TW200402424A - A novel G protein-coupled purinergic receptor, GAVE17 - Google Patents
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Description
200402424 A7 B7 五、發明說明(!) ' 〜- 發明背景 ^蛋自偶較體(GPCR)為參與細齡_導的一個大 =整口膜蛋白家族。GPCR對多種胞外信號作出反應所 ,號包括神經遞質、激素、有味物質和光,且能夠轉導 =號以啟動胞内的第二信使反應。許多治療藥物靶向 gpcR’這是因為這些受體介導了廣泛的生理反應包括 炎症、i管舒張、轉、支氣管舰、内分泌和螺動。 、GPCR以胞外結構域、七個跨膜結構域和胞内結構域 為特徵。受體執行的一些功能,如與配體結合及與G蛋白 1〇的相互作用,與關鍵部位存在的某些胺基酸有關\GPCR 包括視紫紅質家族、分泌/胰高血糖素家族、谷氨酸家族 和資訊素家族。例如,多種研究已經證實,GpCR中胺基 酸序列的差異是導致其對天然配體、小分子激動劑或拮抗 劑的親和力差異的原因。換言之,序列的微小差異就可造 15成結合親和力和活性差異。(例如參見,Meng等,生物化 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 學雜誌(J Bio Chem) (1996) 271(50):32016-20 ; Burd 等,生 物化學雜誌(J Bio Chem) (1998) 273(51):34488_95;和 Hurley 等,J Neurochem (1999) 72(1)··413-21)。特別是,研究已表 明’第三胞内結構域中的胺基酸序列差異可導致不同的活 20 性。Myburgh等發現促性腺激素釋放激素的受體的胞内第 三個環的261位丙氨酸對G蛋白偶聯和受體的内在化至關 重要(生物化學雜誌(Biochem J) (1998) 331 (第3部分):893-6)。Wonerow等研究了促甲狀腺素受體,並證明第三胞内 環中的缺失導致了組成型受體活性(生物化學雜誌(J Bio ϊδί 杢纸張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 92162a 200402424 Α7 Β7 五、發明說明(2)
Chem) (1998) 273(14):7900-5)。 通常,内源配體與受體的結合作用將導致受體的胞内 結構域構象發生改變,此改變使得此胞内結構域可以和胞 内成分(一種G蛋白)發生偶聯。存在有幾種g蛋白, 5 如 Gq、Gs、Gi、Gz 和 G。(如參見,Dessauer 等,Clin Sci (Colch) (1996) 91(5):527-37)。受體的 IC-3 環以及叛基端 與G蛋白相互作用(Pauwels等,分子神經生物學(Mol
Neurobiol) (1998) 17(1-3):109-135 和 Wonerow 等,同上)〇 一些GPCR相對G蛋白而言是“混雜的”,即一種GPCR 10 可與一種以上的G蛋白相互作用(如參見Kenakin,生命科 學(Life Sciences) (1988) 43:1095)。 配體啟動的GPCR與G蛋白偶聯將起始信號級聯過程 (稱為“信號轉導”)。此信號轉導最終導致細胞啟動或 細胞抑制。 15 GpCR存在於細胞膜中,在兩種不同的構象之間保持 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 平衡,所述構象為“失活的”和“活性的,,狀態。處於失 活狀態的受體不能連結胞内信號轉導通路以產生生物反應 (存在例外情況,如在轉導的細胞中受體過度表現時,如 參見,mwxreighton.edu/Pharmacoln^y/inverse.htm.) 〇 將 20構象調整到活性狀態後可允許連結轉導通路(通過G蛋 白)並產生生物反應。 激動劑結合後造成活性構象有大得多的可能性出現。 但有時,如果在缺乏任何激動劑時受體已存在相當大的反 應’則此類受體被έ忍為具有組成型活性(即,已處於活性 -4- 本纸張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規‘(210x297公爱了 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 Α7 Β7 五、發明說明(3) 構象或不依賴配體的或自主的活性狀態)。當將激動劑加 入此系統時,可例行觀察到增強的反應。 然而,當加入經典拮抗劑時,其與此類分子的結合並 不產生作用。另一方面,某些拮抗劑可引起受體組成型活 5 性的抑制,這提示後一類藥物在技術上並非拮抗劑,而是 具有負的内在活性的激動劑。這些藥物被稱為反向激動劑 (inverse agonisOwwwxreighton.edu/Pharmacology/inverse.htm. ° 傳統受體研究的進行基於這樣的假設,即在發現受體 前,首先鑑定出内源配體可促進拮抗劑和其他受體效應分 10 子的鑑定。甚至當拮抗劑已被首先發現時,教條的反應仍 是鑑定内源配體(WO 00/22131)。但是,由於活性狀態對 於試驗篩選目的最有用,故獲得此類組成型受體(特別是 GPCR)將在缺乏有關内源配體的資訊時,使得激動劑、 部分激動劑、反向激動劑和拮抗劑的分離變得容易。此 15 外,在受體活性紊亂導致的疾病中,抑制組成型活性的藥 物,或更具體地,減小有效啟動受體濃度的藥物可通過應 用處於自主活性狀態的受體進行試驗而得以更容易地發 現。例如,當受體可轉染到患者中以治療疾病時,此受體 的活性可用該試驗發現的反向激動劑進行精細調節。 20 諸如哮喘、節段性回腸炎、癌症、多發性硬化和類風 濕性關節炎(RA)等疾病一般被認為具有細胞和免疫學病 因。目前利用皮質類固醇實行的抗炎療法對哮喘是有效 的,但伴有代謝及内分泌副作用。可由肺或鼻粘膜吸收的 吸入製劑也可能出現同樣的情況。目前仍缺乏用於r A、 紙張尺度週用Y國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐)
BnBo
200402424 A7 發明說明(4) 節段性回腸炎和類似疾病的滿意口服治療方法。 鑒於GPCR在疾病t的_以及通過娜Gpc 5 10 15 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 20 能夠治療疾病這H對先前未知的GpcR進行鐘定和 表徵將為開韻雜合物以轉GpcR活性 的疾病狀態提供條件。 令興 本發明鑑定和表徵了一種新型GPCR,即GAVE17 表現、,並提供了制此發現鑑定和治療相_病的組合物 和方法。GAVE17在淋巴組織中表現,如外周白細胞、單 核細胞、脾細胞、腦和脾。GAVE17對核苷酸(且特別是 ATP)具有親和力,並可能為核苷酸受體ρ2γ家族中的一 個成員。在NIH 3Τ3細胞中表現的GAVE 17與Gq蛋白相 互作用。 發明概述 本發明涉及一種新鑑定的G蛋白偶聯受體,此處稱為 GAVE17 〇在一個實施方案中,GAVE17衍生自無内含子 的結構基因,該基因編碼SEQ ID NO:2中所示的約333 個胺基酸。在一相關的方面,考慮SEQ ID ΝΟ··1中所示的 多核苷酸。 在另一方面,本發明涉及選自以下的分離的核酸:編 碼具有SEQ ID ΝΟ:2中所示胺基酸的脊椎動物蛋白質、及 保留GAVE17活性的該蛋白質的變體、突變體和片段的分 離核酸:以及包含SEQ ID N〇:l中所示的核苷酸序列、其 編碼具有GAVE17活性的多肽的變體、突變體和片段的分 -6** 本紙張尺度適用中晒家標準(CNS)A4規格(21Gx297公£7 200402424 A7 B7 經 濟 部 智 慧 財 產 局 員 工 消 費 合 作 社 印 製 五、發明說明(5) 離核酸。此外,本發明涉及可與SEQ ID N〇:1結合的核酸 雜交探針和互補片段,或可與編碼SEQ ID NO:2中所示胺 基酸序列的核酸結合的雜交探針和互補片段。此外,本發 明還涉及與SEQ ID ΝΟ:1有約30%到約99%—致性的核 5酸,包括與編碼SEQ ID NO:2中所示胺基酸序列的分離核 酸具有約30%到約99% —致性的核酸。 在一相關的方面,此寡核苷酸包含至少8個核苷酸, 且雜交方法預期包括步驟··使互補寡核苷酸與核酸或其基 本等價物在允許互補物與核酸雜交的條件下進行接觸,所 述核酸包含SEQIDNO:l所示的核苷酸。 此外’互補片段可作為反義寡核苷酸用於體内和體外 抑制GAVE17表現的方法中。該方法可包括如下步驟:提 供由SEQ ID ΝΟ:1中所示核苷酸的互補物組成的寡核苷酸 序列,提供含有如下mRNA的人類細胞,所述mRNA包 含SEQ ID ΝΟ:1中所示的核苷酸序列,以及將該募核苷酸 導入細胞,細胞中GAVE17的表現由此將通過一些機制被 抑制’所述機制包括抑制轉譯、形成三股螺旋和/或活化 核酸酶導致胞内mRNA降解。 本發明還涉及選自如下的分離的多肽:具有SEQ NO:2中所示的胺基酸序列的純化多肽、其變體、突變_ 和片段;以及提供GAVE17的功能性質的具有額外胺基酸 殘基的純化多肽。結構域的片段是有益的。 本發明還涉及與表現控制元件可操作地連接的核酸, 包括含有所述分離核酸的載體。本發明還涉及經轉染或轉 10 15 20 ID 體 參 計 線 200402424 A7 B7 五、發明說明(6) 形含有本發明核酸的培養細胞。本發明還涉及用於製備多 肽的方法,包括步驟:培養含本發明核酸的轉形細胞、允 终在表現控制元件下進行表現,以及從細胞或細胞培養基 中純化多肽。 5 本發明再一方面包括可與本發明的多肽結合的分離抗 體,所述抗體包括早株和多株抗體。此外,在一相關的方 面,公開了生產抗體的方法和應用與GAVE17結合的抗體 治療GAVE17相關疾病的方法。抗體也可用於鑑定在無結 合配體時能活化GAVE17的分子。 10 本發明再一方面包括用於診斷目的以確定生物和/或 組織樣本中是否存在GAVE17的方法。在本發明另一方 面,公開了用於調整GAVE17信號轉導的治療方法,包括 向需要其的患者施用肽、激動劑、拮抗劑、反向激動劑和 /或抗體。 15 在本發明另一方面,公開了用於鑑定GAVE17的調節 經 濟 部 智 慧 財 產 局 員 工 消 費 合 作 社 劑的方法,包括㈣:提供化學部分,提絲現g細口 的細胞和判定化學部分是否調節GAVE17的信號活性,包 括在内源配體存在或不存在的條件下該調節作用是否發 生。在一相關的方面,化學部分可包括但不限於,肽、抗 20體、激動劑、反向激動劑和拮抗劑。 几 在另-方面’本發明描述了用於判定候選化合物是否 為反向激動劑的方法,其中所述候選化合物在缺乏内源配 體、經典激動劑或經典拮抗劑的條件下接觸組成型受體, 此組成型活性將被反向激動劑抑制。
200402424 A7 B7 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 五、發明說明(7) 本發明另一方面包括治療組合物,其中該組合物包括 核酸、抗體、多肽、激動劑、反向激動劑和拮抗劑。此 外,本發明的方法也包括通過向需要其的患者施用該治療 組合物來治療疾病狀態,以及調節GAVE17信號活性的方 5 法。 本發明的這些和其他方面將參考以下的詳細描述和附 圖得以彰顯。此外,以下列出的各種參考文獻更為詳細地 描述了某些程式和組合物。特此每一參考文獻均在此引入 作為參考就如同一一指明進行引入一樣。 10 附圖簡述 圖 1 為 hGAVE17 的 DNA 序列(SEQIDNO:l)。 圖2為hGAVE17的胺基酸序列(SEQIDNO:2)。 圖3 (a-d)為一激動劑試驗結果的圖表顯示,該試驗在 15 以下進行描述,其應用了 FLIPR和經含SEQ ID ΝΟ:1的 PEAK8表現載體轉染的NIH313細胞系。ATP (圖3a)、 ADP (圖3b)、UTP (圖3c)和UDP (圖3d)顯示有激動劑活 性。在圖3 a-d中,X轴為所檢測的激動劑的摩爾濃度的 log值,且y軸為FLIPR單位。 20 圖4 (a和b)為激動劑试驗結果的圖表顯示,試驗在以 下進行描述,其應用了 FLIPR和經含SEQ ID N0:1的 PEAK8表現載體轉染的HEK293T (PSC)細胞系。2-曱硫 基,ATP (2meS-ATP)(圖 4a)和 2-疏基 ADP (2S-ADP)(圖 4b) 顯示有激動劑活性。圖4a和4b中,X軸為所檢測的激動 -9· 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公楚)
200402424 A7 B7 五、發明說明(8) 劑的摩爾濃度的l〇g值,且y軸為FLIpR單位。 發明詳述 本發明基於對編碼人GAVE17 (hGAVE17)的cDNA分 5子的發現,該分子是與核苷酸受體類似的G蛋白偶聯受體 超豕族中的一個成員。 此處應用的術語激動劑”指與受體結合時能啟動胞 内反應或促進GTP與膜結合的部分(例如,但不限於配 體和候選化合物)。 1〇 此處應用的術語“部分激動劑”是指這樣的部分(例 如,但不限於配體和候選化合物),其與受體結合時啟動 細胞反應的程度/範圍比激動劑所引起的小,或促進 與膜結合的程度/範圍比激動劑所引起的小。 此處應用的術語“拮抗劑”指在同一位點上與激動劑 15競爭結合受體的部分(例如,但不限於配體和候選化合 物)。但是,拮抗劑並不活化由受體的活性形式啟動的胞 内反應,並由此可抑制激動劑和部分激動劑引起的胞内反 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 應。在一相關的方面,拮抗劑在缺乏激動劑或部分激動劑 時並不降低基線胞内反應。 2〇 此處應用的術語“候選化合物,,是指易接受筛選技術 處理的部分(例如,但不限於化學化合物)。在—個實施 方案中,此術語不包括公知屬於選自以下的化合物的化人 物:激動劑、部分激動劑、反向激動劑或拮抗劑。那此化 合物是通過傳統的藥物開發方法鑑定的,所述方法涉&為 -10-
200402424 A7 B7 五、發明說明(9) 10 15 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 20 體特異的内源配體的鑑定和/或拮抗受體的候選化合物的 篩選,其中此篩選需用競爭試驗來評估功效。 此處應用的術語“組成型啟動的受體,,或“自主啟 動的受體”可互換,指在缺乏配體時啟動的受體。 在一相關的方面,此組成型活性受體可為内源或非内 源的;即,可通過重組方法修飾GPCR以產生野生型 GPCR的組成型突變形式(例如,見EP 1071701、WO 00 /22129、WO 00/22131,以及美國專利 Nos· 6,150,393 和6,140,509,在此並入作為參考)。 此處的術語“組成型受體啟動”指通過非受體與内源 配體或其化學等價物結合的方式使受體穩定在活性狀態。 此處的術語“反向激動劑”指能與組成型活性受體結 合並抑制基線胞内反應的部分(例如,但不限於配體和候 選化合物)。基線反應由受體的活性形式啟動,低於在缺 乏激動劑、部分激動劑時觀察到的正常基礎活性量,或減 少的GTP與膜的結合。 此處的術語配體指能結合另一分子的部分,其中 所述部分為,例如但不限於,激素或神經遞質,且進一步 地所述部分以立體選擇性方式結合受體。例如,配體可為 在動物中天然與GPCR嚙合的分子。 能與GPCR結合引起反應的各種實體可與配體為競爭 性或非競爭性關係。 術語“家族”,當指本發明的蛋白質和核酸分子時, 意指這樣的兩種或多種蛋白質或核酸分子,這些分子具有 .11. 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 計 線 200402424 A7 B7 五、發明說明(10) 看上去共同的結構域並具有充分的胺基酸或核苷酸序列一 致性(見本文定義)。該家族成員可天然存在,且可來自 同一或不同的物種。例如,一個家族可包含人類來源的第 一種蛋白質和鼠類來源的該蛋白質的同系物 5 (homol〇gue),以及人類來源的第二種不同蛋白質和鼠類 來源的該第二種蛋白質的同系物。家族的成員也可具有共 同的功能特徵。 編碼人GAVE17蛋白質的核苷酸序列在圖1 (SEq ID NQ:1)中顯示。GAVE17蛋白質的胺基酸序列在圖1 (SEQ 10 IDNO:2)中顯示。 圖1 (SEQ ID ΝΟ:1)的GAVE17 cDNA編碼一種無内含 子的蛋白質,長度為約333個胺基酸,分子量為約34 kD 〇 用Northern印潰試驗,約5 kb的GAVE17的mRNA 15 轉錄本在某些組織中表現。Northern印潰結果表明主要在 白細胞、單核細胞、樹突細胞前體、巨噬細胞前體、骨趙 和脾細胞中檢測出GAVE17的表現。GAVE17也在腦、 肝、肺、脊髓、小腸、胎盤和胸腺中表現。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 GAVE17存在於多種免疫系統細胞,包括抗原呈遞細 20 胞中,這表明其在免疫功能中具有重要的作用,所述免疫 功能為如炎症、哮喘、過敏症、類風濕性關節炎、多發性 硬化、對病原體的低反應性等。 GAVE17的配體為核苷酸和核苷酸衍生物。例如, ATP、UTP、UDP、ADP 和 GDP 啟動 GAVE17 〇 在轉形的 -12- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) O i ·> 200402424 A7 B7 五、發明說明(11)
NIH 3T3細胞中其對ATP的親和力為8〇〇 nM、對UTP為 6·9 μΜ、對 UDP 為 1〇 μΜ、對 ADP 為 26 μΜ 且對 GDP 為 65 μΜ 〇 在一個實施方案中,GAVE17蛋白質包含如下第三胞 5内環結構域’該結構域與具有GAVE17活性的SEQ ID NO:2的第三胞内環結構域具有至少約65%,優選至少約 75%,且更優選約85%、95%、98%或100%的胺基酸序列 一致性。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 此處的術語“等價胺基酸殘基,,指當兩段或更多的序 10列比對用於分析時,在蛋白質序列中佔據基本上同一位置 的胺基酸。本發明優選的GAVE17多肽具有與SEQ ID NO:2的第三胞内環結構域的胺基酸序列充分相同的胺基 酸序列。此處應用的術語“充分相同,,是指第一胺基酸或 核苷酸序列含有足夠或最小數目的與第二胺基酸或核苷酸 15 序列相同或相當(例如,具有類似的側鏈)的胺基酸殘基 或核苷酸。此第一和第二胺基酸或核苷酸序列具有共同的 結構域和/或共同的功能活性。例如,包含如下共同結構 域的胺基酸或核苷酸序列在此處被定義為充分相同,所述 結構域與GAVE17活性具有約55%的一致性,優選65%的 20 一致性,更優選75%、85%、95%或98%的一致性。 其他目的結構域包括,但不限於,跨膜(TM)結構域 (TM1從約第24位到約49位胺基酸殘基;TM2從約第59 位到約80位胺基酸殘基;TM3從約第100位到約118位 胺基酸殘基;TM4從約第141位到約160位胺基酸殘基; -13- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(12) TM5從約第191位到約211位胺基酸殘基;TM6從約第 236位到約255位胺基酸殘基;且TM7從約第281位到約 299位胺基酸殘基,見SEQ ID ΝΟ··2中所示)、細胞質(胞 内的)(1C)結構域(IC1從約第50位到約58位胺基酸殘 5基;IC2從約第119位到約140位胺基酸殘基;IC3從約 第212位到約235位胺基酸殘基;且IC4從約第300位胺 基酸到末端,見SEQ ID ΝΟ:2中所示)以及胞外(EC)結構 域(EC1從約第1位到約23位胺基酸殘基;EC2從約第81 位到約99位胺基酸殘基;EC3從約161位到約190位胺 10基酸;且EC4從約第256位到約280位胺基酸殘基,見 SEQIDNO:2中所示)。在一相關的方面,目的結構域也包 括,但不限於,共有糖基化位點(如N-連接的糖基化位 點)、脂結合位點和鱗酸化位點(如通過蛋白激酶C或蛋 白激酶A)。 15 “GAVE17活性”、“GAVE17的生物活性,,或 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 “GAVE17的功能活性”在本文中可互換應用,指由 GAVE17蛋白質、多肽或核酸分子對GAVE17效應細胞施 加的活性’這可以根據標準技術在體内或體外測定。 GAVE17活性可為直接活性,如與第二蛋白質的結合或斜 20第二蛋白質的酶促活性,或為間接活性,如由GAVE17蛋 白質和第二蛋白質相互作用而介導的細胞信號轉導活性。 在一優選的實施方案中,GAVE17活性包括至少一個或多 個以下的活性:⑴與GAVE17信號途徑中的蛋白質相互作 用的能力;(ii)與GAVE17配體,即核苷酸相互作用的能 -14- 本紙張尺度通用T國圏豕稞準(CNS)A4規格(210x297公釐) ?17 200402424 A7 B7 五、發明說明(13) 力;以及(iii)與胞内靶蛋白相互作用的能力。一個此類相 互作用可以是與陽離子門控通道的相互作用。 因此’本發明另一實施方案描述了具有GAVE17活性 的分離的GAVE17蛋白質和多肽。 5 本發明的各種方面在以下的部分中進一步詳細描 述。 分離的核酸分子
本發明的一個方面涉及編碼GAVE17蛋白質或其生物 10活性部分的分離的核酸分子。此核酸分子或其部分足以用 作雜交探針以鑑定編碼GAVE17-的核酸(例如,GAVE17 mRNA)。適當的核酸還可用作PCr引子用於GAVE17核 酸分子的擴增或突變。如此處所用,術語“核酸分子,,意指 包括DNA分子(例如,cdnA或基因組DNA)和RNA分子 15 (例如,mRNA)和應用核苷酸類似物產生的DNA或RNA 類似物。核酸分子可為單鏈或雙鏈,但優選地為雙鏈 DNA。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 “分離的”核酸分子是指與其天然來源中存在的其他核 酸分子分離開的核酸分子。優選地,“分離的,,核酸不含有 20 天然在其來源的生物體的基因組DNA中位於編碼 GAVE17的核酸兩側的序列(即,位於該核酸y和31端的序 列)。例如,由於GAVE17位於人類3號染色體長臂的 3q25.1區域,在各種實施方案中,分離的GAVE17核酸分 子可含有少於約 5 kb、4 kb、3 kb、2 kb、1 kb、0.5 kb 或 -15- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(14) 0.1 kb的如下核苷酸序列,所述核苷酸序列天然在所述核 酸的來源細胞的基因組DNA中位於該核酸分子的兩側。 此外’ ‘分離的’核酸分子,例如cDNA分子,當通過重組 技術產生時,可基本不帶有其他細胞材料或培養基,或當 5其通過化學合成時可基本不帶有化學前體或其他化學物 本發明的核酸分子,如具有SEQ ID ΝΟ:1核苷酸序列 或該核苷酸序列的任一個片段或互補體的核酸分子,可應 用標準的分子生物學技術以及此處提供的序列資訊進行分 10 離。用SEQ ID ΝΟ:1核酸序列的全部或部分作為雜交探 針,GAVE17核酸分子可應用標準的雜交和選殖技術進行 分離。(參見,如,Sambrook等,編,分子選殖:實驗指 南(Molecular Cloning: A Laboratory Manual),第二版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, 15 NY, 1989) 〇 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 本發明的核酸分子可應用cDNA、mRNA或基因組 DNA作為模板並應用合適的寡核苷酸引子根據標準的 PCR擴增技術進行擴增。例如,該引子可包括,但不限於 5,-ATGAACACCACAGTGATGCAAG-3,(SEQ ID NO:3)和 20 5’_GCCTAAGGTTATGTTGTCTGTC-3’(SEQ ID NO: 4) 〇 由 此擴增的核酸可選殖於合適的載體中,並通過DNA序列 分析進行表徵。此外,與GAVE17核苷酸序列相應的募核 苷酸可通過標準的合成技術製備,例如,應用自動化 DNA合成儀合成。 -16- ^紙張尺度適用中國國家標準(⑶幻从規格(210x297公釐) 200402424 Α7 Β7 五、發明說明(ls) 在另一優選的實施方案中,本發明分離的核酸分子 包含與SEQ ID N0:1中所示核苷酸序列或其GAVE17特異 部分具有互補性的核酸分子。與給定核苷酸序列互補的核 酸分子是指該分子與給定核苷酸序列充分互補以致可以與 5此給定的核苷酸序列雜交由此形成可分離或可檢測的雙鏈 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 此外’本發明的核酸分子可僅包含編碼GAVE17的核 酸序列的一部分,例如,可用作探針或引子的片段或編碼 GAVE17生物活性部分的片段。例如,該片段可包括,但 10不限於’編碼如下結構域的區域:細胞外結構域、或結合 核苷酸的結構域、或編碼SEQ ID NO:2中約第212位到約 235位胺基酸殘基的胞内結構域。由人GAVE17基因的選 殖體所測定到的核苷酸序列使得可以製備探針和引子用於 從其他細胞類型中(例如,其他組織)以及從其他哺乳動 15 物中鑑定和/或選殖GAVE17的同系物。