JP2009092508A - リウマチ治療剤の効果の予測方法 - Google Patents

Abstract

【課題】 リウマチ治療薬の投与前に，リウマチ治療薬の治療効果を予測しうる方法を提供すること。
【解決手段】 配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定することを特徴とするリウマチ治療剤の効果予測方法，ならびにIL-6関連疾患に対する抗IL-6受容体抗体の効果予測方法が開示される。本発明の方法は，例えば，以下の(a)から(c)の工程により実施することができる：
(a) リウマチ患者から得られた試料を提供する工程，
(b) (a)で提供された試料における，配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される1つ以上の遺伝子の発現を測定する工程，
(c) (b)で測定された遺伝子の発現と健常者から得られた対照試料における当該遺伝子の発現を比較する工程。
【選択図】 なし

Description

本発明は，リウマチ治療剤の効果の予測方法に関する。

リウマチの治療は一般に，抗炎症剤とリウマチ治療薬（DMARD）を組み合わせることにより行われており，リウマチ治療薬として，種々の免疫調節剤・免疫抑制剤が既に臨床で使用されているかあるいは臨床開発されている。リウマチ治療薬の例としては，IL-1阻害剤，STAT-3阻害剤，IL-6ワクチン，IL-6融合タンパク，IL-6阻害剤，TNF-α阻害剤，IL-15阻害剤，IL-17阻害剤，抗CD20抗体，2-ペニシルアミン誘導体，Roxithromycin，Ｔ細胞副刺激モジュレーター，AP-1阻害剤，リポポリサッカライド結合タンパク（LBPs），補体阻害剤，プロテイン（p38）キナーゼ阻害剤，リピッドAアナログ，メラニンアナログ、抗IL-6受容体抗体（特許文献１）などが挙げられる。しかしながら，これらのリウマチ治療薬による治療効果は個々の患者によって異なり，治療に抵抗性の患者や効果が十分に得られない患者も存在する。したがって，リウマチ治療薬の投与前に，リウマチ治療薬の治療効果を適切に予測しうる手法を確立することが求められている。
WO96/11020

本発明者らは，リウマチ患者において，特定の遺伝子の発現レベルとリウマチ治療剤の効果とが相関することを見いだした。すなわち本発明は，表３に記載された遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定することを特徴とするリウマチ治療剤の効果予測方法を提供する。別の観点においては、本発明は、表３に記載された遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の遺伝子の発現を測定すること特徴とするIL-6関連疾患に対する抗IL-6受容体抗体の効果予測方法を提供する。さらに、本発明は配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定することを特徴とするリウマチ治療剤の効果予測方法を提供する。別の観点においては，本発明は，配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補鎖配列を有する遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定することを特徴とするIL-6関連疾患に対する抗IL-6受容体抗体の効果予測方法を提供する。

本発明の方法において，好ましくは，リウマチ患者から採取された試料における遺伝子の発現を測定する。また好ましくは，遺伝子の発現はリウマチ治療剤の投与前に測定する。本発明の方法において，好ましくは，リウマチ治療剤は抗IL-6受容体抗体であり，特に好ましくはトシリズマブ(tocilizumab)である。

１つの好ましい態様においては，本発明の方法は，以下の(a)から(c)の工程を含む：
(a) リウマチ患者から得られた試料を提供する工程，
(b) (a)で提供された試料における，配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される1つ以上の遺伝子の発現を測定する工程，
(c) (b)で測定された遺伝子の発現と対照者から得られた対照試料における当該遺伝子の発現を比較する工程。

本発明は，配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定することを特徴とする，リウマチ治療剤の効果予測方法，およびIL-6関連疾患に対する抗IL-6受容体抗体の効果予測方法を提供する。

さらに本発明は，表３に記載された遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定することを特徴とする，リウマチ治療剤の効果予測方法，およびIL-6関連疾患に対する抗IL-6受容体抗体の効果予測方法を提供する。

