KR20180030347A - 폐암 질환의 진단용 마커 - Google Patents

Abstract

본 발명은 폐암 질환의 진단용 마커에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자를 포함하는 폐암 진단용 마커 조성물, 상기 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 제제를 포함하는 폐암 진단용 조성물 및 키트와 폐암 질환의 진단을 위한 정보제공방법 및 폐암 질환 치료제 스크리닝 방법에 관한 것이다.
본 발명에 따른 폐암 진단용 조성물, 키트, 이를 이용한 폐암 진단방법 및 폐암 진단에 필요한 정보를 얻는 방법에 따르면, 개체의 폐암 예를 들어 폐암의 조직학적 서브타입을 정확하고 민감하게 진단하는데 이용할 수 있다.

Description

폐암 질환의 진단용 마커{A marker for diagnosis of lung cancer}

본 발명은 폐암 질환의 진단용 마커에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자를 포함하는 폐암 진단용 마커 조성물, 상기 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 제제를 포함하는 폐암 진단용 조성물 및 키트와 폐암 질환의 진단을 위한 정보제공방법 및 폐암 질환 치료제 스크리닝 방법에 관한 것이다.

2008년에 발표된 한국중앙암등록본부 자료에 의하면 2003-2005년 우리나라 연 평균 암발생 중 폐암은 남녀를 합쳐서 전체 암 발생의 12.1%로 2위를 차지하였다. 인구 10만 명당 조발생률은 33.2건이다. 남녀의 성비는 3.83:1로 남자에게서 더 자주 발생하였고, 발생건수로는 남성의 암 중에서 2위를 차지하였고 여성의 암 중에서 5위를 차지하였다. 남녀를 합쳐서 본 연령대별로는 60대가 34.3%로 가장 많고, 70대가 31.0%, 50대가 14.6%의 순이다(보건복지가족부 중앙암등록본부 2008년 10월 15일 발표 자료). 더욱이 흡연인구의 증가와 대기 오염 등의 원인으로 우리나라에서도 급속히 증가하고 있는 종양이며 암의 종류별 사망률은 21.4%로 1위이고, 남자에게서는 24.9%, 여자 15.1%로 각각 1위, 2위이다(2006년 사망원인통계연보, 통계청).

폐암은 암세포의 성장으로 인한 주변 조직 침범 또는 기도폐쇄, 림프절 전이 등의 증상을 초래하는 것이 보통이지만, 환자의 10-15% 정도는 아무런 증상 없이 정기 검진에서 진단된다. 또한, 대부분의 폐암이 진단 당시에 상당히 진행된 상태로 진단되므로 완치가 어려운 경우들이 대부분이라는 문제가 있다. 따라서 폐암을 조기에 진단하여 폐암으로 인한 사망률을 줄이는 것이 시급한 문제이다.

폐암을 진단하기 위해서 여러 가지 방법이 사용되고 있는데, 현재까지는 종양의 크기를 측정하고, 림프절로의 전이 유무를 조사하거나, 폐 종양 조직이나 림프절 등을 생검하여 면역조직화학방법으로 분석하거나 흉부 전산화 단층 촬영, 기관지 내시경 등을 이용하고 있다. 그러나, 흉부단층 촬영의 경우 폐암의 크기가 약 0.1 cm 이상 되어야 측정가능한데, 이 시기는 이미 암이 다른 조직으로 전이되었을 가능성이 높으며, 내시경이 기관지로 삽입되어 폐 내부를 직접 관찰할 수 있는 기관지 내시경 방법은 폐 말단에 있는 종양을 관찰하기 곤란한 한계를 가지고 있다.

따라서, 폐암의 마커들을 이용하여 암을 진단하기 위한 시도들이 진행되었는데, 다중의 표적 유전자나 단백질의 발현을 조사함으로써 폐암 진단 마커를 발굴한 연구는 이미 보고되었으며, 마이크로어레이 기술을 이용하여 폐암 마커 유전자를 발굴하고 암을 진단하려는 보고도 있었다. 또한, 환자의 혈액에서 아스파테이트 아미노트랜스퍼래이즈(AST, Aspartate aminotransferase), 알라닌 트랜스아미내이즈(ALT, Alanine transaminase), 총 빌리루빈(Total bilirubin) 혹은 크레아티닌(Creatinine)의 농도를 측정하여 폐암을 진단하려는 시도가 있었다. 그러나, 이러한 종양 마커들에 대한 연구에도 불구하고 아직까지 제한적으로 사용되고 있을 뿐 공식적으로 권장되고 있는 폐암 혈액 마커 및 이를 이용한 폐암 진단용 조성물 등은 없는 실정이다.

