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TW201819397A - 減少atxn3表現之化合物及方法 - Google Patents

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TW201819397A
TW201819397A TW106138871A TW106138871A TW201819397A TW 201819397 A TW201819397 A TW 201819397A TW 106138871 A TW106138871 A TW 106138871A TW 106138871 A TW106138871 A TW 106138871A TW 201819397 A TW201819397 A TW 201819397A
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dna
oligomeric compound
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artificial sequence
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TW106138871A
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蘇珊 M 弗瑞爾
賀利 科達席微茲
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美商Ionis製藥公司
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Abstract

本發明提供用於減少細胞或動物中之ATXN3 mRNA之量或活性及在某些情況下減少細胞或動物中之Ataxin-3蛋白之量的化合物、方法及醫藥組合物。此種化合物、方法及醫藥組合物適用於預防或改善神經退化性疾病之至少一種症狀或標誌。此種症狀及標誌包括運動失調、神經病變及聚集體形成。此種神經退化性疾病包括SCA3。

Description

減少ATXN3表現之化合物及方法 序列表
本申請案正隨呈電子格式之序列表一起提交。該序列表以2017年11月6日創建且大小為280 KB之名為BIOL0312TWSEQ_ST25.txt之檔案的形式提供。該序列表之電子格式中的資訊以引用之方式整體併入本文中。
本發明提供用於減少細胞或動物中之ATXN3 mRNA之量或活性及在某些情況下減少細胞或動物中之Ataxin-3蛋白之量的化合物、方法及醫藥組合物。此種化合物、方法及醫藥組合物適用於預防或改善神經退化性疾病之至少一種症狀或標誌。此種症狀及標誌包括運動失調、神經病變及聚集體形成。此種神經退化性疾病包括脊髓小腦運動失調症第3型(SCA3)。
脊髓小腦運動失調症第3型(SCA3)，亦稱為馬查多-約瑟夫病(Machado-Joseph disease，MJD)，係由ATXN3基因中之突變造成，且以漸進性小腦運動失調及包括肌張力障礙-僵硬症候群、帕金森氏症候群或肌張力障礙與外周神經病變綜合症候群在內之多種發現為特徵。SCA3以體染色體顯性方式遺傳。受影響個體之後代有50%之機率遺傳該突變。SCA3之診斷依賴於使用分子基因測試來偵測ATXN3中之異常CAG三核苷酸重複擴增。受影響之個體具有含52至86個CAG三核苷酸重複之對偶基因。此種測試偵測100%之受影響個體。ATXN3基因中之擴增之CAG重複被轉譯成ataxin-3蛋白中之擴增之聚麩醯胺重複(polyQ)，且此有毒之ataxin-3蛋白與聚集體相關。此等聚集體中之聚麩醯 胺擴增之ataxin-3蛋白被泛素化，且該等聚集體含有其他蛋白質，包括熱休克蛋白及轉錄因子。頻繁地在SCA3患者之腦組織中觀測到聚集體。對SCA3之控制為支持性的，因為沒有藥物能減緩病程；類似帕金森氏症之不寧腿症候群及椎體外症候群可響應於左旋多巴(levodopa)或多巴胺(dopamine)促效劑；痙攣、流涎及睡眠問題在不同程度上響應於力奧來素(lioresal)、阿托平(atropine)類藥物及安眠劑；肉毒桿菌毒素已用於肌張力障礙及痙攣；日間疲勞可響應於精神刺激劑，諸如莫待芬寧(modafinil)；應當治療伴隨之抑鬱。Riess,O.,Rüb,U.,Pastore,A.等人，Cerebellum(2008)7：125。
當前缺乏用於治療諸如SCA3之神經退化性疾病的可接受選項。因此，本文之目標在於提供用於治療此種疾病之化合物、方法及醫藥組合物。
本文提供用於減少細胞或動物中之ATXN3 mRNA之量或活性及在某些實施例中減少細胞或動物中之Ataxin-3蛋白之量的化合物、方法及醫藥組合物。在某些實施例中，該動物患有神經退化性疾病。在某些實施例中，該動物患有SCA3。在某些實施例中，適用於減少ATXN3 mRNA之表現的化合物為寡聚化合物或經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，該寡聚化合物包含經修飾之寡核苷酸。
亦提供適用於改善神經退化性疾病之至少一種症狀或標誌的方法。在某些實施例中，該神經退化性疾病為SCA3。在某些實施例中，症狀及標誌包括運動失調、神經病變及聚集體形成。在某些實施例中，改善此等症狀引起改良運動功能、減輕神經病變及減少聚集體數目。
應理解，以上一般描述及以下詳細描述僅為例示性及說明性的，而非限制性的。在本文中，除非另外明確陳述，否則單數之使用包括複數。如本文中所使用，除非另外陳述，否則「或」之使用意謂「及/或」。此外，術語「包括(including)」以及其他形式(諸如「包括(includes)」及「包括(included)」)之使用不具限制性。此外，除非另外明確陳述，否則諸如「元件」或「組件」之術語涵蓋包括一個單元之元件及組件以及包括超過一個次單元之元件及組件。
本文中所使用之章節標題僅用於組織目的，而不應被視為限制所描述之標的物。本申請案中所引用之所有文獻或文獻之部分，包括但不限於專利、專利申請案、論文、書籍及專著，均明確以引用之方式將本文中所論述之文獻部分以及其整體併入本文中。
定義
除非提供特定定義，否則結合分析化學、合成有機化學以及醫學及醫藥化學使用之命名法以及本文中所描述之分析化學、合成有機化學以及醫學及醫藥化學程序及技術為此項技術中熟知且常用之彼等命名法以及程序及技術。在允許時，本發明中所提及之所有專利、申請案、公開申請案及其他出版物以及其他資料均以引用之方式整體併入本文中。
除非另外指示，否則以下術語具有以下含義：
定義
如本文中所使用，「2'-去氧核苷」意謂包含2'-H(H)呋喃糖基糖部分之核苷，如天然存在之去氧核糖核酸(DNA)中所發現。在某些實施例中，2'-去氧核苷可包含經修飾之核鹼基或可包含RNA核鹼基(尿嘧啶)。
如本文中所使用，「2'-經取代之核苷」意謂包含2'-經取代之糖部分的核苷。如本文中所使用，「2'-經取代」在提及糖部分時意謂包含至少一個除H或OH以外之2'-取代基的糖部分。
如本文中所使用，「投與」意謂對動物提供醫藥劑。
如本文中所使用，「動物」意謂人類或非人類動物。
如本文中所使用，「反義活性」意謂可歸因於反義化合物與其靶核酸之雜交的任何可偵測及/或可量測之變化。在某些實施例中，反義活性為靶核酸或由此種靶核酸編碼之蛋白的量或表現與不存在該反義化合物時之靶核酸水準或靶蛋白質水準相比有所降低。
如本文中所使用，「反義化合物」意謂能夠達成至少一種反義活性之寡聚化合物或寡聚雙鏈體。
如本文中所使用，「改善」在提及治療時意謂至少一種症狀相對於不存在該治療時之同一症狀而言存在改良。在某些實施例中，改善為降低症狀之嚴重程度或頻率或者延遲發作或者減緩症狀之嚴重程度或頻率之進展。在某些實施例中，該症狀或標誌為運動失調、神經病變及聚集體形成。在某些實施例中，改善此等症狀引起改良運動功能、減輕神經病變或減少聚集體數目。
如本文中所使用，「雙環核苷」或「BNA」意謂包含雙環糖部分之核苷。如本文中所使用，「雙環糖」或「雙環糖部分」意謂包含兩個環之經修飾之糖部分，其中經由連接第一環中之兩個原子的橋形成第二環，從而形成雙環結構。在某些實施例中，雙環糖部分之第一環為呋喃糖基部分。在某些實施例中，雙環糖部分不包含呋喃糖基部分。
如本文中所使用，「經對掌性富集之群體」意謂複數個具有相同分子式之分子，其中該群體內在特定對掌性中心處含有特定立體化學構形之分子的數目或百分比大於該特定對掌性中心為無規立構時預期該群體內在該同一特定對掌性中心處含有該同一特定立體化學構形之分子的數目或百分比。每一分子內具有多個對掌性中心之分子的經對掌性富集之群體可含有一或多個無規立構對掌性中心。在某些實施例中，該等分子為經修飾之寡核苷酸。在某些實施 例中，該等分子為包含經修飾之寡核苷酸的化合物。
如本文中所使用，「可裂解部分」意謂在生理條件下，例如在細胞、動物或人類內部裂解之原子鍵或基團。
如本文中所使用，「互補」在提及寡核苷酸時意謂該寡核苷酸或者其一或多個區域中至少70%之核鹼基與另一核酸或者其一或多個區域之核鹼基在該寡核苷酸之核鹼基序列與該另一核酸之核鹼基序列在相反方向上對準時能夠與彼此氫鍵結。互補核鹼基意謂能夠與彼此形成氫鍵之核鹼基。互補核鹼基對包括腺嘌呤(A)與胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)與尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)與鳥嘌呤(G)、5-甲基胞嘧啶(mC)與鳥嘌呤(G)。互補寡核苷酸及/或核酸不必在每一核苷處具有核鹼基互補性。相反，容忍一些錯配。如本文中所使用，「完全互補」或「100%互補」在提及寡核苷酸時意謂寡核苷酸與另一寡核苷酸或核酸在該寡核苷酸之每一核苷處互補。
如本文中所使用，「結合基團」意謂直接或間接附接至寡核苷酸之原子團。結合基團包括結合部分及將該結合部分附接至寡核苷酸之結合連接子。
如本文中所使用，「結合連接子」意謂包含至少一個將結合部分連接至寡核苷酸之鍵的原子團。
如本文中所使用，「結合部分」意謂經由結合連接子附接至寡核苷酸之原子團。
如本文中所使用，「連續」在寡核苷酸之情形下係指核苷、核鹼基、糖部分或核苷間鍵聯彼此緊密相鄰。舉例而言，「連續核鹼基」意謂核鹼基在序列中與彼此緊密相鄰。
如本文中所使用，「間隙聚體」意謂包含位於具有一或多個核苷之外部區域之間的具有複數個支持RNase H裂解之核苷的內部區域的經修飾之寡核苷酸，其中構成該內部區域之該等核苷在化學上不同於構成該外部區域之該 或該等核苷。該內部區域可稱為「間隙」，且該外部區域可稱為「翼」。除非另外指示，否則「間隙聚體」係指糖基序。除非另外指示，否則間隙聚體之間隙之核苷的糖部分為未經修飾之2'-去氧呋喃糖基。因而，術語「MOE間隙聚體」指示具有處於兩翼中之2'-MOE核苷之糖基序及2'-去氧核苷之間隙的間隙聚體。除非另外指示，否則MOE間隙聚體可包含一或多個經修飾之核苷間鍵聯及/或經修飾之核鹼基，且此種修飾未必遵循糖修飾之間隙聚體模式。
如本文中所使用，「熱點區」為靶核酸上如下文於實例中所顯示之順應於寡聚化合物而減少靶核酸之量或活性的核鹼基範圍。
如本文中所使用，「雜交」意謂互補寡核苷酸及/或核酸之配對或貼合。儘管不受特定機制限制，但最常見之雜交機制涉及互補核鹼基之間的氫鍵結，該氫鍵結可為沃森-克里克(Watson-Crick)、胡思町(Hoogsteen)或反胡思町氫鍵結。
如本文中所使用，術語「核苷間鍵聯」為寡核苷酸中之相鄰核苷之間的共價鍵聯。如本文中所使用，「經修飾之核苷間鍵聯」意謂除磷酸二酯核苷間鍵聯以外之任何核苷間鍵聯。「硫代磷酸酯鍵聯」為經修飾之核苷間鍵聯，其中磷酸二酯核苷間鍵聯之非橋接氧原子之一經硫原子置換。
如本文中所使用，「連接子核苷」意謂直接或間接地連接寡核苷酸與結合部分之核苷。連接子核苷位於寡聚化合物之結合連接子內。連接子核苷不被視為寡聚化合物之寡核苷酸部分的一部分，即使其與寡核苷酸為連續的。
如本文中所使用，「非雙環經修飾之糖部分」意謂包含不會在該糖之兩個原子之間形成橋從而形成第二環之修飾，諸如取代基的經修飾之糖部分。
如本文中所使用，「錯配」或「不互補」意謂當將第一寡聚化合物與第二寡聚化合物對準時，第一寡核苷酸之核鹼基與第二寡核苷酸或靶核酸之相應核鹼基不互補。
如本文中所使用，「MOE」意謂甲氧基乙基。「2'-MOE」意謂呋喃糖基環之2'位置上的-OCH2CH2OCH3基團。
如本文中所使用，「基序」意謂寡核苷酸中未經修飾及/或經修飾之糖部分、核鹼基及/或核苷間鍵聯之模式。
除非另外規定，否則如本文中所使用，「mRNA」意謂編碼蛋白質之RNA轉錄物，且包括pre-mRNA及成熟mRNA。
如本文中所使用，「神經退化性疾病」意謂以神經元之結構或功能之漸進性喪失，包括神經元死亡為標識之病狀。在某些實施例中，神經退化性疾病為脊髓小腦運動失調症第3型(SCA3)。
如本文中所使用，「核鹼基」意謂未經修飾之核鹼基或經修飾之核鹼基。如本文中所使用，「未經修飾之核鹼基」為腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)及鳥嘌呤(G)。如本文中所使用，「經修飾之核鹼基」為除未經修飾之A、T、C、U或G以外的能夠與至少一個未經修飾之核鹼基配對的原子團。「5-甲基胞嘧啶」為經修飾之核鹼基。通用鹼基為可與五個未經修飾之核鹼基中之任一個配對的經修飾之核鹼基。如本文中所使用，「核鹼基序列」意謂核酸或寡核苷酸中之連續核鹼基順序，與任何糖或核苷間鍵聯修飾無關。
如本文中所使用，「核苷」意謂包含核鹼基及糖部分之化合物。核鹼基及糖部分各自獨立地未經修飾或經修飾。如本文中所使用，「經修飾之核苷」意謂包含經修飾之核鹼基及/或經修飾之糖部分的核苷。經修飾之核苷包括缺乏核鹼基之無鹼基核苷。「連接之核苷」為連接於連續序列中之核苷(亦即，彼等連接之核苷之間不存在其他核苷)。
如本文中所使用，「寡聚化合物」意謂寡核苷酸及視情況存在之一或多個其他特徵，諸如結合基團或末端基團。寡聚化合物可能與同第一寡聚化合物互補之第二寡聚化合物配對，或可能未配對。「單鏈寡聚化合物」為未配 對之寡聚化合物。術語「寡聚雙鏈體」意謂由具有互補核鹼基序列之兩個寡聚化合物形成的雙鏈體。寡聚雙鏈體之各寡聚化合物可稱為「雙鏈體化寡聚化合物」。
如本文中所使用，「寡核苷酸」意謂經由核苷間鍵聯連接之連接之核苷之股鏈，其中各核苷及核苷間鍵聯可能經修飾或未經修飾。除非另外指示，否則寡核苷酸由8至50個連接之核苷組成。如本文中所使用，「經修飾之寡核苷酸」意謂寡核苷酸，其中至少一個核苷或核苷間鍵聯受到修飾。如本文中所使用，「未經修飾之寡核苷酸」意謂不包含任何核苷修飾或核苷間修飾之寡核苷酸。
如本文中所使用，「醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑」意謂適用於投與動物之任何物質。某些此種載劑使得醫藥組合物能夠調配為例如錠劑、丸劑、糖錠、膠囊劑、液體、凝膠劑、糖漿、漿液、懸浮液及口含錠，以便被個體經口攝取。在某些實施例中，醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑為無菌水、無菌生理食鹽水或無菌緩衝溶液。
如本文中所使用，「醫藥學上可接受之鹽」意謂化合物，諸如寡聚化合物之生理學上及醫藥學上可接受之鹽，亦即，保留母體化合物之所要生物活性且不賦予其不合需要之毒物學效應的鹽。
如本文中所使用，「醫藥組合物」意謂適合於投與個體之物質混合物。舉例而言，醫藥組合物可包含反義化合物及無菌水溶液。在某些實施例中，醫藥組合物在自由攝取分析中在某些細胞株中顯示活性。
如本文中所使用，「含磷部分」意謂包含磷原子之原子團。在某些實施例中，含磷部分包含單磷酸酯、二磷酸酯或三磷酸酯或硫代磷酸酯。
如本文中所使用，「前藥」意謂在體外呈一種形式且在動物或其細胞內轉化至不同的形式的治療劑。動物內之前藥轉化通常由細胞或組織中所存 在之酶(例如，內源酶或病毒酶)或化學物質之作用及/或由生理條件促成。
如本文中所使用，「減少或抑制量或活性」係指相對於未處理或對照樣品中之轉錄表現或活性減少或阻斷轉錄表現或活性，且未必指示總體上消除轉錄表現或活性。
如本文中所使用，「RNAi化合物」意謂至少部分經由RISC或Ago2起作用來調節靶核酸及/或由靶核酸編碼之蛋白質的反義化合物。RNAi化合物包括但不限於雙鏈siRNA、單鏈RNA(ssRNA)及微RNA，包括微RNA模擬物。在某些實施例中，RNAi化合物調節靶核酸之量、活性及/或剪接。術語RNAi化合物不包括經由RNase H起作用之反義化合物。
如本文中所使用，「自互補」在提及寡核苷酸時意謂至少部分與自身雜交之寡核苷酸。
如本文中所使用，「標準細胞分析」意謂實例1中所描述之分析及其合理變化形式。
如本文中所使用，「無規立構對掌性中心」在具有相同分子式之分子群體的情況下意謂具有無規立體化學構形之對掌性中心。舉例而言，在包含無規立構對掌性中心之分子群體中，具有無規立構對掌性中心之(S)構形的分子的數目可能但未必與具有無規立構對掌性中心之(R)構形的分子的數目相同。對掌性中心之立體化學構形在其為並非設計用於控制立體化學構形之合成方法的結果時被視為無規的。在某些實施例中，無規立構對掌性中心為無規立構硫代磷酸酯核苷間鍵聯。
如本文中所使用，「糖部分」意謂未經修飾之糖部分或經修飾之糖部分。如本文中所使用，「未經修飾之糖部分」意謂如在RNA中所發現之2'-OH(H)呋喃糖基部分(「未經修飾之RNA糖部分」)或如在DNA中發現之2'-H(H)部分(「未經修飾之DNA糖部分」)。未經修飾之糖部分具有處於1'、3'及4'位置中之 每一者上的一個氫、處於3'位置上之氧及處於5'位置上之兩個氫。如本文中所使用，「經修飾之糖部分」或「經修飾之糖」意謂經修飾之呋喃糖基糖部分或糖替代物。如本文中所使用，經修飾之呋喃糖基糖部分意謂包含非氫取代基替代未經修飾之糖部分之至少一個氫的呋喃糖基糖。在某些實施例中，經修飾之呋喃糖基糖部分為2'-經取代之糖部分。此種經修飾之呋喃糖基糖部分包括雙環糖及非雙環糖。如本文中所使用，「糖替代物」意謂具有可將核鹼基連接至寡核苷酸中之另一基團，諸如核苷間鍵聯、結合基團或末端基團的非呋喃糖基部分的經修飾之糖部分。可將構成糖替代物之經修飾之核苷併入寡核苷酸內之一或多個位置，且此種寡核苷酸能夠與互補寡聚化合物或核酸雜交。
