[go: up one dir, main page]

RS62709B1 - Postupci za lečenje pacijenata obolelih od kancera pomoću inhibitora farneziltransferaze - Google Patents

Postupci za lečenje pacijenata obolelih od kancera pomoću inhibitora farneziltransferaze

Info

Publication number
RS62709B1
RS62709B1 RS20211538A RSP20211538A RS62709B1 RS 62709 B1 RS62709 B1 RS 62709B1 RS 20211538 A RS20211538 A RS 20211538A RS P20211538 A RSP20211538 A RS P20211538A RS 62709 B1 RS62709 B1 RS 62709B1
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
fti
subject
sample
cancer
expression
Prior art date
Application number
RS20211538A
Other languages
English (en)
Inventor
Antonio Gualberto
Catherine Rose Scholz
Original Assignee
Kura Oncology Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Kura Oncology Inc filed Critical Kura Oncology Inc
Publication of RS62709B1 publication Critical patent/RS62709B1/sr

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/47—Quinolines; Isoquinolines
    • A61K31/4709—Non-condensed quinolines and containing further heterocyclic rings
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/47—Quinolines; Isoquinolines
    • A61K31/472—Non-condensed isoquinolines, e.g. papaverine
    • A61K31/4725—Non-condensed isoquinolines, e.g. papaverine containing further heterocyclic rings
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/02—Antineoplastic agents specific for leukemia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/04—Antineoplastic agents specific for metastasis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Steroid Compounds (AREA)
  • Acyclic And Carbocyclic Compounds In Medicinal Compositions (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Description

