RU2005100511A - Идентификация олигонуклеотидов для захвата, выявления и количественного определения нуклеиновой кислоты вируса гепатита а - Google Patents
Идентификация олигонуклеотидов для захвата, выявления и количественного определения нуклеиновой кислоты вируса гепатита а Download PDFInfo
- Publication number
- RU2005100511A RU2005100511A RU2005100511/13A RU2005100511A RU2005100511A RU 2005100511 A RU2005100511 A RU 2005100511A RU 2005100511/13 A RU2005100511/13 A RU 2005100511/13A RU 2005100511 A RU2005100511 A RU 2005100511A RU 2005100511 A RU2005100511 A RU 2005100511A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- seq
- nucleic acids
- nucleotides
- nucleotide sequence
- hav
- Prior art date
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims 21
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims 20
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims 20
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title claims 15
- 241000709721 Hepatovirus A Species 0.000 title claims 14
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims 7
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 31
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 31
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 21
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 8
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 8
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims 8
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims 7
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 7
- BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 6-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C11OC(=O)C2=CC=C(C(=O)O)C=C21 BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 6
- 239000008187 granular material Substances 0.000 claims 6
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 claims 4
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 3
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims 3
- 229920001519 homopolymer Polymers 0.000 claims 3
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims 3
- 108091034057 RNA (poly(A)) Proteins 0.000 claims 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims 2
- 108020003589 5' Untranslated Regions Proteins 0.000 claims 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims 1
- 208000005252 hepatitis A Diseases 0.000 claims 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 claims 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 claims 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 claims 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/702—Specific hybridization probes for retroviruses
- C12Q1/703—Viruses associated with AIDS
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/15—Modifications characterised by incorporating a consensus or conserved sequence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2545/00—Reactions characterised by their quantitative nature
- C12Q2545/10—Reactions characterised by their quantitative nature the purpose being quantitative analysis
- C12Q2545/114—Reactions characterised by their quantitative nature the purpose being quantitative analysis involving a quantitation step
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/143—Magnetism, e.g. magnetic label
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Virology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- AIDS & HIV (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Claims (31)
1. Выделенный олигонуклеотид не более чем из 60 нуклеотидов в длину содержащий:
(a) нуклеотидную последовательность, по меньшей мере, из 10 последовательных нуклеотидов из последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID №№ 1, 2 и 3;
(b) нуклеотидную последовательность с 90% идентичности последовательности с нуклеотидной последовательностью из (a); или
(c) комплементарные (a) и (b) последовательности.
2. Олигонуклеотид по п. 1, где олигонуклеотид представляет собой нуклеотидную последовательность, по меньшей мере, из 10 последовательных нуклеотидов из последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID №№ 1, 2 и 3.
3. Олигонуклеотид по п. 1, где нуклеотидная последовательность содержит SEQ ID № 1.
4. Олигонуклеотид по п. 1, где нуклеотидная последовательность содержит SEQ ID № 2.
5. Олигонуклеотид по п. 1, где нуклеотидная последовательность содержит SEQ ID № 3.
6. Олигонуклеотид по п. 5, дополнительно содержащий на 5'-конце и/или на 3'-конце детектируемую метку.
7. Олигонуклеотид по п. 6, где детектируемая метка представляет собой флуоресцентную метку, выбранную из группы, состоящей из 6-карбоксифлуоресцеина (6-FAM), тетраметилродамина (TAMRA) и 2',4',5',7'-тетрахлор-4-7-дихлорфлуоресцеина (TET).
8. Набор из двух праймеров для амплификации нуклеиновой кислоты вируса гепатита A, где указанный набор праймеров состоит из праймеров, состоящих из SEQ ID № 1 и SEQ ID № 2.