如本文中所使用，「靶核酸」及「靶RNA」意謂設計反義化合物以影響之核酸。
如本文中所使用，「靶區域」意謂設計寡聚化合物以便與其雜交之靶核酸部分。
如本文中所使用，「末端基」意謂共價連接至寡核苷酸末端之化學基團或原子團。
如本文中所使用，「治療有效量」意謂對動物提供治療益處之醫藥劑之量。舉例而言，治療有效量改良疾病之症狀。
本發明提供以下非限制性經編號之實施例：
實施例1. 一種寡聚化合物，其包含經修飾之寡核苷酸，該經修飾之寡核苷酸由10至30個連接之核苷組成且具有包含SEQ ID NO：23-334中任一者之至少12個、至少13個、至少14個、至少15個或至少16個連續核鹼基之核鹼基序列。
實施例2. 如實施例1之寡聚化合物，其中當在該經修飾之寡核苷酸之整個核鹼基序列上量測時，該經修飾之寡核苷酸具有與SEQ ID NO：1之核 鹼基序列至少80%、85%、90%、95%或100%互補的核鹼基序列。
實施例3. 如實施例1或2之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷。
實施例4. 如實施例3之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含經修飾之糖部分的經修飾之核苷。
實施例5. 如實施例4之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含雙環糖部分的經修飾之核苷。
實施例6. 如實施例5之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含具有2'-4'橋之雙環糖部分的經修飾之核苷，其中該2'-4'橋係選自-O-CH2-及-O-CH(CH3)-。
實施例7. 如實施例3至6中任一者之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含經修飾非雙環糖部分的經修飾之核苷。
實施例8. 如實施例7之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含有包含2'-MOE或2'-OMe之非雙環糖部分的經修飾之核苷。
實施例9. 如實施例4至8中任一者之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含糖替代物的經修飾之核苷。
實施例10. 如實施例7之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含選自嗎啉基及PNA之糖替代物的經修飾之核苷。
實施例11. 如實施例1至10中任一者之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸具有糖基序，該糖基序包含：由1至5個連接之5'核苷組成的5'區；由6至10個連接之中心區核苷組成的中心區；及由1至5個連接之3'區核苷組成的3'區；其中該等5'區核苷中之每一者及該等3'區核苷中之每一者包含經修飾之糖部分，且該 等中心區核苷中之每一者包含未經修飾之DNA糖部分。
實施例12. 如實施例1至11中任一者之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷間鍵聯。
實施例13. 如實施例12之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之各核苷間鍵聯為經修飾之核苷間鍵聯。
實施例14. 如實施例12或13之寡聚化合物，其中至少一個核苷間鍵聯為硫代磷酸酯核苷間鍵聯。
實施例15. 如實施例12或13之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個磷酸二酯核苷間鍵聯。
實施例16. 如實施例12至15中任一者之寡聚化合物，其中各核苷間鍵聯為磷酸二酯核苷間鍵聯或硫代磷酸酯核苷間鍵聯。
實施例17. 如實施例1至16中任一者之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核鹼基。
實施例18. 如實施例17之寡聚化合物，其中該經修飾之核鹼基為5-甲基胞嘧啶。
實施例19. 如實施例1至18中任一者之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由12至22個、12至20個、14至20個、16至20個或18至20個連接之核苷組成。
實施例20. 如實施例1至14中任一者之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由16個、17個、18個、19個或20個連接之核苷組成。
實施例21. 如實施例1至20中任一者之寡聚化合物，其由該經修飾之寡核苷酸組成。
實施例22. 如實施例1至20中任一者之寡聚化合物，其包含有包含結合部分及結合連接子之結合基團。
實施例23. 如實施例22之寡聚化合物，其中該結合基團包含有包含1至3個GalNAc配位體之GalNAc簇。
實施例24. 如實施例22或23之寡聚化合物，其中該結合連接子由單鍵組成。
實施例25. 如實施例23之寡聚化合物，其中該結合連接子可裂解。
實施例26. 如實施例25之寡聚化合物，其中該結合連接子包含1至3個連接子核苷。
實施例27. 如實施例22至26中任一者之寡聚化合物，其中該結合基團在該經修飾之寡核苷酸的5'端附接至該經修飾之寡核苷酸。
實施例28. 如實施例22至26中任一者之寡聚化合物，其中該結合基團在該經修飾之寡核苷酸的3'端附接至該經修飾之寡核苷酸。
實施例29. 如實施例1至28中任一者之寡聚化合物，其包含末端基團。
實施例30. 如實施例1至29中任一者之寡聚化合物，其中該寡聚化合物為單鏈寡聚化合物。
實施例31. 如實施例1至25或27至30中任一者之寡聚化合物，其中該寡聚化合物不包含連接子核苷。
實施例32. 一種寡聚雙鏈體，其包含如實施例1至29及31中任一者之寡聚化合物。
實施例33. 一種反義化合物，其包含如實施例1至31中任一者之寡聚化合物或如實施例32之寡聚雙鏈體，或由其組成。
實施例34. 一種經修飾之寡核苷酸，其係由10至30個連接之核苷組成且具有包含SEQ ID NO：23-334中任一者之至少12個、至少13個、至少14個、至少15個或至少16個連續核鹼基的核鹼基序列。
實施例35. 一種寡聚化合物，其包含經修飾之寡核苷酸，該經修飾之寡核苷酸由10至30個連接之核苷組成且具有包含與SEQ ID NO：1之核鹼基614-637、SEQ ID NO：1之核鹼基833-852或SEQ ID NO：1之核鹼基1091-1131中的相等長度部分100%互補的至少8個、至少9個、至少10個、至少11個、至少12個、至少13個或至少14個連續核鹼基部分之核鹼基序列，其中如在該經修飾之寡核苷酸的整體上所量測，該經修飾之寡核苷酸的該核鹼基序列與SEQ ID NO：1至少90%互補。
實施例36. 一種醫藥組合物，其包含如實施例1至31及35中任一者之寡聚化合物、如實施例32之寡聚雙鏈體或如實施例34之經修飾之寡核苷酸及醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑。
實施例37. 一種方法，其包括對動物投與如實施例36之醫藥組合物。
實施例38. 一種治療與ATXN3相關之疾病的方法，其包括對患有與ATXN3相關之疾病或處在罹患該疾病之風險中的個體投與治療有效量之如實施例36之醫藥組合物；及藉此治療該與ATXN3相關之疾病。
實施例39. 如實施例38之方法，其中該與ATXN3相關之疾病為神經退化性疾病。
實施例40. 如實施例39之方法，其中該神經退化性疾病為SCA3。
實施例41. 如實施例39之方法，其中該神經退化性疾病之至少一種症狀或標誌得以改善。
實施例42. 如實施例41之方法，其中該症狀或標誌為運動失調、神經病變及聚集體形成。
實施例43. 一種如實施例1至32或35中任一者之寡聚化合物的經對掌性富集之群體，其中該群體富含包含至少一個具有特定立體化學構形之特 定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
實施例44. 如實施例43之經對掌性富集之群體，其中該群體富含包含至少一個具有(Sp)構形之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
實施例45. 如實施例43之經對掌性富集之群體，其中該群體富含包含至少一個具有(Rp)構形之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
實施例46. 如實施例43之經對掌性富集之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有特定獨立選擇之立體化學構形的經修飾之寡核苷酸。
實施例47. 如實施例46之經對掌性富集之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Sp)構形的經修飾之寡核苷酸。
實施例48. 如實施例46之經對掌性富集之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Rp)構形的經修飾之寡核苷酸。
實施例49. 如實施例46之經對掌性富集之群體，其中該群體富含在一個特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Rp)構形且在其餘硫代磷酸酯核苷間鍵聯中之每一者處具有(Sp)構形的經修飾之寡核苷酸。
實施例50. 如實施例43或實施例46之經對掌性富集之群體，其中該群體富含在5'至3'方向上具有至少3個呈Sp、Sp及Rp構形之連續硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
實施例51. 一種如實施例1至32或35中任一者之寡聚化合物的經對掌性富集之群體，其中該經修飾之寡核苷酸的該等硫代磷酸酯核苷間鍵聯全部為無規立構的。
實施例52. 一種如實施例34之經修飾之寡核苷酸的經對掌性富集之群體，其中該群體富含包含至少一個具有特定立體化學構形之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
實施例53. 如實施例52之經對掌性富集之群體，其中該群體富含包含至少一個具有(Sp)構形之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
實施例54. 如實施例52之經對掌性富集之群體，其中該群體富含包含至少一個具有(Rp)構形之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
實施例55. 如實施例52之經對掌性富集之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有特定獨立選擇之立體化學構形的經修飾之寡核苷酸。
實施例56. 如實施例55之經對掌性富集之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Sp)構形的經修飾之寡核苷酸。
實施例57. 如實施例55之經對掌性富集之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Rp)構形的經修飾之寡核苷酸。
實施例58. 如實施例55之經對掌性富集之群體，其中該群體富含在一個特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Rp)構形且在其餘硫代磷酸酯核苷間鍵聯中之每一者處具有(Sp)構形的經修飾之寡核苷酸。
實施例59. 如實施例52或實施例55之經對掌性富集之群體，其中該群體富含在5'至3'方向上具有呈Sp、Sp及Rp構形之至少3個連續硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
實施例60. 一種如實施例34之經修飾之寡核苷酸的經對掌性富集之群體，其中該經修飾之寡核苷酸之該等硫代磷酸酯核苷間鍵聯全部為無規立構的。
I.某些寡核苷酸
在某些實施例中，本文中提供由連接之核苷組成的寡核苷酸。寡核苷酸可為未經修飾之寡核苷酸(RNA或DNA)，或可為經修飾之寡核苷酸。相對於未經修飾之RNA或DNA，經修飾之寡核苷酸包含至少一個修飾。亦即，經 修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷(包含經修飾之糖部分及/或經修飾之核鹼基)及/或至少一個經修飾之核苷間鍵聯。
A.某些經修飾之核苷
經修飾之核苷包含經修飾之糖部分或經修飾之核鹼基或者經修飾之糖部分及經修飾之核鹼基兩者。
1.某些糖部分
在某些實施例中，經修飾之糖部分為非雙環經修飾之糖部分。在某些實施例中，經修飾之糖部分為雙環或三環糖部分。在某些實施例中，經修飾之糖部分為糖替代物。此種糖替代物可包含對應於其他類型之經修飾之糖部分之彼等取代的一或多個取代。
在某些實施例中，經修飾之糖部分為包含具有一或多個取代基之呋喃糖基環的非雙環經修飾之糖部分，該等取代基無一橋接該呋喃糖基環之兩個原子而形成雙環結構。此種非橋接取代基可處於呋喃糖基之任何位置上，包括但不限於2'、4'及/或5'位置上之取代基。在某些實施例中，非雙環經修飾之糖部分的一或多個非橋接取代基為分支的。適合於非雙環經修飾之糖部分的2'-取代基之實例包括但不限於：2'-F、2'-OCH3(「OMe」或「O-甲基」)及2'-O(CH2)2OCH3(「MOE」)。在某些實施例中，2'-取代基選自：鹵基、烯丙基、胺基、疊氮基、SH、CN、OCN、CF3、OCF3、O-C1-C10烷氧基、O-C1-C10經取代之烷氧基、O-C1-C10烷基、O-C1-C10經取代之烷基、S-烷基、N(Rm)-烷基、O-烯基、S-烯基、N(Rm)-烯基、O-炔基、S-炔基、N(Rm)-炔基、O-烯基-O-烷基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基、O-芳烷基、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)或OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn)，其中各Rm及Rn獨立地為H、胺基保護基或者經取代或未經取代之C1-C10烷基，以及以下文獻中所描述之2'-取代基：Cook等人，U.S.6,531,584；Cook等人，U.S.5,859,221；及Cook等人，U.S.6,005,087。此等2'-取 代基之某些實施例可進一步經一或多個獨立地選自以下之取代基取代：羥基、胺基、烷氧基、羧基、苯甲基、苯基、硝基(NO2)、硫醇、硫代烷氧基、硫代烷基、鹵素、烷基、芳基、烯基及炔基。適合於非雙環經修飾之糖部分的4'-取代基之實例包括但不限於烷氧基(例如，甲氧基)、烷基及Manoharan等人，WO 2015/106128中所描述之彼等4'-取代基。適合於非雙環經修飾之糖部分的5'-取代基之實例包括但不限於：5'-甲基(R或S)、5'-乙烯基及5'-甲氧基。在某些實施例中，非雙環經修飾之糖部分包含超過一個非橋接糖取代基，例如2'-F-5'-甲基糖部分，以及Migawa等人，WO 2008/101157及Rajeev等人，US2013/0203836中所描述之經修飾之糖部分及經修飾之核苷。)。
在某些實施例中，2'-經取代之非雙環經修飾之核苷包含糖部分，該糖部分包含選自以下之非橋接2'-取代基：F、NH2、N3、OCF3、OCH3、O(CH2)3NH2、CH2CH=CH2、OCH2CH=CH2、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2及N-經取代之乙醯胺(OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn))，其中各Rm及Rn獨立地為H、胺基保護基或者經取代或未經取代之C1-C10烷基。
在某些實施例中，2'-經取代之核苷非雙環經修飾之核苷包含糖部分，該糖部分包含選自以下之非橋接2'-取代基：F、OCF3、OCH3、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(CH3)2、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2及OCH2C(=O)-N(H)CH3(「NMA」)。
在某些實施例中，2'-經取代之非雙環經修飾之核苷包含糖部分，該糖部分包含選自以下之非橋接2'-取代基：F、OCH3及OCH2CH2OCH3。
