[go: up one dir, main page]

UA125816C2 - Пептид, придатний для лікування та/або діагностики раку - Google Patents

Пептид, придатний для лікування та/або діагностики раку Download PDF

Info

Publication number
UA125816C2
UA125816C2 UAA201800448A UAA201800448A UA125816C2 UA 125816 C2 UA125816 C2 UA 125816C2 UA A201800448 A UAA201800448 A UA A201800448A UA A201800448 A UAA201800448 A UA A201800448A UA 125816 C2 UA125816 C2 UA 125816C2
Authority
UA
Ukraine
Prior art keywords
cancer
peptide
tissues
gland
peptides
Prior art date
Application number
UAA201800448A
Other languages
English (en)
Inventor
Андреа Мар
Тоні Вайншенк
Тони Вайншенк
Олівер Шор
Оливер Шор
Йенс Фрітше
Йенс Фритше
Харпреет Сінгх
Харпреет Сингх
Філіп Мюллер
Филип МЮЛЛЕР
Юлія Лейболд
Юлия Лейболд
Валентіна Голдфінгер
Валентина Голдфингер
Original Assignee
Імматікс Біотекнолоджіс Гмбх
Имматикс Биотекнолоджис Гмбх
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=54200350&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=UA125816(C2) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Імматікс Біотекнолоджіс Гмбх, Имматикс Биотекнолоджис Гмбх filed Critical Імматікс Біотекнолоджіс Гмбх
Publication of UA125816C2 publication Critical patent/UA125816C2/uk

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/06—Linear peptides containing only normal peptide links having 5 to 11 amino acids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K40/00—Cellular immunotherapy
    • A61K40/10—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K40/11—T-cells, e.g. tumour infiltrating lymphocytes [TIL] or regulatory T [Treg] cells; Lymphokine-activated killer [LAK] cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K40/00—Cellular immunotherapy
    • A61K40/40—Cellular immunotherapy characterised by antigens that are targeted or presented by cells of the immune system
    • A61K40/41—Vertebrate antigens
    • A61K40/42—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4748—Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/08—Linear peptides containing only normal peptide links having 12 to 20 amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0639—Dendritic cells, e.g. Langherhans cells in the epidermis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/48—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
    • C12N9/50—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25)
    • C12N9/64—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from animal tissue
    • C12N9/6421—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from animal tissue from mammals
    • C12N9/6424—Serine endopeptidases (3.4.21)
    • C12N9/6445—Kallikreins (3.4.21.34; 3.4.21.35)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G01N33/57575—
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/515—Animal cells
    • A61K2039/5158—Antigen-pulsed cells, e.g. T-cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
    • A61K2039/572—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 cytotoxic response
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2510/00—Genetically modified cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/10—Plasmid DNA
    • C12N2800/106—Plasmid DNA for vertebrates
    • C12N2800/107—Plasmid DNA for vertebrates for mammalian
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2570/00—Omics, e.g. proteomics, glycomics or lipidomics; Methods of analysis focusing on the entire complement of classes of biological molecules or subsets thereof, i.e. focusing on proteomes, glycomes or lipidomes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
    • G01N33/57557—

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)

