺(altretamine)，三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)，三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide)，三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylomelamine)；番荔枝内酯(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)(包括托泊替康(topotecan)和伊立替康(irinotecan))；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)，卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素(cryptophycin)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；肾上腺皮质类固醇(adrenocorticosteroid)，包括泼尼松(prednisone)和泼尼松龙(prednisolone)；醋酸环丙孕酮(cyproterone acetate)；5α-还原酶，包括非那雄胺(finasteride)和度他雄胺(dutasteride)；vorinostat，romidepsin，panobinostat，丙戊酸(valproic acid)，mocetinostat多拉司他汀(dolastatin)；阿地白介素(aldesleukin)，滑石(talc)duocarmycin(包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥(nitrogen mustard)，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)，萘氮芥(chlomaphazine)，胆磷酰胺(chlorophosphamide)，雌莫司汀(estramustine)，异环磷酰胺(ifosfamide)，双氯乙基甲胺(mechlorethamine)，盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)，美法仑(melphalan)，新氮芥(novembichin)，苯芥胆甾醇(phenesterine)，泼尼莫司汀(prednimustine)，曲磷胺(trofosfamide)，尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲(nitrosourea)，诸如卡莫司汀(carmustine)，氯脲菌素(chlorozotocin)，福莫司汀(fotemustine)，洛莫司汀(lomustine)，尼莫司汀(nimustine)，和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，诸如烯二炔抗生素(例如加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ω1I(Angew,Chem.Intl.Ed.Engl.33:183-186,1994)；蒽环类抗生素(dynemicin)，包括dynemicin A；二膦酸盐(bisphosphonate)，诸如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团)，阿克拉霉素(aclacinomysin)，放线菌素(actinomycin)，氨茴霉素(authramycin)，偶氮丝氨酸(azaserine)，博来霉素(bleomycin)，放线菌素C(cactinomycin)，carabicin，洋红霉素(caminomycin)，嗜癌霉素(carzinophilin)，色霉素(chromomycinis)，放线菌素D(dactinomycin)，柔红霉素(daunorubicin)，地托比星(detorubicin)，6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸，(多柔比星(doxorubicin))，吗啉代多柔比星，氰基吗啉代多柔比星，2-吡咯代多柔比星和脱氧多柔比星)，表柔比星(epirubicin)，依索比星(esorubicin)，伊达比星(idarubicin)，麻西罗霉素(marcellomycin)，丝裂霉素(mitomycin)，诸如丝裂霉素C，霉酚酸(mycophenolic acid)，诺拉霉素(nogalamycin)，橄榄霉素(olivomycin)，培洛霉素(peplomycin)，泊非霉素(porfiromycin)，嘌呤霉素(puromycin)，三铁阿霉素(quelamycin)，罗多比星(rodorubicin)，链黑菌素(streptonigrin)，链佐星(streptozocin)，杀结核菌素(tubercidin)，乌苯美司(ubenimex)，净司他丁(zinostatin)，佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物，诸如甲氨蝶呤(methotrexate)和5-氟尿嘧啶(fluorouracil)(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)，甲氨蝶呤，蝶酰三谷氨酸(pteropterin)，三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)，6-巯基嘌呤(mercaptopurine)，硫咪嘌呤(thiamiprine)，硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)，阿扎胞苷(azacitidine)，6-氮尿苷，卡莫氟(carmofur)，阿糖胞苷(cytarabine)，双脱氧尿苷(dideoxyuridine)，去氧氟尿苷(doxifluridine)，依诺他滨(enocitabine)，氟尿苷(floxuridine)；雄激素，诸如卡鲁睾酮(calusterone)，丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)，表硫雄醇(epitiostanol)，美雄烷(mepitiostane)，睾内酯(testolactone)；抗肾上腺，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)，米托坦(mitotane)，曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfomithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；epothilone；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱(maytansinoid)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamnol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,Oreg.)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofuran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢菌素(trichothecene)(尤其是T-2毒素，疣孢菌素(verracurin)A，杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；环磷酰胺(cyclophosphamide)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇(taxoid)，例如泰素(TAXOL)(帕利他赛(paclitaxel)；Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)，(无克列莫佛(Cremophor)的)，帕利他赛的清蛋白改造的纳米颗粒配制剂(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,Ill.)和泰索帝(多西他赛(docetaxel，doxetaxel)；Sanofi-Aventis)；苯丁酸氮芥(chloranmbucil)；(吉西他滨(gemcitabine))；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂类似物，诸如顺铂(cisplatin)和卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；(长春瑞滨(vinorelbine))；能灭瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；卡培他滨(capecitabine)伊本膦酸盐(ibandronate)；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄酸(retinoid)，诸如视黄酸(retinoic acid)；和任何上述的药学可接受盐，酸和衍生物。
化疗剂还包括起调节或抑制激素对肿瘤的作用的作用的抗激素剂，诸如抗雌激素和选择性雌激素受体调控剂(SERM)，包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括柠檬酸他莫昔芬)，雷洛昔芬(raloxifene)，屈洛昔芬(droloxifene)，iodoxyfene，4-羟基他莫昔芬，曲沃昔芬(trioxifene)，那洛昔芬(keoxifene)，LY117018，奥那司酮(onapristone)，和(柠檬酸托瑞米芬(toremifine citrate))；抑制在肾上腺中调节雌激素生成的芳香酶的芳香酶抑制剂，诸如例如4(5)-咪唑，氨鲁米特(aminoglutethimide)，(醋酸甲地孕酮(megestrol acetate))，(依西美坦(exemestane)；Pfizer)，福美坦(formestanie)，法倔唑(fadrozole)，(伏罗唑(vorozole))，(来曲唑(letrozole)；Novartis)，和(阿那曲唑(anastrozole)；AstraZeneca)；抗雄激素，诸如氟他米特(flutamide)，尼鲁米特(nilutamide)，比卡米特(bicalutamide)，亮丙瑞林(leuprolide)和戈舍瑞林(goserelin)；布舍瑞林(buserelin)，曲普瑞林(tripterelin)，醋酸甲羟孕酮(medroxyprogesterone acetate)，己烯雌酚(diethylstilbestrol)，倍美力(premarin)，氟甲睾酮(fluoxymesterone)，全反式视黄酸，芬维A胺(fenretinide)，以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；蛋白质激酶抑制剂；脂质激酶抑制剂；反义寡核苷酸，特别是那些抑制牵涉异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的，诸如例如PKC-α，Ralf和H-Ras；核酶，诸如VEGF表达抑制剂(例如)和HER2表达抑制剂；疫苗，诸如基因疗法疫苗，例如和 rIL-2；拓扑异构酶1抑制剂，诸如 rmRH；和任何上述的药学可接受盐，酸和衍生物。
化疗剂还包括抗体，诸如阿仑珠单抗(alemtuzumab)(Campath)，贝伐珠单抗(bevacizumab)(Genentech)；西妥昔单抗(cetuximab)(Imclone)；帕尼单抗(panitumumab)(Amgen)，利妥昔单抗(rituximab)(Genentech/Biogen Idec)，帕妥珠单抗(pertuzumab)(2C4，Genentech)，曲妥珠单抗(trastuzumab)(Genentech)，托西莫单抗(tositumomab)(Bexxar，Corixia)，和抗体药物缀合物，吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumabozogamicin)(Wyeth)。具有作为与本发明的化合物组合的药剂的治疗潜力的另外的人源化单克隆抗体包括：阿泊珠单抗(apolizumab)，阿塞珠单抗(aselizumab)，atlizumab，巴匹珠单抗(bapineuzumab)，bivatuzumab mertansine，莫坎妥珠单抗(cantuzumab mertansine)，西利珠单抗(cedelizumab)，培舍珠单抗(certolizumabpegol)，cidfusituzumab，cidtuzumab，达克珠单抗(daclizumab)，依库珠单抗(eculizumab)，依法珠单抗(efalizumab)，依帕珠单抗(epratuzumab)，厄利珠单抗(erlizumab)，非维珠单抗(felvizumab)，芳妥珠单抗(fontolizumab)，吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumab ozogamicin)，英妥珠单抗奥佐米星(inotuzumab ozogamicin)，伊匹木单抗(ipilimumab)，拉贝珠单抗(labetuzumab)，林妥珠单抗(lintuzumab)，马妥珠单抗(matuzumab)，美泊利单抗(mepolizumab)，莫维珠单抗(motavizumab)，motovizumab，那他珠单抗(natalizumab)，尼妥珠单抗(nimotuzumab)，nolovizumab，numavizumab，ocrelizumab，奥马珠单抗(omalizumab)，帕利珠单抗(palivizumab)，帕考珠单抗(pascolizumab)，pecfusituzumab，pectuzumab，培克珠单抗(pexelizumab)，ralivizumab，雷珠单抗(ranibizumab)，reslivizumab，瑞利珠单抗(reslizumab)，resyvizumab，罗维珠单抗(rovelizumab)，卢利珠单抗(ruplizumab)，西罗珠单抗(sibrotuzumab)，西利珠单抗(siplizumab)，索土珠单抗(sontuzumab)，tacatuzumab tetraxetan，tadocizumab，他利珠单抗(talizumab)，特非珠单抗(tefibazumab)，托珠单抗(tocilizumab)，托利珠单抗(toralizumab)，tucotuzumab西莫白介素(celmoleukin)，tucusituzumab，umavizumab，乌珠单抗(urtoxazumab)，优特克单抗(ustekinumab)，维西珠单抗(visilizumab)，和抗白介素-12(ABT-874/J695，Wyeth Research and Abbott Laboratories)，其为经遗传修饰以识别白介素-12p40蛋白的重组专有人序列，全长IgG1λ抗体。
化疗剂还包括“EGFR抑制剂”，其指结合EGFR或以其它方式直接与EGFR相互作用并阻止或降低其信号传导活性的化合物，而且另外称作“EGFR拮抗剂”。此类药剂的例子包括结合EGFR的抗体和小分子。结合EGFR的抗体的例子包括MAb 579(ATCC CRL HB8506)，MAb455(ATCC CRL HB8507)，MAb 225(ATCC CRL 8508)，MAb 528(ATCC CRL 8509)(参见美国专利No.4,943,533，Mendelsohn等人)和其变体，诸如嵌合化225(C225或西妥昔单抗；)和重构人225(H225)(参见WO96/40210，Imclone Systems Inc.)；IMC-11F8，一种完全人的EGFR靶向性抗体(Imclone)；结合II型突变型EGFR的抗体(美国专利No.5,212,290)；结合EGFR的人源化和嵌合抗体，如美国专利No.5,891,996中所描述的；和结合EGFR的人抗体，诸如ABX-EGF或帕尼单抗(Panitumumab)(参见WO98/50433，Abgenix/Amgen)；EMD 55900(Stragliotto et al.,Eur.J.Cancer 32A:636-640(1996))；EMD7200(matuzumab)，一种针对EGFR且与EGF和TGF-α二者竞争EGFR结合的人源化EGFR抗体(EMD/Merck)；人EGFR抗体，HuMax-EGFR(GenMab)；称作E1.1，E2.4，E2.5，E6.2，E6.4，E2.11，E6.3和E7.6.3且记载于US 6,235,883的完全人抗体；MDX-447(Medarex Inc)；和mAb 806或人源化mAb 806(Johns et al.,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))。抗EGFR抗体可以与细胞毒剂缀合，如此生成免疫缀合物(参见例如EP 659,439A2，Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗剂包括小分子，诸如美国专利No.5,616,582，5,457,105，5,475,001，5,654,307，5,679,683，6,084,095，6,265,410，6,455,534，6,521,620，6,596,726，6,713,484，5,770,599，6,140,332，5,866,572，6,399,602，6,344,459，6,602,863，6,391,874，6,344,455，5,760,041，6,002,008，和5,747,498，以及PCT公开文本WO98/14451，WO98/50038，WO99/09016，和WO99/24037中描述的化合物。具体的小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774，厄洛替尼(erlotinib)，Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805(CI1033，2-丙烯酰胺，N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-，二氢氯化物，Pfizer Inc.)；ZD1839，吉非替尼(gefitinib)4-(3’-氯-4’-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉代丙氧基)喹唑啉，AstraZeneca)；ZM 105180((6-氨基-4-(3-甲基苯基-氨基)-喹唑啉，Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，Boehringer Ingelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(1-苯基乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羟基苯基)-4-[(1-苯基乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺)(Wyeth)；AG1478(Pfizer)；AG1571(SU 5271；Pfizer)；和双重EGFR/HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016或N-[3-氯4-[(3氟苯基)甲氧基]苯基]-6[5[[[2甲基磺酰基)乙基]氨基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。
化疗剂还包括“酪氨酸激酶抑制剂”，包括前一段中提到的EGFR靶向性药物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如自Takeda可得的TAK165；CP-724,714，一种口服ErbB2受体酪氨酸激酶选择性抑制剂(Pfizer和OSI)；优先结合EGFR但抑制HER2和EGFR过表达性细胞二者的双重HER抑制剂，诸如EKB-569(自Wyeth可得)；拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016；自Glaxo-SmithKline可得)，一种口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制剂；PKI-166(自Novartis可得)；泛HER抑制剂，诸如卡奈替尼(canertinib)(CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制剂，诸如自ISIS Pharmaceutica1s可得的，抑制Raf-1信号传导的反义剂ISIS-5132；非HER靶向性TK抑制剂，诸如甲磺酸伊马替尼(自Glaxo SmithKline可得)；多靶向性酪氨酸激酶抑制剂，诸如舒尼替尼(sunitinib)(自Pfizer可得)；VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂，诸如瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787/ZK222584，自Novartis/Schering AG可得)；MAPK胞外调控激酶I抑制剂CI-1040(自Pharmacia可得)；喹唑啉，诸如PD 153035，4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶；嘧啶并嘧啶；吡咯并嘧啶，诸如CGP 59326，CGP 60261和CGP 62706；吡唑并嘧啶，4-(苯基氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶；姜黄素(二阿魏酰甲烷，4,5-双(4-氟苯胺基)-酞酰亚胺)；含有硝基噻吩模块的tyrphostine；PD-0183805(Warner-Lamber)；反义分子(例如那些结合编码HER的核酸的)；喹喔啉(美国专利No.5,804,396)；tryphostin(美国专利No.5,804,396)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；泛HER抑制剂，诸如CI-1033(Pfizer)；Affinitac(ISIS 3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊马替尼PKI 166(Novartis)；GW2016(Glaxo SmithKline)；CI-1033(Pfizer)；EKB-569(Wyeth)；Semaxinib(Pfizer)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；INC-1C11(Imclone)，雷帕霉素(西罗莫司，)；或如任何下述专利公开文本中描述的：美国专利No.5,804,396，WO 1999/09016，WO 1998/43960，WO 1997/38983，WO 1999/06378，WO 1999/06396，WO 1996/30347，WO 1996/33978，WO1996/3397，和WO 1996/33980。
化疗剂还包括地塞米松(dexamethasone)，干扰素，秋水仙素(colchicine)，氯苯氨啶(metoprine)，环孢霉素(cyclosporine)，两性霉素(amphotericin)，甲硝唑(metronidazole)，阿仑单抗(alemtuzumab)，阿利维A酸(alitretinoin)，别嘌醇(allopurinol)，氨磷汀(amifostine)，三氧化二砷(arsenic trioxide)，天冬酰胺酶(asparaginase)，活的BCG，贝伐珠单抗(bevacuzimab)，贝沙罗汀(bexarotene)，克拉屈滨(cladribine)，里本灵(clofarabine)，darbepoetin alfa，地尼白介素(denileukin)，右雷佐生(dexrazoxane)，阿法依伯汀(epoetin alfa)，厄洛替尼(elotinib)，非格司亭(filgrastim)，醋酸组氨瑞林(histrelin acetate)，ibritumomab，干扰素α-2a，干扰素α-2b，lenalidomide，左旋咪唑(levamisole)，美司钠(mesna)，甲氧沙林(methoxsalen)，诺龙(nandrolone)，奈拉滨(nelarabine)，诺非单抗(nofetumomab)，奥普瑞白介素(oprelvekin)，palifermin，帕米膦酸盐(pamidronate)，培加酶(pegademase)，培门冬酶(pegaspargase)，PEG非格司亭(pegfilgrastim)，培美曲塞二钠(pemetrexed disodium)，普卡霉素(plicamycin)，卟吩姆钠(porfimer sodium)，喹纳克林(quinacrine)，拉布立酶(rasburicase)，沙格司亭(sargramostim)，替莫唑胺(temozolomide)，VM-26，6-TG，托瑞米芬(toremifene)，tretinoin，全反式视黄酸(ATRA)，戊柔比星(valrubicin)，唑来膦酸盐(zoledronate)，和唑来膦酸(zoledronic acid)，和其药学可接受盐。
如本文中使用的，术语“前体药物/前药”指与母体药物/母药相比对肿瘤细胞的细胞毒性更小且能够酶促活化或转变成活性更高的母体形式的药学活性物质的前体或衍生物形式。参见例如Wilman,“Prodrugs in Cancer Chemotherapy,”Biochemical SocietyTransactions,14,pp.375-382,615th Meeting Belfast(1986)及Stella et al.,“Prodrugs:A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery,”Directed DrugDelivery,Borchardt et al.,(ed.),pp.247-267,Humana Press(1985)。本发明的前药包括但不限于含磷酸盐/酯前药，含硫代磷酸盐/酯前药，含硫酸盐/酯前药，含肽前药，D-氨基酸修饰前药，糖基化前药，含β-内酰胺前药，含任选取代的苯氧基乙酰胺前药或含任选取代的苯乙酰胺前药，可转化成活性更高且无细胞毒性的药物的5-氟胞嘧啶和其它5-氟尿苷前药。可衍生成供此发明中使用的前药形式的细胞毒性药物的例子包括但不限于上文描述的那些化疗剂。
在本文中使用时，“生长抑制剂”指或在体外或在体内抑制细胞生长和/或增殖的化合物或组合物。如此，生长抑制剂可以是显著降低处于S期的细胞的百分比的药剂。生长抑制剂的例子包括阻断细胞周期行进(处于S期以外的位置)的药剂，诸如诱导G1停滞和M期停滞的药剂。经典的M期阻断剂包括长春药(vinca)(长春新碱(vincristine)和长春碱(vinblastine))，紫杉烷(taxane)，和拓扑异构酶II抑制剂诸如蒽环类抗生素多柔比星(doxorubicin)((8S-顺式)-10-[(3-氨基-2,3,6-三脱氧-α-L-来苏-吡喃己糖基)氧基]-7,8,9,10-四氢-6,8,11-三羟基-8-(羟基乙酰基)-1-甲氧基-5,12-萘二酮，即(8S-cis)-10-[(3-amino-2,3,6-trideoxy-α-L-lyxo-hexapyranosyl)oxy]-7,8,9,10-tetra hydro-6,8,11-trihydroxy-8-(hydroxyacetyl)-1-methoxy-5,12-naphthacenedione)，表柔比星(epirubicin)，柔红霉素(daunorubicin)，依托泊苷(etoposide)，和博来霉素(bleomycin)。那些阻滞G1的药剂也溢出进入S期停滞，例如DNA烷化剂诸如他莫昔芬(tamoxifen)，泼尼松(prednisone)，达卡巴嗪(dacarbazine)，双氯乙基甲胺(mechlorethamine)，顺铂(cisplatin)，甲氨蝶呤(methotrexate)，5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)，和ara-C。别的信息可参见“The Molecular Basis of Cancer”，Mendelsohn和Israel编，第1章，题为“Cell cycle regulation,oncogenes,and anti-neoplastic drugs”，Murakami等人著(WB Saunders:Philadelphia,1995)，尤其是第13页。紫杉烷(帕利他赛(paclitaxel)和多西他赛(docetaxel))均是自紫杉树衍生的抗癌药。自欧洲紫杉衍生的多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer)是帕利他赛(Bristol-Myers Squibb)的半合成类似物。帕利他赛和多西他赛促进自微管蛋白二聚体装配成微管且通过阻止解聚使微管稳定，这导致对细胞中的有丝分裂的抑制。
“放射疗法/放疗”意指使用定向伽马射线或贝塔射线来诱发对细胞的足够损害，从而限制其正常发挥功能的能力或全然破坏细胞。会领会的是，会有本领域知道的许多方式来确定治疗的剂量和持续时间。典型的治疗作为一次施用来给予且典型的剂量范围为每天10至200个单位(戈瑞(Gray))。
术语“药物配制剂”指其形式允许其中含有的活性组分的生物学活性是有效的，且并不含有对会施用该配制剂的患者有不可接受的毒性的另外的成分的制剂。
“药学可接受载剂”指药物配制剂中除活性组分外对患者无毒的组分。药学可接受载剂包括但不限于缓冲剂，赋形剂，稳定剂，或防腐剂。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品的商业包装中的说明书，其含有关于关注此类治疗用产品的使用的适应征，用法，剂量，施用，组合疗法，禁忌症，和/或警告的信息。
“无菌”配制剂是无菌的或没有所有活的微生物和其孢子。
“制品”是包含至少一种试剂，例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物，或用于特异性检测本文中描述的生物标志物的探针的任何制造物(例如包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中，制造物或试剂盒以用于实施本文中描述的方法的单位推销，分销，或销售。
术语“小分子”指具有约2000道尔顿或更小，优选约500道尔顿或更小的分子量的任何分子。
在本文中使用时，词语“标记物”指直接或间接缀合或融合诸如多核苷酸探针或抗体等试剂且便于检测与其缀合或融合的试剂的化合物或组合物。标记物可以自身是可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物)，或者在酶标记物的情况中，可催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。该术语意图涵盖通过将可检测物质偶联(即物理连接)探针或抗体进行的对探针或抗体的直接标记，以及通过与直接标记的另一试剂的反应性进行的对探针或抗体的间接标记。间接标记的例子包括使用荧光标记的二抗检测一抗和用生物素末端标记DNA探针使得它能用荧光标记的链霉亲合素来检测。
术语“抗体”以最广义使用且具体涵盖单克隆抗体(包括全长单克隆抗体)，多克隆抗体，多特异性抗体(例如双特异性抗体)，和抗体片段，只要它们展现期望的生物学活性。
“天然抗体”指通常由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链构成的约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白。每条轻链通过一个共价二硫键与重链连接，而二硫化物连接的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链间变化。每条重链和轻链还具有间隔规律的链内二硫桥。每条重链在一端具有一个可变域(VH)，接着是多个恒定域。每条轻链具有一端的一个可变域(VL)和其另一端的一个恒定域；轻链的恒定域与重链的第一恒定域对齐，且轻链的可变域与重链的可变域对齐。认为特定氨基酸残基在轻链和重链可变域之间形成界面。
“分离的”抗体是已经鉴定且自其天然环境的成分分开和/或回收的抗体。其天然环境的污染性成分是会干扰抗体的研究，诊断，和/或治疗用途的物质，且可包括酶，激素，和其它蛋白质性质或非蛋白质性质的溶质。在一些实施方案中，抗体纯化至(1)以抗体的重量计大于95％，如通过例如Lowry法测定的，且在一些实施方案中，以重量计大于99％；(2)足以通过使用例如转杯式测序仪获得至少15个残基的N端或内部氨基酸序列的程度；或(3)根据在还原性或非还原性条件下的SDS-PAGE，使用例如考马斯蓝或银染色，达到同质。既然抗体的天然环境的至少一种成分不会存在，那么分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而，分离的抗体通常会通过至少一个纯化步骤来制备。
“阻断性”抗体或抗体“拮抗剂”是抑制或降低其结合的抗原的生物学活性的抗体。例如，VEGF特异性拮抗性抗体结合VEGF且抑制VEGF诱导血管内皮细胞增殖的能力。优选的阻断性抗体或拮抗性抗体完全抑制抗原的生物学活性。
除非另外指明，表述“多价抗体”贯穿此说明书用于表示包含三个或更多个抗原结合位点的抗体。多价抗体优选改造成具有三个或更多个抗原结合位点且一般不是天然序列IgM或IgA抗体。
基于其恒定域的氨基酸序列，来自任何哺乳动物物种的抗体(免疫球蛋白)的“轻链”可指派至两种截然不同的型中的一种，称作卡帕(“κ”)和拉姆达(“λ”)。
术语“恒定域”指免疫球蛋白分子中的如下部分，其相对于免疫球蛋白的其它部分，即含有抗原结合位点的可变域，具有更加保守的氨基酸序列。恒定域含有重链的CH1，CH2，和CH3域(合称CH)和轻链的CHL(或CL)域。
抗体的“可变区”或“可变域”指抗体的重或轻链的氨基端结构域。重链的可变域可以称作“VH”。轻链的可变域可以称作“VL”。这些结构域一般是抗体的最易变部分且含有抗原结合位点。
术语“可变的”指可变域的某些区段在抗体间在序列方面差异广泛的实情。可变或“V”域介导抗原结合且限定特定抗体对其特定抗原的特异性。然而，可变性并非在可变域的跨度上均匀分布。反而是，V区由15-30个氨基酸的称作框架区(FR)的相对不易变的节段和将它们分开的每个长9-12个氨基酸的称作“高变区”的具有极端可变性的更短区域组成。当在本文中使用时，术语“高变区”或“HVR”指抗体中负责抗原结合的氨基酸残基。高变区一般包含来自例如VL中的大约残基24-34(L1)，50-56(L2)和89-97(L3)左右，和VH中的大约残基26-35(H1)，49-65(H2)和95-102(H3)左右的氨基酸残基(在一个实施方案中，H1是大约残基31-35左右；Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991))和/或那些来自“高变环”的残基(例如VL中的残基26-32(L1)，50-52(L2)，和91-96(L3)，和VH中的26-32(H1)，53-55(H2)，和96-101(H3)；Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。天然重和轻链的可变域每一个包含四个FR，大多采取β-片层构象，通过三个高变区连接，高变区形成连接β-片层结构的环，且在一些情况中形成β-片层结构的一部分。每条链中的高变区通过FR与来自另一条链的高变区保持在一起，紧密靠近，促成抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat et al.,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991))。因而，HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以下述顺序出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。恒定域并不直接牵涉抗体对抗原的结合，但展现多种效应器功能，诸如抗体在抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)中的参与。
为了本文中的目的，“受体人框架”是包含自如下文定义的人免疫球蛋白框架或人共有框架衍生的轻链可变域(VL)框架或重链可变域(VH)框架的氨基酸序列的框架。“衍生自”人免疫球蛋白框架或人共有框架的受体人框架可包含其相同的氨基酸序列，或者它可含有氨基酸序列变化。在一些实施方案中，氨基酸变化的数目是10或更少，9或更少，8或更少，7或更少，6或更少，5或更少，4或更少，3或更少，或2或更少。在一些实施方案中，VL受体人框架在序列方面与VL人免疫球蛋白框架序列或人共有框架序列相同。
如本文中使用的，术语“高变区”，“HVR”，或“HV”指抗体可变域中在序列方面高度可变和/或形成结构上定义的环的区域。一般地，抗体包含六个HVR：VH中的三个(H1，H2，H3)，和VL中的三个(L1，L2，L3)。在天然抗体中，H3和L3展示这六个HVR的最大多样性，而且认为特别是H3在赋予抗体以精密特异性中发挥独特作用。参见例如Xu et al.,Immunity13:37-45(2000)；Johnson and Wu,in:Methods in Molecular Biology 248:1-25(Lo,ed.,Human Press,Totowa,N.J.,2003)。确实，仅由重链组成的天然发生骆驼(camelid)抗体在轻链缺失下是有功能的且稳定的。参见例如Hamers-Casterman et al.,Nature 363:446-448,(1993)；Sheriff et al.,Nature Struct.Biol.3:733-736,(1996)。
本文中使用且涵盖许多HVR叙述。Kabat互补决定区(CDR)基于序列变异性且是最常用的(Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。Chothia改为指结构环的位置(Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。AbMHVR代表Kabat HVR和Chothia结构环之间的折衷，而且得到Oxford Molecular的AbM抗体建模软件的使用。“接触”HVR基于对可得复合物晶体结构的分析。下文记录了这些HVR中每一种的残基。
HVR可包含如下“延伸的HVR”：VL中的24-36或24-34(L1)，46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)和VH中的26-35(H1)，50-65或49-65(H2)和93-102，94-102，或95-102(H3)。对于这些定义中的每一种，可变域残基是依照Kabat等，见上文编号的。
“框架”或“FR”残基是除如本文中定义的HVR残基外的那些可变域残基。
“人共有框架”是代表人免疫球蛋白VL或VH框架序列的选集中最常发生的氨基酸残基的框架。一般地，人免疫球蛋白VL或VH序列的选集来自可变域序列的亚组。一般地，序列的亚组是如Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,Fifth Edition,NIH Publication 91-3242,Bethesda MD(1991),vols.1-3中的亚组。在一个实施方案中，对于VL，亚组是如Kabat等人，见上文中的亚组卡帕I。在一个实施方案中，对于VH，亚组是如Kabat等人，见上文中的亚组III。
术语“如Kabat中的可变域残基编号方式”或“如Kabat中的氨基酸位置编号方式”，和其变异指Kabat等人，见上文中用于抗体的编辑的重链可变域或轻链可变域的编号系统。使用此编号系统，实际的线性氨基酸序列可含有较少或另外的氨基酸，对应于可变域的FR或HVR的缩短或插入。例如，重链可变域可包括在H2的残基52之后的单一氨基酸插入(依照Kabat的残基52a)和在重链FR残基82之后的插入残基(例如依照Kabat的残基82a，82b，和82c，等)。可通过在抗体序列的同源性区域处与“标准”Kabat编号序列的比对为给定抗体确定残基的Kabat编号。
Kabat编号系统一般在提及可变域中的残基(大约是轻链残基1-107和重链残基1-113)时使用(例如Kabat et al.,Sequences of Immunological Interest.5th Ed.PublicHealth Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。“EU编号系统”或“EU索引”一般在提及免疫球蛋白重链恒定区中的残基时使用(例如Kabat等人，见上文中报告的EU索引)。“如Kabat中的EU索引”指人IgG1EU抗体的残基编号方式。除非本文中另有说明，提及抗体的可变域中的残基编号意指通过Kabat编号系统的残基编号。除非本文中另有说明，提及抗体的恒定域中的残基编号意指通过EU编号系统的残基编号(例如参见美国临时申请No.60/640,323，关于EU编号方式的图)。
除非另外指明，HVR残基和可变域中的其它残基(例如FR残基)在本文中依照Kabat等人，见上文编号。
术语“全长抗体”，“完整抗体”，和“全抗体”在本文中可互换使用，指实质性完整形式的抗体，而非如下文定义的抗体片段。该术语特别指重链含有Fc区的抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分，优选包含其抗原结合区。在一些实施方案中，本文中描述的抗体片段是抗原结合片段。抗体片段的例子包括Fab，Fab'，F(ab')2，和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子；和自抗体片段形成的多特异性抗体。
抗体的木瓜蛋白酶消化生成两个相同的抗原结合片段，称作“Fab”片段，每个具有一个抗原结合位点，和一个剩余的“Fc”片段，其名称反映其易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生一个F(ab')2片段，其具有两个抗原结合位点且仍然能够交联抗原。
本文中的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链中含有恒定区的至少一部分的C端区域。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中，人IgG重链Fc区自Cys226，或自Pro230延伸至重链的羧基端。然而，Fc区的C端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有规定，Fc区或恒定区中的氨基酸残基的编号依照EU编号系统，也称作EU索引，如Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.PublicHealth Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991)中描述的。
“效应器功能”指那些可归于抗体的Fc区，随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬；细胞表面受体(例如B细胞受体)的下调；和B细胞活化。
“Fv”是含有完整抗原结合位点的最小限度抗体片段。在一个实施方案中，双链Fv种类由紧密，非共价联合的一个重链可变域和一个轻链可变域的二聚体组成。在单链Fv(scFv)种类中，一个重链可变域和一个轻链可变域可通过柔性肽接头共价连接，使得轻和重链能在与双链Fv种类中的类似的“二聚体”结构中联合。正是在这种构造中，每个可变域的三个HVR相互作用而限定VH-VL二聚体的表面上的抗原结合位点。六个HVR一起赋予抗体以抗原结合特异性。然而，即使是单个可变域(或只包含对抗原特异性的三个HVR的半个Fv)也具有识别和结合抗原的能力，只是亲和力比完整结合位点要低。
Fab片段含有重和轻链可变域且还含有轻链的恒定域和重链的第一恒定域(CH1)。Fab'片段与Fab片段的区别在于重链CH1域的羧基端处增加少数残基，包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab'-SH是本文中对于其中恒定域的半胱氨酸残基携带游离硫醇基的Fab'的名称。F(ab')2抗体片段最初是作为具有Fab'片段之间的铰链半胱氨酸的成对Fab'片段生成的。还知道抗体片段的其它化学偶联。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL域，其中这些结构域存在于一条多肽链中。一般地，scFv多肽进一步包含VH和VL域之间的多肽接头，其使得scFv能够形成结合抗原的期望结构。关于scFv的综述参见例如Plückthun,in:The Pharmacology ofMonoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.(Springer-Verlag,NewYork,1994),pp.269-315。
术语“多特异性抗体”以最广义使用且具体涵盖包含重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)的抗体，其中VH-VL单元具有多表位特异性(即能够结合一种生物学分子上的两种不同表位或不同生物学分子上的各一种表位)。此类多特异性抗体包括但不限于全长抗体，具有两个或更多个VL和VH域的抗体，抗体片段诸如Fab，Fv，dsFv，scFv，双抗体，双特异性双抗体和三抗体，共价或非共价连接的抗体片段。“多表位特异性”指特异性结合相同或不同靶物上的两种或更多种不同表位的能力。“双重特异性”或“双特异性”指特异性结合相同或不同靶物上的两种不同表位的能力。然而，与双特异性抗体形成对比，双重特异性抗体具有氨基酸序列相同的两个抗原结合臂且每一个Fab臂能够识别两种抗原。双重特异性容许抗体作为单一Fab或IgG分子以高亲和力与两种不同抗原相互作用。依照一个实施方案，IgG1形式的多特异性抗体以5μM至0.001pM，3μM至0.001pM，1μM至0.001pM，0.5μM至0.001pM或0.1μM至0.001pM的亲和力结合每种表位。“单特异性”指结合仅一种表位的能力。
术语“双抗体”指具有两个抗原结合位点的抗体片段，该片段包含在同一多肽链(VH-VL)中相连的重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)。通过使用过短的接头使得同一条链上的两个结构域之间不能配对，迫使这些结构域与另一条链的互补结构域配对并创建两个抗原结合位点。双抗体可以是二价的或双特异性的。双抗体更完整的描述于例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson et al.,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444-6448(1993)。三抗体(triabody)和四抗体(tetrabody)也描述于Hudson et al.,Nat.Med.9:129-134(2003)。
抗体的“类”指其重链拥有的恒定域或恒定区的类型。有五大类抗体：IgA，IgD，IgE，IgG，和IgM，而且这些中的数种可以进一步分成亚类(同种型)，例如IgG1，IgG2，IgG3，IgG4，IgA1，和IgA2。与不同类的抗体对应的重链恒定域分别称作α，δ，ε，γ，和μ。
如本文中使用的，术语“单克隆抗体”指从一群实质性同质的抗体获得的抗体，例如构成群体的抗体个体相同，除了可能以极小量存在的可能的突变，例如天然发生突变。如此，修饰语“单克隆”指示抗体不是分立的抗体的混合物的特征。在某些实施方案中，此类单克隆抗体典型地包括包含结合靶物的多肽序列的抗体，其中靶物结合多肽序列是通过包括自众多多肽序列选择单一靶物结合多肽序列的过程得到的。例如，选择过程可以是自众多克隆，诸如杂交瘤克隆，噬菌体克隆，或重组DNA克隆的集合选择独特克隆。应当理解的是，所选择的靶物结合序列可进一步改变，例如为了改善对靶物的亲和力，将靶物结合序列人源化，改善其在细胞培养物中的生成，降低其在体内的免疫原性，创建多特异性抗体，等，而且包含改变后的靶物结合序列的抗体也是此发明的单克隆抗体。与典型地包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物形成对比，单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。在它们的特异性以外，单克隆抗体制备物的优势在于它们典型地未受到其它免疫球蛋白污染。
修饰语“单克隆”指示抗体自实质性同质的抗体群获得的特征，而且不要解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如，要依照本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术来生成，包括例如杂交瘤方法(例如Kohler and Milstein,Nature 256:495-97(1975)；Hongo et al.,Hybridoma 14(3):253-260(1995)；Harlow et al.,Antibodies:ALaboratory Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press,2nd ed.1988)；Hammerlinget al.,in:Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681(Elsevier,N.Y.,1981))，重组DNA方法(参见例如美国专利No.4,816,567)，噬菌体展示技术(参见例如Clackson et al.,Nature352:624-628,1991；Marks et al.,J.Mol.Biol.222:581-597,1992；Sidhu et al.,J.Mol.Biol.338(2):299-310,2004；Lee et al.,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093,2004；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472,2004；及Lee et al.,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132,2004)，和用于在具有部分或整个人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中生成人或人样抗体的技术(参见例如WO 1998/24893；WO 1996/34096；WO 1996/33735；WO 1991/10741；Jakobovitset al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:2551,1993；Jakobovits et al.,Nature 362:255-258,1993；Bruggemann et al.,Year in Immuno.7:33,1993；美国专利No.5,545,807；5,545,806；5,569,825；5,625,126；5,633,425；和5,661,016；Marks et al.,Bio/Technology10:779-783,1992；Lonberg et al.,Nature 368:856-859,1994；Morrison,Nature 368:812-813,1994；Fishwild et al.,Nature Biotechnol.14:845-851,1996；Neuberger,Nature Biotechnol.14:826,1996；及Lonberg et al.,Intern.Rev.Immunol.13:65-93,1995)。
单克隆抗体在本文中具体包括“嵌合”抗体，其中重和/或轻链的一部分与自特定物种衍生或属于特定抗体类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而链的剩余部分与自另一物种衍生或属于另一抗体类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，以及此类抗体的片段，只要它们展现期望的生物学活性(参见例如美国专利No.4,816,567；Morrison etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA81:6851-6855(1984))。嵌合抗体包括抗体，其中抗体的抗原结合区是自通过例如用感兴趣抗原免疫猕猴而生成的抗体衍生的。
“人抗体”是拥有与由人或人细胞生成的或自利用人抗体全集或其它人抗体编码序列的非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的这种定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
非人(例如啮齿类)抗体的“人源化”形式是最低限度含有自非人抗体衍生的序列的嵌合抗体。对于大部分，人源化抗体是人免疫球蛋白(受体抗体)中来自高变区的残基用来自具有期望的抗体特异性，亲和力，和能力的非人物种(供体抗体)诸如小鼠，大鼠，家兔或非人灵长类的高变区的残基替换的免疫球蛋白。在一些情况中，人免疫球蛋白的FR残基用相应的非人残基替换。而且，人源化抗体可包含在受体抗体中或在供体抗体中没有找到的残基。进行这些修饰是为了进一步改进抗体性能。一般而言，人源化抗体会包含至少一个，典型地两个实质性整个如下的可变域，其中所有或实质性所有高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环且所有或实质性所有FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体任选还会包含免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分，典型地人免疫球蛋白的。别的详情参见Jones etal.,Nature 321:522-525,1986；Riechmann et al.,Nature 332:323-329,1988；及Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596,1992。
起始或参照多肽(例如参照抗体或其可变域/HVR)的“变体”或“突变体”是(1)具有与起始或参照多肽不同的氨基酸序列且(2)经由天然的或人工的(人为的)诱变自起始或参照多肽衍生的多肽。此类变体包括例如感兴趣多肽的氨基酸序列内的残基删除，和/或插入和/或替代，在本文中称作“氨基酸残基改变”。如此，变异HVR指包含相对于起始或参照多肽序列(诸如源抗体或抗原结合片段的)的变异序列的HVR。氨基酸残基改变在此语境中指与起始或参照多肽序列(诸如参照抗体或其片段的)中的相应位置处的氨基酸不同的氨基酸。可进行删除，插入，和替代的任何组合以得到最终的变体或突变体构建物，只要最终的构建物拥有期望的功能性特征。氨基酸变化还可改变多肽的翻译后加工，诸如改变糖基化位点的数目或位置。
“野生型(WT)”或“参照”序列或“野生型”或“参照”蛋白质/多肽(诸如参照抗体的HVR或可变域)的序列可以是经由引入突变来衍生变异多肽的参照序列。一般而言，给定蛋白质的“野生型”序列是在自然界中最常见的序列。类似地，“野生型”基因序列是该基因在自然界中最常找到的序列。可经由天然过程或经由人诱导的手段将突变引入“野生型”基因(和如此由它编码的蛋白质)。此类过程的产物是最初“野生型”蛋白质或基因的“变体/变异”或“突变体/突变”形式。
如本文中使用的，“参照抗体”指其抗原结合序列充当模板序列用于实施依照本文中描述的标准的多样化的抗体或其片段。抗原结合序列一般包括抗体可变区，优选至少一个HVR，优选包括框架区。
如本文中使用的，“库/文库”指众多抗体或抗体片段序列(例如抗VEGF抗体)，或编码这些序列的核酸，所述序列在依照本发明的方法引入这些序列中的变异氨基酸的组合方面不同。
“亲和力”指分子(例如抗体)的单一结合位点和它的结合配偶(例如抗原)之间的全部非共价相互作用总和的强度。除非另外指明，如本文中使用的，“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间的1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶Y的亲和力一般可以用解离常数(Kd)来代表。亲和力可通过本领域知道的常用方法来测量，包括本文中描述的那些。本文中描述了用于测量结合亲和力的具体的说明性和例示性实施方案。
就抗体对靶分子的结合而言，术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶上的表位或“对其特异性的”意味着与非特异性相互作用可测量地不同的结合。特异性结合可例如通过与对照分子的结合相比测定分子的结合来测量。例如，特异性结合可通过与对照分子(其与靶物相似，例如过量的未标记的靶物)的竞争来测定。在这种情况中，如果经标记靶物对探针的结合受到过量的未标记靶物的竞争性抑制的话，指示特异性结合。如本文中使用的，术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶上的表位或“对其特异性的”可例如由具有10-4M或更低，或者10-5M或更低，或者10-6M或更低，或者10-7M或更低，或者10-8M或更低，或者10-9M或更低，或者10-10M或更低，或者10-11M或更低，或者10-12M或更低的针对靶物的Kd或10-4M至10-6M或10-6M至10-10M或10-7M至10-9M范围中的Kd的分子展现。正如熟练技术人员会领会的，亲和力和Kd值逆相关。针对抗原的高亲和力通过低Kd值来测量。在一个实施方案中，术语“特异性结合”指如下的结合，其中分子在没有实质性结合任何其它多肽或多肽表位的情况下结合特定多肽或特定多肽上的表位。
“亲和力成熟的”抗体指如下的抗体，其具有一个或多个高变区(HVR)中的一处或多处改变，与不拥有此类改变的亲本抗体相比，此类改变导致抗体对抗原的亲和力改善。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体，且相反，参照抗体在竞争测定法中将抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。
“免疫缀合物”是与一种或多种异源分子，包括但不限于细胞毒剂缀合的抗体。
如本文中使用的，术语“免疫粘附素”命名组合异源蛋白质(“粘附素”)的结合特异性与免疫球蛋白恒定域的效应器功能的抗体样分子。在结构上，免疫粘附素包含具有与抗体的抗原识别和结合位点不同的期望结合特异性的氨基酸序列(即，是“异源的”)和免疫球蛋白恒定域序列的融合物。免疫粘附素分子的粘附素部分典型地是至少包含受体或配体的结合位点的连续氨基酸序列。免疫粘附素中的免疫球蛋白恒定域序列可以是自任何免疫球蛋白，诸如IgG1，IgG2(包括IgG2A和IgG2B)，IgG3，或IgG4亚型，IgA(包括IgA1和IgA2)，IgE，IgD或IgM获得的。Ig融合物优选包括用本文中描述的多肽或抗体的结构域替换Ig分子内的至少一个可变区的替代。在一个特别优选的实施方案中，免疫球蛋白融合物包括IgG1分子的铰链，CH2和CH3，或铰链，CH1，CH2和CH3区。关于免疫球蛋白融合物的生成，还可参见美国专利No.5,428,130。
“融合蛋白”和“融合多肽”指具有共价连接到一起的两个部分的多肽，其中每个部分是具有不同特性的多肽。特性可以是生物学特性，诸如体外或体内活性。特性也可以是简单的化学或物理特性，诸如对靶分子的结合，反应的催化，等等。两个部分可以直接通过单一肽键或经由肽接头连接，但是彼此在读码框中。
就本文中鉴定的多肽序列而言的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定义为在比对序列并在必要时引入缺口以实现最大百分比序列同一性之后，而且在任何保守替代不作为序列同一性的一部分考虑的情况下，候选序列中与所比较的多肽中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。为了确定百分比氨基酸序列同一性目的的比对可以以本领域技能内的多种方式实现，例如使用公众可得的计算机软件，诸如BLAST，BLAST-2，ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员能确定用于测量比对的适宜参数，包括对所比较的序列的全长实现最大比对需要的任何算法。然而，为了本文中的目的，％氨基酸序列同一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2生成的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech公司编写，而且源代码已经与用户文档一起提交美国版权局(Washington D.C.,20559)，以美国版权注册号TXU510087注册。公众经由Genentech公司(South San Francisco,California)可得到ALIGN-2程序。ALIGN-2程序应当编译成在UNIX操作系统，优选数码UNIX V4.0D上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设置且不变。
在采用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情况中，给定氨基酸序列A相对于(to)，与(with)，或针对(against)给定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(或者可表述为具有或包含相对于，与，或给定氨基酸序列A针对给定氨基酸序列B的某一％氨基酸序列同一性)如下计算：
100乘分数X/Y
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序的A和B的比对中打分为相同匹配的氨基酸残基的数目，且其中Y是B中的氨基酸残基的总数。会领会的是，在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况中，A相对于B的％氨基酸序列同一性会不等于B相对于A的％氨基酸序列同一性。除非另有具体说明，本文中使用的所有％氨基酸序列同一性值是如上一段中所述使用ALIGN-2计算机程序获得的。
