JP2018033461A - 新規ヘモポエチン受容体蛋白質、nr10 - Google Patents
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Abstract
Description
β)受容体の各ファミリーが挙げられ、それぞれのファミリーで異なるシグナル伝達系の
関与が報告されている。これらの受容体ファミリーのうち、特にヘモポエチン受容体ファミリーの多くは血液細胞あるいは免疫担当細胞に発現しており、そのリガンドであるサイトカインはしばしば造血因子あるいはインターロイキンと称される。これら造血因子、あるいはインターロイキン類のあるものは血流中に存在し全身的な造血あるいは免疫機能の体液性調節に関与していると考えられる。
リーメンバー間で一応保存されてはいるものの、その相同性はあまり高くない(非特許文献3)。一方、これらヘモポエチン受容体を最もよく特徴付ける配列はむしろ細胞外領域に存在し、特にTrp-Ser-Xaa-Trp-Ser(Xaaは任意のアミノ酸)の5アミノ酸から成るモチーフは殆ど全てのヘモポエチン受容体に保存されており、この配列を利用した新規ファミリーメンバーの探索により新規受容体を取得することが期待される。事実、これまでにIL-11受容体(非特許文献4)、レプチン受容体(非特許文献5)及びIL-13受容体(非特許文献6)がこのアプローチにより同定されている。
るオリゴヌクレオチドをプローブに用いてプラークハイブリダイゼーションあるいはRT-PCR等の方法により新規受容体の探索を試行してきた。しかし、このモチーフをコードするオリゴヌクレオチドtggag(t/c)nnntggag(t/c)(nは任意の塩基)が15塩基対と短いこと、さらにはg/c含量が高い等の理由から通常のハイブリダイゼーションの実験条件下で厳密に15塩基が完全にハイブリダイズしたものだけを選別することは極めて困難であった。
いる、コンピュータ上でのデータベース検索が妥当であると判断した。実際にGenBankのgss、及びhtgsデータベースに対するTBlastN検索を、複数の既知ヘモポエチン受容体の部
分アミノ酸配列を質問式として用いて繰り返し実施した結果、何れの場合においても、多数の疑陽性クローンが得られた。次に上記検索で得られたクローンについて、プローブ配列周辺の塩基配列をアミノ酸配列に変換して既知のヘモポエチン受容体のアミノ酸配列と比較する事により、同受容体ファミリーメンバーをコードすると考えられる遺伝子を選別した。以上の検索により唯一、1クローンの新規ヘモポエチン受容体遺伝子をコードし得ると推測されるヒトゲノム配列を同定し、この遺伝子をNR10と命名した。
る細胞膜貫通型受容体をコードする完全長cDNA、NR10.1を単離し、その全塩基配列を決定した。同時に3'-RACEの産物においてスプライス変異体と推定されるcDNAクローン、NR10.2の単離にも成功した。その塩基配列を決定した結果、NR10.2は252アミノ酸からなる可溶性受容体様蛋白をコードすることが可能であることを認めた。NR10.1は一次構造上、細胞外領域に他のファミリーメンバー間で保存されているシステイン残基、プロリンに富んだモチーフ、WSXWSモチーフ、細胞内領域にシグナル伝達に関与すると考えられるbox1モチーフ、等がよく保存されており典型的なヘモポエチン受容体をコードしていると考えられた。
(1) 下記(a)から(d)のいずれかに記載のDNA、
(a)配列番号:2、4、または17に記載のアミノ酸配列からなる蛋白質をコードするDNA
(b)配列番号:1、3、または16かに記載の塩基配列のコード領域を含むDNA
(c)配列番号:2、4、または17に記載のアミノ酸配列において1若しくは複数個のアミノ酸の欠失、付加及び/又は他のアミノ酸による置換により修飾されたアミノ酸配列からなる、配列番号:2、4、または17に記載のアミノ酸配列からなる蛋白質と機能的に同等な蛋白質をコードするDNA
(d)配列番号:1、3、または16に記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAであって、配列番号:2、4、または17に記載のアミノ酸配列からなる蛋白質と機能的に同等な蛋白質をコードするDNA
(2) 配列番号:2、4、または17に記載のアミノ酸配列からなる蛋白質の部分ペプチドをコードするDNA、
(3) (1)または(2)に記載のDNAが挿入されたベクター、
(4) (1)または(2)に記載のDNAを発現可能に保持する形質転換体、
(5) (1)または(2)に記載のDNAによりコードされる蛋白質またはペプチド、
(6) (4)に記載の形質転換体を培養し、該形質転換体またはその培養上清から発現させたタンパク質を回収する工程を含む、(5)に記載の蛋白質またはペプチドの製造方法、
(7) (5)に記載の蛋白質に結合する化合物をスクリーニングする方法であって、(a)(5)に記載の蛋白質またはその部分ペプチドに被験試料を接触させる工程、および
(b)(5)に記載の蛋白質またはその部分ペプチドと被検試料との結合活性を検出する工程、
(c)(5)に記載の蛋白質またはその部分ペプチドに結合する活性を有する化合物を選択する工程、を含む方法、
(8) (5)に記載の蛋白質に結合する抗体、
(9) (8)に記載の抗体と、(5)に記載の蛋白質が含まれると予想される試料とを接触せしめ、該抗体と該蛋白質との免疫複合体の生成を検出又は測定することを含む、(5)に記載の蛋白質の検出又は測定方法、および
(10) 配列番号:1、3または16に記載の塩基配列からなるDNAまたはその相補鎖に相補的な少なくとも15ヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、を提供するものである。
および5'-RACE及び3'-RACEによる解析の結果から、本発明者らは新規ヘモポエチン受容体遺伝子NR10を同定し単離することに成功した。NR10の転写産物には、少なくとも2種のスプライス変異体の存在が確認された。このうち、細胞膜貫通型受容体蛋白をコードするcDNAクローンをNR10.1とし、他方、252アミノ酸からなる可溶性受容体様蛋白をコードすると考えられるcDNAクローンをNR10.2とした。また、本発明者等は、NR10.1 cDNAの完全長ORFの単離を目的とするPCRクローニングにおいて、662アミノ酸からなる細胞膜貫通型受容体蛋白をコードするcDNAクローンの完全長ORFの単離に成功し、このcDNAクローンをNR10.3と命名した。
ミノ酸配列を配列番号:2に示す。また、NR10.2 cDNAの塩基配列を配列番号:3に、該cDNAによりコードされるタンパク質のアミノ酸配列を配列番号:4に示す。また、NR10.3 cDNAの塩基配列を配列番号:16に、該cDNAによりコードされるタンパク質のアミノ酸配列を配列番号:17に示す。
ターにおける、僅か1塩基の欠損が認められ、これによって発生したフレームシフトに起
因するアミノ酸配列読み枠の相違を示す。従って、これら両クローンの相違は、スプライシング変異体であることに基づく転写産物の相違ではない。また、その1塩基の欠損以外においては、NR10.1とNR10.3 cDNAクローンの相違は認めれない。細胞外領域においては
、双方共に全く同一であるため両者は同様の立体構造を保有し、さらに同一の特異的リガンドを認識すると考えられる。一方、細胞内領域においては、細胞膜貫通領域直下に存在するBox1モチーフ(数個の塩基性アミノ酸と複数の疎水性アミノ酸に続く、Pro-Xxx-Pro
配列)を保有していることから、JAKキナーゼの結合が予測される。従って、これらがコ
ードする蛋白質は、機能的に同等であること推測される。
、I、L、M、F、P、W、Y、V)、親水性アミノ酸(R、D、N、C、E、Q、G、H、K、S、T)、
脂肪族側鎖を有するアミノ酸(G、A、V、L、I、P)、水酸基含有側鎖を有するアミノ酸(S、T、Y)、硫黄原子含有側鎖を有するアミノ酸(C、M)、カルボン酸及びアミド含有側鎖を有するアミノ(D、N、E、Q)、塩基含有側鎖を有するアミノ離(R、K、H)、芳香
族含有側鎖を有するアミノ酸(H、F、Y、W)を挙げることができる(括弧内はいずれもアミノ酸の一文字標記を表す)。
(1982) 10, 6487-6500 、Wang, A. et al., Science 224, 1431-1433 、 Dalbadie-McFarland, G. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1982) 79, 6409-6413 )。