Opis
OBLAST
[0001] Ovaj pronalazak se odnosi na oblast molekularne biologije i biologije kancera. Ovde su obezbeđeni postupci upotrebe određenih imunološki povezanih gena kao biomarkera za predviđanje kliničke senzitivnosti i terapeutskog odgovora na tretman pomoću inhibitora farneziltransferaze kod subjekta obolelog od kancera. Ovde su dalje obezbeđeni kompleti za sprovođenje ovih postupaka.
POZADINA
[0002] Stratifikacija populacija pacijenata radi poboljšanja brzine terapeutskog odgovora je od sve veće vrednosti u kliničkom upravljanju pacijentima obolelim od kancera. Inhibitori farneziltransferaze (FTI) su terapeutski agensi koji imaju primenu u tretmanu kancera, poput leukemije, limfoma i određenih čvrstih tumora. Međutim, pacijenti različito odgovaraju na FTI tretman. Stoga, postupci za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman ili postupci za odabir pacijenata za FTI tretman predstavljaju nezadovoljene potrebe. Postupci i kompozicije ovog pronalaska zadovoljavaju ove potrebe i obezbeđuju druge povezane prednosti.
KRATAK OPIS PRONALASKA
[0003] Ovde su obezbeđeni postupci za odabir populacije pacijenata obolelih od kancera za tretman pomoću FTI. Ovde obezbeđeni postupci su delimično zasnovani na otkriću da se genotip i nivo ekspresije određenih imunoloških gena mogu koristiti za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman.
[0004] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta uključuju (a) KIR tipizaciju subjekta, pri čemu je subjekat nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5, i (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS2 i KIR2DS5.
[0005] U nekim načinima ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, ovde obezbeđeni postupci dalje uključuju HLA tipizaciju subjekta pre davanja FTI tretmana subjektu, pri čemu je subjekat nosilac HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac i KIR2DS2 i HLA-C2.
[0006] U nekim načinima ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, KIR tipizacija subjekta uključuje utvrđivanje prisustva KIR gena u uzorku subjekta. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak krvi. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak koštane srži. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak su periferne mononuklearne krvne ćelije (PBMC). U nekim načinima ostvarivanja, uzorak su obogaćene prirodne ćelije ubice (NK).
[0007] U nekim načinima ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, KIR tipizacija se sprovodi sekvenciranjem, lančanom reakcijom polimeraze (PCR), DNK mikročipom, masenom spektrometrijom (MS), analizom jednonukleotidnog polimorfizma (SNP), analizom imunoblota ili imunoenzimskom probom (ELISA). U jednom načinu ostvarivanja, KIR tipizacija se sprovodi PCR-om. U jednom načinu ostvarivanja, KIR tipizacija se sprovodi DNK mikročipom. U jednom načinu ostvarivanja, KIR tipizacija se sprovodi analizom imunoblota ili ELISA-om.
[0008] U nekim načinima ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, ovde obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta uključuju (a) utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera odabranog iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM u uzorku subjekta, pri čemu (i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2; (ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2; (iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5; (iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; ili (v) nivo ekspresije GZMM u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; ili bilo koja kombinacija navedenog; i (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu.
[0009] U nekim načinima ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, ovde obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta uključuju (a) utvrđivanje nivoa ekspresije KIR2DS2 KIR2DL2, ili KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku subjekta, pri čemu (i) odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 u uzorku je viši od referentnog odnosa; ili (ii) odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5 u uzorku je viši od referentnog odnosa; i (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu.
[0010] U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak krvi. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak koštane srži. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak su periferne mononuklearne krvne ćelije (PBMC). U nekim načinima ostvarivanja, uzorak su obogaćene NK ćelije. U nekim načinima ostvarivanja, NK ćelije se dalje šire in vitro.
[0011] U nekim načinima ostvarivanja, utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera uključuje utvrđivanje nivoa proteina biomarkera. Postupci utvrđivanja nivoa proteina biomarkera mogu biti imunohistohemijski (IHC) pristup, analiza imunoblota, protočna citometrija (FACS) ili ELISA. U nekim načinima ostvarivanja, nivo proteina biomarkera se meri ELISA-om.
[0012] U nekim načinima ostvarivanja, utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera uključuje utvrđivanje mRNK nivoa biomarkera. Postupci utvrđivanja nivoa mRNK biomarkera mogu biti qPCR, RT-PCR, RNK-seq, analiza mikročipa, SAGE, MassARRAY tehnika ili FISH. U nekim načinima ostvarivanja, nivo mRNK biomarkera se meri pomoću qPCR ili RT-PCR.
[0013] U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je pacijent oboleo od kancera. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ima hematološki kancer. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ima čvrsti tumor. Čvrsti tumor može biti benigni tumor ili kancer. U nekim drugim načinima ostvarivanja, subjekat ima predmaligno stanje. U ovom pronalasku subjekat pati od HNSCC dok svi ostli oblici kancera navedeni u nastavku nisu deo ovog pronalaska. Hematološki kancer može biti akutna mijeloidna leukemija (AML), mijelodisplastički sindrom (MDS), hronična mijelomonocitna leukemija (CMML), limfom prirodnih ćelija ubica (NK limfom), leukemija prirodnih ćelija ubica (NK leukemija), kutani limfom T-ćelije (CTCL), periferni limfom T-ćelije (PTCL) ili hronična mijeloidna leukemija (CML). U nekim načinima ostvarivanja, pacijent je MDS pacijent. MDS pacijent može imati veoma niskorizični MDS, niskorizični MDS, MDS srednjeg rizika ili visokorizični MDS. U nekim načinima ostvarivanja, pacijent je MDS pacijent nižeg rizika, koji može imati veoma niskorizični MDS, niskorizični MDS, MDS srednjeg rizika. U nekim načinima ostvarivanja, pacijent je AML pacijent. U nekim načinima ostvarivanja, AML pacijent je u post-remisionoj indukciji ili posttransplantaciji. U nekim načinima ostvarivanja, AML pacijent je stariji od 60 godina ili na drugi način nepogodan za remisionu indukciju.
[0014] U nekim načinima ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, ovde obezbeđeni postupci za odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, uključuju (a) KIR tipizaciju subjekta, pri čemu je subjekat nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5, i (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu. U nekim načinima ostvarivanja, postupci su a) KIR tipizacija subjekta, pri čemu je subjekat nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5, b) HLA tipizacija subjekta, pri čemu je subjekat nosilac HLA-C2 i (c) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac i KIR2DS2 i HLA-C2.
[0015] U nekim načinima ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, postupci za odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, uključuju (a) utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera odabranog iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM u uzorku od subjekta, pri čemu (i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2; (ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2; (iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5; (iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; ili (v) nivo ekspresije GZMM u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; ili bilo koja kombinacija navedenog; i (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu.
[0016] U nekim načinima ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, ovde obezbeđeni postupci za odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, uključuju (a) utvrđivanje nivoa ekspresije KIR2DS2 i KIR2DL2, ili KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku subjekta, pri čemu (i) odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 u uzorku je viši od referentnog odnosa; ili (ii) odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5 u uzorku je viši od referentnog odnosa; i (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu.
[0017] U jednom načinu ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, ovde obezbeđeni postupci za lečenje MDS kod subjekta uključuju (a) KIR tipizaciju subjekta, pri čemu je subjekat nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5, i (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu. Postupci mogu dalje uključivati HLA tipizaciju subjekta, pri čemu je subjekat nosilac HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac i KIR2DS2 i HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, MDS je MDS nižeg rizika.
[0018] Ovde su obezbeđeni postupci za odabir populacije pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman na osnovu statusa Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman na osnovu statusa Ras mutacije u uzorku pacijenta. U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje raka kod subjekta sa terapeutski efektivnom količinom FTI.
[0019] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta, koji uključuju (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva Ras mutacije u uzorku subjekta, pri čemu Ras mutacija uključuje K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak nema K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju.
[0020] U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje prisustva ili odsustva supstitucije amino kiseline na kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61 od K-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje prisustva ili odsustva supstitucije amino kiseline na kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61 od N-Ras.
[0021] U nekim načinima ostvarivanja, pacijentu se daje FTI tretman ako se utvrdi da uzorak nema supstituciju amino kiseline na G12, G13 i Q61 od K-Ras, i takođe da nema supstituciju amino kiseline na G12, G13 i Q61 od N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, pacijentu se daje FTI tretman ako se utvrdi da uzorak nema nikakvu K-Ras mutaciju ili nikakvu N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, pacijentu se daje FTI tretman ako se utvrdi da uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras.
[0022] U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je pacijent oboleo od raka. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ima hematološki kancer. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ima čvrsti tumor. Čvrsti tumor može biti benigni tumor ili kancer. U nekim drugim načinima ostvarivanja, subjekat ima predmaligno stanje. Hematološki kancer može biti hronična mijelomonocitna leukemija (CMML), mijeloproliferativna neoplazma (MPN), mijelodisplastički sindrom (MDS), akutna mijeloidna leukemija (AML), juvenilna mijelomonocitna leukemija (JMML), hronična mijeloidna leukemija (CML), limfom prirodnih ćelija ubica (NK limfom), leukemija prirodnih ćelija ubica (NK leukemija), kutani limfom T-ćelije (CTCL) ili periferni limfom T-ćelije (PTCL). U nekim načinima ostvarivanja, pacijent je CMML pacijent. U nekim načinima ostvarivanja, pacijent je MDS pacijent. U nekim načinima ostvarivanja, pacijent je AML pacijent, pri čemu sve kancerske bolesti izuzev HNSCC nisu deo osnovne bolesti.
[0023] U nekim načinima ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje CMML kod subjekta (a) utvrđivanjem prisustva ili odsustva K-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanjem terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu ako se utvrdi da uzorak ima divlji tip K-Ras.
[0024] U nekim načinima ostvarivanja, koja nisu deo ovog pronalaska, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje CMML kod subjekta (a) utvrđivanjem prisustva ili odsustva N-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanjem terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu ako se utvrdi da uzorak ima divlji tip N-Ras.
[0025] Ovde su obezbeđeni postupci za odabir populacije pacijenata obolelih od kancera za lečenje pomoću FTI na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman, postupci za odabir populacije pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman, i postupci za lečenje kancera kod subjekta pomoću terapeutski efektivne količine FTI, na osnovu prisustva H-Ras mutacije u uzorku pacijenta.
[0026] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta, koji uključuju (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, H-Ras mutacija može biti supstitucija amino kiseline na G12, G13 i Q61 od H-Ras.
[0027] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod pacijenata, koji uključuju (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije, K-Ras mutacije i N-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju, ali nikakvu K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da pacijent oboleo od kancera ima H-Ras mutaciju i divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0028] U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ima hematološki kancer. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ima čvrsti tumor. U nekim načinima ostvarivanja, kancer je HPV negativan. U nekim načinima ostvarivanja, kancer je hepatocelularni karcinom, karcinom glave i vrata, tumor pljuvačne žlezde, tumor tiroidne žlezde, urotelijalni kancer, kancer dojke, melanom, kancer želuca, kancer pankreasa ili kancer pluća. U nekim načinima ostvarivanja, kancer je karcinom skvamoznih ćelija glave i vrata (HNSCC), pri čemu sve druge kancerske bolesti prethodno pomenute nisu deo ovog pronalaska. U nekim načinima ostvarivanja, kancer je tumor pljuvačne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, kancer je tumor tiroidne žlezde, pri čemu pomenuti kanceri nisu deo ovog pronalaska.
[0029] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje HNSCC kod subjekta na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC može biti HPV negativan HNSCC. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC može biti recidiv/rekurentan HNSCC. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC može biti metastatički HNSCC. Ovde obezbeđeni postupci uključuju (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta koji ima HNSCC, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju.
[0030] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje tumora pljuvačne žlezde kod subjekta na osnovu prisustva H-Ras mutacije, pri čemu pomenuti postupak nije deo pronalaska. U nekim načinima ostvarivanja, tumor pljuvačne žlezde može biti HPV negativan. U nekim načinima ostvarivanja, tumor pljuvačne žlezde može biti napredni tumor pljuvačne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, tumor pljuvačne žlezde može biti metastatički tumor pljuvačne žlezde. Ovde obezbeđeni postupci uključuju (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta koji ima tumor pljuvačne žlezde, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju.
[0031] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera tiroidne žlezde kod subjekta na osnovu prisustva H-Ras mutacije, pri čemu pomenuti postupak nije deo pronalaska. U nekim načinima ostvarivanja, kancer tiroidne žlezde može biti HPV negativan. U nekim načinima ostvarivanja, kancer tiroidne žlezde može biti napredni kancer tiroidne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, kancer tiroidne žlezde može biti metastatički kancer tiroidne žlezde. Ovde obezbeđeni postupci uključuju (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta koji ima kancer tiroidne žlezde, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju.
[0032] U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je biopsija tumora. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak tkiva. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak krvi. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak periferne krvi. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak seruma. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak koštane srži. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak su periferne mononuklearne krvne ćelije (PBMC).
[0033] U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje analiziranjem nukleinskih kiselina dobijenih iz uzorka. U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje analiziranjem proteina dobijenih iz uzorka. U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje sekvenciranjem, lančanom reakcijom polimeraze (PCR), DNK mikročipom, masenom spektrometrijom (MS), analizom jednonukleotidnog polimorfizma (SNP), denaturacijom tečne hromatografije visokih performansi (DHPLC) ili analizom polimorfizma dužine restriktivnih fragmenata (RFLP). U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje multipleksiranjem PCR-a. U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje sekvenciranjem sledeće generacije.
[0034] U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, lonafarnib (SCH-66336), CP-609,754, BMS-214662, L778123, L744823, L739749, R208176, AZD3409 i FTI-277. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1-1000 mg/kg telesne mase. U jednom načinu ostvarivanja, FTI je tipifarnib. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 200-1200 mg dva puta dnevno („b.i.d.“). U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 600 mg dnevno oralno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 300 mg b.i.d. oralno tokom 3 od 4 nedelje u ponovljenim ciklusima od 4 nedelje. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 600 mg b.i.d. oralno tokom 3 od 4 nedelje u ponovljenim ciklusima od 4 nedelje. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 900 mg b.i.d. oralno naizmenično (jedne nedelje se daje, druge nedelje se ne daje) u ponovljenim ciklusima od 4 nedelje (dani 1-7 i 15-21 u ponovljenim ciklusima od 28 dana). U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 1200 mg b.i.d. oralno naizmenično (dani 1-7 i 15-21 u ponovljenim ciklusima od 28 dana). U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 1200 mg b.i.d. oralno u danima 1-5 i 15-19 u ponovljenim ciklusima od 28 dana. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju najmanje tri ciklusa tretmana. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju najmanje šest ciklusa tretmana.
[0035] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci takođe uključuju davanje druge terapije subjektu. Druga terapija može biti radioterapija. U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci takođe uključuju davanje druge terapeutski efektivne količine sekundarnog aktivnog agensa ili terapiju zbrinjavanjem za subjekta. U nekim načinima ostvarivanja, sekundarni aktivni agens je DNK-hipometilirajući agens, terapeutsko antitelo koje se specifično vezuje za antigen kancera, hemopoetski faktor rasta, citokin, antikancerogeni agens, antibiotik, cox-2 inhibitor, imunomodulatorni agens, anti-timocit globulin, imunosupresivni agens, kortikosteroid ili njegov farmakološki derivat. U nekim načinima ostvarivanja, sekundarni aktivni agens je DNK-hipometilirajući agens, poput azacitidina ili decitabina. U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens je anti-PD1 antitelo ili anti-PDL1 antitelo.
[0036] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni kompleti za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman uključuju najmanje jedan agens za KIR tipizaciju pacijenta obolelog od kancera, i pomoćni agens, pri čemu se predviđa da će pacijent oboleo od kancera odgovoriti na FTI tretman ako je pacijent oboleo od kancera nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5. Kompleti mogu dalje uključivati agens za HLA tipizaciju, pri čemu se predviđa da će pacijent oboleo od kancera odgovoriti na FTI tretman ako je pacijent oboleo od kancera nosilac HLA-C2, pri čemu pomenuti kompleti nisu deo ovog pronalaska.
[0037] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni kompleti za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman uključuju najmanje jedan agens za utvrđivanje ekspresije najmanje jednog biomarkera u uzorku pacijenta obolelog od kancera i pomoćni agens, pri čemu je biomarker odabran iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM; i pri čemu se predviđa da će pacijent oboleo od kancera odgovoriti na FTI tretman ako
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2;
(ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5;
(v) nivo ekspresije GZMM u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM;
(vi) odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 u uzorku je viši od referentnog odnosa; ili
(vii) odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5 u uzorku je viši od referentnog odnosa; ili bilo koja kombinacija navedenog, pri čemu pomenuti kompleti nisu deo ovog pronalaska.
KRATAK OPIS CRTEŽA
[0038]
FIG.1A prikazuje korelaciju nivoa ekspresije KIR2DS5 sa kliničkim ishodom AML pacijenata lečenih tipifarnibom. „SD“ označava „stabilnu bolest“; „PD“ označava „progresivnu bolest“; „CR“ označava „kompletan odgovor“; „HI“ se odnosi na „hematološko poboljšanje“. FIG.1B prikazuje poboljšanje nivoa ekspresije KIR2DS5 sa preživljavanjem bez progresije („PFS“) AML pacijenata lečenih tipifarnibom. FIG.2A prikazuje korelaciju između odnosa nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 i PFS kod AML pacijenata lečenih tipifarnibom. FIG.2B prikazuje korelaciju između odnosa nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 i ukupnog preživljavanja („OS“) AML pacijenata lečenih tipifarnibom.
FIG.2A: Cox proporcionalna regresija opasnosti
FIG.2B: Cox proporcionalna regresija opasnosti
FIG.3A i 3B prikazuju nedostatak korelacije između odnosa nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 i OS od AML pacijenata lečenih ne-FTI hemoterapijskim agensima. U FIG.3A, pacijenti su lečeni citarabinom visoke doze i mitoksantronom. U FIG.3B, pacijenti su lečeni citarabinom visoke doze i mitoksantronom/intenzivna hemoterapija.
FIG.4A prikazuje korelaciju između odnosa nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5A i PFS i OS od AML pacijenata lečenih tipifarnibom. FIG.4B prikazuje nedostatak korelacije između odnosa nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5A sa OS od AML pacijenata lečenih ne-FTI hemoterapijskim agensima (citarabin i mitoksantron).
FIG.4A: Cox proporcionalna regresija opasnosti
FIG.5 prikazuje korelaciju nivoa ekspresije GZMM sa kliničkim ishodom AML pacijenata lečenih tipifarnibom.
FIG.6A prikazuje korelaciju između nivoa ekspresije GZMM i preživljavanja AML pacijenata lečenih tipifarnibom.
FIG.6B prikazuje nedostatak korelacije između nivoa ekspresije GZMM sa preživljavanjem AML pacijenata lečenih ne-FTI hemoterapijskim agensima (citarabin i mitoksantron).
FIG.6A: Cox proporcionalna regresija opasnosti
FIG.7A prikazuje korelaciju nivoa ekspresije KIR2DS2 sa kliničkim ishodom AML pacijenata lečenih tipifarnibom. FIG.7B prikazuje specifičnu korelaciju nivoa ekspresije KIR2DS2 sa kliničkim ishodom AML pacijenata lečenih tipifarnibom (leva tabla), ali ne sa ne-FTI hemoterapijskim agensima (desna tabla). FIG.8 prikazuje korelaciju između statusa N-RAS divljeg tipa i produženog preživljavanja bez progresije („PFS“) kod AML pacijenata lečenih tipifarnibom.
FIG.9 prikazuje veću brzinu odgovora na tretman tipifarnibom kod AML pacijenata sa divljim tipom N-RAS u poređenju sa onima koji imaju mutant N-RAS.
DETALJAN OPIS
1. Definicije
[0039] Kako se ovde koriste, određeni i neodređeni članovi ( „a“, „an“ i „the“) odnose se na jedan ili više od jednog gramatičkog objekta člana. Na primer, biomarker se odnosi na biomarker ili više od jednog biomarkera.
[0040] Kako se ovde koriste, pojam „NK ćelija“ ili „prirodna ćelija ubica“ odnose se na tip velikih granularnih limfocita izvedenih iz koštane srži koji dele zajednički progenitor sa T ćelijama, ali nemaju površinske markere B ćelije ili T ćelije. NK ćelije obično čine 10-15% svih cirkulišućih limfocita. NK ćelije su odbrambene ćelije urođenog imuniteta koje prepoznaju strukture na površini virusom inficiranih ćelija ili ćelija tumora i ubijaju ove ćelije oslobađanjem citotoksina. NK ćelije mogu se aktivirati bez prethodnog izlaganja antigena.
[0041] U cilju selektivnog ubijanja inficiranih ćelija ili ćelija tumora, NK ćelije moraju razlikovati zdrave ćelije od bolesnih ćelija. Citolitička aktivnost ljudskih NK ćelija je modulirana interakcijom inhibitornih i aktivatornih receptora membrane, koji se ekspresuju na površini NK ćelija, sa MHC (HLA) molekulima klase I, koji se ekspresuju pomoću ne-NK ćelija, uključujući ćelije tumora ili ćelije od primaoca transplanta koštane srži. Receptori ćelija ubica poput imunoglobulina (KIR; ili CD158) kartirani na hromozomu 19q13.4.3-5 čine porodicu MHC-I (HLA-A, -B, -C) vezivnih receptora koji regulišu prag aktivacije NK ćelija (Valiante el at. Immunity 7:739-751(1997)).
1
[0042] Kod ljudi, HLA complex klase I je oko 2000 kb dugačak i sadrži oko 20 gena. U regionu klase I postoje geni koji kodiraju dobro karakterisane MHC molekule klase I predviđene HLA-A, HLA-B i HLA-C. Pored toga, postoje neklasični geni klase I koji uključuju HLA-E, HLA-F, HLA-G, HLA-H, HLA-J i HLA-X, kao i nova porodica poznata kao MIC. Dok HLA-A i -B imaju određenu ulogu, interakcije između KIR i HLA-C molekula su preovlađujuće u sprečavanju NK ćelija da napadnu zdrave autologne ćelije (Colonna et al. PNAS, 90:1200-12004 (1993); Moesta AK et al., Front Immunol.3:336(2012)).
[0043] HLA-C gen ima više alela, uključujući HLA-C 1 i HLA-C2 na osnovu prisustva asparagina ili lizina na poziciji 80 amino kiseline u zrelom proteinu (Mandelboim et al.1996). Dalje, HLA-C1 sadrži očuvani ostatak serina na poziciji 77 amino kiseline, dok je asparagin prisutan u HLA-C2 na istoj poziciji. Stoga, najmanje tri genotipa se mogu razlikovati u vezi sa HLA-C: oni koji imaju i HLA-C1 i HLA-C2 (HLA-C1/HLA-C2 heterozigoti), oni koji imaju HLA-C1 (HLA-C1/HLA-C1 homozigoti) ili HLA-C2 (HLA-C2/HLA-C2 homozigoti) i oni koji nemaju ni HLA-C1 ni HLA-C2.
[0044] Kako se ovde koristi, pojam „KIR geni“ odnosi se na gene koji kodiraju KIR receptore na NK ćelijama. KIR geni su grupisani u jednom od najpromenljivijih regiona ljudskog genoma u pogledu sadržaja gena i polimorfizma sekvence. Ova ekstenzivna promenljivost generiše repertoar NK ćelija u kojem su KIR ćelije ekspresovane na površini ćelije na kombinatorni način. Interakcije između KIR i njihovih odgovarajućih liganda na ciljnim ćelijama rezultiraju proizvodnjom pozitivnih ili negativnih signala koji regulišu funkciju NK ćelija.
[0045] KIR geni se nasleđuju u dva velika haplotipa: A i B. Haplotip A ima samo jedan aktivatorni receptor, KIR2DS4, koji je neaktivan u većem delu US populacije zbog brisanja 22 bp. KIR haplotip B uključuje 22 KIR2DS2 i 16 KIR2DS5 alela koji su prisutni kod ∼45% i ∼25% belih Amerikanaca, respektivno. Postoji izrazita neravnoteža veze između KIR2DS2 (aktivatorno) i KIR2DL2 (inhibitorno). DNK metilacija održava ekspresiju KIR gena specifičnog za alelu (npr. CpG ostrvo u KIR2DS2 promoteru se proteže od -160 kroz 26 i ima 6 mesta citozina) (Moesta AK et al., Front Immunol.3:336(2012)).
[0046] Do danas, identifikovano je najmanje 14 različitih KIR gena, a to su KIR2DL1, KIR2DL2, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR2DL5, KIR2DS1, KIR2DS2, KIR2DS3, KIR2DS4, KIR2DS5, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, KIR3DS1. Ovi geni dele ekstenzivnu homologiju sekvence. Svaki gen je dugačak oko 9-16 Kb, podeljen u 8-9 eksona koji kodiraju signalne peptide, dva ili tri ekstracelularna domena, stablo, transmembranski region i citoplazmatični rep. Ovi geni se razlikuju po pitanju njihovog prisustva ili odsustva na različitim KIR haplotipovima, čime se stvara značajna razlika u broju KIR genotipova primećenih u populaciji. Na primer, neki pojedinci mogu nositi samo sedam od 14 KIR gena, dok drugi pojedinci mogu nositi 12 od 14 KIR gena. Svaki KIR gen kodira inhibitorni ili aktivirajući KIR. Na primer, KIR2DS2 i KIR2DS5 su aktivirajući KIR, a KIR2DL2 i KIR2DL5 su inhibitorni KIR. Jedan određeni KIR gen može imati više alela. Na primer, KIR2DL5 uključuje dva alela, KIR2DL5A i KIR2DL5B. Stoga, četiri genotipa se mogu razlikovati u vezi sa KIR2DL5: oni koji imaju i KIR2DL5A i KIR2DL5B, oni koji imaju KIR2DL5A ili KIR2DL5B, i oni koji nemaju KIR2DL5.
[0047] Primerna sekvenca amino kiseline i odgovarajuća sekvenca nukleinske kiseline ljudskog KIR2DS2 (GENBANK: GQ921920.1; GI:261362473) za kodiranje su obezbeđene u nastavku:
[0048] Primerna sekvenca amino kiseline i odgovarajuća sekvenca nukleinske kiseline ljudskog KIR2DL2 (GENBANK: EU791546.1; GI:209512828) za kodiranje su obezbeđene u nastavku:
[0049] Primerna sekvenca amino kiseline i odgovarajuća sekvenca nukleinske kiseline ljudskog KIR2DS5 (GENBANK: AJI81015.1; GI:754367842) za kodiranje su obezbeđene u nastavku:
1
[0050] Primerna sekvenca amino kiseline i odgovarajuća sekvenca nukleinske kiseline ljudskog KIR2DL5A (GENBANK: ABM92655.1 GI: 124245538) za kodiranje su obezbeđene u nastavku:
[0051] Primerna sekvenca amino kiseline i odgovarajuća sekvenca nukleinske kiseline ljudskog KIR2DL5B (GENBANK: ABM92657.1 GI: 124245542) za kodiranje su obezbeđene u nastavku:
1
[0052] Kako se ovde koristi, pojam „KIR tipizacija“ odnosi se na postupak utvrđivanja genotipa KIR gena kod subjekta, uključujući utvrđivanje prisustva ili odsustva jednog ili više specifičnih KIR gena ili alela u genomu subjekta. KIR tipizacija takođe može uključivati utvrđivanje broja kopija jednog ili više specifičnih KIR gena ili alela u genomu subjekta.
1
[0053] Kako se ovde koristi, pojam „HLA tipizacija“ odnosi se na postupak utvrđivanja genotipa HLA gena kod subjekta, uključujući utvrđivanje prisustva ili odsustva jednog ili više specifičnih HLA gena ili alela u genomu subjekta. HLA tipizacija takođe uključuje utvrđivanje broja kopija jednog ili više specifičnih HLA gena ili alela u genomu subjekta.
[0054] Granzim M (GZMM) je proteaza serina ekspresovana u više citotoksičnih podskupova limfocita. Put granula-egzocitoza je veliki mehanizam preko kojeg citotoksični limfociti eliminišu ćelije inficirane virusom i ćelije tumora. U ovom putu, citotoksični limfociti oslobađaju granule koje sadrže perforin protein koji formira pore i porodicu proteaza serina poznatih kao granzimi (GZM) u imunološku sinapsu. Formiranje pora od strane perforina olakšava ulazak granzima u ciljnu ćeliju, gde mogu aktivirati različite puteve smrti. Postoji pet ljudskih granzima: GZMA, GZMB, GZMH, GZMK i GZMM. Od pet GZM-ova, GZMM je marker za NK ćelije ili NKT ćelije, a GZMH je marker za citotoksične T ćelije (Poot, Cell Death and Differentiation 21:359-368 (2014)).
[0055] Primerna sekvenca amino kiseline i odgovarajuća sekvenca nukleinske kiseline ljudskog GZMM (NCBI Ref: NM_020535.3 GI:65508540) za kodiranje su obezbeđene u nastavku:
1
[0056] Kako se ovde koristi, pojam „subjekat“ odnosi se na sisara. Subjekat može biti čovek ili sisar koji nije čovek, poput psa, mačke, govečeta, konja, miša, pacova, zeca ili njihovih transgenih vrsta. Subjekat može biti pacijent, ili pacijent oboleo od kancera.
[0057] Kako se ovde koristi, pojam „kancer“ ili „kancerogeni“ odnosi se na fiziološko stanje kod sisara koje se obično karakteriše neregulisanim rastom ćelija. Primeri kancera uključuju, ali nisu ograničeni na hematološke kancere (npr. višestruki mijelom, limfom i leukemija) i čvrste tumore. Kako se ovde koristi, pojam „predmaligno stanje“ odnosi se na stanje povezano sa povećanim rizikom od kancera, koje, ako ostane nelečeno, može dovesti do kancera. Predmaligno stanje se takođe može odnositi na neinvazivni kancer koji nije napredovao do agresivne invazivne faze.
[0058] Kako se ovde koristi, pojmovi „lečiti“, „lečenje“ i „tretman“, kada se koriste u vezi sa pacijentom obolelim od kancera, odnose se na radnju koja smanjuje ozbiljnost kancera, ili usporava napredovanje kancera, uključujući (a) inhibiranje rasta kancera, ili usporavanje razvoja kancera, i (b) prouzrokovanje regresije kancera, ili odlaganje ili minimiziranje jednog ili više simptoma povezanih sa prisustvom kancera.
[0059] Kako se ovde koristi, pojam „utvrđivanje“ odnosi se na upotrebu bilo kog oblika merenja radi procene prisustva supstance, kvantitativno ili kvalitativno. Merenje može biti relativno ili apsolutno. Merenje prisustva supstance može uključivati utvrđivanje da li je supstanca prisutna ili odsutna, ili količine supstance.
[0060] Kako se ovde koristi, pojam „nosilac“ kada se koristi u vezi sa genom se odnosi na subjekta čiji genom uključuje najmanje jednu kopiju gena, a kada se koristi u vezi sa alelom gena odnosi se na subjekta čiji genom uključuje najmanje jednu kopiju specifičnog alela. Na primer, nosilac KIR2DS2 odnosi se na subjekta čiji genom uključuje najmanje jednu kopiju KIR2DS2. Ako gen ima više od jednog alela, nosač gena se odnosi na subjekta čiji genom uključuje najmanje jednu kopiju najmanje jednog alela gena. Na primer, gen KIR2DL5 ima dva poznata alela, KIR2DL5A i KIR2DL5B. Nosilac KIR2DL5A se odnosi na subjekta čiji genom uključuje najmanje jednu kopiju alela KIR2DL5A; nosilac KIR2DL5B se odnosi na subjekta čiji genom uključuje najmanje jednu kopiju alela KIR2DL5B. Nosilac KIR2DL5 se odnosi na subjekta čiji genom uključuje najmanje jednu kopiju KIR2DL5A, KIR2DL5B ili obe. U drugom primeru, nosilac HLA-C2 se odnosi na subjekta čiji genom uključuje najmanje jednu kopiju alela HLA-C2. Subjekat može biti HLA-C2/HLA-C2 homozigot ili HLA-C1/HLA-C2 heterozigot.
1
[0061] Kako se ovde koristi, pojam „davati“ ili „davanje“ odnosi se na čin unosa, ili prouzrokovanja unosa, jedinjenja ili farmaceutske kompozicije u telo subjekta postupkom ovde opisanim ili na drugi način poznatim u ovoj oblasti tehnike. Davanje jedinjenja ili farmaceutske kompozicije uključuje prepisivanje jedinjenja ili farmaceutske kompozicije koju treba uneti u telo pacijenta. Primerni oblici davanja uključuju oralne dozne oblike, poput tableta, kapsula, sirupa, suspenzija; injektibilne dozne oblike, poput intravenskih (IV), intramuskularnih (IM) ili intraperitonealnih (IP); transdermalne dozne oblike, uključujući kreme, želee, prahove ili zavoje; bukalne dozne oblike; inhalacione prahove, sprejove, suspenzije i rektalne supozitorije.
[0062] Kako se ovde koristi, pojam „terapeutski efektivna količina“ jedinjenja prilikom upotrebe u vezi sa bolešću ili poremećajem odnosi se na količinu dovoljnu da obezbedi terapeutsku pogodnost u tretmanu ili upravljanju bolešću ili poremećajem ili da odloži ili minimizira jedan ili više simptoma povezanih sa bolešću ili poremećajem. Terapeutski efektivna količina jedinjenja označava količinu jedinjenja, samostalno ili u kombinaciji sa drugim terapijama, koja obezbeđuje terapeutsku pogodnost u tretmanu ili upravljanju bolešću ili poremećajem. Ovaj pojam obuhvata količinu koja poboljšava celokupnu terapiju, smanjuje ili izbegava simptome, ili poboljšava terapeutsku efikasnost drugog terapeutskog agensa. Ovaj pojam se takođe odnosi na količinu jedinjenja koja u dovoljnoj meri izvlači biološki ili medicinski odgovor biološkog molekula (npr., protein, enzim, RNK ili DNK), ćelije, tkiva, sistema, životinje ili čoveka, što pretražuje istraživač, veterinar, doktor medicine ili kliničar.
[0063] Kako se ovde koristi, pojam „uzorak“ odnosi se na materijal ili mešavinu materijala koja sadrži jednu ili više komponenata od interesa. Uzorak subjekta se odnosi na uzorak dobijen od subjekta, uključujući uzorke biološkog tkiva ili tečnog porekla, dobijene, prikupljene ili sakupljene in vivo ili in situ. Uzorak se može dobiti iz regiona subjekta koji sadrži predkancerogene ili kancerogene ćelije ili tkiva. Takvi uzorci mogu biti, ali nisu ograničeni na organe, tkiva, frakcije i ćelije izolovane od sisara. Primerni uzorci uključuju koštanu srž, celu krv, delimično prečišćenu krv, periferne mononuklearne krvne ćelije („PBMC“) i biopsije tkiva. Primerni uzorci takođe uključuju ćelijski lizat, ćelijsku kulturu, ćelijsku liniju, tkivo, oralno tkivo, gastrointestinalno tkivo, organ, organelu, biološku tečnost, uzorak krvi, uzorak mokraće, uzorak kože i slično.
[0064] Kako se ovde koristi, pojam „biomarker“ se odnosi na gen koji može biti prisutan ili odsutan kod pojedinačnih subjekata, ili može biti prisutan, ali diferencijalno ekspresovan kod pojedinačnih subjekata. Prisustvo biomarkera, uključujući nivo ekspresije biomarkera, u uzorku subjekta može označavati odgovor subjekta na određeni tretman, poput FTI tretmana.
[0065] Kako se ovde koristi, pojam „ekspresovati“ ili „ekspresija“ kada se upotrebljava u vezi sa genom odnosi se na postupak pomoću kojeg informacija koju nosi gen postaje manifestna kao fenotip, uključujući transkripciju gena prenosiocu poruke RNK (mRNK), naknadnu translaciju molekula mRNK u lanac polipeptida i njegovo uklapanje u krajnji protein.
1
[0066] Kako se ovde koristi, pojam „RNK proizvod biomarkera“ odnosi se na RNK transkript transkribovan od biomarkera, a pojam „proteinski proizvod biomarkera“ odnosi se na protein ili polipeptid translatovan sa RNK proizvoda biomarkera.
[0067] Kako se ovde koristi, pojam „nivo ekspresije“ biomarkera odnosi se na količinu ili akumulaciju proizvoda ekspresije biomarkera, poput, na primer, količine RNK proizvoda biomarkera (RNK nivo biomarkera) ili količine proizvoda proteina biomarkera (nivo proteina biomarkera). Ako je biomarker gen sa više od jednog alela, nivo ekspresije biomarkera odnosi se na ukupnu količinu akumulacije proizvoda ekspresije svih postojećih alela za ovaj gen, osim ako je drugačije naznačeno. Na primer, nivo ekspresije KIR2DL5 odnosi se na ukupne nivoe ekspresije KIR2DL5A i KIR2DL5B, osim ako je drugačije naznačeno.
[0068] Kako se ovde koristi, pojam „referentni nivo ekspresije“ odnosi se na unapred utvrđeni nivo ekspresije biomarkera koji se može koristiti za utvrđivanje značaja nivoa ekspresije biomarkera u uzorku od subjekta. Referentni nivo ekspresije biomarkera može biti nivo ekspresije biomarkera u uzorku od zdravog pojedinca. Referentni nivo ekspresije biomarkera takođe može biti granična vrednost koju utvrđuje stručnjak iz ove oblasti putem statističke analize nivoa ekspresije biomarkera u populaciji uzorka i odgovora na tretman pojedinaca u populaciji uzorka. Na primer, analiziranjem nivoa ekspresije GZMM kod pojedinaca u populaciji uzorka i odgovora ovih pojedinaca na FTI tretman stručnjak iz ove oblasti može utvrditi graničnu vrednost kao referentni nivo ekspresije GZMM, pri čemu će subjekat verovatno odgovarati na FTI tretman ako je nivo ekspresije GZMM subjekta viši od referentnog nivoa ekspresije.
[0069] Kako se ovde koristi, pojam „odgovor“ ili „koji odgovara“ kada se koristi u vezi sa tretmanom odnosi se na efektivnost tretmana u ublažavanju ili smanjivanju simptoma bolesti koja se leči. Na primer, pacijent oboleo od kancera odgovara na FTI tretman ako FTI tretman efektivno inhibira rast kancera, ili zaustavlja razvoj kancera, dovodi do regresije kancera ili odlaže ili minimizira jedan ili više simptoma povezanih sa prisustvom kancera kod ovog pacijenta.
[0070] Odgovor na određeni tretman pacijenta obolelog od kancera može biti okarakterisan kao kompletan ili delimičan odgovor. „Kompletan odgovor“ ili „CR“ odnosi se na odsustvo klinički detektabilne bolesti normalizacijom prethodno abnormalnih radiografskih studija, koštane srži i cerebrospinalne tečnosti (CSF) ili merenjem abnormalnih monoklonskih proteina. „Delimičan odgovor“ ili „PR“ odnosi se na najmanje oko 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% ili 90% smanjenja svih izmerivih opterećenja tumora (tj. broj malignih ćelija prisutnih kod subjekta, ili izmerena zapremina mase tumora ili količina abnormalnih monoklonskih proteina) u odsustvu novih lezija.
[0071] Stručnjak iz ove oblasti će razumeti da se klinički standardi upotrebljeni za definisanje CR, PR ili drugog nivoa odgovora pacijenta na tretmane mogu razlikovati za različite tipove kancera. Na primer, za hematopoetske kancere, pacijent koji „odgovara“ na određeni tretman može se definisati kao pacijent koji ima kompletan odgovor (CR), delimičan odgovor (PR) ili hematološko poboljšanje (HI) (Lancet et al.,
2
Blood 2:2 (2006)). HI se može definisati kao bilo koji broj blastova koštane srži manji od 5% ili smanjenje blastova koštane srži za najmanje polovinu. Sa druge strane, pacijent koji „ne odgovara“ na određeni tretman može se definisati kao pacijent koji ima progresivnu bolest (PD) ili stabilnu bolest (SD).
Progresivna bolest (PD) može se definisati kao >50% povećanje % blasta koštane srži ili cirkulišućeg blasta sa osnovne linije, ili kao novi izgled cirkulišućih blastova (u najmanje 2 uzastopne prilike). Stabilna bolest (SD) može se definisati kao bilo koji odgovor koji ne ispunjava CR, PR, HI ili PD kriterijume.
[0072] Kako se ovde koristi, pojam „verovatnoća“ odnosi se na verovatnoću događaja. To što će subjekat „verovatno“ odgovarati na određeni tretman kada se ispune uslovi znači da je verovatnoća da subjekat odgovara na određeni tretman veća kada se uslovi ispune nego kada se uslovi ne ispune. Verovatnoća odgovora na određeni tretman može biti veća za, na primer, 5%, 10%, 25%, 50%, 100%, 200% ili više kod subjekta koji ispunjava određeni uslov u poređenju sa subjektom koji ne ispunjava uslov. Na primer, to što će pacijent oboleo od kancera „verovatno“ odgovarati na FTI tretman kada je subjekat nosilac KIR2DS2 znači da je verovatnoća da će subjekat odgovarati na FTI tretman 5%, 10%, 25%, 50%, 100%, 200% ili više kod subjekta koji je nosilac KIR2DS2 u poređenju sa subjektom koji nije nosilac KIR2DS2. U drugom primeru, to što će subjekat „verovatno“ odgovarati na tretman tipifarnibom kada je nivo ekspresije GZMM u uzorku subjekta viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM znači da je verovatnoća da subjekat odgovara na tretman tipifarnibom 5%, 10%, 25%, 50%, 100%, 200% ili više kod subjekta čiji je nivo ekspresije GZMM viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM u poređenju sa subjektom čiji je nivo ekspresije GZMM niži od referentnog nivoa ekspresije.
[0073] Ras proteini su GTPaze koje regulišu proliferaciju i transdukuju biološke informacije iz ekstracelularnih signala u jezgro. Sisarske ćelije ekspresuju tri ras gena koji kodiraju četiri Ras proteina, koji su H-Ras, N-Ras, KA-Ras i KB-Ras. KA-Ras i KB-Ras se takođe generalno navode kao K-Ras. Ras proteini postoje u aktivnom, GTP-vezanom ili neaktivnom, GDP-nevezanom stanju. Mutant RAS proteini se akumuliraju u GTP-vezanoj konformaciji zbog defektivne intrinzične aktivnosti GTPaze i/ili otpornosti na inaktivaciju od strane proteina koji aktiviraju GTPazu (GAP). Mutacije koje blokiraju Ras proteine u njihovom GTP-vezanom, aktivnom stanju dovode do nekontrolisanog rasta i maligne transformacije K-Ras mutacija koje dovode do supstitucija glicina u valin na katalitičkim mestima K-Ras, što dovodi do gubitka aktivnosti GTPaze i kasnijeg kontinuiranog vezivanja GTP za RAS (Yokota, Anti- Cancer Agents in Medicinal Chemistry, 12:163-171(2012)). Supstitucija drugih amino kiselina, poput aspartata i valina u kodonu 12 i aspartata u kodonu 13, može dovesti do projekcije većih bočnih lanaca amino kiseline u GDP/GTP vezivni džep proteina, koji interferiraju u GTP hidrolizi. Kao rezultat ovih konformacionih i strukturnih promena, EGFR signalizacija postaje deregulisana kao reakcija na konstitutivnu aktivaciju K-Ras proteina (Herreros-Villanueva et al., Clinica Chimica Acta 431 (2014) 21:1-220).
[0074] Primerna sekvenca amino kiseline i odgovarajuća sekvenca nukleinske kiseline ljudske K-Ras izoforme A (KA-Ras)( GENBANK: NM_033360.3 GI:575403058) za kodiranje su obezbeđene u nastavku:
[0075] Primerna sekvenca amino kiseline i odgovarajuća sekvenca nukleinske kiseline ljudske K-Ras izoforme B (KB-Ras) (GENBANK: NM_033360.3 GI:575403058) za kodiranje su obezbeđene u nastavku:
[0076] Primerna sekvenca amino kiseline i odgovarajuća sekvenca nukleinske kiseline ljudskog N-Ras (GENBANK: NM_002524.4 GI:334688826) za kodiranje su obezbeđene u nastavku:
2
[0077] Primerna sekvenca amino kiseline i odgovarajuća sekvenca nukleinske kiseline ljudskog H-Ras (GENBANK: CR536579.1 GI:49168641) za kodiranje su obezbeđene u nastavku:
[0078] Ras izoforme su farnezilovane. Farneziltransferaza (FTaza) ima ključne uloge u posttranslacionim modifikacijama Ras proteina. Način interferiranja sa Ras funkcijom je inhibicija FTaze, pri čemu enzim sparuje 15-ugljenik izoprenil grupu sa Ras proteinima pomoću inhibitora farneziltransferaze („FTI“). FTI su klasa biološki aktivnih lekova protiv kancera koji inhibiraju farnezilaciju širokog opsega ciljnih proteina, uključujući Ras. FTI blokiraju Ras aktivaciju inhibicijom FTaze, što na kraju dovodi do zaustavljanja rasta ćelija. Stoga, predviđeno je da će FTI biti efektivni terapeutski agensi u tretmanu kancera.
[0079] Trideset procenata svih humanih kancera ekspresuje onkogeno aktivirane Ras. Visoka prevalenca mutiranih Ras, otkrivena kod 30% svih humanih kancera, čini ovaj put privlačnim ciljem za razvoj lekova protiv kancera. U početku, bilo je predviđeno da Ras mutacija(e) koja(e) je (su) dovela(e) do konstitutivno aktivnog RAS puta može (mogu) služiti kao biomarker za odgovor pacijenta na FTI, što je bilo zasnovano na predkliničkim dokazima da FTI mogu blokirati RAS-transformisane ćelije. (Raponi et al., Blood 111:2589-96 (2008)). Nasuprot uobičajenom shvatanju, ovde su opisana neočekivana otkrića da su pacijenti oboleli od kancera koji imaju divlji tip K-Ras i N-Ras osetljiviji na FTI tretman u poređenju sa onima koji imaju mutant K-Ras ili N-Ras, i da odabir pacijenata obolelih od kancera na osnovu statusa Ras mutacije može poboljšati ukupnu brzinu odgovora na FTI tretman, poput tretmana tipifarnibom.
[0080] Kako se ovde koristi, pojam „Ras mutacija“ odnosi se na mutaciju aktivacije kod ras gena ili Ras proteina. Ras mutacija može se odnositi na genetsku alternaciju u DNK sekvenci jednog od ras gena koja rezultira aktivacijom odgovarajućeg Ras proteina, ili alternaciju u sekvenci amino kiseline Ras proteina koja rezultira njegovom aktivacijom. Stoga, pojam „Ras mutacija“ kako se ovde koristi ne uključuje alternaciju u ras genu koja ne rezultira aktivacijom Ras proteina, ili alternacijom sekvence Ras proteina koja ne vodi do njegove aktivacije. Shodno tome, uzorak ili subjekat koji nema nikakvu „Ras mutaciju“ kako se ovde koristi i dalje može imati mutaciju u ras genu koja ne utiče na aktivnost Ras proteina ili mutaciju koja ometa aktivnost Ras proteina, ili imati mutaciju u Ras proteinu koja ne utiče na njegovu aktivnost ili mutaciju koja ometa njegovu aktivnost. Uzorak ili subjekat može imati više kopija ras gena. Uzorak ili subjekat takođe može imati divlji tip i mutant Ras proteine. Kako se ovde koristi, uzorak ili subjekat koji ima Ras mutaciju takođe može imati kopiju divljeg tipa ras gena i/ili divljeg tipa Ras proteina. Uzorak ili subjekat za koji se utvrdi da „ima divlji tip Ras“ kako se ovde koristi odnosi se na uzorak ili subjekta koji ima samo divlji tip ras gena i divlji tip Ras proteina, a nikakvu Ras mutaciju.
Shodno tome se ovde uzorak ili subjekat za koji se utvrdi da „ima divlji tip K-Ras“ kako se ovde koristi odnosi na uzorak ili subjekat koji ima samo divlji tip kras gena i divlji tip K-Ras proteina, a nikakvu K-Ras mutaciju. Uzorak ili subjekat za koji se utvrdi da „ima divlji tip N-Ras“ kako se ovde koristi odnosi se na uzorak ili subjekat koji ima samo divlji tip nras gena i divlji tip N-Ras proteina, a nikakvu N-Ras mutaciju.
[0081] Ras protein može biti K-Ras, N-Ras, H-Ras ili bilo koja kombinacija navedenog. K-Ras može biti KA-Ras, KB-Ras ili oba. U nekim načinima ostvarivanja, mutacija je missense mutacija koja blokira Ras protein u njegovom GTP vezanom aktivnom stanju. U nekim načinima ostvarivanja, mutacija rezultira supstitucijom amino kiselina u jednom ili više kodona 12, 13, 61 Ras proteina.
[0082] U nekim načinima ostvarivanja, Ras mutacija je K-Ras mutacija. U nekim načinima ostvarivanja, K-Ras mutacija je mutacija u KA-Ras, KB-Ras ili oba. K-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61 od KA-Ras, KB-Ras ili više. U nekim načinima ostvarivanja, KA-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju odabranu iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline G12C, G12D, G12A, G12V, G12S, G12F, G12R, G12N, G13C, G13D, G13R, G13S, G13N, Q61 K, Q61 H, Q61 L, Q61 P, Q61 R i A146V. U nekim načinima ostvarivanja, KB-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju odabranu iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline G12C, G12D, G12A, G12V, G12S, G12F, G12R, G12N, G13C, G13D, G13R, G13S, G13N, Q61 K, Q61 H, Q61 L, Q61 P, Q61 Ri A146V.
[0083] U nekim načinima ostvarivanja, Ras mutacija je N-Ras mutacija. U nekim načinima ostvarivanja, N-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13, G15, G60 i Q61. U nekim načinima ostvarivanja, N-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu
2
mutaciju u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61. U nekim načinima ostvarivanja, N-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju odabranu iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline G12C, G12D, G12F, G12S, G12A, G12V, G12R, G13C, G13R, G13A, G13D, G13V, G15W, G60E, Q61P, Q61L, Q61R, Q61K, Q61H i Q61E.
[0084] U nekim načinima ostvarivanja, Ras mutacija je H-Ras mutacija. U nekim načinima ostvarivanja, H-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61. U nekim načinima ostvarivanja, N-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju odabranu iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline G12R, G12V, G13C, G13R, Q61L i Q61R.
2. Inhibitori farneziltransferaze za tretman kancera
2.1. Inhibitori farneziltransferaze
[0085] Ovde su obezbeđeni postupci za lečenje kancera primenom FTI kod odabranog pacijenta obolelog od kancera ili odabrane populacije pacijenata obolelih od kancera. Reprezentativni FTI otprilike pripadaju dvema klasama (Shen et al., Drug Disc. Today 20:2 (2015)). FTI u prvoj klasi imaju osnovni okvir farnezildifosfata (FPP). Na primer, navodi se da su FPP analozi sa grupom malonske kiseline (Ta) FTI koji su konkurencija FPP (Duez, S. et al. Bioorg. Med. Chem.18:543-556(2010)). Pored toga, derivati koji sadrže imidazol povezani kiselim supstituentom i lancem peptidilom su takođe sintetisani kao bisupstratni FTI, a predviđeni bisupstratni inhibitori imaju bolji afinitet od FPP. FTI u drugoj klasi su peptidomimetički molekuli, koji se mogu podeliti u dve grupe, odnosno tiolne i netiolne FTI. Kada je reč o tiolnim FTI, na primer L-739749, selektivni peptidomimetički FTI prikazuje potentnu antitumorsku aktivnost kod golih miševa bez toksičnosti sistema (Kohl, N.E. et al. PNAS 91:9141-9145(1994)). Pored toga, više tiolnih inhibitora je takođe razvijeno, poput tripeptidila FTI (Lee, H-Y. et al. Bioorg. Med.
Chem. Lett.12:1599-1602(2002)).
[0086] Kada je reč o netiolnim FTI, heterocikli su u širokoj upotrebi za supstituciju tiolne grupe radi kontakta sa jonom cinka na vezivnom mestu. Prema strukturama farmakofornih grupa, netiolni FTI se mogu podeliti u tri klase. Prva klasa ima različite monociklične prstenove, poput L-778123, FTI u Fazi I kliničkih ispitivanja za čvrste tumore i limfom. L-778123 se vezuje na mestu CAAX peptida i takmiči se sa CAAX supstratom farneziltransferaze. Drugu klasu predstavlja tipifarnib u Fazi III ispitivanja i BMS-214662 u Fazi III ispitivanja, koja čine različiti monociklični prstenovi i biciklični prstenovi (Harousseau et al. Blood 114:1166-1173 (2009)). Reprezentativni inhibitor treće klase je lonafarnib, koji je aktivan u Raszavisnim i -nezavisnim malignim tumorima, i ušao je u Fazu III kliničkih ispitivanja za borbu protiv karcinoma, leukemije i mijelodisplastičkog sindroma. Lonafarnib je FTI sa tricikličnim jezgrom, koje sadrži centralni sedmočlani prsten fuzionisan sa dva šestočlana aromatična prstena.
[0087] Stoga, FTI kako su ovde opisani mogu preuzeti više oblika, ali dele suštinsku inhibitornu funkciju interferencije ili ublažavanja farnezilacije proteina implikovanih u kanceru i proliferativnim bolestima.
2
[0088] Brojni FTI potpadaju pod okvir ovog pronalska i uključuju one opisane u U.S. Pat. Nos.5,976,851; 5,972,984; 5,972,966; 5,968,965; 5,968,952; 6,187,786; 6,169,096; 6,037,350; 6,177,432; 5,965,578; 5,965,539; 5,958,939; 5,939,557; 5,936,097; 5,891,889; 5,889,053; 5,880,140; 5,872,135; 5,869,682; 5,861,529; 5,859,015; 5,856,439; 5,856,326; 5,852,010; 5,843,941; 5,807,852; 5,780,492; 5,773,455; 5,767,274; 5,756,528; 5,750,567; 5,721,236; 5,700,806; 5,661,161; 5,602,098; 5,585,359; 5,578,629; 5,534,537; 5,532,359; 5,523,430; 5,504,212; 5,491,164; 5,420,245; i 5,238,922.
[0089] FTI koji potpadaju pod okvir ovog pronalska takođe uključuju one opisane u Thomas et al., Biologics 1: 415-424 (2007); Shen et al., Drug Disc. Today 20:2 (2015); Appels et al., The Oncologist10:565-578 (2005).
[0090] U nekim načinima ostvarivanja, FTI uključuju Arglabin (tj. l(R)-10-epoksi-5(S),7(S)-gvaja-3(4),11(13)-dien-6,12-olid opisan u WO-98/28303 (NuOncology Labs); perilil alkohol opisan u WO-99/45912 (Wisconsin Genetics); SCH-66336 (lonafarnib), tj. (+)-(R)-4-[2-[4-(3,10-dibromo-8-hloro-5,6-dihidro-11H-benzo[5,6]ciklohepta[1,2-b]piridin-11-il)piperidin-1-il]-2-oksoetil]piperidin-l-karboksamid, opisan u U.S. Patent No.5874442 (Schering); L778123, tj.1-(3-hlorofenil)-4-[1-(4-cijanobenzil)-5-imidazolilmetil]-2-piperazinon, opisan u WO-00/01691 (Merck); L739749, tj. jedinjenje 2(S)-[2(S)-[2(R)-amino-3-merkapto]propilamino-3(S)-metil]-pentiloksi-3-fenilpropionil-metionin sulfon opisan u WO-94/10138 (Merck); FTI-277, tj. metil {N-[2-fenil-4-N [2(R)-amino-3-mekaptopropilamino]benzoil]}-metionat (Calbiochem); L744832, tj.2S)-2-[[(2S)-2-[(2S,3S)-2-[(2R)-2-amino-3-merkaptopropil]amino]-3-metilpentil]oksi]-1-okso-3-fenilpropil]amino]-4-(metilsulfonil)-buterna kiselina 1-metiletil ester (Biomol International L.P.); CP-609,754 (Pfizer), tj. (R)-6-[(4-hlorofenil)-hidroksil-(1-metil-1-H-imidazol-5-il)-metil]-4-(3-etinilfenil)-1-metil-2-(1H)-kvinolinon i (R)-6-[(4-hlorofenil)-hidroksil-(3-metil-3-H-imidazol-4-il)-metil]-4-(3-etinilfenil)-1-metil-2-(1H)-kvinolinon; R208176 (Johnson & Johnson), tj. JNJ-17305457, ili (R)-1-(4-hlorofenil)-1-[5-(3-hlorofenil)tetrazolo[1,5-a]kvinazolin-7-il]-1-(1-metil-1H-imidazol-5-il)metanamin; AZD3409 (AstraZeneca), tj. (S)-izopropil 2-(2-(4-fluorofenetil)-5-((((2S,4S)-4-(nikotinoiltio)pirolidin-2-il)metil)amino)benzamido)-4-(metiltio)butanoat; BMS 214662 (Bristol-Myers Squibb), tj. (R)-2,3,4,5-tetrahidro-1-(IH-imidazol-4-ilmetil)-3-(fenilmetil)-4-(2-tienilsulfonil)-1H-1,4-benzodiazapin-7-karbonitril, opisani u WO 97/30992 (Bristol Myers Squibb) i Pfizer jedinjenja (A) i (B) opisana u WO-00/12498 i WO-00/12499.
[0091] U nekim načinima ostvarivanja, FTI su nepeptidni, takozvani terapeutici „malih molekula“, kao što su kvinolini ili derivati kvinolina, uključujući:
7-(3-hlorofenil)-9-[(4-hlorofenil)-1H-imidazol-1-ilmetil]-2,3-dihidro-o-1H,5H-benzo[ij]kvinolizin-5-on, 7-(3-hlorofenil)-9-[(4-hlorofenil)-1H-imidazol-1-ilmetil]-1,2-dihidro-o-4H-pirolo[3,2,1-ij]kvinolin-4-on, 8-[amino(4-hlorofenil)(1-metil-1H-imidazol-5-il),metil]-6-(3-hlorof-enil)-1,2-dihidro-4H-pirolo[3,2,1-ij]kvinolin-4-on, i
8-[amino(4-hlorofenil)(1-metil-1H-imidazol-5-il)metil]-6-(3-hlorofe-nil)-2,3-dihidro-1H,5H-benzo[ij]kvinolizin-5-on.
2
[0092] Tipifarnib je nepeptidomimetički FTI (Thomas et al., Biologics 1: 415-424 (2007)). U pitanju je 4,6-disupstituisan-1-metilkvinolin-2-on derivat ((B)-6-[amino(4-hlorofenil)(1-metil-1H-imidazol-5-il)metil]-4-(3-h-lorofenil)-1-metil-2(1H)-kvinolinon)) koji je dobijen optimizacijom olova kvinolona identifikovanog preko skrininga biblioteke jedinjenja. Tipifarnib kompetitivno inhibira mesto vezivanja CAAX peptida FTaze i izuzetno je potentan i izrazito selektivan inhibitor farnezilacije. Tipifarnib nije inhibicija geranilgeraniltransferaze I. Tipifarnib ima upravljivi sigurnosni profil kao jedan agens terapije, čovek ga u razumnoj meri toleriše i zahteva doziranje dva puta dnevno radi dobijanja efektivnih koncentracija plazme.
[0093] Tipifarnib se sintetizuje kondenzacijom anjona 1-metilimidazola sa derivatom 6-(4-hlorobenzoil) kvinolona, nakon čega sledi dehidracija. Intermedijar kvinolona je pripremljen u četiri faze ciklizacijom N-fenil-3-(3-hlorofenil)-2-propenamida, acilacijom, oksidacijom i N-metilacijom. Tipifarnib je identifikovan iz Jansenovog ketokonazola i programa katabolizma retinoinske kiseline kao ključna strukturna karakteristika u postupku Ras prenilacije. Tipifarnib je potentan inhibitor FTaze in vitro i oralno je aktivan kod više modela životinja. Aktivnost jednog agensa tipifarniba je primećena u neodabranim populacijama tumora (AML, MDS/CMML, urotelijalni kancer, kancer dojke, PTCL/CTCL) iako faza III kliničke studije nije demonstrirala poboljšanje ukupnog preživljavanja.
[0094] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta sa FTI ili farmaceutskom kompozicijom koja sadrži FTI, ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman. Ovde obezbeđene farmaceutske kompozicije sadrže terapeutski efektivne količine FTI i farmaceutski prihvatljiv nosač, razređivač ili ekscipijens. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib; arglabin; perilil alkohol; lonafarnib (SCH-66336); L778123; L739749; FTI-277; L744832; R208176; BMS 214662; AZD3409; ili CP-609,754. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
2.2. Formulacije
[0095] FTI se može formulisati u pogodne farmaceutske preparate poput rastvora, suspenzija, tableta, disperzibilnih tableta, pilula, kapsula, prahova, formulacija ili eliksira zadržanog oslobađanja, za oralno davanje ili u sterilnim rastvorima ili suspenzijama za oftalmičko ili parenteralno davanje, kao i transdermalni flasterni preparat i suve praškaste inhalatore. Obično se FTI formuliše u farmaceutske kompozicije pomoću tehnika i postupaka dobro poznatih u ovoj oblasti tehnike (pogledati, npr., Ansel Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms, Seventh Edition 1999).
[0096] U kompozicijama, efektivne koncentracije FTI i farmaceutski prihvatljivih soli su pomešane sa pogodnim farmaceutskim nosačem ili prenosnikom. U određenim načinima ostvarivanja, koncentracije FTI u kompozicijama su efektivne za unos količine, po davanju, koja leči, sprečava ili poboljšava jedan ili više simptoma i/ili progresiju kancera, uključujući hematološke kancere i čvrste tumore.
[0097] Kompozicije mogu biti formulisane za jedno dozno davanje. Za formulaciju kompozicije, masena frakcija FTI je rastvorena, suspendovana, dispergovana ili na drugi način pomešana u odabranom
2
prenosniku po efektivnoj koncentraciji tako da je lečeno stanje olakšano ili poboljšano. Ovde obezbeđeni farmaceutski nosači ili prenosnici pogodni za davanje FTI uključuju bilo koje takve nosače za koje stručnjaci iz ove oblasti znaju da su pogodni za određeni način davanja.
[0098] Pored toga, FTI može biti formulisan kao jedini farmaceutski aktivan sastojak u kompoziciji ili se može kombinovati sa drugim aktivnim sastojcima. Lipozomalne suspenzije, uključujući lipozome sa ciljnim tkivom, poput lipozoma sa ciljnim tumorom, takođe mogu biti pogodni kao farmaceutski prihvatljivi nosači. Mogu se pripremati prema postupcima poznatim stručnjacima iz ove oblasti. Na primer, formulacije lipozoma mogu se pripremati kao što je poznato u ovoj oblasti tehnike. Ukratko, lipozomi poput multilamelarnih vezikula (MLV) mogu se formirati sušenjem fosfatidil holina jajeta i fosfatidil serina mozga (7:3 molarni odnos) u unutrašnjosti bočice. Ovde obezbeđen rastvor FTI u fosfat puferovanom fiziološkom rastvoru koji nema divalentne katjone (PBS) se dodaje i bočica se meša dok se film lipida ne disperguje. Rezultujuće vezikule se peru radi uklanjanja neinkapsuliranog jedinjenja, peletuju se centrifugiranjem, a zatim se resuspenduju u PBS.
[0099] FTI je uključen u farmaceutski prihvatljiv nosač u količini dovoljnoj da izazove terapeutski korisno dejstvo u odsustvu nepoželjnih neželjenih dejstava na lečenom pacijentu. Terapeutski efektivna koncentracija se može empirijski utvrditi testiranjem jedinjenja u in vitro i in vivo sistemima koji su ovde opisani, a zatim se mogu ekstrapolirati odatle radi doziranja za ljude.
[0100] Koncentracija FTI u farmaceutskoj kompoziciji zavisiće od apsorpcije, distribucije tkiva, inaktivacije i stopa izlučivanja FTI, fizičko-hemijskih karakteristika FTI, rasporeda doziranja i date količine, kao i drugih faktora poznatih stručnjacima iz ove oblasti. Na primer, količina koja se unosi je dovoljna za poboljšanje jednog ili više simptoma kancera, uključujući hematopoetske kancere i čvrste tumore.
[0101] U određenim načinima ostvarivanja, terapeutski efektivna doza treba da proizvede koncentraciju seruma aktivnog sastojka od oko 0.1 ng/ml do oko 50-100 µg/ml. U jednom načinu ostvarivanja, farmaceutske kompozicije obezbeđuju dozu od oko 0.001 mg do oko 2000 mg jedinjenja po kilogramu telesne mase po danu. Farmaceutski dozni jedinični oblici se pripremaju kako bi obezbedili od oko 1 mg do oko 1000 mg i u određenim načinima ostvarivanja, od oko 10 do oko 500 mg suštinski aktivnog sastojka ili kombinacije suštinskog sastojka po doznom jediničnom obliku.
[0102] FTI se može davati odjednom, ili se može podeliti u više manjih doza koje treba davati u vremenskim intervalima. Razume se da je precizna doza i trajanje tretmana funkcija bolesti koja se leči i može se empirijski utvrditi upotrebom poznatih protokola testiranja ili ekstrapolacijom iz podataka sa in vivo ili in vitro testiranja. Treba napomenuti da se koncentracije i vrednosti doze mogu takođe razlikovati sa ozbiljnošću stanja koje treba ublažiti. Treba dalje razumeti da za bilo kog određenog subjekta specifične dozne režime treba prilagođavati tokom vremena prema pojedinačnim potrebama i stručnoj proceni osobe koja daje ili nadgleda davanje kompozicija, i da su ovde utvrđeni opsezi
2
koncentracije samo primeri i nisu predviđeni da ograničavaju opseg ili primenu kompozicija navedenih u patentnim zahtevima.
[0103] Stoga, efektivne koncentracije ili količine jednog ili više jedinjenja ovde opisanih ili njihovih farmaceutski prihvatljivih soli se mešaju sa pogodnim farmaceutskim nosačem ili prenosnikom za sistemsko, topikalno ili lokalno davanje radi formiranja farmaceutskih kompozicija. Jedinjenja su uključena u količinu efektivnu za poboljšanje jednog ili više simptoma, ili za lečenje, usporavanje progresije ili sprečavanje. Koncentracija aktivnog jedinjenja u kompoziciji zavisiće od apsorpcije, distribucije tkiva, inaktivacije, stopa izlučivanja aktivnog jedinjenja, rasporeda doziranja, date količine, određene formulacije, kao i drugih faktora poznatih stručnjacima iz ove oblasti.
[0104] Predviđeno je da se kompozicije daju pogodnim putem, uključujući, ali bez ograničenja na oralno, parenteralno, rektalno, topikalno i lokalno davanje. Za oralno davanje, kapsule i tablete se mogu formulisati. Kompozicije su u tečnom, polutečnom ili čvrstom obliku i formulisane su na način pogodan za svaki put davanja.
[0105] Rastvori ili suspenzije koje se koriste za parenteralnu, intradermalnu, subkutanu ili topikalnu primenu mogu uključivati bilo koju od sledećih komponenata: sterilni razređivač, poput vode za injekciju, fiziološki rastvor, neetarsko ulje, polietilen glikol, glicerin, propilen glikol, dimetil acetamid ili drugi sintetički rastvarač; antimikrobne agense, poput benzil alkohola i metil parabena; antioksidanse, poput askorbinske kiseline i natrijum bisulfita; helatne agense, poput etilendiamintetrasirćetne kiseline (EDTA); pufere, poput acetata, citrata i fosfata; i agense za prilagođavanje toničnosti, poput natrijum hlorida ili dekstroze. Parenteralni preparati mogu se zatvoriti u ampulama, pen-injektorima, špricevima za jednokratnu upotrebu ili fiolicama za jednu ili više doza napravljenim od stakla, plastike ili drugog pogodnog materijala.
[0106] U primerima u kojima FTI iskazuje nedovoljnu rastvorljivost, postupci za rastvaranje jedinjenja se mogu koristiti. Takvi postupci su poznati stručnjacima iz ove oblasti, i uključuju, ali nisu ograničeni na upotrebu korastvarača, poput dimetilsulfoksida (DMSO), upotrebu surfaktanata, poput TWEEN®, ili rastvaranje u vodenom natrijum bikarbonatu.
[0107] Po mešanju ili dodavanju jedinjenja(a), rezultujuća mešavina može biti rastvor, suspenzija, emulzija ili slično. Oblik rezultujuće mešavine zavisi od više faktora, uključujući predviđeni način davanja i rastvorljivost jedinjenja u odabranom nosaču ili prenosniku. Efektivna koncentracija je dovoljna za ublažavanje simptoma bolesti, poremećaja ili stanja koje se leči i može se empirijski utvrditi.
[0108] Farmaceutske kompozicije su predviđene za davanje ljudima i životinjama u jediničnim doznim oblicima, poput tableta, kapsula, pilula, prahova, granula, sterilnih parenteralnih rastvora ili suspenzija, i oralnih rastvora ili suspenzija, i uljanih vodenih emulzija koje sadrže pogodne količine jedinjenja ili njihovih farmaceutski prihvatljivih soli. Njihova farmaceutski i terapeutski aktivna jedinjenja i soli se formulišu i daju u jediničnim doznim oblicima ili u višestrukim doznim oblicima. Jedinični dozni oblici kako se ovde koriste se odnose na fizički diskretne jedinice pogodne za ljudske i životinjske subjekte i pakuju se pojedinačno kao što je poznato u ovoj oblasti tehnike. Svaka jedinična doza sadrži unapred utvrđenu količinu terapeutski aktivnog jedinjenja dovoljnog za proizvodnju željenog terapeutskog dejstva, u vezi sa neophodnim farmaceutskim nosačem, prenosnikom ili razređivačem. Primeri jediničnih doznih oblika uključuju ampule i špriceve i pojedinačno pakovane tablete ili kapsule. Jedinični dozni oblici mogu se davati u frakcijama ili više delova istih. Višestruki dozni oblik predstavlja više identičnih jediničnih doznih oblika pakovanih u jednu posudu za davanje u odvojenom jediničnom doznom obliku. Primeri višestrukih doznih oblika uključuju ampule, boce za tablete ili kapsule ili boce pinta ili galona. Stoga, višestruki dozni oblik je više jediničnih doza koje nisu razdvojeno pakovane.
[0109] Preparati sa zadržanim oslobađanjem se takođe mogu pripremiti. Pogodni primeri preparata sa zadržanim oslobađanjem uključuju polupropustljive matrice čvrstih hidrofobnih polimera koji sadrže ovde obezbeđeno jedinjenje, čije matrice su u obliku oblikovanih artikala, npr. filmovi ili mikrokapsule. Primeri matrica sa zadržanim oslobađanjem uključuju flastere za iontoforezu, poliestre, hidrogele (na primer, poli(2-hidroksietil-metakrilat), ili poli(vinilalkohol)), polilaktide, kopolimere L-glutaminske kiseline i etil-L-glutamata, nerazgradivi etilen-vinil acetat, razgradive kopolimere mlečna kiselina-glikolna kiselina poput LUPRON DEPOT™ (injektibilne mikrosfere koje čini kopolimer mlečna kiselina-glikolna kiselina i leuprolid acetat) i poli-D-(-)-3-hidroksibuternu kiselinu. Dok polimeri poput etilen-vinil acetata i mlečna kiselina-glikolna kiselina omogućavaju oslobađanje molekula tokom više od 100 dana, određeni hidrogelovi oslobađaju proteine u kraćim vremenskim periodima. Kada inkapsulirano jedinjenje ostane u telu tokom dužeg vremena, može biti denaturizovano ili agregirano usled izlaganja vlazi na 37 °C, što rezultuje gubitkom biološke aktivnosti i mogućim promenama njihove strukture. Racionalne strategije se mogu razraditi za stabilizaciju, u zavisnosti od uključenog mehanizma delovanja. Na primer, ako se otkrije da je mehanizam agregacije formacija intermolekularne S--S veze kroz tio-sulfid razmenu, stabilizacija se može ostvariti modifikovanjem ostataka sulfhidrila, liofilizacijom iz kiselih rastvora, kontrolisanjem sadržaja vlage, upotrebom odgovarajućih aditiva i razvojem specifičnih kompozicija polimernih matrica.
[0110] Dozni oblici ili kompozicije koje sadrže aktivni sastojak u opsegu od 0,005% do 100% uz balans napravljen od netoksičnog nosača se mogu pripremiti. Za oralno davanje, farmaceutski prihvatljiva netoksična kompozicija se formira inkorporacijom bilo kog od inače korišćenih ekscipijenasa, poput, na primer, farmaceutskih stepena manitola, laktoze, skroba, magnezijum stearata, talka, derivata celuloze, natrijum kroskarmeloze, glukoze, saharoze, magnezijum karbonata ili natrijum saharina. Takve kompozicije uključuju rastvore, suspenzije, tablete, kapsule, prahove i formulacije sa zadržanim oslobađanjem, poput, ali bez ograničenja na implante i mikroinkapsulirane sisteme unosa, i biorazgradivih, biokompatibilnih polimera, poput kolagena, etilenvinil acetata, polianhidrida, poliglikolne kiseline, poliortoestara, polimlečne kiseline i drugih. Postupci za pripremu ovih kompozicija su poznati stručnjacima iz ove oblasti. Razmatrane kompozicije mogu sadržati oko 0,001% 100% aktivnog sastojka, u određenim načinima ostvarivanja, oko 0,1-85% ili oko 75-95%.
1
[0111] FTI ili farmaceutski prihvatljive soli mogu se pripremiti sa nosačima koji štite jedinjenje od brzog uklanjanja iz tela, poput formulacija ili obloga sa vremenskim oslobađanjem.
[0112] Kompozicije mogu uključivati druga aktivna jedinjenja za dobijanje željenih kombinacija karakteristika. Ovde obezbeđena jedinjenja, ili njihove farmaceutski prihvatljive soli kako su ovde opisane, mogu se takođe davati zajedno sa drugim farmakološkim agensom poznatim u ovoj oblasti tehnike kako bi bili od vrednosti u lečenju jedne ili više bolesti ili zdravstvenih stanja gore navedenih, poput bolesti povezanih sa oksidativnim stresom.
[0113] Ovde obezbeđene kompozicije bez laktoze mogu sadržati ekscipijense koji su dobro poznati u ovoj oblasti tehnike i navedeni, na primer, u U.S. Pharmocopia (USP) SP (XXI)/NF (XVI). Generalno, kompozicije bez laktoze sadrže aktivan sastojak, vezivno sredstvo/punilac i lubrikant u farmaceutski kompatibilnim i farmaceutski prihvatljivim količinama. Primerni dozni oblici bez laktoze sadrže aktivan sastojak, mikrokristalnu celulozu, predželatinirani skrob i magnezijum stearat.
[0114] Dalje su obuhvaćene anhidrovane farmaceutske kompozicije i dozni oblici koji sadrže ovde obezbeđeno jedinjenje. Na primer, dodavanje vode (npr., 5%) je opšte prihvaćeno u farmaciji kao sredstvo za simulaciju dugoročnog skladištenja radi utvrđivanja karakteristika poput roka trajanja ili stabilnosti formulacija tokom vremena. Pogledati,npr., Jens T. Carstensen, Drug Stability: Principles & Practice, 2d. Ed., Marcel Dekker, NY, NY, 1995, pp.379-80. Zapravo, voda i toplota ubrzavaju razlaganje nekih jedinjenja. Stoga, dejstvo vode na formulaciju može biti od velikog značaja pošto se vlaga i/ili vlažnost obično javljaju tokom proizvodnje, rukovanja, pakovanja, skladištenja, otpremanja i upotrebe formulacija.
[0115] Anhidrovane farmaceutske kompozicije i dozni oblici ovde obezbeđeni mogu se pripremiti upotrebom anhidrovanih ili sastojaka sa niskom vlagom i u uslovima niske vlage ili vlažnosti.
Farmaceutske kompozicije i dozni oblici koji obuhvataju laktozu i najmanje jedan aktivni sastojak koji obuhvata primarni ili sekundarni amin su anhidrovani ako se očekuje suštinski kontakt sa vlagom i/ili vlažnošću tokom proizvodnje, pakovanja i/ili skladištenja.
[0116] Anhidrovana farmaceutska kompozicija treba da bude pripremljena i skladištena tako da se održi njena anhidrovana priroda. Shodno tome, anhidrovane kompozicije se pakuju upotrebom materijala za koje se zna da sprečavaju izlaganje vodi tako da mogu biti uključeni u pogodne formulišuće komplete. Primeri pogodnog pakovanja uključuju, ali nisu ograničeni na hermetički zaptivene folije, plastiku, jedinične dozne posude (npr. fiolice), blister pakovanja i trakasta pakovanja.
[0117] Oralni farmaceutski dozni oblici su čvrsti, u obliku gela ili tečni. Čvrsti dozni oblici su tablete, kapsule, granule i nasipni prahovi. Tipovi oralnih tableta uključuju komprimovane lozengete i tablete koje se mogu žvakati i koje mogu biti enterički obložene, obložene šećerom ili filmom. Kapsule mogu biti tvde ili meke ili meke kapsule od želatina, dok granule i prahovi mogu biti obezbeđeni u nepenušavom ili penušavom obliku sa kombinacijom drugih sastojaka poznatih stručnjacima iz ove oblasti.
2
[0118] U određenim načinima ostvarivanja, formulacije su čvrsti dozni oblici, poput kapsula ili tableta. Tablete, pilule, kapsule, dražeje i slično mogu da sadrže bilo koji od sledećih sastojaka, ili jedinjenja slične prirode: vezivno sredstvo; razređivač; agens za dezintegraciju; lubrikant; glidant; agens za zaslađivanje; i agens za dodavanje arome.
[0119] Primeri vezivnih sredstava uključuju mikrokristalnu celulozu, tragakant gume, rastvor glukoze, sluz akacije, rastvor želatina, saharozu i pastu skroba. Lubrikanti uključuju talk, skrob, magnezijum ili kalcijum stearat, likopodijum i stearinsku kiselinu. Razređivači uključuju, na primer, laktozu, saharozu, skrob, kaolin, so, manitol i dikalcijum fosfat. Glidanti uključuju, ali nisu ograničeni na koloidni silicijumdioksid. Agensi za dezintegraciju uključuju kroskarmelozu natrijum, natrijum skrob glikolat, alginsku kiselinu, kukuruzni skrob, krompirni skrob, bentonit, metilcelulozu, agar i karboksimetilcelulozu. Agensi za bojenje uključuju, na primer, bilo koju od odobrenih sertifikovanih FD i C boja rastvorljivih u vodi, njihove mešavine; i FD i C boje nerastvorljive u vodi suspendovane na aluminijum hidroksidu. Agensi za zaslađivanje uključuju saharozu, laktozu, manitol i veštačke agense za zaslađivanje poput saharina, i bilo koi broj aroma osušenih rasprskivačem. Agensi za dodavanje arome uključuju prirodne ukuse ekstrahovane od biljaka poput voća i sintetičkih kombinacija jedinjenja koja stvaraju prijatan osećaj, poput, ali bez ograničenja na pepermint i metil salicilat. Agensi za vlaženje uključuju propilen glikol monostearat, sorbitan monooleat, dietilen glikol monolaurat i etar polioksietilen laurala. Emetične obloge uključuju masne kiseline, masti, voskove, šelak, amonifikovani šelak i ftalate celuloza acetata. Filmske obloge uključuju hidroksietilcelulozu, natrijum karboksimetilcelulozu, polietilen glikol 4000 i ftalat celuloza acetata.
[0120] Kada je dozni jedinični oblik kapsula, može sadržati, pored materijala gore navedenog tipa, tečni nosač poput masnog ulja. Pored toga, dozni jedinični oblici mogu sadržati razne druge materijale koji modifikuju fizički oblik dozne jedinice, na primer, obloge od šećera i druge enterične agense. Jedinjenja se takođe mogu davati kao komponenta eliksira, suspenzije, sirupa, vafla, mrvica, žvakaće gume ili slično. Sirup može sadržati, pored aktivnih sastojaka, saharozu kao agens za zaslađivanje i određene konzervanse, boje i arome.
[0121] Farmaceutski prihvatljivi nosači uključeni u tablete su vezivna sredstva, lubrikanti, razređivači, agensi za dezintegraciju, agensi za bojenje, agensi za dodavanje arome i agensi za vlaženje. Tablete sa enteričnom oblogom, zbog enterične obloge, odupiru se dejstvu želudačne kiseline i rastvaraju se ili dezintegrišu u neutralnim ili alkalnim crevima. Tablete sa šećernom oblogom su komprimovane tablete na koje se nanose različiti slojevi farmaceutski prihvatljivih supstanci. Tablete sa oblogom od filma su komprimovane tablete koje su obložene polimerom ili drugom pogodnom oblogom. Višestruko komprimovane tablete su komprimovane tablete napravljene od više od jednog kompresionog ciklusa upotrebom prethodno pomenutih farmaceutski prihvatljivih supstanci. Agensi za bojenje mogu se takođe koristiti u gore navedenim doznim oblicima. Agensi za dodavanje arome i zaslađivanje se koriste u komprimovanim tabletama, tabletama obloženim šećerom, višestruko obloženim tabletama i tabletama za žvakanje. Agensi za dodavanje arome i zaslađivanje su naročito korisni u formiranju tableta i lozengeta za žvakanje.
[0122] Tečni oralni dozni oblici uključuju vodene rastvore, emulzije, suspenzije, rastvore i/ili suspenzije rekonstituisane od nepenušavih granula i penušavih preparata rekonstituisanih od penušavih granula. Vodeni rastvori uključuju, na primer, eliksire i sirupe. Emulzije su ulje na vodi ili voda u ulju.
[0123] Eliksiri su čisti, zaslađeni, hidroalkoholni preparati. Farmaceutski prihvatljivi nosači koji se koriste u eliksirima uključuju rastvarače. Sirupi su koncentrovani vodeni rastvori od šećera, na primer, saharoze, i mogu sadržati konzervans. Emulzija je dvofazni sistem u kojem je jedna tečnost dispergovana u obliku malih globula kroz drugu tečnost. Farmaceutski prihvatljivi nosači koji se koriste u emulzijama su nevodene tečnosti, agensi za emulzifikaciju i konzervansi. Suspenzije koriste farmaceutski prihvatljive agense za suspenziju i konzervanse. Farmaceutski prihvatljive supstance koje se koriste u nepenušavim granulama, koje treba rekonstituisati u tečni oralni dozni oblik, uključuju razređivače, zaslađivače i agense za vlaženje. Farmaceutski prihvatljive supstance koje se koriste u penušavim granulama, koje treba rekonstituisati u tečni oralni dozni oblik, uključuju organske kiseline i izvor ugljendioksida. Agensi za bojenje i dodavanje arome se koriste u svim gore navedenim doznim oblicima.
[0124] Rastvarači uključuju glicerin, sorbitol, etil alkohol i sirup. Primeri konzervanasa uključuju glicerin, metil i propilparaben, benzojevu kiselinu, natrijum benzoat i alkohol. Primeri nevodenih tečnosti koje se koriste u emulzijama uključuju mineralno ulje i ulje pamučnog semena. Primeri agenasa za emulzifikaciju uključuju želatin, akaciju, tragakant, bentonit i surfaktante poput polioksietilen sorbitan monooleata. Agensi za suspenziju uključuju natrijum karboksimetilcelulozu, pektin, tragakant, Veegum i akaciju. Razređivači uključuju laktozu i saharozu. Agensi za zaslađivanje uključuju saharozu, sirupe, glicerin i veštačke agense za zaslađivanje poput saharina. Agensi za vlaženje uključuju propilen glikol monostearat, sorbitan monooleat, dietilen glikol monolaurat i eter polioksietilen laurila. Organske kiseline uključuju limunsku i vinsku kiselinu. Izvori ugljendioksida uključuju natrijum bikarbonat i natrijum karbonat. Agensi za bojenje uključuju bilo koju od odobrenih FD i C boja rastvorljivih u vodi i njihove mešavine. Agensi za dodavanje arome uključuju prirodne arome ekstrahovane iz biljaka poput voća i sintetičke mešavine jedinjenja koja proizvode prijatan ukus.
[0125] Za čvrsti dozni oblik, rastvor ili suspenzija, na primer u propilen karbonatu, biljnim uljima ili trigliceridima, je inkapsulirana u želatinskoj kapsuli. Takvi rastvori, i njihova priprema i inkapsulacija, opisani su u U.S. Patent Nos 4,328,245; 4,409,239; i 4,410,545. Za tečni dozni oblik, rastvor, na primer u polietilen glikolu, može biti razređen pomoću dovoljne količine farmaceutski prihvatljivog tečnog nosača, npr. vode, radi jednostavnog merenja za davanje.
[0126] Alternativno, tečne ili polutečne oralne formulacije mogu se pripremiti rastvaranjem ili dispergovanjem aktivnog jedinjenja ili soli u biljnim uljima, glikolima, trigliceridima, estrima propilen glikola (npr. propilen karbonat) i drugim takvim nosačima, i inkapsuliranjem ovih rastvora ili suspenzija u tvrdim ili mekim ljuskama želatinske kapsule. Druge korisne formulacije uključuju, ali nisu ograničene na
4
one koje sadrže ovde obezbeđeno jedinjenje, dialkalovani mono- ili polu-alkilen glikol, uključujući, ali bez ograničenja na 1,2-dimetoksimetan, diglim, triglim, tetraglim, eter polietilen glikol-350-dimetila, eter polietilen glikol-550-dimetila, eter polietilen glikol-750-dimetila, pri čemu se 350, 550 i 750 odnose na približnu prosečnu molekularnu masu polietilen glikola, i jedan ili više antioksidanasa, poput butilovanog hidroksitoluena (BHT), butilovanog hidroksianisola (BHA), propil galata, vitamina E, hidrokvinona, hidroksikumarina, etanolamina, lecitina, cefalina, askorbinske kiseline, jabučne kiseline, sorbitola, fosforne kiseline, tiodipropionske kiseline i njenih estara, i ditiokarbamata.
[0127] Druge formulacije uključuju, ali nisu ograničene na vodene alkoholne rastvore, uključujući farmaceutski prihvatljiv acetal. Alkoholi koji se koriste u ovim formulacijama su bilo koji farmaceutski prihvatljivi rastvori mešljivi sa vodom koji imaju jednu ili više hidroksilnih grupa, uključujući, ali bez ograničenja na propilen glikol i etanol. Acetali uključuju, ali nisu ograničeni na di(niži alkil) acetale aldehida nižeg alkila, poput acetaldehid dietil acetala.
[0128] U svim načinima ostvarivanja, formulacije tableta i kapsula mogu biti obložene kao što to znaju stručnjaci iz ove oblasti radi modifikovanja ili zadržavanja rastvaranja aktivnog sastojka. Stoga, na primer, mogu biti obložene konvencionalnom enterički digestibilnom oblogom, poput fenilsalicilata, voskova i celuloza acetat ftalata.
[0129] Parenteralno davanje, generalno okarakterisano injekcijom, subkutano, intramuskularno ili intravenski je takođe ovde obezbeđeno. Injekcioni rastvori se mogu pripremiti u konvencionalnim oblicima, kao tečni rastvori ili suspenzije, čvrsti oblici pogodni za rastvaranje ili suspenziju u tečnosti pre injekcije, ili kao emulzije. Pogodni ekscipijensi su, na primer, voda, fiziološki rastvor, dekstroza, glicerol ili etanol. Pored toga, po želji, farmaceutske kompozicije za davanje mogu takođe sadržati manje količine netoksičnih dodatnih supstanci poput agenasa za vlaženje ili emulzifikaciju, puferskih ph agenasa, stabilizatora, pojačivača rastvorljivosti i drugih takvih agenasa, poput, na primer, natrijum acetata, sorbitan monolaurata, trietanolamin oleata i ciklodekstrina. Implantacija sistema sporog oslobađanja ili zadržanog oslobađanja, tako da se održava konstantan nivo doze, je ovde takođe razmatrana. Ukratko, ovde obezbeđeno jedinjenje se disperguje u čvrstoj unutrašnjoj matrici, npr. polimetilmetakrilatu, polibutilmetakrilatu, plastičnom ili neplastičnom polivinilhloridu, plastičnom najlonu, plastičnom polietilentereftalatu, prirodnoj gumi, poliizoprenu, poliizobutilenu, polibutadienu, polietilenu, kopolimerima etilen-vinilacetata, silicijumskim gumama, polidimetilsiloksanima, kopolimerima silicijum karbonata, hidrofilnim polimerima poput hidrogela estara akrilne i metakrilne kiseline, kolagenu, umreženom polivinilalkoholu i umreženom delimično hidrolizovanom polivinil acetatu, koji je okružen spoljnom polimernom membranom, npr. polietilenom, polipropilenom, kopolimerima etilena/propilena, kopolimerima etilena/etil akrilata, kopolimerima etilena/vinilacetata, silicijumskim gumama, polidimetil siloksanima, neoprenskim gumama, hlorisanom polietilenu, polivinilhloridu, kopolimerima vinilhlorida sa vinil acetatom, viniliden hloridom, etilenom i propilenom, jonomer polietilen tereftalatu, butil gumi, epihlorohidrin gumama, kopolimeru etilena/vinil alkohola, terpolimeru etilena/vinil acetata/vinil alkohola i kopolimeru etilena/viniloksietanola, koja je nerastvorljiva u telesnim tečnostima. Jedinjenje se difunduje kroz spoljnu polimernu membranu u fazi kontrole brzine oslobađanja. Procenat aktivnog jedinjenja sadržanog u takvim parenteralnim kompozicijama u velikoj meri zavisi od njihove specifične prirode, kao i aktivnosti jedinjenja i potreba subjekta.