某些經修飾之糖部分包含取代基，該取代基橋接呋喃糖基環之兩個原子而形成第二環，從而產生雙環糖部分。在某些此種實施例中，雙環糖部分包含介於4'與2'呋喃糖環原子之間的橋。此種4'至2'橋接糖取代基之實例包括但 不限於：4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'(「LNA」)、4'-CH2-S-2',4'-(CH2)2-O-2'(「ENA」)、4'-CH(CH3)-O-2'(稱為「受約束乙基」或「cEt」)、4'-CH2-O-CH2-2'、4'-CH2-N(R)-2'、4'-CH(CH2OCH3)-O-2'(「受約束MOE」或「cMOE」)及其類似物(參見例如Seth等人，U.S.7,399,845；Bhat等人，U.S.7,569,686；Swayze等人，U.S.7,741,457；及Swayze等人，U.S.8,022,193)、4'-C(CH3)(CH3)-O-2'及其類似物(參見例如Seth等人，U.S.8,278,283)、4'-CH2-N(OCH3)-2'及其類似物(參見例如Prakash等人，U.S.8,278,425)、4'-CH2-O-N(CH3)-2'(參見例如Allerson等人，U.S.7,696,345及Allerson等人，U.S.8,124,745)、4'-CH2-C(H)(CH3)-2'(參見例如Zhou等人，J.Org.Chem.,2009,74,118-134)、4'-CH2-C(=CH2)-2'及其類似物(參見例如Seth等人，U.S.8,278,426)、4'-C(RaRb)-N(R)-O-2'、4'-C(RaRb)-O-N(R)-2'、4'-CH2-O-N(R)-2'及4'-CH2-N(R)-O-2'，其中各R、Ra及Rb獨立地為H、保護基或C1-C12烷基(參見例如Imanishi等人，U.S.7,427,672)。
在某些實施例中，此種4'至2'橋獨立地包含1至4個獨立地選自以下之連接基團：-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=NRa)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(=O)x-及-N(Ra)-；其中：x為0、1或2；n為1、2、3或4；各Ra及Rb獨立地為H、保護基、羥基、C1-C12烷基、經取代之C1-C12烷基、C2-C12烯基、經取代之C2-C12烯基、C2-C12炔基、經取代之C2-C12炔基、C5-C20芳基、經取代之C5-C20芳基、雜環基團、經取代之雜環基團、雜芳基、經取代之雜芳基、C5-C7脂環族基團、經取代之C5-C7脂環族基團、鹵素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、醯基(C(=O)-H)、經取代之醯基、CN、磺醯基(S(=O)2-J1)或亞碸基 (S(=O)-J1)；且各J1及J2獨立地為H、C1-C12烷基、經取代之C1-C12烷基、C2-C12烯基、經取代之C2-C12烯基、C2-C12炔基、經取代之C2-C12炔基、C5-C20芳基、經取代之C5-C20芳基、醯基(C(=O)-H)、經取代之醯基、雜環基團、經取代之雜環基團、C1-C12胺基烷基、經取代之C1-C12胺基烷基或保護基。
其他雙環糖部分為此項技術中已知的，參見例如：Freier等人，Nucleic Acids Research,1997,25(22),4429-4443；Albaek等人，J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740；Singh等人，Chem.Commun.,1998,4,455-456；Koshkin等人，Tetrahedron,1998,54,3607-3630；Kumar等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222；Singh等人，J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039；Srivastava等人，J.Am.Chem.Soc.,20017,129,8362-8379；Wengel等人，U.S.7,053,207；Imanishi等人，U.S.6,268,490；Imanishi等人，U.S.6,770,748；Imanishi等人，U.S.RE44,779；Wengel等人，U.S.6,794,499；Wengel等人，U.S.6,670,461；Wengel等人，U.S.7,034,133；Wengel等人，U.S.8,080,644；Wengel等人，U.S.8,034,909；Wengel等人，U.S.8,153,365；Wengel等人,U.S.7,572,582；及Ramasamy等人，U.S.6,525,191；Torsten等人，WO 2004/106356；Wengel等人，WO 1999/014226；Seth等人，WO 2007/134181；Seth等人，U.S.7,547,684；Seth等人，U.S.7,666,854；Seth等人，U.S.8,088,746；Seth等人，U.S.7,750,131；Seth等人，U.S.8,030,467；Seth等人，U.S.8,268,980；Seth等人，U.S.8,546,556；Seth等人，U.S.8,530,640；Migawa等人，U.S.9,012,421；Seth等人，U.S.8,501,805；以及Allerson等人，美國專利公開案第US2008/0039618號及Migawa等人，美國專利公開案第US2015/0191727號。
在某些實施例中，藉由異構物構形進一步定義雙環糖部分及併入此種雙環糖部分之核苷。舉例而言，LNA核苷(描述於本文中)可呈α-L構形或呈β-D 構形。
α-L-亞甲基氧基(4'-CH2-O-2')或α-L-LNA雙環核苷已併入顯示反義活性之寡核苷酸中(Frieden等人，Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372)。在本文中，雙環核苷之一般描述包括兩種異構物構形。除非另外規定，否則當本文中所例示之實施例中鑑定特定雙環核苷(例如，LNA或cEt)之位置時，其呈β-D構形。
在某些實施例中，經修飾之糖部分包含一或多個非橋接糖取代基及一或多個橋接糖取代基(例如，5'-經取代且4'-2'橋接之糖)。
在某些實施例中，經修飾之糖部分為糖替代物。在某些此種實施例中，糖部分之氧原子經例如硫、碳或氮原子置換。在某些此種實施例中，此種經修飾之糖部分亦包含如本文中所描述之橋接及/或非橋接取代基。舉例而言，某些糖替代物包含4'-硫原子及2'-位置(參見例如Bhat等人，U.S.7,875,733及Bhat等人，U.S.7,939,677)及/或5'位置上之取代。
在某些實施例中，糖替代物包含除具有5個原子以外之環。舉例而言，在某些實施例中，糖替代物包含六員四氫哌喃(「THP」)。此種四氫哌喃可進一步經修飾或經取代。包含此種經修飾之四氫哌喃的核苷包括但不限於己糖醇核酸(「HNA」)、安尼糖醇核酸(anitol nucleic acid，「ANA」)、甘露糖醇核酸(「MNA」)(參見例如Leumann,CJ.Bioorg.& Med.Chem.2002,10,841-854)、氟基HNA： (「F-HNA」，參見例如Swayze等人，U.S.8,088,904；Swayze等人，U.S.8,440,803；Swayze等人，U.S.8,796,437；及Swayze等人，U.S.9,005,906；F-HNA亦可稱為F-THP或3'-氟四氫哌喃)及具有下式之包含其他經修飾之THP化合物的核苷： 其中對於該經修飾之THP核苷中之每一者獨立地：Bx為核鹼基部分；T3及T4各自獨立地為將該經修飾之THP核苷連接至寡核苷酸之其餘部分的核苷間連接基團，或T3及T4中之一者為將該經修飾之THP核苷連接至寡核苷酸之其餘部分的核苷間連接基團且T3及T4中之另一者為H、羥基保護基、連接之結合基團或者5'或3'末端基團；q1、q2、q3、q4、q5、q6及q7各自獨立地為H、C1-C6烷基、經取代之C1-C6烷基、C2-C6烯基、經取代之C2-C6烯基、C2-C6炔基或經取代之C2-C6炔基；且R1及R2各自獨立地選自：氫、鹵素、經取代或未經取代之烷氧基、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2及CN，其中X為O、S或NJ1，且各J1、J2及J3獨立地為H或C1-C6烷基。
在某些實施例中，提供經修飾之THP核苷，其中q1、q2、q3、q4、q5、q6及q7各自為H。在某些實施例中，q1、q2、q3、q4、q5、q6及q7中至少一者不為H。在某些實施例中，q1、q2、q3、q4、q5、q6及q7中至少一者為甲基。 在某些實施例中，提供經修飾之THP核苷，其中R1及R2中之一者為F。在某些實施例中，R1為F且R2為H，在某些實施例中，R1為甲氧基且R2為H，並且在某些實施例中，R1為甲氧基乙氧基且R2為H。
在某些實施例中，糖替代物包含具有超過5個原子及超過一個雜原子之環。舉例而言，已報告包含嗎啉基糖部分之核苷及其在寡核苷酸中之使用(參見例如Braasch等人，Biochemistry,2002,41,4503-4510；以及Summerton等人，U.S.5,698,685；Summerton等人，U.S.5,166,315；Summerton等人，U.S.5,185,444；及Summerton等人，U.S.5,034,506)。如本文中所使用，術語「嗎啉基」意謂具有以下結構之糖替代物：
在某些實施例中，可例如藉由添加或改變以上嗎啉基結構之各種取代基來修飾嗎啉基。此種糖替代物在本文中稱為「經修飾之嗎啉基」。
在某些實施例中，糖替代物包含脂族部分。包含此種脂族糖替代物之核苷及寡核苷酸之實例包括但不限於：肽核酸(「PNA」)、脂族丁基核酸(參見例如Kumar等人，Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853-5865)，以及Manoharan等人，WO2011/133876中所描述之核苷及寡核苷酸。
可用於經修飾之核苷中的許多其他雙環及三環糖及糖替代物環系統在此項技術中為已知的)。
2.某些經修飾之核鹼基
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含未經修飾之核鹼基的核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含經修飾之核鹼基的核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個不包含核 鹼基之核苷，稱為無鹼基核苷。
在某些實施例中，經修飾之核鹼基選自：5-經取代之嘧啶、6-氮雜嘧啶、經烷基或炔基取代之嘧啶、經烷基取代之嘌呤以及N-2、N-6及O-6經取代之嘌呤。在某些實施例中，經修飾之核鹼基選自：2-胺基丙基腺嘌呤、5-羥基甲基胞嘧啶、黃嘌呤、次黃嘌呤、2-胺基腺嘌呤、6-N-甲基鳥嘌呤、6-N-甲基腺嘌呤、2-丙基腺嘌呤、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶及2-硫胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、5-核糖基尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-鹵基、8-胺基、8-硫醇、8-硫代烷基、8-羥基、8-氮雜及其他8-經取代之嘌呤、5-鹵基(特定言之5-溴基)、5-三氟甲基、5-鹵基尿嘧啶及5-鹵基胞嘧啶、7-甲基鳥嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-胺基腺嘌呤、7-去氮鳥嘌呤、7-去氮腺嘌呤、3-去氮鳥嘌呤、3-去氮腺嘌呤、6-N-苯甲醯基腺嘌呤、2-N-異丁醯基鳥嘌呤、4-N-苯甲醯基胞嘧啶、4-N-苯甲醯基尿嘧啶、5-甲基-4-N-苯甲醯基胞嘧啶、5-甲基-4-N-苯甲醯基尿嘧啶、通用鹼基、疏水性鹼基、雜亂鹼基、大小經擴增之鹼基及氟化鹼基。其他經修飾之核鹼基包括三環嘧啶，諸如1,3-二氮雜啡噁嗪-2-酮、1,3-二氮雜啡噻嗪-2-酮及9-(2-胺基乙氧基)-1,3-二氮雜啡噁嗪-2-酮(G形夾)。經修飾之核鹼基亦可包括其中嘌呤或嘧啶鹼基經其他雜環置換之彼等核鹼基，例如7-去氮-腺嘌呤、7-去氮鳥嘌呤、2-胺基吡啶及2-吡啶酮。其他核鹼基包括以下文獻中所揭示之彼等核鹼基：Merigan等人，U.S.3,687,808；The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering,Kroschwitz,J.I.編，John Wiley & Sons,1990,858-859；Englisch等人，Angewandte Chemie，國際版，1991,30,613；Sanghvi,Y.S.,Antisense Research and Applications第15章，Crooke,S.T.及Lebleu,B.編，CRC Press,1993,273-288；Antisense Drug Technology第6章及第15章，Crooke S.T.編，CRC Press,2008,163-166及442-443。
教示某些以上指出之經修飾之核鹼基以及其他經修飾之核鹼基之製備的公開案包括但不限於Manohara等人，US2003/0158403；Manoharan等人，US2003/0175906；Dinh等人，U.S.4,845,205；Spielvogel等人，U.S.5,130,302；Rogers等人，U.S.5,134,066；Bischofberger等人，U.S.5,175,273；Urdea等人，U.S.5,367,066；Benner等人，U.S.5,432,272；Matteucci等人，U.S.5,434,257；Gmeiner等人，U.S.5,457,187；Cook等人，U.S.5,459,255；Froehler等人，U.S.5,484,908；Matteucci等人，U.S.5,502,177；Hawkins等人，U.S.5,525,711；Haralambidis等人，U.S.5,552,540；Cook等人，U.S.5,587,469；Froehler等人，U.S.5,594,121；Switzer等人，U.S.5,596,091；Cook等人，U.S.5,614,617；Froehler等人，U.S.5,645,985；Cook等人，U.S.5,681,941；Cook等人，U.S.5,811,534；Cook等人，U.S.5,750,692；Cook等人，U.S.5,948,903；Cook等人，U.S.5,587,470；Cook等人，U.S.5,457,191；Matteucci等人，U.S.5,763,588；Froehler等人，U.S.5,830,653；Cook等人，U.S.5,808,027；Cook等人，6,166,199；及Matteucci等人，U.S.6,005,096。
3.某些經修飾之核苷間鍵聯
在某些實施例中，可使用任何核苷間鍵聯將經修飾之寡核苷酸之核苷連接在一起。藉由存在或不存在磷原子來定義核苷間連接基團之兩個主要類別。代表性含磷核苷間鍵聯包括但不限於含有磷酸二酯鍵(「P=O」)之磷酸酯(亦稱為未經修飾或天然存在之鍵聯)、磷酸三酯、甲基膦酸酯、磷醯胺酯以及硫代磷酸酯(「P=S」)及二硫代磷酸酯(「HS-P=S」)。代表性非含磷核苷間連接基團包括但不限於亞甲基甲基亞胺基(-CH2-N(CH3)-O-CH2-)、硫二酯、硫羰基胺基甲酸酯(-O-C(=O)(NH)-S-)；矽氧烷(-O-SiH2-O-)；及N,N'-二甲基阱(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)。與天然存在之磷酸酯鍵聯相比，經修飾之核苷間鍵聯可用於改變、通常增加寡核苷酸之核酸酶抗性。含磷及非含磷核苷間鍵聯之製備方法對熟習此項技術者為熟知的。
具有對掌性中心之代表性核苷間鍵聯包括但不限於烷基膦酸酯及硫代磷酸酯。包含具有對掌性中心之核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸可製備為包含無規立構核苷間鍵聯之經修飾之寡核苷酸的群體或為包含呈特定立體化學構形之硫代磷酸酯鍵聯的經修飾之寡核苷酸的群體。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸的群體包含硫代磷酸酯核苷間鍵聯，其中該等硫代磷酸酯核苷間鍵聯全部為無規立構的。可使用能隨機選擇各硫代磷酸酯鍵聯之立體化學構形的合成方法來產生此種經修飾之寡核苷酸。儘管如此，但如熟習此項技術者應充分理解，各個別寡核苷酸分子之各個別硫代磷酸酯具有所定義之立體構形。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之群體富含包含一或多個呈特定獨立選擇之立體化學構形之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，該特定硫代磷酸酯鍵聯之特定構形存在於該群體中至少65%之分子中。在某些實施例中，該特定硫代磷酸酯鍵聯之特定構形存在於該群體中至少70%之分子中。在某些實施例中，該特定硫代磷酸酯鍵聯之特定構形存在於該群體中至少80%之分子中。在某些實施例中，該特定硫代磷酸酯鍵聯之特定構形存在於該群體中至少90%之分子中。在某些實施例中，該特定硫代磷酸酯鍵聯之特定構形存在於該群體中至少99%之分子中。可使用此項技術中已知的合成方法，例如以下文獻中所描述之方法來產生經修飾之寡核苷酸的此種經對掌性富集之群體：Oka等人，JACS 125,8307(2003)；Wan等人，Nuc.Acid.Res.42,13456(2014)；及WO 2017/015555。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之群體富含有至少一個所指示之硫代磷酸酯呈(Sp)構形的經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之群體富含有至少一個硫代磷酸酯呈(Rp)構形的經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，包含(Rp)及/或(Sp)硫代磷酸酯之經修飾之寡核苷酸分別包含以下各式中之一或多個，其中「B」指示核鹼基：
