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JP2018526324A - がんの診断および処置の方法 - Google Patents

がんの診断および処置の方法 Download PDF

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Abstract

NTRK1、NTRK2、およびNTRK3中の様々な異なる点変異が、様々な異なるがんを有する対象由来の生検試料において同定された。がんを有する対象を処置する方法、対象のための治療有効量のTrk阻害剤を含む処置を選択する方法、がんを有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法、がんを有する対象におけるTrk阻害剤の効力を予測する方法、がんを発症する対象のリスクを判定する方法、ならびにNTRK1、NTRK2、および/もしくはNTRK3中の点変異の少なくとも1個を有する細胞を有する対象の同定、または対象がNTRK1、NTRK2、および/もしくはNTRK3中の点変異の少なくとも1個を有する細胞を有するとの判定に基づくがんの診断を支援する方法が本明細書に提供されている。

Description

関連出願の参照
本願は、2015年6月1日に出願された米国仮特許出願第62/169、443号の優先権を主張し、その内容全体が、参照によって本明細書に組み込まれる。
本発明は、遺伝学、診断学、および遺伝薬理学の方法に関する。
トロポミオシン関連キナーゼ(TRK)は、複数の組織型において見出されるニュートロフィン受容体の受容体チロシンキナーゼファミリーである。TRKプロトオンコジーンファミリーの3つのメンバー:それぞれNTRK1、NTRK2、およびNTRK3遺伝子でコードされるTrkA、TrkB、およびTrkCが記載されている。TRK受容体ファミリーは、ニューロンのシナプスの増殖および機能を含めたニューロン発達、記憶の発達および維持、ならびに虚血または他のタイプの傷害後のニューロンの保護に関与する(Nakagawara、Cancer Lett. 169巻:107〜114頁、2001年)。
TRKは、トロポミオシン−3(TPM3)遺伝子由来の5’配列および神経栄養チロシンキナーゼ受容体1型遺伝子(NTRK1)の3’領域がコードするキナーゼドメインを含有する発癌遺伝子融合物として結腸直腸がんから元来同定されたものである(Pulcianiら、Nature 300巻:539〜542頁、1982年;Martin−Zancaら、Nature 319巻:743〜748頁、1986年)。TRK遺伝子融合物は、腫瘍増殖を推進することが示されており、かつ標的薬により診療所において順調に阻害され得るALKおよびROS1を伴うものなどの他の発癌性融合物の十分に確立したパラダイムに従う(Shawら、New Engl. J. Med. 371巻:1963〜1971頁、2014年;Shawら、New Engl. J. Med. 370巻:1189〜1197頁、2014年)。発癌性TRK融合物は、がん細胞増殖を誘導し、MAPKおよびAKTなどの極めて重要ながん関連下流シグナル伝達経路に関わる(Vaishnaviら、Cancer Discov. 5巻:25〜34頁、2015年)。NTRK1ならびにその関連TRKファミリーメンバーNTRK2およびNTRK3を伴う多数の発癌性再構成(oncogenic rearrangement)が発見された(Vaishnaviら、Cancer Disc. 5巻:25〜34頁、2015年;Vaishnaviら、Nature Med. 19巻:1469〜1472頁、2013年)。多数の異なる5’遺伝子融合パートナーが同定されているが、すべては、インフレームのインタクトなTRKキナーゼドメインを共有する。様々な異なるTrk阻害剤が、がんを処置するのに開発された(例えば、米国特許出願公開第62/080、374号、国際出願公開第WO11/006074号、同第WO11/146336号、同第WO10/033941号、および同第WO10/048314号、ならびに米国特許第8、933、084号、同第8、791、123号、同第8、637、516号、同第8、513、263号、同第8、450、322号、同第7、615、383号、同第7、384、632号、同第6、153、189号、同第6、027、927号、同第6、025、166号、同第5、910、574号、同第5、877、016号、および同第5、844、092号を参照)。
米国特許出願公開第62/080、374号明細書 国際公開第2011/006074号 国際公開第2011/146336号 国際公開第2010/033941号 国際公開第2010/048314号 米国特許第8、933、084号明細書 米国特許第8、791、123号明細書 米国特許第8、637、516号明細書 米国特許第8、513、263号明細書 米国特許第8、450、322号明細書 米国特許第7、615、383号明細書 米国特許第7、384、632号明細書 米国特許第6、153、189号明細書 米国特許第6、027、927号明細書 米国特許第6、025、166号明細書 米国特許第5、910、574号明細書 米国特許第5、877、016号明細書 米国特許第5、844、092号明細書
Nakagawara、Cancer Lett. 169巻:107〜114頁、2001年 Pulcianiら、Nature 300巻:539〜542頁、1982年 Martin−Zancaら、Nature 319巻:743〜748頁、1986年 Shawら、New Engl. J. Med. 371巻:1963〜1971頁、2014年 Shawら、New Engl. J. Med. 370巻:1189〜1197頁、2014年 Vaishnaviら、Cancer Discov. 5巻:25〜34頁、2015年 Vaishnaviら、Nature Med. 19巻:1469〜1472頁、2013年
本発明は、様々な異なるがんを有する対象由来の生検試料が、1つまたは複数のアミノ酸位置で変異(例えば、置換または欠失)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するがん細胞を含むという発見に基づく。本発見を考慮して、がんを有する対象を処置する方法であって、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中に少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有すると同定された対象に、治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載または当技術分野で公知のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップを含む、方法、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK中に少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有すると同定された対象のための、治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載または当技術分野で公知のTrk阻害剤のいずれか)を含む処置を選択する方法、がんを有する対象が、対象がNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中に少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有するか否かに基づいて、処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法、対象がNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中に少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有するか否かに基づいて、がんを有する対象におけるTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載または当技術分野で公知のTrk阻害剤のいずれか)の効力を予測する方法、対象がNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中に少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有する細胞を有するか否かに基づいて、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を発症する対象のリスクを判定する方法、ならびに対象がNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中に少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有する細胞を有するか否かに基づいて、対象におけるがん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)の診断を支援する方法が本明細書に提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象を処置する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中に少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと;同定された対象に治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップとを含む、方法が本明細書に提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象を処置する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと;同定された対象に治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップとを含む、方法も本明細書に提供されている。
1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するがん細胞を有すると同定された対象を処置する方法であって、対象に治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップを含む、方法も提供されている。
240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有すると同定された対象を処置する方法であって、対象に治療有効量のTrk阻害剤を投与するステップを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象のための処置を選択する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと、同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を含む処置を選択するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象のための処置を選択する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと、同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を含む処置を選択するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象のための処置を選択する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するがん細胞を有すると同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を含む処置を選択するステップを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象のための処置を選択する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有すると同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を含む処置を選択するステップを含む、方法も提供されている。
これらの方法の一部の実施形態は、同定された対象に治療有効量の選択された処置を投与するステップをさらに含む。これらの方法の一部の実施形態は、同定された対象のカルテ(例えば、コンピューター可読媒体)に選択された処置を記録するステップをさらに含む。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象が、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、対象から得た試料(例えば、生検試料)中のがん細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップと、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大していると判定するステップとを含む、方法も提供されている。
がんを有する対象が、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、対象から得た試料(例えば、生検試料)中のがん細胞が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップと、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大していると判定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象が、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大していると判定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象が、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大していると判定するステップを含む、方法も提供されている。
これらの方法の一部の実施形態は、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大していると判定された対象に治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップをさらに含む。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象におけるTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)の効力を予測する方法であって、対象から得た試料(例えば、生検試料)中のがん細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するか否かを判定するステップと、Trk阻害剤が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、およびNTRK3点変異のいずれか)を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する対象において有効となる可能性が高いと判定するステップを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象におけるTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)の効力を予測する方法であって、対象から得た試料中のがん細胞が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有すると判定するステップと、Trk阻害剤が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する対象において有効となる可能性が高いと判定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象におけるTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)の効力を予測する方法であって、Trk阻害剤が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、およびNTRK3点変異のいずれか)を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する対象において有効となる可能性が高いと判定するステップを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象におけるTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)の効力を予測する方法であって、Trk阻害剤が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する対象において有効となる可能性が高いと判定するステップを含む、方法も提供されている。
これらの方法のいずれかの一部の実施形態では、対象は、がんを有すると以前に同定または診断されている。
一部の実施形態では、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するがん細胞を有する対象を同定するステップは、対象由来の試料中のがん細胞内のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。
一部の実施形態では、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689の群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップは、対象由来の試料中のがん細胞内のNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。
これらの方法の一部の実施形態では、アッセイは、変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)、温度勾配ゲル電気泳動(TGGE)、温度勾配キャピラリー電気泳動、一本鎖高次構造多型アッセイ、分子ビーコンアッセイ、動的ハイブリダイゼーションアッセイ、PCRに基づくアッセイ、および変性高速液体クロマトグラフィーの群から選択される。これらの方法の一部の実施形態では、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。
本明細書に記載の方法のいずれにおいても、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物の結晶形、またはその硫酸水素塩である。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を発症する対象のリスクを判定する方法であって、対象から得た試料中の細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するか否かを判定するステップと、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有する細胞を有する対象を、がんを発症する可能性が増大していると同定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を発症する対象のリスクを判定する方法であって、対象から得た試料中の細胞が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップと、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有する細胞を有する対象を、がんを発症する可能性が増大していると同定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を発症する対象のリスクを判定する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有する細胞を有する対象を、がんを発症する可能性が増大していると同定するステップを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を発発症する対象のリスクを判定する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有する細胞を有する対象を、がんを発症する可能性が増大していると同定するステップを含む、方法も提供されている。
対象におけるがん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)の診断を支援する方法であって、対象から得た試料中の細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するか否かを判定するステップと、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有する細胞を有する対象が、がんを有する可能性が増大していると判定するステップとを含む、方法も提供されている。
対象におけるがん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)の診断を支援する方法であって、対象から得た試料中の細胞が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップと、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有する細胞を有する対象が、がんを有する可能性が増大していると判定するステップとを含む、方法も提供されている。
対象におけるがん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)の診断を支援する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有する細胞を有する対象が、がんを有する可能性が増大していると判定するステップを含む、方法も提供されている。
対象におけるがん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)の診断を支援する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有する細胞を有する対象が、がんを有する可能性が増大していると判定するステップを含む、方法も提供されている。
これらの方法の一部の実施形態では、対象は、著しいレベルの発癌物質に曝露されていると同定されている。これらの方法の一部の実施形態では、対象は、がんを有すると疑われている。これらの方法の一部の実施形態では、対象は、がんの1つまたは複数の症状を有する。
本明細書中に記載の任意の方法において、がんは、腺癌、副腎皮質癌、副腎神経芽細胞腫、肛門扁平上皮癌、虫垂腺癌、膀胱尿路上皮癌、胆管腺癌、膀胱癌、膀胱尿路上皮癌、骨脊索腫、リンパ球性慢性骨髄白血病、非リンパ球性急性骨髄球性骨髄白血病、骨髄リンパ増殖性疾患、骨髄多発性骨髄腫、骨肉腫、脳星細胞腫、脳神経膠芽腫、脳髄芽腫、脳髄膜腫、脳乏突起膠腫、乳房腺様嚢胞癌、乳癌、乳管内癌、乳房浸潤性乳管癌、乳房浸潤性小葉癌、乳房化生性癌、子宮頸神経内分泌癌、子宮頸部扁平上皮癌、結腸腺癌、結腸カルチノイド腫瘍、十二指腸腺癌、子宮内膜性腫瘍(endometrioid tunor)、食道腺癌、食道および胃癌、眼内黒色腫、眼内扁平上皮癌、眼涙管癌、ファロピウス管漿液性癌、胆嚢腺癌、胆嚢グロムス腫瘍、胃食道接合部腺癌、頭頸部腺様嚢胞癌、頭頸部癌、頭頸部神経芽細胞腫、頭頸部扁平上皮癌、腎臓色素嫌性癌、腎髄様癌、腎細胞癌、腎乳頭癌、腎肉腫様癌、腎尿路上皮癌、腎癌、リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、肝臓胆管癌、肝細胞癌、肝癌、肺腺癌、肺腺扁平上皮癌、肺非定型カルチノイド、肺癌肉腫、肺大細胞神経内分泌癌、肺非小細胞肺癌、肺肉腫、肺肉腫様癌、肺小細胞癌、肺小細胞未分化癌、肺扁平上皮癌、上気道消化管扁平上皮癌、上気道消化管癌、びまん性大細胞型B細胞リンパ節リンパ腫、リンパ節リンパ腫濾胞性リンパ腫、縦隔B細胞リンパ節リンパ腫、リンパ節リンパ腫形質芽球性肺腺癌、リンパ腫濾胞性リンパ腫、リンパ腫、非ホジキン、上咽頭および副鼻腔未分化癌、卵巣癌、卵巣癌肉腫、卵巣明細胞癌、卵巣上皮癌、卵巣顆粒膜細胞腫瘍、卵巣漿液性癌、膵臓癌、膵管腺癌、膵臓神経内分泌癌、腹膜中皮腫、腹膜漿液性癌、胎盤絨毛癌、胸膜中皮腫、前立腺腺房腺癌、前立腺癌、直腸腺癌、直腸扁平上皮癌、皮膚付属器癌、皮膚基底細胞癌、皮膚黒色腫、皮膚メルケル細胞癌、皮膚扁平上皮癌、小腸腺癌、小腸消化管間質腫瘍(GIST)、大腸/結腸癌、大腸腺癌、軟組織血管肉腫、軟組織ユーイング肉腫、軟組織血管内皮腫、軟組織炎症性筋線維芽細胞腫瘍、軟組織平滑筋肉腫、軟組織脂肪肉腫、軟組織神経芽細胞腫、軟組織傍神経節腫、軟組織血管周囲類上皮細胞腫瘍、軟組織肉腫、軟組織滑膜肉腫、胃腺癌、びまん型胃腺癌、腸型胃腺癌、腸型胃腺癌、胃平滑筋肉腫、胸腺癌、リンパ球性胸腺腫、甲状腺乳頭癌、原発不明腺癌、原発不明癌、原発不明悪性新生物、リンパ様新生物、原発不明黒色腫、原発不明肉腫様癌、原発不明扁平上皮癌、未知未分化神経内分泌癌、原発不明未分化小細胞癌、子宮癌肉腫、子宮内膜腺癌、類内膜性子宮内膜腺癌、乳頭漿液性子宮内膜腺癌、および子宮平滑筋肉腫の群から選択される。
これらの方法の一部の実施形態では、対象から得た試料中の細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するか否かを判定するするステップは、試料中の細胞内のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。
これらの方法の一部の実施形態では、対象から得た試料中の細胞が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689の群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップは、試料中の細胞内のNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。
一部の実施形態では、アッセイは、変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)、温度勾配ゲル電気泳動(TGGE)、温度勾配キャピラリー電気泳動、一本鎖高次構造多型アッセイ、分子ビーコンアッセイ、動的ハイブリダイゼーションアッセイ、PCRに基づくアッセイ、および変性高速液体クロマトグラフィーの群から選択される。一部の実施形態では、アッセイは、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。
一部の方法は、がんを有する可能性が増大していると判定された対象におけるがんの診断を確認するステップをさらに含む。
本明細書に記載の方法請求項のいずれかの一部の実施形態では、TrkBタンパク質は、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異を含む。
それぞれが、TrkA、TrkB、またはTrkC中のアミノ酸位置の1つで変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の特異的変異のいずれか)をコードするNTRK1、NTRK2、またはNTRK3遺伝子のセグメントに特異的にハイブリダイズする1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)プローブを含むキットも提供されている。
それぞれがTrkBタンパク質中のアミノ酸位置240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689の1つで変異をコードするNTRK3遺伝子のセグメントに特異的にハイブリダイズする1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)プローブを含むキットも提供されている。一部の例では、キットは、それぞれがTrkBタンパク質中のM240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの群から選択される変異をコードするNTRK3遺伝子のセグメントに特異的にハイブリダイズする1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)プローブを含む。
キットの一部の実施形態では、1つまたは複数のプローブは、検出可能なプローブで標識されている。キットの一部の実施形態では、1つまたは複数のプローブは、基材(例えば、フィルム、プレート、またはビーズ)に共有結合的に付着している。
がんを有する対象を処置する方法であって、(a)241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと、(b)同定された対象に治療有効量のTrk阻害剤を投与するステップとを含む、方法も本明細書に提供されている。
241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するがん細胞を有すると同定された対象を処置する方法であって、対象に治療有効量のTrk阻害剤を投与するステップを含む、方法も本明細書に提供されている。
がんを有する対象のための処置を選択する方法であって、(a)241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと;(b)同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤を含む処置を選択するステップとを含む、方法も本明細書に提供されている。
がんを有する対象のための処置を選択する方法であって、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するがん細胞を有すると同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤を含む処置を選択するステップを含む、方法も本明細書に提供されている。
がんを有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、(a)対象から得た試料中のがん細胞が、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するか否かを判定するステップと;(b)NTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大していると判定するステップとを含む、方法も本明細書に提供されている。
がんを有する対象がTrk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大していると判定するステップを含む、方法も本明細書に提供されている。
がんを有する対象におけるTrk阻害剤の効力を予測する方法であって、(a)対象から得た試料中のがん細胞が、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するか否かを判定するステップと;(b)Trk阻害剤が、NTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する対象において有効となる可能性が高いと判定するステップとを含む、方法も本明細書に提供されている。
がんを有する対象におけるTrk阻害剤の効力を予測する方法であって、Trk阻害剤が、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する対象において有効となる可能性が高いと判定するステップを含む、方法も提供されている。
本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、がんは、腺癌、副腎皮質癌、副腎神経芽細胞腫、肛門扁平上皮癌、虫垂腺癌、膀胱尿路上皮癌、胆管腺癌、膀胱癌、膀胱尿路上皮癌、骨脊索腫、リンパ球性慢性骨髄白血病、非リンパ球性急性骨髄球性骨髄白血病、骨髄リンパ増殖性疾患、骨髄多発性骨髄腫、骨肉腫、脳星細胞腫、脳神経膠芽腫、脳髄芽腫、脳髄膜腫、脳乏突起膠腫、乳房腺様嚢胞癌、乳癌、乳管内癌、乳房浸潤性乳管癌、乳房浸潤性小葉癌、乳房化生性癌、子宮頸神経内分泌癌、子宮頸部扁平上皮癌、結腸腺癌、結腸カルチノイド腫瘍、十二指腸腺癌、子宮内膜性腫瘍(endometrioid tunor)、食道腺癌、食道および胃癌、眼内黒色腫、眼内扁平上皮癌、眼涙管癌、ファロピウス管漿液性癌、胆嚢腺癌、胆嚢グロムス腫瘍、胃食道接合部腺癌、頭頸部腺様嚢胞癌、頭頸部癌、頭頸部神経芽細胞腫、頭頸部扁平上皮癌、腎臓色素嫌性癌、腎髄様癌、腎細胞癌、腎乳頭癌、腎肉腫様癌、腎尿路上皮癌、腎癌、リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、肝臓胆管癌、肝細胞癌、肝癌、肺腺癌、肺腺扁平上皮癌、肺非定型カルチノイド、肺癌肉腫、肺大細胞神経内分泌癌、肺非小細胞肺癌、肺肉腫、肺肉腫様癌、肺小細胞癌、肺小細胞未分化癌、肺扁平上皮癌、上気道消化管扁平上皮癌、上気道消化管癌、びまん性大細胞型B細胞リンパ節リンパ腫、リンパ節リンパ腫濾胞性リンパ腫、縦隔B細胞リンパ節リンパ腫、リンパ節リンパ腫形質芽球性肺腺癌、リンパ腫濾胞性リンパ腫、リンパ腫、非ホジキン、上咽頭および副鼻腔未分化癌、卵巣癌、卵巣癌肉腫、卵巣明細胞癌、卵巣上皮癌、卵巣顆粒膜細胞腫瘍、卵巣漿液性癌、膵臓癌、膵管腺癌、膵臓神経内分泌癌、腹膜中皮腫、腹膜漿液性癌、胎盤絨毛癌、胸膜中皮腫、前立腺腺房腺癌、前立腺癌、直腸腺癌、直腸扁平上皮癌、皮膚付属器癌、皮膚基底細胞癌、皮膚黒色腫、皮膚メルケル細胞癌、皮膚扁平上皮癌、小腸腺癌、小腸消化管間質腫瘍(GIST)、大腸/結腸癌、大腸腺癌、軟組織血管肉腫、軟組織ユーイング肉腫、軟組織血管内皮腫、軟組織炎症性筋線維芽細胞腫瘍、軟組織平滑筋肉腫、軟組織脂肪肉腫、軟組織神経芽細胞腫、軟組織傍神経節腫、軟組織血管周囲類上皮細胞腫瘍、軟組織肉腫、軟組織滑膜肉腫、胃腺癌、びまん型胃腺癌、腸型胃腺癌、腸型胃腺癌、胃平滑筋肉腫、胸腺癌、リンパ球性胸腺腫、甲状腺乳頭癌、原発不明腺癌、原発不明癌、原発不明悪性新生物、リンパ様新生物、原発不明黒色腫、原発不明肉腫様癌、原発不明扁平上皮癌、未知未分化神経内分泌癌、原発不明未分化小細胞癌、子宮癌肉腫、子宮内膜腺癌、類内膜性子宮内膜腺癌、乳頭漿液性子宮内膜腺癌、および子宮平滑筋肉腫の群から選択される。
本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、対象は、がんを有すると以前に同定または診断されている。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、NTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップは、対象由来の試料中のがん細胞内のNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、アッセイは、変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)、温度勾配ゲル電気泳動(TGGE)、温度勾配キャピラリー電気泳動、一本鎖高次構造多型アッセイ、分子ビーコンアッセイ、動的ハイブリダイゼーションアッセイ、PCRに基づくアッセイ、および変性高速液体クロマトグラフィーの群から選択される。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、アッセイは、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1遺伝子のセグメント、少なくとも1個の点変異遺伝子を含むNTRK2のセグメント、および/または少なくとも1個の点変異を含むNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。
本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物の結晶形、またはその硫酸水素塩である。
本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態は、同定された対象に治療有効量の選択された処置を投与するステップをさらに含む。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態は、同定された対象のカルテ(例えば、コンピューター可読媒体)に選択された処置を記録するステップをさらに含む。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態は、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大していると判定された対象に治療有効量のTrk阻害剤を投与するステップをさらに含む。
がんを発症する対象のリスクを判定する方法であって、(a)対象から得た試料中の細胞が、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するか否かを判定するステップと;(b)NTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有する細胞を有する対象を、がんを発症する可能性が増大していると同定するステップとを含む、方法も本明細書に提供されている。
がんを発症する対象のリスクを判定する方法であって、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有する細胞を有する対象を、がんを発症する可能性が増大していると同定するステップを含む、方法も本明細書に提供されている。
対象におけるがんの診断を支援する方法であって、(a)対象から得た試料中の細胞が、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するか否かを判定するステップと;(b)NTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有する細胞を有する対象が、がんを有する可能性が増大していると判定するステップとを含む、方法も本明細書に提供されている。
対象におけるがんの診断を支援する方法であって、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;および/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有する細胞を有する対象が、がんを有する可能性が増大していると判定するステップを含む、方法も提供されている。
本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、対象は、著しいレベルの発癌物質に曝露されていると同定されている。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、対象は、がんを有すると疑われている。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、対象は、がんの1つまたは複数の症状を有する。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、がんは、腺癌、副腎皮質癌、副腎神経芽細胞腫、肛門扁平上皮癌、虫垂腺癌、膀胱尿路上皮癌、胆管腺癌、膀胱癌、膀胱尿路上皮癌、骨脊索腫、リンパ球性慢性骨髄白血病、非リンパ球性急性骨髄球性骨髄白血病、骨髄リンパ増殖性疾患、骨髄多発性骨髄腫、骨肉腫、脳星細胞腫、脳神経膠芽腫、脳髄芽腫、脳髄膜腫、脳乏突起膠腫、乳房腺様嚢胞癌、乳癌、乳管内癌、乳房浸潤性乳管癌、乳房浸潤性小葉癌、乳房化生性癌、子宮頸神経内分泌癌、子宮頸部扁平上皮癌、結腸腺癌、結腸カルチノイド腫瘍、十二指腸腺癌、子宮内膜性腫瘍(endometrioid tunor)、食道腺癌、食道および胃癌、眼内黒色腫、眼内扁平上皮癌、眼涙管癌、ファロピウス管漿液性癌、胆嚢腺癌、胆嚢グロムス腫瘍、胃食道接合部腺癌、頭頸部腺様嚢胞癌、頭頸部癌、頭頸部神経芽細胞腫、頭頸部扁平上皮癌、腎臓色素嫌性癌、腎髄様癌、腎細胞癌、腎乳頭癌、腎肉腫様癌、腎尿路上皮癌、腎癌、リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、肝臓胆管癌、肝細胞癌、肝癌、肺腺癌、肺腺扁平上皮癌、肺非定型カルチノイド、肺癌肉腫、肺大細胞神経内分泌癌、肺非小細胞肺癌、肺肉腫、肺肉腫様癌、肺小細胞癌、肺小細胞未分化癌、肺扁平上皮癌、上気道消化管扁平上皮癌、上気道消化管癌、びまん性大細胞型B細胞リンパ節リンパ腫、リンパ節リンパ腫濾胞性リンパ腫、縦隔B細胞リンパ節リンパ腫、リンパ節リンパ腫形質芽球性肺腺癌、リンパ腫濾胞性リンパ腫、リンパ腫、非ホジキン、上咽頭および副鼻腔未分化癌、卵巣癌、卵巣癌肉腫、卵巣明細胞癌、卵巣上皮癌、卵巣顆粒膜細胞腫瘍、卵巣漿液性癌、膵臓癌、膵管腺癌、膵臓神経内分泌癌、腹膜中皮腫、腹膜漿液性癌、胎盤絨毛癌、胸膜中皮腫、前立腺腺房腺癌、前立腺癌、直腸腺癌、直腸扁平上皮癌、皮膚付属器癌、皮膚基底細胞癌、皮膚黒色腫、皮膚メルケル細胞癌、皮膚扁平上皮癌、小腸腺癌、小腸消化管間質腫瘍(GIST)、大腸/結腸癌、大腸腺癌、軟組織血管肉腫、軟組織ユーイング肉腫、軟組織血管内皮腫、軟組織炎症性筋線維芽細胞腫瘍、軟組織平滑筋肉腫、軟組織脂肪肉腫、軟組織神経芽細胞腫、軟組織傍神経節腫、軟組織血管周囲類上皮細胞腫瘍、軟組織肉腫、軟組織滑膜肉腫、胃腺癌、びまん型胃腺癌、腸型胃腺癌、腸型胃腺癌、胃平滑筋肉腫、胸腺癌、リンパ球性胸腺腫、甲状腺乳頭癌、原発不明腺癌、原発不明癌、原発不明悪性新生物、リンパ様新生物、原発不明黒色腫、原発不明肉腫様癌、原発不明扁平上皮癌、未知未分化神経内分泌癌、原発不明未分化小細胞癌、子宮癌肉腫、子宮内膜腺癌、類内膜性子宮内膜腺癌、乳頭漿液性子宮内膜腺癌、および子宮平滑筋肉腫の群から選択される。