9. Способ выявления вируса гепатита A (HAV) в биологическом образце, где способ включает
выделение нуклеиновых кислот из биологического образца, в котором предполагают наличие HAV;
амплификацию выделенных нуклеиновых кислот с применением, по меньшей мере, двух праймеров, полученных из 5'-UTR генома HAV, где каждый из праймеров составляет от 10 до 60 нуклеотидов в длину и в достаточной степени комплементарен части соответственно смысловой или антисмысловой цепей выделенной нуклеиновой кислоты, чтобы гибридизоваться с ней; и
выявление наличия амплифицированных нуклеиновых кислот в качестве признака присутствия или отсутствия HAV в образце.
10. Способ по п. 9, где (a) один из праймеров содержит нуклеотидную последовательность, по меньшей мере, из 10 последовательных нуклеотидов из SEQ ID № 1, а другой праймер содержит нуклеотидную последовательность, по меньшей мере, из 10 последовательных нуклеотидов из SEQ ID № 2, или (b) праймеры обладают 90% идентичности последовательности с нуклеотидной последовательностью (a), и
выявление наличия амплифицированных нуклеиновых кислот в качестве признака присутствия или отсутствия HAV в образце.
11. Способ по п. 9, где нуклеиновые кислоты выделяют из биологического образца способом, включающим:
(a) приведение твердой подложки, содержащей связанные с ней захватывающие нуклеиновые кислоты, в контакт с биологическим образцом в гибридизационных условиях, где цепи нуклеиновой кислоты-мишени гибридизуются с захватывающими нуклеиновыми кислотами; и
(b) отделение твердой подложки от образца.
12. Способ по п. 11, где твердая подложка содержит гранулы.
13. Способ по п. 12, где гранулы являются магнитными гранулами.
14. Способ по п. 13, где выделение, амплификацию и выявление проводят в одном контейнере.
15. Способ по п. 11, где захватывающие нуклеиновые кислоты содержат один или несколько олигонуклеотидов, где каждый из олигонуклеотидов состоит не более чем приблизительно из 60 нуклеотидов в длину и содержит, по меньшей мере, 10 последовательных нуклеотидов из последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID № 10, SEQ ID № 11, SEQ ID № 12, SEQ ID № 13 и SEQ ID № 14.
16. Способ по п. 15, где захватывающие нуклеиновые кислоты дополнительно содержат на 3'- или на 5'-конце гомополимерную цепь приблизительно из 15-25 нуклеотидов в длину, где гомополимерная цепь выбрана из группы, состоящей из poly(A), poly(T), poly(G), poly(C) и poly(U).
17. Способ по п. 16, где гомополимерная цепь представляет собой цепь poly(A).
18. Способ по п. 9, где амплификация включат ПЦР, опосредованную транскрипцией амплификацию (TMA) или TaqMan.
19. Способ по п. 18, где амплификация включает TMA.
20. Способ по п. 18, дополнительно включающий применение олигонуклеотидного зонда, содержащего детектируемую метку для выявления амплифицированной последовательности, где олигонуклеотидный зонд состоит не более чем приблизительно из 60 нуклеотидов в длину и содержит, по меньшей мере, 10 последовательных нуклеотидов, содержащих SEQ ID № 3.
21. Способ по п. 20, где зонд на 3'-конце и на 5'-конце содержит детектируемые метки.
22. Способ по п. 21, где детектируемая метка представляет собой флуоресцентную метку, выбранную из группы, состоящей из 6-карбоксифлуоресцеина (6-FAM), тетраметилродамина (TAMRA) и 2',4',5',7'-тетрахлор-4-7-дихлорфлуоресцеина (TET).
