RU2017131622A - Способы высокопараллельного и точного измерения нуклеиновых кислот - Google Patents
Способы высокопараллельного и точного измерения нуклеиновых кислот Download PDFInfo
- Publication number
- RU2017131622A RU2017131622A RU2017131622A RU2017131622A RU2017131622A RU 2017131622 A RU2017131622 A RU 2017131622A RU 2017131622 A RU2017131622 A RU 2017131622A RU 2017131622 A RU2017131622 A RU 2017131622A RU 2017131622 A RU2017131622 A RU 2017131622A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- dna
- nucleic acid
- double
- stranded nucleic
- molecules
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 37
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims 24
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 title 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 20
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 11
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 11
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 5
- 239000000243 solution Substances 0.000 claims 5
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 claims 4
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims 4
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 claims 3
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 claims 3
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims 2
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 2
- 238000011176 pooling Methods 0.000 claims 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims 2
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 claims 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 claims 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 claims 1
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 claims 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (50)
1. Способ идентификации последовательностей, которые происходят из спаренных цепей двухцепочечного фрагмента нуклеиновой кислоты, причем способ включает:
растворение множества двухцепочечных фрагментов нуклеиновой кислоты в водном растворе;
распределение раствора во множество компартментов, причем маловероятно, что компартмент содержит два или более двухцепочечных фрагментов нуклеиновой кислоты, продукты амплификации которых выравниваются с одинаковой эталонной геномной последовательностью;
копирование и амплификацию обеих цепей компартментализированных двухцепочечных фрагментов нуклеиновой кислоты посредством осуществления ПЦР;
прикрепление одной или нескольких последовательностей ДНК специфических в отношении компартмента меток к амплифицированным копиям ДНК, что приводит в результате к прикреплению одинаковой метки или набора меток к копиям обеих цепей двухцепочечного фрагмента нуклеиновой кислоты;
объединение компартментов, содержащих амплифицированные меченые копии ДНК;
секвенирование всех амплифицированных меченых копий ДНК или их субпопуляции; и
идентификацию последовательностей, которые происходят из спаренных цепей двухцепочечного фрагмента нуклеиновой кислоты, на основании наличия общей последовательности ДНК специфической в отношении компартмента метки или набора меток.
2. Способ по п. 1, в котором сравнение последовательностей, происходящих из спаренных цепей двухцепочечного фрагмента нуклеиновой кислоты, обеспечивает возможность уменьшения ошибок при определении последовательности двухцепочечного фрагмента нуклеиновой кислоты.
3. Способ по п. 2, в котором уменьшение ошибок при определении последовательности нуклеиновой кислоты применяют для идентификации малораспространенных вариантов последовательностей в смеси последовательностей нуклеиновой кислоты.
4. Способ по п. 1, в котором двухцепочечные фрагменты нуклеиновой кислоты представляют собой РНК.
5. Способ по п. 1, в котором двухцепочечные фрагменты нуклеиновой кислоты представляют собой ДНК.
6. Способ по п. 1, в котором двухцепочечные фрагменты нуклеиновой кислоты представляют собой геномную ДНК.
7. Способ по п. 1, в котором двухцепочечные фрагменты нуклеиновой кислоты представляют собой геномную бесклеточную ДНК, полученную из крови.
8. Способ по п. 1, в котором двухцепочечные фрагменты нуклеиновой кислоты представляют собой геномную ДНК, полученную из опухолевой ткани.
9. Способ по п. 1, в котором двухцепочечные фрагменты нуклеиновой кислоты представляют собой геномную ДНК, полученную из зафиксированной формалином, залитой в парафин опухолевой ткани.
10. Способ по п. 1, в котором двухцепочечные фрагменты нуклеиновой кислоты содержат геномную ДНК, с которой были лигированы синтетические адаптерные молекулы.
11. Способ по п. 10, в котором синтетическая адаптерная молекула содержит по меньшей мере один из следующих компонентов: ДНК, РНК, модифицированные основания и модификации олигонуклеотидов, не обнаруживающиеся во встречающихся в естественных условиях нуклеиновых кислотах.
