[go: up one dir, main page]

RU2526499C1 - НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕИТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ РОДИОЛЫ ЧЕТЫРЕХНАДРЕЗНОЙ (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.) - Google Patents

НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕИТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ РОДИОЛЫ ЧЕТЫРЕХНАДРЕЗНОЙ (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.) Download PDF

Info

Publication number
RU2526499C1
RU2526499C1 RU2013126650/10A RU2013126650A RU2526499C1 RU 2526499 C1 RU2526499 C1 RU 2526499C1 RU 2013126650/10 A RU2013126650/10 A RU 2013126650/10A RU 2013126650 A RU2013126650 A RU 2013126650A RU 2526499 C1 RU2526499 C1 RU 2526499C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
species
mey
fisch
pall
rhodiola
Prior art date
Application number
RU2013126650/10A
Other languages
English (en)
Inventor
Максим Геннадьевич Куцев
Ольга Васильевна Уварова
Татьяна Александровна Синицина
Original Assignee
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Алтайский государственный университет"
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Алтайский государственный университет" filed Critical Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Алтайский государственный университет"
Priority to RU2013126650/10A priority Critical patent/RU2526499C1/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2526499C1 publication Critical patent/RU2526499C1/ru

Links

Images

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой набор синтетических олигонуклеотидов для выявления видовой принадлежности родиолы четырехнадрезной {Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey). Набор включает видоспецифичные участки для создания прямого, обратного праймеров и разрушаемого зонда, а именно прямой праймер - CGGCAACGGATATCTCGGCT-3', обратный праймер - 5'-GGCCTCGCААССАССACTTGTC-3', разрушаемый зонд - (флуоресцентная метка)-5'-CCGTGAACCATCGAGTTTTT-3'-(гаситель). Предложенное изобретение позволяет достоверно, быстро и с высокой чувствительностью идентифицировать видовую принадлежность лекарственного растения - родиолы четырехнадрезной (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.) в ходе проведения скрининга растительного сырья. 1 ил., 1 пр.

