JP2004097030A - 細胞膜間の物質輸送を促進する薬剤 - Google Patents
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Abstract
Description
【0001】
【発明が属する技術分野】
本発明は、微生物の細胞膜間の物質輸送を促進する薬剤、該薬剤を使用した微生物活性増加方法及び該薬剤と微生物を用いた難分解性物質の分解方法に関する。
【0002】
【従来の技術】
メッキ産業、プリント基板製造業、繊維産業、製紙産業、金属加工産業、半導体産業、クリーニング産業、印刷・写真産業、産業廃棄物処理産業等の事業所や上下水道事業施設においては、工業用廃水を伴うことが不可欠である。このような廃水に含まれる難分解性物質、特に多環芳香族化合物や窒素化合物の環境中での分解は極めて悪く、環境中で非常に安定であり、そのまま河川等に放出すると環境を汚染するため、大きな社会問題とされている。
【0003】
このようなことから、難分解性物質の除去、分解による地下水等の浄化は、環境保全の視点から重要な課題であり、浄化に必要な技術の開発が行われてきている。例えば、活性炭による吸着処理、光や熱による分解処理等が検討されてきたが、コストや操作性の面からかならずしも実用的であるとはいえない。
【0004】
これに対し、近年微生物による分解が報告され、その実用化に向けた研究がなされ始めている。微生物による難分解性物質の分解浄化技術は、多種多様なものが報告されているが、一般にその処理効率は低く、何らかの人為的な処理を加えなければ十分な効果が得られないのが実情である。例えば、処理しようとする環境に微生物の栄養源となる物質を別途添加する方法、酵素を供給する方法、界面活性剤を添加する方法などが知られている。
【0005】
しかし、それぞれで限界又は問題を有している。微生物の栄養源となる物質を別途添加する場合、その添加物の二次汚染が問題となることが多い。さらに、その栄養源の添加が生物分解を妨害するといった報告もある。また、酵素を供給する方法においては、微生物の分解活性は基質が存在する環境の通気性に依存する。さらに、基質の置換基の位置が酸化に影響を及ぼすことが明らかにされており、この方法の限界を示している。
【0006】
一方、ヒト病原菌を包含する細菌に広く用いられている基本的な制御薬として、ホモセリンラクトン類又はアシル化ホモセリンラクトン類が知られている。この制御系は、生物発光細菌について最初に発見されたものであるが、多数の他の微生物に見いだされており、微生物の多種多様な活性に関与している。これらの活性としては、植物病原菌であるエルウィニア・カロトボーラ(Erwinia carotovora)及び嚢胞性繊維症の起因菌である緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)における細胞外酵素の産生、及びアグロバクテリウム・チュメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)から植物へのTiプラスミドの導入が知られている。しかし、微生物の細胞膜間における物質輸送を促進するという活性については、知られていなかった。
【0007】
また、近年、耐性菌の耐性機構の解析研究によって、薬剤排出機構として薬剤排出ポンプの存在が認知されてきた。古くは1980年にLevyのグループによってテトラサイクリン系の抗菌薬を特異的に菌体外に排出するポンプが同定され(非特許文献1参照)、テトラサイクリン耐性の主たる要因として注目された。さらに最近の研究によって、大腸菌、緑膿菌、枯草菌、ブドウ球菌、肺炎球菌並びに淋菌における多剤排出型の排出ポンプの存在が報告された。なかでも、相同性を有する緑膿菌の薬剤排出ポンプとして現在までに4種の多剤排出型ポンプが報告されており、最近では、緑膿菌の全ゲノム配列が明らかになっており、その配列からさらに5〜6種類の新規多剤排出ポンプ、計10種の存在が確認されている。しかし、これらの排出ポンプが微生物の活性に関与していることについては知られていなかった。
【0008】
【非特許文献1】
L. McMurry, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 77, 3974, 1980
【0009】
【発明が解決しようとする課題】
本発明の課題は、効率的かつ環境に優しい、多環芳香族化合物や窒素化合物等の難分解性物質の微生物による分解浄化方法を提供することである。
【0010】
【課題を解決するための手段】
本発明者らは、従来の手法にとらわれることなく、微生物の細胞膜間物質輸送に着目し、鋭意研究を進めたところ、細胞膜間の物質輸送に関与するタンパク質が微生物の活性に関与すること、及びアシル化ホモセリンラクトン類が微生物の活性を制御する物質であり、特に細胞膜間の物質輸送に関与するタンパク質の発現を促進し、その結果、微生物による難分解性物質、特に多環芳香族化合物や窒素化合物の分解を促進する効果を有することを見出し、本発明を完成させるに至った。
【0011】
すなわち本発明は、以下の発明を包含する。
(1)式I:
【化2】
〔式中、Rは、炭素数2〜14の直鎖状又は分枝状の置換されていてもよいアシル基である〕
で表される化合物を含む、微生物の細胞膜間の物質輸送を促進する薬剤。
(2)(1)に記載の薬剤を用いて、微生物の細胞膜間の物質輸送を促進することにより微生物の活性を増加させる方法。
(3)(1)に記載の薬剤と微生物とを用いて難分解性物質を分解する方法。
(4)微生物が、排出ポンプをコードする遺伝子が導入されたものである、(2)又は(3)に記載の方法。
(5)排出ポンプをコードする遺伝子が導入された微生物を用いて難分解性物質を分解する方法。
(6)(4)又は(5)に記載の方法に使用するための、遺伝子組換えにより排出ポンプをコードする遺伝子が導入された微生物。
【0012】
【発明の実施の形態】
本発明者らは、排出ポンプ遺伝子を導入した組換え微生物を用いて難分解性物質である亜硝酸の分解を試みたところ、野生型に比べて分解活性が向上することを見出した。すなわち、排出ポンプが微生物の代謝を向上させる機能を有し、そして微生物による難分解性物質の分解作用に関与していることを見出した。
【0013】
また、アシル化ホモセリンラクトン類が微生物の代謝に対して制御活性を有する可能性が示唆されていたが、その具体的な作用については十分解明されていなかった。本発明者らは、さらに、アシル化ホモセリンラクトン類が微生物の排出ポンプの発現に関与する物質であることを、以下に記載するような方法により見出した。
【0014】
すなわち、排出ポンプをコードする遺伝子にレポーター遺伝子を導入し、そのレポーター遺伝子の活性を測定することで簡易的に排出ポンプの発現の状況をモニタリングした。相同組換えにより緑膿菌染色体上のmexA−mexB−oprM遺伝子上にカテコール2,3ジオキシゲナーゼ遺伝子をコードするレポーター遺伝子(xylE)を導入し、レポーター遺伝子導入株PAO1−Xylを構築した。その株を用いてアシル化ホモセリンラクトン類による排出ポンプの誘導効果を測定したところ、アシル化ホモセリンラクトン類の濃度を上昇させていくと、約25μMまでは濃度依存的に排出ポンプが誘導され、それ以降一定に保たれることを見出した。以上から、アシル化ホモセリンラクトン類が細菌の排出ポンプの発現を誘導していることが明らかとなった。
【0015】
本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は、微生物における排出ポンプの発現を促進することにより、結果として微生物における細胞膜間の物質輸送を促進する。従って、本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は、微生物の細胞膜間の物質輸送を促進する薬剤として使用することができる。
【0016】
アシル化ホモセリンラクトン類はオートインデューサーとして機能し、その濃度又は物性を変化させることにより、細胞内に存在するか又は膜に結合している調節タンパク質と結合し、その調節タンパク質により制御している一群の遺伝子の発現を制御する。オートインデューサーとは、生物内で産生され、細胞それ自身又は周辺の細胞に作用し、比較的低濃度で遺伝子の発現に影響を与える低分子の物質を意味する。
【0017】
本発明における、式I:
【化3】
で表される化合物をアシル化ホモセリンラクトン類と称する。
【0018】
式Iにおける、Rは、炭素数2〜14、好ましくは4〜12の直鎖状又は分枝状の置換されていてもよいアシル基であり、置換基としては、ヒドロキシル基、オキソ基等が挙げられる。非置換の飽和脂肪族アシル基、並びに3位にオキソ基を有する飽和脂肪族アシル基が好ましい。
【0019】
Rの具体例としては、特に限定されないが、例えば、アセチル基、プロピオニル基、3−オキソプロピオニル基、ブチリル基、3−オキソブチリル基、イソブチリル基、ヘプタノイル基、3−オキソヘプタノイル基、バレリル基、3−オキソバレリル基、イソバレリル基、3−オキソイソバレリル基、ノナノイル基、3−オキソノナノイル基、ピバロイル基、ヘキサノイル基、3−オキソヘキサノイル基、オクタノイル基、3−オキソオクタノイル基、ラウロイル基、3−オキソドデカノイル基、パルミトイル基、3−オキソパルミトイル基、ステアロイル基、3−オキソステアロイル基、ミリストイル基、3−オキソミリストイル基等が挙げられる。
【0020】
式Iで表されるアシル化ホモセリンラクトン類の具体例としては、特に限定されないが、例えば、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトン、N−(3−ヒドロキシブチリル)−L−ホモセリンラクトン、N−ヘキサノイル−L−ホモセリンラクトン、N−(3−オキソヘキサノイル)−L−ホモセリンラクトン、N−オクタノイル−L−ホモセリンラクトン、N−(3−オキソオクタノイル)−L−ホモセリンラクトン、N−デカノイル−L−ホモセリンラクトン、N−(3−オキソデカノイル)−L−ホモセリンラクトン、N−(3−オキソドデカノイル)−L−ホモセリンラクトン、N−(7−システトラデカノイル)−ホモセリンラクトン又はN−(3−ヒドロキシ−7−システトラデカノイル)−L−ホモセリンラクトン等を挙げることができ、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンが好ましい。