探針/引子一般 包含基本純化的寡核苷酸。該寡核苷酸一般包含如下核苷 酸序列區域,該區域在嚴緊的條件下可以與SEQ ID NO: 1 或SEQ Π) NO: 1天然突變體的正義或反義序列中的至少約 12,優選約 25,更優選約 50、75、1〇〇、125、150、 20 175、200、250、300、350或400個連續核苷酸進行雜 交。基於人類GAVE17核苷酸序列的探針可用於檢測編碼 相似或相同蛋白質的轉錄本或基因組序列。該探針可包含 與其相連的標記基團’例如’放射性同位素、螢光化合 物、酶或酶輔因子。該探針可用作診斷試劑盒的一部分, -17- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) r W. Λ 匕u) ζ υ 200402424 A7 B7 五、發明說明(16) 以鑑定不能適當表現GAVE17蛋白質的細胞或組織。例 如’這可通過測量來自患者的樣本細胞中編碼GAVE17的 核酸的量(例如,檢測GAVE17 mRNA量)或測定基因組 GAVE17基因是否存在突變或缺失來完成。 5 編碼“GAVE17生物活性部分,,的核酸片段的製備可通 過如下方式進行:分離SEQ ID ΝΟ:1中編碼具有GAVE17 生物活性的多肽的部分、表現此GAVE17蛋白質編碼部分 (例如’通過體外重組表現)以及評估此GAVE17編碼部 分的活性。例如,編碼GAVE17生物活性部分的核酸片段 10包括第三胞内環結構域,例如,SEQ ID NO:2中所示的約 第212位到約235位胺基酸殘基。本發明還包括由於遺傳 密碼的簡併性而與SEQ ID ΝΟ:1中的核苷酸序列不同但由 此與SEQ ID ΝΟ:1中所示核苷酸序列編碼相同的GAVE17 蛋白質的核酸分子。 15 除了在SEQ IDNO:l中所示的人類GAVE17核苷酸序 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 列外,本領域的技術人員將理解導致GAVE17胺基酸序列 變化的DNA序列多態性可能在群體(例如,人類群體) 中存在。GAVE17基因中的該遺傳多態性可由於天然等位 基因變異在群體的個體中存在。等位基因是可替代出現於 20給定遺傳座位上的一組基因中一個。如此處所應用,術語 基因和重組基因”指含編碼GAVE17蛋白質的開放閱讀 框的核酸分子,所述蛋白質優選地為哺乳動物GAVE17蛋 白質。如此處所應用,短語“等位基因變體,,指出現在 GAVE17座位上的核苷酸序列,或由此核苷酸序列編碼的 -18- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公楚) 17 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 A7 B7 五、發明說明( 夕肤。可替代出現的等位基因可通過對許多不同個體中的 目的基因進行測序來鑑定。這可通過應用雜交探針在多個 個體中鑑定同一遺傳位點來容易地進行。GAVE17中作為 天然等位基因變異的結果且不影響GAVE17的功能活性的 5任何以及全部的此類核菩酸變化和其導致的胺基酸多態性 或變化,都曰在包括在本發明的範圍之内。 此外,編碼來自其他物種的GAVE17蛋白質(GAVE17 同系物)且核苷酸序列不同於人的GAVE17序列的核酸分 子也旨在包括在本發明的範圍之内。相應于本發明的天然 10等位基因變體和GAVE17 dDNA的同系物的核酸分子可以 基於與此處公開的人類GAVE17核酸的一致性,應用人 cDNA或其部分作為雜交探針根據標準的雜交技術在嚴緊 的雜交條件下進行分離。 因此’在另一實施方案中,本發明的分離的核酸分子 15 的長度為至少 300、325、350、375、400、425、450、 500、550、600、650、700、800、900、1000 或 1100 個核 苷酸,且其在嚴緊的條件下與含SEQ ID ΝΟ:1或其互補體 的核苷酸序列的核酸分子雜交,所述核苷酸序列優選地為 編碼序列。 20 如此處所應用,術語“在嚴緊條件下雜交,,意在描述用 於雜交和洗滌的條件,在此條件下,彼此至少55%、 60%、65%、70%且優選75%或更多地互補的核苷酸序列 一般仍保持雜交狀態。該嚴緊的條件對本領域的技術人員 是公知的’並可在以下文獻中查詢,即“Current Protocols -19- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公爱)
200402424 A7 _ B7 五、發明說明(18) m Molecular Biology,,,J〇hn wiley & sons,Ν·Υ· (1989), 6·3· 1-6.3.6。嚴緊雜交條件的一個優選的、非限制性實例 為在6X氣化鈉/擰檬酸鈉(ssc)中約45它交,隨後在 0·2Χ SSC、0·1% SDS中在50-65。(:洗滌一或多次。優選 5地,在嚴緊的條件下與SEQ ID Ν0··1序列或其互補體雜交 的本發明的分離核酸分子相應于天然存在的核酸分子。如 此處所用’“天然存在,,的核酸分子是指具有自然界中存在 的核苷酸序列(例如,編碼天然蛋白質)的RNA或DNA分 子。本領域技術人員將理解,可根據序列特異性變數(例 10如,長度、G-C豐度等)對條件進行修正。 如在本領域内所公知的,雜交條件可進行修正。 本發明考慮包括如下GAVE17的核酸片段,所述片段 可診斷具有類似特性的GAVE17樣分子。診斷片段可源自 GAVE17基因的任何部分,包括兩翼序列。片段可用作實 15踐已知方法的基因庫探針。片段可由已知的方法製備。 除了可能存在于人群中的天然GAVE17序列等位基因 變體外,本領域技術人員還將理解,可通過突變將變化導 入SEQ ID ΝΟ:1的核苷酸序列中,由此導致編碼的 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 GAVE17蛋白質的胺基酸序列發生改變但不實質上改變 20 GAVE17蛋白質的生物活性。 例如,可進行核苷酸替代,從而在“非必需,,的胺基酸 殘基處引入胺基酸替代。“非必需,,胺基酸殘基為可以在 GAVE17的野生型序列(例如,SEq ID N〇:2的序列)中發 生改變’但此改變基本上不影響生物活性的殘基。“必需,, •20- +紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(21〇 X 297公楚) 200402424 A7
5 胺基酸殘基為基本生物活性所必需的殘基。例如,在不同 物種的GAVE17中非保守或半保守的胺基酸殘基對活性而 δ可此疋非必需的’因此將可能成為改造的乾標。作為備 選,在不同物種的GAVE17蛋白質中保守的胺基酸殘基對 活性而言可能是必需的,因此將可能不成為改造的乾標。 10 因此,本發明的另一方面涉及編碼在活性非必需的胺 基酸殘基處含有變化的GAVE17蛋白質的核酸分子。該 GAVE17蛋白質與SEQ ID ΝΟ:2在胺基酸序列上不同,但 保留有生物活性。在一個實施方案中,分離的核酸分子包 括編碼如下蛋白質的核苷酸序列,所述蛋白質含有與SEq ID NO:2的胺基酸序列至少約55%,65%、75%、85%、 95%、98%、99%或100%—致的胺基酸序列。 15 編碼具有不同於SEQ ID NO:2的序列的GAVE17蛋白 質的分離核酸分子可通過如下方式進行製備··在SEq ID ΝΟ:1的核苷酸序列中導入一個或多個核苷酸替代、添加 或缺失,以致將一個或多個胺基酸替代、添加或缺失導入 編碼的蛋白質中。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 突變可由標準技術導入,例如定點誘突和PCR介導 的誘突。優選保守胺基酸替代在一個或多個預測的非必需 20 胺基酸殘基處進行。“保守胺基酸替代”為一個胺基酸殘基 被具有相似側鏈的胺基酸殘基替代。本領域内定義了具有 相似側鏈的胺基酸殘基家族。這些家族包括具有驗性側鏈 的胺基酸(例如,賴氨酸、精氨酸和組氨酸)、具有酸性側 鏈的胺基酸(例如,天門冬氨酸和谷氨酸)、具有不帶電荷 •21- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNSM4規格(210 X 297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(2〇 10 15 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 20 極性側鏈的胺基酸(例如,甘氨酸、天門冬醯胺、穀氨醯 胺、絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸和半胱氨酸)、具有非極性 側鏈的胺基酸(例如,丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨 酸、脯氨酸、苯丙氨酸、蛋氨酸和色氨酸)、具有分支側 鏈的胺基酸(例如,蘇氨酸、纈氨酸和異亮氨酸)和具有芳 香侧鍵的胺基酸(例如’絡氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和組 氨酸)。這樣,預測的GAVE17中的非必需胺基酸殘基可 以優選地被來自相同側鏈家族的另外胺基酸殘基替代。作 為備選,突變可以沿所有或部分的GAVE17編碼序列隨機 導入(例如通過飽和誘變),且產生的突變體可經 GAVE17生物活性篩選以鑑定出保留活性的突變體。誘變 之後,可重組表現編碼的蛋白質,並可以測定蛋白質的活 性。 在一優選的實施方案中,可以分析突變GAVE17蛋白 質:(1)與GAVE17信號轉導途徑中的蛋白質形成蛋白質·· 蛋白質相互作用的能力;(2)結合GAVE17配體的能力;或 (3)結合胞内把蛋白的能力。而在另一優選的實施方案中, 對於突變GAVE17可以檢測其調整細胞增殖或細胞分化的 能力。 本發明包括反義核酸分子,即,與編碼蛋白質的有義 核酸互補的分子’例如’與雙鏈cDNA分子的編碼鏈互補 或與mRNA序列互補的分子。因此,反義核酸可與有義核 酸通過風鍵結合。本發明的反義核酸可斑完整的Gave 17 編碼鍵互補或僅與其一部分互補,例如,與蛋白質編碼區 -22- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X297公釐)
200402424 A7 B7 五、發明說明(η) 域(或開放閱讀框)的全部或部分互補。反義核酸分子可 與編碼GAVE17的核苷酸序列的編碼鏈的非編碼區域反 義。非編碼區(“5’和3’非轉譯區”)為位於編碼區側翼的5,和 3’序列,其不能被轉譯成胺基酸,但可能具有調節作用。 5此側翼位點可以位於這樣的位置,在此處GAVE 2的正常 表現可以遭到破壞。 根據此處公開的編碼GAVE17的編碼鏈序列(例如, SEQ ID ΝΟ:1),本發明的反義核酸可根據Wats〇I^ Crick 域基配對原則設計。反義核酸分子可與GAVE17 mRNA的 10完整編碼區互補,但更優選僅與AVE17 mRNA的部分編 碼區或非編碼區的寡核苷酸反義。例如,反義寡核苷酸可 與GAVE17 mRNA轉譯起始位元點附近的區域互補。例 如,可應用具有 5’-GCACCCTGGCAGCTCAGAGCTT_3, (SEQIDNO:5)序列的寡核苷酸。反義寡核苷酸的長度可為 15 約 5、10、15、20、25 ' 30、35、40、45 或 50 個核苷 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 酸。本發明的反義核酸可應用本領域已知的方法通過化學 合成和酶促連接反應構建。例如,化學合成反義核酸(如 反義寡核苷酸)可應用天然存在的核苷酸或設計的各種修 飾的核菩酸,修飾核苷酸的設計意在增加分子的幹生物活 20 性或增加反義和有義核酸間形成的雙鏈體的物理穩定性, 如可應用硫代填酸S旨衍生物、膦酸s旨衍生物和p丫咬取代的 核苷酸。 可用於產生反義核酸的修飾核苷酸的實例包括5-氟尿 嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-氣尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、次黃嗓 -23- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐)
Q/S 200402424 A7 B7 經 濟 部 智 慧 財 產 局 員 工 消 費 合 作 社 五、發明說明(22) 呤、黃嘌呤、4_乙醯胞嘧啶、5_(緩基羥甲基)尿嘧啶、5•羧 基甲氨基甲基-2-硫尿苷、5-羧基甲氨基甲基尿嘧啶、二氫 尿鳴淀、β-D-半乳糖基qUeosine、次黃嗓呤核糖苷、N6·異 戊烯基腺嘌呤、1-甲基鳥嘌呤、甲基次黃嘌呤核糖苷、 5 2,2-一甲基鳥嗓吟、2-甲基腺嗓吟、2-甲基鳥嗓吟、3-甲基 胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、N6_腺嘌呤、7_甲基鳥嘌呤、孓甲 基氨甲基尿嘧啶、5-甲氧基氨甲基_2_硫尿嘧啶、p_D_甘露 糖基qxieosine、5-甲氧基羧基曱基尿嘧啶、5_曱氧基尿嘧 啶、2-甲硫基-N6-異戊烯基腺嘌呤、尿嘧啶-5_氧基乙酸、 10 wybutoxosine、假尿嘧啶、que〇sine、厶硫代胞嘧啶、孓甲 基-2-硫尿哺咬、2-硫尿喷唆、4-硫尿嘴咬、5-甲基尿哺 啶、尿嘧啶-5-氧基乙酸甲酯、尿嘧啶-5_氧基乙酸、5_甲 基-2-硫尿嘧啶、3-(3-氨基-3-N-2-羧基丙基)尿嘧啶和2,6_ 二氨基嘌呤。備選地,反義核酸可應用表現載體進行生物 15製備,所述載體中已反向亞選殖了一段核酸(即,來自插 入核酸的RNA轉錄本對於目的靶核酸將是反義向的)。 本發明的反義核酸分子一般施用給物件或在原位產 生,以便雜交或結合編碼GAVE17蛋白質的細胞mRNA 和/或基因組DNA,由此通過如抑制轉錄和/或轉譯來 20抑制該蛋白質的表現。雜交的方式可以是常規的核菩酸互 補以形成穩定的雙鏈體,或,例如,對於與雙鏈體 結合的反義核酸分子,可以通過在雙螺旋大溝處的特異相 互作用,結合GAVE17的調節區域。 本發明反義核酸分子的施用途徑的一個實例包括直接 -24- 200402424 A7 B7 五、發明說明(23) 在組織部位元注射。備選地,可修飾反義核酸分子使其把 向選擇的細胞,然後系統施用。例如,用於系統施用時, 可修飾反義分子以使分子特異結合所選細胞表面上表現的 抗原或受體,例如,這可以通過將反義核酸分子連接到能 5結合細胞表面受體或抗原的肽或抗體上來實現。也可應用 此處描述的載體將反義核酸分子遞送給細胞。為獲得足夠 的反義分子胞内濃度,可以將反義核酸分子置於強啟動子 的控制下,優選pol II或pol III啟動子。 本發明的反義核酸分子可為α_異核酸(a_an〇meric 10 nudeicacid)分子。α-異核酸分子與互補RNA形成特異的 雙鏈雜合體’雜合體中兩條鏈走向相互平行。(Gaultier 等,核酸研究(Nucleic Acids Res) (1987)15:6625_6641)。 反義核酸分子也可包含曱基核糖核苷酸(Inoue等,核酸研 究(Nucleic Acids Res) (1987) 15:6131-6148)或嵌合 RNA-15 DNA 類似物(Inoue 等,FEBS Lett (1987) 215:327-330)。 本發明可包括核酶。核酶為具有核糖核酸酶活性的、 能夠剪切單鏈核酸的催化RNA分子,所述單鏈核酸分子 為與核酶雜交的分子,如mRNA。這樣,核酶(例如,錘 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 頭核酶(在 Haselhoff 等,自然(Nature) (1988) 334:585-20 591)中描述)可用於催化剪切GAVE17 mRNA轉錄本,由 此抑制GAVE17 mRNA的轉譯。對GAVE17編碼核酸具有 特異性的核酶可基於此處公開的GAVE17 cDNA的核苷酸 序列(例如,SEQ ID NO: 1)進行設計。例如,可構建四膜蟲 L-19 IVS RNA的衍生物,其中活性位點的核苷酸序列與 -25- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 200402424 Δ7 Α7 Β7 五、發明說明(24) 編碼GAVE17的mRNA中的待剪切核苷酸序列互補, 見,例如美國專利Nos· 4,987,071和5,116,742。備選地。 可應用GAVE17mRNA從RNA分子庫中選擇具有特異核 糖核酸酶活性的催化RNA,例如見,Bartel等,科學 5 ( Science) (1993) 261:1411-1418。 本發明還包括可形成三股螺旋結構的核酸分子。例 如,GAVE17的基因表現可通過如下方式抑制,即,將核 香酸序列定向互補到GAVE17的調節區域(如GAVE17啟 動子和/或增強子)上以形成三股螺旋結構來防止GAVE17 10基因在靶細胞中轉錄,一般參見Helene, Anticaneer Dmg Des (1991) 6(6):569 ; Helene Ann NY Acad Sci (1992) 660:27 和 Maher,Bioassays (1992) 14(12):807。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 在優選的實施方案中,本發明的核酸分子可在域基部 分、糖部分或雄酸骨架處進行修飾以提高分子的,例如, 15 穩定性、可雜交性或溶解度。例如,可修飾核酸的脫氧核 糖填酸骨架以產生狀核酸(見Hyrup等,Bioorganic & Medicinal Chemistry (1996) 4:5)。如此處所應用,術語“肽 核酸”或“PNA”指核酸類比物,如DNA類比物,其中脫氧 核糖磷酸骨架由假肽骨架替代並僅保留四種天然核鹼基。 20 已顯示,在低離子強度條件下PNA的中性骨架使得其可 以與DNA和RNA特異雜交。可應用標準的固相肽合成方 法合成PNA寡聚體,如在Hyrup等,(1996)同上;Perry-O’Keefe 等,美國科學院院刊(proc Natl Acad Sci USA) (1996) 93:14670中所描述的方法。 -26- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公爱) 200402424 A7 --- B7__ 五、發明說明(25) GAVE17的PNA可用於治療和診斷應用。例如,pNA 了用作反義劑或抗基因劑(antigene agent)以序列特異地 調節基因表現,所述調節可以通過如誘導轉錄或轉譯停滯 或抑制複製來實現。GAVE17的PNA還可以有其他用途。 5例如,PNA可用于分析基因中的單域基對突變(通過如 PNA指導的PCR箝位(ciamp));與其他酶如S1核酸酶 聯合時用作人工限制性酶,(Hyrup等,(1996)同上);或作 為探針或引子用於DNA測序和雜交(Hyrup等,(1996)同 上;Perry-O’Keefe 等,(1996)同上)。 10 在另一實施方案中,可修飾GAVE17的PNA以便例 如,提高穩定性、特異性或細胞攝入,所述修飾可通過將 親脂或其他輔助基團連接到PNA上、通過形成PNA-DNA 嵌合體或通過應用脂質體或本領域内已知的其他藥物遞送 技術來進行。PNA-DNA嵌合體的合成可按以下文獻描述 15 的方法進行,Hyrup等.(1996)同上、Finn等,核酸研究 (Nucleic Acids Res) (1996) 24(17):3357-63、Mag 等,核 酸研究(Nucleic Acids Res) (1989) 17:5973 和 Peterser 等,Bioorganic Med Chem Lett (1975) 5:1119 〇 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 20 分離的GAVE17蛋白質和抗GAVE17的抗體 本發明的一個方面涉及分離的GAVE17蛋白質及其生 物活性部分,以及適用作免疫原以引起抗GAVE17抗體的 多肽片段。在一個實施方案中,可應用標準的蛋白質純化 技術通過適當的純化方案從細胞或組織來源中分離天然 -27- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公愛) 200402424 A7 B7 五、發明說明(26) GAVE17蛋白質。在另外的實施方案中,GAVE17蛋白質 可通過重組DNA技術製備。作為重組表現的備選方案, 可應用標準肽合成技術化學合成GAVE17蛋白質或多肽。 “分離的”或“純化的”蛋白質或其生物活性部分基本上 5 不含有來自GAVE17蛋白質的來源細胞或組織的細胞材料 或其他污染蛋白質,或基本上不含有化學合成時的化學前 體或其他化學物質。 短語“基本上不含有細胞材料”包括GAVE17蛋白質製 品,其中該蛋白質與細胞的細胞性成分分離,所述細胞為 10 分離或重組產生該蛋白質的來源細胞。這樣,基本上不含 有細胞材料的GAVE17蛋白質包括這樣的GAVE17蛋白質 製品,其含少於約30%、20%、10%、5%或更低(按幹重計) 的非GAVE17蛋白質(在此也稱為“污染蛋白質”)。 重組產生GAVE17蛋白質或其生物活性部分時,還優 15 選其基本上不含有培養基,即,培養基在蛋白質製品中所 佔有的體積少於約20%、10%、5%或更少。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 化學合成GAVE17蛋白質時,優選其基本上不含有化 學前體或其他化學物,即,蛋白質從參與蛋白質合成的化 學前體或其他化學物中分離出來。因此,此GAVE17蛋白 20質製品含有少於約30%、20%、10%、5%或更低(按幹重計) 的化學前體或非GAVE17的化學物質。 GAVE17蛋白質的生物活性部分包括這樣的肽,其含 有與GAVE17蛋白質的胺基酸序列(如在SEQ ID N〇:2中 顯示的胺基酸序列)充分相同或來源於該序列的胺基酸序 -28-
A〆w 200402424 A7 B7 五、發明說明(27) 列,並包括比全長GAVE17蛋白質少的胺基酸且至少顯示 GAVE17蛋白質的一種活性。一般地,生物活性部分包含 具有至少一種GAVE17蛋白質活性的結構域或基序。 GAVE17蛋白質的生物活性部分可為長例如,1〇、25、 5 50、100或更多個胺基酸的多肽。優選的生物活性多肽包 括一個或多個已鑑定的GAVE17結構域,例如,第三胞内 環結構域(如SEQ ID NO:2)。 此外,其他的生物活性部分(其中蛋白質的其他區域 已缺失)可通過重組技術製備並相對于天然GAVE17蛋白 10 質的一個或多個功能活性進行評價。 優選的GAVE17蛋白質具有SEQIDNO:2中所示的胺 基酸序列。其他有用的GAVE17蛋白質基本與SEQ ID NO:2相同,且保持了 SEQ ID NO:2蛋白質的功能活性, 但由於天然等位基因變異或誘變,其胺基酸序列與SEQ 15 ID NO:2存在差異。例如,該GAVE17蛋白質和多肽擁有 至少一項此處描述的生物活性。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製
因此,有用的GAVE17蛋白質是這樣的蛋白質,其包 含與SEQ ID NO:2胺基酸序列的一致性為至少約45%,優 選 55%、65%、75%、85%、95%、99%或 100%的胺基酸 20 序列,且持有SEQ ID NO:2的GAVE17蛋白質的功能活 性。在其他實例中,該GAVE17蛋白質是具有與GAVE17 第三胞内環結構域(SEQ ID NO:2)的一致性為55%、65%、 75%、85%、95%、99%或100%的胺基酸序列的蛋白質。 在優選的實施方案中,GAVE17蛋白質保持有SEQ ID -29- 尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(28) NO:2的GAVE17蛋白質的功能活性。 為測定兩個核酸或兩段胺基酸序列的一致性程度,比 對序列以便實現最佳比較的目的(例如,可在第一胺基酸 或核酸序列的序列中引入缺口,以便獲得與第二胺基酸或 5 核酸序列的最佳比對和最大序列一致性)。然後比較相應 胺基酸或核苷酸位置上的胺基酸殘基或核苷酸。當第一序 列的一個位置上佔據的胺基酸殘基或核苷酸與第二序列的 相應位置上的相同,則認為該位置上這兩個分子一致。兩 序列間的一致性百分數為兩序列共有的相同位置的個數的 10 函數(即,一致性百分數=相同位置的個數/總位置數(例 如,重疊的位置)X 100)。在一個實施方案中,兩段序列 的長度相同。 測定兩序列間的一致性百分數可應用數學運算法則進 行。用於比較兩序列的一個優選、非限定的數學運算法則 15 實例為Karlin等的運算法則(Karlin等,美國科學院院刊 (Proc Natl Acad Sci USA) (1990) 87:2264,在 Karlin 等, 美國科學院院刊(Proc Natl Acad Sci USA ) (1993) 90:5873_5877中進行了修正)。該運算法則被加入到 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製
