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WO1996037605A2 - OLIGONUCLEOTIDES ANTISENS POUR BLOQUER LA SYNTHESE DU RECEPTEUR DE L'IgE - Google Patents

OLIGONUCLEOTIDES ANTISENS POUR BLOQUER LA SYNTHESE DU RECEPTEUR DE L'IgE Download PDF

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WO1996037605A2
WO1996037605A2 PCT/FR1996/000785 FR9600785W WO9637605A2 WO 1996037605 A2 WO1996037605 A2 WO 1996037605A2 FR 9600785 W FR9600785 W FR 9600785W WO 9637605 A2 WO9637605 A2 WO 9637605A2
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    • C12N15/1138—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against receptors or cell surface proteins
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    • C12N2310/3515—Lipophilic moiety, e.g. cholesterol

Definitions

  • the present invention relates to antisense oligonucleotides which selectively hybridize with one or more genes necessary to block the synthesis of the IgE receptor, pharmaceutical compositions containing them and their use as IgE inhibitors.
  • Hypersensitivity to IgE is at least one of the major components exerting a mediating effect in the manifestation of allergic reactions of early and late type I phases.
  • the pathophysiological mechanism can be broken down into the following phases:
  • Mast cells and basophils are not the only target cells activated by IgE and involved in hypersensitivity reactions.
  • Other effector cells include epithelial, endothelial and other inflammatory cells.
  • the hypersensitivity reaction is triggered when IgE, produced in excess by B cells, interacts with specific receptors on effector cells.
  • Fc ⁇ R ⁇ receptor a high affinity receptor
  • Fc ⁇ Ru receptor a low affinity receptor
  • Fc ⁇ Ru receptor a receptor that is expressed by the subpopulations of B and T lymphocytes. Expression of the type I or Fc ⁇ R ⁇ receptor is necessary for triggering the hypersensitivity reaction.
  • a therapeutic approach to the treatment of allergic reactions would consist in blocking the synthesis of IgE or the IgE receptor.
  • the antisense strategy is a new therapeutic approach aimed at obtaining the selective modulation of gene expression by a highly selective association of a nucleotide chain (oligonucleotides) with its additional sequence on RNA or messenger DNA or pre-messenger and, therefore, inhibit the synthesis of the corresponding protein.
  • the oligonucleotides complementary to the transcripts are called "antisense” oligonucleotides.
  • the oligonucleotides having the same sequence as the transcripts are called “sense” oligonucleotides. Initially, these compounds were logically intended to inhibit the formation of a gene product by the suppression of the corresponding messenger RNA, via the hydrolysis mechanism catalyzed by RNAse H. Soon, it appeared that the mechanism of action of these antisense oligonucleotides was not that simple.
  • These oligonucleotides can interact with a certain number of cellular targets not comprising nucleic acid.
  • Oligonucleotides can interact with the gene, to form triple helix structures and inhibit the formation of transcripts. Oligonucleotides can interact with the intron-exon junctions of pre-messenger RNA, thus interfering with the correct splicing of the transcript. Oligonucleotides can hybridize with messenger RNA in the cytoplasm, forming an RNA-DNA complex, which is rapidly degraded by the RNAse H enzyme, or preventing the ribosome complex from slipping onto the messenger RNA and thereby blocking the translation. Oligonucleotides and, more particularly, modified oligonucleotides, can interact with a number of cellular products such as proteins. These interactions can be sequence-specific (for example: transcription factors) or non-sequence-specific (for example: growth factors).
  • Oligonucleotides are very often used as a probe, for example for the identification of a strand complementary to the oligonucleotide studied, from an experimental point of view, in pharmacological experiments.
  • oligonucleotides have been used, for example, to demonstrate the ⁇ subunit of the IgE receptor (Proceedings of the National Academy of Sciences of USA, vol. 85, No 15, August 1988, pp. 5639-5643). But in this area, no oligonucleotide has been used for therapeutic purposes.
  • the invention relates to antisense oligonucleotides which selectively hybridize with one or more genes necessary to block the synthesis of the IgE receptor. - 3 -
  • This invention relates more particularly to antisense oligonucleotides which selectively hybridize with a gene or the transcripts for the ⁇ subunits of the high affinity IgE receptor.
  • the oligonucleotides preferably comprise from 8 to 35 units. Very preferably, the oligonucleotides comprise from 10 to 25 units.