23. Способ выявления инфекции вируса гепатита A (HAV) в биологическом образце, где способ включает:
(a) приведение твердой подложки в контакт с захватывающими нуклеиновыми кислотами, содержащими один или несколько олигонуклеотидов, где один или несколько олигонуклеотидов включают последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID № 10, SEQ ID № 11, SEQ ID № 12, SEQ ID № 13 и SEQ ID № 14, в условиях, где захватывающие нуклеиновые кислоты связываются с твердой подложкой,
(b) приведение твердой подложки из (a) в контакт с биологическим образцом в гибридизационных условиях, где являющиеся мишенями цепи нуклеиновой кислоты из HAV, когда присутствуют, гибридизуются с захватывающими нуклеиновыми кислотами; и
(c) отделение твердой подложки из (b) от образца;
(d) амплификацию нуклеиновых кислот с применением смыслового праймера, содержащего SEQ ID № 1, и антисмыслового праймера, содержащего SEQ ID № 2, где смысловой и антисмысловой праймеры в достаточной степени комплементарны частям, соответственно, смысловой или антисмысловой цепей выделенной нуклеиновой кислоты, чтобы гибридизоваться с ними; и
(e) выявление наличия амплифицированных нуклеиновых кислот в качестве признака присутствия или отсутствия HAV в образце.
24. Способ по п. 23, где твердая подложка включает гранулы.
25. Способ по п. 24, где гранулы представляют собой магнитные гранулы.
26. Способ по п. 25, где выделение, амплификацию и выявление проводят в одном контейнере.
27. Набор для выявления инфекции вируса гепатита A (HAV) в биологическом образце, где набор включает захватывающие нуклеиновые кислоты, включающие один или несколько олигонуклеотидов, где каждый из олигонуклеотидов состоит не более чем приблизительно из 60 нуклеотидов в длину и содержит нуклеотидную последовательность, по меньшей мере, из 10 последовательных нуклеотидов последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID № 10, SEQ ID № 11, SEQ ID № 12, SEQ ID № 13 и SEQ ID № 14;
по меньшей мере, два праймера, где (a) каждый из праймеров состоит не более чем приблизительно из 60 нуклеотидов в длину и один праймер содержит нуклеотидную последовательность из, по меньшей мере, 10 последовательных нуклеотидов из SEQ ID № 1, а другой праймер - нуклеотидную последовательность, по меньшей мере, из 10 последовательных нуклеотидов из SEQ ID № 2, и
написанные инструкции для выявления инфекции HAV.
28. Набор по п. 27, дополнительно содержащий полимеразу и буферы.
29. Набор по п. 27, дополнительно содержащий олигонуклеотидный зонд, состоящий не более чем приблизительно из 60 нуклеотидов в длину и, по меньшей мере, 10 последовательных нуклеотидов, содержащих SEQ ID № 3.
30. Набор по п. 29, где зонд на 3'-конце и на 5'-конце дополнительно содержит детектируемые метки.
31. Набор по п. 30, где детектируемая метка представляет собой флуоресцентную метку, выбранную из группы, состоящей из 6-карбоксифлуоресцеина (6-FAM), тетраметилродамина (TAMRA) и 2',4',5',7'-тетрахлор-4-7-дихлорфлуоресцеина (TET).
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US38854402P | 2002-06-12 | 2002-06-12 | |
| US60/388,544 | 2002-06-12 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2005100511A true RU2005100511A (ru) | 2005-08-27 |
| RU2406762C2 RU2406762C2 (ru) | 2010-12-20 |
Family
ID=29736491