如本文中可互换使用的，“多核苷酸”或“核酸”指任何长度的核苷酸聚合物，而且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸，核糖核苷酸，经修饰的核苷酸或碱基，和/或其类似物，或可由DNA或RNA聚合酶，或通过合成反应掺入聚合物中的任何底物。如此，例如，如本文中定义的多核苷酸包括但不限于单和双链DNA，包括单和双链区的DNA，单和双链RNA，和包括单和双链区的RNA，包含DNA和RNA的杂合分子，它可以是单链的，或更典型地是双链的，或包括单和双链区。另外，如本文中使用的，术语“多核苷酸”指包含RNA或DNA或RNA和DNA二者的三链区。此类区中的链可来自相同分子或来自不同分子。所述区可包括一种或多种分子的整个，但是更典型地是只牵涉一些分子的一个区。三股螺旋区的分子之一常常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体包括cDNA。
多核苷酸可包含经修饰的核苷酸，诸如甲基化核苷酸和其类似物。若存在的话，对核苷酸结构的修饰可以在装配聚合物之前或之后给予。核苷酸的序列可以由非核苷酸成分中断。多核苷酸可以在合成之后进一步修饰，诸如通过与标记物缀合。其它类型的修饰包括例如“帽”，将一个或多个天然发生核苷酸用类似物替代，核苷酸间修饰诸如例如那些具有不带电荷连接(例如甲基膦酸酯，磷酸三酯，磷酰胺酯(phosphoamidate)，氨基甲酸酯，等等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯，二硫代磷酸酯，等等)的，那些含有悬垂模块(pendant moiety)，诸如例如蛋白质(例如核酸酶，毒素，抗体，信号肽，聚L-赖氨酸，等等)的，那些具有嵌入剂(例如吖啶，补骨脂素，等等)的，那些含有螯合剂(例如金属，放射性金属，硼，氧化性金属，等等)的，那些含有烷化剂的，那些具有经修饰连接(例如α端基异构核酸(anomeric nucleic acid))的，以及未修饰形式的多核苷酸。另外，通常存在于糖中的任何羟基基团可以用例如膦酸(phosphonate)基团，磷酸(phosphate)基团替换，用标准保护基团保护，或活化以准备与另外的核苷酸的另外的连接，或可缀合固体或半固体支持物。可磷酸化或用胺或1至20个碳原子的有机加帽基团模块取代5’和3’末端OH。其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸也可含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖的糖的类似物形式，包括例如2’-O-甲基-，2’-O-烯丙基-，2’-氟-，或2’-叠氮-核糖，碳环糖类似物，α-端基异构糖，差向异构糖诸如阿拉伯糖，木糖或来苏糖，吡喃糖的糖，呋喃糖的糖，景天庚酮糖，无环类似物，和无碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。这些备选连接基团包括但不限于以下实施方案，其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate))，P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate))，(O)NR2(“酰胺酯”(amidate))，P(O)R，P(O)OR’，CO或CH2(“甲缩醛”(formacetal))替换，其中R或R’各自独立为H或取代或未取代的烃基(1-20个C)，任选含有醚(-O-)连接，芳基，烯基，环烷基，环烯基或芳烃基(araldyl)。多核苷酸中的所有连接并非必须是相同的。前面的描述适用于本文中提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
如本文中使用的，“寡核苷酸”一般指短的，单链的多核苷酸，其在长度上小于约250个核苷酸，但这不是必须的。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥。上文关于多核苷酸的描述同等且完全可适用于寡核苷酸。
术语“引物”指能够与核酸杂交且容许互补核酸聚合(一般通过提供游离的3’-OH基团)的单链多核苷酸。
术语“宿主细胞”，“宿主细胞系”，和“宿主细胞培养物”可互换使用且指其中已经导入外源核酸的细胞，包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体/转化子”和“转化细胞/经转化细胞”，其包括原代转化细胞和自其衍生的后代，不管传代的次数。后代在核酸内容物上可以与亲本细胞不是完全相同，而是可以含有突变。本文中包括具有与在初始转化细胞中筛选或选择相同的功能或生物学活性的突变体后代。
如本文中使用的，术语“载体”指能够扩增与其连接的另一种核酸的核酸分子。该术语包括作为自身复制型核酸结构的载体以及并入接受其导入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与其可操作连接的核酸的表达。此类载体在本文中称作“表达载体”。
“分离的”核酸分子是鉴定且与核酸的天然来源中通常与之关联的至少一种污染性核酸分子分开的核酸分子。分离的核酸分子不同于在自然界中找到它时的形式或背景。分离的核酸分子因此有别于如其在天然细胞中存在的核酸分子。然而，分离的核酸分子包括通常表达该抗体的细胞中含有的核酸分子，例如当该核酸分子在该细胞中的染色体位置不同于它在天然细胞中的染色体位置时。
“突变”是相对于参照核苷酸序列，诸如野生型序列的核苷酸删除，插入，或替代。
如本文中使用的，“密码子套组(codon set)”指用于编码期望的变异氨基酸的一套不同核苷酸三联体序列。可通过例如固相合成来合成一套寡核苷酸，包括呈现由密码子套组提供的核苷酸三联体的所有可能组合且会编码期望的一组氨基酸的序列。一种标准形式的密码子命名是IUB代码，其是本领域知道的且在本文中描述的。密码子套组典型地以3个斜体大写字母代表，例如NNK，NNS，XYZ，DVK等等。在某些位置具有选定核苷酸“简并性”的寡核苷酸的合成是本领域公知的，例如TRIM办法(Knappek et al.,J.Mol.Biol.296:57-86,1999；Garrard et al.,Gene 128:103,1993)。具有某些密码子套组的此类寡核苷酸套组可使用商品化核酸合成仪来合成(可得自例如Applied Biosystems,Foster City,CA)，或者可通过商业途径获得(例如购自Life Technologies,Rockville,MD)。因此，具有特定密码子套组的合成的寡核苷酸套组典型地会包括具有不同序列的众多寡核苷酸，差异由整个序列内的密码子套组建立。如依照本发明使用的，寡核苷酸具有容许与可变域核酸模板杂交的序列，而且还可以但非必须包括对于例如克隆目的有用的限制酶位点。
表述“控制序列”指在特定宿主生物体中表达可操作连接的编码序列必需的DNA序列。例如，适合于原核生物的控制序列包括启动子，任选的操纵基因序列，和核糖体结合位点。已知真核细胞利用启动子，多腺苷酸化信号，和增强子。
当核酸与另一核酸序列处于功能性相互关系中时，它是“可操作连接的”。例如，若前序列(presequence)或分泌前导(secretory leader)的DNA表达成参与多肽分泌的前蛋白质(preprotein)，则它与该多肽的DNA可操作连接；若启动子或增强子影响编码序列的转录，则它与该序列可操作连接；或者，若核糖体结合位点的定位促进翻译，则它与编码序列可操作连接。一般地，“可操作连接的”意味着相连接的DNA序列是相邻的，而且在分泌前导的情况中意味着相邻且处于阅读相。然而，增强子不必相邻。连接通过在方便的限制性位点处的连接来实现。若此类位点不存在，则依照常规实践使用合成的寡核苷酸衔接头或接头。
术语“血管内皮生长因子”或“VEGF”指如由Swiss Prot登录号P15692，Gene ID(NCBI)：7422例示的血管内皮生长因子蛋白A。术语“VEGF”涵盖具有Swiss Prot登录号P15692，Gene ID(NCBI)：7422的氨基酸序列的蛋白质以及其同源物和同等型。术语“VEGF”还涵盖VEGF的已知同等型，例如剪接同等型，例如VEGF111，VEGF121，VEGF145，VEGF165，VEGF189，和VEGF206，联同其天然发生等位和加工形式，包括通过纤溶酶切割VEGF165生成的110个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子，如Ferrara,Mol.Biol.Cell.21:687,2010；Leung et al.,Science 246:1306,1989；及Houck et al.,Mol.Endocrin.,5:1806,1991中描述的。术语“VEGF”还指来自非人物种诸如小鼠，大鼠或灵长类的VEGF。有时，来自特定物种的VEGF以诸如用于人VEGF的hVEGF，用于鼠VEGF的mVEGF，等等表示。术语“VEGF”还用于指包含165个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子的氨基酸8至109或1至109的截短形式的多肽。在本申请中可通过例如“VEGF109”，“VEGF(8-109)”，“VEGF(1-109)”或“VEGF165”来鉴别任何此类形式的VEGF的提及。“截短的”天然VEGF的氨基酸位置如天然VEGF序列中标示来编号。例如，截短的天然VEGF中的氨基酸位置17(甲硫氨酸)也是天然VEGF中的位置17(甲硫氨酸)。截短的天然VEGF具有与天然VEGF相当的对KDR和Flt-1受体的结合亲和力。如本文中使用的，术语“VEGF变体”指在天然VEGF序列中包括一处或多处氨基酸突变的VEGF多肽。任选地，一处或多处氨基酸突变包括氨基酸替代。为了本文中描述的VEGF变体的速记名称的目的，注意数字指沿着推定天然VEGF的氨基酸序列的氨基酸残基位置(在Leung等人，见上文及Houck等人，见上文中提供)。除非另有规定，如本文中使用的，术语“VEGF”指示VEGF-A。
“VEGF拮抗剂”或“VEGF特异性拮抗剂”指能够结合VEGF，降低VEGF表达水平，或中和，阻断，抑制，消除，降低，或干扰VEGF生物学活性(包括但不限于VEGF对一种或多种VEGF受体的结合，VEGF信号传导，和VEGF介导的血管发生和内皮细胞存活或增殖)的分子。例如，能够中和，阻断，抑制，消除，降低，或干扰VEGF生物学活性的分子能通过结合一种或多种VEGF受体(VEGFR)(例如VEGFR1，VEGFR2，VEGFR3，膜结合的VEGF受体(mbVEGFR)，或可溶性VEGF受体(sVEGFR))来发挥其效果。作为在本发明的方法中有用的VEGF特异性拮抗剂包括的是特异性结合VEGF的多肽，抗VEGF抗体和其抗原结合片段，特异性结合VEGF由此隔绝其对一种或多种受体的结合的受体分子和衍生物，融合蛋白(例如VEGF陷阱(Regeneron))，和VEGF121-白树毒素(Peregrine)。VEGF特异性拮抗剂还包括VEGF多肽的拮抗性变体，至少与编码VEGF多肽的核酸分子的片段互补的反义核碱基寡聚物，至少与编码VEGF多肽的核酸分子的片段互补的小RNA，靶向VEGF的核酶，针对VEGF的肽体，和VEGF适体。VEGF拮抗剂还包括结合VEGFR的多肽，抗VEGFR抗体，和其抗原结合片段，和结合VEGFR由此阻断，抑制，消除，降低，或干扰VEGF生物学活性(例如VEGF信号传导)的衍生物，或融合蛋白。VEGF特异性拮抗剂还包括结合VEGF或VEGFR且能够阻断，抑制，消除，降低，或干扰VEGF生物学活性的非肽小分子。如此，术语“VEGF活性”具体包括VEGF介导的VEGF生物学活性。在某些实施方案中，VEGF拮抗剂将VEGF的表达水平或生物学活性降低或抑制至少10％，20％，30％，40％，50％，60％，70％，80％，90％或更多。在一些实施方案中，受到VEGF特异性拮抗剂抑制的VEGF是VEGF(8-109)，VEGF(1-109)，或VEGF165。
如本文中使用的，VEGF拮抗剂可包括但不限于抗VEGFR2抗体和相关分子(例如ramucirumab，tanibirumab，aflibercept)，抗VEGFR1抗体和相关分子(例如icrucumab，aflibercept(VEGF Trap-Eye；)，和ziv-aflibercept(VEGF Trap；))，双特异性VEGF抗体(例如MP-0250，vanucizumab(VEGF-ANG2)，和US 2001/0236388中公开的双特异性抗体)，包括抗VEGF，抗VEGFR1，和抗VEGFR2臂中两种的组合的双特异性抗体，抗VEGFA抗体(例如贝伐珠单抗，sevacizumab)，抗VEGFB抗体，抗VEGFC抗体(例如VGX-100)，抗VEGFD抗体，和非肽小分子VEGF拮抗剂(例如pazopanib，axitinib，vandetanib，stivarga，cabozantinib，lenvatinib，nintedanib，orantinib，telatinib，dovitinig，cediranib，motesanib，sulfatinib，apatinib，foretinib，famitinib，和tivozanib)。
“抗VEGF抗体”是以足够亲和力和特异性结合VEGF的抗体。在某些实施方案中，抗体会具有足够高的对VEGF的结合亲和力，例如，抗体可以以介于100nM–1pM之间的Kd值结合hVEGF。抗体亲和力可通过例如基于表面等离振子共振的测定法(诸如如PCT申请公开号WO2005/012359中描述的测定法)；酶联免疫吸附测定法(ELISA)；和竞争测定法(例如放射免疫测定法(RIA))来测定。
在某些实施方案中，抗VEGF抗体可用作治疗剂，用于靶向和干扰其中牵涉VEGF活性的疾病或状况。还有，可对抗体进行其它生物学活性测定法，例如为了评估其作为治疗剂的有效性。此类测定法是本领域知道的且取决于抗体的靶抗原和意图用途。例子包括HUVEC抑制测定法；肿瘤细胞生长抑制测定法(如例如WO 89/06692中描述的)；抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)和补体介导的细胞毒性(CDC)测定法(美国专利No.5,500,362)；和激动活性或造血测定法(参见WO 95/27062)。抗VEGF抗体通常不会结合其它VEGF同源物，诸如VEGF-B或VEGF-C，也不会结合其它生长因子，诸如PlGF，PDGF，或bFGF。在一个实施方案中，抗VEGF抗体是与由杂交瘤ATCC HB 10709生成的单克隆抗VEGF抗体A4.6.1结合相同表位的单克隆抗体。在另一个实施方案中，抗VEGF抗体是依照Presta et al.,Cancer Res.57:4593-4599,1997生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体，包括但不限于称作贝伐珠单抗(BV；)的抗体。
抗VEGF抗体“贝伐珠单抗”(BV)，也称作“rhuMAb VEGF”或是依照Presta et al.,Cancer Res.57:4593-4599,1997生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体。它包含突变的人IgG1框架区和来自鼠抗hVEGF单克隆抗体A.4.6.1(其阻断人VEGF对其受体的结合)的抗原结合互补决定区。贝伐珠单抗大约93％的氨基酸序列，包括大部分框架区，是自人IgG1衍生的，而且约7％的序列是自鼠抗体A4.6.1衍生的。贝伐珠单抗具有约149,000道尔顿的分子量且是糖基化的。贝伐珠单抗和其它人源化抗VEGF抗体进一步描述于2005年2月26日公告的美国专利No.6,884,879，通过援引明确将其完整公开内容收入本文。另外的优选的抗体包括G6或B20系列抗体(例如G6-31，B20-4.1)，如PCT申请公开号WO 2005/012359中描述的。关于另外的优选的抗体，参见美国专利No.7,060,269；6,582,959；6,703,020；6,054,297；WO 98/45332；WO 96/30046；WO 94/10202；EP 0,666,868B1；美国专利申请公开号2006009360，20050186208，20030206899，20030190317，20030203409，和20050112126；及Popkov et al.,Journal of Immunological Methods 288:149-164,2004。其它优选的抗体包括那些结合人VEGF上包含残基F17，M18，D19，Y21，Y25，Q89，I91，K101，E103，和C104或者包含残基F17，Y21，Q22，Y25，D63，I83，和Q89的功能性表位的。
在VEGF拮抗剂作为“单一抗肿瘤剂”施用的情况中，它是唯一施用来治疗癌症的抗肿瘤剂，即它不与另一抗肿瘤剂，诸如化疗组合施用。
“编码抗VEGF抗体的核酸”指编码抗体重和轻链(或其片段)的一种或多种核酸分子，包括单一载体或分开的载体中的此类核酸分子，和存在于宿主细胞中的一个或多个位置处的此类核酸分子。
术语“功能障碍”在免疫功能障碍的语境中指降低的对抗原性刺激的免疫响应性的状态。该术语包括可以发生抗原识别，但是随后的免疫应答对于控制感染或肿瘤生长无效的“耗竭”和/或“无反应性”二者的共同要素。
如本文中使用的，术语“功能障碍性的”还包括对抗原识别的不应或不响应，具体地，将抗原识别转化成下游T细胞效应器功能，诸如增殖，细胞因子生成(例如IL-2)和/或靶细胞杀伤的能力受损。
术语“无反应性”指经由T细胞受体投递的信号不完全或不充分所致对抗原刺激无响应的状态(例如在Ras活化缺失下胞内Ca2+的升高)。T细胞无反应性也可以在共刺激缺失下在用抗原刺激后发生，导致细胞变成即使在共刺激的背景中对抗原所致后续激活不应。无响应性状态常常可以由白介素-2的存在克服。无反应性T细胞不经历克隆扩充和/或获取效应器功能。
术语“耗竭”指作为源自在许多慢性感染和癌症期间发生的持久TCR信号传导的T细胞功能障碍状态的T细胞耗竭。它与无反应性的区别在于它并非经由信号传导不完全或有缺陷，而是由于持久信号传导而发生。它以较差的效应器功能，持久的抑制性受体表达和与功能性效应或记忆T细胞的转录状态不同的转录状态定义。耗竭阻止感染和肿瘤的最佳控制。耗竭可源自外在负调节途径(例如免疫调节性细胞因子)以及细胞固有负调节(共刺激性)途径(PD-1，B7-H3，B7-H4，等)二者。
“增强T细胞功能”意指诱导，引起或刺激T细胞具有持久或放大的生物学功能，或恢复或再活化耗竭的或无活性的T细胞。增强T细胞功能的例子包括：相对于干预之前的此类水平，CD8+T细胞的γ-干扰素分泌升高，增殖升高，抗原响应性升高(例如病毒，病原体，或肿瘤清除)。在一个实施方案中，增强的水平是至少50％，或者60％，70％，80％，90％，100％，120％，150％，或200％增强。测量此增强的方式是本领域普通技术人员知道的。
“肿瘤免疫”指肿瘤逃避免疫识别和清除的过程。如此，作为治疗概念，当此类逃避减弱，且肿瘤受到免疫系统识别并攻击时肿瘤免疫得到“治疗”。肿瘤识别的例子包括肿瘤结合，肿瘤收缩和肿瘤清除。
“免疫原性”指特定物质引发免疫应答的能力。肿瘤是免疫原性的，而且增强肿瘤免疫原性有助于通过免疫应答清除肿瘤细胞。
术语“编程性死亡配体1”和“PD-L1”在本文中指天然序列PD-L1多肽，多肽变体，和天然序列多肽和多肽变体的片段(其在本文中进一步定义)。本文中描述的PD-L1多肽可以是自多种来源，诸如自人组织类型或自另一来源分离，或通过重组或合成方法制备的。
“天然序列PD-L1多肽”包含与自自然界衍生的相应PD-L1多肽具有相同氨基酸序列的多肽。
“PD-L1多肽变体”或其变异意指与如本文中公开的任何天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％氨基酸序列同一性的PD-L1多肽，一般是活性PD-L1多肽，如本文中定义的。例如，此类PD-L1多肽变体包括如下的PD-L1多肽，其中在天然氨基酸序列的N或C端处添加或删除一个或多个氨基酸残基。通常，PD-L1多肽变体会与如本文中公开的天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％氨基酸序列同一性，或者至少约81％，82％，83％，84％，85％，86％，87％，88％，89％，90％，91％，92％，93％，94％，95％，96％，97％，98％，或99％氨基酸序列同一性。通常，PD-L1变体多肽的长度是至少约10个氨基酸，或者长度是至少约20，30，40，50，60，70，80，90，100，110，120，130，140，150，160，170，180，190，200，210，220，230，240，250，260，270，280，281，282，283，284，285，286，287，288，或289个氨基酸，或更多个。任选地，PD-L1变体多肽会具有与天然PD-L1多肽序列相比不超过一处保守氨基酸替代，或者与天然PD-L1多肽序列相比不超过2，3，4，5，6，7，8，9，或10处保守氨基酸替代。
术语“PD-L1轴结合拮抗剂”指如下的分子，其抑制PD-L1轴结合配偶与一种或多种其结合配偶相互作用，从而去除源自PD-1信号传导轴上的信号传导的T细胞功能障碍，一项结果是恢复或增强T细胞功能。如本文中使用的，PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂和PD-1结合拮抗剂以及干扰PD-L1和PD-1之间的相互作用的分子(例如PD-L2-Fc融合物)。在一些实施方案中，PD-L1轴结合拮抗剂，PD-L1结合拮抗剂或PD-1结合拮抗剂可以是国际专利申请公开号WO 2013/019906中描述的任何PD-L1轴结合拮抗剂，PD-L1结合拮抗剂或PD-1结合拮抗剂，通过援引将其完整收入本文。
术语“抗PD-L1抗体”和“结合PD-L1的抗体”指能够以足够亲和力结合PD-L1，使得该抗体作为靶向PD-L1的诊断和/或治疗剂是有用的抗体。在一个实施方案中，抗PD-L1抗体结合无关的，非PD-L1蛋白质的程度小于该抗体对PD-L1的结合的约10％，如例如通过RIA测量的。在某些实施方案中，抗PD-L1抗体结合在来自不同物种的PD-L1间保守的PD-L1表位。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体可以是美国专利No.8,217,149中描述的任何抗PD-L1抗体，通过援引将其完整收入本文。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。
术语“抗PD-1抗体”和“结合PD-1的抗体”指能够以足够亲和力结合PD-1，使得该抗体作为靶向PD-1的诊断和/或治疗剂是有用的抗体。在一个实施方案中，抗PD-1抗体结合无关的，非PD-1蛋白质的程度小于该抗体对PD-1的结合的约10％，如例如通过RIA测量的。在某些实施方案中，抗PD-1抗体结合在来自不同物种的PD-1间保守的PD-1表位。
如本文中使用的，“PD-L1结合拮抗剂”是降低，阻断，抑制，消除或干扰源自PD-L1与一种或多种其结合配偶，诸如PD-1和/或B7-1的相互作用的信号转导的分子。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1结合其结合配偶的分子。在一个具体方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和/或B7-1的结合。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂包括降低，阻断，抑制，消除或干扰源自PD-L1与一种或多种其结合配偶，诸如PD-1和/或B7-1的相互作用的信号转导的抗PD-L1抗体和其抗原结合片段，免疫粘附素，融合蛋白，寡肽，小分子拮抗剂，多核苷酸拮抗剂，和其它分子。在一个实施方案中，PD-L1结合拮抗剂降低由或经由T淋巴细胞和其它细胞上表达的介导经由PD-1或PD-L1的信号传导的细胞表面蛋白质介导的负信号，从而使得功能障碍性T细胞不太功能障碍性。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一个具体方面，抗PD-L1抗体是YW243.55.S70。在另一个具体方面，抗PD-L1抗体是MDX-1105。在仍有另一个具体方面，抗PD-L1抗体是MEDI4736(度伐单抗)。在仍有另一个具体方面，抗PD-L1抗体是MSB0010718C(阿维单抗)。在仍有另一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文中描述的阿特珠单抗(MPDL3280A)。
如本文中使用的，“PD-1结合拮抗剂”是降低，阻断，抑制，消除或干扰源自PD-1与一种或多种其结合配偶，诸如PD-L1和/或PD-L2的相互作用的信号转导的分子。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1对其结合配偶的结合的分子。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和/或PD-L2的结合。例如，PD-1结合拮抗剂包括降低，阻断，抑制，消除或干扰源自PD-1与PD-L1和/或PD-L2的相互作用的信号转导的抗PD-1抗体和其抗原结合片段，免疫粘附素，融合蛋白，寡肽，小分子拮抗剂，多核苷酸拮抗剂，和其它分子。在一个实施方案中，PD-1结合拮抗剂降低由或经由T淋巴细胞和其它细胞上表达的介导经由PD-L1或PD-1的信号传导的细胞表面蛋白质介导的负信号，从而使得功能障碍性T细胞不太功能障碍性。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是MDX-1106(尼鲁单抗)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是MK-3475(派姆单抗)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是CT-011(匹迪单抗)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是MEDI-0680(AMP-514)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是PDR001。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是REGN2810。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是BGB-108。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是AMP-224。
“个体响应/应答/反应”或“响应/应答/反应”可使用指示对个体的益处的任何终点来评估，包括但不限于：一定程度地抑制疾病进展(例如癌症进展)，包括减缓和完全阻滞；缩小肿瘤尺寸；抑制(即减轻，减缓，或完全终止)癌细胞浸润入邻近外周器官和/或组织中；抑制(即减轻，减缓，或完全终止)转移；一定程度地减轻与疾病或病症(例如癌症)有关的一种或多种症状；存活(包括总体存活和无进展存活)的长度延长或延伸；和/或治疗后给定时间点时的死亡率降低。
患者对用药物的治疗的“有效响应”或“响应性”和类似用语指对处于疾病或病症(诸如癌症)风险或罹患疾病或病症(诸如癌症)的患者给予的临床或治疗益处。在一个实施方案中，此类益处包括下述任一项或多项：延长存活(包括总体存活和无进展存活)；导致客观响应(包括完全响应或部分响应)；或改善癌症的症状或体征。在一个实施方案中，使用生物标志物(例如表2中列出的生物标志物)来鉴定预测具有相对于不表达该生物标志物的患者升高的可能性对用药物的治疗(例如包含VEGF拮抗剂，例如抗VEGF抗体的治疗)响应性的患者。在一个实施方案中，使用生物标志物(例如肿瘤浸润性免疫细胞中的CD8A表达，例如如使用IHC测定的)来鉴定预测具有相对于不以相同水平表达该生物标志物的患者升高的可能性对用药物(例如抗VEGF抗体)的治疗响应性的患者。在一个实施方案中，使用生物标志物的存在来鉴定相对于不存在该生物标志物的患者更有可能响应用药物的治疗的患者。在另一个实施方案中，使用生物标志物的存在来确定患者会具有相对于不存在该生物标志物的患者升高的可能性受益于用药物的治疗。
“客观响应”指可测量的响应，包括完全响应(CR)或部分响应(PR)。在一些实施方案中，“客观响应率(ORR)”指完全响应(CR)率和部分响应(PR)率的和。
“完全响应”或“CR”旨在癌症的所有体征响应治疗而消失(例如所有靶损害消失)。这并不总是意味着癌症已经治愈。
如本文中使用的，“部分响应”或“PR”指一处或多处肿瘤或损害的大小或身体中癌症的程度响应治疗而减小。例如，在一些实施方案中，PR指以基线SLD作为参照，靶损害的最长直径和(SLD)缩小至少30％。
“持久响应”指在停止处理之后在降低肿瘤生长方面的持久效果。例如，与施用阶段开始时的大小相比，肿瘤大小可以保持为相同或更小。在一些实施方案中，持久响应具有与治疗持续时间至少相同的持续时间，治疗持续时间的至少1.5倍，2.0倍，2.5倍，或3.0倍长度，或更长。
如本文中使用的，“稳定的疾病”或“SD”指以自治疗开始的最小SLD作为参照，既没有足够的靶损害收缩以符合PR，也没有足够的增大以符合PD。
如本文中使用的，“进展性疾病”或“PD”指以自治疗开始记录的最小SLD作为参照，靶损害的SLD的至少20％增加或一种或多种新损害的存在。
术语“存活”指患者仍然活着，而且包括总体存活以及无进展存活。
短语“无进展存活”在本发明的语境中指治疗期间和之后，依照主治医师或调查人员的评估，患者的疾病没有变坏，即没有进展的时间长度。如技术人员会领会的，若与类似情况的患者的对照组的平均或均值无进展存活时间相比，患者经历更长的疾病没有进展的时间长度，则患者的无进展存活得到改善或增强。
如本文中使用的，“总体存活”(OS)指一组中在特定持续时间之后有可能活着的个体的百分比。
“延长存活”意指相对于未治疗的患者(即相对于未用药物治疗的患者)，或相对于不以指定水平表达生物标志物的患者，和/或相对于用已批准的抗肿瘤剂(例如抗VEGF抗体)治疗的患者，延长所治疗的患者中的总体或无进展存活。
术语“益处”以最广义使用且指任何期望的效果，而且具体包括如本文中定义的临床益处。可通过评估各种终点来测量临床益处，例如一定程度地抑制疾病进展，包括减缓和完全阻滞；疾病事件和/或症状数目的减少；缩小损害尺寸；抑制(即减轻，减缓，或完全终止)疾病细胞浸润入邻近外周器官和/或组织中；抑制(即减轻，减缓，或完全终止)疾病扩散；降低自身免疫应答，其可以但不必导致疾病损害的消退或消除；一定程度地减轻与病症有关的一种或多种症状；治疗后无疾病呈现，例如无进展存活的长度延长；总体存活延长；响应率更高；和/或在治疗后给定时间点时的死亡率降低。
III.方法
在一个方面，本发明部分基于下述出乎意料的发现，即一种或多种免疫学生物标志物(例如CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，SLAMF7，MHC-I，CX3CR1，CCL2，CCL5，CCR5，CCR7，CX3CL1)的表达水平中的变化和/或免疫细胞(例如CD8+Teff细胞)的肿瘤浸润与患者对包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的响应有关。在某些实施方案中，提供依照此类生物标志物的表达来监测患者对治疗的响应的方法。在其它实施方案中，提供依照此类生物标志物的表达水平或数目来治疗的方法。在一些实施方案中，提供鉴定有可能受益于包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法的癌症患者的方法。在一些实施方案中，提供为癌症患者选择包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法的方法。本发明还提供用于治疗具有癌症的患者的方法。在一些情况中，本发明的方法包括基于本发明的生物标志物的表达水平对该患者施用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括与该VEGF拮抗剂组合施用第二治疗剂，例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1拮抗剂，例如阿特珠单抗)。
A.监测对治疗的响应，诊断，预后，和患者选择的方法
本发明涉及与对VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的响应有关联的癌症(例如肾癌)的生物标志物(例如免疫学生物标志物)的鉴定，选择，和用途。在这点上，本发明涉及本发明的生物标志物中一种或多种相对于该一种或多种生物标志物的参照水平而言的表达概况鉴定对包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法敏感性或响应性的患者的用途。在一些情况中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的施用基于一种或多种生物标志物的表达水平相对于参照水平的测定和/或比较。
本发明提供监测具有癌症(例如肾癌)的患者对用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的治疗的响应的方法，牵涉测定自该患者获得的生物学样品中一种或多种免疫学生物标志物的表达水平并与参照水平比较该样品中该一种或多种生物标志物的表达水平，由此监测该患者对用该VEGF拮抗剂的治疗的响应。在一些实施方案中，该表达水平相对于该参照水平升高。例示性免疫学生物标志物的列表在下文表2中列出。在一些实施方案中，该方法牵涉基于下文表2中列出的生物标志物的表达水平为该患者选择VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)。
表2：例示性免疫学生物标志物
在其它实施方案中，本发明提供一种鉴定有可能受益于用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的治疗的具有癌症(例如肾癌)的患者的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中一种或多种免疫学生物标志物的表达水平并与参照水平比较该样品中该一种或多种生物标志物的表达水平，由此将该患者鉴定为有可能受益于用该VEGF拮抗剂的治疗。在一些实施方案中，该生物学样品中该一种或多种免疫学生物标志物的表达水平相对于该参照水平中的变化(例如升高或降低)将该患者鉴定为有可能受益于用该VEGF拮抗剂的治疗的。在一些实施方案中，该免疫学生物标志物在表2中列出。在其它实施方案中，该免疫学生物标志物是MHC-I。
在另一个实施方案中，本发明提供一种诊断或预后癌症(例如肾癌)的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中一种或多种免疫学生物标志物的表达水平并与参照水平比较该样品中该一种或多种生物标志物的表达水平，由此诊断或预后该癌症。在一些实施方案中，该生物学样品中该一种或多种免疫学生物标志物的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)诊断或预后该患者。在一些实施方案中，该免疫学生物标志物在表2中列出。在其它实施方案中，该免疫学生物标志物是MHC-I。
在还有另一个实施方案中，本发明提供一种确定具有癌症(例如肾癌)的患者是否有可能响应用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中一种或多种免疫学生物标志物的表达水平并与参照水平比较该样品中该一种或多种生物标志物的表达水平，由此将该患者鉴定为有可能响应该抗癌症疗法的。在一些实施方案中，该生物学样品中该一种或多种免疫学生物标志物的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)将该患者鉴定为有可能响应用该抗癌症疗法的治疗。在一些实施方案中，该免疫学生物标志物在表2中列出。在其它实施方案中，该免疫学生物标志物是MHC-I。
在其它实施方案中，本发明提供一种优化包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗功效的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中一种或多种免疫学生物标志物的表达水平并与参照水平比较该样品中该一种或多种生物标志物的表达水平，其中该生物学样品中该一种或多种免疫学生物标志物的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)鉴定有可能响应该抗癌症疗法的患者。在一些实施方案中，该免疫学生物标志物在表2中列出。在其它实施方案中，该免疫学生物标志物是MHC-I。
在仍有又一些实施方案中，本发明提供一种为具有癌症(例如肾癌)的患者选择包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中一种或多种免疫学生物标志物的表达水平，与参照水平比较该生物学样品中该一种或多种生物标志物的表达水平，并基于该一种或多种免疫学生物标志物的表达水平为该患者选择包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法。在一些实施方案中，利用该生物学样品中该一种或多种免疫学生物标志物的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)来选择该抗癌症疗法。在一些实施方案中，该免疫学生物标志物在表2中列出。在其它实施方案中，该免疫学生物标志物是MHC-I。
在一些实施方案中，本发明提供一种监测具有癌症的患者对用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的治疗的响应的方法，其牵涉在施用该抗癌症疗法后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，并与参照水平比较CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，由此监测该患者对用该VEGF拮抗剂的治疗的响应。
在其它实施方案中，本发明提供一种鉴定有可能受益于用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的治疗的具有癌症(例如肾癌)的患者的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，并与参照水平比较该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种的表达水平，由此将该患者鉴定为有可能受益于用该VEGF拮抗剂的治疗。在一些实施方案中，该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)将该患者鉴定为有可能受益于用该VEGF拮抗剂的治疗。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在另一个实施方案中，本发明提供一种诊断或预后癌症(例如肾癌)的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，并与参照水平比较该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种的表达水平，由此诊断或预后该癌症。在一些实施方案中，该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)诊断或预后该患者。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在还有另一个实施方案中，本发明提供一种确定具有癌症(例如肾癌)的患者是否有可能响应用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，并与参照水平比较该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种的表达水平，由此将该患者鉴定为有可能响应该抗癌症疗法的。在一些实施方案中，该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)将该患者鉴定为有可能响应用该抗癌症疗法的治疗。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在其它实施方案中，本发明提供一种优化包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗功效的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，并与参照水平比较该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种的表达水平，其中该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)鉴定有可能响应该抗癌症疗法的患者。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在仍有又一些实施方案中，本发明提供一种为具有癌症(例如肾癌)的患者选择包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，与参照水平比较该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种的表达水平，并基于该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种相对于该参照水平的表达水平为该患者选择包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法。在一些实施方案中，利用该生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)来选择该抗癌症疗法。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在任何前述方法的一些实施方案中，CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，或7种)的表达水平与肿瘤微环境中CD8+T效应(Teff)细胞的存在有关联。在一些实施方案中，GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，或3种)的表达水平与肿瘤微环境中天然杀伤(NK)细胞的存在有关联。检测CD8+Teff细胞和/或NK细胞的存在的方法在本文中描述且包括例如对肿瘤样品细胞的流式细胞术分析(例如肿瘤活检中的肿瘤浸润性免疫细胞的分析)。在某些实施方案中，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种(例如1，2，3，或4种)的表达水平与肿瘤微环境中Th1趋化因子的存在有关联。用于检测肿瘤微环境中Th1趋化因子的存在的方法在本文中描述且包括例如对肿瘤样品(例如肿瘤活检裂解物)的酶联免疫吸附测定法(“ELISA”)分析。
在任何前述方法的某些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，或7种)的表达水平。在一些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中至少2，至少3，至少4，至少5，或至少6种的表达水平。在一些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，和PRF1的表达水平。在一些实施方案中，CD8A的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CD8A的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，CD8B的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CD8B的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，EOMES的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，EOMES的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，GZMA的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，GZMA的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，GZMB的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，GZMB的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，IFNG的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，IFNG的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，PRF1的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，PRF1的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。
在任何前述方法的某些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种(例如1，2，3，或4种)的表达水平。在一些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中至少2或至少3种的表达水平。在一些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，和CXCL13的表达水平。在一些实施方案中，CXCL9的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CXCL9的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，CXCL10的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CXCL10的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，CXCL11的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CXCL11的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，CXCL13的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CXCL13的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。
在任何前述方法的一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，或3种)的表达水平。在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中至少2(例如2或3)种的表达水平。在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，和SLAMF7的表达水平。在一些实施方案中，GZMB的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约9倍之间，介于约3倍和约8倍之间，介于约4倍和约7倍之间，介于约5倍和约6倍之间)。在一些实施方案中，GZMB的水平与参照水平相比升高约9倍或更大(例如约9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，KLRK1的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约9倍之间，介于约3倍和约8倍之间，介于约4倍和约7倍之间，介于约5倍和约6倍之间)。在一些实施方案中，KLRK1的水平与参照水平相比升高约9倍或更大(例如约9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，SLAMF7的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约9倍之间，介于约3倍和约8倍之间，介于约4倍和约7倍之间，介于约5倍和约6倍之间)。在一些实施方案中，SLAMF7的水平与参照水平相比升高约9倍或更大(例如约9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。
在任何前述方法的一些实施方案中，自该患者获得的生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13)的表达水平相对于该参照水平升高(例如约1.1倍，约1.2倍，约1.3倍，约1.4倍，约1.5倍，约1.6倍，约1.7倍，约1.8倍，约1.9倍，约2倍，约2.1倍，约2.2倍，约2.3倍，约2.4倍，约2.5倍，约3倍，约3.5倍，约4倍，约4.5倍，约5倍，约5.5倍，约6倍，约6.5倍，约7倍，约7.5倍，约8倍，约8.5倍，约9倍，约9.5倍，约10倍，约11倍，约12倍，约13倍，约14倍，约15倍，约16倍，约17倍，约18倍，约19倍，约20倍，约30倍，约40倍，约50倍，约100倍，约500倍，约1,000倍或更大)。
在任何前述方法的一些实施方案中，参照水平是在施用该抗癌症疗法前(例如若干分钟，小时，天，周(例如1，2，3，4，5，6，或7周)，月，或年)获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因(例如CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7)的表达水平。在某些实施方案中，参照水平是参照群体中该一种或多种基因的表达水平。在某些实施方案中，该参照水平是该一种或多种基因的预指派表达水平。在一些实施方案中，该参照水平是在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该抗癌症疗法后。在其它实施方案中，该参照水平是在一个在后时间点(例如在施用VEGF拮抗剂之后若干分钟，小时，天，周，月，或年)时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平。
在另一个方面，本发明提供一种监测具有癌症的患者对用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的治疗的响应的方法，其牵涉测定在施用该包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法之后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平并与参照水平比较该生物学样品中MHC-I的表达水平，由此监测该患者对用该包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗的响应。在一些实施方案中，自该患者获得的生物学样品中的表达水平相对于该参照水平升高。
在其它实施方案中，本发明提供一种鉴定有可能受益于用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的治疗的具有癌症(例如肾癌)的患者的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，并与参照水平比较该生物学样品中MHC-I的表达水平，由此将该患者鉴定为有可能受益于用该VEGF拮抗剂的治疗。在一些实施方案中，该生物学样品中MHC-I的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)将该患者鉴定为有可能受益于用该VEGF拮抗剂的治疗。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在另一个实施方案中，本发明提供一种诊断或预后癌症(例如肾癌)的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，并与参照水平比较该患者样品中MHC-I的表达水平，由此诊断或预后该癌症。在一些实施方案中，该生物学样品中MHC-I的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)诊断或预后该患者。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在还有另一个实施方案中，本发明提供一种确定具有癌症(例如肾癌)的患者是否有可能响应用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，并与参照水平比较该患者样品中MHC-I的表达水平，由此将该患者鉴定为有可能响应该抗癌症疗法的。在一些实施方案中，该生物学样品中MHC-I的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)将该患者鉴定为有可能响应用该抗癌症疗法的治疗。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在其它实施方案中，本发明提供一种优化包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗功效的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，并与参照水平比较该患者样品中MHC-I的表达水平，其中该生物学样品中MHC-I的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)鉴定有可能响应该抗癌症疗法的患者。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在仍有又一些实施方案中，本发明提供为具有癌症(例如肾癌)的患者选择包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，与参照水平比较该生物学样品中MHC-I的表达水平，并基于该患者样品中MHC-I相对于该参照水平的表达水平为该患者选择包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法。在一些实施方案中，利用该生物学样品中MHC-I的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)来选择该抗癌症疗法。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在任何前述方法的一些实施方案中，通过本文中描述的检测方法任一，通过测定任何人白细胞抗原I类(HLA-I)基因或假基因(例如HLA-A，HLA-B，HLA-C，HLA-E，HLA-F，HLA-G，HLA-K，或HLA-L)或其单体型的表达水平来评估MHC-I的表达水平。在一些实施方案中，通过HLA-I组织相容性抗原α链，或MHC-Iα链的蛋白质表达来评估MHC-I的表达水平。在一些实施方案中，通过免疫组织化学来测定MHC-I的表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中，该参照水平是在施用该抗癌症疗法前(例如若干分钟，小时，天，周(例如1，2，3，4，5，6，或7周)，月，或年)获得的来自该患者的生物学样品中MHC-I的表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是参照群体中MHC-I的表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是MHC-I的预指派表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，其中该在先时间点在施用该抗癌症疗法后。在其它实施方案中，该参照水平是在一个在后时间点(例如在施用VEGF拮抗剂之后若干分钟，小时，天，周，月，或年)时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中，自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平相对于该参照水平升高(例如约1.1倍，约1.2倍，约1.3倍，约1.4倍，约1.5倍，约1.6倍，约1.7倍，约1.8倍，约1.9倍，约2倍，约2.1倍，约2.2倍，约2.3倍，约2.4倍，约2.5倍，约3倍，约3.5倍，约4倍，约4.5倍，约5倍，约5.5倍，约6倍，约6.5倍，约7倍，约7.5倍，约8倍，约8.5倍，约9倍，约9.5倍，约10倍，约11倍，约12倍，约13倍，约14倍，约15倍，约16倍，约17倍，约18倍，约19倍，约20倍，约30倍，约40倍，约50倍，约100倍，约500倍，约1,000倍或更大)。在一些实施方案中，自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平升高至少约2倍。
在又一个方面，本发明提供一种监测具有癌症的患者对用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的治疗的响应的方法，其牵涉测定在施用该抗癌症疗法后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中下列基因中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平：CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10并与参照水平比较该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平，由此监测该患者对用该包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗的响应。在一些实施方案中，自该患者获得的生物学样品中的表达水平相对于该参照水平升高。
在其它实施方案中，本发明提供一种鉴定有可能受益于用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的治疗的具有癌症(例如肾癌)的患者的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中下列基因中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平：CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10，并与参照水平比较生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平，由此将该患者鉴定为有可能受益于用该VEGF拮抗剂的治疗。在一些实施方案中，该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)将该患者鉴定为有可能受益于用该VEGF拮抗剂的治疗。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在另一个实施方案中，本发明提供一种诊断或预后癌症(例如肾癌)的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中下列基因中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平：CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10，并与参照水平比较该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平，由此诊断或预后该癌症。在一些实施方案中，该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)诊断或预后该患者。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在还有另一个实施方案中，本发明提供一种确定具有癌症(例如肾癌)的患者是否有可能响应用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗的方法，其牵涉测定自该患者获得的生物学样品中下列基因中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平：CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10，并与参照水平比较该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平，由此将该患者鉴定为有可能响应该抗癌症疗法的。在一些实施方案中，该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)将该患者鉴定为有可能响应用该抗癌症疗法的治疗。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在其它实施方案中，本发明提供一种优化包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的治疗功效的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中下列基因中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平：CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10，并与参照水平比较该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平，其中该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)鉴定有可能响应该抗癌症疗法的患者。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在仍有又一些实施方案中，本发明提供为具有癌症(例如肾癌)的患者选择包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中下列基因中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平：CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10，与参照水平比较该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平，并基于该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种相对于该参照水平的表达水平为该患者选择包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法。在一些实施方案中，利用该生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)来选择该抗癌症疗法。在一些实施方案中，该变化是升高。在其它实施方案中，该变化是降低。