Altschul 等的 NBLAST 和 XBLAST 程式中(Altschul 等, 20 分子生物學雜誌(J Mol Bio) (1990) 215:403)。可應用 NBLAST程式(例如,得分=1〇〇、字長=12)進行BLAST 核苷酸檢索,以獲得與本發明的GAVE17核酸分子同源的 核苷酸序列。可應用XBLAST程式(得分=50、字長=3) 進行BLAST蛋白質檢索,以獲得與本發明的GAVE17蛋 -30- 本紙張尺度週用中國國家標準((^3)八4規格(210x297公釐) ---- 200402424 A7 B7 五、發明說明(29) 白質分子同源的胺基酸序列。為獲得缺口比對以用於比較 目的,可應用在Altschul等,核酸研究(Nucleic Acid Res) (1997) 25:3389 —文中描述的缺口 BLAST。備選 地,可應用PSI-Blast進行重複檢索以檢測分子間的距離 5 關係。Altschul等,(1997)同上。在應用BLAST、缺口 BLAST和PSI-Blast程式時,可應用各程式(如XBLAST 和 NBLAST)的默認參數,見 1 http://www.ncbi.nlm.nih.gov ° 用於序列比較的另一優選、非限定的數學運算法則實 例為Myers等的運算法則(Myers等,CABIOS (1988) 10 4:11-17)。該運算法則被加入到ALIGN程式(2.0版)中, 該程式為GCG序列比對套裝軟體的一部分。當應用 ALIGN程式比較胺基酸序列時,可應用PAM120權重殘基 表,12的缺口長度罰分且4的缺口罰分。 兩序列間的一致性百分數可用與以上描述類似的技術 15 測定,其時可允許或不允許缺口。在計算一致性百分數 時,僅計算精確匹配數。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 本發明也提供了 GAVE17的後合或融合蛋白質。此處 應用的GAVE17“嵌合蛋白”或“融合蛋白,,包括與非 GAVE17多肽可操作地連接的GAVE17多肽。“GAVE17多 2〇 肽”指具有與GAVE17相對應的胺基酸序列的多肽。‘‘非 GAVE17多肽”指具有實質上不同於GAVE17蛋白的蛋白 質的相應胺基酸序列的多肽,例如,所述蛋白質可以是與 GAVE17蛋白質不同且來源於相同或不同的生物體的蛋白 質。 -31- I I , 200402424 A7 B7 五、發明說明(3〇) GAVE17融合蛋白内,GAVE17多肽可對應於 GAVE17蛋白質的全部或一部分,優選對應於GAVE17蛋 白質的至少一個生物活性部分。在融合蛋白内,術語“可 操作地連接”意指GAVE17多肽和非GAVE17多肽相互以 5 符合閱讀框的形式融合。非GAVE17多肽可與GAVE17多 肽的N-末端或C-末端融合。 GST-GAVE17為一有用的融合蛋白,其中(JAVE17序 列與麩胱甘肽-S-轉移酶(GST)的C-末端融合。該融合蛋白 質可利於重組GAVE17的純化。在一優選的實施方案中, 10 本發明的第三胞内環(IC3或ILC3)(即,SEQ ID NO:2中所 示約第202位到約219位胺基酸)通過PCR擴增IC3並將 產物亞選殖到載體(如pGEX-2T)中得以和GST融合。 可將構建產物導入宿主細胞(如大腸桿菌)並由適當的小分 子(如異丙基-1-硫代-β-D-半乳糖苷)誘導所述構建體表現, 15 隨後進行純化(例如參見,Lee等,生物化學雜誌(j Biol Chem) (1996) 271(19):11272-11279)。 在某些宿主細胞(如哺乳動物宿主細胞)中,通過應用 異源信號序列可增加GAVE17的表現和/或分泌。例如, 桿狀病毒包膜蛋白的gp6分泌序列可用作異源信號序列 20 (Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel 等,編,
John Wiley & Sons,1992)。真核異源信號序列的其他實例 包括峰毒肽和人胎盤鹼性填酸酶的分泌序列(Strata gene; La Jolla,California)。而在另一實例中,有用的原核異源信 號序列包括phoA分泌信號(Sambrook等,同上)和蛋白質 -32- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) Λ A、r .ti· 錦· 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 A7 B7 五、發明說明(3i) A 分泌信號(Pharmacia Biotech; Piscataway,New Jersey)。 而在另一實施方案中,融合蛋白為GAVE17-免疫球蛋 白融合蛋白,其中GAVE17的全部或一部分與來自免疫球 蛋白家族成員的序列進行融合。本發明的GAVE17-免疫球 5蛋白融合蛋白可摻入到藥物組合物中並給患者施用以抑制 GAVE17配體與細胞表面的GAVE17蛋白質的交互作用, 由此抑制體内GAVE17介導的信號轉導。GAVE17-免疫球 蛋白融合蛋白可用於影響GAVE17關聯配體的生物利用 率。可以通過抑制GAVE17配體與GAVE17的交互作用治 10療增生性和分化性紊亂及調節(如促進或抑制)細胞的存 活。此外,本發明的GAVE17-免疫球蛋白融合蛋白可作為 免疫原用以在患者體内引起抗-GAVE17的抗體,純化 GAVE17配體,以及在篩選試驗中鑑定抑制GAVE17與 GAVE17配體之間交互作用的分子。 15 優選地,本發明的GAVE17嵌合或融合蛋白通過標準 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 的重組DNA技術製備。例如,編碼不同多狀序列的dna 片段可根據常規技術以符合閱讀框的方式連結在一起,所 述技術有例如,應用鈍末端或粘末端連接、限制性酶消化 產生合適的末端、適當時填平粘端、鹼性磷酸酶處理以避 20 免不需要的接合以及酶促連接。在另一實施方案中,融合 基因可由常規技術合成,包括DNA自動合成儀。備選 地,可應用錨定引子進行基因片段的PCR擴增,導致在 兩連續的基因片段間產生互補突出端,隨後可以進行退火 及重新擴增以產生嵌合基因序列(例如參見Ausubel等,同 -33- 張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 一 ---- 200402424 A7 B7 五、發明說明(32) 上)。此外,許多商售的表現載體已編碼有融合部份(如 GST多肽)。編碼GAVE17的核酸可選殖到此類表現載體 中,以使融合部分與GAVE17蛋白質以符合閲讀框的形式 連接一體。 5 本發明還涉及GAVE17蛋白質的變體(即具有不同於 GAVE17胺基酸序列的序列的蛋白質)。此變體可行使 GAVE17激動劑(類比物,mimetics)或GAVE17拮抗劑的功 能。GAVE17蛋白質的變體可通過誘變產生,例如 GAVE17蛋白質的不連續點突變或截短。此GAVE17蛋白 10質的激動劑可持有與天然存在的GAVE17蛋白質基本相同 的生物活性或其部份生物活性。此GAVE17蛋白質的拮抗 劑可以,例如通過競爭性結合包括GAVE17蛋白質在内的 細胞信號級聯的下游或上游成員,抑制天然形式的 GAVE17蛋白質的一種或多種活性。因此,可以用具有有 15限功能的變體進行處理來引發特異的生物效應。相對于用 天然形式的GAVE17蛋白質進行治療,用具有天然蛋白質 的部分生物活性的變體對患者進行治療將在患者中產生較 小的副作用。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 行使GAVE17激動劑(類比物)或GAVe17拮抗劑功能 20的GAVE17蛋白質變體可通過針對GAVE17激動劑或拮抗 劑活性篩選GAVE17蛋白質的突變體組合庫進行鑑定,例 如,所述組合庫可以為截短突變體庫。在一個實施方案 中,通過在核酸量上進行組合誘變,產生由多樣化基因庫 編碼的多樣化GAVE17變體庫。例如,多樣化GAVE17變 -34- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 Α7 Β7 五、發明說明(33) 體庫可通過如下方式製備:將合成的寡核苷酸混合物酶促 連接至基因序列以使一組簡併的潛在GAVE17序列表現為 單獨的多肽,或備選地,表現為其中含有該組GAVE17序 列的一組較大融合蛋白(例如,噬菌體展示)。有各種方 5法可用于從簡併的寡核苷酸序列產生潛在GAVE17變體 庫。可在DNA自動合成儀上進行簡併基因序列的化學合 成,然後將合成基因連入合適的表現載體。一組簡並基因 的應用使得可以在一個混合物中提供編碼一組所需的潛在 GAVE17序列的所有序列。用於合成簡並寡核苷酸的方法 10 在本領域内是公知的(例如參見,Narang,Tetrahedron (1983) 39:3 ; Itakura 等,Ann Rev Biochem (1984) 53:323 ; Itakura 等,科學(Science) (1984) 198:1056 ; Ike 等,核酸研究 (Nucleic Acid Res) (1983) 11:477). 此外,GAVE17蛋白質編碼序列片段庫可用於產生多 15 樣化的GAVE17片段群,以篩選及隨後挑選出GAVE17蛋 白質的變體。在一個實施方案中,可通過用核酸酶處理 GAVE17編碼序列的雙鏈PCR片段(在所述處理進行的條 件下,在每個分子中僅發生大約一次切割)、將雙鏈DNA 變性、使DNA複性形成雙鏈DNA(此雙鏈DNA中可以包 20括來自不同切割產物的有義/反義對)、用S1核酸酶處理 以從新形成的雙鏈體中除去單鏈部分,然後將產生的片段 庫連入表現載體,由此產生編碼序列片段庫。用該方法可 形成表現庫,該庫編碼GAVE17蛋白質不同大小的N-末 端及内部片段。 -35- 尽紙張尺度遇用1P國國豕標準(CNS)A4規格(21〇 x 297公爱) .rVr%
^^->0 200402424 A7 B7 五、發明說明(34) 用於篩選組合庫基因產物以及用於篩選cDNA庫以獲 得具有所選性質的基因產物的一些技術在本領域内是公知 的,其中所述組合庫是通過點突變或截短產生的。這些技 術可經修改而適於快速篩選由GAVE17蛋白質的組合誘變 5產生的基因庫。最為廣泛應用的適於高通量分析以篩選大 型基因庫的技術一般包括將基因庫選殖體到可複製的表現 載體中’用所獲載體庫轉形適宜細胞並表現組合基因,在 該表現條件下對所需活性的測試將利於檢測到的基因產物 的編碼載體的分離。 10 遞迴總體誘變(Recursive ensemble mutagene sis, REM)為增加庫中功能性突變體的頻率的技術,可與篩選 試驗聯合應用以鑑定GAVE17變體(Arkin等,美國科學院院 刊(Proc Natl Acad Sci USA) (1992) 89:7811-7815 ;
Delgrave 等’蛋白質工程(pr〇tein Engineering) (1993) 15 6(3):327-331) 〇 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 分離的GAVE17蛋白質、其部分或片段可用作免疫原 通過標準的多株和單株抗體製備技術產生結合GAVE17的 抗體。可使用全長GAVE17蛋白質或備選地本發明提供的 GAVE17抗原性肽片段作為免疫原。GAVE17的抗原性肽 20包含SEQ ID NO:2所示胺基酸序列中的至少8個(優選 10、15、20、30或更多個)胺基酸殘基,並包括GAVE17 的表位以致抗該肽產生的抗體可與GAVE17形成特異的免 疫複合體。 在一相關的方面。抗原性肽包含的表位位於GAVE17 -36- 尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 ______B7 五、發明說明(35 ) 蛋白質表面的區域,例如親水性區域。對人GAVE17蛋白 質序列的疏水性分析表明,SEQ ID N0:2中約1位到約第 23位胺基酸、約第81位到约99位胺基酸、約第161位到 約190位胺基酸以及約第256位到約280位元胺基酸之間 5的區域尤其是親水的,因此可能編碼對定向抗體的生成有 用的表面殘基。 GAVE17免疫原一般通過用免疫原免疫適宜物件的方 式(如兔子、山羊、小鼠或其他哺乳動物)來製備抗體。 適當的免疫原性製劑可包含,如重組表現的GAVE17蛋白 10 質或化學合成的GAVE17多肽。製劑可進一步包含佐劑, 如弗氏完全或不完全佐劑或類似的免疫刺激劑。用免疫原 性GAVE17製劑對適宜的物件進行免疫將引起多株抗_ GAVE17抗體應答。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 因此,本發明另一方面涉及抗-GAVE17抗體。此處應 15用的術語“抗體”指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子中具 有免疫學活性的部分,即含有與抗原(如GAVE17)特異 結合的抗原結合部位的分子。特異結合GAVE17的分子為 與天然含有GAVE17的樣本(例如生物樣本)中的 GAVE17結合、但基本不與其他分子結合的分子。免疫球 20蛋白分子的免疫學活性部分的實例包括F(ab)和F(ab.)2片 段’所述片段可通過用如胃蛋白酶處理抗體而產生。本發 明提供了結合GAVE17的多株和單株抗體。此處應用的術 語“單株抗體”或“單株抗體組合物,,。是指僅含有一種抗原 結合部位、可與GAVE17特定表位進行免疫反應的抗體分 -37-
200402424 A7
子群因而單株抗體組合物一般表現出對特定的GAVE17 蛋白質表位的單一結合親合力。 10 15 可如以上所描述,通過應用GAVE17免疫原免疫合適 的物件來製備多株抗-GAVE17抗體。免疫物件體内的抗_ GAVE17抗體滴度可利用標準技術隨時進行檢測,所述標 準技術有例如用固定的GAVE17進行的酶聯免疫吸附試驗 (ELISA)。如果需要,抗GAVE17的抗體分子可從哺乳動 物(例如’從血液)中分離出來,並進一步經公知的技術 (如蛋白質A層析法)純化以獲得igG部分。在免疫後的 適當時間,例如當抗_GAVE17抗體的滴度為最高時,可從 免疫物件獲得生產抗體的細胞然後可以應用標準技術和這 些細胞製備單株抗體,所述標準技術為例如Kohler等 (Kohler 等,自然(Nature) (1975) 256:495-497)首先描 述的融合瘤技術、人B細胞融合瘤技術(Kohler等, Immunol Today (1983) 4:72)、EBV 融合瘤技術(Cole 等, 單株抗體和癌症治療(Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy),(1985),Alan R. Liss,Inc” pp· 77-96)或 trioma 技術。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 製備融合瘤的技術為公知的(一般參見Current 20 Protocols in Immunology (1994) Coligan 等,編,John Wiley & Sons,Inc·,紐約,NY)。簡言之,永生細胞系(一 般為骨髓瘤)與淋巴細胞(一般為脾細胞)融合,所述淋巴細 胞來自用如上描述的GAVE17免疫原免疫的哺乳動物,並 篩選產生的融合瘤細胞的培養物上清以鑑定出生產結合 -38- -本紙張尺度適用中國國家標準(CNQA4規格(210 x 297公釐) 200402424 ___B7_ 五、發明說明(37 ) " GAVE17的單株抗體的融合瘤。 用於將淋巴細胞和永生細胞系融合的多種已知方法中 的任一種都可用於產生抗-GAVE17的單株抗體(例如參 見,Current Protocols in Immunology,同上;Galfre 等, 5 自然(Nature) (1977) 266:550-552 ; Kenneth,單株抗體: 生物分析的新平臺(in Monoclonal Antibodies: A New
Dimension In Biological Analyses),Plenum 出版公司,紐 約,Ν·Υ· (1980);和 Lerner,Yale J Biol Med (1981) 54:387- 402)。此外,本領域的普通技術人員將理解,這些方法的 10 多種變異形式也是有用的。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 一般地,永生細胞系(如骨髓瘤細胞系)與淋巴細胞來 自同一哺乳動物物種。例如,可通過將本發明免疫原性製 劑免疫的小鼠的淋巴細胞與小鼠永生細胞系融合來製備鼠 融合瘤,其中所述永生細胞系可以是例如對含次黃嘌呤、 15 氨甲蝶呤和胸腺嘧啶的培養基(“HAT培養基”)敏感的骨髓 瘤細胞系。多種骨髓瘤細胞系均可根據標準技術用作融合 夥伴(partner),例如 P3-NSl/l-Ag4-l、P3-x63-Ag8.653 或Sp2/〇-Agl4骨髓瘤細胞系。骨髓瘤細胞系可從ATCC 獲得。 20 —般地,對HAT敏感的小鼠骨髓瘤細胞借助聚乙二 醇(“PEG”)與小鼠脾細胞融合。然後用HAT培養基篩選融 合產生的融合瘤細胞,所述HAT培養基可殺死未融合的 及非生產性融合的骨髓瘤細胞(未融合的脾細胞由於未被 轉形將在幾天後死亡)。產生本發明單株抗體的骨髓瘤細 -39- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 ____B7 五、發明說明(38) —- 胞通過篩選骨髓瘤細胞培養物上清液中結合GAVEi7的抗 體進行檢測(例如應用標準的ELISA試驗)。 作為製備分泌單株抗體的融合瘤的備選方案,可以廣 用GAVE17篩選重組組合免疫球蛋白質庫(如抗體噬菌體 5展不庫),由此得以分離結合GAVE17的免疫球蛋白庫成 員,從而鑑定和分離到抗-GAVE17的單株抗體。用於產生 和筛選嗟菌體展示文庫的試劑盒可從供應商處獲得(例 如,Pharmacia重組噬菌體抗體系統,目錄號27 94〇〇_ 01 ;以及Strata gene SurfZAP^噬菌體展示試劑盒,目錄號 10 240612)。 此外,特別適於產生和篩選抗體展示庫的方法和試劑 的實例可在以下文獻中查詢,例如美國專利號5,223,409; PCT 公開 No· WO 92/18619 ; PCT 公開 No· WO 91/ 17271 ; PCT 公開 No· WO 92/20791 ; PCT 公開 No· WO 15 92/15679; PCT 公開 No· WO 93/01288 ; PCT 公開 No· 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 WO 92/01047 ; PCT 公開 No· WO 92/09690 ; PCT 公開 No· WO 90/02809 ; Fuchs 等,Bio/Technology (1991) 9:1370-1372 ; Hay 等,Hum Antibody Hybridomas (1992) 3:81-85 ; Huse 等,科學(Science)(1989) 246:1275-1281 和 20 Griffiths 等,EMBO J (1993) 25(12):725-734。 此外,重組抗GAVE17抗體,如嵌合的和人源化的單 株抗體(同時包含人的和非人的部分)可以使用標準重組 DNA技術製備。該嵌合和人源化單株抗體可以通過本領 域已知的重組DNA技術產生,例如使用如下文獻中描述 -40- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(39)
的方法:PCT公開No. WO 87/02671 ;歐洲專利申請No· 184,187;歐洲專利申請No. 171,496;歐洲專利申請价· 173,494 ; CT 開 No. WO 86/ 01533 ; U.S·專利 No· 4,816,567 ;歐洲專利申請 No· 125,023 ; Better 等,Science 5 (1988) 240:1041-1043; Liu 等,Proc Natl Acad Sci USA (1987) 84:3439-3443; Lin 等,J Immunol (1987) 139:3521-3526; Sun 等,Proc Natl Acad Sci USA (1987) 84:214-218; Nishimura 等,Cane Res (1987) 47:999-1005; Wood 等, Nature (1985) 314:446-449; Shaw 等,J Natl Cancer Inst 10 (1988) 80:1553-1559; Morrison, Science (1985) 229:1202- 1207; Oi 等,Bio/Techniques (1986) 4:214; U.S· Pat· No. 5,225,539; Jones 等,Nature (1986) 321:552-525; Verhoeyan 專 ’ Science (1988) 239:1534; and Beidler 等,J Immunol (1988) 141:4053-4060。 15 特別需要完全人抗體以用於治療人類患者。該抗體可 經 濟 部 智 慧 財 產 局 員 工 消 費 合 作 社 印 製 應用轉殖基因小鼠製備,所述轉殖基因小鼠不能表現内源 免疫球蛋白重鏈和輕鏈基因,而能夠表現人的重鏈和輕鏈 基因。該轉殖基因小鼠可以用選擇的抗原(如GAVE17的 全部或一部分)以標準方式進行免疫。 20 定向對抗抗原的單株抗體可由常規的融合瘤技術獲 得。位於轉殖基因小鼠中的人免疫球蛋白轉殖基因在B細 胞分化過程中進行重排,並隨後經歷類型切換和體細胞突 變〇 這樣,應用該表位可鑑定出抑制GAVE17活性的抗 -41-
r-r rv. Α Λ 200402424 五、發明說明(40) 5 10 15 經濟部智慧財產局員工消費合作社印制衣 20 體。選殖體非人抗體的重鏈和軔 鍵並用於構建嗟菌體展示 的Fab片段。例如,可將重鏈基因選殖體到質粒載體中, =細菌分泌线。可將輕鏈基因制韻體外殼蛋sr:隼:人其可表現於物表面。使用與人輕鏈庫 (_收集)融合㈣隨❹表現非人重鏈的 2倾菌體展示雜合抗趙(人輕鏈/非人重鏈)。利用 从擇的抗原陶選能結合所選抗原的嗤菌體。可能需要幾輪 師選以鑑定出該噬菌體。 從選出的結合所選抗原的嗟菌體中分離人輕鏈基因。 然後利用選出的人輕鏈基因指導人重鏈基因的篩選如以 下所述。 將選出的人輕鏈基因插入細菌表現載體。表現選出的 人輕鏈的細_融合了人重鍵庫㈣菌體進行感染。產生 的子代噬菌體展示人抗體(人輕鏈/人重鏈)。 接著,使用選出的抗原陶選可結合選擇抗原的噬菌 體。選出的韻體展示完全人抗體,該抗體識別的表位與 最初選擇的非人單株抗體所識別的表位相同。分離同時編 碼重鏈和輕鏈的基因,並可進一步操作用於製備人抗體。 該技術參見 Jespers 等的描述(Bio/ Technol〇gy (1994) 12:899-903)。 抗-GAVE17抗體(如單株抗體)可通過標準技術(如親 和層析或免疫沈澱)用來分離GAVE17。抗—GAVE17抗體 可以促進從細胞中純化天然的GAVE17和表現於宿主細胞 中的重組產生的GAVE17。此外,抗-GAVE17抗體可用於 -42-
本紙張尺度適用中國國家標準(CJNS)A4規格(210x297公爱) 〇明3 200402424 A7
檢測GAVE17蛋自胃(如在細胞裂解物或細虹清液 評估GAVEH蛋白f的表現豐度和表財式。抗·㈣抓 抗體可用于診斷上作為臨床試驗方法的一部分來監測組織 中的蛋白質量’以便例如,確定特定治療方式的療效。 5 豸抗體與可檢測的物質偶聯可促進檢測的進行。可檢