本発明において，配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列を有する遺伝子，又は配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列の相補配列を有する遺伝子は，配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列又は配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列の相補配列の全長を有する遺伝子であってもよいし，それら配列の部分配列を有する遺伝子であってもよい。又、配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列がmRNAに転写される領域以外の配列やオープンリーディングフレーム以外の配列を含む場合には、配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列を有する遺伝子は当該配列の中でmRNAに転写される領域の配列を有する遺伝子やオープンリーディングフレームの配列を有する遺伝子であってもよい。例えば、配列番号1〜196に記載の塩基配列のいずれの配列がゲノム配列である場合には、当該ゲノム配列から生成されるmRNAなどの発現を測定してもよい。

さらに，配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列又は配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列の相補配列を有する遺伝子は，配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列と高い同一性を有する遺伝子又は配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列の相補配列と高い同一性を有する遺伝子であってもよい。

本発明の方法で用いられる遺伝子が配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列又はそれらの相補配列の部分配列を有する遺伝子である場合，部分配列の長さは特に限定されないが，好ましくは50塩基以上であり，さらに好ましくは100塩基以上であり，特に好ましくは300塩基以上である。

又，本発明の方法で用いられる遺伝子が配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列又はそれらの相補配列と高い同一性を有する遺伝子である場合，通常，配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列又はそれらの相補配列と70％以上の同一性を有し，好ましくは80%以上，さらに好ましくは90%以上の同一性を有する。

塩基配列の同一性は当業者に公知の方法により決定することが可能であり，例えばKarlin and AltschulによるアルゴリズムBLAST(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877, 1993)によって決定することができる。このアルゴリズムに基づいて，BLASTNやBLASTXと呼ばれるプログラムが開発されている(Altschul et al. J. Mol. Biol.215:403-410, 1990)。BLASTに基づいてBLASTNによって塩基配列を解析する場合には，パラメーターはたとえばscore=100，wordlength=12とする。これらの解析方法の具体的な手法は公知である(http://www.ncbi.nlm.nih.gov.)。

又、本発明で用いられる遺伝子は配列番号1〜196のいずれかに記載の塩基配列又はそれらの相補配列を有する遺伝子だけでなく、表３に記載されたGenBank Accession No、Ensembl Gene IDまたは遺伝子名により特定される遺伝子配列又はその相補配列を有する遺伝子であってもよい。

本発明の方法において発現が測定される遺伝子の数は特に限定されず，上述の遺伝子の中から少なくとも１つの遺伝子の発現が測定されればよい。又，２つ以上の遺伝子の発現を測定してもよい。例えば，上述の遺伝子の中から5個，10個，15個または20個など，任意の数の遺伝子を選択し，選択された遺伝子の発現を測定してもよい。

又、本発明の方法において発現が測定される遺伝子は、全ての遺伝子がリウマチ治療薬又は抗IL-6受容体抗体の効果がある場合に発現が上昇する遺伝子であってもよいし、全ての遺伝子がリウマチ治療薬又は抗IL-6受容体抗体の効果がある場合に発現が減少する遺伝子であってもよい。さらに、発現が上昇する遺伝子と減少する遺伝子の両方が含まれていてもよい。

本発明においては，特に限定されないが，リウマチ患者またはIL-6関連疾患患者から採取された試料中における遺伝子の発現を測定することが好ましい。

患者から採取される試料としては，上述の遺伝子の発現産物が含まれる可能性のある試料であれば特に制限されないが，具体的な例としては，例えば，細胞，細胞破砕物，血液，間質液，血漿，血管外液，脳脊髄液，滑液，胸膜液，血清，リンパ液，唾液，尿などを挙げることができる。好ましい試料の例としては血液，血清，または血漿を挙げることができる。又，生物の体から採取された細胞の培養液などの，採取された試料から得られる試料も本発明の試料に含まれる。

本発明において，遺伝子の発現を測定すべき時期は特に限定されず，リウマチ治療薬または抗IL-6受容体抗体の投与前に遺伝子の発現を測定してもよいし，抗IL-6受容体抗体またはリウマチ治療薬の投与期間中に遺伝子の発現を測定してもよい。好ましくは遺伝子の発現の測定はリウマチ治療薬または抗IL-6受容体抗体の投与前に行われる。本発明においてリウマチ治療薬又は抗IL-6受容体抗体の投与前とは，治療効果の予測の対象となるリウマチ治療薬または抗IL-6受容体抗体の投与前を意味し，例えば，対象となるリウマチ治療薬または抗IL-6受容体抗体の投与前に他のリウマチ治療薬または抗IL-6受容体抗体が投与されていてもよい。

