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JPH0787978A - ポリメラーゼ連鎖反応を介する微生物検出の制御に用いるベクター - Google Patents

ポリメラーゼ連鎖反応を介する微生物検出の制御に用いるベクター

Info

Publication number
JPH0787978A
JPH0787978A JP5222858A JP22285893A JPH0787978A JP H0787978 A JPH0787978 A JP H0787978A JP 5222858 A JP5222858 A JP 5222858A JP 22285893 A JP22285893 A JP 22285893A JP H0787978 A JPH0787978 A JP H0787978A
Authority
JP
Japan
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vector
sequence
nucleic acid
nucleotide sequence
primer
Prior art date
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Pending
Application number
JP5222858A
Other languages
English (en)
Inventor
Juan Carlos Tercero
カルロス テルセロ フアン
Lucia Garcia
ガルシア ルシア
Jose Antonio Ramos
アントニオ ラモス ホセ
Jorge Alemany
アレマニー ジョージ
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
PHARMA GEN SA
Original Assignee
PHARMA GEN SA
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from GB929217368A external-priority patent/GB9217368D0/en
Priority claimed from GB939303498A external-priority patent/GB9303498D0/en
Priority claimed from GB939309198A external-priority patent/GB9309198D0/en
Priority claimed from GB939309195A external-priority patent/GB9309195D0/en
Application filed by PHARMA GEN SA filed Critical PHARMA GEN SA
Publication of JPH0787978A publication Critical patent/JPH0787978A/ja
Pending legal-status Critical Current

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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/80Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi
    • C12N15/81Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi for yeasts

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  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Abstract

(57)【要約】 【目的】 標本中、特に臨床標本中の微生物の核酸のポ
リメラーゼ連鎖反応(PCR)を介した検出において陽
性対照として機能するベクターを提供し、誤った陰性結
果の発生を防止する。 【構成】 陽性対照として用いられるベクターは、ポリ
メラーゼ連鎖反応増幅方法において用いられるプライマ
ーの配列と実質的に同一の配列を有する少なくとも1個
のヌクレオチド配列を含む。また、標本中の核酸を検出
する方法は、陽性対照ベクターの存在のもとで、標本に
対してポリメラーゼ連鎖反応を実行することを含む。さ
らに、検出キットは、陽性対照ベクターと、DNA抽出
および増幅試薬とを組み合わせてなる。検出に際して、
標的核酸に特異なプライマーが用いられる。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、ポリメラーゼ連鎖反応
を用いる増幅を介した、標本中の核酸配列の検出におけ
る陽性調節(ポジティブコントロール)に用いるベクタ
ー、および、核酸配列のこのような検出のプロセスに関
する。
【0002】
【従来の技術】従来、核酸のポリメラーゼ連鎖反応(P
CR)増幅が開発される前に、微生物の同定のための多
数の方法が知られていた。
【0003】1.顕微鏡を用いた直接的視覚化によるも
の。この方法は迅速であるが、陽性結果を得るために
は、たとえば、標本1mlあたりバクテリア104個と
いうように、微生物が高濃度に存在しなければならな
い。
【0004】2.培養によるもの。ある種の微生物は標
本の培養により同定することができる。ただし、この技
術は、ある種の微生物については非常に時間がかかり、
最低3週間を必要とする。また、微生物によっては危険
をともなうこともある。
【0005】3.RNAやDNA標識プローブを用いた
ハイブリダイゼーションによるもの。これもやはり当該
バクテリアが高濃度に存在しなければならず、したがっ
て、臨床サンプルにはほとんど応用できない。
【0006】4.血清学技術によるもの。これは特異性
が低くしたがって信頼性が少ない。
【0007】5.免疫学技術によるもの、たとえば、免
疫蛍光法を用いるもの。
【0008】PCRは、標的核酸配列の増幅に広く用い
られている技術である。この技術は、米国特許明細書第
4,683,195号および第4,683,202号に
記載されており、その開示は本明細書中に参考としてと
りいれてある。この技術は、増幅すべき標的核酸配列に
対して付加プライマー配列のハイブリダイゼーションを
行ない、標的の配列と相補型の配列を有するプライマー
の伸長生成物を形成するものである。過剰なプライマー
の存在および2本鎖核酸のコンスタントな分離のゆえ
に、増幅は指数的となる。PCRは、通常、DNA標本
に対して実施されるが、RNAのDNA内への転写のた
めのステップを含めることにより、RNA配列について
もPCR技術を用いて増幅することができる。
【0009】このようにして、他の方法ではごく微量し
か分離できない核酸配列を増幅することができ、後の操
作のためにかなり大量に提供することができる。
【0010】PCR技術は、診断、特に、遺伝因子によ
る疾病、がん、伝染性の疾病などの診断、ならびに、罹
病性の判定において広範に応用されている。しかしなが
ら、ヒト結核菌およびウシ結核菌に起因する伝染病など
の疾病の診断や、歯周病を引き起こす病原体の同定、多
数のウイルス性伝染病の原因の同定などは、いまだに、
重要な臨床上の課題である。
【0011】現在、2本鎖および1本鎖RNAウィルス
の同定、2本鎖RNAウィルス転写、細胞生体感染性微
生物メッセンジャーRNA(mRNA)の検出・計量を
可能とするPCR法が数多く知られている。PCR同定
は増幅によるものであるため、少量の標本で充分であ
る。したがって、この技術は、血液、痰、尿、脊髄液、
その他の組織の臨床標本から、直接、疾病を診断するの
に特に適している。
【0012】PCR技術を用いた病原菌の診断は、たと
えば、N.Eng.J.Med.322(1990年)
178ページにEisensteinにより述べられて
いる。さらに、種々の遺伝子のPCR増幅によるヒト結
核菌およびウシ結核菌の菌株の同定について、文献に述
べられている。すなわち、ELgro遺伝子の増幅が、
Mol.Microbiol.(1989)843ペ
ージにHance et alにより記述されている。
b抗原の増幅が、J.Clin.Microbiol、
28(1990)2200ページにSjobring
et alにより述べられている。オリゴヌクレオチド
IS6110の増幅が、J.Infectious D
is.161(1990)977ページにEisena
ch et alにより記述されている。IS986の
増幅が、J.Clin.Microbiol.28(1
990)2051ページにHermans et al
により述べられている。65KDa抗原の増幅が、J.
Clin.Microbiol.28(1990)18
77ページにPao et alにより記述されてい
る。rRNAの増幅が、J.Clin.Microbi
ol.28(1990)1751ページにBoddin
ghaus et alにより述べられている。PH7
311の増幅が、J.Clin.Microbiol.
