[go: up one dir, main page]

RU2018128685A - Способ in vitro выделения, амплификации и секвенирования нуклеиновых кислот инфекционных агентов, набор - Google Patents

Способ in vitro выделения, амплификации и секвенирования нуклеиновых кислот инфекционных агентов, набор Download PDF

Info

Publication number
RU2018128685A
RU2018128685A RU2018128685A RU2018128685A RU2018128685A RU 2018128685 A RU2018128685 A RU 2018128685A RU 2018128685 A RU2018128685 A RU 2018128685A RU 2018128685 A RU2018128685 A RU 2018128685A RU 2018128685 A RU2018128685 A RU 2018128685A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
exonuclease
reagents
nucleic acids
endonuclease
detergent
Prior art date
Application number
RU2018128685A
Other languages
English (en)
Inventor
Эрик КАБАНЕС
Original Assignee
Патоквест
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Патоквест filed Critical Патоквест
Priority claimed from PCT/EP2017/050251 external-priority patent/WO2017118719A1/en
Publication of RU2018128685A publication Critical patent/RU2018128685A/ru

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869Methods for sequencing
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/30Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
    • C12Q2521/301Endonuclease
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/30Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
    • C12Q2521/319Exonuclease
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/30Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
    • C12Q2521/327RNAse, e.g. RNAseH
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2535/00Reactions characterised by the assay type for determining the identity of a nucleotide base or a sequence of oligonucleotides
    • C12Q2535/122Massive parallel sequencing

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Detergent Compositions (AREA)

Claims (23)