本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、対象から得た試料中の細胞が、NTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有するか否かを判定するステップは、NTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在、NTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、アッセイは、変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)、温度勾配ゲル電気泳動(TGGE)、温度勾配キャピラリー電気泳動、一本鎖高次構造多型アッセイ、分子ビーコンアッセイ、動的ハイブリダイゼーションアッセイ、PCRに基づくアッセイ、および変性高速液体クロマトグラフィーの群から選択される。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、アッセイは、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1遺伝子のセグメント、少なくとも1個の点変異を含むNTRK2遺伝子のセグメント、および/または少なくとも1個の点変異を含むNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態は、がんを有する可能性が増大していると判定された対象におけるがんの診断を確認するステップをさらに含む。
本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、TrkAタンパク質は、S241F、S241H、S241Y、R314G、R314H、R314L、R314P、N318S、G319S、S320F、V321M、I510T、V511M、L512F、L512R、S552R、A553T、R554P、R554Q、R554W、A636E、A636T、A636V、G637E、G637W、M638V、R649L、R649W、R654C、R654H、N655Y、D679N、D679Y、Y680H、T687I、M688I、L689M、P690H、R692C、R692H、P695S、P696L、E697K、E747K、R748L、R748Q、R748W、P749Q、R750C、R750HおよびR750Lの群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含み;TrkBタンパク質は、M240I、N241D、E242K、R251G、R251K、I252V、S256L、S257F、D258N、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440V、R598C、R598S、K599M、D600H、H602N、R603S、L664M、T665M、T665S、Q666L、Q666R、A677T、A678T、A678V、G679D、M680I、V689M、R691C、D692N、F746I、T747M、T748M、E749K、Q784H、G785V、R786Q、V787F、L788M、Q789E、G804E、C805RおよびC805Yの群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含み;かつ/またはTrkCタンパク質は、V221I、R222Q、E223D、D242N、W243C、I244T、T269A、T269M、T270M、T270Q、T270V、V271L、V271M、E276D、D277E、D277G、D277N、T281I、T281P、T282M、T283A、T283K、T283M、S296I、S296R、V297I、V325M、R326C、R326G、R326H、R326L、R326P、N328S、P329N、P329S、P330Q、E344G、E344V、S345F、K346N、H349Y、V350E、E351D、Y353F、Q354K、D537E、D537Y、I538N、V539M、L540M、G545C、G545D、G550R、K551E、L560V、P562L、P562Q、P562R、P562T、K575E、D576N、P577S、P582Q、P582W、K583%、D584E、D584N、V601A、V601I、K602R、F603L、Y604F、Y604H、Y604N、C607F、G608C、G608E、G608S、D609G、D609H、D609N、D609V、G610R、P612A、P612L、P612S、P612T、D624Y、L625M、N626K、K627N、K627R、F628L、L629F、L629I、P634L、P634T、D635H、A636E、A636V、M637I、M637K、M637V、E650V、L651P、G652R、G652V、L653F、L653P、H677Y、R678Q、D679G、D679N、V687A、V687I、G688R、A689E、A689V、Y705N、S706I、T707M、D708N、P715L、P715S、S716Y、G717R、T730N、M731I、M731L、L732I、P738H、P738S、Y744F、R745P、R745W、K746R、K746T、G786C、G786S、R787C、R787H、R787S、P796L、P796S、D801N、Q808H、R809WおよびE810Kの群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含む。
それぞれがTrkAタンパク質中のアミノ酸位置241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の1つで変異をコードするNTRK1遺伝子のセグメント;TrkBタンパク質中のアミノ酸位置240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の1つで変異をコードするNTRK2遺伝子のセグメント;またはTrkCタンパク質中のアミノ酸位置221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の1つで変異をコードするNTRK3遺伝子のセグメントに特異的にハイブリダイズする1つまたは複数のプローブを含むキットも提供されている。
本明細書に提供されるキットのいずれかの一部の実施形態では、キットは、それぞれが、TrkAタンパク質中のS241F、S241H、S241Y、R314G、R314H、R314L、R314P、N318S、G319S、S320F、V321M、I510T、V511M、L512F、L512R、S552R、A553T、R554P、R554Q、R554W、A636E、A636T、A636V、G637E、G637W、M638V、R649L、R649W、R654C、R654H、N655Y、D679N、D679Y、Y680H、T687I、M688I、L689M、P690H、R692C、R692H、P695S、P696L、E697K、E747K、R748L、R748Q、R748W、P749Q、R750C、R750HおよびR750Lからなる群から選択される変異をコードするNTRK1遺伝子のセグメント;TrkBタンパク質中のM240I、N241D、E242K、R251G、R251K、I252V、S256L、S257F、D258N、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440V、R598C、R598S、K599M、D600H、H602N、R603S、L664M、T665M、T665S、Q666L、Q666R、A677T、A678T、A678V、G679D、M680I、V689M、R691C、D692N、F746I、T747M、T748M、E749K、Q784H、G785V、R786Q、V787F、L788M、Q789E、G804E、C805RおよびC805Yからなる群から選択される変異をコードするNTRK2遺伝子のセグメント;またはTrkCタンパク質中のV221I、R222Q、E223D、D242N、W243C、I244T、T269A、T269M、T270M、T270Q、T270V、V271L、V271M、E276D、D277E、D277G、D277N、T281I、T281P、T282M、T283A、T283K、T283M、S296I、S296R、V297I、V325M、R326C、R326G、R326H、R326L、R326P、N328S、P329N、P329S、P330Q、E344G、E344V、S345F、K346N、H349Y、V350E、E351D、Y353F、Q354K、D537E、D537Y、I538N、V539M、L540M、G545C、G545D、G550R、K551E、L560V、P562L、P562Q、P562R、P562T、K575E、D576N、P577S、P582Q、P582W、K583%、D584E、D584N、V601A、V601I、K602R、F603L、Y604F、Y604H、Y604N、C607F、G608C、G608E、G608S、D609G、D609H、D609N、D609V、G610R、P612A、P612L、P612S、P612T、D624Y、L625M、N626K、K627N、K627R、F628L、L629F、L629I、P634L、P634T、D635H、A636E、A636V、M637I、M637K、M637V、E650V、L651P、G652R、G652V、L653F、L653P、H677Y、R678Q、D679G、D679N、V687A、V687I、G688R、A689E、A689V、Y705N、S706I、T707M、D708N、P715L、P715S、S716Y、G717R、T730N、M731I、M731L、L732I、P738H、P738S、Y744F、R745P、R745W、K746R、K746T、G786C、G786S、R787C、R787H、R787S、P796L、P796S、D801N、Q808H、R809WおよびE810Kからなる群から選択される変異をコードするNTRK3遺伝子のセグメントに特異的にハイブリダイズする1つまたは複数のプローブを含む。
本明細書に提供されるキットのいずれかの一部の実施形態では、1つまたは複数のプローブは、検出可能なプローブで標識されている。本明細書に提供されるキットのいずれかの一部の実施形態では、1つまたは複数のプローブは、基材に共有結合的に付着している。本明細書に提供されるキットのいずれかの一部の実施形態では、基材は、フィルム、プレート、またはビーズである。
本明細書では、名詞の前の単語「1つの(a)」は、特定の名詞の1つまたは複数を表す。例えば、語句「細胞(a cell)」は、「1つまたは複数の細胞」を表す。
用語「対象」は、ヒト、競技動物またはペット動物、例えば、ウマ(例えば、競走馬)またはイヌ(例えば、競争犬)など、および高等霊長類を含めた哺乳綱の任意のメンバーを含む脊椎動物を意味する。好適な実施形態では、対象は、ヒトである。
用語「処置する」または「処置に対する陽性の応答」は、がんを有する対象の状態の改善、例えば、対象における1つまたは複数の腫瘍のサイズの低下、対象における1つまたは複数の腫瘍の増殖速度の低下または実質的な変化無し、対象における転移の減少、および対象の緩解の期間の増大(例えば、処置を受けていない、もしくは異なる処置を受けている同様のがんを有する対象における1つもしくは複数の測定基準と比較して、または処置前の同じ対象における1つもしくは複数の測定基準と比較して)の1つまたは複数を意味する。がんを有する対象における処置に対する応答を査定する追加の測定基準は、当技術分野で公知である。
用語「点変異」は、遺伝子がコードするタンパク質中の単一アミノ酸変化をもたらす遺伝子のヌクレオチド配列の変化を意味する。例えば、遺伝子中の点変異は、遺伝子がコードするタンパク質中の単一アミノ酸の欠失をもたらし得、または野生型バージョンのコードされるタンパク質中のアミノ酸の異なるアミノ酸との置換をもたらし得る。NTRK1、NTRK2、およびNTRK3遺伝子中の点変異の非限定的な例は、本明細書に記載されている。
語句「著しいレベルの発癌物質」は、がんを発症する対象の可能性が増大する(例えば、統計的に有意な増大)(例えば、発癌物質の同じレベルの曝露に曝露されていない、または非検出可能量の発癌物質に曝露された対象と比較して)ことが知られている発癌物質の曝露のレベルを意味する。
別段の定義のない限り、本明細書で使用するすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者が一般に理解する同じ意味を有する。本発明で使用するための方法および材料が本明細書に記載されており;当技術分野で公知の他の適当な方法および材料も使用され得る。材料、方法、および例は、一例にすぎず、限定的であるように意図されていない。本明細書で述べるすべての刊行物、特許出願、特許、配列、データベースエントリー、および他の参考文献は、その全体が参照により組み込まれている。矛盾する場合、本明細書が、定義を含めて支配する。
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および図面、ならびに特許請求の範囲から明らかとなる。
図1は、NTRK3遺伝子において検出された異なる点変異(概要)と、特定の組織学に関連する、NTRK3遺伝子における点変異(下の9列)との位置を示す図である。 図2は、バックグランドを超える発現が確認されたNTRK3遺伝子において検出されたすべての異なる点変異(概要)と、特定の組織学に関連する、バックグランドを超える発現が確認されたNTRK3遺伝子における点変異(下の9列)との位置を示す図である。 図3は、TrkBタンパク質において、アミノ酸位置529でのアスパラギンに対して、アミノ酸位置689でのバリンまたはアミノ酸位置689でのメチオニンの位置を示すグラフィックである。
様々な異なるNTRK1、NTRK2、およびNTRK3点変異が、様々な異なるがんを有する対象由来の生検試料において発見された。この発見を考慮して、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象を処置する方法であって、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有すると同定された対象に治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップを含む、方法、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有すると同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を含む処置を選択する方法、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象が、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有するか否かに基づいて処置に対する陽性の応答を有する可能性を判定する方法、対象がNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有するか否かに基づいて、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象におけるTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)の効力を予測する方法、対象がNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有する細胞を有するか否かに基づいて、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を発症する対象のリスクを判定する方法、ならびに対象がNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を有する細胞を有するか否かに基づいて、対象におけるがん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)の診断を支援する方法が本明細書に提供されている。当技術分野で察知され得るように、以下に記載する様々な態様を、限定することなく任意の組合せで使用することができる。
トロポミオシン受容体キナーゼ(Trk)
3種の異なるNTRK遺伝子:NTRK1、NTRK2、およびNTRK3が、がんにおける役割について関係付けられている(例えば、構成的活性Trk融合タンパク質をもたらす染色体転座の発見によって)。NTRK1、NTRK2、およびNTRK3遺伝子は、それぞれTrkA、TrkB、およびTrkCをコードする。野生型TrkA、TrkB、およびTrkCの限定されない例示的なアミノ酸およびcDNA配列を以下に提供する。以下に提供する例示的な野生型タンパク質およびcDNA配列を、NTRK1、NTRK2、もしくはNTRK3遺伝子中の点変異を同定するのに使用することができ、またはそれぞれNTRK1、NTRK2、もしくはNTRK3遺伝子中の点変異が引き起こすTrkA、TrkB、もしくはTrkCタンパク質中の変異を判定するのに使用することができる。TrkA、TrkB、およびTrkCの追加の野生型タンパク質およびcDNA配列は、当技術分野で公知である。
野生型ヒトTrkAタンパク質アイソフォームA(NP_002520)(配列番号1)
野生型ヒトTrkA cDNAアイソフォームA(NM_002529)(配列番号2)
野生型ヒトTrkAタンパク質アイソフォームB(NP_001007793)(配列番号3)
野生型ヒトTrkA cDNAアイソフォームB(NM_001007792)(配列番号4)
野生型ヒトTrkBタンパク質(NP_006171)(配列番号5)
野生型ヒトTrkB cDNA(NM_006180)(配列番号6)
野生型ヒトTrkCタンパク質(NP_001012338)(配列番号7)
野生型ヒトTrkC cDNA(NM_001012338)(配列番号8)
NTRK点変異
異なる点変異が、様々な異なるがんを有する対象由来の生検試料中のNTRK1、NTRK2、およびNTRK3遺伝子において発見された。NTRK1、NTRK2、またはNTRK3遺伝子中の点変異は、例えば、野生型バージョンのTrkタンパク質中のアミノ酸の異なるアミノ酸との置換を含むTrkタンパク質(それぞれ、TrkA、TrkB、およびTrkCタンパク質)をもたらすことができる。他の例では、NTRK1、NTRK2、またはNTRK3遺伝子中の点変異は、例えば、野生型バージョンのTrkタンパク質中の1つのアミノ酸の欠失を伴ったTrkタンパク質(それぞれ、TrkA、TrkB、およびTrkCタンパク質)をもたらすことができる。
NTRK1、NTRK2、またはNTRK3点変異を有するがん細胞内のTrkA、TrkB、またはTrkCタンパク質中に変異(例えば、置換または欠失)を有すると発見された特定のアミノ酸位置の非限定的な例を以下に列挙する。それぞれNTRK1、NTRK2、またはNTRK3点変異を有するがん細胞内で産生されるTrkA、TrkB、またはTrkCタンパク質に存在する異なる特異的アミノ酸変異(例えば、置換または欠失)も以下に列挙する。
NTRK1遺伝子中の点変異は、アミノ酸位置:3、4、5、6、7、8、10、13、15、17、18、20、22、24、25、30、31、33、34、38、39、41、42、43、49、50、52、55、56、59、62、63、66、69、71、74、79、80、85、86、88、89、90、91、92、96、97、101、104、106、107、110、112、113、115、116、117、119、126、129、132、134、138、139、142、147、149、150、155、156、157、158、161、165、166、167、169、170、171、179、185、186、189、193、195、197、198、201、202、206、208、210、211、212、214、220、221、222、223、224、225、226、228、231、233、238、239、241、243、245、246、247、248、251、252、253、258、260、261、262、263、264、266、270、273、275、277、282、287、292、293、294、296、297、298、300、302、304、306、307、309、310、311、314、318、319、320、321、323、324、326、328、329、330、335、336、337、340、341、342、344、346、347、349、357、359、360、361、366、368、371、372、374、375、379、380、381、388、389、392、393、395、397、398、402、404、406、407、408、410、411、413、415、416、417、419、421、422、425、426、432、434、440、444、447、452、453、454、455、457、460、461、465、468、471、472、475、476、477、478、479、480、484、485、486、487、488、489、494、495、500、502、503、507、508、510、511、512、515、517、518、520、522、526、527、530、533、537、539、540、541、543、547、549、550、551、552、553、554、556、559、561、566、570、573、574、575、577、578、580、583、585、587、591、593、594、595、599、602、603、606、607、609、612、614、615、616、618、620、623、626、630、631、636、637、638、639、640、641、642、644、647、649、651、654、655、657、660、661、663、664、666、671、674、677、679、680、682、683、684、686、687、688、689、690、692、695、696、697、699、702、705、706、709、710、712、715、719、723、725、728、733、734、736、741、743、744、747、748、749、750、751、753、754、755、760、761、762、763、766、768、771、772、776、777、779、780、788、790および791(例えば、野生型配列NP_002520(配列番号1)またはNP_001007793(配列番号3)中のものに対応するアミノ酸位置)で1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、または9個の)アミノ酸置換または欠失を含むTrkAタンパク質をもたらすことが発見された。がん細胞内で産生されるTrkAタンパク質中に存在する異なる特異的アミノ酸置換または欠失は、以下:R3P、R3Q、G4A、A5T、A5V、R6W、R7S、G8E、A10E、A10T、V13I、W15C、A17T、T18M、G20D、W22R、L22Q、A24S、W25C、S30P、R31I、A33S、A33V、A34T、L38W、D38N、A39S、C41W、P42T、H43Q、R49G、R49P、R49Q、C50Y、R52L、R52Q、A55D、L56M、L59F、L62P、P63S、E66D、T69I、L71I、E74K、L79Q、Q80R、R85C、D86N、D86Y、R88K、R88S、G89S、L90M、L90del、G91R、E92K、L96V、T97I、S101C、S101N、S101R、R104H、V106M、A107V、A110V、H112Y、F113L、P115S、R116L、R116Q、R116W、L117P、R119C、R119H、R119P、A126D、A126P、A126T、S129F、W132F、W132R、T134N、L138H、S139F、E142K、G147E、P149A、P149H、L150P、A155V、L156Q、R157C、R157L、R157P、W158R、R161C、R161P、E165D、E165del、G166R、L167M、G169E、G169R、V170L、P171S、P171T、G179R、H185N、M186T、A189V、V193L、T195M、K197R、V198F、P201H、P201del、N202S、D206N、G208E、G208R、D210N、V211E、V211L、L212V、R214Q、R214W、R220W、G221D、G221V、L222Q、E223Q、Q224H、A225S、G226D、G226S、I228V、E231K、E233K、E233Q、V238M、M239I、S241F、S241H、S241Y、G243D、P245S、S246F、L247V、G248E、G248R、L251M、A252S、N253D、L258I、L258V、R260G、R260M、K261E、K261N、N262K、V263M、T264K、T264M、W266S、D270G、D270N、R273Q、R273W、E275A、S277F、V282I、S287I、T292M、A293V、V294A、M296K、H297Q、H298Q、C300R、C300Y、P302L、S304Y、D306E、G307A、P309S、A310E、A310S、P311L、R314G、R314H、R314L、R314P、N318S、G319S、S320F、V321M、N323S、E324D、E324K、S326R、I328V、F329V、T330A、P335L、A336E、A337P、A337T、T340I、V341M、R342Q、R342W、G344E、G344W、L346P、R347C、R347G、R347H、N349K、N349S、G357S、Y359C、T360M、L361R、P366L、P366R、P366S、P366T、G368C、S371F、A372S、A372T、I374N、M375I、M375V、M379T、D380G、N381S、E388D、E388K、D389Y、P392S、V393F、F395L、P397L、V398L、S402I、S402R、S404P、D406Y、P407L、P407R、V408G、K410N、K411N、K411del、E413K、E413Q、P415S、F416S、G417V、S419L、A421T、V422L、A425S、V426I、L432R、T434M、N440K、N440S、R444P、R444Q、R444W、K447M、K447N、K447T、R452C、R452G、P453L、P453Q、P453T、A454T、V455M、A457V、D460N、G461R、S465F、S465del、F468L、L471F、G472S、S475C、S475F、S475T、L476M、S477Y、S477_insS、P478L、T479I、E480K、E480Q、S484Y、G485R、L486I、Q487L、G488C、G488S、H489Q、H489Y、P494T、Q495R、A500T、V502A、H503N、H503Y、R507C、R507H、R508Q、R508W、I510T、V511M、L512F、L512R、E515K、G517R、E518K、A520T、G522W、L526F、L526P、A527T、H530Y、L533Q、D537E、D537N、M539L、M539R、L540Q、V541M、V543A、K547T、A549T、A549V、S550Y、E551D、E551V、S552R、A553T、R554P、R554Q、R554W、D556N、R559H、A561T、M566K、Q570R、V573M、R574C、R574H、F575L、G577S、V578I、T580I、R583C、R583L、L585R、M587T、Y591C、R593W、H594Q、G595R、R599H、R602Q、S603P、P606H、D607N、K609N、A612S、A612V、G614A、G614V、E615K、E615Q、D616H、D616N、A618V、G620C、G623C、Q626K、V630A、A631D、A636E、A636T、A636V、G637E、G637W、M638V、V639L、V639M、Y640C、L641M、A642S、A642V、L644M、V647G、V647L、R649L、R649W、L651M、R654C、R654H、N655Y、L657P、L657V、Q660L、G661E、V663E、V664I、I666T、M671T、D674E、D674N、S677N、D679N、D679Y、Y680H、R682C、R682H、R682S、V683G、G684E、R686G、R686H、T687I、M688I、L689M、P690H、R692C、R692H、P695S、P696L、E697K、I699V、R702C、R702H、R702L、R702S、T705S、T706K、D709N、D709Y、V710M、S712R、V715M、E719D、E719K、Y723C、K725M、K725T、W728R、N733S、T734M、A736E、A736T、T741M、G743R、R744C、R744H、E747K、R748L、R748Q、R748W、P749Q、R750C、R750H、R750L、A751D、P753Q、P754T、E755Q、M760I、M760V、R761Q、R761W、G762R、C763F、R766L、R766W、P768S、R771H、H772R、D776E、D776N、V777A、A779T、R780G、R780W、P788L、P788S、V790I、V790LおよびY791Hのうちの1つまたは複数(例えば、2、3、4、5、6、7、8、または9)を含む(例えば表1および2に示した、例えば、野生型配列NP_002520(配列番号1)またはNP_001007793(配列番号3)と比較して)。
NTRK2遺伝子中の点変異は、アミノ酸位置:7、9、10、14、23、26、28、29、31、34、35、37、42、45、46、47、51、53、56、57、60、65、66、69、70、72、74、75、78、80、81、82、84、88、89、97、98、100、101、105、110、113、120、122、124、125、132、133、136、138、139、146、147、158、159、166、169、172、173、175、185、187、187、191、193、195、196、198、199、202、203、207、209、209、210、221、222、223、224、225、228、230、234、240、241、242、249、251、252、254、256、257、258、261、264、266、268、272、279、280、286、289、292、293、293、294、295、296、304、310、311、314、315、319、321、326、328、331、335、341、343、349、350、354、357、358、370、373、377、379、385、386、387、388、389、390、394、395、398、401、408、410、414、416、419、423、423、426、427、428、430、432、435、440、442、446、449、452、454、455、458、460、464、475、476、480、481、482、483、484、486、496、498、501、503、514、515、517、519、521、524、528、530、539、545、547、549、552、553、558、559、561、562、563、564、566、569、574、577、578、579、580、581、582、584、589、592、595、598、599、600、602、603、608、615、615、616、618、622、624、624、625、627、629、630、632、634、638、639、646、648、649、652、653、654、656、657、658、660、662、664、665、666、668、670、671、673、674、677、678、679、680、682、684、685、689、691、692、698、698、699、700、702、706、709、710、714、715、716、725、726、727、729、736、737、741、742、744、746、747、748、749、750、752、754、755、756、758、760、761、762、766、769、773、777、779、782、783、784、785、786、787、788、789、792、793、795、797、799、802、804、805、810、812、818、821、822、825、829および831(例えば、野生型配列NP_006171(配列番号5)中のものに対応するアミノ酸位置)で1個または複数のアミノ酸置換または欠失を含むTrkBタンパク質をもたらすことが発見された。がん細胞内で産生されるTrkBタンパク質中に存在する異なる特異的アミノ酸置換または欠失は、以下:W7R、G9E、G9V、P10H、R14W、V23A、V23M、W26R、A28D、A29T、A31T、T34A、T34R、S35F、K37R、R42Q、C45F、C45R、C45Y、S46R、D47N、G51D、V53A、P56L、P56S、R57S、P60H、P65H、P65T、E66D、T69P、T69S、E70K、F72L、A74S、N75K、R78K、E80Q、I81F、I82V、E84K、E88K、E88Q、A89T、T97A、I98V、D100N、S101F、F105L、A110E、K113R、I120N、I120V、F122I、R124Q、N125K、R132S、K133N、R136C、R136H、L138F、D139H、V146A、V146L、G147S、W158C、I159F、I159M、K166T、P169S、Q172K、D173Y、Y175H、P185L、A187E、A187S、I191T、N193S、G195A、L196F、S198T、A199T、A202D、A203S、T207I、E209D、E209K、E210V、A221V、G222D、D223H、P224S、V225I、M228T、W230L、N234Y、M240I、N241D、E242K、S249F、S249Y、R251G、R251K、I252V、N254S、S256L、S257F、D258N、G261R、I264M、C266S、C266Y、A268V、V272E、V279A、N280I、A286P、A286T、I289V、L292I、E293D、E293K、S294F、P295S、T296I、P304L、N310Δ(欠失)、P311H、A314E、A314G、A314V、L315F、Y319C、G321V、E326D、K328Q、C331F、C331Y、H335L、E341K、E341V、H343D、D349Y、N350I、N350K、M354I、G357R、D358Y、D370Y、Q373L、H377Y、M379T、M379V、D385G、D386N、G387C、A388V、N389I、P390R、D394H、D394N、D394Y、V395Δ、E398K、G401A、G401E、G401R、G408R、T410N、S414I、E416G、S419F、T423I、T423S、T426I、G427S、R428Q、H430Y、S432L、A435V、A440S、A440T、A440V、V442L、V442M、C446Y、V449I、F452L、L454I、K455N、R458G、S460F、S460T、S460Y、M464V、V475A、K476E、K476I、G480D、V481I、G482R、G482V、P483T、A484T、V486F、V486I、P496R、P496S、H498N、H498Y、S501C、G503W、P514L、P514S、D515N、V517I、I519Δ、M521L、I524F、E528K、P530L、Q539H、F545V、Q547R、I549M、H552Q、N553S、R558K、E559D、E559K、G561S、E562K、G563R、G563V、A564T、G566E、F569L、Y574H、C577S、P578H、P578L、P578S、P578T、E579D、Q580P、D581N、K582T、L584F、T589S、D592A、D595E、R598C、R598S、K599M、D600H、H602N、R603S、L608M、H615L、H615Y、I616T、K618R、V622I、V624L、V624M、E625K、D627N、L629I、I630V、V632I、E634Q、H638L、G639R、G639V、R646M、H648Q、G649S、A652V、V653M、L654V、A656D、E657K、E657Q、G658D、P660L、P660T、T662M、L664M、T665M、T665S、Q666L、Q666R、Q668L、L670M、H671R、A673G、Q674H、A677T、A678T、A678V、G679D、M680I、Y682C、A684E、A684T、A684V、S685Y、V689M、R691C、D692N、C698R、C698W、L699P、V700F、E702D、V706M、G709R、D710Y、S714A、R715Q、R715W、D716N、V725G、G726C、G727D、T729S、M736I、P737T、I741N、I741V、M742L、R744K、F746I、T747M、T748M、E749K、S750N、V752I、S754T、L755M、G756W、V758E、V758L、V758M、W760R、E761D、E761Q、I762M、G766D、G766S、P769T、L773M、E777Q、I779M、I782M、T783I、Q784H、G785V、R786Q、V787F、L788M、Q789E、R792C、T793A、T793M、P795T、E797K、Y799N、M802L、G804E、C805R、C805Y、P810T、M812I、G818D、T821N、T821S、L822F、N825D、A829SおよびP831Lのうちの1つまたは複数を含む(例えば、野生型配列NP_006171(配列番号5)と比較して)。