한편, 차세대 염기서열 분석법에 기반한 유전자 발현 분석을 통하여 폐암을 진단하는 방법이 현재 활발하게 연구되고 있다. 특히 폐암조직에서 특이적으로 발현 수준이 증가하는 유전자의 mRNA 발현을 측정함으로써 일반적인 폐암이나 비소세포성 폐암을 예측 또는 진단할 수 있다. 특히 비소세포성 폐암의 경우에는 생존률이 매우 낮은데, 이의 주된 이유는 증상 초기 폐암을 정확하게 진단할 확률이 현저히 낮다는 문제점 때문이다. 이러한 폐암의 진단 성공률을 향상시키기 위한 방법이 계속적으로 연구되고 있으며, 이중 상기 언급한 폐암조직에서 특이적으로 발현 양상이 변화하는 유전자의 mRNA 발현 양상을 관찰하여 폐암을 진단함으로써, 폐암의 진단 성공률을 획기적으로 높일 수 있다. 하지만, 이러한 지속적인 연구에도 불구하고 폐암조직에서 특이적으로 발현 양상이 변화하는 유전자는 매우 제한적이어서 폐암을 효과적으로 진단하는데 어려움이 있다는 문제점이 있다.

본 발명과 관련된 선행기술문헌으로는 ‘혈당 단백질부터 분리한 폐암 진단용 마커’에 관한 대한민국 등록특허 제0846354호(이하 ‘특허문헌 1’이라 한다), ‘ＨＰαＲ을 유효성분으로 포함하는 폐암 진단용 마커’에 관한 대한민국 등록특허 제1391464호(이하 ‘특허문헌 2’라 한다)가 개시되어 있을 뿐이다.

이에 본 발명자들은 폐암 조직 또는 폐암 세포에서 발현이 증가하는 유전자를 발굴하였고, 이들을 포함한 폐암 진단용 조성물을 이용하여 폐암 환자의 폐암 진단 또는 폐암을 판정하는 것이 가능함을 확인하여 본 발명을 완성하였다.

특허문헌 1: 대한민국 등록특허 제0846354호 특허문헌 2: 대한민국 등록특허 제1391464호

본 발명의 하나의 목적은 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자를 포함하는 폐암 진단용 마커 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 다른 목적은 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 제제를 포함하는 폐암 진단용 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 폐암 진단용 조성물을 포함하는 폐암 진단용 키트를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 개체로부터 분리된 생물학적 시료로부터 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA의 발현 수준 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계(1단계); 및 상기 측정된 값이 정상 대조군의 시료로부터 측정된 값과 비교하는 단계를 포함하는 개체의 폐암 질환의 진단을 위한 정보제공방법을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 폐암 질환 치료후보 물질을 상기 질환이 발병된 개체로부터 분리되는 생물학적 시료에 처리하여 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA의 발현 정도 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 정도를 측정하는 단계(1단계); 및 상기 측정한 발현 정도를 상기 후보물질을 처리하지 않은 대조군의 발현 정도와 비교하는 단계(제2단계)를 포함하는, 폐암 질환 치료제 스크리닝 방법을 제공하는 것이다.

본 발명자들은 분자생물학적 기법을 동원하여 폐암을 효과적으로 진단할 수 있는 바이오마커를 개발하고자 다양한 연구를 수행하던 중, 폐암 조직에서 S100P, MMP11, CDCA7, S100A2, ETV4, TOP2A 또는 UBE2C의 유전자의 mRNA 발현양이 증가함을 발견하여, 상기 유전자가 폐암을 진단하는 바이오마커로 활용될 수 있음을 발견하여 본 발명을 완성하였다. 특히 상기 바이오마커인 유전자를 포함하여 폐암 진단용 조성물 또는 폐암 진단용 키트로 제공하게 되면, 폐암의 발생 여부를 효과적으로 진단하는 것이 가능하게 된다.

이처럼 상기 유전자를 이용하여 폐암을 진단하는 것이 가능하다는 사실은 지금까지 전혀 알려지지 않았고, 본 발명자에 의하여 최초로 규명되었다.

상술한 목적을 달성하기 위한 일 실시양태로서, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자를 포함하는 폐암 진단용 마커 조성물을 제공한다.

본 발명에서 용어 “유전자”는 서열번호 1 내지 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어지는 S100P 유전자, MMP11 유전자, CDCA7 유전자, S100A2 유전자, ETV4 유전자, TOP2A 유전자 또는 UBE2C 유전자의 염기서열과 상동성을 나타내는 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 역시 본 발명에서 제공하는 유전자의 범주에 포함될 수 있는데, 구체적으로는 80% 이상의 상동성을 나타내는 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드가 될 수 있고, 보다 구체적으로는 90% 이상의 상동성을 나타내는 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드가 될 수 있으며, 가장 구체적으로는 95% 이상의 상동성을 나타내는 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드가 될 수 있다.

한편, 상기 폴리뉴클레오티드는 하나 이상의 염기가 치환, 결실, 삽입 또는 이들의 조합에 의해 변이될 수 있다. 뉴클레오티드 서열을 화학적으로 합성하여 제조하는 경우, 당업계에 널리 공지된 합성법, 예를 들어 문헌(Engels and Uhlmann, Angew Chem IntEd Engl., 37:73-127, 1988)에 기술된 방법을 이용할 수 있으며, 트리에스테르, 포스파이트, 포스포르아미다이트 및 H-포스페이트 방법, PCR 및 기타 오토프라이머 방법, 고체 지지체 상의 올리고뉴클레오타이드 합성법 등을 들 수 있다.

다른 양태로서, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 제제를 포함하는 폐암 진단용 조성물을 제공한다.

본 발명에서의 조성물은 상기 제제를 포함하여 상기 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 수준이 증가하는 것을 확인함으로써 폐암을 진단할 수 있다.