1. Способ in vitro выделения, амплификации и секвенирования нуклеиновых кислот инфекционных агентов (возбудителей инфекции) из бесклеточной фракции биологической жидкости, включающий введение бесклеточной фракции биологической жидкости в контакте, по меньшей мере, с одним детергентом и, по меньшей мере, одним ферментом, расщепляющим нуклеиновые кислоты.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий экстракцию и секвенирование нуклеиновых кислот возбудителей инфекции.
3. Способ in vitro по п. 1 или 2, отличающийся тем, что включает стадии:
а) введения бесклеточной фракции биологической жидкости в контакт, по меньшей мере, с одним детергентом и, по меньшей мере, с одним ферментом, расщепляющим нуклеиновые кислоты,
б) экстракции нуклеиновых кислот возбудителей инфекции,
в) необязательно обратного транскрибирования геномных РНК возбудителей инфекции,
г) амплификации геномной ДНК и/или кДНК возбудителей инфекции и
д) секвенирования амплифицированной геномной ДНК и/или кДНК возбудителей инфекции.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором секвенирование нуклеиновых кислот возбудителей инфекции осуществлют методом секвенирования следующего поколения.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором возбудитель инфекции выбран из группы, включающий бактерии, грибы, вирусы, простейшие и паразиты.
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором, по меньшей мере, один детергент выбран из группы, включающей неионогенный детергент и/или цвиттерионный детергент и/или анионный детергент, предпочтительно, по меньшей мере, одним детергентом является неионогенный детергент.
7. Способ по любому из пп. 1-6, в котором, по меньшей мере, один детергент выбран из группы, включающей сапонин, Triton, NP-40, Tween и их производные.
8. Способ по любому из пп. 1-7, в котором, по меньшей мере, одним детергентом является сапонин с содержанием сапогенина от около 5% до около 50%.
9. Способ по любому из пп. 1-8, в котором, по меньшей мере, одним ферментом, расщепляющим нуклеиновые кислоты, является нуклеаза, обладающая активностью ДНКаз и/или РНКаз.
10. Способ по любому из пп. 1-9, в котором, по меньшей мере, один фермент, расщепляющий нуклеиновые кислоты, выбран из группы, включающей включающей ДНКазу Baseline-ZERO, бензоназу, ДНКазу I, ДНКазу II, эндонуклеазу III, эндонуклеазу IV, эндонуклеазу V, эндонуклеазу VIII, экзонуклеазу I, экзонуклеазу III, экзонуклеазу V, экзонуклеазу VII, экзонуклеазу VIII, экзонуклеазу Т, лямбда-экзонуклеазу, микрококковую нуклеазу, нуклеазу золотистой фасоли, нуклеазу BAL-31, нуклеазу Р1, нуклеазу S1, Т4 эндонуклеазу V, Т5 экзонуклеазу, Т7 эндонуклеазу I и Т7 экзонуклеазу.
11. Способ по любому из пп. 1-10, в котором присутствие остаточных клеток внутри фракции не влияет на доступность или обогащение возбудителя инфекции во фракции.
12. Набор, содержащий:
а) по меньшей мере, один детергент, выбранный из группы, включающей сапонин, Triton, NP-40, Tween или их производное;
б) по меньшей мере, один расщепляющий нуклеиновые кислоты фермент, выбранный из группы, включающей включающей ДНКазу Baseline-ZERO, бензоназу, ДНКазу I, ДНКазу II, эндонуклеазу III, эндонуклеазу IV, эндонуклеазу V, эндонуклеазу VIII, экзонуклеазу I, экзонуклеазу III, экзонуклеазу V, экзонуклеазу VII, экзонуклеазу VIII, экзонуклеазу Т, лямбда-экзонуклеазу, микрококковую нуклеазу, нуклеазу золотистой фасоли, нуклеазу BAL-31, нуклеазу Р1, нуклеазу S1, Т4 эндонуклеазу V, Т5 экзонуклеазу, Т7 эндонуклеазу I и Т7 экзонуклеазу;
в) необязательно, реактивы и
г) необязательно инструкции по применению в способе согласно настоящему изобретению.
13. Набор по п. 12, в котором реактивы выбраны из группы, включающей реактивы для экстракции нуклеиновых кислот, реактивы для обратной транскрипции, реактивы для амплификации нуклеиновых кислот, реактивы для очистки нуклеиновых кислот, реактивы для выбора размеров нуклеиновых кислот, реактивы для количественной оценки нуклеиновых кислот, реактивы для подготовки библиотек нуклеиновых кислот, реактивы для секвенирования библиотек нуклеиновых кислот и средства внутреннего контроля.
14. Набор по п. 12 или 13, в котором реактивы включают реактивы для экстракции нуклеиновых кислот, обратную транскриптазу, ДНК-полимеразу Vent ехо-, дНТФ, олигонуклеотидные праймеры с последовательностью, представленной любой из последовательностей SEQ ID NO: 1 или 3-13, олигонуклеотидные праймеры с последовательностью, представленной последовательностью SEQ ID NO: 2, экзонуклеазу I и/или шарики SPRI.
RU2018128685A 2016-01-08 2017-01-06 Способ in vitro выделения, амплификации и секвенирования нуклеиновых кислот инфекционных агентов, набор RU2018128685A (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662276650P 2016-01-08 2016-01-08
EP16150594 2016-01-08
US62/276,650 2016-01-08
EP16150594.6 2016-01-08
PCT/EP2017/050251 WO2017118719A1 (en) 2016-01-08 2017-01-06 Modulation of accessibility of host nucleic acids to nucleic acid digesting enzymes in a cellular biological fluids

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2018128685A true RU2018128685A (ru) 2020-02-10

Family

ID=57860820

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018128685A RU2018128685A (ru) 2016-01-08 2017-01-06 Способ in vitro выделения, амплификации и секвенирования нуклеиновых кислот инфекционных агентов, набор

Country Status (4)

Country Link
US (1) US11293049B2 (ru)
JP (1) JP2019507588A (ru)
IL (1) IL260421B (ru)
RU (1) RU2018128685A (ru)

Families Citing this family (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111662959A (zh) * 2020-07-22 2020-09-15 中国医学科学院病原生物学研究所 一种真菌高通量快速检测方法
US11280028B1 (en) 2021-02-24 2022-03-22 Agency For Science, Technology And Research (A*Star) Unbiased and simultaneous amplification method for preparing a double-stranded DNA library from a sample of more than one type of nucleic acid
US20230094433A1 (en) * 2021-09-30 2023-03-30 The Translational Genomics Research Institute Methods and kits for the detection of sars-cov-2
US11694876B2 (en) 2021-12-08 2023-07-04 Applied Materials, Inc. Apparatus and method for delivering a plurality of waveform signals during plasma processing
EP4574991A1 (fr) * 2023-12-18 2025-06-25 bioMérieux Méthode pour détecter des microorganismes viables potentiellement présents dans un échantillon de produits cellulaires
CN120888526A (zh) * 2025-10-09 2025-11-04 北京微岩医疗器械有限公司 组合酶、酶解反应试剂、试剂盒及其在高通量测序文库构建中的应用