測物質的實施例包括各種酶、輔基、螢光材料、發光材 料、生物發光材料和放射性材料。合適的酶的實例包括辣 根過氧化物酶、鹼性磷酸酶、半乳糖苷酶或乙醯膽鹼酯 酶。合適的輔基複合物的實例包括鏈黴親和素/生物素和 10抗生物素蛋白/生物素。合適的螢光材料的實例包括散形 酮、螢光素、異硫氰酸螢光素、羅丹明、二氣三畊基胺螢 光素、丹%醯氯或藻紅蛋白。發光材料的實例為魯米諾。 生物發光材料的實例包括螢光素酶、蟲螢光素和水母發光 蛋白。合適的放射性材料的實例包括nq、Ull、35S 重組表現載體和宿主細胞 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 本發明另一方面涉及含編碼GAVE17(或其一部分)的 核酸的載體,優選表現載體。如此處所用,術語“載體,,指 20能夠運輸與其相連的另一核酸的核酸分子。載體的一個類 型為“質粒”,是指可連入額外DNA區段的環狀雙鏈 DNA。載體的另一類型為病毒載體,其中可以將額外的 DNA區段連入病毒基因組。某些載體可在宿主細胞中自 主複氣(例如,具有細滅複製起點的細滅載體和游離型哺 -43- 200402424 A7 B7 五、發明說明(42 礼動,載體)。其他的載體(如非游離型的哺乳動物載體)在 導入布主細胞内時整合到宿主細胞基因組中,並因此隨宿 主基因組一同複製。此外,某些載體(表現載體)能夠指 導與其可操作地連接的基因的表現。通常,重組 DNA技 5術:應用的表現載體經常為質粒(載體)形式。然而,本發 =意在包括其他形式的表現載體,如可執行等價功能的病 毒載體(如複製缺陷逆轉錄病毒、腺病毒和腺相關病毒)。 經 濟 部 智 慧 財 產 局 員 工 消 費 合 作 社 印 製 本發明重組表現載體包含本發明的核酸,所述核酸以 適於在宿主細胞内表現的形式存在。這意味著重組表現載 1〇體包括-段或多段以用於表現的宿主細胞為基礎進行筛選 的雛序列,該序列可操作地連接待進行表現的核酸。在 重組表現載體内,“可操作地連接,,意指目的核苷酸序列連 接到調控序列上,其連接方式允許該核苷酸序列表現(例 如,在體外轉錄/轉譯系統中或當載體導入宿主細胞時在 15該宿主細胞中)。術語“調控序列,,旨在包括啟動子、增強子 和其他表現控制元件(如多聚腺苷酸化信號)。該調控序列 在如Goeddel,基因表現技術:酶學方法( Expression Technology: Methods in Enzymology) y〇i. 185, Academic press,San Diego, CA (1990)中有描述。調控序列 20包括那些指導核苷酸序列在多種宿主細胞中進行組成型表 現的序列(如組織特異的調控序列)。本領域内的技術人員 應當理解,表現載體的設計將依賴於選擇的進行轉形的宿 主細胞、所需蛋白質的表現量等因素。可以將本發明的表 現載體可導入宿主細胞中以產生此處描述的核酸編碼的蛋 -44- 本紙張尺度適用T國國家標準(CNS)A4規格(21〇 χ 297公釐) ------ 200402424 A7 B7 五、發明說明(43) 白質或肽(如GAVE17蛋白質、突變體形式的GAVE17和 融合蛋白等)。 本發明的重組表現載體可設計用於在原核或真核細胞 中表現GAVE17 ’所述細胞有例如,細菌細胞(如大腸桿 5菌)、昆蟲細胞(用桿狀病毒表現載體)、酵母細胞或哺乳動 物、、、田胞。合適的布主細胞在之前的Goebel的文獻中有討 論。備選地,重組表現載體可應用如噬菌體轉錄調控元件 和蛋白質在體外進行轉錄和轉譯,其中所述元件和蛋白質 如T7啟動子和/或T7聚合酶。 10 蛋白質在原核細胞内的表現大都在大腸桿菌中使用載 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 體進行,所述載體含有指導融合或非融合蛋白表現的組成 型或誘導型啟動子。融合載體在其編碼的蛋白質上添加了 一些胺基酸,這些胺基酸通常添加到重組蛋白的氨基端。 該融合載體一般有三種用途:^提高重組蛋白的表現;2) 15提高重組蛋白的溶解度;和3)在親和純化中作為配體協助 重組蛋白的純化。通常,融合表現載體中在融合部分和重 組表現蛋白的連接處導入有一個蛋白水解切割位點,從而 使得可以在純化融合蛋白後使重組蛋白得以和融合部分分 離。此類酶和關聯識別序列包括Xa因數、凝血酶和腸激 20酶。典型的融合表現載體包括PGEX (Pharmacia Biotech
Inc ; Smith 等,基因(Gene)(1988) 67:3M0)、PMAL (New England Biolabs,Beverly,MA)和 pRiTS (Pharmacia,
Piscataway,NJ),三者分別將麩胱甘肽5_轉移酶(GST)、麥 穿糖E結合蛋白質或蛋白質a融合到乾重組蛋白上。 -45- 張尺度週用甲國國豕標準(CNS)A4規格(210x297公釐)
雜S 200402424 A7 B7 五、發明說明(44) 合適的誘導型非融合大腸桿菌表現載體的實例包括 pTrc (Amann 等,基因(Gene)(1988) 69:301-315)和 pET lid (Studier等,基因表現技術:酶學方法(Gene Expression Technology: Methods in Enzymology), Academic Press,San 5 Diego, California (1990) 185:60-89)。pTrc 載體上靶基因的 表現依賴于宿主RNA聚合酶從雜合trp-lac融合啟動子起 始轉錄。 使大腸桿菌中重組蛋白表現最大化的一個策略是在蛋 白水解切割重組蛋白的能力被削弱的宿主中表現蛋白 10 (Gottesman,基因表現技術:酶學方法,Academic Press, San Diego, California (1990) 185:119-128)。另一策略是改 變待插入表現載體的核酸的核酸序列,以使編碼每一胺基 酸的各密碼子都為優選在大腸桿菌中應用的密碼子(Wada 等,核酸研究(Nucleic Acids Res)(1992) 20:2111-2118)。對本 15 發明核酸序列進行此類改變可通過標準的DNA合成技術 完成。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 在另一實施方案中,GAVE17表現載體為酵母表現載 體。用於在酵母(如釀酒酵母(S· cerevisiae))中表現的 載體的實例包括 pYepSecl (Baldari 等,EMBO J (1987) 20 6:229_234)、pMFa (Kurjan 等,細胞(cell)(1982) 30:933· 943)、pJRY88 (Schultz 等,*0(Gene)(1987) 54:113, 123)、pYES2 (Invitrogen Corporation, San Diego,CA)和 pPicZ (Invitrogen Corp,San Diego, CA) 〇 備選地,GAVE17可應用杆狀病毒表現載體在昆蟲細 -46- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(45 ) 胞中表現。現有可用于在培養的昆蟲細胞(如Sf 9細胞)中 表現蛋白的桿狀病毒載體包括pAc系列(Smith等,分子細 胞生物學(Mol Cell Biol)(1983) 3:2156-2165)和 pVL 系列 (Lucklow 等,病毒學(Virology)(1989) 170:31-39)。 5 而在另一實施方案中,本發明的核酸使用哺乳動物表 現載體在哺乳動物細胞中進行表現。哺乳動物表現載體的 實例包括 pCDM8 (Seed,自然(Nature)(1987) 329:840)和 pMT2PC (Kaufman 等,EMBO J (1987) 6:187-195)。當用於 哺乳動物細胞時’表現載體的控制功能常由病毒調控元件 10提供。例如,通常應用的啟動子來自多瘤病毒、腺病毒 2、巨細胞病毒和猿病毒40。對於其他適用于原核和真核 細胞的表現系統,見之前Sambrook等的文獻的第16和 17章。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 在另一實施方案中,重組哺乳動物表現載體能夠指導 15 核酸優選地在特定的細胞類型中表現(例如,應用組織特 異的調控元件表現核酸)。組織特異的調控元件在本領域 内是公知的。合適的組織特異性啟動子的非限定實例包括 白蛋白啟動子(肝臟特異;Pinkert等,Genes Dev (1987) 1:268-277),淋巴特異的啟動子(Calame 等,Adv Immunol 20 (1988) 43:235-275),特別是 T 細胞受體(Winoto 等, EMBO J (1989) 8:729-733)和免疫球蛋白(Banerji 等,細胞 (Cell)(1983) 33:729-740 ; Queen 等,細胞(Cell)(1983) 33:741-748)的啟動子,神經元特異的啟動子(如神經絲蛋 白啟動子;Byrne等,美國科學院院刊(Pr〇c Natl Acad USA) -47- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 x 297公釐) 'r-.'A'r Ά 200402424 A7 B7 五、發明說明(46) (1989) 86:5473-5477),胰腺特異的啟動子(Edlund等科學 (Science)(1985) 230:912-916)和乳腺特異的啟動子(如奶乳 清蛋白啟動子;美國專利No. 4,873,316和歐洲申請ν〇· 264,166)。發育調節的啟動子也包括在内,如鼠h〇x啟動 5 子(Kessel 等,科學(Science) (1990) 249:374-379)和曱胎蛋 白啟動子(Campes 等,Genes Dev (1989) 3:537-546)。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 本發明還提供含本發明的DNA分子的重組表現載 體,其中該DNA分子以反義方向選殖在表現載體中。也 就是,DNA分子可操作地連接到調控序列上,該連接方 10 式使得可以表現產生與GAVE17 mRNA反義的RNA分子 (通過轉錄該DNA分子)。可以對可操作地連接反向選殖的 核酸的調控序列進行選擇以指導反義RNA分子在多種細 胞類型中持續表現。例如,可選擇病毒啟動子和/或增強 子或調控序列以指導反義RNA實現組成型、組織特異性 15 或細胞類型特異性表現。反義表現載體的形式可為重組質 粒、嗤產粒或減毒病毒’其中在南效調控區域的控制下產 生反義核酸,其活性由載體導入的細胞的類型決定。反義 基因的基因表現調控的討論見Weintraub等(1^¥丨^卜 Trends in Genetics, Vol. 1(1)1986) ° 20 本發明的另一方面涉及已導入本發明的重組表現载體 的宿主細胞。術語“宿主細胞”和“重組宿主細胞,,在此處可 互換使用。應當理解,該術語不僅指特定的受試細胞,也 指該細胞的後代或潛在後代。由於突變或環境影響在傳代 過程中可發生某些改變,這樣,後代實際上可能並非與親 -48- ^喪尺度適用I7國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(47 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 代細胞相同’但其仍包括在此處所用術语的範圍之内。 宿主細胞可為任意的原核或真核細胞。例如,GAVE1 蛋白質可在細菌細胞(如大腸桿菌)、昆蟲細胞、酵母或 哺乳動物細胞(如NIH 3T3細胞)中表現。其他合適的宿主 5 細胞為本領域内的技術人員公知。載體DNA可通過常規 轉形或轉染技術導入原核或真核細胞中。如此處所用,術 語“轉形,,和“轉染,,意指本領域内公知的各種將外源核酸 (如DNA)導入宿主細胞的技術,包括磷酸鈣或氯化鈣 共沈澱、轉導,DEAE-葡聚糖-介導的轉染,脂轉染或電穿 10 孔。 對於哺乳動物細胞的穩定轉染,已知根據應用的表現 載體和轉染技術,僅一小部分的細胞可將外源DNA整合 到基因組中。為鑑定和篩選整合體,一般將編碼選擇標記 的基因(如抗生素抗性基因)與目的基因一同導入宿主細 15胞。優選的選擇標記包括那些可賦予藥物抗性的基因,所 述藥物如G418、潮黴素和氨曱蝶呤。編碼選擇標記的核 酸可與編碼GAVE17的基因位於同一載體上被導入宿主細 胞或可以位於不同的載體上導入。經導入核酸穩定轉染的 細胞可通過藥物篩選進行鑑定(例如,摻入了選擇標誌基因 的細胞將存活,而其他細胞死亡 載體也可帶有内源基因序列來促使向宿主細胞基因組 進行同源重組整合。 本發明的宿主細胞(如培養的原核或真核宿主細胞) 可用於產生(即表現)GAVE17蛋白質。因此,本發明進一 20 ♦ 計 線 -49- 200402424 A7 B7 五、發明說明(48) 步提供了通過應用本發明的宿主細胞產生GAVE17蛋白質 的方法。在一個實施方案中,該方法包括在合適的培養基 中培養本發明的宿主細胞(編碼GAVE17的重組表現載體 已經導入了該細胞),由此使GAVE17蛋白質得以產生。 5 在另一實施方案中,該方法還包括從培養基或宿主細胞中 分離 GAVE17。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 在另一實施方案中,GAVE17被包含在誘導型表現系 統中用於其他亞選殖體到修飾表現載體上的蛋白質的重組 表現。例如,包含突變G蛋白的宿主細胞(例如,酵母細 10 胞、Y2腎上腺皮質細胞和cyc- S49,見美國專利Nos. 6,168,927 B1,5,739,029 和 5,482,835 ; Mitchell 等,美國科 學院院刊(Proc Natl Acad USA)(1992) 89(19):8933-37 和 Katada 等,生物化學雜誌(J Biol Chem)(1984) 259(6):3586-95)用含有編碼GAVE17的核酸序列的第一表現載體進行 15 轉導,其中該GAVE17在宿主細胞中進行功能表現。儘管 表現的GAVE17具有組成型活性,但突變的存在不允許信 號轉導發生;即,不啟動G-蛋白指導的下游級聯放大(例 如,不啟動腺苷環化酶)。隨後,用第二表現載體轉導包 含GAVE17的宿主細胞。除待通過此誘導型系統進行表現 20 的目的基因外,第二載體包含與宿主細胞G蛋白突變體互 補的結構基因(即,哺乳動物或酵母的功能性Gs、Gi、G。 或Gq,例如,見PCT公開No. WO 97/48820 ;美國專利 Nos· 6,168,927 B1、5,739,029 和 5,482,835)。第二載體的 互補結構基因為可誘導的;即,處於外源添加的化合物 -50- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(49) (如四環素、IPTG、小分子等,見之前的Sambrook等的文 獻)的控制下,所述化合物可以啟動與所述互補結構基因 可操作連接的啟動子。加入誘導劑後,該互補結構基因編 碼的蛋白質進行功能性表現,結果具有組成型活性的 5 GAVE17將形成複合體,導致適當的下游通路的啟動(例 如,形成第二信使)。第二載體包含的目的基因具有可操 作連接的啟動子,所述啟動子可以由合適的第二信使(如 CREB和API元件)啟動。這樣,當第二信使積聚時,目 的基因上游的啟動子被啟動以表現所述基因的產物。缺乏 10 誘導劑時,目的基因的表現關閉。 在優選的實施方案中,用於此誘導型表現系統的宿主 細胞包括但不限於,S49 (cyc〇細胞。儘管本發明考慮包含 G-蛋白突變的細胞系,但也可以人工製備/構建出合適的 突變體(見針對酵母細胞的美國專利Nos. 6,168,927 B1、 15 5,739,029 和 5,482,835)。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 在相關的方面,細胞用與如下cDNA可操作連接的載 體轉形,所述cDNA包含編碼SEQ ID NO:2中所示蛋白質 的序列。該系統包含的第一和第二載體可以考慮包括但不 限於,pCDM8(Seed,自然(Nature)(1987) 329:840)和 20 pMT2PC (Kaufman 等,EMBO J (1987) 6:187-195)、 pYepSecl (Baldari 等,EMBO J (1987) 6:229-234)、pMFa (Kurjan·,細胞(Cell) (1982) 30:933-943)、pJRY88 (Schultz 等,基因(Gene) (1987) 54:113-123)、pYES2 (Invitrogen Corporation,San Die会〇,CA)和 pPicZ (Ifivitrogen Corp,San -51- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(50 )
Diego, CA) 〇 又,宿主細胞可通過適宜的方法轉染,其中轉染導致 了功能性GAVE17蛋白質的表現(例如,Sambrook等,同 上和Kriegler,基因轉移和表現:,實驗室指南(Gene 5 Transfer and Expression: A Laboratory Manual) ? Stockton Press, New York,NY,1990)。該“功能性蛋白質”包括但不限 於,一經表現即可與G-蛋白形成複合體的蛋白質,其中 該G-蛋白調節第二信號的形成。 在再一相關的方面,考慮用於目的基因的啟動子包括 10 但不限於,那些來自多瘤病毒、腺病毒2、巨細胞病毒和 猿病毒40的啟動子。其他的表現構建體組合也適用於此 誘導型系統(見,Sambrook等,同上和Kriegler,同上)。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 表現GAVE17的轉形體可由多種方法鑑定,例如應用 特異抗體或利用GAVE17的功能,如在以下進一步詳細描 15述的。這樣,轉形體可通過對核苷酸的親合力進行鑑定。 可應用標記的核苷酸評估與表現GAVE17的轉形體的結 合。成功的轉形體也可通過結合核苷酸後GAVE17的功能 進行鑑定。作為GPCR,GAVE17顯示出已知的GPCR活 性,如肌醇的磷酸化、cAMP量的調節或特定蛋白質的鱗 20酸化’其中磷酸化作用使特定的蛋白質活化或失活。此處 提供了用於監測配體結合及GAVE17功能的方法,且這些 方法在本領域内是公知的。 一 本發明的宿主細胞也可用於製備非人轉殖基因動物。 例如在個實化方案中,本發明的宿主:細胞為受精的印 -52-
200402424 Α7 Β7 五、發明說明(S1 母細胞或胚胎幹細胞,所述細胞已導入編碼GAVE17的序 列。然後該宿主細胞可以用於產生基因組中導入了 GAVE17序列的非人轉殖基因動物,或產生其内源 GAVE17序列已發生改變的同源重組動物。該動物用以研 5究GAVE17的功能和/或活性,以及用於鑑定和/或評估 GAVE17活性的調節劑。如此處所用,“轉殖基因動物,,為 非人動物’優選地為哺乳動物,更優選地為齧齒類動物如 大鼠或小鼠’其中動物的一個或多個細胞包含轉殖基因。 轉殖基因動物的其他實例包括非人靈長類、綿羊、狗、 10 牛、山羊、雞和兩棲動物等。 轉殖基因是導入細胞且一般導入細胞基因組中,並在 細胞發育成轉殖基因動物後保留在成熟動物的基因組内的 外源DNA。轉殖基因指導編碼的基因產物在轉殖基因動 物的一種或多種細胞類型或組織中表現。如此處所用, 15 同源重組動物”為非人動物,優選地為哺乳動物,更優選 地為小鼠,其内源GAVE17基因已通過同源重組發生改 變。這在動物發育之前,在内源基因以及導入動物細胞 (如動物的胚胎細胞)的外源DNA分子間完成。 本發明的轉殖基因動物可以通過將編碼GAVE17的核 20酸導入(如通過顯微注射或逆轉錄病毒感染)受精卵母細 胞的雄性原核、並允許卵母細胞在假孕的雌性代孕動物内 發育來產生。GAVE17 cDNA序列(如(SEQ ID ΝΟ··1)中的 序列)可作為轉殖基因導入非人動物的基因組中。備選 地,人GAVE17基因的非人同系物(如小鼠gavei7美 -53- 本紙張尺度適用甲國國家標準(CNS)A4規格(210χ297公釐) 言 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 線
經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 A7 B7 五、發明說明(52) 一 因)可基於與人GAVE17 cDNA雜交進行分離,並用作轉 殖基因。内含子序列和聚腺苷酸化信號也可包括在轉殖基 因内,以提高轉殖基因的表現效率。組織特異的調控序列 可以以可操作方式連接GAVE17轉殖基因以指導GAVE17 5蛋白質在特定細胞内表現。用於通過胚胎操作和顯微注射 產生轉殖基因動物(特別是諸如小鼠等動物)的方法是本 領域内的常規操作,且可參見如美國專利N〇s· 4,736,866 和 4,870,009、美國專利 Νο· 4,873,191 和 H〇gan,小鼠胚 胎的操作(Manipulating the Mouse Embryo) (Cold Spring 10 Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,Ν·Υ·,1986)。 相似的方法可以用於產生其他轉殖基因動物,所述轉殖基 因動物在基因組中存在轉殖基因和/或在動物的組織或細 胞内表現GAVE17 mRNA。起始的轉殖基因動物可用來繁 殖其他的攜帶轉殖基因的動物。此外,攜帶編碼GAVE17 15的轉殖基因的轉殖基因動物可進一步被培育成攜帶其他轉 殖基因的轉殖基因動物。 為生成同源重組動物,製備出含至少部分GAVE17基 因(例如,人或非人GAVE17基因同系物,如鼠GAVE17 基因)的載體,所述部分GAVE17基因中已經導入缺失、 20添加或替代因而可以改變GAVE17基因(如功能性破 壞)。在優選的實施方案中,設計載體,以致在同源重組 後可破壞内源GAVE17基因的功能(即,不再編碼功能蛋 白質;也稱為“剔除”載體)。 備選地,可設,計載體,以便在同源重組後内源 -54- 本紙張尺度適用中國國家孫準(CNS)A4規格(210x297公楚)
ΰΰΟ / 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 A7 B7 五、發明說明(53) GAVE17基因發生突變或改變但仍編碼功能蛋白質(例如, 可改變上游調控區域由此改變内源GAVE17蛋白質的表 現)。 在此同源重組載體中,改變的GAVE17基因部分在5, 5和31端被GAVE17基因的其他核酸包圍,從而允許在載體 攜帶的外源GAVE17基因和存在於胚胎幹細胞内的内源 GAVE17基因之間發生同源重組。此其他的兩翼GAVE17 核酸的長度應足以使與内源基因的重組成功進行。一般 地,載體内包括幾千域基的側翼DNA (5,及3,端)(例如參 10 見’ Thomas等,細胞(Cell) (1987) 51:503中對同源重組 載體的描述)。 將載體導入(如通過電穿孔)胚胎幹細胞系,且篩選出 導入的GAVE17基因與内源GAVE17基因發生同源重組的 細胞(例如參見,Li等,細胞(Cell) (1992) 69:915)。然後將 15篩選出的細胞注射到動物(如小鼠)的胚泡中以形成嵌合 集合體(例如參見 ’ Bradley,Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cellsi A Practical Approach, Robertson j 編,IRL,Oxford,(1987) pp· 113-152)。然後將嵌合胚胎植 入合適的假孕雌性代孕動物,並使胚胎生長足月。在生殖 20 細胞中帶有同源重組DNA的子代可用於繁殖動物,通過 轉殖基因的生殖系傳送,所繁殖的動物的所有細胞都將含 有同源重組的DNA。 用於構建同源重組載體和同源重組動物的方法可以進 一步參見 Bradley, Current Opinion in Bio/Technology -55- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐)
200402424 A7 B7 五、發明說明(54) (1991) 2:823-829 和 PCT 公開 Nos· WO 90/11354、WO 91 /01140、WO 92/0968 和 WO 93/04169 中的描述。 在另一實施方案,產生的轉殖基因非人動物可含有所 選系統以允許調控轉殖基因的表現。,該系統的一個實例為 5 嗟菌體P1的cre/loxP重組酶系統。為對cre/loxP重組 酶系統的描述參見如Lakso等,美國科學院院刊(Pr〇c Natl Acad USA))(1992) 89:6232-6236。重組酶系統的另一實例 為釀酒酵母(S· cerevisiae)的FLP重組酶系統(O’Gorrnan 等,科學(Science) (1991) 251:1351-1355)。如果 cre/loxP 10 重組酶系統被用於調控轉殖基因的表現,則需要同時含有 編碼ere重組酶和選定蛋白的轉殖基因的動物。該動物可 通過構建“雙”轉殖基因動物,例如通過兩轉殖基因動物 的交配來提供,所述動物中一個含有編碼選定蛋白的轉殖 基因而另一個含有編碼重組酶的轉殖基因。 I5 此處描述的非人轉殖基因動物的選殖體可根據以下文 獻描述的方法製備,Wilmut等,自然(Nature) (1997) 385:810-813 和 PCT 公開 Nos· WO 97/07668 和 WO 97/ 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 07669。簡言之,可以分離轉殖基因動物的細胞(如體細 胞),誘導其脫離生長周期並進入G〇期。然後,通過應用 20如電脈衝將此靜止細胞與去除細胞核的卵母細胞融合,所 述去核卵母細胞與分離的靜止細胞來自同一動物物種。然 後培養重建的卵母細胞以使其發育成桑椹胚或胚細胞,然 後將其轉移到假孕的雌性代孕動物體内。雌性代孕動物生 月的後代即是所分離的細胞(如體細胞)的來源動物的選 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(2i〇x5 -56- 200402424 A7 B7 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 五、發明說明(55) 殖體。 藥物組合物 本發明的GAVE17核酸分子、GAVE17蛋白質和抗-5 GAVE17抗體(此處也稱作“活性化合物”)可摻入到適於施 用的藥物組合物中。該組合物一般包含此核酸分子、蛋白 或抗體’以及藥學可接受載體。如此處所用,術語“藥學 可接受載體”意在包括任何及所有適合藥物施用的溶劑、 分散介質、賦形劑、載體、稀釋劑、包衣材料、抗菌藥和 1〇抗真菌劑、等滲劑和延遲吸收劑等。對藥物活性物質應用 這些’I質和藥劑是本領域熟知的。除了與活性化合物不相 容的外,任何常規介質或藥劑均可考慮應用在組合物内。 還可以將辅助活性化合物摻入組合物中。 將本發明的藥物組合物進行配製以使其適合於預定的 15施用途徑。施用途徑的實例包括腸胃外用藥,例如靜脈 内、皮内和皮下、經口(如吸入)、經皮(局部的經粘 膜和直腸用藥。用於腸胃外、皮内和皮下給藥的溶液或懸 液可包括以下成分:無菌稀釋劑(如用於注射的水^睫 溶液、不揮發油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其他合^ 2〇 抗菌劑如基醇或經苯甲酸甲醋;抗氧化劑如^二 酸或亞硫酸氫納;螯合劑如EDTA ;緩衝液如错‘壞= 檬酸鹽或磷酸鹽以及用於調整滲透壓的試劑如氣化二〆二 萄糖。PH的調整可應用酸或域,如Ηα或Na〇ii。或葡 外製劑可封閉在安飯瓶、一次性注射器或多劑 腸胃 瓶(玻