【0021】
本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は、例えば、脂肪族カルボン酸又はそのエステルと環状アミノ酸との間にアミド結合を形成させることによって合成することができる。また、アシル化ホモセリンラクトン類は、例えば、Chhabra, S. R., P. Stead, N. J. Bainton, G. P. C. Salmond, G. S. A. B. Stewart, P.Williams, and B. W. Bycroft, J. Antibiot., 46, 441−454, 1993、Zhang, L., P. J. Murphy,A. Kerr, and M. E. Tate, Nature, 362, 446−448, 1993、Schaefer A.L., B. L. Hanzelka, A. Eberhard, and E. P. Greenberg, J. Bacteriol., 178, 2897−2901, 1996、Gao, J.−G. and E. A. Meighen. J. Bacteriol., 175, 3856−3862, 1993などに記載された方法によって合成できる。
【0022】
また、本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は微生物によって生合成されるため、微生物を培養した培養物から当技術分野において通常用いられる方法によって分離精製することもできる。
【0023】
本発明の薬剤によって細胞膜間の物質輸送を促進できる微生物としては、特に限定されないが、シュードモナス(Pseudomonas)属、エシェリキア(Escherichia) 属、サルモネラ(Salmonella)属、シゲラ(Shigella)属、クレブシエラ (Klebsiella) 属、プロテウス(Proteus)属、モルガネラ(Morganella)属、プロビデンシア(Providencia)属、シトロバクター(Citrobacter)属、バクテロイデス(Bacteroides)属、ストレプトコッカス(Streptococcus)属、スタフィロコッカス(Staphylococcus)属、エンテロバクター(Enterobacter)属、セラチア(Serratia)属、アシネトバクター(Acinetobacter)属、エルジニア(Yersinia)属、ヘモフィルス(Haemophilus)属、パスツレラ(Pasteurella)属、ブランハメラ(Branhamella)属、ヘリコバクター(Helicobacter)属、カンピロバクター(Campylobacter)属、ボレリア(Borrelia)属、ビブリオ(Vibrio)属、レジオネラ(Legionella)属、リステリア(Listeria)属、ナイセリア(Neisseria)属、ガードネレラ(Gardnerella)属、クロストリジウム(Clostridium)属、ミコバクテリウム(Mycobacterium)属、コリネバクテリウム(Corynebacterium)属、エンテロコッカス(Enterococcus)属、ストレノトロホモナス(Strenotrophomonas)属、ブルコホルデリア(Burkholderia)属、アエロモナス(Aeromonas)属、フランキセラ(Francisella)属、ボルデテラ(Bordetella)属、エルウィニア(Erwinia)属、リゾビウム(Rhizobium)属等に属するグラム陽性菌及びグラム陰性菌を含む広範囲の各種細菌が挙げられる。特に、難分解性物質を分解する活性を有するものが好ましい。
【0024】
具体的には、緑膿菌、シュードモナス・フルオレセンス(Pseudomonas fluorescens)、シュードモナス・アシドボランス(Pseudomonas acidovorans)、シュードモナス・アルカリジェネス(Pseudomonas alcaligenes)、シュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)、ストレノトロホモナス・マルトフィリア(Strenotrophomonas maltophilia)、ブルコホルデリア・セパシア(Burkholderia cepacia)、アエロモナス・ヒドロフィリア(Aeromonas hydrophilia)、大腸菌(Escherichia coli)、シトロバクター・フロインディイ(Citrobacter freundii)、ネズミチフス菌(Salmonella typhimurium)、腸チフス菌(Salmonella typhi)、パラチフス菌(Salmonella paratyphi)、腸炎菌(Salmonella enteritidis)、志賀赤痢菌(Shigella dysenteriae)、フレクスナー赤痢菌(Shigellaflexneri)、ゾンネ赤痢菌(Shigella sonnei)、エンテロバクター・クロアケエ(Enterobacter cloacae)、エンテロバクター・アエロジェネス(Enterobacter aerogenes)、肺炎杆菌(Klebsiella pneumoniae)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、霊菌(Serratia marcescens)、野兎病菌(Francisella tularensis)、モルガネラ・モルガニイ(Morganella morganii)、プロテウス・ミラビリス(Proteus mirabilis)、プロテウス・ブルガリス(Proteusvulgaris)、プロビデンシア・アルカリファシエンス(Providencia alcalifaciens)、プロビデンシア・レットゲリ(Providencia rettgeri)、プロビデンシア・スツアルティイ(Providencia stuartii)、アシネトバクター・カルコアセティクス(Acinetobacter calcoaceticus)、アシネトバクター・ヘモリティクス(Acinetobacter haemolyticus)、エルジニア・エンテロコリティカ(Yersinia enterocolitica)、ペスト菌(Yersinia pestis)、偽結核エルジニア菌(Yersinia pseudotuberculosis)、エルジニア・インターメディア(Yersinia intermedia)、百日咳菌(Bordetella pertussis)、パラ百日咳菌(Bordetella parapertussis)、気管支敗血症菌(Bordetella bronchiseptica)、インフルエンザ菌(Haemophilus influenzae)、パラインフルエンザ菌(Haemophilus parainfluenzae)、ヘモフィルス・ヘモリティクス(Haemophilus haemolyticus)、ヘモフィルス・パラヘモリティクス(Haemophilus parahaemolyticus)、デュクレー菌(Haemophilus ducreyi)、パスツレラ・マルトシダ(Pasteurella multocida)、パスツレラ・ヘモリティカ(Pasteurella haemolytica)、カタル球菌(Branhamella haemolytica)、カタル球菌(Branhamella catarrhalis)、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)、カンピロバクター・フィータス(Campylobacter fetus)、カンピロバクター・ジジュニ(Campylobacter jejuni)、カンピロバクター・コリ(Campylobacter coli)、ボレリア・バーグドルフェリ(Borrelia burgdorferi)、コレラ菌(Vibrio cholerae)、ビブリオ・パラヘモリテイクス(Vibrio parahaemolyticus)、レジオネラ・ニューモフィラ(Legionella pneumophila)、リステリア菌(Listeria monocytogenes)、淋菌(Neisseria gonorrhoeae)、髄膜炎菌(Neisseria meningitidis)、ガードネレラ・バジナリス(Gardnerella vaginalis)、バクテロイデス・フラジリス(Bacteroides fragilis)、バクテロイデス・ディスタソニス(Bacteroides distasonis)、バクテロイデス属(Bacteroides)3452A同族群、バクテロイデス・ブルガトゥス(Bacteroides vulgatus)、バクテロイデス・オバルス(Bacteroides ovalus)、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)、バクテロイデス・ユニフォルミス(Bacteroides uniformis)、バクテロイデス・エガーチイ(Bacteroides eggerthii)、バクテロイデス・スプランクニクス(Bacteroides splanchnicus)、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)、ヒト型結核菌(Mycobacterium tuberculosis)、鳥型結核菌(Mycobacterium avium)、ミコバクテリウム・イントラセルレア(Mycobacterium intracellulare)、らい菌(Mycobacterium leprae)、ジフテリア菌(Corynebacterium diphtheriae)、コリネバクテリウム・ウルセランス(Corynebacterium ulcerans)、肺炎連鎖球菌(Streptococcus pneumoniae)、ストレプトコッカス・アガラクティエ(Streptococcus agalactiae)、化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)、エンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)、エンテロコッカス・フェシウム(Enterococcus faecium)、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)、表皮ブドウ球菌(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス・サプロフィティクス(Staphylococcus saprophyticus)、スタフィロコッカス・インターメディウス(Staphylococcus intermedius)、スタフィロコッカス・ハイイクス(Staphylococcus hyicus)、スタフィロコッカス・シムランス(Staphylococcus simulans)、スタフィロコッカス・ヘモリティクス(Staphylococcus haemolyticus)、スタフィロコッカス・ホミニス(Staphylococcus hominis)、スタフィロコッカス・サッカロリティクス(Staphylococcus saccharolyticus)、エルウィニア・カルトボーラ(Erwinia carotovora)、リゾビウム・レグミノサルム(Rhizobium leguminosarum)等を挙げることができる。
