[go: up one dir, main page]

RU2008117439A - Аптамеры, содержащие модифицированные арабинозой нуклеотиды - Google Patents

Аптамеры, содержащие модифицированные арабинозой нуклеотиды Download PDF

Info

Publication number
RU2008117439A
RU2008117439A RU2008117439/15A RU2008117439A RU2008117439A RU 2008117439 A RU2008117439 A RU 2008117439A RU 2008117439/15 A RU2008117439/15 A RU 2008117439/15A RU 2008117439 A RU2008117439 A RU 2008117439A RU 2008117439 A RU2008117439 A RU 2008117439A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
aptamer
group
arabinose
nucleotide
aptamer according
Prior art date
Application number
RU2008117439/15A
Other languages
English (en)
Inventor
Масад Дж. ДАМХА (CA)
Масад Дж. ДАМХА
Чан Гэн ПЭН (CA)
Чан Гэн ПЭН
Original Assignee
Макджилл Юниверсити (Ca)
МакДЖИЛЛ ЮНИВЕРСИТИ
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Макджилл Юниверсити (Ca), МакДЖИЛЛ ЮНИВЕРСИТИ filed Critical Макджилл Юниверсити (Ca)
Publication of RU2008117439A publication Critical patent/RU2008117439A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
    • A61P31/18—Antivirals for RNA viruses for HIV
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P7/00—Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
    • A61P7/02—Antithrombotic agents; Anticoagulants; Platelet aggregation inhibitors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/15—Nucleic acids forming more than 2 strands, e.g. TFOs
    • C12N2310/151—Nucleic acids forming more than 2 strands, e.g. TFOs more than 3 strands, e.g. tetrads, H-DNA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/322—2'-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • AIDS & HIV (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Abstract

1. Аптамер, способный формировать G-тетрады, содержащий, по меньшей мере, один модифицированный арабинозой нуклеотид. ! 2. Аптамер по п.1, в котором модифицированный арабинозой нуклеотид имеет 2'-заместитель, выбранный из группы, состоящей из фтора, гидроксильной, амино, азидо, алкильной, алкокси и алкоксиалкильной групп. ! 3. Аптамер по п.2, в котором алкильную группу выбирают из группы, состоящей из метильной, этильной, пропильной, бутильной и функционализированной алкильной групп, например этиламино, пропиламино и бутиламиногрупп, алкоксигруппу выбирают из группы, состоящей из метокси, этокси, пропокси и функционализированной алкоксигрупп, например -O(CH2)q-R, где q=2-4, а -R представляет собой -NH2, -OCH3 или -OCH2CH3 группу, и алкоксиалкильную группу выбирают из группы, состоящей из метоксиэтила и этоксиэтила. ! 4. Аптамер по п.3, в котором функционализированную алкильную группу выбирают из группы, состоящей из этиламино, пропиламино и бутиламиногруппы, а функционализированную алкоксигруппу выбирают из группы, состоящей из -О(CH2)q-R, где q=2-4, а -R представляет собой -NH2, -OCH3 или - OCH2CH3 группу. ! 5. Аптамер по п.2, в котором, по меньшей мере, один модифицированный арабинозой нуклеотид представляет собой 2'-дезокси-2'-фторарабинонуклеотид (FANA). ! 6. Аптамер по п.1, в котором, по меньшей мере, один модифицированный арабинозой нуклеотид находится в петле G-тетрады. ! 7. Аптамер по п.1, в котором, по меньшей мере, один модифицированный арабинозой нуклеотид представляет собой остаток гуанозина G-тетрады. ! 8. Аптамер по п.1, причем аптамер селективно связывает тромбин. ! 9. Аптамер по п.8, причем аптамер имеет нуклеотидную последовательность dGGTTGGTGTGGTTGG. ! 10. Аптамер по

Claims (37)

