RU2014152883A - Способы и композиции для высокомультиплексной пцр - Google Patents
Способы и композиции для высокомультиплексной пцр Download PDFInfo
- Publication number
- RU2014152883A RU2014152883A RU2014152883A RU2014152883A RU2014152883A RU 2014152883 A RU2014152883 A RU 2014152883A RU 2014152883 A RU2014152883 A RU 2014152883A RU 2014152883 A RU2014152883 A RU 2014152883A RU 2014152883 A RU2014152883 A RU 2014152883A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- primers
- library
- target
- candidate
- test
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract 25
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 title 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title 1
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 claims abstract 15
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract 9
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract 6
- 239000000539 dimer Substances 0.000 claims abstract 5
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract 4
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 claims abstract 4
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims abstract 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims abstract 3
- 238000000137 annealing Methods 0.000 claims abstract 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 4
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 claims 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 2
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims 2
- 206010008805 Chromosomal abnormalities Diseases 0.000 claims 1
- 208000031404 Chromosome Aberrations Diseases 0.000 claims 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims 1
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 claims 1
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 claims 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 claims 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/10—Ploidy or copy number detection
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
- G16B25/20—Polymerase chain reaction [PCR]; Primer or probe design; Probe optimisation
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ амплификации целевых локусов в образце нуклеиновой кислоты, включающий:(a) приведение образца нуклеиновой кислоты, содержащего целевые локусы, в контакт с библиотекой тестовых праймеров, содержащее по меньшей мере 1000 разных тестовых праймеров, с целью получения реакционной смеси в одном реакционном объеме; при этом указанные праймеры не включают молекулярные инверсионные зонды (MIPs);(b) помещение реакционной смеси в условия реакции удлинения праймеров с целью получения амплифицированных продуктов, содержащих целевые ампликоны, при этом оновременно амплифицируют по меньшей мере 10000 разных целевых локусов; и при этом (i) менее чем 20% амплифицированных продуктов представлено димерами тестовых праймеров, (ii) по меньшей мере 80% амплифицированных продуктов представлено целевыми ампликонами, и (iii) амплифицируется по меньшей мере 80% целевых локусов; и(c) секвенирование амплифицированных продуцтов;при этом метод не включает использование микроматрицы.2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что амплифицируют по меньшей мере 5000 разных целевых локусов.3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что концентрация каждого тестового праймера составляет менее 20 нМ; и при этом продолжительность этапа отжига в условиях реакции составляет более 10 минут.4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека праймеров содержит по меньшей мере 1000 пар праймеров, при этом каждая пара праймеров включает прямой праймер и обратный праймер, которые гибридизуются с одним и тем же целевым локусом; при этом длина целевого ампликона составялет менее 100 нуклеотидов.5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что тестовые праймеры содержат 5′-область, являющуюся специфической в отношении целевого локуса, внутреннюю
Claims (18)
1. Способ амплификации целевых локусов в образце нуклеиновой кислоты, включающий:
(a) приведение образца нуклеиновой кислоты, содержащего целевые локусы, в контакт с библиотекой тестовых праймеров, содержащее по меньшей мере 1000 разных тестовых праймеров, с целью получения реакционной смеси в одном реакционном объеме; при этом указанные праймеры не включают молекулярные инверсионные зонды (MIPs);
(b) помещение реакционной смеси в условия реакции удлинения праймеров с целью получения амплифицированных продуктов, содержащих целевые ампликоны, при этом оновременно амплифицируют по меньшей мере 10000 разных целевых локусов; и при этом (i) менее чем 20% амплифицированных продуктов представлено димерами тестовых праймеров, (ii) по меньшей мере 80% амплифицированных продуктов представлено целевыми ампликонами, и (iii) амплифицируется по меньшей мере 80% целевых локусов; и
(c) секвенирование амплифицированных продуцтов;
при этом метод не включает использование микроматрицы.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что амплифицируют по меньшей мере 5000 разных целевых локусов.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что концентрация каждого тестового праймера составляет менее 20 нМ; и при этом продолжительность этапа отжига в условиях реакции составляет более 10 минут.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека праймеров содержит по меньшей мере 1000 пар праймеров, при этом каждая пара праймеров включает прямой праймер и обратный праймер, которые гибридизуются с одним и тем же целевым локусом; при этом длина целевого ампликона составялет менее 100 нуклеотидов.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что тестовые праймеры содержат 5′-область, являющуюся специфической в отношении целевого локуса, внутреннюю область, не являющуюся специфической в отношении целевого локуса и образующую петлевую структуру, и 3′-область, являющуюся специфической в отношении того же целевого локуса.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что тестовые праймеры выбирают из библиотеки кандидатных праймеров по меньшей мере отчасти на основании способности указанных кандидатных праймеров образовывать димеры праймеров.