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200402424 A7 B7 五、發明說明(56) 璃或塑膠製成)中用以存儲。 適於注射用藥的藥物組合物包括無菌水性溶液(水可 混溶的)或分散液,以及用於隨時製備無菌注射液或分散 液的無菌粉末。對於靜脈内施用,合適的載體包括生理鹽 5 水、抑 g 水、Cremophor El® (BASF; Parsippany,NJ)或磷 酸鹽,衝溶液(PBS)。在所有的情況中,組合物必須無菌 且應是易於注射的流體。組合物在生產和儲存條件下必須 穩疋且必須避免微生物(如細菌和真菌)的污染。載體 可為溶劑或分散介質,含有如水、乙醇、多元醇(如甘 10油丙一醇和液態聚乙二醇等)和其適宜的混合物。適當 的流動性可通過例如使用包衣材料(如卵磷脂),在分散 齊J的h況下保持所需的粒子大小和應用表面活性劑來維 持。夕種抗菌劑和抗真菌劑可用來預防微生物的作用,如 對經苯甲酸酷、氯代丁醇、苯盼、抗壞血酸、乙基采硫代 15水揚酸鈉等。在許多情況下,組合物中優選包括等滲劑, 例如糖、聚醇(如甘露醇、山梨糖醇)或氯化鈉。可注射 組合物的延時吸收可以通過在組合物中加入延緩吸收的試 劑實現’所述試劑如單硬脂酸鋁和凝膠。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 無菌注射溶液的製備可以按如下進行:將活性化合物 20 (如GAVEH蛋白質或抗-GAVE17抗體)以所需數量與以上 所列成分中的一種或其組合(按需要)摻入到適當的溶劑 中,之後過濾除菌。一般地,分散劑的製備方式是將活性 化合物摻入到含鹼性分散介質和所需其他成分(來自以上 列舉的成分)的無菌賦形藥中。對於配製用於無菌注射溶 -58- ^^尺度適用中國國家蘇商§_)A4規格(210_?分7公楚]---------- 200402424 A7 B7 五、發明説明(57 液的無菌粉末’優選的製備方法是真空乾燥和冷束乾燥, 從預先過濾除菌的溶液產生含有活性成分及任何額外所需 成分的粉末。 口服組合物-般包括惰性稀釋液或可食用的載體。细 5合物可密封於凝膠膠囊中或壓成片劑。為用於口服治療性 施用目的,可以將活性化合物加入賦形劑中並以片劑、錠 劑或膠囊形式使用。口服组合物也可用流體 作漱劑,其中流體載體中的化合物經口應用、漱口然後吐 出或咽下。 10 藥學相容的粘合劑和/或輔藥可包括為組合物的部 分。片劑、丸劑、膠囊、錠劑等可含有以下任一種成分或 具有類似性質的化合物:粘合劑,如微晶纖維素、黃蓍膠 或凝膠;賦形劑如澱粉或乳糖;崩解劑如藻酸,Primogel 或玉米澱粉;潤滑劑如硬脂酸鎂或Ster〇tes ;助流劑如膠 15體二氧化矽;甜味劑如蔗糖或糖精;或調味劑如薄荷、水 楊酸甲基酯或橙味調味品。用於吸入施用時,化合物以氣 溶膠喷霧形式遞送,氣溶膠可由含合適推進劑(例如,氣 經 濟 部 智 慧 財 產 局 員 工 消 費 合 作 社 印 製 體如二氧化碳)的加壓容器或分配器(dispenser)或喷霧 器產生。 ' 2〇 全身施用也可通過經皮或經粘膜途徑進行。對於經皮 或經粘膜施用,可將對待滲透的屏障而言適宜的滲透劑用 於製劑中。該滲透劑一般在本領域内公知,且包括如用於 經粘膜施用的去污劑、膽鹽和梭鏈孢酸衍生物。經粘膜施 用可通過應用鼻喷霧或栓劑完成。對於經皮施用,活性化 -59- \纸張尺麟t目目蘇準(cnS)A4 SBbi 200402424 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 A7 B7 五、發明說明(58) 合物的劑型可以為本領域内公知的軟膏、油膏、凝膠或霜 劑。化合物也可以製備成栓劑(例如,應用常規栓劑基質 如可可油或其他甘油酯)或灌腸滯留劑形式直腸遞送。 在一個實施方案中,活性化合物應用可以保護化合物 5避免其從體内被快速清除的載體進行配製,例如控釋製 劑’包括楂入物和微囊化遞送系統。可以應用可生物降解 的生物相谷性聚合物,如乙稀乙酸乙烯酯、聚軒、聚乙醇 酸、膠原、聚原酸酯和聚乳酸。 用於製備這些製劑的方法對本領域内的技術人員而言 10是顯而易見的。材料也可從供應商處獲得,如Alza公司 和Nova Pharmaceuticals,Inc·。也可用脂質體懸液(包括帶 有單株抗體靶向感染細胞的脂質體)作為藥學可接受載 體。這些可根據本領域内技術人員公知的方法製備,如參 見美國專利Νο·4,522,811中的描述。 15 配製單位劑量形式的口服或腸道外用藥組合物是特別 有利的,這可以利於施用及劑量的一致性。此處應用的單 位劑量形式指在物理上不連續的適用于作為整體給予待治 療患者的單位;每一單位含預定量的活性化合物,該數量 的活性化合物與所需的藥物載體聯合可產生所需的治療效 20 應。根據疾病的類型及嚴重程度,施用給患者的起始候選 劑量為約 1 pg/kg 到 15 mg/kg (如 0·1_20 mg/kg)的抗 體’無論是,例如,通過一次或多次單獨施用或是通過連 續輸注。根據以上提及的因素,典型的每日劑量可為約1 Kg/kg到100 mg/kg或更大。對於超過幾天或更長的重 -60- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐)
200402424 ίο 15 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 20 發明說明(分) 復施用,根據疾病,治療可持續進行直到發生了所需的對 疾病症狀的抑制。但是,其他給藥方案也可以使用。治療 的進程由常規的技術和試驗可以容易地進行監測。一示例 性劑給藥方案在WO 94/04188中公開。用於本發明單位 劑量形式的規格決定於且直接依賴於活性化合物的獨特特 f生待獲彳于的具體治療效果以及複合該活性化合物用於個 體治療時本領域所固有的限制。 可將本發明的核酸分子插入載體並用作基因治療載 體。將基因治療載體遞送給患者可通過如靜脈注射、局部 施用(美國專利No· 5,328,470)或通過立體定位注射(例如參 見 ’ Chen 等’美國科學院院刊(pr〇c Natl Acad USA) (1994) 91:3054-3057)進行。基因治療載體的藥物製劑可以在可接 义稀釋劑中包括基因治療載體;或可以包含其中埋植有基 因遞送工具的緩釋基質。備選地,當整個基因遞送載體可 從重組細胞中完整產生時,例如反轉錄病毒載體,藥物製 劑可包括一個或多個產生此基因遞送系統的細胞。 藥物組合物可與施用說明書一起包含在容器、包裝或 分配器内。 本發明的應用和方法 此處描述的核酸分子、蛋白質、蛋白質同系物和抗體 可用於一種或多種以下的方法中:a)篩選試驗;b)檢測試 驗(例如,染色體作圖、組織分型、法醫生物學);c)預測 醫學(例如,診斷試驗、預後試驗、監測性臨床檢查和藥 -61- 本紙張尺度適用中國國冢標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 計 線 200402424 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 A7 B7 五、發明說明(60 ) 物基因組學);和d)治療方法(如治療性和預防性的)。 GAVE17蛋白質與其他細胞蛋白質相互作用,因此可用於 ⑴調節細胞增殖·,(ii)調節細胞分化;和(iii)調節細胞存 活。本發明的分離的核酸分子可用于表現GAVEi7蛋白質 5 (例如,在佰主細胞中通過重組表現載體表現用於基因治 療)’用於檢測GAVE17 mRNA (如在生物樣本中)或用於檢 測GAVE17基因中的遺傳損傷以及用於調節GAVE17活 性。此外,GAVE17蛋白質可用於篩選能調節gAVE17活 性或表現的藥物或化合物,以及用於治療紊亂,所述紊亂 1〇的特徵為GAVE17蛋白質產生不足或過量,或產生的 GAVE17蛋白質形式與GAVE17野生型蛋白質相比活性降 低或異常。此外,本發明抗-GAVE17抗體可用於檢測和分 離GAVE17蛋白質,以及用於調節GAVE17活性。本發明 進一步涉及通過以上描述的篩選試驗鑑定到的新型藥劑, 15 及其在此處描述的治療中的用途。 A·篩選試驗 存在内源配體時啟動G蛋白質受體將允許G蛋白受 體複合體形成,由此導致GTP結合G蛋白。G蛋白的 20 GTPase結構域可以將GTP緩慢水解為GDP ,在正常情況 下導致受體失活。但組成型啟動的受體會持續將GDp轉 變成GTP。 G蛋白的不可水解受質[35S]GTPyS可用於監測G蛋白 與胞膜增強的結合作用,其中所述胞膜表現組成型啟動的 -62-
五 61 200402424 受體。Trayn〇r和Nahorski報道’ ps]GTp<yS可用於監測 在存在或缺乏配體時與膜偶聯的G蛋白(Μ〇1 (1995) 47(4):848-54)。該試驗系統優選用於候選化合物的 起始篩選’因為該系統可通聽所有G蛋白偶聯受體,而 5不必考慮與受體結合的具體G蛋白的種類。
Gao刺激腺苷環化酶,而Gi和G。抑制該酶。如在本 領域内所公知的,腺苷環化酶催化ATP向cAMP轉形; 因而,偶聯Gs蛋白的組成型活化GPCr將與提高的cAMp 細胞量相關聯。備選地,偶聯Gi(或G。)蛋白的組成型活化 10 GCPRs將與降低的CAMP細胞量相關聯,參見“突觸傳導 的間接機制(Indirect Mechanism of Synaptic Transmission ) ”,第8章,從神經元到腦(yd Ed),
Nichols 等編,Sinauer Associates,Inc” 1992。GAVE17 刺 激導致cAMP量降低,因而,GAVE17不與Gs發生相互 15 作用。因此,檢測cAMP的試驗可用於判定候選化合物是 否為受體的反向激動劑。本領域内已知的多種測定cAMP 的方法均可以使用。在一個實施方案中,抗-cAMP抗體用 於基於ELISA的試驗中。在另一實施方案中,則考慮全細 胞第二信使報告系統(見PCT公開No. W0 00/22131)。 20 某些G蛋白,如G。和Gq,與磷脂酶C的啟動相關, 所述磷脂酶又可水解磷脂PIP2釋放出兩個胞内信使:甘 油二酯(DAG)和1,4,5-三磷酸肌醇(IP3)。IP3積聚的增加與 Gq-相關受體和G。-相關受體的啟動相關聯(PCT公開No. WO 00/22131)。檢測IP3積聚的試驗可用於判定候選化 -63- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 'Λ V 0000
經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 A7
i=lGq·相關受體或G。-相關受體的反向激動劑。 賴"的填Γ,。用AP1報告試驗檢測’該試驗檢測Gq-依 疋否引起了含AP1元件的基因的啟動。這 W純态ιηΓ'·相關受體將顯示為該基因表現的增強,而 反向激動劑將顯示為該表現的減弱。 、里了用於鑑定調節劑的方法(此處也稱作“篩
St ^ 節料綠合G細17蛋自質或對例如 選 物 10 15 20 現或GAVE17活性具有刺激或抑制效應的候 ^測試化合物或試劑(例如,肽、肽類比 (Ρ_—Μ、小分子或其他藥物)。 〜候合物可為核苷酸衍生物,且特別是嗓呤核苷酸 何生物。何生物意指修飾的嗓吟核苷酸,其修飾的方式並 ^反向影響其結合和啟動GAVE17的能力而是提供了其他 藥理學優點,如血清半衰期延長。 在個只鈿方案中,本發明提供用於篩選如下候選或 測試化合物的試驗,所述化合物能結合膜結合形式的 GAVE17蛋白質、多肽或其生物活性部分或調節其活性。 本發明的測試化合物可應用本領軸公知的組合文庫方法 中的?手段之種獲得,包括··生物庫;可空間定址 的平行固相或液相庫;需要去褶合(deC〇nv〇lmion)的合 成庫方法;“單珠單化合物,,財法;和應用親和層析^ 擇的合成庫方法。生物庫方法限於肽庫,而其他四種方法 適用於肽、非肽寡聚體或小分子化合物庫(Lam,抗癌藥物 研究(Anticancer Drug Des) (1997) 12:145) 〇 -64- ^^尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公爱) 200402424 A7 B7 五、發明說明(63) 用於合成分子庫的方法的實例可在本領域内發現,例 如:DeWitt等,美國科學院院刊(Proc Natl Acad USA) (1993) 90:6909 ; Erb 等,美國科學院院刊(Proc Natl Acad USA) (1994) 91:11422 ; Zuckermann 等,J Med Chem (1994) 5 37:2678; Cho 等,科學(Science) (1993) 261:1303 ; Carrell 等,Angew Chem Int Ed Engl (1994) 33:2059 ; Carell 等, Angew Chem Int Ed Engl (1994) 33:2061 和 Gallop 等,J Med Chem (1994) 37:1233。 化合物庫可呈現在溶液中(例如,Houghten Bio / 10 Techniques (1992) 13:412-421)或珠子上(Lam,自然 (Nature)(1991) 354:82-84)、晶片上(Fodor,自然(Nature) (1993) 364:555-556 )、或呈現為細菌(美國專利No· 5.223.409) 、孢子(美國專利 Nos· 5,571,698 ; 5,403,484 和 5.223.409) 、質粒(Cull等,美國科學院院刊(ProcNatlAcad 15 USA) (1992) 89:1865-1869)或噬菌體形式(Scott 等,科學 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 (Science) (1990) 249:386-390 ; Devlin,科學(Science) (1990) 249:404-406; Cwirla 等,美國科學院院刊(Proc Natl Acad USA) (1990) 87:6378-6382 ;和 Felici,分子生物學雜 誌(JMol Biol) (1991)222:301-310)。 20 在一個實施方案中,試驗為基於細胞的試驗,其中在 細胞表面表現膜結合形式的GAVE17蛋白質(或其生物活 性部分)的細胞與受試化合物接觸,並測定受試化合物結 合GAVE17蛋白質的能力。例如,細胞可為酵母細胞或哺 乳動物來源的細胞。測試化合物與GAVE17蛋白質結合能 -65- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(64 ) 力的測定可以通過例如以下方式進行:將測試化合物與放 射性同位素或酶標記偶聯,這樣測試化合物與 GAVE17 蛋 &質或其生物活性部分的結合^通過檢測複合物中的標記 北合物進彳丁確定。例如,測試化合物可直接或間接標記 5 ^ 35^ ^ 14λ-^ ji> 3tj ' ^或Η’放射性同位素的檢測可通過直接計 數放射置或通過閃爍計數進行。備選地,測試化合物可應 用酶標記,如辣根過氧化物酶、鹼性磷酸酶或螢光素酶, i酶標記的檢測可通過測定適宜的受質向產物的轉形來實 現。 10 在優選的實施方案中,試驗包括將在細胞表面表現膜 結合形式的GAVE17蛋白質或其生物活性部分的細胞與結 合GAVE17的已知化合物接觸以形成試驗混合物,將試驗 混合物與測試化合物接觸並測定測試化合物與GAVE17蛋 白質相互作用的能力,其中所述測定測試化合物與 15 GAVE17蛋白質相互作用的能力包括測定測試化合物與已 知化合物相比優先與GAVE17或其生物活性部分結合的能 力。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 在另一實施方案中,試驗為基於細胞的試驗,包括使 細胞表面表現膜結合形式的GAVE17蛋白質或其生物活性 20部分的細胞與測試化合物接觸,並測定測試化合物調節 (如刺激或抑制)GAVE17蛋白質或其生物活性部分的活 性的能力。測試化合物調節GAVE17或其生物活性部分的 活性的能力可通過,例如,測定GAVE17蛋白質結合 GAVE17靶分子或與其相互作用的能力來確定。 -66- 不紙浪人及週用γ ®因豕標準(cnS)A4規格(210x297公釐) 200402424 A7 B7 五 、發明說明 65 10 15 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 20 如此處所用,“乾分子”是指天然與GAVE17蛋白質結 合或作用的分子,如表現GAVE17蛋白質的細胞的表面分 子、在第二細胞表面上的分子、在細胞外周圍區域中的分 子、與胞膜内表面關聯的分子或細胞質分子。GAVE17乾 刀子不會是GAVE17分子或本發明的GAVE17蛋白質或多 肽。在一個實施方案中,GAVE17靶分子為信號轉導途徑 的成分,所述途徑促進胞外信號(例如由化合物結合膜結 合形式的GAVE17分子所產生的信號)通過胞膜向細胞内 轉導。例如,靶分子可為具有催化活性的第二胞内蛋白質 或促進下游信號分子與GAVE17關聯的蛋白質。 GAVE17蛋白質與GAVE17靶分子結合或作用的能力 可通過以上描述的用於測定直接結合的其中一種方法來測 定。在優選的實施方案中,GAVE17蛋白質與GAVE17把 分子結合或作用的能力可通過測定靶分子的活性來確定。 靶分子活性的測定方法有例如:檢測靶分子對胞内第二信 使(如胞内Ca2+、甘油二酯、IP3等)的誘導、檢測靶分; 對合適受質的催化/酶促活性、檢測報告基因(例如可操 作地連接編碼可檢測標記(如螢光素酶)的核酸的 GAVE17效應調控元件)的誘導或檢測細胞反應,例如細胞 分化或細胞增殖。 而在另-實施方案中,本發明的試驗為無細胞試驗, 包括將GAVE17蛋自質或其生物活性部分_試化合物接 觸,並測定測試化合物結合GAVE17蛋白質或其生^活性 部分的能力。測試化合物與GAVE17蛋白質的結人可以如 -67- ^紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規袼(21〇 X 297公爱) 200402424 五、發明說明(66) 以上所描述的方式直接或間接進行檢測。在優選的實施方 案中’試驗包括將GAVE17蛋自f或其生物活性部分與能 結合GAVE17的已知化合物接觸以形成試驗混合物,將試 驗混合物與測試化合物接觸並測定測試化合物與gave17 5蛋白質結合的能力,其中對測試化合物與gavei7蛋白質 結合的能力的測定包括測定測試化合物與已知化合物相比 優先結合GAVE17或其生物活性部分的能力。 在另一實施方案中,試驗為無細胞試驗,包括將 GAVE17蛋自料其生物活性部分與賴化合物接觸並測 ίο定測試化合物調節(如刺激或抑制)GAVE17蛋白質或盆 生物活性部分的活性的能力。對測試化合物調節抓 $活性的能力的測定可通過,例如利用以上描述的用於測 定直接結合的其中一種方法測定GAVE17蛋白質結合 GAVE17靶分子的能力來實現。在備選的實施方案中了二 15測試化合物調節GAVE17活性的能力的測定可通過測定 GAVE17蛋白質進一步調節_17靶分子的能力來實 現。例如,可以按前述測絲分子對適當受質的催化/酶 促活性。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 而在另一實施方案中,無細胞試驗包括將GAVE17蛋 20白質或其生物活性部分與能結合⑽奶的已知化合物接 觸以形成試驗混合物,將試驗混合物與測試化合物接觸並 測定測試化合物與GAVE17蛋白f相互作用的能力其中 對測試化合物與GAVE17蛋白質相互作用的能力的測定包 括測定GAVE17蛋白質優先結合GAVE17乾分子或調節 -68- 本紙張尺度適时關家標準(CNS)A4規格(21Gx297公楚| 200402424 _______B7_ 五、發明說明(67 ) GAVE17靶分子的活性的能力。 受體可由非配體分子啟動,所述非配體分子並不一定 抑制配體結合但可引起受體結構改變以致造成G蛋白結合 或’可Sb的义體集、一聚化或族集’從而引起啟動作 5 用。 因此,可以由暴露於細胞表面的GAVE17的多個部位 引起抗體。然後’可篩選出經標準試驗(如監測cAMP量 或胞内Ca+2量)測定能通過G蛋白級聯啟動細胞的抗 10 抗體可用公知的技術製備。由於涉及分子作圖,特別 是表位作圖,單株抗體可能是優選的。單株抗體可由表現 於細胞表面的完整受體以及已知在細胞表面形成的肽引 起。可應用Geysen等,美國專利No· 5,998,577的方法以 獲得大量的相關肽。 15 已發現可啟動GAVE17的抗體可經過修飾以最小化與 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 啟動GAVE17無關的活性,如補體結合。這樣,可對抗體 分子實行截短或突變以使啟動GAVE17以外的活性最小或 喪失。例如,對某些抗體,僅需要抗原結合部分。這樣, 可移去抗體的Fe部分。 20 將表現GAVE17的細胞暴露於抗體以啟動GAVE17。 然後使啟動的細胞暴露于多種分子以期鑑定出那些改變受 體活性(無論是提高啟動量還是降低啟動量)的分子。然 後可對達此目的的分子在無抗體的情況下在表現GAVE17 的細胞上進行試驗,以觀察對非啟動細胞的效應。然後可 -69- 本紙張尺度適用肀國國家標準(CNS)A4規;^ (210x297公釐) 200402424 A7
以用A决的技術檢測乾分子並將其修飾為候選藥物,用於 治療與GAVE17代謝改變相關的纽。 、 10 本發明的無細胞試驗適於應用可溶形式和膜結合形式 的GAVE17對於包括膜結合形式的⑽抓的無細胞試 驗,可能需要利用增溶劑以使膜結合形式的gavei7維持 f綠中。該增_的實例包括_子去污劑,如正辛基 葡糖苷正+十一燒基葡糖菩、正十二烧基麥芽糖菩、辛酿 基-N-曱基葡糖醯胺、癸醯基况甲基葡糖酿胺、如的n t 刚、Triton X_114、Thesit⑧、異三癸基聚(乙二醇抑、錯 酸氣氨基丙基)二曱基錄丙烧(CHAPS)、磺酸j [(3·氯氨基丙基)一甲基銨;|_2_經基小丙烧(CHAps〇)或續酸 N-十二烷基-N,N-二曱基銨· 丙烷。 15 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 在本發明以上試驗方法的不止一個實施方案中,可能 需要固定GAVE17或其t分子以易於從非複合形式的一種 或全部兩種所述蛋白質中分離出複合形式,以及適於試驗 的自動化。在存在或缺乏候選化合物時測試化合物與 GAVE17的結合或GAVE17與靶分子的相互作用可在任何 適用於谷納反應物的容器内完成。該容器的實例包括微滴 板、試管和微離心管。在一個實施方案中,可提供融合蛋 20白’該融合蛋白質添加有允許其中一種或全部兩種上述蛋 白質結合到基質上的結構域。例如可將麩胱甘肽轉移酶 /GAVE17融合蛋白或麩胱甘肽-S_轉移酶/靶融合蛋白吸 附到麩胱甘肽 Sephares®(Sigma Chemical,St· Louis,MO) 上。備選地,可應用麩胱甘肽衍生的微滴板,然後使微滴 -70· 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 200402424 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 A7 B7 五、發明說明(69) 板接觸測試化合物,或測試化合物和非吸附靶蛋白或 GAVE17蛋白質,且在利於形成複合物的條件下孵育混合 物(例如在生理性鹽和pH條件下)。孵育後,洗滌珠子或 微滴板孔以移去任何未結合成分,且直接或間接地測定複 5合體的形成,參見以上描述。備選地,可以使複合物與基 質解離,且用標準技術測定GAVE17的結合或活性量。 其他用於固定蛋白質於基質上的技術也可用于本發明 的篩選試驗。例如,可利用生物素或鏈黴親和素固定 GAVE17或其靶分子。生物素化的GAVE17或靶分子可應 ίο用本領域内公知的技術(如生物素化試劑盒,Pierce
Chemicals,Rockford,IL)從生物素_NHS (N-經基-丁二醯亞 胺)製備產生,並固定在鏈黴親和素包被的96孔板(pierce Chemicals)的孔内。備選地,可使用與GAVE17或乾分子 反應但不阻礙GAVE17蛋白質結合靶分子的抗體對平板的 15孔進行衍生,通過抗體結合,未結合的把標或GAyE17將 被捕獲在孔内。除了以上描述的用於檢測GST_固定的複 合物的方法外,用於檢測複合物的方法還包括應用與 GAVE17或靶分子反應的抗體對複合物進行的免疫檢測以 及依賴於檢測與GAVE17或靶分子連結的酶促活性的酶聯 20 試驗。 在另-實施方案中,GAVE17表現的調節劑的鑑定方 法中’使細胞與候選化合物接觸並測定胞内GAVE17 mRNA或蛋白質的表現。將存在候選化合物時GAvm7 mRNA或蛋白質的表現量與缺乏候還化合物時GAv]gi7 -71.
