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TW201900193A - 用於癌症治療之生物標記物 - Google Patents

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TW201900193A
TW201900193A TW107114398A TW107114398A TW201900193A TW 201900193 A TW201900193 A TW 201900193A TW 107114398 A TW107114398 A TW 107114398A TW 107114398 A TW107114398 A TW 107114398A TW 201900193 A TW201900193 A TW 201900193A
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melanoma
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TW107114398A
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珍妮佛 羅瑞尼 甘瑟特
亞伯罕 安東尼奧 安德生
卡文 戈爾斯基
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美商默沙東藥廠
美商安進公司
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Abstract

提供可用於鑒別多種癌症之生物標記物，該等癌症對以包含派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段、及talimogene laherparepvec之組合療法之治療有反應。提供治療癌症之方法，該等癌症對以派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段之單一療法有抗性。亦提供治療受試者之癌症之方法，該受試者患有具有低CD8+密度、低或陰性干擾素γ印記、及/或低或陰性PD-L1狀態之腫瘤。

Description

用於癌症治療之生物標記物
本發明係關於癌症治療之領域。具體而言，本發明係關於可用於鑒別多種癌症之生物標記物，該等癌症可以包含派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段、及talimogene laherparepvec之組合療法治療。
以抗PD-1或抗PD-L1抗體之治療導致具有多種癌症之患者之長效抗腫瘤反應，且其成為具有轉移性黑色素瘤、頭頸癌、肺癌、腎癌、及膀胱癌、以及默克細胞癌(Merkel cell carcinoma)及霍奇金氏病(Hodgkin's disease)之患者之護理治療標準(Sharma, P.及Allison, J.P., (2015). The future of immune checkpoint therapy. Science 348, 56-61)。然而，在所有這些適應症中，僅患者之子集對療法有反應，大部分患者主要對PD-1阻斷有抗性。據此，需要新的靶向PD-1阻斷抗性癌症之治療。
本揭露係基於生物標記物(例如，腫瘤內生物標記物)之發現，該等腫瘤內生物標記物可用於鑒別對以派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段、及talimogene laherparepvec之組合療法有反應的腫瘤。本發明尤其可用於治療先前無法以單一療法(即，以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))治療或充分治療之受試者之腫瘤。腫瘤內投與溶瘤病毒talimogene laherparepvec (1型單純皰疹病毒，其經設計以較佳在腫瘤中複製並產生顆粒球-巨噬細胞群落刺激因子(GM-CSF))經確定增加人類患者中之細胞毒性T細胞腫瘤內浸潤，從而改良當在具有表現出低CD8+ T細胞密度、低或陰性干擾素γ印記、及/或低或陰性PD-L1狀態的腫瘤的受試者中及/或在對先前查核點抑制劑療法(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗)無反應或反應不佳或者由於例如低PD-L1狀態而不太可能對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))的單一療法有反應的受試者中用作組合療法時抗PD-1抗體派姆單抗的抗腫瘤活性。
在一個態樣中，提供一種治療受試者之腫瘤之方法，其包含：選擇患有腫瘤之受試者，該腫瘤包含小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 的CD8+ T細胞浸潤密度；向該受試者投與talimogene laherparepvec；且向該受試者投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段。
在某些實施例中，相較於選自由以下組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限，該腫瘤在投與之前表現較低水準的二、三、四、或五種干擾素γ (IFNγ)印記基因：IFNγ、信號轉導及轉錄激活蛋白1 (STAT1)、C-C趨化介素受體5型(CCR5)、趨化介素(C-X-C模體)配體9 (CXCL9)、穿孔蛋白1 (PRF1)、HLA-DRA、趨化介素(C-X-C模體)配體10 (CXCL10)、趨化介素(C-X-C模體)配體11 (CXCL11)、吲哚胺2,3-二氧酶1 (IDO1)、及顆粒酶A (GZMA)。在某些實施例中，在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之前，該腫瘤不表現IFNγ印記基因。
在某些實施例中，在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之前，該腫瘤之計畫性死亡配體1 (PD-L1)狀態小於約50%。在某些實施例中，在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約1%。
在某些實施例中，該talimogene laherparepvec係腫瘤內向該受試者投與，及/或該派姆單抗或該其抗原結合片段係全身性地向該受試者投予。
在某些實施例中，該talimogene laherparepvec係在投與該派姆單抗或該其抗原結合片段之前向該受試者投與。
在某些實施例中，在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之後，發生經注射腫瘤之大小減小及/或非經注射腫瘤之大小減小。
在某些實施例中，在投與該talimogene laherparepvec之後，該腫瘤中CD8+ T細胞浸潤密度增加。在某些實施例中，在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之後，該受試者中分裂CD8+ T細胞循環增加。
在某些實施例中，該受試者患有選自由以下組成之群組的癌症：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。在某些實施例中，該黑色素瘤為皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、或葡萄膜黑色素瘤，該乳癌為HER2+乳癌、HER2- HR+乳癌、或三陰性乳癌，該前列腺癌為閹割抗性前列腺癌，該膀胱癌為移形細胞癌或泌尿上皮癌，該頭頸癌為復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌，及/或該肉瘤為軟組織肉瘤或骨肉瘤。
在某些實施例中，該腫瘤包含小於約1000個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度。
在一個態樣中，提供一種治療受試者之腫瘤之方法，該受試者對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法反應不佳或無反應，該方法包含：向該受試者投與talimogene laherparepvec；且向該受試者投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段。
在某些實施例中，該腫瘤在投與之前包含小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度；與選自由IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，該腫瘤在投與之前表現較低水準的二、三、四、或五種干擾素γ (IFNγ)印記基因；及/或在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約50%。
在一個態樣中，提供一種治療受試者之腫瘤之方法，該受試者在以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法期間進展，該方法包含：向該受試者投與talimogene laherparepvec；且向該受試者投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段。
在某些實施例中，該腫瘤在投與之前包含小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度；與選自由IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，該腫瘤在投與之前表現較低水準的二、三、四、或五種IFNγ印記基因；及/或在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約50%。
在某些實施例中，該talimogene laherparepvec係呈初始劑量接著一或多個二次劑量依序投與。在某些實施例中，該派姆單抗、該派姆單抗變體、或其抗原結合片段係呈初始劑量接著一或多個二次劑量依序投與。在某些實施例中，該talimogene laherparepvec係呈初始劑量接著一或多個二次劑量依序投與，並且該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段係依序且與該一或多個二次劑量的該talimogene laherparepvec組合地投與。
在某些實施例中，該talimogene laherparepvec係腫瘤內投與，且其中該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段係全身性投與。在某些實施例中，該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段係腫瘤內投與。
在一個態樣中，提供一種治療腫瘤之方法，該腫瘤具有小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 的CD8+ T細胞浸潤密度，該方法包含使該腫瘤與talimogene laherparepvec、及派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段接觸。
在某些實施例中，該腫瘤來自患有選自由以下組成之群組的癌症的受試者：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。在某些實施例中，該癌症為皮膚黑色素瘤。在某些實施例中，該癌症為復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌。
在某些實施例中，與選自由以下組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，該腫瘤在接觸之前表現較低水準的二、三、四、或五種IFNγ印記基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA。
在某些實施例中，在與該talimogene laherparepvec及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段接觸之前，該腫瘤之PD-L1小於約50%。
在一個態樣中，提供一種治療腫瘤之方法，與選自由IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，該腫瘤在治療之前表現較低水準的二、三、四、或五種IFNγ印記基因，該方法包含使該腫瘤與talimogene laherparepvec、及派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段接觸。
在某些實施例中，該腫瘤來自患有選自由以下組成之群組的癌症的受試者：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。在某些實施例中，該癌症為黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)。在某些實施例中，該癌症為頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)。
在某些實施例中，在接觸之前，該腫瘤具有小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度。
在某些實施例中，在與talimogene laherparepvec、及派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段接觸之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約50%。
在一個態樣中，提供一種治療腫瘤之方法，在治療之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約50%，該方法包含使該腫瘤與talimogene laherparepvec、及派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段接觸。
在某些實施例中，該腫瘤來自患有選自由以下組成之群組的癌症的受試者：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。在某些實施例中，該癌症為黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)。在某些實施例中，該癌症為頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)。
在某些實施例中，在接觸之前，該腫瘤具有小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度。
在某些實施例中，與選自由以下組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，該腫瘤在接觸之前表現較低水準的二、三、四、或五種IFNγ印記基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA。
在一個態樣中，提供一種治療腫瘤之方法，該腫瘤具有小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度且與選自由IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA所組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，在治療之前表現較低水準的五種或更少IFNγ印記基因，該方法包含使該腫瘤與talimogene laherparepvec、及派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段接觸。
在某些實施例中，該腫瘤來自患有選自由以下組成之群組的癌症的受試者：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。在某些實施例中，該癌症為黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)。在某些實施例中，該癌症為頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)。
在某些實施例中，在與talimogene laherparepvec、及派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段接觸之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約50%。
在一個態樣中，提供一種治療受試者之先前派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段抗性之腫瘤之方法，該受試者隨後暴露於talimogene laherparepvec，該方法包含向該受試者投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段。
在某些實施例中，該受試者患有選自由以下組成之群組的癌症：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。在某些實施例中，該癌症為黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)。在某些實施例中，該癌症為頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)。
在一個態樣中，提供一種使受試者之對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法有抗性的腫瘤對派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段敏感之方法，其包含使該腫瘤與talimogene laherparepvec接觸。
在某些實施例中，相對於在使該腫瘤與talimogene laherparepvec接觸之前取得之該腫瘤樣品，在使該腫瘤與talimogene laherparepvec接觸之後，取自該受試者之該腫瘤樣品具有增加水準的CD8+ T細胞、CD4+ T細胞、IFNγ、CD20+ B細胞、記憶T細胞、調控T細胞、及CD56+細胞之一或任何組合。
在某些實施例中，在與talimogene laherparepvec接觸之後，該腫瘤之CD8+ T細胞浸潤密度大於1000個細胞/mm2 。
在某些實施例中，相較於在接觸之前取自該受試者之血液樣品，在使該腫瘤與talimogene laherparepvec接觸之後，取自該受試者之血液樣品具有增加水準的CD8+ T細胞及/或CD4+ T細胞，視情況其中CD8+ T為分裂CD8+ T細胞。
在一個態樣中，提供一種治療受試者之腫瘤之方法，其包含：選擇患有腫瘤的受試者，該腫瘤包含小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 的CD8+ 細胞浸潤密度；呈初始劑量接著一或多個二次劑量向該受試者腫瘤內投與talimogene laherparepvec；且呈初始劑量接著一或多個二次劑量向該受試者全身投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段。
在某些實施例中，該等二次劑量係每兩週(Q2W)投與。在某些實施例中，該初始劑量的talimogene laherparepvec係在第1週第1天投與，且二次劑量的talimogene laherparepvec係第4週第1天、第6週第1天、及其後Q2W投與。在某些實施例中，該初始劑量的派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段係在第6週第1天投與，且二次劑量的派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段係在第8週第1天及其後Q2W投與。
在某些實施例中，該初始劑量的talimogene laherparepvec係以106 個空斑形成單位(pfu)/mL之劑量投與，且該等二次劑量的talimogene laherparepvec係以108 pfu/mL之劑量投與。
在某些實施例中，該初始劑量的派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段係以200 mg之劑量投與，且該等二次劑量的派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段係以200 mg之劑量投與。
上文所述之本揭露之概述具有非限制性，且所揭示之生物標記物及方法之其他特徵及優勢將從以下圖式、本揭露之詳細描述、及申請專利範圍顯而易知。
相關申請案
本申請案主張2017年4月28日提交之美國臨時申請案第62/491,746號之優先權權益。該前述申請案據此出於所有目的以全文引用之方法併入。
已經確立，腫瘤中高水準的CD8+ T細胞浸潤、高水準的PD-L1、及/或陽性IFNγ基因印記為使用PD-1/PD-L1拮抗劑成功治療腫瘤所需的。事實上，靶向計畫性死亡-1 (PD-1)受體的當前癌症療法已顯示具有各種癌症類型的患者中持久臨床反應率前所未有，包括在治療性PD-1抗性之後的腫瘤進展，此類結果需要高水準的先前存在的CD8+ T細胞(Tumeh等人, (2014) Nature 515:568-571)。抗PD-Ll抗體經確定在具有表達高水準PD-L1的腫瘤的患者中治療多種癌症類型時為有效的(Herbst等人, (2014) Nature 515:563-7)。 另外，腫瘤中高干擾素γ (IFNγ)基因印記之存在與用PD-1拮抗劑治療腫瘤的能力相關(WO 2015/094992；申請方，Merck Sharp & Dohme Corporation)。
意外地並且與所接受的法則(即，高水準的CD8+ T細胞浸潤、高PD-L1水準、及/或陽性IFNγ基因印記為用PD-1拮抗劑成功治療腫瘤所必需的)完全相反，已經發現，具有低水準的CD8+ T細胞浸潤、低或陰性PD-L1狀態、及/或低或陰性IFNγ基因印記概況的腫瘤可用PD-1拮抗劑派姆單抗、使用與talimogene laherparepvec之組合療法方法來有效治療。此發現表示第一臨床證明，即talimogene laherparepvec可體內 觸發腫瘤中之免疫反應，該免疫反應足以使該腫瘤能夠被PD-1拮抗劑派姆單抗有效靶向。
進一步發現，腫瘤內投與talimogene laherparepvec有利地藉由例如增加CD8+ T細胞浸潤、增加PD-L1表現、及/或產生更為陽性IFNγ基因印記來改變經注射病灶之腫瘤微環境，因此使腫瘤細胞更易感於抗PD-1療法。PD-L1之表現在用talimogene laherparepvec治療之後增加，但藉由用派姆單抗的隨後PD-1阻斷經抵消。在將talimogene laherparepvec注射至病灶中之後，腫瘤抗原特異性CD8+ T細胞被運輸至並浸潤局部病灶以及遠處轉移性病灶。使用派姆單抗及talimogene laherparepvec之組合療法，抗PD-1阻斷起作用以抵消免疫反應之查核點蛋白介導之抑制。
因此，投與溶瘤病毒藉由將「冷」腫瘤(即，表現低水準的免疫浸潤(例如，藉由CD8+ T細胞)、陰性IFNγ基因印記、及/或低PD-L1狀態的腫瘤)轉化為「熱」腫瘤(即，表現高水準的免疫浸潤(例如，藉由CD8+ T細胞)、陽性IFNγ基因印記、及/或高PD-L1狀態)來使此類腫瘤「更易感於派姆單抗阻斷療法。據此，可使得先前對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗或其變體或抗原結合片段))之單一療法反應極小或無反應的腫瘤對用派姆單抗或其變體或抗原結合片段的療法敏感。
據此，在一個實施例中，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段及talimogene laherparepvec之組合用於在患者中相較於單獨派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段增加腫瘤特異性T細胞反應之量值。此效應可尤其在先前未治療、不可切除、穩定的IIIb-IV黑色素瘤之情況下觀察到。派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段及talimogene laherparepvec之組合意欲在腫瘤中talimogene laherparepvec之溶裂複製之後增強對腫瘤抗原的全身性抗腫瘤反應。因此，組合療法可導致經注射之腫瘤以及未注射/遠處腫瘤之破壞增強，包括微轉移性疾病，以改進總體腫瘤反應率及反應之持續時間。總的來說，此等效應可導致總體存活之改進，尤其是當相較於以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法時。與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段組合地使用talimogene laherparepvec意欲透過不同機制增強T細胞活化，分別是在藉由溶裂病毒複製來釋放腫瘤抗原之後加強樹突細胞介導之腫瘤抗原呈現(Kaufman等人, Ann Surg Oncol., 17(3):718-730, 2010)，其透過GM-CSF之局部表現來增強，且藉由阻斷免疫查核點抑制劑所介導之抑制信號來對抗免疫耐受性(Kapadia及Fong, J Clin Oncol., 23:8926-8928, 2005)。
在某些實施例中，具有小於約、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及/或陰性IFNγ基因印記之冷腫瘤相關癌症係用派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段及talimogene laherparepvec之組合治療。此類腫瘤包括但不限於：黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、非小細胞肺癌、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)、結腸直腸癌、乳癌(例如，HER2+乳癌、HER2- (HR+)乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移形細胞癌、泌尿上皮癌)、前列腺癌(例如，閹割抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、骨肉瘤)、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。
在其他實施例中，對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法有反應的熱腫瘤(或與熱腫瘤相關之癌症) (即，與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及/或低水準的IFNγ基因印記表現中一或多者不相關的癌症)係用派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段及talimogene laherparepvec之組合治療。此類癌症包括但不限於：黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、肺癌(例如，非小細胞肺癌、小細胞肺癌)、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌、鼻咽癌、甲狀腺癌、唾液腺癌、食道癌)、乳癌(例如，ER+/HER2-乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、子宮頸癌、膀胱癌(例如，泌尿上皮癌)、腎細胞癌、胃腸癌(例如，肝細胞癌、結腸直腸癌、肛門癌)、膽道癌、多發性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，縱膈大B細胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤)、及間皮瘤。 定義
為使得本發明可更易於理解，某些技術及科學術語具體定義如下。除非本文件中其他地方具體定義，否則本文所用之所有其他技術及科學術語皆具有一般熟習本發明所屬之技術者通常所理解的含義。
除非上下文另外明確規定，否則如本文所用，包括隨附申請專利範圍，字詞之單數形式諸如「一個」、「一種」、及「該」包括其對應的複數個提及物。
「約」當用於修飾以數字定義之參數(例如，本文所討論之基因印記之基因印記分數；或派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段或talimogene laherparepvec之劑量；或用派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段或talimogene laherparepvec之治療時長)時意謂該參數可變化高於或低於該參數之說明數值之多達10%。例如，由約10個基因組成之基因印記可具有9與11之間個基因。