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что образец содержит материнскую ДНК от беременной матери плода и плодную ДНК; при этом способ включает определение присутствия или отсутствия хромосомных аномалий плода на основе данных секвенирования.
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанные целевые локусы представлены в геноме человека, или что указанные целевые локусы содержат однонуклеотидные полиморфизмы человека.
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что образец нуклеиновой кислоты содержит ДНК опухоли, трансплантата или плода.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что образец нуклеиновой кислоты содержит ДНК из одной клетки.
11. Библиотека тестовых праймеров, содержащая по меньшей мере 1000 разных тестовых праймеров в одном реакционном объеме, которые способны одновременно амплифицировать путем полимеразной цепной реакции (ПЦР) по меньшей мере 1000 разных целевых локусов с уцелью получения амплифицированных продуктов, включающих целевые ампликоны, при этом (i) менее чем 20% амплифицированных продуктов представлено димерами тестовых праймеров, (ii) по меньшей мере 80% амплифицированных продуктов представлено целевыми ампликонами, и (iii) амплифицируется по меньшей мере 80% целевых локусов; при этом библиотека не включает использование микроматрицы.
12. Библиотека по п. 11, отличающаяся тем, что диапазон содержания гунанин-цтозина (GC) среди различных тестовых праймеров из библитеки составляет менее чем 30%, при этом диапазон темератур плавления среди различных тестовых праймеров из библитеки составляет менее чем 20°C, и при этом диапазон длин среди различных целевых ампликонов составляет менее чем 50 нуклеотидов.
13. Библиотека по п. 11, отличающаяся тем, что указанная библиотека тестовых праймеров выбрана из библиотеки кандидатных праймеров с использованием способа по п. 14.
14. Способ выбора тестовых праймеров из библиотеки кандидатных праймеров, включающий:
(a) вычисление на компьютере балла нежелательности для по меньшей мере 90% возможных комбинаций двух кандидатных праймеров из библиотеки, при этом каждый балл нежелательности основан по меньшей мере отчасти на вероятности образования димеров между двумя кандидатными праймерами;
(b) удаление из библиотеки кандидатных праймеров кандидатного праймера, который входит в состав наибольшего числа комбинаций двух кандидатных праймеров с баллом нежелательности выше первого минимального порога;
(c) в том случае, если кандидатный праймер, удаленный на этапе (b) представляет собой член пары праймеров, удаление другого члена указанной пары праймеров из библиотеки кандидатных праймеров; и
(d) необязательно повторение этапов (b) и (с), что обеспечивает отбор библиотеки тестовых праймеров.
15. Способ по п. 14, дополнительно включающий:
(i) дальнейшее снижение количества кандидатных праймеров, остающихся в библиотеке, путем снижения первого минимального порога, используемого на этапе (b) до более низкого второго минимального порога и повторение этапов (b) и (с) до тех пор, пока все баллы нежелательности для комбинаций кандидатных праймеров, остающихся в библиотеке, не сравняются со вторым минимальным порогом или не опустятся ниже второго минимального порога, или до тех пор, пока количество кандидатных праймеров, остающихся в библиотеке, не снизится до требуемого количества.
(ii) повышение количества кандидатных праймеров, остающихся в библиотеке, путем повышения первого минимального порога, используемого на этапе (b) до более высокого второго минимального порога и повторение этапов (b) и (с) до тех пор, пока все баллы нежелательности для комбинаций кандидатных праймеров, остающихся в библиотеке, не сравняются со вторым минимальным порогом или не опустятся ниже второго минимального порога, или до тех пор, пока количество кандидатных праймеров, остающихся в библиотеке, не снизится до требуемого количества.