본 발명의 용어 "유전자의 mRNA 수준을 측정하는 제제"란, 시료에 포함된 표적 유전자의 발현여부를 확인하기 위하여, 상기 표적 유전자로부터 전사된 mRNA의 수준을 측정하는 방법에 사용되는 제제를 의미하는데, 바람직하게는 RT-PCR, 정량 실시간 PCR(quantified real time PCR), 경쟁적 RT-PCR(Competitive RT-PCR), 실시간 RT-PCR(real time quantitative RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블럿팅(Northern blotting), DNA 칩 분석법 등의 방법에 사용되는 표적 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 프라이머 또는 프로브를 포함할 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다.

본 발명에서 상기 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 포함하는 것일 수 있다.

본 발명의 용어 "프라이머"란, 짧은 자유 3말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성이 개시될 수 있다.

본 발명에 있어서, 상기 프라이머는 상기 유전자의 증폭에 사용될 수 있는 프라이머가 될 수 있고, 상기 유전자와 상보적으로 결합하여 PCR 방법으로 증폭시킬 수 있는 한, 상기 프라이머의 뉴클레오티드 서열은 제한되지 않는다.

본 발명에 있어서, 상기 프로브는 유전자와 상보적으로 결합할 수 있는 프로브가 될 수 있고, 상기 각 유전자와 상보적으로 결합할 수 있는 한, 상기 프로브의 뉴클레오티드 서열은 제한되지 않는다.

본 발명에서, 상기 단백질의 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적인 항체 또는 앱타머를 포함하는 것일 수 있다.

본 발명의 용어 "단백질의 수준을 측정하는 제제"란, 시료에 포함된 표적 단백질의 수준을 측정하는 방법에 사용되는 제제를 의미하는데, 바람직하게는 웨스턴 블럿(western blotting), ELISA(enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: Radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 오우크테로니(Ouchterlony) 면역 확산법, 로케트 면역전기영동(rocket immunoelectrophoresis), 면역조직화학염색법(immunohistochemical staining), 면역침전 분석법(Immunoprecipitation Assay), 보체 고정 분석법(Complement Fixation Assay), 면역형광법(immunofluorescence), 면역크로마토그래피법(immunochromatography), FACS(fluorescenceactivated cell sorter analysis) 및 단백질 칩 분석법(protein chip technology assay) 등의 방법에 사용되는 항체를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명의 용어 "항체"란, 단백질 또는 펩티드 분자의 항원성 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 단백질성 분자를 의미하는데, 이러한 항체는, 각 유전자를 통상적인 방법에 따라 발현벡터에 클로닝하여 상기 마커 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 얻고, 얻어진 단백질로부터 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 상기 항체의 형태는 특별히 제한되지 않으며 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체, 항체의 단편 또는 재조합 항체 등 항원 결합성을 갖는 것이면 그것의 일부도 본 발명의 항체에 포함되고 모든 면역 글로불린 항체가 포함될 수 있을 뿐만 아니라, 인간화 항체 등의 특수 항체를 포함할 수도 있다. 아울러, 상기 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 의미하며 Fab, F(ab'), F(ab') 2 및 Fv 등이 될 수 있다.

본 발명의 용어 "앱타머"란, 단일 가닥 올리고 뉴클레오티드를 의미하는 것으로, 소정의 표적 분자에 대한 결합 활성을 갖는 핵산 분자를 말한다. 상기 앱타머는 그 염기 서열에 따라 다양한 3차원 구조를 가질 수 있으며, 항원-항체 반응과 같이 특정 물질에 대하여 높은 친화력을 가질 수 있다. 앱타머는 소정의 표적 분자에 결합함으로써 소정의 표적 분자의 활성을 저해할 수 있다.

본 발명의 앱타머는 RNA, DNA, 변형된(modified) 핵산 또는 이들의 혼합물일 수 있으며, 그 형태가 직쇄상 또는 환상(環狀)일 수 있으나 이들에 한정되지 아니한다. 본 발명의 앱타머는 PDK 4에 대하여 사용될 수 있다. 상기 PDK 4에 결합 활성을 갖는 앱타머는 각각의 염기 서열을 참조하여 당해 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자가 공지의 방법에 따라 쉽게 제작할 수 있다.

본 발명에서, 상기 S100P 유전자, MMP11 유전자, CDCA7 유전자, S100A2 유전자, ETV4 유전자, TOP2A 유전자 또는 UBE2C 유전자는 모두 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 제제를 포함하여 폐암을 특이적으로 진단할 수 있으며, 더욱 구체적으로는 S100P 또는 CDCA7 유전자의 경우에는 폐암을 보다 특이적으로 진단하는 것이 가능할 수 있다.

본 발명의 용어 “폐암”은 폐에서 기원한 악성 종양을 의미하며, 본 발명의 진단 대상이 되는 폐암은 특별한 제한이 있는 것은 아니지만 소세포 폐암(SCLC) 또는 비소세포 폐암(non-small cell lung cancer; NSCLC)일 수 있으며, 구체적으로는 비소세포 폐암일 수 있다. 상기 비소세포 폐암은 선암, 편평상피암, 대세포암, 또는 선편평상피암을 포함한다.