  • oligonucleotide represents an oligonucleotide consisting of bases, phosphodiester bonds and sugars well known to those skilled in the art.
  • oligonucleotides also represents oligonucleotides whose backbone has been modified either over the entire length of the oligonucleotide, or in the 5 ′ position and / or in the 3 ′ position.
  • oligonucleotides are sensitive to enzymes, the nucleases which cut them into nucleotides; the oligonucleotides become resistant to nucleases by modification, for example, of the chemical nature of the sugar itself or the phosphate-sugar chain: thus, the phosphodiester chain can be replaced, for example, by a phosphorothioate, phosphorodithioate, methylphosphonate chain , phosphoramidate, phosphoethyltriester, butylamidate, piperazidate or morpholidate.
  • oligonucleotide modifications can be made along the entire length of the oligonucleotide or at its 5 ′ and / or 3 ′ ends, to make the oligonucleotides more resistant to a biological environment.
  • the phosphate bonds between the nucleotides can also be replaced by amide bonds (peptide nucleic acids).
  • the transmembrane passage of the oligonucleotide can be promoted by making the latter more hydrophobic: this can be obtained, for example, by attaching hydrophobic substituents such as cholesterol or aromatic groups, or a polymer.
  • Modified bases can be incorporated partially or over the entire length of the oligonucleotide.
  • oligonucleotide also represents a nucleotide whose backbone is modified according to any of the methods described above or of any other method well known to those skilled in the art.
  • the subject of the invention is the oligonucleotides of the sequences SEQ ID No. 1 to SEQ ID No. 6 respectively; the oligonucleotides of the sequences SEQ ID Nos. 4-6 are oligonucleotides in which all the phosphodiester bonds have been modified into phosphorothioate. Their complementary sequences or sense oligonucleotides according to the invention can also be used.
  • the invention also relates to antisense oligonucleotides comprising at least one fragment of one of the sequences selected from the sequences SEQ ID No. 1 to SEQ ID No. 6.
  • the oligonucleotides of the invention can be synthesized by any of the known methods of chemical synthesis of the oligonucleotides.
  • Antisense oligonucleotides are very advantageously prepared using any commercial nucleic acid synthesizer.
  • One of these methods for synthesizing oligonucleotides is the beta-cyanoethyl phosphoramidate method described by S. L. Beaucage & his collaborators (Tet. Let. 22 (1981), 1859-1862).
  • a subject of the invention is also pharmaceutical compositions containing, as active principle, at least one antisense oligonucleotide according to the invention, mixed with a pharmaceutically acceptable excipient and / or carrier, according to the mode of administration chosen.
  • the composition can be administered by topical or systemic or local treatment; it can take the form of a liquid for an injection, liposome, sustained-release formulation or in the form of a gel, ointment for local application or in any other acceptable form depending on the mode of administration chosen.
  • the composition used is in the form of a liposome.
  • the invention relates to the use of oligonucleotides according to the invention, for the preparation of medicaments for inhibiting the role of IgE.
  • the invention relates more particularly to the use of oligonucleotides according to the invention, for the preparation of medicaments for the treatment of allergies or other pathologies in which the IgE receptor is involved.
  • RBL 2H3 cell lines (transformed rat mast cells) were cultured in RPMI-1640 medium, in the presence of 10% fetal calf serum (S VF). These cells were seeded at a rate of 5.10 4 / ml on day 0, with or without the oligonucleotides according to the invention, at a concentration of 1 or 10.10 -6 M, in solution or in the form of a liposome. On day 2, the culture medium was renewed and the oligonucleotides were added at the same concentration and in the same form The cells were further cultured for 2 days and isolated on day 4, immunostained using anti-oc subunit antibody of the high affinity IgE receptor of rats and analyzed by FACS.
  • S VF fetal calf serum
  • RBL 2H3 cells grown under different conditions, were isolated by trypsinization and counted. For each condition, two aliquots of 5.10 5 cells were treated with PBS / 2% fetal calf serum. One of the two aliquots was treated in an antibody-xTanti-subunit ⁇ of mouse (antibody BC4) then with an anti-mouse Ig, labeled with fluorescein isothiocyanate (ITCF); the other aliquot was treated only with the secondary antibody (anti-ITCF Ig) and was used as a negative control. The percentage of fluorescent cells, in each condition, was determined by analysis by cytofluorimetry.