【0025】
本発明の薬剤は、シュードモナス属、特に緑膿菌、ブルコホルデリア属、特にBurkholderia cepacia、エルウィニア属、特にErwinia carotovora、エシェリキア属、特に大腸菌、リゾビウム属、特にRhizobium leguminosarum、ビブリオ属、特にVibrio fischeriの細胞膜間物質輸送の促進において好適に使用できる。さらに、緑膿菌における細胞膜間物質輸送を促進する場合は、PAO1株、N135株、nalB株、nfxB株、nfxC株等の株を使用するのが好ましい。
【0026】
本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は、遺伝子組換えにより、排出ポンプ遺伝子が導入された微生物の細胞膜間物質輸送を促進する薬剤としても使用できる。
【0027】
本発明において「排出ポンプ」とは、細胞の細胞質又は周辺細胞質から、糖、アミノ酸をはじめとする様々な化合物をエネルギー依存様式で輸出するタンパク質集合を意味する。したがって、排出ポンプは、典型的に、細胞の細胞膜中に位置している。グラム陰性細菌において、排出ポンプは周辺腔の範囲にわたることができ、外膜の範囲にわたる排出ポンプの部分も存在しうる。
【0028】
緑膿菌に存在する排出ポンプには、緑膿菌MexA−MexB−OprM排出ポンプ又は緑膿菌株K385によって過発現される排出ポンプ又は緑膿菌株PAO4098Eによって過発現される排出ポンプの一部分であるポリペプチドと少なくとも30%のアミノ酸配列類似性を有するポリペプチドが含まれる。
【0029】
MexA−MexB−OprM排出ポンプは、緑膿菌野生株(Pseudomonas aeruginosa PAO1)で構成的に発現しているRNDファミリーの膜タンパク質である。MexAは、内膜にアンカリングしているペリフェラルタンパク質であり、MexBは、内膜を12回貫通した内膜タンパク質であり、OprMは外膜に存在するチャンネルタンパク質である。これら3つのサブユニットでMexA−mexB−OprM排出ポンプは構成されている。この排出ポンプの基質として、現在までに各種の抗生物質、例えば、βラクタム剤、キノロン剤、クロラムフェニコールなど、有機溶媒、オートインデューサーの1つである3oxoC−12HSLが知られている。また、この排出ポンプは、抗生物質や有機溶媒に対する耐性、さらには緑膿菌の二次代謝産物(毒素、プロテアーゼ、色素など)の産生に深く関わっていることも知られている。MexA−mexB−OprM排出ポンプ、及びその塩基配列については、Poole, K.ら、 Mol. Microbiol. 10(3), 529−544, 1993及びPoole, K.ら、J. Bacteriol. 175(22), 7363−7372, 1993等に記載されている。
【0030】
その他の排出ポンプとしては、RNDファミリー、MFSファミリー、SMRファミリー、ABCファミリー、MATEファミリーに属するタンパク質が挙げられる。具体的には、RNDファミリーに属するものとしては、緑膿菌のMexE−MexF−OprN排出ポンプ(Kohler, T.ら、Mol. Microbiol. 23, 345−354, 1997)、MexX−MexY排出ポンプ(Mine. T.ら、Antimicrob. Agents Chemother. 43, 415−417, 1999)、MexC−MexD−OprJ排出ポンプ(Poole, K.ら、Mol. Microbiol. 21 (4), 713−724, 1996)、MFSファミリーに属するものとしては、大腸菌のMdfA排出ポンプ(Edgar R.ら、J. Bacterial. 179, 2274−2280, 1997)、MATEファミリーに属するものとしては、大腸菌のYdhE排出ポンプ(Morita Y.ら、Antimicrob. Agents chemother. 42, 1778−1782, 1998)、ABCファミリーに属するものとしては、大腸菌のHlyBD排出ポンプ(Dinh T.ら、J. Bacteriol. 176, 3825−3831, 1994)が挙げることができる。
【0031】
緑膿菌においては、N−ドデカノイル−L−ホモセリンラクトンはLasRタンパク質と、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンはRhIRと結合して、下流の遺伝子群の調節を行っていると考えられる。そして、RhIRとアシル化ホモセリンラクトン類の複合体が排出ポンプを発現させると考えられる。この複合体は、直接に排出ポンプの転写を促進する、排出ポンプ調節遺伝子の発現量を変化させて排出ポンプ遺伝子の発現を促す、又は排出ポンプの調節遺伝子の質的変化を促すことによって排出ポンプ遺伝子の発現を促すものと考えられる。
【0032】
本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は、微生物における物質排出を促進することにより、微生物における代謝機能をスイッチさせる機能を有する。従って、本発明のアシル化ホモセリンラクトン類を用いて、微生物の活性を増加させることができる。本発明において、「微生物の活性」とは、特に限定されないが、微生物の増殖活性、微生物の代謝活性、微生物が難分解性物質等を分解する活性、微生物の溶媒耐性能及び微生物の感染能などを意味する。
【0033】
アシル化ホモセリンラクトン類による物質排出機構は、微生物による環境浄化へ応用できる。難分解性物質の微生物による分解における問題は、分解に関与する遺伝子の多くが二次代謝の遺伝子、すなわち微生物の増殖が定常期になるまで発現しない遺伝子であること、分解生成物が細胞内に蓄積することによって分解速度の低下が起こることにある。本発明のアシル化ホモセリンラクトン類を添加すれば、分解活性を有する微生物の代謝をスイッチし、早い段階で分解遺伝子を発現させることができる。従って、本発明のアシル化ホモセリンラクトン類を微生物とともに用いることにより、難分解性物質を効率的に分解することができる。しかも、本発明の方法は、排出ポンプの発現を促し、微生物の物質排出機構を促進するものであるため、分解過程で生じた生成物を微生物体外へ効率よく排出でき、汚染物質の分解浄化の効率をさらに向上させることができる。また、アシル化ホモセリンラクトン類は脂肪酸とアミノ酸からできており、易分解性と考えられるため、環境にも優しく、大量散布が可能である。
【0034】
本発明において、「難分解性物質」とは、例えば高CODMn値(例えば公害防止法に基づいて定められた基準値以上)の廃水中の有機物をいう。難分解性物質の具体例としては、例えば、フェノール類、シアン類、芳香族ニトロ化合物、クロロ化合物、ニトリル、アルキルベンゼンスルホン酸、ポリ塩化ビニル、ポリビニルアルコール、脂肪酸ポリエステル、ポリエチレングリコール、フタル酸エステル、石油に含まれるベンゾチオフェンをはじめとする多環芳香族類、亜硝酸、硝酸が挙げられるが、本発明は、特に亜硝酸や硝酸といった窒素化合物の分解に有効である。
全ての分解対象物に対してシュードモナス属が好ましく使用される。
【0035】
本発明の難分解性物質を分解する方法における、微生物及びアシル化ホモセリンラクトン類を用いた処理法は、特に限定されず、当技術分野の当業者であれば、使用する微生物及びアシル化ホモセリンラクトン類の種類によって、適宜選択することができる。好気的処理法として、例えば、生物膜法(散水ろ床法及び回転円板法)、活性汚泥法及び酸化池法等が挙げられ、嫌気的処理法として、中温法及び高温法等が挙げられる。本発明の一態様においては、アシル化ホモセリンラクトン類の存在下で微生物を培養し、培養液に対象となる難分解性物質を含む廃液等を添加し、さらに培養することによって難分解性物質を効率的に分解することができる。アシル化ホモセリンラクトン類は、培地に予め添加しておいてもよく、又は培養している微生物が適当な濃度に達した時点で培養液に添加してもよい。培養液におけるアシル化ホモセリンラクトン類の濃度は、特に限定されないが、20μM〜10mM、好ましくは40μM〜1mMである。培養のための培地は、当業者であれば使用する微生物により適宜選択することができ、特に限定されない。すなわち、炭素源、窒素源、無機塩類、ビタミン、その他の栄養因子を適宜含有する培地であれば、天然培地でも合成培地でも使用できる。
【0036】
本発明の方法は、物理・化学的な処理法、例えば、オゾン酸化、過酸化水素−紫外線照射、オゾン−紫外線照射、フェントン酸化、湿式酸化、活性炭吸着等の方法とを組み合わせることもできる。
【0037】
上記の微生物活性化方法及び難分解性物質分解方法においては、遺伝子組換えによって排出ポンプをコードする遺伝子を導入した微生物を使用することもできる。このような微生物は、本来排出ポンプを発現していないものであっても、アシル化ホモセリンラクトン類によって物質排出が促進され、活性が増加するとともに、難分解性物質を効率的に分解することが可能となるからである。従って、遺伝子組換えによって排出ポンプをコードする遺伝子を導入した微生物であって、排出ポンプを多く発現している微生物を使用する場合には、アシル化ホモセリンラクトン類を使用しない場合にも、難分解性物質を効率的に分解できる。その排出ポンプが由来する種と同種の微生物、又は細菌であれば同属に属する細菌に、排出ポンプ遺伝子を導入するのが好ましい。
