JP2011500002A - Rna干渉効果が高い脂質修飾2本鎖rna - Google Patents
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Abstract
果を奏し得る新規な二本鎖RNAを提供することである。
【解決手段】標的配列に相補的な塩基配列を含むセンス鎖RNA、及び該センス鎖RNAに相補的な塩基配列を含むアンチセンス鎖RNAを有し、標的遺伝子の発現を抑制できる二本鎖RNAにおいて、該センス鎖RNAの5’末端側から1〜6番目のヌクレオチドの少なくとも1つに直接又はリンカーを介して脂質を結合させた脂質修飾2本鎖RNAを提供する。
【選択図】なし
Description
項1. 標的遺伝子中の標的配列に相補的な塩基配列を有するセンス鎖RNA、及び該センス鎖RNAに相補的な塩基配列を有するアンチセンス鎖RNAを有し、且つ前記標的遺伝子の発現を抑制できる二本鎖RNAであって、該センス鎖RNAの5’末端から1〜6番目のヌクレオチドの少なくとも1つに直接又はリンカーを介して脂質が結合していることを特徴とする、脂質修飾2本鎖RNA。
項2. 前記センス鎖RNAの5’末端側が平滑末端であり、且つ前記センス鎖RNAの3’末端側が平滑末端又はダングリングエンドを有している、項1に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
項3. 前記センス鎖RNAの5’末端側及び3’末端側が共にダングリングエンドを有している、項1に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
項4. 前記センス鎖RNAを構成するヌクレオチドの数が21〜27である、項1乃至3のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNA。
項5. 前記センス鎖RNAの5’末端側及び3’末端側が共に平滑末端であり、前記センス鎖RNA及び前記アンチセンス鎖がそれぞれ27個のヌクレオチドから構成されている、項2に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
項6. 前記センス鎖RNAの5’末端側及び3’末端側が共に平滑末端であり、前記センス鎖RNA及び前記アンチセンス鎖がそれぞれ23個のヌクレオチドから構成されている、項2に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
項7. 前記センス鎖RNAの5’末端側が平滑末端であり、前記センス鎖RNAが25個のヌクレオチドから構成され、且つ前記アンチセンス鎖が23個のヌクレオチドから構成されている、項2に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
項8. 前記センス鎖RNA及び前記アンチセンス鎖がそれぞれ21個のヌクレオチドから構成されている、項3に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
項9. 前記脂質が、炭素数6〜50の脂肪酸である、項1乃至8のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNA。
項10. 前記脂質が、ラウリン酸、ステアリン酸、ミリスチン酸、又はパルミチン酸である、項1乃至9のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNA。
項11. 前記センス鎖RNAの5’末端から1〜6番目のヌクレオチドの少なくとも1つに、下記一般式(L-4)で表される構造のリンカーを介して脂質が結合している、項1乃至10のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNA。
項12. 項1乃至10のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNAと、薬学的に許容される基剤を含む、医薬組成物。
項13. 標的遺伝子の発現を抑制するための医薬を製造するための、項1乃至10のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNAの使用。
項14. 項1乃至10のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNAを細胞内に導入することにより、標的遺伝子の発現を抑制する、標的遺伝子の発現抑制方法。