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Abstract

La présente invention concerne des oligonucléotides antisens qui hybrident sélectivement avec un ou plusieurs gènes nécessaires à bloquer la synthèse du récepteur de l'IgE, des compositions pharmaceutiques les contenant et leur utilisation pour la préparation de médicaments pour le traitement d'allergies.

Description

Oligonucléotides antisens pour bloquer la synthèse du récepteur de l'IgE
La présente invention concerne des oligonucléotides antisens qui hybrident sélectivement avec un ou plusieurs gènes nécessaires à bloquer la synthèse du récepteur de l'IgE, des compositions pharmaceutiques les contenant et leur utilisation en tant qu'inhibiteurs d'IgE.
L'hypersensibilité à l'IgE est au moins l'une des composantes majeures exerçant un effet médiateur dans la manifestation des réactions allergiques de phases précoce et tardive de type I. Le mécanisme physiopathologique peut être décomposé en les phases suivantes :
- une production anormale de grandes quantités d'IgE ;
- la sécrétion de médiateurs spasmogéniques et vasoactifs ; - l'induction d'une réponse inflammatoire riche en éosinophiles.
Les mastocytes et les basophiles ne sont pas les seules cellules-cibles activées par l'IgE et intervenant dans les réactions d'hypersensibilité. D'autres cellules effecteurs comprennent les cellules épithéliales, endothéliales et autres cellules inflammatoires.
La réaction d'hypersensibilité est déclenchée lorsque l'IgE, produit en excès par les lymphocytes B, entre en interaction avec les récepteurs spécifiques sur les cellules effecteurs.
Deux types de récepteurs ont été caractérisés : un récepteur de haute affinité appelé récepteur FcεRι ou récepteur de type I et un récepteur de faible affinité appelé récepteur FcεRu ou récepteur de type II. En plus des cellules intervenant dans la réponse inflammatoire, ces récepteurs sont également exprimés par les sous-populations en lymphocytes B et T. L'expression du récepteur de type I ou FcεRι est nécessaire pour le déclenchement de la réaction d'hypersensibilité.
Une approche thérapeutique au traitement des réactions allergiques consisterait à bloquer la synthèse de l'IgE ou le récepteur IgE. La stratégie antisens est une nouvelle approche thérapeutique ayant pour but d'obtenir la modulation sélective de l'expression des gènes par une association hautement sélective d'une chaîne nucléotide (oligonucléotides) avec sa séquence supplémentaire sur l'ARN ou l'ADN messager ou pré-messager et, par conséquent, d'inhiber la synthèse de la protéine correspondante.
Les oligonucléotides complémentaires aux produits de transcription sont appelés oligonucléotides "antisens". Les oligonucléotides ayant la même séquence que les produits de transcription sont nommés oligonucléotides "sens". Initialement, ces composés étaient logiquement destinés à inhiber la formation d'un produit du gène par la suppression de l'ARN messager correspondant, via le mécanisme d'hydrolyse catalysé par la RNAse H. Bientôt, il est apparu que le mécanisme d'action de ces oligonucléotides antisens n'était pas si simple. Ces oligonucléotides peuvent interagir avec un certain nombre de cibles cellulaires ne comprenant pas d'acide nucléique. Ces oligonucléotides peuvent interagir avec le gène, pour former des structures en triple hélice et inhiber la formation des produits de transcription. Les oligonucléotides peuvent interagir avec les jonctions intron-exon de l'ARN pre-messager, interférant ainsi avec l'épissage correct du produit de transcription. Les oligonucléotides peuvent s'hybrider avec l'ARN messager dans le cytoplasme, en formant un complexe ARN- ADN, qui est rapidement dégradé par l'enzyme ARNase H ou en empêchant le complexe ribosome de se glisser sur l'ARN messager et bloquant ainsi la traduction. Les oligonucléotides et, plus particulièrement, les oligonucléotides modifiés, peuvent interagir avec un nombre de produits cellulaires tels que les protéines. Ces interactions peuvent être séquence-spécifiques (par exemple : facteurs de transcription) ou non-séquence-spécifiques (par exemple : facteurs de croissance).
