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JP2003518364A - 乳癌、胃癌および前立腺癌関連抗原ならびにそれらの使用 - Google Patents

乳癌、胃癌および前立腺癌関連抗原ならびにそれらの使用

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JP2003518364A
JP2003518364A JP2001500870A JP2001500870A JP2003518364A JP 2003518364 A JP2003518364 A JP 2003518364A JP 2001500870 A JP2001500870 A JP 2001500870A JP 2001500870 A JP2001500870 A JP 2001500870A JP 2003518364 A JP2003518364 A JP 2003518364A
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JP
Japan
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nucleic acid
group
molecule
acid molecule
cancer
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JP2001500870A
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English (en)
Inventor
裕一 小幡
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Ludwig Cancer Research
Original Assignee
Ludwig Institute for Cancer Research Ltd
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Publication date
Application filed by Ludwig Institute for Cancer Research Ltd filed Critical Ludwig Institute for Cancer Research Ltd
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Abstract

(57)【要約】 癌患者からの抗血清を用いて、乳癌、胃癌および前立腺癌細胞中で発現される核酸のライブラリーの自系抗体スクリーニングにより、癌関連抗原が同定された。本発明は、癌に罹患した患者において発現される癌関連抗原である核酸およびコードされたポリペプチドに関する。本発明は、とりわけ、単離核酸分子、それらの分子を含有する発現ベクター、およびそれらの分子でトランスフェクトされた宿主細胞を提供する。本発明は、単離タンパク質およびペプチド、それらのタンパク質およびペプチドに対する抗体、ならびにタンパク質およびペプチドを認識する細胞傷害性Ｔリンパ球も提供する。機能的断片および変異体を含めた上記のものの断片も提供される。上記の分子を含有するキットも付加的に提供される。本発明により提供される分子は、１つまたはそれ以上の癌関連抗原の発現により特性化される症状の診断、モニタリング、探索または治療に用いることできる。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 [発明の分野] 本発明は、乳癌、胃癌または前立腺癌に罹患した患者において発現される癌関
連抗原である核酸およびコードされたポリペプチドに関する。本発明は、核酸ま
たはポリペプチドを結合する剤にも関する。核酸分子、このような分子によりコ
ードされるポリペプチドおよびそれらから得られるペプチド、ならびに関連抗体
および細胞溶解性Ｔ細胞は、とりわけ診断治療情況において有用である。
【０００２】 [発明の背景] Ｔ細胞が外来物質を認識するメカニズムは、癌に関係があるとされてきた。自
系黒色腫抗原、精巣抗原およびメラノサイト分化抗原に対して向けられる多数の
細胞溶解性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）クローンが記載されている。多くの場合、これ
らのクローンにより認識される抗原は、特徴づけられている。
【０００３】 腫瘍抗原を同定するための自系ＣＴＬの使用は、抗原を発現する標的細胞がin
vitroで培養することができることを、そして抗原発現細胞を認識する自系ＣＴ
Ｌクローンの安定株が単離され、増殖することができることを必要とする。
【０００４】 このアプローチは黒色腫抗原に関して十分に作用してきたが、一方、他の種類
の腫瘍、例えば乳癌および結腸癌を含めた上皮癌は、本アプローチに不応性であ
ることが立証されている。
【０００５】 さらに近年、本問題に対する別のアプローチが、Sahin等（Proc. Natl. Acad.
Sci. USA 92: 11810-11813, 1995）により記載された。このアプローチによれ
ば、腫瘍細胞ｃＤＮＡから構築される発現ライブラリーをスクリーニングするこ
とにより、自系抗血清を用いて癌細胞中で発現される免疫原性タンパク質抗原を
同定する。そのように同定された抗原コードクローンは、抗血清が得られる患者
における高力価体液性免疫応答を引き出すことが見出された。このような高力価
ＩｇＧ応答は、検出された抗原のヘルパーＴ細胞認識を意味する。次に、これら
の腫瘍抗原は、ＭＨＣ／ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩモチーフの存在ならび
にＣＴＬとの反応性に関してスクリーニングすることができる。
【０００６】 現在既知の個々の腫瘍抗原は腫瘍の分画中でのみ発現することができるため、
さらに別の腫瘍抗原の利用可能性は、治療的介入に的確である可能性がある患者
の割合を有意に増大し得る。したがって、目下、種々の癌を有する癌患者のより
多くに適用可能な治療および診断の開発のためのさらに別の腫瘍抗原が必要とさ
れている。
【０００７】 以下の開示において本発明をさらに詳述する。
【０００８】 [発明の概要] 自系抗体スクリーニングは、癌患者からの抗血清を用いて乳癌、胃癌および前
立腺癌に目下適用されている。多数の癌関連抗原が同定されている。本発明は、
とりわけ、単離核酸分子、それらの分子を含有する発現ベクターおよびそれらの
分子によりトランスフェクトされる宿主細胞を提供する。本発明は、単離タンパ
ク質およびペプチド、それらのタンパク質およびペプチドに対する抗体ならびに
タンパク質およびペプチドを認識するＣＴＬも提供する。上記のものの機能的断
片および変異体を含めた断片も提供される。付加的に上記の分子を含有するキッ
トも提供される。上記のものは、１つ又はそれ以上の癌関連抗原の発現により特
徴づけられる症状の診断、モニタリング、探索または治療に用いることできる。
【０００９】 本発明の前、過去２０年で同定されたのは少数の癌関連遺伝子に過ぎない。本
発明は、数個の遺伝子の意外な発見を包含し、そのうちのいくつかは従来既知で
あり、いくつかは従来未知であって、これらは癌を有する個体中で発現される。
これらの個体はすべて、これらの遺伝子によりコードされるタンパク質（または
それらの断片）に対する血清抗体を有する。したがって、異常発現遺伝子は、宿
主の免疫系により認識され、したがって診断、モニタリングおよび治療のための
基礎を形成し得る。
【００１０】 本発明は、単一物質、複数の異なる物質、そして物質の大型パネルおよび組合
せの使用さえも含む。例えば単一遺伝子、遺伝子によりコードされる単一タンパ
ク質、その単一機能的断片、それに対する単一抗体等は、本発明の方法および製
品に用いることできる。同様に、これらの物質の対、群、そしてパネルでさえ、
ならびに任意にその他の癌関連抗原遺伝子および／または遺伝子産物は、診断、
モニタリングおよび治療のために用いることできる。対、群またはパネルは、２
、３、４、５またはそれ以上の遺伝子、遺伝子産物、その断片またはこのような
物質を認識する剤を包含し得る。複数のこのような物質は、このような遺伝子を
異常に発現する細胞をモニタリングし、類型分類し、特徴づけ、そして診断する
のに有用なだけでなく、複数のこのような物質は治療的にも用いることできる。
このような遺伝子を発現しているかまたは発現するであろう癌細胞の予防、発症
の遅延、改善等のための複数のこのような物質の使用の一例は、予防的または短
期的である。遺伝子、遺伝子産物、ならびに遺伝子および遺伝子産物を認識する
物質の任意のおよびすべての組合せが試験され、本発明による使用に関して同定
することができる。このような組合せをすべて列挙するのはあまりに冗長過ぎる
。当業者は、特に本明細書中に含入された教示に鑑みて、組合せがどの情況に最
も適しているかを容易に決定し得る。
【００１１】 以下の考察から明らかになるように、本発明は、治療的、診断的、モニタリン
グおよび研究目的のためを含めて、in vivoおよびin vitro用途を有する。本発
明の一態様は、例えばこのような遺伝子産物の発現を定量することによる本発明
にしたがって同定される多数の遺伝子を発現する細胞をフィンガープリントする
能力である。
【００１２】 このようなフィンガープリントは、例えば癌の段階、癌の種類の特性を、また
は癌に及ぼす治療の動物モデルにおける影響の特性さえ示す。このような細胞が
本発明により同定された遺伝子を異常に発現するか否かを決定するために、細胞
はさらにスクリーニングすることができる。
【００１３】 本発明は、一態様において、核酸分子によりコードされる癌関連抗原前駆体の
発現により特徴づけられる障害の診断方法である。本方法は、対象から単離され
た生物学的試料を、核酸分子、その発現産物またはＭＨＣ、好ましくはＨＬＡ分
子と複合されたその発現産物の断片と特異的に結合する剤に接触させる工程であ
って、この場合、核酸分子はＮＡ群１核酸分子であり、そして剤と核酸分子、発
現産物または発現産物の断片との間の相互作用を障害の決定として決定する工程
を含む。
【００１４】 一実施形態では、剤は、（ａ）ＮＡ群１核酸分子またはその断片を含む核酸分
子、（ｂ）ＮＡ群３核酸分子またはその断片を含む核酸分子、（ｃ）ＮＡ群５核
酸分子またはその断片を含む核酸分子、（ｄ）ＮＡ群１核酸の発現産物またはそ
の断片と結合する抗体、（ｅ）ＮＡ群３核酸の発現産物またはその断片と結合す
る抗体、（ｆ）ＮＡ群５核酸の発現産物またはその断片と結合する抗体、（ｇ）
ＭＨＣ、好ましくはＨＬＡ分子およびＮＡ群１核酸の発現産物の断片の複合体と
結合する剤、（ｈ）ＭＨＣ、好ましくはＨＬＡ分子およびＮＡ群３核酸の発現産
物の断片の複合体と結合する剤、ならびに（ｉ）ＭＨＣ、好ましくはＨＬＡ分子