在任何前述方法的一些实施方案中，测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中至少两种，至少三种，至少四种，或至少五种的表达水平。在一些实施方案中，测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和CXCL10的表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中，该参照水平是在施用该抗癌症疗法前(例如若干分钟，小时，天，周，月，或年)获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因(例如CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和/或CXCL10)的表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是参照群体中该一种或多种基因的表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是该一种或多种基因的预指派表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法后。在其它实施方案中，该参照水平是在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中，自该患者获得的生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和/或CXCL10中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平相对于该参照水平升高(例如约1.1倍，约1.2倍，约1.3倍，约1.4倍，约1.5倍，约1.6倍，约1.7倍，约1.8倍，约1.9倍，约2倍，约2.1倍，约2.2倍，约2.3倍，约2.4倍，约2.5倍，约3倍，约3.5倍，约4倍，约4.5倍，约5倍，约5.5倍，约6倍，约6.5倍，约7倍，约7.5倍，约8倍，约8.5倍，约9倍，约9.5倍，约10倍，约11倍，约12倍，约13倍，约14倍，约15倍，约16倍，约17倍，约18倍，约19倍，约20倍，约30倍，约40倍，约50倍，约100倍，约500倍，约1,000倍或更大)。
在上文描述的任何方法的一些实施方案中，在施用该包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法后约1至约30天(例如约15至约18天，例如15，16，17，或18天)获得来自该患者的生物学样品。在一些实施方案中，在施用该包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的抗癌症疗法后超过18天(例如19天，20天，21天，22天，23天，24天，25天，26天，27天，28天，5周，6周，7周，8周，或更久)获得来自该患者的生物学样品。
在任何前述方法的某些实施方案中，本发明的方法进一步牵涉将另外的一剂或多剂(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，或更多剂)VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)施用于其MHC-I或该一种或多种基因(例如CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，SLAMF7，CX3CR1，CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，和/或CCR7)的表达水平相对于该参照水平升高的患者的步骤。
可以基于本领域知道的任何合适标准来定性和/或定量评估上文描述的任何生物标志物的存在和/或表达水平，包括但不限于DNA，mRNA，cDNA，蛋白质，蛋白质片段，和/或基因拷贝数。用于测量此类生物标志物的方法是本领域知道的且技术人员了解的，包括但不限于IHC，Western印迹分析，免疫沉淀，分子结合测定法，ELISA，ELIFA，荧光激活细胞分选(“FACS”)，MassARRAY，蛋白质组学，基于血液的定量测定法(例如血清ELISA)，生化酶活性测定法，原位杂交，荧光原位杂交(FISH)，Southern分析，Northern分析，全基因组测序，聚合酶链式反应(PCR)包括定量实时PCR(qRT-PCR)和其它扩增型检测方法，诸如例如分支DNA，SISBA，TMA等等，RNA-Seq，微阵列分析，基因表达概况分析，全基因组测序(WGS)，和/或基因表达系列分析(“SAGE”)，以及能通过蛋白质，基因，和/或组织阵列分析实施的极其多种测定法任一。用于评价基因和基因产物的状态的典型方案可见于例如Ausubel etal.eds.(Current Protocols In Molecular Biology,1995),Units 2(NorthernBlotting),4(Southern Blotting),15(Immunoblotting)and 18(PCR Analysis)。还可使用多路免疫测定法诸如自Rules Based Medicine或Meso Scale Discovery(“MSD”)可得的那些。
在任何前述方法中，生物标志物的表达水平可以是蛋白质表达水平。在某些实施方案中，该方法包含在允许结合该生物标志物的条件下使该生物学样品接触特异性结合本文中描述的生物标志物的抗体，并检测是否在该抗体和生物标志物之间形成复合物。此类方法可以是体外或体内方法。在一些情况中，使用抗体来选择对于用VEGF拮抗剂的疗法适格的患者，例如用于选择个体的生物标志物。可使用本领域知道的或本文中提供的测量蛋白质表达水平的任何方法。例如，在一些实施方案中，使用选自由流式细胞术(例如荧光激活细胞分选(FACSTM))，Western印迹，ELISA，免疫沉淀，IHC，免疫荧光，放射免疫测定法，点印迹，免疫检测方法，HPLC，表面等离振子共振，光谱术，质谱术，和HPLC组成的组的方法测定生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中，在肿瘤浸润性免疫细胞中测定该生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中，在肿瘤细胞中测定该生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中，在肿瘤浸润性免疫细胞中和/或在肿瘤细胞中测定该生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中，在外周血单个核细胞(PBMC)中测定该生物标志物的蛋白质表达水平。
在某些实施方案中，使用IHC和染色方案来检查样品中生物标志物蛋白质的存在和/或表达水平/量。组织切片的IHC染色已经显示是一种测定或检测样品中蛋白质的存在的可靠方法。在任何方法，测定法和/或试剂盒的一些实施方案中，该生物标志物是下列基因的蛋白质表达产物中的一种或多种：CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，SLAMF7，CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和MHC-I。在一个实施方案中，使用下述方法测定生物标志物的表达水平，其包含：(a)用抗体对样品(诸如自患者获得的肿瘤样品)实施IHC分析；并(b)测定该样品中生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，相对于参照测定IHC染色强度。在一些实施方案中，该参照是参照值。在一些实施方案中，该参照是参照样品(例如对照细胞系染色样品，来自非癌症患者的组织样品，或测定为对于感兴趣生物标志物呈阴性的肿瘤样品)。
在任何方法的一些实施方案中，使用诊断性抗体(即一抗)通过IHC检测该生物标志物。在一些实施方案中，该诊断性抗体特异性结合人抗原。在一些实施方案中，该诊断性抗体是非人抗体。在一些实施方案中，该诊断性抗体是大鼠，小鼠，或家兔抗体。在一些实施方案中，该诊断性抗体是家兔抗体。在一些实施方案中，该诊断性抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中，该诊断性抗体是直接标记的。在其它实施方案中，该诊断性抗体是间接标记的。
IHC可以与另外的技术组合实施，诸如形态学染色和/或原位杂交(例如FISH)。有IHC的两种通用方法；直接和间接测定法。依照第一种测定法，直接测定抗体对靶抗原的结合。这种直接测定法使用经标记试剂，诸如发荧光的标签或酶标记的一抗，其能在没有别的抗体相互作用的情况下显现。在一种典型的间接测定法中，未缀合的一抗结合抗原，然后经标记的二抗结合一抗。在二抗缀合酶标记物的情况下，添加显色或荧光底物以提供抗原的显现。因为数个二抗可以与一抗上的不同表位反应，所以发生信号放大。
用于IHC的一抗和/或二抗典型地会用可检测模块标记。有众多标记物，其一般可分组成下述范畴：(a)放射同位素，诸如35S，14C，1251，3H，和131I；(b)胶体金颗粒；(c)发荧光标记物，包括但不限于稀土螯合物(铕螯合物)，德克萨斯红，罗丹明，荧光素，丹酰，丽丝胺，伞形酮，藻红蛋白，藻蓝蛋白，或商品化荧光团，诸如SPECTRUM ORANGE7和SPECTRUM GREEN7和/或上述任一种或多种的衍生物；(d)有各种酶-底物标记物且美国专利号4,275,149提供这些中的一些的综述。酶标记物的例子包括萤光素酶(例如萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶；见例如美国专利号4,737,456)，萤光素，2,3-二氢酞嗪二酮，苹果酸脱氢酶，脲酶，过氧化物酶诸如辣根过氧化物酶(HRPO)，碱性磷酸酶，β-半乳糖苷酶，葡糖淀粉酶，溶菌酶，糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶，半乳糖氧化酶，和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)，杂环氧化酶(诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶)，乳过氧化物酶，微过氧化物酶，等等。
酶-底物组合的例子包括例如辣根过氧化物酶(HRPO)及作为底物的过氧化氢；碱性磷酸酶(AP)及作为显色底物的对硝基苯基磷酸酯；和β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)及显色底物(例如对硝基苯基-β-D-半乳糖苷)或荧光底物(例如4-甲基伞形基-β-D-半乳糖苷)。关于这些的一般性综述，见例如美国专利号4,275,149和4,318,980。
可例如手工或使用自动化染色仪(例如Ventana BenchMark XT或BenchmarkULTRA仪器)制备标本。可将如此制备的标本封固并盖上盖片。然后确定载片评价，例如使用显微镜，并可采用本领域例行使用的染色强度标准。在一个实施方案中，要理解的是当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时，一般在肿瘤细胞和/或组织中测定或评估染色(与样品中可存在的基质或周围组织相对)。在一些实施方案中，理解的是当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时，染色包括肿瘤浸润性免疫细胞中的测定或评估，包括肿瘤内或肿瘤周围的免疫细胞。在一些实施方案中，在>0％的样品中，在至少1％的样品中，在至少5％的样品中，在至少10％的样品中，在至少15％的样品中，在至少15％的样品中，在至少20％的样品中，在至少25％的样品中，在至少30％的样品中，在至少35％的样品中，在至少40％的样品中，在至少45％的样品中，在至少50％的样品中，在至少55％的样品中，在至少60％的样品中，在至少65％的样品中，在至少70％的样品中，在至少75％的样品中，在至少80％的样品中，在至少85％的样品中，在至少90％的样品中，在至少95％的样品中，或更多，通过IHC检测生物标志物的存在。可使用本领域知道的任何方法对样品打分，例如由病理学家或通过自动化图像分析。
在任何方法的其它实施方案中，生物标志物的表达水平可以是核酸表达水平(例如DNA表达水平或RNA表达水平(例如mRNA表达水平))。可使用测定核酸表达水平的任何合适方法。在一些实施方案中，使用qPCR，rtPCR，RNA-seq，多路qPCR或RT-qPCR，微阵列分析，基因表达系列分析(SAGE)，MassARRAY技术，原位杂交(例如FISH)，或其组合测定核酸表达水平。
用于评价细胞中的mRNA的方法是公知的且包括例如基因表达系列分析(SAGE)，全基因组测序(WGS)，使用互补DNA探针的杂交测定法(诸如使用对一种或多种基因特异性的经标记核糖核酸探针的原位杂交，Northern印迹和相关技术)和各种核酸扩增测定法(诸如使用对一种或多种基因特异性的互补引物的RT-PCR(例如qRT-PCR)，和其它扩增型检测方法，诸如例如分支DNA，SISBA，TMA等等)。另外，此类方法可包括一个或多个容许测定生物学样品中靶mRNA的水平的步骤(例如通过同时检查“持家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平)。任选地，可测定所扩增的靶cDNA的序列。任选方法包括通过微阵列技术检查或检测组织或细胞样品中的mRNA，诸如靶mRNA的方案。使用核酸微阵列，将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品逆转录并标记以生成cDNA探针。然后将探针杂交至在固体支持物上固定化的核酸的阵列。阵列配置成使得阵列的每一个成员的序列和位置是知道的。例如，可将其表达与升高或降低的包含VEGF拮抗剂的治疗的临床益处有关联的基因的选集在固体支持物上成阵列。经标记探针与特定阵列成员的杂交指示衍生探针的样品表达那种基因。
在某些实施方案中，第一样品中生物标志物的存在和/或表达水平/量与第二样品中的存在/缺失和/或表达水平/量相比升高或增多。在某些实施方案中，第一样品中生物标志物的存在/缺失和/或表达水平/量与第二样品中的存在和/或表达水平/量相比降低或减少。在某些实施方案中，第二样品是参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织。
在任何方法的一些实施方案中，在开始抗癌症疗法，例如用于治疗癌症或管理或改善其症状的疗法之后收集自该患者获得的样品。因此，在一些实施方案中，在施用化疗药或开始化疗方案之后收集该样品。
在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是在与获得测试样品不同的一个或多个时间点获得的来自同一患者或个体的一份样品或组合的多份样品。例如，在一些实施方案中，自同一患者或个体在比获得测试样品更早的时间点时获得参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织。如果在癌症的初始诊断期间获得参照样品且稍后当癌症变成转移性时获得测试样品的话，此类参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织可能是有用的。
在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是来自并非患者的一个或多个健康个体的组合的多份样品。在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是来自并非患者或个体的具有疾病或病症(例如癌症，例如肾癌)的一个或多个个体的组合的多份样品。在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是来自并非患者的一个或多个个体的来自正常组织的合并的RNA样品或合并的血浆或血清样品。在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是来自并非患者的具有疾病或病症(例如癌症)的一个或多个个体的来自肿瘤组织的合并的RNA样品或合并的血浆或血清样品。
在任何前述方法的一些实施方案中，表达或数目升高或增多指生物标志物(例如蛋白质，核酸(例如基因或mRNA)，或细胞)的水平或数目与参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织相比总体升高或增多约10％，20％，30％，40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％，96％，97％，98％，99％或更大任一，通过诸如本文中描述的和/或本领域知道的那些方法检测。在某些实施方案中，表达或数目升高或增多指样品中生物标志物的表达水平/量升高或增多，其中该升高或增多是参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.1倍，1.2倍，1.3倍，1.4倍，1.5倍，1.6倍，1.7倍，1.8倍，1.9倍，2倍，2.1倍，2.2倍，2.3倍，2.4倍，2.5倍，2.6倍，2.7倍，2.8倍，2.9倍，3倍，3.5倍，4倍，4.5倍，5倍，6倍，7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，30倍，40倍，50倍，100倍，500倍，或1000倍任一。在一些实施方案中，表达或数目升高或增多指与参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，对照组织，或内部对照(例如持家基因)相比总体升高或增多大于约1.1倍，约1.2倍，约1.3倍，约1.4倍，约1.5倍，约1.6倍，约1.7倍，约1.8倍，约1.9倍，约2倍，约2.1倍，约2.2倍，约2.3倍，约2.4倍，约2.5倍，约2.6倍，约2.7倍，约2.8倍，约2.9倍，约3倍，约3.5倍，约4倍，约4.5倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，约15倍，约20倍，约30倍，约40倍，约50倍，约100倍，约500倍，约1,000倍或更大。
在任何前述方法的一些实施方案中，表达或数目降低或减少指生物标志物(例如蛋白质，核酸(例如基因或mRNA)，或细胞)与参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织相比总体降低或减少约10％，20％，30％，40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％，96％，97％，98％，99％或更大任一，通过本领域知道的标准方法诸如本文中描述的那些检测。在某些实施方案中，表达或数目降低或减少指样品中生物标志物的表达水平/量降低或减少，其中该降低是参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织中的相应生物标志物的表达水平/量的至少约0.9倍，0.8倍，0.7倍，0.6倍，0.5倍，0.4倍，0.3倍，0.2倍，0.1倍，0.05倍，或0.01倍任一。
在任何前述方法的一些实施方案中，在组织样品，原代或培养的细胞或细胞系，细胞上清液，细胞裂解物，血小板，血清，血浆，玻璃体液，淋巴液，滑液，滤泡液，精液，羊水，乳，全血，血液衍生的细胞，尿液，脑脊髓液，唾液，痰，泪，汗液，粘液，肿瘤裂解物，和组织培养液，组织提取物诸如匀浆化组织，肿瘤组织，细胞提取物，或其任何组合中检测生物标志物的表达水平或数目。
例如，在任何前述方法的一些实施方案中，使用已知技术(例如流式细胞术或IHC)在肿瘤浸润性免疫细胞，肿瘤细胞，PBMC，或其组合中检测生物标志物的表达水平。肿瘤浸润性免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞，肿瘤周围免疫细胞或任何其组合，和其它肿瘤基质细胞(例如成纤维细胞)。此类肿瘤浸润性免疫细胞可以是T淋巴细胞(诸如CD8+T淋巴细胞(例如CD8+T效应(Teff)细胞)和/或CD4+T淋巴细胞(例如CD4+Teff细胞)，B淋巴细胞，或其它骨髓谱系细胞，包括粒细胞(嗜中性细胞，嗜曙红细胞，嗜碱性细胞)，单核细胞，巨噬细胞，树突细胞(例如指状树突细胞)，组织细胞，和天然杀伤(NK)细胞。在一些实施方案中，以膜染色，胞质染色，或其组合检测生物标志物的染色。在其它实施方案中，以样品中相对于参照样品缺失或无染色检测生物标志物的缺失。
在一些实施方案中，在开始抗癌症疗法，例如用于治疗癌症或管理或改善其症状的疗法之后收集自该患者获得的样品。因此，在一些实施方案中，在施用化疗药或开始化疗方案之后收集该样品。
在任何前述方法的一些实施方案中，该患者具有癌，淋巴瘤，母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)，肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)，神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤，胃泌素瘤，和胰岛细胞癌)，间皮瘤，施旺细胞瘤(包括听神经瘤)，脑膜瘤，腺癌，黑素瘤，和白血病或淋巴样恶性。在一些实施方案中，该癌症是肾癌(例如肾细胞癌(RCC)，例如转移性RCC)，鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌)，肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC)，非小细胞肺癌(NSCLC)，肺的腺癌，和肺的鳞癌)，腹膜癌，肝细胞癌，胃的癌或胃癌，包括胃肠癌，胰腺癌，成胶质细胞瘤，宫颈癌，卵巢癌，肝癌，肝瘤，乳腺癌(包括转移性乳腺癌)，膀胱癌，结肠癌，直肠癌，结肠直肠癌，子宫内膜或子宫癌，唾液腺癌，前列腺癌，外阴癌，甲状腺癌，肝的癌，肛门癌，阴茎癌，梅克尔细胞癌，蕈样真菌病，睾丸癌，食管癌，胆管肿瘤，头和颈癌，B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞性NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无核裂细胞NHL；贮积病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成髓细胞性白血病；移植后淋巴增殖性病症(PTLD)，与瘢痣病，水肿(诸如与脑瘤有关的)，或梅格斯氏综合征有关的异常血管增殖。在优选实施方案中，该患者具有肾癌(例如RCC，例如mRCC)。该患者可任选具有晚期，顽固性，复发性，化疗抗性，和/或铂抗性形式的该癌症。
在任何前述方法的一些实施方案中，自该患者获得的样品可选自由组织，全血，血浆，血清，和其组合组成的组。在一些实施方案中，该样品是组织样品。在一些实施方案中，该组织样品是肿瘤样品。在一些实施方案中，该肿瘤样品包含肿瘤浸润性免疫细胞，肿瘤细胞，基质细胞，或任何其组合。在任何前述实施方案中，该肿瘤样品可以是福尔马林固定且石蜡包埋的(FFPE)肿瘤样品，存档的肿瘤样品，新鲜的肿瘤样品，或冷冻的肿瘤样品。
在特定实施方案中，在含有或怀疑含有癌细胞的生物学样品中评估生物标志物的表达水平。该样品可以是例如自罹患，怀疑罹患，或诊断有癌症(例如肾癌，特别是肾细胞癌)的患者获得的组织活检或转移性损害。在一些实施方案中，该样品是肾组织的样品，肾肿瘤的活检，已知或怀疑的转移性肾癌损害或切片，或已知或怀疑包含循环中癌细胞，例如肾癌细胞的血液样品，例如外周血样品。该样品可包含癌细胞，即肿瘤细胞，和非癌性细胞(例如淋巴细胞，例如外周淋巴细胞，诸如浸润性T细胞或NK细胞)二者，而且，在某些实施方案中，包含癌性和非癌性细胞二者。在一些实施方案中，该细胞样品是外周CD8+T细胞的样品。获得生物学样品(包括组织切除，活检，和体液，例如血液样品，其包含癌症/肿瘤细胞)的方法是本领域公知的。
B.治疗的方法
本发明提供用于治疗具有癌症的患者的方法。在一些情况中，本发明的方法包括基于本发明的生物标志物的表达水平对该患者施用VEGF拮抗剂。在该方法中可使用本文中描述的(例如如“组合物”或“实施例”节中描述的)或本领域知道的任何VEGF拮抗剂或其它抗癌症剂(诸如PD-L1轴结合拮抗剂)。
在一些情况中，该方法牵涉测定在施用该抗癌症疗法后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中生物标志物(例如免疫学生物标志物，诸如表2中列出的生物标志物)的存在和/或表达水平，与参照水平比较该生物学样品中该基因中一种或多种的表达水平，并如果该表达水平相对于该表达水平升高的话继续将该VEGF拮抗剂施用于该患者。可使用本文中描述的或本领域知道的任何方法来测定或比较基因表达水平。本发明进一步涉及用于改善罹患癌症的患者的无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)的方法，其通过施用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)。可使用本领域知道的和/或本文中描述的任何方法来测定本文中，例如上文A节中和/或工作实施例中描述的任何生物标志物的表达水平或数目。
在一些实施方案中，本发明提供一种用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)治疗具有癌症的患者的方法，其包括在自该患者获得的生物学样品中测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，与参照水平比较CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，并如果其一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平变化(例如升高或降低)的话将该VEGF拮抗剂施用于该患者。在一些实施方案中，如果其一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高的话，将该VEGF拮抗剂施用于该患者。
在其它实施方案中，本发明提供一种用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)治疗具有癌症的患者的方法，其包括在施用该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，并与参照水平比较CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平，并如果其一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高的话，继续将该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)施用于该患者。
在某些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，或7种)的表达水平。在一些实施方案中，CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，或7种)的表达水平与肿瘤微环境中CD8+Teff细胞的存在有关联。在某些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种(1，2，3，或4种)的表达水平。在一些实施方案中，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种(1，2，3，或4种)的表达水平与肿瘤微环境中Th1趋化因子的存在有关联。在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，或3种)的存在。在一些实施方案中，GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，或3种)的存在与肿瘤微环境中天然杀伤(NK)细胞的存在有关联。
在一些实施方案中，参照水平是在施用该抗癌症疗法前(例如若干分钟，小时，天，周(例如1，2，3，4，5，6，或7周)，月，或年)获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平(例如CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7)。在某些实施方案中，参照水平是参照群体中该一种或多种基因的表达水平。在某些实施方案中，该参照水平是该一种或多种基因的预指派表达水平。在一些实施方案中，该参照水平是在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该抗癌症疗法后。在其它实施方案中，该参照水平是在一个在后时间点(例如在施用VEGF拮抗剂之后若干分钟，小时，天，周，月，或年)时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平。
在某些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，或7种)的表达水平。在一些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中至少2，至少3，至少4，至少5，或至少6种的表达水平。在一些实施方案中，测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，和PRF1的表达水平。在一些实施方案中，CD8A的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CD8A的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，CD8B的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CD8B的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，EOMES的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，EOMES的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，GZMA的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，GZMA的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，GZMB的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，GZMB的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，IFNG的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，IFNG的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，PRF1的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，PRF1的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。
在某些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种(例如1，2，3，或4种)的表达水平。在一些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中至少2或至少3种的表达水平。在一些实施方案中，测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，和CXCL13的表达水平。在一些实施方案中，CXCL9的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CXCL9的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，CXCL10的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CXCL10的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，CXCL11的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CXCL11的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，CXCL13的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约7倍之间，介于约3倍和约6倍之间，或介于约4倍和约5倍之间)。在一些实施方案中，CXCL13的水平与参照水平相比升高约7倍或更大(例如约7倍，8倍，9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。
在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，或3种)的表达水平。在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中至少2(例如2或3)种的表达水平。在一些实施方案中，测定GZMB，KLRK1，和SLAMF7的表达水平。在一些实施方案中，GZMB的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约9倍之间，介于约3倍和约8倍之间，介于约4倍和约7倍之间，介于约5倍和约6倍之间)。在一些实施方案中，GZMB的水平与参照水平相比升高约9倍或更大(例如约9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，KLRK1的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约9倍之间，介于约3倍和约8倍之间，介于约4倍和约7倍之间，介于约5倍和约6倍之间)。在一些实施方案中，KLRK1的水平与参照水平相比升高约9倍或更大(例如9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。在一些实施方案中，SLAMF7的水平与参照水平相比升高介于约1倍和约10倍之间(例如约1倍，约2倍，约3倍，约4倍，约5倍，约6倍，约7倍，约8倍，约9倍，约10倍，介于约2倍和约9倍之间，介于约3倍和约8倍之间，介于约4倍和约7倍之间，介于约5倍和约6倍之间)。在一些实施方案中，SLAMF7的水平与参照水平相比升高约9倍或更大(例如9倍，10倍，15倍，20倍，50倍，100倍，1000倍，或更大)。
在一些实施方案中，自该患者获得的生物学样品中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，CXCL13，KLRK1，和/或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平相对于该参照水平升高(例如约1.1倍，约1.2倍，约1.3倍，约1.4倍，约1.5倍，约1.6倍，约1.7倍，约1.8倍，约1.9倍，约2倍，约2.1倍，约2.2倍，约2.3倍，约2.4倍，约2.5倍，约3倍，约3.5倍，约4倍，约4.5倍，约5倍，约5.5倍，约6倍，约6.5倍，约7倍，约7.5倍，约8倍，约8.5倍，约9倍，约9.5倍，约10倍，约11倍，约12倍，约13倍，约14倍，约15倍，约16倍，约17倍，约18倍，约19倍，约20倍，约30倍，约40倍，约50倍，约100倍，约500倍，约1,000倍或更大)。
在另一个方面，本发明提供一种用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)治疗具有癌症(例如肾癌)的患者的方法，该方法牵涉测定自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，比较该生物学样品中MHC-I的表达水平与参照样品中MHC-I的表达水平；并如果该患者的样品中其MHC-I的表达水平的表达水平相对于参照样品中MHC-I的表达水平变化(例如升高或降低)的话将该VEGF拮抗剂施用于该患者。在一些实施方案中，如果该患者的样品中MHC-I的表达水平相对于该参照水平升高的话将该VEGF拮抗剂施用于该患者。
在另一个方面，本发明提供一种用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)治疗具有癌症的患者的方法，该方法牵涉测定在施用VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，比较该生物学样品中MHC-I的表达水平与参照样品中MHC-I的表达水平；并如果其MHC-I的表达水平的表达水平相对于该参照样品中MHC-I的表达水平升高的话继续将该VEGF拮抗剂施用于该患者。
在任何前述方法的一些实施方案中，该参照水平是在施用该抗癌症疗法前(例如若干分钟，小时，天，周(例如1，2，3，4，5，6，或7周)，月，或年)获得的来自该患者的生物学样品中MHC-I的表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是参照群体中MHC-I的表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是MHC-I的预指派表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，其中该在先时间点在施用该抗癌症疗法后。在其它实施方案中，该参照水平是在一个在后时间点(例如在施用VEGF拮抗剂之后若干分钟，小时，天，周，月，或年)时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中，MHC-I的表达水平相对于该参照水平升高(例如约1.1倍，约1.2倍，约1.3倍，约1.4倍，约1.5倍，约1.6倍，约1.7倍，约1.8倍，约1.9倍，约2倍，约2.1倍，约2.2倍，约2.3倍，约2.4倍，约2.5倍，约2.6倍，约2.7倍，约2.8倍，约2.9倍，约3倍，约3.1倍，约3.2倍，约3.3倍，约3.4倍，约3.5倍，约3.6倍，约3.7倍，约3.8倍，约3.9倍，约4倍，约4.1倍，约4.2倍，约4.3倍，约4.4倍，约4.5倍，约4.6倍，约4.7倍，约4.8倍，约4.9倍，约5倍，约5.5倍，约6倍，约6.5倍，约7倍，约7.5倍，约8倍，约8.5倍，约9倍，约9.5倍，约10倍，约11倍，约12倍，约13倍，约14倍，约15倍，约16倍，约17倍，约18倍，约19倍，约20倍，约30倍，约40倍，约50倍，约100倍，约500倍，约1,000倍或更大)。在一些实施方案中，MHC-I的表达水平相对于该参照水平升高至少2倍。
在其它实施方案中，本发明提供一种用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体)治疗具有癌症(例如肾癌)的患者的方法，其包括测定自该患者获得的生物学样品中CCL2，CCL5，CCR7，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平，比较该表达水平与参照水平，并如果该表达水平相对于该参照水平变化(例如升高或降低)的话将该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)施用于该患者。在一些实施方案中，如果该患者的样品中CCL2，CCL5，CCR7，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高的话将该VEGF拮抗剂施用于该患者。在一些实施方案中，测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中至少2，至少3，至少4，或至少5种的表达水平。在一些实施方案中，测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和CXCL10的表达水平。
在仍有其它实施方案中，本发明提供一种用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体)治疗具有癌症(例如肾癌)的患者的方法，其包括测定在施用该VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中CCL2，CCL5，CCR7，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平，比较该表达水平与参照水平，并如果该表达水平相对于该参照水平升高的话继续将该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)施用于该患者。在一些实施方案中，测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中至少2，至少3，至少4，或至少5种的表达水平。在一些实施方案中，测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和CXCL10的表达水平。
在一些实施方案中，该参照水平是在施用该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)前(例如若干分钟，小时，天，周，月，或年)获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因(例如CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和/或CXCL10)的表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是参照群体中该一种或多种基因的表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是该一种或多种基因的预指派表达水平。在其它实施方案中，该参照水平是在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)后。在其它实施方案中，该参照水平是在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平。
在一些实施方案中，自该患者获得的生物学样品中CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和/或CXCL10中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平相对于该参照水平升高(例如约1.1倍，约1.2倍，约1.3倍，约1.4倍，约1.5倍，约1.6倍，约1.7倍，约1.8倍，约1.9倍，约2倍，约2.1倍，约2.2倍，约2.3倍，约2.4倍，约2.5倍，约3倍，约3.5倍，约4倍，约4.5倍，约5倍，约5.5倍，约6倍，约6.5倍，约7倍，约7.5倍，约8倍，约8.5倍，约9倍，约9.5倍，约10倍，约11倍，约12倍，约13倍，约14倍，约15倍，约16倍，约17倍，约18倍，约19倍，约20倍，约30倍，约40倍，约50倍，约100倍，约500倍，约1,000倍或更大)。
在另一个方面，本发明提供一种治疗具有癌症的患者的方法，其通过测定在施用抗癌症剂后的一个时间点时自该患者获得的肿瘤样品中T细胞(例如CD8+T细胞，例如外周CD8+Teff细胞)的数目，比较肿瘤样品中T细胞(例如CD8+T细胞，例如CD8+Teff细胞)的数目与参照样品中T细胞(例如CD8+T细胞，例如CD8+Teff细胞)的数目，并如果该患者的样品中T细胞(例如CD8+T细胞，例如CD8+Teff细胞)的数目相对于该参照样品升高的话继续将该抗癌症疗法施用于该患者。
在一些实施方案中，自该患者获得的肿瘤样品具有相对于该参照样品升高数目(例如至少约1.1倍，约1.2倍，约1.3倍，约1.4倍，约1.5倍，约1.6倍，约1.7倍，约1.8倍，约1.9倍，约2倍，约2.1倍，约2.2倍，约2.3倍，约2.4倍，约2.5倍，约2.6倍，约2.7倍，约2.8倍，约2.9倍，约3倍，约3.1倍，约3.2倍，约3.3倍，约3.4倍，约3.5倍，约3.6倍，约3.7倍，约3.8倍，约3.9倍，约4倍，约4.1倍，约4.2倍，约4.3倍，约4.4倍，约4.5倍，约4.6倍，约4.7倍，约4.8倍，约4.9倍，约5倍，约5.5倍，约6倍，约6.5倍，约7倍，约7.5倍，约8倍，约8.5倍，约9倍，约9.5倍，约10倍，约11倍，约12倍，约13倍，约14倍，约15倍，约16倍，约17倍，约18倍，约19倍，约20倍，约30倍，约40倍，约50倍，约100倍，约500倍，约1,000倍或更大)的CD8+T细胞(例如外周CD8+T细胞)。
在任何前述方法的一些实施方案中，该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体是贝伐珠单抗。
在一些实施方案中，用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)或VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的疗法优选延长和/或改善存活，包括无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)。在一个实施方案中，用该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的疗法将存活相对于通过施用批准的抗肿瘤剂或标准护理对所治疗的癌症实现的存活延长至少约10％，20％，30％，40％，50％，60％，70％，80％，90％，100％，200％，或更多。
在任何前述方法的一些实施方案中，该患者具有癌，淋巴瘤，母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)，肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)，神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤，胃泌素瘤，和胰岛细胞癌)，间皮瘤，施旺细胞瘤(包括听神经瘤)，脑膜瘤，腺癌，黑素瘤，和白血病或淋巴样恶性。在一些实施方案中，该癌症是肾癌(例如肾细胞癌(RCC)，例如转移性RCC)，鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌)，肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC)，非小细胞肺癌(NSCLC)，肺的腺癌，和肺的鳞癌)，腹膜癌，肝细胞癌，胃的癌或胃癌，包括胃肠癌，胰腺癌，成胶质细胞瘤，宫颈癌，卵巢癌，肝癌，肝瘤，乳腺癌(包括转移性乳腺癌)，膀胱癌，结肠癌，直肠癌，结肠直肠癌，子宫内膜或子宫癌，唾液腺癌，前列腺癌，外阴癌，甲状腺癌，肝的癌，肛门癌，阴茎癌，梅克尔细胞癌，蕈样真菌病，睾丸癌，食管癌，胆管肿瘤，头和颈癌，B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞性NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无核裂细胞NHL；贮积病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成髓细胞性白血病；移植后淋巴增殖性病症(PTLD)，与瘢痣病，水肿(诸如与脑瘤有关的)，或梅格斯氏综合征有关的异常血管增殖。在优选实施方案中，该患者具有肾癌(例如RCC，例如mRCC)。该患者可任选具有晚期，顽固性，复发性，化疗抗性，和/或铂抗性形式的该癌症。
在任何前述方法的一些实施方案中，该方法进一步包括将第二治疗剂施用于该患者。在一些实施方案中，该第二治疗剂选自由免疫疗法剂，细胞毒剂，生长抑制剂，放射疗法剂，抗血管发生剂，和其组合组成的组。在一些实施方案中，该免疫疗法剂是PD-L1轴结合拮抗剂。在一些实施方案中，该PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂，PD-1结合拮抗剂，和PD-L2结合拮抗剂组成的组。在一些实施方案中，该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中，该PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，该PD-L1结合拮抗剂选自由MPDL3280A(阿特珠单抗)，YW243.55.S70，MDX-1105，MEDI4736(度伐单抗)，和MSB0010718C(阿维单抗)组成的组。
在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对激活性共刺激分子的激动剂并行施用。在一些实施方案中，激活性共刺激分子可包括CD40，CD226，CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，HVEM，或CD127。在一些实施方案中，该针对激活性共刺激分子的激动剂是结合CD40，CD226，CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，HVEM，或CD127的活化性抗体。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对抑制性共刺激分子的拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，抑制性共刺激分子可包括CTLA-4(也称作CD152)，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7-H3，B7-H4，IDO，TIGIT，MICA/B，或精氨酸酶。在一些实施方案中，该针对抑制性共刺激分子的拮抗剂是结合CTLA-4，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7-H3，B7-H4，IDO，TIGIT，MICA/B，或精氨酸酶的拮抗性抗体。在任何前述实施方案的一些实施方案中，该VEGF拮抗剂可以进一步与PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)联合施用。
在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对CTLA-4(也称作CD152)的拮抗剂，例如阻断性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与ipilimumab(也称作MDX-010，MDX-101，或)联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与tremelimumab(也称作ticilimumab或CP-675,206)联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对B7-H3(也称作CD276)的拮抗剂，例如阻断性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与MGA271联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对TGF-β的拮抗剂，例如metelimumab(也称作CAT-192)，fresolimumab(也称作GC1008)，或LY2157299联合施用。在任何前述实施方案的一些实施方案中，该VEGF拮抗剂可以进一步与PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)联合施用。
在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对CD137(也称作TNFRSF9，4-1BB，或ILA)的激动剂，例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与urelumab(也称作BMS-663513)联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对CD40的激动剂，例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与CP-870893联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对OX40(也称作CD134)的激动剂，例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与抗OX40抗体(例如AgonOX)联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对CD27的激动剂，例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与CDX-1127联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对TIGIT的拮抗剂，例如抗TIGIT抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对吲哚胺-2,3-双加氧酶(IDO)的拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，该IDO拮抗剂是1-甲基-D-色氨酸(也称作1-D-MT)。在任何前述实施方案的一些实施方案中，该VEGF拮抗剂可以进一步与PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)联合施用。
在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与癌症疫苗联合施用。在一些实施方案中，该癌症疫苗是肽癌症疫苗，其在一些实施方案中是个性化肽疫苗。在一些实施方案中，该肽癌症疫苗是多价长肽，多重肽，肽混合物，杂合肽，或经肽脉冲的树突细胞疫苗(见例如Yamada et al.,Cancer Sci.104:14-21,2013)。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与佐剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与包含TLR激动剂，例如Poly-ICLC(也称作)，LPS，MPL，或CpG ODN的治疗联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与肿瘤坏死因子(TNF)α联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与IL-1联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与HMGB1联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与IL-10拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与IL-4拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与IL-13拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与HVEM拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与ICOS激动剂联合施用，例如通过施用ICOS-L或针对ICOS的激动性抗体。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与靶向CX3CL1的治疗联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与靶向CXCL9的治疗联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与靶向CXCL10的治疗联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与靶向CCL5的治疗联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与LFA-1或ICAM1激动剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与选择蛋白激动剂联合施用。在任何前述实施方案的一些实施方案中，该VEGF拮抗剂可以进一步与PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)联合施用。
对于癌症的预防或治疗，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的剂量会取决于如上文定义的要治疗的癌症的类型，癌症的严重程度和过程，施用抗体是为了预防还是治疗目的，在先疗法，患者的临床史和对药物的响应，和主治医师的斟酌。
在一些实施方案中，以一次或以一系列治疗将该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗，以及任何第二治疗剂，例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂，诸如阿特珠单抗))合适地施用于该患者。一种典型的日剂量可以范围为约1μg/kg至100mg/kg或更多，取决于上文提到的因素。对于数天或更久的重复施用，取决于状况，该治疗一般会持续直至发生期望的疾病症状的遏制。此类剂量可以间歇施用，例如每周或每三周(例如使得该患者接受例如约两剂至约20剂，或例如约六剂该VEGF拮抗剂)。可以施用较高的一剂初始加载剂量，接着是较低的一剂或多剂。然而，其它剂量方案可能是有用的。这种疗法的进展容易通过常规技术和测定法来监测。
例如，作为一般建议，施用于人的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗，以及任何第二治疗剂，例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂，诸如阿特珠单抗))的治疗有效量会在约0.01至约50mg/kg患者体重的范围中，无论通过一次或多次施用。在一些实施方案中，所使用的抗体是例如每天，每周，每两周，每三周，或每月施用约0.01mg/kg至约45mg/kg，约0.01mg/kg至约40mg/kg，约0.01mg/kg至约35mg/kg，约0.01mg/kg至约30mg/kg，约0.01mg/kg至约25mg/kg，约0.01mg/kg至约20mg/kg，约0.01mg/kg至约15mg/kg，约0.01mg/kg至约10mg/kg，约0.01mg/kg至约5mg/kg，或约0.01mg/kg至约1mg/kg。在一些实施方案中，以15mg/kg施用该抗体。然而，其它剂量方案可能是有用的。在一个实施方案中，在21天周期的第1天(每三周，q3w)以约100mg，约200mg，约300mg，约400mg，约420mg，约500mg，约525mg，约600mg，约700mg，约800mg，约840mg，约900mg，约1000mg，约1050mg，约1100mg，约1200mg，约1300mg，约1400mg，约1500mg，约1600mg，约1700mg，或约1800mg的剂量将VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)和/或PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂，诸如阿特珠单抗)施用于人。
在一些实施方案中，每三周(q3w)以1200mg静脉内施用阿特珠单抗。在一些实施方案中，以一次或以一系列治疗以固定剂量施用贝伐珠单抗。在施用固定剂量的情况中，优选它在约5mg至约2000mg的范围中。例如，该固定剂量可以是大约420mg，大约525mg，大约840mg，或大约1050mg。在一些实施方案中，每两周以10mg/kg静脉内施用贝伐珠单抗。在一些实施方案中，每三周以15mg/kg静脉内施用贝伐珠单抗。VEGF拮抗剂和/或PD-L1轴结合拮抗剂的剂量可以作为单剂或作为多剂(例如2，3，4，5，6，7，8，9，或10或更多剂)施用。在施用一系列剂量的情况中，例如可以大约每周，大约每2周，大约每3周，或大约每4周施用这些。组合治疗中施用的该抗体的剂量可以与单一治疗相比降低。这种疗法的进展容易通过常规技术来监测。
VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)或任何另外的治疗剂(例如PD-L1轴结合拮抗剂)可以以与优良医学实践一致的方式配制，定剂量，和施用。这种背景中考虑的因素包括所治疗的特定病症，所治疗的特定哺乳动物，患者个体的临床状况，病症的起因，药剂的投递部位，施用的方法，施用的进度，和医学从业人员知道的其它因素。该VEGF拮抗剂不必但任选与当前用于预防或治疗所讨论病症的一种或多种药剂一起配制和/或并行施用。此类其它药剂的有效量剂取决于配制剂中存在的该VEGF拮抗剂的量，病症或治疗的类型，和上文讨论的其它因素。这些一般以相同剂量且以如本文中描述的施用路径，或本文中描述的剂量的约1至99％，或以凭经验/临床上确定为适宜的任何剂量且通过凭经验/临床上确定为适宜的任何路径使用。
在一些实施方案中，任何前述方法可进一步包括施用另外的治疗剂。在一些实施方案中，该另外的治疗剂选自由免疫疗法剂，细胞毒剂，生长抑制剂，放射疗法剂，抗血管发生剂，和其组合组成的组。