Les oligonucléotides sont très souvent utilisés comme sonde par exemple pour l'identification d'un brin complémentaire de l'oligonucléotide étudié, d'un point de vue expérimental, dans des expériences pharmacologiques. Ainsi, dans le domaine de l'IgE, des oligonucléotides ont été utilisés, par exemple, pour mettre en évidence la sous-unité a du récepteur de l'IgE (Proceedings of the National Academy of Sciences of USA, vol. 85, No. 15, August 1988, pp. 5639-5643). Mais dans ce domaine, aucun oligonucléotide n'a été utilisé à des fins thérapeutiques.
L'invention concerne des oligonucléotides antisens qui hybrident sélectivement avec un ou plusieurs gènes nécessaires à bloquer la synthèse du récepteur de l'IgE. - 3 -
Cette invention concerne plus particulièrement des oligonucléotides antisens qui s'hybrident sélectivement avec un gène ou les produits de transcription pour les sous-unités α du récepteur IgE de haute affinité. Les oligonucléotides comprennent de préférence de 8 à 35 unités. De manière très préférentielle, les oligonucléotides comprennent de 10 à 25 unités.
Le terme "oligonucléotide" représente un oligonucléotide constitué de bases, de liaisons phosphodiester et de sucres bien connus par l'homme du métier. Le terme oligonucléotides représente également des oligonucléotides dont le squelette a été modifié soit sur toute la longueur de l'oligonucléotide, soit en position 5' et / ou en position 3'. En effet, les oligonucléotides sont sensibles à des enzymes, les nucléases qui les découpent en nucléotides ; les oligonucléotides deviennent résistants aux nucléases par modification, par exemple, de la nature chimique du sucre lui-même ou l'enchaînement phosphate-sucre : ainsi, l'enchaînement phosphodiester peut être remplacé, par exemple, par un enchaînement phosphorothioate, phosphorodithioate, méthylphosphonate, phosphoramidate, phosphoéthyltriester, butylamidate, piperazidate ou morpholidate. D'autres types de modifications peuvent être apportés sur toute la longueur de l'oligonucléotide ou à ses extrémités 5' et / ou 3', pour rendre les oligonucléotides plus résistants à un environnement biologique. Les liaisons phosphate entre les nucléotides peuvent être aussi remplacées par des liaisons amide (acides nucléiques peptidiques). Par ailleurs, le passage transmembranaire de l'oligonucléotide peut être favorisé en rendant ce dernier plus hydrophobe : ceci peut être obtenu, par exemple, en attachant des substituants hydrophobes tels que le cholestérol ou des groupements aromatiques, ou un polymère. Des bases modifiées peuvent être incorporées partiellement ou sur toute la longueur de l'oligonucléotide. Les nucléotides modifiés conformationnellement résistants aux nucléases ou avec des propriétés améliorées d'absorption intracellulaire ou d'hybridation peuvent être incorporées partiellement ou sur toute la longueur de l'oligonucléotide. Ainsi, l'expression "oligonucléotide" représente également un nucléotide dont le squelette est modifié selon l'une quelconque des méthodes décrites ci-dessus ou de toute autre méthode bien connue de l'homme du métier.
Plus particulièrement, l'invention a pour objet les oligonucléotides des séquences SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 6 respectivement ; les oligonucléotides des séquences SEQ ID Nos. 4-6 sont des oligonucléotides dont toutes les liaisons phosphodiester ont été modifiées en phosphorothioate. Leurs séquences complémentaires ou les oligonucléotides sens selon l'invention, peuvent aussi être utilisées. L'invention concerne également des oligonucléotides antisens comprenant au moins un fragment de l'une des séquences sélectionnées parmi les séquences SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 6.