およびＮＡ群５核酸の発現産物の断片の複合体と結合する剤から成る群から選択
される。
【００１５】 疾患は複数のヒト癌関連抗原前駆体の発現により特徴づけることができる。し
たがって、診断方法は、その各々が異なるヒト癌関連抗原前駆体（本明細書中に
開示した癌関連抗原前駆体のうちの少なくとも１つを含む）に特異的である複数
の剤の使用を含み得るし、この場合、上記の複数の剤は、少なくとも２、少なく
とも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくと
も８、少なくとも９または少なくとも１０のこのような剤である。本明細書中に
開示された診断方法はいずれも、疾患の予後または進行（または回帰）の決定を
可能にするために、長時間引き続いて適用することができる。
【００１６】 上記の実施形態の各々において、剤はヒト癌関連抗原前駆体、例えば本明細書
中に開示した乳癌、胃癌および前立腺癌関連抗原前駆体に特異的であり得る。
【００１７】 別の態様では、本発明は、ＮＡ群１分子である核酸分子によりコードされるタ
ンパク質の異常レベルの発現により特徴づけられる症状の回帰、進行または発症
の決定方法である。本方法は、症状を有するかまたは有することが疑われる患者
からの試料を、（ｉ）タンパク質、（ｉｉ）タンパク質由来のペプチド、（ｉｉ
ｉ）タンパク質またはペプチドを選択的に結合する抗体、ならびに（ｉｖ）タン
パク質由来のペプチドおよびＭＨＣ分子の複合体に特異的な細胞溶解性Ｔ細胞か
ら成る群から選択されるパラメーターに関して、上記の症状の回帰、進行または
発症の決定としてモニタリングする工程を含む。一実施形態では、試料は体液、
身体滲出液または組織である。
【００１８】 別の実施形態では、モニタリングの工程は、（ａ）（ｉ）のタンパク質または
（ｉｉ）のペプチドを選択的に結合する抗体、（ｂ）（ｉｉｉ）の抗体と結合す
るタンパク質またはペプチド、ならびに（ｃ）（ｉｖ）のペプチドおよびＭＨＣ
分子の複合体を呈示する細胞から成る群から選択される検出可能な剤と試料を接
触させることを含む。好ましい実施形態では、抗体、タンパク質、ペプチドまた
は細胞は、放射性標識または酵素で標識される。好ましい実施形態における試料
は、ペプチドに関してアッセイされる。好ましくは、試料は、連続時点で対象の
組織または体液から単離され、そして試料は第一連続時点から第二連続時点まで
の症状の回帰、進行または発症の決定としてアッセイされる。
【００１９】 別の実施形態によれば、核酸分子は以下の：ＮＡ群３分子またはＮＡ群５分子
のうちの１つである。さらに別の実施形態では、タンパク質は、複数のタンパク
質であり、パラメーターは複数のパラメーターであり、複数のパラメーターの各
々は、複数のタンパク質の異なる１つに特異的である。
【００２０】 本発明は、別の態様では、ヒト対象のための製剤調製物である。
【００２１】 製剤調製物は、対象に投与された場合に、ＨＬＡ分子およびヒト癌関連抗原の
複合体の存在を選択的に豊富化する剤ならびに薬学的に許容し得る担体を含むが
、この場合、ヒト癌関連抗原は、ＮＡ群１分子を含む核酸分子によりコードされ
るヒト癌関連抗原前駆体の断片である。一実施形態では、核酸分子はＮＡ群３核
酸分子である。
【００２２】 剤は、一実施形態では、その各々がＨＬＡ分子および異なるヒト癌関連抗原の
複合体を対象中で選択的に豊富化する複数の剤を含む。好ましくは、複数は、少
なくとも２、少なくとも３、少なくとも４または少なくとも５の異なるこのよう
な剤である。
【００２３】 別の実施形態では、剤は、（１）ヒト癌関連抗原を含む単離ポリペプチドまた
はその機能的変異体、（２）単離ポリペプチドまたはその機能的変異体を発現す
るためのプロモーターに作動可能に（operably）連結される単離核酸、（３）単
離ポリペプチドまたはその機能的変異体を発現する宿主細胞、ならびに（４）ポ
リペプチドまたはその機能的変異体とＨＬＡ分子の単離複合体から成る群から選
択される。
【００２４】 剤は、単離ポリペプチドを発現する細胞であり得る。一実施形態では、剤は、
ヒト癌関連抗原を含む単離ポリペプチドまたはその機能的変異体を発現する細胞
である。別の実施形態では、剤は、ヒト癌関連抗原を含む単離ポリペプチドまた
はその機能的変異体を発現する細胞であり、この場合、細胞はポリペプチドを結
合するＨＬＡ分子を発現する。
【００２５】 細胞は、ポリペプチドおよびＨＬＡ分子の一方または両方を組換え的に発現し
得る。好ましい実施形態では、細胞は非増殖性である。さらに別の実施形態では
、剤は、各々が異なるヒト癌関連抗原を示す少なくとも２つ、少なくとも３つ、
少なくとも４つまたは少なくとも５つの異なるポリペプチド、あるいはそれらの
機能的変異体である。
【００２６】 剤は、一実施形態では、ＰＰ群２ポリペプチドである。他の実施形態では、剤
はＰＰ群３ポリペプチドまたはＰＰ群４ポリペプチドである。
【００２７】 一実施形態では、本明細書中に記載された製剤調製物の各々は、アジュバント
も含む。
【００２８】 本発明の別の態様によれば、ＰＰ群１ポリペプチドを選択的に結合する単離剤
を含む組成物が提供される。別の実施形態では、剤は、以下の：ＰＰ群２ポリペ
プチド、ＰＰ群３ポリペプチド、ＰＰ群４ポリペプチドおよびＰＰ群５ポリペプ
チドから選択されるポリペプチドと選択的に結合する。その他の実施形態では、
剤は、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたは少なくとも５つ
の異なるこのようなポリペプチドを選択的に結合する異なる複数の剤である。
【００２９】 上記の実施形態の各々において、剤は抗体であり得る。
【００３０】 別の態様では、本発明は、本発明の上記の組成物の剤と治療薬または診断薬の
複合体から成る物質の組成物である。好ましくは、剤と治療薬または診断薬の複
合体は抗腫瘍性である。
【００３１】 本発明は、別の態様においては、（１）ＮＡ群１分子および（２）ＮＡ群２分
子からなる群から選択される単離核酸分子、ならびに薬学的に許容し得る担体を
含む製剤組成物である。一実施形態では、単離核酸分子は、ＮＡ群３分子または
ＮＡ群４分子を含む。別の実施形態では、単離核酸分子は、２つの異なるポリペ
プチドをコードする少なくとも２つの単離核酸分子を包含し、各ポリペプチドは
異なるヒト癌関連抗原を含む。
【００３２】 好ましくは、製剤組成物は、また、単離核酸分子と作動可能に連結されたプロ
モーターを有する発現ベクターを含む。別の実施形態では、製剤組成物は、また
、単離核酸分子を組換え的に発現する宿主細胞を含む。
【００３３】 本発明の別の態様によれば、製剤組成物が提供される。製剤組成物は、ＰＰ群
１またはＰＰ群２ポリペプチドを含む単離ポリペプチドならびに薬学的に許容し
得る担体を含む。一実施形態では、単離ポリペプチドはＰＰ群３またはＰＰ群４
ポリペプチドを含有する。
【００３４】 別の実施形態では、単離ポリペプチドは、各々が異なるヒト癌関連抗原を含み
、その少なくとも１つが本明細書中に記載したようなＮＡ群１分子によりコード
される少なくとも２つの異なるポリペプチドを含む。別の実施形態では、単離ポ
リペプチドは、乳癌ポリペプチドまたはそのＨＬＡ結合断片および胃癌ポリペプ
チドまたはそのＨＬＡ結合断片から選択される。
【００３５】 一実施形態では、本明細書中に記載した製剤組成物は各々、アジュバントも含
む。
【００３６】 別の態様では、本発明は、ＮＡ群３分子を含む単離核酸分子である。別の態様
では、本発明は、ＮＡ群４分子を含む単離核酸分子である。
【００３７】 本発明は、別の態様においては、（ａ）ヒトゲノム内にユニーク配列を呈示す
るのに十分な長さの示し、ヒト癌関連抗原前駆体をコードする核酸を同定する、
配列番号(SEQ ID NO)１〜５９３からなる核酸分子の群から選択される核酸の断
片、（ｂ）（ａ）の相補体から成る群から選択される単離核酸分子であるが、但
し、断片は、（１）表１のGenBank寄託番号を有する配列、および本出願の綴じ
込みデータと同様に公的に利用可能なその他の配列、（２）（１）の相補体、な
らびに（３）（１）および（２）の断片から成る配列群から選択されるいずれの
配列とも同一でない連続ヌクレオチドの配列を含有する。好ましくは、ユニーク
断片は、配列番号１２、１５、３４〜５９、６１、６２、８３〜９５、１８６、
１９０〜２０５、２９７、３２７〜３３２および３３５〜３５２からなる核酸分
子の群から選択される核酸の断片である。
【００３８】 一実施形態では、連続ヌクレオチドの配列は、（１）表１中の配列と同一でな
い少なくとも２つの連続ヌクレオチド、（２）表１中の配列と同一でない少なく
とも３つの連続ヌクレオチド、（３）表１中の配列と同一でない少なくとも４つ
の連続ヌクレオチド、（４）表１中の配列と同一でない少なくとも５つの連続ヌ
クレオチド、（５）表１中の配列と同一でない少なくとも６つの連続ヌクレオチ
ド、または（６）表１中の配列と同一でない少なくとも７つの連続ヌクレオチド
から成る群から選択される。
【００３９】 別の実施形態では、断片は、少なくとも８つのヌクレオチド、１０のヌクレオ
チド、１２のヌクレオチド、１４のヌクレオチド、１６のヌクレオチド、１８の
ヌクレオチド、２０のヌクレオチド、２２のヌクレオチド、２４のヌクレオチド
、２６のヌクレオチド、２８のヌクレオチド、３０のヌクレオチド、５０のヌク
レオチド、７５のヌクレオチド、１００のヌクレオチド、２００のヌクレオチド
、１０００のヌクレオチドおよびそれらの間のあらゆる整数長のヌクレオチドか
ら成る群から選択されるサイズを有する。
【００４０】 さらに別の実施形態では、分子は、ヒトＨＬＡ受容体（例えばクラスＩまたは
クラスＨ）またはヒト抗体を結合するポリペプチドまたはその断片をコードする
。
【００４１】 本発明の別の態様は、プロモーターと作動可能に連結される上記の本発明の単
離核酸分子を含む発現ベクターである。
【００４２】 一態様によれば、本発明は、プロモーターと作動可能に連結される核酸を含む
発現ベクターであって核酸がＮＡ群１または群２分子である。別の態様では、本
発明は、ＮＡ群１または群２分子ならびにＭＨＣ、好ましくはＨＬＡ分子をコー
ドする核酸を含む発現ベクターである。
【００４３】 さらに別の態様では、本発明は、上記の本発明の発現ベクターで形質転換また
はトランスフェクトされる宿主細胞である。
【００４４】 別の態様において、本発明は、プロモーターに作動可能に連結される上記の本
発明の単離核酸分子を含む発現ベクター、あるいはプロモーターに作動可能に連
結される核酸を含む発現ベクターであって、核酸がＮＡ群１分子または２分子で
あり、ＨＬＡをコードする核酸をさらに含む発現ベクターで形質転換またはトラ
ンスフェクトされる宿主細胞である。
【００４５】 本発明の別の態様によれば、上記の本発明の単離核酸分子によりコードされる
単離ポリペプチドが提供される。これらは、ＰＰ群１〜５ポリペプチドを含む。