Description

терапевтичного комплекту та застосування пептиду у виробництві лікарського засобу проти раку.
Цей винахід стосується пептидів, білків, нуклеїнових кислот та клітин для їх застосування в імунотерапії. Зокрема, цей винахід стосується імунотерапії раку. Цей винахід також стосується епітопів пухлино-асоційованих пептидів Т-клітин, які самостійно або в комбінації з іншими пухлино-асоційованими пептидами можуть, наприклад, служити активними фармацевтичними інгредієнтами композицій вакцин, які стимулюють протипухлинні імунні відповіді, або стимулювати Т-клітини ех мімо з їх перенесенням в організм пацієнта. Пептиди, зв'язані з молекулами головного комплексу гістосумісності (МНС), або пептиди як такі можуть також бути мішенями для антитіл, розчинних Т-клітинних рецепторів та інших зв'язувальних молекул.
Цей винахід стосується декількох нових пептидних послідовностей та їх варіантів, отриманих із молекул НІГА | класу пухлинних клітин людини, які можуть застосовуватися у вакцинних композиціях з метою викликати протипухлинну імунну відповідь або являють собою мішені для розробки фармацевтично або імунологічно активних сполук і клітин.
ПЕРЕДУМОВА СТВОРЕННЯ ВИНАХОДУ
Рак передміхурової залози є другим за частотою діагностування видом раку на земній кулі і п'ятою за кількістю серед усіх видів раку причиною смерті чоловіків, із близько 1,1 мільйону нових випадків (1595 від усіх видів раку у чоловіків) і 0,3 мільйону смертей (795 від усіх смертей від раку у чоловіків) було зареєстровано у 2012 році У той самий період він був найпоширенішим видом раку у чоловіків у 84 країнах світу, головним чином у країнах, які досягли вищого і найвищого рівня розвитку, але також і у декількох країнах Центральної і
Південної Африки. Відповідно до прогнозу Національного інституту раку США, у 2015 році очікується приблизно 220800 вперше виявлених випадків раку передміхурової залози і 27 540 смертей від раку передміхурової залози у США. Факторами ризику виникнення раку передміхурової залози є вік, сімейна історія і раса (М/опа Сапсег Вероп, 2014; ЗЕЕВ 5іаї Гасів, 2014; Атегісап Сапсег 5осівїу, 2015).
Майже усі випадки раку передміхурової залози є аденокарциномами, які розвиваються із залозистих клітин передміхурової залози. Менш поширеними варіантами раку передміхурової залози є саркоми, дрібноклітинні карциноми, нейроендокринні пухлини (відмінні від дрібноклітинних карцином) або перехідно-клітинної карциноми (Атегісап Сапсег босієїу, 2015).
Терапевтична стратегія у випадку раку передміхурової залози головним чином залежить від
Зо стадії раку. Для місцево-поширеного неметастазуючого раку передміхурової залози методи лікування включають активне спостереження (чекай і спостерігай), радикальна хірургічна резекція передміхурової залози і місцева високодозова променева терапія з брахітерапією або без неї. У випадку пацієнтів із високим ризиком додаткові можливості забезпечуються за рахунок гормональної абляції і післяопераційної місцевої променевої терапії. Стандарти лікування метастазуючого раку передміхурової залози також включають повну хірургічну резекцію передміхурової залози, місцеву високодозову променеву терапію і гормональну абляцію. Пухлини, які не дають клінічної відповіді на гормональну депривацію, має назву кастраційно-резистентного раку передміхурової залози (КРРІПЗ3). Пацієнти з КРРПЗ отримують доцетаксел, абіратерон і вакцину на основі дендритних клітин сіпулейцел-Т. Метастази у кістки лікують монотерапією радієм-223 або комбінацією радію-223, доцетакселу чи абітерону з біфосфонатами, або з деносумабом (53-Ї ейіпіє РгозіаіаКаггіпот, 2014).
Вакцина на основі дендритних клітин сіпулейцел-Т була першою протираковою вакциною, яка отримала схвалення Управління з контролю за харчовими продуктами та лікарськими засобами (ЕБА) США. Завдяки її позитивному впливу на виживаність пацієнтів із КРРПЗ багато зусиль було докладено для розробки інших засобів імунотерапії. Що стосується вакцинаційних стратегій, пептидна вакцина на основі простат-специфічного антигена (РБА)-ТВІСОМ, персоналізована пептидна вакцина РРУ, вакцина із ДНК рТМО-НР і вакцина СМАХ на основі цільних клітин, які експресують ГМ-КСФ, продемонстрували багатообіцяючі результати у різних клінічних дослідженнях. Більш того, було показано, що вакцини на основі дендритних клітин, відмінні від сіпулейцелу-Т, а саме ВРХ-101 і ОСМУАС/Ра, викликають клінічні відповіді у пацієнтів, хворих на рак передміхурової залози. Інгібітори, які діють на імунні контрольні точки, такі як іпілімумаб і ніволумаб, у цей час проходять оцінку у клінічних дослідженнях як монотерапію, а також у комбінації з іншими методами лікування, включаючи андроген-деприваційну терапію, місцеву променеву терапію, РБА-ТКІСОМ і ОМАХ. Речовина з імуномодулюючими властивостями, тасквінімод, який значуще уповільнював прогресування і подовжував виживання без прогресування у дослідженні фази ІЇ, зараз проходить подальше дослідження фази ІШ. Інший імуномодулятор, леналідомід, викликав багатообіцяючі ефекти у клінічних дослідженнях ранніх фаз, але виявився нездатним покращити виживаність у дослідженні фази
ІП. Незважаючи на ці невтішні результати, продовжуються подальші випробування леналідоміду (510) (Оціпп еї а!., 2015).
Зважаючи на важкі побічні ефекти і витрати, пов'язані з лікуванням раку, існує потреба ідентифікувати фактори, які можливо буде використовувати для лікування раку взагалі і раку передміхурової залози зокрема. Є також потреба в ідентифікації інших чинників, які виконують роль біомаркерів раку взагалі і раку передміхурової залози зокрема, які забезпечать кращу діагностику раку, оцінку прогнозу і передбачення успіху лікування.
Імунотерапія раку являє собою варіант специфічного націлювання на ракові клітини, у той же час зводячи до мінімуму побічні ефекти. У імунотерапії раку використовується існування пухлино-асоційованих антигенів.
Сучасна класифікація пухлино-асоційованих антигенів (ТАА) охоплює наступні головні групи: а) Раково-тестикулярні антигени: Перші будь-коли ідентифіковані ТАА, які можуть бути розпізнані Т-клітинами, належать до цього класу, які були спочатку названі раково- тестикулярними (СТ) антигенами завдяки експресії його представників у гістологічно різних пухлинах людини і, поряд із нормальними тканинами, тільки в сперматоцитах/сперматогоніальних клітинах яєчок і іноді в плаценті. Оскільки клітини яєчок не експресують молекули НГА І та Ії класу, ці антигени не можуть розпізнаватися Т-клітинами у нормальних тканинах і можуть, таким чином, вважатися пухлинно-специфічними, з точки зору імунології. Добре відомими прикладами СТ антигенів є члени сімейства МАСЕ і МУ-Е5БО-1. б) Антигени диференціації: Ці ТАА розподілені між пухлинами та нормальними тканинами, з яких виникла пухлина. Більшість з відомих антигенів диференціації знайдена в меланомах і нормальних меланоцитах. Багато цих білків, пов'язаних із диференціацією у меланоцити, беруть участь у біосинтезі меланіну і тому не є пухлино-специфічними, але, тим не менше, широко застосовуються для імунотерапії раку. Приклади включають, без обмеження, тирозиназу і Меіап-А/МАВТ-1 для меланоми або ПСА для раку передміхурової залози. в) Надмірно експресовані ТАА: Гени, що кодують ТАА, які широко експресуються, були виявлені в гістологічно різних типах пухлин, а також у багатьох нормальних тканинах, загалом з нижчими рівнями експресії. Можливо, що багато епітопів, що були процесовані і, можливо, презентовані нормальними тканинами, присутні у кількості, що нижча за пороговий рівень розпізнання Т-клітинами, в той час як їх надекспресія в пухлинних клітинах може запустити антиракову реакцію, порушивши раніш встановлену толерантність. Відомими прикладами для
Зо цього класу ТАА є Нег-2/пеи, сурвівін, теломераза або УМТ1. г) Пухлино-специфічні антигени: Ці унікальні ТАА утворюються в результаті мутацій нормальних генів (таких як бета-катенін, СОКА тощо). Деякі з цих молекулярних змін зв'язані з неопластичною трансформацією і (або) прогресуванням пухлини. Пухлино-специфічні антигени загалом можуть викликати сильні імунні відповіді, не спричиняючи ризику аутоїмунних реакцій проти нормальних тканин. З іншого боку, ці ТАА у більшості випадків мають відношення тільки до певної пухлини, на якій вони були ідентифіковані, і зазвичай не є спільними для багатьох окремих пухлин. Специфічність пептиду до пухлини ( або асоціація з пухлиною) може також виникати, якщо пептид походить із екзону пухлини (пухлино-асоційованого екзону) у випадку білків з пухлиноспецифічними (-асоційованими) ізоформами. д) ТАА, що виникають в результаті посттрансляційних модифікацій: Такі ТАА можуть виникати з білків, які не є ні специфічними, ні надмірно експресованими у пухлинах, але, незважаючи на це, стають асоційованими з пухлинами в результаті посттрансляційних процесів, первинно активних у пухлинах. Прикладами ТАА цього класу є антигени, що виникають в результаті змін характеру гликозилювання, що приводить до утворення у пухлинах нових епітопів, таких як МОСТІ, або таких подій як білковий сплайсинг під час деградації, які можуть бути пухлино-специфічними, а можуть і не бути. е) Онковірусні білки: Ці ТАА є вірусними білками, які можуть відігравати вирішальну роль в онкогенному процесі і, оскільки вони є чужорідними (не походять від людини), вони можуть викликати відповідь Т-клітин. Прикладами таких білків є білки вірусу папіломи людини типу 16,
Еб і Е7, які експресуються клітинами карциноми шийки матки.
Мішенями імунотерапії з використанням Т-клітин є пептидні епітопи, отримані з пухлино- асоційованих або пухлино-специфічних білків, які презентуються молекулами головного комплексу гістосумісності (МНС). Антигенами, які розпізнаються пухлино-специфічними Т- лімфоцитами, тобто їхніми епітопами, можуть бути молекули, що отримані з усіх класів білків, таких як ферменти, рецептори, фактори транскрипції тощо, які експресуються і, у порівнянні з незміненими клітинами того ж походження, активність яких підвищена у клітинах відповідної пухлини.
Як у випадку усіх видів раку, що розвиваються із органів і тканин, які не є життєво важливими, простат-специфічний антиген може виявитися хорошим вибором для імунотерапії бо раку, оскільки простат-специфічні антигени являють собою пухлино-специфічні мішені у пацієнтів після простатектомії. У хворих на рак пацієнтів, які не пройшли простатектомію, такі антигени також можуть становити інтерес, оскільки передміхурова залоза не вважається життєво важливим органом, і подібний підхід був застосований для меланоми з антигенами диференціації меланоцитів. Існує декілька прикладів, які свідчать про те, що простат-специфічні антигени або антигени, які мають тісний зв'язок з передміхуровою залозою, є безпечною мішенню, наприклад, сіпулейцел-Т (Ргомепде) виробництва компанії ЮОепагеоп, який містить кислу фосфатазу передміхурової залози і використовується як пухлинний антиген (УУезідогр єї аІ., 2014). Цей антиген не експресується виключно у передміхуровій залозі, але надмірно експресується на рівні на 1-2 порядки величини вищому у передміхуровій залозі, ніж у інших тканинах (Стадаіз еї а!., 2011).
Існує два класи молекул МНС, МНС І класу і МНС І класу. Молекули МНС І класу складаються з альфа-важких ланцюгів і бета-2-мікроглобуліну, молекули МНС | класу складаються з альфа- і бета-ланцюгів. Їхня тримірна конформація приводить до утворення зв'язувальної щілини, що використовується для нековалентної взаємодії з пептидами.
Молекули МНС І класу можна виявити в більшості клітин, що мають ядро. Вони презентують пептиди, які утворюються в результаті розщеплення протеолітичними ферментами переважно ендогенних білків, дефектних рибосомальних продуктів (ОКІР) та більш великих пептидів.
Однак пептиди, одержані з ендосомальних компартментів чи екзогенних джерел, також часто зустрічаються на молекулах МНС | класу. Цей некласичний спосіб презентації І класом називається у науковій літературі крос-презентацієй (Вго55ап апа Вемап, 1997; Носк еї аї., 1990). Молекули МНС Ії класу містяться головним чином на професійних антигенпрезентуючих клітинах (АПК) і презентують головним чином пептиди екзогенних або трансмембранних білків, які поглинаються АПК в ході ендоцитозу і згодом процесуються.
Комплекси пептидів і молекул МНС І класу розпізнаються СО8-позитивними Т-клітинами, що несуть відповідний Т-клітинний рецептор (ТКР), в той час як комплекси пептиду і молекул МНС
МП класу розпізнаються СО4-позитивними Т-хелперами, що несуть відповідний ТКР.
Загальновідомо, що ТКР, пептид і МНС, таким чином, є присутніми у стехіометричних кількостях у співвідношенні 1:1:1.
Сора-позитивні Т-хелпери відіграють важливу роль, викликаючи та підтримуючи ефективну відповідь СЮО8-позитивних цитотоксичних Т-клітин. Ідентифікація епітопів СО4-позитивних Т- клітин, отриманих із пухлино-асоційованих антигенів (ТАА), може мати велике значення під час розробки фармацевтичних засобів для ініціювання протипухлинних імунних реакцій (Спайс єї а. 2003). У місці локалізації пухлини Т-хелперні клітини підтримують сприятливе для цитотоксичних Т-клітин (ЦТЛ) цитокінове середовище (Мопага єї аї., 2006) і притягують ефекторні клітини, такі як ЦТЛ, природні кілерні (МК) клітини, макрофаги і гранулоцити (Нжапд еїа!., 2007).
За відсутності запалення експресія молекул МНС ЇЇ класу обмежується головним чином клітинами імунної системи, особливо професійними антиген-презентуючими клітинами (АПК), наприклад, моноцитами, клітинами, що походять з моноцитів, макрофагами, дендритними клітинами. Було виявлено, що клітини пухлин у хворих на рак пацієнтів експресують молекули
МНЄе Ії класу (Оеєпадіеї! єї а!., 2006).
Подовжені (довші) пептиди за винаходом можуть діяти як епітопи, активні по відношенню до молекул МН Ії класу. Т-хелперні клітини, активовані зв'язаними з молекулами МНС І! класу епітопами, відіграють важливу роль в регуляції ефекторної функції ЦТЛ у протипухлинному імунітеті. Епітопи Т-хелперних клітин, які ініціюють реакцію Т-хелперів типу ТНІ, підтримують ефекторні функції СО8-позитивних Т-кілерів, котрі включають цитотоксичні функції, спрямовані проти клітин пухлини, що презентують комплекси пухлино-асоційованого пептиду/ммНС на поверхнях своїх клітин. У такий спосіб епітопи пухлино-асоційованих пептидів Т-хелперів самостійно або в комбінації з іншими пухлино-асоційованих пептидами можуть служити активними фармацевтичними інгредієнтами композицій вакцин, які стимулюють протипухлинні імунні реакції.
На моделях тварин-ссавців, наприклад, на мишах, було показано, що навіть за відсутності
СОрв8-позитивних Т-лімфоцитів, присутності СЮО4-позитивних Т-клітин виявляється достатньо для послаблення клінічних проявів пухлин шляхом інгібування ангіогенезу за рахунок секреції інтерферону-гамма (ІФН-у) (Вєайну апа Раїегзоп, 2001; Митрбега еї а!., 1999). Існують докази, що
Сбра4 Т-клітини є ефекторними клітинами прямої протипухлинної дії (ВгаштиПег еї аї!., 2013; Ттап еїа!., 2014).
Оскільки конститутивна експресія молекул НГА ЇЇ класу зазвичай обмежується клітинами імунної системи, раніше вважалося неможливим виділити пептиди ІЇ класу безпосередньо з первинних пухлин. Однак ЮОепадіеІ і співавт. вдалося ідентифікувати декілька зв'язаних з молекулами МНС ІІ класу епітопів безпосередньо із пухлин (ММО 2007/028574, ЕР 1 760 088 ВІ).
Оскільки обидва типи відповіді, залежні від СО8 та СО4, спільно та синергічно роблять свій внесок у протипухлинну дію, для розробки протипухлинних вакцин важливими є ідентифікація та визначення характеристик пухлино-асоційованих антигенів, які розпізнаються або СОвж Т- клітинами (ліганд: молекули МНС Ікласу ж- пептидний епітоп), або СО4- позитивними Т- хелперними клітинами (ліганд: молекули МН ІІ класу т пептидний епітоп).
Щоб пептид, зв'язаний з молекулою МНС Іі класу, ініціював (викликав) клітинну імунну відповідь, він також має зв'язатися з молекулою МНС. Цей процес залежить від алеля молекули
МНС її специфічних поліморфізмів амінокислотної послідовності пептиду. Пептиди, що зв'язуються з молекулами МНС | класу, зазвичай мають 8-12 амінокислотних залишків у довжину і зазвичай містять два консервативні залишки ("якорі") у своїй послідовності, які взаємодіють з відповідною зв'язувальною щілиною молекули МНС. У такий спосіб кожний алель
МНС має "зв'язувальний мотив", що визначає, які пептиди зможуть специфічно зв'язатися зі зв'язувальною щілиною.
В імунній реакції, залежній від молекул МНС І класу, пептиди не тільки мають бути здатними зв'язатися з певними молекулами МН І класу, що експресуються клітинами пухлини, але вони також мають розпізнаватися Т-клітинами, що несуть специфічний Т-клітинний рецептор (ТКР).
Для того, щоб білки розпізнавалися Т-лімфоцитами як пухлино-специфічні або пухлино- асоційовані антигени, та щоб їх було можливо застосовувати в терапії, необхідно створити особливі передумови. Антиген має експресуватися, головним чином, пухлинними клітинами і не експресуватися або експресуватися у порівняно невеликих кількостях нормальними здоровими тканинами. В переважному втіленні вищезгаданий пептид має надмірно презентуватися пухлинними клітинами у порівнянні з нормальними здоровими тканинами. До того ж бажано, щоб відповідний антиген не тільки був присутнім у пухлині певного типу, але також був присутнім у високих концентраціях (тобто як декілька копій відповідного пептиду на клітину).
Пухлино-специфічні та пухлино-асоційовані антигени часто отримують із білків, які беруть безпосередню участь у трансформації нормальної клітини в пухлинну клітину, завдяки їх функції, наприклад, в контролі клітинного циклу або пригніченні апоптозу. Крім цього, низхідні
Зо мішені білків, що також є безпосередньою причиною трансформації, можуть мати підвищену експресію і, таким чином, можуть бути опосередковано пухлино-асоційованими. Такі опосередковано пухлино-асоційовані антигени також можуть бути мішенями у вакцинаційному підході (біпайп-Уавзціа єї аї!., 2004). Важливим є те, щоб в амінокислотній послідовності антигену були присутні епітопи, оскільки такий пептид ("імуногенний пептид"), отриманий із пухлино- асоційованого антигену, має приводити до відповіді Т-клітин іп міїго або іп мімо.
По суті, будь-який пептид, що здатний зв'язуватися з молекулою МНС, може відігравати роль епітопу Т-клітини. Передумовою індукції відповіді Т-клітин іп міго або іп мімо є присутність
Т-клітин із відповідним ТКР ії відсутність імунологічної толерантності до цього конкретного епітопу.
Таким чином, ТАА є стартовою точкою для розробки Т-клітинної терапії, включаючи, але не обмежуючись ними, протипухлинні вакцини. Методи ідентифікації та визначення характеристик
ТАА зазвичай базуються на використанні Т-клітин, які можна виділити з організму пацієнтів або здорових суб'єктів, або вони грунтуються на генерації різних профілів транскрипції або різному характері експресії пептидів тканинами пухлин і нормальними тканинами. Проте ідентифікація генів, які надмірно експресуються пухлинними тканинами або лініями пухлинних клітин людини, або селективно експресуються в таких тканинах або клітинних лініях, не дає точної інформації щодо використання антигенів, що кодуються цими генами, в імунній терапії. Причиною цього є те, що тільки окрема субпопуляція епітопів цих антигенів придатна для такого застосування, оскільки має бути присутня Т-клітина з відповідним ТКР, і імунологічна толерантність по відношенню до цього епітопу повинна бути відсутньою або мінімальною. Отже, у більш переважному втіленні цього винаходу важливо вибрати тільки ті надмірно або селективно презентовані пептиди, проти яких можна знайти функціонуючу Т-клітину і (або) Т-клітину, здатну до проліферації. Така функціонуюча Т-клітина визначається як Т-клітина, яка за стимуляції специфічним антигеном може бути клонована і здатна виконувати функції ефектору ("ефекторна Т-клітина").
У випадку націлювання специфічних ТКР (наприклад, розчинних ТКР) і антитіл або інших зв'язувальних молекул (каркасів) за цим винаходом імуногенність базових пептидів є вторинною. У цих випадках визначальним фактором є презентація.
КОРОТКЕ ФОРМУЛЮВАННЯ СУТНОСТІ ВИНАХОДУ
Згідно з першим аспектом цього винаходу, пропонується пептид, що містить амінокислотну послідовність, вибрану з групи послідовностей від 560 ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 48 або варіант його послідовності, який принаймні на 77956, переважно принаймні на 8895 гомологічний (переважно принаймні на 7795 або принаймні на 8895 ідентичний) послідовності від ЗЕО ІЮ Мо: 1 до ЗЕО ІЮО МО: 48, де згаданий варіант зв'язується з МНС і (або) викликає перехресну реакцію
Т-клітин із згаданим пептидом або його фармацевтично прийнятною сіллю, де згаданий пептид не є базовим повнорозмірним поліпептидом.
Цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від ЗЕО ІЮ Мо: 1 до ЗЕО ІЮ МО: 48 або його варіанту, який принаймні на 7795, переважно принаймні на 8895 гомологічний (переважно принаймні на 7795 або принаймні на 8895 ідентичний) послідовності від ЗЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІО МО: 48, де згаданий пептид або його варіант має загальну довжину між 8 і 100, переважно між 8 і 30 і найбільш переважно між 8 і 14 амінокислот.
У нижче наведеній таблиці описані пептиди за цим винаходом, їх відповідні зЗЕО ІЮО Мо і очікувані вихідні (основні) гени для пептидів. Усі пептиди у Таблиці 1, Таблиці З і Таблиці 5 зв'язуються з НІ А-А"02. Усі пептиди у Таблиці 2, Таблиці 4 і Таблиці 6 зв'язуються з НІ А-А"24.
Пептиди Таблиці 3 і Таблиці4 були розкриті раніше у великих списках як результати високопродуктивного скринінгу з великою частотою помилок або були розраховані з використанням алгоритмів, але їхній зв'язок з раковими захворюваннями взагалі не був встановлений. Пептиди, наведені у Таблиці 5 і Таблиціб, є додатковими пептидами, які доцільно використовувати у комбінації з іншими пептидами за винаходом. Наведені у Таблиці 7 і Таблиці 8 пептиди також можуть використовуватися в діагностиці і (або) лікуванні різних інших злоякісних пухлин, пов'язаних з надмірною експресією або надмірною презентацією відповідного базового поліпептиду.
Таблиця 1
Пептиди за цим винаходом, що зв'язуються з молекулами НІ А-А"02
ЗЕОЮ М . . Ідентифікатор(-и) й о. Послідовність гена Символіи) гена (ів) 1.6 ФАШЕБНУМЕ /////////1777150940, |РОЕМА ГГ: Ф р ФГ КСКбРКС(уі 178 ФШОЕБІАСА 77771777 1674 (05 //////////////////://С(О/бОІД 8 Щ|ОМІМЕАБОКАІКІ ///|1777774629, |МУНТ! С
Таблиця 2
Пептиди за цим винаходом, що зв'язуються з НІ А-А"24 . . Ідентифікатор(-и) .
ЗЕО ІО Мо. Послідовність гена Символи) гена (ів) 5УМОАССТЕ 79054 ТА!РМВ8
ІМЕРМГАМЕ 79054 ТА!РМВ8
ВУАВОТЕТРАЕ 5865 ВАВЗВ
СУГОСІ МЕ 9622 КІ КА
МУМАКЕЇІНКЕ 7043 ТОЕВЗ
ВУСОРІМТЕ 647024 Сбвоп132 5ЗУ5РАНАВІ. 2824 САТА2
АУТОРРОЕЕ 171024 5ЗУМРОЗ2
РМОЇ МАБІ ЕТЕ 171024 5ЗУМРОЗ2
ОХОКОЕТтІ. 79088 7МЕ426
АЕЗРОЗНМУЦ Е 3679 ІТОА7
ГТУ. 64499, 7177 ТРУОВ2, ТРАВІ
ВУМУМІМОЕЇ. 374654 КІЕ7
ВУГООІ ГАМУ 5339 РІЕС
МУ5ОКІУЛЕ 8216 І7ТВ1
ЗМІОМАМКІ. 57544 ТХМОс16
Таблиця З
Додаткові пептиди за цим винаходом, що зв'язуються з НІ А-А"02, щодо яких зв'язок з раковими захворюваннями не був встановлений У - фосфосерин 5ЕО ІЮ Мо. Ідентифікатор(-и) гена Символи) гена (ів)
ВТЕОРТУСІ. 23336 5УММ
Таблиця 4
Додаткові пептиди за цим винаходом, що зв'язуються з НІ А-А"24, щодо яких зв'язок з раковими захворюваннями не був встановлений 5ЕО ІЮ Мо. Ідентифікатор(-и) гена Символи) гена (ів)
ВМІГОКІЕЕЕ 3755 КСМО 1 тМаості! 60681 ЕКВРІ1О
АМІКМООЇ Е 56978 РАОМВ8
МУМТУ5ЕСТНЕ 25800 5І СЗ9А6
ВУЕКТРВКЕ 25792 СІЙ
МУЕЕПНОЇ 116496 ЕАМІ29А
ЗУТРМІМОЕ 10497 иМС1ЗВ
АМАРКРУНКЕ 23043, 50488, 9448 ТМІК, МІМК1, МАРАКА.
Таблиця 5
Пептиди, що зв'язуються з НІ А-А"02, які доцільно використовувати, наприклад, для персоналізованої терапії раку 5ЕО ІЮ Мо. Ідентифікатор(-и) гена Символи) гена (ів)
БІРНРЕОТООМ ККЗ
ТГОРАБЕЇ М 389816 І ВВС26
АМЕОККМОЇ. 23336 5УММ
АГ ср МОУ 7782 5І СЗОдА
МІ.КОКОЕМТІ. 2316 ЕММА
Таблиця 6
Пептиди, що зв'язуються з НІ А-А"24, які доцільно використовувати, наприклад, для персоналізованої терапії раку
Символи) гена (ів)
Таблиця 7. Пептиди за цим винаходом та їх конкретне застосування при лікування інших проліферативних захворювань, особливо ракових захворювань. Із таблиці видно, на яких додаткових видах пухлин вибрані пептиди були виявлені і демонструють або надмірну презентацію на більш ніж 595 досліджених зразків пухлин, або презентацію на більш ніж 595 досліджених зразків пухлин зі співвідношенням середніх геометричних показників для пухлин і для нормальних тканин більшим ніж три. Надмірна презентація визначається як більш висока презентація на зразку пухлини у порівнянні із зразком нормальної тканини з найвищим рівнем презентації. Нормальними (нераковими) тканинами, у порівнянні з якими була досліджена надмірна презентація, були вибрані наступні: жирова тканина, надниркова залоза, артерія, кістковий мозок, головний мозок, центральний нерв, товста кишка, дванадцятипала кишка, стравохід, око, сечовий міхур, серце, нирка, печінка, легені, лімфатичний вузол, мононуклеарні лейкоцити, підшлункова залоза, паращитоподібна залоза, периферичний нерв, очеревина, гіпофіз, плевра, пряма кишка, слинна залоза, скелетні м'язи, шкіра, тонка кишка, селезінка, шлунок, щитоподібна залоза, трахея, сечовід, сечовий міхур і вени.
Таблиця 7 71.6 ФАШЕБНУМЕ (Цю РОШЗ3ЇГГ/://///:«/////////-Н-/з« й протоків 8 (ШОББІАСА // КРК, РМЗ, меланома, рак сечового міхура, рак матки рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, ХЛЛ міхура, рак жовчних протоків стравоходу, рак матки
Таблиця 7
НДРЛ - недрібноклітинний рак легенів, ДРЛ - дрібноклітинний рак легенів, НКК - рак нирки,
КРК - рак товстої або прямої кишки, ГЦК - рак печінки, РПШЗ - рак підшлункової залози, РМЗ -- рак молочної залози, ККМ - карцинома з клітин Меркеля, РЯ - рак яєчника, ГМЛ - гострий мієлоїдний лейкоз, ХЛЛ - хронічний лімфоцитарний лейкоз, РШ - рак шлунка, у - фосфосерин
Цей винахід також загалом стосується пептидів за цим винаходом для застосування для лікування проліферативних захворювань, таких як, наприклад,, рак легенів, дрібноклітинний рак легенів, меланома, рак печінки, рак молочної залози, рак матки, карцинома з клітин Меркеля, рак підшлункової залози, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, КРК, рак сечового міхура, недрібноклітинний рак легенів, рак нирки, лейкоз (наприклад. ГМЛ або ХЛЛ), рак яєчника, рак стравоходу, рак головного мозку і шлунковий рак (шлунка).
Особливо переважними є пептиди - для застосування самостійно або в комбінації - за цим винаходом, вибрані з групи послідовностей від ЗЕО ІЮО Мо: 1 до 5ЕБЕО ІЮО МО: 48. Більш переважними є пептиди - для застосування самостійно або в комбінації - вибрані з групи послідовностей від ЗЕО ІЮ Мо: 1 до ЗЕО ІЮО МО: 6 (див. Таблицю 1) і 5ЕО ІЮ Мо: 24 до 5ЕО ІЮ
МО: 28 (див. Таблицю 2) або ЗЕО ІЮО Мо: 1, 4, 5,6, 49 і 52 або 5ЕО ІЮ Мо: 2, З ї 54 ії їх застосування при імунотерапії раку легенів, дрібноклітинного раку легенів, меланоми, раку печінки, раку молочної залози, раку матки, карциноми з клітин Меркеля, раку підшлункової залози, раку жовчного міхура, раку жовчних протоків, КРК, раку сечового міхура, недрібноклітинного раку легенів, раку нирки, лейкозу (наприклад. ГМЛ або ХЛЛ), раку яєчника, раку стравоходу, рак головного мозку і шлункового раку (шлунка) і найбільш переважно раку передміхурової залози. Як наведено вище у Таблиці 7, багато пептидів за цим винаходом також виявлені на пухлинах інших видів і можуть, таким чином, також застосовуватися в імунотерапії за іншими показаннями. Див. також Фігуру 1 і Приклад 1.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮ Мо. 1, 12 і 20 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування недрібноклітинного раку легенів.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮО Мо.1, 2, 5, 8 і 19 для- у одному
Зо переважному втіленні комбінованого -- лікування меланоми.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ЗЕО ІЮ Мо. 2, 6, 10, 17, 20, 26, 27, 28, 29, 31, 33, 34, 36, 38, 42, 44, 45, 47 і 48 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування раку печінки.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІО Мо.2, 8, 17 і 20 для- у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку молочної залози.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮО Мо.2, 3, 7, 8, 17 і 20 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку матки.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до ЗЕО ІО Мо. З для лікування ККМ.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з Зед ІЮ Мо. 6 і 12 для- у одному переважному втіленні комбінованого - лікування РПШЗ.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ед ІЮ Мо. 7, 10 і 12 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку жовчного міхура та/або раку жовчних протоків.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ед ІЮ Мо. 8, 10 і 20 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування КРК.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮО Мо. 10 і 22 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування лейкозу.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до ЗЕО ІО Мо. 10 для лікування РЯ.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮО Мо. 10 і 20 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку стравоходу.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до ЗЕО ІЮО Мо. 10 для лікування ХЛЛ.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з Зед ІЮ Мо. 6 і 12 для- у одному переважному втіленні комбінованого - лікування РПШЗ.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮО Мо. 10, 28, 29, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 41, 42, 44, 92 і 48 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування НДРЛ.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮО Мо. 10, 34, 37, 41 ії 48 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування НКК.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮО Мо. 13, 17, 18, 19, 22, 33, 34, 36, 37, 38, 41, 42, 43, 44 і 48 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування раку головного мозку.
Зо Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до 5ЕО ІО Мо. 22 для лікування ГМЛ.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮО Мо. 29, 31, 35, 38 ії 42 для- у одному переважному втіленні комбінованого - лікування РШ.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування пептидів за цим винаходом для - бажано комбінованого - лікування проліферативного захворювання, вибраного з групи раку легенів, дрібноклітинного раку легенів, меланоми, раку печінки, раку молочної залози, раку матки, карциноми з клітин Меркеля, раку підшлункової залози, раку жовчного міхура, раку жовчних протоків, КРК, раку сечового міхура, недрібноклітинного раку легенів, раку нирки, лейкозу (наприклад. ГМЛ або ХЛЛ), раку яєчника, раку стравоходу, рак головного мозку і шлункового раку (шлунка) і найбільш переважно раку передміхурової залози.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, які здатні зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І класу або - у подовженій формі, такій як відмінний за довжиною варіант - МН ІІ класу.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згадані пептиди (кожний із них) складаються або по суті складаються з амінокислотної послідовності від зЗЕО ІЮ Мо: 1 до ЗЕО
ІО Мо: 48.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є модифікованим і (або) включає непептидні зв'язки.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є частиною злитого білка, зокрема злитого з М-термінальними амінокислотами НІГА-ОК антиген- асоційованого інваріантного ланцюга (Ії) або злитого з послідовністю (або вбудованого у послідовність) антитіла, наприклад, антитіла, що є специфічним до дендритних клітин.
Інше втілення цього винаходу стосується пептиду неприродного походження, де згаданий пептид складається або по суті складається з амінокислотної послідовності від 5ЕО ІО Мо: 1 до
ЗЕО ІЮО МО: 48 і був отриманий синтезом (наприклад, синтезований) у вигляді фармацевтично прийнятної солі. Способи синтетичного отримання пептидів добре відомі фахівцю у цій галузі.
Солі пептидів за цим винаходом суттєво відрізняються від пептидів за їхнім станом (їхніми станами) іп мімо, оскільки пептиди, які генеруються іп мімо, не є солями. Сольова форма пептиду 60 неприродного походження опосередковує розчинність цього пептиду, особливо у контексті фармацевтичних композицій, які містять ці пептиди, наприклад, пептидні вакцини, як це розкрито тут. Достатня і принаймні суттєва розчинність пептиду (пептидів) є необхідною умовою для того, щоб ефективно доставити пептиди суб'єкту, якого належить лікувати. Переважно, щоб ці солі були фармацевтично прийнятними солями пептидів. Ці солі за винаходом включають лужні і лужноземельні солі, такі як солі із серії Гофмейстера, які містять аніони РО4У, 50427,
СНЗСОО, СГ, Вг, МОз, Сіог, Г, ЗОМ: і катіони МН", Вр», КУ, Мах, С87, Гі, 7пе, Мр, Са, Ми?» би»м ії Ва". Переважно солі вибирають із (МНа)зРО», (МНагНРО», (МНа)НегРО», (МНаг)2550Ох,
МНАСНЗСОО, МНАСІ, МНаВг, МНаАМО», МНаСІОх, МНаЇ, МНаАЗСМ, АрзРОх, Ар2НРО», ВЬБНгРО»,
Вр2505, НБАСНЗСОО, АраСІ, ВБаВг, АБаМО»з, АБаСіІОз, АраІЇ, АБАЗСМ, КзРОх, КаНРО»х, КНегРО»,
К»5Ох, КСНЗСОО, КС, КВ, КМО»з, КСІОх, КІ, КО5СМ, МазРОх, МагНРО»х, МанНегРО», Ма2505, маснзоСоо, Масі, МаВг, МаМмоОз, МасСіОх, Маї, Мазсм, 2пСіІ» СвзРО»4, С52НРО»х, СвНеРоОх, С52505,
С5СНзСОО, 50, С5Вг, Се5МОз, СебСіОл, С5іІ, Сб55СМ, ГізРОх, П2НРО», ГІНегРО», 12505,
ПСНзСОО, СІ, СВ, ГМО», ГіСІОя, СГ, 15СМ, бцигбОз, Маз(РОз)г, Мог2НРО», Ма(НегРоОз)»,
М9250х5, Моа(СНзСО0)2, МосіІг, МаВіг, Ма(МОз)2, Ма(СіОз)2, Мао!і», Моа(ЗСМ)», Мписіг, Саз(РоОх),,
СагНРО»Х, Са(НгРОз4)», СавОхз, Са(СНзСОО)», Сасіг, СавВіг, Са(МОз)», Са(СІО4)», Са!», Са(5СМ)»,
Ваз(РОз)г2, Ваг?НРО», Ва(НгРОз4)2, ВабзО», Ва(СНзСО0)», Васі», ВавВгг, Ва(МОз)», Ва(СіІОл)», Ваї? і
Ва(ЗСМ)». Особливо переважними є ацетат МН, МосСі», КН»РО», Ма50О», КСІ, Масі їі Сасі»г, такі як, наприклад, хлоридні або ацетатні (трифторацетатні) солі.
Загалом, пептиди і їх варіанти (принаймні такі, що містять пептидні зв'язки між амінокислотними залишками) можуть бути синтезовані Етос-поліамідним методом твердофазного синтезу пептидів, як це розкрито у роботі І иКаз і співавт. (І иКаз еї аї!., 1981) і в посиланнях, що є в ній. Тимчасовий захист М-аміногрупи забезпечується /-9- флуоренілметилоксикарбонільною (Рітос) групою. Повторювальне розщеплення цієї дуже нестійкої до дії луг захисної групи виконується за допомогою 2095 піперидину у М,М- диметилформаміді. Можна захистити функціональні групи бокових ланцюгів, такі як бутилові етери (у випадку серину, треоніну та тирозину), бутилові естери (у випадку глутамінової кислоти і аспарагінової кислоти), бутилоксикарбонільне похідне (у випадку лізину і гістидину), тритильне похідне (у випадку цистеїну) і 4-метокси-2,3,6-триметилбензосульфонільне похідне (у випадку аргініну). У сполуках, в яких С-термінальними залишками є глутамін або аспарагін, для захисту
Зо амідогруп бокових ланцюгів використовують 4,4'-диметоксибензгідрильну групу. Основою твердофазного носія є полідиметилакриламідний полімер, що складається з трьох мономерів: диметилакриламіду (каркасний мономер), біс-акрилоїлетилендіаміну (компонент для перехресного зшивання) і акрилоїлсаркозинметилового естеру (функціоналізуючий агент). Як агент, що утворює зв'язок пептиду і смоли, який піддається розщепленню, використовується нестійке до дії кислот похідне 4-гідроксиметилфеноксиоцтової кислоти. Всі амінокислотні похідні додають у вигляді заздалегідь синтезованих симетричних ангідридних похідних за винятком аспарагіну і глутаміну, які додають з використанням зворотної М,М-дициклогексилкарбодіїмід/1 - гідроксибезотриазол-опосередкованої реакції сполучення. Усі реакції сполучення і зняття захисту відслідковували за допомогою методів контролю з використанням нінгідрину, тринітробензолсульфонової кислоти і ізотину. Після завершення синтезу пептиди відщдеплюють від смоли-носія з супутнім видаленням захисних груп бокових ланцюгів шляхом обробки 95965 трифтороцтовою кислотою, що містить 5095 суміші поглиначів. Зазвичай використовувані поглиначі включають етандитіол, фенол, анізол і воду, конкретний вибір залежить від амінокислотних складових пептиду, що синтезується. Для синтезу пептидів можливе також використання комбінації твердофазних і рідкофазних методик (див., наприклад, (ВгисКаопег єї а!., 2004) і посилання, наведені в цій роботі).
Трифтороцтову кислоту видаляють випаровуванням у вакуумі з подальшим подрібнюванням із діетиловим етером, що забезпечує отримання сирого пептиду. Будь-які поглиначі, які присутні в матеріалі, видаляються простою процедурою екстракції, яка після ліофілізації водної фази дозволяє отримати сирий пептид, вільний від поглиначів. Реагенти для синтезу пептидів, як правило, можна придбати, наприклад, у компанії СаІріоспет-Момабріоспет (Нотінггем, Велика
Британія).
Очищення може виконуватися за допомогою одного будь-якого методу або їх комбінації, таких як перекристалізація, ексклюзійна хроматографія, іонообмінна хроматографія, хроматографія гідрофобної взаємодії та (зазвичай) зворотно-фазна високоефективна рідинна хроматографія із градієнтним розділенням, наприклад, з використанням системи ацетонітрил/вода.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти, що кодує пептиди за цим винаходом.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти за цим винаходом, яка являє собою ДНК, 60 КДНК, ПНК, РНК чи їх комбінацію.
Цей винахід також стосується вектора експресії, що здатний експресувати і (або) експресує нуклеїнову кислоту за цим винаходом.
Цей винахід також стосується пептиду за цим винаходом, нуклеїнової кислоти за цим винаходом або вектора експресії за цим винаходом для застосування для лікування захворювань і в медицині, зокрема в лікуванні раку.
Цей винахід також стосується антитіл, які є специфічними по відношенню до пептидів за цим винаходом або комплексів згаданих пептидів за цим винаходом з МНС та способів їх отримання.
Цей винахід також стосується Т-клітинних рецепторів (ТКР), зокрема розчинних ТКР (ртКР), і клонованих ТКР, вбудованих у аутологічні або алогенні Т-клітини, та способів їх отримання, а також МК-клітин або інших клітин, що несуть згаданий ТКР або вступають у перехресну реакцію із згаданими ТКР.
Антитіла і (або) ТКР є додатковими втіленнями імунотерапевтичного застосування пептидів за винаходом що розглядається.
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна за цим винаходом, що містить нуклеїнову кислоту за цим винаходом або вектор експресії, як зазначено вище. Цей винахід також стосується клітини-хазяїна за цим винаходом, де антиген-презентуюча клітина є дендритною клітиною, і переважно дендритною клітиною.
Цей винахід також стосується способу отримання пептиду за цим винаходом, причому спосіб включає культивування клітини-хазяїна за цим винаходом і виділення пептиду зі згаданого клітини-хазяїна або її культурального середовища.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген навантажують на молекули МНС І або ІІ класу, що експресуються на поверхні відповідної антиген-презентуючої клітини або штучної антиген-презентуючої клітини шляхом контакту достатньої кількості антигену з антиген-презентуючою клітиною.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген-презентуюча клітина містить вектор експресії, що здатний експресувати або експресує згаданий пептид, що містить послідовність від зЕО ІЮ Мо. 1 до БЕО ІО Мо.: 48, переважно що містить послідовність від БЕО
ІО Мо: 1 до 5ЕО ІО Мо: 6 (див. Таблицю 1) і послідовність від 5ЕО ІЮ Мо: 24 до 5ЕО ІО Мо: 28
Зо (див. Таблицю 2) або варіант амінокислотної послідовності.
Цей винахід також стосується активованих Т-клітин, отриманих згідно способу за цим винаходом, де згадана Т-клітина селективно розпізнає клітину, яка експресує поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за цим винаходом.
Цей винахід також стосується способу знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить будь-яку амінокислотну послідовність за цим винаходом, причому спосіб включає введення в організм пацієнта ефективної кількості Т-клітин за цим винаходом.
Цей винахід також стосується застосування будь-якого пептиду, що описаний тут, нуклеїнової кислоти за цим винаходом, вектора експресії за цим винаходом, клітини за цим винаходом або активованого Т-лімфоцита, Т-клітинного рецептора або антитіла або інших молекул, що зв'язують пептид або комплекс пептид-МНОС, за цим винаходом як лікарського засобу або в процесі виробництва лікарського засобу. Переважно, якщо згаданий лікарський засіб виявляє протиракову активність.
Переважно, якщо згаданий лікарський засіб є засобом клітинної терапії, вакциною або білком на основі розчинного ТКР або антитілом.
Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де згадані ракові клітини є клітинами раку легенів, дрібноклітинного раку легенів, меланоми, раку печінки, раку молочної залози, раку матки, карциноми з клітин Меркеля, раку підшлункової залози, раку жовчного міхура, раку жовчних протоків, КРК, раку сечового міхура, недрібноклітинного раку легенів, раку нирки, лейкозу (наприклад. ГМЛ або ХЛЛ), раку яєчника, раку стравоходу, раку головного мозку і шлункового раку (шлунка), найбільш переважно, раку передміхурової залози.
Цей винахід також стосується біомаркерів на основі пептидів за цим винаходом, які у цьому документі іменуватимуться як "мішені", які можуть використовуватися в діагностиці раку, переважно раку передміхурової залози Маркером може бути надмірна презентація самого(-их) пептиду(-ів) або надмірна експресія відповідного(-их) гена(-ів). Маркери також можуть використовуватися для передбачення вірогідності успіху лікування, переважно імунотерапії і найбільш переважно імунотерапії, націленої на ту ж мішень, що ідентифікується біомаркером.
Наприклад, антитіло або розчинний ТКР може використовуватися для барвлення зрізів пухлини з метою виявлення присутності досліджуваного пептиду у комплексі з МНС.
Необов'язково, антитіло містить додаткову функціональну ділянку, таку як імуностимулюючий домен або токсин.
Цей винахід також стосується цих нових мішеней у контексті лікування раку.
Як терапевтичне застосування проти інших типів раку, так і діагностичне застосування розкриті у наведеному нижче більш детальному описі продуктів експресії (поліпептидів), які є базовими для пептидів за цим винаходом.
АТФ-зв'язувальні касетні транспортери, підсімейство С (СЕТЕ/МЕР), член 4 (АВССа)-
АВСС4 здатний викачувати з клітини широке коло ендогенних і ксенобіотичних органічних сполук аніонної природи, включаючи широкий спектр антивірусних, цитостатичних, серцево- судинних лікарських препаратів і антибіотиків, а також молекул, які беруть участь у сигнальних шляхах клітин, у такий спосіб надаючи АВСС4 ключову функцію у клітинному захисті і позаклітинних сигнальних шляхах (Нивбзе! еї аї., 2008). Рівні АВСС4 підвищені при раку передміхурової залози, і, як було показано, його експресія регулюється обробкою андрогенами іп міго. Отже, андрогенна деприваційна терапія знижує рівень експресії АВССА4 у тканинах раку передміхурової залози. Більш того, рівні АВСС4 знижуються у міру прогресування раку передміхурової залози (Но еї аї., 2008; Мопіапі єї аїЇ., 2013). Надмірна експресія АВСС4 спостерігалася також при інших ракових захворюваннях, наприклад, при раку легенів (7пао єї аІ., 2014). Було показано, що пригнічення експресії АВССА інгібує проліферацію ракових клітин, які надмірно експресують АВСС4 іп міго (7пао еї аї., 2014), і відновлює чутливість до дії хіміотерапевтичних засобів у ліній клітин, резистентних до лікарських препаратів (7Напо еї аї., 2014).
Астротактин 2 (АЗТМ2) - вважається, що АЗТМ2 бере участь у міграції нейрональних клітин (У/ізоп єї аї., 2010).
Альфа-2-глікопротеїн 1, що зв'язує цинк (АХОРІ1) - АБТМ2 стимулює розщеплення жирів у адипоцитах і викликає велику втрату жирів, асоційовану з поширеною формою деяких ракових захворювань (піРгої, 2015). Експресія А2ОРІ1 підвищена при раку передміхурової залози, яка піддається виявленню також у зразках сироватки крові, і його запропонували використовувати як потенційний біомаркер (Наїє єї аї., 2001). Рівні знижуються у пухлинах високого ступеня злоякісності, і експресія А2ОРІ1 асоціювалася з зі зниженою смертністю і зменшенням рецидивів
Зо пухлини у пацієнтів із раком передміхурової залози (І ароіпіє єї аї., 2004; бемегі єї аї!., 2014).
АЙОРІ запропонували використовувати як біомаркер раку молочної залози, і рівні А2ОРІ1 знижуються у слабодиференційованих пухлинах (Наззап евї а!., 2008).
Відкрита рамка зчитування 132 хромосоми б (Сбоп132)- Сбоп132 локалізується на хромосомі брг21.1 (Веїзеад, 2002).
Білок 1 із доменом "7іпс їпдег", що взаємодіє з СОКМ1А (СІ21) - СІ21 кодує білок із доменом "гіпс Тіпдег", що взаємодіє з СОКМ1ТА, який виконує функцію супресора пухлин (Мівпіре еї аї., 2013). Було зроблено припущення, що при колоректальному раку СІ21 причетний до прогресування раку шляхом регуляції проліферації клітин, клітинного циклу, апоптозу і формування колоній (Уіп єї аїІ., 2013). Варіант СІ21, у якого відсутня частина С-кінцевого домену, виявлений у клітинах раку легенів навіть на ранній стадії і має потенціал як біомаркер (Нідвдіп5 еїа!., 2012).
Кристалін, мю (СКУМ) - СКУМ специфічно каталізує відновлення імінних зв'язків (Наїеп єї а. 2011). СКУМ є андроген-регульованим геном, експресія якого підвищена при раку передміхурової залози, але знижена у пухлинах, резистентних до кастраційної терапії (МаїїпомКа еї аї!., 2009). СЕУМ експресувався надмірно у пухлинах недрібноклітинному раку і у метастазах лейоміосаркоми матки порівняно з первинною пухлиною (Спопа єї аї., 2006;
Рамідзоп еї а!., 2014). Експресію СКУМ виявили також у зразках раку молочної залози, і СКЕУМ розпізнається у сироватці пацієнтів із раком молочної залози при 5ЕКЕХ-аналізі (Еопйії еї аї., 2002).
Білок 2, збагачений цистеїном і серином (СЗКР2)- СЗКР2 належить до сімейства генів
СБКР, які кодують білки, що містять домен ІМ. Надмірна експресія С5КР2 зв'язана з дедиференціюванням гепатоцелюлярної карциноми (Мідогікама єї а!., 2002).
Десмін (ОЕ5) - РЕ5 є білками проміжних мікрофіламентів класу І, які виявлено у м'язових клітинах. Вони утворюють волокнисту мережу, з'єднуючи міофібрили одну з одною і з периферичними плазматичними мембранами 2-ліній (Сіетеп еї аї., 2015). Експресія ОЕ5 знижена у тканині раку передміхурової залози, і низький рівень експресії ОЕ5 асоціювали з коротшим періодом виживання без ознак захворювання (Ми еї аї., 2014). Експресія ОЕЗ була підвищеною у пухлинах колоректальної карциноми на пізній стадії, можливо, завдяки підвищеній щільності мікросудин, і у такий спосіб підвищувала кількість перицитів (Агепі? еї аї.,
2011). До того ж, підвищені рівні ОЕБ5 асоціювалися зі зниженою виживаністю при колоректальному раку (Ма еї а!., 2009).
Сімейство зі схожістю послідовностей 129,член А (ЕАМ129А) - ЕАМ129А локалізується на хромосомі 1425 (Беїбед, 2002). Надмірна експресія ЕАМ129А була виявлена у пласкоклітинній карциномі голови та шиї (По єї а!., 2010а), пухлинах щитоподібної залози (Маїзитоїйо евї а!., 2006) і нирково-клітинній карциномі (Адастпі еї а!., 2004).
ЕКБОб-зв'язувальний білок 10 (ЕКВР10) - Ген ЕКВРІ1О кодує ЕК5Об-зв'язувальний білок 10, який належить до сімейства пептидил-проліл-цис/транс-ізомераз ЕКВР-типу. Продукт гена
ЕКВРІО локалізується в ендоплазматичному ретикулумі і діє як молекулярний шаперон (Веїбед, 2002). ЕКВРІО був ідентифікований як новий ген, який бере участь у набутті лейкозними клітинами адріаміцин-резистентного фенотипу і його підтримці (5и!ип еї аї., 2014).
ЕКВРІ10 асоціювався з колоректальним раком через його підвищену експресію (Оіезеп еї аї., 2005). Навпаки, недостатня експресія ЕКВР10 була характерною для епітеліальних карцином яєчника (Оціпп еї а!., 2013).
САТА-зв'язувальний білок2 (САТАг2)- САТА2 є критично необхідним для гемопоезу, і мутації у ЗАТА2 асоціюються з мієлодиспластичним синдромом і мієлоїдним лейкозом (Вгевзпіск еї а)., 2012). У солідних пухлинах надмірна експресія САТА2 була описана для раку молочної залози і корелювала з несприятливим прогнозом при колоректальній карциномі і гліобластомі (Спеп єї а!., 2013; УМапо єї аї., 2015; Мапа єї а!., 2012). Навпаки, інші звіти скоріше свідчили про знижену експресію СЗАТА2 у неопластичній тканині, і у них повідомлялося про асоціацію зниження рівня (САТА? з агресивністю пухлини і поганим клінічним результатом при гепатоцелюлярній карциномі, раку сечового міхура або нирково-клітинній карциномі (Капаїтайа еї аї., 2012; Реїегз єї а!., 2014; егаї., 2014).
Естроген-залежний регулятор росту раку молочної залози (ЗКЕВ1) -- ОКЕВІ1 є естроген- чутливим геном, який є геном ранньої відповіді у сигнальному шляху, який регулюється естрогеновим рецептором. Існує думка, що він відіграє важливу роль у чутливих до дії гормонів тканинах і ракових пухлинах (Неїбєед, 2002). ОКЕВІ надмірно експресується при раку передміхурової залози і доброякісній гіперплазії передміхурової залози і задіяний у викликаному дією андрогенів рості клітин раку передміхурової залози (Нає еї аї., 2006). СОКЕВІ також
Зо опосередковує стимульовану естрогенами проліферацію клітин раку яєчника і раку молочної залози (І аміоіене еї а!., 2014).
Інтегрин, альфа-7 (ІТ(4А7)- ІТОА7 є альфа-ланцюгом димеру рецептора ламініну-1 інтегрину альфа-7/бета-1. ІТЗА7 є геном-супресором пухлин, який є необхідним для пригнічення росту злоякісних пухлин. Аналіз мутацій виявив мутації гена ІТЗА7 при раку передміхурової залози, гепатоцелюлярній карциномі, лейоміосаркомі м'яких тканин і мультиформній гліобластомі. Експресія ІТОА7 була зниженою у пухлинах неметастатичного раку передміхурової залози і лейоміосаркоми (Тап еї а!., 2013).
Калієвий потенціал-залежний канал, підсімейство б, член ї (КСМИ1) - КСМО1 інтенсивно експресується у скелетних м'язах (Ссоптанп евї а!., 2005)
КІААТ244 - КІАА1244 кодує члена З сімейства АКЕСЕНБ і локалізується на хромосомі бд23.3. (Веїзед, 2002). Було виявлено надмірну експресію КІАА1244 у більшості випадків раку молочної залози (Мізпідагйе єї а!., 2004)
Член сімейства кінезинів 7 (КІЕ7)- КІР7 причетний до багатьох захворювань, включаючи синдром Жубера, гідролетальний синдром і акрокалозальний синдром. Він також бере участь у формуванні первинної війки (КіІвіпої ап Колівїб5Кі, 2012). Аберантна активація сигнального шляху Нейдепод, у якій КІЕ7 відіграє важливу роль, призводить до патологічних наслідків у багатьох пухлинах людини, таких як базальноклітинна карцинома шкіри, рак шлунка і рак підшлункової залози (І і еї аІ., 2012; Кап апа Каїн, 2005).
Каллікреїнподібна пептидаза 4 (КІ К4) - КІ К4 є одним із п'ятнадцяти членів підсімейства каллікреїнів, гени яких локалізуються у кластері на хромосомі 19 (Ни єї аї., 2000). Рівень КІ Кі підвищений при раку молочної залози, раку яєчника і раку передміхурової залози (5сптіїй еї аї., 2013). При раку передміхурової залози КІ Кі взаємодіє з сигнальними шляхами андрогенового рецептора і ттГок (іп еї а!ї., 2013).
Лактотрансферин (ТЕ) - ЇТЕ є багатофункціональним білком, який міститься у найвищих рівнях у молоці і у низьких концентраціях у інших рідинах слизових оболонок. Було показано, що
ТЕ виявляє антимікробну і протизапальну активність, бере участь у гомеостазі заліза і відіграє роль у рості і диференціації клітин і у захисті проти розвитку раку і метастазів (УМаг е6еї аї., 2005). ТЕ експресується на низькому рівні у тканинах раку передміхурової залози і у сироватці хворих на цей рак у порівнянні з доброякісною гіперплазією передміхурової залози. До того ж, бо знижені рівні ТЕ корелювали зі зниженою виживаністю пацієнтів (хнапеди27атагп еї аї., 2007).
І ТЕ інгібує ріст клітин шляхом блокування проходження клітин через клітинний цикл, ймовірно, за рахунок декількох механізмів, включаючи інгібування сигнальних шляхів МЕ-каппавВ і АКІ (Оєпад єї аї., 2013; Ме єї аї., 2014). До того ж, ТЕ часто викликає проапоптотичні ефекти, включаючи активацію сигнальних шляхів каспази-3 і УМК (Закаї єї аі., 2005; Мапа евї а!., 2011).
Транскрипційний регулятор 1, подібний до мотиву "лейцинова застібка-блискавка" (І7ТВ1) -
ІГ2ТК1 може відігравати роль у регуляції сигнального шляху Каз/МАРК (Уататоїйо еї а!., 2015).
І7ТВ1 часто є мутованим або видаленим у гліобластомі (Егацйіпі еї а!., 2013).
Білок1, який містить домен МАМЗС (МАМ5ЗС1)- МАМ5ЗС1 локалізується на хромосомі 12р13.2 (Веїбед, 2002). МАМ5СІ1 є значуще інгібованим у пухлинах передміхурової залози; він може відігравати вирішальну роль у ініціації і прогресуванні карциноми передміхурової залози (Кібеї єї а!., 2004). МАМЗС1 характеризується підвищеним рівнем експресії у пацієнтів з різними гематологічними злоякісними захворюваннями (Нагїепасні еї а!., 2011).
Зв'язаний із мікротрубочками білокіВ (МАРІВ)- МАРІВ є білком, який стабілізує мікротрубочки, він відіграє важливу роль у розвитку центральної нервової системи і у функціюванні аксонів (Наїраіїп апа Оептеїйї, 2006). Імуногістохімічний аналіз пухлин із дрібних круглих клітин у дітей навів на думку, що МАРІВ експресується у нейробластомі, рабдоміосаркомі і пухлині Вільямса, але не у саркомі Юінга (М/Поцапбу еї а!., 2008)
Мітоген-активована кіназа кінази протеїнкінази 4 (МАРА4КА) - МАРАКА є членом сімейства білків серин/греонін-кіназ і опосередковує сигнальний шлях ТМЕ-альфа (Неїзед, 2002). МАРАКА був запропонований як біомаркер агресивності раку передміхурової залози (Ві7агаїі еї аї., 2014).
