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DE10041165B4 - Verfahren und Anordnung zur Steuerung von Analyse- und Einstellvorgängen eines Mikroskops - Google Patents

Verfahren und Anordnung zur Steuerung von Analyse- und Einstellvorgängen eines Mikroskops Download PDF

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DE10041165B4
DE10041165B4 DE10041165A DE10041165A DE10041165B4 DE 10041165 B4 DE10041165 B4 DE 10041165B4 DE 10041165 A DE10041165 A DE 10041165A DE 10041165 A DE10041165 A DE 10041165A DE 10041165 B4 DE10041165 B4 DE 10041165B4
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image
microscope
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DE10041165A
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Inventor
Frank Olschewski
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Leica Microsystems CMS GmbH
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Leica Microsystems Heidelberg GmbH
Leica Microsystems CMS GmbH
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Expired - Lifetime legal-status Critical Current

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    • GPHYSICS
    • G02OPTICS
    • G02BOPTICAL ELEMENTS, SYSTEMS OR APPARATUS
    • G02B21/00Microscopes
    • G02B21/0004Microscopes specially adapted for specific applications

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  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Optics & Photonics (AREA)
  • Microscoopes, Condenser (AREA)

Abstract

Verfahren zur Steuerung von Analyse- und Einstellvorgängen eines Mikroskops gekennzeichnet durch die folgenden Schritte:
• Darstellen eines Datensatzes in graphischer Form auf einem dem Mikroskop zugeordneten Display (27);
• Auswählen mindestens einer Position in der graphischen Form des Datensatzes, der das Abbild (43) des Objekts (15) darstellt;
• Automatisches Ermitteln eines Bereiches aus dem Datensatz und der ausgewählten Position; und
• Durchführen eines Analyse- und/oder Einstellvorgangs.

Description

  • Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur Steuerung von Analyse- und Einstellvorgängen eines Mikroskops. Ferner betrifft die Erfindung eine Anordnung zur Steuerung von Analyse- und Einstellvorgängen eines Mikroskops, das mehrere Detektoren zum Wandeln optischer Signale in elektrische Signale aufweist.
  • Bei der Arbeit am Mikroskop sind – je nach Anwendung unterschiedlich – immer wieder Bilddetails im Blickfeld des Benutzers. In heutigen Systemen analysiert der Benutzer (während der Messung) diese Bilddetails, markiert Sie mit einem geeigneten grafischen Mechanismus auf dem Bildschirm und wählt die gewünschte Funktion an.
  • Einige Beispiele für derartige Aktionen sind: a) Statistische Analysen lokaler Eigenschaften von Bildern und volumetrischen Bildstapeln (Profile, Histogramme, Kolocalisationen, Material Rauhigkeit), b) Beobachtung physiologischer Reaktionen lebender Zellen und einzelner Kompartments (von Stoffwechsel/Struktur unterscheidbare Teile einer Zelle) derselben, c) Zoomvorgänge, d) Ausrichtung des Bildfeldes, e) Steuerung von Aktoren, f) Definition lokal unterschiedlicher Anregungs- und Detektions-Parameter und g) Automatisierte Regelvorgänge unter Zuhilfenahme von Geometriedaten. Standard Mikroskopsysteme stellen hierfür passende Geometriemodelle zur Verfügung (Polygone, Rechtecke, allgemein ROI = Region Of Interest), die der Benutzer vorgibt. In der Regel erfordert dies einen zeitaufwendigen interaktiven Prozess. Die Region wird mit der Maus auf dem Display eines Computersystems gezeichnet. Anschließend wird es der entsprechenden Automatisierungsfunktion zur Verfügung gestellt
  • Die Publikation von Wedekind P., Kubitscheck U., Peters R.: SCANNING MICROPHOTOLYSIS: A NEW PHOTOBLEACHING TECHNIQUE BASED ON FAST INTENSITY MODULATION OF A SCANNED LASER BEAM AND CONFOCAL IMAGING, im Journal of Microscopy, Vol. 176., Pt 1, October 1994, Seiten 23–33, offenbart eine Möglichkeit zum Überlagern geometrischer Elemente mit einem aufgenommenen Bild von einem Objekt. Die geometrischen Elemente sind z.B. Kreise, Ellipsen, Polygone oder Rechtecke. Dies hierdurch definierten Bereiche werden auf der Probe unterschiedlich beleuchtet und bewirken durch den damit verbundenen Energietransport Veränderungen in der Probe.
  • Die Publikation von Demandolx D., Davoust J.: MULTICOLOUR; ANALYSIS AND LOCAL IMAGE CORRELATION IN CONFOCAL MICROSCOPY, Journal of Microscopy, Vol. 185, Pt1, January 1997, Seiten 21–36; offenbart eine Vielzahl von Analyseverfahren in der Scanmikroskopie. Die einzelnen Analysen benötigen sowohl eine geometrische Selektion des zu analysierenden Objektes als auch geometrische Selektionen in einem speziellem Analyseraum, dem Cytofluorogram. Die Publikation schlägt jedoch keine Möglichkeit vor, wie spezielle Probenbereiche für die Analyse zu markieren sind. Andererseits liefern die Analysen, wie weiter unten klar wird, die Möglichkeit Geometrien zu finden.