NTRK3遺伝子中の点変異は、アミノ酸位置:4、5、7、8、9、14、19、21、25、27、35、36、37、39、45、46、48、49、55、63、64、67、69、71、75、76、78、82、83、85、89、90、95、96、98、99、101、111、113、114、115、116、117、119、120、121、123、124、125、126、127、130、133、134、138、140、147、148、149、152、153、154、156、157、158、159、161、163、164、165、169、171、172、174、176、178、179、184、188、189、192、194、195、196、199、200、201、202、205、208、209、210、212、215、217、218、221、222、223、227、230、232、235、239、240、242、243、244、248、249、252、253、254、255、256、260、262、266、269、270、271、273、276、277、279、281、282、283、287、289、290、292、293、294、296、297、299、301、304、305、306、308、309、312、313、314、316、320、322、323、325、326、328、329、330、332、334、336、337、339、340、343、344、345、346、349、350、351、353、354、356、357、359、361、362、364、370、372、376、378、379、380、382、384、388、389、392、393、394、396、397、398、399、401、404、405、408、411、412、415、416、417、418、421、423、425、426、429、430、431、433、435、436、437、439、448、449、450、451、452、455、457、458、459、460、461、463、464、466、467、468、469、473、474、477、478、487、488、490、491、492、494、496、497、499、501、506、507、508、509、511、512、513、514、516、518、、519、520、521、522、526、527、529、531、533、534、535、536、537、538、539、540、542、543、545、547、550、551、560、562、565、566、567、568、569、572、575、576、577、579、581、582、583、584、586、588、590、592、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、607、G608、609、610、612、615、621、623、624、625、626、627、628、629、631、632、634、635、636、637、643、644、645、647、648、649、650、651、652、653、655、656、658、660、661、663、664、665、667、668、669、672、675、677、678、679、683、685、687、688、689、693、694、695、696、697、699、700、701、702、704、705、706、707、708、710、712、714、715、716、717、719、720、723、724、726、730、731、732、735、736、738、741、744、745、746、749、751、752、753、754、755、757、759、760、762、764、766、768、772、773、777、778、781、782、783、784、786、787、789、790、791、791、792、793、796、801、805、806、807、808、809、810、812、813、814、815、819、822、824、825、826、827、828、830、832、833、834および836(例えば、野生型配列NP_001012338(配列番号7)中のものに対応するアミノ酸位置)で1個または複数のアミノ酸置換または欠失を含むTrkCタンパク質をもたらすことが発見された。がん細胞内で産生されるTrkCタンパク質中に存在する異なる特異的アミノ酸置換または欠失は、以下:S4C、S4F、L5I、P7L、P7R、A8D、K9E、K9N、R14P、G19E、V21F、V21I、Y25C、G27A、N35S、C36W、V37A、S39R、C45W、R46P、R46W、P48L、D49G、P55S、G63W、N64K、G67E、A69T、I71V、D75G、D75N、I76T、R78K、R78S、S82F、I83V、I85M、R89C、R89H、R89S、S90N、N95S、A96S、A96T、D98G、D98N、M99I、L101I、K111N、S113T、G114E、L115F、L115P、L115R、R116Q、R116W、S117N、Q119H、Q119K、P120H、R121G、R121K、F123L、A124V、K125E、K125N、N126K、P127H、R130C、R130H、N133H、L134Q、R138Q、R138W、T140N、F147L、Q148H、T149M、T149R、L152I、R153Q、E154K、Q156H、Q156R、L157M、E158K、Q159H、Q159K、F161I、N163T、C164G、C164S、S165N、R169S、M171L、Q172H、W174L、E176K、G178E、G178V、E179K、S184C、S184N、S184R、Y188C、Y188F、Y188H、C189F、A192T、G194D、S195C、S195F、Q196K、L199H、L199P、L199V、F200V、R201C、M202I、S205G、D208E、D208N、L209I、L209P、L209R、L209V、P210S、I212M、S215T、V217A、V217I、N218S、V221I、R222Q、E223D、A227T、T230S、N232S、G235E、G235R、P239H、P239S、P239T、D240G、D240H、D242N、W243C、I244T、L248M、Q249H、N252S、N252T、T253N、H254Q、Q255H、T256N、W260R、N262S、I266V、T269A、T269M、L270M、L270Q、L270V、V271L、V271M、V273M、V273Δ、E276D、D277E、D277G、D277N、G279D、T281I、T281P、L282M、T283A、T283K、T283M、E287D、E287Q、V289A、V290A、M292I、M292V、S293R、N294T、S296I、S296R、V297I、L299Δ、V301F、P304L、P304S、P304T、P305Q、P305R、P305S、P305T、R306C、R306H、R306P、V308L、S309I、E312K、E312Q、P313T、E314A、E314D、E314Q、R316C、R316H、C320F、E322A、E322K、E322Q、F323L、V325M、R326C、R326G、R326H、R326L、R326P、N328S、P329N、P329S、P330Q、T332M、H334Q、L336R、H337R、G339K、Q340H、Q340K、R343L、E344G、E344V、S345F、K346N、H349Y、V350E、E351D、Y353F、Q354K、G356E、G356R、G356Y、E357D、S359F、G361N、G361S、C362F、L364F、H370N、N372K、Y376N、L378V、I379V、A380P、A380V、N382H、N382I、N382T、L384M、N388K、Q389E、Q389H、N392S、G393D、G393S、H394Q、L396I、K397N、E398D、E398K、P399L、P401Q、P401S、T404M、T404S、D405N、D405V、I408M、D411E、D411N、E412K、P415H、P415S、T416I、P417L、P418H、V421L、H423Q、P425S、E426K、T429I、F430V、G431V、G431W、S433F、A435E、V436A、V436F、G437E、A439P、V448A、L449P、F450L、V451I、M452I、M452K、M452L、M452V、K455N、K455R、G457C、G457V、R458P、R459G、R459W、S460T、K461R、G463R、G463V、M464I、G466C、P467H、P467S、V468L、V468M、A469D、G473C、E474G、S477L、A478G、G487C、G487S、I488T、T490K、T490M、P491H、S492L、L494M、A496E、A496V、G497R、G497V、G497W、D499N、V501L、T506A、T506S、R507C、R507H、R507P、I508T、P509L、P509S、I511T、E512K、N513I、N513K、P514H、P514S、Y516F、R518C、R518H、Q519E、Q519L、G520E、H521N、N522K、P526A、P526Q、D527E、Y529N、Q531R、I533F、I533L、K534E、K534R、R535M、R536I、R536T、D537E、D537Y、I538N、V539M、L540M、R542L、R542Δ、E543D、G545C、G545D、G547E、G547V、G550R、K551E、L560V、P562Δ、P562L、P562Q、P562R、P562T、D565H、K566N、M567T、L568F、V569L、K572N、K575E、D576N、P577S、L579M、A581D、R582Q、R582W、K583T、D584E、D584N、Q586K、Q586L、E588Q、E590D、E590K、L592I、L595P、Q596K、H597N、H597Q、E598G、H599L、H599Y、I600V、V601A、V601I、K602R、F603L、Y604F、Y604H、Y604N、G605V、C607F、G608C、G608E、G608S、D609G、D609H、D609N、D609V、G610R、P612A、P612L、P612S、P612T、M615I、K621N、G623E、D624Y、L625M、N626K、K627N、K627R、F628L、L629F、L629I、A631V、H632N、H632Y、P634L、P634T、D635H、A636E、A636V、M637I、M637K、M637V、Q643E、Q643H、P644T、R645C、R645L、R645S、A647D、A647I、K648N、G649S、G649V、E650V、L651P、G652R、G652V、L653F、L653P、Q655K、Q655Δ、M656R、H658N、H658Y、A660T、S661G、I663V、A664P、A664S、S665L、M667I、M667L、V668M、Y669C、Y669S、S672Y、F675S、H677Y、R678Q、D679G、D679N、R683S、C685F、V687A、V687I、G688R、A689E、A689V、V693L、K694N、I695F、I695T、G696R、G696W、D697N、G699S、M700T、S701F、R702I、V704F、Y705N、S706I、T707M、D708N、Y710C、Y710H、L712F、L712P、N7

14S、P715L、P715S、S716Y、G717R、D719N、F720I、F720L、W723R、C724F、V726L、T730N、M731I、M731L、L732I、R735C、R735H、R735S、W736C、P738H、P738S、S741C、S741I、Y744F、R745P、R745W、K746R、K746T、T749K、S751N、D752N、V753L、W754C、W754L、S755R、G757E、G757R、G757W、I759M、L760F、E762D、E762K、F764I、Y766F、K768E、K768R、F772L、Q773K、T777M、E778K、E778V、E781K、C782R、C782S、I783N、T784S、G786C、G786S、R787C、R787H、R787S、L789F、E790V、R791Q、R791W、P792H、R793L、R793Q、P796L、P796S、D801N、G805R、G805W、C806S、W807G、Q808H、R809W、E810K、Q812H、Q813E、Q813K、R814Q、L815M、E819K、K822R、L824F、H825R、H825Y、A826G、A826S、A826V、L827F、G828E、G828W、A830D、P832A、P832R、P832T、I833V、Y834C、Y834N、D836EおよびD836Nのうちの1つまたは複数を含む(例えば、野生型配列NP_001012338と比較して)。一部の生検試料では、NTRK3遺伝子中の変異は、野生型TrkCタンパク質中のアミノ酸548〜562を欠く(例えば、NP_001012338(配列番号7)と比較して)TrkCタンパク質をもたらす。
当業者が察知することができるように、上記に列挙した特異的置換は、例示的である。例えば、アミノ酸位置の天然に存在するアミノ酸が異なるアミノ酸と置換されるとき、化学的に関連するアミノ酸側鎖を有するアミノ酸も置換され得る(かつがん細胞内で検出され得る)ことが理解される。化学的に関連するアミノ酸側鎖を有するアミノ酸を表Aに列挙する。
Figure 2018526324
本明細書に記載の点変異のいずれかは、例えば、TrkA、TrkB、またはTrkCキナーゼの触媒活性の増大をもたらし得る。本明細書に記載の点変異のいずれかは、例えば、Trkキナーゼ(例えば、TrkA、TrkB、またはTrkCキナーゼ)の自己阻害コンホメーションの低下をもたらし得る。本明細書に記載の点変異のいずれかは、例えば、Trkキナーゼ(例えば、TrkA、TrkB、またはTrkCキナーゼ)の活性化コンホメーションの増大をもたらし得る。
生検試料からのゲノムDNAの単離
生検試料からゲノムDNAを単離する方法は、当技術分野で周知である。例えば、いくつかの市販キットを使用して、哺乳動物細胞を含有する試料(例えば、生検試料)からゲノムDNAを単離することができる。哺乳動物細胞を含有する試料からゲノムDNAを単離するための市販キットの非限定的な例としては:ChargeSwitch(登録商標)gDNA Tissue Kit(Life Technologies)、Genomic DNA Isolation Kit(Norgen Biotek Corp.、Ontario、Canada)、QIAmp DNA FFPE(Qiagen)、QIAsymphony DSP DNA kits(Qiagen)、REPLI−g Mini Kit(Qiagen)、Generation Capture Plate Kit(Qiagen)、QI Amp 96 DNA Blood Kit(Qiagen)、QIAmp DNA Mini kit(Qiagen)、Biosprint 15 DNA Bloot Kit(Qiagen)、Biosprint 96 DNA Blood Kit(Qiagen)、MagAttract DNA Mini M48 Kit(Qiagen)、QIAmp DNA Blood BioRobot 9604 Kit(Qiagen)、QIAmp DNA Investigator Kit(Qiagen)、QIAmp DNA Micro Kit、Xtreme DNA Isolation Kit(Isohelix;Harrietsham、Kent、UK)、DDK DNA Isolation Kit(Isohelix)、およびXtraClean DNA kit(Isohelix)がある。ゲノムDNAは、製造者の指示に従って、これらおよび他の市販のゲノムDNA単離キットを使用して試料(例えば、生検試料)から単離することができる。
試料(例えば、生検試料)からゲノムDNAを単離する例示的方法は、試料中に存在する哺乳動物細胞を溶解させるステップ、溶解産物中のタンパク質を沈殿させるステップ、上清を取り出すステップ、ゲノムDNAを上清から沈殿させるステップ、ゲノムDNAペレットをエタノールで洗浄するステップ、および薬学的に許容されるバッファー(例えば、滅菌もしくは濾水、または緩衝液)中でゲノムDNAペレットを再水和させるステップを含む。
点変異の存在を判定するアッセイ
本明細書に提供する方法の一部は、対象由来の試料(例えば、生検試料)中の細胞(例えば、がん細胞)におけるNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、または少なくとも20個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)の存在を判定するアッセイを実施するステップを含む。
細胞(例えば、がん細胞)内の1個または複数の点変異の存在を判定する様々なアッセイが当技術分野で公知である。このようなアッセイの非限定的な例(本明細書に記載の方法のいずれにおいても使用することができる)としては:変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)(Nollauら、Clin. Chem. 43巻:1114〜1128頁、1997年)、温度勾配ゲル電気泳動(TGGE)(Nollauら、Clin. Chem. 43巻:1114〜1128頁、1997年)、温度勾配キャピラリー電気泳動、一本鎖高次構造多型アッセイ(例えば、Tahiraら、Human Mutat. 26巻:69〜77頁、2005年を参照)、分子ビーコンアッセイ(例えば、Totowa、NJ 212巻、111〜128頁、2003年を参照)、動的ハイブリダイゼーション(例えば、Howellら、Nature Biotechnol. 17巻:87〜88頁、1999年を参照)、PCRに基づくアッセイ(例えば、テトラプライマーARMS−PCR(例えば、Zhangら、Plos One 8巻:e62126頁、2013年を参照)、リアルタイムPCR、対立遺伝子特異的PCR(例えば、Gaudetら、Methods Mol. Biol. 578巻:415〜424頁、2009年を参照)、ならびにLife Technologies製TaqMan Assay Genotyping(例えば、Woodward、Methods Mol. Biol. 1145巻:67〜74頁、2014年およびTaqMan(登録商標)OpenArray(登録商標)Genotyping Platesを参照))、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ(インベーダーアッセイとも呼ばれる)(例えば、Olivierら、Mutat. Res. 573巻:103〜110頁、2005年を参照)、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ(例えば、Bruseら、Biotechniques 45巻:559〜571頁、2008年を参照)、または変性高速液体クロマトグラフィー(例えば、Yuら、J. Clin. Pathol. 58巻:479〜485頁、2005年を参照)、点変異を含有する増幅配列の高解像度融解(例えば、Wittwerら、Clinical Chemistry 49巻:853〜860頁、2003年を参照)、またはシーケンシング(例えば、マクサム−ギルバートシーケンシング、チェーンターミネーション法、ショットガンシーケンシング、ブリッジPCR、ならびに次世代シーケンシング法(例えば、超並列シグネチャーシーケンシング、ポロニーシーケンシング、454ピロシーケンシング、Illumina(Solexa)シーケンシング、SOLiDシーケンシング、イオントレント半導体シーケンシング、DNAナノボールシーケンシング、ヘリスコープ単一分子シーケンシング、および単一分子リアルタイムシーケンシング))がある。様々な次世代シーケンシング法の追加の詳細及び概要は、Koboldtら、Cell 155巻:27〜38頁、2013年に記載されている。
一部の実施形態では、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するのに使用されるアッセイは、PCRアッセイ(例えば、リアルタイムPCR−アッセイ、例えば、リアルタイムPCRに基づく遺伝子型同定アッセイ)(事前のプレ増幅ステップの有無にかかわらず)を含む。本明細書に記載の方法のいずれかの一部の実施形態では、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するのに使用されるアッセイは、TaqMan(登録商標)に基づくシーケンシング(例えば、TaqMan(登録商標)に基づくOpenArray(登録商標)シーケンシング、例えば、ハイスループットTaqMan(登録商標)に基づくOpen Array(登録商標)シーケンシング)を使用して実施される(事前のプレ増幅ステップの有無にかかわらず)。本明細書に記載のアッセイで使用するためのプライマーを設計する方法は、当技術分野で周知である。例えば、いくつかの供給業者は、本明細書に記載のアッセイのいずれかに使用するための順方向および逆方向プライマーを設計するためのフリーソフトウェアを提供している。本明細書に記載のアッセイのいずれかに使用するための順方向または逆方向プライマーは、少なくとも10(例えば、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、または50ヌクレオチド)を含有し得る。一部の例では、本明細書に記載のアッセイのいずれかに使用される順方向または逆方向プライマーは、標識(例えば、本明細書に記載の例示的な標識のいずれか)を含むことができ、または対象のゲノム(例えば、ヒトゲノム)内の配列にハイブリダイズしない連続するタグ配列(例えば、約5ヌクレオチドから約25ヌクレオチドの間、約10ヌクレオチドから約25ヌクレオチドの間、約10ヌクレオチドから20ヌクレオチドの間、約5ヌクレオチドから約20ヌクレオチドの間)を含むことができる。
一部の実施形態では、アッセイは、点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)を含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子の1つまたは複数のセグメントに特異的にハイブリダイズする1つまたは複数のプローブ(例えば、検出可能に標識されたプローブ)の使用を含む。例えば、1つまたは複数のプローブは、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、または35ヌクレオチドを有し得る。例示的なアッセイで使用することができるプローブの追加の説明は、本明細書に記載されている。
対象
本明細書に記載の方法の様々な実施形態では、対象は、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有すると以前に同定または診断されている場合がある。対象は、例えば、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するがん細胞を有すると以前に同定されている場合がある。例えば、対象は、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、または5つの)アミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440V、およびV689Mのうちの1つまたは複数(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、または10)を含むTrkBタンパク質)の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の)点変異を有すると以前に同定されている場合がある。
がんを発症する対象のリスクを予測する方法およびがんの診断を支援する方法において、対象は、未診断の対象であり得、対象は、著しいレベルの発癌物質に曝露されていると同定されている場合があり、対象は、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有すると疑われている場合があり、対象は、1つまたは複数の(例えば、2、3、4、もしくは5つの)がんの症状(例えば、本明細書に記載のがんの症状のいずれか)を提示し得、かつ/または対象は、がんを発症するリスクが上昇していると分かっている(例えば、がんの家族歴)。
がん
がんを処置する方法が本明細書に提供されている。NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異は、それだけに限らないが、腺癌、副腎皮質癌、副腎神経芽細胞腫、肛門扁平上皮癌、虫垂腺癌、膀胱尿路上皮癌、胆管腺癌、膀胱癌、膀胱尿路上皮癌、骨脊索腫、リンパ球性慢性骨髄白血病(bone marrow leukemia lymphocytic chronic)、非リンパ球性急性骨髄球性骨髄白血病(bone marrow leukemia non−lymphocytic acute myelocytic)、骨髄リンパ増殖性疾患、骨髄多発性骨髄腫、骨肉腫、脳星細胞腫、脳神経膠芽腫、脳髄芽腫、脳髄膜腫、脳乏突起膠腫、乳房腺様嚢胞癌、乳癌、乳管内癌、乳房浸潤性乳管癌、乳房浸潤性小葉癌、乳房化生性癌、子宮頸神経内分泌癌、子宮頸部扁平上皮癌、結腸腺癌、結腸カルチノイド腫瘍、十二指腸腺癌、子宮内膜性腫瘍、食道腺癌、食道および胃癌、眼内黒色腫、眼内扁平上皮癌(eye intraocular squamous cell carcinoma)、眼涙管癌(eye lacrimal duct carcinoma)、ファロピウス管漿液性癌(fallopian tube serous carcinoma)、胆嚢腺癌、胆嚢グロムス腫瘍、胃食道接合部腺癌、頭頸部腺様嚢胞癌、頭頸部癌、頭頸部神経芽細胞腫、頭頸部扁平上皮癌、腎臓色素嫌性癌(kidney chromophore carcinoma)、腎髄様癌、腎細胞癌、腎乳頭癌、腎肉腫様癌、腎尿路上皮癌、腎癌、リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、肝臓胆管癌、肝細胞癌、肝癌、肺腺癌、肺腺扁平上皮癌、肺非定型カルチノイド、肺癌肉腫、肺大細胞神経内分泌癌、肺非小細胞肺癌、肺肉腫、肺肉腫様癌、肺小細胞癌、肺小細胞未分化癌、肺扁平上皮癌、上気道消化管扁平上皮癌、上気道消化管癌、びまん性大細胞型B細胞リンパ節リンパ腫(lymph node lymphoma diffuse large B cell)、リンパ節リンパ腫濾胞性リンパ腫(lymph node lymphoma follicular lymphoma)、縦隔B細胞リンパ節リンパ腫(lymph node lymphoma mediastinal B−cell)、リンパ節リンパ腫形質芽球性肺腺癌(lymph node lymphoma plasmablastic lung adenocarcinoma)、リンパ腫濾胞性リンパ腫(lymphoma follicular lymphoma)、リンパ腫、非ホジキン、上咽頭および副鼻腔未分化癌、卵巣癌、卵巣癌肉腫、卵巣明細胞癌、卵巣上皮癌、卵巣顆粒膜細胞腫瘍、卵巣漿液性癌、膵臓癌、膵管腺癌、膵臓神経内分泌癌、腹膜中皮腫、腹膜漿液性癌、胎盤絨毛癌、胸膜中皮腫、前立腺腺房腺癌、前立腺癌、直腸腺癌、直腸扁平上皮癌、皮膚付属器癌、皮膚基底細胞癌、皮膚黒色腫、皮膚メルケル細胞癌、皮膚扁平上皮癌、小腸腺癌、小腸消化管間質腫瘍(GIST)、大腸/結腸癌、大腸腺癌、軟組織血管肉腫、軟組織ユーイング肉腫、軟組織血管内皮腫、軟組織炎症性筋線維芽細胞腫瘍、軟組織平滑筋肉腫、軟組織脂肪肉腫、軟組織神経芽細胞腫、軟組織傍神経節腫、軟組織血管周囲類上皮細胞腫瘍、軟組織肉腫、軟組織滑膜肉腫、胃腺癌、びまん型胃腺癌、腸型胃腺癌、腸型胃腺癌、胃平滑筋肉腫、胸腺癌、リンパ球性胸腺腫、甲状腺乳頭癌、原発不明腺癌、原発不明癌、原発不明悪性新生物、リンパ様新生物、原発不明黒色腫、原発不明肉腫様癌、原発不明扁平上皮癌、未知未分化神経内分泌癌(unknown undifferentiated neuroendocrine carcinoma)、原発不明未分化小細胞癌、子宮癌肉腫、子宮内膜腺癌、類内膜性子宮内膜腺癌、乳頭漿液性子宮内膜腺癌、および子宮平滑筋肉腫を含めた様々な異なるがんを有する対象から得た生検試料中で検出された。例えば、表1〜4を参照。
がんの追加の例としては、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、肛門がん、虫垂癌、神経膠星状細胞腫、非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍、基底細胞癌、B細胞がん、胆管がん、膀胱がん、骨がん(例えば、骨肉腫、悪性線維性組織球腫、およびユーイング肉腫)、脳腫瘍(例えば、神経膠星状細胞腫、脳脊髄腫瘍、脳幹グリオーマ、中枢神経系非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、中枢神経系胚細胞腫瘍、頭蓋咽頭腫、および上衣細胞腫)、乳がん、気管支原性癌、気管支がん、血液学的組織のがん、口腔または咽頭のがん、カルチノイド腫瘍、子宮頸がん、小児癌、脊索腫、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性新生物、結腸がん、結腸直腸がん、頭蓋咽頭腫、皮膚T細胞リンパ腫、非浸潤性乳管癌、胚芽腫、子宮内膜がん(endrometrial cancer)、上衣細胞腫、食道がん、鼻腔神経芽細胞腫、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管がん、眼がん(例えば、眼内黒色腫および網膜芽細胞腫)、ファロピウス管がん、線維肉腫、骨の線維性組織球腫、骨肉腫、胆嚢がん、胃がん、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍(GIST)、胚細胞腫瘍、妊娠性絨毛性疾患、神経膠芽腫(例えば、多形性神経膠芽腫)、神経膠腫(例えば、低悪性度神経膠腫)、有毛細胞白血病、頭頸部がん、心臓がん、組織球増殖症、ホジキンリンパ腫、下咽頭がん、炎症性筋線維芽細胞腫瘍、肝内の胆管癌、眼内黒色腫、島細胞腫瘍、腎がん(例えば、腎細胞がんまたはウィルムス腫瘍)、腎癌、ランゲルハンス細胞組織球増殖症、大細胞神経内分泌がん、喉頭がん、白血病(例えば、急性リンパ芽球性白血病(acute lymophoblastic leukemia)、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、および有毛細胞白血病)、口唇および口腔癌、肝がん、肝癌、肺がん(例えば、肺腺癌)、リンパ腫(例えば、バーキットリンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、および原発性中枢神経系リンパ腫)、骨の悪性線維性組織球腫および骨肉腫、髄芽腫、黒色腫、メルケル細胞癌、中皮腫、口のがん(mouth cancer)、口の癌、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群、鼻腔および副鼻腔がん、上咽頭癌、新生物(例えば、メラニン細胞新生物(melanocystic neoplasm)またはリンパ様新生物)、腎腫瘍、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、口のがん(oral cancer)、口腔がん、口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣がん、膵がん、乳頭甲状腺癌、傍神経節腫、副甲状腺癌、小児神経膠腫、陰茎がん、咽頭癌、褐色細胞腫、毛様細胞性星細胞腫、下垂体腫瘍、形質細胞新生物、原発性腹膜がん、前立腺がん、直腸癌、腎細胞がん、網膜芽細胞腫、唾液腺がん、肉腫(例えば、ユーイング肉腫、骨肉腫、横紋筋肉腫、軟組織肉腫、子宮肉腫、および未分化肉腫)、分泌性乳癌、セザリー症候群、皮膚がん(例えば、黒色腫およびメルケル細胞癌)、小腸がん(small bowel cancer)、小細胞肺がん、小腸がん(small intestine cancer)、大腸/結腸癌、大腸腺癌、軟組織肉腫、スピッツ母斑、スピッツ腫瘍、スピッツ様黒色腫、胃がん、扁平上皮癌、扁平上皮頸部癌、精巣がん、咽喉がん、胸腺腫および胸腺癌、甲状腺癌、尿道がん、子宮がん、子宮体部類内膜癌、膀胱がん、尿路癌、膣がん、外陰がん、ならびにウィルムス腫瘍がある。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を診断する方法は、当技術分野で公知である。例えば、ヘルスケアの専門家(例えば、医師)は、対象におけるがんの1つまたは複数の症状を観察することでがんを有すると対象を診断することができる。がんの症状の非限定的な例としては、発熱、疲労、疼痛、色素沈着過剰、黄疸、紅斑、心因痒み、過剰発毛、長期便秘、下痢症、糞便のサイズの変化、排尿時の痛み、尿中の血液、膀胱機能の変化、治癒しない腫れ物、口内部または舌上の白斑、異常な出血または排泄、消化不良、嚥下困難、疣贅、黒あざ、または雀斑の変化、収まらない咳、皮膚下に感じることができる塊または肥厚の範囲、体重変化、呼吸困難、食後の不快感、持続性の原因不明の筋肉または関節痛、持続性の原因不明の発熱および寝汗、ならびに原因不明の挫傷形成がある。ヘルスケアの専門家(例えば、医師)によるがんの診断として、実験室試験(例えば、尿または血液検査、例えば、完全血球算定)、イメージング試験(例えば、コンピューター断層撮影(CT)、骨のスキャン、磁気共鳴画像法(MRI)、ポジトロン放出断層撮影(PET)スキャン、超音波、およびX線)の実施、ならびに対象からの生検試料の取得および/または検査を挙げることができる。
対象におけるがんの診断を支援する代表的方法およびがんを発症する対象のリスクを予測する代表的方法が、本明細書に提供されている。
Trk阻害剤
様々なTrk阻害剤が当技術分野で公知である。Trk阻害剤の非限定的な例を以下に記載する。
Trk阻害剤の非限定的な例は、ともに本明細書にその全体が参照により組み込まれている米国特許第8、513、263号および国際公開第WO2010/048314号に記載されており、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその薬学的に許容される塩を含み、式中:
は、Hまたは(1〜6Cアルキル)であり;
は、NR、(1〜4C)アルキル、(1〜4C)フルオロアルキル、CF、(1〜4C)ヒドロキシアルキル、−(1〜4Cアルキル)hetAr、−(1〜4Cアルキル)NH、−(1〜4Cアルキル)NH(1〜4Cアルキル)、−(1〜4Cアルキル)N(1〜4Cアルキル)、hetAr、hetCyc、hetCyc、NHSO(1〜4Cアルキル)で任意選択で置換されたフェニル、または(1〜4Cアルキル)、CN、OH、OMe、NH、NHMe、N(CH、F、CF、CO(1〜4Cアルキル)、COH、C(=O)NR、もしくはC(=O)ORで任意選択で置換された(3〜6C)シクロアルキルであり;
は、Hまたは(1〜6Cアルキル)であり;
は、H、(1〜4C)アルキル、(1〜4C)ヒドロキシアルキル、hetAr、またはフェニルであり、前記フェニルは、ハロゲン、CN、CF、および−O(1〜4Cアルキル)から独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されており、
あるいはNRは、環窒素原子を有する4員複素環を形成し、前記複素環は、ハロゲン、OH、(1〜4Cアルキル)、(1〜4C)アルコキシ、−OC(=O)(1〜4Cアルキル)、NH、−NHC(=O)O(1〜4Cアルキル)、および(1〜4C)ヒドロキシアルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されており、
またはNRは、窒素である環ヘテロ原子を有し、N、O、およびSOから選択される第2の環ヘテロ原子もしくは基を任意選択で有する5〜6員複素環を形成し、複素環は、OH、ハロゲン、CF、(1〜4C)アルキル、CO(1〜4Cアルキル)、COH、NH、NHC(=O)O(1〜4Cアルキル)、およびオキソから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されており、
またはNRは、環窒素原子を有し、NおよびOから選択される第2の環ヘテロ原子を任意選択で有する7〜8員複素環を形成し、前記環は、CO(1〜4Cアルキル)で任意選択で置換されており;
hetArは、1〜3環窒素原子を有する5員ヘテロアリール環であり;
hetArは、少なくとも1個の窒素環原子を有し、NおよびSから独立に選択される第2の環ヘテロ原子を任意選択で有する5〜6員ヘテロアリール環であり、前記ヘテロアリール環は、(1〜4Cアルキル)、ハロゲン、−(1〜4C)アルコキシ、およびNH(1〜4Cアルキル)から独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されており;
hetCycは、(1〜4Cアルキル)およびCO(1〜4Cアルキル)から独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された炭素連結4〜6員アザサイクリック環であり;
hetCycは、(1〜4C)アルキルから選択される置換基で任意選択で置換されたピリジノンまたはピリダジノン環であり;
hetArは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜4C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
は、Hまたは(1〜4C)アルキルであり;
は、H、(1〜4C)アルキル、もしくは(3〜6C)シクロアルキルであり;
またはNRは、NおよびOから選択される追加の環ヘテロ原子を任意選択で有する5〜6員アザサイクリック環を形成し、アザサイクリック環は、OHで任意選択で置換されており;
は、Hまたは(1〜6C)アルキルであり;
Yは、(i)ハロゲン、(1〜4C)アルコキシ、CF、およびCHFから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、または(ii)NおよびSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員ヘテロアリール環であり、前記ヘテロアリール環は、1個または複数のハロゲン原子で任意選択で置換されており;
Xは、無し、−CH−、−CHCH−、−CHO−、または−CHNR−であり;
は、Hまたは(1〜4Cアルキル)であり;
は、Hまたは(1〜4Cアルキル)であり;
各Rは、ハロゲン、(1〜4C)アルキル、OH、(1〜4C)アルコキシ、NH、NH(1〜4Cアルキル)、およびCHOHから独立に選択され;
nは、0、1、2、3、4、5、または6である。
例えば、Trk阻害剤として、
(R)−N−(5−(2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−3−ヒドロキシアゼチジン−1−カルボキサミド;
N−(5−(2−(3−フルオロフェニル)−2−メチルピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−3−ヒドロキシアゼチジン−1−カルボキサミド;
(R)−1−(5−(2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−3−フェニル尿素;
(R)−N−(5−(2−(2−(ジフルオロメチル)−5−フルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−3−ヒドロキシアゼチジン−1−カルボキサミド;
(R)−N−(5−(2−(3−フルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−1−メチル−6−オキソ−1、6−ジヒドロピリダジン−3−カルボキサミド;
(S)−N−(5−((R)−2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−3−ヒドロキシピロリジン−1−カルボキサミド;
(3R、4R)−N−(5−((R)−2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−3、4−ジヒドロキシピロリジン−1−カルボキサミド;
(S)−N−(5−((R)−2−(2−クロロ−5−フルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−3−メチルピペラジン−1−カルボキサミド;
(R)−N−(5−(2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−3−ヒドロキシ−3−メチルアゼチジン−1−カルボキサミド;
(R)−N−(5−(2−(3−フルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−3−ヒドロキシアゼチジン−1−カルボキサミド;および
(R)−1−(4−クロロフェニル)−3−(5−(2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)尿素
からなる群から選択される1種もしくは複数の化合物、またはその薬学的に許容される塩を挙げることができる。
一部の実施形態では、Trk阻害剤は、(S)−N−(5−((R)−2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−イル)−3−ヒドロキシピロリジン−1−カルボキサミドスルフェートであり得る。例えば、Trk阻害剤は、米国特許出願公開第2016/0137654号および国際公開第WO2016/077841号に記載されたものなどの多形であり得、これらの文献はともに、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。Trk阻害剤に関する追加の開示は、例えば、米国仮出願第62/329、653号、同第62/329、561号、および同第62/338、359号に見出すことができ、これらの文献のすべては、その全体が参照により組み込まれている。
Trk阻害剤の追加の例は、米国特許第8、933、084号および国際公開第WO2011/146336号に記載された大環状化合物であり、これらの文献はともに、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその薬学的に許容される塩を含み、式中:
環Aは、構造:
Figure 2018526324
(式中、波線が付いた1は、環Aの環Bへの付着点を示し、波線が付いた2は、環AのWへの付着点を示す)を有する環A−1、A−2、およびA−3から選択され、

Xは、NまたはCHであり;
Yは、HまたはFであり;
は、H、(1〜3C)アルコキシ、またはハロゲンであり;
環Bは、構造:
Figure 2018526324
(式中、波線が付いた3は、環Aへの付着点を示し、波線が付いた4は、式Iのピラゾロ[1、5−a]ピリミジン環への付着点を示す)を有する環B−1およびB−2から選択され;
Wは、O、NH、またはCHであり、環AがA−2であるとき、Wは、CHであり;
mは、0、1、または2であり;
Dは、炭素であり、RおよびR2aは、独立に、H、F、(1〜3C)アルキル、もしくはOHであり(ただしRおよびR2aは、両方がOHではなく)、RおよびR3aは、独立に、H、(1〜3C)アルキルもしくはヒドロキシ(1〜3C)アルキルであり、または
Dは、炭素もしくは窒素であり、RおよびRは、存在せず、R2aおよびR3aは、これらが付着している原子と一緒に、1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員ヘテロアリール環を形成し;
Zは、−NR4aC(=O)−、−ONHC(=O)−、−NR4bCH−、または−OC(=O)−(式中、アステリスクは、Rを持つ炭素へのZの付着点を示す)であり;
4aは、H、(1〜6C)アルキル、フルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6Cアルキル)、またはジヒドロキシ(2〜6Cアルキル)であり;
4bは、H、(1〜6C)アルキル、フルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6Cアルキル)、ジヒドロキシ(2〜6Cアルキル)、(1〜6Cアルキル)C(O)−、(3〜6Cシクロアルキル)C(O)−、ArC(O)−、HOCHC(O)−、(1〜6Cアルキル)スルホニル、(3〜6Cシクロアルキル)スルホニル、Ar(SO)−、HOCCH−、または(1〜6Cアルキル)NH(CO)−であり;
