[go: up one dir, main page]

UA124411C2 - Фармацевтично прийнятна сіль пептиду та її застосування для лікування раку - Google Patents

Фармацевтично прийнятна сіль пептиду та її застосування для лікування раку Download PDF

Info

Publication number
UA124411C2
UA124411C2 UAA201711084A UAA201711084A UA124411C2 UA 124411 C2 UA124411 C2 UA 124411C2 UA A201711084 A UAA201711084 A UA A201711084A UA A201711084 A UAA201711084 A UA A201711084A UA 124411 C2 UA124411 C2 UA 124411C2
Authority
UA
Ukraine
Prior art keywords
cancer
peptide
cells
cell
peptides
Prior art date
Application number
UAA201711084A
Other languages
English (en)
Inventor
Андреа Мар
Тоні Вайншенк
Тони Вайншенк
Колетт Зонг
Олівер Шор
Оливер Шор
Йенс Фрітше
Йенс Фритше
Харпреет Сінгх
Харпреет Сингх
Original Assignee
Імматікс Біотекнолоджіс Гмбх
Имматикс Биотекнолоджис Гмбх
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from GBGB1511792.2A external-priority patent/GB201511792D0/en
Application filed by Імматікс Біотекнолоджіс Гмбх, Имматикс Биотекнолоджис Гмбх filed Critical Імматікс Біотекнолоджіс Гмбх
Publication of UA124411C2 publication Critical patent/UA124411C2/uk

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70539—MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/14—Blood; Artificial blood
    • A61K35/17—Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A61K39/001152—Transcription factors, e.g. SOX or c-MYC
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K40/00—Cellular immunotherapy
    • A61K40/10—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K40/11—T-cells, e.g. tumour infiltrating lymphocytes [TIL] or regulatory T [Treg] cells; Lymphokine-activated killer [LAK] cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K40/00—Cellular immunotherapy
    • A61K40/40—Cellular immunotherapy characterised by antigens that are targeted or presented by cells of the immune system
    • A61K40/41—Vertebrate antigens
    • A61K40/42—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4748—Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/575—Hormones
    • C07K14/635—Parathyroid hormone, i.e. parathormone; Parathyroid hormone-related peptides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2833—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C12N5/0638—Cytotoxic T lymphocytes [CTL] or lymphokine activated killer cells [LAK]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G01N33/5758—
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/70—Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2510/00—Genetically modified cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Developmental Biology & Embryology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)

Abstract

Винахід стосується пептиду або його фармацевтично прийнятної солі, нуклеїнової кислоти та клітини для їх застосування в імунотерапії раку. Цей винахід також стосується епітопів пухлино-асоційованих пептидів Т-клітин, які самостійно або в комбінації з іншими пухлино-асоційованими пептидами можуть, наприклад, служити активними фармацевтичними інгредієнтами композицій вакцин, які стимулюють протипухлинні імунні відповіді, або стимулювати Т-клітини ex vivo з їх перенесенням в організм пацієнта. Пептиди, зв'язані з молекулами головного комплексу гістосумісності (МНС), або пептиди як такі можуть також бути мішенями для розчинних Т-клітинних рецепторів та інших зв'язувальних молекул.