  • Die deutsche Offenlegungsschrift DE 199 59 184 offenbart ein Mikroskop, bei dem ein Datensatz in graphischer Form auf einem zugeordneten Display dargestellt wird. Die Auswahl der interessierenden Region erfolgt aber durch händische Überlagerung mit einer geometrischen Figur, wie z. B. einem drehbaren Rechteck.
  • Die europäische Patentanmeldung EP 0 740 179 A1 offenbart eine automatische Positioniereinrichtung für ein Mikroskop, wobei die Helligkeitsverteilung des Bildes durch ein Bildanalysesystem verarbeitet wird.
  • Dieser Erfindung liegt die Aufgabe zugrunde, ein Verfahren anzugeben, bei dem die Bildanalyse aufgenommener Mikroskopbilder vereinfacht und weitestgehend automatisiert ist. Charakteristisch ist, dass die Analyse- und Einstellvorgänge des Mikroskops mit einem Mindestmaß an Benutzereingaben auskommen.
  • Die objektive Aufgabe wird gelöst durch ein Verfahren, das durch die folgenden Schritte gekennzeichnet ist:
    • • Darstellen eines Datensatzes in graphischer Form auf einem dem Mikroskop zugeordneten Display;
    • • Auswählen mindestens einer Position in der graphischen Form des Datensatzes, der das Abbild des Objekts darstellt;
    • • Automatisches Ermitteln eines Bereiches aus dem Datensatz und der ausgewählten Position; und
    • • Durchführen eines Analyse- und/oder Einstellvorgangs.
  • Eine weitere Aufgabe der Erfindung ist es eine Anordnung zu schaffen bei der die Bildanalyse aufgenommener Mikroskopbilder und die Systemparametrierung vereinfacht und weitestgehend automatisiert ist.
  • Die objektive Aufgabe wird gelöst durch eine Anordnung die dadurch gekennzeichnet, dass
    • – eine Aufnahmeelektronik vorgesehen ist, welche die von den Detektoren kommenden elektrischen Signale in digitale Signale konvertiert und vorverarbeitet,
    • – ein PC die digitalen Signale von der Aufnahmeelektronik empfängt und aus den digitalen Signalen eine grafische Darstellung ermittelt, die einem Abbild des Objekts entspricht,
    • – ein Display mit dem PC verbunden ist, das die grafische Darstellung wiedergibt und ferner dem Benutzer auswählbare Einstellfunktionen anbietet,
    • – eine Eingabeeinheit zur Anwahl der Einstellfunktionen und Auswahl mindestens einer interessierenden Struktur im Abbild des Objekts, und
    • – eine Steuerelektronik mit dem PC verbunden ist, über die Einstellelemente des Mikroskops ansteuerbar sind.
  • Der Vorteil der Erfindung ist, dass die Interaktion zwischen dem Benutzer und dem Mikroskop auf ein Mindestmaß beschränkt ist und dennoch schnell und qualitativ gute Ergebnisse erzeugt werden. Der Vorteil liegt in der Kopplung der Interaktion der Eingabeeinheit (wobei die Eingabeeinheit eine Maus, Tastatur oder auch Spracheingabe sein kann) mit der speziellen Bildanalyse (Segmentierung). Auf diese Art kann ein Automatismus ermitteln was der Benutzer will. Ein weiterer Vorteil ist, dass eine extrem schnelle und ergonomische Grobeinstellung des Mikroskopsystems erreichbar ist. Hinzu kommt eine Verbesserung der Systemergonomie, da bisher sehr komplexe Interaktionen auf einen oder zwei Mausklicks (oder andere Eingaben) reduziert werden.
  • Die Unabhängigkeit von der Dimensionalität des Geometriemodels ist zusätzlich ein Vorteil. Das beschriebene Verfahren ist unabhängig von der Dimensionalität des Geometriemodells. Im Prinzip ist es auch für (nur theoretisch relevante) n-dimensionale Geometrien möglich. In der Praxis sind aber drei dimensionale Geometrien wichtig. 3D Körper zu zeichnen ist für den Benutzer schwierig, durch das angestrebte Verfahren jedoch praktikabel automatisch durchführbar.
  • Die kombinierte Auswertung minimaler Benutzereingaben (Mausklick) und der erfassten Mikroskopiebilddaten zur Ermittlung von Geometriemodellen durch eine Mustererkennung und die Nutzung derselben zur Systemparametrisierung zeichnet diese Erfindung aus.