【0038】
微生物への排出ポンプ遺伝子の導入は、当業者に公知の方法で実施することができる。例えば、排出ポンプ遺伝子を宿主微生物中で発現させるために、モレキュラー・クローニング 第2版、カレント・プロトコールズ・イン・モレキュラー・バイオロジー サプルメント1〜34等に記載された方法等を用いることができる。
【0039】
即ち、排出ポンプ遺伝子を適当な発現ベクターのプロモーター下流に挿入した組換え体ベクターを作成し、該ベクターを、対象とする宿主微生物に導入することにより、排出ポンプ遺伝子を発現する組換え体を取得することができる。
【0040】
発現ベクターとしては、遺伝子を導入する微生物において自立複製が可能なもの、又は染色体中への組込みが可能なものが用いられる。細菌等の原核生物に遺伝子を導入する場合、発現ベクターは、プロモーター、リボソーム結合配列、排出ポンプ遺伝子、転写終結配列等により構成されていることが好ましい。プロモーターを制御する遺伝子が含まれていてもよい。
【0041】
発現ベクターとしては、特に限定されないが、例えば、pBTrp2、pBTac1、pBTac2(いずれもベーリンガーマンハイム社より市販)、pSE280(インビトロジェン社製)、pGEMEX−1(Promega社製)、pQE−8(QIAGEN社製)、pKYP10(特開昭58−110600)、pKYP200(Agric. Biol. Chem., 48, 669, 1984)、pLSA1(Agric. Biol. Chem., 53, 277, 1989)、pGEL1(Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 82, 4306, 1985)、pBluescript II SK(−)(STRATAGENE社)、pBluescript II SK(+)(STRATAGENE社)、pMMB67EH(Masedaら、Antimicrob. Agents Chemother. 44(3), 658−64, 2000)等を例示することができる。
【0042】
プロモーターとしては、例えば、trpプロモーター、lacプロモーター、PLプロモーター、PRプロモーター、PletIプロモーター等の大腸菌やファージ等に由来するプロモーター、SPO1プロモーター、SPO2プロモーター、penPプロモーター等をあげることができる。またtrpプロモーターを2つ直列させたプロモーター、tacプロモーターのように人為的に設計改変されたプロモーター等も用いることができる。シャイン−ダルガノ(Shine−Dalgarno)配列と開始コドンとの間を適当な距離(例えば6〜18塩基)に調節したプラスミドを用いることが好ましい。
【0043】
組換えベクターの導入方法としては、宿主細胞へDNAを導入する方法であればいずれも用いることができ、例えば、カルシウムイオンを用いる方法(Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 69, 2110, 1972)、プロトプラスト法(特開昭63−248394)、Gene, 17, 107, 1982やMolecular & General Genetics, 168, 111, 1979に記載の方法等をあげることができる。
【0044】
本発明の形質転換体が大腸菌等の原核生物、酵母菌等の真核生物である場合、これら生物を培養する培地は、該生物が資化し得る炭素源、窒素源、無機塩類等を含有し、形質転換体の培養を効率的に行える培地であれば天然培地、合成培地のいずれでもよい。
【0045】
また培養中必要に応じて、アンピシリンやテトラサイクリン等の抗生物質を培地に添加してもよい。プロモーターとして誘導性のプロモーターを用いた発現ベクターで形質転換した微生物を培養するときには、必要に応じてインデューサーを培地に添加してもよい。例えば、lacプロモーターを用いた発現ベクターで形質転換した微生物を培養するときにはイソプロピル−β−D−チオガラクトピラノシド(IPTG)等を、trpプロモーターを用いた発現ベクターで形質転換した微生物を培養するときにはインドールアクリル酸(IAA)等を培地に添加してもよい。
【0046】
なお、排出ポンプに関連するタンパク質は、それら自体にシグナルペプチドを有している。従って、効率的に膜に局在し、膜タンパク質として機能する。また、排出ポンプ遺伝子のみを高発現させても機能することが示されている(Masedaら、Antimicrob. Agents Chemother. 44(3), 658−64, 2000)。
【0047】
【実施例】
実施例1.アシル化ホモセリンラクトン類による排出ポンプ発現促進
緑膿菌の排出ポンプであるMexA−MexB−OprM排出ポンプをコードする遺伝子mexA−mexB−oprMオペロン内にレポーター遺伝子であるxylE遺伝子を導入した株PAO1−Xylを、LB培地(1% トリプトン、0.5% 酵母エキス、1% NaCl)中、37℃にて一晩培養した。その培養液20μlを新たなLB培地4mlに植菌し、3時間培養した。続いて、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンを最終濃度が0、6.25、12.5、25、50、100、200μMの濃度になるように培養液に添加した。その後、さらに3時間培養した後に集菌した。得られた菌体をpH7.5の50mMリン酸カリウム溶液に懸濁し、超音波により菌体を破砕し、15,000rpmで5分間遠心することで未破壊菌体及び菌体残渣を除き、粗酵素溶液を調製した。この粗酵素溶液を適宜50mMリン酸カリウム溶液で希釈し、990μlに対し10μlの100mMカテコール溶液を添加し、カテコールの分解に伴う375nmの吸光の増加を測定することでカテコール2,3ジオキシゲナーゼ活性を測定した。その結果、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンの濃度が25μMになるまでは、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンの濃度に依存してxylE遺伝子産物であるカテコール2,3ジオキシゲナーゼの活性が上昇し、それ以上の濃度では、一定の高い活性値のままであった。結果を図1に示す。
【0048】
実施例2 排出ポンプ遺伝子導入組換え菌による環境常在難分解性物質である亜硝酸の分解
Pseudomonas aeruginosa PAO1由来のmexEFN遺伝子をシュードモナス属用発現ベクターであるpMMB67EHに組み込みpMEFNを作成した。このpMEFNをBurkholderia cepacia NH−17に導入し、Burkholderia cepacia NH17/pMEFNとした。
【0049】
RNDファミリーに属する排出ポンプの一種であるmexEFN遺伝子を導入した組換え脱窒菌を利用した培養においては、通常の細菌の培養法を用いた。培養にはNN培地(1l当たり、亜硝酸ナトリウム0.06g、グルコース10g、ペプトン10g、7水和硫酸マグネシウム0.1g、リン酸1水素2カリウム2.0g、酵母エキス1.0g、pH7.2)を使用した。ブチルゴム栓によって密閉した密閉型培養フラスコに、亜硝酸を5mMとなるように添加した上記培地を30ml入れ、膜透過性を強化した組換え脱窒菌Burkholderia cepacia NH17/pMEFNを1白金耳とり添加した後、30℃で振盪培養し、その後N2Oを測定した。N2Oは、ガスクロマトグラフGC−14B(SHIMADZU)で測定した。
【0050】
その結果、膜透過性を強化した菌株において、亜硝酸の分解促進と約10倍の脱窒量が確認された(表1)。
【0051】
【表1】
【0052】
これまで、脱窒菌の育種による脱窒能強化の報告はない。この実施例によって示された微生物の膜透過能の強化による約10倍の脱窒効果は、本発明が、効率的な亜硝酸、硝酸の分解を可能とすることを示している。また、実施例1によってこの排出ポンプ遺伝子の発現がアシル化ホモセリンラクトン類によって誘導されることが明らかとなっているので、その誘導によって同様の分解促進効果が得られると考えられる。
【0053】
【発明の効果】
本発明により、微生物における物質排出を促進し、微生物における代謝をスイッチさせることによって、微生物の活性を増加させることができる。また、分解活性を有する微生物の代謝をスイッチさせることによって、早い段階で微生物の分解遺伝子を発現させ、難分解性物質を効率的に分解することができる。しかも、本発明の分解方法は、排出ポンプの発現を促し微生物の物質排出機構を促進するものであるため、分解過程で生じた生成物を微生物体外へ効率よく排出できるとともに、環境に優しく大量散布が可能であることから、汚染物質の分解浄化の効率をさらに向上させることができる。そして、汚水処理の効率及び高速化等が見込めるともに、コストダウンが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【図1】実施例1におけるレポーター遺伝子導入株(PAO1−Xyl株)とN−ブチリル−L−ホモセリンラクトンとを培養したときの、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンの濃度とカテコール2,3ジオキシゲナーゼ活性の関係を表すグラフである。
【発明が属する技術分野】
本発明は、微生物の細胞膜間の物質輸送を促進する薬剤、該薬剤を使用した微生物活性増加方法及び該薬剤と微生物を用いた難分解性物質の分解方法に関する。
【0002】
【従来の技術】
メッキ産業、プリント基板製造業、繊維産業、製紙産業、金属加工産業、半導体産業、クリーニング産業、印刷・写真産業、産業廃棄物処理産業等の事業所や上下水道事業施設においては、工業用廃水を伴うことが不可欠である。このような廃水に含まれる難分解性物質、特に多環芳香族化合物や窒素化合物の環境中での分解は極めて悪く、環境中で非常に安定であり、そのまま河川等に放出すると環境を汚染するため、大きな社会問題とされている。