在任何前述方法的一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)与PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)并行施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)和PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)作为相同配制剂的部分施用。在其它实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)与PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)分开施用。
在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)与针对激活性共刺激分子的激动剂并行施用。在一些实施方案中，激活性共刺激分子可包括CD40，CD226，CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，HVEM，或CD127。在一些实施方案中，该针对激活性共刺激分子的激动剂是结合CD40，CD226，CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，HVEM，或CD127的激动性抗体。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对抑制性共刺激分子的拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，抑制性共刺激分子可包括CTLA-4(也称作CD152)，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7-H3，B7-H4，IDO，TIGIT，MICA/B，或精氨酸酶。在一些实施方案中，该针对抑制性共刺激分子的拮抗剂是结合CTLA-4，TIM-3，BTLA，VISTA，LAG-3，B7-H3，B7-H4，IDO，TIGIT，MICA/B，或精氨酸酶的拮抗性抗体。
在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对CTLA-4(也称作CD152)的拮抗剂，例如阻断性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与ipilimumab(也称作MDX-010，MDX-101，或)联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与tremelimumab(也称作ticilimumab或CP-675,206)联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对B7-H3(也称作CD276)的拮抗剂，例如阻断性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与MGA271联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对TGF-β的拮抗剂，例如metelimumab(也称作CAT-192)，fresolimumab(也称作GC1008)，或LY2157299联合施用。
在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对CD137(也称作TNFRSF9，4-1BB，或ILA)的激动剂，例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与urelumab(也称作BMS-663513)联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对CD40的激动剂，例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与CP-870893联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对OX40(也称作CD134)的激动剂，例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与抗OX40抗体(例如AgonOX)联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对CD27的激动剂，例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与CDX-1127联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与针对吲哚胺-2,3-双加氧酶(IDO)的拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，该IDO拮抗剂是1-甲基-D-色氨酸(也称作1-D-MT)。
在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与癌症疫苗联合施用。在一些实施方案中，该癌症疫苗是肽癌症疫苗，其在一些实施方案中是个性化肽疫苗。在一些实施方案中，该肽癌症疫苗是多价长肽，多重肽，肽混合物，杂合肽，或经肽脉冲的树突细胞疫苗(见例如Yamada et al.,Cancer Sci.104:14-21,2013)。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与佐剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与包含TLR激动剂，例如Poly-ICLC(也称作)，LPS，MPL，或CpG ODN的治疗联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与肿瘤坏死因子(TNF)α联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与IL-1联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与HMGB1联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与IL-10拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与IL-4拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与IL-13拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与HVEM拮抗剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与ICOS激动剂联合施用，例如通过施用ICOS-L或针对ICOS的激动性抗体。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与靶向CX3CL1的治疗联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与靶向CXCL9的治疗联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与靶向CXCL10的治疗联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与靶向CCL5的治疗联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与LFA-1或ICAM1激动剂联合施用。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)可以与选择蛋白激动剂联合施用。
任何前述实施方案可进一步牵涉施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)。例如，VEGF拮抗剂可以与PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)和另一种免疫疗法剂组合施用。
如果施用的话，化疗剂通常以已知剂量施用，因此，或任选由于药物的组合作用或可归于该化疗剂的施用的负面副作用而降低。此类化疗剂的制备和剂量给药进度表可以依照制造商的说明书或如熟练从业人员凭经验确定的那样使用。在该化疗剂是帕利他赛的情况中，优选地，它以介于约130mg/m2至200mg/m2之间(例如大约175mg/m2)的剂量施用，例如，在3小时里，每3周一次。在该化疗剂是卡铂的情况中，优选地，它通过使用Calvert公式计算卡铂的剂量来施用，Calvert公式基于患者的现有肾功能或肾功能和期望的血小板最低点。肾排泄是卡铂的主要消除路径。与基于体表面积的经验剂量计算相比，这种定剂量公式的使用容许补偿治疗前肾功能中的患者变异，它在其它情况中可能导致剂量不足(在肾功能在平均以上的患者中)或剂量过度(在肾功能受损的患者中)任一。使用单一药剂卡铂的4-6mg/mL/min的目标AUC看来在先前治疗过的患者中提供最适宜的剂量范围。
在上述治疗方案以外，该患者还可经受手术去除肿瘤和/或癌细胞。
上文记录的此类组合疗法涵盖组合施用(其中两种或更多种治疗剂包括在同一配制剂或分开的配制剂中)，和分开施用，在该情况中，VEGF拮抗剂的施用可以在一种或多种另外的治疗剂(例如PD-L1轴结合拮抗剂)的施用之前，同时和/或之后发生。在一个实施方案中，VEGF拮抗剂的施用和另外的治疗剂(例如PD-L1轴结合拮抗剂)的施用彼此在约一个月内，或在约一，两或三周内，或在约一，两，三，四，五，或六天内发生。
在一些实施方案中，VEGF拮抗剂和第二治疗剂(例如PD-L1轴结合拮抗剂)的施用可以在一种或多种另外的治疗剂的施用之前，同时，和/或之后发生。在一个实施方案中，VEGF拮抗剂和第二治疗剂(例如PD-L1轴结合拮抗剂)的施用和另外的治疗剂的施用彼此在约一个月内，或在约一，两或三周内，或在约一，两，三，四，五，或六天内发生。
在该VEGF拮抗剂或该第二治疗剂(例如PD-L1轴结合拮抗剂)任一是抗体(例如贝伐珠单抗或阿特珠单抗)的实施方案中，所施用的抗体可以是裸抗体。所施用的该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)和该第二治疗剂(例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂，诸如阿特珠单抗))可以缀合细胞毒剂。优选地，所缀合的和/或它所结合的抗原由细胞内在化，导致缀合物杀伤它所结合的癌细胞的治疗功效升高。在一个优选实施方案中，该细胞毒剂靶向或干扰癌细胞中的核酸。此类细胞毒剂的例子包括美登木素生物碱，加利车霉素，核糖核酸酶，和DNA内切核酸酶。
本文中描述的方法中利用的组合物可通过任何合适方法来施用，包括例如静脉内，肌肉内，皮下，皮内，经皮，动脉内，腹膜内，损害内，颅内，关节内，前列腺内，胸膜内，气管内，鞘内，鼻内，阴道内，直肠内，表面，肿瘤内，腹膜，结膜下，囊内，粘膜，心包内，脐内，眼内，眶内，口服，表面，透皮，玻璃体内(例如通过玻璃体内注射)，通过滴眼剂，通过吸入，通过注射，通过植入，通过输注，通过连续输注，通过直接沐浴靶细胞的局部灌注，通过导管，通过灌洗，在乳剂中，或在脂质组合物中。本文中描述的方法中利用的组合物还可以系统或局部施用。施用的方法可以随多种因素(例如所施用的化合物或组合物和所治疗的疾患，疾病，或病症的严重程度)而变化。在一些实施方案中，该VEGF拮抗剂静脉内，肌肉内，皮下，表面，口服，透皮，腹膜内，眶内，通过植入，通过吸入，鞘内，心室内，或鼻内施用。剂量给药可以通过任何合适路径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射，部分取决于施用是短期的还是长期的。本文中涵盖各种剂量给药进度表，包括但不限于单次施用或多个时间点上的多次施用，推注施用，和脉冲输注。
在另一个方面，本文中提供的是有效量的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)在制造供治疗罹患癌症的患者中使用的药物中的用途，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平。
在又一个方面，本文中提供的是有效量的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)在制造供治疗罹患癌症的患者中使用的药物中的用途，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的MHC-I的表达水平。
在还有又一个方面，本文中提供的是有效量的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)在制造供治疗罹患癌症的患者中使用的药物中的用途，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中，该患者是人患者。
IV.组合物
在一个方面，本发明部分基于下述发现，即抗癌症剂，包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)在癌症中具有抗肿瘤效果。在某些实施方案中，提供VEGF拮抗剂。这些药剂和其组合对于治疗癌症是有用的，例如作为本文中描述的任何方法的部分。
在一些方面，提供的是供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)的表达水平。还提供的是供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用的包含有效量的VEGF拮抗剂的组合物，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的免疫基因签名的表达水平，该免疫基因签名包含CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，PRF1，CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13，KLRK1，或SLAMF7中的一种或多种(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，或13种)。
在其它方面，提供的是供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的MHC-I的表达水平。还提供的是供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用的包含有效量的VEGF拮抗剂的组合物，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的MHC-I的表达水平
在又一些方面，提供的是供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，例如贝伐珠单抗)，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中一种或多种(例如1，2，3，4，5，或6种)的表达水平。还提供的是供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用的包含有效量的VEGF拮抗剂的组合物，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的选自CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10的一种或多种基因的表达水平。
A.例示性VEGF拮抗剂
本发明的VEGF拮抗剂包括能够结合VEGF，降低VEGF表达水平，或中和，阻断，抑制，消除，降低，或干扰VEGF生物学活性的任何分子。一种例示性人VEGF显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号P15692，Gene ID(NCBI)：7422。
在一些情况中，该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。在一些实施方案中，该抗VEGF抗体是贝伐珠单抗，也称作“rhuMab VEGF”或贝伐珠单抗是一种依照Presta etal.(Cancer Res.57:4593-4599,1997)生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体。它包含突变的人IgG1框架区和来自阻断人VEGF结合其受体的鼠抗hVEGF单克隆抗体A.4.6.1的抗原结合性互补决定区。贝伐珠单抗大约93％的氨基酸序列，包括大部分框架区，衍生自人IgG1，而且约7％的序列衍生自鼠抗体A4.6.1。贝伐珠单抗具有约149,000道尔顿的分子量且是糖基化的。贝伐珠单抗和其它人源化抗VEGF抗体进一步描述于2005年2月26日公告的美国专利号6,884,879，通过援引明确将其全部公开内容收入本文。另外的优选抗体包括G6或B20系列抗体(例如G6-31，B20-4.1)，如PCT申请公开号WO 2005/012359中描述的。对于另外的优选抗体，见美国专利号7,060,269，6,582,959，6,703,020；6,054,297；WO98/45332；WO96/30046；WO94/10202；EP 0666868B1；美国专利申请公开号2006009360，20050186208，20030206899，20030190317，20030203409，和20050112126；及Popkov et al.(Journal ofImmunological Methods 288:149-164,2004)。其它优选抗体包括那些结合人VEGF上由残基F17，M18，D19，Y21，Y25，Q89，191，K101，E103，和C104构成的，或者包含残基F17，Y21，Q22，Y25，D63，183，和Q89的功能性表位的。
在其它情况中，该VEGF拮抗剂是抗VEGFR2抗体或相关分子(例如ramucirumab，tanibirumab，aflibercept)；抗VEGFR1抗体或相关分子(例如icrucumab，aflibercept(VEGF Trap-Eye；)，或ziv-aflibercept(VEGF Trap；))；双特异性VEGF抗体(例如MP-0250，vanucizumab(VEGF-ANG2)，或US 2001/0236388中披露的双特异性抗体)；包括抗VEGF，抗VEGFR1，和抗VEGFR2臂中的两种的组合的双特异性抗体；抗VEGFA抗体(例如贝伐珠单抗，sevacizumab)；抗VEGFB抗体；抗VEGFC抗体(例如VGX-100)，抗VEGFD抗体；或非肽小分子VEGF拮抗剂(例如pazopanib，axitinib，vandetanib，stivarga，cabozantinib，lenvatinib，nintedanib，orantinib，telatinib，dovitinig，cediranib，motesanib，sulfatinib，apatinib，foretinib，famitinib，或tivozanib)。
明确涵盖的是供上文列举的任何实施方案中使用的此类VEGF拮抗性抗体或本文中描述的其它抗体(例如用于检测VEGF表达水平的抗VEGF抗体)可单一地或组合地具有下文C节的i至vii节中描述的任何特征。
B.例示性PD-L1轴结合拮抗剂
可以在本发明的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-1结合拮抗剂，PD-L1结合拮抗剂，和PD-L2结合拮抗剂。PD-1(编程性死亡1)在本领域中也称作“编程性细胞死亡1”，“PDCD1”，“CD279”，和“SLEB2”。一种例示性人PD-1显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q15116。PD-L1(编程性死亡配体1)在本领域中也称作“编程性细胞死亡1配体1”，“PDCD1LG1”，“CD274”，“B7-H”，和“PDL1”。一种例示性人PD-L1显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1。PD-L2(编程性死亡配体2)在本领域中也称作“编程性细胞死亡1配体2”，“PDCD1LG2”，“CD273”，“B7-DC”，“Btdc”，和“PDL2”。一种例示性人PD-L2显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9BQ51。在一些实施方案中，PD-1，PD-L1，和PD-L2是人PD-1，PD-L1和PD-L2。
在一些情况中，该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些情况中，该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合它的配体结合配偶中的一种或多种。在其它情况中，该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合PD-1。在还有其它情况中，该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合B7-1。在一些情况中，该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合PD-1和B7-1二者。在一些情况中，该PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，该抗体选自由YW243.55.S70，MPDL3280A(阿特珠单抗)，MDX-1105，MEDI4736(度伐单抗)，和MSB0010718C(阿维单抗)组成的组。
在一些情况中，该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如，在一些情况中，该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合它的配体结合配偶中的一种或多种。在一些情况中，该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合PD-L1。在其它情况中，该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合PD-L2。在还有其它情况中，该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合PD-L1和PD-L2二者。在一些情况中，该PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些情况中，该抗体选自由MDX 1106(nivolumab)，MK-3475(pembrolizumab)，CT-011(pidilizumab)，MEDI-0680(AMP-514)，PDR001，REGN2810，和BGB-108组成的组。在一些情况中，该PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。例如在一些情况中，该Fc融合蛋白是AMP-224。
在又一个方面，本发明提供PD-L1轴结合拮抗剂在制造或制备药物中的用途。在一个实施方案中，该药物用于治疗癌症。在又一个实施方案中，该药物供一种治疗癌症的方法中使用，其包括对罹患肾癌(例如肾细胞癌(RCC)，例如转移性RCC(mRCC))的患者施用有效量的该药物。在一个此类实施方案中，该方法进一步包含对该个体施用有效量的至少一种另外的治疗剂，例如如下文描述的。
在一些实施方案中，该PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1结合它的配体结合配偶的分子。在一个具体方面，该PD-1配体结合配偶是PD-L1和/或PD-L2。在另一个实施方案中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1结合它的结合配体的分子。在一个具体方面，PD-L1结合配偶是PD-1和/或B7-1。在另一个实施方案中，该PD-L2结合拮抗剂是抑制PD-L2结合它的配体结合配偶的分子。在一个具体方面，该PD-L2结合配体配偶是PD-1。该拮抗剂可以是抗体，其抗原结合片段，免疫粘附素，融合蛋白，或寡肽。
在一些实施方案中，该PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体(例如人抗体，人源化抗体，或嵌合抗体)，例如如下文描述的。在一些实施方案中，该抗PD-1抗体选自由MDX-1106(nivolumab)，MK-3475(pembrolizumab)，CT-011(pidilizumab)，MEDI-0680(AMP-514)，PDR001，REGN2810，和BGB-108组成的组。MDX-1106，也称作MDX-1106-04，ONO-4538，BMS-936558，或nivolumab，是WO2006/121168中描述的抗PD-1抗体。MK-3475，也称作pembrolizumab或lambrolizumab，是WO 2009/114335中描述的抗PD-1抗体。CT-011，也称作hBAT，hBAT-1或pidilizumab，是WO 2009/101611中描述的抗PD-1抗体。在一些实施方案中，该PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如包含与恒定区(例如免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些实施方案中，该PD-1结合拮抗剂是AMP-224。AMP-224，也称作B7-DCIg，是WO 2010/027827和WO 2011/066342中描述的PD-L2-Fc融合可溶性受体。
在一些实施方案中，该抗PD-1抗体是MDX-1106。“MDX-1106”的别名包括MDX-1106-04，ONO-4538，BMS-936558，和nivolumab。在一些实施方案中，该抗PD-1抗体是nivolumab(CAS登记号：946414-94-4)。在一些实施方案中，该抗PD-1抗体是国际专利申请公开号WO2013/019906中描述的任何抗PD-1抗体。
在一些实施方案中，该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L2结合拮抗剂。在一些实施方案中，该PD-L2结合拮抗剂是抗PD-L2抗体(例如人抗体，人源化抗体，或嵌合抗体)。在一些实施方案中，该PD-L2结合拮抗剂是免疫粘附素。在一些实施方案中，该PD-L2结合拮抗剂是国际专利申请公开号WO2013/019906中描述的任何PD-L2结合拮抗剂。
在一些实施方案中，该PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体，例如如下文描述的。在一些实施方案中，该抗PD-L1抗体能够抑制PD-L1和PD-1之间的和/或PD-L1和B7-1之间的结合。在一些实施方案中，该抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中，该抗PD-L1抗体是选自由Fab，Fab’-SH，Fv，scFv，和(Fab’)2片段组成的组的抗体片段。在一些实施方案中，该抗PD-L1抗体是人源化抗体。在一些实施方案中，该抗PD-L1抗体是人抗体。在一些实施方案中，该抗PD-L1抗体选自由YW243.55.S70，MPDL3280A(阿特珠单抗)，MDX-1105，和MEDI4736(度伐单抗)，和MSB0010718C(阿维单抗)组成的组。抗体YW243.55.S70是WO 2010/077634中描述的抗PD-L1。MDX-1105，也称作BMS-936559，是WO2007/005874中描述的抗PD-L1抗体。MEDI4736(度伐单抗)是WO2011/066389和US2013/034559中描述的抗PD-L1单克隆抗体。对于本发明的方法有用的抗PD-L1抗体的例子，和用于生成它们的方法描述于PCT专利申请WO 2010/077634，WO 2007/005874，WO2011/066389，美国专利号8,217,149，和US2013/034559，通过援引将其收入本文。
可以在本文中描述的方法中使用WO 2010/077634A1和US 8,217,149中描述的抗PD-L1抗体。
在本文中的任何实施方案中，分离的抗PD-L1抗体能结合人PD-L1，例如UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中所示人PD-L1，或其变体。
明确涵盖的是供上文列举的任何实施方案中使用的此类PD-L1轴结合拮抗性抗体(例如抗PD-L1抗体，抗PD-1抗体，和抗PD-L2抗体)，或本文中描述的其它抗体(例如用于检测PD-L1表达水平的抗PD-L1抗体)可单一地或组合地具有下文C节的i至vii节中描述的任何特征。
C.抗体
i.抗体亲和力
在某些实施方案中，本文中提供的抗体(例如抗VEGF抗体，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)具有≤1μM，≤100nM，≤10nM，≤1nM，≤0.1nM，≤0.01nM，或≤0.001nM的解离常数(Kd)(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如，10-9M至10-13M)。
在一个实施方案中，Kd是通过放射性标记抗原结合测定法(RIA)来测量的。在一个实施方案中，用Fab型式的感兴趣抗体及其抗原实施RIA。例如，通过在存在未标记抗原的滴定系列的情况中用最小浓度的(125I)标记抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被板捕捉结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为了建立测定法的条件，将多孔板(Thermo Scientific)用50mM碳酸钠(pH 9.6)中的5μg/ml捕捉用抗Fab抗体(Cappel Labs)包被过夜，随后用PBS中的2％(w/v)牛血清清蛋白于室温(约23℃)封闭2-5小时。在非吸附板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与连续稀释的感兴趣Fab(例如与Presta等,Cancer Res.57:4593-4599(1997)中抗VEGF抗体，Fab-12的评估一致)混合。然后将感兴趣的Fab温育过夜；然而，温育可持续更长时间(例如约65小时)以确保达到平衡。此后，将混合物转移至捕捉板，于室温温育(例如1小时)。然后除去溶液，并用PBS中的0.1％聚山梨酯20洗板8次。平板干燥后，加入150μl/孔闪烁液(MICROSCINT-20TM；Packard)，然后在TOPCOUNTTM伽马计数器(Packard)上对平板计数10分钟。选择各Fab给出小于或等于最大结合之20％的浓度用于竞争性结合测定法。
依照另一个实施方案，Kd是使用表面等离振子共振测定法测量的。例如，于25℃使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)使用或(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)实施测定法。在一个实施方案中，依照供应商的用法说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲氨基丙基)-碳二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。将抗原用10mM乙酸钠pH 4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μl/分钟的流速注射以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后，注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量，于25℃以约25μl/分钟的流速注入在含0.05％聚山梨酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中两倍连续稀释的Fab(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(Evaluation Software version 3.2)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定法，结合速率超过106M-1S-1，那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定，即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量，在存在浓度渐增的抗原的情况中，测量PBSpH 7.2中20nM抗抗原抗体(Fab形式)于25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的升高或降低。
ii.抗体片段
在某些实施方案中，本文中提供的抗体(例如抗VEGF抗体)是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab，Fab’，Fab’-SH，F(ab’)2，Fv，和scFv片段，及下文所描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述，见Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，见例如Pluckthün,于The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,New York),第269-315页(1994)。还可见WO 93/16185；及美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基，并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价的或双特异性的。见例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中，单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；见例如美国专利No.6,248,516B1)。
可以通过多种技术，包括但不限于依照已知方法对完整抗体的蛋白水解消化及重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)的生成来生成抗体片段。
iii.嵌合和人源化抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体(例如抗VEGF抗体)是嵌合抗体。某些嵌合抗体记载于例如美国专利No.4,816,567；及Morrison等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))。在一个例子中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，自小鼠，大鼠，仓鼠，家兔，或非人灵长类，诸如猴衍生的可变区)和人恒定区。在又一个例子中，嵌合抗体是“类转换的”抗体，其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地，人源化抗体包含一个或多个可变域，其中HVR，例如CDR(或其部分)自非人抗体衍生，而FR(或其部分)自人抗体序列衍生。任选地，人源化抗体还会至少包含人恒定区的一部分。在一些实施方案中，将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如衍生HVR残基的抗体)的相应残基替代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其生成方法综述于例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)，并且进一步记载于例如Riechmann等,Nature 332:323-329(1988)；Queen等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 86:10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337,7,527,791,6,982,321和7,087,409；Kashmiri等,Methods 36:25-34(2005)(描述了特异性决定区(SDR)嫁接)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述了“重修表面”)；Dall’Acqua等,Methods36:43-60(2005)(描述了“FR改组”)；Osbourn等,Methods 36:61-68(2005)；及Klimka等,Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(见例如Sims等,J.Immunol.151:2296(1993))；自轻或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列衍生的框架区(见例如Carter等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；及Presta等,J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(见例如Baca等,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)及Rosok等,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
iv.人抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体(例如抗VEGF抗体)是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术来生成人抗体。一般地，人抗体记载于van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经修饰为响应抗原性攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其替换内源免疫球蛋白基因座，或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述，见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。还可见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584，其描述了XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429，其描述了技术；美国专利No.7,041,870，其描述了K-M技术，和美国专利申请公开文本No.US 2007/0061900，其描述了技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法生成人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异骨髓瘤细胞系(见例如Kozbor J.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等,Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)；及Boerner等,J.Immunol.,147:86(1991))。经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体也记载于Li等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如记载于美国专利No.7,189,826(其描述了自杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(其描述了人-人杂交瘤)的。人杂交瘤技术(Trioma技术)也记载于Vollmers和Brandlein,Histologyand Histopathology,20(3):927-937(2005)及Vollmers和Brandlein,Methods andFindings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)。
也可以通过分离自人衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变域序列生成人抗体。然后，可以将此类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
v.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离本发明的抗体(例如抗VEGF抗体)。例如，用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等,于Methodsin Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等编,Human Press,Totowa,NJ,2001)，并且进一步记载于例如McCafferty等,Nature 348:552-554(1990)；Clackson等,Nature 352:624-628(1991)；Marks等,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury,于Methodsin Molecular Biology 248:161-175(Lo编,Human Press,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；及Lee等,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体，如记载于Winter等,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)的。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对一大批非自身和自身抗原的抗体的单一来源，如由Griffiths等,EMBO J,12:725-734(1993)描述的。最后，也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成未免疫文库，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所描述的。描述人抗体噬菌体文库的专利公开文本包括例如：美国专利No.5,750,373，和美国专利公开文本No.2005/0079574,2005/0119455,2005/0266000,2007/0117126,2007/0160598,2007/0237764,2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
vi.多特异性抗体
在任一上述方面，本文中提供的抗体(例如抗VEGF抗体)可以是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，本文中提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一针对VEGF，而另一种针对任何其它抗原，例如PD-L1。在某些实施方案中，双特异性抗体可以结合VEGF的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达VEGF的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(见Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983))，WO 93/08829，和Traunecker等,EMBO J.10:3655(1991))，和“节-入-穴”工程化(见例如美国专利No.5,731,168)。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(参见WO2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(见例如美国专利No.4,676,980,及Brennan等,Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(见例如Kostelny等,J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(见例如Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))；使用单链Fv(sFv)二聚体(见例如Gruber等,J.Immunol.,152:5368(1994))；及如例如Tutt等,J.Immunol.147:60(1991)中所描述的，制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体，包括“章鱼抗体”(见例如US 2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段包括包含结合PD-L1和另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”。本文中的抗体或片段还包括包含结合VEGF及另一种不同抗原的抗原结合位点的DAF。
vii.抗体变体
在某些实施方案中，涵盖本发明的抗体(例如抗VEGF抗体)的氨基酸序列变体。例如，可以期望改善抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体的氨基酸序列内的残基的删除，和/或插入和/或替代。可以进行删除，插入，和替代的任何组合以得到最终的构建体，只要最终的构建体拥有期望的特征，例如，抗原结合。
a.替代，插入，和删除变体
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体。替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。保守替代在表1中在“优选的替代”的标题下显示。更实质的变化在表1中在“例示性替代”的标题下提供，并且如下文参照氨基酸侧链类别进一步描述的。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体中，并且对产物筛选期望的活性，例如保留/改善的抗原结合，降低的免疫原性，或改善的ADCC或CDC。
表1：例示性和优选的氨基酸替代
依照共同的侧链特性，氨基酸可以如下分组：
(1)疏水性的：正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
(2)中性，亲水性的：Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
(3)酸性的：Asp,Glu；
(4)碱性的：His,Lys,Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly,Pro；
(6)芳香族的：Trp,Tyr,Phe。
非保守替代会需要用这些类别之一的成员替换另一类别的。
一类替代变体牵涉替代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地，为进一步研究选择的所得变体相对于亲本抗体会具有某些生物学特性的改变(例如改善)(例如升高的亲和力和/或降低的免疫原性)和/或会实质性保留亲本抗体的某些生物学特性。例示性的替代变体是亲和力成熟的抗体，其可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术诸如本文中所描述的那些技术来方便地生成。简言之，将一个或多个HVR残基突变，并将变体抗体在噬菌体上展示，并对其筛选特定的生物学活性(例如结合亲和力)。
可以对HVR做出变化(例如，替代)，例如以改善抗体亲和力。可以对HVR“热点”，即由在体细胞成熟过程期间以高频率经历突变的密码子编码的残基(见例如Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196(2008))，和/或接触抗原的残基做出此类变化，其中对所得的变体VH或VL测试结合亲和力。通过次级文库的构建和再选择进行的亲和力成熟已经记载于例如Hoogenboom等,Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等编,HumanPress,Totowa,NJ,(2001))。在亲和力成熟的一些实施方案中，通过多种方法(例如，易错PCR，链改组，或寡核苷酸指导的诱变)将多样性引入为成熟选择的可变基因。然后，创建次级文库。然后，筛选文库以鉴定具有期望的亲和力的任何抗体变体。另一种引入多样性的方法牵涉HVR指导的方法，其中将几个HVR残基(例如，一次4-6个残基)随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性鉴定牵涉抗原结合的HVR残基。特别地，经常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施方案中，可以在一个或多个HVR内发生替代，插入，或删除，只要此类变化不实质性降低抗体结合抗原的能力。例如，可以对HVR做出保守变化(例如，保守替代，如本文中提供的)，其不实质性降低结合亲和力。例如，此类变化可以在HVR中的抗原接触残基以外。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中，每个HVR或是未改变的，或是含有不超过1，2或3处氨基酸替代。
一种可用于鉴定抗体中可以作为诱变靶位的残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如由Cunningham和Wells,Science,244:1081-1085(1989)所描述的。在此方法中，将残基或靶残基的组(例如，带电荷的残基诸如Arg，Asp，His，Lys，和Glu)鉴定，并用中性或带负电荷的氨基酸(例如，丙氨酸或多丙氨酸)替换以测定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始替代表明功能敏感性的氨基酸位置引入进一步的替代。或者/另外，利用抗原-抗体复合物的晶体结构来鉴定抗体与抗原间的接触点。作为替代的候选，可以靶向或消除此类接触残基和邻近残基。可以筛选变体以确定它们是否含有期望的特性。
氨基酸序列插入包括长度范围为1个残基至含有100或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基端融合，及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它插入变体包括抗体的N或C端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
b.糖基化变体
在某些实施方案中，可以改变本发明的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列，使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对本发明的抗体的糖基化位点的添加或删除。
在抗体包含Fc区的情况中，可以改变其附着的碳水化合物。由哺乳动物细胞生成的天然抗体通常包含分支的，双触角寡糖，其一般通过N连接附着于Fc区的CH2域的Asn297。见例如Wright等,TIBTECH 15:26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如，甘露糖，N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)，半乳糖，和唾液酸，以及附着于双触角寡糖结构“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了抗体变体，其具有缺乏附着(直接或间接)于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中的岩藻糖量可以是1％至80％，1％至65％，5％至65％或20％至40％。通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如，复合的，杂合的和高甘露糖的结构)的总和，计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量，如通过MALDI-TOF质谱术测量的，例如如记载于WO 2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约第297位(Fc区残基的EU编号方式)的天冬酰胺残基；然而，Asn297也可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位上游或下游约±3个氨基酸，即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。见例如美国专利公开文本No.US 2003/0157108和US 2004/0093621。涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的例子包括：US2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等,J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；及Yamane-Ohnuki等,Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞(Ripka等,Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请No US 2003/0157108 A1；及WO 2004/056312 A1，尤其在实施例11)，和敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(见例如Yamane-Ohnuki等,Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；及WO 2003/085107)。
进一步提供了具有两分型寡糖的抗体变体，例如其中附着于抗体Fc区的双触角寡糖是通过GlcNAc两分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子记载于例如WO 2003/011878；美国专利No.6,602,684；及US 2005/0123546。还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体记载于例如WO 1997/30087；WO 1998/58964；及WO 1999/22764。
c.Fc区变体
在某些实施方案中，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本发明的抗体的Fc区中，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如，人IgG1，IgG2，IgG3或IgG4Fc区)。
在某些实施方案中，本发明涵盖拥有一些但不是所有效应器功能的抗体变体，所述效应器功能使其成为如下应用的期望候选物，其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定法以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消减。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定法以确保抗体缺乏FcγR结合(因此有可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI，FcγRII和FcγRIII。在Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页上的表3中汇总了造血细胞上的FcR表达。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定法的非限制性例子记载于美国专利No.5,500,362(见例如Hellstrom,I.等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；美国专利No.5,821,337；Bruggemann,M.等,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。或者，可以采用非放射性测定方法(见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定法(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA；和CYTOTOX 非放射性细胞毒性测定法(Promega,Madison,WI))。对于此类测定法有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外，可以在体内评估感兴趣分子的ADCC活性，例如在动物模型中，诸如披露于Clynes等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)的。也可以实施C1q结合测定法以确认抗体不能结合C1q，并且因此缺乏CDC活性。见例如WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活，可以实施CDC测定法(见例如Gazzano-Santoro等,J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg等,Blood 101:1045-1052(2003)；及Cragg等,Blood 103:2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法来实施FcRn结合和体内清除/半衰期测定(见例如Petkova等,Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基238,265,269,270,297,327和329中的一个或多个的替代的(美国专利No.6,737,056和8,219,149)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265，269，270，297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体，包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581和8,219,149)。
描述了具有改善的或降低的对FcR的结合的某些抗体变体(见例如美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312，及Shields等,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001))。
在某些实施方案中，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代，例如Fc区的位置298，333，和/或334(残基的EU编号方式)的替代的Fc区。
在一些实施方案中，对Fc区做出改变，其导致改变的(即，改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如记载于美国专利No.6,194,551，WO 99/51642，及Idusogie等,J.Immunol.164:4178-4184(2000)的。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体记载于美国公开文本No.2005/0014934A1，新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等,J.Immunol.117:587(1976)及Kim等,J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424或434中的一处或多处具有替代，例如，Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。
还可见Duncan和Winter,Nature 322:738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；及WO 94/29351，其关注Fc区变体的其它例子。
d.经半胱氨酸工程化改造的抗体变体
在某些实施方案中，可以期望创建经半胱氨酸工程化改造的抗体，例如，“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基替代。在特定的实施方案中，替代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸替代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可以用于将抗体与其它模块，诸如药物模块或接头-药物模块缀合，以创建免疫缀合物，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，可以用半胱氨酸替代下列残基之任一个或多个：轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述生成经半胱氨酸工程化改造的抗体。
e.抗体衍生物