16. Способ по п. 14, дополнительно включающий, до этапа (b), удаление из библиотеки пары праймеров, дающих целевой ампликон, который перекрывается с целевым ампликоном, получаемым с помощью другой пары праймеров.
17. Способ по п. 14, отличающийся тем, что баллы нежелательности основаны по меньшей мере отчасти на одном или нескольких параметрах, выбранных из группы, состоящей из степени гетерозиготности целевого локуса, распространенности заболевания, связанной с полиморфизмом или мутацией в целевом локусе, пенетрантности заболевания, связанной с полиморфизмом или мутацией в целевом локусе, специфичности кандидатного праймера в отношении целевого локуса, размера кандидатного праймера, температуры плавления целевого ампликона, содержания GC в целевом ампликоне, эффективности амплификации целевого ампликона и размера целевого ампликона.
18. Способ по п. 14, включающий выбор библиотеки по меньшей мере из 1000 различных тестовых праймеров и использование по меньшей мере 1000 из выбранных тестовых праймеров, одновременно амплифицирующих по меньшей мере 1000 различных целевых локусов.
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201261675020P | 2012-07-24 | 2012-07-24 | |
| US61/675,020 | 2012-07-24 | ||
| US13/683,604 US20130123120A1 (en) | 2010-05-18 | 2012-11-21 | Highly Multiplex PCR Methods and Compositions |
| PCT/US2012/066339 WO2014018080A1 (en) | 2012-07-24 | 2012-11-21 | Highly multiplex pcr methods and compositions |
| US13/683,604 | 2012-11-21 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2014152883A true RU2014152883A (ru) | 2016-09-10 |
| RU2650790C2 RU2650790C2 (ru) | 2018-04-17 |
Family
ID=49997695
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2014152883A RU2650790C2 (ru) | 2012-07-24 | 2012-11-21 | Способы и композиции для высокомультиплексной пцр |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (11) | JP6392222B2 (ru) |
| KR (1) | KR101890466B1 (ru) |
| CN (1) | CN104685064A (ru) |
| AU (1) | AU2012385961B9 (ru) |
| CA (1) | CA2877493C (ru) |
| HK (1) | HK1211058A1 (ru) |
| IL (1) | IL236435A0 (ru) |
| RU (1) | RU2650790C2 (ru) |
| SG (1) | SG11201408813VA (ru) |
| WO (1) | WO2014018080A1 (ru) |
Families Citing this family (73)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US11111544B2 (en) | 2005-07-29 | 2021-09-07 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
| US11111543B2 (en) | 2005-07-29 | 2021-09-07 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
| US9424392B2 (en) | 2005-11-26 | 2016-08-23 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data from target individuals using genetic data from genetically related individuals |
| US10083273B2 (en) | 2005-07-29 | 2018-09-25 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
| US10081839B2 (en) | 2005-07-29 | 2018-09-25 | Natera, Inc | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
| CA3116156C (en) | 2008-08-04 | 2023-08-08 | Natera, Inc. | Methods for allele calling and ploidy calling |
| CA2774252C (en) | 2009-09-30 | 2020-04-14 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| US11332793B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-17 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
| US12221653B2 (en) | 2010-05-18 | 2025-02-11 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
| US20190010543A1 (en) | 2010-05-18 | 2019-01-10 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
| US10316362B2 (en) | 2010-05-18 | 2019-06-11 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