28(1990)1204ページにHermans e
t alにより述べられている。
【0013】
【発明が解決しようとする課題】しかしながら、PCR
がこれらの応用のすべてにおいて成功裡に用いられたと
しても、診断、特に感染症の診断におけるそのルーチン
使用には1つの大きな欠点がある。この欠点は、誤った
陽性または誤った陰性結果を得る可能性である。誤った
陽性結果は、通常、標本と増幅生成物との交差汚染に起
因する。このような交差汚染は、たとえば、増幅生成物
の操作からDNA抽出過程を物理的に分離するなどの良
好な実験手法を用いることにより、あるいは、使い捨て
ピペットその他の使い捨て物質を用いることにより、比
較的容易に回避できる。
【0014】一方、誤った陰性結果、すなわち、標本中
に標的核酸が存在しないという誤った試験結果は、PC
R反応自体が正しく働かなかったときに得られる。この
ような結果は、たとえば、反応がうまくいかなかったと
き、操作を誤ったとき、逆転写酵素PCR(RT−PC
R)標本にRNase(リボヌクレアーゼ)が存在する
とき、もっとも頻繁には反応標本にPCRの阻害因子が
存在するときに生じる。たとえば、ミコバクテリアなど
の微生物についてもっとも頻繁に試験される臨床標本で
ある痰は、PCRの阻害因子を含むことが知られてい
る。
【0015】感染性微生物のPCRを介した診断におい
て誤った陰性結果を得る可能性があることは、明らか
に、この技術の使用に対する重大な妨害である。このよ
うな結果を得る虞れがあるため、結果が陰性なのは標本
中に標的核酸がないからなのか、それとも増幅プロセス
がなにかしら阻害されたからなのかについて、試験者に
はわからないことになる。
【0016】核酸標本のPCR増幅において誤った陰性
結果が生じることは頻繁にあり、文献にも多く述べられ
ているが、いまだに、このような結果を防ぐための信頼
性ある方法はない。
【0017】本発明の目的は、核酸標本のPCR増幅に
おける誤った陰性結果の発生を防ぐことである。
【0018】本発明のさらなる目的は、臨床標本から直
接、感染性微生物の同定を行なうことを可能とすること
である。
【0019】本発明のさらなる目的は、誤った陰性結果
を得る虞れなしに、PCR増幅技術を用いた微生物の同
定のためのプロセスを提供することである。
【0020】これらのおよびその他の目的は以下の説明
から明らかになる。
【0021】
【課題を解決するための手段】上記に鑑み、本発明によ
れば、ポリメラーゼ連鎖反応増幅法による標本中の特定
の核酸配列の検出における陽性調節として用いるベクタ
ーにおいて、上記ポリメラーゼ連鎖反応増幅法に用いら
れるプライマーの配列と実質的に同一の配列をもつ少な
くとも1つのヌクレオチド配列を含むベクターが得られ
る。
【0022】また、本発明によれば、ポリメラーゼ連鎖
反応を用いた核酸配列の検出において、ポリメラーゼ連
鎖反応増幅法に用いられるプライマーの配列と実質的に
同一配列をもつ少なくとも1つのヌクレオチド配列を含
むベクターの使用が得られる。
【0023】さらに、本発明によれば、歯周炎病原体の
PCRを介した検出に適したプライマーが得られる。
【0024】さらに、本発明によれば、標本中の特定の
核酸の検出方法において、陽性調節ベクターの存在のも
とで、上記特定の核酸配列を含む疑いのある標本に対し
てポリメラーゼ連鎖反応を実行することを含む方法が得
られる。
【0025】本発明の第1の態様によれば、核酸標本の
PCR増幅における陽性調節として用いられるベクター
が得られる。PCR増幅の陽性調節として機能すること
により、ベクター中の特定のヌクレオチド配列は、標的
核酸と同時に、標的核酸の増幅に用いられるのと同じP
CR条件を用いて、増幅される。しかしながら、ベクタ
ー中の配列を増幅すると、標的核酸の増幅生成物とは異
なる大きさの増幅生成物が得られる。このようにして、
本発明のベクターによれば、標本中の核酸のPCRを介
した検出において、誤った陰性結果の発生を実質的に完
全に防止することができる。
【0026】本発明のベクターは、標本中の核酸のPC
Rを介した検出のコントロールを可能とする。検出され
る核酸標本は、通常、微生物または感染細胞に由来す
る。PCR増幅法を用いて検出され、本発明のベクター
を用いた陽性調節が適用される典型的な核酸には、DN
AとRNAの両方が含まれ、たとえば、感染性微生物の
ゲノムに由来するもの、がん細胞の総核酸に由来するも
の、1本鎖または2本鎖ウィルスたとえばRNAやDN
Aウィルスのゲノムに由来するもの、もしくは、2本鎖
RNAウィルス転写物などが挙げられる。あるいは、ま
たはさらに、核酸は、生体感染性微生物や真核細胞のメ
ッセンジャーRNAでもよい。
【0027】本発明のベクターとしては、遺伝子操作に
通常用いられ、簡単な操作で特定のヌクレオチド配列を
含ませて陽性調節ベクターにできるものであれば、どん
なベクターでもよい。典型的な基本ベクター、すなわ
ち、陽性調節ベクターとなすために特定のヌクレオチド
配列を含ませる操作を行なう前のベクターとしては、プ
ラスミド、ウィルス、およびバクテリオファージなどが
用いられる。これらは、自律的複製物でも、あるいは、
標準的な遺伝子工学技術を用いて人工的に製造されたも
のでもよい。
【0028】基本ベクターの選択は、本発明にとって重
要な要素ではない。しかしながら、この選択は、たとえ
ば、検出すべき核酸の種類および/またはその核酸の起
源に依存する。たとえば、PCR増幅法においてDNA
標的配列を検出するためには、ベクターとしてプラスミ
ドを用いることが好ましい。一方、RNA標的配列の検
出には、組換えRNAウィルスを用いるのが好適であ
る。ベクターの選択に影響するさらなる因子には、特定
のベクターの入手しやすさ、ベクターの大きさ、ベクタ
ーの操作の簡便性などがある。
【0029】本発明においては、ベクターとして、プラ
スミドまたはRNAウィルスを用いることが特に好まし
い。陽性調節プラスミドに転換するために操作できる好
適なプラスミドには、pBLUESCRIPT SKI
I+(登録商標)(Stratageneから入手でき
る)、pBR322、pUC19などが挙げられる。こ
こではpBLUSCRIPT SKII+が特に好まし
い。
【0030】本発明の陽性調節ベクターに転換するため
に操作できる好適なRNAウィルスとしては、目的が2
本または1本鎖RNAを検出することであるかに応じ
て、2本または1本鎖RNAウィルスのいずれかが用い
られる。通常、2本鎖RNAウィルス分子が、2本鎖ウ
ィルスの同定における陽性調節として用いられる。一
方、1本鎖RNAウィルス転写物が、1本鎖RNAウィ
ルスやメッセンジャーRNAを検出するために用いられ
る。ここでは、酵母菌やその他の細胞を汚染できない、
そして、介助ファージの助けなしには酵母菌中に複製で
きない、欠損酵母菌2本鎖RNAウィルスを用いること
が好ましい。このようなウィルスには、2本鎖RNA酵
母菌ウィルスであるXウィルス、L−A、L−BC、M
1ウィルスなどがある。ここでは特にXウィルスが好ま
しい。
【0031】本発明のベクターには、特定の核酸のPC
R増幅に用いられるプライマーの配列と実質的に同一
の、少なくとも1つのヌクレオチド配列が含まれる。ベ
クターに含まれるこのようなヌクレオチド配列の数は、
本発明にとって重要な要素ではない。通常、ベクター
は、PCR増幅に用いられるプライマーの配列と同一の
ヌクレオチド配列を、誤った陰性結果の発生を充分防止
できるだけ含んでいればよい。本発明者らは、ベクター
が1〜10個のこのような配列を含む場合にこの目的が
達成されることを発見した。しかしながら、ベクター
は、1個または2個のヌクレオチド配列を含むことが好
ましい。
【0032】上述したように、本発明のベクターは、核
酸標的のPCR増幅に用いられるプライマーの配列と実
質的に同一の、少なくとも1つのヌクレオチド配列を含
む。それぞれ異なる配列をもつ2つ以上のプライマー
を、核酸のPCR増幅に用いてもよい。この場合には、
各プライマーの配列を、陽性調節ベクターにも挿入する
必要はない。
【0033】たとえば、1つ以上の微生物またはヌクレ
オチド配列の存在を検出するために多重ポリメラーゼ連
鎖反応が実施される場合、検出すべき微生物のおのおの
に特異なプライマーを数組用いることができる。この場
合、PCR反応を監視するためには、1つの陽性調節ベ
クターで充分である。たとえば、複合歯周炎病原体の検
出において、4つのプライマーを用いることができる。
この場合、1つのプライマーはすべての病原体に共通で
あり、他の3つは各微生物に特異である。このような多
重PCR反応に用いる陽性調節ベクターは、共通のプラ
イマーの配列だけを含んでもよく、このプライマーはベ
クター核酸のセンス鎖およびアンチセンス鎖の両方に挿
入される。
【0034】しかしながら、本発明のベクターは、宿主
特異的に、すなわち、特定の微生物に由来する核酸配列
の検出を可能とするように、組み立てられることが好ま
しい。
【0035】本発明のベクターに含ませて、そのベクタ
ーを陽性調節ベクターとなすヌクレオチド配列は、核酸
配列のPCR増幅に用いられるプライマーの配列と実質
的に同一である。ベクターに挿入される配列とPCRプ
ライマー中に存在する配列に些細な相違があっても、ベ
クターの陽性調節として作用する能力に実質的に影響す
ることはないが、これらの配列は同一であることが好ま
しい。ベクターの活動に実質的な影響をもたない相違に
は、PCRプライマーの配列とベクターに挿入される対
応するヌクレオチド配列との長さの違いが含まれる。た
とえば、プライマーの配列はベクターに挿入される配列
より短くてもよく、あるいは、PCRプライマーの配列
がベクターに挿入される配列より長くてもよい。しかし