【0003】
このようなことから、難分解性物質の除去、分解による地下水等の浄化は、環境保全の視点から重要な課題であり、浄化に必要な技術の開発が行われてきている。例えば、活性炭による吸着処理、光や熱による分解処理等が検討されてきたが、コストや操作性の面からかならずしも実用的であるとはいえない。
【0004】
これに対し、近年微生物による分解が報告され、その実用化に向けた研究がなされ始めている。微生物による難分解性物質の分解浄化技術は、多種多様なものが報告されているが、一般にその処理効率は低く、何らかの人為的な処理を加えなければ十分な効果が得られないのが実情である。例えば、処理しようとする環境に微生物の栄養源となる物質を別途添加する方法、酵素を供給する方法、界面活性剤を添加する方法などが知られている。
【0005】
しかし、それぞれで限界又は問題を有している。微生物の栄養源となる物質を別途添加する場合、その添加物の二次汚染が問題となることが多い。さらに、その栄養源の添加が生物分解を妨害するといった報告もある。また、酵素を供給する方法においては、微生物の分解活性は基質が存在する環境の通気性に依存する。さらに、基質の置換基の位置が酸化に影響を及ぼすことが明らかにされており、この方法の限界を示している。
【0006】
一方、ヒト病原菌を包含する細菌に広く用いられている基本的な制御薬として、ホモセリンラクトン類又はアシル化ホモセリンラクトン類が知られている。この制御系は、生物発光細菌について最初に発見されたものであるが、多数の他の微生物に見いだされており、微生物の多種多様な活性に関与している。これらの活性としては、植物病原菌であるエルウィニア・カロトボーラ(Erwinia carotovora)及び嚢胞性繊維症の起因菌である緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)における細胞外酵素の産生、及びアグロバクテリウム・チュメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)から植物へのTiプラスミドの導入が知られている。しかし、微生物の細胞膜間における物質輸送を促進するという活性については、知られていなかった。
【0007】
また、近年、耐性菌の耐性機構の解析研究によって、薬剤排出機構として薬剤排出ポンプの存在が認知されてきた。古くは1980年にLevyのグループによってテトラサイクリン系の抗菌薬を特異的に菌体外に排出するポンプが同定され(非特許文献1参照)、テトラサイクリン耐性の主たる要因として注目された。さらに最近の研究によって、大腸菌、緑膿菌、枯草菌、ブドウ球菌、肺炎球菌並びに淋菌における多剤排出型の排出ポンプの存在が報告された。なかでも、相同性を有する緑膿菌の薬剤排出ポンプとして現在までに4種の多剤排出型ポンプが報告されており、最近では、緑膿菌の全ゲノム配列が明らかになっており、その配列からさらに5〜6種類の新規多剤排出ポンプ、計10種の存在が確認されている。しかし、これらの排出ポンプが微生物の活性に関与していることについては知られていなかった。
【0008】
【非特許文献1】
L. McMurry, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 77, 3974, 1980
【0009】
【発明が解決しようとする課題】
本発明の課題は、効率的かつ環境に優しい、多環芳香族化合物や窒素化合物等の難分解性物質の微生物による分解浄化方法を提供することである。
【0010】
【課題を解決するための手段】
本発明者らは、従来の手法にとらわれることなく、微生物の細胞膜間物質輸送に着目し、鋭意研究を進めたところ、細胞膜間の物質輸送に関与するタンパク質が微生物の活性に関与すること、及びアシル化ホモセリンラクトン類が微生物の活性を制御する物質であり、特に細胞膜間の物質輸送に関与するタンパク質の発現を促進し、その結果、微生物による難分解性物質、特に多環芳香族化合物や窒素化合物の分解を促進する効果を有することを見出し、本発明を完成させるに至った。
【0011】
すなわち本発明は、以下の発明を包含する。
(1)式I:
【化2】
〔式中、Rは、炭素数2〜14の直鎖状又は分枝状の置換されていてもよいアシル基である〕
で表される化合物を含む、微生物の細胞膜間の物質輸送を促進する薬剤。
(2)(1)に記載の薬剤を用いて、微生物の細胞膜間の物質輸送を促進することにより微生物の活性を増加させる方法。
(3)(1)に記載の薬剤と微生物とを用いて難分解性物質を分解する方法。
(4)微生物が、排出ポンプをコードする遺伝子が導入されたものである、(2)又は(3)に記載の方法。
(5)排出ポンプをコードする遺伝子が導入された微生物を用いて難分解性物質を分解する方法。
(6)(4)又は(5)に記載の方法に使用するための、遺伝子組換えにより排出ポンプをコードする遺伝子が導入された微生物。
【0012】
【発明の実施の形態】
本発明者らは、排出ポンプ遺伝子を導入した組換え微生物を用いて難分解性物質である亜硝酸の分解を試みたところ、野生型に比べて分解活性が向上することを見出した。すなわち、排出ポンプが微生物の代謝を向上させる機能を有し、そして微生物による難分解性物質の分解作用に関与していることを見出した。
【0013】
また、アシル化ホモセリンラクトン類が微生物の代謝に対して制御活性を有する可能性が示唆されていたが、その具体的な作用については十分解明されていなかった。本発明者らは、さらに、アシル化ホモセリンラクトン類が微生物の排出ポンプの発現に関与する物質であることを、以下に記載するような方法により見出した。
【0014】
すなわち、排出ポンプをコードする遺伝子にレポーター遺伝子を導入し、そのレポーター遺伝子の活性を測定することで簡易的に排出ポンプの発現の状況をモニタリングした。相同組換えにより緑膿菌染色体上のmexA−mexB−oprM遺伝子上にカテコール2,3ジオキシゲナーゼ遺伝子をコードするレポーター遺伝子(xylE)を導入し、レポーター遺伝子導入株PAO1−Xylを構築した。その株を用いてアシル化ホモセリンラクトン類による排出ポンプの誘導効果を測定したところ、アシル化ホモセリンラクトン類の濃度を上昇させていくと、約25μMまでは濃度依存的に排出ポンプが誘導され、それ以降一定に保たれることを見出した。以上から、アシル化ホモセリンラクトン類が細菌の排出ポンプの発現を誘導していることが明らかとなった。
【0015】
本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は、微生物における排出ポンプの発現を促進することにより、結果として微生物における細胞膜間の物質輸送を促進する。従って、本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は、微生物の細胞膜間の物質輸送を促進する薬剤として使用することができる。
【0016】
アシル化ホモセリンラクトン類はオートインデューサーとして機能し、その濃度又は物性を変化させることにより、細胞内に存在するか又は膜に結合している調節タンパク質と結合し、その調節タンパク質により制御している一群の遺伝子の発現を制御する。オートインデューサーとは、生物内で産生され、細胞それ自身又は周辺の細胞に作用し、比較的低濃度で遺伝子の発現に影響を与える低分子の物質を意味する。
【0017】
本発明における、式I:
【化3】
で表される化合物をアシル化ホモセリンラクトン類と称する。
【0018】
式Iにおける、Rは、炭素数2〜14、好ましくは4〜12の直鎖状又は分枝状の置換されていてもよいアシル基であり、置換基としては、ヒドロキシル基、オキソ基等が挙げられる。非置換の飽和脂肪族アシル基、並びに3位にオキソ基を有する飽和脂肪族アシル基が好ましい。
【0019】
Rの具体例としては、特に限定されないが、例えば、アセチル基、プロピオニル基、3−オキソプロピオニル基、ブチリル基、3−オキソブチリル基、イソブチリル基、ヘプタノイル基、3−オキソヘプタノイル基、バレリル基、3−オキソバレリル基、イソバレリル基、3−オキソイソバレリル基、ノナノイル基、3−オキソノナノイル基、ピバロイル基、ヘキサノイル基、3−オキソヘキサノイル基、オクタノイル基、3−オキソオクタノイル基、ラウロイル基、3−オキソドデカノイル基、パルミトイル基、3−オキソパルミトイル基、ステアロイル基、3−オキソステアロイル基、ミリストイル基、3−オキソミリストイル基等が挙げられる。
【0020】
式Iで表されるアシル化ホモセリンラクトン類の具体例としては、特に限定されないが、例えば、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトン、N−(3−ヒドロキシブチリル)−L−ホモセリンラクトン、N−ヘキサノイル−L−ホモセリンラクトン、N−(3−オキソヘキサノイル)−L−ホモセリンラクトン、N−オクタノイル−L−ホモセリンラクトン、N−(3−オキソオクタノイル)−L−ホモセリンラクトン、N−デカノイル−L−ホモセリンラクトン、N−(3−オキソデカノイル)−L−ホモセリンラクトン、N−(3−オキソドデカノイル)−L−ホモセリンラクトン、N−(7−システトラデカノイル)−ホモセリンラクトン又はN−(3−ヒドロキシ−7−システトラデカノイル)−L−ホモセリンラクトン等を挙げることができ、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンが好ましい。
【0021】
本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は、例えば、脂肪族カルボン酸又はそのエステルと環状アミノ酸との間にアミド結合を形成させることによって合成することができる。また、アシル化ホモセリンラクトン類は、例えば、Chhabra, S. R., P. Stead, N. J. Bainton, G. P. C. Salmond, G. S. A. B. Stewart, P.Williams, and B. W. Bycroft, J. Antibiot., 46, 441−454, 1993、Zhang, L., P. J. Murphy,A. Kerr, and M. E. Tate, Nature, 362, 446−448, 1993、Schaefer A.L., B. L. Hanzelka, A. Eberhard, and E. P. Greenberg, J. Bacteriol., 178, 2897−2901, 1996、Gao, J.−G. and E. A. Meighen. J. Bacteriol., 175, 3856−3862, 1993などに記載された方法によって合成できる。