본 발명에서 용어, "진단"은 병리 상태의 존재 또는 특징을 확인하는 것을 의미한다. 본 발명의 목적상, 진단은 폐암 발병 여부를 확인하는 것이다.

다른 양태로서, 본 발명은 상기 폐암 진단용 조성물을 포함하는 폐암 진단용 키트를 제공한다. 상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트인 것일 수 있다.

구체적인 일례로서, 본 발명의 상기 유전자의 mRNA 발현 수준을 측정하기 위한 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. RT-PCR 키트는, 상기 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한, 정량 대조구로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다.

다른 일례로서, 본 발명의 키트는 DNA 칩 분석법을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있다. DNA 칩 분석용 키트는, 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한, 기판은 정량 대조구 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다.

또 다른 일례로서, 본 발명의 키트는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하기 위한 단백질 칩 분석용 키트가 될 수 있는데, 상기 키트는 특별히 이에 제한되지 않으나, 항체의 면역학적 검출을 위하여 기재, 적당한 완충용액, 발색 효소 또는 형광물질로 표지된 2차 항체, 발색 기질 등을 포함할 수 있다. 상기 기재는 특별히 이에 제한되지 않으나 니트로셀룰로오스 막, 폴리비닐 수지로 합성된 96 웰 플레이트, 폴리스티렌 수지로 합성된 96 웰 플레이트 및 유리로 된 슬라이드글라스 등이 이용될 수 있고, 발색효소는 특별히 이에 제한되지 않으나 퍼옥시다아제(peroxidase), 알칼라인 포스파타아제(Alkaline Phosphatase)가 사용될 수 있으며, 형광물질은 특별히 이에 제한되지 않으나 FITC, RITC 등이 될 수 있고, 발색 기질액은 특별히 이에 제한되지 않으나 ABTS(2,2'-아지노-비스(3-에틸벤조티아졸린-6-설폰산)) 또는 OPD(o-페닐렌디아민), TMB(테트라메틸 벤지딘)가 될 수 있다.

상기 키트는 개체의 폐암 진단에 사용하기 위한 시약을 더 포함할 수 있다. 상기 시약은 버퍼, 지시약, 또는 그 조합을 포함할 수 있다.

다른 양태로서, 본 발명은 개체로부터 분리된 생물학적 시료로부터 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA의 발현 수준 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계(1단계); 및 상기 측정된 값이 정상 대조군의 시료로부터 측정된 값과 비교하는 단계를 포함하는 개체의 폐암 질환의 진단을 위한 정보제공방법을 제공한다.

제1단계는 개체로부터 분리되는 생물학적 시료에서 상기 유전자의 mRNA의 발현 수준 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 의미한다.

한편, 상기 유전자의 mRNA의 발현 수준을 측정하는 단계는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 시료와 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다. 상기 프라이머 또는 프로브에 대해서는 앞서 설명한 바와 같다.

또한 상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머를 시료와 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다. 상기 항체와 앱타머에 대해서는 앞서 설명한 바와 같다.

본 발명의 용어 "개체"란, 폐암 질환이 발병되었거나 발병할 가능성이 있는 인간을 포함한 모든 동물을 의미할 수 있다. 상기 동물은 인간뿐만 아니라 이와 유사한 증상의 치료를 필요로 하는 소, 말, 양, 돼지, 염소, 낙타, 영양, 개, 고양이 등의 포유동물일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.

제2단계는 제1단계에서 측정된 값을 정상 대조군 시료로부터 측정된 값과 비교하는 단계를 의미한다.

본 발명의 용어 "정상 대조군"이란, 폐암 질환이 발병되지 않거나, 발병이 의심되지 않는 개체를 의미한다.

본 발명의 용어 "시료"란, 폐암 질환이 발병된 환자로부터 분리되어 상기 유전자의 발현 수준을 측정하는 직접적인 대상을 의미하며, 구체적으로 상기 생물학적 시료는 폐 세포, 폐 조직, 폐암 조직 및 객담으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상인 것일 수 있다.

상기 정보제공방법은 상기 생물학적 시료에서 측정한 값이 정상 대조군 시료의 값보다 높은 경우, 폐암 질환으로 판단하는 단계(제3단계)를 추가로 포함하는 것일 수 있다.

다른 양태로서, 본 발명은 폐암 질환 치료후보 물질을 상기 질환이 발병된 개체로부터 분리되는 생물학적 시료에 처리하여 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA의 발현 정도 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 정도를 측정하는 단계(1단계); 및 상기 측정한 발현 정도를 상기 후보물질을 처리하지 않은 대조군의 발현 정도와 비교하는 단계(제2단계)를 포함하는, 폐암 질환 치료제 스크리닝 방법을 제공한다.

제1단계는 폐암 질환 치료후보 물질을 상기 질환이 발병된 개체로부터 분리되는 생물학적 시료에 처리하여 상기 유전자의 mRNA의 발현 정도 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 정도를 측정하는 단계를 의미한다.

상기 생물학적 시료는 폐 세포, 폐 조직, 폐암 조직 및 누액으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상인 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 용어 "치료후보 물질"이란, 상기 유전자의 mRNA 또는 단백질의 발현 또는 활성을 감소시켜 폐암 질환의 치료 가능성이 있는 물질로, 올리고 뉴클레오티드, 단백질, 화합물 등을 제한없이 포함한다.