本発明は、免疫原性であるポリペプチドの断片も含む。一実施形態では、断片ま
たは断片の一部は、ＨＬＡまたはヒト抗体を結合する。
【００４６】 本発明は、別の態様において、ＨＬＡまたはヒト抗体を結合するヒト癌関連抗
原前駆体の単離断片またはその一部であって、前駆体がＮＡ群１分子である核酸
分子によりコードされる断片または、その一部を含む。
【００４７】 一実施形態では、断片は、ＨＬＡとの複合体の一部である。別の実施形態では
、断片は、８〜１２アミノ酸長である。別の実施形態では、本発明は、ヒトゲノ
ム内にユニーク配列を呈示するのに十分な長さの、ヒト癌関連抗原前駆体である
ポリペプチドを同定するポリペプチドの断片を含む単離ポリペプチドを含む。
【００４８】 本発明の別の態様によれば、癌関連抗原前駆体の発現の存在を検出するための
キットが提供される。キットは、その各々が（ａ）ＮＡ群１分子のいずれかのヌ
クレオチド配列の１２〜３２ヌクレオチド連続セグメント、および（ｂ）（ａ）
の相補体から成る群から選択される分子から本質的に構成される一対の単離核酸
分子を含み、この場合、連続セグメントは非重複性である。一実施形態では、単
離核酸分子の対が構築され、整列されて、ＮＡ群３分子である単離核酸分子を選
択的に増幅する。好ましくは、対は、ヒトＮＡ群３分子を増幅する。
【００４９】 本発明の別の態様によれば、ヒト癌関連抗原前駆体の発現により特徴づけられ
る障害を有する対象の治療方法が提供される。本方法は、障害を改善するのに有
効なＨＬＡ分子とヒト癌関連抗原の複合体の存在を対象中で選択的に豊富化する
量の剤を対象に投与する工程を含む方法であって、ヒト癌関連抗原が、（ａ）Ｎ
Ａ群１核酸分子を含む核酸分子、（ｂ）ＮＡ群３核酸分子を含む核酸分子、（ｃ
）ＮＡ群５核酸分子を含む核酸分子から成る群から選択される核酸分子によりコ
ードされるヒト癌関連抗原前駆体の断片である。
【００５０】 一実施形態では、障害は、複数のヒト癌関連抗原前駆体の発現により特徴づけ
られ、この場合、剤はその各々がＨＬＡ分子および異なるヒト癌関連抗原の複合
体の存在を対象中で選択的に豊富化する複数の剤である、好ましくは、複数は、
少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたは少なくとも５つのこの
ような剤である。
【００５１】 別の実施形態では、剤は、ＰＰ群１、ＰＰ群２、ＰＰ群３、ＰＰ群４およびＰ
Ｐ群５ポリペプチドからなる群から選択される単離ポリペプチドである。
【００５２】 さらに別の実施形態では、障害は癌である。
【００５３】 別の態様によれば、本発明は、対象の細胞中のヒト癌関連抗原前駆体の発現に
より特徴づけられる症状を有する対象の治療方法である。本方法は、（ｉ）対象
から含有する免疫反応性細胞含有試料を取り出し、（ｉｉ）前駆体の断片である
ヒト癌関連抗原に対する細胞溶解性Ｔ細胞の産生に好都合な条件下で宿主細胞に
免疫反応性細胞含有試料を接触させ、（ｉｉｉ）ヒト癌関連抗原を発現する細胞
を溶解するのに有効な量で対象に細胞溶解性Ｔ細胞を導入する工程を含むが、こ
の場合、宿主細胞は、プロモーターと作動可能に連結される単離核酸分子を含む
発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされ、単離核酸分子は、ＮＡ群
１、ＮＡ群２、ＮＡ群３、ＮＡ群４、ＮＡ群５から成る核酸分子の群から選択さ
れる。
【００５４】 一実施形態では、宿主細胞は、ヒト癌関連抗原を結合するＨＬＡ分子を組換え
的に発現する。別の実施形態では、宿主細胞は、ヒト癌関連抗原を結合するＨＬ
Ａ分子を内因的に発現する。
【００５５】 本発明は、別の態様において、対象の細胞中の癌関連抗原前駆体の存在により
特徴づけられる症状を有する対象の治療方法である。本方法は、（ｉ）上記の症
状に関連した細胞により発現される核酸分子を同定する工程であって、上記の核
酸分子はＮＡ群１分子である工程と、（ｉｉ）（ａ）同定された核酸分子、（ｂ
）癌関連抗原をコードするセグメントを含有する同定された核酸の断片、（ｃ）
（ａ）または（ｂ）に対する欠失、置換または付加、ならびに（ｄ）（ａ）、（
ｂ）または（ｃ）の縮重から成る群から選択される核酸で宿主細胞をトランスフ
ェクトする工程と、（ｉｉｉ）上記のトランスフェクトした宿主細胞を培養して
、トランスフェクトした核酸分子を発現させる工程、（ｉｖ）症状に関連した対
象の細胞に対する免疫応答を増大するのに有効な量の上記の宿主細胞またはその
抽出物を対象に導入する工程を含む。
【００５６】 好ましくは、抗原はヒト抗原であり、対象はヒトである。
【００５７】 一実施形態では、本方法は、（ａ）核酸分子の発現産物の一部を呈示するＭＨ
Ｃ分子を同定する工程も含むが、この場合、宿主細胞は（ａ）で同定されたもの
と同一のＭＨＣ分子を発現し、そして宿主細胞は核酸分子の発現産物のＭＨＣ結
合部分を呈示する。
【００５８】 別の実施形態では、本方法は、宿主細胞を非増殖性にさせるようそれらを処理
する工程も含む。
【００５９】 さらに別の実施形態では、免疫応答は、Ｂ細胞応答またはＴ細胞応答を含む。
好ましくは、応答は、核酸分子の発現産物の一部を呈示する宿主細胞またはヒト
癌関連抗原を発現する対象の細胞に特異的な細胞溶解性Ｔ細胞の生成を含むＴ細
胞応答である。
【００６０】 別の実施形態では、核酸分子はＮＡ群３分子である。
【００６１】 本発明の別の態様は、ＮＡ群１分子である核酸分子によりコードされる異常量
のタンパク質の発現により特徴づけられる症状を有する対象を治療し、または診
断し、またはモニタリングするための方法である。本方法は、タンパク質または
それに由来するペプチドと特異的に結合する抗体であって、治療的に有用な剤に
結合される抗体を、症状を治療するのに有効な量で対象に投与する工程を含む。
【００６２】 一実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。好ましくは、モノクロー
ナル抗体はキメラ抗体またはヒト化抗体である。
【００６３】 別の態様では、本発明は、ＮＡ群１核酸分子である核酸分子によりコードされ
る異常量のタンパク質の対象中での発現により特徴づけられる症状の治療方法で
ある。本方法は、対象における症状を防止し、その開始を遅延し、または抑制す
るのに有効な量で、上記の本発明の製剤組成物のうちの少なくとも１つを対象に
投与する工程を含む。一実施形態では、症状は癌である。別の実施形態では、本
方法は、組織中異常量のタンパク質を対象が発現することを最初に同定する工程
を含む。
【００６４】 本発明は、別の態様において、ＮＡ群１核酸分子である核酸分子によりコード
される異常量のタンパク質の発現により特徴づけられる症状を有する対象の治療
方法である。本方法は、（ｉ）異常量のタンパク質を発現する対象からの細胞を
同定する工程と、（ｉｉ）細胞の試料を単離する工程と、（ｉｉｉ）細胞を培養
する工程と、（ｉｖ）細胞に対する免疫応答を惹起するのに有効な量で対象に細
胞を導入する工程とを含む。
【００６５】 一実施形態では、本発明は、対象にそれらを導入する前に細胞を非増殖性にさ
せる工程を含む。
【００６６】 別の態様では、本発明は、ＮＡ群１核酸分子である核酸分子によりコードされ
るタンパク質の異常発現により特徴づけられる病理学的細胞症状の治療方法であ
る。本方法は、それを必要とする対象に、タンパク質の発現または活性を抑制す
る有効量の剤を投与する工程を含む。
【００６７】 一実施形態では、剤はタンパク質と選択的に結合する抑制抗体であって、この
場合、抗体はモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体またはそれらの断片
である。別の実施形態では、剤は、タンパク質をコードする核酸分子と選択的に
結合するアンチセンス核酸分子である。さらに別の重要な実施形態では、核酸分
子はＮＡ群３核酸分子である。
【００６８】 本発明は、別の態様において、ＮＡ群１分子である核酸分子によりコードされ
る複数のタンパク質に対する免疫応答を刺激するのに有用な物質の組成物を含む
。組成物は、タンパク質のアミノ酸配列に由来する複数のペプチドであって、こ
の場合、ペプチドは、異常量のタンパク質を発現する細胞の表面に呈示される１
つ又はそれ以上のＭＨＣ分子と結合する。
【００６９】 一実施形態では、複数のペプチドの少なくとも一部分はＭＨＣ分子と結合し、
それに対する細胞溶解性応答を引き出す。別の実施形態では、物質の組成物はア
ジュバントを含む。別の実施形態では、アジュバントは、サポニン、ＧＭ−ＣＳ
Ｆまたはインターロイキンである。さらに別の実施形態では、組成物は、ＮＡ群
１分子である核酸分子によりコードされない少なくとも１つのタンパク質に対す
る免疫応答を刺激するのに有用な少なくとも１つのペプチドも含むが、この場合
、少なくとも１つのペプチドは１つ又はそれ以上のＭＨＣ分子と結合する。
【００７０】 別の態様によれば、本発明は、（ｉ）ＮＡ群１分子である核酸分子によりコー
ドされるタンパク質に由来するペプチド、および（ｉｉ）ペプチドと結合して複
合体を形成するＭＨＣ分子の複合体と選択的に結合する単離抗体であって、この
場合、単離抗体は、（ｉ）または（ｉｉ）単独とは結合しない。
【００７１】 一実施形態では、抗体は、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体また
はそれらの断片である。
【００７２】 本発明は、薬剤の製造における遺伝子、遺伝子産物、それらの断片、それらと
結合する剤等の使用も含む。特定の薬剤は、例えば、乳房、子宮頸部、卵巣、前
立腺、精巣、肺、結腸、膵臓、胃、肝臓、皮膚（例えば黒色腫）、膀胱、頭およ
び首、甲状腺、血球、骨ならびに腎臓の１つ又はそれ以上の癌を含めた癌の治療
のためである。特定の癌および癌群に関する診断も意図される。
【００７３】 ある種の好ましい実施形態では、核酸分子は、配列番号１〜１８からなる群か
ら選択され、ポリペプチドはこれらの好ましい核酸分子によりコードされる。
【００７４】 本発明のさらにその他の実施形態および態様は、以下の本発明の説明に関連し
て明らかになる。
【００７５】 ［発明の詳しい説明］ 上記の概要および詳細な説明において、配列のリストが提供される。
【００７６】 リストは、各々の単一配列を別々に、それらが同一遺伝子の一部を形成する２
つまたはそれ以上の配列を一緒に、各々及びすべての組合せが別々に且つ特定的
に列挙されるように、リスト上の総数を含めてその数までの異なる遺伝子に関連
がある２つまたはそれ以上の配列の任意の組合せを含むよう意図される。同様に
、断片サイズを既述する場合、各々及びすべての断片長が特定的に列挙されるよ
うに意図される配列（それが断片であるよう１ヌクレオチドまたはアミノ酸より
小さい）の全長に言及した最小断片を一範囲が含むよう意図される。したがって
、断片が長さ１０〜１５であり得る場合、それは長さ１０、１１、１２、１３、