ドするDNAをフレームが一致するように連結してこれを発現ベクターに導入し、宿主で発
現させればよく、当業者に公知の手法を用いることができる。本発明のタンパク質との融合に付される他のペプチド又はタンパク質としては、特に限定されない。
市販されているこれらペプチドまたはタンパク質をコードするDNAを本発明のタンパク
質をコードするDNAと融合させ、これにより調製された融合DNAを発現させることにより、融合タンパク質を調製することができる。
2nd ed., 9.47-9.58, Cold Spring Harbor Lab. press, 1989)を利用する方法が挙げられる。即ち、当業者であれば、ヒトNR10タンパク質をコードするDNA配列(配列番号:1
、3、または16)もしくはその一部を基に、これと相同性の高いDNAを単離して、該DNAからヒトNR10タンパク質と機能的に同等なタンパク質を単離することも通常行いうることである。このように、ヒトNR10タンパク質をコードするDNAもしくはその一部からなるDNAとハイブリダイズするDNAがコードするタンパク質であって、ヒトNR10タンパク質と機能
的に同等なタンパク質もまた本発明のタンパク質に含まれる。このようなタンパク質としては、例えば、ヒト以外の哺乳動物のホモログ(例えば、サル、マウス、ラット、ウサギ、ウシの遺伝子がコードするタンパク質)が挙げられる。ヒトNR10タンパク質をコードするDNAと相同性の高いcDNAを、動物から単離する場合、特に心臓、胎盤、精巣などの組織を用いることが好ましいと考えられる。
トリンジェントなハイブリダイゼーションの条件としては、当業者であれば適宜選択することができる。ハイブリダイゼーションの条件は、例えば、低ストリンジェントな条件が挙げられる。低ストリンジェントの条件とは、例えば42℃、2×SSC、0.1%SDSが挙げられ、好ましくは50℃、2×SSC、0.1%SDSである。またより好ましくは、高ストリンジェントな条件が挙げられる。高ストリンジェントな条件とは、例えば65℃、2×SSC及び0.1%SDSが挙げられる。これらの条件において、温度を上げる程に高い相同性を有するDNAを得ることができる。但し、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーに影響する要素としては温度以外にも塩濃度など複数の要素が考えられ、当業者であればこれら要素を適宜選択することで同様のストリンジェンシーを実現することが可能である。
番号:1、3、または16)の配列情報を基に合成したプライマーを用いる遺伝子増幅法、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)法を利用して目的のDNAを単離することも可能である。
これらハイブリダイゼーション技術または遺伝子増幅技術により単離されるDNAがコー
ドするヒトNR10タンパク質と機能的に同等なタンパク質は、通常、ヒトNR10タンパク質とアミノ酸配列において高い相同性を有する。本発明のタンパク質には、ヒトNR10蛋白質と機能的に同等であり、かつ配列番号:2、4、または17に示されるアミノ酸配列と高い相同性を有する蛋白質も含まれる。高い相同性とは、通常、70%以上の相同性、好ましくは80%以上の相同性、さらに好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上の同一性を指す。タンパク質の相同性を決定するには、文献(Wilbur, W. J. and Lipman, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1983) 80, 726-730)に記載のアルゴリズムにしたがえばよい。
例えば、文献(Von Heijne, G. Nucleic Acids Research (1986) 14, 4683-4690)に記載の方法に基づいて、本発明の蛋白質を解析した結果、シグナル配列は配列番号:2、4、および17のアミノ酸配列において、1位のMetから32位のAlaまでと推定された。したがって、本発明は配列番号:2に記載のアミノ酸配列において、33位のAlaから652位のAspまでからなる蛋白質を包含する。同様に、配列番号:4に記載のアミノ酸配列において、33位のAlaから252位のValまでからなる蛋白質を包含する。同様に、配列番号:17に記載のアミノ酸配列において、33位のAlaから662位のIleまでからなる蛋白質を包含する。
ンパク質として、あるいはヒスチジンを複数付加させた組み換えタンパク質として宿主細胞(例えば、動物細胞や大腸菌など)内で発現させた場合には、発現させた組み換えタンパク質はグルタチオンカラムあるいはニッケルカラムを用いて精製することができる。
融合タンパク質の精製後、必要に応じて融合タンパク質のうち目的のタンパク質以外の領域を、トロンビンまたはファクターXaなどにより切断し、除去することも可能である。
は、例えば、本発明のタンパク質に対する抗体の作製、本発明のタンパク質に結合する化合物のスクリーニングや、本発明のタンパク質の促進剤や阻害剤のスクリーニングに利用し得る。また、本発明のタンパク質のリガンドに対するアンタゴニストになり得る。本発明のタンパク質の部分ペプチドとしては、例えば、配列番号:2、4、または17に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質の活性中心からなる部分ペプチドが挙げられる。また、疎水性プロット解析から推定される疎水性領域や親水性領域の1つあるいは複数の領域を含む部分ペプチドが挙げられる。これらの部分ペプチドは1つの疎水性領域の一部あるいは全部を含んでいてもよいし、1つの親水性領域の一部あるいは全部を含んでいてもよい。また、例えば、本発明のタンパク質の可溶型蛋白質や細胞外領域からなるタンパク質も本発明に包含される。
本発明の部分ペプチドは、遺伝子工学的手法、公知のペプチド合成法、あるいは本発明のタンパク質を適切なペプチダーゼで切断することによって製造することができる。ペプチド合成法としては、たとえば固相合成法、液相合成法のいずれによっても良い。
えば、本発明のタンパク質をコードする遺伝子の異常に起因する疾患の遺伝子治療などへの応用も考えられる。本発明のDNAは、本発明のタンパク質をコードしうるものであれば
、いかなる形態でもよい。即ち、mRNAから合成されたcDNAであるか、ゲノムDNAであるか
、化学合成DNAであるかなどを問わない。また、本発明のタンパク質をコードしうる限り
、遺伝暗号の縮重に基づく任意の塩基配列を有するDNAが含まれる。
タンパク質を発現している細胞よりcDNAライブラリーを作製し、本発明のDNAの配列(例
えば、配列番号:1または3)の一部をプローブにしてハイブリダイゼーションを行うことにより調製できる。cDNAライブラリーは、例えばSambrook, J. et al., Molecular Cloning、Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989)に記載の方法により調製してもよいし、市販のDNAライブラリーを用いてもよい。また、本発明のタンパク質を発現している細胞よりRNAを調製し、本発明のDNAの配列(例えば、配列番号:1、3、または16)に基づいてオリゴDNAを合成し、これをプライマーとして用いてPCR反応を行い、本発明のタンパク質をコードするcDNAを増幅させることにより調製することも可能である。
具体的には、次のようにすればよい。まず、本発明のタンパク質を発現する細胞、組織、臓器(例えば卵巣、精巣、胎盤など)から、mRNAを単離する。mRNAの単離は、公知の方法、例えば、グアニジン超遠心法(Chirgwin, J. M. et al., Biochemistry (1979) 18, 5294-5299)、AGPC法(Chomczynski, P. and Sacchi, N., Anal. Biochem. (1987) 162, 156-159)等により全RNAを調製し、mRNA Purification Kit(Pharmacia)等を使用して全RNAからmRNAを精製する。また、QuickPrep mRNA Purification Kit(Pharmacia)を用いることによりmRNAを直接調製することもできる。