  • Die Automatisierung der Bildanalyse durch die Einbettung von Mustererkennungsprozessen in das Konzept eines Mikroskopsystems beruht auf dem Prinzip, dass einzelne Bildteile (Zellen, Kompartments, Materialien) innerhalb eines zu untersuchenden Bereichs die Eigenschaft haben, sich lokal von der Bildumgebung abgrenzen. Beispiele: Homogene fluoreszierende Objekte grenzen sich von einem homogenen dunklen Hintergrund ab. Homogene fluoreszierende Objekte grenzen sich von den Kompartments in der Umgebung durch die gemessene Intensitätsverteilung ab. Die lokale Statistik innerhalb der Kompartments ist unterschiedlich. Bei Anwendungen mit mehreren fluoreszenten Farbstoffen ist es vorteilhaft die multivariate spektrale Intensitätsverteilung zu nutzen. Ferner sind Objekte im Transmissionsbild dunkler als der Rest. Diese Bildeigenschaften decken die meisten der relevanten Anwenderwünsche ab. Eine weitere Eigenschaft der Einstellvorgänge ist, dass in der Regel grobe Geometrien ausreichend, bzw. nur Klassen von Geometrien (Bilder sind immer Rechtecke) zulässig sind. Die Summe aller Eigenschaften kann man nutzen um Bilddetails automatisch zu detektieren, in Geometriemodelle zu wandeln und an die Mikroskopsteuerung zu übergeben.
  • In der Regel arbeiten Mustererkennungsprozesse nur bis zu einer gewissen Genauigkeit zufriedenstellend (in 90% aller Fälle). Dieser Nachteil ist für die gegenwärtige Erfindung nicht relevant, da nur grobe Einstellungen notwendig sind. Alle Einstellvorgänge des Mikroskopsystems können optional (mit der alten Methode) auch manuell vollzogen und verfeinert werden. Der Mustererkennungsprozess bietet somit die Alternative der schnellen Grobeinstellung, die bei Bedarf verfeinert werden kann. Dieses Vorgehen funktioniert sehr schnell und automatisch und ist in der Regel schon für eine Vielzahl der Anwendungen ausreichend.
  • In der Zeichnung ist der Erfindungsgegenstand schematisch dargestellt und wird anhand der Figuren nachfolgend beschrieben. Dabei zeigen:
  • 1 eine schematische Darstellung eines Konfokalmikroskops unter Verwendung der gegenwärtigen Erfindung;
  • 2 eine spezielle Ausführungsform des Bildschirmlayouts hinsichtlich der für die Untersuchung interessanten Strukturen, und möglicher Benutzereingaben;
  • 3 eine schematische Darstellung der gesamten für die Bildaufnahme, Bildanalyse und Bilddarstellung erforderlichen Elektronik eines Mikroskopsystems;
  • 4 eine schematische Darstellung der Aufnahme der Bilddaten und einer möglichen Datenvorbearbeitung; und
  • 5 eine Darstellung der Steuerelektronik, mit der einzelne Mikroskopelemente angesteuert werden können.
  • 1 zeigt schematisch ein konfokales Scanmikroskop. Der von einem Beleuchtungssystem 1 kommende Lichtstrahl 3 wird von einem Strahlteiler 5 zum Scanmodul 7 reflektiert, das einen kardanisch aufgehängten Scanspiegel 9 beinhaltet, der den Strahl durch die Mikroskopoptik 13 hindurch über bzw. durch das Objekt 15 führt. Der Lichtstrahl 3 wird bei nicht transparenten Objekten 15 über die Objektoberfläche geführt. Bei biologischen Objekten 15 (Präparaten) oder transparenten Objekten kann der Lichtstrahl 3 auch durch das Objekt 15 geführt werden. Dies bedeutet, dass verschiedene Fokusebenen des Objekts nacheinander durch den Lichtstrahl 3 abgetastet werden. Die nachträgliche Zusammensetzung ergibt dann ein dreidimensionales Bild des Objekts. Der vom Beleuchtungssystem 1 kommende Lichtstrahl 3 ist als durchgezogene Linie dargestellt. Das vom Objekt 15 ausgehende Licht 17 gelangt durch die Mikroskopoptik 13 und über das Scanmodul 7 zum Strahlteiler 5, passiert diesen und trifft auf einen Detektor 19, der als Photomultiplier ausgeführt ist. Das vom Objekt 15 ausgehende Licht 17 ist in allen Abbildungen (1 bis 3) als gestrichelte Linie dargestellt. Im Detektor 19 werden elektrische, zur Leistung des vom Objekt ausgehenden Lichtes 17 proportionale Detektionssignale 21 erzeugt und an die Verarbeitungseinheit 23 weitergegeben. Die im Scanmodul mit Hilfe eines induktiv oder kapazitiv arbeitenden Positionssensors 11 erfassten Positionssignale 25 werden ebenfalls an die Verarbeitungseinheit 23 übergeben. Es ist für einen Fachmann selbstverständlich, dass die Position des Scanspiegels 9 auch über die Verstellsignale ermittelt werden kann. Die eingehenden Analogsignale werden in der Verarbeitungseinheit 23 zunächst digitalisiert. Die Signale werden an einen PC 34 übergeben, an dem eine Eingabeeinheit 33 angeschlossen ist. Der Benutzer kann bezüglich der Verarbeitung der Daten mittels der Eingabeeinheit 33 entsprechende Selektionen treffen. In 1 ist als eine Eingabeeinheit 33 eine Maus dargestellt. Es ist jedoch für jeden Fachmann selbstverständlich, dass auch Tastatur und ähnliches als Eingabeeinheit 33 verwendet werden kann. Auf einem Display 27 wird z.B. ein Abbild 35 des Objekts 15 dargestellt. Hinzu kommt, dass zusätzlich auf dem Display 27 auch Einstellelemente 29, 31 für die Bildaufnahme dargestellt werden. In der hier gezeigten Ausführungsform sind die Einstellelemente 29, 31 als Slider dargestellt. Jede andere Ausgestaltung liegt im handwerklichen Können eines Fachmanns. Der PC 34 gibt die entsprechenden Daten über die Leitung 37 an die Verarbeitungseinheit 23 weiter. Die Positions- und Detektionssignale werden in der Verarbeitungseinheit 23 in Abhängigkeit von den jeweils gewählten Einstellungen zusammengesetzt und auf dem Display 27 angezeigt. Die Slider 29, 31 werden als Einstellelemente bezeichnet. Für die Erfindung ist es unerheblich in welcher Form die Einstellelemente auf dem Display 27 dargestellt werden. Das bei einem konfokalen Scanmikroskop üblicherweise vorgesehene Beleuchtungspinhole 39 und das Detektionspinhole 41 sind der Vollständigkeit halber schematisch eingezeichnet. Weggelassen sind wegen der besseren Anschaulichkeit hingegen einige optische Elemente zur Führung und Formung der Lichtstrahlen. Diese sind einem auf diesem Gebiet tätigen Fachmann hinlänglich bekannt.