ながら、ここでは、PCRプライマーの配列とベクター
に挿入される対応する配列が同じ長さをもつことが一般
に好ましい。
【0036】ベクターに含ませて陽性調節ベクターとな
すヌクレオチド配列と、PCRプライマーの配列とは実
質的に同一であるので、PCRプライマーに対する制約
は、ベクターに含まれる配列にも同様に適用される。P
CRプライマー配列の組み立てや獲得は当業者の技術の
範囲内であり従来文献にも詳しく記載されている。たと
えば、MedprobeのOligo(登録商標)プラ
イマー分析ソフトウェアに詳述されている。
【0037】上述したように、本発明のベクターは、P
CR増幅法に用いられるプライマーと同一の、少なくと
も1つのヌクレオチド配列を含んでいればよい。2つ以
上のこのような配列がベクターに挿入された場合、配列
は互いに所定の距離をおいて好適に挿入される。ベクタ
ー内でのヌクレオチド配列間の正確な距離は、本発明に
とって重要な要素ではないが、この距離は、塩基対の数
において、ヌクレオチド配列の長さよりも長くするべき
である。この距離の決定においてさらに考慮すべきこと
は、より小さな増幅生成物すなわち標的配列がPCR増
幅法には好まれるという事実である。したがって、特定
の核酸配列を検出することが目的であるので、標的核酸
配列に比べて、陽性調節ヌクレオチド配列がより大き
く、PCR増幅にはあまり魅力的ではないことが明らか
に望ましい。好ましくは、ベクター中のプライマー間の
距離は1.5Kbよりも小さい。特に、この距離は、ベ
クター中の最長のプライマーヌクレオチド配列の長さの
約3倍に等しいことが好ましい。
【0038】本発明のベクターがPCRプライマーの配
列に実質的に等しいヌクレオチド配列を2つ以上含む場
合には、たとえば、ベクターが2つのこのような配列を
含み、各配列は同じまたは異なるプライマーに実質的に
等しい場合には、2つのヌクレオチド配列をベクターの
対向する鎖上においてベクターに挿入することが好まし
い。たとえば、プラスミドをベクターとして用いる場
合、上述したように、一方のヌクレオチド配列をセンス
鎖に挿入し、他方のヌクレオチド配列を、第1の鎖から
特定の距離をおいたアンチセンス鎖に挿入することが好
ましい。
【0039】さらなる態様において、本発明は、核酸配
列のPCRを介した検出における陽性調節として用いる
ベクターの調製方法を提供する。この方法は、適当なベ
クターに、核酸のPCR増幅において用いられるプライ
マーの配列と実質的に同一の、少なくとも1つのヌクレ
オチド配列を挿入することを含む。
【0040】選択された特定のヌクレオチド配列は、標
準的な遺伝子操作技術を用いて、基本ベクターに挿入さ
れる。選択される技術そのものは本発明にとって重要な
要素ではない。一般に、部位特異的突然変異誘発が、ベ
クター内に所望の配列を正確に挿入し、ついで、得られ
た修正ベクターの選別を行なうために好ましいことがわ
かった。
【0041】PCRにおける陽性調節に好適なウィルス
ベクターは、従来技術において標準的な技術を用いて組
み立てることができる。一般に、酵母菌ウィルスを用い
るならば、酵母菌株は、陽性調節の配列とともにそのウ
ィルスの配列を含むDNAプラスミドを用いて転換され
る。選択された形質転換体は、ウィルスの配列および陽
性調節配列を含むプラスミド転写物の複製と被包を可能
とする。
【0042】上述したように、好適なベクターは公知で
あり従来技術において充分説明されている。さらに、P
CRプライマー配列が、多様な標的核酸配列に対して知
られている。あるいは、このようなPCRプライマー配
列を、標準的なDNA合成技術により、検出すべき核酸
や微生物から得られる情報を用いて、組み立てることが
できる。一般に、このような技術は、検出すべき微生物
のDNA内の可変領域の決定を含んでいる。プライマー
は、この可変領域に含まれる情報に基づいて組み立てら
れる。このような技術のさらなる例については、後述す
る実施例2のステップAにおいて説明する。
【0043】さらなる態様において、本発明は、標本内
の特定の核酸の検出のための方法を提供する。この方法
は、陽性調節ベクターの存在のもとで、特定の核酸配列
を含む疑いのある標本に対しポリメラーゼ連鎖反応を実
施することを含む。
【0044】本発明の本態様の方法に用いられる陽性調
節ベクターは、上述したベクターのいずれでもよい。
【0045】患者から標本を得るための方法およびこの
標本から核酸を収集する方法については公知であり従来
技術において充分説明されている。本発明においては、
標的核酸を収集する標本は、限定されない。本発明者ら
は、本発明によれば、どんな典型的な臨床標本から得ら
れた核酸に対しても直接的な試験が可能となることを見
い出した。このような標本には、尿、血液、痰、脊髄液
などが含まれる。核酸の収集の技術としては、たとえ
ば、遠心沈殿法、核酸を解放するための細胞溶解、細胞
壁を破壊するための煮沸などが挙げられる。
【0046】PCR増幅法の実施はやはり従来技術にお
いてよく知られており、たとえば米国特許明細書第4,
683,195号および第4,683,202号に記載
されている。一般に、PCR増幅は、(1)熱変性、
(2)アニーリング、(3)伸長、の3つの異なる段階
を含む。本発明の本態様の方法において、これらの3段
階に次の範囲の温度を用いることが特に好ましい。
【0047】(1)熱変性:約92〜96℃、好ましく
は約94℃、(2)アニーリング:約37〜72℃、好
ましくは約68℃、(3)伸長:約72〜74℃、好ま
しくは約72℃。
【0048】また、第1のアニーリング−拡張サイクル
を開始する前に時間を延長して標本の熱変性を行なうこ
と、および、最後のサイクルの終りに時間を延長して標
本の伸長を行なうこと、が好ましい。この延長した熱変
性ならびに伸長の正確な時間は、用いられる標本と条件
に依存するが、それぞれ2〜30分、好ましくは約10
分で充分であることが、本発明者らにより見い出され
た。
【0049】本発明の本態様の方法において、PCR増
幅技術は、所望に応じて何サイクルでも実施できる。上
述のとおり、完全なサイクルは熱変性期間、アニーリン
グ期間、伸長期間を含む。サイクル数、あるいは増幅時
間全体の長さは、本発明にとって重要な要素ではない。
しかしながら、充分な増幅生成物を製造して標本内の所
望の核酸の有無を決定するには、通常20〜40サイク
ルで充分であることが、本発明者らにより見い出され
た。特に、30サイクルの増幅が好ましい。
【0050】PCR増幅から生じる増幅生成物は、核酸
断片の視覚化のための標準的な手法を用いて視覚化する
ことができる。たとえば、断片をアガロースゲル上で走
行させ、断片を適宜染色する。このような視覚化の特に
好適な方法としては、増幅生成物をたとえば2%アガロ
ースゲル上で走行させ、断片を臭化エチジウムで染色す
る。このような技術は公知である。
【0051】上述したように、PCR増幅混合物におけ
る陽性調節ベクターの存在により、誤った陰性結果の発
生が防止される。すなわち、標的核酸断片が存在してい
るのに、陰性の結果が出ることが防止される。ポリメラ
ーゼ連鎖反応を介した核酸配列の検出の増幅生成物を観
察するとき、つぎの3つの可能性が生じる。
【0052】1.陽性調節ベクターのみの増幅生成物に
対応する、唯一のバンドが存在する。
【0053】この場合には、試験標本中に標的核酸断片
が存在しないことが明らかである。
【0054】2.陽性調節ベクターの増幅生成物に対応
するものと、標的核酸配列の増幅生成物に対応するもの
との、2つのバンドが存在する。この場合には、標的核
酸配列は良好に検出され、PCR増幅は阻止されなかっ
た。
【0055】3.陽性調節ベクターの増幅生成物、ある
いは、標的核酸配列の増幅生成物に対応するバンドはま
ったく存在しない。この場合には、PCR増幅が何らか
の形で阻止されたのであり、標本中の標的核酸配列の有
無に関する結論を出すことはできない。
【0056】本発明は、また、核酸配列のPCRを介し
た検出における陽性調節ベクターの使用を提供する。こ
のようなベクターの使用は、患者から得られた標本から
直接、微生物すなわち微生物の核酸要素を検出するにあ
たり、極めて有用であると期待される。
【0057】本発明はさらに、標本、特に臨床標本にお
ける核酸のPCRを介した検出に用いられるキットであ
って、検出すべき核酸に特異な陽性調節ベクターと、D
NA抽出および増幅試薬からなるキットを提供する。
【0058】
【実施例】以下、実施例を参照して、本発明についてさ
らに説明する。
【0059】実施例1 ヒト結核菌またはウシ結核菌の検出 A.陽性調節プラスミドpPG10の調製 プラスミドpPG10は、一般に入手できるプラスミド
であるpBLUESCRIPT SKII+(登録商
標)[Stratageneから入手できる]を出発体
として製造できる。pBLUESCRIPT SKII
+は、アンピシリン耐性のための遺伝子と、大腸菌
(E.coli)複製源と、1本鎖DNAのF1複製源
とを含む。
【0060】核酸中のチミジン残基のいくらかをウラシ
ルに置換したプラスミドpBLUESCRIPT SK
II+の1本鎖DNAは、介助ファージKO7[Bio
radより入手可能]を用いて、大腸菌株CJ236
[BRLより入手可能]を転換することにより得られ
た。1本鎖DNAは、エチレングリコールを用いて沈殿
され、ついで、「分子クローニング:実験マニュアル
(Molecular Cloning:Labora
tory Manual)」においてSambrook
et alにより説明された技術を用いて、アガロー
スゲル電気泳動により精製された。
【0061】2つのプライマーIS41およびIS43
[Plikyatis et al、Mol.Cel.