200402424 A7 B7 五、發明說明(70) mRNA或蛋白質的表現量進行比較。然後,基於該比較, 可以鑑定候選化合物是否為GAVE17表現的調節劑。例 如’當GAVE17 mRNA或蛋白質在存在候選化合物時的表 現大於(統計學顯著大於)缺乏該化合物時的表現,則候 5選化合物被鑑定為GAVE17 mRNA或蛋白質表現的刺激劑 或激動劑。備選地,當GAVE17 mRNA或蛋白質在存在候 選化合物時的表現低於(統計學顯著低於)缺乏該化合物 時的表現,則候選化合物被鑑定為GAVE17 mRNA或蛋白 質表現的抑制劑或拮抗劑。如果GAVE17活性在存在配體 10或激動劑時減少,或在組成型GAVE17的情況下低於基 線,則候選化合物被鑑定為反向激動劑。胞内GAVE17 mRNA或蛋白質的表現量可由此處描述的用於檢測 GAVE17 mRNA或蛋白質的方法進行測定。 而在本發明另一方面,GAVE17蛋白質可在雙雜交或 15 三雜交試驗中用作“誘餌蛋白,,(例如參見美國專利No. 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 5,283,317; Zervos 等,細胞(Cell) (1993) 72:223-232; Madura 等,生物化學雜誌(j Biol Chem ) (1993) 268:12046-12054; Bartel 等,Bio / Techniques (1993) 14:920-924; Iwabuchi 等,致癌基因(Oncogene) (1993) 20 8:1693-1696;和 PCT 公開 No· WO 94/10300),以鑑定其 他與GAVE17結合或作用(“GAVE17結合蛋白,,或 “GAVE17-bp”)並調節GAVE17活性的蛋白質。該 GAVE17-結合蛋白也可能通過作為如GAVE17途徑的上游 或下游元件,參予GAVE17蛋白質引起的信號傳播。 -72- 本纸張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(71) 由於可製備出大量的純GAVE17,故可以確定出可能 功能區域的構象的物理特徵,用於合理的藥物設計。2 如,該分子的IC3區域和EC結構域為特別有意義的區 域。一旦確定了區域的形狀和離子構型,可與這些區域作 5用的候選藥物即可成型,然後可以在完整細胞、動物和* 者中進行試驗。能夠獲得此3-D結構資訊的方法包括χς 線晶體學、NMR光譜學、分子建模等。3_D結構也可導致 鑑定出其他已知蛋白中的類似構象位點,對於所述蛋白已 存在作用於此位點的已知藥物。這些藥物或其衍生物 10 能用於GAVE17。 本發明還涉及由以上篩選試驗鑑定到的新藥劑,以及 其在此處描述的治療中的應用。 B.檢測試驗 15 此處鑑定的CDNA序列的部分或片段(以及相應完整 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 的基因序列)可在多種方面用作多核菩酸試劑。例如,序 列可用於··⑴在染色體上對相應的基因繪圖並,由此定位 與遺傳疾病相關的基因區域;(ii)從微小量樣本中對個體實 施鑑疋(組織分型);和(iii)為生物樣本的法醫鑑定提供幫 20助。這些應用在以下的分段中描述。 1·染色體作圖 一旦分離出基因的序列(或序列的_部分),則該序列 可用於在染色體(如,3號染色體)上定位GAvm7基因。 -73-
200402424 A7 B7 五、發明說明(72) 因此,此處描述的GAVE17核酸分子或其片段可用於在3 號染色體上作圖定位GAVE17。3號染色體上GAVE17序 列的作圖定位是確定序列與疾病相關基因(例如HLA複 合物)的關係的重要第一步。 5 簡言之,通過從GAVE17序列中製備PCR引子(優選 的長度為15-25 bp),可以對GAVE17基因在3號染色體上 作圖。引子用於含單個人類染色體的細胞雜合體的pCR 筛選。僅有含與GAVE17序列對應的人類基因的那些雜合 體能產生擴增片段。 10 通過融合不同哺乳動物細胞來源的體細胞(例如,人 和鼠的細胞)製備體細胞雜合體。人和鼠細胞的雜合體在 生長和分裂時,一般人的染色體會出現隨機丟失,而鼠染 色體保留。通過應用鼠細胞(由於缺乏特定的酶)不能但 人細胞可以在其中生長的培養基,含編碼所需酶的基因的 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 15 一條人染色體將得以保留。通過應用多種培養基,可以建 立雜合細胞系小組。組内每一細胞系含單一的人染色體或 小數目的人染色體及一整套鼠染色體,從而使得可容易地 將早獨的基因作圖定位於特定的人染色體上(D’Eustachio 等’科學(Science) (1983) 220:919-924)。還可通過應用帶 20 有易位和缺失的人染色體製備僅含人染色體片段的體細胞 雜合體。 體細胞雜合體的PCR作圖是將特定序列定位於特定 染色體上的快速方法。每台熱迴圈儀每天可定位三段或更 多的序列。用GAVH17序列設計募核苷酸引子,用一組3 -74- 本紙張尺度通用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公爱) 200402424 A7 B7 五、發明說明(73 ) 號染色體的片段或涉及其的易位體可進行亞定位。其他作 圖策略可同樣用於在3號染色體上對GAVE17序列進行作 圖定位,包括原位雜交(描述於Fan等,美國科學院院刊 (Proc Natl Acad USA) (1990) 87:6223-27)、分析資訊家族中 5 的遺傳本質(inheritance in informative families)、用標記 的流式分揀染色體預篩選和通過與染色體特異的cDNA庫 雜交進行預選擇。 可使用DNA序列與中期染色體鋪展物的螢光原位雜 交(FISH)—步提供精確的染色體定位。染色體鋪展物的製 10 備可應用被化學物阻滯在分裂中期的細胞進行,所述化學 物如可破壞有絲分裂紡錘體的秋水仙域。染色體可以用胰 蛋白酶短暫處理然後進行Giemsa染色。每條染色體上會 出現亮帶和暗帶圖案,由此可鑑定出單獨的染色體。FISH 技術可應用500或600個域基的DNA序列進行。但是, 15 大於1,000個域基的選殖體更有可能結合獨特的染色體位 置並產生足夠用於樣本檢測的信號強度。優選地1,000個 域基且更優選地2,000個域基將足以在合理的時間内產生 好的結果。參見Verma等的有關該技術的綜述(人類染色 體:基礎操作手冊(Human Chromosomes: A Manual 〇f 20 Basic Techniques) (Pergamon Press,New York,1988))。染 色體作圖可以在石夕片上(in silico)考慮統計學因素,如 優勢對數得分或單純接近度(mere proximity)進行推斷。 例如,可以通過矽片上作圖將GAVE17繪製在3號染色體 的長臂。 -75- I棋;?疮搞用中固國家標準(CNS)A4規格(210x297公楚) ' ^ •tj. -綿丨 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 A7 B7 五、發明說明(74) 用於染色體作圖的試劑可單獨應用以標記3號染色體 或染色體上的單一位點,或可應用一組試劑用於標記多個 位點和/或多條染色體。對作圖目的,實際上優選對靡于 GAVE17基因兩翼區域的試劑。編碼序列在基因家族内更 5 可能保守,因此增加了染色體作圖中交叉雜交的機會。 一旦將序列繪製在精確的染色體位置,則可以將序列 在染色體上的物理位置與遣傳圖譜資料聯繫起來(該資料 存放在例如McKusick,人類的孟德爾遺傳(MendeHan
Inheritance in Man)中,可在線從 Johns Hopkins 大學的 10 Welch醫學圖書館獲得)。基因和繪圖定位於同一染色體 區域的疾病之間的關係,可通過連鎖分析進行鑑定(物理 上鄰近的基因的共遺傳),如參見Egeland等,自然(Nature) (1987) 325:783-787 中的描述。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 此外,可測定受到或未受到GAVE17相關疾病影響的 15個體間DNA序列的差異。如果在一些或全部的受影響個 體中觀察到突變而未在任何未受影響的個體中觀察到此突 變,則該突變為可能的特定疾病的致病因數。對受到影變 和未受到影響的個體的比較一般包括首先在染色體中 結構的改變,如缺失或易位,所述改變可在染色體鋪展物 20中觀察到或可應用基於該DNA序列的pcr檢測到。最 終,可對來自幾個個體的基因進行完整測序,以證實突變 的存在並將突變與多態性區分開來。 -76-
A7 B7 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 五、發明說明(75) 2·組織分型 本發明的GAVE17序列也可用於從微小量的生物樣本 對個體進行鑑定。例如,美國部隊正考慮將限制性片段長 度夕悲性(RFLP)用於人員的鐘定。該技術中,用一種或多 5種限制性酶消化個體的基因組DNA ,在Southern印潰中 用探針探測以產生獨特的條帶用於鑑定。該方法避免了目 刖身份識別牌(Dog Tags)方法的限制,所述限制酶例如 可丟失、轉換或被竊,這使得陽性鑑定變得困難。本發明 的序列可用作RFLP的額外DNA標記(在美國專利N〇. 10 5,272,057 中描述)。 此外,本發明的序列可用於提供備選的技術以逐個域 基確定個體基因組中選定部位的實際DNA序列。這樣, 此處描述的GAVE17序列可用於製備針對序列的5,和3,末 端的兩段PCR引子。然後可以制引子擴增個體的職 15 並隨後提供其序列。 由此方式從個體製備得到的相應DNA序且 f特的個體身份證明,這是因為由於等位基因的差異使得 每-個體具有獨特的—套該DNA序列。可應用本發明的 序列從個體和組織獲得此身份證明序列。本發明的 2〇 GAVE17軸是人類基因財的—侧特部分。在序列的 編碼區有-定程度的等位基因變異,且在非編碼區有程度 ,高的變異。據估計人類個體間等位元基因變異的頻率為 每500個域基約發生一次。此處描述的每個序列均可在某 種程度上作為標準,,與來自個體的職比較用於鑑定的 、本紙張尺度適用㈣國家標節規格⑽X 297公楚) ----一
200402424 A7 B7 五、發明説明(76) 目的。由於非編碼區有更多數目的多態性,故區分個體所 必需的序列就更少。SEQ ID ΝΟ:1的非編碼序列可應用一 組約10到10,000個引子(每條引子產生100個域基的非 編碼擴增序列)提供陽性的個體鑑定。如果應用預測的編 5碼序列如SEQ ID ΝΟ:1中的那些,用於陽性個體鑑定的更 為合適的引子數目將為500-2,000。 如果使用來自GAVE17序列的一組試劑(如此處所描 述)產生了個體的獨特身份證明資料庫,則同樣的試劑可 隨後用於鑑定來自該個體的組織。應用此獨特身份證明資 10料庫,可從極其少量的組織樣本中實現個體(存活的或死 亡的)的陽性鑑定。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 3·部分GAVE17序列在法醫生物學中的應用 基於DNA的鑑定技術也可用于法醫生物學中。法醫 15生物學為應用對犯罪現場發現的生物證據進行遺傳分型來 作為陽性鑑定(如犯罪者)手段的一個科學領域。為進行 鑑定,可應用PCR技術擴增取自很少量生物樣本的dna 序列,所述生物樣本如發現於犯罪現場的組織(如頭髮戍 皮膚)或體液(如血液、唾液或精液)。然後可與標準口 20比較擴增序列,由此允許鑑定出生物樣本的來源。 本發明的序列可用於提供多核苷酸試劑,如乾向人類 基因組特定位點的PCR引子,所述試劑可增加基於DNA 的法醫鑑定的可靠性。例如,目的核酸可提供另一“夢定 標記”(即,特定個體>斤特有的另一 dna序列)。如以上提 -78- 本纸張尺度通用中國國家標準(CNS)A4_規格(21〇χ297公幻 ---------- 200402424 A7 B7 五、發明說明(77) 到的’實際的域基序列資訊可作為由限制性酶產生的片段 圖形的一個精確備選方案用於鑑定目的。靶向SEQ ID ΝΟ:1非編碼區的序列特別適用於此用途,因為該非編碼 區存在大量數目的多態性,從而提高了應用該技術區分個 5 體的辨別力。多核苷酸試劑的實例包括GAVE17序列或其 部分,例如來自SEQ ID ΝΟ:1非編碼區且長度為至少2〇 到30個域基的片段。 此處描述的GAVE17序列可用於提供多核苷酸試劑, 如被標記的探針或標記探針,所述試劑可甩於如原位雜交 10 技術中以鑑定特定的組織(如腦組織)。這在提供給法醫 病理學家的是未知來源的細胞或降解組織的情形下會十分 有用。該GAVE17探針組可用於鑑定組織的物種和/或器 官類型。 ° 以類似的方式,諸如GAVE17引子或探針等試劑可用 15於篩選污染的組織培養物(即在培養物中篩選不同類型細 胞混合物的存在) C·預測醫學 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 本發明也涉及預測醫學領域,其中診斷試驗、預後試 20驗、藥物基因組學和臨床監測試驗被用於預後(預測性) 目的以預防性治療個體。因此,本發明的一個方面涉及診 斷試驗,該試驗用於在生物樣本(如血、尿、糞、痰、血 清、細胞和組織)環境中測定GAVE17蛋白質和/或核酸 的表現以及GAVE17的活性。可應用此試驗測定個體是否 -79- 7紙張尺度適財國國家標準(CNS)A4規格(2ωχ297公楚) 200402424 A7 B7 五、發明說明(7〇 罹患與GAVE17表現或活性異常相關的疾病或紊亂或存在 疾病發生危險性。 本發明也提供預後(或預測性)試驗,以確定個體是 否存在危險發生與GAVE17蛋白質、核酸表現或活性有關 5 的紊亂。例如,可以在生物樣本中測試GAVE17基因中的 突變。該試驗可用於預後或預測性的目的,由此可以在以 GAVE17蛋白質、核酸的表現或活性為特徵或與其相關的 紊亂發作之前預防性治療個體。 本發明另一方面提供了用於測定個體的GAVE17蛋白 10質、核酸的表現或GAVE17的活性以便由此選擇合適的治 療性或預防性試劑用於該個體的方法(此處稱為“藥物基因 組學”)。藥物基因組學允許基於個體的基因型(如檢查個體 基因型以判定個體對特定藥劑的反應能力)選擇藥劑(如 藥物)用於治療性或預防性治療個體。 15 而在本發明另外的方面,涉及到在臨床試驗中監測藥 劑(如藥物或其他化合物)對GAVE17表現或活性的影 響。 這些以及其他的試劑在以下的部分中作進一步詳細描 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 述。 20 1.診斷試驗 用於檢測生物樣本中GAVE17存在與否的示例性方法 包括··從受試物件中獲得生物樣本,並將生物樣本與可檢 測GAVE17蛋白質或編碼GAVE17蛋白質的核酸(如 -80- 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 A7 B7 五、發明說明(79) mRNA或基因組DNA)的化合物或試劑接觸,以檢測生物 樣本中GAVE17的存在。用於檢測GAVE17 mRNA或基因 組DNA的優選試劑為能夠與GAVE17 mRNA或基因組 DNA雜交的標記核酸探針。核酸探針可為,例如全長 5 GAVE17核酸,如SEQ ID N0:1或其部分的核酸,如長度 為至少15、30、50、1〇〇、250、500或更多個核苷酸的寡 核苷酸’並且探針能在嚴緊的條件下足以特異雜交到 GAVE17 mRNA或基因組DNA上。用於本發明診斷試驗 的其他合適探針在本文中有描述。 1〇 用於檢測GAVE17蛋白質的優選試劑為能夠結合 GAVE17蛋白質的抗體,優選地為帶有可檢測標記的抗 體。抗體可為多株的或更優選地為單株的。可應用完整的 抗體或其片段(例如Fab或F(ab·)2)。對探針或抗體而言,術 語“標記”意在包括通過將可檢測物質偶聯(即物理連接)到 15探針或抗體上直接標記探針或抗體,以及通過與直接被標 記的另一試劑反應間接標記探針或抗體。間接標記的實例 包括用螢光標記的二抗檢測一抗和用末端標記生物素的 DNA探針對螢光標記的鏈黴親合素進行檢測。術語“生物 樣本”意在包括從受試物件分離的組織、細胞和生物液 20 體’以及存在於受試物件體内的組織、細胞和液體。即, 本發明的檢測方法可用於在體外及體内檢測生物樣本中的 GAVE17 mRNA、蛋白質或基因組DNA。例如,用於體外 檢測GAVE17 mRNA的技術包括Northern雜交和原位雜 交。用於在體外檢測GAVE17蛋白質的技術包括ELISA、
-81- 200402424 A7 B7 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 五、發明說明(8〇) Western印潰、免疫沈澱和免疫螢光。用於體外檢測 GAVE17基因組DNA的技術包括Southern雜交。此外, 用於體内檢測GAVE17蛋白質的技術包括向受試者導入標 記的抗-GAVE17抗體。例如,可給抗體標記上放射活性標 5誌,其在受試者體内的存在和部位可通過標準成象技術檢 測。 在一個實施方案中,生物樣本含有來自受試物件的蛋 白質分子。或者,生物樣本可以含有來自受試物件的 mRNA分子或來自受試物件的基因組DNA分子。優選的 生物樣本是利用常規手段從受試物件分離的外周血白細胞 樣本。 因此’在開發預後或診斷實驗時,將鑑定核酸或蛋白 質的多態性與疾病聯繫起來用於診斷攜帶者或患者可能是 有益的。例如,對於免疫細胞紊亂和腦紊亂,例如,類風 濕性關節炎、哮喘、節段性回腸炎、多發性硬化和與免疫 系統功能障礙及核苷酸代謝障礙有關的其他疾病,具有預 後或診斷試驗將是有益的。因此,财受性、自身免疫現 象、過敏體質、超敏體質等(尤其是與免疫系統相關時) 是適宜的疾病情況。例如,GAVE17代謝的紊亂可以用於 診斷節段性回腸炎、哮喘或RA。而且,節段性回腸炎的 分子機制可能是可檢測的,例如,可能存在可以在組織樣 本(如血液樣本)中檢測到的診斷性SNP、RFLP、表現量的 變化性、功能的變化性等等。 在另一實施方案中,這些方法還包括:從對照受試者 10 15 20 •82- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 籲 裝 計 線 200402424 A7 B7 五、發明說明(81) 獲得生物樣本;使對照樣本與能夠檢測GAVE17蛋白質、 mRNA或基因組DNA的化合物或試劑接觸,以便檢測生 物樣本中GAVE蛋白質、mRNA或基因組DNA的存在和 數量;和將對照樣本中GAVE17蛋白,質、mRNA或基因組 5 DNA的存在和數量與測試樣本中GAVE17蛋白質、 mRNA或基因組DNA的存在和數量進行比較。 本發明還包括檢測生物樣本(測試樣本)中GAVE17存 在的試劑盒。該試劑盒可以用於確定受試者是否患有或有 增加的危險性患有與GAVE17異常表現有關的疾病(例如 10惡性腫瘤)。例如,讓試劑盒可以包含能夠檢測生物樣本 中的GAVE17蛋白質或mRNA的標記化合物或試劑以及 用於檢測樣本中GAVE17數量的手段(例如,抗GAVE17 抗體或能與GAVE17的編碼DNA(例如SEQ ID NO: 1)結 合的募核苷酸探針)。當GAVE17蛋白質或mRNA高於或 15 低於正常量時,試劑盒還可以用於得出指示受試物件是否 患者或有危險患有與GAVE17異常表現相關的疾病的結 果。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 對於基於抗體的试劑盒’其可以包含例如:(1 )可斑 GAVE17蛋白質結合的第一抗體(例如附著在固相支援物 20上);和,任選地,(2)可與GAVE17蛋白質或與第一抗體 結合並級合有可檢測試劑的第二不同抗體。如果不存在第 二抗體,則可以使用能與第一抗體結合並可以被標記的另 一分子,或標記該第一抗體。正如本領域已知的,無論如 何都應包括被標記的結合部分以充當可檢浪]報道分子。 -83- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 A7 五、發明說明(82) 對於基於募核苷酸的試劑盒,其可以包含,例如 可與GAVE17核酸序列雜交的寡核苷酸,例) 的寡核苷酸或(2)可用於擴增以贿核酸分子二: 對。 卞 5 制盒還可吨含例如緩衝劑、Είτ細或蛋白質穩定 10 ^試劑盒射以包含在探料檢職劑⑽如酶或受。質) 時所必需的成分。試劑盒還可以含有可以進行分析和與測 f樣本進行比㈣對照樣本或—系觸照樣本。試劑盒的 每一個成分通常裝在不同的容器中,並且所有這些不同容 器與用於觀察f試物件是否患有或有危險患有GAVE17表 現異常相關疾病的說明書被放在一個包裝中。 2·預後實驗 15 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 20 本文中所描述的方法可進一步用作診斷或者預後試驗 以鑑定被試者患有或有危險患有與異常GAVE17表現或活 性有關的疾病或病症。例如,本文中所描述的試驗,例如 前瞻性診斷試驗或後隨試驗,可用於鑑定患有或者有危險 患有與GAVE17蛋白、核酸的表現或活性有關的病症的被 試者。例如,近來與細菌的接觸或與免疫系統異常有關的 炎症可用這個實驗來檢驗。作為一種可選擇方案,可以使 用預後试驗鏗定患有或有危險患有此疾病或病症的被試 者。 因此’本發明提供了一個方法,其中試驗樣本來自被 試者,並且檢測GAVE17蛋白戒核酸(例如mRNA或基 -84- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(21〇 χ297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(83) 因組DNA)。GAVE17蛋白或核酸的存在可以用於診斷串 有或有危險患有與異常GAVE17表現或活性有關的疾病^ 病症的被試者。本文中所用的“試驗樣本”指來自目的被 試者的生物樣本。例如,試驗樣本可以是生物液體(例如 血清)、細胞樣本或組織。 10 15 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 20 此外,此處所描述的預後試驗可用於判定能否給被試 者施用藥劑(例如,激動劑,拮抗劑,肽類比物,蛋白, 肽’核酸,小分子或其他候選藥物)以治療與異常 GAVE17表現或活性有關的疾病或病症。例如,這些方法 可用於判定特定藥劑或藥劑類(例如降低GAVE17活性的 藥劑類)能否有效的治療被試者。因此,本發明提供了 — 種方法,由此可以判定藥劑是否能有效地治療患者的與異 常GAVE17表現或活性相關的病症’其中獲取試驗樣本, 並檢測GAVE17蛋白或核酸(例如,其中,gavE17蛋白 或核酸的存在可以用於診斷被試者是否可以通過給予藥劑 以治療與異常GAVE17表現或活性有關的病症)。 本發明的方法還可用於檢測GAVE17基因的遺傳損傷 或者突變,由此確定帶有損傷基因的被試者是否有出現如 下病症的危險性’所述病症的特徵在於異常細胞增殖和 (或)分化。在優選實施方案中,此方法包括在來自被試 者的細胞樣本中檢測如下遺傳損傷或突變存在與否,所述 損傷或突變的特徵在於存在至少一個影響編碼GAVE17棄 白的基因的完整性的改變或者GAVE17基因的錯誤表現。 例如,這些遺傳損傷或突變可以通過確定至少一種如下情 -85-本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 200402424 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 A7 B7 五、發明說明(84 ) 況的存在來檢測: 1) GAVE17基因中一個或多個核苷酸的缺失; 2) GAVE17基因中一個或多個核苷酸的增加; 3) GAVEH基因中一個或多個核菩酸的替換; 5 4)涉及GAVE17基因的染色體重排; 5) GAVE17基因的信使RNA轉錄本量的改變; 6) GAVE17基因的異常修飾,例如基因組DNA的甲 基化式樣的改變; 7) GAVE17蛋白的非野生型量; 10 8)GAVE17基因的等位基因丟失; 9)GAVE17蛋白的不恰當的轉譯後修飾。 如本文所述,在本領域中有大量已知的實驗技術可用 於檢測GAVE17基因的損傷。優選的生物樣本是用傳統方 法從被試者分離得到的外周血白細胞樣本。 15 在某些實施方案中,損傷的檢測涉及在聚合酶鏈式反
應(PCR)中使用探針/引子(見,例如U.S·專利Nos. 4,683,195和4,683,202),所述PCR為例如錨定PCR或 RACE PCR,或者,作為一種選擇,連接鏈式反應 (LCR )(見,例如 Landegran 等,Science (1988) 20 241:1077-1080;和 Nakazawa 等,Proc Natl Acad Sci USA (1994) 91:360-364),其中後者在檢測GAVE17基因中的 點突變時尤其有用(見,例如Abravaya等,Nucleic Acids Res (1995) 23:675-682)。該方法包括如下步驟:從患者 收集細胞樣本,分離樣本細胞的核酸(例如,基因組, r -86- 本紙張尺度適用中® ®家標準(CNS#4規格(21〇 X 297公爱) 顧$
200402424 A7 B7 五、發明說明(85) mRNA或者兩者),在一定條件下使核酸樣本與一個或多 個可與GAVE17基因特異雜交的引子接觸以實現gavE17 基因(如果存在的話)的雜交和擴增,然後檢測擴增產物 的存在與否或者檢測擴增產物的大小並將此長度與對照樣 5 本比較。預期,可能有利的是將PCR和/或LCR用作初 步擴增步驟並與本文中描述的用於檢測突變的任何技術相 結合。 可選擇的擴增方法包括:自動維持序列擴增(Guatelli 等,Proc Natl Acad Sci USA (1990) 87:1874-1878),轉錄擴 10 增系統(Kwoh 等,Proc Natl Acad Sci USA (1989) 86:1173-1177),Q-召複製酶(Lizardi 等,Bio/Technology (1988) 6:1197)或任何其他核酸擴增方法,之後可以用本領域技術 人員已知的技術檢測擴增的分子。這些檢測方案對檢測以 非常低數量存在的核酸分子尤其有用。 15 在一個備選實施方案中,樣本細胞中GAVE17基因的 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 突變可以通過限制酶切割式樣的改變而得以鑑定。例如, 分離樣本和對照DNA,進行擴增(任選地),用一個或 多個限制性内切酶消化,通過凝膠電泳來測定片段的長度 尺寸並進行對比。在樣本與對照DNA之間片段長度的差 20 異指示出樣本DNA中有突變。另外,序列特異的核酶 (見,例如U.S· Pat· No. 5,498,531)也可以用於通過核酶切 位點的產生或丟失評判特異突變的存在。 在另一個實施方案中,可通過樣本和對照核酸(例如 DNA或RNA)與含有成百或上千的寡核苷酸探針的高密 -87- 本紙張尺度適用ΐ國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公爱) 200402424 A7 B7 五、發明說明(86) 度陣列(Cronin 等,Human Mutation (1996) 7:244-255; Kozal 等,Nature Medicine (1996) 2:753-759)雜交的方法來 鑑定GAVE17的遺傳突變。例如,GAVE17的遺傳突變可 以用含有光刻DNA探針的二維陣列來鑑定,參見如 5 Cronin等,同上。簡言之,第一雜交探針陣列可用於對樣 本和對照中的長鏈DNA進行掃描,通過產生順序重疊探 針線形陣列來鑑定兩序列間的域基改變。該步驟允許鑑定 點突變。這個步驟之後為第二雜交陣列,它通過使用能與 所有檢測的變體或突變體互補的較小特異化探針的陣列, 10 使得可以對特異突變進行表徵。每個突變陣列都由平行探 針組構成,一個與野生型基因互補而另一個與突變基因互 補。 在另一個實施方案中,本領域已知的任何一種測序反 應都可用於直接地對GAVE17基因測序,以及通過樣本 15 GAVE17序列與相應野生型(對照)序列的比較來檢測突 變。測序反應的實例包括以Maxam和Gibert(Proc Natl
Acad Sci USA (1977) 74:560)或者 Sanger(Proc Natl Acad 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製