「投與」及「治療」當其應用於動物、人類、實驗受試者、細胞、組織、器官、或生物流體時係指外源性醫藥、治療、診斷藥劑或組成物與動物、人類、受試者、細胞、組織、器官、或生物流體之接觸。細胞之治療涵蓋試劑與細胞之接觸以及試劑與流體之接觸，其中該流體與該細胞接觸。「投與」及「治療」亦意謂例如細胞(藉由試劑)、診斷、結合化合物、或藉由另一細胞的體外 及離體 治療。
如本文所用，術語「抗體」係指表現出所需生物或結合活性之抗體之任何形式。因此，其以最廣泛含義使用且特定地涵蓋但不限於單株抗體(包括全長單株抗體)、多株抗體、多特異性抗體(例如，雙特異性抗體)、人源化抗體、全人類抗體、嵌合抗體、及駱駝源化單結構域抗體。「親本抗體」為藉由將免疫系統暴露於抗原，之後修飾抗體以供預期用途(諸如將抗體人源化以用作人類治療劑)所獲得之抗體。
一般而言，基礎抗體結構單元包含四聚體。各四聚體包括兩對相同的多肽鏈，各對具有一條「輕」鏈(約25 kDa)及一條「重」鏈(約50-70 kDa)。各鏈之胺基端部分包括約100至110個或更多個胺基酸之可變區，其主要負責抗原識別。重鏈之羧基端部分可定義主要負責效應功能之恆定區。通常，人類輕鏈分類為κ及λ輕鏈。此外，人類重鏈通常分類為μ、δ、γ、α、或ε，且將抗體之同型分別定義為IgM、IgD、IgG、IgA、及IgE。在輕鏈及重鏈內，可變區及恆定區藉由約12或更多個胺基酸之「J」區接合，其中重鏈亦包括約10或更多個胺基酸之「D」區。一般參見Fundamental Immunology 第7章(Paul, W.編, 第2版 Raven Press, N.Y. (1989))。
各輕鏈/重鏈對之可變區形成抗體結合位點。因此，一般而言，完整抗體具有兩個結合位點。除了在雙功能或雙特異性抗體中，該兩個結合位點一般相同。
通常，重鏈及輕鏈之可變域包含三個位於相對保守構架區(FR)內之高變區，該等高變區亦稱作互補決定區(CDR)。該等CDR通常藉由構架區來對準，使得能夠結合特異性抗原決定基。一般而言，自N端至C端，輕鏈及重鏈可變域均包含FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、及FR4。胺基酸向各結構域之分配一般係根據以下之定義：Sequences of Proteins of Immunological Interest, Kabat等人, National Institutes of Health, Bethesda, Md., 第5版, NIH Publ. 第91-3242期 (1991)；Kabat (1978) Adv. Prot. Chem. 32:1-75；Kabat等人, (1977) J. Biol. Chem. 252:6609-6616；Chothia等人, (1987) J Mol. Biol. 196:901-917；或Chothia等人, (1989) Nature 342:878-883。
如本文所用，術語「高變區」係指抗體中負責抗原結合之胺基酸殘基。高變區包含來自「互補決定區」或「CDR」之胺基酸殘基(即，輕鏈可變域中之LCDR1、LCDR2、及LCDR3以及重鏈可變域中之HCDR1、HCDR2、及HCDR3)。參見Kabat等人, (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, 第5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (其藉由序列定義抗體之CDR區)；亦參見Chothia及Lesk, (1987) J. Mol. Biol. 196: 901-917 (其藉由結構定義抗體之CDR區)。如本文所用，術語「構架」或「FR」殘基係指除本文定義為CDR殘基之高變區殘基之外的那些可變域殘基。
如本文所用，除非另外指示，否則「抗體片段」或「抗原結合片段」係指抗體之抗原結合片段，即，保留特異性結合由全長抗體結合之抗原的能力的抗體片段，例如保留一或多個CDR區之片段。抗原結合片段之實例包括但不限於Fab、Fab'、F(ab')2、及Fv片段；雙功能抗體；線性抗體；單鏈抗體分子，例如sc-Fv；奈米抗體；及由抗體片段形成之多特異性抗體。
「特異性結合」指定靶蛋白的抗體係表現出相較於其他蛋白質優先結合該靶標的抗體，但此特異性不需要絕對結合特異性。若抗體之結合決定樣品中靶蛋白之存在，例如，而不產生非所需結果諸如偽陽性，認為該抗體「特異」於其意欲的靶標。可用於本發明的抗體或其結合片段將以係與非靶蛋白之親和力的至少兩倍大、較佳至少十倍大、更佳至少20倍大、且最佳至少100倍大的親和力結合靶蛋白。如本文所用，若抗體結合包含給定胺基酸序列(例如，成熟人類PD-1或人類PD-L1分子之胺基酸序列)之多肽但不結合缺乏該序列之蛋白質，則稱該抗體特異性結合包含該序列之多肽。
「嵌合抗體」係指以下抗體，其中一部分重鏈及/或輕鏈與來源於具體物種(例如，人類)或屬具體抗體類別或亞類的抗體中之對應序列相同或同源，同時其餘鏈與來源於另一物種(例如，小鼠)或屬另一抗體類別或亞類的抗體以及此類抗體之片段中的對應序列相同或同源，只要其表現出所需的生物活性即可。
「人類抗體」係指僅包含人類免疫球蛋白蛋白質序列的抗體。若在小鼠中、在小鼠細胞中、或在來源於小鼠細胞的融合瘤中產生，則人類抗體可含有鼠類碳水化合物鏈。相似地，「小鼠抗體」或「大鼠抗體」係指分別僅包含小鼠或大鼠免疫球蛋白序列的抗體。
「人源化抗體」係指含有來自非人類(例如，鼠類)抗體以及人類抗體之序列的抗體形式。此類抗體含有來源於非人類免疫球蛋白的最小序列。一般而言，人源化抗體將包含實質上全部至少一個且通常兩個可變域，其中全部或實質上全部高變環對應於非人類免疫球蛋白之高變環且全部或實質上全部FR區為人類免疫球蛋白序列之FR區。人源化抗體視情況亦將包含至少一部分免疫球蛋白恆定區(Fc)，通常為人類免疫球蛋白之恆定區。當有必要區分人源化抗體與親本齧齒動物抗體時，將字首「hum」、「hu」、或「h」添加至抗體殖株名稱。齧齒動物抗體之人源化形式將通常包含親本齧齒動物抗體之相同CDR序列，但可包括某些胺基酸取代以增加親和力、增加人源化抗體之穩定性、或出於其他原因。
「生物治療劑」意謂以下生物分子，諸如抗體，其阻斷支持腫瘤維持及/或生長或抑制抗腫瘤免疫反應的任何生物路徑中的配體/受體信號傳導及/或恢復CD8+ T細胞向腫瘤浸潤。
術語「癌症」、「癌性」、或「惡性」係指或描述哺乳動物中通常特徵在於細胞生長不受調控的生理病狀。與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及/或低水準的IFNγ基因印記表現中之一或多者相關的癌症之實例包括但不限於癌、淋巴瘤、白血病、胚細胞瘤、及肉瘤。
與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及/或低水準的IFNγ基因印記表現中之一或多者相關的具體癌症之實例包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、非小細胞肺癌、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)、結腸直腸癌、乳癌(例如，HER2+乳癌、HER2- (HR+)乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移形細胞癌、泌尿上皮癌)、前列腺癌(例如，閹割抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、骨肉瘤)、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、或胰腺癌。
對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法有反應的具體癌症之實例包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、肺癌(例如，非小細胞肺癌、小細胞肺癌)、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌、鼻咽癌、甲狀腺癌、唾液腺癌、食道癌)、乳癌(例如，ER+/HER2-乳癌、三陰性 乳癌)、卵巢癌、子宮頸癌、膀胱癌(例如，泌尿上皮癌)、腎細胞癌、胃腸癌(例如，肝細胞癌、結腸直腸癌、肛門癌)、膽道癌、多發性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，縱膈大B細胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤)、或間皮瘤，該等癌症可與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及/或陰性IFNγ基因印記中之一或多者相關或不相關。在某些實施例中，具體癌症類型可具有一或多個係熱的子集(即，其與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及/或陰性IFNγ基因印記中之一或多者不相關)或一或多個係冷的子集(即，與小於1000個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及/或陰性IFNγ基因印記中之一或多者相關)。
可根據本發明治療的尤其較佳癌症包括特徵在於以下之一個或任何組合的癌症：低CD8+ T細胞密度；低或陰性干擾素γ印記；及低或陰性PD-L1狀態。在某些實施例中，癌症係「冷」的，其係指表現出低水準的免疫浸潤(例如藉由CD8+ T細胞)的癌症，該癌症通常藉由將此類腫瘤轉化成「熱」腫瘤不易感於抗PD-1阻斷療法。在某些實施例中，冷腫瘤之CD8+ T細胞密度小於或等於約3000，例如，小於約3000、約2900、約2800、約2700、約2600、約2500、約2400、約2300、約2200、約2100、約2000、約1900、約1800、約1700、約1600、約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 或1 mL (即，1 cm3 )樣品。
如本文所用，「熱」腫瘤係表現出水準高於冷腫瘤的藉由例如CD8+ T細胞之免疫浸潤的腫瘤。在某些實施例中，熱腫瘤之CD8+ T細胞密度大於約3000個細胞，例如大於約4000個細胞或大於約5000個細胞每1 mm2 樣品。
CD8+ (細胞毒性) T細胞產生於胸腺中並表現T細胞受體。CD8+ T細胞表現二聚體共受體CD8，其通常由一條CD8α及一條CD8β鏈構成。CD8+ T細胞識別由在所有有核細胞上可見之MHC I類分子所呈現之多肽。CD8異二聚體在T細胞/抗原呈現細胞相互作用期間結合MHC I類之保守部分(α3區)。當CD8+ T細胞識別抗原並變得活化時，其可分泌細胞介素，產生並釋放細胞毒性顆粒，且活化凋亡蛋白酶級聯以殺傷惡性細胞。
高密度腫瘤浸潤CD8+ T細胞通常在此項技術中與大範圍癌症中之有利的臨床結果相關，且指示進行中的宿主免疫反應，並且關於臨床結果之高密度腫瘤浸潤淋巴球之預測值已在多種癌症實體中經評估(Zhang等人, (2003) NEJM 348:203-13；Galon等人, (2006) Science 313:1960-64；Gao等人, (2007) J Clin Oncol. 25:2586-93；Gooden等人, (2011) Br J Cancer 105:93-103)。
術語「CD8密度」、「CD8+密度」、或「CD8+ T細胞密度」係指樣品(例如腫瘤樣品)中存在之CD8+ T細胞數。在示範性實施例中，CD8+ T細胞密度為樣品(例如，來自受試者之1 mm2 樣品(例如，鑽孔生檢))或1 mL (即，1 cm3 )樣品(例如，液體生檢)中存在之細胞數。在某些示範性實施例中，低CD8+ T細胞密度(其與「冷」腫瘤相關)小於約3000個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約2900個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約2800個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約2700個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約2600個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約2500個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約2400個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約2300個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約2200個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約2100個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約2000個細胞每1 mm2 樣品、小於約1900個細胞每1 mm2 樣品、小於約1800個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約1700個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約1600個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約1500個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約1400個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約1300個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約1200個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約1100個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約1000個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約900個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約800個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約700個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約600個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約500個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約400個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約300個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、小於約200個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、或小於約100個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品。在某些示範性實施例中，低CD8+ T細胞密度係在約3000與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約2900與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約2800與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約2700與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約2600與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品，在約2500與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約2400與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約2300與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約2200與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約2100與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約2000與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約1900與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約1800與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約1700與500之間個細胞每1mm2 或每1 mL樣品、在約1600與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、1500與500個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約1400與600之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約1300與700之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約1200與800之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約1100與900之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、或在約1050與950之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品。在某些示範性實施例中，低CD8+ T細胞密度在約10與1000之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約20與900之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約30與800之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約40與700之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約50與600之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約60與500之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約70與400之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、在約80與300之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品、或在約90與100之間個細胞每1 mm2 或每1 mL樣品。在某些示範性實施例中，樣品不含有可偵測CD8+ T細胞。
除非另外指示，否則如本文所用之「CDR」意謂使用Kabat編號系統定義的免疫球蛋白可變區中之互補決定區。
「查核點抑制劑」係指完全或部分減少、抑制、干擾、或調解一或多種查核點蛋白之分子。查核點蛋白調控T細胞活化或功能。許多查核點蛋白為已知的，諸如CTLA-4及其配體CD80及CD86；及PD1及其配體PDL1及PDL2 (Pardoll (2012)Nature Reviews Cancer 12: 252-264)。這些蛋白負責T細胞反應之共刺激或抑制劑相互作用。查核點蛋白調控並維持自身耐受性以及生理免疫反應之持續時間與幅度。在某些實施例中，查核點包括抗體或可來源於抗體。
「化學治療劑」為可用於治療癌症之化合物。化學治療劑之類別包括但不限於：烷化劑、抗代謝物、激酶抑制劑、紡錘體毒素植物鹼、細胞毒性/抗瘤抗生素、拓樸異構酶抑制劑、光敏劑、抗雌激素及選擇性雌激素受體調節劑(SERM)、抗黃體素、雌激素受體下調劑(ERD)、雌激素受體拮抗劑、黃體化激素釋放激素致效劑、抗雄激素、芳香酶抑制劑、EGFR抑制劑、VEGF抑制劑、抑制異常細胞增殖或腫瘤生長中所涉及之基因表現的反義寡核苷酸。可用於本發明之治療方法的化學治療劑包括細胞生長抑制劑及/或細胞毒性劑。
如本文所用之「Clothia」意謂Al-Lazikani等人, JMB 273:927-948 (1997)中所述之抗體編號系統。
「經保守修飾之變體」或「保守取代」係指用具有相似特徵(例如電荷、側鏈大小、疏水性/親水性、骨架構形及剛性等)之其他胺基酸取代蛋白質中之胺基酸，以使得可頻繁地做出變化而不改變(或實質上改變)蛋白質之生物活性或所需性質，諸如抗原親和力及/或特異性。熟習此項技術者應瞭解，一般而言，在多肽之非必需區中之單胺基酸取代不會實質上改變生物活性(參見例如，Watson等人, (1987) Molecular Biology of the Gene, The Benjamin/Cummings Pub.Co., 第224頁(第4版))。另外，結構上或功能上相似之胺基酸的取代不太可能破壞生物活性。
除非上下文由於表述語言或必要涵義而另外有需要之外，否則「包含(Comprising)」或變型諸如「包含(comprise)」、「包含(comprises)」、或「包含(comprised of)」以包括性意義在說明書和申請專利範圍通篇使用，即，指定所述特徵之存在，但不排除另外可顯著增強本發明實施例之操作或效用的特徵之存在或添加。
如在說明書及申請專利範圍通篇使用之「基本上由……組成(Consists essentially of)」及變型諸如「基本上由……組成(consist essentially of)」或「基本上由……組成(consisting essentially of)」指示包括任何所述元件或元件群，且視情況包括與所述元件性質相似或不同的其他元件，所述其他元件不顯著改變所指定劑量方案、方法、或組成物之基本或新穎的性質。作為非限制性實例，若將基因印記分數定義為由指定基因清單組成的一組基因之複合RNA表現分數，熟練技術人員應理解，若包括不顯著影響預測能力，則此基因印記分數可包括針對一或多個額外基因、較佳不多於三個額外基因所確定的RNA表現水準。
如本文所用之「構架區」或「FR」意謂排除CDR區之免疫球蛋白可變區。
「同源性」係指當兩條多肽序列經最適比對時，其之間的序列相似性。當兩條比較序列中之一位置經相同胺基酸單體次單元佔據，例如，若兩種不同Ab之輕鏈CDR中之一位置經丙胺酸佔據，則該兩種Ab在該位置處同源。同源性百分比為兩條序列共享的同源位置數除以所比較之位置總數×100。例如，若兩條序列經最適比對時，其中10個位置中有8個位置為匹配的或同源的，則兩條序列為80%同源。一般而言，當兩條序列經比對時進行比較以得到最大同源性百分比。例如，可藉由BLAST演算法執行比較，其中對演算法之參數進行選擇以在各別參考序列之完整長度上得到各別序列之間的最大匹配。
以下參考文獻與常用於序列分析的BLAST演算法相關：BLAST演算法：Altschul, S. F.等人, (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410；Gish, W.等人, (1993) Nature Genet. 3:266-272；Madden, T. L.等人, (1996) Meth. Enzymol. 266:131-141；Altschul, S. F.等人, (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389-3402；Zhang, J.等人, (1997) Genome Res. 7:649-656；Wootton, J. C.等人, (1993) Comput. Chem. 17:149-163；Hancock, J. M.等人, (1994) Comput. Appl. Biosci. 10:67-70；比對計分系統：Dayhoff, M. O.等人, 「A model of evolutionary change in proteins.」, Atlas of Protein Sequence and Structure, (1978) 第5卷, 增刊3. M. O. Dayhoff編, 第345-352頁, Natl. Biomed. Res. Found., Washington, D.C.；Schwartz, R. M.等人, 「Matrices for detecting distant relationships.」, Atlas of Protein Sequence and Structure, (1978) 第5卷, 增刊3. M. O. Dayhoff編, 第353-358頁, Natl. Biomed. Res. Found., Washington, D.C.；Altschul, S. F., (1991) J. Mol. Biol. 219:555-565；States, D. J.等人, (1991) Methods 3:66-70；Henikoff, S.等人, (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915-10919；Altschul, S. F.等人, (1993) J. Mol. Evol. 36:290-300；比對統計學：Karlin, S.等人, (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264-2268；Karlin, S.等人, (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877；Dembo, A.等人, (1994) Ann. Prob. 22:2022-2039；及Altschul, S. F. 「Evaluating the statistical significance of multiple distinct local alignments.」, Theoretical and Computational Methods in Genome Research (S. Suhai編), (1997) 第1-14頁, Plenum, N.Y。
「分離抗體」及「分離抗體片段」係指純化狀態，且在此情境下意謂經命名分子實質上不含其他生物分子諸如核酸、蛋白質、脂質、碳水化合物、或其他物質諸如細胞碎片及生長培養基。一般而言，術語「分離」不意欲指完全不存在此一物質或不存在水、緩衝液、或鹽，除非其以實質上干擾如本文所述之結合化合物之實驗或治療用途的量存在。
如本文所用之「Kabat」意謂Elvin A. Kabat所開創之免疫球蛋白比對及編號系統((1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, 第5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md.)。
如本文所用之「單株抗體」、或「mAb」、或「Mab」係指實質上均質的抗體之群體，即，除了可以少量存在的、潛在的天然存在之突變之外，包含該群體之抗體分子之胺基酸序列相同。相反，習知(多株)抗體製劑通常包括許多常特異於不同抗原決定區的不同抗體，該等抗體之可變域(尤其是其CDR)之胺基酸序列不同。修飾語「單株」指示抗體之特性為獲自實質上均質的抗體群體，且不應理解為需要藉由任何具體方法來產生抗體。例如，欲根據本發明使用之單株抗體可藉由首先由Kohler等人, (1975) Nature 256: 495所述之融合瘤方法製成，或可藉由重組DNA方法製成(參見例如美國專利第4,816,567號)。「單株抗體」亦可使用例如Clackson等人, (1991) Nature 352: 624-628及Marks等人, (1991) J. Mol. Biol. 222: 581-597中所述之技術從噬菌體抗體文庫分離。亦參見Presta, (2005) J. Allergy Clin. Immunol. 116:731。
「干擾素γ」及「IFNγ」(亦稱為免疫或II型干擾素)係指涉及免疫及發炎反應之幾乎所有時期之調控的多效性細胞介素，該等時期包括T細胞、B細胞、巨噬細胞、NK細胞、及其他細胞型諸如內皮細胞及纖維母細胞之活化、生長、及分化。IFNγ增強抗原呈現細胞上之MHC表現，且亦在活化淋巴球中起到增強抗腫瘤效應的重要作用。
IFNγ可藉由增加至腫瘤特異性T細胞之腫瘤抗原呈現並增加對NK細胞毒性的易感性來促成腫瘤進展及生長之遏止。除促進對腫瘤的免疫反應之外，IFN-γ亦可誘導腫瘤抑制因子之表現。