【0022】
また、本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は微生物によって生合成されるため、微生物を培養した培養物から当技術分野において通常用いられる方法によって分離精製することもできる。
【0023】
本発明の薬剤によって細胞膜間の物質輸送を促進できる微生物としては、特に限定されないが、シュードモナス(Pseudomonas)属、エシェリキア(Escherichia) 属、サルモネラ(Salmonella)属、シゲラ(Shigella)属、クレブシエラ (Klebsiella) 属、プロテウス(Proteus)属、モルガネラ(Morganella)属、プロビデンシア(Providencia)属、シトロバクター(Citrobacter)属、バクテロイデス(Bacteroides)属、ストレプトコッカス(Streptococcus)属、スタフィロコッカス(Staphylococcus)属、エンテロバクター(Enterobacter)属、セラチア(Serratia)属、アシネトバクター(Acinetobacter)属、エルジニア(Yersinia)属、ヘモフィルス(Haemophilus)属、パスツレラ(Pasteurella)属、ブランハメラ(Branhamella)属、ヘリコバクター(Helicobacter)属、カンピロバクター(Campylobacter)属、ボレリア(Borrelia)属、ビブリオ(Vibrio)属、レジオネラ(Legionella)属、リステリア(Listeria)属、ナイセリア(Neisseria)属、ガードネレラ(Gardnerella)属、クロストリジウム(Clostridium)属、ミコバクテリウム(Mycobacterium)属、コリネバクテリウム(Corynebacterium)属、エンテロコッカス(Enterococcus)属、ストレノトロホモナス(Strenotrophomonas)属、ブルコホルデリア(Burkholderia)属、アエロモナス(Aeromonas)属、フランキセラ(Francisella)属、ボルデテラ(Bordetella)属、エルウィニア(Erwinia)属、リゾビウム(Rhizobium)属等に属するグラム陽性菌及びグラム陰性菌を含む広範囲の各種細菌が挙げられる。特に、難分解性物質を分解する活性を有するものが好ましい。
【0024】
具体的には、緑膿菌、シュードモナス・フルオレセンス(Pseudomonas fluorescens)、シュードモナス・アシドボランス(Pseudomonas acidovorans)、シュードモナス・アルカリジェネス(Pseudomonas alcaligenes)、シュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)、ストレノトロホモナス・マルトフィリア(Strenotrophomonas maltophilia)、ブルコホルデリア・セパシア(Burkholderia cepacia)、アエロモナス・ヒドロフィリア(Aeromonas hydrophilia)、大腸菌(Escherichia coli)、シトロバクター・フロインディイ(Citrobacter freundii)、ネズミチフス菌(Salmonella typhimurium)、腸チフス菌(Salmonella typhi)、パラチフス菌(Salmonella paratyphi)、腸炎菌(Salmonella enteritidis)、志賀赤痢菌(Shigella dysenteriae)、フレクスナー赤痢菌(Shigellaflexneri)、ゾンネ赤痢菌(Shigella sonnei)、エンテロバクター・クロアケエ(Enterobacter cloacae)、エンテロバクター・アエロジェネス(Enterobacter aerogenes)、肺炎杆菌(Klebsiella pneumoniae)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、霊菌(Serratia marcescens)、野兎病菌(Francisella tularensis)、モルガネラ・モルガニイ(Morganella morganii)、プロテウス・ミラビリス(Proteus mirabilis)、プロテウス・ブルガリス(Proteusvulgaris)、プロビデンシア・アルカリファシエンス(Providencia alcalifaciens)、プロビデンシア・レットゲリ(Providencia rettgeri)、プロビデンシア・スツアルティイ(Providencia stuartii)、アシネトバクター・カルコアセティクス(Acinetobacter calcoaceticus)、アシネトバクター・ヘモリティクス(Acinetobacter haemolyticus)、エルジニア・エンテロコリティカ(Yersinia enterocolitica)、ペスト菌(Yersinia pestis)、偽結核エルジニア菌(Yersinia pseudotuberculosis)、エルジニア・インターメディア(Yersinia intermedia)、百日咳菌(Bordetella pertussis)、パラ百日咳菌(Bordetella parapertussis)、気管支敗血症菌(Bordetella bronchiseptica)、インフルエンザ菌(Haemophilus influenzae)、パラインフルエンザ菌(Haemophilus parainfluenzae)、ヘモフィルス・ヘモリティクス(Haemophilus haemolyticus)、ヘモフィルス・パラヘモリティクス(Haemophilus parahaemolyticus)、デュクレー菌(Haemophilus ducreyi)、パスツレラ・マルトシダ(Pasteurella multocida)、パスツレラ・ヘモリティカ(Pasteurella haemolytica)、カタル球菌(Branhamella haemolytica)、カタル球菌(Branhamella catarrhalis)、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)、カンピロバクター・フィータス(Campylobacter fetus)、カンピロバクター・ジジュニ(Campylobacter jejuni)、カンピロバクター・コリ(Campylobacter coli)、ボレリア・バーグドルフェリ(Borrelia burgdorferi)、コレラ菌(Vibrio cholerae)、ビブリオ・パラヘモリテイクス(Vibrio parahaemolyticus)、レジオネラ・ニューモフィラ(Legionella pneumophila)、リステリア菌(Listeria monocytogenes)、淋菌(Neisseria gonorrhoeae)、髄膜炎菌(Neisseria meningitidis)、ガードネレラ・バジナリス(Gardnerella vaginalis)、バクテロイデス・フラジリス(Bacteroides fragilis)、バクテロイデス・ディスタソニス(Bacteroides distasonis)、バクテロイデス属(Bacteroides)3452A同族群、バクテロイデス・ブルガトゥス(Bacteroides vulgatus)、バクテロイデス・オバルス(Bacteroides ovalus)、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)、バクテロイデス・ユニフォルミス(Bacteroides uniformis)、バクテロイデス・エガーチイ(Bacteroides eggerthii)、バクテロイデス・スプランクニクス(Bacteroides splanchnicus)、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)、ヒト型結核菌(Mycobacterium tuberculosis)、鳥型結核菌(Mycobacterium avium)、ミコバクテリウム・イントラセルレア(Mycobacterium intracellulare)、らい菌(Mycobacterium leprae)、ジフテリア菌(Corynebacterium diphtheriae)、コリネバクテリウム・ウルセランス(Corynebacterium ulcerans)、肺炎連鎖球菌(Streptococcus pneumoniae)、ストレプトコッカス・アガラクティエ(Streptococcus agalactiae)、化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)、エンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)、エンテロコッカス・フェシウム(Enterococcus faecium)、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)、表皮ブドウ球菌(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス・サプロフィティクス(Staphylococcus saprophyticus)、スタフィロコッカス・インターメディウス(Staphylococcus intermedius)、スタフィロコッカス・ハイイクス(Staphylococcus hyicus)、スタフィロコッカス・シムランス(Staphylococcus simulans)、スタフィロコッカス・ヘモリティクス(Staphylococcus haemolyticus)、スタフィロコッカス・ホミニス(Staphylococcus hominis)、スタフィロコッカス・サッカロリティクス(Staphylococcus saccharolyticus)、エルウィニア・カルトボーラ(Erwinia carotovora)、リゾビウム・レグミノサルム(Rhizobium leguminosarum)等を挙げることができる。