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2005100511/10A RU2406762C2 (ru) | 2002-06-12 | 2003-06-12 | Набор из двух праймеров для амплификации нуклеиновой кислоты вируса гепатита а, способ обнаружения вируса гепатита а с его использованием (варианты) и набор для обнаружения вируса гепатита а |
Country Status (21)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US20040072150A1 (ru) |
| EP (1) | EP1552022B1 (ru) |
| JP (3) | JP5361109B2 (ru) |
| KR (2) | KR20110101254A (ru) |
| CN (2) | CN1675378A (ru) |
| AU (2) | AU2003276719B2 (ru) |
| BR (1) | BR0311768A (ru) |
| CA (1) | CA2489346C (ru) |
| CR (1) | CR7651A (ru) |
| ES (1) | ES2402925T3 (ru) |
| HR (1) | HRP20050037A2 (ru) |
| IS (1) | IS7640A (ru) |
| LV (1) | LV13290B (ru) |
| MA (1) | MA27319A1 (ru) |
| MX (1) | MXPA04012501A (ru) |
| NO (1) | NO20050179L (ru) |
| NZ (1) | NZ537617A (ru) |
| PL (1) | PL374195A1 (ru) |
| RU (1) | RU2406762C2 (ru) |
| WO (1) | WO2003106641A2 (ru) |
| ZA (1) | ZA200500260B (ru) |
Families Citing this family (15)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP1771585B1 (en) | 2004-07-13 | 2012-09-26 | Gen-Probe Incorporated | Compositions and methods for detection of hepatitis a virus nucleic acid |
| CN100389207C (zh) * | 2005-10-27 | 2008-05-21 | 中国医学科学院医学生物学研究所 | 快速、灵敏检测甲肝减毒活疫苗病毒感染性滴度的方法 |
| DE102006034844B3 (de) * | 2006-07-27 | 2007-12-06 | DRK-Blutspendedienst Baden-Württemberg-Hessen gGmbH | Zusammensetzungen und Verfahren zur Amplifikation von Hepatitis A-Viren (HAV) und/oder Parvoviren B19 (PB19) mittels Multiplex-PCR |
| JP5257147B2 (ja) * | 2008-03-03 | 2013-08-07 | 東洋紡株式会社 | ラベル |
| CN101838710A (zh) * | 2010-06-04 | 2010-09-22 | 湖州市疾病预防控制中心 | 甲型肝炎病毒核酸荧光定量rt-pcr检测试剂盒及使用方法 |
| TWI435935B (zh) * | 2010-12-06 | 2014-05-01 | Univ Nat Cheng Kung | 快速檢測標靶核酸片段之套組及方法 |
| EP2643461B1 (en) * | 2011-09-07 | 2016-06-15 | Grifols Therapeutics Inc. | Methods, compositions, and kits for determining hepatitis a virus |
| BR112014032072A2 (pt) * | 2012-06-20 | 2017-06-27 | Toray Industries | método para detectar ácido nucleico e kit de detecção de ácido nucleico. |
| JP5993635B2 (ja) * | 2012-07-05 | 2016-09-14 | シーアイ化成株式会社 | 熱収縮性ポリエステル系フィルムおよびその製造方法 |
| EP2743355B1 (en) * | 2012-12-13 | 2016-08-10 | F. Hoffmann-La Roche AG | HAV detection |
| RU2542968C2 (ru) * | 2013-06-25 | 2015-02-27 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии "Вектор"" (ФБУН ГНЦ ВБ "Вектор") | Набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых днк-зондов для идентификации рнк энтеровирусов, риновирусов, вирусов гепатита а и е из водной среды методом мультиплексной пцр |
| WO2017050934A1 (en) * | 2015-09-22 | 2017-03-30 | Biocartis Nv | Improved detection of short homopolymeric repeats |
| CN108699597A (zh) * | 2015-11-26 | 2018-10-23 | DNAe集团控股有限公司 | 单分子对照 |
| EP3650553B1 (en) * | 2018-11-07 | 2023-07-12 | Siemens Healthcare GmbH | Method for detection of specific nucleic acids |
| CN111690771A (zh) * | 2020-06-08 | 2020-09-22 | 中联瑞(北京)生物科技有限责任公司 | 用于检测食品中甲型肝炎病毒恒温扩增的引物组、试剂盒及方法 |
Family Cites Families (11)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5283174A (en) * | 1987-09-21 | 1994-02-01 | Gen-Probe, Incorporated | Homogenous protection assay |
| US5639604A (en) * | 1987-09-21 | 1997-06-17 | Gen-Probe Incorporated | Homogeneous protection assay |