本発明において遺伝子の発現の測定とは，定性的な測定および定量的な測定を含み，例えば，定性的な測定としては，単に遺伝子の発現産物が存在するか否かの測定，遺伝子の発現産物が一定の量以上存在するか否かの測定，遺伝子の発現量を他の試料（例えば，コントロール試料など）と比較する測定などを挙げることができる。一方，定量的な測定としては，遺伝子の発現産物の濃度の測定，遺伝子の発現産物の量の測定などを挙げることができる。

コントロール試料（対照試料）を用いる場合，リウマチ治療薬又は抗IL-6受容体抗体の投与により治療効果があった患者から得られた試料をコントロールとして用いてもよいし，治療効果がなかった患者から得られた試料をコントロールとして用いてもよいし、健常者（リウマチを発症していない人など）から得られた試料をコントロールとして用いてもよい。本発明における対照者には、リウマチ治療薬又は抗IL-6受容体抗体の投与により治療効果があった患者、リウマチ治療薬又は抗IL-6受容体抗体の投与により治療効果がなかった患者、および健常者（リウマチを発症していない人など）が含まれるが、好ましい対照者は健常者である。対照試料は単独の対照者から得られた試料でもよいし、複数の対照者から得られた試料の混合物や平均値などでもよい。

又，遺伝子によって，発現している場合（発現量が多い場合）に治療効果がある又は治療効果がないと予測される場合もあるし，発現していない場合（発現量が少ない場合）に治療効果がある又は治療効果がないと予測されることもある。

例えば、対象者が健常者である場合、対象試料と比較して発現量が増加している場合にリウマチ治療薬又は抗IL-6受容体抗体の治療効果があると判断される遺伝子として、表3の「発現量の高低」で↑として記載されている遺伝子（配列番号39, 55, 65, 70, 72, 79, 80, 81, 82, 85, 91, 95, 96, 97, 98, 100, 105, 107, 111, 115, 116, 117, 118, 120, 122, 128, 130, 132, 133, 135, 138, 139, 140, 142, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 154, 156, 157, 159, 161, 167, 168, 170, 171, 173, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 183, 186, 190, 191, 195の配列又はその相補配列を有する遺伝子）が挙げられ、対象試料と比較して発現量が減少している場合にリウマチ治療薬又は抗IL-6受容体抗体の治療効果があると判断される遺伝子として、表３の「発現量の高低」で↓として記載されている遺伝子（配列番号1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33,34, 35, 36, 37, 38, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 66, 67, 68, 69, 71, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 83, 84, 86, 87, 88, 89, 90, 92, 93, 94, 99, 101, 102, 103, 104, 106, 108, 109, 110, 112, 113, 114, 119, 121, 123, 124, 125, 126, 127, 129, 131, 134, 136, 137, 141, 143, 144, 151, 152, 153, 155, 158, 160, 162, 163, 164, 165, 166, 169, 172, 174, 175, 182, 184, 185, 187, 188, 189, 192, 193, 194, 196の配列又はその相補配列を有する遺伝子）が挙げられる。

遺伝子の発現の測定方法は特に限定されず，如何なる方法により測定してもよい。遺伝子の発現の測定は当業者に公知の方法により行うことが可能であり，例えば，リウマチ患者又はIL-6関連疾患患者から得られた試料に含まれるmRNA，またはmRNAから調製されたcRNAまたはcDNAの量を測定することにより行うことが可能である。ｍＲＮＡ、cRNAまたはcDNAは特に限定されないが、配列番号1〜196の配列、配列番号1〜196の配列の相補配列、またはそれらの部分配列を有するmRNA、cRNAまたはcDNA、配列番号1〜196の配列または配列番号1〜196の配列の相補配列を基に転写されたmRNA、該mRNAから調製されたcRNAまたはcDNAなどを用いることが可能である。