본 발명에서 사용되는 용어 “올리고 뉴클레오티드”는 수 개 내지 수십 개의 뉴클레오티드가 인산디에스테르 결합(phosphodiester bond)으로 중합되어 형성된 중합체를 의미한다. 상기 유전자의 mRNA 또는 단백질의 발현을 저해하는 올리고 뉴클레오티드로의 예로, 바람직하게는 PDK 4의 핵산에 특이적인 안티센스 올리고 뉴클레오티드(antisense oligonucleotides), 또는 siRNA(small interfering RNA) 등을 들 수 있으나 이들에 한정되지 아니한다.

본 발명에서 사용되는 용어 "안티센스 올리고 뉴클레오티드"는 특정 mRNA의 서열에 상보적인 핵산 서열을 함유하고 있는 DNA 또는 RNA, 또는 이들의 유도체를 의미하는 것으로서 mRNA 내의 상보적인 서열에 결합하여 mRNA의 단백질로의 번역을 저해하는 작용을 한다. 본 발명에서 상기 유전자의 mRNA의 발현을 저해하는 올리고 뉴클레오티드는 상기 mRNA에 상보적인 서열을 갖는 DNA 또는 RNA, 또는 이들의 유도체로서, 상기 mRNA에 결합하여 mRNA의 번역, 세포질 내로의 전위(translocation), 성숙(maturation) 등을 방해하거나 또는 mRNA의 그 밖의 다른 모든 생물학적 기능 또는 활성을 저해할 수 있다.

상기 안티센스 올리고 뉴클레오티드의 길이는 특별히 제한되지 아니하나, 구체적으로는 6 내지 100 염기일 수 있고, 더욱 구체적으로는 8 내지 60 염기일 수 있으며, 가장 구체적으로는 10 내지 40 염기일 수 있다. 상기 안티센스 올리고 뉴클레오티드는 당해 기술 분야에서 사용되는 통상의 방법에 따라 생체 내(in vivo)에서 합성되거나, 시험관 내(in vitro)에서 합성되어 생체 내로 투여될 수 있다. 생체 내에서 안티센스 RNA를 합성하는 방법의 비제한적인 예로 다중 클로닝 부위(Multi-cloning site; MCS)의 기원(origin)이 반대 방향에 있는 벡터를 사용하여 안티센스 RNA가 전사되도록 하는 방법을 들 수 있다. 시험관 내에서 안티센스 RNA를 합성하는 방법의 비제한적인 예로 RNA 중합효소 I를 이용하는 방법을 들 수 있다.

본 발명의 상기 유전자의 mRNA 또는 단백질의 발현을 억제하는 안티센스 올리고 뉴클레오티드는 상기 유전자의 염기서열을 참조하여 당해 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자가 공지의 방법에 따라 쉽게 제작할 수 있다.

제2단계는 제1단계에서 측정한 유전자의 mRNA 또는 단백질의 발현 정도를 상기 후보물질을 처리하지 않은 대조군의 발현 정도와 비교하는 단계를 의미한다.

상기 제2단계의 비교를 통해, 폐암 질환 치료후보 물질을 처리한 군에서 상기 유전자의 mRNA 또는 단백질의 발현 정도가 대조군에 비해 유의미하게 감소하는 경우, 상기 후보물질은 폐암 질환의 치료제로서 가능성이 있음을 나타낸다.

본 발명에 따른 폐암 진단용 조성물, 키트, 이를 이용한 폐암 진단방법 및 폐암 진단에 필요한 정보를 얻는 방법에 따르면, 개체의 폐암 예를 들어 폐암의 조직학적 서브타입을 정확하고 민감하게 진단하는데 이용할 수 있다.

도 1은 실시예 1에 따라 mRNA 발현의 차이를 분석하는 과정의 모식도이다.
도 2는 폐암 환자의 정상 조직과 폐암 조직 사이에서 증가한 유전자들의 발현 양상을 P value 값을 기준으로 분류 후, 시각화한 결과이다.
도 3은 NGS를 통하여 정량화한 10개 유전자의 발현값을 기준으로 ROC curve를 통하여 시각화 하고, AUC 값을 통하여 진단 능력을 표현한 그래프이다.
도 4는 TOP2A의 ROC curve 및 발현 분포도이다.
도 5는 CDCA7의 ROC curve 및 발현 분포도이다.
도 6은 ETV4의 ROC curve 및 발현 분포도이다.
도 7은 MMP11의 ROC curve 및 발현 분포도이다.
도 8은 UBE2C의 ROC curve 및 발현 분포도이다.
도 9는 S100A2의 ROC curve 및 발현 분포도이다.
도 10은 S100P의 ROC curve 및 발현 분포도이다.
도 11은 상위 7개 유전자의 발현값을 폐암과 유방암에서 비교한 ROC curve이다.
도 12는 CDCA7을 가지고 폐암과 유방암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.
도 13은 ETV4을 가지고 폐암과 유방암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.
도 14는 S100A2를 가지고 폐암과 유방암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.
도 15는 상위 7개 유전자의 발현값을 폐암과 결장암에서 비교한 ROC curve이다.
도 16은 상위 7개 유전자의 발현값을 폐암과 간세포암에서 비교한 ROC curve이다.
도 17은 상위 7개 유전자의 발현값을 폐암과 전립선암에서 비교한 ROC curve이다.
도 18은 TOP2A를 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.
도 19는 CDCA7을 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.
도 20은 ETV4를 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.
도 21은 MMP11을 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.
도 22는 UBE2C를 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.
도 23은 S100A2를 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.
도 24는 S100P를 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.