Sci USA (1977) 74:5463)開發的技術為基礎的那些反應。 也可以考慮利用任何一種自動測序方法實施診斷試驗(所〇 20 /Techniques (1995) 19:448),包括用質譜進行測序(見, 例如,PCT 公開 No· WO 94/16101; Cohen 等,Adv Chromatogr (1996) 36:127-162;和 Griffin 等,Appl Biochem
Biotechnol (1993) 38:147-159)。 其他可用于檢測GAVE17基因中的突變的方法包括如 -88- 本紙張尺度適用申國國泰標準(CNS)A4規格(210x297公爱)" ----— 200402424 A7 _B7 五、發明說明(87 )
下方法,在該方法中通過保護作用防止切割劑的切割,得 以檢測RNA/RNA或RNA/DNA異源雙鏈中的域基錯配 (Myers 等,Science (1985) 230:1242)。一般,“錯配切 割”技術中必須提供由含有野生型GAVE17序列的(標記 5 的)RNA或DNA與獲自組織樣本的潛在突變rnA或 DNA雜交形成的異源雙鏈體。用切割雙鏈體中的單鏈區 域的試劑處理雙鏈,所述雙鏈體中的單鏈區域可以因為例 如對照與樣本鏈之間的域基對錯配而存在。RNA / DNA 雙鏈可以用RNAase來處理以消化錯配區域,DNA/DNA 10 雜合體可以用S1核酸酶來處理以消化錯配區域。在另一 個實施方案中,DNA/DNA或者RNA/DNA雙鏈可以用 羥胺或锇酸及呱啶來處理以消化錯配區域。消化錯配區域 之後,剩餘物在變性聚丙烯醯胺凝膠上根據大小分離,從 而確定出突變的位點。參見,例如Cotton等,Proc Natl 15 Acad Sci USA (1988) 85:4397; Saleeba 等,Methods Enzymol (1992) 217:286-295。在優選實施方案中,可以標 記對照DNA或RNA以利於檢測。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 在另一個實施方案中,錯配切割反應使用一個或多個 能識別雙鏈DNA中錯配域基對的蛋白(所謂的“DNA錯 2〇配修復酶)在規定系統中用以檢測從樣本細胞獲得的 GAVE 17 cDNA中的點突變並對其作圖。例如,大腸桿菌 的mutY酶切割G/A錯配處的A,來自Hela細胞的胸苷 DNA糖基化酶切割G / T錯配處的τ (Hsu等, Carcinogenesis (1994) 15:1657-1662)。根據示範實施方 -89- 尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297 ϋ / 200402424 A7 B7 五、發明說明(88) 案,基於GAVE17序列(例如野生型GAVE17序列)的 探針與來自測試細胞的cDNA或其他DNA產物雜交。用 DNA錯配修復酶處理雙鏈,切割產物(如果有的話)可以在 電泳方案或類似的方案中檢測到,參見,例如u S Pat· 5 No· 5,459,039。 在其他實施方案’電泳遷移率的改變可用於鑑定 GAVE17基因中的突變。例如,單鏈構象多態性(sscp) 可用於檢測突變與野生型梭酸之間電泳遷移率的差異 (Orita 等,Proc Natl Acad Sci USA (1989) 86:2766;也見 10 Cotton, Mutat Res (1993) 285:125-144; Hayashi, Genet Anal
Tech Appl (1992) 9:73-79)。使樣本和對照 GAVE17 核酸的 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 單鏈DNA片段變性然後使之複性。單鏈核酸的二級結構 會因序列不同而不同,由此導致的電泳遷移率的改變使得 即使單個域基變化也可得以檢測。可以標記DNA片段或 15者用標記的探針進行檢測。使用RNA (比DNA)可以增 強試驗的靈敏度,因為RNA二級結構對序列的改變更為 敏感。在優選實施方案中,此主題方法基於電泳遷移率的 改變,利用異源雙鏈分析來分離異源雙鏈分子。(Keen 等,Trends Genet (1991) 7:5) 20 在另一個實施方案中,用變性梯度凝膠電泳 (DGGE) (Myers 等,Nature (1985) 313:495)來分析突變 型或野生型片段在含有遞度變性劑的聚丙烯醯胺凝膠中的 運動。當DGGE用作分析方法時,DNA將被修飾以保證 它不會完全變性,例如,用PCR添加約40bp的高熔點富 -90- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公if ) 200402424
s GC DNA ’即GC失子。在另一個實施方案巾,用溫度 梯度來代替變性梯度以鑑定對照與樣本DNA的遷移率的 差、(Rosenbaum 等,Biophys Chem (1987) 265:12753)。 、其他可用於檢測點突變的技術的,實例包括但不限於, 5選擇性募核苷酸雜交,選擇性擴增或選擇性引子延伸。例 如,可以製備寡核苷酸引子,其中將已知的突變置於中 央,然後在只有完全匹配才可發生雜交的條件下,使引子 與乾 DNA 雜交(Saiki 等,Nature (1986) 324:163; Saiki 等,Proc Natl Acad Sci USA (1989) 86:6230)。在使這些等 10位特異性寡核苷酸與PCR擴增的靶DNA或者許多不同的 犬變體雜交時’可以將寡核苷酸結合在雜交膜上然後與標 記的乾DNA雜交。 或者,可以在本發明中使用依賴於選擇性PCr擴增 的等位特異性擴增技術。在特異擴增中用作引子的寡核苷 15酸可以在分子中央(以至於擴增依賴於差異雜交)(Gibbs 等,Nucleic Acids Res (1989) 17:2437-2448)或在一個引子 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 的3’最末端(此時,在適合的條件下,錯配能阻止或延緩 聚合酶的延伸)(Prossner,Tibtech (1993) 11:238)攜帶令人 感興趣的突變。另外,還可能期望在突變區域中引入新的 20 限制性位元點以創造基於切割的檢測(Gasparini等,Mol Cell Probes (1992) 6:1)。預期,在某些實施方案中擴增也 可以使用 Taq 連接酶進行(Barany,Proc Natl Acad Sci USA (1991) 88:189)。在這種情況下,只有在5’序列的3’末端有 完全的匹配時,連接反應才可以發生,這就使得可以通過 -91. 广 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(9〇) 〜--- 尋找擴增物的有無來檢測特異位點處已知㈣的存在。 此處職料方法可以,例如,使用含有此處所描述 批至少—個探針核酸或抗體試_預包裝的診斷試劍盒來 執行。此方法和試劑盒可以方便的應用於,例如,臨床條 5件下對顯不出GAVE17基因有關疾病或病症的徵兆或具 有該疾病家族史的患者進行診斷。 另外見GAVE17的任何細胞類型和組織都可以在 此處所描述的預後試驗中使用。 10 3·藥物基因組學 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 通過本文描述的篩選試驗鑑定的對GAVEl7活性(例如 GAVE17基因表現)具有鑛或抑卿響的制朗節劑, 可以施用給個體以治療(預防性或治療性)與GAVEn活性 有關的疾病(例如,炎症、節段性回腸炎、RA、多發性硬 15化和其他免疫系統疾病或腦疾病)。可以考慮將此治療與 個體的藥物基因組學結合起來,所述藥物基因組學研究^ 是:個體基因型與個體對外來化合物或藥物的反應性2的 的關係。對治療物代謝的差異可以通過改變藥理學活 物的血液濃度和劑量之間關係,導致嚴重毒性或A療藥 20 敗。因此,個體的藥物基因組學使得可以基於對個發義^ 型的考慮選擇有效的預防或治療藥劑(例如,藥物)。此, 物基因組學還可以用於確定適當的劑量和治療方案。藥 此,、可以通過確定個體的GAVE17蛋白質的活性 GAVE17核酸的表現或GAVE17基因的突變内容,選擇對 -92- >紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格^210x297公楚) A7 B7 200402424 五、發明說明(91) 個體適宜的治療或預防藥劑。 藥物基因組學所處理的問題是,由患者體内改變的藥 物處置和異常作用導致的臨床顯著的藥物應答遺傳差異, 見,例如,Lmder,Clm Chem (1997) 43(2): 254-266。一 5般,可以區分兩類藥理學遺傳情況(pharmacogenetic conditions)。作為改變藥物作用於身體的途徑的單因素傳 遞的遺傳情況,稱作“改變的藥物作用,,。作為改變身體 對藥物的作用途徑的單因素傳遞的遺傳情況,稱作“改變 的藥物代謝。這些藥理學遺傳情況可以以罕見缺陷或多 10怨性的形式存在。例如,葡萄糖-6-磷酸脫氫酶(G6PD)缺 陷是常見的遺傳酶病,其中主要的臨床並發症是吞食氧化 劑藥物(抗瘧疾藥物、磺醯胺、止痛劑或硝基呋喃)和食用 蠶豆後出現的溶血。 經 濟 部 智 慧 財 產 局 員 工 消 費 合 作 社 印 製 作為舉例說明性實施方案,藥物代謝酶的活性是藥物 15作用強度和持續時間的主要確定因素。對藥物代謝酶(例 如N-乙酿轉移酶2(NAT2)和細胞色素p45〇酶,CYP2D6 和CYP2C19)遺傳多態性的發現解釋了,為什麼服用標準 和安全藥物劑量後,一些患者不能獲得預期的藥物效果或 表現出過度的藥物反應和嚴重毒性。群體中這些多態性表 20現為兩種表型,泛代謝者(extensive metabolizer, EM)和不 良代謝者(PM)。PM的普遍性在不同群體之間是不同的。 例如,編碼CYP2D6的基因具有高度多態性,在pM中已 鑑定到幾種突變,所有均導致CYP2D6功能的缺乏。 CYP2D6和CYP2C19的不良代謝者在接受標準劑量後十 .. -93-
200402424 A7 B7 五、發明說明(92) 分頻繁地出現過度藥物反應和副反應。正如通過可待因的 止痛作用(由CYP2D6形成的代謝物嗎啡介導的)所證實 的,如果代謝物是活性治療部分,則PM將不會表現出治 療反應。另一極端是對標準劑量不起反應的所謂超快代謝 5 者。近來,超快代謝的分子基礎已得以鑑定,其是由 CYP2D6基因擴增導致的。 因此,通過確定個體中GAVE17蛋白質的活性、 GAVE17核酸的表現或GAVE17基因的突變内容,可以選 擇出對於預防或治療個體適宜的藥劑。此外,可以使用藥 10物基因組學研究,通過對編碼藥物代謝酶的多態性等位基 因進行基因分型鑑定個體的藥物應答表型。當使用 GAVE17調節劑(如,通過本文所述其中一種示例性篩選試 驗鑑定的調節劑)治療物件時,在給藥或選擇藥物方面, 此資訊可以避免不良反應或治療失敗,由此增強治療或預 15 防的功效。 4·在臨床試驗過程中監測效果 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 藥劑(例如,藥物或化合物)對GAVE17表現或活性的 影響(例如’調節異常細胞增殖和/或分化的能力)既可以 20在基礎藥物筛選中也可以在臨床試驗中進行監測 。例如, 對於藥劑(通過本文描述的篩選試驗確定的)在增加 GAVE17基因表現、蛋白質量或蛋白質活性方面的有效 性’可以在表現出降低的GAVE17基因表現、蛋白質量或 蛋白質活性的物件上在臨床試驗中進行監琪彳。或者,對於 -94· 本紙張尺度適用中國國家標準(CJNS)A4規格(210x297公釐)'~— 200402424 A7 B7 五、發明說明(93) 藥劑(通過本文描述的篩選試驗確定的)在降低GAVE17基 因表現、蛋白質量或蛋白質活性方面的有效性,可以在表 現出增加的GAVE17基因表現、蛋白質量或蛋白質活性的 物件上在臨床試驗中進行監測。在這些臨床試驗中, 5 GAVE17的表現或活性以及,優選地,其他基因的表現或 活性(例如,細胞增殖疾病所涉及的基因)可以用作特定 細胞的免疫應答性的標誌。 例如,但不限於,可以鑑定當用調節GAVE17活性的 藥劑(例如,化合物、藥物或小分子)(例如,本文所述篩選 10試驗鑑定的藥劑)處理時細胞中可以被調節的基因(包括 GAVE17)。因此,例如,在臨床試驗中,為了研究藥劑對 細胞增殖疾病的作用,可以分離細胞,製備RNA並分析 GAVE17及參與該疾病的其他基因的表現量。基因表現量 (即’基因運异式樣)可以通過如下方式定量:按本文所述 15進行Northern印潰分析或RT-PCR,或者,作為備選方 案,利用本文所述方法之一測量產生的蛋白質的量或測量 GAVE17或其他基因的活性量。以此方式,基因運算式樣 可以用作指示細胞對藥劑的生理反應的標誌。由此,可以 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 在使用藥劑治療個體之前以及治療過程中的不同點,確定 20 反應狀態。 在優選實施方案中,本發明提供了一種方法,由此可 以監測使用藥劑(例如,通過本文所述篩選試驗鑑定的激 動劑、拮抗劑、肽類比物、蛋白質、肽、核酸、小分子或 其他候選藥物)治療受試者的療效,該方法包括步驟: -95- 200402424 A7 B7 五、發明說明(94) 在施用藥劑前從受試者獲得施用前的樣本;(ii)檢測施用 前樣本中GAVE17蛋白質、mRNA或基因組DNA的表現 量;(iii)從受試者獲得一個或多個施用後樣本;(iv)檢測 施用後樣本中GAVE17蛋白質、mRNA或基因組DNA的 5 表現或活性量;(v)對施用前樣本中GAVE17蛋白質、 mRNA或基因組DNA的表現或活性量與一個或多個施用 後樣本中GAVE17蛋白質、mRNA或基因組DNA的表現 或活性量進行比較;和(vi)據此改變患者的藥劑施用方 案。例如,可能期望增加藥劑施用以增加GAVE17的表現 10 或活性量,使之超過所檢測到的量,即,增加藥劑的效 力。或者,可能期望降低藥劑施用以降低GAVE17的表現 或活性量,使之低於所檢測到的量,即,降低藥劑的效 力。 15 D ·治療方法 本發明為治療有危險患有(或易感)或已患有與異常 GAVE17表現或活性相關的疾病的患者提供了預防和治療 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 方法。所述疾病包括,但不限於,例如消化疾病如節段性 回腸炎、結腸息肉等。 20 1 ·預防方法 一方面,本發明提供預防方法,該方法通過給受試者 施用調節GAVE17表現或至少一種GAVE17活性的藥 劑’預防受試者患上與異常GAVE17表現或活性有關的疾 -96- 297公釐) 本纸張尺度通用_國國家規格(21〇: ΰ Ο » 200402424 A7 B7 五、發明說明(95 ) 病或病症。可以通過,例如,本文所述任一種或組合的診 斷或預後試驗,鑑定有危險罹患由異常GAVE17表現活性 引起的或促成的疾病的個體。可以在以GAVE17異常為特 徵的症狀顯現之前施用預防劑,以便預防疾病或病症,或 5 作為備選方案阻滞疾病或病症的進程。例如’根據 GAVE17異常的類型,可以使用GAVE17的激動劑或 GAVE17的拮抗劑治療個體。適宜的藥劑可以根據本文所 述篩選試驗確定。 10 2 ·治療方法 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 本發明另一方面涉及調節GAVE17表現或活性用於治 療目的的方法。本發明的調節方法涉及使細胞與能調節和 細胞有關的一種或多種GAVE17蛋白質活性的藥劑接觸。 能夠調節GAVE17蛋白質活性的藥劑可以是本文所述的藥 15劑,例如核酸或蛋白質、GAVE17蛋白質的天然關聯配 體、肽、GAVE17肽類比物或其他小分子。在一個實施方 案中,該藥劑刺激GAVE17蛋白質的一種或多種生物學活 性。此刺激劑的實例包括活性GAVE17蛋白質和已導入細 胞中的編碼GAVE17的核酸分子。在另一實施方案中,該 2〇藥劑抑制GAVE17蛋白質的一種或多種生物學活性。此抑 制劑的實例包括反義GAVE17核酸分子和抗GAVE17抗 體。可以體外(例如,通過使用藥劑培養細胞)或,作為備 選方案,體内(例如,通過向患者施用藥劑)執行此調節方 法。由此,本發明提供治療罹患疾病或病症(其特徵在於 -97-
200402424 A7 B7 五、發明說明(96 ) GAVE17蛋白質或核酸分子的異常表現或活性)的個體的方 法。在一個實施方案中,本方法涉及施用可調節(例如, 上調或下調)GAVE17表現或活性的藥劑(例如,通過本文 所述師選试驗鑑疋的藥劑)或藥劑組合。在另一實施方案 5中,本方法涉及施用GAVE17蛋白質或核酸分子作為治療 物以彌補降低的或異常的GAVE17表現或活性。 當GAVE17被異常下調和/或當增加的gave17活 性可能具有有益作用時,.刺激GAVE17活性是有利的。相 反’當GAVE17被異常上調和/或當降低的gave17活 10性可能具有有益作用時,抑制GAVE17活性是有利的。 本發明進一步通過如下實施例進行舉例說明,這些實施例 不應理解為是限制性的。在整個本申請中引用的所有文 獻、專利和出版的專利申請的内容特此並入作為參考。
15 實施例1選殖hGAVE17 cDNA 在人類基因組庫中尋找GPCR基序。鐘定出 AC024886,一個來自第三號染色體的人類基因組dna。 這個基因組DNA及其片段在Northern印潰中用作探針。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 對人脾和外周血白細胞cDNA文庫匯合物進行pcr 20 篩查。用以下序列設計PCR引子:
正向:5,-GAAGCAATGAACACCACAGTG-3,(SEQ ID NO:6)
反向:5,-AGTTGTCAGCCTAAGGTTATG-3,(SEQ ID NO:7) -98- 本紙張尺度適用肀國國家標準(CNS)A4規格(21〇 x297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(97) 在熱迴圈儀(thermocycler)中使用如下迴圈:94°C性 30秒,之後55°C火30秒,並在72°C延伸1分鐘。重復此 迴圈35次,之後在72°C延伸5分鐘。 PCR之後,把3 μΐ dNTP (每種核苷酸各10mM) 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 5 (Clontech 目錄號· 7404-i)和 1 μΐ (5 單位)Taq DNA 聚合 酶(Qiagen,目錄號· 201223)加入到PCR產物中,混合物 在72°C溫育10分鐘。然後PCR產物在1%瓊脂糖凝膠上 電泳。從凝膠上切下含有所要片段的大約1Kb長度的條 帶,使用Qiaquick凝膠抽提試劑盒及製造商提供的方案 10 (Qiagen,目錄號· 28704)把其純化。然後將純化的PCR產 物亞選殖入pCRII-TOPO載體(Invitrogen,目錄號· K2000-01/40/J10 和 K2030-01/40/J10)。為了把 PCR 產物亞 選殖入載體,使用InvitrogenTA選殖載體試劑盒準備連接 反應。連接反應包括:5μ1無菌水;Ιμΐ Invitrogen 2X連接 15 緩衝液;2μ1 PCR2.1 載體(25 ng/μΐ); 4 μΐ PCR 產物 DNA (1〇 ng); 4 μΐ (5X)稀釋緩衝液;和1 μΐ T4 DNA連接酶(5單 位)。在14°C溫育此反應18小時。用2μ1連接反應混合物 與200μ1 INVa F’感受態大腸桿菌細胞(Invitrogen目錄號· C658-00)混合,在冰上溫育30分鐘,在37°C熱激45秒, 20 在冰上溫育2分鐘,之後加入800μ1 LB,由此用連結反應 物轉形大腸桿菌。然後細胞在細菌搖床/培養箱中攪動下 37C過夜溫育。過夜溫育後,將200μ1轉形反應混合物鋪 在含有lOOpg/ml安比琳的LB瓊脂平板上並37°C過夜溫 育。 -99- 本紙張尺度適用〒國國家標竿(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 一 200402424 A7 B7 五、發明說明(98 ) 溫育之後,挑選殖體並且每單菌落分別在含有5〇〇 W LB (含有100 μ§/ιη1安比琳)的單獨試管中在搖床/培 養箱中過夜生長。為了用PCR篩選菌落,使用如下反^ 物· 41·5 μΐ含有一個菌落的LB; 5 μΐ Taq緩衝液(i〇x); 1〇 5 μΐ dNTP (每種核苷酸各1〇 mM); 1〇 μ1正向引子(1〇 mM); 1·〇 μΐ反向引子(10 mM);及〇·5 μΐ Taq DNA聚合酶(5單位 /μΐ)。使用如下的迴圈在熱迴圈儀中溫育反應:94<^2分 鐘,94°C30 秒,55°C30 秒,72。(:1 分鐘及 72〇C1〇 分鐘, 之後冷卻到4°C。 10 為了檢查PCR反應的結果,在1% TAB瓊脂糖凝膠上 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 用5 μΐ PCR反應溶液電泳。陽性選殖體顯示出有大約 的插入。在細菌搖床/培養箱中,使陽性選殖體在5mlLB + 100 pg/ml安比琳中37°C過夜生長。用Qiagen DNA純 化柱(Qiagen Catalog No· 12143)根據製造商推薦的方案純 15 化質粒。用 T7 正向引子(5,-TAATACGACTCACTATAGGG-3’) (SEQ ID NO:8)和 M13 反向引子(5,-CAGGAAACAGCTATGAC-3’)(SEQ ID ΝΟ··9)對陽性選殖體 測序。DNA測序鑑定分離出含有如圖1所示的DNA序列 (SEQ ID ΝΟ:1)和如圖2所示的胺基酸序列(SEQ ID ΝΟ:2)的 20 cDNA 〇 實施例2製備過量表現hGAVE17的哺乳動物細臉 為了製備大量的hGAVE17用於進一步試驗,將編碼 hGAVE17的CDNA,選殖體入表現載體並轉染哺乳動物細 -100- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐)
^ i J 200402424 A7 B7 五、發明說明(") 胞,例如,NIH 3T3細胞。 為了產生過量表現hGAVE17的哺乳動物細胞,于6 孔35mm組織培養板中,在含有10%胎牛血清(Gibco/ BRL Catalog No· 1600-044)的 2ml D]MEM 培養基(Gibco/ 5 BRL,Catalog No· 11765-054)中接種細胞。(每孔 3 x ίο5 個 細胞(ATCC Catalog No· CRL-1573))。 然後,在C〇2培養箱中37°C溫育細胞直到細胞達到 50—80%的匯合。hGAVE17的選殖體cDNA核酸序列用 上述的方法插入到pcDNA3 · 1選殖體載體中(Invitrogen, 10 Catalog No· V790-20)。在 100 μΐ 無血清的 F12 HAM 培養 基中稀釋2pg的DNA。獨立地,在100 μΐ無血清F12 HAM 培養基中稀釋 25 μΐ Lipofectamine 試劑(Life Technologies,Catalog No· 18324_020)。然後把 DNA 溶液 與Lipofectamine溶液輕輕地混合,並在室溫下溫育45分 15 鐘以產生DNA-脂複合體。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 用2ml無血清F12 HAM培養基沖洗細胞,對於每個 轉染(6_孔板中6個轉染),將0.8ml無血清F12 HAM培 養基加入含有DNA-脂複合體的溶液(總體積0.2ml)中’ 並輕輕混合。然後將得到的混合物(此後稱“轉染混合 20 物”)鋪在(0.8ml+0.2ml)沖洗過的細胞的表面。不加入 抗菌試劑。然後在C02培養箱中將細胞與脂_DNA複合體 在37°C —起溫育16小時,以進行轉染。 在溫育期完成後,在沒有首先去除轉染混合物的情沉 下,將lml含有10%胎牛血清的F12 HAM培養基鋪在細 -101- 本紙張尺度遇用中關家標準(CNs)A4規格(21〇 x 297公釐) 200402424 Δ7 Α7 ___ Β7 五、發明說明(100) 胞上。轉染後18小時,吸出鋪在細胞上的培養基。然後 用 PBS (pH2-4) (Gibco/BRL Catalog No· 10010-023)洗細 胞,然後PBS用含有5%血清的F12 HAM培養基(“選 擇培養基”)置換。轉染後72小時,在含有400 pg/ml 5 抗細菌劑遺傳黴素(Life Technologies,Catalog No· 11811)的 選擇培養基中10倍稀釋細胞。 施例3激動劑詖鹼 為了篩選人GAVE17的激動劑,人為地使hGAVE17 10 與Gq機制偶聯,Gq機制的啟動刺激胞内肌質網小泡釋放 Ca2+。Ca2+釋放入胞質,在這裏它可以用Ca2+螯合劑來檢 測。可以使用螢光成像平板閱讀器或者FLIPR®儀器 (Molecular Devices )監測導致的任何螢光改變。榮光的 增強可以反映激動劑的活性。
15 在一個具體的實例中,預改造表現hGAVE17的NIH 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 3T3細胞,以表現Gq蛋白的不加區別形式(Gal6)。為了製 備這樣的細胞,從商業途徑獲得偶聯Gal6的NIH 3T3細胞 (Molecular Devices LIVEWARE™ 細胞,目錄號· RD_ HGA16),之後使用實施例2的方案以便在這些細胞中表現 20 hGAVE17。 37°C及5% C02下F12 Ham培養基中使細胞保持在生 長對數期,所述F12 HAM培養基(Gibco/BRL,目錄號· 11765_054)中含有10%胎牛血清、1〇〇 IU/ml青黴素 (Gibco/BRL,目錄號· 15140-148)、100 pg/ml 鏈黴素 -102- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 x 297公爱) 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 200402424 A7 B7 五、發明說明(ιοί) (目錄號· 15140-148, Gibco/BRL)、400 gg/ml 遺傳黴素 (G418) (Gibco/BRL,Catalog No. 10131-035)和 200 pg/ ml Zeocin (Invitrogen,Catalog No· R250-05)。試驗前一 天,用 Multidrop 裝置(Labsystems,Type 832)以 12,500 細 5 胞/孔把NIH 3T3細胞鋪在384-孔底部透明的試驗板 (Greiner/Marsh,Catalog No· N58102)上,板孔體積為 50 μΐ。在潮濕的5%C02培養箱(Forma Scientific C02水夾套 型培養箱3110型)中37°C溫育細胞。 製備如下的母液:HEPES(pH7.5) (Gibco / BRL, 10 Catalog No· 15630-080)的 1M 母液;IN NaOH 中丙磺舒 (Sigma,Catalog No· P8761)的 250mM 母液;DMSO(Sigma D2650)中 Fluo 4_AM 染料(Molecular Probes,Catalog No· FI 4202)的ImM母液。用1000ml Hank平衡鹽溶液(Fisher/ Mediatech,Catalog No. MT21023)、20ml 1M HEPES 母液 15 和10ml 250mM丙磺舒母液製備反應緩衝液。為了製備上 樣緩衝液,把1.6ml的ImM Fluo 4-AM染料母液與0.32ml pluronic acid(Molecular Probes,Catalog No· P6866)混合, 然後與400ml上述反應緩衝液及4ml胎牛血清混合。 試驗前1小時,用96/384 Multidrop裝置把50 μΐ新 20 製備的上樣緩衝液加到384-孔板的每個孔中。在潮濕培養 箱中37°C溫育細胞以使染料吸收最大化。在試驗即將開始 之前,用 384 EMBLA 細胞洗滌儀(Skatron; Model No. 12386)用90 μΐ反應緩衝液洗滌細胞2次,吸頭設置在距 離平板底部至少lOttim以上的位置,在每個孔中留45μ1 -103- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐)