12. Способ по п. 11, в котором синтетические адаптерные молекулы содержат частично двухцепочечную ДНК, которая содержит одну или несколько известных пар несоответствующих оснований перед амплификацией, что обеспечивает возможность отслеживания происхождения амплифицированных копий либо верхней цепи, либо нижней цепи ДНК.
13. Способ по п. 1, в котором двухцепочечный фрагмент нуклеиновой кислоты имеет спаривание комплементарных оснований по всей длине обеих цепей или вдоль части длины обеих цепей.
14. Способ по п. 1, в котором водный раствор компартментализируют в водные капли в масле.
15. Способ по п. 1, в котором водный раствор компартментализируют в камеры с применением твердых разделяющих сред, полужидких разделяющих сред или твердых и полужидких разделяющих сред.
16. Способ по п. 1, в котором существует менее чем 10% вероятность того, что компартмент содержит два или более двухцепочечных фрагментов нуклеиновой кислоты, продукты амплификации которых выравниваются с одинаковой эталонной геномной последовательностью.
17. Способ по п. 1, в котором существует менее чем 1% вероятность того, что компартмент содержит два или более двухцепочечных фрагментов нуклеиновой кислоты, продукты амплификации которых выравниваются с одинаковой эталонной геномной последовательностью.
18. Способ по п. 1, в котором компартментализированные двухцепочечные фрагменты нуклеиновой кислоты амплифицируют посредством ПЦР с применением одной или нескольких пар праймеров, которые нацелены на специфические геномные последовательности.
19. Способ по п. 1, в котором компартментализированные двухцепочечные фрагменты нуклеиновой кислоты амплифицируют посредством ПЦР с применением одной или нескольких пар праймеров, которые нацелены на лигированные адаптерные последовательности.
20. Способ по п. 1, в котором специфическую в отношении компартмента метку или специфический в отношении компартмента набор меток можно применять для того, чтобы отличать копии ДНК, которые амплифицируются внутри разных компартментов.
21. Способ по п. 1, в котором специфические в отношении компартмента метки последовательности ДНК включают в последовательности праймеров и прикрепляют к амплифицированным копиям ДНК при ПЦР с применением указанных праймеров.
22. Способ по п. 1, в котором компартменты содержат, в среднем, менее чем 10 специфических в отношении компартмента меток на компартмент.
23. Способ по п. 1, в котором компартменты содержат, в среднем, 2-3 специфические в отношении компартмента метки на компартмент.
24. Способ по п. 1, в котором субпопуляцию амплифицированных меченых копий ДНК выбирают для секвенирования посредством способов обогащения мишенью, таких как гибридный захват или захват в растворе.
25. Способ прикрепления одной или нескольких последовательностей ДНК специфических в отношении компартмента меток к копиям целевых молекул ДНК, которые распределены среди множества компартментов, причем способ включает:
получение водного раствора, содержащего множество молекул разведенного олигонуклеотида-матрицы (DTO), причем молекулы DTO содержат вырожденную или частично вырожденную последовательность метки, фланкированную общими последовательностями;
распределение раствора во множество компартментов;
копирование и амплификацию молекул DTO посредством ПЦР с применением праймеров, которые нацелены на общие последовательности в молекулах DTO, что дает в результате множество клональных копий DTO, которые имеют одинаковую последовательность метки, внутри компартмента; и
применение клонально амплифицированных копий DTO в качестве праймеров для прикрепления одной или нескольких последовательностей специфических в отношении компартмента меток к копиям целевых молекул ДНК внутри компартмента.
26. Способ по п. 25, в котором концентрацию молекул DTO корректируют перед компартментализацией таким образом, чтобы такие компартменты содержали, в среднем, менее чем 10 молекул DTO на компартмент до амплификации.
27. Способ по п. 25, в котором концентрацию молекул DTO корректируют перед компартментализацией таким образом, чтобы такие компартменты содержали, в среднем, 2-3 молекулы DTO на компартмент до амплификации.
28. Способ по п. 25, в котором специфичность амплификации DTO повышают посредством применения праймеров, которые не могут удлиняться до тех пор, пока блокирующий элемент не будет удален при гибридизации праймера с полностью или частично комплементарной цепью ДНК.