| EP2854057B1 (en) | 2010-05-18 | 2018-03-07 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive pre-natal ploidy calling |
| US11408031B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-08-09 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal paternity testing |
| US11322224B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-03 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| US9677118B2 (en) | 2014-04-21 | 2017-06-13 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
| US11939634B2 (en) | 2010-05-18 | 2024-03-26 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
| US11332785B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-17 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| US12152275B2 (en) | 2010-05-18 | 2024-11-26 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| US11339429B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-24 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| US11326208B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-10 | Natera, Inc. | Methods for nested PCR amplification of cell-free DNA |
| BR112013016193B1 (pt) | 2010-12-22 | 2019-10-22 | Natera Inc | método ex vivo para determinar se um suposto pai é o pai biológico de um feto que está em gestação em uma gestante e relatório |
| CA2824387C (en) | 2011-02-09 | 2019-09-24 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| CN103717751A (zh) | 2011-05-19 | 2014-04-09 | 塞昆纳姆股份有限公司 | 用于多重核酸鉴定的产品和方法 |
| AU2012385961B9 (en) * | 2012-07-24 | 2017-05-18 | Natera, Inc. | Highly multiplex PCR methods and compositions |
| US20140100126A1 (en) | 2012-08-17 | 2014-04-10 | Natera, Inc. | Method for Non-Invasive Prenatal Testing Using Parental Mosaicism Data |
| WO2015048535A1 (en) | 2013-09-27 | 2015-04-02 | Natera, Inc. | Prenatal diagnostic resting standards |
| US10577655B2 (en) | 2013-09-27 | 2020-03-03 | Natera, Inc. | Cell free DNA diagnostic testing standards |
| US10262755B2 (en) | 2014-04-21 | 2019-04-16 | Natera, Inc. | Detecting cancer mutations and aneuploidy in chromosomal segments |
| WO2015164432A1 (en) * | 2014-04-21 | 2015-10-29 | Natera, Inc. | Detecting mutations and ploidy in chromosomal segments |
| US12492429B2 (en) | 2014-04-21 | 2025-12-09 | Natera, Inc. | Detecting mutations and ploidy in chromosomal segments |
| AU2015249846B2 (en) | 2014-04-21 | 2021-07-22 | Natera, Inc. | Detecting mutations and ploidy in chromosomal segments |
| US20180173845A1 (en) | 2014-06-05 | 2018-06-21 | Natera, Inc. | Systems and Methods for Detection of Aneuploidy |
| KR102598819B1 (ko) | 2014-06-23 | 2023-11-03 | 더 제너럴 하스피탈 코포레이션 | 서열결정에 의해 평가된 DSB의 게놈 전체에 걸친 비편향된 확인 (GUIDE-Seq) |
| DK3591070T3 (da) * | 2014-11-28 | 2023-01-30 | Uniqure Ip Bv | DNA-forureninger i en sammensætning omfattende en parvovirusvirion |
| US20170349926A1 (en) * | 2014-12-22 | 2017-12-07 | DNAe Group Holdings LTD. | Bubble primers |
| WO2016172571A1 (en) * | 2015-04-24 | 2016-10-27 | Agena Bioscience, Inc. | Multiplexed method for the identification and quantitation of minor alleles and polymorphisms |
| EP4428863A3 (en) * | 2015-05-11 | 2024-12-11 | Natera, Inc. | Methods and compositions for determining ploidy |
| GB2539675B (en) * | 2015-06-23 | 2017-11-22 | Cs Genetics Ltd | Libraries of multimeric barcoding reagents and kits thereof for labelling nucleic acids for sequencing |
| CA3000816A1 (en) | 2015-09-11 | 2017-03-16 | The General Hospital Corporation | Full interrogation of nuclease dsbs and sequencing (find-seq) |