| US6004745A (en) * | 1987-09-21 | 1999-12-21 | Gen-Probe Incorporated | Hybridization protection assay |
| CA2020958C (en) * | 1989-07-11 | 2005-01-11 | Daniel L. Kacian | Nucleic acid sequence amplification methods |
| WO1991011534A1 (en) * | 1990-01-24 | 1991-08-08 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, U.S. Department Of Commerce | A rapid and sensitive test for detecting hepatitis a virus |
| US5200314A (en) * | 1990-03-23 | 1993-04-06 | Chiron Corporation | Polynucleotide capture assay employing in vitro amplification |
| JPH07502658A (ja) * | 1991-12-23 | 1995-03-23 | バイエル コーポレイション | 溶液相サンドイッチハイブリダイゼーションアッセイに用いるためのｈａｖプローブ |
| RU2031126C1 (ru) * | 1992-07-22 | 1995-03-20 | Новосибирский институт биоорганической химии СО РАН | Способ детекции рнк вируса гепатита а |
| US5538848A (en) * | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
| KR20010012175A (ko) * | 1997-05-02 | 2001-02-15 | 다니엘 엘. 캐시앙, 헨리 엘. 노르호프, 피터 알. 쉬어리 | 폴리뉴클레오티드의 2단계 혼성화 및 포획법 |
| CA2405952A1 (en) * | 2000-05-04 | 2001-11-08 | Syngenta Participations Ag | Novel assay for nucleic acid analysis |
-
2003
- 2003-06-12 CN CNA038194163A patent/CN1675378A/zh active Pending
- 2003-06-12 MX MXPA04012501A patent/MXPA04012501A/es active IP Right Grant
- 2003-06-12 JP JP2004513454A patent/JP5361109B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2003-06-12 KR KR1020117020172A patent/KR20110101254A/ko not_active Ceased
- 2003-06-12 RU RU2005100511/10A patent/RU2406762C2/ru active
- 2003-06-12 NZ NZ537617A patent/NZ537617A/en not_active IP Right Cessation
- 2003-06-12 BR BR0311768-5A patent/BR0311768A/pt not_active IP Right Cessation
- 2003-06-12 EP EP03741986A patent/EP1552022B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2003-06-12 CN CN201210079564XA patent/CN102660539A/zh active Pending
- 2003-06-12 WO PCT/US2003/018827 patent/WO2003106641A2/en not_active Ceased
- 2003-06-12 US US10/461,126 patent/US20040072150A1/en not_active Abandoned
- 2003-06-12 HR HR20050037A patent/HRP20050037A2/hr not_active Application Discontinuation
- 2003-06-12 KR KR10-2004-7020234A patent/KR20050010902A/ko not_active Ceased
- 2003-06-12 ES ES03741986T patent/ES2402925T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2003-06-12 AU AU2003276719A patent/AU2003276719B2/en not_active Ceased
- 2003-06-12 PL PL03374195A patent/PL374195A1/xx not_active Application Discontinuation
- 2003-06-12 CA CA2489346A patent/CA2489346C/en not_active Expired - Fee Related
-
2005
- 2005-01-11 ZA ZA200500260A patent/ZA200500260B/en unknown
- 2005-01-12 CR CR7651A patent/CR7651A/es not_active Application Discontinuation
- 2005-01-12 NO NO20050179A patent/NO20050179L/no not_active Application Discontinuation
- 2005-01-12 MA MA28038A patent/MA27319A1/fr unknown
- 2005-01-12 IS IS7640A patent/IS7640A/is unknown
- 2005-01-20 LV LVP-05-02A patent/LV13290B/en unknown
-
2009
- 2009-05-27 AU AU2009202099A patent/AU2009202099A1/en not_active Abandoned
- 2009-07-31 JP JP2009178917A patent/JP2009291200A/ja not_active Withdrawn
-
2011
- 2011-11-21 US US13/301,599 patent/US20120219941A1/en not_active Abandoned
-
2013
- 2013-05-16 JP JP2013103892A patent/JP2013208121A/ja not_active Withdrawn
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| AU2003276719A1 (en) | 2003-12-31 |
| AU2009202099A1 (en) | 2009-06-18 |