実施例1 5’脂質修飾2本鎖RNAのルシフェラーゼ遺伝子発現阻害効果
1.ルシフェラーゼ遺伝子をターゲットとした脂質修飾2本鎖RNAの合成
1−1.センス鎖RNA及びアンチセンス鎖RNAの配列
ウミシイタケルシフェラーゼと相同配列を持ち、ウミシイタケルシフェラーゼの遺伝子発現を抑制できる21〜27塩基長のセンス鎖RNAと21〜27塩基長のアンチセンス鎖RNAの2本鎖RNAをデザインした。該二本鎖RNAはアンチセンス鎖とセンス鎖の組み合わせにより様々な形態の二本鎖を形成できる。該2本鎖RNAにおいて、ダングリングエンド(一本鎖領域)を持たない完全2本鎖RNA(センス鎖RNAの5’末端側及び3’末端側が共に平滑末端である2本鎖RNA)をDS (double strand) RNA;二本鎖RNAの両末端にダングリングエンド(オーバーハング)を持つ2本鎖RNAをSi RNA;センス鎖の5’末端を左側に示したときに右側のみにダングリングエンドを持つ2本鎖RNAをRO (Right Overhang) RNA、と名付けた。また、各種2本鎖RNAの命名はセンス鎖をA(A1又はA2)、アンチセンス鎖をBとし、センス鎖及びアンチセンス鎖となる1本鎖RNAの塩基の数を記載することにより区別している。また、センス鎖は2種類のものをデザインしたので区別のためにA1及びA2としている。また、センス鎖の5’末端を脂質で修飾したものについてはセンス鎖RNA名の次にCx(x=16又は12)と記載している。使用したRNAの配列は、以下の通りである。
<センス鎖>
27nt 27A1:5’-CUGGCCUUUCACUACUCCUACGAGCAC-3’(配列番号1)
25nt 25A1:5’-CUGGCCUUUCACUACUCCUACGAGC-3’(配列番号2)
23nt 23A1:5’-CUGGCCUUUCACUACUCCUACGA-3’(配列番号3)
21nt 21A1:5’-CUGGCCUUUCACUACUCCUAC-3’(配列番号4)
21nt 21A2:5’-GGCCUUUCACUACUCCUACGA-3’(配列番号5)
<アンチセンス鎖>
27nt 27B:5’-GUGCUCGUAGGAGUAGUGAAAGGCCAG-3’(配列番号6)
25nt 27B:5’-GCUCGUAGGAGUAGUGAAAGGCCAG -3’(配列番号7)
23nt 27B:5’-UCGUAGGAGUAGUGAAAGGCCAG-3’(配列番号8)
21nt 27B:5’-GUAGGAGUAGUGAAAGGCCAG-3’(配列番号9)
1−2.ルシフェラーゼ遺伝子をターゲットとした脂質未修飾2本鎖RNAの合成
これら上記センス鎖RNA及びアンチセンス鎖を用いて様々な2本鎖RNAを作成した。2本鎖RNAの作成は、universal buffer(林化成株式会社)中、同モルのセンス鎖及びアンチセンス鎖RNAを混合し、92℃で2分間加熱した後、4℃まで徐々に温度を下げることで作成した。合成した各種2本鎖RNAは、20% ポリアクリルアミドゲルを用い、250Vの条件化で60分間電気泳動し、その後、銀染色キット(GEヘルスケア バイオサイエンス)で2本鎖RNAを染色することにより確認した。未修飾の2本鎖RNAの構造を図1Aに示す。
ルシフェラーゼ遺伝子の発現を抑制できる2本鎖RNAのセンス鎖の5’末端に脂質を結合させた脂質修飾センス鎖RNAを合成した。当該脂質修飾センス鎖RNAにおいて、脂質は上記センス鎖RNAの5’末端に連結されているアミノアルキル基(Amino Modifier C6; Glen Research)を介して共有結合で結合している。脂質修飾センス鎖RNAは、活性エステル基もつ脂質化合物(以下、活性エステル化脂質化合物と表記する)と5’末端をアミノ化修飾したセンス鎖RNAとを液相中で反応させることで合成した(反応式1、2)。
脂質修飾27nt dsRNA(Ds 27A1C16/27B)のヌクレアーゼ耐性を検討した。まず、最終濃度が2 μMになるよう調整したセンス鎖5’-末端脂質修飾27nt dsRNAを10%FBS(三光純薬株式会社)を含むRPMI-1640培地(インビトロジェン)中 (最終量110μl)、37℃でインキュベートし、0h、0.5h、1h、2h、4h、6h、8h、12h、24h、48h後にそれぞれ10μl取り、2μlのローディングダイを含むサンプルチューブに添加した。次いで、分解反応を停止させる為、サンプル採取後すばやく液体窒素中にて凍結し、−20℃にて保存した。得られた産物を20% ポリアクリルアミドゲルを用い250Vで70分間サンプルを電気泳動した。その後、銀染色キット(GEヘルスケア バイオサイエンス)で産物を染色し(染色条件は製品マニュアル参照)、ChemiImager 4000(Alpha Innotech corporation)でゲル解析を行った。また比較として一般に広く使用されている21塩基長からなる21siRNA(si 21A2/21B)及び未修飾27nt dsRNA(Ds 27A1/27B)のヌクレアーゼ耐性結果も同様に評価した。ゲル電気泳動の結果を図3に示す。