29. Способ по п. 25, в котором целевые молекулы ДНК разводят в том же растворе, что и молекулы DTO перед компартментализацией.
30. Способ по п. 25, в котором праймеры, применяемые для амплификации молекул DTO, разводят в том же растворе, что и молекулы DTO перед компартментализацией.
31. Способ по п. 25, в котором праймеры, применяемые для амплификации молекул DTO, имеют неравную концентрацию, что приводит в результате к получению одноцепочечных копий DTO, которые являются доступными для гибридизации с целевыми молекулами ДНК.
32. Способ параллельного количественного определения целевых РНК из множества образцов, причем способ включает:
получение множества образцов РНК;
синтез праймеров с применением стратегии модульного синтеза олигонуклеотидов, причем синтез приостанавливают после создания множества разных мишень-специфических праймеров, затем частично синтезированные праймеры смешивают и дозируют во множество отдельных объемов, а затем синтез возобновляют с добавлением по меньшей мере последовательности уникальной специфической в отношении образца метки к смеси праймеров в каждом отдельном объеме;
применение праймеров, полученных посредством модульного синтеза, для присвоения специфических в отношении образца меток комплементарным ДНК, которые скопировались с целевых РНК в соответствующих соотношениях в каждом образце в ходе обратной транскрипции;
объединение в пул и очистку меченых комплементарных ДНК из всех образцов;
отдельную амплификацию каждой комплементарной ДНК-мишени посредством ПЦР с детекцией по "конечной точке";
объединение в пул и секвенирование продуктов амплификации; и
подсчет количества специфических в отношении образца меток, ассоциированных с разными последовательностями-мишенями для определения относительной распространенности целевых РНК во всех образцах.
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201562116302P | 2015-02-13 | 2015-02-13 | |
| US62/116,302 | 2015-02-13 | ||
| US201562135923P | 2015-03-20 | 2015-03-20 | |
| US62/135,923 | 2015-03-20 | ||
| PCT/US2016/017920 WO2016131030A1 (en) | 2015-02-13 | 2016-02-14 | Methods for highly parallel and accurate measurement of nucleic acids |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2017131622A true RU2017131622A (ru) | 2019-03-13 |
| RU2017131622A3 RU2017131622A3 (ru) | 2019-10-25 |
Family
ID=56615681
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017131622A RU2017131622A (ru) | 2015-02-13 | 2016-02-14 | Способы высокопараллельного и точного измерения нуклеиновых кислот |
Country Status (7)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20180010176A1 (ru) |
| EP (1) | EP3256607B1 (ru) |
| JP (1) | JP2018509178A (ru) |
| CN (1) | CN107636166A (ru) |
| CA (1) | CA2974398A1 (ru) |
| RU (1) | RU2017131622A (ru) |
| WO (1) | WO2016131030A1 (ru) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US12410426B2 (en) | 2019-10-25 | 2025-09-09 | Illumina Cambridge Limited | Methods for generating, and sequencing from, asymmetric adaptors on the ends of polynucleotide templates comprising hairpin loops |
Families Citing this family (20)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20210214781A1 (en) * | 2016-02-14 | 2021-07-15 | Abhijit Ajit Patel | Measurement of nucleic acid |
| US11371087B2 (en) * | 2016-06-10 | 2022-06-28 | Takara Bio Usa, Inc. | Methods and compositions employing blocked primers |
| US10941445B2 (en) * | 2017-03-24 | 2021-03-09 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Universal hairpin primers |
| CN106835292B (zh) * | 2017-04-05 | 2019-04-09 | 北京泛生子基因科技有限公司 | 一步法快速构建扩增子文库的方法 |