例えば，ノーザンブロッティング法，RT-PCR法，DNAアレイ法等を用いて遺伝子の発現量の測定を行うことが可能である。遺伝子の発現量の測定にDNAアレイ法が用いられる場合，例えば以下の手順により行うことが可能である。

DNAアレイ法においては，測定すべき遺伝子とハイブリダイズ可能なヌクレオチドが固定された基板（DNAアレイ）を用いて発現量の測定を行う。被検者から得た試料から調製したRNAを鋳型としてcRNAまたはcDNA試料を調製し，DNAアレイと接触させて該cRNAまたはcDNA試料と該基板に固定されたヌクレオチドプローブとをハイブリダイズさせ，ハイブリダイゼーションシグナルの強度を検出することにより，被験者から得た試料における遺伝子の発現量を測定することができる。その際，測定された遺伝子の発現量をコントロールと比較してもよい。

cRNAまたはcDNA試料の調製は，当業者に周知の方法で行うことができる。例えば、cDNA試料の調製の好ましい態様においては，まずリウマチ患者またはIL-6関連疾患患者の血液などから全RNAの抽出を行う。全RNAの抽出は，当業者にとって周知の方法，例えば次のようにして行うことができる。全RNA抽出には純度の高い全RNAが調製できる方法であれば，既存の方法およびキット等を用いることが可能である。例えばAmbion社 “RNA later”を用い前処理を行った後，ニッポンジーン社”Isogen”を用いて全RNAの抽出を行う。具体的方法にはそれらの添付プロトコールに従えばよい。

次いで，抽出した全RNAを鋳型として，逆転写酵素を用いてcDNAの合成を行い，cDNA試料を調製する。全RNAからのcDNAの合成は，当業者に周知の方法で実施することができる。調製したcDNA試料には，必要に応じて，検出のための標識を施す。標識物質としては，検出可能なものであれば特に制限はなく，例えば，蛍光物質，放射性元素等を挙げることができる。標識は，当業者によって一般的に行われる方法(L Luo et al., Gene expression profiles of laser-capturedadjacent neuronal subtypes. Nat Med. 1999, 117-122)で行うことができる。

ヌクレオチドプローブとハイブリダイズしたcRNAまたはcDNAの量の測定は，cRNAまたはcDNA試料を標識した物質の種類に応じて適宜行うことができる。例えば，cRNAまたはcDNAが蛍光物質によって標識された場合，スキャナーによって蛍光シグナルを読み取ることによって検出することができる。

DNAマイクロアレイ法で用いられる基板は，ヌクレオチドを固定することが可能であれば特に制限はないが，一般にマイクロアレイ技術で使用される基板を好適に用いることができる。

一般にマイクロアレイは，高密度に基板にプリントされた何千ものヌクレオチドプローブで構成されている。通常これらのDNAは非透過性(non- porous)の基板の表層にプリントされる。基板の表層は，一般的にはガラスであるが，透過性(porous)の膜，例えばニトロセルロースメンブレンを使用することができる。マイクロアレイには主に２つのタイプがあり，一つはAffymetrix社開発によるオリゴヌクレオチドを基本としたマイクロアレイであり，もう一つは主としてStanford大学で開発されたcDNAマイクロアレイである。オリゴヌクレオチドのアレイにおいて，オリゴヌクレオチドは通常インサイチュ(in situ)で合成される。例えば，photolithographicの技術（Affymetrix社），および化学物質を固定させるためのインクジェット(Rosetta Inpharmatics社)技術等によるオリゴヌクレオチドのインサイチュ合成法が既に知られており，いずれの技術も本発明の基板の作製に利用することができる。

基板に固定するヌクレオチドプローブは，測定される遺伝子（mRNA, cDNA, cRNAなど）と特異的にハイブリダイズすることが可能なヌクレオチドであれば特に制限はない。上述のように，ヌクレオチドプローブとしては，オリゴヌクレオチドを用いてもcDNAを用いてもよい。ここで「特異的にハイブリダイズする」とは，測定される遺伝子と実質的にハイブリダイズし，測定される遺伝子以外の遺伝子とは実質的にハイブリダイズしないことを意味する。特異的なハイブリダイズが可能であれば，測定する遺伝子の塩基配列に対し，完全に相補的である必要はない。