Подібна до деформованої кіназа 1 (МІМК1)- МІМК! регулює формування цитоскелету і клітинне старіння, індуковане онкогенами. Вона необхідна для цитокінезу (Нусдо 6ї аї., 2012).
МІМКІ активується під дією Каз і опосередковує активацію рз8 під час затримки росту і старіння клітин (МісКе еї аї., 2005).
Гомеобоксний ген Мопам/к (МКХ) - МКХ є фактором транскрипції, про який повідомлялося, що він відіграє роль у розвитку кісток, скелетних м'язів і хрящових структур (ПО єї а!., 20105).
Білок важкого ланцюга міозину 11, гладеньком'язовий (МУНІТ1)- МУНІ1 приписаний до ділянки хромосоми 16412 і експресується у пупковій артерії, сечовому міхурі, стравоході і трахеї
Зо людини (МаїзиокКа еї а!., 1993). Інверсія у локусі хромосоми МУНІ11 (іпм(16); СВЕВ-МУНТІ1) часто спостерігається при гострому мієлоїдному лейкозі, призводячи до утворення онкогенного химерного білка кор-зв'язувального фактора (СВЕ-бета) і МУНІ1 (їй єї аї.,, 1993). Був встановлений зв'язок низьких рівнів експресії ММУНІ1 з несприятливим прогнозом при колоректальному раку (Мапа еї аї., 2014).
Поліпептид важкого ланцюга нейрофіламенту (МЕБРЕН)- нейрофіламенти Є гетерополімерами проміжного філаменту ІМ типу, які складаються з легких, середніх і важких ланцюгів. Нейрофіламенти утворюють цитоскелет аксонів і функційно підтримують їхній калібр.
Вони можуть також відігравати роль у внутрішньоклітинному транспорті до аксонів і дендритів.
МЕРН кодує важкий білок нейрофіламентів (Кеїбед, 2002). У пацієнтів із метастатичною нирковоклітинною карциномою метилювання Сро-острівців гена МЕРН показало пухлиноспецифічне підвищення, асоціацію з поширеною стадією захворювання і віддаленими метастазами і значуще асоціюється з поганою виживаністю без прогресування і зниженою загальною виживаністю (ЮОиргом/іпз5Ка)да єї а!., 2014).
Нюховий рецептор, сімейство 51, підсімейство Е, член2 (ОВ51Е2)- ОК5У1ТЕ2 є членом сімейства -білок-асоційованих нюхових рецепторів, який переважно експресується у передміхуровій залозі людини і часто експресується надмірно при раку передміхурової залози (УУепод еї аї., 2005). Отримані з ОК51Е2 пептиди можуть використовуватися як діагностичні маркери, а також як імунні мішені при розробці протиракових вакцин (Маїхцеада еї аї., 2012).
Фосфодиестераза 11А (РОЕ11А)- РОЕТ1А каталізує гідроліз ЦАМФ і цГМФ, у такий спосіб пригнічуючи відповідні сигнальні шляхи (Рам/сей еї аї., 2000). Мутації РОЕТТА пов'язані з адренокортикальною гіперплазією, а також із сімейними герміногенними пухлинами яєчка (Стеєпе єї аї., 2010; Ногуай апа бйпаїакіз, 2008). В одному із досліджень були також ідентифіковані міссенс-мутації РОЕТ1А у 3095 пацієнтів із раком передміхурової залози. Для цих варіантів характерна знижена активність РОЕ11А іп міїго, а рівні їх експресії іп мімо були знижені (Раса єї а!., 2011).
Плектин (РІГ ЕС) - РІ ЕС кодує члена сімейства плакінів, плектин, білок, який бере участь у утворенні перехресних зв'язків і організації цитоскелету і комплексів адгезії (Вочатеиг еї аї., 2014). РІЕС надмірно експресується у колоректальній аденокарциномі, пласкоклітинній карциномі голови та шиї і пухлинах раку підшлункової залози (і ее сеї аї., 2004; Каїада єї аї., 60 2012; Вайзсп еї а!., 2011).
Білок8, що містить домен РК (РКОМ8)- РКОМ8 є репресором транскрипції з гістон- метилтрансферазною активністю. РКОМ8 регулюється сигнальним шляхом Моїсп-Нез і відіграє роль у розвитку ЦНС (Кіпатет!і вї аї., 2008)
КАВЗВ, член сімейства КАБЗ-онкогенів (КАВЗВ)- КАВЗВ є низькомолекулярним ГТФ- зв'язувальним білком, який бере участь у регуляції екзоцитозу (Воїюпао еї а!., 2009). ВАВЗВ надмірно експресується у пацієнтів з раком передміхурової залози, наводячи на думку, що
КАВЗВ разом із АК, БохАї і МКХ3-1 є важливим регулятором прогресування раку передміхурової залози (Тап еї а!., 2012).
Член б сімейства 39 переносників розчинених речовин (переносник цинку) (5І/СЗ9Аб) -
ЗІ С39Аб6 кодує переносника цинку 2ІРб, ефекторну молекулу, що діє нижче розчинних факторів росту (Ше сеї аї., 2011). При раку молочної залози надмірна експресія 5І СЗ39Аб асоціюється з коротшим часом до рецидиву, а також із зменшеним часом до смерті, пов'язаної з захворюванням (Апагез еї а!., 2013).
Антиген епітеліальних клітин передміхурової залози з шістьома трансмембранними сегментами 2 (ЗТЕАР2) - 5ТЕАРЗ2 кодує багатопрохідний мембранний білок, що локалізується у комплексі Гольджі, плазматичних мембранах і тубулярних структурах везикул у цитозолі (Веїбед, 2002). Експресія 5ТЕАР2 підвищена у пацієнтів із раком передміхурової залози з поширеною стадією захворювання. Було продемонстровано, що надмірна експресія ЗТЕАР2 підвищує проліферацію клітин, а також міграційний і інвазивний потенціал іп міго, у той час як його нокдаун інгібує ріст клітин і може сприяти апоптозу (Ууапд єї аї., 2010; М/ніеїапа еї аї., 2014). Разом із іншими членами сімейства білків ЗТЕАР, 5ТЕАРЗ2 також надмірно експресується при інших видах раку. До того ж, білки 5ТЕАР були досліджені як біомаркери раку і потенційні мішені для імунотерапії раку (Стипемаїа еї аї., 2012).
Синемін, білок проміжних філаментів (З'ММ)- ЗМУММ зв'язує десмін із позаклітинним матриксом і відіграє важливу структурну роль у м'язах (Вповіє єї аї., 2006). Експресія Б''ММ пригнічена при раку молочної залози і гепатоцелюлярній карциномі, що корелює зі зниженою виживаністю, метастазами у лімфовузли і високим ступенем злоякісності (Моеї2е6ї! еї аї., 2010;
Ши еїаї., 2011).
Синаптоподин 2 (5УМРО2г) - ЗУМРО2, також відомий як міоподин, є актин-зв'язувальним
Зо білком, який відіграє роль у регуляції міграції клітин у відповідь на хемотаксичні стимули (Каї єї а. 2015). 5УМРО2 вважається геном-супресором пухлин, і відсутність ЗУМРО2 при раку передміхурової залози корелювала з інвазивністю і клінічним рецидивом (Ми єї аї., 2006).
Трансформуючий фактор росту, бета З (ТОЕВЗ)- ТОЕВЗ є однією із щонайменше трьох ізоформ ТОБЕ-бета. У нормальних клітинах сигнальний шлях ТОЕ-бета зупиняє клітинний цикл на фазі 21, зупиняючи проліферацію, індукуючи диференціацію і сприяючи апоптозу (Напапап апа М/віпрегу, 2000). ТОЕВЗ є проінвазивним фактором при НДРЛ (Регїгеїа еї а!., 2012)
Кіназа, що взаємодіє з ТКАР2 і МОСК (ТМІК) - ТМІК є кіназою зародкового центру і потенційно задіяна у регуляції актинового цитоскелету (Ри еї аї., 1999). ТМІК є критичним, специфічним активатором генів-мішеней УУМТ. Як описувалося, ТМІК є ключовим учасником ТКАЕб-залежних сигнальних шляхів УМК і МЕ-каппав і перетворювачем активуючих і трансформуючих сигналів у
В-клітинах людини (5НКода єї аї., 2012) При негативному за експресією рецепторів гормонів раку молочної залози ТМІК був ідентифікований як потенційний онкоген з впливом на ріст і проліферацію (Лаос еї а!., 2013)
Триптаза альфа/бета 1 (ТРЗАВІ) / триптаза бета 2 (ТРОВ2)- ТРЗАВІ іТРБОВ2 обидві є серинпротеазами, які головним чином експресуються мастоцитами. Присутність триптаза- позитивних мастоцитів у пухлинній тканині корелює з ангіогенезом при декількох видах раку, включаючи меланому, карциному ендометрію, рак молочної залози, рак шлунка і колоректальний рак (Аттепаоїа евї а!., 2014).
Катіонний канал тимчасового рецепторного потенціалу, підсімейство М, член 8 (ТАРМВ) -
ТКРМВ є натрієвим і кальцієвим каналом, який активується у відповідь на холодові стимули.
ТКРМВ8 експресується головним чином у епітеліальних клітинах передміхурової залози і на додаток також у деяких сенсорних нейронах (Ргемаг5Кауа єї аї., 2007). Повідомлялося. що
ТЕРМВ8 надмірно експресується при раку передміхурової залози і при інших видах раку, таких як пухлини молочної залози, товстої кишки, легенів і шкіри (Тзамаїег єї а!., 2001).
Білок 16, що містить тиреодоксиновий домен (ТХМОС16)- ТХМОС16 кодує білок із 858 амінокислот із, як передбачається, тиреодоксиновим доменом 2, його функція невідома.
Аутоантитіла проти ТХМОСІ16 виявлені у пацієнтів із менінгіомою (Сотіезвзе еї аї., 2005).
Гомолог Опс-13 білка В (ШМС138)- ОМС1З3В є складовою частиною білкового комплексу, який локалізований у активній зоні пресинаптичної мембрани і контролює секрецію нейромедіаторів, яка відбувається шляхом екзоцитозу вмісту синаптичних везикул (5ЙЦаНОЇ,
Білок 426 із доменом "гіпс Ппдег" (2МЕ426)- 2МЕ426 є білком-регулятором транскрипції (Уапд апа Моса, 2007).
ПОВНИЙ ОПИС ВИНАХОДУ
Стимуляція імунної відповіді залежить від присутності антигенів, що сприймаються імунною системою хазяїна як чужорідні. Відкриття пухлино-асоційованих антигенів зробило можливим використання імунної системи хазяїна для втручання в ріст пухлини. Зараз вивчається можливість використання для імунотерапії раку різних механізмів задіяння як гуморальної, так і клітинної ланки імунної системи.
Специфічні елементи клітинної імунної відповіді здатні специфічно розпізнавати та знищувати пухлинні клітини. Виділення Т-клітин із популяції пухлино-інфільтруючих клітин або з периферичної крові говорить про те, що такі клітини відіграють важливу роль у природному імунному захисті проти раку. Важливу роль у цій відповіді відіграють, зокрема, СО8-позитивні Т- клітини, які розпізнають пептиди, зв'язані з молекулами головного комплексу гістосумісності І класу (МНС). Ці пептиди зазвичай складаються з 8-10 амінокислотних залишків, що отримані з білків або дефектних рибосомальних продуктів (ОРІР), які містяться у цитозолі. Молекули МНС людини також визначаються як лейкоцитарні антигени людини (НІ А).
Якщо не зазначено інше, під нижче наведеними термінами, що використовуються у цьому описі, розуміються наступні поняття.
Термін "Т-клітинна відповідь" означає специфічну проліферацію та активацію ефекторних функцій, індукованих пептидом іп міїго чи іп мімо. Для цитотоксичних Т-клітин, обмежених МНЕ |І класу, ефекторними функціями можуть бути лізис клітин-мішеней, оброблених пептидом чи пептидним прекурсором чи клітин-мішеней, природно презентуючих пептид, секреція цитокінів, переважно гамма-інтерферону, ТМЕ-альфа або ІЛ-2, індукована пептидом, секреція ефекторних молекул, переважно гранзимів чи перфоринів, індукована пептидом, або дегрануляція.
Термін "пептид" використовується в цьому описі для позначення серії амінокислотних залишків, що з'єднані один 3 одним зазвичай пептидним зв'язком між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Бажано, щоб пептиди були довжиною у 9 амінокислот, але можуть бути такими короткими, як довжиною у 8 амінокислот, і такими довгими, як довжиною у 10, 11, 12 або 13 амінокислот або більшими по довжині, а у випадку пептидів, що зв'язані з молекулами МНС І класу (подовжені варіанти пептидів за цим винаходом), вони можуть досягати такої довжини, як 14, 15, 16, 17, 18, 19 або 20 амінокислот.
Термін "пептид" використовується також для позначення солей серії амінокислотних залишків, що з'єднані один 3 одним зазвичай пептидним зв'язком між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Переважно, щоб ці солі були фармацевтично прийнятними солями пептидів, наприклад, такими як хлорид або ацетат (трифторацетат). Треба зазначити, що солі пептидів за цим винаходом суттєво відрізняються від пептидів у їхньому стані іп мімо, оскільки пептиди не є солями іп мімо.
Термін "пептид" повинен також включати "олігопептид". Термін "олігопептид" використовується в цьому описі для позначення серії амінокислотних залишків, що з'єднані один з одним зазвичай пептидними зв'язками між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Довжина олігопептиду не є критичною для цього винаходу за умови, що він містить правильний епітоп чи епітопи. Олігопептиди зазвичай коротші, ніж довжиною близько 30 амінокислотних залишків, і довші, ніж довжиною близько 15 амінокислотних залишків.
Термін "поліпептид" використовується для позначення серії амінокислотних залишків, що з'єднані один з одним зазвичай пептидними зв'язками між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Довжина поліпептиду не є критичною для цього винаходу за умови, що він містить правильні епітопи. На відміну до термінів "пептид" і "олігопептид", під терміном "поліпептид" маються на увазі молекули, що містять більш ніж 30 амінокислотних залишків.
Пептид, олігопептид, білок або полінуклеотид, що кодує таку молекулу, має назву "Імуногенного" (і, отже, є "Іімуногеном" в межах цього винаходу), якщо він здатний індукувати імунну відповідь. У межах цього винаходу імуногенність точніше визначається як здатність викликати відповідь Т-клітин. Отже, "імуногеном" може бути молекула, яка здатна індукувати імунну відповідь, і що стосується цього винаходу, молекула, що здатна індукувати відповідь Т- клітин. В іншому аспекті імуноген може бути пептидом, комплексом пептиду з МНС, олігопептидом і/або білком, який використовується для продукції специфічних антитіл або ТКР проти нього.
"Епітоп" І класу Т-клітини потребує короткого пептиду, який зв'язаний із рецептором молекули МНС І класу, утворюючи потрійний комплекс (альфа-ланцюг молекули МНС І класу, бета-2-мікроглобулін і пептид), який може розпізнаватися Т-клітиною, що несе відповідний Т- клітинний рецептор, який зв'язується із комплексом МНС/пептид із належної афінністю.
Пептиди, які зв'язані з молекулами МНе І класу, зазвичай мають довжину в 8-14 амінокислот, і, найбільш типово, довжину в 9 амінокислот.
У людини є три різні генетичні локуси, які кодують молекули МНС І класу (молекули МНС людини мають також визначаються як лейкоцитарні антигени людини (НГА)): НГА-А, НІ А-В і
НІГА-С. НІ А-А"О1, НІ А-А"О02 і НГ А-В"07 є прикладами різних алелів МНС І класу, які можуть експресуватися з цих локусів.
Таблиця 8. Частоти експресії Е для НІ А"Аб2 і НІ А-А"24 і найбільш поширених серотипів
НГА-ОК. Частоти, отримані з частот виявлення гаплотипів Її серед населення США, адаптовано з публікації Могі і співавт. (Могі еї а), 1997), з використанням формули Харді-
Вайнберга: Е - 1 - (1-55. Комбінація А"02 або А"24 з певними алелями НГА-ОК внаслідок неврівноваженого зчеплення може бути збагаченою або збідненою у порівнянні з передбачуваною на основі індивідуальних частот виявлення. Докладну інформацію див. у
Спапоск і співавт. (Спапоск еї аї., 2004). частоти алелів
Вб |Європеоїднараса(ПівнчнаАмерика)д 11111111 261
ВО |Європеоїднараса(ПівнчнаАмерика)д 17111121 рвб |Афроамериканці(ПівнчнаАмерика)д 77777111 337061 рво |Афроамериканці(ПівнчнаАмерика)ї 77777111 58061
Вб (|Американцімонголоїдної раси (ПівнічнаАмерика)д | 250961
Во (|Американцімонголоїдної раси (Північна Америка)ї | 18,6096....::З
Вб |Латиноамериканці(ПівнчнаАмерика)д 77711111 3111 частоти алелів
ОВО |Латиноамериканці(ПівнчнаАмерика)д 71711112
ТЕРИ Ето; ВН НО
ПЕ КТ по НО
ВЕР КТ ПН НО: Хе
Пептиди за винаходом, переважно якщо введені до складу вакцини за винаходом, як описано в цьому документі, зв'язуються з НІ А-А"02 або НІ А-А"24. Вакцина може також містити пептиди, що універсально зв'язуються з молекулами МНС ІІ класу. Таким чином, вакцина за винаходом може застосовуватися для лікування раку у пацієнтів, що є А"02-позитивними, у той час як немає необхідності вибору алотипів МНС ІІ класу завдяки здатності цих пептидів до універсальності зв'язування.
Якщо пептиди, що зв'язуються з НІ А-А"02, поєднати з пептидами, які зв'язуються з іншим алелем, наприклад, А"24, лікуванню можна піддати більший відсоток будь-якої популяції пацієнтів, у порівнянні з охопленням пацієнтів, у яких кожний алель МНС | класу наявний окремо. У той час як у більшості популяцій менше ніж 5095 пацієнтів може бути охоплено кожним алелем окремо, вакцина, що містить пептиди, які є епітопами НІ А-А"24 ії НІГ А-А"О02, дозволяє вакцинувати принаймні 6095 пацієнтів у кожній відповідній популяції. Конкретно, наступні відсоткові долі пацієнтів будуть позитивними принаймні до одного з цих алелів у різних регіонах: США - 6195, Західна Європа - 6295, Китай - 7595, Південна Корея - 7795, Японія - 8695 (розраховано з даних ммли.аІеІеїтедциепсієв5.пеї).
У переважному втіленні термін "нуклеотидна послідовність" стосується гетерополімеру дезоксирибонуклеотида.
Нуклеотидна послідовність, що кодує конкретний пептид, олігопептид або поліпептид, може зустрічатися в природі або може бути сконструйована синтетично. Загалом, сегменти ДНК, які кодують пептиди, поліпептиди та білки за цим винаходом, зібрані з фрагментів кКДНК їі коротких олігонуклеотидних лінкерів або з серії олігонулеотидів з утворенням синтетичного гена, що здатний експресуватися в рекомбінантній транскрипційній одиниці, що містить регуляторні елементи, які отримані з оперона мікроорганізму або вірусу.
Термін "нуклеотидне кодування пептиду" в контексті цього винаходу означає нуклеотидну послідовність, що кодує пептид, включаючи штучні (створені руками людини) старт- і стоп- кодони, сумісні з біологічною системою, якою ця послідовність буде експресуватися, наприклад, з дендритними клітинами або іншою системою клітин, застосовних для отримання ТКР.
Для цілей цього винаходу посилання на послідовність нуклеїнової кислоти означає як
Зо одноланцюгову, так і дволанцюгову нуклеїнову кислоту. Отже, наприклад, для ДНК, конкретна послідовність, якщо контекст на вказує на інше, відноситься до одноланцюгової ДНК такої послідовності, дуплекса такої послідовності з її комплементом (дволанцюгова ДНК), і комплементу такої послідовності.
Термін "кодуюча ділянка" відноситься до тієї частини гена, яка або природно, або нормально кодує продукт експресії цього гена в його природному геномному оточенні, тобто до ділянки, що кодує іп мімо природний продукт експресії гена.
Кодуюча ділянка може бути ділянкою немутованого ("нормального"), мутованого або зміненого гена, або навіть ділянкою послідовності ДНК або гена, повністю синтезованого в лабораторії з використанням методів, добре відомих фахівцям у галузі синтезу ДНК.
Термін "продукт експресії" означає поліпептид або білок, котрий є природним трансляційним продуктом гена та будь-якої нуклеїново-кислотної послідовності, що кодує еквіваленти, які є результатом виродження генетичного коду, і, таким чином, кодує ту ж амінокислоту (ті ж амінокислоти).
Термін "фрагмент", стосовно кодуючої послідовності, означає частину ДНК, яка містить менш ніж повну кодуючу ділянку, і продукт експресії якої зберігає по суті ту ж біологічну функцію чи активність, що й продукт експресії повної кодуючої ділянки.
Термін "сегмент ДНК" відноситься до полімеру ДНК у формі окремого фрагмента чи як компонент більшої конструкції ДНК, що одержаний з ДНК, виділеної принаймні один раз по суті в чистій формі, тобто без забруднюючих ендогенних матеріалів та в кількості чи концентрації, яка дає змогу ідентифікувати, виконувати маніпуляції та відновлювати сегмент і його складові нуклеотидні послідовності за допомогою стандартних біохімічних методів, наприклад, з використанням вектора клонування. Такі сегменти надаються у формі відкритої рамки зчитування, без порушень внутрішніми нетрансльованими послідовностями, чи інтронів, які зазвичай присутні в еукаріотичних генах. Послідовності нетрансльованих ДНК можуть бути присутні за відкритою рамкою зчитування, де вони не заважають маніпуляціям або експресії кодуючих ділянок.
Термін "праймер" означає коротку нуклеїново-кислотну послідовність, котра може бути спарена з одним ланцюгом ДНК та надає вільний З'ОН-кінець, на якому ДНК-полімераза починає синтез дезоксирибонуклеотидного ланцюга.
Термін "промотор" означає ділянку ДНК, яка бере участь у зв'язуванні РНК-полімерази для ініціації транскрипції.
Термін "виділений" означає, що матеріал видаляється зі свого первісного середовища (наприклад, природного середовища, якщо він має природне походження). Наприклад, існуючий у природі полінуклеотид чи поліпептид, присутній у живих тваринах, не є виділеним, але той самий полінуклеотид чи поліпептид, відокремлений від якихось чи всіх співіснуючих матеріалів в природній системі, є виділеним. Такі полінуклеотиди можуть бути часткою вектора, і (або) такі полінуклеотиди чи поліпептиди можуть становити частину композиції і все ж таки бути виділеними, якщо такий вектор чи композиція не є частиною свого природного середовища.
Ці полінуклеотиди та рекомбінантні чи імуногенні поліпептиди, розкриті відповідно до цього винаходу, також можуть бути в "очищеній" формі. Термін "очищений" не вимагає абсолютної
Зо чистоти; скоріше він має відносне значення та може включати препарати високого ступеню очищення або препарати, які тільки частково очищені, в тому сенсі, як спеціалісти в цій галузі розуміють такі терміни. Наприклад, окремі клони, виділені з бібліотеки кДНК, були стандартним чином очищені до електрофоретичної однорідності. Очищення вихідного матеріалу чи природного матеріалу принаймні на порядок величини, переважно на два-три порядки, та більш переважно, на чотири-п'ять порядків величини, чітко передбачається в цьому винаході. Крім того, заявлений поліпептид, котрий має чистоту переважно в 99,999, або принаймні в 99,9995 чи 99,99; і навіть бажано 9995 за масою чи більше, також чітко пропонується у винаході.
Нуклеїнові кислоти та поліпептиди як продукти експресі, що розкриваються відповідно до цього винаходу, а також вектори експресії, які містять такі нуклеїнові кислоти і (або) такі поліпептиди, можуть бути в "збагаченій формі". Термін "збагачений" в тому виді, в якому він використовується тут, означає, що концентрація матеріалу принаймні приблизно в 2, 5, 10, 100 або 1000 разів перевищує його природну концентрацію (наприклад), бажано 0,0195, за масою, принаймні краще приблизно 0,195 за масою. Також маються на увазі збагачені препарати приблизно в 0,595, 195, 595, 1095 та 2095 за масою. Послідовності, конструкції, вектори, клони та інші матеріали, які складають цей винахід, можуть, що більш сприятливо, бути у збагаченій чи виділений формі. Термін "активний фрагмент" означає фрагмент, зазвичай пептиду, поліпептиду або нуклеїново-кислотної послідовності, що генерує імунну реакцію (тобто має імуногенну активність) при введенні індивідуально чи, необов'язково, з прийнятним ад'ювантом або у векторі, тварині, наприклад, ссавцю, такому як кролик чи миша, і також включаючи людину, до того ж така імунна реакція має вид стимуляції Т-клітинної відповіді у тварини- реципієнта, такої як людина. Альтернативно, "активний фрагмент" також може використовуватись для індукції Т-клітинної відповіді іп міго.
В цьому винаході терміни "частка", "сегмент" і "фрагмент", якщо вони використовуються по відношенню до поліпептидів, означають безперервну послідовність залишків, таких як амінокислотні залишки, причому ця послідовність утворює підгрупу більшої послідовності.
Наприклад, якщо поліпептид був підданий обробці будь-якою з типових ендопептидаз, таких як трипсин або хімотрипсин, олігопептиди, одержані в результаті такої обробки, будуть представляти частки, сегменти чи фрагменти початкового поліпептиду. Якщо такі терміни використовуються стосовно полінуклеотидів, вони означають продукти, одержані після обробки 60 згаданих полінуклеотидів будь-якою з типових ендонуклеаз.
Відповідно до цього винаходу, термін "відсоткова ідентичність" або "відсоток ідентичності" відносно послідовності означає, що послідовність порівнюється із заявленою або описаною послідовністю після вирівнювання послідовності, яка порівнюється ("Послідовність, що порівнюється"), з описаною або заявленою послідовністю ("Контрольна послідовність").
Відсоткова ідентичність визначається відповідно до наведеної нижче формули:
Відсоткова ідентичність - 100 (1 -(С/А)) де С - кількість відмінностей між Контрольною послідовністю та Послідовністю, що порівнюється, на довжині вирівнювання між Контрольною послідовністю та Послідовністю, що порівнюється, де () кожна основа чи амінокислота в Контрольній послідовності, котра не має відповідної вирівняної основи чи амінокислоти у Послідовності, що порівнюється, і (ії) кожний розрив у Контрольній послідовності та () кожна вирівняна основа чи амінокислота в Контрольній послідовності, котра не має відповідної вирівняної основи чи амінокислоти у Послідовності, що порівнюється, становить відмінність, і (ійї) вирівнювання повинне починатися з позиції 1 вирівняних послідовностей; і К є числом основ або амінокислот у Контрольній послідовності по довжині вирівнювання з
Послідовністю, що порівнюється, причому будь-який розрив, створений у Контрольній послідовності, також вважається основою або амінокислотою.
Якщо існує вирівнювання між Послідовністю, що порівнюється, та Контрольною послідовністю, для якої відсоткова ідентичність, що розрахована вище, є приблизно рівною чи більшою, ніж зазначена мінімальна Відсоткова ідентичність, то Послідовність, що порівнюється, має зазначену мінімальну відсоткову ідентичність до Контрольної послідовності, хоча можуть існувати вирівнювання, в яких розрахована, як описано вище, Відсоткова ідентичність є меншою, ніж зазначена Відсоткова ідентичність.
Як згадано вище, цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від 5ЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІО Мо: 48 або їхній варіант, який на 8895 є гомологічним послідовностям від 5ЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІЮО Мо: 48 або їхнього варіанту, який викликає перехресну реакцію Т-клітин із зазначеним пептидом. Пептиди за винаходом здатні
Зо зв'язуватися з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини | класу, або подовжені версії згаданих пептидів - з молекулою ЇЇ класу.
У цьому винаході термін "гомологічний" означає ступінь ідентичності (див. "Відсоткова ідентичність" вище) послідовностей двох амінокислотних послідовностей, тобто пептидних або поліпептидних послідовностей. Згадана вище "гомологія" визначається порівнянням двох послідовностей, що були вирівняні в оптимальних умовах щодо послідовностей, які порівнюються. Таку гомологічність послідовностей можна розрахувати, створивши вирівнювання за допомогою, наприклад, алгоритму СіивіаіМУ. Загальнодоступне програмне забезпечення для аналізу послідовностей, більш конкретно, Месіог МТІ, СЕМЕТУХ або інші інструменти можна знайти у базах даних у вільному доступі.
Фахівець у цій галузі в змозі оцінити, чи будуть Т-клітини, індуковані варіантом конкретного пептиду, вступати в перехресну реакцію із самим пептидом (Аррау вї а!., 2006; Соіотрені еї аї., 2006; Бопа еї а!., 2001; 7агетрбва еї а!., 1997).
Під терміном "варіант" даної амінокислотної послідовності автори винаходу мають на увазі, що бокові ланцюги, наприклад, одного чи двох амінокислотних залишків змінюються (зокрема, шляхом заміни їх боковим ланцюгом залишку іншої природно існуючої амінокислоти чи якимось іншим боковим ланцюгом) таким чином, що пептид все ще здатний зв'язуватися з молекулою
НГА, по суті, у такий же спосіб, як і пептид, що складається з даної амінокислотної послідовності від ЗЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІЮ Мо: 48. Наприклад, пептид може бути модифікований так, що він буде принаймні зберігати, чи навіть поліпшувати, здатність взаємодіяти та зв'язуватися зі зв'язувальною щілиною прийнятної молекули МНС, такої як НІ А-А"02 або -ОЕК, і у такий спосіб принаймні зберігати чи навіть поліпшувати здатність зв'язуватися з ТКР активованих Т-клітин.
Ці Т-клітини можуть згодом вступати в перехресну реакцію із клітинами і знищувати клітини, які експресують поліпептид, що містить природну амінокислотну послідовність спорідненого пептиду як визначено в аспектах цього винаходу. Як можна дізнатися з наукових публікацій і баз даних (Наттепзев вї аї., 1999; СюакКіп еї аї., 1997), окремі позиції пептидів, що зв'язують НГА, є типово якірними залишками, які формують ключову послідовність, що відповідає зв'язувальному мотиву рецептора НІА, який визначається полярністю, електрофізичними, гідрофобними властивостями і просторовою структурою поліпептидних ланцюгів, що утворюють зв'язувальну щілину. Отже, фахівець у цій галузі зможе модифікувати амінокислотну 60 послідовність від 5ЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІЮ Мо: 48, зберігаючи відомі якірні залишки, і буде здатний визначити, чи зберігають такі варіанти здатність зв'язувати молекули МНС І або Ії класу. Варіанти за цим винаходом зберігають здатність зв'язуватися з ТКР активованої Т- клітини, який потім може вступати в перехресну реакцію з- і знищувати клітини, які експресують поліпептид, що містить природну амінокислотну послідовність спорідненого пептиду як визначено в аспектах винаходу.
Первісні (немодифіковані) пептиди, що розкриваються в цьому винаході, можуть модифікуватися заміщенням одного чи кількох залишків на різних, можливо, селективних, ділянках пептидного ланцюга, якщо не зазначено інакше. Переважно, щоб ці заміщення знаходилися на кінці амінокислотного ланцюга. Такі заміщення можуть бути консервативного характеру, наприклад, коли одна амінокислота замінюється амінокислотою подібної структури та характеристик, наприклад, коли гідрофобна амінокислота замінюється іншою гідрофобною амінокислотою. Навіть більш консервативною буде заміна амінокислот такого ж чи подібного розміру та хімічного характеру, наприклад, коли лейцин замінюється на ізолейцин. В дослідженнях варіацій послідовностей в сімействах природних гомологічних білків певні амінокислотні заміщення допускаються частіше, ніж інші, ії вони часто демонструють кореляцію зі схожістю за розміром, зарядом, полярністю та гідрофобністю між первісною амінокислотою та її заміною, і це є основою для визначення "консервативних заміщень".
Консервативні заміщення визначаються в цьому документі як обмін в межах однієї з наведених нижче п'яти груп: група 1 - малі аліфатичні, неполярні чи слабо полярні залишки (Аа, зег, Тпг, Рго, Су); група 2 - полярні, негативно заряджені залишки та їх аміди (А5р, Авп,
Сім, СІп); група З - полярні, позитивно заряджені залишки (Ні, Аго, І уз); група 4 - великі аліфатичні неполярні залишки (Меї, Гей, Пе, Маї, Суз); та група 5 - великі ароматичні залишки (Ріє, Тут, Пр).
Менш консервативні заміщення можуть включати заміну однієї амінокислоти іншою, котра має подібні характеристики, але дещо відрізняється за розміром, наприклад, заміна аланіну залишком ізолейцину. Високо-неконсервативні заміни можуть включати заміщення кислої амінокислоти полярною, або навіть такою, що є основною за своїм характером. Такі "радикальні" заміщення не можуть, однак, відхилятись як потенційно неефективні, оскільки їх хімічні наслідки не є повністю прогнозованими, та радикальні заміщення також можуть
Зо несподівано призвести до сприятливих ефектів, які неможливо передбачити за простими хімічними принципами.
Звичайно, такі заміщення можуть включати структури, що відрізняються від звичайних | - амінокислот. Отже, Ю-амінокислоти можуть заміщуватися І-амінокислотами, котрі зазвичай виявляються в антигенних пептидах цього винаходу та все ж охоплюються розкриттям в ньому.
Крім того, нестандартні амінокислоти (тобто інші, ніж стандартні амінокислоти природних білків), також можуть використовуватись для заміщення з метою отримання імуногенів та імуногенних поліпептидів відповідно до цього винаходу.
Якщо виявляється, що заміщення в більш ніж одній позиції приводять до утворення пептиду по суті з еквівалентною чи більшою антигенною активністю, як визначено нижче, тоді комбінації цих заміщень будуть досліджуватись з метою визначення, чи мають комбіновані заміщення додатковий чи синергічний вплив на антигенність пептиду. Як правило, в пептиді замінюються одночасно не більш ніж 4 позиції.
Пептид, що по суті складається з амінокислотної послідовності як зазначено у цьому документі, може мати одну або дві неякірні амінокислоти (див. нижче пояснення щодо якірного мотиву), що були замінені без того, щоб здатність пептиду зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І або Ії класу суттєво змінилася або піддалася негативному впливу у порівнянні з немодифікованим пептидом. У іншому пептиді, що складається або по суті складається з цієї амінокислотної послідовності як зазначено у цьому документі, одна або дві амінокислоти можуть бути замінені партнерами по консервативній заміні (також див. нижче у цьому документі) без того, щоб здатність пептиду зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І або ІІ класу суттєво змінилася або піддалася негативному впливу у порівнянні з немодифікованим пептидом.
Ті амінокислотні залишки, що не є суттєвими для взаємодії з Т-клітинним рецептором, можуть бути модифіковані шляхом заміни іншою амінокислотою, введення якої не має суттєвого впливу на реактивність Т-клітин та не виключає зв'язування із відповідним МНС. Отже, за винятком зазначеної умови, пептид за винаходом може бути будь-яким пептидом (до цього терміну автори винаходу відносять олігопептид чи поліпептид), котрий включає амінокислотні послідовності або їхню частину чи її варіант, як він є.
Таблиця 9
Варіанти і мотив пептидів, що зв'язують НІ А-А"02, відповідно до 5ЕО ІЮО Мо: 2,4 і 8
Позиця г |. 1. 12 | 3 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 5
ЗЕОІЮМо2 юю. / / |(5 |мМ | 6 ДЕ ФЕ | ОО г шими ши а я а ПО о ПО БУЛ шими ши а я я ПО о ПО КП шими ши а я а ПО ПО ПОЛ ОЧІ пи Гев п ПНЯ ПОЯ ПОООНЯ КОНЯ НОЯ КОН 41- Ї177177017171777ї17ї1 м 1- Ї177177017717717177ї1 7 (1 ГГ 01 1 1 11 А ни тв о Я ПО ПО НОЯ НОЯ НОЇ
ТА Її Її ГГ її її м
ТА Її Її ГГ її її "п
ЇА ЇЇ ЇЇ /Г її Ї ЇЇ
Варіанти 4 111 м Її 71701711 м пи Бл п Я ППО НОЯ ПОН Ж ПО мМ ГГ ГГ 1 1 1 А и ки п Я ПОЯ ПОООЯ КОНЯ НОЯ КОН ни ки п Я ППО НОЯ НОЯ БУЛИ и ки п Я ПО ПО НОЯ ПОН Ж ПО и ки п Я ПО ПО КОНЯ ПОН ММА и ге М ПП ПО КОНЯ НОЯ НОЇ 9 Її 1 1 1 її 1 м и ге М ПП ПО ПО ПО Ж ПО 19 | ЇЇ 1 1 її | А
Позиця кб: | 1 2 | 314 | 51617 8|5 шими ши а я а ПО о ПО БУЛ шими ши а я я ПО о ПО КП шими ши а я Я ПО ПО ПОЛ ОЧІ
Ім ГГ СГ 717171 7177717
Ім Її Її ГГ її її м
Ім ГГ СГ Її її п
ІМ ЇЇ ГГ її 1 ни тв о Я ПО ПО НОЯ НОЯ НОЇ
ТА Її Її ГГ її її м
ТА Її Її ГГ її її "п
ЇА ЇЇ ЇЇ /Г її Ї ЇЇ
Варіанти 4 111 м Її 71701711 м пи Бл п Я ППО НОЯ ПОН Ж ПО мМ ГГ ГГ 1 1 1 А и ки п Я ПОЯ ПОООЯ КОНЯ НОЯ КОН ни ки п Я ППО НОЯ НОЯ БУЛИ и ки п Я ПО ПО НОЯ ПОН Ж ПО и ки п Я ПО ПО КОНЯ ПОН ММА и ге М ПП ПО КОНЯ НОЯ НОЇ 9 Її 1 1 1 її 1 м и ге М ПП ПО ПО ПО Ж ПО 19 | ЇЇ 1 1 її | А
Позиця --:-: '.:::«киуи,/////// |. 1 12 | 314 | 56 | 7 8|5
ЗЕОІЮМо.8 77777777 / 12 С 00 с |5 | (А 0 ЦА
Вавати 00000001 Хь94---532-53----53---КЩ- и п Па п ПО ПО ОНИ ПОН КТ
Таблиця 9
Варіанти і мотив пептидів, що зв'язують НІ А-А"02, відповідно до 5ЕО ІЮО Мо: 2,4 і 8
Позиця. и | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 785 пи п я Я ПОЯ ПООНЯ ПОЛО ПОН КН м Г7177171111
Ім ГГ 71771771
Ім ГГ 71 771777117177ї1 77
Ім ГГ її 17717171 1 м
ФА Її Її Її 71 1 1 1
ФА Її Її Її 71 1 1 п
ЗА Її Її Її 1 1 її г
ЗА Її Її Її 1 1 їм
ВИ КЛ ПО ПОН КОНЯ КОНЯ НОЯ КОНЯ КОХ
ПИ КЛ ПО ПО КОНЯ КОНЯ НОЯ КОН М НН
ВИ КЛ ПО ПОН КОНЯ КОНЯ НОЯ КОНЯ КОНІ пи КЛ ПО ПО КОНЯ КОНЯ НОЯ КОНЯ БИ пи ЕМ ПО ПО КОНЯ КОНЯ ПОЛО КОНЯ КК пи ЕМ ПО ПО КОНЯ НОЯ ПОЛО КОН КН пи ЕМ ПО ПО КОНЯ КОНЯ ПОНННО КОНЯ КОНЯ пи ЕВ ПО ПО НОЯ НОЯ ПОЛО КОНЯ БИ о її її 7771777ї1771711 о Її її 717 1 1 7717 о її її 717 1 1 1 г о Її її 71 71 71 11
Таблиця 10
Варіанти і мотив пептидів, що зв'язують НІ А-А"24 відповідно до ЗЕО ІЮО Мо: 25, 30 і 34
Позиця. | 1 | 2 | з | 4 | 5 | 6 | 7 | в | 9 | 10 | п 5Е0І025 | | ЕЕ |Р ЇМ | ТА |м є / ГГ и п ПИ ПНЯ ПОЛЯ ПОЛЯ КОНЯ НОЯ К ПОН КОНЯ КОХ пи По ПИ ПНЯ ПОЛЯ ПОЛЯ КОНЯ ПОХОННЯ КОН КОНЯ КОХ
Варіант пи КСО ПО ПО ПОЛЯ ПОН КОНЯ ОН КОН КОНЯ КОХ
ЕТ
ЕТ
Позиця.ї | 1 | 2 | з | 4 | 5 | 6 | 7 | в | 9 | тю | "п 5Е0ОІЮ30 |5 | 5 |Р ТА |н А |ї /- | ГГ и п ПО ПНЯ ПОЛЯ ПОЛЯ КОНЯ НОЯ К ПОН КОНЯ КОХ пи По Пи Я ПОЛЯ ПОЛЯ КОНЯ ПОН КН НКИ КОХ
Варіант пи КСО ПО ПО ПОЛЯ ПОН КОНЯ ОН КОН КОНЯ КОХ
ЕТ
ЩЕ
Позиця.ї | 1 | 2 | з | 4 | 5 | 6 | 7 | в | 9 | т | "п 5Е0ОІЮ34 ЇА |є 5 |Р |0 5 |н ЇМ її | в пи БИ ПО ПОН ПОН КОХ КОНЯ НОЯ КОН КОНЯ КП пи БИ ПИ ПО ПОН ПОЛОН КОНЯ НОЯ КОН КОНЯ ККД
Варіант пи БИ ПИ ПО ПОН ПОЛОН КОНЯ НОЯ КОН КОНЯ КАК пи п ПИ ПНЯ ПОЛЯ ПОЛЯ КОНЯ ПОХННЯ КОН КОНЯ КП п п ПО ПО ПО ПОЛОН КОНЯ НОЯ КОН КОНЯ ОДН
Більш довгі (подовжені) пептиди також можуть бути придатними. Можливо, щоб епітопи комплексу МНС І класу, хоча вони мають зазвичай довжину 8-11 амінокислот, утворювались шляхом процесингу з більш довгих пептидів чи білків, які включають фактичний епітоп. Бажано, щоби бокові залишки фактичного епітопу не завдавали значного впливу на протеолітичне розщеплення, необхідне для презентації фактичного епітопу під час процесингу.
Пептиди за цим винаходом можуть бути подовжені аж до чотирьох амінокислот, тобто 1, 2, З або 4 амінокислоти можуть біти додані до будь-якого кінця у будь-якій комбінації між 4:0 і 04.
Комбінації подовжень за цим винаходом можуть бути проілюстровані у Таблиці 11.
Таблиця 11
Комбінації подовжень у пептидах за цим винаходом нннннилжлнннннннннисСннннннншшшш 10011111 |Олабої,абоб,абоЗ,абої4../:/ С: /:Х нннннилжлнннннннннисСннннннншшшш 11111011 |О,абої,абог,абоз,абої4../-://////С/:УС
Амінокислотами для подовжень/елонгацій можуть бути пептиди вихідної послідовності білка або будь-яка інша амінокислота. Подовження може використовуватися для підвищення стабільності або розчинності пептидів.
Отже, епітопи відповідно цього винаходу можуть бути ідентичними природним пухлино- асоційованим та пухлино-специфічним епітопам або можуть включати епітопи, які відрізняються не більше ніж на чотири залишки від контрольного пептиду, за умови, що вони мають по суті ідентичну антигенну активність.
У альтернативному втіленні пептид є подовженим з будь-якого або з обох боків на більш ніж 4 амінокислоти, переважно до загальної довжини аж до 30 амінокислот. Це може привести до утворення пептидів, що зв'язуються з молекулами МНС ІІ класу. Зв'язування з молекулами МНС
ЇЇ класу може бути перевірено методами, відомими в цій галузі.
Відповідно, за цим винаходом також пропонуються пептидні епітопи і епітопи пептидних варіантів, що зв'язуються з молекулами МНС І класу, де згаданий пептид або його варіант має загальну довжину від 8 до 100, переважно від 8 до 30, та найбільш переважно від 8 до 14, а саме 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 амінокислот, а у випадку подовжених пептидів, що зв'язуються з молекулами НГА ІІ класу, вони можуть також досягати довжини 15, 16,17, 18,19, 20, 21 або 22 амінокислоти.
Зрозуміло, що пептид або його варіант за цим винаходом здатний зв'язуватися з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І або ІЇ класу. Зв'язування пептиду або його варіанту з комплексом МНС може бути досліджено методами, відомими в цій галузі.
Переважно, коли Т-клітини, специфічні по відношенню до пептиду за цим винаходом, досліджують у порівнянні із заміщеними пептидами, причому концентрація пептиду, за якої заміщені пептиди досягають половини максимального росту лізису відносно фонових значень, є не більше ніж 1 мМ, переважно не більше ніж 1 мкМ, ще більш переважно не більше ніж
Зо приблизно 1 нМ, і ще більш переважно не більше ніж приблизно 100 пМ, і найбільш переважно не більше ніж приблизно 10 пМ. Переважно також, щоб заміщений пептид розпізнавався Т- клітинами, отриманими від більш ніж однієї особи, принаймні двох, і більш переважно трьох осіб.
У особливо переважному втіленні цього винаходу пептид складається або по суті складається з амінокислотної послідовності від зЗЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІО Мо: 48. "По суті складається з" означає, що пептид за винаходом, на додаток до послідовності відповідно до будь якої послідовності від 52ЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІО Мо 48, чи його варіант, містить додаткові М- ії (або) С-термінальні фрагменти послідовності амінокислот, які не обов'язково формують частину пептиду, що функціонує як епітоп для молекул МНС.
Проте ці фрагменти можуть бути важливими для забезпечення ефективного введення пептиду відповідно до цього винаходу в клітини. В одному з втілень цього винаходу пептид є частиною гібридного білка, який містить, наприклад, 80 М-термінальних амінокислот НІ А-ОВ- антиген-асоційованого інваріантного ланцюга (р33, надалі "Ії"), одержаного з МСВІ, інвентарний номер в генному банку (СепВапкК) Х00497. У інших злиттях пептиди за цим винаходом можуть бути злиті з антитілом, як описано в цьому документі, або з його функціональною частиною, зокрема з послідовністю антитіла, щоби бути специфічно націленими згаданими антитілами, або, наприклад, злиті з антитілом або з послідовністю антитіла, що є специфічним до дендритних клітин, як описано в цьому документі.
Крім того, пептид чи його варіант може бути додатково модифікований для поліпшення його стабільності і (або) зв'язку з молекулами МНС, щоб викликати сильнішу імунну відповідь.
Методи такої оптимізації пептидної послідовності добре відомі в цій галузі та включають, наприклад, введення реверсованих пептидних зв'язків чи непептидних зв'язків.
В реверсованому пептидному зв'язку амінокислотні залишки не з'єднуються пептидними зв'язками (-СО-МН-), а пептидний зв'язок реверсується. Такі ретро-інверсивні пептидні міметики можуть бути отримані методами, відомими в даній галузі, наприклад, описаними в роботі
Мелієге і співавт. (1997) (Меглієге сеї а!., 1997), яка включена в цей документ шляхом посилання.
Такий підхід включає формування псевдо-пептидів, які містять зміни із залученням остова, а не орієнтації бокових ланцюгів. Автори Ме?іеге і співавт. (Ме?лієге єї а!., 1997) показують, що для відповіді МНС і Т-клітин-хелперів зазначені псевдо-пептиди є прийнятними. Ретро-інверсивні пептиди, які містять зв'язки МН-СО замість пептидних зв'язків СО-МН, набагато більш стійкі до протеолізу.
Непептидний зв'язок - це, наприклад, -СН2-МН, -СНе5-, -«СН»аСНе-, -СНА-СНУ, -сСосне-, -
СнН(ОН)СН»- та -СНо5О-. У патенті США 4 897 445 пропонується метод твердофазного синтезу непептидних зв'язків (-СН2-МН) в поліпептидних ланцюгах, що включає поліпептиди, синтезовані за допомогою стандартних методик, та непептидний зв'язок, синтезований шляхом реакції аміноальдегіду та амінокислоти в присутності МасСМВН»з.
Пептиди, що включають послідовності, описані вище, можуть бути синтезовані з додатковими хімічними групами, присутніми на їхніх аміно- і (або) карбоксильних кінцях, для посилення стабільності, біологічної доступності і (або) афінності пептидів. Наприклад, гідрофобні групи, такі як карбобензоксильні, данзильні чи трет-бутилоксикарбонільні, можуть додаватися до аміно-кінців пептидів. Подібним чином, на аміно-кінцях пептидів може розміщуватись ацетильна група чи 9-флуоренілметоксикарбонільна група. До карбоксильних кінців пептидів може бути додана також гідрофобна група, трет-бутилоксикарбонільна чи амідо-
Зо група.
Крім того, пептиди за винаходом можуть бути синтезовані для зміни їхньої просторової конфігурації. Наприклад, може використовуватися О-ізомер одного чи кількох амінокислотних залишків пептиду, а не звичайний І-ізомер. До того ж, принаймні один з амінокислотних залишків пептидів за винаходом може замінюватись одним з добре відомих амінокислотних залишків неприродного походження. Такі заміни можуть служити для підвищення стабільності, біологічної доступності і (або) здатності до зв'язування пептидів за винаходом.
Подібним чином, пептид чи його варіант за винаходом може модифікуватися хімічно, шляхом реакції окремих амінокислот до чи після синтезу пептиду. Приклади таких модифікацій добре відомі в цій галузі та узагальнені, зокрема, в роботі К. І ипабіад, Спетіса! Кеадепів ог
Ргоївіп Моаіїісайтоп, За еа. СВС Ргев5, 2004 (І ипаріад, 2004), яка включена в цей документ шляхом посилання. Хімічна модифікація амінокислот включає, але не обмежується ними, модифікацію шляхом ацилювання, амідинування, піридоксилювання лізину, відновлювального алкілування, тринітробензилювання аміногруп 2,4,6-тринітробензолсульфоновою кислотою (ТМВ5), амідну модифікацію карбоксильних груп та сульфгідрильну модифікацію шляхом окиснення пермурашиною кислотою цистеїну в цистеїнову кислоту, формування похідних ртуті, утворення змішаних дисульфідів з іншими тіольними сполуками, реакцію з імідом малеїнової кислоти, карбоксиметилювання йодоцтовою кислотою чи йодацетамідом та карбамоїлування ціанатом при лужному рнН, хоча способи модифікації не обмежуються наведеними тут. В цьому відношенні досвідчений фахівець може звернутися до Глави 15 публікації Сиггепі Ргоїосої5 Іп
Ргоївіп бсіепсе, Еав. Соїїдап еї а. (ойп УміІеу апа опо ММ 1995-2000) (Соїїдап еї а!., 1995), де докладно описано методику відносно хімічної модифікації білків.
Стисло, модифікація, наприклад, аргінільних залишків часто базується на реакції віцинальних дикарбонільних сполук, таких як фенілгліоксаль, 2,3-бутандіон і 1,2- циклогександіон, з утворенням адукту. Іншим прикладом є реакція метилгліоксалю з аргініновими залишками. Цистеїн може бути модифікований без супутньої модифікації інших нуклеофільних сайтів, таких як лізин та гістидин. В результаті велика кількість реагентів є доступною для модифікації цистеїну. Веб-сайти таких компаній, як Зідта-Аїагісн (перулумли.відта-аїІагісп.сот), надають інформацію щодо конкретних реагентів.
Селективне відновлення дисульфідних зв'язків також є поширеним. Дисульфідні зв'язки бо можуть утворюватися і окислюватися під час теплової обробки біофармацевтичних препаратів.
К-реагент Вудворда може використовуватися для модифікації деяких залишків глутамінової кислоти. М-(З-диметиламінопропіл)-М'-етилкарбодіїмід може використовуватися для утворення внутрішньомолекулярних зшивок між залишками лізину і глутамінової кислоти. Наприклад, диетилпірокарбонат є реагентом для модифікації гістидильних залишків у білках. Для модифікації гістидину може також використовуватися 4-гідрокси-2ноненаль. Реакція залишків лізину та інших альфа-аміногруп є, наприклад, прийнятною для зв'язування пептидів до поверхонь або поперечного зшивання білків/пептидів. Лізин є сайтом для прикріплення поліетиленглікюолю і головним сайтом модифікації при глікозилюванні білків. Метіонінові залишки у білках можна модифікувати, наприклад, йодацетамідом, брометиламіном і хлораміном Т.
Тетранітрометан і М-ацетилімідазол можуть використовуватися для модифікації тирозильних залишків. Поперечне зшивання шляхом утворення дитирозину може здійснюватися пероксидом водню/іонами міді.
У недавніх дослідженнях модифікації триптофану використовувалися М-бромсукцинімід, 2- гідрокси-о-нітробензилбромід або 3-бром-3-метил-2-(2-нітрофенілмеркапто)-ЗН-індол.: (ВМРЗ- скатол).
Успішна модифікація ПЕГ (поліетиленгліколем) терапевтичних білків та пептидів, що часто асоціюється з подовженням напівперіоду циркуляції при перехресному зшиванні білків із глутаральдегідом, поліетиленглікольдіакрилатом та формальдегідом, використовується для приготування гідрогелів. Хімічна модифікація алергенів для використання в імунотерапії часто досягається шляхом карбамоїлування ціанатом калію.
Пептид чи його варіант, де пептид є модифікованим або включає непептидні зв'язки, є переважним втіленням цього винаходу. Загалом, пептиди і їх варіанти (принаймні такі, що містять пептидні зв'язки між амінокислотними залишками) можуть бути синтезовані Етос- поліамідним методом твердофазного синтезу пептидів, як це розкрито у роботі І иКазх і співавт. (І иКаз еї аї., 1981) і в посиланнях, що є в ній. Тимчасовий захист М-аміногрупи забезпечується 9-флуоренілметилоксикарбонільною (Етос) групою. Повторювальне розщеплення цієї дуже нестійкої до дії луг захисної групи виконується за допомогою 2095 піперидину у М,М- диметилформаміді. Можна захистити функціональні групи бокових ланцюгів, такі як бутилові
Зо етери (у випадку серину, треоніну та тирозину), бутилові естери (у випадку глутамінової кислоти і аспарагінової кислоти), бутилоксикарбонільне похідне (у випадку лізину і гістидину), тритильне похідне (у випадку цистеїну) і 4-метокси-2,3,6-триметилбензосульфонільне похідне (у випадку аргініну). У сполуках, в яких С-термінальними залишками є глутамін або аспарагін, для захисту амідогруп бокових ланцюгів використовують 4,4"-диметоксибензгідрильну групу. Основою твердофазного носія є полідиметилакриламідний полімер, що складається з трьох мономерів: диметилакриламіду (каркасний мономер), біс-акрилоїлетилендіаміну (компонент для перехресного зшивання) і акрилоїлсаркозинметилового естеру (функціоналізуючий агент). Як агент, що утворює зв'язок пептиду і смоли, який піддається розщепленню, використовується нестійке до дії кислот похідне 4-гідроксиметилфеноксиоцтової кислоти. Всі амінокислотні похідні додають у вигляді заздалегідь синтезованих симетричних ангідридних похідних за винятком аспарагіну і глутаміну, які додають з використанням зворотної М,М-дициклогексилкарбодіїмід/1 - гідроксибезотриазол-опосередкованої реакції сполучення. Усі реакції сполучення і зняття захисту відслідковували за допомогою методів контролю з використанням нінгідрину, тринітробензолсульфонової кислоти і ізотину. Після завершення синтезу пептиди віддеплюють від смоли-носія з супутнім видаленням захисних груп бокових ланцюгів шляхом обробки 9595 трифтороцтовою кислотою, що містить 5095 суміші поглиначів. Зазвичай використовувані поглиначі включають етандитіол, фенол, анізол і воду, конкретний вибір залежить від амінокислотних складових пептиду, що синтезується. Для синтезу пептидів можливе також використання комбінації твердофазних і рідкофазних методик (див., наприклад, (ВгисКаопег єї а!., 2004) і посилання, наведені в цій роботі).
Трифтороцтову кислоту видаляють випаровуванням у вакуумі з подальшим подрібнюванням із діетиловим етером, що забезпечує отримання сирого пептиду. Будь-які поглиначі, які присутні в матеріалі, видаляються простою процедурою екстракції, яка після ліофілізації водної фази дозволяє отримати сирий пептид, вільний від поглиначів. Реагенти для синтезу пептидів, як правило, можна придбати, наприклад, у компанії СаІріоспет-Момабріоспет (Нотінггем, Велика
Британія).
Очищення може виконуватися за допомогою одного будь-якого методу або їх комбінації, таких як перекристалізація, ексклюзійна хроматографія, іонообмінна хроматографія, хроматографія гідрофобної взаємодії та (зазвичай) зворотно-фазна високоефективна рідинна хроматографія із градієнтним розділенням, наприклад, з використанням системи ацетонітрил/вода.
Аналіз пептидів може виконуватися за допомогою тонкошарової хроматографії, електрофорезу, зокрема, капілярного електрофорезу, твердофазної екстракції (ТФЕ), зворотно- фазної високоефективної рідинної хроматографії, амінокислотного аналізу після кислотного гідролізу та мас-спектрометрії із бомбардуванням прискореними атомами (ЕАВ), а також мас- спектрометричного аналізу МАО та Е5БІ-О-ТОБЕ.
Щоб вибрати надмірно презентовані пептиди, розраховується профіль презентації, який дозволяє оцінити медіану презентації у зразку, а також варіацію повторних вимірювань.
Профіль зіставляє зразки пухлини, що вивчається, з фоновим рівнем зразків нормальних тканин. Кожний із цих профілів можна потім консолідувати у показник надмірної презентації, підрахувавши р-значення за допомогою лінійної моделі змішаних ефектів (Ріпнеїго еїаї.,2015), з поправкою на багаторазове тестування за методом аналізу долі хибно-позитивних ідентифікацій (Вепіатіпі апа Носпбрега, 1995) (порівняйте з Прикладом 1).
З метою ідентифікації і відносного кількісного визначення НІ А-лігандів методом мас- спектрометрії молекули НІГ А зразків тканин після шокової заморозки були очищені, і були виділені пептиди, що зв'язуються з молекулами НГА. Оскільки пептиди, отримані із простат- специфічних антигенів, можна ідентифікувати у будь-якій тканині передміхурової залози, незалежно від доброякісного або злоякісного статусу тканини, крім зразків раку передміхурової залози були також проаналізовані зразки доброякісної гіперплазії передміхурової залози з метою ідентифікації пептидів, які кодуються простат-специфічними антигенами. Виділені пептиди були розділені, а їх послідовності були ідентифіковані методом рідинної хроматографії і мас-спектрометрії (РХ-МС) у режимі реального часу з іонізацією у наноелектроспреї. Отримані пептидні послідовності були перевірені порівнянням шаблону фрагментації природних ТОМАР, записаного для зразків раку передміхурової залози (М - 34 А"02-позитивних зразки і М- 37 А"24-позитивних зразки), а також для додаткових зразків доброякісної "гіперплазії передміхурової залози (М - 10 А"02-позитивних зразків і М - З А"24-позитивних зразки) із шаблонами фрагментації відповідних синтетичних контрольних пептидів із ідентичними послідовностями. Оскільки було безпосередньо виявлено, що пептиди є лігандами молекул НІ А
Зо пухлинної тканини, ці результати надали прямі докази природного процесингу і презентації ідентифікованих пептидів на пухлинних тканинах, отриманих від 70 пацієнтів із пухлинами передміхурової залози.
Патентовані інформаційні канали з наукової розробки ХРЕЕБЗІОЕМТЄФ м2.1 (див., наприклад, заявку США 2013-0096016, яка таким чином включена в цей документ шляхом посилання в усій повноті) дозволяють ідентифікувати і виділяти відповідні кандидати у вакцини на базі надмірно презентованих пептидів, застосовуючи метод прямого відносного кількісного визначення рівнів
НІГ А-рестриктованих пептидів на ракових тканинах у порівнянні з декількома різними нераковими тканинами і органами. Цього вдалося досягти за рахунок розробки методу диференційного кількісного визначення на основі даних РХ-МС без використання ізотопної мітки, що були оброблені патентованими інформаційними каналами аналізу даних, в яких об'єднані алгоритми для ідентифікації послідовностей, спектральної кластеризації, підрахунку іонів, вирівнювання часу утримання, деконволюції за зарядовими станами і нормалізації.