Description

Цей винахід стосується пептидів, білків, нуклеїнових кислот та клітин для їх застосування в імунотерапії. Зокрема, цей винахід стосується імунотерапії раку. Цей винахід також стосується епітопів пухлино-асоційованих пептидів Т-клітин, які самостійно або в комбінації з іншими пухлино-асоційованими пептидами можуть, наприклад, служити активними фармацевтичними інгредієнтами композицій вакцин, які стимулюють протипухлинні імунні відповіді, або стимулювати Т-клітини ех мімо з їх перенесенням в організм пацієнта. Пептиди, зв'язані з молекулами головного комплексу гістосумісності (МНС), або пептиди як такі можуть також бути мішенями для антитіл, розчинних Т-клітинних рецепторів та інших зв'язувальних молекул.
Цей винахід стосується декількох нових пептидних послідовностей та їх варіантів, отриманих із молекул НІГА | класу пухлинних клітин людини, які можуть застосовуватися у вакцинних композиціях з метою викликати протипухлинну імунну відповідь або являють собою мішені для розробки фармацевтично або імунологічно активних сполук і клітин.
ПЕРЕДУМОВА СТВОРЕННЯ ВИНАХОДУ
Рак стравоходу є восьмим за поширеністю видом раку на земній кулі із розповсюдженістю захворювання за п'ять років, яка за станом на 2012 рік дорівнювала 464 063 пацієнтів.
Показники смертності дуже схожі на показники захворюваності (400 169 у порівнянні з 455 784 у 2012 році), що свідчить про високу смертність від раку стравоходу (Уопа Сапсег Вероп, 2014;
Еепау єї а!., 2013; Вгау єї а!., 2013).
Двома найпоширенішими підтипами раку стравоходу є пласкоклітинна карцинома і аденокарцинома. Обидва підтипи більш поширені серед чоловіків, ніж серед жінок, але вони демонструють певну географічну неоднорідність. Пласкоклітинна карцинома більш поширена у регіонах із обмеженими ресурсами з особливо високими показниками захворюваності в
Ісламській Республіці Іран, деяких частинах Китаю і у Зімбабве. Аденокарцинома є найпоширенішим підтипом раку стравоходу у представників європеоїдної раси і серед популяцій з високим рівнем економічного розвитку, серед яких Велика Британія, Австралія,
Нідерланди і США займають лідируюче положення. Найсильніші фактори ризику розвитку пласкоклітинної карциноми стравоходу включають вживання алкоголю і тютюну, у той час як аденокарцинома стравоходу головним чином асоціюється з ожирінням і гастроезофагеальну рефлюксну хворобу. Показники захворюваності на аденокарциному стравоходу постійно
Зо зростають у країнах з високим рівнем доходів, що можна пояснити підвищенню рівня захворюваності на ожиріння і на гастроезофагеальну рефлюксну хворобу, а також змінами у класифікації пухлин стравохідно-шлункового сполучення. Нейроендокринна карцинома, аденокістозна карцинома, аденоскваматозна карцинома, мукоепідермоїдна карцинома, змішана адено-нейроендокринна карцинома, різні види саркоми і меланоми являють собою більш рідкі підтипи раку стравоходу (У/опа Сапсег Вероп, 2014).
Головний метод лікування раку стравоходу залежить від стадії розвитку пухлини, її локалізації, гістологічного типу і медичного стану пацієнта. Саме лише хірургічне втручання не є достатнім, за винятком невеликої підгрупи пацієнтів із пласкоклітинною карциномою. Взагалі, хірургічну операцію слід поєднувати з до- і зрештою після-операційною хіміотерапією або з доопераційною хіміопроменевою терапією, тоді як сама лише до- або після-операційна радіотерапія, як було показано, не надавала користі щодо виживаності. Стандартні режими хіміотерапії включають застосування оксаліплатину у комбінації з флуорурацилом, карбоплатину у комбінації з паклітакселом, цисплатину у комбінації з рлуорурацилом, БОЇ РОХ і цисплатину у комбінації з іринотеканом. Пацієнтів із НЕК2-позитивними пухлинами слід лікувати відповідно до рекомендацій з лікування раку шлунка, з використанням цисплатину, флуорурацилу і трастузумабу, оскільки рандомізовані дані для таргетної терапії раку стравоходу дуже обмежені (51ані еї а!., 2013; І ейіпіє МадепКаггіпот, 2012).
Взагалі, більшість типів раку стравоходу піддаються лікуванню, якщо пацієнти звертаються по допомогу на ранній стадії розвитку пухлин, тоді як на пізніх стадіях шанси на успіх лікування дуже обмежені. Таким чином, розробка нових протоколів скринінгу може виявитися дуже ефективною для зменшення показників смертності, пов'язаної з раком стравоходу (УУопа Сапсег
Вероні, 2014).
Імунотерапія може виявитися новим багатообіцяючим підходом до лікування поширеного раку стравоходу. Як було показано, при раку стравоходу надмірно експресуються декілька пов'язаних з раком генів і раково-тестикулярних антигенів, включаючи гени МАСЕ, МУ-Е5О-1 і
ЕРСАМ (Кітита вї а!., 2007; Пап еї аї!., 20055; Іпоце еї а!., 1995; Вціаз евї аї!., 2011; Тапака є! аї., 1997; Оцйеп еї а!., 1997). Ці гени являють собою дуже цікаві мішені для імунотерапії, і більшість із них зараз досліджується при лікуванні інших злоякісних захворювань (Сіїпіса! ТіаІ5.дом, 2015).
До того ж, підвищену експресію РО-І1 ії РО-Ї2 виявили при раку стравоходу, що корелювало з гіршим прогнозом. Отже, пацієнти з РО-ІЇ 1-позитивними пухлинами раку стравоходу можуть отримати користь від імунотерапії анти-РО-І1 препаратами (ОпНідавні єї а!., 2005).
На даний час існує досить обмежений об'єм даних щодо імунотерапевтичних підходів до лікування раку стравоходу, оскільки завершена дуже обмежена кількість клінічних випробувань ранніх фаз (Тоотвеу сеї аї!., 2013). Вакцину, що складається з трьох пептидів, отриманих із трьох різних раково-тестикулярних антигенів (протеїнкіназа ТТК, комплекс лімфоцитарного антигену б, локус К і інсуліноподібний фактор росту (ІСЕ)-ІЇ іРНК зв'язувальний білок 3) вводили пацієнтам з поширеним раком стравоходу у клінічному дослідженні фази І; результати були помірними. (Копо еї аї., 2009). Внутрішньопухлинна ін'єкція активованих Т-клітин після їх стимуляції іп міго аутологічними злоякісними клітинами і інтерлейкіном 2 викликала повну або часткову відповідь пухлин у чотирьох із одинадцяти пацієнтів у випробуванні фази ІЛІ (Тон еї аї., 2000; Топ єї аї., 2002). У цей час виконуються подальші клінічні випробування з метою оцінити вплив різних імунотерапевтичних засобів на рак стравоходу, включаючи адоптивну клітинну терапію (МСТО1691625, МСТ01691664, МСТО0О1795976, МСТ02096614, МСтТО02457650), вакцинаційні стратегії (МСТО01143545, МСТ01522820) і терапію анти-РО-І1 препаратами (МСТО2340975) (СііпісаІТгіаІ5.дом, 2015).
Зважаючи на важкі побічні ефекти і витрати, пов'язані з лікуванням раку, існує потреба ідентифікувати фактори, які можливо буде використовувати для лікування раку взагалі і раку стравоходу зокрема. Є також потреба в ідентифікації інших чинників, які виконують роль біомаркерів раку взагалі і раку стравоходу зокрема, які забезпечать кращу діагностику раку, оцінку прогнозу і передбачення успіху лікування.
Імунотерапія раку являє собою варіант специфічного націлювання на ракові клітини, у той же час зводячи до мінімуму побічні ефекти. У імунотерапії раку використовується існування пухлино-асоційованих антигенів.
Сучасна класифікація пухлино-асоційованих антигенів (ТАА) охоплює наступні головні групи: а) Раково-тестикулярні антигени: Перші будь-коли ідентифіковані ТАА, які можуть бути розпізнані Т-клітинами, належать до цього класу, які були спочатку названі раково- тестикулярними (СТ) антигенами завдяки експресії його представників у гістологічно різних пухлинах людини і, поряд із нормальними тканинами, тільки в
Зо сперматоцитах/сперматогоніальних клітинах яєчок і іноді в плаценті. Оскільки клітини яєчок не експресують молекули НГА І та ІЇ класу, ці антигени не можуть розпізнаватися Т-клітинами у нормальних тканинах і можуть, таким чином, вважатися пухлинно-специфічними, з точки зору імунології. Добре відомими прикладами СТ антигенів є члени сімейства МАСЕ і МУ-ЕБО-1. б) Антигени диференціації: Ці ТАА розподілені між пухлинами та нормальними тканинами, з яких виникла пухлина. Більшість з відомих антигенів диференціації знайдена в меланомах і нормальних меланоцитах. Багато цих білків, пов'язаних із диференціацією у меланоцити, беруть участь у біосинтезі меланіну і тому не є пухлино-специфічними, але, тим не менше, широко застосовуються для імунотерапії раку. Приклади включають, без обмеження, тирозиназу і Меіап-А/МАВТ-1 для меланоми або ПСА для раку передміхурової залози. в) Надмірно експресовані ТАА: Гени, що кодують ТАА, які широко експресуються, були виявлені в гістологічно різних типах пухлин, а також у багатьох нормальних тканинах, загалом з нижчими рівнями експресії. Можливо, що багато епітопів, що були процесовані і, можливо, презентовані нормальними тканинами, присутні у кількості, що нижча за пороговий рівень розпізнання Т-клітинами, в той час як їх надекспресія в пухлинних клітинах може запустити антиракову реакцію, порушивши раніш встановлену толерантність. Відомими прикладами для цього класу ТАА є Нег-2/пеи, сурвівін, теломераза або М/11. г) Пухлино-специфічні антигени: Ці унікальні ТАА утворюються в результаті мутацій нормальних генів (таких як бета-катенін, СОКА тощо). Деякі з цих молекулярних змін зв'язані з неопластичною трансформацією і (або) прогресуванням пухлини. Пухлино-специфічні антигени загалом можуть викликати сильні імунні відповіді, не спричиняючи ризику аутоїмунних реакцій проти нормальних тканин. З іншого боку, ці ТАА у більшості випадків мають відношення тільки до певної пухлини, на якій вони були ідентифіковані, і зазвичай не є спільними для багатьох окремих пухлин. Специфічність пептиду до пухлини (або асоціація з пухлиною) може також виникати, якщо пептид походить із екзону пухлини (пухлино-асоційованого екзону) у випадку білків з пухлино-специфічними (-асоційованими) ізоформами. д) ТАА, що виникають в результаті посттрансляційних модифікацій: Такі ТАА можуть виникати з білків, які не є ні специфічними, ні надмірно експресованими у пухлинах, але, незважаючи на це, стають асоційованими з пухлинами в результаті посттрансляційних процесів, первинно активних у пухлинах. Прикладами ТАА цього класу є антигени, що виникають в 60 результаті змін характеру гликозилювання, що приводить до утворення у пухлинах нових епітопів, таких як МОСТІ, або таких подій як білковий сплайсинг під час деградації, які можуть бути пухлино-специфічними, а можуть і не бути. е) Онковірусні білки: Ці ТАА є вірусними білками, які можуть відігравати вирішальну роль в онкогенному процесі і, оскільки вони є чужорідними (не походять від людини), вони можуть викликати відповідь Т-клітин. Прикладами таких білків є білки вірусу папіломи людини типу 16,
Еб і Е7, які експресуються клітинами карциноми шийки матки.
Мішенями імунотерапії з використанням Т-клітин є пептидні епітопи, отримані з пухлино- асоційованих або пухлино-специфічних білків, які презентуються молекулами головного комплексу гістосумісності (МНС). Антигенами, які розпізнаються пухлино-специфічними Т- лімфоцитами, тобто їхніми епітопами, можуть бути молекули, що отримані з усіх класів білків, таких як ферменти, рецептори, фактори транскрипції тощо, які експресуються і, у порівнянні з незміненими клітинами того ж походження, активність яких підвищена у клітинах відповідної пухлини.
Існує два класи молекул МНС, МНС | класу і МНС І класу. Молекули МНС І! класу складаються з альфа-важких ланцюгів і бета-2-мікроглобуліну, молекули МНС І! класу складаються з альфа- і бета-ланцюгів. Їхня тримірна конформація приводить до утворення зв'язувальної щілини, що використовується для нековалентної взаємодії з пептидами.
Молекули МН І класу можна виявити в більшості клітин, що мають ядро. Вони презентують пептиди, які утворюються в результаті розщеплення протеолітичними ферментами переважно ендогенних білків, дефектних рибосомальних продуктів (ОКІР) та більш великих пептидів.
Однак пептиди, одержані з ендосомальних компартментів чи екзогенних джерел, також часто зустрічаються на молекулах МНС | класу. Цей некласичний спосіб презентації | класом називається у науковій літературі крос-презентацієй (Вго55ап апа Вемап, 1997; Носк еї аї., 1990). Молекули МНС Ії класу містяться головним чином на професійних антигенпрезентуючих клітинах (АПК) і презентують головним чином пептиди екзогенних або трансмембранних білків, які поглинаються АПК в ході ендоцитозу і згодом процесуються.
Комплекси пептидів і молекул МНС І класу розпізнаються СО8-позитивними Т-клітинами, що несуть відповідний Т-клітинний рецептор (ТКР), в той час як комплекси пептиду і молекул МНС
МП класу розпізнаються СО4-позитивними Т-хелперами, що несуть відповідний ТКР.
Загальновідомо, що ТКР, пептид і МНС, таким чином, є присутніми у стехіометричних кількостях у співвідношенні 1:1:1.
Сора-позитивні Т-хелпери відіграють важливу роль, викликаючи та підтримуючи ефективну відповідь СЮО8-позитивних цитотоксичних Т-клітин. Ідентифікація епітопів СО4-позитивних Т- клітин, отриманих із пухлино-асоційованих антигенів (ТАА), може мати велике значення під час розробки фармацевтичних засобів для ініціювання протипухлинних імунних реакцій (Спайс єї а. 2003). У місці локалізації пухлини Т-хелперні клітини підтримують сприятливе для цитотоксичних Т-клітин (ЦТЛ) цитокінове середовище (Мопага єї аї., 2006) і притягують ефекторні клітини, такі як ЦТЛ, природні кілерні (МК) клітини, макрофаги і гранулоцити (Нжапд еїа!., 2007).
За відсутності запалення експресія молекул МНС ІІ класу обмежується головним чином клітинами імунної системи, особливо професійними антиген-презентуючими клітинами (АПК), наприклад, моноцитами, клітинами, що походять з моноцитів, макрофагами, дендритними клітинами. Було виявлено, що клітини пухлин у хворих на рак пацієнтів експресують молекули
МНЄе Ії класу (Оеєпадіеї! єї аї., 2006).
Подовжені (довші) пептиди за винаходом можуть діяти як епітопи, активні по відношенню до молекул МНС ІІ класу.
Т-хелперні клітини, активовані зв'язаними з молекулами МНС ІІ класу епітопами, відіграють важливу роль в регуляції ефекторної функції ЦТЛ у протипухлинному імунітеті. Епітопи Т- хелперних клітин, які ініціюють реакцію Т-хелперів типу ТНІ, підтримують ефекторні функції
СОв-позитивних Т-кілерів, котрі включають цитотоксичні функції, спрямовані проти клітин пухлини, що презентують комплекси пухлино-асоційованого пептиду/мНсС на поверхнях своїх клітин. У такий спосіб епітопи пухлино-асоційованих пептидів Т-хелперів самостійно або в комбінації з іншими пухлино-асоційованих пептидами можуть служити активними фармацевтичними інгредієнтами композицій вакцин, які стимулюють протипухлинні імунні реакції.
На моделях тварин-ссавців, наприклад, на мишах, було показано, що навіть за відсутності
СОрв8-позитивних Т-лімфоцитів, присутності СЮО4-позитивних Т-клітин виявляється достатньо для послаблення клінічних проявів пухлин шляхом інгібування ангіогенезу за рахунок секреції інтерферону-гамма (ІФН-у) (Вєайну апа Раїегзоп, 2001; Митрбега еї а!., 1999). Існують докази, що
Т-клітини є ефекторними клітинами прямої протипухлинної дії (ВгайтиїПег еї а!., 2013; Тгап еї аї., 2014).
Оскільки конститутивна експресія молекул НГА ІЇ класу зазвичай обмежується клітинами імунної системи, раніше вважалося неможливим виділити пептиди ІЇ класу безпосередньо з первинних пухлин. Однак ЮОепад)еІ! і співавт. вдалося ідентифікувати декілька зв'язаних з молекулами МНС ІІ класу епітопів безпосередньо із пухлин (ММО 2007/028574, ЕР 1 760 088 В1).
Оскільки обидва типи відповіді, залежні від СО8 та СО4, спільно та синергічно роблять свій внесок у протипухлинну дію, для розробки протипухлинних вакцин важливими є ідентифікація та визначення характеристик пухлино-асоційованих антигенів, які розпізнаються або СОвТ- клітинами (ліганд: молекули МНС І! класу ж пептидний епітоп) або СО4- позитивними Т- хелперними клітинами (ліганд: молекули МН ІІ класу т пептидний епітоп).
Щоб пептид, зв'язаний з молекулою МНС Іі класу, ініціював (викликав) клітинну імунну відповідь, він також має зв'язатися з молекулою МНС. Цей процес залежить від алеля молекули
МНС ії специфічних поліморфізмів амінокислотної послідовності пептиду. Пептиди, що зв'язуються з молекулами МНС | класу, зазвичай мають 8-12 амінокислотних залишків у довжину і зазвичай містять два консервативні залишки ("якорі") у своїй послідовності, які взаємодіють з відповідною зв'язувальною щілиною молекули МНС. У такий спосіб кожний алель
МНС має "зв'язувальний мотив", що визначає, які пептиди зможуть специфічно зв'язатися зі зв'язувальною щілиною.
В імунній реакції, залежній від молекул МНС І класу, пептиди не тільки мають бути здатними зв'язатися з певними молекулами МН І класу, що експресуються клітинами пухлини, але вони також мають розпізнаватися Т-клітинами, що несуть специфічний Т-клітинний рецептор (ТКР).
Для того, щоб білки розпізнавалися Т-лімфоцитами як пухлино-специфічні або пухлино- асоційовані антигени, та щоб їх було можливо застосовувати в терапії, необхідно створити особливі передумови. Антиген має експресуватися, головним чином, пухлинними клітинами і не експресуватися або експресуватися у порівняно невеликих кількостях нормальними здоровими тканинами. В переважному втіленні вищезгаданий пептид має надмірно презентуватися пухлинними клітинами у порівнянні з нормальними здоровими тканинами. До того ж бажано, щоб відповідний антиген не тільки був присутнім у пухлині певного типу, але також був
Зо присутнім у високих концентраціях (тобто як декілька копій відповідного пептиду на клітину).
Пухлино-специфічні та пухлино-асоційовані антигени часто отримують із білків, які беруть безпосередню участь у трансформації нормальної клітини в пухлинну клітину, завдяки їх функції, наприклад, в контролі клітинного циклу або пригніченні апоптозу. Крім цього, низхідні мішені білків, що також є безпосередньою причиною трансформації, можуть мати підвищену експресію і, таким чином, можуть бути опосередковано пухлино-асоційованими. Такі опосередковано пухлино-асоційовані антигени також можуть бути мішенями у вакцинаційному підході (біпдп-Уазціа єї а!., 2004). Важливим є те, щоб в амінокислотній послідовності антигену були присутні епітопи, оскільки такий пептид ("їмуногенний пептид"), отриманий із пухлино- асоційованого антигену, має приводити до відповіді Т-клітин іп міїго або іп мімо.
По суті, будь-який пептид, що здатний зв'язуватися з молекулою МНС, може відігравати роль епітопу Т-клітини. Передумовою індукції відповіді Т-клітин іп міго або іп мімо є присутність
Т-клітин із відповідним ТКР ії відсутність імунологічної толерантності до цього конкретного епітопу.
Таким чином, ТАА є стартовою точкою для розробки Т-клітинної терапії, включаючи, але не обмежуючись ними, протипухлинні вакцини. Методи ідентифікації та визначення характеристик
ТАА зазвичай базуються на використанні Т-клітин, які можна виділити з організму пацієнтів або здорових суб'єктів, або вони грунтуються на генерації різних профілів транскрипції або різному характері експресії пептидів тканинами пухлин і нормальними тканинами. Проте ідентифікація генів, які надмірно експресуються пухлинними тканинами або лініями пухлинних клітин людини, або селективно експресуються в таких тканинах або клітинних лініях, не дає точної інформації щодо використання антигенів, що кодуються цими генами, в імунній терапії. Причиною цього є те, що тільки окрема субпопуляція епітопів цих антигенів придатна для такого застосування, оскільки має бути присутня Т-клітина з відповідним ТКР, і імунологічна толерантність по відношенню до цього епітопу повинна бути відсутньою або мінімальною. Отже, у більш переважному втіленні цього винаходу важливо вибрати тільки ті надмірно або селективно презентовані пептиди, проти яких можна знайти функціонуючу Т-клітину і (або) Т-клітину, здатну до проліферації. Така функціонуюча Т-клітина визначається як Т-клітина, яка за стимуляції специфічним антигеном може бути клонована і здатна виконувати функції ефектору
Сефекторна Т-клітина").
У випадку націлювання специфічних ТКР (наприклад, розчинних ТКР) і антитіл або інших зв'язувальних молекул (каркасів) за цим винаходом імуногенність базових пептидів є вторинною. У цих випадках визначальним фактором є презентація.
КОРОТКЕ ФОРМУЛЮВАННЯ СУТНОСТІ ВИНАХОДУ
Згідно з першим аспектом цього винаходу, пропонується пептид, що містить амінокислотну послідовність, вибрану з групи послідовностей від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮО МО: 93 або варіант його послідовності, який принаймні на 7795, переважно принаймні на 8895 гомологічний (переважно принаймні на 77 95 або принаймні на 88 95 ідентичний) послідовності від ЗЕО ІЮ МО: 1 до ЗЕО ІО МО: 93, де згаданий варіант зв'язується з МНС і (або) викликає перехресну реакцію
Т-клітин із згаданим пептидом або його фармацевтично прийнятною сіллю, де згаданий пептид не є базовим повнорозмірним поліпептидом.
Цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від ЗЕО ІЮО МО: 1 до 5ЕО ІЮО МО: 93 або його варіанту, який принаймні на 77 95, переважно принаймні на 88 95 гомологічний (переважно принаймні на 77 95 або принаймні на 88 95 ідентичний) послідовності від 56 ІЮО МО: 1 до 5ЕО ІЮО МО: 93, де згаданий пептид або його варіант має загальну довжину між 8 і 100, переважно між 8 і 30 і найбільш переважно між 8 і 14 амінокислот.
У нижче наведеній таблиці описані пептиди за цим винаходом, їх відповідні зЗЕО ІЮ МО і очікувані вихідні (основні) гени для пептидів. Усі пептиди у Таблиці 1 і Таблиці 2 зв'язуються з
НІ А-А"02. Пептиди Таблиці 2 були розкриті раніше у великих списках як результати високопродуктивного скринінгу з великою частотою помилок або були розраховані з використанням алгоритмів, але їхній зв'язок з раковими захворюваннями взагалі не був встановлений. Пептиди, наведені у Таблиці 3, є додатковими пептидами, які доцільно використовувати у комбінації з іншими пептидами за винаходом. Наведені у Таблиці 4 пептиди також можуть використовуватися в діагностиці і (або) лікуванні різних інших злоякісних пухлин, пов'язаних з надмірною експресією або надмірною презентацією відповідних базових поліпептидів.
Таблиця 1
Пептиди за цим винаходом
Ід. номери) генаців) Символи) генаків) 6 дшвариРе 77702709, |6965777/7/7/7/:////: КРЖЛО 8 ФАШОСОЗЕАУМУВМ 084985. |РАМВЗА//Г:/:////0/ГС(Е 11119 |НШАВІНТАЇ////// 05744 |РТНІН///7/7/ 0 ( ( 2155, 28396, 3500, Е7,1аНМа-31, 1СНИт, Ідна, 101060689, 154761, 100505503, 402057, ВАРБ17Ї, ВРБОІ17Р16, ВРБО17РБ, 23 |КІЗОВАТМ 7/7 |АсоційованийгенвідсутнійЗ/З
Таблиця 1
Пептиди за цим винаходом
Ід. номери) генаців) Символи) генаків) 100996747, 441502, ВАРБ2бРІ1, ВРБ2б, АРБЗ2бРІ28, 728937, 729188 АРБЗ2бРБВ 1674, 4741, 4744, 4747, | ОЕ5, МЕРМ, МЕНЕН, МЕРІ, МІМ, 160 0МУМЕЕШКМ 23191777 |СУНРІЇГ/Г/:/ С 66 ШОвЕКМОБМ 057616. 153 28396, 3500, 3501, Іанма-31, 1СНнат, Існаг, ово |РАмовеоуві зворововзвох оновисновснМ 69 |СІМОЗЕКМТМ /3861,3868,644945 |КАТІ4,КАТІ6 КАТІбРЗ
Таблиця 1
Пептиди за цим винаходом 5ЕО І Мо Ід. номер(и) генаців) Символи) генаців)
КІТЕАІОУМ 6095 ВОВА
ІГАБІ АТОМ 10844 тОвасР2
СІМООМОЕКА 10525 НУОШІ
КМАОМІРОЇ- 2744
Таблиця 2
Додаткові пептиди за цим винаходом, щодо яких зв'язок з раковими захворюваннями не був встановлений 5ЕО І Мо Ід. номер(и) генаців) Символи) генаців)
МІМРУЕРРОМ 8626 ТРОЗ
КМАМПАЕМ 5910 ВАРІСОБ5І1 вОорМавУОМ 6748 5584 80 ТАГОБАГЕМА 9631 МОРІ155
АМІ РНУРОМ 23379 КІААО0О947
НІТОНІГЕОА 63977 РВОМІ15
АГ АДОУМБОА 27238 аРКОМ
ЗІ АЕБІ ОА 22894 0ІЗ
МПЕСУНОМ 6850 86 (ОП ТЕІВАМ 9263 ЗТКІ17А
РІГ ОМОРКТІ 1982 ЕІЕ4с2
СІЛУЕОЕМНІ. 79768 КАТМВІ 1 89 І5ІАОБІУМ. 23271 САМ5АР2 90 |5ІМЕМУУНАЇ. 3091 НІНА
КОООМНВІ. 6734 ЗАРВА 5ЗІ-АНМАєМ 1965 ЕІЕ251
МИМТОМТІ. 23036 7МЕ292
Таблиця З
Пептиди, які доцільно використовувати, наприклад, для персоналізованої терапії раку 5ЕО І Мо Ід. номер(и) генаців) Символи) генаців)
ТОБОСТКТУ оБриет, 352, 3853, КВтес, КАТ5, КАТА, КАТЄВ
ШПООВМАєМ 3914 ІГАМВЗ 96 |СААУВІОБМІ 9150 СТОР
ЕСОВТРРЕМ 23450 5ЕЗВЗ 98 |МІЕРМІКТМУ ВМС 440915, 60, 641455, 71, | РОТЕКР, АСТВ, РОТЕМ, с НУДРЕЕНРМІ. 728378 АСТСІ, РОТЕЕ
СІ УРОАЕБАРУ 1991 ЕГАМЕ
АМТОН-АСМ 3371
Цей винахід також загалом стосується пептидів за цим винаходом для застосування для лікування проліферативних захворювань, таких як, наприклад, рак легенів, рак сечового міхура, рак яєчника, меланому, рак матки, гепатоцелюлярний рак, нирково-клітинний рак, рак головного мозку, колоректальний рак, рак молочної залози, рак шлунка, рак підшлункової залози, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, рак передміхурової залози і лейкоз.
Особливо переважними є пептиди - для застосування самостійно або в комбінації - за цим винаходом, вибрані з групи послідовностей від ЗЕО ІЮО МО: 1 до 5ЕО ІЮО МО: 93. Більш переважними є пептиди - для застосування самостійно або в комбінації - вибрані з групи послідовностей від 5ЕО ІО МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 76 (див. Таблицю 1), і їх застосування при імунотерапії раку стравоходу, раку легенів, раку сечового міхура, раку яєчника, меланоми, раку матки, гепатоцелюлярного раку, нирково-клітинного раку, раку головного мозку, колоректального раку, раку молочної залози, раку шлунка, раку підшлункової залози, раку жовчного міхура, раку жовчних протоків, раку передміхурової залози і лейкозу і переважно раку стравоходу.
Особливо переважними є пептиди - для застосування самостійно або в комбінації - за цим винаходом, вибрані з групи послідовностей 5ЕО ІЮ Мо. 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 25, 26, 30, 32, 34, 37, 40, 51, 55, 57, 58, 59, 62, 81 і 82, і їх застосування при імунотерапії раку стравоходу, раку легенів, раку сечового міхура, раку яєчника, меланоми, раку матки, гепатоцелюлярного раку, нирково-клітинного раку, раку головного мозку, колоректального раку, раку молочної залози, раку шлунка, раку підшлункової залози, раку жовчного міхура, раку жовчних протоків, раку передміхурової залози і лейкозу і переважно раку стравоходу. Іншим особливо переважним є пептид відповідно до ЗЕО ІЮ МО: 9.
Як наведено далі у Таблиці 4А, багато пептидів за цим винаходом також виявлені на пухлинах інших видів і можуть, таким чином, також застосовуватися в імунотерапії за іншими показаннями. Див. також Фігуру 1 і Приклад 1.
Таблиця 4А. Пептиди за цим винаходом та їх конкретне застосування при лікування інших проліферативних захворювань, особливо інших ракових захворювань. Із таблиці видно, на яких додаткових видах пухлин вибрані пептиди були виявлені і демонструють або надмірну презентацію на більш ніж 5 95 досліджених зразків пухлин, або презентацію на більш ніж 5 95 досліджених зразків пухлин зі співвідношенням середніх геометричних показників для пухлин і для нормальних тканин більшим ніж 3. Надмірна презентація визначається як більш висока презентація на зразку пухлини у порівнянні із зразком нормальної тканини з найвищим рівнем презентації. Нормальними тканинами, у порівнянні з якими була досліджена надмірна презентація, були: жирова тканина, надниркова залоза, артерія, кістковий мозок, головний мозок, центральний нерв, товста кишка, дванадцятипала кишка, стравохід, жовчний міхур, серце, нирка, печінка, легені, лімфатичний вузол, мононуклеарні лейкоцити, підшлункова залоза, периферичний нерв, очеревина, гіпофіз, плевра, пряма кишка, слинна залоза, скелетні м'язи, шкіра, тонка кишка, селезінка, шлунок, тимус, щитоподібна залоза, трахея, сечовід,
Зо сечовий міхур, вена.
Таблиця 4А 8 ЇАШОСОЗЕАУМВМ ЇНДРЛЬРЯЇГ/:/7777777777777711111111111СсСсСсС 009 ЇНШАЕІНТАЇ/////// (ЇНДРЛЛСГ/:СССССС777777111111111111111111111111СсСсСсСсС
Таблиця 4А 66 (ШОЕКМОБУ 00 |Ракголовногомозку меланома./-:/ (СС 68 |РАМО5БСТУВІ ІРШРПШЗ -:7777777777771111111111111111сСсСсС у 69 |СПМа5ЕКМІМ // (ІРОШЗЇГ//11111111111111111111111111111111111с1с1 80 |АСГОБАІЕМА 7 |НДРЛ, ДРЛ, рак головного мозку, КРК, ГЦК, лейкоз, РМЗ, РЯ 86 |СІТЕІВАМ 0 |Ракголовногомозку, раксечовогоміхура.д-:(/ 2 зо влювин о н жовчного міхура, рак жовчних протоків
НДРЛ - недрібноклітинний рак легенів, ДРЛ - дрібноклітинний рак легенів, НКК - рак нирки,
КРК -рак товстої або прямої кишки, РШ - рак шлунка, ГЦК - рак печінки, РПШЗ - рак підшлункової залози, РПМ3З - рак передміхурової залози, лейкоз, РМЗ - рак молочної залози
Таблиця 4В. Пептиди за цим винаходом та їх конкретне застосування при лікування інших проліферативних захворювань, особливо інших ракових захворювань (поправка до Таблиці 4).
Із таблиці видно, як і з Таблиці 4А, на яких додаткових видах пухлин були виявлені вибрані пептиди, що демонструють надмірну презентацію (включаючи специфічну презентацію) на більш ніж 5 95 досліджених зразків пухлин, або презентацію на більш ніж 5 95 досліджених зразків пухлин зі співвідношенням середніх геометричних показників для пухлин і для нормальних тканин більшим ніж 3. Надмірна презентація визначається як більш висока презентація на зразку пухлини у порівнянні із зразком нормальної тканини з найвищим рівнем презентації. Нормальними тканинами, у порівнянні з якими була досліджена надмірна презентація, були: жирова тканина, надниркова залоза, артерія, кістковий мозок, головний мозок, центральний нерв, товста кишка, дванадцятипала кишка, стравохід, око, сечовий міхур, серце, нирка, печінка, легені, лімфатичний вузол, мононуклеарні лейкоцити, підшлункова залоза, паращитоподібна залоза, периферичний нерв, очеревина, гіпофіз, плевра, пряма кишка, слинна залоза, скелетні м'язи, шкіра, тонка кишка, селезінка, шлунок, щитоподібна залоза, трахея, сечовід, сечовий міхур, вена.
Таблиця 48
Рак сечового міхура, рак жовчного міхура, рак жовчних 6 ш5арИве 0 фоККШ 11111111 8 ЇАШОСОБЕАУМУНУ (|Раксечовогоміхура ПККГІШЇ -:Х1 жовчних протоків
Рак головного мозку, меланома, рак жовчного міхура, рак
РМ3, меланома, рак сечового міхура, рак матки, рак жовчного
КРК, меланома, рак матки, рак жовчного міхура, рак жовчних
ДРЛ, РМ3У, меланома, РЯ, рак жовчного міхура, рак жовчних 66 (ШОЕКУМО5М 0 |Раксечовогоміхура ПККІШЇ -:(Х7777777771111111С
Таблиця 48 68 ІРАМЧОБ5ВЗОЇУВІ ІНХЛ//////////////7771111111111111111111111111 69 (ашМмаБЕКУТМ // (ПККІШ ГС///71111111111111111111111111111111111 протоків, ПККГШ протоків, НХЛ
Меланома, рак матки, рак жовчного міхура, рак жовчних ово |МОБАЕМА рок
Меланома, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, ГМЛ, ово омтЕНАМ 0 нхлккще мр мОбенеМ 89 Ц|ЗІАОБІММІ 000 |Меланома.////7777777777777777111111111111111111ссСсСсСС 90 |ЗМЕУУНАЄ 0 ІНХЛІПККІШЇ ГГ//771111111111111111111111111111111111с1
НДРЛ - недрібноклітинний рак легенів, ДРЛ - дрібноклітинний рак легенів, НКК - рак нирки,
КРК - рак товстої і прямої кишки, РШ - рак шлунка, ГЦК - рак печінки, РПШЗ - рак підшлункової залози, РПМЗ - рак передміхурової залози, РМЗ - рак молочної залози, РЯ - рак яєчника, НХЛ - неходжкінська лімфома, ГМЛ - гострий мієлоїдний лейкоз, ХЛЛ - хронічний лімфоцитарний лейкоз, ПККГШ - пласкоклітинна карцинома голови та шиї.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ЗЕО ІЮ Мо. 1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 11, 13, 17, 40, 57, 58, 62,67, 72, 76, 77, 80, 82, 88, 92 і 94 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування недрібноклітинного раку легенів.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮ Мо. 18, 19, 25, 29, 55, 58, 62, 68, 75, 76, 77, 79, 81, 84,, 86, 90 і 92 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування лімфоми.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІО Мо. 22, 55, 58, 62, 57, 61, 76, 791 80 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування дрібноклітинного раку легенів.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮ Мо. 17, 56, 76, 82 і 54 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування нирково-клітинного раку.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ЗЕО ІО Мо. 16, 22, 66, 67, 80, 81, 83, 86, 87 і 89 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку головного мозку.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮ Мо. 31, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 41, 42, 45, 46, 48, 50, 52, 53, 54, 55, 63, 68, 70, 75 і 71 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування раку шлунка.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮ Мо. 26, 34, 40, 74, 80, 88 і 92 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування колоректального раку.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮ Мо. 15, 17, 22, 35, 49, 62,67, 70, 72, 74, 75, 80, 82 і 92 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування гепатоцелюлярного раку.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІО Мо. 37, 40, 68, 69, 71, 78, 79,87 191 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку підшлункової залози.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮО Мо. 79 і 91 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку передміхурової залози.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ФЕО ІО Мо. 4, 28, 58, 61, 72, 78, 79, 80, 82, 84, 86, 88, 92 і 85 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування лейкозу.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮ Мо. 22, 28, 29, 30, 40, 56, 57, 62, 73, 74, 75, 76, 79, 80, 82, 88, 92 і 89 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування раку молочної залози.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ХЕО ІЮО Мо 1, 13, 14, 11, 16, 18, 19, 23, 28, 30, 40, 55, 57,58, 62,66, 70, 72, 75, 76, 80, 84, 86, 89, 92 і 83 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування меланоми.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮ Мо. 8, 62, 70, 78, 79, 80 і 87 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку яєчника.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ХЕО ІЮ Мо. 2, 3, 4, 7, 8, 10, 12, 13, 15, 17, 30, 32, 34,
Зо 40, 47, 53, 57, 58, 62, 66, 72, 74, 75, 77, 78, 79, 83, 86, 87 і 89 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку сечового міхура.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮ Мо. 13, 15, 29, 30, 40, 56, 57, 58, 80, 81, 83, 84 і 88 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку матки.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮ Мо. 4, 7, 11, 15, 16, 25, 30, 32, 40, 51, 56, 62, 67, 72, 75, 76, 80, 86, 89 і 92 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування раку жовчного міхура і жовчних протоків.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮ Мо. ЗЕО ІЮО Мо 1,2,3,4,5,6, 7, 8, 10, 13, 16, 18, 19, 20, 25, 30, 32, 34, 40, 42, 57, 58, 59, 66,67, 69, 72, 74, 75, 77, 78, 80, 84, 86, 87, 88 і 90 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування ПККГШ.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування пептидів за цим винаходом для - переважно комбінованого - лікування проліферативного захворювання, вибраного з групи, що включає рак стравоходу, рак легенів, рак сечового міхура, рак яєчника, меланому, рак матки, гепатоцелюлярний рак, нирково-клітинний рак, рак головного мозку, колоректальний рак, рак молочної залози, рак шлунка, рак підшлункової залози, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, рак передміхурової залози і лейкоз.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, які здатні зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини | класу або - у подовженій формі, такій як відмінний за довжиною варіант - МН ІІ класу.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згадані пептиди (кожний із них) складаються або по суті складаються з амінокислотної послідовності від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО
ІО МО: 93.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є модифікованим і (або) включає непептидні зв'язки.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є частиною злитого білка, зокрема злитого з М-термінальними амінокислотами НІГА-ОК антиген- асоційованого інваріантного ланцюга (Ії) або злитого з послідовністю (або вбудованого у 60 послідовність) антитіла, наприклад, антитіла, що є специфічним до дендритних клітин.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти, що кодує пептиди за цим винаходом.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти за цим винаходом, яка являє собою ДНК,
КДНК, ПНК, РНК чи їх комбінацію.
Цей винахід також стосується вектора експресії, що здатний експресувати і (або) експресує нуклеїнову кислоту за цим винаходом.
Цей винахід також стосується пептиду за цим винаходом, нуклеїнової кислоти за цим винаходом або вектора експресії за цим винаходом для застосування для лікування захворювань і в медицині, зокрема в лікуванні раку.
Цей винахід також стосується антитіл, які є специфічними по відношенню до пептидів за цим винаходом або комплексів згаданих пептидів за цим винаходом з МНС та способів їх отримання.
Цей винахід також стосується Т-клітинних рецепторів (ТКР), зокрема розчинних ТКР (ртКР), і клонованих ТКР, вбудованих у аутологічні або алогенні Т-клітини, та способів їх отримання, а також МК-клітин або інших клітин, що несуть згаданий ТКР або вступають у перехресну реакцію із згаданими ТКР.
Антитіла і (або) ТКР є додатковими втіленнями імунотерапевтичного застосування пептидів за винаходом що розглядається.
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна за цим винаходом, що містить нуклеїнову кислоту за цим винаходом або вектор експресії, як зазначено вище. Цей винахід також стосується клітини-хазяїна за цим винаходом, де антиген-презентуюча клітина є дендритною клітиною, і переважно дендритною клітиною.
Цей винахід також стосується способу отримання пептиду за цим винаходом, причому спосіб включає культивування клітини-хазяїна за цим винаходом і виділення пептиду зі згаданого клітини-хазяїна або її культурального середовища.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген навантажують на молекули МНС І або ІЇ класу, що експресуються на поверхні відповідної антиген-презентуючої клітини або штучної антиген-презентуючої клітини шляхом контакту достатньої кількості антигену з антиген-презентуючою клітиною.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген-презентуюча клітина
Зо містить вектор експресії, що здатний експресувати або експресує згаданий пептид, що містить послідовність від зХЕО ІЮ Мо. 1 до 5ЕО ІО Мо.: 93, переважно, що містить послідовність від ЗЕО
ІО Мо. 1 до 5ЕО ІЮ Мо. 76 або варіант амінокислотної послідовності.
Цей винахід також стосується активованих Т-клітин, отриманих згідно способу за цим винаходом, де згадана Т-клітина селективно розпізнає клітину, яка експресує поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за цим винаходом.
Цей винахід також стосується способу знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить будь-яку амінокислотну послідовність за цим винаходом, причому спосіб включає введення в організм пацієнта ефективної кількості Т-клітин за цим винаходом.
Цей винахід також стосується застосування будь-якого пептиду, що описаний тут, нуклеїнової кислоти за цим винаходом, вектора експресії за цим винаходом, клітини за цим винаходом або активованого Т-лімфоцита, Т-клітинного рецептора або антитіла або інших молекул, що зв'язують пептид або комплекс пептид-МНОС, за цим винаходом як лікарського засобу або в процесі виробництва лікарського засобу. Переважно, якщо згаданий лікарський засіб виявляє протиракову активність.
Переважно, якщо згаданий лікарський засіб є засобом клітинної терапії, вакциною або білком на основі розчинного ТКР або антитілом.
Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де згадані ракові клітини є клітинами раку стравоходу, раку легенів, раку сечового міхура, раку яєчника, меланоми, раку матки, гепатоцелюлярного раку, нирково-клітинного раку, раку головного мозку, колоректального раку, раку молочної залози, раку шлунка, раку підшлункової залози, раку жовчного міхура, раку жовчних протоків, раку передміхурової залози і лейкозу і переважно клітинами раку стравоходу.
Цей винахід також стосується біомаркерів на основі пептидів за цим винаходом, які у цьому документі іменуватимуться як "мішені", які можуть використовуватися в діагностиці раку, переважно раку стравоходу. Маркером може бути надмірна презентація самого(-их) пептиду(-ів) або надмірна експресія відповідного(-их) гена(-ів). Маркери також можуть використовуватися для передбачення вірогідності успіху лікування, переважно імунотерапії, і найбільш переважно імунотерапії, націленої на ту ж мішень, що ідентифікується біомаркером. Наприклад, антитіло або розчинний ТКР може використовуватися для барвлення зрізів пухлини для виявлення присутності досліджуваного пептиду у комплексі з МНС.
Необов'язково, антитіло містить додаткову функціональну ділянку, таку як імуностимулюючий домен або токсин.
Цей винахід також стосується цих нових мішеней у контексті лікування раку.
Антисенсова РНК 1 гена АВНО11 (АВНО11-А5БІ1), як було описано, є довгою некодуючою
РНК, експресія якої, як було показано, підвищена при раку шлунка і яка асоціюється з диференціацією і гістологічною класифікацією за Лауреном. Отже, АВНО11-АБІ може бути потенційним діагностичним біомаркером раку шлунка (Гіп єї аї., 2014). Було показано, що активність АВНОТ1 асоціюється з розвитком віддалених метастазів аденокарциноми легенів і, таким чином, може бути новим потенційним біомаркером (М/ієді єї а!., 2011).
Було показано, що регуляція АЮАМТ52 порушена у пацієнта з гострим лейкозом змішаного
Т/мієлоїдного фенотипу (Тоїа еї а!., 2014). Як було описано, АСАМТ52 асоційований з УМК- каскадом при підвищенні активності через ІЛ-6 у клітинах остеосаркоми (АїІрег апа Коскаг, 2014).
АБАМТ52 може виявитись потенційним діагностичним маркером фолікулярного раку щитоподібної залози (Еопіаїпе еї а!., 2009). Як було описано, АБАМТ52 є потенційним маркером метастазів при пласкоклітинній карциномі язика (Сагіпсі єї аІ., 2005). Експресія АБАМТЗ2, як було показано, підвищена при нирково-клітинній карциномі, і він асоціюється з коротшою виживаністю пацієнтів (Ноєтег еї аї., 2004) Було показано, що АБАМТ52 регулюється трансформуючим фактором росту бета 1, пов'язаним із проліферацією клітин (У/апд еї аї., 2003).
Ген АНМАК2 кодує каркасний білок АНМАК, нуклеопротеїн 2 (Маг еї а!., 2010). АНМАК2 є важливим елементом некласичного шляху секреції фактору-ї росту фібробластів (ЕСЕ), елементу, що бере участь у рості і інвазії пухлини (Кігом єї а!., 2015).
Ген АМО1 кодує аноктамін 1, кальцій-активований хлоридний канал, асоційований із саркомою тонкої кишки і раком порожнини рота (НКеїбед, 2002). АМО1 ампліфікується при пласкоклітинному раку стравоходу (ПККС), пухлинах строми шлунково-кишкового тракту (ПСШКТ), пласкоклітинній карциномі голови та шиї ПККГШ), ракових пухлинах підшлункової та молочної залози (Ои еї а!., 2014).
Зо Експресія АКНОБІА, як було показано, знижена при гепатоцелюлярній карциномі і при розвитку раку молочної залози (Гіапду єї аї., 2014; Во27а сеї аїІ., 2015). Було визначено, що
АКНОВОІА асоціюється з інвазією пухлин, метастазуванням, загальною виживаністю і часом до рецидиву пухлини при гепатоцелюлярній карциномі. Отже, АКНОБІА може надати потенційну терапевтичну мішень при гепатоцелюлярній карциномі (Гіапуд єї аї., 2014). Було показано інгібування АКНООІА у клітинах раку легенів лінії А549 після обробки періплоцином. Отже, інгібування періплоцином росту клітин раку легенів може бути пов'язане з АКНОВІА (и еї аї., 2014). Було показано, що нокдаун АКНООІА асоціюється з підвищеним апоптозом отриманих із легенів нормальних клітин і клітин культури пухлини. Отже, згідно з описом, АКНОБІА є негативним регулятором апоптозу і може являти собою потенційну терапевтичну мішень (Согдоп о еї аїЇ. 2011). Описувалося, що АКНОБІА асоціюється з визначенням стадій світлоклітинних карцином яєчника та серозних карцином яєчника високого ступеня злоякісності (Сапеї евї а!., 2011). Повідомлялося, що АКНОВБІА є геном, пов'язаним із апоптозним шляхом, і, як було показано, його регуляція порушена у клітинах фібросаркоми НТІ1080 при апоптозі, опосередкованому ТКАЇЇ (Оаїдеїег еї аї., 2008). Було показано, що експресія АКНОБІА підвищена у оксиплатин-резистентних клітинах раку товстої кишки лінії ТНС8307/ -ОНР, і, як повідомлялося, він є геном, який відіграє роль в антиапоптозі. Отже, АКНОВІА може виявитися потенційним маркером, асоційованим із чутливістю до оксиплатину (Тапо еї аї., 2007). Було показано, що надмірна експресія АКНООІА регулюється з передбачуваним супресором пухлин
АСУК2, членом пов'язаного з раком сімейства ТОЕВК2, у трансфекованих геном дикого типу
АСУКАа клітинах раку товстої кишки лінії М5І-Н, які несуть мутацію зсуву рамки зчитування гена
АСУВ2 (Оваси єї аї!., 2004). Повідомлялося, що АКНОВІА є ключовим регулятором Кпо ГТФаз.
Було показано, що виснаження АКНОБІА викликає конститутивну активацію Кпо ГТФазного сигнального шляху і сигнального шляху СОХ-2, що асоціюється з прогресуванням раку молочної залози на тваринній моделі ксенотрансплантатів раку молочної залози (Во27а 6ї аї., 2015). Було визначено, що регуляція сигнального шляху АКНОБІА порушена при колоректальному раку (Зеїпйі єї а!., 2015). Було показано, що АКНОВІА націлюється на МЕКТ/2-
ЕжК при СУМОЇїлуванні, яке асоціюється з інгібуванням С-Чип/АР-1, транскрипцією цикліну а1 і проходженням клітин через клітинний цикл. Отже, АКНООІА асоціюється з пригніченням росту ракових клітин (Сао еї аї., 2014). Описувалося, що АКНОБІА є новим геном-супресором при бо раку передміхурової залози, який може відігравати вирішальну роль у регуляції сигнального шляху андрогенних рецепторів і росту пухлин і прогресуванні раку передміхурової залози (2Пи еїга!., 20135).
Повідомлялося, що АТІС є потенційним геном-партнером по злиттю раково-асоційованої кінази анапластичної лімфоми при анапластичній великоклітинній лімфомі (СнпешК апа СНап, 2001). Було показано, що АТІС присутній як химерний ген, продукт злиття з АГК, у запальній міофібробластичній пухлині сечового міхура (Оєбіес-Кусніег єї а!І., 2003). Як було показано, інгібування аміноіїмідазол-карбоксиамід-рибонуклеотид-трансформілазної (АІСАК) активності гена АТІС у моделі ліній клітин раку молочної залози приводить до дозозалежного зниження кількості клітин і швидкості поділу клітин. Отже, АТІС може бути потенційною мішенню у протираковій терапії (Зригг єї а!., 2012).
Повідомлялося, що САР2В надмірно експресується пласкоклітинними карциномами порожнини рота, позитивними за папіломавірусом типу 18, він також був ідентифікований як локус схильності до раку передміхурової залози (І о єї а!., 2007; Ммиози еї а!., 2001).
Активність СОЇбАї підвищена у реактивній стромі кастрат-резистентного раку передміхурової залози і сприяє росту пухлини (2Пи єї аї!., 2015). СоібА1 надмірно експресується у клітинах СО166б-негативного раку підшлункової залози, для якого характерна більша інвазивна і міграційна активність, ніж у клітин СО166б-позитивного раку (Рц|мага еї а!., 2014). СОГ бА1 є високо експресованим у кісткових метастазах (Віапсо вї а!., 2012). Було виявлено, що експресія
СО бАТ підвищена при раку шийки матки і яєчника (2пао есеї аї!., 2011; Ражег еї аї., 2009).
СОЇ бА1 диференційно експресується в астроцитомах і гліобластомах (Еційа єї аї!., 2008).
СОЇ 6А2 асоціюється з раком шийки матки, низькою загальною виживаністю у хворих на серозний рак яєчника високого ступеню злоякісності, гострий лімфобластний лейкоз із попередників В-клітин, гепатоцелюлярну карциному, первинні і метастатичні пухлини головного мозку, пласкоклітинну карциному легенів, пласкоклітинну карциному голови та шиї і був описаний як потенційний інструмент метилювання ДНК при раку шийки матки (Спеоп еї аї., 2014; Спеп еї аї., 20144; Маснапі єї аї., 2007; І їш єї аї., 2010; 5еопод 6ї аї., 2012; Нодап еї аї., 2011).
Було визначено, що експресія СУРІР1Т знижена під час інвазії пухлин епітелію (5іМма еї аї., 2009). Інгібування експресії СУРІРІ асоціюється з несприятливим прогнозом при пухлинах епітелію (51іма єї а!., 2009).
Було показано, що СУР251 регулює ріст пухлин колоректального раку у лінії клітин НСТ116 через асоціацію з РОЕ2-опосередкованою активацію сигнального шляху бета-катеніну (Мапа єї аім, 20155). Описувалося, що експресія СУР251 підвищена у багатьох ракових пухлинах епітелію і пухлинних клітинах за умов гіпоксії (Мівпіда єї аї., 2010; Мадапауаке єї а!., 2013). Було визначено, що виснаження СУР251 у лініях епітеліальних клітин бронхів веде до змін у регуляції ключових сигнальних шляхів, задіяних у проліферації і міграції клітин, таких як сигнальний шлях ттТОйА (МадапауакКе еї аї., 2013). Було показано, що виснаження СУР251 асоціюється з чутливістю до дії лікарських препаратів при колоректальному раку і раку молочної залози (Тап еї аї., 2011). Було показано, що СУР251 корелює з виживаністю при раку молочної залози і асоціюється з несприятливим прогнозом при колоректальному раку (Митау еї а!., 2010;
Китагакиіавзіпунат сеї аї., 2005). Було визначено, що СУР251 метаболізує Вар-7,8-діол у високо мутагенний і канцерогенний бензо(а|пірен-г-71-8-дигідродіол-ї-9,10-епоксиду і, таким чином, може відігравати важливу роль у бензо|(а|Іпірен-індукованому канцерогенезі (Виї єї аї., 2009).
Було показано, що експресія СУР251 значно підвищена у метастазах раку яєчника у порівнянні з первинним раком яєчника (Юомлпіє сеї аї!., 2005).
Експресія ЮЕ5, як було показано, у стромі пухлин колоректального раку корелює з поширеною стадією захворювання (Агепі єї а)., 2011). Було визначено, що експресія ОЕ5 підвищена при колоректальному раку (Ма еї а!., 2009). Було показано, що ОЕ5 асоціюється з тяжкістю і диференціацією клітин колоректального раку і зі зниженою виживаністю (Ма еї аї., 2009). Описувалося, що ОЕ5 є потенційним онкофетальним сироватковим маркером пухлин колоректального раку (Ма єї аї., 2009). Було показано, що СОЕ5 є специфічним маркером рабдоміосаркоми (Айтаппзрбегодег єї аї!., 1985). Повідомлялося, що СЕЗ є одним із трьох членів групи білків, які можуть бути потенційно придатні для визначення стадій карциноми сечового міхура з використанням імуногістохімічних методів (СошйпсіЇ апа Натеєа, 2009).
Було визначено, що 0І5З часто є мутованим у множинній мієломі, і в ньому виникають повторні мутації при гострому мієлоїдному лейкозі (Оіпд еї а!., 2012; І онг єї аї., 2014). Було показано, що мутації 0І5ЗЗ3 при множинній мієломі асоціюються з коротшою загальною виживаністю. Мутації у мінорних субклонах, як було показано, асоціюються з гіршою відповіддю на терапію у порівнянні з пацієнтами з мутаціями 0І53 у домінуючому субклоні (М/єїз5бБасн еї аї., бо 2015). Було показано, що експресія 0І5З3 підвищена у колоректальних карциномах через збільшення матеріалу 13д. Було визначено, що сайленсинг гена БІ5ЗЗ3 впливає на важливі характеристики онкогенності, такі як життєздатність, міграція і інвазія. Отже, 0І5З3 може виявитися новим кандидатом у онкогени, який робить свій внесок у прогресування раку (ає
Стоеп еї а!., 2014). Повідомлялося, що 0І5ЗЗ3 є членом групи генів, які можуть використовуватися у комбінації з біомаркерами на основі білків плазми з метою більш раннього встановлення діагнозу епітеліального раку яєчника (Ріїв єї а!., 2013). 0І53 може виявитися потенційним геном- кандидатом що стосується схильності до раку молочної залози, оскільки у сімействах із раком молочної залози під час скринінгу мутацій були виявлені численні поліморфізми (ВНог2епбішт еї а!., 2002).
Було показано, що експресія ЕЕЕТАТ підвищена у багатьох видах ракових пухлин, включаючи колоректальний рак, рак яєчника, рак шлунка, рак передміхурової залози, гліобластому і пласкоклітинну карциному. Він був описаний як потенційний сироватковий біомаркер раку передміхурової залози (І іт єї аї., 2011; Оі єї аї!., 2005; Маїазза вї аї!., 2013; Миїі-
Кее єв а!., 2012; Китатіїзи єї а!., 2010; Кідо еїа!., 2010; Зсіідеї еї а!., 2008; Вептап еїа!., 2012). З точки зору механізмів, ЕЕЕТАТ інгібує апоптоз шляхом взаємодії з р53З еп р7/З, сприяє проліферації шляхом пригнічення транскрипції інгібітору клітинного циклу ра21 і бере участь у регуляції епітеліально-мезенхімального переходу (Віапсі еї аї!., 2013; Сної єї аі., 2009; Нивзеу єї а!., 2011).
Описувалося, що активність ЕЕЕТА2 є підвищеною при раку молочної залози, раку яєчника, раку легенів, раку підшлункової залози, раку шлунка, раку передміхурової залози ії нирково- клітинній карциномі, пов'язаній із транслокацією гена ТЕЕЗ (РіПшедег єї аї!., 2013; Зип єї а!., 2014;
Мапа еїа!., 2015с; 7апо еї аї., 2015; Арбаз сеї а!ї., 2015). Було показано, що ЕЕЕ1ТА?2 асоціюється з поганим прогнозом при раку яєчника, раку шлунка, протоковій аденокарциномі підшлункової залози і аденокарциномі легенів (ЮОпаптіп еї аї., 2013; Мапа еї а!., 2015с; 1 еї а!., 2006; І єв апа
Ми, 2009). Повідомлялося, що ЕЕЕТА? асоціюється з онкогенезом, оскільки він стимулює фосфоліпідні сигнальні системи і активує АКі-залежну міграцію клітин і ремоделювання актину, що зрештою сприяє пухлиногенезу (Абраб5 єї аЇ., 2015). Описувалося, що ЕЕРТА?2 інгібує функцію р53 у гепатоцелюлярній карциномі шляхом РІЗК/АКТ/пТОК-залежної стабілізації
МОМма. Було визначено, що значна активація сигнального шляху
Зо ЕЕРТА2/РІЗК/УАКТ/ТТОК/МОМА4 асоціюється з короткою виживаністю при гепатоцелюлярній карциномі і, таким чином, може бути мішенню терапії у одній із підгруп пацієнтів (І оподегісн, 2014). Було показано, що ЕЕЕТА2 асоціюється зі стадією за системою ТММ, інвазивністю і виживанням пацієнтів із раком підшлункової залози. Отже, ЕЕЕТА2 може бути потенційною мішенню для лікування раку підшлункової залози (7апд еї аї., 2015). Було визначено, що
ЕЕРТА?2 асоціюється з розвитком раку передміхурової залози шляхом сприяння проліферації і інгібування апоптозу і тому може служити потенційною терапевтичною мішенню при раку передміхурової залози (Бип єї аЇ., 2014). Було показано, що ЕЕЕТА?2 взаємодіє з білком- супресором пухлинного росту р1б, що приводить до зниження експресії ЕЕЕТА?2 їі асоціюється з інгібуванням росту ракових клітин (І еє єї аї., 2013). Було показано, що ЕЕЕТА2 асоціюється з метастазами у лімфовузли і периневральною інвазією при протоковій аденокарциномі підшлункової залози (Юцаптіп еї аї., 2013). Було показано, що ЕЕЕТА2 асоціюється з виживаністю при раку молочної залози (КиїКа!пі еї аіІ., 2007). Повідомлялося, що ЕЕЕ1ТА2 є передбачуваним онкогеном і геном-супресором пухлин у лініях клітин аденокарциноми легенів і при раку яєчника (І єє, 2003; 7пи вї аї., 2007а).
Описувалося, що ЕІР251 є промотором прогресування пухлин і резистентності до терапії після фосфорилювання. Проте, також описувалося, що ЕІР251 задіяний у пригнічувальній дії на пухлиногенез (7Пепа еї а!ї., 2014). Повідомлялося, що ЕІР251 є нижче розташованим ефектором тТОК, який знижує виживаність ракових клітин при надмірному фосфорилюванні і тому може служити мішенню при розробці лікарських препаратів (ТимаІ-Коснеп евї а!., 2013).
Описувалося, що ЕІБР4с2 є одним геном із набору ключових генів і, як показано, асоціюється з попередженням утворення пухлин із СО133-- клітин дитячої гліоми (Вахіег евї а!., 2014). Було показано, що ЕІР4с2 асоціюється з пригніченням розвитку дифузної В-великоклітинної лімфоми при пригніченні експресії через дію тік-520с-Зр (Магап-Матслаїг2 еї аї!., 2014). Було виявлено, що ЕЇІР40с2 прискорює синтез білка і проліферацію клітин шляхом модуляції синтезу білків клітинного циклу (Геє апа МеСоптіск, 2006). Було показано, що ЕІР4062 є пригніченим при пухлинах сечового міхура, а інгібування асоціювалося з інвазивністю пухлин (Виїт еї а!., 2005).
Повідомлялося, що ЕІР4052 задіяний у викликаному МусМм/гамма-інтерфероном апоптозі і як життєздатністю, так і загибеллю клітин нейробластоми (М/їйКе евї а!., 2001).
Описувалося, що Е7 у комплексі з тканинним фактором аберантно експресується на бо поверхні ракових клітин, включаючи рак яєчника. Цей комплекс також описували як такий, що асоціюється з індукцією злоякісних фенотипів раку яєчника (Коіїгите ап Міуаді, 2015).
Описувалося, що сигнальний каскад комплексу Е7 із тканинним фактором є посередником у прогресуванні раку молочної залози, який може стимулювати експресію численних злоякісних фенотипів у клітинах раку молочної залози. Отже, сигнальний каскад Е7-тканинного фактора є потенційно привабливою мішенню при лікуванні раку молочної залози (Коіїгите апа Міуаді, 2014). Було показано, що Е7 при раку молочної залози регулюється андрогенним рецептором (Мадеті, 2015). Було показано, що Е7 у лініях клітин гепатоцелюлярної карциноми асоціюється з регуляцією аутофагії через сигнальний шлях тток (Спеп евї а!., 2014а). Було визначено, що Е7 асоціюється з інвазією пухлини і утворенням метастазів при колоректальному раку і раку яєчника (Тапд еї аї., 2010; Коігите еї а!І., 2006). Було визначено, що ектопічна експресія Е7 підвищена при колоректальному раку (Тапо еї аї., 2009). Було показано, що Е7 у комплексі з тканинним фактором асоціюється з резистентністю до хіміотерапевтичних засобів при нейробластомі (Рапа єї а!., 2008а).
Активність ЕАМ115С є підвищеною внаслідок гіпоксії при недрібноклітинному раку легенів (І ейппег еї аї., 2014).
ЕАМ8ЗА був описаний як потенційний біомаркер раку легенів (їі єї аї., 2005).
Повідомлялося, що ЕАМ8ЗА є геном-маркером, який можливо використовувати у складі групи разом із МРУТК і ККТ19 для виявлення циркулюючих ракових клітин у пацієнтів із раком молочної залози (Гіи єї а!., 20144). Було показано, що видалення АМ8ЗА із клітин раку молочної залози приводить до послаблення сигнального шляху МАРК з помітним пригніченням росту іп міїго і онкогенності іп мімо (Сіргіапо еї а!., 2014). До того ж, було визначено, що сімейство білків
ЕАМ83 є новим сімейством онкогенів, які регулюють сигнальний шлях МАРК при раку і тому є перспективним для розробки протиракових лікарських препаратів, які спрямовані на пригнічення сигнального шляху МАРК (Сіріпапо еї аЇ., 2014). Було показано, що РГАМ8ЗА асоціюється з резистентністю до трастузумабу ліній клітин НЕК2-позитивного раку молочної залози (Воуєг єї ам, 2013). Взагалі як було визначено, БАМ8ЗА є геном-кандидатом, асоційованим із резистентністю до дії інгібіторів тирозинкіназ ЕСЕЕ при раку молочної залози (І еє вї аї., 2012).
Повідомлялося, що ГАМ8ЗА асоціюється з поганим прогнозом при раку молочної залози (І ее єї аім,, 2012). Було показано, що активність РГАМ8ЗА підвищена при недрібноклітинному раку
Зо легенів (Ои єї аї., 2010). Було показано, що ЕАМ8ЗА є потенційним специфічним і селективним маркером для виявлення циркулюючих пухлинних клітин у периферичній крові у пацієнтів із недрібноклітинним раком легенів (Ои єї а!., 2010).
Підвищена експресія ЕАМ83О впливає на проліферацію і інвазію клітин гепатоцелюлярної карциноми (У/апад єї аї., 2015а; Ііао еїгаї., 20150). Рівень РГАМ830О є значуще підвищеним у лініях клітин раку молочної залози і у первинних пухлинах раку молочної залози людини (УМапо еї аї., 20136).
Описувалося, що ЕАТІ є в значній мірі мутованим при пласкоклітинному раку голови та шиї, часто є мутованим при аденокарциномі шийки матки, раку сечового міхура, ранній стадії гострого лімфобластного лейкозу з попередників Т-клітин, флударабін-рефрактерному хронічному лімфоцитарному лейкозі, гліобластомі і колоректальному раку і мутованим при пласкоклітинній карциномі стравоходу (Сіао еї аї!., 2014; Меитапп еї аї!., 2013; Могїтіз єї а!., 2013;
Меззіпа еї аї., 2014; Моипігіоз еї а!., 2014; Саівг еї а!., 2014; Спипо єї аі., 2015). Повідомлялося, що активність ЕАТІ1 пригнічена при раку порожнини рота, і переважно його експресія знижена при інвазивному раку молочної залози (Кап, 2012). Експресія ЕБАТІ, як повідомлялося, підвищена при лейкозі, що асоціюється з поганим прогнозом при гострому лімфобластному лейкозі з попередників В-клітин (Кап, 2012). Було показано, що активність ЕАТІ позитивно регулюється при аденокарциномі підшлункової залози і гепатоцелюлярній карциномі (МаїїІена єї аі,, 2014; М/однаІеміс: єї а. 2014). Як було описано, РАТІ пригнічує ріст пухлини шляхом активації сигнального шляху Нірро і прискорює міграцію пухлини через індукцію полімеризації актину (КаюпП, 2012). Було визначено, що ЕАТІ є кандидатом у онкогенні гени, які спричиняють виникнення пласкоклітинної карциноми шкіри (РісКегіпд еї а!., 2014). Доповідалося, що ЕАТІ1 є супресором пухлини, який асоціюється зі сигнальним шляхом МУпі і онкогенезом (Моїттів еї аї., 2013).
Залежно від субклітинної локалізації, філамін А відіграє подвійну роль у ракових пухлинах: у цитоплазмі філамін А діє у різних сигнальних шляхах факторів росту клітин, на додаток до участі у міграції клітин і каскадах адгезії. Таким чином, надмірна експресія сприяє пухлинному росту. На відміну від повнорозмірного філаміну А, С-кінцевий фрагмент, який вивільняється після протеолізу білка, локалізується у ядрі, де він взаємодіє з факторами транскрипції і таким чином пригнічує ріст і метастазування пухлини (Замоу апа Спози, 2013).
Пухлиноспецифічне С-термінальне усічення гена ЗВР5, як повідомлялося, потенційно є причиною порушення регуляції ОВР5 у клітинах лімфоми (М/еппег апа Неттапп, 2010).
Повідомлялося, що, можливо, що гену СВР5 властиві пов'язані з раком функції, виходячи з обмеженої картини експресії трьох сплайс-варіантів СВР5 у пухлинних тканинах і лініях клітин
Т-клітинної лімфоми шкіри, а також у клітинних лініях меланоми (РеПепбега еї аї., 2004).
Було показано, що експресія 5ОУВ5 знижена у клітинних лініях недрібноклітинного раку легенів, раку гортані і пласкоклітинних карциномах голови та шиї (2йпапд еї аї., 2012;
Втоодпаттег" еї а!., 2004; АЇ Моивіаїа евї а!., 2002). Описувалося, що 0.)В5 діє як супресор пухлин у клітинних лініях недрібноклітинного раку легенів шляхом інгібування проліферації клітин і утворення метастазів (Папа еї аї., 2012). Було показано, що експресія СБУВ5 підвищена у сидячих зубчастих аденомах/поліпах, передракових ураженнях, які можуть бути причиною 20-
ЗО 95 випадків раку товстої кишки (ОеєїКег єї а!., 2014). Експресія СУОВ5, як повідомлялося, значно змінюється під час стимуляції і прогресування пухлин шкіри в моделі миші (5іІада еї а!., 1996).
Повідомлялося, що СІ 5 опосередковано регулюється онкогеном с-Мус з метою підвищення метаболізму глютаміну у ракових клітинах (ОРапо еї а!., 2009). Було показано, що експресія СІ 5 пригнічується під дією супресора пухлин МОКО2 при колоректальному раку (Хи еї аї., 2015).
Описувалося, що експресія СІ 5 підвищена при аденокарциномах протоків підшлункової залози, потрійному негативному раку молочної залози, гепатоцелюлярній карциномі, пласкоклітинній карциномі порожнини рота, колоректальному раку і злоякісних пухлинах гліальної тканини (мап СеїЇдептаїзеп еї аї!., 2015; 576їїда еї а!., 2014; Ниапа єї аї., 2014а; Сеїіпаї5 єї аї., 2015; Ми еї аї., 2015а; СНнаКгабатйі еї аї., 2015). Було показано, що С|5 асоціюється з виживаністю при гепатоцелюлярній карциномі, його також описували як чутливого і специфічного біомаркера діагнозу патології і прогнозу при гепатоцелюлярній карциномі (Ми єї аї., 2015а). Було показано, що втрата однієї копії ЗІ 5 сповільнює прогресування пухлини в імунокомпетентній МУС- опосередкованій мишачій моделі гепатоцелюлярної карциноми (Хіапа еї аї., 2015). Було визначено, що (5 є необхідним для оонкогенезу, і, як доповідалося, інгібування пухлиноспецифічного С 5 є потенційним підходом при антираковій терапії (Хіапод єї а!., 2015).
Було показано, що СІ 5 асоціюється з резистентністю до таксолу при раку молочної залози (Ри еї аї,, 2015а). Показано, що надмірна експресія СІ 5 чітко корелює зі стадією розвитку і
Зо прогресуванням пухлини у пацієнтів із раком передміхурової залози (Рап еї аї!., 2015). Як було показано, експресія (І 5 асоціюється з більш глибокою інфільтрацією пухлини і картинами патології тубулярної аденокарциноми при онкогенезі раку товстої кишки. І 5 може служити мішенню для терапії колоректального раку (Ниапоа еї а!., 2014а). Пригнічення КОСА, ізоферменту
СІ 5, як було показано, веде до нижчих коефіцієнтів виживаності у лініях клітин гліоми 5ЕХ1| і і Мма229 (Мапйіп-Вийап еї а!., 2014). Сайленсинг гена СІ 5 у лініях клітин гліоми 5ЕХІ. і ГМ229, як було також показано, веде до індукції апоптозу шляхом зниження рівнів експресії с-тус і БсіІ-2, а також підвищення рівню експресії проапоптотичного ВІО (Мапіп-Нийап еї аї., 2014). Було показано, що активація ЕгрВ2 посилює експресію СІ 5 через сигнальний шлях МЕ-КВ, що сприяє проліферації клітин раку молочної залози (Оіе єї а), 2014). Було показано, що нокдаун або інгібування гена СІ 5 у клітинах раку молочної залози при високих рівнях СІ 5 приводить до значно зниженої проліферації (Оіє еї а!., 2014).
Було показано, що експресія СМА15 підвищена при первинних і метастатичних нейроендокринних новоутвореннях тонкої кишки (7апіпі еї аЇ., 2015). Було визначено, що підвищений рівень експресії СОМА15 асоціюється з гіршою виживаністю, наводячи на думку, що
ОСМА15 може відігравати роль у патобіології нейроендокринних новоутворень тонкої кишки, і тому він може бути потенційною терапевтичною мішенню (7апіпі єї аі!., 2015). Повідомлялося, що активність ОЗМА15 знижена у багатьох лініях клітин недрібноклітинного раку легенів (Амазагаїа єї аї., 2013). Було показано, що високий рівень експресії ЗМА15 при гострому мієлоїдному лейкозі при нормальному каріотипі асоціюється з значно гіршою загальною виживаністю (де допде еї аїЇ., 2011). Було показано, що ОМА15 є критичним низхідним ефектором неканонічного сигнального шляху МУУпі і регулятором проліферації клітин недрібноклітинного раку легенів і без'якірного росту клітин. Отже, ОМА15 є потенційною терапевтичною мішенню при лікуванні недрібноклітинного раку легенів (Амазагаїа еї аї., 2013).
Було показано, що ЗМА15 асоціюється з сигнальними шляхами онкогенезу при карциномі підшлункової залози (Сіоміпа?270о єї а!., 2013). Було показано, що ОМА15 стимулює ЗТАТЗ через с-ЗІС/)АК- і ЕКК-залежні механізми на конститутивну активацію у клітинах 293 нирок ембріонів людини (Го єї а!., 2003).
Було показано, що недостатня експресія НА5З асоціюється з пізніми стадіями розвитку пухлини, наявністю метастазів у лімфатичні вузли, судинною інвазією і меншою пов'язаною з бо захворюванням тривалістю життя і з низькою безметастазною виживаністю при уротеліальній карциномі верхніх сечових шляхів і сечового міхура (Спапод сеї аї., 2015). Отже, НАБ5БЗ може у майбутньому служити прогностичним біомаркером і новою терапевтичною мішенню при уротеліальних карциномах (Спапа еї аї., 2015). Було показано, що НА5ЗЗ сприяє росту пухлин раку підшлункової залози за рахунок накопичення гіалуронану (Киїні єї а!., 2014). Було показано, що інгібування НАЗЗ знижує життєздатність клітин лінії 5ХУУ620 колоректальної аденокарциноми (Нейег еї а!., 2013). Було показано, що інгібування НАЗЗ асоціюється з різним рівнем експресії декількох генів, причетних до регуляції виживаності клітин 5УМУ620 колоректальної пухлини (Нейег сеї аї., 2013). Було визначено, що НАБЗ асоціюється з посередництвом у рості пухлин раку товстої кишки шляхом інгібування апоптозу (Тепа єї аї!., 2011). Було показано, що експресія
НА5З підвищена у пласкоклітинній карциномі стравоходу, аденокарциномах і пласкоклітинних карциномах легенів і вузловій формі базальноклітинної карциноми (Т2еїоз єї аї., 2011; Тмагоск еї а!., 2011; де ба єї аІ., 2013). Повідомлялося, що НАЗЗ є незалежним прогностичним фактором при раку молочної залози, оскільки, як було показано, експресія НА5ЗЗ у клітинах строми у пацієнтів з раком молочної залози корелює з високою частотою рецидивів і короткою загальною виживаністю (А!йміпеп еї аїЇ., 2014). Було встановлено, що НАБЗ асоціюється з серозною карциномою яєчника, світлоклітинною нирково-клітинною карциномою, ендометріоїдною пухлиною - карциномою ендометрію і остеосаркомою (МуКорр 6вї аї!., 2010; МУ/єїв55 ві аї., 2012; Саї еїаї., 2011; ТотиКи єї а!., 2006).
Було показано, що НІЕТА асоціюється з некрозом пухлин при агресивному раку ендометрію.
Як було також виявлено, НІЕТА є потенційною мішенню при лікуванні цього захворювання (Втедпоїй єї аїЇ., 2015). Було показано, що НІБТА асоціюється з гепатоканцерогенезом, метастазами саркоми і назофарингеальною карциномою (Спеп еї аї., 2014с; ЕІ-Маддаг єї аї., 2015; 1 еї а, 20150). Було показано, що однонуклеотидний поліморфізм у гені НІЕТА значуще асоціюється з кінцевими клінічними результатами у пацієнтів із агресивною гепатоцелюлярною карциномою після хірургічної операції (Спо єї а!., 2015). Аберантна активність НІЕТА у поєднанні з аберантною активністю 5ТАТЗ, як було показано, приводить до прогресування пухлин у клітинних лініях злоякісних пухлин оболонок периферичних нервів. Отже, інгібування сигнальної осі ЗТАТЗ/НІЕТА//ЕСЕ-А було запропоновано як життєздатна терапевтична стратегія (Вай єї а. 2015). Повідомлялося, що НІБЕТА є важливою мішенню для лікарської резистентності,
Зо обумовленій гіпоксією, при множинній мієломі (Маїзо єї аІ., 2015). Було показано, що НІЕТА асиметрично експресується у трьох різних клітинних лініях, які відповідають різним стадіям патогенезу множинної мієломи, наводячи на думку, що НІЕТА бере участь у онкогенезі і метастазуванні множинної мієломи (2Нйао еї аї., 20146). Описувалося, що спостерігається підвищена регуляція довгої некодуючої антисенсової РНК-2 гена НІЕТА у непапілярних пухлинах світлоклітинних нирково-клітинних карцином і при раку шлунка, і вона асоціюється з проліферацією пухлинних клітин і поганим прогнозом при раку шлунка (Спеп еї аї., 201565).
Порушення регуляції шляху РІЗК/АКТ/тТОоК під дією НІЕТА, як повідомлялося, є критичним для стану спокою, підтримки і виживання стовбурові клітини раку передміхурової залози (Матоїа єї а. 2015). Описувалося, що НІБТА є одним із генів 4-генного класифікатора, який є прогностичним чинником стадії | аденокарциноми легенів (ОКауата еї а!., 2014). Було показано, що поліморфізм гена НІЕТА асоціюється з підвищеною схильністю до раку органів травного тракту в азійській популяції (Хи еї аЇ., 2014). Повідомлялося, що НІЕТА є прогностичним маркером спорадичного раку молочної залози у чоловіків (Оеб еї а!., 2014).
Було показано, що активність внутрішньоклітинного більюа НУОШІ надає користь для виживання ракових клітин під час прогресування пухлин або розвитку метастазів. Позаклітинний білок НУОШІ відіграє суттєву роль у розвитку протипухлинної імунної відповіді шляхом прискорення доставки пухлинних антигенів для їх крос-презентації (Ри апа Г ее, 2006; Мапа єї а, 2014). Білок НУМО! був впроваджений у імунотерапію і показав позитивний імуномодулюючий ефект (ми єї аі., 2013; Снеп еї аї!., 2013; Мцап еї а!., 2012; Мапд апа 5ибіеск, 2013).
Дослідження показало, що ІЗНОЇ надмірно експресується у тканинах раку підшлункової залози людини у порівнянні з прилеглими нераковими тканинами. Навпаки, активність білка
ІЇЗНОЇ була зниженою у тканинах інфільтративних протокових карцином (Карбаде с! а!., 2008; 1 еї а. 2011). Спрямований на міРНК сайленсинг ІЗНОЇ виявився здатним інгібувати життєздатність клітин і сприяти апоптозу (Рап еї а!., 2013).
Дослідники спостерігали експресію ІЗНОЗ у саудівських жінок, які страждають на рак молочної залози. Аналогічно, збільшення кількості копій, а також підвищені рівні І(ЗНОЗ були виявлені у афроамериканських чоловіків, що страждають на рак передміхурової залози. У іншому звіті показано, що експресія ІЗНОЗ зареєстрована у пухлинах пласкоклітинного 60 недрібноклітинного раку легенів, злоякісній мезотеліомі, а також на клітинах пухлин, які спорадично спостерігаються у МА Т-лімфомах і які демонструють тенденцію до диференціації у плазматичні клітини (НеттеїкК еї аї., 2005; Віп Атег єї аї!., 2008; І єдеї єї а!., 2013; 7Напо еї аї., 2013; Бидітою єї а!., 2014).
ЇЗНО4 кодує константну ділянку важкого ланцюга імуноглобуліну гамма 4 (с54т маркер) і локалізується на хромосомі 14432.33 (Веїбед, 2002). У нещодавно проведеній роботі були виявлені перебудови за участі ІЗНОЯ4 у дифузній В-великоклітинній лімфомі з первинною локалізацією у яєчку (Тма єї а!., 2015).
ІЇЗНМ кодує константну ділянку важкого ланцюга імуноглобуліну мю (НеїбЗед, 2002). У дослідженнях спостерігалося пригнічення експресії ІЗНМ у китайських пацієнтів з рабдоміосаркомою. Інші автори виявили експресію ІЗНМ у дифузній В-великоклітинній лімфомі.
Інша група дослідників виявила, що у дифузній В-великоклітинній лімфомі ген ІЗНМ є консервативним тільки на продуктивному алелі ІОН у більшості (ДМ пухлин. До того ж, зразки ангіоміоліпоми з епітеліоїдних клітин не показали жодної реактивності по відношенню до транскрипційного фактора, що зв'язується із ІСНМ-енхансером 3, або до транскрипційного фактора ЕВ (Каїо єї а!., 2009; Віепк еї а!ї., 2007; Витіпу єї аї., 2011; и еїа!., 20145).
Повідомлялося, що І/ЗбКМ є маркером, який дозволяє значуще розрізнити стадію ПІ аденокарциноми легенів від стадій | і Ії (Гіапа еї а!., 2015).
Було показано, що знижений рівень експресії ІМА асоціюється з утворенням метастазів, рецидивами і коротшою загальною виживаністю при нейроендокринних пухлинах підшлункової залози. Отже, ІМА може бути корисним прогностичним маркером агресивності нейроендокринних пухлин підшлункової залози (І іш єї аіІ., 2014а). Повідомлялося, що експресія