１４または１５を意味するよう明瞭に意図される。
【００７７】 概要および特許請求の範囲は、抗原前駆体および抗原を既述する。概要および
特許請求の範囲で用いる場合、前駆体は、単離ＤＮＡのコード領域によりコード
される実質的に全長のタンパク質であり、抗原は、ＭＨＣ、好ましくはＨＬＡと
複合体をなし、その複合体の一部として免疫応答に関与するペプチドである。こ
のような抗原は、典型的には９アミノ酸長であるが、これはわずかに変わり得る
。
【００７８】 本明細書中で用いる場合、対象は、ヒト、非ヒト霊長類、ウシ、ウマ、ブタ、
ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコまたは齧歯類である。全実施形態において、ヒト癌抗
原およびヒト対象が好ましい。
【００７９】 本発明は、一態様において、乳癌、胃癌または前立腺癌を有する対象の自系抗
血清を用いたヒト癌関連抗原をコードするｃＤＮＡのクローニングを含む。本明
細書中に記載された方法により同定される遺伝子を示すクローンの配列は、添付
の配列表に示されている。上記のうち、クローンのいくつかは、探索されるデー
タベース中にコード領域が見出されないので、完全に新規であるとみなされると
理解することができる。他のクローンは新規であるが、データベースに寄託され
た配列（主にＥＳＴ配列）とのいくつかのヌクレオチドまたはアミノ酸相同性を
有する。それにもかかわらず、全遺伝子配列は従来知られていなかった。いくつ
かの場合には、機能が推測されず、そして他の場合には、機能が推測された場合
でも、遺伝子が癌に、または特定の癌に関連していることが分からなかった。す
べての場合に、遺伝子が自系血清からの抗体と反応する癌抗原をコードすること
が分からないかまたは推測されなかった。核酸およびタンパク質データベースと
の比較によるクローン配列の分析は、さらにその他のクローンが意外にも他の前
にクローン化された遺伝子と密接に関連することを決定した。これらの関連遺伝
子の配列も、配列表に示されている。癌患者の免疫系により認識される抗原をコ
ードする場合の上記の遺伝子の性質は、もちろん予測されない。
【００８０】 したがって本発明は、一態様において、癌関連抗原ポリペプチド、それらのポ
リペプチドをコードする遺伝子、上記のものの機能的修飾および変異体、上記の
ものの有用な断片、ならびにそれらに関連する診断および治療を含む。
【００８１】 本発明の癌関連抗原核酸の相同体および対立遺伝子は、慣用的技法により同定
することができる。したがって、本発明の一態様は、癌関連抗原前駆体をコード
する核酸配列である。この出願は非常に多くの配列を含有するため、特許請求の
範囲および概要で考察される種々の群の配列を同定するために以下のチャートが
提供される： 核酸配列 ＮＡ群１． （ａ）配列番号１〜５９３の中の核酸配列からなる群から選択さ
れる核酸配列からなる分子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、癌
関連抗原前駆体をコードする核酸分子、 （ｂ）それぞれの癌関連抗原前駆体をコードする欠失、付加および置換、 （ｃ）遺伝子コードの縮重のためにコドン配列において（ａ）または（ｂ）の
核酸分子と異なる核酸分子、ならびに （ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）の相補体。
【００８２】 ＮＡ群２． ＭＨＣ分子を結合して、自系抗体またはリンパ球により認識され
る複合体を形成するポリペプチドまたはその一部分をコードするＮＡ群１の断片
。
【００８３】 ＮＡ群３． ヌクレオチド配列が以下の： （ａ）例えば、配列番号１２、１５、３４〜５９、６１、６２、８３〜９５、
１８６、１９０〜２０５、２９７、３２７〜３３２および３３５〜３５２のヒト
癌関連抗原前駆体をコードする従来未知のヒト核酸、 （ｂ）それぞれのヒト癌関連抗原前駆体をコードする欠失、付加および置換、 （ｃ）遺伝子コードの縮重のためにコドン配列において（ａ）または（ｂ）の
核酸分子と異なる核酸分子、ならびに （ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）の相補体 から成る群から選択されるＮＡ群１のサブセット。
【００８４】 ＮＡ群４． ＭＨＣ分子を結合して、自系抗体またはリンパ球により認識され
る複合体を形成するポリペプチドまたはその一部分をコードするＮＡ群３の断片
。
【００８５】 ＮＡ群５． 同種異系の癌抗血清と反応するヒト癌関連抗原を含むＮＡ群１の
サブセット。
【００８６】 ポリペプチド配列 ＰＰ群１． ＮＡ群１によりコードされるポリペプチド。 ＰＰ群２． ＮＡ群２によりコードされるポリペプチド。 ＰＰ群３． ＮＡ群３によりコードされるポリペプチド。 ＰＰ群４． ＮＡ群４によりコードされるポリペプチド。 ＰＰ群５． ＮＡ群５によりコードされるポリペプチド。
【００８７】 特に好ましいポリペプチドは、癌患者の同種異系血清により認識されるが、非
癌患者対照血清によっては認識されないものである。例えば、以下の実施例に示
されているように、配列番号１〜１８によりコードされるポリペプチドは、癌患
者抗血清中の抗体によってのみ認識される。
【００８８】 「ストリンジェントな条件（stringent conditions）」という用語は、本明細
書中で用いる場合、当業者がよく知っているパラメーターを指す。核酸ハイブリ
ダイゼーションパラメーターは、このような方法を編集する参考文献、例えばMo
lecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook, et al., eds., Second
Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New Yo
rk, 1989,またはCurrent Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel, et
al., eds., John Wiley & Sons, Inc., New Yorkに見出することができる。特に
、本明細書中で用いられる場合のストリンジェントな条件は、例えばハイブリダ
イゼーション緩衝液（３．５ｘＳＳＣ、０．０２％フィコール、０．０２％ポリ
ビニルピロリドン、０．０２％ウシ血清アルブミン、２．５ｍＭのＮａＨ２ＰＯ ４ （ｐＨ７）、０．５％ＳＤＳ、２ｍＭのＥＤＴＡ）中での６５℃でのハイブリ
ダイゼーションを指す。ＳＳＣは、０．１５Ｍ塩化ナトリウム／０．１５Ｍクエ
ン酸ナトリウム、ｐＨ７であり、ＳＤＳはドデシル硫酸ナトリウムであり、そし
てＥＤＴＡはエチレンジアミン四酢酸である。ハイブリダイゼーション後、ＤＮ
Ａが転写された膜は、例えば室温で２ｘＳＳＣ中で、次に室温〜６８℃までで０
．１〜０．５ｘＳＳＣ／０．１ｘＳＤＳ中で洗浄される。
【００８９】 用いることできるその他の条件、試薬等があり、これらは同程度のストリンジ
ェンシー（stringency）を生じる。当業者はこのような条件に通じており、した
がってそれらはここでは示されない。しかしながら、本発明の癌関連抗原核酸の
相同体および対立遺伝子の明瞭な同定を可能にする方法で当業者は条件を操作し
得る（例えば、低ストリンジェントな条件を用いて）と理解されよう。当業者は
、その後ルーチンに単離されるこのような分子の発現に関する細胞およびライブ
ラリーのスクリーニングとその後の関連核酸分子の単離およびシーケンシングの
ための方法を周知している。
【００９０】 概して、相同体および対立遺伝子は、典型的には、それぞれ癌関連抗原核酸お
よびポリペプチドの配列と少なくとも８０％のヌクレオチド同一性および／また
は少なくとも９０％のアミノ酸同一性を共有し、いくつかの場合には、少なくと
も９０％のヌクレオチド同一性および／または少なくとも９５％のアミノ酸同一
性を共有し、そしてさらにその他の場合には、少なくとも９５％のヌクレオチド
同一性および／または少なくとも９９％のアミノ酸同一性を共有する。相同性は
、インターネット（ftp:/ncbi.nlm.nih.gov/pub/）により得られるＮＣＢＩ（Be
thesda, Maryland）により開発された種々の公的に利用可能なソフトウェアツー
ルを用いて算定することができる。ツールの例としては、好ましくはデフォルト
設定を用いて、http://www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なＢＬＡＳＴシステム
が挙げられる。PairwiseおよびClustalＷアラインメント（BLOSUM30マトリック
スセッティング）ならびにKyle-Doolittle水治療法分析は、MacVector配列分析
ソフトウェア（Oxford Molecular Group）を用いて得られる。上記の核酸のワト
ソン−クリック相補体も本発明に包含される。
【００９１】 癌関連抗原遺伝子に関するスクリーニングでは、放射性プローブと一緒に上記
の条件を用いて、サザンブロットが実施することができる。ＤＮＡが最後に転写
された膜を洗浄した後、膜はＸ線フィルムに対して配置され、放射能シグナルを
検出することができる。癌関連抗原核酸の発現に関するスクリーニングでは、本
明細書中に開示された癌関連抗原遺伝子の発現により特徴づけられる症状を有す
る疑いのある乳癌、胃癌または前立腺癌患者または対象から採取された試料に関
して、上記の条件を用いたノーザンブロットハイブリダイゼーションが実施する
ことができる。呈示された配列とハイブリダイズするプライマーを用いたポリメ
ラーゼ連鎖反応のような増幅プロトコルも、癌関連抗原遺伝子の検出またはその
発現のために用いることできる。
【００９２】 乳癌、胃癌および前立腺癌関連遺伝子は、配列番号１〜５９３に対応する。こ
れらの配列は、ヒトにおいて従来既知の遺伝子およびヒトにおいて従来未知の遺
伝子を示す（例えば、配列番号１２、１５、３４〜５９、６１、６２、８３〜９
５、１８６、１９０〜２０５、２９７、３２７〜３３２および３３５〜３５２）
。本明細書中に開示された診断の方法のための好ましい乳癌、胃癌および前立腺
癌関連抗原は、同種異系癌抗血清と反応するポリペプチドをコードするもの（即
ち、ＮＡ群５）である。コードされるポリペプチド（例えば、タンパク質）、ペ
プチドおよびそれに対する抗血清も診断のために好ましい。
【００９３】 核酸に関して本明細書中で用いる場合、「単離された」という用語は、（ｉ）
例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によりin vitroで増幅されるか、（ｉｉ
）クローニングにより組換え的に生産され、（ｉｉｉ）例えば切断およびゲル分
離により精製されるか、または（ｉｖ）例えば化学合成により合成されることを
意味する。単離核酸は、当業界で周知の組換えＤＮＡ技術により容易に操作可能