除非另外指示，否則本文中所描述之經修飾之寡核苷酸的對掌性核苷間鍵聯可為無規立構的或呈特定立體化學構形。
中性核苷間鍵聯包括但不限於磷酸三酯、甲基膦酸酯、MMI(3'-CH2-N(CH3)-O-5')、醯胺-3(3'-CH2-C(=O)-N(H)-5')、醯胺-4(3'-CH2-N(H)-C(=O)-5')、甲縮醛(3'-O-CH2-O-5')、甲氧基丙基及硫代甲縮醛(3'-S-CH2-O-5')。其他中性核苷間鍵聯包括包含矽氧烷之非離子鍵聯(二烷基矽氧烷)、甲酸酯、甲醯胺、硫化物、磺酸酯及醯胺(參見例如：Carbohydrate Modifications in Antisense Research；Y.S.Sanghvi及P.D.Cook編，ACS Symposium Series 580；第3章及第4章，40-65)。其他中性核苷間鍵聯包括包含混合N、O、S及CH2組成部分之非離子鍵聯。
B.某些基序
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含經修飾之糖部分的經修飾之核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含經修飾之核鹼基的經修飾之核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個經修飾之核苷間鍵聯。在此種實施例中，經修飾之寡核苷酸的經修飾、未經修飾及以不同方式經修飾之糖部分、核鹼基及/或核苷間鍵聯定義模式或基序。在某些實施例中，糖部分、核鹼基及核苷間鍵聯之模式各自與彼此無關。因而，經修飾之寡核苷酸可藉由其糖基序、核鹼基基序及/或核苷間鍵聯基序加以描述(如本文中所使用，核鹼基基序描述核鹼基修飾，與核鹼基序列無關)。
1.某些糖基序
在某些實施例中，寡核苷酸包含沿該寡核苷酸或其區域排列於所定義之模式或糖基序中的一或多種類型之經修飾之糖及/或未經修飾之糖部分。在某些情況下，此種糖基序包括但不限於本文中所論述之任何糖修飾。
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含具有由兩個外部區域或「翼」及中心或內部區域或「間隙」定義之間隙體基序的區域或由其組成。間隙體基序之三個區域(5'-翼、間隙及3'-翼)形成核苷之連續序列，其中各翼之核苷之至少一些糖部分不同於間隙之核苷之至少一些糖部分。特定言之，至少各翼中距間隙最近之核苷(5'-翼之最3'端核苷及3'-翼之最5'端核苷)的糖部分不同於相鄰間隙核苷之糖部分，因而定義翼與間隙之間的邊界(亦即，翼/間隙接合處)。在某些實施例中，間隙內之糖部分與彼此相同。在某些實施例中，間隙包括一或多個具有與該間隙之一或多個其他核苷之糖部分不同的糖部分的核苷。在某些實施例中，兩翼之糖基序與彼此相同(對稱間隙體)。在某些實施例中，5'-翼之糖基序與3'-翼之糖基序不同(不對稱間隙體)。
在某些實施例中，間隙體之翼包含1至5個核苷。在某些實施例中，間隙體之各翼之各核苷為經修飾之核苷。
在某些實施例中，間隙體之間隙包含7至12個核苷。在某些實施例中，間隙體之間隙之各核苷為未經修飾之2'-去氧核苷。
在某些實施例中，該間隙體為去氧間隙體。在諸多實施例中，各翼/間隙接合處之間隙側的核苷為未經修飾之2'-去氧核苷，且各翼/間隙接合處之翼側的核苷為經修飾之核苷。在某些實施例中，間隙之各核苷為未經修飾之2'-去氧核苷。在某些實施例中，間隙體之各翼之各核苷為經修飾之核苷。
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含具有經充分修飾之糖基序的區域或由其組成。在此種實施例中，經修飾之寡核苷酸的經充分修飾之區域 的各核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，整個經修飾之寡核苷酸的各核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含具有經充分修飾之糖基序的區域或由其組成，其中該經充分修飾之區域內的各核苷包含相同的經修飾之糖部分，在本文中稱為經均一修飾之糖基序。在某些實施例中，經充分修飾之寡核苷酸為經均一修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，經均一修飾之寡核苷酸的各核苷包含相同的2'-修飾。
在本文中，可使用以下表示法來提供間隙體之三個區域之長度(核苷數目)：[5'-翼中之核苷數目]-[間隙中之核苷數目]-[3'-翼中之核苷數目]。因而，5-10-5間隙體由各翼中之5個連接之核苷及間隙中之10個連接之核苷組成。在此種命名法繼之以特定修飾時，該修飾為翼中之修飾且間隙核苷包含未經修飾之去氧核苷糖。因而，5-10-5 MOE間隙體由5'翼中之5個連接之經MOE修飾之核苷、間隙中之10個連接之去氧核苷及3'翼中之5個連接之經MOE修飾之核苷組成。
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為5-10-5 MOE間隙體。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為3-10-3 BNA間隙體。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為3-10-3 cEt間隙體。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為3-10-3 LNA間隙體。
2.某些核鹼基基序
在某些實施例中，寡核苷酸包含沿該寡核苷酸或其區域排列於所定義之模式或基序中的經修飾及/或未經修飾之核鹼基。在某些實施例中，各核鹼基經修飾。在某些實施例中，該等核鹼基無一經修飾。在某些實施例中，各嘌呤或各嘧啶經修飾。在某些實施例中，各腺嘌呤經修飾。在某些實施例中，各鳥嘌呤經修飾。在某些實施例中，各胸腺嘧啶經修飾。在某些實施例中，各尿嘧啶經修飾。在某些實施例中，各胞嘧啶經修飾。在某些實施例中，經修飾之 寡核苷酸中的一些或所有胞嘧啶核鹼基為5-甲基胞嘧啶。在某些實施例中，所有胞嘧啶核鹼基均為5-甲基胞嘧啶，且經修飾之寡核苷酸的所有其他核鹼基均為未經修飾之核鹼基。
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含經修飾之核鹼基之區段。在某些此種實施例中，該區段處於寡核苷酸之3'端。在某些實施例中，該區段處於寡核苷酸之3'端之3個核苷內。在某些實施例中，該區段處於寡核苷酸之5'端。在某些實施例中，該區段處於寡核苷酸之5'端之3個核苷內。
在某些實施例中，具有間隙體基序之寡核苷酸包含有包含經修飾之核鹼基的核苷。在某些此種實施例中，一個包含經修飾之核鹼基的核苷處於具有間隙體基序之寡核苷酸的中心間隙中。在某些此種實施例中，該核苷之糖部分為2'-去氧核糖基部分。在某些實施例中，經修飾之核鹼基選自：2-硫代嘧啶及5-丙炔嘧啶。
3.某些核苷間鍵聯基序
在某些實施例中，寡核苷酸包含沿該寡核苷酸或其區域排列於所定義之模式或基序中的經修飾及/或未經修飾之核苷間鍵聯。在某些實施例中，各核苷間連接基團為磷酸二酯核苷間鍵聯(P=O)。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之各核苷間連接基團為硫代磷酸酯核苷間鍵聯(P=S)。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之各核苷間鍵聯獨立地選自硫代磷酸酯核苷間鍵聯及磷酸二酯核苷間鍵聯。在某些實施例中，各硫代磷酸酯核苷間鍵聯獨立地選自無規立構硫代磷酸酯、(Sp)硫代磷酸酯及(Rp)硫代磷酸酯。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之糖基序為間隙體，且間隙內之核苷間鍵聯均經修飾。在某些此種實施例中，翼中之一些或所有核苷間鍵聯為未經修飾之磷酸酯鍵聯。在某些實施例中，末端核苷間鍵聯經修飾。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之糖基序為間隙體，且核苷間鍵聯基序在至少一個翼中包含至少一個磷酸二酯核苷間鍵 聯，其中該至少一個磷酸二酯鍵聯並非末端核苷間鍵聯，且其餘核苷間鍵聯為硫代磷酸酯核苷間鍵聯。在某些此種實施例中，所有該等硫代磷酸酯鍵聯均為無規立構的。在某些實施例中，翼中之所有硫代磷酸酯鍵聯均為(Sp)硫代磷酸酯，且間隙包含至少一個Sp,Sp,Rp基序。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之群體富含包含此種核苷間鍵聯基序的經修飾之寡核苷酸。
C.某些長度
有可能在不消除活性之情況下增加或減少寡核苷酸之長度。舉例而言，在Woolf等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：7305-7309,1992)中，在卵母細胞注入模型中測試長度為13至25個核鹼基之一系列寡核苷酸誘導靶RNA裂解的能力。在寡核苷酸末端附近具有8或11個錯配鹼基之長度為25個核鹼基之寡核苷酸能夠指導靶mRNA之特異性裂解，但程度低於不含錯配之寡核苷酸。類似地，使用13個核鹼基之寡核苷酸(包括具有1或3個錯配之彼等寡核苷酸)來達成靶特異性裂解。
在某些實施例中，寡核苷酸(包括經修飾之寡核苷酸)可具有多種長度範圍中之任一種。在某些實施例中，寡核苷酸由X至Y個連接之核苷組成，其中X表示該範圍中之最少核苷數目，且Y表示該範圍中之最大核苷數目。在某些此種實施例中，X及Y各自獨立地選自8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49及50；其限制條件為XY。舉例而言，在某些實施例中，寡核苷酸由12至13個、12至14個、12至15個、12至16個、12至17個、12至18個、12至19個、12至20個、12至21個、12至22個、12至23個、12至24個、12至25個、12至26個、12至27個、12至28個、12至29個、12至30個、13至14個、13至15個、13至16個、13至17個、13至18個、13至19個、13至20個、13 至21個、13至22個、13至23個、13至24個、13至25個、13至26個、13至27個、13至28個、13至29個、13至30個、14至15個、14至16個、14至17個、14至18個、14至19個、14至20個、14至21個、14至22個、14至23個、14至24個、14至25個、14至26個、14至27個、14至28個、14至29個、14至30個、15至16個、15至17個、15至18個、15至19個、15至20個、15至21個、15至22個、15至23個、15至24個、15至25個、15至26個、15至27個、15至28個、15至29個、15至30個、16至17個、16至18個、16至19個、16至20個、16至21個、16至22個、16至23個、16至24個、16至25個、16至26個、16至27個、16至28個、16至29個、16至30個、17至18個、17至19個、17至20個、17至21個、17至22個、17至23個、17至24個、17至25個、17至26個、17至27個、17至28個、17至29個、17至30個、18至19個、18至20個、18至21個、18至22個、18至23個、18至24個、18至25個、18至26個、18至27個、18至28個、18至29個、18至30個、19至20個、19至21個、19至22個、19至23個、19至24個、19至25個、19至26個、19至29個、19至28個、19至29個、19至30個、20至21個、20至22個、20至23個、20至24個、20至25個、20至26個、20至27個、20至28個、20至29個、20至30個、21至22個、21至23個、21至24個、21至25個、21至26個、21至27個、21至28個、21至29個、21至30個、22至23個、22至24個、22至25個、22至26個、22至27個、22至28個、22至29個、22至30個、23至24個、23至25個、23至26個、23至27個、23至28個、23至29個、23至30個、24至25個、24至26個、24至27個、24至28個、24至29個、24至30個、25至26個、25至27個、25至28個、25至29個、25至30個、26至27個、26至28個、26 至29個、26至30個、27至28個、27至29個、27至30個、28至29個、28至30個或29至30個連接之核苷組成。
D.某些經修飾之寡核苷酸
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸中併入以上修飾(糖、核鹼基、核苷間鍵聯)。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸以其修飾基序及總長度為特徵。在某些實施例中，此種參數各自與彼此無關。因而，除非另外指示，否則具有間隙體糖基序之寡核苷酸之各核苷間鍵聯可能經修飾或未經修飾，且可能遵循或可能不遵循糖修飾之間隙體修飾模式。舉例而言，糖間隙體之翼區內之核苷間鍵聯可能彼此相同或不同，且可能與糖基序之間隙區之核苷間鍵聯相同或不同。同樣，此種糖間隙體寡核苷酸可包含一或多個經修飾之核鹼基，與糖修飾之間隙體模式無關。除非另外指示，否則所有修飾均與核鹼基序列無關。
E.經修飾之寡核苷酸的某些群體
群體中所有經修飾之寡核苷酸均具有相同分子式的經修飾之寡核苷酸之群體可為無規立構群體或經對掌性富集之群體。在無規立構群體中，所有經修飾之寡核苷酸之所有對掌性中心均為無規立構的。在經對掌性富集之群體中，在該群體之經修飾之寡核苷酸中，至少一個特定對掌性中心並非無規立構的。在某些實施例中，經對掌性富集之群體的經修飾之寡核苷酸富含β-D核糖基糖部分，且所有硫代磷酸酯核苷間鍵聯均為無規立構的。在某些實施例中，經對掌性富集之群體的經修飾之寡核苷酸富含β-D核糖基糖部分及至少一個呈特定立體化學構形之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯二者。
F.核鹼基序列
在某些實施例中，藉由寡核苷酸(未經修飾或經修飾之寡核苷酸)之核鹼基序列對其進行進一步描述。在某些實施例中，寡核苷酸具有與第二寡核苷酸或確定之參考核酸，諸如靶核酸互補的核鹼基序列。在某些此種實施例中， 寡核苷酸之區域具有與第二寡核苷酸或確定之參考核酸，諸如靶核酸互補的核鹼基序列。在某些實施例中，寡核苷酸之區域或整個長度之核鹼基序列與第二寡核苷酸或核酸，諸如靶核酸至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或100%互補。
II.某些寡聚化合物
在某些實施例中，本發明提供寡聚化合物，該等寡聚化合物由寡核苷酸(經修飾或未經修飾)及視情況存在之一或多個結合基團及/或末端基團組成。結合基團由一或多個結合部分及將該結合部分連接至寡核苷酸之結合連接子組成。結合基團可附接至寡核苷酸之任一端或兩端及/或任何內部位置。在某些實施例中，結合基團附接至經修飾之寡核苷酸之核苷的2'位置。在某些實施例中，附接至寡核苷酸之任一端或兩端的結合基團為末端基團。在某些此種實施例中，結合基團或末端基團附接在寡核苷酸之3'及/或5'端。在某些此種實施例中，結合基團(或末端基團)附接在寡核苷酸之3'端。在某些實施例中，結合基團附接在寡核苷酸之3'端附近。在某些實施例中，結合基團(或末端基團)附接在寡核苷酸之5'端。在某些實施例中，結合基團附接在寡核苷酸之5'端附近。
末端基團之實例包括但不限於結合基團、封端基團、磷酸酯部分、保護基、經修飾或未經修飾之核苷以及兩個或更多個獨立地經修飾或未經修飾之核苷。
A.某些結合基團