如本文所述之「基因改造溶瘤病毒」係指相較於野生型病毒型式經改造通常以移除及/或插入一或多個基因的溶瘤病毒。本發明之較佳基因改造溶瘤病毒為talimogene laherparepvec，亦稱為IMLYGIC® (INN = talimogene laherparepvec)，其為可商購自Amgen Inc. (Thousand Oaks, CA)之基因工程改造皰疹病毒。talimogene laherparepvec描述於例如WO 2014036412中，其出於所有目的以全文引用的方式併入本文。
Talimogene laherparepvec，即HSV-1 (JS1毒株) ICP34.5-/ICP47-/hGM-CSF (先前已知為OncoVexGM-CSF )，為腫瘤內遞送溶瘤免疫療法，其包含在固態腫瘤中選擇性複製的免疫增強HSV-1。(Lui等人, Gene Therapy, 10:292-303, 2003；美國專利第7,223,593號及美國專利第7,537,924號。) HSV-1來源於如以登錄號01010209在歐洲細胞儲存中心(European collection of cell cultures, ECAAC)保藏之JS1毒株。在talimogene laherparepvec中，編碼ICP34.5之HSV-1病毒基因已為功能上缺失的。ICP34.5 (其在HSV感染期間起毒力因子作用)之功能缺失限制非分裂細胞中之複製並使得病毒不具病原性。另外，在talimogene laherparepvec中，編碼ICP47 (其阻斷至主要組織相容性複合物I類及II類分子)之HSV-1病毒基因已為功能上缺失的。ICP47之功能缺失亦引起US11之較早表現，US11為在腫瘤細胞中促進病毒生長而不降低腫瘤選擇性的基因。最後，人類GM-CSF (涉及免疫反應之刺激的細胞介素)之編碼序列經插入至talimogene laherparepvec之病毒基因體中。編碼人類GM-CSF之基因之插入使得該基因代替幾乎所有ICP34.5基因，確保talimogene laherparepvec與野生型病毒之間的任何潛在重組可僅產生失能的非病原性病毒且可不導致攜帶人類GM-CSF之基因的野生型病毒之產生。HSV胸苷激酶(TK)基因在talimogene laherparepvec中保持完整，其使得該病毒對抗病毒劑諸如艾賽可威(acyclovir)敏感。因此，必要時，艾賽可威用可用阻斷talimogene laherparepvec複製。
在先前第3期臨床試驗中，將talimogene laherparepvec腫瘤內注射至黑色素瘤轉移瘤中相較於在具有晚期黑色素瘤之患者中的皮下GM-CSF改進持久反應率(Andtbacka等人, (2015). Talimogene Laherparepvec Improves Durable Response Rate in Patients With Advanced Melanoma. J Clin Oncol 33, 2780-2788)。當talimogene laherparepvec連同查核點抑制劑伊匹單抗(ipilimumab)給予時，亦顯示有前景的抗腫瘤活性，伊匹單抗阻斷細胞毒性T細胞相關抗原4 (CTLA-4) (Chesney, J., Collichio, F., Andtbacka, R.H., Puzanov, I., Glaspy, J.A., Milhem, M., Hamid, O., Cranmer, L., Saenger, Y., Ross, M.等人, (2016). Interim safety and efficacy of a randomized (1:1), open-label phase 2 study of talimogene laherparepvec (T) and ipilimumab (I) vs I alone in unresected, stage IIIB- IV melanoma. Ann Oncol 27 (6), 379-400；Puzanov, I., Milhem, M.M., Minor, D., Hamid, O., Li, A., Chen, L., Chastain, M., Gorski, K.S., Anderson, A., Chou, J.等人, (2016). Talimogene Laherparepvec in Combination With Ipilimumab in Previously Untreated, Unresectable Stage IIIB-IV Melanoma. J Clin Oncol 34, 2619-2626)。
talimogene laherparepvec (IMLYGIC®)於2015年在美國、歐盟、及澳大利亞經批准為轉移性黑色素瘤之單一療法治療。在OPTiM，招募了轉移性黑色素瘤無法外科手術移除的患者之多中心3期臨床試驗中，接受talimogene laherparepvec之患者相較於接受比較療法GM-CSF之患者顯著更可能經歷持久反應。(Andtbacka RHI等人, J. Clin Oncol., 33:2780-2788 (2015))。
另外，ICP34.5功能缺失HSV之安全性已顯示於多個臨床研究中(MacKie等人, Lancet 357: 525-526, 2001；Markert等人, Gene Ther 7: 867-874, 2000；Rampling等人, Gene Ther 7:859-866, 2000；Sundaresan等人, J. Virol 74: 3822-3841, 2000；Hunter等人, J Virol Aug; 73(8): 6319- 6326, 1999)。
Talimogene laherparepvec藉由病毒在腫瘤中之複製以及藉由GM-CSF之局部表現所增強之抗腫瘤免疫反應之誘導產生直接溶瘤效應。預期臨床效應包括但不限於：注射腫瘤之破壞；局部、局部-區域、及遠側未注射腫瘤之破壞；新轉移瘤之發展減少；總體進展率減小；及延長總體存活。
Talimogene laherparepvec已在多種體外 (細胞株)及體內 鼠類腫瘤模型中針對功效進行測試，且已顯示在與臨床研究中使用之劑量相當的劑量下根除腫瘤或實質上抑制其生長。非臨床評估亦已確認，GM-CSF增強產生之免疫反應，增強注射腫瘤反應及未注射腫瘤反應，且ICP47缺失導致MHC I類分子之表面水準增加。已將talimogene laherparepvec注射至正常及帶有腫瘤的小鼠中以評估其安全性。一般而言，該病毒經良好耐受，且高達1×108 PFU/劑量之劑量尚未給出任何安全性問題之指示。(參見例如，Liu等人, Gene Ther 10: 292-303, 2003)。
在若干晚期腫瘤類型(晚期固態腫瘤、黑色素瘤、頭頸部之鱗狀細胞癌、及胰腺癌)中已進行或正進行臨床研究，其中超過400名受試者經talimogene laherparepvec治療(參見例如，Hu等人, Clin Can Res 12: 6737-6747, 2006；Harrington等人, J Clin Oncol. 27(15a):摘要 6018, 2009；Kaufman等人, Ann Surgic Oncol. 17: 718-730, 2010；Kaufman及Bines, Future Oncol. 6(6): 941-949, 2010)。
「寡核苷酸」係指通常長度為5與100之間個連續鹼基，且最頻繁地長度為10-50之間個、10-40之間個、10-30之間個、10-25之間個、10-20之間個、15-50之間個、15-40之間個、15-30之間個、15-25之間個、15-20之間個、20-50之間個、20-40之間個、20-30之間個、或20-25之間個連續鹼基的核酸。
「患者」或「受試者」係指需要療法或參與臨床試驗、流行病學研究、或用作對照的任何單個受試者，包括人類、非人類靈長類動物、哺乳動物獸類患者諸如牛、馬、狗、貓、及其類似動物、以及研究動物諸如非人類靈長類動物、大鼠、小鼠、狗、兔、及其類似動物。
派姆單抗為針對結合並阻斷PD-1之人源化單株抗體。派姆單抗藉由阻斷PD-1與其配體PD-L1及PD-L2之間的相互作用，從而活化可影響腫瘤細胞及健康細胞之T淋巴球來藉由增加身體免疫系統幫助偵測並攻擊腫瘤細胞之能力而起作用。
已知派姆單抗單一療法治療受影響個體之黑色素瘤、非小細胞肺癌、及頭頸部之鱗狀細胞癌，該等個體之基期CD8+ T細胞浸潤密度、IFNγ基因印記、及PD-L1表現均高於非反應性個體中所見的水準。此項技術中其他人理解這限制派姆單抗在具有低CD8+ T細胞密度、陰性IFNγ基因印記、及/或低或陰性PD-L1狀態之個體中的效用。
如本文所用，「派姆單抗」係指可以專利商標名KEYTRUDA® (Merck Sharp & Dohme Corp., Whitehouse Station, NJ) (描述於WO2016196173及美國專利第8,354,509號及第8,900,587號中，該等專利出於所有目的以全文引用的方式併入本文)商購的單株抗體，以及其變體及抗原結合片段。派姆單抗之特徵可在於以下 所述之重鏈域、輕鏈域、重鏈可變域、輕鏈可變域、重鏈互補決定及輕鏈互補決定序列之一個或任何組合。
派姆單抗可包含描述為QVQLVQSGVEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYMYWVRQAPGQGLEWMGGINPSNGGTNFNEKFKNRVTLTTDSSTTTAYMELKSLQFDDTAVYYCARRDYRFDMGFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK (SEQ ID NO:1)之重鏈序列及描述為EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASKGVSTSGYSYLHWYQQKPGQ APRLLIYLASYLESGVPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQHSRDLPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO:2)之輕鏈序列。
派姆單抗可包含描述為QVQLVQSGVEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYMYWVRQAPGQGLEWMGGINPSNGGTNFNEKFKNRVTLTTDSSTTTAYMELKSLQFDDTAVYYCARRDYRFDMGFDYWGQGTTVTVSS (SEQ ID NO:3)之重鏈可變(VH)域序列及描述為EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASKGVSTSGYSYLHWYQQKPGQAPRLLIYLASYLESGVPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQHSRDLPLTFGGGTKVEIK (SEQ ID NO:4)之輕鏈可變(VL)域。
派姆單抗可包含以下重鏈互補決定區(HCDR)：NYYMY (HCDR1，SEQ ID NO:5)；GINPSNGGTNFN (HCDR2，SEQ ID NO:6)；及RDYRFDMGFDY (HCDR3，SEQ ID NO:7)。
派姆單抗可包含以下輕鏈互補決定區(LCDR)：RASKGVSTSGYSYLH (LCDR1，SEQ ID NO:8)；LASYLES (LCDR2，SEQ ID NO:9)；及QHSRDLPLT (LCDR3，SEQ ID NO:10)。
在某些實施例中，提供派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段，其包含重鏈CDR SEQ ID NO: 5、6、及7以及輕鏈CDR SEQ ID NO: 8、9、及10。
在其他實施例中，提供派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段，其包含VH/VL序列對SEQ ID NO:3及SEQ ID NO:4之重鏈及輕鏈CDR序列。
在又其他較佳實施例中，提供派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段，其包含有包含SEQ ID NO:3之重鏈可變區或其變體及/或包含SEQ ID NO:4之輕鏈可變區或其變體。在其他實施例中，派姆單抗變體或其抗原結合片段包含：重鏈可變區，其包含與SEQ ID NO:3有至少80%序列同源性或一致性(例如，80%、85%、90%、95%、98%、或99%)的序列；及/或輕鏈可變區，其包含與SEQ ID NO:4有至少80%序列同源性或一致性(例如，80%、85%、90%、95%、98%、或99%)的序列。
如本文所用，「重鏈可變區序列之變體」為除了在構架區中(即，在CDR之外)具有至多17個保守胺基酸取代，且較佳在構架區中具有少於10、9、8、7、6、或5個連續胺基酸取代之外，與參考序列相同的序列。如本文所用，「輕鏈可變區序列之變體」為除了在構架區中(即，在CDR之外)具有至多5個保守胺基酸取代，且較佳在構架區中具有少於4、3、或2個連續胺基酸取代之外，與參考序列相同的序列。
在又其他實施例中，提供派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段，其包含有包含SEQ ID NO:1之重鏈或其變體及/或包含SEQ ID NO:2之輕鏈或其變體。在其他實施例中，派姆單抗變體或其抗原結合片段包含：重鏈，其包含與SEQ ID NO:1有至少80%序列同源性或一致性(例如，80%、85%、90%、95%、98%、或99%)的序列；及/或輕鏈，其包含與SEQ ID NO:2有至少80%序列同源性或一致性(例如，80%、85%、90%、95%、98%、或99%)的序列。
如本文所用，「派姆單抗變體」係指包含以下重鏈及輕鏈序列之單株抗體，該等序列與派姆單抗之序列相同，除了在構架區中(即，在CDR之外)具有至多5個保守胺基酸取代，且較佳在構架區中具有少於4、3、或2個保守胺基酸取代，以及在構架區中(即，在CDR之外)具有至多17個保守胺基酸取代，且較佳在構架區中具有少於10、9、8、7、6、或5個保守胺基酸取代，且較佳在構架區中具有少於4、3、或2個保守胺基酸取代。換言之，派姆單抗及派姆單抗變體包含相同的CDR序列，但由於分別在其全長輕鏈及重鏈序列中在不多於三或六個其他位置具有保守胺基酸取代而彼此不同。就以下性質而言，派姆單抗變體與派姆單抗相同或優於派姆單抗：體內 對PD-1的結合親和力及中和效應。
在某些實施例中，提供派姆單抗之生物相似物。如本文所用，術語「生物相似物」以與美國食品與藥品管理局發佈之工作定義(working definition)一致的方式使用，其定義生物相似物產物為與參考產物「高度相似」者(除了臨床上非活性組分之少量差異)。實際上，就安全性、純度、及效力而言，參考產物與生物相似物產物之間可不存在臨床上有意義的差異(Public Health Service (PHS) Act 第262節)。在某些實施例中，執行雙盲、單劑量比較藥物動力學(PK)交叉研究以將派姆單抗與候選生物相似物抗體進行比較從而確定相當的生物有效性。
如本文所用，術語「參考產物」用於指代可商購之派姆單抗。
PD-1受體(亦稱為CD279)在活化T細胞表面上表現。其配體PD-L1 (B7-H1；CD274)及PD-L2 (B7-DC；CD273)普遍在樹突細胞或巨噬細胞表面上表現。PD1及PD-L1/PD-L2屬充當共抑制因子之免疫查核點蛋白家族，其可終止或限制T細胞反應之發展。PD1/PD-L1相互作用確保免疫系統僅在適當時間經活化，以使慢性自體免疫炎症之可能性最小。當PD-L1結合PD-1時，將抑制信號傳輸至T細胞，其減少細胞介素產生並抑制T細胞增殖。腫瘤細胞將此免疫-查核點路徑用作回避偵測並抑制免疫反應的機制。
PD-L1普遍在腫瘤細胞上或在腫瘤微環境中之非轉型細胞上過表現。在腫瘤細胞上表現之PD-L1結合活化T細胞上之PD-1受體，其引起細胞毒性T細胞之抑制。這些去活化T細胞在腫瘤微環境中保持抑制。PD1/PD-L1路徑表示適應性免疫抗性機制，其藉由腫瘤細胞回應於內源性抗腫瘤活性而發揮。
如本文所用，「PD-L1狀態」或「PD-L1表現狀態」係指樣品(例如腫瘤樣品)中存在之PD-L1水準。在某些實施例中，將PD-L1狀態表述為「腫瘤比例分數」或「TPS」，其係指表現可偵測水準PD-L1的樣品中腫瘤細胞之百分比。(參見Garon等人, (2015) NEJM 372: 2018-28。) 若PD-L1在樣品中約1%與約49%之間的腫瘤細胞中表現，即，PD-L1狀態為約1%與約49%之間，則PD-L1狀態為「表現不足」或「減小」或「低」的。若PD-L1在樣品中少於約1%腫瘤細胞中表現，即，PD-L1狀態小於約1%，則PD-L1狀態為「陰性」的。若PD-L1在樣品中約50%或更多腫瘤細胞中表現，即，PD-L1狀態為約50%或更大，則PD-L1狀態為「高」的。
在一些較佳實施例中，表現不足、減小、或低的PD-L1狀態係小於約50%，或係約49%、約48%、約47%、約46%、約45%、約44%、約43%、約42%、約41%、約40%、約39%、約38%、約37%、約36%、約35%、約34%、約33%、約32%、約31%、約30%、約29%、約28%、約27%、約26%、約25%、約24%、約23%、約22%、約21%、約20%、約19%、約18%、約17%、約16%、約15%、約14%、約13%、約12%、約11%、約10%、約9%、約8%、約7%、約6%、約5%、約4%、約3%、約2%、或約1%。在尤其較佳實施例中，表現不足、減小、或低的PD-L1狀態係約10%、約9%、約8%、約7%、約6%、約5%、約4%、約3%、約2%、或約1%。在一些較佳實施例中，表現不足、減小、或低的PD-L1狀態為約1%與約10%之間、約1%與約9%之間、約1%與約8%之間、約1%與約7%之間、約1%與約6%之間、約1%與約5%之間、約1%與約4%之間、約1%與約3%之間、約1%與約2%之間、約2%與約6%之間、約3%與約7%之間、約4%與約8%之間、或約5%與約9%之間。
在一些較佳實施例中，陰性PD-L1狀態小於約1%，或係約0.9%、約0.8%、約0.7%、約0.6%、約0.5%、約0.4%、約0.3%、約0.2%、約0.1%、約0.05%、約0.01%、約0.005%、約001%或約0% (即，沒有腫瘤細胞具有可偵測水準的PD-L1)。
在一些較佳實施例中，高PD-L1狀態係約50%或更大，例如，係約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、或約100% (即，所有腫瘤細胞均具有可偵測水準的PD-L1)。
在某些較佳實施例中，PD-L1表現係使用診斷抗人類PD-L1抗體或其抗原結合片段，在IHC檢定中對自受試者取出之腫瘤樣品之FFPE或冷凍組織切片進行偵測。在某些實施例中，PD-L1表現可使用PD-L1 IHC 22C3 pharmDx免疫組織化學檢定在樣品(例如，腫瘤樣品)中評估(Dako North America, Carpinteria, CA)。(參見Daud, A.I., Wolchok, J.D., Robert, C., Hwu, W.J., Weber, J.S., Ribas, A., Hodi, F.S., Joshua, A.M., Kefford, R., Hersey, P.等人, (2016). Programmed Death-Ligand 1 Expression and Response to the Anti-Programmed Death 1 Antibody Pembrolizumab in Melanoma. J Clin Oncol 34, 4102-4109。) 通常，受試者之醫師可進行診斷測試以確定自患者取出之腫瘤組織樣品中之PD-L1表現，之後開始用派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段及/或talimogene laherparepvec進行治療，但可以設想醫師可在開始治療之後的任何時間(諸如，例如在治療週期完成之後)進行第一或後續診斷測試。
如本文所用之「一級派姆單抗抗體」及「一級派姆單抗變體抗體」係指特異性結合組織切片中之PD-L1且通常係腫瘤樣品中PD-L1表現之IHC檢定中使用之第一抗體的抗體。在一個實施例中，一級抗體為IHC檢定中使用之唯一抗體。
如本文所用之「二級抗體」係指特異性結合一級派姆單抗抗體或一級派姆單抗變體抗體，從而在一級抗體與後續偵測試劑(若存在)之間形成橋的抗體。二級抗體通常為腫瘤樣品中PD-L1表現之IHC檢定中使用之第二抗體。
如本文所用之「患者」係指患有藉由派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段及talimogene laherparepvec之組合治療之癌症的受試者。
在某些實施例中，患者患有與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及低水準的IFNγ基因印記中之一或多者相關之癌症，包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、非小細胞肺癌、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)、結腸直腸癌、乳癌(例如，HER2+乳癌、HER2- (HR+)乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移形細胞癌、泌尿上皮癌)、前列腺癌(例如，閹割抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、骨肉瘤)、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、或胰腺癌。
在其他實施例中，患者患有對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法有反應的癌症，該等癌症視情況可與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及低水準IFNγ基因印記中之一或多者相關，包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、肺癌(例如，非小細胞肺癌、小細胞肺癌)、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌、鼻咽癌、甲狀腺癌、唾液腺癌、食道癌)、乳癌(例如，ER+/HER2-乳癌、三陰性 乳癌)、卵巢癌、子宮頸癌、膀胱癌(例如，泌尿上皮癌)、腎細胞癌、胃腸癌(例如，肝細胞癌、結腸直腸癌、肛門癌)、膽道癌、多發性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，縱膈大B細胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤)、或間皮瘤。
如本文所用之「探針」意謂能夠在嚴格雜交條件下特異性雜交目標基因所表現之轉錄本，且在一些較佳實施例中，在嚴格雜交條件下特異性雜交目標基因之具體轉錄本的寡核苷酸。
如本文所用之「RECIST 1.1反應標準」意謂Eisenhauer等人, E. A.等人, Eur. J Cancer 45:228-247 (2009)中基於正測量之反應之情況，針對靶病灶或非靶病灶(適當時)所陳述之定義。
如本文所用之「參考IFN-γ基因印記分數」意謂經確定在受試者之參考群體中將至少大部分反應者與至少大部分非反應者分開的IFN-γ基因印記之分數，該等受試者具有與測試受試者相同的腫瘤類型且用派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段及talimogene laherparepvec之組合治療。較佳的是，參考群體中60%、70%、80%、或90%中至少任一者反應者之IFN-γ基因印記分數將低於選擇之參考分數(例如，預先指定的對照組臨限) (即，陰性IFNγ基因印記)，而參考群體中60%、70%、80%、90%、或95%中至少任一者非反應者之IFN-γ基因印記將大於選擇之參考分數(即，陽性IFNγ基因印記)。在一些較佳實施例中，參考群體中之反應者定義為如藉由RECIST 1.1標準所測量達成部分反應(PR)或完全反應(CR)之受試者，且非反應者定義為未達成任何RECIST 1.1臨床反應。
「反應者患者」當指代對用本文所述之組合療法的治療有特異性抗腫瘤反應時意謂該患者表現出抗腫瘤反應。
「樣品」當指代本文所提及之腫瘤或任何其他生物材料時意指已自受試者取出之樣品。
「持續反應」意謂停止用治療劑或本文所述之組合療法治療之後的持續治療效應。在一些實施例中，持續反應之持續時間至少與治療持續時間相同，或為治療持續時間的至少1.5、2.0、2.5、或3倍長。
「組織切片」係指組織樣品之單個部分或小塊，例如，來自正常組織或腫瘤之樣品之薄切片。
如本文所用之「治療(treat或treating)」癌症意謂向患有癌症或診斷具有癌症之受試者投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段及talimogene laherparepvec及/或另一治療劑，以達成至少一個陽性的治療效應，諸如，例如，癌細胞數減少、腫瘤大小減小、癌細胞浸潤至外周器官中之速率減小、或腫瘤轉移或腫瘤生長之速率減小。癌症之陽性治療效應可以多種方式測量(參見，W. A. Weber, J. Null. Med. 50:1S-10S (2009)；Eisenhauer等人, 同上)。在一些較佳實施例中，使用RECIST 1.1標準評估對派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段、及/或talimogene laherparepvec之反應。在一些實施例中，藉由治療有效量達成之治療為部分反應(PR)、完全反應(CR)、無進展存活(PFS)、無疾病存活(DFS)、客觀反應(OR)、或總體存活(OS)中任一者。在一些較佳實施例中，本發明之CD8+細胞密度、基因印記生物標記物、及/或低或陰性PD-L1狀態預測具有固態腫瘤之受試者是否可能達成PR或CR。有效治療癌症患者的本文所述之療法之劑量方案可根據多種因素有所變化，諸如患者之疾病狀態、年齡及體重、以及療法引發受試者之抗癌反應的能力。儘管本發明之治療方法、藥物、及用途之實施例可能並非在每一受試者中均達成陽性治療效應，但是如藉由此項技術中已知的任何統計檢定所確定，其應在實質上大量受試者中達成陽性治療效應，統計檢定諸如學生t檢定、卡方檢定、根據Mann及Whitney之U檢定、Kruskal-Wallis檢定(H檢定)、Jonckheere-Terpstra檢定、及Wilcoxon檢定。
「腫瘤」當其應用於診斷具有或懷疑患有癌症之受試者時，係指任何大小的惡性或潛在惡性贅瘤或組織腫塊，且包括一級腫瘤及二級贅瘤。固態腫瘤為通常不含有囊腫或液體區域之組織之異常生長或腫塊。不同類型的固態腫瘤係針對形成其之細胞型進行命名。固態腫瘤之實例為肉瘤、癌、及淋巴瘤。白血病(血癌)通常不形成固態腫瘤(National Cancer Institute, Dictionary of Cancer Terms)。
「腫瘤負荷(tumor burden)」亦稱為「腫瘤負載(tumor load)」，係指遍佈全身分佈的腫瘤材料之總量。腫瘤負荷係指遍佈全身之癌細胞總數或腫瘤總大小，包括淋巴結及骨髓。腫瘤負荷可藉由多種此項技術中已知的方法確定，諸如，例如，在自受試者取出時例如使用卡鉗或在體內時使用成像技術例如超音波、骨骼掃描、電腦斷層攝影(CT)、或磁振成像(MRI)掃描來測量腫瘤尺寸。
術語「腫瘤大小」係指可測量為腫瘤長度及寬度的腫瘤之總大小。腫瘤大小可藉由多種此項技術中已知的方法確定，諸如，例如，在自受試者取出時例如使用卡鉗或在體內時使用成像技術例如骨骼掃描、超音波、CT、或MRI掃描來測量腫瘤尺寸。
如本文所用之「可變區」或「V區」意謂IgG鏈之在不同抗體之間序列係可變的區段。其延伸至輕鏈中之Kabat殘基109及重鏈中之Kabat殘基113。