Були встановлені рівні презентації, включаючи оцінку похибок для кожного пептиду і зразка.
Були ідентифіковані пептиди, що презентуються виключно на пухлинних тканинах, і пептиди, надмірно презентовані на пухлинних тканинах у порівнянні з нераковими тканинами і органами.
Комплекси НІ А-пептид, отримані із зразків тканин раку передміхурової залози, були очищені, і пептиди, зв'язані з молекулами НІ А, були виділені і проаналізовані методом РХ-МС (див. приклади). Усі ТОМАР, включені у цю заявку, були за допомогою цього підходу ідентифіковані на зразках пухлин передміхурової залози, що підтвердило факт їх презентації на пухлинах передміхурової залози.
Ідентифіковані на тканинах багатьох пухлин раку передміхурової залози, гіперплазії передміхурової залози і на нормальних тканинах ТОМАР були кількісно визначені методом РХ-
МС без застосування ізотопних міток з реєстрацією спектрів у режимі підрахунку іонів. Цей метод базується на припущенні, що площі піків РХ-МС пептиду корелюють з його кількістю у зразку. Усі сигнали, які залежать від кількості пептиду, у різних експериментах за методом РхХ-
МС, були нормалізовані на основі середніх значень, усереднені по зразках і злиті у гістограму, що має назву профілю презентації. Профіль презентації об'єднує дані різних методів аналізу, таких як пошук по базах даних для білків, спектральної кластеризації, деконволюції за зарядовими станами (розрядження) і вирівнювання часу утримання і нормалізації.
Крім того, патентовані інформаційні канали з наукової розробки ХРКЕБІОЕМТФ м2.х дозволяють провести пряме визначення абсолютних значень рівнів МНО-, переважно НІА- рестриктованих пептидів на ракових та інших інфікованих тканинах Стисло, загальне число клітин було розраховано з сумарного вмісту ДНК у зразку тканини, яку аналізують. Загальну кількість пептиду для ТШОМАР у зразку тканини вимірювали методом наноРхХ-МС/МС як співвідношення природного ТОМАР і відомої кількості версії ТОМАР із міченням ізотопом, так званим внутрішнім стандартом. Ефективність виділення ТОМАР була визначена методом введення стандартних добавок комплексів пептид-МНО всіх вибраних ТОМАР до тканинного лізату у найранішій можливій точці процедури виділення ТОМАР ї визначенням методом наноРхХ-МС/МС, після чого відбувалося закінчення процедури виділення пептидів. Загальне число клітин їі загальна кількість пептиду були розраховані з результатів трьеох паралельних вимірювань на кожний зразок тканини. Ефективності виділення конкретних пептидів розраховували як середнє 10 дослідів введення стандартних добавок, кожну у трьох паралельних вимірюваннях (див. Приклад 6).
Предметом цього винаходу є пептиди для лікування раку та інших пухлин, переважно раку передміхурової залози, які надмірно чи виключно презентують пептиди за цим винаходом. Ці пептиди, за даними мас-спектрометрії, презентуються природно молекулами НІ А на зразках раку передміхурової залози людини.
Багато вихідних генів/білків (які також визначаються як "повнорозмірний білок" або "базовий білок"), із яких отримані пептиди, як було показано, відзначаються високою надекспресією у пухлині у порівнянні з нормальними тканинами - "нормальні тканини" у контексті даного винаходу означає клітини нормальних непростатичних тканин, що свідчить про високий ступінь зв'язку пухлин із вихідними генами (див. Приклад 2). Більш того, самі пептиди дуже надмірно презентуються на тканинах пухлини - "пухлинні тканини" у контексті даного винаходу означає зразок від пацієнта, що страждає на пухлину передміхурової залози, але не на нормальних тканинах (див. Приклад 1).
Зв'язані з НГА пептиди можуть розпізнаватися імунною системою, а саме Т-лімфоцитами. Т- клітини можуть руйнувати клітини, що презентують розпізнаний комплекс НіА/пептид, наприклад, клітини пухлини передміхурової залози, що презентують отримані пептиди.
Було показано, що пептиди за цим винаходом здатні стимулювати відповідь Т-клітин і (або) надмірно презентуються, і, таким чином, можуть використовуватися для отримання антитіл і (або) ТКР, таких як розчинні ТКР, за цим винаходом (див. Приклад 3, Приклад 4). Більш того, пептиди, якщо вони утворюють комплекси з відповідними молекулами МНС, також можуть використовуватися для продукції антитіл і (або) ТКР, особливо рТІКР за цим винаходом.
Відповідні способи добре відомі фахівцю у цій галузі, і їх описи можна знайти також у відповідній літературі. Отже, пептиди за цим винаходом можуть використовуватись для генерації імунної відповіді організму пацієнта, завдяки чому клітини пухлини можуть бути зруйновані. Імунна відповідь організму пацієнта може індукуватися прямим введенням пацієнту описаних пептидів або відповідних прекурсорних речовин (наприклад, подовжених пептидів, білків або нуклеїнових кислот, які кодують ці пептиди), ідеально в комбінації з агентом, що підвищує імунну реакцію (тобто ад'ювантом). Можна очікувати, що імунна відповідь, що виникає в результаті такої терапевтичної вакцинації, є високо специфічною по відношенню до клітин пухлини, оскільки цільові пептиди за цим винаходом не є присутніми на нормальних непростатичних тканинах у достатній кількості копій, що попереджає ризик небажаних аутоїмунних реакцій проти нормальних клітин в організмі пацієнта. Простат-специфічні антигени можуть виявитися хорошим вибором для імунотерапії раку передміхурової залози, оскільки простат-специфічні антигени являють собою пухлино-специфічні мішені у пацієнтів після простатектомії. У хворого на рак передміхурової залози пацієнта, який не пройшов простатектомію, такі антигени також можуть становити інтерес, оскільки передміхурова залоза не вважається життєво важливим органом.
Цей винахід також стосується Т-клітинних рецепторів (ТКР), що містять альфа- ланцюг і бета-ланцюг ("альфа/бета ТКР")М. Предметом цього винаходу також є пептиди, здатні зв'язуватися з ТКР і антитілами, якщо вони презентуються молекулою МНС. Цей опис стосується також нуклеїнових кислот, векторів і клітин-хазяїв для експресії ТКР і пептидів за цим описом і способів їх використання.
Термін "Т-клітинний рецептор" (скорочено ТКР) означає гетеродимерну молекулу, що містить альфа-поліпептидний ланцюг (альфа-ланцюг) і бета-поліпептидний ланцюг (бета- ланцюг), де гетеродимерний рецептор здатний зв'язуватися з пептидним антигеном, що презентується молекулою НГ А. Цей термін також охоплює так звані гамма/дельта ТКР.
В одному з втілень пропонується спосіб отримання ТКР, як описано у цьому документі, де згаданий спосіб включає культивування клітини-хазяїна, здатної експресувати ТКР за умов, прийнятних для сприяння експресії цих ТКР.
Цей винахід в іншому аспекті стосується способів за цим описом, де антиген навантажують на молекули МНС І або І класу, що експресуються на поверхні відповідної антиген- презентуючої клітини або штучної антиген-презентуючої клітини шляхом контакту достатньої кількості антигену з антиген-презентуючою клітиною або антиген навантажують на тетрамери
МНЄ І або ІІ класу шляхом тетрамеризації мономерних комплексів антиген/МнНе І або ЇІ класу.
Альфа- і бета-ланцюги альфа/бета ТКР і гамма- і дельта-ланцюги гамма/дельта ТКР взагалі вважаються як такі, кожний із яких має два "домени", а саме варіабельні і константні домени.
Варіабельний домен складається з послідовно розташованих варіабельного сегменту (М) і з'єднувального сегменту ()). Варіабельний домен може також включати лідерний сегмент (І).
Бета- і дельта-ланцюги можуть також включати ЮО-сегмент. Альфа- і бета- константні домени можуть також містити С-кінцеві трансмембранні (ТМ) домени, які заякорюють альфа- і бета- ланцюги на клітинній мембрані.
Що стосується гамма/дельта ТКР, термін "гамма-варіабельний домен ТКР" у тому вигляді, в якому він використовується тут, означає зчеплення сегменту гамма М ТКР (ТКОМ) без лідерного сегменту (І) і сегменту ТКР гамма У (ТКС)), а термін "константний домен ТКР гамма" означає позаклітинний сегмент ТКОС або С-кінцеву усічену послідовність ТКОС. Подібним чином, термін "дельта-варіабельний домен ТКР" означає зчеплення сегменту ТКР дельта М (ТЕОУ) без лідерного сегменту (І) і сегменту ТКР дельта 0/) (ТКООС/ТКО))), а термін "константний домен
ТКР дельта" означає позаклітинний сегмент ТКОС або С-кінцеву усічену послідовність ТКОС.
ТКР за цим описом переважно з'єднуються з комплексом пептид за цим винаходом- молекула НГА зі спорідненістю (КО) приблизно 100 мкМ або менше, приблизно 50 мкМ або менше, приблизно 25 мкМ або менше, або приблизно 10 мкМ або менше. Більш переважними є високоафінні ТКР, які мають спорідненості приблизно 1 мкМ або менше, приблизно 100 нМ або менше, приблизно 50 НМ або менше, приблизно 25 нМ або менше. Приклади, що не мають обмежувального характеру, переважних діапазонів спорідненості для ТКР за цим винаходом включають від приблизно 1 нМ до приблизно 10 нМ, від приблизно 10 нМ до приблизно 20 нМ,
Ко) від приблизно 20 НМ до приблизно 30 НМ, від приблизно 30 НМ до приблизно 40 НМ, від приблизно 40 нМ до приблизно 50 нМ, від приблизно 50 нМ до приблизно 60 нМ, від приблизно 60 НМ до приблизно 70 нМ, від приблизно 70 нМ до приблизно 80 нМ, від приблизно 80 нМ до приблизно 90 нМ, від приблизно 90 нМ до приблизно 100 нМ.
В тому виді, в якому він використовується тут, у зв'язку з ТКР за цим винаходом, "специфічне зв'язування" та його граматичні варіанти використовуються для позначення ТКР, що має спорідненість (КО) для комплексу "пептид за винаходом-молекула НІ А" 100 мкМ або менше.
Альфа/бета гетеродимерні ТКР за цим винаходом можуть мати введені дисульфідні зв'язки між їх константними доменами. Переважними ТКР цього типу включають такі, що мають послідовність константних доменів ТКАС і послідовність константних доменів ТЕВСІ або
ТКВС2, за винятком того, що Тпг 48 послідовності ТЕАС і бег 57 послідовності ТКВСІ1 або
ТКВС2 заміщені залишками цистеїну, причому згадані цистеїни утворюють дисульфідний зв'язок між послідовністю константних доменів ТКАС і послідовністю константних доменів
ТАВСІ1 або ТКВС2 Т-клітинного рецептору.
З введеним згаданим вище міжланцюговим зв'язком або без нього, альфа/бета гетеродимерні ТКР за цим винаходом можуть мати послідовність константних доменів ТКАС і послідовність константних доменів ТЕВСІ або ТЕВС2, а послідовність константних доменів
ТКАС і послідовність константних доменів ТЕВСІ або ТКВС2 Т-клітинного рецептору можуть бути з'єднані природним дисульфідним зв'язком між Субз4 екзону 2 у ТКАС ії Суз2 екзону 2 у
ТЕВС1 або ТКВС2.
ТКР за цим описом можуть включати детектовану мітку, вибрану з групи, що складається з радіонукліду, флуорофору і біотину. ТКР за цим описом можуть бути кон'юговані з терапевтично активною речовиною, такою як радіонуклід, хіміотерапевтичний препарат або токсин.
У одному втіленні ТКР за цим винаходом, що має принаймні одну мутацію в альфа-ланцюгу і (або) має принаймні одну мутацію у бета-ланцюгу, має модифіковане глікозилювання у порівнянні з немутованим ТКР.
У одному втіленні ТКР, що містить принаймні одну мутацію в альфа-ланцюгу і (або) у бета- ланцюгу ТКР має спорідненість до і (або) напівперіод зв'язування з комплексом "пептид за винаходом-молекула НГ А", які принаймні вдвічі вище таких для ТКР, що містить немутований бо альфа-ланцюг ТКР і (або) немутований бета-ланцюг ТКР. Підсилення афінності пухлино-
специфічних ТКР та її застосування грунтується на існуванні "вікна" для оптимальної афінності
ТКР. Існування такого вікна базується на спостереженнях, що ТКР, специфічні до патогенів, рестриктованих за молекулами НГА-А2, мають значення КО, які, як правило, приблизно у 10 разів нижчі, якщо їх порівняти з ТКР, специфічних до "своїх" власних антигенів (аутоантигенів), рестриктованих за молекулами НІГА-А2. Зараз відомо, що хоча пухлинні антигени мають потенціал ставати імуногенними, оскільки пухлини виникають із власних клітин індивідуума, тільки мутовані білки або білки зі зміненою трансляційною модифікацією будуть сприйматися імунною системою як чужорідні. Антигени, які мають підвищену активність або надмірно експресуються (так звані аутоантигени), зовсім необов'язково викликають функціональну імунну відповідь на пухлину. Т-клітини, що експресують ТКР, які є високореактивними по відношенню до цих антигенів, будуть піддаватися негативному відбору у тимусі у процесі, відомому як центральна толерантність, що означає, що залишаться лише Т-клітини з низькоафінними ТКР до аутоантигенів. Таким чином, афінність ТКР або їх варіантів за цим описом до пептидів за цим винаходом можна підвищити методами, добре відомими фахівцям у цій галузі.
Цей винахід також стосується способу ідентифікації і виділення ТКР відповідно до цього опису, причому згаданий спосіб включає інкубування МКПК, отриманих у НІ А-А"02-негативних здорових донорів, із А2г/мономерами пептидів за цим винаходом, інкубування МКПК з тетрамер- фікоеритрином (ФЕ) і виділення високоавідних Т-клітин методом флуоресцентного сортування клітин на аналізаторі ЕАС5 Саїїриг.
Цей винахід також стосується способу ідентифікації і виділення ТКР відповідно до цього опису, де згаданий спосіб включає отримання трансгенної миші з цілими локусами генів людини
ТКРОбВ (1,1 ї 0,7 п. н.), Т-клітини якої експресують широкий спектр ТКР людини, які компенсують дефіцит ТКР у миші, імунізацію миші НАМСК1-001, інкубування МКПК, отриманих від трансгенної миші, з тетрамер-фікоеритрином (ФЕ) і виділення високоавідних Т-клітин методом флуоресцентного сортування клітин на аналізаторі ЕАС5 Саїїриг.
Згідно з одним аспектом винаходу, для отримання Т-клітин, що експресують ТКР за цим винаходом, нуклеїнові кислоти, які кодують ТКР-альфа і (або) ТКР-бета ланцюги за цим винаходом, клонують у вектори експресії, такі як гамма-ретровірус або лентівірус. Рекомбінантні віруси отримують, а потім перевіряють на функціональність, таку як специфічність до антигену і
Зо функціональну авідність. Аліквоту кінцевого продукту після цього використовують для трансдукції цільової популяції Т-клітин (як правило очищених від МКПК пацієнта), яку культивують перед введенням пацієнту.
У іншому аспекті, з метою отримання Т-клітин, які експресують ТКР за цим описом, синтезують РНК ТКР за методиками, відомими фахівцям у цій галузі, наприклад, використанням систем транскрипції іп міго. Синтезовані іп міго РНК ТКР потім вводять у первинні СОв'ж Т- клітини, отримані від здорових донорів електропорацією для повторної експресії альфа- і (або) бета-ланцюгів ТКР, специфічних для пухлини.
З метою підвищення рівня експресії нуклеїнові кислоти, що кодують ТКР за цим описом, можна функційно зв'язати із сильними промоторами, такими як довгі кінцеві повтори ретровірусу (ІТК), цитомегаловірусу (СММ), вірусу стовбурових клітин мишей (МЗСМ) ОЗ, фосфогліцераткіназа (РОК), бета-актин, убіквітин і композиційний промотор мавпячого вірусу 40 (5М40)/2043, фактор елонгації (ЕБ)-їа і промотор вірусу некрозу селезінки (ЗЕЕМ). У переважному втілення промотор є гетерологічним по відношенню до нуклеїнової кислоти, що експресується.
На додаток до сильних промоторів, касети експресії ТКР за цим описом можуть містити додаткові елементи, які можуть посилити трансгенну експресію, включаючи центральний поліпуриновий тракт (СРРТ), який сприяє ядерній транслокації лентівірусних конструкцій (Боїеплі і співавт., 2000), посттранскрипційний регуляторний елемент вірусу гепатиту Вучук американських байбаків (мРЕКЕ), який підвищує рівень трансгенної експресії шляхом підвищення стабільності РНК (7ийегеу і співавт., 1999).
Альфа- і бета-ланцюги ТКР за цим винаходом можуть кодуватися нуклеїновими кислотами, розташованими у різних векторах, або кодуватися полінуклеотидами, розташованими у одному і тому ж векторі.
Щоб досягти високого рівня поверхневої експресії ТКР, необхідно, щоб як альфа-, так і бета- ланцюги ТКР введеного ТКР транскрибувалися на високому рівні. Щоб досягти цього, альфа- і бета-ланцюги ТКР за цим описом можуть бути клоновані у біцистронні конструкції в одному векторі, які, як було показано, здатні подолати цю перешкоду. Використання ділянки внутрішньої посадки рибосоми вірусу (ІКЕ5) між альфа- і бета-ланцюгами ТКР приводить до координованої експресії обох ланцюгів, оскільки альфа- і бета-ланцюги ТКР утворюються з
Зо одного транскрипту, який розділяється на два білки в ході трансляції, забезпечуючи утворення рівних молярних співвідношень альфа- і бета-ланцюгів ТКР (5сптій і співавт. 2009).
Нуклеїнові кислоти, що кодують ТКР за цим описом, можуть бути кодон-оптимізовані для підвищення рівня експресії клітиною-хазяїном. Надмірність генетичного коду дозволяє деяким кислотам кодуватися більш ніж одним кодоном, але певні кодони є менш "оптимальними" ніж інші внаслідок відносній наявності відповідних РНК, а також інших факторів (сСивіаїв55оп і співавт., 2004). Як було показано, модифікація послідовностей генів альфа- і бета-ланцюгів ТКР таким чином, щоб кожна амінокислота кодувалася оптимальним кодоном для експресії генів у ссавців, а також видалення мотивів нестабільності ІРНК або прихованих сайтів сплайсингу, значно підвищує експресію генів альфа- і бета-ланцюгів ТКР (5спогКеп і співавт., 2006).
Крім того, порушення парування між введеними і ендогенними ланцюгами ТКР може привести до набуття таких видів специфічності, які становлять значний ризик для аутоіїмунності.
Наприклад, утворення суміші димерів ТКР може знизити кількість молекул СОЗ, що доступні для утворення належнім чином спарених комплексів ТКР, і у такий спосіб може значно зменшити функціональну авідність клітин, які експресують введені ТКР (Киваї! і співавт., 2007).
Для зменшення порушень парування, С-кінцевий домен ланцюгів введеного ТКР за цим описом можна модифікувати, щоб підвищити взаємодію між ланцюгами, у той же час зменшити здатність введених ланцюгів утворювати пари з ендогенним ТКР. Ці підходи можуть включати заміну С-кінцевих доменів альфа- і бета-ланцюгів ТКР їх мишачими двійниками (наближений до мишачого С-кінцевий домен), утворюючи другий міжланцюговий дисульфідний зв'язок у С- кінцевому домені шляхом введення другого залишку цистеїну як у альфа-ланцюги ТКР, такі у бета-ланцюги ТКР введеного ТКР (цистеїнова модифікація); перестановка взаємодіючих залишків С-кінцевих доменів альфа- і бета-ланцюгів ТКР ("виступ-у-западину"); і злиття варіабельних доменів альфа- і бета-ланцюгів ТКР безпосередньо з СОЗсС (злиття СОЗО) (Зсптій і співавт. 2009).
У одному втіленні клітина-хазяїн отримана методами генної інженерії з метою експресувати
ТКР за цим описом. У переважних втіленнях клітина-хазяїн є Т-клітиною людини або попередником Т-клітини людини. У деяких втіленнях Т-клітина або попередник Т-клітини отримані від хворого на рак пацієнта. У інших втіленнях Т-клітина або попередник Т-клітини
Зо отримані від здорового донора. Клітини-хазяї за цим описом можуть бути алогенними або аутологічними по відношенню до пацієнта, якого належить лікувати. У одному втіленні клітиною- хазяїном є гамма/дельта Т-клітина, трансформована для експресії альфа/бета ТКР. "Фармацевтична композиція" є переважно композицією, прийнятною для введення людині у медичній установі. Переважно, фармацевтична композиція є стерильною і виробляється відповідно до вимог належної виробничої практики (ЗМР).
Фармацевтичні композиції включають пептиди або у вільній формі, або у формі фармацевтично прийнятної солі (див. також вище). Термін "фармацевтично прийнятна сіль" в контексті цього винаходу означає похідну сполуку розкритих пептидів, в якій пептид модифікується шляхом створення кислої чи основної солі речовини. Наприклад, кислі солі готуються з вільної основи (як правило, де нейтральна форма лікарського засобу має нейтральну -МН2-групу), за участю реакції з прийнятною кислотою. Прийнятні кислоти для приготування кислих солей включають органічні кислоти, такі, наприклад, як оцтова кислота, пропіонова кислота, гліколева кислота, піровиноградна кислота, щавлева кислота, яблучна кислота, малонова кислота, бурштинова кислота, малеїнова кислота, фумарова кислота, винна кислота, лимонна кислота, бензойна кислота, корична кислота, мигдальна кислота, метансульфокислота, етансульфокислота, п-толуолсульфокислота, саліцилова кислота і т. ін., а також неорганічні кислоти, наприклад, соляна кислота, бромистоводнева кислота, сірчана кислота, азотна кислота, фосфорна кислота і т. ін. | навпаки, приготування основних солей кислотних компонентів, які можуть бути присутніми на пептиді, здійснюється з використанням фармацевтично прийнятної основи, такої як гідроксид натрію, гідроксид калію, гідроксид амонію, гідроксид кальцію, триметиламін і тому подібні.
В особливо переважному втіленні фармацевтичні композиції містять пептиди у вигляді солей оцтової кислоти (ацетати), трифторацетатів або солей соляної кислоти (хлориди).
Переважно, лікарський засіб за цим винаходом є імунотерапевтичним засобом, таким як вакцина. Вона може вводитися безпосередньо пацієнту, в уражений орган або системно в/ш, в/м, п/ш, в/ч і в/в, або вноситися ех мімо у клітини, отримані від пацієнта, чи у клітинну лінію людини, котрі згодом вводяться пацієнту, або використовуватись іп мйго для селекції субпопуляції з імунних клітин, які отримані від пацієнта і які потім знов вводяться йому. Якщо нуклеїнова кислота вводиться у клітини іп міго, тоді може бути корисним, щоби клітини були бо трансфекованими, щоби спільно експресувати імуностимулюючі цитокіни, наприклад,
інтерлейкін-2. Пептид може бути, по суті, чистим, або поєднаним з імуностимулюючим ад'ювантом (див. нижче), чи використовуватись в комбінації з імуностимулюючими цитокінами, або вводитися з належною системою доставки, наприклад, ліпосомами. Пептиди також можуть бути кон'юговані з належним носієм, таким як гемоціанін фісурели (КІН) або маннан (див. патентну заявку УМО 95/18145 та роботу (І опаєпескКег евї аї., 1993)). Пептид також може бути міченим або бути злитим білком чи гібридною молекулою. Очікується, що пептиди, послідовності яких наведені у цьому винаході, стимулюють СО4 або СО8 Т-клітини. Проте стимуляція СО8Т-клітин є більш ефективною за умови сприяння з боку СО4 Т-хелперних клітин.
Таким чином, для епітопів МНС І класу, які ссимулюють СО8 Т-клітини, партнер по злиттю або сегменти гібридної молекули принагідно постачають епітопи, які стимулюють СО4-позитивні Т- клітини. СО4- ії СО8-стимулюючі епітопи добре відомі фахівцям в цій галузі і включають епітопи, ідентифіковані в цьому винаході.
Згідно з одним аспектом винаходу, вакцина містить принаймні один пептид, який має амінокислотну послідовність від 5ЕО ІЮ МО:1 до 5ЕО ІЮО МО:48, і принаймні один додатковий пептид, переважно, від двох до 50, більш переважно, від двох до 25, ще більш переважно, від двох до 20, і найбільш переважно, два, три, чотири, п'ять, шість, сім, вісім, дев'ять, десять, одинадцять, дванадцять, тринадцять, чотирнадцять, п'ятнадцять, шістнадцять, сімнадцять або вісімнадцять пептидів. Пептид(и) може (можуть) бути виділений (виділені) з одного або більшої кількості специфічних ТАА ії може (можуть) зв'язатися з молекулами МНС І класу.
Згідно з ще одним аспектом винаходу пропонується нуклеїнова кислота (наприклад, полінуклеотид), що кодує пептид чи його варіант за винаходом. Полінуклеотид може бути, наприклад, ДНК, кКДНК, ПНК, СНК, РНК чи їх комбінацією, як одноланцюговою, так і (або) дволанцюговою, або природними чи стабілізованими формами полінуклеотидів, такими як, наприклад, полінуклеотиди з фосфоротіоатним скелетом; він може містити або не містити інтрони, за умови, що він кодує пептид. Звичайно, що тільки пептиди, що містять природно існуючі амінокислотні залишки, з'єднані природно існуючими пептидними зв'язками, можуть бути кодовані полінуклеотидом. Згідно з ще одним аспектом цього винаходу, пропонується вектор експресії, здатний експресувати поліпептид відповідно до винаходу.
Було розроблено багато способів зв'язування полінуклеотидів, особливо ДНК, з векторами, наприклад, за допомогою комплементарних липких кінців. Наприклад, можуть бути додані комплементарні гомополімерні хвости до сегменту ДНК, щоб бути вставленими у вектор ДНК.
Цей вектор і сегмент ДНК потім з'єднують водневим зв'язком між комплементарними гомополімерними хвостами з утворенням молекул рекомбінантної ДНК.
Синтетичні лінкери, що містять один або більше сайтів рестрикції, забезпечують альтернативний спосіб об'єднання фрагментів ДНК у вектори. Синтетичні лінкери, що містять різноманітні сайти впізнавання рестрикційних ендонуклеаз, комерційно доступні у декількох джерелах, включаючи компанію Іпіегпайопаї! Віотесппоіодіез Іпс., Нью Хейвен, Конектикут, США.
У бажаному методі модифікації ДНК, що кодує поліпептид за винаходом, використовується полімеразна ланцюгова реакція, як це розкрито у роботі ЗаїКкі РЕК і співавт. (ЗаїКі єї аї!., 1988).
Цей метод може використовуватися для введення цієї ДНК у відповідний вектор, наприклад, шляхом створення відповідних сайтів рестрикції, або його можна застосовувати для модифікації
ДНК у інший прийнятний спосіб, відомий фахівцеві у цій галузі. Якщо використовуються вірусні вектори, переважними є вектори на основі поксвірусу або аденовірусу.
Ця ДНК (або, у випадку ретровірусного вектора, РНК) може потім експресуватися у відповідному організмі-хазяїні, утворюючи поліпептид, що містить пептид або чи його варіант за винаходом. Таким чином, ДНК, яка кодує пептид чи його варіант за винаходом, може використовуватися відповідно до відомих методик, належним чином модифікованих виходячи з ідей, розкритих у цьому описі, для конструювання вектора експресії, який після цього використовується для трансформації відповідних клітин-хазяїв таким чином, щоб вони набули здатність експресувати і виробляти пептиди за винаходом. Ці методики включають такі, що розкриті, наприклад, у патентах США 4 440 859, 4530 901, 4582 800, 4 677 063, 4 678 751, 4 704 362, 4 710 463, 4 757 006,4 76607514 810 648.
Ця ДНК (або, у випадку ретровірусного вектора, РНК), яка кодує поліпептид, що є предметом цього винаходу, може бути з'єднана з широким спектром інших послідовностей ДНК для введення у відповідну клітину-хазяїна. Ця супутня ДНК буде залежати від природи хазяїна, способу представлення ДНК хазяїну, і від того, необхідне утримання в епісомальній чи інтегрованій формі.
Зазвичай ДНК вставляється у вектор експресії, такий як плазміда, у належній орієнтації і коректній рамці зчитування для експресії. Якщо необхідно, ДНК може бути зв'язаною з бо відповідними нуклеотидними послідовностями, що забезпечують координацію транскрипції і трансляції, що розпізнаються бажаним хазяїном, хоча такі контрольні елементи зазвичай містяться у векторі експресії. Вектор згодом вводиться хазяїну із використанням стандартних методик. Загалом, не всі хазяї трансформуються вектором. Отже, необхідно виділити трансформовані клітини-хазяї. Одна з методик виділення включає введення до складу вектора експресії такої послідовності ДНК із будь-якими необхідними контрольними елементами, яка кодує вибрану ознаку у трансформованій клітині, таку як резистентність до антибіотиків.
Як альтернатива, ген для такої вибраної ознаки може бути вбудованим в інший вектор, який використовується для спільної трансформації бажаної клітини-хазяїна.
Клітини-хазяї, які були трансформовані рекомбінантною РНК за винаходом, потім культивують протягом достатнього періоду часу у відповідних умовах, які відомі фахівцеві в цій галузі з точки зору ідей, розкритих тут, з метою дати можливість експресувати поліпептид, який потім може бути виділений.
Фахівцям відомі багато експресійних систем, включаючи бактерії (наприклад, Е. сої і Васійи5 5,иБій5), дріжджі (наприклад, Засспаготусеб5 сегемізіає), міцеліальні гриби (наприклад,
Азрегдійи5 5рес.), клітини рослин, тварин і комах. Переважно, система може бути клітинами ссавців, таких як клітини СНО, які комерційно доступні від Американської колекції типових культур АТСС.
Типова векторна плазміда клітин ссавців для конститутивної експресії включає вірус СММУ або опромотор 5М40 з відповідним поліаденільним хвостом роїу(А)-їай і маркером резистентності, таким є неоміцин. Одним із прикладів є рем, доступний від компанії Рпагтасіа,
Піскатеуей, Нью-Джерсі, США. Прикладом вектора індуцибельної експресії у ссавців є рРМ5О, також доступний від компанії Рпагтасіа. Корисними є плазмідні вектори дріжджів рК5403-406 і рАб413-416, які доступні від компанії б5ігаїадепе Сіопіпд Зубіетв5, Ла Джола, Каліфорнія 92037,
США. Плазміди рКк5403, рК5404, рїК5405 і рК5406 є дріжджовими інтегруючими плазмідами (Сир) і включають дріжджові селективні маркери НІЗЗ, ТКРІ1, ГЕЦО2 ї ОКАЗ. Плазміди рК5413- 416 є дріжджовими плазмідами з центромерами (Уср). Вектори на базі промотору СММ (наприклад, від компанії бідта-АїЇдгісй) забезпечують тимчасову або стабільну експресію, цитоплазматичну експресію або секрецію і М-термінальне або С-термінальне мічення для різних комбінацій РГАС, ЗХ АСь с-тус або МАТ. Ці злиті білки можна використовувати для
Зо виявлення, очищення і аналізу рекомбінантного білка. Злиття з використанням двох міток забезпечує гнучкість під час виявлення.
Сильна регуляторна область промотора цитомегаловірусу (СММ) людини підвищує рівні конститутивної експресії білка у клітинах лінії СО5 до таких високих значень, як 1 мг/л. У разі не таких активних ліній клітин рівні білка зазвичай становлять «0,1 мл/л. Присутність ділянки початку реплікації у фрагменті 5М40 приводить до високих рівнів реплікації ДНК у пермісивних клітинах СО5. Вектори СМУ, наприклад, можуть містити РМВ1 (похідне рВК322) ділянку початку реплікації у клітинах бактерій, ген бета-лактамази для вибору резистентності бактерій до ампіциліну, роїу(А) гормону росту людини і ділянку початку реплікації 7. Вектори, що містять лідерну послідовність препротрипсину (РРТ), можуть направляти секрецію злитих білків БІ АС в культуральному середовищі на очищення антитіл проти РІГ Ас, смол і планшетів. Інші вектори і експресійні системи також добре відомі у цій галузі для використанні у багатьох клітинах- хазяїнах.
В іншому втіленні два або більше пептидів або варіантів пептидів за винаходом кодуються і, отже, експресуються послідовно (подібно до конструкцій "вузли на мотузці"). При цьому пептиди або варіанти пептидів можуть бути зв'язані або злиті одне з одним фрагментами лінкерних амінокислотних послідовностей,такими, наприклад, які її, або можуть зв'язатися без будь- яких додаткових пептидів між ними. Ці конструкції можуть також застосовуватися для терапії раку і можуть індукувати імунну відповідь за участі як молекул МНС І класу, так і МНЄО ІІ класу.
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна, трансформованої полінуклеотидною векторною конструкцією за винаходом. Клітина-хазяїн може бути або прокаріотичною, або еукаріотичною. Бактеріальні клітини можуть бути переважно прокаріотичними клітинами- хазяїнами у деяких обставинах, а зазвичай це штам Е. соїї, такий як, наприклад, штам ОН5 Е. соїї, доступний від компанії Ве(пезаа Кезеагсі І арогайгіє5 Іпс., Бетесда, Меріленд, США, і ЕК, доступний від Американської колекції типових культур АТСС, Роквіл, Меріленд, США (Номер
АТСС 31343). Переважні еукаріотичні клітини-хазяї включають клітини дріжджів, комах і ссавців, переважно клітини хребетних, такі як лінії фібробластних клітин і клітин товстої кишки від мишей, пацюків, мавп або людини. Дріжджові клітини-хазяї включають УРІН499, УРН5БОО і
УРН5БОЇ, які зазвичай доступні від компанії Зігаїадепе Сіопіпд Зузіет5, Ла Джола, 92037,
Каліфорнія, США. Переважні клітини-хазяї ссавців включають клітини яєчника китайського бо хом'яка (СНО), доступні як штам АТСС ССІ61, клітини ембріонів швейцарської миші штаму
МІН/ЗТЗ, доступні з колекції АТСС СК. 1658, клітини СО5-1 з нирок мавп, доступні з колекції
АТС СНІ 1650 і клітини 293 нирок ембріонів людини. Переважними клітинами комах є клітини 519, що можуть бути трансфековані векторами експресії бациловірусу. Огляд публікацій щодо вибору відповідних клітин-хазяїв для експресії можна знайти, наприклад, у підручнику: Раціїпа
Варах апа Агодеїїа І огепсе "Меїподз іп МоїІесшаг Віоіоду Кесотріпапі Сепе Ехргезвіоп, Кеміем5 апа Ргоїосо!5," Рагі Опе, Зесопа Еайіоп, ІЗВМ 978-1-58829-262-9, і інших літературних джерелах, відомих фахівцю у цій галузі.
Трансформація відповідних клітин-хазяїв за допомогою ДНК-конструкції за цим винаходом здійснюється добре відомими методами, вибір яких, як правило, залежить від типу вектора, що використовується. Щодо трансформації прокаріотичних клітин-хазяїв див., наприклад, Сопеп і співавт. (СоНеп еї аї!., 1972) і (Стеєп апа Затьгоок, 2012). Трансформація дріжджових клітин описана в роботі Зпегпгтап і співавт. (Зпептап еї а!., 1986) Метод Ведоз (Ведов, 1978) також є корисним. Щодо клітин хребетних, реагенти, придатні для трансфекції таких клітин, наприклад, фосфат кальцію і ДЕАЕ-декстран або ліпосомні препарати, доступні від компанії Зігаїадепе
СіІопіпд Зузтетв, або І їе Тесппоїодієз Іпс., Гейтерсберг, Меріленд 20877, США. Електропорація також придатна для трансформації і (або) трансфекції клітин і відома в цій галузі як метод трансформації клітин дріжджів, клітин бактерій, клітин комах і клітин хребетних.
Успішно трансформовані клітини, наприклад, клітини, що містять ДНК-конструкцію за цим винаходом, можуть бути ідентифіковані добре відомими методами, такими як ПлР.
Альтернативно, присутність білка у супернатанті можна виявити за допомогою антитіл.
Зрозуміло, що певні клітини-хазяї за винаходом здатні синтезувати пептиди за винаходом, наприклад, клітини бактерій, дріжджів і комах. Проте в певних терапевтичних методах можуть використовуватися інші клітини-хазяї. Наприклад, антиген-презентуючі клітини, такі як дендритні клітини, можуть принагідно використовуватися, щоби експресувати пептиди за винаходом, які можуть бути навантажені на відповідні молекули МНС. Отже, цей винахід також стосується клітини-хазяїна, що містить нуклеїнову кислоту або вектор експресії за цим винаходом.
У переважному втіленні клітина-хазяїн є антиген-презентуючою клітиною, зокрема дендритною клітиною або антиген-презентуючою клітиною. Управління з контролю за харчовими продуктами та лікарськими засобами (ЕСА) США 29 квітня 2010 року схвалило
Зо застосування АПК, навантажених рекомбінантним злитим білком, що містить простатичну кислу фосфатазу (РАР), для лікування метастатичного НКРС (гормон-рефрактерного раку передміхурової залози), що протікає безсимптомно або з мінімально вираженими симптомами (сіпулейцел-Т) (Віпі єї а!., 2006; Зтаї! єї а!., 2006).
Згідно з ще одним аспектом винаходу пропонується спосіб отримання пептиду або його варіанту, причому спосіб включає культивування клітини-хазяїна і виділення пептиду з клітини- хазяїна або її культурального середовища.
В іншому втіленні пептид, нуклеїнова кислота або вектор експресії за винаходом застосовуються у медицині. Наприклад, пептид або його варіант може бути приготований для внутрішньовенного (в/в) введення, підшкірного (п/ш) введення, внутрішньошкірного (в/ш) введення, внутрішньочеревного (в/ч) введення, внутрішньом'язового (в/м) введення. Переважні способи введення пептиду - це п/ш, в/ш, в/ч, в/м і в/в. Переважними способами введення ДНК є в/ш, в/м, п/ш, в /ч і в/в. Можуть вводитись дози від 50 мкг до 1,5 мг, переважно від 125 мкг до 500 мкг пептиду або ДНК залежно від відповідного пептиду чи ДНК. Дози в цьому діапазоні успішно використовувались в попередніх дослідженнях (УМаїег еї аї., 2012).
Полінуклеотид, що застосовується для активної вакцинації, може бути по суті чистим або включеним в належний вектор чи в систему доставки. Нуклеїнова кислота може бути, наприклад, ДНК, кКДНК, ПНК, РНК чи їхньою комбінацією. Методи конструювання і введення такої нуклеїнової кислоти добре відомі фахівцям в цій галузі. Їх огляд наведений, наприклад, у роботі Тешеї! і співавт. (Тешєї єї аІ., 2005). Полінуклеотидні вакцини легко приготувати, але механізм дії цих векторів у виникненні імунної відповіді повністю не з'ясований. Прийнятні векторні системи і системи доставки включають вірусну ДНК і (або) РНК, такі як системи на базі аденовірусу, вірусу коров'ячої віспи, ретровірусу, вірусу герпесу, аденоасоційованого вірусу або гібридів, що містять елементи більш ніж одного вірусу. Невірусні системи доставки включають катіонні ліпіди та катіонні полімери, добре відомі в галузі засобів доставки ДНК. Також може використовуватись фізична доставка, наприклад, за допомогою "генної гармати". Пептид або пептиди, що кодуються нуклеїновою кислотою, може (можуть) бути злитим білком, наприклад, з епітопом, що стимулює Т-клітини щодо відповідних протилежних СОК, як відзначається вище.
Лікарський засіб за винаходом може також включати один або більше ад'ювантів. Ад'юванти є речовинами, які у неспецифічний спосіб підвищують або підсилюють імунну відповідь бо (наприклад, імунну відповідь на антиген, яку опосередкують СО8-позитивні Т-клітини і Т-
хелпери (ТН), і, отже, можуть вважатися корисними для використання у лікарському засобі за винаходом. Відповідні адюванти включають, але не обмежуються ними, 1018 І55, солі алюмінію, АМРІЇМАХФ, А5Б15, ВСО, СР-870,893, Сро7909, Суадх, аз ІМ, флагелін чи ліганди
ТІК5, які походять з флагеліну, ліганд ЕГТ3, ЗМ-С5Е, ІСЗО, ІСЗ1, іміквімод (АГОАКАФ), резиквімод, ІтигРасі ІМР321, інтерлейкіни, такі як ІЛ-2, ІЛ-13, ІЛ-21, інтерферон-альфа чи -бета, або їхні пегільовані похідні, ІЗ Раїсі, І55, ІЗСОМАТЕКЇХ, імуностимулюючі комплекси ІЗСОМ,
УиміттипеФф, ГіромМас, МАГР2, МЕ59, монофосфориловий ліпід А, монтанід ІМ5 1312, монтанід
ІБА 206, монтанід І5А 50УМ, монтанід ІЗА-51, емульсії "вода у маслі" та "масло у воді", ОК-432,
ОМ-174, ОМ-197-МР-ЕС, ОМТАК, О5рА, векторну систему Рертеїб, мікрочастинки на основі полілактиду когліколіду |РГС| та декстрану, талактоферин, 5КІ 172, віросоми та інші вірусоподібні частинки, УЕ-17О0, МЕСЕ ігар, К848, бета-глюкан, Ратз3Сув, стимулон 0521 Адпиіїа, який виділяється з сапоніну, мікобактеріальні екстракти та синтетичні імітатори стінок бактеріальних клітин, а також інші патентовані ад'юванти, наприклад, Оейох компанії Кірі, ОціїЇ чи зЗирего5. Переважними є такі ад'юванти, як ад'ювант Фрейнда або ГМ-КОФ. Декілька імунологічних ад'ювантів (наприклад, МЕ59), специфічних до дендритних клітин, та способи їх приготування були описані раніше (АїЇЇїзоп апа Киттвеї!, 1995). Також можуть застосовуватися цитокіни. Окремі цитокіни були прямо співвіднесені з впливом на міграцію дендритних клітин до лімфоїдних тканин (наприклад, ТМЕ-), прискорюючи дозрівання дендритних клітин до ефективних антиген-презентуючих клітин для Т-лімфоцитів (наприклад, ГМ-КСФ, ІЛ-1 та ІЛ-4) (Патент США 5 849 589, конкретно включений в цей документ шляхом посилання в усій повноті) та діючі як імуноад'юванти (наприклад, ІЛ-12, ІЛ-15, ІЛ-23, ІЛ-7, ІФН-альфа, ІФН-бета) (Сабпоміснй єї а!., 1996).
Також доповідалося про те, що імуностимулюючі Сро-олігонуклеотиди посилюють ефект ад'ювантів у складі вакцин. Якщо не вдаватися у подробиці теорії, Сро-олігонуклеотиди діють шляхом активації природної (не здобутої) імунної системи за допомогою ТоїІ-подібних рецепторів (ТІК), переважно ТІКУ. Активація ТІКУ, ініційована Сро, посилює антиген- специфічні гуморальні та клітинні реакції на широкий спектр антигенів, включаючи пептидні чи білкові антигени, живі або знищені віруси, вакцини на основі дендритних клітин, аутологічні клітинні вакцини та полісахаридні кон'юЮгати як в профілактичних, так і в терапевтичних
Зо вакцинах. Важливішим є те, що посилюється визрівання та диференціація дендритних клітин, що в результаті збільшує активацію ТНІ-клітин та інтенсивну генерацію цитотоксичних Т- лімфоцитів (ЦТЛ) навіть за відсутності підтримки з боку СО4 Т-клітин. Активація ТНІ, індукована стимуляцією ТІ КО, зберігається навіть у присутності вакцинних ад'ювантів, таких як галун чи неповний ад'ювант Фрейнда (ІРА), котрі зазвичай сприяють активації ТН2. СрОо-олігонуклеотиди демонструють навіть більшу ад'ювантну активність, коли переводяться в лікарську форму або вводяться разом з іншими ад'ювантами чи в таких формах, як мікрочастинки, наночастинки, ліпідні емульсії або подібні композиції, особливо необхідні для індукування сильної відповіді, коли антиген відносно слабкий. Вони також прискорюють імунну відповідь та дозволяють зменшити дози антигену приблизно на два порядки в порівнянні з відповідями антитіл на вакцину в повній дозі без Сро, як спостерігалося в деяких експериментах (Кгієд, 2006). У патенті США 6406705 В1 описується комбіноване застосування Сро-олігонуклеотидів, ад'ювантів, що не містять нуклеїнові кислоти, та антигену для індукування антиген-специфічної імунної відповіді Сро ТІ КО-антагоністом є абзІІМ (імуномодулятор із структурою типу дволанцюжкове стебло-петля) компанії Моіодеп (Берлін, Німеччина), котрий є переважним компонентом фармацевтичної композиції за цим винаходом. Також можуть використовуватись інші ТІ К-зв'язувальні молекули, наприклад, ТІ Р. 7, ТІ К 8 і (або) ТІ К 9, що зв'язуються з РНК.
Інші приклади прийнятних ад'ювантів включають, без обмежень, хімічно модифіковані Сро (наприклад, СрЕ, Ідега), аналоги дл-РНК, такі як полі(І:С) та їхні похідні (наприклад, Атріїсепф),
НійопоїФ, полі-(ІСІ С), полі(ІС-К), полі(:С12)), бактеріальні ДНК або РНК, відмінні від Сро, а також невеликі імунологічно активні молекули та антитіла, такі як циклофосфамід, сунітиніб, бевацизумабФ), целебрекс, МСХ-4016, сілденафіл, тадалафіл, варденафіл, сорафеніб, темозоломід, темзиролімус, ХІ -999, СР-547632, пазопаніб, МЕСЕ Тгар, 202171, А2О2171, анти-
СТІ А4, інші антитіла, націлені на ключові структури імунної системи (наприклад, анти-С040-, анти-ТоЕбета-, анти-ТМЕальфа-рецептори) та 5058175, які можуть діяти терапевтично і (або) як ад'юванти. Кількості та концентрації ад'ювантів та добавок, прийнятних в контексті цього винаходу, можуть бути легко визначені досвідченим фахівцем без зайвого експериментування.
Переважними ад'ювантами є анти-СО40-антитіла, іміквімод, резиквімод, «М-С5Е, циклофосфамід, сунітиніб, бевацизумаб, інтерферон-альфа, Сро олігонуклеотиди та їх похідні, полі-(І:С) та її похідні, РНК, сілденафіл і композиції з твердих мікрочастинок з РІ С або віросоми.
В переважному втіленні фармацевтичної композиції за винаходом ад'ювант вибирається з групи, що складається з колонієстимулюючих факторів, таких як Фактор стимулювання утворення колоній гранулоцитів-макрофагів (ГМ-КСФ, сарграмостим), циклофосфамід, іміквімод, резиквімод та інтерферон-альфа.
В переважному втіленні фармацевтичної композиції за винаходом ад'ювант вибирається з групи, що складається з колонієстимулюючих факторів, таких як Фактор стимулювання утворення колоній гранулоцитів-макрофагів (ГМ-КСФ, сарграмостим), циклофосфамід, іміквімод і резиквімод. У переважному втіленні фармацевтичної композиції за винаходом ад'ювантом є циклофосфамід, іміквімод чи резиквімод. Навіть більш переважними ад'ювантами є монтанід
ІМ5 1312, монтанід ІЗА 206, монтанід ІЗА 50М, монтанід ІЗА-51, полі-ІСЇ С (НійопоїФ) і моноклональні анти-СО040-антитіла або їх комбінація.
Ця композиція може застосовуватися для парентерального введення, наприклад, підшкірного, внутрішньошкірного, внутрішньом'язового або для перорального застосування Для цього пептиди і необов'язково інші молекули розчиняють або суспендують у фармацевтично прийнятному, переважно водному носієві. Крім того, композиція може містити допоміжні речовини, такі як буфери, зв'язувальні речовини, розпушувачі, розріджувачі, ароматизатори, антифрикційні речовини тощо. Пептиди можна також ввести разом із імуностимуляторами, такими як цитокіни. Великий перелік допоміжних речовин, які можна використовувати у такій композиції можна знайти, наприклад, у посібнику А. Кірбе, НапароокК ої РНаптасецісаї!
Ехсірієпів (Кірбе, 2000). Ця композиція може застосовуватися для попередження, профілактики і (або) лікування аденоматозних або ракових захворювань. Приклади фармацевтичних композицій наведені, наприклад, у ЕР2113253.
Важливо розуміти, що імунна відповідь, ініційована вакциною за винаходом, спрямована проти ракових клітин на різних стадіях клітинного циклу і на різних стадіях розвитку пухлини.
Більш того, атака здійснюється на різні асоційовані з раковими пухлинами сигнальні шляхи. Це є перевагою над вакцинами, які направлені тільки на одну чи малу кількість мішеней, що може привести до легкої адаптації пухлини до атаки (уникання пухлиною). Більш того, не усі індивідуальні пухлини експресують одну й ту саму картину антигенів. Таким чином, комбінація декількох пухлино-асоційованих пептидів гарантує, що кожна окрема пухлина несе принаймні
Зо деякі з мішеней. Композиція була створена виходячи з того, що, як очікується, кожна пухлина експресує декілька антигенів і охоплює декілька незалежних сигнальних шляхів, необхідних для росту і розвитку пухлини. Таки чином, вакцину може легко використовувати у "готовому для застосування" вигляді для більшої популяції пацієнтів. Це означає, що попередній відбір пацієнтів, що потребують лікування цією вакциною, можна обмежити типуванням за НІА, не потребує будь-якого додаткового дослідження біомаркерів експресії антигенів, але все ж забезпечується одночасна атака декількох мішеней у вигляді індукованої імунної відповіді, що є важливим для ефективності (Вапспегеаи еї аї., 2001; УУанег еї а!ї., 2012).
Термін "каркас" в контексті цього винаходу означає молекулу, яка специфічно зв'язується з (наприклад, антигенною) детермінантою. В одному з втілень каркас здатний направляти об'єкт, до якого він приєднаний (наприклад, (другий) антиген-зв'язувальний елемент) до сайта-мішені, наприклад, до клітини конкретного виду пухлини або до строми пухлини, що несе антигенну детермінанту (наприклад, комплекс пептид-МНе відповідно до цього підходу). В іншому втіленні каркас здатний активувати сигнальний шлях через його антиген-мішень, наприклад, антиген комплексу Т-клітинного рецептора. Каркаси включають, але не обмежуються ними, антитіла і їх фрагменти, антиген-зв'язувальні домени антитіл, що містять варіабельну ділянку важкого ланцюга антитіла і варіабельну ділянку легкого ланцюга антитіла, зв'язувальні білки, що містять принаймні один модуль анкіринового повтору і однодоменні антиген-зв'язувальні (З5ОАВ) молекули, аптамери, (розчинні) ТКР і (модифіковані) клітини, такі як алогенні або аутологічні Т- клітини. Щоб оцінити, чи буде молекула каркасом, що зв'язується з мішенню, можна провести аналіз зв'язування. "Специфічне" зв'язування означає, що каркас зв'язує досліджуваний комплекс пептид-МНО краще ніж інші природно існуючі комплекси пептид-МНС до такої міри, що каркас, споряджений активною молекулою, яка здатна знищувати клітину, що несе конкретну мішень, не здатний знищувати іншу клітину без конкретної мішені, але таку, що презентує інший(-ї) комплекс(-и) пептид-МНеО. Зв'язування з іншими комплексами пептид-МНС не має значення, якщо пептид, що бере участь у перехресній реакції, не зустрічається в природі, тобто не отриманий із пептидому НІ А. Тести для оцінки знищення клітин-мішеней добре відомі фахівцям в цій галузі.
Їх потрібно виконувати з використанням клітин-мішеней (первинних клітинних культур або клітинних ліній) із незміненою презентацією пептидів молекулами МНС, або клітин,
навантажених пептидами, у такий спосіб, щоб були досягнуті природні рівні комплексів пептид-
МН.
Кожний каркас містить мітку, яка забезпечує можливість виявлення зв'язаного каркаса шляхом визначення присутності або відсутності сигналу, який генерує мітка. Наприклад, каркас може бути міченим флуоресцентним барвником або іншою застосовною маркерною молекулою клітини. Такі маркерні молекули добре відомі в цій галузі. Наприклад, флуоресцентне мічення, наприклад, флуоресцентним барвником, може забезпечити візуалізацію зв'язаного аптамеру за допомогою флуоресценції або лазерної сканувальної мікроскопії або проточної цитометрії.
Кожний каркас може бути кон'югованим із другою активною молекулою, такою як, наприклад, ІЛ-21, антитіло проти СОЗ, антитіло проти СО28.
Додаткову інформацію про поліпептидні каркаси див., наприклад, у розділі "Передумова створення винаходу" у заявці МЛО 2014/0719784А1 і у посиланнях, наведених в ній.
Цей винахід також стосується аптамерів. Аптамери (див., наприклад, УМО 2014/191359 і посилання, наведені в цій роботі) є молекулами коротких одноланцюгових нуклеїнових кислот, які можуть складатися у певні тримірні структури і розпізнавати специфічні структури-мішені.
Вони, очевидно, є прийнятними альтернативами для розробки таргетної терапії. Було показано, що аптамери селективно зв'язуються з багатьма складними мішенями з високою афінністю і специфічністю.
Аптамери, що розпізнають розташовані на поверхні молекули, були ідентифіковані у минулому десятиріччі і забезпечують засоби для розробки діагностичних і терапевтичних підходів. Оскільки було показано, що аптамери майже не проявляють жодної токсичності і імуногенності, вони є перспективними кандидатами у речовини для біомедичних застосувань.
Справді, аптамери, наприклад, такі, що розпізнають простат-специфічні мембранні антигени, були успішно застосовані для таргетної терапії, і було показано, що вони виявляють ці функції в трансплантатних моделях іп мімо. Більш того, були ідентифіковані аптамери, які розпізнають конкретні лінії пухлинних клітин.
Можуть бути вибрані аптамери ДНК, що проявляють розпізнавальні властивості широкого спектру по відношенню до різних ракових клітин, особливо до таких, що отримані з солідних пухлин, у той час як непухлиногенні і первинні здорові клітини ними не розпізнаються. Якщо
Зо ідентифіковані аптамери розпізнають не тільки підтип конкретної пухлини, але скоріше взаємодіють з рядом пухлин, це надає аптамерам властивість бути застосовними в якості так званих діагностичних і терапевтичних засобів широкого спектру.
Далі, дослідження зв'язувальних властивостей по відношенню до клітин методом проточної цитометрії показало, що аптамери виявляють дуже добру позірну афінність, яка знаходиться у наномолярному діапазоні.
Аптамери можуть використовуватися для діагностичних і терапевтичних цілей. Далі, можна показати, що деякі аптамери поглинаються пухлинними клітинами і таким чином можуть використовуватися як молекулярні носії для цілеспрямованої доставки протиракових препаратів, таких як міРНК, у пухлинні клітини.
Можуть бути вибрані аптамери проти складних мішеней, таких як клітини і тканини і комплекси пептидів, що включають, переважно що складаються з послідовності відповідно до будь якої послідовності від ЗЕО ІЮ Мо 1 до ЗЕО ІО Мо 48 за цим винаходом із молекулою МНС з використанням методики ЗЕГЕХ (Систематична еволюція лігандів шляхом експоненційного збагачення).
Пептиди за цим винаходом можуть використовуватися для продукції і розробки антитіл, специфічних до комплексів МНС/пептид. Вони можуть застосовуватися для лікування, націлюючи токсини або радіоактивні речовини на хворі тканини. Іншим використанням цих антитіл може бути націлювання радіонуклідів на хворі тканини з метою формування зображень, таких як позитронна емісійна томографія (ПЕТ). Таке використання може виявляти невеликі метастази або визначати розмір і точну локалізацію хворих тканин.
Таким чином, в ще одному аспекті цей винахід стосується способу отримання рекомбінантного антитіла, яке специфічно зв'язується з головним комплексом гістосумісності (МНС) людини | або ІІ класу, який входить до складу комплексу з антигенами, обмеженими за
НА, причому спосіб включає: імунізацію клітинами ссавців нелюдського походження, отриманих методами генної інженерії що експресують згаданий головний комплекс гістосумісності (МНС) людини І або ІЇ класу із розчинною формою молекули МНЄе І або ІІ класу, яка входить до складу комплексу зі згаданими антигенами, обмеженими за НІГА; виділення молекул ІРНК із клітин згаданих ссавців нелюдського походження, що продукують антитіла; отримання бібліотеки фагового дисплея, що містить фаги, які експонують молекули білка, який 60 кодується згаданими молекулами іРНК; і виділення принаймні одного фага із згаданої бібліотеки фагового дисплея, причому згаданий принаймні один фаг експонує згадане антитіло, що специфічно зв'язується із згаданим головним комплексом гістосумісності (МНС) людини І або ЇЇ класу, який входить до складу комплексу із згаданим антигеном, обмеженим за НІ А.
У ще одному аспекті цей винахід стосується антитіла, яке специфічно зв'язується з головним комплексом гістосумісності (МНС) людини | або ІЇ класу, який входить до складу комплексу з антигенами, рестриктованими за НіА, в якому антитіло переважно є поліклональним антитілом, моноклональним антитілом, біспецифічним антитілом і (або) хімерним антитілом.
Відповідні способи отримання таких антитіл і одноланцюгових головних комплексів гістосумісності (МНС) І класу, а також інших інструментів отримання цих антитіл розкриті в заявках УМО 03/068201, УМО 2004/084798, УМО 01/72768, ММО 03/070752 і статтях (Сопнеп еї аї., 200За; Сопеп еї аї., 200365; РепКрега єї аї., 2003), які для цілей цього винаходу всі у прямій формі включені в цей документ шляхом посилання в усій повноті.
Переважно, антитіло зв'язується з спорідненістю на рівні нижче 20 наномолів, переважно нижче 10 наномолів, у комплекс, який також вважається "специфічним" у контексті цього винаходу.
Цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від БЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІО Мо: 48 або їхній варіант, який принаймні на 8895 є гомологічним (переважно ідентичним) послідовностям від ЗЕО ІЮО Мо: 1 до 5ЕО ІЮ Мо: 48 або їхнього варіанту, що викликає перехресну реакцію Т-клітин із зазначеним пептидом, де зазначений пептид не є базовим повнорозмірним поліпептидом.
Цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від БЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІО Мо: 48 або їхній варіант, який принаймні на 8895 є гомологічним (переважно ідентичним) послідовностям від ЗЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІЮ Мо: 48, де зазначений пептид або його варіант має загальну довжину між 8 і 100, переважно між 8 і 30 і найбільш переважно між 8 і 14 амінокислот.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, які здатні зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини | або ІІ класу.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згадані пептиди складаються
Ко) або по суті складаються з амінокислотної послідовності від ЗЕО ІО Мо: 1 до 5ЕО ІО Мо: 48.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є (хімічно) модифікованим і (або) включає непептидні зв'язки.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є частиною злитого білка, зокрема злитим із М-термінальними амінокислотами НІГА-ОВ антиген- асоційованого інваріантного ланцюга (Ії), або де пептид є злитим із антитілом (або вбудованим в антитіло), наприклад, із антитілом, що є специфічним до дендритних клітин.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти, що кодує пептиди за цим винаходом за умови, що пептид не є повністю (цілковито) людським білком.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти за цим винаходом, яка являє собою ДНК,
КДНК, ПНК, РНК чи їх комбінацію.
Цей винахід також стосується вектора експресії що здатний експресувати нуклеїнову кислоту за цим винаходом.
Цей винахід також стосується пептиду за цим винаходом, нуклеїнової кислоти за цим винаходом або вектора експресії за цим винаходом для застосування в медицині, зокрема в лікуванні раку підшлункової залози.
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна, що містить нуклеїнову кислоту за цим винаходом або вектор експресії за цим винаходом.
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна за цим винаходом, яка є антиген- презентуючою клітиною, і переважно дендритною клітиною.
Цей винахід також стосується способу отримання пептиду за цим винаходом, причому спосіб включає культивування клітини-хазяїна за цим винаходом і виділення пептиду зі згаданого клітини-хазяїна або її культурального середовища.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген навантажують на молекули МНС І або ІЇ класу, що експресуються на поверхні відповідної антиген-презентуючої клітини шляхом контакту достатньої кількості антигену з антиген-презентуючою клітиною.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген-презентуюча клітина містить вектор експресії, здатний експресувати згаданий пептид, що містить послідовність від
ЗЕО ІЮ Мо: 1 до ЗЕО ІО Мо: 48 або згаданий варіант амінокислотної послідовності.
Цей винахід також стосується активованих Т-клітин, отриманих згідно способу за цим винаходом, де згадані Т-клітини селективно розпізнають клітину, яка експресує поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за цим винаходом.
Цей винахід також стосується способу знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить будь-яку амінокислотну послідовність за цим винаходом, причому спосіб включає введення в організм пацієнта ефективної кількості Т-клітин за цим винаходом.
Цей винахід також стосується застосування будь-якого пептиду, що описаний тут, нуклеїнової кислоти за цим винаходом, вектора експресії за цим винаходом, клітини за цим винаходом, або активованого цитотоксичного Т-лімфоцита за цим винаходом, як лікарського засобу або в процесі виробництва лікарського засобу. Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де лікарський засіб виявляє протиракову активність.
Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де лікарський засіб являє собою вакцину. Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де лікарський засіб виявляє протиракову активність.
Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де згадані ракові клітини є переважно клітинами раку передміхурової залози або клітинами інших солідних або гематологічних пухлин, таких як, наприклад, рак легенів, дрібноклітинний рак легенів, меланома, рак печінки, рак молочної залози, рак матки, карцинома з клітин Меркеля, рак підшлункової залози, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, КРК, рак сечового міхура, недрібноклітинний рак легенів, рак нирки, лейкоз (наприклад. ГМЛ або ХЛЛ), рак яєчника, рак стравоходу, рак головного мозку і шлунковий рак (шлунка), найбільш переважно, клітинами раку передміхурової залози.
Цей винахід також стосується конкретних маркерних білків і біомаркерів на основі пептидів за цим винаходом, які у цьому документі іменуватимуться як "мішені", які можуть використовуватися в діагностиці і (або) визначенні прогнозу перебігу раку передміхурової залози. Цей винахід також стосується застосування цих нових мішеней для лікування раку.
Термін "антитіло" або "антитіла" використовується в тут у широкому сенсі і включає як поліклональні, так і моноклональні антитіла. На додаток до інтактних або "повнорозмірних"
Зо молекул імуноглобуліну, до терміну "антитіла" також входять фрагменти (наприклад, фрагменти
СОК, Ем, Раб і Ес) або полімери цих молекул імуноглобуліну і гуманізовані версії молекул імуноглобуліну, за умови, що вони виявляють будь-які з бажаних властивостей (наприклад, специфічне зв'язування (полі)пептидного маркера раку передміхурової залози, доставка токсину до клітини раку передміхурової залози, що експресує ген-маркер раку на підвищеному рівні, і (або) інгібування активності поліпептидного маркера раку передміхурової залози) відповідно до цього винаходу.
За найменшої можливості антитіла за винаходом слід закуповувати у комерційних підприємств. Антитіла за винаходом можуть бути отримані з використанням добре відомих методів. Кваліфікований фахівець зрозуміє, що для отримання антитіл за винаходом можуть бути використані як повнорозмірні поліпептидні маркери раку передміхурової залози або їх фрагменти. Поліпептид, який буде використовуватися для отримання антитіл за винаходом, може бути повністю чи частково очищеним компонентом природного джерела або може бути отриманий за допомогою технології рекомбінантних ДНК.
Наприклад, кКДНК, що кодує пептид за цим винаходом, такий як пептид з послідовністю від
ЗЕО ІЮО Мо: 1 до 5ЕО ІО Мо: 48, поліпептид або його варіант чи фрагмент, може експресуватися в прокаріотичних клітинах (наприклад, бактерій) або еукаріотичних клітинах (наприклад, клітинах дріжджів, комах або ссавців), після чого рекомбінантний білок можна очистити і використати для отримання препарату моноклональних або поліклональних антитіл, які специфічно зв'язують поліпептидний маркер раку передміхурової залози, що був використаний для отримання антитіл за цим винаходом.
Фахівцю ов цій галузі відомо, що отримання двох або більше різних комплектів моноклональних або поліклональних антитіл максимально збільшує ймовірність отримання антитіла, що буде мати специфічність та афінність, необхідні для використання за призначенням (наприклад, для ЕГІ5А, імуногістохімічних методів, візуалізації іп мімо, лікування імунотоксинами). Антитіла досліджують на бажану активність добре відомими методами, відповідно до цілей, у яких мають використовуватися антитіла (наприклад, ЕГІ5А, імуногістохімічні методи, імунотерапія тощо; додаткові відомості щодо отримання і перевірки антитіл див., наприклад, СгеепієйЇй, 2014 (Стеепіїєїд, 2014)). Наприклад, антитіла можуть бути досліджені методами ЕГІЗА, Вестерн-блотингу, імуногістохімічним забарвлюванням фіксованих бо формаліном зрізів ракової тканини або заморожених зрізів тканини. Після попередніх досліджень іп міго антитіла, які мають використовуватися для терапевтичних цілей або для діагностики іп мімо, досліджують з використанням відомих методів клінічного дослідження.
Термін "моноклональне антитіло" в тому виді, в якому він використовується тут, означає антитіло, отримане із по суті гомогенної популяції антитіл, тобто індивідуальні антитіла, що складають популяцію, є ідентичними, за винятком мутантних форм, що спостерігаються в природі, які можуть бути присутніми в незначній кількості. Моноклональні антитіла за цим патентом конкретно включають "химерні" антитіла, у яких частина важкого і (або) легкого ланцюга ідентична або гомологічна відповідним послідовностям в антитілах, отриманих із окремого виду, або які належать до окремого класу чи підкласу антитіл, в той час як решта ланцюга (ланцюгів) ідентична або гомологічна відповідним послідовностям в антитілах, отриманих із іншого виду або які належать до іншого класу чи підкласу антитіл, а також фрагментів таких антитіл, за умови, що вони виявляють бажану антагоністичну активність (Пат.
США 4 816 567, включений в цей документ шляхом посилання в усій повноті).
Моноклональні антитіла за винаходом можуть бути отримані гібридомними технологіями. У гіоридомних технологіях мишу або іншу прийнятну тварину-хазяїна, як правило, імунізують імунізуючим агентом для створення лімфоцитів, які продукують або здатні продукувати антитіла, які специфічно зв'язуються з імунізуючим агентом. Альтернативно, лімфоцити можуть бути імунізовані іп міїго.
Моноклональні антитіла можуть також бути створені технологіями рекомбінантних ДНК, такими як описані в патенті США 4816567. ДНК, що кодує моноклональні антитіла за винаходом, можна легко виділити і секвенувати з використанням традиційних методик (наприклад, використовуючи олігонуклеотидні зонди, здатні специфічно зв'язуватися з генами, що кодують важкі та легкі ланцюги антитіл миші).
Методи Іп міго також придатні для створення одновалентних антитіл. Розщеплення антитіл з метою отримання їх фрагментів, зокрема, Рар-фрагментів, можна провести з використанням стандартних методик, відомих у галузі. Наприклад, розщеплення можна виконати за допомогою папаїну. Приклади розщеплення за допомогою папаїну описані у заявці УМО 94/29348 і в патенті
США 4 342 566. При розщепленні антитіл за допомогою папаїну, як правило, утворюються два ідентичних антиген-зв'язувальних фрагменти, які звуться Еаб-фрагментами, кожний з одним
Зо антиген-зв'язувальним сайтом, і залишковим Ес фрагментом. Обробка пепсином дає фрагмент
К(абв)2 і фрагмент рЕс'.
Фрагменти антитіл, чи то з'єднані з іншими послідовностями, чи ні, можуть також включати вставки, делеції, заміни або інші вибрані модифікації окремих частин або амінокислотних залишків за умови, що активність фрагмента не є значно зміненою або пошкодженою у порівнянні з немодифікованим антитілом або фрагментом антитіла. Ці модифікації можуть надати деякі додаткові властивості, такі як видалити/додати амінокислоти, що здатні до дисульфідного зв'язування, підвищити біологічну довговічність, змінити секреторні властивості тощо. У будь-якому випадку, фрагмент антитіла має виявляти біологічну активність, таку як зв'язувальна активність, регулювання зв'язування у зв'язувальному домені тощо. Функціональні або активні центри антитіла можуть бути ідентифіковані шляхом мутагенезу конкретної ділянки білка, який супроводжується експресією і перевіркою експресованого поліпептиду. Такі методи є цілююм очевидними для фахівця у цій галузі і можуть включати сайт-специфічний мутагенез нуклеїнової кислоти, що кодує фрагмент антитіла.
Антитіла за винаходом можуть додатково включати гуманізовані антитіла або людські антитіла. Гуманізованими формами антитіл нелюдського походження (наприклад, мишачі) є химерні імуноглобуліни, ланцюги імуноглобулінів або їх фрагменти (такі як Ем, Рабр, Раб" та інші антиген-зв'язувальні послідовності антитіл), які містять мінімальну послідовність, отриману з імуноглобуліну нелюдського походження. Гуманізовані антитіла включають імуноглобуліни людини (антитіло-реципієнт), в яких залишки від комплементарної детермінантної групи (СОК) реципієнта заміщені залишками від СОК нелюдського походження (антитіло-донор), такого як від миші, пацюка або кроля, що має бажану специфічність, афінність і зв'язувальну здатність. У деяких випадках Ем каркасні (ЕК) залишки імуноглобуліну людини є заміщеними відповідними залишками нелюдського походження. Гуманізовані антитіла можуть включати залишки, які не були виявлені ні в антитілі-реципієнті, ні в імпортованих СОМ або послідовностях каркаса. Як правило, гуманізоване антитіло буде містити по суті всі з принаймні одного, а зазвичай двох варіабельних доменів, в яких всі або по суті всі із діллнок СОК відповідають ділянкам імуноглобуліну нелюдського походження і всі або по суті всі із ділянок ЕК є ділянками консенсусної послідовності імуноглобуліну людини. Оптимально, якщо гуманізоване антитіло містить також принаймні частину константної ділянки імуноглобуліну (Ес), зазвичай ділянку бо імуноглобуліну людини.
Методи гуманізації нелюдських антитіл добре відомі фахівцю у цій галузі. Загалом, гуманізоване антитіло має один або більше амінокислотних залишків, введених в нього з джерела, яке є нелюдського походження. Ці амінокислотні залишки нелюдського походження часто називають "імпортними" залишками, які зазвичай беруть із "імпортного" варіабельного домену. Гуманізацію можна по суті провести шляхом заміщення СОК або послідовностей СОК гризунів відповідними послідовностями людського антитіла. Відповідно, такі "гуманізовані" антитіла є химерними антитілами (патент США 4 816 567), в яких суттєво менша частина ніж інтактний варіабельний домен людини була заміщена відповідною послідовністю біологічних видів, відмінних від людини. На практиці гуманізовані антитіла є зазвичай людськими антитілами, в яких деякі залишки СОК і, можливо, залишки ЕК є заміщеними залишками з аналогічних сайтів антитіл гризунів.
Можуть використовуватися трансгенні тварини (наприклад, миші), які після імунізації набувають здатність продукувати повний спектр людських антитіл в умовах відсутності виробки ендогенного імуноглобуліну. Наприклад, було описано, що гомозиготна делеція гена, що кодує ділянку з'єднання важких ланцюгів антитіла, у химерних клітин і лінії клітин зародків мутантних мишей приводить до повного інгібування виробки ендогенних антитіл. Перенесення генної матриці імуноглобуліну клітин зародків людини у лінію клітин зародків мутантних мишей приводить до виробки людських антитіл після антигенної стимуляції. Людські антитіла можуть також бути виділені методом фагового дисплея з комбінаторної бібліотеки.
Антитіла за винаходом переважно вводять суб'єкту у фармацевтично прийнятному носієві.
Як правило, для надання фармацевтичній композиції ізотонічності використовують відповідну кількість фармацевтично прийнятної солі. Приклади фармацевтично прийнятного носія включають фізіологічний розчин, розчин Рінгера і розчин глюкози. рН розчину переважно має становити приблизно від 5 до 8, і більш переважно приблизно від 7 до 7,5. Додатково пропонуються носії, що включають препарати з тривалим вивільненням, такі як напівпроникні матриці твердих гідрофобних полімерів, які містять антитіла, причому ці матриці мають вигляд сформованих предметів, наприклад, плівок, ліпосом або мікрочастинок. Фахівцю в цій галузі зрозуміло, що певні носії можуть бути більш переважними, залежно від, наприклад, способу введення і концентрації антитіла, що вводиться.
Зо Антитіла можна вводити суб'єкту, пацієнту або в клітину шляхом ін'єкції (наприклад, внутрішньовенної, внутрішньочеревної, підшкірної, внутрішньом'язової) або іншими методами, такими як інфузія, яка гарантує їх доставку у кровотік у ефективній формі. Антитіла можуть також бути введені внутрішньопухлинним або перитуморальним шляхом з метою отримати місцевий, а також системний терапевтичний ефект. Кращими є місцеве або внутрішньовенне введення.
Ефективні дози і режими дозування для введення антитіл можна визначити емпіричним шляхом, такі визначення знайомі фахівцю в цій галузі. Фахівцю в цій галузі зрозуміло, що дози антитіл, які необхідно вводити, залежать, наприклад, від суб'єкта, який отримує антитіла, шляху введення, конкретного типу використовуваних антитіл та інших лікарських препаратів, які вводяться. Типова щоденна доза при застосуванні антитіл як монотерапії може становити від приблизно 1 мкг/кг до 100 мг/кг маси тіла або більше на добу, залежно від вищезгаданих факторів. Після введення антитіл, переважно з метою лікування раку передміхурової залози, ефективність терапевтичної дії антитіл можна оцінити різними способами, відомими фахівцю в цій галузі. Наприклад, розмір, кількість і (або) розповсюдження раку в організмі суб'єкта, що отримує лікування, можна контролювати за допомогою стандартних методик візуалізації пухлин.
Введене з терапевтичними цілями антитіло, яке затримує ріст пухлини, приводить до скорочення пухлини і (або) запобігає розвитку нових пухлин у порівнянні з перебігом захворювання, який би спостерігався за відсутності введення антитіла, є ефективним антитілом для лікування раку передміхурової залози.
У ще одному аспекті цей винахід стосується способу отримання розчинного Т-клітинного рецептора (рТКР), що розпізнає конкретний комплекс пептиду і МНС. Такі розчинні Т-клітинні рецептори можуть бути отримані зі специфічних клонів Т-клітин, і їх спорідненість можна підвищити мутагенезом, націленим на комплементарні детермінантні групи. З метою вибору Т- клітинних рецепторів може використовуватися метод фагового дисплея (Заявка США 20100113300, (ГПідау еї аї.,, 2012)». З метою стабілізації Т-клітинних рецепторів у процесі фагового дисплея і у разі застосування як лікарського препарату альфа- і бета-ланцюги можуть буди зв'язані, наприклад ненативними дисульфідними зв'язками або іншими ковалентними зв'язками (одноланцюговий Т-клітинний рецептор) або доменами димеризації (ВошНег єї аї., 2003; Сага єї аї., 2004; М/йсох єї аїЇ., 1999). Т-клітинний рецептор може бути зв'язаний з бо токсинами, лікарськими препаратами, цитокінами (див., наприклад, заявку США 2013/0115191),
доменами, що залучають ефекторні клітини, такі як домени антитіл проти СОЗ тощо, щоб виконувати конкретні функції на клітинах-мішенях. Більш того, він може експресуватися у Т- клітинах, що використовуються для адоптивного переносу. Додаткову інформацію можна знайти у заявках УМО 2004/033685А1 і УМО 2004/074322А1. Комбінація рРТКР описана у заявці УМО 2012/056407А1. Інші способи отримання розкриті у заявці УМО 2013/057586А1.
Крім того, пептиди і (або) ТКР, або антитіла, або інші зв'язувальні молекули за цим винаходом можуть використовуватися для підтвердження діагнозу "рак", поставленому патоморфологом на основі дослідження біоптату.
Ці антитіла або ТКР можуть використовуватися також для діагностики іп мімо. Зазвичай антитіла мітять радіонуклідами (такими як "и, 99Тс, 120, 191|, ЗН, 82 Р або 955), щоб пухлину можна було локалізувати, використовуючи імуносцинтіграфію. В одному з втілень антитіла або їх фрагменти зв'язуються з зовнішньоклітинними доменами двох або більше таких мішеней білка, вибраного з групи, що складається з вищезгаданих білків., із константою зв'язування (Ка) меншою ніж 1х10 мкМ.
Антитіла для діагностичного застосування можна мітити зондами, що підходять для виявлення різними методами візуалізації Методи виявлення зондів включають, але не обмежуються ними, флуоресценцію, світлову, конфокальну і електронну мікроскопію, магнітно- резонансну візуалізацію і спектроскопію, флуороскопію, комп'ютерну томографію та позитронну емісійну томографію. Відповідні зонди включають, але не обмежуються ними, флуоресцеїн, родамін, еозин та інші флуорофори, радіоіїзотопи, золото, гадоліній та інші лантаноїди, парамагнітне залізо, фтор-18 та інші радіонукліди, що випромінюють позитрони. Крім цього, зонди можуть бути бі- або багатофункціональними і виявлятися більш ніж одним із зазначених методів. Ці антитіла можуть бути безпосередньо або опосередковано мічені вищезгаданими зондами. Прикріплення зондів до антитіл включає ковалентне зв'язування зонда, включення зонда в антитіло і ковалентне прикріплення хелатуючої сполуки для зв'язування зонда, серед інших методів, добре відомих фахівцю у цій галузі. У разі імуногістохімічних методів зразок хворої тканини може бути свіжим чи замороженим або може бути залитим у парафін і фіксованим за допомогою консерванту, такого як формалін. Фіксовані або залиті зразки зрізів тканин приводять у контакт із міченим первинним антитілом і вторинним антитілом, де антитіло
Зо використовується для виявлення експресії цих білків іп 5йи.
Згідно з іншим аспектом цього винаходу пропонується спосіб отримання активованих Т- клітин іп мійго, причому спосіб включає контактування іп мійго Т-клітин із навантаженими антигеном молекулами МНС, що експресуються на поверхні відповідної антиген-презентуючої клітини протягом періоду часу, достатнього для активації Т-клітини шляхом набуття нею специфічності до антигену, де згаданий антиген є пептидом за винаходом. Переважно з антиген-презентуючою клітиною використовують достатню кількість антигену.
Переважно клітина ссавців не має пептидного транспортера ТАР чи має його знижений рівень або знижену функціональну активність. Відповідні клітини з дефіцитом пептидного транспортера ТАР включають клітини Т2, КМА-5 і клітини дрозофіли. ТАР є транспортером, асоційованим із процесингом антигену.
Лінія людських клітин з недостатністю 12, на які завантажуються пептиди, доступна для придбання у Американській колекції типових культур АТСС за адресою 12301 РагКіамлт Огіме,
КоскКміїе, Магуїапа 20852, США, номер за каталогом СК. 1992; лінія клітин дрозофіли Зсппеідег 2 доступна для придбання в АТСС, номер за каталогом СК 19863; клітинна лінія миші ЕМА-5 описана у Ципдаогеп і співавт. (І їипддгеп апа Каїте, 1985).
Переважно, клітина-хазяїн до трансфекції не експресує суттєвої кількості молекул МНС класу. Також переважно клітина-стимулятор експресує молекулу, яка є важливою для забезпечення додаткового стимулюючого сигналу для Т-клітин, таку як будь-яка з молекул В7.1,
В7.2, ІСАМ-1 ії ГЕБА 3. Послідовності нуклеїнових кислот багатьох молекул МНС Іі класу і костимуляторних молекул є у вільному доступі в базах даних СепВапк і ЕМВІ.
У випадку, коли роль антигенів відіграють епітопи комплексу МНС І класу, Т-клітини є СО8- позитивними Т-клітинами.
Якщо антиген-презентуючи клітину трансфекують для експресії такого епітопу, клітина переважно містить вектор експресії, здатний експресувати пептид, що містить послідовності від
ЗЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІО Мо: 48, або варіант його амінокислотної послідовності.
Ряд інших способів може використовуватися для отримання Т-клітин іп міго. Наприклад, для отримання ЦТЛ можуть використовуватися аутологічні лімфоцити, які інфільтрують пухлину.
Ріебапзкі і співавт. (Ріерап:хкі еї а!., 1995) використовували аутологічні лімфоцити периферійної крові (РІВ) для отримання Т-клітин. Більш того, можливе створення аутологічних Т-клітин 60 шляхом обробки дендритних клітин пептидом або поліпептидом або інфікуванням рекомбінантним вірусом. Для отримання аутологічних Т-клітин можуть також використовуватися
В-клітини. Крім того, для отримання аутологічних Т-клітин можуть використовуватися макрофаги, оброблені пептидом або поліпептидом або інфіковані рекомбінантним вірусом. 5.
Умацег і співавт. (У/аег еї а!., 2003) описують примування Т-клітин іп міго за допомогою штучних антиген-презентуючих клітин (штучні АПК), що також є прийнятним способом отримання Т- клітин проти вибраного пептиду. В цьому винаході штучні АПК отримували шляхом прикріплення заздалегідь сформованих комплексів МНС-пептид до поверхні полістирольних частинок (мікрогранул)у за допомогою системи біотин-стрептавідин. Ця система забезпечує точний контроль щільності МНС на штучних АПК, що дозволяє селективно викликати високо- або низькоавідні специфічні до антигену відповіді Т-клітин з високою ефективністю для зразків крові. Окрім комплексів МНО-пептид, штучні АПК мають нести інші білки з костимулювальною активністю, такі як антитіла проти СО28, прикріплені до їхньої поверхні. До того ж такі системи на базі штучних АПК часто вимагають додавання відповідних розчинних елементів, наприклад, цитокінів, таких як інтерлейкін-12.
Алогенні клітини також можуть використовуватися для отримання Т-клітин, і відповідний спосіб докладно описаний у заявці М/О 97/26328, яка включена в цей документ шляхом посилання. Наприклад, окрім клітин ЮОго5орпйа і клітин Т2, інші клітини можуть використовуватися для презентації антигенів, такі як клітини СНО, інфіковані бациловірусом клітин комах, бактеріальні, дріжджові клітини та клітини-мішені, інфіковані коров'ячою віспою.
Крім того, можуть використовуватись віруси рослин (див., наприклад, роботу Рогіа і співавт. (Ропа єї аї., 1994), в якій описується розробка мозаїчного вірусу вігни як високопродуктивної системи для презентації чужорідних пептидів.
Активовані Т-лімфоцити, які спрямовані проти пептидів за винаходом, є корисними в терапії.
Отже, згідно з ще одним аспектом винаходу пропонуються активовані Т-клітини, які можна отримати за допомогою вищезгаданих способів за винаходом.
Активовані Т-клітини, які отримані вищезгаданим способом, селективно розпізнають клітину, яка аберантно експресує поліпептид, який містить амінокислотну послідовність від ЗЕО ІЮ Мо: 1 до 5ЕО ІЮО Мо: 48.
Переважно, Т-клітина розпізнає цю клітину шляхом взаємодії свого Т-клітинного рецептора з
Зо комплексом НІ А/пептид (наприклад, зв'язуванням). Т-клітини є корисними у способі знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за винаходом, за яким пацієнту вводиться ефективна кількість активованих Т-клітин. Ці Т-клітини, що вводяться пацієнту, можуть бути виділені з організму пацієнта і активовані як описано вище (тобто вони є аутологічними Т-клітинами). Як альтернатива, ці Т-клітини одержуються не з організму пацієнта, а від іншої людини. Зрозуміло, що переважно ця людина є здоровою людиною. Під терміном "здорова людина" автори винаходу мають на увазі, що людина має хороший загальний стан здоров'я, переважно має адекватну імунну систему та, ще більш переважно, не страждає від якогось захворювання, на яке її можна легко перевірити і виявити.
Іп мімо, клітини-мішені для СО8-позитивних Т клітин за цим винаходом можуть бути клітинами пухлини (які іноді експресують МНС ІІ класу) і (або) клітинами строми, що оточують пухлину (пухлинні клітини) (які іноді також експресують МН ІІ класу; (Оєпа/є! еї а!., 2006)).
Т-клітини за цим винаходом можуть використовуватися як активні інгредієнти терапевтичної композиції. Отже, предметом цього винаходу також є спосіб знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за винаходом, причому спосіб включає введення пацієнту ефективної кількості Т-клітин згідно визначеному вище.
Під терміном "аберантно експресовані" автори винаходу мають на увазі, що поліпептид є надмірно експресованим у порівнянні з рівнями експресії нормальних тканин або що ген є "мовчазним" у тканині, з якої походить пухлина, але він експресується в пухлині. Під терміном "надмірно експресований" автори винаходу мають на увазі, що поліпептид присутній на рівні, що принаймні у 1,2 рази вищий за рівень у нормальній тканині, переважно принаймні у 2 рази, та більш переважно принаймні у 5 або 10 разів вищий за рівень у нормальній тканині.
Т-клітини можуть бути отримані способами, що відомі в галузі, наприклад, тими, що описані вище.
Протоколи для цього так званого адоптивного перенесення Т-клітин добре відомі в цій галузі. Огляди можна знайти, наприклад, у роботах Ссайціопі і співавт. і Могдап і співавт. (Саціпопі еї а!., 2006; Могдап еї а)ї., 2006).
У ще одному аспекті цей винахід стосується застосування пептидів, які входить до складу бо комплексу з МНС, для отримання Т-клітинного рецептора, нуклеїнова кислота якого клонована і введена у клітину-хазяїн, переважно Т-клітину. Ця отримана методами генної інженерії Т- клітина може потім бути перенесена в організм пацієнта для лікування раку.
Будь-яка молекула за винаходом, тобто пептид, нуклеїнова кислота, антитіло, вектор експресії, клітина, активована Т-клітина, Т-клітинний рецептор або нуклеїнова кислота, яка її кодує, є прийнятною для лікування захворювань, для яких є характерним те, що клітини уникають імунної відповіді. Таким чином, будь-яка молекула за цим винаходом може застосовуватися як лікарський засіб або в процесі виробництва лікарського засобу. Згадана молекула може використовуватися сама по собі або у комбінації з іншою молекулою (іншими молекулами) за винаходом або відомою молекулою (відомими молекулами).
За цим винаходом також пропонується комплект, що включає: (а) контейнер, який містить фармацевтичну композицію як зазначено вище, у розчині або у ліофілізованій формі; (б) необов'язково, другий контейнер, що містить розріджувач або розчин для відновлення ліофілізованої композиції, і (в) необов'язково, інструкції із (ї) застосування розчину або (ії) відновлення і (або) застосування ліофілізованої композиції.
Комплект може додатково включати один або більше (ії) буферів, (ім) розріджувачів, (м) фільтрів, (мі) голок або (м) шприців. Контейнер є переважно пляшкою, флаконом, шприцом або пробіркою; і він може бути контейнером багаторазового застосування. Фармацевтична композиція є переважно ліофілізованою.
Комплекти за винаходом, переважно, включають ліофілізовану композицію за цим винаходом в належному контейнері та інструкції з її відновлення і (або) застосування. Належні контейнери включають, наприклад, пляшки, флакони (наприклад, двокамерні флакони), шприци (такі як двокамерні шприци) і пробірки. Контейнер може бути виготовленим із багатьох видів матеріалів, таких як скло або пластмаса. Переважно, комплект і (або) контейнер містить(ять) інструкції із застосування контейнера або пов'язані з контейнером, які містять вказівки щодо відновлення і (або) застосування. Наприклад, на етикетці може вказуватися, що ліофілізована лікарська форма має бути відновлена до таких концентрацій пептидів як зазначено вище. На етикетці, крім того, може бути зазначено, що лікарська форма є прийнятною для або призначена для підшкірного введення.
Контейнер із лікарською формою може бути флаконом багаторазового застосування, котрий дозволяє робити повторні введення (наприклад, від 2 до 6 введень) відновленої лікарської форми. Комплект додатково може включати другий контейнер, що містить прийнятний розріджувач (наприклад, розчин бікарбонату натрію).
Після змішування розріджувача та ліофілізованої форми остаточна концентрація пептиду у відновленій формі переважно становить принаймні 0,15 мг/мл/пептиду (-75 мкг) та переважно не більше З мг/мл/пептиду (51500 мкг). Комплект додатково може включати інші матеріали, бажані з комерційної точки зору та з точки зору користувача, включаючи інші буфери, розріджувачі, фільтри, голки, шприци та вкладиші в упаковку з інструкціями із застосування.
Комплекти за цим винаходом можуть включати один контейнер, який містить лікарську форму фармацевтичних композицій відповідно до цього винаходу з іншими компонентами чи без них (наприклад, інші сполуки або фармацевтичні композиції цих інших сполук) чи включати окремі контейнери для кожного компоненту.
Переважно, комплекти за винаходом включають композицію за винаходом, упаковану для використання, в комбінації з одночасним введенням другої сполуки, такої, як ад'юванти (наприклад, ГМ-КСФ), хіміотерапевтичний агент, природний продукт, гормон чи антагоніст, анти- ангіогенезний агент чи інгібітор, апоптоз-індукуючий агент або хелатор) чи їхню фармацевтичну композицію Компоненти комплекту до введення пацієнту можуть бути завчасно змішані, чи кожний компонент може бути в окремому контейнері. Компоненти комплекту можуть бути надані в одному чи кількох рідких розчинах, переважно, водному розчині, більш переважно, стерильному водному розчині Компоненти комплекту також можуть надаватись як речовини у твердому стані, які можуть бути переведені на рідини шляхом додання прийнятних розчинників, котрі переважно містяться в іншому окремому контейнері.
Контейнер терапевтичного комплекту може являти собою флакон, пробірку, колбу, пляшку, шприц або будь-який інший засіб для вміщення твердої речовини чи рідини. Зазвичай, коли є більш ніж один компонент, комплект включає другий флакон чи другий контейнер, який дозволяє окреме дозування. Комплект може також включати інший контейнер для фармацевтично прийнятної рідини. Переважно, терапевтичний комплект буде включати апарат (наприклад, одну чи кілька голок, шприци, очні піпетки, піпетку та ін.), який робить можливим 60 введення речовин відповідно винаходу, що є компонентами цього комплекту.
Ця лікарська форма є формою, прийнятною для введення пептидів будь-яким зручним способом, наприклад, пероральним (ентеральним), назальним, очним, підшкірним, внутрішньошкірним, внутрішньом'язовим, внутрішньовенним або трансдермальним. Переважно, введення може здійснюватися підшкірно, та найбільш переважно, внутрішньошкірно інфузійним насосом.
Оскільки пептиди за винаходом були виділені з тканин пухлин передміхурової залози, лікарський засіб за винаходом переважно застосовується для лікування пухлин передміхурової залози.
Цей винахід також стосується способу отримання персоналізованого фармацевтичного засобу для застосування для конкретного пацієнта, який включає виготовлення фармацевтичної композиції, яка містить принаймні один пептид, вибраний із "сховища" заздалегідь "просіяних" ТИОМАР, в якому щонайменше один пептид, використаний у фармацевтичній композиції, вибраний таким чином, щоб підходити конкретному пацієнту. В одному з втілень фармацевтична композиція є вакциною. Спосіб може також бути пристосованим для отримання клонів Т-клітин для подальшого використання, такого як виділення ТКР, або розчинних антитіл та інших варіантів лікування. "Персоналізований фармацевтичний засіб" означає засоби лікування, спеціально адаптовані для конкретного пацієнта, які будуть застосовані для лікування лише цього конкретного пацієнта, включаючи активно персоналізовані протиракові вакцини і засоби адоптивної клітинної терапії з використанням аутологічних тканин, отриманих від пацієнта.
Термін "сховище" в контексті цього винаходу означає групу пептидів, яка заздалегідь пройшла "просіяння" (скринінг) на імуногенність і (або) надмірну презентацію у конкретному виді пухлин. Термін "сховище" не означає, що конкретні пептиди, що входять до складу вакцини, були заздалегідь виготовлені і зберігалися у фізичному об'єкті, хоча така можливість мається на увазі. Прямо передбачається, що пептиди можуть бути виготовлені де помо для кожної отриманої персоналізованої вакцини або вони можуть бути виготовлені заздалегідь і зберігатися. "Сховище" (наприклад, у формі бази даних) складається з пухлино-асоційованих пептидів, що були високо експресовані тканинами пухлин хворих на рак передміхурової залози пацієнтів із різними алелями НГА-А, НІ А-В і НІ А-С. Воно може містити пептиди, що зв'язані з
Зо молекулами МНС І класу і з молекулами МНС ІІ класу або подовжені пептиди, що зв'язані з молекулами МН І класу. На додаток до пухлино-асоційованих пептидів, отриманих із декількох тканин пухлин передміхурової залози, сховище може містити маркерні пептиди, що зв'язані з
НІГА-А"02 і НГА-А"24. Ці пептиди дозволяють кількісно порівняти інтенсивність Т-клітинної відповіді, індукованої ТОМАР, і таким чином дозволяє зробити важливий висновок відносно здатності вакцини викликати протипухлинну відповідь. По-друге, вони виконують функцію важливих пептидів позитивного контролю, отриманих з "не-свого" антигену, у випадку, якщо у пацієнта не спостерігаються жодні вакцино-індуковані Т-клітинні відповіді на ТОМАР, отримані зі "своїх" власних антигенів пацієнта. | по-третє, воно дозволяє зробити висновки щодо стану імунокомпетентності пацієнта.
ТОМАР для "сховища" ідентифікуються за допомогою підходу інтегрованої функціональної геноміки, що поєднує аналіз генної експресії, мас-спектрометрію і Т-клітинну імунологію (ХРгезідепі Ф). Цей підхід гарантує, що тільки ТОМАР, насправді присутні у великому відсотку пухлин, але не взагалі неекспресовані або лише мінімально експресовані на нормальних тканинах, будуть вибрані для подальшого аналізу. Для первинного вибору пептидів зразки від пацієнтів із раком передміхурової залози, а також додаткові зразки від пацієнтів із доброякісною гіперплазією передміхурової залози, і зразки крові від здорових донорів аналізували з використанням поетапного підходу: 1. НГ А-ліганди з пухлинного матеріалу ідентифікували методом мас-спектрометрії. 2. Аналіз експресії інформаційної рибонуклеїнової кислоти (ІРНК) в усьому геномі використовували для ідентифікації генів, що надмірно експресовані у злоякісній тканині (раку передміхурової залози) у порівнянні з рядом нормальних органів і тканин. 3. Ідентифіковані НІ А-ліганди порівнювали з даними генної експресії. Пептиди, надмірно або селективно презентовані на пухлінній тканині, переважно такі, що кодуються селективно експресованими або надмірно-експресованими генами, як було визначено на етапі 2, вважали прийнятними ТОМАР-кандидатами для включення до складу мультипептидної вакцини. 4. Пошук літератури був проведений для ідентифікації додаткових свідоцтв, що підтверджують доречність використання ідентифікованих пептидів як ТОМАР 5. Доречність надмірної експресії на рівні ІРНК була підтверджена повторним виявленням вибраних ТОМАР етапу 3 на пухлинній тканині і їх відсутністю (або рідким виявленням) на
Гс10) здорових тканинах.
6. Для оцінки того, чи є здійсненною індукція вибраними пептидами Т-клітинної відповіді іп мімо, був проведений аналіз імуногенності іп міго з використанням Т-клітин людини, отриманих від здорових донорів, а також від пацієнтів, хворих на рак передміхурової залози.
В одному з аспектів пептиди проходять попередній скринінг на імуногенність перед тим, як їх включать до "сховища". Як приклад, що не має обмежувального значення, імуногенність пептидів, доданих до "сховища", визначають методом, що включає примування Т-клітин іп міго шляхом повторних стимуляцій СО8- Т-клітин від здорових донорів клітинами, що презентують штучний антиген, навантаженими комплексами пептид/МНе і антитілами проти СО28.
Цей метод є переважним для видів раку, що рідко спостерігаються, і для пацієнтів з рідкісними профілями експресії. На відміну від мультипептидних коктейлів зі сталим складом, які у даний час вже розроблені, "сховище" дозволяє забезпечити значно кращий збіг з вакциною реальної експресії антигенів у пухлині. Вибрані "готові для застосування" індивідуальні пептиди або комбінації декількох пептидів будуть використані для кожного пацієнта у багатоцільовому підході. Теоретично, підхід, який базується на виборі, наприклад, 5 різних антигенних пептидів із бібліотеки з 50 пептидів, вже мав би привести приблизно до 17 мільйонів можливих складів лікарських препаратів.
В одному варіанті винаходу пептиди вибираються для включення до складу вакцини на основі їхньої прийнятності для конкретного пацієнта на основі способу за цим винаходом як вже описано в цьому документі або як викладено нижче.
З матеріалу пухлини і зразків крові пацієнта будуть зібрані дані щодо фенотипу НГА, транскриптомного і пептидомного аналізу з метою ідентифікувати найбільш прийнятні для кожного пацієнта пептиди "сховища" і унікальні для пацієнта (тобто мутовані) ТОМАР. Будуть вибрані ті пептиди, які селективно або надмірно експресуються в пухлинах пацієнтів і, де можливо, демонструють сильну імуногенність іп міго, якщо вони були досліджені на зразках
МКПК індивідуальних пацієнтів.
Переважно, пептиди, що входять до складу вакцини, ідентифіковані методом, що включає: (а) ідентифікацію пухлино-асоційованих пептидів (ТОМАР), які презентуються зразком пухлини від конкретного пацієнта; (б) порівняння пептидів, ідентифікованих в (а), зі сховищем (базою даних) пептидів як зазначено вище; і (в) вибір принаймні одного пептиду зі сховища (бази
Зо даних), який корелює з пухлино-асоційованим пептидом, ідентифікованим у пацієнта.
Наприклад, ТОМАР, які презентуються зразком пухлини, ідентифікуються за допомогою: (а1) порівняння даних експресії зі зразка пухлини з даними експресії зі зразка нормальної тканини, що відповідає типу тканини зразка пухлини, для ідентифікації білків, які надмірно експресуються або аберантно експресуються у зразку пухлини; і (а2) проведення кореляції даних експресії з послідовностями лігандів МНС, зв'язаних із молекулою МНС І класу і (або) ІІ класу, в зразку пухлини для ідентифікації лігандів МНС, отриманих із білків, що надмірно експресуються або аберантно експресуються пухлиною. Переважно, послідовності лігандів МНС ідентифікуються елююванням зв'язаних пептидів із їхніх комплексів із молекулами МНС, виділених із зразка пухлини, і секвенуванням елюйованих лігандів. Переважно, зразок пухлини і нормальна тканина отримані від того самого пацієнта.
На додаток до (або як альтернатива йому) вибору пептидів з використанням моделі "сховища", ТОМАР можуть бути ідентифіковані у пацієнта де помо і потім введені до складу вакцини. Як один приклад, ТОМАР-кандидати можуть бути ідентифіковані у пацієнта шляхом (а1) порівняння даних експресії зі зразка пухлини з даними експресії зі зразка нормальної тканини, що відповідає типу тканини зразка пухлини, для ідентифікації білків, які надмірно експресуються або аберантно експресуються у зразку пухлини; і (а2) проведення кореляції даних експресії з послідовностями лігандів МНС, зв'язаних із молекулою МНС І класу і (або) ІЇ класу, в зразку пухлини для ідентифікації лігандів МНС, отриманих із білків, що надмірно експресуються або аберантно експресуються пухлиною. Як інший приклад, білки можуть бути ідентифіковані як такі, що містять мутації, які є унікальними для зразка пухлини, по відношенню до відповідної нормальної тканини конкретного пацієнта, а ТОМАР можуть бути ідентифіковані як такі, що специфічно націлені на цю мутацію. Наприклад, геном пухлинної клітини і геном клітин відповідної нормальної тканини можливо секвенувати методом повногеномного секвенування: для викриття несинонімічних мутацій у білок-кодуючій ділянці генів геномні ДНК і
РНК екстрагують із пухлинних тканин, а нормальну немутовану геномну ДНК лінії зародкових клітин екстрагували з мононуклеарних клітин периферичної крові (МКПК). Використаний метод секвенування нового покоління (МО5) зводиться до повторного секвенування білок-кодуючих ділянок (ресеквенування екзому). З цією метою екзонну ДНК із зразків людини уловлюють за допомогою комплектів збагачення цільовими фрагментами, придбаних у постачальника, з бо наступним секвенуванням, наприклад, за допомогою Нібзед2000 (Шитіпа). Крім цього, ІРНК пухлинних клітин секвенують для прямого кількісного визначення генної експресії і підтвердження того, що мутовані гени експресуються у пухлинах пацієнтів. Отримані мутації послідовностей зчитування обробляють з використанням програмно-реалізованих алгоритмів.
Таблиця результатів містить мутації і показники генної експресії. Пухлиноспецифічні соматичні мутації визначають шляхом порівняння з варіаціями зародкових ліній, що походять від МКПК, і розміщують у відповідності до пріоритету. Ідентифіковані де помо пептиди можуть згодом бути досліджені на імуногенність як викладено вище для "сховища", а і ТОМАР-кандидати, що мають прийнятну імуногенність, вибирають для включення до складу вакцини.
В одному з прикладів втілень пептиди, що входять до складу вакцини, ідентифікуються таким чином: (а) ідентифікацією пухлино-асоційованих пептидів (ТОМАР), які презентуються зразком пухлини від конкретного пацієнта описаними вище методами; (б) порівнянням пептидів, ідентифікованих в а), зі сховищем пептидів, які пройшли попередній скринінг на імуногенність і на надмірну експресію у пухлинах у порівнянні з відповідною нормальною тканиною; (в) вибором принаймні одного пептиду зі сховища, який корелює з пухлино-асоційованим пептидом, ідентифікованим у пацієнта, і г) необов'язково, вибором принаймні одного пептиду, ідентифікованого де помо в (а) і підтвердженням його імуногенності.
В одному з прикладів втілень пептиди, що входять до складу вакцини, ідентифікуються таким чином: (а) ідентифікацією пухлино-асоційованих пептидів (ТОМАР), які презентуються зразком пухлини від конкретного пацієнта; і (б) вибором принаймні одного пептиду, ідентифікованого де помо в (а) і підтвердженням його імуногенності.
Після вибору пептидів для персоналізованої вакцини на основі пептиді виготовляється вакцина. Ця вакцина переважно є рідкою лікарською формою, що складається з окремих пептидів, розчинених у ДМСО концентрацією від 20 до 4095, переважно приблизно від 30 до 3595, такій як приблизно 3395 ДМСО.
Кожен пептид, який належить включити до композиції, розчиняють у ДМСО. Концентрацію розчинів окремих пептидів необхідно вибирати залежно від кількості пептидів, які належить включити до складу продукту. Розчини окремих пептидів у ДМСО змішують у рівних частинах, щоб отримати розчин, який містить усі пептиди, які належить включити до складу продукту, з концентрацією -2,5 мг/мл для кожного пептиду. Змішаний розчин потім розводять у співвідношенні 1:3 водою для ін'єкцій з метою досягти концентрацію 0,826 мг/мл для кожного пептиду у 3396 ДМСО. Розведений розчин фільтрують через стерильний фільтр із розміром пор 0,22 мкм. Отримують нерозфасований кінцевий розчин.
Нерозфасований кінцевий розчин розливають по флаконах і зберігають при температурі - 20"С аж до використання. Один флакон вміщує 700 мкл розчину, що містить 0,578 мг кожного пептиду. 500 мкл цього розчину (приблизно 400 мкг кожного пептиду) будуть використані для внутрішньошкірної ін'єкції.
На додаток до можливості використання для лікування раку, пептиди за цим винаходом можуть також використовуватися як діагностичні реактиви. Оскільки пептиди генерувалися з клітин пухлини передміхурової залози і оскільки було визначено, що ці пептиди не є присутніми у нормальних тканинах або присутні у низькій кількості, ці пептиди можуть використовуватися для діагностики наявності пухлини.
Присутність пептидів за цим винаходом на біоптатах тканин у зразках крові може допомогти патоморфологу в діагностуванні раку. Виявлення певних пептидів за допомогою антитіл, мас- спектрометрії або інших методів, відомих фахівцям у цій галузі, може надати патоморфологу інформацію, чи є тканина злоякісною або запаленою або взагалі ураженою хворобою, або може використовуватися як біомаркер раку передміхурової залози. Наявність груп пептидів може дозволити віднести хворі тканини до певного класу чи підкласу.
Виявлення пептидів на зразках хворої тканини дає можливість прийняти рішення відносно користі від методів лікування за участю імунної системи, особливо якщо відомо або передбачається, що Т-лімфоцити причетні до механізму дії. Втрата експресії МНС є добре відомим механізмом, за яким інфіковані або злоякісні клітини уникають імунного контролю.
Отже, наявність пептидів свідчить про те, що цей механізм не використовується клітинами, що аналізуються.
Пептиди за цим винаходом можливо використовувати для аналізу відповіді лімфоцитів на дію таких пептидів, такої як реакція Т-клітин або відповідь антитіл на пептид або комплекс пептиду і молекул МНС. Ці відповіді лімфоцитів можливо використовувати як прогностичні маркери для прийняття рішень щодо наступних терапевтичних дій. Ці відповіді можна також використовувати як сурогатні маркери в імунотерапевтичних підходах, що мають на меті викликати відповіді лімфоцитів у різний спосіб, наприклад, вакцинацією білками, нуклеїновими 60 кислотами, аутологічними матеріалами, адоптивним перенесенням лімфоцитів. В закладах, де застосовують генну терапію, для оцінки побічних ефектів рекомендується проаналізувати реакції лімфоцитів на пептиди. Моніторинг реакцій лімфоцитів може також бути цінним інструментом під час обстеження при подальшому спостереженні після трансплантації, наприклад, для виявлення реакцій "трансплантат проти хазяїна" та "хазяїн проти трансплантата".
Цей винахід буде проілюстрований наведеними нижче прикладами, які описують його переважні втілення, з посиланнями на супроводжувальні фігури, але не обмежуються наведеними тут. Для цілей цього винаходу всі цитовані джерела включені в цей документ шляхом посилання в усій повноті.
ФІГУРИ
На Фігурах ТА-С показана надмірна презентація різних пептидів у нормальних тканинах (білі стовпчики) і тканинах раку підшлункової залози і тканинах доброякісної гіперплазії передміхурової залози (чорні стовпчики). На Фігурах 10-Е показані усі лінії клітин, нормальні тканини і ракові тканини, на яких були виявлені типові пептиди (З ЗНОМІ І (А"02) (ЗЕО ІЮ МО. 20) і БІ'.5НОМ І. (А"24) (5ЕО ІЮ МО. 20)). Фігура 1А) Ген: ОК51Е2, пептид: МТАОЇІСІМАМ (А"О02;
ЗЕО ІЮ МО.1)-- Тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, 6 артерій, 5 кісткових мозків, 7 головних мозків, З молочні залози, 1 центральний нерв, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 8 стравоходів, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 16 нирок, 21 печінка, 46 легенів, 4 лімфатичні вузли, 4 зразки лейкоцитів,ї яєчника, 7 підшлункових залоз, 4 периферичних нерви, 1 очеревина, З гіпофізи, 4 плаценти, З плеври, бпрямих кишок, 7 слинних залоз, 4 скелетні м'язи, б зразків шкіри, 2 тонкі кишки, 4 селезінки, 7 шлунків, 4 сім'яники, З тимуси, 4 щитоподібні залози, 10 трахей, З сечоводи, 6 сечових міхурів, 2 матки, 2 вени, З передміхурові залози, 44 уражені пухлиною передміхурові залози. Цей пептид був також виявлений на зразку дрібноклітинного раку легенів (не показаний). Фігура 18) Ген:
МАМЗС1, пептид: КМОЕАБАОГ І (А02; 5ЕО ІЮ МО.:14)-- Тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, 6 артерій, 5 кісткових мозків, 7 головних мозків, З молочні залози, 1 центральний нерв, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 8 стравоходів, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 1бнирок, 21 печінка, 46 легенів, 4 лімфатичні вузли, 4 зразки лейкоцитів,4 яєчника, 7 підшлункових залоз, 4 периферичних нерви, 1 очеревина, З гіпофізи, 4 плаценти, З плеври, 6 прямих кишок, 7 слинних залоз, 4 скелетні м'язи, 6 зразків шкіри, 2 тонкі кишки, 4 селезінки, 7 шлунків, 4 сім'яники, З тимуси, 4 щитоподібні залози, 10 трахей,
З сечоводи, б сечових міхурів, 2 матки, 2 вени, З передміхурові залози, 44 уражені пухлиною передміхурові залози. Фігура 1С) Ген: ТЕРМ8, пептид: ЗУМОАГ СТЕ (А"24; 5ЕО ІО МО.:24) --
Тканини зліва направо: 2 надниркові залози, 1 артерія, 4 головних мозки, 1 молочна залоза, 5 товстих кишок, 1 серце, 13 нирок, 9 печінок, 9 легенів, З підшлункові залози, 1 гіпофіз, 2 прямі кишки, З шкіри, 1 селезінка, 12 шлунків, 1 тимус, 2 матки, 40уражених пухлиною передміхурових залоз. Цей пептид був також виявлений на зразку недрібноклітинного раку легенів (не показаний). Фігура 10) Ген: КІАА1244, пептид: З Ї ЗНОМІ ЇЇ. (А"02; 5ЕО ІЮ МО.:20) --
Тканини зліва направо: 1 лінія клітин підшлункової залози, 20 ракових тканин (1 рак головного мозку, 1 рак молочної залози, 2 раки товстої кишки, 1 рак стравоходу, 1 рак нирки, 1 рак печінки,
З раки легенів, 8 раків передміхурової залози, 1 рак шлунка, 1 рак сечового міхура). Набір нормальних тканин був таким самим, як у А-В, але пептид не був виявлений на жодній нормальній тканині. Фігура 1Е) Ген: КІАА1244, пептид: ОМОКОРІ ТІ. (А"24; 5БО ІО МО.:33) --
Тканини зліва направо: З тканини доброякісної гіперплазії передміхурової залози, З нормальні тканини (1 печінка, 1 легеня, 1 пряма кишка), 31 ракова тканина (5 раків головного мозку, 4 раки печінки, 15 раків легенів, 7 раків передміхурової залози). Набір нормальних тканин був таким самим, як у С, але тканини без виявлення не показані. На Фігурах 1Б-К показана надмірна презентація різних пептидів у нормальних тканинах (білі стовпчики) і тканинах раку передміхурової залози і тканинах доброякісної гіперплазії передміхурової залози (чорні стовпчики). На Фігурах 11 -5 показані усі лінії клітин, нормальні тканини і ракові тканини, на яких були виявлені різні пептиди. Фігура 1Е - Ген: МЕЕН, пептид: НІ ЕОІАНМ (А"02; 5ЕО ІЮ МО.: 3) - тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, б артерій, 5 кісткових мозків, 7 головних мозків, З молочні залози, 1 центральний нерв, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 8 стравоходів, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 16 нирок, 4 зразки лейкоцитів, 21 печінка, 46 легенів, 4 лімфатичні вузли, З яєчника, 7 підшлункових залоз, 4 периферичних нерви, 1 очеревина, З гіпофізи, 2 плаценти, З плеври, б прямих кишок, 7 слинних залоз, 4 скелетні м'язи, 5 зразків шкіри, 2 тонкі кишки, 4 селезінки, 7 шлунків, 4 сім'яники, З тимуси, 4 щитоподібні залози, 9 трахей, З сечоводи, б сечових міхурів, 2 матки, 2 вени, З передміхурові залози,
ЗЗ тканини раку передміхурової залози і 10 тканин доброякісної гіперплазії передміхурової 60 залози. Фігура 15) Ген: РОЕ11А, пептид: АГ'ЕБКММІ (А"02; ЗЕО ІЮО МО.: 6) - тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, б артерій, 5 кісткових мозків, 7 головних мозків, З молочні залози, 1 центральний нерв, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 8 стравоходів, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 1б нирок, 4 зразки лейкоцитів, 21 печінка, 46 легенів, 4 лімфатичні вузли, З яєчника, 7 підшлункових залоз, 4 периферичних нерви, 1 очеревина, З гіпофізи, 2 плаценти, З плеври, б прямих кишок, 7 слинних залоз, 4 скелетні м'язи, 5 зразків шкіри, 2 тонкі кишки, 4 селезінки, 7 шлунків, 4 сім'яники, З тимуси, 4 щитоподібні залози, 9 трахей, З сечоводи, б сечових міхурів, 2 матки, 2 вени, З передміхурові залози,