Description

Изобретение относится к области молекулярной генетики, геносистематики и фармакогнозии. Использование набора синтетических олигонуклеотидов позволяет достоверно идентифицировать видовую принадлежность лекарственного растения - родиолы четырехнадрезной (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.). Изобретение может быть использовано для выявления видовой принадлежности данного растения; в ходе проведения скрининга растительного сырья, для контроля на соответствие состава, декларированного производителем.
Среди большого количества методов генодиагностики с целью идентификации присутствия ДНК интересующего вида растений в образце, в качестве основы нашего изобретения был принят формат ПЦР с детекцией в режиме реального времени на основе разрушаемого зонда. ПЦР в реальном времени имеет преимущество перед обычными ПЦР-системами идентификации - отсутствие необходимости последующего анализа, что минимизирует риск контаминации в лаборатории. Характерна также повышенная чувствительность и отсутствие ложноположительного результата при неспецифичном отжиге праймеров. Кроме того, следует отметить обеспеченность практически всех молекулярно-генетических диагностических лабораторий оборудованием, необходимым для проведения ПЦР с детекцией в режиме реального времени и широкое использование метода в клинической диагностике и органами госконтроля.
При проведении анализа методов детекции продукта полимеразной цепной реакции выбран метод на основе разрушаемого зонда, так как он относится к специфичным методам детекции, возможно свободное использование без нарушения авторских и смежных прав (первоначально система разрушаемого зонда предложена в 1991 году, при этом все патенты на настоящий момент закончили свое действие).
Техническим результатом заявляемого изобретения является разработка праймеров и разрушаемых зондов на основе данных видоспецифичных нуклеотидных последовательностей ядерной ДНК растений. В качестве видоспецифичных участков нами используется ITS2 фрагмент ядерной ДНК (internal transcribed spacer 2), обладающий большой копийностью в геноме [Alvarez, I. & Wendel, J.F. (2003) Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference // Mol. Phylogenet. Evol. 29, 417-434], и используемый в проектировании системы ДНК-баркодинга. В этом регионе показана высокая вариабельность и потенциальная применимость в качестве маркерного участка [Stoeckle, М. (2003) Use of DNA barcodes to identify flowering plants // Bioscience 53,2-3].
Прототип - рассмотрим идентификацию лекарственных растений с использованием фрагмента ITS2, амплифицированного специфичными праймерами [Chiou SJ, Yen JH, Fang CL, Chen HL, Lin TY Authentication of medicinal herbs using PCR-amplified ITS2 with specific primers/ZPlanta Med. 2007, Oct; 73(13): 1421-6. Epub 2007 Oct 1]. В прототипе используются специфичные наборы праймеров BEL-1/BEL-3 и BEL-2/BEL-3 для амплификации ITS2 участка рДНК 55 лекарственных растений.
Принципиальные отличия прототипа от заявленного изобретения следующие: идентифицируется лекарственное растение с нуклеотидными последовательностями специфичных праймеров отличные от заявленных. Набор синтетических олигонуклеотидов для выявления видовой принадлежности лекарственного растения - родиолы четырехнадрезной (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.), включающий проведение полимеразной цепной реакции с фрагментом ITS2 ядерной ДНК, где для идентификации данного растения используют специфичные прямой, обратный праймеры и разрушаемый зонд.
Работа над созданием праймеров строится следующим образом.
1) С помощью открытых и коммерческих баз данных нуклеотидных последовательностей различных видов растений либо в результате самостоятельного определения нуклеотидной последовательности растений выбирается участок генома, встречающийся у всех видов.
2) На основании выбранного участка генома с помощью специального программного обеспечения или вручную подбирается последовательность олигонуклеотидов, используемых для проведения ПЦР-реакции (2 праймера и зонд). На данном этапе работа заключается в создании выравнивания многих последовательностей и выборе участка последовательности, где присутствуют отличия для создания прямого, обратного праймеров и зонда. Выравнивание геномных последовательностей означает сравнение последовательностей многих видов друг с другом, поиск гомологичных для растений участков.
3) Изготовление праймеров и зонда производится на автоматических синтезаторах.
4) С помощью практических экспериментов доказывается пригодность подобранных последовательностей для конкретных целей.
Анализ нуклеотидного полиморфизма последовательности ITS2 на основании данных NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) и секвенированных de novo последовательностей видов, не размещенных в генбанке, позволяет применить данные последовательности в качестве основы для создания праймеров. Для детекции накопления продукта ПЦР в ходе реакции используют технологию с разрушаемым зондом (Holland Р М, Abramson R D, Watson R, Gelfand D H. Detection of specific polymerase chain reaction product by utilizing the 5'-3' exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA polymerase.//Proc Natl Acad Sci U S A. 1991 August 15; 88(16): 7276-7280).
В качестве флуоресцентной метки используют, например, FAM, в качестве гасителя BHQ1 (возможны другие комбинации флуорофоров и гасителей и это не является предметом охраны авторских прав).
Аналогичные наборы, реакционные смеси, праймеры для амплификации и выявления видовой принадлежности родиолы четырехнадрезной (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.) не известны.
Ход работы с применением набора синтетических олигонуклеотидов для амплификации состоит из следующих шагов.
Пример:
1) Растительный материал перед проведением ПЦР с помощью заявляемого набора проводится через процедуру пробоподготовки с использованием набора Diamont DNA kit, в соответствии с инструкцией производителя; в ходе этой процедуры из растительного материала выделяется ДНК, которую в свою очередь используют для ПЦР.
2) Полимеразную цепную реакцию проводят на амплификаторе CFX96 (Bio-Rad, USA). Амплификация проводится по следующей программе: 1 цикл: 95°С - 3 мин; 40 циклов: 95°С - 10 сек, 58°С - 30 сек (на данной стадии производится сканирование уровня флуоресценции). Инкубационная смесь конечным объемом 25 мкл содержит: 14,1 мкл Н2O; 2 мкл ДНК; 2,5 мкл 10Х буфер; 2,5 мкл 25 мМ MgCl2; по 1 мкл 10 мМ каждого праймера; 0,5 мкл зонда; 1,2 мкл 20 мМ dNTPs; 0,2 мкл Taq-полимеразы. Результат амплификации определяют по нарастанию уровня флуоресценции, рис.1.
Для выявления родиолы четырехнадрезной {Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.), в качестве прямого праймера используется последовательность ДНК со следующим нуклеотидным составом: 5'-CGGCAACGGATATCTCGGCT-3', в качестве обратного праймера используется последовательность ДНК со следующим нуклеотидным составом: 5'-GGCCTCGCAACCACCACTTGTC-3', в качестве разрушаемого зонда используется последовательность ДНК со следующим нуклеотидным составом: (флуоресцентная метка)-5'-CCGTGAACCATCGAGTTTTT-3'-(гаситель). Гаситель располагается и на 5'-конце, а флуоресцентная метка на 3'-конце разрушаемых зондов. Разработан набор синтетических олигонуклеотидов для выявления видовой принадлежности лекарственного растения - родиолы четырехнадрезной (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.) методом полимеразной цепной реакцией с детекцией в режиме реального времени. Набор обладает высокой чувствительностью и специфичностью, позволяющий быстро и достоверно провести идентификацию рассмотренного лекарственного растения.

Claims (1)

  1. Набор синтетических олигонуклеотидов для выявления видовой принадлежности родиолы четырехнадрезной {Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey), включающий проведение полимеразной цепной реакции с фрагментом ITS2 ядерной ДНК, отличающийся тем, что для выявления родиолы четырехнадрезной (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.) используют видоспецифичные участки для создания прямого, обратного праймеров и разрушаемого зонда:
    в качестве прямого праймера - последовательность ДНК со следующим нуклеотидным составом: 5'-CGGCAACGGATATCTCGGCT-3',
    в качестве обратного праймера - последовательность ДНК со следующим нуклеотидным составом: 5'-GGCCTCGCААССАССACTTGTC-3',
    в качестве разрушаемого зонда - последовательность ДНК со следующим нуклеотидным составом: (флуоресцентная метка)-5'-CCGTGAACCATCGAGTTTTT-3'-(гаситель).
RU2013126650/10A 2013-06-10 2013-06-10 НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕИТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ РОДИОЛЫ ЧЕТЫРЕХНАДРЕЗНОЙ (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.) RU2526499C1 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2013126650/10A RU2526499C1 (ru) 2013-06-10 2013-06-10 НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕИТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ РОДИОЛЫ ЧЕТЫРЕХНАДРЕЗНОЙ (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2013126650/10A RU2526499C1 (ru) 2013-06-10 2013-06-10 НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕИТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ РОДИОЛЫ ЧЕТЫРЕХНАДРЕЗНОЙ (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.)