在本文所揭示之本發明之治療方法、藥物、及用途之一些實施例中，個體為人類，且癌症與低或陰性PD-L1狀態及/或低或陰性CD8+ T細胞密度有關，包括但不限於：黑色素瘤(通常高T細胞浸潤之高% PD-L1+；子集PD-L1/TIL低，Tumeh等人 Nature 2014；Daud, JCO 2016)；非小細胞肺癌(有些高% PD-L1+；子集PD-L1/TIL低，Topalian NEJM 2012；Garon等人 NEJM 2015；Ameratunga PlosOne 2016)；復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌；HPV陽性頭頸癌或HPV陰性頭頸癌(通常高T細胞浸潤之高% PD-L1+；子集PD-L1/TIL低，對HPV+及HPV-頭頸癌均明顯真實，Lyford-Pyke CanRes 2013；Malm Head Neck 2015；Mandal等人 JCI 2016)；結腸直腸癌(誤配修補缺陷CRC/Lynch症候群，高PD-L1+ TIL浸潤；MSI穩定CRC，通常為冷腫瘤，Le等人 NEJM 2015；Maby CanRes 2015)；HER2+ 乳癌(CD8+高(61%) Foxp3 Treg高；淋巴球優勢乳癌(16%)，Stanton JAMA (2016))；HER2- (HR+)乳癌(CD8+中等(43%)較低Foxp3 Treg；淋巴球優勢乳癌(6%)，Stanton JAMA (2016))；三陰性乳癌(CD8+高(60%) Foxp3 Treg高；淋巴球優勢乳癌(20%)，Stanton JAMA (2016))；卵巢癌(關於TIL之與黑色素瘤相似之預測數據；在Hamanishi JCO中反應率15-40%，Hamanishi JCO, 2015；Mandai IJCO 2016)；膀胱癌(與PD-L1相關；針對查核點抑制劑之潛在TIL膀胱癌相關，Powles Nature 2014 (Atezo)；Kim ICU 2016)；葡萄膜黑色素瘤(Piperno-Neumann ASCO 2016提出之bmx數據，葡萄膜黑色素瘤)；閹割抗性前列腺癌(Paucity of PD-L1 expression in prostate cancer: innate and adaptive immune resistance, Martin Prostate Cancer and Prostatic Diseases 2015 Kim ICU 2016)；軟組織或骨肉瘤(反應率適度；預測PD-L1/TIL數據可獲得，或需要挖掘以得到以TIL對查核點抑制劑反應-之臨床數據，L. Paoluzzi Clinical Sarcoma Research 2016；D'Angelo SP Human Pathol 2015)；及腎細胞癌(在RCC中派姆單抗主要與Ipi、阿西替尼、抗VEGF等組合使用，通常高T細胞浸潤之高% PD- L1+；子集PD-L1/TIL低，Taube Clin Can Res 2014)。
在本文所揭示之本發明之治療方法、藥物、及用途之其他實施例中，個體為人類，且癌症與低或陰性IFNγ mRNA印記相關，包括但不限於：黑色素瘤(與IFNγ印記之ORR/PFS相關，Ayers等人 JITC 2015)；頭頸癌(「炎性表現型」印記為針對HNSCC之抗PD-1治療之臨床益處之強預測物，即使在一組已經認為係PD-L1+的患者中亦如此)。臨床試驗資訊：NCT01848834, Seiwert ASCO 等人 JITC)；胃癌(與IFNγ印記之PFS，Ayers等人 JITC 2015)；食道癌(總體，具有較高印記分數的個體對派姆單抗之反應更穩健且實質上延緩進展；在非炎性、低分數組中，ORR為11%，較之於具有較高印記分數之個體為43%，Doi等人, GCS 2016；此來自5種癌症之RNA剖析數據集提供越來越多的證據，即以活化T細胞之腫瘤浸潤為對PD-1查核點阻斷有反應的首要條件，且說明T細胞炎性基因表現印記係抗PD-1治療之臨床益處之泛癌症預測物，Piha-Paul等人, ASCO 2016)；肛管癌(根據Piha-Paul等人, ASCO 2016)；膽道癌(根據Piha-Paul等人, ASCO 2016)；結腸直腸癌(根據Piha-Paul等人, ASCO 2016)；卵巢癌(根據Piha-Paul等人, ASCO 2016)；及移形細胞癌(就IFNγ印記之預測值而言，與黑色素瘤、SCCHN、及胃癌相似)。
在上文治療方法、藥物、及用途之其他實施例中，個體為人類，且癌症與低或陰性PD-L1 mRNA表現相關，包括但不限於：胰腺癌(4% PD-L1+，Ayers等人, AACR 2015)；前列腺癌(14% PD-L1+，Id. )；三陰性乳癌(29% PD-L1+，Id. )；黑色素瘤(41% PD-L1+，Id. )；非小細胞肺癌(42% PD-L1+，Id.)；泌尿上皮癌(42% PD-L1+，Id. )；及頭頸癌(59% PD-L1+，Id. )。(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)。 方法、用途、及藥物
在一個態樣中，本發明係關於一種用於治療個體之癌症之方法，其包含向該個體投與組合療法，該組合療法包含派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段及talimogene laherparepvec。
組合療法亦可包含一或多種另外的治療劑。另外的治療劑可為例如化學治療劑、生物治療劑、免疫原性藥劑(例如，減毒癌細胞、腫瘤抗原、抗原呈現細胞諸如以腫瘤來源之抗原或核酸致敏之樹突細胞、免疫刺激細胞介素(例如，IL-2、IFNα2、GM-CSF)、及以編碼免疫刺激細胞介素(諸如但不限於GM-CSF)之基因轉染之細胞。另外的治療劑之特定劑量及劑量排程可進一步變化，且將基於正使用之特定治療劑來確定最佳劑量、給藥排程、及投與途徑。
化學治療劑之實例包括：烷化劑，諸如噻替哌及環磷醯胺；烷基磺酸酯，諸如白消安、英丙舒凡、及保釋芬；氮丙啶，諸如本多帕、卡巴醌、米特多帕、及優多帕；伸乙亞胺及甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三伸乙基蜜胺、三伸乙基磷醯胺、三伸乙基硫代磷醯胺、及三羥甲基蜜胺；多聚乙醯(尤其布拉它辛及布拉它辛酮)；喜樹鹼(包括合成類似物拓撲替康)；苔蘚抑素；凱利他汀；CC-1065(包括其阿多來新、卡折來新及比折來新合成類似物)；念珠藻素(特定言之念珠藻素1及念珠藻素8)；多拉司他汀；倍癌黴素(包括合成類似物KW-2189及CBI-TMI)；軟珊瑚醇；潘卡他汀；匍枝珊瑚醇；海綿抑制素；氮芥，諸如苯丁酸氮芥、氯瑪法辛、氯磷醯胺、雌氮芥、異環磷醯胺、二氯甲基二乙胺、二氯甲基二乙胺氧化物鹽酸鹽、美法侖、新恩比興、苯芥膽固醇、松龍苯芥、氯乙環磷醯胺、尿嘧啶氮芥；亞硝基脲，諸如卡莫司汀、吡葡亞硝脲、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀、雷莫司汀；抗生素，諸如烯二炔抗生素(例如卡奇黴素，尤其卡奇黴素γII及卡奇黴素φII，參見例如Agnew, Chem. Intl. Ed. Engl., 33 : 183-186 (1994)；達內黴素，包括達內黴素A；雙膦酸鹽，諸如氯膦酸；埃斯培拉黴素；以及新抑癌素發色團及相關色蛋白烯二炔抗生素發色團、阿克拉黴素、放線菌素、安麯黴素、重氮絲胺酸、博萊黴素、放線菌素C、卡拉比星、洋紅黴素、嗜癌菌素；色黴素、放線菌素D、道諾黴素、地托比星、6-重氮基-5-側氧基-L-正白胺酸、小紅莓(包括N-嗎啉基-小紅莓、氰基(N-嗎啉基)-小紅莓、2-吡咯啉并-小紅莓、及去氧小紅莓)、表柔比星、依索比星、伊達比星、麻西羅黴素、絲裂黴素諸如絲裂黴素C、黴酚酸、諾加黴素、橄欖黴素、培洛黴素、波弗黴素、嘌呤黴素、三鐵阿黴素、羅多比星、鏈黑菌素、鏈脲黴素、殺結核菌素、烏苯美司、淨司他汀、佐柔比星；抗代謝物，諸如甲胺蝶呤及5-氟尿嘧啶(5-FU)；葉酸類似物，諸如二甲葉酸、甲胺蝶呤、蝶羅呤、三甲曲沙；嘌呤類似物，諸如氟達拉濱、6-巰基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鳥嘌呤；嘧啶類似物，諸如環胞苷、阿紮胞苷、6-氮尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、二去氧尿苷、去氧氟尿苷、依諾他濱、氟尿苷；雄激素，諸如二甲睾酮、屈他雄酮丙酸鹽、環硫雄醇、美雄烷、睾內酯；抗腎上腺劑，諸如胺魯米特、米托坦、曲洛司坦；葉酸補充劑，諸如弗羅林酸；乙醯葡醛酯；醛磷醯胺糖苷；胺基乙醯丙酸；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶；倍曲布西；比生群；依達曲沙；地佛法明；地美可辛；地吖醌；依洛尼塞；依利醋銨；埃博黴素；依託格魯；硝酸鎵；羥基脲；香菇多糖；洛尼代寧；美登木素，諸如美登素及安絲菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫匹丹莫；二胺硝吖啶；噴司他汀；苯來美特；吡柔比星；洛索蒽醌(losoxantrone)；足葉草酸；2-乙基醯肼；丙卡巴肼；雷佐生；根黴素；西索菲蘭；螺旋鍺；細交鏈孢菌酮酸；三亞胺醌；2,2',2"-三氯三乙胺；新月毒素(尤其T-2毒素、維拉庫林A、桿孢菌素A及蛇形菌素)；烏拉坦；長春地辛；達卡巴嗪；甘露醇氮芥；二溴甘露醇；二溴衛矛醇；哌泊溴烷；格塞圖辛；阿拉伯糖苷(「Ara-C」)；環磷醯胺；噻替派；紫杉烷，例如太平洋紫杉醇及多西他賽；苯丁酸氮芥；吉西他濱；6-硫鳥嘌呤；巰基嘌呤；甲胺蝶呤；鉑類似物，諸如順鉑及卡鉑；長春花鹼；鉑；依託泊苷(VP-16)；異環磷醯胺；米托蒽醌；長春新鹼；長春瑞濱；諾安托；替尼泊苷；依達曲沙；道諾黴素；胺基蝶呤；希羅達；伊班膦酸鹽；CPT-11；拓撲異構酶抑制劑RFS 2000；二氟甲基鳥胺酸(DMFO)；類視色素，諸如視黃酸；卡培他濱；及以上任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。亦包括起調控或抑制對腫瘤之激素作用的抗激素劑，諸如抗雌激素及選擇性雌激素受體調節劑(SERM)，包括，例如，他莫昔芬、雷洛昔芬、洛昔芬、4-羥基他莫昔芬、曲沃昔芬、克昔芬、LYI 17018、奧那司酮、及瑞米芬(Fareston)；抑制芳香酶的芳香酶抑制劑，其調控腎上腺中之雌激素產生，諸如，例如，4(5)-咪唑、胺麩精、乙酸甲地孕酮、依西美坦、福美司坦、法倔唑、伏氯唑、來曲唑、及阿那曲唑；及抗雄激素，諸如氟他胺、尼魯米特、比卡魯胺、亮丙瑞林、及戈舍瑞林；及上文任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸、或衍生物。
根據標準醫藥實踐，本發明之組合療法中之各治療劑可單獨或於藥物(本文亦稱為醫藥組成物)中投與，該藥物包含治療劑及一或多種醫藥學上可接受之載劑、賦形劑、及稀釋劑。
本發明之組合療法中之各治療劑可同時(即，在同一藥物中)、並行地(即，在分開的藥物中，以任何順序一個接著另一個投與)、或以任何順序依次投與。當以下情形時，依序投與係尤其可用的，即組合療法中之治療劑係以不同劑型(一種藥劑為錠劑或膠囊且另一藥劑為無菌液體)；及/或以不同給藥排程投與，例如，化學治療劑至少每天投與且生物治療劑以較低頻率投與，諸如每週一次、每兩週一次、或每三週一次；及/或投與至體內不同部分，例如，一種治療劑係腫瘤內投與且另一種治療劑係全身投與。
在尤其較佳實施例中，talimogene laherparepvec係在投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段之前投與。在其他實施例中，talimogene laherparepvec係在投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段之後投與。在另一實施例中，talimogene laherparepvec係與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段並行投與。
在一些實施例中，組合療法中治療劑之至少一者係使用當藥劑用作單一療法以用於治療相同癌症時通常採用的相同劑量方案(劑量、頻率、及治療持續時間)投與。在其他實施例中，患者接受之組合療法中治療劑之至少一者之總量低於當該藥劑用作單一療法時之總量，例如，劑量較小、劑量頻率較小、及/或治療持續時間較短。
在某些實施例中，talimogene laherparepvec係腫瘤內投與。在某些實施例中，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段係腸胃外投與。
本發明之組合療法可在移除腫瘤之手術之前或之後使用，且可在放射療法之前、期間、或之後使用。
在一些實施例中，本發明之組合療法係向先前未用生物治療劑或化學治療劑治療(即，未經歷癌症治療)的患者投與。在其他實施例中，組合療法係向在先前療法之後無法達成持續反應(例如，在以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))、或化學治療劑之失效或無效療法之後，即，經歷過癌症治療)的患者投與。
本發明之組合療法通常用於治療足夠大以藉由觸診或藉由此項技術中已知的成像技術諸如MRI、超音波、或CAT掃描發現的腫瘤。
本發明之組合療法較佳向患有具有低CD8+ T細胞密度、陰性IFNγ基因印記、及/或低或具有陰性PD-L1狀態的腫瘤之人類患者投與。
針對本發明之組合療法選擇劑量方案(本文亦稱為投與方案)取決於若干因素，包括實體之血清或組織周轉率、症狀之水準、實體之免疫原性、及正治療之個體中之靶細胞、組織、或器官之可達性。較佳的是，劑量方案使符合可接受的副作用水準的向患者遞送之各治療劑之量最大。據此，組合中各生物治療劑及化學治療劑之劑量及給藥頻率部分取決於具體治療劑、正治療之癌症之嚴重性、及患者特徵。可獲得選擇抗體、細胞介素、及小分子之適當劑量之指導。參見例如，Wawrzynczak (1996) Antibody Therapy, Bios Scientific Pub. Ltd, Oxfordshire, UK；Kresina (編) (1991) Monoclonal Antibodies, Cytokines and Arthritis, Marcel Dekker, New York, NY；Bach (編) (1993) Monoclonal Antibodies and Peptide Therapy in Autoimmune Diseases, Marcel Dekker, New York, NY；Baert等人, (2003) New Engl. J. Med. 348:601-608；Milgrom等人, (1999) New Engl. J. Med. 341 : 1966-1973；Slamon等人, (2001) New Engl. J. Med. 344:783-792；Beniaminovitz等人, (2000) New Engl. J. Med. 342:613-619；Ghosh等人, (2003) New Engl. J. Med. 348:24-32；Lipsky等人, (2000) New Engl. J. Med. 343 : 1594-1602；Physicians' Desk Reference 2003 (Physicians' Desk Reference, 第57版)；Medical Economics Company；ISBN: 1563634457；第57版 (2002年11月)。適當劑量方案之確定可由臨床醫師，例如使用此項技術已知或懷疑影響治療或預測影響治療的參數或因素來進行，且將取決於例如患者之臨床病史(例如，先前療法)、欲治療之癌症之類型及階段、及對組合療法中治療劑之一或多者有反應的生物標記物。與talimogene laherparepvec組合之派姆單抗之最佳劑量可藉由這些藥劑之一或兩者之劑量升階或劑量降階來鑒別。
本發明亦提供一種藥物，其包含如上文所述之派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段、及醫藥學上可接受之賦形劑。派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段可使用習知細胞培養及回收/純化技術於CHO細胞中產生。
在一些實施例中，包含派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段之藥物可呈液體調配物提供或在使用之前藉由用無菌注射用水復原凍乾粉末來製備。WO 2012/135408描述包含派姆單抗之液體及凍乾藥物之製備，該等藥物適用於本發明。在一些實施例中，包含派姆單抗之藥物提供於玻璃小瓶中，其於4 ml溶液中含有約100 mg派姆單抗。各1 mL溶液含有25 mg派姆單抗且係於以下中調配：L-組胺酸(1.55 mg)、聚山梨醇酯80 (0.2 mg)、蔗糖(70 mg)、及USP注射用水。該溶液需要稀釋以用於IV輸注。
本發明之組合療法中之生物治療劑可藉由連續輸注，或藉由以例如每天、每隔一天、每週三次、或每週、兩週、三週、每月、每兩月等一次。每週總劑量通常為至少0.05 μg/kg、0.2 μg/kg、0.5 μg/kg、1 μg/kg、10 μg/kg、100 μg/kg、0.2 mg/kg、1.0 mg/kg、2.0 mg/kg、10 mg/kg、25 mg/kg、50 mg/kg體重或更多。參見例如，Yang等人, (2003) New Engl. J. Med. 349:427-434；Herold等人, (2002) New Engl. J. Med. 346: 1692-1698；Liu等人, (1999) J. Neurol. Neurosurg. Psych. 67:451-456；Portielji等人, (20003) Cancer Immunol. Immunother. 52: 133-144。
在採用派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段之某些實施例中，給藥方案將包含以1、2、3、5、或10 mg/kg之劑量、以在整個治療時程中約14天(± 2天)、或約21天(± 2天)、或約30天(± 2天)之間隔投與派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段。在一較佳實施例中，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段係以2 mg/kg之劑量每3週(例如，針對黑色素瘤)使用。在另一較佳實施例中，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段係以200 mg之劑量(固定)每3週(例如，針對非小細胞肺癌、頭頸部鱗狀細胞癌、及/或霍奇金氏淋巴瘤)使用。
在組合療法中採用派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段的其他實施例中，給藥方案將包含在患者內劑量升階之情況下以約0.005 mg/kg至約10 mg/kg之劑量投與派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段。在其他升階劑量實施例中，劑量之間的間隔將逐漸縮短，例如，第一劑量與第二劑量之間為約30天(± 2天)，第二劑量與第三劑量之間為約14天(± 2天)。在某些實施例中，就第二劑量之後的劑量而言，給藥間隔將為約14天(± 2天)。
在某些實施例中，受試者將投與腸胃外給藥，例如，靜脈內(IV)輸注包含派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段中任一者之藥物。
在本發明之一較佳實施例中，派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段係於液體藥物中以選自由以下組成之群之劑量投與：1 mg/kg每兩週(Q2W)、2 mg/kg Q2W、3 mg/kg Q2W、5 mg/kg Q2W、10 mg Q2W、1 mg/kg每三週(Q3W)、2 mg/kg Q3W、3 mg/kg Q3W、5 mg/kg Q3W、10 mg Q3W、及這些劑量中任一者之平坦劑量等效，即諸如200 mg Q3W。在一些實施例中，派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段係呈液體藥物提供，該液體藥物於10 mM組胺酸緩衝液pH 5.5中包含25 mg/ml派姆單抗、7% (w/v)蔗糖、0.02% (w/v)聚山梨醇酯80。
在一些實施例中，選擇劑量的派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段係藉由IV輸注投與。在一個實施例中，選擇劑量的派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段係在25與40分鐘之間或約30分鐘之時間段內藉由IV輸注投與。
本發明亦提供一種藥物，其包含talimogene laherparepvec及醫藥學上可接受之賦形劑。talimogene laherparepvec可懸浮於生理緩衝液中以用於腫瘤內注射。
在某些實施例中，talimogene laherparepvec係藉由以下列劑量腫瘤內注射至可注射腫瘤中來投與：第1週第1天劑量為至多4.0 ml 106 個空斑形成單位/mL (PFU/mL)，接著在第4週及第6週第1天且其後每2週(± 3天)劑量為至多4.0 ml 108 PFU/mL。欲注射至腫瘤中之talimogene laherparepvec之推薦體積取決於腫瘤大小且應根據表1中之注射體積指導來確定。
表1.基於腫瘤大小的Talimogene Laherparepvec注射體積指導
所有可合理注射之病灶(可在有或無超音波指導下注射的皮膚、皮下、及結疾病)應以個別給藥時機可獲得之最大給藥體積注射。在各治療日，注射之優先化推薦如下：自從最後一次注射之後出現的任何新的可注射腫瘤；按腫瘤大小，以最大腫瘤開始；現在可注射的任何先前不可注射的腫瘤。組成物可包含一或多種選自由以下組成之群的物質：緩衝液；抗氧化劑，諸如抗壞血酸；低分子量多肽(諸如具有少於10個胺基酸之多肽)；蛋白質；胺基酸；碳水化合物，諸如葡萄糖、蔗糖、或糊精；螯合劑，諸如EDTA；麩胱甘肽；穩定劑；及賦形劑。中性緩衝鹽水或與特定血清白蛋白混合之鹽水為適當稀釋劑之實例。根據適當工業標準，亦可添加防腐劑諸如苯甲醇。組成物可使用適當賦形劑溶液(例如，蔗糖)作為稀釋劑來調配成凍乾物。合適的組分為在所採用之劑量及濃度下對接受者無毒。
在一些實施例中，若患者具有下列，便選擇該患者以用於以本發明之組合療法之治療：(1) 小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及/或陰性IFNγ基因印記；及(2)已診斷有黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、非小細胞肺癌、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)、結腸直腸癌、乳癌(例如，HER2+乳癌、HER2- (HR+)乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移形細胞癌、泌尿上皮癌)、前列腺癌(例如，閹割抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、骨肉瘤)、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、或胰腺癌。
在其他實施例中，若患者具有下列，便選擇該患者以用於以本發明之組合療法之治療：(1)對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法有反應的癌症；(2)該癌症可視情況與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及陰性IFNγ基因印記中之一或多者相關；及(3)已診斷有黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、肺癌(例如，非小細胞肺癌、小細胞肺癌)、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌、鼻咽癌、甲狀腺癌、唾液腺癌、食道癌)、乳癌(例如，ER+/HER2-乳癌、發炎、三陰性乳癌)、卵巢癌、子宮頸癌、膀胱癌(例如，泌尿上皮癌)、腎細胞癌、胃腸癌(例如，肝細胞癌、結腸直腸癌、肛門癌)、膽道癌、多發性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，縱膈大B細胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤)、或間皮瘤。
本文所述之藥物可提供為套組，其包含第一容器、及第二容器、及藥品說明書。第一容器含有至少一個劑量的包含派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段之藥物，且第二容器含有至少一個劑量的talimogene laherparepvec。套組可視情況包含藥品說明書或標籤，其包括使用藥物治療患者之癌症的說明書。第一及第二容器可具有相同或不同形狀(例如，小瓶、注射器、及瓶子)及/或材料(例如，塑膠或玻璃)。套組可進一步包含可用於投與藥物的其他材料，諸如稀釋劑、填充劑、IV袋及管、針、及注射器。在套組之一些較佳實施例中，說明書說明該等藥物意欲用於治療患有小於1,000個細胞/mm2 之CD8+ T細胞密度、陰性IFNγ基因印記、及/或低或陰性PD-L1狀態的癌症之患者。 醫藥組成物
本發明係關於上文所述之藥劑用於如以下 所述之預防性及/或治療性治療之用途。據此，本發明之派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段及/或talimogene laherparepvec可併入至合適於投與之醫藥組成物中。此類組成物通常包含派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段、或talimogene laherparepvec、及醫藥學上可接受之載劑。如本文所用，措辭「醫藥學上可接受之載劑」意欲包括任何及所有可與醫藥投與相容之溶劑、分散介質、塗料、抗細菌劑及抗真菌劑、等張劑、及吸收延遲劑、及其類似物。使用此等介質及藥劑用於醫藥活性物質在此項技術中為熟知的。除非任何習知介質或藥劑與活性化合物不相容，否則涵蓋其於組合物中之使用。補充性活性化合物亦可併入組成物中。
本發明之醫藥組成物經調配以與其意欲投與途徑相容。投與途徑之實例包括腸胃外例如靜脈內、皮內、皮下、腹膜內、肌肉內、經皮(局部)、及經黏膜投與。用於腸胃外、皮內、或皮下應用之溶液或懸浮液可包括以下組分：無菌稀釋劑，諸如注射用水、鹽水溶液、不揮發油、聚乙二醇、甘油、丙二醇、或其他合成溶劑；抗細菌劑，諸如苯甲醇或對羥苯甲酸甲酯；抗氧化劑，諸如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉；螯合劑，諸如乙二胺四乙酸；緩衝液，諸如乙酸鹽、檸檬酸鹽、或磷酸鹽；及用於調節張性之藥劑，諸如氯化鈉或右旋糖。pH可用酸或鹼調節，諸如鹽酸或氫氧化鈉。腸胃外製劑可封裝於由玻璃或塑膠製成之安瓿、拋棄式注射器、或多劑量小瓶中。
合適於可注射用途的醫藥組成物包括無菌水溶液(水溶性的情況)或分散液及用於臨時製備無菌可注射溶液或分散液的無菌粉末。對於靜脈內、IS、ICV、及/或IT投與，合適的載劑包括生理鹽水、抑菌水、Cremophor ELTM (BASF, Parsippany, N.J.)、或磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)。在所有情況下，組成物必須為無菌的且流動性應達到易於注射之程度。其必須在製造及儲存條件下穩定且必須針對諸如細菌及真菌之微生物的污染作用進行保藏。載劑可為含有例如水、乙醇、多元醇(例如，甘油、丙二醇、及液體聚乙二醇、及其類似物)、及其合適混合物之溶劑或分散介質。適當流動性可例如藉由使用塗層(諸如卵磷脂)，在分散液之情況下藉由維持所需粒徑，及藉由使用界面活性劑來維持。微生物作用之預防可藉由多種抗細菌劑及抗真菌劑，例如對羥基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、抗壞血酸、硫柳汞、及其類似物達成。在多種情況下，較佳應於組成物中包括等滲劑，例如糖、多元醇(諸如甘露糖醇、山梨糖醇)、氯化鈉。藉由在組成物中包括延遲吸收的藥劑(例如單硬脂酸鋁及明膠)可使可注射組成物之吸收延長。
可藉由將活性化合物以所需量在必要時與以上列舉之一種成分或成分之組合一起併入適當溶劑中，接著進行過濾滅菌來製備無菌可注射溶液。一般而言，分散液係藉由將活性化合物併入無菌媒劑中來製備，該媒劑含有鹼性分散介質及來自上文列舉彼等成分之所需其他成分。在用於製備無菌可注射溶液的無菌粉末之情況下，較佳製備方法為真空乾燥及冷凍乾燥，其產生活性成分加上來自其先前無菌過濾溶液之任何另外的所需成分的粉末。
全身投與可藉由經黏膜或經皮手段。關於經黏膜或經皮投與，適於欲滲透之障壁的滲透劑用於該調配物中。此類滲透劑一般為此項技術中已知的，且就經黏膜投與而言包括例如清潔劑、膽鹽、及梭鏈孢酸衍生物。經黏膜投與可透過使用鼻噴霧劑或栓劑來實現。關於經皮投與，活性化合物經調配成如此項技術中一般已知之軟膏、油膏、凝膠、或乳膏。
在一個實施例中，將派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段、或talimogene laherparepvec與載劑一起製備，該載劑將保護化合物避免自身體快速消除，諸如控制釋放調配物，包括植入物及微封裝遞送系統。可使用生物可降解之生物相容性聚合物，諸如乙烯-乙酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、膠原蛋白、聚原酸酯(polyorthoesters)、及聚乳酸。製備此類調配物之方法將對熟習此項技術者顯而易知。該等物質亦可自Alza Corporation及Nova Pharmaceuticals, Inc商購獲得。脂質體懸浮液(包括用病毒抗原之單株抗體靶向受感染細胞之脂質體)亦可可用作醫藥學上接受之載劑。其可根據熟習此項技術者已知，例如美國專利第4,522,811號中所述之方法製備。