Probes 5(1991)215]の配列を含み、
下記にオリゴヌクレオチドAおよびBとして示された配
列をもつ突然変異鎖DNAが、Bioradより入手で
きるT7DNAポリメラーゼを用いて調製され、つづい
て、突然変異誘発生成物の大腸菌株DH5αへの転換が
行なわれた。プライマーIS41およびIS43は、I
S6110として知られるヒト結核菌およびウシ結核菌
のゲノムにおける反復要素を認識する。大腸菌株DH5
αによりウラシルを含むDNA鎖を除去することがで
き、これにより、自動的に突然変異鎖を選択する。形質
転換体からのDNAはアルカリ溶解により得られ、突然
変異体は、制限酵素SspIおよびEcoRIを用い
て、DNAの消化により検出された。
【0062】2つのオリゴヌクレオチドプライマーは、
1250個の塩基対の間隔をおいてプラスミドに挿入さ
れる。
【0063】突然変異誘発性オリゴヌクレオチドAは下
記の配列[配列ID番号1]を有する:
【数1】
【0064】ヌクレアーゼSspIのための制限部位は
太字で示され、オリゴヌクレオチドプライマーIS41
の配列には下線が付されている。
【0065】突然変異誘発性オリゴヌクレオチドBは下
記の配列[配列ID番号2]を有する:
【数2】
【0066】オリゴヌクレオチドBの配列において、ヌ
クレアーゼEcoRIのための制限部位は太字体で示さ
れ、下線を付した配列はオリゴヌクレオチドプライマー
IS43の配列である。
【0067】プラスミドpBLUESCRIPT SK
+内へ組み込んだオリゴヌクレオチドAの部位特異的突
然変異誘発は、プラスミド配列の2850の位置の、プ
ラスミドのSspI部位に、プライマーIS41の配列
を導入する。制限部位はこのプロセス中に削除される。
同様にして、オリゴヌクレオチドBの部位特異的突然変
異誘発は、プラスミドの配列の1095の位置の、プラ
スミドのAluI制限部位に、プライマーIS43の配
列を導入する。これによりその制限部位を削除し、新た
なEcoRI部位を作る。
【0068】プラスミドpPG10(図1)は、Ssp
I部位の欠失、親プラスミドのAluI部位、および1
095の位置に新たに作られたEcoRI部位の存在に
より特徴づけられる。
【0069】プラスミドpPG10は、つぎに、IS4
1およびIS43の配列をプライマーとして用いるポリ
メラーゼ連鎖反応を用いて分析され、予定された125
0個の塩基対増幅生成物が得られた。
【0070】 B.ヒト結核菌およびウシ結核菌のPCR検出 ミコバクテリア以外のすべての微生物を溶解するため
に、痰標本を水酸化ナトリウム30mlで処理した。つ
ぎに、標準的な手法を用いて、13rpmの遠心分離を
行ない、標本を濃縮した。得られたペレットを食塩水で
洗浄し、再びペレット状にし、水中に再懸濁した。
【0071】痰懸濁液の標本500μlを、1.5ml
超小型遠心管にピペット注入し、13rpmで標本の遠
心分離を行なった。つぎに、1mlの10mMトリス
(ヒドロオキシメチル)アミノメタン塩酸(Tris−
HCL)(pH8.0)、トリスEDTA(TE)緩衝
液中の1mMエチレンジアミン四酢酸(EDTA)を用
いて得られたペレットを洗浄し、再び遠心分離を行なっ
た。得られたペレットを、リゾチーム20mg/mlを
含むTE緩衝液75μl中に再懸濁した。その後、37
℃で2時間にわたってインキュベートした。この時間の
最後に、2MのNaOH25μlおよび20%のドデシ
ル硫酸ナトリウム(SDS)を用いた処理と、溶液の5
分間の煮沸を行なって、ミコバクテリアを溶解した。つ
ぎに50μlの1N塩酸水溶液で標本を中和し、13r
pmでふたたび遠心分離を行なった。
【0072】そして、つぎのようにして、痰標本からP
CR阻害因子を取り除いた。Promegaから入手し
た「マジック ミニプレップ(Magic Minip
rep)」(登録商標)キットを用いて、標準的な技術
により、DNAを上澄みから抽出した。ただし、ゲノミ
ックDNAの沈殿を避けるため、2.55MのKOAc
(pH4.8)のかわりに1M塩酸水溶液を用いて中和
を行なった。つぎに、200mMトリスHCl(pH
7.5)と、5mMのEDTAと、0.2M塩化ナトリ
ウムと、50%エタノールとの溶液2mlで、カラムを
洗浄した。DNAは、水50μl中でカラムから溶出し
た。
【0073】つぎに、50μlの最終容積をもつ溶液中
で、ポリメラーゼ連鎖反応を実施した。この溶液は、2
00μMのdATP、dCTP、dTTP、dGTP
と、2.5単位のTaqポリメラーゼ、10mMのトリ
スHCl(pH8.3)、50mMのKCl、1.5m
MのMgCl2、0.5μlのプライマー、上記のステ
ップAにおいて説明したように調製された10pgの制
御プラスミドpPG10からなる。そして、痰標本から
精製された5μlのDNAをこの反応混合物に添加し
た。PCR反応の開始前に、DNAの熱変性を10分間
行なった。各PCRサイクルは、熱変性、アニーリン
グ、伸長からなり、各サイクルの温度と時間はつぎのと
おりであった。熱変性は94℃で2分間、アニーリング
は68℃で2分間、伸長は72℃で2分間であり、これ
を30サイクル行なった。各ステップの時間を、各サイ
クルの終了時に5秒ずつ増加した。最終サイクルの最後
に、10分間にわたって生成物を充分伸長した。
【0074】このPCR生成物の分析は、標本を2%の
アガロースゲル上で走行させ、臭化エチジウムで染色す
ることにより行なわれた。
【0075】ステップAで説明したように、陽性調節プ
ラスミドのみが、約1250個の塩基対を有するバンド
の生成をもたらす。IS6110標的配列の良好な増幅
は、約317個の塩基対を有するバンドの生成をもたら
す。したがって、317個の塩基対を有するバンドと、
1250個の塩基対を有するバンドの、2つのバンドが
存在する場合、このことは、IS6110標的配列が良
好に増幅され、当該標本がヒト結核菌かウシ結核菌のい
ずれかを含むことを示す。一方、染色によって、125
0個の塩基対に相当するバンド1つだけが現れたなら
ば、これは、標本中に標的IS6110配列が存在しな
いこと、したがってミコバクテリア感染がないことを示
す。まったくバンドがあらわれない場合、もしくは、少
なくとも317個または1250個の塩基対のいずれか
に相当するバンドが存在しない場合には、これは、PC
Rが阻害されたことを示している。
【0076】分析結果を図2に示す。この図は、13個
の臨床標本の分析を示す。微生物学的データおよび臨床
データの間の良好な相関が得られた。1250個の塩基
対のバンドは、4欄および9欄を除くすべての標本中に
存在する。すなわち、4欄と9欄の標本においてはPC
Rが働かなかったことになる。2欄および6欄の標本の
みが、317個の塩基対のバンドの存在を示している。
すなわち、これらの標本のみがミコバクテリアを含んで
いたことを示している。M欄は分子量マーカーである。
【0077】実施例2 歯周疾患を起こす微生物の検出 A.プライマーの調製 歯周疾患に関与するとして知られる3つの微生物、すな
わち、Actynomyces actynomyce
temcomitans、Bacteroides i
ntermedius、Bacteroides gi
ngivalisのためのプライマーを生成した。3つ
の微生物のDNA配列揃えは、遺伝子バンクに収容され
た情報を用いて行なわれた。増幅のために選択された座
位は、168リボソームDNAにおける高度に可変の領
域であり、下記に述べるように、共通のプライマーU3
を設計するために用いられる保存配列を含む。3つの微
生物Actynomyces actynomycet
emcomitans、Bacteroides in
termedius、Bacteroides gin
givalisのそれぞれに特異なオリゴヌクレオチド
は、この座位の内部の可変領域から設計され、異なる大
きさの断片を増幅した[Bi:168塩基対、Aa:2
55塩基対、Bg:342塩基対]。各プライマーがそ
の微生物に特異であるという事実は、配列揃えを利用し
て、DNA分析プログラム(Macaw(登録商標))
を用いて証明された。この特異性は、PCR増幅におい
て他のバクテリアからのDNAを用いることにより、経
験的に示された。この場合には、増幅生成物は得られな
かった。
【0078】B.プラスミドpPGU3の調製 上記実施例1のステップAにおいて述べたと同様な手順
にしたがって、ただし、下記に示す配列[配列ID番号
3]を有する突然変異誘発性オリゴヌクレオチドMUT
U3を用いて、オリゴヌクレオチドプライマーU3の配
列を親プラスミドpBLUESCRIPT SKII+
に挿入し、突然変異プラスミドpPGU3を得た。
【0079】突然変異誘発性オリゴヌクレオチドMUT
U3:
【数3】
【0080】pBLUESCRIPT SKII+の1
095の位置のAluI部位内へ組み込んだU3の配列
の部位特異的突然変異誘発は、その部位の削除と新たな