在某些實施例中，寡核苷酸共價附接至一或多個結合基團。在某些實施例中，結合基團改變所附接之寡核苷酸的一或多種性質，包括但不限於藥效學性質、藥物動力學性質、穩定性、結合、吸收、組織分佈、細胞分佈、細胞攝取、電荷及清除率。在某些實施例中，結合基團賦予所附接之寡核苷酸以新性質，例如使得能夠偵測寡核苷酸之螢光團或報告基團。先前已描述某些結 合基團及結合部分，例如：膽固醇部分(Letsinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556)；膽酸(Manoharan等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053-1060)；硫醚，例如己基-S-三苯甲基硫醇(Manoharan等人，Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309；Manoharan等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765-2770)；硫代膽固醇(Oberhauser等人，Nucl.Acids Res.,1992,20,533-538)；脂族鏈，例如十二烷二醇或十一烷基殘基(Saison-Behmoaras等人，EMBO J.,1991,10,1111-1118；Kabanov等人，FEBS Lett.,1990,259,327-330；Svinarchuk等人，Biochimie,1993,75,49-54)；磷脂，例如二(十六烷基)-外消旋-甘油或1,2-二-O-十六烷基-外消旋-甘油基-3-H-膦酸三乙基銨(Manoharan等人，Tetrahedron Lett.,1995,36,3651-3654；Shea等人，Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783)；聚胺或聚乙二醇鏈(Manoharan等人，Nucleosides & Nucleotides,1995,14,969-973)；或金剛烷乙酸棕櫚基部分(Mishra等人，Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237)；十八烷基胺或己基胺基羰基羥膽固醇部分(Crooke等人，J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277,923-937)；生育酚基團(Nishina等人，Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220；及Nishina等人，Molecular Therapy,2008,16,734-740)或GalNAc簇(例如，WO2014/179620)。
1.結合部分
結合部分包括但不限於嵌入劑、報告分子、聚胺、聚醯胺、肽、碳水化合物、維生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、膽固醇、硫代膽固醇、膽酸部分、葉酸、脂質、磷脂、生物素、吩嗪、菲啶、蒽醌、金剛烷、吖啶、螢光素、若丹明(rhodamines)、香豆素、螢光團及染料。
在某些實施例中，結合部分包含活性原料藥，例如阿司匹靈(aspirin)、殺鼠靈(warfarin)、保泰松(phenylbutazone)、布洛芬(ibuprofen)、舒洛芬(suprofen)、芬布芬(fenbufen)、凱妥普洛芬(ketoprofen)、(S)-(+)-普拉洛芬 (pranoprofen)、卡洛芬(carprofen)、丹醯肌胺酸(dansylsarcosine)、2,3,5-三碘苯甲酸、芬戈莫德(fingolimod)、氟芬那酸(flufenamic acid)、亞葉酸、苯并噻二嗪(benzothiadiazide)、氯噻嗪(chlorothiazide)、二氮呯(diazepine)、吲哚美辛(indomethicin)、巴比妥酸鹽(barbiturate)、頭孢菌素(cephalosporin)、磺胺類藥物(sulfa drug)、抗糖尿病藥、抗細菌藥或抗生素。
2.結合連接子
結合部分經由結合連接子附接至寡核苷酸。在某些寡聚化合物中，該結合連接子為單化學鍵(亦即，該結合部分經由單鍵直接附接至寡核苷酸)。在某些實施例中，該結合連接子包含諸如烴基鏈之鏈結構，或諸如乙二醇、核苷或胺基酸單元之重複單元的寡聚物。
在某些實施例中，結合連接子包含選自烷基、胺基、側氧基、醯胺、二硫鍵、聚乙二醇、醚、硫醚及羥基胺基之一或多個基團。在某些此種實施例中，該結合連接子包含選自烷基、胺基、側氧基、醯胺基及醚基之基團。在某些實施例中，該結合連接子包含選自烷基及醯胺基之基團。在某些實施例中，該結合連接子包含選自烷基及醚基之基團。在某些實施例中，該結合連接子包含至少一個含磷部分。在某些實施例中，該結合連接子包含至少一個磷酸酯基。在某些實施例中，該結合連接子包括至少一個中性連接基團。
在某些實施例中，結合連接子，包括以上所描述之結合連接子，為雙官能連接部分，例如，此項技術中已知的適用於將結合基團附接至母體化合物(諸如本文中所提供之寡核苷酸)的彼等雙官能連接部分。一般而言，雙官能連接部分包含至少兩個官能基。該等官能基中之一者經選擇以結合至母體化合物上之特定位點，且另一者經選擇以結合至結合基團。雙官能連接部分中所使用之官能基的實例包括但不限於用於與親核性基團反應之親電子試劑及用於與親 電子基團反應之親核性試劑。在某些實施例中，雙官能連接部分包含選自胺基、羥基、羧酸、硫醇、烷基、烯基及炔基之一或多個基團。
結合連接子之實例包括但不限於吡咯啶、8-胺基-3,6-二氧雜辛酸(ADO)、4-(N-馬來醯亞胺基甲基)環己烷-1-甲酸琥珀醯亞胺酯(SMCC)及6-胺基己酸(AHEX或AHA)。其他結合連接子包括但不限於經取代或未經取代之C1-C10烷基、經取代或未經取代之C2-C10烯基或者經取代或未經取代之C2-C10炔基，其中較佳取代基之非限制性清單包括羥基、胺基、烷氧基、羧基、苯甲基、苯基、硝基、硫醇、硫代烷氧基、鹵素、烷基、芳基、烯基及炔基。
在某些實施例中，結合連接子包含1至10個連接子核苷。在某些實施例中，結合連接子包含2至5個連接子核苷。在某些實施例中，結合連接子包含正好3個連接子核苷。在某些實施例中，結合連接子包含TCA基序。在某些實施例中，此種連接子核苷為經修飾之核苷。在某些實施例中，此種連接子核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，連接子核苷未經修飾。在某些實施例中，連接子核苷包含視情況受保護之選自嘌呤、經取代之嘌呤、嘧啶或經取代之嘧啶之雜環鹼基。在某些實施例中，可裂解部分為選自尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲醯基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、4-N-苯甲醯基-5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲醯基腺嘌呤、鳥嘌呤及2-N-異丁醯基鳥嘌呤之核苷。通常需要連接子核苷在寡聚化合物達到靶組織之後自寡聚化合物裂解。因此，連接子核苷通常經由可裂解鍵與彼此及與寡聚化合物之其餘部分連接。在某些實施例中，此種可裂解鍵為磷酸二酯鍵。
在本文中，連接子核苷未被視為寡核苷酸之一部分。因此，在寡聚化合物包含由規定數目或範圍之連接之核苷及/或與參考核酸之規定互補性百分比組成的寡核苷酸且該寡聚化合物亦包含有含包含連接子核苷之結合連接子的結合基團的實施例中，彼等連接子核苷不計入寡核苷酸之長度且不用於確定寡 核苷酸對參考核酸之互補性百分比。舉例而言，寡聚化合物可包含(1)由8至30個核苷組成之經修飾之寡核苷酸及(2)包含與該經修飾之寡核苷酸之核苷連續的1至10個連接子核苷的結合基團。此種寡聚化合物中之連續連接之核苷之總數目超過30。替代地，寡聚化合物可包含由8至30個核苷組成且不存在結合基團之經修飾之寡核苷酸。此種寡聚化合物中之連續連接之核苷之總數目不超過30。除非另外指示，否則結合連接子包含不超過10個連接子核苷。在某些實施例中，結合連接子包含不超過5個連接子核苷。在某些實施例中，結合連接子包含不超過3個連接子核苷。在某些實施例中，結合連接子包含不超過2個連接子核苷。在某些實施例中，結合連接子包含不超過1個連接子核苷。
在某些實施例中，需要結合基團自寡核苷酸裂解。舉例而言，在某些情形下，包含特定結合部分之寡聚化合物較佳由特定細胞類型攝取，但一旦寡聚化合物已被攝取後，便需要結合基團裂解以釋放未結合或親本寡核苷酸。因而，某些結合連接子可包含一或多個可裂解部分。在某些實施例中，可裂解部分為可裂解鍵。在某些實施例中，可裂解部分為包含至少一個可裂解鍵之原子團。在某些實施例中，可裂解部分包含具有一個、兩個、三個、四個或超過四個可裂解鍵之原子團。在某些實施例中，可裂解部分在細胞或亞細胞區室(諸如溶酶體)內部選擇性地裂解。在某些實施例中，可裂解部分由諸如核酸酶之內源酶選擇性地裂解。
在某些實施例中，可裂解鍵選自：醯胺、酯、醚、磷酸二酯中之一個或兩個酯、磷酸酯、胺基甲酸酯或二硫鍵。在某些實施例中，可裂解鍵為磷酸二酯之酯中的一者或兩者。在某些實施例中，可裂解部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些實施例中，該可裂解部分為寡核苷酸與結合部分或結合基團之間的磷酸酯鍵聯。
在某些實施例中，可裂解部分包含一或多個連接子核苷或由其組 成。在某些此種實施例中，該一或多個連接子核苷經由可裂解鍵與彼此及/或與寡聚化合物之其餘部分連接。在某些實施例中，此種可裂解鍵為未經修飾之磷酸二酯鍵。在某些實施例中，可裂解部分為藉由磷酸酯核苷間鍵聯附接至寡核苷酸之3'或5'末端核苷且藉由磷酸酯或硫代磷酸酯鍵聯共價附接至結合連接子或結合部分之其餘部分的2'-去氧核苷。在某些此種實施例中，該可裂解部分為2'-去氧腺苷。
B.某些末端基團
在某些實施例中，寡聚化合物包含一或多個末端基團。在某些此種實施例中，寡聚化合物包含經穩定之5'-磷酸酯。經穩定之5'-磷酸酯包括但不限於5'-膦酸酯，包括但不限於5'-乙烯基膦酸酯。在某些實施例中，末端基團包含一或多個無鹼基核苷及/或反轉核苷。在某些實施例中，末端基團包含一或多個2'-連接之核苷。在某些此種實施例中，該2'-連接之核苷為無鹼基核苷。
III.寡聚雙鏈體
在某些實施例中，本文中所描述之寡聚化合物包含具有與靶核酸之核鹼基序列互補的核鹼基序列的寡核苷酸。在某些實施例中，寡聚化合物與第二寡聚化合物配對以形成寡聚雙鏈體。此種寡聚雙鏈體包含具有與靶核酸互補之區域的第一寡聚化合物及具有與該第一寡聚化合物互補之區域的第二寡聚化合物。在某些實施例中，寡聚雙鏈體之第一寡聚化合物包含以下項或由其組成：(1)經修飾或未經修飾之寡核苷酸及視情況存在之結合基團；以及(2)第二經修飾或未經修飾之寡核苷酸及視情況存在之結合基團。寡聚雙鏈體之任一種或兩種寡聚化合物可包含結合基團。寡聚雙鏈體之各寡聚化合物之寡核苷酸可包括非互補懸垂核苷。
IV.反義活性
在某些實施例中，寡聚化合物及寡聚雙鏈體能夠與靶核酸雜交，從 而引起至少一種反義活性；此種寡聚化合物及寡聚雙鏈體為反義化合物。在某些實施例中，反義化合物當其在標準細胞分析中減少或抑制靶核酸之量或活性達25%或更大程度時具有反義活性。在某些實施例中，反義化合物選擇性地影響一或多種靶核酸。此種反義化合物包含與一或多種靶核酸雜交從而產生一或多種所要反義活性且不與一或多種非靶核酸雜交或不以引起顯著非所要反義活性之方式與一或多種非靶核酸雜交的核鹼基序列。
在某些反義活性中，反義化合物與靶核酸雜交募集使靶核酸裂解之蛋白質。舉例而言，某些反義化合物引起RNase H介導之靶核酸裂解。RNase H為使RNA：DNA雙鏈體之RNA股鏈裂解之細胞內切核酸酶。此種RNA：DNA雙鏈體中之DNA無需為未經修飾之DNA。在某些實施例中，本文中描述「DNA類似」程度足以引發RNase H活性之反義化合物。在某些實施例中，允許間隙體之間隙中存在一或多個非DNA類似核苷。
在某些反義活性中，反義化合物或反義化合物之一部分負載至RNA誘導沉默複合物(RISC)中，最終引起靶核酸裂解。舉例而言，某些反義化合物引起靶核酸被Argonaute裂解。負載至RISC中之反義化合物為RNAi化合物。RNAi化合物可為雙鏈(siRNA)或單鏈(ssRNA)。
在某些實施例中，反義化合物與靶核酸雜交不募集使靶核酸裂解之蛋白質。在某些實施例中，反義化合物與靶核酸雜交改變靶核酸之剪接。在某些實施例中，反義化合物與靶核酸雜交抑制靶核酸與蛋白質或其他核酸之間的結合相互作用。在某些實施例中，反義化合物與靶核酸雜交改變靶核酸之轉譯。
可直接或間接地觀測反義活性。在某些實施例中，觀測或偵測反義活性包括觀測或偵測靶核酸或由此種靶核酸編碼之蛋白質之量的變化、核酸或蛋白質之剪接變異體之比率的變化及/或細胞或動物中之表型變化。
V.某些靶核酸
在某些實施例中，寡聚化合物包含有包含與靶核酸互補之區域的寡核苷酸或由其組成。在某些實施例中，該靶核酸為內源RNA分子。在某些實施例中，該靶核酸編碼蛋白質。在某些此種實施例中，該靶核酸選自：成熟mRNA及pre-mRNA，包括內含子、外顯子及未轉譯區域。在某些實施例中，該靶RNA為成熟mRNA。在某些實施例中，該靶核酸為pre-mRNA。在某些此種實施例中，該靶區域完全在內含子內。在某些實施例中，該靶區域跨越內含子/外顯子接合點。在某些實施例中，該靶區域至少50%在內含子內。在某些實施例中，該靶核酸為返座基因(retrogene)之RNA轉錄產物。在某些實施例中，該靶核酸為非編碼RNA。在某些此種實施例中，該靶非編碼RNA選自：長非編碼RNA、短非編碼RNA、內含子RNA分子。
A.與靶核酸之互補性/錯配數
有可能在不消除活性之情況下引入錯配鹼基。舉例而言，Gautschi等人(J.Natl.Cancer Inst.93：463-471,March 2001)證明與bcl-2 mRNA具有100%互補性且與bcl-xL mRNA具有3個錯配之寡核苷酸在試管內及活體內減少bcl-2及bcl-xL之表現的能力。此外，此寡核苷酸顯示有效的活體內抗腫瘤活性。Maher及Dolnick(Nuc.Acid.Res.16：3341-3358,1988)分別測試一系列串聯14個核鹼基反義寡核苷酸以及由兩個或三個串聯反義寡核苷酸構成之28個及42個核鹼基反義寡核苷酸在兔網狀紅血球分析中阻遏人類DHFR之轉譯的能力。三種14個核鹼基寡核苷酸中之每一者單獨能夠抑制轉譯，但水準與28個或42個核鹼基寡核苷酸相比更適度。
在某些實施例中，寡聚化合物包含在寡核苷酸之整個長度上與靶核酸互補之寡核苷酸。在某些實施例中，寡核苷酸與靶核酸99%、95%、90%、85%或80%互補。在某些實施例中，寡核苷酸在寡核苷酸之整個長度上與靶核酸至少80%互補，且包含與靶核酸100%或完全互補之區域。在某些實施例中，完全 互補區域之長度為6至20個、10至18個或18至20個核鹼基。
在某些實施例中，相對於靶核酸，寡核苷酸包含一或多個錯配核鹼基。在某些實施例中，對標靶之反義活性因此種錯配而降低，但對非標靶之活性降低更大之量。因而，在某些實施例中，包含寡核苷酸之寡聚化合物的選擇性得以改良。在某些實施例中，錯配特異性位於具有間隙體基序之寡核苷酸內。在某些實施例中，錯配處於自間隙區之5'端起的位置1、2、3、4、5、6、7或8處。在某些實施例中，錯配處於自間隙區之3'端起的位置9、8、7、6、5、4、3、2、1處。在某些實施例中，錯配處於自翼區之5'端起的位置1、2、3或4處。在某些實施例中，錯配處於自翼區之3'端起的位置4、3、2或1處。
B.ATXN3
在某些實施例中，寡聚化合物包含有包含與靶核酸互補之區域的寡核苷酸或由其組成，其中該靶核酸為ATXN3。在某些實施例中，ATXN3核酸具有以下項中所闡述之序列：SEQ ID NO：1(GENBANK登錄號：NM_004993.5)；SEQ ID NO：2(GENBANK登錄號：自核苷酸73,524,000至73,574,000截短之GENBANK登錄號NT_026437.12)；SEQ ID NO：3(GENBANK登錄號NM_001164778.1)；SEQ ID NO：4(GENBANK登錄號：NM_001127696.1)；SEQ ID NO：5(GENBANK登錄號：NM_001164781.1)；SEQ ID NO：6(GENBANK登錄號：NR_028454.1)；SEQ ID NO：7(GENBANK登錄號：NM_001164780.1)；SEQ ID NO：8(GENBANK登錄號：NR_028469.1)；SEQ ID NO：9(GENBANK登錄號：NM_001164779.1)；SEQ ID NO：10(GENBANK登錄號：NR_028461.1)；SEQ ID NO：11(GENBANK登錄號：NR_028466.1)；SEQ ID NO：12(GENBANK登錄號：NR_028462.1)；SEQ ID NO：13(GENBANK登錄號NR_028467.1)；SEQ ID NO：14(GENBANK登錄號：NR_031765.1)；SEQ ID NO：15(GENBANK登錄號：NM_001164782.1)；SEQ ID NO：16(GENBANK 登錄號：NR_028465.1)；SEQ ID NO：17(GENBANK登錄號：NR_028457.1)；SEQ ID NO：18(GENBANK登錄號：NM_001164777.1)；及SEQ ID NO：19(GENBANK登錄號：NM_001164774.1)。
在某些實施例中，細胞與同SEQ ID NO：1-19互補之寡聚化合物接觸減少ATXN3 mRNA之量，且在某些實施例中減少Ataxin-3蛋白之量。在某些實施例中，動物體內之細胞與同SEQ ID NO：1-19互補之寡聚化合物接觸改善神經退化性疾病之一或多種症狀或標誌。在某些實施例中，此種症狀及標誌包括運動失調、神經病變及聚集體形成。在某些實施例中，該神經退化性疾病為脊髓小腦運動失調症第3型(SCA3)。
VI.某些熱點區域 1.SEQ ID NO：1之核鹼基614-637
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO：1之核鹼基614-637互補。在某些實施例中，SEQ ID NO：1之核鹼基614-637為熱點區域。在某些實施例中，此種經修飾之寡核苷酸的長度為18個核鹼基。在某些實施例中，此種經修飾之寡核苷酸為間隙體。在某些此種實施例中，該等間隙體為5-8-5 MOE間隙體。在某些實施例中，該等經修飾之寡核苷酸的核苷由混合磷酸二酯(「o」)與硫代磷酸酯(「s」)核苷間鍵聯連接。在某些實施例中，該等混合磷酸二酯(「o」)與硫代磷酸酯(「s」)核苷間鍵聯自5'至3'按如下順序排列：sooosssssssssooss。
SEQ ID NO：73、74及75之核鹼基序列與SEQ ID NO：1之核鹼基614-637互補。
在某些實施例中，與SEQ ID NO：1之核鹼基614-637互補的經修飾之寡核苷酸在試管內標準細胞分析中達成ATXN3 mRNA減少至少40%。