尤其，宜以便於投與及劑量一致性之劑量單位形式調配腸胃外組成物。如本文中所使用之劑量單位形式係指對於欲治療之受試者適合作為單位劑量之物理離散單位；各單位含有經計算產生所要治療效應之預定量活性化合物與所需醫藥載劑結合。本發明之劑量單位形式之規格取決於且直接依賴於活性化合物之獨特特徵及欲達成之特定治療效應，及混配此一活性化合物以用於治療個體之技術中固有之限制。
該等醫藥組成物可連同視情況選用之投與說明書一起納入容器、包裝、或分配器中。
本發明之醫藥組成物可以許多方式投與，視需要局部治療還是全身治療及視欲治療之區域而定。投與可為腫瘤內或腸胃外投與。腸胃外投與包括靜脈內滴注，皮下、腹膜內或肌肉內注射，鞘內或室內投與。
腸胃外投與之調配物可包括無菌水溶液，其亦可含有緩衝液、稀釋劑、及其他合適添加劑。室內注射可藉由例如附接至貯器之室內導管來促進。對於靜脈內用途，應控制溶質之總濃度以使製劑等滲。
可用作載劑之醫藥賦形劑之類型包括：穩定劑，諸如人類血清白蛋白(HSA)；增積劑，諸如碳水化合物、胺基酸、及多肽；pH調節劑或緩衝液；鹽，諸如氯化鈉；及其類似物。此等載劑可以結晶或非晶形式，或可為兩者之混合物。
尤其有價值的增積劑包括相容的碳水化合物、多肽、胺基酸、或其組合。合適碳水化合物包括：單醣，諸如半乳糖、D-甘露糖、山梨糖、及其類似物；雙醣，諸如乳糖、海藻糖、及其類似物；環糊精，諸如2-羥丙基-.β.-環糊精；及多醣，諸如棉子糖、麥芽糊精、葡聚糖、及其類似物；醛醣醇，諸如甘露醇、木糖醇、及其類似物。碳水化合物之較佳群包括乳糖、海藻糖、棉子糖、麥芽糊精、及甘露醇。合適多肽包括阿斯巴甜。胺基包括丙胺酸及甘胺酸，其中甘胺酸較佳。
合適pH調節劑或緩衝液包括由有機酸及鹼製備之有機鹽，諸如檸檬酸鈉、抗壞血酸鈉、及其類似物；檸檬酸鈉較佳。
在一個實施例中，包括派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段、或talimogene laherparepvec之組成物之單位劑量或測量劑量藉由植入裝置分配。該裝置可包括監測受試者體內參數之感測器。例如，該裝置可包括泵諸如滲透泵及視情況相關電子裝置。 生物標記物測試
可確定取自受試者之腫瘤組織之樣品中之生物標記物表現分數(例如，IFN-γ基因印記分數及/或PD-L1狀態)。腫瘤可為原發性的或復發性的，且可為任何類型(如上文所述)、任何階段(例如，第I、II、III、或IV階段、或其他分段系統之等效階段)、及/或任何組織學。受試者可為任何年齡、性別、治療歷史、及/或緩解之程度及持續時間。
可藉由多種程序包括但不限於手術切除、抽吸、或生檢獲得腫瘤樣品。組織樣品可呈新鮮試樣經切片並檢定。替代地，組織樣品可經冷凍以用於進一步切片。在一些較佳實施例中，組織樣品藉由固定或包埋於石蠟或其類似物中來保藏。
腫瘤組織樣品可藉由習知方法固定，其中固定之長度取決於腫瘤樣品之大小及所使用之固定劑。中性緩衝福馬林、戊二醛、Bouin氏液、及多聚甲醛為固定劑之非限制性實例。在較佳實施例中，組織樣品用福馬林固定。在一些實施例中，經固定組織樣品亦包埋於石蠟中以製備福馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織樣品。
通常，組織樣品經固定且透過上升系列的乙醇脫水，用石蠟或其他切片介質浸潤並包埋，使得該組織樣品可經切片。替代地，腫瘤組織樣品首先經切片，然後個別切片經固定。
在一些較佳實施例中，使用約3-5微米且較佳4或5微米的FFPE組織切片確定腫瘤之生物標記物表現分數，該等組織切片於載玻片上經封固且乾燥。IFN-γ 基因印記分數及 / 或 PD-L1 狀態之診斷測試
在一個實施例中，測試腫瘤樣品來自與低或陰性PD-L1狀態及/或陰性IFNγ基因印記、及視情況小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度相關之癌症，其包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、非小細胞肺癌、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)、結腸直腸癌、乳癌(例如，HER2+乳癌、HER2- (HR+)乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移形細胞癌、泌尿上皮癌)、前列腺癌(例如，閹割抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、骨肉瘤)、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、或胰腺癌。
在另一個實施例中，測試腫瘤樣品來自對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法有反應的癌症，其包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、肺癌(例如，非小細胞肺癌、小細胞肺癌)、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌、鼻咽癌、甲狀腺癌、唾液腺癌、食道癌)、乳癌(例如，ER+/HER2-乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、子宮頸癌、膀胱癌(例如，泌尿上皮癌)、腎細胞癌、胃腸癌(例如，肝細胞癌、結腸直腸癌、肛門癌)、膽道癌、多發性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，縱膈大B細胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤)、或間皮瘤，該等癌症可視情況與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及陰性IFNγ基因印記中之一或多者相關。
一旦獲得合適的腫瘤組織樣品，便可對其進行分析以定量包含欲計分之具體IFN-γ基因印記的各基因之表現水準，例如，IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA中之一者或任何組合，或PD-L1之mRNA水準。如本文所用之短語「確定基因之表現水準」係指偵測並量化自該基因轉錄之RNA或自此一RNA轉譯之蛋白質。術語「RNA轉錄本」包括自該基因轉錄之mRNA、及/或其特定剪接之變體、及/或此一mRNA及剪接變體之片段。在較佳實施例中，經測量其表現之RNA轉錄本係圖11中之轉錄本及/或PD-L1轉錄本。
熟習此項技術者應理解，可使用許多方法將RNA自組織樣品中分離以供分析。例如，可藉由於異硫氰酸胍中之均化及酸性苯酚-氯仿提取將RNA自冷凍組織樣品中分離。可購得商業套組以用於將RNA自FFPE樣品分離。
熟習此項技術者亦意識到若干方法可用於偵測並量化經分離RNA或全細胞溶解產物內RNA轉錄物之水準。定量偵測方法包括但不限於陣列(即，微陣列)、定量即時PCR (RT-PCR)、多路檢定、核酸酶保護檢定、及北方墨點分析。一般而言，此類方法採用標記探針，該等探針與欲偵測之各轉錄本之一部分互補。用於這些方法之探針可基於基因及由此表現之轉錄物之已知序列來易於設計。在一些較佳實施例中，探針經設計以與圖11中所鑒別之各基因印記轉錄本雜交。探針之合適標記係熟知的且包括例如螢光、化學發光、及放射性標記。
在一些實施例中，針對本發明基因印記檢定腫瘤樣品採用使用與分子信標偵測分子組合之基於核酸序列之擴增(NASBA)的RNA水準之即時偵測及量化。例如Compton J., Nature 350 (6313):91-92 (1991)中描述了NASBA。NASBA為單步驟等溫RNA特異性擴增方法。一般而言，該方法涉及以下步驟：將RNA模板提供至反應混合物，其中第一引物在模板之3'端連接至其互補位點；反轉錄酶合成相對的互補DNA鏈；核糖核酸酶H破壞RNA模板(核糖核酸酶H僅破壞RNA-DNA雜交物中之RNA，但不破壞單鏈RNA)；第二引物連接至DNA鏈之3'端，且反轉錄酶合成DNA之第二條鏈；且T7 RNA聚合酶結合雙鏈DNA並產生互補RNA鏈，其可再次用於步驟1，使得反應係循環的。
在其他實施例中，檢定格式為基於flap核酸內切酶的格式，諸如Invader™檢定(Third Wave Technologies)。在使用侵入物方法之情況下，製備特異於區域3'至靶位點的序列之侵入物探針及含有特異於區域5'至模板之靶位點的序列及不相關flap序列之一級探針。然後使Cleavase在這些探針、靶分子、以及FRET探針存在下起作用，該FRET探針含有互補於flap序列的序列及以螢光染料與淬滅劑標記之自動互補序列。當一級探針與模板雜交時，侵入物探針之3'端穿透靶位點，且此結構被Cleavase裂解，導致flap解離。flap結合FRET探針，且螢光染料部分被Cleavase裂解，導致螢光發射。
在又其他實施例中，檢定格式採用以分支DNA (QuantiGene™, Panomics)或Hybrid Capture™ (Digene)之直接mRNA捕獲。
合適於測量IFN-γ基因印記中基因之表現或測量PD-L1之表現的陣列技術之一個實例為HTG Molecular, Tucson AZ銷售之ArrayPlate™檢定技術，且描述於Martel, R. R.等人, Assay and Drug Development Technologies 1(1):61-71, 2002中。簡言之，此技術將核酸酶保護檢定與陣列偵測組合。使微板孔中之細胞經歷核酸酶保護檢定。在結合靶向mRNA種之探針存在下將細胞溶解。在添加S1核酸酶時，過量探針及未雜交mRNA降解，使得僅mRNA:探針雙螺旋留下。鹼性水解破壞雙螺旋之mRNA組分，使探針保持完整。添加中和溶液之後，將經加工細胞培養盤之內容物轉移至另一ArrayPlate™，其稱為計畫性ArrayPlate™。ArrayPlates™在各孔底部含有16個元件陣列。各陣列元件包含位置特定的錨定物寡核苷酸，其從一個檢定至下一檢定保持不變。16個錨定物中之各者之結合特異性以寡核苷酸修飾，該寡核苷酸稱為計劃性接頭寡核苷酸，其一端與錨定物互補且另一端與核酸酶保護探針互補。在雜交反應期間，轉移自培養盤之探針由固定化計劃性接頭捕獲。經捕獲探針藉由與偵測接頭寡核苷酸雜交來標記，繼而以併入過氧化酶之偵測綴合物標記。該酶供應有化學發光基質，且酶產生之光於數位影像中捕獲。陣列元件處之光強度係原始細胞中存在之對應靶mRNA之量之量度。
進一步舉例而言，可使用DNA微陣列測量基因表現。簡言之，DNA微陣列(亦稱為DNA晶片)係DNA片段(諸如合成寡核苷酸)之微觀陣列，其在固體支撐物上以經定義圖案設置，其中其適於藉由標準雜交方法進行分析(參見Schena, BioEssays 18:427 (1996))。針對其製造及用途之示範性微陣列及方法闡述於T. R. Hughes等人, Nature Biotechnology 9:342-347 (2001)。許多針對其產生之不同的微陣列構形為熟習此項技術者已知的且揭示於美國專利第5,242,974號；第5,384,261號；第5,405,783號；第5,412,087號；第5,424,186號；第5,429,807號；第5,436,327號；第5,445,934號；第5,556,752號；第5,405,783號；第5,412,087號；第5,424,186號；第5,429,807號；第5,436,327號；第5,472,672號；第5,527,681號；第5,529,756號；第5,545,531號；第5,554,501號；第5,561,071號；第5,571,639號；第5,593,839號；第5,624,711號；第5,700,637號；第5,744,305號；第5,770,456號；第5,770,722號；第5,837,832號；第5,856,101號；第5,874,219號；第5,885,837號；第5,919,523號；第6,022,963號；第6,077,674號；及美國專利第6,156,501號；Shena等人, Tibtech 6:301-306, 1998；Duggan等人, Nat. Genet. 2:10-14, 1999；Bowtell等人, Nat. Genet. 21:25-32, 1999；Lipshutz等人, Nat. Genet. 21:20-24, 1999；Blanchard等人, Biosensors and Bioelectronics 77:687-90, 1996；Maskos等人, Nucleic Acids Res. 2:4663-69, 1993；及Hughes等人, Nat. Biotechnol. 79:342-347, 2001。描述在各種應用中使用陣列之方法之專利包括：美國專利第5,143,854號；第5,288,644號；第5,324,633號；第5,432,049號；第5,470,710號；第5,492,806號；第5,503,980號；第5,510,270號；第5,525,464號；第5,547,839號；第5,580,732號；第5,661,028號；第,848,659號；及第5,874,219；該等專利之揭示內容出於所有目的以全文引用之方式併入本文。
在一個實施例中，寡核苷酸陣列可於固體支撐物上合成。示範性固體支撐物包括玻璃，塑膠、聚合物、金屬、類金屬、陶瓷、有機物等。使用晶片遮蔽技術及光保護化學，有可能產生有序的核酸探針序列。這些陣列(其稱為例如「DNA晶片」或非常大規模固定化聚合物陣列(「VLSIPS®」陣列))可在面積為約1 cm2 至若干cm2 的基質上包括數百萬個經定義探針區域，從而併入少量至數百萬個探針(參見例如美國專利第5,631,734號)。
為了比較表現水準，可在足以實現靶核酸與陣列上之探針之間的結合的條件下將經標記核酸與陣列接觸。在一個實施例中，雜交條件可經選擇以提供所需水準的雜交特異性；即，該等條件足使經標記核酸與微陣列上探針之間發生雜交。
雜交可在允許基本上特異性雜交之條件下進行。核酸之長度及GC含量將確定熱熔點，且因此確定獲得探針與靶核酸之特異性雜交所需之雜交條件。這些因素為熟悉此項技術者熟知的，且亦可在檢定中進行測試。關於核酸雜交之廣泛知道可見於Tijssen等人(Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology, 第24卷: Hybridization With Nucleic Acid Probes, P. Tijssen編; Elsevier, N.Y. (1993))。上文所述之方法將導致陣列表面上經標記靶核酸之雜交圖案之產生。所得的經標記核酸之雜交圖案可以多種方式經可視化或偵測，具體的偵測方式係基於具體的靶核酸標記進行選擇。代表性偵測手段包括閃爍計數、自動放射攝影術、螢光測量、熱量測量、光發射測量、光散射、及其類似手段。
一種此類偵測方法利用可商購之陣列掃描器(Affymetrix, Santa Clara, CA)，例如，417®點晶機(Arrayer)、418®陣列掃描機、或Agilent Gene Array®掃描機。此掃描機由具有介面及易於使用的軟體工具之系統電腦控制。輸出可直接輸入至多種軟體應用中或由其直接讀取。示範性掃描裝置描述於例如美國專利第5,143,854號及第5,424,186號中。
測量生物標記物轉錄本豐度之較佳檢定方法包括使用由NanoString® Technologies (Seattle, Wash. USA)銷售之nCounter®分析系統。此系統(其由Geiss等人, Nature Biotechnol. 2(3):317-325 (2008)描述)利用一對探針，即，捕獲探針及報導探針(reporter probe)，其各自包含與欲偵測轉錄本互補之35至50個鹼基的序列。捕獲探針另外包括與固定化標籤偶合的短共同序列，該固定化標籤例如使複合物經固定化以供數據收集的親和性標籤(affinity tag)。報導探針另外包括可偵測信號或標記，例如與顏色編碼標籤偶合之信號或標記。在雜交之後，將過量探針自樣品移除，且將經雜交探針/靶複合物對準並經由親和力或匣中之另一標籤進行固定化。然後例如使用數位分析儀或適於此目的之其他處理器分析樣品。一般而言，針對各靶轉錄本，將各轉錄本上之顏色編碼標籤進行計數並列表，以產生樣品中各轉錄本之表現水準。此系統允許使用Nano-String設計之捕獲探針及報導探針在單個多路檢定中測量數百個獨特基因轉錄本之表現。
在測量IFN-γ基因印記中基因之表現中或為了確定本文所述之PD-L1狀態，將腫瘤樣品中各基因之絕對表現與對照組進行比較。例如，對照組可為受試者池中分別平均水準的各基因表現。然而，為了增加組成物之敏感性，較佳以許多方式將表現水準值轉型。
例如，基因印記中各基因之表現水準可藉由所有基因之平均表現水準、或所有基因之總表現水準(經確定之基因之表現水準)、或藉由一組對照基因之平均表現水準正規化。因此，在一個實施例中，基因由一組探針表示，且各基因之表現水準藉由所表示之所有基因(包括非係目的基因印記之一部分的任何基因)之平均或中位數表現水準正規化。在一特定實施例中，正規化係藉由除微陣列上所有基因之中位數或平均表現水準來進行。在另一實施例中，印記基因之表現水準係藉由一組對照基因之平均或中位數表現水準來正規化。在一特定實施例中，對照基因包含持家基因。在另一特定實施例中，正規化係藉由除以對照基因之中位數或平均表現水準來完成。
在將基因印記中個別基因之表現水準與腫瘤樣品池中相同基因之表現進行比較時，基因印記分數之敏感性亦將增加。較佳的是，該比較係樣品池中各印記基因之平均或中位數表現水準。此一比較可例如藉由從目的受試者樣品中各基因之表現水準除以該池中各基因之平均或中位數表現水準來完成。這具有突出樣品中基因與整個池之基因之間的相對表現差異的效果，使得比較比單獨絕使用對表現水準時更敏感且更可能產生有意義的結果。表現水準數據可以任何習知方式轉型。優選的是，在取得平均值或中位數之前將所有表現水準數據進行對數轉型。
在執行與池之比較中，可使用兩種方法。首先，可將樣品中印記基因之表現水準與池中該等基因之表現水準進行比較，其中來源於樣品之核酸及來源於池之核酸在單次實驗之時程期間經雜交。此一方法需要針對各比較或有限數目的比較產生新的核酸池，且因此受可獲得核酸之量限制。替代地，且較佳的是，池中之表現水準(不管是否經正規化及/或轉型)儲存於電腦或電腦可讀介質上，以用於與樣品之個別表現水準數據(即，單通道數據)之比較。
當將受試者之腫瘤樣品與標準組或對照組比較時，將樣品中具體基因之表現值與標準組或對照組中該基因之表現值比較。對於本發明基因印記中之各基因，產生個別樣品中表現值相對於標準組或對照組之log10 值。IFN-γ基因印記或PD-L1表現之分數係藉由確定印記中基因之平均log(10)比率來計算。若測試樣品之基因印記分數為該基因印記之上文預先確定之臨限，則該樣品被認為對IFN-γ基因印記生物標記物呈陽性。在本發明之一個實施例中，預先確定之臨限設定於2.17與2.69之間的任何數目(即，2.18、2.19、2.20……2.66、2.67、2.68)。預先確定之臨限亦可為用作標準組或對照組之樣品集合或彙集樣品中基因印記之分數之平均值、中位數、或百分位數。
熟習此項技術者應理解，除log(10)比率外，其他微分表現值亦可用於計算印記分數，只要該值表示基因之轉錄本豐度之客觀測量值即可。實例包括但不限於：xdev、誤差加權對數(比率)、及去除平均值之對數(強度)。
在一個較佳實施例中，原始表現值係藉由執行相對於參考分佈之分位數正規化及後續log 10轉型來正規化。當使用NanoString®, NanoString Technologies銷售之nCounter®分析系統偵測基因表現時，參考分佈係藉由在排除技術(陽性對照組及陰性對照組)探針之後且在不執行依賴於陰性(背景調節)或陽性(摻有已知效價之合成序列)的中間正規化之情況下彙集測試樣品及一或多個對照樣品(較佳至少2個樣品、更佳4、8、或16個樣品中至少任一者)報導(即，原始)計數來產生。然後將IFN-γ印記分數計算為基因印記中各基因例如，STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、及HLA-DRA之一者或任何組合，或IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、ID01、及GZMA中之各者，或者PD-L1之正規化值之算術平均值。
在一些較佳實施例中，參考分佈係由基因之正規化組或其子集之原始表現計數產生，該正規化組基本上由圖11中所列之一組400個基因中之各基因組成。該子集可由25、50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、或25與400之間的任何整數中至少任一者組成。
可由單獨的個體/實體在單獨的位置執行以下步驟之各者：獲得組織樣品；由其製備一或多個組織切片以供基因印記生物標記物檢定；執行該檢定；且對結果進行計分。例如，外科醫師可藉由生檢自癌症患者腫瘤獲得組織樣品，然後將組織樣品送至病理學實驗室，從而可固定組織樣品，然後製備一或多個載玻片(其各自具有單個組織切片)以供檢定。載玻片可在製備之後立即檢定或儲存以供進一步檢定。製備組織切片之實驗室可進行檢定或將載玻片送至不同實驗室以進行檢定。對IFN-γ基因印記之載玻片進行計分的病理學家或經培訓專業人員可效力於診斷實驗室，或可為獨立的承包者。替代地，單個診斷實驗室自受試者之醫師或外科醫師獲得組織樣品，然後執行涉及製備組織切片、檢定載玻片、及計算組織切片之基因印記的所有步驟。
在一些實施例中，涉及針對基因印記生物標記物製備並檢定組織切片的個體並不知道正測試之樣品所屬受試者之身份；即，實驗室所接收之樣品在送至實驗室之前以某一方式匿名處理。例如，樣品可僅藉由數字或某一其他代碼(「樣品ID」)來鑒別，且檢定結果被報導至要求使用該樣品ID之測試的團體。在較佳實施例中，受試者之身份與受試者組織樣品之間的聯繫僅為個體或個體之醫師已知。
在一些實施例中，在已獲得測試結果之後，診斷實驗室產生測試報告，其可包含以下結果中任何一者或兩者：組織樣品為生物標記物陽性或陰性、腫瘤樣品之基因印記分數、及該基因印記之參考分數。測試報告亦可包括檢定中分析了表現的基因之清單。
在其他實施例中，測試報告亦可包括如何解釋結果以供預測受試者是否有可能對派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段/talimogene laherparepvec組合療法有反應的指導。例如，在一個實施例中，測試腫瘤樣品來自癌症，包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、非小細胞肺癌,、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)、結腸直腸癌、乳癌(例如，HER2+乳癌、HER2- (HR+)乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移形細胞癌、泌尿上皮癌)、前列腺癌(例如，閹割抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、骨肉瘤)、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、或胰腺癌；且具有陰性IFN-γ基因印記分數及/或低或陰性PD-L1狀態分數，測試報告可指示受試者具有與對以派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段/talimogene laherparepvec組合療法之治療有反應或有較好反應相關的分數，同時若CD8+ T細胞密度分數及/或IFN-γ基因印記分數高於臨限，及/或PD-L1狀態分數高，則測試報告指示患者具有與以派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段/talimogene laherparepvec組合療法之治療無反應或反應不佳相關的分數。
在另一個實施例中，測試腫瘤樣品來自對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法有反應的癌症，其包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、肺癌(例如，非小細胞肺癌、小細胞肺癌)、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌、鼻咽癌、甲狀腺癌、唾液腺癌、食道癌)、乳癌(例如，ER+/HER2-乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、子宮頸癌、膀胱癌(例如，泌尿上皮癌)、腎細胞癌、胃腸癌(例如，肝細胞癌、結腸直腸癌、肛門癌)、膽道癌、多發性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，縱膈大B細胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤)、或間皮瘤，該等癌症可視情況與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及陰性IFNγ基因印記中之一或多者相關。
在一些實施例中，測試報告為診斷實驗室所準備之書面文件，且呈紙本或經由電子郵件發送至患者或患者之醫師。在其他實施例中，測試報告係藉由電腦程式產生且顯示於醫師辦公室中之視訊監視器上。測試報告亦可包含將測試結果直接口傳至患者或患者之醫師或醫師辦公室中之授權雇員。相似地，測試報告可包含醫師在患者文件中做出的測試結果之記錄。
偵測本發明標記物是否存在可使用已專門為此目的設計之套組執行。在一個實施例中，該套組包含一組能夠與基因印記中之靶轉錄本雜交的寡核苷酸探針。該套組可進一步包含能夠偵測其他基因諸如對照基因或出於正規化目的所用之基因之轉錄本的寡核苷酸探針。該組寡核苷酸探針可在固體表面諸如微鏡片、二氧化矽珠粒(諸如Illumina, San Diego, Calif.之BeadArray技術)、或載玻片上包含有序的寡核苷酸陣列(參見例如，WO 98/20020及WO 98/20019)。在一些實施例中，寡核苷酸探針提供於一或多種以液體或乾燥形式之組成物中。 免疫組織化學(IHC)
IHC檢定通常以抗原修復開始，其試劑及方法可有所不同。抗原修復過程可涉及在適當緩衝液池中加壓蒸煮、蛋白酶處理、微波處理、或加熱組織學切片，標準目標係藉由福馬林交聯或其他固定使隱藏的抗原解除遮蔽。(參見例如，Leong等人, Appl. Immnunohistochem. 4(3):201 (1996)。)
可使用兩種一般IHC方法：直接檢定及間接檢定。在直接IHC檢定中，直接確定抗體與靶抗原之結合。這種直接檢定使用經標記之試劑，諸如螢光標籤或酶標記之一級抗體，其可經可視化而無需進一步抗體相互作用。在典型的間接檢定中，未綴合之一級抗體結合抗原，然後經標記之二級抗體結合一級抗體。當二級抗體綴合至酶標記時，添加顯色或螢光基質以提供抗原之可視化。信號放大因為若干二級抗體可與一級抗體上之不同抗原決定基反應而發生。
用於免疫組織化學之一級抗體及/或二級抗體通常將以可偵測部分標記。許多標記可供使用，其可一般分成以下類別：(a)放射性同位素，諸如35 S、14 C、131 I、3 H、及123 I (抗體可使用例如Current Protocols in Immunology, 第1及2卷, Coligen等人編, Wiley-Interscience, New York, N.Y., Pubs. (1991)中所述之技術以放射性同位素標記，且放射性可使用閃爍計數進行測量。其他放射性核種包括99Tc、90Y、32 P、13 N、18 F、51 Cr、57 To、225 Ra、60 Co、59 Fe、57 Se、152 Eu、67 Cu、217 Ci、211 At、212 Pb、47 Sc、109 Pd、234 Th、40 K、157 Gd、55 Mn、52 Tr、82 Rb、201 Th、92 Sr、67 Ga、192 Ir、166 Ho、10 B、99m Tc、42 K、186 Re、188 Re、75 Se、24 Na、11 C、13 N、15 O、57 Co、67 Ga、177 Lu、及56 Fe。)；膠態金粒子；及螢光或化學發光標記，包括但不限於，稀土螯合物(銪螯合物)、螢光黃及其衍生物、玫瑰紅及其衍生物、異硫氰酸鹽、藻紅素、藻藍素、異藻藍素、鄰苯二甲醛、螢咔明、丹醯基(dansyl)、繖形酮、蟲螢光素、魯米諾標記、異魯米諾標記、芳族吖啶酯標記、咪唑標記、吖啶鹽標記、草酸酯標記、水母素標記、2,3-二氫酞嗪二酮、德克薩斯紅(Texas Red)、丹醯基、麗絲胺(Lissamine)、繖形酮、藻紅素(phycocrytherin)、藻藍素、或可商購之螢光團諸如SPECTRUM ORANGE®及SPECTRUM GREEN®、及/或上文任何一或多者之衍生物。螢光標記可使用例如Immunology中Current Protocols (同上 )中所揭示之技術綴合至抗體。可使用螢光計量化螢光。
各種酶-基質標記可供使用(參見美國專利第4,275,149號)。酶一般催化顯色基質之化學變化，其可使用各種技術進行測量。例如，酶可催化基質中之顏色變化，其可用分光光度法測量。替代地，酶可改變基質之螢光或化學發光。量化螢光變化之技術描述於上文。化學發光基質藉由化學反應變成電子激發的，然後可發射光(其可經測量(使用例如化學發光光度計))或向螢光受體貢獻能量。