[0130] Parenteralno davanje kompozicija uključuje intravensko, subkutano i intramuskularno davanje. Preparati za parenteralno davanje uključuju sterilne rastvore spremne za injekciju, sterilne suve rastvorljive proizvode, poput liofilizovanih prahova, spremnih za kombinovanje sa rastvaračem neposredno pre upotrebe, uključujući hipodermične tablete, sterilne suspenzije spremne za injekciju, sterilne suve nerastvorljive proizvode spremne za kombinovanje sa prenosnikom neposredno pre upotrebe i sterilne emulzije. Rastvori mogu biti vodeni ili nevodeni.
[0131] Ako se daju intravenski, pogodni nosači uključuju fiziološki rastvor ili slani fosfatni puferski rastvor (PBS) i rastvore koji sadrže agense za zgušnjavanje i rastvaranje, poput glukoze, polietilen glikola i polipropilen glikola i njihovih mešavina.
[0132] Farmaceutski prihvatljivi nosači koji se koriste u parenteralnim preparatima uključuju vodene prenosnike, nevodene prenosnike, antimikrobne agense, izotonične agense, pufere, antioksidanse, lokalne anestetike, agense za suspenziju i disperziju, agense za emulzifikaciju, agense za sekvestriranje ili helatne agense i druge farmaceutski prihvatljive supstance.
[0133] Primeri vodenih prenosnika uključuju injekciju natrijum hlorida, Ringerovu injekciju, izotoničnu injekciju dekstroze, sterilnu vodenu injekciju, injekciju dekstroze i Ringerovu injekciju sa laktatom.
Nevodeni parenteralni prenosnici uključuju neetarska ulja biljnog porekla, ulje pamučnog semena, kukuruzno ulje, susamovo ulje i ulje od kikirikija. Antimikrobni agensi u bakteriostatičkim ili fungistatičkim koncentracijama moraju se dodati parenteralnim preparatima upakovanim u posude za više doza koji uključuju estre fenola ili krezola, žive, benzil alkohola, hlorobutanola, metil i propil p hidroksibenzojeve kiseline, timerozal, benzalkonijum hlorid i benzetonijum hlorid. Izotonični agensi uključuju natrijum hlorid i dekstrozu. Puferi uključuju fosfat i citrat. Antioksidansi uključuju natrijum bisulfat. Lokalni anestetici uključuju prokain hidrohlorid. Agensi za suspenziju i dispergovanje uključuju natrijum karboksimetilcelulozu, hidroksipropil metilcelulozu i polivinilpirolidon. Agensi za emulzifikaciju uključuju Polisorbat 80 (TWEEN® 80). Agens za sekvestraciju ili helatni agens jona metala uključuju EDTA. Farmaceutski nosači takođe uključuju etil alkohol, polietilen glikol i propilen glikol za prenosnike mešljive sa vodom i natrijum hidroksid, hlorovodoničnu kiselinu, limunsku kiselinu ili mlečnu kiselinu za podešavanje pH.
[0134] Koncentracija FTI je podešena tako da injekcija obezbeđuje efektivnu količinu za proizvodnju željenog farmakološkog dejstva. Tačna doza zavisi od starosti, težine i stanja pacijenta ili životinje kao što je poznato u ovoj oblasti. Parenteralni preparati jedinične doze su upakovani u ampulu, fiolicu ili špric sa iglom. Svi preparati za parenteralno davanje moraju biti sterilni, kao što se zna i praktikuje u ovoj oblasti.
[0135] Ilustrativno, intravenska ili intraarterijalna infuzija sterilnog vodenog rastvora koji sadrži FTI je efektivan način davanja. Drugi način ostvarivanja je sterilni vodeni ili uljani rastvor ili suspenzija koja sadrži aktivni materijal injektovan kao što je neophodno za proizvodnju željenog farmakološkog dejstva.
[0136] Injekcioni rastvori su predviđeni za lokalno i sistemsko davanje. Tipično, terapeutski efektivna doza se formuliše kako bi sadržala koncentraciju od najmanje oko 0,1 mas% do oko 90 mas% ili više, poput više od 1 mas% aktivnog jedinjenja u lečenom(im) tkivu(ima). Aktivni sastojak može se davati odjednom, ili se može podeliti u više manjih doza koje će se davati u određenim vremenskim intervalima. Razume se da su precizna doza i trajanje tretmana funkcija tkiva koje se leči i mogu se utvrditi empirijski pomoću poznatih protokola testiranja ili ekstrapolacijom iz podataka u in vivo ili in vitro testovima. Treba napomenuti da se koncentracije i vrednosti doze takođe mogu razlikovati sa starošću pojedinca koji se leči. Treba dalje shvatiti da za bilo kog određenog subjekta, specifične dozne režime treba prilagoditi tokom vremena prema potrebama pojedinca i stručnoj proceni osobe koja daje ili nadzire davanje formulacija, i da su ovde utvrđeni opsezi koncentracije samo primeri i nisu predviđeni da ograničavaju oblast ili praksu formulacija iz patentnih zahteva.
[0137] FTI se može suspendovati u mikronizovanom ili drugom pogodnom obliku ili može biti derivatizovan kako bi se proizveo rastvorljiviji aktivni proizvod ili prolek. Oblik rezultujuće mešavine zavisi od više faktora, uključujući predviđeni način davanja i rastvorljivost jedinjenja u odabranom nosaču ili prenosniku. Efektivna koncentracija je dovoljna za poboljšanje simptoma stanja i može se empirijski utvrditi.
[0138] Ovde su takođe od interesa liofilizovani prahovi, koji se mogu rekonstituisati za davanje kao rastvori, emulzije i druge mešavine. Mogu se takođe rekonstituisati i formulisati kao čvrste materije ili gelovi.
[0139] Sterilni, liofilizovani prah se priprema rastvaranjem ovde obezbeđenog FTI, ili njegove farmaceutski prihvatljive soli, u odgovarajućem rastvaraču. Rastvarač može sadržati ekscipijens koji poboljšava stabilnost ili drugu farmakološku komponentu praha ili rekonstituisanog rastvora, pripremljenog iz praha. Ekscipijensi koji se mogu koristiti uključuju, ali nisu ograničeni na dekstrozu, sorbital, fruktozu, kukuruzni sirup, ksilitol, glicerin, glukozu, saharozu ili drugi pogodan agens. Rastvarač takođe može sadržati pufer, poput citrata, natrijum ili kalijum fosfata ili drugi takav pufer poznat stručnjacima iz ove oblasti, u jednom načinu ostvarivanja, oko neutralnog pH. Naknadna sterilna filtracija rastvora nakon koje sledi liofilizacija u standardnim uslovima poznatim stručnjacima iz ove oblasti obezbeđuje željenu formulaciju. Generalno, rezultujući rastvor biće podeljen u fiolicama za liofilizaciju. Svaka fiolica će sadržati jednu dozu (uključujući, ali bez ograničenja na 10-1000 mg ili 100-500 mg) ili više doza jedinjenja. Liofilizovani prah može se čuvati u odgovarajućim uslovima, poput oko 4 °C do sobne temperature.
[0140] Rekonstitucija ovog liofilizovanog praha pomoću vode za injekciju obezbeđuje formulaciju za upotrebu u parenteralnom davanju. Za rekonstituciju, oko 1-50 mg, oko 5-35 mg ili oko 9-30 mg liofilizovanog praha se dodaje po mL sterilne vode ili drugog pogodnog nosača. Precizna količina zavisi od odabranog jedinjenja. Ta količina može se empirijski utvrditi.
[0141] Topikalne mešavine se pripremaju prema opisu za lokalno i sistemsko davanje. Rezultujuća mešavina može biti rastvor, suspenzija, emulzija ili slično i formuliše se kao kremovi, gelovi, masti, emulzije, rastvori, eliksiri, losioni, suspenzije, tinkture, paste, pene, aerosoli, irigacije, sprejovi, supozitorije, zavoji, dermalni flasteri ili bilo koje druge formulacije pogodne za topikalno davanje.
[0142] FTI ili farmaceutska kompozicija koja ima FTI može se formulisati aerosoli za topikalnu primenu, poput inhalacije (pogledati, npr., U.S. Patent Nos.4,044,126, 4,414,209, i 4,364,923, koji opisuju aerosoli za isporuku sterioda koji se koristi za tretman zapaljenskih bolesti, naročito astme). Ove formulacije za davanje respiratornom traktu mogu biti u obliku aerosoli ili rastvora za inhalator, ili kao mikrofini prah za insuflaciju, samostalno ili u kombinaciji sa inertnim nosačem poput laktoze. U tom slučaju, čestice formulacije će imati prečnike manje od 50 mikrona ili manje od 10 mikrona.
[0143] FTI ili farmaceutska kompozicija koja ima FTI može se formulisati za lokalnu ili topikalnu primenu, poput topikalne primene na koži i sluzokoži, poput oka, u obliku gelova, kremova i losiona i za primenu na oku ili za intracisteralnu ili intraspinalnu primenu. Topikalno davanje je razmatrano za transdermalno davanje i takođe za davanje u oči ili sluzokožu, ili za inhalacione terapije. Nazalni rastvori aktivnog jedinjenja samostalno ili u kombinaciji sa drugim farmaceutski prihvatljivim ekscipijensima takođe se mogu davati. Ovi rastvori, naročito oni predviđeni za oftalmičku upotrebu, mogu se formulisati kao 0,01% - 10% izotonični rastvori, pH oko 5-7, sa odgovarajućim solima.
[0144] Drugi putevi davanja, poput transdermalnih flastera i rektalnog davanja su takođe ovde razmotreni. Na primer, farmaceutski dozni oblici za rektalno davanje su rektalne supozitorije, kapsule i tablete za sistemsko dejstvo. Rektalne supozitorije kako se ovde koriste označavaju čvrsta tela za stavljanje u rektum koje se tope ili omekšavaju na telesnoj temperaturi, oslobađajući jedan ili više farmaceutski ili terapeutski aktivnih sastojaka. Farmaceutski prihvatljive supstance koje se koriste u rektalnim supozitorijama su baze ili prenosnici i agensi za podizanje tačke topljenja. Primeri baza uključuju kakao buter (theobroma ulje), glicerin želatin, karbovosak (polioksietilen glikol) i odgovarajuće mešavine mono, di i triglicerida masnih kiselina. Kombinacije različitih baza se mogu koristiti. Agensi za podizanje tačke topljenja supozitorija uključuju spermacet i vosak. Rektalne supozitorije mogu se pripremiti komprimovanim postupkom ili kalupljenjem. Primerna masa rektalne supozitorije je oko 2 do 3 grama. Tablete i kapsule za rektalno davanje se proizvode upotrebom iste farmaceutski prihvatljive supstance i istim postupcima kao i za formulacije za oralno davanje.
[0145] FTI ili farmaceutska kompozicija koja ima ovde obezbeđen FTI može se davati sredstvima za kontrolisano oslobađanje ili sredstvima za davanje koja su dobro poznata stručnjacima iz ove oblasti. Primeri uključuju, ali nisu ograničeni na one opisane u U.S. Patent Nos.: 3,845,770; 3,916,899;
3,536,809; 3,598,123; i 4,008,719, 5,674,533, 5,059,595, 5,591,767, 5,120,548, 5,073,543, 5,639,476, 5,354,556, 5,639,480, 5,733,566, 5,739,108, 5,891,474, 5,922,356, 5,972,891, 5,980,945, 5,993,855, 6,045,830, 6,087,324, 6,113,943, 6,197,350, 6,248,363, 6,264,970, 6,267,981, 6,376,461,6,419,961, 6,589,548, 6,613,358, 6,699,500 i 6,740,634. Ti dozni oblici mogu se koristiti za obezbeđivanje sporog ili kontrolisanog oslobađanja FTI upotrebom, na primer, hidropropilmetil celuloze, drugih polimernih matrica, gelova, propustljivih membrana, osmotskih sistema, višeslojnih obloga, mikročestica, lipozoma, mikrosfera ili kombinacija navedenog za obezbeđenje željenog profila oslobađanja u različitim proporcijama. Pogodne formulacije kontrolisanog oslobađanja poznate stručnjacima iz ove oblasti, uključujući one ovde opisane, mogu se spremno odabrati za upotrebu sa ovde obezbeđenim aktivnim sastojcima.
[0146] Svi farmaceutski proizvodi sa kontrolisanim oslobađanjem imaju zajednički cilj da poboljšaju terapiju lekovima u odnosu na cilj koji su ostvarili njihovi nekontrolisani duplikati. U jednom načinu ostvarivanja, upotreba optimalno dizajniranog preparata sa kontrolisanim oslobađanjem u medicinskom tretmanu se karakteriše time što se minimum supstance leka koristi za lečenje ili kontrolu stanja u minimalnom vremenskom periodu. U određenim načinima ostvarivanja, prednosti formulacija sa kontrolisanim oslobađanjem uključuju produženu aktivnost leka, smanjenu frekventnost doze i povećanu usklađenost pacijenta sa terapijom. Pored toga, formulacije sa kontrolisanim oslobađanjem mogu se koristiti za uticaj na vreme početka akcije ili druge karakteristike, poput nivoa krvi leka, i tako mogu uticati na izbijanje neželjenih (npr. negativnih) dejstava.
[0147] Većina formulacija sa kontrolisanim oslobađanjem je dizajnirana da u početku oslobodi određenu količinu leka (aktivan sastojak) koji odmah proizvodi željeno terapeutsko dejstvo, i da postepeno i kontinuirano oslobađa druge količine leka radi održavanja ovog nivoa terapeutskog dejstva u produženom vremenskom periodu. Radi održavanja ovog konstantnog nivoa leka u telu, lek se mora osloboditi iz doznog oblika brzinom koja će zameniti količinu leka koji se metaboliše i izlučuje iz tela. Kontrolisano oslobađanje aktivnog sastojka može se stimulisati različitim stanjima, uključujući, ali bez ograničenja na pH, temperaturu, enzime, vodu ili druga fiziološka stanja ili jedinjenja.
[0148] U određenim načinima ostvarivanja, FTI se može davati upotrebom intravenske infuzije, implantabilne osmotske pumpe, transdermalnog flastera, lipozoma ili drugih načina davanja. U jednom načinu ostvarivanja, može se koristiti pumpa (pogledati, Sefton, CRC Crit. Ref. Biomed. Eng.14:201 (1987); Buchwald et al., Surgery 88:507 (1980); Saudek et al., N. Engl. J. Med.321:574 (1989). U drugom načinu ostvarivanja, mogu se koristiti polimerni materijali. U još jednom načinu ostvarivanja, sistem kontrolisanog oslobađanja može se postaviti u blizinu terapeutskog cilja, tj. za to je neophodna samo frakcija sistemske doze (pogledati, npr., Goodson, Medical Applications of Controlled Release, vol.2, pp.
115-138 (1984).
[0149] U nekim načinima ostvarivanja, uređaj za kontrolisano oslobađanje se uvodi u subjekta u blizini mesta neodgovarajuće imune aktivacije ili tumora. O drugim sistemima kontrolisanog oslobađanja govori se u pregledu Langera (Science 249:1527-1533 (1990). F se može dispergovati u čvrstoj unutrašnjoj matrici, npr. polimetilmetakrilatu, polibutilmetakrilatu, plastičnom ili neplastičnom polivinilhloridu, plastičnom najlonu, plastičnom polietilentereftalatu, prirodnoj gumi, poliizoprenu, poliizobutilenu, polibutadienu, polietilenu, kopolimerima etilen-vinilacetata, silicijumskim gumama, polidimetilsiloksanima, kopolimerima silicijum karbonata, hidrofilnim polimerima poput hidrogelova estara akrilne i metakrilne kiseline, kolagenu, umreženom polivinilalkoholu i umreženom delimično hidrolizovanom polivinil acetatu, koji je okružen spoljnom polimernom membranom, npr. polietilenom, polipropilenu, kopolimerima etilena/propilena, kopolimerima etilena/etil akrilata, kopolimerima etilena/vinilacetata, silicijumskim gumama, polidimetil siloksanima, neoprenskoj gumi, hlorisanom polietilenu, polivinilhloridu, kopolimerima vinilhlorida sa vinil acetatom, viniliden hloridom, etilenom i propilenom, jonomer polietilen tereftalatu, butil guma epihlorohidrin gumama, kopolimeru etilena/vinil alkohola, terpolimeru etilena/vinil acetata/vinil alkohola i kopolimeru etilena/viniloksietanola, koja je nerastvorljiva u telesnim tečnostima. Aktivni sastojak se zatim difunduje kroz spoljnu polimernu membranu u fazi kontrole brzine oslobađanja. Procenat aktivnog sastojka sadržanog u tim parenteralnim kompozicijama u velikoj meri zavisi od njihove specifične prirode, kao i od potreba subjekta.
[0150] FTI ili farmaceutska kompozicija FTI može se upakovati u vidu proizvodnih artikala koji sadrže materijal za pakovanje, jedinjenje ili ovde obezbeđenu njegovu farmaceutski prihvatljivu so, koja se koristi za tretman, sprečavanje ili poboljšanje jednog ili više simptoma ili progresije kancera, uključujući hematološke kancere i čvrste tumore, i nalepnicu koja označava da se jedinjenje ili njegova farmaceutski prihvatljiva so koristi za tretman, sprečavanje ili poboljšanje jednog ili više simptoma ili progresije kancera, uključujući hematološke kancere i čvrste tumore.
[0151] Ovde obezbeđeni proizvodni artikli sadrže materijale za pakovanje. Materijali za pakovanje za upotrebu u pakovanju farmaceutskih proizvoda su dobro poznati stručnjacima iz ove oblasti. Pogledati, npr., U.S. Patent Nos.5,323,907, 5,052,558 i 5,033,252. Primeri farmaceutskih materijala za pakovanje uključuju, ali nisu ograničeni na blister pakovanja, boce, epruvete, inhalatore, pumpe, vrećice, fiolice, posude, špriceve, pen-injektore, boce i bilo koji materijal za pakovanje pogodan za odabranu formulaciju i predviđen način davanja i tretmana. Ovde je predviđen širok opseg ovde obezbeđenih formulacija jedinjenja i kompozicija.
2.3. Doze
[0152] U nekim načinima ostvarivanja, terapeutski efektivna količina farmaceutske kompozicije koja ima FTI se daje oralno ili parenteralno. U nekim načinima ostvarivanja, farmaceutska kompozicija ima tipifarnib kao aktivni sastojak i daje se oralno u količini od oko 1 do 1500 mg/kg dnevno, kao jedna doza ili podeljena u više od jedne doze, ili određenije u količini od 10 do 1200 mg/kg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, farmaceutska kompozicija ima tipifarnib kao aktivni sastojak i daje se oralno u količini od 100 mg/kg dnevno, 200 mg/kg dnevno, 300 mg/kg dnevno, 400 mg/kg dnevno, 500 mg/kg
4
dnevno, 600 mg/kg dnevno, 700 mg/kg dnevno, 800 mg/kg dnevno, 900 mg/kg dnevno, 1000 mg/kg dnevno, 1100 mg/kg dnevno ili 1200 mg/kg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0153] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 200-1500 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 200-1200 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 200 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 300 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 400 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 500 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 600 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 700 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 800 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 900 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1000 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1100 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1200 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1300 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1400 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0154] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 200-1400 mg b.i.d. (tj. dva puta dnevno). U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 300-1200 mg b.i.d. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 300-900 mg b.i.d. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 600 mg b.i.d. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 700 mg b.i.d. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 800 mg b.i.d. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 900 mg b.i.d. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1000 mg b.i.d. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1100 mg b.i.d. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1200 mg b.i.d. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0155] Kao što će stručnjak iz ove oblasti razumeti, doza se razlikuje u zavisnosti od upotrebljenog doznog oblika, stanja i osetljivosti pacijenta, puta davanja i drugih faktora. Tačnu dozu će utvrditi lekar, u svetlu faktora povezanih sa subjektom kojem je neophodan tretman. Doza i davanje se prilagođavaju kako bi se omogućili dovoljni nivoi aktivnog sastojka ili radi održavanja željenog dejstva. Faktori koji se mogu uzeti u obzir uključuju ozbiljnost stanja bolesti, opšte zdravlje subjekta, starost, težinu i pol subjekta, ishranu, vreme i frekventnost davanja, kombinaciju(e) lekova, osetljivosti reakcije i toleranciju/odgovor na terapiju. Tokom tretmanskog ciklusa, dnevna doza može da varira. U nekim načinima ostvarivanja, početna doza se može titrirati na dole u tretmanskom ciklusu. U nekim načinima ostvarivanja, početna doza se može titrirati na gore u tretmanskom ciklusu. Krajnja doza može zavisiti od pojave toksičnosti koja ograničava dozu i drugih faktora. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 300 mg dnevno i pojačava se na maksimalnu dozu od 400 mg, 500 mg, 600 mg, 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 m ili 1200 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 400 mg dnevno i pojačava se na maksimalnu dozu od 500 mg, 600 mg, 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg ili 1200 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 500 mg dnevno i pojačava se na maksimalnu dozu od 600 mg, 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg ili 1200 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 600 mg dnevno i pojačava se na maksimalnu dozu od 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg ili 1200 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 700 mg dnevno i pojačava se na maksimalnu dozu od 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg ili 1200 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 800 mg dnevno i pojačava se na maksimalnu dozu od 900 mg, 1000 mg, 1100 mg ili 1200 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 900 mg dnevno i pojačava se na maksimalnu dozu od 1000 mg, 1100 mg ili 1200 mg dnevno. Pojačavanje doze može se sprovesti odjednom ili u fazama. Na primer, početna doza od 600 mg dnevno može se pojačati na krajnju dozu od 1000 mg dnevno povećavanjem za 100 mg po danu u periodu od 4 dana, ili povećavanjem za 200 mg po danu u periodu od 2 dana, ili povećavanjem za 400 mg odjednom. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0156] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u relativno visokoj početnoj dozi i titrira na dole na nižu dozu u zavisnosti od odgovora pacijenta i drugih faktora. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 1200 mg dnevno i smanjuje na krajnju dozu od 1100 mg, 1000 mg, 900 mg, 800 mg, 700mg, 600mg, 500 mg, 400 mg ili 300 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 1100 mg dnevno i smanjuje na krajnju dozu od 1000 mg, 900 mg, 800 mg, 700mg, 600mg, 500 mg, 400 mg ili 300 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 1000 mg dnevno i smanjuje na krajnju dozu od 900 mg, 800 mg, 700mg, 600mg, 500 mg, 400 mg ili 300 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 900 mg dnevno i smanjuje na krajnju dozu od 800 mg, 700mg, 600mg, 500 mg, 400 mg ili 300 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 800 mg dnevno i smanjuje na krajnju dozu od 700mg, 600mg, 500 mg, 400 mg ili 300 mg dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u početnoj dozi od 600 mg dnevno i smanjuje na krajnju dozu od 500 mg, 400 mg ili 300 mg dnevno. Smenjenje doze može se sprovesti odjednom ili u fazama. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib. Na primer, početna doza od 900 mg dnevno može se smanjiti na krajnju dozu od 600 mg dnevno smanjivanjem za 100 mg po danu u periodu od 3 dana, ili smanjivanjem za 300 mg odjednom.
[0157] Tretmanski ciklus može biti različite dužine trajanja. U nekim načinima ostvarivanja, tretmanski ciklus može trajati jednu nedelju, 2 nedelje, 3 nedelje, 4 nedelje, 5 nedelja, 6 nedelja, 7 nedelja, 8 nedelja, 3 meseca, 4 meseca, 5 meseci, 6 meseci, 7 meseci, 8 meseci, 9 meseci, 10 meseci, 11 meseci ili 12 meseci. U nekim načinima ostvarivanja, tretmanski ciklus traje 4 nedelje. Tretmanski ciklus može imati intermitentan raspored. U nekim načinima ostvarivanja, dvonedeljni tretmanski ciklus može imati petodnevno doziranje, nakon čega sledi odmor od 9 dana. U nekim načinima ostvarivanja, dvonedeljni tretmanski ciklus može imati šestodnevno doziranje, nakon čega sledi odmor od 8 dana. U nekim načinima ostvarivanja, dvonedeljni tretmanski ciklus može imati sedmodnevno doziranje, nakon čega sledi odmor od 7 dana. U nekim načinima ostvarivanja, dvonedeljni tretmanski ciklus može imati osmodnevno doziranje, nakon čega sledi odmor od 6 dana. U nekim načinima ostvarivanja, dvonedeljni tretmanski ciklus može imati devetodnevno doziranje, nakon čega sledi odmor od 5 dana.
[0158] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje dnevno tokom 3 od 4 nedelje u ponovljenim ciklusima od 4 nedelje. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje dnevno u naizmeničnim nedeljama (jedne nedelje se daje, jedne nedelje se ne daje) u ponovljenim ciklusima od 4 nedelje. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 300 mg b.i.d. oralno tokom 3 od 4 nedelje u ponovljenim ciklusima od 4 nedelje. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 600 mg b.i.d. oralno tokom 3 od 4 nedelje u ponovljenim ciklusima od 4 nedelje. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 900 mg b.i.d. oralno u naizmeničnim nedeljama (jedne nedelje se daje, jedne nedelje se ne daje) u ponovljenim ciklusima od 4 nedelje. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1200 mg b.i.d. oralno u naizmeničnim nedeljama (dani 1-7 i 15-21 u ponovljenim ciklusima od 28 dana). U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1200 mg b.i.d. oralno u danima 1-5 i 15-19 tokom ponovljenih ciklusa od 28 dana.
[0159] U nekim načinima ostvarivanja, režim davanja 900 mg b.i.d. tipifarniba u naizmeničnim nedeljama se može usvojiti. Prema ovom režimu, pacijenti primaju početnu dozu od 900 mg, po, b.i.d. danima 1-7 i 15-21 tokom tretmanskih ciklusa od 28 dana. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju dva tretmanska ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju tri tretmanska ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju četiri tretmanska ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju pet tretmanskih ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju šest tretmanskih ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju sedam tretmanskih ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju osam tretmanskih ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju devet tretmanskih ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju deset tretmanskih ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju jedanaest tretmanskih ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju dvanaest tretmanskih ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti primaju više od dvanaest tretmanskih ciklusa.
[0160] U odsustvu neupravljivih toksičnosti, subjekti mogu i dalje primati tretman tipifarnibom do 12 meseci. Doza se takođe može povećati na 1200 mg b.i.d. ako subjekat dobro toleriše tretman.
Smanjenja doze od 300 mg u fazama radi kontrolisanja toksičnosti povezanih sa tretmanom i hitnih za tretman takođe mogu biti uključena.
[0161] U nekim drugim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno u dozi od 300 mg b.i.d. dnevno tokom 21 dana, nakon čega sledi 1 nedelja odmora, u tretmanskim ciklusima od 28 dana (raspored od 21 dana; Cheng DT, et al., J Mol Diagn. (2015) 17(3):251-64). U nekim načinima ostvarivanja, davanje doze tokom 5 dana u opsegu od 25 do 1300 mg b.i.d. nakon čega sledi 9 dana odmora je usvojeno (raspored od 5 dana; Zujewski J., J Clin Oncol., (2000) Feb;18(4):927-41). U nekim načinima ostvarivanja, b.i.d. davanje doze tokom 7 dana nakon čega sledi 7 dana odmora je usvojeno (raspored od 7 dana; Lara PN Jr., Anticancer Drugs., (2005) 16(3):317-21; Kirschbaum MH, Leukemia., (2011) Oct;25(10):1543-7). U
4
rasporedu od 7 dana, pacijenti mogu primati početnu dozu od 300 mg b.i.d. sa eskalacijama doze od 300 mg na maksimalnu planiranu dozu od 1800 mg b.i.d.. U studiji rasporeda od 7 dana, pacijenti takođe mogu primati tipifarnib b.i.d. danima 1-7 i danima 15-21 u ciklusima od 28 dana po dozama do 1600 mg b.i.d..
[0162] FTI može inhibirati rast sisarskih tumora kada se daje po rasporedu davanja doze od dva puta dnevno. Davanje FTI u jednoj dozi dnevno tokom jednog do pet dana može proizvesti markiranu supresiju rasta tumora u trajanju od najmanje 21 dana. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u doznom opsegu od 50-400 mg/kg. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u 200 mg/kg. Dozni režimi za specifične FTI su takođe dobro poznati u ovoj oblasti (npr., U.S. Patent No.6838467). Na primer, pogodne doze za jedinjenja Arglabin (WO98/28303), perilil alkohol (WO 99/45712), SCH-66336 (U.S. Pat. No.5,874,442), L778123 (WO 00/01691), 2(S)-[2(S)-[2(R)-amino-3-merkapto]propilamino-3(S)-metil]-pentiloksi-3-fenilpropionil-metionin sulfon (WO94/10138), BMS 214662 (WO 97/30992), AZD3409; Pfizer jedinjenja A i B (WO 00/12499 i WO 00/12498) su priložene u gore navedenim patentnim specifikacijama ili su poznate ili ih lako može utvrditi stručnjak iz ove oblasti.
[0163] U vezi sa perilil alkoholom, ovaj medikament se može davati 1-4g dnevno po ljudskom pacijentu teškom 150 lb. Poželjno, 1-2 g po danu po ljudskom pacijentu teškom 150 lb. SCH-66336 se obično može davati u jediničnoj dozi od oko 0,1 mg do 100 mg, poželjnije od oko 1 mg do 300 mg prema određenoj primeni. Jedinjenja L778123 i 1-(3-hlorofenil)-4-[1-(4-cijanobenzil)-5-imidazolilmetil]-2-piperazinon mogu se davati ljudskom pacijentu u količini između oko 0,1 mg/kg telesne mase do oko 20 mg/kg telesne mase dnevno, poželjno između 0,5 mg/kg telesne mase do oko 10 mg/kg telesne mase dnevno.
[0164] Pfizer jedinjenja A i B mogu se davati u dozama od oko 1,0 mg do oko 500 mg dnevno, poželjno od oko 1 do oko 100 mg dnevno u jednoj ili podeljenim (tj. višestrukim) dozama. Terapeutska jedinjenja će se obično davati u dnevnim dozama od oko 0,01 do oko 10 mg po kg telesne mase dnevno, u jednoj ili podeljenim dozama. BMS 214662 može se davati u dozama od oko 0,05 do 200 mg/kg/dan, poželjno manje od 100 mg/kg/dan u jednoj dozi ili u 2 do 4 podeljene doze.
2.4. Kombinovane terapije
[0165] U nekim načinima ostvarivanja, FTI tretman se daje u kombinaciji sa radioterapijom, ili radijacionom terapijom. Radioterapija uključuje upotrebu γ-zraka, X-zraka i/ili usmerenu dostavu radioizotopa ćelijama tumora. Drugi oblici faktora koji oštećuju DNK su takođe razmotreni, poput mikrotalasa, ozračivanja snopom protona (U.S. Patent Nos.5,760,395 i 4,870,287) i UV zračenja.
Najverovatnije će svi ovi faktori uticati na širok opseg oštećenja DNK, prekursore DNK, replikaciju i obnavljanje DNK i na sklop i održavanje hromozoma.
[0166] U nekim načinima ostvarivanja, daje se terapeutski efektivna količina farmaceutske kompozicije koja ima FTI koja efektivno senzitizuje tumor domaćina na ozračivanje. (U.S. Patent No.6545020).
Ozračivanje može biti jonizujuće zračenje i određenije gama zračenje. U nekim načinima ostvarivanja, gama zračenje emituju linearni akceleratori ili radionuklidi. Ozračivanje tumora radionuklidima može biti spoljašnje ili unutrašnje.
[0167] Ozračivanje takođe može biti zračenje X-zracima. Dozni opsezi za opseg X-zraka idu od dnevnih doza od 50 do 200 rentgena u dužim vremenskim periodima (3 do 4 nedelje) do jednih doza od 2000 do 6000 rentgena. Dozni opsezi za radioizotope se veoma razlikuju, i zavise od vremena raspadanja izotopa, snage i tipa emitovanog zračenja i apsorpcije neoplastičnih ćelija.
[0168] U nekim načinima ostvarivanja, davanje farmaceutske kompozicije počinje najkasnije mesec dana, određenije do 10 dana ili nedelja, pre ozračivanja tumora. Dodatno, ozračivanje tumora je frakcionizovano, a davanje farmaceutske kompozicije se održava u intervalu između prve i poslednje sesije ozračivanja.
[0169] Količina FTI, doza ozračivanja i intermitencija doza ozračivanja zavisiće od niza parametara, poput tipa tumora, njegove lokacije, reakcije pacijenata na hemo- ili radioterapiju, što na kraju lekar i radiolozi treba da utvrde u svakom pojedinačnom slučaju.
[0170] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci dalje uključuju davanje terapeutski efektivne količine drugog aktivnog agensa ili terapije zbrinjavanjem. Drugi aktivni agens može biti hemoterapijski agens. Hemoterapijski agens ili lek može se kategorizovati po svom načinu aktivnosti u ćeliji, na primer, da li i u kojoj fazi utiče na ćelijski ciklus. Alternativno, agens se može karakterisati na osnovu svoje sposobnosti da direktno umreži DNK, da se smesti u DNK ili da podstakne hromozomske i mitotske aberacije uticajem na sintezu nukleinske kiseline.
[0171] Primeri hemoterapijskih agenasa uključuju agense za alkilaciju, poput tiotepe i ciklofosfamida; alkil sulfonate, poput busulfana, improsulfana i piposulfana; aziridine, poput benzodopa, karbokvona, meturedopa i uredopa; etilenimine i metilamelamine, uključujući altretamin, trietilenmelamin, trietilenfosforamid, trietilentiofosforamid i trimetilolomelamin; acetogenine (naročito bulatacin i bulatacinon); kamptotecin (uključujući sintetički analog topotekan); briostatin; kalistatin; CC-1065 (uključujući njegov adozelesin, karzelesin i bizelesin sintetičke analoge); kriptoficine (naročito kriptoficin 1 i kriptoficin 8); dolastatin; duokarmicin (uključujući sinetičke analoge, KW-2189 i CB1-TM1); eleuterobin; pankratistatin; sarkodiktin; spongistatin; azotne iperite, poput hlorambucila, hlornafazina, hlorofosfamida, estramustina, ifosfamida, mehloretamina, mehloretamin oksid hidrohlorida, melfalana, novembicina, fenesterina, prednimustina, trofosfamida i uramustina; nitrozoureje, poput karmustina, hlorozotocina, fotemustina, lomustina, nimustina ranimnustina; antibiotike, poput antibiotika enedina (npr., kaliheamicin, naročito kaliheamicin gamal i kaliheamicin omegaI1); dinemicin, uključujući dinemicin A; biofosfonate, poput klodronata; esperamicin; kao i neokarcinostatin hromofor i povezane hromofore antibiotika hromoproteina enedina, aklacinomizine, aktinomicin, autrarnicin, azaserin, bleomicine, kaktinomicin, karabicin, karminomicin, karcinofilin, hromomicine, daktinomicin, daunorubicin, detorubicin, 6-diazo-5-okso-L-norleucin, doksorubicin (uključujući morfolinodoksorubicin, cijanomorfolino-doksorubicin, 2-pirolino-doksorubicin anid deoksidoksorubicin),
4
epirubicin, ezorubicin, idarubicin, marcelomicin, mitomicine, poput mitomicina C, mikofenolnu kiselinu, nogalarnicin, olivomicine, peplomicin, potfiromicin, puromicin, kvelamicin, rodorubicin, streptonigrin, streptozocin, tubercidin, ubenimeks, zinostatin i zorubicin; anti-metabolite, poput metotreksata i 5-fluorouracila (5-FU); analoge folne kiseline, poput denopterina, pteropterina i trimtreksata; analoge purina, poput fludarabinea, 6-merkaptopurina, tiamiprina i tiogvanina; analoge piramidina, poput ancitabina, azacitidina, 6-azauridina, karmofura, citarabina, dideoksiuridina, doksifluridina, enocitabina i floksuridina; androgene, poput kalusterona, dromostanolon propionata, epitiostanola, mepitiostana i testolaktona; anti-adrenaline, poput mitotana i trilostana; dodatak folne kiseline, poput frolinske kiseline; aceglaton; aldofosfamid glikozid; aminolevulinsku kiselinu; eniluracil; amsakrin; bestrabucil; bizantren; edatraksat; defofamin; demekolcin; diazikvon; elformitin; eliptinijum acetat; epotilon; etoglucid; galijum nitrat; hidroksiureju; lentinan; jonidainin; majtansinoide, poput majtansina i anzamitocina; mitogvazon; mitoksantron; mopidanmol; nitraerin; pentostatin; fenamet; pirarubicin; lozoksantron; podofilinsku kiselinu; 2-etilhidrazid; prokarbazin; PSKpolisaharid kompleks; razoksan; rizoksin; sizofiran; spirogermanijum; tenuazonsku kiselinu; triazikvon; 2,2',2"-trihlorotrietilamin; trihotecen (naročito T-2 toksin, verakurin A, roridin A i angvidin); uretan; vindezin; dakarbazin; manomustin; mitobronitol; mitolaktol; pipobroman; gacitozin; arabinozid ("Ara-C"); ciklofosfamid; taksoide, npr., paklitaksel i docetaksel gemcitabin; 6-tiogvanin; merkaptopurin; koordinacione komplekse platine, poput cisplatina, oksaliplatina i karboplatina; vinblastin; platinu; etopozid (VP-16); ifosfamid; mitoksantron; vinkristin; vinorelbin; novantron; tenipozid; edatreksat; daunomicin; aminopterin; kseloda; ibandronat; irinotekan (npr., CPT-11); inhibitor topoizomeraze RFS 2000; difluorometilornitin (DMFO); retinoide, poput retinoinske kiseline; kapecitabin; karboplatin, prokarbazin, plikomicin, gemcitabin, navelbin, transplatinum i farmaceutski prihvatljive soli, kiseline ili derivate bilo čega od navedenog.
[0172] Drugi aktivni agensi mogu biti veliki molekuli (npr., proteini) ili mali molekuli (npr., sintetički neorganski, organometalni ili organski molekuli). U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens je DNK-hipometilirajući agens, terapeutsko antitelo koje se specifično vezuje za antigen kancera, hematopoetski faktor rasta, citokin, antikancerogeni agens, antibiotik, cox-2 inhibitor, imunomodulatorni agens, anti-timocit globulin, imunosupresivni agens, kortikosteroid ili njegov farmakološki aktivan mutant ili derivat.
[0173] U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens je DNK hipometilirajući agens, poput analoga citidina (npr., azacitidin) ili 5-azadeoksicitidina (npr. decitabin). U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens je citoreduktivni agens, uključujući, ali bez ograničenja na Indukciju, Topotekan, Hidreu, PO Etopozid, Lenalidomid, LDAC i Tiogvanin. U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens je Mitoksantron, Etopozid, Citarabin ili Valspodar. U nekom načinu ostvarivanja, drugi aktivni agens je Mitoksantron plus Valspodar, Etopozid plus Valspodar ili Citarabin plus Valspodar. U nekom načinu ostvarivanja, drugi aktivni agens je idarubicin, fludarabin, topotekan ili ara-C. U nekim drugim načinima
4
ostvarivanja, drugi aktivni agens je idarubicin plus ara-C, fludarabin plus ara-C, mitoksantron plus ara-C ili topotekan plus ara-C. U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens je kvinin. Mogu se koristiti druge kombinacije gore navedenih agenasa, a doze može utvrditi lekar.
[0174] Za bilo koji ovde opisan specifični tip kancera, tretmani kako su ovde opisani ili na drugi način dostupni u ovoj oblasti mogu se koristiti u kombinaciji sa FTI tretmanom. Na primer, lekovi koji se mogu koristiti u kombinaciji sa FTI uključuju belinostat (Beleodaq®) i pralatreksat (Folotyn®), koje reklamira Spectrum Pharmaceuticals, romidepsin (Istodax®), koji reklamira Celgene i brentuksimab vedotin (Adcetris®) (za ALCL), koji reklamira Seattle Genetics; lekovi koji se mogu koristiti u kombinaciji sa FTI uključuju azacitidin (Vidaza®) i lenalidomid (Revlimid®), koje reklamira Celgene, i decitabin (Dacogen®) koji reklamira Otsuka and Johnson & Johnson; lekovi koji se mogu koristiti u kombinaciji sa FTI za kancer tiroidne žlezde uključuju vandetanib od AstraZeneca-e (Caprelsa®), sorafenib od Bayer-a (Nexavar®), kabozantinib od Exelixis-a (Cometriq®) i lenvatinib od Eisai-ja (Lenvima®).
[0175] Necitotoksične terapije poput pralatreksata (Folotyn®), romidepsina (Istodax®) i belinostata (Beleodaq®) mogu se takođe koristiti u kombinaciji sa FTI tretmanom.
[0176] U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens je imunoterapeutski agens. U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens je anti-PD1 antitelo ili anti-PDL1 antitelo.
[0177] U nekim načinima ostvarivanja, predviđeno je da se drugi aktivni agens ili druga terapija koji se koriste u kombinaciji sa FTI može davati pre, u isto vreme, ili posle FTI tretmana. U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens ili druga terapija koji se koriste u kombinaciji sa FTI mogu davati pre FTI tretmana. U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens ili druga terapija koji se koriste u kombinaciji sa FTI mogu se davati istovremeno kad i FTI tretman. U nekim načinima ostvarivanja, drugi aktivni agens ili druga terapija koji se koriste u kombinaciji sa FTI mogu se davati nakon FTI tretmana.
[0178] FTI tretman se takođe može davati u kombinaciji sa transplantom koštane srži. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje pre transplanta koštane srži. U drugim načinima ostvarivanja, FTI se daje nakon transplanta koštane srži.
3. Imunološki geni kao biomarkeri za FTI tretman
[0179] Ovde su obezbeđeni postupci za odabir pacijenata obolelih od kancera za tretman inhibitorom farneziltransferaze (FTI). Ovde obezbeđeni postupci nisu deo ovog pronalaska i delimično su zasnovani na otkriću da su genotipovi i nivoi ekspresije određenih gena koji su povezani sa aktivnostima prirodnih ćelija ubica (NK ćelije) u korelaciji sa kliničkom pogodnošću FTI tretmana. Konkretno, genotipizacija KIR gena i HLA gena i nivoi ekspresije biomarkera uključujući KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM mogu se koristiti za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman. Kao što je ovde obezbeđeno, pored nivoa ekspresije pojedinačnih biomarkera, relativni odnos nivoa ekspresije između određenih biomarkera, na primer, odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i KIR2DL2, ili odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i KIR2DL5 mogu se takođe koristiti za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na
4
FTI tretman. Shodno tome, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman, postupci za odabir populacije pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman i postupci za lečenje kancera kod subjekta pomoću terapeutski efektivne količine FTI, na osnovu genotipa ili nivoa ekspresije ovih biomarkera u uzorku pacijenta. Takođe su ovde obezbeđene kompozicije i kompleti za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman.
[0180] Farneziltransferaza (FTaza) ima ključnu ulogu u posttranslacionim modifikacijama Ras proteina. FTI su klasa biološki aktivnih lekova protiv kancera koji inhibiraju farnezilaciju širokog opsega ciljnih proteina, uključujući Ras. Ras proteini imaju glavnu ulogu u transdukciji signala koji stimulišu rast ćelija, a mutacija ras gena dovodi do konstantne aktivacije proteina, što na kraju rezultira nekontrolisanom ćelijskom proliferacijom. Visoka prevalenca mutiranih ras gena, otkrivena kod 30% svih ljudskih kancera, čini ovaj put privlačnim ciljem za razvoj leka protiv kancera. Način interferencije sa Ras funkcijom je inhibicija FTaze, uparivanje enzima 15-ugljenik izoprenil grupe sa Ras proteinima, pomoću FTI. FTI blokiraju Ras aktivaciju inhibicijom FTaze, što na kraju rezultira zaustavljanjem rasta ćelija. Stoga, predviđeno je da će FTI biti efektivni terapeutski agensi u tretmanu kancera.
[0181] Međutim, nikakva korelacija između ras mutacija i odgovora na FTI nije demonstrirana u prethodnim kliničkim studijama (Karp et al. Blood 97:3361-3369 (2001); i US. Patent Pub.
20070048782)). Dok se nekoliko ranijih kliničkih studija fokusiralo na kancere koji su iskazali visoke frekvencije ras mutacija, brzina odgovora je bila razočaravajuće niska u novim ispitivanjima. (Mesa Lancet Oncol 6:279-286 (2006); Rao et al. J Clin Oncol 22:3950-3957 (2004)).
[0182] Ranije studije tipifarniba, koji je FTI, sprovedene su kod AML pacijenata sa niskim rizikom koji su bili prethodno nelečeni (CTEP-20 faza II) i AML pacijenata sa recidivom/refraktornim AML (INT-17 faza II). Faza III studije tipifarniba nasuprot najboljoj terapiji zbrinjavanjem (BSC) nije demonstrirala poboljšanje ukupnog preživljavanja. Više gena/proteina je povezano u literaturi sa aktivnošću FTI (AKAP13, mDIA, itd.) (Raponi et al. Clin Kancer Res.13:2254-60 (2007); Kamasani et al. Cancer Biology & Therapy, 6:1418-1423 (2007)), a analize profilisanja ekspresije gena u uzorcima koštane srži iz 2 AML studije (CTEP-20, INT-17) identifikovale su odnos ekspresije 2 gena: RASGRP1 (transduktor signala T ćelije) i APTX (protein za obnovu DNK) kao potencijalni biomarker aktivnosti tipifarniba u AML (Raponi et al. Blood.111:2589-96(2008)). Međutim, naknadna prospektivna studija koja je koristila odnos 2 gena u blastovima koštane srži kao inkluzivni kriterijum nije demonstrirala značajnu kliničku pogodnost tipifarniba u AML (Lancet et al. Blood (ASH) 120: Abstract 1508(2012)).
[0183] U ovom pronalasku, identifikovano je više imunobioloških gena kao biomarkeri povezani sa boljom prognozom za FTI tretman, a novi postupci su ovde obezbeđeni za odabir pacijenata za FTI tretman. Za razliku od prethodno identifikovanih markera, poput RASGRP1, za koji je utvrđeno da je povezan sa dobrom prognozom ne samo u FTI tretmanu, već i u drugoj standardnoj hemoterapiji, imunološki povezani biomarkeri identifikovani u ovom pronalasku su specifično povezani sa kliničkom pogodnošću FTI tretmana, ali ne i sa agensima drugih standardnih hemoterapija.
4
[0184] Biomarkeri kako su ovde identifikovani uključuju KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5, GZMM, kao i specifični ligand za KIR2DS2, HLA-C2. Pokazalo se da su nosači KIR2DS2 i HLA-C2 predisponirani za MDS. (Serio et al., Blood (ASH Annual Meeting Abstracts) 2006108: Abstract 2670; Cook et al., Blood 2004; 103: 1521-152). Imunološki biomarkeri identifikovani u ovom pronalasku su svi geni povezani sa NK ćelijama. Otkriće da FTI, poput tipifarniba, selektivno cilja kancere sa specifičnim KIR genotipovima ili ovde opisanim profilima ekspresije mogu biti, najmanje delimično, zasnovani na mehanizmu da određene NK ćelije sa specifičnim KIR genotipovima ili profilima ekspresije mogu indukovati autoimunitet. Takve NK ćelije takođe mogu regulisati prezentaciju antigena na dole, ubiti ili regulisati određene podtipove T ćelija na dole. Inhibiranjem KIR-RAS signalizacije, FTI može modulirati ili inhibirati aktivnost NK ćelija, olakšati citotoksičnost prema ćelijama kancera moduliranjem imunog sistema samog pacijenta. Takođe, inhibiranjem KIR-RAS signalizacije, FTI može modulirati ili inhibirati aktivnost NK ćelija i drugih imunih ćelija u odnosu na normalne hematološke ćelije i njihove prekursore, smanjujući ili eliminišući potrebu za crvenim krvnim ćelijama ili transfuzijom trombocita ili davanjem hematološkog faktora rasta.
3.1. KIR tipizacija i HLA tipizacija
[0185] Kao što je ovde obezbeđeno, međutim ne kao deo ovog pronalaska, genotip KIR gena i HLA gena subjekta može biti indikator verovatnoće da subjekat odgovori na FTI tretman. Pacijent oboleo od kancera koji nije nosilac KIR2DS2, KIR2DS5 ili HLA-C2 će verovatno odgovoriti na FTI tretman. Shodno tome, KIR tipizacija pacijenata obolelih od kancera, i selektivno lečenje onih koji su nosači KIR2DS2 ili KIR2DS5, može povećati ukupnu brzinu odgovora pacijenata obolelih od kancera na FTI tretman. Pored toga, HLA tipizacija pacijenata obolelih od kancera, i selektivno lečenje onih koji su nosači HLA-C2, može dalje povećati ukupnu brzinu odgovora pacijenata obolelih od kancera na FTI tretman.
[0186] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta davanjem terapeutski efektivne količine FTI subjektu, pri čemu je subjekat nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta KIR tipizacijom subjekta, i davanjem terapeutski efektivne količine FTI subjektu, pri čemu je subjekat nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac i KIR2DS2 i KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat takođe nije nosilac KIR2DL2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat takođe nije nosilac KIR2DL5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS2, ali nije nosilac KIR2DL2. U nekim drugim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS5, ali nije nosilac KIR2DL5.
[0187] U nekim načinima ostvarivanja, postupci za lečenje kancera kod subjekta kako su ovde obezbeđeni dalje uključuju HLA tipizaciju subjekta i davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu koji nije nosilac HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac i KIR2DS2 i HLA-C2. U nekim
4
načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac i KIR2DS5 i HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac i KIR2DS2, KIR2DS5 i HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat koji nije nosilac HLA-C2 je HLA-C2/HLA-C2 homozigot. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je HLA-C1/HLA-C2 heterozigot.
[0188] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za odabir pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman pomoću KIR tipizacije, pri čemu je pacijent oboleo od kancera odabran za FTI tretman ako je pacijent oboleo od kancera nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za predviđanje verovatnoće da pacijent oboleo od kancera odgovori na FTI tretman pomoću KIR tipizacije, i utvrđivanje da će pacijent oboleo od kancera verovatno odgovoriti na FTI tretman ako je pacijent oboleo od kancera nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, postupak dalje uključuje davanje terapeutski efektivne količine FTI pacijentu obolelom od kancera. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac i KIR2DS2 i KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat takođe nije nosilac KIR2DL2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat takođe nije nosilac KIR2DL5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS2, ali nije nosilac KIR2DL2. U nekim drugim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS5, ali nije nosilac KIR2DL5.
[0189] U nekim načinima ostvarivanja, postupci za odabir pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman ili predviđanje verovatnoće da pacijent oboleo od kancera odgovori na FTI tretman kako je ovde obezbeđeno dalje uključuju HLA tipizaciju subjekta i davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu koji je nosilac HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac i KIR2DS2 i HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac i KIR2DS5 i HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je nosilac KIR2DS2, KIR2DS5 i HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat koji je nosilac HLA-C2 je HLA-C2/HLA-C2 homozigot. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je HLA-C1/HLA-C2 heterozigot.
[0190] Postupci KIR tipizacije su dobro poznati u ovoj oblasti. Primerni postupci KIR tipizacije su opisani u WO 2012047985; Lebedeva et al., Hum Immun., 68(9):789-96 (2007); Gonzalez et al., Hum Immun., 70(10):858-63 (2009); Yun et al., Blood (ASH Annual Meeting Abstracts) 106:Abstract 1407 (2005) (Takođe pogledati Yun et al., Clin Immunol.123(3):272-280 (2007).); Leung et al., J Immun.174:6540-6545 (2005); Dinauer et al., US 2008/0280289 (Takođe pogledati WO 2005/046459 odabrane delove; i KIR Genotyping Product Brochure 2004.); Chen et al., WO 2009/051672. Takođe pogledati PCT/US2008/011671; Trachtenberg et al, Patent Application Publication No. US 2008/0213787 (Takođe pogledati WO 2007/041067.); Houtchens et al., Immunogenetics.59(7):525-37 (2007).; Gomez- Lozano et al., Tissue Antigens 59(3):184-193 (2002);i Shilling et al., J Immunol.168:2307-2315 (2002); U.S. Pat. Nos.6,723,564, 6,111,251, 6,104,028, 6,558,902, 6,706,530, 6,423,966, 5,777,324, 6,569,385, 6,500,621, 6,300,076, i 6,258,538; Uhrberg et al., Immunity 7:753-763 (1997); Gomez-Lozano et al., Tissue Antigens 59:184-193 (2002); Cook et al., Hum. Immunology 64:567-571 (2003); Crum et al., Tissue Antigens 56:313-326 (2000); Middleton et al., Transplant immunology 10:147-164 (2002); Ross et al., Nature Biotech., 16:1347-1351 (1998); Fei et al., Rapid Comm. Mass. Spec., 14:950-959 (2000); Fei et al., NAR 26(11):2827-2828 (1998); Amexis et al., PNAS 98(21) 12097-12102 (2001); Li et al., Electrophoresis 20:1258-1265 (1999); Buetow et al., PNAS 98(2) 581-584 (2001); Storm et al., Methods in Mol. Biol., 212:241-262 (2003); Parham, Immunology Lett.92:11-13 (2004); i MassARRAY™ Homogenous Mass EXTEND™ (hME) Assay, Sequenom®, Application Notes, Bulletin #1021.
[0191] Dalje, neki dostupni kompleti za KIR genotipizaciju uključuju Inno-Train, "KIR-Ready Gene" Product Brochure 9/2005; Miltenyi Biotec, "KIR Typing Kit" Product Brochure 2009; Invitrogen, "KIR Genotyping SSP Kit" Product Brochure 11/2006; i Tepnel Lifecodes, "KIR Genotyping" Product Brochure 6/2005.
[0192] Ovde obezbeđeni postupci mogu se sprovoditi pomoću bilo kog postupka ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta sa FTI pomoću KIR tipizacije, ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman pomoću KIR tipizacije, pri čemu se KIR tipizacija sprovodi sekvenciranjem, lančanom reakcijom polimeraze (PCR), DNK mikročipom, masenom spektrometrijom (MS), analizom jednonukleotidnog polimorfizma (SNP), analizom imunoblota ili imunoenzimskom probom (ELISA). U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se sprovodi DNK mikročipom. U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se sprovodi ELISA-om. U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se sprovodi sekvenciranjem. U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se sprovodi sekvenciranjem sledeće generacije (NGS).
[0193] U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se može sprovoditi pomoću PCR. U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se može sprovoditi pomoću PCR upotrebom specifičnog prajmera sekvence (SSP). U nekim načinima ostvarivanja, SSP uključuju one koji su specifični za amplifikaciju KIR2DL2, KIR2DL5, KIR2DS2, KIR2DS5, ili bilo koje kombinacije navedenog. U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se može sprovoditi pomoću PCR upotrebom specifične probe oligonukleotida sekvence (SSOP). U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se može sprovoditi pomoću PCR upotrebom tipizacije na bazi sekvence (SBT). U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se može sprovoditi pomoću DNK mikročipa. U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se može sprovoditi pomoću MS. U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija se može sprovoditi pomoću (MALDI-TOF) masene spektrometrije zasnovane na vremenu preleta sa matricom potpomognutom laserskom desorpcijom/jonizacijom. Kao što će stručnjak iz ove oblasti razumeti, KIR tipizacija se može sprovesti pomoću bilo kog postupka ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti.
[0194] Postupci za HLA tipizaciju su dobro poznati u ovoj oblasti. U početku, najčešće korišćen postupak DNK tipizacije za identifikaciju ovih alela bila je analiza polimorfizma dužine restriktivnih fragmenata (RFLP). Pored polimorfizma dužine restriktivnih fragmenata (PCR-RFLP), drugi pristup bila je hibridizacija PCR amplifikovanih proizvoda sa specifičnom probom oligonukleotida sekvence (PCR-SSO) za razlikovanje između HLA alela (pogledati, Tiercy et al., (1990) Blood Review 4: 9-15, koji je ovde uključen u celosti kao refernca). Ovaj postupak zahteva da PCR proizvod HLA lokusa od interesa bude proizveden,
1
a zatim tačkasto dodat na membrane ili trake nitroceluloze. Zatim se svaka membrana hibridizuje specifičnom probom sekvence, ispira i potom analizira izlaganjem x-zračnom filmu ili kolorimetrijskom analizom u zavisnosti od postupka detekcije. Slično PCR-SSP metodologiji, probe se vrše u aleličkom polimorfnom području odgovornom za različite HLA alele. Svaki uzorak mora biti hibridizovan i isproban najmanje 100-200 puta za potpunu tipizaciju Klase I i II. Postupci hibridizacije i detekcije za PCR-SSO tipizaciju uključuju upotrebu neradioaktivnih obeleženih sondi za ispitivanje, formate mikropločica, itd. (pogledati npr., Saiki et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A.86: 6230-6234; Erlich et al. (1991) Eur. J. Immunogenet. 18(1-2): 33-55; Kawasaki et al. (1993) Methods Enzymol.218:369-381, koji su ovde uključeni u celosti kao refernca).
[0195] Postupak molekularne tipizacije pomoću amplifikacije specifičnog prajmera sekvence (PCR-SSP) je opisan (pogledati, Olerup and Zetterquist (1992) Tissue Antigens 39: 225-235). Ovaj PCR-SSP postupak je jednostavan, koristan i brz, pošto je faza detekcije mnogo jednostavnija. U PCR-SSP, alelički specifični prajmeri sekvence amplifikuju samo alel komplementarnog kalema, čime se omogućava detekcija genetičke varijabilnosti sa visokim nivoom rezolucije. Ovaj postupak omogućava utvrđivanje HLA tipa samo po principu da li su proizvodi za amplifikaciju (zajednički nazvani „amplikon“) prisutni ili odsutni pomoću PCR. U PCR-SSP, detekcija proizvoda za amplifikaciju se obično sprovodi elektroforezom agaroza gela, nakon čega sledi bojenje gela etidijum bromidom (EtBr).
[0196] Drugi postupak HLA tipizacije je SSCP-jednolančani konformacioni polimorfizam. Ukratko, jednolančani PCR proizvodi različitih HLA mesta rade pomoću nedenaturizovane elektroforeze poliakrilamid gela (PAGE). Jednostruki lanci će se kretati prema jedinstvenoj lokaciji na osnovu kompozicije njihovog baznog para. U poređenju da poznatim standardima, tipizacija se može dedukovati. Može se koristiti za utvrđivanje prave homozigotnosti.
[0197] Drugi postupci HLA tipizacije, uključujući, ali bez ograničenja na sekvenciranje, lančanu reakciju polimeraze (PCR), DNK mikročip, masenu spektrometriju (MS), analizu jednonukleotidnog polimorfizma (SNP), analizu imunoblota ili imunoenzimsku probu (ELISA) takođe se mogu koristiti u ovde obezbeđenim postupcima. U nekim načinima ostvarivanja, sekvenciranje može biti NGS. Drugi postupci su opisani u U.S. Patent No.6670124, US5468611, US8435740, US8771951 i U.S.20130267613.
[0198] Drugi različiti postupci za HLA tipizaciju poznati u ovoj oblasti takođe se mogu koristiti u ovde obezbeđenim postupcima.
[0199] Na primer, analiza jednonukleotidnog polimorfizma (SNP) može se koristiti za HLA tipizaciju. Analiza SNP može tipizovati različite HLA na osnovu polimorfizma na poziciji 77 u HLA-C i poziciji 83 u HLA-B i -A. Analiza SNP može se sprovesti na HT7900 iz Applied Biosystems, nakon protokola analize aleličke diskriminacije koji obezbeđuje proizvođač. Prajmeri za analizu su projektovani na takav način da su amplifikovali sve alele određenog HLA tipa (poput HLA-C) kao i amplikon koji sadrži polimorfni region od interesa. Dve sonde za ispitivanje su projektovane sa jednim raskorakom između njih. Svaka sonda za ispitivanje je vezala samo jednu grupu alela i obeležena je ili 6FAM ili VIC fluorescentnom bojom na
2
kraju od 5'. Sonde za ispitivanje su takođe sadržale Taqman® vezivno sredstvo za mali žleb (MGB) sa nefluorescentnim kvenčerom (NFQ) (Applied Biosystems). Za HLA-C, direktni prajmer može biti 5'-TTGGGACCGGGAGACACAG-3', a reverzni prajmer može biti 5'-CGATGTAATCCTTGCCGTC-3'. Sonde za ispitivanje upotrebljene za HLA-C1 i HLA-C2 mogu biti 6FAM-CCGAGTGAG CCTGC-MGBNFQ i VIC-CCGAGTGAA CCTGC-MGBNFQ, respektivno. Svaki miks reakcije analize može sadržati 250 nM koncentracije sonde za ispitivanje i 20 ng genomskog DNK u 1× Taqman master miksu za genotipizaciju od Applied Biosystems (SAD).
[0200] U nekim načinima ostvarivanja, KIR tipizacija ili HLA tipizacija se sprovodi kao pridružena dijagnostika uz FTI tretman. Pridružena dijagnostika može se sprovoditi na kliničkom mestu gde se subjekat leči. Pridružena dijagnostika se takođe može sprovoditi na mestu odvojenom od kliničkog mesta gde se subjekat leči.
[0201] U nekim načinima ostvarivanja, postupci KIR tipizacije ili HLA tipizacije uključuju dobijanje uzorka od subjekta. Subjekat može biti pacijent oboleo od kancera. Uzorak može biti uzorak celokupne krvi, uzorak koštane srži, uzorak delimično prečišćene krvi, PBMC ili biopsija tkiva. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak koštane srži pacijenta obolelog od kancera. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak su PBMC pacijenta obolelog od kancera. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak su obogaćene NK ćelije. NK ćelije mogu biti obogaćene od koštane srži, celokupne krvi ili delimično prečišćene krvi pacijenta obolelog od kancera. U nekim načinima ostvarivanja, NK ćelije se dalje šire in vitro pre KIR tipizacije.
3.2. KIR ekspresija i GZMM ekspresija
[0202] Kao što je ovde obezbeđeno, međutim ne kao deo ovog pronalaska, nivo ekspresije biomarkera odabranog iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM u uzorku subjekta može biti indikator verovatnoće da će subjekat odgovoriti na FTI tretman. Pacijent oboleo od kancera čiji nivo ekspresije KIR2DS2 je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2 će verovatno odgovoriti na FTI tretman. Pacijent oboleo od kancera čiji nivo ekspresije KIR2DS5 je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5 će verovatno odgovoriti na FTI tretman. Pacijent oboleo od kancera čiji nivo ekspresije GZMM je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM će verovatno odgovoriti na FTI tretman. Pacijent oboleo od kancera čiji nivo ekspresije KIR2DL2 je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2 će verovatno odgovoriti na FTI tretman. Pacijent oboleo od kancera čiji nivo ekspresije KIR2DL5 je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5 će verovatno odgovoriti na FTI tretman. Shodno tome, detekcija nivoa ekspresije jednog ili više ovih biomarkera kod pacijenata obolelih od kancera i selektivno lečenje pacijenata obolelih od kancera koji ispunjavaju jedan ili više gore opisanih uslova mogu povećati ukupnu brzinu odgovora pacijenata obolelih od kancera na FTI tretman.
[0203] U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije KIR2DL5 predstavlja ukupne nivoe ekspresije KIR2DL5A i KIR2DL5B. U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije KIR2DL5 je nivo ekspresije KIR2DL5A. U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije KIR2DL5 je nivo ekspresije KIR2DL5B.
[0204] Pored toga, ovde su obezbeđeni postupci upotrebe odnosa nivoa ekspresije određenih biomarkera za predviđanje verovatnoće da subjekat odgovori na FTI tretman. Na primer, visok odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 („2DS2/2DL2 odnos“) može biti indikator da će subjekat verovatno odgovoriti na FTI tretman. Slično tome, visok odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5 („2DS5/2DL5 odnos“) može biti indikator da će subjekat verovatno odgovoriti na FTI tretman. Shodno tome, detekcija nivoa ekspresije ovih biomarkera kod pacijenata obolelih od kancera i selektivno lečenje pacijenata obolelih od kancera čiji 2DS2/2DL2 odnos je viši od referentnog odnosa, ili čiji 2DS5/2DL5 odnos je viši od referentnog odnosa, ili oba, može povećati ukupnu brzinu odgovora pacijenata obolelih od kancera na FTI tretman.
[0205] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta davanjem terapeutski efektivne količine FTI subjektu, pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku od subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2; (ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku od subjekta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku od subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku od subjekta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; ili
(v) nivo ekspresije GZMM u uzorku od subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; ili bilo koja kombinacija navedenog.
[0206] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta pomoću
(a) utvrđivanja nivoa ekspresije biomarkera odabranog iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM u uzorku subjekta, pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2; (ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2; (iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5; (iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; ili (v) nivo ekspresije GZMM u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; i (b) davanja terapeutski efektivne količine FTI subjektu.
[0207] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman utvrđivanjem nivoa ekspresije biomarkera odabranog iz grupe koju čine KIR2DS2,
4
KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM u uzorku od pacijenta obolelog od kancera, pri čemu je pacijent oboleo od kancera odabran za FTI tretman ako
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku od subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2; (ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku od subjekta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku od subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku od subjekta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; ili
(v) nivo ekspresije GZMM u uzorku od subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; ili bilo koja kombinacija navedenog.
[0208] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabirom pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu jedan od ovih pet uslova mora biti ispunjen:
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2 (uslov 1);
(ii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5 (uslov 2);
(iii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2 (uslov 3);
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5 (uslov 4); i
(v) nivo ekspresije GZMM u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM (uslov 5).
[0209] Stručnjak iz ove oblasti će razumeti da zadovoljenje bilo kog od pet gore opisanih uslova može biti indikator da će subjekat verovatno odgovoriti na FTI tretman. Shodno tome, svaki uslov može zasebno da posluži kao kriterijum za odabir pacijenta za FTI tretman kako bi se povećala ukupna brzina odgovora. Stručnjak iz ove oblasti će takođe razumeti da kombinacije dva ili više uslova mogu takođe poslužiti kao kriterijumi za odabir pacijenata za FTI tretman, koji su selektivniji od jednog uslova i mogu potencijalno dostići veću ukupnu brzinu odgovora. Shodno tome, ovde su takođe obezbeđeni postupci upotrebe bilo koje kombinacije ili permutacije gore navedenih uslova za odabir pacijenata za FTI tretman.
[0210] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđen postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava dva od pet gore opisanih uslova, poput uslova 1 i 2, 1 i 3, 1 i 4, 1 i 5, 2 i 3, 2 i 4, 2 i 5, 3 i 4, 3 i 5 ili 4 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1 i 2. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1 i 3. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1 i 4. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 2 i 3. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 2 i 4. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 2 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 3 i 4. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 3 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 4 i 5. Na primer, U nekim načinima ostvarivanja, postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku subjekta viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2, i pri čemu je nivo ekspresije GZMM u uzorku subjekta viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM. U drugom primeru, u nekim načinima ostvarivanja, postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku subjekta viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5, a nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku subjekta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2.
[0211] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđen postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava tri od pet gore opisanih uslova, poput uslova 1, 2 i 3; 1, 2 i 4; 1, 2 i 5; 1, 3 i 4; 1, 3 i 5; 1, 4 i 5; 2, 3 i 4; 2, 3 i 5; 2, 4 i 5; ili 3, 4 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1, 2 i 3. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1, 2 i 4. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1, 2 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1, 3 i 4. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1, 3 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1, 4 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 2, 3 i 4. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 2, 3 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 2, 4 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 3, 4 i 5. Na primer, U nekim drugim načinima ostvarivanja, postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku subjekta viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2, nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku subjekta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2, a nivo ekspresije GZMM u uzorku subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM.
[0212] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđen postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava četiri od pet gore opisanih uslova, poput uslova 1, 2, 3 i 4; 1, 2, 3 i 5; 1, 2, 4 i 5; 1, 3, 4 i 5; ili 2, 3, 4 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1, 2, 3 i 4. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1, 2, 3 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1, 2, 4 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 1, 3, 4 i 5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava uslove 2, 3, 4 i 5.
[0213] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđen postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava svih pet gore opisanih uslova, konkretno, pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2; (ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku subjekta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2; (iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5; (iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku subjekta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; i (v) nivo ekspresije GZMM u uzorku subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM.
[0214] Pored nivoa ekspresije pojedinačnih biomarkera, odnos nivoa ekspresije između dva biomarkera takođe može poslužiti kao kriterijum za odabir pacijenta za FTI tretman radi povećanja brzine odgovora. U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta davanjem terapeutski efektivne količine FTI subjektu, pri čemu
(i) odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 (2DS2/2DL2 odnos) u uzorku pacijenta je viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa; ili
(ii) odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5 (2DS5/2DL5 odnos) u uzorku pacijenta je viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa.
[0215] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta utvrđivanjem nivoa ekspresije KIR2DS2 i KIR2DL2, ili nivoa ekspresije KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku subjekta, pri čemu
(i) 2DS2/2DL2 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa; ili
(ii) 2DS5/2DL5 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa;
i davanjem terapeutski efektivne količine FTI subjektu.
[0216] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman utvrđivanjem nivoa ekspresije KIR2DS2 i KIR2DL2, ili nivoa ekspresije KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku pacijenta obolelog od kancera, pri čemu je pacijent oboleo od kancera odabran za FTI tretman ako
(i) 2DS2/2DL2 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnos; ili
(ii) 2DS5/2DL5 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa;
i davanjem terapeutski efektivne količine FTI subjektu.
[0217] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđen postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je 2DS2/2DL2 odnos u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa. U nekim načinima ostvarivanja, postupak prema ovom pronalasku uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je 2DS5/2DL5 odnos u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa. U nekim načinima ostvarivanja, postupak prema ovom pronalasku uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je 2DS2/2DL2 odnos u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa, a 2DS5/2DL5 odnos u uzorku pacijenta ili pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa.
[0218] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci za odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman takođe mogu biti zasnovani na nivou ekspresije pojedinačnih biomarkera, kao i odnosa nivoa ekspresije između biomarkera. U nekim načinima ostvarivanja, postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je 2DS2/2DL2 odnos u uzorku subjekta il pacijenta obolelog od kancera viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa, a subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava najmanje jedan od pet gore opisanih uslova po pitanju pojedinačnog nivoa ekspresije biomarkera. U nekim načinima ostvarivanja, postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je 2DS5/2DL5 odnos u uzorku pacijenta ili pacijenta obolelog od kancera viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa, a subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava najmanje jedan od pet gore opisanih uslova po pitanju pojedinačnog nivoa ekspresije biomarkera. U nekim načinima ostvarivanja, postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je 2DS2/2DL2 odnos u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa, a 2DS5/2DL5 odnos u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa, a subjekat ili pacijent oboleo od kancera ispunjava najmanje jedan od pet gore opisanih uslova po pitanju pojedinačnog nivoa ekspresije biomarkera.
[0219] U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije KIR2DL5 je ukupan nivo ekspresije KIR2DL5A i KIR2DL5B. U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije KIR2DL5 je nivo ekspresije KIR2DL5A. U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije KIR2DL5 je nivo ekspresije KIR2DL5B. Stoga, U nekim načinima ostvarivanja, 2DS5/2DL5 odnos je odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i ukupnog nivoa ekspresije KIR2DL5A i KIR2DL5B. U nekim načinima ostvarivanja, 2DS5/2DL5 odnos je odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5A. U nekim načinima ostvarivanja, 2DS5/2DL5 odnos je odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5B.
[0220] Da ponovimo, pet uslova za odabir subjekta ili pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman na osnovu nivoa ekspresije jednog biomarkera uključuju: uslov 1: nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2; uslov 2: nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5; uslov 3: nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2; uslov 4: nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; uslov 5: nivo ekspresije GZMM u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM. Bilo koja kombinacija ili permutacija ovih uslova može se koristiti u daljoj kombinaciji sa jednim ili oba kriterijuma na osnovu odnosa ekspresije (2DS2/2DL2 odnos i 2DS2/2DL2 odnos) kao kriterijumi za odabir pacijenta za FTI tretman.
[0221] Na primer, u nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđen postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je 2DS2/2DL2 odnos u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa, a nivo ekspresije GZMM u uzorku subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM. U nekim načinima ostvarivanja, postupak uključuje lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, pri čemu je 2DS5/2DL5 odnos u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa, a nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2.
[0222] Kako je ovde opisano, KIR genotip, HLA genotip i profil ekspresije nekih gena povezanih sa NK ćelijama mogu se koristiti za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman.
Shodno tome, ovde su obezbeđeni postupci za odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, ili postupci za lečenje pacijenta pomoću FTI uključujući prvu KIR tipizaciju pacijenta ili utvrđivanje profila ekspresije ovde identifikovanih biomarkera radi procene da li je verovatno da će pacijent odgovoriti na tretman. Postupci mogu dalje uključivati HLA tipizaciju pacijenta. Stručnjak iz ove oblasti će razumeti da se ovi postupci mogu koristiti zasebno kao kriterijumi za odabir pacijenta za FTI tretman. Pored toga, ovi postupci se takođe mogu koristiti u vezi sa drugim pristupima stratifikaciji pacijenata radi daljeg povećanja brzine odgovora populacije pacijenata na FTI tretman. Na primer, u nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci dalje uključuju utvrđivanje statusa mutacije ras gena i odabir pacijenta za FTI tretman kada pacijent ima određenu ras mutaciju, poput K-ras mutacije, N-ras mutacije ili H-ras mutacije, kako je detaljnije opisano u nastavku. U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci dalje uključuju utvrđivanje statusa mutacije ras gena i odabir pacijenta za FTI tretman kada pacijent ima divlji tip K-ras i divlji tip N-ras. U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci dalje uključuju utvrđivanje statusa mutacije ras gena i odabir pacijenta za FTI tretman kada pacijent imaa H-ras mutaciju. U drugim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci mogu dalje uključivati upotrebu odnosa 2 gena između RASGRP1 i APTX kao dodatni kriterijum za odabir pacijenta za FTI tretman (U.S. patent No.7,932,036). Postupci koji su ovde opisani ili su na drugi način poznati u ovoj oblasti mogu se koristiti za utvrđivanje statusa mutacije ras gena ili ekspresije drugih biomarkera poput RASGRP1 ili APTX. U nekim načinima ostvarivanja, status mutacije ras gena, kao što je H-ras može se utvrditi pomoću NGS.
[0223] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera. U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije biomarkera može biti nivo proteina biomarkera. U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije biomarkera može biti RNK nivo biomarkera. Bilo koji postupak kako je ovde opisan ili na drugi način poznat u ovoj oblasti za utvrđivanje nivoa proteina ili RNK nivoa gena može se koristiti za utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera u ovom pronalasku.
[0224] Primerni postupci detektovanja ili kvantifikovanja mRNK nivoa uključuju, ali nisu ograničeni na postupke na bazi PCR-a, „Nordern blot“ postupak, analize zaštite ribonukleaze i slično. mRNK sekvenca (npr., mRNK biomarkera, poput CRBN ili CAP, ili njen fragment) mogu se koristiti za pripremu sonde koja je najmanje delimično komplementarna. Sonda se zatim može koristiti za detekciju mRNK sekvence u uzorku, bilo kojom pogodnom analizom, poput postupaka na bazi PCR-a, „Nordern blot“ postupka, analize „dipstick“ postupkom i slično.
[0225] Obično korišćeni postupci poznati u ovoj oblasti za kvantifikaciju mRNK ekspresije u uzorku uključuju „Nordern blot“ postupak i hibridizaciju na licu mesta (Parker &Barnes, Methods in Molecular Biology 106:247-283 (1999)); analize zaštite RNKaze (Hod, Biotechniques 13:852- 854 (1992)); i lančanu reakciju polimeraze (PCR) (Weis et ah, Trends in Genetics 8:263-264 (1992)). Alternativno, mogu se koristiti antitela koja mogu prepoznati specifične duplekse, uključujući DNK duplekse, RNK duplekse i duplekse DNK-RNK hibrida ili DNK-protein duplekse. Reprezentativni postupci za analizu ekspresije gena na bazi sekvenciranja uključuju serijsku analizu ekspresije gena (SAGE) i analizu ekspresije gena masivnim paralelnim sekvenciranjem potpisa (MPSS).
[0226] Senzitivni i fleksibilni kvantitativni postupak je PCR. Primeri PCR postupaka mogu se pronaći u literaturi. Primeri PCR analiza mogu se pronaći u U.S. Patent No.6,927,024, koji je ovde u potpunosti uključen kao referenca. Primeri RT-PCR postupaka mogu se pronaći u U.S. Patent No.7,122,799.
Postupak fluorescentnog PCR na licu mesta je opisan u U.S. Patent No.7,186,507.
[0227] Treba napomenuti, međutim, da se drugi protokoli amplifikacije nukleinske kiseline (tj. svi osim PCR) mogu takođe koristiti u ovde opisanim analitičkim postupcima nukleinske kiseline. Na primer, pogodni postupci amplifikacije uključuju lančanu reakciju ligaze (pogledati, npr., Wu & Wallace, Genomics 4:560-569, 1988); analizu zamene lanca (pogledati, enpr, Walker et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:392-396, 1992; U.S. Pat. No.5,455,166); i nekoliko sistema amplifikacije na bazi transkripcije, uključujući postupke opisane u U.S. Pat. Nos.5,437,990; 5,409,818; i 5,399,491; sistem amplifikacije transkripcije (TAS) (Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 1173-1177, 1989); i replikaciju samoodržive sekvence (3SR) (Guatelli et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 1874-1878, 1990; WO 92/08800). Alternativno, postupci koji amplifikuju test do detektabilnih nivoa se mogu koristiti, poput amplifikacije Q-replikaze (Kramer & Lizardi, Nature 339:401-402, 1989; Lomeli et al., Clin. Chem.35: 1826-1831, 1989). Pregled poznatih postupaka amplifikacije obezbeđen je, na primer, od strane Abramson i Myers u Current Opinion in Biotechnology 4:41-47 (1993).
[0228] mRNK može biti izolovana od početnog uzorka tkiva. Generalni postupci ekstrakcije mRNK su dobro poznati u ovoj oblasti i opisani su u standardnim priručnicima za molekularnu biologiju, uključujući Ausubel et al., Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons (1997).
Određenije, izolacija RNK se može sprovesti upotrebom kompleta za prečišćavanje, puferskog seta i proteaze komercijalnih proizvođača, kao što je Qiagen, prema uputstvima proizvođača. Na primer, ukupna RNK iz ćelija u kulturi može biti izolovana pomoću Qiagen RNeasy mini-kolona. Drugi komercijalno dostupni kompleti za izolaciju RNK uključuju DNK komplet MASTERPURE® i komplet za prečišćavanje RNK (EPICENTRE®, Madison, Wis.), i komplet za izolovanje RNK parafinskog bloka (Ambion, Inc.). Ukupna RNK iz uzoraka tkiva može se izolovati pomoću RNA Stat-60 (Tel-Test). RNK pripremljena iz tumora može biti izolovana, na primer, centrifugiranjem gradijenta gustine cezijum hlorida.
[0229] U nekim načinima ostvarivanja, prva faza u profilisanju ekspresije gena pomoću PCR-a je reverzna transkripcija uzorka RNK u cDNK, nakon čega sledi njena eksponencijalna amplifikacija u reakciji PCR-a. U drugim načinima ostvarivanja, kombinovana reverzna transkripcija i lančana reakcija polimeraze (RT-PCR) se može koristiti, npr., kako je opisano u U.S. Pat. Nos.5,310,652; 5,322,770;
5,561,058; 5,641,864; i 5,693,517. Dve obično korišćene reverzne transkriptaze su reverzna transkriptaza virusa avilo mijeloblastoma (AMV-RT) i reverzna transkriptaza Molonijevog virusa leukemije miševa (MMLV-RT). Faza reverzne transkripcije se obično prajmuje pomoću specifičnih prajmera, nasumičnih heksamera ili oligo-dT prajmera, u zavisnosti od okolnosti i cilja profilisanja ekspresije. Na primer, ekstrahovana RNK može biti reverzno transkribovana upotrebom GENEAMP™ RNA PCR kompleta (Perkin Elmer, Calif, SAD), uz praćenje uputstava proizvođača. Izvedena cDNK se zatim može koristiti kao uzorak u naknadnoj PCR reakciji.
[0230] U nekim načinima ostvarivanja, reverzna transkripcija u realnom vremenu-PCR (qRT-PCR) može se koristiti i za detekciju i za kvantifikaciju RNK ciljeva (Bustin, et al., 2005, Clin. Sci., 109:365-379).
Primeri postupaka na bazi qRT-PCR mogu se pronaći, na primer, u U.S. Patent No.7,101,663.
Instrumenti za PCR u realnom vremenu, poput Applied Biosystems 7500, su komercijalno dostupni, kao i reagensi, poput TaqMan hemije za detekciju sekvence.
[0231] Na primer, TaqMan® analize ekspresije gena se mogu koristiti, uz praćenje uputstava proizvođača. Ovi kompleti su preformulisane analize ekspresije gena za brzu, pouzdanu detekciju i kvantifikaciju mRNK transkripata čoveka, miša i pacova. TaqMan® ili analiza 5'-nukleaze, kako je opisana
1