ІМА підвищена у гліомах олігодендрогліального фенотипу, і, як було показано, рівень експресії
ІМА корелює з виживаністю без прогресування при олігодендрогліомах і гліобластомах (БИ! єї аІ., 2013). Повідомлялося, що ІМА є маркером нейробластоми, прийнятний для диференційного діагностичного алгоритму виявлення пухлин із дрібних круглих клітин у дітей (М/Поиднбу еї аї., 2008).
Експресія ІТОАб підвищена у різних видах ракових пухлин, включаючи рак молочної залози, передміхурової залози, товстої кишки і шлунка і асоціюється з прогресуванням пухлини і інвазією клітин (Мітогтгі єї а!., 1997; ГІ о еї аї!., 2012; Нагадисні єї аї., 2013; Набіпомії? єї аї., 1995;
Зо Вабіпомії? апа Мегсигіо, 1996). Проліферативні ефекти варіанту Абеїа4 гена ІТСАб, ймовірно, опосередковуються МУпі/бета-катеніновим сигнальним шляхом (Стоціх єї аїЇ., 2014). Варіант
Ареїа4 гена ІТОАб веде до МЕСЕ-залежної активації шляху РІЗК/" АКИТТОК. Цей сигнальний шлях відіграє важливу роль у виживанні клітин метастатичної карциноми (Спипа еї аї!., 2002).
КЕТ14 експресується на високому рівні у багатьох видах пласкоклітинних карцином, таких як карциноми стравоходу, легенів, гортані, шийки матки, а також у аденоматоїдній одонтогенній пухлині. Однак він був відсутнім у дрібноклітинній карциномі сечового міхура і експресувався на незначному рівні у аденокарциномі легенів, аденокарциномі шлунка, колоректальній аденокарциномі, гепатоцелюлярній карциномі, аденокарциномі протоків підшлункової залози, інфільтративній аденокарциномі протоків молочної залози, папілярній карциномі щитоподібної залози і ендометріоїдній аденокарциномі матки (Хиє еї а!., 2010; Тегада, 2012; Мазса єї аї., 2014;
Наттат еї аї., 2014; Зниші еї аЇ., 2014). Експресія ККТ14 при раку сечового міхура тісно асоціюється з низькою виживаністю (МоїЇКтег еї а!., 2012).
Надмірну експресію КЕТ16 виявили у лініях клітин базальноподібного раку молочної залози, а також у карциномі іп 5йи. Інші дослідники не знайшли значущої відмінності у експресії ККТ16 за результатами імуногістохімічних методів між нерецидивними амелобластомами і рецидивуючими амелобластомами (доо55е евї аї.,2012; Іда-Мопетості еї аї., 2012; Загаді еї аї., 2016). До того ж, аналіз іп 5ййсо показав кореляцію між експресією ККТ16 і коротшою безрецидивною виживаністю при метастатичному раку молочної залози (доо556 вї а!., 2012).
Було визначено, що активність ККТ5 підвищена при раку молочної залози у молодих жінок (Чонпз5оп еї аї., 2015). Було показано, що ККТ5 асоціюється з гіршою виживаністю без ознак захворювання при раку молочної залози у молодих жінок і з несприятливим кінцевим клінічним результатом у пременопаузальних пацієнток із гормон-рецептор-позитивним раком молочної залози (Чоппзоп вї аї., 2015; За евї аі., 2014). Було показано, що КЕТ5 регулюється супресором пухлин ВЕСАТ у клітинах раку молочної залози ліній НСС1937 і Т47О (СотгеКі єї а!., 2010). Було показано, що регуляція ККТ5 порушена у злоякісній мезотеліомі плеври (Меїаїи еї а!., 2015).
Повідомлялося, що ККТ5 є діагностичним мезотеліальним маркером злоякісної мезотеліоми (Атії апа Низаїп, 2015). Було показано, що ККТ5 корелює з прогресуванням раку ендометрію (2пао єї аї., 2013). Було показано, що ККТ»5 є мутованим і його експресія знижена на інвазивних ділянках пухлин у пацієнта з сосочковою карциномою (5спитапп еєї аї., 2012). Було показано, бо що КЕКТ5 є членом групи з чотирьох білків, які по-різному експресуються у біоптатах колоректального раку у порівнянні із зразками нормальних тканин (Мапа еї аї., 2012). ККТТ5 і три інших білки групи з чотирьох білків описувалися як нові маркери і потенційні мішені для лікування колоректального раку (Мапд еї аї., 2012). Повідомлялося, що ККТ5 асоціюється з базальноклітинною карциномою (Реріапіо єї а!., 2010). Повідомлялося, що КЕТ5 є кандидатом у засіб ідентифікації стовбурових клітин уротеліальної карциноми (Наїйпа апа 5спиі2, 2012).
Було показано, що активація кінуренінового шляху, у якому задіяний КУМИ, значно вища у гліобластомі, що наводить на думку про причетність кінуренінового шляху до патофізіології гліоми (Адатб5 сеї аїЇ., 2014). Повідомлялося, що КУМО є геном, пов'язаним із раковими захворюваннями, експресія якого змінюється при нокдауні арил-вуглеводневого рецептора у клітинах раку молочної залози лінії МОА-МВ-231 (Сооаде еї а!., 2014). Було показано, що КУМ по-різному експресується у клітинних лініях високоагресивної і неагресивної остеосаркоми, що наводить на думку про те, що він може відігравати важливу роль у процесі онкогенезу остеосаркоми. Отже, КУМ також може являти собою кандидата у терапевтичні мішені у майбутньому (Гаймтак єї аї, 2013). Було показано, що КММИО асоціюється з повторною онкогенною експресією у неонкогенних клітинах Нега і гібридних фібробластних клітин шкіри людини. Отже, КУМО може виявитися цікавим кандидатом у регулятори онкогенної експресії (Т5цітоїо єї а!., 1999).
Аналіз транскрипції Г(АМВЗ у комбінації з двома іншими генами, як виявилося, є корисним для діагностики папілярної карциноми щитоподібної залози і передбачення ризику метастазування у лімфовузли (Ваїто5-РіЇНо еї а!., 2015). Було показано, що ГАМВЗ асоціюється з такими раковими захворюваннями як пласкоклітинна карцинома порожнини рота, рак передміхурової залози, рак шлунка, колоректальний рак, сімейні пухлини Юінга, карцинома легенів, карцинома молочної залози і карцинома яєчника (Моі/рі евї а!., 2011; Ії еї аї., 2011; Веїв єї аІ.,, 2013; БШІЇ єї аї., 2005; Іїпе еї а!., 2005; Тапів єї а!., 2014). Було показано, що експресія
ІГАМВЗ підвищена при пласкоклітинній карциномі шийки матки, при раку легенів, раку шлунка, назофарингеальній карциномі і пласкоклітинній карциномі стравоходу (Кмоп еї аї.,2011; УУапа еї аі.,, 2013а; Мататоїо еї аї., 2013; Кпа еї аї., 2009; Рапд еї аї., 20085). Повідомлялося, що
АМВЗ є білком, щодо якого відомо, що він впливає на клітинну диференціацію, міграцію, адгезію, проліферацію і виживання, і який діє як онкоген при пласкоклітинній карциномі шийки
Зо матки (Мататоїо еї аї., 2013). Було показано, що нокдаун гена ГАМВЗ пригнічував інвазію клітин раку легенів і метастазування іп міго та іп мімо. Отже, ГАМВЗ є ключовим геном, який відіграє важливу роль у захворюваності на рак легенів і його метастазуванні (У/апд еї аї., 201За). Було визначено, що при пласкоклітинній карциномі голови та шиї ГАМВЗ регулюється супресором пухлин тік-218 (Кіпо5пйа єї аїІ., 2012). Було показано, що при пласкоклітинній карциномі голови та шиї сайленсинг гена ГАМВЗ приводить до інгібування міграції та інвазії клітин (Кіпозпйа еї аї., 2012). Було показано, що при пласкоклітинній карциномі стравоходу експресія ГАМВЗ корелює з глибиною інвазії і венозною інвазією (Кіа еї аїЇ., 2009) Було виявлено, що метилювання ГАМВЗ корелює з кількома показниками поганого прогнозу при раку сечового міхура (ЗаШуапагауапа еї аї., 2004).
Було показано, що інгібування І АРЗ веде до пригнічення інвазії у клітинах раку яєчника лінії
Е5-2 в результаті зниження експресії фасцину і ММР-2/9. Отже, ГАРЗ може відігравати роль потенційної мішені для антиметастатичної терапії (У/апу еї аїЇ., 201542). Було показано, що високий рівень експресії ГАРЗ корелює з ступенем злоякісності і поганим прогнозом для пацієнтів із гліомою (Не еї аї., 2015). Було виявлено, що ГАРЗ прискорює прогресування гліоми шляхом регуляції клітинного росту, міграції і інвазії і тому може стати новим прогностичним фактором (Не еї аї., 2015). При раку шлунка і колоректальному раку, яким властива мікросателітна нестабільність, були виявлені мутації зсуву рамки зчитування у генах, задіяних у амінокислотному метаболізмі, включаючи ГАРЗ (ОН еї а!., 2014). Було показано, що експресія гена ГАРЗ підвищена при гепатоцелюлярній карциномі, пласкоклітинній карциномі стравоходу і раку передміхурової залози (2Напа еї аї., 2014; Тіап еї аї., 2014; І ехападег єї аї., 2005). Було показано, що ГАРЗ прискорює проліферацію клітин гепатоцелюлярної карциноми шляхом регуляції контрольної точки клітинного циклу, фази 1/5, і підвищеної міграції клітин (Тіап еї аї., 2014). Також було показано, що рівень експресії ГАРЗ корелює з прогнозом і злоякісним розвитком гепатоцелюлярної карциноми (Тіап сеї а!., 2014). Було виявлено, що сайленсинг гена
ІГАРЗ у клітинах пласкоклітинної карциноми стравоходу лінії ЕСАТ09 знижує проліферацію клітин ії формування колоній, тоді як нокдаун ГАРЗ призводить до зупинки клітинного циклу (2папод еї аї., 2014). Було показано, що надмірна експресія ГАРЗ у клітинах пласкоклітинної карциноми стравоходу лінії ТЕТ сприяє проліферації та інвазивності клітин (Папа еї аї., 2014).
Таким чином, було показано, що ГАРЗ відіграє роль у злоякісному розвитку пласкоклітинної бо карциноми стравоходу (2Напа евї а!ї., 2014).
Дослідники повідомляли про експресію МЄбРК у лініях клітин карциноми товстої кишки, а також у клітинах хоріокарциноми (Вгаціке єї аї!., 1992; О"'Согтанп еї а!., 2002). При раку молочної залози низький рівень експресії М6РК асоціювався з поганим прогнозом для пацієнта (Евзеопіг еї а!., 2006). Більш того, надмірна експресія М6РК приводила до зниженої швидкості клітинного росту іп міїго і до зниженого росту пухлин у "голих" мишей (О'"'Согтанп еї аї., 2002).
Було показано, що МАРКО відіграє роль у регуляції морфології і міграції клітин у клітинах раку молочної залози лінії МОА-МВ-231 (АІ-Манаї еї аІ., 2015). Повідомлялося, що МАРКб є частиною пов'язаного з раком сигнального шляху МАРК, оскільки він асоційований з сигнальними каскадами ВКАЕ і МЕКТ1Т/2 при меланомі (І єї єї аї., 2014; Ноепісн еї а!., 2006). Було показано, що експресія МАРКО підвищена при карциномі легенів, раку шлунка і раку порожнини рота (І опо еї аї., 2012; Наї сеї а!., 2004; Папод еї аіІ., 2005а). Було виявлено, що МАРКб сприяє інвазивності клітин раку легенів через фосфорилювання онкогена 5КС-3. Отже, МАРКб може виявитися привабливою мішенню при терапевтичному лікуванні інвазивного раку легенів (І о0пд еї аі., 2012). Повідомлялося, що МАРКбЄ є потенційною мішенню при розробці протиракових лікарських препаратів проти клітин раку молочної залози, що виявляють лікарську резистентність (Мапа еї аї., 2010). Було показано, що надмірна експресія МАРКб у карциномах шлунка корелює зі стадією за класифікацією ТММ, серозною інвазією і ураженням лімфатичних вузлів (Гіапа єї а!І., 2005а). Було виявлено, що МАРК є партнером по зв'язуванню з ключовим компонентом апарату клітинного циклу, цикліном ЮЗ, що вказує на те, що МАРКб, можливо, бере участь у проліферації клітин (Бип єї аї., 2006).
Було показано, що ММАТІ асоціюється з несприятливим прогнозом при естроген-рецептор- позитивному/НЕК2-негативному раку молочної залози (Запіагріа вї а!., 2013). Було показано, що втрата природної фрагментації ММАТІ під час гранулопоезу прискорює ріст і метастазування мієлобластних клітин при лейкозі (Гои єї аЇ., 2013). Регуляція ММАТІ, як було виявлено, порушена у клітин раку яєчника лінії ОАУМУ42 при нокдауні передбачуваного онкогену АОКМІ (Геі2о еї аїЇ., 2013). Було показано, що опосередкований міРНК сайленсинг гена ММАТІ1 пригнічує ріст клітин раку підшлункової залози лінії ВХРОЗ іп міїго, і за його участю значуще досягається протипухлинний ефект на підшкірно трансплантовану пухлину підшлункової залози іп мімо (іш еї аі., 2007а). Повідомлялося, що варіанти гена ММАТІ асоціюються зі схильністю до
Зо раку легенів (Гі еї аї., 2007). Було показано, що інфікування клітин раку підшлункової залози лінії
ВхРОСЗ рекомбінантним аденовірусом, який кодує антисенсовий ММАТІ, приводить до зниженого рівня експресії ММАТІ і підвищує частку клітин у з0/1-фазі. Отже, вважається, що
ММАТІ відіграє важливу роль у регуляції у клітинному циклі переходу клітин від фази 1 до 5- фази у клітинах раку підшлункової залози лінії ВХРОЗ (7Папо еї аї., 2005). Було показано, що
ММАТІ-модульована циклін-залежна кіназа-активуюча кіназна активність перехресно регулює зупинку клітин нейробластоми у С1-фазі і є критичним для переключення клітин нейробластоми з проліферації на диференціацію (2 Напа еї аї., 2004).
Сайленсинг гена МЕНЕН при раку молочної залози, пов'язаний із метилюванням ДНК, як було показано, спостерігається часто, є раково-специфічним і корелює з клінічними особливостями прогресування захворювання (Саітоп єї аїЇ. 2015) Як також спостерігалося, МЕЕН інактивується шляхом метилювання ДНК при ракових захворюваннях підшлункової залози, шлунка і товстої кишки і тому може відігравати роль у прогресуванні також і цих злоякісних пухлин (СаЇтоп еї аЇ., 2015). Було визначено, що метилювання Сро-острівців гена МЕЕН асоціюється з поширеною стадією захворювання, віддаленими метастазами і прогнозом при нирково-клітинній карциномі (Юибгом/іп5Ка)а єї аї., 2014). Отже, метилювання МЕРН може виявитися кандидатом у епігенетичні маркери прогнозу нирково-клітинної карциноми (Оибгом/п5Када єї аї., 2014). Було показано, що експресія МЕРН підвищена при позаскелетній міксоїдній хондросаркомі вульви (Ооїйс еї аЇ., 2014). Було виявлено, що надмірна експресія
МЕРЕН у клітинній лінії гепатоцелюлярної карциноми знижує проліферацію клітин, у той час як нокдаун гена МЕЕН прискорює інвазію і міграцію клітин іп міго і підвищує здатність клітин до утворення пухлин у мишей. Отже, у гепатоцелюлярній карциномі МЕЕН діє як супресор пухлин (Вемії! еї аїІ., 2013). Було показано, що МЕЕН часто є метильованим при саркомі Юінга і, таким чином, може асоціюватися з онкогенезом (АїПІпоїе єї а!., 2013).
Сайленсинг гена МЕР. при раку молочної залози, опосередкований метилюванням ДНК, як було показано, спостерігається часто і може робити свій внесок у прогресування раку молочної залози і, можливо, інших злоякісних пухлин, таких як рак підшлункової залози, шлунка і товстої кишки (СаїЇтоп сеї аї., 2015). Повідомлялося, що МЕРІ. є потенційним геном-супресором пухлин, який асоціюється з раковими захворюваннями декількох органів (Ниапа єї аї., 2014с).
Повідомлялося, що МЕР, можливо, відіграє роль у апоптозі і інвазії ракових клітин у клітинних 60 лініях пласкоклітинної карциноми голови та шиї (Ниапд еї аї., 2014с). Повідомлялося, що метилювання МЕРІ. є новим механізмом, за якого клітинні лінії раку голови та шиї набувають хіміорезистентність до цисплатину через взаємодію з сигнальним шляхом ттокК (СпНеп 6ї аї., 2012). МЕРІ, як повідомлялося, є кандидатом у прогностичні біомаркери відповіді на хіміотерапію і виживаності пацієнтів з раком голови та шиї (СНеп еї аї., 2012). Високий рівень експресії МЕР, як повідомлялося, корелює з кращим кінцевим клінічним результатом при супратенторіальній епендимомі (Наде! еї аї., 2013). Було показано, що МЕРІ ектопічно експресується при раку молочної залози і його рівень знижений при первинному раку молочної залози з метастазами у лімфатичні вузли у порівнянні з раковими пухлинами без метастазів у лімфатичні вузли (І і еї аІ., 2012). Було показано, що низький рівень експресії МЕРІ. є свідченням поганої п'ятирічної виживаності без ознак захворювання у пацієнтів з раком молочної залози на ранній стадії, і, таким чином, може виявитися потенційним прогностичним фактором для пацієнтів з раком молочної залози на ранній стадії (І і єї аІ., 2012). Було показано, що експресія
МЕР є зниженою у мультиформній гліобластомі (КнНаїї, 2007). Як повідомлялося, алельна делеція в хромосомі 8р21-23, в якій локалізується МЕРІ, є раннім і частим явищем у канцерогенезі і у розвитку раку легенів і, як також повідомлялося, асоціюється з раком молочної залози, раком передміхурової залози і з вірус-гепатиту-В-позитивною гепатоцелюлярною карциномою (5еїї» евї а!., 2000; ВескКег" вї а!., 1996; Наддтап еї а!., 1997; Кигітойю еї а!., 2001).
Повідомлялося, що МЕМ є геном, що має відношення до прогресування пухлин і асоціюється з процесами, задіяними при утворенні метастазів (біпудй єї аї., 2015). Було показано, що при раку стравоходу МЕЕМ є гіпометильованим і його експресія підвищена (5іпай еї аІ., 2015). Повідомлялося, що МЕЕМ є кандидатом у гени-супресори пухлин, експресія якого часто знижена у гліобластомі (І еє єї а!., 2015а). Було показано, що при раку молочної залози сайленсинг гена МЕЕМ, пов'язаний із метилюванням ДНК, спостерігається часто, є раково- специфічним і корелює з клінічними особливостями прогресування захворювання (Саїтоп еї аї., 2015). Як також спостерігалося, МЕЕМ інактивується шляхом метилювання ДНК при ракових захворюваннях підшлункової залози, шлунка і товстої кишки і тому може відігравати роль у прогресуванні також і цих злоякісних пухлин (СаЇтоп еї аї., 2015). Було визначено, що МЕЕМ асоціюється з раком передміхурової залози і астроцитомами (УУи еї а!., 2010; Реппеу 6ї аї., 2015). Повідомлялося, що МЕЕМ є новим кандидатом у гени-супресори пухлин, який, як було
Зо показано, є метильованим при нирково-клітинній карциномі (ВісКеїйв5 сеї а!., 2013). Метилювання
МЕЕМ, як було показано, асоціюється з прогнозом при нирково-клітинній карциномі (ВісКейв еї аі,, 2013). Повідомлялося, що МЕЕМ є потенційним діагностичним маркером, який, як було показано, по-різному експресується у клітинних лініях нейроендокринних пухлин у порівнянні з клітинами ліній пухлин, які не є ендокринними (Ноїбвії єї а!., 2008).
Повідомлялося, що МОР155 є потенційним епігенетичним біомаркером ДНК лейкоцитів, який асоціюється зі схильністю до раку молочної залози (Кпакроиг еї аї., 2015). Повідомлялося, що
МиИРІ155 є чітко необхідним для проліферації і виживання клітин МОР214-АВІ 1-позитивного Т- клітинного гострого лімфобластного лейкозу і, таким чином, являє собою потенційну мішень лікарських препаратів при цьому захворюванні (Ое еї а!., 2014).
Було показано, що ОАБ52 асоціюється з порушенням експресії дзета-ланцюга СОЗ внаслідок активації каспази-3. Повідомлялося, що дефіцит дзета-ланцюга СОЗ часто спостерігається при раку порожнини рота (ЮОаг еї аЇ., 2015). Повідомлялося, що ОАБ2 задіяний у суб-шляху вродженого імунітету, пов'язаному з ризиком виникнення поширеного раку передміхурової залози, і у запальному шляху (Ката еї а!., 2012). Аналіз суб-шляху виявив, що ОА5З2 лише номінально асоціюється з ризиком виникнення поширеного раку передміхурової залози (Кагта еїа!., 2012).
Було показано, що занизька експресія РАВРМІ при недрібноклітинному раку легенів корелює з поганим прогнозом (Іспіпобзе єї аїЇ., 2014). Повідомлялося, що втрата РАВРМ1 потенційно сприяє агресивності пухлини за рахунок вивільнення ракових клітин від опосередкованої мікроРНК генної регуляції при недрібноклітинному раку легенів (Іспіпове еї аї., 2014). Було показано, що мутантна форма РАВРМІ із подовженням поліаланінової ділянки М- кінця асоціюється з індукцією апоптозу через сигнальний шлях роіЗ у клітинах ліній НегГа і НЕК- 293 (Впайцасгнагіее еї а!., 2012).
Повідомлялося, що РОСВРІЇ є головним чинником для збагачення ракових стовбурових клітин і функціональності клітин раку передміхурової залози (СНеп еї а!., 2015а). Повідомлялося, що
РСВРІ є інгібітором патогенезу раку шлунка, зниження рівня експресії якого асоціюється зі злоякісним фенотипом як у культурах клітин, так і у клітинах ксенотрансплантатів раку шлунка (/папд єї аї., 20156). Виходячи з різних рівнів експресії РОВРІ у зразках доброякісної і злоякісної сироватки і тканин, відповідно, у пацієнтів із серозною аденокарциномою яєчника, бо було висловлено припущення, що РСВРІ відіграє роль у патофізіології раку яєчника (М/єддат еї аі., 2014). Було показано, що у клітинах карциноми жовчного міхура лінії ОВС-50 РСОВРІ є важливим посередником епітеліально-мезенхімального переходу, що індукується ТОЕ-бета, і передумовою для виникнення метастазів пухлини (7пйапд апа Оои, 2014). Було показано, що рівні експресії РОВР1 регулюють здатність клітин карциноми жовчного міхура лінії ЗВС-5О до міграції і інвазії іп міго (2папуд апа Оои, 2014). Отже, РСВРІ може виявитися потенційним прогностичним маркером метастазів карциноми жовчного міхура (2папуд апа Оои, 2014).
Повідомлялося, що зниження експресії РОВРІ є потенційно важливим чинником патогенезу раку шийки матки (Раїйак сеї аї., 2014). Повідомлялося, що РСВРІ є регулятором транскрипційного фактора рб3, який асоціюється з пригніченням пухлин (Сто еї аї., 2013). Було показано, що підвищений рівень експресії РСОВРІ1 при повному пухирному занеску асоціюється з нижчим ризиком прогресування до гестаційних трофобластичних пухлин, тоді як експресія
РСВРІ була значно нижчою у родимках після злоякісного переродження (пі евї аї., 2012). Отже, висловлювалася думка, що РСВРІ відіграє важливу роль у патогенезі гестаційних трофобластичних пухлин (Пі еї аї., 2012). Було показано, що надмірна експресія РСВРІ1 приводить до пригнічення трансляції пов'язаного з метастазами білка РЕ -3 і інактивації АКТ, тоді як нокдаун гена РСВРІ викликає активацію АКТ і стимулює онкогенез (Мапа еї аї., 2010).
Повідомлялося, що РСВРІ відіграє негативну роль у інвазії пухлини у клітинах гепатоми лінії
Нерсцаг (7Напа єї а!., 2010). Повідомлялося, що втрата РСВРІ у пухлині печінки людини відіграє роль у формуванні метастатичного фенотипу (2Напа еї а!., 2010).
Повідомлялося, що експресія РОРМ підвищена у пласкоклітинних карциномах, мезотеліомах, гліобластомах і остеосаркомах (Еційа апа ТаКаді, 2012). Повідомлялося, що
РОРМ є регулятором інвазії і метастазування пухлин, оскільки РОРМ асоціюється з декількома сигнальними каскадами, які задіяні у епітеліально-мезинхімальному переході, колективній міграції клітин, активації, агрегації тромбоцитів і лімфоангіогенезі (Оапа єї аї., 2014).
Повідомлялося, що РОРМ є маркером канцерогенезу у порожнині рота і епітеліоїдних мезотеліом (Змаїп єї а!., 2014; Огдопе7, 2005). Повідомлялося, що підвищення експресії РОРМ асоціюється з метастазами у лімфатичні вузли і поганим прогнозом при пласкоклітинній карциномі верхніх відділів травного тракту і дихальних шляхів (Спиапо еї аї!., 2013). РОРМ, як повідомлялося, експресується у судинних пухлинах, злоякісній мезотеліомі, пухлинах
Зо центральної нервової системи, герміногенних пухлинах, пласкоклітинних карциномах і агресивних пухлинах із високим інвазивним і метастатичним потенціалом (Раїса есеї а!., 2008).
Отже, РОРМ можна вважати привабливою терапевтичною мішенню для клітин пухлин (Ваїса єї а!., 2008).
Було визначено, що активність РНТЕ2 знижена при пласкоклітинній карциномі язика (Ниапа еїаї.,2007).
Було показано, що РКМ2 є критичним фактором для проліферації ракових клітин і росту пухлин (Спеп еї аї., 20140; 1ї єї аї., 2014; ОеїЇ аВате еї аї., 2014). М-тус діє як регулятор транскрипції по відношенню до РКМ2 у медулобластомі (Тесі еї аї., 2015). Очевидно, РКМ2 відіграє роль при гепатоканцерогенезі, епітеліально-мезенхімальному переході і ангіогенезі (Макао єї аї., 2014). РКМ2 є одним із двох ключових факторів у ефекті Варбурга в онкології (Татада есї аї., 2012; Матег еї аї., 2014; МО еї аї., 2015). Експресія РКМ2 у ракових клітинах підвищена (Спапеїоп апа Соцйіїер, 2012; | цо апа Зетеплга, 2012; Ми апа І є, 2013). У злоякісних клітинах РКМ2 бере участь у гліколізі як коактиватор транскрипції і як протеїнкіназа. У другій із цих функцій він переходить у ядро і фосфорилює гістон З, який кінець кінцем викликає проходження клітин через клітинний цикл у гліобластомах (б5етеплга, 2011; | по апа бЗетепла, 2012; Татада еї аї!., 2012; Меппеїї апа Тпотрзгоп, 2013; Мапду апа ги, 2013; Сиріа еї аї., 2014;
Ідба! еї а!., 2014; Снеп еї а!., 2014р; Матег єї аіІ., 2014). Димерний РКМАІО з низькою активністю може відігравати роль у виникненні раку на відміну від активної тетрамерної форми (Магигек, 2011; М/опа еї а!., 2015; Іодраї еї аї., 2014; Магигек, 2007).
Було показано, що активність РКРІ знижена при раку передміхурової залози і аденокарциномі стравоходу (Ка сеї аї.,, 2012; Мапд еї аІ., 2015а). Нокдаун гена РКРІ у непухлинних клітинах передміхурової залози лінії ВРН-1 призводить зо зниженого апоптозу і диференційної експресії генів, таких як асоційований з раком передміхурової залози ген
ЗРОСКІ (Мапа евї а!., 2015а). Разом, змінена експресія РКРІ і 5РОСК'І, ймовірно, є частою і критичною подією при раку передміхурової залози, і висловлювалася думка, що РКРІ1 виконує функцію пригнічення пухлини (Мапа еї а!., 2015а). Було показано, що знижений рівень експресії
РКРІ асоціюється з значно коротшим часом виникнення віддалених метастазів при пласкоклітинній карциномі ротової порожнини (Наїтіз єї аІ., 2015). Повідомлялося, що втрата
РКРІ через метилювання промотора асоціюється з прогресуванням стравоходу Баррета до бо аденокарциноми стравоходу (Ка? сеї аї., 2012). Було показано, що експресія РКР1 підвищена при недрібноклітинному раку легенів і він може бути корисним маркером для розрізнення зразків пласкоклітинних карцином (Запспег-Раїепсіа єї аї!., 2011). Було показано, що активність
РКРІ підвищена у високодиференційованих клітинах ліпосаркоми лінії 5ОТЗ (Регв550п еї аї., 2008). Повідомлялося, що знижений рівень експресії РКР1 сприяє підвищенню рухливості клітин пласкоклітинної карциноми голови та шиї (5оброїїк-Оєї!Ітаїге єї а!Ї., 2007). Було показано, що
РКРІ асоціюється з канцерогенезом шийки матки (5сптін-Стаєй еї а!., 2007). Було показано, що
РКР'І асоціюється з місцевими рецидивами або метастазами, а також з поганою виживаністю пацієнтів із пласкоклітинною карциномою ротоглотки (Рарадегакіз еї аї., 2003).
Підвищений рівень ІРНК РКРЗ у крові пацієнтів з раком шлунково-кишкового тракту може використовуватися як біомаркер і фактор прогнозу результату лікування захворювання (Маіадаге5-Ауєтевз еї аї., 2010). Надмірна експресія РКРЗ корелювала з несприятливим перебігом раку молочної залози, легенів і передміхурової залози, у той час як знижені рівні експресії при раку сечового міхура пов'язані з інвазивною активністю (РигикКама єї аї., 2005;
Вгешипіпдег єї аї., 2010; Оетігад еї аї., 2012; Такапавні єї аіІ., 2012). Втрата РКРЗ веде до підвищення рівнів білків ММР7 і РЕ 3, які необхідні для міграції клітин і формування пухлини (Кнараге єї а!., 2012; Вази єї аї., 2015).
Було показано, що нокдаун гена РРРАКІ пригнічує проліферацію клітин раку молочної залози лінії 272-75-30 (ОЇ єї аіІ., 2015). Отже, РРРАКІ може сприяти проліферації клітин раку молочної залози і відігравати визначну роль у захворюваності на рак молочної залози (О) еї аї., 2015). Було показано, що нокдаун гена РРРАК'І1 у клітинах гепатоцелюлярної карциноми лінії
Неро2 приводить до зниження проліферації клітин, формування колоній і зупинки клітинного циклу під час фази С2/М (Ми єї аї!., 2015). Було також показано, що нокдаун гена РРРАКІ1 веде до інактивації сигнальних каскадів р38 і с-Чип-М-термінальної кінази у клітинах Нерс2, що свідчить про те, що РРРАК1 може сприяти проліферації клітин (Ми еї аі., 2015). Отже, РРРАК!1 відіграє вирішальну роль у сприянні росту клітин гепатоцелюлярної карциноми (Уи сеї аї., 2015).
Повідомлялося, що РРРАКІ1 є негативним регулятором інгібітору кіназної активності МЕ-КВ у лімфоцитах, зниження експресії якого сприяє активації онкогенного сигнального шляху МЕ-КВ у підгрупі Т-клітинних лімфом (Вгесптаптп сеї а!., 2012).
Повідомлялося, що РКС1 асоціюється з радіорезистентністю тканин раку шийки матки,
Зо оскільки тканини раку шийки виявляють дуже різну експресію РКСІ1 після опромінювання (Ри єї а. 20150). Повідомлялося, що генетичний локус інтрону 14 гена РКС1 асоціюється зі схильністю до раку молочної залози (Саї єї а!., 2014). Як повідомлялося, РКС є одним геном із сигнатури групи п'яти генів, яку можна запропонувати як прогностичну сигнатуру для виживаності без ознак захворювання пацієнтів із раком молочної залози (Мивіассні евї а!., 2013).
Було показано, що експресія РКС1 підвищена при карциномі яєчника, раку шийки матки і раку сечового міхура (Ез5ріпоза єї аї., 2013; Еппіспома єї аї., 2013; Капепіга еї аї., 2007). Було показано, що експресія РКСІ підвищена під час опосередкованого 4-гідроксиестрадіолом злоякісного переродження клітин епітелію ссавців лінії МСЕ-10А (ОКой єї аї.,, 2013).
Повідомлялося, що РКСІ1 є геном із значним рівнем біологічної причетності до патогенезу пухлин, і він може використовуватися у наборі генів для передбачення прогнозу для пацієнтів із резектабельним статусом недрібноклітинного раку легенів після ад'ювантної хіміотерапії (Тапд еї а. 2013). Було зроблено припущення, що РЕС1 негативно регулюється пов'язаною з клітинним циклом кіназою РІК! (Ни еї аї., 2012). Було показано, що нокдаун гена РКСІ1 у клітинах раку сечового міхура лінії МІНЗТЗ приводить до значного збільшення кількості багатоядерних клітин і подальшою загибеллю клітин (Капепіга єї а!Ї., 2007) До того ж, було показано, що РКС1 взаємодіє з новим раково-тестикулярним антигеном МРНО5БРНІ у клітинах раку сечового міхура, і була висловлена думка, що комплекс МРНОБРНІ/РКСІ1 відіграє вирішальну роль у канцерогенезі сечового міхура і може бути новою терапевтичною мішенню (Капепіга єї а!ї., 2007). Було визначено, що експресія РКС1 регулюється роз (І і еї а!ї., 2004).
Дослідження маркерних експресованих послідовностей ідентифікувало РКОМІ15 як ген, експресія якого підвищена у лімфомах (Са Поицгаків єї аі!., 2013). Як повідомлялося, РЕОМ15 є кандидатом у гени-супресори пухлин, який може брати участь у розвитку або прогресуванні раку підшлункової залози (ВазПпуат еї аї., 2005).
Було показано, що виражені поліморфізми у РТНІН асоціюються з ризиком і прогнозом перебігу раку легенів (Мапепії еї а!., 2000). Повідомлялося, що підвищена регуляція РТНІН у моделі на базі мишачої лінії С57ВІ/6 спонтанного метастатичного раку молочної залози потенційно задіяна у метастатичному розповсюдженні раку молочної залози (опп5юпе 6ї аї., 2015). Було показано, що експресія РТНІ-Н підвищена у пласкоклітинній карциномі порожнини рота, хондроїдних новоутвореннях, Т-клітинному лейкозі/Т-клітинній лімфомі у дорослих і 60 світлоклітинних нирково-клітинних карциномах (Веїоп еї а!., 2013; Мапа еї а!., 201За; Мао еї аї.,
2014; Ім єї аї., 2014). Було показано, що підвищена регуляція експресії РТНІ-Н асоціюється з порушенням диференціації з утворенням патологічних клітин і несприятливим прогнозом для пацієнтів із пласкоклітинною карциномою голови та шиї (Ім єї аЇ., 2014). Було показано, що експресія гена РТНІ Н підвищена за рахунок сигнального шляху р38 МАРК, що робить свій внесок у розповсюдження клітин раку товстої кишки з проникненням у легені внаслідок каспаза- незалежної загибелі ендотеліальних клітин мікроциркуляторного русла легенів (Огоземіс еї аї., 2014). Було визначено, що експресія РТНІ-Н у пласкоклітинній карциномі значно відрізняється від нормальної шкіри (Ргазаєй еї аї., 2014). Повідомлялося, що РТНІН є частиною сигнатури групи чотирьох генів, яка асоціюється з виживаністю серед пацієнтів із недрібноклітинним раком легенів на ранній стадії (Снапуд єї аіМ., 2012). Повідомлялося, що порушення антипроліферативної функції внаслідок мутацій зсуву рамки зчитування гена РТНІН відіграє роль у ранньому розвитку колоректального раку у пацієнтів зі спадковим неполіпозним колоректальним раком (Матадисті єї аї., 2006). Було показано, що підвищена експресія гена
РТНІН асоціюється з несприятливим клінічним результатом щодо як загальної виживаності, так і виживаності без ознак захворювання у пацієнтів із світлоклітинною нирково-клітинною карциномою, які перенесли нефректомію ("Мао евї аї!., 2014). Було показано, що РТНІ-Н позитивно модулює проходження клітин через клітинний цикл і змінює експресію білків, які у клітинах колоректальної аденокарциноми лінії Сасо-2 беруть участь у регуляції клітинного циклу із залученням сигнальних шляхів ЕКК1/2, р38, МАРК і РІЗК (Саїмо вї а!., 2014).
Було показано, що КАРІОО51 прискорює проліферацію клітин раку підшлункової залози (бсишій єї аїЇ. 2014). Було показано, що одночасна втрата двох сплайс-варіантів гена
ВАРІСОБІ1 у ксенотрансплантатах клітин недрібноклітинної карциноми легенів лінії МСІ-НІ1703 у мишей приводять до зниження пухлиногенезу (5спціа еї аЇ., 2014). Було визначено, що
ЕАРІТО0О51 прискорює проходження клітин через клітинний цикл у багатьох видах раку, що робить його цінною мішенню для протиракових терапевтичних препаратів (спа еї аї., 2014).
Було визначено, що експресія КАРІСЮО5І підвищена при раку молочної залози, раку передміхурової залози і недрібноклітинній карциномі легенів (Наизег єї аї., 2014; Тем евї аї., 2008; пі еї аІ., 2009). Було показано, що сплайс-варі(ант 5т9505-558 гена КАРІСО51 є унікальним промотором активності КпПоОА і МЕ-КВ, який відіграє функціональну роль у
Зо злоякісності раку молочної залози (Найзег єї аї., 2014). Було показано, що високий рівень експресії КАРТІО0О51 асоціюється з гіршим кінцевим клінічним результатом при раку молочної залози (Наизег еї аї., 2014). Було виявлено, що КАРІОО51 регулює проліферацію, міграцію клітин і транскрипційну активність МЕ-каппав при недрібноклітинному раку легенів, у такий спосіб сприяючи формуванню злоякісного фенотипу цього захворювання. Отже, КАР1ОО51 є привабливою терапевтичною мішенню при недрібноклітинному раку легенів (Тему єї аї., 2008).
Було визначено, що КАРІОЮО51 злитий із МОРОУ при Т-клітинному гострому лімфобластному лейкозі (Нотапа еї аї., 2006).
Було показано, що експресія КМРЕР підвищена при колоректальних аденомах, папілярній карциномі щитоподібної залози, раку молочної залози і світлоклітинній нирково-клітинній карциномі (Натіге2-Ехрозій еї аї., 2012; І атіпада еї а!., 2013; Реге? еї аї., 2015; Магопа есї аї., 2007). Було показано, що КМРЕР асоціюється з ростом пухлини гліоми Сб щурів, імплантованої у підшкірну ділянку (Мауаз еї а!., 2012).
Повідомлялося, що КОКА є потенційним онкогеном при раку легенів (У/апд еї аї., 20156).
Було показано, що КОКА асоціюється з експресією потенційного гена-супресора пухлин ОРСМІ. при раку товстої кишки (Гі еї аІ., 2015а). Було показано, що два однонуклеотидних поліморфізми гена КОКА асоціюються з раком молочної залози (Тгиопд еї аї., 2014). Повідомлялося, що
КОКА є потенційним супресором пухлин і терапевтичною мішенню для раку молочної залози (Ой апа Хи, 2012). Було показано, що активність КОКА знижена при колоректальних аденокарциномах і раку молочної залози (Койогои сеї аї., 2012; би апа Хи, 2012). Було показано, що стабільна надмірна експресія КОКА у клітинах гепатоми лінії Нерс2 впливає на експресію генів, задіяних у метаболізмі глюкози і канцерогенезі печінки, вказуючи на асоціацію КОКА з канцерогенезом усередині клітин печінкового походження (Спаимеї єї аї!., 2011). Було визначено, що КОКА по-іншому метильований при раку шлунка, ніж у нормальній слизовій шлунка (УУуаїапаре єї аї., 2009). Повідомлялося, що КОКА асоціюється з контролем росту і диференціації клітин і з контролем метастатичної поведінки у клітинах андроген-незалежного раку передміхурової залози лінії 0О 145 (Могенці єї а!., 2002).
Було показано, що КРБ17 по-різному експресується при метастатичній увеальній меланомі у нормальній цільній крові і у тканинах, схильних до метастатичного ураження увеальною меланомою, наводячи на думку, що КРБ17 може відігравати роль у тропізмі метастазів увеальної меланоми (Оеєтіїгсі еї аі., 2013). Було визначено, що активність КР517 підвищена при гепатоцелюлярній карциномі (ім еї а!., 20075).
Було показано, що нокдаун гена КРБ5З26 викликає стабілізацію і активацію р53, приводячи до роЗ-залежного інгібування росту клітин (Сиці єї аіІ., 2014). Було також показано, що КРБЗ2б відіграє роль у відповіді на пошкодження ДНК шляхом безпосереднього впливу транскрипційної активності р53 (Сиі єї а!., 2014).
Було показано, що 5100А2 асоціюється з недрібноклітинним раком легенів їі, як повідомлялося, є маркер для передбачення поганої загальної виживаності у пацієнтів із пласкоклітинною карциномою легенів (Ноипіїв еї а!., 2014; 7папа еї аї., 20154). Повідомлялося, що 5100А2 є низхідною мішенню онкогена ККАЗ і промотором прогресування пухлин при раку легенів (Муоо єї аїЇ., 2015). Повідомлялося, що 5100А2 є багатообіцяючим маркером для передбачення загальної виживаності при протоковій аденокарциномі підшлункової залози (Чатіезоп еї аї., 2011). Повідомлялося, що зміна рівня експресії 5100А2 під дією нітрозамін-М- нітрозопіролідону є потенційною причиною прогресування пухлин пласкоклітинних карцином стравоходу серед чорношкірого населення Південної Африки (Ріїау єї аї!., 2015). Було показано, що експресія 5100А2 підвищена на ранній стадії недрібноклітинного раку легенів, у плазмі пацієнтів із назофарингеальною карциномою, при раку гортані, раку шлунка і пухлинах епідермісу (2Ри еї аї!., 201За; І іп еї аї., 2013; 7Напо еї аї., 2015а; 7На єї аї., 2015; Мапа еї аї., 2015с). Було показано, що пов'язана з метилюванням інактивація 5100А2 часто спостерігається при раку голови та шиї та раку сечового міхура і, таким чином, може бути важливою подією у пухлиногенезі цих захворювань (і ее еї аї., 2015с). Як було показано, рівень цитоплазматичної експресії БТО0А2 підвищений при пласкоклітинній карциномі порожнини рота, тоді як ядерна експресія є зниженою (Китаг сеї а). 2015). Було показано, що підвищення рівня цитоплазматичної експресії 5100А2 є потенційним фактором передбачення ризику рецидивів у пацієнтів із пласкоклітинною карциномою порожнини рота (Китаг єї аї., 2015). Як повідомлялося, 5100А2 відіграє роль у утворенні метастазів карцином молочної залози (Маба єї аІ., 2014). Було показано, що 5100А2 є геном-супресором пухлин, який регулюється сумісно
ВАСАТ/рбз і відіграє роль у регуляції стабільності мутантної форми ро53 шляхом модуляції зв'язування мутантної форми ро5іЗ із Н5РЗО (ВискКієу еєї а!., 2014). Повідомлялося, що 5100А2 є
Зо кандидатом у гени-супресори пухлин, експресія якого знижена при рецидивному назофарингеальному раку, і, отже, може відігравати важливу роль у розвитку рецидивного назофарингеального раку (Ниапд еї аї., 201456). Було показано, що експресія 5100А2 є зниженою при раку шлунка, і це зниження, як було показано, асоціюється з підвищеною глибиною інвазії утворенням метастазів у лімфатичні вузли, зниженою вірогідністю безрецидивного розвитку захворювання і зниженою загальною виживаністю (І їи єї а!., 20146).
Отже, знижена активність 5100А2 може служити негативним незалежним прогностичним біомаркером при раку шлунка (Гі єї аіІ., 20146). Було також показано, що ЗІО0А2 здійснює негативну регуляцію сигнального шляху МАРК/ЕКК у ракових клітинах МОС-803 (іш еї аї., 20146). Було показано, що надмірна експресія 5100А2 індукує епітеліально-мезенхімальний перехід у клітинах раку легенів лінії А5б549, що супроводжується підвищеною інвазією і підвищеним рівнем фосфорилювання АКї, а також підвищеним ростом пухлин у імунодефіцитних мишей (Ма? еї а!., 2014). Було також описано, що у проонкогенну дію 5100А2 входить регуляція сигнального шляху РІЗ/АКІЕ і функційна взаємодія з білюьом Зтаайз сигнального шляху ТОЕ-бета (Ма? вї а!., 2014). Було показано, що експресія 5100А2 корелює з гістологічним ступенем, утворенням метастазів у лімфовузлах, клінічною стадією і поганим показником виживаності у пацієнтів із холангіокарциномою з локалізацією навколо воріт печінки і з позапечінковою холангіокарциномою (За еї а!., 2013). Отже, 5100А2 може відігравати роль прогностичного маркера у пацієнтів із холангіокарциномою (зай вї аї., 2013).
Повідомлялося, що 5100А8 є важливим медіатором у гострому і хронічному запаленні, який взаємодіє з клітинами-супресорами мієлоїдного походження у ланцюгу позитивного зворотного зв'язку, спрямованому на сприяння розвитку пухлини і утворенню метастазів (7Пепа еї а!., 2015).
Описувалося, що 5ІООАВ8 є потенційним діагностичним біомаркером, прогностичним індикатором і терапевтичною мішенню при недрібноклітинному раку легенів (іт апа ТНотав, 2013). Було показано, що надмірна експресія 5100А8 асоціюється зі прогресуванням стадії захворювання, інвазією, утворенням метастазів і поганою виживаністю при раку сечового міхура (Уао еї аї., 2007). Було показано, що 5100А8 є діагностичним маркером інвазивної карциноми сечового міхура (Івтаїй еї аї., 2015). Було визначено, що експресія 5100А8 підвищена у анапластичній карциномі щитоподібної залози, пухлині кісток із гігантських клітин і при колоректальному раку (Нееб еї а!., 2015; 7папа єї а!., 20156; І ідо єї а!., 2015а). Аналіз мишей іп бо мімо з використанням клітин анапластичної карциноми щитоподібної залози з нокдауном гена
З100А8 виявив знижений ріст пухлини і знижене утворення метастазів у легенях, а також значно довшу виживаність тварин (Неер єї аїЇ., 2015). Було показано, що 5100А8 прискорює проліферацію клітин анапластичної карциноми щитоподібної залози шляхом взаємодії з КАСЕ, що активую сигнальні шляхи р38, ЕККТ/2 і МК у пухлинних клітинах (Нееб еї аї., 2015). Отже,
ЗІО0ОА8 може являти собою відповідну терапевтичну мішень при анапластичній карциномі щитоподібної залози (Вееб єї аїЇ., 2015). Було показано, що ЗІООАВ8 асоціюється з високим ризиком хронічного лімфоцитарного лейкозу (АІзадабу еї а!., 2014). Було показано, що 5100А8 асоціюється з прогресуванням рак нирки, і його описували як потенційний біомаркер і терапевтичну мішень при раку нирки (Міга еї аІ., 2014). Повідомлялося, що 5100А8 є частиною кальпротектину, який є гетеродимером, необхідним для прогресування пухлин печінки, не пов'язаних із запаленням, і може являти собою терапевтичну мішень при лікуванні гепатоцелюлярної карциноми (Оеє есеї аї., 2015). Було показано, що 5100А8 регулює клітинний цикл і проліферацію клітин раку товстої кишки шляхом індукції експресії 143, у той же час інгібуючи р21 (7Напао єї аі., 201560).
Ген БЕЕРІМНІ кодує інгібітор серпінпептидази, клада Н (білок 47 теплового шоку), члена 1 (колаген-зв'язувального білка 1), інгібітор серинпротеази. БЕЕРІМНІ діє як колаген-специфічний молекулярний шаперон у ендоплазматичному ретикулумі (Веїб5ед, 2002). БЕКРІМНІ надмірно експресується при багатьох видах раку людини, включаючи рак шлунка, рак легенів, аденокарциному протоків підшлункової залози, гліому, і карциномах, асоційованих з виразковим колітом (2Нпао єї аї., 2014а). Було показано, що експресія 5ЕКРІМНІ підвищена при гепатоцелюлярній карциномі, пласкоклітинній карциномі стравоходу, холангіоцелюлярній карциномі, раку шлунка, раку легенів, протоковій аденокарциномі підшлункової залози, карциномах, асоційованих з виразковим колітом, і гліомі (2Нао еї аї., 2014а; Радаеєп еї аї., 2014;
Їеєе еї аї., 2015р; Маброиіві еї аї., 2015). Було показано, що надмірна експресія ЗЕКРІМНІ1 асоціюється з поганим прогнозом для пацієнтів із пласкоклітинною карциномою стравоходу, і, як було показано, рівень імунного забарвлення ЗЕРРІМНІ і стадія патології значуще корелюють із загальною і безрецидивною виживаністю (І еє єї аіІ., 20155). ФЕВРІМНІ може використовуватися як потенційний прогностичний біомаркер пласкоклітинної карциноми стравоходу (І еє ебї аї., 2015р). Було показано, що нокдаун гена ЗЕКРІМНІ у клітинах гліоми інгібує ріст, міграцію і
Зо інвазію клітин гліоми іп міго, у той час як нокдаун гена ЗЕЕРІМНІ іп мімо інгібує ріст пухлини і викликає апоптоз (7йпао еї аї., 2014а) Отже, ЗЕКРІМНІ може виявитися терапевтичною мішенню при лікуванні гліоми (7йпао еї аї., 2014а). Було показано, що експресія ЗЕКРІМНІ1 знижена у метастазах у порівнянні з первинними пухлинами пласкоклітинних карцином порожнини рота з ураженням декількох лімфатичних вузлів, що свідчить про те, що ЗЕКРІМНІ1 може асоціюватися з метастатичним потенціалом цих пухлин (Мікітаків єї а!., 2003).
Було показано, що експресія БЕКРІМНІ знижена у резистентних до лікарських препаратів варіантах клітин раку яєчника лінії МЛ, і, таким чином, може відігравати роль у резистентності ракових клітин до лікарських препаратів (Чаписпомувкі єї аІ., 2013). Повідомлялося, що 5 С7А11 модулює мікрооточення пухлини, призводячи до виникнення сприятливих умов для росту ракових пухлин (ЗамазКап апа Еупиродіш, 2010). Повідомлялося, що 5ІС7А11 бере участь у нейродегенеративних процесах у гліомі, що робить 5 С7А11 потенційною головною мішенню для протиракової терапії (ЗамазкКап єї аї., 2015). Було показано, що 5І С7А11 пригнічується р5З3 за механізмом фероптозу, і повідомлялося, що вісь ро3-5І С7А11 зберігається у вигляді мутанта роЗ(ЗкКК) та робить свій внесок у його здатність пригнічувати пухлиногенез за відсутності класичних механізмів пригнічення пухлин (діапд еї аї., 2015). Повідомлялося, що 5ІС7А11 є функційною субодиницею системи Хсо-, функція якої підвищена у клітинах агресивного раку молочної залози (І іппег-МеїміШе еї аїЇ., 2015). Було показано, що інтенсивне забарвлення клітинних мембран для 5ІС7А11 при цисплатин-резистентному раку сечового міхура асоціюється з гіршим кінцевим клінічним результатом, і повідомлялося, що інгібування 5І С7А11 є багатообіцяючим терапевтичним підходом до лікування цього захворювання (Огауйп 6ї аї., 2014). Було показано, що 5І. С7А11 диференційно експресується у клітинах промієлоцитарного лейкозу людини лінії НІ -60, які піддали дії бензолу та його метаболітів, що, таким чином, підкреслює можливу асоціацію 5І С7А11 з лейкозогенезом (Запта еї а!., 2011). Повідомлялося, що руйнування гена 5ІС7А11 приводить до інгібування росту багатьох видів карцином, включаючи лімфому, гліому, рак передміхурової і молочної залози (СНеп еї аї., 2009). Було показано, що інгібування 5І С7А11 інгібує інвазію клітин раку стравоходу лінії КУЗЕ150 іп міїго і утворення його експериментальних метастазів у "голих" мишей і, таким чином, є свідченням ролі 5І С7А11 у утворенні метастазів пухлини (СНеп еї аї., 2009).
Було показано, що ЗКРЕК ампліфікується при гострому мієлоїдному лейкозі з подвійними 60 мікрохромосомами (Сто55еп вї аї., 1999).
Було показано, що ген 55454, що є ортологом людини і опосума, диференційно експресується у клітинах меланоми опосума ліній ТОбБЬ і ТО151І 2, і його експресія підвищена у пухлинах пізніх стадій, що дозволяє зробити припущення щодо 55К4, що він є геном- кандидатом із можливими функціями, які можна асоціювати з викликаним ультрафіолетовим опроміненням меланомагенезом і утворенням метастазів (М/апд апа МапаеВега, 2004). Було виявлено, що рівень ІРНК 55К4 підвищеним у клітинах остеосаркоми ліній ОН5, Зао5-2 і
КРОХМ у порівнянні з нормальними клітинами остеобластів (Оівтай єї аї., 2003).
Порушення регуляції експресії 5ТК17А асоціюється з різними видами раку. Знижена експресія при раку шийки матки і колоректальному раку пов'язана з проапоптотичним характером 5ТК17А, зв'язаним з прогресуванням пухлин. ЗТК17А у гліобластомі і при раку голови та шиї експресується надмірно, залежно від ступеня злоякісності, що, ймовірно, пояснюється впливом на інші відповідні пухлиноасоційовані шляхи, такі як ТОЕ-бета (Мао вї аї., 2013; Тпотав еї а!., 2013; Рак єї а!., 2015; Вапагез єї а!., 2004). 5ТК17А є безпосередньою мішенню для гена-супресора пухлин р53 і модулятором високоактивних форм кисню (ВФК) (Кепеу-Натійоп еї аї., 2005; Мао вії а!., 2011).
Повідомлялося, що ЗУК є модулятором онкогенезу, який діє як промотор пухлин, надаючи їм функцію виживання у деяких клітинах, і як супресор пухлин, обмежуючи епітеліально- мезенхімальний перехід і інгібуючи міграцію у інших клітинах (Ктізепко апа Сеаніеп, 2015).
Повідомлялося, що ЗУК асоціюється з активацією В-клітинних рецепторів (ВкР) у В-клітинних лімфомах (беда апа Мга;, 2015). Було виявлено на доклінічних моделях, що інгібування ключових кіназ шляху ВкР, таких як БУК, знижує життєздатність клітин хронічного лімфоцитарного лейкозу (Оамід5 апа Вгомл, 2012). Було визначено, що експресія ЗУК є підвищеною при лімфоцитарному лейкозі (Гепд апа УМапо, 2014). Повідомлялося, що УК асоціюється з патогенезом хронічного лімфоцитарного лейкозу і може бути корисним в оцінці ефективності лікування і прогнозуванні перебігу цього захворювання (Репа апа Уапо, 2014).
ЗУК, як описувалося, є потенційним супресором пухлин у пацієнтів з раком молочної залози, відсутність якого у первинних пухлинах раку молочної залози корелює з несприятливими кінцевими клінічними результатами (Мамага, 2004). Було показано, що 5УК відіграє вирішальну роль у резистентності до паклітакселу при раку яєчника (Ми еї аї., 20150). Повідомлялося, що
Зо зниження експресії ЗУК асоціюється з розвитком різних ракових захворювань, включаючи колоректальний рак (Репа еї аї!., 2015). Було показано, що виражені поліморфізми промотора
ЗУК є незалежним фактором ризику розвитку колоректального раку у китайської етнічної групи ханьців Південного Китаю (Реп есеї а!ї., 2015). Було показано, що ЗУК часто є метильованим при гепатоцелюлярній карциномі, і, як було показано, метилювання 5УК ідентифікує підгрупу випадків гепатоцелюлярної карциноми з поганим прогнозом (5пПіп еї а!., 2014).
Повідомлялося, що транслокація ТРбЗ є подією у підгрупі (кіназа анапластичної лімфоми)- позитивних анапластичних великоклітинних лімфом, вона асоціюється з агресивним перебігом цього захворювання (Нардоса апа Замаде, 2015). Повідомлялося, що ТРбЗ відіграє різноманітні ролі у раку у зв'язку з його участю у диференціації епітелію, зупинці клітинного циклу і апоптозі (Сп еї аї., 2015). Повідомлялося, що ТАрб3 як ізоформа ТРбЗ надлишково експресується при злоякісних захворюваннях крові, тоді як міссенс-мутації в гені ТРбЗ були виявлені при пласкоклітинних ракових пухлинах, а транслокації гена ТРбБЗ3 - у лімфомах і деяких аденокарциномах легенів (Ог720! єї аіІ., 2015). Повідомлялося, що аберантний сплайсинг, який призводить до надмірної експресії Оенкамрб3, ізоформи ТРбЗ, часто виявляється при ракових захворюваннях людини, таких як пласкоклітинна карцинома шкіри, за якої він, вірогідно, сприяє ініціації і прогресуванню пухлини (Мівзего апа Апіопіпі, 2014; Іпоце апа Егу, 2014).
Було показано, що активність ТРМІ1 знижена у нирковоклітинній карциномі, у клітинній лінії пласкоклітинної карциноми стравоходу, у клітинних лініях метастатичної карциноми молочної залози і нейробластоми у собак (Кіоріїєївспи еї а!., 2010; Мадег єї аї., 2003; 7аге еї аї., 2012; Мапд еї а!., 2015р). Було показано, що рівень експресії ТРМІ асоціюється з розміром пухлини, ступенем ядерної градації за Фурманом і прогнозом для пацієнтів із нирково-клітинною карциномою. Було показано, що трансфекція ТРМІ у клітинах нирково-клітинної карциноми ліній О5КСОС-2 і 786-О знижує міграційні і інвазивні властивості, у той же час прискорюючи апоптоз (У/апд еї аї., 20150). Отже, повідомлялося про те, що ТРМІ1 виявляє властивості гена- супресора пухлин, коли у клітинах нирково-клітинної карциноми він експресується у надлишку (У/апо сеї а!., 20156). Повідомлялося, що сигнальні шляхи КАЗ/РІЗК/АКТ і КАБ/МЕК/ЕКК задіяні в регуляції і пригніченні ТРМІ у клітинах внутрішньопечінкової холангіокарциноми лінії НиИССТ1, так само як у клітинній лінії пласкоклітинної карциноми стравоходу (7аге сеї аї., 2012; Мапа еї аї., 20135). Повідомлялося, що ТРМІ є супресором пухлин, надмірна експресія якого клітинами бо раку молочної залози лінії МСЕ-7 пригнічує без'якірний ріст клітин (7йпи єї аї., 2007Б) Як повідомлялося, епігенетичне пригнічення ТРМІ1 асоціюється зі зміненою функцією ТОЕ-бета як супресора пухлин Її, і він може робити свій внесок у метастатичні властивості пухлинних клітин (Магда єї а!., 2005).
Було показано, що активність триптази підвищена у деяких пацієнтів при гострому мієлоїдному лейкозі (іп еї аї., 2014). Повідомлялося, що експресія триптази регулюється сигнальною системою ЗСРЕ/С-КІТ через сигнальні шляхи ЕККТ1/2 і рЗвмМАРК (іп еї аї., 2014)
Повідомлялося, що триптаза мастоцитів задіяна у ангіогенезі при колоректальному раку і має вищий рівень експресії у сироватці пацієнтів із колоректальним раком до, ніж після радикальної хірургічної резекції (Аттепаоіїа єї а!., 2014).
Було показано, що експресія Т5НАЗ знижена у клітинах пласкоклітинної карциноми порожнини рота лінії 5СС-9 у порівнянні з лінією нормальних клітин ОКЕб6-ТЕВТІВ (МагсіпКієміс: апа Сюдав5, 2014) Повідомлялося, що Т5Н2З є геном-регулятором процесу транскрипції, який, як виявилося, повторно перегруповується у декількох випадках серозного раку яєчника високого ступеня злоякісності (МеВгіде еї а!., 2012). Повідомлялося, що Т5НАЗ є кандидатом у гени-супресори пухлин зі зниженим рівнем експресії при раку молочної залози і передміхурової залози (Мататоїо еї а!., 2011).
Було показано, що Т5РАМІ1О є геном, який по-різному експресується у зразках метастатичної меланоми і нормальної шкіри, і що він може виявитися потенційним біомаркером при терапії метастатичної меланоми (ім єї аї., 2014с). Було показано, що серед інших генів експресія Т5РАМІ1О є підвищеною у метастазах лейоміосаркоми матки у порівнянні з первинними лейоміосаркомами, і, таким чином, робить свій внесок у диференціацію цих умов і може допомогти розумінню явища прогресування пухлин у цьому виді раку (Оамідзоп еї аї., 2014).
Повідомлялося, що ТТРАЇ є кандидатом у онкогени, у якому були виявлені мутації у випадках колоректального раку з мікросателітною нестабільністю (Тиирапеп єї а!., 2014).
Було показано, що експресія ТОВОСРАІ2 підвищена у лінії клітин таксол-резистентного раку яєчника, і, як повідомлялося, він асоціюється з сенсибілізацією клітин недрібноклітинної карциноми легенів лінії МСІ-Н1155 до таксолу (Ниапа апа Снао, 2015). Було показано, що експресія ТОВОСР2 підвищена при гліобластомі, у випадку якої його надмірна експресія
Зо протидіє інгібуванню пошкодження ДНК у контрольній точці (з2/М-фази білком-супресором пухлин 3, асоційованим з регуляторною субодиницею СОК5 (Огарегома єї а!., 2015).
Повідомлялося, що МІМ є низхідною мішенню 5ТАТЗ, який асоціюється з прогресуванням пухлини молочної залози шляхом порушення регуляції під дією ЗТАТЗ (Вапегієє апа Незаї, 2015). Повідомлялося, що МІМ є білком, що має потенційний зв'язок із назофарингеальною карциномою (СНеп єї аі., 2015с). Було показано, що негативний статус метилювання віментину є передбаченням покращеного прогнозу для пацієнтів із раком підшлункової залози (7пои еї аї., 2014). Було показано, що експресія МІМ підвищена через Сбогі106 при недрібноклітинному раку легенів, і, як описувалося, його потім асоціювали з підвищеною інвазією ракових клітин (27папд еї аї., 2015с). Повідомлялося, що МІМ є незалежним фактором передбачення загальної виживаності у пацієнтів із пласкоклітинною карциномою легенів (Спе еї аї., 2015).
Повідомлялося, що МІМ є біомаркером, який потенційно дозволяє розрізнити підтипи меланоми і передбачити агресивність меланоми у різних підгрупах хворих із меланомою (Оепаго еї аї., 2014). Як було показано, спостерігається підвищена регуляція МІМ при світлоклітинній нирковоклітинній карциномі (Пі єї аЇ., 2015). Повідомлялося, що високий рівень експресії МІМ є незалежним прогностичним фактором для світлоклітинної нирковоклітинної карциноми (5пНі еї а. 2015). Було показано, що МІМ діє як каркас для залучення 5Ішд до ЕКК і сприяння фосфорилюванню 5іцо9, яке є, як повідомлялося, необхідною умовою для індукції епітеліально- мезенхімального переходу, процесу розвитку, сформованого під час онкогенезу, який підвищує метастатичний потенціал (МійакКоїми єї а!., 2015).
Було показано, що експресія М/ОКІ підвищена у інтерстиціальній рідині, отриманій із карцином яєчника і при пухлинах із мастоцитів шкіри собак високого ступеню злоякісності, з поганим прогнозом, у порівнянні з хорошим прогнозом для пухлин із мастоцитів низького ступеню злоякісності (5спіїереп еї аї., 2012; Назієпе-Нох еї аїЇ., 2013). Було визначено, що активність МУОКІ знижена при хіміорезистентній поширеній карциномі серозного епітелію яєчника (Кіт еї аї., 2011). Було показано, що знижена експресія УМОКІ1 при хіміорезистентній поширеній карциномі серозного епітелію яєчника корелює з низькою загальною виживаністю (Кіт єї аї., 2011). Було показано, що експресія МОКІ підвищена на ділянці між фронтом інвазії пухлини і нормальними тканинами (зона поверхні поділу) при раку молочної залози, і, таким чином, він може мати зв'язок із прогресуванням і утворенням метастазів карцином молочної бо залози (Капа еї а!., 2010).
Зо
Повідомлялося, що злиття УМ/НАЕ з МОТМ2В/МОТМ2Е є подією, яка спостерігається у меншості світлоклітинних сарком нирки (Кагізбзоп еї аї., 2015). Злиття УМ/НАЕ-МОТМ2 описувалося як поширене явище у саркомах строми ендометрію високого ступеня злоякісності (АЇї еї аї., 2014). Повідомлялося, що саркоми строми ендометрію високого ступеня злоякісності зі злиттям УМ/НАЕ-МОТМ2 є підгрупою сарком строми ендометрію з агресивною клінічною поведінкою і поганим прогнозом (Кгизе єї аї., 2014). Повідомлялося, що розриви у трьох локусах, включаючи УМУНАЕ, є потенційними складовими розвитку ангіосаркоми матки (5ийи2икКі еї аі.,, 2014). Було показано, що експресія УУУНАЕ знижена при раку шлунка, і знижені рівні
УМІНАЕ асоціюються з раком шлунка дифузного типу і раннім виникненням цієї патології, що свідчить про те, що УМ/НАЕ може відігравати роль у процесі канцерогенезу у шлунку (І еаї еї аї., 2012). Було показано, що УМ/НАЕ по-різному експресується у тканинах пацієнтів, хворих на рак молочної залози з рецидивом і без нього, і що він асоціюється як з виживаністю без ознак захворювання, так і з загальною виживаністю (Сітіпо єї аіЇ., 2008). Отже, МУУНАЕ може використовуватися як незалежний прогностичний маркер і потенційна мішень лікарських препаратів при раку молочної залози (Сітіпо еї а!., 2008).
Про зміни у 4МЕ292 повідомлялося як про зміни у рушійній силі хронічного лімфоцитарного лейкозу (Риепіє єї аі., 2015). Повідомлялося, що 24МЕ292 є геном-супресором пухлин при колоректальному раку (ТаКеда єї аї., 2015). Повідомлялося, що 2МЕ292 є імуногенним антигеном із клінічною значущістю при пласкоклітинній карциномі голови та шиї (Неибреск 6ї аї., 2013).
ПОВНИЙ ОПИС ВИНАХОДУ
Стимуляція імунної відповіді залежить від присутності антигенів, що сприймаються імунною системою хазяїна як чужорідні. Відкриття пухлино-асоційованих антигенів зробило можливим використання імунної системи хазяїна для втручання в ріст пухлини. Зараз вивчається можливість використання для імунотерапії раку різних механізмів задіяння як гуморальної, так і клітинної ланки імунної системи.
Специфічні елементи клітинної імунної відповіді здатні специфічно розпізнавати та знищувати пухлинні клітини. Виділення Т-клітин із популяції пухлино-інфільтруючих клітин або з периферичної крові говорить про те, що такі клітини відіграють важливу роль у природному
Зо імунному захисті проти раку. Важливу роль у цій відповіді відіграють, зокрема, СО8-позитивні Т- клітини, які розпізнають пептиди, зв'язані з молекулами головного комплексу гістосумісності І класу (МНС). Ці пептиди зазвичай складаються з 8-10 амінокислотних залишків, що отримані з білків або дефектних рибосомальних продуктів (ОРІР), які містяться у цитозолі. Молекули МНС людини також визначаються як лейкоцитарні антигени людини (НІ А).
Якщо не зазначено інше, під нижче наведеними термінами, що використовуються у цьому описі, розуміються наступні поняття.
Термін "Т-клітинна відповідь" означає специфічну проліферацію та активацію ефекторних функцій, індукованих пептидом іп міїго чи іп мімо. Для цитотоксичних Т-клітин, обмежених МНЕ |І класу, ефекторними функціями можуть бути лізис клітин-мішеней, оброблених пептидом чи пептидним прекурсором чи клітин-мішеней, природно презентуючих пептид, секреція цитокінів, переважно гамма-інтерферону, ТМЕ-альфа або ІЛ-2, індукована пептидом, секреція ефекторних молекул, переважно гранзимів чи перфоринів, індукована пептидом, або дегрануляція.
Термін "пептид" використовується в цьому описі для позначення серії амінокислотних залишків, що з'єднані один 3 одним зазвичай пептидним зв'язком між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Бажано, щоб пептиди були довжиною у 9 амінокислот, але можуть бути такими короткими, як довжиною у 8 амінокислот, і такими довгими, як довжиною у 10, 11, 12 13 або 14 або більшими по довжині, а у випадку пептидів, що зв'язані з молекулами МНС І класу (подовжені варіанти пептидів за цим винаходом), вони можуть досягати такої довжини, як 15, 16, 17, 18, 19 або 20 амінокислот.
Термін "пептид" використовується також для позначення солей серії амінокислотних залишків, що з'єднані один 3 одним зазвичай пептидним зв'язком між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Переважно, щоб ці солі були фармацевтично прийнятними солями пептидів, наприклад, такими як хлорид або ацетат (трифторацетат). Треба зазначити, що солі пептидів за цим винаходом суттєво відрізняються від пептидів у їхньому стані іп мімо, оскільки пептиди не є солями іп мімо.
Термін "пептид" повинен також включати "олігопептид". Термін "олігопептид" використовується в цьому описі для позначення серії амінокислотних залишків, що з'єднані один з одним зазвичай пептидними зв'язками між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Довжина олігопептиду не є критичною для цього винаходу за умови, що він містить правильний епітоп чи епітопи. Олігопептиди зазвичай коротші, ніж довжиною близько 30 амінокислотних залишків, і довші, ніж довжиною близько 15 амінокислотних залишків.
Термін "поліпептид" використовується для позначення серії амінокислотних залишків, що з'єднані один з одним зазвичай пептидними зв'язками між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Довжина поліпептиду не є критичною для цього винаходу за умови, що він містить правильні епітопи. На відміну до термінів "пептид" і "олігопептид", під терміном "поліпептид" маються на увазі молекули, що містять більш ніж 30 амінокислотних залишків.
Пептид, олігопептид, білок або полінуклеотид, що кодує таку молекулу, має назву "Іімуногенного" (і, отже, є ""муногеном" в межах цього винаходу), якщо він здатний індукувати імунну відповідь. У межах цього винаходу імуногенність точніше визначається як здатність викликати відповідь Т-клітин. Отже, "іімуногеном" може бути молекула, яка здатна індукувати імунну відповідь, і що стосується цього винаходу, молекула, що здатна індукувати відповідь Т- клітин. В іншому аспекті імуноген може бути пептидом, комплексом пептиду з МНС, олігопептидом і/або білком, який використовується для продукції специфічних антитіл або ТКР проти нього. "Епітоп" І класу Т-клітини потребує короткого пептиду, який зв'язаний із рецептором молекули МНС І класу, утворюючи потрійний комплекс (альфа-ланцюг молекули МНС І класу, бета-2-мікроглобулін і пептид), який може розпізнаватися Т-клітиною, що несе відповідний Т- клітинний рецептор, який зв'язується із комплексом МНС/пептид із належної афінністю.
Пептиди, які зв'язані з молекулами МНе І класу, зазвичай мають довжину в 8-14 амінокислот, і, найбільш типово, довжину в 9 амінокислот.
У людини є три різні генетичні локуси, які кодують молекули МНС І класу (молекули МНС людини мають також визначаються як лейкоцитарні антигени людини (НГА)): НГА-А, НІ А-В і
НІГА-С. НІ А-А"О1, НІ А-А"О02 і НГ А-В"07 є прикладами різних алелів МНС І класу, які можуть експресуватися з цих локусів.
Таблиця 5 Частоти експресії Е для НІ А"АО2 і НІ А-А"24 і найбільш поширених серотипів
НГА-ОК. Частоти, отримані з частот виявлення гаплотипів Її серед населення США, адаптовано з публікації Могі і співавт. (Моїгі еї а), 1997), з використанням формули Харді-
Зо Вайнберга: Б-1 - (1-557. Комбінація А"02 або А"24 з певними алелями НІ А-ОК внаслідок неврівноваженого зчеплення може бути збагаченою або збідненою у порівнянні з передбачуваною на основі індивідуальних частот виявлення. Докладну інформацію див. у
Спапоск і співавт. (Спапоск еї аї., 2004).
Таблиця 5 частоти алелів
Овб |Європеоїднараса(ПівнчнаАмерика)д | 7771717171717171126б,7611С во |Європеоїднараса(ПівнчнаАмерика)ї /-/:/ | 77777171 рвб |Афроамериканці(ПівнічнаАмерика)їд 77717171 33709611
Таблиця 5 частоти алелів рво |Афроамериканці(ПівнічнаАмерика)їд 71717171 5809611
Овб |Американцімонголоїдноїраси (ПівнічнаАмерика)ї | 251095 во |Американцімонголоїдноїраси (ПівнічнаАмерика)ї | 186095
Вб |Латиноамериканці(ПівнічнаАмерика)їд 77771171 ЗМО 11 во |Латиноамериканці(ПівнічнаАмерика)їд /-/:/// | 77777171
АТЯаЮ2 ЗЯпонія.д////777777777771111111111111111111111111111111111Ї111111111111599611СсСсСС
ПЕ КТТ:Т: ПНЯ НО. ТУ
ТЕРИ КТ ПНЯ НО: оту
Пептиди за винаходом, переважно якщо введені до складу вакцини за винаходом, як описано в цьому документі, зв'язуються з А"02. Вакцина може також містити пептиди, що універсально зв'язуються з молекулами МН ІІ класу. Таким чином, вакцина за винаходом може застосовуватися для лікування раку у пацієнтів, що є А"02-позитивними, у той час як немає необхідності вибору алотипів МНС Ії класу завдяки здатності цих пептидів до універсальності зв'язування.
Якщо пептиди, що зв'язуються з НІ А-А"02, поєднати з пептидами, які зв'язуються з іншим алелем, наприклад, А"24, лікуванню можна піддати більший відсоток будь-якої популяції пацієнтів, у порівнянні з охопленням пацієнтів, у яких кожний алель МНС | класу наявний окремо. У той час як у більшості популяцій менше ніж 50 956 пацієнтів може бути охоплено кожним алелем окремо, вакцина, що містить пептиди, які є епітопами НІ А-А"24 ії НІГ А-А"О02, дозволяє вакцинувати принаймні 60 95 пацієнтів у кожній відповідній популяції. Конкретно, наступні відсоткові долі пацієнтів будуть позитивними принаймні до одного з цих алелів у різних регіонах: США - 61 95, Західна Європа - 62 95, Китай - 75 95, Південна Корея - 77 95, Японія - 86 95 (розраховано з даних улмум.аеїІетеднепсіез.пед.
У переважному втіленні термін "нуклеотидна послідовність" стосується гетерополімеру дезоксирибонуклеотида.
Нуклеотидна послідовність, що кодує конкретний пептид, олігопептид або поліпептид, може зустрічатися в природі або може бути сконструйована синтетично. Загалом, сегменти ДНК, які кодують пептиди, поліпептиди та білки за цим винаходом, зібрані з фрагментів кКДНК їі коротких олігонуклеотидних лінкерів або з серії олігонулеотидів з утворенням синтетичного гена, що здатний експресуватися в рекомбінантній транскрипційній одиниці, що містить регуляторні елементи, які отримані з оперона мікроорганізму або вірусу.
Термін "нуклеотидне кодування пептиду" в контексті цього винаходу означає нуклеотидну послідовність, що кодує пептид, включаючи штучні (створені руками людини) старт- і стоп- кодони, сумісні з біологічною системою, якою ця послідовність буде експресуватися, наприклад, з дендритними клітинами або іншою системою клітин, застосовних для отримання ТКР.
Для цілей цього винаходу посилання на послідовність нуклеїнової кислоти означає як одноланцюгову, так і дволанцюгову нуклеїнову кислоту. Отже, наприклад, для ДНК, конкретна послідовність, якщо контекст на вказує на інше, відноситься до одноланцюгової ДНК такої послідовності, дуплекса такої послідовності з її комплементом (дволанцюгова ДНК), і комплементу такої послідовності.
Термін "кодуюча ділянка" відноситься до тієї частини гена, яка або природно, або нормально кодує продукт експресії цього гена в його природному геномному оточенні, тобто до ділянки, що кодує іп мімо природний продукт експресії гена.
Кодуюча ділянка може бути ділянкою немутованого ("нормального"), мутованого або зміненого гена, або навіть ділянкою послідовності ДНК або гена, повністю синтезованого в лабораторії з використанням методів, добре відомих фахівцям у галузі синтезу ДНК.
Термін "продукт експресії" означає поліпептид або білок, котрий є природним трансляційним продуктом гена та будь-якої нуклеїново-кислотної послідовності, що кодує еквіваленти, які є результатом виродження генетичного коду, і, таким чином, кодує ту ж амінокислоту (ті ж амінокислоти).
Термін "фрагмент", стосовно кодуючої послідовності, означає частину ДНК, яка містить менш ніж повну кодуючу ділянку, і продукт експресії якої зберігає по суті ту ж біологічну функцію чи активність, що й продукт експресії повної кодуючої ділянки.
Термін "сегмент ДНК" відноситься до полімеру ДНК у формі окремого фрагмента чи як компонент більшої конструкції ДНК, що одержаний з ДНК, виділеної принаймні один раз по суті в чистій формі, тобто без забруднюючих ендогенних матеріалів та в кількості чи концентрації, яка дає змогу ідентифікувати, виконувати маніпуляції та відновлювати сегмент і його складові нуклеотидні послідовності за допомогою стандартних біохімічних методів, наприклад, з використанням вектора клонування. Такі сегменти надаються у формі відкритої рамки зчитування, без порушень внутрішніми нетрансльованими послідовностями, чи інтронів, які зазвичай присутні в еукаріотичних генах. Послідовності нетрансльованих ДНК можуть бути присутні за відкритою рамкою зчитування, де вони не заважають маніпуляціям або експресії кодуючих ділянок.
Термін "праймер" означає коротку нуклеїново-кислотну послідовність, котра може бути спарена з одним ланцюгом ДНК та надає вільний З'ОН-кінець, на якому ДНК-полімераза починає синтез дезоксирибонуклеотидного ланцюга.
Термін "промотор" означає ділянку ДНК, яка бере участь у зв'язуванні РНК-полімерази для ініціації транскрипції.
Термін "виділений" означає, що матеріал видаляється зі свого первісного середовища (наприклад, природного середовища, якщо він має природне походження). Наприклад, існуючий у природі полінуклеотид чи поліпептид, присутній у живих тваринах, не є виділеним, але той самий полінуклеотид чи поліпептид, відокремлений від якихось чи всіх співіснуючих матеріалів в природній системі, є виділеним. Такі полінуклеотиди можуть бути часткою вектора, і (або) такі полінуклеотиди чи поліпептиди можуть становити частину композиції і все ж таки бути виділеними, якщо такий вектор чи композиція не є частиною свого природного середовища.
Ці полінуклеотиди та рекомбінантні чи імуногенні поліпептиди, розкриті відповідно до цього винаходу, також можуть бути в "очищеній" формі. Термін "очищений" не вимагає абсолютної чистоти; скоріше він має відносне значення та може включати препарати високого ступеню очищення або препарати, які тільки частково очищені, в тому сенсі, як спеціалісти в цій галузі розуміють такі терміни. Наприклад, окремі клони, виділені з бібліотеки КкДНК, були стандартним чином очищені до електрофоретичної однорідності. Очищення вихідного матеріалу чи природного матеріалу принаймні на порядок величини, переважно на два-три порядки, та більш переважно, на чотири-п'ять порядків величини, чітко передбачається в цьому винаході. Крім того, заявлений поліпептид, котрий має чистоту переважно в 99,999, або принаймні в 99,99 95 чи 99,9 9б; і навіть бажано 99 95 за масою чи більше, також чітко пропонується у винаході.
Нуклеїнові кислоти та поліпептиди як продукти експресі, що розкриваються відповідно до цього винаходу, а також вектори експресії, які містять такі нуклеїнові кислоти і (або) такі бо поліпептиди, можуть бути в "збагаченій формі". Термін "збагачений" в тому виді, в якому він використовується тут, означає, що концентрація матеріалу принаймні приблизно в 2, 5, 10, 100 або 1000 разів перевищує його природну концентрацію (наприклад), бажано 0,01 95, за масою, принаймні краще приблизно 0,195 за масою. Також маються на увазі збагачені препарати приблизно в 0,5 9, 1 У, 5 Уо, 10 95 та 20 95 за масою. Послідовності, конструкції, вектори, клони та інші матеріали, які складають цей винахід, можуть, що більш сприятливо, бути у збагаченій чи виділений формі. Термін "активний фрагмент" означає фрагмент, зазвичай пептиду, поліпептиду або нуклеїново-кислотної послідовності, що генерує імунну реакцію (тобто має імуногенну активність) при введенні індивідуально чи, необов'язково, з прийнятним ад'ювантом або у векторі, тварині, наприклад, ссавцю, такому як кролик чи миша, і також включаючи людину, до того ж така імунна реакція має вид стимуляції Т-клітинної відповіді у тварини- реципієнта, такої як людина. Альтернативно, "активний фрагмент" також може використовуватись для індукції Т-клітинної відповіді іп міго.
В цьому винаході терміни "частка", "сегмент" і "фрагмент", якщо вони використовуються по відношенню до поліпептидів, означають безперервну послідовність залишків, таких як амінокислотні залишки, причому ця послідовність утворює підгрупу більшої послідовності.
Наприклад, якщо поліпептид був підданий обробці будь-якою з типових ендопептидаз, таких як трипсин або хімотрипсин, олігопептиди, одержані в результаті такої обробки, будуть представляти частки, сегменти чи фрагменти початкового поліпептиду. Якщо такі терміни використовуються стосовно полінуклеотидів, вони означають продукти, одержані після обробки згаданих полінуклеотидів будь-якою з типових ендонуклеаз.
Відповідно до цього винаходу, термін "відсоткова ідентичність" або "відсоток ідентичності" відносно послідовності означає, що послідовність порівнюється із заявленою або описаною послідовністю після вирівнювання послідовності, яка порівнюється ("Послідовність, що порівнюється"), з описаною або заявленою послідовністю ("Контрольна послідовність").
Відсоткова ідентичність визначається відповідно до наведеної нижче формули:
Відсоткова ідентичність - 100 (1 -(С/А)) де С - кількість відмінностей між Контрольною послідовністю та Послідовністю, що порівнюється, на довжині вирівнювання між Контрольною послідовністю та Послідовністю, що порівнюється, де () кожна основа чи амінокислота в Контрольній послідовності, котра не має відповідної вирівняної основи чи амінокислоти у Послідовності, що порівнюється, і (ії) кожний розрив у Контрольній послідовності та () кожна вирівняна основа чи амінокислота в Контрольній послідовності, котра не має відповідної вирівняної основи чи амінокислоти у Послідовності, що порівнюється, становить відмінність, і (ійї) вирівнювання повинне починатися з позиції 1 вирівняних послідовностей; і К є числом основ або амінокислот у Контрольній послідовності по довжині вирівнювання з
Послідовністю, що порівнюється, причому будь-який розрив, створений у Контрольній послідовності, також вважається основою або амінокислотою.
Якщо існує вирівнювання між Послідовністю, що порівнюється, та Контрольною послідовністю, для якої відсоткова ідентичність, що розрахована вище, є приблизно рівною чи більшою, ніж зазначена мінімальна Відсоткова ідентичність, то Послідовність, що порівнюється, має зазначену мінімальну відсоткову ідентичність до Контрольної послідовності, хоча можуть існувати вирівнювання, в яких розрахована, як описано вище, Відсоткова ідентичність є меншою, ніж зазначена Відсоткова ідентичність.
Як згадано вище, цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від 5ЕО ІЮО МО: 1 до 5ЗЕО ІЮО МО: 93 або їхній варіант, який на 88 95 є гомологічним послідовностям від 5ЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮО МО: 93 або їхнього варіанту, який викликає перехресну реакцію Т-клітин із зазначеним пептидом. Пептиди за винаходом здатні зв'язуватися з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини | класу, або подовжені версії згаданих пептидів - з молекулою ЇЇ класу.
У цьому винаході термін "гомологічний" означає ступінь ідентичності (див. "Відсоткова ідентичність" вище) послідовностей двох амінокислотних послідовностей, тобто пептидних або поліпептидних послідовностей. Згадана вище "гомологія" визначається порівнянням двох послідовностей, що були вирівняні в оптимальних умовах щодо послідовностей, які порівнюються. Таку гомологічність послідовностей можна розрахувати, створивши вирівнювання за допомогою, наприклад, алгоритму СіивіаіМУ. Загальнодоступне програмне забезпечення для аналізу послідовностей, більш конкретно, Месіог МТІ, СЕМЕТУХ або інші інструменти можна знайти у базах даних у вільному доступі.
Фахівець у цій галузі в змозі оцінити, чи будуть Т-клітини, індуковані варіантом конкретного пептиду, вступати в перехресну реакцію із самим пептидом (Аррау вї а!., 2006; Соіотрені еї аї., 2006; Бопа еї а!., 2001; 7агетрбва еї а!., 1997).
Під терміном "варіант" даної амінокислотної послідовності автори винаходу мають на увазі, що бокові ланцюги, наприклад, одного чи двох амінокислотних залишків змінюються (зокрема, шляхом заміни їх боковим ланцюгом залишку іншої природно існуючої амінокислоти чи якимось іншим боковим ланцюгом) таким чином, що пептид все ще здатний зв'язуватися з молекулою
НГА, по суті, у такий же спосіб, як і пептид, що складається з даної амінокислотної послідовності від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІО МО: 93. Наприклад, пептид може бути модифікований так, що він буде принаймні зберігати, чи навіть поліпшувати, здатність взаємодіяти та зв'язуватися зі зв'язувальною щілиною прийнятної молекули МНС, такої як НІ А-А"02 або -ОК, і у такий спосіб принаймні зберігати чи навіть поліпшувати здатність зв'язуватися з ТКР активованих Т-клітин.
Ці Т-клітини можуть згодом вступати в перехресну реакцію із клітинами і знищувати клітини, які експресують поліпептид, що містить природну амінокислотну послідовність спорідненого пептиду як визначено в аспектах цього винаходу. Як можна дізнатися з наукових публікацій і баз даних (Наттепзвзеє еї аї., 1999; Сюоакіп єї аї., 1997), окремі позиції пептидів, що зв'язують НІ А, є типово якірними залишками, які формують ключову послідовність, що відповідає зв'язувальному мотиву рецептора НІА, який визначається полярністю, електрофізичними, гідрофобними властивостями і просторовою структурою поліпептидних ланцюгів, що утворюють зв'язувальну щілину. Отже, фахівець у цій галузі зможе модифікувати амінокислотну послідовність від ЗЕО ІЮО МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 93, зберігаючи відомі якірні залишки, і буде здатний визначити, чи зберігають такі варіанти здатність зв'язувати молекули МНС |І або І класу. Варіанти за цим винаходом зберігають здатність зв'язуватися з ТКР активованої Т- клітини, який потім може вступати в перехресну реакцію з- і знищувати клітини, які експресують поліпептид, що містить природну амінокислотну послідовність спорідненого пептиду як визначено в аспектах винаходу.
Первісні (немодифіковані) пептиди, що розкриваються в цьому винаході, можуть модифікуватися заміщенням одного чи кількох залишків на різних, можливо, селективних, ділянках пептидного ланцюга, якщо не зазначено інакше. Переважно, щоб ці заміщення
Зо знаходилися на кінці амінокислотного ланцюга. Такі заміщення можуть бути консервативного характеру, наприклад, коли одна амінокислота замінюється амінокислотою подібної структури та характеристик, наприклад, коли гідрофобна амінокислота замінюється іншою гідрофобною амінокислотою. Навіть більш консервативною буде заміна амінокислот такого ж чи подібного розміру та хімічного характеру, наприклад, коли лейцин замінюється на ізолейцин. В дослідженнях варіацій послідовностей в сімействах природних гомологічних білків певні амінокислотні заміщення допускаються частіше, ніж інші, і вони часто демонструють кореляцію зі схожістю за розміром, зарядом, полярністю та гідрофобністю між первісною амінокислотою та її заміною, і це є основою для визначення "консервативних заміщень".
Консервативні заміщення визначаються в цьому документі як обмін в межах однієї з наведених нижче п'яти груп: група 1 - малі аліфатичні, неполярні чи слабо полярні залишки (Аа, зег, Тпг, Рго, Су); група 2 - полярні, негативно заряджені залишки та їх аміди (А5р, Авп,
Сім, СІп); група З - полярні, позитивно заряджені залишки (Ні, Аго, І уз); група 4 - великі аліфатичні неполярні залишки (Меї, Геи, Пе, Маї, Сув); та група 5 - великі ароматичні залишки (Ре, Тут, Пр).
Менш консервативні заміщення можуть включати заміну однієї амінокислоти іншою, котра має подібні характеристики, але дещо відрізняється за розміром, наприклад, заміна аланіну залишком ізолейцину. Високо-неконсервативні заміни можуть включати заміщення кислої амінокислоти полярною, або навіть такою, що є основною за своїм характером. Такі "радикальні" заміщення не можуть, однак, відхилятись як потенційно неефективні, оскільки їх хімічні наслідки не є повністю прогнозованими, та радикальні заміщення також можуть несподівано призвести до сприятливих ефектів, які неможливо передбачити за простими хімічними принципами.
Звичайно, такі заміщення можуть включати структури, що відрізняються від звичайних І - амінокислот. Отже, Ю-амінокислоти можуть заміщуватися І-амінокислотами, котрі зазвичай виявляються в антигенних пептидах цього винаходу та все ж охоплюються розкриттям в ньому.
Крім того, нестандартні амінокислоти (тобто інші, ніж стандартні амінокислоти природних білків), також можуть використовуватись для заміщення з метою отримання імуногенів та імуногенних поліпептидів відповідно до цього винаходу.
Якщо виявляється, що заміщення в більш ніж одній позиції приводять до утворення пептиду 60 по суті з еквівалентною чи більшою антигенною активністю, як визначено нижче, тоді комбінації цих заміщень будуть досліджуватись з метою визначення, чи мають комбіновані заміщення додатковий чи синергічний вплив на антигенність пептиду. Як правило, в пептиді замінюються одночасно не більш ніж 4 позиції.
Пептид, що по суті складається з амінокислотної послідовності як зазначено у цьому документі, може мати одну або дві неякірні амінокислоти (див. нижче пояснення щодо якірного мотиву), що були замінені без того, щоб здатність пептиду зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І або Ії класу суттєво змінилася або піддалася негативному впливу у порівнянні з немодифікованим пептидом. У іншому пептиді, що складається або по суті складається з цієї амінокислотної послідовності як зазначено у цьому документі, одна або дві амінокислоти можуть бути замінені партнерами по консервативній заміні (також див. нижче у цьому документі) без того, щоб здатність пептиду зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини | або ІІ класу суттєво змінилася або піддалася негативному впливу у порівнянні з немодифікованим пептидом.
Ті амінокислотні залишки, що не є суттєвими для взаємодії з Т-клітинним рецептором, можуть бути модифіковані шляхом заміни іншою амінокислотою, введення якої не має суттєвого впливу на реактивність Т-клітин та не виключає зв'язування із відповідним МНС. Отже, за винятком зазначеної умови, пептид за винаходом може бути будь-яким пептидом (до цього терміну автори винаходу відносять олігопептид чи поліпептид), котрий включає амінокислотні послідовності або їхню частину чи її варіант, як він є.
Таблиця 6
Варіанти і мотив пептидів відповідно до ЗЕО ІЮ МО: 4,9 і 18
Позиця | 1! | 2 | з | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9
ЗБОЮ Мо4 7/7 (|АЇ ЕЕ а| ті св пи пи я ПО ПО КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОНОК "Я НОЯ ния по я В Пх ПОЯ ПО КОНЯ НО Я НОЯ
ГО 1777Г7їЇ1771117ї1 А мі г ЇЇ 1 ЇЇ її хх мі г ЇЇ 1 1 її 1711 мі г ЇЇ 1 1 її 71 11 мі г Її 1 ЇЇ її А
ГАЇ ГГ Її Її її її хх
ГАЇ ГГ ЇЇ Її її 17111
ГАЇ ГГ Її 01 її 717 11
ГАЇ ГГ Її її | Її А
Варіанти ния кт по По ПНО КОНЯ КОНЯ НОНОК "Я НОЯ ния кт по По пох НОЯ КОНЯ КОНЯ НО НОЯ НОЯ ния кт по Пя ПО КОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ
Гм г 1 1 11 1 1АЇ пи п и Я ПО ПО КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОНОК "Я НОЯ пи п и Я ПО ПО КОНЯ КОНЯ КОНЯ НО НОЯ НОЯ пи п и Я ПО КОХ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ
ГГ г 1 1 1 1 1АЇ пи ге п В пох НОЯ КОНЯ КОНЯ НОНОК "Я НОЯ пи ге п В пох НОЯ ПО КОНЯ НО НОЯ НОЯ пи ге п В ПО НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ
Го г ЇЇ 1 1 1 А
Позиця ьг: | 1 12 | з | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 5ЗЕО Мо 77777777 | НІ4ЕГ171ГАЇЕЇ |НА
Таблиця 6
Варіанти і мотив пептидів відповідно до ЗЕО ІЮ МО: 4,9 і 18 7. Позиця | 1 | 2 | з | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 пи п п По НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КООК "НИ НОЯ пи п п п ППО КОНЯ КОНЯ КОН ННЯ НОЯ пи п п По ППО КОНЯ КОНЯ КОН НЯ НОЯ мі ЇЇ Її 1 її 1 хг мі ЇЇ г 1 її 1 111 мі ЇЇ г 1 її 1 11-17 мі 1 Її 1 її 1 1 11
ГАЇ ЇЇ її її її хх
ГАЇ ЇЇ її її її 11171
ГАЇ ЇЇ її її її 1-1
ГАЇ ЇЇ її її її 1 11
Варіанти пи т п По ПО ПО КОНЯ КОНЯ КО "НИ НОЯ пи т п п ПО ПО КОНЯ КОНЯ КОН ННЯ НОЯ пи т п По ПО ПОН КОНЯ КОНЯ КОНЮ НОЯ пи т п По ПО ПОН КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ пи п а По По НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КООК "ОНИ НОЯ пи п а По По НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КОН ННЯ НОЯ пи п а По ПО НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КОКОН НОЯ пи п а о ПО НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ пи ге я В ВЯП КОНЯ КОНЯ КО "ОНИ НОЯ пи ге я В ВЯП КОНЯ КОНЯ КОН ННЯ НОЯ пи ге я В ПОЯ ПОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЮ НОЯ пи ге Я ПВХ НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ
Позиця гг | 1 12 | 3 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 0
ЕІ Могї8 7 | ЇЇ оо 0/1 а пи п п По НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ ОК УЗИ пи п п По ППО КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ пи п п п ППО КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ мі 1 Її 1 її 1 1 11 мі 1 Її 1 її 1 1 1 мі 1 г 1 її 1 1 11 (мі ЇЇ г 1 її її 1 А
ГАЇ ЇЇ її її її 1 1
ГАЇ ЇЇ Її Її її 1 17
ГАЇ ЇЇ її її її 1 11
ГАЇ ЇЇ ГГ її її
Варіанти пи т п п ПО ПО КОНЯ КОНЯ КОНЯ ОК УЗИ пи т п По ППО КОНЯ КОНЯ КОНЯ НО ОН пи т п По ПО ПОН КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ пи т п По ПО ПО КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ пи п а По По НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ ОК УЗИ пи п а По ПО НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ НО ОН пи п а По ПО НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ пи п а о По НОЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ НО ЧЯ пи ге я В ВЯП КОНЯ КОНЯ КОНЯ ОК УЗИ пи ге я В ПОЯ ПОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ пи ге я В ПОЯ ПОНЯ КОНЯ КОНЯ КОНЯ НОЯ і сої 1 1 1 1 1 1 А
Більш довгі (подовжені) пептиди також можуть бути придатними. Можливо, щоб епітопи комплексу МН І класу, хоча вони мають зазвичай довжину 8-11 амінокислот, утворювались шляхом процесингу з більш довгих пептидів чи білків, які включають фактичний епітоп. Бажано,
щоби бокові залишки фактичного епітопу не завдавали значного впливу на протеолітичне розщеплення, необхідне для презентації фактичного епітопу під час процесингу.
Пептиди за цим винаходом можуть бути подовжені аж до чотирьох амінокислот, тобто 1, 2, З або 4 амінокислоти можуть біти додані до будь-якого кінця у будь-якій комбінації між 4:0 і 04.
Комбінації подовжень за цим винаходом можуть бути проілюстровані у Таблиці 7.
Таблиця 7
Комбінації подовжень у пептидах за цим винаходом 4 01111111 |б,абої,абог,абоЗабої4..://:/ З 4 61111111 |б,абої,абог,абоЗабо4..://:/
Амінокислотами для подовжень/елонгацій можуть бути пептиди вихідної послідовності білка або будь-яка інша амінокислота. Подовження може використовуватися для підвищення стабільності або розчинності пептидів.
Отже, епітопи відповідно цього винаходу можуть бути ідентичними природним пухлино- асоційованим та пухлино-специфічним епітопам або можуть включати епітопи, які відрізняються не більше ніж на чотири залишки від контрольного пептиду, за умови, що вони мають по суті ідентичну антигенну активність.
У альтернативному втіленні пептид є подовженим з будь-якого або з обох боків на більш ніж 4 амінокислоти, переважно до загальної довжини аж до 30 амінокислот. Це може привести до утворення пептидів, що зв'язуються з молекулами МНС ІІ класу. Зв'язування з молекулами МНС
ІЇ класу може бути перевірено методами, відомими в цій галузі.
Відповідно, за цим винаходом також пропонуються пептидні епітопи і епітопи пептидних варіантів, що зв'язуються з молекулами МНС І класу, де згаданий пептид або його варіант має загальну довжину від 8 до 100, переважно від 8 до 30, та найбільш переважно від 8 до 14, а саме 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 амінокислот, а у випадку подовжених пептидів, що зв'язуються з молекулами НГА ЇЇ класу, вони можуть також досягати довжини 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 або 22 амінокислоти.
Зрозуміло, що пептид або його варіант за цим винаходом здатний зв'язуватися з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І або ІІ класу. Зв'язування пептиду або його варіанту з комплексом МНС може бути досліджено методами, відомими в цій галузі.
Переважно, коли Т-клітини, специфічні по відношенню до пептиду за цим винаходом, досліджують у порівнянні із заміщеними пептидами, причому концентрація пептиду, за якої
Зо заміщені пептиди досягають половини максимального росту лізису відносно фонових значень, є не більше ніж 1 мМ, переважно не більше ніж 1 мкМ, ще більш переважно не більше ніж приблизно 1 нМ, і ще більш переважно не більше ніж приблизно 100 пМ, і найбільш переважно не більше ніж приблизно 10 пМ. Переважно також, щоб заміщений пептид розпізнавався Т- клітинами, отриманими від більш ніж однієї особи, принаймні двох, і більш переважно трьох осіб.
У особливо переважному втіленні цього винаходу пептид складається або по суті складається з амінокислотної послідовності від зхЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО І МО: 93. "По суті складається 3" означає, що пептид за винаходом, на додаток до послідовності відповідно до будь якої послідовності від 5ЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 93 чи його варіант, містить додаткові М- та/або С-термінальні фрагменти послідовності амінокислот, які не обов'язково формують частину пептиду, що функціонує як епітоп для молекул МНС.
Проте ці фрагменти можуть бути важливими для забезпечення ефективного введення пептиду відповідно до цього винаходу в клітини. В одному з втілень цього винаходу пептид є частиною гібридного білка, який містить, наприклад, 80 М-термінальних амінокислот НІ А-ОВ-
антиген-асоційованого інваріантного ланцюга (р33, надалі "Ії"), одержаного з МСВІ, інвентарний номер в генному банку (СепВапк) Х00497. У інших злиттях пептиди за цим винаходом можуть бути злиті з антитілом, як описано в цьому документі, або з його функціональною частиною, зокрема з послідовністю антитіла, щоби бути специфічно націленими згаданими антитілами, або, наприклад, злиті з антитілом або з послідовністю антитіла, що є специфічним до дендритних клітин, як описано в цьому документі.
Крім того, пептид чи його варіант може бути додатково модифікований для поліпшення його стабільності і (або) зв'язку з молекулами МНС, щоб викликати сильнішу імунну відповідь.
Методи такої оптимізації пептидної послідовності добре відомі в цій галузі та включають, наприклад, введення реверсованих пептидних зв'язків чи непептидних зв'язків.
В реверсованому пептидному зв'язку амінокислотні залишки не з'єднуються пептидними зв'язками (-СО-МН-), а пептидний зв'язок реверсується. Такі ретро-інверсивні пептидні міметики можуть бути отримані методами, відомими в даній галузі, наприклад, описаними в роботі
Мелієге і співавт. (1997) (Ме?лієге сеї а!ї., 1997), яка включена в цей документ шляхом посилання.
Такий підхід включає формування псевдо-пептидів, які містять зміни із залученням остова, а не орієнтації бокових ланцюгів. Мелієге і співавт. (Ме?ієге еї аї!., 1997) показують, що для відповіді
МН і Т-клітин-хелперів зазначені псевдо-пептиди є прийнятними. Ретро-інверсивні пептиди, які містять зв'язки МН-СО замість пептидних зв'язків СО-МН, набагато більш стійкі до протеолізу.
Непептидний зв'язок - це, наприклад, -СН2-МН, -СНе5-, -СНаСНе-, -«СН-СН-, -СОСН»-, -
СнН(ОН)СН»- та -СН2о50О-. У патенті США 4 897 445 пропонується метод твердофазного синтезу непептидних зв'язків (-СН2-МН) в поліпептидних ланцюгах, що включає поліпептиди, синтезовані за допомогою стандартних методик, та непептидний зв'язок, синтезований шляхом реакції аміноальдегіду та амінокислоти в присутності МасСМВН»з.
Пептиди, що включають послідовності, описані вище, можуть бути синтезовані з додатковими хімічними групами, присутніми на їхніх аміно- і (або) карбоксильних кінцях, для посилення стабільності, біологічної доступності і (або) афінності пептидів. Наприклад, гідрофобні групи, такі як карбобензоксильні, данзильні чи трет-бутилоксикарбонільні, можуть додаватися до аміно-кінців пептидів. Подібним чином, на аміно-кінцях пептидів може розміщуватись ацетильна група чи 9-флуоренілметоксикарбонільна група. До карбоксильних
Зо кінців пептидів може бути додана також гідрофобна група, трет-бутилоксикарбонільна чи амідо- група.
Крім того, пептиди за винаходом можуть бути синтезовані для зміни їхньої просторової конфігурації. Наприклад, може використовуватися О-ізомер одного чи кількох амінокислотних залишків пептиду, а не звичайний І-ізомер. До того ж, принаймні один з амінокислотних залишків пептидів за винаходом може замінюватись одним з добре відомих амінокислотних залишків неприродного походження. Такі заміни можуть служити для підвищення стабільності, біологічної доступності і (або) здатності до зв'язування пептидів за винаходом.
Подібним чином, пептид чи його варіант за винаходом може модифікуватися хімічно, шляхом реакції окремих амінокислот до чи після синтезу пептиду. Приклади таких модифікацій добре відомі в цій галузі та узагальнені, зокрема, в роботі ЕК. І ипабіад, Спетіса! Кеадепів ог
Ргоївіп Моаіїісайноп, За еа. САС Ргезв, 2004 (І ипаріад, 2004), яка включена в цей документ шляхом посилання. Хімічна модифікація амінокислот включає, але не обмежується ними, модифікацію шляхом ацилювання, амідинування, піридоксилювання лізину, відновлювального алкілування, тринітробензилювання аміногруп 2,4,6-тринітробензолсульфоновою кислотою (ТМВ5), амідну модифікацію карбоксильних груп та сульфгідрильну модифікацію шляхом окиснення пермурашиною кислотою цистеїну в цистеїнову кислоту, формування похідних ртуті, утворення змішаних дисульфідів з іншими тіольними сполуками, реакцію з імідом малеїнової кислоти, карбоксиметилювання йодоцтовою кислотою чи йодацетамідом та карбамоїлування ціанатом при лужному рнН, хоча способи модифікації не обмежуються наведеними тут. В цьому відношенні досвідчений фахівець може звернутися до Глави 15 публікації Сигепі Ргоїосої5 Іп
Ргоївіп бсіепсе, Ед5. Соїїдап еї аї. (ойп Уміеу апа 5оп5 МУ 1995-2000) (Соїїдап еї а!., 1995), де докладно описано методику відносно хімічної модифікації білків.
Стисло, модифікація, наприклад, аргінільних залишків часто базується на реакції віцинальних дикарбонільних сполук, таких як фенілгліоксаль, 2,3-бутандіон і 1,2- циклогександіон, з утворенням адукту. Іншим прикладом є реакція метилгліоксалю з аргініновими залишками. Цистеїн може бути модифікований без супутньої модифікації інших нуклеофільних сайтів, таких як лізин та гістидин. В результаті велика кількість реагентів є доступною для модифікації цистеїну. Веб-сайти таких компаній, як Зідта-Аїагісн (перулумли.відта-аїІагісп.сот), надають інформацію щодо конкретних реагентів.
Селективне відновлення дисульфідних зв'язків також є поширеним. Дисульфідні зв'язки можуть утворюватися і окислюватися під час теплової обробки біофармацевтичних препаратів.
К-реагент Вудворда може використовуватися для модифікації деяких залишків глутамінової кислоти. М-(З-диметиламінопропіл)-М'-етилкарбодіїмід може використовуватися для утворення внутрішньомолекулярних зшивок між залишками лізину і глутамінової кислоти. Наприклад, диетилпірокарбонат є реагентом для модифікації гістидильних залишків у білках. Для модифікації гістидину може також використовуватися 4-гідрокси-2ноненаль. Реакція залишків лізину та інших альфа-аміногруп є, наприклад, прийнятною для зв'язування пептидів до поверхонь або поперечного зшивання білків/пептидів. Лізин є сайтом для прикріплення поліетиленгліколю і головним сайтом модифікації при глікозилюванні білків. Метіонінові залишки у білках можна модифікувати, наприклад, йодацетамідом, брометиламіном і хлораміном Т.
Тетранітрометан і М-ацетилімідазол можуть використовуватися для модифікації тирозильних залишків. Поперечне зшивання шляхом утворення дитирозину може здійснюватися пероксидом водню/іонами міді.
У недавніх дослідженнях модифікації триптофану використовувалися М-бромсукцинімід, 2- гідрокси-о-нітробензилбромід або 3-бром-3-метил-2-(2-нітрофенілмеркапто)-ЗН-індол.: (ВМРЗ- скатол).
Успішна модифікація ПЕГ (поліетиленгліколем) терапевтичних білків та пептидів, що часто асоціюється з подовженням напівперіоду циркуляції при перехресному зшиванні білків із глутаральдегідом, поліетиленглікольдіакрилатом та формальдегідом, використовується для приготування гідрогелів. Хімічна модифікація алергенів для використання в імунотерапії часто досягається шляхом карбамоїлування ціанатом калію.
Пептид чи його варіант, де пептид є модифікованим або включає непептидні зв'язки, є переважним втіленням цього винаходу. Загалом, пептиди і їх варіанти (принаймні такі, що містять пептидні зв'язки між амінокислотними залишками) можуть бути синтезовані Етос- поліамідним методом твердофазного синтезу пептидів, як це розкрито у роботі І иКах і співавт. (І иКаз еї аї., 1981) і в посиланнях, що є в ній. Тимчасовий захист М-аміногрупи забезпечується 9-флуоренілметилоксикарбонільною (Етос) групою. Повторювальне розщеплення цієї дуже
Зо нестійкої до дії луг захисної групи виконується за допомогою 20 90 піперидину у М, М- диметилформаміді. Можна захистити функціональні групи бокових ланцюгів, такі як бутилові етери (у випадку серину, треоніну та тирозину), бутилові естери (у випадку глутамінової кислоти і аспарагінової кислоти), бутилоксикарбонільне похідне (у випадку лізину і гістидину), тритильне похідне (у випадку цистеїну) і 4-метокси-2,3,6-триметилбензосульфонільне похідне (у випадку аргініну). У сполуках, в яких С-термінальними залишками є глутамін або аспарагін, для захисту амідогруп бокових ланцюгів використовують 4,4"-диметоксибензгідрильну групу. Основою твердофазного носія є полідиметилакриламідний полімер, що складається з трьох мономерів: диметилакриламіду (каркасний мономер), біс-акрилоїлетилендіаміну (компонент для перехресного зшивання) і акрилоїлсаркозинметилового естеру (функціоналізуючий агент). Як агент, що утворює зв'язок пептиду і смоли, який піддається розщепленню, використовується нестійке до дії кислот похідне 4-гідроксиметилфеноксиоцтової кислоти. Всі амінокислотні похідні додають у вигляді заздалегідь синтезованих симетричних ангідридних похідних за винятком аспарагіну і глутаміну, які додають з використанням зворотної М, М-дициклогексилкарбодіїмід/1- гідроксибезотриазол-опосередкованої реакції сполучення. Усі реакції сполучення і зняття захисту відслідковували за допомогою методів контролю з використанням нінгідрину, тринітробензолсульфонової кислоти і ізотину. Після завершення синтезу пептиди віддеплюють від смоли-носія з супутнім видаленням захисних груп бокових ланцюгів шляхом обробки 95 95 трифтороцтовою кислотою, що містить 5095 суміші поглиначів. Зазвичай використовувані поглиначі включають етандитіол, фенол, анізол і воду, конкретний вибір залежить від амінокислотних складових пептиду, що синтезується. Для синтезу пептидів можливе також використання комбінації твердофазних і рідкофазних методик (див., наприклад, (ВгисКаопег єї а!., 2004) і посилання, наведені в цій роботі).
Трифтороцтову кислоту видаляють випаровуванням у вакуумі з подальшим подрібнюванням із діетиловим етером, що забезпечує отримання сирого пептиду. Будь-які поглиначі, які присутні в матеріалі, видаляються простою процедурою екстракції, яка після ліофілізації водної фази дозволяє отримати сирий пептид, вільний від поглиначів. Реагенти для синтезу пептидів, як правило, можна придбати, наприклад, у компанії СаІріоспет-Момабріоспет (Нотінггем, Велика
Британія).
Очищення може виконуватися за допомогою одного будь-якого методу або їх комбінації, бо таких як перекристалізація, ексклюзійна хроматографія, іонообмінна хроматографія,
хроматографія гідрофобної взаємодії та (зазвичай) зворотно-фазна високоефективна рідинна хроматографія із градієнтним розділенням, наприклад, з використанням системи ацетонітрил/вода.
Аналіз пептидів може виконуватися за допомогою тонкошарової хроматографії, електрофорезу, зокрема, капілярного електрофорезу, твердофазної екстракції (ТФЕ), зворотно- фазної високоефективної рідинної хроматографії, амінокислотного аналізу після кислотного гідролізу та мас-спектрометрії із бомбардуванням прискореними атомами (ЕАВ), а також мас- спектрометричного аналізу МАО та Е5БІ-О-ТОБЕ.
Щоб вибрати надмірно презентовані пептиди, розраховується профіль презентації, який дозволяє оцінити медіану презентації у зразку, а також варіацію повторних вимірювань.
Профіль зіставляє зразки пухлини, що вивчається, з фоновим рівнем зразків нормальних тканин. Кожний із цих профілів можна потім консолідувати у показник надмірної презентації, підрахувавши р-значення за допомогою лінійної моделі змішаних ефектів (Ріпнеїго еїаї.,2015), з поправкою на багаторазове тестування за методом аналізу долі хибно-позитивних ідентифікацій (Вепіатіпі апа Носпбего, 1995) (порівняйте з Прикладом 1).
З метою ідентифікації і відносного кількісного визначення НІ А-лігандів методом мас- спектрометрії молекули НІГ А зразків тканин після шокової заморозки були очищені, і були виділені пептиди, що зв'язуються з молекулами НІ А. Виділені пептиди були розділені, а їх послідовності були ідентифіковані методом рідинної хроматографії і мас-спектрометрії (РХ-МС) у режимі реального часу з іонізацією у наноелектроспреї. Отримані пептидні послідовності були перевірені порівнянням шаблону фрагментації природних пухлино-асоційованих пептидів (ТОМАР), записаного для зразків раку стравоходу (М-16 А"02-позитивних зразків), із шаблонами фрагментації відповідних синтетичних контрольних пептидів із ідентичними послідовностями.
Оскільки було безпосередньо виявлено, що пептиди є лігандами молекул НІ А на клітинах первинних пухлин, ці результати надали прямі докази природного процесингу і презентації ідентифікованих пептидів на тканинах первинних ракових пухлин, отриманих від 16 пацієнтів, хворих на рак стравоходу.
Патентовані інформаційні канали з наукової розробки ХРЕЕБЗІОЕМТЄФ м2.1 (див., наприклад, заявку США 2013-0096016, яка таким чином включена в цей документ шляхом посилання в усій повноті) дозволяють ідентифікувати і виділяти відповідні кандидати у вакцини на базі надмірно презентованих пептидів, застосовуючи метод прямого відносного кількісного визначення рівнів
НІГ А-рестриктованих пептидів на ракових тканинах у порівнянні з декількома різними нераковими тканинами і органами. Цього вдалося досягти за рахунок розробки методу диференційного кількісного визначення на основі даних РХ-МС без використання ізотопної мітки, що були оброблені патентованими інформаційними каналами аналізу даних, в яких об'єднані алгоритми для ідентифікації послідовностей, спектральної кластеризації, підрахунку іонів, вирівнювання часу утримання, деконволюції за зарядовими станами і нормалізації.
Були встановлені рівні презентації, включаючи оцінку похибок для кожного пептиду і зразка.
Були ідентифіковані пептиди, що презентуються виключно на пухлинних тканинах, і пептиди, надмірно презентовані на пухлинних тканинах у порівнянні з нераковими тканинами і органами.
Комплекси НІ А-пептид, отримані із зразків тканин раку стравоходу, були очищені, і пептиди, зв'язані з молекулами НІ А, були виділені і проаналізовані методом РХ-МС (див. приклади). Усі досліджувані ТОМАР були за допомогою цього підходу ідентифіковані на зразках пухлин первинного раку стравоходу, що підтвердило факт їх презентації на клітинах первинного раку стравоходу.
Ідентифіковані на тканинах багатьох пухлин раку стравоходу і на нормальних тканинах
ТОМАР були кількісно визначені методом РХ-МС без застосування ізотопних міток з реєстрацією спектрів у режимі підрахунку іонів. Цей метод базується на припущенні, що площі піків РХ-МС пептиду корелюють з його кількістю у зразку. Усі сигнали, які залежать від кількості пептиду, у різних експериментах за методом РХ-МС, були нормалізовані на основі середніх значень, усереднені по зразках і злиті у гістограму, що має назву профілю презентації. Профіль презентації об'єднує дані різних методів аналізу, таких як пошук по базах даних для білків, спектральної кластеризації, деконволюції за зарядовими станами (розрядження) і вирівнювання часу утримання і нормалізації.
На додаток до надмірної презентації пептиду, була досліджена експресія ІРНК вихідного гена. Дані для ІРНК були отримані за методикою секвенування РНК (КМАЗед) із нормальних тканин і ракових тканин (див. Приклад 2). Додатковим джерелом даних для нормальних тканин служила база даних експресії РНК, що є у вільному доступу, яка охоплює близько 3000 зразків нормальних тканин (І опзааї!є, 2013). Пептиди, отримані з білків, які кодуються ІРНК, що виявляє високі рівні експресії у раковій тканині, але дуже низькі або нульові рівні експресії у життєздатних нормальних тканинах, були включені як переважні у предмет цього винаходу.
Крім того, патентовані інформаційні канали з наукової розробки ХРЕЕБІОЕМТФ м2. дозволяють провести пряме визначення абсолютних значень рівнів МНО-, переважно НІА- рестриктованих пептидів на ракових та інших інфікованих тканинах. Стисло, загальне число клітин було розраховано з сумарного вмісту ДНК у зразку тканини, яку аналізують. Загальну кількість пептиду для ТОМАР у зразку тканини вимірювали методом наноРх-МС/МС як співвідношення природного ТОМАР і відомої кількості версії ТОМАР із міченням ізотопом, так званим внутрішнім стандартом. Ефективність виділення ТОМАР була визначена методом введення стандартних добавок комплексів пептид-МНО всіх вибраних ТОМАР до тканинного лізату у найранішій можливій точці процедури виділення ТОМАР і визначенням методом наноРхХ-МС/МС, після чого відбувалося закінчення процедури виділення пептидів. Загальне число клітин їі загальна кількість пептиду були розраховані з результатів трьеох паралельних вимірювань на кожний зразок тканини. Ефективності виділення конкретних пептидів розраховували як середнє 10 дослідів введення стандартних добавок, кожну у трьох паралельних вимірюваннях (див. Приклад 6 і Таблицю 12).
Предметом цього винаходу є пептиди для лікування раку та інших пухлин, переважно раку стравоходу, які надмірно чи виключно презентують пептиди за цим винаходом. Ці пептиди, за даними мас-спектрометрії, презентуються природно молекулами НІ А на зразках тканин первинного раку стравоходу людини.
Багато вихідних генів/білків (які також визначаються як "повнорозмірний білок" або "базовий білок"), із яких отримані пептиди, як було показано, відзначаються високою надекспресією у клітинах раку у порівнянні з нормальними тканинами - "нормальні тканини" у контексті даного винаходу означає або клітини здорового стравоходу, або клітини інших здорових тканин, що свідчить про високий ступінь зв'язку пухлин із вихідними генами (див. Приклад 2). Більш того, самі пепгиди дуже надмірно презентуються на тканинах пухлини - "пухлинні тканини" у контексті даного винаходу означає зразок від пацієнта, що страждає на рак стравоходу, але не на нормальних тканинах (див. Приклад 1).
Зв'язані з НГА пептиди можуть розпізнаватися імунною системою, а саме Т-лімфоцитами. Т-
Зо клітини можуть руйнувати клітини, що презентують розпізнаний комплекс Ні А/пептид, наприклад, клітини раку стравоходу, що презентують отримані пептиди.
Було показано, що пептиди за цим винаходом здатні стимулювати відповідь Т-клітин і (або) надмірно презентуються, і, таким чином, можуть використовуватися для отримання антитіл і (або) ТКР, таких як розчинні ТКР, за цим винаходом (див. Приклад 3, Приклад 4). Більш того, пептиди, якщо вони утворюють комплекси з відповідними молекулами МНС, також можуть використовуватися для продукції антитіл і (або) ТКР, особливо рТІКР за цим винаходом.
Відповідні способи добре відомі фахівцю у цій галузі, і їх описи можна знайти також у відповідній літературі. Отже, пептиди за цим винаходом можуть використовуватись для генерації імунної відповіді організму пацієнта, завдяки чому клітини пухлини можуть бути зруйновані. Імунна відповідь організму пацієнта може індукуватися прямим введенням пацієнту описаних пептидів або відповідних прекурсорних речовин (наприклад, подовжених пептидів, білків або нуклеїнових кислот, які кодують ці пептиди), ідеально в комбінації з агентом, що підвищує імунну реакцію (тобто ад'ювантом). Можна очікувати, що імунна відповідь, що виникає в результаті такої терапевтичної вакцинації, є високо специфічною по відношенню до клітин пухлини, оскільки цільові пептиди за цим винаходом не є присутніми на нормальних тканинах у достатній кількості копій, що попереджає ризик небажаних аутоїмунних реакцій проти нормальних клітин в організмі пацієнта.
Цей винахід також стосується Т-клітинних рецепторів (ТКР), що містять альфа- ланцюг і бета-ланцюг ("альфа/бета ТКР"М. Предметом цього винаходу також є пептиди НАМСК1-001, здатні зв'язуватися з ТКР і антитілами, якщо вони презентуються молекулою МНС. Цей опис стосується також нуклеїнових кислот, векторів і клітин-хазяїв для експресії ТКР і пептидів за цим описом і способів їх використання.
Термін "Т-клітинний рецептор" (скорочено ТКР) означає гетеродимерну молекулу, що містить альфа-поліпептидний ланцюг (альфа-ланцюг) і бета-поліпептидний ланцюг (бета- ланцюг), де гетеродимерний рецептор здатний зв'язуватися з пептидним антигеном, що презентується молекулою НГ А. Цей термін також охоплює так звані гамма/дельта ТКР.
В одному з втілень пропонується спосіб отримання ТКР, як описано у цьому документі, де згаданий спосіб включає культивування клітини-хазяїна, здатної експресувати ТКР за умов, прийнятних для сприяння експресії цих ТКР.
Цей винахід в іншому аспекті стосується способів за цим описом, де антиген навантажують на молекули МНС | або І класу, що експресуються на поверхні відповідної антиген- презентуючої клітини або штучної антиген-презентуючої клітини шляхом контакту достатньої кількості антигену з антиген-презентуючою клітиною або антиген навантажують на тетрамери
МНЄе І або ІІ класу шляхом тетрамеризації мономерних комплексів антиген/мне І або ІІ класу.
Альфа- і бета-ланцюги альфа/бета ТКР і гамма- і дельта-ланцюги гамма/дельта ТКР взагалі вважаються як такі, кожний із яких має два "домени", а саме варіабельні і константні домени.
Варіабельний домен складається з послідовно розташованих варіабельного сегменту (М) і з'єднувального сегменту ()). Варіабельний домен може також включати лідерний сегмент (ГІ).
Бета- і дельта-ланцюги можуть також включати Ю-сегмент. Альфа- і бета- константні домени можуть також містити С-кінцеві трансмембранні (ТМ) домени, які заякорюють альфа- і бета- ланцюги на клітинній мембрані.
Що стосується гамма/дельта ТКР, термін "гамма-варіабельний домен ТКР" у тому вигляді, в якому він використовується тут, означає зчеплення сегменту гамма М ТКР (ТКОМ) без лідерного сегменту (І) і сегменту ТКР гамма У (ТК), а термін "константний домен ТКР гамма" означає позаклітинний сегмент ТКОС або С-кінцеву усічену послідовність ТКОС. Подібним чином, термін "дельта-варіабельний домен ТКР" означає зчеплення сегменту ТКР дельта М (ТКОМ) без лідерного сегменту (І) і сегменту ТКР дельта 0/) (ТКОБ/ТКОУ)), а термін "константний домен
ТКР дельта" означає позаклітинний сегмент ТКОС або С-кінцеву усічену послідовність ТКОС.
ТКР за цим описом переважно з'єднуються з комплексом пептид НАМСК1-001-молекула
НІА зі спорідненістю (КО) приблизно 100 мкМ або менше, приблизно 50 мкМ або менше, приблизно 25 мкМ або менше, або приблизно 10 мкМ або менше. Більш переважними є високоафінні ТКР, які мають спорідненості приблизно 1 мкМ або менше, приблизно 100 нМ або менше, приблизно 50 нМ або менше, приблизно 25 нМ або менше. Приклади, що не мають обмежувального характеру, переважних діапазонів спорідненості для ТКР за цим винаходом включають від приблизно 1 нМ до приблизно 10 нМ, від приблизно 10 нМ до приблизно 20 нМ, від приблизно 20 нМ до приблизно 30 нМ, від приблизно 30 нМ до приблизно 40 нМ, від приблизно 40 нМ до приблизно 50 нМ, від приблизно 50 нМ до приблизно 60 нМ, від приблизно 60 нМ до приблизно 70 нМ, від приблизно 70 нМ до приблизно 80 нМ, від приблизно 80 нМ до
Ко) приблизно 90 нМ, від приблизно 90 нМ до приблизно 100 нМ.
В тому виді, в якому він використовується тут, у зв'язку з ТКР за цим винаходом, "специфічне зв'язування" та його граматичні варіанти використовуються для позначення ТКР, що має спорідненість (КО) для комплексу пептид НАМСК1-001-молекула НІГ А 100 мкМ або менше.
Альфа/бета гетеродимерні ТКР за цим винаходом можуть мати введені дисульфідні зв'язки між їх константними доменами. Переважними ТКР цього типу включають такі, що мають послідовність константних доменів ТКЕАС і послідовність константних доменів ТЕВСІ або
ТКВС2, за винятком того, що Тпг 48 послідовності ТКАС і бег 57 послідовності ТКВСІ або
ТКВС2 заміщені залишками цистеїну, причому згадані цистеїни утворюють дисульфідний зв'язок між послідовністю константних доменів ТКАС і послідовністю константних доменів
ТАВСІ1 або ТКВС2 Т-клітинного рецептору.
З введеним згаданим вище міжланцюговим зв'язком або без нього, альфа/бета гетеродимерні ТКР за цим винаходом можуть мати послідовність константних доменів ТКАС і послідовність константних доменів ТЕВСІ або ТЕВС2, а послідовність константних доменів
ТЕАС і послідовність константних доменів ТКВСІ або ТЕВС2 Т-клітинного рецептору можуть бути з'єднані природним дисульфідним зв'язком між Субз4 екзону 2 у ТКАС ії Суз2 екзону 2 у
ТЕВС1 або ТКВС2.
ТКР за цим описом можуть включати детектовану мітку, вибрану з групи, що складається з радіонукліду, флуорофору і біотину. ТКР за цим описом можуть бути кон'юговані з терапевтично активною речовиною, такою як радіонуклід, хіміотерапевтичний препарат або токсин.
У одному втіленні ТКР за цим винаходом, що має принаймні одну мутацію в альфа-ланцюгу і (або) має принаймні одну мутацію у бета-ланцюгу, має модифіковане глікозилювання у порівнянні з немутованим ТКР.
У одному втіленні ТКР, що містить принаймні одну мутацію в альфа-ланцюгу і (або) у бета- ланцюгу ТКР має спорідненість до і (або) напівперіод зв'язування з комплексом пептид
НАМСН1-001-молекула НІ А, які принаймні вдвічі вище таких для ТКР, що містить немутований альфа-ланцюг ТКР і (або) немутований бета-ланцюг ТКР. Підсилення афінності пухлино- специфічних ТКР та її застосування грунтується на існуванні "вікна" для оптимальної афінності
ТКР. Існування такого вікна базується на спостереженнях, що ТКР, специфічні до патогенів, бо рестриктованих за молекулами НІ А-А2, мають значення КО, які, як правило, приблизно у 10 разів нижчі, якщо їх порівняти з ТКР, специфічних до "своїх" власних антигенів (аутоантигенів), рестриктованих за молекулами НІ А-А2. Зараз відомо, що хоча пухлинні антигени мають потенціал ставати імуногенними, оскільки пухлини виникають із власних клітин індивідуума, тільки мутовані білки або білки зі зміненою трансляційною модифікацією будуть сприйматися імунною системою як чужорідні. Антигени, які мають підвищену активність або надмірно експресуються (так звані аутоантигени), зовсім необов'язково викликають функціональну імунну відповідь на пухлину. Т-клітини, що експресують ТКР, які є високореактивними по відношенню до цих антигенів, будуть піддаватися негативному відбору у тимусі у процесі, відомому як центральна толерантність, що означає, що залишаться лише Т-клітини з низькоафінними ТКР до аутоантигенів. Таким чином, афінність ТКР або їх варіантів за цим описом до НАМСК1-001 можна підвищити методами, добре відомими фахівцям у цій галузі.
Цей винахід також стосується способу ідентифікації і виділення ТКР відповідно до цього опису, причому згаданий спосіб включає інкубування МКПК, отриманих у НІ А-А"02-негативних здорових донорів, із А2/НАМСК1-001 мономерами, інкубування МКПК з тетрамер- фікоеритрином (ФЕ) і виділення високоавідних Т-клітин методом флуоресцентного сортування клітин на аналізаторі ЕАС5 Саїїриг.
Цей винахід також стосується способу ідентифікації і виділення ТКР відповідно до цього опису, де згаданий спосіб включає отримання трансгенної миші з цілими локусами генів людини
ТКРОбВ (1,1 ї 0,7 п. н.), Т-клітини якої експресують широкий спектр ТКР людини, які компенсують дефіцит ТКР у миші, імунізацію миші НАМСК1-001, інкубування МКПК, отриманих від трансгенної миші, з тетрамер-фікоеритрином (ФЕ) і виділення високоавідних Т-клітин методом флуоресцентного сортування клітин на аналізаторі ЕАС5 Саїїриг.
Згідно з одним аспектом винаходу, для отримання Т-клітин, що експресують ТКР за цим винаходом, нуклеїнові кислоти, які кодують ТКР-альфа і (або) ТКР-бета ланцюги за цим винаходом, клонують у вектори експресії, такі як гамма-ретровірус або лентівірус. Рекомбінантні віруси отримують, а потім перевіряють на функціональність, таку як специфічність до антигену і функціональну авідність. Аліквоту кінцевого продукту після цього використовують для трансдукції цільової популяції Т-клітин (як правило очищених від МКПК пацієнта), яку культивують перед введенням пацієнту.
Зо У іншому аспекті, з метою отримання Т-клітин, які експресують ТКР за цим описом, синтезують РНК ТКР за методиками, відомими фахівцям у цій галузі, наприклад, використанням систем транскрипції іп міго. Синтезовані іп міго РНК ТКР потім вводять у первинні СОвж Т- клітини, отримані від здорових донорів електропорацією для повторної експресії альфа- і (або) бета-ланцюгів ТКР, специфічних для пухлини.
З метою підвищення рівня експресії нуклеїнові кислоти, що кодують ТКР за цим описом, можна функційно зв'язати із сильними промоторами, такими як довгі кінцеві повтори ретровірусу (ТК), цитомегаловірусу (СММ), вірусу стовбурових клітин мишей (М5СМ) З, фосфогліцераткіназа (РОК), бета-актин, убіквітин і композиційний промотор мавпячого вірусу 40 (5М40)/2043, фактор елонгації (ЕБ)-їа і промотор вірусу некрозу селезінки (ЗЕЕМ). У переважному втілення промотор є гетерологічним по відношенню до нуклеїнової кислоти, що експресується.
На додаток до сильних промоторів, касети експресії ТКР за цим описом можуть містити додаткові елементи, які можуть посилити трансгенну експресію, включаючи центральний поліпуриновий тракт (СРРТ), який сприяє ядерній транслокації лентівірусних конструкцій (БоПеплі і співавт., 2000), посттранскрипційний регуляторний елемент вірусу гепатиту Вучук американських байбаків (мРЕКЕ), який підвищує рівень трансгенної експресії шляхом підвищення стабільності РНК (2иПегеу і співавт., 1999).
Альфа- і бета-ланцюги ТКР за цим винаходом можуть кодуватися нуклеїновими кислотами, розташованими у різних векторах, або кодуватися полінуклеотидами, розташованими у одному і тому ж векторі.
Щоб досягти високого рівня поверхневої експресії ТКР, необхідно, щоб як альфа-, так і бета- ланцюги ТКР введеного ТКР транскрибувалися на високому рівні. Щоб досягти цього, альфа- і бета-ланцюги ТКР за цим описом можуть бути клоновані у біцистронні конструкції в одному векторі, які, як було показано, здатні подолати цю перешкоду. Використання ділянки внутрішньої посадки рибосоми вірусу (ІКЕ5) між альфа- і бета-ланцюгами ТКР приводить до координованої експресії обох ланцюгів, оскільки альфа- і бета-ланцюги ТКР утворюються з одного транскрипту, який розділяється на два білки в ході трансляції, забезпечуючи утворення рівних молярних співвідношень альфа- і бета-ланцюгів ТКР. (Зсптій і співавт. 2009).
Нуклеїнові кислоти, що кодують ТКР за цим описом, можуть бути кодон-оптимізовані для 60 підвищення рівня експресії клітиною-хазяїном. Надмірність генетичного коду дозволяє деяким кислотам кодуватися більш ніж одним кодоном, але певні кодони є менш "оптимальними" ніж інші внаслідок відносній наявності відповідних РНК, а також інших факторів (сЗивіаїв550оп і співавт., 2004). Як було показано, модифікація послідовностей генів альфа- і бета-ланцюгів ТКР таким чином, щоб кожна амінокислота кодувалася оптимальним кодоном для експресії генів у ссавців, а також видалення мотивів нестабільності ІРНК або прихованих сайтів сплайсингу, значно підвищує експресію генів альфа- і бета-ланцюгів ТКР (ЗспоцКеп і співавт., 2006).
Крім того, порушення парування між введеними і ендогенними ланцюгами ТКР може привести до набуття таких видів специфічності, які становлять значний ризик для аутоімунності.
Наприклад, утворення суміші димерів ТКР може знизити кількість молекул СОЗ, що доступні для утворення належнім чином спарених комплексів ТКР, і у такий спосіб може значно зменшити функціональну авідність клітин, які експресують введені ТКР (Киваї! і співавт., 2007).
Для зменшення порушень парування, С-кінцевий домен ланцюгів введеного ТКР за цим описом можна модифікувати, щоб підвищити взаємодію між ланцюгами, у той же час зменшити здатність введених ланцюгів утворювати пари з ендогенним ТКР. Ці підходи можуть включати заміну С-кінцевих доменів альфа- і бета-ланцюгів ТКР їх мишачими двійниками (наближений до мишачого С-кінцевий домен), утворюючи другий міжланцюговий дисульфідний зв'язок у С- кінцевому домені шляхом введення другого залишку цистеїну як у альфа-ланцюги ТКР, такі у бета-ланцюги ТКР введеного ТКР (цистеїнова модифікація); перестановка взаємодіючих залишків С-кінцевих доменів альфа- і бета-ланцюгів ТКР ("виступ-у-западину"); і злиття варіабельних доменів альфа- і бета-ланцюгів ТКР безпосередньо з СОЗС (злиття СЮОЗО). (Зсптій і співавт. 2009).
У одному втіленні клітина-хазяїн отримана методами генної інженерії з метою експресувати
ТКР за цим описом. У переважних втіленнях клітина-хазяїн є Т-клітиною людини або попередником Т-клітини людини. У деяких втіленнях Т-клітина або попередник Т-клітини отримані від хворого на рак пацієнта. У інших втіленнях Т-клітина або попередник Т-клітини отримані від здорового донора. Клітини-хазяї за цим описом можуть бути алогенними або аутологічними по відношенню до пацієнта, якого належить лікувати. У одному втіленні клітиною- хазяїном є гамма/дельта Т-клітина, трансформована для експресії альфа/бета ТКР. "Фармацевтична композиція" є переважно композицією, прийнятною для введення людині у
Зо медичній установі. Переважно, фармацевтична композиція є стерильною і виробляється відповідно до вимог належної виробничої практики (ЗМР).
Фармацевтичні композиції включають пептиди або у вільній формі, або у формі фармацевтично прийнятної солі (див. також вище). Термін "фармацевтично прийнятна сіль" в контексті цього винаходу означає похідну сполуку розкритих пептидів, в якій пептид модифікується шляхом створення кислої чи основної солі речовини. Наприклад, кислі солі готуються з вільної основи (як правило, де нейтральна форма лікарського засобу має нейтральну -МН2-групу), за участю реакції з прийнятною кислотою. Прийнятні кислоти для приготування кислих солей включають органічні кислоти, такі, наприклад, як оцтова кислота, пропіонова кислота, гліколева кислота, піровиноградна кислота, щавлева кислота, яблучна кислота, малонова кислота, бурштинова кислота, малеїнова кислота, фумарова кислота, винна кислота, лимонна кислота, бензойна кислота, корична кислота, мигдальна кислота, метансульфокислота, етансульфокислота, п-толуолсульфокислота, саліцилова кислота і т. ін., а також неорганічні кислоти, наприклад, соляна кислота, бромистоводнева кислота, сірчана кислота, азотна кислота, фосфорна кислота і т. ін. | навпаки, приготування основних солей кислотних компонентів, які можуть бути присутніми на пептиді, здійснюється з використанням фармацевтично прийнятної основи, такої як гідроксид натрію, гідроксид калію, гідроксид амонію, гідроксид кальцію, триметиламін і тому подібні.
В особливо переважному втіленні фармацевтичні композиції містять пептиди у вигляді солей оцтової кислоти (ацетати), трифторацетатів або солей соляної кислоти (хлориди).
Переважно, лікарський засіб за цим винаходом є імунотерапевтичним засобом, таким як вакцина. Вона може вводитися безпосередньо пацієнту, в уражений орган або системно в/ш, в/м, п/ш, в/ч і в/в, або вноситися ех мімо у клітини, отримані від пацієнта, чи у клітинну лінію людини, котрі згодом вводяться пацієнту, або використовуватись іп мйго для селекції субпопуляції з імунних клітин, які отримані від пацієнта і які потім знов вводяться йому. Якщо нуклеїнова кислота вводиться у клітини іп міго, тоді може бути корисним, щоби клітини були трансфекованими, щоби спільно експресувати імуностимулюючі цитокіни, наприклад, інтерлейкін-2. Пептид може бути, по суті, чистим, або поєднаним з імуностимулюючим ад'ювантом (див. нижче), чи використовуватись в комбінації з імуностимулюючими цитокінами, або вводитися з належною системою доставки, наприклад, ліпосомами. Пептиди також можуть бо бути кон'юговані з належним носієм, таким як гемоціанін фісурели (КІН) або маннан (див.
патентну заявку УМО 95/18145 та роботу (І опаєпескКег евї аї., 1993)). Пептид також може бути міченим або бути злитим білком чи гібридною молекулою. Очікується, що пептиди, послідовності яких наведені у цьому винаході, стимулюють СО4 або СО8 Т-клітини. Проте стимуляція СО8Т-клітин є більш ефективною за умови сприяння з боку СО4 Т-хелперних клітин.
Таким чином, для епітопів МНС І класу, які ссимулюють СО8 Т-клітини, партнер по злиттю або сегменти гібридної молекули принагідно постачають епітопи, які ссимулюють СО4-позитивні Т- клітини. СО4- ії СО8-стимулюючі епітопи добре відомі фахівцям в цій галузі і включають епітопи, ідентифіковані в цьому винаході.
Згідно з одним аспектом винаходу, вакцина містить принаймні один пептид, який має амінокислотну послідовність від 5ЕО ІЮ МО:1 до 5ЕО ІЮО МО:93, і принаймні один додатковий пептид, переважно, від двох до 50, більш переважно, від двох до 25, ще більш переважно, від двох до 20, і найбільш переважно, два, три, чотири, п'ять, шість, сім, вісім, дев'ять, десять, одинадцять, дванадцять, тринадцять, чотирнадцять, п'ятнадцять, шістнадцять, сімнадцять або вісімнадцять пептидів. Пептид(и) може (можуть) бути виділений (виділені) з одного або більшої кількості специфічних ТАА і може (можуть) зв'язатися з молекулами МНС І класу.
Згідно з ще одним аспектом винаходу пропонується нуклеїнова кислота (наприклад, полінуклеотид), що кодує пептид чи його варіант за винаходом. Полінуклеотид може бути, наприклад, ДНК, КДНК, ПНК, СНК, РНК чи їх комбінацією, як одноланцюговою, так і (або) дволанцюговою, або природними чи стабілізованими формами полінуклеотидів, такими як, наприклад, полінуклеотиди з фосфоротіоатним скелетом; він може містити або не містити інтрони, за умови, що він кодує пептид. Звичайно, що тільки пептиди, що містять природно існуючі амінокислотні залишки, з'єднані природно існуючими пептидними зв'язками, можуть бути кодовані полінуклеотидом. Згідно з ще одним аспектом цього винаходу, пропонується вектор експресії, здатний експресувати поліпептид відповідно до винаходу.
Було розроблено багато способів зв'язування полінуклеотидів, особливо ДНК, з векторами, наприклад, за допомогою комплементарних липких кінців. Наприклад, можуть бути додані комплементарні гомополімерні хвости до сегменту ДНК, щоб бути вставленими у вектор ДНК.
Цей вектор і сегмент ДНК потім з'єднують водневим зв'язком між комплементарними гомополімерними хвостами з утворенням молекул рекомбінантної ДНК.
Зо Синтетичні лінкери, що містять один або більше сайтів рестрикції, забезпечують альтернативний спосіб об'єднання фрагментів ДНК у вектори. Синтетичні лінкери, що містять різноманітні сайти впізнавання рестрикційних ендонуклеаз, комерційно доступні у декількох джерелах, включаючи компанію Іпіегппайопаї! Віотесппоіодіез Іпс., Нью Хейвен, Конектикут, США.
У бажаному методі модифікації ДНК, що кодує поліпептид за винаходом, використовується полімеразна ланцюгова реакція, як це розкрито у роботі ЗаїКі КК і співавт. (ЗаїКі єї аї!., 1988).
Цей метод може використовуватися для введення цієї ДНК у відповідний вектор, наприклад, шляхом створення відповідних сайтів рестрикції, або його можна застосовувати для модифікації
ДНК у інший прийнятний спосіб, відомий фахівцеві у цій галузі. Якщо використовуються вірусні вектори, переважними є вектори на основі поксвірусу або аденовірусу.
Ця ДНК (або, у випадку ретровірусного вектора, РНК) може потім експресуватися у відповідному організмі-хазяїні, утворюючи поліпептид, що містить пептид або чи його варіант за винаходом. Таким чином, ДНК, яка кодує пептид чи його варіант за винаходом, може використовуватися відповідно до відомих методик, належним чином модифікованих виходячи з ідей, розкритих у цьому описі, для конструювання вектора експресії, який після цього використовується для трансформації відповідних клітин-хазяїв таким чином, щоб вони набули здатність експресувати і виробляти пептиди за винаходом. Ці методики включають такі, що розкриті, наприклад, у патентах США 4 440 859, 4 530 901, 4 582 800,4 677 063, 4 678 751, 4 704 362, 4 710 463, 4 757 006, 4 76607514 810 648.
Ця ДНК (або, у випадку ретровірусного вектора, РНК), яка кодує поліпептид, що є предметом цього винаходу, може бути з'єднана з широким спектром інших послідовностей ДНК для введення у відповідну клітину-хазяїна. Ця супутня ДНК буде залежати від природи хазяїна, способу представлення ДНК хазяїну, і від того, необхідне утримання в епісомальній чи інтегрованій формі.
Зазвичай ДНК вставляється у вектор експресії, такий як плазміда, у належній орієнтації і коректній рамці зчитування для експресії. Якщо необхідно, ДНК може бути зв'язаною з відповідними нуклеотидними послідовностями, що забезпечують координацію транскрипції і трансляції, що розпізнаються бажаним хазяїном, хоча такі контрольні елементи зазвичай містяться у векторі експресії. Вектор згодом вводиться хазяїну із використанням стандартних методик. Загалом, не всі хазяї трансформуються вектором. Отже, необхідно виділити 60 трансформовані клітини-хазяї. Одна з методик виділення включає введення до складу вектора експресії такої послідовності ДНК із будь-якими необхідними контрольними елементами, яка кодує вибрану ознаку у трансформованій клітині, таку як резистентність до антибіотиків.
Як альтернатива, ген для такої вибраної ознаки може бути вбудованим в інший вектор, який використовується для спільної трансформації бажаної клітини-хазяїна.
Клітини-хазяї, які були трансформовані рекомбінантною РНК за винаходом, потім культивують протягом достатнього періоду часу у відповідних умовах, які відомі фахівцеві в цій галузі з точки зору ідей, розкритих тут, з метою дати можливість експресувати поліпептид, який потім може бути виділений.
Фахівцям відомі багато експресійних систем, включаючи бактерії (наприклад, Е. сої ії Васі 5,иБійй5), дріжджі (наприклад, бЗасспаготусеб5 сегемізіає), міцеліальні гриби (наприклад,
АзрегодіНи5 5рес.), клітини рослин, тварин і комах. Переважно, система може бути клітинами ссавців, таких як клітини СНО, які комерційно доступні від Американської колекції типових культур АТСС.
Типова векторна плазміда клітин ссавців для конститутивної експресії включає вірус СММУ або опромотор ЗМ40 з відповідним поліаденільним хвостом роїу(А)-їай і маркером резистентності, таким є неоміцин. Одним із прикладів є рем, доступний від компанії Ріагтасіа,
Піскатеуей, Нью-Джерсі, США. Прикладом вектора індуцибельної експресії у ссавців є рРМ5О, також доступний від компанії Рпагтасіа. Корисними є плазмідні вектори дріжджів рК5403-406 і рАб413-416, які доступні від компанії Зігаїадепе Сіопіпд Зузіет5, Ла Джола, Каліфорнія 92037,
США. Плазміди рК5403, рК5404, рКк5405 і рКк5406 є дріжджовими інтегруючими плазмідами (МІр) і включають дріжджові селективні маркери НІ5ЗЗ, ТКРІ, ГЕО2 ії ОКАЗ. Плазміди рК5413- 416 є дріжджовими плазмідами з центромерами (Уср). Вектори на базі промотору СММ (наприклад, від компанії бідта-АїЇдгісй) забезпечують тимчасову або стабільну експресію, цитоплазматичну експресію або секрецію і М-термінальне або С-термінальне мічення для різних комбінацій РГАС, ЗхХРГ АС, с-тус або МАТ. Ці злиті білки можна використовувати для виявлення, очищення і аналізу рекомбінантного білка. Злиття з використанням двох міток забезпечує гнучкість під час виявлення.
Сильна регуляторна область промотора цитомегаловірусу (СММ) людини підвищує рівні конститутивної експресії білка у клітинах лінії СО5 до таких високих значень, як 1 мг/л. У разі не
Зо таких активних ліній клітин рівні білка зазвичай становлять «0,1 мл/л. Присутність ділянки початку реплікації у фрагменті 5440 приводить до високих рівнів реплікації ДНК у пермісивних клітинах СО5. Вектори СМУ, наприклад, можуть містити РМВ1 (похідне рВК322) ділянку початку реплікації у клітинах бактерій, ген бета-лактамази для вибору резистентності бактерій до ампіциліну, роїу(А) гормону росту людини і ділянку початку реплікації 7. Вектори, що містять лідерну послідовність препротрипсину (РРТ), можуть направляти секрецію злитих білків РІГ АС в культуральному середовищі на очищення антитіл проти ЕГАс, смол і планшетів. Інші вектори і експресійні системи також добре відомі у цій галузі для використанні у багатьох клітинах- хазяїнах.
В іншому втіленні два або більше пептидів або варіантів пептидів за винаходом кодуються і, отже, експресуються послідовно (подібно до конструкцій "вузли на мотузці"). При цьому пептиди або варіанти пептидів можуть бути зв'язані або злиті одне з одним фрагментами лінкерних амінокислотних послідовностей, такими, наприклад, які ГГ, або можуть зв'язатися без будь- яких додаткових пептидів між ними. Ці конструкції можуть також застосовуватися для терапії раку і можуть індукувати імунну відповідь за участі як молекул МН І класу, так і МНС ІІ класу
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна, трансформованої полінуклеотидною векторною конструкцією за винаходом. Клітина-хазяїн може бути або прокаріотичною, або еукаріотичною. Бактеріальні клітини можуть бути переважно прокаріотичними клітинами- хазяїнами у деяких обставинах, а зазвичай це штам Е. соїї, такий як, наприклад, штам ЮОН5 Е. соїї, доступний від компанії Ве(пезаа Кезеагсй І абогацогіез Іпс., Бетесда, Меріленд, США, і КК, доступний від Американської колекції типових культур АТСС, Роквіл, Меріленд, США (Номер
АТСС 31343). Переважні еукаріотичні клітини-хазяї включають клітини дріжджів, комах і ссавців, переважно клітини хребетних, такі як лінії фібробластних клітин і клітин товстої кишки від мишей, пацюків, мавп або людини. Дріжджові клітини-хазяї включають УРІН499, УРН5БОО і
УРН5БОЇ, які зазвичай доступні від компанії Зігаїадепе Сіопіпд Зузіет5, Ла Джола, 92037,
Каліфорнія, США. Переважні клітини-хазяї ссавців включають клітини яєчника китайського хом'яка (СНО), доступні як штам АТСС ССІ161, клітини ембріонів швейцарської миші штаму
МІН/ЗТЗ, доступні з колекції АТСС СК. 1658, клітини СО5-1 з нирок мавп, доступні з колекції
АТСС СНІ 1650 і клітини 293 нирок ембріонів людини. Переважними клітинами комах є клітини 519, що можуть бути трансфековані векторами експресії бациловірусу. Огляд публікацій щодо бо вибору відповідних клітин-хазяїв для експресії можна знайти, наприклад, у підручнику: Раціпа
Ваїбазх апа Агодеїїа І огепсе "Меїпод» іп МоїІесшіаг Віоїюду Кесотбріпапі Сепе Ехргеззіоп, Кеміем/5 апа РгоїосоЇ5, " Рай Опе, Зесопа Еайайоп, ІЗ5ВМ 978-1-58829-262-9, і інших літературних джерелах, відомих фахівцю у цій галузі.
Трансформація відповідних клітин-хазяїв за допомогою ДНК-конструкції за цим винаходом здійснюється добре відомими методами, вибір яких, як правило, залежить від типу вектора, що використовується. Щодо трансформації прокаріотичних клітин-хазяїв див., наприклад, Сопеп і співавт. (СоНеп еї аї., 1972) і (Стеєп апа ЗатргоокК, 2012). Трансформація дріжджових клітин описана в роботі Зпегтап і співавт. (5Пептап еї а!., 1986). Метод Ведо5 (Ведов, 1978) також є корисним. Щодо клітин хребетних, реагенти, придатні для трансфекції таких клітин, наприклад, фосфат кальцію і ДЕАЕ-декстран або ліпосомні препарати, доступні від компанії Зігаїадепе
СіІопіпд Зузіетв, або І Те Тесппоїіодієз Іпс., Гейтерсберг, Меріленд 20877, США. Електропорація також придатна для трансформації і (або) трансфекції клітин і відома в цій галузі як метод трансформації клітин дріжджів, клітин бактерій, клітин комах і клітин хребетних.
Успішно трансформовані клітини, наприклад, клітини, що містять ДНК-конструкцію за цим винаходом, можуть бути ідентифіковані добре відомими методами, такими як ПлР.
Альтернативно, присутність білка у супернатанті можна виявити за допомогою антитіл.
Зрозуміло, що певні клітини-хазяї за винаходом здатні синтезувати пептиди за винаходом, наприклад, клітини бактерій, дріжджів і комах. Проте в певних терапевтичних методах можуть використовуватися інші клітини-хазяї. Наприклад, антиген-презентуючі клітини, такі як дендритні клітини, можуть принагідно використовуватися, щоби експресувати пептиди за винаходом, які можуть бути навантажені на відповідні молекули МНС. Отже, цей винахід також стосується клітини-хазяїна, що містить нуклеїнову кислоту або вектор експресії за цим винаходом.
У переважному втіленні клітина-хазяїн є антиген-презентуючою клітиною, зокрема дендритною клітиною або антиген-презентуючою клітиною. Управління з контролю за харчовими продуктами та лікарськими засобами (ЕБА) США 29 квітня 2010 року схвалило застосування АПК, навантажених рекомбінантним злитим білком, що містить простатичну кислу фосфатазу (РАР), для лікування метастатичного НКРС (гормон-рефрактерного раку передміхурової залози), що протікає безсимптомно або з мінімально вираженими симптомами (сіпулейцел-Т) (Віпі єї а!., 2006; Зтаї! єї а!., 2006).
Зо Згідно з ще одним аспектом винаходу пропонується спосіб отримання пептиду або його варіанту, причому спосіб включає культивування клітини-хазяїна і виділення пептиду з клітини- хазяїна або її культурального середовища.
В іншому втіленні пептид, нуклеїнова кислота або вектор експресії за винаходом застосовуються у медицині. Наприклад, пептид або його варіант може бути приготований для внутрішньовенного (в/в) введення, підшкірного (п/ш) введення, внутрішньошкірного (в/ш) введення, внутрішньочеревного (в/ч) введення, внутрішньом'язового (в/м) введення. Переважні способи введення пептиду - це п/ш, в/ш, в/ч, в/м і в/в. Переважними способами введення ДНК є в/ш, в/м, п/ш, в /ч ії в/в. Можуть вводитись дози від 50 мкг до 1,5 мг, переважно від 125 мкг до 500 мкг пептиду або ДНК залежно від відповідного пептиду чи ДНК. Дози в цьому діапазоні успішно використовувались в попередніх дослідженнях (УМаїег еї аї., 2012).
Полінуклеотид, що застосовується для активної вакцинації, може бути по суті чистим або включеним в належний вектор чи в систему доставки. Нуклеїнова кислота може бути, наприклад, ДНК, кКДНК, ПНК, РНК чи їхньою комбінацією. Методи конструювання і введення такої нуклеїнової кислоти добре відомі фахівцям в цій галузі. Їх огляд наведений, наприклад, у роботі Тешеї! і співавт. (Тешєї єї а), 2005). Полінуклеотидні вакцини легко приготувати, але механізм дії цих векторів у виникненні імунної відповіді повністю не з'ясований. Прийнятні векторні системи і системи доставки включають вірусну ДНК і (або) РНК, такі як системи на базі аденовірусу, вірусу коров'ячої віспи, ретровірусу, вірусу герпесу, аденоасоційованого вірусу або гібридів, що містять елементи більш ніж одного вірусу. Невірусні системи доставки включають катіонні ліпіди та катіонні полімери, добре відомі в галузі засобів доставки ДНК. Також може використовуватись фізична доставка, наприклад, за допомогою "генної гармати". Пептид або пептиди, що кодуються нуклеїновою кислотою, може (можуть) бути злитим білком, наприклад, з епітопом, що стимулює Т-клітини щодо відповідних протилежних СОК, як відзначається вище.
Лікарський засіб за винаходом може також включати один або більше ад'ювантів. Ад'юванти є речовинами, які у неспецифічний спосіб підвищують або підсилюють імунну відповідь (наприклад, імунну відповідь на антиген, яку опосередкують СОв-позитивні Т-клітини і Т- хелпери (ТН), і, отже, можуть вважатися корисними для використання у лікарському засобі за винаходом. Відповідні адюванти включають, але не обмежуються ними, 1018 І55, солі алюмінію, АМРІ ІМАХФ, А5ЗІ15, ВСО, СР-870,893, СроО7909, СуаА, азі ІМ, флагелін чи ліганди 60 ТІК5, які походять з флагеліну, ліганд ЕГТ3, ЗМ-С5Е, ІСЗО, ІСЗ1, іміквімод (АГОАКАФ),
резиквімод, ІтигРасі ІМР321, інтерлейкіни, такі як ІЛ-2, ІЛ-13, ІЛ-21, інтерферон-альфа чи -бета, або їхні пегільовані похідні, І5 Раїсі, ІЗ5, ІЗСОМАТЕЇХ, імуностимулюючі комплекси ІЗСОМ,
УиміттипеФф, ГіромМас, МАГР2, МЕ59, монофосфориловий ліпід А, монтанід ІМ5 1312, монтанід
ІЗА 206, монтанід ІЗА 50У, монтанід ІЗА-51, емульсії "вода у маслі" та "масло у воді", ОК-432,
ОМ-174, ОМ-197-МР-ЕС, ОМТАК, О5рА, векторну систему Рертеїб, мікрочастинки на основі полілактиду когліколіду ІРІС| та декстрану, талактоферин, З5КІ172, віросоми та інші вірусоподібні частинки, УЕ-17О0, МЕСЕ ігар, К848, бета-глюкан, Ратз3Сув, стимулон 0521 Адпиіїа, який виділяється з сапоніну, мікобактеріальні екстракти та синтетичні імітатори стінок бактеріальних клітин, а також інші патентовані ад'юванти, наприклад, Оейох компанії Кірі, ОціїЇ чи
Зирего5. Переважними є такі ад'юванти, як адювант Фрейнда або ГМ-КОФ. Декілька імунологічних ад'ювантів (наприклад, МЕ59), специфічних до дендритних клітин, та способи їх приготування були описані раніше (АїЇЇїзоп апа Киттвеї!, 1995). Також можуть застосовуватися цитокіни. Окремі цитокіни були прямо співвіднесені з впливом на міграцію дендритних клітин до лімфоїдних тканин (наприклад, ТМЕ-), прискорюючи дозрівання дендритних клітин до ефективних антиген-презентуючих клітин для Т-лімфоцитів (наприклад, ГМ-КСФ, ІЛ-1 та ІЛ-4) (Патент США 5 849 589, конкретно включений в цей документ шляхом посилання в усій повноті) та діючі як імуноад'юванти (наприклад, ІЛ-12, ІЛ-15, ІЛ-23, ІЛ-7, ІФН-альфа, ІФН-бета) (Сабпоміснй єї а!., 1996).
Також доповідалося про те, що імуностимулюючі Сро-олігонуклеотиди посилюють ефект ад'ювантів у складі вакцин. Якщо не вдаватися у подробиці теорії, Сро-олігонуклеотиди діють шляхом активації природної (не здобутої) імунної системи за допомогою ТоїІ-подібних рецепторів (ТІК), переважно ТІКУ. Активація ТІКУ, ініційована Сро, посилює антиген- специфічні гуморальні та клітинні реакції на широкий спектр антигенів, включаючи пептидні чи білкові антигени, живі або знищені віруси, вакцини на основі дендритних клітин, аутологічні клітинні вакцини та полісахаридні кон'юЮгтати як в профілактичних, так і в терапевтичних вакцинах. Важливішим є те, що посилюється визрівання та диференціація дендритних клітин, що в результаті збільшує активацію ТНІ-клітин та інтенсивну генерацію цитотоксичних Т- лімфоцитів (ЦТЛ) навіть за відсутності підтримки з боку СО4 Т-клітин. Активація ТНІ, індукована стимуляцією ТІ КО, зберігається навіть у присутності вакцинних ад'ювантів, таких як галун чи
Зо неповний ад'ювант Фрейнда (ІГА), котрі зазвичай сприяють активації ТН2. Сро-олігонуклеотиди демонструють навіть більшу ад'ювантну активність, коли переводяться в лікарську форму або вводяться разом з іншими ад'ювантами чи в таких формах, як мікрочастинки, наночастинки, ліпідні емульсії або подібні композиції, особливо необхідні для індукування сильної відповіді, коли антиген відносно слабкий. Вони також прискорюють імунну відповідь та дозволяють зменшити дози антигену приблизно на два порядки в порівнянні з відповідями антитіл на вакцину в повній дозі без Сро, як спостерігалося в деяких експериментах (Кгієд, 2006). У патенті США б 406 705 В1 описується комбіноване застосування Сро-олігонуклеотидів, ад'ювантів, що не містять нуклеїнові кислоти, та антигену для індукування антиген-специфічної імунної відповіді Сро ТІ КО-антагоністом є абзІІМ (імуномодулятор із структурою типу дволанцюжкове стебло-петля) компанії Моїодеп (Берлін, Німеччина), котрий є переважним компонентом фармацевтичної композиції за цим винаходом. Також можуть використовуватись інші ТІ К-зв'язувальні молекули, наприклад, ТІ Р. 7, ТІ К 8 і (або) ТІ К 9, що зв'язуються з РНК.
Інші приклади прийнятних ад'ювантів включають, без обмежень, хімічно модифіковані Сра (наприклад, Срк, Ідега), аналоги длРНК, такі як полі(І:С) та їхні похідні (наприклад, АтріїбЗепФф),
НійопоїФ, полі-(ІСІ С), полі(ІС-К), полі(:С12)), бактеріальні ДНК або РНК, відмінні від Сро, а також невеликі імунологічно активні молекули та антитіла, такі як циклофосфамід, сунітиніб, бевацизумаб, целебрекс, МСХ-4016, сілденафіл, тадалафіл, варденафіл, сорафеніб, темозоломід, темзиролімус, ХІ -999, СР-547632, пазопаніб, МЕСЕ Тгар, 202171, А2О2171, анти-
СТІ А4, інші антитіла, націлені на ключові структури імунної системи (наприклад, анти-С040-, анти-ТОЕбета-, анти-ТМЕальфа-рецептори) та 5358175, які можуть діяти терапевтично і (або) як ад'юванти. Кількості та концентрації ад'ювантів та добавок, прийнятних в контексті цього винаходу, можуть бути легко визначені досвідченим фахівцем без зайвого експериментування.
Переважними ад'ювантами є анти-СО40-антитіла, іміквімод, резиквімод, «М-С5Е, циклофосфамід, сунітиніб, бевацизумаб, інтерферон-альфа, Сро олігонуклеотиди та їх похідні, полі-(І: С) та її похідні, РНК, сілденафіл і композиції з твердих мікрочастинок з РІ С або віросоми.
В переважному втіленні фармацевтичної композиції за винаходом ад'ювант вибирається з групи, що складається з колонієстимулюючих факторів, таких як Фактор стимулювання утворення колоній гранулоцитів-макрофагів (ГМ-КСФ, сарграмостим), циклофосфамід, іміквімод, резиквімод та інтерферон-альфа. 5О0
В переважному втіленні фармацевтичної композиції за винаходом ад'ювант вибирається з групи, що складається з колонієстимулюючих факторів, таких як Фактор стимулювання утворення колоній гранулоцитів-макрофагів (ГМ-КСФ, сарграмостим), циклофосфамід, іміквімод і резиквімод. У переважному втіленні фармацевтичної композиції за винаходом ад'ювантом є циклофосфамід, іміквімод чи резиквімод. Навіть більш переважними ад'ювантами є монтанід