Les oligonucléotides de l'invention peuvent être synthétisés par l'une quelconque des méthodes connues de synthèse chimique des oligonucléotides. Les oligonucléotides antisens sont très avantageusement préparés en utilisant n'importe quel synthétiseur automatique d'acide nucléique commercialisé. L'une de ces méthodes de synthèse des oligonucléotides est la méthode des beta-cyanoéthyl phosphoramidate décrite par S. L. Beaucage & ses collaborateurs (Tet. Let. 22 (1981), 1859-1862).
L'invention a également pour objet des compositions pharmaceutiques contenant, à titre de principe actif, au moins un oligonucléotide antisens selon l'invention, mélangé avec un excipient et/ou support pharmaceutiquement acceptable, selon le mode d'administration choisi. La composition peut être administrée au moyen d'un traitement topique ou systémique ou local ; elle peut prendre la forme d'un liquide pour une injection, liposome, formulation à libération prolongée ou sous forme de gel, d'onguent pour une application locale ou sous toute autre forme acceptable selon le mode d'administration choisi. De préférence, la composition utilisée est sous forme de liposome.
Enfin, l'invention concerne l'utilisation d'oligonucléotides selon l'invention, pour la préparation de médicaments pour inhiber le rôle de l'IgE. L'invention concerne plus particulièrement l'utilisation d'oligonucléotides selon l'invention, pour la préparation de médicaments pour le traitement d'allergies ou d'autres pathologies dans lesquelles le récepteur IgE est impliqué.
Le rôle inhibiteur des oligonucléotides est déterminé par l'étude ci-dessous.
Des lignes de cellules RBL 2H3 (mastocytes transformés du rat) ont été cultivées dans un milieu RPMI-1640, en présence de 10 % de sérum de veau fœtal (S VF). Ces cellules ont été ensemencées à raison de 5.104 / ml au jour 0, avec ou sans les oligonucléotides selon l'invention, à une concentration de 1 ou 10.10"6M, en solution ou sous forme de liposome. Au jour 2, le milieu de culture a été renouvelé et les oligonucléotides ont été ajoutés à la même concentration et sous la même forme. Les cellules ont encore été cultivées pendant 2 jours et isolées au jour 4, immunomarquées en utilisant un anticorps d'anti-sous-unité oc du récepteur IgE de haute affinité des rats et analysées par FACS. Les cellules RBL 2H3, cultivées dans des conditions différentes, ont été isolées par trypsination et comptées. Pour chaque condition, deux parties aliquotes de 5.105 cellules ont été traitées avec du PBS / 2 % de sérum de veau fœtal. L'une des deux parties aliquotes a été traitée dans un anticorps-xTanti-sous-unité α de souris (anticorps BC4) puis avec un anti-Ig de souris, marqué avec de l'isothiocyanate de fluorescéine (ITCF) ; l'autre partie aliquote a été traitée seulement avec l'anticorps secondaire (anti-Ig ITCF) et a été utilisée comme témoin négatif. Le pourcentage de cellules fluorescentes, dans chaque condition, a été déterminé par analyse par cytofluorimétrie.
Les résultats sont résumés dans le tableau ci-dessous :
Formulation Dose % de % de fluorescence
(μM) fluorescence spontanée après marquage (Anti-Ig ITCF) avec l'anticorps d'anti-sous-unité α (BC4)
Contrôle 1,0 98,4
SEQ ID No. 4 Solution 1 0,9 98
SEQ ID No. 5 Solution 1 0,9 97,6
SEQ ID No. 6 Solution 1 0,9 98,1
SEQ ID No. 4 Solution 10 0,7 98,2
SEQ ID No. 5 Solution 10 0,8 98,1
SEQ ID No. 6 Solution 10 0,8 98,1
SEQ ID No. 4 Liposome 1 0,1 82,8
SEQ ID No. 5 Liposome 1 0,1 4,5
SEQ ID No. 6 Liposome 1 1,0 99,0