u U.S. Pat. Nos.5,210,015; 5,487,972; i 5,804,375; i Holland et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7276-7280, se može koristiti. TAQMAN® PCR obično koristi aktivnost 5'-nukleaze Taq ili Tth polimeraze za hidrolizu sonde za hibridizaciju vezane za njen ciljni amplikon, ali može se koristiti bilo koji enzim sa ekvivalentnom aktivnošću 5' nukleaze. Dva prajmera oligonukleotida se koriste za generisanje amplikona tipičnog za PCR reakciju. Treći oligonukleotid, ili sonda, je predviđen da detektuje sekvencu nukleotida koja se nalazi između dva PCR prajmera. Enzim Taq DNK polimeraze ne može da proširi sondu, i obeležen je fluorescentnom bojom reportera i fluorescentnom bojom kvenčera. Bilo kakva laserski indukovana emisija boje reportera se gasi bojom kvenčera kada se ove dve boje nalaze u međusobnoj blizini dok su na sondi. Tokom reakcije amplifikacije, enzim Taq DNK polimeraze cepa sondu na način zavisan od uzorka. Rezultujući fragmenti sonde se razlažu u rastvoru, a signal otpuštene boje reportera je oslobođen dejstva gašenja drugog fluorofora. Jedan molekul boje reportera se oslobađa za svaki novi sintetizovani molekul, a detekcija neugašene boje reportera obezbeđuje osnovu za kvantitativnu interpretaciju podataka.
[0232] Bilo koji postupak za detektovanje proizvoda degradacije se može koristiti u analizi 5' nukleaze. Često, sonda za detekciju se obeležava sa dve fluorescentne boje, od kojih jedna može da ugasi fluorescenciju druge boje. Boje su prilepljene uz sondu, poželjno je jedna prilepljena uz 5' terminus, a druga je prilepljena uz unutrašnje mesto, tako da gašenje nastupa kada je sonda u nehibridizovanom stanju i tako da cepanje sonde aktivnošću 5' do 3' egzonukleaze DNK polimeraze nastupa između dve boje.
[0233] Rezultati amplifikacije u cepanju sonde između boja sa konkomitantnom eliminacijom gašenja i povećanje fluorescentnosti se primećuju sa početno ugašene boje. Akumulacija proizvoda degradacije se prati merenjem povećanja fluorescentnosti reakcije. U.S. Pat. Nos.5,491 ,063 i 5,571,673, opisuju alternativne postupke za detekciju degradacije sonde koja nastupa konkomitantno sa amplifikacijom. Podaci iz analize 5'-nukleaze mogu se u početku izraziti kao Ct, ili prag ciklusa. Kao što je gore navedeno, vrednosti fluorescentnosti se beleže tokom svakog ciklusa i predstavljaju količinu proizvoda amplifikovanog do te tačke u reakciji amplifikacije. Tačka u kojoj se prvi put zabeleži fluorescentni signal kao statistički značajan je prag ciklusa (Ct).
[0234] Radi minimizovanja grešaka i dejstva varijacije od uzorka do uzorka, PCR se obično sprovodi pomoću unutrašnjeg standarda. Idealni unutrašnji standard se izražava na konstantnom nivou među različitim tkivima, i na njega ne utiče eksperimentalni tretman. RNK koje se najčešće koriste za normalizaciju obrazaca ekspresije gena su mRNK za domaće gene gliceraldehid-3-fosfat-dehidrogenaze (GAPDH) i P-aktina.
[0235] PCR prajmeri i sonde su projektovani prema sekvencama introna prisutnog u genu koji treba amplifikovati. U ovom načinu ostvarivanja, prva faza u projektovanju prajmera/sonde je delineacija sekvenci introna u genima. Ovo se može sprovesti pomoću javno dostupnog softvera, poput DNK BLAT
2
softvera koji je razvio Kent, W., Genome Res.12(4):656-64 (2002), ili pomoću BLAST softvera, uključujući njegove varijacije. Naknadne faze prate dobro utvrđene postupke projektovanja PCR prajmera i sonde.
[0236] Radi izbegavanja nespecifičnih signala, može biti važno maskirati repetitivne sekvence u intronima prilikom projektovanja prajmera i sondi. Ovo se može lako ostvariti upotrebom programa Repeat Masker dostupnog on-line preko Baylor College of Medicine, koji preliminarno pregleda DNK sekvence u biblioteci repetitivnih elemenata i vraća upitnu sekvencu u kojoj su maskirani repetitivni elementi. Maskirane sekvence introna se zatim mogu koristiti za projektovanje sekvenci prajmera i sonde pomoću bilo kojih komercijalno ili na drugi način javno dostupnih paketa projektovanja prajmera/sonde, poput Primer Express (Applied Biosystems); MGB analiza po projektu (Applied Biosystems); Primer3 (Rozen and Skaletsky (2000) Primer3 u WWW za opšte korisnike i za programere u biologiji. U: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, N.J., pp 365-386).
[0237] Faktori razmatrani u projektu PCR prajmera uključuju dužinu prajmera, temperaturu topljenja (Tm) i G/C sadržaj, specifičnost, komplementarne sekvence prajmera i 3'-kraj sekvence. Generalno, optimalni PCR prajmeri su generalno 17-30 baza u dužini, i sadrže oko 20-80%, poput, na primer, oko 50-60% G+C baza. Tm između 50 i 80° C, npr. oko 50 do 70° C. su poželjni. Za dalje smernice za projektovanje PCR prajmera i sonde pogledati, npr. Dieffenbach et ah, "General Concepts for PCR Primer Design" u: PCR Primer, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1995, pp.133-155; Innis and Gelfand, "Optimization of PCRs" u: PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, CRC Press, London, 1994, pp.5-11; i Plasterer, T. N. Primerselect: Primer and probe design. Methods Mol. Biol.70:520- 527 (1997).
[0238] Primerni PCR program, na primer, je 50°C za 2 minuta, 95°C za 10 minuta, 40 ciklusa od 95°C za 15 sekundi, a zatim 60°C za 1 minut. Radi utvrđivanja broja ciklusa u kojem fluorescentni signal povezan sa akumulacijom određenog amplikona prelazi prag (koji se navodi kao CT), podaci se mogu analizirati, na primer, pomoću 7500 softvera za detekciju sekvence PCR sistema u realnom vremenu v1.3 pomoću komparativnog postupka relativnog obračuna kvantifikacije CT. Upotrebom ovog postupka, izlazni rezultat se izražava kao učestalost izmena nivoa ekspresije. U nekim načinima ostvarivanja, može se odabrati da nivo praga bude automatski utvrđen softverom. U nekim načinima ostvarivanja, nivo praga se podešava da bude iznad osnovne linije, ali dovoljno nisko unutar regiona eksponencijalnog rasta krive amplifikacije.
[0239] RNK-Seq, koji se takođe naziva „shotgun“ sekvenciranje celog transkriptoma (WTSS), odnosi se na upotrebu tehnologija sekvenciranja visoke propustljivosti za sekvenciranje cDNK radi dobijanja informacija o sadržaju RNK uzorka. Publikacije koje opisuju RNK-Seq uključuju: Wang et al., Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63 (January 2009); Ryan et al. BioTechniques 45 (1): 81-94 (2008); i Maher et al., Nature 458 (7234): 97-101 (January 2009).
[0240] Diferencijalna ekspresija gena se takođe može identifikovati ili potvrditi tehnikom mikročipa. U ovom postupku, sekvence polinukleotida od interesa (uključujući cDNK i oligonukleotide) su zasađene, ili analizirane, na supstratu mikročipa. Analizirane sekvence se zatim hibridizuju pomoću specifičnih DNK sondi ili ćelija ili tkiva od interesa.
[0241] U jednom načinu ostvarivanja, tehnike mikročipa, PCR amplifikovani inserti cDNK klonova se nanose na supstrat u gustoj analizi. Poželjno se najmanje 10.000 sekvenci nukleotida nanosi na supstrat. Mikročipovani geni, od kojih je svaki imobilisan na mikročipu na 10.000 elemenata, su pogodni za hibridizaciju pod strogim uslovima. Fluorescentno obeležene cDNK sonde mogu se generisati inkorporacijom fluorescentnih nukleotida reverznom transkripcijom RNK ekstrahovane iz tkiva od interesa. Obeležene cDNK sonde nanete na čip se hibridizuju sa specifičnošću na svaku tačku DNK u analizi. Nakon detaljnog pranja radi uklanjanja nespecifično vezanih sondi, čip se skenira konfokalnom laserskom mikroskopijom ili drugim postupkom detekcije, poput CCD kamere. Kvantifikacija hibridizacije svakog analiziranog elementa omogućava procenu odgovarajućeg obilja mRNK. Sa dualnom fluorescentnošću boja, zasebno obeležene cDNK sonde generisane iz dva izvora RNK su hibridizovane u parovima za analizu. Relativno obilje transkripata iz dva izvora koji odgovaraju svakom specifikovanom genu se stoga utvrđuje istovremeno. Minijaturna skala hibridizacije omogućava pogodnu i brzu procenu šablona ekspresije za veliki broj gena. Pokazalo se da takvi postupci imaju senzitivnost neophodnu za detekciju retkih transkripata, koji se izražavaju u nekoliko kopija po ćeliji, i za reproducibilnu detekciju najmanje oko dvostrukih razlika u nivoima ekspresije (Schena et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2): 106-149 (1996)). Analiza mikročipa se može sprovesti pomoću komercijalno dostupne opreme, uz praćenje protokola proizvođača, poput upotrebe Affymetrix GENCHIP™ tehnologije, ili Incyte tehnologije mikročipa.
[0242] Serijska analiza ekspresije gena (SAGE) je postupak koji omogućava istovremenu i kvantitativnu analizu velikog broja transkripata gena, bez potrebe za obezbeđivanjem pojedinačne sonde za hibridizaciju za svaki transkript. Prvo, generiše se tag kratke sekvence (oko 10-14 bp) koji sadrži dovoljno informacija za jedinstvenu identifikaciju transkripta, pod uslovom da se tag dobija iz jedinstvene pozicije unutar svakog transkripta. Zatim, mnogi transkripti su povezani radi formiranja dugačkih serijskih molekula koji se mogu sekvencirati, čime se otkriva više tagova istovremeno. Šablon ekspresije bilo koje populacije transkripata se može kvantitativno proceniti utvrđivanjem obilja pojedinačnih tagova i identifikacijom gena koji odgovara svakom tagu. Za više detalja pogledati, npr. Velculescu et ah, Science 270:484-487 (1995); i Velculescu et al, Cell 88:243-51 (1997).
[0243] MassARRAY (Sequenom, San Diego, Kalifornija) tehnologija je automatski postupak analize ekspresije gena visoke propustljivosti koji koristi masenu spektrometriju (MS) za detekciju. Prema ovom postupku, nakon izolacije RNK, reverzne transkripcije i PCR amplifikacije, cDNK se podvrgavaju proširenju prajmera. Proizvodi proširenja prajmera izvedeni iz cDNK su prečišćeni i zamenjeni na analizi
4
čipa koji je prethodno napunjen komponentama potrebnim za pripremu MALTI-TOF MS uzorka. Različite cDNK prisutne u reakciji su kvantifikovane analiziranjem područja pika u dobijenom masenom spektru.
[0244] Nivo mRNK se takođe može izmeriti analizom na bazi hibridizacije. Uobičajeni postupak mRNK analize može sadržati faze 1) dobijanja sondi subjekta vezanih za površinu; 2) hibridizacije populacije mRNK na sondama vezanim za površinu pod uslovima dovoljnim za obezbeđivanje specifičnog vezivanja (3) posthibridizacijskog pranja radi uklanjanja nukleinskih kiselina koje nisu vezane u hibridizaciji; i (4) detekcije hibridizovanih mRNK. Reagensi upotrebljeni u svakoj od ovih faza i njihovi uslovi upotrebe mogu se razlikovati u zavisnosti od određene primene.
[0245] Bilo koja pogodna platforma za analizu se može koristiti za utvrđivanje nivoa mRNK u uzorku. Na primer, analiza može biti u obliku merača, membrane, čipa, diska, test trake, filtera, mikrosfere, pločice, pločice sa više bazenčića ili optičkog vlakna. Sistem za analizu može imati čvrstu osnovu na koju se postavlja nukleinska kiselina koja odgovara mRNK. Čvrsta osnova može sadržati, na primer, plastiku, silicijum, metal, smolu, staklo, membranu, česticu, precipitat, gel, polimer, sloj, sferu, polisaharid, kapilar, film, ploču ili pločicu. Komponente za analizu se mogu pripremiti i upakovati zajedno kao komplet za detekciju mRNK.
[0246] Nukleinska kiselina može biti obeležena, po želji, za stvaranje populacije obeleženih mRNK. Generalno, uzorak može biti obeležen upotrebom postupaka koji su dobro poznati u ovoj oblasti (npr., upotrebom DNK ligaze, terminalne transferaze ili obeležavanjem RNK kičme, itd.; pogledati, npr., Ausubel, et al., Short Protocols in Molecular Biology, 3rd ed., Wiley & Sons 1995 and Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Third Edition, 2001 Cold Spring Harbor, N.Y.). U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je obeležen fluorescentnom oznakom. Primerne fluorescentne boje uključuju, ali nisu ograničene na ksanten boje, fluorescein boje, rodamin boje, fluorescein izotiocijanat (FITC), 6 karboksifluorescein (FAM), 6 karboksi-2',4',7',4,7-heksahlorofluorescein (HEX), 6 karboksi 4', 5' dihloro 2', 7' dimetoksifluorescein (JOE ili J), N,N,N',N' tetrametil 6 karboksirodamin (TAMRA ili T), 6 karboksi X rodamin (ROX ili R), 5 karboksirodamin 6G (R6G5 ili G5), 6 karboksirodamin 6G (R6G6 ili G6) i rodamin 110; cijanin boje, npr. Cy3, Cy5 i Cy7 boje; Alexa boje, npr. Alexa-fluor-555; kumarin, Dietilaminokumarin, umbeliferon; benzimid boje, npr. Hoechst 33258; fenantridin boje, npr. Texas crveno; etidijum boje; akridin boje; karbazol boje; fenoksazin boje; porfirin boje; polimetin boje, BODIPY boje, kvinolin boje, Piren, Fluorescein Hlorotriazinil, R110, Eozin, JOE, R6G, Tetrametilrodamin, Lisamin, ROX, Naptofluorescein i slično.
[0247] Hibridizacija se može sprovesti pod pogodnim uslovima hibridizacije, koji se po želji mogu razlikovati po strogosti. Uobičajeni uslovi su dovoljni za proizvodnju sonde/ciljnih kompleksa na čvrstoj površini između komplementarnih vezujućih članova, tj., između sondi subjekta vezanih za površinu i komplementarnih mRNK u uzorku. U određenim načinima ostvarivanja, strogi uslovi hibridizacije se mogu primenjivati.
[0248] Hibridizacija se obično sprovodi pod strogim uslovima hibridizacije. Standardne tehnike hibridizacije (npr. pod uslovima dovoljnim da obezbede specifično vezivanje ciljnih mRNK u uzorku za sonde) su opisane u Kallioniemi et al., Science 258:818-821 (1992) i WO 93/18186. Dostupno je više smernica za opšte tehnike, npr., Tijssen, Hybridization with Nucleic Acid Probes, Parts I and II (Elsevier, Amsterdam 1993). Za opise tehnika pogodnih za in situ hibridizacije, pogledati Gall et al. Meth.
Enzymol., 21:470-480 (1981); i Angerer et al. in Genetic Engineering: Principles and Methods (Setlow and Hollaender, Eds.) Vol 7, strane 43-65 (Plenum Press, New York 1985). Odabir odgovarajućih uslova, uključujući temperaturu, koncentraciju soli, koncentraciju polinukleotida, vreme hibridizacije, strogost uslova pranja i slično zavisiće od eksperimentalnog projekta, uključujući izvor uzorka, identitet agenasa za hvatanje, očekivanog stepena komplementarnosti itd., i može se utvrditi kao stvar rutinskog eksperimenta za stručnjake iz ove oblasti. Stručnjaci iz ove oblasti će odmah prepoznati da se alternativna, ali uporediva hibridizacija i uslovi pranja mogu koristiti za obezbeđivanje uslova slične strogosti.
[0249] Nakon postupka hibridizacije mRNK, polinukleotidi vezani za površinu se obično peru radi uklanjanja nevezanih nukleinskih kiselina. Pranje se može sprovesti upotrebom bilo kog pogodnog protokola pranja, pri čemu su uslovi pranja obično strogi, kao što je gore opisano. Hibridizacija ciljnih mRNK na sondama se zatim detektuje pomoću standardnih tehnika.
[0250] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju utvrđivanje nivoa mRNK jednog ili više biomarkera odabranih iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM pomoću jednog od ovde opisanih pristupa ili na drugi način poznat u ovoj oblasti. U jednom načinu ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje KIR2DS2 nivoa mRNK iz uzorka subjekta. U jednom načinu ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje KIR2DL2 nivoa mRNK iz uzorka subjekta. U jednom načinu ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje KIR2DS5 nivoa mRNK iz uzorka subjekta. U jednom načinu ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje KIR2DL5 nivoa mRNK iz uzorka subjekta. U jednom načinu ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje GZMM nivoa mRNK iz uzorka subjekta.
[0251] U nekim načinima ostvarivanja, nivo mRNK KIR2DL5 predstavlja ukupne nivoe mRNK KIR2DL5A i KIR2DL5B. U nekim načinima ostvarivanja, nivo mRNK KIR2DL5 je nivo mRNK KIR2DL5A. U nekim načinima ostvarivanja, nivo mRNK KIR2DL5 je nivo mRNK KIR2DL5B.
[0252] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju utvrđivanje nivoa mRNK dva ili više biomarkera odabranih iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje nivoa mRNK tri ili više od ovih biomarkera. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje nivoa mRNK četiri ili više od ovih biomarkera. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje nivoa mRNK svih pet od ovih biomarkera.
[0253] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju utvrđivanje nivoa mRNK KIR2DS2 i KIR2DL2 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera i izračunavanje odnosa nivoa mRNK KIR2DS2 i nivoa mRNK KIR2DL2 (2DS2/2DL2 mRNK odnos). U nekim načinima ostvarivanja, postupci dalje uključuju utvrđivanje nivoa mRNK KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera i izračunavanje odnosa nivoa mRNK KIR2DS5 i nivoa mRNK KIR2DL5 (2DS5/2DL5 mRNK odnos). U nekim načinima ostvarivanja, postupci dalje uključuju utvrđivanje nivoa mRNK KIR2DS2 i KIR2DL2 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera i nivoa mRNK KIR2DS5 i KIR2DL5 iz uzorka subjekta ili pacijenta obolelog od kancera i izračunavanje 2DS2/2DL2 mRNK odnosa i 2DS5/2DL5 mRNK odnosa.
[0254] U nekim načinima ostvarivanja, nivo mRNK jednog ili više biomarkera odabranih iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM se utvrđuje pomoću qPCR, RT-PCR, RNK-seq, analize mikročipa, SAGE, MassARRAY tehnike ili FISH. U nekim načinima ostvarivanja, nivo mRNK jednog ili više biomarkera odabranih iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM se utvrđuje pomoću qPCR ili RT-PCR.
[0255] U nekim načinima ostvarivanja, ovde bezbeđeni postupci uključuju utvrđivanje nivoa proteina jednog ili više biomarkera odabranih iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM. Nivo proteina biomarkera se može detektovati pomoću više imunohistohemijskih (IHC) pristupa ili drugim postupcima imunološke probe.
[0256] Pokazalo se da je IHC bojenje delova tkiva pouzdan postupak procene ili detektovanja prisustva proteina u uzorku. Imunohistohemijske tehnike koriste antitelo za probu i vizualizaciju celularnih antigena in situ, generalno pomoću hromogenih ili fluorescentnih postupaka. Stoga, antitela ili antiserumi, poželjno poliklonski antiserumi, a najpoželjnije monoklonska antitela specifična za svaki marker se koriste za detekciju ekspresije. Kao što je detaljnije objašnjeno u nastavku, antitela se mogu detektovati direktnim obeležavanjem samih antitela, na primer, pomoću radioaktivnih oznaka, fluorescentnih oznaka, hapten oznaka poput biotina ili enzima kao što je peroksidaza rena ili alkalna fosfataza. Alternativno, neobeleženo primarno antitelo se koristi u vezi sa obeleženim sekundarnim antitelom, koje obuhvata antiserume, poliklonske antiserume ili monoklonsko antitelo specifično za primarno antitelo. Imunohistohemijski protokoli i kompleti su dobro poznati u ovoj oblasti i komercijalno su dostupni. Automatski sistemi za pripremu pločice i IHC obradu su komercijalno dostupni. Ventana® BenchMark XT sistem je primer takvog automatskog sistema.
[0257] Standardni imunološki postupci i postupci imunološke probe mogu se pronaći u Basic and Clinical Immunology (Stites & Terr eds., 7th ed.1991). Dalje, imunološke probe se mogu sprovesti u bilo kojoj od više konfiguracija, koje su ekstenzivno pregledane u Enzyme Immunoassay (Maggio, ed., 1980); i Harlow & Lane, supra. Za pregled generalnih imunoloških proba, takođe pogledati Methods in Cell Biology: Antibodies in Cell Biology, volume 37 (Asai, ed.1993); Basic and Clinical Immunology (Stites & Ten, eds., 7th ed.1991).
[0258] Analize koje se obično koriste za detekciju nivoa proteina biomarkera uključuju nekompetitivne analize, npr. „sendvič“ analize, i kompetitivne analize. Obično se može koristiti analiza poput ELISA analize. ELISA analize su poznate u ovoj oblasti, npr. za analiziranje širokog opsega tkiva i uzoraka, uključujući krv, plazmu, serum ili koštanu srž.
[0259] Širok opseg tehnika imunološke probe upotrebom takvog formata analize je dostupan, pogledati, npr., U.S. Pat. Nos.4,016,043, 4,424,279, i 4,018,653. One uključuju analize na jednom mestu ili na dva mesta ili „sendvič“ analize nekompetitivnih tipova, kao i tradicionalne kompetitivne analize vezivanja. Ove analize takođe uključuju direktno vezivanje obeleženog antitela za ciljni biomarker. „Sendvič“ analize su često korišćene analize. Postoji više varijacija tehnike „sendvič“ analize. Na primer, u tipičnoj direktnoj analizi neobeleženo antitelo je imobilisano na čvrstom supstratu, a uzorak za testiranje je doveden u kontakt sa vezanim molekulom. Nakon odgovarajućeg perioda inkubacije, tokom vremenskog perioda dovoljnog da omogući formiranje antitelo-antigen kompleksa, drugo antitelo specifično za antigen, obeleženo reporter molekulom koji može da proizvede detektabilni signal se zatim dodaje i inkubira, omogućavajući vreme dovoljno za formiranje drugog kompleksa antiteloantigen-obeleženog antitela. Bilo koji nereagujući materijal se ispira, a prisustvo antigena se utvrđuje posmatranjem signala koji proizvodi reporter molekul. Rezultati mogu biti kvalitativni, jednostavnim posmatranjem vidljivog signala, ili mogu biti kvantifikovani upoređivanjem sa kontrolnim uzorkom koji sadrži poznate količine biomarkera.
[0260] Varijacije direktne analize uključuju istovremenu analizu, u kojoj se i uzorak i obeleženo antitelo dodaju istovremeno na vezano antitelo. Ove tehnike su dobro poznate stručnjacima iz ove oblasti, uključujući bilo kakve manje varijacije koje će biti odmah očigledne. U tipičnoj direktnoj „sendvič“ analizi, prvo antitelo sa specifičnošću za biomarker je kovalentno ili pasivno vezano za čvrstu površinu. Čvrsta površina može biti staklo ili polimer, pri čemu su najčešće korišćeni polimeri celuloza, poliakrilamid, najlon, polistiren, polivinil hlorid ili polipropilen. Čvrste osnove mogu biti u obliku cevi, perlica, diskova mikropločica ili bilo koja druga površina pogodna za sprovođenje imunološke probe. Procesi vezivanja su dobro poznati u ovoj oblasti i generalno se sastoje od umrežavanja, kovalentnog vezivanja ili fizičke adsorpcije, polimer-antitelo kompleks se ispira u preparatu za test uzorak. Alikvot uzorka koji se testira se zatim dodaje kompleksu čvrste faze i inkubira tokom vremenskog perioda dovoljnog (npr.2-40 minuta ili preko noći ako je pogodnije) i pod pogodnim uslovima (npr., od sobne temperature do 40°C poput između 25°C i 32°C) da omogući vezivanje bilo koje podjedinice prisutne u antitelu. Nakon perioda inkubacije, čvrsta faza podjedinice antitela se ispira i suši i inkubira sa drugim antitelom specifičnim za deo biomarkera. Drugo antitelo se povezuje sa reporter molekulom koji se koristi za indikaciju vezivanja drugog antitela za molekularni marker.
[0261] U nekim načinima ostvarivanja, protočna citometrija (FACS) se može koristiti za detektovanje nivoa proteina biomarkera. Površinski proteini (poput KIR) mogu se detektovati upotrebom antitela u odnosu na specifične biomarkere. Protočni citometar detektuje i izveštava o intenzitetu fluorihrom tagovanog antitela, što je indikator nivoa ekspresije biomarkera. Nefluorescentni citoplazmički proteini se takođe mogu posmatrati bojenjem propustljivih ćelija. Boja može biti fluorescentno jedinjenje koje može da se veže za određene molekule, ili fluorihrom tagovano antitelo koje se vezuje za molekul po izboru.
[0262] Alternativni postupak uključuje imobilizaciju ciljnih biomarkera u uzorku, a zatim izlaganje imobilizovanog cilja specifičnom antitelu, koje može ili ne može biti obeleženo reporter molekulom. U zavisnosti od količine cilja i snage signala reportera molekula, vezani cilj se može detektovati direktnim obeležavanjem sa antitelom. Alternativno, drugo obeleženo antitelo, specifično za prvo antitelo je izloženo cilju prvom antitelo kompleksu radi formiranja cilja prvog antitelo-drugog antitelo tercijarnog kompleksa. Ovaj kompleks se detektuje pomoću signala koji se emituje pomoću obeleženog reportera molekula.
[0263] U slučaju enzimske imunološke probe, enzim se konjuguje sa drugim antitelom, generalno pomoću glutaraldehida ili periodata. Kao što će se odmah prepoznati, međutim, postoji širok opseg različitih tehnika konjugacije, koje su odmah dostupne stručnjaku iz ove oblasti. Često korišćeni enzimi uključuju peroksidazu rena, oksidazu glukoze, beta-galaktozidazu i alkalnu fosfatazu, a i drugi su ovde pomenuti. Supstrati koje treba koristiti sa specifičnim enzimima se generalno biraju za proizvodnju, nakon hidrolize od strane odgovarajućeg enzima, detektabilne promene boje. Primeri pogodnih enzima uključuju alkalnu fosfatazu i peroksidazu. Takođe se mogu koristiti za upotrebu fluorogenih supstrata, koji prinose fluorescentni proizvod umesto gore navedenih hromogenih supstrata. U svim slučajevima, enzimom obeleženo antitelo se dodaje prvom antitelo-molekularni marker kompleksu, koji se može vezati, a zatim se višak reagensa ispira. Rastvor koji sadrži odgovarajući supstrat se zatim dodaje kompleksu antitelo-antigen-antitelo. Supstrat će reagovati sa enzimom povezanim sa drugim antitelom, čime se dobija kvalitativni vizuelni signal, koji se može dalje kvantifikovati, obično spektrofotometrički, ako bi se pružila indikacija količine biomarkera koji je bio prisutan u uzorku. Alternativno, fluorescentna jedinjenja, poput fluoresceina i rodamina, mogu se hemijski upariti sa antitelima bez menjanja njihovog kapaciteta za vezivanje. Kada se aktivira iluminacijom svetlom određene talasne dužine, fluorohrom obeleženo antitelo adsorbuje svetlosnu energiju, čime se indukuje ekscitabilnost u molekulu, nakon čega sledi emisija svetla u karakterističnoj boji vizuelno detektabilnoj pomoću svetlosnog mikroskopa. Kao u EIA, fluorescentno obeleženo antitelo može da se vezuje za prvi antitelo-molekularni marker kompleks. Nakon ispiranja nevezanog reagensa, preostali tercijarni kompleks se zatim izlaže svetlosti odgovarajuće talasne dužine, a primećena fluorescentnost prikazuje prisustvo molekularnog markera od interesa. Imunofluorescentnost i EIA tehnike su veoma dobro poznate u ovoj oblasti i o njima se govori u ovom dokumentu.
[0264] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju utvrđivanje nivoa proteina jednog ili više biomarkera odabranih iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera pomoću jednog od pristupa ovde opisanih ili na drugi način poznatih u ovoj oblasti. U jednom načinu ostvarivanja, postupak uključuje utvrđivanje KIR2DS2 nivoa proteina iz uzorka subjekta ili pacijenta obolelog od kancera. U jednom načinu ostvarivanja, postupak uključuje utvrđivanje KIR2DL2 nivoa proteina iz uzorka subjekta ili pacijenta obolelog od kancera. U jednom načinu ostvarivanja, postupak uključuje utvrđivanje KIR2DS5 nivoa proteina iz uzorka subjekta ili pacijenta obolelog od kancera. U jednom načinu ostvarivanja, postupak uključuje utvrđivanje KIR2DL5 nivoa proteina iz uzorka subjekta ili pacijenta obolelog od kancera. U jednom načinu ostvarivanja, postupak uključuje utvrđivanje GZMM nivoa proteina iz uzorka subjekta ili pacijenta obolelog od kancera.
[0265] U nekim načinima ostvarivanja, nivo proteina KIR2DL5 je ukupan nivo proteina KIR2DL5A i KIR2DL5B. U nekim načinima ostvarivanja, nivo proteina KIR2DL5 je nivo proteina KIR2DL5A. U nekim načinima ostvarivanja, nivo proteina KIR2DL5 je nivo proteina KIR2DL5B.
[0266] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju utvrđivanje nivoa proteina dva ili više od ovih biomarkera. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje nivoa proteina tri ili više od ovih biomarkera. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje nivoa proteina četiri ili više od ovih biomarkera. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju utvrđivanje nivoa proteina pet od ovih biomarkera.
[0267] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci dalje uključuju utvrđivanje nivoa proteina KIR2DS2 i KIR2DL2 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera i izračunavanje odnosa nivoa proteina KIR2DS2 i nivoa proteina KIR2DL2 (2DS2/2DL2 odnos proteina). U nekim načinima ostvarivanja, postupci dalje uključuju utvrđivanje nivoa proteina KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera i izračunavanje odnosa nivoa proteina KIR2DS5 i nivoa proteina KIR2DL5 (2DS5/2DL5 odnos proteina). U nekim načinima ostvarivanja, postupci dalje uključuju utvrđivanje nivoa proteina KIR2DS2 i KIR2DL2 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera i nivoa proteina KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku subjekta ili pacijenta obolelog od kancera i izračunavanje 2DS2/2DL2 odnosa proteina i 2DS5/2DL5 odnosa proteina.
[0268] U nekim načinima ostvarivanja, nivo proteina jednog ili više biomarkera odabranih iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM se utvrđuje imunoblot postupkom („Vestern blot“ postupak), ELISA-om, imunohistohemijom, protočnom citometrijom, analizom citometrijskih perlica ili masenom spektroskopijom. U nekim načinima ostvarivanja, nivo proteina jednog ili više biomarkera odabranih iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM se utvrđuje preko ELISA.
3.3. Uzorci
[0269] U nekim načinima ostvarivanja, postupci KIR tipizacije, HLA tipizacije ili postupci koji određuju ili mRNK nivo ili nivo proteina jednog ili više biomarkera, dalje uključuju dobijanje uzorka od subjekta. Subjekat može biti sisar, na primer čovek. Subjekat može biti muškarac ili žena, i može biti odrastao čovek, dete ili novorođenče. Subjekat može biti pacijent. Pacijent može biti pacijent oboleo od kancera. Uzorci se mogu analizirati u vreme tokom aktivne faze kancera (npr., limfom, MDS ili leukemija) ili kada je kancer neaktivan. U određenim načinima ostvarivanja, može se dobiti više od jednog uzorka subjekta.
[0270] U nekim načinima ostvarivanja, postupci KIR tipizacije, HLA tipizacije ili postupci koji određuju ili mRNK nivo ili nivo proteina jednog ili više biomarkera, sprovedeni su kao pridružena dijagnostika FTI tretmanu. Pridružena dijagnostika se može sprovesti na kliničkom mestu gde se subjekat leči. Pridružena dijagnostika se takođe može sprovesti na mestu odvojenom od kliničkog mesta gde se subjekat leči.
[0271] U određenim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima uključuje telesne tečnosti subjekta. Neograničavajući primeri telesnih tečnosti uključuju krv (npr., periferalnu celu krv, periferalnu krv), krvnu plazmu, koštanu srž, plodovu vodu, očnu vodicu, žuč, limfu, menzes, serum, mokraću, cerebrospinalnu tečnost oko mozga i kičmene moždine, sinovijalnu tečnost oko zglobova kostiju.
[0272] U jednom načinu ostvarivanja, uzorak je uzorak koštane srži. Postupci za dobijanje uzorka koštane srži su dobro poznati u ovoj oblasti, uključujući, ali bez ograničenja na biopsiju koštane srži i aspiraciju koštane srži. Koštana srž ima tečni deo i čvrsti deo. U biopsiji koštane srži, uzima se uzorak čvrstog dela. U aspiraciji koštane srži, uzima se uzorak tečnog dela. Biopsija koštane srži i aspiracija koštane srži mogu se sprovesti u isto vreme i navode se kao pregled koštane srži.
[0273] U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak krvi. Uzorak krvi se može dobiti pomoću konvencionalnih tehnika kakve su opisane u, npr. Innis et al, editors, PCR Protocols (Academic Press, 1990). Bele krvne ćelije mogu se odvojiti od uzoraka krvi pomoću konvencionalnih tehnika ili komercijalno dostupnih kompleta, npr. RosetteSep komplet (Stein Cell Technologies, Vankuver, Kanada). Subpopulacije belih krvnih ćelija, npr. mononuklearne ćelije, NK ćelije, B ćelije, T ćelije, monociti, granulociti ili limfociti mogu se dalje izolovati pomoću konvencionalnih tehnika, npr. magnetski aktiviranim sortiranjem ćelija (MACS) (Miltenyi Biotec, Obern, Kalifornija) ili fluorescentno aktiviranim sortiranjem ćelija (FACS) (Becton Dickinson, San Hoze, Kalifornija).
[0274] U jednom načinu ostvarivanja, uzorak krvi je od oko 0.1 mL do oko 10.0 mL, od oko 0.2 mL do oko 7 mL, od oko 0.3 mL do oko 5 mL, od oko 0.4 mL do oko 3.5 mL ili od oko 0.5 mL do oko 3 mL. U drugom načinu ostvarivanja, uzorak krvi je oko 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5, 3.0, 3.5, 4.0, 4.5, 5.0, 6.0, 7.0, 8.0, 9.0 ili 10.0 mL.
[0275] U nekim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovim postupcima uključuje biopsiju (npr., biopsiju tumora). Biopsija može biti od bilo kog organa ili tkiva, na primer, kože, jetre, pluća, srca, debelog creva, bubrega, koštane srži, zuba, limfnih čvorova, kose, slezine, mozga, grudi ili drugih organa. Bilo koja tehnika biopsije koja je poznata stručnjacima iz ove oblasti može se koristiti za izolaciju uzorka iz subjekta, na primer, otvorena biopsija, zatvorena biopsija, biopsija srži, inciziona biopsija, eksciziona biopsija ili biopsija aspiracije finom iglom.
[0276] U jednom načinu ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima se dobija od subjekta pre nego što subjekat primi tretman za bolest ili poremećaj. U drugom načinu ostvarivanja, uzorak se dobija od subjekta tokom primanja tretmana za bolest ili poremećaj. U drugom načinu
1
ostvarivanja, uzorak se dobija od subjekta nakon primanja tretmana za bolest ili poremećaj. U različitim načinima ostvarivanja, tretman uključuje davanje FTI subjektu.
[0277] U određenim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima uključuje više ćelija. Te ćelije mogu uključivati bilo koji tip ćelija, npr., matične ćelije, krvne ćelije (npr., PBMC), limfocite, NK ćelije, B ćelije, T ćelije, monocite, granulocite, imune ćelije ili ćelije tumora ili kancera. U određenim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima uključuje više obogaćenih NK ćelija iz uzorka krvi ili uzorka koštane srži subjekta ili pacijenta obolelog od kancera. Specifične populacije ćelije mogu se dobiti pomoću kombinacije komercijalno dostupnih antitela (npr., Quest Diagnostic (San Juan Capistrano, Kalifornija.); Dako (Danska)).
[0278] U određenim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima je iz obolelog tkiva, npr., od osobe koja ima kancer (npr., limfom, MDS or leukemiju). U određenim načinima ostvarivanja. U nekim načinima ostvarivanja, ćelije se mogu dobiti iz ćelija tumora ili kancera ili iz tkiva tumora, poput biopsije tumora ili eksplanta tumora. U određenim načinima ostvarivanja, broj ćelina upotrebljenih u ovde obezbeđenim postupcima može varirati od jedne ćelije do oko 10<9>ćelija. U nekim načinima ostvarivanja, broj ćelija upotrebljenih u ovde obezbeđenim postupcima je oko 1 x 10<4>, 5 x 10<4>, 1 x 10<5>, 5 x 10<5>, 1 x 10<6>, 5 x 10<6>, 1 x 10<7>, 5 x 10<7>, 1 x 10<8>, ili 5 x 10<8>.
[0279] Broj i tip ćelija sakupljenih od subjekta može se pratiti, na primer, merenjem promena u morfologiji i markerima površine ćelije pomoću standardnih tehnika detekcije ćelije poput protočne citometrije, sortiranja ćelija, imunocitohemije (npr., bojenje antitelima specifičnim za tkiva ili specifičnim za ćelijski marker), fluorescentno aktiviranog sortiranja ćelija (FACS), magnetski aktiviranog sortiranja ćelija (MACS), ispitivanjem morfologije ćelija pomoću svetlosne ili konfokalne mikroskopije i/ili merenjem promena u ekspresiji gena pomoću tehnika dobro poznatih u ovoj oblasti tehnike, poput PCR i profilisanja ekspresije gena. Ove tehnike se takođe mogu koristiti za identifikaciju ćelija koje su pozitivne za jedan ili više određenih markera. Fluorescentno aktivirano sortiranje ćelija (FACS) je dobro poznat postupak za razdvajanje čestica, uključujući ćelije, zasnovan na fluorescentnim karakteristikama čestica (Kamarch, 1987, Methods Enzymol, 151:150-165). Laserska ekscitacija fluorescentnih polovina u pojedinačnim česticama dovodi do malog električnog punjenja koje omogućava elektromagnetno razdvajanje pozitivnih i negativnih čestica iz mešavine. U jednom načinu ostvarivanja, antitela ili ligandi specifični za marker površine ćelije su obeleženi prepoznatljivim fluorescentnim oznakama. Ćelije se obrađuju kroz sorter ćelija, što omogućava razdvajanje ćelija na osnovu njihove mogućnosti da se vezuju za upotrebljena antitela. FACS sortirane čestice mogu se direktno ostaviti u pojedinačne bazenčiće u pločicama sa 96 ili 384 bazenčića radi olakšanog razdvajanja i kloniranja.
[0280] U određenim načinima ostvarivanja, podskupovi ćelija se koriste u ovde obezbeđenim postupcima. Postupci za sortiranje i izolaciju specifičnih populacija ćelija su dobro poznati u ovoj oblasti i mogu biti bazirani na veličini ćelije, morfologiji ili intracelularnim ili ekstracelularnim markerima. Ti postupci uključuju, ali nisu ograničeni na protočnu citometriju, protočno sortiranje, FACS, razdvajanje na
2
bazi perlica poput magnetnog sortiranja ćelija, razdvajanje na bazi veličine (npr., sito, analiza prepreka ili filter), sortiranje u mikrofluidnom uređaju, razdvajanje na bazi antitela, sedimentaciju, adsorpciju afiniteta, ekstrakciju afiniteta, centrifugiranje gradijenta gustine, mikrodisekciju laserskog hvatanja itd. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak uključuje obogaćene NK ćelije sortirane pomoću jednog ili više ovde opisanih postupaka, ili na drugi način poznatih u ovoj oblasti. U jednom načinu ostvarivanja, obogaćene NK ćelije se dalje šire in vitro pre podvrgavanja KIR tipizaciji, HLA tipizaciji ili analizi nivoa ekspresije jednog ili više biomarkera odabranih iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM.
[0281] Uzorak može biti uzorak cele krvi, uzorak koštane srži, uzorak delimično prečišćene krvi, PBMC ili biopsija tkiva. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak koštane srži pacijenta obolelog od kancera. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je PBMC pacijenta obolelog od kancera. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak su obogaćene NK ćelije iz koštane srži, cele krvi ili delimično prečišćene krvi. U nekim načinima ostvarivanja, NK ćelije se dalje šire in vitro. Postupci dobijanja uzorka od subjekta i postupci pripreme uzorka za utvrđivanje nivoa mRNK ili nivoa proteina jednog ili više biomarkera su dobro poznati u ovoj oblasti.
3.4. Referentni nivoi i referentni odnosi
[0282] Ovde su obezbeđeni postupci za lečenje subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI ili odabir pacijenta obolelog od kancera za FTI tretman, na osnovu KIR tipizacije, nivoa ekspresije (nivo mRNK ili nivo proteina) jednog ili više pojedinačnih biomarkera odabranih iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM, ili jednog ili oba odnosa nivoa ekspresije između biomarkera (2DS2/2DL2 odnos; 2DS5/2DL5 odnos). U nekim načinima ostvarivanja, pacijent oboleo od kancera je odabran za FTI tretman ako je pacijent oboleo od kancera nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5, ili oba. U nekim načinima ostvarivanja, pacijent oboleo od kancera je odabran za FTI tretman ako
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2; (ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku subjekta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2; (iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5; (iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku subjekta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; (v) nivo ekspresije GZMM u uzorku subjekta je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; (vi) odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 u uzorku subjekta je viši od referentnog odnosa nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2; ili
(vii) odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5 u uzorku subjekta je viši od referentnog odnosa nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5; ili bilo koja kombinacija od (i)-(vii).
[0283] Ovde obezbeđeni postupci mogu dalje uključivati utvrđivanje referentnog nivoa ekspresije svakog pojedinačnog biomarkera odabranog iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM, ili referentnog odnosa između nivoa ekspresije biomarkera, uključujući referentni 2DS2/2DL2 odnos i referentni 2DS5/2DL5 odnos. U nekim načinima ostvarivanja, referentni nivo ekspresije biomarkera je nivo ekspresije biomarkera u uzorku zdravog pojedinca, ili prosečni ili srednji nivo ekspresije biomarkera u više uzoraka jednog ili više zdravih pojedinaca. U nekim načinima ostvarivanja, referentni nivo ekspresije biomarkera je prosečni nivo ekspresije biomarkera u uzorcima od 2, 3, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50 ili više zdravih pojedinaca. U nekim načinima ostvarivanja, referentni nivo ekspresije biomarkera je srednji nivo ekspresije biomarkera u uzorcima od 2, 3, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50 ili više zdravih pojedinaca.
[0284] U nekim načinima ostvarivanja, referentni nivo ekspresije KIR2DS2 je nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku zdravog pojedinca, ili prosečni ili srednji nivo ekspresije KIR2DS2 u više uzoraka jednog ili više zdravih pojedinaca. U nekim načinima ostvarivanja, referentni nivo ekspresije KIR2DL2 je nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku zdravog pojedinca, ili prosečni ili srednji nivo ekspresije KIR2DL2 u više uzoraka jednog ili više zdravih pojedinaca. U nekim načinima ostvarivanja, referentni nivo ekspresije KIR2DS5 je nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku zdravog pojedinca, ili prosečni ili srednji nivo ekspresije KIR2DS5 u više uzoraka jednog ili više zdravih pojedinaca. U nekim načinima ostvarivanja, referentni nivo ekspresije KIR2DL5 je nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku zdravog pojedinca, ili prosečni ili srednji nivo ekspresije KIR2DL5 u više uzoraka jednog ili više zdravih pojedinaca. U nekim načinima ostvarivanja, referentni nivo ekspresije GZMM je nivo ekspresije GZMM u uzorku zdravog pojedinca, ili prosečni ili srednji nivo ekspresije GZMM u više uzoraka jednog ili više zdravih pojedinaca.
[0285] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci dalje uključuju utvrđivanje referentnog odnosa između nivoa ekspresije dva biomarkera, poput 2DS2/2DL2 referentnog odnosa ekspresije ili 2DS5/2DL5 referentnog odnosa ekspresije. U nekim načinima ostvarivanja, referentni odnos ekspresije biomarkera je odnos ekspresije biomarkera u uzorku zdravog pojedinca, ili prosečan ili srednji odnos ekspresije biomarkera u više uzoraka jednog ili više zdravih pojedinaca. U nekim načinima ostvarivanja, referentni odnos ekspresije dva biomarkera je prosečan odnos ekspresije biomarkera u uzorcima od 2, 3, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50 ili više zdravih pojedinaca. U nekim načinima ostvarivanja, referentni odnos ekspresije dva biomarkera je srednji odnos ekspresije biomarkera u uzorcima od 2, 3, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50 ili više zdravih pojedinaca.
[0286] U nekim načinima ostvarivanja, referentni 2DS2/2DL2 odnos je 2DS2/2DL2 odnos u uzorku zdravog pojedinca, ili prosečan ili srednji 2DS2/2DL2 odnos u više uzoraka jednog ili više zdravih pojedinaca. U nekim načinima ostvarivanja, referentni 2DS5/2DL5 odnos je 2DS5/2DL5 u uzorku zdravog pojedinca, ili prosečni ili srednji 2DS5/2DL5 u više uzoraka jednog ili više zdravih pojedinaca.
[0287] U nekim načinima ostvarivanja, referentni nivo ekspresije biomarkera ili referentni odnos između nivoa ekspresije dva biomarkera može se utvrditi na osnovu statističke analize podataka iz prethodnih kliničkih ispitivanja, uključujući ishod grupe pacijenata, konkretno, odgovor pacijenata na FTI tretman, kao i nivoa ekspresije biomarkera ili odnosa nivoa ekspresije između biomarkera grupe pacijenata. Više
4
statističkih postupaka je dobro poznato u ovoj oblasti radi utvrđivanja referentnog nivoa (ili koji se navodi kao „granična vrednost“) jednog ili više biomarkera kada se koristi za predviđanje odgovora pacijenta na određeni tretman, ili radi stratifikacije pacijenata za određeni tretman.
[0288] Jedan postupak prema ovom pronalasku uključuje analizu profila ekspresije gena za ovde identifikovane biomarkere koji razlikuju responder od ne-respondera radi utvrđivanja referentnog nivoa ekspresije za jedan ili više biomarkera. Poređenja između respondera i ne-respondera mogu se sprovesti pomoću Mann- Whitney U-testa, Chi-square testa ili Fisher's Exact testa. Analiza deskriptivne statistike i poređenja mogu se sprovesti pomoću SigmaStat softvera (Systat Software, Inc., San Hoze, CA, SAD).
[0289] U nekim načinima ostvarivanja, analiza klasifikacionog i regresionog stabla (CART) može se usvojiti radi utvrđivanja referentnog nivoa. CART analiza je zasnovana na binarnom rekurzivnom deobnom algoritmu i omogućava otkriće složenih interakcija varijable prediktora koje ne moraju biti očigledne uz tradicionalnije postupke, poput višestruke linearne regresije. Binarna rekurzivna deoba odnosi se na analizu koja je: 1) binarna, što znači da postoje dve moguće varijable ishoda, konkretno „responderi“ i „ne-responderi“, usled čega se pacijenti dele u 2 grupe; 2) rekurzivna, što znači da se analiza može sprovoditi više puta; i 3) deobna, što znači da ceo skup podataka može biti podeljen na delove. Ova analiza takođe ima mogućnost da eliminiše varijable prediktora sa lošim performansama. Klasifikaciono stablo može se napraviti pomoću Salford Predictive Modeler v6.6 (Salford Systems, San Dijego, CA, SAD).
[0290] Artikli prema ovom pronalasku predstave profila ekspresije gena koje se koriste za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman koji su smanjeni na sredinu koja se može automatski čitati kao kompjuterski čitljivi medijum (magnetni, optički i slično). Artikli takođe mogu uključivati uputstva za procenu profila ekspresije gena u tim medijumima. Na primer, artikli mogu obuhvatati CD-ROM sa kompjuterskim uputstvima za upoređivanje profila ekspresije gena gore opisanih biomarkera. Artikli takođe mogu imati profile ekspresije gena digitalno snimljene tako da se mogu porediti sa podacima o ekspresiji gena iz uzoraka pacijenata. Alternativno, profili se mogu snimiti u različitim reprezentativnim formatima. Algoritmi za grupisanje poput onih inkorporiranih u gore pomenutim kompjuterskim programima „OMNIVIZ“ i „TREE VIEW“ mogu najbolje pomoći u vizualizaciji tih podataka.
[0291] ROC analiza može se koristiti za utvrđivanje referentnog nivoa ekspresije, ili referentnog odnosa ekspresije, ili za testiranje ukupne prediktivne vrednosti klasifikatora pojedinačnih gena i/ili više gena. Pregled ROC analize može se pronaći u Soreide, J Clin Pathol 10.1136 (2008).
[0292] Referentni nivo se može utvrditi sa ROC krive kompleta za obuku kako bi se obezbedila visoka senzitivnost i visoka specifičnost. Za utvrđivanje koliko biomarkera je potrebno da bude uključeno u prediktor, leave-one-out unakrsna validacija (LOOCV) se može koristiti. Beleže se rezultati odgovora za „odbačene“ uzorke zasnovane na različitim brojevima gena. Performanse prediktora sa različitim brojevima gena mogu se proceniti na osnovu stope pogrešne klasifikacije, senzitivnosti, specifičnosti, p vrednosti kojima se meri razdvajanje Kaplan-Meier kriva dve predviđene grupe.
[0293] Top Scoring Pair (TSP) algoritam koji su prvi predstavili Geman et al. (2004) se može koristiti. U suštini, ovaj algoritam rangira sve parove gena (geni i i j) na osnovu apsolutne razlike (Dij) u frekventnosti događaja, pri čemu gen i ima višu vrednost ekspresije od gena j u uzorcima među klasom C1 do C2. U slučajevima kada postoji više top parova (svi dele isti Dij), za odabir se top par po sekundarnom rangu koji meri magnitudu pri kojoj nastupaju inverzije gena nivoa ekspresije od jedne klase do druge unutar para gena. Top par sa najvećom frekventnošću apsolutnog Dij > 2-struko u svim uzorcima biće odabran kao par kandidat. Par kandidat može biti procenjen u nezavisnom skupu test podataka. Leave-one-out unakrsna validacija (LOOCV) može se sprovoditi u skupu podataka za obuku radi procene kako algoritam postiže rezultate. Performanse prediktora mogu se proceniti na osnovu maksimalne stope pogrešne klasifikacije. Sve statističke analize mogu se sprovoditi pomoću R (R Development Core Team, 2006).
[0294] Pregled postupaka i statističkih alata koji se koriste za utvrđivanje referentnog nivoa mogu se pronaći u James Westgard, Ph.D., Basic Methods Validation, 3d edition (2008). Specifične reference su napravljene na Poglavlje 9 ("How is reportable range of a method determined") i Poglavlje 15 ("How is a reference interval verified").
[0295] Klinički reportabilan opseg (CRR) je opseg vrednosti analita koje se mogu meriti ovim postupkom, što omogućava rastvaranje uzorka, koncentraciju ili drugi predtretman koji se koristi za proširenje direktnog analitičkog mernog opsega. Kao što je navedeno u Basic Methods Validation by Dr. Westgard, eksperiment koji treba sprovesti se često naziva „eksperiment linearnosti“, iako tehnički ne postoje zahtevi da postupak omogući linearni odgovor, osim ako se koristi kalibracija u dve tačke. Ovaj opseg se može navesti kao „linearni opseg“, „analitički opseg“ ili „radni opseg“ za postupak.
[0296] Reportabilni opseg se procenjuje proverom grafikona linearnosti. Ta provera može uključivati ručno crtanje najbolje prave linije kroz linearni deo tačaka, crtanje linije od tačke do tačke kroz sve tačke, zatim upoređivanje sa najboljom pravom linijom ili umetanje regresione linije kroz tačke u linearnom opsegu. Postoje složeniji statistički obračuni koji se preporučuju u nekim smernicama, poput EP-6 protokola Instituta za kliničke laboratorijske standarde (CLSI) za procenu linearnosti analitičkih postupaka. Ali opšte je prihvaćeno da se reportabilni opseg može adekvatno utvrditi iz „vizuelne“ procene, tj. ručnim crtanjem najbolje prave linije koja se uklapa u najniže tačke u seriji. Institut za kliničke laboratorijske standarde (CLSI) preporučuje minimum od najmanje 4- poželjno 5-različitih nivoa koncentracija. Više od 5 se može koristiti, naročito ako gornja granica reportabilnog opsega treba da se maksimizuje, ali 5 nivoa je pogodno i skoro uvek dovoljno.
[0297] Referentni interval se obično uspostavlja analiziranjem uzoraka dobijenih od pojedinaca koji ispunjavaju pažljivo definisane kriterijume (referentna grupa uzoraka). Protokoli poput onih Stručnog veća Međunarodne federacije za kliničku hemiju (IFCC) o teoriji referentnih vrednosti i CLSI opisuju sveobuhvatne sistematske postupke koji koriste pažljivo odabrane referentne grupe uzoraka za uspostavljanje referentnih intervala. Ovim protokolima obično treba najmanje 120 referentnih pojedinaca za svaku grupu (ili podgrupu) koju treba naznačiti.
[0298] CLSI odobrena smernica C28-A2 opisuje različite načine da laboratorija validira prebacivanje utvrđenih referentnih intervala u pojedinačnu laboratoriju koja uključuje 1. Božanski sud, pri čemu laboratorija samo pregleda podnete informacije i subjektivno proverava da li su referentni intervali primenljivi na usvajanje populacije pacijenata laboratorije i postupke testiranja; 2. Proveru sa 20 uzoraka, pri čemu se eksperimentalna provera sprovodi sakupljanjem i analiziranjem uzoraka 20 pojedinaca koji predstavljaju populaciju referentnog uzorka; 3. Procenu sa 60 uzoraka, pri čemu se eksperimentalna provera sprovodi sakupljanjem i analiziranjem uzoraka 60 pojedinaca koji predstavljaju populaciju referentnog uzorka, a stvarni referentni interval se procenjuje i upoređuje sa pretpostavljenim ili objavljenim intervalom pomoću statističke formule koja upoređuje sredstva i standardna odstupanja ove dve populacije; i 4. Obračun iz postupka upoređivanja, pri čemu se mogu podesiti ili korigovati pretpostavljeni ili objavljeni referentni intervali na osnovu primećene metodološke pristrasnosti i matematičkog odnosa demonstriranog između analitičkih postupaka koji se koriste.
[0299] Stručnjak iz ove oblasti će razumeti da se ovde opisani referentni nivo ekspresije biomarkera, kao i referentni odnosi između dva biomarkera mogu utvrditi pomoću jednog ili više postupaka kako je ovde obezbeđeno ili drugih postupaka poznatih u ovoj oblasti.
[0300] Shodno tome, u nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju
a) utvrđivanje referentnog nivoa ekspresije biomarkera odabranog iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5, GZMM; i
b) davanje terapeutski efektivne količine FTI pacijentu obolelom od kancera ako
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku od pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2;
(ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku od pacijenta obolelog od kancera je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku od pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku od pacijenta obolelog od kancera je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; ili
(v) nivo ekspresije GZMM u uzorku od pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; ili bilo koja kombinacija od (i)-(v).
[0301] U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije KIR2DL5 su ukupni nivoi ekspresije KIR2DL5A i KIR2DL5B. U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije KIR2DL5 je nivo ekspresije KIR2DL5A. U nekim načinima ostvarivanja, nivo ekspresije KIR2DL5 je nivo ekspresije KIR2DL5B.
[0302] Shodno tome, u nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju
a) utvrđivanje referentnog mRNK nivoa biomarkera odabranog iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5, GZMM; i
b) davanje terapeutski efektivne količine FTI pacijentu obolelom od kancera ako
(i) nivo mRNK KIR2DS2 u uzorku pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa mRNK KIR2DS2;
(ii) nivo mRNK KIR2DL2 u uzorku pacijenta obolelog od kancera je niži od referentnog nivoa mRNK KIR2DL2;
(iii) nivo mRNK KIR2DS5 u uzorku pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa mRNK KIR2DS5;
(iv) nivo mRNK KIR2DL5 u uzorku pacijenta obolelog od kancera je niži od referentnog nivoa mRNK KIR2DL5; or
(v) nivo mRNK GZMM u uzorku pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa mRNK GZMM; ili bilo koja kombinacija od (i)-(v).
[0303] U nekim načinima ostvarivanja, mRNK nivoi KIR2DL5 su ukupni mRNK nivoi KIR2DL5A i KIR2DL5B. U nekim načinima ostvarivanja, mRNK nivo KIR2DL5 je mRNK nivo KIR2DL5A. U nekim načinima ostvarivanja, mRNK nivo KIR2DL5 je mRNK nivo KIR2DL5B.
[0304] Shodno tome, u nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju
a) utvrđivanje referentnog nivoa proteina biomarkera odabranog iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5, GZMM; i
b) davanje terapeutski efektivne količine FTI pacijentu obolelom od kancera ako
(i) nivo proteina KIR2DS2 u uzorku pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa proteina KIR2DS2;
(ii) nivo proteina KIR2DL2 u uzorku pacijenta obolelog od kancera je niži od referentnog nivoa proteina KIR2DL2;
(iii) nivo proteina KIR2DS5 u uzorku pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa proteina KIR2DS5;
(iv) nivo proteina KIR2DL5 u uzorku pacijenta obolelog od kancera je niži od referentnog nivoa proteina KIR2DL5; or
(v) nivo proteina GZMM u uzorku pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog nivoa proteina GZMM; ili bilo koja kombinacija od (i)-(v).
[0305] U nekim načinima ostvarivanja, nivo proteina KIR2DL5 su ukupni nivoi proteina KIR2DL5A i KIR2DL5B. U nekim načinima ostvarivanja, nivo proteina KIR2DL5 je nivo proteina KIR2DL5A. U nekim načinima ostvarivanja, nivo proteina KIR2DL5 je nivo proteina KIR2DL5B.
[0306] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju
a) utvrđivanje referentnog 2DS2/2DL2 odnosa, ili referentnog 2DS5/2DL5 odnosa; i
b) davanje terapeutski efektivne količine FTI pacijentu obolelom od kancera ako
(i) 2DS2/2DL2 odnos u uzorku pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa; ili
(ii) 2DS5/2DL5 odnos u uzorku pacijenta obolelog od kancera je viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa; ili i (i) i (ii).
[0307] U nekim načinima ostvarivanja, 2DS2/2DL2 odnos je odnos KIR2DS2 mRNK nivoa i KIR2DL2 mRNK nivoa. U nekim načinima ostvarivanja, 2DS2/2DL2 odnos je odnos KIR2DS2 nivoa proteina i KIR2DL2 nivoa proteina. U nekim načinima ostvarivanja, 2DS5/2DL5 odnos je odnos KIR2DS5 mRNK nivoa i KIR2DL5 mRNK nivoa. U nekim načinima ostvarivanja, 2DS5/2DL5 odnos je odnos KIR2DS5 nivoa proteina i KIR2DL5 nivoa proteina.
3.5. Kanceri
[0308] Ovde su obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta sa FTI, pri čemu je pomenuti kancer HNSCC a drugi tipovi kancera nisu deo ovog pronalaska, i postupcima za odabir pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman. Kancer može biti hematopoetski kancer ili čvrsti tumor. Ovde su takođe obezbeđeni postupci za lečenje predmalignog stanja kod subjekta sa FTI i postupci za odabir pacijenata sa predmalignim stanjem za FTI tretman. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0309] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje hematopoetskog kancera kod subjekta sa FTI ili odabir pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman. Hematološki kanceri su kanceri krvi ili koštane srži. Primeri hematoloških (ili hematogenih) kancera uključuju leukemije, limfom i mijelodisplastički sindrom (MDS).
[0310] Leukemija se odnosi na maligne neoplazme tkiva koja formiraju krv. Različiti oblici leukemija su opisani, na primer, u U.S. Patent No.7,393,862 i američkoj privremenoj patentnoj prijavi br.60/380,842, podnetoj 17. maja 2002. Iako se navodi da virusi prouzrokuju više oblika leukemije kod životinja, uzroci leukemije kod ljudi su u velikoj meri nepoznati. The Merck Manual, 944-952 (17th ed.1999).
Transformacija u malignitet obično nastupa u jednoj ćeliji kroz dve ili više faza sa naknadnom proliferacijom i klonskom ekspanzijom. Kod nekih leukemija specifične hromozomske translokacije su identifikovane sa konzistentnom leukemijskom morfologijom ćelija i specijalnim kliničkim karakteristikama (npr., translokacije 9 i 22 kod hronične mijelocitne leukemije i 15 i 17 kod akutne promijelocitne leukemije). Akutne leukemije su uglavnom nediferencirane ćelijske populacije, a hronične leukemije su zreliji ćelijski oblici.
[0311] Akutne leukemije se dele u limfoblastičke (ALL) i nelimfoblastičke (ANLL) tipove. The Merck Manual, 946-949 (17th ed.1999). Mogu se dalje deliti po svom morfološkom i citohemijskom izgledu prema francusko-američko-britanskoj (FAB) (French-American-British) klasifikaciji ili prema tipu i stepenu diferencijacije. Upotreba specifičnih B- i T-ćelija i mijeloidno-antigenih monoklonskih antitela je od najveće koristi za klasifikaciju. ALL je uglavnom dečije oboljenje koje se utvrđuje laboratorijskim nalazima i ispitivanjem koštane srži. ANLL, takođe poznata i kao akutna mijelogena leukemija ili AML, nastupa u svim uzrastima i najčešće je zastupljena akutna leukemija kod odraslih; u pitanju je oblik koji se obično povezuje sa ozračivanjem kao kauzativnim agensom. U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za tretiranje AML pacijenta sa FTI, ili postupcima za odabir pacijenata za FTI tretman.
[0312] Standardni postupci za lečenje AML pacijenata obično uključuju 2 hemoterapijske (hemo) faze: remisionu indukciju (ili indukciju) i konsolidaciju (post-remisiona terapija). Prvi deo tretmana (remisiona indukcija) ima za cilj uklanjanje što više ćelija leukemije. Intenzitet tretmana može zavisiti od starosti i zdravlja osobe. Intenzivna hemoterapija se često daje ljudima mlađim od 60 godina. Neki stariji pacijenti dobrog zdravlja mogu imati koristi od sličnog ili malo manje intenzivnog tretmana. Ljudi koji su mnogo stariji ili slabog zdravlja nisu pogodni za intenzivne hemoterapije.
[0313] Kod mlađih pacijenata, poput onih mlađih od 60 godina, indukcija često uključuje tretman sa 2 hemo leka, citarabinom (ara-C) i antraciklinom poput daunorubicina (daunomicin) ili idarubicina.
Ponekad se daje i treći lek, kladribin (Leustatin, 2-CdA). Hemoterapija se obično daje u bolnici i traje oko nedelju dana. U retkim slučajevima gde se leukemija proširila na mozak ili kičmenu moždinu, hemoterapija se može dati u cerebrospinalnu tečnost (CSF). Može se takođe koristiti radioterapija.
[0314] Indukcija se smatra uspešnom ako je ostvarena remisija. Međutim, AML kod nekih pacijenata može biti refraktoran za indukciju. Kod pacijenata koji odgovore na indukciju dalji tretman se daje u pokušaju da se unište preostale ćelije leukemije i da se spreči recidiv, što se naziva konsolidacija. Za mlađe pacijente, glavne opcije za terapiju konsolidacijom su: više ciklusa hemoterapije visokom dozom citarabina (ara-C) (ponekad poznata i kao HiDAC); alogenski (donorski) transplant matične ćelije; i autologni transplant matične ćelije.
[0315] Hronične leukemije se opisuju kao limfocitne (CLL) ili mijelocitne (CML). The Merck Manual, 949-952 (17th ed.1999). CLL se karakteriše pojavom zrelih limfocita u krvi, koštanoj srži i limfnim organima. Karakteristika CLL je zadržana, kao i apsolutna limfocitoza (> 5,000/µL) i povećanje limfocita u koštanoj srži. Većina CLL pacijenata takođe ima klonsku ekspanziju limfocita sa karakteristikama B-ćelija. CLL je bolest srednjeg ili starijeg doba. Kod CML, glavna karakteristika je dominacija granulocitnih ćelija svih faza diferencijacije u krvi, koštanoj srži, jetri, slezini i drugim organima. Kod simptomatičkog pacijenta pod dijagnozom, ukupan broj belih krvnih ćelija (WBC) je obično oko 200,000/µL, ali može dostići 1,000,000/µL. CML je relativno lako dijagnostikovati zbog prisustva Philadelphia hromozoma. Dobro je poznato da stromalne ćelije koštane srži podržavaju progresiju CLL bolesti i otpornost na hemoterapiju. Ometanje interakcija između CLL ćelija i stromalnih ćelija je dodatni cilj CLL hemoterapije.
[0316] Pored toga, drugi oblici CLL uključuju prolimfocitnu leukemiju (PLL), leukemiju velikih granularnih limfocita (LGL), leukemiju vlasastih ćelija (HCL). Ćelije kancera u PLL su slične normalnim ćelijama koje se nazivaju prolimfociti – nezreli oblici B limfocita (B-PLL) ili T limfocita (T-PLL). I B-PLL i T-PLL su obično agresivniji od uobičajenog tipa CLL. Ćelije kancera LGL su velike i imaju karakteristike ili T ćelija ili NK ćelija. Većina LGL leukemija su spororastuće, ali manji broj je agresivniji. HCL je drugi kancer limfocita koji obično sporo napreduje, i predstavlja oko 2% svih leukemija. Ćelije kancera su tip B limfocita, ali se razlikuju od onih koje se vide u CLL.
[0317] Hronična mijelomonocitna leukemija (CMML) se klasifikuje kao mijelodisplastička/mijeloproliferativna neoplazma prema klasifikaciji hematopoetskih tumora Svetske zdravstvene organizacije iz 2008. CMML pacijenti imaju veliki broj monocita u krvi (najmanje 1.000 po mm<3>). Dve klase-mijelodisplastičke i mijeloproliferativne-se razlikuju po nivou broja belih krvnih ćelija (prag 13 G/L). Često, broj monocita je mnogo veći, što dovodi do velikog povećanja ukupnog broja krvnih ćelija. Obično postoje abnormalne ćelije u koštanoj srži, ali broj blastova je ispod 20%. Oko 15% do 30% CMML pacijenata razvije akutnu mijeloidnu leukemiju. Dijagnoza CMML je zasnovana na kombinaciji morfoloških, histopatoloških i hromozomskih abnormalnosti u koštanoj srži. Mayo prognostički model klasifikovao je CMML pacijente u tri rizične grupe na osnovu: povećanog apsolutnog broja monocita, prisustva cirkulišućih blastova, hemoglobina <10 gm/dL i trombocita <100 × 10<9>/L. Srednje preživljavanje je bilo 32 meseca, 18,5 meseci i 10 meseci kod niskorizičnih, srednjerizičnih i visokorizičnih grupa, respektivno. Skor Groupe Francophone des (GFM) je razdvojio CMML pacijente u tri rizične grupe na osnovu: starosti >65 godina, WBC >15 × 10<9>/L, anemije, trombocita <100 × 10<9>/L i statusa ASXL1 mutacije. Nakon srednjeg ponovnog praćenja od 2,5 godine, preživljavanje je bilo u opsegu od nedostignutog u niskorizičnoj grupi do 14,4 meseci u visokorizičnoj grupi.
[0318] Limfom se odnosi na kancere koji potiču iz limfnog sistema. Limfom karakterišu maligne neoplazme limfocita-B limfocita (limfom B ćelije), T limfocita (limfom T-ćelije) i prirodnih ćelija ubica (limfom NK ćelije). Limfom generalno počinje u limfnim čvorovima ili skupovima limfnog tkiva u organima koji uključuju, ali nisu ograničeni na želudac ili creva. Limfom može uključivati srž i krv u nekim slučajevima. Limfom se može proširiti sa jednog mesta na druge delove tela.
[0319] Tretmani različitih oblika limfoma su opisani, na primer, u U.S. Patent No.7,468,363. Ti limfomi uključuju, ali nisu ograničeni na Hodžkinov limfom, ne-Hodžkinov limfom, kutani limfom B-ćelije, aktivni limfom B-ćelije, difuzni limfom velikih B-ćelija (DLBCL), limfom mantle ćelija (MCL), folikularni limfom (FL; uključujući, ali bez ograničenja na FL stepen I, FL stepen II), folikularni centralni limfom, transformisani limfom, limfocitni limfom intermedijarne diferencijacije, intermedijarni limfocitni limfom (ILL), difuzni slabo diferencirani limfocitni limfom (PDL), centrocitni limfom, difuzni limfom malih usečenih ćelija (DSCCL), limfome perifernih T-ćelija (PTCL), kutani limfom T-ćelija (CTCL) i limfom mantle zone i folikularni limfom nižeg stepena.
[0320] Ne-Hodžkinov limfom (NHL) je peti najčešći kancer od kojeg oboljevaju i muškarci i žene u Sjedinjenim Državama, uz procenjenih 63.190 novih slučajeva i 18.660 preminulih u 2007. Jemal A, et al., CA Cancer J Clin 2007; 57(1):43-66. Verovatnoća razvoja NHL se povećava sa godinama, a incidenca NHL kod starije populacije je u stabilnom porastu tokom protekle decenije, što je razlog za brigu sa sve većim starenjem američkog stanovništva. Id. Clarke C A, et al., Kancer 2002; 94(7):2015-2023.
1
[0321] DLBCL čini oko trećine ne-Hodžkinovih limfoma. Dok su neki DLBCL pacijenti izlečeni tradicionalnom hemoterapijom, ostatak umire od ove bolesti. Antikancerogeni lekovi dovode do brzog i upornog smanjenja broja limfocita, moguće pomoću direktne indukcije apoptoze kod zrelih T i B ćelija. Pogledati K. Stahnke. et al., Blood 2001, 98:3066-3073. Pokazalo se da je apsolutni broj limfocita (ALC) prognostički faktor kod folikularnog ne-Hodžkinovog limfoma, a nedavni rezultati su naveli da je ALC sa dijagnozom važan prognostički faktor kod DLBCL.
[0322] DLBCL se može podeliti u različite molekularne podtipove prema njihovim obrascima profilisanja gena: germinalni centralni B-ćeliji slični DLBCL (GCB-DLBCL), aktivni B-ćeliji slični DLBCL (ABC-DLBCL) i primarni medijastinalni limfom B-ćelije (PMBL) ili neklasifikovani tip. Ovi podtipovi se karakterišu uočljivim razlikama u preživljavanju, odgovoru na hemoterapiju i i signalizaciji zavisnosti puta, određenije NF-κB puta. Pogledati D. Kim et al., Journal of Clinical Oncology, 2007 ASCO Annual Meeting Proceedings Part I. Vol 25, No.18S (June 20 Supplement), 2007: 8082. Pogledati Bea S, et al., Blood 2005; 106: 3183-90; Ngo V.N. et al., Nature 2011; 470: 115-9. Te razlike su podstakle potragu za efektivnijim strategijama tretmana specifičnim za podtip kod DLBCL. Pored akutne i hronične kategorizacije, neoplazme se takođe kategorišu na osnovu toga što ćelije pretvaraju taj poremećaj u prekursore ili periferne neoplazme. Pogledati npr., U.S. patent Publication No.2008/0051379, otkrivanje koje je ovde u celosti uključeno kao referenca. Neoplazme prekursori uključuju ALL i limfoblastičke limfome i pojavljuju se kod limfocita pre nego što se diferenciraju u T- ili B-ćeliju.
Periferne neoplazme su one koje se pojavljuju kod limfocita koji su diferencirani u T- ili B-ćelije. Te periferne neoplazme uključuju, ali nisu ograničene na CLL B-ćelije, prolimfocitnu leukemiju B-ćelije, limfoplazmacitni limfom, limfom mantle ćelije, folikularni limfom, ekstranodusni limfom marginalne zone B-ćelije limfoidnog tkiva povezanog sa sluzokožom, nodusni limfom marginalne zone, slezinski limfom marginalne zone, leukemiju vlasastih ćelija, plazmacitom, difuzni limfom velikih B-ćelija (DLBCL) i Burkitov limfom. U preko 95 procenata CLL slučajeva, klonska ekspanzija pripada liniji B ćelije. Pogledati Cancer: Principles & Practice of Oncology (3rd Edition) (1989) (pp.1843-1847). U manje od 5 procenata CLL slučajeva, ćelije tumora imaju fenotip T-ćelije. Bez obzira na ove klasifikacije, međutim, patološko oštećenje normalne hematopoeze je karakteristika svih leukemija.
[0323] PTCL se sastoji od grupe retkih i obično agresivnih (brzorastućih) NHL koji se razvijaju iz zrelih T-ćelija. PTCL kolektivno čine oko 4 do 10 procenata svih NHL slučajeva, što odgovara godišnjoj incidenci od 2.800 – 7.200 pacijenata godišnje u Sjedinjenim Državama. Prema nekim procenama, incidenca PTCL je u značajnom porastu, a razlog za porast incidence može biti starenje stanovništva. PTCL su podklasifikovani u različite podtipove, od kojih se svaki obično smatra zasebnom bolešću na osnovu njihovih istaknutih kliničkih razlika. Većina ovih podtipova su retki; tri najčešća podtipa PTCL koji nisu inače naznačeni, anaplastički limfom velikih ćelija, ili ALCL i angioimunoblastički limfom T-ćelija, koji zajednički čine oko 70 procenata svih PTCL u Sjedinjenim Državama. ALCL može biti kutani ALCL ili sistemski ALCL.
2
[0324] Za većinu PTCL podtipova, režim tretmana prve linije je obično kombinacija hemoterapije, poput CHOP (ciklofosfamid, doksorubicin, vinkristin, prednizon), EPOCH (etopozid, vinkristin, doksorubicin, ciklofosfamid, prednizon) ili drugi režimi davanja više lekova. Pacijenti koji dožive recidiv ili su refraktorni na tretmane prve linije se obično leče gemcitabinom u kombinaciji sa drugim hemoterapijama, uključujući vinorelbin (Navelbine®) i doksorubicin (Doxil®) u režimu koji se naziva GND, ili drugim režimima hemoterapije poput DHAP (deksametazon, citarabin, cisplatin) ili ESHAP (etopozid, metilprednizolon, citarabin i cisplatin).
[0325] Zbog toga što će većina pacijenata sa PTCL doživeti recidiv, neki onkolozi preporučuju davanje hemoterapije visoke doze, nakon čega sledi autologni transplant matične ćelije za neke pacijente koji imaju dobar odgovor na početnu hemoterapiju. Nedavne necitotoksične terapije koje su odobrene za recidiv ili refraktorni PTCL, poput pralatreksata (Folotyn®), romidepsina (Istodax®) i belinostata (Beleodaq®) povezane su sa relativno niskim brzinama objektivnog odgovora (25-27% ukupne brzine odgovora, ili ORR) i relativno kratkim trajanjima odgovora (8,2-9,4 meseci). Shodno tome, tretman recidiva/refraktornog PTCL ostaje značajna nezadovoljena medicinska potreba.
[0326] Multipli mijelom (MM) je kancer ćelija plazme u koštanoj srži. Obično ćelije plazme proizvode antitela i imaju ključnu ulogu u imunoj funkciji. Međutim, nekontrolisani rast ovih ćelija dovodi do bola u kostima i preloma, anemije, infekcija i drugih komplikacija. Multipli mijelom je drugi najčešći hematološki malignitet, iako tačni uzroci multiplog mijeloma ostaju nepoznati. Multipli mijelom dovodi do visokog nivoa proteina u krvi, mokraći i organima, uključujući, ali bez ograničenja na M-protein i druge imunoglobuline (antitela), albumin i beta-2-mikroglobulin. M-protein, što je skraćenica od monoklonskog proteina, takođe poznatog i kao paraprotein, je naročito neuobičajen protein koji proizvode ćelije plazme mijeloma i može se pronaći u krvi ili mokraći skoro svih pacijenata sa multiplim mijelomom.
[0327] Skeletalni simptomi, uključujući bol u kostima, su među klinički najznačajnijim simptomima multiplog mijeloma. Maligne ćelije plazme oslobađaju faktore stimulacije osteoklasta (uključujući IL-1, IL-6 i TNF) koji dovode do luženja kalcijuma iz kostiju, što prouzrokuje litičke lezije; hiperkalcemija je drugi simptom. Faktori stimulacije osteoklasta, koji se takođe navode i kao citokini, mogu sprečiti apoptozu, ili smrt ćelija mijeloma. Pedeset procenata pacijenata imaju dijagnostikovane radiološki detektabilne skeletalne lezije povezane sa mijelomom. Ostali uobičajeni klinički simptomi za multipli mijelom uključuju polineuropatiju, anemiju, hiperviskoznost, infekcije i bubrežnu insuficijenciju.
[0328] Dobro je poznato da stromalne ćelije koštane srži podržavaju progresiju multiplog mijeloma i otpornost na hemoterapiju. Ometanje interakcija između ćelija multiplog mijeloma i stromalnih ćelija je dodatni cilj hemoterapije multiplog mijeloma.
[0329] Mijelodisplastički sindrom (MDS) odnosi se na raznoliku grupu hematopoetskih poremećaja matičnih ćelija. MDS može karakterisati ćelijska srž oštećene morfologije i sazrevanja (dismijelopoeza), neefektivna proizvodnja krvnih ćelija, ili hematopoeza, što dovodi do malog broja krvnih ćelija, ili citopenije, i visok rizik od progresije u akutnu mijeloidnu leukemiju, što je rezultat neefektivne proizvodnje krvnih ćelija. Pogledati The Merck Manual 953 (17th ed.1999) i List et al., 1990, J Clin. Oncol.8:1424.
[0330] Kao grupa hematopoetskih maligniteta matičnih ćelija sa značajnom morbidnošću i smrtnošću, MDS je visoko heterogena bolest, a ozbiljnost simptoma i progresije bolesti može varirati među pacijentima. Trenutni standardni klinički alat za procenu stratifikacije rizika i opcija tretmana je revidirani međunarodni prognostički sistem bodovanja, ili IPSS-R. IPSS-R diferencira pacijente u pet rizičnih grupa (veoma niska, niska, srednja, visoka, veoma visoka) na osnovu procene citogenetike, procenta blastova (nediferencirane krvne ćelije) u koštanoj srži, nivoa hemoglobina i broja trombocita i neutrofila. WHO je takođe predložila stratifikaciju MDS pacijenata prema del (5q) abnormalnosti.
[0331] Prema ACS, godišnja incidenca MDS je oko 13.000 pacijenata u Sjedinjenim Državama, od kojih većina ima 60 godina ili više. Procenjena prevalenca je preko 60.000 pacijenata u Sjedinjenim Državama. Oko 75% pacijenata spada u IPSS-R rizične kategorije veoma niska, niska i srednja, ili zajednički MDS nižeg rizika.
[0332] Početna hematopoetska povreda matičnih ćelija može biti usled uzroka poput, ali bez ograničenja na citotoksičnu hemoterapiju, zračenje, virus, hemijsko izlaganje i genetsku predispoziciju. Klonska mutacija dominira u odnosu na koštanu srž, čime se suzbijaju zdrave matične ćelije. U ranim fazama MDS, glavni uzrok citopenije je povećana programirana ćelijska smrt (apoptoza). Kako bolest napreduje i pretvara se u leukemiju, mutacija gena se retko javlja, a proliferacija ćelija leukemije pritiska zdravu srž. Tok bolesti se razlikuje, pri čemu se neki slučajevi ponašaju kao indolentna bolest, a drugi se ponašaju agresivno sa veoma kratkim kliničkim tokom koji se pretvara u akutni oblik leukemije.
[0333] Međunarodna grupa hematologa, francusko-američko-britanska (FAB) kooperativna grupa (French-American-British (FAB) Cooperative Group), klasifikovala je MDS poremećaje u pet podgrupa, čime su diferencirani od AML. The Merck Manual 954 (17. izdanje 1999); Bennett J. M., et al., Ann. Intern. Med.1985 October, 103(4): 620-5; i Besa E. C., Med. Clin. North Am.1992 May, 76(3): 599-617. Skrivena trolinijska displastička promena u ćelijama koštane srži pacijenata je otkrivena kod svih podtipova.
[0334] Postoje dve podgrupe refraktorne anemije koje karakteriše pet procenata ili manje mijeloblastova u koštanoj srži: (1) refraktorna anemija (RA) i; (2) RA sa prstenovanim sideroblastima (RARS), morfološki definisana tako da ima 15% eritroidnih ćelija sa abnormalnim prstenovanim sideroblastima, što odražava abnormalnu akumulaciju gvožđa u mitohondriji. Obe imaju produženi klinički tok i nisku incidencu progresije u akutnu leukemiju. Besa E. C., Med. Clin. North Am.1992 May, 76(3): 599-617.
[0335] Postoje dve podgrupe refraktornih anemija sa više od pet procenata mijeloblastova: (1) RA sa viškom blastova (RAEB), što se definiše kao 6-20% mijeloblastova, i (2) RAEB u transformaciji (RAEB-T), sa 21-30% mijeloblastova. Što je veći procenat mijeloblastova, to je kraći klinički tok i bolest je bliža
4
akutnoj mijelogenoj leukemiji. Prelaz pacijenta od ranih do naprednijih faza znači da su ovi podtipovi samo faze bolesti, a ne istaknuti entiteti. Stariji pacijenti sa MDS sa trolinijskom displazijom i više od 30% mijeloblastova koji napreduju u akutnu leukemiju se često smatraju pacijentima sa lošom prognozom zato što je njihova brzina odgovora na hemoterapiju manja od pacijenata obolelih od de novo akutne mijeloidne leukemije. Peti tip MDS, najteži za klasifikaciju, je CMML. Ovaj podtip može imati bilo koji procenat mijeloblastova, ali predstavlja monocitozu od 1000/dL ili više. Može biti povezan sa splenomegalijom. Ovaj podtip se preklapa sa mijeloproliferativnim poremećajem i može imati intermedijarni klinički tok. Razlikuje se od klasičnog CML koji karakteriše negativni Ph hromozom.
[0336] MDS je prvenstveno bolest starijih ljudi, sa srednjim izbijanjem u sedmoj deceniji života. Srednja starost ovih pacijenata je 65 godina, sa uzrastom u opsegu od rane treće decenije života do 80 godina ili više. Ovaj sindrom može se javiti u bilo kojoj starosnoj grupi, uključujući i decu. Pacijenti koji prežive tretman maligniteta pomoću agenasa za alkiliranje, sa ili bez radioterapije, imaju visoku incidencu razvoja MDS ili sekundarne akutne leukemije. Oko 60-70% pacijenata nema očiglednu izloženost ili uzrok MDS i klasifikuju se kao primarni MDS pacijenti.
[0337] Tretman MDS je baziran na fazi i mehanizmu bolesti koji je dominantan u određenoj fazi bolesti. Transplantacija koštane srži se koristi kod pacijenata sa lošom prognozom ili u kasnoj fazi MDS. Epstein and Slease, 1985, Surg. Ann.17:125. Alternativni pristup terapiji za MDS je upotreba hematopoetskih faktora rasta ili citokina za stimulisanje razvoja krvnih ćelija kod primaoca. Dexter, 1987, J. Cell Sci.88:1; Moore, 1991, Annu. Rev. Immunol.9:159; i Besa E. C., Med. Clin. North Am.1992 May, 76(3): 599-617. Tretman MDS pomoću imunomodulatornih jedinjenja je opisan u U.S. Patent No.7,189,740.
[0338] Terapeutske opcije koje spadaju u ove tri kategorije uključuju terapiju zbrinjavanjem, terapiju niskog intenziteta i terapiju visokog intenziteta. Terapija zbrinjavanjem uključuje upotrebu crvenih krvnih ćelija i transfuzije trombocita i hematopoetskih citokina poput agenasa koji stimulišu eritropoezu ili faktora koji stimulišu kolonije radi poboljšanja krvne slike. Terapije niskog intenziteta uključuju hipometilirajuće agense poput azacitidina (Vidaza®) i decitabina (Dacogen®), modifikatora biološkog odgovora poput lenalidomida (Revlimid®) i imunosupresivne tretmane poput ciklosporina A ili antitimocit globulina. Terapije visokog intenziteta uključuju hemoterapijske agense poput idarubicina, azacitidina, fludarabina i topotekana, i transplante hematopoetskih matičnih ćelija, ili HSCT.
[0339] Smernice Nacionalne sveobuhvatne mreže za kancer, ili NCCN, preporučuju da pacijenti nižeg rizika (IPSS-R grupe veoma niska, niska, srednja) primaju terapiju zbrinjavanjem ili terapije niskog intenziteta sa glavnim terapeutskim ciljem hematološkog poboljšanja, ili HI. Smernice NCCN preporučuju da pacijenti višeg rizika (IPSS-R grupe visoka, veoma visoka) primaju agresivniji tretman sa terapijama visokog intenziteta. U nekim slučajevima, pacijenti visokog rizika ne mogu da tolerišu hemoterapiju, i mogu odabrati režime nižeg intenziteta. Uprkos trenutno dostupnim tretmanima, značajan deo MDS pacijenata ne prima efektivne terapije i smernice NCCN preporučuju klinička ispitivanja kao dodatne terapeutske opcije. Tretman MDS ostaje značajna nezadovoljena potreba koja zahteva razvoj novih terapija.
[0340] Shodno tome, u nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje hematopoetskog kancera kod subjekta sa FTI, ili odabir pacijenta obolelog od hematopoetskog kancera za FTI tretman, pri čemu je pacijent oboleo od hematopoetskog kancera nosilac KIR2DS2 ili nosilac KIR2DS5, ili oba; ili pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku pacijenta obolelog od hematopoetskog kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2;
(ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku pacijenta obolelog od hematopoetskog kancera je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku pacijenta obolelog od hematopoetskog kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku pacijenta obolelog od hematopoetskog kancera je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5;
(v) nivo ekspresije GZMM u uzorku pacijenta obolelog od hematopoetskog kancera je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM;
(vi) odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 u uzorku pacijenta obolelog od hematopoetskog kancera je viši od referentnog odnosa nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2; ili
(vii) odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5 u uzorku pacijenta obolelog od hematopoetskog kancera je viši od referentnog odnosa nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5; ili bilo koja kombinacija od (i)-(vii).
[0341] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje hematopoetskog kancera kod subjekta sa FTI, ili odabir pacijenta obolelog od hematopoetskog kancera za FTI tretman. Hematološki kanceri uključuju leukemije, što uključuje akutne leukemije (poput akutne limfocitne leukemije, akutne mijelocitne leukemije, akutne mijelogene leukemije i mijeloblastova, promijelocitnu, mijelomonocitnu, monocitnu i eritroleukemiju), hronične leukemije (poput hronične mijelocitne (granulocitne) leukemije, hronične mijelogene leukemije, hronične mijeloične leukemije i hronične limfocitne leukemije), hroničnu mijelomonocitnu leukemiju, juvenilnu mijelomonocitnu leukemiju, policitemija vera, leukemiju NK ćelije, limfom, limfom NK ćelije, Hodžkinovu bolest, ne-Hodžkinov limfom (indolentni i oblici visokog stepena), multipli mijelom, periferni limfom T-ćelija, kutani limfom T-ćelija, Valdenstromovu makroglobulinemiju, bolest teškog lanca, mijelodisplastički sindrom, agnogenu mijeloidnu metaplaziju, familijalnu eritrofagocitnu limfohistiocitozu, leukemiju vlasastih ćelija i mijelodisplaziju.
[0342] U nekim načinima ostvarivanja, hematopoetski kancer koji treba da se leči ovde obezbeđenim postupcima može biti AML, MDS, CMML, limfom NK ćelije, leukemija NK ćelije, CTCL, PTCL, CML. U nekim načinima ostvarivanja, hematopoetski kancer je AML. U nekim načinima ostvarivanja, hematopoetski kancer je MDS. U nekim načinima ostvarivanja, MDS je MDS nižeg rizika. U nekim načinima ostvarivanja, hematopoetski kancer je CMML. CMML može biti niskorizični CMML, srednjerizični CMML ili visokorizični CMML. CMML može biti mijelodisplastički CMML ili mijeloproliferativni CMML. U nekim načinima ostvarivanja, CMML je NRAS/KRAS divlji tip CMML. U nekim načinima ostvarivanja, hematopoetski kancer je NK limfom. U nekim načinima ostvarivanja, hematopoetski kancer je NK leukemija. U nekim načinima ostvarivanja, hematopoetski kancer je CTCL. U nekim načinima ostvarivanja, hematopoetski kancer je PTCL. U nekim načinima ostvarivanja, PTCL je refraktorni ili recidiv PTCL.
[0343] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje MDS kod subjekta sa FTI, ili odabir MDS pacijenta za FTI tretman, pri čemu je MDS pacijent nosilac KIR2DS2, KIR2DS5 ili HLA-C2, ili bilo koje kombinacije navedenog; ili pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku MDS pacijenta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2;
(ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku MDS pacijenta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku MDS pacijenta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku MDS pacijenta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5;
(v) nivo ekspresije GZMM u uzorku MDS pacijenta je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; (vi) odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 u uzorku MDS pacijenta je viši od referentnog odnosa nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2; ili
(vii) odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5 u uzorku MDS pacijenta je viši od referentnog odnosa nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5; ili bilo koja kombinacija navedenog.
[0344] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje MDS nižeg rizika kod subjekta sa FTI, ili odabir MDS pacijenta nižeg rizika za FTI tretman, pri čemu je MDS pacijent nižeg rizika nosilac KIR2DS2, KIR2DS5 ili HLA-C2, ili bilo koje kombinacije navedenog; ili pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku MDS pacijenta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2;
(ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku MDS pacijenta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku MDS pacijenta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku MDS pacijenta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5;
(v) nivo ekspresije GZMM u uzorku MDS pacijenta je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; (vi) odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 u uzorku MDS pacijenta nižeg rizika je viši od referentnog odnosa nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2; ili (vii) odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5 u uzorku MDS pacijenta nižeg rizika je viši od referentnog odnosa nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5; ili bilo koja kombinacija navedenog.
[0345] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje AML kod subjekta sa FTI, ili odabir AML pacijenta za FTI tretman, pri čemu je AML pacijent nosilac KIR2DS2, KIR2DS5 ili HLA-C2, ili bilo koje kombinacije navedenog; ili pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku AML pacijenta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2;
(ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku AML pacijenta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku AML pacijenta je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku AML pacijenta je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5;
(v) nivo ekspresije GZMM u uzorku AML pacijenta je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; (vi) odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 u uzorku AML pacijenta je viši od referentnog odnosa nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2; ili
(vii) odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5 u uzorku AML pacijenta je viši od referentnog odnosa nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5; ili bilo koja kombinacija navedenog.
[0346] U nekim načinima ostvarivanja, AML pacijent je u post-remisionoj indukciji. U nekim načinima ostvarivanja, AML pacijent je u posttransplantaciji. U nekim načinima ostvarivanja, AML pacijent je stariji od 60 godina ili na drugi način nepogodan za remisionu indukciju. U nekim načinima ostvarivanja, AML pacijent je stariji od 65, 70 ili 75 godina. U nekim načinima ostvarivanja, AML pacijent je refraktoran na standardnu hemoterapiju. U nekim načinima ostvarivanja, AML pacijent ima recidiv.
[0347] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje čvrstog tumora. Čvrsti tumori su neuobičajene mase tkiva koje obično ne sadrže ciste ili tečna područja. Čvrsti tumori mogu biti benigni ili maligni. Različiti tipovi čvrstih tumora su nazvani po tipu ćelija koji ih formira (poput sarkoma, karcinoma i limfoma). Čvrsti tumor koji se leči postupcima ovog pronalaska može biti sarkom i karcinom, što uključuje fibrosarkom, miksosarkom, liposarkom, hondrosarkom, osteosarkom i druge sarkome, sinoviom, mezoteliom, Juingov tumor, leiomiosarkom, rabdomiosarkom, karcinom debelog creva, limfoidni malignitet, kancer pankreasa, kancer dojke, kancere pluća, kancer jajnika, kancer prostate, hepatocelularni karcinom, karcinom skvamoznih ćelija, karcinom bazalnih ćelija, adenokarcinom, karcinom znojnih žlezda, medularni karcinom tiroidne žlezde, papilarni karcinom tiroidne žlezde, karcinom feohromocitoma lojne žlezde, papilarni karcinom, papilarne adenokarcinome, medularni karcinom, bronhogeni karcinom, karcinom bubrežnih ćelija, hepatom, karcinom žučnog voda, horiokarcinom, Vilmsov tumor, kancer grlića materice, tumor testisa, seminom, karcinom bešike, melanom i CNS tumore (poput glioma (poput glioma moždanog stabla i mešovitih glioma, glioblastoma (poznat i kao glioblastom multiforme) astrocitoma, CNS limfoma, germinoma, meduloblastoma, Schwannoma craniopharyogioma, ependimoma, pineaioma, hemangioblastoma, akustičkog neuroma, oligodendroglioma, menangioma, neuroblastoma, retinoblastoma i metastaza mozga).
[0348] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje čvrstog tumora, pri čemu je čvrsti tumor maligni melanom, karcinom nadbubrežne žlezde, karcinom dojke, kancer bubrežnih ćelija, karcinom pankreasa, nemikrocelularni karcinom pluća (NSCLC) ili karcinom nepoznatog porekla. Lekovi koji se obično daju pacijentima sa različitim tipovima ili fazama čvrstih tumora uključuju, ali nisu ograničeni na celebreks, etopozid, ciklofosfamid, docetaksel, apecitabin, IFN, tamoksifen, IL-2, GM-CSF ili kombinaciju navedenog.
[0349] U nekim načinima ostvarivanja, čvrsti tumori koji se leče ovde obezbeđenim postupcima mogu biti kancer tiroidne žlezde, kanceri glave i vrata, urotelijalni kanceri, kanceri pljuvačne žlezde, kanceri gornjeg digestivnog trakta, kancer bešike, kancer dojke, kancer jajnika, kancer mozga, kancer želuca, kancer prostate, kancer pluća, kancer debelog creva, kancer kože, kancer jetre i kancer pankreasa. U nekim načinima ostvarivanja, kancer bešike koji se leči ovde obezbeđenim postupcima može biti karcinom prelaznih ćelija.
[0350] U nekim načinima ostvarivanja, čvrsti tumor koji se leči ovde obezbeđenim postupcima može biti odabran iz grupe koju čine karcinom, melanom, sarkom ili hronična granulomatozna bolest.
[0351] U nekim načinima ostvarivanja, predmaligna stanja koja se leče ovde obezbeđenim postupcima mogu biti aktinski heilitis, Baretov jednjak, atrofički gastritis, duktalni karcinom in situ, Dyskeratosis congenita, sideropenijska disfagija, Lichen planus, fibroza oralne sluzokože, solarna elastoza, cervikalna displazija, polipi, leukoplakija, eritroplakija, skvamozna intraepitelna lezija, predmaligni poremećaj ili predmaligni imunoproliferativni poremećaj.
3.6. Primerni FTI i doze
[0352] U nekim načinima ostvarivanja, postupci za lečenje kancera kod subjekta uključuju KIR tipizaciju subjekta i davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu, pri čemu je subjekat nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5, ili nosač i KIR2DS2 i KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je takođe nosilac HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0353] U nekim načinima ostvarivanja, postupak za lečenje kancera kod subjekta uključuje utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera u uzorku subjekta, pri čemu je biomarker odabran iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM, i davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu, pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2;
(ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; ili (v) nivo ekspresije GZMM u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; ili bilo koja kombinacija od (i)-(v). U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0354] Pored toga, postupak za lečenje kancera kod subjekta uključuje utvrđivanje nivoa ekspresije KIR2DS2 i KIR2DL2, ili KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku subjekta, i davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu, pri čemu
(i) 2DS2/2DL2 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa; ili
(ii) 2DS5/2DL5 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa; ili i (i) i (ii). U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0355] U nekim načinima ostvarivanja, postupak za lečenje hematološkog kancera kod subjekta uključuje KIR tipizaciju subjekta i davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu, pri čemu je subjekat nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5, ili nosač i KIR2DS2 i KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je takođe nosilac HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0356] U nekim načinima ostvarivanja, postupak za lečenje hematološkog kancera kod subjekta uključuje utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera u uzorku subjekta, pri čemu je biomarker odabran iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM i davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu, pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2;
(ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; or (v) nivo ekspresije GZMM u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; ili bilo koja kombinacija od (i)-(v). U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0357] U nekim načinima ostvarivanja, postupak za lečenje hematološkog kancera kod subjekta uključuje utvrđivanje nivoa ekspresije KIR2DS2 i KIR2DL2, ili KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku subjekta i davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu, pri čemu
(i) 2DS2/2DL2 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa; ili
(ii) 2DS5/2DL5 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa; ili i (i) i (ii). U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0358] U nekim načinima ostvarivanja, postupak za lečenje MDS nižeg rizika kod subjekta uključuje KIR tipizaciju subjekta i davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu, pri čemu je subjekat nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5, ili nosač i KIR2DS2 i KIR2DS5. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je takođe nosilac HLA-C2. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0359] U nekim načinima ostvarivanja, postupak za lečenje MDS nižeg rizika kod subjekta uključuje utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera u uzorku subjekta, pri čemu je biomarker odabran iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM i davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu, pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2;
(ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; ili (v) nivo ekspresije GZMM u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; ili bilo koja kombinacija (i)-(v). U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI opisanog ovde ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI
1
je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0360] Pored toga, postupak za lečenje MDS nižeg rizika kod subjekta uključuje utvrđivanje nivoa ekspresije KIR2DS2 i KIR2DL2, ili KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku subjekta i davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu, pri čemu
(i) 2DS2/2DL2 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa; ili
(ii) 2DS5/2DL5 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa; ili i (i) i (ii). U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0361] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno, parenteralno, rektalno ili topikalno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno.
[0362] U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno, parenteralno, rektalno ili topikalno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno.
[0363] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1-1000 mg/kg telesne mase. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 200-1200 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 600 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 900 mg dva puta dnevno.
[0364] U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 1-1000 mg/kg telesne mase. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 200-1200 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 600 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 900 mg dva puta dnevno.
[0365] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u tretmanskim ciklusima. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u naizmeničnim nedeljama. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
[0366] U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u tretmanskim ciklusima. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u naizmeničnim nedeljama. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
[0367] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u najmanje 3 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u najmanje 6 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u najviše ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana u najmanje tri ciklusa.
2
[0368] U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u najmanje 3 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u najmanje 6 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u najviše 12 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana u najmanje tri ciklusa.
[0369] U nekim načinima ostvarivanja, postupak za lečenje MDS nižeg rizika kod subjekta uključuje KIR tipizaciju subjekta i davanje tipifarniba subjektu, pri čemu je subjekat nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5, ili nosač i KIR2DS2 i KIR2DS5, pri čemu se th tipifarnib daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana. U nekim načinima ostvarivanja, subjekat je takođe nosilac HLA-C2.
[0370] U nekim načinima ostvarivanja, postupak za lečenje MDS nižeg rizika kod subjekta uključuje utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera u uzorku subjekta, pri čemu je biomarker odabran iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM i davanje tipifarniba subjektu, pri čemu
(i) nivo ekspresije KIR2DS2 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS2;
(ii) nivo ekspresije KIR2DL2 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL2;
(iii) nivo ekspresije KIR2DS5 u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije KIR2DS5;
(iv) nivo ekspresije KIR2DL5 u uzorku je niži od referentnog nivoa ekspresije KIR2DL5; ili (v) nivo ekspresije GZMM u uzorku je viši od referentnog nivoa ekspresije GZMM; ili bilo koja kombinacija od (i)-(v); i pri čemu se tipifarnib daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
[0371] Pored toga, postupak za lečenje MDS nižeg rizika kod subjekta uključuje utvrđivanje nivoa ekspresije KIR2DS2 i KIR2DL2, ili KIR2DS5 i KIR2DL5 u uzorku subjekta i davanje tipifarniba subjektu, pri čemu
(i) 2DS2/2DL2 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS2/2DL2 odnosa; ili
(ii) 2DS5/2DL5 odnos u uzorku je viši od referentnog 2DS5/2DL5 odnosa; ili i (i) i (ii); i pri čemu se tipifarnib daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
3.7. Kompleti
[0372] U određenim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen komplet za KIR tipizaciju subjekata, pri čemu oni nisu deo ovog pronalaska kao ni nijedan od sledećih kompleta nije deo pronalaska. U nekim načinima ostvarivanja, komplet uključuje jednu ili više sondi koje se specifično vezuju za genomsku DNK, cDNK, ili mRNK jednog ili više KIR gena. KIR geni mogu uključivati KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIRDL5 ili bilo koju kombinaciju navedenog. U nekim načinima ostvarivanja, kompleti mogu dalje uključivati agens za HLA tipizaciju. Agens za HLA tipizaciju može biti jedna ili više sondi koje se specifično vezuju za genomsku DNK, cDNK ili mRNK jednog ili više HLA gena. HLA geni mogu uključivati HLA-C1, HLA-C2 ili oba.
[0373] U određenim načinima ostvarivanja, komplet dalje uključuje rastvor za ispiranje. U određenim načinima ostvarivanja, komplet dalje obuhvata reagense za izolaciju genomske DNK ili sredstva za prečišćavanje, sredstva za detekciju, kao i pozitivne i negativne kontrole. U određenim načinima ostvarivanja, komplet dalje uključuje uputstvo za upotrebu kompleta. U nekim načinima ostvarivanja, komplet dalje uključuje FTI ili farmakološku kompoziciju koja sadrži FTI. Komplet se može napraviti za kućnu upotrebu, kliničku upotrebu ili upotrebu u istraživanjima.
[0374] U određenim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen komplet za detektovanje nivoa mRNK jednog ili više biomarkera. Jedan ili više biomarkera su odabrani iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIRDL5 i GZMM. U određenim načinima ostvarivanja, komplet uključuje jednu ili više sondi koje se specifično vezuju za mRNK jednog ili više biomarkera. U određenim načinima ostvarivanja, komplet dalje uključuje rastvor za ispiranje. U određenim načinima ostvarivanja, komplet dalje uključuje reagense za sprovođenje analize hibridizacije, sredstva za izolaciju ili prešišćavanje mRNK, sredstva za detekciju, kao i pozitivne i negativne kontrole. U određenim načinima ostvarivanja, komplet dalje uključuje uputstvo za upotrebu kompleta. U nekim načinima ostvarivanja, komplet dalje uključuje FTI ili farmakološku kompoziciju koja sadrži FTI. Komplet se može napraviti za kućnu upotrebu, kliničku upotrebu ili upotrebu u istraživanjima.
[0375] U određenim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen komplet za detektovanje nivoa proteina jednog ili više biomarkera. Jedan ili više biomarkera su odabrani iz grupe koju čine KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIRDL5 i GZMM. U određenim načinima ostvarivanja, kompleti uključuju merač obložen antitelom koji prepoznaje proteinski biomarker, rastvore za ispiranje, reagense za sprovođenje analize, sredstva za izolaciju proteina ili prečišćavanje, sredstva za detekciju, kao i pozitivne i negativne kontrole. U određenim načinima ostvarivanja, komplet dalje uključuje uputstvo za upotrebu kompleta. U nekim načinima ostvarivanja, komplet dalje uključuje FTI ili farmakološku kompoziciju koja sadrži FTI. Komplet se može napraviti za kućnu upotrebu, kliničku upotrebu ili upotrebu u istraživanjima.
[0376] Ovde obezbeđeni kompleti mogu koristiti, na primer, merač, membranu, čip, disk, test traku, filter, mikrosferu, pločicu, pločice sa više bazenčića ili optičko vlakno. Čvrsta osnova kompleta može sadržati, na primer, plastiku, silicijum, metal, smolu, staklo, membranu, česticu, precipitat, gel, polimer, sloj, sferu, polisaharid, kapilar, film, ploču ili pločicu. Uzorak može biti, na primer, uzorak krvi, uzorak koštane srži, ćelijska kultura, ćelijska linija, tkivo, oralno tkivo, gastrointestinalno tkivo, organ, organela, biološka tečnost, uzorak mokraće ili uzorak kože. Biološki uzorak može biti, na primer, biopsija limfnih čvorova, biopsija koštane srži ili uzorak perifernih ćelija tumora krvi.
[0377] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni kompleti uključuju jednu ili više posuda i komponenata za sprovođenje RT-PCR, qPCR, dubinskog sekvenciranja, NGS ili mikročipa. U određenim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni kompleti koriste sredstva za detektovanje ekspresije biomarkera protočnom citometrijom ili imunofluorescencijom. U drugim načinima ostvarivanja,
4
ekspresija biomarkera se meri metodologijama na bazi ELISA ili drugim sličnim postupcima poznatim u ovoj oblasti.
[0378] U određenim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni kompleti uključuju komponente za izolaciju proteina. U drugom specifičnom načinu ostvarivanja, farmaceutski komplet ili komplet za analizu uključuje, u posudi, FTI ili farmaceutsku kompoziciju koja sadrži FTI, i dalje uključuje, u jednoj ili više posuda, komponente za sprovođenje protočne citometrije ili ELISA.
[0379] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni kompleti za merenje biomarkera koji obezbeđuju neophodne materijale za merenje prisustva određenih gena, ili obilja jednog ili više proizvoda gena ili podskupa gena (npr., jedan, dva, tri, četiri, pet ili više gena) biomarkera ovde obezbeđenih. Ti kompleti mogu uključivati materijale i reagense neophodne za merenje DNK, RNK ili proteina. U nekim načinima ostvarivanja, ti kompleti uključuju mikročipove, pri čemu mikročip obuhvata oligonukleotide i/ili DNK i/ili RNK fragmente koji se hibridizuju u jedan ili više DNK ili mRNK transkripata jednog ili više gena ili podskupa gena biomarkera ovde obezbeđenih, ili bilo koju kombinaciju navedenog. U nekim načinima ostvarivanja, ti kompleti mogu uključivati prajmere za PCR od DNK, RNK proizvoda ili cDNK kopije RNK proizvoda gena ili podskupa gena. U nekim načinima ostvarivanja, ti kompleti mogu uključivati prajmere za PCR, kao i sonde za kvantitativni PCR. U nekim načinima ostvarivanja, ti kompleti mogu uključivati više prajmera i više sondi, pri čemu neke od sondi imaju različite fluorofore kako bi se dozvolilo multipleksiranje jednog proizvoda gena ili više proizvoda gena. U nekim načinima ostvarivanja, ti kompleti mogu dalje uključivati materijale i reagense za sintetizaciju cDNK iz RNK izolovane iz uzorka. U nekim načinima ostvarivanja, ti kompleti mogu uključivati antitela specifična za proizvode proteina gena ili podskupa gena biomarkera ovde obezbeđenih. Ti kompleti mogu dodatno uključivati materijale i reagense za izolaciju RNK i/ili proteina iz biološkog uzorka. U nekim načinima ostvarivanja, ti kompleti mogu uključivati kompjuterski program ugrađen u kompjuterski čitljiv medijum za predviđanje da li je pacijent klinički senzitivan na FTI. U nekim načinima ostvarivanja, kompleti mogu uključivati kompjuterski program ugrađen u kompjuterski čitljiv medijum zajedno sa uputstvima.
[0380] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni kompleti za merenje ekspresije jedne ili više sekvenci nukleinske kiseline gena ili podskupa gena biomarkera ovde obezbeđenih. U specifičnom načinu ostvarivanja, ti kompleti mere ekspresiju jedne ili više sekvenci nukleinske kiseline povezanih sa genom ili podskupom gena biomarkera ovde obezbeđenih. U skladu sa ovim načiniom ostvarivanja, kompleti mogu obuhvatati materijale i reagense neophodne za merenje ekspresije određene sekvence nukleinske kiseline proizvoda gena ili podskupa gena biomarkera ovde obezbeđenih. Na primer, mikročip ili RT-PCR komplet mogu biti proizvedeni za specifične uslove i sadrže samo one reagense i materijale neophodne za merenje nivoa specifičnog RNK transkripta proizvoda gena ili podskupa gena biomarkera ovde obezbeđenih za predviđanje da li je hematološki kancer kod pacijenta klinički senzitivan na jedinjenje. Alternativno, u nekim načinima ostvarivanja, kompleti mogu obuhvatati materijale i reagense koji nisu ograničeni na one neophodne za merenje ekspresije određenih sekvenci nukleinske kiseline bilo kog određenog gena biomarkera ovde obezbeđenih. Na primer, u određenim načinima ostvarivanja, kompleti obuhvataju materijale i reagense neophodne za merenje nivoa ekspresije 1, 2, 3, 4 ili 5 biomarkera ovde obezbeđenih, pored reagenasa i materijala neophodnih za merenje nivoa ekspresije najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, najmanje 10, najmanje 15, najmanje 20, najmanje 25, najmanje 30, najmanje 35, najmanje 40, najmanje 45, najmanje 50 ili više gena koji nisu geni biomarkera ovde obezbeđenih. U drugim načinima ostvarivanja, kompleti sadrže reagense i materijale neophodne za merenje nivoa ekspresije najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5 ili više gena biomarkera ovde obezbeđenih, i 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 300, 350, 400, 450 ili više gena koji nisu geni biomarkera ovde obezbeđenih, ili 1-10, 1-100, 1-150, 1-200, 1-300, 1-400, 1-500, 1-1000, 25-100, 25-200, 25-300, 25-400, 25-500, 25-1000, 100-150, 100-200, 100-300, 100-400, 100-500, 100-1000 ili 500-1000 gena koji nisu geni biomarkera ovde obezbeđenih.
[0381] Za komplete za mikročip nukleinske kiseline, kompleti generalno uključuju sonde prilepljene za čvrstu osnovu. U jednom takvom načinu ostvarivanja, sonde mogu biti oligonukleotidi ili duže sonde, uključujući sonde u opsegu od 150 nukleotida po dužini do 800 nukleotida po dužini. Sonde mogu biti prilepljene za detektabilnu oznaku. U specifičnom načinu ostvarivanja, sonde su specifične za jedan ili više proizvoda gena biomarkera ovde obezbeđenih. Kompleti za mikročip mogu uključivati uputstva za sprovođenje analize i postupke za interpretaciju i analizu podataka proizašlih iz sprovođenja testa. U specifičnom načinu ostvarivanja, kompleti uključuju uputstva za predviđanje da li je hematološki kancer kod pacijenta klinički senzitivan na FTI. Kompleti takođe mogu uključivati reagense hibridizacije i/ili reagense neophodne za detektovanje signala proizvedenog kada se sonda hibridizuje u ciljnu sekvencu nukleinske kiseline. Generalno, materijali i reagensi za komplete za mikročip se nalaze u jednoj ili više posuda. Svaka komponenta kompleta je generalno u zasebnoj posudi.
[0382] U određenim načinima ostvarivanja, komplet za mikročip nukleinske kiseline uključuje materijale i reagense neophodne za merenje nivoa ekspresije 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 ili više identifikovanih gena biomarkera ovde obezbeđenih, ili kombinaciju navedenog, pored reagenasa i materijala neophodnih za merenje nivoa ekspresije najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, najmanje 10, najmanje 15, najmanje 20, najmanje 25, najmanje 30, najmanje 35, najmanje 40, najmanje 45, najmanje 50 ili više gena koji nisu geni biomarkera ovde obezbeđenih. U drugim načinima ostvarivanja, komplet za mikročip nukleinske kiseline sadrži reagense i materijale neophodne za merenje nivoa ekspresije najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, najmanje 10, najmanje 15, najmanje 20, najmanje 25, najmanje 30, najmanje 35, najmanje 40, najmanje 45, najmanje 50 ili više gena biomarkera ovde obezbeđenih, ili bilo koju kombinaciju navedenog, i 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 300, 350, 400, 450 ili više gena koji nisu geni biomarkera ovde obezbeđenih, ili 1-10, 1-100, 1-150, 1-200, 1-300, 1-400, 1-500, 1-1000, 25-100, 25-200, 25-300, 25-400, 25-500, 25-1000, 100-150, 100-200, 100-300, 100-400, 100-500, 100-1000 ili 500-1000 gena koji nisu geni biomarkera ovde obezbeđenih.
[0383] Za kvantitativni PCR, kompleti mogu uključivati unapred odabrane prajmere specifične za određene sekvence nukleinske kiseline. Kompleti za kvantitativni PCR mogu takođe uključivati enzime pogodne za amplifikovanje nukleinskih kiselina (npr., polimeraze poput Taq) i deoksinukleotide i pufere neophodne za reakcionu mešavinu za amplifikaciju. Kompleti za kvantitativni PCR mogu takođe uključivati sonde specifične za sekvence nukleinske kiseline povezane sa ili indikativne za određeno stanje. Sonde se mogu obeležavati fluoroforom. Sonde se takođe mogu obeležavati molekulom kvenčera. U nekim načinima ostvarivanja, kompleti za kvantitativni PCR mogu takođe uključivati komponente pogodne za reverznu transkripciju RNK uključujući enzime (npr., reverzne transkriptaze poput AMV, MMLV i slično) i prajmere za reverznu transkripciju zajedno sa deoksinukleotidima i puferima neophodnim za reakciju reverzne transkripcije. Svaka komponenta kompleta za kvantitativni PCR se generalno nalazi u sopstvenoj pogodnoj posudi. Stoga, ovi kompleti generalno uključuju određene posude pogodne za svaki pojedinačni reagens, enzim, prajmer i sondu. Dalje, kompleti za kvantitativni PCR mogu uključivati uputstvo za sprovođenje analize i postupke za interpretaciju i analizu podataka dobijenih iz sprovođenja analize. U specifičnom načinu ostvarivanja, kompleti sadrže uputstvo za predviđanje da li je hematološki kancer kod pacijenta klinički senzitivan na jedinjenje.
[0384] Za komplete na bazi antitela, komplet može uključivati, na primer: (1) prvo antitelo koje se vezuje za polipeptid ili protein od interesa; i, opciono, (2) drugo, drugačije antitelo koje se vezuje za polipeptid ili protein ili prvo antitelo i konjuguje se na detektabilnu oznaku (npr., fluorescentna oznaka, radioaktivni izotop ili enzim). Prvo antitelo može biti prilepljeno za čvrstu osnovu. U specifičnom načinu ostvarivanja, polipeptid ili protein od interesa je biomarker ovde obezbeđen. Kompleti na bazi antitela takođe mogu uključivati perlice za sprovođenje imunoprecipitacije. Svaka komponenta kompleta na bazi antitela je generalno u svojoj odgovarajućoj posudi. Stoga, ovi kompleti generalno uključuju određene posude pogodne za svako antitelo. Dalje, kompleti na bazi antitela mogu uključivati uputstvo za sprovođenje analize i postupke za interpretaciju i analiziranje podataka dobijenih iz sprovođenja analize. U specifičnom načinu ostvarivanja, kompleti sadrže uputstvo za predviđanje da li je hematološki kancer kod pacijenta klinički senzitivan na FTI.
[0385] U nekim načinima ostvarivanja, komplet ovde obezbeđen uključuje FTI ovde obezbeđen, ili farmaceutsku kompoziciju koja sadrži FTI. Kompleti mogu dalje uključivati dodatne aktivne agense, uključujući, ali bez ograničenja na one ovde opisane, poput DNK-hipometilirajućeg agensa, terapeutskog antitela koje se specifično vezuje za antigen kancera, hematopoetski faktor rasta, citokin, antikancerogeni agens, antibiotik, cox-2 inhibitor, imunomodulatorni agens, anti-timocit globulin, imunosupresivni agens ili kortikosteroid.
[0386] Kompleti ovde obezbeđeni mogu dalje uključivati uređaje koji se koriste za davanje FTI ili drugih aktivnih sastojaka. Primeri tih uređaja uključuju, ali nisu ograničeni na špriceve, vrećice za okapavanje, flastere i inhalatore.
[0387] Kompleti mogu dalje uključivati ćelije ili krv za transplantaciju, kao i farmaceutski prihvatljive prenosnike koji se mogu koristiti za davanje jednog ili više aktivnih sastojaka. Na primer, ako je aktivan sastojak obezbeđen u čvrstom obliku koji mora biti rekonstituisan za parenteralno davanje, komplet može obuhvatati zaptivenu posudu pogodnog prenosnika u kojoj se aktivni sastojak može rastvoriti radi formiranja sterilnog rastvora oslobođenog čestica koji je pogodan za parenteralno davanje. Primeri farmaceutski prihvatljivih prenosnika uključuju, ali nisu ograničeni na: vodu za injekciju USP; vodene prenosnike poput, ali bez ograničenja na injekciju natrijum hlorida, Ringerovu injekciju, injekciju dekstroze, injekciju dekstroze i natrijum hlorida i laktatnu Ringerovu injekciju; prenosnike mešljive sa vodom poput, ali bez ograničenja na etil alkohol, polietilen glikol i polipropilen glikol; i nevodene prenosnike poput, ali bez ograničenja na kukuruzno ulje, ulje pamučnog semena, ulje od kikirikija, susamovo ulje, etil oleat, izopropil miristat i benzil benzoat.
[0388] U određenim načinima ostvarivanja postupaka i kompleta ovde obezbeđenih, osnove čvrste faze se koriste za prečišćavanje proteina, obeležavanje uzoraka ili sprovođenje analiza čvrste faze. Primeri čvrstih faza pogodnih za sprovođenje ovde opisanih postupaka uključuju perlice, čestice, koloide, jednostruke površine, epruvete, pločice sa više bazenčića, mikrotitracione ploče, ploče, membrane, gelove i elektrode. Kada je čvrsta faza materijal od čestica (npr., perlice), on se, u jednom načinu ostvarivanja, distribuira u bazenčiće pločice sa više bazenčića kako bi se omogućila paralelna obrada osnova čvrste faze.
[0389] Komplet prema ovom opisu može uključivati pomoćni reagens. U nekim načinima ostvarivanja, pomoćni reagens može biti sekundarno antitelo, reagens za detekciju, pufer za detekciju, pufer za imobilizaciju, pufer za rastvaranje, pufer za ispiranje, ili bilo koja kombinacija navedenog.
[0390] Sekundarna antitela mogu biti monoklonska ili poliklonska antitela. Sekundarna antitela mogu se dobiti iz organizma bilo kog sisara, uključujući goveda, miševe, pacove, hrčke, koze, kamile, piliće, zečeve i druge. Sekundarna antitela mogu uključivati, na primer, anti-humano IgA antitelo, anti-humano IgD antitelo, anti-humano IgE antitelo, anti-humano IgG antitelo ili anti-humano IgM antitelo.
Sekundarna antitela mogu se konjugovati sa enzimima (npr., peroksidaza rena (HRP), alkalna fosfataza (AP), luciferaza i slično) ili bojama (npr., kolorimetrijske boje, fluorescentne boje, boje fluorescentnog rezonantnog prenosa energije (FRET), vremenski utvrđene (TR)-FRET boje i slično). U nekim načinima ostvarivanja, sekundarno antitelo je poliklonsko zečje-anti-humano IgG antitelo, koje je HRP-konjugovano.
[0391] Bilo koji reagens za detekciju poznat u ovoj oblasti može biti uključen u komplet prema ovom opisu. U nekim načinima ostvarivanja, reagens za detekciju je kolorimetrijski reagens za detekciju, fluorescentni reagens za detekciju ili hemoluminiscentni reagens za detekciju. U nekim načinima ostvarivanja, kolorimetrijski reagens za detekciju uključuje PNPP (p-nitrofenil fosfat), ABTS (2,2'-azinobis(3-etilbenzotiazolin-6-sulfonska kiselina)) ili OPD (o-fenilendiamin). U nekim načinima ostvarivanja, fluorescentni reagens za detekciju uključuje QuantaBluTM ili QuantaRedTM (Thermo Scientific, Waltham, MA). U nekim načinima ostvarivanja, luminiscentni reagens za detekciju uključuje luminol ili luciferin. U nekim načinima ostvarivanja, reagens za detekciju uključuje okidač (npr., H2O2) i trejser (npr., izoluminol-konjugat).
[0392] Bilo koji pufer za detekciju poznat u ovoj oblasti može biti uključen u komplet prema ovom opisu. U nekim načinima ostvarivanja, pufer za detekciju je citrat-fosfatni pufer (npr., oko pH 4.2).
[0393] Bilo koji rastvor za zaustavljanje poznat u ovoj oblasti može biti uključen u komplet prema ovom opisu. Rastvori za zaustavljanje prema ovom opisu okončavaju ili odlažu dalji razvoj reagensa za detekciju i odgovarajućih signala analize. Rastvori za zaustavljanje mogu uključivati, na primer, pufere niske pH vrednosti (npr., glicin-pufer, pH 2.0), haotropne agense (npr., gvanidinijum hlorid, natrijumdodecilsulfat (SDS)) ili redukujuće agense (npr., ditiotreitol, mekaptoetanol) ili slično.
[0394] U nekim načinima ostvarivanja, pomoćni reagens je reagens za imobilizaciju, koji može biti bilo koji reagens za imobilizaciju poznat u ovoj oblasti, uključujući reagense za kovalentnu i nekovalentnu imobilizaciju. Reagensi za kovalentnu imobilizaciju mogu uključivati bilo koji hemijski ili biološki reagens koji se može koristiti za kovalentnu imobilizaciju peptida ili nukleinske kiseline na površini. Reagensi za kovalentnu imobilizaciju mogu uključivati, na primer, karboksil-do-amin reaktivnu grupu (npr., karbodiimidi poput EDC ili DCC), amin reaktivnu grupu (npr., estri N-hidroksisukcinimida (NHS), imidoestri), sulfhidril-reaktivno sredstvo za umrežavanje (npr., maleimidi, haloacetili, piridil disulfidi), karbonil-reaktivne umrežene grupe (npr., hidrazidi, alkoksiamini), fotoreaktivno sredstvo za umrežavanje (npr., aril azidi, dizirini) ili hemoselektivnu ligacionu grupu (npr., par Štaudingerove reakcije). Reagensi za nekovalentnu imobilizaciju uključuju bilo koji hemijski ili biološki reagens koji se može koristiti za nekovalentnu imobilizaciju peptida ili nukleinske kiseline na površini, poput tagova afiniteta (npr., biotin) ili reagenasa za hvatanje (npr., streptavidin ili anti-tag antitela, poput anti-His6 ili anti-Myc antitela).
[0395] Kompleti iz ovog opisa mogu uključivati kombinacije reagenasa za imobilizaciju. Te kombinacije uključuju, na primer, EDC i NHS, koji se mogu koristiti, na primer, za imobilizaciju proteina prema ovom opisu na površini, poput matrice karboksilizovanog dekstrana (npr., na BIAcoreTM CM5 čipu ili perlici na bazi dekstrana). Kombinacije reagenasa za imobilizaciju mogu se skladištiti kao prethodno mešane kombinacije reagenasa ili sa jednim ili više reagenasa za imobilizaciju kombinacije koja se skladišti nezavisno od drugih reagenasa za imobilizaciju.
[0396] Veliki izbor pufera za ispiranje je poznat u ovoj oblasti, poput pufera na bazi tris(hidroksimetil)aminometana (Tris) (npr., Tris-puferovani fiziološki rastvor, TBS) ili fosfatnih pufera (npr., fosfat-puferovani fiziološki rastvor, PBS). Puferi za ispiranje mogu uključivati deterdžente, poput jonskih ili ne-jonskih deterdženata. U nekim načinima ostvarivanja, pufer za ispiranje je PBS pufer (npr., oko pH 7.4) uključujući Tween®20 (npr., oko 0.05% Tween®20).
[0397] Bilo koji pufer za rastvaranje poznat u ovoj oblasti može biti uključen u komplet prema ovom opisu. Puferi za rastvaranje mogu uključivati protein nosača (npr., albumin goveđeg seruma, BSA) i deterdžent (npr., Tween®20). U nekim načinima ostvarivanja, pufer za rastvaranje je PBS (npr., oko pH 7.4) uključujući BSA (npr., oko 1% BSA) i Tween®20 (npr., oko 0.05% Tween®20).
[0398] U nekim načinima ostvarivanja, komplet prema ovom opisu uključuje reagens za čišćenje za sistem automatske analize. Sistem automatske analize može uključivati sisteme bilo kog proizvođača. U nekim načinima ostvarivanja, sistemi automatske analize uključuju, na primer, BIO-FLASHTM, BEST 2000TM, DS2TM, ELx50 WASHER, ELx800 WASHER i ELx800 READER. Reagens za čišćenje može uključivati bilo koji reagens za čišćenje poznat u ovoj oblasti.
[0399] Treba napomenuti da su bilo koje kombinacije gore navedenih načina ostvarivanja, na primer, u pogledu jednog ili više reagenasa, poput, bez ograničenja, prajmera nukleinske kiseline, čvrste osnove i slično, takođe razmatrane u vezi sa bilo kojim od različitih postupaka i/ili kompleta ovde obezbeđenih.
4. Divlji tip K-Ras i N-Ras kao biomarkeri za FTI tretman
[0400] Ovde obezbeđeni postupci za odabir pacijenata obolelih od kancera za tretman FTI su delimično zasnovani na otkriću da je status Ras mutacije povezan sa kliničkim pogodnostima FTI, i mogu se koristiti za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman. Shodno tome, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman, postupci za odabir populacije pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman i postupci za lečenje kancera kod subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI, na osnovu statusa Ras mutacije u uzorku pacijenta.
4.1. Status Ras mutacije
[0401] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta na osnovu statusa mutacije K-Ras, N-Ras ili obe. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva Ras mutacije u uzorku subjekta, pri čemu Ras mutacija uključuje K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI navedenom subjektu ako se utvrdi da navedeni uzorak nema K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju.
[0402] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva K-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI navedenom subjektu ako se utvrdi da navedeni uzorak nema K-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras.
[0403] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva N-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI
1
navedenom subjektu ako se utvrdi da navedeni uzorak nema N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip N-Ras.
[0404] U nekim načinima ostvarivanja, K-Ras mutacija je KA-Ras mutacija. U nekim načinima ostvarivanja, K-Ras mutacija je KB-Ras mutacija. U nekim načinima ostvarivanja, K-Ras mutacija je kombinacija KA-Ras mutacije i KB-Ras mutacije. K-Ras mutacija može uključivati mutaciju u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61 od KA-Ras, KB-Ras ili obe. U nekim načinima ostvarivanja, KA-Ras mutacija može uključivati mutaciju odabranu iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline G12C, G12D, G12A, G12V, G12S, G12F, G12R, G12N, G13C, G13D, G13R, G13S, G13N, Q61 K, Q61 H, Q61 L, Q61 P, Q61 R i A146V. U nekim načinima ostvarivanja, KB-Ras mutacija može uključivati mutaciju odabranu iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline G12C, G12D, G12A, G12V, G12S, G12F, G12R, G12N, G13C, G13D, G13R, G13S, G13N, Q61 K, Q61 H, Q61 L, Q61 P, Q61 R i A146V.
[0405] U nekim načinima ostvarivanja, Ras mutacija je N-Ras mutacija. U nekim načinima ostvarivanja, N-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13, G15, G60 i Q61. U nekim načinima ostvarivanja, N-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61. U nekim načinima ostvarivanja, N-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju odabranu iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline G12C, G12D, G12F, G12S, G12A, G12V, G12R, G13C, G13R, G13A, G13D, G13V, G15W, G60E, Q61P, Q61L, Q61R, Q61K, Q61H i Q61E.
[0406] U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak nema supstituciju amino kiseline u G12, G13 i Q61 od K-Ras, i takođe da nema supstituciju amino kiseline u G12, G13 i Q61 od N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak nema nikakvu K-Ras mutaciju ili bilo kakvu N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras.
[0407] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđen postupak dalje uključuje utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta i davanje terapeutski efektivne količine FTI navedenom subjektu ako se utvrdi da navedeni uzorak ima H-Ras mutaciju.
[0408] U nekim načinima ostvarivanja, H-Ras mutacija je mutacija u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61. U nekim načinima ostvarivanja, H-Ras mutacija može biti mutacija odabrana iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline od G12R, G12V, G13C, G13R, Q61L i Q61R.
[0409] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta na osnovu statusa mutacije K-Ras i N-Ras, što uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva K-Ras mutacije i N-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako uzorak nema nikakvu K-Ras mutaciju ili bilo kakvu N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, postupak uključuje davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako subjekat ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, postupak dalje uključuje utvrđivanje statusa mutacije H-Ras, i kasnije davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako uzorak subjekta nema nikakvu K-Ras mutaciju ili bilo kakvu N-Ras mutaciju, ali ima H-Ras mutaciju.
1 1
[0410] Ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman, postupci za odabir populacije pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman i postupci za lečenje kancera kod subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI, na osnovu statusa mutacije Ras u uzorku pacijenta. U nekim načinima ostvarivanja, postupak uključuje utvrđivanje prisustva ili odsustva Ras mutacije u uzorku subjekta pre početka tretmana. Tumori ili kanceri koji nemaju K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju pokazuju da će pacijenti verovatno odgovoriti na FTI tretman. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti su odabrani za FTI tretman na osnovu nedostatka K-Ras mutacije ili N-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti su odabrani za FTI tretman na osnovu nedostatka K-Ras mutacije i N-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, pacijenti su dalje odabrani na osnovu prisustva H-Ras mutacije. Status Ras mutacije može se detektovati u nukleinskoj kiselini ili nivou proteina. U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje analiziranjem nukleinskih kiselina dobijenih iz uzorka. U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje analiziranjem proteina dobijenog iz uzorka.
[0411] Tehnike koje se mogu koristiti u ovde obezbeđenim postupcima uključuju in situ hibridizaciju (Stoler, Clin. Lab. Med.12:215- 36 (1990), upotrebom radioizotopa ili sondi obeleženih fluoroforom; lančanu reakciju polimeraze (PCR); kvantitativni „Sadern blot“ postupak, „dot blot“ postupak i druge tehnike za kvantifikaciju pojedinačnih gena. U nekim načinima ostvarivanja, sonde ili prajmeri odabrani za procenu amplifikacije gena su izrazito specifični radi izbegavanja detekcije blisko povezanih homolognih gena. Alternativno, mogu se koristiti antitela koja mogu prepoznati specifične duplekse, uključujući DNK duplekse, RNK duplekse i DNK-RNK hibridne duplekse ili DNK-protein duplekse. Antitela sa druge strane mogu biti obeležena i analiza se može sprovesti kada je dupleks vezan za površinu, tako da se po formiranju dupleksa na površini može detektovati prisustvo antitela vezanog za dupleks.
[0412] U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje analiziranjem nukleinskih kiselina dobijenih iz uzorka. Nukleinske kiseline mogu biti molekuli mRNK ili genomske DNK iz subjekta za testiranje. Postupci za utvrđivanje statusa Ras mutacije analiziranjem nukleinskih kiselina su dobro poznati u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju sekvenciranje, lančanu reakciju polimeraze (PCR), DNK mikročip, masenu spektrometriju (MS), analizu jednonukleotidnog polimorfizma (SNP), denaturaciju tečne hromatografije visokih performansi (DHPLC) ili analizu polimorfizma dužine restriktivnih fragmenata (RFLP). U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje upotrebom standardnih postupaka sekvenciranja, uključujući, na primer, Sangerovo sekvenciranje, sekvenciranje sledeće generacije (NGS). U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje upotrebom MS.
[0413] U nekim načinima ostvarivanja, postupak uključuje utvrđivanje prisustva ili odsustva Ras mutacije amplifikacijom Ras nukleinske kiseline iz uzorka PCR. Na primer, PCR tehnologija i parovi prajmera koji se mogu koristiti su poznati stručnjaku iz ove oblasti. (npr., CChang et al., Clinical Biochemistry, 43 (2010), 296-301; WO2015144184). Na primer, multipleks PCR se može koristiti za amplifikaciju kodona
1 2
12 i 13 eksona 2 i kodona 61 eksona 3 od N-, H-, ili K-Ras gena sa dva para univerzalnih prajmera za eksone 2 i 3. Na primer, mogu se koristiti sledeći prajmeri:
[0414] Kako se ovde koristi, slova se koriste prema IUPAC notaciji, npr. „Y“ označava pirimidin, „K“označava keto, npr. G ili C, „R“ označava purin, „B“ C, G ili T, „D“ označava A, G ili T, „M“ označava A, C, „V“ označava A, C ili G.
[0415] Nakon amplifikacije multipleks PCR, proizvodi se mogu prečistiti radi uklanjanja prajmera i neinkorporiranih deoksinukleotid trifosfata pomoću PCR-M™ Clean Up sistema (Viogenebiotek Co., Sunnyvale, CA, SAD). Prečišćena DNK se zatim može polukvantifikovati na 1 % agaroza gela u 0.5xTBE i vizualizovati bojenjem etidijum bromidom. Proizvodi se zatim mogu podvrgnuti analizi ekstenzije prajmera upotrebom prajmera prema opisu u Chang et al., Clinical Biochemistry 43 (2010), 296-301, npr., poput sledećeg:
1
[0416] Različite koncentracije sonde za kodon 12, 13 ili 61 se mogu koristiti (npr.0,03 – 0,6 µM) u reakcijama koje sadrže 1,5 µl prečišćenih PCR proizvoda, kao i 4 µI od ABI PRISM SNaPshot Multiplex kompleta (Applied Biosystems, Foster City, CA) koji sadrži AmpliTaq® DNK polimerazu i fluorescentno obeležene dideoksinukleotid trifosfate (ddNTPs) (RGG-obeleženi dideoksiadenozin trifosfat, TAMRA-obeleženi dideoksicitidin trifosfat, ROX-obeležen dideoksitimidin trifosfat i R110-obeleženi dideoksigvanozin trifosfat). Svaka 10-µI mešavina se zatim može podvrgnuti ekstenziji 25 ciklusa jedne baze koja se sastoji od faze denaturacije na 96 °C tokom 10 s i žarenja i ekstenzije prajmera na 55 °C tokom 35 s. Nakon ekstenzije ciklusa, neinkorporirani fluorescentni ddNTP se zatim mogu inkubirati sa 1 µI male alkalne fosfataze (United States Biochemical Co., Klivlend, SAD) na 37 °C tokom 1 h, nakon čega sledi deaktivacija enzima na 75 °C tokom 15 min. Proizvodi reakcije ekstenzije prajmera mogu se zatim rastvoriti automatskom kapilarnom elektroforezom na platformi kapilarne elektroforeze, npr.14 µl Hi-Di™ Formamida (Applied Biosystems) i 0.28 µl GeneScan™- 120LIZ® Size Standard (Applied Biosystems)
1 4
je dodato u 6 µI proizvoda ekstenzije prajmera. Svi uzorci se zatim mogu npr. analizirati na ABI Prism 310 DNA Genetic Analyzer (Applied Biosystems) prema uputstvima proizvođača pomoću GeneScan™ 3.1 (Applied Biosystems).
[0417] Ovde su obezbeđeni postupci za odabir pacijenta obolelog od kancera koji će verovatno imati pogodnosti od FTI tretmana, što uključuje prisustva ili odsustva Ras mutacije amplifikacijom Ras nukleinske kiseline iz uzorka tumora pacijenta i sekvenciranje amplifikovane nukleinske kiseline. Shodno tome, Ras nukleinska kiselina može se amplifikovati upotrebom prajmera prema gore navedenom opisu i sekvencirati. Na primer, K-Ras, N-Ras i H-Ras nukleinska kiselina može se amplifikovati od strane PCR prema gore navedenom opisu i kasnije subklonirati upotrebom npr. TOPO TA kompleta za kloniranje radi sekvenciranja (Invitrogen).
[0418] U gore navedenom inventivnom postupku, RAS nukleinska kiselina se može dobiti iz uzorka tumora pacijenta bilo kojim postupkom poznatom stručnjaku iz ove oblasti. Na primer, bilo koji komercijalni komplet se može koristiti za izolaciju genomske DNK, ili mRNK iz uzorka tumora, poput npr. Qlamp DNK mini kompleta, ili RNeasy mini kompleta (Qiagen, Hilden, Nemačka). Na primer, ako je mRNK izolovana iz uzorka tumora pacijenta, sinteza cDNK se može sprovesti pre postupaka kako je ovde opisano, prema bilo kojoj tehnologiji poznatoj u ovoj oblasti.
[0419] Na primer, nukleinska kiselina koju treba izolovati iz tumora može biti, recimo, jedna od genomske DNK, ukupne RNK, mRNK ili poli(A)+ mRNK. Na primer, ako je mRNK izolovana iz uzorka tumora pacijenta, mRNK (ukupna mRNK ili poli(A)+ mRNK) se može koristiti za sintezu cDNK prema dobro utvrđenim tehnologijama u trenutnom stanju tehnike, poput onih obezbeđenih u komercijalnim kompletima za sintezu cDNK, npr. Superscript® III First Strand Synthesis Kit. cDNK se zatim može dalje amplifikovati pomoću npr. PCR i kasnije podvrgnuti sekvenciranju pomoću npr. Sangerovog sekvenciranja ili piro-sekvenciranja radi utvrđivanja sekvence nukleotida npr. kodona 12 i 13 RAS gena, npr. H-RAS, N-RAS ili KRAS. Alternativno, PCR proizvod može npr. takođe biti subkloniran u TA TOPO vektoru za kloniranje radi sekvenciranja. Druge tehnologije osim sekvenciranja za utvrđivanje odsustva ili prisustva Ras mutacija mogu se koristiti u ovde obezbeđenim postupcima, poput npr. ekstenzije jednonukleotidnog prajmera (SNPE) (PLoS One.2013 Aug 21 ;8(8):e72239); DNK mikročipa, masene spektrometrije (MS) (npr. (MALDI-TOF) masene spektrometrije zasnovane na vremenu preleta sa matricom potpomognutom laserskom desorpcijom/jonizacijom), jednonukleotidnog polimorfizma (SNP), denaturacije tečne hromatografije visokih performansi (DHPLC) ili analize polimorfizma dužine restriktivnih fragmenata (RFLP).
[0420] Na primer, analiza jednonukleotidnog polimorfizma (SNP) može se koristiti za utvrđivanje statusa Ras mutacije u uzorku. Analiza SNP se može sprovoditi na HT7900 od Applied Biosystems, nakon protokola analize aleličke diskriminacije koji je obezbedio proizvođač. Status Ras mutacije može se takođe utvrditi pomoću DHPLC ili RFLP, ili bilo kojim drugim postupcima poznatim u ovoj oblasti. Bowen et al., Blood, 106:2113-2119 (2005); Bowen et al., Blood, 101:2770-2774 (2003); Nishikawa et al., Clin
1
Chim Acta., 318:107-112 (2002); Lin SY et al., Am J Clin Pathol.100:686-689 (1993); O'Leary JJ et al., J Clin Pathol.51:576-582 (1998).
[0421] U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje analiziranjem proteina dobijenog iz uzorka. Mutirani Ras protein se može detektovati pomoću više imunohistohemijskih (IHC) pristupa ili drugih postupaka imunoanalize poznatih u ovoj oblasti. Pokazalo se da je IHC bojenje delova tkiva pouzdan postupak za procenu ili detektovanje prisustva proteina u uzorku. Imunohistohemijske tehnike koriste antitelo za testiranje i vizualizaciju ćelijskih antigena in situ, generalno pomoću hromogenih ili fluorescentnih postupaka. Stoga, antitela ili antiserumi, poželjno poliklonski antiserumi, i najpoželjnije monoklonska antitela koja specifično imaju za cilj mutant K-Ras ili N-Ras mogu se koristiti za detekciju ekspresije. Kao što se detaljnije navodi u nastavku, antitela se mogu detektovati direktnim obeležavanjem samih antitela, na primer, pomoću radioaktivnih oznaka, fluorescentnih oznaka, hapten oznaka poput biotina ili enzima poput peroksidaze rena ili alkalne fosfataze. Alternativno, neobeleženo primarno antitelo se koristi u vezi sa obeleženim sekundarnim antitelom, što obuhvata antiserume, poliklonske antiserume ili monoklonsko antitelo specifično za primarno antitelo. Imunohistohemijski protokoli i kompleti su dobro poznati u ovoj oblasti i komercijalno dostupni. Automatski sistemi za pripremu ploča i IHC obradu su komercijalno dostupni. Ventana® BenchMark XT sistem je primer takvog automatskog sistema.
[0422] Standardni postupci imunološke i imunohistohemijske analize mogu se pronaći u Basic and Clinical Immunology (Stites & Terr eds., 7th ed.1991). Dalje, imunohistohemijske analize mogu se sprovoditi u bilo kojoj od više konfiguracija, koje su ekstenzivno pregledane u Enzyme Immunoassay (Maggio, ed., 1980); i Harlow & Lane, supra. Za pregled generalnih imunohistohemijskih analiza, takođe pogledati Methods in Cell Biology: Antibodies in Cell Biology, volume 37 (Asai, ed.1993); Basic and Clinical Immunology (Stites & Ten, eds., 7th ed.1991).
[0423] Analize za detekciju K-Ras mutacija ili N-Ras mutacija uključuju nekompetitivne analize, npr. „sendvič“ analize i kompetitivne analize. Obično, analiza poput ELISA analize se može koristiti. ELISA analize su poznate u ovoj oblasti, npr., za analiziranje širokog opsega tkiva i uzoraka, uključujući krv, plazmu, serum ili koštanu srž.
[0424] Širok opseg tehnika imunohistohemijske analize koje koriste takav format analize je dostupan, pogledati, npr., U.S. Pat. No.4,016,043, 4,424,279, i 4,018,653. Oni uključuju analize na jednom mestu ili dva mesta ili „sendvič“ analize nekompetitivnih tipova, kao i tradicionalne kompetitivne analize vezivanja. Ove analize takođe uključuju direktno vezivanje obeleženog antitela za ciljni mutant Ras protein. „Sendvič“ analize su često korišćene analize. Postoji više varijacija tehnike „sendvič“ analize. Na primer, u tipičnoj direktnoj analizi, neobeleženo antitelo je imobilisano na čvrstom supstratu, a uzorak koji se testira se dovodi u kontakt sa vezanim molekulom. Nakon odgovarajućeg perioda inkubacije, tokom vremenskog perioda dovoljnog da omogući formiranje antitelo-antigen kompleksa, drugo antitelo specifično za antigen, obeleženo reporter molekulom koji može da proizvede detektabilan
1
signal se zatim dodaje i inkubira, što omogućava vreme dovoljno za formiranje drugog kompleksa antitelo-antigen-obeleženog antitela. Bilo koji nereagujući materijal se ispira, a prisustvo antigena se utvrđuje posmatranjem signala koji proizvodi reporter molekul. Rezultati mogu biti kvalitativni, jednostavnim posmatranjem vidljivog signala, ili kvantitativni, upoređivanjem sa kontrolnim uzorkom.
[0425] Varijacije direktne analize uključuju istovremenu analizu, u kojoj se i uzorak i obeleženo antitelo istovremeno dodaju u vezano antitelo. Ove tehnike su dobro poznate stručnjacima iz ove oblasti, uključujući bilo koje manje varijacije koje će odmah biti očigledne. Kod tipične direktne „sendvič“ analize, prvo antitelo sa specifičnošću za mutant Ras protein je kovalentno ili pasivno vezano za čvrstu površinu. Čvrsta površina može biti staklo ili polimer, pri čemu su najčešće korišćeni polimeri celuloza, poliakrilamid, najlon, polistiren, polivinil hlorid ili polipropilen. Čvrste osnove mogu biti u obliku epruveta, perlica, diskova mikropločica ili bilo koje druge površine pogodne za sprovođenje imunohistohemijske analize. Postupci vezivanja su dobro poznati u ovoj oblasti i generalno se sastoje od umrežavanja kovalentnog vezivanja ili fizičke adsorpcije, polimer-antitelo kompleks se ispira u preparatu za test uzorak. Alikvot uzorka koji se testira se zatim dodaje u kompleks čvrste faze i inkubira tokom vremenskog perioda dovoljnog (npr.2-40 minuta ili preko noći ako je pogodnije) i pod povoljnim uslovima (npr., od sobne temperature do 40°C poput između 25°C i 32 °C inkluzivno) da omogući vezivanje bilo koje podjedinice prisutne u antitelu. Nakon perioda inkubacije, čvrsta faza podjedinice antitela se ispira i suši i inkubira pomoću drugog antitela specifičnog za deo mutant Ras proteina. Drugo antitelo se povezuje na reporter molekul koji se koristi za indikaciju vezivanja drugog antitela za mutant Ras protein.
[0426] U nekim načinima ostvarivanja, protočna citometrija (FACS) se može koristiti za detektovanje mutant K-Ras ili N-Ras upotrebom specifičnih antitela za ciljni mutant K-Ras ili N-Ras. Protočni citometar detektuje i izveštava o intenzitetu fluorihrom-tagovanog antitela, što pokazuje prisustvo mutant K-Ras ili N-Ras. Ne-fluorescentni citoplazmički proteini se takođe mogu primetiti bojenjem propustljivih ćelija. Boja može biti fluorescentno jedinjenje koje se može vezati za određene molekule, ili fluorihromtagovano antitelo za vezivanje molekula po izboru.
[0427] Alternativni postupak uključuje imobilizaciju ciljnog Ras proteina u uzorku i zatim izlaganje imobilizovanog cilja antitelu specifičnom za mutant koje može ili ne može biti obeleženo reporter molekulom. U zavisnosti od količine cilja i snage signala reporter molekula, vezani cilj se može detektovati direktnim obeležavanjem pomoću antitela. Alternativno, drugo obeleženo antitelo, specifično za prvo antitelo se izlaže cilj -prvo antitelo kompleksu radi formiranja cilj-prvo antitelo-drugo antitelo tercijarnog kompleksa. Ovaj kompleks se detektuje signalom koji emituje obeleženi reporter molekul.
[0428] U slučaju imunohistohemijske analize enzima, enzim je konjugovan sa drugim antitelom, generalno pomoću glutaraldehida ili periodata. Kao što će se odmah prepoznati, međutim, postoji širok opseg različitih tehnika konjugacije, koje su odmah dostupne stručnjaku iz ove oblasti. Obično korišćeni
1
enzimi uključuju peroksidazu rena, oksidazu glukoze, beta-galaktozidazu i alkalnu fosfatazu i druge o kojima je ovde govoreno. Supstrati koje treba koristiti sa specifičnim enzimima se generalno biraju za proizvodnju, po hidrolizi od strane odgovarajućeg enzima, detektabilne promene boje. Primeri pogodnih enzima uključuju alkalnu fosfatazu i peroksidazu. Takođe je moguće koristiti fluorogene supstrate, koji stvaraju fluorescentni proizvod umesto gore navedenih hromogenih supstrata. U svim slučajevima, enzimom obeleženo antitelo se dodaje u prvi antitelo-molekularni marker kompleks, koji može da se vezuje, a zatim se višak reagensa ispira. Rastvor koji sadrži odgovarajući supstrat se zatim dodaje u kompleks antitelo-antigen-antitelo. Supstrat će reagovati sa enzimom povezanim sa drugim antitelom, dajući kvalitativni vizuelni signal, koji se može dalje kvantifikovati, obično spektrofotometrički, radi pružanja indikacije o količini mutant Ras proteina koji je bio prisutan u uzorku. Alternativno, fluorescentna jedinjenja, poput fluoresceina i rodamina, mogu se hemijski upariti sa antitelima bez izmene njihovog kapaciteta za vezivanje. Kada se aktivira iluminacijom svetlošću određene talasne dužine, fluorohrom-obeleženo antitelo adsorbuje svetlosnu energiju, indukujući stanje ekscitabilnosti u molekulu, nakon čega sledi emisija svetlosti u karakterističnoj boji vizuelno detektabilnoj pomoću svetlosnog mikroskopa. Kao kod EIA, fluorescentno obeleženo antitelo može da se vezuje za prvo antitelo-molekularni marker kompleks. Nakon ispiranja nevezanog reagensa, preostali tercijarni kompleks se zatim izlaže svetlosti odgovarajuće talasne dužine, primećena fluorescentnost označava prisustvo molekularnog markera od interesa. Imunofluorescentne i EIA tehnike su veoma dobro poznate u ovoj oblasti i o njima je govoreno u ovom tekstu.
[0429] U nekim načinima ostvarivanja, utvrđivanje statusa Ras mutacije se sprovodi kao pridružena dijagnostika uz FTI tretman. Pridružena dijagnostika se može sprovesti na kliničkom mestu gde se subjekat leči. Pridružena dijagnostika se takođe može sprovesti na mestu odvojenom od kliničkog mesta gde se subjekat leči.
[0430] Kao što će stručnjak iz ove oblasti shvatiti, ovde obezbeđeni postupci su postupci za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman, postupci za odabir populacije pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman i postupci za lečenje kancera kod subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI, na osnovu statusa Ras mutacije u uzorku pacijenta. Bilo koji postupci ovde opisani ili na drugi način poznati u ovoj oblasti za utvrđivanje statusa Ras mutacije mogu se primeniti u ovim postupcima.
4.2. Uzorci
[0431] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju dobijanje uzorka od subjekta. Uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima uključuje telesne tečnosti subjekta. Neograničavajući primeri telesnih tečnosti uključuju krv (npr., perifernu celu krv, perifernu krv), krvnu plazmu, koštanu srž, plodovu vodu, očnu vodicu, žuč, limfu, menzes, serum, mokraću, cerebrospinalnu tečnost koja okružuje mozak i kičmenu moždinu, sinovijalnu tečnost koja okružuje zglobove kostiju.
1
[0432] U jednom načinu ostvarivanja, uzorak je uzorak koštane srži. Postupci za dobijanje uzorka koštane srži su dobro poznati u ovoj oblasti, uključujući, ali bez ograničenja na biopsiju koštane srži i aspiraciju koštane srži. Koštana srž ima tečni deo i čvrsti deo. U biopsiji koštane srži, uzima se uzorak čvrstog dela. U aspiraciji koštane srži, uzima se uzorak tečnog dela. Biopsija koštane srži i aspiracija koštane srži mogu se sprovesti u isto vreme i navode se kao pregled koštane srži.
[0433] U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak krvi. Uzorak krvi može se dobiti upotrebom konvencionalnih tehnika kao što su obezbeđene u, npr. Innis et al, editors, PCR Protocols (Academic Press, 1990). Bele krvne ćelije mogu se razdvojiti od uzoraka krvi upotrebom konvencionalnih tehnika ili komercijalno dostupnih kompleta, npr. RosetteSep kompleta (Stein Cell Technologies, Vankuver, Kanada). Subpopulacije belih krvnih ćelija, npr. mononuklearne ćelije, NK ćelije, B ćelije, T ćelije, monociti, granulociti ili limfociti mogu se dalje izolovati upotrebom konvencionalnih tehnika, npr. magnetno aktiviranim sortiranjem ćelija (MACS) (Miltenyi Biotec, Obern, Kalifornija) ili fluorescentno aktiviranim sortiranjem ćelija (FACS) (Becton Dickinson, San Hoze, Kalifornija).
[0434] U jednom načinu ostvarivanja, uzorak krvi je od oko 0.1 mL do oko 10.0 mL, od oko 0.2 mL do oko 7 mL, od oko 0.3 mL do oko 5 mL, od oko 0.4 mL do oko 3.5 mL, ili od oko 0.5 mL do oko 3 mL. U drugom načinu ostvarivanja, uzorak krvi je oko 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5, 3.0, 3.5, 4.0, 4.5, 5.0, 6.0, 7.0, 8.0, 9.0 ili 10.0 mL.
[0435] U nekim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovim postupcima uključuje biopsiju (npr., biopsiju tumora). Biopsija može biti od bilo kog organa ili tkiva, na primer, kože, jetre, pluća, srca, debelog creva, bubrega, koštane srži, zuba, limfnih čvorova, kose, slezine, mozga, grudi ili drugih organa. Bilo koja tehnika biopsije koja je poznata stručnjacima iz ove oblasti može se koristiti za izolaciju uzorka iz subjekta, na primer, otvorena biopsija, zatvorena biopsija, biopsija srži, inciziona biopsija, eksciziona biopsija ili biopsija aspiracije finom iglom.
[0436] U određenim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima uključuje više ćelija. Te ćelije mogu uključivati bilo koji tip ćelija, npr., matične ćelije, krvne ćelije (npr., PBMC), limfocite, NK ćelije, B ćelije, T ćelije, monocite, granulocite, imune ćelije ili ćelije tumora ili kancera. Specifične populacije ćelije mogu se dobiti pomoću kombinacije komercijalno dostupnih antitela (npr., Quest Diagnostic (San Juan Capistrano, Kalifornija); Dako (Danska)).
[0437] U određenim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima je od obolelog tkiva, npr., od pojedinca koji ima kancer (npr., limfom, MDS ili leukemiju). U određenim načinima ostvarivanja. U nekim načinima ostvarivanja, ćelije se mogu dobiti od ćelija tumora ili kancera ili tkiva tumora, poput biopsije tumora ili eksplanta tumora. U određenim načinima ostvarivanja, broj ćelija upotrebljenih u ovde obezbeđenim postupcima može biti u opsegu od jedne ćelije do oko 10<9>ćelija. U nekim načinima ostvarivanja, broj ćelija upotrebljenih u ovde obezbeđenim postupcima je oko 1 x 10<4>, 5 x 10<4>, 1 x 10<5>, 5 x 10<5>, 1 x 10<6>, 5 x 10<6>, 1 x 10<7>, 5 x 10<7>, 1 x 10<8>ili 5 x 10<8>.
1
[0438] Broj i tip ćelija sakupljenih od subjekta može se pratiti, na primer, merenjem promena u morfologiji i markerima površine ćelije pomoću standardnih tehnika detekcije ćelije poput protočne citometrije, sortiranja ćelija, imunocitohemije (npr., bojenje antitelima specifičnim za tkiva ili specifičnim za ćelijski marker), fluorescentno aktiviranog sortiranja ćelija (FACS), magnetski aktiviranog sortiranja ćelija (MACS), ispitivanjem morfologije ćelija pomoću svetlosne ili konfokalne mikroskopije i/ili merenjem promena u ekspresiji gena pomoću tehnika dobro poznatih u ovoj oblasti tehnike, poput PCR i profilisanja ekspresije gena. Ove tehnike se takođe mogu koristiti za identifikaciju ćelija koje su pozitivne za jedan ili više određenih markera. Fluorescentno aktivirano sortiranje ćelija (FACS) je dobro poznat postupak za razdvajanje čestica, uključujući ćelije, zasnovan na fluorescentnim karakteristikama čestica (Kamarch, 1987, Methods Enzymol, 151:150-165). Laserska ekscitacija fluorescentnih polovina u pojedinačnim česticama dovodi do malog električnog punjenja koje omogućava elektromagnetno razdvajanje pozitivnih i negativnih čestica iz mešavine. U jednom načinu ostvarivanja, antitela ili ligandi specifični za marker površine ćelije su obeleženi prepoznatljivim fluorescentnim oznakama. Ćelije se obrađuju kroz sorter ćelija, što omogućava razdvajanje ćelija na osnovu njihove mogućnosti da se vezuju za upotrebljena antitela. FACS sortirane čestice mogu se direktno ostaviti u pojedinačne bazenčiće u pločicama sa 96 ili 384 bazenčića radi olakšanog razdvajanja i kloniranja.
[0439] U određenim načinima ostvarivanja, podskupovi ćelija se koriste u ovde obezbeđenim postupcima. Postupci sortiranja i izolovanja specifičnih populacija ćelija su dobro poznati u ovoj oblasti i mogu biti zasnovani na veličini ćelije, morfologiji ili intracelularnim ili ekstracelularnim markerima. Ti postupci uključuju, ali nisu ograničeni na protočnu citometriju, protočno sortiranje, FACS, razdvajanje na bazi perlica poput sortiranja magnetnih ćelija, razdvajanje na bazi veličine (npr., sito, niz prepreka ili filter), sortiranje u mikrofluidnom uređaju, razdvajanje na bazi antitela, sedimentaciju, adsorpciju afiniteta, ekstrakciju afiniteta, centrifugiranje gradijenta gustine, mikrodisekciju laserskog hvatanja, itd.
[0440] Uzorak može biti uzorak cele krvi, uzorak koštane srži, uzorak delimično prečišćene krvi ili PBMC. Uzorak može biti biopsija tkiva ili biopsija tumora. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak koštane srži pacijenta obolelog od kancera. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak su PBMC pacijenta obolelog od kancera.
4.3 Kanceri
[0441] Ovde su obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta pomoću FTI i postupcima za odabir pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman na osnovu nedostatka K-Ras mutacije i N-Ras mutacije. Kancer može biti hematopoetski kancer ili čvrsti tumor. Ovde su takođe obezbeđeni postupci za lečenje predmalignog stanja kod subjekta pomoću FTI i postupci za odabir pacijenata sa predmalignim stanjem za FTI tretman na osnovu nedostatka K-Ras mutacije i N-Ras mutacije.
[0442] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje čvrstog tumora pomoću FTI na osnovu nedostatka K-Ras mutacije i N-Ras mutacije. Čvrsti tumori su abnormalne mase tkiva koje
11
obično ne sadrže ciste ili tečna područja. Čvrsti tumori mogu biti benigni ili maligni. Različiti tipovi čvrstih tumora su nazvani po tipu ćelija koji ih formira (poput sarkoma, karcinoma i limfoma). Čvrsti tumor koji se leči postupcima ovog pronalaska može biti sarkom i karcinom, što uključuje fibrosarkom, miksosarkom, liposarkom, hondrosarkom, osteosarkom i druge sarkome, sinoviom, mezoteliom, Juingov tumor, leiomiosarkom, rabdomiosarkom, karcinom debelog creva, limfoidni malignitet, kancer pankreasa, kancer dojke, kancere pluća, kancer jajnika, kancer prostate, hepatocelularni karcinom, karcinom skvamoznih ćelija, karcinom bazalnih ćelija, adenokarcinom, karcinom znojnih žlezda, medularni karcinom tiroidne žlezde, papilarni karcinom tiroidne žlezde, karcinom feohromocitoma lojne žlezde, papilarni karcinom, papilarne adenokarcinome, medularni karcinom, bronhogeni karcinom, karcinom bubrežnih ćelija, hepatom, karcinom žučnog voda, horiokarcinom, Vilmsov tumor, kancer grlića materice, tumor testisa, seminom, karcinom bešike, melanom i CNS tumore (poput glioma (poput glioma moždanog stabla i mešovitih glioma, glioblastoma (poznat i kao glioblastom multiforme) astrocitoma, CNS limfoma, germinoma, meduloblastoma, Schwannoma craniopharyogioma, ependimoma, pineaioma, hemangioblastoma, akustičkog neuroma, oligodendroglioma, menangioma, neuroblastoma, retinoblastoma i metastaza mozga). U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0443] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje čvrstog tumora pomoću FTI na osnovu nedostatka K-Ras mutacije i N-Ras mutacije, pri čemu je čvrsti tumor maligni melanom, karcinom nadbubrežne žlezde, karcinom dojke, kancer bubrežnih ćelija, karcinom pankreasa, nemikrocelularni karcinom pluća (NSCLC) ili karcinom nepoznatog porekla. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib. Lekovi koji se obično daju pacijentima sa različitim tipovima ili fazama čvrstih tumora uključuju, ali nisu ograničeni na celebreks, etopozid, ciklofosfamid, docetaksel, apecitabin, IFN, tamoksifen, IL-2, GM-CSF ili kombinaciju navedenog.
[0444] U nekim načinima ostvarivanja, čvrsti tumori koji se leče ovde obezbeđenim postupcima mogu biti kancer tiroidne žlezde, kanceri glave i vrata, urotelijalni kanceri, kanceri pljuvačne žlezde, kanceri gornjeg digestivnog trakta, kancer bešike, kancer dojke, kancer jajnika, kancer mozga, kancer želuca, kancer prostate, kancer pluća, kancer debelog creva, kancer kože, kancer jetre i kancer pankreasa. U nekim načinima ostvarivanja, kancer bešike koji se leči ovde obezbeđenim postupcima može biti karcinom prelaznih ćelija. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0445] U nekim načinima ostvarivanja, čvrsti tumor koji se leči ovde obezbeđenim postupcima može biti odabran iz grupe koju čine karcinom, melanom, sarkom ili hronična granulomatozna bolest.
[0446] U nekim načinima ostvarivanja, predmaligna stanja koja se leče ovde obezbeđenim postupcima mogu biti aktinski heilitis, Baretov jednjak, atrofički gastritis, duktalni karcinom in situ, Dyskeratosis congenita, sideropenijska disfagija, Lichen planus, fibroza oralne sluzokože, solarna elastoza, cervikalna displazija, polipi, leukoplakija, eritroplakija, skvamozna intraepitelna lezija, predmaligni poremećaj ili predmaligni imunoproliferativni poremećaj.
[0447] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje hematopoetskog kancera kod subjekta pomoću FTI ili odabir pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman na osnovu nedostatka K-Ras mutacije i N-Ras mutacije. Hematološki kanceri su kanceri krvi ili koštane srži. Primeri hematoloških (ili hematogenih) kancera uključuju mijeloproliferativnu neoplazmu (MPN), mijelodisplastički sindrom (MDS), leukemiju i limfom. U nekim načinima ostvarivanja, kancer je akutna mijeloidna leukemija (AML), limfom prirodnih ćelija ubica (NK limfom), leukemija prirodnih ćelija ubica (NK leukemija), kutani limfom T-ćelija (CTCL), juvenilna mijelomonocitna leukemija (JMML), periferni limfom T-ćelija (PTCL), hronična mijeloidna leukemija (CML) ili hronična mijelomonocitna leukemija (CMML). U nekim načinima ostvarivanja, kancer je CMML. U nekim načinima ostvarivanja, kancer je JMML.
[0448] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje CMML kod subjekta pomoću FTI ili odabir CMML pacijenata za FTI tretman na osnovu nedostatka K-Ras mutacije i N-Ras mutacije. CMML se klasifikuje kao mijelodisplastička/mijeloproliferativna neoplazma u klasifikaciji hematopoetskih tumora Svetske zdravstvene organizacije iz 2008. CMML može biti mijelodisplastički CMML ili mijeloproliferativni CMML. CMML pacijenti imaju veliki broj monocita u krvi (najmanje 1.000 po mm<3>). Dve klase-mijelodisplastička i mijeloproliferativna-se razlikuju po broju belih krvnih ćelija (prag 13 G/L). Često, broj monocita je mnogo veći, što dovodi do toga da njihov ukupan broj belih krvnih ćelija postaje takođe veoma visok. Obično postoje abnormalne ćelije u koštanoj srži, ali broj blastova je ispod 20%. Oko 15% do 30% od CMML pacijenata razvije akutnu mijeloidnu leukemiju. Dijagnoza CMML se zasniva na kombinaciji morfoloških, histopatoloških i hromozomnih abnormalnosti u koštanoj srži. Mayo prognostički model je klasifikovao CMML pacijente u tri rizične grupe na osnovu: povećanog apsolutnog broja monocita, prisustva cirkulišućih blastova, hemoglobina <10 gm/dL i trombocita <100 × 10<9>/L. Srednje preživljavanje je bilo 32 meseca, 18,5 meseci i 10 meseci u niskorizičnoj, srednjerizičnoj i visokorizičnoj grupi, respektivno. Skor Groupe Francophone des (GFM) je razdvojio CMML pacijente u tri rizične grupe na osnovu: godina >65 godina, WBC >15 × 10<9>/L, anemije, trombocita <100 × 10<9>/L i ASXL1 statusa mutacije. Nakon srednjeg ponovnog praćenja od 2,5 godine, preživljavanje je bilo u opsegu od nedostignutog u niskorizičnoj grupi do 14,4 meseca u visokorizičnoj grupi.
[0449] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje CMML kod subjekta pomoću utvrđivanja prisustva ili odsustva K-Ras mutacije i N-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak nema K-Ras mutaciju i da nema N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđuje se da uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras.
[0450] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje CMML kod subjekta utvrđivanjem prisustva ili odsustva K-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije davanjem terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak nema K-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđuje se da uzorak ima divlji tip K-Ras.
[0451] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje CMML kod subjekta utvrđivanjem prisustva ili odsustva K-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije davanjem terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak nema N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđuje se da uzorak ima divlji tip N-Ras.
[0452] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje CMML kod subjekta utvrđivanjem prisustva ili odsustva K-Ras mutacije i N-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije davanjem tipifarniba subjektu ako se utvrdi da uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras.
[0453] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje MDS kod subjekta pomoću FTI ili odabirom MDS pacijenata za FTI tretman. MDS se odnosi na široku grupu hematopoetskih poremećaja matičnih ćelija. MDS može biti naznačen ćelijskom srži sa oštećenom morfologijom i sazrevanjem (dismijelopoeza), neefektivnom proizvodnjom krvnih ćelija ili hematopoezom, što dovodi do malog broja krvnih ćelija, ili citopenijama (uključujući anemiju, leukopeniju i trombocitopeniju) i visokim rizikom od progresije u akutnu mijeloidnu leukemiju, što dovodi do neefektivne proizvodnje krvnih ćelija. Pogledati The Merck Manual 953 (17th ed.1999) i List et al., 1990, J Clin. Oncol.8:1424.
[0454] MDS se može podeliti u više podtipova najmanje u zavisnosti od toga 1) da li je povećan broj ćelija blasta prisutan u koštanoj srži ili krvi, i koji procenat srži ili krvi je sačinjen od ovih blastova; 2) da li srž pokazuje abnormalan rast (displaziju) kod samo jednog tipa krvnih ćelija (jednolinijska displazija) ili kod više od jednog tipa krvnih ćelija (multilinijska displazija); i 3) da li postoje abnormalnosti hromozoma u ćelijama srži i, ako postoje, koji tip ili tipovi abnormalnosti. MDS se takođe može kategorisati na osnovu površinskih markera ćelija kancera. Prema Svetskoj zdravstvenoj organizaciji, MDS podtipovi uključuju refraktornu citopeniju sa jednolinijskom displazijom (RCUD), poznatu i kao refraktorna anemija, refraktornu neutropeniju ili refraktornu trombocitopeniju; refraktornu anemiju sa prstenovanim sideroblastima (RARS); refraktornu citopeniju sa multilinijskom displazijom (RCMD), koja uključuje RCMD-RS ako su prisutne multilinijska displazija i prstenovani sideroblastovi; refraktornu anemiju sa viškom blastova-1 (RAEB-1) i refraktornu anemiju sa viškom blastova-2 (RAEB-2) (Ovi podtipovi znače da pacijenti imaju najmanje 5 procenata (RAEB-1) ili najmanje 10 procenata (RAEB-2), ali manje od 20 procenata blastova u srži); MDS povezan sa izolovanom abnormalnošću hromozoma 5 [del(5q)]; i neklasifikovani MDS (MDS-U).
[0455] Kao grupa hematopoetskih maligniteta matičnih ćelija sa značajnom morbidnošću i smrtnošću, MDS je izrazito heterogena bolest, a ozbiljnost simptoma i progresija bolesti mogu se razlikovati među pacijentima. Trenutni standardni klinički alat za procenu stratifikacije rizika i opcije tretmana je revidirani međunarodni prognostički sistem bodovanja, ili IPSS-R. IPSS-R diferencira pacijente u pet rizičnih grupa (veoma niska, niska, srednja, visoka, veoma visoka) na osnovu procene citogenetike, procenta blastova (nediferencirane krvne ćelije) u koštanoj srži, nivoa hemoglobina i broja trombocita i neutrofila. WHO je takođe predložila stratifikaciju MDS pacijenata prema del (5q) abnormalnosti.
11
[0456] Prema ACS, godišnja incidenca MDS je oko 13.000 pacijenata u Sjedinjenim Državama, od čega većina ima 60 godina ili više. Procenjena prevalenca je preko 60.000 pacijenata u Sjedinjenim Državama. Oko 75% pacijenata spada u IPSS-R rizične kategorije veoma niskog, niskog i srednjeg rizika, ili zajednički MDS nižeg rizika.
[0457] Početna hematopoetska povreda matičnih ćelija može biti usled uzroka poput, ali bez ograničenja na citotoksičnu hemoterapiju, zračenje, virus, hemijsko izlaganje i genetsku predispoziciju. Klonska mutacija dominira u odnosu na koštanu srž, čime se suzbijaju zdrave matične ćelije. U ranim fazama MDS, glavni uzrok citopenije je povećana programirana ćelijska smrt (apoptoza). Kako bolest napreduje i pretvara se u leukemiju, retko se javlja, a proliferacija ćelija leukemije pritiska zdravu srž. Tok bolesti se razlikuje, pri čemu se neki slučajevi ponašaju kao indolentna bolest, a drugi se ponašaju agresivno sa veoma kratkim kliničkim tokom koji se pretvara u akutni oblik leukemije.
[0458] Međunarodna grupa hematologa, francusko-američko-britanska (FAB) kooperativna grupa, klasifikovala je MDS poremećaje u pet podgrupa, čime su diferencirani od AML. The Merck Manual 954 (17. izdanje 1999); Bennett J. M., et al., Ann. Intern. Med.1985 October, 103(4): 620-5; i Besa E. C., Med. Clin. North Am.1992 May, 76(3): 599-617. Skrivena trolinijska displastička promena u ćelijama koštane srži pacijenata je otkrivena kod svih podtipova.
[0459] Postoje dve podgrupe refraktorne anemije koje karakteriše pet procenata ili manje mijeloblastova u koštanoj srži: (1) refraktorna anemija (RA) i; (2) RA sa prstenovanim sideroblastima (RARS), morfološki definisana tako da ima 15% eritroidnih ćelija sa abnormalnim prstenovanim sideroblastima, što odražava abnormalnu akumulaciju gvožđa u mitohondriji. Obe imaju produženi klinički tok i nisku incidencu progresije u akutnu leukemiju. Besa E. C., Med. Clin. North Am.1992 May, 76(3): 599-617.
[0460] Postoje dve podgrupe refraktornih anemija sa više od pet procenata mijeloblastova: (1) RA sa viškom blastova (RAEB), što se definiše kao 6-20% mijeloblastova, i (2) RAEB u transformaciji (RAEB-T), sa 21-30% mijeloblastova. Što je veći procenat mijeloblastova, to je kraći klinički tok i bolest je bliža akutnoj mijelogenoj leukemiji. Prelaz pacijenta od ranih do naprednijih faza znači da su ovi podtipovi samo faze bolesti, a ne istaknuti entiteti. Stariji pacijenti sa MDS sa trolinijskom displazijom i više od 30% mijeloblastova koji napreduju u akutnu leukemiju se često smatraju pacijentima sa lošom prognozom zato što je njihova brzina odgovora na hemoterapiju manja od pacijenata obolelih od de novo akutne mijeloidne leukemije. Peti tip MDS, najteži za klasifikaciju, je CMML. Ovaj podtip može imati bilo koji procenat mijeloblastova, ali predstavlja monocitozu od 1000/dL ili više. Može biti povezan sa splenomegalijom. Ovaj podtip se preklapa sa mijeloproliferativnim poremećajem i može imati intermedijarni klinički tok. Razlikuje se od klasičnog CML koji karakteriše negativni Ph hromozom.
[0461] MDS je prvenstveno bolest starijih ljudi, sa srednjim izbijanjem u sedmoj deceniji života. Srednja starost ovih pacijenata je 65 godina, sa uzrastom u opsegu od rane treće decenije života do 80 godina ili više. Ovaj sindrom može se javiti u bilo kojoj starosnoj grupi, uključujući i decu. Pacijenti koji prežive tretman maligniteta pomoću agenasa za alkiliranje, sa ili bez radioterapije, imaju visoku incidencu razvoja MDS ili sekundarne akutne leukemije. Oko 60-70% pacijenata nema očiglednu izloženost ili uzrok MDS, i klasifikuju se kao primarni MDS pacijenti.
[0462] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje MPN kod subjekta pomoću FTI ili odabir MPN pacijenata za FTI tretman. MPN je grupa bolesti koje utiču na formiranje krvnih ćelija. U svim oblicima MPN, matične ćelije u koštanoj srži razvijaju genetske defekte (koji se nazivaju stečeni defekti) koji prouzrokuju njihov abnormalan rast i preživljavanje. Ovo rezultira neobično velikim brojem krvnih ćelija u koštanoj srži (hipercelularna srž) i u krvotoku. Ponekad kod MPN abnormalne matične ćelije dovode do stvaranja ožiljaka u srži, što se naziva mijelofibroza. Mijelofibroza može dovesti do niskog nivoa krvnih ćelija, naročito niskog nivoa crvenih krvnih ćelija (anemija). U MPN, abnormalne matične ćelije mogu takođe rasti u slezini, što dovodi do uvećanja slezine (splenomegalija), i na drugim mestima izvan srži, što dovodi do uvećanja drugih organa.
[0463] Postoji više tipova hroničnog MPN, na osnovu ćelija na koje utiče. Tri klasična tipa MPN uključuju polycythemia vera (PV), kod koje postoji previše RBC; esencijalna trombocitemija (ET), kod koje postoji previše trombocita; primarna mijelofibroza (PMF), kod koje se vlakna i blastovi (abnormalne matične ćelije) izgrađuju u koštanoj srži. Drugi tipovi MPN uključuju: hroničnu mijeloidnu leukemiju, kod koje postoji previše belih krvnih ćelija; hroničnu neutrofilnu leukemiju, kod koje postoji previše neutrofila; hroničnu eosinofilnu leukemiju, ne drugačije naznačenu, kod koje postoji previše eosinofila (hipereosinofilija); mastocitozu, koja se takođe naziva bolest mastocita, kod koje postoji previše mastocita, koji su tip ćelije imunog sistema koja se nalazi u tkivima, poput kože i organa za varenje, umesto u krvotoku; mijeloidne i limfoidne neoplazme sa eosinofilijom i abnormalnosti PDGFRA, PDGFRB i FGFR1 gena; i druge neklasifikovane mijeloproliferativne neoplazme.
[0464] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje leukemije kod subjekta pomoću FTI ili odabir pacijenata obolelih od leukemije za FTI tretman. Leukemija se odnosi na maligne neoplazme tkiva koja formiraju krv. Različiti oblici leukemije su opisani, na primer, u U.S. Patent No. 7,393,862 i američkoj privremenoj patentnoj prijavi br.60/380,842, podnetoj 17. maja 2002. Iako se smatra da virusi prouzrokuju više oblika leukemije kod životinja, uzroci leukemije kod ljudi su u velikoj meri nepoznati. The Merck Manual, 944-952 (17th ed.1999). Transformacija u malignitet obično nastupa u jednoj ćeliji kroz dve ili više faza sa naknadnom proliferacijom i klonskom ekspanzijom. Kod nekih leukemija, specifične hromozomske translokacije su identifikovane sa konzistentnom leukemijskom morfologijom ćelija i specijalnim kliničkim karakteristikama (npr., translokacije 9 i 22 kod hronične mijelocitne leukemije, i 15 i 17 kod akutne promijelocitne leukemije). Akutne leukemije su uglavnom nediferencirane ćelijske populacije, a hronične leukemije su zreliji ćelijski oblici.