Arは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
Arは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
およびRは、独立に、H、ハロゲン、OH、(1〜6C)アルキル、またはヒドロキシ(1〜6C)アルキルである。
例えば、Trk阻害剤は、
(6R)−9−フルオロ−13−オキサ−2、11、17、21、22、25−ヘキサアザペンタシクロ[17.5.2.02、6.07、12.022、26]ヘキサコサ−1(25)、7、9、11、19(26)、20、23−ヘプタエン−18−オン;
(6R)−9−フルオロ−15−ヒドロキシ−13−オキサ−2、11、17、21、22、25−ヘキサアザペンタシクロ[17.5.2.02、6.07、12.022、26]ヘキサコサ−1(25)、7、9、11、19(26)、20、23−ヘプタエン−18−オン;
(6R、15R)−9−フルオロ−15−ヒドロキシ−13−オキサ−2、11、17、21、22、25−ヘキサアザペンタシクロ−[17.5.2.02、6.07、12.022、26]ヘキサコサ−1(25)、7、9、11、19(26)、20、23−ヘプタエン−18−オン;
(6R)−9−フルオロ−13−オキサ−2、11、16、20、21、24−ヘキサアザペンタシクロ[16.5.2.02、6.07、12.021、25]ペンタコサ−1(24)、7、9、11、18(25)、19、22−ヘプタエン−17−オン;
(6R)−9−フルオロ−13−オキサ−2、11、18、22、23、26−ヘキサアザペンタシクロ[18.5.2.02、6.07、12.023、27]ヘプタコサ−1(26)、7、9、11、20(27)、21、24−ヘプタエン−19−オン;
(6R、13S)−9−フルオロ−13−メチル−2、11、15、19、20、23−ヘキサアザペンタシクロ[15.5.2.17、11.02、6.020、24]ペンタコサ−1(23)、7、9、17(24)、18、21−ヘキサエン−16、25−ジオン;
(6R)−9−フルオロ−2、11、13、16、20、21、24−ヘプタアザペンタシクロ[16.5.2.02、6.07、12.021、25]ペンタコサ−1(24)、7、9、11、18(25)、19、22−ヘプタエン−17−オン;
(6R)−9−フルオロ−2、11、13、17、21、22、25−ヘプタアザペンタシクロ[17.5.2.02、6.07、12.022、26]ヘキサコサ−1(25)、7、9、11、19(26)、20、23−ヘプタエン−18−オン;
(6R)−9−フルオロ−17−メチル−13−オキサ−2、11、17、21、22、25−ヘキサアザペンタシクロ[17.5.2.02、6.07、12.022、26]ヘキサコサ−1(25)、7、9、11、19(26)、20、23−ヘプタエン−18−オン;
(6R)−9、15、15−トリフルオロ−13−オキサ−2、11、17、21、22、25−ヘキサアザペンタシクロ[17.5.2.02、6.07、12.022、26]ヘキサコサ−1(25)、7、9、11、19(26)、20、23−ヘプタエン−18−オン;
(6R)−9−フルオロ−2、11、16、20、21、24−ヘキサアザペンタシクロ[16.5.2.02、6.07、12.021、25]ペンタコサ−1(24)、7、9、11、18(25)、19、22−ヘプタエン−17−オン;
(6R)−9−フルオロ−15−メチル−2、11、16、20、21、24−ヘキサアザペンタシクロ[16.5.2.02、6.07、12.021、25]ペンタコサ−1(24)、7、9、11、18(25)、19、22−ヘプタエン−17−オン;
(6R)−9−フルオロ−(15R)−メチル−2、11、16、20、21、24−ヘキサアザペンタシクロ[16.5.2.02、6.07、12.021、25]ペンタコサ−1(24)、7、9、11、18(25)、19、22−ヘプタエン−17−オン;
(6R)−9−フルオロ−15−メチル−2、11、16、20、21、24−ヘキサアザペンタシクロ[16.5.2.02、6.07、12.021、25]ペンタコサ−1(24)、7、9、11、18(25)、19、22−ヘプタエン−17−オン;
(6R)−9−フルオロ−15、15−ジメチル−13−オキサ−2、11、17、21、22、25−ヘキサアザペンタシクロ[17.5.2.02、6.07、12.022、26]ヘキサコサ−1(25)、7、9、11、19(26)、20、23−ヘプタエン−18−オン;および
(6R)−9−フルオロ−15、15−ジメチル−2、11、16、20、21、24−ヘキサアザペンタシクロ[16.5.2.02、6.07、12.021、25]ペンタコサ−1(24)、7、9、11、18(25)、19、22−ヘプタエン−17−オン
からなる群から選択される1種もしくは複数の化合物、またはその薬学的に許容される塩を含み得る。
Trk阻害剤の追加の例は、米国特許第8、791、123号および国際公開第WO2011/006074号に記載された置換ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン化合物であり、これらの文献はともに、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物またはその薬学的に許容される塩を含み得、
式中:
は、Hまたは(1〜6Cアルキル)であり;
は、H、(1〜6C)アルキル、−(1〜6C)フルオロアルキル、−(1〜6C)ジフルオロアルキル、−(1〜6C)トリフルオロアルキル、−(1〜6C)クロロアルキル、−(2〜6C)クロロフルオロアルキル、−(2〜6C)ジフルオロクロロアルキル、−(2〜6C)クロロヒドロキシアルキル、−(1〜6C)ヒドロキシアルキル、−(2〜6C)ジヒドロキシアルキル、−(1〜6Cアルキル)CN、−(1〜6Cアルキル)SONH、−(1〜6Cアルキル)NHSO(1〜3Cアルキル)、−(1〜6Cアルキル)NH、−(1〜6Cアルキル)NH(1〜4Cアルキル)、−(1〜6Cアルキル)N(1〜4Cアルキル)、−(1〜6Cアルキル)NHC(=O)O(1〜4Cアルキル)、−(1〜6Cアルキル)hetCyc、−(1〜6Cアルキル)hetAr、hetAr、hetCyc、ハロゲン、OH、もしくは(1〜4C)アルコキシで任意選択で置換された−O(1〜6Cアルキル)、−O(3〜6Cシクロアルキル)、Cyc、−(1〜6Cアルキル)(3〜6Cシクロアルキル)、−(1〜6Cアルキル)(1〜4Cアルコキシ)、−(1〜6Cヒドロキシアルキル)(1〜4Cアルコキシ)、(1〜6C)ヒドロキシアルキルで任意選択で置換された架橋7員シクロアルキル環、または1〜2個の環窒素原子を有する架橋7〜8員複素環であり;
あるいはNRは、(1〜6C)アルキル、OH、COH、(1〜3Cアルキル)COH、−O(1〜6Cアルキル)、および(1〜6C)ヒドロキシアルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された4〜6員アザサイクリック環を形成し;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員複素環であり、hetCycは、オキソ、OH、ハロゲン、または(1〜6C)アルキルで任意選択で置換されており;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する6員炭素連結複素環であり、hetCycは、F、SONH、SO(1〜3Cアルキル)、またはハロゲンで任意選択で置換されており;
hetArは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜4C)アルキルで任意選択で置換された5員ヘテロアリール環であり;
hetArは、1〜2個の環窒素原子を有し、(1〜4C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲン、およびOHから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
Cycは、−(1〜4Cアルキル)、−OH、−OMe、−COH、−(1〜4Cアルキル)OH、ハロゲン、およびCFから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された3〜6員シクロアルキル環であり;
Yは、(i)ハロゲン、(1〜4C)アルコキシ、−CF、−CHF、−O(1〜4Cアルキル)hetCyc、−(1〜4Cアルキル)hetCyc、−O(1〜4Cアルキル)O(1〜3Cアルキル)、および−O(3〜6Cジヒドロキシアルキル)から独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、または(ii)NおよびSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員ヘテロアリール環(ヘテロアリール環は、ハロゲン、−O(1〜4Cアルキル)、(1〜4C)アルキル、およびNHから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されている)、または(iii)ハロゲンおよび(1〜4C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたピリド−2−オン−3−イル環であり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された5〜6員複素環であり;
Xは、−CH−、−CHCH−、−CHO−、または−CHNR−であり;
は、Hまたは−(1〜4Cアルキル)であり;
は、Hまたは−(1〜4Cアルキル)であり;
各Rは、ハロゲン、−(1〜4C)アルキル、−OH、−(1〜4C)アルコキシ、−NH2、−NH(1〜4Cアルキル)、および−CHOHから独立に選択され;
nは、0、1、2、3、4、5、または6である。
例えば、Trk阻害剤は、
(R)−5−(2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)−N−(ピリジン−2−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−カルボキサミド;
(R)−5−(2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)−N−(2−モルホリノエチル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−カルボキサミド;
N−((2S)−ビシクロ[2.2.1]ヘプタン−2−イル)−5−((R)−2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−カルボキサミド;
(R)−5−(2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)−N−(2−(2−オキソイミダゾリジン−1−イル)エチル)ピラゾール[1、5−a]ピリミジン−3−カルボキサミド;
5−((R)−2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)−N−((R)−2、3−ジヒドロキシプロピル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−カルボキサミド;
(R)−N−シクロプロピル−5−(2−(5−フルオロピリジン−3−イル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−カルボキサミド;
(R)−N−tert−ブチル−5−(2−(5−フルオロピリジン−3−イル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−カルボキサミド;
(R)−5−(2−(2、5−ジフルオロフェニル)ピロリジン−1−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−カルボキサミド;
(R)−5−(2−(5−フルオロピリジン−3−イル)ピロリジン−1−イル)−N−(1−メチルシクロブチル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−カルボキサミド;および
5−((R)−2−(5−フルオロピリジン−3−イル)ピロリジン−1−イル)−N−((S)−1、1、1−トリフルオロプロパン−2−イル)ピラゾロ[1、5−a]ピリミジン−3−カルボキサミド
からなる群から選択される1種もしくは複数の化合物、またはその薬学的に許容される塩を含み得る。
Trk阻害剤の追加の例は、米国特許第8、450、322号および国際公開第WO2010/033941号に記載された置換イミダゾ[1、2−b]ピリダジン化合物であり、これらの文献はともに、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその薬学的に許容される塩を含み得、式中:
は、Hまたは(1〜6Cアルキル)であり;
は、NR、(1〜4C)アルキル、(1〜4C)フルオロアルキル、CF、(1〜4C)ヒドロキシアルキル、−(1〜4Cアルキル)hetAr、−(1〜4Cアルキル)NH(1〜4Cアルキル)、hetAr、hetCyc、hetCyc、NHSO(1〜4Cアルキル)で任意選択で置換されたフェニル、または(1〜4Cアルキル)、CN、OH、CF、CO(1〜4Cアルキル)、もしくはCOHで任意選択で置換された(3〜6C)シクロアルキルであり;
は、Hまたは(1〜6Cアルキル)であり;
は、H、(1〜4C)アルキル、(1〜4C)ヒドロキシアルキル、hetAr、またはフェニルであり、前記フェニルは、ハロゲン、CN、CF、および−O(1〜4Cアルキル)から独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されており、
あるいはNRは、環窒素原子を有する4員複素環を形成し、前記複素環は、ハロゲン、OH、(1〜4Cアルキル)、(1〜4C)アルコキシ、−OC(=O)(1〜4Cアルキル)、NH、−NHC(=O)O(1〜4Cアルキル)、および(1〜4C)ヒドロキシアルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されており、
またはNRは、窒素である環ヘテロ原子を有し、N、O、およびSOから選択される第2の環ヘテロ原子もしくは基を任意選択で有する5〜6員複素環を形成し、複素環は、OH、ハロゲン、CF、(1〜4C)アルキル、CO(1〜4Cアルキル)、COH、NH、NHC(=O)O(1〜4Cアルキル)、およびオキソから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されており、
またはNRは、1〜2個の環窒素原子を有し、CO(1〜4Cアルキル)で任意選択で置換された7〜8員架橋複素環を形成し;
hetArは、1〜3個の環窒素原子を有する5員ヘテロアリール環であり;
hetArは、少なくとも1個の窒素環原子を有し、NおよびSから独立に選択される第2の環ヘテロ原子を任意選択で有する5〜6員ヘテロアリール環であり、前記ヘテロアリール環は、(1〜4Cアルキル)、ハロゲン、−(1〜4C)アルコキシ、およびNH(1〜4Cアルキル)から独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されており;
hetCycは、(1〜4Cアルキル)、COH、およびCO(1〜4Cアルキル)から独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された炭素連結4〜6員アザサイクリック環であり;
hetCycは、(1〜4C)アルキルから選択される置換基で置換されたピリジノンまたはピリダジノン環であり;
hetArは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜4C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
Yは、ハロゲン、(1〜4C)アルコキシ、CF、およびCHFから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル環、またはNおよびSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員ヘテロアリール環であり;
Xは、無し、−CH−、−CHCH−、−CHO−、または−CHNR−であり;
は、Hまたは(1〜4Cアルキル)であり;
は、Hまたは(1〜4Cアルキル)であり;
各Rは、ハロゲン、(1〜4C)アルキル、OH、(1〜4C)アルコキシ、NH、NH(1〜4Cアルキル)、およびCHOHから独立に選択され;
nは、0、1、2、3、4、5、または6である。
追加のTrk阻害剤は、米国特許出願公開第2015/0166564号およびWO2012/158413号に見出すことができ、これらの文献はともに、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬剤学的に許容される塩、溶媒和物、もしくはプロドラッグであり得、式中:
Y−B部分およびNH−C(=X)−NH部分は、トランス構成にあり;
、R、R、およびRは、Hおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択され;
Xは、O、S、またはNHであり;
は、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(トリフルオロメトキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜3Cスルファニル)(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルキルアミノ)(1〜3C)アルキル、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、ジ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、ヒドロキシカルボニル(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、hetAr(CH0〜1、またはAr(CH0〜1であり;
は、H、F、またはOHであり;
Yは、結合、−O−、または−OCH−であり;
Bは、Ar、hetAr、1〜6Cアルキル、または(1〜6C)アルコキシであり;
Arは、ハロゲン、CF、CFO−、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜6C)アルキル、およびCNから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、OH、CF、NH、およびヒドロキシ(1〜2C)アルキルから独立に選択される1〜2つの基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリールであり;
環Cは、式C−1、C−2、またはC−3
Figure 2018526324
であり;
は、H、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、Ar、hetCyc、(3〜7C)シクロアルキル、またはhetArであり;
Arは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、およびヒドロキシメチルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和または部分不飽和複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
は、H、OH、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、アミノ−カルボニル(1〜6C)アルキル、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルキル、スルファミド(1〜6C)アルキル、ヒドロキシル−カルボニル(1〜6C)アルキル、hetAr(1〜6C)アルキル、Ar(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、モノフルオロ(1〜6C)アルコキシ、ジフルオロ(1〜6C)アルコキシ トリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、テトラフルオロ(2〜6C)アルコキシ、ペンタフルオロ(2〜6C)アルコキシ シアノ(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜6C)アルコキシ、ジヒドロキシ(2〜6C)アルコキシ、アミノ(2〜6C)アルコキシ、アミノカルボニル(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCyc(1〜6C)アルコキシ、hetAr(1〜6C)アルコキシ、Ar(1〜6C)アルコキシ、(1〜4Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、(1〜3Cアルキルスルホニル)(1〜6C)アルコキシ、(3〜6C)シクロアルキル[F、OH、(1〜6Cアルキル)、(1〜6C)アルコキシ、または(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された]、hetAr、Ar、hetCyc(O)CH−、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルコキシ、アミノカルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCycC(=O)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルアミド(1〜6C)アルコキシ、ジ(1〜3Cアルキル)アミノカルボキシ、hetCycC(=O)O−、ヒドロキシジフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシカルボニル、ヒドロキシカルボニル、アミノカルボニル、(1〜3Cアルコキシ)アミノ−カルボニル、hetCyc、ハロゲン、CN、トリフルオロメチルスルホニル、N−(1〜3Cアルキル)ピリジノニル、N−(1〜3Cトリフルオロアルキル)ピリジノニル、(1〜4Cアルキルシロキシ)(1〜6C)アルコキシ、イソインドリン−1、3−ジオニル(1〜6C)アルコキシ、またはN−(1〜3Cアルキル)オキサジアゾロニルであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アシルから独立に選択される1〜2つの基で任意選択で置換された4〜6員複素環であり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、F、CN、CF、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アシル−、(1〜6C)アルキルスルホニル、トリフルオロメチルスルホニル、および(1〜4Cアルコキシ)カルボニルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された4〜7員複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環原子を有し、(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された5員ヘテロアリール環であり;
Arは、(1〜4C)アルコキシで任意選択で置換されたフェニルであり;
hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)、(1〜3C)トリフルオロアルキル、およびメトキシベンジルから独立に選択される1〜2つの置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環;または1〜3個の環窒素原子を有する9〜10員二環式ヘテロアリールであり;
Arは、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、H、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(1〜4Cアルキル)OC(=O)−、(1〜6C)アルキルチオ、フェニル[ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された]、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、またはトリフルオロ(1〜3Cアルキル(alky))アミドであり;あるいは
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和炭素環を形成し、または
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、N、O、またはSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和複素環を形成し、前記複素環は、(1〜6Cアルキル)C(=O)O−、(1〜6)アシル、(1〜6C)アルキル、およびオキソから独立に選択される1または2つの置換基で任意選択で置換されており、前記硫黄環原子は、S(=O)またはSOに任意選択で酸化されており;
hetArは、N、O、またはSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有する5〜6員ヘテロアリール環であり、環は、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、およびCFから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されており;
Arは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、CFO−、(1〜4C)アルコキシカルボニル、およびアミノカルボニルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
3aは、水素、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、およびヒドロキシメチルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
3bは、水素、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、およびヒドロキシメチルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
4aは、水素、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、フェニル[(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された]、またはN、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)(1〜3C)トリフルオロアルキル、およびメトキシベンジルから独立に選択される1〜2つの置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
5aは、水素、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、およびヒドロキシメチルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環である。
Trk阻害剤のさらなる例は、国際公開第WO2014078454号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬学的に許容される塩、もしくは溶媒和物であり得、式中:
Xは、O、S、NH、またはN−CNであり;
環Aは、式A−1またはA−2
Figure 2018526324
であり;
Yは、H、ハロゲン、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、シアノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、CN、アミノカルボニル、または(1〜4Cアルコキシ)カルボニルであり;
、R、およびRは、H、ハロゲン、(1〜3C)アルキル、(1〜3C)アルコキシ、およびCNから独立に選択され;
Bは、NR、O、結合、CR、S、またはSOであり;
Dは、NR、O、結合、CR、またはSOであり;
Eは、NR、O、結合、またはCR、SもしくはSOであり;
Fは、CRであり;
ただし、B、D、E、およびFが形成する環は、これらが付着している原子と一緒に、少なくとも5個の原子を含有し、B、D、またはEのうちのゼロまたは1つは、NRまたはOであり;
Gは、CRであり;
Kは、NRであり;Rは、(1〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜6C)シクロアルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜3Cアルコキシ)(2〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜6C)アルキルC(=O)−、または(1〜6Cアルコキシ)C=O−であり;
、R、R、R、R、R、R、およびRは、独立に、H、OH、(1〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(3〜6C)シクロアルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜3Cアルコキシ)(2〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、ヒドロキシ(2〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(2〜6C)シアノアルキル、(1〜6C)アルコキシ[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、もしくは(1〜3Cアルコキシ)(2〜6C)アルコキシ[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]であり、またはRとR、もしくはRとR、もしくはRとR、もしくはRとRの対のうちの1つは、これらが付着している炭素原子と一緒に、(3〜6C)シクロアルキル、オキセタニル、もしくはアゼチジニル環を形成し、またはRとR、もしくはRとR、もしくはRとR、もしくはRとRの対のうちの1つは、オキソ基を形成し、RおよびRの一方のみがOHであり得、Bがヘテロ原子に接続されている場合、どちらもOHでなく、RおよびRの一方のみがOHであり得、Dがヘテロ原子に接続されている場合、どちらもOHでなく、RおよびR’の一方のみがOHであり得、Eがヘテロ原子に接続されている場合、どちらもOHでなく、RおよびRの一方のみがOHであり得、Fがヘテロ原子に接続されている場合、どちらもOHでなく;
は、H、(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、シクロプロピル、またはシクロブチルであり、
R”は、Hもしくは(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]であり、または
およびRは、一緒にオキソ基を形成し;
は、H、(1〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(3〜6C)シクロアルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜3Cアルコキシ)(2〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、ヒドロキシ(2〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、または(2〜6C)シアノアルキルであり;
環Cは、式C−1またはC−2
Figure 2018526324
であり;
は、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、Ar、hetCyc、(3〜7C)シクロアルキル、またはhetArであり;
Arは、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和または部分不飽和複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
は、OH、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(tetrafluro)(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(pentafluro)(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルキル、スルファミド(1〜6C)アルキル、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルキル、hetAr(1〜6C)アルキル、Ar(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、モノフルオロ(1〜6C)アルコキシ、ジフルオロ(1〜6C)アルコキシ、トリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、テトラフルオロ(2〜6C)アルコキシ、ペンタフルオロ(2〜6C)アルコキシ、シアノ(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜6C)アルコキシ、ジヒドロキシ(2〜6C)アルコキシ、アミノ(2〜6C)アルコキシ、ヒドロキシル−カルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCyc(1〜6C)アルコキシ、hetAr(1〜6C)アルコキシ、Ar(1〜6C)アルコキシ、(1〜4Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、(1〜3Cアルキルスルホニル)(1〜6C)アルコキシ、(3〜6C)シクロアルキル[F、OH、(1〜6Cアルキル)、(1〜6C)アルコキシ、もしくは(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された]、hetAr、hetAr−O−、Ar、hetCyc(O)CH−、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルコキシ、アミノカルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCycC(=O)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルアミド(1〜6C)アルコキシ、ジ(1〜3Cアルキル)アミノ−カルボキシ、hetCycC(=O)O−、ヒドロキシジフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシカルボニル、ヒドロキシカルボニル、アミノカルボニル、(1〜3Cアルコキシ)アミノカルボニル、hetCyc、ハロゲン、CN、トリフルオロメチルスルホニル、N−(1〜3Cアルキル)オキサジアゾロニル、hetAr、またはhetCyc−O−であり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アシルから独立に選択される1〜2つの基で任意選択で置換された4〜6員複素環であり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、F、CN、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アシル−、(1〜6C)アルキルスルホニル、トリフルオロメチルスルホニル、および(1〜4Cアルコキシ)カルボニルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された4〜7員複素環であり;hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環原子を有し、(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された5員ヘテロアリール環であり;
Arは、(1〜4C)アルコキシで任意選択で置換されたフェニルであり;
hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、フルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)、フルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、ジフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、トリフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(3〜4Cシクロアルキル)アミノから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
hetArは、構造:
Figure 2018526324
(式中、Rは、(3〜4C)シクロアルキルまたは(1〜3C)アルキル(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)である)から選択される基であり、前記hetAr基のそれぞれは、F、および1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択でさらに置換されており;
hetCycは、環窒素原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された7〜8員架橋複素環であり;
Arは、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(1〜4Cアルキル)OC(=O)−、(1〜6C)アルキルチオ、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、トリフルオロ(1〜3Cアルキル)アミド、またはフェニル(ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された);あるいは
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和炭素環を形成し、またはRおよびRは、これらが付着している原子と一緒に、N、O、もしくはSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和複素環を形成し、前記複素環は、(1〜6Cアルキル)C(=O)O−、(1〜6C)アシル、(1〜6C)アルキル、およびオキソから独立に選択される1または2つの置換基で任意選択で置換されており、前記硫黄環原子は、S(=O)またはSOに任意選択で酸化されており;
3aは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
4aは、水素、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、フェニル[(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された]、またはN、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノおよび(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)(1〜3C)トリフルオロアルキルから独立に選択される1〜2つの置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
5aは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環である。
Trk阻害剤のさらなる例は、国際公開第WO2014078417号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬剤学的に許容される塩、溶媒和物、もしくはプロドラッグであり得、式中:
Xは、O、S、NH、またはN−CNであり;
環Aは、
Figure 2018526324
であり;
は、ハロゲンおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]または(3〜4C)シクロアルキル[1もしくは2つのフルオロで任意選択で置換された]であり;
は、HまたはCHであり;
環Cは、式C−1またはC−2
Figure 2018526324
であり;
は、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、Ar、hetCyc、(3〜7C)シクロアルキル、またはhetArであり;
Arは、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和または部分不飽和複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;Rは、hetAr、hetAr、またはヒドロキシ(1〜6C)アルコキシであり;
hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、フルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)、フルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、ジフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、トリフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(3〜4Cシクロアルキル)アミノから独立に選択される1つまたは複数の置換基で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
hetArは、構造:
Figure 2018526324
(式中、Rは、(3〜4C)シクロアルキルまたは(1〜3C)アルキル(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)である)から選択される基であり、前記hetAr基のそれぞれは、F、および1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択でさらに置換されており;
は、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(monofiuoro)(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(1〜4Cアルキル)OC(=O)−、(1〜6C)アルキルチオ、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、トリフルオロ(1〜3Cアルキル)アミド、またはフェニル(ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された)であり;あるいは
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された、5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和炭素環を形成し、または
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、N、O、もしくはSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和複素環を形成し、前記複素環は、(1〜6Cアルキル)C(=O)O−、(1〜6C)アシル、(1〜6C)、アルキルおよびオキソから独立に選択される1または2つの置換基で任意選択で置換されており、前記硫黄環原子は、S(=O)またはSOに任意選択で酸化されており;Rは、水素、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
4aは、水素、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、フェニル[(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ(a!kylthio)、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された]、またはN、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノおよび(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)(1〜3C)トリフルオロアルキルから独立に選択される1〜2つの置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり、
5aは、水素、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環である。
Trk阻害剤の追加の例は、国際公開第WO2014078408号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬剤学的に許容される塩、溶媒和物、もしくはプロドラッグであり得、式中:
Xは、O、S、NH、または−N−CNであり;
環Aは、式A−1、A−2、A−3、またはA−4
Figure 2018526324
であり;
は、H、ハロゲン、(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜3C)アルコキシ[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、または(3〜5C)シクロアルキルであり;
Yは、ArまたはhetArであり;
Arは、ハロゲン、(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、および(1〜3C)アルコキシ[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]から独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
hetArは、ハロゲン、(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、および(1〜3C)アルコキシ[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]から独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたピリジルであり;
環Cは、式C−1またはC−2
Figure 2018526324
であり;
は、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、Ar、hetCyc、(3〜7C)シクロアルキル、またはhetArであり;Arは、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和または部分不飽和複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
は、OH、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルキル、スルファミド(1〜6C)アルキル、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルキル、hetAr(1〜6C)アルキル、Ar(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、モノフルオロ(1〜6C)アルコキシ、ジフルオロ(1〜6C)アルコキシ、トリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、テトラフルオロ(2〜6C)アルコキシ、ペンタフルオロ(2〜6C)アルコキシ、シアノ(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜6C)アルコキシ、ジヒドロキシ(2〜6C)アルコキシ、アミノ(2〜6C)アルコキシ、ヒドロキシル−カルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCyc(1〜6C)アルコキシ、hetAr(1〜6C)アルコキシ、Ar(1〜6C)アルコキシ、(1〜4Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、(1〜3Cアルキルスルホニル)(1〜6C)アルコキシ、(3〜6C)シクロアルキル[F、OH、(1〜6Cアルキル)、(1〜6C)アルコキシ、もしくは(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された]、hetAr、hetAr−O−、Ar、hetCyc(O)CH−、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルコキシ、アミノカルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCycC(=O)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルアミド(1〜6C)アルコキシ、ジ(1〜3Cアルキル)アミノカルボキシ、hetCycC(=O)O−、ヒドロキシジフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシカルボニル、ヒドロキシカルボニル、アミノカルボニル、(1〜3Cアルコキシ)アミノカルボニル、hetCyc、ハロゲン、CN、トリフルオロメチルスルホニル、N−(1〜3Cアルキル)オキサジアゾロニル、またはhetArであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アシルから独立に選択される1〜2つの基で任意選択で置換された4〜6員複素環であり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、F、CN、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アシル−、(1〜6C)アルキルスルホニル、トリフルオロメチルスルホニル、および(1〜4Cアルコキシ)カルボニルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された4〜7員複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環原子を有し、(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された5員ヘテロアリール環であり;ATは、(1〜4C)アルコキシで任意選択で置換されたフェニルであり;
hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、フルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)、フルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、ジフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、トリフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(3〜4Cシクロアルキル)アミノから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
hetArは、構造:
Figure 2018526324
(式中、Rは、(3〜4C)シクロアルキルまたは(1〜3C)アルキル(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)である)から選択される基であり、前記hetAr基のそれぞれは、F、および1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択でさらに置換されており;
Arは、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(1〜4Cアルキル)OC(=O)−、(1〜6C)アルキルチオ、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、トリフルオロ(1〜3Cアルキル)アミド、またはフェニル(ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された)であり;あるいは
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和炭素環を形成し、またはRおよびRは、これらが付着している原子と一緒に、N、O、もしくはSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和複素環を形成し、前記複素環は、(1〜6Cアルキル)C(=O)O−、(1〜6C)アシル、(1〜6C)アルキル、およびオキソから独立に選択される1または2つの置換基で任意選択で置換されており、前記硫黄環原子は、S(=O)またはSOに任意選択で酸化されており;
3aは、水素、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
4aは、水素、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、フェニル[(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された]、またはN、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノおよび(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)(1〜3C)トリフルオロアルキルから独立に選択される1〜2つの置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
5aは、水素、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環である。
Trk阻害剤のさらなる例は、国際公開第WO2014078378号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬剤学的に許容される塩、溶媒和物、もしくはプロドラッグであり得、式中:
環BおよびNH−C(=X)−NH部分は、トランス構成にあり;
、R、R、およびRは、Hおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択され、
またはRおよびRは、Hおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択され、RおよびRは、これらが付着している原子と一緒に、シクロプロピル環を形成し;
Xは、O、S、NH、またはN−CNであり;
は、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(トリフルオロメトキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜3Cスルファニル)(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルキルアミノ)(1〜3C)アルキル、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、ジ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、またはヒドロキシカルボニル(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルであり;
は、H、F、またはOHであり;
環Bは、ArまたはhetArであり;
Arは、ハロゲン、CF、CFO−、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜6C)アルキル、およびCNから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、OH、CF、NH、およびヒドロキシ(1〜2C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリールであり;
環Cは、式C−1〜C−13:
Figure 2018526324
から選択され;
Rは、H、NH、CN、ハロゲン、(1〜3C)アルキル[1〜3つのフルオロで任意選択で置換された]、HNC(=O)−、(1〜3Cアルキル)NHC(=O)−、ジ(1〜3Cアルキル)NHC(=OKヒドロキシ(1〜3C)アルキル、CHOCHCH、(3〜4C)シクロアルキル、または(1〜3C)アルコキシであり;
3aは、H、(1〜3C)アルキル、CFCHCH、HCFCHCH、HFCCHCH、CFCH、HOCHCH、MeOCHCH、または(3〜4C)シクロアルキルであり;
は、H、OH、(1〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、シアノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルキル、スルファミド(1〜6C)アルキル、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルキル、hetAr(1〜6C)アルキル、Ar(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、シアノ(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜6C)アルコキシ、ジヒドロキシ(2〜6C)アルコキシ、アミノ(2〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ−カルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCyc(1〜6C)アルコキシ、hetAr(1〜6C)アルコキシ、Ar(1〜6C)アルコキシ、(1〜4Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、(1〜3Cアルキルスルホニル)(1〜6C)アルコキシ、(3〜6C)シクロアルキル[F、OH、(1〜6Cアルキル)、(1〜6C)アルコキシ、もしくは(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された]、hetAr、hetAr−O−、Ar、hetCyc(O)CH−、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルコキシ、アミノカルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCycC(=O)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルアミド(1〜6C)アルコキシ、ジ(1〜3Cアルキル)アミノ−カルボキシ、hetCycC(=O)O−、ヒドロキシジフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシカルボニル、ヒドロキシカルボニル、アミノカルボニル、(1〜3Cアルコキシ)アミノカルボニル、hetCyc、ハロゲン、CN、トリフルオロメチルスルホニル、N−(1〜3Cアルキル)オキサジアゾロニル、またはhetArであり;
4aは、H、(1〜6C)アルキル、CFCHCH、HCFCHCH、HFCCHCH、CFCH、シアノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルキル、スルファミド(1〜6C)アルキル、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルキル、hetAr(1〜6C)アルキル、Ar(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル[F、OH、(1〜6Cアルキル)、(1〜6C)アルコキシ、もしくは(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された]、hetAr、Ar、ヒドロキシジフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、hetCyc、N−(1〜3Cアルキル)オキサジアゾロニル、またはhetArであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アシルから独立に選択される1〜2つの基で任意選択で置換された4〜6員複素環であり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、F、CN、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アシル−、(1〜6C)アルキルスルホニル、トリフルオロメチルスルホニル、および(1〜4Cアルコキシ)カルボニルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された4〜7員複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環原子を有し、(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された5員ヘテロアリール環であり;
Arは、(1〜4C)アルコキシで任意選択で置換されたフェニルであり;
hetArは、独立に、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル[1〜3つのフルオロで任意選択で置換された]、ハロゲン、CN、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)、フルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、ジフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、トリフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(3〜4Cシクロアルキル)アミノから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
hetArは、構造:
Figure 2018526324
(式中、Rは、(3〜4C)シクロアルキルまたは(1〜3C)アルキル(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)である)から選択される基であり、前記hetAr基のそれぞれは、F、および1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3)Cアルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択でさらに置換されており;
Arは、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、H、(1〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、ハロゲン、CN、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(1〜4Cアルキル)OC(=O)−、(1〜6C)アルキルチオ、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、トリフルオロ(1〜3Cアルキル)アミド、またはフェニル[ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された]であり;
5aは、H、(1〜6C)アルキル、CFCHCH、HCFCHCH、HFCCHCH、CFCH、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(3〜4C)シクロアルキル、またはフェニル[ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された]であり;
Rは、(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、またはフェニル[ハロゲン、(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、およびトリフルオロ(1〜3C)アルキルアミドから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された]であり;
8aおよびR8bは、独立に、H、ハロゲン、CN、NH、(1〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜6C)アルコキシ、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)スルホニル、(3〜6Cシクロアルキル)スルホニル、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、(1〜6Cアルキル)NH−、フェニル[(1〜6Cアルキル)SO−で任意選択で置換された]、またはhetArであり、R8aおよびR8bの一方のみがフェニル[(1〜6Cアルキル)SO−で任意選択で置換された]またはhetArであり得;
は、H、(1〜6C)アルキル、CFCH−、CFCHCH−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、または(3〜4C)シクロアルキルであり;
10は、(3〜6C)シクロアルキルまたはフェニル[ハロゲン、(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、およびトリフルオロ(1〜3Cアルキル)アミドから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された]である。
Trk阻害剤の追加の例は、国際公開第WO2014078372号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬剤学的に許容される塩、溶媒和物、もしくはプロドラッグであり得、式中:
環BおよびNH−C(=X)−NH部分は、トランス構成にあり;
、R、R、およびRは、独立に、Hおよび(1〜3C)アルキルから選択され、
またはRおよびRは、Hおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択され、RおよびRは、これらが付着している原子と一緒に、シクロプロピル環を形成し;
Xは、O、S、NH、またはN−CNであり;
は、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(トリフルオロメトキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜3Cスルファニル)(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(monofiuoro)(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜6C)アルキル、(1〜3C)アルキルアミノ(1〜3C)アルキル、(1〜4C)アルコキシカルボニル(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、ジ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、またはヒドロキシカルボニル(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルであり;
は、H、F、またはOHであり;
環Bは、ArまたはhetArであり;
Arは、ハロゲン、CF、CFO−、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜6C)アルキル、およびCNから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、OH、CF、NH、およびヒドロキシ(1〜2C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリールであり;
環Cは、式C−1〜C−9
Figure 2018526324
から選択され;
Rは、H、ハロゲン、またはフェニル[ハロゲンおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された]であり;
7aおよびR7bは、独立に、H、(1〜6C)アルキル、またはフェニル[ハロゲンおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された]であり、R7aおよびR7bの一方のみがハロゲンおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり得;
は、ハロゲン、(1〜3C)アルキル、および(3〜6C)シクロアルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、H、ハロゲン、(1〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、または(1〜6C)アルコキシであり;
10は、Hまたは(1〜6C)アルキルである。
Trk阻害剤のさらなる例は、国際公開第WO2014078331号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I−C:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬剤学的に許容される塩、溶媒和物、もしくはプロドラッグであり得、式中:
Xは、O、S、NH、またはN−CNであり;
環Aは、式A−1またはA−2
Figure 2018526324
(式中、点線は、任意選択の二重結合である)であり;
環Aが式A−1であるときnは0または1であり、環Aが式A−2であるときnは0であり;
、G、およびGは、独立に、CRまたはNであり、G、G、およびGのうちの2つ以下がNであり得え;
各Rは、独立に、H、ハロゲン、(1〜4C)アルキル、または(1〜4C)アルコキシであり;
は、H、ハロゲン、(1〜3C)アルコキシ(1〜3C)アルキル(1〜5つのフルオロで任意選択で置換された)、(1〜3Cアルキル)スルファニル(1〜3C)アルキル(1〜5つのフルオロで任意選択で置換された)、(1〜3C)アルキル(1〜5つのフルオロで任意選択で置換された)、(1〜3C)アルコキシ(1〜5つのフルオロで任意選択で置換された)、(1〜3Cアルキル)スルファニル(1〜5つのフルオロで任意選択で置換された)、シアノ(1〜3C)アルキル(1〜5つのフルオロで任意選択で置換された)、ヒドロキシ(1〜3C)アルキル(1〜5つのフルオロで任意選択で置換された)、(1〜4C)アルキル(1〜5つのフルオロで任意選択で置換された)、CHCHNR、CFCHNR、HCFCHNR、HCFCHNR、CHNRCH、RNCHCH、RNCHCFH、またはRNCHCFであり;
各Rは、独立に、Hまたはメチルであり;
nが0であるとき、Rは、H、ハロゲン、(1〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜6C)アルコキシ[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CHO−、アミノ(1〜3C)アルキル、CFCHNHCH、HCFCHNHCH、C5〜C8架橋シクロアルキル、hetCyc、hetCycCH、Cyc、hetAr、およびArからなる群から選択され、
nが1であるとき、Rは、H、ハロゲン、CF、FCH、FCH、メチル、およびメトキシからなる群から選択され、
hetCycは、N、O、およびSから選択される環ヘテロ原子を有し、OH、F、(1〜6C)アルコキシまたは(1〜6C)アルキル[1〜3つのフルオロで任意選択で置換された]から独立にされる1〜3つの基で任意選択で置換された4〜6員複素環であり;
Cycは、(1〜4C)アルコキシ、(1〜4C)アルキル、F、またはOHで任意選択で置換された(3〜6C)シクロアルキルであり;
hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、OH、CF、NH、およびヒドロキシ(1〜2C)アルキルから独立に選択される1〜2つの基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリールであり;
Arは、ハロゲン、CF、CFO−、(1〜4C)アルコキシ、(1〜4C)スルファニル、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜6C)アルキル、およびCNから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、H、(1〜3C)アルキル、シクロプロピル、シクロブチル、またはCFであり、
は、H、メチル、もしくはエチルであり、
またはRおよびRは、これらが付着している炭素原子と一緒に、3〜6員シクロアルキル環を形成し;
は、H、メチル、またはエチルであり、
は、CFCHCH、フェニル、またはフェニルCH−であり、各フェニル環は、ハロゲン、メトキシ、およびメトキシメチルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されており;
環Cは、式C−1またはC−2
Figure 2018526324
であり、
は、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、Ar、hetCyc、(3〜7C)シクロアルキル、C5〜C8架橋シクロアルキル、またはhetArであり;
Arは、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和または部分不飽和複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
は、OH、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルキル、スルファミド(1〜6C)アルキル、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルキル、hetAr(1〜6C)アルキル、Ar(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、モノフルオロ(1〜6C)アルコキシ、ジフルオロ(1〜6C)アルコキシ、トリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、テトラフルオロ(2〜6C)アルコキシ、ペンタフルオロ(2〜6C)アルコキシ、シアノ(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜6C)アルコキシ、ジヒドロキシ(2〜6C)アルコキシ、アミノ(2〜6C)アルコキシ、ヒドロキシル−カルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCyc(1〜6C)アルコキシ、hetAr(1〜6C)アルコキシ、Ar(1〜6C)アルコキシ、(1〜4Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、(1〜3Cアルキルスルホニル)(1〜6C)アルコキシ、(3〜6C)シクロアルキル[F、OH、(1〜6Cアルキル)、(1〜6C)アルコキシ、もしくは(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された]、hetAr、hetAr−O−、Ar、hetCyc(O)CH−、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルコキシ、アミノカルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCycC(=O)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルアミド(1〜6C)アルコキシ、ジ(1〜3Cアルキル)アミノカルボキシ、hetCycC(=O)O−、ヒドロキシジフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシカルボニル、ヒドロキシカルボニル、アミノカルボニル、(1〜3Cアルコキシ)アミノカルボニル、hetCyc、ハロゲン、CN、トリフルオロメチルスルホニル、N−(1〜3Cアルキル)オキサジアゾロニル、hetAr、Ar−O−、hetCyc−O−、Cyc’−O−、またはアミノヒドロキシ(1〜6C)アルコキシであり;hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルコキシ)カルボニル、(1〜6C)アシル、ハロゲン、およびオキソから独立に選択される1〜2つの基で任意選択で置換された4〜6員複素環であり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、F、CN、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アシル−、(1〜6C)アルキルスルホニル、トリフルオロメチルスルホニル、および(1〜4Cアルコキシ)カルボニルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された4〜7員複素環であり;
hetCycは、環窒素原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された5〜8員単環式、スピロ環式、または架橋複素環であり;
Cycは、アミノ基で任意選択で置換された3〜6員炭素環であり;hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環原子を有し、(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された5員ヘテロアリール環であり;
Arは、(1〜4C)アルコキシで任意選択で置換されたフェニルであり;
hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、フルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)、フルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、ジフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、トリフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(3〜4Cシクロアルキル)アミノから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
hetArは、構造:
Figure 2018526324
(式中、Rは、(3〜4C)シクロアルキルまたは(1〜3C)アルキル(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)である)から選択される基であり、前記hetAr基のそれぞれは、F、および1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択でさらに置換されており;
Arは、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(1〜4Cアルキル)OC(=O)−、(1〜6C)アルキルチオ、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、トリフルオロ(1〜3Cアルキル)アミド、またはフェニル(ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシ)から独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された)であり;あるいは
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和炭素環を形成し、または
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、N、O、もしくはSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和、部分不飽和、または不飽和複素環を形成し、前記複素環は、(1〜6Cアルキル)C(=O)O−、(1〜6C)アシル、(1〜6C)アルキル、およびオキソから独立に選択される1もしくは2つの置換基で任意選択で置換されており、前記硫黄環原子は、S(=O)またはSOに任意選択で酸化されており;
3aは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
4aは、水素、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、フェニル[(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された]、またはN、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)(1〜3C)トリフルオロアルキルから独立に選択される1〜2つの置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
5aは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環である。
Trk阻害剤の追加の例は、国際公開第WO2014078328号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I−1:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬剤学的に許容される塩、溶媒和物、もしくはプロドラッグであり得、式中:
環Aは、式A−1、A−2、A−3、またはA−4:
Figure 2018526324
であり、
は、H、ハロゲン、(1〜3C)アルコキシ(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜3Cアルキル)スルファニル(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜3C)アルコキシ[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜3Cアルキル)スルファニル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、シアノ(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、ヒドロキシ(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、(1〜4C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]、CHCHNR、CFCHNR、HCFCHNR、HCFCHNR、CHNRCH、R^^CHzCHs、またはR^^CHzCFzであり;
各Rは、独立に、Hまたはメチルであり;
およびRは、H、ハロゲン、(1〜3C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]または(1〜3C)アルコキシ[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]から独立に選択され;
nは、0、1、または2であり;
mは、0、1、または2であり;
Xは、O、S、NH、またはN−CNであり;
環Cは、式C−1またはC−2
Figure 2018526324
であり、
は、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、Ar、hetCyc、(3〜7C)シクロアルキル、またはhetArであり;
Arは、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和または部分不飽和複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
は、OH、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルキル、スルファミド(1〜6C)アルキル、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルキル、hetAr(1〜6C)アルキル、Ar(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、モノフルオロ(1〜6C)アルコキシ、ジフルオロ(1〜6C)アルコキシ トリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、テトラフルオロ(2〜6C)アルコキシ、ペンタフルオロ(2〜6C)アルコキシ、シアノ(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜6C)アルコキシ、ジヒドロキシ(2〜6C)アルコキシ、アミノ(2〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ−カルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCyc(1〜6C)アルコキシ、hetAr(1〜6C)アルコキシ、Ar(1〜6C)アルコキシ、(1〜4Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、(1〜3Cアルキルスルホニル)(1〜6C)アルコキシ、(3〜6C)シクロアルキル[F、OH、(1〜6Cアルキル)、(1〜6C)アルコキシ、または(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された]、hetAr、hetAr−O−、Ar、hetCyc(O)CH−、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルコキシ、アミノカルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCycC(=O)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルアミド(1〜6C)アルコキシ、ジ(1〜3Cアルキル)アミノ−カルボキシ、hetCycC(=O)O−、ヒドロキシジフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシカルボニル、ヒドロキシカルボニル、アミノカルボニル、(1〜3Cアルコキシ)アミノカルボニル、hetCyc、ハロゲン、CN、トリフルオロメチルスルホニル、N−(1〜3Cアルキル)オキサジアゾロニル、またはhetArであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アシルから独立に選択される1〜2つの基で任意選択で置換された4〜6員複素環であり;hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、F、CN、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル(aikyl)、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アシル−、(1〜6C)アルキルスルホニル、トリフルオロメチルスルホニル、および(1〜4Cアルコキシ)カルボニルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された4〜7員複素環であり;hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環原子を有し、(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された5員ヘテロアリール環であり;
Arは、(1〜4C)アルコキシで任意選択で置換されたフェニルであり;
hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、フルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)、フルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、ジフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、トリフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(3〜4Cシクロアルキル)アミノから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
hetArは、構造:
Figure 2018526324
(式中、Rは、(3〜4C)シクロアルキルまたは(1〜3C)アルキル(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)である)から選択される基であり、前記hetAr基のそれぞれは、F、および1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択でさらに置換されており;
Arは、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(1〜4Cアルキル)OC(=O)−、(1〜6C)アルキルチオ、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、トリフルオロ(1〜3Cアルキル)アミド、またはフェニル(ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された)であり;あるいは
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和炭素環を形成し、またはRおよびRは、これらが付着している原子と一緒に、N、O、もしくはSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和、部分不飽和、または不飽和複素環を形成し、前記複素環は、(1〜6Cアルキル)C(−O)O−、(1〜6C)アシル、(1〜6C)アルキル、およびオキソから独立に選択される1もしくは2つの置換基で任意選択で置換されており、前記硫黄環原子は、S(=O)またはSOに任意選択で酸化されており;
3aは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
4aは、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、フェニル[(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された]、またはN、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)(1〜3C)トリフルオロアルキルから独立に選択される1〜2つの置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
5aは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環である。
Trk阻害剤のさらなる例は、国際公開第WO2014078325号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬学的に許容される塩、溶媒和物、もしくはプロドラッグであり得、式中:
環Aは、式A−1、A−2、A−3、A−4、A−5、またはA−6
Figure 2018526324
であり、
mは、0、1、2、3、または4であり;
nは、0、1、2、または3であり;
pは、0、1、または2であり;
は、式R−1、R−2、またはR−3
Figure 2018526324
であり、
は、CHCH−、CFCH−、CHO−、FCO−、FCHO−、FCHO−、CHS−、FCS−、FCHS−、またはFCHS−であり;
は、O、S、NH、MeN−、またはCHであり;
は、CHO−、CHS−、MeNH−、またはMeN−であり;
は、CHであり、Yは、SもしくはOであり、またはYは、SもしくはOでありYは、CHであり;
は、ハロゲン、(1〜3C)アルキル(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)、(1〜3C)アルコキシ(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)、CHOCH−(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)、(1〜3Cアルキル)スルファニル、ジ(1〜3C)アルキルアミノ、シクロプロピル、シクロブチル、またはアゼチジニルであり、前記シクロプロピル、シクロブチル、およびアゼチジニルのそれぞれは、1〜2つのフルオロで任意選択で置換されており;
Xは、O、S、NH、またはN−CNであり;
環Cは、式C−1またはC−2
Figure 2018526324
であり、
は、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、Ar、hetCyc、(3〜7C)シクロアルキル、またはhetArであり;
Arは、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和または部分不飽和複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
は、H、OH、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルキル、スルファミド(1〜6C)アルキル、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルキル、hetAr(1〜6C)アルキル、Ar(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、モノフルオロ(1〜6C)アルコキシ、ジフルオロ(1〜6C)アルコキシ トリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、テトラフルオロ(2〜6C)アルコキシ、ペンタフルオロ(2〜6C)アルコキシ シアノ(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜6C)アルコキシ、ジヒドロキシ(2〜6C)アルコキシ、アミノ(2〜6C)アルコキシ、ヒドロキシル−カルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCyc(1〜6C)アルコキシ、hetAr(1〜6C)アルコキシ、Ar(1〜6C)アルコキシ、(1〜4Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、(1〜3Cアルキルスルホニル)(1〜6C)アルコキシ、(3〜6C)シクロアルキル[F、OH、(1〜6Cアルキル)、(1〜6C)アルコキシ、もしくは(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された]、hetAr、hetAr−O−、Ar、hetCyc(O)CH−、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルコキシ、アミノカルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCycC(=O)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルアミド(1〜6C)アルコキシ、ジ(1〜3Cアルキル)アミノカルボキシ、hetCycC(=O)O−、ヒドロキシジフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシカルボニル、ヒドロキシカルボニル、アミノカルボニル、(1〜3Cアルコキシ)アミノカルボニル、hetCyc、ハロゲン、CN、トリフルオロメチルスルホニル、N−(1〜3Cアルキル)オキサジアゾロニル、またはhetArであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アシル、およびハロゲンから独立に選択される1〜2つの基で任意選択で置換された4〜6員複素環であり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、F、CN、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アシル−、(1〜6C)アルキルスルホニル、トリフルオロメチルスルホニル、および(1〜4Cアルコキシ)カルボニルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された4〜7員複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環原子を有し、(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された5員ヘテロアリール環であり;
Arは、(1〜4C)アルコキシで任意選択で置換されたフェニルであり;
hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、フルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)、フルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、ジフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、トリフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(3〜4Cシクロアルキル)アミノから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
hetArは、構造:
Figure 2018526324
(式中、Rは、(3〜4C)シクロアルキルまたは(1〜3C)アルキル(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)である)から選択される基であり、前記hetAr基のそれぞれは、F、および1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択でさらに置換されており;ATは、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(1〜4Cアルキル)OC(=O)−、(1〜6C)アルキルチオ、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、トリフルオロ(1〜3Cアルキル)アミド、またはフェニル(ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された)であり;あるいは
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和炭素環を形成し、または
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、N、O、もしくはSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和複素環を形成し、前記複素環は、(1〜6Cアルキル)C(=O)O−、(1〜6C)アシル、(1〜6C)アルキル、およびオキソから独立に選択される1または2つの置換基で任意選択で置換されており、前記硫黄環原子は、S(=O)またはSOに任意選択で酸化されており;
3aは、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
4aは、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、フェニル[(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された]、またはN、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(1〜3Cトリフルオロアルコキシ(1〜3C)トリフルオロアルキルから独立に選択される1〜2つの置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;R5aは、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環である。
Trk阻害剤の追加の例は、国際公開第WO2014078323号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬剤学的に許容される塩、溶媒和物、もしくはプロドラッグであり得、式中:
環BおよびNH−C(=X)−NH部分は、トランス構成にあり;
、R、R、およびRは、Hおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択され、
またはRおよびRは、Hおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択され、RおよびRは、これらが付着している原子と一緒に、シクロプロピル環を形成し;
Xは、O、S、NH、またはN−CNであり;
は、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(トリフルオロメトキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜3Cスルファニル)(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルキルアミノ)(1〜3C)アルキル、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、ジ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルまたはヒドロキシカルボニル(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルであり;
は、H、F、またはOHであり;
環Bは、ArまたはhetArであり;
Arは、ハロゲン、CF、CFO−、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜6C)アルキル、およびCNから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、OH、CF、NH、およびヒドロキシ(1〜2C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリールであり;
環Cは、
Figure 2018526324
であり、
は、H、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、Ar、hetCyc、(3〜7C)シクロアルキル、hetAr、またはC5〜C8架橋炭素環であり;
Arは、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和または部分不飽和複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
は、−6Cアルキル)SO−、(1〜6Cアルキル)C(=O)−から、および構造:
Figure 2018526324
Figure 2018526324
から選択され;
は、1〜3つのフルオロで置換された(1〜3C)アルキル、または(3〜4C)シクロアルキルであり;
は、(1〜3C)アルキルであり;
は、1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3C)アルキルであり;
は、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(trifiuoro)(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−、(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、トリフルオロ(1〜3C)アルコキシ、またはトリフルオロ(1〜6C)アルキルであり;
nは、0、1、2、3、または4であり;
mは、0、1、2、または3であり;
は、F、または1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3C)アルキルであり;
pは、0、1、または2であり;
は、(3〜4C)シクロアルキル、または1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3C)アルキルであり;Rは、H、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(1〜4Cアルキル)OC(=O)−、(1〜6C)アルキルスルファニル、フェニル[ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された]、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、またはトリフルオロ(1〜3Cアルキル)アミドである。
Trk阻害剤の追加の例は、国際公開第WO2014078322号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式I:
Figure 2018526324
の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは薬学的に許容される塩、溶媒和物、もしくはプロドラッグであり得、式中:
Xは、O、S、NH、またはN−CNであり;
環Aは、
Figure 2018526324
であり、
Dは、OまたはSであり;
は、ハロゲンおよび(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニルであり;
Rは、(1〜6C)アルキル[1〜5つのフルオロで任意選択で置換された]または(3〜6C)シクロアルキル[1つもしくは2つのフルオロで任意選択で置換された]であり;
環Cは、式C−1またはC−2
Figure 2018526324
であり、
は、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、Ar、hetCyc、(3〜7C)シクロアルキル、またはhetArであり;
Arは、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和または部分不飽和複素環であり;hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
は、H、OH、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(tetrafluro)(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(pentafluro)(2〜6C)アルキル、シアノ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、ジヒドロキシ(2〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、アミノ(1〜6C)アルキル、アミノカルボニル(1〜6C)アルキル、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルキル、スルファミド(1〜6C)アルキル、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルキル、hetAr(1〜6C)アルキル、Ar(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、モノフルオロ(1〜6C)アルコキシ、ジフルオロ(1〜6C)アルコキシ、トリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、テトラフルオロ(2〜6C)アルコキシ、ペンタフルオロ(2〜6C)アルコキシ、シアノ(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜6C)アルコキシ、ジヒドロキシ(2〜6C)アルコキシ、アミノ(2〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ−カルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCyc(1〜6C)アルコキシ、hetAr(1〜6C)アルコキシ、Ar(1〜6C)アルコキシ、(1〜4Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、(1〜3Cアルキルスルホニル)(1〜6C)アルコキシ、(3〜6C)シクロアルキル[F、OH、(1〜6Cアルキル)、(1〜6C)アルコキシ、または(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された]、hetAr、hetAr−O−、Ar、hetCyc(O)CH−、(1〜4Cアルコキシカルボニル)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシカルボニル(1〜6C)アルコキシ、アミノカルボニル(1〜6C)アルコキシ、hetCycC(=O)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルコキシ、ヒドロキシトリフルオロ(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルスルホンアミド(1〜6C)アルコキシ、(1〜3C)アルキルアミド(1〜6C)アルコキシ、ジ(1〜3Cアルキル)アミノ−カルボキシ、hetCycC(=O)O−、ヒドロキシジフルオロ(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシカルボニル、ヒドロキシカルボニル、アミノカルボニル、(1〜3Cアルコキシ)アミノカルボニル、hetCyc、ハロゲン、CN、トリフルオロメチルスルホニル、N−(1〜3Cアルキル)オキサジアゾロニル、またはhetArであり;
hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、(1〜4Cアルキルカルボキシ)(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アシルから独立に選択される1〜2つの基で任意選択で置換された4〜6員複素環であり;hetCycは、NおよびOから独立に選択される1〜2個の環ヘテロ原子を有し、F、CN、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アシル−、(1〜6C)アルキルスルホニル、トリフルオロメチルスルホニル、および(1〜4Cアルコキシ)カルボニルから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された4〜7員複素環であり;
hetArは、N、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環原子を有し、(1〜6C)アルキルで任意選択で置換された5員ヘテロアリール環であり;
Arは、(1〜4C)アルコキシで任意選択で置換されたフェニルであり;
hetArは、N、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、フルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)、フルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、ジフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、トリフルオロ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(3〜4Cシクロアルキル)アミノから独立に選択される1つまたは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
hetArは、構造:
Figure 2018526324
(式中、Rは、(3〜4C)シクロアルキルまたは(1〜3C)アルキル(1〜3つのフルオロで任意選択で置換された)である)から選択される基であり、前記hetAr基のそれぞれは、F、および1〜3つのフルオロで任意選択で置換された(1〜3C)アルキルから独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択でさらに置換されており;
Arは、(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つまたは複数の基で任意選択で置換されたフェニルであり;
は、(1〜6C)アルキル、モノフルオロ(1〜6C)アルキル、ジフルオロ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、テトラフルオロ(2〜6C)アルキル、ペンタフルオロ(2〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、(1〜4C)アルコキシ、ヒドロキシ(1〜4C)アルキル、(1〜3Cアルコキシ)(1〜4C)アルキル、(1〜4Cアルキル)OC(=O)−、(1〜6C)アルキルチオ、(3〜4C)シクロアルキル、アミノ、アミノカルボニル、トリフルオロ(1〜3Cアルキル)アミド、またはフェニル(ハロゲン、(1〜6C)アルキル、および(1〜6C)アルコキシ)から独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された)であり;あるいは
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換された5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和炭素環を形成し、または
およびRは、これらが付着している原子と一緒に、N、O、もしくはSから選択される環ヘテロ原子を有する5〜6員飽和、部分不飽和、もしくは不飽和複素環を形成し、前記複素環は、(1〜6Cアルキル)C(=O)O−、(1〜6C)アシル、(1〜6C)アルキル、およびオキソから独立に選択される1または2つの置換基で任意選択で置換されており、前記硫黄環原子は、S(=O)またはSOに任意選択で酸化されており;3aは、水素、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
4aは、水素、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、フェニル[(1〜6C)アルキル、ハロゲン、CN、CF、CFO−、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6Cアルキル)OC(=O)−、アミノカルボニル、(1〜6C)アルキルチオ、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、(1〜6Cアルキル)SO−、HOC(=O)−、および(1〜3Cアルコキシ)(1〜3Cアルキル)OC(=O)−から独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された]、またはN、S、およびOから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキル、ヒドロキシ(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、(3〜6Cシクロアルキル)CH−(3〜6Cシクロアルキル)C(=O)−、(1〜3Cアルコキシ)(1〜6C)アルキル、(1〜6C)アルコキシ、(1〜6C)アルキルスルホニル、NH、(1〜6Cアルキル)アミノ、ジ(1〜6Cアルキル)アミノ、および(1〜3Cトリフルオロアルコキシ)(1〜3C)トリフルオロアルキル(trifIuoroalkyl)から独立に選択される1〜2つの置換基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環であり;
5aは、水素、ハロゲン、(1〜6C)アルキル、トリフルオロ(1〜6C)アルキル、(3〜6C)シクロアルキル、ハロゲンおよび(1〜6C)アルキルから独立に選択される1つもしくは複数の置換基で任意選択で置換されたフェニル、またはN、O、およびSから独立に選択される1〜3個の環ヘテロ原子を有し、(1〜6C)アルキルおよびハロゲンから独立に選択される1つもしくは複数の基で任意選択で置換された5〜6員ヘテロアリール環である。
Trk阻害剤のさらなる例は、国際公開第WO2015175788号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、化合物1−((3S、4R)−4−(3−フルオロフェニル)−1−(2−メトキシエチル)ピロリジン−3−イル)−3−(4−メチル−3−(2−メチルピリミジン−5−イル)−1−フェニル−1H−ピラゾール−5−イル)尿素、またはその薬学的に許容される塩であり得る。一部の実施形態では、化合物は、塩化物塩である。
例示的なTrk阻害剤としては、AR−772、AR−786、AR−256、およびAR−618がある。
Trk阻害剤の非限定的な例は、米国特許第8、299、057号および国際公開第WO2009/013126号に見出すことができ、これらの文献はともに、その全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式(I):
Figure 2018526324
(式中、
Xは、−CH−、−CH(OH)−、−CH(OR’)−、または−C(R’R”)−(式中:
R’は、C〜Cアルキルであり、R”は、水素である)であり;
Arは、ハロゲン、ニトロ、COR4、OR7、NR5R6、NHSOR10、直鎖もしくは分枝C〜Cアルキルまたはヘテロシクリルアルキルにより任意選択で置換されたヘテロシクリルにより任意選択で置換された直鎖または分枝C〜Cアルキル、あるいは
ヘテロシクリルもしくはC〜Cアルコキシカルボニルにより任意選択で置換された直鎖もしくは分枝C〜Cアルキル、またはC〜Cジアルキルアミノにより任意選択で置換されたヘテロシクリルから独立に選択される1つあるいは複数の置換基により任意選択で置換されたフェニル、ピラゾリル、あるいはピリジルであり:
R4は、NR5R6、あるいは直鎖もしくは分枝C〜Cアルキル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリル、またはC〜Cジアルキルアミノにより任意選択でさらに置換されたヘテロシクリルであり;
R5およびR6は、独立に、水素、R8R9N−C〜Cアルキル、R8O−C〜Cアルキル、C〜Cアルコキシ、C〜Cジアルキルアミノ、ハロゲン、フェニル、ヒドロキシ、もしくはヘテロシクリルであって、アルキルにより任意選択で置換された、ヘテロシクリルにより任意選択でさらに置換された直鎖または分枝C〜Cアルキル、ヒドロキシもしくはトリフルオロC〜Cアルキルにより任意選択で置換されたC〜Cシクロアルキル、ハロゲンもしくはヘテロシクリルにより任意選択で置換されたC〜Cアルキルにより任意選択で置換されたヘテロシクリル、C〜Cアルコキシカルボニル、C〜Cジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、またはフェニルであり、
あるいはR5およびR6は、これらが結合している窒素原子と一緒になって、ヘテロシクリルもしくはC〜Cアルコキシカルボニルにより任意選択で置換された直鎖もしくは分枝C〜Cアルキルにより任意選択で置換されたヘテロシクリル基、C〜Cジアルキルアミノ、またはヘテロシクリルを形成してもよく;
R7は、C〜Cアルキルにより置換されたC〜Cジアルキルアミノまたはヘテロシクリルにより任意選択で置換された直鎖または分枝C〜Cアルキルであり;
R8およびR9は、独立に、任意選択でさらに置換された直鎖または分枝C〜Cアルキルであり;
R10は、任意選択でさらに置換された直鎖または分枝C〜Cアルキルであり;
Rは、ハロゲンまたは直鎖もしくは分枝C〜Cアルキルにより任意選択で置換されたフェニルまたはピリジルであり;
R1、R2、およびR3は、水素である);
の化合物、あるいはその光学異性体、互変異性体、または薬学的に許容される塩であり得る。
例えば、Trk阻害剤は、エントレクチニブ(N−[5−(3、5ジフルオロ−ベンジル)−1H−インダゾール−3−イル]−4−(4−メチル−ピペラジン−1−イル)−2−(テトラヒドロ−ピラン−4−イルアミノ)−ベンズアミド)、またはその薬学的に許容される塩であり得る。例えば、Trk阻害剤は、米国特許出願公開第2015/0051222号または国際公開第WO2013/174876号に記載されたものなどの多形であり得、これらの文献はともに、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。一部の実施形態では、Trk阻害剤は、米国特許出願公開第2015/0283132号、国際公開第WO2015/124697号、米国特許第8、946、226号、国際公開第WO2010/012733号、米国特許第8、912、194号、および国際公開第WO2010/058006号に開示された任意のものであり得、これらの文献のすべては、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。
Trk阻害剤の追加の例は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている国際公開第WO2015/017533号に見出すことができる。
Trk阻害剤のさらなる例は、国際公開第WO2015/112806号に見出すことができ、この文献は、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例えば、Trk阻害剤は、式(I−A):
Figure 2018526324
の化合物、またはその薬学的に許容される塩であり、式中:
環A’および環B’は、それぞれ独立して、単環式もしくは二環式アリールまたはヘテロアリールであり;環A’および環B’の一方は、単環式アリールまたはヘテロアリールであり、他方は、二環式ヘテロアリールであり;環A’および環B’の少なくとも一方は、少なくとも1個の窒素環員を含み;