| JP6837073B2 (ja) * | 2016-02-25 | 2021-03-03 | エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲーＦ． Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ Ｒｏｃｈｅ Ａｋｔｉｅｎｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ | プライマー伸長中のプライマー−プライマー相互作用の排除 |
| RU2760913C2 (ru) * | 2016-04-15 | 2021-12-01 | Натера, Инк. | Способы выявления рака легкого |
| CA3029833A1 (en) * | 2016-07-29 | 2018-02-01 | The Regents Of The University Of California | Adeno-associated virus virions with variant capsid and methods of use thereof |
| CN109790587B (zh) * | 2016-09-30 | 2023-06-13 | 富士胶片株式会社 | 从100pg以下的人类基因组DNA判别其来源的方法、识别个人的方法及分析造血干细胞的植活程度的方法 |
| US11485996B2 (en) | 2016-10-04 | 2022-11-01 | Natera, Inc. | Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing |
| GB201618485D0 (en) | 2016-11-02 | 2016-12-14 | Ucl Business Plc | Method of detecting tumour recurrence |
| US10011870B2 (en) | 2016-12-07 | 2018-07-03 | Natera, Inc. | Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules |
| US10894976B2 (en) | 2017-02-21 | 2021-01-19 | Natera, Inc. | Compositions, methods, and kits for isolating nucleic acids |
| US20210079470A1 (en) * | 2017-07-07 | 2021-03-18 | Chan Zuckerberg Biohub, Inc. | Noninvasive prenatal diagnosis of single-gene disorders using droplet digital pcr |
| KR101977976B1 (ko) * | 2017-08-10 | 2019-05-14 | 주식회사 엔젠바이오 | 앰플리콘 기반 차세대 염기서열 분석기법에서 프라이머 서열을 제거하여 분석의 정확도를 높이는 방법 |
| WO2019040650A1 (en) | 2017-08-23 | 2019-02-28 | The General Hospital Corporation | GENETICALLY MODIFIED CRISPR-CAS9 NUCLEASES HAVING MODIFIED PAM SPECIFICITY |
| WO2019075197A1 (en) * | 2017-10-11 | 2019-04-18 | The General Hospital Corporation | METHODS OF DETECTION OF INDIVIDUAL SITE-SPECIFIC PARASITE GENOMIC DEAMINATION BY BASE EDITING TECHNOLOGIES |
| WO2019118926A1 (en) | 2017-12-14 | 2019-06-20 | Tai Diagnostics, Inc. | Assessing graft suitability for transplantation |
| EP4671380A2 (en) * | 2018-01-12 | 2025-12-31 | Natera, Inc. | NEW PRIMS AND THEIR USES |
| US12398389B2 (en) | 2018-02-15 | 2025-08-26 | Natera, Inc. | Methods for isolating nucleic acids with size selection |
| CN108334745B (zh) * | 2018-03-19 | 2022-02-08 | 青岛理工大学 | 一种聚合酶链反应过程非线性混杂系统建模方法 |
| EP3781714B1 (en) | 2018-04-14 | 2026-01-07 | Natera, Inc. | Methods for cancer detection and monitoring by means of personalized detection of circulating tumor dna |
| JP7460539B2 (ja) | 2018-04-17 | 2024-04-02 | ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション | 核酸を結合、修飾、および切断する物質の基質選択性および部位のためのｉｎ ｖｉｔｒｏでの高感度アッセイ |
| US12234509B2 (en) | 2018-07-03 | 2025-02-25 | Natera, Inc. | Methods for detection of donor-derived cell-free DNA |
| CA3107376A1 (en) * | 2018-08-08 | 2020-02-13 | Inivata Ltd. | Method of sequencing using variable replicate multiplex pcr |
| WO2020142631A2 (en) * | 2019-01-04 | 2020-07-09 | William Marsh Rice University | Quantitative amplicon sequencing for multiplexed copy number variation detection and allele ratio quantitation |
| EP3980559A1 (en) | 2019-06-06 | 2022-04-13 | Natera, Inc. | Methods for detecting immune cell dna and monitoring immune system |
| CN112080558B (zh) * | 2019-06-13 | 2024-03-12 | 杭州贝瑞和康基因诊断技术有限公司 | 同时检测hba1/2和hbb基因突变的试剂盒和方法 |
| WO2021016402A1 (en) * | 2019-07-22 | 2021-01-28 | Mission Bio, Inc. | Using machine learning to optimize assays for single cell targeted dna sequencing |
| CN114829624A (zh) * | 2019-12-16 | 2022-07-29 | 安捷伦科技有限公司 | 基因组瘢痕测定和相关方法 |
| JP7320468B2 (ja) | 2020-03-10 | 2023-08-03 | Ntn株式会社 | 操舵機能付ハブユニットおよびこれを備えた車両 |