基板に固定するヌクレオチドプローブは，本発明において測定したい遺伝子に応じて，その種類や数が決定される。例えば，測定する遺伝子として10個を選択した場合，10個それぞれの遺伝子と特異的にハイブリダイズするヌクレオチドプローブを基板に固定する。その際，それぞれの遺伝子に対応したヌクレオチドプローブは必ずしも1種類に限定される必要はなく，検出したい遺伝子の異なる領域と相補性を有する複数種のヌクレオチドプローブの混合物であってもよい。

基板に結合するヌクレオチドプローブの長さは，通常cDNAなどを固定する場合100〜4000ベースであり，好ましくは200〜4000ベースであり，さらに好ましくは500〜4000ベースである。オリゴヌクレオチドを固定する場合は，通常15〜500ベースであり，好ましくは30〜200ベースであり，さらに好ましくは50〜200ベースである。

基板上のヌクレオチドプローブとcRNAまたはcDNA試料をハイブリダイズさせる際のハイブリダイゼーションの反応液および反応条件は，基板に固定するヌクレオチドプローブの長さ等の諸要因により変動しうるが，一般的に当業者に周知の方法により行うことができる。

本発明においてリウマチ治療剤とは，リウマチの治療および／または予防に用いられる物質であれば特に限定されず，如何なるリウマチ治療薬でもよい。リウマチ治療薬の具体例としては，例えば，IL-1阻害剤，STAT-3阻害剤，IL-6ワクチン，IL-6融合タンパク，IL-6阻害剤（例えば，低分子化合物，抗IL-6受容体抗体（トシリズマブなど），抗IL-6抗体など），TNF-α阻害剤（例えば，キメラ型抗TNF-αモノクローナル抗体であるインフリキシマブ，TNFR2-IgGFc融合タンパクであるエタネルセプト，ヒト抗TNF-αモノクローナル抗体であるアダリムマブ，その他certolizumab pegol，Golimumabなど），IL-15阻害剤(例えば，AMG714などを含む)，IL-17阻害剤，抗CD20抗体（リツキシマブなど），2-ペニシルアミン誘導体，Roxithromycin，Ｔ細胞副刺激モジュレーター（CTLA4-Iｇ融合タンパクであるアバタセプトなど），AP-1阻害剤，リポポリサッカライド結合タンパク（LBPs），補体阻害剤（Eculizumabなど），プロテイン（p38）キナーゼ阻害剤，リピッドAアナログ（E-5531など），メラニンアナログなどを挙げることができる。

本発明のリウマチ治療剤の好ましい例として，サイトカインをターゲットにした薬剤を挙げることができる。具体的にはIL-1阻害剤，IL-6阻害剤，TNF-α阻害剤，IL-15阻害剤，またはIL-17阻害剤などが挙げられる。

また，本発明のリウマチ治療剤の好ましい他の態様として，有効成分として抗体を含むリウマチ治療薬，特に有効成分として抗サイトカイン抗体を含むリウマチ治療薬を挙げることができる。

本発明においてリウマチ治療薬の特に好ましい例として，IL-6阻害剤が挙げられる。IL-6阻害剤としては，例えば抗IL-6抗体，抗IL-6受容体抗体，抗gp130抗体，IL-6改変体，可溶性IL-6受容体改変体あるいはIL-6又はIL-6受容体の部分ペプチドおよび，これらと同様の活性を示す低分子物質が挙げられるが，特に限定されるものではない。IL-6阻害剤としては，好ましくはIL-6受容体を認識する抗体を挙げることが出来る。

本発明において抗IL-6受容体抗体は，IL-6受容体，特にヒトIL-6受容体抗体を認識する抗体であれば，キメラ抗体，ヒト化抗体，ヒト抗体，低分子化抗体，抗体断片，修飾抗体など，如何なる抗体であってもよい。