XhoI部位(太字で示す)の創出をもたらす。プライ
マーU3の配列には下線が付されている。プラスミド
は、新たなXhoI部位の存在およびAluI部位の欠
失によって特徴づけられる。
【0081】部位特異的突然変異誘発により作られたプ
ラスミドは、pPGMUTU3と呼ばれた。このプラス
ミドのXhoI断片を、標準的な技術を用いて二次クロ
ーン化し、Klenow断片DNAポリメラーゼを用い
て平滑末端化を行ない、制限酵素EcoRIを用いて切
断した。この切断断片は、制限酵素SmaIおよびEc
oRIで切断されたpPGMUTU3に挿入された。
【0082】得られたプラスミドpPGUSの構造を図
3に示す。このプラスミドにPCR増幅を実施し、その
結果、約850塩基対の長さの増幅生成物が得られた。
【0083】 C.標本中の歯周疾患を起こすバクテリアの検出 歯周ポケットすなわち歯周溝の歯根域に無菌吸収性尖紙
(paper point)(Johnson & J
ohnson、第2716号)を穏やかに挿入すること
により、標本を収集した。10秒後、尖紙を取り出し、
500μlの食塩水を入れた1.5mlエッペンドルフ
管に移した。このエッペンドルフ管を、30秒間、ボル
テックス振とうすることにより溶菌斑標本中の微生物を
尖紙から溶出させた。尖紙を取り出した後、20μlの
標本を700μl管に入れ、細胞を分断するために5分
間にわたり煮沸した。
【0084】上記の配列ID番号3において下線で示さ
れた配列[配列ID番号4]をもつプライマーU3は、
3つの微生物Actynomyces actynom
ycetemcomitans、Bacteroide
s intermedius、Bacteroides
gingivalisに共通である。これら3つの微
生物を識別するために、PCR反応に用いられるプライ
マーは、それぞれ、微生物の1つずつに特異なものとし
た。すなわち、プライマーAA2[配列ID番号5]
は: CGT GCC AGC AGC CGC GGT AAT ACG なる配列をもち、A.actynomycetemco
mitansに特異であり、255塩基対をもつPCR
増幅生成物を生じる。
【0085】プライマーB17[配列ID番号6]は: CAT GAA TTC CGC CTG CGC TGC GTG TAC TCG GG なる配列をもち、微生物B.intermediusに
特異であり、168塩基対をもつPCR増幅生成物を生
じる。
【0086】プライマーBG8[配列ID番号7]は: TTG GCC GCT TAC TGT ATA TCG CAA ACA GCG AG なる配列をもち、微生物B.gingivalisに特
異であり、342塩基対をもつPCR増幅生成物を生じ
る。
【0087】PCRに用いられる溶液は、50μlの最
終容積をもち、200μMのdATP、dCTP、dG
TP、dTTPと、2.5単位のTaqポリメラーゼ
と、10mMのトリス塩酸(pH8.3)と、50mM
のKClと、1.5mMのMgCl2と、0.5μlの
3つのプライマーBG8、B17、AA2の混合物と、
1.5μMのU3プライマーと、1pgの陽性調節プラ
スミドpPGU3と、5μlの煮沸溶菌斑標本とを含ん
でいた。この混合物に対して、10分間の熱変性を行な
ったのち、30サイクルのPCRを実施した。これらの
サイクルは、94℃で2分間の熱変性と、68℃で2分
間のアニーリングと、72℃で2分間の伸長とを含み、
各サイクルの終了時に各ステップの時間を5秒ずつ増加
させた。最終サイクルの終りに、10分間にわたり、生
成物を充分伸長した。
【0088】標本を3%アガロースゲル上で走行させ、
臭化エチジウムで染色することにより、PCR生成物を
視覚化した。その結果は図4および下記を参照して説明
される。
【0089】3つの微生物すべてを含む臨床標本では、
PCR増幅生成物は、168、255、342、850
塩基対のバンドを示す。標本中にバクテリアのどれかが
存在する場合には、そのバクテリアに特異な増幅断片に
対応するバンドが染色後に現れる。3つの微生物のいず
れも標本中に存在しない場合には、850塩基対のバン
ドのみが現れる。PCR反応が阻害された場合には、1
68、255、342、850塩基対のいずれのバンド
も現れない。
【0090】図4には、11の臨床標本から抽出された
DNA抽出物の増幅結果が示されている。M欄は分子量
マーカー(φX174HaeIIIマーカー)、1〜1
1欄は1つ、2つ、3つの微生物を含む標本、ダッシュ
(−)を付した欄は負の対照である。
【0091】実施例3 血液標本中のC型肝炎の検出 A.PCR陽性調節ウィルスの作成 次の配列[配列ID番号8および9]をもつプライマー
MHCV1およびMHCV2を用いて、C型肝炎含有標
本の逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応により、C型肝炎
ウィルス5’非翻訳領域が得られた。
【0092】
【数4】
【0093】
【数5】
【0094】これらの配列において、SmaI制限部位
は太字で示され、5’非翻訳領域の配列には下線が付さ
れている。
【0095】逆転写酵素PCR増幅生成物は、SmaI
で消化され、平滑末端を生じ、pRE89のXmnI部
位にクローンされた。pRE89は、酵母菌PCK1プ
ロモーターにより発現が推進される欠損酵母菌2本鎖R
NAウィルスであるXウィルスの、cDNAクローンで
ある。結紮(リゲーション)生成物は大腸菌株DH5α
に転換された。PCRにより、PCRのプライマーとし
て5’非翻訳領域(「外部プライマー」)の配列を用い
て、組換え体を選別した。
【0096】C型肝炎ウィルスの5’非翻訳領域を含む
プラスミドはpPG15と呼ばれ、その構成は制限分析
と配列決定により確認された。
【0097】つぎに、C型肝炎ウィルス保存領域の5’
非翻訳領域のヌクレオチド−127から−170に広が
る内部削除が行われる。これにより、削除される断片と
相補型の配列をもつリポータープローブを用いる場合
に、C型肝炎ウィルスの増幅生成物と陽性調節の増幅生
成物との識別を可能とする。このステップにより、Ba
mHI制限部位のDNAへの導入も可能となり、クロー
ニングが容易になった。T7DNAポリメラーゼ(Bi
orad)および下記の配列[配列ID番号10]を有
する突然変異誘発性プライマーMHCV3を用いたオリ
ゴヌクレオチド突然変異誘発により、内部削除が作り出
された。
【0098】
【数6】
【0099】上記の配列において、新たに導入されたB
amHI部位の配列は太字で示され、5’−非翻訳領域
には下線が付されている。
【0100】突然変異体は、反応プライマーとして外部
プライマーを用いたPCRを用いて判別された。この、
pPG16と呼ばれるプラスミドが正確な構成は、配列
決定により確認された。
【0101】つぎに、プラスミドpPG16は、オリゴ
ヌクレオチド陽性調節プローブの配列を含む150塩基
対の断片に対する宿主として用いられた。この配列は、
標準的な技術を用いて、pPG16のBamHI部位に
挿入された。下記のヌクレオチドプライマー[配列ID
番号11および12]を用いて、プラスミドpBLUE
SCRIPT SKII+から、PCRにより、DNA
断片が得られた。
【0102】
【数7】
【0103】
【数8】
【0104】BamHI部位は太字体で示されている。
【0105】pBLUESCRIPT SKII+プラ
スミドに対してPCRを実施することにより得られた増
幅生成物は、つぎに、酵素BamHIで制限された。得
られた線形DNAは、プラスミドpPG16に挿入され
た。このプラスミドは前もってBamHIで切断された
ものである。得られたプラスミドは、大腸菌株DH5α
の転換に用いられた。結紮混合物と形質転換体は、PC
Rにより、反応においてC型肝炎ウィルス外部プライマ
ーを用いて判別された。最後に、その構成を配列分析に
より確認した。
【0106】pPG17と称され、図5および以下にそ
の構造を示す新たな組換えプラスミドは、C型肝炎ウィ
ルス5’非翻訳領域に挿入された陽性調節プローブ配列
を含んでいた。これは、また、XウィルスcDHAクロ
ーンにも挿入された。その転写は酵母菌PGK1プロモ
ーターの制御下において行なわれた。
【0107】つぎに、1本鎖および2本鎖RNA突然変
異ウィルスゲノムは、以下のようにして得られた。酵母
菌株Y59[American Type Cultu
reCollection, ATCCより入手可能]
(アルファ、trp1、ski2、L−A−HN、M
o)は、上述したように調製されたプラスミドpPG1
7で転換された。このプラスミドpPG17は、陽性調
節配列を含む組換えXウィルスをコード化するものであ
る。形質転換体は、H−Trp板上にプレーティングす
ることにより選別された。酵母菌株Y59は、RNA依
存RNAポリメラーゼと、X主被覆プロテインを供給す