[0465] Akutne leukemije se dele u limfoblastičke (ALL) i nelimfoblastičke (ANLL) tipove. The Merck Manual, 946-949 (17th ed.1999). Mogu se dalje deliti po svom morfološkom i citohemijskom izgledu prema francusko-američko-britanskoj (FAB) klasifikaciji ili po tipu i stepenu diferencijacije. Upotreba
11
specifičnih B- i T-ćelija i mijeloidno-antigenih monoklonskih antitela je od najveće koristi za klasifikaciju. ALL je uglavnom dečije oboljenje koje se utvrđuje laboratorijskim nalazima i ispitivanjem koštane srži. ANLL, takođe poznata i kao akutna mijelogena leukemija ili AML, nastupa u svim uzrastima i najčešće je zastupljena akutna leukemija kod odraslih; u pitanju je oblik koji se obično povezuje sa ozračivanjem kao kauzativni agens. U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za tretiranje AML pacijenta sa FTI, ili postupcima za odabir pacijenata za FTI tretman.
[0466] Standardni postupci za lečenje AML pacijenata obično uključuju 2 hemoterapijske (hemo) faze: remisionu indukciju (ili indukciju) i konsolidaciju (post-remisiona terapija). Prvi deo tretmana (remisiona indukcija) ima za cilj uklanjanje što više ćelija leukemije. Intenzitet tretmana može zavisiti od starosti i zdravlja osobe. Intenzivna hemoterapija se često daje ljudima mlađim od 60 godina. Neki stariji pacijenti dobrog zdravlja mogu imati koristi od sličnog ili malo manje intenzivnog tretmana. Ljudi koji su mnogo stariji ili slabog zdravlja nisu pogodni za intenzivne hemoterapije.
[0467] Kod mlađih pacijenata, poput onih mlađih od 60 godina, indukcija često uključuje tretman sa 2 hemo leka, citarabinom (ara-C) i antraciklinom poput daunorubicina (daunomicin) ili idarubicina.
Ponekad se daje i treći lek, kladribin (Leustatin, 2-CdA). Hemoterapija se obično daje u bolnici i traje oko nedelju dana. U retkim slučajevima gde se leukemija proširila na mozak ili kičmenu moždinu, hemoterapija se može dati u cerebrospinalnu tečnost (CSF). Može se takođe koristiti radioterapija.
[0468] Indukcija se smatra uspešnom ako je ostvarena remisija. Međutim, AML kod nekih pacijenata može biti refraktoran za indukciju. Kod pacijenata koji odgovore na indukciju dalji tretman se daje u pokušaju da se unište preostale ćelije leukemije i da se spreči recidiv, što se naziva konsolidacija. Za mlađe pacijente, glavne opcije za terapiju konsolidacijom su: više ciklusa hemoterapije visokom dozom citarabina (ara-C) (ponekad poznata i kao HiDAC); alogenski (donorski) transplant matične ćelije; i autologni transplant matične ćelije.
[0469] Hronične leukemije se opisuju kao limfocitne (CLL) ili mijelocitne (CML). The Merck Manual, 949-952 (17th ed.1999). CLL se karakteriše pojavom zrelih limfocita u krvi, koštanoj srži i limfnim organima. Karakteristika CLL je zadržana, kao i apsolutna limfocitoza (> 5,000/µL) i povećanje limfocita u koštanoj srži. Većina CLL pacijenata takođe ima klonsku ekspanziju limfocita sa karakteristikama B-ćelija. CLL je bolest srednjeg ili starijeg doba. Kod CML, glavna karakteristika je dominacija granulocitnih ćelija svih faza diferencijacije u krvi, koštanoj srži, jetri, slezini i drugim organima. Kod simptomatičkog pacijenta pod dijagnozom, ukupan broj belih krvnih ćelija (WBC) je obično oko 200.000/µL, ali može dostići 1.000.000/µL. CML je relativno lako dijagnostikovati zbog prisustva Philadelphia hromozoma. Dobro je poznato da stromalne ćelije koštane srži podržavaju progresiju CLL bolesti i otpornost na hemoterapiju. Ometanje interakcija između CLL ćelija i stromalnih ćelija je dodatni cilj CLL hemoterapije.
[0470] Pored toga, drugi oblici CLL uključuju prolimfocitnu leukemiju (PLL), leukemiju velikih granularnih limfocita (LGL), leukemiju vlasastih ćelija (HCL). Ćelije kancera u PLL su slične normalnim ćelijama koje se nazivaju prolimfociti – nezreli oblici B limfocita (B-PLL) ili T limfocita (T-PLL). I B-PLL i T-PLL su obično
11
agresivniji od uobičajenog tipa CLL. Ćelije kancera LGL su velike i imaju karakteristike ili T ćelija ili NK ćelija. Većina LGL leukemija su spororastuće, ali manji broj je agresivniji. HCL je drugi kancer limfocita koji obično sporo napreduje i predstavlja oko 2% svih leukemija. Ćelije kancera su tip B limfocita, ali se razlikuju od onih koje se vide u CLL.
[0471] Juvenilna mijelomonocitna leukemija (JMML) je ozbiljna hronična leukemija koja pogađa uglavnom decu od 4 godine i mlađu. Prosečna starost pacijenata pri dijagnozi je 2 godine. Svetska zdravstvena organizacija je kategorizovala JMML kao mešoviti mijelodisplastički i mijeloproliferativni poremećaj. JMML obuhvata dijagnoze koje su se ranije nazivale juvenilna hronična mijeloidna leukemija (JCML), hronična mijelomonocitna dečija leukemija i dečiji monozomija 7 sindrom.
[0472] Limfom se odnosi na kancere koji potiču iz limfnog sistema. Limfom karakterišu maligne neoplazme limfocita-B limfocita (limfom B ćelije), T limfocita (limfom T-ćelije) i prirodnih ćelija ubica (limfom NK ćelije). Limfom generalno počinje u limfnim čvorovima ili skupovima limfnog tkiva u organima koji uključuju, ali nisu ograničeni na želudac ili creva. Limfom može uključivati srž i krv u nekim slučajevima. Limfom se može proširiti sa jednog mesta na druge delove tela.
[0473] Tretmani različitih oblika limfoma su opisani, na primer, u U.S. Patent No.7,468,363. Ti limfomi uključuju, ali nisu ograničeni na Hodžkinov limfom, ne-Hodžkinov limfom, kutani limfom B-ćelije, aktivni limfom B-ćelije, difuzni limfom velikih B-ćelija (DLBCL), limfom mantle ćelija (MCL), folikularni limfom (FL; uključujući, ali bez ograničenja na FL stepen I, FL stepen II), folikularni centralni limfom, transformisani limfom, limfocitni limfom intermedijarne diferencijacije, intermedijarni limfocitni limfom (ILL), difuzni slabo diferencirani limfocitni limfom (PDL), centrocitni limfom, difuzni limfom malih usečenih ćelija (DSCCL), periferne limfome T-ćelija (PTCL), kutani limfom T-ćelija (CTCL) i limfom mantle zone i folikularni limfom nižeg stepena.
[0474] Ne-Hodžkinov limfom (NHL) je peti kancer po zastupljenosti od kojeg oboljevaju i muškarci i žene u Sjedinjenim Državama, uz procenjenih 63.190 novih slučajeva i 18.660 smrti u 2007. Jemal A, et al., CA Cancer J Clin 2007; 57(1):43-66. Verovatnoća razvoja NHL se povećava sa godinama, a incidenca NHL kod starije populacije je u stabilnom porastu tokom protekle decenije, što je razlog za brigu sa sve većim starenjem američkog stanovništva. Id. Clarke C A, et al., Kancer 2002; 94(7):2015-2023.
[0475] DLBCL čini oko trećine ne-Hodžkinovih limfoma. Dok su neki DLBCL pacijenti izlečeni tradicionalnom hemoterapijom, ostatak umire od ove bolesti. Antikancerogeni lekovi dovode do brzog i upornog smanjenja broja limfocita, moguće pomoću direktne indukcije apoptoze kod zrelih T i B ćelija. Pogledati K. Stahnke. et al., Blood 2001, 98:3066-3073. Pokazalo se da je apsolutni broj limfocita (ALC) prognostički faktor kod folikularnog ne-Hodžkinovog limfoma, a nedavni rezultati su naveli da je ALC sa dijagnozom važan prognostički faktor kod DLBCL.
[0476] DLBCL se može podeliti u različite molekularne podtipove prema njihovim obrascima profilisanja gena: germinalni centralni B-ćeliji slični DLBCL (GCB-DLBCL), aktivni B-ćeliji slični DLBCL (ABC-DLBCL) i primarni medijastinalni limfom B-ćelije (PMBL) ili neklasifikovani tip. Ovi podtipovi su naznačeni
11
uočljivim razlikama u preživljavanju, odgovoru na hemoterapiju i signalizaciji zavisnosti puta, određenije NF-κB puta. Pogledati D. Kim et al., Journal of Clinical Oncology, 2007 ASCO Annual Meeting Proceedings Part I. Vol 25, No.18S (June 20 Supplement), 2007: 8082. Pogledati Bea S, et al., Blood 2005; 106: 3183-90; Ngo V.N. et al., Nature 2011; 470: 115-9. Te razlike su podstakle potragu za efektivnijim strategijama tretmana specifičnim za podtip kod DLBCL. Pored akutne i hronične kategorizacije, neoplazme se takođe kategorišu na osnovu toga što ćelije pretvaraju taj poremećaj u neoplazme prekursore ili periferne neoplazme. Pogledati npr., U.S. patent Publication No.
2008/0051379. Neoplazme prekursori uključuju ALL i limfoblastičke limfome i pojavljuju se kod limfocita pre nego što se diferenciraju u T- ili B-ćeliju. Periferne neoplazme su one koje se pojavljuju kod limfocita koji su diferencirani u T- ili B-ćelije. Te periferne neoplazme uključuju, ali nisu ograničene na CLL B-ćelije, prolimfocitnu leukemiju B-ćelije, limfoplazmacitni limfom, limfom mantle ćelije, folikularni limfom, ekstranodusni limfom marginalne zone B-ćelije limfoidnog tkiva povezanog sa sluzokožom, nodusni limfom marginalne zone, slezinski limfom marginalne zone, leukemiju vlasastih ćelija, plazmacitom, difuzni limfom velikih B-ćelija (DLBCL) i Burkitov limfom. U preko 95 procenata CLL slučajeva, klonska ekspanzija pripada liniji B ćelije. Pogledati Cancer: Principles & Practice of Oncology (3rd Edition) (1989) (pp.1843-1847). U manje od 5 procenata CLL slučajeva, ćelije tumora imaju fenotip T-ćelije. Bez obzira na ove klasifikacije, međutim, patološko oštećenje normalne hematopoeze je karakteristika svih leukemija.
[0477] PTCL se sastoji od grupe retkih i obično agresivnih (brzorastućih) NHL koji se razvijaju iz zrelih T-ćelija. PTCL kolektivno čine oko 4 do 10 procenata svih NHL slučajeva, što odgovara godišnjoj incidenci od 2.800 – 7.200 pacijenata godišnje u Sjedinjenim Državama. Prema nekim procenama, incidenca PTCL je u značajnom porastu, a razlog za porast incidence može biti starenje stanovništva. PTCL su podklasifikovani u različite podtipove, od kojih se svaki obično smatra zasebnom bolešću na osnovu njihovih istaknutih kliničkih razlika. Većina ovih podtipova su retki; tri najčešća podtipa PTCL koji nisu inače naznačeni, anaplastički limfom velikih ćelija, ili ALCL i angioimunoblastički limfom T-ćelija, koji zajednički čine oko 70 procenata svih PTCL u Sjedinjenim Državama. ALCL može biti kutani ALCL ili sistemski ALCL.
[0478] Za većinu PTCL podtipova, režim tretmana prve linije je obično kombinacija hemoterapije, poput CHOP (ciklofosfamid, doksorubicin, vinkristin, prednizon), EPOCH (etopozid, vinkristin, doksorubicin, ciklofosfamid, prednizon) ili drugi režimi davanja više lekova. Pacijenti koji dožive recidiv ili su refraktorni na tretmane prve linije se obično leče gemcitabinom u kombinaciji sa drugim hemoterapijama, uključujući vinorelbin (Navelbine®) i doksorubicin (Doxil®) u režimu koji se naziva GND, ili drugim režimima hemoterapije poput DHAP (deksametazon, citarabin, cisplatin) ili ESHAP (etopozid, metilprednizolon, citarabin i cisplatin).
[0479] Zbog toga što će većina pacijenata sa PTCL doživeti recidiv, neki onkolozi preporučuju davanje hemoterapije visoke doze, nakon čega sledi autologni transplant matične ćelije za neke pacijente koji
11
imaju dobar odgovor na početnu hemoterapiju. Nedavne necitotoksične terapije koje su odobrene za recidiv ili refraktorni PTCL, poput pralatreksata (Folotyn®), romidepsina (Istodax®) i belinostata (Beleodaq®) povezane su sa relativno niskim brzinama objektivnog odgovora (25-27% ukupne brzine odgovora, ili ORR) i relativno kratkim trajanjima odgovora (8,2-9,4 meseci). Shodno tome, tretman recidiva/refraktornog PTCL ostaje značajna nezadovoljena medicinska potreba.
[0480] Multipli mijelom (MM) je kancer ćelija plazme u koštanoj srži. Obično ćelije plazme proizvode antitela i imaju ključnu ulogu u imunoj funkciji. Međutim, nekontrolisani rast ovih ćelija dovodi do bola u kostima i preloma, anemije, infekcija i drugih komplikacija. Multipli mijelom je drugi najčešći hematološki malignitet, iako tačni uzroci multiplog mijeloma ostaju nepoznati. Multipli mijelom dovodi do visokog nivoa proteina u krvi, mokraći i organima, uključujući, ali bez ograničenja na M-protein i druge imunoglobuline (antitela), albumin i beta-2-mikroglobulin. M-protein, što je skraćenica od monoklonskog proteina, takođe poznatog i kao paraprotein, je naročito neuobičajen protein koji proizvode ćelije plazme mijeloma i može se pronaći u krvi ili mokraći skoro svih pacijenata sa multiplim mijelomom.
[0481] Skeletalni simptomi, uključujući bol u kostima, su među klinički najznačajnijim simptomima multiplog mijeloma. Maligne ćelije plazme oslobađaju faktore stimulacije osteoklasta (uključujući IL-1, IL-6 i TNF) koji dovode do luženja kalcijuma iz kostiju, što prouzrokuje litičke lezije; hiperkalcemija je drugi simptom. Faktori stimulacije osteoklasta, koji se takođe navode i kao citokini, mogu sprečiti apoptozu, ili smrt ćelija mijeloma. Pedeset procenata pacijenata ima dijagnostikovane radiološki detektabilne skeletalne lezije povezane sa mijelomom. Ostali uobičajeni klinički simptomi za multipli mijelom uključuju polineuropatiju, anemiju, hiperviskoznost, infekcije i bubrežnu insuficijenciju.
[0482] Dobro je poznato da stromalne ćelije koštane srži podržavaju progresiju multiplog mijeloma i otpornost na hemoterapiju. Ometanje interakcija između ćelija multiplog mijeloma i stromalnih ćelija je dodatni cilj hemoterapije multiplog mijeloma.
[0483] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora MDS pacijenta na FTI tretman, postupci za odabir populacije MDS pacijenata za FTI tretman i postupci za lečenje MDS kod subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI, na osnovu statusa Ras mutacije u uzorku pacijenta. U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora MPN pacijenta na FTI tretman, postupci za odabir populacije MDS pacijenata za FTI tretman i postupci za lečenje MPN kod subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI na osnovu statusa Ras mutacije u uzorku pacijenta. U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora AML pacijenta na FTI tretman, postupci za odabir populacije AML pacijenata za FTI tretman i postupci za lečenje AML kod subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI, na osnovu statusa Ras mutacije u uzorku pacijenta. U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora JMML pacijenta na FTI tretman, postupci za odabir populacija JMML pacijenata za FTI tretman i postupci
11
za lečenje JMML kod subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI, na osnovu statusa Ras mutacije u uzorku pacijenta.
[0484] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora CMML pacijenta na FTI tretman, postupci za odabir populacije CMML pacijenata za FTI tretman i postupci za lečenje CMML kod subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI na osnovu statusa Ras mutacije u uzorku pacijenta. U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje CMML kod subjekta na osnovu statusa mutacije K-Ras, N-Ras ili obe. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva Ras mutacije u uzorku subjekta, pri čemu Ras mutacija uključuje K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI navedenom subjektu ako se utvrdi da navedeni uzorak nema K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak nema nikakvu K-Ras mutaciju ili bilo kakvu N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0485] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora CMML pacijenta na tipifarnib, postupci za odabir populacije CMML pacijenata za tretman tipifarnibom i postupci za lečenje CMML kod subjekta terapeutski efektivnom količinom tipifarniba na osnovu statusa mutacije K-Ras i N-Ras u uzorku pacijenta. U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje CMML kod subjekta na osnovu statusa mutacije K-Ras, N-Ras ili obe. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva Ras mutacije u uzorku subjekta koji ima CMML, pri čemu Ras mutacija uključuje K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu ako se utvrdi da uzorak nema K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak nema nikakvu K-Ras mutaciju ili bilo kakvu N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras.
4.4. Primerni FTI i doze
[0486] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta na osnovu statusa mutacije K-Ras, N-Ras ili obe. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva Ras mutacije u uzorku subjekta, pri čemu Ras mutacija uključuje K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba navedenom subjektu ako se utvrdi da navedeni uzorak nema K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na
12
drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0487] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje hematološkog kancera kod subjekta na osnovu statusa mutacije K-Ras, N-Ras ili obe. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva Ras mutacije u uzorku subjekta, pri čemu Ras mutacija uključuje K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba navedenom subjektu ako se utvrdi da navedeni subjekat nema K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0488] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje CMML kod subjekta na osnovu statusa mutacije K-Ras, N-Ras ili obe. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva Ras mutacije u uzorku subjekta, pri čemu Ras mutacija uključuje K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba navedenom subjektu ako se utvrdi da navedeni uzorak nema K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0489] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno, parenteralno, rektalno, ili topikalno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno, parenteralno, rektalno ili topikalno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno.
[0490] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1-1000 mg/kg telesne mase. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 200-1200 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 600 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 900 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 1-1000 mg/kg telesne mase. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 200-1200 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 600 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 900 mg dva puta dnevno.
[0491] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1-1000 mg/kg telesne mase. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daj edva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 200-1200 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 600 mg dva puta dnevno. U nekim načinima, FTI se daje u dozi od 900 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u tretmanskim ciklusima. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u naizmeničnim nedeljama. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
[0492] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u najmanje 3 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u najmanje 6 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u najviše 12 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana u najmanje tri ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u najmanje 3 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u najmanje 6 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u najviše 12 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana u najmanje tri ciklusa.
[0493] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje CMML kod subjekta terapeutski efektivnom količinom tipifarniba, na osnovu statusa K-Ras mutacije u uzorku pacijenta. U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje CMML kod subjekta koji uključuje (a) utvrđivanje da uzorak subjekta ima divlji tip K-Ras, i kasnije (b) davanje tipifarniba subjektu u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
[0494] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje CMML kod subjekta terapeutski efektivnom količinom tipifarniba, na osnovu statusa N-Ras mutacije u uzorku pacijenta. U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje CMML kod subjekta koji uključuje (a) utvrđivanje da uzorak subjekta ima divlji tip N-Ras, i kasnije (b) davanje tipifarniba subjektu u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
[0495] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje CMML kod subjekta terapeutski efektivnom količinom tipifarniba, na osnovu statusa mutacije K-Ras i N-Ras u uzorku pacijenta. U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje CMML kod subjekta koji uključuje (a) utvrđivanje da uzorak subjekta ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras, i kasnije (b) davanje tipifarniba subjektu u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
5. Mutant H-Ras kao biomarkeri za FTI tretman
5.1. Status H-ras mutacije
[0496] H-ras protein je uključen u regulisanje deobe ćelija u odgovoru na stimulaciju faktora rasta. Faktori rasta deluju vezivanjem receptora površine ćelije koje se prostiru u membrani ćelijske plazme. Kada se aktiviraju, receptori stimulišu događaje transdukcije signala u citoplazmi, što je postupak kojim proteini i drugi prenosioci poruka odašilju signale od spoljašnjosti ćelije do jezgra ćelije i izdaju naredbu ćeliji da raste ili da se deli. H-ras se lokalizuje u membrani plazme, i predstavlja ranog učesnika u mnogim putevima transdukcije signala. H-ras deluje kao molekularni prekidač za isključivanje/uključivanje– kada se uključi angažuje i aktivira proteine neophodne za širenje signala receptora. Kod određenih tumora, mutacije u H-ras ili njenim gornjim efektorima prouzrokuju da bude permanentno uključena, što rezultira doslednom aktivacijom donjeg rasta i signala proliferacije koji pokreću rast ćelija tumora. FTI rade na sprečavanju aberantnog rasta i proliferacije ćelija koje zavise od ovih signalnih puteva inhibiranjem farnezilacije proteina i kasnijom lokalizacijom membrane H-ras, čime se H-ras gasi.
[0497] FTI poput tipifarniba sprečavaju farnezilaciju proteina, tip modifikacije proteina poznat kao prenilacija, koji zajedno sa drugim modifikacijama proteina omogućava lokalizaciju membrane H-ras gde može da primi i prenosi ekstracelularne signale implikovane u započinjanju i razvoju kancera. FTI poput tipifarniba mogu da blokiraju farnezilaciju H-ras i kasniju lokalizaciju membrane i da inhibiraju onkogenu, od H-ras pokrenutu ćelijsku transformaciju in vitro i in vivo. Dok K-ras i N-ras na sličan način koriste farnezilaciju proteina, takođe mogu pokrenuti povezani put prenilacije koji takođe dovodi do lokalizacije membrane. U međuvremenu, H-ras lokalizacija membrane isključivo zavisi od farnezilacije proteina.
[0498] U nekim načinima ostvarivanja, kancer koji se leči ovde obezbeđenim postupcima može imati H-ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, kancer koji se leči ovde obezbeđenim postupcima može biti čvrsti tumor sa H-ras mutacijom. Taj čvrsti tumor sa H-ras mutacijom može biti bilo koji čvrsti tumor koji je prethodno opisan. U nekim primerima ostvarivanja, čvrsti tumor može biti kancer tiroidne žlezde, kancer glave i vrata, urotelijalni karcinomi, kanceri bešike ili kanceri pljuvačnih žlezda sa H-ras mutacijom. Postupci ovde obezbeđeni ili na drugi način poznati u ovoj oblasti mogu se koristiti za utvrđivanje statusa mutacije ras gena. U nekim načinima ostvarivanja, status mutacije ras gena može se utvrditi pomoću analize na bazi NGS. U nekim načinima ostvarivanja, status mutacije ras gena može se utvrditi pomoću kvalitativne analize na bazi PCR. Kvalitativna analiza na bazi PCR može biti tehnički slična analizama na bazi PCR koje je već razvila i odobrila FDA za K-ras. U nekim načinima ostvarivanja, status mutacije ras gena može se utvrditi u obliku pridružene dijagnostike uz FTI tretman, poput tretmana tipifarnibom. Pridružena dijagnostika može se sprovoditi na kliničkom mestu gde pacijent prima tretman tipifarnibom, ili na odvojenom mestu.
[0499] Ovde su obezbeđeni postupci za odabir pacijenata obolelih od kancera za tretman pomoću FTI na osnovu prisustva H-Ras mutacije. Ovi postupci su delimično zasnovani na otkriću da je H-Ras mutacija povezana sa kliničkim pogodnostima FTI tretmana, i stoga se može koristiti za predviđanje odgovora
12
pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman. Shodno tome, ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman, postupci za odabir populacije pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman i postupci za lečenje kancera kod subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI na osnovu prisustva H-Ras mutacije u uzorku pacijenta. Kancer može biti hematopoetski kancer ili čvrsti tumor. U nekim načinima ostvarivanja, kancer je čvrsti tumor.
[0500] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera kod subjekta na osnovu prisustva H-Ras mutacije. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju. Uzorak može biti uzorak tumora. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li pacijent oboleo od kancera ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu.
[0501] U nekim načinima ostvarivanja, H-Ras mutacija je mutacija u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61. U nekim načinima ostvarivanja, H-Ras mutacija može biti mutacija odabrana iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline od G12R, G12V, G13C, G13R, Q61L i Q61R. U nekim načinima ostvarivanja, mutacija može biti mutacija u drugom kodonu koja rezultuje aktivacijom H-Ras proteina.
[0502] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci dalje uključuju (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva K-Ras mutacije i N-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako uzorak nema K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju. U nekom načinu ostvarivanja, postupak uključuje davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras.
[0503] U nekim načinima ostvarivanja, K-Ras mutacija je KA-Ras mutacija. U nekim načinima ostvarivanja, K-Ras mutacija je KB-Ras mutacija. U nekim načinima ostvarivanja, K-Ras mutacija je kombinacija KA-Ras mutacije i KB-Ras mutacije. K-Ras mutacija može uključivati mutaciju u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61 od KA-Ras, KB-Ras, ili obe. U nekim načinima ostvarivanja, KA-Ras mutacija može uključivati mutaciju odabranu iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline od G12C, G12D, G12A, G12V, G12S, G12F, G12R, G12N, G13C, G13D, G13R, G13S, G13N, Q61 K, Q61 H, Q61 L, Q61 P, Q61 R i A146V. U nekim načinima ostvarivanja, KB-Ras mutacija može uključivati mutaciju odabranu iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline od G12C, G12D, G12A, G12V, G12S, G12F, G12R, G12N, G13C, G13D, G13R, G13S, G13N, Q61 K, Q61 H, Q61 L, Q61 P, Q61 R i A146V.
[0504] U nekim načinima ostvarivanja, N-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13, G15, G60 i Q61. U nekim načinima ostvarivanja, N-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju u kodonu odabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61. U nekim načinima ostvarivanja, N-Ras mutacija može uključivati najmanje jednu mutaciju odabranu iz grupe koju čine supstitucije amino kiseline od G12C, G12D, G12F, G12S, G12A, G12V, G12R, G13C, G13R, G13A, G13D, G13V, G15W, G60E, Q61P, Q61L, Q61R, Q61K, Q61H i Q61E.
[0505] U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak nema supstituciju amino kiseline na G12, G13 i Q61 od K-Ras, i takođe da nema supstituciju amino kiseline na G12, G13 i Q61 od N-Ras. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak nema nikakvu K-Ras mutaciju ili bilo kakvu N-Ras mutaciju. U nekim načinima ostvarivanja, utvrđeno je da uzorak ima divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras.
[0506] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije, K-Ras mutacije i N-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju, ali ne i K-Ras mutaciju ili N-Ras mutaciju. Uzorak može biti uzorak krvi. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li pacijent oboleo od kancera ima H-Ras mutaciju i divlji tip K-Ras i divlji tip N-Ras, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0507] Ovde su obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta sa FTI, i postupci za odabir pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman na osnovu prisustva H-Ras mutacije. Kancer može biti hematopoetski kancer ili čvrsti tumor. Ovde su takođe obezbeđeni postupci za lečenje predmalignog stanja kod subjekta pomoću FTI, i postupci za odabir pacijenata sa predmalignim stanjem za FTI tretman na osnovu statusa H-Ras mutacije.
[0508] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta pomoću FTI ili odabir pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman na osnovu prisustva H-Ras mutacije. Kancer može biti hematopoetski kancer ili čvrsti tumor. Kancer može biti povezan sa humanim papilomavirusom (HPV+ ili HPV pozitivan) ili nepovezan sa HPV (HPV- ili HPV negativan).
[0509] Ovde su obezbeđeni postupci za predviđanje odgovora pacijenta obolelog od kancera na FTI tretman, postupci za odabir populacije pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman i postupci za lečenje kancera kod subjekta terapeutski efektivnom količinom FTI na osnovu prisustva H-Ras mutacije u uzorku pacijenta. Status H-Ras mutacije se može detektovati na nukleinskoj kiselini ili nivou proteina. U nekim načinima ostvarivanja, status H-Ras mutacije se utvrđuje analiziranjem nukleinskih kiselina dobijenih iz uzorka. U nekim načinima ostvarivanja, status H-Ras mutacije se utvrđuje analiziranjem proteina dobijenog iz uzorka.
[0510] U nekim načinima ostvarivanja, status H-Ras mutacije se utvrđuje analiziranjem nukleinskih kiselina dobijenih iz uzorka. Nukleinske kiseline mogu biti molekuli mRNK ili genomske DNK od test subjekta. Postupci za utvrđivanje statusa Ras mutacije analiziranjem nukleinskih kiselina su dobro poznati u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju sekvenciranje, lančanu reakciju polimeraze (PCR), DNK mikročip, masenu spektrometriju (MS), analizu jednonukleotidnog polimorfizma (SNP), denaturaciju tečne hromatografije visokih performansi (DHPLC) ili analizu polimorfizma dužine restriktivnih elemenata (RFLP). U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje pomoću standardnih postupaka sekvenciranja, uključujući, na primer, Sangerovo sekvenciranje, sekvenciranje sledeće generacije (NGS). U nekim načinima ostvarivanja, status Ras mutacije se utvrđuje pomoću MS.
12
[0511] U nekim načinima ostvarivanja, status H-Ras mutacije se utvrđuje analiziranjem proteina dobijenog iz uzorka. Mutirani Ras H-protein može se detektovati pomoću više imunohistohemijskih (IHC) pristupa, imunoblot analizom, imunoenzimskom probom (ELISA) ili drugim postupcima imunohistohemijske analize poznatim u ovoj oblasti.
[0512] Kao što će stručnjak iz ove oblasti razumeti, bilo koji postupci ovde obezbeđeni ili na drugi način poznati u ovoj oblasti za analizu Ras mutacije mogu se koristiti za utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije.
5.2. Uzorci
[0513] U nekim načinima ostvarivanja, ovde obezbeđeni postupci uključuju dobijanje uzorka od subjekta. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak tumora. U nekim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovim postupcima uključuje biopsiju (npr., biopsiju tumora). Biopsija može biti od bilo kog organa ili tkiva, na primer, kože, jetre, pluća, srca, debelog creva, bubrega, koštane srži, zuba, limfnih čvorova, kose, slezine, mozga, grudi ili drugih organa. Bilo koja tehnika biopsije poznata stručnjacima iz ove oblasti može se koristiti za izolaciju uzorka iz subjekta, na primer, otvorena biopsija, zatvorena biopsija, biopsija srži, inciziona biopsija, eksciziona biopsija ili biopsija aspiracije finom iglom.
[0514] Uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima uključuje telesne tečnosti subjekta.
Neograničavajući primeri telesnih tečnosti uključuju krv (npr., perifernu celu krv, perifernu krv), krvnu plazmu, koštanu srž, plodovu vodu, očnu vodicu, žuč, limfu, menzes, serum, mokraću, cerebrospinalnu tečnost koja okružuje mozak i kičmenu moždinu, sinovijalnu tečnost koja okružuje zglobove kostiju.
[0515] U jednom načinu ostvarivanja, uzorak je uzorak koštane srži. Postupci za dobijanje uzorka koštane srži su dobro poznati u ovoj oblasti, uključujući, ali bez ograničenja na biopsiju koštane srži i aspiraciju koštane srži. Koštana srž ima tečni deo i čvrsti deo. U biopsiji koštane srži, uzima se uzorak čvrstog dela. U aspiraciji koštane srži, uzima se uzorak tečnog dela. Biopsija koštane srži i aspiracija koštane srži mogu se sprovesti u isto vreme i navode se kao pregled koštane srži.
[0516] U nekim načinima ostvarivanja, uzorak je uzorak krvi. Uzorak krvi može se dobiti upotrebom konvencionalnih tehnika kao što su obezbeđene u, npr. Innis et al, editors, PCR Protocols (Academic Press, 1990). Bele krvne ćelije mogu se razdvojiti od uzoraka krvi upotrebom konvencionalnih tehnika ili komercijalno dostupnih kompleta, npr. RosetteSep kompleta (Stein Cell Technologies, Vankuver, Kanada). Subpopulacije belih krvnih ćelija, npr. mononuklearne ćelije, NK ćelije, B ćelije, T ćelije, monociti, granulociti ili limfociti mogu se dalje izolovati upotrebom konvencionalnih tehnika, npr. magnetno aktiviranim sortiranjem ćelija (MACS) (Miltenyi Biotec, Obern, Kalifornija) ili fluorescentno aktiviranim sortiranjem ćelija (FACS) (Becton Dickinson, San Hoze, Kalifornija).
[0517] U određenim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima uključuje više ćelija. Te ćelije mogu uključivati bilo koji tip ćelija, npr., matične ćelije, krvne ćelije (npr., PBMC), limfocite, NK ćelije, B ćelije, T ćelije, monocite, granulocite, imune ćelije ili ćelije tumora ili
12
kancera. Specifične populacije ćelije mogu se dobiti pomoću kombinacije komercijalno dostupnih antitela (npr., Quest Diagnostic (San Juan Capistrano, Kalifornija.); Dako (Danska)).
[0518] U određenim načinima ostvarivanja, uzorak upotrebljen u ovde obezbeđenim postupcima je od obolelog tkiva, npr., od pojedinca koji ima kancer (npr., kancer glave i vrata, tumor pljuvačnih žlezda, ili tumor tiroidne žlezde). U nekim načinima ostvarivanja. U nekim načinima ostvarivanja, ćelije se mogu dobiti od ćelija tumora ili kancera ili tkiva tumora, poput biopsije tumora ili eksplanta tumora. U određenim načinima ostvarivanja, broj ćelija upotrebljenih u ovde obezbeđenim postupcima može biti u opsegu od jedne ćelije do oko 10<9>ćelija. U nekim načinima ostvarivanja, broj ćelija upotrebljenih u ovde obezbeđenim postupcima je oko 1 x 10<4>, 5 x 10<4>, 1 x 10<5>, 5 x 10<5>, 1 x 10<6>, 5 x 10<6>, 1 x 10<7>, 5 x 10<7>, 1 x 10<8>ili 5 x 10<8>.
[0519] Broj i tip ćelija sakupljenih od subjekta može se pratiti, na primer, merenjem promena u morfologiji i markerima površine ćelije pomoću standardnih tehnika detekcije ćelije poput protočne citometrije, sortiranja ćelija, imunocitohemije (npr., bojenje antitelima specifičnim za tkiva ili specifičnim za ćelijski marker), fluorescentno aktiviranog sortiranja ćelija (FACS), magnetski aktiviranog sortiranja ćelija (MACS), ispitivanjem morfologije ćelija pomoću svetlosne ili konfokalne mikroskopije i/ili merenjem promena u ekspresiji gena pomoću tehnika dobro poznatih u ovoj oblasti tehnike, poput PCR i profilisanja ekspresije gena. Ove tehnike se takođe mogu koristiti za identifikaciju ćelija koje su pozitivne za jedan ili više određenih markera. Fluorescentno aktivirano sortiranje ćelija (FACS) je dobro poznat postupak za razdvajanje čestica, uključujući ćelije, zasnovan na fluorescentnim karakteristikama čestica (Kamarch, 1987, Methods Enzymol, 151:150-165). Laserska ekscitacija fluorescentnih polovina u pojedinačnim česticama dovodi do malog električnog punjenja koje omogućava elektromagnetno razdvajanje pozitivnih i negativnih čestica iz mešavine. U jednom načinu ostvarivanja, antitela ili ligandi specifični za marker površine ćelije su obeleženi prepoznatljivim fluorescentnim oznakama. Ćelije se obrađuju kroz sorter ćelija, što omogućava razdvajanje ćelija na osnovu njihove mogućnosti da se vezuju za upotrebljena antitela. FACS sortirane čestice mogu se direktno ostaviti u pojedinačne bazenčiće u pločicama sa 96 ili 384 bazenčića radi olakšanog razdvajanja i kloniranja.
[0520] U određenim načinima ostvarivanja, podskupovi ćelija se koriste u ovde obezbeđenim postupcima. Postupci sortiranja i izolovanja specifičnih populacija ćelija su dobro poznati u ovoj oblasti i mogu biti zasnovani na veličini ćelije, morfologiji ili intracelularnim ili ekstracelularnim markerima. Ti postupci uključuju, ali nisu ograničeni na protočnu citometriju, protočno sortiranje, FACS, razdvajanje na bazi perlica poput sortiranja magnetnih ćelija, razdvajanja na bazi veličine (npr., sito, niz prepreka ili filter), sortiranje u mikrofluidnom uređaju, razdvajanje na bazi antitela, sedimentaciju, adsorpciju afiniteta, ekstrakciju afiniteta, centrifugiranje gradijenta gustine, mikrodisekciju laserskog hvatanja, itd.
12
. . ancer
[0521] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje hematopoetskog kancera kod subjekta pomoću FTI ili odabir pacijenata obolelih od kancera za FTI tretman na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, hematopoetski kancer je HPV negativan. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li HPV negativni pacijent oboleo od hematopoetskog kancera ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba pacijentu.
[0522] Hematološki kanceri su kanceri krvi ili koštane srži. Primeri hematoloških (ili hematogenih) kancera uključuju mijeloproliferativnu neoplazmu (MPN), mijelodisplastički sindrom (MDS), leukemiju i limfom. U nekim načinima ostvarivanja, kancer je akutna mijeloidna leukemija (AML), limfom prirodnih ćelija ubica (NK limfom), leukemija prirodnih ćelija ubica (NK leukemija), kutani limfom T-ćelije (CTCL), juvenilna mijelomonocitna leukemija (JMML), periferni limfom T-ćelije (PTCL), hronična mijeloidna leukemija (CML) ili hronična mijelomonocitna leukemija (CMML). U nekim načinima ostvarivanja, kancer je CMML. U nekim načinima ostvarivanja, kancer je JMML.
[0523] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje čvrstog tumora pomoću FTI na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, čvrsti tumor je HPV negativan. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li pacijent oboleo od HPV negativnog čvrstog tumora ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba pacijentu.
[0524] Čvrsti tumori su abnormalne mase tkiva koje obično ne sadrže ciste ili tečna područja. Čvrsti tumori mogu biti benigni ili maligni. Različiti tipovi čvrstih tumora su nazvani po tipu ćelija koji ih formira (poput sarkoma, karcinoma i limfoma). Čvrsti tumor koji se leči postupcima ovog pronalaska može biti sarkom i karcinom, što uključuje fibrosarkom, miksosarkom, liposarkom, hondrosarkom, osteosarkom i druge sarkome, sinoviom, mezoteliom, Juingov tumor, leiomiosarkom, rabdomiosarkom, karcinom debelog creva, limfoidni malignitet, kancer pankreasa, kancer dojke, kancere pluća, kancer jajnika, kancer prostate, hepatocelularni karcinom, karcinom skvamoznih ćelija, karcinom bazalnih ćelija, adenokarcinom, karcinom znojnih žlezda, medularni karcinom tiroidne žlezde, papilarni karcinom tiroidne žlezde, karcinom feohromocitoma lojne žlezde, papilarni karcinom, papilarne adenokarcinome, medularni karcinom, bronhogeni karcinom, karcinom bubrežnih ćelija, hepatom, karcinom žučnog voda, horiokarcinom, Vilmsov tumor, kancer grlića materice, tumor testisa, seminom, karcinom bešike, melanom i CNS tumore (poput glioma (poput glioma moždanog stabla i mešovitih glioma, glioblastoma (poznat i kao glioblastom multiforme) astrocitoma, CNS limfoma, germinoma, meduloblastoma, Schwannoma craniopharyogioma, ependimoma, pineaioma, hemangioblastoma, akustičkog neuroma, oligodendroglioma, menangioma, neuroblastoma, retinoblastoma i metastaza mozga).
[0525] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje čvrstog tumora pomoću FTI na osnovu prisustva H-Ras mutacije, pri čemu je čvrsti tumor kancer tiroidne žlezde, kanceri glave i vrata, kanceri pljuvačne žlezde, maligni melanom, karcinom nadbubrežne žlezde, karcinom dojke,
12
kancer bubrežnih ćelija, karcinom pankreasa, nemikrocelularni karcinom pluća (NSCLC) ili karcinom nepoznatog porekla. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib. Lekovi koji se obično daju pacijentima sa različitim tipovima ili fazama čvrstih tumora uključuju, ali nisu ograničeni na celebreks, etopozid, ciklofosfamid, docetaksel, apecitabin, IFN, tamoksifen, IL-2, GM-CSF ili kombinaciju navedenog.
[0526] U nekim načinima ostvarivanja, čvrsti tumor koji treba lečiti ovde obezbeđenim postupcima može biti kancer tiroidne žlezde, kanceri glave i vrata, urotelijalni kanceri, kanceri pljuvačne žlezde, kanceri gornjeg digestivnog trakta, kancer bešike, kancer dojke, kancer jajnika, kancer mozga, kancer želuca, kancer prostate, kancer pluća, kancer debelog creva, kancer kože, kancer jetre i kancer pankreasa. U nekim načinima ostvarivanja, kancer bešike koji treba lečiti ovde obezbeđenim postupcima može biti karcinom prelaznih ćelija. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0527] U nekim načinima ostvarivanja, čvrsti tumor koji se leči ovde obezbeđenim postupcima može biti odabran iz grupe koju čine karcinom, melanom, sarkom ili hronična granulomatozna bolest.
[0528] U nekim načinima ostvarivanja, predmaligna stanja koja treba lečiti ovde obezbeđenim postupcima mogu biti aktinski heilitis, Baretov jednjak, atrofički gastritis, duktalni karcinom in situ, Dyskeratosis congenita, sideropenijska disfagija, Lichen planus, fibroza oralne sluzokože, solarna elastoza, cervikalna displazija, polipi, leukoplakija, eritroplakija, skvamozna intraepitelna lezija, predmaligni poremećaj ili predmaligni imunoproliferativni poremećaj.
[0529] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje čvrstog tumora kod subjekta pomoću FTI i postupaka za odabir pacijenata obolelih od čvrstog tumora za FTI tretman na osnovu prisustva H-Ras mutacije kod subjekta, pri čemu je čvrsti tumor kancer tiroidne žlezde, kanceri glave i vrata ili kancer pljuvačne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, čvrsti tumor je kancer tiroidne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, čvrsti tumor je karcinom skvamoznih ćelija glave i vrata (HNSCC). U nekim načinima ostvarivanja, čvrsti tumor je kancer pljuvačne žlezde.
[0530] Karcinom skvamoznih ćelija glave i vrata (HNSCC) je 6. kancer po zastupljenosti u svetu, sa oko 650.000 slučajeva i 200.000 smrti godišnje u svetu, i oko 54.000 novih slučajeva godišnje u SAD. Ovo je takođe najzastupljeniji kancer u centralnoj Aziji.
[0531] HNSCC ima 2 različite etiologije i odgovarajuće tipove tumora. Prvi podtip je povezan sa pušenjem duvana i konzumiranjem alkohola, a nije povezan sa humanim papilomavirusom (HPV- ili HPV negativan). Drugi podtip je povezan sa infekcijom visokorizičnim HPV (HPV+ ili HPV pozitivan). Drugi podtip je uglavnom ograničen na kancere ždrela. HPV+ tumori su poseban entitet sa boljom prognozom i mogu zahtevati diferencijalne tretmane.
[0532] Značajan udeo HNSCC, naročito kancere ždrela, prouzrokuje HPV infekcija. Visokorizični HPV podtip 16 čini 85% svih HPV+ tumora kod HNSCC. P16 se može koristiti kao surogat marker HPV infekcije kod HNSCC, naročito u ždrelu. Preciznije HPV testiranje je dostupno i zasnovano na E6/E7 detekciji (Liang C, et al. Cancer Res.2012;72:5004-5013).
12
[0533] HPV+ HNSCC prikazuju značajno niže EGFR nivoe ekspresije od HPV-HNSCC. EGFR amplifikacija nastupa samo kod HPV-HNSCC. Visoki broj kopije EGFR gena i ekspresija proteina su povezani sa lošim kliničkim ishodom kod naprednog HNSCC.
[0534] Trenutno, terapija prve linije za rekurentni/metastatički HNSCC uključuje dublet na bazi platine (npr. cisplatin/5-FU ili karboplatin/paklitaksel), opciono u kombinaciji sa anti-EGFR antitelo terapijom (npr. Cetuksimab, Panitumumab, Afatinib). Terapija druge linije uključuje taksane, metotreksat i/ili cetuksimab. Anti-EGFR antitelo terapija, poput Cetuksimaba (himerički IgG1) ili Panitumumaba se može koristiti kao jedan agens, sa hemoterapijom (npr. Platina/5-FU, Cisplatin) ili sa radioterapijom. Uprkos visokim EGFR nivoima ekspresije kod HNSCC, brzina odgovora jednog agensa za Cetuksimab iznosi samo 13% sa SD brzinom od 33%, i trenutno ne postoji dostupan biomarker za predviđanje.
[0535] Lekovi u razvoju za HNSCC uključuju one koji ciljaju PI3K put: BKM120 (buparlisib) cetuksimab, BYL719 cetuksimab, Temsirolimus cetuksimab, Rigosertib cetuksimab; one koji ciljaju MET put: Tivantinib cetuksimab, Fiklatuzumab cetuksimab; one koji ciljaju EGFR/HER3 put Afatinib cetuksimab ± paklitaksel, Patritumab; one koji ciljaju FGFR put: BGJ398; one koji ciljaju put CDK4/6-ćelije ciklusa: Palbociklib, LEE011; RTK inhibitor: Anlotinib i hemoterapija: oralni Azacitidin. Skorije terapeutske opcije za HNSCC uključuju imunoterapiju, poput anti-PD1 ili anti-PDL1 antitela.
[0536] Dok su ostvarene velike brzine izza lečenje za lokalizovanu i loko-regionalnu bolest putem operacije, zračenja, hemoradijacije i indukcione hemoterapije, brzine preživljavanja za rekurentne/metastatičke bolesti ostaju veoma male, i neophodne su bolje tretmanske opcije.
[0537] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje HNSCC kod subjekta na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC može biti HPV negativan HNSCC. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC može biti recidiv/rekurentni HNSCC. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC može biti metastatički HNSCC. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju. Uzorak može biti uzorak tumora. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li HNSCC pacijent ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0538] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera pljuvačne žlezde kod subjekta na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, kancer pljuvačne žlezde može biti napredni kancer pljuvačne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, kancer pljuvačne žlezde može biti metastatički kancer pljuvačne žlezde. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju. Uzorak može biti uzorak tumora. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li pacijent oboleo od
1
kancera pljuvačne žlezde ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
[0539] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera tiroidne žlezde kod subjekta na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, kancer tiroidne žlezde može biti recidiv/rekurentni kancer tiroidne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, kancer tiroidne žlezde može biti metastatički kancer tiroidne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, kancer tiroidne žlezde može biti napredni kancer tiroidne žlezde. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju. Uzorak može biti uzorak tumora. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li HNSCC pacijent ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine FTI subjektu. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je tipifarnib.
5.4. Primerni FTI i doze
[0540] U nekim načinima ostvarivanja, ovde su obezbeđeni postupci za lečenje kancera kod subjekta pomoću tipifarniba ili odabir pacijenata obolelih od kancera za tretman tipifarnibom na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju lečenje subjekta drugim FTI ovde opisanim ili na drugi način poznatim u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0541] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno, parenteralno, rektalno ili topikalno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno, parenteralno, rektalno ili topikalno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno.
[0542] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 1-1000 mg/kg telesne mase. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 200-1200 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 600 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u dozi od 900 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 1-1000 mg/kg telesne mase. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 200-1200 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 600 mg dva puta dnevno. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u dozi od 900 mg dva puta dnevno.
[0543] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u tretmanskim ciklusima. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje u naizmeničnim nedeljama. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje u tretmanskim ciklusima. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se
1 1
daje u naizmeničnim nedeljama. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
[0544] U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje tokom najmanje 3 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje tokom najmanje 6 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje tokom najviše 12 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, FTI se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana tokom najmanje tri ciklusa.U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje tokom najmanje 3 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje tokom najmanje 6 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje tokom najviše 12 ciklusa. U nekim načinima ostvarivanja, tipifarnib se daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana tokom najmanje tri ciklusa.
[0545] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje HNSCC kod subjekta pomoću tipifarniba na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC može biti HPV negativan HNSCC. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC može biti recidiv/rekurentni HNSCC. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC može biti metastatički HNSCC. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju. Uzorak može biti uzorak tumora. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li HNSCC pacijent ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu.
[0546] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera pljuvačne žlezde kod subjekta pomoću tipifarniba na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, kancer pljuvačne žlezde može biti napredni kancer pljuvačne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, kancer pljuvačne žlezde može biti metastatički kancer pljuvačne žlezde. Ovde obezbeđen postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju. Uzorak može biti uzorak tumora. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li pacijent oboleo od kancera pljuvačne žlezde ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0547] U nekim načinima ostvarivanja, ovde je obezbeđen postupak za lečenje kancera tiroidne žlezde kod subjekta pomoću tipifarniba na osnovu prisustva H-Ras mutacije. U nekim načinima ostvarivanja, kancer tiroidne žlezde može biti recidiv/rekurentni kancer tiroidne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, kancer tiroidne žlezde može biti metastatički kancer tiroidne žlezde. U nekim načinima ostvarivanja, kancer tiroidne žlezde može biti napredni kancer tiroidne žlezde. Ovde obezbeđen
1 2
postupak uključuje (a) utvrđivanje prisustva ili odsustva H-Ras mutacije u uzorku subjekta, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu ako se utvrdi da uzorak ima H-Ras mutaciju. Uzorak može biti uzorak tumora. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li HNSCC pacijent ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje terapeutski efektivne količine tipifarniba subjektu. U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju davanje subjektu drugog FTI ovde opisanog ili na drugi način poznatog u ovoj oblasti. U nekim načinima ostvarivanja, FTI je odabran iz grupe koju čine tipifarnib, arglabin, perilil alkohol, lonafarnib(SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 i BMS-214662.
[0548] U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li HNSCC pacijent ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje tipifarniba subjektu, pri čemu se tipifarnib daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC pacijent ima recidiv/reftraktorni HNSCC. U nekim načinima ostvarivanja, HNSCC pacijent ima HPV negativan HNSCC.
[0549] U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li pacijent oboleo od kancera pljuvačne žlezde ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje tipifarniba subjektu, pri čemu se tipifarnib daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
[0550] U nekim načinima ostvarivanja, postupci uključuju (a) utvrđivanje da li pacijent oboleo od kancera tiroidne žlezde ima H-Ras mutaciju, i kasnije (b) davanje tipifarniba subjektu, pri čemu se tipifarnib daje oralno u dozi od 900 mg dva puta dnevno danima 1-7 i 15-21 u tretmanskom ciklusu od 28 dana.
[0551] U nekim načinima ostvarivanja, postupci dalje obuhvataju davanje druge terapije pacijentu koji ima čvrsti tumor sa H-Ras mutacijom. U nekim načinima ostvarivanja, druga terapija je hemoterapija, poput cisplatina, 5-FU, karboplatina, paklitaksela ili dubleta na bazi platine (npr., cisplatin/5-FU ili karboplatin/paklitaksel). U nekim načinima ostvarivanja, druga terapija je anti-EGFR antitelo terapija (npr. Cetuksimab, Panitumumab, Afatinib). U nekim načinima ostvarivanja, druga terapija su taksani, metotreksat i/ili cetuksimab. U nekim načinima ostvarivanja, druga terapija je radioterapija. U nekim načinima ostvarivanja, druga terapija uključuje one koji ciljaju PI3K put: BKM120 (buparlisib) cetuksimab, BYL719 cetuksimab, Temsirolimus cetuksimab, Rigosertib cetuksimab; one koji ciljaju MET put: Tivantinib cetuksimab, Fiklatuzumab cetuksimab; one koji ciljaju EGFR/HER3 put Afatinib cetuksimab ± paklitaksel, Patritumab; one koji ciljaju FGFR put: BGJ398; one koji ciljaju put CDK4/6-ćelija ciklusa: Palbociklib, LEE011; RTK inhibitor: Anlotinib i hemoterapija: oralni Azacitidin. U nekim načinima ostvarivanja, druga terapija je imunoterapija, poput anti-PD1 ili anti-PDL1 antitela.
1
. rmer
PRIMER I
Identifikacija imunoloških biomarkera povezanih sa kliničkom pogodnošću tipifarniba
[0552] Analize profilisanja ekspresije gena u uzorcima koštane srži iz dve AML studije, kao i tipifarnib IC50 podaci u više ćelijskih linija otkrili su da je više imunološki povezanih gena, naročito gena povezanih sa NK ćelijama, povezano sa boljom prognozom za tipifarnib. Dok se pokazalo da su neki od ovih gena nespecifični za tretman tipifarnibom, drugi uključujući KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5, KIR2DL5 i GZMM su specifično povezani sa kliničkim pogodnostima tipifarniba, ali ne i drugi ne-FTI hemoterapijski agensi, poput citarabina i mitoksantrona.
[0553] Ova studija je koristila mikročip podatke generisane iz analize globalne ekspresije gena uzoraka koštane srži prikupljene u dve kliničke studije koje su istraživale efikasnost i bezbednost FTI tipifarniba. Jedna klinička studija je sprovedena kod odraslih pacijenata od 65 godina ili starijih sa prethodno nelečenim AML, a druga je sprovedena za recidiv i refraktorni AML. Klinički rezultati za ove studije su prethodno objavljeni (Lancet et al., Blood 109:1387-1394 (2007); Harousseau et al., Blood 9:9 (2007); Raponi et al., Clin. Kancer Res.13:2254-2260 (2007)), a podaci o profilisanju gena su javno dostupni u NCBI's Gene Expression Omnibus (GEO, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) i mogu se proceniti preko GEO Series pristupnih brojeva GSE8970 i GSE5122.
[0554] Kao što je opisano u Raponi et al., Blood 111:2589-96 (2008), uzorci koštane srži su prikupljeni od pacijenata koji su dali saglasnost pre tretmana tipifarnibom, a mononuklearne ćelije su obrađene na licu mesta. Ukupna RNK je ekstrahovana iz uzoraka ćelija, ispitan je njen kvalitet, i dalje je obrađena za mikročip analizu. DNK je izolovana iz istog uzorka. Uzorci su analizirani za globalnu ekspresiju gena i/ili kvantitativnu lančanu reakciju polimeraze (QPCR) specifičnih gena.
[0555] Odgovor na tipifarnib je naveden u izveštaju o kliničkoj studiji i definisan je u vidu pacijenata sa kompletnom remisijom (CR), delimičnom remisijom (PR) ili hematološkim poboljšanjem (HI). PR i HI pacijenti su uključeni kao responderi, pošto se prethodno pokazalo da imaju slične pogodnosti preživljavanja sa onima koji ostvare CR. Ukratko, CR je definisana kao koštana srž koja pokazuje manje od 5% mijeloblastova sa normalnim sazrevanjem svih ćelijskih linija, apsolutni broj neutrofila (ANC) od najmanje 10<9>/L (1000/µL) i broj trombocita od 100×10<9>/L (100000/µL). PR je definisana kao prisustvo oporavka ANC i trombocita na gore navedenim nivoima, ali sa 5% do 19% blastova koštane srži i smanjenjem procenata blastova koštane srži sa osnovne linije većim od 50%. HI je definisano isto kao PR, osim oporavka ANC 0.5 do 1× 10<9>/L (500 do 1000/µL) i brojem trombocita 20 do 100×10<9>/L (20000 do 100000/µL). Progresivna bolest (PD) je definisana kao bilo šta od sledećeg: povećanje procenata blastova koštane srži sa osnovne linije veće od 50% (više od 5% blastova ako je osnovna linija manja od 5%, više od 10% blastova ako je osnovna linija 5% do 10% i više od 20% blastova ako je osnovna linija 10% do 20%); povećanje cirkulišućih blastova veće od 50%; novi izgled cirkulišućih blastova u najmanje 2 uzastopna slučaja; ili razvoj ekstramedularne leukemije. Stabilna bolest (SD) je definisana kao bilo kakav odgovor koji ne ispunjava CR, PR, HI ili PD kriterijume.
1 4
[0556] Kaplan Meier-ove krive su upotrebljene za istraživanje veze između vrednosti biomarkera i kliničkih pogodnosti. Identifikacija više gena povezanih sa NK ćelijama, dugo trajanje odgovora primećeno kod nekih pacijenata koji se leče tipifarnibom i uloga RAS posredovane transdukcije signala kod NK ćelija potvrđuju da odgovor AML pacijenata na tretman tipifarnibom može biti rezultat infiltrata koštane srži imunih ćelija.
1. Korelacija KIR2DS5 nivoa ekspresije sa kliničkom pogodnošću tipifarniba
[0557] Kao što je prikazano u FIG.1A, nivo ekspresije KIR2DS5 je povezan sa ishodom AML pacijenata lečenih tipifarnibom. Prilikom kategorizacije pacijenata na osnovu različitih kliničkih odgovora, utvrđeno je da su PD pacijenti grupisani u donji deo KIR2DS5 kontinuuma ekspresije; CR pacijenti su grupisani u gornji deo KIR2DS5 kontinuuma ekspresije; a HI i SD pacijenti su grupisani između CR i PD grupe.
[0558] Pored toga, identifikovana je snažna korelacija između nivoa ekspresije KIR2DS5 i PFS od AML pacijenata lečenih tipifarnibom (FIG.1B). Pacijenti čiji KIR2DS5 nivoi ekspresije su bili u najvišem (4.) kvartilu su imali statistički duži PFS u odnosu na ostale pacijente. Korelacija potvrđuje da AML pacijenti mogu biti izabrani na osnovu nivoa ekspresije KIR2DS5 za tretman tipifarnibom radi povećanja verovatnoće odgovora na tretman.
2. Specifična korelacija između odnosa ekspresije KIR2DS2 i KIR2DL2 sa kliničkim pogodnostima tipifarniba
[0559] Kao što je prikazano u FIG.2A i 2B, odnos nivoa ekspresije KIR2DS2 i nivoa ekspresije KIR2DL2 (2DS2/2DL2 odnos) je snažno korelirao sa PFS (FIG.2A) i OS (FIG.2B) od AML pacijenata lečenih tipifarnibom. Kao što je prikazano, pacijenti sa 2DS2/2DL2 odnosom u najvišem (4.) kvartilu su imali statistički značajno duži PFS (medijana =431 dan) i OS (medijana=750 dana) u odnosu na ostatak populacije pacijenata.
[0560] Pored toga, korelacija između 2DS2/2DL2 odnosa i kliničke pogodnosti je bila specifična za tipifarnib i nije primećena kod drugih ne-FTI hemoterapijskih agenasa, poput citarabina i mitoksantrona (Chemotherapy data from Metzeler KH et al., Blood, 112:4193-201 (2008)). Kao što je prikazano u FIG.
3A i 3B, kao i u tabeli u nastavku, verovatnoća preživljavanja AML pacijenata lečenih citarabinom visoke doze i mitoksantronom nije se razlikovala između onih sa 2DS2/2DL2 odnosom u najvišem kvintilu i ostalih pacijenata.
1
[0561] Specifična korelacija između 2DS2/2DL2 odnosa i kliničke pogodnosti tipifarniba potvrđuje da AML pacijenti mogu biti odabrani na osnovu 2DS2/2DL2 odnosa za tretman tipifarnibom u cilju povećanja ukupnog odgovora na tretman.
3. Specifična korelacija između odnosa ekspresije KIR2DS5 i KIR2DL5 sa kliničkim pogodnostima tipifarniba
[0562] Kao što je prikazano u FIG.4A, odnos nivoa ekspresije KIR2DS5 i nivoa ekspresije KIR2DL5A (2DS5/2DL5 odnos) je snažno koreliran sa PFS i OS od AML pacijenata lečenih tipifarnibom. Kao što je prikazano, pacijenti sa 2DS5/2DL5A odnosom u najvišem (4.) kvartilu imali su statistički značajno duži PFS i OS u odnosu na ostatak populacije pacijenata.
[0563] Pored toga, korelacija između 2DS5/2DL5 odnosa i kliničke pogodnosti je bila specifična za tipifarnib i nije primećena kod drugih ne-FTI hemoterapijskih agenasa, poput citarabina i mitoksantrona (Chemotherapy data from Metzeler KH et al., Blood, 112:4193-201 (2008)) (FIG.4B). Kao što je prikazano u FIG.4B, verovatnoća preživljavanja AML pacijenata lečenih citarabinom visoke doze i mitoksantronom nije se razlikovala između pacijenata sa različitim 2DS5/2DL5 odnosom.
[0564] Specifična korelacija između 2DS5/2DL5 odnosa i kliničke pogodnosti tipifarniba potvrđuje da AML pacijenti mogu biti odabrani na osnovu 2DS5/2DL5 odnosa za tretman tipifarnibom u cilju povećanja ukupnog odgovora na tretman.
4. Specifična korelacija GZMM nivoa ekspresije sa kliničkim pogodnostima tipifarniba
[0565] Kao što je prikazano u FIG.5, nivo ekspresije GZMM je povezan sa ishodom AML pacijenata lečenih tipifarnibom. Prilikom kategorizacije pacijenata na osnovu različitih kliničkih odgovora, utvrđeno je da su PD pacijenti grupisani u donjem delu GZMM kontinuuma ekspresije i da su imali najniži srednji nivo ekspresije GZMM u četiri grupe (CR, HI, SD i PD). CR pacijenti su grupisani u gornjem delu GZMM kontinuuma ekspresije i imali su najviši srednji nivo ekspresije GZMM u četiri grupe.
[0566] Pored toga, snažna korelacija je takođe identifikovana između nivoa ekspresije GZMM i OS i PFS od AML pacijenata lečenih tipifarnibom (FIG.6A). Pacijenti čiji GZMM nivoi ekspresije su bili u najvišem (4.) kvartilu su imali statistički značajno duže OS i PFS u odnosu na ostale pacijente. Korelacija između GZMM nivoa ekspresije i kliničke pogodnosti je bila specifična za tipifarnib i nije primećena kod drugih
1
ne-FTI hemoterapijskih agenasa, poput citarabina i mitoksantrona (FIG.6B). Specifična korelacija potvrđuje da AML pacijenti mogu biti odabrani na osnovu nivoa ekspresije GZMM za tretman tipifarnibom u cilju povećanja ukupnog odgovora na tretman.
5. Specifična korelacija KIR2DS2 nivoa ekspresije sa kliničkim pogodnostima tipifarniba
[0567] Kao što je prikazano u FIG.7A, nivo ekspresije KIR2DS2 je povezan sa ishodom AML pacijenata lečenih tipifarnibom. Snažna korelacija je identifikovana između nivoa ekspresije KIR2DS2 i OS od AML pacijenata lečenih tipifarnibom (FIG.7A). Pacijenti čiji KIR2DS2 nivoi ekspresije su bili u najvišem (4.) kvartilu su imali statistički značajno duže OS u odnosu na ostale pacijente (FIG.7A i FIG.7B, gornja leva tabla).
[0568] Kao što je prikazano u FIG.7B i u tabeli u nastavku, ekspresija KIR2DS2 je imala snažnu korelaciju sa kliničkom pogodnošću, uključujući kompletnu brzinu odgovora i krajnje tačke preživljavanja. Pacijenti u gornjem (4.) kvartilu KIR2DS2 ekspresije su imali srednje preživljavanje od 564 dana, dok su oni u 1. -3. kvartilu KIR2DS2 ekspresije imali srednje preživljavanje od 153 dana. Sa druge strane, nikakva korelacija nije identifikovana između ekspresije markera NK ćelija, uključujući KIR2DS2, i kliničke pogodnosti izvedene iz tretmana hemoterapijom u podskupu od 51 prethodno nelečenog i starijeg (>65 godina) AML pacijenta uključenog u ispitivanje German AML Cooperative Group 1999 (AMLCG 1999) (FIG.7B, desna tabla). Od 34 prethodno nelečena niskorizična i starija AML pacijenta koji su bili lečeni tipifarnibom u prethodnoj Fazi 2 kliničkog ispitivanja, 25 je prethodno imalo MDS. Ova specifična korelacija potvrđuje da pacijenti oboleli od kancera mogu biti odabrani na osnovu nivoa ekspresije KIR2DS2 za tretman tipifarnibom u cilju povećanja verovatnoće odgovora na tretman za AML i MDS.
PRIMER II
A. Stratifikacija AML pacijenata za klinička ispitivanja tipifarniba
[0569] Može se sprovesti kliničko ispitivanje koje uključuje KIR tipizaciju kao deo kriterijuma uključivanja pacijenata. Na primer, može se sprovesti studija za tretman tipifarnibom kod AML pacijenata starijih od 60 godina ili na drugi način nepogodnih za standardnu hemoterapiju, ili koji imaju refraktornu ili recidiv AML.
1
[0570] Pre nego što AML pacijent bude primljen u kliničko ispitivanje, uzorak koštane srži ili uzorak krvi se uzima od pacijenta. Uzorak se zatim podvrgava mikročip analizi. DNK se izoluje iz uzorka Trizolobrađene koštane srži prema uputstvima proizvođača (Qiagen). Uzorci se analiziraju za globalnu ekspresiju gena i kvantitativnu lančanu reakciju polimeraze (QPCR) specifičnih gena, uključujući KIR2DS2, KIR2DL2, KIR2DS5 i KIR2DL5. Između ostalog, mikročip analiza obezbeđuje genotip KIR gena pacijenta. Ako je pacijent identifikovan kao nosilac KIR2DS2 gena, ili nosilac KIR2DS5 gena, pacijent se prima u ispitivanje tipifarniba. Primerni kriterijum uključivanja može biti sledeći:
- Patološka potvrda dijagnoze AML (>= 20% blastova koštane srži)
- ECOG status performansi 0 ili 1
- Pacijenti moraju biti u stanju da daju pristanak obaveštenog pacijenta
- SGOT i SGPT =< 2,5 x normalne granice (stepen 1)
- Serum kreatinin =< 1,5 x normalne granice (stepen 1)
- AML (bilo koji od sledećih):
- Novodijagnostikovan AML kod odraslih >= 70 godina
- Novodijagnostikovan AML proistekao iz MDS kod odraslih >= 60 godina
- Biopsijom dokazan recidiv ili refraktorni AML
- Hiperleukocitoza sa >= 30.000 leukemijskih blastova/uL
- Nosilac KIR2DS2 ili KIR2DS5, potvrđeno biopsijom koštane srži.
[0571] Primerni dozni režim može biti: Pacijenti primaju 600 mg tipifarniba oralno (PO) dva puta dnevno (B.I.D.) danima 1-21. Ovo se ponavlja svakih 28 dana u odsustvu progresije bolesti ili neprihvatljive toksičnosti.
[0572] Brzina kompletne remisije (CR) i brzina delimične remisije (PR) mogu biti mere primarnog ishoda u ispitivanju.
B. MDS pacijenti za klinička ispitivanja tipifarniba sa imunim ćelijskim markerima kao sekundarnim krajnjim tačkama
[0573] Može se sprovesti kliničko ispitivanje koje uključuje KIR tipizaciju kao deo kriterijuma uključivanja pacijenta. Na primer, može se sprovesti studija za tretman tipifarnibom kod AML pacijenata koji imaju MDS, ili konkretnije niskorizični MDS. Primarna krajnja tačka studije je nezavisnost transfuzije prema kriterijumima Međunarodne radne grupe za mijelodisplastičku/mijeloproliferativnu neoplazmu kod odraslih ili povezanom sistemu procene odgovora. Sekundarne krajnje tačke mogu uključivati analizu markera imunih ćelija, naročito markera NK ćelija poput KIR2DS2, KIR2DS5, KIR2DL2, KIR2DL5 i GZMM.
[0574] Kada je pacijent sa niskorizičnim MDS primljen u kliničko ispitivanje, uzorak koštane srži ili uzorak krvi se uzima od pacijenta. Uzorak se zatim podvrgava mikročip analizi. DNK je izolovan iz uzorka Trizolobrađene koštane srži prema uputstvima proizvođača (Qiagen). Uzorci se analiziraju za globalnu
1
ekspresiju gena i kvantitativnu lančanu reakciju polimeraze (QPCR) specifičnih gena, poput KIR2DS2, KIR2DS5, KIR2DL2, KIR2DL5 i GZMM. Između ostalog, mikročip analiza obezbeđuje genotip KIR gena pacijenta.
[0575] Primerni dozni režim može biti: Pacijenti primaju 600 mg tipifarniba oralno (PO) dva puta dnevno (B.I.D.) danima 1-21. Ovo se ponavlja svakih 28 dana u odsustvu progresije bolesti ili neprihvatljive toksičnosti.
[0576] Test pridružene dijagnostike se takođe može koristiti kao pomoć u odabiru pacijenata u kliničkim ispitivanjima tipifarniba kod populacije pacijenata na niskorizičnim MDS. Genetske analize koje detektuju prisustvo ili odsustvo KIR gena u NK ćelijama ovde obezbeđenim ili na drugi način poznatim u ovoj oblasti se mogu koristiti. Analize ovde obezbeđene (npr. analiza na bazi PCR) ili na drugi način poznate u ovoj oblasti za utvrđivanje nivoa ekspresije biomarkera takođe se mogu koristiti, a optimalni granični kriterijum biomarkera za odabir pacijenata može se utvrditi za kasnije kliničke studije.
PRIMER III
Odluke o individualizovanom tretmanu za CMML pacijente
[0577] Sledeći postupci se mogu preduzeti za utvrđivanje da li je CMML pacijent pogodan za FTI tretman, poput tretmana tipifarnibom.
[0578] Uzorak koštane srži je sakupljen od pacijenta pre tretmana, a mononuklearne ćelije su obrađene na licu mesta. Ukupna RNK je ekstrahovana iz uzoraka ćelija pomoću Trizol kompleta (Qiagen, Santa Clarita, CA). Kvalitet RNK se utvrđuje procenom prisustva ribozomnih traka na Agilent Bioanalyzer (Agilent, Palo Alto, CA). Uzorci dobrog kvaliteta se dalje obrađuju za mikročip analizu.
[0579] Za svaki uzorak, 1 g ukupne RNK (prema proceni OD260) je reverzno transkribovan pomoću kompleta za reverznu transkripciju cDNK visokog kapaciteta (Applied Biosystems, Foster City, CA) prema uputstvima proizvođača. Uzorci se zatim mogu inkubirati na 25°C tokom 10 minuta i zatim na 37°C tokom 30 minuta za optimalnu konverziju RNK. QPCR se sprovodi pomoću ABI Prism 7900HT sistema za detekciju sekvence (Applied Biosystems) sa svim uzorcima u triplikatu. Svaka reakcija sadrži 5 µL Taqman Universal PCR Master Mix koji sadrži uracil-N-glikosilazu (Applied Biosystems), 4,5 µL cDNK uzorak i 0,5 µL od 20X mešavine za analizu ekspresije gena na zahtev (Applied Biosystems) ili 9 pmol direktnog i reverznog prajmera i 2,5 pmol sondu ukupne reakcione zapremine 10 µL. Svi skupovi fluorogene sonde za prajmer i fluorescein amidit (FAM) su odabrani za generisanje amplikona manjih od 100 nukleotida, što omogućava amplifikaciju transkripata iz razloženih uzoraka RNK. Prajmeri i sonde su projektovani za specifičnu amplifikaciju KIR2DS2 i KIR2DL2. Svi skupovi prajmera se prostiru u okviru granica eksona i na taj način specifično amplifikuju mRNK transkripte, a ne genomsku DNK.
[0580] KIR2DS2/KIR2DL2 odnos ekspresije se zatim izračunava pomoću postupaka poznatih u ovoj oblasti (npr. Ma et al., Cancer Cell, 5:607-616 (2004)). Sirove Ct vrednosti se normalizuju oduzimanjem
1
srednje Ct iz uzorka, dele sa standardnim odstupanjem i zatim se izračunava razlika normalizovanih Ct vrednosti svakog gena.
[0581] Kao što je ovde obezbeđeno, referentni odnos ekspresije KIR2DS2/KIR2DL2 se može utvrditi statističkom analizom. Kao što je prikazano u FIG.2A i 2B (Primer I. II iznad), na primer, referentni odnos ekspresije može biti odnos ekspresije koji razlikuje pacijente sa 2DS2/2DL2 odnosom u najvišem (4.) kvartilu od ostalih pacijenata. Shodno tome, ako se utvrdi da je 2DS2/2DL2 odnos CMML pacijenta viši od referentnog odnosa (konkretno, 2DS2/2DL2 odnos CMML pacijenta je u najvišem (4.) kvartilu), a pacijent nije na drugi način sprečen da prima tretman tipifarnibom, prepisuje se tretman tipifarnibom. Sa druge strane, ako se utvrdi da je 2DS2/2DL2 odnos CMML pacijenta niži od referentnog odnosa, tretman tipifarnibom se ne preporučuje.
[0582] Ako je tretman tipifarnibom prepisan CMML pacijentu, CMML pacijent može istovremeno primati drugi tretman, poput jonizujućeg zračenja, ili drugi aktivni agens ili terapiju zbrinjavanjem, kako onkolog smatra pogodnim. Drugi aktivni agens može biti DNK-hipometilirajući agens, poput azacitidina ili decitabina.
PRIMER IV
Niži IC50 za tipifarnib kod mijeloidnih i limfoidnih ćelijskih linija sa divljim tipom K-RAS/N-RAS statusa [0583] Kao što je prikazano u tabeli u nastavku, analize podataka tipifarnib IC50 kod više mijeloidnih i limfoidnih ćelijskih linija otkrile su da su ćelijske linije koje nose kodon 12, 13 i/ili 61 N-RAS ili K-RAS mutacije otporne na tipifarnib, dok su ćelijske linije koje ne nose ove mutacije, uključujući one koje imaju divlji tip N-RAS i K-RAS senzitivnije na tretmane tipifarnibom.
[0584] Tipifarnib IC 50 za mijeloidne i limfoidne ćelijske linije.
14
Podaci iz Genomike senzitivnosti leka kod kancera („GDSC“).
PRIMER V
Trajni odgovori kod MDS/CMML pacijenata sa statusom tumora N-RAS/K-RAS divljeg tipa lečenih tipifarnibom
[0585] Dvadeset jedan pacijent sa MDS je lečen tipifarnibom u Fazi 1 studije eskalacije doze. Tipifarnib je davan dva puta dnevno (raspored 3 nedelje se daje /1 nedelja se ne daje tokom 8 nedelja) (početna doza, 300 mg oralno dva puta dnevno; ukupno, 600 mg).
[0586] Objektivni odgovori 3 HI, 2PR i 1 CR su primećeni kod 6 od 20 (30%) pacijenata za procenu. Kao što je prikazano u Tabeli 2 u nastavku, verovatnije je da će MDS pacijenti sa divljim tipom N-RAS i K-RAS imati trajne odgovore (Kurzrock et al., Blood, 102(13):4527- 34 (2003)).
PRIMER VI
Produženi PFS i veća brzina odgovora kod AML pacijenata sa statusom N-RAS divljeg tipa lečenih tipifarnibom
[0587] CTEP-20 je bila faza 2 kliničkog ispitivanja tipifarniba kod prethodno nelečenih starijih ili nepogodnih AML pacijenata. (Raponi et al., Blood 111:2589-96 (2008)).
[0588] Status N-RAS gena je utvrđen za 32 pacijenta. Kao što je prikazano u FIG.8, trend boljeg PFS je primećen kod AML pacijenata sa divljim tipom N-RAS (PFS=157 dana) u poređenju sa onima sa mutant N-RAS (PFS=65 dana). Kao što je prikazano u FIG.9, pacijenti sa divljim tipom N-RAS (43% ORR) imaju veću brzinu odgovora u poređenju sa onima sa mutant N-RAS (27% ORR). Shodno tome, AML pacijenti mogu biti odabrani na osnovu statusa mutacija RAS gena za tretman tipifarnibom u cilju povećanja odgovora na tretman.
PRIMER VII
Kliničko ispitivanje tipifarniba kod CMML pacijenata stratifikovanih na osnovu statusa RAS mutacije [0589] Ovaj primer opisuje fazu 2 kliničkog ispitivanja tipifarniba sa primarnim ciljem da proceni antitumorsku aktivnost tipifarniba, u pogledu objektivne brzine odgovora (ORR) upotrebom kriterijuma Međunarodne radne grupe za mijelodisplastičku/mijeloproliferativnu neoplazmu (MDS/MPN IWG) tipifarniba kod subjekata sa hroničnom mijelomonocitnom leukemijom (CMML) i kod subjekata sa CMML čija bolest je KRAS/NRAS divlji tip. Sekundarni ciljevi uključuju procenu dejstva tipifarniba na CR brzinu, kompletne citogenetičke remisije, delimične remisije, odgovora srži i kliničkih pogodnosti; trajanje odgovora; brzinu PFS tokom 1 godine; stopu preživljavanja tokom 1 godine; profil neželjenih događaja (AE) prema Uobičajenim terminološkim kriterijumima za neželjene događaje Nacionalnog instituta za rak (National Cancer Institute Common Terminology Criteria for Adverse Events) verzija 4.03 (NCI CTCAE v 4.03).
[0590] Ova faza 2 ispitivanja istražuje antitumorsku aktivnost u pogledu ORR tipifarniba kod subjekata sa CMML. Do 20 podobnih subjekata je uključeno i retrospektivno stratifikovano u jedan od dva sloja (oko 10 subjekata po sloju) na osnovu statusa KRAS i/ili NRAS mutacije subjekta. Prvi sloj može uključiti subjekte sa tumorom KRAS i NRAS divljeg tipa statusa. Drugi sloj može uključiti subjekte sa tumorskim KRAS mutant, NRAS mutant ili dvostrukim mutant statusom.
[0591] Subjekti primaju tipifarnib koji se daje u početnoj dozi od 900 mg, oralno sa hranom, dva puta dnevno (b.i.d.) tokom 7 dana u naizmeničnim nedeljama (dani 1-7 i 15-21) u ciklusima od 28 dana. Po diskrecionoj odluci istraživača, doza tipifarniba se može povećati na 1200 mg b.i.d. ako subjekat nije iskusio toksičnosti koje ograničavaju dozu na nivou doze od 900 mg. Subjekti koji razviju ozbiljne neželjene događaje (SAE) ili ≥ stepen 2 neželjene događaje koje treba hitno lečiti (TEAE) koji se smatraju povezanim sa tipifarnibom i traju ≥ 14 dana neće biti podvrgnuti eskalaciji doze. Isprekidana smanjenja doze od 300 mg radi kontrole toksičnosti povezanih sa tretmanom i koje treba hitno lečiti su takođe dozvoljena.
[0592] U odsustvu neupravljivih toksičnosti, subjekti mogu nastaviti da primaju tretman tipifarnibom do progresije bolesti. Ako je primećen kompletan odgovor, terapija tipifarnibom se može održati tokom najmanje 6 meseci od početka odgovora.
[0593] Procene bolesti (procene koštane srži, hematologije i kvaliteta života) mogu se sprovesti prilikom pregleda, a u danu 22 vizite (± 5 dana) se mogu sprovesti tokom ciklusa 2, 4, 6 i svakih otprilike 12 nedelja nakon toga (ciklusi 9, 12, 15, itd.). Hematološke procene, uključujući procene periferne krvi i pregled zahteva za transfuziju, mogu se sprovesti prilikom pregleda i najmanje jednom mesečno do progresije bolesti. Pregled aspirata/biopsije koštane srži nije neophodan za početak tretmana kod subjekata koji imaju aspirat/biopsiju koštane srži koja potvrđuje njihovu dijagnozu tokom 4 nedelje pre ciklusa 1 dan 1 i može obezbediti uzorke za ispunjenje ciljeva ispitivanja. Ako je aspirat koštane srži neadekvatan za predviđenu procenu bolesti, može se sprovesti biopsija koštane srži. Dodatne procene bolesti ili hematološke procene mogu se sprovesti ako istraživač to smatra neophodnim. Vreme procene bolesti i hematološke procene se održava u što većoj meri nezavisnim od potencijalnih odlaganja tretmanskog ciklusa.
PRIMER VIII
Odluke o individualizovanom tretmanu za CMML pacijente
[0594] Sledeći postupci se mogu sprovoditi za utvrđivanje da li je CMML pacijent pogodan za FTI tretman, poput tretmana tipifarnibom.
[0595] DNK se može ekstrahovati prvenstveno iz ćelija koštane srži (mononuklearne ćelije ili sloj istaloženih leukocita i trombocita) ili periferne krvi pacijenta u CMML prezentaciji. Status mutacije N-Ras i K-Ras se utvrđuje DNK sekvenciranjem, upotrebom fluorescentnog postupka završetka lanca prilagođenog prajmeru na ABI 3100 sekvenceru (Applied Biosystems, Foster City, CA). Kada je direktno sekvenciranje negativno, PCR proizvodi su klonirani (Original TA Cloning Kit; Invitrogen, Groningen, Holandija) i sekvencirani.
[0596] Ako se utvrdi da CMML nema nikakve mutacije u kodonima 12, 13 i 61 K-Ras ili N-Ras, ili ako se utvrdi da CMML pacijent ima divlji tip K-Ras i N-Ras, i ako pacijent nije inače sprečen da prima tretman tipifarnibom, prepisuje se tretman tipifarnibom. Sa druge strane, ako se utvrdi da CMML pacijent ima ili N-Ras ili K-Ras mutaciju koja rezultira aktivacijom ili N-Ras ili K-Ras, tretman tipifarnibom se ne preporučuje.
[0597] Ako je tretman tipifarnibom prepisan CMML pacijentu, CMML pacijent može istovremeno da prima drugi tretman, poput jonizujućeg zračenja, ili drugog aktivnog agensa ili terapije zbrinjavanjem, kako onkolog smatra pogodnim. Drugi aktivni agens može biti DNK-hipometilirajući agens, poput azacitidina ili decitabina.
14
PRIMER IX
Kliničko ispitivanje tipifarniba kod pacijenata koji imaju čvrsti tumor stratifikovanih na osnovu HRAS mutacije
[0598] Faza 2 kliničkog ispitivanja je pokrenuta za upotrebu tipifarniba u tretmanu naprednih tumora sa poznatom HRAS mutacijom. Projekat kliničkog ispitivanja uključuje unos 2 kohorte od po 18 pacijenata. Kohorta 1 uključuje subjekte sa malignim tumorima tiroidne žlezde sa HRAS mutacijama, nezavisno od tiroidne histologije. Kohorta 2 uključuje bilo kog subjekta sa nehematološkim HRAS mutant tumorom koji nije kancer tiroidne žlezde koji ispunjava kriterijume podobnosti.
[0599] Ovo kliničko ispitivanje je projektovano da uključuje dve faze, pri čemu prva faza uključuje 11 pacijenata za procenu, a druga faza uključuje još 7 pacijenata za procenu, a kohorta neće doći do druge faze ako se jedan ili nijedan objektivan odgovor primeti u kohorti u prvoj fazi. Kliničko ispitivanje se smatra pozitivnim ako se najmanje 4 odgovora primete u kohorti od 18 subjekata. Primarna krajnja tačka je objektivna brzina odgovora, a procene tumorskog odgovora se sprovode prema kriterijumima procene odgovora kod čvrstih tumora verzija 1.1 kriterijuma (potvrda odgovora je neophodna).
[0600] Prema protokolu, tipifarnib se daje uključenim pacijentima u početnoj dozi od 900 mg, oralno uz hranu, dva puta dnevno (b.i.d.) tokom 7 dana u naizmeničnim nedeljama (dani 1-7 i 15-21) u ciklusima od 28 dana. Po diskrecionoj odluci istraživača, doza tipifarniba se može povećati na 1200 mg b.i.d. ako subjekat nije iskusio dozne ograničavajuće toksičnosti na doznom nivou od 900 mg. Subjekti koji razviju ozbiljne neželjene događaje (SAE) ili ≥ stepen 2 neželjene događaje koje treba hitno lečiti (TEAE) koji se smatraju povezanim sa tipifarnibom i traju ≥ 14 dana neće biti podvrgnuti eskalaciji doze. Isprekidana smanjenja doze od 300 mg radi kontrole toksičnosti povezanih sa tretmanom i koje treba hitno lečiti su takođe dozvoljena.
[0601] Četiri (4) pacijenta za procenu su uključena u prvu kohortu (pacijenti sa malignim tumorima štitne žlezde sa HRAS mutacijama), a jedanaest (11) pacijenata za procenu je uključeno u drugu kohortu (pacijenti sa nehematološkim malignitetima koji nisu kancer tiroidne žlezde sa HRAS mutacijama). U drugoj kohorti, troje (3) od ovih pacijenata imaju recidiv/refraktorni karcinom glave i vrata, a dvoje (2) od to troje (3) je iskusilo potvrđene objektivne delimične odgovore (PR), a treći pacijent je iskusio stabilizaciju bolesti duže od šest meseci (>8 meseci). Svo troje pacijenata sa karcinomom glave i vrata su HPV negativni. Svi pacijenti sa bolestima glave i vrata ostaju na ispitivanju. Primećeni su odgovori kod dvoje PR pacijenata nakon 3 ciklusa tretmana, šest ciklusa za jednog i tri za drugog. Pored toga, pet (5) uključenih pacijenata ima kancere pljuvačne žlezde sa HRAS mutacijama, a troje (3) od njih je iskusilo stabilizaciju bolesti duže od šest meseci (>7, 9 i >11 meseci). Kohorta 2 je prosleđena u drugu fazu ispitivanja za uključenje još sedam pacijenata po protokolu ispitivanja.
PRIMER X
Odluke o individualizovanom tretmanu za pacijente koji imaju čvrsti tumor
[0602] Sledeći postupci se mogu sprovoditi za utvrđivanje da li je pacijent koji ima čvrsti tumor pogodan za FTI tretman, poput tretmana tipifarnibom. Pacijent može imati tumor štitne žlezde. Pacijent može imati tumor pljuvačne žlezde. Pacijent takođe može imati tumor glave i vrata. Tumor glave i vrata može biti skvamozni karcinom tumora glave i vrata.
[0603] DNK se može ekstrahovati iz uzorka tumora pacijenta. Status H-Ras mutacije se utvrđuje DNK sekvenciranjem, upotrebom fluorescentnog postupka završetka lanca prilagođenog prajmeru na ABI 3100 sekvenceru (Applied Biosystems, Foster City, CA). Kada je direktno sekvenciranje negativno, PCR proizvodi se kloniraju (Original TA Cloning Kit; Invitrogen, Groningen, Holandija) i sekvenciraju.
[0604] Ako pacijent koji ima čvrsti tumor želi da ima mutaciju na kodonima 12, 13 i 61 H-Ras, ili drugu mutaciju koja rezultira aktivacijom H-Ras, i ako pacijent nije inače sprečen da prima tretman tipifarnibom, prepisuje se tretman tipifarnibom. Sa druge strane, ako se utvrdi da pacijent nema nikakvu mutaciju koja rezultira aktivacijom H-Ras, ili da nema divlji tip H-Ras, tretman tipifarnibom se ne preporučuje.
[0605] Ako je tretman tipifarnibom prepisan pacijentu, pacijent može istovremeno primati drugi tretman, poput jonizujućeg zračenja, ili drugog aktivnog agensa ili terapije zbrinjavanjem, kako onkolog smatra pogodnim. Kod pacijenta obolelog od karcinoma skvamoznih ćelija glave i vrata, dodatni tretman može biti tretman anti-EGFR antitelima, anti-PD1/PDL1 tretman.
14
14
14
14
14
1
11
12
1
14
�
1
1
1
1
1
11
12
1
14
1
1
1
1
1
1
11