| WO2021261928A1 (ko) * | 2020-06-23 | 2021-12-30 | (주)하임바이오텍 | 순차적 중합효소 연쇄 반응용 조성물 및 이를 이용한 유전자 증폭 방법 |
| CN113979895B (zh) * | 2020-07-08 | 2023-03-24 | 中国科学技术大学 | 一种精确序列可控的自降解聚合物及其制备方法和应用 |
| US20240395358A1 (en) * | 2020-10-08 | 2024-11-28 | Claret Bioscience, Llc | Methods and compositions for analyzing nucleic acid |
| EP4292825A4 (en) | 2021-03-18 | 2025-02-26 | Canon Kabushiki Kaisha | Liquid injection method, liquid injection device, and liquid cartridge |
| CN115261450B (zh) * | 2021-04-30 | 2025-09-26 | 深圳中农京跃生物技术有限公司 | 同时进行前景dna分子标记和背景dna分子标记检测的方法及其应用 |
| EP4396378A1 (en) | 2021-09-01 | 2024-07-10 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal testing |
| CN117116359A (zh) * | 2023-08-07 | 2023-11-24 | 天津大学 | Dna存储中基于最大后验概率的鲁棒多序列重建方法 |
| CN119479773B (zh) * | 2024-11-07 | 2025-09-19 | 苏州棕榈泉生物科技有限公司 | 基于引物解聚合算法的超高灵敏度多重采样的评估与优化方法 |
Family Cites Families (47)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US300235A (en) | 1884-06-10 | Chaeles b | ||
| US6479235B1 (en) * | 1994-09-30 | 2002-11-12 | Promega Corporation | Multiplex amplification of short tandem repeat loci |
| US6251604B1 (en) * | 1999-08-13 | 2001-06-26 | Genopsys, Inc. | Random mutagenesis and amplification of nucleic acid |
| DE60136166D1 (de) | 2000-02-07 | 2008-11-27 | Illumina Inc | Nukleinsäure-nachweisverfahren mit universellem priming |
| US7582420B2 (en) | 2001-07-12 | 2009-09-01 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
| CA2409774A1 (en) * | 2000-05-23 | 2001-11-29 | Variagenics, Inc. | Methods for genetic analysis of dna to detect sequence variances |
| US6977162B2 (en) | 2002-03-01 | 2005-12-20 | Ravgen, Inc. | Rapid analysis of variations in a genome |
| JP4480715B2 (ja) | 2003-01-29 | 2010-06-16 | ４５４ コーポレーション | 二重末端シーケンシング |
| AU2003229256A1 (en) | 2003-05-09 | 2004-11-26 | Capital Biochip Company, Ltd. | Methods and compositions for optimizing multiplex pcr primers |
| EP1706488B1 (en) * | 2004-01-12 | 2013-07-24 | Roche NimbleGen, Inc. | Method of performing pcr amplification on a microarray |
| US7618777B2 (en) * | 2005-03-16 | 2009-11-17 | Agilent Technologies, Inc. | Composition and method for array hybridization |
| US8532930B2 (en) | 2005-11-26 | 2013-09-10 | Natera, Inc. | Method for determining the number of copies of a chromosome in the genome of a target individual using genetic data from genetically related individuals |
| US8515679B2 (en) | 2005-12-06 | 2013-08-20 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
| PL2385143T3 (pl) | 2006-02-02 | 2017-02-28 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Nieinwazyjne genetyczne badania przesiewowe płodu metodą analizy cyfrowej |
| JP2007209281A (ja) * | 2006-02-10 | 2007-08-23 | Japan Health Science Foundation | 種特異的プライマーを用いる動物種検出方法および種検出プライマー |
| US20070231823A1 (en) * | 2006-03-23 | 2007-10-04 | Mckernan Kevin J | Directed enrichment of genomic DNA for high-throughput sequencing |
| JP2008125471A (ja) | 2006-11-22 | 2008-06-05 | Olympus Corp | マルチプレックスな核酸増幅方法 |
| EA015913B1 (ru) * | 2007-01-17 | 2011-12-30 | Учреждение Российской Академии Наук Институт Молекулярной Биологии Им. В.А. Энгельгардта Ран (Имб Ран) | Способ генетической идентификации личности на основе анализа однонуклеотидного полиморфизма генома человека с использованием олигонуклеотидного биологического микрочипа (биочипа) |
| WO2008093098A2 (en) * | 2007-02-02 | 2008-08-07 | Illumina Cambridge Limited | Methods for indexing samples and sequencing multiple nucleotide templates |