Claims

REVENDICATIONS
1. Un oligonucléotide antisens qui hybride sélectivement avec un ou plusieurs gènes nécessaires à bloquer la synthèse du récepteur de l'IgE.
2. Un oligonucléotide selon la revendication 1, comprenant au moins un fragment de l'une des séquences sélectionnées parmi les séquences SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 6.
3. Un oligonucléotide selon la revendication 1, qui hybride sélectivement avec des gènes ou les produits de transcription pour les sous-unités α du récepteur IgE de haute affinité.
4. Un oligonucléotide selon l'une quelconque des revendications précédentes, qui comprend de 2 à 50 unités.
5. Un oligonucléotide selon la revendication 4, qui comprend de 8 à 35 unités, et de préférence de 10 à 25 unités.
6. Un oligonucléotide selon la revendication 5, dont la séquence est sélectionnée parmi les séquences SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 6.
7. Un oligonucléotide selon l'une quelconque des revendications précédentes, dont le squelette est modifié.
8. Un oligonucléotide selon la revendication 7, dans lequel la base nucléotidique est modifiée.
9. Un oligonucléotide selon la revendication 8, dans lequel la base nucléotidique modifiée présente la conformation oc-anomer.
10. Un oligonucléotide selon la revendication 7, dans lequel au moins un des groupes de liaison est modifié.
11. Un oligonucléotide selon la revendication 10, dans lequel au moins un des groupes de liaison est modifié en phosphorothioate.
12. Un oligonucléotide selon la revendication 11, dont la séquence est sélectionnée parmi le.s séquences SEQ ID No. 4 à SEQ ID No. 6.
13. Un oligonucléotide selon la revendication 7, dans lequel soit la position 5' ou la position 3', soit les positions 5' et 3' est modifiée.
14. Un oligonucléotide selon la revendication 13, dans lequel soit la position 5' ou la position 3', soit les positions 5' et 3' est modifiée par la substitution d'un groupe hydrophobe.
15. Un oligonucléotide selon la revendication 13, dans lequel soit la position 5' ou la position 3', soit les positions 5' et 3' est modifiée par la substitution d'un groupe protecteur.
16. Compositions thérapeutiques contenant, à titre de principe actif, au moins un oligonucléotide selon l'une quelconque des revendications précédentes, mélangé avec un excipient et/ou support pharmaceutiquement acceptable.
17. Compositions thérapeutiques selon la revendication 16, sous forme de liposome.
18. Utilisation d'un oligonucléotide tel que défini à l'une quelconque des revendications 1 à 15, pour la préparation de médicaments pour le traitement d'allergies.
PCT/FR1996/000785 1995-05-26 1996-05-24 OLIGONUCLEOTIDES ANTISENS POUR BLOQUER LA SYNTHESE DU RECEPTEUR DE L'IgE Ceased WO1996037605A2 (fr)

Priority Applications (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US08/952,597 US5892023A (en) 1995-05-26 1996-05-24 Anti sense oligonucleotides for blocking IgE receptor synthesis
AU60082/96A AU6008296A (en) 1995-05-26 1996-05-24 Anti sense oligonucleotides for blocking ige receptor synthe sis
EP96917549A EP0828827A2 (fr) 1995-05-26 1996-05-24 OLIGONUCLEOTIDES ANTISENS POUR BLOQUER LA SYNTHESE DU RECEPTEUR DE L'IgE
NO975423A NO975423D0 (no) 1995-05-26 1997-11-25 Anti-sense oligonukleotider for blokkering av IgE-reseptorsyntese

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GB9510718.1 1995-05-26
GBGB9510718.1A GB9510718D0 (en) 1995-05-26 1995-05-26 Antisense oligonucleotides

Publications (2)

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