Claims (15)

Patentni zahtevi
1. Inhibitor farneziltransferaze (FTI) za upotrebu u postupku lečenja karcinoma skvamoznih ćelija glave i vrata (HNSCC) kod čoveka, pri čemu pomenuti čovek ima aktivirajuću H-Ras mutaciju, i pri čemu je pomenuti HNSCC u uznapredovaloj fazi, metastatski, povratni, rekurentni ili refraktorni.
2. FTI za upotrebu prema zahtevu 1, pri čemu pomenuti FTI predstavlja lonafarnib ili BMS-214662.
3. FTI za upotrebu prema zahtevu 1 ili 2, pri čemu je pomenuti HNSCC humani papiloma virus (HPV)-negativan.
4. FTI za upotrebu prema bilo kom od zahteva 1 do 3, pri čemu pomenuta aktivirajuća H-Ras mutacija obuhvata najmanje jednu aminokiselinsku supstituciju na kodonu izabranom iz grupe koju čine G12, G13 i Q61.
5. FTI za upotrebu prema bilo kom od zahteva 1 do 4, pri čemu pomenuti postupak obuhvata određivanje prisustva aktivirajuće H-Ras mutacije u uzorku od pomenutog čoveka.
6. FTI za upotrebu prema zahtevu 5, pri čemu je pomenuti uzorak biopsija tkiva ili biopsija tumora.
7. FTI za upotrebu prema zahtevu 5 ili 6, pri čemu se pomenuta aktivirajuća H-Ras mutacija određuje postupkom izabranim iz grupe koju čine sekvenciranje, lančana reakcija polimeraze (PCR), DNK mikročip, masena spektrometrija (MS), analiza jednonukleotidnog polimorfizma (SNP), denaturacija tečne hromatografije visokih performansi (DHPLC) i analiza polimorfizma dužine restriktivnih fragmenata (RFLP).
8. FTI za upotrebu prema bilo kom od zahteva 1 do 7, pri čemu se pomenuti FTI daje u dozi od 1 do 1000 mg/kg telesne mase.
9. FTI za upotrebu prema bilo kom od zahteva 1 do 8, pri čemu se pomenuti FTI daje dva puta dnevno.
10. FTI za upotrebu prema zahtevu 9, pri čemu se pomenuti FTI daje u dozi od 300 mg, 600 mg ili 900 mg dva puta dnevno.
11. FTI za upotrebu prema bilo kom od zahteva 1 do 10, pri čemu se pomenuti FTI daje tokom perioda od jednog do sedam dana; i/ili
pri čemu se pomenuti FTI daje danima 1 do 7 i 15 do 21 tokom ciklusa lečenja od 28 dana; i/ili pri čemu se pomenuti FTI daje tokom najmanje 3 ciklusa ili tokom najmanje 6 ciklusa.
12. FTI za upotrebu prema bilo kom od zahteva 1 do 10, pri čemu se pomenuti FTI daje u dozi od 300 mg dva puta dnevno tokom 3 od 4 nedelje u ponovljenim ciklusima od 4 nedelje; ili
pri čemu se pomenuti FTI daje u dozi od 600 mg dva puta dnevno dana 1 do 7 i 15 do 21 tokom ciklusa lečenja od 28 dana; ili
pri čemu se pomenuti FTI daje u dozi od 900 mg dva puta dnevno dana 1 do 7 i 15 do 21 tokom ciklusa lečenja od 28 dana.
13. FTI za upotrebu prema bilo kom od zahteva 1 do 12, pri čemu pomenuti postupak dalje obuhvata primenu terapije zračenjem; i
pri čemu se pomenuti FTI daje pre, tokom ili nakon ozračivanja.
14. FTI za upotrebu prema bilo kom od zahteva 1 do 13, pri čemu pomenuti postupak dalje obuhvata davanje terapeutski efektivne količine drugog aktivnog agensa ili terapiju zbrinjavanjem.
15. FTI za upotrebu prema zahtevu 14, pri čemu je pomenuti drugi aktivni agens odabran iz grupe koju čine anti-EGFR antitelo, cisplatin, karboplatin, taksan, gemcitabin, i metotreksat; ili
pri čemu je taj pomenuti drugi aktivni agens anti-PD1 antitelo ili anti-PDL1 antitelo.
1
RS20211538A 2015-08-17 2016-08-16 Postupci za lečenje pacijenata obolelih od kancera pomoću inhibitora farneziltransferaze RS62709B1 (sr)