이하 본 발명을 하기 예에 의해 상세히 설명한다. 다만, 하기 예는 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 하기 예에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것은 아니다.

실시예 1: 폐암 조직과 정상 조직에서 유전자의 발현 양상 차이점 확인

한국인 폐암 환자 6명의 정상 조직 및 폐암 조직을 인체자원은행으로부터 분양 받은 후, NGS(Next Generation Sequecing)을 이용하여 mRNA의 sequencing을 통하여 raw data(FASTQ) 파일을 획득하고(6 pair) NCBI의 GEO(Gene Expression Omnibus)에 존재하는 71명 한국인의 정상 조직 및 폐암 조직에서의 NGS 데이터를 추가 확보하여 총 77 명의 정상/폐암 조직에서의 raw data를 확보하였다.

그리고 QC value 20 이하의 data를 trimming 한 후, hg 19 version의 human reference genome을 기준으로 mapping하였다. Cufflink package를 통하여 정상 조직과 폐암 조직에서의 mRNA 발현량을 정량화하였다. 이렇게 정량화한 mRNA의 발현량을 정상 조직과 폐암 조직 간에서 비교함으로써 mRNA 발현의 차이를 분석하였다. 도 1은 본 실시예 1에 따라 mRNA 발현의 차이를 분석하는 과정의 모식도이다. 또한 표 1은 이러한 방법으로 최종 선정한 7개 유전자의 발현 양상에 관한 차이를 비교한 것이다.

구분	유전자	상세정보	Fold change (log2 base)	FPKM 평균 발현값 (log2 base)	p value	정상 조직 평균 발현값	암 조직 평균 발현값	정상및암조직 평균발현값
1	S100P	S100 calcium binding protein P (서열번호 1)	4.51	5.41	0.000089	3.56	81.23	42.40
2	MMP11	matrix metallopeptidase 11(stromelysin 3) (서열번호 2)	3.94	4.62	0.000000	3.01	46.29	24.65
3	CDCA7	cell division cycle associated 7 (서열번호 3)	3.90	3.09	0.000001	1.07	15.97	8.52
4	S100A2	S100 calcium binding protein A2 (서열번호 4)	3.82	5.00	0.008678	4.24	59.71	31.98
5	ETV4	ets variant 4 (서열번호 5)	3.67	3.49	0.000000	1.64	20.84	11.24
6	TOP2A	topoisomerase (DNA) II alpha 170kDa (서열번호 6)	3.46	3.53	0.000000	1.93	21.19	11.56
7	UBE2C	ubiquitin-conjugating enzyme E2C (서열번호 7)	3.42	3.53	0.000000	1.97	21.11	11.54

상기 표 1에서 확인할 수 있는 바와 같이 폐암 조직에서 특이적으로 발현이 증가하는 상위 7개의 유전자를 선택하게 되었다. 특히 상기 상위 7개의 유전자 모두 발현량이 8배 이상 증가하며, 폐암 조직에서의 평균 발현값이 정상 조직에서의 평균 발현값에 비하여 급격히 증가함을 확인할 수 있다.

한편, 하기 도 2는 77명 폐암 환자의 정상 조직과 폐암 조직 사이에서 증가한 유전자들의 발현 양상을 P value 값을 기준으로 분류 후, 시각화한 결과이다. 특히 도 2에서는 CDCA7, MMP11 및 S100P의 폐암 조직에서의 발현양이 월등히 높음을 확인할 수 있었다.

또한 상위 7개 유전자의 발현값을 기준으로 정상 조직과의 분류 능력을 ROC curve로 확인하였다. 이의 결과는 도 3과 같은 그래프로 나타낼 수 있는데, 도 3은 NGS를 통하여 상기 상위 7개 유전자를 포함하여 정량화한 10개 유전자의 발현값을 기준으로 폐암 진단의 유용성을 확인하기 위하여, ROC curve를 통하여 시각화 하고, AUC 값을 통하여 진단 능력을 표현한 그래프이다. 또한 하기 표 2는 이를 정량적으로 나타낸 것인데, 상위 7개 유전자 모두 0.7 이상의 값을 보이며, 그 중 5개 유전자는 0.9 이상의 높은 진단 수치를 보임을 확인할 수 있다.

구분	Area Under the Curve
	Test Result Variable(s)	Area
1	S100P	0.765
2	MMP11	0.951
3	CDCA7	0.968
4	S100A2	0.855
5	ETV4	0.955
6	TOP2A	0.980
7	UBE2C	0.944

한편, 도 4는 TOP2A만의 ROC curve 및 발현 분포도이며, 도 5는 CDCA7만의 ROC curve 및 발현 분포도이고, 도 6은 ETV4만의 ROC curve 및 발현 분포도이며, 도 7은 MMP11만의 ROC curve 및 발현 분포도이고, 도 8은 UBE2C만의 ROC curve 및 발현 분포도이며, 도 9는 S100A2만의 ROC curve 및 발현 분포도이고, 도 10은 S100P만의 ROC curve 및 발현 분포도이다.