このような抗体としては，MR16-1抗体（Tamura, T. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1993) 90, 11924-11928)，PM-1抗体 (Hirata, Y. et al., J. Immunol. (1989) 143, 2900-2906），AUK12-20抗体，AUK64-7抗体，AUK146-15抗体（WO 92-19759)，あるいはトシリズマブ（tocilizumab）などが挙げられる。これらの抗IL6受容体抗体の中で特に好ましい抗IL-6受容体抗体としてトシリズマブを挙げることができる（Annals of the Rheumatic Diseases (2007), 66(9), 1162-1167、Drugs of Today (2006), 42(9), 559-576、Future Rheumatology (2007), 2(4), 361-371）。

本発明のリウマチには、特に限定されないが、関節リウマチ，若年性関節リウマチが含まれる。

本発明において「リウマチ治療薬の効果予測」とは，リウマチ患者またはリウマチの治療が必要な対象にリウマチ治療薬を投与した場合にリウマチの症状が改善されるか否かおよび／またはどの程度改善されるかを予測することを含む。リウマチ治療薬の効果を判断する基準としては，例えば，アメリカリウマチ学会で用いられているACR（ACR20，ACR50，ACR70），ヨーロッパリウマチ学会で用いられているEULAR response criteria，血中IL-6濃度などを挙げることができる。

ACR core setでは，圧痛関節数，膨張関節数，患者による疼痛評価，患者による疾患活動性全般評価，医師による疾患活動性全般評価，患者による身体機能評価，急性期反応蛋白が評価項目として用いられ，その改善度に応じてACR20，ACR50，ACR70に分類される。

EULAR response criteriaでは患者の活動性を複数の評価項目の数学的解析値として表すDisease Activity Score(DAS)が用いられる。DASでは疼痛・圧痛関節，膨張関節数，赤沈値，患者の身体機能評価が指数化され，その合計により評価される。特に，DAS28と呼ばれる評価関節数として２８関節が評価される方法が一般的である。

本発明の方法によりリウマチ治療薬の効果を予測することにより，リウマチ治療薬の投与前に，リウマチ治療薬を投与すべきか否か，投与するリウマチ治療薬の種類，リウマチ治療薬の投与量，リウマチ治療薬の投与時期，リウマチ治療薬の投与間隔などの決定が可能となる。

本発明のリウマチ治療薬の効果予測方法の具体的な態様の一つとして、例えば以下の(a)から(c)の工程を含む方法を挙げることができる。
(a) リウマチ患者から得られた試料を提供する工程，
(b) (a)で提供された試料における，配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定する工程，
(c) (b)で測定された遺伝子の発現と対照者から得られた対照試料における当該遺伝子の発現を比較する工程。

上述の方法において、リウマチ治療薬の効果がある場合に発現が上昇する遺伝子を用いる場合には該遺伝子の発現が上昇している場合にリウマチ治療薬の効果があると判断され、リウマチ治療薬の効果がある場合に発現が減少する遺伝子を用いる場合には当該遺伝子の発現が減少している場合にリウマチ治療薬の効果があると判断される。

本発明のリウマチ治療薬の効果予測方法の具体的な態様の他の例として、例えば以下の(a)から(c)いずれかの工程を含む方法を挙げることができる。
(a) リウマチ患者から得られた試料を提供する工程、
(b) 配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される遺伝子にハイブリダイズするヌクレオチドプローブを用いて、(a)の試料における、当該プローブにハイブリダイズする遺伝子の発現を測定する工程、
(c) (b)で測定された遺伝子の発現と対照者から得られた対照試料における当該遺伝子の発現を比較する工程。

本発明において抗IL-6受容体抗体の効果予測とは，IL-6関連疾患患者に抗IL-6受容体抗体を投与した場合にIL-6関連疾患の症状が改善されるか否か及び／又はどの程度改善されるかを予測することを含む。