これより組換えベクターを作製し、大腸菌等に導入してコロニーを選択して所望の組換えベクターを調製する。目的とするDNAの塩基配列は、公知の方法、例えば、ジデオキシヌ
クレオチドチェインターミネーション法により確認することができる。
り発現効率の高い塩基配列を設計することができる(Grantham, R. et al., Nucelic Acids Research (1981) 9, r43-74)。また、本発明のDNAは、市販のキットや公知の方法によって改変することができる。改変としては、例えば、制限酵素による消化、合成オリゴヌクレオチドや適当なDNAフラグメントの挿入、リンカーの付加、開始コドン(ATG)及び/又は終止コドン(TAA、TGA、又はTAG)の挿入等が挙げられる。
塩基AからなるDNAを包含する。
機能的に同等なタンパク質をコードするDNAを含む。
しては、宿主細胞内において本発明のDNAを保持したり、本発明のタンパク質を発現させ
るために有用である。
、細胞への形質転換を選抜するための遺伝子(例えば、薬剤(ネオマイシン、G418など)により判別できるような薬剤耐性遺伝子)を有すればさらに好ましい。このような特性を有するベクターとしては、例えば、pMAM、pDR2、pBK-RSV、pBK-CMV、pOPRSV、pOP13など
が挙げられる。
ベクター(例えば、pCHOIなど)を導入し、メトトレキセート(MTX)により増幅させる方法が挙げられ、また、遺伝子の一過性の発現を目的とする場合には、SV40 T抗原を発現する遺伝子を染色体上に持つCOS細胞を用いてSV40の複製機転を持つベクター(pcDなど)で形質転換する方法が挙げられる。複製開始点としては、また、ポリオーマウィルス、アデノウィルス、ウシパピローマウィルス(BPV)等の由来のものを用いることもできる。さ
らに、宿主細胞系で遺伝子コピー数増幅のため、発現ベクターは選択マーカーとして、アミノグリコシドトランスフェラーゼ(APH)遺伝子、チミジンキナーゼ(TK)遺伝子、大
腸菌キサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(Ecogpt)遺伝子、ジヒドロ葉酸還元酵素(dhfr)遺伝子等を含むことができる。
(Molecular Cloning ,5.61-5.63)。生体内への投与は、ex vivo法であっても、in vivo法であってもよい。
ベクターが導入される宿主細胞としては特に制限はなく、例えば、大腸菌や種々の動物細胞などを用いることが可能である。本発明の形質転換体は、例えば、本発明のタンパク質の製造や発現のための産生系として使用することができる。タンパク質製造のための産生系は、in vitroおよびin vivoの産生系がある。in vitroの産生系としては、真核細胞を
使用する産生系や原核細胞を使用する産生系が挙げられる。
がタンパク質生産系として知られており、これをカルス培養すればよい。真菌細胞としては、酵母、例えば、サッカロミセス(Saccharomyces)属、例えば、サッカロミセス・セ
レビシエ(Saccharomyces cerevisiae)、糸状菌、例えば、アスペルギルス(Aspergillu
s)属、例えば、アスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)が知られている。
養することによりタンパク質が得られる。培養は、公知の方法に従い行うことができる。例えば、動物細胞の培養液として、例えば、DMEM、MEM、RPMI1640、IMDMを使用すること
ができる。その際、牛胎児血清(FCS)等の血清補液を併用することもできるし、無血清
培養してもよい。培養時のpHは、約6〜8であるのが好ましい。培養は、通常、約30〜40℃で約15〜200時間行い、必要に応じて培地の交換、通気、攪拌を加える。
や植物を使用する産生系が挙げられる。これらの動物又は植物に目的とするDNAを導入し
、動物又は植物の体内でタンパク質を産生させ、回収する。本発明における「宿主」とは、これらの動物、植物を包含する。
ク質をコードする遺伝子との融合遺伝子として調製する。次いで、この融合遺伝子を含むDNA断片をヤギの胚へ注入し、この胚を雌のヤギへ移植する。胚を受容したヤギから生ま
れるトランスジェニックヤギ又はその子孫が産生する乳汁から、目的のタンパク質を得ることができる。トランスジェニックヤギから産生されるタンパク質を含む乳汁量を増加させるために、適宜ホルモンをトランスジェニックヤギに使用してもよい(Ebert, K.M. et
al., Bio/Technology (1994) 12, 699-702)。
より、このカイコの体液から目的のタンパク質を得ることができる(Susumu, M. et al.,
Nature (1985) 315, 592-594)。
入し、このベクターをアグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)のようなバクテリアに導入する。このバクテリアをタバコ、例えば、ニコチアナ・タバカム(Nicotiana tabacum)に感染させ、本タバコの葉より所望のポリペプチドを得ることができる(Julian K.-C. Ma et al., Eur. J. Immunol. (1994) 24, 131-138)。
準じて行うことができる。
ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジンを含む培養液)で培養することにより選択される。当該HAT培養液での培養は、目的とするハイブリドーマ以外の細胞(非融合細
胞)が死滅するのに十分な時間、通常、数日・数週間継続して行う。次いで、通常の限界希釈法を実施し、目的とする抗体を産生するハイブリドーマのスクリーニングおよびクローニングを行う。
得することができる(国際公開番号WO92-03918、WO93-2227、WO94-02602、WO94-25585、WO96-33735およびWO96-34096参照)。
W., THERAPEUTIC MONOCLONAL ANTIBODIES, Published in the United Kingdom by MACMILLAN PUBLISHERS LTD, 1990 参照)。組換え型抗体は、それをコードするDNAをハイブリドーマ又は抗体を産生する感作リンパ球等の免疫細胞からクローニングし、適当なベクターに組み込んで、これを宿主に導入し産生させる。本発明は、この組換え型抗体を包含する。
用することもできる。本発明の「抗体」にはこれらの抗体修飾物も包含される。このような抗体修飾物を得るには、得られた抗体に化学的な修飾を施すことによって得ることができる。これらの方法はこの分野において既に確立されている。
体由来のFR(フレームワーク領域)及び定常領域からなるヒト型化抗体として得ることができる。
ができる。
本発明のタンパク質の検出又は測定方法は、タンパク質を特異的に検出又は測定することができるため、タンパク質を用いた種々の実験等に有用である。
本発明はまた、ヒトNR10タンパク質をコードするDNA(配列番号:1、3、または16
)またはその相補鎖に相補的な少なくとも15ヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを提供する。
に用いるプローブやプライマー、本発明のタンパク質の発現を抑制するためのヌクレオチド又はヌクレオチド誘導体(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドやリボザイム等)が含まれる。また、このようなポリヌクレオチドは、DNAチップの作製に利用することも
できる。
飾体等が挙げられる。
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、DNA又はmRNAの所定の領域を構成するヌクレオチ
ドに対応するヌクレオチドが全て相補配列であるもののみならず、DNAまたはmRNAとオリ
ゴヌクレオチドとが配列番号:1、3、または16に示される塩基配列に特異的にハイブリダイズできる限り、1又は複数個のヌクレオチドのミスマッチが存在していてもよい。
翻訳を阻害したり、mRNAの分解を促進したりして、本発明のタンパク質の発現を抑制することにより、結果的に本発明のタンパク質の作用を抑制する効果を有する。
本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチド誘導体は、それらに対して不活性な適当な基剤と混和して塗布剤、パップ剤等の外用剤とすることができる。