  • Eine mögliche Form der Bildschirmdarstellung ist in 2 gezeigt. Das Display 27 definiert einen Bildschirmrand 27a. Auf dem Display 27 wird ein erster Bereich 40 festgelegt, in dem das Abbild 43 des Objekts 15 für den Benutzer dargestellt wird. Das Abbild des Objekts 27 besteht in der Regel aus mindestens einer Struktur 42, die sich deutlich von einem Hintergrund 43a abhebt. In einem zweiten Bereich 44 ist auf dem Display 27 eine Panelbox 45 dargestellt, mit dem vom Benutzer verschiedene Funktionen anwählbar sind. Jeder der anwählbaren Funktionen ist ein Klick-Button 46 zugeordnet. Auf dem Display 27 ist der Mauszeiger z.B. durch ein Fadenkreuz 47 dargestellt. Der Benutzer kann z.B. mit dem Mauszeiger die gewünschte Funktion aufrufen. Hinzu kommt, dass der Benutzer ebenfalls mit dem Mauszeiger die gewünschte Struktur 42 des Objekts 27 auswählt.
  • Es bestehen eine Reihe unterschiedlicher und unabhängiger Implementierungsmöglichkeiten, die im wesentlichen das selbe bewirken. Evtl. sind diese an spezielle Sonderfälle angepasst und bieten dort Vorteile. Der grobe Aufbau eines Mechanismus für ein derartiges Verfahren besteht aus einer folgenden Kette von Verarbeitungseinheiten, wie z.B. Einstellvorrichtung der Automatisierungsfunktion, Erfassung der Maus Klicks, Anpassung der Daten an die Systemkapazität (was auch optional sein kann), Vorverarbeitung, Anpassung an das menschliche visuelle System, Segmentierung, Erzeugung des Geometriemodells aus dem Binarisierten Bild, Übersetzung in das benötigte Geometriemodell und Lenkungseinheit zur Verteilung des Geometriemodells auf die Systemkomponenten des Mikroskops. Im folgenden werden die einzelnen Verarbeitungseinheiten kurz erläutert:
  • Einstellvorrichtung der Automatisierungsfunktion:
  • Dies erfolgt (in der Regel) durch Software im PC 34 des Mikroskopsystems.
  • Erfassung des Mausklicks:
  • Dies erfolgt durch Software im PC 34 des Mikroskopsystems, aber auch eine Koordinateneingabe mit Hilfe der Panelbox 45 und eines Fadenkreuz 47 auf dem Display 27 ist denkbar.
  • Anpassung der Daten an die Systemkapazität (optional):
  • Das herunterteilen (Downsampeln) des Bildes macht Sinn. Zweck hierfür ist es, die Rechenzeiten für den im folgenden beschriebenen Automatismus in Grenzen zu halten. Es wird künstlich ein Kompromiss zwischen Rechenzeit und Genauigkeit des Geometriemodells erzwungen. Dieser Kompromiss ist beim heutigen Stand der Technik noch notwendig. Die Verarbeitungs- und Reaktionszeiten werden für den Benutzer erträglich gemacht.
  • Die Genauigkeit des Teilens kann an die konkrete Aufgabenstellung angepasst werden und kann – mit steigender Performance vorhandener Elektronikkomponenten – evtl. auch entfallen. Dieser Schritt ist notwendigerweise der erste um effizient Rechenzeit zu sparen. Das Downsampeln besteht in der Regel aus zwei Stufen: a.) einem Filter zur Bandbegrenzung und b.) einer Reduktionsstufe, die nur jeden zweiten, vierten, achten usw.... Pixel weiterleitet. Diese beiden Stufen sind miteinander gekoppelt. Die Rate mit der das Bild heruntergeteilt wird, wird vorzugsweise von aussen (Software) gesteuert und an den gegebenen Anwendungsfall angepasst. Für die Filter kommen alle phasentreue Tiefpassfilter in Frage, die eine Begrenzung der Ortfrequenz auf die Auflösung des reduzierten Bildes erreichen. Beispiele sind Mittelungs-, Binominal-, Gauß-, oder Waveletbasierte Filter. Diese Operationen lassen sich mit diskreter digital Elektronik, FPGA und/oder Digitalrechnern/Software lösen.