るとして知られているL−A介助ウィルスを含んでい
る。この酵母菌は、ウィルス配列を含むpPG17転写
体の複製と被包を可能とする。pPG17の転写は、酵
母菌RNAポリメラーゼを用いて、PGK1プロモータ
ーにより推進される。
【0108】つぎに、選別された形質転換体を、2日間
にわたり、30℃で、トリプトファンなしに、BRLか
ら購入した合成培地において成長させた。J.Bio
l.Chem.263(1988)454ページにおい
てFujimurara &Wicknerにより説明
された手法にしたがって、塩化カルシウム遠心分離によ
り、ウィルス粒子が得られた。突然変異ウィルスの複製
型は、標準的な技術を用いて、電気泳動により、分離さ
れた。PCRを用いたpPG17の増幅により、342
塩基対の断片に相当するバンドが生成された。
【0109】B.血液標本中のC型肝炎ウィルスの検出 Hepatology 14(1991)51ページに
おいてCristiano et alにより説明され
た条件と技術にしたがって、RNAが、血液標本から分
離された。上記ステップAに説明されたようにして調製
された陽性調節RNAの量を変化させて、すなわち、1
0から10000分子量の範囲で、逆転写酵素PCR
(RT−PCR)を実行した。RT−PCRの手順は上
記Cristiano et alにおいて説明されて
いるとおりである。
【0110】増幅生成物は、臭化エチジウムで染色した
2%アガロースゲルにおいて分析された。もしC型肝炎
ウィルスが標本中に存在すれば、259塩基対を有する
断片に相当するバンドが生成される。一方、陽性調節ウ
ィルスの増幅生成物は、上述したように、342塩基対
に等しい。標本中にC型肝炎ウィルスが存在する場合に
得られた2つのバンドは、陽性調節ウィルスとC型肝炎
ウィルスの5’非翻訳領域をオリゴヌクレオチドプロー
ブとして用いて、ハイブリダイゼーション技術により、
さらに特徴づけられる。
【0111】実施例4 ヒト細胞におけるインターロイキン−2mRNAレベル
の検出と測定 A.PCR陽性調節組換えウィルスの組み立て 上記実施例3のステップAにおいて説明したものと同様
な手順にしたがう。ただし、XcDNAクローンに導入
される配列は、約500塩基対により分離される2つの
プライマー配列からなるものであった。
【0112】下記の配列[配列ID番号13]を有する
突然変異オリゴヌクレオチドMIL2を用いて、インタ
ーロイキン−2(IL−2)センスおよびIL−2アン
チセンス相補配列を、XcDNAクローンPRESに挿
入した。ここで、BamHI部位は太字体で示され、I
L2プライマーの配列には下線が付されている。
【0113】
【数9】
【0114】このプライマーは、オリゴヌクレオチドI
L2SおよびIL2ASをプライマーとして用いたPC
Rにより、2本鎖型に変換された。このプライマーは、
酵素XmnIで切断されたpRE89に結紮され平滑末
端を形成した。得られた結紮混合物を用いて、大腸菌株
DH5αを転換した。形質転換体は制限分析を用いて判
別された。構成は、配列分析によりさらに特徴づけられ
た。得られたプラスミドはpPG21と呼ばれた。
【0115】上記実施例3のステップAに概説された手
順にしたがって、ただし、PBS12のかわりに突然変
異誘発性プライマーPBS15[配列ID番号14]を
用いて、陽性調節配列を含む500塩基対のDNA断片
が、上記のようにして調製されたpPG21のBamH
I部位に挿入された。
【0116】
【数10】
【0117】BamHI部位は太字体で示されている。
【0118】このようにして得られた、500塩基対に
より分離されたIL−2プライマー配列を含む突然変異
XcDNAクローンは、pPG22と呼ばれた。PCR
およびIL−2プライマーを用いてこのプラスミドの増
幅を行なったところ、この陽性調節は約554塩基対の
バンドをもたらした。
【0119】図6に示した構造をもち、上記のようにし
て調製されたプラスミドpPG22を用い、上記の実施
例3のステップAに記載されたものと同様な手順にした
がって、酵母菌細胞を転換し、IL−2陽性調節のRN
A配列を含む突然変異ウィルスゲノムを得た。
【0120】Eur.J.Immunol.21(19
91)1187ページにおいてMcKnightにより
概説された手順にしたがって、RNAが、ヒト細胞から
分離された。用いられたRT−PCRの条件もこの論文
に記載されている。PCRを実行するため、10から1
0000分子の制御RNAを、RNA標本に添加した。
臭化エチジウムで染色した2%アガロースゲルを用い
て、得られたバンドすなわち410塩基対のバンドおよ
び554塩基対のバンドとを視覚化したのち、反応にお
いて陽性調節ウィルスを存在させたことにより、正確な
結果が保証されることが明らかとなった。
【0121】実施例5 ヒト結核菌65KDa抗原mRNAの検出 A.陽性制御組換えウィルスの作成 Mol.Microbiol.3(1989)843ペ
ージにおいてHanceにより説明された下記の2つの
プライマーが、陽性調節ウィルスの作成に用いられた。
【0122】TB−1[配列ID番号15]: 5’
−GAGATCGAGCTGGAGGATCC−3’
【0123】TB−2[配列ID番号16]: 5’
−AGCTGCAGCCCAAAGGTGTT−3’
【0124】TB−1は、65KDa抗原をコード化す
る核酸の塩基397から416に由来するセンスプライ
マーである。一方、TB−2は塩基554から535に
由来するアンチセンスプライマーである。
【0125】陽性調節ウィルスは、上記実施例4のステ
ップAにおける説明と同様にして作成された。BamH
I制限部位から分離されたTB−1およびTB−2配列
は、突然変異誘発性オリゴヌクレオチドMTB65KD
[配列ID番号17]を用いて、XcDNAクローンp
RE89に挿入された。
【0126】
【数11】
【0127】ここで、BamHI部位は太字体で示され
ている。
【0128】このプライマーは、PCRにより、オリゴ
ヌクレオチドTB−1およびTB−2をプライマーとし
て用いて、2本鎖型に変換された。得られた生成物は、
pRE89のXmnI部位への平滑末端結紮を用いて結
紮された。
【0129】得られたプラスミドを用いて、大腸菌株D
H5αを転換した。形質転換体は、制限分析を用いて判
別された。構成は、配列分析を用いてさらに特徴づけら
れた。得られたプラスミドはpPG25と呼ばれた。
【0130】上記実施例4のステップAに概説された手
順にしたがって、500塩基対の陽性調節配列が得ら
れ。プラスミドpPG25に挿入された。得られたプラ
スミドpPG26は、図7に示された構造を持ち、Xc
DNA配列に挿入された陽性調節プローブを含む500
塩基対配列により分離されたプライマーTB−1および
TB−2の配列を含んでいた。TB−1およびTB−2
配列をプライマーとしてこのプラスミドのPCR増幅を
行なうと、548塩基対のバンドが現れる。
【0131】上記実施例3のステップAに概説された手
順にしたがって、プラスミドpPG26を用いた酵母菌
細胞の転換により、ヒト結核菌65KDa抗原陽性調節
のRNA配列を含む突然変異ウィルスゲノムが得られ
た。
【0132】 B.標本中のヒト結核菌の65KDa抗原のPCR検出 ガラスビーズとフェノル−クロロフォルムの存在のもと
で、音波破砕により、ミコバクテリア細胞を、PCR用
に調製した。フェノルークロロフォルム溶液を用いた3
回の抽出ののち、RNAが沈殿し、RNaseを含まな
い水中に再溶解された。可変量の、すなわち,10〜1
0000分子の陽性調節RNAをPCR混合体に添加
し、標準的な技術を用いてRT−PCRを実施した。
【0133】増幅生成物は、2%アガロースゲル中を走
行させ臭化エチジウムで染色することにより、視覚化さ
れた。約383および548塩基対(それぞれ65KD
a抗原および陽性調節配列に対応する)のバンドの存在
により、PCRが完全であり、誤った陰性結果が回避さ
れたことが示される。これらのバンドは、陽性調節およ
びTB−1およびTB−2配列をプローブとして用いた
ハイブリダイゼーションによりさらに特徴づけられる。
【0134】配列の一覧表 (1) 一般情報 (i) 出願人 (A) 名称:PHARMA GEN S.A. (B) 住所:CALLE DE CALERA,3 (C) 都市:マドリッド (E) 国:スペイン (F) 郵便番号(ZIP):28760 (G) 電話番号:(91) 803 20 00 (H) ファックス番号:(91)803 11 43 (ii)発明の名称:微生物のPCRを介した検出のコント
ロール (iii) 配列数:17 (iv)コンピューター読取り形態 (A) 媒体の種類:フロッピーディスク (B) コンピューター:IBM PC互換 (C) オペレーティングシステム:PC−DOS/MS−
DOS (D) ソフトウェア:PatentIn リリース#1.