在某些实施方案中，可以进一步修饰本文中提供的抗体以含有本领域知道的且易于获得的额外非蛋白质性质模块。适合于抗体衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG)，乙二醇/丙二醇共聚物，羧甲基纤维素，右旋糖苷，聚乙烯醇，聚乙烯吡咯烷酮，聚-1,3-二氧戊环，聚-1,3,6-三噁烷，乙烯/马来酸酐共聚物，聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)，和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇，丙二醇均聚物，环氧丙烷/环氧乙烷共聚物，聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)，聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在生产中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量，而且可以是分支的或不分支的。附着到抗体上的聚合物数目可以变化，而且如果附着了超过一个聚合物，那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言，可根据下列考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体要改进的具体特性或功能，抗体衍生物是否将用于指定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中，提供了抗体和可以通过暴露于辐射选择性加热的非蛋白质性质模块的缀合物。在一个实施方案中，非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的，并且包括但不限于对普通细胞没有损害，但是将非蛋白质性质模块加热至抗体-非蛋白质性质模块附近的细胞被杀死的温度的波长。
f.免疫缀合物
本发明还提供了包含与一种或多种细胞毒剂，诸如化疗剂或药物，生长抑制剂，毒素(例如蛋白质毒素，细菌，真菌，植物或动物起源的酶活性毒素，或其片段)，或放射性同位素缀合的本文中的抗体(例如抗VEGF抗体)的免疫缀合物。
在一个实施方案中，免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体与一种或多种药物缀合，包括但不限于美登木素生物碱(见美国专利No.5,208,020，5,416,064和欧洲专利EP 0 425 235B1)；auristatin诸如单甲基auristatin药物模块DE和DF(MMAE和MMAF)(见美国专利No.5,635,483,5,780,588及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素(calicheamicin)或其衍生物(见美国专利No.5,712,374,5,714,586,5,739,116,5,767,285,5,770,701,5,770,710,5,773,001和5,877,296；Hinman等,Cancer Res.53:3336-3342(1993)；及Lode等,Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(见Kratz等,Current Med.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等,Bioorganic&Med.Chem.Letters16:358-362(2006)；Torgov等,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002)；King等,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)诸如多西他赛(docetaxel)，帕利他赛，larotaxel，tesetaxel，和ortataxel；单端孢霉素(trichothecene)；和CC1065。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文中所描述的抗体，所述酶活性毒素包括但不限于白喉A链，白喉毒素的非结合活性片段，外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa))，蓖麻毒蛋白(ricin)A链，相思豆毒蛋白(abrin)A链，蒴莲根毒蛋白(modeccin)A链，α-帚曲霉素(sarcin)，油桐(Aleuritesfordii)毒蛋白，香石竹(dianthin)毒蛋白，美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI，PAPII和PAP-S)，苦瓜(Momordica charantia)抑制物，麻疯树毒蛋白(curcin)，巴豆毒蛋白(crotin)，肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂，白树毒蛋白(gelonin)，丝林霉素(mitogellin)，局限曲菌素(restrictocin)，酚霉素(phenomycin)，依诺霉素(enomycin)和单端孢菌素(tricothecenes)。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文中所描述的抗体。多种放射性同位素可用于生成放射性缀合物。例子包括At211，I131，I125，Y90，Re186，Re188，Sm153，Bi212，P32，Pb212和Lu的放射性同位素。在使用放射性缀合物进行检测时，它可以包含供闪烁法研究用的放射性原子，例如tc99m或I123，或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像，MRI)用的自旋标记物，诸如再一次的碘-123，碘-131，铟-111，氟-19，碳-13，氮-15，氧-17，钆，锰或铁。
可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来生成抗体和细胞毒剂的缀合物，诸如N-琥珀酰亚氨基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)，琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)，亚氨基硫烷(IT)，亚氨酸酯(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯)，活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯)，醛类(诸如戊二醛)，双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)，双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)，二异硫氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)，和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)的双功能衍生物。例如，可以如Vitetta等,Science 238:1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体缀合的例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可切割接头”。例如，可使用酸不稳定接头，肽酶敏感性接头，光不稳定接头，二甲基接头或含二硫化物接头(Chari等,Cancer Res 52:127-131(1992)；及美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确涵盖，但不限于用交联试剂制备的此类缀合物，所述交联试剂包括但不限于BMPS，EMCS，GMBS，HBVS，LC-SMCC，MBS，MPBH，SBAP，SIA，SIAB，SMCC，SMPB，SMPH，sulfo-EMCS，sulfo-GMBS，sulfo-KMUS，sulfo-MBS，sulfo-SIAB，sulfo-SMCC，sulfo-SMPB，和SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，它们是商品化的(例如，来自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
D.药物配制剂
以冻干配制剂或水溶液的形式通过混合具有期望程度的纯度的拮抗剂与任选的药学可接受载剂，赋形剂，或稳定剂来制备依照本发明使用的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)的治疗配制剂供贮存。关于配制剂的一般信息参见例如Gilman etal.(eds.)The Pharmacological Bases of Therapeutics,8th Ed.,Pergamon Press,1990；A.Gennaro(ed.),Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th Edition,MackPublishing Co.,Pennsylvania,1990；Avis et al.(eds.)Pharmaceutical DosageForms:Parenteral Medications Dekker,New York,1993；Lieberman et al.(eds.)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets Dekker,New York,1990；Lieberman et al.(eds.),Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems Dekker,New York,1990；及Walters(ed.)Dermatological and Transdermal Formulations(Drugs and thePharmaceutical Sciences),Vol 119,Marcel Dekker,2002。
可接受载剂，赋形剂，或稳定剂在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的,而且包括缓冲剂，诸如磷酸盐，柠檬酸盐，和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵；苄索氯铵；酚，丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清清蛋白，明胶，或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸，谷氨酰胺，天冬酰胺，组氨酸，精氨酸，或赖氨酸；单糖，二糖，和其它碳水化合物，包括葡萄糖，甘露糖，或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖，诸如蔗糖，甘露醇，海藻糖或山梨醇；成盐反荷离子，诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如TWEENTM，PLURONICSTM，或聚乙二醇(PEG)。
本文中的配制剂还可含有多于一种活性化合物，优选活性互补且彼此没有不利影响的那些。此类药物的类型和有效量取决于例如配制剂中存在的拮抗剂的量和类型，和患者的临床参数。
活性组分还可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)，在胶状药物投递系统中(例如脂质体，清蛋白微球体，微乳剂，纳米颗粒和纳米胶囊)或在粗滴乳状液中。此类技术披露于Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.,1980。
可制备持久释放制剂。持久释放制剂的合适例子包括含有拮抗剂的固体疏水性聚合物的半透性基质，该基质为成形制品形式，例如膜或微胶囊。持久释放基质的例子包括聚酯，水凝胶(例如聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)，或聚(乙烯醇))，聚交酯(美国专利No.3,773,919)，L-谷氨酸和L-谷氨酸γ-乙酯的共聚物，不可降解的乙烯-乙酸乙烯，可降解的乳酸-乙醇酸共聚物诸如LUPRON DEPOTTM(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林构成的可注射微球体)，和聚-D-(-)-3-羟基丁酸。
用于体内施用的配制剂必须是无菌的。这容易通过穿过无菌滤膜过滤来实现。
要理解的是，任何上述制品可包括本文中描述的免疫缀合物，作为PD-L1轴结合拮抗剂的替代或补充。
E.诊断试剂盒和制品
本文中提供的是诊断试剂盒，其包含一种或多种用于测定来自具有疾病或病症(例如癌症，包括肾癌)的患者或个体的样品中本发明生物标志物(例如本文中，例如上文或实施例中描述的任何生物标志物，例如表2中列出的生物标志物)的存在的试剂。在一些实施方案中，样品中存在生物标志物指示当用VEGF拮抗剂治疗个体时更高可能性的功效。在一些实施方案中，样品中缺失生物标志物指示当用VEGF拮抗剂治疗具有疾病的个体时更低可能性的功效。在一些实施方案中，试剂盒可用于实施本文中描述的监测或治疗癌症患者的任何方法。任选的是，试剂盒可进一步包括如果该个体在样品中表达该生物标志物的话使用该试剂盒选择药物(例如VEGF拮抗剂，诸如抗VEGF抗体，诸如贝伐珠单抗)来治疗该疾病或病症的用法说明书。在另一个实施方案中，该用法说明书关于如果该个体在该样品中不表达该生物标志物的话使用该试剂盒选择除VEGF拮抗剂以外的药物。
本文中还提供的是制品，其包括包装在一起的药学可接受载剂中的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体)和指出该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体)用于基于生物标志物(例如本文中，例如上文或实施例中描述的任何生物标志物，例如表2中列出的生物标志物)的表达来治疗具有疾病或病症(例如癌症)的患者的包装插页。治疗方法包括本文中公开的任何治疗方法。进一步提供的是涉及一种用于制造制品的方法的发明，其包括在包装中组合包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体)的药物组合物和指出该药物组合物用于基于生物标志物(例如本文中，例如上文或实施例中描述的任何生物标志物，例如表2中列出的生物标志物)的表达来治疗具有疾病或病症的患者的包装插页。
制品可包括例如容器和容器上或与容器联合的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶，管形瓶，注射器，等等。容器可以自多种材料诸如玻璃或塑料形成。容器装有或含有包含癌症药物作为活性剂的组合物，而且可具有无菌存取口(例如，容器可以是具有由皮下注射针可刺穿的塞子的管形瓶或静脉内溶液袋)。
制品可进一步包括第二容器，其装有药学可接受稀释缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)，磷酸盐缓冲盐水，林格(Ringer)氏溶液，和/或右旋糖溶液。制品可进一步包括从商业和用户立场看期望的其它材料，包括其它缓冲液，稀释剂，滤器，针，和注射器。
本发明的制品还包括信息，例如以包装插页的形式，其指出该组合物用于基于本文中的生物标志物的表达水平来治疗癌症。插页或标签可采取任何形式，诸如纸或在电子介质上，诸如磁记录介质(例如软盘)，CD-ROM，通用串行总线(USB)闪存驱动器，等等。标签或插页还可包括关于试剂盒或制品中的药物组合物和剂量形式的其它信息。
实施例
实施例1：材料和实验方法
A.研究设计
实施例1-4中描述的Ib期研究的目标是评价与通过静脉内输注每3周(q3w)并行施用于具有先前未治疗的晚期转移性肾细胞癌(mRCC)的患者的贝伐珠单抗(一种人，单克隆，工程化改造的抗VEGF抗体)组合时，抗PD-L1抗体阿特珠单抗的安全性和耐受性。只要调查人员的意见是患者经历临床益处(即没有归于疾病进展的症状性恶化或不可接受的毒性)就继续治疗。如果怀疑是假进展的话或如果有混合响应的证据的话，根据调查人员的斟酌容许患者继续接受研究治疗。研究目标包括评价肿瘤和与贝伐珠单抗和阿特珠单抗的施用有关的循环中药效学标志物和初步评估该治疗组合的抗肿瘤活性。
在筛选时及贯穿试验实施安全性评价(临床和实验室)。到最后一剂之后30天发生最终的评价。依照国家癌症研究院不良事件常用术语标准(CTCAE)，4.0版对不良事件(AE)的发病率，性质和严重程度分级。
在筛选时记录任何可评价或可测量疾病并在每次肿瘤评价时再评估。在周期2，4，6，8，12和16结束时或根据临床指示实施肿瘤评价。在药物施用周期的最后一周期间及在开始下一个周期的治疗之前实施评估。出于除了疾病进展以外的原因中止研究治疗的患者继续进行每12周的肿瘤评估直至患者经历疾病进展，启动别的系统性癌症疗法，或死亡。
方案定义的剂量限制性毒性(DLT)标准包括标准≥3或4级血液学和非血液学毒性。剂量给药以阿特珠单抗的推荐2期剂量开始，与贝伐珠单抗的标签q3w剂量组合，而且没有报告DLT。
B.患者
如果患者具有晚期或转移性RCC且并未为此接受在先系统疗法的话，他们适格参与Ib期研究的这个队列。患者要求至少18岁；具有适当的血液学和末梢器官功能；且具有0或1的东部肿瘤学协作组性能状态。疾病必须是遵照实体瘤响应评价标准(RECIST)可测量的。排除具有已知的重大中枢神经系统(CNS)恶性或症状性CNS转移，自身免疫病的历史或风险，或人免疫缺陷病毒的历史，乙型肝炎，或丙型肝炎感染的患者。还排除接受过抗CTLA-4，抗PD-1，或抗PD-L1治疗性抗体或途径靶向剂的在先治疗的患者以及在研究开始之前的规定时段内用系统性免疫刺激剂或系统性免疫抑制性药疗治疗过的患者。
在研究中的十名患者中，六人在两个治疗后时间点均产生具有足够可存活肿瘤细胞的活检。在这六对(即在两个治疗时时间点时来自相同患者的活检)中，七份衍生自肾损害，四份来自腹/胸壁，一份来自肺损害，一份来自淋巴结，且五份来自未披露的损害。
C.针对PD-L1，CD8，和MHC-I的免疫组织化学分析
在自动化染色平台(BenchMark；Ventana)上将4μm厚度的福尔马林固定，石蜡包埋(FFPE)组织切片使用4.3mg/ml的浓度用抗人PD-L1家兔单克隆抗体(克隆SP142；Ventana，Tucson，AZ)针对PD-L1染色，用二氨基联苯胺显现信号；将切片用苏木精复染色。对肿瘤细胞和肿瘤浸润性免疫细胞评价PD-L1表达。对于肿瘤细胞，作为肿瘤细胞总数目的百分比估算PD-L1阳性肿瘤细胞的比例；肿瘤细胞典型地显示膜染色及可变的强胞质染色成分。给定肿瘤样品内PD-L1阳性肿瘤细胞的分布典型地非常集中；在作为固体聚集物生长中的肿瘤中，更加常见地在恶性细胞和含有肿瘤浸润性免疫细胞的基质之间的界面处观察到PD-L1阳性肿瘤细胞。对于肿瘤浸润性免疫细胞，测定占据肿瘤的PD-L1阳性肿瘤浸润性免疫细胞的百分比。具有可清楚辨别的胞质的肿瘤浸润性免疫细胞，诸如巨噬细胞和树突细胞，对于PD-L1显示膜染色样式。这对于具有少量胞质的小淋巴样形态的细胞更加难以确定。典型地作为朝向肿瘤块外周的可变尺寸的聚集物，在分割肿瘤块的基质条带中，作为基质中分散的单细胞，或在肿瘤浸润性免疫细胞聚集物内看到PD-L1阳性肿瘤浸润性免疫细胞。如果每个区域有<1％，≥1％但<5％，≥5％但<10％，或≥10％的细胞呈PD-L1阳性的话，分别将标本打分为IHC 0，1，2，或3。具有多份标本的患者中的PD-L1IHC得分基于最高得分。使用CC1抗原修复和OMNIMAPTM(Ventana)检测技术在Discovery XT自动染色仪(Ventana)上实施CD8(克隆SP16(Epitomics))IHC。
在Ventana Discovery XT自动化平台(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)上进行所有MHC-I IHC步骤。将切片用Cell Conditioner 1处理标准时间，然后在1:5000稀释度的一抗，MHC I类(EP1395Y，Novus，目录号NB110-57201)中于37℃温育60分钟。通过OMNIMAPTM抗家兔HRP检测试剂盒，接着是DAB(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)来检测结合的一抗。将切片用苏木精II(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)复染色4分钟，变蓝溶液4分钟，然后脱水并盖上盖片。平行使用内源表达低，中等，和高MHC-I的人细胞团粒作为阳性对照。使用家兔单克隆(克隆DA1E，Cell Signaling Technology，目录号3900S)同种型抗体实施阴性对照。使用H得分系统对肿瘤细胞中的MHC-I染色打分。简言之，给肿瘤细胞膜的染色强度指派0，1，2，或3的数值，分别对应于无，低，中等，或高3,3’-二氨基联苯胺(DAB)信号强度。相对于整个肿瘤区域，通过目视评估来确定不同染色强度的细胞的百分比。如下通过将给定肿瘤样品中存在的每种群体的膜强度得分乘以面积百分比来计算最终的得分：1×(1+细胞的％)+2×(2+细胞的％)+3×(3+细胞的％)＝H得分。由两位独立病理学家对案例打分。打分等级定义为≤100，101-200，和201-300的得分，而且一致定义为独立得分落在相同等级内。通过相互审查案例来解决任何不一致。
D.双和三色免疫组织化学和全载片数字分析
使用Ventana Benchmark XT或Benchmark Ultra自动化平台(Ventana MedicalSystems；Tucson，AZ)将FFPE肿瘤组织的连续4μm厚度切片用下述内部开发的IHC测定法染色：Ki67/CD8，PDPN/CD34/ASMA，和CD163/CD68。
对于Ki67/CD8测定法，将切片用Cell Conditioner 1处理64分钟。然后将切片在一抗，Ki67(30-9，RTU，Ventana)中于37℃温育4分钟。通过OptiView DAB IHC检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)来检测结合的一抗。随后，将载片在1:100稀释度的一抗抗CD8(SP239，Spring Biosciences)中于37℃温育60分钟。通过UltraViewUniversal AP Red检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)来检测结合的一抗。将切片用苏木精II(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)复染色4分钟，变蓝溶液4分钟，然后脱水并盖上盖片。
对于PDPN/CD34/ASMA测定法，将切片用Cell Conditioner 1处理32分钟。然后将切片在一抗抗Podoplanin(D2-40，RTU，Ventana)中于37℃温育16分钟。通过OptiView DABIHC检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)来检测结合的一抗。随后，将载片在一抗抗CD34(QBEnd/10；RTU，Ventana)中于37℃温育16分钟。通过iView Blue Plus检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)来检测结合的一抗。最后，将载片在一抗抗平滑肌肌动蛋白(“SMActin”)(1A4；RTU，Ventana)中于37℃温育16分钟。通过UltraViewUniversal AP Red检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)来检测结合的一抗。将切片用苏木精II(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)复染色4分钟，变蓝溶液4分钟，然后脱水并盖上盖片。
对于CD163/CD68测定法，将切片用Cell Conditioner 1处理32分钟并在一抗抗CD163(MRQ-26，RTU，Ventana)中于37℃温育8分钟。通过OptiView DAB IHC检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)来检测结合的一抗。随后，将载片在一抗抗CD68(KP-1，RTU，Ventana)中于37℃温育8分钟。通过UltraView Universal AP Red检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson，AZ)来检测结合的一抗。将切片用苏木精II(VentanaMedical Systems；Tucson，AZ)复染色4分钟，变蓝溶液4分钟，然后脱水并盖上盖片。依照已知方法实施适宜的阴性和阳性对照。
用于全载片基础上IHC染色对象的检测和归类的算法以Matlab书写。在明视场染料离析后，作为细胞候选检测IHC染色对象。对于所有细胞候选，提取定量特征。然后使用有监督机器学习将候选归类入各种细胞类别(例如CD8+/Ki67-细胞)。使用真和假染色对象的地面真相图库(a ground truth gallery)(由病理学家提供)训练归类方法。最后，报告归类的细胞和肿瘤区域(由病理学家经由数字载片注解提供)并生成质量控制(QC)图像供病理学审查用。如下为肿瘤区域报告自动化数字载片分析的结果：Ki67-/CD8+和Ki67+/CD8+细胞密度(每mm2细胞计数的数目)，CD68+/CD163+和CD68+/CD163-的面积覆盖率百分比(关于整个肿瘤区域的面积覆盖率)，CD34+/αSMA-和CD34+/αSMA+血管密度(每mm2血管计数)。
E.自FFPE肿瘤组织分离RNA
如Schleifman et al.(PLoS One 8:e74231,2014)所述实施RNA分离。简言之，宏观解剖肿瘤FFPE切片以富集赘生组织，并使用肿瘤裂解缓冲液和蛋白酶K裂解组织以容许完全消化和释放核酸。依照制造商的方案使用高纯FFPE RNA微量试剂盒(Roche AppliedSciences，Indianapolis，IN)分离RNA。依照制造商的方案使用DNA FFPE组织试剂盒(Qiagen，Hilden，Germany)分离DNA。以280uC保存RNA和DNA直至实施分析。
F.Fluidigm和Nanostring表达分析
如Schleifman et al.(PLoS One 8:e74231,2014)所述使用BioMark HDTM实时PCR平台(Fluidigm)实施基因表达分析。该表达小组中的所有测定法使用FAMTM染料标记的小沟结合物(MGB)探针且经由Life Technologies订制，或是依订单制作的或是客户设计的，包括四种参照基因：SP2，GUSB，TMEM55B和VPS33B。为每一份样品计算四种参照基因(SP2，GUSB，TMEM55B和VPS33B)的Ct值的几何中值，并如下使用德耳塔Ct(ΔCt)方法确定表达水平：Ct(靶基因)2几何中值Ct(参照基因)。使用研究中的患者间的中值mRNA表达水平(如通过免疫芯片(iChip)测量的)作为截留来衍生高对低表达分类。通过t检测确定P值。
使用R/Bioconductor包“NanoStringQCPro”加工NanoString基因表达数据。以阳性对照计数调整原始计数，之后基于阴性对照和空白测量二者计算探针和道特异性背景。背景修正后，对计数进行log2换算并以持家基因表达(TMEM55B，VPS33B，TBP，和TUBB)标准化。
G.TCR测序
如Klinger et al.(PLoS One 8:e74231,2013)所述在AdaptiveBiotechnologies实施TCRβ全集的扩增和测序。
H.流式细胞术
依照已建立的方案在LabCorp中心实验室实施针对CD3，CD8，HLA-DR，和Ki-67表达的全血流式细胞术。在Precision Bioservices分离外周血单个核细胞(PBMC)并将冷冻保存的样品运输至Gementech进行Fractalkine受体表达的分析和肿瘤特异性T细胞的检测。将PBMC融化并休息过夜，并对小份细胞用抗HLA-A2-FITC(BB7.2，BD)和抗CD45-APC-H7(2D1，BD)染色以测定HLA-A2状态。将剩余细胞用HLA-A*0201/肽六聚物(dextramer)和五聚物(pentamers)(Immudex and Proimmune，见表1)的混合物于室温染色10分钟，接着用抗CD3-BV510(UCHTI，Biolegend)，抗CD8-A700(RPA-T8，BD)，抗CD4-PE-Cy7(RPA-T4，eBioscience)，抗CD45RA-eVolve605(HI100，eBioscience)，抗CCR7-BV421(G043H7，Biolegend)，抗CX3CR1-PerCP-eFluor710(2A9-1，eBioscience)，和可固定存活力染料eFluor780(eBioscience)在冰上染色30分钟。将样品清洗两次，之后在运行FACSDIVATM v8软件的BD FACSARIATM上获取数据及分选。50,000个CD8+T细胞中有最少10例六聚物阳性事件认为是肿瘤特异性响应。表3显示用于流式细胞术的六聚物的列表。
表3：用于流式细胞术的六聚物
I.统计分析
使用来自所有十名接受超过一剂阿特珠单抗和贝伐珠单抗静脉内每21天的具有RCC的患者的数据来确定基线特征和不良事件率。依照RECIST v1.1评估功效。最好的经过确认的总体客观响应率派生自调查人员报告的评估。客观响应率(ORR)定义为具有完全或部分响应的最好的总体客观响应的患者的数目除以具有基线肿瘤评估的患者的总数目。
在最后一次肿瘤评估时审查在截止日时活着且没有经历疾病进展的患者。通过Kaplan Meier方法获得响应的持续时间。提供来自所有十名患者的所有AE，治疗相关AE，和3-4级AE的汇总。
实施例2：基因表达分析鉴定与贝伐珠单抗单一疗法和贝伐珠单抗和阿特珠单抗组合疗法有关的生物标志物
在10名具有先前未治疗的mRCC的患者中实施1b期临床研究，在C1D1接受单剂贝伐珠单抗，接着在C2D1开始每三周阿特珠单抗和贝伐珠单抗的组合施用。患者队列的基线人口统计学显示于表4。使用RECIST v1.1在十名患者中的四人中观察到部分响应(PR)，而另有五名患者具有延长的稳定疾病(SD)(图1和2)。在这个小队列中观察到的临床活性比先前用单一疗法任一获得的要高。没有达到响应的持续时间且响应前时间中值为4.2个月。
表4：基线人口统计学
特征 N＝10
年龄中值(范围)，y 62(42-74)
男性，n(％) 7(70％)
具有转移性疾病的患者，n(％) 8(80％)
肝或肺 5(50％)
除肝以外 6(60％)
在安全性，耐受性，和临床活性以外，上文描述的Ib期研究的一项关键目标是评价组合活性的机制。试验设计包括贝伐珠单抗的插入期(用于专门调查贝伐珠单抗对局部肿瘤免疫微环境的影响)，接着是与使用阿特珠单抗的免疫检查点阻断的组合疗法。在治疗前，在贝伐珠单抗后15-18天，及在阿特珠单抗和贝伐珠单抗组合治疗启动之后4-6周收集肿瘤活检和血液。
为了鉴定与贝伐珠单抗单一疗法或组合疗法有关的肿瘤标志物，使用一个90种基因基于PCR的Fluidigm小组和一个800种基因定制NanoString小组二者实施基因表达分析(图3和4)。与新血管系统有关的基因(其反映VEGF下游信号传导活性)在所有患者中在两个治疗时时间点时均显著降低(图3)，确认贝伐珠单抗的抗血管发生活性。令人惊讶的是，治疗前时间点和单独贝伐珠单抗治疗时间点的比较揭示Th1趋化因子(CXCL9，CXLC10，CXCL11，和CXCL13)(范围为相对于治疗前水平约0.7倍至6.9倍)，CD8T效应标志物(CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，和PRF1)(范围为相对于治疗前水平约0.4倍至6.2倍)，以及NK细胞标志物(GZMB，KLRK1，和SLAMF7)(范围为相对于治疗前水平约0.7倍至8.2倍)的基因表达有升高(图3)。贝伐珠单抗治疗导致六名患者中四人显示与Th1信号传导有关的基因签名显著升高。重要的是，在个体患者水平，这些签名与VEGF依赖性签名的降低程度去联系。通过IHC显示的FasL表达已经描述为包括RCC在内的数种癌症中免疫细胞的潜在屏障(Motzet al.Nat.Med.20:607-615,2014)。在这项研究中，对贝伐珠单抗或组合治疗没有观察到FasL基因表达的一致变化。总之，这些差异指示单独的贝伐珠单抗治疗导致对肿瘤免疫微环境的调控，其中Th1相关签名反映肿瘤微环境中最显著的由治疗诱导的改变。
实施例3：在两个治疗时时间点时贝伐珠单抗单一疗法或组合疗法后血管和免疫应答的生物标志物的表征
为了确认在肿瘤中观察到的免疫和血管基因表达变化，通过免疫组织化学评价治疗前和治疗时组织中的免疫和血管蛋白质表达变化。观察到CD31(血管衬里内皮细胞的标志物)的降低(图5和6)。CD34(内皮细胞的另一种标志物)与α-平滑肌肌动蛋白(αSMA)的双重染色显示未成熟或不稳定血管(CD34+/αSMA-)主要受到贝伐珠单抗治疗影响(图7和8)，与发表的其它报告一致(见例如Gasparini et al.Nat.Clin.Pract.Oncol.2:562-577,2005)。组合治疗还显现内皮细胞的形态学变化，与ipilumimab和贝伐珠单抗治疗后转移性黑素瘤中的发现一致(见例如Hodi et al.Cancer Immunol.Res.2:632-642,2014)。另外，在治疗时在四名患者中观察到CD68+/CD163+但非CD68+/CD163-巨噬细胞的环境定位(contextual localization)，邻近未成熟血管但非成熟血管，这很大程度不受贝伐珠单抗疗法影响(图7，9，和10)。不希望受理论束缚，一种潜在解释是定位于不稳定血管的巨噬细胞可能响应炎症和由贝伐珠单抗引起的血管诱导的变化。巨噬细胞已经显示通过分泌VEGF来促进血管化(Lamagna et al.J.Leukoc.Biol.80:705-713,2006)，而且在治疗时在肿瘤中VEGF转录物表达上调(图11)。
在除一人以外的所有患者中在组合治疗后肿瘤内CD8+T细胞升高是显著的(图5，6，和12)。然而，PD-L1(它是IFN-γ响应基因)的上调仅仅在一名患者(其展现PR)中通过免疫组织化学检测到(图5)。相反且出乎意料的是，在贝伐珠单抗和组合治疗二者后观察到MHC-I染色的伴随升高(图5和6)。抗VEGF抗体疗法对MHC-I的调控先前没有记载且并非一贯与CD8+T细胞升高相关。先前的研究发现低氧与经由HIF-1α升高的MHC-I表达有联系(Ghoshet al.Mol.Cell.Biol.33:2718-2731,2013)。
为了解决组合疗法后CD8+T细胞密度升高是否归于增强的肿瘤内增殖或升高的运输，采用CD8与增殖标志物Ki67的双重免疫组织化学染色。Ki67+/CD8+细胞对Ki67-/CD8+细胞的比在治疗时保持不变化(图7，13，14A-14C，15A-15C，和16A-16C)，提示CD8+T细胞升高不是由于增强的肿瘤内增殖，而是由于升高的增殖中CD8+T细胞运输和浸润。
实施例4：组合疗法后抗原特异性T细胞应答的表征
为了确认肿瘤内CD8+T细胞的升高是否是由于升高的运输，通过流式细胞术测定外周中的细胞群体的表型。使用含有先前描述的RCC肿瘤抗原肽(表1)的HLA-A2六聚物来测定患者血液中是否存在抗原特异性T细胞及这些细胞群体是否随治疗而变化。在10名患者中，只有两名HLA-A2阳性患者在治疗前时间点时对于Dex-APC通道中的细胞呈阳性(图19)。在这两名患者中，只有患者6展现肿瘤内CD8+T细胞升高。有趣的是，到组合治疗后时间点时患者6的Dex-APC阳性染色降低至少3倍，但是没有显示肿瘤内CD8+T细胞升高的患者2没有。这些变化可提示自外周入肿瘤的RCC抗原特异性T细胞运输。
基因表达数据还指示在治疗时患者肿瘤中数种其它趋化因子和趋化因子受体升高(图20)。最显著的变化发生于Fractalkine(CX3CL1)，已知它在炎性或低氧环境中在激活的内皮细胞的膜上表达(Szukiewicz et al.Mediators Inflamm.2013:437576,2013；Umehara et al.Arterioscler.Thromb.Vasc.Biol.24:34-40,2004)。
Fractalkine的受体，CX3CR1，已经显示在武装的CD8+T细胞(穿孔蛋白+/粒酶B+)上表达(Nishimura et al.J.Immunol.168:6173-6180,2002)。在本研究中，CX3CR1在组合治疗后在外周CD8+T细胞上上调(图13)。而且，大多数六聚物阳性细胞(图19)还表达CX3CR1(患者2和6分别为84％和100％；图16A和16C)。治疗时肿瘤中Fractalkine和其它趋化因子和CD8+T细胞上CX3CR1的协同上调提示CD8+T细胞肿瘤浸润升高的一种机制。
对肿瘤实施T细胞受体(TCR)测序并自匹配的PBMC分选CD8+T细胞以调查T细胞进入肿瘤的运输和T细胞全集中由治疗诱导的变化。来自患者3和6的治疗前和治疗时TIL的头等克隆的比较显示一些克隆在治疗时得到保留(图21A-21C和22)。有克隆在单独的贝伐珠单抗后出现而其它克隆仅仅在组合疗法之后浮现。还有克隆在治疗前肿瘤中检测到但在治疗时肿瘤中没有检测到。总之，肿瘤内T细胞组成中的这些动态变化提示抗肿瘤T细胞应答在治疗时进化。
对来自分选的外周CD8+T细胞的TCR序列的评价显示许多头等克隆在治疗前和治疗时样品之间得到维持，但是在PBMC较之治疗时TIL中找到的克隆之间也有一些交叠(图23A和23B)。特别地，患者2的PBMC和TIL之间没有共享的克隆，该患者中的肿瘤内CD8+T细胞在治疗时没有升高。对于患者3和6，有一些克隆在PBMC和TIL之间以相似频率存在。对Adaptive Public Clone Database的blast揭示一些头等PBMC克隆有可能识别病毒抗原，但是这些克隆中只有一些在TIL中检测到，进一步提示肿瘤抗原特异性T细胞可迁移入肿瘤(图24)。治疗时TIL中的绝大多数头等克隆在血液中以低得多的水平存在而血液中的大多数优势克隆在肿瘤中检测不到。因为头等克隆的相对比例在PBMC中与TIL相比没有得到维持，这可提示肿瘤中由组合治疗诱导的CD8+T细胞升高经由选择性运输机制发生。还可能的是浸润是非偏移的且有抗原特异性T细胞在肿瘤中的停留。
其它实施方案
虽然为了清楚理解的目的已经通过举例说明较为详细地描述了前述发明，但是描述和例子不应解释为限制本发明的范围。通过援引明确完整收录本文中引用的所有专利和科学文献的公开内容。
序列表
<110> 基因泰克公司（Genentech, Inc.）
豪夫迈·罗氏有限公司（F. Hoffmann-La Roche AG）
<120> 用于监测和治疗癌症的方法
<130> 50474-128WO2
<150> US 62/323,280
<151> 2016-04-15
<160> 38
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1975
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 1
acuuuccccc cucggcgccc caccggcucc cgcgcgccuc cccucgcgcc cgagcuucga 60
gccaagcagc guccugggga gcgcgucaug gccuuaccag ugaccgccuu gcuccugccg 120
cuggccuugc ugcuccacgc cgccaggccg agccaguucc gggugucgcc gcuggaucgg 180
accuggaacc ugggcgagac aguggagcug aagugccagg ugcugcuguc caacccgacg 240
ucgggcugcu cguggcucuu ccagccgcgc ggcgccgccg ccagucccac cuuccuccua 300
uaccucuccc aaaacaagcc caaggcggcc gaggggcugg acacccagcg guucucgggc 360
aagagguugg gggacaccuu cguccucacc cugagcgacu uccgccgaga gaacgagggc 420
uacuauuucu gcucggcccu gagcaacucc aucauguacu ucagccacuu cgugccgguc 480
uuccugccag cgaagcccac cacgacgcca gcgccgcgac caccaacacc ggcgcccacc 540
aucgcgucgc agccccuguc ccugcgccca gaggcgugcc ggccagcggc ggggggcgca 600
gugcacacga gggggcugga cuucgccugu gauaucuaca ucugggcgcc ccuggccggg 660
acuugugggg uccuucuccu gucacugguu aucacccuuu acugcaacca caggaaccga 720
agacguguuu gcaaaugucc ccggccugug gucaaaucgg gagacaagcc cagccuuucg 780
gcgagauacg ucuaacccug ugcaacagcc acuacauuac uucaaacuga gauccuuccu 840
uuugagggag caaguccuuc ccuuucauuu uuuccagucu uccucccugu guauucauuu 900
ucaugauuau uauuuuagug ggggcggggu gggaaagauu acuuuuucuu uauguguuug 960
acgggaaaca aaacuaggua aaaucuacag uacaccacaa gggucacaau acuguugugc 1020
gcacaucgcg guagggcgug gaaaggggca ggccagagcu acccgcagag uucucagaau 1080
caugcugaga gagcuggagg cacccaugcc aucucaaccu cuuccccgcc cguuuuacaa 1140
agggggaggc uaaagcccag agacagcuug aucaaaggca cacagcaagu caggguugga 1200
gcaguagcug gagggaccuu gucucccagc ucagggcucu uuccuccaca ccauucaggu 1260
cuuucuuucc gaggccccug ucucagggug aggugcuuga gucuccaacg gcaagggaac 1320
aaguacuucu ugauaccugg gauacugugc ccagagccuc gaggagguaa ugaauuaaag 1380
aagagaacug ccuuuggcag aguucuauaa uguaaacaau aucagacuuu uuuuuuuuau 1440
aaucaagccu aaaauuguau agaccuaaaa uaaaaugaag uggugagcuu aacccuggaa 1500
aaugaauccc ucuaucucua aagaaaaucu cugugaaacc ccuacgugga ggcggaauug 1560
cucucccagc ccuugcauug cagaggggcc caugaaagag gacaggcuac cccuuuacaa 1620
auagaauuug agcaucagug agguuaaacu aaggcccucu ugaaucucug aauuugagau 1680
acaaacaugu uccugggauc acugaugacu uuuuauacuu uguaaagaca auuguuggag 1740
agccccucac acagcccugg ccuccgcuca acuagcagau acagggauga ggcagaccug 1800
acucucuuaa ggaggcugag agcccaaacu gcugucccaa acaugcacuu ccuugcuuaa 1860
gguaugguac aagcaaugcc ugcccauugg agagaaaaaa cuuaaguaga uaaggaaaua 1920
agaaccacuc auaauucuuc accuuaggaa uaaucuccug uuaauauggu guaca 1975
<210> 2
<211> 235
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 2
Met Ala Leu Pro Val Thr Ala Leu Leu Leu Pro Leu Ala Leu Leu Leu
1 5 10 15
His Ala Ala Arg Pro Ser Gln Phe Arg Val Ser Pro Leu Asp Arg Thr
20 25 30
Trp Asn Leu Gly Glu Thr Val Glu Leu Lys Cys Gln Val Leu Leu Ser
35 40 45
Asn Pro Thr Ser Gly Cys Ser Trp Leu Phe Gln Pro Arg Gly Ala Ala
50 55 60
Ala Ser Pro Thr Phe Leu Leu Tyr Leu Ser Gln Asn Lys Pro Lys Ala
65 70 75 80
Ala Glu Gly Leu Asp Thr Gln Arg Phe Ser Gly Lys Arg Leu Gly Asp
85 90 95
Thr Phe Val Leu Thr Leu Ser Asp Phe Arg Arg Glu Asn Glu Gly Tyr
100 105 110
Tyr Phe Cys Ser Ala Leu Ser Asn Ser Ile Met Tyr Phe Ser His Phe
115 120 125
Val Pro Val Phe Leu Pro Ala Lys Pro Thr Thr Thr Pro Ala Pro Arg
130 135 140
Pro Pro Thr Pro Ala Pro Thr Ile Ala Ser Gln Pro Leu Ser Leu Arg
145 150 155 160
Pro Glu Ala Cys Arg Pro Ala Ala Gly Gly Ala Val His Thr Arg Gly
165 170 175
Leu Asp Phe Ala Cys Asp Ile Tyr Ile Trp Ala Pro Leu Ala Gly Thr
180 185 190
Cys Gly Val Leu Leu Leu Ser Leu Val Ile Thr Leu Tyr Cys Asn His
195 200 205
Arg Asn Arg Arg Arg Val Cys Lys Cys Pro Arg Pro Val Val Lys Ser
210 215 220
Gly Asp Lys Pro Ser Leu Ser Ala Arg Tyr Val
225 230 235
<210> 3
<211> 1411
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 3
gcgacugucu ccgccgagcc cccggggcca ggugucccgg gcgcgccacg augcggccgc 60
ggcuguggcu ccuccuggcc gcgcagcuga caguucucca uggcaacuca guccuccagc 120
agaccccugc auacauaaag gugcaaacca acaagauggu gaugcugucc ugcgaggcua 180
aaaucucccu caguaacaug cgcaucuacu ggcugagaca gcgccaggca ccgagcagug 240
acagucacca cgaguuccug gcccucuggg auuccgcaaa agggacuauc cacggugaag 300
agguggaaca ggagaagaua gcuguguuuc gggaugcaag ccgguucauu cucaaucuca 360
caagcgugaa gccggaagac aguggcaucu acuucugcau gaucgucggg agccccgagc 420
ugaccuucgg gaagggaacu cagcugagug ugguugauuu ccuucccacc acugcccagc 480
ccaccaagaa guccacccuc aagaagagag ugugccgguu acccaggcca gagacccaga 540
agggcccacu uuguagcccc aucacccuug gccugcuggu ggcuggcguc cugguucugc 600
ugguuucccu gggaguggcc auccaccugu gcugccggcg gaggagagcc cggcuucguu 660
ucaugaaaca auuuuacaaa uaagcagaga auacgguuuu gguguccugc uacaaaaaga 720
caucggucag uaaugagcac gauguggaaa aaugagagaa gggacacauu caacccugga 780
gaguucaaug gcugcugaag cugccugcuu uucacugcug caaggccuuu cuguguguga 840
ugugcauggg agcaacuugu ucguggguca ucgggaauac uagggagaag guuucauugc 900
ccccagggca cuucacagag ugugcuggag gacugaguaa gaaaugcugc ccaugccacc 960
gcuuccggcu ccugugcuuu cccugaacug ggaccuuuag ugguggccau uuagccacca 1020
ucuuugcagg uugcuuugcc cugguagggc aguaacauug gguccugggu cuuucauggg 1080
gugaugcugg gcuggcuccc ucuuggucuu cccaggcugg ggcugaccuu ccucgcagag 1140
aggccaggug cagguuggga augaggcuug cugagagggg cuguccaguu cccagaaggc 1200
auaucagucu cugagggcuu ccuuuggggc cgggaacuug cggguuugag gauaggaguu 1260
cacuucaucu ucucagcucc cauuucuacu cuuaaguuuc uccccauuuc uacucuuaag 1320
uuucucagcu cccauuucua cucucccaug gcuucaugcu ucuuucauuu uucuguuugu 1380
uuuauacaaa uguguuaguu guacaaauaa a 1411
<210> 4
<211> 210
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 4
Met Arg Pro Arg Leu Trp Leu Leu Leu Ala Ala Gln Leu Thr Val Leu
1 5 10 15
His Gly Asn Ser Val Leu Gln Gln Thr Pro Ala Tyr Ile Lys Val Gln
20 25 30
Thr Asn Lys Met Val Met Leu Ser Cys Glu Ala Lys Ile Ser Leu Ser
35 40 45
Asn Met Arg Ile Tyr Trp Leu Arg Gln Arg Gln Ala Pro Ser Ser Asp
50 55 60
Ser His His Glu Phe Leu Ala Leu Trp Asp Ser Ala Lys Gly Thr Ile
65 70 75 80
His Gly Glu Glu Val Glu Gln Glu Lys Ile Ala Val Phe Arg Asp Ala
85 90 95
Ser Arg Phe Ile Leu Asn Leu Thr Ser Val Lys Pro Glu Asp Ser Gly
100 105 110
Ile Tyr Phe Cys Met Ile Val Gly Ser Pro Glu Leu Thr Phe Gly Lys
115 120 125
Gly Thr Gln Leu Ser Val Val Asp Phe Leu Pro Thr Thr Ala Gln Pro
130 135 140
Thr Lys Lys Ser Thr Leu Lys Lys Arg Val Cys Arg Leu Pro Arg Pro
145 150 155 160
Glu Thr Gln Lys Gly Pro Leu Cys Ser Pro Ile Thr Leu Gly Leu Leu
165 170 175
Val Ala Gly Val Leu Val Leu Leu Val Ser Leu Gly Val Ala Ile His
180 185 190
Leu Cys Cys Arg Arg Arg Arg Ala Arg Leu Arg Phe Met Lys Gln Phe
195 200 205
Tyr Lys
210
<210> 5
<211> 2061
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 5
augcaguugg gagagcagcu cuuggugagc ucagugaacc ugccuggcgc gcacuucuac 60
ccgcuggaga gugcgcgagg cggcagcggc gggagcgcug gccaccuccc cagcgcggcc 120
cccucuccuc agaaguugga cuuaggcaaa gcguccaaga aguuuuccgg cagucucucc 180
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agugacaccg acgccgggga cgcauuugcc agcgcugcgg caguggccaa gccggggccc 300
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gccgccgccg ccgccgccgc ggcugcggcc acugcgcgcu acuccaugga cagccugagc 420
uccgugcggu acuaccucca gucccccggu ccucaggggu cggagcuggc ugcgcccugc 480
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aucaacggcg ggggcggcgg cccgggcacc uaucaguaca gccagggggc uccgcucuac 720
gggccguacc cuggagccgc agcggcggga ucuugcggag gacugggggg ccuggggguu 780
ccaaguucug gcuuccgugc ccacgucuac cugugcaacc ggccucugug gcucaaauuc 840
caccggcacc aaacugagau gaucaucacc aaacagggca ggcgcauguu uccuuucuug 900
agcuucaaca uaaacggacu caaccccacc gcccacuaca auguuuucgu ggaagugguu 960
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gacaauaaca ugcagggcaa caaaauguau guucacccag agucuccuaa uacugguucc 1080
cacuggauga gacaggagau uucauucggg aaauuaaaac ucaccaauaa caaaggcgca 1140
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acucaacuaa agauugauca uaaccccuuu gcaaaaggcu ucagagacaa cuaugauuca 1380
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gucaacacuu uaccucaagc ccgcuauuau aauggcgaga gaaccgugcc acagaccaac 1500
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acuucuagca cauugcuccc auauggcauu aaauccuugc cccuucagac aucccaugcc 1680
cugggguauu acccagaccc aaccuuuccu gcaauggcag gguggggagg ucgagguucu 1740
uaccagagga agauggcagc uggacuacca uggaccucca gaacaagccc cacuguguuc 1800
ucugaagauc agcucuccaa ggagaaagug aaagaggaaa uuggcucuuc uuggauagag 1860
acacccccuu ccaucaaauc ucuagauucc aaugauucag gaguauacac cagugcuugu 1920
aagcgaaggc ggcugucucc uagcaacucc aguaaugaaa auucacccuc cauaaagugu 1980
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gcuuuuuaca caagucccua g 2061
<210> 6
<211> 686
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 6
Met Gln Leu Gly Glu Gln Leu Leu Val Ser Ser Val Asn Leu Pro Gly
1 5 10 15
Ala His Phe Tyr Pro Leu Glu Ser Ala Arg Gly Gly Ser Gly Gly Ser
20 25 30
Ala Gly His Leu Pro Ser Ala Ala Pro Ser Pro Gln Lys Leu Asp Leu
35 40 45
Asp Lys Ala Ser Lys Lys Phe Ser Gly Ser Leu Ser Cys Glu Ala Val
50 55 60
Ser Gly Glu Pro Ala Ala Ala Ser Ala Gly Ala Pro Ala Ala Met Leu
65 70 75 80
Ser Asp Thr Asp Ala Gly Asp Ala Phe Ala Ser Ala Ala Ala Val Ala
85 90 95
Lys Pro Gly Pro Pro Asp Gly Arg Lys Gly Ser Pro Cys Gly Glu Glu
100 105 110
Glu Leu Pro Ser Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala
115 120 125
Ala Ala Thr Ala Arg Tyr Ser Met Asp Ser Leu Ser Ser Glu Arg Tyr
130 135 140
Tyr Leu Gln Ser Pro Gly Pro Gln Gly Ser Glu Leu Ala Ala Pro Cys
145 150 155 160
Ser Leu Phe Pro Tyr Gln Ala Ala Ala Gly Ala Pro His Gly Pro Val
165 170 175
Tyr Pro Ala Pro Asn Gly Ala Arg Tyr Pro Tyr Gly Ser Met Leu Pro
180 185 190
Pro Gly Gly Phe Pro Ala Ala Val Cys Pro Pro Gly Arg Ala Gln Phe
195 200 205
Gly Pro Gly Ala Gly Ala Gly Ser Gly Ala Gly Gly Ser Ser Gly Gly
210 215 220
Gly Gly Gly Pro Gly Thr Tyr Gln Tyr Ser Gln Gly Ala Pro Leu Tyr
225 230 235 240
Gly Pro Tyr Pro Gly Ala Ala Ala Ala Gly Ser Cys Gly Gly Leu Gly
245 250 255
Gly Leu Gly Val Pro Gly Ser Gly Phe Arg Ala His Val Tyr Leu Cys
260 265 270
Asn Arg Pro Leu Trp Leu Lys Phe His Arg His Gln Thr Glu Met Ile
275 280 285
Ile Thr Lys Gln Gly Arg Arg Met Phe Pro Phe Leu Ser Phe Asn Ile
290 295 300
Asn Gly Leu Asn Pro Thr Ala His Tyr Asn Val Phe Val Glu Val Val
305 310 315 320
Leu Ala Asp Pro Asn His Trp Arg Phe Gln Gly Gly Lys Trp Val Thr
325 330 335
Cys Gly Lys Ala Asp Asn Asn Met Gln Gly Asn Lys Met Tyr Val His
340 345 350
Pro Glu Ser Pro Asn Thr Gly Ser His Trp Met Arg Gln Glu Ile Ser
355 360 365
Phe Gly Lys Leu Lys Leu Thr Asn Asn Lys Gly Ala Asn Asn Asn Asn
370 375 380
Thr Gln Met Ile Val Leu Gln Ser Leu His Lys Tyr Gln Pro Arg Leu
385 390 395 400
His Ile Val Glu Val Thr Glu Asp Gly Val Glu Asp Leu Asn Glu Pro
405 410 415
Ser Lys Thr Gln Thr Phe Thr Phe Ser Glu Thr Gln Phe Ile Ala Val
420 425 430
Thr Ala Tyr Gln Asn Thr Asp Ile Thr Gln Leu Lys Ile Asp His Asn
435 440 445