  • Vorverarbeitung.
  • Ziel ist eine Bildfilterung zur wesentlichen Verbesserung der Signal/Noise-Verhältnisse innerhalb der Szene. Für diese Filterung kommen wiederum alle – möglichst phasentreue – Tiefpassfilter in Frage (Mittelung, Binominal, Gauß, Wavelet basierte Filter, siehe Anpassung der Daten an die Systemkapazität). Auch nichtlineare morphologische Filter können eingesetzt werden. Dieser Punkt ist nötig, da konfokale Bilddaten verrauscht sind. Auch eine Signalglättung mit einem „Anisotropic Diffusion" Filter ist denkbar. Derartige Mechanismen sind Stand der Technik und mit diskreter digital Elektronik, FPGA und/oder Digitalrechnern/Software lösbar.
  • Anpassung an das menschliche visuelle System:
  • Das menschliche Auge hat eine logarithmische Empfindlichkeit auf Lichtreize. Um die Grenzen des Geometriemodells mit den vom Auge wahrgenommenen in Deckung zu bringen, bietet es sich an durch eine geeignete Amplitudentransformation die Bilddaten mit einer derartigen logarithmischen Kennlinie zu transformieren. Vermeidet man diesen Punkt, wird die vom Automatismus und die vom Menschen wahrgenommene Struktur unterschiedlich sein.
  • Segmentierung.
  • Die Segmentierung des Bildes in Regionen hat extrem viele Freiheitsgerade. Aufgrund der Komplexität wird hier das allgemeine Prinzip kurz erläutert. Das allgemeine Ziel von Segmentierungsaufgaben ist die Unterteilung des Bildes, definiert durch den erster Bereich 40 auf dem Display 27, in unterschiedliche Regionen und im wesentlichen ein rein mathematischer Formalismus.
  • Formal wird immer ein Homogenitätsmaß γ definiert, das jeder Region R, dem Bild I, einen Wert γ(I, R) zuordnet. Auf der Basis dieses Modells wird dann eine Partition
    {R1, R2, ...RN}
    mit R1 ∪ R2 ∪ ... ∪ RN = Bildfläche und R1 ∩ R2 ∩ ... ∩ RN = {} (leere Menge) und der Eigenschaft
    Figure 00110001
    oder äquivalent (je nach Wahl des Homogenitätsmaßes)
    Figure 00110002
    aus allen Möglichkeiten gesucht. Die vielfältigen unterschiedlichen Möglichkeiten ergeben sich durch zwei Ursachen:
    Das Homogenitätsmaß γ wird zielgerichtet für die Aufgabenstellung gewählt. Aufgrund der Größe der Suchmöglichkeiten werden viele Heuristiken genutzt, um die Suche zu Vereinfachen. Aus diesem Grund gibt es etliche unterschiedliche Verfahren, um diese Aufgabenstellung zu lösen.
  • In dem hier beschriebenen Kontext vereinfacht sich die Aufgabenstellung der Segmentierung wesentlich, da zusätzlich auf das vom Benutzer durch den Mausklick mitgeteilte a priori Wissen zugegriffen werden kann, welche Teile des Bildes interessant sind. Aus diesem Grund kann die hier beschriebene Segmentierungsprozedur deutlich einfacher ausfallen als herkömmliche in der Literatur angegebene Segmentierungsansätze. Im wesentlichen muss nur eine Region R, welche die Position des Fadenkreuzes 47 zum Zeitpunkt des Mausklicks beinhaltet und für die γ(I, R) = Minimumgilt, gefunden werden. Dies kann in der Praxis durch eine relativ schnelle lokale Suche von in der Nähe der markierten Position bewerkstelligt werden. Durch die geeignete Wahl des Homogenitätsmaßes findet ein derartiger Algorithmus die vom Benutzer gewünschte Struktur. Im folgenden werden einige Möglichkeiten diskutiert ohne sich auf eine spezielle Methode für alle Einstellvorgänge gleichermaßen festzulegen.
  • Möglichkeit 1:
  • Für Fluoreszenzbilder aus einem spektralen Band.
  • Das Histogramm von Bild/Bildregion muss auf mehrere Schwellwerte untersucht werden. Dies ergibt ein nur von den Intensitäten abhängiges Homogenitätsmaß. In diesem Anwendungsfall ist mit einer trimodalen Verteilung und drei Intensitätsregionen zu rechnen. Nominell sind dies: Bereiche dunkler als die Intensität an der Position des Fadenkreuzes 47 zum Zeitpunkt Mausklicks, Bereiche heller als die Intensität an der Position des Fadenkreuzes 47 zum Zeitpunkt des Mausklicks, und Bereiche die ungefähr gleich hell sind wie die Intensität an der Position des Fadenkreuzes 47 zum Zeitpunkt des Mausklick. Diese Bereiche im Histogramm müssen (brutal oder heuristisch) gesucht werden. Im eindimensionalen bietet sich hier Verfahren der Diskriminanzanalyse, Clusteranalyse, clusterenden Neuronalen Netzen, die Varianzminimierung nach Otsu, die Minimierung der Kullback Information Distance oder eine Maximierung lokaler Entropie an.