ЗЗ тканини раку передміхурової залози і 10 тканин доброякісної гіперплазії передміхурової залози. Фігура 1Н) Ген: КГК4, пептид: ЗМУ ОСІ МЕ (А"24; 5БО ІЮО МО.: 27) - тканини зліва направо: 2 надниркові залози, 1 артерія, 4 головних мозки, 1 молочна залоза, 5 товстих кишок, 1 серце, 13 нирок, 9 печінок, 9 легенів, З підшлункові залози, 1 гіпофіз, 2 прямі кишки, З шкіри, 1 селезінка, 12 шлунків, 1 тимус, 2 матки, 37 тканин раку передміхурової залози і З тканини доброякісної гіперплазії передміхурової залози. Фігура 1І) Ген: ТОЕВЗ, пептид: УМАКЕЇНКЕ (А"24; 5ЕО ІО МО. 28)- тканини зліва направо: 2 надниркові залози, 1 артерія, 4 головних мозки, 1 молочна залоза, 5 товстих кишок, 1 серце, 13 нирок, 9 печінок, 9 легенів, З підшлункові залози, 1 гіпофіз, 2 прямі кишки, З шкіри, 1 селезінка, 12 шлунків, 1 тимус, 2 матки, 37 тканин раку передміхурової залози і З тканини доброякісної гіперплазії передміхурової залози. Фігура 19) Ген: КГКЗ, пептид: ЗБІЕЄНРЕЮОТООМ (А"02; 5БО ІЮО МО.: 49)- тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, б артерій, 5 кісткових мозків, 7 головних мозків,
З молочні залози, 1 центральний нерв, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 8 стравоходів, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 1б нирок, 4 зразки лейкоцитів, 21 печінка, 46 легенів, 4 лімфатичні вузли, З яєчника, 7 підшлункових залоз, 4 периферичних нерви, 1 очеревина, З гіпофізи, 2 плаценти, З плеври, б прямих кишок, 7 слинних залоз, 4 скелетні м'язи, 5 зразків шкіри, 2 тонкі кишки, 4 селезінки, 7 шлунків, 4 сім'яники, З тимуси, 4 щитоподібні залози, 9 трахей, З сечоводи, б сечових міхурів, 2 матки, 2 вени, З передміхурові залози,
ЗЗ тканини раку передміхурової залози і 10 тканин доброякісної гіперплазії передміхурової залози. Фігура 1К) Ген: КІК2, пептид: АУЗЕКМТЕРЕ (А"24; 5ЕО ІЮ МО.: 54) - тканини зліва направо: 2 надниркові залози, 1 артерія, 4 головних мозки, 1 молочна залоза, 5 товстих кишок, 1 серце, 13 нирок, 9 печінок, 9 легенів, З підшлункові залози, 1 гіпофіз, 2 прямі кишки, З шкіри,
Зо 1 селезінка, 12 шлунків, 1 тимус, 2 матки, 37 тканин раку передміхурової залози і З тканини доброякісної гіперплазії передміхурової залози. Фігура 1) Ген: СКЕВІ1, пептид: ЗМІ СЕБЕ. (АТ2; БЕО 10 МО: 2)- тканини зліва направо: 1 тканина доброякісної гіперплазії передміхурової залози (ДГПЗ), З лінії клітин (З шкіри) 1 нормальна тканина (1 матка), 26 ракових тканин (2 раки молочної залози, 2 раки печінки, 1 рак легенів, 1 рак яєчника, 13 раків передміхурової залози, 6 раків шкіри, 1 рак матки. Фігура 1М) Ген: ТКРМ8, пептид: АГСТЕУМУКІ. (АТ2; БЕО 10 МО): 4)- тканини зліва направо: З тканини доброякісної гіперплазії передміхурової залози (ДГІПЗ3), 13 ракових тканин (1 рак головного мозку, 12 раків передміхурової залози). Фігура 1М) Ген: ТЕРМ8, пептид: КІРКИ МІ (А"02; 5ЕО ІЮО МО.: 5) - тканини зліва направо: 4 тканини доброякісної гіперплазії передміхурової залози (ДГПЗ), 10 ракових тканин (1 рак головного мозку, 8 раків передміхурової залози, 1 рак шкіри).
Фігура1О- Ген: МАМ5ЗС1І, пептид: КМОЕАБАОІ (А"02; 5ЗЕО ІО МО. 16)- тканини зліва направо: 21 ракова тканина (20 раків передміхурової залози, 1 рак сечового міхура). Фігура 1Р -
Ген: Сбоп132, пептид: ЕУО5РІМТЕ (А"24; 5ЕО ІЮ МО.: 29) - тканини зліва направо: 4 тканини доброякісної гіперплазії передміхурової залози (ДГПЗ), 54 ракові тканини (1 рак печінки, 24 раки легенів, 26 раків передміхурової залози, З раки шлунка). Фігура 10 - Ген: ІТОА?7, пептид:
АРБРОБНМУІ ТЕ (А"24; 5ЕО 10 МО: 34)- тканини зліва направо: 5 тканин доброякісної гіперплазії передміхурової залози (ДГПЗ), 44 ракові тканини (10 раків головного мозку, 1 рак нирки, 4 раки печінки, 18 раків легенів, 11 раків передміхурової залози). Фігура 18 - Ген: ТРБВ2,
ТРБЗАВІ, пептид: МТМ (А"24; 5ЕБЕО ІО МО.: 35)- тканини зліва направо: З тканини доброякісної гіперплазії передміхурової залози (ДГІПЗ3), 59 ракових тканин (36 раків легенів, 14 раків передміхурової залози, 9 раків шлунка). Фігура15- Ген: ЗІ СЗОА4, пептид:
АГ СаО МОМ (А"02; 5ЕО І МО.: 52) - тканини зліва направо: 1 тканина доброякісної гіперплазії передміхурової залози (ДГІПЗ3), 11 ракових тканин (1 рак лімфатичних вузлів, 9 раків передміхурової залози, 1 рак шкіри).
На Фігурах 2А-Е показані приклади профілів експресії (відносна експресія у порівнянні з нормальною ниркою) вихідних генів за цим винаходом, які в значній мірі надмірно або виключно експресуються у пухлинах раку передміхурової залози у панелі нормальних тканин і 20 зразках раку передміхурової залози. Тканини зліва направо: надниркова залоза, артерія, кістковий мозок, головний мозок (весь), молочна залоза, товста кишка, стравохід, серце, нирка (три 60 паралельні вимірювання), лейкоцити, печінка, легеня, лімфатичний вузол, яєчник, підшлункова залоза, плацента, передміхурова залоза, слинна залоза, скелетний м'яз, шкіра, тонка кишка, селезінка, шлунок, сім'яник, тимус, щитоподібна залоза, сечовий міхур, шийка матки, матка, вена, 20 зразків раку передміхурової залози. Фігура 2А) МЕНЕН; Фігура 28) АВССЯ4; фігура 20)
ЕАВЗВ; Фігура 203 ОКУ1Е2 і Фігура 2Е) КІ КО.
На Фігурі З показані типові дані дослідження імуногенності: результати проточної цитометрії після пептид-специфічного мультимерного забарвлювання. А) ТОМІ (ЕКВР10; 5ЕО ІЮО Мо. 42); В) ІМТАМТУМІ (ТРБЗВ2, ТРБЗАВІ; 5ЕО І Мо. 35).
На Фігурах 4А-С показані типові результати відповіді іп міго пептид-специфічних СОвж Т- клітин здорового НІ А-А"02-- донора. СО8-позитивні Т-клітини були примовані з використанням штучних АПК, навантажених моноклональними антитілами проти СО28 і НІ А-А"02 у комплексі з пептидом з послідовністю Зед ІЮ Мо 1 (А, ліва панель), 5едіО Мо З (В, ліва панель) або ЗедІіЮ
Мо 5 (С, ліва панель), відповідно. Після трьох циклів стимуляції були проведене визначення клітин, що реагують із пептидом, за допомогою подвійного барвлення мультимерами з
А"О2/5еДІЮО Мо 1 (А), А"02/5едІЮ Мо З (В) або А"02/5едІЮ Мо 5 (С). На правих панелях (А,В і С) показане контрольне забарвлювання клітин, стимульованих невідповідними комплексами
А"02/пептид. Проводили "гейтування" життєздатних поодиноких клітин на належність до СОв8ч- лімфоцитів. Булеві гейтування допомогли виключити хибнопозитивні відповіді, виявлені за допомогою мультимерів, специфічних до різних пептидів. Наведені частоти виявлення специфічних мультимер-позитивних клітин серед СО8-- лімфоцитів.
На Фігурах 5БА-В показані типові результати відповіді іп міго пептид-специфічних Сов Т- клітин здорового НІ А-А"24-- донора. СО8-- Т-клітини були примовані з використанням штучних
АПК, навантажених моноклональними антитілами проти СО28 і НІГ А-А"24 у комплексі з пептидом з послідовністю бед ІЮ Мо 24 (А, ліва панель) або Зед ІЮ Мо 27 (В, ліва панель), відповідно. Після трьох циклів стимуляції були проведене визначення клітин, що реагують із пептидом, за допомогою подвійного барвлення мультимерів з А"24/5еДІЮО Мо 24 (А) або
А"24/5еДІЮ Мо 27 (В). На правих панелях (А і В) показане контрольне забарвлення клітин, стимульованих невідповідними комплексами А"24/пептид. Проводили "гейтування" життєздатних поодиноких клітин на належність до СО8вж- лімфоцитів. Булеві гейтування допомогли виключити хибнопозитивні відповід, виявлені за допомогою мультимерів,
Зо специфічних до різних пептидів. Наведені частоти виявлення специфічних мультимер- позитивних клітин серед СО8-- лімфоцитів.
ПРИКЛАДИ
ПРИКЛАД 1
Ідентифікація і кількісне визначення рівнів пухлино-асоційованих пептидів, презентованих на поверхні клітин
Зразки тканин
Зразки тканин пухлин передміхурової залози пацієнтів були отримані з Авіегапа (Детройт,
Мічиган, США і Ройстон, Хартфордшир, Велика Британія), Віобегле (Белтсвілл, Меріленд,
США); Сепеїїісібї Іпс. (Глендейл, Каліфорнія, США), Іпаїмитей отьн (Гамбург, Німеччина);
Шпиталю Святого Савви, Афіни, Греція, Університетської клініки Тюбінгена. Нормальні тканини були отримані з Авієегапа (Детройт, США і Коубіоп, Хартфордшир, Велика Британія); Віо-Оріїопе
Іпс, Каліфорнія, США; ВіобЗегме, Белтсвілл, Меріленд, США; Сарйа! Віозсіепсе Іпс, Роквілл,
Меріленд, США; Сепеїсіві Іпс., Глендейл, Каліфорнія, США; Університетської клініки Женеви;
Університетської клініки Гейдельберга; Медичного університету префектури Кіото (КРОМ);
Університету міста Осака (ОС), Університетської клініки Мюнхена; РгоїеосСепех Іпс., Калвер
Сіті, Каліфорнія, США; Тіззце ЗоЇшіоп5 П., Глазго, Велика Британія, Університетської клініки
Тюбінгена. До хірургічного видалення тканин або аутопсії була одержана письмова інформована згода від усіх пацієнтів. Тканини були заморожені шоковим способом безпосередньо після вирізування та зберігались до виділення ТОМАР при температурі -707С або нижче.
Виділення пептидів НГА із зразків тканин
Пули пептидів НГА із заморожених шоковим способом зразків тканин були одержані імунним осадженням із твердих тканин відповідно до незначно зміненого протоколу (гаїК еї аї., 1991; зЗеедег єї а!Ї., 1999) з використанням НІ А-А"02-специфічного антитіла ВВ7.2, використанням
НІА-А, -В, С-специфічного антитіла УМУб/32, використанням СМВг-активованої сефарози, кислотної обробки та ультрафільтрації.
Аналіз методом мас-спектрометрії
Одержані пули пептидів НІГА розділялися відповідно до їхньої гідрофобності із використанням зворотно-фазної хроматографії (папоАсдийу РІС зуєїет, УмМаїегв), та 60 елюйовані пептиди були проаналізовані на гібридному мас-спектрометрі ГТО-уєЇо5 5О0
(ТпегптоЕїПІесігоп) з джерелом іонів типу електроспрей (Е5І). Пептидні пули були завантажені безпосередньо на аналітичну мікрокапілярну колонку з плавленого кварцу (7/5 мкм в. д.х 250 мм), заповнену зворотно-фазним сорбентом С18 розміром 1,7 мкм (Умаїег5), із застосуванням швидкості потоку 400 нл на хвилину. Згодом пептиди були розділені з використанням двоетапного 180-хвилинного бінарного градієнту з 1095 до 3395 розчинника В при швидкості потоку 300 нл на хвилину. Градієнт був забезпечений розчинником А (0,195 мурашиної кислоті у воді) та розчинником В (0,190 мурашиної кислоті в ацетонітрилі). Був використаний скляний капіляр із золотим покриттям (РісоТір, Мем/ ОБіесіїме) для введення в джерело іонів нано-ЕБ5І. Мас-спектрометри ГТО-Огрігар працювали в інформаційно-залежному режимі з використанням стратегії ТОР5. Стисло, цикл сканування був ініційований з повним скануванням при високій точності маси на Огрйгар (К - 30 000) з наступними сканами МС/МС також на Огрйгар (К - 7500) на 5 найбільш поширених прекурсорних іонах з динамічним виключенням раніше вибраних іонів. Тандемні мас-спектри були інтерпретовані програмою
ЗЕОШЕЗТ з додатковим контролем в ручному режимі. Ідентифікована пептидна послідовність була підтверджена порівнянням генерованої моделі фрагментації природного пептиду з моделлю фрагментації синтетичного контрольного пептиду з ідентичною послідовністю.
Відносне кількісне визначення на основі даних РХ-МС без використання ізотопної мітки здійснювалось підрахунком іонів, тобто екстракцією і аналізом компонентів РХ-МС (Миеїег еї аї., 2007). Цей метод базується на припущенні, що площі піків РХ-МС сигналів пептиду корелюють з його кількістю у зразку. Екстраговані компоненти були потім піддані обробці методами деконволюції за зарядовими станами і вирівнювання часу утримання (Миеїег еї аї., 2008; іт еї а!., 2008). Нарешті, компоненти РХ-МС були піддані обробці методом перехресних посилань з результатами ідентифікації послідовностей з метою об'єднати кількісні дані різних зразків і тканин у профілі презентації пептидів. Кількісні дані пройшли двоярусну нормалізацію відповідно до основної тенденції, з урахуванням варіабельності технічних і біологічних повторних вимірів. Отже, кожний ідентифікований пептид можна зв'язати з кількісними даними, що дозволяє провести відносний кількісний аналіз між зразками і тканинами. Крім того, усі кількісні дані, отримані для пептидів-кандидатів, були перевірені вручну для забезпечення погодженості даних і перевірки точності автоматичного аналізу. Профілі презентації були
Зо розраховані для кожного пептиду, які дозволяють оцінити середній рівень презентації у зразку, а також варіацію повторних вимірювань. На профілях зіставляються зразки раку передміхурової залози і зразки доброякісної гіперплазії передміхурової залози з фоновим рівнем зразків нормальних тканин. Профілі презентації типових надмірно презентованих пептидів показані на
Фігурі 1. Показники презентації типових пептидів наведені у Таблиці 12 і Таблиці 13.
Таблиця 12. Показники презентації. У таблиці наведений перелік пептидів, що зв'язуються з
НГА-А"02, які надзвичайно надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (жї-), в значній мірі надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (їж) або надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (жк).
Таблиця 12
Показники презентації 711116 ЗАШЕЗБНУМЕЇГ/Г////Ї1111111111сни11сС12С 11108111 1ШОЕБІАВА.ЇГГ/777777711Ї1111111111сни11сС2С 111119 ОМОМЕАБОКАІКСЇ//////Ї77777771717171117171сянссСс2С
Таблиця 12
Показники презентації
Таблиця 13. Показники презентації. У таблиці наведений перелік пептидів, що зв'язуються з
НГА-А"24, які надзвичайно надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (жї-), в значній мірі надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (їж) або надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (жк).
Таблиця 13
Показники презентації
ПРИКЛАД 2
Профілі експресії генів, що кодують пептиди за винаходом
Надмірна презентація або специфічна презентація пептиду пухлинних клітинах у порівнянні з нормальними клітинами є достатньою для можливості його використання в імунотерапії, а деякі пептиди є пухлино-специфічними незважаючи на те, що їхній вихідний білок зустрічається також у нормальних тканинах. Все ж, отримання профілю експресії ІРНК додає додатковий рівень безпеки у виборі пептидних мішеней для імунотерапії. Це особливо важливо для варіантів терапії з високим ризиком для безпеки, таких як ТКР із дозрілою афінністю, де ідеальний пептид буде отриманий з білка, унікального для пухлини і який не виявлений у нормальних тканинах.
Джерела та приготування РНК
Зразки тканин, видалені хірургічним шляхом, були придбані у зазначених вище джерел (див.
Приклад 1) після одержання письмової інформованої згоди від кожного пацієнта. Зразки пухлинної тканини були миттєво заморожені в рідкому азоті безпосередньо після хірургічної операції та пізніше гомогенізовані з використанням ступки та товкача під рідким азотом.
Тотальна РНК була приготована з цих зразків з використанням реактиву ТКІ (АтбБіоп,
Дармштадт, Німеччина), з наступним очищенням за допомогою КМеазу (ОІАСЕМ, Хільден,
Німеччина); обидві методики виконувались за протоколом виробника.
Тотальна РНК зі здорових тканин людей була одержана комерційним шляхом (Атріоп,
Хантингтон, Велика Британія; Сіопіесп, Гейдельберг, Німеччина; 5Зігаїадепе, Амстердам,
Нідерланди; ВіоСНаїп, Хейуорд, Каліфорнія, США). РНК від кількох осіб (від 2 до 123 осіб) були змішані таким чином, щоб РНК від кожної особи була рівнозважена.
Якість та кількість усіх зразків РНК були оцінені на біоаналізаторі Адіїепі 2100 (Адіїепі,
Вальдброн, Німеччина), з використанням комплекту ЕМА 6000 Рісо І арсСпір Кії (АдіїепО).
Експерименти з використанням мікрочипів
Аналіз генної експресії усіх зразків РНК пухлинних і нормальних тканин був виконаний з використанням олігонуклеотидних мікрочипів Айутеїгіх Нитап Сепоте (НС) О133А або НОо- 133 Ріюиз 2.0 (Апутеїгіх, Санта Клара, Каліфорнія, США). Усі етапи виконувалися відповідно до посібника АПутеїгіх. Стисло, дволанцюгова кКДНК була синтезована з 5-8 мкг тотальної РНК, з використанням Зирегзогірі КЕТІ! (Іпмігодеп) та оліго-4Т-Т7-праймеру (МУУС Віоїесі, Еберсберг,
Німеччина), як описано в посібнику. Транскрипція іп мйго була виконана з використанням комплекту маркування РНК-транскриптів ВіоАгтау Нідп мівеій ЕМА Тгапзстірі І ареїйпу Кії (ЕМО ріадповійсв, Іпс., Фармінгдейл, Нью-Йорк, США) для чипів О1З3ЗА або комплекту СепесСпір ІМТ
І абеїїїпо Кії (АПутеїгіх) для чипів 0133 Рів 2.0, після чого були здійснені КРНК- фрагментація, гібридизація та забарвлювання стрептавідин-фікоеритрином та біотинільованим анти- стрептавідиновим антитілом (МоїІесціаг Ргобе5, Лейден, Нідерланди). Зображення були скановані приладом Адііепі 2500А СепеАітау бсаппег (01З3ЗА) або АпПутеїйіх Ссепе-СНпір Зсаппег 3000 (0133 Ріє 2.0). Дані аналізувалися за допомогою програми 5СО5 (АПутеїйгіх), з використанням стандартних установок для усіх параметрів. Для нормалізації були застосовані 100 службових генів, наданих компанією АйЙуптейїйіх. Відносні значення експресії були
Зо розраховані по відношенням логарифмів зареєстрованих сигналів, наданим комп'ютерною програмою, причому значення для нормального зразка тканин нирки було довільно встановлене на 1,0. Типові профілі експресії вихідних генів цього винаходу, які в значній мірі надмірно або виключно експресуються при раку передміхурової залози, показані на На Фігурах 2А-Е.
Показники презентації додаткових типових генів наведені у Таблиці 14.
Таблиця 14. Показники презентації У таблиці наведений перелік пептидів, які отримані з генів, що надзвичайно надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (ї-ї), в значній мірі надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (їж) або надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (жк).
Таблиця 14
Показники презентації
ПРИКЛАД З
Імуногенність іп міго презентованих МНС І класу пептидів
Щоб отримати інформацію стосовно імуногенності ТОМАР за цим винаходом, автори винаходу провели дослідження з використанням примування Т-клітин іп мійго на основі повторної стимуляції СО8- Т-клітин штучними антиген-презентуючими клітинами (штучними
АПК), навантаженими комплексами пептид/МНе і антитілами проти СО28. У такий спосіб була показана імуногенність ТОМАР за цим винаходом, рестриктованих за НІ А-А"0201 і за НІ А-А"24, що продемонструвало, що ці пептиди є епітопами Т-клітин, проти яких в організмі людини існують попередники СО8 ж Т-клітин (Таблиця 15 А-В).
Примування СОВ8 я Т-клітин іп міго
Для проведення стимуляцій іп міо штучними антиген-презентуючими клітинами, завантаженими комплексом пептид-МНС (рмМмнНео) та антитілами проти СО28, спочатку були виділені СО8-- Т-клітини зі свіжих продуктів лейкаферезу НІ А-А"02 шляхом позитивного відбору з використанням анти-СО8 мікрогранул (Міпепуї Віоїес, Бергіш-Гладбах, Німеччина) здорових донорів, отриманих із Клініки Університету міста Мангейм, Німеччина, після одержання інформованої згоди.
МКПК і виділені СОв--лімфоцити інкубували аж до використання в Т-клітинному середовищі (ТОМ), що складається з КРМІ-СІшатах (Іпмігодеп, Карлсруе, Німеччина) з додаванням 10905 термічно інактивованої АВ-сироватки людини (РАМ-Віоїесі, Ейденбах, Німеччина), 100 Од/мл пеніциліну/100 мкг/мл стрептоміцину (Сатргех, Кельн, Німеччина), 1 мМ пірувату натрію (СС
Рго, Обердорла, Німеччина), 20 мкг/мл гентаміцину (Сатргех). Цитокіни у концентраціях 2,5 нг/мл ІЛ-7 (РготосСеїЇ, Гейдельберг, Німеччина) та 10 Од/мл ІЛ-2 (Момапів РНагпта,
Ноюрнберг, Німеччина) також додавалися до ТОМ на цьому етапі культивування.
Приготування мікросфер, покритих рМНе і антитілами проти СО28, Т-клітинні стимуляції та зчитування виконувалися у добре вивченій системі іп міго з використанням чотирьох різних молекул рМНе для кожної стимуляції і 8 різних молекул рРМНС для кожної умови зчитування.
Очищені костимулювальні антитіла мишачого І(дДо2а проти СО28 людини АБ 9.3 (Чипа еї аї., 1987) були хімічно біотинільовані за допомогою сульфо-М-гідроксисукцинімідобіотину, як рекомендовано виробником (Регбріо, Бонн, Німеччина). Використовували полістирольні гранули діаметром 5,6 мкм, покриті стрептавідином (Вапоз І арогайогіе5, Іллінойс, США).
Зо рРМНС, використаними як позитивний і негативний контроль, були А"0201/МІ А-001 (пептид
ЕГАСІСИ ТМ (5ЕО 10 Мо.60) з модифікованого Меїап-А/МАВТ-1) та А"0201/00Х5-001 (У РАЇМНІ із 0ОХ5, 5ЕО ІО Мо. 61), відповідно.
В 96-лункові планшети вносили 800 000 мікрогранул/200 мкл у присутності 4х12,5 нг різних біотинільованих комплексів РІМНС, промивали та додавали 600 нг біотинільованих антитіл проти СО28 в об'ємі 200 мкл. Стимуляція була проведена в планшетах на 96 лунок шляхом спільного інкубування 1х105 СО8-- Т-клітин із 2х105 промитих мікрогранул з покриттям у 200 мкл
ТОМ з доданням 5 нг/мл ІЛ-12 (РготосСеїІ) протягом З днів за температури 37"С. Половина середовища була потім замінена свіжим ТОМ з доданням 80 Од/мл ІЛ-2, та інкубування продовжували 4 дні за 37"С. Цей цикл стимуляцій був виконаний загалом три рази. Для зчитування з РМНСОС-мультимерів з використанням 8 різних молекул РМНС для кожної умови зчитування застосовувалося двомірне структурне кодування як описано раніше (Апаегзеп еї аї., 2012) з невеликими модифікаціями, які стосуються зв'язування з п'ятьма різними флуорохромами. Нарешті, був проведений аналіз мультимерів за допомогою забарвлювання клітин барвником для визначення їхньої життєздатності І іме/ЯАеай у ближньому ІК-діапазоні (Іпийгодеп, Карлесрує, Німеччина), клону антитіл СО8-РІТС ЗК (ВО, Гейдельберг, Німеччина) і флуоресцентних РМНО-мультимерів. Для аналізу використовували цитометр ВО І ЗК ЗОКР, обладнаний відповідними лазерами і фільтрами. Пептидо-специфічні клітини були розраховані як відсоток від загальної кількості СО8-позитивних клітин. Оцінка результатів мультимерного аналізу була виконана за допомогою комп'ютерної програми Ріомл)о (Тгее Заг, Орегон, США).
Примування іп міго специфічних мультимер-позитивних СО8- лімфоцитів було визначене порівнянням зі стимуляціями негативних контролів. Імуногенність для даного антигену визначалася, якщо було виявлено, що принаймні одна оцінювана іп міго стимульована лунка одного здорового донора містить специфічні СО8- Т-клітини після стимуляції іп міго (тобто коли ця лунка містила хоча б 195 специфічних мультимер-позитивних серед СОбвя- Т-клітин та відсоток специфічних мультимер-позитивних клітин був принаймні в 10 разів більше медіанного значення стимуляцій відповідних негативних контролів).
Імуногенність іп міго для пептидів раку передміхурової залози
Для перевірених пептидів НГА | класу імуногенність іп міго можна продемонструвати генерацією пептидо-специфічних Т-клітинних ліній. Типові результати цитометрії після ТОМАР- бо специфічного мультимерного забарвлення для 2 пептиду за винаходом показані на фігурі 3,
разом із відповідними негативними контролями. Результати для 5 пептидів за винаходом зведені у Таблицю 15А. Додаткові результати для б пептидів за винаходом зведені у
Таблицю 158.
Таблиця 15А. Імуногенність іп міго пептидів НГ А класу І за винаходом
Типові результати експериментів по визначенню імуногенності іп міго, проведених подавцем заявки, для пептидів за винаходом. «20905 - -; 2095-49 96 - --;5 5095 - 69 9Ув- я; »- 7095 - нижня
Таблиця 15А
Імуногенність іп міго пептидів НГ А класу І за винаходом
Таблиця 158. Імуногенність іп міго пептидів НІ А класу І за винаходом
Типові результати експериментів по визначенню імуногенності іп міго, проведених подавцем заявки, для пептидів за винаходом. «20905 - -; 2095-49 96 - --;5 5095 - 69 9Ув- я; »- 7095 - нижня
Таблиця 158
Імуногенність іп міго пептидів НГ А класу І за винаходом 77171716 ФАШЕЗБНУМЇГ////// Ї7777777111111в ИЙ
ПРИКЛАД 4
Синтез пептидів
Усі пептиди були синтезовані стандартним і широко використовуваним методом твердофазного синтезу пептидів за стратегією Етос. Ідентичність і чистоту кожного окремого пептиду визначали методами мас-спектрометрії і аналітичної ЗФ-ВЕРХ. Пептиди одержували у вигляді білих або брудно-білих ліофілізатів (солей фторацетатів) чистотою »5095. Усі ТОМАР переважно вводять у вигляді трифторацетатних солей або ацетатних солей, використання інших солей також можливе.
ПРИКЛАД 5
Аналіз зв'язування з МНС
Пептиди-кандидати для Т-клітинної терапії за цим винаходом були додатково перевірені на здатність зв'язуватися з МНС (афінність). Окремі комплекси пептид-МНСОС були отримані УФф- індукованим обміном лігандів, за якого УФ-чутливі пептиди розщеплюються під дією Уф- випромінювання, і аналізується продукт обміну з пептидом, що вивчається. Тільки пептиди- кандидати, які здатні ефективно зв'язуватися з пептид-сприйнятливими молекулами МНС і стабілізувати їх, попереджають дисоціацію комплексів із МНС. Для визначення виходу реакції обміну проводили аналіз методом ЕЇІ5А на основі виявлення легких ланцюгів (В2т) стабілізованих комплексів із МНС. Аналіз проводили згідно з загальним описом у роботі
Коаепко і співавт. (Нодепко евї а!., 2006). 9б-лункові планшети МАХІЗогр (МОМС) були покриті протягом ночі розчином 2 мкг/мл стрептавідину у РВЗ при кімнатній температурі, 4 рази промиті і блоковані протягом 1 год. при 37"Сб у 295 розчині БСА, що містить блокувальний буфер. Ренатуровані мономери НІГІА-
А"02:01/МІ А-001 використовувались як стандарти, охоплюючи діапазон 15-500 нг/мл.
Мономерні комплекси пептид-МНСОС, продукти реакції обміну, що протікає під дією УФф-
випромінювання, розводили у 100 разів у блокувальному буфері. Зразки інкубували протягом 1 год за температури 37"С, промивали чотири рази, інкубували з 2 мкг/мл кон'югованих із пероксидазою хріну антитіл проти В2т протягом 1 год. за температури 37"С, знову промивали і визначали з розчином ТМБ, реакцію зупиняли за допомогою МНаг5О». Поглинання вимірювали при 450 нм Пептиди-кандидати, що демонстрували високий вихід реакції обміну (переважно вище 5095, найбільш переважно вище 7595) є зазвичай переважними для синтезу і продукції антитіл або їх фрагментів і (або) рецепторів Т-клітин або їх фрагментів, оскільки вони показують достатню авідність до молекул МНС і попереджають дисоціацію комплексів МНС.
Таблиця 16А. Показники зв'язування з молекулами МНС І класу
Зв'язування пептидів, рестриктованих за молекулами НГА І класу, з НІ А-А"24 було оцінене за виходом реакції обміну пептидів: 1095 - ж; 52095 - я-; 29095 - я; 7595 - в.
Таблиця 16А
Показники зв'язування з молекулами МНе І класу
Таблиця 16В. Показники зв'язування з молекулами МНС І класу
Зв'язування пептидів, рестриктованих за молекулами НГА І класу, з НІ А-А"02 було оцінене за виходом реакції обміну пептидів: 1095 - ж; 52095 - я-; 29095 - я; 7595 - в.
Таблиця 168
Показники зв'язування з молекулами МНе І класу 71717116 ФАШЕЗВУМ //77777777711717171717171свннясС2С
Таблиця 168
Показники зв'язування з молекулами МНе І класу 71717178 |ОМІМЕАБСКАК ////7777777/71771717111111111сняюсс7сСс2С
ПРИКЛАД 6
Абсолютне кількісне визначення рівнів пухлино-асоційованих пептидів, презентованих на поверхні клітин
Отримання зв'язувачів, таких як антитіла і (або) ТКР, є трудомістким процесом, який можна провести лише для обмеженої кількості вибраних мішеней. У випадку пухлино-асоційованих і пухлино-специфічних пептидів критерії вибору включають, але не обмежуються ними, винятковість презентації і щільність пептиду, презентованого на поверхні клітини. На додаток до виділення і відносного кількісного визначення пептидів, як описано у цьому документі, автори цього винаходу проаналізували абсолютну кількість копій пептиду на одну клітину як описано.
Підрахунок числа копій пептиду ТОМАР на одну клітину в зразках солідних пухлин потребує абсолютного кількісного визначення пептидів ТОМАР, визначення ефективності виділення
ТОМАР і числа клітин на зразку тканини, що аналізується.
Кількісне визначення пептидів методом наноРх-МС/МС
Для точного кількісного визначення пептидів методом мас-спектрометрії для кожного пептиду була побудована калібрувальна крива з використанням методу внутрішнього стандарту. Внутрішнім стандартом є подвійно мічений ізотоп версії кожного пептиду, тобто дві мічені ізотопом амінокислоти були введені під час синтезу ТОМАР. Він відрізняється від пухлино-асоційованого пептиду лише своєю масою, але не має відмінностей у інших фізико- хімічних властивостях (Апаегзоп еї аї., 2012). Внутрішній стандарт вводили як стандартну добавку у кожний зразок для МС, і усі МС сигнали були нормалізовані відносно МС сигналу внутрішнього стандарту для згладжування можливих технічних флуктуацій між результатами
МС вимірювань.
Калібрувальні криві були зняті принаймні у трьох різних матрицях, тобто елюатах пептиду
НІА з природних зразків, подібних до звичайних зразків для МС, і кожний препарат пройшов вимірювання у двох прогонах на мас-спектрометрі. Для оцінки МС сигнали були нормалізовані відносно сигналу внутрішнього стандарту, а калібрувальну криву розраховували методом логістичного регресійного аналізу.
Для кількісного визначення пухлино-асоційованих пептидів із зразків тканини у відповідні
Зо зразки вводили внутрішній стандарт як стандартну добавку; здійснювали нормалізацію МС сигналів відносно сигналу внутрішнього стандарту і кількісне визначення за допомогою калібрувальної кривої пептиду.
Ефективність виділення комплексів пептид/МНО
Як і для кожного процесу очищення білків, виділення білків із зразків тканини пов'язано з певними втратами білка, що вивчається. Для визначення ефективності виділення ТОМАР були отримані комплекси пептид-МНОС для всіх пептидів ТОМАР, вибраних для абсолютного кількісного визначення. Щоб розрізнити комплекси пептид-МНС, до яких вводили стандартні добавки, і комплекси з природними пептидами, були використані версії ТОМАР із однократним міченням ізотопом, тобто одна мічена ізотопом амінокислота була введена під час синтезу
ТОМАР. Ці комплекси були додані як стандартні добавки до свіжеприготованих лізатів тканин, тобто у найранішій можливій точці процедури виділення ТОМАР, а потім уловлені у вигляді комплексів природний пептид-МНС у подальшому афінному очищенні. Таким чином,
вимірювання ступеня вилучення однократно мічених ТОМАР дозволяє зробити висновки щодо ефективності виділення індивідуальних природних ТОМАР.
Ефективність виділення аналізували на низькій кількості зразків, і її значення були зіставні для цих зразків тканин. Навпаки, ефективність виділення індивідуальних пептидів є різною. Це наводить на думку, що ефективність виділення, хоча й визначена лише у невеликій кількості зразків тканин, можна екстраполювати на будь-який інший тканинний препарат. Однак є необхідним аналізувати кожний ТИОМАР індивідуально, оскільки ефективність виділення неможливо екстраполювати з одного зразка на інші.
Визначення числа клітин у твердій замороженій тканині
Щоб визначити число клітин у зразках тканин, для яких проводили підрахунок абсолютної кількості пептиду, автори винаходу застосували аналіз вмісту ДНК. Цей метод є застосовним до широкого діапазону зразків різного походження і, що найбільш важливо, до заморожених зразків (АІсозег еї аї., 2011; ЕРогзеу апа Снацйанигі, 2009; 5іїма єї аЇ., 2013). Під час стандартної процедури виділення пептидів із зразка тканини отримували гомогенний лізат, із якого відбирали невелику аліквоту. Аліквоту ділили на три частини, із яких виділяли ДНК (набір
ОіаАтр ОМА Міпі, Оіадеп, Хільден, Німеччина). Сумарний вміст ДНК у кожному зразку виділеної
ДНК кількісно визначали флуоресцентним методом кількісного визначення ДНК (набір для кількісного визначення Оцбрії азхоОМА Н5, Ше ТесппоЇодіе5, Дармштадт, Німеччина) щонайменше у двох повторних вимірюваннях.
Для розрахунку кількості клітин будували стандартну криву для ДНК на основі аліквот індивідуальних здорових клітин крові, з діапазоном визначених кількостей клітин. Стандартну криву використовували для розрахунку загального вмісту клітин із сумарного вмісту ДНК у кожному зразку виділеної ДНК. Середнє значення загального числа клітин у зразку тканини, який використовували для виділення пептидів, екстраполювали з урахуванням відомого об'єму аліквот лізату і загального об'єму лізату.
Кількість копій пептиду на одну клітину
Використовуючи дані згаданих вище експериментів, автори винаходу розрахували кількість копій ТОМАР на одну клітину, розділивши загальну кількість пептиду на загальне число клітин у зразку, з наступним діленням на ефективність виділення. Кількість копій клітин для вибраних пептидів наведена у Таблиці 17.
Таблиця 17. Абсолютні кількості копій. У таблиці наведені результати абсолютного кількісного визначення у зразках пухлин. Медіанні кількості копій на клітину наведені для кожного пептиду: «100 - 4; 5-100- ---; 5-1000 --;5 5-10 000 5-5 ж--я-. Наводиться кількість зразків, для яких є в наявності оцінювані високоякісні дані МО.
Таблиця 17
Абсолютні кількості копій
Кількість копій на г. . 1117400 фТвАРМВО2ЇГ/Г/// Їсть 1171111111111116ссСсСсС 00005 0 ФІТАРМВА-003Ї///// ЇЇ 77771716 1006000 (РОВІ 7 / Ї7777717171717юк111ї111161
Список посилань
Адасні, Н. еї аІ., Опсодепе 23 (2004): 3495-3500
АЇІзоп, у). Р. егаі., Зсієпсе 270 (1995): 932-933
Атетгісап Сапсег босівїу, (2015), м/млиу.сапсег.ога
Аттепабоіа, М. еї а!., Віотеа.Нез.Іпі. 2014 (2014): 154702
Апаегзеп, В. 5. еї а!., Маї. Ргоїос. 7 (2012): 891-902
Апагез, 5. А. єї аі., ВМО.Сапсег 13 (2013): 326
Аррау, М. егаї., Єиг.У Іттипої!. 36 (2006): 1805-1814
Агепіг, ОВ. єї аї., Сіїп Ргоїєотісв. 8 (2011):16
ВапснНегеаи, 5. єї аї., Сеї! 106 (2001): 271-274
Ваийзси, 0. еї а!., Сіїп Сапсег Вез. 17 (2011): 302-309
Веацу, а. єї а!., У Іттипої 166 (2001): 2276-2282
Ведазв, «4. 0., Маїшге 275 (1978): 104-109
Вепіатіпі, М. єї аї., Чоштаї! ої Ше Воуаї 5аїйвіїса! босівеїу.бегієз В (Меїподоіодіса!), Мої.57 (1995): 289-300
Врозіє, В. С. еї аІ., Віоспет.Віорпуз.Не5.Соттип. 346 (2006): 768-777
Вопйатецитг, «. Е. єї а!., У Іпмеві Оептаїо)!. 134 (2014): 885-894
Воипег, у. М. еї а!., Реоївїп Епод 16 (2003): 707-711
Вгаштипет", Н. еї аї., Маїиге (2013)
Вгезпіск, Е. Н. еї а!., Мисівїс Асід5 Невз. 40 (2012): 5819-5831
Вгоззані, Р. єї а!., Віоса 90 (1997): 1594-1599
Вгпискаопег", Т. егаі!., Сит.РНагт.Віоїеснпої. 5 (2004): 29-43
Сага, К. Р. єї а)., Сапсег Іттипої.ІттипоїНег. 53 (2004): 345-357
СНапоск, 5. У. еї аіІ., Нит.Іттипої. 65 (20043: 1211-1223
Спеп, Ї.. еїаї., Мед.Опсої 30 (2013): 498
Спопо, І. МУ. еї аї., Опсої Нер. 16 (2006): 981-988
СіІетеп, С. 5. еї аІ., Асіа Мегораїної. 129 (2015): 297-315
Сопеп, С. у. еї аї., У Мої.Несодпії. 16 (200За): 324-332
Сопеп, С. У. єї аї., У Іттипої. 170 (20035): 4349-4361
Сопеп, 5. М. еї а!., Ргос.Маї!.Асад.5сі.0.5.А 69 (1972): 2110-2114
Соїїдап, чу. Е. ег аіІ., Ситепі Ргоїосоїв іп Ргоївіп бсієпсе (1995)
СоІотрбенцйі, 5. єї аї., У Іттипої. 176 (2006): 2730-2738
Раміазоп, В. єї аІ., Нит.Раїної. 45 (2014): 691-700
Бепо, М. єї аіІ., Опсодепе 32 (2013): 4273-4283
Репоа)/еї, «. єї аї., Сіїп Сапсег Вез 12 (2006): 4163-4170
Бепкбего, а. єї аї., У Іттипої!. 171 (2003): 2197-2207
Бибргом/п5Каїа, М. єї а)І., Сапсег Мед. (2014) еак, К. еї а!ї., Майте 351 (1991): 290-296
Еацйся, Р. В. єї аї., У СіІїп Епдостіпо!.Метар 96 (2011): Е135-Е140
Еамусеї, І. еї а!., Ргос.Маї.Асад.Зсі.0.5.А 97 (2000): 3702-3707
Еопа, І. еї а!., Ргос.Маїй.Асай.5сі.0.5.А 98 (2001): 8809-8814
Еогпі, 5. єї а)!., Вгєавзі Сапсег Нез Ттєаї. 73 (2002): 245-256
Еганйіпі, М. єї а!., Маї Сепеї. 45 (2013): 1141-1149
Еи, С. А. ві а!., У ВіоЇ.Спет. 274 (1999): 30729-30737
Сабтомісн, 0. І. егаі., Маї.Меа 2 (1996): 1096-1103
Саціпопі, І. єї а)., Маї.Вем.Іттипої. 6 (2006): 383-393
Спіаїйс, 5. еї а), Ргос Маїй.Асад.5сі.0.5.А 100 (2003): 8862-8867
СюоакКій, А. єї аї., Ії Іттипої 9 (1997): 905-911
Стгадаїв, Т. у. еї аї., Іпі.У Сіїп Ехр.Раїної. 4 (2011): 295-306
Стееп, М. В. еї аї!., МоїІесшіаг Сіопіпу, А ІГарогаїюгу Мапиаї 4 (2012)
Стеепе, М. Н. єї аї., Епдостг.Реїаї Сапсег 17 (2010): Н109-8121
Стеепів!а, Е. А., Апіїродієв: А І арогаюгу Мапиаї 2па (2014)
Стипемаїй, Т. сх. еї аї., Віо!І.СеїІ 104 (2012): 641-657
Сшітап, С. А. еігаІ., Рнаптасої.Неу. 57 (2005): 473-508
Нагтепаси, С. єї аіІ., Наетайюіодіса 96 (2011): 829-836
Наїге, І. Р. єї а!., Сіїпіса! Сапсег Везвєагсй 7 (2001): 846-853
Наїеп, А. еї а)ї., У Меигоспет. 118 (2011): 379-387
Наї!раї, 5. єї аІ., сепоте Віо!. 7 (2006): 224 (510) Напапап, 0. єї а!., Сеї!! 100 (2000): 57-70
Наззанп, М. І. ві а!., Мої Сапсег Вез 6 (2008): 892-906
Ніддіпв, а. єї а!., Ргос.Маїй.Асад.5сі.0.5.А 109 (2012): ЕЗ128-Е3135
Но, І. С. еїа!ї., Ргозіайе 68 (2008): 1421-1429
Ногуанн, А. єї аї!., Сит.Оріп.Епдостгіпої!.Оіабеїез Обев. 15 (2008): 227-233
Ни, . б. егаІ., Сепе 251 (2000): 1-8
Нулапа, М. І. еї аї., у Іттипої. 179 (2007): 5829-5838
Нусадо, Т. еї а!., У Віої.Спет. 287 (2012): 25019-25029
Мо, 5. ег аі., Неай Меск 32 (2010а): 96-103
МО, У. єї а!., Ргос.Маїй.Асад.5сі.0.5.А 107 (20106): 10538-10542
Лаос, Х. егаІ., ВМО.Сепотісв 14 (2013): 165
Зп, М. еї аі., Ргос.Маїй.Асайд.5сі.0.5.А 110 (2013): Е2572-Е2581
Уипо, С. єї аї., Ргос Маї! Асай 5сі 0 5 А 84 (1987): 4611-4615
Каї, Е. єї аІ., Опсоїагдеєї. 6 (2015): 11162-11174
Капаїтаїпна, В. еї аї., Єиг.Огої. 61 (2012): 1245-1256
Каїада, К. еї а!., У Ргоїеотісв. 75 (2012): 1803-1815
Кат, У. єї аі!., Сапсег Вісі. Тег. 4 (2005): 1050-1054
Кірре, А. Н., Напароок ої Рпаптасешісаї! Ехсірієпів га (2000)
Кібеї, А. 5. еї а!., Іпі.У Сапсег 109 (2004): 668-672
Кіпатет!і, Е. єї а!., РІ о5.ОМЕ. З (2008): ез3859
Кіє/пої, М. еї аї., Асіа СтувіайвПодг.О.Віо!.Стузіаводг. 68 (2012): 154-159
Кіїєд, А. М., Маї.Рем.Огпа бівсом. 5 (2006): 471-484
І ароїіпіє, .. еї а!., Ргос.Маїй!.Асай.5сі.0.5.А 101 (2004): 811-816
Ї аміоіене, Ї.. А. еї аї., Іпі.У Сапсег 135 (2014): 1072-1084
Ї еє, К. У. еї аї., У Мед. 35 (2004): 141-149
Її, М. МУ. еїаі., РГо5.ОМЕ. 9 (2014): е87505
МИ, 2. 9. егаІ., ОемеІортепі 139 (2012): 4152-4161
Паау, М. єї аї., Маї.Меа. 18 (2012): 980-987
Пи, Р. еїтаі., Зсієпсе 261 (1993): 1041-1044
Пи, У. Н. еї аі!., Віоспет.Віорпуз.Не5 Соттип. 404 (2011): 488-493
Зо Циподгеп, Н. а. єї аї., У Ехр.Меа 162 (1985): 1745-1759
Ї опдепескег, В. М. єї аі!., Апп М.У.Асай.5сі. 690 (1993): 276-291
Ї це, Н. М. егаї., РІ о5.ОМЕ. 6 (2011): е27720
І иКа»в, Т. у. еї аі., Ргос.Маї!.Асайд.5сі.0.5.А 78 (1981): 2791-2795
Ї опабіад, В. І, Снетіса! Неадепів юг Ргоїєїп Модіїїсайоп Зга (2004)
Ма, У. єї аї., Мої Сеї! Ргоїєотісв. 8 (2009): 1878-1890
Маїїпому:кКа, К. еї а!., Рговіаїе 69 (2009): 1109-1118
Маїзитої!о, Р. еї аІ., Нит.Раїної. 37 (2006): 1592-1600
Маїзиока, В. вї аІ., Ат.) Мейд.Сепеї. 46 (1993): 61-67
Меієге, С. єї а!., У Іттипої 159 (1997): 3230-3237
МідотпкКауча, У. єї аї., Урп.) Сапсег Вез. 93 (2002): 636-643
Мопіапі, М. еї аї., Мікспомув Агсп. 462 (2013): 437-443
Могаап, В. А. вії а!., 5сіепсе 314 (2006): 126-129
Моті, М. еї аї., Тгапзріапіайоп 64 (1997): 1017-1027
Мопага, І. єї аї., Сіїп Сапсег Вев. 12 (2006): 3435-3443
Миеї!ег, Г.. М. еї аї., У Реоїєоте.Нев. 7 (2008): 51-61
Миеї!ег, Г.. М. єї а!., Ргоїєотісв. 7 (2007): 3470-3480
Митрего, 0. єї аї., Ргос.Маїй.Асайд.5сі.0.5.А 96 (1999): 8633-8638
Міске, В. єї а!., Мо!ї.Сеї! 20 (2005): 673-685
Мівпібе, В. еї аіІ., РЕВ5 Геї. 587 (2013): 1529-1535
Мівпідаге, Т. еї а!., І1ї.у Опсої 25 (2004): 797-819
Моєеїегеї, Е. еї аІ., Опсодепе 29 (2010): 4814-4825
Оіезеп, 5. Н. евї а!., Мої Сеї! Ргоїєотісв. 4 (2005): 534-544
Реїегв, І. єї а)., Тагдеї Опсої (2014)
РеїгеїІа, В. І. єї аї!., Сапсег І ей. 325 (2012): 220-226
Ріпиеїко, 9. еї аї., піте: Гіпеаг апа Мопіїпеаг Міхей ЕпПесіє Модеїв (ппр.иИсСвВАМ.В- рго|есі.ога/расКе-піте) (2015)
Ріевбап:кі, М. еї аї., Єиг.) Іттипої! 25 (1995): 1783-1787
Ропа, С. єї а!., Мігоїоду 202 (1994): 949-955
РгемагїзкКауа, М. еї а!., Віоспіт.Віорпуз.Асіа 1772 (2007): 937-946 (510) Опціпп, 0. І. єї а!., ОгоІ.Опсої 33 (2015): 245-260 бо
Опціпп, М. С. еї аї., пі.) Опсої 42 (2013): 912-920
Ває, 9. М. єї аї., Рговіаге 66 (2006): 886-894
Ваттепзев, Н. а. єї аї!., Іттиподепеїїсв 50 (1999): 213-219
Веїзеад, Те МОВІ папароок Пиїетеї), Спаріег 18, (2002), пЕрулимли. порі. піт.піпдом/бооК5/МВК21091/
Віпі, В. І. еї аІ., Сапсег 107 (2006): 67-74
Віг27агаі, А. Е. єї аІ., ВМСО.Сапсег 14 (2014): 244
Воск, К. Ї. єї а)., 5сіепсе 249 (1990): 918-921
Воопаб, РЕ. еї а!., Аррі./Іттипопівіоспет.Мо!.Могрнпої. 17 (2009): 185-188
Визвеї, РЕ. ОХ єї а)., Тгепаз Ріагтасої!.5сі. 29 (2008): 200-207
З3-І ейіпіє РговіаїаКаггіпот, 043/02201, (2014) заїкі, В. К. ег аіІ., Зсієпсе 239 (1988): 487-491 закаї, Т. єї аї!., / Рнаптасої!.5сі. 98 (2005): 41-48
Зсптій, М. еї а!., Вадіо!.Опсої!. 47 (2013): 319-329 зЗеедетг, Е. Н. вії а!., Іттиподепеїйсз 49 (1999): 571-576
ЗЕЕНВ 5іаї Гасів, (2014), пир'//веег.сапсег.дом/ зЗемегі, С. ве аі., Сапсег Меа. З (2014): 1266-1274
Зпапедиг2атанп, 5. єї а)І., Сапсег Віо!. Тнег 6 (2007): 1088-1095
ЗПпептанп, РЕ. вї а!., арогаюгу Сошгзе Мапиаї ог Меїнод3з іп Меавзі Сепеїйсз (1986) зЗпкода, А. еї аї., РІ о5.Віої. 10 (2012): е1001376 зЗіпдйп-Уавзціа, Н. еї аї., Сапсег Іттипої.ІттипоїНег. 53 (2004): 187-195 зтаї,, Е. ». еї аї., У Сіїп Опсої. 24 (2006): 3089-3094
ЗіШпт, М. еї а!., ВМСО.Віоіптоптаїісв. 9 (2008): 163 зицапої, Т. С., Мешигоп 75 (2012): 11-25
Зип, 2. ві аї., У Ргоїтєоте.Нез 13 (2014): 1593-1601
Тап, І. 7. ві аї,, Ат.) Раїйпої. 183 (2013): 831-840
Тап, Р. У. еї аї., Мої.Сеї! Віої. 32 (2012): 399-414
Тешеї, В. еї а!ї., СеїЇ Мої.Сіте 5сі. 62 (2005): 1755-1762
Тгап, Е. єег аіІ., Зсієпсе 344 (2014): 641-645
Зо Тзамаїег, І. веї аі., Сапсег Везвєагсі 61 (2001): 3760-3769 піРгої, (2015), ппр/лЛумлму. ипіргоїогд/
Муапнег, 5. єї а!., УІттипої. 171 (2003): 4974-4978
Муапнег, 5. еї а!., Маї Мед. 18 (2012): 1254-1261
Мапа, ч. еї а!., Аусп.РНагт.Нез 34 (2011): 987-995
Мапа, Ї. єї а)І., Сапсег Везвагсі 70 (2010): 5818-5828
Мапа, В. У. єї а)., Авіап Рас.) Сапсег Ргеу. 15 (2014): 7223-7228
Мапа, У. еї аІ., Нит.Мої.Сепеї. 21 (2012): 569-576
М/апо, 2. вї аІ., Мед.Опсо! 32 (2015): 87
Мага, Р. Р. ега!., Сеї! Мої Те бсі. 62 (2005): 2540-2548
Муепа, ». еї аї., Іпі.У Сапсег 113 (2005): 811-818
Муевідогр, Н. еї аї., Егопі Іттипої. 5 (2014): 191
МУпіеїапга), Н. єї а)ї., Сіїп Ехр.Меїавіавзів 31 (2014): 909-920
Мїсох, В. Е. еї аї., Ргоївіп 5сі. 8 (1999): 2418-2423
УМ Попа бу, У. еї а!., Аррі.ІттипопівІоспет.Мо!.Могрнпої. 16 (2008): 344-348
МОП, Р. М. еї аї., У Мешговсі. 30 (2010): 8529-8540
УМопа Сапсег Вероні, (2014)
МИ, «у. Р. еї а!., Авіап /) Апагої! 16 (2014): 710-714
Уататою, а. Ї. єї а!., / Мей.Сепеї. 52 (2015): 413-421
Уапа, 4. еїа)., У Мігої. 81 (2007): 6294-6306
Уе, 9. егаі., РІ о5.ОМЕ. 9 (2014): е103298 іп, у. ега|., Мо!.Меа.Рер. 8 (2013): 1630-1634
Ми, М. Р. еї аї., Огоіоду 68 (2006): 578-582 7агетрва, 5. є аі., Сапсег Вев. 57 (1997): 4570-4577 «папа, В. еї аІ., Опсої Вер. (2014) 7Нпао, Х. ві аі., Опсо.Тагаєїв5. ТНег 7 (2014): 343-351 чЕсвЕптк посбсптлившИитЕтх
ІМ ЕШОВІЖ. МАЕ пек Ша ех на и і о р пи «КІМ ІпаСІсВв о дае сплзісдіев сФеюол хіх БОдІ ПпЕПТИНлИМ тв о МЗщмАдТІТНАПТІ пЕПпПтТцлптв плд ЗзВСстІНтувАТВсо ппл о тМмУБетЕю рт іди НОВІ БЕПІКНМ ТА КОМБІНАЦТІ ПЕПТМИЛІВ ДЛЯ ЗАСТОСУВАННЯ ДНЯ ІДУНСТЕРАПХІ пит пев лУутустищУчт Ап те туБИЄт БМИТВя ЧЕКУ
ВХ ПЕРЕДІ зісьХ Еш ї свя Млтух ІВ ЇЛшШУЄ шжщіВ АКУ ях и ток гли «ІЗ» ІЗЕЕВІМИ уже тт шт є хів» шнісі дві, х оо, ти пл «ЕшіМм 231 5-35-0Е ут ут дез ти сш чі» па, У
СЕ зи іш шодо «тип ях ох пі «ІЗ» Баїептімй уежшісп 3.5 «ША «Ії ІВ «ПЕ ДЛ» вт «ЛЮ сх причехтьо щоки шепох хи и хічаймО вВобЖдЮаІшИх «ЛУ Її сто тщ т т тт стат тло лтдло хі тгщї тео ті пі т їттз: Тл лід від ді "щі ММЕІ віщш сій Зі сАУ 115 хі під о УщіІ ї с й ї - в сю лу з а М - «БІ 5 жк жк ялут жи ка форс Ше зв вх ши пошо арія «ах У
Шене Ма Те (Та; пла (115 І сл Тех
Бек Ме іІзб бі піп осів Бі пів без «БІ» З яжетляю вАт чі ЕК т-во пок х взабівнла люту Б ек ях - шк т ен ВШ т «т 4 Т-яо Таму ла З щу ї- Кв 4 щі
Ніз їв ізги Бі -5ш вні Ніз хаї і но сій» а
ВОДНЕ хх яп і х спі» БТ их хм Фищук сЕЕУ» Но варівпа й щ- зЕріВВЕ
Кир Ти КУ я З хі тал тем Тюх пішла ло та Тато Та вів ій о 1шщ ІЇпЕ Кп тва БЕ БУш їли ї - ї 5 «Пе 5 «дІї а «ШІ» БТ ях Пет ж іЕЕПп:Е хшЕло поОше арія и В і я я я
Тяжщо То Ло бр Кк --у Лло стаюю ох щ іш зі БЕМмя ше Аг Ти тів іУК І пове жичя
Маю с «ШЕ ру яхт ват хіт шКІ ж хм Шляут «дузі ших
Ії» Ноюе навієвпз «а» Ж мож т СУ тк льш ом св. поч ТЕ х Хо т ст хз тех с плн дак кт У З- Тех
Вів пет ів ім ви вІШ Уві ЕХ їв 4 е «ШЕ
ОСЛО прит пу єхя Екі я рем шою ут шу «ЖАВ» попи» зварівпа тк ож То 0 в чень ква я НН о С
ІБ Бец їви біп о Уві Уві Біу Уді Уві цЦек уві 1 - її ї я ке дич - я прах :
Хіхшню Ки? Ж хх « «ше 5 потхотех, пет «БЇШУ РЕТ
ВОД Щит шани шт а Во апшо заріслпе «а плгуз д мк Боже ш
Т-шм Т но то Фешле Ти біз ех Віз ішщ ел о дао шт ошжЕ їв бта ЗО віх
КЕ гух -е висаЖЕку - ш хх жж чаш Кд их олюх ет тю шт
М кн. тт ще дір шо поле» авбівна ї Оощпко заМІішпВ «ще 0
Тл р, т - щ- лань ТО за Тл ток ХМ т т тя З ват
Тл Щек лі М у ло - 1 т пог т лі МЕС ів вай осбімМ дій сів сі У БУ пів ї3ев пу Ще т ся 18 хи хи ка» ІВ км 5 зах - «ШЕ вит тки кох Емі ут жо три щей шт «ША» пов» вврієпа кати чт
ОБ ВЗ ут т м пек, Фк ЇП т. ра Ел БЯ АНЯ ах, 1 туге Її ву я я іш би стщ хх
ІБбЕхобденй тїв о дкч о Біу БІО хаї УА уді
І: сно і Е кжюх т хх «шій Ії со В Ли х улову лит о -т
М КІ ек Нокмї шждетзішут буд ої зи БарішкяЕ «а» ї11 оман п я АК и у а о п р ня
Тек о Толі 0113) ст3.у; із блуд ку; ЩІ пох
ІК Бей ощліЗ Са озіл ЗУ г вів іп «ШІ» І як тр х вени т поту, пет «шІіШ ВЕ «шує бощ: варзітєна лу Сн каш шк дю Там Мах і пі ТІ Хля бишо Ти
Еш ія АХ біб сім РЕЖ дія РЕ Пец кут олух сх
Фк їд «дії 5 «тіж ввт сш Дошки вві оду Щит ща шт «ші пло ВАСІ тт чо «Вийя ід хі щ Мат 1 Шк Ват НІ бл ло ла
Віз Ме діа вкЕс Ба» о піз бів уві ві «зх» ча шо іп сш З пд З «ШЕ ВЕ пд вЕкА ях вх Цент шині ха шот 0ВТМУс шаБІівпшЕ ел їх сей» ї4
Тлтщ Мат о баев пін Аз дек пла дія Її вл Тв іш МЕ вию лам під мя ві ЗІАіІЙй Ви Ед ч - чи
ШКО у ЕЕ ше У Її кл пит во ша кет ко я : шк сапки ду тах
ОА дово здріянпа
ТК Кк жи їз
Тлса Ми о хде із щї чик ла пів Таня їн хід іїУЗ ж вв Бі від ЗеК піВ зі ож ї1вИи від ї є 15
А х і
ОК хо чи Її ях хх г бек пох т потхотех, пет «БЇШУ РЕТ яти пе тик ще шт
ОКО ЛІ вл «БА» Пов зарієва ог, те
КВК 5
Тв Мав дат піс Вів о йає Вля тім Там іУВв о мя АФЮЕ ід від с-аежЖ під сій ле т - ї - «ШІ СПУ ї7 ил ЕЕ
Уют хх ВИТ и ЕКі «ох Печенюк ОХ ча А 0 почшо шарівпя
КДБ Ша саше ї7
Ч. ОШЯ ляє в 3 ян; то. са Сов, Уч де бля Іі Т ев БУсп ПІ то пл аж їж Мм сі 218 Був ЕКО Зі ЗІ щі і: і-ї хеаМи В ш ст е «811» 8
ШЛЕ ех я ха шт яп ев ду шк «АВ» бомво зарієва рок на мк зе ка -ь п'єс їв шу 0185 ОбБа бак 0113 Тер Тед щі пав сеї ЗАЧ Епа їЇпЕ шіЦц І ех
ІН С і Е таж У «ша Б шт вл хі щі ис, 00 Шузуаєу ждішут теж В поишУп шаерішКх ий «в ак ан ря щої ловлі беж, Лек Фк ди ім Тим Вл і8еи Пед БІБ БК РЕО РІЗ Гвц ів Дів з ік т ях «їли «ій» БЕБІ кп ота сі ших зяж ВШ пошу: шВврІіЄвБЕ
Вчая зт «шо НК ее лові Тазі) Ше що ст дл тм Те че зо їв Ззшш пі стіп оУщі р Мец
З В ї ХХ коли 5 хе щі кава я вок З те ди ЕІ ше пох б дт
ФО х СО ач хх ха и МЕ варі
ВТ З чав ща
Теж ти вах Хе ши пе ву Ні що ла
УК їєц депо Аво Зв Бей дкЗ Ні Уві 1 Ся ї ш елек г злу ах рад «и с жи В Й 5 лих лох дя тхсейк ЕК еко, Фени шоу шчх
КАЛІ пон вБЖКІіТОе сах б
Фу Талі Те Хщрт о дав о Тів вл рев ті -иЇ їбм ї15Е вас ОВК зі ві Клш ЗІ 1 її ії ж злух п яр «ЕД шо стук 13 кед її ення вт ож Дис ві волю т їх - : «я стат БДрвівЕИх ід пПОожиИс БАБІ ов шх йла худ хі сіл ля хщ стві тт тя ту па вів щі дій бі від вас ті сів ії п тя і 5 1 ї ш їй елУук ух та т В я ше чи е ад ї жк вит
Тк ої ша
Ух ох гонки, шої тв кеш поших зЗарІіяпаЕ шт ВЗварішпа тя -4
А дз т - х я - - й ст т ші Те хат Бает й шо Ту ТіУ ба мех їЖЕ Зп вв овІД Беш гео ЇпІ рЕпЕ
ІН і-ч илЕх ух ж кА од стеж - «19 З ес колюх дит пороша х они Іа
УК ук шою я шу х «Ай» нот аврієпа слот че «ВІ ПСо 75 тА дня пот Субкх а пкт сту с. - ето Жди рака
Тл пу Елі: БШкує бттх є ло Вк зу
Ії ТУЮ піц БЕсО ЖУК Бер; діа Ме вве і: Се потуж ух, -к
РОВІ Б
Твою ат шо
Ех 3 во її
Клея ко ха тА рова поток іш ок ДеДИ плюмл шарішКа «що зл шк МИ шо
Жоуих лту. МТ дат бат ат шикш бе Шут пл дпа
Зіч ік Аг ЖАХ вад іВпЕ ЕЕ ЇЙЖОгЕОс від ле : г Ід о -к ок
СК Коли - жи «ох «ЩЕ» і я цаит люк йод Екп-і «АЖ» Нопез взарівпя - роза рія «ал т бота ку ве щи п я НН с Н НИ Я ЩЕ жд
Тл Тяте Її зу: Зір у бтвї то ЛЕ ші Ії1чЕЖ зем ші ошду Ббем уві Зв: Ебае ї ш «Ай ше «81їх 8 реком ери «ай» БЕХ етику вк шу шт
ФО У ЕТ ТО
«БАХ Бош зарієва лу, ау м лико з
Теж Тем іш Тло ЛІ ТІ ча Тлущо ТЕ
ТУ їУЖ Дів Був сів Бі Піза Без БВ
ІН С і -
ЕВ ШТ е7і1ї1» 5 шк Китеки
ХА КІ
УСЕ Ощех Чина щавушчта
Хей 0 поО зарієпО ши а жк боки пк аа мае т нь п тя рез акч їУук сіу БеЖ Рго їі бю Тако рлЕ 1 є ї ноу свій» Зп я ВД я «а їи ж лето яорт од ших ЕІ бен 0 БОоМу; ВаБІШНВИЕ окт г чаш ОЗ дае То» ду Пе Вл Шев БтТЗ Вежх Тем зееЖ ІЩЕ ше БЕХ влад пІВ мів о вещОошЕл
З 5
Все Ше
Хо? Беж «Різ Е ек рат ядже Води ЕЖкі ятукскУ жук вті сш пошу; аХрІішпЕ оку з ка ОКА т яттохю тр В г теж т ще тур 7 тр содою бо Шк Шк фреш пд пів їіУЖ їіпЕ шеЮКЕ ГЕО гЖО Св ЕП ГІ жо, С
КАМ ух 5-3 тк х3 суши ВА її ли я вет сша які нот век : с
Є ст шАаТтівпя ад пт саБішпле «8пп» 33
Бут тяж спі Тша ВЮдт блд о шшт Тш Ше те лка-ш
Ехо тую Сік Цвц о АЗап о дтІа ек беп го їж ЕцеЕ 1 є зи ї й ії «ДдІіПп ах ятУук іх : ех й ек, впртжт іш ЕКІ нот я Шен ші шт ес птюю шарішнтяЕ «асом» За -т - пк т - т як т їж ат (іх Тата щу фищд ше бує Тодил ібЗ ТЕ сіб їтза пдв БпЕ їв о тпЕ Беш ї Ся о -к виш 14 я, цИаит ям ВИТ тай КО ша
Ше Ох рими щу шт туш Боно заріпаЕ кою меж кави а ялта Я о деве Ше йшюк Шишко Ніщо ПТчу їмо Ли ШК вла шк ЗЕ гг вжЕю сеї НІВ їУуї Меш Бей жопа 1 со ча стик че хи Зх «вії» З якщо лк «шАшз ВЕ «БЕЗ» бони» зарівпа «свй» ВВ дл Теги бом Ху ЕЩщ Стук сети бю тот : Гет Ж кт тд тя Тевко Тім То чїстФ о ї1Е З1ПЕ яГгО жі їпЖОІЇІУК УЮ Се і к спі» ЗЕ кош ЗЕ пт -е
МАДА Ж нт, ит люд дою ЕВкді тк гуун зтішнаш «сшАВ» Бош зарієва слот пе в ЗК - - че - тя тех сети шо ажЖш ТРш Ме ТЕр о лів Ав бів сіб Бец я, УЖ ме АЖ дід АК тії іще ї і шою дк ет «ЕС» т стук - тА Е чия ти «шій» ВХ оп Пет шатішня сю гшюх ж ЕХ шо ЗЕиИСНОЯ ж у нка І т на ня - вм іт щ тут аиш ІЕЕ що само оваЮ Би Бен Ат те - т їз і Е яв, пд тях Сея ет валтт
ХА Мі «ЕВ Пожуло в ішуУ ж од я пишу жарічкх плит ах
ТК а стиль По бує Хати - ча тлі щЕ тд У був у у Ту хо тях ТІ ; чві Тук Бак дар тя Ге їв о тіє вГКеЕ т є свій» Зп з ЛДУ - Ж «ій ж стю, пот бе ви 0 ша яті ЖМ о Шожалі шві ши ше ВН пошу: зартєва є ВИ хх в кОКу век п ях та Ху ла «тло т. тд.
Фо ер тд Хо ста М тщї зи К дтї їУїХ ії1д4ч вяПпОб щі Вл о ства ув іє я 5 колу вт єп 5 те В - их рят таж кі
СЕК Ох Ним щоки ето
АСК дпожшео варівпе жи 5
БК лі т яр лк 2 бю жк Ст - тоди жи ще ла Су бу че сТехи (шах Тих
ВІщ ІіІпЕЖ вБпє шеЖ БІО іп о ї1ІУК Бі ія 1 ГУ ії я зо 5 сш ВУ «сх с сад А 5 столу влют вання кі мк де пох : й
Ех стат вАатівих «ді3з Ново варігп5 лих хі мае і
ФШоюю ббтхю Жошеяо (т Тло Тл сутя (1151: па ахш ІїІУЮЖ Бещш вій їв зд ЇЇ осі ца 1 г ї ї спі по ах «щЕЇ й вн, вВрт бЗайшє ж лук СЕ шШочувсі вті ат сей БпОойи; апрітена ил до вени Я тк Тато сто пі Іл тан тд тих іп 1 зІ18 ОМ сіп 3 уУ ВМС іє 41 4 г люк 4 ших З но о -х а Ж ктюж вх Вяит омана тей дош шт-а сек Н Щ ше «ШЕ їх: авіа
ОА» боже зарієпа ол же о ження ще
Сон тету т пот. од льна Їх в- паси від їж 118 о І58 ВЕ В пат сіб зм ле
Ї що т п. 58 «діт З тю, ж тю кі якщо и «ій» БЕТ тю Шота шатзі шт
АД плтюмІ шарішТя их І, хд косо ано Зо сах бля Вех бук дб сттаї бі Тв Мл шо пк чад її БЕХ 1 ті сяг Ам ЗУ ПІ пів ПЕ 1 с ча й зе ка
Коня ЗЕ ах КО пока й ге іх п з Х сіла БДдт жд ЕВБО кр дя тека Зк шт ди Мутат щафрішт дея поже ВавІшИПяЕ ет В «а Є, не КОМИ по лет Тато ДІ тс о тик р Ву їшо Баш
Ас ТУЮ РЕВа Бча ТМпЕ БІО ат Був ВЕ 1 і- я - «ліг а «ФР х сет підт «Еш» БК «пісок Ними пдт шт бю ох пох вавІяшпа о, жо «асоПлтЬь 45 якщо яв ех -т тя т шт -е8-- ті щої сага ИН У НИ ах р ДЕ я я т шує ті ч"-яі їі Бій Сам 11 Ніз Сів І12 1 в
КЕН т
Жрию ДОС ЕК а - «дії» З тут пит: ч«дішм ВЕ
КОЛ Фесюк шодо баш й 0 ХМИМдр Ваша
Синя мл ак г:
Фо хі строю буяння що точ оду т плн їх Тео ТЕ -з Маї ї-бЄ Авмоішім теж ЇУКЕ ЇБк гІБ5 УВІ ес Азвосів де 1 і-ї і не мир ха
Зк ох чавів КЗ ет вт бод ких ША «Ед 00 Щасти зд й Ем: ші сЄкх св лит, ха шк и о
Від отже дл Шу Тлта без Тек о Мідо Тсотдо Плзе ві ЕР віщ ЕЕОС УВ о РЕшОс ІК пів суд Бик 1 к. "й ї- че я ет, да
ЛУ во т її м Етух рт ву ЕКІ «т Фіруетих ваї штюх ті 00 Поч жюрі шКЕ
Се Х. КО саше п'я пошко т пнш о Міш ду пт Ват би сь пЯ ді т ек ї1вО глав олпіВв Куб вів ваш ІпК Бі іп Ов т « їх і х 19 «ВІЙ Яй стії5 5 ут, цвИт се ших шїщ-і коки ее Шев виду мщ сС-а ди 0 ЛЮДИ» Ваше астУВ
Кан ре «Его МН тиж т -л - т- З -е що пл тяж Тер сі дея дів ли решт їх дії тах їєц сів РІ Атв бек Боб оівц Уді ч к
А Бе хна Фі
Зо екол я 5 те ах - «ІТ КТ нер тю ск - пет шум сі3в йо» варів «ал щі тов ді т МЕ ри х Точт Так тд вн БК
ІВ со гІЕЖ да Ота МмУуБ з йа1ї1 ій 163 1 ї-- і -е «іп що че ВВ: пе» якіх : «шіїх 8
СЗЗ Вт
Зо да тлі сон меч Шееет ово сш ше «ФВі1Х» йжез варіть ях. Сей
ОВУ ше йОтощх т я ЩА ле Мет Є шк ХХ ІТ ле Машею дет від во БіУу АЮ шшМ щі бат СЕ щі 1 і-ї і Тк «ІТ я сії 1 сло Бут тика й ЕВ. ях, Пд пд шк мне ншвоОо ЗаСиІєпа п що ме ж шо бард СІ її те окт Каже ие НН вн ни ж Сан о ек
Таке Там Тева лес - Тл т ФТ1Р3ї бПТяве вк Тих іУЖ їм о їй вуж даю Бу зі Сім ІК п БЕ я Е Я - м чи кг щої бою ДМ МНК я в 1 хе рт кдіїх нм завієва хів Тук Зех ій був МХаї Тк осі: ЕЛЕ ст» 5 кіш ВЕТ кій» Ново запієва «Фа» 15 їєц ТУЖ БпЕ Ф Бій Їча Біб Біб Ту Ба «10» 5 Й дій ВЕ «тіЗ» бПсошев» вавієтв «чо» 55 ій ЕМЧе НівБ РІО бів авО Тк о біУ біп о Ущі впЕ «ЕАЗ» Поше» вавіенпЕ іа ТУюк дів два Був Ті ТУужЖ бек ї18 «ЕАШе БЕЕТ кій» Ново запієва -іУ ТУуК їі АБЮ зує Заі Зкх5 зЗіпй Беш і 5 «ім Ново запізва «ап» Ба
Ті ТУЮ РЕ АБО Уді ТБЕ ТЇУК діа ВлЕе «іп» Ей «ЕАї» 485 «віз» Ношми запіна ій їшьї дів шіт Іізв Бі Где Її твЕ Уві «АВ» пово завієшЕ «ай» Бі
ТУї Бей; бец рЕоО діа ліс Уді Під Кі і Е