【0025】
本発明の薬剤は、シュードモナス属、特に緑膿菌、ブルコホルデリア属、特にBurkholderia cepacia、エルウィニア属、特にErwinia carotovora、エシェリキア属、特に大腸菌、リゾビウム属、特にRhizobium leguminosarum、ビブリオ属、特にVibrio fischeriの細胞膜間物質輸送の促進において好適に使用できる。さらに、緑膿菌における細胞膜間物質輸送を促進する場合は、PAO1株、N135株、nalB株、nfxB株、nfxC株等の株を使用するのが好ましい。
【0026】
本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は、遺伝子組換えにより、排出ポンプ遺伝子が導入された微生物の細胞膜間物質輸送を促進する薬剤としても使用できる。
【0027】
本発明において「排出ポンプ」とは、細胞の細胞質又は周辺細胞質から、糖、アミノ酸をはじめとする様々な化合物をエネルギー依存様式で輸出するタンパク質集合を意味する。したがって、排出ポンプは、典型的に、細胞の細胞膜中に位置している。グラム陰性細菌において、排出ポンプは周辺腔の範囲にわたることができ、外膜の範囲にわたる排出ポンプの部分も存在しうる。
【0028】
緑膿菌に存在する排出ポンプには、緑膿菌MexA−MexB−OprM排出ポンプ又は緑膿菌株K385によって過発現される排出ポンプ又は緑膿菌株PAO4098Eによって過発現される排出ポンプの一部分であるポリペプチドと少なくとも30%のアミノ酸配列類似性を有するポリペプチドが含まれる。
【0029】
MexA−MexB−OprM排出ポンプは、緑膿菌野生株(Pseudomonas aeruginosa PAO1)で構成的に発現しているRNDファミリーの膜タンパク質である。MexAは、内膜にアンカリングしているペリフェラルタンパク質であり、MexBは、内膜を12回貫通した内膜タンパク質であり、OprMは外膜に存在するチャンネルタンパク質である。これら3つのサブユニットでMexA−mexB−OprM排出ポンプは構成されている。この排出ポンプの基質として、現在までに各種の抗生物質、例えば、βラクタム剤、キノロン剤、クロラムフェニコールなど、有機溶媒、オートインデューサーの1つである3oxoC−12HSLが知られている。また、この排出ポンプは、抗生物質や有機溶媒に対する耐性、さらには緑膿菌の二次代謝産物(毒素、プロテアーゼ、色素など)の産生に深く関わっていることも知られている。MexA−mexB−OprM排出ポンプ、及びその塩基配列については、Poole, K.ら、 Mol. Microbiol. 10(3), 529−544, 1993及びPoole, K.ら、J. Bacteriol. 175(22), 7363−7372, 1993等に記載されている。
【0030】
その他の排出ポンプとしては、RNDファミリー、MFSファミリー、SMRファミリー、ABCファミリー、MATEファミリーに属するタンパク質が挙げられる。具体的には、RNDファミリーに属するものとしては、緑膿菌のMexE−MexF−OprN排出ポンプ(Kohler, T.ら、Mol. Microbiol. 23, 345−354, 1997)、MexX−MexY排出ポンプ(Mine. T.ら、Antimicrob. Agents Chemother. 43, 415−417, 1999)、MexC−MexD−OprJ排出ポンプ(Poole, K.ら、Mol. Microbiol. 21 (4), 713−724, 1996)、MFSファミリーに属するものとしては、大腸菌のMdfA排出ポンプ(Edgar R.ら、J. Bacterial. 179, 2274−2280, 1997)、MATEファミリーに属するものとしては、大腸菌のYdhE排出ポンプ(Morita Y.ら、Antimicrob. Agents chemother. 42, 1778−1782, 1998)、ABCファミリーに属するものとしては、大腸菌のHlyBD排出ポンプ(Dinh T.ら、J. Bacteriol. 176, 3825−3831, 1994)が挙げることができる。
【0031】
緑膿菌においては、N−ドデカノイル−L−ホモセリンラクトンはLasRタンパク質と、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンはRhIRと結合して、下流の遺伝子群の調節を行っていると考えられる。そして、RhIRとアシル化ホモセリンラクトン類の複合体が排出ポンプを発現させると考えられる。この複合体は、直接に排出ポンプの転写を促進する、排出ポンプ調節遺伝子の発現量を変化させて排出ポンプ遺伝子の発現を促す、又は排出ポンプの調節遺伝子の質的変化を促すことによって排出ポンプ遺伝子の発現を促すものと考えられる。
【0032】
本発明のアシル化ホモセリンラクトン類は、微生物における物質排出を促進することにより、微生物における代謝機能をスイッチさせる機能を有する。従って、本発明のアシル化ホモセリンラクトン類を用いて、微生物の活性を増加させることができる。本発明において、「微生物の活性」とは、特に限定されないが、微生物の増殖活性、微生物の代謝活性、微生物が難分解性物質等を分解する活性、微生物の溶媒耐性能及び微生物の感染能などを意味する。
【0033】
アシル化ホモセリンラクトン類による物質排出機構は、微生物による環境浄化へ応用できる。難分解性物質の微生物による分解における問題は、分解に関与する遺伝子の多くが二次代謝の遺伝子、すなわち微生物の増殖が定常期になるまで発現しない遺伝子であること、分解生成物が細胞内に蓄積することによって分解速度の低下が起こることにある。本発明のアシル化ホモセリンラクトン類を添加すれば、分解活性を有する微生物の代謝をスイッチし、早い段階で分解遺伝子を発現させることができる。従って、本発明のアシル化ホモセリンラクトン類を微生物とともに用いることにより、難分解性物質を効率的に分解することができる。しかも、本発明の方法は、排出ポンプの発現を促し、微生物の物質排出機構を促進するものであるため、分解過程で生じた生成物を微生物体外へ効率よく排出でき、汚染物質の分解浄化の効率をさらに向上させることができる。また、アシル化ホモセリンラクトン類は脂肪酸とアミノ酸からできており、易分解性と考えられるため、環境にも優しく、大量散布が可能である。
【0034】
本発明において、「難分解性物質」とは、例えば高CODMn値(例えば公害防止法に基づいて定められた基準値以上)の廃水中の有機物をいう。難分解性物質の具体例としては、例えば、フェノール類、シアン類、芳香族ニトロ化合物、クロロ化合物、ニトリル、アルキルベンゼンスルホン酸、ポリ塩化ビニル、ポリビニルアルコール、脂肪酸ポリエステル、ポリエチレングリコール、フタル酸エステル、石油に含まれるベンゾチオフェンをはじめとする多環芳香族類、亜硝酸、硝酸が挙げられるが、本発明は、特に亜硝酸や硝酸といった窒素化合物の分解に有効である。
全ての分解対象物に対してシュードモナス属が好ましく使用される。
【0035】
本発明の難分解性物質を分解する方法における、微生物及びアシル化ホモセリンラクトン類を用いた処理法は、特に限定されず、当技術分野の当業者であれば、使用する微生物及びアシル化ホモセリンラクトン類の種類によって、適宜選択することができる。好気的処理法として、例えば、生物膜法(散水ろ床法及び回転円板法)、活性汚泥法及び酸化池法等が挙げられ、嫌気的処理法として、中温法及び高温法等が挙げられる。本発明の一態様においては、アシル化ホモセリンラクトン類の存在下で微生物を培養し、培養液に対象となる難分解性物質を含む廃液等を添加し、さらに培養することによって難分解性物質を効率的に分解することができる。アシル化ホモセリンラクトン類は、培地に予め添加しておいてもよく、又は培養している微生物が適当な濃度に達した時点で培養液に添加してもよい。培養液におけるアシル化ホモセリンラクトン類の濃度は、特に限定されないが、20μM〜10mM、好ましくは40μM〜1mMである。培養のための培地は、当業者であれば使用する微生物により適宜選択することができ、特に限定されない。すなわち、炭素源、窒素源、無機塩類、ビタミン、その他の栄養因子を適宜含有する培地であれば、天然培地でも合成培地でも使用できる。
【0036】
本発明の方法は、物理・化学的な処理法、例えば、オゾン酸化、過酸化水素−紫外線照射、オゾン−紫外線照射、フェントン酸化、湿式酸化、活性炭吸着等の方法とを組み合わせることもできる。
【0037】
上記の微生物活性化方法及び難分解性物質分解方法においては、遺伝子組換えによって排出ポンプをコードする遺伝子を導入した微生物を使用することもできる。このような微生物は、本来排出ポンプを発現していないものであっても、アシル化ホモセリンラクトン類によって物質排出が促進され、活性が増加するとともに、難分解性物質を効率的に分解することが可能となるからである。従って、遺伝子組換えによって排出ポンプをコードする遺伝子を導入した微生物であって、排出ポンプを多く発現している微生物を使用する場合には、アシル化ホモセリンラクトン類を使用しない場合にも、難分解性物質を効率的に分解できる。その排出ポンプが由来する種と同種の微生物、又は細菌であれば同属に属する細菌に、排出ポンプ遺伝子を導入するのが好ましい。
【0038】
微生物への排出ポンプ遺伝子の導入は、当業者に公知の方法で実施することができる。例えば、排出ポンプ遺伝子を宿主微生物中で発現させるために、モレキュラー・クローニング 第2版、カレント・プロトコールズ・イン・モレキュラー・バイオロジー サプルメント1〜34等に記載された方法等を用いることができる。
【0039】
即ち、排出ポンプ遺伝子を適当な発現ベクターのプロモーター下流に挿入した組換え体ベクターを作成し、該ベクターを、対象とする宿主微生物に導入することにより、排出ポンプ遺伝子を発現する組換え体を取得することができる。
【0040】