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2002066637A2 (en) * 2000-10-31 2002-08-29 Hitachi Chemical Research Center, Inc. Method for collecting and using nuclear mrna
US8481265B2 (en) 2007-08-02 2013-07-09 Universite Laval Concentration and enrichment of microbial cells and microbial nucleic acids from bodily fluids
AU2009320335B2 (en) 2008-10-31 2015-08-20 Biomerieux, Inc. Methods for separation, characterization, and/or identification of microorganisms using mass spectrometry
AU2012314514B2 (en) * 2011-09-26 2018-03-15 Qiagen Gmbh Stabilisation and isolation of extracellular nucleic acids
FR3001464B1 (fr) 2013-01-25 2016-02-26 Biomerieux Sa Procede d'isolement specifique d'acides nucleiques d'interet
WO2015062699A1 (en) 2013-10-30 2015-05-07 Merck Patent Gmbh Method for isolating microorganisms from a complex sample
EP3719141B1 (en) 2015-04-20 2023-01-25 QIAGEN GmbH Method, lysis solution and kit for selectively depleting animal nucleic acids in a sample

Also Published As

Publication number Publication date
JP2019507588A (ja) 2019-03-22
IL260421B (en) 2022-04-01
US11293049B2 (en) 2022-04-05
US20190002958A1 (en) 2019-01-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2018128685A (ru) Способ in vitro выделения, амплификации и секвенирования нуклеиновых кислот инфекционных агентов, набор
US10870845B2 (en) Methods for capturing nucleic acids
JP6739339B2 (ja) カバーされた配列変換dnaおよび検出方法
CA2925942C (en) Detection of rare microbiological nucleic acids
NZ594155A (en) Methods for amplifying hepatitis c virus nucleic acids
JP2009268404A (ja) 木片からのマツノザイセンチュウのdna抽出方法、マツノザイセンチュウのlampプライマーセット、および木片からのマツノザイセンチュウの検出方法
CN105008534A (zh) 在核酸的提取中使用二价离子、蛋白酶、清洁剂和低pH
CN101978058A (zh) 在膜上提取和纯化核酸的方法
AU2023201805A1 (en) Blood cell lysis reagent
WO2009016652A1 (en) A buffer system and a method for direct pcr amplification
Silva et al. Comparative study of DNA extraction methodologies from goat sperm and its effects on polymerase chain reaction analysis
ATE452187T1 (de) Methode zur isolation von nukleinsäuren
US7935483B2 (en) Method of effecting lysis of acid-fast bacteria and method of performing gene amplification or detection therewith
RU2013153505A (ru) Способы, системы и композиции для детекции микробной днк при помощи пцр
US11078545B2 (en) Detection of bacterial (Mollicutes) contamination
US9611505B2 (en) Application of oligo-DT molecules to avoid generation of high molecular PCR products induced by poly-A carrier
DE602008004702D1 (de) Verfahren zur Amplifikation von Nukleinsäure
CN113444771A (zh) 适合dna或rna病毒直接扩增的裂解剂、试剂盒及其在病毒pcr检测中的应用
CN114364813A (zh) 多重等温扩增核酸序列的方法
Mo et al. Microarray analyses of differentially expressed human genes and biological processes in ECV304 cells infected with rubella virus
US10894981B2 (en) Method for fragmenting double-stranded RNA and use of the same
JP2008079576A (ja) オリゴヌクレオチドセット及びその利用
US20250122586A1 (en) Compositions and methods for the detection of h3n2 influenza variants
CN110904096B (zh) 一种利用抑制剂提取不含dna的rna方法
Sun et al. Urea-nuclease treatment of concentrated retrovirions preserves viral RNA and removes polymerase chain reaction-amplifiable cellular RNA and DNA

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20200111