  • Die Suche muss rekursiv fortgeführt werden, bis man die gewünschte Trimodalität nachweist oder nicht. Das Homogenitätsmaß kann durch einfachen Intervallvergleich konstruiert werden und direkt zu einem binarisierten Bild das nur die Regionen enthält führen.
  • Diese Variante auf der Basis der Maximierung lokaler Entropie könnte z.B. in Verbindung mit einem Multibanddetektor realisiert werden, wodurch die Erzeugung von ROIs (Region of Interest) zu reinen Analysezwecken zufriedenstellend funktioniert. Ein Multibanddetektor ist in DE 43 30 347 C2 und DE 199 02 625 A1 bereits offenbart. Implementierbar ist dieses Verfahren in FPGAs, Digitalrechnern oder Software.
  • Möglichkeit 2:
  • Für Fluoreszenzbilder mit mehreren spektralen Bändern (Kanälen).
  • Multivariaten Histogramme werden im Leica Jargon als Cytofluorogramme bezeichnet und sind z.B. in der Publikation von Demandolx D., Davoust J.: MULTICOLOUR; ANALYSIS AND LOCAL IMAGE CORRELATION IN CONFOCAL MICROSCOPY, Journal of Microscopy, Vol. 185, Pt1, January 1997, Seiten 21– 36 offenbart. Diese können auch zu Zwecken der ROI-Findung benutzt werden. Man kann den gleichen Mechanismus wie oben erzeugen indem man im mehrdimensionalen die Annahme der Trimodalität fallen lässt und die rekursive Suche weiter erstreckt. Dies ist implementierbar in großen FPGA und Software.
  • Möglichkeit 3:
  • Für Fluoreszenzbilder mit mehreren spektralen Bändern (Kanälen).
  • Durch einfache Reduktion der Intensitäten auf die Signalenergie und anschliessende Anwendung von Möglichkeit 1, erhält man ebenfalls gute Resultate. Dies ist auch schon implementiert in TCS SP2 (True Confocal Sanner Spectro Photometer 2.
  • Möglichkeit 4:
  • Nutzung beliebiger Segmentierungsalgorithmen.
  • Aufsetzend auf jedem beliebigen Segmentierungsalgorithmus, kann man natürlich aus der Menge an Regionen eine passende, die die markierte Position beinhaltet, nutzen. Die Qualität und Implementierbarkeit dieser Verfahren hängt extrem stark von der Applikation und dem Verfahren selber ab.
  • Möglichkeit 5:
  • Spektren.
  • Mit multivariaten faktoriellen Statistiken (Principle Component Analysis) und Energiebetrachtungen können auch Spektralbilder vereinfacht werden und den oben skizzierten Möglichkeiten zugeführt werden.
  • Erzeugung des Geometriemodells aus dem Binarisierten Bild.
  • Für alle Einstellvorgänge wird die äußere Hülle der bei der Segmentierung gefundenen Region gebraucht. Derartige Algorithmen sind dem Fachmann hinlänglich bekannt. In der Regel werden diese durch „Contour following" Algorithmen aus dem binarisierten Bild extrahiert. Dies wird Vorteilsweise durch einen Digitalrechner gemacht. Alternativen sind „scan line" basierte Algorithmen die auch FPGA tauglich sind. Die auf diese Art gefundenen benötigten Regionen können durch vielfältige Mechanismen wie Active Contours oder Snakes weiter verfeinert werden. Hierzu muss nach Stand der Technik Software eingesetzt werden.
  • Übersetzung in das benötigte Geometriemodell
  • Mitunter sind Anpassungen nötig. Z.B kann eine Zoomfunktion eines Mikroskops nur rechteckige Bilder erzeugen. Aus sternförmigen Geometrien muss also erst das umschließende Rechteck bestimmt werden.