ІМ5 1312, монтанід ІЗА 206, монтанід ІЗА 50М, монтанід ІЗА-51, полі-ІСЇ С (НійопоїФ) і моноклональні анти-СО040-антитіла або їх комбінація.
Ця композиція може застосовуватися для парентерального введення, наприклад, підшкірного, внутрішньошкірного, внутрішньом'язового або для перорального застосування Для цього пептиди і необов'язково інші молекули розчиняють або суспендують у фармацевтично прийнятному, переважно водному носієві. Крім того, композиція може містити допоміжні речовини, такі як буфери, зв'язувальні речовини, розпушувачі, розріджувачі, ароматизатори, антифрикційні речовини тощо. Пептиди можна також ввести разом із імуностимуляторами, такими як цитокіни. Великий перелік допоміжних речовин, які можна використовувати у такій композиції, можна знайти, наприклад, у посібнику А. Кірре, Напароок ої РНагтасеціїсаї
Ехсірієпів (Кірбе, 2000). Ця композиція може застосовуватися для попередження, профілактики і (або) лікування аденоматозних або ракових захворювань. Приклади фармацевтичних композицій наведені, наприклад, у ЕР2113253.
Важливо розуміти, що імунна відповідь, ініційована вакциною за винаходом, спрямована проти ракових клітин на різних стадіях клітинного циклу і на різних стадіях розвитку пухлини.
Більш того, атака здійснюється на різні асоційовані з раковими пухлинами сигнальні шляхи. Це є перевагою над вакцинами, які направлені тільки на одну чи малу кількість мішеней, що може привести до легкої адаптації пухлини до атаки (уникання пухлиною). Більш того, не усі індивідуальні пухлини експресують одну й ту саму картину антигенів. Таким чином, комбінація декількох пухлино-асоційованих пептидів гарантує, що кожна окрема пухлина несе принаймні деякі з мішеней. Композиція була створена виходячи з того, що, як очікується, кожна пухлина експресує декілька антигенів і охоплює декілька незалежних сигнальних шляхів, необхідних для росту і розвитку пухлини. Таки чином, вакцину може легко використовувати у "готовому для застосування" вигляді для більшої популяції пацієнтів. Це означає, що попередній відбір
Зо пацієнтів, що потребують лікування цією вакциною, можна обмежити типуванням за НГА, не потребує будь-якого додаткового дослідження біомаркерів експресії антигенів, але все ж забезпечується одночасна атака декількох мішеней у вигляді індукованої імунної відповіді, що є важливим для ефективності (Вапспегеаи еї аї., 2001; УУанег еї а!ї., 2012).
Термін "каркас" в контексті цього винаходу означає молекулу, яка специфічно зв'язується з (наприклад, антигенною) детермінантою. В одному з втілень каркас здатний направляти об'єкт, до якого він приєднаний (наприклад, (другий) антиген-зв'язувальний елемент) до сайта-мішені, наприклад, до клітини конкретного виду пухлини або до строми пухлини, що несе антигенну детермінанту (наприклад, комплекс пептид-МНе відповідно до цього підходу). В іншому втіленні каркас здатний активувати сигнальний шлях через його антиген-мішень, наприклад, антиген комплексу Т-клітинного рецептора. Каркаси включають, але не обмежуються ними, антитіла і їх фрагменти, антиген-зв'язувальні домени антитіл, що містять варіабельну ділянку важкого ланцюга антитіла і варіабельну ділянку легкого ланцюга антитіла, зв'язувальні білки, що містять принаймні один модуль анкіринового повтору і однодоменні антиген-зв'язувальні (З5ОАВ) молекули, аптамери, (розчинні) ТКР і (модифіковані) клітини, такі як алогенні або аутологічні Т- клітини. Щоб оцінити, чи буде молекула каркасом, що зв'язується з мішенню, можна провести аналіз зв'язування. "Специфічне" зв'язування означає, що каркас зв'язує досліджуваний комплекс пептид-МНО краще ніж інші природно існуючі комплекси пептид-МНС до такої міри, що каркас, споряджений активною молекулою, яка здатна знищувати клітину, що несе конкретну мішень, не здатний знищувати іншу клітину без конкретної мішені, але таку, що презентує інший(-ї) комплекс(-и) пептид-МНеО. Зв'язування з іншими комплексами пептид-МНС не має значення, якщо пептид, що бере участь у перехресній реакції, не зустрічається в природі, тобто не отриманий із пептидому НІ А. Тести для оцінки знищення клітин-мішеней добре відомі фахівцям в цій галузі.
Їх потрібно виконувати з використанням клітин-мішеней (первинних клітинних культур або клітинних ліній) із незміненою презентацією пептидів молекулами МНС, або клітин, навантажених пептидами, у такий спосіб, щоб були досягнуті природні рівні комплексів пептид-
МН.
Кожний каркас містить мітку, яка забезпечує можливість виявлення зв'язаного каркаса шляхом визначення присутності або відсутності сигналу, який генерує мітка. Наприклад, каркас 60 може бути міченим флуоресцентним барвником або іншою застосовною маркерною молекулою клітини. Такі маркерні молекули добре відомі в цій галузі. Наприклад, флуоресцентне мічення, наприклад, флуоресцентним барвником, може забезпечити візуалізацію зв'язаного аптамеру за допомогою флуоресценції або лазерної сканувальної мікроскопії або проточної цитометрії.
Кожний каркас може бути кон'югованим із другою активною молекулою, такою як, наприклад, ІЛ-21, антитіло проти СОЗ, антитіло проти СО28.
Додаткову інформацію про поліпептидні каркаси див., наприклад, у розділі "Передумова створення винаходу" у заявці УМО 2014/0719784А1 і у посиланнях, наведених у ній.
Цей винахід також стосується аптамерів. Аптамери (див., наприклад, УМО 2014/191359 і посилання, наведені в цій роботі) є молекулами коротких одноланцюгових нуклеїнових кислот, які можуть складатися у певні тримірні структури і розпізнавати специфічні структури-мішені.
Вони, очевидно, є прийнятними альтернативами для розробки таргетної терапії. Було показано, що аптамери селективно зв'язуються з багатьма складними мішенями з високою афінністю і специфічністю.
Аптамери, що розпізнають розташовані на поверхні молекули, були ідентифіковані у минулому десятиріччі і забезпечують засоби для розробки діагностичних і терапевтичних підходів. Оскільки було показано, що аптамери майже не проявляють жодної токсичності і імуногенності, вони є перспективними кандидатами у речовини для біомедичних застосувань.
Справді, аптамери, наприклад, такі, що розпізнають простат-специфічні мембранні антигени, були успішно застосовані для таргетної терапії, і було показано, що вони виявляють ці функції в трансплантатних моделях іп мімо. Більш того, були ідентифіковані аптамери, які розпізнають конкретні лінії пухлинних клітин.
Можуть бути вибрані аптамери ДНК, що проявляють розпізнавальні властивості широкого спектру по відношенню до різних ракових клітин, особливо до таких, що отримані з солідних пухлин, у той час як непухлиногенні і первинні здорові клітини ними не розпізнаються. Якщо ідентифіковані аптамери розпізнають не тільки підтип конкретної пухлини, але скоріше взаємодіють з рядом пухлин, це надає аптамерам властивість бути застосовними в якості так званих діагностичних і терапевтичних засобів широкого спектру.
Далі, дослідження зв'язувальних властивостей по відношенню до клітин методом проточної цитометрії показало, що аптамери виявляють дуже добру позірну афінність, яка знаходиться у
Зо наномолярному діапазоні.
Аптамери можуть використовуватися для діагностичних і терапевтичних цілей. Далі, можна показати, що деякі аптамери поглинаються пухлинними клітинами і таким чином можуть використовуватися як молекулярні носії для цілеспрямованої доставки протиракових препаратів, таких як міРНК, у пухлинні клітини.
Аптамери можуть бути вибрані проти складних мішеней, таких як клітини і тканини і комплекси пептидів, що включають, переважно що складаються з послідовності відповідно до будь якої послідовності від ЗЕО ІЮ МО 1 до 5ЕО ІЮО МО: 93 за цим винаходом із молекулою МНС з використанням методики ЗЕГЕХ (Систематична еволюція лігандів шляхом експоненційного збагачення).
Пептиди за цим винаходом можуть використовуватися для продукції і розробки антитіл, специфічних до комплексів МНС/пептид. Вони можуть застосовуватися для лікування, націлюючи токсини або радіоактивні речовини на хворі тканини. Іншим використанням цих антитіл може бути націлювання радіонуклідів на хворі тканини з метою формування зображень, таких як позитронна емісійна томографія (ПЕТ). Таке використання може виявляти невеликі метастази або визначати розмір і точну локалізацію хворих тканин.
Таким чином, в ще одному аспекті цей винахід стосується способу отримання рекомбінантного антитіла, яке специфічно зв'язується з головним комплексом гістосумісності (МНС) людини І або ЇЇ класу, який входить до складу комплексу з антигенами, обмеженими за
НА, причому спосіб включає: імунізацію клітинами ссавців нелюдського походження, отриманих методами генної інженерії що експресують згаданий головний комплекс гістосумісності (МНС) людини І або ІЇ класу із розчинною формою молекули МН І або ІІ класу, яка входить до складу комплексу зі згаданими антигенами, обмеженими за НІГА; виділення молекул ІРНК із клітин згаданих ссавців нелюдського походження, що продукують антитіла; отримання бібліотеки фагового дисплея, що містить фаги, які експонують молекули білка, який кодується згаданими молекулами іРНК; і виділення принаймні одного фага із згаданої бібліотеки фагового дисплея, причому згаданий принаймні один фаг експонує згадане антитіло, що специфічно зв'язується із згаданим головним комплексом гістосумісності (МНС) людини І або ІЇ класу, який входить до складу комплексу із згаданим антигеном, обмеженим за НІ А.
У ще одному аспекті цей винахід стосується антитіла, яке специфічно зв'язується з 60 головним комплексом гістосумісності (МНС) людини І або І класу, який входить до складу комплексу з антигенами, рестриктованими за НіА, в якому антитіло переважно є поліклональним антитілом, моноклональним антитілом, біспецифічним антитілом і (або) хімерним антитілом.
Відповідні способи отримання таких антитіл і одноланцюгових головних комплексів гістосумісності (МНС) І класу, а також інших інструментів отримання цих антитіл розкриті в заявках МО 03/068201, УМО 2004/084798, УМО 01/72768, УМО 03/070752 і статтях (Сопеп 6ї аї., 200За; Сопеп еї а!., 20036; ЮРепкбего еї аї., 2003), які для цілей цього винаходу всі у прямій формі включені в цей документ шляхом посилання в усій повноті.
Переважно, антитіло зв'язується з спорідненістю на рівні нижче 20 наномолів, переважно нижче 10 наномолів, у комплекс, який також вважається "специфічним" у контексті цього винаходу.
Цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від ЗЕО ІЮО МО: 1 до ЗЕО ІЮ МО: 93 або їхній варіант, який принаймні на 88 95 є гомологічним (переважно ідентичним) послідовностям від 5ЕО ІЮ МО: 1 до ЗЕО ІЮ МО: 93 або їхнього варіанту, що викликає перехресну реакцію Т-клітин із зазначеним пептидом, де зазначений пептид не є базовим повнорозмірним поліпептидом.
Цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від ЗЕО ІЮО МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 93 або їхній варіант, який принаймні на 88 95 є гомологічним (переважно ідентичним) послідовностям від 5ЕО ІЮО МО: 1 до 5ЕО ІЮО МО: 93, де зазначений пептид або його варіант має загальну довжину між 8 і 100, переважно між 8 і 30 і найбільш переважно між 8 і 14 амінокислот.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, які здатні зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І або ЇЇ класу.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згадані пептиди складаються або по суті складаються з амінокислотної послідовності від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО І МО: 93.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є (хімічно) модифікованим і (або) включає непептидні зв'язки.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є частиною злитого білка, зокрема злитим із М-термінальними амінокислотами НІГА-ОК антиген-
Зо асоційованого інваріантного ланцюга (Ії), або де пептид є злитим із антитілом (або вбудованим в антитіло), наприклад, із антитілом, що є специфічним до дендритних клітин.
Інше втілення цього винаходу стосується пептиду неприродного походження, де згаданий пептид складається або по суті складається з амінокислотної послідовності від 5ЕО ІЮ Мо: 1 до
ЗЕО ІЮО МО: 48 і був отриманий синтезом (наприклад, синтезований) у вигляді фармацевтично прийнятної солі. Способи синтетичного отримання пептидів добре відомі фахівцю у цій галузі.
Солі пептидів за цим винаходом суттєво відрізняються від пептидів за їхнім станом (їхніми станами) іп мімо, оскільки пептиди, які генеруються іп мімо, не є солями. Форма пептиду неприродного походження опосередковує розчинність цього пептиду, особливо у контексті фармацевтичних композицій, які містять ці пептиди, наприклад, пептидні вакцини, як це розкрито тут. Достатня і принаймні суттєва розчинність пептиду (пептидів) є необхідною умовою для того, щоб ефективно доставити пептиди суб'єкту, якого належить лікувати. Переважно, щоб ці солі були фармацевтично прийнятними солями пептидів. Ці солі за винаходом включають солі лужних і лужноземельних металів, такі як солі із серії Гофмейстера, які містять аніони РОд43- 042, СНІСОО СГ, Вг, МОз, СіОг, І, ЗОМ. і катіони МНА", Вр», КУ, Ма", Св, І іх, 2п2х, Мао», Са»,
Мп, Су і Ва». Переважно солі вибирають із (МНа)зРОх», (МНа)2НРО»Х, (МНа)НеРох, (МНа)250,
МНАСНЗСОО, МНАСІ, МНаВг, МНаАМО», МНаСІОх, МНаЇ, МНаАЗСМ, АрзРОх, Ар2НРО», ВЬБНгРО»,
Вр2505, НБАСНЗСОО, АраСІ, ВБаВг, АБаМО»з, АБаСіІОз, АраІЇ, АБАЗСМ, КзРОх, КаНРО»х, КНегРО»,
К»5Ох, КСНЗСОО, КС, КВ, КМО»з, КСІОх, КІ, КО5СМ, МазРОх, МагНРО»х, МанНегРО», Ма2505, маснзоСоо, Масі, МаВг, МаМмоОз, МасСіОх, Маї, Мазсм, 2пСіІ» СвзРО»4, С52НРО»х, СвНеРоОх, С52505,
С5СНзСОО, 50, С5Вг, Се5МОз, СебСіОл, С5іІ, Сб55СМ, ГізРОх, П2НРО», ГІНегРО», 12505,
ПСНзСОО, СІ, СВ, ГМО», ГіСІОя, СГ, 15СМ, бцигбОз, Маз(РОз)г, Мог2НРО», Ма(НегРоОз)»,
М9250х5, Моа(СНзСО0)2, МосіІг, МаВіг, Ма(МОз)2, Ма(СіОз)2, Мао!і», Моа(ЗСМ)», Мписіг, Саз(РоОх),,
СагНРО», Са(НгРОз)2, Сабо», Са(СНзСОО)», Сасі», СаВгг, Са(МОз)г, Са(СІОз4)», Са!», Са(5СМ)»,
Ваз(РОз)г2, Ваг?НРО», Ва(НгРОз4)2, ВабзО», Ва(СНзСО0)», Васі», ВавВгг, Ва(МОз)», Ва(СіІОл)», Ваї? і
Ва(ЗСМ)». Особливо переважними є ацетат МН, МосСі», КН»РО», Ма50О», КСІ, Масі їі Сасі»г, такі як, наприклад, хлоридні або ацетатні (трифторацетатні) солі.
Загалом, пептиди і їх варіанти (принаймні такі, що містять пептидні зв'язки між амінокислотними залишками) можуть бути синтезовані Рітос-поліамідним методом твердофазного синтезу пептидів, як це розкрито у роботі І иКаз і співавт. (І иКаз еї аї!., 1981) і в бо посиланнях, що є в ній. Тимчасовий захист М-аміногрупи забезпечується /-9-
флуоренілметилоксикарбонільною (Рітос) групою. Повторювальне розщеплення цієї дуже нестійкої до дії луг захисної групи виконується за допомогою 2095 піперидину у М, М- диметилформаміді. Можна захистити функціональні групи бокових ланцюгів, такі як бутилові етери (у випадку серину, треоніну та тирозину), бутилові естери (у випадку глутамінової кислоти та аспарагінової кислоти), бутилоксикарбонільне похідне (у випадку лізину і гістидину), тритильне похідне (у випадку цистеїну) і 4-метокси-2,3,6-триметилбензосульфонільне похідне (у випадку аргініну). У сполуках, в яких С-термінальними залишками є глутамін або аспарагін, для захисту амідогруп бокових ланцюгів використовують 4,4"-диметоксибензгідрильну групу.
Основою твердофазного носія є полідиметилакриламідний полімер, що складається з трьох мономерів: диметилакриламіду (каркасний мономер), біс-акрилоїлетилендіаміну (компонент для перехресного зшивання) і акрилоїлсаркозинметилового естеру (функціоналізуючий агент). Як агент, що утворює зв'язок пептиду і смоли, який піддається розщепленню, використовується нестійке до дії кислот похідне 4-гідроксиметилфеноксиоцтової кислоти. Всі амінокислотні похідні додають у вигляді заздалегідь синтезованих симетричних ангідридних похідних за винятком аспарагіну і глутаміну, які додають з використанням зворотної М, М-дициклогексилкарбодіїмід/1- гідроксибезотриазол-опосередкованої реакції сполучення. Усі реакції сполучення і зняття захисту відслідковували за допомогою методів контролю з використанням нінгідрину, тринітробензолсульфонової кислоти і ізотину. Після завершення синтезу пептиди віддеплюють від смоли-носія з супутнім видаленням захисних груп бокових ланцюгів шляхом обробки 95 95 трифтороцтовою кислотою, що містить 50 9о суміші поглиначів. Зазвичай використовувані поглиначі включають етандитіол, фенол, анізол і воду, конкретний вибір залежить від амінокислотних складових пептиду, що синтезується. Для синтезу пептидів можливе також використання комбінації твердофазних і рідкофазних методик (див., наприклад, (ВгисКаопег єї а!., 2004) і посилання, наведені в цій роботі).
Трифтороцтову кислоту видаляють випаровуванням у вакуумі з подальшим подрібнюванням із діетиловим етером, що забезпечує отримання сирого пептиду. Будь-які поглиначі, які присутні в матеріалі, видаляються простою процедурою екстракції, яка після ліофілізації водної фази дозволяє отримати сирий пептид, вільний від поглиначів. Реагенти для синтезу пептидів, як правило, можна придбати, наприклад, у компанії СаІріоспет-Момабріоспет (Нотінггем, Велика
Зо Британія).
Очищення може виконуватися за допомогою одного будь-якого методу або їх комбінації, таких як перекристалізація, ексклюзійна хроматографія, іонообмінна хроматографія, хроматографія гідрофобної взаємодії та (зазвичай) зворотно-фазна високоефективна рідинна хроматографія із градієнтним розділенням, наприклад, з використанням системи ацетонітрил/вода.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти, що кодує пептиди за цим винаходом за умови, що пептид не є повністю (цілковито) людським білком.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти за цим винаходом, яка являє собою ДНК,
КДНК, ПНК, РНК чи їх комбінацію.
Цей винахід також стосується вектора експресії, що здатний експресувати нуклеїнову кислоту за цим винаходом.
Цей винахід також стосується пептиду за цим винаходом, нуклеїнової кислоти за цим винаходом або вектора експресії за цим винаходом для застосування в медицині, зокрема в лікуванні раку стравоходу.
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна, що містить нуклеїнову кислоту за цим винаходом або вектор експресії за цим винаходом.
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна за цим винаходом, яка є антиген- презентуючою клітиною, і переважно дендритною клітиною.
Цей винахід також стосується способу отримання пептиду за цим винаходом, причому спосіб включає культивування клітини-хазяїна за цим винаходом і виділення пептиду зі згаданого клітини-хазяїна або її культурального середовища.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген навантажують на молекули МНС І або ІЇ класу, що експресуються на поверхні відповідної антиген-презентуючої клітини шляхом контакту достатньої кількості антигену з антиген-презентуючою клітиною.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген-презентуюча клітина містить вектор експресії, здатний експресувати згаданий пептид, що містить послідовність від
ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 93 або згаданий варіант амінокислотної послідовності.
Цей винахід також стосується активованих Т-клітин, отриманих згідно способу за цим винаходом, де згадані Т-клітини селективно розпізнають клітину, яка експресує поліпептид, що 60 містить амінокислотну послідовність за цим винаходом.
Цей винахід також стосується способу знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить будь-яку амінокислотну послідовність за цим винаходом, причому спосіб включає введення в організм пацієнта ефективної кількості Т-клітин за цим винаходом.
Цей винахід також стосується застосування будь-якого пептиду, що описаний тут, нуклеїнової кислоти за цим винаходом, вектора експресії за цим винаходом, клітини за цим винаходом, або активованого цитотоксичного Т-лімфоцита за цим винаходом, як лікарського засобу або в процесі виробництва лікарського засобу. Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де лікарський засіб виявляє протиракову активність.
Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де лікарський засіб являє собою вакцину. Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де лікарський засіб виявляє протиракову активність.
Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де згадані ракові клітини є клітинами раку стравоходу або клітинами інших солідних або гематологічних пухлин, таких як рак легенів, рак сечового міхура, рак яєчника, меланома, рак матки, гепатоцелюлярний рак, нирково-клітинний рак, рак головного мозку, колоректальний рак, рак молочної залози, рак шлунка, рак підшлункової залози, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, рак передміхурової залози і лейкоз.
Цей винахід також стосується конкретних маркерних білків і біомаркерів на основі пептидів за цим винаходом, які у цьому документі іменуватимуться як "мішені", які можуть використовуватися в діагностиці і (або) визначенні прогнозу перебігу раку стравоходу. Цей винахід також стосується застосування цих нових мішеней для лікування раку.
Термін "антитіло" або "антитіла" використовується в тут у широкому сенсі і включає як поліклональні, так і моноклональні антитіла. На додаток до інтактних або "повнорозмірних" молекул імуноглобуліну, до терміну "антитіла" також входять фрагменти (наприклад, фрагменти
СОК, Ем, Раб і Ес) або полімери цих молекул імуноглобуліну і гуманізовані версії молекул імуноглобуліну, за умови, що вони виявляють будь-які з бажаних властивостей (наприклад, специфічне зв'язування (полі)пептидного маркера раку стравоходу, доставка токсину до клітини раку стравоходу, що експресує ген-маркер раку легенів на підвищеному рівні, і (або) інгібування
Зо активності поліпептидного маркера раку стравоходу) відповідно до цього винаходу.
За найменшої можливості антитіла за винаходом слід закуповувати у комерційних підприємств. Антитіла за винаходом можуть бути отримані з використанням добре відомих методів. Кваліфікований фахівець зрозуміє, що для отримання антитіл за винаходом можуть бути використані як повнорозмірні поліпептидні маркери раку стравоходу, так і їх фрагменти.
Поліпептид, який буде використовуватися для отримання антитіл за винаходом, може бути повністю чи частково очищеним компонентом природного джерела або може бути отриманий за допомогою технології рекомбінантних ДНК.
Наприклад, кКДНК, що кодує пептид за цим винаходом, такий як пептид з послідовністю від
ЗБО ІО МО: 1 до ЗЕО ІЮ МО: 93 або його варіант чи фрагмент, може експресуватися в прокаріотичних клітинах (наприклад, бактерій) або еукаріотичних клітинах (наприклад, клітинах дріжджів, комах або ссавців), після чого рекомбінантний білок можна очистити і використати для отримання препарату моноклональних або поліклональних антитіл, які специфічно зв'язують поліпептидний маркер раку стравоходу, що був використаний для отримання антитіл за цим винаходом.
Фахівцю ов цій галузі відомо, що отримання двох або більше різних комплектів моноклональних або поліклональних антитіл максимально збільшує ймовірність отримання антитіла, що буде мати специфічність та афінність, необхідні для використання за призначенням (наприклад, для ЕГІ5А, імуногістохімічних методів, візуалізації іп мімо, лікування імунотоксинами). Антитіла досліджують на бажану активність добре відомими методами, відповідно до цілей, у яких мають використовуватися антитіла (наприклад, ЕГІ5А, імуногістохімічні методи, імунотерапія тощо; додаткові відомості щодо отримання і перевірки антитіл див., наприклад, Сгеепієїа, 2014 (Стеепіїєїд, 2014)). Наприклад, антитіла можуть бути досліджені методами ЕГІЗА, Вестерн-блотингу, імуногістохімічним забарвлюванням фіксованих формаліном зрізів ракової тканини або заморожених зрізів тканини. Після попередніх досліджень іп міго антитіла, які мають використовуватися для терапевтичних цілей або для діагностики іп мімо, досліджують з використанням відомих методів клінічного дослідження.
Термін "моноклональне антитіло" в тому виді, в якому він використовується тут, означає антитіло, отримане із по суті гомогенної популяції антитіл, тобто індивідуальні антитіла, що складають популяцію, є ідентичними, за винятком мутантних форм, що спостерігаються в бо природі, які можуть бути присутніми в незначній кількості. Моноклональні антитіла за цим патентом конкретно включають "химерні" антитіла, у яких частина важкого і (або) легкого ланцюга ідентична або гомологічна відповідним послідовностям в антитілах, отриманих із окремого виду, або які належать до окремого класу чи підкласу антитіл, в той час як решта ланцюга (ланцюгів) ідентична або гомологічна відповідним послідовностям в антитілах, отриманих із іншого виду або які належать до іншого класу чи підкласу антитіл, а також фрагментів таких антитіл, за умови, що вони виявляють бажану антагоністичну активність (Пат.
США 4 816 567, включений в цей документ шляхом посилання в усій повноті).
Моноклональні антитіла за винаходом можуть бути отримані гібридомними технологіями. У гібридомних технологіях мишу або іншу прийнятну тварину-хазяїна, як правило, імунізують імунізуючим агентом для створення лімфоцитів, які продукують або здатні продукувати антитіла, які специфічно зв'язуються з імунізуючим агентом. Альтернативно, лімфоцити можуть бути імунізовані іп міїго.
Моноклональні антитіла можуть також бути створені технологіями рекомбінантних ДНК, такими як описані в патенті США 4 816 567. ДНК, що кодує моноклональні антитіла за винаходом, можна легко виділити і секвенувати з використанням традиційних методик (наприклад, використовуючи олігонуклеотидні зонди, здатні специфічно зв'язуватися з генами, що кодують важкі та легкі ланцюги антитіл миші).
Методи Іп міго також придатні для створення одновалентних антитіл. Розщеплення антитіл з метою отримання їх фрагментів, зокрема, Рар-фрагментів, можна провести з використанням стандартних методик, відомих у галузі. Наприклад, розщеплення можна виконати за допомогою папаїну. Приклади розщеплення за допомогою папаїну описані у заявці УУО 94/29348 і в патенті
США 4 342 566. При розщепленні антитіл за допомогою папаїну, як правило, утворюються два ідентичних антиген-зв'язувальних фрагменти, які звуться Еаб-фрагментами, кожний з одним антиген-зв'язувальним сайтом, і залишковим Ес фрагментом. Обробка пепсином дає фрагмент
Кіабр)2 ї фрагмент рес.
Фрагменти антитіл, чи то з'єднані з іншими послідовностями, чи ні, можуть також включати вставки, делеції, заміни або інші вибрані модифікації окремих частин або амінокислотних залишків за умови, що активність фрагмента не є значно зміненою або пошкодженою у порівнянні з немодифікованим антитілом або фрагментом антитіла. Ці модифікації можуть надати деякі додаткові властивості, такі як видалити/додати амінокислоти, що здатні до дисульфідного зв'язування, підвищити біологічну довговічність, змінити секреторні властивості тощо. У будь-якому випадку, фрагмент антитіла має виявляти біологічну активність, таку як зв'язувальна активність, регулювання зв'язування у зв'язувальному домені тощо. Функціональні або активні центри антитіла можуть бути ідентифіковані шляхом мутагенезу конкретної ділянки білка, який супроводжується експресією і перевіркою експресованого поліпептиду. Такі методи є цілююм очевидними для фахівця у цій галузі і можуть включати сайт-специфічний мутагенез нуклеїнової кислоти, що кодує фрагмент антитіла.
Антитіла за винаходом можуть додатково включати гуманізовані антитіла або людські антитіла. Гуманізованими формами антитіл нелюдського походження (наприклад, мишачі) є химерні імуноглобуліни, ланцюги імуноглобулінів або їх фрагменти (такі як Ем, Раб, Раб" та інші антиген-зв'язувальні послідовності антитіл), які містять мінімальну послідовність, отриману з імуноглобуліну нелюдського походження. Гуманізовані антитіла включають імуноглобуліни людини (антитіло-реципієнт), в яких залишки від комплементарної детермінантної групи (СОК) реципієнта заміщені залишками від СОК нелюдського походження (антитіло-донор), такого як від миші, пацюка або кроля, що має бажану специфічність, афінність і зв'язувальну здатність. У деяких випадках Ем каркасні (ЕК) залишки імуноглобуліну людини є заміщеними відповідними залишками нелюдського походження. Гуманізовані антитіла можуть включати залишки, які не були виявлені ні в антитілі-реципієнті, ні в імпортованих СОК або послідовностях каркаса. Як правило, гуманізоване антитіло буде містити по суті всі з принаймні одного, а зазвичай двох варіабельних доменів, в яких всі або по суті всі із діллнок СОК відповідають ділянкам імуноглобуліну нелюдського походження і всі або по суті всі із ділянок ЕК є ділянками консенсусної послідовності імуноглобуліну людини. Оптимально, якщо гуманізоване антитіло містить також принаймні частину константної ділянки імуноглобуліну (Ес), зазвичай ділянку імуноглобуліну людини.
Методи гуманізації нелюдських антитіл добре відомі фахівцю у цій галузі. Загалом, гуманізоване антитіло має один або більше амінокислотних залишків, введених в нього з джерела, яке є нелюдського походження. Ці амінокислотні залишки нелюдського походження часто називають "імпортними" залишками, які зазвичай беруть із "імпортного" варіабельного домену. Гуманізацію можна по суті провести шляхом заміщення СОК або послідовностей СОМ 60 гризунів відповідними послідовностями людського антитіла. Відповідно, такі "гуманізовані"
антитіла є химерними антитілами (патент США 4 816 567), в яких суттєво менша частина ніж інтактний варіабельний домен людини була заміщена відповідною послідовністю біологічних видів, відмінних від людини. На практиці гуманізовані антитіла є зазвичай людськими антитілами, в яких деякі залишки СОК і, можливо, залишки ЕК є заміщеними залишками з аналогічних сайтів антитіл гризунів.
Можуть використовуватися трансгенні тварини (наприклад, миші), які після імунізації набувають здатність продукувати повний спектр людських антитіл в умовах відсутності виробки ендогенного імуноглобуліну. Наприклад, було описано, що гомозиготна делеція гена, що кодує ділянку з'єднання важких ланцюгів антитіла, у химерних клітин і лінії клітин зародків мутантних мишей приводить до повного інгібування виробки ендогенних антитіл. Перенесення генної матриці імуноглобуліну клітин зародків людини у лінію клітин зародків мутантних мишей приводить до виробки людських антитіл після антигенної стимуляції. Людські антитіла можуть також бути виділені методом фагового дисплея з комбінаторної бібліотеки.
Антитіла за винаходом переважно вводять суб'єкту у фармацевтично прийнятному носієві.
Як правило, для надання фармацевтичній композиції ізотонічності використовують відповідну кількість фармацевтично прийнятної солі. Приклади фармацевтично прийнятного носія включають фізіологічний розчин, розчин Рінгера і розчин глюкози. рН розчину переважно має становити приблизно від 5 до 8, і більш переважно приблизно від 7 до 7,5. Додатково пропонуються носії, що включають препарати з тривалим вивільненням, такі як напівпроникні матриці твердих гідрофобних полімерів, які містять антитіла, причому ці матриці мають вигляд сформованих предметів, наприклад, плівок, ліпосом або мікрочастинок. Фахівцю в цій галузі зрозуміло, що певні носії можуть бути більш переважними, залежно від, наприклад, способу введення і концентрації антитіла, що вводиться.
Антитіла можна вводити суб'єкту, пацієнту або в клітину шляхом ін'єкції (наприклад, внутрішньовенної, внутрішньочеревної, підшкірної, внутрішньом'язової) або іншими методами, такими як інфузія, яка гарантує їх доставку у кровотік у ефективній формі. Антитіла можуть також бути введені внутрішньопухлинним або перитуморальним шляхом з метою отримати місцевий, а також системний терапевтичний ефект. Кращими є місцеве або внутрішньовенне введення.
Ефективні дози і режими дозування для введення антитіл можна визначити емпіричним шляхом, такі визначення знайомі фахівцю в цій галузі. Фахівцю в цій галузі зрозуміло, що дози антитіл, які необхідно вводити, залежать, наприклад, від суб'єкта, який отримує антитіла, шляху введення, конкретного типу використовуваних антитіл та інших лікарських препаратів, які вводяться. Типова щоденна доза при застосуванні антитіл як монотерапії може становити від приблизно 1 мкг/кг до 100 мг/кг маси тіла або більше на добу, залежно від вищезгаданих факторів. Після введення антитіл, переважно з метою лікування раку стравоходу, ефективність терапевтичної дії антитіл можна оцінити різними способами, відомими фахівцю в цій галузі.
Наприклад, розмір, кількість і (або) розповсюдження раку в організмі суб'єкта, що отримує лікування, можна контролювати за допомогою стандартних методик візуалізації пухлин.
Введене з терапевтичними цілями антитіло, яке затримує ріст пухлини, приводить до скорочення пухлини і (або) запобігає розвитку нових пухлин у порівнянні з перебігом захворювання, який би спостерігався за відсутності введення антитіла, є ефективним антитілом для лікування гліобластоми.
У ще одному аспекті цей винахід стосується способу отримання розчинного Т-клітинного рецептора (рТКР), що розпізнає конкретний комплекс пептиду і МНС. Такі розчинні Т-клітинні рецептори можуть бути отримані зі специфічних клонів Т-клітин, і їх спорідненість можна підвищити мутагенезом, націленим на комплементарні детермінантні групи. З метою вибору Т- клітинних рецепторів може використовуватися метод фагового дисплея (Заявка США 20100113300, (ГПідау еї аї.,, 2012)». З метою стабілізації Т-клітинних рецепторів у процесі фагового дисплея і у разі застосування як лікарського препарату альфа- і бета-ланцюги можуть буди зв'язані, наприклад ненативними дисульфідними зв'язками або іншими ковалентними зв'язками (одноланцюговий Т-клітинний рецептор) або доменами димеризації (ВошНег єї аї., 2003; Сага єї аї., 2004; М/йсох єї аїЇ., 1999). Т-клітинний рецептор може бути зв'язаний з токсинами, лікарськими препаратами, цитокінами (див., наприклад, заявку США 2013/0115191), доменами, що залучають ефекторні клітини, такі як домени антитіл проти СОЗ тощо, щоб виконувати конкретні функції на клітинах-мішенях. Більш того, він може експресуватися у Т- клітинах, що використовуються для адоптивного переносу. Додаткову інформацію можна знайти у заявках УМО 2004/033685А1 і УМО 2004/074322А1. Комбінація рРТКР описана у заявці УМО 2012/056407А1. Інші способи отримання розкриті у заявці УМО 2013/057586А1.
Крім того, пептиди і (або) ТКР, або антитіла, або інші зв'язувальні молекули за цим винаходом можуть використовуватися для підтвердження діагнозу "рак", поставленому патоморфологом на основі дослідження біоптату.
Ці антитіла або ТКР можуть використовуватися також для діагностики іп мімо. Зазвичай антитіла мітять радіонуклідами (такими як "п, 99Тс, 140, 11І, ЗН, 32 Р або 355), щоб пухлину можна було локалізувати, використовуючи імуносцинтіграфію. В одному з втілень антитіла або їх фрагменти зв'язуються з зовнішньоклітинними доменами двох або більше таких мішеней білка, вибраного з групи, що складається з вищезгаданих білків., із константою зв'язування (Ка) меншою ніж 1х10 мкМ.
Антитіла для діагностичного застосування можна мітити зондами, що підходять для виявлення різними методами візуалізації Методи виявлення зондів включають, але не обмежуються ними, флуоресценцію, світлову, конфокальну і електронну мікроскопію, магнітно- резонансну візуалізацію і спектроскопію, флуороскопію, комп'ютерну томографію та позитронну емісійну томографію. Відповідні зонди включають, але не обмежуються ними, флуоресцеїн, родамін, еозин та інші флуорофори, радіоїзотопи, золото, гадоліній та інші лантаноїди, парамагнітне залізо, фтор-18 та інші радіонукліди, що випромінюють позитрони. Крім цього, зонди можуть бути бі- або багатофункціональними і виявлятися більш ніж одним із зазначених методів. Ці антитіла можуть бути безпосередньо або опосередковано мічені вищезгаданими зондами. Прикріплення зондів до антитіл включає ковалентне зв'язування зонда, включення зонда в антитіло і ковалентне прикріплення хелатуючої сполуки для зв'язування зонда, серед інших методів, добре відомих фахівцю у цій галузі. У разі імуногістохімічних методів зразок хворої тканини може бути свіжим чи замороженим або може бути залитим у парафін і фіксованим за допомогою консерванту, такого як формалін. Фіксовані або залиті зразки зрізів тканин приводять у контакт із міченим первинним антитілом і вторинним антитілом, де антитіло використовується для виявлення експресії цих білків іп 5йи.
Згідно з іншим аспектом цього винаходу пропонується спосіб отримання активованих Т- клітин іп мійго, причому спосіб включає контактування іп мійго Т-клітин із навантаженими антигеном молекулами МНС, що експресуються на поверхні відповідної антиген-презентуючої клітини протягом періоду часу, достатнього для активації Т-клітини шляхом набуття нею специфічності до антигену, де згаданий антиген є пептидом за винаходом. Переважно з антиген-презентуючою клітиною використовують достатню кількість антигену.
Переважно клітина ссавців не має пептидного транспортера ТАР чи має його знижений рівень або знижену функціональну активність. Відповідні клітини з дефіцитом пептидного транспортера ТАР включають клітини Т2, КМА-5 і клітини дрозофіли. ТАР є транспортером, асоційованим із процесингом антигену.
Лінія людських клітин з недостатністю Т2, на які завантажуються пептиди, доступна для придбання у Американській колекції типових культур АТСС за адресою 12301 РагКіамлт Огіме,
КоскКміїе, Магуїапа 20852, США, номер за каталогом СК. 1992; лінія клітин дрозофіли Зсппеїдег 2 доступна для придбання в АТСС, номер за каталогом СК 19863; клітинна лінія миші ЕМА-5 описана у Ципдаогеп і співавт. (І їипддгеп апа Каїте, 1985).
Переважно, клітина-хазяїн до трансфекції не експресує суттєвої кількості молекул МНС І класу. Також переважно клітина-стимулятор експресує молекулу, яка є важливою для забезпечення додаткового стимулюючого сигналу для Т-клітин, таку як будь-яка з молекул В7.1,
В7.2, ІСАМ-1 ії БА 3. Послідовності нуклеїнових кислот багатьох молекул МНС І класу і костимуляторних молекул є у вільному доступі в базах даних СепВапк і ЕМВІ.
У випадку, коли роль антигенів відіграють епітопи комплексу МНС І класу, Т-клітини є СО8- позитивними Т-клітинами.
Якщо антиген-презентуючи клітину трансфекують для експресії такого епітопу, клітина переважно містить вектор експресії, здатний експресувати пептид, що містить послідовності від
БО ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 93, або варіант його амінокислотної послідовності.
Ряд інших способів може використовуватися для отримання Т-клітин іп міго. Наприклад, для отримання ЦТЛ можуть використовуватися аутологічні лімфоцити, які інфільтрують пухлину.
Ріебапзкі і співавт. (Ріерап:хкі еї а!., 1995) використовували аутологічні лімфоцити периферійної крові (РІВ) для отримання Т-клітин. Більш того, можливе створення аутологічних Т-клітин шляхом обробки дендритних клітин пептидом або поліпептидом або інфікуванням рекомбінантним вірусом. Для отримання аутологічних Т-клітин можуть також використовуватися
В-клітини. Крім того, для отримання аутологічних Т-клітин можуть використовуватися макрофаги, оброблені пептидом або поліпептидом або інфіковані рекомбінантним вірусом. 5.
Умацег і співавт. (У/аег еї а!., 2003) описують примування Т-клітин іп міго за допомогою штучних бо антиген-презентуючих клітин (штучні АПК), що також є прийнятним способом отримання Т-
клітин проти вибраного пептиду. В цьому винаході штучні АПК отримували шляхом прикріплення заздалегідь сформованих комплексів МНС-пептид до поверхні полістирольних частинок (мікрогранул)у за допомогою системи біотин-стрептавідин. Ця система забезпечує точний контроль щільності МНС на штучних АПК, що дозволяє селективно викликати високо- або низькоавідні специфічні до антигену відповіді Т-клітин з високою ефективністю для зразків крові. Окрім комплексів МНО-пептид, штучні АПК мають нести інші білки з костимулювальною активністю, такі як антитіла проти СО28, прикріплені до їхньої поверхні. До того ж такі системи на базі штучних АПК часто вимагають додавання відповідних розчинних елементів, наприклад, цитокінів, таких як інтерлейкін-12.
Алогенні клітини також можуть використовуватися для отримання Т-клітин, і відповідний спосіб докладно описаний у заявці М/О 97/26328, яка включена в цей документ шляхом посилання. Наприклад, окрім клітин ЮОго5орпйа і клітин Т2, інші клітини можуть використовуватися для презентації антигенів, такі як клітини СНО, інфіковані бациловірусом клітин комах, бактеріальні, дріжджові клітини та клітини-мішені, інфіковані коров'ячою віспою.
Крім того, можуть використовуватись віруси рослин (див., наприклад, роботу Рога і співавт. (Ропа єї аї., 1994), в якій описується розробка мозаїчного вірусу вігни як високопродуктивної системи для презентації чужорідних пептидів.
Активовані Т-лімфоцити, які спрямовані проти пептидів за винаходом, є корисними в терапії.
Отже, згідно з ще одним аспектом винаходу пропонуються активовані Т-клітини, які можна отримати за допомогою вищезгаданих способів за винаходом.
Активовані Т-клітини, які отримані вищезгаданим способом, селективно розпізнають клітину, яка аберантно експресує поліпептид, який містить амінокислотну послідовність від 5ЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 93.
Переважно, Т-клітина розпізнає цю клітину шляхом взаємодії свого Т-клітинного рецептора з комплексом НІ А/пептид (наприклад, зв'язуванням). Т-клітини є корисними у способі знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за винаходом, за яким пацієнту вводиться ефективна кількість активованих Т-клітин. Ці Т-клітини, що вводяться пацієнту, можуть бути виділені з організму пацієнта і активовані як описано вище (тобто вони є аутологічними Т-клітинами). Як
Зо альтернатива, ці Т-клітини одержуються не з організму пацієнта, а від іншої людини. Зрозуміло, що переважно ця людина є здоровою людиною. Під терміном "здорова людина" автори винаходу мають на увазі, що людина має хороший загальний стан здоров'я, переважно має адекватну імунну систему та, ще більш переважно, не страждає від якогось захворювання, на яке її можна легко перевірити і виявити.
Іп мімо, клітини-мішені для СО8-позитивних Т клітин за цим винаходом можуть бути клітинами пухлини (які іноді експресують МНС ЇЇ класу) і (або) клітинами строми, що оточують пухлину (пухлинні клітини) (які іноді також експресують МНС Ії класу; (Оєпа/є! еї а!., 2006)).
Т-клітини за цим винаходом можуть використовуватися як активні інгредієнти терапевтичної композиції. Отже, предметом цього винаходу також є спосіб знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за винаходом, причому спосіб включає введення пацієнту ефективної кількості Т-клітин згідно визначеному вище.
Під терміном "аберантно експресовані" автори винаходу мають на увазі, що поліпептид є надмірно експресованим у порівнянні з рівнями експресії нормальних (здорових) тканин або що ген є "мовчазним" у тканині, з якої походить пухлина, але він експресується в пухлині. Під терміном "надмірно експресований" автори винаходу мають на увазі, що поліпептид присутній на рівні, що принаймні у 1,2 рази вищий за рівень у нормальній тканині, переважно принаймні у 2 рази, та більш переважно принаймні у 5 або 10 разів вищий за рівень у нормальній тканині.
Т-клітини можуть бути отримані способами, що відомі в галузі, наприклад, тими, що описані вище.
Протоколи для цього так званого адоптивного перенесення Т-клітин добре відомі в цій галузі. Огляди можна знайти, наприклад, у роботах Сайціопі і співавт. і Могдап і співавт. (Саціпопі еї а!., 2006; Могдап еї а)ї., 2006).
У ще одному аспекті цей винахід стосується застосування пептидів, які входить до складу комплексу з МНС, для отримання Т-клітинного рецептора, нуклеїнова кислота якого клонована і введена у клітину-хазяїн, переважно Т-клітину. Ця отримана методами генної інженерії Т- клітина може потім бути перенесена в організм пацієнта для лікування раку.
Будь-яка молекула за винаходом, тобто пептид, нуклеїнова кислота, антитіло, вектор експресії, клітина, активована Т-клітина, Т-клітинний рецептор або нуклеїнова кислота, яка її 60 кодує, є прийнятною для лікування захворювань, для яких є характерним те, що клітини уникають імунної відповіді. Таким чином, будь-яка молекула за цим винаходом може застосовуватися як лікарський засіб або в процесі виробництва лікарського засобу. Згадана молекула може використовуватися сама по собі або у комбінації з іншою молекулою (іншими молекулами) за винаходом або відомою молекулою (відомими молекулами).
За цим винаходом також пропонується комплект, що включає: (а) контейнер, який містить фармацевтичну композицію як зазначено вище, у розчині або у ліофілізованій формі; (б) необов'язково, другий контейнер, що містить розріджувач або розчин для відновлення ліофілізованої композиції, і (в) необов'язково, інструкції із (ї) застосування розчину або (ії) відновлення і (або) застосування ліофілізованої композиції.
Комплект може додатково включати один або більше (іїї) буферів, (ім) розріджувачів, (м) фільтрів, (мі) голок або (м) шприців. Контейнер є переважно пляшкою, флаконом, шприцом або пробіркою; і він може бути контейнером багаторазового застосування. Фармацевтична композиція є переважно ліофілізованою.
Комплекти за винаходом, переважно, включають ліофілізовану композицію за цим винаходом в належному контейнері та інструкції з її відновлення і (або) застосування. Належні контейнери включають, наприклад, пляшки, флакони (наприклад, двокамерні флакони), шприци (такі як двокамерні шприци) і пробірки. Контейнер може бути виготовленим із багатьох видів матеріалів, таких як скло або пластмаса. Переважно, комплект і (або) контейнер містить(ять) інструкції із застосування контейнера або пов'язані з контейнером, які містять вказівки щодо відновлення і (або) застосування. Наприклад, на етикетці може вказуватися, що ліофілізована лікарська форма має бути відновлена до таких концентрацій пептидів як зазначено вище. На етикетці, крім того, може бути зазначено, що лікарська форма є прийнятною для або призначена для підшкірного введення.
Контейнер із лікарською формою може бути флаконом багаторазового застосування, котрий дозволяє робити повторні введення (наприклад, від 2 до б введень) відновленої лікарської форми. Комплект додатково може включати другий контейнер, що містить прийнятний розріджувач (наприклад, розчин бікарбонату натрію).
Зо Після змішування розріджувача та ліофілізованої форми остаточна концентрація пептиду у відновленій формі переважно становить принаймні 0,15 мг/мл/пептиду (-75 мкг) та переважно не більше З мг/мл/пептиду (-1500 мкг). Комплект додатково може включати інші матеріали, бажані з комерційної точки зору та з точки зору користувача, включаючи інші буфери, розріджувачі, фільтри, голки, шприци та вкладиші в упаковку з інструкціями із застосування.
Комплекти за цим винаходом можуть включати один контейнер, який містить лікарську форму фармацевтичних композицій відповідно до цього винаходу з іншими компонентами чи без них (наприклад, інші сполуки або фармацевтичні композиції цих інших сполук) чи включати окремі контейнери для кожного компоненту.
Переважно, комплекти за винаходом включають композицію за винаходом, упаковану для використання, в комбінації з одночасним введенням другої сполуки, такої, як ад'юванти (наприклад, ГМ-КСФ), хіміотерапевтичний агент, природний продукт, гормон чи антагоніст, анти- ангіогенезний агент чи інгібітор, апоптоз-індукуючий агент або хелатор) чи їхню фармацевтичну композицію Компоненти комплекту до введення пацієнту можуть бути завчасно змішані, чи кожний компонент може бути в окремому контейнері. Компоненти комплекту можуть бути надані в одному чи кількох рідких розчинах, переважно, водному розчині, більш переважно, стерильному водному розчині Компоненти комплекту також можуть надаватись як речовини у твердому стані, які можуть бути переведені на рідини шляхом додання прийнятних розчинників, котрі переважно містяться в іншому окремому контейнері.
Контейнер терапевтичного комплекту може являти собою флакон, пробірку, колбу, пляшку, шприц або будь-який інший засіб для вміщення твердої речовини чи рідини. Зазвичай, коли є більш ніж один компонент, комплект включає другий флакон чи другий контейнер, який дозволяє окреме дозування. Комплект може також включати інший контейнер для фармацевтично прийнятної рідини. Переважно, терапевтичний комплект буде включати апарат (наприклад, одну чи кілька голок, шприци, очні піпетки, піпетку та ін.), який робить можливим введення речовин відповідно винаходу, що є компонентами цього комплекту.
Ця лікарська форма є формою, прийнятною для введення пептидів будь-яким зручним способом, наприклад, пероральним (ентеральним), назальним, очним, підшкірним, внутрішньошкірним, внутрішньом'язовим, внутрішньовенним або трансдермальним. Переважно, введення може здійснюватися підшкірно, та найбільш переважно, внутрішньошкірно інфузійним (516) насосом. бо
Оскільки пептиди за винаходом були виділені з тканин раку стравоходу, лікарський засіб за винаходом переважно застосовується для лікування раку стравоходу.
Цей винахід також стосується способу отримання персоналізованого фармацевтичного засобу для застосування для конкретного пацієнта, який включає виготовлення фармацевтичної композиції, яка містить принаймні один пептид, вибраний із "сховища" заздалегідь "просіяних" ТОМАР, в якому щонайменше один пептид, використаний у фармацевтичній композиції, вибраний таким чином, щоб підходити конкретному пацієнту. В одному з втілень фармацевтична композиція є вакциною. Спосіб може також бути пристосованим для отримання клонів Т-клітин для подальшого використання, такого як виділення ТКР, або розчинних антитіл та інших варіантів лікування. "Персоналізований фармацевтичний засіб" означає засоби лікування, спеціально адаптовані для конкретного пацієнта, які будуть застосовані для лікування лише цього конкретного пацієнта, включаючи активно персоналізовані протиракові вакцини і засоби адоптивної клітинної терапії з використанням аутологічних тканин, отриманих від пацієнта.
Термін "сховище" в контексті цього винаходу означає групу пептидів, яка заздалегідь пройшла "просіяння" (скринінг) на імуногенність і (або) надмірну презентацію у конкретному виді пухлин. Термін "сховище" не означає, що конкретні пептиди, що входять до складу вакцини, були заздалегідь виготовлені і зберігалися у фізичному об'єкті, хоча така можливість мається на увазі. Прямо передбачається, що пептиди можуть бути виготовлені де помо для кожної отриманої персоналізованої вакцини або вони можуть бути виготовлені заздалегідь і зберігатися. "Сховище" (наприклад, у формі бази даних) складається з пухлино-асоційованих пептидів, що були високо експресовані тканинами пухлин хворих на рак стравоходу пацієнтів із різними алелями НІ А-А, НІ А-В і НГА-С. Воно може містити пептиди, що зв'язані з молекулами
МНС І класу і з молекулами МНС ЇЇ класу або подовжені пептиди, що зв'язані з молекулами
МН І класу. На додаток до пухлино-асоційованих пептидів, отриманих із декількох тканин раку стравоходу, сховище може містити маркерні пептиди, що зв'язані з НІ А-А"О02 і НІ А-А"24. Ці пептиди дозволяють кількісно порівняти інтенсивність Т-клітинної відповіді, індукованої ТОМАР, і таким чином дозволяє зробити важливий висновок відносно здатності вакцини викликати протипухлинну відповідь. По-друге, вони виконують функцію важливих пептидів позитивного
Зо контролю, отриманих з "не-свого" антигену, у випадку, якщо у пацієнта не спостерігаються жодні вакцино-індуковані Т-клітинні відповіді на ТОМАР, отримані зі "своїх" власних антигенів пацієнта. І по-третє, воно дозволяє зробити висновки щодо стану імунокомпетентності пацієнта.
ТОМАР для "сховища" ідентифікуються за допомогою підходу інтегрованої функціональної геноміки, що поєднує аналіз генної експресії, мас-спектрометрію і Т-клітинну імунологію (ХРгезідепі Ф). Цей підхід гарантує, що тільки ТОМАР, насправді присутні у великому відсотку пухлин, але не взагалі неекспресовані або лише мінімально експресовані на нормальних тканинах, будуть вибрані для подальшого аналізу. Для первинного вибору пептидів зразки раку стравоходу пацієнтів і зразки крові від здорових донорів аналізували з використанням поетапного підходу: 1. НГ А-ліганди зі злоякісного матеріалу ідентифікували методом мас-спектрометрії 2. Аналіз експресії інформаційної рибонуклеїнової кислоти (ІРНК) в усьому геномі використовували для ідентифікації генів, що надмірно експресовані у злоякісній тканині (раку стравоходу) у порівнянні з рядом нормальних органів і тканин 3. Ідентифіковані НІ А-ліганди порівнювали з даними генної експресії Пептиди, надмірно або селективно презентовані на пухлінній тканині, переважно такі що кодуються селективно експресованими або надмірно-експресованими генами, як було визначено на етапі 2, вважали прийнятними ТОМАР-кандидатами для включення до складу мультипептидної вакцини. 4. Пошук літератури був проведений для ідентифікації додаткових свідоцтв, що підтверджують доречність використання ідентифікованих пептидів як ТОМАР 5. Доречність надмірної експресії на рівні ІРНК була підтверджена повторним виявленням вибраних ТОМАР етапу 3 на пухлинній тканині і їх відсутністю (або рідким виявленням) на здорових тканинах. 6. Для оцінки того, чи є здійсненною індукція вибраними пептидами Т-клітинної відповіді іп мімо, був проведений аналіз імуногенності іп міго з використанням Т-клітин людини, отриманих від здорових донорів, а також від пацієнтів, хворих на рак стравоходу.
В одному з аспектів пептиди проходять попередній скринінг на імуногенність перед тим, як їх включать до "сховища". Як приклад, що не має обмежувального значення, імуногенність пептидів, доданих до "сховища", визначають методом, що включає примування Т-клітин іп міго шляхом повторних стимуляцій СО8--Т-клітин від здорових донорів клітинами, що презентують 60 штучний антиген, навантаженими комплексами пептид/МНе і антитілами проти СО28.
Цей метод є переважним для видів раку, що рідко спостерігаються, і для пацієнтів з рідкісними профілями експресії. На відміну від мультипептидних коктейлів зі сталим складом, які у даний час вже розроблені, "сховище" дозволяє забезпечити значно кращий збіг з вакциною реальної експресії антигенів у пухлині. Вибрані "готові для застосування" індивідуальні пептиди або комбінації декількох пептидів будуть використані для кожного пацієнта у багатоцільовому підході. Теоретично, підхід, який базується на виборі, наприклад, 5 різних антигенних пептидів із бібліотеки з 50 пептидів, вже мав би привести приблизно до 17 мільйонів можливих складів лікарських препаратів.
В одному варіанті винаходу пептиди вибираються для включення до складу вакцини на основі їхньої прийнятності для конкретного пацієнта на основі способу за цим винаходом як вже описано в цьому документі або як викладено нижче.
З матеріалу пухлини і зразків крові пацієнта будуть зібрані дані щодо фенотипу НГА, транскриптомного і пептидомного аналізу з метою ідентифікувати найбільш прийнятні для кожного пацієнта пептиди "сховища" і унікальні для пацієнта (тобто мутовані) ТОМАР. Будуть вибрані ті пептиди, які селективно або надмірно експресуються в пухлинах пацієнтів і, де можливо, демонструють сильну імуногенність іп міго, якщо вони були досліджені на зразках
МКПК індивідуальних пацієнтів.
Переважно, пептиди, що входять до складу вакцини, ідентифіковані методом, що включає: (а) ідентифікацію пухлино-асоційованих пептидів (ТОМАР), які презентуються зразком пухлини від конкретного пацієнта; (б) порівняння пептидів, ідентифікованих в (а), зі сховищем (базою даних) пептидів як зазначено вище; і (в) вибір принаймні одного пептиду зі сховища (бази даних), який корелює з пухлино-асоційованим пептидом, ідентифікованим у пацієнта.
Наприклад, ТОМАР, які презентуються зразком пухлини, ідентифікуються за допомогою: (а1) порівняння даних експресії зі зразка пухлини з даними експресії зі зразка нормальної тканини, що відповідає типу тканини зразка пухлини, для ідентифікації білків, які надмірно експресуються або аберантно експресуються у зразку пухлини; і (а2) проведення кореляції даних експресії з послідовностями лігандів МНС, зв'язаних із молекулою МНС І класу і (або) ІІ класу, в зразку пухлини для ідентифікації лігандів МНС, отриманих із білків, що надмірно експресуються або аберантно експресуються пухлиною. Переважно, послідовності лігандів МНС ідентифікуються елююванням зв'язаних пептидів із їхніх комплексів із молекулами МНС, виділених із зразка пухлини, і секвенуванням елюйованих лігандів. Переважно, зразок пухлини і нормальна тканина отримані від того самого пацієнта.
На додаток до (або як альтернатива йому) вибору пептидів з використанням моделі "сховища", ТОМАР можуть бути ідентифіковані у пацієнта де помо і потім введені до складу вакцини. Як один приклад, ТОМАР-кандидати можуть бути ідентифіковані у пацієнта шляхом (а1) порівняння даних експресії зі зразка пухлини з даними експресії зі зразка нормальної тканини, що відповідає типу тканини зразка пухлини, для ідентифікації білків, які надмірно експресуються або аберантно експресуються у зразку пухлини; і (а2) проведення кореляції даних експресії з послідовностями лігандів МНС, зв'язаних із молекулою МНС І класу і (або) ЇЇ класу, в зразку пухлини для ідентифікації лігандів МНС, отриманих із білків, що надмірно експресуються або аберантно експресуються пухлиною. Як інший приклад, білки можуть бути ідентифіковані як такі, що містять мутації, які є унікальними для зразка пухлини, по відношенню до відповідної нормальної тканини конкретного пацієнта, а ТОМАР можуть бути ідентифіковані як такі, що специфічно націлені на цю мутацію. Наприклад, геном пухлинної клітини і геном клітин відповідної нормальної тканини можливо секвенувати методом повногеномного секвенування: для викриття несинонімічних мутацій у білок-кодуючій ділянці генів геномні ДНК і
РНК екстрагують із пухлинних тканин, а нормальну немутовану геномну ДНК лінії зародкових клітин екстрагували з мононуклеарних клітин периферичної крові (МКПК). Використаний метод секвенування нового покоління (МО5) зводиться до повторного секвенування білок-кодуючих ділянок (ресеквенування екзому). З цією метою екзонну ДНК із зразків людини уловлюють за допомогою комплектів збагачення цільовими фрагментами, придбаних у постачальника, з наступним секвенуванням, наприклад, за допомогою Нібед2000 (Шитіпа). Крім цього, ІРНК пухлинних клітин секвенують для прямого кількісного визначення генної експресії і підтвердження того, що мутовані гени експресуються у пухлинах пацієнтів. Отримані мутації послідовностей зчитування обробляють з використанням програмно-реалізованих алгоритмів.
Таблиця результатів містить мутації і показники генної експресії. Пухлиноспецифічні соматичні мутації визначають шляхом порівняння з варіаціями зародкових ліній, що походять від МКПК, і розміщують у відповідності до пріоритету. Ідентифіковані де помо пептиди можуть згодом бути досліджені на імуногенність як викладено вище для "сховища", а і ТОМАР-кандидати, що мають 60 прийнятну імуногенність, вибирають для включення до складу вакцини.
В одному з прикладів втілень пептиди, що входять до складу вакцини, ідентифікуються таким чином: (а) ідентифікацією пухлино-асоційованих пептидів (ТОМАР), які презентуються зразком пухлини від конкретного пацієнта описаними вище методами; (б) порівнянням пептидів, ідентифікованих в а), зі сховищем пептидів, які пройшли попередній скринінг на імуногенність і на надмірну експресію у пухлинах у порівнянні з відповідною нормальною тканиною; (в) вибором принаймні одного пептиду зі сховища, який корелює з пухлино-асоційованим пептидом, ідентифікованим у пацієнта, і г) необов'язково, вибором принаймні одного пептиду, ідентифікованого де помо в (а) і підтвердженням його імуногенності.
В одному з прикладів втілень пептиди, що входять до складу вакцини, ідентифікуються таким чином: (а) ідентифікацією пухлино-асоційованих пептидів (ТОМАР), які презентуються зразком пухлини від конкретного пацієнта; і (б) вибором принаймні одного пептиду, ідентифікованого де помо в (а) і підтвердженням його імуногенності.
Після вибору пептидів для персоналізованої вакцини на основі пептиді виготовляється вакцина. Ця вакцина переважно є рідкою лікарською формою, що складається з окремих пептидів, розчинених у ДМСО концентрацією від 20 до 40 95, переважно приблизно від 30 до 35 95, такій як приблизно 33 95 ДМСО.
Кожен пептид, який належить включити до композиції, розчиняють у ДМСО. Концентрацію розчинів окремих пептидів необхідно вибирати залежно від кількості пептидів, які належить включити до складу продукту. Розчини окремих пептидів у ДМСО змішують у рівних частинах, щоб отримати розчин, який містить усі пептиди, які належить включити до складу продукту, з концентрацією -2,5 мг/мл для кожного пептиду. Змішаний розчин потім розводять у співвідношенні 1:3 водою для ін'єкцій з метою досягти концентрацію 0,826 мг/мл для кожного пептиду у 33 96 ДМСО. Розведений розчин фільтрують через стерильний фільтр із розміром пор 0,22 мкм. Отримують нерозфасований кінцевий розчин.
Нерозфасований кінцевий розчин розливають по флаконах і зберігають при температурі - 20 7С аж до використання. Один флакон вміщує 700 мкл розчину, що містить 0,578 мг кожного пептиду. 500 мкл цього розчину (приблизно 400 мкг кожного пептиду) будуть використані для внутрішньошкірної ін'єкції.
На додаток до можливості використання для лікування раку, пептиди за цим винаходом
Зо можуть також використовуватися як діагностичні реактиви. Оскільки пептиди генерувалися з клітин раку стравоходу і оскільки було визначено, що ці пептиди не є присутніми у нормальних тканинах або присутні у низькій кількості, ці пептиди можуть використовуватися для діагностики наявності раку.
Присутність пептидів за цим винаходом на біоптатах тканин у зразках крові може допомогти патоморфологу в діагностуванні раку. Виявлення певних пептидів за допомогою антитіл, мас- спектрометрії або інших методів, відомих фахівцям у цій галузі, може надати патоморфологу інформацію, чи є тканина злоякісною або запаленою або взагалі ураженою хворобою, або може використовуватися як біомаркер раку стравоходу. Наявність груп пептидів може дозволити віднести хворі тканини до певного класу чи підкласу.
Виявлення пептидів на зразках хворої тканини дає можливість прийняти рішення відносно користі від методів лікування за участю імунної системи, особливо якщо відомо або передбачається, що Т-лімфоцити причетні до механізму дії. Втрата експресії МНС є добре відомим механізмом, за яким інфіковані або злоякісні клітини уникають імунного контролю.
Отже, наявність пептидів свідчить про те, що цей механізм не використовується клітинами, що аналізуються.
Пептиди за цим винаходом можливо використовувати для аналізу відповіді лімфоцитів на дію таких пептидів, такої як реакція Т-клітин або відповідь антитіл на пептид або комплекс пептиду і молекул МНС. Ці відповіді лімфоцитів можливо використовувати як прогностичні маркери для прийняття рішень щодо наступних терапевтичних дій. Ці відповіді можна також використовувати як сурогатні маркери в імунотерапевтичних підходах, що мають на меті викликати відповіді лімфоцитів у різний спосіб, наприклад, вакцинацією білками, нуклеїновими кислотами, аутологічними матеріалами, адоптивним перенесенням лімфоцитів. В закладах, де застосовують генну терапію, для оцінки побічних ефектів рекомендується проаналізувати реакції лімфоцитів на пептиди. Моніторинг реакцій лімфоцитів може також бути цінним інструментом під час обстеження при подальшому спостереженні після трансплантації, наприклад, для виявлення реакцій "трансплантат проти хазяїна" та "хазяїн проти трансплантата".
Цей винахід буде проілюстрований наведеними нижче прикладами, які описують його переважні втілення, з посиланнями на супроводжувальні фігури, але не обмежуються наведеними тут. Для цілей цього винаходу всі цитовані джерела включені в цей документ шляхом посилання в усій повноті.
ФІГУРИ
На Фігурах 1ТА-М показана надмірна презентація різних пептидів у нормальних тканинах (білі стовпчики) і тканинах раку стравоходу (чорні стовпчики). А) Символ гена: ККТ14/ККТ16, пептид:
ЗТУСсОаІ БМ (5ЕО І МО: 1) - тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, 8 артерій, 5 кісткових мозків, 7 головних мозків, 5 молочних залоз, 2 хрящі, 1 центральний нерв, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 14 нирок, 21 печінка, 44 легені, 4 лімфатичні вузли, 4 зразки лейкоцитів, З яєчника, 8 підшлункових залоз, 5 периферичних нервів, 1 очеревина, З гіпофізи, 4 плаценти, З плеври, З передміхурові залози, б прямих кишок, 7 слинних залоз, 4 скелетні м'язи, 6 зразків шкіри, 2 тонкі кишки, 4 селезінки, 5 шлунків, б сім'яників, З тимуси, З щитоподібні залози, 7 трахей, 2 сечоводи, 6 сечових міхурів, 2 матки, 2 вени, 6 стравоходів, 16 зразків раку стравоходу. Цей пептид був додатково виявлений у 4 із 91 зразків тканин раку легенів. Фігура 18) Символ гена: 5.)В5, пептид: БІРЕОСГ І ЗОМ (5ЕО
ІО МО: 7). Тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, 8 артерій, 5 кісткових мозків, 7 головних мозків, 5 молочних залоз, 2 хрящі, 1 центральний нерв, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 14 нирок, 21 печінка, 44 легені, 4 лімфатичні вузли, 4 зразки лейкоцитів, З яєчника, 8 підшлункових залоз, 5 периферичних нервів, 1 очеревина, З гіпофізи, 4 плаценти, З плеври, З передміхурові залози, 6 прямих кишок, 7 слинних залоз, 4 скелетні м'язи, б зразків шкіри, 2 тонкі кишки, 4 селезінки, 5 шлунків, б сім'яників, З тимуси, З щитоподібні залози, 7 трахей, 2 сечоводи, б сечових міхурів, 2 матки, 2 вени, 6 стравоходів, 16 зразків раку стравоходу. Цей пептид був додатково виявлений у 1 із 43 зразків тканин раку передміхурової залози, 1 із З - раку жовчного міхура, 1 із 20 - раку яєчника, 5 із 91 - раку легенів і 1 із 4 - раку сечового міхура. Фігура 2С) Символ гена: РКРЗ, пептид:
ЗІ МЗЕОГ ЕРА (5ЕО ІО МО: 34). Тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, 8 артерій, 5 кісткових мозків, 7 головних мозків, 5 молочних залоз, 2 хрящі, 1 центральний нерв, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 14 нирок, 21 печінка, 44 легені, 4 лімфатичні вузли, 4 зразки лейкоцитів, З яєчника, 8 підшлункових залоз, 5 периферичних нервів, 1 очеревина, З гіпофізи, 4 плаценти, З плеври, З передміхурові залози, б прямих кишок, 7 слинних залоз, 4 скелетні м'язи, 6 зразків шкіри, 2 тонкі кишки, 4 селезінки, 5 шлунків, 6 сім'яників, З тимуси, З щитоподібні залози, 7 трахей, 2 сечоводи, 6 сечових міхурів, 2 матки, 2 вени, 6 стравоходів, 16 зразків раку стравоходу. Цей пептид був додатково виявлений у 8 із 24 зразків тканин колоректального раку, 1 із 20 - раку яєчника, 1 із 46 - раку шлунка, 5 із 91 - раку легенів і 2 із 4 - раку сечового міхура. Фігура 30) Символ гена: КМРЕР, пептид: УТОРЕБНУСОАЇ (5ЕБО ІО МО: 37). Тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, 8 артерій, 5 кісткових мозків, 7 головних мозків, 5 молочних залоз, 2 хрящі, 1 центральний нерв, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 14 нирок, 21 печінка, 44 легені, 4 лімфатичні вузли, 4 зразки лейкоцитів, З яєчника, 8 підшлункових залоз, 5 периферичних нервів, 1 очеревина, З гіпофізи, 4 плаценти, З плеври, З передміхурові залози, 6 прямих кишок, 7 слинних залоз, 4 скелетні м'язи, б зразків шкіри, 2 тонкі кишки, 4 селезінки, 5 шлунків, б сім'яників, З тимуси, З щитоподібні залози, 7 трахей, 2 сечоводи, 6 сечових міхурів, 2 матки, 2 вени, 6 стравоходів, 16 зразків раку стравоходу. Цей пептид був додатково виявлений у 1 із 19 зразків тканин раку підшлункової залози, 7 із 46 - раку шлунка і у 1 із 91 - раку легенів. Фігура 4Е) Символ гена: МОР155, пептид: АГ ОЕАГЕМА (ЗЕО ІЮ МО: 80).
Зразки зліва направо: 4 клітинні лінії (1 нирка, 1 підшлункова залоза, 1 передміхурова залоза, 1 мієлоїдний лейкоз), З нормальні тканини (1 легеня, 1 передміхурова залоза, 1 тонка кишка), 47 ракових тканин (5 раків головного мозку, 2 раки молочної залози, 1 рак товстої кишки, 2 раки стравоходу, 1 хронічний лімфоцитарний лейкоз, 2 раки печінки, 22 раки легенів, 7 раків яєчника, 4 раки передміхурової залози, 1 рак прямої кишки). Фігура 5Е) Символ гена: ККТ»5, пептид:
ЗІ УМ ООБЗККІБІ (ЗЕО ІЮО МО: 2). Тканини зліва направо: 20 ракових тканин (9 раків голови та шиї, 2 раки стравоходу, 1 рак стравоходу і шлунка, 7 раків легенів, 1 рак сечового міхура).
Фігура 60) Символ гена: ККТ5, пептид: ТАБАІЇТРБЗМ (5ЕО ІО МО: 3). Тканини зліва направо: 17 ракових тканин (2 раки стравоходу, б раків голови та шиї, 7 раків легенів, 2 раки сечового міхура). Фігура 7Н) Символ гена: 5100А2, пептид: БІ. ЮДЕМЗОООМ (5ЕО ІО МО: 10). Тканини зліва направо: 7 ракових тканин (3 раки голови та шиї, 2 раки стравоходу, 1 рак легенів, 1 рак сечового міхура). Фігура 8І) Символ гена: ГАМВЗ, пептид: АГУМРТОБАТМ (5ЕО ІО МО: 11).
Тканини зліва направо: 12 ракових тканин (2 раки стравоходу, 1 рак жовчного міхура, 8 раків легенів, 1 рак шкіри). Фігура 9) Символ гена: І/ЗбЕМ, пептид: БІ З5РМІСОМ (ЗЕБО ІЮ МО: 13).
Тканини зліва направо: 26 ракових тканин (8 раків голови та шиї, З раки стравоходу, 10 раків бо легенів, З раки шкіри, 1 рак сечового міхура, 1 рак матки). Фігура 10К) Символ гена: АМОЇ,
пептид: ГП АМОМУАА (5ЕБЕО ІО МО: 15). Тканини зліва направо: 8 ракових тканин (2 раки стравоходу, 1 рак жовчного міхура, 1 рак печінки, 1 рак легенів, 1 раки шкіри, 1 рак шлунка, 1 рак сечового міхура, 1 рак матки). Фігура 111) Символ гена: Е7, ІЗНМ4-31, ї:НаИ, ІННО,
ІСНОЗ, ІНОЗ, ІСНМ, пептид: МІЗКТРЕМ (5ЕО ІО МО: 17). Тканини зліва направо: 19 ракових тканин (2 раки стравоходу, 2 раки нирки, 2 раки печінки, 9 раків легенів, 1 рак лімфатичних вузлів, 1 рак яєчка, 2 раки сечового міхура). Фігура 12М) Символ гена: О5ЕКТ, пептид:
ЗІ МОМОМТМ (5ЕО ІО МО: 30). Тканини зліва направо: 1 лінія клітин (1 підшлункова залоза),14 ракових тканин (1 рак голови та шиї, 1 рак жовчних протоків, 1 рак головного мозку, 1 рак молочної залози, 1 рак стравоходу, 1 рак нирки, 1 рак легенів, 2 раки шкіри, З раки сечового міхура, 2 раки матки). Фігура 13М) Символ гена: НА5З, пептид: УМІОІЕНЕМ (ЗЕО ІО МО: 32).
Тканини зліва направо: 1 нормальна тканина (1 матка), 15 ракових тканин (1 рак головного мозку, 2 раки стравоходу, 1 рак жовчного міхура, З раки голови та шиї, 4 раки легенів, 4 раки сечового міхура). Фігура 140) Символ гена: РКРЗ, пептид: 5 М5ЕОГ ЕРА (ЗЕБО ІЮ МО: 34).
Тканини зліва направо: 1 лінія клітин (1 підшлункова залоза), 1 нормальна тканина (1 товста кишка), 28 ракових тканин (6 раків голови та шиї, 1 рак молочної залози, 1 рак сліпої кишки, З раки товстої кишки, 1 колоректальний рак, З раки стравоходу, 6 раків легенів, 1 рак яєчника, З раки прямої кишки, З раки сечового міхура). Фігура 15Р) Символ гена: 5ЕКРІМНІ, пептид:
СІГАЕБІУМОА (5ЕБЕО ІЮО МО: 40). Тканини зліва направо: З клітинні лінії (1 нирка, 2 підшлункові залози), 4 нормальні тканини (1 надниркова залоза, 1 легеня, 2 плаценти), 41 ракова тканина (3 раки голови та шиї, З раки молочної залози, 2 раки товстої кишки, 2 раки стравоходу, 1 рак жовчного міхура, 1 рак печінки, 15 раків легенів, 1 рак яєчника, 1 рак підшлункової залози, З раки прямої кишки, 2 раки шкіри, 1 рак шлунка, 4 раки сечового міхура, 2 раки матки). Фігура 169) Символ гена: ТМЕМ132А, пептид: АГМЕМТЕНМ (ЗЕО ІО МО: 56). Тканини зліва направо: 7 нормальних тканин (5 легенів, 1 щитоподібна залоза, 1 трахея), 64 ракові тканини (6 раків голови та шиї, 12 раків головного мозку, 4 раки молочної залози, З раки стравоходу, 1 рак жовчного міхура, 5 раків нирки, 21 рак легенів, 1 рак лімфатичних вузлів, 7 раків яєчника, 1 рак підшлункової залози, 1 рак шкіри, 2 раки матки). Фігура 17К) Символ гена: РЕКСІ1, пептид:
СГАРМТРОКА (5ЕО ІЮ МО: 57). Тканини зліва направо: 14 ракових тканин (1 рак голови та шиї, 1 рак молочної залози, 2 раки стравоходу, 6 раків легенів, 1 рак яєчника, 1 рак шкіри, 1 рак
Зо сечового міхура, 1 рак матки). Фігура 185) Символ гена: МАРКб, пептид: ГІГЕБІРУМ (ЗЕО ІЮ МО: 58). Тканини зліва направо: 2 лінії клітин (1 зразок клітин крові, 1 шкіра), 25 ракових тканин (5 раків голови та шиї, 1 рак товстої кишки, 2 раки стравоходу, 1 рак лейкоцитів, 8 раків легенів, 2 раки лімфатичних вузлів, З раки шкіри, 2 раки сечового міхура, 1 рак матки). Фігура 197) Символ гена: РРРАКІ, пептид: 5ІГОТІКЕМ (ЗЕБЕО ІЮО МО: 59). Тканини зліва направо: 1 нормальна тканина (1 тонка кишка), 8 ракових тканин (1 рак голови та шиї, 2 раки стравоходу, 4 раки легенів, 1 рак яєчника). Фігура 20)) Символ гена: ТРБбЗ, пептид: МЕ МРУЕРРОМ (ЗЕО ІО МО: 77).