| CA3094717A1 (en) | 2018-04-02 | 2019-10-10 | Grail, Inc. | Methylation markers and targeted methylation probe panels |
| WO2020033425A1 (en) | 2018-08-06 | 2020-02-13 | Billiontoone, Inc. | Dilution tagging for quantification of biological targets |
| AU2019351130B2 (en) | 2018-09-27 | 2025-10-23 | Grail, Inc. | Methylation markers and targeted methylation probe panel |
| BR112022011847A2 (pt) * | 2019-12-16 | 2022-09-06 | Cargill Inc | Processo para expandir oleossomas, composição de oleossomas, produtos alimentícios e de ração, e, uso de um misturador de alto cisalhamento |
| US11475981B2 (en) | 2020-02-18 | 2022-10-18 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay |
| US11211147B2 (en) | 2020-02-18 | 2021-12-28 | Tempus Labs, Inc. | Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing |
| US11211144B2 (en) | 2020-02-18 | 2021-12-28 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay |
| WO2021195277A1 (en) * | 2020-03-24 | 2021-09-30 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplexed methods for detecting target rnas |
| WO2021222220A2 (en) * | 2020-04-29 | 2021-11-04 | Freenome Holdings, Inc. | Rna markers and methods for identifying colon cell proliferative disorders |
| US10941453B1 (en) * | 2020-05-20 | 2021-03-09 | Paragon Genomics, Inc. | High throughput detection of pathogen RNA in clinical specimens |
| WO2021262422A1 (en) * | 2020-06-25 | 2021-12-30 | Huang Chung Ying | Method and system of dna and rna detection |
| CN112592968B (zh) * | 2020-12-27 | 2022-07-26 | 苏州科诺医学检验实验室有限公司 | 高通量测序用分子标签接头及其合成方法与应用 |
| CN115125295B (zh) * | 2022-03-10 | 2025-03-14 | 安徽师范大学 | 一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品 |
| KR20250019610A (ko) | 2022-03-21 | 2025-02-10 | 빌리언투원, 인크. | 치료 모니터링을 위한 메틸화된 세포 유리 dna의 분자 계수 |
| US11680293B1 (en) | 2022-04-21 | 2023-06-20 | Paragon Genomics, Inc. | Methods and compositions for amplifying DNA and generating DNA sequencing results from target-enriched DNA molecules |
| US12091715B2 (en) | 2022-04-21 | 2024-09-17 | Paragon Genomics, Inc. | Methods and compositions for reducing base errors of massive parallel sequencing using triseq sequencing |
Family Cites Families (13)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6060240A (en) * | 1996-12-13 | 2000-05-09 | Arcaris, Inc. | Methods for measuring relative amounts of nucleic acids in a complex mixture and retrieval of specific sequences therefrom |
| US20040067492A1 (en) * | 2002-10-04 | 2004-04-08 | Allan Peng | Reverse transcription on microarrays |
| US7270983B1 (en) * | 2004-02-19 | 2007-09-18 | Research Foundation Of The University Of Central Florida, Inc. | Messenger RNA profiling: body fluid identification using multiplex reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) |
| US20060019258A1 (en) * | 2004-07-20 | 2006-01-26 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for detection of small interfering RNA and micro-RNA |
| US8088580B2 (en) * | 2006-06-07 | 2012-01-03 | Sumitomo Bakelite Company, Ltd. | RNA detection method |
| JP5299986B2 (ja) * | 2007-11-01 | 2013-09-25 | 国立大学法人山口大学 | 核酸の定量方法 |
| EP3736281A1 (en) * | 2011-02-18 | 2020-11-11 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Compositions and methods for molecular labeling |
| WO2012149042A2 (en) * | 2011-04-25 | 2012-11-01 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid analysis |
| GB2496016B (en) * | 2011-09-09 | 2016-03-16 | Univ Leland Stanford Junior | Methods for obtaining a sequence |
| CA2872141C (en) * | 2012-05-31 | 2016-01-19 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method for accurate sequencing of dna |