1. Аптамер, способный формировать G-тетрады, содержащий, по меньшей мере, один модифицированный арабинозой нуклеотид.
2. Аптамер по п.1, в котором модифицированный арабинозой нуклеотид имеет 2'-заместитель, выбранный из группы, состоящей из фтора, гидроксильной, амино, азидо, алкильной, алкокси и алкоксиалкильной групп.
3. Аптамер по п.2, в котором алкильную группу выбирают из группы, состоящей из метильной, этильной, пропильной, бутильной и функционализированной алкильной групп, например этиламино, пропиламино и бутиламиногрупп, алкоксигруппу выбирают из группы, состоящей из метокси, этокси, пропокси и функционализированной алкоксигрупп, например -O(CH2)q-R, где q=2-4, а -R представляет собой -NH2, -OCH3 или -OCH2CH3 группу, и алкоксиалкильную группу выбирают из группы, состоящей из метоксиэтила и этоксиэтила.
4. Аптамер по п.3, в котором функционализированную алкильную группу выбирают из группы, состоящей из этиламино, пропиламино и бутиламиногруппы, а функционализированную алкоксигруппу выбирают из группы, состоящей из -О(CH2)q-R, где q=2-4, а -R представляет собой -NH2, -OCH3 или - OCH2CH3 группу.
5. Аптамер по п.2, в котором, по меньшей мере, один модифицированный арабинозой нуклеотид представляет собой 2'-дезокси-2'-фторарабинонуклеотид (FANA).
6. Аптамер по п.1, в котором, по меньшей мере, один модифицированный арабинозой нуклеотид находится в петле G-тетрады.
7. Аптамер по п.1, в котором, по меньшей мере, один модифицированный арабинозой нуклеотид представляет собой остаток гуанозина G-тетрады.
8. Аптамер по п.1, причем аптамер селективно связывает тромбин.
9. Аптамер по п.8, причем аптамер имеет нуклеотидную последовательность dGGTTGGTGTGGTTGG.
10. Аптамер по п.1, имеющий последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-3 и 4-14.
11. Аптамер по п.1, причем аптамер селективно связывает gρl20 ВИЧ.
12. Аптамер по п.11, причем аптамер имеет нуклеотидную последовательность dTTGGGGTT.
13. Аптамер по п.1, имеющий последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 19-24.
14. Аптамер по п.1, причем аптамер представляет собой повтор dG4T4.
15. Аптамер по п.14, причем аптамер является одним из: dG4T4G4, dG4T4G4T4G4 и dG4T4G4T4G4T4G4.
16. Аптамер по п.1, имеющий последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 26-28.
17. Аптамер по любому из пп.1-9, 11 и 12, 14 и 15, имеющий сахаро-фосфатный остов.
18. Аптамер по любому из пп.1-9, 11 и 12, 14 и 15, причем аптамер представляет собой химеру из нуклеотидов 2'-дезоксирибонуклеотида (ДНК) и 2'-дезокси-2'-фторарабинонуклеотида (FANA).
19. Аптамер по любому из пп.1-9, 11 и 12, 14 и 15, содержащий, по меньшей мере, одну межнуклеотидную связь, выбранную из группы, состоящей из фосфодиэфирной, фосфотриэфирной, фосфоротиоатной, метилфосфонатной, боранофосфатной и любой их комбинации.
20. Способ увеличения, по меньшей мере, одного из: стабильности к воздействию нуклеаз или селективного связывания аптамера, содержащий замену, по меньшей мере, одного нуклеотида аптамера модифицированным арабинозой нуклеотидом.
21. Способ по п.20, в котором модифицированный арабинозой нуклеотид представляет собой 2'-дезокси-2'-фторарабинонуклеотид (FANA).
22. Способ по п.20, в котором аптамер формирует G-тетраду.
23. Способ по п.22, в котором, по меньшей мере, один замененный нуклеотид находится в петле G-тетрады.
24. Способ по п.22, в котором, по меньшей мере, один замененный нуклеотид представляет собой остаток гуанозина G-тетрады.
25. Способ по любому из пп.20-24, в котором аптамер селективно связывает тромбин и имеет нуклеотидную последовательность dGGTTGGTGTGGTTGG.
26. Способ по любому из пп.20-24, в котором аптамер селективно связывает gpl20 ВИЧ и имеет нуклеотидную последовательность dTTGGGGTT.
27. Способ по любому одному из пп.20-24, в котором аптамер представляет собой повтор dG4T4 и является одним из dG4T4G4, dG4T4G4T4G4 и dG4T4G4T4G4T4G4.
28. Фармацевтическая композиция, содержащая аптамер по любому из пп.1-19 наряду с фармацевтически приемлемым носителем.
29. Применение аптамера по любому из пп.8-10 для получения лекарственного средства для ингибирования тромбина.
30. Способ ингибирования тромбина у пациента, содержащий введение терапевтически эффективного количества композиции по п.28.
31. Промышленная упаковка, содержащая композицию по п.28 вместе с инструкциями по ее применению для ингибирования тромбина и увеличения времени свертываемости крови.
32. Применение аптамера по любому из пп.11-13 для получения лекарственного средства для лечения или профилактики ВИЧ-инфекции.
33. Способ лечения или профилактики ВИЧ-инфекции у пациента, содержащий введение терапевтически эффективного количества композиции по п.28.
34. Промышленная упаковка, содержащая композицию по п.28 вместе с инструкциями по ее применению для лечения или профилактики ВИЧ-инфекции.
35. Применение аптамера по любому из пп.14-16 для получения лекарственного средства для лечения рака.
36. Способ лечения или профилактики рака у пациента, содержащий введение терапевтически эффективного количества композиции по п.28.
37. Промышленная упаковка, содержащая композицию по п.28 вместе с инструкциями по ее применению для лечения или профилактики рака.
RU2008117439/15A 2005-10-04 2006-10-03 Аптамеры, содержащие модифицированные арабинозой нуклеотиды RU2008117439A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US72297305P 2005-10-04 2005-10-04
US60/722,973 2005-10-04