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2526499C1 true RU2526499C1 (ru) 2014-08-20

Family

ID=51384875

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2013126650/10A RU2526499C1 (ru) 2013-06-10 2013-06-10 НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕИТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ РОДИОЛЫ ЧЕТЫРЕХНАДРЕЗНОЙ (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.)

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2526499C1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107653339A (zh) * 2017-11-21 2018-02-02 刘志伟 用于鉴定西藏浪卡子地区大花红景天的特异引物及鉴定方法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CHIOU S.J. ET AL., Authentication of medicinal herbs using PCR-amplified ITS2 with specific primers, Planta Med, 2007, v.73, no.13, p. 1421-1426. ALVAREZ I. ET Al., Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference, Mol Phylogenet Evol, 2003, v.29, no.3, p. 417-434. HOLLAND P.M. ET AL., Detection of specific polymerase chain reaction product by utilizing the 5'----3' exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA polymerase, Proc Natl Acad Sci U S A, 1991, v.88, no.16, p. 7276-7280 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107653339A (zh) * 2017-11-21 2018-02-02 刘志伟 用于鉴定西藏浪卡子地区大花红景天的特异引物及鉴定方法
CN107653339B (zh) * 2017-11-21 2021-06-22 刘志伟 用于鉴定西藏浪卡子地区大花红景天的特异引物及鉴定方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Farrington et al. Mitochondrial genome sequencing and development of genetic markers for the detection of DNA of invasive bighead and silver carp (Hypophthalmichthys nobilis and H. molitrix) in environmental water samples from the United States
KR20110106922A (ko) 단일 세포 핵산 분석
Adamek et al. Comparison of PCR methods for the detection of genetic variants of carp edema virus
US20210246499A1 (en) Detection of short homopolymeric repeats
CN107988427A (zh) 对虾肝胰腺细小病毒(hpv)的raa恒温荧光检测方法及试剂
RU2573937C1 (ru) НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ВОЛОДУШКИ МНОГОЖИЛЬЧАТОЙ (Bupleurum multinerve DC.)
CN116479093A (zh) 基于crispr荧光法的犀牛核酸快速检测方法及检测试剂盒
RU2526499C1 (ru) НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕИТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ РОДИОЛЫ ЧЕТЫРЕХНАДРЕЗНОЙ (Rhodiola quadrifida (Pall.) Fisch. et Mey.)
CN106319079B (zh) 一种检测22q11.2拷贝数缺失的方法
RU2535060C1 (ru) НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ АРАЛИИ ВЫСОКОЙ (Aralia elata (Miq.) Seem.)
CN107937617A (zh) 检测塞内加谷病毒的rt‑lamp引物组合物及其试剂盒和方法
RU2549453C2 (ru) НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ВЕРЕСКА ОБЫКНОВЕННОГО (Calluna vulgaris (L.) Hull.)
RU2535063C1 (ru) НАБОР СИНТЕТИЧЕCКИХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ СУШЕНИЦЫ БОЛОТНОЙ (Filaginella uliginosa (L.) Opiz)
RU2535064C1 (ru) НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ СВОБОДНОЯГОДНИКА КОЛЮЧЕГО, ЭЛЕУТЕРОКОККА (Eleutherococcus senticocus (Rupr. et Maxim.) Maxim.)
CN107400722B (zh) 一种检测人基因组的竞争性实时荧光pcr snp探针
RU2850918C1 (ru) СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПЛОДОВ И ИНЫХ ЧАСТЕЙ РАСТЕНИЙ ЧЕРЕДЫ ВОЛОСИСТОЙ BIDENS PILOSA L. МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ (ПЦР-РВ, qPCR)
RU2791958C1 (ru) Олигонуклеотиды для определения мутации S:N501Y SARS-CoV-2
RU2795016C1 (ru) Олигонуклеотиды для определения мутации S:delVYY143-145 SARS-CoV-2
JP6468555B2 (ja) 検出キット,及び検出方法
RU2795019C1 (ru) Олигонуклеотиды для определения мутации S:P681R SARS-CoV-2
Adane et al. A brief review on molecular diagnostic tools: principles, application and limitations
KR101437919B1 (ko) 표준시료로 인위적 염기서열을 이용하는 정량적 실시간 pcr 및 이를 이용한 미생물의 정량방법
KR102284051B1 (ko) 백미꽃 속 식물의 종 구별용 조성물
JP5150963B2 (ja) 日本産アサリ検出用プライマーセット及びアサリの産地判別方法
CN110592270A (zh) 锦鲤疱疹病毒(khv)的raa恒温荧光检测方法及试剂

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20180611