Pro Phe Ala Lys Gly Phe Arg Asp Asn Tyr Asp Ser Ser His Gln Ile
450 455 460
Val Pro Gly Gly Arg Tyr Gly Val Gln Ser Phe Phe Pro Glu Pro Phe
465 470 475 480
Val Asn Thr Leu Pro Gln Ala Arg Tyr Tyr Asn Gly Glu Arg Thr Val
485 490 495
Pro Gln Thr Asn Gly Leu Leu Ser Pro Gln Gln Ser Glu Glu Val Ala
500 505 510
Asn Pro Pro Gln Arg Trp Leu Val Thr Pro Val Gln Gln Pro Gly Thr
515 520 525
Asn Lys Leu Asp Ile Ser Ser Tyr Glu Ser Glu Tyr Thr Ser Ser Thr
530 535 540
Leu Leu Pro Tyr Gly Ile Lys Ser Leu Pro Leu Gln Thr Ser His Ala
545 550 555 560
Leu Gly Tyr Tyr Pro Asp Pro Thr Phe Pro Ala Met Ala Gly Trp Gly
565 570 575
Gly Arg Gly Ser Tyr Gln Arg Lys Met Ala Ala Gly Leu Pro Trp Thr
580 585 590
Ser Arg Thr Ser Pro Thr Val Phe Ser Glu Asp Gln Leu Ser Lys Glu
595 600 605
Lys Val Lys Glu Glu Ile Gly Ser Ser Trp Ile Glu Thr Pro Pro Ser
610 615 620
Ile Lys Ser Leu Asp Ser Asn Asp Ser Gly Val Tyr Thr Ser Ala Cys
625 630 635 640
Lys Arg Arg Arg Leu Ser Pro Ser Asn Ser Ser Asn Glu Asn Ser Pro
645 650 655
Ser Ile Lys Cys Glu Asp Ile Asn Ala Glu Glu Tyr Ser Lys Asp Thr
660 665 670
Ser Lys Gly Met Gly Gly Tyr Tyr Ala Phe Tyr Thr Thr Pro
675 680 685
<210> 7
<211> 849
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 7
augaggaacu ccuauagauu ucuggcaucc ucucucucag uugucguuuc ucuccugcua 60
auuccugaag augucuguga aaaaauuauu ggaggaaaug aaguaacucc ucauucaaga 120
cccuacaugg uccuacuuag ucuugacaga aaaaccaucu gugcuggggc uuugauugca 180
aaagacuggg uguugacugc agcucacugu aacuugaaca aaagguccca ggucauucuu 240
ggggcucacu caauaaccag ggaagagcca acaaaacaga uaaugcuugu uaagaaagag 300
uuucccuauc caugcuauga cccagccaca cgcgaaggug accuuaaacu uuuacagcug 360
acggaaaaag caaaaauuaa caaauaugug acuauccuuc aucuaccuaa aaagggggau 420
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guuuuccgag gggucacuuc cuuuggccuu gaaaauaaau gcggagaccc ucgugggccu 720
ggugucuaua uucuucucuc aaagaaacac cucaacugga uaauuaugac uaucaaggga 780
gcaguuuaaa uaaccguuuc cuuucauuua cuguggcuuc uuaaucuuuu cacaaauaaa 840
aucaauuug 849
<210> 8
<211> 262
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 8
Met Arg Asn Ser Tyr Arg Phe Leu Ala Ser Ser Leu Ser Val Val Val
1 5 10 15
Ser Leu Leu Leu Ile Pro Glu Asp Val Cys Glu Lys Ile Ile Gly Gly
20 25 30
Asn Glu Val Thr Pro His Ser Arg Pro Tyr Met Val Leu Leu Ser Leu
35 40 45
Asp Arg Lys Thr Ile Cys Ala Gly Ala Leu Ile Ala Lys Asp Trp Val
50 55 60
Leu Thr Ala Ala His Cys Asn Leu Asn Lys Arg Ser Gln Val Ile Leu
65 70 75 80
Gly Ala His Ser Ile Thr Arg Glu Glu Pro Thr Lys Gln Ile Met Leu
85 90 95
Val Lys Lys Glu Phe Pro Tyr Pro Cys Tyr Asp Pro Ala Thr Arg Glu
100 105 110
Gly Asp Leu Lys Leu Leu Gln Leu Met Glu Lys Ala Lys Ile Asn Lys
115 120 125
Tyr Val Thr Ile Leu His Leu Pro Lys Lys Gly Asp Asp Val Lys Pro
130 135 140
Gly Thr Met Cys Gln Val Ala Gly Trp Gly Arg Thr His Asn Ser Ala
145 150 155 160
Ser Trp Ser Asp Thr Leu Arg Glu Val Asn Ile Thr Ile Ile Asp Arg
165 170 175
Lys Val Cys Asn Asp Arg Asn His Tyr Asn Phe Asn Pro Val Ile Gly
180 185 190
Met Asn Met Val Cys Ala Gly Ser Leu Arg Gly Gly Arg Asp Ser Cys
195 200 205
Asn Gly Asp Ser Gly Ser Pro Leu Leu Cys Glu Gly Val Phe Arg Gly
210 215 220
Val Thr Ser Phe Gly Leu Glu Asn Lys Cys Gly Asp Pro Arg Gly Pro
225 230 235 240
Gly Val Tyr Ile Leu Leu Ser Lys Lys His Leu Asn Trp Ile Ile Met
245 250 255
Thr Ile Lys Gly Ala Val
260
<210> 9
<211> 934
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 9
ugagaagaug caaccaaucc ugcuucugcu ggccuuccuc cugcugccca gggcagaugc 60
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cgugcugaca gcugcucacu guuggggaag cuccauaaau gucaccuugg gggcccacaa 240
uaucaaagaa caggagccga cccagcaguu uaucccugug aaaagaccca ucccccaucc 300
agccuauaau ccuaagaacu ucuccaacga caucaugcua cugcagcugg agagaaaggc 360
caagcggacc agagcugugc agccccucag gcuaccuagc aacaaggccc aggugaagcc 420
agggcagaca ugcagugugg ccggcugggg gcagacggcc ccccugggaa aacacucaca 480
cacacuacaa gaggugaaga ugacagugca ggaagaucga aagugcgaau cugacuuacg 540
ccauuauuac gacaguacca uugaguugug cgugggggac ccagagauua aaaagacuuc 600
cuuuaagggg gacucuggag gcccucuugu guguaacaag guggcccagg gcauugucuc 660
cuauggacga aacaauggca ugccuccacg agccugcacc aaagucucaa gcuuuguaca 720
cuggauaaag aaaaccauga aacgcuacua acuacaggaa gcaaacuaag cccccgcugu 780
aaugaaacac cuucucugga gccaagucca gauuuacacu gggagaggug ccagcaacug 840
aauaaauacc ucucccagug uaaaucugga gccaagucca gauuuacacu gggagaggug 900
ccagcaacug aauaaauacc ucuuagcuga gugg 934
<210> 10
<211> 247
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 10
Met Gln Pro Ile Leu Leu Leu Leu Ala Phe Leu Leu Leu Pro Arg Ala
1 5 10 15
Asp Ala Gly Glu Ile Ile Gly Gly His Glu Ala Lys Pro His Ser Arg
20 25 30
Pro Tyr Met Ala Tyr Leu Met Ile Trp Asp Gln Lys Ser Leu Lys Arg
35 40 45
Cys Gly Gly Phe Leu Ile Arg Asp Asp Phe Val Leu Thr Ala Ala His
50 55 60
Cys Trp Gly Ser Ser Ile Asn Val Thr Leu Gly Ala His Asn Ile Lys
65 70 75 80
Glu Gln Glu Pro Thr Gln Gln Phe Ile Pro Val Lys Arg Pro Ile Pro
85 90 95
His Pro Ala Tyr Asn Pro Lys Asn Phe Ser Asn Asp Ile Met Leu Leu
100 105 110
Gln Leu Glu Arg Lys Ala Lys Arg Thr Arg Ala Val Gln Pro Leu Arg
115 120 125
Leu Pro Ser Asn Lys Ala Gln Val Lys Pro Gly Gln Thr Cys Ser Val
130 135 140
Ala Gly Trp Gly Gln Thr Ala Pro Leu Gly Lys His Ser His Thr Leu
145 150 155 160
Gln Glu Val Lys Met Thr Val Gln Glu Asp Arg Lys Cys Glu Ser Asp
165 170 175
Leu Arg His Tyr Tyr Asp Ser Thr Ile Glu Leu Cys Val Gly Asp Pro
180 185 190
Glu Ile Lys Lys Thr Ser Phe Lys Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val
195 200 205
Cys Asn Lys Val Ala Gln Gly Ile Val Ser Tyr Gly Arg Asn Asn Gly
210 215 220
Met Pro Pro Arg Ala Cys Thr Lys Val Ser Ser Phe Val His Trp Ile
225 230 235 240
Lys Lys Thr Met Lys Arg Tyr
245
<210> 11
<211> 1193
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 11
ugaagaucag cuauuagaag agaaagauca guuaaguccu uuggaccuga ucagcuugau 60
acaagaacua cugauuucaa cuucuuuggc uuaauucucu cggaaacgau gaaauauaca 120
aguuauaucu uggcuuuuca gcucugcauc guuuuggguu cucuuggcug uuacugccag 180
gacccauaug uaaaagaagc agaaaaccuu aagaaauauu uuaaugcagg ucauucagau 240
guagcggaua auggaacucu uuucuuaggc auuuugaaga auuggaaaga ggagagugac 300
agaaaaauaa ugcagagcca aauugucucc uuuuacuuca aacuuuuuaa aaacuuuaaa 360
gaugaccaga gcauccaaaa gaguguggag accaucaagg aagacaugaa ugucaaguuu 420
uucaauagca acaaaaagaa acgagaugac uucgaaaagc ugacuaauua uucgguaacu 480
gacuugaaug uccaacgcaa agcaauacau gaacucaucc aagugauggc ugaacugucg 540
ccagcagcua aaacagggaa gcgaaaaagg agucagaugc uguuucaagg ucgaagagca 600
ucccaguaau gguuguccug ccugcaauau uugaauuuua aaucuaaauc uauuuauuaa 660
uauuuaacau uauuuauaug gggaauauau uuuuagacuc aucaaucaaa uaaguauuua 720
uaauagcaac uuuuguguaa ugaaaaugaa uaucuauuaa uauauguauu auuuauaauu 780
ccuauauccu gugacugucu cacuuaaucc uuuguuuucu gacuaauuag gcaaggcuau 840
gugauuacaa ggcuuuaucu caggggccaa cuaggcagcc aaccuaagca agaucccaug 900
gguugugugu uuauuucacu ugaugauaca augaacacuu auaagugaag ugauacuauc 960
caguuacugc cgguuugaaa auaugccugc aaucugagcc agugcuuuaa uggcauguca 1020
gacagaacuu gaauguguca ggugacccug augaaaacau agcaucucag gagauuucau 1080
gccuggugcu uccaaauauu guugacaacu gugacuguac ccaaauggaa aguaacucau 1140
uuguuaaaau uaucaauauc uaauauauau gaauaaagug uaaguucaca acu 1193
<210> 12
<211> 166
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 12
Met Lys Tyr Thr Ser Tyr Ile Leu Ala Phe Gln Leu Cys Ile Val Leu
1 5 10 15
Gly Ser Leu Gly Cys Tyr Cys Gln Asp Pro Tyr Val Lys Glu Ala Glu
20 25 30
Asn Leu Lys Lys Tyr Phe Asn Ala Gly His Ser Asp Val Ala Asp Asn
35 40 45
Gly Thr Leu Phe Leu Gly Ile Leu Lys Asn Trp Lys Glu Glu Ser Asp
50 55 60
Arg Lys Ile Met Gln Ser Gln Ile Val Ser Phe Tyr Phe Lys Leu Phe
65 70 75 80
Lys Asn Phe Lys Asp Asp Gln Ser Ile Gln Lys Ser Val Glu Thr Ile
85 90 95
Lys Glu Asp Met Asn Val Lys Phe Phe Asn Ser Asn Lys Lys Lys Arg
100 105 110
Asp Asp Phe Glu Lys Leu Thr Asn Tyr Ser Val Thr Asp Leu Asn Val
115 120 125
Gln Arg Lys Ala Ile His Glu Leu Ile Gln Val Met Ala Glu Leu Ser
130 135 140
Pro Ala Ala Lys Thr Gly Lys Arg Lys Arg Ser Gln Met Leu Phe Arg
145 150 155 160
Gly Arg Arg Ala Ser Gln
165
<210> 13
<211> 1668
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 13
auggcagccc gucugcuccu ccugggcauc cuucuccugc ugcugccccu gcccgucccu 60
gccccgugcc acacagccgc acgcucagag ugcaagcgca gccacaaguu cgugccuggu 120
gcauggcugg ccggggaggg uguggacgug accagccucc gccgcucggg cuccuuccca 180
guggacacac aaagguuccu gcggcccgac ggcaccugca cccucuguga aaaugcccua 240
caggagggca cccuccagcg ccugccucug gcgcucacca acuggcgggc ccagggcucu 300
ggcugccagc gccauguaac cagggccaaa gucagcucca cugaagcugu ggcccgggau 360
gcggcucgua gcauccgcaa cgacuggaag gucgggcugg acgugacucc uaagcccacc 420
agcaaugugc augugucugu ggccggcuca cacucacagg cagccaacuu ugcagcccag 480
aagacccacc aggaccagua cagcuucagc acugacacgg uggagugccg cuucuacagu 540
uuccaugugg uacacacucc cccgcugcac ccugacuuca agagggcccu cggggaccug 600
ccccaccacu ucaacgccuc cacccagccc gccuaccuca ggcuuaucuc caacuacggc 660
acccacuuca uccgggcugu ggagcugggu ggccgcauau cggcccucac ugcccugcgc 720
accugcgagc uggcccugga agggcucacg gacaacgagg uggaggacug ccugacuguc 780
gaggcccagg ucaacauagg cauccacggc agcaucucug ccgaagccaa ggccugugag 840
gagaagaaga agaagcacaa gaugacggcc uccuuccacc aaaccuaccg ggagcgccac 900
ucggaagugg uuggcggcca ucacaccucc auuaacgacc ugcuguucgg gauccaggcc 960
gggcccgagc aguacucagc cuggguaaac uccgugcccg gcagcccugg ccugguggac 1020
uacacccugg aaccccugca cgugcugcug gacagccagg acccgcggcg ggaggcacug 1080
aggagggccc ugagucagua ccugacggac agggcucgcu ggagggacug cagccggccg 1140
ugcccaccag ggcggcagaa gagcccccga gacccaugcc agugugugug ccauggcuca 1200
gcggucacca cccaggacug cugcccucgg cagaggggcc uggcccagcu ggaggugacc 1260
uucauccaag cauggagccu guggggggac ugguucacug ccacggaugc cuaugugaag 1320
cucuucuuug guggccagga gcugaggacg agcaccgugu gggacaauaa caaccccauc 1380
uggucagugc ggcuggauuu uggggaugug cuccuggcca caggggggcc ccugagguug 1440
caggucuggg aucaggacuc uggcagggac gaugaccucc uuggcaccug ugaucaggcu 1500
cccaagucug guucccauga ggugagaugc aaccugaauc auggccaccu aaaauuccgc 1560
uaucaugcca ggugcuugcc ccaccuggga ggaggcaccu gccuggacua ugucccccaa 1620
augcuucugg gggagccucc aggaaaccgg aguggggccg ugugguga 1668
<210> 14
<211> 555
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 14
Met Ala Ala Arg Leu Leu Leu Leu Gly Ile Leu Leu Leu Leu Leu Pro
1 5 10 15
Leu Pro Val Pro Ala Pro Cys His Thr Ala Ala Arg Ser Glu Cys Lys
20 25 30
Arg Ser His Lys Phe Val Pro Gly Ala Trp Leu Ala Gly Glu Gly Val
35 40 45
Asp Val Thr Ser Leu Arg Arg Ser Gly Ser Phe Pro Val Asp Thr Gln
50 55 60
Arg Phe Leu Arg Pro Asp Gly Thr Cys Thr Leu Cys Glu Asn Ala Leu
65 70 75 80
Gln Glu Gly Thr Leu Gln Arg Leu Pro Leu Ala Leu Thr Asn Trp Arg
85 90 95
Ala Gln Gly Ser Gly Cys Gln Arg His Val Thr Arg Ala Lys Val Ser
100 105 110
Ser Thr Glu Ala Val Ala Arg Asp Ala Ala Arg Ser Ile Arg Asn Asp
115 120 125
Trp Lys Val Gly Leu Asp Val Thr Pro Lys Pro Thr Ser Asn Val His
130 135 140
Val Ser Val Ala Gly Ser His Ser Gln Ala Ala Asn Phe Ala Ala Gln
145 150 155 160
Lys Thr His Gln Asp Gln Tyr Ser Phe Ser Thr Asp Thr Val Glu Cys
165 170 175
Arg Phe Tyr Ser Phe His Val Val His Thr Pro Pro Leu His Pro Asp
180 185 190
Phe Lys Arg Ala Leu Gly Asp Leu Pro His His Phe Asn Ala Ser Thr
195 200 205
Gln Pro Ala Tyr Leu Arg Leu Ile Ser Asn Tyr Gly Thr His Phe Ile
210 215 220
Arg Ala Val Glu Leu Gly Gly Arg Ile Ser Ala Leu Thr Ala Leu Arg
225 230 235 240
Thr Cys Glu Leu Ala Leu Glu Gly Leu Thr Asp Asn Glu Val Glu Asp
245 250 255
Cys Leu Thr Val Glu Ala Gln Val Asn Ile Gly Ile His Gly Ser Ile
260 265 270
Ser Ala Glu Ala Lys Ala Cys Glu Glu Lys Lys Lys Lys His Lys Met
275 280 285
Thr Ala Ser Phe His Gln Thr Tyr Arg Glu Arg His Ser Glu Val Val
290 295 300
Gly Gly His His Thr Ser Ile Asn Asp Leu Leu Phe Gly Ile Gln Ala
305 310 315 320
Gly Pro Glu Gln Tyr Ser Ala Trp Val Asn Ser Leu Pro Gly Ser Pro
325 330 335
Gly Leu Val Asp Tyr Thr Leu Glu Pro Leu His Val Leu Leu Asp Ser
340 345 350
Gln Asp Pro Arg Arg Glu Ala Leu Arg Arg Ala Leu Ser Gln Tyr Leu
355 360 365
Thr Asp Arg Ala Arg Trp Arg Asp Cys Ser Arg Pro Cys Pro Pro Gly
370 375 380
Arg Gln Lys Ser Pro Arg Asp Pro Cys Gln Cys Val Cys His Gly Ser
385 390 395 400
Ala Val Thr Thr Gln Asp Cys Cys Pro Arg Gln Arg Gly Leu Ala Gln
405 410 415
Leu Glu Val Thr Phe Ile Gln Ala Trp Gly Leu Trp Gly Asp Trp Phe
420 425 430
Thr Ala Thr Asp Ala Tyr Val Lys Leu Phe Phe Gly Gly Gln Glu Leu
435 440 445
Arg Thr Ser Thr Val Trp Asp Asn Asn Asn Pro Ile Trp Ser Val Arg
450 455 460
Leu Asp Phe Gly Asp Val Leu Leu Ala Thr Gly Gly Pro Leu Arg Leu
465 470 475 480
Gln Val Trp Asp Gln Asp Ser Gly Arg Asp Asp Asp Leu Leu Gly Thr
485 490 495
Cys Asp Gln Ala Pro Lys Ser Gly Ser His Glu Val Arg Cys Asn Leu
500 505 510
Asn His Gly His Leu Lys Phe Arg Tyr His Ala Arg Cys Leu Pro His
515 520 525
Leu Gly Gly Gly Thr Cys Leu Asp Tyr Val Pro Gln Met Leu Leu Gly
530 535 540
Glu Pro Pro Gly Asn Arg Ser Gly Ala Val Trp
545 550 555
<210> 15
<211> 2545
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 15
auccaauaca ggagugacuu ggaacuccau ucuaucacua ugaagaaaag ugguguucuu 60
uuccucuugg gcaucaucuu gcugguucug auuggagugc aaggaacccc aguagugaga 120
aagggucgcu guuccugcau cagcaccaac caagggacua uccaccuaca auccuugaaa 180
gaccuuaaac aauuugcccc aagcccuucc ugcgagaaaa uugaaaucau ugcuacacug 240
aagaauggag uucaaacaug ucuaaaccca gauucagcag augugaagga acugauuaaa 300
aagugggaga aacaggucag ccaaaagaaa aagcaaaaga augggaaaaa acaucaaaaa 360
aagaaaguuc ugaaaguucg aaaaucucaa cguucucguc aaaagaagac uacauaagag 420
accacuucac caauaaguau ucuguguuaa aaauguucua uuuuaauuau accgcuauca 480
uuccaaagga ggauggcaua uaauacaaag gcuuauuaau uugacuagaa aauuuaaaac 540
auuacucuga aauuguaacu aaaguuagaa aguugauuuu aagaauccaa acguuaagaa 600
uuguuaaagg cuaugauugu cuuuguucuu cuaccaccca ccaguugaau uucaucaugc 660
uuaaggccau gauuuuagca auacccaugu cuacacagau guucacccaa ccacauccca 720
cucacaacag cugccuggaa gagcagcccu aggcuuccac guacugcagc cuccagagag 780
uaucugaggc acaugucagc aaguccuaag ccuguuagca ugcuggugag ccaagcaguu 840
ugaaauugag cuggaccuca ccaagcugcu guggccauca accucuguau uugaaucagc 900
cuacaggccu cacacacaau gugucugaga gauucaugcu gauuguuauu ggguaucacc 960
acuggagauc accagugugu ggcuuucaga gccuccuuuc uggcuuugga agccauguga 1020
uuccaucuug cccgcucagg cugaccacuu uauuucuuuu uguuccccuu ugcuucauuc 1080
aagucagcuc uucuccaucc uaccacaaug cagugccuuu cuucucucca gugcaccugu 1140
cauaugcucu gauuuaucug agucaacucc uuucucaucu uguccccaac accccacaga 1200
agugcuuucu ucucccaauu cauccucacu caguccagcu uaguucaagu ccugccucuu 1260
aaauaaaccu uuuuggacac acaaauuauc uuaaaacucc uguuucacuu gguucaguac 1320
cacaugggug aacacucaau gguuaacuaa uucuugggug uuuauccuau cucuccaacc 1380
agauugucag cuccuugagg gcaagagcca caguauauuu cccuguuucu uccacagugc 1440
cuaauaauac uguggaacua gguuuuaaua auuuuuuaau ugauguuguu augggcagga 1500
uggcaaccag accauugucu cagagcaggu gcuggcucuu uccuggcuac uccauguugg 1560
cuagccucug guaaccucuu acuuauuauc uucaggacac ucacuacagg gaccagggau 1620
gaugcaacau ccuugucuuu uuaugacagg auguuugcuc agcuucucca acaauaagaa 1680
gcacguggua aaacacuugc ggauauucug gacuguuuuu aaaaaauaua caguuuaccg 1740
aaaaucauau aaucuuacaa ugaaaaggac uuuauagauc agccagugac caaccuuuuc 1800
ccaaccauac aaaaauuccu uuucccgaag gaaaagggcu uucucaauaa gccucagcuu 1860
ucuaagaucu aacaagauag ccaccgagau ccuuaucgaa acucauuuua ggcaaauaug 1920
aguuuuauug uccguuuacu uguuucagag uuuguauugu gauuaucaau uaccacacca 1980
ucucccauga agaaagggaa cggugaagua cuaagcgcua gaggaagcag ccaagucggu 2040
uaguggaagc augauuggug cccaguuagc cucugcagga uguggaaacc uccuuccagg 2100
ggagguucag ugaauugugu aggagagguu gucuguggcc agaauuuaaa ccuauacuca 2160
cuuucccaaa uugaaucacu gcucacacug cugaugauuu agagugcugu ccgguggaga 2220
ucccacccga acgucuuauc uaaucaugaa acucccuagu uccuucaugu aacuucccug 2280
aaaaaucuaa guguuucaua aauuugagag ucugugaccc acuuaccuug caucucacag 2340
guagacagua uauaacuaac aaccaaagac uacauauugu cacugacaca cacguuauaa 2400
ucauuuauca uauauauaca uacaugcaua cacucucaaa gcaaauaauu uuucacuuca 2460
aaacaguauu gacuuguaua ccuuguaauu ugaaauauuu ucuuuguuaa aauagaaugg 2520
uaucaauaaa uagaccauua aucag 2545
<210> 16
<211> 125
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 16
Met Lys Lys Ser Gly Val Leu Phe Leu Leu Gly Ile Ile Leu Leu Val
1 5 10 15
Leu Ile Gly Val Gln Gly Thr Pro Val Val Arg Lys Gly Arg Cys Ser
20 25 30
Cys Ile Ser Thr Asn Gln Gly Thr Ile His Leu Gln Ser Leu Lys Asp
35 40 45
Leu Lys Gln Phe Ala Pro Ser Pro Ser Cys Glu Lys Ile Glu Ile Ile
50 55 60
Ala Thr Leu Lys Asn Gly Val Gln Thr Cys Leu Asn Pro Asp Ser Ala
65 70 75 80
Asp Val Lys Glu Leu Ile Lys Lys Trp Glu Lys Gln Val Ser Gln Lys
85 90 95
Lys Lys Gln Lys Asn Gly Lys Lys His Gln Lys Lys Lys Val Leu Lys
100 105 110
Val Arg Lys Ser Gln Arg Ser Arg Gln Lys Lys Thr Thr
115 120 125
<210> 17
<211> 1172
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 17
gagacauucc ucaauugcuu agacauauuc ugagccuaca gcagaggaac cuccagucuc 60
agcaccauga aucaaacugc gauucugauu ugcugccuua ucuuucugac ucuaaguggc 120
auucaaggag uaccucucuc uagaaccgua cgcuguaccu gcaucagcau uaguaaucaa 180
ccuguuaauc caaggucuuu agaaaaacuu gaaauuauuc cugcaagcca auuuugucca 240
cguguugaga ucauugcuac aaugaaaaag aagggugaga agagaugucu gaauccagaa 300
ucgaaggcca ucaagaauuu acugaaagca guuagcaagg aaaugucuaa aagaucuccu 360
uaaaaccaga ggggagcaaa aucgaugcag ugcuuccaag gauggaccac acagaggcug 420
ccucucccau cacuucccua cauggaguau augucaagcc auaauuguuc uuaguuugca 480
guuacacuaa aaggugacca augaugguca ccaaaucagc ugcuacuacu ccuguaggaa 540
gguuaauguu caucauccua agcuauucag uaauaacucu acccuggcac uauaauguaa 600
gcucuacuga ggugcuaugu ucuuagugga uguucugacc cugcuucaaa uauuucccuc 660
accuuuccca ucuuccaagg guacuaagga aucuuucugc uuugggguuu aucagaauuc 720
ucagaaucuc aaauaacuaa aagguaugca aucaaaucug cuuuuuaaag aaugcucuuu 780
acuucaugga cuuccacugc cauccuccca aggggcccaa auucuuucag uggcuaccua 840
cauacaauuc caaacacaua caggaaggua gaaauaucug aaaauguaug uguaaguauu 900
cuuauuuaau gaaagacugu acaaaguaua agucuuagau guauauauuu ccuauauugu 960
uuucagugua cauggaauaa cauguaauua aguacuaugu aucaaugagu aacaggaaaa 1020
uuuuaaaaau acagauagau auaugcucug cauguuacau aagauaaaug ugcugaaugg 1080
uuuucaaaua aaaaugaggu acucuccugg aaauauuaag aaagacuauc uaaauguuga 1140
aagaucaaaa gguuaauaaa guaauuauaa cu 1172
<210> 18
<211> 98
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 18
Met Asn Gln Thr Ala Ile Leu Ile Cys Cys Leu Ile Phe Leu Thr Leu
1 5 10 15
Ser Gly Ile Gln Gly Val Pro Leu Ser Arg Thr Val Arg Cys Thr Cys
20 25 30
Ile Ser Ile Ser Asn Gln Pro Val Asn Pro Arg Ser Leu Glu Lys Leu
35 40 45
Glu Ile Ile Pro Ala Ser Gln Phe Cys Pro Arg Val Glu Ile Ile Ala
50 55 60
Thr Met Lys Lys Lys Gly Glu Lys Arg Cys Leu Asn Pro Glu Ser Lys
65 70 75 80
Ala Ile Lys Asn Leu Leu Lys Ala Val Ser Lys Glu Arg Ser Lys Arg
85 90 95
Ser Pro
<210> 19
<211> 995
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 19
gaauucggcc aaagaggccu acuuccaaga agagcagcaa agcugaagua gcagcaacag 60
caccagcagc aacagcaaaa aacaaacaug agugugaagg gcauggcuau agccuuggcu 120
gugauauugu gugcuacagu uguucaaggc uuccccaugu ucaaaagagg acgcugucuu 180
ugcauaggcc cugggguaaa agcagugaaa guggcagaua uugagaaagc cuccauaaug 240
uacccaagua acaacuguga caaaauagaa gugauuauua cccugaaaga aaauaaagga 300
caacgaugcc uaaaucccaa aucgaagcaa gcaaggcuua uaaucaaaaa aguugaaaga 360
aagaauuuuu aaaaauauca aaacauauga aguccuggaa aagggcaucu gaaaaaccua 420
gaacaaguuu aacugugacu acugaaauga caagaauucu acaguaggaa acugagacuu 480
uucuaugguu uugugacuuu caacuuuugu acaguuaugu gaaggaugaa agguggguga 540
aaggaccaaa aacagaaaua cagucuuccu gaaugaauga caaucagaau uccacugccc 600
aaaggagucc aacaauuaaa uggauuucua ggaaaagcua ccuuaagaaa ggcugguuac 660
caucggaguu uacaaagugc uuucacguuc uuacuuguug uauuauacau ucaugcauuu 720
cuaggcuaga gaaccuucua gauuugaugc uuacaacuau ucuguuguga cuaugagaac 780
auuucugucu cuagaaguua ucugucugua uugaucuuua ugcuauauua cuaucugugg 840
uuacagugga gacauugaca uuauuacugg agucaagccc uuauaaguca aaagcaccua 900
ugugucguaa agcauuccuc aaacauuuaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 960
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaagcg gccgc 995
<210> 20
<211> 94
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 20
Met Ser Val Lys Gly Met Ala Ile Ala Leu Ala Val Ile Leu Cys Ala
1 5 10 15
Thr Val Val Gln Gly Phe Pro Met Phe Lys Arg Gly Arg Cys Leu Cys
20 25 30
Ile Gly Pro Gly Val Lys Ala Val Lys Val Ala Asp Ile Glu Lys Ala
35 40 45
Ser Ile Met Tyr Pro Ser Asn Asn Cys Asp Lys Ile Glu Val Ile Ile
50 55 60
Thr Leu Lys Glu Asn Lys Gly Gln Arg Cys Leu Asn Pro Lys Ser Lys
65 70 75 80
Gln Ala Arg Leu Ile Ile Lys Lys Val Glu Arg Lys Asn Phe
85 90
<210> 21
<211> 1216
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 21
uucggcacuu gggagaagau guuugaaaaa acugacucug cuaaugagcc uggacucaga 60
gcucaagucu gaacucuacc uccagacaga augaaguuca ucucgacauc ucugcuucuc 120
augcugcugg ucagcagccu cucuccaguc caagguguuc uggaggucua uuacacaagc 180
uugaggugua gaugugucca agagagcuca gucuuuaucc cuagacgcuu cauugaucga 240
auucaaaucu ugccccgugg gaaugguugu ccaagaaaag aaaucauagu cuggaagaag 300
aacaagucaa uugugugugu ggacccucaa gcugaaugga uacaaagaau gauggaagua 360
uugagaaaaa gaaguucuuc aacucuacca guuccagugu uuaagagaaa gauucccuga 420
ugcugauauu uccacuaaga acaccugcau ucuucccuua ucccugcucu ggauuuuagu 480
uuugugcuua guuaaaucuu uuccagggag aaagaacuuc cccauacaaa uaaggcauga 540
ggacuaugug aaaaauaacc uugcaggagc ugauggggca aacucaagcu ucuucacuca 600
cagcacccua uauacacuug gaguuugcau ucuuauucau cagggaggaa aguuucuuug 660
aaaauaguua uucaguuaua aguaauacag gauuauuuug auuauauacu uguuguuuaa 720
uguuuaaaau uucuuagaaa acaauggaau gagaauuuaa gccucaaauu ugaacaugug 780
gcuugaauua agaagaaaau uauggcauau auuaaaagca ggcuucuaug aaagacucaa 840
aaagcugccu gggaggcaga uggaacuuga gccugucaag aggcaaagga auccauguag 900
uagauauccu cugcuuaaaa acucacuacg gaggagaauu aaguccuacu uuuaaagaau 960
uucuuuauaa aauuuacugu cuaagauuaa uagcauucga agauccccag acuucauaga 1020
auacucaggg aaagcauuua aagggugaug uacacaugua uccuuucaca cauuugccuu 1080
gacaaacuuc uuucacucac aucuuuuuca cugacuuuuu uugugggggc ggggccgggg 1140
ggacucuggu aucuaauucu uuaaugauuc cuauaaaucu aaugacauuc aauaaaguug 1200
agcaaacauu uuacuu 1216
<210> 22
<211> 109
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 22
Met Lys Phe Ile Ser Thr Ser Leu Leu Leu Met Leu Leu Val Ser Ser
1 5 10 15
Leu Ser Pro Val Gln Gly Val Leu Glu Val Tyr Tyr Thr Ser Leu Arg
20 25 30
Cys Arg Cys Val Gln Glu Ser Ser Val Phe Ile Pro Arg Arg Phe Ile
35 40 45
Asp Arg Ile Gln Ile Leu Pro Arg Gly Asn Gly Cys Pro Arg Lys Glu
50 55 60
Ile Ile Val Trp Lys Lys Asn Lys Ser Ile Val Cys Val Asp Pro Gln
65 70 75 80
Ala Glu Trp Ile Gln Arg Met Met Glu Val Leu Arg Lys Arg Ser Ser
85 90 95
Ser Thr Leu Pro Val Pro Val Phe Lys Arg Lys Ile Pro
100 105
<210> 23
<211> 1770
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 23
gaggagugga uuacauauuc caacaguugu uauuacauug guaaggaaag aagaacuugg 60
gaagaaagag uuugcuggcc ugugcuucga agaacucuga ucugcuuucu auagauaaug 120
aggaagaaau gguaugugug gggacuuccc aguuggcugu aaguugccau uugaacuaaa 180
cgaaauagau caggaacuga ggacauaucu aaauuuucua guuuuauaga aggcuuuuau 240
ccacaagaau caagaucuuc ccucucugag caggaauccu uugugcauug aagacuuuag 300
auuccucucu gcgguagacg ugcacuuaua aguauuugau gggguggauu cguggucgga 360
ggucucgaca cagcugggag augagugaau uucauaauua uaacuuggau cugaagaaga 420
gugauuuuuc aacacgaugg caaaagcaaa gauguccagu agucaaaagc aaauguagag 480
aaaaugcauc uccauuuuuu uucugcugcu ucaucgcugu agccauggga auccguuuca 540
uuauuauggu agcaauaugg agugcuguau uccuaaacuc auuauucaac caagaaguuc 600
aaauucccuu gaccgaaagu uacuguggcc cauguccuaa aaacuggaua uguuacaaaa 660
auaacugcua ccaauuuuuu gaugagagua aaaacuggua ugagagccag gcuucuugua 720
ugucucaaaa ugccagccuu cugaaaguau acagcaaaga ggaccaggau uuacuuaaac 780
uggugaaguc auaucauugg augggacuag uacacauucc aacaaaugga ucuuggcagu 840
gggaagaugg cuccauucuc ucacccaacc uacuaacaau aauugaaaug cagaagggag 900
acugugcacu cuaugccucg agcuuuaaag gcuauauaga aaacuguuca acuccaaaua 960
cauacaucug caugcaaagg acuguguaaa gaugaucaac caucucaaua aaagccagga 1020
acagagaaga gauuacacca gcgguaacac ugccaaccga gacuaaagga aacaaacaaa 1080
aacaggacaa aaugaccaaa gacugucaga uuucuuagac uccacaggac caaaccauag 1140
aacaauuuca cugcaaacau gcaugauucu ccaagacaaa agaagagaga uccuaaaggc 1200
aauucagaua uccccaaggc ugccucuccc accacaagcc cagaguggau gggcuggggg 1260
aggggugcug uuuuaauuuc uaaagguagg accaacaccc aggggaucag ugaaggaaga 1320
gaaggccagc agaucaguga gagugcaacc ccacccucca caggaaauug ccucaugggc 1380
agggccacag cagagagaca cagcaugggc agugccuucc cugccugugg gggucaugcu 1440
gccacuuuua auggguccuc cacccaacgg ggucagggag guggugcugc cccagugggc 1500
caugauuauc uuaaaggcau uauucuccag ccuuaagauc uuaggacguu uccuuugcua 1560
ugauuuguac uugcuugagu cccaugacug uuucucuucc ucucuuucuu ccuuuuggaa 1620
uaguaauauc cauccuaugu uugucccacu auuguauuuu ggaagcacau aacuuguuug 1680
guuucacagg uucacaguua agaaggaauu uugccucuga auaaauagaa ucuugagucu 1740
caugcaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1770
<210> 24
<211> 216
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 24
Met Gly Trp Ile Arg Gly Arg Arg Ser Arg His Ser Trp Glu Met Ser
1 5 10 15
Glu Phe His Asn Tyr Asn Leu Asp Leu Lys Lys Ser Asp Phe Ser Thr
20 25 30
Arg Trp Gln Lys Gln Arg Cys Pro Val Val Lys Ser Lys Cys Arg Glu
35 40 45
Asn Ala Ser Pro Phe Phe Phe Cys Cys Phe Ile Ala Val Ala Met Gly
50 55 60
Ile Arg Phe Ile Ile Met Val Ala Ile Trp Ser Ala Val Phe Leu Asn
65 70 75 80
Ser Leu Phe Asn Gln Glu Val Gln Ile Pro Leu Thr Glu Ser Tyr Cys
85 90 95
Gly Pro Cys Pro Lys Asn Trp Ile Cys Tyr Lys Asn Asn Cys Tyr Gln
100 105 110
Phe Phe Asp Glu Ser Lys Asn Trp Tyr Glu Ser Gln Ala Ser Cys Met
115 120 125
Ser Gln Asn Ala Ser Leu Leu Lys Val Tyr Ser Lys Glu Asp Gln Asp
130 135 140
Leu Leu Lys Leu Val Lys Ser Tyr His Trp Met Gly Leu Val His Ile
145 150 155 160
Pro Thr Asn Gly Ser Trp Gln Trp Glu Asp Gly Ser Ile Leu Ser Pro
165 170 175
Asn Leu Leu Thr Ile Ile Glu Met Gln Lys Gly Asp Cys Ala Leu Tyr
180 185 190
Ala Ser Ser Phe Lys Gly Tyr Ile Glu Asn Cys Ser Thr Pro Asn Thr
195 200 205
Tyr Ile Cys Met Gln Arg Thr Val
210 215
<210> 25
<211> 1083
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 25
cagagagcaa uauggcuggu uccccaacau gccucacccu caucuauauc cuuuggcagc 60
ucacaggguc agcagccucu ggacccguga aagagcuggu cgguuccguu gguggggccg 120
ugacuuuccc ccugaagucc aaaguaaagc aaguugacuc uauugucugg accuucaaca 180
caaccccucu ugucaccaua cagccagaag ggggcacuau cauagugacc caaaaucgua 240
auagggagag aguagacuuc ccagauggag gcuacucccu gaagcucagc aaacugaaga 300
agaaugacuc agggaucuac uaugugggga uauacagcuc aucacuccag cagcccucca 360
cccaggagua cgugcugcau gucuacgagc accugucaaa gccuaaaguc accauggguc 420
ugcagagcaa uaagaauggc accuguguga ccaaucugac augcugcaug gaacaugggg 480
aagaggaugu gauuuauacc uggaaggccc uggggcaagc agccaaugag ucccauaaug 540
gguccauccu ccccaucucc uggagauggg gagaaaguga uaugaccuuc aucugcguug 600
ccaggaaccc ugucagcaga aacuucucaa gccccauccu ugccaggaag cucugugaag 660
gugcugcuga ugacccagau uccuccaugg uccuccugug ucuccuguug gugccccucc 720
ugcucagucu cuuuguacug gggcuauuuc uuugguuucu gaagagagag agacaagaag 780
aguacauuga agagaagaag agaguggaca uuugucggga aacuccuaac auaugccccc 840
auucuggaga gaacacagag uacgacacaa ucccucacac uaauagaaca auccuaaagg 900
aagauccagc aaauacgguu uacuccacug uggaaauacc gaaaaagaug gaaaaucccc 960
acucacugcu cacgaugcca gacacaccaa ggcuauuugc cuaugagaau guuaucuaga 1020
cagcagugca cugccccuaa gucucugcuc aaaaaaaaaa caauucucgg cccaaagaaa 1080
aca 1083
<210> 26
<211> 335
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 26
Met Ala Gly Ser Pro Thr Cys Leu Thr Leu Ile Tyr Ile Leu Trp Gln
1 5 10 15
Leu Thr Gly Ser Ala Ala Ser Gly Pro Val Lys Glu Leu Val Gly Ser
20 25 30
Val Gly Gly Ala Val Thr Phe Pro Leu Lys Ser Lys Val Lys Gln Val
35 40 45
Asp Ser Ile Val Trp Thr Phe Asn Thr Thr Pro Leu Val Thr Ile Gln
50 55 60
Pro Glu Gly Gly Thr Ile Ile Val Thr Gln Asn Arg Asn Arg Glu Arg
65 70 75 80
Val Asp Phe Pro Asp Gly Gly Tyr Ser Leu Lys Leu Ser Lys Leu Lys
85 90 95
Lys Asn Asp Ser Gly Ile Tyr Tyr Val Gly Ile Tyr Ser Ser Ser Leu
100 105 110
Gln Gln Pro Ser Thr Gln Glu Tyr Val Leu His Val Tyr Glu His Leu
115 120 125
Ser Lys Pro Lys Val Thr Met Gly Leu Gln Ser Asn Lys Asn Gly Thr
130 135 140