発現ベクターとしては、遺伝子を導入する微生物において自立複製が可能なもの、又は染色体中への組込みが可能なものが用いられる。細菌等の原核生物に遺伝子を導入する場合、発現ベクターは、プロモーター、リボソーム結合配列、排出ポンプ遺伝子、転写終結配列等により構成されていることが好ましい。プロモーターを制御する遺伝子が含まれていてもよい。
【0041】
発現ベクターとしては、特に限定されないが、例えば、pBTrp2、pBTac1、pBTac2(いずれもベーリンガーマンハイム社より市販)、pSE280(インビトロジェン社製)、pGEMEX−1(Promega社製)、pQE−8(QIAGEN社製)、pKYP10(特開昭58−110600)、pKYP200(Agric. Biol. Chem., 48, 669, 1984)、pLSA1(Agric. Biol. Chem., 53, 277, 1989)、pGEL1(Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 82, 4306, 1985)、pBluescript II SK(−)(STRATAGENE社)、pBluescript II SK(+)(STRATAGENE社)、pMMB67EH(Masedaら、Antimicrob. Agents Chemother. 44(3), 658−64, 2000)等を例示することができる。
【0042】
プロモーターとしては、例えば、trpプロモーター、lacプロモーター、PLプロモーター、PRプロモーター、PletIプロモーター等の大腸菌やファージ等に由来するプロモーター、SPO1プロモーター、SPO2プロモーター、penPプロモーター等をあげることができる。またtrpプロモーターを2つ直列させたプロモーター、tacプロモーターのように人為的に設計改変されたプロモーター等も用いることができる。シャイン−ダルガノ(Shine−Dalgarno)配列と開始コドンとの間を適当な距離(例えば6〜18塩基)に調節したプラスミドを用いることが好ましい。
【0043】
組換えベクターの導入方法としては、宿主細胞へDNAを導入する方法であればいずれも用いることができ、例えば、カルシウムイオンを用いる方法(Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 69, 2110, 1972)、プロトプラスト法(特開昭63−248394)、Gene, 17, 107, 1982やMolecular & General Genetics, 168, 111, 1979に記載の方法等をあげることができる。
【0044】
本発明の形質転換体が大腸菌等の原核生物、酵母菌等の真核生物である場合、これら生物を培養する培地は、該生物が資化し得る炭素源、窒素源、無機塩類等を含有し、形質転換体の培養を効率的に行える培地であれば天然培地、合成培地のいずれでもよい。
【0045】
また培養中必要に応じて、アンピシリンやテトラサイクリン等の抗生物質を培地に添加してもよい。プロモーターとして誘導性のプロモーターを用いた発現ベクターで形質転換した微生物を培養するときには、必要に応じてインデューサーを培地に添加してもよい。例えば、lacプロモーターを用いた発現ベクターで形質転換した微生物を培養するときにはイソプロピル−β−D−チオガラクトピラノシド(IPTG)等を、trpプロモーターを用いた発現ベクターで形質転換した微生物を培養するときにはインドールアクリル酸(IAA)等を培地に添加してもよい。
【0046】
なお、排出ポンプに関連するタンパク質は、それら自体にシグナルペプチドを有している。従って、効率的に膜に局在し、膜タンパク質として機能する。また、排出ポンプ遺伝子のみを高発現させても機能することが示されている(Masedaら、Antimicrob. Agents Chemother. 44(3), 658−64, 2000)。
【0047】
【実施例】
実施例1.アシル化ホモセリンラクトン類による排出ポンプ発現促進
緑膿菌の排出ポンプであるMexA−MexB−OprM排出ポンプをコードする遺伝子mexA−mexB−oprMオペロン内にレポーター遺伝子であるxylE遺伝子を導入した株PAO1−Xylを、LB培地(1% トリプトン、0.5% 酵母エキス、1% NaCl)中、37℃にて一晩培養した。その培養液20μlを新たなLB培地4mlに植菌し、3時間培養した。続いて、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンを最終濃度が0、6.25、12.5、25、50、100、200μMの濃度になるように培養液に添加した。その後、さらに3時間培養した後に集菌した。得られた菌体をpH7.5の50mMリン酸カリウム溶液に懸濁し、超音波により菌体を破砕し、15,000rpmで5分間遠心することで未破壊菌体及び菌体残渣を除き、粗酵素溶液を調製した。この粗酵素溶液を適宜50mMリン酸カリウム溶液で希釈し、990μlに対し10μlの100mMカテコール溶液を添加し、カテコールの分解に伴う375nmの吸光の増加を測定することでカテコール2,3ジオキシゲナーゼ活性を測定した。その結果、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンの濃度が25μMになるまでは、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンの濃度に依存してxylE遺伝子産物であるカテコール2,3ジオキシゲナーゼの活性が上昇し、それ以上の濃度では、一定の高い活性値のままであった。結果を図1に示す。
【0048】
実施例2 排出ポンプ遺伝子導入組換え菌による環境常在難分解性物質である亜硝酸の分解
Pseudomonas aeruginosa PAO1由来のmexEFN遺伝子をシュードモナス属用発現ベクターであるpMMB67EHに組み込みpMEFNを作成した。このpMEFNをBurkholderia cepacia NH−17に導入し、Burkholderia cepacia NH17/pMEFNとした。
【0049】
RNDファミリーに属する排出ポンプの一種であるmexEFN遺伝子を導入した組換え脱窒菌を利用した培養においては、通常の細菌の培養法を用いた。培養にはNN培地(1l当たり、亜硝酸ナトリウム0.06g、グルコース10g、ペプトン10g、7水和硫酸マグネシウム0.1g、リン酸1水素2カリウム2.0g、酵母エキス1.0g、pH7.2)を使用した。ブチルゴム栓によって密閉した密閉型培養フラスコに、亜硝酸を5mMとなるように添加した上記培地を30ml入れ、膜透過性を強化した組換え脱窒菌Burkholderia cepacia NH17/pMEFNを1白金耳とり添加した後、30℃で振盪培養し、その後N2Oを測定した。N2Oは、ガスクロマトグラフGC−14B(SHIMADZU)で測定した。
【0050】
その結果、膜透過性を強化した菌株において、亜硝酸の分解促進と約10倍の脱窒量が確認された(表1)。
【0051】
【表1】
【0052】
これまで、脱窒菌の育種による脱窒能強化の報告はない。この実施例によって示された微生物の膜透過能の強化による約10倍の脱窒効果は、本発明が、効率的な亜硝酸、硝酸の分解を可能とすることを示している。また、実施例1によってこの排出ポンプ遺伝子の発現がアシル化ホモセリンラクトン類によって誘導されることが明らかとなっているので、その誘導によって同様の分解促進効果が得られると考えられる。
【0053】
【発明の効果】
本発明により、微生物における物質排出を促進し、微生物における代謝をスイッチさせることによって、微生物の活性を増加させることができる。また、分解活性を有する微生物の代謝をスイッチさせることによって、早い段階で微生物の分解遺伝子を発現させ、難分解性物質を効率的に分解することができる。しかも、本発明の分解方法は、排出ポンプの発現を促し微生物の物質排出機構を促進するものであるため、分解過程で生じた生成物を微生物体外へ効率よく排出できるとともに、環境に優しく大量散布が可能であることから、汚染物質の分解浄化の効率をさらに向上させることができる。そして、汚水処理の効率及び高速化等が見込めるともに、コストダウンが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【図1】実施例1におけるレポーター遺伝子導入株(PAO1−Xyl株)とN−ブチリル−L−ホモセリンラクトンとを培養したときの、N−ブチリル−L−ホモセリンラクトンの濃度とカテコール2,3ジオキシゲナーゼ活性の関係を表すグラフである。
Claims (6)
- 請求項1に記載の薬剤を用いて、微生物の細胞膜間の物質輸送を促進することにより微生物の活性を増加させる方法。
- 請求項1に記載の薬剤と微生物とを用いて難分解性物質を分解する方法。
- 微生物が、排出ポンプをコードする遺伝子が導入されたものである、請求項2又は3に記載の方法。
- 排出ポンプをコードする遺伝子が導入された微生物を用いて難分解性物質を分解する方法。
- 請求項4又は5に記載の方法に使用するための、遺伝子組換えにより排出ポンプをコードする遺伝子が導入された微生物。
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2010150691A1 (ja) * | 2009-06-22 | 2010-12-29 | 住友重機械工業株式会社 | アンモニア態窒素含有排水処理方法 |
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| JP2013188750A (ja) * | 2013-06-20 | 2013-09-26 | Sumitomo Heavy Ind Ltd | 排水処理設備及び排水処理方法 |
| JP2014140787A (ja) * | 2013-01-22 | 2014-08-07 | Toshiba Corp | 水処理システム及び水処理方法 |
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2002
- 2002-09-05 JP JP2002260338A patent/JP2004097030A/ja active Pending
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