Applications Claiming Priority (6)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562206194P 2015-08-17 2015-08-17
US201562218927P 2015-09-15 2015-09-15
US201562241019P 2015-10-13 2015-10-13
US201662310582P 2016-03-18 2016-03-18
US201662372662P 2016-08-09 2016-08-09
EP19210527.8A EP3640345B9 (en) 2015-08-17 2016-08-16 Methods of treating cancer patients with farnesyl transferase inhibitors

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RS62709B1 true RS62709B1 (sr) 2022-01-31

Family

ID=56802700

Family Applications (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20211538A RS62709B1 (sr) 2015-08-17 2016-08-16 Postupci za lečenje pacijenata obolelih od kancera pomoću inhibitora farneziltransferaze
RS20191040A RS59158B9 (sr) 2015-08-17 2016-08-16 Postupci lečenja pacijenata obolelih od kancera pomoću inhibitora farneziltransferaze
RS20200412A RS60149B9 (sr) 2015-08-17 2016-08-16 Postupci za lečenje pacijenata obolelih od kancera pomoću inhibitora farneziltransferaze

Family Applications After (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20191040A RS59158B9 (sr) 2015-08-17 2016-08-16 Postupci lečenja pacijenata obolelih od kancera pomoću inhibitora farneziltransferaze
RS20200412A RS60149B9 (sr) 2015-08-17 2016-08-16 Postupci za lečenje pacijenata obolelih od kancera pomoću inhibitora farneziltransferaze

Country Status (28)

Country Link
US (7) US10471055B2 (sr)
EP (4) EP3277842B9 (sr)
JP (4) JP6630742B2 (sr)
KR (4) KR102246710B1 (sr)
CN (5) CN111214658B (sr)
AU (3) AU2016308564B2 (sr)
CA (1) CA2985123C (sr)
CY (3) CY1122037T1 (sr)
DK (3) DK3277842T5 (sr)
EA (1) EA201890512A1 (sr)
ES (3) ES2741782T3 (sr)
HR (3) HRP20191424T2 (sr)
HU (3) HUE044698T2 (sr)
IL (1) IL257547B (sr)
LT (3) LT3640345T (sr)
MX (1) MX2018001769A (sr)
MY (1) MY195484A (sr)
NZ (1) NZ736853A (sr)
PH (1) PH12018500322A1 (sr)
PL (3) PL3277842T3 (sr)
PT (3) PT3277842T (sr)
RS (3) RS62709B1 (sr)
SG (1) SG10202101740QA (sr)
SI (3) SI3385395T1 (sr)
SM (3) SMT202000155T1 (sr)
TW (3) TWI621437B (sr)
WO (1) WO2017031101A1 (sr)
ZA (2) ZA201801047B (sr)

Families Citing this family (24)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TWI621437B (zh) * 2015-08-17 2018-04-21 庫拉腫瘤技術股份有限公司 以法呢基轉移酶（farnesyltransferase）抑制劑治療癌症病患之方法
LT3534885T (lt) * 2016-11-03 2021-07-12 Kura Oncology, Inc. Farneziltransferazės inhibitoriai, skirti naudoti vėžio gydymui
US10806730B2 (en) 2017-08-07 2020-10-20 Kura Oncology, Inc. Methods of treating cancer with farnesyltransferase inhibitors
CN111182899A (zh) 2017-08-07 2020-05-19 库拉肿瘤学公司 使用法尼基转移酶抑制剂治疗癌症的方法
WO2019113269A1 (en) * 2017-12-08 2019-06-13 Kura Oncology, Inc. Methods of treating cancer patients with farnesyltransferase inhibitors
TW202031259A (zh) * 2018-11-01 2020-09-01 美商庫拉腫瘤技術股份有限公司 以法尼基轉移酶(farnesyltransferase)抑制劑治療癌症之方法
WO2020132437A1 (en) * 2018-12-21 2020-06-25 Kura Oncology, Inc. Therapies for squamous cell carcinomas
CN110656172A (zh) * 2019-01-14 2020-01-07 南方医科大学珠江医院 一种预测小细胞肺癌对ep化疗方案敏感性的分子标志物及试剂盒
US20220143006A1 (en) * 2019-03-15 2022-05-12 Kura Oncology, Inc. Methods of treating cancer with farnesyltransferase inhibitors
US20220154183A1 (en) * 2019-03-22 2022-05-19 The Regents Of The University Of California CHMP2A as a Regulator of Natural Killer Cell-Mediated Activity
KR20210144778A (ko) * 2019-03-29 2021-11-30 쿠라 온콜로지, 인크. 파르네실트랜스퍼라제 억제제를 사용한 편평 세포 암종의 치료 방법
CN110241461A (zh) * 2019-06-24 2019-09-17 厦门大学 一种构建人nk细胞免疫球蛋白样受体文库的多重pcr引物和方法
CN111097039B (zh) * 2020-01-16 2020-11-06 南京医科大学 Ras相关蛋白2的制药用途
CN111088349B (zh) * 2020-02-14 2023-04-28 深圳市宝安区妇幼保健院 Kir3dl1基因分型引物组及其应用
US20230165871A1 (en) * 2020-04-06 2023-06-01 University Health Network Combination therapies for inhibition of polo-like kinase 4
CN115867669A (zh) * 2020-05-08 2023-03-28 凯帝夫肿瘤科技有限公司 监测kras突变的方法
CN111863126B (zh) * 2020-05-28 2024-03-26 上海市生物医药技术研究院 构建结直肠肿瘤状态评估模型的方法及应用
CN114469949A (zh) * 2020-10-27 2022-05-13 正大天晴药业集团股份有限公司 用于治疗弥漫大b细胞淋巴瘤的喹啉衍生物
CA3236828A1 (en) * 2021-11-02 2023-05-11 Semmelweis Egyetem Farnesyl-transferase inhibitors and kras inhibitors for treating kras mutant cancers
CN114045339B (zh) * 2021-11-05 2022-06-28 山东第一医科大学附属省立医院(山东省立医院) 铁死亡相关基因在弥漫大b细胞淋巴瘤预后评估中的应用
WO2023081887A1 (en) * 2021-11-08 2023-05-11 Albert Einstein College Of Medicine Methods, compositions, and kits for modifying immune cell activity via kir2dl5
CN119403547A (zh) * 2022-06-13 2025-02-07 Khr生物技术有限公司 作为ras抑制剂的米托蒽醌衍生物
EP4536203A1 (en) * 2022-06-13 2025-04-16 KHR Biotec GmbH Diaminoacridine derivatives as inhibitors of ras
WO2024194402A1 (en) * 2023-03-21 2024-09-26 Institut Curie Farnesyl transferase inhibitor for use in methods for the treatment of hrd cancer

Family Cites Families (161)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3536809A (en) 1969-02-17 1970-10-27 Alza Corp Medication method
US3598123A (en) 1969-04-01 1971-08-10 Alza Corp Bandage for administering drugs
US4018653A (en) 1971-10-29 1977-04-19 U.S. Packaging Corporation Instrument for the detection of Neisseria gonorrhoeae without culture
GB1429184A (en) 1972-04-20 1976-03-24 Allen & Hanburys Ltd Physically anti-inflammatory steroids for use in aerosols
US4044126A (en) 1972-04-20 1977-08-23 Allen & Hanburys Limited Steroidal aerosol compositions and process for the preparation thereof
US3845770A (en) 1972-06-05 1974-11-05 Alza Corp Osmatic dispensing device for releasing beneficial agent
US3916899A (en) 1973-04-25 1975-11-04 Alza Corp Osmotic dispensing device with maximum and minimum sizes for the passageway
US4016043A (en) 1975-09-04 1977-04-05 Akzona Incorporated Enzymatic immunological method for the determination of antigens and antibodies
US4008719A (en) 1976-02-02 1977-02-22 Alza Corporation Osmotic system having laminar arrangement for programming delivery of active agent
US4328245A (en) 1981-02-13 1982-05-04 Syntex (U.S.A.) Inc. Carbonate diester solutions of PGE-type compounds
US4410545A (en) 1981-02-13 1983-10-18 Syntex (U.S.A.) Inc. Carbonate diester solutions of PGE-type compounds
US4409239A (en) 1982-01-21 1983-10-11 Syntex (U.S.A.) Inc. Propylene glycol diester solutions of PGE-type compounds
US4424279A (en) 1982-08-12 1984-01-03 Quidel Rapid plunger immunoassay method and apparatus
HU196714B (en) 1984-10-04 1989-01-30 Monsanto Co Process for producing non-aqueous composition comprising somatotropin
IE58110B1 (en) 1984-10-30 1993-07-14 Elan Corp Plc Controlled release powder and process for its preparation
US5693517A (en) 1987-06-17 1997-12-02 Roche Molecular Systems, Inc. Reagents and methods for coupled high temperature reverse transcription and polymerase chain reactions
US5322770A (en) 1989-12-22 1994-06-21 Hoffman-Laroche Inc. Reverse transcription with thermostable DNA polymerases - high temperature reverse transcription
US5310652A (en) 1986-08-22 1994-05-10 Hoffman-La Roche Inc. Reverse transcription with thermostable DNA polymerase-high temperature reverse transcription
US5561058A (en) 1986-08-22 1996-10-01 Hoffmann-La Roche Inc. Methods for coupled high temperatures reverse transcription and polymerase chain reactions
JP2774121B2 (ja) 1987-07-31 1998-07-09 ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ リーランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティ 標的ポリヌクレオチド配列の選択的増幅
US5033252A (en) 1987-12-23 1991-07-23 Entravision, Inc. Method of packaging and sterilizing a pharmaceutical product
US5052558A (en) 1987-12-23 1991-10-01 Entravision, Inc. Packaged pharmaceutical product
CA1340807C (en) 1988-02-24 1999-11-02 Lawrence T. Malek Nucleic acid amplification process
US4870287A (en) 1988-03-03 1989-09-26 Loma Linda University Medical Center Multi-station proton beam therapy system
US5073543A (en) 1988-07-21 1991-12-17 G. D. Searle & Co. Controlled release formulations of trophic factors in ganglioside-lipsome vehicle
IT1229203B (it) 1989-03-22 1991-07-25 Bioresearch Spa Impiego di acido 5 metiltetraidrofolico, di acido 5 formiltetraidrofolico e dei loro sali farmaceuticamente accettabili per la preparazione di composizioni farmaceutiche in forma a rilascio controllato attive nella terapia dei disturbi mentali organici e composizioni farmaceutiche relative.
PH30995A (en) 1989-07-07 1997-12-23 Novartis Inc Sustained release formulations of water soluble peptides.
CA2020958C (en) 1989-07-11 2005-01-11 Daniel L. Kacian Nucleic acid sequence amplification methods
US5120548A (en) 1989-11-07 1992-06-09 Merck & Co., Inc. Swelling modulated polymeric drug delivery device
US5420245A (en) 1990-04-18 1995-05-30 Board Of Regents, The University Of Texas Tetrapeptide-based inhibitors of farnesyl transferase
US5976851A (en) 1990-04-18 1999-11-02 Board Of Regents, The University Of Texas System Methods and compositions for the identification, characterization, and inhibition of farnesyl protein transferase
US5733566A (en) 1990-05-15 1998-03-31 Alkermes Controlled Therapeutics Inc. Ii Controlled release of antiparasitic agents in animals
US5702885A (en) 1990-06-27 1997-12-30 The Blood Center Research Foundation, Inc. Method for HLA typing
US5210015A (en) 1990-08-06 1993-05-11 Hoffman-La Roche Inc. Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase
IE913930A1 (en) 1990-11-13 1992-06-17 Siska Diagnostics Nucleic acid amplification by two-enzyme, self-sustained¹sequence replication
US5455166A (en) 1991-01-31 1995-10-03 Becton, Dickinson And Company Strand displacement amplification
US5238922A (en) 1991-09-30 1993-08-24 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl protein transferase
US5580578A (en) 1992-01-27 1996-12-03 Euro-Celtique, S.A. Controlled release formulations coated with aqueous dispersions of acrylic polymers
ES2161715T3 (es) 1992-03-04 2001-12-16 Univ California Hibridacion genomica comparativa (hgc).
US5323907A (en) 1992-06-23 1994-06-28 Multi-Comp, Inc. Child resistant package assembly for dispensing pharmaceutical medications
US5686472A (en) 1992-10-29 1997-11-11 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5504212A (en) 1992-10-29 1996-04-02 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
TW333456B (en) 1992-12-07 1998-06-11 Takeda Pharm Ind Co Ltd A pharmaceutical composition of sustained-release preparation the invention relates to a pharmaceutical composition of sustained-release preparation which comprises a physiologically active peptide.
US5605798A (en) 1993-01-07 1997-02-25 Sequenom, Inc. DNA diagnostic based on mass spectrometry
US5591767A (en) 1993-01-25 1997-01-07 Pharmetrix Corporation Liquid reservoir transdermal patch for the administration of ketorolac
WO1994026723A2 (en) 1993-05-14 1994-11-24 Genentech, Inc. ras FARNESYL TRANSFERASE INHIBITORS
US5602098A (en) 1993-05-18 1997-02-11 University Of Pittsburgh Inhibition of farnesyltransferase
US5965539A (en) 1993-05-18 1999-10-12 Univeristy Of Pittsburgh Inhibitors of prenyl transferases
US6087324A (en) 1993-06-24 2000-07-11 Takeda Chemical Industries, Ltd. Sustained-release preparation
US5721236A (en) 1993-10-15 1998-02-24 Schering Corporation Tricyclic carbamate compounds useful for inhibition of G-protein function and for treatment of proliferative diseases
US5523430A (en) 1994-04-14 1996-06-04 Bristol-Myers Squibb Company Protein farnesyl transferase inhibitors
FR2721021B1 (fr) 1994-06-10 1996-07-12 Rhone Poulenc Rorer Sa Nouveaux inhibiteurs de farnésyl transférase, leur préparation et les compositions pharmaceutique qui les contiennent.
IT1270594B (it) 1994-07-07 1997-05-07 Recordati Chem Pharm Composizione farmaceutica a rilascio controllato di moguisteina in sospensione liquida
US5491063A (en) 1994-09-01 1996-02-13 Hoffmann-La Roche Inc. Methods for in-solution quenching of fluorescently labeled oligonucleotide probes
US5661161A (en) 1994-09-29 1997-08-26 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5491164A (en) 1994-09-29 1996-02-13 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5585359A (en) 1994-09-29 1996-12-17 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5571673A (en) 1994-11-23 1996-11-05 Hoffmann-La Roche Inc. Methods for in-solution quenching of fluorescently labeled oligonucleotide probes
FR2729390A1 (fr) 1995-01-18 1996-07-19 Rhone Poulenc Rorer Sa Nouveaux inhibiteurs de farnesyl transferase, leur preparation et les compositions pharmaceutiques qui les contiennent
FR2730491B1 (fr) 1995-02-09 1997-03-14 Rhone Poulenc Rorer Sa Nouveaux inhibiteurs de farnesyl transferase, leur preparation et les compositions pharmaceutiques qui les contiennent
US5684013A (en) 1995-03-24 1997-11-04 Schering Corporation Tricyclic compounds useful for inhibition of g-protein function and for treatment of proliferative diseases
US5700806A (en) 1995-03-24 1997-12-23 Schering Corporation Tricyclic amide and urea compounds useful for inhibition of G-protein function and for treatment of proliferative diseases
US5534537A (en) 1995-03-29 1996-07-09 Merck & Co., Inc. Prodrugs of inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5856326A (en) 1995-03-29 1999-01-05 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5578629A (en) 1995-03-29 1996-11-26 Merck & Co., Inc. Benzamide-containing inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5756528A (en) 1995-06-06 1998-05-26 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5972984A (en) 1995-06-06 1999-10-26 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
ATE268591T1 (de) 1995-06-27 2004-06-15 Takeda Chemical Industries Ltd Verfahren zur herstellung von zubereitungen mit verzögerter freisetzung
FR2736641B1 (fr) 1995-07-10 1997-08-22 Rhone Poulenc Rorer Sa Nouveaux inhibiteurs de farnesyl transferase, leur preparation et les compositions pharmaceutiques qui les contiennent
FR2736638B1 (fr) 1995-07-12 1997-08-22 Rhone Poulenc Rorer Sa Nouveaux inhibiteurs de farnesyl transferase, leur preparation et les compositions pharmaceutiques qui les contiennent
TW448055B (en) 1995-09-04 2001-08-01 Takeda Chemical Industries Ltd Method of production of sustained-release preparation
JP2909418B2 (ja) 1995-09-18 1999-06-23 株式会社資生堂 薬物の遅延放出型マイクロスフイア
TW349948B (en) 1995-10-31 1999-01-11 Janssen Pharmaceutica Nv Farnesyl transferase inhibiting 2-quinolone derivatives
EA000710B1 (ru) 1995-12-08 2000-02-28 Жансен Фармасетика Н.В. (имидазол-5-ил)метил-2-хинолиноновые производные, ингибирующие фарнезилпротеин-трансферазу
US5874442A (en) 1995-12-22 1999-02-23 Schering-Plough Corporation Tricyclic amides useful for inhibition of G-protein function and for treatment of proliferative disease
US5980945A (en) 1996-01-16 1999-11-09 Societe De Conseils De Recherches Et D'applications Scientifique S.A. Sustained release drug formulations
US5968965A (en) 1996-01-30 1999-10-19 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US6011029A (en) 1996-02-26 2000-01-04 Bristol-Myers Squibb Company Inhibitors of farnesyl protein transferase
US5869682A (en) 1996-04-03 1999-02-09 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5880140A (en) 1996-04-03 1999-03-09 Merck & Co., Inc. Biheteroaryl inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5965578A (en) 1996-04-03 1999-10-12 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5939557A (en) 1996-04-03 1999-08-17 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
WO1997036592A1 (en) 1996-04-03 1997-10-09 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5780492A (en) 1996-04-03 1998-07-14 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5891889A (en) 1996-04-03 1999-04-06 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
US5852010A (en) 1996-04-03 1998-12-22 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
AU714560B2 (en) 1996-04-15 2000-01-06 Trustees Of The University Of Pennsylvania, The Sensitization of cells to radiation and chemotherapy
US5760395A (en) 1996-04-18 1998-06-02 Universities Research Assoc., Inc. Method and apparatus for laser-controlled proton beam radiology
US6264970B1 (en) 1996-06-26 2001-07-24 Takeda Chemical Industries, Ltd. Sustained-release preparation
US5773455A (en) 1996-06-28 1998-06-30 Biomeasure, Incorporated Inhibitors of prenyl transferases
US5767274A (en) 1996-06-28 1998-06-16 Biomeasure, Incorporated Prenyl transferase inhibitors
US6419961B1 (en) 1996-08-29 2002-07-16 Takeda Chemical Industries, Ltd. Sustained release microcapsules of a bioactive substance and a biodegradable polymer
KR100232231B1 (ko) 1996-09-13 2000-03-02 김영환 비휘발성 메모리 소자의 데이터 기입 장치 및 방법
US5777324A (en) 1996-09-19 1998-07-07 Sequenom, Inc. Method and apparatus for maldi analysis
CA2217134A1 (en) 1996-10-09 1998-04-09 Sumitomo Pharmaceuticals Co., Ltd. Sustained release formulation
CA2219698C (en) 1996-10-31 2007-09-04 Takeda Chemical Industries, Ltd. Sustained-release preparation
US6024925A (en) 1997-01-23 2000-02-15 Sequenom, Inc. Systems and methods for preparing low volume analyte array elements
US5972966A (en) 1996-12-05 1999-10-26 Merck & Co., Inc. Inhibitors of farnesyl-protein transferase
ATE252104T1 (de) 1996-12-20 2003-11-15 Tovarischestvo S Ogranichennoi Verfahren und gerät zur herstellung von 1ss, 10ss-epoxy-13-dimethylamino-guaia-3(4)-en-6,12- lid- hydrochlorid
AU7871298A (en) 1996-12-20 1998-07-17 Takeda Chemical Industries Ltd. Method of producing a sustained-release preparation
US5891474A (en) 1997-01-29 1999-04-06 Poli Industria Chimica, S.P.A. Time-specific controlled release dosage formulations and method of preparing same
TW591030B (en) 1997-03-10 2004-06-11 Janssen Pharmaceutica Nv Farnesyl transferase inhibiting 1,8-annelated quinolinone derivatives substituted with N- or C-linked imidazoles
JP4308919B2 (ja) * 1997-04-25 2009-08-05 ジヤンセン・フアーマシユーチカ・ナームローゼ・フエンノートシヤツプ ファルネシルトランスフェラーゼ阻害性キナゾリノン類
RU2209066C2 (ru) 1997-06-02 2003-07-27 Янссен Фармацевтика Н.В. Производные (имидазол-5-ил)метил-2-хинолинона в качестве ингибиторов пролиферации клеток гладкой мышцы
HRP20000471A2 (en) 1998-01-16 2000-12-31 Takeda Chemical Industries Ltd Sustained-release composition, method of its production and the use thereof
CA2322798C (en) 1998-03-05 2008-05-13 Formula One Administration Limited Data communication system
US6303654B1 (en) 1998-03-12 2001-10-16 Wisconsin Alumni Research Foundation Acyclic monoterpenoid derivatives
US6613358B2 (en) 1998-03-18 2003-09-02 Theodore W. Randolph Sustained-release composition including amorphous polymer
US6723564B2 (en) 1998-05-07 2004-04-20 Sequenom, Inc. IR MALDI mass spectrometry of nucleic acids using liquid matrices
KR19990085365A (ko) 1998-05-16 1999-12-06 허영섭 지속적으로 약물 조절방출이 가능한 생분해성 고분자 미립구 및그 제조방법
US6104028A (en) 1998-05-29 2000-08-15 Genetrace Systems Inc. Volatile matrices for matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry
AU5086499A (en) 1998-07-01 2000-01-24 Merck & Co., Inc. Process for making farnesyl-protein transferase inhibitors
PL193464B1 (pl) 1998-07-06 2007-02-28 Janssen Pharmaceutica Nv Zastosowanie inhibitora białkowej transferazy farnezylowej
HRP20000904A2 (en) 1998-07-06 2001-12-31 Janssen Pharmaceutica Nv Farnesyl protein transferase inhibitors for treating arthropathies
ES2259237T3 (es) 1998-08-27 2006-09-16 Pfizer Products Inc. Derivados de quinolin-2-ona alquinilsustituidos utiles como agentes anticancerosos.
EP1107962B1 (en) 1998-08-27 2005-02-23 Pfizer Products Inc. Quinolin-2-one derivatives useful as anticancer agents
US6927024B2 (en) 1998-11-30 2005-08-09 Genentech, Inc. PCR assay
ES2200591T3 (es) 1998-12-23 2004-03-01 Janssen Pharmaceutica N.V. Derivados de 1,2-quinolina anelados.
US6248363B1 (en) 1999-11-23 2001-06-19 Lipocine, Inc. Solid carriers for improved delivery of active ingredients in pharmaceutical compositions
US20040157882A1 (en) 1999-11-30 2004-08-12 End David William Method of use of (imidazol-5-yl)methyl-2-quinolinone derivatives to inhibit smooth muscle cell proliferation
WO2001042507A1 (en) 1999-12-09 2001-06-14 Advanced Research & Technology Institute Fluorescent in situ rt-pcr
US6670124B1 (en) 1999-12-20 2003-12-30 Stemcyte, Inc. High throughput methods of HLA typing
US20030027839A1 (en) 2000-02-04 2003-02-06 Palmer Peter Albert Farnesyl protein transferase inhiitors for treating breast cancer
CA2397558A1 (en) 2000-02-24 2001-08-30 Janssen Pharmaceutica N.V. Dosing regimen
JO2361B1 (en) 2000-06-22 2006-12-12 جانسين فارماسيوتيكا ان. في Enaniumer 1,2-anylated quinoline inhibitor for the transporter - farnesyl
AU2002218311A1 (en) 2000-11-28 2002-06-11 Janssen Pharmaceutica N.V. Farnesyl protein transferase inhibitors for the treatment of inflammatory bowel disease
DE60230017D1 (de) 2001-02-15 2009-01-08 Janssen Pharmaceutica Nv Farnesyl-protein-transferase hemmer in kombination mit antiöstrogenen
CN104083365A (zh) * 2001-02-19 2014-10-08 诺华股份有限公司 癌症的治疗
US7101663B2 (en) 2001-03-02 2006-09-05 University of Pittsburgh—of the Commonwealth System of Higher Education PCR method
CA2438421C (en) 2001-03-12 2010-05-18 Janssen Pharmaceutica N.V. Process for the preparation of imidazole compounds
JP2004526776A (ja) 2001-04-25 2004-09-02 ジヤンセン・フアーマシユーチカ・ナームローゼ・フエンノートシヤツプ 悪液質を治療するためのファルネシルタンパク質トランスフェラーゼ阻害剤
KR20040065524A (ko) 2001-10-30 2004-07-22 오르토-클리니칼 다이아그노스틱스, 인코포레이티드 백혈병을 검사 및 치료하는 방법
CN101426928A (zh) * 2001-10-30 2009-05-06 奥索临床诊断有限公司 评价和治疗白血病的方法
AU2003223970B2 (en) * 2002-03-22 2008-03-06 Janssen Pharmaceutica N.V. Benzylimidazolyl substituted 2-quinoline and quinazoline derivatives for use as farnesyl transferase inhibitors
US7393862B2 (en) 2002-05-17 2008-07-01 Celgene Corporation Method using 3-(4-amino-1-oxo-1,3-dihydro-isoindol-2-yl)-piperidine-2,6-dione for treatment of certain leukemias
US7968569B2 (en) 2002-05-17 2011-06-28 Celgene Corporation Methods for treatment of multiple myeloma using 3-(4-amino-1-oxo-1,3-dihydro-isoindol-2-yl)-piperidine-2,6-dione
US7189740B2 (en) 2002-10-15 2007-03-13 Celgene Corporation Methods of using 3-(4-amino-oxo-1,3-dihydro-isoindol-2-yl)-piperidine-2,6-dione for the treatment and management of myelodysplastic syndromes
EP1685149A4 (en) 2003-10-22 2007-03-28 Pel Freez Clinical Systems Inc PRIMER, METHOD AND KITS FOR DETECTING ALL KILLER-CELL IMMUNOGLOBULIN-LIKE RECEPTOR
EP1536021A1 (en) 2003-11-27 2005-06-01 Consortium National de Recherche en Genomique (CNRG) Method for HLA typing
US7122799B2 (en) 2003-12-18 2006-10-17 Palo Alto Research Center Incorporated LED or laser enabled real-time PCR system and spectrophotometer
WO2005105782A1 (en) 2004-05-03 2005-11-10 Janssen Pharmaceutica N.V. Diastereoselective addition of lithiated n-methylimidazole on sulfinimines
EP1756085B1 (en) 2004-05-03 2010-06-16 Janssen Pharmaceutica N.V. Diastereoselective synthesis process with 6-bromo-4-(3-chlorophenyl)-2-methoxy-quinoline
WO2005105784A1 (en) 2004-05-03 2005-11-10 Janssen Pharmaceutica N.V. Diastereoselective synthesis process for the preparation of imidazole compounds
RS52741B (sr) 2004-11-05 2013-08-30 Janssen Pharmaceutica N.V. Terapeutska upotreba inhibitora farneziltransferaze i postupci praćenja njihove efikasnosti
US20080051379A1 (en) 2004-12-01 2008-02-28 Trustees Of Boston University Compositions and Methods for the Treatment of Peripheral B-Cell Neoplasms
US7919279B2 (en) 2005-09-29 2011-04-05 Children's Hospital & Research Center At Oakland Methods and compositions for KIR genotyping
CN101389312A (zh) 2005-10-14 2009-03-18 詹森药业有限公司 用于静脉施用的替比法尼制剂
WO2009051672A2 (en) 2007-10-12 2009-04-23 St. Jude Children's Research Hospital Natural killer immunoglobulin-like receptor (kir) assay
US7932036B1 (en) 2008-03-12 2011-04-26 Veridex, Llc Methods of determining acute myeloid leukemia response to treatment with farnesyltransferase
AU2009256465B2 (en) 2008-06-03 2015-05-14 Janssen Pharmaceutica Nv TPO mimetic peptide for preventing hematological disorder associated with cancer treatment
US8771951B2 (en) 2009-11-16 2014-07-08 Genomics Usa, Inc. Methods for PCR and HLA typing using raw blood
US11559540B2 (en) 2010-07-28 2023-01-24 Janssen Pharmaceutica Nv Method of determining acute myeloid leukemia response to treatment with farnesyltransferase inhibitors
AU2011282614B2 (en) * 2010-07-28 2015-11-26 Janssen Pharmaceutica Nv Methods of determining Acute Myeloid Leukemia response to treatment with farnesyltransferase inhibitors
CN103209988B (zh) 2010-10-06 2016-11-09 圣朱德儿童研究医院 Kir等位基因及kir-配体的基于分子决定簇的分型
WO2013155346A1 (en) * 2012-04-11 2013-10-17 The Regents Of The University Of California Diagnostic tools for response to 6-thiopurine therapy
PL2968294T3 (pl) * 2013-03-13 2019-10-31 Oncoceutics Inc 7-Benzylo-10-(2-metylobenzylo)-2,6,7,8,9,10-heksahydroimidazo[1,2-a]pirydo[4,3-d]pirymidyn-5(3H)-on do zastosowania w leczeniu nowotworu
WO2015144184A1 (en) 2014-03-26 2015-10-01 University Of Copenhagen Use of timp-1 as a biomarker in the egf-receptor inhibitor treatment of metastatic colorectal cancer
WO2015164862A1 (en) * 2014-04-25 2015-10-29 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Treatment of h-ras-driven tumors
IL295002A (en) * 2015-05-12 2022-09-01 Genentech Inc Therapeutic and diagnostic methods for cancer containing a pd–l1 binding antagonist
TWI621437B (zh) * 2015-08-17 2018-04-21 庫拉腫瘤技術股份有限公司 以法呢基轉移酶（farnesyltransferase）抑制劑治療癌症病患之方法
LT3534885T (lt) 2016-11-03 2021-07-12 Kura Oncology, Inc. Farneziltransferazės inhibitoriai, skirti naudoti vėžio gydymui

Also Published As

Publication number Publication date
ZA201900858B (en) 2023-04-26
RS60149B1 (sr) 2020-05-29
KR20170138532A (ko) 2017-12-15
US10022364B2 (en) 2018-07-17
US11207314B2 (en) 2021-12-28
CN108371711A (zh) 2018-08-07
US9707221B2 (en) 2017-07-18
EP3640345B1 (en) 2021-10-06
CA2985123A1 (en) 2017-02-23
PL3385395T3 (pl) 2020-07-13
PH12018500322A1 (en) 2018-09-10
JP2022058680A (ja) 2022-04-12
SMT202000155T1 (it) 2020-05-08
EP3385395B1 (en) 2020-01-29
CY1122037T1 (el) 2020-10-14
LT3640345T (lt) 2022-01-10
AU2018203045B2 (en) 2020-11-12
US20170051356A1 (en) 2017-02-23
US10292979B2 (en) 2019-05-21
EP3277842B1 (en) 2019-07-10
EP3640345B9 (en) 2021-11-24
US10335404B2 (en) 2019-07-02
ZA201801047B (en) 2019-04-24
KR20210048600A (ko) 2021-05-03
HUE044698T2 (hu) 2019-11-28
AU2018203045C1 (en) 2021-02-11
DK3277842T3 (da) 2019-08-26
ES2901506T3 (es) 2022-03-22
EP3277842A1 (en) 2018-02-07
MY195484A (en) 2023-01-26
RS59158B1 (sr) 2019-10-31
PL3640345T3 (pl) 2022-02-07
TW201821619A (zh) 2018-06-16
CN107787373A (zh) 2018-03-09
JP6630742B2 (ja) 2020-01-15
EP3385395A1 (en) 2018-10-10
BR112018003091A2 (pt) 2018-09-25
JP2020002164A (ja) 2020-01-09
US10471055B2 (en) 2019-11-12
PL3277842T3 (pl) 2019-12-31
PT3385395T (pt) 2020-05-06
DK3640345T3 (da) 2022-01-03
KR101885361B1 (ko) 2018-08-06
DK3277842T5 (da) 2020-08-31
WO2017031101A1 (en) 2017-02-23
NZ736853A (en) 2019-09-27
IL257547A (en) 2018-04-30
HRP20211976T1 (hr) 2022-03-18
KR20200074268A (ko) 2020-06-24
JP7323393B2 (ja) 2023-08-08
EP3640345A1 (en) 2020-04-22
PT3277842T (pt) 2019-09-05
RS59158B9 (sr) 2020-09-30
CY1124879T1 (el) 2022-11-25
PT3640345T (pt) 2021-12-29
JP2018519264A (ja) 2018-07-19
CN111214658A (zh) 2020-06-02
TWI710642B (zh) 2020-11-21
US20180193329A1 (en) 2018-07-12
IL257547B (en) 2022-05-01
TW201717951A (zh) 2017-06-01
EP3995589A1 (en) 2022-05-11
US20230089412A1 (en) 2023-03-23
AU2016308564B2 (en) 2018-04-26
US20180092903A1 (en) 2018-04-05
ES2787073T3 (es) 2020-10-14
LT3385395T (lt) 2020-05-11
SMT201900452T1 (it) 2019-11-13
SI3277842T1 (sl) 2019-11-29
US20170304291A1 (en) 2017-10-26
DK3385395T3 (da) 2020-04-20
RS60149B9 (sr) 2021-02-26
HRP20200659T1 (hr) 2020-08-07
SI3385395T1 (sl) 2020-07-31
HRP20191424T1 (hr) 2019-11-15
CY1123067T1 (el) 2021-10-29
CA2985123C (en) 2021-04-13
SI3640345T1 (sl) 2022-01-31
CN114306604A (zh) 2022-04-12
MX2018001769A (es) 2018-08-15
LT3277842T (lt) 2019-10-25
HUE049620T2 (hu) 2020-09-28
TW202129012A (zh) 2021-08-01
KR20180089527A (ko) 2018-08-08
EA201890512A1 (ru) 2018-09-28
ES2741782T3 (es) 2020-02-12
AU2016308564A1 (en) 2017-11-23
HRP20191424T2 (hr) 2021-06-25
AU2018203045A1 (en) 2018-05-17
SMT202100712T1 (it) 2022-01-10
CN111214658B (zh) 2022-01-11
US20180280376A1 (en) 2018-10-04
KR102125496B1 (ko) 2020-06-23
CN114107497A (zh) 2022-03-01
CN107787373B (zh) 2021-11-26
JP2024037857A (ja) 2024-03-19
EP3277842B9 (en) 2020-01-15
US20170071931A1 (en) 2017-03-16
HK1254087A1 (en) 2019-07-12
TWI621437B (zh) 2018-04-21
KR102246710B1 (ko) 2021-04-30
SG10202101740QA (en) 2021-04-29
HUE057306T2 (hu) 2022-04-28
AU2020281160B2 (en) 2023-06-22
AU2020281160A1 (en) 2021-01-07
EP3385395B9 (en) 2020-05-20

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20230089412A1 (en) Methods of treating cancer patients with farnesyltransferase inhibitors
HK40016817B (en) Methods of treating cancer patients with farnesyl transferase inhibitors
HK40016817A (en) Methods of treating cancer patients with farnesyl transferase inhibitors
HK1254087B (en) Methods of treating cancer patients with farnesyl transferase inhibitors
HK1243135B (en) Methods of treating cancer patients with farnesyl transferase inhibitors
HK1243135A1 (en) Methods of treating cancer patients with farnesyl transferase inhibitors