酶標記之實例包括螢光素酶(例如，螢火蟲螢光素酶及細菌螢光素酶；美國專利第4,737,456號)、螢光素、2,3-二氫酞嗪二酮、蘋果酸脫氫酶、脲酶、過氧化酶諸如山葵過氧化酶(HRPO)、鹼性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖澱粉酶、溶菌酶、糖氧化酶(例如，葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶、及葡萄糖-6-磷酸脫氫酶)、雜環氧化酶(諸如尿酸酶及黃嘌呤氧化酶)、乳過氧化酶、微過氧化酶、及其類似物。用於將酶綴合至抗體之技術描述於O'Sullivan等人, Methods for the Preparation of Enzyme- Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay, Methods in Enzym. (J. Langbne及H. Van Vunakis編), Academic press, New York, 73:147-166 (1981)。
許多酶-基質組合可供熟習此項技術者使用。關於此等之一般評述，參見美國專利第4,275,149號及第4,318,980號。酶-基質組合之實例為：(i)山葵過氧化酶(HRP)，過氧化氫為基質，其中過氧化氫氧化染料前驅物，諸如，例如，3,3'二胺基聯苯胺(DAB)，其產生棕色終產物；3-胺基-9-乙基咔唑(AEC)，其在氧化時形成玫瑰紅色終產物；4-氯-1-萘酚(CN)，其沉澱藍色終產物；及對苯二胺二鹽酸鹽/鄰苯二酚，其產生藍黑色產物；鄰苯二胺(OPD)及3,3',5,5'-四甲基聯苯胺鹽酸鹽(TMB)；(ii)鹼性磷酸酶(AP)及磷酸對硝基苯酯、萘酚AS-MX磷酸鹽、Fast Red TR及Fast Blue BB、萘酚AS-BI磷酸鹽、萘酚AS-TR磷酸鹽、磷酸5-溴-4-氯-3-吲哚酚(BCIP)、Fast Red LB、Fast Garnet GBC、硝基藍四氮唑(Nitro Blue Tetrazolium, NBT)、及碘硝基四唑紫(iodonitrotetrazolium violet, INT)；及(iii) β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)，具有顯色基質(例如，對硝基苯基-P-D-半乳糖苷酶)或螢光基質(例如，4-甲基傘形酮醯(umbelliferyl)-P-D-半乳糖苷酶)。
繼而採用此項技術中已知用於使抗體分子綴合至各種部分之任何方法，包括Hunter等人, (1962) Nature 144:945；David等人, (1974) Biochemistry 13: 1014；Pain等人, (1981) J. Immunol. Meth. 40:219；及Nygren, J., (1982) Histochem. and Cytochem. 30:407所述之那些方法。
在一些實施例中，標記與抗體間接綴合。熟練技術人員應察覺到各種技術可達成此綴合。例如，抗體可與生物素綴合，且上文所提及之四種廣泛的標記類別中任一者可與抗生物素蛋白綴合，或反之亦然。生物素選擇性結合抗生物素蛋白，且因此標記可以此間接方式與抗體綴合。替代地，為達成標記與抗體之間接綴合，使抗體與小的半抗原綴合，且使上文提及之不同類型標記之一與抗半抗原抗體綴合。因此，可達成標記與抗體之間接綴合。
在抗原修復及視情況選用之阻斷步驟之後，在合適條件下將組織切片暴露於作為一級抗體之派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段達足夠的一段時間以使一級抗體結合組織切片中之PD-L1蛋白。達成此舉之適當條件可藉由例行實驗來確定。然後洗滌載玻片以移除未結合及過量的一級抗體。
在一些實施例中，將一級抗體連接至可偵測標記，諸如順磁性離子、放射性同位素、螢光染料、及其類似物，且使用適當成像設備評估載玻片之PD-L1染色。
在其他實施例中，可使用連接至可偵測標記的第二結合劑偵測PD-L1與一級抗體之間的免疫複合物。第二結合劑較佳為二級抗體，將其以一濃度應用於載玻片且達足以實現二級免疫複合物之形成的一段時間。然後通常洗滌載玻片以移除任何非特異性結合之二級抗體，且偵測二級免疫複合物中之標記。
二級抗體可使用抗生物素蛋白、鏈親和素(streptavidin)、或生物素標記，其以可偵測部分諸如螢光染料(著色劑)、發光染料、或非螢光染料獨立地標記。原則上，可使用可與二級抗體綴合或可間接結合二級抗體(例如，經由綴合之抗生物素蛋白、鏈親和素、生物素)的任何酶。所採用之酶可為例如鹼性磷酸酶(AP)、山葵過氧化酶(HRP)、β-半乳糖苷酶、及/或葡萄糖氧化酶。酶亦可關於催化基質諸如但不限於螢光素酶及水母素(aequorin)之發光反應，其具有實質上不可溶的反應產物，該反應產物能夠發光或引導第二基質諸如但不限於蟲螢光素及ATP或腸腔素(coelenterazine)及Ca2+ 之第二反應，其具有發光產物。最後，應用偵測試劑，其包括發色體(chromagen)或螢光標記分子以可視化免疫複合物之定位。
IHC檢定可使用自動化病理學系統執行，該系統可包括染色(習知著色劑、組織化學技術、免疫著色液)；自動化就地雜交系統；自動載玻片製備(蓋玻片，載玻片乾燥)、及整合載玻片及匣標記，如Roja等人, Review of imaging solutions for integrated, quantitative immunohistochemistry in the Pathology daily practice, Folia Histochemica et Cytobiologica, 第47卷, 第3期, 349-354, 2009中所述。
在某些示範性實施例中，IHC檢定採用可商購之Dako EnVision™ FLEX偵測系統，其意欲與Dako Autostainer儀器(Dako, an Agilent Technologies Company, Glostrup, Denmark)一起使用。這些試劑可現成地用於其他自動染色機或用於手動執行之染色(非係以自動染色機執行)。樣品收集及組織切片製備
可在受試者暴露於一或多種治療劑例如派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段、talimogene laherparepvec、及/或化學治療劑之前及/或之後自受試者收集腫瘤組織樣品，其用於製備染色組織切片以供對PD-L1表現進行計分。據此，可在一段時間內自受試者收集腫瘤樣品。可藉由多種程序包括但不限於手術切除、抽吸、或生檢獲得腫瘤樣品。組織樣品可呈新鮮試樣經切片並檢查PD-L1。在其他實施例中，將組織樣品冷凍以供進一步切片。在其他實施例中，組織樣品藉由固定或包埋於石蠟或其類似物中來保藏。
組織樣品可藉由習知方法固定，其中固定之長度取決於腫瘤樣品之大小及所使用之固定劑。中性緩衝福馬林、戊二醛、Bouin氏液、或多聚甲醛為固定劑之非限制性實例。在較佳實施例中，組織樣品用福馬林固定。在一些實施例中，經固定組織樣品亦包埋於石蠟中以製備福馬林固定且石蠟包埋(FFPE)組織樣品。石蠟之實例包括但不限於Paraplast、Broloid、及Tissuemay。
通常，組織樣品經固定且透過上升系列的乙醇脫水，用石蠟或其他切片介質浸潤並包埋，使得該組織樣品可經切片。替代地，腫瘤組織樣品首先經切片，然後個別切片經固定。
在一些實施例中，對約3-4毫米且較佳4微米之FFPE組織切片執行本發明計分過程，該等組織切片於載玻片上封固且乾燥。派姆單抗及派姆單抗變體抗體
本文所述之IHC檢定之一級抗體為派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段，其結合在某些哺乳動物細胞之表面上表現之PD-L1之成熟形式(缺乏預分泌前導序列，亦稱為前導肽)。術語「PD-L1」及「成熟PD-L1」在本文可互換使用，且應理解，除非另外指示或自上下文顯而易知，否則意謂相同分子。如本文所用，抗人類PD-L1抗體或抗hPD-L1抗體係指特異性結合成熟人類PD-L1之抗體，例如，派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段。成熟人類PD-L1分子由以下序列之胺基酸19-290組成：MRIFAVFIFMTYWHLLNAFTVTVPKDLYVVEYGSNMTIECKFPVEKQLDLAALIVYWEMEDKNIIQFVHGEEDLKVQHSSYRQRARLLKDQLSLGNAALQITDVKLQDAGVYRCMISYGGADYKRITVKVNAPYNKINQRILVVDPVTSEHELTCQAEGYPKAEVIWTSSDHQVLSGKTTTTNSKREEKLFNVTSTLRINTTTNEIFYCTFRRLDPEENHTAELVIPELPLAHPPNERTHLVILGAILLCLGVALTFIFRLRKGRMMDVKKCGIQDTNSKKQSDTHLEET (SEQ ID NO:11)。
「特異性結合人類PD-L1」之抗體或「特異性結合包含人類PD-L1之胺基酸序列之多肽」之抗體為表現出相較於其他抗原優先結合人類PD-L1之抗體，但此特異性不需要絕對結合特異性。若抗hPD-L1抗體之結合決定樣品中人類PD-L1之存在，例如，而不產生非所需結果諸如在IHC診斷檢定中呈偽陽性，則認為該抗體「特異於」人類PD-L1。可在本發明之過程及方法中用作一級抗體之抗體或其結合片段將以係與任何非PD-L1蛋白質親和力的至少兩倍大、較佳至少十倍大、更佳至少20倍大、且最佳至少100倍大的親和力結合人類PD-L1。如本文所用，若抗體結合包含給定序列之多肽但不結合缺乏該序列之蛋白質，則稱該抗體特異性結合包含該序列之多肽，例如成熟人類PD-L1。可使用派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段對人類受試者之腫瘤樣品之組織切片之PD-L1表現進行計分。 PD-L1表現之診斷測試
在一個實施例中，測試腫瘤樣品來自與低或陰性PD-L1狀態及視情況小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、及/或低或陰性PD-L1狀態相關之癌症，且來自黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、非小細胞肺癌、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌)、結腸直腸癌、乳癌(例如，HER2+乳癌、HER2- (HR+)乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移形細胞癌、泌尿上皮癌)、前列腺癌(例如，閹割抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、骨肉瘤)、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、或胰腺癌。
在另一個實施例中，測試腫瘤樣品對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PF-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法有反應，且可視情況與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及陰性IFNγ基因印記中之一或多者相關，包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、肺癌(例如，非小細胞肺癌、小細胞肺癌)、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌、鼻咽癌、甲狀腺癌、唾液腺癌、食道癌)、乳癌(例如，ER+/HER2-乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、子宮頸癌、膀胱癌(例如，泌尿上皮癌)、腎細胞癌、胃腸癌(例如，肝細胞癌、結腸直腸癌、肛門癌)、膽道癌、多發性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，縱膈大B細胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤)、或間皮瘤。
可由單獨的個體/實體在相同或單獨的位置執行以下步驟之各者：獲得組織樣品；由其製備一或多個組織切片以供IHC檢定；執行IHC染色；且對結果進行計分。例如，外科醫師可藉由生檢自癌症患者腫瘤獲得組織樣品，然後將組織樣品送至病理學實驗室，從而可固定組織樣品，然後製備一或多個載玻片(其各自具有單個組織切片)以供IHC檢定。載玻片可在製備之後立即藉由IHC分析或儲存以供進一步檢定。製備IHC檢定之組織切片之實驗室可進行檢定或將載玻片送至不同實驗室以進行檢定。對PD-L1染色之染色載玻片進行計分的病理學家或經培訓專業人員可效力於診斷實驗室，或可為獨立的承包者。替代地，單個診斷實驗室自受試者之醫師或外科醫師獲得組織樣品，然後執行涉及以下之所有步驟：製備組織切片、將載玻片染色、及對染色組織切片中之PD-L1表現進行計分或將染色載玻片送至經培訓專業人員以供PD-L1計分。
在一些實施例中，涉及製備組織切片且藉由IHC檢定分析組織切片的個體並不知道正測試之樣品所屬受試者之身份，即，實驗室所接收之樣品在送至實驗室之前以某一方式匿名處理。例如，樣品可僅藉由數字或某一其他代碼(「樣品ID」)來鑒別，且IHC檢定結果被報導至要求使用該樣品ID之測試的團體。在較佳實施例中，受試者之身份與受試者組織樣品之間的聯繫僅為個體或個體之醫師已知。
在一些實施例中，在已獲得測試結果之後，診斷實驗室產生測試報告，其可包括組織樣品對PD-L1表現呈陽性還是陰性的結果。測試報告亦可包括如何解釋結果以供預測受試者是否有可能對派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段/talimogene laherparepvec組合療法有反應的指導。例如，在一個實施例中，若患者之腫瘤低於預先指定之臨限，則測試報告可指示患者具有與對以派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段/talimogene laherparepvec組合療法之治療有反應或反應較好相關的PD-L1表現分數，而若PD-L1表現分數為或高於預先指定之臨限，則PD-L1表現分數與對以派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段/talimogene laherparepvec組合療法無反應或反應不佳相關。
在一些實施例中，測試報告為診斷實驗室所準備之書面文件，且呈紙本或經由電子郵件發送至患者或患者之醫師。在其他實施例中，測試報告係藉由電腦程式產生且顯示於醫師辦公室中之視訊監視器上。測試報告亦可包含將測試結果直接口傳至患者或患者之醫師或醫師辦公室中之授權雇員。相似地，測試報告可包含醫師在患者文件中做出的測試結果之記錄。 量化淋巴球之方法流動式細胞測量術
淋巴球子集通常藉由以綴合至特定單株抗體之螢光染料免疫螢光標記細胞，且藉由流動式細胞測量術量化特定標記之細胞之比例來測量。流動式細胞測量術之手動替代方式亦可用於量化CD4細胞。其係僅需要細胞計數的簡單光或螢光顯微鏡法。
在流動式細胞測量術中，將對細胞上存在之特定CD抗原製成之特定單株抗體以螢光染料標記。使經標記單株抗體與單核細胞(淋巴球及單核球)反應，且反應之細胞可由流動式細胞測量儀取決於哪些細胞係結合的來分類成亞群體。流動式細胞測量術一般得到CD4+或CD8+細胞之百分比。為了獲得絕對細胞計數，使用雙及單平台技術。雙平台技術採用流動式細胞測量儀及血液學分析儀。使用雙平台方法之CD4絕對計數係以下測量值之乘積：白血球計數、係淋巴球的白血球(分化的)之百分比、及係CD4細胞之淋巴球之百分比(藉由流動式細胞測量術確定)。若使用單平台技術，則藉由單個儀器在單個管中測量淋巴球子集之絕對計數。通常其藉由使固定體積的樣品摻有已知數目的螢光珠粒(基於珠粒之系統)或藉由精確記錄所分析樣品之體積來完成。最近的建議提出單平台技術應為CD4絕對計數之黃金標準。
若干種流動式細胞測量術可供使用，其中FACSCalibur (Becton Dickinson)及EPICS XL (Beckman Coulter)最普及。這些儀器提供高樣品處理通量、透過自動化之工作流程管理、及簡單的軟體應用。兩種儀器均可偵測四種顏色且測量相對細胞大小及細胞複雜性。該等系統經設計以使用收集於液體EDTA中之全細胞。除使用傳統的流動式細胞測量儀(可採用雙或單平台技術之開放式平台)之外，針對CD4+ T細胞計數開發了簡化之專用平台。可商購之專用平台包括FACScount (Becton Dickinson)、CyFLow計數器(Partec)、及Guava Auto CD4/CD8% (Millipore/Merck)。專用平台實現在減小之技術複雜性之情況下的CD4+ T細胞計數，產生絕對CD4計數及CD4/CD8比率而無需外部電腦。該系統使用全細胞，消除溶解及洗滌步驟之需要，且具有獨特軟體演算法，該演算法自動鑒別目的淋巴球群體。量化淋巴球之手動方法
可在市場上獲得之流動式細胞測量術之手動方式為：Cyto-Spheres (Coulter Corporation, USA)及Dynabeads (Dynal AS, Norway)。Dynal T4套組(Dynabeads)用於在顯微鏡下手動計數細胞計數腔室中之CD4細胞。此方法測量CD4絕對計數；不可確定淋巴球百分比。其需要落射螢光顯微鏡(推薦)，但其可僅以光學顯微鏡、血球計、渦流、管式搖盪器(tube rocker)、計時器、及磁鐵執行。將磁性珠粒塗佈有單株抗體作為將CD4及CD8細胞自全血分離之固相，然而使用CD14磁性珠粒預先耗盡CD4陽性單核球。在分離出CD4細胞之後，將細胞溶解、染色、並計數。血液樣品應為新鮮的，較佳不超過24小時。Coulter Manual CD4 Count套組(用於Cyto-Spheres方法)需要光學顯微鏡、計時器、及血球計且測量收集於EDTA管中之全血之CD4絕對計數(無百分比)。塗佈抗體之乳膠粒子用於結合CD4細胞，產生包圍各CD4細胞之乳膠珠粒之「花結狀物(rosette)」；該花結狀物易於藉由光學顯微術識別。單核球阻斷試劑使來自含有CD4抗原之單核球之干擾最小，因為CD4抗原可在CD4細胞計數期間被識別。
對熟習此項技術者顯而易知的是，本文所述之方法之其他合適修改及調整可在不脫離本文所述之實施例之範疇之情況下使用合適等效物進行。現已詳細描述某些實施例，藉由參考以下實例將更明確地理解本發明，該等實例係僅出於說明目的包括於此且不意欲具有限制性。CD8+ 表現之診斷測試
在一個實施例中，測試腫瘤樣品來自與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度相關之癌症，其視情況具有低或陰性PD-L1狀態及/或陰性IFNγ基因印記，癌症包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、非小細胞肺癌、頭頸癌(例如，慢性或復發性頭頸部鱗狀細胞癌)、結腸直腸癌、乳癌(例如，HER2+乳癌、HER2- (HR+)乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移形細胞癌、泌尿上皮癌)、前列腺癌(例如，閹割抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、骨肉瘤)、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、或胰腺癌。
在一個實施例中，測試腫瘤樣品來自對以查核點抑制劑(例如，以抗PD-L1療法或抗PD-1療法(例如，派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段))之單一療法有反應的癌症，其包括但不限於黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤)、肺癌(例如，非小細胞肺癌、小細胞肺癌)、頭頸癌(例如，復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌、鼻咽癌、甲狀腺癌、唾液腺癌、食道癌)、乳癌(例如，ER+/HER2-乳癌、三陰性乳癌)、卵巢癌、子宮頸癌、膀胱癌(例如，泌尿上皮癌)、腎細胞癌、胃腸癌(例如，肝細胞癌、結腸直腸癌、肛門癌)、膽道癌、多發性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，縱膈大B細胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤)、或間皮瘤，該等癌症可視情況與小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞每1 mm2 樣品(或每1 mL樣品)之CD8+ T細胞浸潤密度、低或陰性PD-L1狀態、及陰性IFNγ基因印記中之一或多者相關。
可由單獨的個體/實體在相同或單獨的位置執行以下步驟之各者：獲得樣品；製備樣品以供流動式細胞測量術；執行流動式細胞測量術；及對結果進行計分。例如，外科醫師可藉由生檢獲得癌症患者之樣品，然後將樣品送至病理學實驗室，病理學實驗室可製備流動式細胞測量術之樣品。載玻片可在製備之後立即藉由IHC分析或儲存以供進一步檢定。製備流動式細胞測量術之樣品之實驗室可進行檢定或將載玻片送至不同實驗室以進行檢定。執行流動式細胞測量術之病理學家或經培訓專業人員可效力於診斷實驗室，或可為獨立的承包者。替代地，單個診斷實驗室自受試者之醫師或外科醫師獲得樣品，然後執行涉及以下之所有步驟：製備樣品及對樣品中之CD8+進行計分或將樣品送至經培訓專業人員以供CD8+計分。
在一些實施例中，涉及製備樣品且藉由流動式細胞測量術分析樣品的個體並不知道正測試之樣品所屬受試者之身份，即，實驗室所接收之樣品在送至實驗室之前以某一方式匿名處理。例如，樣品可僅藉由數字或某一其他代碼(「樣品ID」)來鑒別，且流動式細胞測量術檢定結果被報導至要求使用該樣品ID之測試的團體。在較佳實施例中，受試者之身份與受試者組織樣品之間的聯繫僅為個體或個體之醫師已知。
在一些實施例中，在已獲得測試結果之後，診斷實驗室產生測試報告，該測試報告可包括如何解釋結果以供預測受試者是否有可能對派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段/talimogene laherparepvec組合療法有反應的指導。例如，在一個實施例中，若患者之腫瘤低於預先指定之臨限，則測試報告可指示患者具有與對以派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段/talimogene laherparepvec組合療法之治療有反應或反應較好相關的CD8+表現分數，而若CD8+表現分數為或高於預先指定之臨限，則CD8+表現分數與對以派姆單抗、派姆單抗變體、及/或其抗原結合片段/talimogene laherparepvec組合療法無反應或反應不佳相關。
在一些實施例中，測試報告為診斷實驗室所準備之書面文件，且呈紙本或經由電子郵件發送至患者或患者之醫師。在其他實施例中，測試報告係藉由電腦程式產生且顯示於醫師辦公室中之視訊監視器上。測試報告亦可包含將測試結果直接口傳至患者或患者之醫師或醫師辦公室中之授權雇員。相似地，測試報告可包含醫師在患者文件中做出的測試結果之記錄。
對熟習此項技術者顯而易知的是，本文所述之方法之其他合適修改及調整可在不脫離本文所述之實施例之範疇之情況下使用合適等效物進行。現已詳細描述某些實施例，藉由參考以下實例將更明確地理解本發明，該等實例係僅出於說明目的包括於此且不意欲具有限制性。本文所述之所有專利、專利申請案、及參考文獻出於所有目的以全文引用之方式併入。實例 實例 1. 組合 Talimogene Laherparepvec 與派姆單抗之 1b 期臨床試驗
以基期及重複治療時生檢，以測試此組合之安全性之一級目標，且為了探索其加強腫瘤之發炎狀態的能力，在具有晚期黑色素瘤之患者中設計1b期試驗(MASTERKEY-265；ClinicalTrials.gov識別符：NCT02263508)，其將腫瘤內注射talimogene laherparepvec與全身投與抗PD-1抗體派姆單抗組合。
符合條件的患者(≥18歲)具有經組織學確認、不可手術切除之IIIB-IV階段皮膚黑色素瘤、可測量的疾病(≥1個最長直徑≥10 mm之黑色素瘤病灶)、及≥1個最長直徑為≥10 mm (單獨地或聚集地)之可注射皮膚、皮下或結黑色素瘤病灶，對其進行手術係不推薦的。需要患者具有適當的體力狀態及血液學、肝、腎、及凝固功能。在以下情況下排除患者，即其患有葡萄膜/黏膜黑色素瘤；先前已以全身療法治療晚期黑色素瘤、先前接受talimogene laherparepvec或針對不可切除之IIIB-IV階段黑色素瘤的任何先前全身抗癌治療；美國東岸癌症臨床研究合作組織(Eastern Cooperative Oncology Group, ECOG)體力狀態≥2；主動性腦轉移；主動性皰疹皮膚病灶；由皰疹感染所致之先前併發症；或除間歇性局部使用之外需要全身抗皰疹治療。所有患者均提供書面知情同意書。研究過程經各地機構倫理委員會批准。 研究設計
MASTERKEY-265研究之1b期部分為開放式、多中心、單組別研究，其主要評估病灶內talimogene laherparepvec與靜脈內派姆單抗組合之安全性(圖6)。
簡言之，為了使單純皰疹病毒陰性患者發生血清轉化，在研究第1週之第1天投與病灶內talimogene laherparepvec 106 pfu/mL。在第4週及第6週之第1天以及其後每2週投與後續劑量talimogene laherparepvec 108 pfu/mL。可在各治療訪視時藉由病灶內注射投與至多4 mL (總體積) talimogene laherparepvec。向各注射病灶遞送之體積取決於病灶之直徑(Hoffner, B., Iodice, G.M.及Gasal, E. (2016). Administration and Handling of Talimogene Laherparepvec: An Intralesional Oncolytic Immunotherapy for Melanoma. Oncol Nurs Forum 43, 219-226)。每個病灶之注射體積之範圍為0.1 mL (最長直徑≤0.5 cm之病灶)至4.0 mL (最長直徑＞ 5 cm之病灶)。繼續talimogene laherparepvec投與，直至可注射病灶消失、完全反應(CR)、根據修改之免疫相關反應標準(immune-related response criteria, irRC) (Wolchok等人, 2009)之確認疾病進展(PD)、第一劑量派姆單抗之後24個月、或研究結束，不管哪一個首先發生。若發生毒性，則可將talimogene laherparepvec劑量延遲至多4週；延遲＞4週導致永久中止。
自第6週之第1天開始(即，在第三劑量talimogene laherparepvec時)每2週靜脈內投與派姆單抗(200 mg)。繼續派姆單抗治療，直至根據irRC之經確認PD、治療失耐、第一劑量派姆單抗之後24個月、或研究結束，不管哪一個首先發生。派姆單抗可根據與美國處方資訊一致之方案指定規則來扣除或中止(Kaufman, H.L., Kim, D.W., DeRaffele, G., Mitcham, J., Coffin, R.S.及Kim-Schulze, S. (2010). Local and distant immunity induced by intralesional vaccination with an oncolytic herpes virus encoding GM-CSF in patients with stage IIIc and IV melanoma. Ann Surg Oncol 17, 718-730)。若扣除派姆單抗＞12週，則永久中止派姆單抗。
一級終點為自當組合給予兩種藥劑時開始之劑量限制性毒性(DLT)之發生率。由劑量水準審查小組評估第一6名DLT可評估患者中DLT之發生率及來自所有患者之另外安全性數據。若DLT評估期間DLT之發生率為＜33%，則可宣佈該組合係可耐受的。二級終點包括如研究者根據irRC (Wolchok等人, 2009)、最佳總體反應、及AE發生率所評估之客觀反應率(ORR；CR加部分反應(PR)之比率)。
DLT定義為自開始派姆單抗治療之6週時間段期間發生之以下治療相關毒性之任一者：4級非血液學毒性；3/4級肺炎；3級非血液學毒性，持續＞3天，不管最佳支持性照護(除了3級疲勞)；3/4級非血液學實驗室值，需要醫療介入/住院或持續＞1週；3/4級發熱性嗜中性球減少症；血小板減少＜25×109/L，若與威脅生命之出血事件或需要血小板輸注之出血事件相關；任何5級毒性；或需要永久中止talimogene laherparepvec或派姆單抗之任何毒性。 研究臨床評估
記錄研究治療之最後一次劑量之後第1週至30天發生之不良事件且使用關於不良事件之通用術語標準4.0版進行分級。