また、必要に応じて、賦形剤、等張化剤、溶解補助剤、安定化剤、防腐剤、無痛化剤等を加えて錠剤、散財、顆粒剤、カプセル剤、リポソームカプセル剤、注射剤、液剤、点鼻剤など、さらに凍結乾燥剤とすることができる。これらは常法にしたがって調製することができる。
本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチド誘導体の投与量は、患者の状態に応じて適宜調整し、好ましい量を用いることができる。例えば、0.1〜100mg/kg、好ましくは0.1〜50mg/kgの範囲で投与することができる。
を用いて行うことができる。すなわち、本発明のタンパク質と結合する結合タンパク質を発現していることが予想される細胞、組織、臓器(例えば心臓、胎盤、精巣、胸腺、抹消
血白血球などの組織・細胞や培養細胞など)よりファージベクター(λgt11, ZAPなど)
を用いたcDNAライブラリーを作製し、これをLB-アガロース上で発現させフィルターに発
現させたタンパク質を固定し、精製して標識した本発明のタンパク質と上記フィルターとを反応させ、本発明のタンパク質と結合したタンパク質を発現するプラークを標識により検出すればよい。本発明のタンパク質を標識する方法としては、ビオチンとアビジンの結合性を利用する方法、本発明のタンパク質又は本発明のタンパク質に融合したペプチド又はポリペプチド(例えばGSTなど)に特異的に結合する抗体を利用する方法、ラジオアイ
ソトープを利用する方法又は蛍光を利用する方法等が挙げられる。
フィーを用いて行うこともできる。例えば、本発明のタンパク質をアフィニティーカラムの担体に固定し、ここに本発明のタンパク質と結合するタンパク質を発現していることが予想される被検試料を適用する。この場合の被検試料としては、例えば細胞抽出物、細胞溶解物等が挙げられる。被検試料を適用した後、カラムを洗浄し、本発明のタンパク質に結合したタンパク質を調製することができる。
得られたタンパク質は、そのアミノ酸配列を分析し、それを基にオリゴDNAを合成し、
該DNAをプローブとしてcDNAライブラリーをスクリーニングすることにより、該タンパク
質をコードするDNAを得ることができる。
イオセンサーを用いることにより本発明のタンパク質と被検化合物との結合を評価することが可能である。
止コドンを挿入することにより人為的に作成した可溶性受容体蛋白質、あるいはNR10-2等の可溶型蛋白質が利用可能である。一方、本発明のタンパク質の細胞外ドメインに他の可溶性蛋白質の部分配列を付加した融合蛋白質としては、例えば、免疫グロブリンのFc部位やFLAGペプチド等を細胞外ドメインのC端に付加して調製した蛋白質が利用可能である。
これらの可溶性標識蛋白質は上述したウエストウエスタン法における検出にも利用可能である。
ラ蛋白質は、プロテインAカラム等を用いて精製することができる。このような抗体様キ
メラ蛋白質は、リガンドの結合活性を有することから、適宜、放射性同位元素等で標識した後、リガンドのスクリーニングに用いることができる(Suda, T. et al., Cell, 175, 1169-1178 (1993))。また、TNFファミリー分子などのある種のサイトカインでは、その
多くが膜結合型でも存在することから、各種の細胞と抗体様キメラ蛋白質を反応させて、結合活性を示した細胞から、リガンドを単離する事ができる可能性もある。また、cDNAライブラリーを導入した細胞を用いて同様にリガンドを単離することができる。さらに、抗体様キメラ蛋白質をアンタゴニストとして用いることも可能である。
れば、該DNAを遺伝子治療用ベクターに組込み、遺伝子治療を行うことも考えられる。投
与量、投与方法は、患者の体重や年齢、症状などにより変動するが、当業者であれば適宜選択することが可能である。
例えば、本発明のタンパク質(デコイ型(可溶性型))の投与量は、その1回投与量は
投与対象、対象臓器、症状、投与方法によっても異なるが、例えば注射剤の形では通常成人(体重60kgとして)においては、1日あたり約100μgから10〜20mgであると考えられる
。
非経口的に投与する場合は、その1回投与量は投与対象、対象臓器、症状、投与方法によっても異なるが、例えば注射剤の形では通常成人(体重60kgとして)においては、1日
あたり約0.01から30mg、好ましくは約0.1から20mg、より好ましくは約0.1から10mg程度を静脈注射により投与するのが好都合である。他の動物の場合も、体重60kg当たりに換算した量、あるいは体表面積あたりに換算した量を投与することができる。
〔実施例1〕 NR10.1遺伝子およびNR10.2遺伝子の単離
(1) Blast 検索
ヘモポエチン受容体ファミリーに保存されているTrp-Ser-Xaa-Trp-Serモチーフ(WSモ
チーフ)以外にファミリー内で保存されているモチーフが見出されれば、これら双方のモチーフ配列を包括的に含有するオリゴヌクレオチドプローブ配列を設計することが考えられる。そこで、ヘモポエチン受容体ファミリーに保存されているTrp-Ser-Xaa-Trp-Serモ
チーフ(WSモチーフ)以外の部位において、ファミリー内で保存されているモチーフを検討した。その結果、同ファミリーの細胞外領域においてWSモチーフより13〜27アミノ酸上流に位置するチロシン残基、あるいはヒスチジン残基が高い確立で保存されていることを見出した。さらに、そのTyr/His残基からC末端方向の6アミノ酸において、高頻度に出現するコンセンサス配列を検討した結果、(Tyr/His)-Xaa-(Hydrophobic/Ala)-(Gln/Arg)-Hydrophobic-Argといったアミノ酸配列(以下YRモチーフと称する)を見出した。しかしながら、このYRモチーフは必ずしも完全なコンセンサス配列と断定できるものではなく、また、このモチーフをコードする塩基配列の組合わせは複雑性に富んでいる。従って、現実的なスクリーニングの手段となるハイブリダイゼーションのためのプローブや、あるいはRT-PCRを目的とするプライマーとして、このアミノ酸配列の全てをコード可能なオリゴヌクレオチドを合成、且つスクリーニング実験に供することは困難であると考えられた。
〜10数個程度の任意のアミノ酸スペースを挟んでいる。そこで、先ずこのスペース数の平均値をとり10アミノ酸に固定した。ここで、標的遺伝子と質問式配列の間で、このスペース配列の長さが異なる場合でも、さらにギャップスペースによって補足されることで、検索上の支障とはならないと判断した。また、可能な限り質問式配列の未決定アミノ酸数を減少させ、配列の質を高めることで、検索感度の向上を試みた。そこで、既知ヘモポエチン受容体において出現率の高かった配列に基づき、表1のようにYRモチーフ配列、スペース両端に位置するそれぞれ2個のアミノ酸、及びWSモチーフ中央とC末端のアミノ酸について、各々暫定的に3パターンを模造した。
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
YRモチーフ スペーサーアミノ酸 WSモチーフ
YTVQVR AR XXXXXX GT WSEWSP
YEARVR VQ XXXXXX GY WSDWSE
YSLQLR CK XXXXXX GI WSPWSQ
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
表1に記したYRモチーフ、スペース、及びWSモチーフの組合わせにより、27通りの質問式配列を作成することが可能である。ここで作成した質問式配列を利用し、GenBankのnrデータベースに対してTblastN(Advanced TblastN 2.0.8)プログラムを用いた検索を試みた。検索のパラメータはExpect値=100、Descriptions値=100、Alignments値=100を用いた。その結果、多数の既知ヘモポエチン受容体が陽性を示したことで、以上の検索方法が正しく作用することを確認した。そこで次に新規ヘモポエチン受容体をコード可能な配列を検出する目的で、同様の質問式配列を利用しESTデータベース、及びgss、htgsデータベースに対する検索をおこなった。しかしながら、結果は新規性を示す陽性クローンは1つも得られなかった。ここで上記27通りの質問式では、その配列の多様性に制限があることが、最大の原因であると考えられた。従って、質問式配列作成のさらなる多様化も検討したが、その配列の組合わせが、あまりにも複雑性に富んでいたため、マニュアルによるこれ以上の配列模造は断念した。これらの理由により、上記検索に用いる質問式配列を便宜的に作成する手段として、YRモチーフとWSモチーフ双方の配列を共に含むように既知ヘモポエチン受容体を断片化した部分アミノ酸配列の作成を検討した。