0、バージョン#1.25(EPO) (vi)先の出願: (A) 出願番号:GB 9217368.1 (B) 出願日:1992年8月14日 (vi)先の出願: (A) 出願番号:GB 9303498.1 (B) 出願日:1993年2月22日 (vi)先の出願: (A) 出願番号:GB 9309198.1 (B) 出願日:1993年5月5日 (vi)先の出願: (A) 出願番号:GB 9309195.7 (B) 出願日:1993年5月5日
【0135】(2) 配列ID番号1の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:51塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:ヒト結核菌 (xi)配列記述:配列ID番号:1: CTCTTCCTTT TTCAATCCTG CGA
GCGTAGG CGTCGGATTG AAGCAT
TTAT C
【0136】(2) 配列ID番号2の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:53塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:ウシ結核菌 (xi)配列記述:配列ID番号:2: GTTCGGCTGC GGCGAATTCT GGC
GTGGACG CGGCTGAGGC GGTAAT
ACGG TTA
【0137】(2) 配列ID番号3の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:60塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:A.ACTYNOMYCETEMCOMI
TANS、B.INTERMEDIUS、B.GING
IVALIS (xi)配列記述:配列ID番号:3: GGCGAGCGGT ATCAGCTCGA GCG
TGCCAGC AGCCGCGGTA ATACGC
TCAC TCAAAGGCGG
【0138】(2) 配列ID番号4の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:24塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:A.ACTYNOMYCETEMCOMI
TANS、B.INTERMEDIUS、B.GING
IVALIS (xi)配列記述:配列ID番号:4: CGTGCCAGCA GCCGCGGTAA TAC
【0139】(2) 配列ID番号5の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:24塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:ACTYNOMYCES ACTYNOM
YCETEMCOMITANS (xi)配列記述:配列ID番号:5: CGTGCCAGCA GCCGCGGTAA TAC
【0140】(2) 配列ID番号6の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:32塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:BACTEROIDES INTERME
DIUS (xi)配列記述:配列ID番号:6: CATGAATTCC GCCTGCGCTG CGT
GTACTCG GG
【0141】(2) 配列ID番号7の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:32塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:BACTEROIDES GINGIVA
LIS (xi)配列記述:配列ID番号:7: TTGGCCGCTT ACTGTATATC GCA
AACAGCG AG
【0142】(2) 配列ID番号8の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:24塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:HEPATITIS C VIRUS (xi)配列記述:配列ID番号:8: CCCGGGCGAC ACTCCACCAT AGA
【0143】(2) 配列ID番号9の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:25塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:YES (vi)起源: (A) 微生物:HEPATITIS C VIRUS (xi)配列記述:配列ID番号:9: GGGCCCATGG TGCACGGTCT ACG
AG
【0144】(2) 配列ID番号10の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:33塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:HEPATITIS C VIRUS (xi)配列記述:配列ID番号:10: TGCAGCCTCC AGGATTCCAA TTG
CCAGGAC GAC
【0145】(2) 配列ID番号11の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:26塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:HEPATITIS C VIRUS (xi)配列記述:配列ID番号:11: CCTAGGTTCT ATGGATAACC GTA
TTA
【0146】(2) 配列ID番号12の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:26塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:YES (vi)起源: (A) 微生物:HEPATITIS C VIRUS (xi)配列記述:配列ID番号:12: GGATCCGCAT TAATGAATCG GCC
AAC
【0147】(2) 配列ID番号13の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:56塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:INTERLEUKIN−2 (xi)配列記述:配列ID番号:13: CATGTACAGC ATGCAGCTCG CAT
CCGGATT CCATGATGAG CCAGCA
ACTG TGGTGG
【0148】(2) 配列ID番号14の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:26塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:INTERLEUKIN−2 (xi)配列記述:配列ID番号:14: GGATCCACGA CTCACTATAG GGC
GAA
【0149】(2) 配列ID番号15の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:20塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:MYCOBACTERIUM TUBER
CULOSIS 65KDA ANTIGEN (x) 刊行の情報: (A) 著者:HANCE (B) 雑誌:Mol.Microbiol. (D) 巻:3 (F) ページ:843〜 (G) 日付:1989 (K) 配列ID番号15における関連残基:1〜20 (xi)配列記述:配列ID番号:15: GAGATCGAGC TGGAGGATCC
【0150】(2) 配列ID番号16の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:20塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:YES (vi)起源: (A) 微生物:MYCOBACTERIUM TUBER
CULOSIS 65KDA ANTIGEN (x) 刊行の情報: (A) 著者:HANCE (B) 雑誌:Mol.Microbiol. (D) 巻:3 (F) ページ:843〜 (G) 日付:1989 (xi)配列記述:配列ID番号:16: AGCTGCAGCC CAAAGGTGTT
【0151】(2) 配列ID番号17の情報 (i) 配列の特徴 (A) 長さ:47塩基対 (B) 種類:核酸 (C) 鎖:1本 (D) トポロジー:線形 (ii)分子型:cDNA (iii) 仮説的:NO (iii) アンチセンス:NO (vi)起源: (A) 微生物:MYCOBACTERIUM TUBER
CULOSIS 65KDA ANTIGEN (xi)配列記述:配列ID番号:17: GAGATCGAGC TGGAGGATCC GGA
TTCCAAC ACCTTTGGGC TGCAGC
【0152】
【発明の効果】上述したように、本発明によれば、標本
のPCR増幅に際して陽性調節ベクターを用いることに
より、誤った陰性結果の発生が防止される。すなわち、
標的となる核酸が存在しているのに、陰性の結果が出る
ことが防止される。
【図面の簡単な説明】
【図1】プラスミドpPG10の構造を示す概略図であ
る。
【図2】陽性調節プラスミドpPG10の存在のもと
で、ヒト結核菌および/またはウシ結核菌の検出中に形
成される増幅生成物の臭化エチジウム染色アガロースゲ
ルの写真である。Mは分子量マーカーであり、1〜13
欄は分析される臨床標本である。
【図3】プラスミドpPGU3の構造を示す概略図であ
る。
【図4】陽性調節プラスミドpPGU3の存在におい
て、歯周疾患を起こすバクテリアの検出中に形成される
増幅生成物の臭化エチジウム染色アガロースゲルの写真
である。Mは分子量マーカーであり、1〜11欄は分析
される臨床標本であり、−を付した欄は陰性対照であ
る。
【図5】プラスミドpPG17の構造を示す概略図であ
る。
【図6】プラスミドpPG22の構造を示す概略図であ
る。
【図7】プラスミドpPG26の構造を示す概略図であ
る。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (31)優先権主張番号 9309195.7 (32)優先日 1993年5月5日 (33)優先権主張国 イギリス(GB) (72)発明者 フアン カルロス テルセロ スペイン,マドリッド,トレス カント ス,ポリゴノ インダストリアル デ ト レス カントス,カレ デ カレラ,3, ケア オブ ファーマ ジェン ソシエダ ッド アノニマ (72)発明者 ルシア ガルシア スペイン,マドリッド,ユニヴァーシダッ ド コンプルテンセ デ マドリッド,フ ァクルタッド デ メディシナ,デパルタ メント デ ビオキミカ (番地なし) (72)発明者 ホセ アントニオ ラモス スペイン,マドリッド,ユニヴァーシダッ ド コンプルテンセ デ マドリッド,フ ァクルタッド デ メディシナ,デパルタ メント デ ビオキミカ (番地なし) (72)発明者 ジョージ アレマニー スペイン,マドリッド,トレス カント ス,ポリゴノ インダストリアル デ ト レス カントス,カレ デ カレラ,3, ケア オブ ファーマ ジェン,ソシエダ ッド アノニマ

Claims (53)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 ポリメラーゼ連鎖反応増幅方法による標