研究者根據修改之irRC (Wolchok, J.D., Hoos, A., O'Day, S., Weber, J.S., Hamid, O., Lebbe, C., Maio, M., Binder, M., Bohnsack, O., Nichol, G.等人 (2009). Guidelines for the evaluation of immune therapy activity in solid tumors: immune- related response criteria. Clin Cancer Res 15, 7412-7420)評估腫瘤反應。完全反應定義為所有病灶消失；PR定義為相對於基期腫瘤面積減小≥ 50%；PD定義為相對於最低點腫瘤面積增加≥25%；且SD定義為不滿足反應之標準的任何結果或招募後經過≥77天之PD。自首次記錄反應之日期的4週內確認反應。在篩選時、第6週(起始派姆單抗之前)、第18週、及其後每12週執行腫瘤評估。使用電腦斷層攝影、正電子發射斷層攝影術、磁振成像、或超音波執行針對病灶評估之放射照相成像。以測徑器進行皮膚、皮下、及可觸知之結腫瘤病灶之臨床測量。藉由評估可測量/不可測量之新病灶以及≥4週之後之索引病灶確認PD之初始測量。若為臨床上穩定，則患者繼續治療同時等待PD之確認。 生物標記物分析流動式細胞測量術
藉由流動式細胞測量術以下列標記物CD45、CD3、CD4、CD8、及BD TruCOUNT分析T細胞子集。另外，所評估之查核點標記物包括如藉由CD3、CD4、CD8、CCR7、及CD45RA之表現定義之T細胞子集上之HLA-DR、PD-1、Tim3、BTLA、ICOS、OX40、41BB、及GITR。RNA 剖析及 IFNγ 基因印記
自固定於帶正電之載玻片上的5 μm厚福馬林固定石蠟包埋(FFPE)切片分離總RNA。首先評估腫瘤面積百分比，且刮下所有組織以用於分離或若存在＜50%腫瘤面積，則大量切開腫瘤組織以用於分離。使用Roche Diagnostics (Indianapolis, IN)之高純FFPET RNA分離套組執行RNA分離。使用50 ng RNA進行NanoString基因表現剖析，其根據製造商之說明書在NanoString Technologies (Seattle, WA)之nCounter PanCancer免疫剖析板上運行。藉由從持家基因之log10計算平均值減去各基因之log10轉型原始計數來計算NanoString檢定之正規化基因表現值。使用將正規化值與印跡內各基因之預定義加權分數比較的計算獲得干擾素γ基因印記分數。免疫組織化學
使用如先前所述之IHC(Daud, A.I., Wolchok, J.D., Robert, C., Hwu, W.J., Weber, J.S., Ribas, A., Hodi, F.S., Joshua, A.M., Kefford, R., Hersey, P., 等人(2016). Programmed Death-Ligand 1 Expression and Response to the Anti-Programmed Death 1 Antibody Pembrolizumab in Melanoma. J Clin Oncol 34, 4102-4109)、使用Dako PD-L1 22C3檢定之研究型式(Carpinteria, CA)評估腫瘤中之PD-L1表現。
對於CD8及顆粒酶B IHC分析，執行蘇木素及伊紅染色且由病理學家審查以驗證黑色素瘤之存在及將腫瘤面積定義為分析之目的區域。將抗CD8小鼠單株抗體殖株C8/144B用於CD8 IHC。將抗顆粒酶B小鼠單株抗體殖株GrB-7 (Dako)用於顆粒酶B IHC。以基於聚合物之偵測方法及紅色色素原執行免疫組織化學偵測。使用ScanScope CS或AT Turbo系統(Aperio, Vista, CA, USA)掃描載玻片，將腫瘤區域圈出，且藉由自動化影像分析評估陽性細胞密度(例如，每mm2 之CD8陽性細胞)。免疫螢光
使用MultiOmyx™技術評估可獲得之成對、治療前、及治療後生檢以使用單個載玻片染色12個生物標記物。根據公開之方法執行重複的染色循環，其使用一對直接綴合至Cy3或Cy5之抗體，接著進行成像及染料滅活(Au等人, 2016；Gerdes等人, 2013)。量化及統計分析
使用6+3試驗設計，需要六至九名DLT可評估患者以評估talimogene laherparepvec與派姆單抗組合之DLT概況，假定實際DLT發生率為11%-33%之間。招募另外的患者以評估生物標記物與反應之間的關聯。
DLT分析組包括1b期中招募之所有DLT可評估患者，其有機會進行自初始劑量派姆單抗≥6週的治療且其接受以組合形式之≥2劑量talimogene laherparepvec及2劑量派姆單抗，或其在開始組合療法之6週內經歷DLT。安全性分析組包括接受≥1劑量talimogene laherparepvec或派姆單抗的所有患者。預測生物標記物分析包括具有基期生物標記物結果的所有患者；生物標記物變化分析包括具有基期生物標記物結果及≥1後續生物標記物結果的所有患者。
計算對應的確切95%信賴區間(95% CI)之ORR及疾病控制率。使用卡本-麥爾方法估計PFS (自招募至根據修改之irRC之疾病進展或死亡的時間)及OS (自招募至死亡的時間)。
對於IHC之細胞密度或H分數結果，以單獨在注射及非注射病灶中超過基期(第1週)的基期後之log2比率之符號檢定評估與基期之變化。對於流動式細胞測量術結果，以線性混合效應模型(linear mixed effects model)在基期作為共變量之情況下針對log10比率(絕對計數或MESF)或至/與基期之差異%評估與基期之變化。對於基於免疫螢光之多參數成像，以線性混合效應模型針對密度之立方根在因素訪視及注射狀態之情況下評估對細胞密度之效應(Ribas, A. (2015). Adaptive Immune Resistance: How Cancer Protects from Immune Attack. Cancer Discov 5, 915-919)。
以在基期或給定訪視時與基期的變化下反應(CR或PR)對連續生物標記物結果之邏輯斯迴歸評估至2016年8月為止與根據研究者之未確認最佳反應之關聯。將轉型結果用於分析。單獨分析注射及非注射病灶。亦在樣品大小為小之情況下評估Kruskal-Wallis檢定。
以班傑明-哈克伯格(Benjamini-Hochberg)程序將FDR控制在5%，且藉由優先的一組終點及報導度量(Ab, MESF, %)來將流動式細胞測量術分析進行分層。 資料及軟體可用度
使用SAS 9.2版(SAS Institute, Cary, NC)進行統計分析。使用Matlab R2015a (The Mathworks Inc., Natick, MA)進行生物標記物統計分析。實例 2 ： 將 Talimogene Laherparepvec 與派姆單抗組合之安全性及耐受性
在1b期臨床試驗中，向21名具有晚期黑色素瘤、具有適於注射之皮膚病灶之患者投與腫瘤內talimogene laherparepvec及靜脈內派姆單抗。該組合一般為良好耐受的，其中疲勞、發熱、及受寒為最常見的不良事件。沒有劑量限制性毒性。一名患者患有肺炎，已知毒性為抗PD-1療法。經確認客觀反應率為62%，完全反應率為33%。對talimogene laherparepvec及派姆單抗之組合有反應的患者在talimogene laherparepvec之後腫瘤中CD8+ T細胞增加。在talimogene laherparepvec治療之後，腫瘤中多個免疫細胞子集上PD-L1增加，連同干擾素γ表現增加。對組合療法之反應與CD8+ T細胞之基期浸潤或干擾素γ印記無關。這些實驗值指示，talimogene laherparepvec之腫瘤內注射可藉由將T細胞吸引至腫瘤中來有利地改變腫瘤微環境，從而促進PD-1阻斷療法之臨床活性。
1b期試驗包括基期生檢，之後開始腫瘤內talimogene laherparepvec注射，第一注射為至多4 mL×106 個空斑形成單位(pfu)每mL，目的為誘導血清轉化及對溶瘤病毒載體之保護性免疫反應，三週後每兩週重複注射全劑量至多4 mL x106 pfu/mL talimogene laherparepvec (圖1A)。在投與第二全劑量talimogene laherparepvec之後且在與下一劑量talimogene laherparepvec同時開始每2週靜脈內給予200 mg派姆單抗之前執行第二腫瘤生檢。設計以單藥劑talimogene laherparepvec投與之導入期(run-in period)以分析talimogene laherparepvec之腫瘤內注射在開始組合療法之前改變腫瘤微環境之情況。在研究之組合療法部分期間計劃第三腫瘤生檢(圖1A及6)。臨床試驗招募21名具有晚期黑色素瘤及適於在2014年12月與2015年3月之間進行腫瘤內注射的外周病灶之患者(全部患者特徵參見表2)。在報導時追蹤患者達平均18.8個月(範圍為17.7至20.7)。
表2. 基期人口統計及臨床特徵 ECOG，美國東岸癌症臨床研究合作組織；HSV，單純皰疹病毒；LDH，乳酸脫氫酶；PD-L1，計畫性死亡配體1；ULN，正常值上限。 *藉由免疫組織化學，陽性截止為≥1% PD-L1。
在組合療法之情況下，21名患者之任一者中無新型或劑量限制性毒性。最常見的毒性為疲勞(62%)、受寒(48%)、及發熱(43%)，其以talimogene laherparepvec之腫瘤內注射預測(Andtbacka等人, 2015)。常見的派姆單抗相關不良事件為疲勞(62%)、皮疹(33%)、及關節痛(33%)，其以此藥劑預測(Ribas等人, 2016)。研究研究者認為可能組合之唯一嚴重不良事件為1級細胞介素釋放症候群(一名患者)。歸因於派姆單抗之嚴重不良事件包括3級自體免疫性肝炎、3級無菌性腦膜炎、及4級肺炎(各一名患者)。在具有治療相關無菌性腦膜炎之患者中，腦脊髓液中未偵測出單純皰疹病毒，且該患者在一個月前停止以talimogene laherparepvec及派姆單抗之療法且已經在首次呈現此不良事件時轉變成達拉菲尼及曲美替尼之療法。實例 3. 以組合之 Talimogene Laherparepvec 及派姆單抗之抗腫瘤活性
根據免疫相關反應標準(irRC) (Wolchok等人, 2009)，經確認客觀反應率為61.9% (95% CI, 38.4%-81.9%)，經確認完全反應率為33.3% (95% CI, 14.6%-57.0%) (表3)。所有黑色素瘤亞階段均發生反應(圖1B及C)。九名患者在投與talimogene laherparepvec期間，尤其是在第一亞治療劑量之後且在接受全劑量talimogene laherparepvec連同派姆單抗之前，呈現總體腫瘤大小短暫增加，但這些病灶稍後在組合療法之情況下有反應(圖1D)。在最後一次追蹤時未達到中位數無進展存活(PFS)及總體存活(OS) (圖1E及F)。組合療法導致大於50%的大小減小，經注射病灶為82%；非注射非內臟病灶為43.5%；且非注射內臟病灶為33.4% (圖6)。
表3. 最佳總體反應* *反應係由研究者根據免疫相關反應標準進行評估。† 穩定疾病之最佳總體反應需要評估招募之後不早於77天的穩定疾病。§ 反應係藉由至少4週後的後續評估來確定。實例 4. 與基期 CD8+ T 細胞浸潤、 PD-L1 狀態、及干擾素印記無關之腫瘤反應
在使癌細胞避免T細胞之細胞毒性活性的所謂適應性免疫抗性中，PD-L1係藉由腫瘤浸潤抗原特異性T細胞所產生之干擾素γ誘導(Pardoll, 2012；Ribas, 2015)。然後這些細胞藉由PD-1:PD-L1相互作用阻斷。對單藥劑PD-1阻斷療法有反應的患者具有較高的基期CD8+ T細胞浸潤密度、干擾素γ基因表現印記、及PD-L1表現(Herbst等人, 2014；Ribas等人, 2015；Tumeh等人, 2014)。針對CD8+ T細胞密度、PD-L1陽性、及干擾素γ基因印記分析本文所述之1b期臨床試驗中患者之凡士林生檢。與以單藥劑派姆單抗療法之先前經驗(Ribas等人, 2015；Tumeh等人, 2014)相反，受試者臨床試驗中之反應在基期生檢具有非常低CD8+ T細胞浸潤或具有陰性干擾素γ基因印記或具有陰性PD-L1狀態之患者中係明顯的。在十三個CD8+密度小於1,000個細胞/mm2 之生檢中，九名患者對療法有反應且四名患者具有疾病進展(圖2A)。在五個具有低干擾素γ印記之基期生檢中，三名患者具有完全反應且兩名患者具有疾病進展(圖2B)。僅有一個基期生檢計分為PD-L1陰性，但該患者對組合療法有完全反應(圖2C)。實例 5. Talimogene Laherparepvec 腫瘤內注射增加對組合療法有反應之患者中之 CD8+ T 細胞浸潤
在基期生檢具有相對低CD8+細胞密度且對干擾素γ基因印記不呈陽性的一些患者具有客觀反應時，執行以單藥劑talimogene laherparepvec之導入期以確定藉由將T細胞帶入至對療法有反應之患者之轉移性黑色素瘤病灶中talimogene laherparepvec是否改變了腫瘤微環境。實際上，將基期生檢與單獨talimogene laherparepvec之後執行之生檢比較的免疫組織化學(IHC)分析顯示十二個可用於分析的經注射病灶中八個病灶之浸潤CD8+ T細胞密度增加，該密度在組合療法時獲得之若干生檢中進一步增加(圖3A及B)。在三名對療法有反應的患者中，治療時生檢中CD8+密度下降，且一名另外患者之CD8+密度不變。所有三名無反應的患者之治療時生檢之CD8+密度均減小。總而言之，在對療法有反應的患者之經注射病灶中，CD8+密度增加最明顯(圖3B)，關係藉由邏輯斯迴歸(p=0.0048，圖8A)支持。在第6週非注射病灶中CD8+浸潤密度變化係可變的，即使在稍後對療法有反應的患者中亦是如此，但是需要說明的是，僅有三個此類生檢可用於解釋(圖3B)。發現一些生檢在治療後具有低剩餘腫瘤含量(如藉由圖3B及C之空心符號所指示)，在不意欲受科學理論束縛之情況下，這可歸因於在該部位有完全生理學反應或生檢缺少黑色素瘤沉積。具有這些腫瘤耗盡樣品之五個對應生檢中之四個顯示在第6週相較於具有此組中所包括之進展之單個患者之生檢相對高的CD8+ T細胞密度。亦針對細胞毒性顆粒組分顆粒酶B (與CD8 T細胞及NK細胞之子集相關)執行IHC，已顯示在PD-1阻斷之後的腫瘤中其增加(Tumeh等人, 2014)。亦觀察到表明talimogene laherparepvec及組合治療之後的腫瘤中顆粒酶B增加的傾向，尤其式具有低剩餘腫瘤含量之生檢(圖3C)。此外，在分析腫瘤基因表現數據時確定，在治療之後CD8+ α及干擾素γ mRNA升高，為使產生干擾素γ之細胞毒性T細胞數增加的腫瘤微環境中治療相關變化提供另外支持證據(圖3D，3E)。相較於基期，在第6週經注射病灶中CD8 α增加1.7倍(p=0.01)，且非注射病灶中為1.44倍(p=0.0012)。相似地，經注射及非注射病灶之干擾素γ增加分別為1.63 (p=0.0004)及1.41 (p=0.17)。實例 6. Talimogene Laherparepvec 注射及非經注射病灶中免疫細胞浸潤之變化之特徵
為了進一步表徵腫瘤中之變化，執行來自13名患者、在不同時間點的配對生檢子集之多工免疫螢光染色。在talimogene laherparepvec治療之後第6週觀察到腫瘤炎症之廣泛變化，包括免疫細胞浸潤增加以及在十個經注射腫瘤中八個及四個非注射腫瘤中兩個中表現PD-L1之細胞明顯增加(圖4A)。免疫浸潤包括一些患者之治療時生檢中流入大比例CD4+及CD8+ T細胞(許多共同表現PD-1)以及CD56表現細胞及CD20陽性B細胞。在表現記憶T細胞標記物CD45RO之細胞及表現調控T細胞(Treg)標記物Foxp3之細胞中亦觀察到密度增加(圖4A)。但是，效應T細胞(Teff)增加之量值相對於Treg大得多，導致talimogene laherparepvec之後腫瘤中Treg與Teff比率之總體減小(圖9)與先前報導(Kaufman等人, 2010)一致。生檢中免疫螢光分析之全集合報導於表4中，其另外顯示基於CD68染色，巨噬細胞密度增加不明顯。在第6及30週相對於基期的CD8+及PD-L1密度增加(藉由免疫螢光)之實例顯示於圖4B中。在第6及30週，共同染色S100 (藍色)及PD-L1染色(紅色)之腫瘤細胞連同顯示共同表現PD-L1之CD8 T細胞(綠色)係明顯的。在對應患者之組合療法期間取得之生檢幾乎完全由CD8+ T細胞浸潤。另外代表性影像描繪於圖10中。 表4. 第6週經注射病灶與基期病灶(第1週)之間腫瘤內的細胞子集變化。 實例 7. 以組合療法之循環 T 細胞之功能表現型變化
亦在外周血中分析免疫細胞變化，作為單藥劑及組合療法之潛在藥效學作用。在talimogene laherparepvec單藥劑療法之後，大部分患者外周血中循環CD8+及CD4+ T細胞數增加，當添加派姆單抗時不進一步增加(圖5A及B)。但是，添加派姆單抗傾向於增加循環中分裂CD8 T細胞數，如藉由Ki67+CD3+CD8+ T細胞增加所指示(圖5C)。循環CD3+ CD8+ T細胞中不同免疫查核點受體表現之分析顯示在單藥劑talimogene laherparepvec療法之情況下PD-1及TIM-3增加(圖5D及E)，而BTLA不變(圖5F)。隨時間推移沒有反應與基期細胞水準或變化之關聯通過吾等偽發現控制。實例 8. 討論
此人類首次組合免疫療法臨床試驗顯示具有晚期黑色素瘤之患者中總體及完全反應率高，其藉由腫瘤生檢之變化來介導，這在機制上與以下假設相關，即注射溶瘤病毒talimogene laherparepvec將藉由吸引T細胞來改變腫瘤微環境，該等T細胞可在後續以派姆單抗阻斷PD-1之後在遠側轉移瘤中誘導全身反應。實際上，在以單藥劑talimogene laherparepvec腫瘤內投與之研究之導入期期間，有證據表明循環CD4及CD8 T細胞全身增加以及至腫瘤中之CD8 T細胞浸潤增加。這些T細胞表現PD-1且腫瘤細胞表現PD-L1，可能限制單藥劑talimogene laherparepvec之抗腫瘤活性，其得益於阻斷PD-1導致臨床活性增加超過單獨任一療法所預期的。在較低毒性率之情況下達成增加反應之益處，大部分毒性為在使用單藥劑talimogene laherparepvec或派姆單抗之情況下的預期毒性(Andtbacka, R.H., Kaufman, H.L., Collichio, F., Amatruda, T., Senzer, N., Chesney, J., Delman, K.A., Spitler, L.E., Puzanov, I., Agarwala, S.S.等人 (2015). Talimogene Laherparepvec Improves Durable Response Rate in Patients With Advanced Melanoma. J Clin Oncol 33, 2780-2788；Ribas, A., Hamid, O., Daud, A., Hodi, F.S., Wolchok, J.D., Kefford, R., Joshua, A.M., Patnaik, A., Hwu, W.J., Weber, J.S.等人. (2016). Association of Pembrolizumab With Tumor Response and Survival Among Patients With Advanced Melanoma. JAMA 315, 1600-1609)。
以派姆單抗或納武單抗之PD-1阻斷療法引起未經歷治療的具有轉移性黑色素瘤、無先前療法的患者之大約35-40% 之客觀反應(Ribas等人, 2016；Robert, C., Long, G.V., Brady, B., Dutriaux, C., Maio, M., Mortier, L., Hassel, J.C., Rutkowski, P., McNeil, C., Kalinka-Warzocha, E.等人, (2015a). Nivolumab in previously untreated melanoma without BRAF mutation. N Engl J Med 372, 320-330；Robert, C., Schachter, J., Long, G.V., Arance, A., Grob, J.J., Mortier, L., Daud, A., Carlino, M.S., McNeil, C., Lotem, M.等人, (2015b). Pembrolizumab versus Ipilimumab in Advanced Melanoma. N Engl J Med 372, 2521-2532)。在不意欲受科學理論束縛之情況下，即使考慮到選擇具有可注射病灶之患者的需要可使此研究中患者之群體有偏斜，總體反應率62%及完全反應率33%不太可能係由於單獨投與抗PD-1療法。在以派姆單抗治療之655名患者之研究中，有34名患者僅具有皮膚及結轉移瘤(M1a階段)，且此患者組中總體反應率為38% (Ribas等人, 2016)。目前正進行進一步說明組合比單藥劑派姆單抗或talimogene laherparepvec更有效的隨機3期試驗，其將全身投與派姆單抗與病灶內注射talimogene laherparepvec或安慰劑比較(NCT 02263508)。
具有低CD8+ T細胞密度、缺乏顯著干擾素γ表現、及低PD-L1表現之基期生檢之患者不太可能對單藥劑抗PD-1療法有反應(Ribas, A., Robert, C., Hodi, F.S., Wolchok, J.D., Joshua, A.M., Hwu, W.J., Weber, J.S., Zarour, H.M., Kefford, R., Loboda, A.等人, (2015). Association of response to programmed death receptor 1 (PD-1) blockade with pembrolizumab (MK-3475) with an interferon-inflammatory immune gene signature. J Clin Oncol 33, 摘要3001；Tumeh, P.C., Harview, C.L., Yearley, J.H., Shintaku, I.P., Taylor, E.J., Robert, L., Chmielowski, B., Spasic, M., Henry, G., Ciobanu, V.等人, (2014). PD-1 blockade induces responses by inhibiting adaptive immune resistance. Nature 515, 568-571)。因此，本文所述之組合療法應增加CD8+ T細胞之腫瘤內浸潤，其可吸引足夠的具有腫瘤特異性的T細胞，從而可逆轉對PD-1阻斷療法之原發抗性(Chen, P.L., Roh, W., Reuben, A., Cooper, Z.A., Spencer, C.N., Prieto, P.A., Miller, J.P., Bassett, R.L., Gopalakrishnan, V., Wani, K.等人, (2016). Analysis of Immune Signatures in Longitudinal Tumor Samples Yields Insight into Biomarkers of Response and Mechanisms of Resistance to Immune Checkpoint Blockade. Cancer Discov 6, 827-837；Ribas, A. (2015). Adaptive Immune Resistance: How Cancer Protects from Immune Attack. Cancer Discov 5, 915-919)。本文所呈現之數據說明talimogene laherparepvec可提供此組合效應。在本文所呈現之系列中，其腫瘤具有低基期CD8+密度及低干擾素γ印記且仍對組合療法有客觀反應的患者數明顯高於以單藥劑派姆單抗之先前經驗(Ribas等人, 2015；Tumeh, P.C., Harview, C.L., Yearley, J.H., Shintaku, I.P., Taylor, E.J., Robert, L., Chmielowski, B., Spasic, M., Henry, G., Ciobanu, V.等人 (2014). PD-1 blockade induces responses by inhibiting adaptive immune resistance. Nature 515, 568-571)。
藉由在引入派姆單抗之前未注射talimogene laherparepvec之腫瘤中觀察到炎症增加提供局部投與talimogene laherparepvec促成全身抗腫瘤效應的證據。一般來說，四個第6週非注射病灶中兩個顯示增加的CD8+密度及PD-L1 (藉由免疫螢光)，且五個病灶中三個為增加的干擾素γ mRNA。
在正在進行的talimogene laherparepvec加派姆單抗組合之3期研究中評估對基期腫瘤浸潤之需要之不足，該研究目前累計有655名患者，一半接受該組合且一半在對照組中接受派姆單抗與腫瘤內安慰劑(ClinicalTrials.gov, NCT02263508)。同樣，為了進一步評估talimogene laherparepvec之全身效應，進行單獨的生物標記物研究以評估超過100名患者之基期及talimogene laherparepvec後未注射腫瘤(NCT02366195)。這將實現追蹤受試者系列中一小組未注射talimogene laherparepvec之腫瘤生檢之實驗值，其中許多實驗值顯示腫瘤炎症增加。
總之，此1期臨床試驗之高反應率及患者生檢中記錄之機制變化指示，talimogene laherparepvec及派姆單抗之組合可克服派姆單抗或talimogene laherparepvec單一療法之一些限制且提供患者中超過單獨投與talimogene laherparepvec或派姆單抗所預期的反應。實例 9. 組合 Talimogene Laherparepvec 與派姆單抗之 3 期臨床試驗
在具有先前未治療、不可切除之IIIB至IVM1c黑色素瘤之患者中進行3期試驗以評估talimogene laherparepvec與派姆單抗對安慰劑與派姆單抗之功效，如藉由無進展存活(PFS) (盲性獨立審議委員會使用修改之固態腫瘤反應評估標準1.1 (RECIST)之反應評估)及總體存活(OS)所評估(圖12)。將受試者1:1隨機分組以達成以下：(1)第1組：talimogene laherparepvec加派姆單抗；及(2)第2組：安慰劑加派姆單抗。
3期試驗之二級目標包括：(1)評估talimogene laherparepvec與派姆單抗對安慰劑與派姆單抗之功效，如藉由完全反應率、排除階段IVM1c之受試者中之OS、總體反應率、最佳總體反應、持久反應率、及疾病控制率所評估；(2)評估talimogene laherparepvec與派姆單抗對安慰劑與派姆單抗之安全性；及(3)評估3期中患者報導之結果(PRO)，如藉由歐洲癌症研究與治療組織(EORTC)生活品質核心問卷30 (QLQ-C30)全球健康狀態/生活品質(GHS/QoL)子量表所評估。
隨機化矽藉由疾病階段(較不晚期階段(IIIB、IIIC、及IVM1a)對更晚期階段(IVM1b及IVM1c))且藉由先前BRAF抑制劑療法(無先前BRAF抑制劑對有或無MEK抑制劑之BRAF抑制劑)來分層。
關鍵納入標準包括：≥ 18歲之男性或女性，組織學上確認診斷黑色素瘤及IIIB至IVM1c階段，不推薦其手術。受試者應患有可測量之疾病且為至皮膚、皮下、或結病灶中之病灶內療法投與之候選者。受試者之美國東岸癌症臨床研究合作組織(ECOG)體力狀態應為0或1，且具有適當的血液學、肝、腎、及凝固功能。受試者應未經歷治療(應從未接受任何由化療、免疫療法、或靶向療法組成之先前全身性抗癌治療)，給出非輔助性環境。具有BRAF突變腫瘤之受試者可接受以單獨或與MEK抑制劑(作為其唯一先前全身療法)組合之BRAF抑制劑之治療。
關鍵排除標準包括：無主動性腦轉移瘤及或癌性腦膜炎，受試者不應患有葡萄膜或黏膜黑色素瘤。受試者不應具有免疫缺乏狀態病史。受試者不應接受以talimogene laherparepvec、任何其他溶瘤病毒、派姆單抗、或任何其他PD-1、PD-L1、或計畫性細胞死亡配體2 (PD-L2)抑制劑之先前治療。受試者不應具有症狀性自體免疫疾病證據史。受試者不應患有主動性皰疹皮膚病灶或皰疹感染之先前併發症，且不應需要以抗皰疹藥之間歇性或長期治療。Talimogene laherparepvec/ 安慰劑治療
talimogene laherparepvec或安慰劑之第一週期為21 (+3)天。後續週期應每2週(±3)天給予，直至第9週，且其後每3週(±3)天給予。在第1週期之第1天，第一劑量talimogene laherparepvec為至多4.0 mL 106 PFU/mL或安慰劑。在初始注射之後21 (+3)天(即，不早於第22天但應不延遲多於21天時間點之後3天)應投與第二注射至多4.0 mL 108 PFU/mL。應投與talimogene laherparepvec/安慰劑直至可注射病灶消失、完全反應、iRC-RECIST記錄之經確認進行性疾病、研究治療失耐、首次talimogene laherparepvec/安慰劑日期後24個月、或研究結束，不管哪一個首先發生。治療週期間隔可由於毒性而增加。當同一天投與talimogene laherparepvec或安慰劑注射及派姆單抗時，應首先投與talimogene laherparepvec或安慰劑。派姆單抗治療