であるものである。したがって、５’および３’制限部位が既知であるか、また
はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマー配列が開示されているベクター中
に含入されたヌクレオチド配列は、単離されたとみなされるが、その天然宿主中
にそのネイティブ状態で存在する核酸配列はそうではない。単離核酸は実質的に
精製することができるが、そうである必要はない。例えば、クローニングまたは
発現ベクター内で単離される核酸は、それが存在する細胞中の物質の極小パーセ
ンテージのみを含み得るという点で純粋ではない。しかしながらこのような核酸
は、当業者に既知の標準技法によりそれが容易に操作されるため、その用語が本
明細書中で用いられるように、単離される。単離核酸とは、本明細書中で用いる
場合、天然染色体ではない。
【００９４】 ポリペプチドに関して本明細書中で用いる場合、「単離された」とは、そのネ
イティブ環境から分離され、その同定または使用を可能にするのに十分な量で存
在することを意味する。単離されたとは、タンパク質またはポリペプチドを指す
場合、例えば、（ｉ）発現クローニングにより選択的に産生されるか、あるいは
（ｉｉ）例えばクロマトグラフィーまたは電気泳動により精製されることを意味
する。単離タンパク質またはポリペプチドは実質的に純粋であってもよいが、そ
うである必要はない。「実質的に純粋」という用語は、タンパク質またはポリペ
プチドが、それらが天然にまたはin vivo系で、それらの意図された使用のため
に実際的および適切な程度に見出することができるその他の物質を本質的に含有
しないことを意味する。実質的に純粋なポリペプチドは、当業界で周知の技法に
より産生することができる。単離タンパク質は薬学的に許容し得る担体とともに
製剤調製物中に混合することができるため、タンパク質は小重量％の調製物のみ
を構成し得る。タンパク質は、それが生きている系に関連し得る物質から分離さ
れた場合、それでもなお単離され、即ち、他のタンパク質から単離される。
【００９５】 本発明は、ネイティブ物質中に存在するものに対する代替的コドンを含む縮重
核酸も含む。例えば、セリン残基は、コドンＴＣＡ、ＡＧＴ、ＴＣＣ、ＴＣＧ、
ＴＣＴおよびＡＧＣによりコードされる。６つのコドンの各々は、セリン残基を
コードする目的に関して等価である。したがって、延長癌関連抗原ペプチドにin
vitroまたはin vivoでセリン残基を組み入れるようセリンコードヌクレオチド
トリプレットのいずれかがタンパク質合成装置を指図するために用いることでき
る、ということは当業者には明らかである。同様に、他のアミノ酸残基をコード
するヌクレオチド配列トリプレットとしては、ＣＣＡ、ＣＣＣ、ＣＣＧおよびＣ
ＣＴ（プロリンコドン）；ＣＧＡ、ＣＧＣ、ＣＧＧ、ＣＧＴ、ＡＧＡおよびＡＧ
Ｇ（アルギニンコドン）；ＡＣＡ、ＡＣＣ、ＡＣＧおよびＡＣＴ（トレオニンコ
ドン）；ＡＡＣおよびＡＡＴ（アスパラギンコドン）；ならびにＡＴＡ、ＡＴＣ
およびＡＴＴ（イソロイシンコドン）が挙げられるが、これらに限定されない。
その他のアミノ酸残基は、多重ヌクレオチド配列により同様にコードされる。し
たがって、本発明は、遺伝子コードの縮重のためにコドン配列中の生物学的単離
核酸とは異なる縮重核酸を含む。
【００９６】 本発明は、１つ又はそれ以上のヌクレオチドの付加、置換および欠失を含む修
飾核酸分子も提供する。好ましい実施形態では、これらの修飾核酸分子および／
またはそれらがコードするポリペプチドは、非修飾化核酸分子および／またはポ
リペプチドの少なくとも１つの活性または機能、例えば抗原性、酵素活性、受容
体結合、ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩ分子によるペプチドの結合による複合
体の形成等を保持する。ある種の実施形態では、修飾核酸分子は、修飾ポリペプ
チド、好ましくは本明細書中に別記されているような保存的アミノ酸置換を有す
るポリペプチドをコードする。修飾核酸分子は、非修飾核酸分子と構造的に関連
があり、好ましい実施形態では、修飾および非修飾核酸分子が当業者に既知のス
トリンジェントな条件下でハイブリダイズするよう、非修飾核酸分子と十分に構
造的に関連がある。
【００９７】 例えば、単一のアミノ酸変化を有するポリペプチドをコードする修飾核酸分子
が調製することができる。これらの核酸分子は各々、本明細書中に記載したよう
な遺伝子コードの縮重に対応するヌクレオチド変化と相容れない１、２または３
つのヌクレオチド置換を有し得る。同様に、２つのアミノ酸変化を有するポリペ
プチドをコードする修飾核酸分子が調製することができるが、これらは例えば２
〜６のヌクレオチド変化を有する。例えばアミノ酸２および３、２および５、２
および６等をコードするコドンのヌクレオチドの置換を含めたこれらと同様の多
数の修飾核酸分子が当業者により容易に意図される。上記の例では、２つのアミ
ノ酸の各組合せは、修飾核酸分子組に、ならびにアミノ酸置換をコードするすべ
てのヌクレオチド置換に含まれる。当業者に容易に意図されるように、さらなる
置換（即ち、３またはそれ以上）、付加または欠失（例えば、停止コドンまたは
スプライス部位（単数または複数）の導入による）を有するポリペプチドをコー
ドする付加的核酸分子も調製することができるし、本発明に包含される。上記の
核酸またはポリペプチドはいずれも、本明細書中に開示された核酸および／また
はポリペプチドに対する構造的関連または活性の保持に関して、ルーチン実験に
より試験することができる。
【００９８】 本発明は、癌関連抗原核酸配列またはその相補体の単離ユニーク断片も提供す
る。ユニーク断片は、大型核酸に関する「特徴」である断片である。それは、例
えば、上記の癌関連抗原核酸外のヒトゲノム（およびヒト対立遺伝子）内の分子
中にその正確な配列が見出されないことを保証するのに十分な長さである。当業
者は、断片がヒトゲノム内でユニーク(unique)であるか否かを決定するためにル
ーチン手法を適用し得るに過ぎない。ユニーク断片は、しかしながら、表１に列
挙されたGenBank寄託番号のいずれかのヌクレオチド配列またはそれぞれの優先
権文書に列挙された配列に関する優先権の綴じ込みデータあるいは本発明の配列
とオーバーラップする本出願の初回に関して列挙された配列に関する本出願の綴
じ込みデータのものと同様のその他の従来から公表されている配列で完全に構成
される断片を排除する。
【００９９】 上記のGenBank寄託に記載された配列で完全に構成される断片は、本発明の配
列に独特のヌクレオチドのいずれも含まない断片である。したがって、ユニーク
断片は、GenBankのものの正確な配列以外のヌクレオチド配列またはそれらの断
片を含有しなければならない。差は、GenBank配列に関する付加、欠失または置
換であるか、あるいはそれらはGenBank配列とは全く別の配列であり得る。
【０１００】 ユニーク断片は、このような核酸を同定するために、サザンおよびノーザンブ
ロットアッセイにおけるプローブとして用いることができ、あるいはＰＣＲを用
いるアッセイのような増幅アッセイに用いることができる。当業者には既知のよ
うに、大型プローブ、例えば２００、２５０、３００またはそれ以上のヌクレオ
チドが、ある種の用途、例えばサザンおよびノーザンブロットには好ましいが、
一方、小型断片は、ＰＣＲのような用途のために好ましい。ユニーク断片は、抗
体を生成するか、またはポリペプチド断片の結合を決定するために、あるいはイ
ムノアッセイ構成成分を生成するために融合タンパク質を産生するために用いる
ことができる。同様に、ユニーク断片は、例えば抗体の調製に、およびイムノア
ッセイに有用な癌関連抗原ポリペプチドの非融合断片を産生するために用いるこ
とができる。ユニーク断片はさらに、特に以下でより詳細に記載されるような治
療目的のために、癌関連抗原核酸およびポリペプチドの発現を抑制するためのア
ンチセンス分子として用いることできる。ユニーク断片は、すべてのまたは一部
のユニーク断片を別の核酸またはポリペプチド分子（相同性があるか相同でない
）と接合することにより、キメラ核酸分子またはポリペプチド分子を作製するた
めにも用いることできる。例えば、ユニーク断片は、大部分が既知の分子と同様
または同一であってもよい、しかし既知の分子と同一でない部分を有し得る。既
知の分子およびユニーク断片は、付加されるユニーク断片に独特の部分を有する
既知の分子を大部分含有する分子を構築するために用いることできる。その他の
キメラ分子は当業者に既知であり、標準分子生物学技法を用いて調製することが
できる。
【０１０１】 当業者に認識されるように、ユニーク断片のサイズは、遺伝子コード中のその
保存によっている。したがって、癌関連抗原配列およびその相補体のいくつかの
領域は、より長いセグメントがユニークであるよう求めるが、一方、その他は、
開示された配列の全長までの、典型的には１２〜３２ヌクレオチド間（例えば、
１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、
２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１および３２またはそれ以上の
塩基長）の短いセグメントのみを要する。上記のように、本開示は、第１ヌクレ
オチドから開始して、第２ヌクレオチド…と、最後の８ヌクレオチドまでの短さ
で、各配列に関して第８、９、１０…から最後のヌクレオチドまで、あらゆる場
所で終わる、各配列の各々のおよびすべての断片を含むよう意図する（但し、配
列は上記のようにユニークである）。
【０１０２】 ２５またはそれ以上のヌクレオチド長である新規の癌関連抗原核酸またはその
相補体のポリペプチドコード領域のあらゆるセグメントが、事実上ユニークであ
る。当業者は、典型的に必要なすべてである既知のデータベース上の配列に対す
る断片のヒトゲノム中の他の配列から、当該配列を選択的に区別するユニーク断
片の能力に典型的に基づいて、かかる配列を選択する方法によく精通しているが
、in vitro確認ハイブリダイゼーションおよびシーケンシング分析実施しても良
い。
【０１０３】 特に好ましいものとしては、「ポリトープ」として既知の一連のエピトープを
コードする核酸が挙げられる。エピトープは、天然フランキング配列を用いて、
または用いずに、シークエンシャルまたはオーバーラップ方式で整列することが
できる（例えば、Thomson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92: Gilbert e
t al., Nature Biotechnol. 15:1280-1284, 1997を参照）し、所望により、非関
連リンカー配列により分離することができる。ポリトープは、免疫応答の発生の
ための免疫系により認識される個々のエピトープを生成するようプロセッシング
される。