合成した2本鎖RNA及び脂質修飾2本鎖RNAのリコンビナントDicerによるプロセシングを検討した。Dicerによる切断実験は、20mM Tris-HCl(pH 8.0), 15 mM NaCl, 2.5mM Mg2Cl溶液中、0.5 UのリコンビナントDicer(Gene Therapy Systems)と最終濃度2 μMになるよう調整した未修飾2本鎖RNA及び脂質修飾2本鎖RNAをサンプルチューブに10μl準備し、37℃に設定したインキュベーター中、12時間インキュベートした。その後、Dicerによる切断反応を停止させる為に、2μlのDicer Stop Solution (Gene Therapy Systems)を反応溶液に加え、更に2μlのローディングダイを加えた。得られた産物を20% ポリアクリルアミドゲルを用い250Vで70分間サンプルを電気泳動した。その後、銀染色キット(GEヘルスケア バイオサイエンス)で産物を染色し(染色条件は製品マニュアル参照)、ChemiImager4000(Alpha Innotech corporation)でゲル解析を行った。また、コントロールとして未修飾の21siRNA(si 21A2/21B)もゲル電気泳動にて解析した。その結果を図4に示す。
合成した未修飾2本鎖RNA及び脂質修飾2本鎖RNAのRNA干渉効果はウミシイタケルシフェラーゼをターゲットとして評価した。実験前に1x105cell/mlに調整したHeLa細胞(ヒト子宮頸ガン細胞、東北大学加齢医学研究所)を96wellプレート上にそれぞれ100μl撒き、37℃で一晩インキュベートした。翌日、ウェル上の古い培地を取り除き、抗生物質を含まない新しい培地をウェルにそれぞれ80 μl加え、ホタル及びウミシイタケルシフェラーゼを発現するベクター(psiCHECKTM-2 Vector: プロメガ)とLipofectamineTM 2000 (商品名、インビトロジェン)の複合溶液を10μlずつHeLa細胞が入ったそれぞれのウェルに加えた。ここで発現ベクターは1ウェルあたり0.02μgになるように、またLipofectamineTM 2000は1ウェルあたり0.2μlになるよう設定し、OptiMem(インビトロジェン)で必要量を調整した。また、複合体を形成させる為に、発現ベクターとLipofectamineTM 2000をOptiMemを用いて混合した後、室温で30分間インキュベートした。複合溶液を加えた後、細胞を5% CO2 存在下、37℃で4時間インキュベートした。その後、ウミシイタケルシフェラーゼの遺伝配列と相同的なアンチセンス配列を含む未修飾の2本鎖RNA及び末端脂質修飾2本鎖RNA を最終濃度が0nM, 0.2nM, 0.5nM, 1nM, 2nM, 5nM, 10nMになるようLipofectamineTM 2000 (インビトロジェン)と複合体を形成させ、10μlの複合体溶液を発現ベクターを導入したHeLa細胞に加えた。ここで、1ウェルあたりの最終量は100 μlとなる。RNAとLipofectamineTM 2000の複合溶液は、1ウェルあたり5 μlのRNA水溶液と5 μlのLipofectamineTM 2000 (0.2μl)及びOptiMemの溶液を混合し、30分間室温でインキュベートすることにより作成した。RNAを導入させた後、48時間インキュベートしDula-GloTM Luciferase Assay System(プロメガ)を用いてホタル及びウミシイタケルシフェラーゼの発現量をルミノメーター(MicroLumat LB96p: BERTHOLD)で測定し、ホタルルシフェラーゼの発現量をコントロールとしてウミシイタケルシフェラーゼの発現抑制効果を算出した。
次に、LipofectamineTM 2000等の遺伝子導入剤と使用せず、脂質修飾2本鎖RNA単独で細胞内に導入し、かつ、RNA干渉効果を示すか検討した。