2.SEQ ID NO：1之核鹼基833-852
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO：1之核鹼基833-852互補。在某些實施例中，SEQ ID NO：1之核鹼基833-852為熱點區域。在某些實施例中，此種經修飾之寡核苷酸的長度為18個核鹼基。在某些實施例中，此種經修飾之寡核苷酸為間隙體。在某些此種實施例中，該等間隙體為5-8-5 MOE間隙體。在某些實施例中，該等經修飾之寡核苷酸的核苷由混合磷酸二酯(「o」)與硫代磷酸酯(「s」)核苷間鍵聯連接。在某些實施例中，該等混合磷酸二酯(「o」)與硫代磷酸酯(「s」)核苷間鍵聯自5'至3'按如下順序排列：sooosssssssssooss。
SEQ ID NO：86及87之核鹼基序列與SEQ ID NO：1之核鹼基833-852互補。
在某些實施例中，與SEQ ID NO：1之核鹼基833-852互補的經修飾之寡核苷酸在試管內標準細胞分析中達成ATXN3 mRNA減少至少30%。
3.SEQ ID NO：1之核鹼基1091-1131
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO：1之核鹼基1091-1131互補。在某些實施例中，SEQ ID NO：1之核鹼基1091-1131為熱點區域。在某些實施例中，此種經修飾之寡核苷酸的長度為18個核鹼基。在某些實施例中，此種經修飾之寡核苷酸為間隙體。在某些此種實施例中，該等間隙體為5-8-5 MOE間隙體。在某些實施例中，該等經修飾之寡核苷酸的核苷由混合磷酸二酯(「o」)與硫代磷酸酯(「s」)核苷間鍵聯連接。在某些實施例中，該等混合磷酸二酯(「o」)與硫代磷酸酯(「s」)核苷間鍵聯自5'至3'按如下順序排列：sooosssssssssooss。
SEQ ID NO：98、99、100、101及102之核鹼基序列與SEQ ID NO：1之核鹼基1091-1131互補。
在某些實施例中，與SEQ ID NO：1之核鹼基1091-1131互補的經修飾之寡核苷酸在試管內標準細胞分析中達成ATXN3 mRNA減少至少30%。
C.某些組織中之某些靶核酸
在某些實施例中，寡聚化合物包含有包含與靶核酸互補之區域的寡核苷酸或由其組成，其中該靶核酸表現於藥理學上相關之組織中。
VII.某些醫藥組合物
在某些實施例中，本文中描述包含一或多種寡聚化合物或其鹽之醫藥組合物。在某些實施例中，該醫藥組合物包含醫藥學上可接受之稀釋劑或載劑。在某些實施例中，醫藥組合物包含無菌生理食鹽水溶液及一或多種寡聚化合物。在某些實施例中，醫藥組合物由無菌生理食鹽水溶液及一或多種寡聚化合物組成。在某些實施例中，該無菌生理食鹽水為醫藥級生理食鹽水。在某些實施例中，醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及無菌水。在某些實施例中，醫藥組合物由一或多種寡聚化合物及無菌水組成。在某些實施例中，該無菌水為醫藥級水。在某些實施例中，醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及磷酸鹽緩衝生理食鹽水(PBS)。在某些實施例中，醫藥組合物由一或多種寡聚化合物及無菌PBS組成。在某些實施例中，該無菌PBS為醫藥級PBS。
在某些實施例中，醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及一或多種賦形劑。在某些實施例中，賦形劑選自水、鹽溶液、醇、聚乙二醇、明膠、乳糖、澱粉酶、硬脂酸鎂、滑石、矽酸、黏性石蠟、羥甲基纖維素及聚乙烯吡咯啶酮。
在某些實施例中，寡聚化合物可與醫藥學上可接受之活性及/或惰性物質混合以用於製備醫藥組合物或調配物。用於調配醫藥組合物之組合物及方法視許多準則而定，包括但不限於投與途徑、疾病程度或欲投與之劑量。
在某些實施例中，包含寡聚化合物之醫藥組合物涵蓋該寡聚化合物之任何醫藥學上可接受之鹽、該寡聚化合物之酯或此種酯之鹽。在某些實施例中，包含有包含一或多種寡核苷酸之寡聚化合物的醫藥組合物在投與動物(包括人類)後能夠提供(直接或間接)其生物學活性代謝物或殘餘物。因此，舉例而言，本發明亦描繪寡聚化合物之醫藥學上可接受之鹽、前藥、此種前藥之醫藥學上可接受之鹽及其他生物等效物。適合之醫藥學上可接受之鹽包括但不限於鈉鹽及鉀鹽。在某些實施例中，前藥包含一或多個附接至寡核苷酸之結合基團，其中該結合基團在體內由內源核酸酶裂解。
脂質部分已以多種方法用於核酸療法中。在某些此種方法中，將核酸，諸如寡聚化合物引入至由陽離子脂質與中性脂質之混合物製成的預先形成之脂質體或脂質複合物中。在某些方法中，在不存在中性脂質之情況下形成DNA與單陽離子脂質或多陽離子脂質之複合物。在某些實施例中，選擇脂質部分以增加醫藥劑對特定細胞或組織之分佈。在某些實施例中，選擇脂質部分以增加醫藥劑對脂肪組織之分佈。在某些實施例中，選擇脂質部分以增加醫藥劑對肌肉組織之分佈。
在某些實施例中，醫藥組合物包含遞送系統。遞送系統之實例包括但不限於脂質體及乳液。某些遞送系統適用於製備某些醫藥組合物，包括包含疏水性化合物之彼等醫藥組合物。在某些實施例中，使用某些有機溶劑，諸如二甲亞碸。
在某些實施例中，醫藥組合物包含一或多種經設計以便將本發明之一或多種醫藥劑遞送至特定組織或細胞類型的組織特異性遞送分子。舉例而言，在某些實施例中，醫藥組合物包括經組織特異性抗體塗佈之脂質體。
在某些實施例中，醫藥組合物包含共溶劑系統。某些此種共溶劑系統包含例如苯甲醇、非極性表面活性劑、水混溶性有機聚合物及水性相。在某 些實施例中，此種共溶劑系統用於疏水性化合物。此種共溶劑系統之非限制性實例為VPD溶劑系統，其為包含3% w/v苯甲醇、8% w/v非極性表面活性劑Polysorbate 80TM及65% w/v聚乙二醇300之絕對乙醇溶液。此種共溶劑系統之比例可大幅變化而不顯著改變其溶解度及毒性特徵。此外，共溶劑組分之一致性可變化：舉例而言，可使用其他表面活性劑來替代Polysorbate 80TM；聚乙二醇之分數大小可變化；其他生物相容性聚合物可替換聚乙二醇，例如聚乙烯吡咯啶酮；且其他糖或多糖可替代葡萄糖。
在某些實施例中，製備醫藥組合物以用於經口投與。在某些實施例中，製備醫藥組合物以用於經口腔投與。在某些實施例中，製備醫藥組合物以藉由注射(例如，靜脈內、皮下、肌肉內、鞘內、腦室內等)投與。在某些此種實施例中，醫藥組合物包含載劑，且調配於水性溶液(諸如水)或生理學上相容之緩衝液(諸如漢克氏溶液(Hanks's solution)、林格氏溶液(Ringer's solution)或生理食鹽水緩衝液)中。在某些實施例中，包括其他成分(例如，有助於溶解度或充當防腐劑之成分)。在某些實施例中，使用適當液體載劑、懸浮劑及其類似物來製備可注射懸浮液。某些注射用醫藥組合物存在於單位劑型中，例如安瓿中或多劑量容器中。某些注射用醫藥組合物可為於油性或水性媒劑中之懸浮液、溶液或乳液，且可含有調配劑，諸如懸浮劑、穩定劑及/或分散劑。適用於注射用醫藥組合物之某些溶劑包括但不限於親脂性溶劑及脂肪油類，諸如芝麻油、合成脂肪酸酯(諸如油酸乙酯或甘油三酯)及脂質體。水性注射懸浮液可含有。
非限制性揭示內容及以引用之方式併入
本文中所列出之文獻及專利公開案中之每一者以全文引用之方式併入。
儘管已根據某些實施例特定地描述本文中所描述之某些化合物、組合物及方法，但以下實例僅用於說明本文中所描述之化合物而非意欲對其施加 限制。本申請案中所敍述之參考文獻、GenBank登錄號及其類似物中之每一者以全文引用之方式併入本文中。
雖然伴隨此檔案之序列表在需要時將各序列鑑定為「RNA」或「DNA」，但實際上，彼等序列可能經化學修飾之任何組合修飾。熟習此項技術者將容易地瞭解到，用於描述經修飾之寡核苷酸的諸如「RNA」或「DNA」之命名在某些情況下為任意的。舉例而言，包含有包含2'-OH糖部分及胸腺嘧啶鹼基之核苷的寡核苷酸可描述為具有經修飾之糖的DNA(2'-OH替代DNA之一個2'-H)或為具有經修飾之鹼基的RNA(胸腺嘧啶(甲基化尿嘧啶)替代RNA之尿嘧啶)。因此，本文中所提供之核酸序列，包括但不限於序列表中之彼等核酸序列，意欲涵蓋含有天然或經修飾之RNA及/或DNA之任何組合的核酸，包括但不限於具有經修飾之核鹼基的此種核酸。進一步舉例而言但不具限制性，具有核鹼基序列「ATCGATCG」之寡聚化合物涵蓋具有此種核鹼基序列之任何寡聚化合物，無論是經修飾的或是未經修飾的，包括但不限於包含RNA鹼基之此種化合物，諸如具有序列「AUCGAUCG」之彼等化合物以及具有一些DNA鹼基及一些RNA鹼基(諸如「AUCGATCG」)之彼等化合物，以及具有其他經修飾之核鹼基(諸如「ATmCGAUCG」)的寡聚化合物，其中mC指示在5位包含甲基之胞嘧啶鹼基。
本文中所描述之某些化合物(例如，經修飾之寡核苷酸)具有一或多個不對稱中心且因而產生對映異構體、非對映異構體及其他立體異構體構形，該等立體異構體構形可依據絕對立體化學而定義為(R)或(S)、α或β(諸如對於糖變旋異構體)或者(D)或(L)(諸如對於胺基酸)等。本文中所提供之描繪或描述為具有某些立體異構體構形之化合物僅包括所指示之化合物。除非另外規定，否則本文中所提供之描繪或描述為具有不確定立體化學之化合物包括所有此種可能之異構體，包括其無規立構及光學純形式。同樣，除非另外指示，否則亦包括 本文中之化合物的所有互變異構形式。除非另外指示，否則本文中所描述之化合物意欲包括相應鹽形式。
本文中所描述之化合物包括一或多個原子經所指示之元素的非放射性同位素或放射性同位素置換的變化形式。舉例而言，本文中包含氫原子之化合物涵蓋1H氫原子中之每一者的所有可能之氘取代。本文中之化合物所涵蓋的同位素取代包括但不限於：2H或3H替代1H、13C或14C替代12C、15N替代14N、17O或18O替代16O，以及33S、34S、35S或36S替代32S。在某些實施例中，非放射性同位素取代可賦予寡聚化合物以有益於用作治療或研究工具之新性質。在某些實施例中，放射性同位素取代可製得適合於研究或診斷目的(諸如成像)之化合物。
實例
以下實例說明本發明之某些實施例且不具限制性。此外，在提供特定實施例時，諸位發明者已預想彼等特定實施例之一般應用。舉例而言，具有特定基序之寡核苷酸之揭示內容對具有相同或類似基序之其他寡核苷酸提供合理支持。並且，舉例而言，除非另外指示，否則在特定位置上出現特定高親和力修飾時，同一位置上之其他高親和力修飾被視為合適的。
實例1：經修飾之寡核苷酸在試管內對人類ATXN3之影響，單劑量
設計與ATXN3核酸互補之經修飾之寡核苷酸，且測試其在試管內對ATXN3 mRNA之影響。在具有類似培養條件之一系列實驗中測試該等經修飾之寡核苷酸。
使用電穿孔，利用2,000nM濃度之經修飾之寡核苷酸對所培養之HepG2細胞以20,000個細胞/孔之密度進行轉染。在大約24小時之處理時段之後，自該等細胞中分離出RNA，且藉由定量即時PCR來量測ATXN3 mRNA水準。使用人類引子探針集RTS4392(前置引子序列 TCAGGACAGAGTTCACATCCATGT，在本文中命名為SEQ ID NO：20；反置引子序列TTCACTCATAGCATCACCTAGATCACT，在本文中命名為SEQ ID NO：21；探針序列AAGGCCAGCCACCAGTTCAGGAGC，在本文中命名為SEQ ID NO：22)來量測mRNA水準。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量來調節ATXN3 mRNA水準。結果呈現為ATXN3 mRNA之量相對於未處理對照細胞之減少百分比(此等條件描述「標準細胞分析」)。以星號(*)標記之寡核苷酸靶向引子探針集之擴增子區。可使用其他分析來量測此等寡核苷酸之效能及效力。
將下表中之經修飾之寡核苷酸設計為5-8-5 MOE間隙體。間隙體之長度為18個核苷，其中中心間隙區段包含八個2'-去氧核苷，且在5'端上及3'端上各側接包含五個核苷之翼區段。5'翼區段中之各核苷及3'翼區段中之各核苷包含MOE修飾。貫穿各間隙體之所有胞嘧啶殘基均為5-甲基胞嘧啶。核苷間鍵聯為混合磷酸二酯與硫代磷酸酯鍵聯。核苷間鍵聯自5'至3'按如下順序排列：sooosssssssssooss，其中(「o」)為磷酸二酯且(「s」)為硫代磷酸酯。「起始位點」指示人類基因序列中靶向間隙體之最5'端核苷。「終止位點」指示人類基因序列中靶向間隙體之最3'端核苷。
表1中所列出之各經修飾之寡核苷酸靶向人類ATXN3 mRNA序列(同功異型體1)(在本文中命名為SEQ ID NO：1，GENBANK登錄號NM_004993.5)或人類ATXN3基因組序列(在本文中命名為SEQ ID NO：2，自核苷酸73,524,000至73,574,000截短之GENBANK登錄號NT_026437.12)或兩者。『N/A』指示反義寡核苷酸不靶向該具有100%互補性之特定基因序列。
下標：『e』表示2'-MOE核苷；『d』表示2'-去氧核苷；『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵聯；且『o』表示磷酸二酯核苷間鍵聯。上標『m』置於『C』之前指示胞嘧啶為5-甲基胞嘧啶。
設計靶向表2中所列出之ATXN3核酸序列的其他經修飾之寡核苷酸。
根據以上所描述之方案測試來自表2之與ATXN3核酸互補之經修飾之寡核苷酸對ATXN3 mRNA之影響。將下表中之經修飾之寡核苷酸設計為5-8-5 MOE間隙體。間隙體之長度為18個核苷，其中中心間隙區段包含八個2'-去氧核苷，且在5'端上及3'端上各側接包含五個核苷之翼區段。5'翼區段中之各核苷及3'翼區段中之各核苷包含MOE修飾。貫穿各間隙體之所有胞嘧啶殘基均為5- 甲基胞嘧啶。核苷間鍵聯為混合磷酸二酯與硫代磷酸酯鍵聯。核苷間鍵聯自5'至3'按如下順序排列：sooosssssssssooss，其中(「o」)為磷酸二酯且(「s」)為硫代磷酸酯。「起始位點」指示人類基因序列中靶向間隙體之最5'端核苷。「終止位點」指示人類基因序列中靶向間隙體之最3'端核苷。
下標：『e』表示2'-MOE核苷；『d』表示2'-去氧核苷；『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵聯；且『o』表示磷酸二酯核苷間鍵聯。上標『m』置於『C』之前指示胞嘧啶為5-甲基胞嘧啶。
實例2：經修飾之寡核苷酸在試管內對人類ATXN3之影響，多劑量
亦在試管內減少人類ATXN3 mRNA之研究中在不同的劑量下在HepG2細胞中測試選自實例1之經修飾之寡核苷酸。在具有類似培養條件之一系列實驗中測試該等經修飾之寡核苷酸。
以20,000個細胞/孔之密度接種細胞且使用電穿孔，如下表中所說明利用0.11μM、0.33μM、1.00μM、3.00μM及9.00μM濃度之經修飾之寡核苷酸進行轉染。在大約16小時之處理時段之後，自該等細胞中分離出RNA且藉由定量即時PCR來量測ATXN3 mRNA水準。使用人類ATXN3引子探針集RTS4392來量測mRNA水準。根據如藉由RIBOGREEN®所量測之總RNA含量來調節ATXN3 mRNA水準。結果呈現為ATXN3相對於未處理對照細胞之減少百分比。「0」指示反義寡核苷酸不降低ATXN3 mRNA水準。各寡核苷酸之半最大抑制濃度(IC50)亦呈現於下表中。
實例3：與人類ATXN3互補之經修飾之寡核苷酸在C57BL/6小鼠中的急性耐受性
在小鼠中測試選自以上實例之經修飾之寡核苷酸，以評定寡核苷酸之活體內耐受性。將雌性野生型C57BL/6小鼠分至由四隻小鼠組成之處理組。對小鼠投與700μg下表中所列出之經修飾之寡核苷酸的單次腦室內(ICV)劑量。對一組四隻小鼠投與PBS之單次ICV劑量作為與經修飾之寡核苷酸處理組進行比較的對照組。
在注射後3小時，根據7個不同的準則來評估各小鼠。該7個準則為(1)小鼠聰明、機警且作出反應；(2)小鼠在無刺激之情況下直立或弓背；(3)小鼠在無刺激之情況下顯示任何運動；(4)小鼠在將其提起之後顯示前進運動；(5)小鼠在將其提起之後顯示任何運動；(6)小鼠響應於尾部夾痛；(7)規律呼吸。針對該7個不同的準則中之每一個，在各小鼠滿足準則時給與其子評分0或在其不滿足準則時給與子評分1。在評估所有7個準則之後，對各小鼠之子評分求和，接著求取各組之平均值。舉例而言，若小鼠在700μg ICV劑量之後3小時聰明、機警且作出反應，並且滿足所有其他準則，則其將得到總評分0。若另一小鼠在700μg ICV劑量之後3小時不滿足聰明、機警且作出反應但滿足所有其他準則，則其將得到評分1。結果呈現為各處理組之平均評分。
實例4：與人類ATXN3互補之經修飾之寡核苷酸在SD大鼠中之急性耐受性(3 mg)
將SD大鼠分至具有4隻大鼠之群組中以進行下表中所呈現之實驗。對各大鼠群組中之各大鼠投與以上實例1或實例2中所描述之寡核苷酸的單次3mg鞘內(IT)劑量。在注射後3小時，對各大鼠評估7個不同的身體部分的運動。該7個身體部分為(1)大鼠尾部；(2)大鼠後部姿態；(3)大鼠後肢；(4)大鼠後爪；(5)大鼠前爪；(6)大鼠前部姿態；(7)大鼠頭部。針對該7個不同的身體部分中之每一個，在身體部分能運動時給與各大鼠子評分0或在身體部分已麻痺時給與子評分1。在評估該7個身體部分中之每一個之後，對各大鼠之子評分求和，接著求取各組之平均值(功能觀察組評分或FOB)。舉例而言，若大鼠之尾部、頭部及所有其他評估身體部分在該3mg IT劑量之後3小時能運動，則其將得到總評分0。若另一大鼠在該3mg IT劑量之後3小時不能移動其尾部但所有其他評估身體部分能運動，則其將得到評分1。經生理食鹽水處理之大鼠一般得到評分0。處於該範圍頂端之評分將表明急性毒性。結果呈現為各處理組之平均評分。
<110> Ionis Pharmaceuticals,Inc.