  • Der elektronische Teil eines konfokalen Mikroskops ist in 3 dargestellt. Zentrale Einheit des elektronischen Teils eines konfokalen Mikroskops ist der PC 34. Über einen ersten Eingang 60 empfängt der PC 34 die einer Aufnahmeelektronik 50 erzeugten Daten. Diese Daten entsprechen den von Detektoren 19 (siehe 4) aufgenommenen optischen Signalen. Über einen ersten Ausgang 61 steuert der PC 34 ein Display 27 an, auf dem die Bilddaten, wie in 2 gezeigt, dargestellt werden. Die Eingabeeinheit 33 ist über einen zweiten Eingang 62 mit dem PC 34 verbunden. Wie bereits oben beschreiben kann die Eingabeeinheit 33 eine Maus, eine herkömmliche Tastatur, oder auch eine Spracheingabe sein. Mittels der Eingabeeinheit 33 werden Funktionen (siehe 2) und auch die Position der interessierenden Struktur 42 ausgewählt. Der PC 34 besitz ferner einen zweiten, dritten und vierten Ausgang 63, 64 und 65, die mit einer Steuerelektronik 67 verbunden sind. Der zweite Ausgang 63 liefert die Information über das Geometriemodel an die Steuerelektronik 67. Der dritte Ausgang 64 liefert Information für weitere Steuersignale und der vierte Ausgang 65 liefert Information über die Wahl der Funktion, die mit der Panelbox 45 aus 2 getroffen wurde. Die Steuerelektronik 67 besitzt mehrere Ausgänge 661 , 662 ... 66n , die entsprechende Steuersignale an Mikroskopkomponenten liefern, um bezüglich den vom Benutzer getroffenen Wahl die richtige und geeignete Bildaufnahme zu erhalten. Die Aufgaben der adressierten Mikroskopkomponenten sind: Beleuchtung auf die Proben richten oder nicht, Intensität der Beleuchtung modulieren, Scangeschwindigkeit, Einstellung des zur Bildaufnahme gewählten Wellenlängenbereichs, Steuerung der Laserstrahlauslenkung, Zoom, Bildzentrierung, Detektionsempfindlichkeit, Beleuchtungslichtleistung, spektrale Zusammensetzung der Beleuchtung, Polarisation der Beleuchtung, spektrale Detektion des ermittelten Bereichs und Rotation des ermittelten Bereichs.
  • In 4 ist die Aufnahme der Bilddaten und einer evtl. Datenvorbearbeitung schematisch dargestellt. Eine Aufnahmeelektronik 50 wandelt die optischen Signale in elektrische Signale um. Die Aufnahmeelektronik 50 besitzt mehrere Eingänge 51, über die den optischen Signalen entsprechende analoge elektrische Signale der Aufnahmeelektronik 50 übergeben werden. Jedem der Eingänge 51 ist ein Detektor 19 zugeordnet. In einer besonderen Ausführungsform kann der Detektor 19 ein Photomultiplier sein. Jeder der Detektoren 19 empfängt Licht einer Wellenlänge. Ebenso ist jedem der Eingänge 51 ein Analog-Digital-Wandler 52 zugeordnet, der die von den Detektoren kommenden elektrischen Signale in entsprechende digitale Signale umwandelt. Den Analog-Digital-Wandlern 52 nachgeschaltet ist ein elektronischer Schaltkreis 53, der die digitalen Daten, wie oben bereits beschrieben, weiter verarbeiten kann.
  • 5 beschreibt den Aufbau der Steuerelektronik 67 aus 3. Wie bereits oben erwähnt liefert der zweite Ausgang 63 Information über das Geometriemodel an die Steuerelektronik 67. Die Steuerelektronik 67 umfasst einen Speicher 72, der als Zwischenspeicher für die geometrische Bereichsinformation dient. Ferner ist die Steuerelektronik 67 mit einem Pixeltaktgeber 74 versehen, der einen Ausgang 75 aufweist. Der Ausgang 75 führt zum Speicher 72 und an einem Abzweig 73 gelangt der Pixeltakt ebenfalls über eine Leitung 71 zu einer in der Steuerelektronik 67 vorgesehenen Lenkungseinheit 70. Somit wird eine pixelsynchrone Verteilung der Steuersignale auf die Steuerelemente des Mikroskops gewährleistet. Der dritte Ausgang 64 liefert Information für weitere Steuersignale, von der Steuerelektronik 67 nicht beeinflusst werden. Diese Signale werden über die Ausgänge 664 , 665 bis 66n entsprechend weitergegeben.
  • In der Steuerelektronik 67 ist die Lenkungseinheit 70 vorgesehen, die direkt die Daten von vierten Ausgang 65 erhält. Die Lenkungseinheit 70 weist mehrere Ausgänge auf, die den Ausgängen 661 , 662 und 663 der Steuerelektronik 67 entsprechen. Wie bereits erwähnt erhält die Lenkungseinheit 70 über eine Leitung 76 vom Speicher 72 die Geometriedaten. Der Pixeltakt kommt über die Leitung 71. Die in der Lenkungseinheit 70 ankommenden Daten werden mittels entsprechender Algorithmen verrechnet und anschließend die Steuerelemente des Mikroskops direkt über die Ausgänge 661 , 662 und 663 angesteuert.
  • Die Erfindung wurde in bezug auf eine besondere Ausführungsform beschreiben. Es ist jedoch selbstverständlich, dass Änderungen und Abwandlungen durchgeführt werden können, ohne dabei den Schutzbereich der nachstehenden Ansprüche zu verlassen.