Тканини зліва направо: 2 нормальні тканини (1 стравохід, 1 трахея), 47 ракових тканин (8 раків голови та шиї, 4 раки стравоходу, 1 рак жовчного міхура, 14 раків легенів, 7 раків лімфатичних вузлів, 2 раки передміхурової залози, 1 рак шкіри, 8 раків сечового міхура). Фігура 21М) Символ гена: КІААО947, пептид: АМЕРНМООМ (5ЕО ІО МО: 81). Тканини зліва направо: З лінії клітин (1 зразок клітин крові, 1 підшлункова залоза), 12 ракових тканин (5 раків головного мозку, 2 раки стравоходу, 1 рак легенів, З раки лімфатичних вузлів, 1 рак матки).
На Фігурах 2А-О показані типові профілі експресії вихідних генів за цим винаходом, які дуже надмірно або виключно експресуються у пухлинах раку стравоходу, у панелі нормальних тканин (білі стовпчики) і у 11 зразках раку яєчника (чорні стовпчики). Тканини зліва направо: 7 артерій, 1 головний мозок, 1 серце, 2 печінки, 2 легені, 2 вени, 1 жирова тканина, 1 надниркова залоза, 4 кісткові мозки, 1 товста кишка, 2 стравоходи, 2 жовчних міхури, 1 нирка, 6 лімфатичних вузлів, 1 підшлункова залоза, 1 гіпофіз, 1 пряма кишка, 1 скелетний м'яз, 1 шкіра, 1 тонка кишка, 1 селезінка, 1 шлунок, 1 тимус, 1 щитоподібна залоза, 5 трахей, 1 сечовий міхур, 1 молочна залоза, З яєчники, З плаценти, 1 передміхурова залоза, 1 сім'яник, 1 матка, 11 зразків раку стравоходу. Фігура 2А) Символ гена: РТНІН; Фігура 28) Символ гена: ККТ14; Фігура 2С)
Символ гена: ЕАМ83ЗА; Фігура 20) Символ гена: РОРМ.
На Фігурах ЗА-Е показані типові результати відповіді іп міго пептид-специфічних СОвУТ- клітин здорового НІ А-А"02-- донора, тобто типові дані дослідження імуногенності: результати проточної цитометрії після пептид-специфічного мультимерного забарвлювання. Фігура ЗА)
Символ гена: 5ЕЗВЗ3, пептид: ЕГОКТРРЕМ (5ЕБЕО ІЮО МО: 97); Фігура ЗВ) Символ гена: ТМС, пептид: АМТОГ ГАСМ (ЗЕО ІЮ МО: 101). Також СОв-позитивні Т-клітини були примовані з використанням штучних АПК, стимульованих моноклональними антитілами проти СО28 їі НІ А-
А"02 у комплексі з пептидом з послідовністю ЗЕО ІЮО МО: 5 (С, ліва частина), хЕО ІЮ МО: 2 (0, бо ліва частина), ЗЕО ІЮ МО: 77 (Е, ліва частина), відповідно. Після трьох циклів стимуляції були проведене визначення клітин, що реагують із пептидом, за допомогою подвійного забарвлювання мультимерів із А"02/5едІЮ Мо 5 (С), А"02/5едіЮ Мо 2 (0) або А"02/5едіО Мо 77 (Е). На правих частинах (С, О і Е) показане контрольне забарвлення клітин, стимульованих невідповідними комплексами А"02/пептид. Проводили "гейтування" життєздатних поодиноких клітин на належність до СОбвж- лімфоцитів. Булеві гейтування допомогли виключити хибнопозитивні відповіді, виявлені за допомогою мультимерів, специфічних до різних пептидів.
Наведені частоти виявлення специфічних мультимер-позитивних клітин серед Сов лімфоцитів.
ПРИКЛАДИ
ПРИКЛАД 1
Ідентифікація і кількісне визначення рівнів пухлино-асоційованих пептидів, презентованих на поверхні клітин
Зразки тканин
Зразки тканин пухлин пацієнтів були отримані з Авіегапа (Детройт, Мічиган, США і Ройстон,
Хартфордшир, Велика Британія), РгоїеобСепех Іпс., (Калвер Сіті, Каліфорнія, США); Тіззйе
БоЇшіоп5 ЦИ. (Глазго, Велика Британія); Університетської клініки Тюбінгена. Нормальні тканини були отримані з Авієегапа (Детройт, США і Коубіоп, Хартфордшир, Велика Британія); Віо-Оріїопе
Іпс. (Каліфорнія, США); Віозегме (Белтсвілл, Меріленд, США); Сарйа! Віозсіепсе Іпс. (Роквілл,
Меріленд, США); Сепеїсіві Іпс. (Глендейл, Каліфорнія, США); Університетської клініки Женеви;
Університетської клініки Гейдельберга;х Медичного університету префектури Кіото (КРОМ);
Університетської клініки Мюнхена; Ргоїеобепех пс. (Калвер Сіті, Каліфорнія, США);
Університетської клініки Тюбінгена, Тіє5це БоЇшіоп5 4. (Глазго, Велика Британія). До хірургічного видалення тканин або аутопсії була одержана письмова інформована згода від усіх пацієнтів. Тканини були заморожені шоковим способом безпосередньо після вирізування та зберігались до виділення ТОМАР при температурі -70 "С або нижче.
Виділення пептидів НГА із зразків тканин
Пули пептидів НГА із заморожених шоковим способом зразків тканин були одержані імунним осадженням із твердих тканин відповідно до незначно зміненого протоколу (гаїК еї аї., 1991; зЗеедег єї а!Ї., 1999) з використанням НІ А-А"02-специфічного антитіла ВВ7.2, використанням
Зо НІА-А, -В, С-специфічного антитіла УМУб/32, використанням СМВг-активованої сефарози, кислотної обробки та ультрафільтрації.
Аналіз методом мас-спектрометрії
Одержані пули пептидів НІГА розділялися відповідно до їхньої гідрофобності із використанням зворотно-фазної хроматографії (папоАсдийу ШРІС зуєїет, УмМаїегв), та елюйовані пептиди були проаналізовані на гібридному мас-спектрометрі ГТО-уєЇо5 (ТпегптоЕїПІесігоп) з джерелом іонів типу електроспрей (Е5І). Пептидні пули були завантажені безпосередньо на аналітичну мікрокапілярну колонку з плавленого кварцу (75 мкм в. д. х 250 мм), заповнену зворотно-фазним сорбентом С18 розміром 1,7 мкм (УмМаїегв), із застосуванням швидкості потоку 400 нл на хвилину. Згодом пептиди були розділені з використанням двоетапного 180-хвилинного бінарного градієнту з 10 95 до 33 95 розчинника В при швидкості потоку 300 нл на хвилину. Градієнт був забезпечений розчинником А (0,1 95 мурашиної кислоті у воді) та розчинником В (0,1 96 мурашиної кислоті в ацетонітрилі). Був використаний скляний капіляр із золотим покриттям (РісоТір, Мем/ ОБіесіїме) для введення в джерело іонів нано-ЕбІ.
Мас-спектрометри ГТО-Огріїгар працювали в інформаційно-залежному режимі з використанням стратегії ТОР5. Стисло, цикл сканування був ініційований з повним скануванням при високій точності маси на Огрйгар (К-30 000) з наступними сканами МС/МС також на Огрігар (К-7500) на 5 найбільш поширених прекурсорних іонах з динамічним виключенням раніше вибраних іонів. Тандемні мас-спектри були інтерпретовані програмою БЕОШЕ5Т з додатковим контролем в ручному режимі. Ідентифікована пептидна послідовність була підтверджена порівнянням генерованої моделі фрагментації природного пептиду з моделлю фрагментації синтетичного контрольного пептиду з ідентичною послідовністю.
Відносне кількісне визначення на основі даних РХ-МС без використання ізотопної мітки здійснювалось підрахунком іонів, тобто екстракцією і аналізом компонентів РХ-МС (Миеїег еї аї., 2007). Цей метод базується на припущенні, що площі піків РХ-МС сигналів пептиду корелюють з його кількістю у зразку. Екстраговані компоненти були потім піддані обробці методами деконволюції за зарядовими станами і вирівнювання часу утримання (Миеїег еї аї., 2008; іт еї а!., 2008). Нарешті, компоненти РХ-МС були піддані обробці методом перехресних посилань з результатами ідентифікації послідовностей з метою об'єднати кількісні дані різних зразків і тканин у профілі презентації пептидів. Кількісні дані пройшли двоярусну нормалізацію 60 відповідно до основної тенденції, з урахуванням варіабельності технічних і біологічних повторних вимірів. Отже, кожний ідентифікований пептид можна зв'язати з кількісними даними, що дозволяє провести відносний кількісний аналіз між зразками і тканинами. Крім того, усі кількісні дані, отримані для пептидів-кандидатів, були перевірені вручну для забезпечення погодженості даних і перевірки точності автоматичного аналізу. Профілі презентації були розраховані для кожного пептиду, які дозволяють оцінити середній рівень презентації у зразку, а також варіацію повторних вимірювань. На профілях зіставляються зразки раку стравоходу з фоновим рівнем зразків нормальних тканин.
Профілі презентації типових надмірно презентованих пептидів показані на Фігурі 1.
Показники презентації типових пептидів наведені у Таблиці 8.
Таблиця 8. Показники презентації. У таблиці наведений перелік пептидів, які надзвичайно надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (ж), в значній мірі надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (їі або надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (Ж). У склад панелі нормальних тканин входили: жирова тканина, надниркова залоза, артерія, вена, кістковий мозок, головний мозок, центральний і периферичний нерв, товста кишка, пряма кишка, тонка кишка, включаючи дванадцятипалу кишку, стравохід, жовчний міхур, серце, нирка, печінка, легеня, лімфатичний вузол, мононуклеарні лейкоцити, підшлункова залоза, очеревина, гіпофіз, плевра, слинна залоза, скелетний м'яз, шкіра, селезінка, шлунок, тимус, щитоподібна залоза, трахея, сечовід, сечовий міхур.
Таблиця 8 7771711176 (шар 117Ї111111111111янС7 77711178 ФАШОСОЗЕАУМВМ Г/////// Ї77777777711717171сян111СсС2С 1100901 ФЇНШАВІНТАЇГГ//7777711Ї111111сяннсСсС2С
Таблиця 8 7777И.66 |шШоЕКМО5М 7 / ЇЙ; 77111.68 |РАМО5ЗБОГУВ 7 Ї7777777171111717171сян1сСсС2С 1111080 ФЇАСОБАСЕМАГ///7/Ї11111111сяннсСсСс2С 71111786 |6ИТЕВАМЇ 7 ЇЇ сИсИсИЙ;Й;,;, пи: В ЕЕ ТЕТЬ ЕТ ПООООООООООННЯ ПО
ПРИКЛАД 2
Профілі експресії генів, що кодують пептиди за винаходом
Надмірна презентація або специфічна презентація пептиду пухлинних клітинах у порівнянні з нормальними клітинами є достатньою для можливості його використання в імунотерапії, а деякі пептиди є пухлино-специфічними незважаючи на те, що їхній вихідний білок зустрічається також у нормальних тканинах. Все ж, отримання профілю експресії ІРНК додає додатковий рівень безпеки у виборі пептидних мішеней для імунотерапії. Це особливо важливо для варіантів терапії з високим ризиком для безпеки, таких як ТКР із дозрілою афінністю, де ідеальний пептид буде отриманий з білка, унікального для пухлини і який не виявлений у нормальних тканинах.
Джерела та приготування РНК
Зразки тканин, видалені хірургічним шляхом, були придбані у зазначених вище джерел (див.
Приклад 1) після одержання письмової інформованої згоди від кожного пацієнта. Зразки пухлинної тканини були миттєво заморожені в рідкому азоті безпосередньо після хірургічної операції та пізніше гомогенізовані з використанням ступки та товкача під рідким азотом.
Тотальна РНК була приготована з цих зразків з використанням реактиву ТКІ (Атріоп,
Дармштадт, Німеччина), з наступним очищенням за допомогою КМеазу (ОІАСЕМ, Хільден,
Німеччина); обидві методики виконувались за протоколом виробника.
Тотальну РНК із пухлинних тканин людини для експериментів із секвенування РНК отримували із таких джерел: РгоїеобСепех Іпс. (Калвер Сіті, Каліфорнія, США); Тіввиє боЇшіопе
Ца. (Глазго, Велика Британія).
Тотальну РНК із здорових тканин людини для експериментів із секвенування РНК отримували із таких джерел: Авіегапа (Детройт, США і Коузіоп, Хартфордшир, Велика
Британія); Ргоїеобепех Іпс. (Калвер Сіті, Каліфорнія, США); Сепеїісібї Іпс. (Глендейл,
Каліфорнія, США); Відділення молекулярної біології і вірусної онкології Національного онкологічного інституту "Рабсаїе" (ІКСС5) (Неаполь, Італія); Університетська клініка
Гейдельберга (Німеччина); ВіоСаї отьН (Гейдельберг, Німеччина).
Якість та кількість усіх зразків РНК були оцінені на біоаналізаторі Адіепі 2100 (Адіїепі,
Вальдброн, Німеччина), з використанням комплекту ЕМА 6000 Рісо І арсСпір Кії (АдіїепО).
Експерименти з секвенування РНК
Аналіз генної експресії зразків РНК пухлинних і нормальних тканин був виконаний за методикою секвенування "наступного покоління" (КМАбед) компанією Себатї (Тюбінген,
Німеччина). Стисло, бібліотеки секвенування готують з використанням набору реагентів Шитіпа
Нізед м4 відповідно до протоколу виробника (Питіпа Іпс, Сан-Дієго, Каліфорнія, США), який включає РНК- фрагментацію, конверсію у кДНК і додавання адаптерів секвенування. Бібліотеки, отримані із багатьох зразків, змішували у еквімолярних співвідношеннях і секвенували на секвенаторі Шитіпа НізЗед 2500 відповідно до інструкцій виробника, виконуючи зчитування 50 п. н. з одного кінця. Оброблені зчитування картували на геном людини (СКСП38) з використанням програми З5ТАК. Дані з експресії отримані на рівні транскриптів у вигляді КРКМ (кількість
Зо зчитувань на кілобазу, у перерахунку на мільйон зчитувань, отримана за допомогою програми
Сийіпкб) ї на рівні екзонів (загальна кількість зчитувань, отримана за допомогою програми
Ведіоо!і5), на основі ідентифікації за базою даних епхетбрі щодо послідовностей (Епзетрбі?77).
Зчитування за екзонами нормалізують за довжиною екзону і розміром вирівнювання для отримання значень КРКМ.
Типові профілі експресії вихідних генів цього винаходу, які в значній мірі надмірно або виключно експресуються при раку стравоходу, показані на Фігурі 2. Показники презентації додаткових типових генів наведені у Таблиці 9.
Таблиця 9. Показники презентації У таблиці наведений перелік пептидів, які отримані з генів, що надзвичайно надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (ї-ї), в значній мірі надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (їж) або надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (ж). Базовий рівень для цього показника розраховували, виходячи з результатів вимірювань для наступних нормальних тканин: жирова тканина, надниркова залоза, артерія, кістковий мозок, головний мозок, товста кишка, стравохід, жовчний міхур, серце, нирка, печінка, легеня, лімфатичний вузол, підшлункова залоза, гіпофіз, пряма кишка, скелетний м'яз, шкіра, тонка кишка, селезінка, шлунок, тимус, щитоподібна залоза, трахея, сечовий міхур, вена.
Таблиця 9 7111176 шари 1111111171Ї11111111111ни11С1 11711178 ФАШОСОЗЕАУМВМ 7 Ї7777717171717171снссСсС2С 11109111 ІНШАВІНТАЇГГ//7777777771111Ї11111снвссссСсСсСсС
Таблиця 9 7711И.69 (6ШУОЗЕКМІМ 7 / Ї7111111сн1сссСс2шС 111080 ФАСОБАТЕМАЇГ/77777777/Ї111111111сясИсЙ;Й;Й2сс20
ПРИКЛАД З
Імуногенність іп міго презентованих МН І класу пептидів
Щоб отримати інформацію стосовно імуногенності ТОМАР за цим винаходом, автори винаходу провели дослідження з використанням примування Т-клітин іп мійго на основі повторної стимуляції СО8-Т-клітин штучними антиген-презентуючими клітинами (штучними
АПК), навантаженими комплексами пептид/МНе і антитілами проти СО28. У такий спосіб була показана імуногенність ТОМАР за цим винаходом, рестриктованих за НІ А-А"0201, що продемонструвало, що ці пептиди є епітопами Т-клітин, проти яких в організмі людини існують попередники СО8-Т-клітин (Таблиця 10).
Примування СО8 Т-клітин іп міго
Для проведення стимуляцій іп міго штучними антиген-презентуючими клітинами, завантаженими комплексом пептид-МНО (рмнНе) та антитілами проти СО28, спочатку були виділені СО8--Т-клітини зі свіжих продуктів лейкаферезу НІ А-А"02 шляхом позитивного відбору з використанням анти-СО8 мікрогранул (Міпепуї Віоїес, Бергіш-Гладбах, Німеччина) здорових донорів, отриманих із Клініки Університету міста Мангейм, Німеччина, після одержання інформованої згоди.
МКПК і виділені СОв--лімфоцити інкубували аж до використання в Т-клітинному середовищі (ТОМ), що складається з КРМІ-СІшщатах (Іпмігодеп, Карлсрує, Німеччина) з додаванням 10 95 термічно інактивованої АВ-сироватки людини (РАМ-Віоїесі, Ейденбах, Німеччина), 100 Од/мл пеніциліну/100 мкг/мл стрептоміцину (Сатбгех, Кельн, Німеччина), 1 мМ пірувату натрію (СС
Рго, Обердорла, Німеччина), 20 мкг/мл гентаміцину (Сатбгех). Цитокіни у концентраціях 2,5 нг/мл ІЛ-7 (РготосеїЇ, Гейдельберг, Німеччина) та 10 Од/мл ІЛ-2 (Момапів Рпагта, Нюрнберг,
Німеччина) також додавалися до ТСМ на цьому етапі культивування.
Приготування мікросфер, покритих рМНе і антитілами проти СО28, Т-клітинні стимуляції та зчитування виконувалися у добре вивченій системі іп міго з використанням чотирьох різних молекул рМНеС для кожної стимуляції і 8 різних молекул рРМНеС для кожної умови зчитування.
Очищені костимулювальні антитіла мишачого І(дДо2а проти СО28 людини АБ 9.3 (Чипа еї аї., 1987) були хімічно біотинільовані за допомогою сульфо-М-гідроксисукцинімідобіотину, як
Зо рекомендовано виробником (Регріо, Бонн, Німеччина). Використовували полістирольні гранули діаметром 5,6 мкм, покриті стрептавідином (Вапоз І арогайгіє5, Іллінойс, США). рМНС, використаними як позитивний і негативний контроль, були А"0201/МІ А-001 (пептид
ЕГАСІСІ ТМ (5БО ІЮ МО. 102) з модифікованого Меїап-А/МАВТ-1) та А"0201/00Х5-001 (У РАЇМНІ з 0ОХ5 (5ЕО ІО МО. 103), відповідно.
В 96-лункові планшети вносили 800 000 мікрогранул/200 мкл у присутності 4 х 12,5 нг різних біотинільованих комплексів РМНС, промивали та додавали 600 нг біотинільованих антитіл проти СО28 в об'ємі 200 мкл. Стимуляція була проведена в планшетах на 96 лунок шляхом спільного інкубування 1 х 105 СОВ8-Т-клітин із 2 х 105 промитих мікрогранул з покриттям у 200 мкл ТОМ з доданням 5 нг/мл ІЛ-12 (Рготосеї|) протягом З днів за температури 37 "С. Половина середовища була потім замінена свіжим ТОМ з доданням 80 Од/мл ІЛ-2, та інкубування продовжували 4 дні за 37 "С. Цей цикл стимуляцій був виконаний загалом три рази. Для зчитування з РМНО-мультимерів з використанням 8 різних молекул РМНС для кожної умови зчитування застосовувалося двомірне структурне кодування як описано раніше (Апаегзеп еї аї., 2012) з невеликими модифікаціями, які стосуються зв'язування з п'ятьма різними флуорохромами. Нарешті, був проведений аналіз мультимерів за допомогою забарвлювання клітин барвником для визначення їхньої життєздатності І іме/деай у ближньому ІК-діапазоні (Іпмігодеп, Карлесрує, Німеччина), клону антитіл СО8-РІТС 5КІ1 (ВО, Гейдельберг, Німеччина) і флуоресцентних РМНО-мультимерів. Для аналізу використовували цитометр ВО І ЗК ЗОКР, обладнаний відповідними лазерами і фільтрами. Пептидо-специфічні клітини були розраховані як відсоток від загальної кількості СО8-позитивних клітин. Оцінка результатів мультимерного аналізу була виконана за допомогою комп'ютерної програми Ріомл)о (Тгее Заг, Орегон, США).
Примування іп міго специфічних мультимер-позитивних СО8- лімфоцитів було визначене порівнянням зі стимуляціями негативних контролів. Імуногенність для даного антигену визначалася, якщо було виявлено, що принаймні одна оцінювана іп міго стимульована лунка одного здорового донора містить специфічні СО8'«Т-клітини після стимуляції іп міго (тобто коли ця лунка містила хоча б 195 специфічних мультимер-позитивних серед СО8-Т-клітин та відсоток специфічних мультимер-позитивних клітин був принаймні в 10 разів більше медіанного значення стимуляцій відповідних негативних контролів).
Імуногенність іп міго для пептидів раку стравоходу
Для перевірених пептидів НГА | класу імуногенність іп міго можна продемонструвати генерацією пептидо-специфічних Т-клітинних ліній. Типові результати цитометрії після ТОМАР- специфічного мультимерного забарвлення для двох пептидів (5ЕО ІЮ Мо 97 і 5ЕО ІО Мо 101) за винаходом показані на Фігурі 3, разом із відповідними негативними контролями. Результати для п'яти пептидів за винаходом зведені у Таблицю 10А.
Таблиця 10А. Імуногенність іп міго пептидів НГА І класу за винаходом
Типові результати експериментів по визначенню імуногенності іп міго, проведених подавцем заявки, для пептидів за винаходом. «20 95 - -; 20 95 - 49 95 - ---; 50 96 - 69 9Уо- нан; »- 70 96 - нижня
Таблиця 10А 11171198 |МІЕРМІКТМ //7777717117111117171ю111Ї11л-нн
Таблиця 10В. Імуногенність іп міго пептидів НГ А класу І за винаходом
Типові результати експериментів по визначенню імуногенності іп міго, проведених подавцем заявки, для пептидів за винаходом. Наведені результати експериментів по визначенню імуногенності іп міго. Відсоткові долі позитивних лунок і донорів (серед оцінюваних) зведені як зазначено «20 95 - --; 20 95-49 95 -----; 50 У - 69 9Уо- ян; »- 70 95 - ЯН
Таблиця 108 7111176 Фшварит 111171Ї11111111111н111
Таблиця 108 777.7И769 (б МО5ЕКМІМ С / Ї777777711117171я7сИсИЙИЙ;,2
ПРИКЛАД 4
Синтез пептидів
Усі пептиди були синтезовані стандартним і широко використовуваним методом твердофазного синтезу пептидів за стратегією Етос. Ідентичність і чистоту кожного окремого пептиду визначали методами мас-спектрометрії і аналітичної ЗФ-ВЕРХ. Пептиди одержували у вигляді білих або брудно-білих ліофілізатів (солей фторацетатів) чистотою »50 95. Усі ТОМАР переважно вводять у вигляді трифторацетатних солей або ацетатних солей, використання інших солей також можливе.
ПРИКЛАД 5
Аналіз зв'язування з МНС
Пептиди-кандидати для Т-клітинної терапії за цим винаходом були додатково перевірені на здатність зв'язуватися з МНС (афінність). Окремі комплекси пептид-МНСО були отримані УФф- індукованим обміном лігандів, за якого УФ-чутливі пептиди розщеплюються під дією Уф- випромінювання, і аналізується продукт обміну з пептидом, що вивчається. Тільки пептиди- кандидати, які здатні ефективно зв'язуватися з пептид-сприйнятливими молекулами МНС і стабілізувати їх, попереджають дисоціацію комплексів із МНС. Для визначення виходу реакції обміну проводили аналіз методом ЕЇІ5А на основі виявлення легких ланцюгів (В2т) стабілізованих комплексів із МНС. Аналіз проводили згідно з загальним описом у роботі
Коаепко і співавт. (Нодепко евї а!., 2006). 9б-лункові планшети МАХІЗогр (МОМС) були покриті протягом ночі розчином 2 мкг/мл стрептавідину у РВ5 при кімнатній температурі, 4 рази промиті і блоковані протягом 1 год. при 37"С у 295 розчині БСА, що містить блокувальний буфер. Ренатуровані мономери НІА-
А"02:01/МІ А-001 використовувались як стандарти, охоплюючи діапазон 115-500 нг/мл.
Мономерні комплекси пептид-МНСОС, продукти реакції обміну, що протікає під дією Уф- випромінювання, розводили у 100 разів у блокувальному буфері. Зразки інкубували протягом 1 год. за температури 37 "С, промивали чотири рази, інкубували з 2 мкг/мл кон'югованих із пероксидазою хріну антитіл проти В2т протягом 1 год. за температури 37 "С, знову промивали і визначали з розчином ТМБ, реакцію зупиняли за допомогою МНаг5О». Поглинання вимірювали
Зо при 450 нм Пептиди-кандидати, що демонстрували високий вихід реакції обміну (переважно вище 50 95, найбільш переважно вище 75 95) є зазвичай переважними для синтезу і продукції антитіл або їх фрагментів і (або) рецепторів Т-клітин або їх фрагментів, оскільки вони показують достатню авідність до молекул МНС і попереджають дисоціацію комплексів МНС.
Таблиця 11. Показники зв'язування з молекулами МН І класу
Зв'язування пептидів, рестриктованих за молекулами НІ А | класу, з НІ А-А"02 було класифіковане за виходом реакції обміну пептидів: 210 95 - --; 220 905 - --; 250 95 - ----; 75 96 - іх лін ля ія й
Таблиця 11 176 дшвари11111111111111111111Ї111111111111нясИ72 178 ЗАШОСОЗЕАУМВМ 77777777 Ї7711111111снясСс2С 1101018 0НШАВІНТАЇГ//777777777111111111111Ї11111сняюссСсСсС
Таблиця 11 0010060 0МУМЕЕШКМССС/ССССССССС111ЇЇ11111111111ящсс72 66 0ШОЕКМОБМ////1111111171Ї111111111сняс72с 68 РАМОЗБОГУВІ /771/Ї111111111ся-жсСс2 69 д6бИМОЗЕКМІМ 7771117Ї111111сняс2С
Таблиця 11 111780 ЗАСОБАТЕМАЇГ////7777777711111111111Ї111111сясСс2С 11789 БСАОБІУМЕ/////7771111111111Ї111111111сяжсСс2 080 8ІМЕМУНАЄГ///7777777711111111111Ї111111сняюссСс2С
ПРИКЛАД 6
Абсолютне кількісне визначення рівнів пухлино-асоційованих пептидів, презентованих на поверхні клітин
Отримання зв'язувачів, таких як антитіла і (або) ТКР, є трудомістким процесом, який можна провести лише для обмеженої кількості вибраних мішеней. У випадку пухлино-асоційованих і пухлино-специфічних пептидів критерії вибору включають, але не обмежуються ними, винятковість презентації і щільність пептиду, презентованого на поверхні клітини. Підрахунок числа копій пептиду ТОМАР на одну клітину в зразках солідних пухлин потребує абсолютного кількісного визначення пептидів ТОМАР, визначення ефективності виділення ТОМАР і числа клітин на зразку тканини, що аналізується.
Кількісне визначення пептидів методом наноРх-МС/МС
Для точного кількісного визначення пептидів методом мас-спектрометрії для кожного пептиду була побудована калібрувальна крива з використанням методу внутрішнього стандарту. Внутрішнім стандартом є подвійно мічений ізотоп версії кожного пептиду, тобто дві мічені ізотопом амінокислоти були введені під час синтезу ТОМАР. Він відрізняється від пухлино-асоційованого пептиду лише своєю масою, але не має відмінностей у інших фізико- хімічних властивостях (Апаегзоп еї аї., 2012). Внутрішній стандарт вводили як стандартну добавку у кожний зразок для МС, і усі МС сигнали були нормалізовані відносно МС сигналу внутрішнього стандарту для згладжування можливих технічних флуктуацій між результатами
МС вимірювань.
Калібрувальні криві були зняті принаймні у трьох різних матрицях, тобто елюатах пептиду
НІА з природних зразків, подібних до звичайних зразків для МС, і кожний препарат пройшов вимірювання у двох прогонах на мас-спектрометрі. Для оцінки МС сигнали були нормалізовані відносно сигналу внутрішнього стандарту, а калібрувальну криву розраховували методом логістичного регресійного аналізу.
Для кількісного визначення пухлино-асоційованих пептидів із зразків тканини у відповідні зразки вводили внутрішній стандарт як стандартну добавку; здійснювали нормалізацію МС сигналів відносно сигналу внутрішнього стандарту і кількісне визначення за допомогою
Зо калібрувальної кривої пептиду.
Ефективність виділення комплексів пептид/МНСО
Як і для кожного процесу очищення білків, виділення білків із зразків тканини пов'язано з певними втратами білка, що вивчається. Для визначення ефективності виділення ТОМАР були отримані комплекси пептид-МНОС для всіх пептидів ТОМАР, вибраних для абсолютного кількісного визначення. Щоб розрізнити комплекси пептид-МНС, до яких вводили стандартні добавки, і комплекси з природними пептидами, були використані версії ТОМАР із однократним міченням ізотопом, тобто одна мічена ізотопом амінокислота була введена під час синтезу
ТОМАР. Ці комплекси були додані як стандартні добавки до свіжеприготованих лізатів тканин, тобто у найранішій можливій точці процедури виділення ТОМАР, а потім уловлені у вигляді комплексів природний пептид-МНС у подальшому афінному очищенні. Таким чином, вимірювання ступеня вилучення однократно мічених ТОМАР дозволяє зробити висновки щодо ефективності виділення індивідуальних природних ТОМАР.
Ефективність виділення аналізували на низькій кількості зразків, і її значення були зіставні для цих зразків тканин. Навпаки, ефективність виділення індивідуальних пептидів є різною. Це наводить на думку, що ефективність виділення, хоча й визначена лише у невеликій кількості зразків тканин, можна екстраполювати на будь-який інший тканинний препарат. Однак є необхідним аналізувати кожний ТИОМАР індивідуально, оскільки ефективність виділення неможливо екстраполювати з одного зразка на інші.
Визначення числа клітин у твердій замороженій тканині
Щоб визначити число клітин у зразках тканин, для яких проводили підрахунок абсолютної кількості пептиду, автори винаходу застосували аналіз вмісту ДНК. Цей метод є застосовним до широкого діапазону зразків різного походження і, що найбільш важливо, до заморожених зразків (АІсозег еї аї., 2011; ЕРогзеу апа Снацйанигі, 2009; 5іїма єї аЇ., 2013). Під час стандартної процедури виділення пептидів із зразка тканини отримували гомогенний лізат, із якого відбирали невелику аліквоту. Аліквоту ділили на три частини, із яких виділяли ДНК (набір
ОіаАтр ОМА Міпі, Оіадеп, Хільден, Німеччина). Сумарний вміст ДНК у кожному зразку виділеної
ДНК кількісно визначали флуоресцентним методом кількісного визначення ДНК (набір для кількісного визначення Оцбрії азхоОМА Н5, І Ме ТесппоЇодіех, Дармштадт, Німеччина) щонайменше у двох повторних вимірюваннях.
Для розрахунку кількості клітин будували стандартну криву для ДНК на основі аліквот індивідуальних здорових клітин крові, з діапазоном визначених кількостей клітин. Стандартну криву використовували для розрахунку загального вмісту клітин із сумарного вмісту ДНК у кожному зразку виділеної ДНК. Середнє значення загального числа клітин у зразку тканини, який використовували для виділення пептидів, екстраполювали з урахуванням відомого об'єму аліквот лізату і загального об'єму лізату.
Кількість копій пептиду на одну клітину
Зо Використовуючи дані згаданих вище експериментів, автори винаходу розрахували кількість копій ТОМАР на одну клітину, розділивши загальну кількість пептиду на загальне число клітин у зразку, з наступним діленням на ефективність виділення. Кількість копій клітин для вибраних пептидів наведена у Таблиці 12.
Таблиця 12. Абсолютні кількості копій. У таблиці наведені результати абсолютного кількісного визначення у зразках пухлин НДРЛ. Медіанні кількості копій на клітину наведені для кожного пептиду: «100 -:; 5-100 -:--; 5-1000 ж--н; 5-10 000 - я--і. Наводиться кількість зразків, для яких є в наявності оцінювані високоякісні дані МО.
Таблиця 12 08 0 ІРТНОЮЯЇЇ 17 177111111171717171жю11 їз
Список посилань:
Арразв, МУ. єї а!., Егопі Опсої 5 (2015): 75
Адатзв, 5. єї а!., РІ о5.Опе. 9 (2014): е112945
АІЇ Моизіаїа, А. Е. вії аІ., Опсодепе 21 (2002): 2634-2640
АІ-Магаї, В. еїа!., Сеї! Аан.Міаг. (2015): 0
АїЇІсозег, 5. У. еї аІ., ВМСО.Віоїеснпої. 11 (2011): 124
АІпо!е, А. єї аї., Ерідепеїйсв5. 8 (2013): 1198-1204
АЇ, В. Н. ві аї., Нит.Раїної. 45 (2014): 2453-2462
АЇІзоп, у). Р. егаі., Зсієпсе 270 (1995): 932-933
АїІретг, М. єї аї., Мо!ї.СеїІ Віоснет. 393 (2014): 165-175
АІзадаБбу, 5. А. єї аї., / Ргоїєоте.Невз 13 (2014): 5051-5062
Айтаппзрбрегдег", М. єї аї!., Ат.) Раїпої. 118 (1985): 85-95
Аттепабоіа, М. еї а!., РІ о5.Опе. 9 (2014): е99512
Апаегзеп, В. 5. еї а!., Маї. Ргоїос. 7 (2012): 891-902
Апаегзоп, М. І... еї а!., У Рготеоте.Нез 11 (2012): 1868-1878
Аррау, М. егаї., Єиг.У Іттипої!. 36 (2006): 1805-1814
Агепіг, ОВ. єї аї., Сіїп Ргоїєотісв. 8 (2011):16
Агії, О. єї а!., Агсп.Раїйої.Г ар Меа. 139 (2015): 978-980
Айцміпеп, Р. еї а!., Вгєазі Сапсег Нез Тгеаї. 143 (2014): 277-286
Ауазагаїа, 5. єї аі!., РІ о5.Опе. 8 (2013): е76895
Вапснегеаи, 9. єї а!., Сеї! 106 (2001): 271-274
Вапагезв, Е. єї а!., Опсої Вер. 12 (2004): 287-292
Вапегпієє, К. еї аї., ІП.) Сапсег (2015)
Ва!то5-РІіЇНО, М. б. еї аї., У Сіїп Епдостіпо!Ї.Меїаб 100 (2015): Е890-Е899
Вазпуат, М. 0. еї а!., Меоріавіа. 7 (2005): 556-562
Вази, 5. єї а!., РІ о5.Опе. 10 (2015): е0123979
Вахіег", Р. А. вї аі., Аста Мештораїпо!.Соттип. 2 (2014): 160
Веацу, а. єї а!., У Іттипої 166 (2001): 2276-2282
Вескетг", 5. А. єї аіІ., Сапсег Вез 56 (1996): 5092-5097
Ведо95, «4. 0., Маште 275 (1978): 104-109
ВеїПоп, М. еї а!., Віоса 121 (2013): 5045-5054
Вепіатіпі, М. єї аї., Чоштаї! ої Ше Воуаї 5аїйвіїса! босівеїу.бегієз В (Меїподоіодіса!), Мої.57 (1995): 289-300
Впанаснагіее, В. В. єї аї., Сеї! Віої Іпї. 36 (2012): 697-704
Віп Атегт", 5. М. єї аЇ., Зацаї.Меа.) 29 (2008): 507-513
Віапси, А. єї аї., РІ о5.Опе. 8 (2013): еб6436
Віапсо, М. А. єї аї., СеїІ Без 22 (2012): 1339-1355
Віепк, 5. еї а!., Сапсег Іптогт. З (2007): 399-420
Вошнег, У. М. еї а)ї., Ргоїєїп Епо 16 (2003): 707-711
Воуєг", А. Р. єї а!., Мої.Сеї! Ргоїєотісв. 12 (2013): 180-193
Вог7а, МУ. Р. єї а)., Опсоїагодвєї. 6 (2015): 32723-32736
ВгаціКе, Т. еїаї., Агсп.Віоспет.Віорпуз. 298 (1992): 176-181
Вгаштипет", Н. еї аї., Маїиге (2013)
Вгау, РЕ. єї аї., Іпі У Сапсег 132 (2013): 1133-1145
Вгесптапп, М. єї а)ї., Іттипіу. 37 (2012): 697-708
Вгедпої,, а. єї а)., Опсоїагодвєї. 6 (2015): 39676-39691
Вгешипіпдег", 5. ві а!І., Ат.) Раїйої. 176 (2010): 2509-2519
Вгегіпома, «). єї аі., Сапсег Сепеї.Суїодепеї. 173 (2007): 10-16
Вгодпаттет, М. єї аї., Сапсег І ей. 214 (2004): 225-229
Вгоззані, Р. єї а!., Віоса 90 (1997): 1594-1599
Вгпискаогтетг", Т. егаі!., Сит.РНагт.Віоїеснпої. 5 (2004): 29-43
ВискКієу, М. Е. єї аї., Сеїї Овсаїн.Оів. 5 (2014): е1070
Виї, Р. Н. ег аІ., МоІ.Рпагитасої. 76 (2009): 1044-1052
Виїт, М. Е. еї аІ., Опсоіоду 69 (2005): 445-454
Вціав, Т. егаї!., Єик.У Нібіоспет. 55 (2011): 67
Саї, 9. І. егаї., Сніп ) Сапсег Вез 23 (2011): 59-63
Саї, О. єї аї., Маї Сепеї. 46 (2014): 886-890
Саї!топ, М. РЕ. еїа)ї., Ерідепеїйсв. 10 (2015): 622-632
Само, М. єї а!., Віоспет.Сеї! Віої! 92 (2014): 305-315
Сапеї, В. єї а)І., Нит. Раїної. 42 (2011): 833-839
Сабо, 7. ега|., МоїІ.Опсої 8 (2014): 285-296
Сага, К. Р. єї а)., Сапсег Іттипої! ІттипоїНег. 53 (2004): 345-357
Саїпіпсі, Р. єї аї., Іпі.У Іттипораїййої.Рнаттасої. 18 (2005): 513-524
Са?гієг, у. В. ег аі., Маї Соттип. 5 (2014): 3756
Сеїіпаїв, М. єї а!., Еиг.Агсп.Ототіпоїіагупдо!. (2015)
Спакгавапі, а. єї аі., Сапсег Меїаь З (2015): 12
СНапейоп, В. єї аї!., Тгепаз Віоспет.5сі. 37 (2012): 309-316
СнНапа, І. МУ. еї аІ., Титоигк.Віо! 36 (2015): 5441-5450
Снапа, у. МУ. еї а!., Апіїсапсег Вез 32 (2012): 1259-1265
СНапоск, 5. У. еї аіІ., Нит.Іттипої. 65 (20043: 1211-1223
Снашмеї, С. еї а!., РІ о5.Опе. 6 (2011): е22545
Сне, у. еї аІ., Титоиг.Віо! 36 (2015): 6559-6568
Снеп, В. єї а)., МоЇ.Сапсег Вез 10 (2012): 305-315
СнНеп, К. 0. єї а)ї., СеїЇ Оєайн.Оів. 5 (2014а): е1244
Снеп, Ї. ега!., Іпі.У Мої.5сі. 15 (201460): 11435-11445 60 Снеп, 0. евї а!., Сеї! Рнузіо! Віоспет. 35 (2015а): 1052-1061
Снеп, В. 5. єегаІ., Опсодепе 28 (2009): 599-609
Спеп, 5. ега)І., Сапсег Ерідетіо!. 37 (2013): 172-178
Спеп, МУ. М. еї аї., Оід.Оів.сі. 60 (20155): 1655-1662
Снеп, У. єї а)І., Мед.Опсої 31 (2014с): 304
Спеп, У. С. еї а!., Іі.) Сапсег 135 (20144): 117-127
Снеп, 7. Т. єї а!., Іпї.У Мої.5сі. 16 (2015с): 15497-15530
Спеоп, 0. у. еї аї., Сіїп Сапсег Вев 20 (2014): 711-723
Спеик, МУ. еї аї., Раїйоіоду 33 (2001): 7-12
Спо, 5. у. еїгаІ., Р о5.Опе. 8 (2013): е71724
Сної, МУ. І. єеї аї., Сеї! Ррузіо! Віоспет. 23 (2009): 359-370
Спиапо, МУ. У. еї аї., Нівіо!.Нізіораїйної. 28 (2013): 293-299
Спипо, ». еї а1., У Сеї! Віої 158 (2002): 165-174
Спипо, Т. К. еї аї., Іі.) Сапсег 137 (2015): 776-783
Сітіпо, 0. єї аї., Ії.) Сапсег 123 (2008): 1327-1338
Сірпапо, В. еї а!., МоЇ.Сапсег Вез 12 (2014): 1156-1165
СііпісаІ Тіаї!в.дом, (2015), пНр//лммлм.сіїпісайта!в.дом
Сопеп, С. У. єї аї., У Мої Весоопії. 16 (200За): 324-332
Сопеп, С. У. єї аї., У Іттипої 170 (200360): 4349-4361
Сопеп, 5. М. еї а!., Ргос.Маї!.Асад.5сі.0.5.А 69 (1972): 2110-2114
Соїїдап, 4. Е. еї аіІ., Ситепі Ргоїосоїв іп Ргоївіп Зсієпсе (1995)
Соіотренці, 5. єї аї., ) Іттипої. 176 (2006): 2730-2738
Соипсії, С. еї аі., Мод. Раїної. 22 (2009): 639-650
Стоззеп, Р. Е. ві аІ., Сапсег Сепеї. Суюдепеї. 113 (1999): 126-133
Сиі, р. еіаІ., Опсодепе 33 (2014): 2225-2235
Оаїдеїег, А. єї аї., У Ехр.Сіїп Сапсег Нез 27 (2008): 82
Бапо, С. М. єї аї!., Сіїп Сапсег Вез 15 (2009): 6479-6483
Бапа, О. еї аІ., Мед.Опсої 31 (2014): 24 баг, А. А. егаї., Іттипоїіоду (2015)
Рамідв, М. 5. єї аї., ГеикК.Гутрпота 53 (2012): 2362-2370
Ко) Рамідзоп, В. еї аї!., Нит.Раїної. 45 (2014): 691-700 де Стоеп, РЕ. І. егаі., депе5 Спготовотев.Сапсег 53 (2014): 339-348 де допде, Н. у. еї а!., ейКетіа 25 (2011): 1825-1833 де За, У. К. ві а!., Вга;.) Меад.Віої! Вез 46 (2013): 21-31 ре, Кеегзтаєескег К. вї аі!., Наеєтайіодіса 99 (2014): 85-93 ре, Ропії А. ві а)., Сапсег І еії. 369 (2015): 396-404
Оеаси, Е. еї а)., Сапсег Вез 64 (2004): 7690-7696 ре, 5. еї аІ., Мод. Раїйої. 27 (2014): 1223-1230
Ребрієс-Вусніег, М. єї аІ., сепе5 Спготовотевз.Сапсег 38 (2003): 187-190
Оег аВагте, В. еї аІ., Спет Віої! 21 (2014): 1143-1161
ОеїКег, 0. А. еї аї., РІ о5.Опе. 9 (2014): е88367
Оетігкад, а. С. еї аІ., Мед.Опсої! 29 (2012): 1518-1522
Оетітгсі, Н. єї а)ї., У Орпінаї!тіс Мів.Вез 8 (2013): 303-307
Оепаіеї, «у. єї аї., Сіїп Сапсег Нез 12 (2006): 4163-4170
ОепкКбрего, а. єї аї., У Іттипої 171 (2003): 2197-2207
ОРеріапю, 0. еї а!., Маї Сепеї. 42 (2010): 910-914 ріпа, Ї.. ега)ї., Майте 481 (2012): 506-510
Рос, 5. еї аІ., Аррі.ттипопівіоспет.Мої!.Могрної. 22 (2014): 537-542
Боулпіє, 0. єї а!., Сіїп Сапсег Вев. 11 (2005): 7369-7375
Огабегома, Е. єї аї., У Меигораїпої. Ехр.Меишгто!. 74 (2015): 723-742
Огауюп, В. М. єї а)!., Сіїп Сапсег Вез 20 (2014): 1990-2000 ри, «. еї аї., Іпї.у Мої.5сі. 13 (2012): 15755-15766
РОиаптіпй, Н. еїа)ї., Нерагодавзігоепіегоіоду 60 (2013): 870-875
Бибргом/п5Каїа, М. єї а)І., Сапсег Мед. З (2014): 300-309
Енпіснома, М. єї аІ., аепотісв 102 (2013): 96-101
ЕІ-Маддаг", А. М. ега!., Сапсег СеїІ 27 (2015): 682-697
Езріпоза, А. М. еї а!., РІ о5.Опе. 8 (2013): е55975
Еззеопіг, 5. єї а!., У Раїйної. 210 (2006): 420-430 еак, К. еї а!ї., Майте 351 (1991): 290-296
Еапа, у. егаІ., ВМО.Сапсег 8 (2008а): 69 (510) Еапа, МУ. єї а!., У Тгап5і.Меа. 6 (20086): 32
Ее/20, М. 5. еї аї., Іпі.У Мої.5сі. 14 (2013): 3094-3109
Ееіепбего, ЕК. єї а!., У Іпме5і Оеєептаїйої. 122 (2004): 1510-1517
Еепа, С. еї аЇ., Гек утрпота 55 (2014): 2699-2705
Еепау еї аі.,, СГОВОСАМ 2012 м1.0, Сапсег Іпсідепсе апа Мопаїйу УУопамжіде: ІАВС СапсеїВазе Мо.11 (Ппіегпеї), (2013), пир//діоросап.іагс
Еопа, Г. єї аї!., Ргос.Маїй.Асай.5сі.0.5.А 98 (2001): 8809-8814
Еопіаїпе, у. Р. еїа!., РІ о5.Опе. 4 (2009): е7632
Еогзеу, Н. МУ. еї аї., Віотесппої.І ейї. 31 (2009): 819-823
Еи, А. еї аї., Мої.Меа.Нер. 11 (2015а): 4727-4733
Ес, У. еі а)., Сапсег Віоі!. Тнег 5 (2006): 741-744
Ес, 2. б. еїаі., Мед.5сі.Мопії. 21 (20155): 1276-1287
Еційа, А. ега!., Ссепеї.Мої.Нез 7 (2008): 371-378
Еційа, М. еї а!., У Віоспет. 152 (2012): 407-413
Ецімага, К. еї а!., РІ о5.Опе. 9 (2014): е107247
ЕшгиКаума, С. єї а)І., Сапсег Без 65 (2005): 7102-7110
Сабтомісн, 0. І. ега!., Маї Мед. 2 (1996): 1096-1103
Сао, У. В. еї аї., Маї Сепеї. 46 (2014): 1097-1102
Саціпопі, І. єї а)., Маї Вем.Іттипої! 6 (2006): 383-393
СіаПоцгаків, С. б. єї аї., У Іттипої!. 190 (2013): 5578-5587
Сіоміпа?7о, Е. вег а!., Сеї! Зідпа!. 25 (2013): 651-659
СКіКа, 0. еїа!., У Сеїї Вісо! 208 (2015): 89-107
Спіаїйс, 5. еї а), Ргос Маї.Асад.5сі.0.5.А 100 (2003): 8862-8867
СюоакКій, А. єї аї., Ії Іттипої 9 (1997): 905-911
Сюооаде, а. єї аі., РІ о5.Опе. 9 (2014): 100103
Сюогаоп, а. у. еі аІ., ВМО.Сапсег 11 (2011): 169
СотеКІ, «у. у. еї аі., Вгеазі Сапсег ВНез Ттгєаї. 122 (2010): 721-731
Стееп, М. В. еїга!., МоІесшіаг Сіопіпо, А І арогаїюгу Мапиаї 4 (2012)
Стеепів!а, Е. А., Апіїродієв: А І арогаюгу Мапиаї 2па (2014)
Стгоціх, 9. Е. еї аі., Сагсіподепевів 35 (2014): 1217-1227
Со, Х. єї аї., 5сі.Вер. 5 (2015): 11846
Соиріа, М. егаіІ., Сит.РНнапт.Оез 20 (2014): 2595-2606
Надвеї, С. єї а!., У Мештоопсої. 112 (2013): 191-197
Нададтанп, М. .). єї аї., Огоїоду 50 (1997): 643-647
Наттатпт, 0. еї аї., У ЕЄдурі.Зос.Рагазійо!. 44 (2014): 733-740
Народосоа, О. еї аї., Віоса 126 (2015): 17-25
Нагадисні, М. еї аї!., Іпї.у Опсої 43 (2013): 425-430
Нагтів, Т. М. еї аї., Атоп.Раїтої І аб Мед. 139 (2015): 494-507
Навзіепе-Нох, Н. єї а!., Віоспіт.Віорпуз.Асіа 1834 (2013): 2347-2359
Наїпа, . еї аІ., Меоріазта 59 (2012): 728-736
Наизег, А. 0. єї а)., МоЇ.Сапсег Нез 12 (2014): 130-142
Не, Х. еї а!., Іп.У Віо! Мастотої. 72 (2015): 1081-1089
Непйег", М. єї а!., Апіісапсег Адепів Мед.Спет 13 (2013): 584-594
Неишбеск, В. еї а!., Єиг.уУ Сапсег 49 (2013): е1-е7
Ноеїісни, К. Р. еї а!., Іпї.уУ Опсої 29 (2006): 839-849
Но!вії, Е. єї а!., Вг.) Сапсег 99 (2008): 1330-1339
Нодап, І. Е. єї а)ї., Віоса 118 (2011): 5218-5226
Ноимпіїв, Р. єї аі., Титоиг.Віо! 35 (2014): 7327-7333
Ни, С. К. ега., Мої!.Віої! Сеї! 23 (2012): 2702-2711
Ниапо, ЕК. еї аї., Іл. Сіїп Ехр.Раїної. 7 (2014а): 1093-1100
Ниапо, 5. Ї.. еї аі!., Сапсегв (Вазеї) 7 (2015): 1052-1071
Ниапо, У. 0. еї а, Наа Хі.Кои Оіапд.мі.Хие.7а 2пі. 25 (2007): 500-503
Ниапо, 2. єї а!., Іпаіап ) Оюіагупоо!.Неай Меск Зиго. 66 (20145): 120-125
Ниапо, 2. єї а!., У Ога! Раїйої!.Меад. 43 (2014с): 191-198
Низзеу, 2. 5. еї аї., Мої Сеї! 41 (2011): 419-431
Нулапа, М. Г. еї аї., У Іттипої. 179 (2007): 5829-5838
Іспіпозе, .. єї а!., Сапсег сі. 105 (2014): 1135-1141
Іда-Мопетостні, Н. єї а!., Мода. Раїної. 25 (2012): 784-794
ЇЇ, М. еї а/., Іпї.У Опсої 39 (2011): 593-599
Іпоце, Н. єї а!., Ії.) Сапсег 63 (1995): 523-526 60 Іпоце, К. єї аї., БибсеїІ.Віоспет. 85 (2014): 17-40
Ідбаї, М. А. єї аі., РЕВ5 І еії. 588 (2014): 2685-2692
Інтипе, Н. еіг а!., Сапсег Віо! ТНег. 4 (2005): 449-455
Івтаїї, М. Е. еї аІ., Гитоиг.Віо! (2015)
Івгаєїзеп, МУ. У. єї а)І., Зетіп.Сеї! Оєм.Віої! 43 (2015): 43-51
Уатіезоп, М. В. еї а!., Сіїп Сапсег Вез 17 (2011): 3316-3331
Уаписпомукі, Н. еї а!І., Віотед.РНаптасоїНег. 67 (2013): 240-245
Лапо, І. еїа)ї., СеїЇ Сусіе 14 (2015): 2881-2885
Зп, «. еї аї., Ії.) Нетаїо!. 99 (2014): 750-757
УЧоНпзоп, В. Н. єї аі!., Опсоїагаєї. (2015)
УЧоппеюгпе, С. М. еї а!., Оіз.Моде!.Месн. 8 (2015): 237-251 доозз5е, 5. А. єї а!., Сіїп Сапсег Вез 18 (2012): 993-1003
Уипо, С. єї аї., Ргос Маї! Асай 5сі 0 5 А 84 (1987): 4611-4615
Каббаде, М. еї аї., / Віотеа.Віотеснпої. 2008 (2008): 564127
Капепіга, М. еї а!., Сапсег Вез 67 (2007): 3276-3285
Капо, 5. єї аї., / Ргоїєоте.Нез 9 (2010): 5638-5645
Као, б. у. егаІ., Опсодепе 27 (2008): 1397-1403
Кагівзоп, 5. єї а!., Сапсег І ей. 357 (2015): 498-501
Каю, І. євї а!., Раїпої. пі. 59 (2009): 38-43
Кан, М., Іпі.У Опсої 41 (2012): 1913-1918
Ка, А. М. вег аІ., депе5 Спготовзотевз.Сапсег 51 (2012): 384-393
Ката, В. еї а!., РІ о5.Опе. 7 (2012): е51680
КепПеу-Натійоп, У. 5. єї аІ., Опсодепе 24 (2005): 6090-6100
Кнакроитг, а. еї а!., Титоиг.Віо! 36 (2015): 4905-4912
Кнаїї, А. А., Сапсег зсі. 98 (2007): 201-213
Кнараге, М. єї а!., РІ о5.Опе. 7 (2012): е38561
Кірре, А. Н., НапароокК ої Рпаптасецшіїса! Ехсірієпів га (2000)
Кідо, Т. єї аІ., Сепез (Вазеї) 1 (2010): 283-293
Кіт, 5. МУ. єї аі., ОМІС5. 15 (2011): 281-292
Кітига, Н. еї аї., Іпі.У Опсої 30 (2007): 171-179
Зо Кіпозніа, Т. єї аі!., Опсоїагодвєї. З (2012): 1386-1400
Кігоу, А. єї аї., / Сеї! Віоснет. (2015)
Кіїа, У. еї аї., Єиг.) З!иг9.Опсої 35 (2009): 52-58
Кіоріїєївси, НВ. еї аї!., / Реоїєоте.Нез 9 (2010): 6380-6391
Коігите, 5. ега!., Сапсег Вез 66 (2006): 9453-9460
Коігите, 5. ег а. Мопа У Сіїп Опсої 5 (2014): 908-920
Коігите, 5. ега!., ВіотагК.Сапсег 7 (2015): 1-13
Копо, К. єї а)., Сапсег сі. 100 (2009): 1502-1509
Копогои, А. Е. єї а!., Асіа Нізіоспет. 114 (2012): 553-561
Кіїєд, А. М., Маї Нех.Огпа бівсоу. 5 (2006): 471-484
Кіїзепко, М. 0. еї аї!., Віоспіт.Віорпуз.Асіа 1853 (2015): 254-263
Кгизе, А. .. еї аї., Іпії.У Супесої.Сапсег 24 (2014): 1616-1622
КиїКаті, а. єї а!., Вгєазі Сапсег ВНез Тгеаї. 102 (2007): 31-41
Киїні, А. еї аІ., Віотеда. Рез Іпї. 2014 (2014): 817613
Китагїг, М. еї аї., У Ткап5і.Меа. 13 (2015): 8
Китагакиіазіпуонат, М. еї аї., Сіїп Сапсег Нез 11 (2005): 3758-3765
Кигатіїви, У. єї а!., Апіїсапсег Нев 30 (2010): 4459-4465
Китітоїо, РК. єї а!., І. Мо!.Меа. 8 (2001): 89-93
Кмоп, 0. Н. ега!., Віоспет.Віорпуз.Ке5 Соттип. 406 (2011): 539-545
І аптіпада, С. єї а!., Оіз.Маткегз 35 (2013): 825-832
І ашмгак, 5. ). еїа!., Вг.) Сапсег 109 (2013): 2228-2236
І еаї, М. РЕ. єї аї., ММопа У Сазігоєпієгої. 18 (2012): 1531-1537
Ї едеї, Е. М. єї аї., Рговіаїе 73 (2013): 614-623
Ї ее, Е. у. ві аї., ) Сепеї.Сепотісв 42 (2015а): 355-371
Ї еє, Н. МУ. еї а!., Оі5.Еворпадив. (20156)
І ее, 9. ві а)., Опсозсіепсе. 2 (2015с): 410-418
І еє, у. М., Нергод.Віої! Епаостіпої. 1 (2003): 69
Ї ее, М. Н. єї а!., У Сеї! сі. 126 (2013): 1744-1752
Ї ее, М. Н. єеїгаі., Апп.М.М.Асай.5сі. 1171 (2009): 87-93
Ї еє, 5. Н. єї аі., ЕМВО У 25 (2006): 4008-4019 бо Ї ее, 5. У. єв а!., У Сіїп Іпмевзі 122 (2012): 3211-3220
І ві, У. У. єї а)., Авіап Рас.) Сапсег Ргеум. 15 (2014): 8539-8548
Ї ейнпег", К. егаІ., ВМО.Сапсег 14 (2014): 40
Ї ешіпіє МадепКаггіпот, 032-00901., (2012)
Ї ехапавет, Н. еї аї., АпаІ.Оцапі.Суюі.Нівю!. 27 (2005): 263-272
Ії, б. еі а, Опсодепе 23 (2004): 9336-9347
Ії, б. ех а, Ат.) Сапсег Вез 5 (2015а): 1635-1648
Її, А. еі аІ., Опсодепе 25 (2006): 2628-2635 її, Х. ві аї., Рапстєав 40 (2011): 753-761
Їиї, Х. 9. еї аІ., РІ о5.Опе. 7 (2012): е31146
Її, М. еї аї., Меоріазіа. 7 (2005): 1073-1080
Її, М. еї аї., Сеї! Нер. 12 (20155): 388-395
Ії, М. ес аЇ., пд Сапсег 58 (2007): 171-183
Ії, 2. ега!., Віоспіт.Віорпуз.Асіа 1846 (2014): 285-296
Папа, В. еї а. Мопа У Савігоеєпівгої. 11 (2005а): 623-628
Папа, 9. егаі., Титоиг.Віо! 36 (2015): 6391-6399
ШПапо, І. єї аї., І) Опсої 45 (2014): 659-666
ШПапо, 2. егаі., попдпна 2попа.Гіи 7а 2пі. 27 (20056): 534-537
Мао, ч. 5. єї аі., 2Неіййапод.ба.Хиє.Хиеє.Вао.мі.Хие.Вап. 44 (2015а): 329-334
ШПао, МУ. єї а!., Опсоїагоеї. 6 (20155): 24132-24147
Паау, М. єї аї., Маї Мед. 18 (2012): 980-987
Мт, М. М. єї аї., Іп.) СНгопіс.Оів. 2013 (2013): 578613
Гіт, В. егаІ., Віоспет.Віорпуз.Ке5 Соттип. 406 (2011): 408-413
Мп, б. єї а)., Опсоїагодвєї. 6 (2015): 8434-8453
Мп, 5. у. ега!., У Ргоїєотісв. 94 (2013): 186-201
Мп, Х. еїаі., Мед.Опсої 31 (2014): 42
Іпег-МеїміМе, К. єї аї., Мої.Сеї! Віоснет. 405 (2015): 205-221
Пи, В. єї аї., У Сіїп Епдостіпо!.Меїаб 99 (2014а): Е786-Е795
Пи, б. еї аї., Ії. Сіїп Ехр.Раїної. 7 (2014): 690-698
Пи, О. егаЇ., Сепеї.Мої.Вез 13 (2014с): 8153-8162
Зо Пи, ху. Р. егаі., 2попдпиа Мі.Хие.7а пі. 87 (2007а): 2719-2723
Пи, М. ега)ї., Опсо! І еїї. 7 (20144): 2192-2198
Пи, У. еї аі!., У Меигоопсої. 99 (2010): 13-24
Пи, МУ. єї аї., Се!! Оєаййн.Оів. 6 (2015): е1630
Пи, МУ. еї аї., Опсої Вер. 18 (20075): 943-951
Ми, У. Р. егаї., Титоигк.Віо! 35 (2014е): 3731-3741
Циподгеп, Н. а. єї аї., У Ехр.Меад. 162 (1985): 1745-1759
Го, Р. К. єї а)І., Опсодепе 31 (2012): 2614-2626
Го, А. К. еї аї., У Віої Спет 278 (2003): 52154-52165
Го, МУ. У. єї аї., У Ргоїєоте.Нез 6 (2007): 2143-2151
І онг, у. а. еі а!., Сапсег Сеї! 25 (2014): 91-101
Г опо, МУ. єї аї., у Сіїп Іпмеві 122 (2012): 1869-1880
Ї опдепескег", В. М. єї аї!., Апп М.У.Асад.5сі. 690 (1993): 276-291
І опдетісн, Т., Раїйоїоде 35 Зиррі 2 (2014): 177-184
Ї опзааге, у., Маї.Сепеї. 45 (2013): 580-585
Ї ои, 5. егаі., 21ет СеїЇІв 31 (2013): 1942-1953
Ги, 27. егаї., СеїІ Рпузіо! Віоснет. 33 (2014): 859-868
І иКа»в, Т. у. еї аі., Ргос.Маї!.Асайд.5сі.0.5.А 78 (1981): 2791-2795
Ї опабіад, В. І, Снетіса! Неадепів юг Ргоївїп Маоаіїісайоп Зга (2004)
Ї по, МУ. еї а!., Ттепав Епдостіпо!.Меїаб 23 (2012): 560-566
Ї м, 2. еіга!., У Ехр.Сіїп Сапсег Ве 33 (2014):100
Ма, У. єї аї., Мої.Сеї! Ргоїєотісв. 8 (2009): 1878-1890
Мадапауаке, Т. МУ. вії аі., ВМСО.Сепотісзв 14 (2013): 833
Маїзо, Р. ега!., Сапсег Вез 75 (2015): 2071-2082
Мапепії, Сх. еї а!., Тохісоі.Г ей. 112-113 (2000): 257-263
Мао, Р. егаї!., У Віої Спет 286 (2011): 19381-19391
Мао, Р. еїа!., РІ о5.Опе. 8 (2013): е81803
МагсіпКіемісл, К. М. єї а!., Ехр.СеїІ Без 320 (2014): 128-143
Мага, А. еї аі., Віоспет.Віорпуз.Нез5 Соттип. 401 (2010): 143-148
Матогїйа, М. еї аї!., МоЇ.Сапсег Рез 13 (2015): 556-564 бо Мапіп-Вийап, М. еї аї., У Мої.Меа.(Вен) 92 (2014): 277-290
Маїазза, 0. 5. єї а!., Сеїї Оєса.Оів. 4 (2013): е851
Мауав5, М. 0. еї а)ї., Апіїсапсег Нез 32 (2012): 3675-3682
Магап-Матслаг", К. єї аї., РІ о5.Сіепеї. 10 (2014): е1004105
Магигек, 5., Егп5і.Зспегіпд.Боипа.зЗутр.Ргос. (2007): 99-124
Ма?гигек, 5., Іпї.у Віоснет.Сеї! Віо! 43 (2011): 969-980
МеВг'ае, 0. 9. еї а1., У Раїної. 227 (2012): 446-455
Меїаїи, 0. єї аІ., МитаІ-Нез 771 (2015): 6-12
Меззіпа, М. еї аї., Віоса 123 (2014): 2378-2388
Меієге, С. єї а!., У Іттипої 159 (1997): 3230-3237
Мітоті, К. єї аї., Іпі.) Опсої 11 (1997): 959-964
Міга, 2. єї а|., Апіїсапсег Нез 34 (2014): 1873-1884
Мівззего, С. єї а)І., Ехр.Оептай). 23 (2014): 143-146
Мотгеїі, В. М. єї аї., Опсої! Вер. 9 (2002): 1139-1143
Могаап, В. А. вії а!., 5сіепсе 314 (2006): 126-129
Моті, М. еї а!., Тгап5ріапіайоп 64 (1997): 1017-1027
Мотттів, І. С. єї а)., Маї Сепеї. 45 (2013): 253-261
Мопага, І. єї аї., Сіїп Сапсег Вев. 12 (2006): 3435-3443
Моипігіов, а. еї аІ., Апп.Опсої 25 (2014): 1889-1900
Миеї!ег, Ї.. М. еї аї., У Реоїєоте.Нез 7 (2008): 51-61
Миеї!ег, Г.. М. єї а!., Ргоїєотісв. 7 (2007): 3470-3480
Митрего, 0. єї аї., Ргос.Ма!й.Асайд.5сі.0.5.А 96 (1999): 8633-8638
Митау, а. І. еїг аі., Нізораїйоіоду 57 (2010): 202-211
Мивіассні, С. єї а!., Іпї.У Мої.5сі. 14 (2013): 9686-9702
МабБа, А. еїаї., БіІїе. З (2014): е01308
Маброціві, МУ. єї а!., У Рготеоте.Нез (2015)
Мадетгі, А., Ехр.Сеї! Не 331 (2015): 239-250
Макао, К. єї а!., У Савзітоеєпівгої. 49 (2014): 589-593
Мамага, С. 5., Сит.РНагпт.Оез 10 (2004): 1739-1744
Ма?, 5. єї а)І., Сагсіподепевів 35 (2014): 14-23
Ко) Мешитапи, М. еї а!., Віоса 121 (2013): 4749-4752
МО, 5. К. еї а!., Сіїп Ехрегітепі.ОрпіНаїтої. 43 (2015): 367-376
Мікілаків, М. сх. еї аІ., Ат.) Сіїп Раїйої. 119 (2003): 574-586
Мівпіда, С. В. еї а)., МоІ.Рнаптасої!. 78 (2010): 497-502
Муози, У. єї а), Нит.Мої Сепеї. 10 (2001): 2313-2318
Мукорр, Т. К. егаІ., ВМО.Сапсег 10 (2010): 512
О'Согтап, 0. В. вегаі., Епдостіпоіоду 143 (2002): 4287-4294
ОН, Н. В. еїа!., СеїЇ Опсої! (Оогаг.) 37 (2014): 455-461
Опідавні, У. еїа!., Сіїп Сапсег Вез. 11 (2005): 2947-2953
ОКауата, Н. еї аї., Сапсег Ерідетіо!.Віотатег»5 Ргєм. 23 (2014): 2884-2894
ОКОН, У. О. еїга!., РГо5.Опе. 8 (2013): е54206
ОївІас, О. К. еї а!., Апіїсапсег Нез 23 (2003): 2201-2216
Огдопе?, М. а., Атгсп.Раїйої.Г ар Меа. 129 (2005): 1407-1414
Ого, Р. єї аї., Нівтої.Нізіорайної. 30 (2015): 503-521
Радаеп, .. еї аї., Мої.Сеї! Ргоїєотісв. 13 (2014): 2661-2672
Рап, В. еїаї., Мої.Віо! Нер. 40 (2013): 27-33
Рап, Т. єї аі., Віоспет.Віорпуз.Нез Соттип. 456 (2015): 452-458
Рарадзегаків, 5. єї аі., Нит.Раїної. 34 (2003): 565-572
Ратк, У. егаІ., Опсодепе 34 (2015): 5037-5045
Раїкег, І. Р. егаіІ., Сапсег Ссепотісв Ргоїєотісв. 6 (2009): 189-194
Раїнак, 5. єї а!., Мишїг.Сапсег 66 (2014): 818-824
Репа, Н. ві а!., Сеї!! Опсої (Рогаг.) 38 (2015): 165-172
Реппеу, К. Г.. ега|., Сапсег Ерідетіо!.ВіотаКегв Ргем. 24 (2015): 255-260
Регеаг, І. еї аї., Ії.) Мед.5сі. 12 (2015): 458-467
Регззоп, ЕР. еїа!., Сапсег І ей. 260 (2008): 37-47
Рнедет", 0. еї аї., Меоріавіа. 15 (2013): 1231-1240
РісКегіпо, С. В. єї а)ї., Сіїп Сапсег Вез 20 (2014): 6582-6592
РіІПау, М. еї аї., 5.Аг.Меа.у 105 (2015): 656-658
Ріїв, О. єї аІ., ВМО.Сапсег 13 (2013): 178
Ріпнеїго, у). єї аїЇ., піте: Ііпеаг апО Мопіпеаг Міхей ЕЧесі5 Модеїв (пир./СвВАМ.В- 60 рго|есі.ога/расКе-піте) (2015)
Ріебап:»кі, М. еїа!., Єик.у Іттипої 25 (1995): 1783-1787
Ропа, С. єї а!., Мігоїоду 202 (1994): 949-955
Ргазад, М. В. єї а!., Мода. Раїно!. 27 (2014): 945-957
Риєпівє, Х. 5. єї аї!., Маїшге 526 (2015): 519-524
Оеєпаго, У. єї а!., У Ргоїєоте.Вез 13 (2014): 5031-5040
ОЇ, У. егаі., Ргоїєотісв. 5 (2005): 2960-2971
ОЇ, У. еїа!., У Вгєазі Сапсег 18 (2015): 218-224
Оїеє, 5. еї а!., У СеїЇ Віоспет. 115 (2014): 498-509
Ои, У. М. еї аї., попдпица Мі.Хие.7а пі. 90 (2010): 1958-1962
Ои, 2. ві аІ., Сапсег Меа. З (2014): 453-461
Опййеп, М. єї а!., Апіїсапсег Вев. 17 (1997): 387-391
Вабіпомія, І. еї а!., Віоспет.Сеї! Віо! 74 (1996): 811-821
Вабіпомія, І. еї а!., Сіїп Ехр.Меїазіавзів 13 (1995): 481-491
Вад, Е. єї а!., Мої.Сапсег Нез 13 (2015): 1149-1160
Ваї, В. ві а!., Ога! Опсої 40 (2004): 705-712
Ваїса, М. еї а!., Апіісапсег Нез 28 (2008): 2997-3006
Ватіге2-Ехрозію, М. .. єї а!., Маїшніав 72 (2012): 79-83
Ваттепзев, Н. а. єї аї!., Іттиподепеїїсв 50 (1999): 213-219
Вееб, А. М. еї аї., У Сііп Епдостгіпо!.Меїаб 100 (2015): Е232-Е242
Веїзеад, Те МОВІ папарсоок Ппіетеїй, Спаріег 18, (2002), пЕрулимли. порі. піт.піпдом/бооК5/МВК21091/
Вептан, І. єї а!., РІ о5.Опе. 7 (2012): езо885
Веїв, 5. Т. єї аї., Сііпісв.(Зао Раціо) 68 (2013): 652-657
Веттвеїік, М. еї аї., І.) Опсої 26 (2005): 247-258
Вемії, К. єї аі!., сЧазігоепієгоіоду 145 (2013): 1424-1435
ВісКенв, С. У. єї аї., Сіїп Ерідепеїйсв. 5 (2013):16
Віпі, В. І. егаіІ., Сапсег 107 (2006): 67-74
Воск, К. Ї. єї а)., 5сіепсе 249 (1990): 918-921
Водепко, В. еї а!., Маї Ргоїос. 1 (2006): 1120-1132
Ко) Воетег, А. еї аї., У Огої. 172 (2004): 2162-2166
Вотапа, 5. Р. еїга!., ГеКетіа 20 (2006): 696-706
Вогепріит, Е. еї а!І., Нит.Сепеї. 110 (2002): 111-121
Витіпу, Р. єї аі!., І ейКетіа 25 (2011): 681-688 загїавді, В. А. єї аї., Ога! Зигу.Ога! Меа.Огаї Раїпої.Огаї Вадіо!. 121 (2016): 402-411 заїкі, В. К. егаІ., Зсієпсе 239 (1988): 487-491
Запспег-Раїйепсіа, А. евї аї., Іі.) Сапсег 129 (2011): 355-364 запіагріа, І. еїгаі!., Опсоїіодівї. 18 (2013): 1063-1073 зЗапта, 5. М. егаі., Епмігоп. ТохісоЇ.Рнаптасої. 32 (2011): 285-295 заїпуапагауапа, М. Сх. єї аІ., Сапсег Нез 64 (2004): 1425-1430 запо, Т. вії аі., Опсодепе 33 (2014): 2215-2224 запо, У. еї аї., / Савігоепієго!.Нераю!. 28 (2013): 1422-1429
ЗамазкКап, М. Е. еї аі., Апп.Апаї. 192 (2010): 309-313 зЗамазкап, М. Е. єї аї., Сигти.Меигорпаптасої. 13 (2015): 258-265
Замоу, В. М. ві а!., Епдостг.Веїаї Сапсег 20 (2013): 8341-8356 зЗепііереп, Р. еї а!., Меї.) 194 (2012): 210-214 зЗсптіц-Стгаеї, А. єї а!., Нівіораїпоіоду 51 (2007): 87-97
ЗСШ, М. 9. еї а!., СеїЇ Сусіє 13 (2014): 941-952
Зспитапп, Н. єї аї., Вг.У Оептайю!. 167 (2012): 929-936
Зепіаеїї, С. А. еї а!., У Меигоопсої. 88 (2008): 281-291 зЗеда, М. єї аі., Єиг.) Наетайо). 94 (2015): 193-205 зЗеедег, КЕ. Н. евї а!., Іттиподепеїйсзв 49 (1999): 571-576
Зеїйу, 5. егаі., Є.) Сапсег 36 (2000): 1507-1513
Зетепла, а. І., Соїа 5ргіпд Нагп.Зутр.Омапі.Віо! 76 (2011): 347-353
Зеопо, чу. єї аї!., Мо!.Віо!.Рер. 39 (2012): 3597-3601 зеїпі, М. К. єї аї., У Ргоївотісв. 126 (2015): 54-67
ЗПпептанп, РЕ. вї а!., арогаюгу Сошгзе Мапиаї ог Меїнод3з іп Меавзі Сепеїйсз (1986)
ЗП, 2. еї аї., Іі.) Супесої.Сапсег 22 (2012): 1125-1129
ЗП, 7. а. егаі., Сіїп ТгапвіІ.Опсої 17 (2015): 65-73 зЗпібапо, Т. еї аІ., Р о5.Опе. 10 (2015): ео127271 60 ЗПіп, 5. Н. ві а!., І аб Іпмезі 94 (2014): 1396-1405
Зпгиїні, 0. К. еї а!., У Ога! МахіПоїас. Раїної. 18 (20143: 365-371 зіїма, у. М. еї аї., Сеї! 137 (2009): 1047-1061 зіма, ГІ. Р. ві а)., АпаІ.Спет. 85 (2013): 9536-9542 зіпдн, М. еїгаі., ОМІС5. 19 (2015): 688-699 зЗіпдйп-Уавзціа, Н. еї аї., Сапсег Іттипої.ІттипоїНег. 53 (2004): 187-195
Зіада, Т. 9. єї аї., ) Іпмевіїд.Оептайо!.Зутр.Ргос. 1 (1996): 151-156 зтаї,, Е. ». еї аї., У Сіїп Опсої. 24 (2006): 3089-3094 зЗоброїїк-Оеї!таїге, Т. єї а)І., Сей Соттип.АаНев. 14 (2007): 99-109 зЗритт, І. В. егаі., Спетріоспет. 13 (2012): 1628-1634
Зіані, М. еї аї., Апп.Опсої. 24 Биррі 6 (2013): мі51 -мі5б
ЗІ, В. А. вї аі., ВМО.Сепотісв 6 (2005): 55
ЗіШпт, М. еї а!., ВМСО.Віоіптоптаїісв. 9 (2008): 163 зЗидітою, К. у. єї аї., Іпі.у Сіїп Ехр.Раїної. 7 (2014): 8980-8987
ЗИ, У. Н. єї а)ї., / Котєап Меад.5сі. 28 (2013): 593-601
Зип, М. ега!., Віоспет.Віорпуз.Ве5 Соттип. 340 (2006): 209-214 зЗип, У. еїаї., Віоспет.Віорпуз.Не5 Соттип. 450 (2014): 1-6
Зи2иКі, 5. еї а!., Раїпо!.Рез Ргасі. 210 (2014): 130-134 змаїп, М. еї аІ., Гитоигк.Віо! 35 (2014): 8407-8413 зЗ2еїїда, М. еї аі., Титоиг.Віо! 35 (2014): 1855-1862
ТакКабе, Р. еїа!., Ехр.СеїІЇ Нез 337 (2015): 1-15
ТаКапавцні, Н. еї аї., Огоіоду 79 (2012): 240-248
ТакКкеда, Н. еїа!., Маї Сепеї. 47 (2015): 142-150
Татада, М. еї а!., Сіїп Сапсег Рез 18 (2012): 5554-5561
Тап, В. 5. єї а)І., МоЇ.Сапсег ТНег. 10 (2011): 1982-1992
Тапака, Е. єї а!., І1ї.у Опсої! 10 (1997): 1113-1117
Тапа, Н. єї аі!., Апіїсапсег ЮОгидзв 18 (2007): 633-639
Тапо, Н. єї а!., Сіїп Сапсег Нез 19 (2013): 1577-1586
Тапо, «у. 0. єї аї., Веїїїпу ба.Хиє.Хие.Вао. 41 (2009): 531-536
Тапо, «у. 0. єї аї., Сніп Мед.) (Епа!ї.) 123 (2010): 3559-3565
Зо Тапів, Т. єї а!., Атсп.Огаї Віо! 59 (2014): 1155-1163
Теси, К. егаІ., Сапсег І ей. 356 (2015): 268-272
Тепо, В. Р. єї аї., Апіїсапсег Адепі5 Мейд.Спет 11 (2011): 620-628
Тегада, Т., Іпї.У Сіїп Ехр.Раїної. 5 (2012): 596-600
Тешеї, В. еї аї., СеїЇ Мої те 5сі. 62 (2005): 1755-1762
Тем, а. МУ. еї аї., У Віої Спет 283 (2008): 963-976
Тнотаз, А. еї а)., Сапсег Меа. 2 (2013): 836-848
Тіап, 5. У. ега1., Іпї.У Сіїп Ехр.Раїної. 7 (2014): 3752-3762
Тотики, К. еї аї!., Іпї.у Опсої 29 (2006): 175-183
Тон, Ц. еїа!., ІпУ Сіїп Опсої 7 (2002): 372-375
То, М. еї а!., Сіїп Сапсег Нев. 6 (2000): 4663-4673
Тоотеу, Р. а. егаіІ., Сапсег Сопігої! 20 (2013): 32-42
Тоїа, С. єї аі., ВМСО.Сапсег 14 (2014): 963
Тгап, Е. єег аіІ., Зсієпсе 344 (2014): 641-645
Тенопо, Т. еї а)., Епдосг.Веїаї Сапсег 21 (2014): 629-638
Тву|ітоїйо, Н. єї аї!., МоїІ.Сагсіпод 26 (1999): 298-304
ТииМмрапеп, 5. еї а!., Вг.) Сапсег 111 (2014): 1657-1662
Тима!-Коспнеп, І. єї а!., РІ о5.Опе. 8 (2013): е77260
Тма, 0. 0. еї аї., У Раїйої. 236 (2015): 136-141
Тулагоск, 5. єї а!., Мої.Сапсег 10 (2011): 30
Т2еПов5, Т. а. еї аї., У Ешг.Асайд.Оегтайю!.Мепегеої. 25 (2011): 679-687 гоземіс, «). єї аї., Маї Сеї! Віо! 16 (2014): 685-694
Маснагпі, А. еї а!., Сіїп Сапсег Вев. 13 (2007): 2905-2915
МаїЇІадаге5-Ауегтбев, М. єї аІ., Сапсег Ерідетіоі!.Віота!Кегв Ргем. 19 (2010): 1432-1440
МаїІена, 0. єї а!., Сагсіподепевів 35 (2014): 1407-1415 мап, Ссеідегтаї!5еп М. еї а!., Опсодепе (2015)
Магоа, А. Е. єї аІ., Опсодепе 24 (2005): 5043-5052
Магопа, А. єї а)І., Ат. Рпузіої! Непаї Рнузіої! 292 (2007): Е780-Е788
Мазса, УМ. єї аї., Опсо! І ейї. 8 (20143: 2501-2504
Меппеїї, 5. еї а!., Вгаіп Раїної. 23 (2013): 217-221 (510) Міпакоїми, В. еї аіІ., Сапсег Нез 75 (2015): 2349-2362
МоїЇКтег, ». Р. єї а!., Ргос.Маїй.Асайд.5сі.0.5.А 109 (2012): 2078-2083
Морі, А. еїаї., с.Спіг 32 (2011): 59-63
Миїі-Кеєе, К. евї аі., Каонзішпа.) Мед.5сі. 28 (2012): 243-250
Муапнетг, 5. еї аї., У Іттипої 171 (2003): 4974-4978
Муапнег, 5. еї а!., Маї Мед. 18 (2012): 1254-1261
Мапа, 0. еї аі., Віоспет.Віорпуз.Ке5 Соттип. 458 (2015а): 313-320
М/апо, Н. єї а!., Ггопі Опсої 4 (2014): 377
Мапа, Н. ві а)., Сапсег Сеї! 18 (2010): 52-62
Мапа, 4. еї а!., Опсої! Вер. 33 (20156): 1326-1334
Мапо, Т. еї аІ., Гитоиг.Віо! (2015с)
Мапа, МУ. М. єї а!., У Віої Снет 278 (2003): 19549-19557
Мапа, Х. еї а!., Єиг.уУ Рпаптасої. 768 (20154): 116-122
Мапа, Х. М. еїга!., РІ о5.Опе. 8 (201За): е55714
Мапа, Х. У. еї аї., Іпї У Нурепнеттіа 29 (2013): 364-375
Мапо, У. еї аІ., Меоріазта 62 (20156): 966-973
Мапа, 7. егаі., Опсоїаговї. 4 (20135): 2476-2486
Мапа, 2. еї аі., Меіапота Нез 14 (2004): 107-114
Магтетг, 5. Ї. єї аІ., Ешиге.Мейда.Снет 6 (2014): 1167-1178
МУазапабре, У. еї а!., СавзітоєпієгоЇоду 136 (2009): 2149-2158
Меддат, МУ. ега!., РІ о5.Опе. 9 (2014): е 108046
М/еппег, М. еї аІ., РЕВ5З У 277 (2010): 1597-1605
МУеівв5, Ї. еї аї., Ії.) Мої.Бсі. 13 (2012): 12925-12938
МУ/вів5зраси, 5. єї а!., Вг./ Наетаїйо!. 169 (2015): 57-70
Уеді, Т. еї аї., У Ргоїєотісв. 74 (2011): 1884-1894
М сох, В. Е. єї а!., Ргоївіп 5сі. 8 (1999): 2418-2423
УМ Попа бу, М. еї а!., Аррі./ттипопізюспет.Мої.Могрпої. 16 (2008): 344-348
МНКе, І. еї а!., Сапсег І ейї. 162 (2001): 237-243
Мо аіємісл, М. єї а!., РІ о5.Опе. 9 (2014): е90461
Муопа, М. еї а!., Сапсег І еіїї. 356 (2015): 184-191
Коо) М/оо, Т. ег аі., РГо5.Опе. 10 (2015): е0142642
УМопа Сапсег Вероні, (2014) ми, а. еї аІ., Опсо. Тагдеїв. Тнег. 8 (2015): 2067-2074
Ми, 5. єї аї!., Асіа Віоспіт.Віорпув.5іп.(ЗНапонНаї) 45 (2013): 27-35
МИ, Х. еї а!., Сапсег Нез 70 (2010): 2718-2727
Хіапа, У. єї а!., У Сіїп Іпмеві 125 (2015): 2293-2306
ХИ, у. еї а)І., Сепеї.Мо!.Вез 13 (2014): 5732-5744
ХИ, Х. ві а!., Опсоїагаєї. 6 (2015): 26161-26176
Хие, Г.. У. ві аІ., попудпиа 2попо.и 7а пі. 32 (2010): 838-844
Уавдетг, М. І. єї аї., Вг.У Сапсег 89 (2003): 860-863
Уатадисні, Т. єї аї., Оіз.Соїоп Весішт 49 (2006): 399-406
Уататою, М. еїга!., Рі о5.Опе. 6 (2011): е17149
Уататої!о, М. еї а!., Іі.) Опсої 42 (2013): 1523-1532
Мапа, С. еї аІ., Титоигк.Віо! (2015а)
Мапа, С. еї а!., Ехр.СеїІ Нез 391 (20155): 377-386
Уапо, Н. У. еї а!., У Ргоїеотісв. 75 (2012): 3639-3653
Уапа, . У. єї аІ., ВМО.Сапсег 10 (2010): 388
Уапа, 5. єї а!., У Сапсег Вез Сіїп Опсої 141 (2015с): 1265-1275
Уапа, МУ. ега!., Сапсег І ей. 339 (2013): 153-158
Уапа, МУ. єї а!., Маїшге 499 (201За): 491-495
Уапод, МУ. еї аї., Іпі.у Опсої 42 (201365): 630-698
Уао, М. єї аЇ., Сапсег Мед. з (2014): 845-854
Мао, В. еї а!., Нівто!.Нівіораїйної. 22 (2007): 1025-1032
Уи, 0. єї аї., Опсоїаговєї. 6 (2015а): 7619-7631
Уи, Х. єї а)., Сапсег Вез 73 (2013): 2093-2103
Уи, У. єї а)., Сапсег Сеї! 28 (20155): 82-96
Учап, В. еї а!., Іттипобіоіоду 217 (2012): 738-742 7апа, МУ. ега!., Мої.Сапсег 14 (2015): 37 7апіпі, 5. єї аї., Сеї! Зідпаї. 27 (2015): 899-907 7аге, М. єї аї., Мої.Сагсіпод 51 (2012): 796-806 бо 7агетрва, 5. єї аіІ., Сапсег Нев. 57 (1997): 4570-4577 па, С. ега|., Р о5.Опе. 10 (2015): е0122322 «папа, 0. еї а!., У Сеїї Мої.Меа. 16 (2012): 1047-1059 «пап, Н. ХМ. еї а!., Мої.Вісо! Нер. 41 (2014): 5519-5524 7папо, О. єї аї., / Сапсег Вез Сіїп Опсої! 141 (2015а): 691-703 7папо, 5. еї аІ., Сапсег Нез 64 (2004): 2977-2983 «папа, 5. еї аї., У Мої.Нівіо!. 45 (2014): 283-292 папа, 5. М. еї а|., 2попдпиа Хі.Хие.7а 2пі. 85 (2005): 1348-1351 папа, Т. еї аІ., МоЇ.Сапсег 9 (2010): 72 пап, Х. еї а!., Іпї.уУ Сапсег 137 (20150): 2803-2814 «папа, Х. еї а, Титоитг.Віо! 36 (2015с): 5979-5985 «папа, Х. еї а!., Р о5.Опе. 8 (2013): е72458 7папо, У. еї аІ., Сапсег Меїавзіазіз ВНем 34 (20154): 249-264 папа, 2. 7. вії аі., Мої.Сапсег Тег. 14 (2015е): 1162-1170 «паб, 0. еї аї., У Меигоопсої. 118 (2014а): 39-47 пас, а. еї аі., Віоспет.Віорпуз.Нез5 Соттип. 408 (2011): 154-159 паб, Н. вії а)., Сепе 548 (20145): 234-243 паб, Г. У. еї аї., Спіп Меа.У (Епаоі.) 126 (2013): 4260-4264 7пепо, О. єї а). Титоиг.Віо! 35 (2014): 6255-6264 «пепо, В. еї аї., ІП ІттипорНагтасої. 29 (2015): 919-925 «Пі, Н. еї а)ї., У Раїної. 217 (2009): 389-397 7пои, У. Е. єї а)І., Мопа у Сазігоеєпієгої. 20 (2014)3: 13172-13177 7пи, Н. ет аї., Сапсег І ей. 245 (2007а): 303-314 7пи, М. ега!., У Оєсптайі.5сі. 72 (201За): 311-319 «пи, 5. еї а!., У Віої Снет 282 (200765): 14328-14336 пи, М. егаі., Рговіаїе 73 (20135): 1614-1622 7пи, У. Р. ві а)., Опсоїагдеї. 6 (2015): 14488-14496
ПЕРЕЛІК ПОСЛІДОВНОСТЕЙ
«1105 Іюшарісв рБіобесппо1одієв сюпрнН
Зо «1205 Нові пептиди та комбінації пептидів для застосування для імунотерапії раку стравоходу та інших видів раку «1305 1328730 «1505 О562/188,870 «1515 2015-07-06 «1505 о081511792.2 «1515 2015-07-06 «1605 103 «1705 РасбепсІпПп уегвіоп 3.5 «2105 1 «2115 19 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 1 зек ТПг Тук біу сіу сіу Гей Бек Уаї 1 5
«2105 2 «2115 13 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 2 зек Гей Туг АБп о Гецп сіу біу Бек Гув Агуд Іїе бек Ше 1 5 10 «2105 3 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 З
Тпг Аза бБег Аїа І1е ТПг Рго Бек Уаї 1 5 «2105 мч4 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 мМЖ4
А1їа Гей Рпе сіу ТПг Іїе Гец с1и Гей 1 5
Зо «2105 К«щ5 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 5
Авп оГецпп Мес Аїа Бек біп Рго сіп Гей 1 5 «2105 6 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 Б
Тецп Гец бек с1у АБр Гец Іїе РпПе Гей 1 5 «2105 и7
«2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 7 зек Іїе Рпе біц сіу Гей Гецп Бек біу Уаї 1 5 10 «2105 8 «2115 13 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 8
А1їа Ггецп Ггецп АБр біу сбіу бек сі Аїа Ту Тгр Ага Уаї 1 5 10 «2105 9 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 139
Ніз Гей Іїе Аїа сбіц І1е Ні ТПг Аїа 1 5 «2105 10 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 10 зек гей АБр б1іц Ап о бБег АБр біп біп Уаї 1 5 10 «2105 11 «2115 11 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 11
А1їа Гей Тгр Гей Рго ТПг АвБр бек Аїа ТПг Уаї 1 5 10 «2105 12 «2115 139
«2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 12 сіу Гей Аїа 5ег Агуд Іїе Гей АБр Аза 1 5 «2105 13 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 13 зек Гей Бек Рго Маї Іїе Гей Ссі1Уу Уаї 1 5 «2105 14 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 14
Аг Гей Рго АБп Аїа Сб1іу ТПкг сіп Уаї 1 5 «2105 15 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 15 теп Гей Аїа АБп сіу Уаії Туг Аїа Аза 1 5 «2105 16 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 16
Уаї Ге Аїа сіц біу біу біц с1Уу Уаї 1 5 «2105 17 5О «2115 8 «2125 РЕТ
«213» Нотшто зарієпв «4005 17
Меє І1е бек Агуд ТПг Рго сіц Уаї 1 5 «2105 18 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 18
Рпе Гей Гец АвБр сіп Маї біп Гей С1У Гец 1 5 10 «2105 19 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 19 сІу Гей Аїа Рго Рпе Гей Гей Авзп Аїа Уаї 1 5 10 «2105 20 «2115 12 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 20
Іїе чІїе бі Маї Авр Рго Авр ТПт пув бі Меє Гей 1 5 10 «2105 21 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 21
Іїе Маі Агд сі Рпе Гец ТПг Аїа Гей 1 5 «2105 22 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв
«4005 22
Тув Гей АвБп АБр ТПг о Туг Уаї Авп Уаї 1 5 «2105 123 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 23
Тув Гец бБег АБр Бек Аїа ТПг Тук Гей 1 5 «2105 24 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Нотшто зарієпв «4005 24 теп Ге Рпе Аза сіу ТПг Меєс ТПг Уаї 1 5 «2105 25 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 25
Те Гей Рго Рго Рго Рго Рго Рго Аза 1 5 «2105 26 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 26
Месї Ггеп Аза сій пуб Гей Ге сіп Аза 1 5 «2105 27 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв
«4005 27
АБп о Гей Агуд сій с1у АБр сіп Гей Гей 1 5 «2105 28 «2115 129 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 28 зек Гей АБр сбіу Рпе ТПг Іїе Сіп Уаї 1 5 «2105 29 «2115 129 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 29 зет Ггецп АБр с01у ТПк сбіц Ге сіп Гей 1 5 «2105 30 «2115 129 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв
Зо «4005 30 зек Гей АБп о біу АБп бсіп Уаї ТПг Уаї 1 5 «2105 31 «2115 129 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 31
Уаї Ге Рго Ппув Гпецп Тук Уаї пуб Гец 1 5 «2105 32 «2115 129 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 32
Тук Меє Гей Авр Ії1е Ропе Нів сіц Уаї 1 5 «2105 33 «2115 12 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 33 сбіу Гец Авр Маї ТпПг Бек Гец Агуд Рго Ріпе АБр В ГІец 1 5 10 «2105 34 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 34 зек Гей Уаі бек сій сіп Гей бій Рго Аїа 1 5 10 «2105 35 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 35 теп Гей Аг Рпе бек біп АБр АБп Аза 1 5 «2105 36 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 36
Рпе Гей Гец Агуд Рпе 5ег біп АБр АБп Аїа 1 5 10 «2105 37 «2115 12 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 37
Тук ТПг біп Рго Рпе бек Нів Тук С1у сбіп Аїа Гей 1 5 10 «2105 38 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Нотшто зарієпв «4005 38
Іїе Аїа Аїа Іїе Агуд біу Рпе Гей Уаї 1 5 «2105 39 «2115 10 «2125 РЕВТ «213» Нотшто зарієпв «4005 39
Те Маі Аг АБр ТПг о біп Бек сіу бек Гей 1 5 10 «2105 40 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Нотшто зарієпв «4005 40
Зо сіу Гец Аїа Рпе бек Гей Тугк сіп Аза 1 5 «2105 41 «2115 12 «2125 РЕВТ «213» Нотшто зарієпв «4005 41 сіу Ге бі бек біц бій Гец бі Рго сі бій Гец 1 5 10 «2105 42 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Нотшто зарієпв «4005 42
Тпг біп ТПпг Аза Уаї Іїе ТПг Агд Іїе
1 5 «2105 43 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 43
Тув Маї Маї с1у пуб АвБр Тук Гей Гей 1 5 «2105 44 «2115 14 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 44
Аа ТП сб1у АБп АБр Агуд Губ5 сі Аза Аза бі АвБп бек Ге 1 5 10 «2105 45 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 45
Месї Ге ТПг сій Гей сій пуб Аїа Гей 1 5 «2105 46 «2115 11 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 46
Тук ТПг Азїа біп І1е с1у Аїа АБр Іїе Аїа Гей 1 5 10 «2105 547 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 47
Уаї Гец Аїа бек біу Рпе Гец ТПг Уаї 1 5
«2105 48 «2115 10 «2125 РЕВТ «213» Нотшто зарієпв «4005 48 зек Меє Нів Сіп Меє Ге Авр біп ТК Гей 1 5 10 «2105 49 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 49 сіу Гец Меє гув АБр Іїе Уаі с1у Аза 1 5 «2105 50 «-2115 11 «2125 РЕВТ «213» Нотшто зарієпв «4005 50
Сіу Меє Авп Рго Нів біп ТПг Рго Аза сіп Іеєц 1 5 10 «2105 (551 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 51
Тпув Гей Рре сіу Нів Те ТПг бБег Аїа 1 5 «2105 52 «2115 12 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 щЩ 52 уаії Аїа Ії1е сі1у сбіу Маії АБр бі1у АвБп Уаі1і! Аг9 Гец 1 5 10
«2105 С6553 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 Мщ(53
Ууаї Маї Маї ТПпг біу Гецп ТПг Гец Уаї 1 5 «2105 54 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 щ мБ54
Тук біп АвБр Гец Гей АвБп Уаї Гув Меє 1 5 «2105 -ХЗр55 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005. 155
Сіу Аїа І1е АБр Гешй Гецш Нів Авзп Уаї 1 5
Зо «2105 56 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 ЬМЩ56
А1їа Гей Уаі бі уаї ТПКк сі Ніз Уаї 1 5 «2105 -МБ57 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 «57 сіу Гец Аїа Рго АБп ТПг Рго сіу Пув Аза 1 5 10 «2105 58
«2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 58 їецп Іїе Гей біп бБетг Іїе Рго Уаї Уаї 1 5 «2105 Б59 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 Д лБ59 зек Гей Гец Авр ТПг Гецп Агд біц Уаї 1 5 «2105 60 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 «60 уаї Уаї Мем біп бі1п Гей Гей Гуз Уаї 1 5 «2105 61 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 61
ТК біп ТП Тк Нів сі Те ТПг Іїе 1 5 «2105 62 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 62
А1їа Гей Тук біц Тук біп Рго Гей біп ІШе 1 5 10 «2105 «63 «2115 10
«2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 63
Те Аїа Тук ТПг Гецп біу Уаї пуб сіп Гей 1 5 10 «2105 64 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 64 сіу Гец ТПг АБр Уаії Іїе Аг9д Авр Уаї 1 5 «2105 65 «-2115 11 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 65
Тук Маї Уаї сіу сі1у Рпе Гей Ту біп Агд Гей 1 5 10 «2105 66 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 66 теп Гей Авр бі пуз Уаї Сбіп бек Уаї 1 5 «2105 67 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 67 зек Мес АБп сіу сіу Ма1і Рпе Аїа Уаї 1 5 «2105 68 «2115 12 «2125 РЕТ
«213» Нотшто зарієпв «4005 68
Рго Аїа Уаії Ггецп біп бек бек сіу Гецп Тук бек Гей 1 5 10 «2105 69 «2115 11 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 69 сіу Гец Гецп Маї сіу Бек біц пуб5 Маї ТПпг Мес 1 5 10 «2105 70 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 70
Рпе Маї Гец Авр ТПг бек бій бБег Уаї 1 5 «2105 71 «2115 12 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 71
Аза бБетг АБр Рго Іїе Гей Тут Агуд Рго Уаї Аїа Уаї 1 5 10 «2105 172 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 л172
Рпе Гей Рго Рго Аїа сбіп Уа! ТПкг Уаї 1 5 «2105 173 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв
«4005 73
Тув Іїе ТПг сіп Аїа Іїе Сіп Тук Уаї 1 5 «2105 74 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Ношо варієпв «4005 774
Іїе Гец Аїа бек Ге Аїа ТПг бек Уаї 1 5 «2105 чМ75 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 75 сіу Гец Меє АБр АБр Уаії АБр Рпе Пуб5 Аза 1 5 10 «2105 76 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Ношо варієпв «4005 76 пув Маії Аїа АБр Тук Іїе Рго сіп Гей 1 5 «2105 177 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Ношо варієпв «4005 77
Уаї Гецп Маї Рго Тук бій Рго Рго сіп Уаї 1 5 10 «2105 178 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Ношо варієпв
«4005 78 пув Маії Аїа АБп Іїе Іїе Аїа с1іц Уаї 1 5 «2105 79 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 79 сіу біп Авр Уаї сбіу Агкд Тук сіп Уаї 1 5 «2105 80 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 80
Аза Гей сіп сі Аза Геш сій АБп Аза 1 5 «2105 81 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв
Зо «4005 ві1
А1їа Уаї Геп Рго Нів Уаї Авр Сіп Уаї 1 5 «2105 82 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 82
Нівз Гей Геш Сіу Нів Гей сі сбіп Аїа 1 5 «2105 83 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 83
А1ї1а гей Аза АБр біу Уаії Уаї бек біп Аза 1 5 10 «2105 84 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 84 зек Ггец Аїа біц бек Гецп АБр Сбіп Аїа 1 5 «2105 85 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 85
А5взп о т11е Іїе біш Гїец Уаї Нів сіп Уаї 1 5 «2105 86 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 86 сіу Гец Гецп ТПг біц Іїе Агуд Аїа Уаї 1 5 «2105 87 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 87
Рпе Гей АБр Ап о сіу Рго ГубвБ ТПг Іїе 1 5 «2105 88 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 88 сіу Гей Тер бі сіп бій Ап Нів ТІецй 1 5 «2105 389 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 89 зек Гей Аза Авр бек Гецп Тугк Ап Гей 1 5 «2105 90 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 0 зек Іїе Тук бі Тук Тук Нів Аїа Гей 1 5 «-2105 191 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 ч291
Зо ув Гей І1їе АБр Авр Уаї Нібв Агкд ГІеєец 1 5 «2105 92 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 92 зек Іїе Гей Акуд Нів Уаії Аїа сіц Уаї 1 5 «2105 «193 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 93
Уаї Ггец Іїе АБп ТПг бек Уаї ТПг Гец
1 5 «2105 КЗ4 «-2115 11 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 54
ТК Гей Гец біп сі сбіп біу ТП о Гпув ТПг Уаї 1 5 10 «2105 85БУХ5 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 95
Ттечп Іїе сіп АБр Агуд Уаі Аїа сіц Уаї 1 5 «2105 96 «2115 10 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 96
Коо) сСіу Аїа Аїа Маї Агу Іїе Ссіу бек Уаї Гец 1 5 10 «2105 197 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 97 бі Гец Авр Агуд ТК о Рго Рго сій Уаї 1 5 «2105 198 «2115 139 «2125 РЕТ «213» Нотшто зарієпв «4005 98
Уаї Гец Рпе Рго АБп Гец Гпув ТПг Уаї 1 5
«2105 8РЬ»9 «2115 10 «2125 РЕВТ «213» Нотшто зарієпв «4005 59
Акуд Уаії Аїа Рго бі бі Ні Рго Уаї Гей 1 5 10 «2105 100 «2115 10 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 100 сІу Гей Тут Рго Авр Аїа Рпе Аїа Рго Уаї 1 5 10 «2105 101 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Нотшто зарієпв «4005 101
Аїа Меє ТПпг біп Гей Гец Аїа с1Уу Уаї
Зо 1 5 «2105 102 «2115 10 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 102
Сі Ге Аїа сіу Іїе сбіу Іїе Гец ТПг Уаї 1 5 10 «2105 103 «2115 139 «2125 РЕВТ «213» Ношо варієпв «4005 103
Тук Ге Гей Рго Аїа Ії1е Уаї Ніб5 Ше 1 5