每3週(±3天)靜脈內投與200 mg劑量派姆單抗。在初始劑量之後21 (+3)天投與第二劑量派姆單抗。治療週期間隔可由於毒性而增加。當同一天投與talimogene laherparepvec及派姆單抗時，應首先投與talimogene laherparepvec。繼續派姆單抗給藥直至根據irRC-RECIST之經確認進行性疾病(PD)、治療失耐、第一劑量派姆單抗日期後24個月、或研究結束，不管哪一個首先發生。對於達到經確認完全反應(CR)、已以派姆單抗治療指數24週、且進行至少2次以派姆單抗之治療超過宣佈初始CR之日期的受試者，可視為治療中止。實例 10. 具有復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌之患者之組合 Talimogene Laherparepvec 及派姆單抗之 1b 期臨床試驗
在具有復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌(SCCHN)之患者中設計1b期試驗(MASTERKEY232；ClinicalTrials.gov識別符：NCT02626000)以達成病灶內注射talimogene laherparepvec與全身投與派姆單抗之組合療法。一級目標為評估此組合之安全性，且二級目標包括免疫相關之腫瘤反應。
符合條件的患者(18歲或年齡更大)具有經組織學確認之轉移性或復發性口腔、口咽、下嚥、或喉之SCCHN，且疾病被認為不可切除且不適於治癒性療法，且可適於病灶內注射之可測量疾病(＞ 1個最長直徑為＞ 10 mm (單獨地或聚集地)之皮膚、皮下、或結SCCHN腫瘤)。符合條件的患者在以含有鉑之療法治療之後具有疾病進展或復發。需要患者具有適當的體力狀態及血液學、腎、肝、及凝固功能。若患者具有主動性CNS轉移瘤及/或癌性腦膜炎、原發性鼻咽癌，或由於腫瘤之注射後腫脹/炎症而處於損害氣道之風險，先前接受過talimogene laherparepvec、派姆單抗、或其他抗PD-1療法，則納入該等患者。所有患者均提供書面知情同意書。研究過程經各地機構倫理委員會批准。 研究設計
此1b期部分為開放式、多中心、單組別研究，其主要評估病灶內talimogene laherparepvec與靜脈內派姆單抗組合之安全性。三十六名患者接受talimogene laherparepvec及派姆單抗，其中前16名患者用於DLT分析。
在第1週第1天投與第一劑量病灶內talimogene laherparepvec，至多8.0 mL 106 PFU/mL。該等劑量之後，每3週給予至多8.0 mL 108 PFU/mL。可在各治療訪視時藉由病灶內注射投與至多4 mL (總體積) talimogene laherparepvec。向各經注射病灶遞送之體積取決於病灶之直徑。每個病灶之注射體積之範圍為0.1 mL (最長直徑≤0.5 cm之病灶)至4.0 mL (最長直徑＞ 5 cm之病灶)。繼續talimogene laherparepvec投與，直至可注射病灶消失、完全反應(CR)、根據固態腫瘤之免疫相關反應評估標準(iRECIST)之經確認疾病進展(PD)、第一劑量派姆單抗之後24個月、或研究結束，不管哪一個首先發生。在第1週第1天(在同一天初始劑量talimogene laherparepvec之後)開始每3軸靜脈內投與派姆單抗(200 mg)。繼續派姆單抗治療，直至iCR達成、經確認iPD、治療失耐、第一劑量派姆單抗日期之後24個月、或研究結束，不管哪一個首先發生。一級終點為自當組合給予兩種藥劑時開始之劑量限制性毒性(DLT)之患者發生率。由劑量水準審查小組(DLRT)審查前16名可評估患者中DLT之發生率及另外的安全性數據。DLT評估期為自兩種研究治療之初始給藥之後6週。為了在DLT評估中經考慮，患者需要接受以組合形式之2劑量talimogene laherparepvec及2劑量派姆單抗，或在以組合形式之1劑量talimogene laherparepvec及派姆單抗之後具有DLT。二級終點包括以下：根據研究者使用irRECIST之免疫相關腫瘤反應；客觀反應率(iORR；完全反應＋部分反應)、完全反應率(iCRR)、最佳總體反應(iBOR)、反應持續時間(iDOR)、疾病控制率(iDCR)、及無進展存活(iPFS)。
1b期臨床試驗之一級分析為腫瘤反應評估，當最後招募之受試者有機會完成9週反應評估時，該評估完成。 基期人口統計及特徵
在1b期臨床試驗中，36名具有復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌之患者經投與腫瘤內talimogene laherparepvec及靜脈內派姆單抗。基期人口統計及臨床特徵列出於表5中。
表5. 基期人口統計及臨床特徵 將Talimogene Laherparepvec與派姆單抗組合之劑量限制毒性、安全性、及耐受性
1b試驗之劑量限制毒性期包括十六名患者。在這些16名患者中，觀察到一個(6.3%) DLT，5級(致命)動脈出血。此DLT率6.3%使得試驗之1b期部分中另外招募20名患者。
1b期試驗中三十六名患者接受以組合形式之至少一個劑量腫瘤內talimogene laherparepvec及至少一個劑量靜脈內派姆單抗。無非預期安全性實驗值，且不良事件與在單一talimogene laherparepvec及派姆單抗單一療法之情況下所觀察一致。5名(13.9%)患者中報導認為與talimogene laherparepvec相關之3級或更高治療緊急事件，且3名(8.3%)患者中報導與派姆單抗相關之緊急事件。在這些3級或更高治療緊急事件中，2個(5.6%)引起talimogene laherparepvec中止，且1個(2.8%)引起派姆單抗中止。研究期間報導了七例死亡，包括DLT患者(動脈出血)，認為其與talimogene laherparepvec相關，且認為零例死亡與派姆單抗相關。最常見的治療緊急事件為發燒(36.1%)、心悸(33.3%)、及疲勞(25.0%)。 以組合之Talimogene Laherparepvec及派姆單抗之抗腫瘤活性
當最後招募之受試者有機會完成9週反應評估時，觸發1b期試驗之一級分析。一級功效終點為客觀反應率(iORR)、完全反應率(iCRR)、最佳總體反應(iBOR)、反應持續時間(iDOR)、及疾病控制率(iDCR) (由研究者使用固態腫瘤之免疫相關反應評估標準[irRECIST]之反應評估)。根據irRECIST，iCR、iPR、及iPD之觀察需要在最初觀察到的響應之後不少於28天進行確認掃描，以在響應分析中予以確認。
在36名招募之患者中，28名(77.8%)患有經確認PD-L1陽性腫瘤，5名(13.9%)為HPV陽性，且13名(36.1%)為HPV陰性，其中18名(50%)未知(表6)。根據iRECIST未確認客觀反應率(完全反應及部分反應)為16.7% (95% CI, 6.4%- 32.8%)，經確認iORR為11.1% (95% CI, 3.1%-26.1%)。根據iRECIST未確認及經確認疾病控制率(完全、部分、及穩定疾病)為38.9% (95% CI, 23.1%-56.5%)。在一級分析時，長期追蹤仍在進行。
表6：最佳總體反應。
a 根據irRECIST，iCR、iPR、及iPD之觀察需要在最初觀察到的響應之後不少於28天進行確認掃描，以在響應分析中予以確認。
b 以確切95%信賴區間(CI)之二項式比例。
圖 1 描繪對talimogene laherparepvec及派姆單抗之組合之黑色素瘤研究設計及臨床反應。(A) 說明1b期研究設計綱要。星號指示排程之腫瘤生檢之時間。(B) 描繪兩名對組合療法有反應之患者之電腦斷層掃描。在基期以藍色箭頭標明黑色素瘤轉移瘤。(C) 描繪腫瘤負荷之與基期之最佳反應變化之瀑布圖。需要納入患者之基期及≥1個基期後腫瘤評估。(D) 描繪隨時間推移之腫瘤負荷變化。(E) 描繪無進展存活之卡本-麥爾(Kaplan-Meier)分析。(F) 描繪總體存活之卡本-麥爾分析。
圖 2 說明talimogene laherparepvec及派姆單抗之組合在具有低腫瘤CD8密度之患者中有效。(A) 描繪根據反應率之腫瘤生檢之基期CD8密度。長條之量值指示各患者基期生檢之基期腫瘤CD8密度，且最佳總體反應於x軸且藉由長條顏色指示。紅色：完全反應(CR)；粉色：部分反應(PR)；黑色：進行性疾病(PD)。(B) 基期PD-L1藉由IHC狀態(1%截止)且干擾素γ印記分數藉由NanoString分析顯示於各患者CD8結果下方。根據研究者之最佳總體反應經顯示至2016年8月之截止日期為止。n.a. =不可獲得結果。
圖 3 顯示回應於talimogene laherparepvec及派姆單抗之組合，talimogene laherparepvec使患者中腫瘤CD8密度增加。(A) 描繪腫瘤生檢中talimogene laherparepvec前(第1週)及後(第6週)以及talimogene laherparepvec加派姆單抗(第30週) CD8+ T細胞密度之實例：染色有具有紅色色素原之CD8抗體之細胞之可視化。對目的組織區域之染色進行量化，包括腫瘤中CD8密度，如針對talimogene laherparepvec經注射腫瘤所示。(B) 描繪CD8密度，且(C) 描繪顆粒酶B H-分數，其係針對基期及基期後生檢所示。各圖左側顯示經注射病灶之基期後結果，且各圖右側顯示非經注射病灶之結果。空心圓圈指示黑色素瘤細胞耗盡，但病理學特徵為先前已由黑色素瘤細胞浸潤諸如黑色素沉積的腫瘤生檢。針對根據研究者之最佳總體反應對反應進行顏色編碼：完全或部分反應為紅色，且無反應為藍色。(D) 描繪CD8α，且(E) 描繪干擾素γ正規化mRNA轉錄本計數，其係在NanoString Pan Cancer免疫剖析圖(NanoString Pan Cancer Immune Profiling Panel)中測量。
圖 4 顯示talimogene laherparepvec使腫瘤中腫瘤浸潤淋巴球密度及PD-L1表現增加。對來自13名患者之各者之成對talimogene laherparepvec前與talimogene laherparepvec後腫瘤生檢之單個載玻片進行十二種顏色免疫螢光染色。所評估之標記物包括S100 (作為黑色素瘤分段標記物)、CD3、CD4、CD8、PD-1、PD-L1、CTLA-4、CD45RO、Foxp3、CD56、CD68、及CD20。(A) 描繪標記物細胞陽性細胞密度之第6週與基期之變化子集，針對非注射樣品(左)及經注射樣品(右)將具有統計學顯著性之結果(PD-L1、PD-1、CD8、CD4、CD56、CD20、CD45RO、及Foxp3)分組。以水平線顯示各子集之中位數變化。針對根據研究者之最佳總體反應對反應進行顏色編碼：完全或部分反應為紅色，且無反應為藍色。(B) 顯示，S100 (藍色)、CD8 (綠色)、及PD-L1 (紅色)染色組合之實例係在低(上排)及高(下排)放大率下針對具有部分反應(第1週)之患者之基期生檢、注射talimogene laherparepvec之後第6週、及以talimogene laherparepvec及派姆單抗之組合長期治療之後第30週來顯示。NI：非經注射轉移瘤之生檢；I：經注射轉移瘤之生檢。
圖 5 描繪循環T細胞子集及活化標記物之表現。藉由流動式細胞測量術分析獲自基期、第1週、第6週、第8週、及第30週之外周血細胞。(A) 絕對CD3+/CD8+細胞之倍數變化。(B) 描繪絕對CD3+/CD4+細胞之倍數變化。(C) 描繪Ki67+ (CD3+/CD8+)細胞之百分比變化。(D) 描繪僅第1週及第6週PD-1+ (CD3+/CD8+)細胞之百分比變化，因為在開始派姆單抗之後，染色抗體競爭同一抗原決定區。(E) 描繪TIM3+ (CD3+/CD8+)細胞之百分比變化。(F) 描繪BTLA+ (CD3+/CD8+)細胞之百分比變化。與基期比較之p值顯示於各基期後訪視之數據之下，其係基於線性混合效應模型化之對比。針對根據研究者之最佳總體反應對反應進行顏色編碼：完全或部分反應為紅色，且無反應為藍色。
圖 6 研究中所招募之患者之安排及生物標記物測試之生檢可用度。
圖 7 描繪以病灶水準之腫瘤負荷變化。(A) 描繪經注射病灶反應。(B) 描繪非經注射非內臟病灶反應。(C) 描繪非經注射內臟病灶反應。
圖 8 顯示在talimogene laherparepvec投與之後，反應者之經注射病灶中CD8密度增加。單獨針對反應者及非反應者對在talimogene laherparepvec治療之後但在開始組合療法(W6)之前如藉由IHC所測量之CD8密度之與基期(BL，第1週)之變化進行繪圖。左圖顯示以倍數變化標度之經注射病灶(Inj)之變化，且右圖顯示非經注射(非Inj)病灶之變化。反應定義為CR或PR之根據研究者之最佳總體反應，且非反應定義為PD或SD。空心圓圈指示腫瘤耗盡之樣品。中位數倍數變化係以水平線指示(實線為所有樣品，虛線為僅存在腫瘤之樣品)。
圖 9 顯示talimogene laherparepvec使腫瘤中CD4 T細胞之Treg分數減小。對來自13名患者之各者之在talimogene laherparepvec前與talimogene laherparepvec後的成對腫瘤生檢之單個載玻片進行十二種顏色免疫螢光染色。所評估之標記物包括S100 (作為黑色素瘤分段標記物)、CD3、CD4、CD8、PD-1、PD-L1、CTLA-4、CD45RO、Foxp3、CD56、CD68、及CD20。針對非經注射樣品(左)及經注射樣品(右)將第6週CD4 T細胞Treg分數之與基期之變化以圖表表示。以水平線顯示各子集之中位數變化。針對根據研究者之最佳總體反應對反應進行顏色編碼：完全或部分反應為紅色，且無反應為藍色。
圖 10 描繪對療法有部分反應之患者之另外的多參數成像(MultiOmyx™平台)實例，其中(A) 描繪基期(第1週)、第6週注射talimogene laherparepvec之後、及第30週以talimogene laherparepvec及派姆單抗之組合長期治療之後的S100、CD8、及PD-L1 (0.6 mm2 及0.04 mm2 圖像面積)之組合。(B) 描繪另一患者之S100、CD3、CD4、及Foxp3染色(0.6 mm2 及0.04 mm2 影像面積)。
圖 11 描繪根據本發明之某些實施例之IFN-γ基因印記圖。
圖 12 描繪3期研究設計及治療綱要之示意圖，其中受試者以talimogene laherparepvec加派姆單抗(第1組)或安慰劑加派姆單抗(第2組)治療，直至第一劑量派姆單抗之日期後24個月或直至由於可注射病灶消失、完全反應、根據irRC-RECIST之疾病進展、或研究治療失耐(AE)而治療結束。AE，需要永久中止研究治療之不良事件；CR，完全反應；PD，進行性疾病；Rx，治療；T-VEC，talimogene laherparepvec。a 將追蹤受試者之嚴重不良事件直至最後一個劑量talimogene laherparepvec或最後一個劑量派姆單抗之後90 (+ 7)天，不管哪個較晚。b 將每12週(± 28天)執行長期追蹤，直至3期中招募到最後一名受試者之後大約60個月。

Claims (39)

  1. 一種治療受試者之腫瘤之方法，其包含： 選擇患有腫瘤之受試者，該腫瘤包含小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度； 向該受試者投與talimogene laherparepvec；且 向該受試者投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段。
  2. 如申請專利範圍第1項之方法，其中相較於選自由以下組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限，該腫瘤在投與之前表現較低水準的二、三、四、或五種干擾素γ (IFNγ)印記基因：IFNγ、信號轉導及轉錄激活蛋白1 (STAT1)、C-C趨化介素受體5型(CCR5)、趨化介素(C-X-C模體)配體9 (CXCL9)、穿孔蛋白1 (PRF1)、HLA-DRA、趨化介素(C-X-C模體)配體10 (CXCL10)、趨化介素(C-X-C模體)配體11 (CXCL11)、吲哚胺2,3-二氧酶1 (IDO1)、及顆粒酶A (GZMA)。
  3. 如申請專利範圍第1項之方法，其中在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之前，該腫瘤不表現IFNγ印記基因。
  4. 如申請專利範圍第1項之方法，其中在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之前，該腫瘤之計畫性死亡配體1 (PD-L1)狀態小於約50%。
  5. 如申請專利範圍第1項之方法，其中在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約1%。
  6. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該talimogene laherparepvec係在投與該派姆單抗或該其抗原結合片段之前向該受試者投與。
  7. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該受試者患有選自由以下組成之群組的癌症：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。
  8. 如申請專利範圍第7項之方法，其中： 該黑色素瘤為皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、或葡萄膜黑色素瘤； 該乳癌為HER2+乳癌、HER2- HR+乳癌、或三陰性乳癌； 該前列腺癌為閹割抗性前列腺癌； 該膀胱癌為移形細胞癌或泌尿上皮癌； 該頭頸癌為復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌；及/或 該肉瘤為軟組織肉瘤或骨肉瘤。
  9. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該腫瘤包含小於約1000個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度。
  10. 一種治療受試者之腫瘤之方法，該受試者對以派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段之單一療法反應不佳或無反應，該方法包含： 向該受試者投與talimogene laherparepvec；且 向該受試者投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段。
  11. 如申請專利範圍第10項之方法，其中： 在投與之前，該腫瘤包含小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度； 與選自由以下組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，該腫瘤在投與之前表現較低水準的二、三、四、或五種干擾素γ (IFNγ)印記基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA；及/或 在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約50%。
  12. 一種治療受試者之腫瘤之方法，該受試者在以派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段之的單一療法期間進展，該方法包含： 向該受試者投與talimogene laherparepvec；且 向該受試者投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段。
  13. 如申請專利範圍第12項之方法，其中： 在投與之前，該腫瘤包含小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度； 與選自由以下組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，該腫瘤在投與之前表現較低水準的二、三、四、或五種干擾素γ (IFNγ)印記基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA；及/或 在投與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約50%。
  14. 一種治療腫瘤之方法，該腫瘤具有小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 的CD8+ T細胞浸潤密度，該方法包含使該腫瘤與talimogene laherparepvec、及派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段接觸。
  15. 如申請專利範圍第14項之方法，其中該腫瘤來自患有選自由以下組成之群組的癌症的受試者：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。
  16. 如申請專利範圍第15項之方法，其中： 該黑色素瘤為皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、或葡萄膜黑色素瘤；及/或 該頭頸癌為復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌。
  17. 如申請專利範圍第14項之方法，其中與選自由以下組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，該腫瘤在接觸之前表現較低水準的二、三、四、或五種干擾素γ (IFNγ)印記基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA。
  18. 如申請專利範圍第14項之方法，其中在與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段接觸之前，該腫瘤之PD-L1小於約50%。
  19. 一種治療腫瘤之方法，與選自由IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，該腫瘤在治療之前表現較低水準的二、三、四、或五種干擾素γ (IFNγ)印記基因，該方法包含使該腫瘤與talimogene laherparepvec及派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段接觸。
  20. 如申請專利範圍第19項之方法，其中該腫瘤來自患有選自由以下組成之群組的癌症的受試者：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。
  21. 如申請專利範圍第20項之方法，其中： 該黑色素瘤為皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、或葡萄膜黑色素瘤；及/或 該頭頸癌為復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌。
  22. 如申請專利範圍第19項之方法，其中在接觸之前，該腫瘤具有小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度。
  23. 如申請專利範圍第19項之方法，其中在與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段接觸之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約50%。
  24. 一種治療腫瘤之方法，在治療之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約50%，該方法包含使該腫瘤與talimogene laherparepvec、及派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段接觸。
  25. 如申請專利範圍第24項之方法，其中該腫瘤來自患有選自由以下組成之群組的癌症的受試者：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。
  26. 如申請專利範圍第25項之方法，其中： 該黑色素瘤為皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、或葡萄膜黑色素瘤；及/或 該頭頸癌為復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌。
  27. 如申請專利範圍第24項之方法，其中在接觸之前，該腫瘤具有小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度。
  28. 如申請專利範圍第24項之方法，其中與選自由以下組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，該腫瘤在接觸之前表現較低水準的二、三、四、或五種干擾素γ (IFNγ)印記基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA。
  29. 一種治療腫瘤之方法，該腫瘤具有小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度，且與選自由IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1、及GZMA組成之群組的印記基因對照組之預先指定的臨限相比，在治療之前表現較低水準的五種或更少干擾素γ (IFNγ)印記基因，該方法包含使該腫瘤與talimogene laherparepvec、及派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段接觸。
  30. 如申請專利範圍第29項之方法，其中該腫瘤來自患有選自由以下組成之群組的癌症的受試者：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。
  31. 如申請專利範圍第30項之方法，其中： 該黑色素瘤為皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、或葡萄膜黑色素瘤；及/或 該頭頸癌為復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌。
  32. 如申請專利範圍第29項之方法，其中在與該talimogene laherparepvec、及該派姆單抗、該派姆單抗變體、或該其抗原結合片段接觸之前，該腫瘤之PD-L1狀態小於約50%。
  33. 一種治療受試者之先前派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段抗性之腫瘤之方法，該受試者隨後暴露於talimogene laherparepvec，該方法包含向該受試者投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段。
  34. 如申請專利範圍第33項之方法，其中該受試者患有選自由以下組成之群組的癌症：黑色素瘤、非小細胞肺癌、頭頸癌、結腸直腸癌、乳癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、腎細胞癌、胃癌、食道癌、肛管癌、膽道癌、及胰腺癌。
  35. 如申請專利範圍第34項之方法，其中： 該黑色素瘤為皮膚黑色素瘤、轉移性黑色素瘤、或葡萄膜黑色素瘤；及/或 該頭頸癌為復發性或轉移性頭頸部鱗狀細胞癌。
  36. 一種使受試者之對以派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段之單一療法有抗性的腫瘤對派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段敏感之方法，其包含使該腫瘤與talimogene laherparepvec接觸。
  37. 如申請專利範圍第36項之方法，其中相對於在使該腫瘤與talimogene laherparepvec接觸之前取得之該腫瘤樣品，在使該腫瘤與talimogene laherparepvec接觸之後，取自該受試者之該腫瘤樣品具有增加水準的CD8+ T細胞、CD4+ T細胞、IFNγ、CD20+ B細胞、記憶T細胞、調控T細胞、及CD56+細胞之一或任何組合。
  38. 如申請專利範圍第36項之方法，其中在與talimogene laherparepvec接觸之後，該腫瘤之CD8+ T細胞浸潤密度大於1000個細胞/mm2 。
  39. 一種治療受試者之腫瘤之方法，其包含： 選擇患有腫瘤之受試者，該腫瘤包含小於約1500、約1400、約1300、約1200、約1100、約1000、約900、約800、約700、約600、或約500個細胞/mm2 之CD8+ T細胞浸潤密度； 呈初始劑量接著一或多個二次劑量向該受試者腫瘤內投與talimogene laherparepvec；且 呈初始劑量接著一或多個二次劑量向該受試者全身投與派姆單抗、派姆單抗變體、或其抗原結合片段。
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