RU2017128518A - Способ определения зиготности гена fad3 в каноле - Google Patents
Способ определения зиготности гена fad3 в каноле Download PDFInfo
- Publication number
- RU2017128518A RU2017128518A RU2017128518A RU2017128518A RU2017128518A RU 2017128518 A RU2017128518 A RU 2017128518A RU 2017128518 A RU2017128518 A RU 2017128518A RU 2017128518 A RU2017128518 A RU 2017128518A RU 2017128518 A RU2017128518 A RU 2017128518A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- probe
- primer
- seq
- fad
- genomic dna
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 16
- 101150115493 FAD3 gene Proteins 0.000 title 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 30
- 240000000385 Brassica napus var. napus Species 0.000 claims 5
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 3
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims 2
- 239000006096 absorbing agent Substances 0.000 claims 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Botany (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (18)
1. Способ определения зиготности растения канолы, содержащего ген fad-3c, где способ включает:
получение образца геномной ДНК из растения канолы;
гибридизацию образца геномной ДНК с первым праймером, вторым праймером, первым зондом, и вторым зондом, где первый праймер и второй праймер содержат SEQ ID NO: 2 и SEQ ID NO: 3, и первый зонд и второй зонд содержат SEQ ID NO: 5 и SEQ ID NO: 4, где каждый из упомянутого первого зонда и упомянутого второго зонда мечен флуоресцентным красителем и гасителем;
измерение флуоресценции первого зонда, второго зонда или их комбинации; и
определение зиготности растения канолы.
2. Способ по п. 1, в котором образец геномной ДНК содержит мутированную fad-3c последовательность, имеющую однонуклеотидный полиморфизм, где однонуклеотидный полиморфизм состоит из полиморфизма G->A.
3. Способ по п. 2, в котором образец геномной ДНК дополнительно содержит fad-3c последовательность дикого типа.
4. Способ по п. 1, в котором упомянутый способ применяют для верификации интрогрессии при селекции у кроссбредных растений канолы.
5. Способ по п. 1, в котором первый зонд содержит VIC в качестве флуоресцентного красителя на 5'-конце первого зонда и MGB-гаситель на 3'-конце первого зонда.
6. Способ по п. 1, в котором второй зонд помечен FAM на 5'-конце второго зонда и MGB-гасителем на 3'-конце упомянутого второго зонда.
7. Способ по п. 1, в котором измерение флуоресценции включает измерение и анализ флуоресценции непосредственно в планшет-ридере.
8. Способ по п. 1, в котором образец ДНК получают от растения канолы в поле.
9. Способ по п. 1, в котором первый зонд и второй зонд гибридизуется с образцом геномной ДНК в течение периода времени при температуре примерно 50-70ºС.
10. Способ по п. 9, дополнительно включающий повышение температуры после периода времени.
11. Способ по п. 10, в котором флуоресценция, генерируемая каждым из первого зонда и второго зонда во время стадии повышения температуры, измеряют приращениями.
12. Способ по п. 1, в котором первый зонд гибридизуется с областью fad-3c последовательности дикого типа, и второй зонд гибридизуется с областью мутированной fad-3c последовательности, имеющей однонуклеотидный полиморфизм (SNP).
13. Набор для осуществления способа по п. 1, где набор включает первый праймер, второй праймер, первый зонд и второй зонд.