Claims (27)

ФОРМУЛА ВИНАХОДУ
1. Фармацевтично прийнятна сіль пептиду, що складається з амінокислотної послідовності «ЕС ІО МО: 9, де згадана сіль являє собою хлорид, фосфат, сульфат, ацетат, трифторацетат, нітрат, хлорат, йодид або тіоціанат, або сіль амонію, сіль калію, сіль натрію, сіль магнію, сіль кальцію, сіль літію, сіль цинку, сіль міді (25), сіль цезію, сіль марганцю, сіль рубідію або сіль барію.
2. Застосування пептиду, що складається з амінокислотної послідовності зЗЕО ІЮ МО: 9 або його фармацевтично прийнятної солі для лікування раку або для виробництва лікарського засобу проти раку, де згадана фармацевтично прийнятна сіль являє собою хлорид, фосфат, сульфат, ацетат, трифторацетат, нітрат, хлорат, йодид або тіоціанат, або сіль амонію, сіль калію, сіль натрію, сіль магнію, сіль кальцію, сіль літію, сіль цинку, сіль міді (2.5), сіль цезію, сіль марганцю, сіль рубідію або сіль барію.
3. Застосування за п. 2, де згаданий пептид здатний зв'язуватися з молекулою МНС класу І, і де згаданий пептид, якщо він зв'язаний зі згаданою молекулою МНС, здатний розпізнаватися СО4 та/або СО8 Т-клітинами.
4. Застосування за п. 2 або п. 3, де згаданий пептид є модифікованим та/або містить непептидні зв'язки.
5. Застосування за будь-яким з пп. 2-4, де згаданий пептид є частиною злитого білка, який містить М-термінальні амінокислоти антигенасоційованого інваріантного ланцюга (Ії) НСА-ОВ.
6. Спосіб лікування суб'єкта, що страждає на рак, або попередження суб'єкта від страждання на рак, де спосіб включає введення суб'єкту виділеного пептиду, що складається з амінокислотної послідовності зЕО ІЮ МО: 9.
7. Виділений Т-клітинний рецептор (ТКР), який є рекомбінантним, розчинним або зв'язаним з мембраною, або його фрагмент, що реагує з лігандом НГ А, якщо зв'язаний з молекулою МНС, де згаданий ліганд являє собою пептид, що складається з амінокислотної послідовності ЗЕО ІЮ МО: 9.
8. Виділений Т-клітинний рецептор або його фрагмент за п. 7, де згаданий Т-клітинний рецептор або його фрагмент пропонується у вигляді розчинної молекули і має імуностимулюючий домен або токсин.
9. Нуклеїнова кислота, що кодує згаданий пептид, що складається з амінокислотної послідовності зЕО ІЮ МО: 9.
10. Нуклеїнова кислота, що кодує згаданий ТКР або його фрагмент за п. 7 або п. 8.
11. Нуклеїнова кислота за п. 9, яка зв'язана з гетерологічною послідовністю промотору.
12. Вектор експресії, що експресує нуклеїнову кислоту за будь-яким з пп. 9-11.
13. Рекомбінантна клітина-хазяїн, що містить пептид, що складається з амінокислотної послідовності ЗЕО ІЮО МО: 9, або ТКР або його фрагмент за п. 7 або п. 8, нуклеїнову кислоту за будь-яким з пп. 9-11 або вектор експресії за п. 12.
14. Рекомбінантна клітина-хазяїн за п. 13, де згадана клітина-хазяїн є антигенпрезентуючою клітиною або де згадана клітина-хазяїн є Т-клітиною або МК-клітиною.
15. Спосіб отримання пептиду, що складається з амінокислотної послідовності ЗЕО ІЮ МО: 9, де спосіб включає культивування клітини-хазяїна за п. 13 або п. 14, яка презентує пептид, що складається з амінокислотної послідовності ЗЕО ІЮ МО: 9, або яка експресує нуклеїнову кислоту за п. 9 або 11, або містить вектор експресії за п. 12, що кодують згаданий пептид, і виділення згаданого пептиду з клітини-хазяїна або її культурального середовища.
16. Спосіб отримання ТКР або його фрагмента за п. 7 або п. 8, де спосіб включає культивування клітини-хазяїна за п. 13 або п. 14, яка експресує нуклеїнову кислоту за п. 10 або містить вектор експресії за п. 12, що кодують ТКР або його фрагмент, і виділення згаданого ТКР або його фрагмента з клітини-хазяїна, або її культурального середовища.
17. Спосіб продукування активованих Т-лімфоцитів /л ийго, що включає контактування Т-клітин іп міго з навантаженими антигенами молекулами МНС людини класу І, що експресуються на поверхні відповідної антигенпрезентуючої клітини протягом періоду часу, достатнього для активації згаданої Т-клітини шляхом набуття нею специфічності до антигену, в якому згаданий антиген є пептидом, що складається з амінокислотної послідовності зБЕО ІЮО МО: 9.
18. Активований Т-лімфоцит, отриманий, згідно зі способом за п. 17, який селективно розпізнає клітину, яка презентує поліпептид, що містить амінокислотну послідовність «ЕО ІЮ МО: 9.
19. Спосіб знищення клітин-мішеней у пацієнта, клітини-мішені якого презентують пептид, що складається з амінокислотної послідовності ЗЕО ІЮ МО: 9, причому спосіб включає введення згаданому пацієнту ефективної кількості активованих Т-клітин, як визначено у п. 18.
20. Застосування фармацевтичної композиції для лікування раку, де фармацевтична композиція бо містить принаймні один активний інгредієнт, вибраний з групи, що включає пептид, що складається з амінокислотної послідовності зХЕО ІЮ МО: 9, ТКР або його фрагмент за п. 7 або п. 8, нуклеїнову кислоту за будь-яким з пп. 9-11, вектор експресії за п. 12, рекомбінантну клітину- хазяїна за п. 13 або п. 14 або активований Т-лімфоцит за п. 18 та фармацевтично прийнятний носій.
21. Застосування ТКР або його фрагмента за п. 7 або п. 8, нуклеїнової кислоти за будь-яким з пп. 9-11, вектора експресії за п. 12, рекомбінантної клітини-хазяїна за п. 13 або п. 14 або активованого Т-лімфоциту за п. 18 для лікування раку або для виробництва лікарського засобу проти раку.
22. Спосіб лікування суб'єкта, що страждає на рак, або попередження суб'єкта від страждання на рак, де спосіб включає введення суб'єкту ТКР або його фрагмента за п. 7 або п. 8, нуклеїнової кислоти за будь-яким з пп. 9-11, вектора експресії за п. 12, рекомбінантної клітини- хазяїна за п. 13 або п. 14, активованого Т-лімфоциту за п. 18, або застосування фармацевтичної композиції за п. 20.
23. Застосування за будь-яким з пп. 2-5, п. 20 або п. 21 або спосіб за п. 6 або п. 22, де згадана хвороба рак вибрана з групи, що включає рак стравоходу, недрібноклітинний рак легенів, дрібноклітинний рак легенів, рак нирки, рак головного мозку, рак шлунка, колоректальний рак, гепатоцелюлярний рак, рак підшлункової залози, рак передміхурової залози, рак молочної залози, меланому, рак яєчника, рак сечового міхура, рак матки, рак жовчного міхура і жовчних протоків і інші пухлини, які виявляють надмірну експресію білка, з якого отриманий пептид з амінокислотною послідовністю 5ЕО ІЮ МО: 9.
24. Спосіб діагностики раку у суб'єкта, де спосіб включає введення суб'єкту або в зразок з суб'єкта ТКР або його фрагмента за п. 7 або п. 8, де згаданий ТКР або його фрагмент є міченим за допомогою зонда або радіонукліду, де спосіб включає виявлення зв'язування згаданого ТКР або його фрагмента з тканиною суб'єкта.
25. Застосування комплекту для лікування раку, де згаданий комплект включає: контейнер, що включає пептид, що складається з амінокислотної послідовності зЕО ІЮ МО: 9, ТКР або його фрагмент за п. 7 або п. 8, нуклеїнову кислоту за будь-яким з пп. 9-11, вектор експресії за п. 12, рекомбінантну клітину-хазяїна за п. 13 або п. 14 або активований Т-лімфоцит за п. 18, у розчині або у ліофілізованій формі.
26. Застосування комплекту за п. 25, де комплект додатково включає другий контейнер, що містить розріджувач або розчин для відновлення ліофілізованої лікарської форми.
27. Застосування комплекту за п. 25 або п. 26, де комплект додатково містить один або більше з (ї) буфера, (ії) розріджувача, (ії) фільтра, (ім) голки або (м) шприца. Пептвд ЗТУСЮОІ ЗУ ГАМОХ ЗЛІ КК Я С : М: ї
5
5. ; - ПОКИ МИ ІМ КК КИМ ДИКЕ ШМК КИ ИН МИ ИН ПИВ ну ї 239 нарканльних тканин | ЯК теанея до і жерова тканина, З надниркові занозм, 8 вртерік, 5 кісткавик векнив, 7 головних мознів, ву т Хмолочних зяипоз, й хр, і веЕнНтТраньний черв, а товстих квіник, З дизнаднятиванла кишка, стравоходу й жовчних міхури, хсапдець, За нирок, жі печінка, ТЯ пеатень З пінбатизні вузи, Я зразки пеккоцитів, с яечника, З підшпункових запоз, 5 периферичних нервів, Її очеревина, З гіпофізи, звпизценти, плеври, і прредьіхжрові запоси, в прямих нмінок, т спинних запоз, є скапетні в'яз, б зразнів ном, танні куки, Є сапезінкм, х шотувків, В сім'янин, я тимус, я то ледіоні звука, 7 тизУви, г оечоволю, Б сен міхурів, й матки, вени. в ктвивокалія Фіг1А тост БУДЕ К фа я ек Пелтид, ЕКС ОБУ А зок сти, ЖОМУ Ми
Ж. Ж: Во: ЩЕ о ЗЕ ЕЕ Ко : рРУШЕ : СЕ : ре : шо: : КЗ : Я ОО: Я Б т Я о Е м СИПИИЛОИКИ НКИ ПИМ ЕЕ неп и или пи еп Ин МИЦИК М ин ИпИи ши | Я а КН ОО З п 1 Н : ре й Х ЗЕ нормавьних тканин 16 уханин --Е й м и - - - - в Щщш їжирова знвинмна. Х надниркзв: запози, й автевік, 5 всткових возів, Х гоповних мхзшна, 5 молочних твиноходу : ГУ й . ее захо зЗапоЗ, 2 хрящі, і центральних мера, 15 товсту крик, і деанадниятипала кУнвкх, 2 жовчних МВКУНИ, к сердець 4 нирок, 2і печінка, Ї4 пегені, З пімоватичні яузпм, Я зрвааки лайкоцьтів,: яечника; Я підпитувнзвих залоз. » периферичних нервів, Її очеревмна. Я гіпочнанй. З поавентя, З плеври, З передуіхурові запози, й прямих кине, 7 спинних зилаз, а скелетні м'яз, б зразків шніри, й танк ким. З селезінки, Б нилунків, б ші янимів, З тимус, Її шитолоднні занози, ї зрахей, й сачаноди, Бсаечавнмх кіхувів, є латюи, венк, я страваюадія Фіг1в птн МЕН КТЬ ОА а КР Пептид: МУЗЕОВБЕРА ТАТО зав АК З щх І г я Е ря ї Сл НЕ ш вої Ж Ж: я Пн и НВ : і КЕ Ку 238 нориальних ткамин Зб тижнин - « - - ка я с :. гіч ш іжирова тканина, 2 надннокові запози, й вотерів, 5 кісткових мознів. 7 галовних мозків, ЯКУ - т- - д ж - сотадавосохову змолочних запоз є хрящі, центральним нерв, За товстих кишок, Її дквнадцятипала кни, взвокоду 2 жовчних кіхури, всврдець, а ниром, В печін, Я пегені, й пікчнатимні вуз, Х аа певкозцитів,.с яечникиа, Х підлУункових запо, 5 перисевичнах нервів. З очеревина, З гіпофн, й пливценти. З плеври, з перидихурев: занозм, б лрнших кишок, х слюнних зап г схепетні мязи, Баразків ним, й тонн: киев, З савезнеки, я шелуюнне, б сни ників, З пеиугя, їх шитиподіюні завом, 7 трахей, й сезеводн, З сезонах міхурів, 2 матки, З вена, б стривохадів Фіг 1 т - ОК ра я і, Ах я Пептид. ЕТОРЕЗНУВОВІ АТО зн МО: ЗУ реч Е: о: я: з : ЩО ІН
Б. мі о: ї ї Пн фо в он оон око ки о вок во о кв и ко пк В ок в о В о кр о в о ко сво ково в вв МОЯ а б тих Су гз 238 нормальних тивним За тханкв їй ї жирова тнанина, З надмирковісалози, й артерію, я кісткових мозків, х головних мозків, аку Й : - пктравнтвадяе 5мопочних запо, раку, ї центральний нерв, З тонстих ких, З дванадцятнланя ки; правсхзлу г жовчних шіхури, з сердець, і нерок, йт печінка, 5 дегені, З пімціатичні нти, 2 зрази левжоцмтів,Ї яезмика, Я підшленковнх запоз, 5 периферичних нерв. З черевна, З гіпо м, З плацентм, З плеври, З передміхуюаві запозм. й приих мих, У спинних залоз, З скелетні м'язМ, зразком, й тонке, севезінхи, З Бозумнт, 5 сСіяникв, З тимус, З ре таповні залом, т тракей, 2 сечоводи, й сечових міхурів, 2 матни, 2 вени, б стравоході Фіг 1О Пептид: АЛІСОКАТЕМА АМОЗІ ЗЕ НО МЕ ЯК х : : :
жо. : : ре : : ве : Н : Во ЕЕ щЕ ще ШИ що. ОЗ є - й чт ї г. в з -- Й Як й зо ж ща о НН хх ї х : : ХЕ Бінй Нормальна Рахсаа тиснмна М оклітщша о зканина Що 7 щі . 8 а . Пептид. виявлених на: 4 клітминних лініях Її нирка, Її піднінункова залоза, Її передміхурова запоза, Її міспоідний пейкозі, Ззнормальних тканинах сі легеня, і передміхурова залоза, і тонка кміка), й ракових тканенах 5 раків гоповнего моз, й раки молочної зилази, З рак товстої киш, 2 раки стравоходу, ї хронічний лейкоцитарниМм пеккоз, г раки печінки. ге раки легенів, 7 раків яезника, г раки передміюуюровогзапози, З пак прямо кишки зліва направої ФігЛЕ
Ї р є вва коти дви дужі ж жу Пептяді УМО ККРМ ТАРИ ЗО НО я т ЖЕ ЕЕ СУА СЕ | : ш не й Еш Ше т - Е Я ши вні Я ВО | сх ще щ ин у Е Ракова теднина я Пептвд, вилвлених ват 20 пахових тканинах З раків голюви та зни, г паки стравоходу, ї рак страноходу с шлунка. т раків лаетенів, ї рак шечового кіхура зліва направо Фіг1Е Пептид. ТАХАТ РОМ ТА Ех З Е СЗШ г х - : о: то Ж 1 1 а : в ЖЕ Еоккозва теднина 5 В Пептид, внявленийк на: ш 7 ракових тканинах 12 ряки стравокоду, Б реків голови та нЕиї, 7 раків легенів, 2 раки сечового маюура) ізпіва направої
Фіг. 1
Тісто пак ШК кн Пептид: ЗМО МЗВОСУ (АРОЗІ ЗО НО ЧО о Е - ре Фе вон ШЕ ГО На Е Езнова тханнма 5 Кз З Пептид, вивЕЛлений вх: ї вВХОБИХ ТтКаНМНаХ го раки голови та нн, 2 враки стрнвоколу, ї дак легенів, рак сечового міхура ізніна направ Фіг НН Пептид: АДАМ ВТОБАТМ АЧОІ ЗЕ: 1 ем Ж ш з є Е БИ в г й г ВИНИК
ЗУ . - е Ракова тканина ЩІ Лептид, видевзеник нях 42 ракових тканинах (2 раки стравохацу, ї пак жовеного міхура, й раків пегемів, ї дак кокірмі зліва варявої Фіг тн по се ЕТ у я и Пептид: ЗЕМ У ТАЗ ЗЕ НУ мо З Бай З 2 ХЕ Ще х а
5 . и
М ш. яв, Що а Фовааа ж: Шо. пиши и ПИШНА И що. : З же теанна Ка щ- х Ж 5 Пептил, виявлений на: г5раковМих тканинаи (В раків стопови та НУ ї баки строявоходу, чок легенів, з Оаки шщири, З рак се чаБого міхура, ї бах маткмі (зліва направої
Фіг. 1.) Пептид ПАМНСУТАА АТОМ щен Мі ро і Ж о: Бо: шо: ї шик шт шик
Б. . Ж Ракова ткзнина Ж ВЕ Кх ях Пептвд, виненений на: г ТсНВНАх ТУМНННЯХ м сто ходу, фак З знІже міжура. ї рак печінки, Її важ легенів, З дак тилунка, Я ракових тканинних 2 раки стравохаду, З рак жовчного міхура, ї рак печінем, Її пах легенів, З пак жлунк: З дан сечового міхур. ї рак матки) (звіна направої ФіглК
Пептид: МІЗКЕТРЕМ А М Ж Е
Кк. - ! хх Е З В | : - Раковх теанана 5 В Пептнид, виявлення на: ЗТ вБакових тканинах 1? раки стравоходу, ? раки нирки, 2 раки печінки, х раків легенів, З рак пімератичних вузлів, 7 пани яжчка, є раки сечаного міхуюрні зліва направо!
Фіг. Еезтіхт КЕ ВИТ їй жи Пептид, ЯММОМОУТУ АТО МУ х
Е к. є: МНН що п о ЯТЬ дророоююв ше косннвва: як БОНН: ВИВВВВВВНН й Е і й й З : ї ї гУ Вінк Ракова тизнюинда - клік кн щ Б й й ш Нептид, виявленням на: Її лінії хлітмн З підшлункова залежав, і ракових тканинах і рок топеви та шля Її Бак зозвчних ротові, рак гоповного мазку, ї рак моличної залоз, ї рак страваходу, т рак нирюкм, т рак легенів, 2 ззаки взинем, З рем сечового мікуна, й раку Матків напр Фіг М
Пірстяип УКЛ РНК й В и Пептид УМ ЕНЕНЕУ ІМ ННЯ ЕН мк За ча З Е ре: : З : ще : 2 : Е : з й лах У Лан 0 Нормальна Раксез тивнима щ-к ті ще х вуцтиУч чкжхника яз Б Пептил, вкявленни на: Ж норанльніх тканині ії матка) З Бракових пеанинах ії пак головного мозку, й Ваки стравоходж ї рах жовач- ного кіхура, З раки голови та щи, 2 ваки легенів, З рики сечового міхура ізніви направо! ФІГ М Пептид, МУЗЕСВЕВА ТАТО) щжОнНненх За ках Б Х Ж 5 Ж
В с. Ж 7 Ше ля ши Б сюссж. З ИИИЕ МЕ. кої ери її Др пе і її В ХНН Ниордманьна Ражтвих тижнияна га КЛЕН крани КВ Пептидь виявлений на: 4 пін клітин ії підвоелунКОВа запозав Ї нермальній тканині товста кине й ракзвмх тивнинах (5 НК гопови та щи, Її вВяк молочної запози, ї пак сліпої внаки.і колоректальнив рак, з вахи странохаду, я раків пегенів. 7 зх яечника, З Даки прямої кешки, З рижи сеченвого міхурніізпівв направої Фіг1О
Я т о у рльтя Пелтид: СКАРБУ! АТО ЗНО С: 83 г В Е з т й
ЕЕ . - ж : : заах : Н В НЕ І - ; - . жи ния и ши М Хо осо х | с ий І. -Йе сло Ж со Й у. в с ни РИ ЕК З НЕ Нормальна Ракова тканвиз кутя тканина вч лк що Пептид, виявленню на: З кпітимних нініях З мирка, й піднельнисві запозні, З нормальних тканинах і! мадниркова запо, і плекання, З плаценті, 4 ранковій тканингіЗ раки головм та шиї, раки молочної залозм, 2 ваки товстої кишки, 2 ракн страваходжх ії рах жовзноаго зіхуря. Її рак печінки, 15 раків легенів, ?ї шзк яЕчНика, Її рак підшлункової запози, З раки прям: вини, г раки вир и, ї рак натУнвя, ракв сечового міхура, раки маткміізліва ваправої Фіг Пентид. ДДУКУТЕНУ (АМО ЗЕ МЕ Бк 5 Е сез з я В У ї ї дк КОТ с оврекк ВАВ ооо ВК кс пово ховає кох як ої як МОЖ Я КИ УНН, шен шиичиНИ. З Нормальна Ракова тканина ще тканина о. Лептид, випвленнй ва: 7 вормальних тканинах (5 легенів, З щитополіна залоза, З трахені, ба ракових тивнинах 15 раків поливи таз мин. 12 раки голезвнзгі мозку, й рак могочної запо, Х рах стравокацду, 5 раків нирки, й рак пегенів, Її пак пімфатичних вузлів, 7 раків яечника, ї рак підшлункової залози, ї ракжи, г раки катер ізвіва направо) фіг т. зт Ж хау ати йо жуть Пептид: О1ПАРМТРОКА ГАЗО) -- Е:Я кЕ Ес н й: Бо В: Е ; ХХ х ї 8 ве Ракова тванина Ж - -ш Пентид, виявлений на: За ракових теднинах і рак топлюви та не, ї рак молочно залозм, раки стравоходу, В раків легенів, 7 Дзх дечникЗ, З важ ниви, З дак сечового міхур, ї пак матки лівих направо Фіг Кк опти: В КОН ИйІ я З Пептид ПЕВ УМ АТО ЗІ ВК 5 ша ЕЯ ех
Хх. 8 Н ЕН : о - : ЖЕ: : з ; и ШЕ: ; ШЕ шій н не РЕ ШЕ що Я Е З пшхрюх Е Я ма ї Е ш ОКУ І Я : звана: З Й Я Що Б ШЕ. у і Р п ши МОСК ВМ я зо ЖЕ з хососсн: ЖИВ сосгсм ШІ: М ШИ шик себя 0 ЗК хе же як Е й й що Рлюзва тванина КУ кущ Е щ В - ПНептно, виявлення нах а лініях клітнм ї зразок хунтин крощі, ї ера, о ваконих тканинах ів ваків голюви та змі, ї рак тавВстої кишки, раки стравокоду, ї рак ленкоцьтів, В зак пегенів, 2 раки лізнжбатичних вузів, х паки кцам, З ваим сечового унхере, Її дик матки їзпіва яапраної
Фіг.15 т. зе РЕ ЕуКРЕ йА ут Пелтид, ЗЕ ВЕУ 13 ЕС НО Мох 5 вх в
Ж
Ж. Сх б: я ГО Ь : й й до: --ї Р : пиши пеллиння 4 Ж р ІЗ . нн НН НН НН НН НК НМ НК КМ МН НН МН НН НК НК НМ НН НМ НН НН НМ НН КН НН НМ КМ НН М М КН В М В В М ВВ ВВ В ВВ В ВВ ВВ ВВ ВВ ВВ Ж Нормалька що совеанькз Ракова тканинах ре ками З 3 Пептид, виявлений на: ї норуиальні тканині танка киціка), 8 ракових тканинах ЇЇ рзх поуюави хз ше), ? раки стравоходу, З раки ле- тенів, З рак печникаізпіва направої Ффіг1т Пептид: МЕУРТЕРВОУ ТАТО) ЕВ МО: У хе в; - ч й й - - 5
КУ . Б МН | й шк ой у щ - - - Най нал й аи....Йк Ж: : : 5 Бо Нормальна Раюдзва тканина - тЕднина ХЕ СЕ - вт ПВавтня, ниявпенния ва г нариапьниах тканинах ії стравохід, ї трахені, З? ракових тканинах (5 акта голеви та зи Я шаки стравоходу, пак жовчного міхура, 18 раків легенів, х раків лімочтичних вхзлів, 2 раки переданхураної запози, З раків, В раків сечового міхура ізліва навлрданаї Фіг
-5- сте ВЕ 5 гу и й в ке Пептид; АМЕНУВСМ ТА жан щО: ві Ж х р-я В Ех З : г : Ж к «МУМММИМММММММ СИМИНЕНННННИЕ М Ящі з З Б сою ВОБББЕЄ ШЕ ол пов КН Х А Ей Я решя ї х . й нн нн нн а чн нн а А А А А А А А А А А А А А НУ ря НЯ 0 Марматьноа що МН зармятьн Раилхва тканина КпЕКТіКА тЕйнКшя В щу бПептил, виявлений но; З лнвіях єлітинії зраззк хунтнн кроні, З підопувнснва заз) а паковах тканинах ія раків топовВого виззку, ї рана стравоходу, Є рак легенів, х раки ліюватичних вузлів, ї рак ватки ізпіва малраної ФІГУ Ген: ВТНіН Пептид.
НІШАЄЇНТВ, ЗЕ ЛО В Я Е ї й Вт о | 7 ВЕ в і до Р-Н ! Гея Н ї шо : Н З і тої ЕЕ: В в А п М НИ А М А НИ НК ад заіьсний в : . їй БА нереальних теанин і па ее кет вище во сдвиійохе смеані оз с.
ЗЕ вумххитв дже 7 вртерів, головним мозох, т серце, печінки, 2 легень 2 вени, жирова ткани, нище - я за - раешсахоОоду 4 наднмраове хаплози, З істюові мозки, Її товста кишка, х стравохади, й жачних михурих й ву З нарка, й літичних вухнів, 7 підшлункова залоза, птоз, З пряма кийиках, Я дкепетний м'яз, З шкіра, г тониа Еріка, З селезінка, і шитунок, ї тиеус, З щитополіна ззлиза, 5 трахем, і сечовий міхут,ї молоачма зало, З якчники, З плаценти, Я передихурова звпожа, ї сім'явик, і твмує, її матка Фіг2А
Ген: ЕКТІЯ Пептидо БЦУЗЗЕКУТ З АК во Я Ії - Я шк: Во ж В вті ва ; шо і Олі ж БОШ ЩЕ «2 у Е МК: ї ЕМ Я пи г щ- ЖЕНЕ ШЕ Е - ЧЕ Хддралнклклункнннжанаюткктх АН АКА КАНАТ АКААААКАКАННАКЯ С КУ Джкжкютюютжат т. АТАКА ОС КАЖАЖАЖА А АЖАЖАКА ХК КАК КАААКАК НААН С ААЖАЖАК АЮ Ж нт ллллх ВВ НВК НЕ З ее; «нн ЛИЗНИ, АЖ 5Я нормальних тканин Я зразків раиж щ 7 зртерій, г головний мозок, З серне, » печінки, 7 легені, 2 вени, Її жирова тЕанина, стравокоду З наднириова залоза, з кісткові мозки, і товста киїнка, 2 стравохони, 2 мавчних міхури, нирка, 5 лімфатичних вузлів, ї підшлункова залоза, з гіподнах, і праема кишки, ї скелетний м'яз, ї шніра, ії тонка кишки, ї сепезінка, З шлунок, Її тимус, ії щитаповпібна залоза, 5 зрихей, ї сечовий міхув,! молюочне залоза, З яечники, З плаценти, ї лереджікУрона залоза, З сімбяник, З тимус, ї матка
Фіг.2ве Ген БАМОЗА Пептяд АЕС УКУ ЗО ОМ: 8 К Е ш в я ЕЕ в З !
ЕЕ. ше опж : Я ЖІ Е Но Ге Н Я В: Мав Н у-я за Я: те ЗЕ КЗ в пЕПИ и ух У ТК ЗД со ДИ о п Доу З с 3 ї Х р ва 58 нормальних тканин 44 зразків вику І 7 артерій, ї головний мозок, З серне, 2 печінки, 2 легені, У вени, ї жирова тканина, стравоходу і надниркова залози, З кісткові мозКи, Її тевстВа кнінка, 2 стравохови, 2 жовчних віхжен, З нирка, 5 лнжратичних вузлів, ії підшлункова залоза, З гіпофіз, З пряма кишка, і скелетний мбяз, т екіра, ї тонка кишка, т селезінка, З шлунок, ї тимус, і щитоподіна запоза, 5 трахей, З сечовий міхур,! молозна залоза, З яечникм, З пнанценти, ії поепедміхурова здпоза, З сім яник, тимус, З матка Фіг2сС
Ген: РЕВА Чептид ДАК У ЗЕ ВК 1 КЗ Е г т в б. що-я щЖ ВЕ 7 ші
Е. Го ШК Бе І В Її ЩЕ ТІ г ші і Її нн о щи Ж ск де в ЗВ неармальних тканин 17 зразків раку 7 автерів, т головний мозоЖ, З серне,? печінки, З легені, 2 вени, і жирова тканина, ктраваходу З вадниржова залоза, 4 Кістюзні моз, ї тоБСТа КИНЖО, 2 стравохОоди, 7 жовчних міхури, ії нирка, й лімоватичних вузлів. З підшлункова залоза, З гіпофна, пряма Кмїнка, її скелетний м'яз, тінкіра, ї тонка кнінка. І сепезінка, З шлунок, ї тимус, 4 шщитопадібна запозв, 5 трахей, ї сечовий кхув,! молочна залоза, З яечники, З плаченти, З перепміхурова запоза, З сі нник, Її тис, Її матка фіг 20 дт-тожа вчи тити сі ге зектето рікт А стиму пяЦця ати уляція ох НААН Я НААОНегатиа. конто. о ла п зі о сечу ЗИ ПИ зо: ЖОВ і аЯУК ОБО й СУ Ї ж- ї З й і ї ах ВЕН ШЕ НИ З с 5 ЗУ А їх 3 БК ХХ с У Х ОМ г ЛОЖОК ї им Я ПАСМОМ ї З ПИ ЖИ ї - ! ї 1 ї ЗК Дукучке кю чуму уче кхежхукюр руку їх щ УВК Ач НМ: я В стимуляція Стимуляція о МНЕ АТОИВЕО І Ме: ЗТ НЕААТ негатив. контр. са я ОА НН: збою КУ і ЕН! і ї те КО З М НЯ пе а и ас ШЕ ний ТОВ появ : ех Ж од КМ і «З - прик СБ ї щі «що 8 зфББ :
я і. а хх ПпоОВеЖОСЄЄе ОВО С ї ЕК: короп ето ооо МОЇ оптовою виодювадоюиводовиводювовоиводоивоннь ВЕС АЕН МО: ТО
Фіг.3
UAA201711084A 2015-07-06 2016-07-05 Фармацевтично прийнятна сіль пептиду та її застосування для лікування раку UA124411C2 (uk)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562188870P 2015-07-06 2015-07-06
GBGB1511792.2A GB201511792D0 (en) 2015-07-06 2015-07-06 Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against esopageal cancer and other cancers
PCT/EP2016/065812 WO2017005733A2 (en) 2015-07-06 2016-07-05 Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against esophageal cancer and other cancers