Claims (25)

ФОРМУЛА ВИНАХОДУ
1. Пептид, придатний для лікування та/або діагностики раку, що містить амінокислотну послідовність ЗЕО ІЮ МО: 2, або його фармацевтично прийнятна сіль, де згаданий пептид має довжину до 30 амінокислот.
2. Пептид або його сіль за п. 1, де згаданий пептид або його сіль має загальну довжину до 16 амінокислот.
3. Пептид за п. 1 або п. 2, де згаданий пептид складається з амінокислотної послідовності відповідно до 5ЕО ІЮ МО: 2.
4. Антитіло, розчинне або зв'язане з мембраною, яке специфічно розпізнає пептид або його сіль за будь-яким із пп. 1-3.
5. Антитіло за п. 4, яке специфічно розпізнає пептид або його сіль за будь-яким із пп. 1-3, коли зв'язаний з молекулою МНС.
6. Т-клітинний рецептор (ТКР), розчинний або зв'язаний з мембраною, що реагує з лігандом НГА, де згаданий ліганд складається з амінокислотної послідовності відповідно до 5ЕО ІЮ МО:
2.
7. Т-клітинний рецептор (ТКР) за п. б, де згаданий ТКР представлений у вигляді розчинної молекули і несе додаткову ефекторну функцію.
8. Т-клітинний рецептор (ТКР) за п. 7, де ефекторна функція забезпечена імуностимулюючим доменом або токсином.
9. Нуклеїнова кислота, що кодує пептид або його сіль за будь-яким з пп. 1-3.
10. Нуклеїнова кислота, що кодує антитіло за п. 4.
11. Нуклеїнова кислота, що кодує ТКР за будь-яким з пп. 6-8.
12. Вектор експресії, що експресує нуклеїнову кислоту за будь-яким з пп. 9-11.
13. Рекомбінантна клітина-хазяїн, що містить пептид за будь-яким із пп. 1-3, нуклеїнову кислоту за будь-яким з пп. 9-11 або вектор експресії за п. 12.
14. Рекомбінантна клітина-хазяїн за п. 13, де згадана клітина-хазяїн є антигенпрезентуючою клітиною.
15. Рекомбінантна клітина-хазяїн за п. 14, де антигенпрезентуюча клітина є дендритною клітиною.
16. Спосіб отримання пептиду або його солі за будь-яким із пп. 1-3, антитіла за п. 4 або 5 або ТКР за будь-яким з пп. 6-8, де спосіб включає культивування клітини-хазяїна за будь-яким з пп. 13-15, яка презентує пептид за будь-яким із пп. 1-3 або яка експресує нуклеїнову кислоту за будь-яким з пп. 9-11 або містить вектор експресії за п. 12, і виділення згаданого пептиду або його солі, антитіла або ТКР з клітини-хазяїна або її культурального середовища.
17. Активований Т-лімфоцит, одержаний відповідно до способу, що включає контактування Т- клітин /пл мМйго з навантаженими антигенами молекулами МНС людини І або ЇЇ класу, що експресуються на поверхні відповідної антигенпрезентуючої клітини або штучної конструкції, яка імітує антигенпрезентуючу клітину, протягом періоду часу, достатнього для активації згаданої Т- клітини шляхом набуття нею специфічності до антигену, в якому згаданий антиген є пептидом відповідно до будь-якого з п. 1-3, який селективно розпізнає клітину, яка презентує поліпептид, що містить амінокислотну послідовність, як викладено в будь-якому з пп. 1-3.
18. Застосування пептиду або його солі за будь-яким із пп. 1-3, антитіла за п. 4 або 5, ТКР за будь-яким з пп. 6-8, нуклеїнової кислоти за будь-яким з пп. 9-11, вектора експресії за п. 12, клітини за будь-яким з пп. 13-15 або активованого Т-лімфоцита за п. 17 у діагностиці та/або лікуванні раку або для використання у виробництві лікарського засобу проти раку.
19. Застосування за п. 18, де згадане ракове захворювання вибране з групи, що включає рак передміхурової залози, рак сечового міхура, рак головного мозку, рак молочної залози, колоректальний рак, рак стравоходу, рак нирки, рак печінки, рак легенів (НДРЛ, ДРЛ), рак яєчника, рак матки, рак підшлункової залози, рак шлунка, рак жовчного міхура, рак жовчних проток, меланому, карциному з клітин Меркеля, лейкоз (ГПМЛ, ХЛЛ) і інші пухлини, що демонструють надмірну презентацію пептиду за будь-яким з пп. 1-3.
20. Фармацевтична композиція, що містить активний інгредієнт, вибраний з групи, що включає пептид або його сіль за будь-яким із пп. 1-3, антитіло за п. 4 або 5, ТКР за будь-яким з пп. 6-8, нуклеїнову кислоту за будь-яким з пп. 9-11, вектор експресії за п. 12, клітину за будь-яким з пп. 13-15 або активований Т-лімфоцит за п. 17, і фармацевтично прийнятний носій.
21. Фармацевтична композиція за п. 20, яка додатково містить фармацевтично прийнятну допоміжну речовину і/або стабілізатор.
22. Терапевтичний комплект, що містить контейнер, який містить фармацевтичну композицію за п. 20 або 21 у розчині або у ліофілізованій формі.
23. Терапевтичний комплект за п. 22, який додатково містить другий контейнер, що містить розріджувач або розчин для відновлення ліофілізованої композиції.
24. Терапевтичний комплект за п. 22 або 23, який додатково містить принаймні ще один пептид, вибраний з групи, що складається з від 5ЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 59.
25. Терапевтичний комплект за будь-яким з пп. 22-24, який додатково містить інструкції із (і) бо застосування розчину або (ії) відновлення і/або застосування ліофілізованої композиції.
Фнура ТА Пептид УТАСЦОЕ МАМ ГА ЧІЗІ ЗБОЮ мех щ- - г ЕЕ о ЕЙ З : КЗ о: о: т : о: Ж: 8 : І. БЯ І м і. ш ЕН КА и А . хо 5 вия ж У я ча ту. щу 5 я 245 нормальних тканин Зі тканини паху В Ж зажрова тканина, З надниркові залозу, б артерій, З йстковнх мозків, 7 головних мознів, передмікурової іе З молочні запези, З центральний нерв, 13 товстих кишек, З дванздцятипала кишка, зло я - - з. я с її В страноходів, 2 жовчних міхури, з сердець, ТБ нирок, 2 печінка, 45 легенів, З лівнфатичні Б тканин д . й : доброякісної вузни, 4 зразки лейкоцитів. яєчника, 7 підвпувкавих залоз, З ларжферичнах неряй, 7 ппернлазії : щік щ - Уч ї очеревина, З гіпофіа»ю, Є плаценти, З плеври, 5 прямих кишок. 7 слинних залоз, з скелетні передміхурової жм'язм, б зразків шкіри, 2 тонкі купуки, Я селезінки, 7 пілунків, й сім'яники, З тимуси, звлози 4 щитолодібоні залози. 1 трахей, З сечоводи. й сечових міхурів, г маткм, 2 вени З передміхурові залози зліва напраної Фінура 18 га ДИ ах АЖ Пептид: КМОЕАЗАСНІ ГАМІ БОШ МО: 18 п ї я гз ь : х : ш : - Н Е я я ї ; л-х Я . |. ЖЕ 1 і 5 К- І ЕЕ Кок ! Е ТІВ ! й ВЕНА р Ж: |: -- В вия ЖЕ ї ПЕЛЕХ НИ ВИНИ ОПІКИ МА ЕН ЕЕ ЕМ ЕОМ МЕМ А ОПН а КЕН ВВЕ КН КК НЕК НН НЕ НЕ Ж 245 нормальних тканин 54 пкеанини раку я 1 жирова тканина, З надниркові запози, б зртеній, в кісткових моз, головних возків, передтчхуровтиї З малочні запази, Її центральним нери, 13 товстих яинок, Її дванаднятипала киника, звпазми Я стравоходів, 2 жовчних міхури, 5 сердець, б нирок, 21 печінна, 45 легенів, З лімфатичні ТО ткання добро. : ві : якісної плерляазй вузпм, і зразки лейкоцитів, яєчника, г підшпункових запоз, З периферичних нерви, " іпереяміхурової. 7 коди - - -о : рредаіхуров: 1 зчеревана, З гіпофізи, З позцентю, З прявБри. З прямих кишак, ? слинних залоз, З скенетні запйози з'язи, 5 зразків шкіри, 7 тенкі кишки, 4 бенезінкія, Я ниЕвунків, Я сім'яники, З тимуси, 4 крвтопедійніланпози, 10 трахен, З сечоводи, б хечоних міхурів, ? матки, 2 вени,
Фігура 1С г ї м ж іептид: 5 АСЕТЕ ГА 24) ЗБОЮ МО 24 - ак - З я - Я ж в Е : ш : в Н ш : НААН ЕНН АННА АННА Б як «25 М сжассосоювх « Б -- 2 Ж Ж Я Я Ж Я Є 2 Є 2 - ЯЗ --- - З«- 2:35 2 2 Ж -- - 2 -Є- Є 2 СЗ0 2 2 -- - 2 78 нормальних тканин ЗЕ тжаннн раку переліхурової залози і Я 2 надниркові залози, Р артерія, 4 галповних мозки, | вкапочна запоза, З жанини доброякісної гппвралази Я н : . : : «рої прю залоз: щш 5 кавстих кУяннок, Її серце, 14 нирок, з печінсох, З легенів, х підпалункові передкіхурсв залози зали, Ї піпафії 2 прямі кишки, З нкіри. ї сепезкнив, 12 витунків, Я тенаус, й матки іхпівв направо) Фігура ТО ж дю як Пентид. ЗЦЯНОМИ ТАКО ЕС МО: 2 ле З З не к Е о п З вка й г Її ше Я г . - т ши | | М. й 2 ШИ як М ЛИШ ПИШИ МИМО ін МИ мини ВИНО МИНА НК ЛИН... МВ зник ВИШ ЛИ. г з щ ; ш ліція Ракові тканини
Ж. кайнно- ш Ж КЗ щш ПНептад, вияапевий на: З піні клітин підненунюзвої залози, 20 ракових тканинах (ії рак таповного мазку, і рак молочної запозм, 2 раки товстої кишки, Її рак стилвходу, ї рак нирки, ї рак печінки, Я раки пекенів, З раків передмікурової запозн, З рак шлунка, | пак сечового міхура ізпіва направої фігура ТЕ е - ЕХ г Ж Пелтид: ОЖОКОВЕ ТЕ ТАТА ЗОШ МОо з ше я З Е - ЕІ : х п і ш : й Б : Й т г де ! : вд Боня т ще | - ш ШИЕЛННИ, : пт, т -х п Й я що Я ся - и и - : и Ще Ши си В: и В НК Енн о шо - ЩЕ й іх. й о: ї | Н ЕЕ п. Вакові тканини ВІНЗ Нормальна В тежнина о КУ де їй Пептид, вивнилений на: З тканинах добром неї гіперплазії папедмікурової заялан ІДЕ, З нармальних тканинах (і печінка, ї патеня, ї пряма кизвка), 3 даковій тканинії5 раків гонезвного мозку, З раки печінки. 13 раків пегенів, 7 раків передміхуреної ленрзи ізпіва направо) Фігура ТЕ Пептид. НІЕТМАНУ ТАТО ЗОШ МО: З щ ш ЕЯ Ж Е -
5 . ж : Е о: КЗ 23 Я з ; І що ЕЯ т ся : г Е ї ш і; з Х ре КО НК шу шо : а. НК В ЕЕ аа АНА. КК шої ; шОЗС(0С-ШБШБШШїйЙШйЙй ШИХ ШИ 66НШШЄШЮЄШУЧ8ЮЧНОУОгЮЮШНН 5 таНННН38утЮТНННІН6ІЯ8Я Й 6 СТЄТУЛУЄЄ6 ТЯЇЯЗТхГ ТЛу7ПРББ:: 8: ; :.!.!.!.!)::!: ; 8: - г 24Й норжальних тканин З тканини раку пе- Ен і жирова тканина, 2 надниркові халази, б артерій. 5 кісткових мазків. 7 толповних мосзків, редучкуранхь запюзи ча х - т ; З капочні запозн, і нентральний нерв, 13 товстих кмівок, ї дезнадцятилала кишка. і З странокодів, 2 жовчних міхури, 5 кардянь, 15 ниран, 2 зразки пемкскцтів, 2і печнка, т тканин й : Й : Ше : й ; доброякісної легенів, З пнафатичні вузли, З яєчника, ї підшлункових звлоз, З периферичних нерви, Аль що 5 : - е я : пери ії дчеревння. З гіпофізи, 2 ппаценти, з плеври, 6 прямих кишок, ї спинних запоз, З скелетні тов. мЕхуртв. ої м. ГУ з. т У м (5 ки. - й а ичу но м'язи, 5 зразків кіри, й танк кишки, З кяпезінки, 7 шлунків, 4 сім'яники, З тимуси, звпози -ш є - з м . д лЖККУ, Я 4 щитоподійні зале, Х трахей, Х сечоводи. б сечавих вихурів, 2 матки ? вени, З передміхупові запози ізпіва направо
Фігура 15 - г ід Пептид: А Е5АУМІ ТАМИ збо м 5 - - ж ЕЗ Б : ЕЕ Ге : Во: й Во: : а: ще о: й ЖЕ р: Е : Х Е : С ЖЕ : З : і й ЩО: ВЕ
ОО. В Га АНОНС ІН БНВО У ЗВ Я БІ Е : і Н й 240 норюальних тканин х3 тхавння раку те- В 1 жирова тканина, З надниркові залози, й затерій, 5 кісткових мозків, 7 головних мазків, редніхураної залози г З мопочні запоза, і центрапьний нерв, 13 кавстих кишок, Її дканаднятинпала кишка, Н Я стравоходів,2 жовчних міхури. 5 сердець, 16 нирак, 4 зразки лейкоцитів, 2! печінка, то тканин лягенів, З ліафатичні вузли, З яєчника, У підшілункових запаз, З периферичних нерви, даброяієнаї 1 очеревина, З ппофізи, 2 плаценти, З пивери. 5 прякчах куннок, Є слинних залоз, Я скелетні пИералаа м'взи, З зразків шкіри, 2 тони кишки, З свпезіним, 7 шпунків, г сім'яники, З тимуєи, переднехурової пе г ще й тдли . залоза 4 итупеднкані запозаи, З трахею, З сечоводи, 5 сечових міхурів, 2 маткн. 2 вен З передміхураві залози ізпіва направої фуда 1 й с- ера АВ Пептид: СМ ОСІ МЕ ГА) 5Е0В МО: 27 - - З х х З В а Е ! 2 : КЗ - Бу я щ В ї Е її Е Ше . Я Б ПІЗІсІдлктУ КО Ікс ххх у сс сі шкід БЖ» вжи х Ди М. Ж Е АК А КА АКА А А їй Та нарматьних тканин ЗК тканин раку передміхураної залозні 2 наднизкові залози, Її артерія, З гоплвних ужаки, З молочна звпоза, З тканини доброякісної прерптані пе- ЯЗ тонстих киинох, З серце, 13 нирок, З печінок, З легенів, З підшвувкові редьнхурової занози залози, і пом, г прямі кУпнки, Х шкїри. Її сепезкнка, З луків. З тамує. ? ватки ізліна напранаї
Фігура і сп УМА МЕ підж Пептип: УХАКЕІНКЕ ГА збо Її ЕЗ ш ЖЕ Е - в х Кк ж ЕН Е Ж Й - 5 5 й - : т Ї. а ФО Мала Я АХА ІА ЗАЛІВ х «НИВКИ, їж: я щи й ї ї "В нермтаньних тканин 47 тканин раку лередмікуравої залози т 2 наднирконі запозим, і зртарія. 4 гопонних мозки, ї мопочна запоза, З тканина доброякісної ппериплязії Зтовстих хишеом, ї серце. 13 нирок, 5 печінок, З легенів, З підшнпункові паореднихурової залози заглзи, | гіпофіз, я прямі купки, З кнкірн, Я селезінка, 12 пунк, ї тимус, 2 матки ізліва направої Фура 19 їх -х в зей ій Же Пептид: ЗЧЕНРЕВОТООМ (АМО2І БО ШІ ж Яа щ- - с ж а т о. їз : . КЗ : ; а: А х Н Н шо - Н жо ще : Є Н шо з ря ооо ек но З вв св о в вн воза пня о Досе ДАНЇ дих Ж 40 нормальних тканин 33 тканини раку пе- ж ї жирова тканина, З надниркові залози, 5 артерій, з кисткових мозків, ? головних мозкін, педмкурснво; запо З молочні залпом, Її цантрапьний нерв, 13 товстих кошох, Її дванадцятипала кизика. а ї В стравокодів, 2 жовчних міхури, з сердець, 15 нирок, 4 зразки пейкоцитів, 21 пачка, то ткана
В . ек : : ; дойрнкіснох легенів, Я піміатичні вузли, З яєчника, підшлункових затоз, я перифцневєезних нерви б певннаі а ї - с: - : пекан ї очеревини, З пілекфрічи, 2 плаценти, З плеври, З прямих кишок, ? спинних запоз, й екелетні передміхурової В : я : : - : т - ередміхуро Угязи, 2 зразків шкіри, 2 тонкі кишки, 4 сенезінки, 7 влунакя, й сім'янин, З тимус, залози 4 щитеподіоні залози. З трахий, З сечоводи, хкячових міхурів. ? матки, ? вени, З передмхуроні залозмізліва направої фура ТК час я ких Пенптия.
АУЗЕКУТЕК (А 24 5ЕОо шко 54 ках - Ж х ЕІ о ЕЗ СЕ уже ко! о: й ш : Е : СЕ го | І що: й і "ША - д та норжаньних тканин ша 37 тквиин оку передуіхуринох зала ії 2 надниркові залозу.
Ї артерія, 4 головних мозки, 1 молочна залоза, З тканннк дойроякісної гіперплазії З тавстих кміак, і кврце, 13 нирок, З печінок, З легенів, З підшлункові передміхурова запози запозн, і гіпофіз, й прамі кишки, Зінкір, Я сенпезінка, 12 шлунків, Ж тетус, й матки ізпіва направої шнура не ск й Пептид: БМІСЕЕОЇ (АТО) (ЗБО МО зе ЕЗ ж Е Е б: СЕ п : з о: Во: В: а І : ; І ї птє р.
БО ДІНЗ олінно Нормальна Ракові тюхнини й клітин люанина Ех Пелптид, виявлених на: Я тканині дайроякіної гіперпийзії переданхурової заполи ДЕНО), З лініях кпіаніЗ шар) і нормальній тианині С матка). 25 ракових тканинах і? раки топучної залоза, я раки печінки, З рак летенія, Її рак яєчника. 13 раків передміхурової залози, 5 раків івжкіри, ї рак матки (зліва направ
Фігура ТМ - годк : і Пептид: АПТЕК Ат БЕ Юм 4 що - Е ш
- С ше 7 Е о Ех Ко Ж - 5 - Е м : Е ї дпа Ракові тканини її ї жд ш Поптид, виявлений на: З тканинах добровхісної гіперплазії нередмікурової запоази ЩЕ ПЗ 13 ракових тканинах 1) рак коповного мозну, 1? раків паредмілуравої запози ізтва направо Фігура 1М Пептид: ЩШЕ5АНМ ТАТО) Ба НКУ п ш ж ш в ; ЕЗ їй т Е со Е пе - КОКО о ШИШМУМККНИНЕ В ШЕШИКИИНННЕ Е нн А НН НН НН жим. |. чаллккнккядят ММ оо: : : ік Я - Е дл Ракові тканини геЗ Ж ЩЕ ГК Пенптид, вияндений па: 4 тканинах добровкісної зіперптазі передтікурова! залози (НЕПЗ 10 ракавих тканинах ії рак гаповезго мозку, В ваків пзредміхурової запози, Її рах шкіри (зліва направо!
фтура 1 Пептид: КМОБАЗАВІ А"О2І ЗБО То п В Е З ШЕ жо - В: ше в: ше сг І В : Є НІ и ж : ше : : п Ж: и й Ві г Х Ракові тканини Е 2 Ж КЕ 5-5 Пептид, виявлений на: 21 раконів тканмніі2О раків передмікураової запози, ї рах сечового міхура! зліва навозвої Пептид: КЖЗ5РІМТЕ (А А 5Еашх 25 2 Ж х щ о - . : Ка З ву
5 . о - т доп гу дз Ракові тканини Е ц ш Пептид, ванвнлений на: й кканннах доброякісної гіпернпаай переданкуреної запози (ДЕНЬ 54 ракових тезнинах З рак печінки, 24 раки легенів, 75 ввиїв передміхурової звпози, з раки пункарізліва напраносї
Фнура 10 ; ЩІ Я Пептид: АРАРОБНУТ КЕ ГА2Я За ю що: За ши Я Е Е є, . о : ж : З : гЯ Е г там Е . Е Е Е ! ін -, . Нийн-нЙ. Пи. І г Порсни ДК КОЕККК и Ша Гу Ор т доощица ЗНи і Я ш Ш КЯ я : го тканини Ракові тканини ЕЗ доброякісної ч піперплазіу В передміхурониої запахи Пептид, виявлення на: тканинах доброякісне! ппгрппазі передмікураної запози ДЕННЯ, 44 ракових тканинах ГК раків головного мозку, З рек нирки. 4 раки печінки, 13 раків легенів, 17 даків передьнкуронаї залози ізліяа наияраво) тура Пептид. МТВУТУЯ ТА 54) 5Баш МО 35 що ЕН ж Еш Е ч
Фо. о - ш о КЗ З ме
Во . о 5 н й У т - Е 2 их І й . І ; І Й я М з й 5 он оо сш шій Шеш. Ше сш Ши 2. А НИ. Н са. На 8: : : шої 1 Е п З дгпЗ Бакові вканнни 8 де в Пептмо, виявлений на: З тианинах дайроякісної пперилазії передункурової залози (ДЕН), 58 ракових тканинах (Зб раків гоповного вюзкух 14 ряків перидміхурової занпози, З раків шлунка) ізліва направої
Фіура ТО - м Ей їж Пептид АГЗП УЛ ТАТО ЗОМ 57 щ-щ0 - ш Ж що пу вл : ші : ш : : о: Н В : ення КОН ОСІБ Й ПКЕЕ. . ААПИНИКНИНИЩИ хе Й як / і МММОМОМОМ . пики мшнинник. - НАВАН. сесесессссссснсх 5 Н 1 Й - з 5 для Ракові тканини У їз Ж В щш Пептид, виннлений нах ї теанині допроякісної ппяеролазії передміхурової запози (ДГ), Бі ранових тканинах ( ак головного мозку, Є раків передміхурової залези, ї рак мибри їзпіна направої Фнгура 2А Ген МЕЕН : а Жохі : Ж Я та д ск Н МУ Еш | : СИ - Н СО ЖЕ Н 8 Н « : 5 Же . «
Фо. Х ю я-щож Ж! - х Б Бе Н Бл - шо: я з ш. 2 я й : й ' ! в шк ї АК. Ще:
: Ж. і щ шини: 0 ШО ; З Е ! ВЕ шини: ШИН вчання зиа| мно тиви у НИ и ВВ БР щ НН дове и вн ШЕ а ця і ін й ненежнннжннннжннжен жен чн нн ен ж Же же А ТО НТ ТО А НТ ЕТ ОН ТО ОН ОН ТТ ТОН ОТ ОН ОТ НТ А НТ ОК ОТ НКИ НН НТ ОТ ОН ОТ ОТ ОТ ОТ ТТ ОТ ОТ ОТ ОТ ТТ А ТО ОТО НТ ТТН ТТ А ОН ТТ А ТО ОТ А ОТ А ОТ А ТАТ А А ОТ А НН НКУ Зразки нормальних танинікоажний зразок являє собою пул від деніль- 20 зразків раку ІЯЖ лом ес - Щщ хох донорів) шо й й й . перадмікурсної запози надниркова ззпоза, зртепія. клковий мозок, головний мозок івась мопочна залоза. товста кенка, стравохід, серце, нируя спри паралельні вимівзння) левксінти, пезннка, легеня, півнбатичний визоп, яечник, пешаптнковВа залоз, плаЮцентя, передміхурова залоза, слинна запакь скеанетний веяз. ннпра, тонке кишка, сялезінка, шлунок, снаяник, тимус, щитоподібна залоза, сечовини міхур. шннка маткм, матка, вена гзліва фігура 28 Ген АВССЯ є :
оо. е т Кк : мя ГК : Ха С В Н п що! рі РМ З і во хе ще БІ НИ ш Н о Зк -е НН ХЕ Н ї ОЗ Н і БО Ши | й їй : З 5 ЩЕ В к ЩЕ д Ще г й ЩО Я. «а м й - шк оц, в-- я Ж. ноя -8 .5. рі ши ШЕ МНЕ залиш зе Б» вав В ва і нини ши вала ПЕ 5» че ев. НН МН Гі у | 1 Зразки нормальних тсанинікожний зразок являє собон пул від декіль- : Зв ву І вазои яв й тал 29 зразків раку ках дона А цій г. Й
; . а всровя х о Я й передміхурової залози надниркова залоза, артерія, жісткових мозок, гопонний возок інась), маночна запоза, товста кунвка, стравахів, серце, нирка три паралельні нимцовання), лейкоцити, печінка, лехеня. лінефатичнай нулев, ясчнак, відшлункова залоза, пипчента, пареджміхурона запоза, спина залоза, скепетний вгяз, шара, тонка кишка, сепезінка, шлувОок, СіКяНик, ТИМуЄ, щитоподіона залоза, сечовий міхур, мана мати, мата. вена зва направо! Фігура 96; Ген КАВзВ ! К Ж | 7 я і с '
Ек. і й г | й КУ Н т « і - г ГУ Ж Н Ж х. Ж І « « їх з Ще ВІ І й щі ' : ЩО. ІГ ї їх МІ і І - В ще НН ЩЕ З і а г: В | Н Н і «а Н с з ШЕ Н Н ! ще як ши. шишиши ши ОЕде кава а о «| г и Ше пиши шшшшш ши вага кит т 1 кое та - чо п 3 - З ШИ ШИН ОН М В НН В ї 3 ї Зразки нормальних тканинікожний зразок являє собою пуп від декідь- . Й 25 щразків пак кох доновівк Й їй і ре У й : Я А 2 ; зередкку Ж запаз надниркава заноза, артерня кістконий казок. головних махає весь вередкихуровея запози мопочни залоза, товста кишжа, стравохід, серце, нирка їтри паралельні нимівниання), пейкоцчити, печінка, легеня. лижфратичний вузол, печнНиК, пішшлуюкона залоза, плечентиа, передміхурова запоаза, спинна запоза, Кепотний м'яз ВжЖН. товка кишка, селезінка, шитУнек, се яник лекс, шввталоліня звлоза, сечевни міхур, шен меаткм, митна, вЕНВ (ЗЛЕ напрнчвої фура 23 Гени оКвік2 Е ! ш Ї рн ї- й І. ре і Ж г не і ж х в в ЩЕ" ш В й Ж в | в ї ж щі ! ! 5 певно ших р пн ВО хх го 3 І у я І З | ї І І ІкСіхкснсм атаки Доник нКл ква лох ВЕ ши. | Я ЕХ м; зразки нормальник ткавинікожний зразок являє освбою пул яд декіль- і звзЗКя раку ках донорів): нпереджурової залоУй надниркова залоза, ямтярія, кістковий мозок, головний мазок інеськ жмолазна ззпозв, конста кишка, станохів. серце, нирка (три паралельні вимірювання). пежкоцити, печінка, легеня. піморатичний вузол, яечник, підішлумкава запоза, плацента, передміхурлава залог, слинна залоза, скипатний м'яз, шкіра, тонка кишка, селення, шлунли, сім'яних, тимус, іннуопидіона ззпоза, сачоавий міхур. шийка матем, матка, вена іхліва. направ) фігура 2Е Ген-кіК? : - ЕЕ | з ГЕ | СЕ о. і з В ї | їх Є : Ей І : - В з х п в г : Ж се 7 ЗЕ а Ж В ЕН і ж5е - я. 4 В 4 х Ж я З ї : 2-2 Е Те: 4 - й : Рі | р : ЩЕ | т Нофаосжов ху мм ок с вовои пові ном я я Б му вв ох нин ее о в с па З ОД НИ р и си Й ГАМ ООЖ он о й ЦІ сл шннісиа лет іл пюжл пл жна сів ля. утс, тва свв жестовни МИТ сват шк 1 ню житя пт ть стос оз сл» ЛИЙ. З х і. й А Я Зрази нормальних тканинікожний зразок ниляє сазаю пул від декіль- за Й ках донорів а зразків аку наднирвова запоза, зртерія, кістковий вкюозок, головний вюзох івесь. передиеурової мнюзи молочна ззпоза, товста вишка, скранекід, серце нирка три парапленьні вишювання), певкоцити. печінка, легеня, лізчфатичний вузол. яєчник, підшпунКОоВа залоза, плаценка, передміхурова запоза, слианна залоза, скекетний в'яз, Кіра, тонка кика, селезінка, шлунок, СІКЯНИК, ТИМ, щшитопадійно залоза, сечовини міхур. шменка матки, матка, вена гзлена направої
UAA201800448A 2015-08-05 2016-08-05 Пептид, придатний для лікування та/або діагностики раку UA125816C2 (uk)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562201289P 2015-08-05 2015-08-05
GBGB1513921.5A GB201513921D0 (en) 2015-08-05 2015-08-06 Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against prostate cancer and other cancers
PCT/EP2016/068727 WO2017021527A2 (en) 2015-08-05 2016-08-05 Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against prostate cancer and other cancers