14. Набор по п. 13, где первый праймер представляет собой SEQ ID NO:2, второй праймер представляет собой SEQ ID NO:3, первый зонд представляет собой SEQ ID NO:5, и второй зонд представляет собой SEQ ID NO:4.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201161550170P | 2011-10-21 | 2011-10-21 | |
| US61/550,170 | 2011-10-21 |
Related Parent Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2014120420A Division RU2630998C2 (ru) | 2011-10-21 | 2012-10-19 | Способ определения зиготности гена fad3 в каноле |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2017128518A true RU2017128518A (ru) | 2019-02-04 |
Family
ID=48136263
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2014120420A RU2630998C2 (ru) | 2011-10-21 | 2012-10-19 | Способ определения зиготности гена fad3 в каноле |
| RU2017128518A RU2017128518A (ru) | 2011-10-21 | 2012-10-19 | Способ определения зиготности гена fad3 в каноле |
Family Applications Before (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2014120420A RU2630998C2 (ru) | 2011-10-21 | 2012-10-19 | Способ определения зиготности гена fad3 в каноле |
Country Status (17)
| Country | Link |
|---|---|
| US (3) | US9663832B2 (ru) |
| EP (2) | EP2768984B1 (ru) |
| JP (1) | JP2014530624A (ru) |
| CN (1) | CN104011225A (ru) |
| AR (1) | AR088407A1 (ru) |
| AU (1) | AU2012325990B2 (ru) |
| CA (1) | CA2852934C (ru) |
| ES (1) | ES2660976T3 (ru) |
| HK (1) | HK1201076A1 (ru) |
| HU (1) | HUE037107T2 (ru) |
| IN (1) | IN2014DN03017A (ru) |
| NO (1) | NO2823060T3 (ru) |
| PL (1) | PL2768984T3 (ru) |
| PT (1) | PT2768984T (ru) |
| RU (2) | RU2630998C2 (ru) |
| UA (1) | UA114301C2 (ru) |
| WO (1) | WO2013059578A1 (ru) |
Family Cites Families (15)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
| US5176995A (en) | 1985-03-28 | 1993-01-05 | Hoffmann-La Roche Inc. | Detection of viruses by amplification and hybridization |
| US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
| US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
| ZA973565B (en) * | 1996-04-26 | 1998-10-26 | Du Pont | Soybean oil having high oxidative stability |
| ATE383433T1 (de) * | 1999-08-26 | 2008-01-15 | Calgene Llc | Pflanzen mit veränderten mehrfachungesättigten fettsäuren |
| CA2284246A1 (en) * | 1999-10-01 | 2001-04-01 | Agriculture And Agrifood Canada Of Agriculture And Agri-Food | Plant fatty acid desaturases and alleles therefor |
| US9029629B2 (en) * | 2003-02-11 | 2015-05-12 | Dow Agrosciences, Llc. | Altered FAD2 and FAD3 genes in Brassica and the molecular marker-assisted detection thereof |
| EP2136911A2 (en) | 2007-01-19 | 2009-12-30 | Biodot, Inc. | Systems and methods for high speed array printing and hybridization |
| CN101591697A (zh) | 2008-05-27 | 2009-12-02 | 北京华安佛医药研究中心有限公司 | 一种检测巯基嘌呤甲基转移酶基因a719g多态性位点基因型的试剂盒、方法和用途 |
| PL2501804T3 (pl) * | 2009-11-20 | 2016-11-30 | Rośliny Brassica zawierające zmutowane allele FAD3 | |
| CN102822344A (zh) * | 2009-12-17 | 2012-12-12 | 密苏里大学管委会 | 种子油含量相关的植物基因及其使用方法 |
| US20110151441A1 (en) * | 2009-12-18 | 2011-06-23 | Dow Agrosciences Llc | Endpoint taqman methods for determining zygosity of corn comprising tc1507 events |
| CN101818196B (zh) * | 2009-12-28 | 2012-02-08 | 华中农业大学 | 甘蓝型油菜低亚麻酸分子标记及其制备方法与应用 |
| WO2012051199A2 (en) * | 2010-10-12 | 2012-04-19 | Monsanto Technology Llc | Soybean plant and seed corresponding to transgenic event mon87712 and methods for detection thereof |
-
2012
- 2012-10-19 PT PT128416120T patent/PT2768984T/pt unknown
- 2012-10-19 HK HK15101548.8A patent/HK1201076A1/xx unknown
- 2012-10-19 JP JP2014537282A patent/JP2014530624A/ja not_active Ceased
- 2012-10-19 HU HUE12841612A patent/HUE037107T2/hu unknown
- 2012-10-19 US US13/656,270 patent/US9663832B2/en active Active
- 2012-10-19 WO PCT/US2012/061000 patent/WO2013059578A1/en not_active Ceased
- 2012-10-19 RU RU2014120420A patent/RU2630998C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2012-10-19 ES ES12841612.0T patent/ES2660976T3/es active Active