Cys Val Thr Asn Leu Thr Cys Cys Met Glu His Gly Glu Glu Asp Val
145 150 155 160
Ile Tyr Thr Trp Lys Ala Leu Gly Gln Ala Ala Asn Glu Ser His Asn
165 170 175
Gly Ser Ile Leu Pro Ile Ser Trp Arg Trp Gly Glu Ser Asp Met Thr
180 185 190
Phe Ile Cys Val Ala Arg Asn Pro Val Ser Arg Asn Phe Ser Ser Pro
195 200 205
Ile Leu Ala Arg Lys Leu Cys Glu Gly Ala Ala Asp Asp Pro Asp Ser
210 215 220
Ser Met Val Leu Leu Cys Leu Leu Leu Val Pro Leu Leu Leu Ser Leu
225 230 235 240
Phe Val Leu Gly Leu Phe Leu Trp Phe Leu Lys Arg Glu Arg Gln Glu
245 250 255
Glu Tyr Ile Glu Glu Lys Lys Arg Val Asp Ile Cys Arg Glu Thr Pro
260 265 270
Asn Ile Cys Pro His Ser Gly Glu Asn Thr Glu Tyr Asp Thr Ile Pro
275 280 285
His Thr Asn Arg Thr Ile Leu Lys Glu Asp Pro Ala Asn Thr Val Tyr
290 295 300
Ser Thr Val Glu Ile Pro Lys Lys Met Glu Asn Pro His Ser Leu Leu
305 310 315 320
Thr Met Pro Asp Thr Pro Arg Leu Phe Ala Tyr Glu Asn Val Ile
325 330 335
<210> 27
<211> 3100
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 27
acucgucucu gguaaagucu gagcaggaca ggguggcuga cuggcagauc cagagguucc 60
cuuggcaguc cacgccaggc cuucaccaug gaucaguucc cugaaucagu gacagaaaac 120
uuugaguacg augauuuggc ugaggccugu uauauugggg acaucguggu cuuugggacu 180
guguuccugu ccauauucua cuccgucauc uuugccauug gccugguggg aaauuuguug 240
guaguguuug cccucaccaa cagcaagaag cccaagagug ucaccgacau uuaccuccug 300
aaccuggccu ugucugaucu gcuguuugua gccacuuugc ccuucuggac ucacuauuug 360
auaaaugaaa agggccucca caaugccaug ugcaaauuca cuaccgccuu cuucuucauc 420
ggcuuuuuug gaagcauauu cuucaucacc gucaucagca uugauaggua ccuggccauc 480
guccuggccg ccaacuccau gaacaaccgg accgugcagc auggcgucac caucagccua 540
ggcgucuggg cagcagccau uuugguggca gcaccccagu ucauguucac aaagcagaaa 600
gaaaaugaau gccuugguga cuaccccgag guccuccagg aaaucuggcc cgugcuccgc 660
aauguggaaa caaauuuucu uggcuuccua cucccccugc ucauuaugag uuauugcuac 720
uucagaauca uccagacgcu guuuuccugc aagaaccaca agaaagccaa agccauuaaa 780
cugauccuuc ugguggucau cguguuuuuc cucuucugga cacccuacaa cguuaugauu 840
uuccuggaga cgcuuaagcu cuaugacuuc uuucccaguu gugacaugag gaaggaucug 900
aggcuggccc ucagugugac ugagacgguu gcauuuagcc auuguugccu gaauccucuc 960
aucuaugcau uugcugggga gaaguucaga agauaccuuu accaccugua ugggaaaugc 1020
cuggcugucc ugugugggcg cucaguccac guugauuucu ccucaucuga aucacaaagg 1080
agcaggcaug gaaguguucu gagcagcaau uuuacuuacc acacgaguga uggagaugca 1140
uugcuccuuc ucugaaggga aucccaaagc cuugugucua cagagaaccu ggaguuccug 1200
aaccugaugc ugacuaguga ggaaagauuu uuguuguuau uucuuacagg cacaaaauga 1260
uggacccaau gcacacaaaa caacccuaga guguuguuga gaauugugcu caaaauuuga 1320
agaaugaaca aauugaacuc uuugaaugac aaagaguaga cauuucucuu acugcaaaug 1380
ucaucagaac uuuuugguuu gcagaugaca aaaauucaac ucagacuagu uuaguuaaau 1440
gaggguggug aauauuguuc auauuguggc acaagcaaaa gggugucuga gcccucaaag 1500
ugaggggaaa ccagggccug agccaagcua gaauucccuc ucucugacuc ucaaaucuuu 1560
uagucauuau agauccccca gacuuuacau gacacagcuu uaucaccaga gagggacuga 1620
cacccauguu ucucuggccc caagggaaaa uucccaggga agugcucuga uaggccaagu 1680
uuguaucagg ugcccauccc uggaaggugc uguuauccau ggggaaggga uauauaagau 1740
ggaagcuucc aguccaaucu cauggagaag cagaaauaca uauuuccaag aaguuggaug 1800
gguggguacu auucugauua cacaaaacaa augccacaca ucacccuuac caugugccug 1860
auccagccuc uccccugauu acaccagccu cgucuucauu aagcccucuu ccaucauguc 1920
cccaaaccug caagggcucc ccacugccua cugcaucgag ucaaaacuca aaugcuuggc 1980
uucucauacg uccaccaugg gguccuacca auagauuccc cauugccucc uccuucccaa 2040
aggacuccac ccauccuauc agccugucuc uuccauauga ccucaugcau cuccaccugc 2100
ucccaggcca guaagggaaa uagaaaaacc cugcccccaa auaagaaggg auggauucca 2160
accccaacuc caguagcuug ggacaaauca agcuucaguu uccuggucug uagaagaggg 2220
auaagguacc uuucacauag agaucauccu uuccagcaug aggaacuagc caccaacucu 2280
ugcaggucuc aacccuuuug ucugccucuu agacuucugc uuuccacacc ugcacugcug 2340
ugcugugccc aaguuguggu gcugacaaag cuuggaagag ccugcaggug ccuuggccgc 2400
gugcauagcc cagacacaga agaggcuggu ucuuacgaug gcacccagug agcacuccca 2460
agucuacaga gugauagccu uccguaaccc aacucuccug gacugccuug aauauccccu 2520
cccagucacc uugugcaagc cccugcccau cugggaaaau accccaucau ucaugcuacu 2580
gccaaccugg ggagccaggg cuaugggagc agcuuuuuuu uccccccuag aaacguuugg 2640
aacaauguaa aacuuuaaag cucgaaaaca auuguaauaa ugcuaaagaa aaagucaucc 2700
aaucuaacca caucaauauu gucauuccug uauucacccg uccagaccuu guucacacuc 2760
ucacauguuu agaguugcaa ucguaaugua cagaugguuu uauaaucuga uuuguuuucc 2820
ucuuaacguu agaccacaaa uagugcucgc uuucuaugua guuugguaau uaucauuuua 2880
gaagacucua ccagacugug uauucauuga agucagaugu gguaacuguu aaauugcugu 2940
guaucugaua gcucuuuggc agucuauaug uuuguauaau gaaugagaga auaagucaug 3000
uuccuucaag aucauguacc ccaauuuacu ugccauuacu caauugauaa acauuuaacu 3060
uguuuccaau guuuagcaaa uacauauuuu auagaacuuc 3100
<210> 28
<211> 355
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 28
Met Asp Gln Phe Pro Glu Ser Val Thr Glu Asn Phe Glu Tyr Asp Asp
1 5 10 15
Leu Ala Glu Ala Cys Tyr Ile Gly Asp Ile Val Val Phe Gly Thr Val
20 25 30
Phe Leu Ser Ile Phe Tyr Ser Val Ile Phe Ala Ile Gly Leu Val Gly
35 40 45
Asn Leu Leu Val Val Phe Ala Leu Thr Asn Ser Lys Lys Pro Lys Ser
50 55 60
Val Thr Asp Ile Tyr Leu Leu Asn Leu Ala Leu Ser Asp Leu Leu Phe
65 70 75 80
Val Ala Thr Leu Pro Phe Trp Thr His Tyr Leu Ile Asn Glu Lys Gly
85 90 95
Leu His Asn Ala Met Cys Lys Phe Thr Thr Ala Phe Phe Phe Ile Gly
100 105 110
Phe Phe Gly Ser Ile Phe Phe Ile Thr Val Ile Ser Ile Asp Arg Tyr
115 120 125
Leu Ala Ile Val Leu Ala Ala Asn Ser Met Asn Asn Arg Thr Val Gln
130 135 140
His Gly Val Thr Ile Ser Leu Gly Val Trp Ala Ala Ala Ile Leu Val
145 150 155 160
Ala Ala Pro Gln Phe Met Phe Thr Lys Gln Lys Glu Asn Glu Cys Leu
165 170 175
Gly Asp Tyr Pro Glu Val Leu Gln Glu Ile Trp Pro Val Leu Arg Asn
180 185 190
Val Glu Thr Asn Phe Leu Gly Phe Leu Leu Pro Leu Leu Ile Met Ser
195 200 205
Tyr Cys Tyr Phe Arg Ile Ile Gln Thr Leu Phe Ser Cys Lys Asn His
210 215 220
Lys Lys Ala Lys Ala Ile Lys Leu Ile Leu Leu Val Val Ile Val Phe
225 230 235 240
Phe Leu Phe Trp Thr Pro Tyr Asn Val Met Ile Phe Leu Glu Thr Leu
245 250 255
Lys Leu Tyr Asp Phe Phe Pro Ser Cys Asp Met Arg Lys Asp Leu Arg
260 265 270
Leu Ala Leu Ser Val Thr Glu Thr Val Ala Phe Ser His Cys Cys Leu
275 280 285
Asn Pro Leu Ile Tyr Ala Phe Ala Gly Glu Lys Phe Arg Arg Tyr Leu
290 295 300
Tyr His Leu Tyr Gly Lys Cys Leu Ala Val Leu Cys Gly Arg Ser Val
305 310 315 320
His Val Asp Phe Ser Ser Ser Glu Ser Gln Arg Ser Arg His Gly Ser
325 330 335
Val Leu Ser Ser Asn Phe Thr Tyr His Thr Ser Asp Gly Asp Ala Leu
340 345 350
Leu Leu Leu
355
<210> 29
<211> 741
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 29
aaccgagagg cugagacuaa cccagaaaga uccaauucuc aaacugaagc ucgcacucuc 60
gccuccagca ugaaagucuc ugccgcccuu cugugccugc ugcucauagc agccaccuuc 120
auuccccaag ggcucgcuca gccagaugca aucaaugccc cagucaccug cuguuauaac 180
uucaccaaua ggaagaucuc agugcagagg cucgcgagcu auagaagaau caccagcagc 240
aaguguccca aagaagcugu gaucuucaag accauugugg ccaaggagau cugugcugac 300
cccaagcaga aguggguuca ggauuccaug gaccaccugg acaagcaaac ccaaacuccg 360
aagacuugaa cacucacucc acaacccaag aaucugcagc uaacuuauuu uccccuagcu 420
uuccccagac acccuguuuu auuuuauuau aaugaauuuu guuuguugau gugaaacauu 480
augccuuaag uaauguuaau ucuuauuuaa guuauugaug uuuuaaguuu aucuuucaug 540
guacuagugu uuuuuagaua cagagacuug gggaaauugc uuuuccucuu gaaccacagu 600
ucuaccccug ggauguuuug agggucuuug caagaaucau uaauacaaag aauuuuuuuu 660
aacauuccaa ugcauugcua aaauauuauu guggaaauga auauuuugua acuauuacac 720
caaauaaaua uauuuuugua c 741
<210> 30
<211> 99
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 30
Met Lys Val Ser Ala Ala Leu Leu Cys Leu Leu Leu Ile Ala Ala Thr
1 5 10 15
Phe Ile Pro Gln Gly Leu Ala Gln Pro Asp Ala Ile Asn Ala Pro Val
20 25 30
Thr Cys Cys Tyr Asn Phe Thr Asn Arg Lys Ile Ser Val Gln Arg Leu
35 40 45
Ala Ser Tyr Arg Arg Ile Thr Ser Ser Lys Cys Pro Lys Glu Ala Val
50 55 60
Ile Phe Lys Thr Ile Val Ala Lys Glu Ile Cys Ala Asp Pro Lys Gln
65 70 75 80
Lys Trp Val Gln Asp Ser Met Asp His Leu Asp Lys Gln Thr Gln Thr
85 90 95
Pro Lys Thr
<210> 31
<211> 1160
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 31
ccuccgacag ccucuccaca gguaccauga aggucuccgc ggcacgccuc gcugucaucc 60
ucauugcuac ugcccucugc gcuccugcau cugccucccc auauuccucg gacaccacac 120
ccugcugcuu ugccuacauu gcccgcccac ugccccgugc ccacaucaag gaguauuucu 180
acaccagugg caagugcucc aacccagcag ucgucuuugu cacccgaaag aaccgccaag 240
ugugugccaa cccagagaag aaauggguuc gggaguacau caacucuuug gagaugagcu 300
aggauggaga guccuugaac cugaacuuac acaaauuugc cuguuucugc uugcucuugu 360
ccuagcuugg gaggcuuccc cucacuaucc uaccccaccc gcuccuugaa gggcccagau 420
ucugaccacg acgagcagca guuacaaaaa ccuuccccag gcuggacgug guggcucagc 480
cuuguaaucc cagcacuuug ggaggccaag guggguggau cacuugaggu caggaguucg 540
agacagccug gccaacauga ugaaacccca uguguacuaa aaauacaaaa aauuagccgg 600
gcgugguagc gggcgccugu agucccagcu acucgggagg cugaggcagg agaauggcgu 660
gaacccggga gcggagcuug cagugagccg agaucgcgcc acugcacucc agccugggcg 720
acagagcgag acuccgucuc aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaauaca aaaauuagcc 780
gcgugguggc ccacgccugu aaucccagcu acucgggagg cuaaggcagg aaaauuguuu 840
gaacccagga gguggaggcu gcagugagcu gagauugugc cacuucacuc cagccugggu 900
gacaaaguga gacuccguca caacaacaac aacaaaaagc uuccccaacu aaagccuaga 960
agagcuucug aggcgcugcu uugucaaaag gaagucucua gguucugagc ucuggcuuug 1020
ccuuggcuuu gcaagggcuc ugugacaagg aaggaaguca gcaugccucu agaggcaagg 1080
aagggaggaa cacugcacuc uuaagcuucc gccgucucaa ccccucacag gagcuuacug 1140
gcaaacauga aaaaucgggg 1160
<210> 32
<211> 91
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 32
Met Lys Val Ser Ala Ala Ala Leu Ala Val Ile Leu Ile Ala Thr Ala
1 5 10 15
Leu Cys Ala Pro Ala Ser Ala Ser Pro Tyr Ser Ser Asp Thr Thr Pro
20 25 30
Cys Cys Phe Ala Tyr Ile Ala Arg Pro Leu Pro Arg Ala His Ile Lys
35 40 45
Glu Tyr Phe Tyr Thr Ser Gly Lys Cys Ser Asn Pro Ala Val Val Phe
50 55 60
Val Thr Arg Lys Asn Arg Gln Val Cys Ala Asn Pro Glu Lys Lys Trp
65 70 75 80
Val Arg Glu Tyr Ile Asn Ser Leu Glu Met Ser
85 90
<210> 33
<211> 3383
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 33
agaagagcug agacauccgu uccccuacaa gaaacucucc ccggguggaa caagauggau 60
uaucaagugu caaguccaau cuaugacauc aauuauuaua caucggagcc cugccaaaaa 120
aucaauguga agcaaaucgc agcccgccuc cugccuccgc ucuacucacu gguguucauc 180
uuugguuuug ugggcaacau gcuggucauc cucauccuga uaaacugcaa aaggcugaag 240
agcaugacug acaucuaccu gcucaaccug gccaucucug accuguuuuu ccuucuuacu 300
guccccuucu gggcucacua ugcugccgcc cagugggacu uuggaaauac aaugugucaa 360
cucuugacag ggcucuauuu uauaggcuuc uucucuggaa ucuucuucau cauccuccug 420
acaaucgaua gguaccuggc ugucguccau gcuguguuug cuuuaaaagc caggacgguc 480
accuuugggg uggugacaag ugugaucacu uggguggugg cuguguuugc gucucuccca 540
ggaaucaucu uuaccagauc ucaaaaagaa ggucuucauu acaccugcag cucucauuuu 600
ccauacaguc aguaucaauu cuggaagaau uuccagacau uaaagauagu caucuugggg 660
cugguccugc cgcugcuugu cauggucauc ugcuacucgg gaauccuaaa aacucugcuu 720
cggugucgaa augagaagaa gaggcacagg gcugugaggc uuaucuucac caucaugauu 780
guuuauuuuc ucuucugggc ucccuacaac auuguccuuc uccugaacac cuuccaggaa 840
uucuuuggcc ugaauaauug caguagcucu aacagguugg accaagcuau gcaggugaca 900
gagacucuug ggaugacgca cugcugcauc aaccccauca ucuaugccuu ugucggggag 960
aaguucagaa acuaccucuu agucuucuuc caaaagcaca uugccaaacg cuucugcaaa 1020
ugcuguucua uuuuccagca agaggcuccc gagcgagcaa gcucaguuua cacccgaucc 1080
acuggggagc aggaaauauc ugugggcuug ugacacggac ucaagugggc uggugaccca 1140
gucagaguug ugcacauggc uuaguuuuca uacacagccu gggcuggggg ugggguggga 1200
gaggucuuuu uuaaaaggaa guuacuguua uagagggucu aagauucauc cauuuauuug 1260
gcaucuguuu aaaguagauu agaucuuuua agcccaucaa uuauagaaag ccaaaucaaa 1320
auauguugau gaaaaauagc aaccuuuuua ucuccccuuc acaugcauca aguuauugac 1380
aaacucuccc uucacuccga aaguuccuua uguauauuua aaagaaagcc ucagagaauu 1440
gcugauucuu gaguuuagug aucugaacag aaauaccaaa auuauuucag aaauguacaa 1500
cuuuuuaccu aguacaaggc aacauauagg uuguaaaugu guuuaaaaca ggucuuuguc 1560
uugcuauggg gagaaaagac augaauauga uuaguaaaga aaugacacuu uucaugugug 1620
auuuccccuc caagguaugg uuaauaaguu ucacugacuu agaaccaggc gagagacuug 1680
uggccuggga gagcugggga agcuucuuaa augagaagga auuugaguug gaucaucuau 1740
ugcuggcaaa gacagaagcc ucacugcaag cacugcaugg gcaagcuugg cuguagaagg 1800
agacagagcu gguugggaag acauggggag gaaggacaag gcuagaucau gaagaaccuu 1860
gacggcauug cuccgucuaa gucaugagcu gagcagggag auccugguug guguugcaga 1920
agguuuacuc uguggccaaa ggagggucag gaaggaugag cauuuagggc aaggagacca 1980
ccaacagccc ucaggucagg gugaggaugg ccucugcuaa gcucaaggcg ugaggauggg 2040
aaggagggag guauucguaa ggaugggaag gagggaggua uucgugcagc auaugaggau 2100
gcagagucag cagaacuggg guggauuugg uuuggaagug agggucagag aggagucaga 2160
gagaaucccu agucuucaag cagauuggag aaacccuuga aaagacauca agcacagaag 2220
gaggaggagg agguuuaggu caagaagaag auggauuggu guaaaaggau gggucugguu 2280
ugcagagcuu gaacacaguc ucacccagac uccaggcugu cuuucacuga augcuucuga 2340
cuucauagau uuccuuccca ucccagcuga aauacugagg ggucuccagg aggagacuag 2400
auuuaugaau acacgaggua ugaggucuag gaacauacuu cagcucacac augagaucua 2460
ggugaggauu gauuaccuag uagucauuuc auggguuguu gggaggauuc uaugaggcaa 2520
ccacaggcag cauuuagcac auacuacaca uucaauaagc aucaaacucu uaguuacuca 2580
uucagggaua gcacugagca aagcauugag caaagggguc ccauauaggu gagggaagcc 2640
ugaaaaacua agaugcugcc ugcccagugc acacaagugu agguaucauu uucugcauuu 2700
aaccgucaau aggcaaaggg gggaagggac auauucauuu ggaaauaagc ugccuugagc 2760
cuuaaaaccc acaaaaguac aauuuaccag ccuccguauu ucagacugaa uggggguggg 2820
gggggcgccu uagguacuua uuccagaugc cuucuccaga caaaccagaa gcaacagaaa 2880
aaaucgucuc ucccucccuu ugaaaugaau auaccccuua guguuugggu auauucauuu 2940
caaagggaga gagagagguu uuuuucuguu cuuucucaua ugauugugca cauacuugag 3000
acuguuuuga auuuggggga uggcuaaaac caucauagua cagguaaggu gagggaauag 3060
uaagugguga gaacuacuca gggaaugaag gugucagaau aauaagaggu gcuacugacu 3120
uucucagccu cugaauauga acggugagca uuguggcugu cagcaggaag caacgaaggg 3180
aaaugucuuu ccuuuugcuc uuaaguugug gagagugcaa caguagcaua ggacccuacc 3240
cucugggcca agucaaagac auucugacau cuuaguauuu gcauauucuu auguauguga 3300
aaguuacaaa uugcuugaaa gaaaauaugc aucuaauaaa aaacaccuuc uaaaauaaaa 3360
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa 3383
<210> 34
<211> 352
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 34
Met Asp Tyr Gln Val Ser Ser Pro Ile Tyr Asp Ile Asn Tyr Tyr Thr
1 5 10 15
Ser Glu Pro Cys Gln Lys Ile Asn Val Lys Gln Ile Ala Ala Arg Leu
20 25 30
Leu Pro Pro Leu Tyr Ser Leu Val Phe Ile Phe Gly Phe Val Gly Asn
35 40 45
Met Leu Val Ile Leu Ile Leu Ile Asn Cys Lys Arg Leu Lys Ser Met
50 55 60
Thr Asp Ile Tyr Leu Leu Asn Leu Ala Ile Ser Asp Leu Phe Phe Leu
65 70 75 80
Leu Thr Val Pro Phe Trp Ala His Tyr Ala Ala Ala Gln Trp Asp Phe
85 90 95
Gly Asn Thr Met Cys Gln Leu Leu Thr Gly Leu Tyr Phe Ile Gly Phe
100 105 110
Phe Ser Gly Ile Phe Phe Ile Ile Leu Leu Thr Ile Asp Arg Tyr Leu
115 120 125
Ala Val Val His Ala Val Phe Ala Leu Lys Ala Arg Thr Val Thr Phe
130 135 140
Gly Val Val Thr Ser Val Ile Thr Trp Val Val Ala Val Phe Ala Ser
145 150 155 160
Leu Pro Gly Ile Ile Phe Thr Arg Ser Gln Lys Glu Gly Leu His Tyr
165 170 175
Thr Cys Ser Ser His Phe Pro Tyr Ser Gln Tyr Gln Phe Trp Lys Asn
180 185 190
Phe Gln Thr Leu Lys Ile Val Ile Leu Gly Leu Val Leu Pro Leu Leu
195 200 205
Val Met Val Ile Cys Tyr Ser Gly Ile Leu Lys Thr Leu Leu Arg Cys
210 215 220
Arg Asn Glu Lys Lys Arg His Arg Ala Val Arg Leu Ile Phe Thr Ile
225 230 235 240
Met Ile Val Tyr Phe Leu Phe Trp Ala Pro Tyr Asn Ile Val Leu Leu
245 250 255
Leu Asn Thr Phe Gln Glu Phe Phe Gly Leu Asn Asn Cys Ser Ser Ser
260 265 270
Asn Arg Leu Asp Gln Ala Met Gln Val Thr Glu Thr Leu Gly Met Thr
275 280 285
His Cys Cys Ile Asn Pro Ile Ile Tyr Ala Phe Val Gly Glu Lys Phe
290 295 300
Arg Asn Tyr Leu Leu Val Phe Phe Gln Lys His Ile Ala Lys Arg Phe
305 310 315 320
Cys Lys Cys Cys Ser Ile Phe Gln Gln Glu Ala Pro Glu Arg Ala Ser
325 330 335
Ser Val Tyr Thr Arg Ser Thr Gly Glu Gln Glu Ile Ser Val Gly Leu
340 345 350
<210> 35
<211> 1635
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 35
ggcacgaggg cacugagcuc ugccgccugg cucuagccgc cugccuggcc cccgccggga 60
cucuugccca cccucagcca uggcuccgau aucucugucg uggcugcucc gcuuggccac 120
cuucugccau cugacugucc ugcuggcugg acagcaccac ggugugacga aaugcaacau 180
cacgugcagc aagaugacau caaagauacc uguagcuuug cucauccacu aucaacagaa 240
ccaggcauca ugcggcaaac gcgcaaucau cuuggagacg agacagcaca ggcuguucug 300
ugccgacccg aaggagcaau gggucaagga cgcgaugcag caucuggacc gccaggcugc 360
ugcccuaacu cgaaauggcg gcaccuucga gaagcagauc ggcgagguga agcccaggac 420
caccccugcc gccgggggaa uggacgaguc ugugguccug gagcccgaag ccacaggcga 480
aagcaguagc cuggagccga cuccuucuuc ccaggaagca cagagggccc uggggaccuc 540
cccagagcug ccgacgggcg ugacugguuc cucagggacc aggcuccccc cgacgccaaa 600
ggcucaggau ggagggccug ugggcacgga gcuuuuccga gugccucccg ucuccacugc 660
cgccacgugg cagaguucug cuccccacca accugggccc agccucuggg cugaggcaaa 720
gaccucugag gccccgucca cccaggaccc cuccacccag gccuccacug cguccucccc 780
agccccagag gagaaugcuc cgucugaagg ccagcgugug uggggucagg gacagagccc 840
caggccagag aacucucugg agcgggagga gauggguccc gugccagcgc acacggaugc 900
cuuccaggac ugggggccug gcagcauggc ccacgucucu guggucccug ucuccucaga 960
agggaccccc agcagggagc caguggcuuc aggcagcugg accccuaagg cugaggaacc 1020
cauccaugcc accauggacc cccagaggcu gggcguccuu aucacuccug ucccugacgc 1080
ccaggcugcc acccggaggc aggcgguggg gcugcuggcc uuccuuggcc uccucuucug 1140
ccugggggug gccauguuca ccuaccagag ccuccagggc ugcccucgaa agauggcagg 1200
agagauggcg gagggccuuc gcuacauccc ccggagcugu gguaguaauu cauauguccu 1260
ggugcccgug ugaacuccuc uggccugugu cuaguuguuu gauucagaca gcugccuggg 1320
aucccucauc cucauaccca cccccaccca agggccuggc cugagcuggg augauuggag 1380
gggggaggug ggauccucca ggugcacaag cuccaagcuc ccaggcauuc cccaggaggc 1440
cagccuugac cauucuccac cuuccaggga cagagggggu ggccucccaa cucaccccag 1500
ccccaaaacu cuccucugcu gcuggcuggu uagagguucc cuuugacgcc aucccagccc 1560
caaugaacaa uuauuuauua aaugcccagc cccuucugaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1620
aaaaaaaaaa aaaaa 1635
<210> 36
<211> 397
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 36
Met Ala Pro Ile Ser Leu Ser Trp Leu Leu Arg Leu Ala Thr Phe Cys
1 5 10 15
His Leu Thr Val Leu Leu Ala Gly Gln His His Gly Val Thr Lys Cys
20 25 30
Asn Ile Thr Cys Ser Lys Met Thr Ser Lys Ile Pro Val Ala Leu Leu
35 40 45
Ile His Tyr Gln Gln Asn Gln Ala Ser Cys Gly Lys Arg Ala Ile Ile
50 55 60
Leu Glu Thr Arg Gln His Arg Leu Phe Cys Ala Asp Pro Lys Glu Gln
65 70 75 80
Trp Val Lys Asp Ala Met Gln His Leu Asp Arg Gln Ala Ala Ala Leu
85 90 95
Thr Arg Asn Gly Gly Thr Phe Glu Lys Gln Ile Gly Glu Val Lys Pro
100 105 110
Arg Thr Thr Pro Ala Ala Gly Gly Met Asp Glu Ser Val Val Leu Glu
115 120 125
Pro Glu Ala Thr Gly Glu Ser Ser Ser Leu Glu Pro Thr Pro Ser Ser
130 135 140
Gln Glu Ala Gln Arg Ala Leu Gly Thr Ser Pro Glu Leu Pro Thr Gly
145 150 155 160
Val Thr Gly Ser Ser Gly Thr Arg Leu Pro Pro Thr Pro Lys Ala Gln
165 170 175
Asp Gly Gly Pro Val Gly Thr Glu Leu Phe Arg Val Pro Pro Val Ser
180 185 190
Thr Ala Ala Thr Trp Gln Ser Ser Ala Pro His Gln Pro Gly Pro Ser
195 200 205
Leu Trp Ala Glu Ala Lys Thr Ser Glu Ala Pro Ser Thr Gln Asp Pro
210 215 220
Ser Thr Gln Ala Ser Thr Ala Ser Ser Pro Ala Pro Glu Glu Asn Ala
225 230 235 240
Pro Ser Glu Gly Gln Arg Val Trp Gly Gln Gly Gln Ser Pro Arg Pro
245 250 255
Glu Asn Ser Leu Glu Arg Glu Glu Met Gly Pro Val Pro Ala His Thr
260 265 270
Asp Ala Phe Gln Asp Trp Gly Pro Gly Ser Met Ala His Val Ser Val
275 280 285
Val Pro Val Ser Ser Glu Gly Thr Pro Ser Arg Glu Pro Val Ala Ser
290 295 300
Gly Ser Trp Thr Pro Lys Ala Glu Glu Pro Ile His Ala Thr Met Asp
305 310 315 320
Pro Gln Arg Leu Gly Val Leu Ile Thr Pro Val Pro Asp Ala Gln Ala
325 330 335
Ala Thr Arg Arg Gln Ala Val Gly Leu Leu Ala Phe Leu Gly Leu Leu
340 345 350
Phe Cys Leu Gly Val Ala Met Phe Thr Tyr Gln Ser Leu Gln Gly Cys
355 360 365
Pro Arg Lys Met Ala Gly Glu Met Ala Glu Gly Leu Arg Tyr Ile Pro
370 375 380
Arg Ser Cys Gly Ser Asn Ser Tyr Val Leu Val Pro Val
385 390 395
<210> 37
<211> 2154
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 37
ggaauuccgu agugcgaggc cgggcacagc cuuccugugu gguuuuaccg cccagagagc 60
gucauggacc uggggaaacc aaugaaaagc gugcuggugg uggcucuccu ugucauuuuc 120
cagguaugcc ugugucaaga ugaggucacg gacgauuaca ucggagacaa caccacagug 180
gacuacacuu uguucgaguc uuugugcucc aagaaggacg ugcggaacuu uaaagccugg 240
uuccucccua ucauguacuc caucauuugu uucgugggcc uacugggcaa ugggcugguc 300
guguugaccu auaucuauuu caagaggcuc aagaccauga ccgauaccua ccugcucaac 360
cuggcggugg cagacauccu cuuccuccug acccuucccu ucugggccua cagcgcggcc 420
aaguccuggg ucuucggugu ccacuuuugc aagcucaucu uugccaucua caagaugagc 480
uucuucagug gcaugcuccu acuucuuugc aucagcauug accgcuacgu ggccaucguc 540
caggcugucu cagcucaccg ccaccgugcc cgcguccuuc ucaucagcaa gcuguccugu 600
gugggcagcg ccauacuagc cacagugcuc uccaucccag agcuccugua cagugaccuc 660
cagaggagca gcagugagca agcgaugcga ugcucucuca ucacagagca uguggaggcc 720
uuuaucacca uccagguggc ccagauggug aucggcuuuc uggucccccu gcuggccaug 780
agcuucuguu accuugucau cauccgcacc cugcuccagg cacgcaacuu ugagcgcaac 840
aaggccauca aggugaucau cgcugugguc guggucuuca uagucuucca gcugcccuac 900
aauggggugg uccuggccca gacgguggcc aacuucaaca ucaccaguag caccugugag 960
cucaguaagc aacucaacau cgccuacgac gucaccuaca gccuggccug cguccgcugc 1020
ugcgucaacc cuuucuugua cgccuucauc ggcgucaagu uccgcaacga uaucuucaag 1080
cucuucaagg accugggcug ccucagccag gagcagcucc ggcagugguc uuccugucgg 1140
cacauccggc gcuccuccau gaguguggag gccgagacca ccaccaccuu cuccccauag 1200
gcgacucuuc ugccuggacu agagggaccu cucccagggu cccuggggug gggauaggga 1260
gcagaugcaa ugacucagga cauccccccg ccaaaagcug cucaggggaa aaagcagcuc 1320
uccccucaga gugcaagccc cugcuccaga agauagcuuc accccaaucc cagcuaccuc 1380
aaccaaugcc aaaaaaagac agggcugaua agcuaacacc agacagacaa cacugggaaa 1440
cagaggcuau uguccccuaa accaaaaacu gaaagugaaa guccagaaac uguucccacc 1500
ugcuggagug aaggggccaa ggagggugag ugcaaggggc gugggagugg ccugaagagu 1560
ccucugaaug aaccuucugg ccucccacag acucaaaugc ucagaccagc ucuuccgaaa 1620
accaggccuu aucuccaaga ccagagauag uggggagacu ucuuggcuug gugaggaaaa 1680
gcggacauca gcuggucaaa caaacucucu gaaccccucc cuccaucguu uucuucacug 1740
uccuccaagc cagcgggaau ggcagcugcc acgccgcccu aaaagcacac ucauccccuc 1800
acuugccgcg ucgcccuccc aggcucucaa caggggagag ugugguguuu ccugcaggcc 1860
aggccagcug ccuccgcgug aucaaagcca cacucugggc uccagagugg ggaugacaug 1920
cacucagcuc uuggcuccac ugggauggga ggagaggaca agggaaaugu caggggcggg 1980
gagggugaca guggccgccc aaggccacga gcuuguucuu uguucuuugu cacagggacu 2040
gaaaaccucu ccucauguuc ugcuuucgau ucguuaagag agcaacauuu uacccacaca 2100
cagauaaagu uuucccuuga ggaaacaaca gcuuuaaaaa aaaaaaagga auuc 2154
<210> 38
<211> 378
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 38
Met Asp Leu Gly Lys Pro Met Lys Ser Val Leu Val Val Ala Leu Leu
1 5 10 15
Val Ile Phe Gln Val Cys Leu Cys Gln Asp Glu Val Thr Asp Asp Tyr
20 25 30
Ile Gly Asp Asn Thr Thr Val Asp Tyr Thr Leu Phe Glu Ser Leu Cys
35 40 45
Ser Lys Lys Asp Val Arg Asn Phe Lys Ala Trp Phe Leu Pro Ile Met
50 55 60
Tyr Ser Ile Ile Cys Phe Val Gly Leu Leu Gly Asn Gly Leu Val Val
65 70 75 80
Leu Thr Tyr Ile Tyr Phe Lys Arg Leu Lys Thr Met Thr Asp Thr Tyr
85 90 95
Leu Leu Asn Leu Ala Val Ala Asp Ile Leu Phe Leu Leu Thr Leu Pro
100 105 110
Phe Trp Ala Tyr Ser Ala Ala Lys Ser Trp Val Phe Gly Val His Phe
115 120 125
Cys Lys Leu Ile Phe Ala Ile Tyr Lys Met Ser Phe Phe Ser Gly Met
130 135 140
Leu Leu Leu Leu Cys Ile Ser Ile Asp Arg Tyr Val Ala Ile Val Gln
145 150 155 160
Ala Val Ser Ala His Arg His Arg Ala Arg Val Leu Leu Ile Ser Lys
165 170 175
Leu Ser Cys Val Gly Ile Trp Ile Leu Ala Thr Val Leu Ser Ile Pro
180 185 190
Glu Leu Leu Tyr Ser Asp Leu Gln Arg Ser Ser Ser Glu Gln Ala Met
195 200 205
Arg Cys Ser Leu Ile Thr Glu His Val Glu Ala Phe Ile Thr Ile Gln
210 215 220
Val Ala Gln Met Val Ile Gly Phe Leu Val Pro Leu Leu Ala Met Ser
225 230 235 240
Phe Cys Tyr Leu Val Ile Ile Arg Thr Leu Leu Gln Ala Arg Asn Phe
245 250 255
Glu Arg Asn Lys Ala Ile Lys Val Ile Ile Ala Val Val Val Val Phe
260 265 270
Ile Val Phe Gln Leu Pro Tyr Asn Gly Val Val Leu Ala Gln Thr Val
275 280 285
Ala Asn Phe Asn Ile Thr Ser Ser Thr Cys Glu Leu Ser Lys Gln Leu
290 295 300
Asn Ile Ala Tyr Asp Val Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Val Arg Cys Cys
305 310 315 320
Val Asn Pro Phe Leu Tyr Ala Phe Ile Gly Val Lys Phe Arg Asn Asp
325 330 335
Leu Phe Lys Leu Phe Lys Asp Leu Gly Cys Leu Ser Gln Glu Gln Leu
340 345 350
Arg Gln Trp Ser Ser Cys Arg His Ile Arg Arg Ser Ser Met Ser Val
355 360 365
Glu Ala Glu Thr Thr Thr Thr Phe Ser Pro
370 375

Claims (100)

1.一种监测具有癌症的患者对用VEGF拮抗剂的治疗的响应的方法，该方法包含：
(a)在施用该VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中测定下列基因中一种或多种的表达水平：
CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1；
CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13；或
GZMB，KLRK1，或SLAMF7；并
(b)与参照水平比较该生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，由此监测该患者中对用该VEGF拮抗剂的治疗的响应。
2.权利要求1的方法，其中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平与肿瘤微环境中CD8+T效应(Teff)细胞的存在有关联。
3.权利要求1的方法，其中CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平与肿瘤微环境中Th1趋化因子的存在有关联。
4.权利要求1的方法，其中GZMB，KLRK1，或SLAMF7的存在与肿瘤微环境中天然杀伤(NK)细胞的存在有关联。
5.权利要求1-4任一项的方法，其中测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平。
6.权利要求5的方法，其中测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，或至少六种的表达水平。
7.权利要求6的方法，其中测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，和PRF1的表达水平。
8.权利要求1-7任一项的方法，其中测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平。
9.权利要求8的方法，其中测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中至少两种或至少三种的表达水平。
10.权利要求9的方法，其中测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，和CXCL13的表达水平。
11.权利要求1-10任一项的方法，其中测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平。
12.权利要求11的方法，其中测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中至少两种的表达水平。
13.权利要求12的方法，其中测定GZMB，KLRK1，和SLAMF7的表达水平。
14.权利要求1-13任一项的方法，其中该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平；(ii)参照群体中该一种或多种基因的表达水平；(iii)该一种或多种基因的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平组成的组。
15.权利要求1-14任一项的方法，其中在自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高。
16.权利要求15的方法，其中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。
17.权利要求16的方法，其中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。
18.权利要求17的方法，其中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约7倍。
19.权利要求15-18任一项的方法，其中CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。
20.权利要求19的方法，其中CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。
21.权利要求20的方法，其中CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约6倍。
22.权利要求15-21任一项的方法，其中GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。
23.权利要求22的方法，其中GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。
24.权利要求23的方法，其中GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约8倍。
25.权利要求15-24任一项的方法，其中该一种或多种基因的升高的表达水平指示该患者响应该VEGF拮抗剂。
26.一种监测具有癌症的患者对用VEGF拮抗剂的治疗的响应的方法，该方法包含：
(a)测定在施用该VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平；并
(b)与参照水平比较该生物学样品中MHC-I的表达水平，由此监测该患者对用该VEGF拮抗剂的治疗的响应。
27.权利要求26的方法，其中该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中MHC-I的表达水平；(ii)参照群体中MHC-I的表达水平；(iii)MHC-I的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平组成的组。
28.权利要求26或27的方法，其中在自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平相对于该参照水平升高。
29.权利要求26-28任一项的方法，其中MHC-I的表达水平相对于该参照水平升高至少2倍。
30.权利要求28或29的方法，其中MHC-1的升高的表达指示该患者响应该VEGF拮抗剂。
31.一种监测具有癌症的患者对用VEGF拮抗剂的治疗的响应的方法，该方法包含：
(a)在施用该VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中测定下列基因中一种或多种的表达水平：
CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10；并
(b)与参照水平比较该生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，由此监测该患者对用该VEGF拮抗剂的治疗的响应。
32.权利要求20的方法，其中测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中至少两种，至少三种，至少四种，或至少五种的表达水平。
33.权利要求21的方法，其中测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和CXCL10的表达水平。
34.权利要求31-33任一项的方法，其中该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平；(ii)参照群体中该一种或多种基因的表达水平；(iii)该一种或多种基因的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平组成的组。
35.权利要求31-34任一项的方法，其中该一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高。
36.权利要求31-35任一项的方法，其中该一种或多种基因的升高的表达水平指示该患者响应该VEGF拮抗剂。