| US20090023190A1 (en) | 2007-06-20 | 2009-01-22 | Kai Qin Lao | Sequence amplification with loopable primers |
| WO2009032779A2 (en) * | 2007-08-29 | 2009-03-12 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for the size-specific seperation of nucleic acid from a sample |
| WO2009036525A2 (en) * | 2007-09-21 | 2009-03-26 | Katholieke Universiteit Leuven | Tools and methods for genetic tests using next generation sequencing |
| FR2925480B1 (fr) | 2007-12-21 | 2011-07-01 | Gervais Danone Sa | Procede d'enrichissement d'une eau en oxygene par voie electrolytique, eau ou boisson enrichie en oxygene et utilisations |
| US20110033862A1 (en) | 2008-02-19 | 2011-02-10 | Gene Security Network, Inc. | Methods for cell genotyping |
| US20110092763A1 (en) | 2008-05-27 | 2011-04-21 | Gene Security Network, Inc. | Methods for Embryo Characterization and Comparison |
| CA3116156C (en) | 2008-08-04 | 2023-08-08 | Natera, Inc. | Methods for allele calling and ploidy calling |
| SI2334812T1 (sl) | 2008-09-20 | 2017-05-31 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Office of the General Counsel Building 170 | Neinvazivna diagnoza fetalne anevploidije s sekvenciranjem |
| CA3018687C (en) * | 2009-04-02 | 2021-07-13 | Fluidigm Corporation | Multi-primer amplification method for barcoding of target nucleic acids |
| CA2774252C (en) | 2009-09-30 | 2020-04-14 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| US8703652B2 (en) * | 2009-11-06 | 2014-04-22 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Non-invasive diagnosis of graft rejection in organ transplant patients |
| EP2513341B1 (en) * | 2010-01-19 | 2017-04-12 | Verinata Health, Inc | Identification of polymorphic sequences in mixtures of genomic dna by whole genome sequencing |
| US20110312503A1 (en) | 2010-01-23 | 2011-12-22 | Artemis Health, Inc. | Methods of fetal abnormality detection |
| US8574832B2 (en) * | 2010-02-03 | 2013-11-05 | Massachusetts Institute Of Technology | Methods for preparing sequencing libraries |
| PL2558854T3 (pl) * | 2010-04-16 | 2019-04-30 | Chronix Biomedical | Biomarkery będące krążącymi kwasami nukleinowymi związanymi z rakiem piersi |
| WO2013052557A2 (en) | 2011-10-03 | 2013-04-11 | Natera, Inc. | Methods for preimplantation genetic diagnosis by sequencing |
| EP2854057B1 (en) | 2010-05-18 | 2018-03-07 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive pre-natal ploidy calling |
| WO2011146942A1 (en) * | 2010-05-21 | 2011-11-24 | The Translational Genomics Research Institute | Methods and kits to analyze microrna by nucleic acid sequencing |
| PL2576837T3 (pl) * | 2010-06-04 | 2018-04-30 | Chronix Biomedical | Krążeniowe biomarkery typu kwasu nukleinowego związane z rakiem prostaty |
| JP5449060B2 (ja) * | 2010-06-30 | 2014-03-19 | 三菱重工業株式会社 | 風力発電装置 |
| EP2426217A1 (en) * | 2010-09-03 | 2012-03-07 | Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Analytical methods for cell free nucleic acids and applications |
| EP2649199A2 (en) | 2010-12-07 | 2013-10-16 | Stanford University | Non-invasive determination of fetal inheritance of parental haplotypes at the genome-wide scale |
| EP3564392B1 (en) * | 2010-12-17 | 2021-11-24 | Life Technologies Corporation | Methods for nucleic acid amplification |
| BR112013016193B1 (pt) * | 2010-12-22 | 2019-10-22 | Natera Inc | método ex vivo para determinar se um suposto pai é o pai biológico de um feto que está em gestação em uma gestante e relatório |
| AU2011352070A1 (en) | 2010-12-30 | 2013-07-18 | Foundation Medicine, Inc. | Optimization of multigene analysis of tumor samples |