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2008117439A true RU2008117439A (ru) 2009-11-10

Family

ID=37905940

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2008117439/15A RU2008117439A (ru) 2005-10-04 2006-10-03 Аптамеры, содержащие модифицированные арабинозой нуклеотиды

Country Status (9)

Country Link
US (1) US20090131352A1 (ru)
EP (1) EP1931694A4 (ru)
JP (1) JP2009511003A (ru)
CN (1) CN101291949A (ru)
AU (1) AU2006299675A1 (ru)
BR (1) BRPI0616856A2 (ru)
CA (1) CA2623818A1 (ru)
RU (1) RU2008117439A (ru)
WO (1) WO2007038869A1 (ru)

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2104738A2 (en) * 2006-10-26 2009-09-30 Coley Pharmaceuticals GmbH Oligoribonucleotides and uses thereof
RU2010112771A (ru) 2007-10-09 2011-11-20 Коули Фармасьютикал ГмбХ (DE) Иммуностимулирующие аналоги олигонуклеотидов, содержащие модифицированные сахарные группировки
WO2010096201A2 (en) 2009-02-22 2010-08-26 Chemgenes Corporation Synthesis of ara-2'-o-methyl-nucleosides, corresponding phosphoramidites and oligonucleotides incorporating novel modifications for biological application in therapeutics, diagnostics, g- tetrad forming oligonucleotides and aptamers
WO2014188452A1 (en) * 2013-05-24 2014-11-27 Council Of Scientific & Industrial Research G-rich isodna sequences forming g-quadruplex structure, their function as aptamers and a process for the preparation thereof
WO2020223624A1 (en) * 2019-05-02 2020-11-05 The Regents Of The University Of California Screening artificial nucleic acids by particle display
US11357865B2 (en) 2020-04-27 2022-06-14 Sixfold Bioscience Ltd. Compositions containing nucleic acid nanoparticles with modular functionality
US20240229007A1 (en) * 2020-05-06 2024-07-11 Universal Stabilization Technologies, Inc. Inactivated vaccines & nucleic acid aptamer therapeutics derived therefrom

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5660985A (en) * 1990-06-11 1997-08-26 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. High affinity nucleic acid ligands containing modified nucleotides
US5756291A (en) * 1992-08-21 1998-05-26 Gilead Sciences, Inc. Aptamers specific for biomolecules and methods of making
WO1996008559A1 (en) * 1994-09-16 1996-03-21 Cardiac Crc Nominees Pty. Ltd. Glycosaminoglycan-degrading enzyme inhibition and resultant disease therapies