- 2012-10-19 AU AU2012325990A patent/AU2012325990B2/en active Active
- 2012-10-19 UA UAA201405393A patent/UA114301C2/uk unknown
- 2012-10-19 CN CN201280063464.6A patent/CN104011225A/zh active Pending
- 2012-10-19 CA CA2852934A patent/CA2852934C/en active Active
- 2012-10-19 EP EP12841612.0A patent/EP2768984B1/en not_active Not-in-force
- 2012-10-19 EP EP17205337.3A patent/EP3342882A1/en not_active Withdrawn
- 2012-10-19 AR ARP120103918A patent/AR088407A1/es active IP Right Grant
- 2012-10-19 IN IN3017DEN2014 patent/IN2014DN03017A/en unknown
- 2012-10-19 PL PL12841612T patent/PL2768984T3/pl unknown
- 2012-10-19 RU RU2017128518A patent/RU2017128518A/ru not_active Application Discontinuation
-
2013
- 2013-03-04 NO NO13757482A patent/NO2823060T3/no unknown
-
2017
- 2017-04-24 US US15/495,937 patent/US20170298451A1/en not_active Abandoned
-
2019
- 2019-09-17 US US16/573,484 patent/US20200140962A1/en not_active Abandoned
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP2768984A1 (en) | 2014-08-27 |
| JP2014530624A (ja) | 2014-11-20 |
| RU2014120420A (ru) | 2015-11-27 |
| EP2768984A4 (en) | 2015-07-01 |
| AU2012325990B2 (en) | 2018-04-19 |
| US9663832B2 (en) | 2017-05-30 |
| CN104011225A (zh) | 2014-08-27 |
| CA2852934C (en) | 2023-01-03 |
| PL2768984T3 (pl) | 2018-07-31 |
| IN2014DN03017A (ru) | 2015-05-08 |
| HUE037107T2 (hu) | 2018-08-28 |
| RU2630998C2 (ru) | 2017-09-15 |
| EP2768984B1 (en) | 2018-01-10 |
| NO2823060T3 (ru) | 2018-07-14 |
| ES2660976T3 (es) | 2018-03-26 |
| WO2013059578A1 (en) | 2013-04-25 |
| US20130102002A1 (en) | 2013-04-25 |
| PT2768984T (pt) | 2018-04-17 |
| US20170298451A1 (en) | 2017-10-19 |
| EP3342882A1 (en) | 2018-07-04 |
| CA2852934A1 (en) | 2013-04-25 |
| UA114301C2 (uk) | 2017-05-25 |
| HK1201076A1 (en) | 2015-08-21 |
| AU2012325990A1 (en) | 2014-04-24 |
| AR088407A1 (es) | 2014-05-28 |
| US20200140962A1 (en) | 2020-05-07 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN104046683B (zh) | 一种用于鉴别贝类两种近缘物种或鉴定其杂交后代的方法 | |
| RU2012110253A (ru) | Детекция aad-1 объекта das-40278-9 | |
| TWI527905B (zh) | 透過利用基因檢測技術與微珠微流道結合進行單核苷酸多態性檢測之方法 | |
| RU2015128103A (ru) | Способы обнаружения днк для сайт-специфической нуклеазной активности | |
| RU2012126088A (ru) | Детектирование aad-12-события 416 у сои | |
| Qiu et al. | A novel fluorescent biosensor for detection of target DNA fragment from the transgene cauliflower mosaic virus 35S promoter | |
| RU2014126423A (ru) | Высокопроизводительный анализ однонуклеотидных полиморфизмов | |
| CN103911372B (zh) | 豇豆叶绿体微卫星分子标记的多态性引物及其筛选方法、鉴定亲缘关系的方法 | |
| JP2010017127A5 (ru) | ||
| CN103451292B (zh) | 应用rpa技术对转基因水稻华恢1号品系特异性鉴定 | |
| CN102399900B (zh) | 基因多态检测方法及试剂盒 | |
| RU2017128518A (ru) | Способ определения зиготности гена fad3 в каноле | |
| Li et al. | A colorimetric RT-LAMP assay for rapid detection of soybean mosaic virus SC15 | |
| JP2005261354A (ja) | 核酸の蛍光検出法 | |
| JP5718575B2 (ja) | 特定カビ検出用マイクロアレイ、及び特定カビ検出用マイクロアレイの使用方法 | |
| CN101935694B (zh) | 检测含有筛选基因CaMV35S的转基因植物及产品的基因芯片及其应用 | |
| RU2017143585A (ru) | Способ определения зиготности гена fad-2 канолы с использованием пцр с детекцией по конечной точке | |
| Zhu et al. | A microfluidic system integrated one-step PCR and high-resolution melting analysis for rapid rice mutant detection | |
| CN102605076B (zh) | 指导华法林使用起始剂量快速基因分型的方法和试剂盒 | |
| RU2014152692A (ru) | Ген-специфический анализ на fluory2 в маисе для интрогрессии мучнистого признака (fl2) | |
| WO2008102606A1 (ja) | ゲノムdna断片の増幅または欠失の検出方法 | |
| CN102676682A (zh) | 一种应用8重pcr进行胡杨群体遗传分析和亲子鉴定的方法 | |
| NZ596987A (en) | PCR and qPCR method for detection of a Bt11 nucleic acid and a maize adh1 gene in a transgenic corn sample | |
| CN110453002B (zh) | 检测稻属细胞器基因组的方法 | |
| CN101838692B (zh) | 检测含有筛选基因Hpt的转基因植物及产品的基因芯片及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA93 | Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination) |
Effective date: 20200811 |