실시예 2: 다른 암과의 관계에서 상위 7개 유전자의 폐암 특이성 확인

상기 실시예 1에서 확인할 수 있는 바와 같이 상위 7개 유전자의 None small lung cancer / Adenocarcinoma lung cancer 에서의 유효성을 확인한 후, 상위 7개 유전자를 4가지 유형의 암(Breast, Colon, Hepatocellular, Prostate)에서의 결과를 폐암(Lung cancer)에서의 결과와 비교하여 폐암 특이성 여부를 확인하였다.

< 실시예 2-1: 유방암(Breast cancer)과 비교한 폐암(Lung cancer) 특이성 확인>

도 11은 상위 7개 유전자의 발현값을 폐암과 유방암에서 비교한 ROC curve이다. 또한 하기 표 3은 이를 정량적으로 나타낸 측정값이다.

구분	Area Under the Curve
	Test Result Variable(s)	Lung	Breast	비고
1	S100P	0.765	0.910
2	MMP11	0.951	0.964
3	CDCA7	0.968	0.603	특이
4	S100A2	0.855	0.577	특이
5	ETV4	0.955	0.657	특이
6	TOP2A	0.980	0.910
7	UBE2C	0.944	0.913

상기 표 3에서와 같이 CDCA7, ETV4 및 S100A2의 경우에는 유방암의 결과와 비교하여 폐암에 특이적임을 확인할 수 있으며, 나머지 4개의 유전자도 폐암에 활용할 수 있으면서 유방암에도 활용이 가능함을 확인할 수 있었다. 한편, 도 12는 CDCA7에 대하여 폐암과 유방암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이며, 도 13은 ETV4에 대하여 폐암과 유방암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이고, 도 14는 S100A2에 대하여 폐암과 유방암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.

< 실시예 2-2: 결장암(Colon cacner )과 비교한 폐암(Lung cancer) 특이성 확인>

도 15는 상위 7개 유전자의 발현값을 폐암과 결장암에서 비교한 ROC curve이다. 또한 하기 표 4는 이를 정량적으로 나타낸 측정값이다.

구분	Area Under the Curve
	Test Result Variable(s)	Lung	Colon	비고
1	S100P	0.765	0.793
2	MMP11	0.951	0.836
3	CDCA7	0.968	0.799
4	S100A2	0.855	0.846
5	ETV4	0.955	0.932
6	TOP2A	0.980	0.750
7	UBE2C	0.944	0.824

상기 표 4와 같이 폐암에 대한 발현양이 결장암에 대한 발현양 보다 대부분 높은 것을 확인할 수 있었다.

< 실시예 2-3: 간세포암( Hepatocellular cacner )과 비교한 폐암(Lung cancer) 특이성 확인>

도 16은 상위 7개 유전자의 발현값을 폐암과 간세포암에서 비교한 ROC curve이다. 또한 하기 표 5는 이를 정량적으로 나타낸 측정값이다.

구분	Area Under the Curve
	Test Result Variable(s)	Lung	Hepatocellular	비고
1	S100P	0.765	0.855
2	MMP11	0.951	0.851
3	CDCA7	0.968	0.923
4	S100A2	0.855	0.815
5	ETV4	0.955	0.813
6	TOP2A	0.980	0.957
7	UBE2C	0.944	0.957

상기 표 5와 같이 폐암에 대한 발현양이 간세포암에 대한 발현양 보다 대부분 높은 것을 확인할 수 있었다.

< 실시예 2-4: 전립선암(Prostate cancer)과 비교한 폐암(Lung cancer) 특이성 확인>

도 17은 상위 7개 유전자의 발현값을 폐암과 전립선암에서 비교한 ROC curve이다. 또한 하기 표 6은 이를 정량적으로 나타낸 측정값이다.

구분	Area Under the Curve
	Test Result Variable(s)	Lung	Prostate	비고
1	S100P	0.765	0.600	특이
2	MMP11	0.951	0.550	특이
3	CDCA7	0.968	0.550	특이
4	S100A2	0.855	0.670	특이
5	ETV4	0.955	0.770	특이
6	TOP2A	0.980	0.260	특이
7	UBE2C	0.944	0.350	특이

상기 표 6에서 확인할 수 있는 바와 마찬가지로 상기 상위 7개 유전자는 모두 전립선암과 비교하여 폐암 특이적임을 확인할 수 있었다. 한편 도 18은 TOP2A를 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이며, 도 19는 CDCA7을 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이고, 도 20은 ETV4를 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이며, 도 21은 MMP11을 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이고, 도 22는 UBE2C를 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이며, 도 23은 S100A2를 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이고, 도 24는 S100P를 가지고 폐암과 전립선암에서의 ROC curve 및 발현 분포도를 비교한 결과이다.

이러한 실험 결과를 통하여 본 발명에서의 7개 유전자를 포함하여 폐암 진단용 조성물 또는 폐암 진단용 키트 등을 제공하는 경우, 대조군과의 발현 양상을 비교하여 폐암을 진단하는 것이 가능하여 다른 암에 비해 폐암에 대한 진단능(특이성)이 높음을 확인하였다.