Also Published As

Publication number Publication date
EP1931694A1 (en) 2008-06-18
CN101291949A (zh) 2008-10-22
AU2006299675A1 (en) 2007-04-12
CA2623818A1 (en) 2007-04-12
EP1931694A4 (en) 2009-12-16
US20090131352A1 (en) 2009-05-21
JP2009511003A (ja) 2009-03-19
WO2007038869A1 (en) 2007-04-12
BRPI0616856A2 (pt) 2011-07-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
AU2018363840B2 (en) Nucleic acids for inhibiting expression of LPA in a cell
JP7798836B2 (ja) Ｂ型肝炎感染の治療用のＰＡＰＤ５及びＰＡＰＤ７ ｍＲＮＡを低減させるための核酸分子
JP7515400B2 (ja) Ｂ型肝炎ウイルス感染を治療するためのｆｕｂｐ１阻害剤の使用
EP2002018A4 (en) ANTIVIRAL ANTISENSE COMPOUND AND METHOD FOR THE TREATMENT OF ARENA VIRUS INFECTION
RU2016103695A (ru) СВЯЗАННАЯ С РЕСПИРАТОРНЫМ ЗАБОЛЕВАНИЕМ ГЕН-СПЕЦИФИЧЕСКАЯ миРНК, ДВУСПИРАЛЬНАЯ КОНСТРУКЦИЯ ОЛИГО-РНК, СОДЕРЖАЩАЯ миРНК, И СОДЕРЖАЩАЯ ЕЕ КОМПОЗИЦИЯ ДЛЯ ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ ИЛИ ЛЕЧЕНИЯ РЕСПИРАТОРНОГО ЗАБОЛЕВАНИЯ
ATE540116T1 (de) Antivirale antisense-verbindungen und verfahren zur behandlung von filovirus-infektionen
FI3366775T4 (fi) Modifioituja rnai-agensseja
EP3696269A1 (en) Single-stranded nucleic acid molecule, and production method therefor
RU2014121304A (ru) Ингибирование экспрессии вирусных генов
RU2008117439A (ru) Аптамеры, содержащие модифицированные арабинозой нуклеотиды
JP2008500817A5 (ja) Ｄｎａウイルスのマイクロｒｎａ及びそれを阻害する医薬品
RU2008121265A (ru) Малые интерферирующие олигонуклеотиды, содержащие арабинозо-модифицированные нуклеотиды
JP2022521510A (ja) ホスホノアセテートギャップマー型オリゴヌクレオチド
RU2022125072A (ru) Нуклеиновая кислота, композиция и конъюгат, содержащие ее, а также способ их получения и применения
RU2023129080A (ru) МиРНК, НАЦЕЛЕННАЯ НА 17β-ГИДРОКСИСТЕРОИДДЕГИДРОГЕНАЗУ 13 ТИПА (HSD17B13), И КОНЪЮГАТ миРНК
HK40043092A (en) Use of fubp1 inhibitors for treating hepatitis b virus infection
JP2024536147A (ja) プレカリクレインを調節する組成物及びその使用方法
JP2024546993A (ja) Ｒｔｅｌ１及びｆｕｂｐ１を調節するためのオリゴヌクレオチドの組み合わせ
HK40034188A (en) Single-stranded nucleic acid molecule, and production method therefor
Ghidini Mimicking the action of ribonucleases: studies on RNase A and design of PNA based artificial enzymes
RU2012122470A (ru) МОДУЛЯЦИЯ ЭКСПРЕССИИ hsp47
WO2020262555A1 (ja) 核酸医薬副作用軽減剤、該核酸医薬副作用軽減剤を含む医薬組成物、並びに核酸医薬の副作用惹起性を軽減する方法
RU2008129801A (ru) Терапевтическое применение ингибиторов rtp801
RU2019111020A (ru) Модифицированные олигонуклеотиды и способы их применения

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20100113