<120> 減少ATXN3表現之化合物及方法
<130> BIOL0312TW
<150> 62/420,294
>151> 2016-11-10
<160> 334
<170> PatentIn第3.5版
<210> 1
<211> 6923
<212> DNA
<213> 智人
<400> 1
<210> 2
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<400> 243
<210> 244
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 244
<210> 245
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 245
<210> 246
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 246
<210> 247
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 247
<210> 248
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 248
<210> 249
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 249
<210> 250
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 250
<210> 251
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 251
<210> 252
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 252
<210> 253
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 253
<210> 254
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 254
<210> 255
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 255
<210> 256
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 256
<210> 257
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 257
<210> 258
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 258
<210> 259
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 259
<210> 260
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 260
<210> 261
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 261
<210> 262
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 262
<210> 263
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 263
<210> 264
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 264
<210> 265
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 265
<210> 266
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 266
<210> 267
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 267
<210> 268
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 268
<210> 269
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 269
<210> 270
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 270
<210> 271
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 271
<210> 272
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 272
<210> 273
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 273
<210> 274
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 274
<210> 275
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 275
<210> 276
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 276
<210> 277
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 277
<210> 278
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 278
<210> 279
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 279
<210> 280
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 280
<210> 281
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 281
<210> 282
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 282
<210> 283
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 283
<210> 284
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 284
<210> 285
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 285
<210> 286
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 286
<210> 287
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 287
<210> 288
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 288
<210> 289
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 289
<210> 290
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 290
<210> 291
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 291
<210> 292
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 292
<210> 293
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 293
<210> 294
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 294
<210> 295
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 295
<210> 296
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 296
<210> 297
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 297
<210> 298
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 298
<210> 299
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 299
<210> 300
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 300
<210> 301
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 301
<210> 302
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 302
<210> 303
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 303
<210> 304
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 304
<210> 305
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 305
<210> 306
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 306
<210> 307
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 307
<210> 308
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 308
<210> 309
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 309
<210> 310
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 310
<210> 311
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 311
<210> 312
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 312
<210> 313
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 313
<210> 314
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 314
<210> 315
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 315
<210> 316
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 316
<210> 317
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 317
<210> 318
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 318
<210> 319
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 319
<210> 320
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 320
<210> 321
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 321
<210> 322
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 322
<210> 323
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 323
<210> 324
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 324
<210> 325
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 325
<210> 326
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 326
<210> 327
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 327
<210> 328
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 328
<210> 329
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 329
<210> 330
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 330
<210> 331
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 331
<210> 332
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 332
<210> 333
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 333
<210> 334
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 334

Claims (60)

  1. 一種寡聚化合物，其包含經修飾之寡核苷酸，該經修飾之寡核苷酸由10至30個連接之核苷組成且具有包含SEQ ID NO：23-334中任一者之至少12個、至少13個、至少14個、至少15個或至少16個連續核鹼基之核鹼基序列。
  2. 如請求項1之寡聚化合物，其中當在該經修飾之寡核苷酸之整個核鹼基序列上量測時，該經修飾之寡核苷酸具有與SEQ ID NO：1之核鹼基序列至少80%、85%、90%、95%或100%互補的核鹼基序列。
  3. 如請求項1或2之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷。
  4. 如請求項3之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含經修飾之糖部分的經修飾之核苷。
  5. 如請求項4之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含雙環糖部分的經修飾之核苷。
  6. 如請求項5之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含具有2'-4'橋之雙環糖部分的經修飾之核苷，其中該2'-4'橋係選自-O-CH 2-及-O-CH(CH 3)-。
  7. 如請求項3至6中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含經修飾非雙環糖部分的經修飾之核苷。
  8. 如請求項7之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含有包含2'-MOE或2'-OMe之非雙環糖部分的經修飾之核苷。
  9. 如請求項4至8中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含糖替代物的經修飾之核苷。
  10. 如請求項7之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含選自嗎啉基及PNA之糖替代物的經修飾之核苷。
  11. 如請求項1至10中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸具有糖基序，該糖基序包含：由1至5個連接之5'核苷組成的5'區；由6至10個連接之中心區核苷組成的中心區；及由1至5個連接之3'區核苷組成的3'區；其中該等5'區核苷中之每一者及該等3'區核苷中之每一者包含經修飾之糖部分，且該等中心區核苷中之每一者包含未經修飾之DNA糖部分。
  12. 如請求項1至11中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷間鍵聯。
  13. 如請求項12之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之各核苷間鍵 聯為經修飾之核苷間鍵聯。
  14. 如請求項12或13之寡聚化合物，其中至少一個核苷間鍵聯為硫代磷酸酯核苷間鍵聯。
  15. 如請求項12或13之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個磷酸二酯核苷間鍵聯。
  16. 如請求項12至15中任一項之寡聚化合物，其中各核苷間鍵聯為磷酸二酯核苷間鍵聯或硫代磷酸酯核苷間鍵聯。
  17. 如請求項1至16中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核鹼基。
  18. 如請求項17之寡聚化合物，其中該經修飾之核鹼基為5-甲基胞嘧啶。
  19. 如請求項1至18中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由12至22個、12至20個、14至20個、16至20個或18至20個連接之核苷組成。
  20. 如請求項1至14中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由16個、17個、18個、19個或20個連接之核苷組成。
  21. 如請求項1至20中任一項之寡聚化合物，其由該經修飾之寡核苷酸組成。
  22. 如請求項1至20中任一項之寡聚化合物，其包含有包含結合部分及結合連接子之結合基團。
  23. 如請求項22之寡聚化合物，其中該結合基團包含有包含1至3個GalNAc配位體之GalNAc簇。
  24. 如請求項22或23之寡聚化合物，其中該結合連接子由單鍵組成。
  25. 如請求項23之寡聚化合物，其中該結合連接子可裂解。
  26. 如請求項25之寡聚化合物，其中該結合連接子包含1至3個連接子核苷。
  27. 如請求項22至26中任一項之寡聚化合物，其中該結合基團在該經修飾之寡核苷酸的5'端附接至該經修飾之寡核苷酸。
  28. 如請求項22至26中任一項之寡聚化合物，其中該結合基團在該經修飾之寡核苷酸的3'端附接至該經修飾之寡核苷酸。
  29. 如請求項1至28中任一項之寡聚化合物，其包含末端基團。
  30. 如請求項1至29中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物為單鏈寡聚化合物。
  31. 如請求項1至25或27至30中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物不包含連接子核苷。
  32. 一種寡聚雙螺旋體，其包含如請求項1至29及31中任一項之寡聚化合物。
  33. 一種反義化合物，其包含如請求項1至31中任一項之寡聚化合物或如請求項32之寡聚雙螺旋體，或由其組成。
  34. 一種經修飾之寡核苷酸，其由10至30個連接之核苷組成且具有包含SEQ ID NO：23-334中任一者之至少12個、至少13個、至少14個、至少15個或至少16個連續核鹼基的核鹼基序列。
  35. 一種寡聚化合物，其包含經修飾之寡核苷酸，該經修飾之寡核苷酸由10至30個連接之核苷組成且具有包含與SEQ ID NO：1之核鹼基614-637、SEQ ID NO：1之核鹼基833-852或SEQ ID NO：1之核鹼基1091-1131中的相等長度部分100%互補的至少8個、至少9個、至少10個、至少11個、至少12個、至少13個或至少14個連續核鹼基部分之核鹼基序列，其中如在該經修飾之寡核苷酸的整體上所量測，該經修飾之寡核苷酸的該核鹼基序列與SEQ ID NO：1至少90%互補。
  36. 一種醫藥組合物，其包含如請求項1至31及35中任一項之寡聚化合物、如請求項32之寡聚雙螺旋體或如請求項34之經修飾之寡核苷酸，及醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑。
  37. 一種方法，其包含對動物投與如請求項36之醫藥組合物。
  38. 一種治療與ATXN3相關之疾病的方法，其包含對患有與ATXN3相關之疾病或處在罹患該疾病之風險中的個體投與治療有效量之如請求項36之醫藥組合物；及藉此治療該與ATXN3相關之疾病。
  39. 如請求項38之方法，其中該與ATXN3相關之疾病為神經退化性疾病。
  40. 如請求項39之方法，其中該神經退化性疾病為SCA3。
  41. 如請求項39之方法，其中該神經退化性疾病之至少一種症狀或特徵得以改善。
  42. 如請求項41之方法，其中該症狀或特徵為運動失調、神經病變及聚集體形成。
  43. 一種如請求項1至32或35中任一項之寡聚化合物的富集對掌性之群體，其中該群體富含包含至少一個具有特定立體化學組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
  44. 如請求項43之富集對掌性之群體，其中該群體富含包含至少一個具有(Sp)組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
  45. 如請求項43之富集對掌性之群體，其中該群體富含包含至少一個具有(Rp)組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
  46. 如請求項43之富集對掌性之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有特定獨立選擇之立體化學組態的經修飾之寡核苷酸。
  47. 如請求項46之富集對掌性之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Sp)組態的經修飾之寡核苷酸。
  48. 如請求項46之富集對掌性之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Rp)組態的經修飾之寡核苷酸。
  49. 如請求項46之富集對掌性之群體，其中該群體富含在一個特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Rp)組態且在其餘硫代磷酸酯核苷間鍵聯中之每一者處具有(Sp)組態的經修飾之寡核苷酸。
  50. 如請求項43或46之富集對掌性之群體，其中該群體富含在5'至3'方向上具有至少3個呈Sp、Sp及Rp組態之連續硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
  51. 一種如請求項1至32或35中任一項之寡聚化合物的富集對掌性之群體，其中該經修飾之寡核苷酸的該等硫代磷酸酯核苷間鍵聯全部為無規立體結構。
  52. 一種如請求項34之經修飾之寡核苷酸的富集對掌性之群體，其中該群體富含包含至少一個具有特定立體化學組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
  53. 如請求項52之富集對掌性之群體，其中該群體富含包含至少一個具有(Sp)組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
  54. 如請求項52之富集對掌性之群體，其中該群體富含包含至少一個具有(Rp)組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
  55. 如請求項52之富集對掌性之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有特定獨立選擇之立體化學組態的經修飾之寡核苷酸。
  56. 如請求項55之富集對掌性之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Sp)組態的經修飾之寡核苷酸。
  57. 如請求項55之富集對掌性之群體，其中該群體富含在各硫代磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Rp)組態的經修飾之寡核苷酸。
  58. 如請求項55之富集對掌性之群體，其中該群體富含在一個特定硫代 磷酸酯核苷間鍵聯處具有(Rp)組態且在其餘硫代磷酸酯核苷間鍵聯中之每一者處具有(Sp)組態的經修飾之寡核苷酸。
  59. 如請求項52或55之富集對掌性之群體，其中該群體富含在5'至3'方向上具有呈Sp、Sp及Rp組態之至少3個連續硫代磷酸酯核苷間鍵聯的經修飾之寡核苷酸。
  60. 一種如請求項34之經修飾之寡核苷酸的富集對掌性之群體，其中該經修飾之寡核苷酸之該等硫代磷酸酯核苷間鍵聯全部為無規立體結構。
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Families Citing this family (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10533175B2 (en) 2015-09-25 2020-01-14 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulating Ataxin 3 expression
JOP20190104A1 (ar) 2016-11-10 2019-05-07 Ionis Pharmaceuticals Inc مركبات وطرق لتقليل التعبير عن atxn3
MX2020011911A (es) 2018-05-09 2021-01-29 Ionis Pharmaceuticals Inc Compuestos y metodos para reducir de la expresion de atxn3.
TWI833770B (zh) * 2018-06-27 2024-03-01 美商Ionis製藥公司 用於減少 lrrk2 表現之化合物及方法
EP3884050A1 (en) * 2018-11-19 2021-09-29 uniQure IP B.V. Rnai induced reduction of ataxin-3 for the treatment of spinocerebellar ataxia type 3
AU2019384181B2 (en) * 2018-11-21 2025-04-10 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for reducing prion expression
CN113950529A (zh) 2019-06-06 2022-01-18 豪夫迈·罗氏有限公司 靶向atxn3的反义寡核苷酸
CN110527741A (zh) * 2019-09-11 2019-12-03 东北农业大学 一种与美洲南瓜抗白粉病生理小种2f基因紧密连锁的分子标记、引物及应用
EP4031148A1 (en) * 2019-09-16 2022-07-27 uniQure IP B.V. Targeting misspliced transcripts in genetic disorders
EP4151237A4 (en) * 2020-05-12 2024-08-14 Mitsubishi Tanabe Pharma Corporation Compound, method and pharmaceutical composition for regulating expression of ataxin 3
TW202237842A (zh) 2020-12-03 2022-10-01 瑞士商赫孚孟拉羅股份公司 靶向ａｔｘｎ３之反義寡核苷酸
WO2022117747A2 (en) 2020-12-03 2022-06-09 F. Hoffmann-La Roche Ag Antisense oligonucleotides targeting atxn3
JP2024536132A (ja) 2021-09-29 2024-10-04 エフ． ホフマン－ラ ロシュ アーゲー Ｒｎａ編集方法
WO2025252669A1 (en) 2024-06-03 2025-12-11 Evotec International Gmbh Modified oligonucleotides for reducing atxn3 expression

Family Cites Families (209)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3687808A (en) 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US5132418A (en) 1980-02-29 1992-07-21 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4500707A (en) 1980-02-29 1985-02-19 University Patents, Inc. Nucleosides useful in the preparation of polynucleotides
US4469863A (en) 1980-11-12 1984-09-04 Ts O Paul O P Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof
US4415732A (en) 1981-03-27 1983-11-15 University Patents, Inc. Phosphoramidite compounds and processes
US4973679A (en) 1981-03-27 1990-11-27 University Patents, Inc. Process for oligonucleo tide synthesis using phosphormidite intermediates
US5023243A (en) 1981-10-23 1991-06-11 Molecular Biosystems, Inc. Oligonucleotide therapeutic agent and method of making same
US4476301A (en) 1982-04-29 1984-10-09 Centre National De La Recherche Scientifique Oligonucleotides, a process for preparing the same and their application as mediators of the action of interferon
DE3329892A1 (de) 1983-08-18 1985-03-07 Köster, Hubert, Prof. Dr., 2000 Hamburg Verfahren zur herstellung von oligonucleotiden
US5118800A (en) 1983-12-20 1992-06-02 California Institute Of Technology Oligonucleotides possessing a primary amino group in the terminal nucleotide
USRE34036E (en) 1984-06-06 1992-08-18 National Research Development Corporation Data transmission using a transparent tone-in band system
US5550111A (en) 1984-07-11 1996-08-27 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education Dual action 2',5'-oligoadenylate antiviral derivatives and uses thereof
FR2567892B1 (fr) 1984-07-19 1989-02-17 Centre Nat Rech Scient Nouveaux oligonucleotides, leur procede de preparation et leurs applications comme mediateurs dans le developpement des effets des interferons
US5367066A (en) 1984-10-16 1994-11-22 Chiron Corporation Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites
FR2575751B1 (fr) 1985-01-08 1987-04-03 Pasteur Institut Nouveaux nucleosides de derives de l'adenosine, leur preparation et leurs applications biologiques
US5506337A (en) 1985-03-15 1996-04-09 Antivirals Inc. Morpholino-subunit combinatorial library and method
US5166315A (en) 1989-12-20 1992-11-24 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5185444A (en) 1985-03-15 1993-02-09 Anti-Gene Deveopment Group Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US5405938A (en) 1989-12-20 1995-04-11 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
EP0260032B1 (en) 1986-09-08 1994-01-26 Ajinomoto Co., Inc. Compounds for the cleavage at a specific position of RNA, oligomers employed for the formation of said compounds, and starting materials for the synthesis of said oligomers
US5276019A (en) 1987-03-25 1994-01-04 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
US5264423A (en) 1987-03-25 1993-11-23 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
AU598946B2 (en) 1987-06-24 1990-07-05 Howard Florey Institute Of Experimental Physiology And Medicine Nucleoside derivatives
US5188897A (en) 1987-10-22 1993-02-23 Temple University Of The Commonwealth System Of Higher Education Encapsulated 2',5'-phosphorothioate oligoadenylates
US4924624A (en) 1987-10-22 1990-05-15 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education 2,',5'-phosphorothioate oligoadenylates and plant antiviral uses thereof
JP3019994B2 (ja) 1987-11-30 2000-03-15 ユニバーシティ オブ アイオワ リサーチ ファウンデーション 新規なオリゴデオキシヌクレオチド、それを使用した標的遺伝子の発現をブロックする方法、及び新規なオリゴデオキシヌクレオチド並びにそれを使用した標的遺伝子の発現を阻止する方法
US5403711A (en) 1987-11-30 1995-04-04 University Of Iowa Research Foundation Nucleic acid hybridization and amplification method for detection of specific sequences in which a complementary labeled nucleic acid probe is cleaved
JPH03503894A (ja) 1988-03-25 1991-08-29 ユニバーシィティ　オブ　バージニア　アランミ　パテンツ　ファウンデイション オリゴヌクレオチド　ｎ‐アルキルホスホラミデート
US5278302A (en) 1988-05-26 1994-01-11 University Patents, Inc. Polynucleotide phosphorodithioates
US5216141A (en) 1988-06-06 1993-06-01 Benner Steven A Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages
US5175273A (en) 1988-07-01 1992-12-29 Genentech, Inc. Nucleic acid intercalating agents
US5194599A (en) 1988-09-23 1993-03-16 Gilead Sciences, Inc. Hydrogen phosphonodithioate compositions
US5256775A (en) 1989-06-05 1993-10-26 Gilead Sciences, Inc. Exonuclease-resistant oligonucleotides
US5134066A (en) 1989-08-29 1992-07-28 Monsanto Company Improved probes using nucleosides containing 3-dezauracil analogs
US5591722A (en) 1989-09-15 1997-01-07 Southern Research Institute 2'-deoxy-4'-thioribonucleosides and their antiviral activity
US5399676A (en) 1989-10-23 1995-03-21 Gilead Sciences Oligonucleotides with inverted polarity
US5721218A (en) 1989-10-23 1998-02-24 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides with inverted polarity
US5264564A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences Oligonucleotide analogs with novel linkages
DK0942000T3 (da) 1989-10-24 2004-11-01 Isis Pharmaceuticals Inc 2'-modificerede oligonukleotider
US5264562A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5177198A (en) 1989-11-30 1993-01-05 University Of N.C. At Chapel Hill Process for preparing oligoribonucleoside and oligodeoxyribonucleoside boranophosphates
US5130302A (en) 1989-12-20 1992-07-14 Boron Bilogicals, Inc. Boronated nucleoside, nucleotide and oligonucleotide compounds, compositions and methods for using same
US5681941A (en) 1990-01-11 1997-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted purines and oligonucleotide cross-linking
US5859221A (en) 1990-01-11 1999-01-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
US5459255A (en) 1990-01-11 1995-10-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-2 substituted purines
US5457191A (en) 1990-01-11 1995-10-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US5587361A (en) 1991-10-15 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides having phosphorothioate linkages of high chiral purity
US6005087A (en) 1995-06-06 1999-12-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
US7101993B1 (en) 1990-01-11 2006-09-05 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides containing 2′-O-modified purines
US5623065A (en) 1990-08-13 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped 2' modified oligonucleotides
US5646265A (en) 1990-01-11 1997-07-08 Isis Pharmceuticals, Inc. Process for the preparation of 2'-O-alkyl purine phosphoramidites
US5587470A (en) 1990-01-11 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US5670633A (en) 1990-01-11 1997-09-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US5149797A (en) 1990-02-15 1992-09-22 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of rna and production of encoded polypeptides
US5220007A (en) 1990-02-15 1993-06-15 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of RNA and production of encoded polypeptides
US5321131A (en) 1990-03-08 1994-06-14 Hybridon, Inc. Site-specific functionalization of oligodeoxynucleotides for non-radioactive labelling
US5470967A (en) 1990-04-10 1995-11-28 The Dupont Merck Pharmaceutical Company Oligonucleotide analogs with sulfamate linkages
GB9009980D0 (en) 1990-05-03 1990-06-27 Amersham Int Plc Phosphoramidite derivatives,their preparation and the use thereof in the incorporation of reporter groups on synthetic oligonucleotides
EP0745689A3 (en) 1990-05-11 1996-12-11 Microprobe Corporation A dipstick for a nucleic acid hybridization assay
US5223618A (en) 1990-08-13 1993-06-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5618704A (en) 1990-07-27 1997-04-08 Isis Pharmacueticals, Inc. Backbone-modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through radical coupling
US5610289A (en) 1990-07-27 1997-03-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogues
US5608046A (en) 1990-07-27 1997-03-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5378825A (en) 1990-07-27 1995-01-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5386023A (en) 1990-07-27 1995-01-31 Isis Pharmaceuticals Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through reductive coupling
ATE154246T1 (de) 1990-07-27 1997-06-15 Isis Pharmaceuticals Inc Nuklease resistente, pyrimidin modifizierte oligonukleotide, die die gen-expression detektieren und modulieren
US5677437A (en) 1990-07-27 1997-10-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5489677A (en) 1990-07-27 1996-02-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleoside linkages containing adjacent oxygen and nitrogen atoms
US5541307A (en) 1990-07-27 1996-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs and solid phase synthesis thereof
US5623070A (en) 1990-07-27 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5602240A (en) 1990-07-27 1997-02-11 Ciba Geigy Ag. Backbone modified oligonucleotide analogs
ATE131827T1 (de) 1990-08-03 1996-01-15 Sterling Winthrop Inc Verbindungen und verfahren zur unterdrückung der genexpression
US5177196A (en) 1990-08-16 1993-01-05 Microprobe Corporation Oligo (α-arabinofuranosyl nucleotides) and α-arabinofuranosyl precursors thereof
US5214134A (en) 1990-09-12 1993-05-25 Sterling Winthrop Inc. Process of linking nucleosides with a siloxane bridge
US5561225A (en) 1990-09-19 1996-10-01 Southern Research Institute Polynucleotide analogs containing sulfonate and sulfonamide internucleoside linkages
CA2092002A1 (en) 1990-09-20 1992-03-21 Mark Matteucci Modified internucleoside linkages
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US6582908B2 (en) 1990-12-06 2003-06-24 Affymetrix, Inc. Oligonucleotides
US5948903A (en) 1991-01-11 1999-09-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Synthesis of 3-deazapurines
US5672697A (en) 1991-02-08 1997-09-30 Gilead Sciences, Inc. Nucleoside 5'-methylene phosphonates
US7015315B1 (en) 1991-12-24 2006-03-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped oligonucleotides
US5571799A (en) 1991-08-12 1996-11-05 Basco, Ltd. (2'-5') oligoadenylate analogues useful as inhibitors of host-v5.-graft response
DE59208572D1 (de) 1991-10-17 1997-07-10 Ciba Geigy Ag Bicyclische Nukleoside, Oligonukleotide, Verfahren zu deren Herstellung und Zwischenprodukte
US5594121A (en) 1991-11-07 1997-01-14 Gilead Sciences, Inc. Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified purines
TW393513B (en) 1991-11-26 2000-06-11 Isis Pharmaceuticals Inc Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified pyrimidines
US5484908A (en) 1991-11-26 1996-01-16 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides containing 5-propynyl pyrimidines
CA2122365C (en) 1991-11-26 2010-05-11 Brian Froehler Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified pyrimidines
US5792608A (en) 1991-12-12 1998-08-11 Gilead Sciences, Inc. Nuclease stable and binding competent oligomers and methods for their use
US5359044A (en) 1991-12-13 1994-10-25 Isis Pharmaceuticals Cyclobutyl oligonucleotide surrogates
US5700922A (en) 1991-12-24 1997-12-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. PNA-DNA-PNA chimeric macromolecules
FR2687679B1 (fr) 1992-02-05 1994-10-28 Centre Nat Rech Scient Oligothionucleotides.