実験前に1x105 cell/mlに調整したHeLa細胞(ヒト子宮頸ガン細胞、東北大学加齢医学研究所)、A549細胞(ヒト肺ガン細胞、東北大学加齢医学研究所)、SH10-TC細胞(ヒト胃ガン細胞、東北大学加齢医学研究所)及び2x105cell/mlに調整したJurkat細胞(急性リンパ性白血病細胞、東北大学加齢医学研究所)、K-562細胞(慢性骨髄性白血病細胞)を24ウェルプレートにそれぞれ1ml撒き10 % ウシ胎児血清 (FBS:三光純薬株式会社製)及び抗生物質含む培地中、5 % CO2存在下、37 ℃で培養した。ここで用いた抗生物質及び培地について、全ての細胞でストレプトマイシンを抗生物質として、またHeLa細胞はMEM培地(インビトロジェン社)を、その他の細胞はRPMI-1640(インビトロジェン社)を培地として用いた。蛍光ラベル化オリゴヌクレオチド導入前に、抗生物質を含まない培地(450μl)へ交換した。蛍光ラベル化オリゴヌクレオチドは、27ntアンチセンス鎖RNAの5’末端を6-FAMラベル化したものを使用し、未修飾の27nt センス鎖RNA及び5’末端を脂質で修飾した27ntセンス鎖RNAと2本鎖を形成させた。細胞導入実験は、蛍光ラベル化オリゴヌクレオチドとLipofectamineTM 2000 (インビトロジェン社製)との複合体を形成させる為に、10μM の蛍光ラベル化オリゴヌクレオチド水溶液10μlとOptiMem溶液15μlの混合溶液25μlと、LipofectamineTM 2000 (インビトロジェン社製)溶液2μlとOptiMem溶液23μlの混合溶液25μlそれぞれ混ぜ合わせた50μlの混合溶液を室温で30分間インキュベートした。また、LipofectamineTM 2000 (インビトロジェン社製)を使用しない場合(図7中のF;‐LF2000)は、上記複合体形成条件中の2μlのLipofectamineTM 2000溶液をOptiMem溶液に代え、同様の操作でサンプルを調整した。調整した50μlの蛍光ラベル化オリゴヌクレオチド複合体は、上記で準備した450μlの細胞へ添加し(2本鎖RNAの終濃度:200 nM)、5 % CO2存在下、37 ℃で4時間インキュベートした。その後、細胞をPBS(-)又は培地で3回洗浄し、共焦点蛍光レーザー顕微鏡、及びフローサイトメトリーにて細胞導入を評価した。
1.VEGF遺伝子をターゲットとした脂質修飾2本鎖RNAの合成
1−1.センス鎖RNA及びアンチセンス鎖RNAの配列
VEGF(vascular endothelial growth factor: 血管内皮成長因子)と相同配列を持ち、VEGFの遺伝子発現を抑制できる27及び21塩基長のセンス鎖RNAと27及び21塩基長のアンチセンス鎖RNAの2本鎖RNAをデザインした。これらの2本鎖RNAを用いて、以下の実験を行った。なお、27nt dsRNAは、ダングリングエンド(1本鎖領域)を持たない完全2本鎖RNA(センス鎖RNAの5’末端側及び3’末端側が共に平滑末端である2本鎖RNA)であり、21siRNAはセンス鎖RNA及びアンチセンス鎖RNAの双方の3’末端に2塩基のダングリングエンドを持つ2本鎖RNAである。使用した27nt dsRNA及び21siRNAの配列は、以下の通りである。
27nt dsRNA センス鎖 v27A:5’- CUUCCUACAGCACAACAAAUGUGAAUG -3’(配列番号10)
アンチセンス鎖 v27B:3’- GAAGGAUGUCGUGUUGUUUACACUUAC-5’(配列番号11)
21siRNA センス鎖 v21A:5’- UCCUACAGCACAACAAAUGUG-3’(配列番号12)
アンチセンス鎖 v21B:3’- GAAGGAUGUCGUGUUGUUUAC−5’(配列番号13)
1−2.VEGF遺伝子をターゲットとした脂質未修飾2本鎖RNAの合成
これら上記センス鎖RNA及びアンチセンス鎖を用いて、実施例1と同様の方法でアニーリングし2本鎖を形成させ、脂質未修飾2本鎖RNAを得た。2本鎖形成確認は実施例1の同様の方法で20% アクリルアミドゲル電気泳動で確認した。
VEGF遺伝子の発現を抑制できる上記2本鎖RNAのセンス鎖の5’末端に脂質を結合させた脂質修飾2本鎖RNAを合成した。当該脂質修飾2本鎖RNAにおいて、脂質は上記センス鎖RNAの5’末端に修飾されたアミノアルキル基(Amino Modifier C6; Glen Research)を介して共有結合で結合している。脂質修飾1本鎖RNA(センス鎖)は、実施例1と同様の方法で合成した。
2.VEGF遺伝子をターゲットとした脂質修飾2本鎖RNAのDicerによるプロセシング
合成した脂質未修飾2本鎖RNA及び脂質修飾2本鎖RNAのリコンビナントDicerによるプロセシングを検討した。Dicerによる切断実験は、実施例1と同様の方法で行った。その結果を図9に示す。