| CA2489346A1 (en) | 2003-12-24 |
| EP1552022A4 (en) | 2006-10-18 |
| NZ537617A (en) | 2006-09-29 |
| ES2402925T3 (es) | 2013-05-10 |
| JP2005535309A (ja) | 2005-11-24 |
| US20120219941A1 (en) | 2012-08-30 |
| CA2489346C (en) | 2015-07-14 |
| US20040072150A1 (en) | 2004-04-15 |
| NO20050179L (no) | 2005-03-09 |
| LV13290B (en) | 2005-07-20 |
| MA27319A1 (fr) | 2005-05-02 |
| CN102660539A (zh) | 2012-09-12 |
| KR20110101254A (ko) | 2011-09-15 |
| CR7651A (es) | 2006-02-22 |
| AU2003276719B2 (en) | 2009-03-12 |
| CN1675378A (zh) | 2005-09-28 |
| JP5361109B2 (ja) | 2013-12-04 |
| PL374195A1 (en) | 2005-10-03 |
| ZA200500260B (en) | 2006-07-26 |
| HRP20050037A2 (en) | 2005-08-31 |
| EP1552022A2 (en) | 2005-07-13 |
| EP1552022B1 (en) | 2013-01-23 |
| RU2406762C2 (ru) | 2010-12-20 |
| KR20050010902A (ko) | 2005-01-28 |
| WO2003106641A2 (en) | 2003-12-24 |
| BR0311768A (pt) | 2005-04-05 |
| MXPA04012501A (es) | 2005-02-17 |
| WO2003106641A3 (en) | 2004-10-14 |
| IS7640A (is) | 2005-01-12 |
| JP2009291200A (ja) | 2009-12-17 |
| JP2013208121A (ja) | 2013-10-10 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| KR100702338B1 (ko) | 표적핵산의검출에사용하기위한표지된프라이머및표적핵산의검출 | |
| EP2069536B1 (en) | Methods of nonspecific target capture of nucleic acids | |
| RU2005100511A (ru) | Идентификация олигонуклеотидов для захвата, выявления и количественного определения нуклеиновой кислоты вируса гепатита а | |
| EP2366803A3 (en) | Compositions and methods for detecting west nile virus | |
| JP2007532100A5 (ru) | ||
| AU2022200072B2 (en) | Compositions and methods for isolating target nucleic acids | |
| KR102324117B1 (ko) | 가닥 침입에 기초한 증폭에 의한 핵산 검출 | |
| US11047007B1 (en) | Polynucleotides for amplification and detection of SARS-CoV-2 | |
| US20250122577A1 (en) | A method for detection of point mutations in target nucleic acid using loop-mediated isothermal amplification | |
| EP4004014A1 (en) | Polynucleotides for the amplification and detection of neisseria gonorrhoeae | |
| CA2525413A1 (en) | Compositions, methods and kits for determining the presence of trichomonas vaginalis in a test sample | |
| KR20170026350A (ko) | 가닥-침투 기반 dna 증폭방법 | |
| JP2005505289A5 (ru) | ||
| JP2007500517A5 (ru) | ||
| RU2001114072A (ru) | Диагностический анализ | |
| CA3159743A1 (en) | Polynucleotides for amplification and detection of human beta actin | |
| WO2015023892A1 (en) | Compositions and methods for detecting hev nucleic acid | |
| CA2847930C (en) | Assay for detecting and quantifying hiv-1 | |
| JPH10117780A5 (ru) | ||
| ES2253279T3 (es) | Metodos y composiciones para la deteccion de especies del complejo de mycobacterium avium. | |
| RU2006138865A (ru) | Анализы на основе нуклеиновой кислоты для идентификации полиморфизмов fc-рецептора | |
| JP4766878B2 (ja) | ハイブリダイゼーションアッセイを使用する真正細菌群の検出、同定および識別 | |
| WO2003083142A2 (en) | UNIVERSAL DETECTION OF HUMAN PAPILLOMAVIRUS mRNA | |
| HK40102397A (en) | Compositions and methods for detecting hev nucleic acid | |
| AU2011253599B2 (en) | Assay for detecting and quantifying HIV-1 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| HE4A | Change of address of a patent owner | ||
| PC41 | Official registration of the transfer of exclusive right |
Effective date: 20161003 |
|
| PD4A | Correction of name of patent owner |