US5633360A (en) 1992-04-14 1997-05-27 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs capable of passive cell membrane permeation
US5434257A (en) 1992-06-01 1995-07-18 Gilead Sciences, Inc. Binding compentent oligomers containing unsaturated 3',5' and 2',5' linkages
EP0577558A2 (de) 1992-07-01 1994-01-05 Ciba-Geigy Ag Carbocyclische Nukleoside mit bicyclischen Ringen, Oligonukleotide daraus, Verfahren zu deren Herstellung, deren Verwendung und Zwischenproduckte
US5652355A (en) 1992-07-23 1997-07-29 Worcester Foundation For Experimental Biology Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
US5476925A (en) 1993-02-01 1995-12-19 Northwestern University Oligodeoxyribonucleotides including 3'-aminonucleoside-phosphoramidate linkages and terminal 3'-amino groups
GB9304620D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Compounds
GB9304618D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Chemical compounds
JPH08508492A (ja) 1993-03-30 1996-09-10 スターリング ウィンスロップ インコーポレイティド 非環式ヌクレオシド類似体及びそれらを含むオリゴヌクレオチド配列
DE69407032T2 (de) 1993-03-31 1998-07-02 Sanofi Sa Oligonucleotide mit amidverkettungen die phosphoesterverkettungen einsetzen
US5502177A (en) 1993-09-17 1996-03-26 Gilead Sciences, Inc. Pyrimidine derivatives for labeled binding partners
US5801154A (en) 1993-10-18 1998-09-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense oligonucleotide modulation of multidrug resistance-associated protein
US5457187A (en) 1993-12-08 1995-10-10 Board Of Regents University Of Nebraska Oligonucleotides containing 5-fluorouracil
US5446137B1 (en) 1993-12-09 1998-10-06 Behringwerke Ag Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides
DE733059T1 (de) 1993-12-09 1997-08-28 Univ Jefferson Verbindungen und verfahren zur ortsspezifischen mutation in eukaryotischen zellen
US5519134A (en) 1994-01-11 1996-05-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Pyrrolidine-containing monomers and oligomers
US5596091A (en) 1994-03-18 1997-01-21 The Regents Of The University Of California Antisense oligonucleotides comprising 5-aminoalkyl pyrimidine nucleotides
US5627053A (en) 1994-03-29 1997-05-06 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. 2'deoxy-2'-alkylnucleotide containing nucleic acid
US5625050A (en) 1994-03-31 1997-04-29 Amgen Inc. Modified oligonucleotides and intermediates useful in nucleic acid therapeutics
US5646269A (en) 1994-04-28 1997-07-08 Gilead Sciences, Inc. Method for oligonucleotide analog synthesis
US5525711A (en) 1994-05-18 1996-06-11 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Pteridine nucleotide analogs as fluorescent DNA probes
US5597909A (en) 1994-08-25 1997-01-28 Chiron Corporation Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties, and associated methods of synthesis and use
JP3517988B2 (ja) 1994-09-21 2004-04-12 小野薬品工業株式会社 ヒトマッカード−ジョセフ病関連蛋白質、その蛋白質をコードするｃＤＮＡおよび遺伝子、そのＤＮＡまたは遺伝子を含むベクター、その発現ベクターで形質転換された宿主細胞、マッカード−ジョセフ病の診断方法および治療剤
US5652356A (en) 1995-08-17 1997-07-29 Hybridon, Inc. Inverted chimeric and hybrid oligonucleotides
TW520293B (en) 1995-11-22 2003-02-11 Univ Johns Hopkins Med Delivery system to enhance cellular uptake of biomolecules
JP3756313B2 (ja) 1997-03-07 2006-03-15 武 今西 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
USRE44779E1 (en) 1997-03-07 2014-02-25 Santaris Pharma A/S Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogues
US6770748B2 (en) 1997-03-07 2004-08-03 Takeshi Imanishi Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
EP2341058A3 (en) 1997-09-12 2011-11-23 Exiqon A/S Oligonucleotide Analogues
US6794499B2 (en) 1997-09-12 2004-09-21 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US7572582B2 (en) 1997-09-12 2009-08-11 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US6255051B1 (en) * 1997-11-06 2001-07-03 Mosaic Technologies Inc. Multiple sequential polynucleotide displacement reactions for signal amplification and processing
US20030228597A1 (en) 1998-04-13 2003-12-11 Cowsert Lex M. Identification of genetic targets for modulation by oligonucleotides and generation of oligonucleotides for gene modulation
US6300319B1 (en) 1998-06-16 2001-10-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Targeted oligonucleotide conjugates
US6242589B1 (en) * 1998-07-14 2001-06-05 Isis Pharmaceuticals, Inc. Phosphorothioate oligonucleotides having modified internucleoside linkages
US6043352A (en) 1998-08-07 2000-03-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-O-Dimethylaminoethyloxyethyl-modified oligonucleotides
US5945290A (en) 1998-09-18 1999-08-31 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of RhoA expression
ATE356824T1 (de) 1999-05-04 2007-04-15 Santaris Pharma As L-ribo-lna analoge
US6525191B1 (en) 1999-05-11 2003-02-25 Kanda S. Ramasamy Conformationally constrained L-nucleosides
US7491805B2 (en) 2001-05-18 2009-02-17 Sirna Therapeutics, Inc. Conjugates and compositions for cellular delivery
WO2002058626A2 (en) 2000-10-27 2002-08-01 Baylor College Of Medicine Methods and compositions for the identification and treatment of neurodegenerative disorders
US6426220B1 (en) 2000-10-30 2002-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of calreticulin expression
KR20030074637A (ko) 2000-12-01 2003-09-19 셀 웍스 인크. 글리코실화/갈락토실화된 펩티드, 이관능기적 링커 , 및뉴클레오티드성 단량성/중합체의 접합체, 및 관련 조성물및 사용 방법
US20030158403A1 (en) 2001-07-03 2003-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
US20030175906A1 (en) 2001-07-03 2003-09-18 Muthiah Manoharan Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
NZ577565A (en) * 2001-10-09 2010-10-29 Isis Pharmaceuticals Inc Antisense modulation of insulin-like growth factor binding protein 5 expressions
US20040241854A1 (en) 2002-08-05 2004-12-02 Davidson Beverly L. siRNA-mediated gene silencing
US20050106731A1 (en) 2002-08-05 2005-05-19 Davidson Beverly L. siRNA-mediated gene silencing with viral vectors
CA2504694C (en) 2002-11-05 2013-10-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation
EP2957568B1 (en) 2002-11-05 2016-12-21 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions comprising alternating 2'-modified nucleosides for use in gene modulation
EP1560931B1 (en) * 2002-11-14 2011-07-27 Dharmacon, Inc. Functional and hyperfunctional sirna
WO2006006948A2 (en) 2002-11-14 2006-01-19 Dharmacon, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR SELECTING siRNA OF IMPROVED FUNCTIONALITY
US7250289B2 (en) * 2002-11-20 2007-07-31 Affymetrix, Inc. Methods of genetic analysis of mouse
US7605249B2 (en) * 2002-11-26 2009-10-20 Medtronic, Inc. Treatment of neurodegenerative disease through intracranial delivery of siRNA
US7732591B2 (en) 2003-11-25 2010-06-08 Medtronic, Inc. Compositions, devices and methods for treatment of huntington's disease through intracranial delivery of sirna
US7723509B2 (en) 2003-04-17 2010-05-25 Alnylam Pharmaceuticals IRNA agents with biocleavable tethers
WO2004106356A1 (en) 2003-05-27 2004-12-09 Syddansk Universitet Functionalized nucleotide derivatives
EP1661905B9 (en) 2003-08-28 2012-12-19 IMANISHI, Takeshi Novel artificial nucleic acids of n-o bond crosslinkage type
JP5379347B2 (ja) 2003-09-18 2013-12-25 アイシス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッド ４’−チオヌクレオシドおよびオリゴマー化合物
US20050244851A1 (en) 2004-01-13 2005-11-03 Affymetrix, Inc. Methods of analysis of alternative splicing in human
US7374927B2 (en) 2004-05-03 2008-05-20 Affymetrix, Inc. Methods of analysis of degraded nucleic acid samples
EP4272748A3 (en) * 2004-06-28 2024-03-27 The University Of Western Australia Antisense oligonucleotides for inducing exon skipping and methods of use thereof
US20060148740A1 (en) 2005-01-05 2006-07-06 Prosensa B.V. Mannose-6-phosphate receptor mediated gene transfer into muscle cells
DK2314594T3 (da) 2006-01-27 2014-10-27 Isis Pharmaceuticals Inc 6-modificerede bicykliske nukleinsyreanaloger
US7569686B1 (en) 2006-01-27 2009-08-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for synthesis of bicyclic nucleic acid analogs
US8178503B2 (en) 2006-03-03 2012-05-15 International Business Machines Corporation Ribonucleic acid interference molecules and binding sites derived by analyzing intergenic and intronic regions of genomes
AU2007249349B2 (en) 2006-05-11 2012-03-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-Modified bicyclic nucleic acid analogs
US7666854B2 (en) 2006-05-11 2010-02-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bis-modified bicyclic nucleic acid analogs
EP3916095A1 (en) 2006-10-18 2021-12-01 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Antisense compounds
US20100190837A1 (en) 2007-02-15 2010-07-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-Substituted-2-F' Modified Nucleosides and Oligomeric Compounds Prepared Therefrom
EP2170917B1 (en) 2007-05-30 2012-06-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs
ES2386492T3 (es) 2007-06-08 2012-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos carbocíclicos
ATE538127T1 (de) 2007-07-05 2012-01-15 Isis Pharmaceuticals Inc 6-disubstituierte bicyclische nukleinsäureanaloga
KR101654007B1 (ko) 2007-08-15 2016-09-05 아이오니스 파마수티컬즈, 인코포레이티드 테트라하이드로피란 핵산 유사체
WO2009067647A1 (en) 2007-11-21 2009-05-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs
AU2008333811B2 (en) 2007-12-04 2014-05-01 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Carbohydrate conjugates as delivery agents for oligonucleotides
WO2009100320A2 (en) 2008-02-07 2009-08-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
EP2249874A1 (en) 2008-02-08 2010-11-17 ProSensa Holding BV Methods and means for treating dna repeat instability associated genetic disorders
WO2010014592A1 (en) 2008-07-29 2010-02-04 The Board Of Regents Of The University Of Texas Sytem Selective inhibition of polyglutamine protein expression
EP2356129B1 (en) 2008-09-24 2013-04-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted alpha-l-bicyclic nucleosides
WO2011017521A2 (en) 2009-08-06 2011-02-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
JP5716217B2 (ja) 2009-12-15 2015-05-13 公益財団法人ヒューマンサイエンス振興財団 長鎖繰返し配列を含有する遺伝子又は遺伝子産物の選択又は優先的回収方法
WO2011097388A1 (en) 2010-02-03 2011-08-11 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Selective inhibition of polyglutamine protein expression
WO2011097614A1 (en) 2010-02-08 2011-08-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Mehods and compositions useful in diseases or conditions related to repeat expansion
EP2536738A4 (en) * 2010-02-08 2014-09-17 Isis Pharmaceuticals Inc METHODS AND COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT OF DISEASES OR SUFFERING IN CONNECTION WITH REPEAT EXTENSIONS
EP3561060A1 (en) 2010-02-08 2019-10-30 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Selective reduction of allelic variants
WO2011123621A2 (en) 2010-04-01 2011-10-06 Alnylam Pharmaceuticals Inc. 2' and 5' modified monomers and oligonucleotides
WO2011133876A2 (en) 2010-04-22 2011-10-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides comprising acyclic and abasic nucleosides and analogs
EP3633038A3 (en) * 2010-07-19 2020-07-29 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of dystrophia myotonica-protein kinase (dmpk) expression
DK2601294T3 (en) 2010-08-05 2019-02-18 Academisch Ziekenhuis Leiden ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE CALCULATED FOR THE REMOVAL OF PROTEOLYTIC DIVISION PLACES FROM PROTEINS
JP2013541334A (ja) 2010-09-15 2013-11-14 アルニラム ファーマスーティカルズ インコーポレイテッド 修飾されたｉＲＮＡ剤
US10017764B2 (en) 2011-02-08 2018-07-10 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
WO2013033223A1 (en) 2011-08-29 2013-03-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods and compounds useful in conditions related to repeat expansion
EP3453761A1 (en) 2011-08-29 2019-03-13 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomer-conjugate complexes and their use
US20140378533A1 (en) * 2012-02-08 2014-12-25 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of rna by repeat targeting
WO2013138353A2 (en) 2012-03-12 2013-09-19 Shire Human Genetic Therapies, Inc. Compositions and methods for modulation of atxn3 expression
EP2839006B1 (en) 2012-04-20 2018-01-03 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
JP2016522674A (ja) * 2012-05-16 2016-08-04 ラナ セラピューティクス インコーポレイテッド 遺伝子発現を調節するための組成物及び方法
US20150232836A1 (en) 2012-05-16 2015-08-20 Rana Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating gene expression
RU2015104762A (ru) 2012-07-13 2018-08-31 Уэйв Лайф Сайенсес Лтд. Хиральный контроль
WO2014059353A2 (en) 2012-10-11 2014-04-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleosides and uses thereof
US9963699B2 (en) 2012-10-15 2018-05-08 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating C9ORF72 expression
HRP20190826T1 (hr) 2012-11-15 2019-06-28 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Konjugati oligonukleotida
SG10201906382QA (en) 2013-05-01 2019-08-27 Ionis Pharmaceuticals Inc Compositions and methods for modulating hbv and ttr expression
EP3027617A4 (en) 2013-07-31 2017-04-12 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods and compounds useful in conditions related to repeat expansion
JP2016531570A (ja) * 2013-08-16 2016-10-13 ラナ セラピューティクス インコーポレイテッド ユークロマチン領域を標的とするオリゴヌクレオチド
MX2016004452A (es) 2013-10-07 2017-04-27 Academisch Ziekenhuis Leiden Oligonucleotido antisentido dirigido a la eliminacion de sitios de escisión proteolitica, la mutacion de hchwa-d y de expansiones de repeticiones de trinucleotidos.
MX2016007326A (es) 2013-12-12 2017-02-13 Broad Inst Inc Composiciones y metodos de uso de sistemas crispr-cas en desordenes debidos a repeticion de nucleotidos.
WO2015106128A2 (en) 2014-01-09 2015-07-16 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. MODIFIED RNAi AGENTS
RS62526B1 (sr) * 2014-03-19 2021-11-30 Ionis Pharmaceuticals Inc Kompozicije za modulaciju ekspresije ataksina 2
MA43072A (fr) 2015-07-22 2018-05-30 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
US10533175B2 (en) 2015-09-25 2020-01-14 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulating Ataxin 3 expression
WO2018002886A1 (en) 2016-06-29 2018-01-04 Crispr Therapeutics Ag Materials and methods for treatment of spinocerebellar ataxia 3 (sca3) and other related disorders
JOP20190104A1 (ar) 2016-11-10 2019-05-07 Ionis Pharmaceuticals Inc مركبات وطرق لتقليل التعبير عن atxn3
MX2020011911A (es) 2018-05-09 2021-01-29 Ionis Pharmaceuticals Inc Compuestos y metodos para reducir de la expresion de atxn3.
EP3927827A4 (en) 2019-02-22 2023-04-26 Ionis Pharmaceuticals, Inc. COMPOUNDS AND METHODS FOR REDUCING ATXN3 EXPRESSION
CN113950529A (zh) 2019-06-06 2022-01-18 豪夫迈·罗氏有限公司 靶向atxn3的反义寡核苷酸

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EP3538656A1 (en) 2019-09-18
JP2019534009A (ja) 2019-11-28

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