ータベースに対する標的遺伝子の検索手段として、既知ヘモポエチン受容体における、この両モチーフ配列をコードするエキソン部分を質問式として用いることで有効に作用することが期待された。また、本実験では既知ヘモポエチン受容体配列としてヒトgp130、及
びヒトLIF受容体を用いた。その理由は同受容体ファミリー群の中でも、比較的これら受
容体は構造的に相同性を有しており、この両者に保存された相同性が、新規標的受容体遺伝子でも保存されていることを期待したものである。なお、ヒトgp130、及びヒトLIF受容体配列は既に公知の配列であるが、本発明者らは敢えて、以前より行なっていたWSモチー
フをプローブに用いたプラークハイブリダイゼーション、及びRT-PCRによって、独自に単離したcDNAクローンがコードするアミノ酸配列を利用した。
ヒトLIF受容体のそれぞれについて、便宜的にYRモチーフの1番目のコドンであるTyr残基を基準として、N末端側に29アミノ酸、C末端側に30アミノ酸の合計60アミノ酸を切り取り質問式配列とした。尚、WSモチーフを2箇所繰り返して保有しているLIF受容体について
は、YRモチーフの保存性を考慮し、2箇所目(C末端側)の配列を用いた。以上の配列を
質問式とし、TblastN (Advanced TblastN 2.0.8)プログラムを用いた検索を、GenBankのgss (Genomic Survey Sequence)、及びhtgsデータベースに対しておこなった。検索のパラメータは「Expect値=50、Descriptions値=100、Alignments値=100」を用いた。
子をNR10と命名した。
(1)に示したように、AQ022781配列内にエキソン部位を予測し、その予測した配列をもとに、下記配列に示すNR10特異的なオリゴヌクレオチドプライマーをデザインした。プライマーは、センス側(下流方向)にNR10-S1、NR10-S2、及びNR10-S3の3本を、またア
ンチセンス側(上流方向)にNR10-A1、NR10-A2、及びNR10-A3の3本をそれぞれ合成した
。プライマーの合成には、ABI社の394 DNA/RNA Synthesizerを使用し、5'-末端トリチル
基付加条件にて実施した。その後、OPC column(ABI#400771)にて、完全長の合成産物を精製した。
NR10-S1; 5'-ATG GAA GTC AAC TTC GCT AAG AAC CGT AAG-3'(配列番号:5)
NR10-S2; 5'-CCA AAC GTA CAA CCT CAC GGG GCT GCA ACC-3'(配列番号:6)
NR10-S3; 5'-GTC ATA GCT CTG CGA TGT GCG GTC AAG GAG-3'(配列番号:7)
NR10-A1; 5'-agt agc ttg cgT TCT TCC TCA GCT ATT CCC-3'(配列番号:8)
NR10-A2; 5'-CTT TGA CTC CTT GAC CGC ACA TCG CAG AGC-3'(配列番号:9)
NR10-A3; 5'-GGT TGC AGC CCC GTG AGG TTG TAC GTT TGG-3'(配列番号:10)
これらプライマー配列を設計するにあたって、図1に示したAQ022781配列の376番目の
塩基nについては仮にcと想定し、その部位に対応するNR10-A1プライマー配列の11番目
の塩基をgに置換した。また、AQ022781配列内におけるスプライシングコンセンサス配列
の検討より予測可能であった、最小エキソン部位は211番目の塩基aから399番目の塩基cまでであり、次のgt配列からイントロンであると推測された。ところが、後述の3'-RACE産
物の解析結果より、376番目の塩基n、或いは377番目の塩基gからイントロンに突入することが判明した。従って、結果的に上記NR10-A1プライマー配列中、小文字で記した部分のmRNA転写は起こらないため、この11塩基はPCR反応の際に正しく結合できない。しかし、残る19塩基の3'-末端配列が特異的に結合可能であったため、PCR反応が正しく作用したものと考えられる。
NR10の全長cDNAを単離するために、(2)に記載のNR10-S1プライマーを一次PCRに用い、また、NR10-S2プライマーを二次PCRに用いて3'-RACE PCRを試みた。鋳型としてHuman Fetal Liver Marathon-Ready cDNA Library(Clontech#7403-1)を用い、PCR実験にはAdvantage cDNA Polymerase Mix(Clontech#8417-1)を使用した。Perkin Elmer Gene Amp PCR System 2400サーマルサイクラーを使用し、下記のPCR条件で実施した結果、選択的スプライシングによる2種類のサイズを示すPCR産物が得られた。
一次PCRの条件は、94℃で4分、「94℃で20秒、72℃で100秒」を5サイクル、「94℃で20秒、70℃で100秒」を5サイクル、「94℃で20秒、68℃で100秒」を28サイクル、72℃で3分、および4℃にて終結である。
得られた2種類のPCR産物は双方とも、pGEM-T Easy vector(Promega #A1360)にサブク
ローニングし、塩基配列を決定した。PCR産物のpGEM-T Easy vectorへの組換えは、T4 DNA Ligase(Promega#A1360)によって、4℃/12時間の反応をおこなった。PCR 産物とpGEM-T Easy vectorの遺伝子組換え体は、大腸菌株DH5α(Toyobo#DNA-903)を形質転換することによって得られた。また、遺伝子組換え体の選別には、Insert Check Ready Blue(Toyobo#PIK-201)を用いた。さらに、塩基配列の決定には、BigDye Terminator Cycle Sequencing
SF Ready Reaction Kit(ABI/Perkin Elmer#4303150)を使用し、ABI PRISM 377 DNA Sequencerによって解析をおこなった。独立する6クローンの遺伝子組換え体に対し、全インサート断片の塩基配列を決定した結果、塩基対の長さ、及び配列の相違により、それぞれ3クローンずつの二種類のグループに区別することができた。これは、選択的スプライシングに起因する産物の相違であり、この得られた配列が、双方共にNR10の部分塩基配列である事を認めた。ここで、膜貫通領域を含む長いORFをコードし得るcDNAクローンをNR10.1と命名し、膜貫通領域を保有しない短いORFをコードするcDNAクローンをNR10.2と命名することで区別した。
NR10の全長cDNAを単離するために、実施例2のNR10-A1プライマーを一次PCRに用い、また、NR10-A2プライマーを二次PCRに用いて5'-RACE PCRを試みた。3'-RACE法同様に鋳型としてHuman Fetal Liver Marathon-Ready cDNA Libraryを用い、PCR実験にはAdvantage cDNA Polymerase Mixを使用した。Perkin Elmer Gene Amp PCR System 2400サーマルサイクラーを使用し、(3)と同様のPCR条件で実施した結果、3種類のサイズの異なるPCR産物が得られた。得られた3種類のPCR産物は全て、前述同様、pGEM-T Easy vectorにサブクローニングし、塩基配列を決定した。PCR産物のpGEM-T Easy vectorへの組換えは、T4 DNA Ligaseによって、4℃/12時間の反応をおこなった。PCR産物とpGEM-T Easy vectorの遺伝子組換え体は、大腸菌株DH5αを形質転換することによって得られた。また、遺伝子組換え体の選別も前述と同様に、Insert Check Ready Blueを用いた。塩基配列の決定においても、BigDye Terminator Cycle Sequencing SF Ready Reaction Kitを使用し、ABI PRISM 377 DNA Sequencerによって解析を実施した。その結果、得られたサイズの異なる3種類の5'-RACE産物は全て、同一のmRNA転写産物に由来することが判明した。ここで、3種類の産物が異なるサイズを示した理由は、5'-RACEの伸長反応が不完全であったことに起因するためであり、スプライス変異体に由来した産物である可能性は否定された。しかし、これら3種類の5'-RACE産物のうち、最も長い伸長産物を示したcDNAクローンであっても、完全長の5'-末端には伸長が及んでいなかった。また、(2)のNR10-A2プライマーを一次PCRに用い、NR10-A3 プライマーを二次PCRに用いた5'-RACE PCRを試みた場合でも同様の結果しか得られなかった。そこで、さらなる5'-RACE伸長反応をおこなうために、得られた塩基配列のN末端近傍に、新たなオリゴヌクレオチドプライマーを設計した。プライマーの合成は、実施例2に従い、アンチセンス側(上流方向)に下記配列のNR10-A4、及びNR10-A5オリゴヌクレオチドプライマーを準備した。