A7 B7 200402424 五、發明說明〇2) 緩衝液。 FLIPR® II ( Molecular Devices )儀器的 CCD 相機 (Princeton Instruments)設定為 2.0 的 f-st〇p,〇4 秒的曝 光。相機用於監測細胞平板,以得到染料荷載的精確量。 5 在濃度為ίο μΜ的生理鹽緩衝液中測試含有可能激動 劑(例如各種嘌呤衍生物或嘌呤類比物)的化合物文庫。 加入化合物之前,測量螢光變化ίο秒。加入化合物後, 第一分鐘内每秒測一次螢光,之後在3分鐘的全部試驗分 析時間中每6秒曝光一次。在第10次掃描後加入1〇〇 μΜ 10 化合物原液的5μ1等分試樣,使細胞上的最終化合物濃度 為10 μΜ。記錄前80次掃描的最大螢光變化作為啟動劑 動性的測量值,並與1〇 μΜ ATP (Sigma Α9062)所誘導的 最大螢光變化比較。利用轉染的ΝΠί 3T3細胞系進行的這 個試驗的結果以圖的方式顯示於圖3a-d中。
15 在另一個實例中,改造後表現GAVE17的HEK 293T 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 細胞也能用於此試驗。圖4a-b以圖的方式顯示了用此細 胞的試驗結果,其中測試了 2-甲硫基-ATP (2mes-ATP) 和2·硫代ADP (2S-ADP)的激動劑活性。圖4a和圖4b 以圖的方式顯示了 2mes-ATP和2S-ADP表現出激動劑活 20 性。 實施例4拮抗劑試驗 為了篩選人GAVE17的拮抗劑,人為地使hGAVE17 與Gq機制相偶聯。如實施例3中,利用FLIPR®儀器探測 -104- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(1〇3) 導致的任何螢光改變。螢光的減弱反映拮抗劑的活性。 如實施例3中所述,預改造表現hGAVE17的NIH 3T3細胞,以表現Gq蛋白的不加區別的形式(Gal6)。37°C 及5% C02下F12 HAM培養中使細鸠維持在生長對數期。 5 所述 F12 HAM 培養基(Gibco/BRL,目錄號· 11765-054)中 含有10%胎牛血清、100 IU/ml青黴素(Gibco/BRL,目 錄號· 15140-148)、100 pg/ml 鏈黴素(目錄號· 15140-148, Gibco/BRL)、400 pg/ml 遺傳黴素(G418) (Gibco/ BRL,Catalog No. 10131-035)和 200 pg / ml Zeocin 10 (Invitrogen,Catalog No· R250-05)。試驗前一天,用 96/ 384 Multidrop裝置以12,500個細胞/孔將NIH 3T3細胞 鋪在384 —孔底部黑色/透明的試驗板(Greiner/Marsh, Catalog No. N58102)上,板孔體積為50 μΐ。細胞在潮濕 5%C02 中 37〇C 溫育。 15 製備如下的母液:HEPES(pH7.5) (Gibco / BRL, 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製
Catalog No· 15630-080)的 1M 母液;IN NaOH 中丙磺舒 (Sigma,Catalog No· P8761)的 250mM 母液;DMSO(Sigma D2650)中 Fluo 4_AM 染料(Molecular Probes,Catalog No· FI 4202)的ImM母液;和配體或拮抗劑的母液。用1000ml 20 Hank 平衡鹽溶液(?丨811€1*/¥6(^16(:11,€&1&1〇§1^〇· MT21023)、20ml 1M HEPES 母液、l〇ml 的 250mM 丙磺 舒母液和1 mM CaCl2製備反應緩衝液。為了製備上樣緩 衝液,把80 μΐ的ImM Fluo 4-AM染料母液與16 μΐ pluronic acid (Molecular Probes,Catalog No· Ρ6866)混合, -105- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 A7 ___ B7 五、發明說明(104) 然後與20 ml上述反應緩衝液及0.2 ml胎牛血清混合。 試驗前30分鐘,用96/384 Multidrop裝置把30 μΐ 新製備的上樣緩衝液加到384-孔板的每個孔中。在潮濕 C〇2培養箱中37°C溫育細胞以使染料吸收最大化。在試驗 5 即將開始之前,用384 EMBLA細胞洗滌儀(Skatron;Model No· 12386)及1〇〇 μ1反應緩衝液洗滌細胞3次,吸頭設置 在距離平板底部至少40mm以上,在每個孔中留45μ1緩 衝液。 用 PLATEMATE—384 移液器(matrix)將 5μ1 1〇〇 μΜ 10 拮抗劑化合物(例如嘌呤衍生物或嘌呤類比物)母液加入 到細胞中。在溫育步驟中,化合物的濃度約為10 μΜ。將 細胞鋪在FLIPR® II上,在第一分鐘内每秒測一次板螢 光,之後在3分鐘的全部試驗分析時間内每6秒曝光一 次。在第10次掃描後加入拮抗劑或配體(10 μΜ)。每次加 15 入之後,384個吸頭用20 μΐ的0.01% DMSO水溶液洗滌 10次。 實施例5受體結合試驗 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 為了製備含有hGAVE17受體的膜組分,在含有1 mM 20 EDTA的磷酸緩衝鹽溶液(1〇 ml)中孵育以收穫表現或者過 量表現hGAVE17的NIH 3T3細胞系。在用5 ml緩衝液A (50 mM Tris-HCl (pH 7.8) (Sigma T6791), 5 mM MgCl2 (Sigma M8266)和 1 mM EGTA (Sigma 0396)重懸細胞之 前,細胞在含有1 mM EDTA (10 ml)的鱗酸緩衝鹽溶液中 -106- 一本紙張尺度適用中國國家標準(⑶幻八4規格(210x297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(1〇5) 再洗3次。 然後’在組織勻漿器(p〇lytr〇n,Kinemetica,Model PT 10/35)中破碎細胞1分鐘。得到的勻衆物在jg〇rvan儀器 RC3B冷;東離心機中49,000 X g,4°C_心20分鐘。得到的 5 沈澱在25ml的緩衝液A中重懸,離心步驟重復3次。最 後一次離心之後’沈殿再一次在5ml緩衝液A中重懸,等 分試樣,並在-70°C保存。 使用膜組分和放射性標記的嘌呤核苷酸或激動劑作為 示蹤者,進行受體結合試驗。在96-孔板(Beckman儀器)中 10進行試驗。結合反應物由含有放射性配體或激動劑(〇·〇ι ηΜ-25 ηΜ)、18 pg NIH 3Τ3細胞製品,及〇·ΐ%牛血清清 蛋白(Sigma,Catalog No· 34287)的終體積為〇.2 ml的緩衝 液 A 組成(見 Im 等,j Biol Chem (2000) 275(19):14281-14286)。在室溫下溫育此反應物丨小時。在多通道收穫器 15 (Brandell)上過渡通過Whatman GF/C渡紙終止反應,所 述濾紙之前用〇·3%聚乙稀亞胺(Sigma,Catalog No. P3143) 和0.1%牛血清清蛋白(BSA)處理1小時。 將混合物加於濾紙上並溫育1小時。用lml冰冷的 50 mM Tns-HCl,(pH 7·6)洗滌濾紙6次。通過測量放射 2〇 性,對於每個示蹤者濃度基於總結合與非特異結合(背 景)的差別,計算特異結合。獲取8~ 16個濃度資料點以 便確定在配體和受體平衡狀態下配體與受體的結合(平衡 結合參數)和與放射性配體或激動劑競爭結合受體所需的 非放射性配體或激動劑的量(競爭結合值.)。製作抑制曲 -107- 本紙張Κ度遇用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 計 4 ·! 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 A7 200402424 ____B7 _ _ 五、發明說明(1〇6) 線以確定抑制50%的結合所需的濃度(ic50)。 實施例6 Northern印潰試驗 在來自幾個人組織樣本、細胞系和新鮮血液細胞的總 5 RNA或poly A+ RNA上進行Northern印潰分析,以測定 這些組織是否表現hGAVE17。所用的探針是標有P32的隨 機引發的hGAVE17cDNA或其部分。 製備探針 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 標有P32的hGAVE17 cDNA按如下方法製備:25ng 10 如上所述製備的hGAVE17 cDNA在微量離心管中於45 μΐ 10 mM Tris_HCl,pH 7·5; 1 mM EDTA 中重懸,在 95°C 加熱 5分鐘。然後在冰上驟冷5分鐘。冷卻之後,管中的混合 物用45 μΐ GAVE17 cDNA和上面描述的緩衝液重懸,並 與 RTS Rad Prime Mix (提供有 RTS Rad Prime DNA 標記系 15 統)(Life Technologies,Catalog No. 10387-017)混合。邊輕 柔但徹底混合,邊加入5μ1標有P32的α-dCTP (比活性 3000 Ci/mM) (Amersham,AA0005)。得到的混合物在 37 °C溫育10分鐘。通過加入5 μΐ的0·2 M EDTA (pH 8.0) 來終止溫育。取混合物的5 μΐ等分試樣並通過計數放射性 20 來估計摻入hGAVE17 cDNA的放射性α-dCTP。大約使用 106 cpm的探針。 RNA抽提 在培養盤中加入lml Trizol試劑(Life Technologies, Catalog No· 15596)直接裂解感興趣的細胞。用吸管吹吸細 -108- 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公爱 1 ' 200402424 Α7 __ Β7 五、發明說明(1〇7) 胞裂解液幾次以勻漿裂解液(之後,把細胞裂解液轉入試 管中)。勻漿之後,30°C溫育裂解液5分鐘以允許核蛋白 複合體完全解離。溫育之後,以每lml Triz〇1試劑〇 2 ml 氣仿(Sigma,Catalog No· C53 12)的量將氯仿加入裂解液 5中,劇烈震蕩試管15秒。然後裂解液在30°C溫育3分 鐘。溫育之後,在4°C以12,000xg離心裂解液15分鐘。 付到的水相轉移到新管中並按每lml Trizol試劑0.5ml異 丙醇的量加入異丙醇。然後水相樣本在30°C溫育10分 鐘’並在4°C,12,000xg離心1〇分鐘,離心之後,棄去上 10清。用70%乙醇洗滌剩下的RNA沈澱。沖過的樣本在4 °C,7500xg離心1〇分鐘,棄去產生的上清。然後乾燥剩 下的RNA沈殿,並在無RnaSe的水(Life Technologies, Catalog No· 10977-015)中重懸。將總 RNA 或 poly A+ RNA 用於Northern或者Taqman (下面有描述)試驗。可以購 15買已知的標準品,例如Perkin-Elmer的人腦肌動蛋白。可 以從例如Clontech商業上獲得不同組織的人總RNA。 凝膠電泳 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 在水、5X甲醛凝膠電泳緩衝液(描述如下)和2.2M 甲醛(Sigma,Catalog No· P82031)中融化 2g 瓊脂糖(Sigma, 20 CatalogNo· A0169),製備瓊脂糖凝膠。 4.5 μΐ (共 5 pg) 2.0 μΐ 3·5 μΐ
凝膠電泳的樣本製備如下 RNA 5Χ甲醛凝膠電泳緩衝液 曱醛 -109- 本紙張尽度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 200402424 A7 B7 五、發明說明(1〇8) 甲醯胺(Sigma,Catalog No· F9037) 10.0 μΐ 甲醛凝膠電泳緩衝液(5Χ)是0·1Μ的3—(Ν·碼福 咁)丙烷磺酸(MOPS ) (pH 7.0) (Sigma,Catalog No· M5162); 40 mM 乙酸鈉(Sigma,Catalog No. S7670);和 5 mM 5 EDTA (PH 8.0) (Sigma,Catalog No· E7889)。 樣本在65°C溫育15分鐘,之後在冰上驟冷卻。冷卻 之後,樣本離心5秒。然後向樣本中加入2μ1甲醛凝膠上 樣緩衝液;50%甘油(Sigma, Catalog No. G5516); 1 mM EDTA (pH 8.0); 0.25% 漠紛藍(Sigma,Catalog No· 18046); 10 〇·250/〇二曱苯氰 ff (Sigma,Catalog No. 335940)。 在5 V/cm下預電泳凝膠5分鐘。預電泳之後,將樣 本載入到凝膠上。在4 V/cm電泳IX甲醛凝膠電泳緩衝 液淹沒的凝膠。2小時後更換緩衝液進行電泳。 將RNA從凝膠向硝化纖維素轉移 15 用溴化乙錠(Sigma,Catalog No. E1 385)(在 0·1 Μ 乙酸 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 銨(Sigma,Catalog No· 09689)中 0·5 pg/ml)對凝膠染色 30 分鐘’以保證RNA不被降解。然後用Sambrook等所描述 的方案(Sambrook 等,編,Molecular Cloning: A Laboratory Manual, volume 1, pp.7.46-7.51, Cold Spring Harbor 20 Laboratory Press (1989))把RNA從瓊脂糖凝膠轉移到硝化 纖維素膜上(Schleicher & Schuell Inc” Catalog No· 74330-026” 標有P32_cDNA的雜交 在 68C 溫育 Clontech ExpressHyb 雜交溶液(Clontech, -110- 本紙張尺度適用中國國冢標準(CNS)A4規格(210x297公爱) A7 B7 200402424 五、發明說明(1〇9)
Catalog Ν〇·8015-1)2小時。溫育之後,將15ml溫的雜交 溶液倒在膜上。搖動下,使膜在68°C浸在雜交溶液中。1 小時過去後,加入之前95°C煮沸變性5分鐘的hGAVE17 cDNA探針,濃度為1〇6計數/ml。然後,用雜交溶液覆 5 蓋凝膠在68。(:繼續溫育2小時,直至過夜,其間不停地搖 動。 從Clontech ExpressHyb雜交溶液中取出膜,並用2X SSPE; 0.01% SDS 在 50°C 洗滌 30 分鐘;用 0.1X SSPE; 0.1% SDS在60〇C洗滌卜J、時。 10 顯像 膜在 _70 °C 過夜曝光 Kodak X-OMAT AR (Kodak, Catalog No· 165 1579)膠片,並用標準方法顯像。篩選大量 不同組織,在所選組織(例如免疫系統的細胞)中發現一 個獨特的大約5kb的mRNA。 15 實施例7PCR Μ舲 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製
TaqMan®或即時RT-PCR可檢測樣本中的信使RNA。 在PCR過程中,試驗利用AmpliTaq Gold® DNA聚合酶的 5 一核酸酶活性切割TaqMan®探針。TaqMan®探針在探針 20 5端包括報告染料,例如6 — FAM(6-羧基螢光素),並在 探針端包括淬滅染料(例如,tamra(卜羧基_n,n,n,, N’·®甲基羅丹明))。料TaqMan®探針使其特異地與正向 引子和反向引子位元點之間的目的靶cDNA雜交。當探針 是完整時,3飞淬滅染料使5,端報告染料的螢光二滅。 •111- 200402424 Α7 _ Β7 五、發明說明(110 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 PCR過程中,AmpliTaq Gold® DNA聚合酶的5,—3,活性導 致了 端報告染料和3'端淬滅染料之間的探針被切 割’從而報告染料被置換出來。一旦被置換出來後,報告 染料的螢光就不再被淬滅染料熄滅。因此,可以通過監測 報告染料的螢光增強來檢測從靶DNA模板產生的PCR產 物的積累。 來自 Perkin Elmer Applied Biosystems 的 ABI Prism 序 列檢測儀系統(Model No· ABI7700)可用於監測PCR過程中 報告螢光的增強。相對無源參照物的釋放標化報告信號。 cDNA模板的製備 可以商業上獲得幾種組織的總RNA和poly A+RNA, 例如從Clontech獲得。 5gg的總RNA與2 μΐ (50 ng/μΐ)的隨機6聚體引子 (Life Technologies,Catalog No· 18090)混合,使總反應體積 15 為7 μΐ。得到的混合物在70°C加熱10分鐘,並在冰上快 速冷卻。把以下試劑加入混合物中:4 μΐ的5X第一鏈緩 衝液,2 μΐ 0·1 mM DTT,1 μΐ 10 mM dNTP 和 1 μΐ 水。混合 物輕輕混合並在37°C溫育2分鐘,溫育之後,加入5 μΐ 的 Superscript RT-PCR 反轉錄酶(Life Technologies,Catalog 20 No. 18090)。然後混合物在37°C溫育60分鐘。通過加入 Ιμΐ的2.5 mM EDTA終止反應。然後混合物在65°C溫育 10分鐘。 PCR 和 TaqMan®試驗 在 96 —孔板 MicroAmp 光學試管(Perkin Elmer, 5 10 • 112- 本紙張尽度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐) 計 線 200402424 A7 B7 五、發明說明(ill)
Catalog No· N801-0933)中,進行 PCR 和 TaqMan®試驗。 反應混合物包括25 μΐ的TaqMan®PCR混合物(Perkin Elmer,Catalog No· N808-0230),1 μΐ 正向引子(5,-TGGTATTCCCAGCCCTCTACA-3,)(SEQ ID ΝΟ··10),1 μΐ 反 5 向引子(5’-CAAACACCCACAGAGCCAAA-3,)(SEQ ID NO: 11) , 1 μΐ 的 TaqMan® 探針(5,_FAM_
TGGTTTTCTTGACCGGCATCCTGC T-TAMRA-3,)(SEQ ID NO:12),1 μΐ cDNA和21 μΐ水,將其力口入各孑匕中。在不 同 cDNA 模板濃度(例如,5, 2, 1,0.5, 0.25, 0.125, 0.0625 10 ng/μΐ (模板cDNA濃度為終濃度))下,對每個組織樣 本重復配製兩份TaqMan®樣本。然後用MicroAmp光學8-帶罩(Perkin Elmer,Catalog No· N801-0935)密封平板。 用人 β 肌動蛋白(Perkin Elmer,Catalog No· 401846)重 復兩次繪製標準曲線。對標準曲線的每個cDNA模板濃 15度,均獲得了大量的擴增分子。一旦獲得已知基因的標準 曲線擴增即允許對每個未知靶基因擴增產生的dDNA分子 的數量進行確定以及用内對照進行標準化。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 來自上述TaqMan®反應的結果表示為相對于任選組織 的調控倍數。作為備選方案,不同組織的已知反應性,例 2〇 如β肌動蛋白可用作參考框架。在免疫系統細胞中觀察到 南水準的GAVE17 mRNA。 用「35S1GTPyS鑑定反向激動劑與激動劑 製備含有組成型活性受體的膜,方式是:首先吸出鋪 -113- 本紙張尺度通用中國國家標準(CNs)A4規格(210 X 297公" 200402424 A7 ___ B7 五、發明說明(112) 滿的單層真核細胞(表現GAVE17)中的培養基(細胞可 以在瓶中或多孔板中),之後用10ml冷PBS沖洗,再吸 出。加入含有 20 mM HEPES 和 10 mM EDTA (pH 7.4)的 5ml緩衝液,以從基底上刮下細胞。將細胞物質轉移到 5 50ml離心管中(4°c,20000rpm離心17分鐘)。之後吸出 上清液,得到的沈澱在含有20 mM HEPES和0.1 mM EDTA (pH 7·4)的30ml緩衝液中重懸。之後進行如上的 離心。吸出上清液,得到的沈澱在含有20 mM HEPES、 lOOmMNaCl和10mMMgCl2的緩衝液(結合緩衝液)中 10 重懸。然後,懸液用Brinkman polytron®勻漿器勻漿(15 〜20秒的多次衝擊直到所有物質成為均一懸液)以產生膜 蛋白製品。用Bradford方法(見PCT公開No. WO 〇〇/ 22131)測定蛋白濃度。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 候選化合物(例如嘌呤衍生物和嘌呤類比物)優選使 15用96孔板形式篩選。在結合緩衝液中將膜蛋白製品稀釋 到0·25 mg/ml以在50 μΐ體積中提供終濃度12 5呢/ 孔。將100 μΐ GDP緩衝液(37·5 ml結合緩衝液和2 GDP, Sigma Cat. No· G-7127)加入到每個孔中,之後加入 Wallac ScintistripTM (Wallac)。將 5 μΐ 候選化合物轉移到每 20 個孔中(即,在總試樣體積200 μΐ中的5 μ1,導致i : 4〇 的比率,從而候選物的終濃度為10 μΜ)。將5〇 μΐ膜蛋白 加入每孔中(包括不含受體的膜對照)並在室溫下預溫5 一 10分鐘。之後,每孔中加入5〇 μΐ含有[35s]GTFyS (〇 6 nM)的結合緩衝液,之後室溫下在搖床上溫育6〇分鐘。用 -114- I紙張尺度適用中關家標準(CNS)A4規格(210 X 297公釐)--------- — 200402424 五、發明說明(⑴) 22°C及4,000 rpm離心平板15分鐘終止試驗。然後板用8 道多孔管吸出上清,用板蓋將板封住並在Wallac 1450™上 讀數(參見製造商的說明書)。由與帶子結合的細胞物質 數量的變化可以測定出候選者是反向激動劑(與基線相比 5降低)還是激動劑(與基線相比升高)。 儘管參照以上的實施例已經詳盡地描述了本發明,但 應理解能進行多種改變而不背離本發明精神。因此, 明只被下述權利要求所限制。本申請中提及的’ _ 利和出版物完整地並入此處作為參#。 Ή用寻 -115- Υ紙張尺度適財‘豕標準(CNS)A4規叮加⑽公訂《
Claims (1)
- 200402424 A8 B8 C8 D8 六、申請專利範圍 1· 一種分離之編碼與核苷酸結合的G蛋白偶聯受體的核 酸,其包含GAVE17(SEQ ID N0:1)或GAVE17變體的 核苷酸序列。 2· —種分離之編碼與核苷酸結合的G蛋白偶聯受體的核 5 酸,其包含如下序列,所述序列編碼具有SEQ ID NO: 2的胺基酸序列的GAVE17多肽。 3·如申請專利範圍第1項的核酸,其中所述核酸選自: RNA、基因組DNA、合成DNA和cDNA。 4· 一種分離之編碼與核苷酸結合的g蛋白偶聯受體的核 10 酸,其包含GAVE17(SEQIDNO: 1)的核苷酸序列的等 位基因變體。 5 ·如申明專利範圍第1項的分離的核酸,其中所述變體 編碼添加、缺失或替代突變。 6.如申請專利範圍第5項的核酸,其編碼替代突變,其 15 中所述突變在所述序列中提供至少一個功能性等價胺 基酸殘基。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 7· —種分離之編碼與核苷酸結合的G蛋白偶聯受體的核 酸,其包含在嚴緊條件下可與雜交探針雜交並且與 SEQIDNO· 1互補或與編碼SEqIDn〇: 2的核酸互補 20的序列,其中所述探針包含SEQmN0: i或編碼SEQ ID NO: 2的核酸的片段。 8.-種分離之編碼與核苷酸結合的^蛋白偶聯受體的核 酸,其包含編碼具有與SEQ仍N〇:】至少3〇% 一致的 胺基酸序列的多肽的序列。 -116 -92162b 2004024249·—種純化的多肽,其是與核苷酸結合蛋白偶聯受 體’其胺基酸序列包含SEQ ID NO: 2。 1〇'種純化的多肽,其包含SEQ ID NO: 2中所示的第三 胞内環。 — 種表現載體,其包含與表現控制元件可操作地連接 的如申請專利範圍第1項的核酸。 12·如申請專利範圍第11項的表現載體,其中所述表現控 制元件選自··組成型、細胞特異性和誘導型調控序 列。 10 Β· 一種包含如申請專利範圍第丨丨項的載體的培養細胞。 14· 一種培養細胞,其包含與表現控制元件可操作地連接 的如申請專利範圍第丨項的核酸。 15·種用如申請專利範圍第11項的載體轉染或轉形的培 養細胞或所述細胞的後代,其中所述細胞表現所述載 15 體包含的核酸所編碼的多肽。 16·如申請專利範圍第13項的培養細胞,其中所述細胞選 自·真核細胞和原核細胞。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 17· 一種製備蛋白質的方法,包括:在允許所述載體包含 的核酸所編碼的多肽實現表現的條件下,培養如申請 20 專利範圍第13項的細胞。 18· 一種可以特異結合GAVE17的抗體。 19·如申請專利範圍第18項的抗體,其是單株抗體或多株 抗體。 2〇· —種用於給需要的患者調節GAVE17的信號活性或信 -117 - 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)A4規格(210x297公釐) 200402424 A8 B8 C8 D8 六、申請專利範圍 號轉導之醫藥組成物,包括給所述患者施用GAVE17 的激動劑、拮抗劑或反向激動劑。 21· —種用於鑑定GAVE17的激動劑的方法,包括:使潛 在的激動劑與表現GAVE17的纟弓胞接觸,和確定在所 5 述潛在激動劑存在時GAVE17的信號活性是否相對於 無所述潛在激動劑時GAVE17的活性增加。 22· —種用於鑑定GAVE17的反向激動劑的方法,包括: 使潛在的反向激動劑與表現GAVE17的細胞接觸,和 確定在所述潛在反向激動劑存在時,GAVE17的活性 1〇 是否相對於無所述潛在反向激動劑時GAVE17的活性 降低,並且在存在内源性配體或激動劑時也降低。 23· —種用於鑑定GAVE17的拮抗劑的方法,包括:使潛 在的拮抗劑與表現GAVE17的細胞接觸,和確定在所 述潛在拮抗劑存在時GAVE17的信號活性是否相詞 15 存在内源性配體或激動劑時GAVE17的活性降低。 24· —種治療組合物,其包含能夠調節GAVE17的信說活 性或轉導的GAVE17的激動劑、拮抗劑或反向數動 劑。 經濟部智慧財產局員工消費合作社印製 25· —種治療與核苷酸代謝功能障礙有關的疾病的醫藥緩 20 成物,包括給需要治療的患者施用治療組合物,其中 所述治療組合物包含能夠調節GAVE17的信號活性或 轉導的GAVE17的激動劑、拮抗劑或反向激動劑。 -118 - 本紙張尺度適用中國國家標規格(210 X 297公釐)
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|---|---|---|---|---|
| CN114787362A (zh) * | 2019-12-13 | 2022-07-22 | 中外制药株式会社 | 检测细胞外嘌呤受体配体的系统和导入该系统的非人动物 |
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|---|---|---|---|---|
| CN114787362A (zh) * | 2019-12-13 | 2022-07-22 | 中外制药株式会社 | 检测细胞外嘌呤受体配体的系统和导入该系统的非人动物 |
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