Publications (1)

Publication Number Publication Date
UA124411C2 true UA124411C2 (uk) 2021-09-15

Family

ID=56368954

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
UAA201711084A UA124411C2 (uk) 2015-07-06 2016-07-05 Фармацевтично прийнятна сіль пептиду та її застосування для лікування раку

Country Status (32)

Country Link
US (22) US10487132B2 (uk)
EP (2) EP4321172A3 (uk)
JP (3) JP6944382B2 (uk)
KR (1) KR102890065B1 (uk)
CN (2) CN107912043B (uk)
AU (3) AU2016289754B2 (uk)
BR (1) BR112017028363A2 (uk)
CA (2) CA2991396A1 (uk)
CL (7) CL2017003361A1 (uk)
CO (1) CO2017012886A2 (uk)
CR (3) CR20170579A (uk)
DK (1) DK3319985T3 (uk)
EA (1) EA201792671A1 (uk)
ES (1) ES2841507T3 (uk)
HR (1) HRP20210076T1 (uk)
HU (1) HUE052628T2 (uk)
IL (2) IL256303B2 (uk)
LT (1) LT3319985T (uk)
MA (1) MA51531A (uk)
MD (1) MD3319985T2 (uk)
MX (2) MX2017017148A (uk)
MY (2) MY188354A (uk)
PE (3) PE20240778A1 (uk)
PH (1) PH12018500004A1 (uk)
PL (1) PL3319985T3 (uk)
PT (1) PT3319985T (uk)
RS (1) RS61203B1 (uk)
SG (1) SG10202001668PA (uk)
SI (1) SI3319985T1 (uk)
TW (2) TW202222825A (uk)
UA (1) UA124411C2 (uk)
ZA (1) ZA201707810B (uk)

Families Citing this family (19)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CR20170579A (es) 2015-07-06 2018-05-25 Immatics Biotechnologies Gmbh Nuevos péptidos y combinación de péptidos para usar en inmunoterapia contra el cáncer esofágico y otros cánceres.
PH12022551111A1 (en) 2015-10-05 2023-08-23 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against small cell lung cancer and other cancers
CN109628591B (zh) * 2018-12-04 2022-04-15 南方医科大学南方医院 用于肺腺癌预后预测的标志物
CN112007167B (zh) * 2020-08-29 2023-01-24 南京中医药大学 蟾酥多肽在作为蟾蜍甾烯促渗剂中的应用
CN112812197B (zh) * 2021-01-11 2022-05-31 中国药科大学 一种兰州百合多糖及其制备方法和应用
CN114057860B (zh) * 2021-11-09 2023-10-20 中国科学技术大学 特定组氨酸甲基化修饰的s100a9蛋白免疫原、多克隆抗体及其制备方法
CN114717191B (zh) * 2022-04-26 2023-06-16 兰州大学第一医院 一株人肝内胆管癌细胞株icc-x3及其应用
CN115322967B (zh) * 2022-06-13 2023-08-08 浙江省人民医院 一种永生化人甲状腺乳头状癌成纤维细胞株及其构建方法和应用
CN114957399B (zh) * 2022-06-29 2023-05-09 湖北工业大学 一种多肽、多肽衍生物及其在制备抗肿瘤药物中的应用
CN115261471A (zh) * 2022-07-18 2022-11-01 武汉儿童医院 与胶质母细胞瘤预后显著相关的抗原及其应用
CN116449015A (zh) * 2022-08-26 2023-07-18 成都益安博生物技术有限公司 一种胃癌的外周血tcr标志物序列及其检测试剂盒和应用
CN116183920B (zh) * 2022-09-22 2023-10-20 中山大学肿瘤防治中心（中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所） 用于检测鼻咽癌预后的抗体组合、系统及应用
CN116144772B (zh) * 2022-11-18 2023-08-25 昆明医科大学第一附属医院 一种Hsa_circ_0006117在制备治疗肺腺癌药物中的应用
CN115737619A (zh) * 2022-11-21 2023-03-07 深圳承启生物科技有限公司 一种用于抑制肿瘤的药物靶点、用途及口服药物
CN115831228B (zh) * 2022-12-08 2025-05-16 西北工业大学 一种基于线性混合模型的基因调控网络推断方法
CN116676334B (zh) * 2023-02-08 2025-05-27 深圳大学 抑郁症动物模型的构建方法
CN117106910B (zh) * 2023-08-10 2025-03-11 杭州师范大学 外周血白细胞rna联合标志物在制备检测或诊断早期原发性胆囊癌试剂盒中的应用
CN117843721B (zh) * 2024-03-07 2024-05-10 鲁东大学 一种扇贝源抗氧化肽及其制备方法与应用
CN119307618B (zh) * 2024-12-13 2025-03-14 浙江大学医学院附属邵逸夫医院 肝内胆管癌发生与发展过程中的关键分子的创新筛选方法及应用

Family Cites Families (61)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS5132561B1 (uk) * 1969-07-09 1976-09-13
US4440859A (en) 1977-05-27 1984-04-03 The Regents Of The University Of California Method for producing recombinant bacterial plasmids containing the coding sequences of higher organisms
US4704362A (en) 1977-11-08 1987-11-03 Genentech, Inc. Recombinant cloning vehicle microbial polypeptide expression
BR7908410A (pt) 1978-12-22 1980-09-09 Biogen Nv Meio para deteccao de anticorpos de vhb no soro do sangue,e processo para deteccao da presenca da infeccao por virus da hepatite b em seres humanos
US4530901A (en) 1980-01-08 1985-07-23 Biogen N.V. Recombinant DNA molecules and their use in producing human interferon-like polypeptides
US4342566A (en) 1980-02-22 1982-08-03 Scripps Clinic & Research Foundation Solid phase anti-C3 assay for detection of immune complexes
US4678751A (en) 1981-09-25 1987-07-07 Genentech, Inc. Hybrid human leukocyte interferons
US4766075A (en) 1982-07-14 1988-08-23 Genentech, Inc. Human tissue plasminogen activator
US4582800A (en) 1982-07-12 1986-04-15 Hoffmann-La Roche Inc. Novel vectors and method for controlling interferon expression
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4757006A (en) 1983-10-28 1988-07-12 Genetics Institute, Inc. Human factor VIII:C gene and recombinant methods for production
US4677063A (en) 1985-05-02 1987-06-30 Cetus Corporation Human tumor necrosis factor
US4810648A (en) 1986-01-08 1989-03-07 Rhone Poulenc Agrochimie Haloarylnitrile degrading gene, its use, and cells containing the gene
US4897445A (en) 1986-06-27 1990-01-30 The Administrators Of The Tulane Educational Fund Method for synthesizing a peptide containing a non-peptide bond
DE69405102T2 (de) 1993-06-03 1998-01-15 Therapeutic Antibodies, Inc., Nashville, Tenn. Antikoerperfragmente in therapie
AUPM322393A0 (en) 1993-12-24 1994-01-27 Austin Research Institute, The Mucin carbohydrate compounds and their use in immunotherapy
WO1997026328A1 (en) 1996-01-17 1997-07-24 Imperial College Innovations Limited Immunotherapy using cytotoxic t lymphocytes (ctl)
US5849589A (en) 1996-03-11 1998-12-15 Duke University Culturing monocytes with IL-4, TNF-α and GM-CSF TO induce differentiation to dendric cells
US6406705B1 (en) 1997-03-10 2002-06-18 University Of Iowa Research Foundation Use of nucleic acids containing unmethylated CpG dinucleotide as an adjuvant
WO2000039297A2 (en) 1998-12-23 2000-07-06 Genentech, Inc. Il-1 related polypeptides
AU7103198A (en) * 1997-04-21 1998-11-13 Schering Corporation Mammalian cytokines; related reagents and methods
CA2296287A1 (en) 1997-08-01 1999-02-11 Genset 5' ests for secreted proteins expressed in prostate
US7393663B2 (en) * 1997-08-01 2008-07-01 Serono Genetics Institute S.A. Expressed sequence tags and encoded human proteins
WO2001041788A1 (en) * 1999-12-10 2001-06-14 Epimmune, Inc. INDUCING CELLULAR IMMUNE RESPONSES TO p53 USING PEPTIDE AND NUCLEIC ACID COMPOSITIONS
JP2004503213A (ja) 2000-03-27 2004-02-05 テクニオン　リサーチ　アンド　ディベロップメント　ファウンデーション　リミテッド １本鎖クラスｉ主要組織適合性複合体、それをコードする構築物およびそれを生成する方法
US20040191260A1 (en) 2003-03-26 2004-09-30 Technion Research & Development Foundation Ltd. Compositions capable of specifically binding particular human antigen presenting molecule/pathogen-derived antigen complexes and uses thereof
US20030144474A1 (en) 2000-06-05 2003-07-31 Sunol Molecular Corporation T cell receptor fusions and conjugates and methods of use thereof
WO2002020616A1 (en) * 2000-09-01 2002-03-14 Epimmune Inc. Hla-a2.1 binding peptides and their uses
US6992176B2 (en) 2002-02-13 2006-01-31 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibody having a T-cell receptor-like specificity, yet higher affinity, and the use of same in the detection and treatment of cancer, viral infection and autoimmune disease
US20030223994A1 (en) 2002-02-20 2003-12-04 Hoogenboom Henricus Renerus Jacobus Mattheus MHC-peptide complex binding ligands
CA2501870C (en) 2002-10-09 2013-07-02 Avidex Limited Single chain recombinant t cell receptors
US7378495B2 (en) * 2002-10-21 2008-05-27 Pevion Biotech, Ltd. PTH-rP related peptide cancer therapeutics
EP2048159B1 (en) 2002-11-09 2014-01-01 Immunocore Ltd. T cell receptor display
GB0304068D0 (en) 2003-02-22 2003-03-26 Avidex Ltd Substances
US20040220094A1 (en) 2003-05-01 2004-11-04 Skinner Keith K. Inverse agonist and agonist peptides that stimulate/inhibit hair growth
US8053183B2 (en) * 2005-07-27 2011-11-08 Oncotherapy Science, Inc. Method of diagnosing esophageal cancer
PT1760089E (pt) * 2005-09-05 2009-10-19 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptídeos associados a tumores que se ligam a moléculas de classe i ou ii do antigénio leucocitário humano (hla) e correspondente vacina anti-cancerígena
ATE461214T1 (de) 2005-09-05 2010-04-15 Immatics Biotechnologies Gmbh Tumor-assoziierte peptide, welche an unterschiedliche menschliche leukozytenantigene der klasse ii binden
WO2008013934A2 (en) * 2006-07-27 2008-01-31 Cell Signaling Technology, Inc. Tyrosine phosphorylation sites
JP5577543B2 (ja) * 2006-09-08 2014-08-27 アムジエン・インコーポレーテツド Ｉｌ−１ファミリーバリアント
BRPI0813621A2 (pt) 2007-07-27 2017-05-09 Immatics Biotechnologies Gmbh imunoterapia contra tumores neuronais e cerebrais
HUE025636T2 (en) 2007-07-27 2016-04-28 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel immunogenic epitopes for immunotherapy
US20090263574A1 (en) 2008-04-21 2009-10-22 Quinn Daniel E Method of restoring an article
DK2119726T5 (en) * 2008-05-14 2018-03-26 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel and powerful MHC class II peptides derived from survivin and neurocan
WO2010037395A2 (en) * 2008-10-01 2010-04-08 Dako Denmark A/S Mhc multimers in cancer vaccines and immune monitoring
EP2172211B1 (en) * 2008-10-01 2014-12-03 Immatics Biotechnologies GmbH Composition of tumor-associated peptides and related anti-cancer vaccine for the treatment of glioblastoma (GBM) and other cancers
WO2010120554A1 (en) * 2009-04-01 2010-10-21 The Regents Of The University Of California Detecting and treating breast cancer resistance to egfr inhibitors
GB201004575D0 (en) * 2010-03-19 2010-05-05 Immatics Biotechnologies Gmbh Composition of tumor associated peptides and related anti cancer vaccine for the treatment of gastric cancer and other cancers
GB201006360D0 (en) 2010-04-16 2010-06-02 Immatics Biotechnologies Gmbh Method for differentially quantifying naturally processed HLA-restricted peptides for cancer, autoimmune and infectious diseases immunotherapy development
GB201009222D0 (en) * 2010-06-02 2010-07-21 Immatics Biotechnologies Gmbh Improved cancer therapy based on tumour associated antigens derived from cyclin D1
CA2751835A1 (en) 2010-09-05 2012-03-05 University Health Network Methods and compositions for the classification of non-small cell lung carcinoma
US20140170168A1 (en) 2010-10-26 2014-06-19 Yoram Reiter Antibodies which bind soluble t-cell receptor ligands
WO2013057586A1 (en) 2011-10-19 2013-04-25 Oslo Universitetssykehus Hf Compositions and methods for producing soluble t - cell receptors
JP2015226468A (ja) 2012-08-27 2015-12-17 北海道公立大学法人 札幌医科大学 ｐ５３ファミリーキメラ分子およびその使用
WO2014071978A1 (en) 2012-11-08 2014-05-15 Roche Diagnostics Gmbh Nucleic acids encoding chimeric polypeptides for library screening
EP2808392A1 (en) 2013-05-28 2014-12-03 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Aptamers and use of the aptamers in the diagnosis and treatment of cancer
TWI819228B (zh) 2013-08-05 2023-10-21 德商伊瑪提克斯生物科技有限公司 新穎肽類，細胞及其用於治療多種腫瘤的用途，其製造方法及包含其等之醫藥組成物（八）
GB201319446D0 (en) * 2013-11-04 2013-12-18 Immatics Biotechnologies Gmbh Personalized immunotherapy against several neuronal and brain tumors
GB201511792D0 (en) 2015-07-06 2015-08-19 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against esopageal cancer and other cancers
CR20170579A (es) 2015-07-06 2018-05-25 Immatics Biotechnologies Gmbh Nuevos péptidos y combinación de péptidos para usar en inmunoterapia contra el cáncer esofágico y otros cánceres.
TW202304970A (zh) 2016-08-26 2023-02-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 用於頭頸鱗狀細胞癌和其他癌症免疫治療的新型肽和支架

Also Published As

Publication number Publication date
AU2016289754A1 (en) 2017-11-30
US20220119484A1 (en) 2022-04-21
CA3221001A1 (en) 2017-01-12
MA51531A (fr) 2020-11-11
CL2023000706A1 (es) 2023-08-18
JP2022020614A (ja) 2022-02-01
US20220098276A1 (en) 2022-03-31
CL2021000982A1 (es) 2021-09-10
CL2021000980A1 (es) 2021-09-10
PH12018500004A1 (en) 2018-07-09
US20220135646A1 (en) 2022-05-05
CA2991396A1 (en) 2017-01-12
US10703795B2 (en) 2020-07-07
ES2841507T3 (es) 2021-07-08
LT3319985T (lt) 2020-12-28
US20220106380A1 (en) 2022-04-07
KR102890065B1 (ko) 2025-11-21
MX2017017148A (es) 2018-02-23
ZA201707810B (en) 2018-11-28
TW202124430A (zh) 2021-07-01
MY198784A (en) 2023-09-27
US10829537B2 (en) 2020-11-10
US20210277087A1 (en) 2021-09-09
US20220135648A1 (en) 2022-05-05
PE20180259A1 (es) 2018-02-05
IL256303B1 (en) 2024-10-01
CN113880938A (zh) 2022-01-04
US11932678B2 (en) 2024-03-19
US20210277088A1 (en) 2021-09-09
AU2016289754B2 (en) 2021-02-18
TWI776332B (zh) 2022-09-01
CR20230563A (es) 2024-01-22
US20200157176A1 (en) 2020-05-21
DK3319985T3 (da) 2021-01-04
US20220112266A1 (en) 2022-04-14
JP2024041841A (ja) 2024-03-27
US11359003B2 (en) 2022-06-14
US20220106379A1 (en) 2022-04-07
US20200010531A1 (en) 2020-01-09
SG10202001668PA (en) 2020-04-29
MX2021013003A (es) 2022-01-18
CL2017003361A1 (es) 2018-05-04
MD3319985T2 (ro) 2021-01-31
AU2021200800B2 (en) 2022-08-18
US20210277086A1 (en) 2021-09-09
US20220098275A1 (en) 2022-03-31
US11939366B2 (en) 2024-03-26
US11608370B2 (en) 2023-03-21
US20220119487A1 (en) 2022-04-21
US20220135647A1 (en) 2022-05-05
JP6944382B2 (ja) 2021-10-06
US20220119485A1 (en) 2022-04-21
AU2022205209A1 (en) 2022-08-04
US20200291088A1 (en) 2020-09-17
CL2021000981A1 (es) 2021-09-10
CN107912043B (zh) 2022-02-18
IL313594A (en) 2024-08-01
EP4321172A3 (en) 2024-08-21
JP2018519825A (ja) 2018-07-26
PL3319985T3 (pl) 2021-05-04
PE20231014A1 (es) 2023-07-05
US10487132B2 (en) 2019-11-26
CR20230562A (es) 2024-01-22
RS61203B1 (sr) 2021-01-29
US20220098277A1 (en) 2022-03-31
US12258382B2 (en) 2025-03-25
SI3319985T1 (sl) 2021-01-29
TW202222825A (zh) 2022-06-16
US10626162B2 (en) 2020-04-21
CN113880938B (zh) 2025-09-05
US20260028387A1 (en) 2026-01-29
AU2022205209B2 (en) 2024-05-09
CR20170579A (es) 2018-05-25
US20190315832A1 (en) 2019-10-17
PT3319985T (pt) 2021-01-06
US11401319B2 (en) 2022-08-02
IL256303B2 (en) 2025-02-01
MY188354A (en) 2021-12-02
PE20240778A1 (es) 2024-04-17
EA201792671A1 (ru) 2018-06-29
US11999774B2 (en) 2024-06-04
US12297254B2 (en) 2025-05-13
IL256303A (en) 2018-02-28
AU2021200800A1 (en) 2021-03-04
CL2023000708A1 (es) 2023-08-18
CO2017012886A2 (es) 2018-03-09
HUE052628T2 (hu) 2021-05-28
US12351616B2 (en) 2025-07-08
US20210024609A1 (en) 2021-01-28
HRP20210076T1 (hr) 2021-05-14
BR112017028363A2 (pt) 2018-08-28
CL2021000979A1 (es) 2021-09-10
CN107912043A (zh) 2018-04-13
HK1255542A1 (en) 2019-08-23
US20220119486A1 (en) 2022-04-21
JP7803986B2 (ja) 2026-01-21
KR20180026758A (ko) 2018-03-13
EP4321172A2 (en) 2024-02-14
EP3736283A1 (en) 2020-11-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
UA124411C2 (uk) Фармацевтично прийнятна сіль пептиду та її застосування для лікування раку
US10364282B2 (en) Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against esophageal cancer and other cancers
UA124575C2 (uk) Пептид для лікування раку
UA125816C2 (uk) Пептид, придатний для лікування та/або діагностики раку
UA124577C2 (uk) Пептид для лікування раку
UA124519C2 (uk) Пептид, здатний зв'язуватися з молекулою головного комплексу гістосумісності (mhc) людини i класу
IL308735A (en) Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against ovarian cancer and other cancers
UA125817C2 (uk) Пептид, придатний для лікування та/або діагностики раку