  • 1
    Beleuchtungssystem
    3
    Lichtstrahl
    5
    Strahlteiler
    7
    Scanmodul
    9
    Scanspiegel
    11
    Positionssensor
    13
    Mikroskopoptik
    15
    Objekt
    17
    vom Objekt ausgehendes Licht
    19
    Detektor
    21
    Detektionssignal
    23
    Verarbeitungseinheit
    25
    Positionssignal
    27
    Display
    27a
    Bildschirmrand
    29
    Einstellelement
    31
    Einstellelement
    33
    Eingabeeinheit
    34
    PC
    35
    Abbild
    39
    Detektionspinhole
    40
    erster Bereich auf Display
    41
    Beleuchtungspinhole
    42
    Struktur
    43
    Abbild des Objekts
    43a
    Hintergrund
    44
    zweiter Bereich auf Display
    45
    Panelbox
    46
    Klick-Button
    47
    Fadenkreuz
    50
    Aufnahmeelektronik
    51
    Eingänge der Aufnahmeelektronik
    52
    Analog-Digital-Wandler
    53
    elektronischer Schaltkreis
    60
    erster Eingang
    61
    erster Ausgang
    62
    zweiter Eingang
    63
    zweiter Ausgang
    64
    dritter Ausgang
    65
    vierter Ausgang
    661, 662 ... 66n
    mehrere Ausgänge
    67
    Steuerelektronik
    70
    Lenkungseinheit
    71
    Leitung
    72
    Speicher
    73
    Abzweig
    74
    Pixeltaktgeber
    75
    Ausgang
    76
    Leitung

Claims (13)

  1. Verfahren zur Steuerung von Analyse- und Einstellvorgängen eines Mikroskops gekennzeichnet durch die folgenden Schritte: • Darstellen eines Datensatzes in graphischer Form auf einem dem Mikroskop zugeordneten Display (27); • Auswählen mindestens einer Position in der graphischen Form des Datensatzes, der das Abbild (43) des Objekts (15) darstellt; • Automatisches Ermitteln eines Bereiches aus dem Datensatz und der ausgewählten Position; und • Durchführen eines Analyse- und/oder Einstellvorgangs.
  2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass der Analysevorgang auf der Geometrie einer interessierenden Struktur (42) beruht.
  3. Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet, dass der Analysevorgang auf dem Datensatz einer interessierenden Struktur (42) beruht.
  4. Verfahren nach Anspruch 1, gekennzeichnet durch den Schritt: • Auswählen einer Einstellfunktion zum Ausführen eines Einstellvorgangs.
  5. Verfahren nach Anspruch 4, dadurch gekennzeichnet, dass der Einstellvorgang mindestens einen Bilderfassungsparameter verändert.
  6. Verfahren nach Anspruch 5, gekennzeichnet durch die Bilderfassungsparameter: Zoom, Bildzentrierung, Detektionsempfindlichkeit, Beleuchtungslichtleistung, spektrale Zusammensetzung der Beleuchtung, Polarisation der Beleuchtung, spektrale Detektion des ermittelten Bereichs und Rotation des ermittelten Bereichs.
  7. Verfahren nach Anspruch 1, gekennzeichnet durch den Schritt: • Automatisches Fokussieren einer interessierenden Struktur (42) innerhalb des ermittelten Abbild (43) des Objekts (15) und/oder • Zentrieren der interessierenden Struktur (42) innerhalb des Abbilds (43) des Objekts (15).
  8. Anordnung zur Steuerung von Analyse- und Einstellvorgängen eines Mikroskops, das mehrere Detektoren (19) zum Wandeln optischer Signale in elektrische Signale aufweist, dadurch gekennzeichnet, dass – eine Aufnahmeelektronik (50) vorgesehen ist, die die von den Detektoren (19) kommenden elektrischen Signale in digitale Signale konvertiert und vorverarbeitet, – ein PC (34) die digitalen Signale von der Aufnahmeelektronik (50) empfängt und aus den digitalen Signalen eine grafische Darstellung ermittelt, die einem Abbild (43) des Objekts (15) entspricht, – ein Display (27) mit dem PC (34) verbunden ist, das die grafische Darstellung wiedergibt und ferner dem Benutzer auswählbare Einstellfunktionen anbietet, – eine Eingabeeinheit (33) zur Anwahl der Einstellfunktionen und Auswahl mindestens einer interessierenden Struktur im Abbild (43) des Objekts (15), und – eine Steuerelektronik (67) mit dem PC (34) verbunden ist, über die Einstellelemente des Mikroskops ansteuerbar sind.
  9. Anordnung nach Anspruch 8, dadurch gekennzeichnet, dass die Steuerelektronik (67) einen Speicher (72) aufweist, der zur Zwischenspeicherung der mindestens einen interessierenden Struktur dient und über eine Leitung (76) mit einer Lenkungseinheit (70) verbunden ist, und dass ein Pixeltaktgeber (74) sowohl mit dem Speicher (72) als auch mit der Lenkungseinheit (70) in Verbindung steht.
  10. Anordnung nach Anspruch 9, dadurch gekennzeichnet, dass die Lenkungseinheit (70) mehrere Ausgänge aufweist (661 , 662 und 663 ) über die Strukturelemente des Mikroskops ansteuerbar sind.
  11. Anordnung nach Anspruch 8, dadurch gekennzeichnet, dass die Aufnahmeelektronik (50) mehrere Analog-Digital-Wandler (52) aufweist, die mit einem elektronischen Schaltkreis (53) verbunden sind.
  12. Anordnung nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, dass der elektronische Schaltkreis (53) als FPGA ausgestaltet ist.
  13. Anordnung nach Anspruch 8, dadurch gekennzeichnet, dass die Einstellfunktionen auf dem Display (27) in einer Panelbox (45) in Form mehrerer Klick-Buttons (46) angeordnet sind.
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