【０１０４】 したがって、例えば本明細書中に開示された核酸の１つによりコードされるア
ミノ酸配列を有するポリペプチド由来のペプチドであって、ＭＨＣ分子により呈
示され、ＣＴＬまたはＴヘルパーリンパ球により認識されるペプチドは、１つ又
はそれ以上のその他の癌関連抗原からのペプチドと併合されて（例えば、ハイブ
リッド核酸またはポリペプチドの調製により）、「ポリトープ」を形成し得る。
２つまたはそれ以上のペプチド（またはペプチドをコードする核酸）は、本明細
書中に記載されたものから選択され得るか、あるいはそれらは、従来から知られ
ている癌関連抗原の１つ又はそれ以上のペプチドを含み得る。免疫応答を誘導ま
たは強化するために投与することができる癌関連ペプチド抗原の例は、腫瘍関連
遺伝子およびコードされたタンパク質、例えばＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２
、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ５、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧ
Ｅ−Ａ７、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ
１１、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧ
Ｅ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ−７、ＧＡＧＥ−８、ＧＡＧＥ
−９、ＢＡＧＥ−１、ＲＡＧＥ−１、ＬＢ３３／ＭＵＭ−１、ＰＲＡＭＥ、ＮＡ
Ｇ、ＭＡＧＥ−Ｂ２、ＭＡＧＥ−Ｂ３、ＭＡＧＥ−Ｂ４、チロシナーゼ、脳グリ
コーゲンホスホリラーゼ、メラン−Ａ、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＭＡ
ＧＥ−Ｃ３、ＭＡＧＥ−Ｃ４、ＭＡＧＥ−Ｃ５、ＮＹ ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ−
１、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−２（ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０）、ＳＳＸ−４、ＳＳＸ−
５、ＳＣＰ−１およびＣＴ−７から得られる（例えば、ＰＣＴ出願公告ＷＯ９６
／１０５７７を参照）。その他の例は、当業者に既知であり（例えば、Coulie,
Stem Cells 13:393-403, 1995参照）、ここに開示されたような同様の方式で本
発明に用いることできる。当業者は、１つ又はそれ以上のペプチドおよび１つ又
はそれ以上の上記の癌関連ペプチドを含むポリペプチド、あるいはこのようなポ
リペプチドをコードする核酸を、分子生物学の標準手法にしたがって、調製する
ことができる。
【０１０５】 したがって、ポリトープは、種々の配列で（例えば連鎖状、オーバーラッピン
グ）ともに接合することができる２つまたはそれ以上の潜在性免疫原性または免
疫応答刺激性ペプチドの群である。ポリトープ（またはポリトープをコードする
核酸）は、免疫応答を刺激し、強化し、および／または惹起する場合のポリトー
プの有効性を試験するために、標準免疫処置プロトコルで、例えば動物に投与す
ることができる。
【０１０６】 ペプチドは、直接的に、またはフランキング配列の使用を介して、ともに接合
されポリトープを形成することができる。ワクチンとしてのポリトープの使用は
当業界で周知である（例えば、Thomson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 9
2（13）:5845-5849, 1995; Gilbert et al., Nature Biotechnol. 15（12）:128
0-1284, 1997; Thomson et al., J. Immunol. 157（2）:822-826, 1996; Tam et
al., J. Exp. Med. 171（1）:299-306, 1990を参照）。例えば、Tamは、ＭＨＣ
クラスＩおよびクラスＩＩ結合エピトープの両方から成るポリトープがマウスモ
デルにおいて抗体および防御免疫を首尾よく生成することを示した。Tamは、エ
ピトープの「列」を含むポリトープがプロセッシングされて、ＭＨＣ分子により
呈示されＣＴＬにより認識される個々のエピトープを産生することも実証した。
したがって、種々の数および組合せのエピトープを含有するポリトープが調製さ
れ、ＣＴＬによる認識に関して、および免疫応答を増大する効力に関して試験す
ることができる。
【０１０７】 腫瘍は一組の腫瘍抗原を発現し、そのうちのある種のサブセットのみが任意の
所与の患者の腫瘍で発現され得ることが知られている。特定の患者に発現される
腫瘍拒絶抗原のサブセットを示すエピトープの異なる組合せに対応するポリトー
プが調製することができる。ポリトープは、腫瘍型により発現されることが知ら
れているのより広範囲の腫瘍拒絶抗原を反映するよう調製することができる。ポ
リトープは、ポリペプチド構造物として、または当業界で既知の核酸送達系の使
用を介して、このような治療を必要とする患者に導入することができる（例えば
、Allsopp et al., Eur. J. Immunol. 26（8）:1951-1959, 1996を参照）。アデ
ノウイルス、ポックスウイルス、Ｔｙ−ウイルス様粒子、アデノ関連ウイルス、
プラスミド、細菌等が、このような送達に用いることできる。ポリトープ送達系
の効力を決定するために、マウスモデルにおいて該送達系を試験し得る。この系
は、ヒト臨床試験においても試験することができる。
【０１０８】 ヒトＨＬＡクラスＩ分子が癌関連核酸から得られる腫瘍拒絶抗原を有する場合
、発現ベクターは、これらの核酸およびポリペプチドに由来する任意の特定の腫
瘍拒絶抗原を有するＨＬＡ分子をコードする核酸配列も含み得る。あるいは、こ
のようなＨＬＡ分子をコードする核酸分子は、別個の発現ベクター内に含入する
ことができる。ベクターが両コード配列を含有する状況では、単一ベクターは、
いずれか一方を正常に発現しない細胞をトランスフェクトするために用いること
できる。「癌関連抗原前駆体、およびそれを有するＨＬＡ分子をコードする配列
が別個の発現ベクターに含有される場合、発現ベクター」。
【０１０９】 癌関連抗原前駆体コード配列は、例えば宿主細胞がすでに前駆体分子由来の癌
関連抗原を呈示するＨＬＡ分子を発現している場合には、単独で用いることでき
る。もちろん、用いることできる特定の宿主細胞に関して制限はない。２つのコ
ード配列を含有するベクターは所望により任意の抗原呈示細胞に用いることでき
るので、癌関連抗原前駆体に関する遺伝子は、癌関連抗原を有するＨＬＡ分子を
発現しない宿主細胞で用いることできる。さらに、無細胞転写系が、細胞の代わ
りに用いることできる。
【０１１０】 上記のように、本発明は、癌関連抗原ポリペプチドをコードする核酸分子と選
択的に結合して、癌関連抗原の発現を低減するアンチセンスオリゴヌクレオチド
を含む。これは、実際上は、癌関連抗原の発現の低減が望ましい任意の医学的症
状において、例えば癌の治療において望ましい。これは、１つ又はそれ以上の癌
関連抗原の発現の低減の作用をin vitroまたはin vivoで試験するのにも有用で
ある。
【０１１１】 本明細書中で用いるように、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」または「ア
ンチセンス」という用語は、特定の遺伝子を含むＤＮＡと、またはその遺伝子の
ｍＲＮＡ転写体と生理学的条件下でハイブリダイズして、それによりその遺伝子
の転写またはそのｍＲＮＡの翻訳を抑制する、オリゴリボヌクレオチド、オリゴ
デオキシリボヌクレオチド、修飾オリゴリボヌクレオチドまたは修飾オリゴデオ
キシリボヌクレオチドであるオリゴヌクレオチドを記述する。アンチセンス分子
は、標的遺伝子または転写体とのハイブリダイゼーション時に標的遺伝子の転写
または翻訳を妨害するよう設計される。当業者は、的確な長さのアンチセンスオ
リゴヌクレオチド、およびその標的とのその相補性度が選択される特定の標的、
例えば標的の配列およびその配列を含む特定の塩基に依存している、と認識する
。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、生理学的条件下で標的と選択的に結合さ
れるように、即ち生理学的条件下での標的細胞中の任意の他の配列より実質的に
多く標的配列とハイブリダイズするよう構築され、配列されることが好ましい。
乳癌、胃癌または前立腺癌関連抗原をコードする核酸の配列に基づいて、あるい
は対立遺伝子または相同ゲノムおよび／またはｃＤＮＡ配列に基づいて、当業者
は、本発明による使用のため多数の適切なアンチセンス分子のいずれかを容易に
選択し、合成することができる。例えば、癌関連抗原の長さにわたる１５〜３０
のヌクレオチドの一連のオリゴヌクレオチドを含む「遺伝子歩行（gene walk）
」が調製され、その後、癌関連抗原発現の抑制が試験され得る。
【０１１２】 任意に、５〜１０のヌクレオチドのギャップが、合成されおよび試験されるオ
リゴヌクレオチドの数を低減するために、オリゴヌクレオチド間に残され得る。
【０１１３】 抑制のために十分に選択的で且つ効力があるようにするために、このようなア
ンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的と相補的である少なくとも１０、さらに
好ましくは少なくとも１５の連続した塩基を含むべきであるが、ある場合には、
７つの塩基という短い長さの修飾オリゴヌクレオチドがアンチセンスオリゴヌク
レオチドとして首尾よく用いられてきた（Wagner et al., NatureBiotechnol. 1
4:840-844, 1996）。最も好ましくは、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、２
０〜３０の塩基の相補的配列を含む。遺伝子またはｍＲＮＡ転写体の任意の領域
に対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドを選択してもよいが、好ましい
実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドはＮ−末端または５’上流部位
、例えば翻訳開始、転写開始またはプロモーター部位に対応する。さらに、３’
−非翻訳領域を標的化してもよい。ｍＲＮＡスプライシング部位に対する標的化
も当業界で用いられてきたが、代替的ｍＲＮＡスプライシングが起こる場合には
、あまり好ましくないこともある。さらに、アンチセンスは、好ましくは、ｍＲ