37.权利要求1-36任一项的方法，其中在施用该VEGF拮抗剂后约15至约18天获得来自该患者的生物学样品。
38.权利要求1-37任一项的方法，其进一步包含将另外的一剂或多剂VEGF拮抗剂施用于其MHC-I或该一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高的患者的步骤。
39.一种用VEGF拮抗剂治疗具有癌症的患者的方法，该方法包含：
(a)在施用VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中测定下列基因中一种或多种的表达水平：
CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1；
CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13；或
GZMB，KLRK1，或SLAMF7；
(b)与参照水平比较该生物学样品中该一种或多种基因的表达水平；并
(c)如果其一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高的话，继续将该VEGF拮抗剂施用于该患者。
40.权利要求39的方法，其中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平与肿瘤微环境中CD8+T效应(Teff)细胞的存在有关联。
41.权利要求39的方法，其中CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平与肿瘤微环境中Th1趋化因子的存在有关联。
42.权利要求39的方法，其中GZMB，KLRK1，或SMALF7的存在与肿瘤微环境中天然杀伤(NK)细胞的存在有关联。
43.权利要求39-42任一项的方法，其中测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平。
44.权利要求43的方法，其中测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，或至少六种的表达水平。
45.权利要求44的方法，其中测定CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，和PRF1的表达水平。
46.权利要求39-45任一项的方法，其中测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平。
47.权利要求46的方法，其中测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中至少两种或至少三种的表达水平。
48.权利要求47的方法，其中测定CXCL9，CXCL10，CXCL11，和CXCL13的表达水平。
49.权利要求39-48任一项的方法，其中测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平。
50.权利要求49的方法，其中测定GZMB，KLRK1，或SLAMF7中至少两种的表达水平。
51.权利要求50的方法，其中测定GZMB，KLRK1，和SLAMF7的表达水平。
52.权利要求39-51任一项的方法，其中该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平；(ii)参照群体中该一种或多种基因的表达水平；(iii)该一种或多种基因的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平组成的组。
53.权利要求39-51任一项的方法，其中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。
54.权利要求53的方法，其中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。
55.权利要求54的方法，其中CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约7倍。
56.权利要求39-55任一项的方法，其中CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。
57.权利要求56的方法，其中CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。
58.权利要求57的方法，其中CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约6倍。
59.权利要求39-58任一项的方法，其中GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约2倍。
60.权利要求59的方法，其中GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约4倍。
61.权利要求60的方法，其中GZMB，KLRK1，或SLAMF7中一种或多种的表达水平相对于该参照水平升高至少约8倍。
62.一种用VEGF拮抗剂治疗具有癌症的患者的方法，该方法包含：
(a)测定在施用该VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平；
(b)与参照水平比较该生物学样品中MHC-I的表达水平；并
(c)如果其一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高的话，继续将该VEGF拮抗剂施用于该患者。
63.权利要求62的方法，其中该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中MHC-I的表达水平；(ii)参照群体中MHC-I的表达水平；(iii)MHC-I的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中MHC-I的表达水平组成的组。
64.权利要求62或63的方法，其中MHC-I的表达水平相对于该参照水平升高至少2倍。
65.一种用VEGF拮抗剂治疗具有癌症的患者的方法，该方法包含：
(a)在施用VEGF拮抗剂后的一个时间点时自该患者获得的生物学样品中测定下列基因中一种或多种的表达水平：
CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10；
(b)与参照水平比较该生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，由此监测该患者对用该VEGF拮抗剂的治疗的响应；并
(c)如果其一种或多种基因的表达水平相对于该参照水平升高的话，继续将该VEGF拮抗剂施用于该患者。
66.权利要求44的方法，其中测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10中至少两种，至少三种，至少四种，或至少五种的表达水平。
67.权利要求45的方法，其中测定CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，和CXCL10的表达水平。
68.权利要求65-67任一项的方法，其中该参照水平选自由(i)在施用该VEGF拮抗剂前获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平；(ii)参照群体中该一种或多种基因的表达水平；(iii)该一种或多种基因的预指派表达水平；(iv)在一个在先时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平，其中该在先时间点在施用该VEGF拮抗剂后；或(v)在一个在后时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平组成的组。
69.权利要求1-68任一项的方法，其中在施用该VEGF拮抗剂后约15至约18天获得来自该患者的生物学样品。
70.权利要求1-69任一项的方法，其中该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。
71.权利要求70的方法，其中该抗VEGF抗体是贝伐珠单抗。
72.权利要求1-71任一项的方法，其进一步包含将第二治疗剂施用于该患者。
73.权利要求72的方法，其中该第二治疗剂选自由免疫疗法剂，细胞毒剂，生长抑制剂，放射疗法剂，抗血管发生剂，和其组合组成的组。
74.权利要求73的方法，其中该免疫疗法剂是PD-L1轴结合拮抗剂。
75.权利要求74的方法，其中该PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂，PD-1结合拮抗剂，和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
76.权利要求75的方法，其中该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。
77.权利要求74-76任一项的方法，其中该PD-L1结合拮抗剂是抗体。
78.权利要求77的方法，其中该抗体选自由MPDL3280A(阿特珠单抗(atezolizumab))，YW243.55.S70，MDX-1105，MEDI4736(度伐单抗(durvalumab))，和MSB0010718C(阿维单抗(avelumab))组成的组。
79.权利要求1-78任一项的方法，其中该癌症是乳腺癌，黑素瘤，非小细胞肺癌(NSCLC)，膀胱癌，肾细胞癌，结肠直肠癌，卵巢癌，胃癌，或肝癌。
80.权利要求79的方法，其中该癌症是肾细胞癌。
81.权利要求80的方法，其中该肾细胞癌是转移性肾细胞癌。
82.权利要求1-81任一项的方法，其中该表达水平是mRNA表达水平。
83.权利要求82的方法，其中使用选自由定量聚合酶链式反应(qPCR)，逆转录qPCR(RT-qPCR)，RNA测序，微阵列分析，原位杂交，和基因表达系列分析(SAGE)组成的组的方法测定该mRNA表达水平。
84.权利要求1-81任一项的方法，其中该表达水平是蛋白质表达水平。
85.权利要求84的方法，其中使用选自由免疫组织化学(IHC)，免疫荧光，质谱术，流式细胞术，和Western印迹组成的组的方法测定该蛋白质表达水平。
86.权利要求1-64任一项的方法，其中自该患者获得的生物学样品是肿瘤样品或细胞样品。
87.权利要求86的方法，其中该肿瘤样品是福尔马林固定且石蜡包埋的，新鲜的，存档的，或冷冻的。
88.权利要求86的方法，其中该细胞样品包含外周CD8+T细胞。
89.权利要求1-88任一项的方法，其中该患者是人患者。
90.VEGF拮抗剂，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的下列基因中一种或多种的表达水平：
CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1；
CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13；或
GZMB，KLRK1，或SLAMF7。
91.有效量的VEGF拮抗剂在制造供治疗罹患癌症的患者中使用的药物中的用途，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的下列基因中一种或多种的表达水平：
CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1；
CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13；或
GZMB，KLRK1，或SLAMF7。
92.一种包含有效量的VEGF拮抗剂的组合物，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的免疫基因签名的表达水平，该免疫基因签名包含下列基因中的一种或多种：
CD8A，CD8B，EOMES，GZMA，GZMB，IFNG，或PRF1；
CXCL9，CXCL10，CXCL11，或CXCL13；或
GZMB，KLRK1，或SLAMF7。
93.VEGF拮抗剂，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的MHC-I的表达水平。
94.有效量的VEGF拮抗剂在制造供治疗罹患癌症的患者中使用的药物中的用途，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的MHC-I的表达水平。
95.一种包含有效量的VEGF拮抗剂的组合物，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的MHC-I的表达水平。
96.VEGF拮抗剂，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的选自CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10的一种或多种基因的表达水平。
97.有效量的VEGF拮抗剂在制造供治疗罹患癌症的患者中使用的药物中的用途，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的选自CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10的一种或多种基因的表达水平。
98.一种包含有效量的VEGF拮抗剂的组合物，供一种治疗罹患癌症的患者的方法中使用，其中自该患者获得的生物学样品已经测定为具有相对于参照水平升高的选自CCL2，CCL5，CCR5，CX3CL1，CCR7，或CXCL10的一种或多种基因的表达水平。
99.权利要求90-98任一项的VEGF拮抗剂，用途，或组合物，其中该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。
100.权利要求99的VEGF拮抗剂，用途，或组合物，其中该抗VEGF抗体是贝伐珠单抗。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN119242714A (zh) * 2024-12-02 2025-01-03 云南省肿瘤医院(昆明医科大学第三附属医院) 共表达细胞因子il15和淋巴结归巢信号ccr7的car-t细胞的构建方法

Families Citing this family (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3589754B1 (en) * 2017-03-01 2023-06-28 F. Hoffmann-La Roche AG Diagnostic and therapeutic methods for cancer
AU2019227715B2 (en) * 2018-02-28 2022-03-31 Ap Biosciences, Inc. Bifunctional proteins combining checkpoint blockade for targeted therapy
GB2587939B (en) 2018-04-02 2023-06-14 Grail Llc Methylation markers and targeted methylation probe panels
CA3111887A1 (en) 2018-09-27 2020-04-02 Grail, Inc. Methylation markers and targeted methylation probe panel
KR102186571B1 (ko) * 2019-03-13 2020-12-03 울산대학교 산학협력단 면역유전자 차등발현 예측 모델을 이용한 유방암 환자에 대한 재발 예측 방법
KR102186570B1 (ko) * 2019-03-13 2020-12-03 울산대학교 산학협력단 면역유전자 차등발현 예측 모델을 이용한 유방암 환자에 대한 완전 관해 예측 방법
EP3994281A1 (en) * 2019-07-05 2022-05-11 Intellexon GmbH Methods for diagnosing the effectiveness of anti-tumor treatment
KR20210052709A (ko) * 2019-10-30 2021-05-11 사회복지법인 삼성생명공익재단 폐암 환자의 면역치료 반응성 예측용 cxcl13 마커 및 이의 용도
US11475981B2 (en) 2020-02-18 2022-10-18 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay
US11211147B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing
US11211144B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay
KR102396763B1 (ko) * 2020-04-09 2022-05-12 인하대학교 산학협력단 혈관내피세포 유래 cxcl11을 유효성분으로 포함하는 삼중음성유방암 치료 예후 예측용 바이오마커 조성물
KR20240065877A (ko) * 2022-11-07 2024-05-14 의료법인 성광의료재단 공간 전사체 분석 기반의 면역 치료 반응성 예측용 바이오마커 및 이의 용도

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011008696A2 (en) * 2009-07-13 2011-01-20 Genentech, Inc. Diagnostic methods and compositions for treatment of cancer
WO2012166899A2 (en) * 2011-06-03 2012-12-06 Eisai R&D Management Co., Ltd. Biomarkers for predicting and assessing responsiveness of thyroid and kidney cancer subjects to lenvatinib compounds
WO2014087156A1 (en) * 2012-12-03 2014-06-12 Almac Diagnostics Limited Molecular diagnostic test for cancer
CN104203268A (zh) * 2012-01-13 2014-12-10 霍夫曼-拉罗奇有限公司 用于识别适于用vegf拮抗剂治疗的患者的生物标记物
CN105264380A (zh) * 2013-05-14 2016-01-20 卫材R&D管理有限公司 用于预测和评价子宫内膜癌受试者对乐伐替尼化合物响应性的生物标志

Family Cites Families (153)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3773919A (en) 1969-10-23 1973-11-20 Du Pont Polylactide-drug mixtures
CU22545A1 (es) 1994-11-18 1999-03-31 Centro Inmunologia Molecular Obtención de un anticuerpo quimérico y humanizado contra el receptor del factor de crecimiento epidérmico para uso diagnóstico y terapéutico
US4275149A (en) 1978-11-24 1981-06-23 Syva Company Macromolecular environment control in specific receptor assays
US4318980A (en) 1978-04-10 1982-03-09 Miles Laboratories, Inc. Heterogenous specific binding assay employing a cycling reactant as label
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4943533A (en) 1984-03-01 1990-07-24 The Regents Of The University Of California Hybrid cell lines that produce monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4737456A (en) 1985-05-09 1988-04-12 Syntex (U.S.A.) Inc. Reducing interference in ligand-receptor binding assays
US4676980A (en) 1985-09-23 1987-06-30 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Target specific cross-linked heteroantibodies
US6548640B1 (en) 1986-03-27 2003-04-15 Btg International Limited Altered antibodies
IL85035A0 (en) 1987-01-08 1988-06-30 Int Genetic Eng Polynucleotide molecule,a chimeric antibody with specificity for human b cell surface antigen,a process for the preparation and methods utilizing the same
EP0307434B2 (en) 1987-03-18 1998-07-29 Scotgen Biopharmaceuticals, Inc. Altered antibodies
US5606040A (en) 1987-10-30 1997-02-25 American Cyanamid Company Antitumor and antibacterial substituted disulfide derivatives prepared from compounds possessing a methyl-trithio group
US5770701A (en) 1987-10-30 1998-06-23 American Cyanamid Company Process for preparing targeted forms of methyltrithio antitumor agents
WO1989006692A1 (en) 1988-01-12 1989-07-27 Genentech, Inc. Method of treating tumor cells by inhibiting growth factor receptor function
GB8823869D0 (en) 1988-10-12 1988-11-16 Medical Res Council Production of antibodies
ES2052027T5 (es) 1988-11-11 2005-04-16 Medical Research Council Clonacion de secuencias de dominio variable de inmunoglobulina.
US5225538A (en) 1989-02-23 1993-07-06 Genentech, Inc. Lymphocyte homing receptor/immunoglobulin fusion proteins
DE3920358A1 (de) 1989-06-22 1991-01-17 Behringwerke Ag Bispezifische und oligospezifische, mono- und oligovalente antikoerperkonstrukte, ihre herstellung und verwendung
EP0491007B1 (en) 1989-09-08 1996-03-13 The Johns Hopkins University Structural alterations of the egf receptor gene in human gliomas
CA2026147C (en) 1989-10-25 2006-02-07 Ravi J. Chari Cytotoxic agents comprising maytansinoids and their therapeutic use
US5208020A (en) 1989-10-25 1993-05-04 Immunogen Inc. Cytotoxic agents comprising maytansinoids and their therapeutic use
US6075181A (en) 1990-01-12 2000-06-13 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
DK0463151T3 (da) 1990-01-12 1996-07-01 Cell Genesys Inc Frembringelse af xenogene antistoffer
US6150584A (en) 1990-01-12 2000-11-21 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US5661016A (en) 1990-08-29 1997-08-26 Genpharm International Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies of various isotypes
US5633425A (en) 1990-08-29 1997-05-27 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
DE69127627T2 (de) 1990-08-29 1998-02-19 Genpharm Int Produktion und Nützung nicht-menschliche transgentiere zur Produktion heterologe Antikörper
US5545806A (en) 1990-08-29 1996-08-13 Genpharm International, Inc. Ransgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5770429A (en) 1990-08-29 1998-06-23 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
US5625126A (en) 1990-08-29 1997-04-29 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
DE69129154T2 (de) 1990-12-03 1998-08-20 Genentech, Inc., South San Francisco, Calif. Verfahren zur anreicherung von proteinvarianten mit geänderten bindungseigenschaften
US5571894A (en) 1991-02-05 1996-11-05 Ciba-Geigy Corporation Recombinant antibodies specific for a growth factor receptor
US6582959B2 (en) 1991-03-29 2003-06-24 Genentech, Inc. Antibodies to vascular endothelial cell growth factor
US20030206899A1 (en) 1991-03-29 2003-11-06 Genentech, Inc. Vascular endothelial cell growth factor antagonists
WO1994004679A1 (en) 1991-06-14 1994-03-03 Genentech, Inc. Method for making humanized antibodies
DE69233254T2 (de) 1991-06-14 2004-09-16 Genentech, Inc., South San Francisco Humanisierter Heregulin Antikörper
GB9114948D0 (en) 1991-07-11 1991-08-28 Pfizer Ltd Process for preparing sertraline intermediates
FI941572A7 (fi) 1991-10-07 1994-05-27 Oncologix Inc Anti-erbB-2-monoklonaalisten vasta-aineiden yhdistelmä ja käyttömenete lmä
WO1993008829A1 (en) 1991-11-04 1993-05-13 The Regents Of The University Of California Compositions that mediate killing of hiv-infected cells
GB9300059D0 (en) 1992-01-20 1993-03-03 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
DE69334351D1 (de) 1992-02-06 2011-05-12 Novartis Vaccines & Diagnostic Biosynthetisches Bindeprotein für Tumormarker
ES2309119T3 (es) 1992-10-28 2008-12-16 Genentech, Inc. Utilizacion de antagonistas del factor de crecimiento celular vegf.
EP0752248B1 (en) 1992-11-13 2000-09-27 Idec Pharmaceuticals Corporation Therapeutic application of chimeric and radiolabeled antibodies to human B lymphocyte restricted differentiation antigen for treatment of B cell lymphoma
US5635483A (en) 1992-12-03 1997-06-03 Arizona Board Of Regents Acting On Behalf Of Arizona State University Tumor inhibiting tetrapeptide bearing modified phenethyl amides
US5780588A (en) 1993-01-26 1998-07-14 Arizona Board Of Regents Elucidation and synthesis of selected pentapeptides
AU691811B2 (en) 1993-06-16 1998-05-28 Celltech Therapeutics Limited Antibodies
GB9314893D0 (en) 1993-07-19 1993-09-01 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
ATE207366T1 (de) 1993-12-24 2001-11-15 Merck Patent Gmbh Immunokonjugate
US5679683A (en) 1994-01-25 1997-10-21 Warner-Lambert Company Tricyclic compounds capable of inhibiting tyrosine kinases of the epidermal growth factor receptor family
IL112248A0 (en) 1994-01-25 1995-03-30 Warner Lambert Co Tricyclic heteroaromatic compounds and pharmaceutical compositions containing them
IL112249A (en) 1994-01-25 2001-11-25 Warner Lambert Co Pharmaceutical compositions containing di and tricyclic pyrimidine derivatives for inhibiting tyrosine kinases of the epidermal growth factor receptor family and some new such compounds
US5635388A (en) 1994-04-04 1997-06-03 Genentech, Inc. Agonist antibodies against the flk2/flt3 receptor and uses thereof
US5773001A (en) 1994-06-03 1998-06-30 American Cyanamid Company Conjugates of methyltrithio antitumor agents and intermediates for their synthesis
CZ18497A3 (en) 1994-07-21 1997-07-16 Akzo Nobel Nv Cyclic ketoneperoxidic compounds
US5804396A (en) 1994-10-12 1998-09-08 Sugen, Inc. Assay for agents active in proliferative disorders
US5731168A (en) 1995-03-01 1998-03-24 Genentech, Inc. Method for making heteromultimeric polypeptides
IL117645A (en) 1995-03-30 2005-08-31 Genentech Inc Vascular endothelial cell growth factor antagonists for use as medicaments in the treatment of age-related macular degeneration
EP0817775B1 (en) 1995-03-30 2001-09-12 Pfizer Inc. Quinazoline derivatives
US5869046A (en) 1995-04-14 1999-02-09 Genentech, Inc. Altered polypeptides with increased half-life
GB9508565D0 (en) 1995-04-27 1995-06-14 Zeneca Ltd Quiazoline derivative
GB9508538D0 (en) 1995-04-27 1995-06-14 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
KR100654645B1 (ko) 1995-04-27 2007-04-04 아브게닉스, 인크. 면역화된 제노마우스 유래의 인간 항체
AU2466895A (en) 1995-04-28 1996-11-18 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US5747498A (en) 1996-05-28 1998-05-05 Pfizer Inc. Alkynyl and azido-substituted 4-anilinoquinazolines
US5712374A (en) 1995-06-07 1998-01-27 American Cyanamid Company Method for the preparation of substantiallly monomeric calicheamicin derivative/carrier conjugates
US5714586A (en) 1995-06-07 1998-02-03 American Cyanamid Company Methods for the preparation of monomeric calicheamicin derivative/carrier conjugates
JPH11507535A (ja) 1995-06-07 1999-07-06 イムクローン システムズ インコーポレイテッド 腫瘍の成長を抑制する抗体および抗体フラグメント類
CA2224435C (en) 1995-07-06 2008-08-05 Novartis Ag Pyrrolopyrimidines and processes for the preparation thereof
US5760041A (en) 1996-02-05 1998-06-02 American Cyanamid Company 4-aminoquinazoline EGFR Inhibitors
GB9603095D0 (en) 1996-02-14 1996-04-10 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
GB9603256D0 (en) 1996-02-16 1996-04-17 Wellcome Found Antibodies
PL190489B1 (pl) 1996-04-12 2005-12-30 Warner Lambert Co Nieodwracalne inhibitory kinaz tyrozyny, kompozycja farmaceutyczna je zawierająca i ich zastosowanie
ID19609A (id) 1996-07-13 1998-07-23 Glaxo Group Ltd Senyawa-senyawa heterosiklik
ID18494A (id) 1996-10-02 1998-04-16 Novartis Ag Turunan pirazola leburan dan proses pembuatannya
JP4215172B2 (ja) 1996-12-03 2009-01-28 アムジェン フレモント インク． 複数のＶ▲下Ｈ▼およびＶ▲下κ▼領域を含むヒトＩｇ遺伝子座を有するトランスジェニック哺乳動物、ならびにそれから産生される抗体
UA73073C2 (uk) 1997-04-03 2005-06-15 Уайт Холдінгз Корпорейшн Заміщені 3-ціанохіноліни, спосіб їх одержання та фармацевтична композиція
US6002008A (en) 1997-04-03 1999-12-14 American Cyanamid Company Substituted 3-cyano quinolines
US6884879B1 (en) 1997-04-07 2005-04-26 Genentech, Inc. Anti-VEGF antibodies
US20020032315A1 (en) 1997-08-06 2002-03-14 Manuel Baca Anti-vegf antibodies
PT1787999E (pt) 1997-04-07 2010-11-11 Genentech Inc Anticorpos anti-vegf
CN100480269C (zh) 1997-04-07 2009-04-22 基因技术股份有限公司 抗-血管内皮生长因子的抗体
US6235883B1 (en) 1997-05-05 2001-05-22 Abgenix, Inc. Human monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
WO1998050038A1 (en) 1997-05-06 1998-11-12 American Cyanamid Company Use of quinazoline compounds for the treatment of polycystic kidney disease
JP2002506353A (ja) 1997-06-24 2002-02-26 ジェネンテック・インコーポレーテッド ガラクトシル化糖タンパク質の方法及び組成物
ZA986732B (en) 1997-07-29 1999-02-02 Warner Lambert Co Irreversible inhibitiors of tyrosine kinases
ZA986729B (en) 1997-07-29 1999-02-02 Warner Lambert Co Irreversible inhibitors of tyrosine kinases
TW436485B (en) 1997-08-01 2001-05-28 American Cyanamid Co Substituted quinazoline derivatives
AU759779B2 (en) 1997-10-31 2003-05-01 Genentech Inc. Methods and compositions comprising glycoprotein glycoforms
CA2306155A1 (en) 1997-11-06 1999-05-20 Philip Frost Use of quinazoline derivatives as tyrosine kinase inhibitors for treating colonic polyps
US6610833B1 (en) 1997-11-24 2003-08-26 The Institute For Human Genetics And Biochemistry Monoclonal human natural antibodies
ATE531812T1 (de) 1997-12-05 2011-11-15 Scripps Research Inst Humanisierung von nager-antikörpern
DK1068241T3 (da) 1998-04-02 2008-02-04 Genentech Inc Antistofvarianter og fragmenter deraf
US6194551B1 (en) 1998-04-02 2001-02-27 Genentech, Inc. Polypeptide variants
DK2180007T4 (da) 1998-04-20 2017-11-27 Roche Glycart Ag Glycosyleringsteknik for antistoffer til forbedring af antistofafhængig cellecytotoxicitet
AU763626B2 (en) 1998-11-19 2003-07-31 Warner-Lambert Company N-(4-(3-chloro-4-fluoro-phenylamino)-7-(3-morpholin-4-yl- propoxy)-quinazolin-6-yl)-acrylamide, an irreversible inhibitor of tyrosine kinases
US6737056B1 (en) 1999-01-15 2004-05-18 Genentech, Inc. Polypeptide variants with altered effector function
MX353234B (es) 1999-01-15 2018-01-08 Genentech Inc Variantes de polipeptidos con función efectora alterada.
DK1176195T3 (da) 1999-04-09 2013-06-24 Kyowa Hakko Kirin Co Ltd Fremgangsmåde til at kontrollere aktiviteten af immunologisk funktionelt molekyle
US6703020B1 (en) 1999-04-28 2004-03-09 Board Of Regents, The University Of Texas System Antibody conjugate methods for selectively inhibiting VEGF
WO2001029246A1 (fr) 1999-10-19 2001-04-26 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Procede de production d'un polypeptide
JP2003516755A (ja) 1999-12-15 2003-05-20 ジェネンテック・インコーポレーテッド ショットガン走査、すなわち機能性タンパク質エピトープをマッピングするための組み合わせ方法
NZ518764A (en) 1999-12-29 2004-02-27 Immunogen Inc Cytotoxic agents comprising modified doxorubicins and daunorubicins and their therapeutic use
PL357939A1 (en) 2000-04-11 2004-08-09 Genentech, Inc. Multivalent antibodies and uses therefor
US6946292B2 (en) 2000-10-06 2005-09-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells producing antibody compositions with increased antibody dependent cytotoxic activity
EA013224B1 (ru) 2000-10-06 2010-04-30 Киова Хакко Кирин Ко., Лтд. Клетки, продуцирующие композиции антител
US7064191B2 (en) 2000-10-06 2006-06-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for purifying antibody
US6596541B2 (en) 2000-10-31 2003-07-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods of modifying eukaryotic cells
IL155977A0 (en) 2000-11-30 2003-12-23 Medarex Inc Transgenic transchromosomal rodents for making human antibodies
WO2003011878A2 (en) 2001-08-03 2003-02-13 Glycart Biotechnology Ag Antibody glycosylation variants having increased antibody-dependent cellular cytotoxicity
CA2463879C (en) 2001-10-25 2012-12-04 Genentech, Inc. Glycoprotein compositions
US20040093621A1 (en) 2001-12-25 2004-05-13 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd Antibody composition which specifically binds to CD20
AU2003236017B2 (en) 2002-04-09 2009-03-26 Kyowa Kirin Co., Ltd. Drug containing antibody composition
WO2003085118A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for producing antibody composition
JPWO2003085119A1 (ja) 2002-04-09 2005-08-11 協和醗酵工業株式会社 抗体組成物のＦｃγ受容体ＩＩＩａに対する結合活性を高める方法
DE60336548D1 (de) 2002-04-09 2011-05-12 Kyowa Hakko Kirin Co Ltd Zelle mit erniedrigter oder deletierter aktivität eines am gdp-fucosetransport beteiligten proteins
BR0309145A (pt) 2002-04-09 2005-02-01 Kyowa Hakko Kogyo Kk Células das quais o genoma é modificado
CA2481925A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Therapeutic agent for patients having human fc.gamma.riiia
CA2488441C (en) 2002-06-03 2015-01-27 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
US7361740B2 (en) 2002-10-15 2008-04-22 Pdl Biopharma, Inc. Alteration of FcRn binding affinities or serum half-lives of antibodies by mutagenesis
RS20100366A (sr) 2002-12-16 2011-04-30 Genentech, Inc. Varijante imunoglobulina i njihova upotreba
WO2004065416A2 (en) 2003-01-16 2004-08-05 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
US20050186208A1 (en) 2003-05-30 2005-08-25 Genentech, Inc. Treatment with anti-VEGF antibodies
US20050106667A1 (en) 2003-08-01 2005-05-19 Genentech, Inc Binding polypeptides with restricted diversity sequences
EP1688439A4 (en) 2003-10-08 2007-12-19 Kyowa Hakko Kogyo Kk COMPOSITION OF CONDENSED PROTEINS
AU2004280065A1 (en) 2003-10-09 2005-04-21 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Process for producing antibody composition by using RNA inhibiting the function of alpha1,6-fucosyltransferase
HUE042914T2 (hu) 2003-11-05 2019-07-29 Roche Glycart Ag CD20 antitestek fokozott fc receptorkötõ affinitással és effektorfunkcióval
PT1725249E (pt) 2003-11-06 2014-04-10 Seattle Genetics Inc Compostos de monometilvalina capazes de conjugação a ligandos
JPWO2005053742A1 (ja) 2003-12-04 2007-06-28 協和醗酵工業株式会社 抗体組成物を含有する医薬
MXPA06011199A (es) 2004-03-31 2007-04-16 Genentech Inc Anticuerpos anti-tgf-beta humanizados.
US7785903B2 (en) 2004-04-09 2010-08-31 Genentech, Inc. Variable domain library and uses
EP2374817B1 (en) 2004-04-13 2017-09-06 F. Hoffmann-La Roche AG Anti-P-selectin antibodies
US20060009360A1 (en) 2004-06-25 2006-01-12 Robert Pifer New adjuvant composition
TWI380996B (zh) 2004-09-17 2013-01-01 Hoffmann La Roche 抗ｏｘ４０ｌ抗體
BRPI0516284A (pt) 2004-09-23 2008-09-02 Genentech Inc anticorpo construìdo com cisteìna, método de selecionar anticorpos, compostos conjugados de droga-anticorpo, composição farmacêutica, método para matar ou inibir a proliferação de células de tumor, métodos de inibir a proliferação celular e o crescimento de células de tumor, artigo manufaturado e método para produzir um composto
MX2007013978A (es) 2005-05-09 2008-02-22 Ono Pharmaceutical Co Anticuerpos monoclonales humanos a muerte programada 1 (pd-1) y metodos para tratamiento de cancer utilizando anticuerpos anti-pd-1 solos o en combinacion con otros inmunoterapeuticos.
US8219149B2 (en) 2005-06-29 2012-07-10 Nokia Corporation Mobile communication terminal
CN105330741B (zh) 2005-07-01 2023-01-31 E.R.施贵宝&圣斯有限责任公司 抗程序性死亡配体1(pd-l1)的人单克隆抗体
ES2577292T3 (es) 2005-11-07 2016-07-14 Genentech, Inc. Polipéptidos de unión con secuencias hipervariables de VH/VL diversificadas y consenso
EP1973951A2 (en) 2005-12-02 2008-10-01 Genentech, Inc. Binding polypeptides with restricted diversity sequences
EP2016101A2 (en) 2006-05-09 2009-01-21 Genentech, Inc. Binding polypeptides with optimized scaffolds
US20080226635A1 (en) 2006-12-22 2008-09-18 Hans Koll Antibodies against insulin-like growth factor I receptor and uses thereof
CN100592373C (zh) 2007-05-25 2010-02-24 群康科技(深圳)有限公司 液晶显示面板驱动装置及其驱动方法
AU2009204501B2 (en) 2008-01-07 2015-02-12 Amgen Inc. Method for making antibody Fc-heterodimeric molecules using electrostatic steering effects
ES2639857T3 (es) 2008-02-11 2017-10-30 Cure Tech Ltd. Anticuerpos monoclonales para el tratamiento del tumor
WO2009114335A2 (en) 2008-03-12 2009-09-17 Merck & Co., Inc. Pd-1 binding proteins
WO2010027827A2 (en) 2008-08-25 2010-03-11 Amplimmune, Inc. Targeted costimulatory polypeptides and methods of use to treat cancer
BRPI0917592B1 (pt) 2008-12-09 2021-08-17 Genentech, Inc Anticorpo anti-pd-l1, composição, artigos manufaturados e usos de uma composição
RS60033B1 (sr) 2009-11-24 2020-04-30 Medimmune Ltd Ciljano vezujući agensi usmereni na b7-h1
US20130017199A1 (en) 2009-11-24 2013-01-17 AMPLIMMUNE ,Inc. a corporation Simultaneous inhibition of pd-l1/pd-l2
AR080794A1 (es) 2010-03-26 2012-05-09 Hoffmann La Roche Anticuerpos bivalentes biespecificos anti- vegf/ anti-ang-2
SG10201606284UA (en) 2011-08-01 2016-09-29 Genentech Inc Methods Of Treating Cancer Using Pd-1 Axis Binding Antagonists And Mek Inhibitors
CN109154613A (zh) * 2016-04-15 2019-01-04 豪夫迈·罗氏有限公司 用于监测和治疗癌症的方法

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011008696A2 (en) * 2009-07-13 2011-01-20 Genentech, Inc. Diagnostic methods and compositions for treatment of cancer
CN102482715A (zh) * 2009-07-13 2012-05-30 霍夫曼-拉罗奇有限公司 用于癌症治疗的诊断方法和组合物
WO2012166899A2 (en) * 2011-06-03 2012-12-06 Eisai R&D Management Co., Ltd. Biomarkers for predicting and assessing responsiveness of thyroid and kidney cancer subjects to lenvatinib compounds
CN104203268A (zh) * 2012-01-13 2014-12-10 霍夫曼-拉罗奇有限公司 用于识别适于用vegf拮抗剂治疗的患者的生物标记物
WO2014087156A1 (en) * 2012-12-03 2014-06-12 Almac Diagnostics Limited Molecular diagnostic test for cancer
CN105264380A (zh) * 2013-05-14 2016-01-20 卫材R&D管理有限公司 用于预测和评价子宫内膜癌受试者对乐伐替尼化合物响应性的生物标志

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
GUIDO GIORDANO ET AL.: ""Cancer-related CD15/FUT4 overexpression decreases benefit to agents targeting EGFR or VEGF acting as a novel RAF-MEK-ERK kinase downstream regulator in metastatic colorectal cancer"", 《JOURNAL OF EXPERIMENTAL & CLINICAL CANCER RESEARCH》 *
汤森路透: ""免疫肿瘤学组合疗法"", 《药学进展》 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN119242714A (zh) * 2024-12-02 2025-01-03 云南省肿瘤医院(昆明医科大学第三附属医院) 共表达细胞因子il15和淋巴结归巢信号ccr7的car-t细胞的构建方法

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