Publications (1)

Publication Number Publication Date
UA125816C2 true UA125816C2 (uk) 2022-06-15

Family

ID=54200350

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
UAA201800448A UA125816C2 (uk) 2015-08-05 2016-08-05 Пептид, придатний для лікування та/або діагностики раку

Country Status (36)

Country Link
US (24) US9908920B2 (uk)
EP (4) EP3842446A1 (uk)
JP (4) JP6884752B2 (uk)
KR (1) KR20180035845A (uk)
CN (2) CN114395013A (uk)
AR (1) AR105817A1 (uk)
AU (8) AU2016303021B2 (uk)
BR (1) BR112018001687A2 (uk)
CA (3) CA2994771C (uk)
CL (7) CL2018000324A1 (uk)
CO (1) CO2018002202A2 (uk)
CR (6) CR20200432A (uk)
CY (1) CY1123854T1 (uk)
DK (1) DK3331900T3 (uk)
EA (1) EA201890440A1 (uk)
ES (1) ES2862400T3 (uk)
GB (1) GB201513921D0 (uk)
HR (1) HRP20210709T8 (uk)
HU (1) HUE053657T2 (uk)
IL (2) IL310078A (uk)
LT (1) LT3331900T (uk)
MA (4) MA46022B1 (uk)
MD (1) MD3331900T2 (uk)
MX (2) MX2018001421A (uk)
MY (3) MY202812A (uk)
PE (2) PE20250557A1 (uk)
PH (1) PH12018500189A1 (uk)
PL (1) PL3331900T3 (uk)
PT (1) PT3331900T (uk)
RS (1) RS61713B1 (uk)
SG (1) SG10202001660YA (uk)
SI (1) SI3331900T1 (uk)
TW (3) TWI829618B (uk)
UA (1) UA125816C2 (uk)
WO (1) WO2017021527A2 (uk)
ZA (1) ZA201800513B (uk)

Families Citing this family (49)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB2508923A (en) * 2012-12-17 2014-06-18 Bombardier Transp Gmbh Inductive power transfer system having inductive sensing array
HUE057334T2 (hu) * 2013-08-05 2022-05-28 Immatics Biotechnologies Gmbh Új immunterápia többféle tumor, például tüdõrák ellen, az NSCLC-t is beleértve
WO2021173560A1 (en) 2020-02-24 2021-09-02 Immatics US, Inc. Methods for expanding t cells for the treatment of cancer and related malignancies
GB201513921D0 (en) * 2015-08-05 2015-09-23 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against prostate cancer and other cancers
PT3331891T (pt) 2015-08-05 2022-02-28 Eisai R&D Man Co Ltd Um método para preparar um oligómero de fosforodiamidato substancialmente diastereomericamente puro, um oligómero de fosforodiamidato feito por tal método e uma composição farmacêutica que compreende tal oligómero de fosforodiamidato
HK1258386A1 (zh) 2015-10-05 2019-11-08 Immatics Biotechnologies Gmbh 用於小细胞肺癌和其他癌症免疫治疗的肽和肽组合物
CN108601731A (zh) 2015-12-16 2018-09-28 磨石肿瘤生物技术公司 新抗原的鉴别、制造及使用
GB201609193D0 (en) 2016-05-25 2016-07-06 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides, combination of peptides as targets for use in immunotherapy against gallbladder cancer and cholangiocarcinoma and other cancers
JP7075125B2 (ja) 2016-05-25 2022-05-25 イマティクス バイオテクノロジーズ ゲーエムベーハー 標的としてのおよび胆嚢がんおよび胆管がんおよびその他のがんに対する免疫療法で使用するための新規ペプチド、ペプチド組み合わせ
DE102016123893A1 (de) 2016-12-08 2018-06-14 Immatics Biotechnologies Gmbh T-Zellrezeptoren mit verbesserter Bindung
EP4317432A3 (en) 2016-12-08 2024-04-17 Immatics Biotechnologies GmbH T cell receptors with improved pairing
JP7381345B2 (ja) * 2017-05-16 2023-11-15 ザ・ジョンズ・ホプキンス・ユニバーシティ Ｍａｎａボディおよび使用方法
DE102017115966A1 (de) 2017-07-14 2019-01-17 Immatics Biotechnologies Gmbh Polypeptidmolekül mit verbesserter zweifacher Spezifität
PT3652215T (pt) 2017-07-14 2021-05-18 Immatics Biotechnologies Gmbh Molécula de polipéptido com especificidade dupla melhorada
CN118888004A (zh) 2017-10-10 2024-11-01 磨石生物公司 使用热点进行的新抗原鉴别
CN111630602A (zh) 2017-11-22 2020-09-04 磨石肿瘤生物技术公司 减少新抗原的接合表位呈递
DE102017127984B4 (de) 2017-11-27 2019-12-05 Immatics US, Inc. Verfahren für die Vermehrung und Aktivierung von γδ-T-Zellen
AU2019218093A1 (en) 2018-02-09 2020-09-10 Immatics US, Inc. Methods for manufacturing T cells
DE102018108612A1 (de) 2018-03-21 2019-09-26 Immatics US, Inc. Verfahren zur erhöhung der persistenz von adoptiv infundierten t-zellen
EP3802885A4 (en) * 2018-06-01 2022-03-02 Geneoscopy, LLC DETECTION PROCEDURE
US10925947B2 (en) 2018-06-29 2021-02-23 Immatics Biotechnologies Gmbh A*03 restricted peptides for use in immunotherapy against cancers and related methods
TW202019955A (zh) 2018-07-31 2020-06-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 B*07 限制肽和肽組合的抗癌免疫治療和相關方法
TW202028224A (zh) 2018-09-17 2020-08-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 B*44限制肽在抗癌免疫治療的用途和相關方法
TW202024121A (zh) 2018-09-18 2020-07-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 A*01 限制肽和肽組合物在抗癌免疫治療中的用途和相關方法
US20220127313A1 (en) * 2019-02-12 2022-04-28 Vanderbilt University Polypeptides for restoring endothelial function and methods of use thereof
WO2020191172A1 (en) 2019-03-19 2020-09-24 Immatics US, Inc. Cd28 t cell cultures, compositions, and methods of using thereof
TWI872076B (zh) 2019-05-27 2025-02-11 美商英麥提克斯股份有限公司 病毒載體及其在授受性細胞療法之應用
CA3142386A1 (en) 2019-06-06 2020-12-10 Immatics Biotechnologies Gmbh Sorting with counter selection using sequence similar peptides
US20210032370A1 (en) 2019-08-02 2021-02-04 Immatics Biotechnologies Gmbh Recruiting agent further binding an mhc molecule
DE102020111571A1 (de) 2020-03-11 2021-09-16 Immatics US, Inc. Wpre-mutantenkonstrukte, zusammensetzungen und zugehörige verfahren
DE102020106710A1 (de) 2020-03-11 2021-09-16 Immatics US, Inc. Wpre-mutantenkonstrukte, zusammensetzungen und zugehörige verfahren
MX2022012758A (es) * 2020-04-14 2022-11-30 Univ Montreal Novedosos antigenos especificos de tumores para leucemia mieloide aguda (aml) y usos de estos.
TW202227616A (zh) 2020-08-21 2022-07-16 美商英麥提克斯股份有限公司 分離ｃｄ８＋選擇ｔ細胞的方法
EP4255474A4 (en) * 2020-12-07 2025-06-18 Iogenetics, LLC. PERSONALIZED IMMUNOTHERAPIES
MX2023007817A (es) 2020-12-31 2023-09-13 Immatics Us Inc Polipéptidos de cd8, composiciones y métodos de uso de estos.
KR20240004937A (ko) 2021-05-05 2024-01-11 이매틱스 바이오테크놀로지스 게엠베하 Bma031 항원 결합 폴리펩타이드
EP4113120A1 (en) 2021-06-28 2023-01-04 Immatics Biotechnologies GmbH Method of characterizing the binding characteristics between a peptide of interest and mhc molecules
US20230024554A1 (en) 2021-06-28 2023-01-26 Immatics Biotechnologies Gmbh Method of characterizing the binding characteristics between a peptide of interest and mhc molecules
CN113527435B (zh) * 2021-07-14 2022-06-07 呈诺再生医学科技(珠海横琴新区)有限公司 对前列腺癌细胞特异性识别的新型多肽及其衍生物与应用
US20240358831A1 (en) 2021-08-24 2024-10-31 Immatics US, Inc. Selection of immune cells using peptide mhc complexes generated by conditional ligand exchange
US20230089392A1 (en) 2021-09-20 2023-03-23 Immatics US, Inc. Monocyte depletion of t cells populations for t-cell therapy
EP4408468A4 (en) 2021-09-28 2025-07-02 Frontaim Biomedicines Inc MULTIPLE FORMATS OF MOLECULAR COMPLEXES
EP4448108A1 (en) 2021-11-08 2024-10-23 Immatics Biotechnologies GmbH Adoptive cell therapy combination treatment and compositions thereof
JP2025515604A (ja) 2022-04-28 2025-05-20 イマティクス ユーエス，アイエヌシー． ドミナントネガティブＴＧＦβ受容体ポリペプチド、ＣＤ８ポリペプチド、細胞、組成物、およびその使用方法
CA3250304A1 (en) 2022-04-28 2023-11-02 Immatics US, Inc. IL-15 Bound to a Membrane, CD8 Polypeptides, Cells, Compositions and Related Methods of Use
WO2023212655A1 (en) 2022-04-28 2023-11-02 Immatics US, Inc. Il-12 polypeptides, il-15 polypeptides, il-18 polypeptides, cd8 polypeptides, compositions, and methods of using thereof
EP4519418A1 (en) 2022-05-05 2025-03-12 Immatics US, Inc. Methods for improving t cell efficacy
WO2025096649A1 (en) 2023-11-01 2025-05-08 Immatics US, Inc. Membrane-bound il-15, cd8 polypeptides, cells, compositions, and methods of using thereof
WO2025137979A1 (zh) * 2023-12-28 2025-07-03 祺安（广州）生物科技有限公司 特异性多肽在制备治疗、预防前列腺癌的药物中的应用

Family Cites Families (96)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US1037656A (en) 1911-11-28 1912-09-03 Thomas F Loughran Prorating-weir.
US1178658A (en) 1914-06-11 1916-04-11 United Shoe Machinery Ab Gripper mechanism for pulling-over machines.
US1165315A (en) 1914-10-31 1915-12-21 William F Cameron Governor-valve.
US4440859A (en) 1977-05-27 1984-04-03 The Regents Of The University Of California Method for producing recombinant bacterial plasmids containing the coding sequences of higher organisms
US4704362A (en) 1977-11-08 1987-11-03 Genentech, Inc. Recombinant cloning vehicle microbial polypeptide expression
LU88258I2 (uk) 1978-12-22 1994-02-03
US4530901A (en) 1980-01-08 1985-07-23 Biogen N.V. Recombinant DNA molecules and their use in producing human interferon-like polypeptides
US4342566A (en) 1980-02-22 1982-08-03 Scripps Clinic & Research Foundation Solid phase anti-C3 assay for detection of immune complexes
US4678751A (en) 1981-09-25 1987-07-07 Genentech, Inc. Hybrid human leukocyte interferons
US4766075A (en) 1982-07-14 1988-08-23 Genentech, Inc. Human tissue plasminogen activator
US4582800A (en) 1982-07-12 1986-04-15 Hoffmann-La Roche Inc. Novel vectors and method for controlling interferon expression
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4757006A (en) 1983-10-28 1988-07-12 Genetics Institute, Inc. Human factor VIII:C gene and recombinant methods for production
US4677063A (en) 1985-05-02 1987-06-30 Cetus Corporation Human tumor necrosis factor
US4810648A (en) 1986-01-08 1989-03-07 Rhone Poulenc Agrochimie Haloarylnitrile degrading gene, its use, and cells containing the gene
US4897445A (en) 1986-06-27 1990-01-30 The Administrators Of The Tulane Educational Fund Method for synthesizing a peptide containing a non-peptide bond
US6037135A (en) 1992-08-07 2000-03-14 Epimmune Inc. Methods for making HLA binding peptides and their uses
US9340577B2 (en) * 1992-08-07 2016-05-17 Epimmune Inc. HLA binding motifs and peptides and their uses
JP3908271B2 (ja) * 1993-03-05 2007-04-25 エピミューン，インコーポレイティド Ｈｌａ−ａ２．１結合ペプチドおよびそれらの使用
DK0703925T3 (da) 1993-06-03 1999-12-06 Therapeutic Antibodies Inc Fremstilling af antistoffragmenter
US20040157780A1 (en) * 1993-11-29 2004-08-12 Epimmune Inc. CTL inducing peptides from c-erb2 (HER-2/neu)
AUPM322393A0 (en) 1993-12-24 1994-01-27 Austin Research Institute, The Mucin carbohydrate compounds and their use in immunotherapy
US6824993B2 (en) * 1995-06-06 2004-11-30 Human Genome Sciences, Inc. Antibodies that bind human prostate specific G-protein receptor HPRAJ70
ES2203782T3 (es) 1996-01-17 2004-04-16 Imperial College Innovations Limited Inmunoterapia que utiliza linfocitos t citotoxicos (ctl).
US5849589A (en) 1996-03-11 1998-12-15 Duke University Culturing monocytes with IL-4, TNF-α and GM-CSF TO induce differentiation to dendric cells
DE19623825C1 (de) 1996-06-14 1998-01-08 Rottefella As Langlauf- oder Tourenskibindung
WO1998010292A1 (en) * 1996-09-06 1998-03-12 Centocor, Inc. Monoclonal antibodies specific for prostate specific antigen and methods of detecting prostate specific antigen
US7008772B1 (en) * 1997-02-25 2006-03-07 Corixa Corporation Compounds for immunodiagnosis of prostate cancer and methods for their use
US6406705B1 (en) 1997-03-10 2002-06-18 University Of Iowa Research Foundation Use of nucleic acids containing unmethylated CpG dinucleotide as an adjuvant
US20070020327A1 (en) * 1998-11-10 2007-01-25 John Fikes Inducing cellular immune responses to prostate cancer antigens using peptide and nucleic acid compositions
WO2001025272A2 (en) 1999-10-04 2001-04-12 Corixa Corporation Compositions and methods for therapy and diagnosis of prostate cancer
US7361338B2 (en) * 1999-10-05 2008-04-22 Agensys, Inc. Methods to inhibit growth of prostate cancer cells
AU7753700A (en) * 1999-10-07 2001-05-10 Schering Aktiengesellschaft Dna encoding prost 07 polypeptide
CA2391369A1 (en) * 1999-11-12 2001-05-17 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
IL150732A0 (en) * 2000-01-14 2003-02-12 Corixa Corp Prostate specific polypeptides, polynucleotides that encode said polypeptides and pharmaceutical compositions containing the same
GB2373500B (en) 2000-02-04 2004-12-15 Aeomica Inc Methods and apparatus for predicting, confirming, and displaying functional information derived from genomic sequence
US20030219806A1 (en) * 2000-02-22 2003-11-27 Millennium Pharmaceuticals, Inc. Novel 18607, 15603, 69318, 12303, 48000, 52920, 5433, 38554, 57301, 58324, 55063, 52991, 59914, 59921 and 33751 molecules and uses therefor
US20040191260A1 (en) 2003-03-26 2004-09-30 Technion Research & Development Foundation Ltd. Compositions capable of specifically binding particular human antigen presenting molecule/pathogen-derived antigen complexes and uses thereof
CA2403909A1 (en) * 2000-03-27 2001-10-04 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
JP2004503213A (ja) 2000-03-27 2004-02-05 テクニオン　リサーチ　アンド　ディベロップメント　ファウンデーション　リミテッド １本鎖クラスｉ主要組織適合性複合体、それをコードする構築物およびそれを生成する方法
JP2003534779A (ja) * 2000-03-31 2003-11-25 キュラジェン コーポレイション Ｇタンパク質結合レセプターおよびこのｇタンパク質結合レセプターをコードする核酸
US7834146B2 (en) * 2000-05-08 2010-11-16 Monsanto Technology Llc Recombinant polypeptides associated with plants
CN101712721A (zh) 2000-06-05 2010-05-26 阿尔托生物科学有限公司 T细胞受体融合物及共轭物以及其使用方法
GB0015722D0 (en) * 2000-06-27 2000-08-16 Smithkline Beecham Sa Vaccine
JP2004505649A (ja) * 2000-08-11 2004-02-26 マウント・サイナイ・ホスピタル 新規なカリクレイン遺伝子
EP1911461B1 (en) * 2000-10-19 2011-12-07 Epimmune Inc. HLA class I and II binding peptides and their uses
US7048931B1 (en) * 2000-11-09 2006-05-23 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
US7919467B2 (en) 2000-12-04 2011-04-05 Immunotope, Inc. Cytotoxic T-lymphocyte-inducing immunogens for prevention, treatment, and diagnosis of cancer
US7459539B2 (en) * 2000-12-15 2008-12-02 Agensys, Inc. Antibody that binds zinc transporter protein 108P5H8
WO2002055557A2 (en) * 2000-12-18 2002-07-18 Curagen Corp Human proteins and nucleic acids encoding same
AUPR402201A0 (en) * 2001-03-27 2001-04-26 Queensland University Of Technology Polynucleotides and polypeptides linked to cancer and/or benign tumours
US7700749B2 (en) 2001-08-31 2010-04-20 Agensys, Inc. Nucleic acid and corresponding protein entitled 205P1B5 useful in treatment and detection of cancer
US20040142325A1 (en) * 2001-09-14 2004-07-22 Liat Mintz Methods and systems for annotating biomolecular sequences
US6992176B2 (en) 2002-02-13 2006-01-31 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibody having a T-cell receptor-like specificity, yet higher affinity, and the use of same in the detection and treatment of cancer, viral infection and autoimmune disease
US20030223994A1 (en) 2002-02-20 2003-12-04 Hoogenboom Henricus Renerus Jacobus Mattheus MHC-peptide complex binding ligands
DE10215321A1 (de) * 2002-04-02 2003-10-23 Metagen Pharmaceuticals Gmbh Trp-p8 Splice Varianten und regulatorische RNA
US7569225B2 (en) * 2002-08-12 2009-08-04 The Council Of The Queensland Institute Of Medical Research Immunogenic lipopeptides comprising T-helper and B-cell epitopes
EP1569514A4 (en) 2002-08-16 2007-10-31 SPECIFIC ANTIGEN OF TUMORS, PEPTIDES ASSOCIATED THERETO AND USE THEREOF AS IMMUNOMINAL VACCINES
CA2500715A1 (en) 2002-10-03 2004-04-15 Epimmune, Inc. Hla binding peptides and their uses
CA2501870C (en) 2002-10-09 2013-07-02 Avidex Limited Single chain recombinant t cell receptors
WO2004044004A2 (en) 2002-11-09 2004-05-27 Avidex Limited T cell receptor display
GB0304068D0 (en) 2003-02-22 2003-03-26 Avidex Ltd Substances
GB0318096D0 (en) * 2003-08-01 2003-09-03 Queen Mary & Westfield College Vaccine
US20050053988A1 (en) 2003-08-08 2005-03-10 The Gov. Of The Usa As Represented By The Secretary Of The Dept. Of Health & Human Services Gene expressed in breast cancer and methods of use
US20090298108A1 (en) * 2005-02-28 2009-12-03 Joachim Schultz Method for Identifying PDE11 Modulators
JPWO2006098464A1 (ja) * 2005-03-14 2008-08-28 リンク・ジェノミクス株式会社 前立腺がんの診断方法
EP1806359B1 (en) 2005-09-05 2010-03-17 Immatics Biotechnologies GmbH Tumor-associated peptides binding promiscuously to human leukocyte antigen (HLA) class II molecules
EP1948687A2 (en) * 2005-10-31 2008-07-30 Janssen Pharmaceutica N.V. A polypeptide complex of trpm8 and calmodulin and its uses thereof
WO2007132461A2 (en) * 2006-05-11 2007-11-22 Ramot At Tel Aviv University Ltd. Classification of protein sequences and uses of classified proteins
US20090263574A1 (en) 2008-04-21 2009-10-22 Quinn Daniel E Method of restoring an article
WO2009135019A2 (en) 2008-05-01 2009-11-05 Beth Israel Deaconess Medical Center Methods and compositions for prostate cancer immunotherapy
SI2119726T2 (en) 2008-05-14 2018-03-30 Immatics Biotechnologies Gmbh New and powerful Class II MHC peptides derived from survivin and neurocane
WO2010037395A2 (en) * 2008-10-01 2010-04-08 Dako Denmark A/S Mhc multimers in cancer vaccines and immune monitoring
PT2172211E (pt) * 2008-10-01 2015-03-09 Immatics Biotechnologies Gmbh Composição de peptídeos associados a tumores e vacina anti -cancro relacionada para o tratamento de glioblastoma (gbm) e outros tipos de câncer
WO2010102157A1 (en) 2009-03-04 2010-09-10 The Regents Of The University Of California Molecular predictors of biological response to a cenpe inhibitor in cancer
EP4012714A1 (en) * 2010-03-23 2022-06-15 Iogenetics, LLC. Bioinformatic processes for determination of peptide binding
WO2013040142A2 (en) * 2011-09-16 2013-03-21 Iogenetics, Llc Bioinformatic processes for determination of peptide binding
GB201006360D0 (en) 2010-04-16 2010-06-02 Immatics Biotechnologies Gmbh Method for differentially quantifying naturally processed HLA-restricted peptides for cancer, autoimmune and infectious diseases immunotherapy development
AU2011278042B2 (en) * 2010-07-15 2017-02-16 Oleg Iliich Epshtein Combination pharmaceutical composition and methods of treating genitourinary system disorders
US20120121592A1 (en) * 2010-10-13 2012-05-17 Baylor Research Institute Targeting Antigens to Human Dendritic Cells Via DC-Asialoglycoprotein Receptor to Produce IL-10 Regulatory T-Cells
EP2632955A1 (en) 2010-10-26 2013-09-04 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibodies which bind soluble t-cell receptor ligands
AU2011344652B2 (en) * 2010-12-14 2015-11-19 Immatics Biotechnologies Gmbh HLA-binding peptides derived from prostate-associated antigenic molecules and methods of use thereof
WO2013057586A1 (en) 2011-10-19 2013-04-25 Oslo Universitetssykehus Hf Compositions and methods for producing soluble t - cell receptors
JP2015516143A (ja) 2012-04-02 2015-06-08 モデルナ セラピューティクス インコーポレイテッドＭｏｄｅｒｎａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ． ヒト疾患に関連するタンパク質の産生のための修飾ポリヌクレオチド
WO2014047085A2 (en) 2012-09-20 2014-03-27 Rongfu Wang Prostate-specific tumor antigen and uses thereof
EP2917388B1 (en) 2012-11-08 2016-10-05 Roche Diagnostics GmbH Nucleic acids encoding chimeric polypeptides for library screening
EP2808392A1 (en) 2013-05-28 2014-12-03 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Aptamers and use of the aptamers in the diagnosis and treatment of cancer
TWI777196B (zh) 2013-08-05 2022-09-11 德商伊瑪提克斯生物科技有限公司 新穎肽類，細胞及其用於治療多種腫瘤的用途，其製造方法及包含其等之醫藥組成物（五）
GB201319446D0 (en) 2013-11-04 2013-12-18 Immatics Biotechnologies Gmbh Personalized immunotherapy against several neuronal and brain tumors
GB201423361D0 (en) 2014-12-30 2015-02-11 Immatics Biotechnologies Gmbh Method for the absolute Quantification of naturally processed HLA-Restricted cancer peptides
WO2016138362A1 (en) * 2015-02-26 2016-09-01 The Board Of Trustees Of The University Of Arkansas Treatment vaccine for prostate cancer
CN108513593A (zh) * 2015-04-23 2018-09-07 南托米克斯有限责任公司 癌症新表位
GB201513921D0 (en) 2015-08-05 2015-09-23 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against prostate cancer and other cancers
GB201520566D0 (en) 2015-11-23 2016-01-06 Immunocore Ltd & Adaptimmune Ltd Peptides
CA3066932A1 (en) * 2017-07-04 2019-01-10 Curevac Ag Novel nucleic acid molecules
CN117083081A (zh) 2020-12-14 2023-11-17 百欧恩泰美国公司 用于癌症免疫疗法的组织特异性抗原

Also Published As

Publication number Publication date
AU2021202059B2 (en) 2023-04-13
EP3854801A2 (en) 2021-07-28
CN107849107A (zh) 2018-03-27
JP2025038025A (ja) 2025-03-18
TW202415673A (zh) 2024-04-16
CL2021001744A1 (es) 2022-02-11
US20210283230A1 (en) 2021-09-16
MA46022B1 (fr) 2021-03-31
ZA201800513B (en) 2018-12-19
MY203318A (en) 2024-06-24
MA46022A (fr) 2019-07-03
US20220152175A1 (en) 2022-05-19
AU2023233214A1 (en) 2023-10-12
US10500259B2 (en) 2019-12-10
DK3331900T3 (da) 2021-03-29
CR20180074A (es) 2018-07-23
CY1123854T1 (el) 2022-05-27
US20190054160A1 (en) 2019-02-21
US12144852B2 (en) 2024-11-19
US20220143163A1 (en) 2022-05-12
US11065315B2 (en) 2021-07-20
US20180344827A1 (en) 2018-12-06
EP3842446A1 (en) 2021-06-30
JP6884752B2 (ja) 2021-06-09
CA2994771C (en) 2021-04-20
CL2021001545A1 (es) 2022-01-21
US10478480B2 (en) 2019-11-19
WO2017021527A2 (en) 2017-02-09
MY200281A (en) 2023-12-18
EP4324472A3 (en) 2024-08-28
US20190240305A1 (en) 2019-08-08
CA3110633A1 (en) 2017-02-09
US11058754B2 (en) 2021-07-13
US20220152171A1 (en) 2022-05-19
AU2021202056A1 (en) 2021-04-29
US20170305982A1 (en) 2017-10-26
US10449238B2 (en) 2019-10-22
AU2023204661A1 (en) 2023-08-10
US20200000900A1 (en) 2020-01-02
US20240016908A1 (en) 2024-01-18
US12180259B2 (en) 2024-12-31
AU2016303021A1 (en) 2018-03-22
MD3331900T2 (ro) 2021-05-31
KR20180035845A (ko) 2018-04-06
SG10202001660YA (en) 2020-04-29
EP4324472A2 (en) 2024-02-21
CL2021001544A1 (es) 2022-01-21
AU2021202058A1 (en) 2021-04-29
US20200323969A1 (en) 2020-10-15
AU2021202057B2 (en) 2023-04-13
US10155032B2 (en) 2018-12-18
US20220143162A1 (en) 2022-05-12
AU2016303021B2 (en) 2021-02-25
US10383930B2 (en) 2019-08-20
US11826409B2 (en) 2023-11-28
US20180009858A9 (en) 2018-01-11
US12102670B2 (en) 2024-10-01
MA41879A1 (fr) 2019-05-31
IL310078A (en) 2024-03-01
AR105817A1 (es) 2017-11-15
CA3110640A1 (en) 2017-02-09
EP3331900A2 (en) 2018-06-13
JP2018529320A (ja) 2018-10-11
HRP20210709T8 (hr) 2022-03-18
JP2021040639A (ja) 2021-03-18
EP3331900B1 (en) 2021-02-17
ES2862400T3 (es) 2021-10-07
CL2022003264A1 (es) 2023-02-24
US12097249B2 (en) 2024-09-24
US20190091311A1 (en) 2019-03-28
US20210275653A1 (en) 2021-09-09
SI3331900T1 (sl) 2021-08-31
AU2021202057A1 (en) 2021-04-29
AU2021202056B2 (en) 2023-04-06
HRP20210709T1 (hr) 2021-11-26
CL2018000324A1 (es) 2018-05-18
LT3331900T (lt) 2021-03-25
US12076381B2 (en) 2024-09-03
PH12018500189A1 (en) 2018-07-30
CN114395013A (zh) 2022-04-26
US20220133870A1 (en) 2022-05-05
US20200397878A1 (en) 2020-12-24
CR20200435A (es) 2020-10-14
EA201890440A1 (ru) 2018-08-31
AU2021202060A1 (en) 2021-04-29
CR20200433A (es) 2020-10-19
PT3331900T (pt) 2021-03-18
US20170326215A1 (en) 2017-11-16
US20210275654A1 (en) 2021-09-09
CA2994771A1 (en) 2017-02-09
CL2021001543A1 (es) 2022-01-21
MY202812A (en) 2024-05-23
US20190374626A1 (en) 2019-12-12
RS61713B1 (sr) 2021-05-31
EP3854801A3 (en) 2021-09-29
MA53680A (fr) 2021-09-29
WO2017021527A3 (en) 2017-04-27
US20220125902A1 (en) 2022-04-28
AU2021202059A1 (en) 2021-04-29
PE20250557A1 (es) 2025-02-24
US10799569B2 (en) 2020-10-13
CO2018002202A2 (es) 2018-11-22
US20170037089A1 (en) 2017-02-09
US10532091B1 (en) 2020-01-14
US10238727B2 (en) 2019-03-26
US20180127473A1 (en) 2018-05-10
PE20180695A1 (es) 2018-04-23
TW202106702A (zh) 2021-02-16
GB201513921D0 (en) 2015-09-23
TWI829618B (zh) 2024-01-21
TW201713682A (zh) 2017-04-16
US20220143164A1 (en) 2022-05-12
CR20200431A (es) 2020-10-14
CR20200432A (es) 2020-10-19
PL3331900T3 (pl) 2021-08-09
US9993539B2 (en) 2018-06-12
BR112018001687A2 (pt) 2018-09-18
US10376568B2 (en) 2019-08-13
JP7142957B2 (ja) 2022-09-28
HUE053657T2 (hu) 2021-07-28
AU2021202058B2 (en) 2023-04-13
US20190275131A1 (en) 2019-09-12
MA53452A (fr) 2021-06-30
US9908920B2 (en) 2018-03-06
AU2021202060B2 (en) 2023-06-15
MX2021015933A (es) 2022-02-03
US11786584B2 (en) 2023-10-17
CR20200434A (es) 2020-10-19
MX2018001421A (es) 2018-03-15
CL2021001542A1 (es) 2022-01-21
JP2022191218A (ja) 2022-12-27
IL257331A (en) 2018-03-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
UA125816C2 (uk) Пептид, придатний для лікування та/або діагностики раку
TWI689516B (zh) 用於對抗多種癌症的免疫療法的新胜肽及胜肽組合
UA124575C2 (uk) Пептид для лікування раку
UA124519C2 (uk) Пептид, здатний зв'язуватися з молекулою головного комплексу гістосумісності (mhc) людини i класу
CN109734777B (zh) 用于各种癌症免疫治疗的新型肽、肽组合物和支架
UA123941C2 (uk) Пептид та його застосування для лікування раку
CN108602855A (zh) 用于乳腺癌和其他癌症免疫治疗的肽和肽组合物
TWI781104B (zh) 新型肽、肽組合物作為靶標以及用於膽囊癌、膽管癌和其他癌症免疫治療
UA124139C2 (uk) Пептид, який здатний зв'язуватися з молекулою головного комплексу гістосумісності (мнс) людини і класу
UA124875C2 (uk) Пептид для застосування в імунотерапії епітеліального раку яєчника та інших видів раку
CN108713024A (zh) 用于nhl和其他癌症免疫治疗的新型肽和肽组合物
UA123392C2 (uk) Пептид, здатний зв'язуватися з молекулою головного комплексу гістосумісності (mhc) людини i класу, та його застосування для лікування раку
TW201930348A (zh) 用於乳腺癌和其他癌症免疫治療的新型肽和肽組合物
TW201841937A (zh) 用於白血病和其他癌症免疫治療的新穎肽和肽組合物
TW201841934A (zh) 用於治療癌症免疫治療的新穎肽及其肽組合物
KR20180026758A (ko) 식도암 및 기타 암에 대한 면역요법에 사용하기 위한 펩티드 및 펩티드의 조합
BR112019020959A2 (pt) peptídeos e combinações dos mesmos para uso na imunoterapia contra câncer
TW202028224A (zh) B*44限制肽在抗癌免疫治療的用途和相關方法
TW201738266A (zh) 用於aml和其他癌症免疫治療的新型肽和肽組合物
AU2020264365A1 (en) Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against various cancers
TW202024121A (zh) A*01 限制肽和肽組合物在抗癌免疫治療中的用途和相關方法
BR112019021094A2 (pt) Peptídeos e combinações dos mesmos para uso na imunoterapia contra leucemias e outros cânceres
TW202019462A (zh) A*03限制肽在抗癌免疫治療和相關方法中的用途
BR112020021096A2 (pt) peptídeo, anticorpo, receptor de célula t, célula hospedeira recombinante, método in vitro, linfócito t, composição farmacêutica, método de produção de um peptídeo, uso do peptídeo e kit
KR20210104674A (ko) B*08 제약 펩티드 및 펩티드의 조합에 의한 암에 대한 면역요법 및 관련 방법들