本発明においてIL-6関連疾患とは，IL-6が関連する全ての疾患を言う。IL-6関連疾患には，悪液質，多発性骨髄腫，全身性エリテマトーデス，ループス腎炎，血管炎，乾癬性関節炎，乾癬，変形性関節症，多発性硬化症，リウマチ，脊髄損傷，クローン病，潰瘍性腸炎，前立腺癌，IgA腎症，加齢黄斑変性、キャッスルマン病などが含まれる。

抗IL-6受容体抗体の効果を判断する基準は対象となる疾患に応じて当業者が適宜決定することが可能である。

本発明により抗IL-6受容体抗体の効果を予測することにより，抗IL-6受容体抗体の投与前に抗IL-6受容体抗体の投与の有無，投与する抗IL-6受容体抗体の種類の決定，抗IL-6受容体抗体の投与量，抗IL-6受容体抗体の投与時期，抗IL-6受容体抗体の投与間隔などの決定が可能となる。

本発明の抗IL-6受容体抗体の効果予測方法の具体的な態様の一つとして、例えば以下の(a)から(c)の工程を含む方法を挙げることができる。
(a) 患者から得られた試料を提供する工程，
(b) (a)で提供された試料における，配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定する工程，
(c) (b)で測定された遺伝子の発現と対照者から得られた対照試料における当該遺伝子の発現を比較する工程。

上述の方法において、抗IL-6受容体抗体の効果がある場合に発現が上昇する遺伝子を用いる場合には該遺伝子の発現が上昇している場合に抗IL-6受容体抗体の効果があると判断され、抗IL-6受容体抗体の効果がある場合に発現が減少する遺伝子を用いる場合には当該遺伝子の発現が減少している場合に抗IL-6受容体抗体の効果があると判断される。

本発明の抗IL-6受容体抗体の効果予測方法の具体的な態様の他の例として、例えば以下の(a)から(c)の工程を含む方法を挙げることができる。
(a) リウマチ患者から得られた試料を提供する工程、
(b) 配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される遺伝子にハイブリダイズするヌクレオチドプローブを用いて、(a)の試料における、当該プローブにハイブリダイズする遺伝子の発現を測定する工程、
(c) (b)で測定された遺伝子の発現と対照者から得られた対照試料における当該遺伝子の発現を比較する工程。

本発明はまた，リウマチ治療薬の効果を予測する為の検査薬を提供する。このような検査薬としては，上述の遺伝子とハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドプローブ，そのようなオリゴヌクレオチドプローブが固定された基板などが挙げられる。上記検査薬にはコントロール（陽性コントロール又は陰性コントロール）が含まれていてもよい。

本発明はまた，抗IL-6受容体抗体の効果を予測する為の検査薬を提供する。このような検査薬としては，上述の遺伝子とハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドプローブ，そのようなオリゴヌクレオチドプローブが固定された基板などが挙げられる。上記検査薬にはコントロール（陽性コントロール又は陰性コントロール）が含まれていてもよい。

本発明の検査薬に含まれる、表３に記載の遺伝子またはその相補配列を有する遺伝子とハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドプローブは、そのようなオリゴヌクレオチドプローブが少なくとも１つ含まれていればよいが、例えば、５、１０，２０などの複数のオリゴヌクレオチドプローブが含まれていてもよい。

以下に実施例により本発明をより詳細に説明するが，本発明はこれらの実施例により限定されるものではない。

実験方法
抗IL-6受容体抗体であるトシリズマブを用いたIL-6阻害療法による治療効果の判定に利用可能なmRNAを特定するため，リウマチ患者54例に対し，トシリズマブの投与前に，全血中の29640種のmRNAを測定した。全54例中90%以上で発現が認められる24603種類の遺伝子を選択し，以後の検討の対象とした。IL-6阻害療法開始24週後における治療効果を表す因子として，以下の3種類の基準を用いた。
1)EULAR response criteria 「Good response」 vs 「Moderate response または No response」
2)ACR70達成 vs ACR20未達成
3)IL-6濃度35pg/mL未満 vs IL-6濃度35pg/mL以上
各因子に対して「治療効果あり」，「治療効果なし」の層間でWilcoxon順位和検定を用いて比較し，トシリズマブ投与で効果が認められた群と認められなかった群において発現量に有意な差がある遺伝子を決定した。