各LおよびLは、独立に、−C(R1’)(R2’)−、−O−、−N(Rk’)−、−S−、−S(O)−、または−S(O)であり;各RおよびRは、独立に、H、重水素、ハロゲン、C1〜6アルキル、C2〜6アルケニル、C2〜6アルキニル、C3〜6シクロアルキル、3〜7員ヘテロシクロアルキル、C6〜10アリール、または単もしくは二環式ヘテロアリール、−ORa’、−OC(O)Ra’、−OC(O)NRa’b’、−OS(O)Ra’、−OS(O)a’、−SRa’、−S(O)Ra’、−S(O)a’、−S(O)NRa’b’、−S(O)NRa’b’、−OS(O)NRa’b’、−OS(O)NRa’b’、−NRa’b’、−NRa’C(O)Rb’、−NRa’C(O)ORb’、−NRa’C(O)NRa’b’、−NRa’S(O)Rb’、−NRa’S(O)b’、−NRa’S(O)NRa’b’、−NRa’S(O)NRa’b’、−C(O)Ra’、−C(O)ORa’、−C(O)NRa’b’、−PRa’b’、−P(O)Ra’b’、−P(O)a’b’、−P(O)NRa’b’、−P(O)NRa’b’、−P(O)ORa’、−P(O)ORa’、−CNまたは−N0であり、あるいはR1’およびR2’は、これらが付着している1個または複数の炭素と一緒になって、C3〜6シクロアルキルまたは4〜6員ヘテロシクロアルキルを形成し、C1〜6アルキル、C2〜6アルケニル、C2〜6アルキニル、C3〜6シクロアルキル、3〜7員ヘテロシクロアルキル、C6〜10アリール、単または二環式ヘテロアリール、4〜6員ヘテロシクロアルキル中の各水素原子は、独立に、重水素、ハロゲン、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、−ORe’、−OC(O)Re’、−OC(O)NRe’f’、−OS(O)Re’、−OS(O)e’、−OS(O)NRe’f’、−OS(O)NR、−SRe’、−S(O)Re’、−S(O)e’、−S(O)NRe’f’、−S(O)NRe’f’、−NRe’f’、−NRe’C(O)Rf’、−NRe’C(O)ORf’、−NRe’C(O)NRe’f’、−NRe’S(O)Rf’、−NRe’S(O)f’、−NRe’S(O)NRe’f’、−NRe’S(O)NRe’f’、−C(O)Re’’、−C(O)ORe’、−C(O)NRe’f’、−PRe’f’、−P(O)Re’f’、−P(O)e’f’、−P(O)NRe’f’、−P(O)NRe’f’、−P(O)ORe’、−P(O)ORe’、−CNまたは−NOにより任意選択で置換されており;
各Rk’は、独立に、H、重水素、C1〜6アルキル、C2〜6アルケニル、C2〜6アルキニル、C3〜6シクロアルキル、3〜7員ヘテロシクロアルキル、C6〜10アリール、または単もしくは二環式ヘテロアリールであり、C1〜6アルキル、C2〜6アルケニル、C2〜6アルキニル、C3〜6シクロアルキル、3〜7員ヘテロシクロアルキル、C6〜10アリール、または単もしくは二環式ヘテロアリール中の各水素原子は、独立に、重水素、ハロゲン、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、−Ore’、−OC(O)Re’、−OC(O)NRe’f’、−OS(O)Re’、−OS(O)e’、−OS(O)NRe’f’、−OS(O)NRe’f’、−SRe’、−S(O)Re’、−S(O)e’、−S(O)NRe’f’、−S(O)NRe’f’、−NRe’f’、−NRe’C(O)Rf’、−NRe’C(O)ORf’、−NRe’C(O)NRe’f’、−NRe’S(O)Rf’、−NRe’S(O)f’、−NRe’S(O)NRe’f’、−NRe’S(O)NRe’f’、−C(O)Re’、−C(O)ORe’、−C(O)NRe’f’、−PRe’f’、−P(O)Re’f’、−P(O)e’f’、−P(O)NRe’f’、−P(O)NRe’f’、−P(O)ORe’、−P(O)ORe’、−CNまたは−NOにより任意選択で置換されており;
各R3’およびR4’は、独立に、重水素、ハロゲン、−ORc’、−OC(O)Rc’、−OC(O)NRc’d’、−OC(=N)NRc’d’、−OS(O)Rc’、−OS(O)c’、−OS(O)NRc’d’、−OS(O)NRc’d’、−SRc’、−S(O)Rc’、−S(O)c’、−S(O)NRc’d’、−S(O)NRc’d’、−NRc’d’、−NRc’C(O)Rd’、−NRc’C(O)ORd’、−NRc’C(O)NRc’d’、−NRc’C(=N)NRc’d’、−NRc’S(O)Rd’、−NRc’S(O)d’、−NRc’S(O)NRc’d’、−NRc’S(O)NRc’d’、−C(O)Rc’、−C(O)ORc’、−C(O)NRc’d’、−C(=N)NRc’d’、−PRc’d’、−P(O)Rc’d’、−P(O)c’d’、−P(O)NRc’d’、−P(O)NRc’d’、−P(O)ORc’、−P(O)ORc’、−CN、−NO、C1〜6アルキル、C2〜6アルケニル、C2〜6アルキニル、C3〜6シクロアルキル、3〜7員ヘテロシクロアルキル、C6〜10アリール、または単もしくは二環式ヘテロアリールであり、あるいは任意の2つのR3’基または任意の2つのR4’基は、これらが付着している環と一緒になって、C5〜8シクロアルキルまたは5〜8員ヘテロシクロアルキルを形成し、C1〜6アルキル、C2〜6アルケニル、C2〜6アルキニル、C3〜6シクロアルキル、3〜7員ヘテロシクロアルキル、C6〜10アリール、単もしくは二環式ヘテロアリールC5〜8シクロアルキル、または5〜8員ヘテロシクロアルキル中の各水素原子は、独立に、重水素、ハロゲン、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、−ORe’、−OC(O)Re’、−OC(O)NRe’f’、−OS(O)Re’、−OS(O)e’、−OS(O)NRe’f’、−OS(O)NRe’f’、−SRe’、−S(O)Re’、−S(O)e’、−S(O)NRe’f’、−S(O)NRe’f’、−NRe’f’、−NRe’C(O)Rf’、−NRe’C(O)ORf’、−NRe’C(O)NRe’f’、−NRe’S(O)Rf’、−NRe’S(O)f’、−NRe’S(O)NRe’f’、−NRe’S(O)NRe’f’、−C(O)Re’、−C(O)ORe’、−C(O)NRe’f’、−PRe’f’、−P(O)Re’f’、−P(O)e’f’、−P(O)NRe’f’、−P(O)NRe’f’、−P(O)ORE’、−P(O)ORe’、−CNまたは−NOにより任意選択で置換されており;
7’は、H、重水素、C1〜6アルキル、C2〜6アルケニル、C2〜6アルキニル、C3〜6シクロアルキル、3〜7員ヘテロシクロアルキル、C6〜10アリール、または単もしくは二環式ヘテロアリールであり、C1〜6アルキル、C2〜6アルケニル、C2〜6アルキニル、C3〜6シクロアルキル、3〜7員ヘテロシクロアルキル、C6〜10アリール、または単もしくは二環式ヘテロアリール中の各水素原子は、独立に、重水素、ハロゲン、−ORi’、−OC(O)Ri’、−OC(O)NR’Rj’、−OS(O)Ri’、−OS(O)i’、−OS(O)NRi’j’、−OS(O)NRi’j’、−SRi’、−S(O)Ri’、−S(O)i’、−S(O)NRi’j’、−S(O)NRi’j’、−NRi’j’、−NRi’C(O)Rj’、−NRi’C(O)ORj’、−NRi’C(O)NRi’j’、−NRi’S(O)Rj’、−NRi’S(O)j’、−NRi’S(O)NRi’j’、−NRi’S(O)NRi’j’、−C(O)Ri’、−C(O)ORi’、−C(O)NRi’j’、−PRi’j’、−P(O)Ri’j’、−P(O)i’j’、−P(O)NRi’j’、−P(O)NRi’j’、−P(O)ORi’、−P(O)ORi’、−CNまたは−NOにより任意選択で置換されており;
各Ra’、Rb’、Rc’、Rd’、Re’、Rf’、Ri’、およびRj’は、独立に、H、重水素、C1〜6アルキル、C2〜6アルケニル、C2〜6アルキニル、C3〜6シクロアルキル、3〜7員ヘテロシクロアルキル、C6〜10アリール、およびヘテロアリールからなる群から選択され;
m’は、2、3、4、または5であり;
n’は、2、3、または4であり;
p’は、0、1、2、3、または4であり;
q’は、0、1、2、3、もしくは4;またはその薬学的に許容される塩である。例示的なTrk阻害剤には、TPX−0005が含まれる。
Trk阻害剤は、米国特許第9、187、489号および国際公開第WO2013/183578号に見出されるものであり得、これらの文献はともに、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例示的なTrk阻害剤には、PLX7486およびDS−6051が含まれる。
Trk阻害剤の非限定的な例は、米国特許出願公開第2015/0306086号および国際公開第WO2013/074518号に見出すことができ、これらの文献はともに、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例示的なTrk阻害剤には、TSR−011が含まれる。
Trk阻害剤のさらなる例は、米国特許第8、637、516号、国際公開第WO2012/034091号、米国特許第9、102、671号、国際公開第WO2012/116217号、米国特許出願公開第2010/0297115号、国際公開第WO2009/053442号、米国特許第8、642、035号、国際公開第WO2009092049号、米国特許第8、691、221号、国際公開第WO2006131952号に見出すことができ、これらの文献のすべては、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例示的なTrk阻害剤としては、Cancer Chemother. Pharmacol. 75巻(1号):131〜141頁、2015年に記載されたGNF−4256;およびACS Med. Chem. Lett. 3巻(2号):140〜145頁、2012年に記載されたGNF−5837(N−[3−[[2、3−ジヒドロ−2−オキソ−3−(1H−ピロール−2−イルメチレン)−1H−インドール−6−イル]アミノ]−4−メチルフェニル]−N’−[2−フルオロ−5−(トリフルオロメチル)フェニル]−尿素)があり、これらの文献のそれぞれは、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。
Trk阻害剤の追加の例としては、米国特許出願公開第2010/0152219号、米国特許第8、114、989号、および国際公開第WO2006/123113号に開示されたものがあり、これらの文献のすべては、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。例示的なTrk阻害剤としては、Cancer 117巻(6号):1321〜1391頁、2011年に記載されたAZ623;Cancer Biol. Ther. 16巻(3号):477〜483頁、2015年に記載されたAZD6918;Cancer Chemother. Pharmacol. 70巻:477〜486頁、2012年に記載されたAZ64;Mol. Cancer Ther. 8巻:1818〜1827頁、2009年に記載されたAZ−23((S)−5−クロロ−N2−(1−(5−フルオロピリジン−2−イル)エチル)−N4−(5−イソプロポキシ−1H−ピラゾール−3−イル)ピリミジン−2、4−ジアミン);およびAZD7451があり;これらの文献のそれぞれは、その全体が参照により組み込まれている。
Trk阻害剤として、米国特許第7、615、383号;同第7、384、632号;同第6、153、189号;同第6、027、927号;同第6、025、166号;同第5、910、574号;同第5、877、016号;および同第5、844、092号に記載されたものを挙げることができ、これらの文献のそれぞれは、その全体が参照により組み込まれている。
Trk阻害剤のさらなる例としては、Int. J. Cancer 72巻:672〜679頁、1997年に記載されたCEP−751;Acta Derm. Venereol. 95巻:542〜548頁、2015年に記載されたCT327;国際公開第WO2012/034095号に記載された化合物;米国特許第8、673、347号および国際公開第WO2007/022999号に記載された化合物;米国特許第8、338、417号に記載された化合物;国際公開第WO2016/027754号に記載された化合物;米国特許第9、242、977号に記載された化合物;米国特許出願公開第2016/0000783号に記載された化合物;PLoS One 9巻:e95628頁、2014年に記載されたスニチニブ(N−(2−ジエチルアミノエチル)−5−[(Z)−(5−フルオロ−2−オキソ−1H−インドール−3−イリデン)メチル]−2、4−ジメチル−1H−ピロール−3−カルボキサミド);国際公開第WO2011/133637号に記載された化合物;米国特許第8、637、256号に記載された化合物;Expert. Opin. Ther. Pat. 24巻(7号):731〜744頁、2014年に記載された化合物;Expert Opin. Ther. Pat. 19巻(3号):305〜319頁、2009年に記載された化合物;ACS Med. Chem. Lett. 6巻(5号):562〜567頁、2015年に記載された(R)−2−フェニルピロリジン置換イミダゾピリダジン(imadizopyridazine)、例えば、(4−((5−クロロ−4−(メチルアミノ)−7H−ピロロ[2、3−d]ピリミジン−2−イル)アミノ)−3−メトキシフェニル)(モルホリノ)メタノン;PLoS One 8巻(12号):e83380頁、2013年に記載されたGTx−186など;Mol. Cell Biochem. 339巻(1〜2号):201〜213頁、2010年に記載されたK252a((9S−(9α、10β、12α))−2、3、9、10、11、12−ヘキサヒドロ−10−ヒドロキシ−10−(メトキシカルボニル)−9−メチル−9、12−エポキシ−1H−ジインドロ[1、2、3−fg:3’、2’、1’−kl]ピロロ[3、4−i][1、6]ベンゾジアゾシン−1−オン);J. Med. Chem. 51巻(15号):4672〜4684頁、2008年に記載された4−アミノピラゾリルピリミジン、例えば、AZ−23(((S)−5−クロロ−N2−(1−(5−フルオロピリジン−2−イル)エチル)−N4−(5−イソプロポキシ−1H−ピラゾール−3−イル)ピリミジン−2、4−ジアミン));Mol. Cancer Ther. 6巻:3158頁、2007年に記載されたPHA−739358(ダヌセルチブ);J. Neurochem. 72巻:919〜924頁、1999年に記載されたGo6976(5、6、7、13−テトラヒドロ−13−メチル−5−オキソ−12H−インドロ[2、3−a]ピロロ[3、4−c]カルバゾール−12−プロパンニトリル);IJAE 115巻:117頁、2010年に記載されたGW441756((3Z)−3−[(1−メチルインドール−3−イル)メチリデン]−1H−ピロロ[3、2−b]ピリジン−2−オン);J. Carcinog. 12巻:22頁、2013年に記載されたミルシクリブ(PHA−848125AC);AG−879((2E)−3−[3、5−ビス(1、1−ジメチルエチル)−4−ヒドロキシフェニル]−2−シアノ−2−プロペンチオアミド);アルチラチニブ(N−(4−((2−(シクロプロパンカルボキサミド)ピリジン−4−イル)オキシ)−2、5−ジフルオロフェニル)−N−(4−フルオロフェニル)シクロプロパン−1、1−ジカルボキサミド);カボザンチニブ(N−(4−((6、7−ジメトキシキノリン−4−イル)オキシ)フェニル)−N’−(4−フルオロフェニル)シクロプロパン−1、1−ジカルボキサミド);レスタウルチニブ((5S、6S、8R)−6−ヒドロキシ−6−(ヒドロキシメチル)−5−メチル−7、8、14、15−テトラヒドロ−5H−16−オキサ−4b、8a、14−トリアザ−5、8−メタノジベンゾ[b、h]シクロオクタ[jkl]シクロペンタ[e]−as−インダセン−13(6H)−オン);ドビチニブ(dovatinib)(4−アミノ−5−フルオロ−3−[6−(4−メチルピペラジン−1−イル)−1H−ベンゾイミダゾール−2−イル]キノリン−2(1H)−オンモノ2−ヒドロキシプロパノエート水和物);シトラバチニブ(N−(3−フルオロ−4−((2−(5−(((2−メトキシエチル)アミノ)メチル)ピリジン−2−イル)チエノ[3、2−b]ピリジン−7−イル)オキシ)フェニル)−N−(4−フルオロフェニル)シクロプロパン−1、1−ジカルボキサミド);ONO−5390556;レゴラフェニブ(4−[4−({[4−クロロ−3−(トリフルオロメチル)フェニル]カルバモイル}アミノ)−3−フルオロフェノキシ]−N−メチルピリジン−2−カルボキサミド水和物);VSR−902Aがある。上記参考文献のすべては、本明細書にその全体が参照により組み込まれている。
TrkA、TrkB、および/またはTrkC阻害剤として作用するTrk阻害剤の能力は、参照により本明細書に組み込まれている米国特許第8、513、263号の実施例AおよびBに記載のアッセイを使用して試験することができる。
がんを有する対象を処置する方法
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象を処置する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと、同定された対象に治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップとを含む、方法が本明細書に提供されている。がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象を処置する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異のうちの1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと;同定された対象に治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップとを含む、方法も本明細書に提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有し、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するがん細胞を有すると同定された対象を処置する方法であって、同定された対象に治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップを含む、方法も提供されている。がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有し、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有すると同定された対象を処置する方法であって、同定された対象に治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップを含む、方法も提供されている。
一部の例では、Trk阻害剤は、経口、皮下、腹腔内、静脈内、または筋肉内投与される。Trk阻害剤は、約1mgから約250mgの間、約1mgから約200mgの間、約1mgから約180mgの間、約1mgから約160mgの間、約1mgから約140mgの間、約1mgから約120mgの間、約1mgから約100mgの間、約1mgから約80mgの間、約1mgから約60mgの間、約1mgから約40mgの間、約1mgから約40mgの間、約10mgから約200mgの間、約10mgから約180mgの間、約10mgから約160mgの間、約10mgから約140mgの間、約10mgから約120mgの間、約10mgから約100mgの間、約10mgから約80mgの間、約10mgから約60mgの間、約10mgから約40mgの間、約10mgから約20mgの間、約20mgから約200mgの間、約20mgから約180mgの間、約20mgから約160mgの間、約20mgから約140mgの間、約20mgから約120mgの間、約20mgから約100mgの間、約20mgから約80mgの間、約20mgから約60mgの間、約20mgから約40mgの間、約40mgから約200mgの間、約40mgから約180mgの間、約40mgから約160mgの間、約40mgから約140mgの間、約40mgから約120mgの間、約40mgから約100mgの間、約40mgから約80mgの間、約40mgから約60mgの間、約60mgから約200mgの間、約60mgから約180mgの間、約60mgから約140mgの間、約60mgから約120mgの間、約60mgから約100mgの間、約60mgから約80mgの間、約80mgから約200mgの間、約80mgから約180mgの間、約80mgから約160mgの間、約80mgから約140mgの間、約80mgから約120mgの間、約80mgから約100mgの間、約90mgから約110mgの間、約95mgから約105mgの間、約100mgから約200mgの間、約100mgから約180mgの間、約100mgから約160mgの間、約100mgから約140mgの間、約100mgから約120mgの間、約120mgから約200mgの間、約120mgから約180mgの間、約120mgから約160mgの間、約120mgから約140mgの間、約140mgから約200mgの間、約140mgから約180mgの間、約140mgから約160mgの間、約160mgから約200mgの間、約160mgから約200mgの間、約160mgから約180mgの間、または約180mgから約200mgの間を含む1つまたは複数の用量で投与することができる。対象に投与されるべきTrk阻害剤の適切な用量は、例えば、対象の質量、対象の条件、対象の性別、および対象が有し得る他の疾患の1つまたは複数に基づいて専門家が判定することができる。
Trk阻害剤の複数回用量(例えば、本明細書に記載の用量のいずれか)を、6カ月に1回、5カ月に1回、4カ月に1回、3カ月に1回、2カ月に1回、6週間に1回、1カ月に1回、3週間に1回、2週間に1回、1週間に1回、1週間に2回、1週間に3回、1週間に4回、1週間に3回、1日おきに、1日1回、1日2回、または1日3回投与することができる。Trk阻害剤は、自己投与することができ(例えば、がんを有する対象により)、またはヘルスケアの専門家(例えば、医師、看護師、医師の助手、または薬剤師)により投与することができる。一部の例では、対象は、入院させられ、または入院患者として処置される。他の例では、対象は、外来患者として処置される。
がんは、本明細書に記載の例示的ながんのいずれかであり得る。一部の実施形態では、対象は、がんを有すると以前に同定または診断されたことがある。一部の例では、対象は、がんのための処置を以前に投与されており、がんのための処置は、失敗に終わっている(例えば、がんのための以前に投与された処置に対して対象における毒性高くまたは陽性の応答なし)。
これらの方法の一部の例は、対象が、将来治療有効量のTrk阻害剤を含む処置を投与されるべきであることを対象のカルテ(例えば、コンピューター可読媒体)に記録するステップをさらに含む。
一部の例では、1つまたは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有する対象を同定するステップは、対象由来の試料(例えば、生検試料)におけるがん細胞内のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。本明細書に記載のアッセイのいずれかを使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。さらに、本明細書に提供されるキットのいずれかをアッセイにおいて使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。一部の例では、アッセイは、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。
対象のための処置を選択する方法
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象のための処置を選択する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと、同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を含む処置を選択するステップとを含む、方法も本明細書に提供されている。がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象のための処置を選択する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと、同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を含む処置を選択するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象のための処置を選択する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有すると同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を含む処置を選択するステップを含む、方法も提供されている。がんを有する対象のための処置(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を選択する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有すると同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を含む処置を選択するステップを含む、方法も提供されている。
これらの方法の一部の例は、同定された対象に選択された処置を投与するステップ(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか、投与経路のいずれか、用量のいずれか、および/または投与頻度のいずれかを使用して)をさらに含む。一部の例では、選択された処置は自己投与される。他の例では、選択された処置は、医療専門家(例えば、本明細書に記載の医療専門家のいずれか)により投与される。これらの方法の一部の例は、同定された対象のカルテ(例えば、コンピューター可読媒体)に選択された処置を記録するステップをさらに含む。
がんは、本明細書に記載の例示的ながんのいずれかであり得る。一部の実施形態では、対象は、がんを有すると以前に同定または診断されたことがある。一部の例では、対象は、がんのための処置を以前に投与されており、がんのための処置は、失敗に終わっている(例えば、がんのための以前に投与された処置に対して対象における毒性が高くまたは陽性の応答なし)。
一部の例では、1つまたは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有する対象を同定するステップは、対象由来の試料(例えば、生検試料)におけるがん細胞内のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。本明細書に記載のアッセイのいずれかを使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。さらに、本明細書に提供されるキットのいずれかをアッセイにおいて使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。一部の例では、アッセイは、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。
Trk阻害剤を用いた処置のための対象を選択する方法
Trk阻害剤を用いた処置のためのがんを有する対象を選択する方法であって、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有し、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置のための同定された対象を選択するステップとを含む、方法も提供されている。Trk阻害剤を用いた処置のためのがんを有する対象を選択する方法であって、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有し、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置のための同定された対象を選択するステップとを含む、方法も提供されている。
Trk阻害剤を用いた処置のためのがんを有する対象を選択する方法であって、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置のために、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有し、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有すると同定された対象を選択するステップを含む、方法も提供されている。Trk阻害剤を用いた処置のためのがんを有する対象を選択する方法であって、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置のために、がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有し、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有すると同定された対象を選択するステップを含む、方法も提供されている。
これらの方法の一部の例は、選択された対象に治療有効量のTrk阻害剤を投与するステップ(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか、投与経路のいずれか、用量のいずれか、および/または投与頻度のいずれかを使用して)をさらに含む。一部の例では、Trk阻害剤は、自己投与される。他の例では、Trk阻害剤は、医療専門家により、選択された対象に投与される。一部の例では、選択された対象は、入院させられる。他の例では、対象は、外来患者としてTrk阻害剤を投与される。一部の方法は、対象がTrk阻害剤を用いた処置のために選択されていることを対象のカルテ(例えば、コンピューター可読媒体)に記録するステップをさらに含む。
がんは、本明細書に記載の例示的ながんのいずれかであり得る。一部の実施形態では、対象は、がんを有すると以前に同定または診断されたことがある。一部の例では、対象は、がんのための処置を以前に投与されており、がんのための処置は、失敗に終わっている(例えば、がんのための以前に投与された処置に対して対象における毒性が高くまたは陽性の応答なし)。
一部の例では、1つまたは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載の点変異のいずれか)を有するがん細胞を有する対象を同定するステップは、対象由来の試料(例えば、生検試料)におけるがん細胞内のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。本明細書に記載のアッセイのいずれかを使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。さらに、本明細書に提供されるキットのいずれかをアッセイにおいて使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。一部の例では、アッセイは、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。
対象がTrk阻害剤に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象が、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、対象から得た試料中のがん細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するか否かを判定するステップと、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大している(例えば、1個または複数の変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の点変異を有さないがん細胞を有する対象と比較して)と判定するステップとを含む、方法も提供されている。がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象が、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、患者から得た試料中のがん細胞が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップと、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大している(例えば、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の点変異を有さないがん細胞を有する対象と比較して))と判定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象が、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらす)を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大している(例えば、1個または複数の変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有さないがん細胞を有する対象と比較して)と判定するステップを含む、方法も提供されている。がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象が、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大している(例えば、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有さないがん細胞を有する対象と比較して)と判定するステップを含む、方法も提供されている。
これらの方法の一部の例は、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大していると判定された対象に、治療有効量のTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)を投与するステップ(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか、投与経路のいずれか、用量のいずれか、および/または投与頻度のいずれかを使用して)を含む。一部の例では、Trk阻害剤は、自己投与される。他の例では、Trk阻害剤は、医療専門家により、選択された対象に投与される。一部の例では、選択された対象は、入院させられる。他の例では、対象は、外来患者としてTrk阻害剤を投与される。一部の方法は、対象がTrk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大していることを対象のカルテ(例えば、コンピューター可読媒体)に記録するステップをさらに含む。
がんは、本明細書に記載の例示的ながんのいずれかであり得る。一部の実施形態では、対象は、がんを有すると以前に同定または診断されたことがある。一部の例では、対象は、がんのための処置を以前に投与されており、がんのための処置は、失敗に終わっている(例えば、がんのための以前に投与された処置に対して対象における毒性が高くまたは陽性の応答なし)。
一部の例では、対象から得た試料中のがん細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップは、対象由来の試料(例えば、生検試料)におけるがん細胞内のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。本明細書に記載のアッセイのいずれかを使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。さらに、本明細書に提供されるキットのいずれかをアッセイにおいて使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。一部の例では、アッセイは、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。
対象におけるTrk阻害剤を用いた処置の効力を予測する方法
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象におけるTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)の効力を予測する方法であって、対象から得た試料中のがん細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するか否かを判定するステップと、Trk阻害剤が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、およびNTRK3点変異のいずれか)を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する対象において有効となる可能性が高い(例えば、1個または複数の変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれも)を有さない対象から得た試料中のがん細胞を有する対象と比較して)と判定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象におけるTrk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)の効力を予測する方法であって、対象から得た試料中のがん細胞が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップと、Trk阻害剤が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する対象において有効となる可能性が高い(例えば、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の点変異を有さない対象から得た試料中のがん細胞を有する対象と比較して)と判定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象におけるTrk阻害剤の効力を予測する方法であって、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する対象において有効となる可能性が高い(例えば、1個または複数の変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれも)を有さない対象から得た試料中のがん細胞を有する対象と比較して)と判定するステップを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を有する対象におけるTrk阻害剤の効力を予測する方法であって、Trk阻害剤(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか)が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する対象において有効となる可能性が高い(例えば、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を有さない対象から得た試料中にがん細胞を有さない対象から得た試料中のがん細胞を有する対象と比較して)と判定するステップとを含む、方法も提供されている。
一部の方法は、がんを有する対象におけるTrk阻害剤の予測された効力を対象のカルテ(例えば、コンピューター可読媒体)に記録するステップをさらに含む。これらの方法の一部の例は、対象におけるTrk阻害剤の予測された効力に基づいて対象のための処置を選択するステップをさらに含む。一部の例は、対象に選択された処置を投与するステップ(例えば、本明細書に記載のTrk阻害剤のいずれか、投与経路のいずれか、用量のいずれか、および/または投与頻度のいずれかを使用して)をさらに含む。
がんは、本明細書に記載の例示的ながんのいずれかであり得る。一部の実施形態では、対象は、がんを有すると以前に同定または診断されたことがある。一部の例では、対象は、がんのための処置を以前に投与されており、がんのための処置は、失敗に終わっている(例えば、がんのための以前に投与された処置に対して対象における毒性が高くまたは陽性の応答なし)。
一部の例では、対象から得た試料中のがん細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップは、対象由来の試料(例えば、生検試料)におけるがん細胞内のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。本明細書に記載のアッセイのいずれかを使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。さらに、本明細書に提供されるキットのいずれかをアッセイにおいて使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。一部の例では、アッセイは、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。
がんを発症するリスクを予測する方法