이상의 설명으로부터, 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자는 본 발명이 그 기술적 사상이나 필수적 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 실시될 수 있다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 이와 관련하여, 이상에서 기술한 실시 예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적인 것이 아닌 것으로서 이해해야만 한다. 본 발명의 범위는 상기 상세한 설명보다는 후술하는 특허 청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 등가 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.

<110> Dankook University Cheonan Campus Industry Academic Cooperation Foundation <120> A marker for diagnosis of lung cancer <130> KPA161168-KR <160> 7 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 510 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> S100P <400> 1 tgaggctgcc ttataaagca ccaagaggct gccagtggga cattttctcg gccctgccag 60 cccccaggag gaaggtgggt ctgaatctag caccatgacg gaactagaga cagccatggg 120 catgatcata gacgtctttt cccgatattc gggcagcgag ggcagcacgc agaccctgac 180 caagggggag ctcaaggtgc tgatggagaa ggagctacca ggcttcctgc agagtggaaa 240 agacaaggat gccgtggata aattgctcaa ggacctggac gccaatggag atgcccaggt 300 ggacttcagt gagttcatcg tgttcgtggc tgcaatcacg tctgcctgtc acaagtactt 360 tgagaaggca ggactcaaat gatgccctgg agatgtcaca gattcctggc agagccatgg 420 tcccaggctt cccaaaagtg tttgttggca attattcccc taggctgagc ctgctcatgt 480 acctctgatt aataaatgct tatgaaatga 510 <210> 2 <211> 2306 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> MMP11 <400> 2 ataaggggcg gcggcccgga gcggcccagc aagcccagca gccccggggc ggatggctcc 60 ggccgcctgg ctccgcagcg 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Claims (17)

1. 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자를 포함하는 폐암 진단용 마커 조성물.
   
2. 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하는 제제를 포함하는 폐암 진단용 조성물.
   
3. 제2항에 있어서,
   상기 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 포함하는 것인, 폐암 진단용 조성물.
   
4. 제2항에 있어서,
   상기 단백질의 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적인 항체 또는 앱타머를 포함하는 것인, 폐암 진단용 조성물.
   
5. 제4항에 있어서,
   상기 항체는 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 항체의 단편 및 재조합 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상인 것인, 폐암 진단용 조성물.
   
6. 제2항에 있어서,
   상기 유전자는 S100P 또는 CDCA7인 것인, 폐암 진단용 조성물.
   
7. 제2항에 있어서,
   상기 폐암은 비소세포 폐암(non-small cell lung cancer; NSCLC)인 것인, 폐암 진단용 조성물.
   
8. 제7항에 있어서,
   상기 비소세포 폐암은 선암, 편평상피암, 대세포암 및 선편평상피암으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상인 것인, 폐암 진단용 조성물.
   
9. 제2항 내지 제8항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는 폐암 진단용 키트.
   
10. 제9항에 있어서,
    상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트인 것인, 키트.
    
11. 개체로부터 분리된 생물학적 시료로부터 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA의 발현 수준 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계(1단계); 및
    상기 측정된 값을 정상 대조군의 시료로부터 측정된 값과 비교하는 단계를 포함하는 개체의 폐암 질환의 진단을 위한 정보제공방법.
    
12. 제11항에 있어서,
    상기 유전자의 mRNA의 발현 수준을 측정하는 단계는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 시료와 접촉시키는 단계를 포함하는 것인, 정보제공방법.
    
13. 제11항에 있어서,
    상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머를 시료와 접촉시키는 단계를 포함하는 것인, 정보제공방법.
    
14. 제11항에 있어서,
    상기 생물학적 시료는 폐 세포, 폐 조직, 폐암 조직 및 객담으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상인 것인, 정보제공방법.
    
15. 제11항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 방법은 생물학적 시료에서 측정한 값이 정상 대조군 시료의 값보다 높은 경우 폐암 질환으로 판단하는 단계(3단계)를 추가로 포함하는 것인, 정보제공방법.
    
16. 폐암 질환 치료후보 물질을 상기 질환이 발병된 개체로부터 분리되는 생물학적 시료에 처리하여 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100P 유전자, 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 MMP11 유전자, 서열번호 3으로 표시되는 염기서열로 이루어진 CDCA7 유전자, 서열번호 4로 표시되는 염기서열로 이루어진 S100A2 유전자, 서열번호 5로 표시되는 염기서열로 이루어진 ETV4 유전자, 서열번호 6으로 표시되는 염기서열로 이루어진 TOP2A 유전자 및 서열번호 7로 표시되는 염기서열로 이루어진 UBE2C 유전자로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 mRNA의 발현 정도 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 정도를 측정하는 단계(1단계); 및
    상기 측정한 발현 정도를 상기 후보물질을 처리하지 않은 대조군의 발현 정도와 비교하는 단계(제2단계)를 포함하는, 폐암 질환 치료제 스크리닝 방법.
    
17. 제16항에 있어서,
    상기 생물학적 시료는 폐 세포, 폐 조직, 폐암 조직 및 객담으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상인 것인, 스크리닝 방법.
    

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