| WO2012103031A2 (en) | 2011-01-25 | 2012-08-02 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities |
| CA2824387C (en) | 2011-02-09 | 2019-09-24 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| AU2012385961B9 (en) * | 2012-07-24 | 2017-05-18 | Natera, Inc. | Highly multiplex PCR methods and compositions |
-
2012
- 2012-11-21 AU AU2012385961A patent/AU2012385961B9/en active Active
- 2012-11-21 CA CA2877493A patent/CA2877493C/en active Active
- 2012-11-21 WO PCT/US2012/066339 patent/WO2014018080A1/en not_active Ceased
- 2012-11-21 KR KR1020157004509A patent/KR101890466B1/ko active Active
- 2012-11-21 CN CN201280075224.8A patent/CN104685064A/zh active Pending
- 2012-11-21 HK HK15111834.0A patent/HK1211058A1/xx unknown
- 2012-11-21 JP JP2015524243A patent/JP6392222B2/ja active Active
- 2012-11-21 SG SG11201408813VA patent/SG11201408813VA/en unknown
- 2012-11-21 RU RU2014152883A patent/RU2650790C2/ru active
-
2014
- 2014-12-24 IL IL236435A patent/IL236435A0/en unknown
-
2018
- 2018-08-16 JP JP2018153048A patent/JP6916153B2/ja active Active
-
2020
- 2020-01-16 JP JP2020005470A patent/JP6997813B2/ja active Active
- 2020-01-16 JP JP2020005493A patent/JP6997814B2/ja active Active
- 2020-01-16 JP JP2020005462A patent/JP7027468B2/ja active Active
- 2020-01-16 JP JP2020005502A patent/JP6997815B2/ja active Active
-
2021
- 2021-12-17 JP JP2021204905A patent/JP7343563B2/ja active Active
- 2021-12-17 JP JP2021205050A patent/JP7503043B2/ja active Active
- 2021-12-17 JP JP2021204979A patent/JP7510913B2/ja active Active
-
2022
- 2022-02-14 JP JP2022020146A patent/JP7348330B2/ja active Active
-
2024
- 2024-06-07 JP JP2024093017A patent/JP2024113133A/ja active Pending
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2014152883A (ru) | Способы и композиции для высокомультиплексной пцр | |
| US11214798B2 (en) | Methods and compositions for rapid nucleic acid library preparation | |
| AU2018214075B2 (en) | Systems and methods for prenatal genetic analysis | |
| JP7514263B2 (ja) | 試料核酸にアダプターを付着する方法 | |
| JP2020182453A5 (ru) | ||
| US10100351B2 (en) | High-throughput sequencing detection method for methylated CpG islands | |
| RU2019142713A (ru) | Мультиплексная амплификация нуклеиновых кислот с введением концевых меток | |
| JP2018524993A5 (ru) | ||
| RU2018105835A (ru) | Способы амплификации последовательностей нуклеиновых кислот | |
| FI2831279T3 (fi) | Nopea aneuploidian havaitseminen | |
| JP2014073134A5 (ja) | 標的増幅及びシークエンシングを使用した非侵襲的な胎児遺伝子型スクリーニング | |
| WO2010065470A2 (en) | Compositions and methods for detecting background male dna during fetal sex determination | |
| JP2017526347A5 (ru) | ||
| US20190300949A1 (en) | Compositions and methods comprising asymmetric barcoding | |
| EP2885445A1 (en) | Methods and compositions for reducing genetic library contamination | |
| JP2018516594A5 (ru) | ||
| CN106164287A (zh) | 高分辨率hla分型 | |
| JP2021509814A5 (ru) | ||
| JP2021531794A (ja) | 単一のフローセルを使用した多重シークエンシング | |
| CN103320518B (zh) | 突触核蛋白内含子1甲基化水平检测方法 | |
| KR20230006852A (ko) | 무보정 및 다중 변이체 대립유전자 빈도 정량화를 위한 정량적 블로커 변위 증폭(qbda) 시퀀싱 | |
| RU2016136727A (ru) | Набор олигонуклеотидных праймеров, зондов и способ выявления мутации 35delg гена gjb2 методом аллель-специфическая пцр амплификации при наследственной несиндромальной глухоте | |
| JP2019537440A (ja) | 配列変異体の検出 | |
| JP2009050217A (ja) | 標的ｄｎａを検出する方法 | |
| US11248261B2 (en) | RhD gene allele associated with a weak D phenotype and its uses |