末端を修飾していない21nt siRNA、末端を修飾していない27nt dsRNA、センス鎖RNAの5’末端を脂質修飾した27nt dsRNA(末端脂質修飾27nt dsRNA)及びセンス鎖RNAの5’末端を脂質修飾した21nt siRNA(末端脂質修飾21nt siRNA)のVEGF遺伝子発現阻害効果をHeLa細胞(ヒト子宮頸ガン細胞、東北大学加齢医学研究所)、A549細胞(ヒト肺ガン細胞、東北大学加齢医学研究所)、SH10-TC細胞(ヒト胃ガン細胞、東北大学加齢医学研究所)Jurkat細胞(急性リンパ性白血病細胞、東北大学加齢医学研究所)、及びK-562細胞(慢性骨髄性白血病細胞、東北大学加齢医学研究所)を用いて評価した。また、VEGF遺伝子と相同な遺伝子配列を持たない2本鎖RNA(27nt dsRNA(Random)、21nt siRNA(Random))及びそれらの2本鎖RNAのセンスの5‘末端に脂質を結合させた脂質修飾2本鎖RNAについても同様の評価を行った。
Claims (14)
- 標的遺伝子中の標的配列に相補的な塩基配列を有するセンス鎖RNA、及び該センス鎖RNAに相補的な塩基配列を有するアンチセンス鎖RNAを有し、且つ前記標的遺伝子の発現を抑制できる二本鎖RNAであって、該センス鎖RNAの5’末端から1〜6番目のヌクレオチドの少なくとも1つに直接又はリンカーを介して脂質が結合していることを特徴とする、脂質修飾2本鎖RNA。
- 前記センス鎖RNAの5’末端側が平滑末端であり、且つ前記センス鎖RNAの3’末端側が平滑末端又はダングリングエンドを有している、請求項1に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
- 前記センス鎖RNAの5’末端側及び3’末端側が共にダングリングエンドを有している、請求項1に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
- 前記センス鎖RNAを構成するヌクレオチドの数が21〜27である、請求項1乃至3のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNA。
- 前記センス鎖RNAの5’末端側及び3’末端側が共に平滑末端であり、前記センス鎖RNA及び前記アンチセンス鎖がそれぞれ27個のヌクレオチドから構成されている、請求項2に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
- 前記センス鎖RNAの5’末端側及び3’末端側が共に平滑末端であり、前記センス鎖RNA及び前記アンチセンス鎖がそれぞれ23個のヌクレオチドから構成されている、請求項2に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
- 前記センス鎖RNAの5’末端側が平滑末端であり、前記センス鎖RNAが25個のヌクレオチドから構成され、且つ前記アンチセンス鎖が23個のヌクレオチドから構成されている、請求項2に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
- 前記センス鎖RNA及び前記アンチセンス鎖がそれぞれ21個のヌクレオチドから構成されている、請求項3に記載の脂質修飾2本鎖RNA。
- 前記脂質が、炭素数6〜50の脂肪酸である、請求項1乃至8のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNA。
- 前記脂質が、ラウリン酸、ステアリン酸、ミリスチン酸、又はパルミチン酸である、請求項1乃至9のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNA。
- 請求項1乃至10のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNAと、薬学的に許容される基剤を含む、医薬組成物。
- 標的遺伝子の発現を抑制するための医薬を製造するための、請求項1乃至10のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNAの使用。
- 請求項1乃至10のいずれかに記載の脂質修飾2本鎖RNAを細胞内に導入することにより、標的遺伝子の発現を抑制する、標的遺伝子の発現抑制方法。
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