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を発症する対象のリスクを判定する方法であって、対象から得た試料中の細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するか否かを判定するステップと、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有する細胞を有する対象を、がんを発症する可能性が増大している(例えば、1個または複数の変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれも)を有さない対象と比較して)と同定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を発症する対象のリスクを同定する方法であって、対象から得た試料中の細胞が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップと、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有する細胞を有する対象を、がんを発症する可能性が増大している(例えば、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の点変異を有さない対象と比較して)と同定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を発症する対象のリスクを判定する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有する細胞を有する対象を、がんを発症する可能性が増大している(例えば、1個または複数の変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれも)を有さない細胞を有する対象と比較して)と同定するステップを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)を発症する対象のリスクを判定する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有する細胞を有する対象を、がんを発症する可能性が増大している(例えば、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の点変異を有さない細胞を有する対象と比較して)と同定するステップを含む、方法も提供されている。
一部の方法は、がんを発症する対象のリスクを対象のカルテ(例えば、コンピューター可読媒体)を記録するステップをさらに含む。がんは、本明細書に記載の例示的ながんのいずれかであり得る。
一部の例では、対象は、著しいレベルの発癌物質(例えば、タバコ煙、UVB放射線、およびガンマ照射)に曝露されていると同定されている。一部の例では、対象は、がんを有すると疑われており、がんの1つまたは複数の症状(例えば、本明細書に記載のがんの症状のいずれか)を提示し、かつ/またはがんの家族歴を有する。
一部の例では、対象から得た試料中のがん細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップは、対象由来の試料(例えば、生検試料)におけるがん細胞内のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。本明細書に記載のアッセイのいずれかを使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。さらに、本明細書に提供されるキットのいずれかをアッセイにおいて使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。一部の例では、アッセイは、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。
対象におけるがんの診断を支援する方法
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)の診断を支援する方法であって、対象から得た試料中の細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有するか否かを判定するステップと、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有する細胞を有する対象が、がん有するリスク可能性が増大している(例えば、1個または複数の変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれも)を有さない対象と比較して)と判定するステップとを含む、方法も提供されている。
がん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)の診断を支援する方法であって、対象から得た試料中の細胞が、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップと、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有する細胞を有する対象が、がんを有するリスクの可能性が増大している(例えば、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の点変異を有さない対象と比較して)と判定するステップとを含む、方法も提供されている。
対象におけるがん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)の診断を支援する方法であって、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3点変異のいずれか)を有する細胞を有する対象が、がんを有する可能性が増大している(例えば、1個または複数の変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の点変異を有さない細胞を有する対象と比較して)と判定するステップを含む、方法も提供されている。
対象におけるがん(例えば、本明細書に記載のがんのいずれか)の診断を支援する方法であって、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の)アミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異を有する細胞を有する対象が、がんを有する可能性が増大している(例えば、240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689からなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異(例えば、M240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの変異の1個または複数)を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の点変異を有さない細胞を有する対象と比較して)と判定するステップを含む、方法も提供されている。
一部の実施形態は、がんを有する可能性が増大していると判定された対象におけるがんの診断を確認するステップをさらに含む。対象におけるがんの診断を確認するステップは、例えば、追加の実験室試験(例えば、尿もしくは血液検査、例えば、完全血球算定)、イメージング試験(例えば、コンピューター断層撮影(CT)、骨のスキャン、磁気共鳴画像法(MRI)、ポジトロン放出断層撮影(PET)スキャン、超音波、およびX線)、ならびに/または身体検査を実施して、対象におけるがんの1つまたは複数の症状の存在を判定することを含むことができる。
一部の方法は、がんを有する対象の可能性を対象のカルテ(例えば、コンピューター可読媒体)を記録するステップをさらに含む。がんは、本明細書に記載の例示的ながんのいずれかであり得る。
一部の例では、対象は、著しいレベルの発癌物質(例えば、タバコ煙、UVB放射線、およびガンマ照射)に曝露されていると同定されている。一部の例では、対象は、がんを有すると疑われており、がんの1つまたは複数の症状(例えば、本明細書に記載のがんの症状のいずれか)を提示し、かつ/またはがんの家族歴を有する。
一部の例では、対象から得た試料中のがん細胞が、1個または複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)変異(例えば、本明細書に記載のTrkA、TrkB、および/またはTrkC中の変異のいずれか)を含むTrkA、TrkB、および/またはTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個の)点変異を有するか否かを判定するステップは、対象由来の試料(例えば、生検試料)におけるがん細胞内のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む。本明細書に記載のアッセイのいずれかを使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。さらに、本明細書に提供されるキットのいずれかをアッセイにおいて使用して、NTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定することができる。一部の例では、アッセイは、少なくとも1個の点変異を含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む。
キット
本明細書に記載の点変異(例えば、本明細書に記載のNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3中の点変異のいずれか)の1つを含むNTRK1、NTRK2、および/またはNTRK3遺伝子のセグメントに特異的にハイブリダイズする1つまたは複数の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、または18の)プローブを含むキットも本明細書に提供されている。例えば、本明細書に提供されるキットは、TrkBタンパク質中のアミノ酸位置240、241、242、264、314、315、401、426、427、428、440、および689の1つで変異をコードする(例えば、TrkBタンパク質中のM240I、N241D、E242K、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440VおよびV689Mの群から選択される変異をコードする)NTRK2遺伝子のセグメントに特異的にハイブリダイズする1つまたは複数のプローブを含むことができる。
1つまたは複数のプローブのそれぞれは、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34または35ヌクレオチドの長さを有し得る。一部の実施形態では、1つまたは複数のプローブは、検出可能標識(例えば、フルオロフォア、クエンチャー、放射性同位体、または金属)を含む。一部の実施形態では、1つまたは複数のプローブは、基材(例えば、フィルム、プレート、またはビーズ)に共有結合的に付着することができる。
本発明を以下の実施例においてさらに記載する。これらの実施例は、特許請求の範囲に記載の発明の射程を限定しない。
(実施例1)
がん生検試料におけるTRK点変異の同定
一連の実験を実施して、様々な異なるがんを有する患者由来の生検試料において、NTRK1、NTRK2、およびNTRK3遺伝子の点変異を同定した。
方法
NTRK1、NTRK2、およびNTRK3遺伝子における1、823の変異が42、155種の腫瘍生検試料からの次世代配列データにおいて同定された。同義であった変異、基準終止コドンの喪失をもたらす変異、キナーゼドメインのトランケーションを引き起こす変異、または完全なキナーゼドメインを含有しない代替の転写にマッピングされている変異はふるいにかけて除外された。所与の、その前およびその後のコドン内のすべての変異は一緒にクラスター化した。次いで重複したクラスターを除去した。
増殖を介して、いくつかのコンポーネントスコアを合わせて単一スコアにすることによって、変異のクラスターをフォローアップのためにランク付けした。ホットスポットスコアは、変異クラスターの優勢(クラスターのサイズ/最大クラスターのサイズ)を記録する。ドメインスコアは、培養物を宿しているタンパク質領域の腫瘍形成への機能的関連性を記録する(キナーゼドメイン=1、Ig様ドメイン=0.9、ロイシンが豊富な反復=0.3、なし=0.05)。同時変更スコアは、他のがん遺伝子における同時発生変異の存在に基づき、変異クラスターがドライバーを含有する可能性を記録する。exacスコアは、腫瘍形成への関連性の尺度として、生殖細胞系列試料の大きな収集物における変異の希薄さを記録する。保存スコアは、機能的関連性の尺度として、タンパク質の領域が、有胎盤哺乳動物の全域でどのように保存されているか記録する。
発現フィルタリングはまた、クラスタリング後、所与のクラスターの中の少なくとも1つの変異がバックグランドを超える関連NTRK遺伝子の発現に関連していることを裏付けるためにも使用した。
特定のアミノ酸残基をTrkBタンパク質結晶構造(PDBエントリー4ASZ)にマッピングすることにより、構造モデリングを実施し、キナーゼ調節の構造および知識に基づき、活性化の可能性について判断を下した。
結果
NTRK1、NTRK2、およびNTRK3のそれぞれの点変異が様々な異なるがんを有する異なる患者由来の生検試料中で検出された。表1はNTRK1において同定された点変異を列挙し、表2はNTRK2において同定された点変異を列挙し、表3は、生検試料中のがん細胞において発現することが確認された、NTRK2において同定された点変異を列挙し、表4はNTRK3において同定された点変異を列挙している。
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NTRK1、NTRK2、およびNTRK3において観察された点変異は、点変異を生じることが公知の癌原物質(例えば、タバコおよびUVへの曝露)に関連したがんにおいてより一般的であるようにみえる。例として、NTRK3において検出された点変異の位置が図1に示されており、バックグランドを超えた発現が確認された、NTRK3において検出された点変異の位置が図2に示されている。
表1および2のデータは、TrkBタンパク質のアミノ酸位置689における、異なるアミノ酸によるバリンの置換をもたらすNTRK2の点変異が、がん組織に存在することを示している。TrkBの結晶構造の検査は、TrkBのアミノ酸位置689のバリンが、傍膜ドメインのアミノ酸位置529のアスパラギンと相互作用し、これによって、自動阻害されたTrkBキナーゼの構造の安定化が可能となることを示唆している(図3)。アミノ酸位置689のバリンがメチオニンに変異した場合、大きな側鎖がC末端ドメインのアミノ酸746〜748と衝突し、自動阻害されたTrkBキナーゼの構造を不安定にし得る構造変化をもたらすことが予測される(図3)。
NTRK1、NTRK2、およびNTRK3遺伝子において同定された点変異は、例えば、Trk阻害剤の処置の対象を選択するために使用する、Trk阻害剤を用いた処置にポジティブな応答を有する可能性がより高い対象を特定するために使用する、対象のがんを発症するリスクを判定するために使用する、および対象におけるがんの診断を支援するために使用することができる。
他の実施形態
本発明は、その詳述された記載と併せて記載されているが、前述の記載は、例示することを意図し、添付の特許請求の範囲により定義されている本発明の範囲を制限するものではないことを理解されたい。他の態様、利点、および修正は、以下の特許請求の範囲の範囲内である。

Claims (36)

  1. がんを有する対象を処置する方法であって、
    (a)241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと、
    (b)前記同定された対象に治療有効量のTrk阻害剤を投与するステップと
    を含む、方法。
  2. 241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異
    を有するがん細胞を有すると同定された対象を処置する方法であって、前記対象に治療有効量のTrk阻害剤を投与するステップを含む、方法。
  3. がんを有する対象のための処置を選択する方法であって、
    (a)241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異
    を有するがん細胞を有する対象を同定するステップと;
    (b)前記同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤を含む処置を選択するステップと
    を含む、方法。
  4. がんを有する対象のための処置を選択する方法であって、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異
    を有するがん細胞を有すると同定された対象のための治療有効量のTrk阻害剤を含む処置を選択するステップを含む、方法。
  5. がんを有する対象がTrk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、
    (a)前記対象から得た試料中のがん細胞が、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異
    を有するか否かを判定するステップと、
    (b)NTRK1遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大すると判定するステップと
    を含む、方法。
  6. がんを有する対象がTrk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性を判定する方法であって、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異
    を有するがん細胞を有する対象が、Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大すると判定するステップを含む、方法。
  7. がんを有する対象におけるTrk阻害剤の効力を予測する方法であって、
    (a)対象から得た試料中のがん細胞が、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異
    を有するか否かを判定するステップと、
    (b)Trk阻害剤が、NTRK1遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する前記対象において有効となる可能性が高いと判定するステップとを含む、方法。
  8. がんを有する対象におけるTrk阻害剤の効力を予測する方法であって、Trk阻害剤が、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異
    を有する対象から得た試料中のがん細胞を有する前記対象において有効となる可能性が高いと判定するステップを含む、方法。
  9. 前記がんが、腺癌、副腎皮質癌、副腎神経芽細胞腫、肛門扁平上皮癌、虫垂腺癌、膀胱尿路上皮癌、胆管腺癌、膀胱癌、膀胱尿路上皮癌、骨脊索腫、リンパ球性慢性骨髄白血病、非リンパ球性急性骨髄球性骨髄白血病、骨髄リンパ増殖性疾患、骨髄多発性骨髄腫、骨肉腫、脳星細胞腫、脳神経膠芽腫、脳髄芽腫、脳髄膜腫、脳乏突起膠腫、乳房腺様嚢胞癌、乳癌、乳管内癌、乳房浸潤性乳管癌、乳房浸潤性小葉癌、乳房化生性癌、子宮頸神経内分泌癌、子宮頸部扁平上皮癌、結腸腺癌、結腸カルチノイド腫瘍、十二指腸腺癌、子宮内膜性腫瘍(endometrioid tunor)、食道腺癌、食道および胃癌、眼内黒色腫、眼内扁平上皮癌、眼涙管癌、ファロピウス管漿液性癌、胆嚢腺癌、胆嚢グロムス腫瘍、胃食道接合部腺癌、頭頸部腺様嚢胞癌、頭頸部癌、頭頸部神経芽細胞腫、頭頸部扁平上皮癌、腎臓色素嫌性癌、腎髄様癌、腎細胞癌、腎乳頭癌、腎肉腫様癌、腎尿路上皮癌、腎癌、リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、肝臓胆管癌、肝細胞癌、肝癌、肺腺癌、肺腺扁平上皮癌、肺非定型カルチノイド、肺癌肉腫、肺大細胞神経内分泌癌、肺非小細胞肺癌、肺肉腫、肺肉腫様癌、肺小細胞癌、肺小細胞未分化癌、肺扁平上皮癌、上気道消化管扁平上皮癌、上気道消化管癌、びまん性大細胞型B細胞リンパ節リンパ腫、リンパ節リンパ腫濾胞性リンパ腫、縦隔B細胞リンパ節リンパ腫、リンパ節リンパ腫形質芽球性肺腺癌、リンパ腫濾胞性リンパ腫、リンパ腫、非ホジキン、上咽頭および副鼻腔未分化癌、卵巣癌、卵巣癌肉腫、卵巣明細胞癌、卵巣上皮癌、卵巣顆粒膜細胞腫瘍、卵巣漿液性癌、膵臓癌、膵管腺癌、膵臓神経内分泌癌、腹膜中皮腫、腹膜漿液性癌、胎盤絨毛癌、胸膜中皮腫、前立腺腺房腺癌、前立腺癌、直腸腺癌、直腸扁平上皮癌、皮膚付属器癌、皮膚基底細胞癌、皮膚黒色腫、皮膚メルケル細胞癌、皮膚扁平上皮癌、小腸腺癌、小腸消化管間質腫瘍(GIST)、大腸/結腸癌、大腸腺癌、軟組織血管肉腫、軟組織ユーイング肉腫、軟組織血管内皮腫、軟組織炎症性筋線維芽細胞腫瘍、軟組織平滑筋肉腫、軟組織脂肪肉腫、軟組織神経芽細胞腫、軟組織傍神経節腫、軟組織血管周囲類上皮細胞腫瘍、軟組織肉腫、軟組織滑膜肉腫、胃腺癌、びまん型胃腺癌、腸型胃腺癌、腸型胃腺癌、胃平滑筋肉腫、胸腺癌、リンパ球性胸腺腫、甲状腺乳頭癌、原発不明腺癌、原発不明癌、原発不明悪性新生物、リンパ様新生物、原発不明黒色腫、原発不明肉腫様癌、原発不明扁平上皮癌、未知未分化神経内分泌癌、原発不明未分化小細胞癌、子宮癌肉腫、子宮内膜腺癌、類内膜性子宮内膜腺癌、乳頭漿液性子宮内膜腺癌、および子宮平滑筋肉腫からなる群から選択される、請求項1から8のいずれか一項に記載の方法。
  10. 前記対象が、前記がんを有すると以前に同定または診断される、請求項1から9のいずれか一項に記載の方法。
  11. NTRK1遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異を有するがん細胞を有する対象を同定する前記ステップが、前記対象由来の試料中のがん細胞内のNTRK1遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む、請求項1、3、5、および7のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記アッセイが、変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)、温度勾配ゲル電気泳動(TGGE)、温度勾配キャピラリー電気泳動、一本鎖高次構造多型アッセイ、分子ビーコンアッセイ、動的ハイブリダイゼーションアッセイ、PCRに基づくアッセイ、および変性高速液体クロマトグラフィーからなる群から選択される、請求項11に記載の方法。
  13. 前記アッセイが、前記少なくとも1個の点変異を含む前記NTRK1遺伝子のセグメント、前記少なくとも1個の点変異を含む前記NTRK2遺伝子のセグメント、および/または前記少なくとも1個の点変異を含む前記NTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む、請求項11に記載の方法。
  14. 前記Trk阻害剤が、式I:
    Figure 2018526324
    の化合物の結晶形、またはその硫酸水素塩である、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記同定された対象に治療有効量の前記選択された処置を投与するステップをさらに含む、請求項3または4に記載の方法。
  16. 前記同定された対象のカルテに前記選択された処置を記録するステップをさらに含む、請求項3、4、および15に記載の方法。
  17. 前記対象のカルテが、コンピューター可読媒体である、請求項16に記載の方法。
  18. Trk阻害剤を用いた処置に対して陽性の応答を有する可能性が増大すると判定された対象に治療有効量のTrk阻害剤を投与するステップをさらに含む、請求項5または6に記載の方法。
  19. がんを発症する対象のリスクを判定する方法であって、
    (a)前記対象から得た試料中の細胞が、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異
    を有するか否かを判定するステップと、
    (b)NTRK1遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異を有する細胞を有する対象が、がんを発症する可能性が増大すると同定するステップと
    を含む、方法。
  20. がんを発症する対象のリスクを判定する方法であって、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    を有する細胞を有する対象が、がんを発症する可能性が増大すると同定するステップを含む、方法。
  21. 対象におけるがんの診断を支援する方法であって、
    (a)前記対象から得た試料中の細胞が、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異
    を有するか否かを判定するステップと、
    (b)NTRK1遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異を有する細胞を有する対象が、がんを有する可能性が増大すると判定するステップと
    を含む、方法。
  22. 対象におけるがんの診断を支援する方法であって、241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkAタンパク質の発現をもたらすNTRK1遺伝子中の少なくとも1個の点変異;
    240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkBタンパク質の発現をもたらすNTRK2遺伝子中の少なくとも1個の点変異;ならびに/または
    221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810からなる群から選択される1つもしくは複数のアミノ酸位置で変異を含むTrkCタンパク質の発現をもたらすNTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異
    を有する細胞を有する対象が、がんを有する可能性が増大すると判定するステップを含む、方法。
  23. 前記対象が、著しいレベルの発癌物質に曝露されていると同定される、請求項19から22のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記対象が、がんを有すると疑われる、請求項19から22のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記対象が、がんの1つまたは複数の症状を有する、請求項19から22のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記がんが、腺癌、副腎皮質癌、副腎神経芽細胞腫、肛門扁平上皮癌、虫垂腺癌、膀胱尿路上皮癌、胆管腺癌、膀胱癌、膀胱尿路上皮癌、骨脊索腫、リンパ球性慢性骨髄白血病、非リンパ球性急性骨髄球性骨髄白血病、骨髄リンパ増殖性疾患、骨髄多発性骨髄腫、骨肉腫、脳星細胞腫、脳神経膠芽腫、脳髄芽腫、脳髄膜腫、脳乏突起膠腫、乳房腺様嚢胞癌、乳癌、乳管内癌、乳房浸潤性乳管癌、乳房浸潤性小葉癌、乳房化生性癌、子宮頸神経内分泌癌、子宮頸部扁平上皮癌、結腸腺癌、結腸カルチノイド腫瘍、十二指腸腺癌、子宮内膜性腫瘍(endometrioid tunor)、食道腺癌、食道および胃癌、眼内黒色腫、眼内扁平上皮癌、眼涙管癌、ファロピウス管漿液性癌、胆嚢腺癌、胆嚢グロムス腫瘍、胃食道接合部腺癌、頭頸部腺様嚢胞癌、頭頸部癌、頭頸部神経芽細胞腫、頭頸部扁平上皮癌、腎臓色素嫌性癌、腎髄様癌、腎細胞癌、腎乳頭癌、腎肉腫様癌、腎尿路上皮癌、腎癌、リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、肝臓胆管癌、肝細胞癌、肝癌、肺腺癌、肺腺扁平上皮癌、肺非定型カルチノイド、肺癌肉腫、肺大細胞神経内分泌癌、肺非小細胞肺癌、肺肉腫、肺肉腫様癌、肺小細胞癌、肺小細胞未分化癌、肺扁平上皮癌、上気道消化管扁平上皮癌、上気道消化管癌、びまん性大細胞型B細胞リンパ節リンパ腫、リンパ節リンパ腫濾胞性リンパ腫、縦隔B細胞リンパ節リンパ腫、リンパ節リンパ腫形質芽球性肺腺癌、リンパ腫濾胞性リンパ腫、リンパ腫、非ホジキン、上咽頭および副鼻腔未分化癌、卵巣癌、卵巣癌肉腫、卵巣明細胞癌、卵巣上皮癌、卵巣顆粒膜細胞腫瘍、卵巣漿液性癌、膵臓癌、膵管腺癌、膵臓神経内分泌癌、腹膜中皮腫、腹膜漿液性癌、胎盤絨毛癌、胸膜中皮腫、前立腺腺房腺癌、前立腺癌、直腸腺癌、直腸扁平上皮癌、皮膚付属器癌、皮膚基底細胞癌、皮膚黒色腫、皮膚メルケル細胞癌、皮膚扁平上皮癌、小腸腺癌、小腸消化管間質腫瘍(GIST)、大腸/結腸癌、大腸腺癌、軟組織血管肉腫、軟組織ユーイング肉腫、軟組織血管内皮腫、軟組織炎症性筋線維芽細胞腫瘍、軟組織平滑筋肉腫、軟組織脂肪肉腫、軟組織神経芽細胞腫、軟組織傍神経節腫、軟組織血管周囲類上皮細胞腫瘍、軟組織肉腫、軟組織滑膜肉腫、胃腺癌、びまん型胃腺癌、腸型胃腺癌、腸型胃腺癌、胃平滑筋肉腫、胸腺癌、リンパ球性胸腺腫、甲状腺乳頭癌、原発不明腺癌、原発不明癌、原発不明悪性新生物、リンパ様新生物、原発不明黒色腫、原発不明肉腫様癌、原発不明扁平上皮癌、未知未分化神経内分泌癌、原発不明未分化小細胞癌、子宮癌肉腫、子宮内膜腺癌、類内膜性子宮内膜腺癌、乳頭漿液性子宮内膜腺癌、および子宮平滑筋肉腫からなる群から選択される、請求項19から25のいずれか一項に記載の方法。
  27. 前記対象から得た試料中の細胞が、NTRK1遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、NTRK2遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異、および/またはNTRK3遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異を有するか否かを判定する前記ステップが、前記試料中の細胞内のNTRK1遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異の存在、NTRK2遺伝子中の前記少なくとも1個の点変異の存在、および/または前記NTRK3遺伝子中の少なくとも1個の点変異の存在を判定するアッセイを実施することを含む、請求項21または23に記載の方法。
  28. 前記アッセイが、変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)、温度勾配ゲル電気泳動(TGGE)、温度勾配キャピラリー電気泳動、一本鎖高次構造多型アッセイ、分子ビーコンアッセイ、動的ハイブリダイゼーションアッセイ、PCRに基づくアッセイ、変性高速液体クロマトグラフィーからなる群から選択される、請求項27に記載の方法。
  29. 前記アッセイが、前記少なくとも1個の点変異を含む前記NTRK1遺伝子のセグメント、前記少なくとも1個の点変異を含む前記NTRK2遺伝子のセグメント、および/または前記少なくとも1個の点変異を含む前記NTRK3遺伝子のセグメントをシーケンシングするステップを含む、請求項27に記載の方法。
  30. がんを有する可能性が増大すると判定された対象におけるがんの前記診断を確認するステップをさらに含む、請求項22に記載の方法。
  31. 前記TrkAタンパク質が、S241F、S241H、S241Y、R314G、R314H、R314L、R314P、N318S、G319S、S320F、V321M、I510T、V511M、L512F、L512R、S552R、A553T、R554P、R554Q、R554W、A636E、A636T、A636V、G637E、G637W、M638V、R649L、R649W、R654C、R654H、N655Y、D679N、D679Y、Y680H、T687I、M688I、L689M、P690H、R692C、R692H、P695S、P696L、E697K、E747K、R748L、R748Q、R748W、P749Q、R750C、R750HおよびR750Lからなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異を含み;
    前記TrkBタンパク質が、M240I、N241D、E242K、R251G、R251K、I252V、S256L、S257F、D258N、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440V、R598C、R598S、K599M、D600H、H602N、R603S、L664M、T665M、T665S、Q666L、Q666R、A677T、A678T、A678V、G679D、M680I、V689M、R691C、D692N、F746I、T747M、T748M、E749K、Q784H、G785V、R786Q、V787F、L788M、Q789E、G804E、C805RおよびC805Yからなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異を含み;かつ/または
    前記TrkCタンパク質が、V221I、R222Q、E223D、D242N、W243C、I244T、T269A、T269M、T270M、T270Q、T270V、V271L、V271M、E276D、D277E、D277G、D277N、T281I、T281P、T282M、T283A、T283K、T283M、S296I、S296R、V297I、V325M、R326C、R326G、R326H、R326L、R326P、N328S、P329N、P329S、P330Q、E344G、E344V、S345F、K346N、H349Y、V350E、E351D、Y353F、Q354K、D537E、D537Y、I538N、V539M、L540M、G545C、G545D、G550R、K551E、L560V、P562L、P562Q、P562R、P562T、K575E、D576N、P577S、P582Q、P582W、K583%、D584E、D584N、V601A、V601I、K602R、F603L、Y604F、Y604H、Y604N、C607F、G608C、G608E、G608S、D609G、D609H、D609N、D609V、G610R、P612A、P612L、P612S、P612T、D624Y、L625M、N626K、K627N、K627R、F628L、L629F、L629I、P634L、P634T、D635H、A636E、A636V、M637I、M637K、M637V、E650V、L651P、G652R、G652V、L653F、L653P、H677Y、R678Q、D679G、D679N、V687A、V687I、G688R、A689E、A689V、Y705N、S706I、T707M、D708N、P715L、P715S、S716Y、G717R、T730N、M731I、M731L、L732I、P738H、P738S、Y744F、R745P、R745W、K746R、K746T、G786C、G786S、R787C、R787H、R787S、P796L、P796S、D801N、Q808H、R809WおよびE810Kからなる群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置で変異を含む、請求項1から30のいずれか一項に記載の方法。
  32. それぞれが、
    TrkAタンパク質中のアミノ酸位置241、314、318、319、320、321、510、511、512、552、553、554、636、637、638、649、654、655、679、680、687、688、689、690、692、695、696、697、747、748、749および750の1つで変異をコードするNTRK1遺伝子のセグメント;
    TrkBタンパク質中のアミノ酸位置240、241、242、251、252、256、257、258、264、314、315、401、426、427、428、440、598、599、600、602、603、664、665、666、677、678、679、680、689、691、692、746、747、748、749、784、785、786、787、788、789、804および805の1つで変異をコードするNTRK2遺伝子のセグメント;または
    TrkCタンパク質中のアミノ酸位置221、222、223、242、243、244、269、270、271、276、277、281、282、283、296、297、325、326、328、329、344、345、346、349、350、351、353、354、537、538、539、540、545、550、551、560、562、575、576、577、582、583、584、601、602、603、604、607、608、609、610、612、624、625、626、627、628、629、634、635、636、637、650、651、652、653、677、678、679、687、688、689、705、706、707、708、715、716、717、730、731、732、738、744、745、746、786、787、796、801、808、809および810の1つで変異をコードするNTRK3遺伝子のセグメント
    に特異的にハイブリダイズする1つまたは複数のプローブを含むキット。
  33. それぞれが、
    TrkAタンパク質中のS241F、S241H、S241Y、R314G、R314H、R314L、R314P、N318S、G319S、S320F、V321M、I510T、V511M、L512F、L512R、S552R、A553T、R554P、R554Q、R554W、A636E、A636T、A636V、G637E、G637W、M638V、R649L、R649W、R654C、R654H、N655Y、D679N、D679Y、Y680H、T687I、M688I、L689M、P690H、R692C、R692H、P695S、P696L、E697K、E747K、R748L、R748Q、R748W、P749Q、R750C、R750HおよびR750Lからなる群から選択される変異をコードするNTRK1遺伝子のセグメント;
    TrkBタンパク質中のM240I、N241D、E242K、R251G、R251K、I252V、S256L、S257F、D258N、I264M、A314E、A314G、A314V、L315F、G401A、G401E、G401R、T426I、G427S、R428Q、A440S、A440T、A440V、R598C、R598S、K599M、D600H、H602N、R603S、L664M、T665M、T665S、Q666L、Q666R、A677T、A678T、A678V、G679D、M680I、V689M、R691C、D692N、F746I、T747M、T748M、E749K、Q784H、G785V、R786Q、V787F、L788M、Q789E、G804E、C805RおよびC805Yからなる群から選択される変異をコードするNTRK2遺伝子のセグメント;または
    TrkCタンパク質中のV221I、R222Q、E223D、D242N、W243C、I244T、T269A、T269M、T270M、T270Q、T270V、V271L、V271M、E276D、D277E、D277G、D277N、T281I、T281P、T282M、T283A、T283K、T283M、S296I、S296R、V297I、V325M、R326C、R326G、R326H、R326L、R326P、N328S、P329N、P329S、P330Q、E344G、E344V、S345F、K346N、H349Y、V350E、E351D、Y353F、Q354K、D537E、D537Y、I538N、V539M、L540M、G545C、G545D、G550R、K551E、L560V、P562L、P562Q、P562R、P562T、K575E、D576N、P577S、P582Q、P582W、K583%、D584E、D584N、V601A、V601I、K602R、F603L、Y604F、Y604H、Y604N、C607F、G608C、G608E、G608S、D609G、D609H、D609N、D609V、G610R、P612A、P612L、P612S、P612T、D624Y、L625M、N626K、K627N、K627R、F628L、L629F、L629I、P634L、P634T、D635H、A636E、A636V、M637I、M637K、M637V、E650V、L651P、G652R、G652V、L653F、L653P、H677Y、R678Q、D679G、D679N、V687A、V687I、G688R、A689E、A689V、Y705N、S706I、T707M、D708N、P715L、P715S、S716Y、G717R、T730N、M731I、M731L、L732I、P738H、P738S、Y744F、R745P、R745W、K746R、K746T、G786C、G786S、R787C、R787H、R787S、P796L、P796S、D801N、Q808H、R809W、およびE810Kからなる群から選択される変異をコードするNTRK3遺伝子のセグメント
    に特異的にハイブリダイズする1つまたは複数のプローブを含む、請求項32に記載のキット。
  34. 前記1つまたは複数のプローブが、検出可能なプローブで標識される、請求項32または33に記載のキット。
  35. 前記1つまたは複数のプローブが、基材に共有結合的に付着される、請求項32から34に記載のキット。
  36. 前記基材が、フィルム、プレート、またはビーズである、請求項35に記載のキット。
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