NR10-A4; 5'-ATC AGA TGA AAC AGG CGC CAA CTC AGG-3'(配列番号:11)
NR10-A5; 5'-TGG TTT CAC ACG GAA AAT CTT AGG TGG-3'(配列番号:12)
完全長NR10に相当するcDNAクローンのN末端配列を単離するために、(4)のNR10-A4プライマーを一次PCRに用い、また、NR10-A5プライマーを二次PCRに用いて5'-RACE PCRを試みた。前項の理由により、鋳型としてHuman Placenta Marathon-Ready cDNA Libraryを用いた。PCR実験にはAdvantage cDNA Polymerase Mixを使用した。Perkin Elmer Gene Amp PCR System 2400サーマルサイクラーを使用し、下記のPCR条件で5'-RACE PCR反応を実施
した結果、単一なサイズのPCR産物が得られた。
一次PCRの条件は、94℃で4分、「94℃で20秒、72℃で2分」を5サイクル、「94℃で20秒、70℃で2分」を5サイクル、「94℃で20秒、68℃で90秒」を28サイクル、72℃で3分、および4℃にて終結である。
二次PCRの条件は、94℃で4分、「94℃で20秒、70℃で90秒」を5サイクル、「94℃で20
秒、68℃で90秒」を25サイクル、72℃で3分、および4℃で終結である。
得られたPCR産物は実施例3に従い、pGEM-T Easy vectorにサブクローニングし、塩基
配列を決定した。独立する4クローンの遺伝子組換え体に対し、全インサート断片の塩基配列の決定をおこなった結果、完全長NR10 cDNAクローンのN末端配列を含んでいることを認めた。この5'RACE-PCRの結果、決定できた塩基配列と、(3)において決定した3'RACE-PCR産物の塩基配列とを総合することによって、最終的に完全長NR10.1、及び完全長NR10.2 cDNAの全塩基配列を決定した。決定したNR10.1 cDNAの塩基配列(配列番号:1)、及びそれがコードするアミノ酸配列(配列番号:2)を図3〜5に示す。また、決定したNR10.2 cDNAの塩基配列(配列番号:3)と、それがコードするアミノ酸配列(配列番号:4)を図6〜7に示す。
いては、正しくはtであることが明らかとなった。しかし、376番目の塩基nについては、
丁度この配列付近からイントロンに突入するため、配列の決定には至らなかった。ところが、この376番目の塩基nを何れの塩基に置換しても、この位置にスプライシングコンセンサス配列(ag/gtaag等)を認めることができない。これは、gssデータベースの情報性質上
、問題としたAQ022781配列の376番目の塩基n周辺配列[an/gcaag]が、実際には[ag/gtaag]であると推測される。NR10.1、及びNR10.2の全塩基配列を決定した結果、両者はこの問題となった不明瞭なスプライシングサイトから、選択的スプライシングによって、それぞれ全く独立したエキソンに接続し、以降のC末端は異なるアミノ酸配列をコードしていた。
一次構造上NR10.1は652アミノ酸からなる細胞膜貫通型ヘモポエチン受容体蛋白をコード
することが可能であり、また、NR10.2においては252アミノ酸からなる可溶性分泌型受容
体様蛋白をコード可能であった。それらNR10の特徴として以下の構造が認められる。
マイナス2位の位置に、インフレームの終止コドンが存在するため、このMet残基が翻訳開始部位であると推定される。次に43位のCysから53位のCys、及び55位のTrp残基までが、
典型的なリガンド結合部位配列であり、さらに81位と94位のCys残基は他のヘモポエチン
受容体メンバーにもよく保存されたCys残基の繰り返し構造を示す。続いて137位と138位
に連続するPro残基と、157位のTrp残基までによって、Pro-rich領域(PP-Wモチーフ)が保存されており、210位のTyrから215位のArg残基までが前記YRモチーフに相当する。さらに、224位のTrpから228位のSer残基までに典型的なWSXWS-box(WSモチーフ)が認められる。
よって翻訳フレームが終結する。これによって、細胞膜貫通ドメインを保持しない、可溶性ヘモポエチン受容体様蛋白をコードしている。一方NR10.1においては、上記の各保存モチーフに続き、533位のIleから556位のLeu残基までの24アミノ酸に典型的な細胞膜貫通ドメインを保有している。さらに、その直後の細胞内領域における、571位、及び573位のPro残基は、他のヘモポエチン受容体メンバーにもよく保存されたBox-1コンセンサス配列(PXPモチーフ)であり、ここがシグナル伝達に深く関与すると考えられる。以上のような構造的特徴を保有していることから、NR10遺伝子は新規ヘモポエチン受容体蛋白をコードしているものと断定される。
各ヒト臓器におけるNR10.1、及びNR10.2遺伝子の発現分布、及び、遺伝子発現様態を解析するために、RT-PCR法によるmRNAの検出を行った。RT-PCR解析に用いるためのプライマーとして、下記配列のオリゴヌクレオチドプライマーを新たに合成した。センス側(下流方向)プライマーとしてNR10-S0プライマーを用い、アンチセンス側(上流方向)プライマーとしてNR10.1-A0、及びNR10.2-A0プライマーを用いた。プライマーの合成、及び精製は実施例2に従った。下記プライマーのうちNR10-S0は、NR10.1とNR10.2の共通配列上に設計し、また、NR10.1-A0はNR10.1特異的配列上に、一方NR10.2-A0はNR10.2特異的配列をもとに設計している。
hNR10-S0; 5'-GCA TTC AGG ACA GTC AAC AGT ACC AGC-3'(配列番号:13)
hNR10.1-A0; 5'-AGC TGG AAT CCT CAG GGT GGC CAC TGG-3'(配列番号:14)
hNR10.2-A0; 5'-GCC CAT CAC CAG AGT AGA CAG GAC GGG-3'(配列番号:15)
このことを更に次項のサザンブロッティング法によって確認することで、それらが非特異的なPCR増幅による産物である可能性を否定した。
体内の生理機能を調節し得る可能性をも示唆している。
実施例2におけるRT-PCRによって増幅された標的遺伝子産物は、NR10.1及びNR10.2それぞれに特異的なcDNA断片をプローブとして用いたサザンブロッティング法を実施することで、それが特異的な増幅であることを確認した。また、それと同時に、RT-PCR産物を定量的に検出することで、ヒト各臓器間における遺伝子発現の比較測定的評価を試みた。前項のRT-PCR産物をアガロースゲル電気泳動後、Hybond N(+) (Amersham,cat#RPN303B)付電荷ナイロン膜にブロッティングし、ハイブリダイゼーションに供した。NR10.1及びNR10.2それぞれに特異的なプローブとして、実施例3にて得られた、それぞれのcDNA断片を用いた。プローブの調製は、Mega Prime Kit(Amersham, cat#RPN1607)を使用し[α-32P]dCTP(Amersham,cat#AA0005)によってラジオアイソトープ標識した。ハイブリダイゼーションにはExpress Hyb-ridization Solution (Clontech#8015-2)を用い、68℃/30分のプレハイブリダイゼーションの後、熱変性させた標識プローブを加え、68℃/120分のハイブリダイゼーションを実施した。(1) 1x SSC / 0.1% SDS, 室温で5分、(2) 1x SSC / 0.1% SDS,50℃で30分、(3) 0.1x SSC / 0.1% SDS,50℃で30分の条件にて洗浄をおこなった後、Imaging Plate(FUJI#BAS-III)に露光させ、Image Analyzer(FUJIX, BAS-2000 II)によって、NR10特異的なシグナルを検出した。