P-value<0.01の基準で抽出された遺伝子の数は，EULAR responce criteriaでは74種類，ACR core setでは83種類，IL-6濃度では67種類であった。全体としては197種類の遺伝子が抽出された。抽出した197遺伝子の分類能をサポートベクターマシンを用い，リーブ・ワン・アウト（Leave One Out）法にて評価した。分類能は，上記の層間比較にてそれぞれP<0.05を満たした115遺伝子，126遺伝子，108遺伝子を用いて，EULAR response criteria Good response，ACR50，IL-6濃度35pg/mL未満の各項目の達成・未達成を調べることにより評価した。

結果
分類能の評価の結果として，各項目の24週後の観測値とサポートベクターマシンを用いた予測値のクロス集計表を以下に示す。

下記表のセルの度数にしたがって，各項目の正確度，感度，特異度，陽性的中率および陰性的中率を求めた。

各項目の正確度[(a+d)/(a+b+c+d)]は各々92.6%，77.8%，93.2%であった。感度[a/(a+b)]は各々97.2%，73.1%，95.7%であった。特異度[(d/(c+d)]は各々83.3%，82.1%，90.5%であった。陽性的中率[a/(a+c)]は各々92.1%，79.2%，91.7%であった。陰性的中率[d/(b+d)]は各々93.8%，76.7%，95.0%であった。

遺伝子情報
上記検討に用いた197種類の遺伝子のID情報を下記の表に示す。発現量の高低については，遺伝子の発現量がReference（45人の健常者の混合物）と比較して，低ければ低いほど各項目について達成になりやすいことを（↓），高ければ高いほど達成になりやすいことを（↑）で示す。また，各項目の治療効果判定に寄与した遺伝子を○で示す。

表３に記載された遺伝子の情報はAceGene IDを用いて以下のURLから入手することが可能である。
http://bio.hitachi-sk.co.jp/acegene/human30k/search＿30k/search＿human30k.html
http://hitachisoft.jp/dnasis/acegene/human30k/search＿30k1chip/search＿human30k1chip.html#Gene＿Table

本発明は，リウマチならびにIL-6関連疾患の治療効果の予測に有用である。

Claims (11)

1. 配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定することを特徴とするリウマチ治療剤の効果予測方法。
2. リウマチ患者から採取された試料における遺伝子の発現を測定することを特徴とする請求項１に記載の予測方法。
3. リウマチ治療剤の投与前に遺伝子の発現を測定することを特徴とする請求項１または２に記載の予測方法。
4. リウマチ治療剤が抗IL-6受容体抗体である請求項１〜３いずれかに記載の予測方法。
5. リウマチ治療剤がトシリズマブ(tocilizumab)である請求項４に記載の予測方法。
6. 以下の(a)から(c)の工程を含む方法である請求項１〜５いずれかに記載の予測方法：
   (a) リウマチ患者から得られた試料を提供する工程，
   (b) (a)で提供された試料における，配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定する工程，
   (c) (b)で測定された遺伝子の発現と対照者から得られた対照試料における当該遺伝子の発現を比較する工程。
7. 配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補鎖配列を有する遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定することを特徴とするIL-6関連疾患に対する抗IL-6受容体抗体の効果予測方法。
8. IL-6関連疾患患者から採取された試料における遺伝子の発現を測定することを特徴とする請求項７に記載の予測方法。
9. 抗IL-6受容体抗体の投与前に遺伝子の発現を測定することを特徴とする請求項７または８に記載の予測方法。
10. 抗IL-6受容体抗体がトシリズマブである請求項７〜９いずれかに記載の予測方法。
11. 以下の(a)〜(c)の工程を含む方法である請求項７〜１０いずれかに記載の予測方法：
    (a) 患者から得られた試料を提供する工程，
    (b) (a)で提供された試料における，配列番号1〜196に記載の塩基配列又はその相補配列を有する遺伝子群から選択される１つ以上の遺伝子の発現を測定する工程，
    (c) (b)で測定された遺伝子の発現と対照者から得られた対照試料における当該遺伝子の発現を比較する工程。