ＮＡ二次構造が予期されず（例えば、Sainio et al., Cell Mol. Neurobiol. 14
（5）:439-457, 1994を参照）、かつタンパク質が結合することが予期されない
部位に対して標的化される。最後に、列挙した配列はｃＤＮＡ配列であるが、当
業者は、癌関連抗原のｃＤＮＡに対応するゲノムＤＮＡを容易に得る場合がある
。したがって、本発明は、癌関連抗原をコードする核酸に対応するゲノムＤＮＡ
と相補的であるアンチセンスオリゴヌクレオチドも提供する。同様に、対立遺伝
子または相同性ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するアンチセンスは、過度の実
験を伴わずに与えられる。
【０１１４】 一組の実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、「天然」
デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチドまたはそれらの任意の組合せで構
成することができる。
【０１１５】 即ち、天然系における場合と同様に、ホスホジエステルヌクレオシド間結合に
より、あるネイティブヌクレオチドの５’末端および別のネイティブヌクレオチ
ドの３’末端は共有結合することができる。これらのオリゴヌクレオチドは、手
動で実行することができる、当業界で認識された方法により、または自動合成機
により調製することができる。該オリゴヌクレオチドはまた、ベクターにより組
換え的に生産することができる。
【０１１６】 しかしながら、好ましい実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオ
チドは、「修飾」オリゴヌクレオチドも含み得る。即ち、オリゴヌクレオチドは
、オリゴヌクレオチドがそれらの標的とハイブリダイズしないようにするが、そ
れらの安定性または標的化を強化する、あるいはそうでなければそれらの治療的
有効性を強化する多数の方法で修飾することができる。
【０１１７】 「修飾オリゴヌクレオチド」という用語は、本明細書中で用いられる場合、（
１）そのヌクレオチドのうちの少なくとも２つが合成ヌクレオシド間結合（即ち
、あるヌクレオチドの５’末端および別のヌクレオチドの３’末端間のホスホジ
エステル結合以外の結合）により共有結合され、および／または（２）核酸と正
常に連合されない化学基がオリゴヌクレオチドと共有結合されたオリゴヌクレオ
チドを記述する。好ましい合成ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ア
ルキルホスホネート、ホスホロジチオエート、ホスフェートエステル、アルキル
ホスホノチオエート、ホスホルアミデート、カルバメート、カルボネート、ホス
フェートトリエステル、アセトアミデート、カルボキシメチルエステルおよびペ
プチドである。
【０１１８】 「修飾オリゴヌクレオチド」という用語は、共有的修飾塩基および／または糖
を有するオリゴヌクレオチドも含む。例えば、修飾オリゴヌクレオチドは、３’
位置のヒドロキシル基以外の、および５’位置のホスフェート基以外の低分子量
有機基と共有結合される主鎖糖を有するオリゴヌクレオチドを含む。したがって
、修飾オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−アルキル化リボース基を含み得る。さ
らに、修飾オリゴヌクレオチドは、リボースの代わりにアラビノースのような糖
を含み得る。したがって本発明は、乳癌、胃癌または前立腺癌関連抗原ポリペプ
チドをコードする核酸と、生理学的条件下で、相補的であり且つそれらとハイブ
リダイズ可能である修飾化アンチセンス分子を、薬学的に許容し得る担体ととも
に含有する製剤調製物を意図する。
【０１１９】 アンチセンスオリゴヌクレオチドは、製剤組成物の一部として投与することが
できる。このような製剤組成物は、当業界で既知の任意の標準的生理学的および
／または薬学的に許容し得る担体と組合せて、アンチセンスオリゴヌクレオチド
を含み得る。組成物は滅菌性であるべきであり、患者への投与に適した重量また
は容量単位で治療的有効量のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含有する。「薬
学的に許容し得る」という用語は、有効成分の生物学的活性の有効性を妨げない
非毒性物質を意味する。「生理学的に許容可能な」という用語は、生物学的系、
例えば細胞、細胞培養、組織または生物体と適合性である非毒性物質を指す。担
体の特性は、投与経路に依存している。生理学的および製薬的に許容可能な担体
としては、以下でさらに記載されるような希釈剤、充填剤、塩、緩衝剤、安定剤
、可溶化剤および当業界で周知のその他の物質が挙げられる。
【０１２０】 本明細書中で用いる場合、「ベクター」とは、異なる遺伝子環境間の輸送のた
めの、または宿主細胞中での発現のための制限および連結により所望の配列が挿
入することができる多数の核酸のいずれかであり得る。ベクターは、典型的には
ＤＮＡで構成されるが、ＲＮＡベクターも利用可能である。ベクターとしては、
プラスミド、ファージミドおよびウイルスゲノムが挙げられるが、これらに限定
されない。クローニングベクターは、宿主細胞中で自律的に複製可能であるか、
またはゲノム中に組み込まれ得るものであって、かつ新規の組換えベクターが宿
主細胞中で複製するその能力を保持するようにベクターが決定可能な様式で切断
され、そして所望のＤＮＡ配列が連結することができる１つ又はそれ以上のエン
ドヌクレアーゼ制限部位によりさらに特徴づけられるものである。プラスミドの
場合、所望の配列の複製は、プラスミドが宿主細菌内でコピー数を増大する場合
は多数回起こるし、あるいは宿主が有糸分裂により繁殖する前には宿主当たり１
回だけ起こり得る。ファージの場合は、複製は、溶菌期中は能動的に起こり、溶
原期中は受動的に起こり得る。発現ベクターは、調節配列に作動可能に連結され
、そしてＲＮＡ転写体として発現することができるように、所望のＤＮＡ配列が
制限および連結により挿入することができるものである。ベクターは、細胞がベ
クターで形質転換またはトランスフェクトされていたかあるいはされていなかっ
たかを同定するに用いるのに適した１つ又はそれ以上のマーカー配列をさらに含
有し得る。マーカーとしては、例えば、抗生物質またはその他の化合物に対する
耐性または感受性を増大または低減するタンパク質をコードする遺伝子、その活
性が当業界で既知の標準アッセイにより検出可能である酵素（例えば、ｐ−ガラ
クトシダーゼ、ルシフェラーゼまたはアルカリ性ホスファターゼ）をコードする
遺伝子、ならびに形質転換した細胞またはトランスフェクトした細胞、宿主、コ
ロニーまたはプラークの表現型に視覚的に作用する遺伝子（例えば、グリーン蛍
光タンパク質）が挙げられる。好ましいベクターは、それらが作動可能に連結さ
れるＤＮＡセグメント中に存在する構造遺伝子産物の自律的複製および発現が可
能なベクターである。
【０１２１】 本明細書中で用いる場合、コード配列および調節配列は、調節配列の影響また
は制御下にコード配列の発現または転写を置くような方法でそれらが共有結合さ
れる場合、「作動可能に（operably）」連結されると言われている。コード配列
が機能性タンパク質に翻訳されるのが望ましい場合、５’調節配列中のプロモー
ターの誘導がコード配列の転写を生じ、二つのＤＮＡ配列間の結合の性質が（１
）フレームシフト突然変異の導入を生じない、（２）コード配列の転写を指図す
るプロモーター領域の能力を妨げない、または（３）タンパク質に翻訳されるべ
き対応するＲＮＡ転写体の能力を妨げないならば、二つのＤＮＡ配列は作動可能
に連結されると言われている。したがって、結果的に生じる転写体が所望のタン
パク質またはポリペプチドに翻訳することができるようにプロモーター領域がそ
のＤＮＡ配列の転写を実行可能であった場合には、プロモーター領域はコード配
列と作動可能に連結されるであろう。
【０１２２】 遺伝子発現に必要とされる調節配列の的確な性質は種または細胞型間で変わり
得るが、概して、必要な場合には、ＴＡＴＡボックス、キャッピング配列、ＣＡ
ＡＴ配列等のような、それぞれ転写および翻訳の開始に関与する５’非転写化お
よび５’非翻訳化配列を含む。
【０１２３】 特に、このような５’非転写調節配列は、作動可能に連結された遺伝子の転写
制御のためのプロモーター配列を含むプロモーター領域を含む。
【０１２４】 調節配列は、望ましい場合には、エンハンサー配列または上流アクチベーター
配列も含み得る。本発明のベクターは、５’リーダーまたはシグナル配列を任意
に含み得る。
【０１２５】 適切なベクターの選定および設計は、当業者の能力および自由裁量の範囲内で
ある。
【０１２６】 発現のための必要な要素をすべて含有する発現ベクターは市販されており、当
業者に既知である（例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning:A Laborator
y Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989を参
照）。細胞は、癌関連抗原ポリペプチドあるいはその断片または変異体をコード
する異種ＤＮＡ（ＲＮＡ）の細胞への導入により遺伝子工学処理される。
【０１２７】 その異種ＤＮＡ（ＲＮＡ）は、宿主細胞中での異種ＤＮＡの発現を可能にする
ために転写性素子の操作可能制御下に置かれる。
【０１２８】 哺乳類細胞中でのｍＲＮＡ発現のための好ましい系は、Ｇ４１８耐性を付与す
る遺伝子（安定トランスフェクトした細胞系の選択を促す）、およびヒトサイト
メガロウイルス（ＣＭＶ）エンハンサー−プロモーター配列のような選択可能マ
ーカーを含有するｐＲｃ／ＣＭＶ（Invitrogen, Carlsbad, CAから入手可能）の
ような系である。さらに、霊長類またはイヌ細胞系中での発現に適しているのは
、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）複製起点を含有し、多重コピー染色体
外要素としてのプラスミドの保持を促すｐＣＥＰ４ベクター（Invitrogen）であ
る。別の発現ベクターは、in vitroでの転写を効率的に刺激するポリペプチド延
長因子１ａのプロモーターを含有するｐＥＦ ＢＯＳプラスミドである。本プラ
スミドは、Mishizuma and Nagata（Nuc. Acids Res. 18:5322, 1990）により記
載されており、トランスフェクション実験におけるその使用は、例えばDemoulin
（Mol. Cell. Biol. 16:4710-4716, 1996）により開示されている。さらに別の
好ましい発現ベクターは、Stratford-Perricaudetにより記載されたアデノウイ
ルスであり、これはＥ１およびＥ３タンパク質を欠いている（J. Clin. Invest.