    本中の特定の核酸配列の検出における陽性調節として用
    いられるベクターにおいて、上記ポリメラーゼ連鎖反応
    増幅方法において用いられるプライマーの配列と実質的
    に同一の配列を有する少なくとも1個のヌクレオチド配
    列を含むことを特徴とするベクター。
  2. 【請求項2】 上記特定の核酸配列は、微生物、がん細
    胞の総核酸、1本鎖または2本鎖ウィルスのゲノム、も
    しくは2本鎖RNAウィルス転写体に由来することを特
    徴とする請求項1に記載のベクター。
  3. 【請求項3】 上記特定の核酸配列は、微生物に由来す
    ることを特徴とする請求項1に記載のベクター。
  4. 【請求項4】 上記ポリメラーゼ連鎖反応増幅方法にお
    いて用いられるプライマーの配列と実質的に同一の2〜
    10個のヌクレオチド配列を含むことを特徴とする請求
    項1に記載のベクター。
  5. 【請求項5】 上記ポリメラーゼ連鎖反応増幅方法にお
    いて用いられるプライマーの配列と実質的に同一の2個
    のヌクレオチド配列を含むことを特徴とする請求項1に
    記載のベクター。
  6. 【請求項6】 上記少なくとも1個のヌクレオチド配列
    は、上記プライマーの配列と同一であることを特徴とす
    る請求項1に記載のベクター。
  7. 【請求項7】 上記少なくとも1個のヌクレオチド配列
    は、上記ベクターのセンスおよびアンチセンス鎖の両方
    に挿入されることを特徴とする請求項1に記載のベクタ
    ー。
  8. 【請求項8】 上記ベクターのセンス鎖中の上記少なく
    とも1個のヌクレオチド配列と、上記ベクターのアンチ
    センス鎖中の上記少なくとも1個のヌクレオチド配列と
    の間の距離は、1.5Kbより短いことを特徴とする請
    求項1に記載のベクター。
  9. 【請求項9】 プラスミドであることを特徴とする請求
    項1に記載のベクター。
  10. 【請求項10】 ウィルスであることを特徴とする請求
    項1に記載のベクター。
  11. 【請求項11】 上記少なくとも1個のヌクレオチド配
    列は、DNAであることを特徴とする請求項1に記載の
    ベクター。
  12. 【請求項12】 上記少なくとも1個のヌクレオチド配
    列は、RNAであることを特徴とする請求項1に記載の
    ベクター。
  13. 【請求項13】 2つ以上の起源に存在する特定の核酸
    配列の検出を可能とすることを特徴とする請求項1に記
    載のベクター。
  14. 【請求項14】 pPG10、pPGU3、pPG1
    7、pPG22、pPG26から選択されることを特徴
    とする請求項1に記載のベクター。
  15. 【請求項15】 標本中の特定の核酸を検出する方法に
    おいて、陽性調節ベクターの存在のもとで、上記特定の
    核酸配列を含む疑いのある標本に対してポリメラーゼ連
    鎖反応を実行することを含む方法。
  16. 【請求項16】 上記標本は、尿、血液、痰、脊髄液で
    あることを特徴とする請求項15に記載の方法。
  17. 【請求項17】 (i) 92〜96℃での熱変性、 (ii)37〜72℃でのアニーリング、 (iii) 72〜74℃での伸長なる条件のもとで増幅が実
    行されることを特徴とする請求項15に記載の方法。
  18. 【請求項18】 上記標本に対し、第1のアニーリング
    −伸長サイクルを開始する前に期間を延長して熱変性を
    行ない、最終サイクルの最後において期間を延長して伸
    長を行なうことを特徴とする請求項15に記載の方法。
  19. 【請求項19】 全体の増幅期間は、20〜40サイク
    ルの範囲内であることを特徴とする請求項15に記載の
    方法。
  20. 【請求項20】 上記陽性調節ベクターは、上記ポリメ
    ラーゼ連鎖反応増幅方法において用いられるプライマー
    の配列と実質的に同一の配列を有する少なくとも1個の
    ヌクレオチド配列を含むことを特徴とする請求項15に
    記載の方法。
  21. 【請求項21】 上記特定の核酸配列は、微生物、がん
    細胞の総核酸、1本鎖または2本鎖ウィルスのゲノム、
    もしくは2本鎖RNAウィルス転写体に由来することを
    特徴とする請求項15に記載の方法。
  22. 【請求項22】 上記特定の核酸配列は、微生物に由来
    することを特徴とする請求項15に記載の方法。
  23. 【請求項23】 上記ベクターは、上記ポリメラーゼ連
    鎖反応増幅方法において用いられるプライマーの配列と
    実質的に同一の2〜10個のヌクレオチド配列を有する
    ことを特徴とする請求項15に記載の方法。
  24. 【請求項24】 上記ベクターは、上記ポリメラーゼ連
    鎖反応増幅方法において用いられるプライマーの配列と
    実質的に同一の2個のヌクレオチド配列を含むことを特
    徴とする請求項15に記載の方法。
  25. 【請求項25】 上記少なくとも1個のヌクレオチド配
    列は、上記プライマーの配列と同一であることを特徴と
    する請求項15に記載の方法。
  26. 【請求項26】 上記ベクターは、上記ベクターのセン
    スおよびアンチセンス鎖の両方に挿入される少なくとも
    1個のヌクレオチド配列を含むことを特徴とする請求項
    15に記載の方法。
  27. 【請求項27】 上記ベクターは、上記ベクターのセン
    ス鎖中の上記少なくとも1個のヌクレオチド配列と、上
    記ベクターのアンチセンス鎖中の上記少なくとも1個の
    ヌクレオチド配列との間の距離が、1.5Kbより短く
    なるように構成されることを特徴とする請求項15に記
    載の方法。
  28. 【請求項28】 上記ベクターはプラスミドであること
    を特徴とする請求項15に記載の方法。
  29. 【請求項29】 上記ベクターはウィルスであることを
    特徴とする請求項15に記載の方法。
  30. 【請求項30】 上記ベクター中の上記少なくとも1個
    のヌクレオチド配列は、DNAであることを特徴とする
    請求項15に記載の方法。
  31. 【請求項31】 上記ベクター中の上記少なくとも1個
    のヌクレオチド配列は、RNAであることを特徴とする
    請求項15に記載の方法。
  32. 【請求項32】 上記ベクターは、2つ以上の起源に存
    在する特定の核酸配列の検出を可能とすることを特徴と
    する請求項15に記載の方法。
  33. 【請求項33】 上記ベクターは、pPG10、pPG
    U3、pPG17、pPG22、pPG26から選択さ
    れることを特徴とする請求項15に記載の方法。
  34. 【請求項34】 標本中の核酸のポリメラーゼ連鎖反応
    を介した検出に用いられるキットにおいて、検出すべき
    上記核酸に特異な陽性調節ベクターと、DNA抽出およ
    び増幅試薬からなることを特徴とするキット。
  35. 【請求項35】 上記ベクターは、上記ポリメラーゼ連
    鎖反応増幅方法において用いられるプライマーの配列と
    実質的に同一の配列を有する少なくとも1個のヌクレオ
    チド配列を含むことを特徴とする請求項34に記載のキ
    ット。
  36. 【請求項36】 上記特定の核酸配列は、微生物、がん
    細胞の総核酸、1本鎖または2本鎖ウィルスのゲノム、
    もしくは2本鎖RNAウィルス転写体に由来することを
    特徴とする請求項34に記載のキット。
  37. 【請求項37】 上記特定の核酸配列は、微生物に由来
    することを特徴とする請求項34に記載のキット。
  38. 【請求項38】 上記ベクターは、上記ポリメラーゼ連
    鎖反応増幅方法において用いられるプライマーの配列と
    実質的に同一の2〜10個のヌクレオチド配列を含むこ
    とを特徴とする請求項34に記載のキット。
  39. 【請求項39】 上記ベクターは、上記ポリメラーゼ連
    鎖反応増幅方法において用いられるプライマーの配列と
    実質的に同一の2個のヌクレオチド配列を含むことを特
    徴とする請求項34に記載のキット。
  40. 【請求項40】 上記ベクターは、上記プライマーの配
    列と同一である上記少なくとも1個のヌクレオチド配列
    を含むことを特徴とする請求項34に記載のキット。
  41. 【請求項41】 上記ベクターは、上記ベクターのセン
    スおよびアンチセンス鎖の両方に挿入される少なくとも
    1個のヌクレオチド配列を含むことを特徴とする請求項
    34に記載のキット。
  42. 【請求項42】 上記ベクターは、1.5Kbより短い
    距離をおいて上記ベクターのセンス鎖およびアンチセン
    ス鎖の両方に挿入される少なくとも1個のヌクレオチド
    配列を含むことを特徴とする請求項34に記載のキッ
    ト。
  43. 【請求項43】 上記ベクターはプラスミドであること
    を特徴とする請求項34に記載のキット。
  44. 【請求項44】 上記ベクターはウィルスであることを
    特徴とする請求項34に記載のキット。
  45. 【請求項45】 上記ベクター中の上記少なくとも1個
    のヌクレオチド配列は、DNAであることを特徴とする
    請求項34に記載のキット。
  46. 【請求項46】 上記ベクター中の上記少なくとも1個
    のヌクレオチド配列は、RNAであることを特徴とする
    請求項34に記載のキット。
  47. 【請求項47】 2つ以上の起源に存在する特定の核酸
    配列の検出が可能であることを特徴とする請求項34に
    記載のキット。
  48. 【請求項48】 上記ベクターは、pPG10、pPG
    U3、pPG17、pPG22、pPG26から選択さ
    れることを特徴とする請求項34に記載のキット。
  49. 【請求項49】 歯周病を起こす病原体のポリメラーゼ
    連鎖反応を介した検出に用いられるプライマー。
  50. 【請求項50】 Actynomyces actyn
    omycetemcomitans、Bacteroi
    des intermedius、Bacteroid
    es gingivalisから選択された微生物の検
    出を可能とする請求項49に記載のプライマー。
  51. 【請求項51】 CGT GCC AGC AGC C
    GC GGT AAT ACG[配列ID番号5]なる
    配列を有し、A. actynomycetemcom
    itansに特異である請求項49に記載のプライマ
    ー。
  52. 【請求項52】 CAT GAA TTC CGC C
    TG CGC TGC GTG TAC TCG GG
    [配列ID番号6]なる配列を有し、B.interm
    ediusに特異である請求項49に記載のプライマ
    ー。
  53. 【請求項53】 TTG GCC GCT TAC T
    GT ATA TCG CAA ACA GCG AG
    [配列ID番号7]なる配列を有し、B.gingiv
    alisに特異である請求項49に記載のプライマー。
JP5222858A 1992-08-14 1993-08-16 ポリメラーゼ連鎖反応を介する微生物検出の制御に用いるベクター Pending JPH0787978A (ja)

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