あることが確認された。また各臓器における発現量の比較定量についても、前項の評価を支持するものであった。一方、RT-PCR法とサザンブロッティング法を組合わせた、ここでの標的遺伝子発現の検出方法は、他の発現解析方法と比較しても極めて感度の高い検出手段であるにも関わらず、成人脳や胎児脳といった神経系、及び成人消化管ではNR10.1の発現が全く検出されなかった。さらに、胎児で強い発現が認められた骨格筋と腎臓においても、成人では全く検出されていない。
各ヒト臓器、及びヒト癌細胞株におけるNR10の遺伝子発現様態の解析と、NR10転写サイズの同定を目的として、ノーザンブロッティング法によるNR10遺伝子の発現解析を試みた。また、NR10.1及びNR10.2以外のさらなるスプライシング変異体の存在する可能性についても検討をおこなった。ブロットにはHuman Multiple Tissue Northern(MTN) Blot(Clontech #7760-1)、Human MTN Blot II(Clontech #7759-1)、Human MTN Blot III(Clontech#7767-1)、及びHuman Cancer Cell Line MTN Blot(Clontech#7757-1)を使用した。
ブの調製は実施例3同様、Mega Prime Kitを用い[α-32P]dCTPによってラジオアイソトープ標識した。ハイブリダイゼーションにはExpress Hyb-ridization Solutionを用い、65
℃/30分のプレハイブリダイゼーションの後、熱変性させた標識プローブを加え、65℃/16時間のハイブリダイゼーションを実施した。(1) 1x SSC / 0.1% SDS,室温で5分、(2) 1x SSC / 0.1% SDS,48℃で30分、(3) 0.5x SSC / 0.1% SDS,48℃で30分の条件にて洗浄をお
こなった後、前項同様にImaging Plateに対して露光させ、Image Analyzerを使用するこ
とで、NR10特異的なシグナルを検出を試みた。
しかしながらその結果、何れのヒト臓器においてもシグナルは検出されなかった。原因として、ノーザン解析法の場合、RT-PCRレベルと比較して検出感度がかなり低いため、発現量の低いmRNAを検出することができなかったものと考えられる。
上記のNR10遺伝子の完全長cDNA獲得の過程は、PCRクローニングによる手法が用いられ
た。これらPCRクローニングをおこなった場合、その産物配列中にしばしば点変異が発生
する危険を含んでいる。そこで、前述までに得られたcDNAクローンについて、その塩基配列を再確認する目的で、ラムダファージcDNAライブラリーに対するプラークハイブリダイゼーションをおこない、標的遺伝子の再単離を試みた。RT-PCRによるNR10遺伝子発現解析の結果、NR10遺伝子発現が認められた、ヒト胎盤cDNAライブラリー(Clontech#HL1144X)を用い、プラークスクリーニングを行った。プローブには前項同様、実施例1(5)にて得られた、5'-RACE産物のcDNA断片を用いた。プローブの調製は実施例3同様、Mega Prime Kitを用い[α-32P]dCTPによってラジオアイソトープ標識した。ハイブリダイゼーション
にはExpress Hyb-ridization Solutionを用い、65℃/30分のプレハイブリダイゼーションの後、熱変性させた標識プローブを加え、65℃/16時間のハイブリダイゼーションを実施
した。(1) 1x SSC / 0.1% SDS, 室温で5分、(2) 1x SSC / 0.1% SDS,58℃で30分、(3) 0.5x SSC / 0.1% SDS, 58℃で30分の条件にて洗浄をおこなった後、X線フィルム(Kodak, cat#165-1512)に露光し、NR10陽性プラークを検出した。
その結果、陽性クローンは1つも得らなかった。これも実施例4と同様、標的遺伝子の発現コピー数が少ないため、cDNAクローンの単離に至らなかったものと考えられる。標的遺伝子の単離には、RT-PCR解析の結果、最も遺伝子発現量の高かった臓器である、ヒト胎児骨格筋由来のラムダファージcDNAライブラリーに対するプラークハイブリダイゼーションが好ましいと考えられる。
(1) NR10キメラ受容体の構築
NR10に特異的に結合し得るリガンド、即ち新規ヘモポエチンを検索するためのスクリーニング系を構築する。先ず最初にNR10.1の細胞外領域(1位のMetから238位のGluまで、
あるいは1位のMetから532位のGluまで)をコードするcDNA配列をPCRによって増幅し、このDNA断片を既知のヘモポエチン受容体の細胞膜貫通領域、及び細胞内領域をコードするDNA断片とインフレームで結合させることによって、キメラ受容体をコードする融合配列を作製する。ここで、パートナーとなる既知ヘモポエチン受容体として、前述のようにいくつかの候補が挙げられるが、その中からヒトTPO受容体(Human MPL-P)を選択して用いる。すなわち、ヒトTPO受容体の細胞膜貫通領域を含む細胞内領域をコードするDNA配列をPCRによって増幅した後、NR10.1の細胞外領域をコードするcDNA配列とインフレームで結合させ、哺乳動物細胞で発現可能なプラスミドベクター(pEF-BOS)に挿入する。構築した発現ベクターはpEF-NR10/TPO-Rと称する。構築されるNR10/TPO-Rキメラ受容体の構造の模式図を図12に示す。NR10/TPO-Rキメラ受容体発現ベクターはブラストサイジンS耐性遺伝子を含む発現ベクターpSV2bsr(科研製薬株式会社製)と共に増殖因子依存性細胞株Ba/F3に導入して強制発現させた後、8μg/mlの塩酸ブラストサイジンS(科研製薬株式会社製)とIL3の共存下で培養することにより遺伝子導入細胞を選別する。得られたキメラ受容体導入細胞をIL-3非存在下に切り替え、標的リガンドを含むことが期待される材料を添加して培養することにより、NR10と特異的に結合するリガンドが存在する場合にのみ生存/増殖可能であることを利用したスクリーニングが実施可能である。
細胞膜結合型リガンドの探索、あるいはBIAcore(Pharmacia社)やウエストウエスタン法による可溶性リガンドの検出に利用すべくNR10/IgG1-Fc可溶性融合タンパク質の調製を行う。実施例6(1)で調製したNR10.1の細胞外領域(1位のMetから238位のGluまで、
あるいは1位のMetから532位のGluまで)をコードするDNA断片をヒト免疫グロブリンIgG1のFc領域をコードするDNA断片とインフレームで結合させることによって、該可溶性融合
タンパク質をコードする融合配列を作製する。構築したNR10/IgG1-Fcがコードする可溶性融合タンパク質の構造の模式図を図12に示す)。該融合遺伝子断片を哺乳動物細胞で発現可能なプラスミドベクター(pEF-BOS)に挿入し、構築した発現ベクターをpEF-NR10/IgG1-Fcと名付ける。このpEF-NR10/IgG1-Fcを哺乳動物細胞に強制発現させ、安定した遺伝子導入細胞を選択した後、その培養上清に分泌される当該リコンビナントタンパク質を、抗ヒトIgG1-Fc抗体を用いた免疫沈降、あるいはアフィニティーカラム等により精製することが可能である。
細胞膜結合型リガンドの探索、あるいはBIAcore(Pharmacia社)やウエストウエスタン法による可溶性リガンドの検出に利用すべくリコンビナントNR10.2タンパク質の調製を行う。NR10.2 cDNAのアミノ酸コーディング配列を用い、終止コドンを点変異によって任意
のアミノ酸残基をコードする塩基配列に置換した後、インフレームでFLAGペプチドをコードする塩基配列に結合させる。その結合断片を哺乳動物細胞で発現可能なプラスミドベクターに挿入し、構築した発現ベクターをpEF-BOS/NR10.2 FLAGと名付ける。構築した発現