| EP2954104B1 (en) * | 2013-02-08 | 2020-09-16 | 10X Genomics, Inc. | Polynucleotide barcode generation |
| WO2014152155A1 (en) * | 2013-03-14 | 2014-09-25 | The Broad Institute, Inc. | Massively multiplexed rna sequencing |
| JP2018505688A (ja) * | 2015-02-24 | 2018-03-01 | １０エックス ゲノミクス，インコーポレイテッド | 標的化核酸配列包括度（ｃｏｖｅｒａｇｅ）のための方法 |
-
2016
- 2016-02-14 JP JP2017560901A patent/JP2018509178A/ja active Pending
- 2016-02-14 EP EP16750045.3A patent/EP3256607B1/en active Active
- 2016-02-14 CA CA2974398A patent/CA2974398A1/en not_active Abandoned
- 2016-02-14 WO PCT/US2016/017920 patent/WO2016131030A1/en not_active Ceased
- 2016-02-14 RU RU2017131622A patent/RU2017131622A/ru not_active Application Discontinuation
- 2016-02-14 US US15/544,834 patent/US20180010176A1/en not_active Abandoned
- 2016-02-14 CN CN201680021886.5A patent/CN107636166A/zh active Pending
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US12410426B2 (en) | 2019-10-25 | 2025-09-09 | Illumina Cambridge Limited | Methods for generating, and sequencing from, asymmetric adaptors on the ends of polynucleotide templates comprising hairpin loops |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2016131030A1 (en) | 2016-08-18 |
| EP3256607A1 (en) | 2017-12-20 |
| US20180010176A1 (en) | 2018-01-11 |
| CA2974398A1 (en) | 2016-08-18 |
| JP2018509178A (ja) | 2018-04-05 |
| EP3256607B1 (en) | 2021-01-20 |
| RU2017131622A3 (ru) | 2019-10-25 |
| WO2016131030A4 (en) | 2016-10-20 |
| EP3256607A4 (en) | 2019-03-13 |
| CN107636166A (zh) | 2018-01-26 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2017131622A (ru) | Способы высокопараллельного и точного измерения нуклеиновых кислот | |
| KR102628035B1 (ko) | 메틸화 서열결정을 위한 단일 세포 전체 게놈 라이브러리 | |
| ES2788737T3 (es) | Conjunto de sondas para analizar una muestra de ADN y método para usar el mismo | |
| US20130178378A1 (en) | Multiplex digital pcr | |
| CN105087771B (zh) | 鉴定样品中微生物种类的方法及其试剂盒 | |
| BR112020012696A2 (pt) | diagnóstico multiplex com base em sistema efetor crispr | |
| US9217180B2 (en) | Oligonucleotide primer with omega structure for detecting short-chain RNAs and use thereof | |
| CN111448311A (zh) | 基于多效应子crispr的诊断系统 | |
| JP7637390B2 (ja) | ハイスループット単一核及び単一細胞ライブラリー、並びに製造及び使用方法 | |
| CN103060924A (zh) | 微量核酸样本的文库制备方法及其应用 | |
| CN102690809B (zh) | Dna标签及其在构建和测序配对末端标签文库中的应用 | |
| US9689023B2 (en) | Methods for molecular detection | |
| AU2015209103B2 (en) | Isothermal methods and related compositions for preparing nucleic acids | |
| KR20170052532A (ko) | 결장직장암에 대한 메틸화된 마커 | |
| CA2983820A1 (en) | Methods and compositions for the detection of calr mutations in myeloproliferative diseases | |
| US10982253B2 (en) | Nucleic acid catenane with a linking duplex biosensor for detection of a microorganism target | |
| US9617606B2 (en) | Oligonucleotide for HIV detection, HIV detection kit, and HIV detection method | |
| US12018324B2 (en) | Method of detecting minor BCR-ABL1 gene | |
| JP2021509814A5 (ru) | ||
| KR20130029748A (ko) | ＩＬ28Ｂ(ｒｓ8099917)와 ＩＴＰＡ(ｒｓ1127354)의 변이를 검출하는 방법 | |
| CN119979711A (zh) | 一种可编程的自动级联机制用于人乳腺组织中多种非编码rna的单分子检测试剂盒及用途 | |
| Porter et al. | Single-cell gene expression profiling using FACS and qPCR with internal standards | |
| EP3447145B1 (en) | Target nucleic acid sequence detection method using multiple amplification nested signal amplification | |
| CN103045763A (zh) | 一种新发鸭坦布苏病毒rt-lamp检测方法 | |
| US12344886B2 (en) | Compositions and methods for detection of genomic variations |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20200325 |