ベクター中の挿入断片NR10.2 FLAGの構造の模式図を図12に示す。このpEF-BOS/NR10.2 FLAGを哺乳動物細胞に強制発現させ、安定した遺伝子導入細胞を選択した後、その培養上清に分泌される当該リコンビナントタンパク質を、抗FLAGペプチド抗体を用いて免疫沈降を行うことが可能であり、あるいはアフィニティーカラム等により精製することが可能である。
(1) オリゴヌクレオチドプライマーの設計
連続する完全長コーディング配列を含むNR10.1遺伝子の再単離を試みた。まず最初に、NR10.1 cDNAの塩基配列内の5'-UTR 及び3'-UTR部位を選択し、下記配列のセンスプライマー(下流方向)、及びアンチセンスプライマー(上流方向)を設計した。プライマーの合成は、実施例1(2)に従った。即ち、ABI社の394 DNA/RNA Synthesizerを使用し、5'-末端トリチル基付加条件にて実施し、その後、OPC column(ABI#400771)にて、完全長の合成産物を精製した。
NR10-5UTR(SN);5'-CCC CTG ATA CAT GAA GCT CTC TCC CCA GCC-3'(配列番号:18)
NR10-3UTR(AS);5'-CCA GTC TTC GGA GAT GGT TCT CTT GGG GCC-3'(配列番号:19)
NR10の完全長CDSを単離するために、実施例7(1)のNR10-5UTRプライマーをセンスプライマーに用い、また、NR10-3UTR primerをアンチセンスプライマーとして用いたPCR クローニングを試みた。鋳型としてHuman Placenta Marathon-Ready cDNA Library(Clontech#7411-1)を使用し、PCR実験にはAdvantage cDNA Polymerase Mix(Clontech#8417-1)を用いた。Perkin Elmer Gene Amp PCR System 2400サーマルサイクラーを使用し、94℃で4分、「94℃で20秒、72℃で90秒」を5サイクル、「94℃で20秒、70℃で90秒」を5サイクル、「94℃で20秒、68℃で90秒」を28サイクル、72℃で3分、および4℃にて終結、のサイクル条件にてPCRを実施した。その結果、2119 bpの増幅産物が得られた。
ブクローニングし、塩基配列を決定した。PCR産物のpGEM-T Easy vectorへの組換えは、T4 DNA Ligase(Promega#A1360)によって、4℃/12時間の反応をおこなった。PCR 産物とpGEM-T Easy vectorの遺伝子組換え体は、大腸菌株DH5 alpha(Toyobo#DNA-903)を形質転換することによって得られた。また、遺伝子組換え体の選別には、Insert Check Ready Blue(Toyobo#PIK-201)を用いた。さらに、塩基配列の決定には、BigDye Terminator Cycle Sequencing SF Ready Reaction Kit(ABI/Perkin Elmer#4303150)を使用し、ABI PRISM 377 DNA Sequencerによって解析を行なった。独立する5クローンの遺伝子組換え体に対し、全インサート断片の塩基配列を解析した結果、膜貫通領域を含むNR10の完全長CDSをコードし得るcDNAクローンの塩基配列を決定した。しかしながら、決定した配列にNR10.1は認められず、代替的に662アミノ酸からなる細胞膜貫通型受容体蛋白をコード可能なcDNAクローンを示した。本発明者等は、このcDNAクローンをNR10.3と命名することで、NR10.1 cDNAクローンと区別した。
(イ)寄託機関の名称・あて名
名称:通商産業省工業技術院生命工学工業技術研究所
あて名:日本国茨城県つくば市東1丁目1番3号(郵便番号305−8566)
(ロ)寄託日(原寄託日):平成11年7月23日
(ハ)寄託番号 生命研条寄第6793号(FERM BP-6793)
ターにおける、僅か1塩基の欠損が認められ、これによってフレームシフトが発生する。NR10.1とNR10.3は、そのフレームシフトによって終止コドン近傍のアミノ酸配列の読み枠に相違性を示す。決定したNR10.3の塩基配列及びそれがコードするアミノ酸配列を配列番号:16および17、並びに図13および14に示した。
前記の通り、NR10.1とNR10.3は終止コドン近傍における1塩基の相違によって生じた配列を示すものであり、従ってスプライシング変異体による転写産物の相違ではない。また、その1塩基の欠損以外においては、NR10.1とNR10.3 cDNAクローンの相違は認めれず、それらがコードする造血因子受容体蛋白は、機能的に同等であると推測される。このような点欠損、点変異といったものが何らかの疾患に関与している可能性や、或いは家系的、または人種依存的に配列の多様性を生じている可能性もあると考え得る。
(1) オリゴヌクレオチドプライマーの設計
NR10の染色体地図作成のため、下記配列のオリゴヌクレオチドプライマー、NR10-イン
トロンを合成した。NR10-イントロンプライマーはgasデータベースに登録されているAQ022781の配列中、NR10 mRNAには転写されないイントロン部位を選択し、センス方向(下流方向)に設計した。プライマーの合成は、実施例1(2)に従った。即ち、ABI社の394 DNA/RNA Synthesizerを使用し、5'-末端トリチル基付加条件にて実施し、その後、OPC column(ABI#400771)にて、完全長の合成産物を精製した。
NR10-イントロン(SN); 5'-CTG TGT AAG TAC CAA TTG TTC CCA GGC-3'(配列番号:20)
NR10の染色体地図作成のため、24本のクロモソームのヒト/マウス体細胞系(Dubois B.L. and Naylor S., 1993, Genomics; 16, 315-319)のそれぞれから得られるDNAを鋳型として、PCR解析を試みた。
実施例8(1)のNR10-イントロンプライマーをセンスプライマーに用い、また、実施
例1(2)にて作成したNA10-A1プライマーをアンチセンスプライマーとして利用した。PCR実験には、Advantage cDNA Polymerase Mix(Clontech#8417-1)を用いた。Perkin Elmer Gene Amp PCR System 2400サーマルサイクラ―を使用し、下記のPCR条件で実施した結果、ヒトクロモソーム染色体第5番にNR10遺伝子が存在する可能性を示唆する359bpの標的
増幅産物が得られた。
得られたPCR産物は、実施例1(3)に従い、pGEM-T Easy vector(Promega #A1360)
にサブクローニングし、ABI PRISM 337 DNA Sequencerでの解析によって塩基配列を決定
した。独立する8クローンの遺伝子組換え体に対し、全インサート断片の塩基配列を解析
した結果、NR10の部分配列を含む、標的ゲノムDNA断片の塩基配列であることを認め、そ
れが非特異的な増幅産物である可能性を否定した。
染色体第5番領域には、本発明者等が当初データベース検索によってNR10を同定するた
めに利用した、質問式配列であるヒトgp130、及びヒトLIF受容体遺伝子もマップされている。即ち、ヒトgp130遺伝子は染色体第5番q11(67.2-69.6 cM)にマップされており、ヒトLIF受容体遺伝子は染色体第5番p12-p13(59.9-61.1 cM)にマップされている。
化遺伝子学的にも大変意義深い。即ち、同受容体ファミリー遺伝子群の中において構造的に比較的高い相同性を示すこれら、ヒトgp130、ヒトLIF受容体、及びヒトNR10遺伝子がヒト染色体第5番の、しかも極く限られた領域に近接して位置している事実は、これら3種の異なる受容体遺伝子が、本来は同一の祖先遺伝子に由来し、長い生物進化の過程において、その構造性のみならず、機能性においても多様的遺伝子進化を成し遂げたとの仮設をも充分に示唆し得る。
。また、該DNAが挿入されたベクター、該DNAを保持する形質転換体、該形質転換体を利用した組換え蛋白質の製造方法が提供された。さらに、該蛋白質に結合する天然のリガンドあるいは化合物のスクリーニング方法が提供された。本発明の蛋白質は、免疫や造血機能に関与すると考えられることから、免疫関連疾患や造血関連疾患の診断や治療への応用が期待される。
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- 本明細書に記載の発明。
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