90:626-630, 1992）。抗原の発現のためのAdeno.Ｐ１Ａ組換え体としてのアデ
ノウイルスの使用は、Ｐ１Ａに対する免疫処置のためのマウスにおける皮内注射
において、Warnier等により開示されている（Int. J Cancer, 67:303-310, 1996
）。
【０１２９】 核酸の送達のための付加的ベクターを以下に提示する。
【０１３０】 本発明は、当業者が所望の単数または複数の発現ベクターを調製するのを可能
にするいわゆる発現キットも含む。このような発現キットは、少なくとも別々の
部分のベクターおよび１つ又はそれ以上の上記の癌関連抗原核酸分子を含む。そ
の他の構成成分は、必要とされる上記の核酸分子が含まれる限り、所望により添
加することができる。本発明は、癌関連抗原核酸とハイブリダイズする少なくと
も一対の増幅プライマーを含めた癌関連抗原核酸の増幅のためのキットも含む。
【０１３１】 プライマーは、好ましくは１２〜３２のヌクレオチド長であり、「プライマー
二量体」の形成を防止するために非重複性である。癌関連抗原核酸の増幅を可能
にする配列で、プライマーの１つは、癌関連抗原核酸の一方の鎖とハイブリダイ
ズし、第二プライマーは癌関連抗原核酸の相補的鎖とハイブリダイズする。適切
なプライマー対の選択は、当業界の標準である。例えば、選択は、このような目
的のために設計されたコンピュータープログラムの助けを借りて、任意にその後
、増幅特異性および効率に関してプライマーを検査することによりなすることが
できる。
【０１３２】 本発明は、細胞および動物における癌関連抗原遺伝子「ノックアウト」の構築
およびトランスジェニック過剰発現も可能にして、癌および癌に対する免疫系応
答のある種の態様を試験するための物質を提供する。
【０１３３】 本発明は、上記の癌関連抗原核酸によりコードされる単離ポリペプチド（全タ
ンパク質および部分タンパク質を含む）も提供する。このようなポリペプチドは
、例えば単独で、または抗体を生成するための融合タンパク質として、イムノア
ッセイまたは診断アッセイの構成成分として、あるいは治療薬として有用である
。癌関連抗原ポリペプチドは、組織または細胞ホモジネートを含めた生物学的試
料から単離されて、発現系に適した発現ベクターを構築し、発現系に発現ベクタ
ーを導入し、かつ組換え的発現タンパク質を単離することにより、種々の原核生
物および真核生物発現系中で組換え的に発現することができる。抗原性ペプチド
（免疫認識のために細胞の表面のＭＨＣ分子により呈示されるような）を含めた
短いポリペプチドも、ペプチド合成の十分に確立された方法を用いて化学的に合
成することができる。
【０１３４】 癌関連抗原ポリペプチドのユニーク断片は、概して、核酸と関連して上記のよ
うなユニーク断片の特徴および特性を有する。当業者に認識されるように、ユニ
ーク断片のサイズは、断片が保存タンパク質ドメインの一部を構成するか否かと
いったような剤に依存している。したがって、癌関連抗原のいくつかの領域は、
より長いセグメントがユニークであるよう求めるが、その他は、典型的には５〜
１２アミノ酸（例えば、全長までの各整数を含めた５、６、７、８、９、１０、
１１または１２あるいはそれ以上のアミノ酸）の短いセグメントのみを要する。
【０１３５】 ポリペプチドのユニーク断片は、好ましくはポリペプチドの別個の機能的容量
を保持する断片である。ポリペプチドのユニーク断片中に保持することができる
機能的容量は、抗体との相互作用、他のポリペプチドまたはその断片との相互作
用、核酸またはタンパク質の選択的結合、および酵素活性を含む。重要な一活性
は、ポリペプチドを同定するための特色として作用する能力である。別のものは
、ＨＬＡと複合体をなし、ヒトにおいて免疫応答を惹起する能力である。当業者
は、典型的には、非ファミリー構成要素から当該配列を選択的に区別するユニー
ク断片の能力に基づいて、ユニークなアミノ酸配列を選択するための方法に精通
している。典型的に、断片の配列と既知のデータベース上の配列との比較が、必
要なすべてである。
【０１３６】 本発明は、上記の癌関連抗原ポリペプチドの変異体を含む。本明細書中で用い
る場合、癌関連抗原ポリペプチドの「変異体」とは、癌関連抗原ポリペプチドの
一次のアミノ酸配列に対する１つ又はそれ以上の修飾を含有するポリペプチドで
ある。癌関連抗原変異体を作り出す修飾は、癌関連抗原ポリペプチドに対してな
されて、１）癌関連抗原ポリペプチドの活性を低減または排除し、２）癌関連抗
原ポリペプチドの特性、例えば発現系におけるタンパク質安定性またはタンパク
質−タンパク質結合の安定性を強化し、３）癌関連抗原ポリペプチドに対する新
規の活性または特性、例えば抗原性エピトープの付加または検出可能部分の付加
を提供し、あるいは４）ＨＬＡ分子との等価のまたはより良好な結合を提供する
。
【０１３７】 癌関連抗原ポリペプチドに対する修飾は、典型的には癌関連抗原ポリペプチド
をコードする核酸に対してなされ、欠失、点突然変異、切頭化、アミノ酸置換お
よびアミノ酸または非アミノ酸部分の付加を含み得る。あるいは、修飾は、例え
ば切断、リンカー分子の付加、ビオチンのような検出可能部分の付加、脂肪酸の
付加、Ｌ−アミノ酸のＤ−アミノ酸による置換等により、ポリペプチドに対して
直接なすることができる。
【０１３８】 修飾は、癌関連抗原アミノ酸配列の全部または一部を含む融合タンパク質も含
む。当業者は、タンパク質配列における変化のタンパク質配座に及ぼす作用の予
測方法に精通しており、したがって、既知の方法により変異体癌関連抗原ポリペ
プチドを「設計」し得る。このような方法の一例は、Dahiyat and MayoによりSc
ience 278: 82-87, 1997に記載されており、それによりタンパク質は新規に設計
することができる。本方法は、既知のタンパク質に適用されて、ポリペプチド配
列の一部分のみを変更し得る。DahiyatとMayoの計算方法を適用することにより
、癌関連抗原ポリペプチドの特定の変異体が提唱され、その変異体が所望の配座
を保持するか否かを決定するために試験することができる。本明細書中に記載し
たポリペプチドの活性を保持するポリペプチド疑似物を設計するためのその他の
計算方法およびコンピュータモデリング法、ならびにペプチドライブラリーのフ
ァージディスプレイのような選択方法は、当業界で既知である。
【０１３９】 概して、変異体は、その所望の生理学的活性に関連しないポリペプチドの特徴
を変更するために特異的に修飾される癌関連抗原ポリペプチドを含む。
【０１４０】 例えば、システイン残基は、置換または欠失されて、望ましくないジスルフィ
ド結合を防止し得る。同様に、ある種のアミノ酸は、発現系におけるプロテアー
ゼによるタンパク質分解を排除することにより癌関連抗原ポリペプチドの発現を
強化するよう変更することができる（例えば、ＫＥＸ２プロテアーゼ活性が存在
する酵母発現系中の二塩基性アミノ酸残基）。
【０１４１】 癌関連抗原ポリペプチドをコードする核酸の突然変異は、好ましくはコード配
列のアミノ酸リーディングフレームを保存し、好ましくは、ハイブリダイズして
変異体ポリペプチドの発現に有害であり得るヘアピンまたはループのような二次
構造を形成すると思われる核酸中の領域を作製しない。
【０１４２】 突然変異は、アミノ酸置換を選択することにより、またはポリペプチドをコー
ドする核酸中の選定部位のランダム突然変異誘発によりなすることができる。次
に変異体ポリペプチドが発現され、１つ又はそれ以上の活性に関して試験されて
、どの突然変異が所望の特性を有する変異体ポリペプチドを提供するか否かを決
定する。ポリペプチドのアミノ酸配列についてサイレントであるが、特定の宿主
中での翻訳のための好ましいコドンを提供するさらに別の突然変異が、変異体に
対して（または非変異体癌関連抗原ポリペプチドに対して）なすることができる
。例えば大腸菌中での核酸の翻訳のための好ましいコドンは、当業者には周知で
ある。癌関連抗原遺伝子またはｃＤＮＡクローンの非コード配列に対して、さら
に他の突然変異がなされて、ポリペプチドの発現を強化し得る。癌関連抗原ポリ
ペプチドの変異体の活性は、細菌または哺乳類発現ベクター中に変異体癌関連抗
原ポリペプチドをコードする遺伝子をクローニングし、このベクターを適切な宿
主細胞に導入し、変異体癌関連抗原ポリペプチドを発現させ、そして本明細書中
に開示した上記のような癌関連抗原ポリペプチドの機能的能力に関して試験する
ことにより、試験することができる。
【０１４３】 例えば、変異体癌関連抗原ポリペプチドは、実施例に開示されているような自
系および同種異系血清との反応に関して試験することができる。その他の変異体
ポリペプチドの調製は、当業者には理解されるであろう、その他の活性の試験に
好都合であり得る。
【０１４４】 当業者は、癌関連抗原ポリペプチドで保存的アミノ酸置換がなされて、上記の
ポリペプチドの機能的に等価の変異体を提供し得るということ、即ち、その変異
体が癌関連抗原ポリペプチドの機能的能力を保持するということも認識するであ
ろう。本明細書中で用いる場合、「保存的アミノ酸置換」とは、アミノ酸置換が
なされるタンパク質の相対的電荷またはサイズ特徴を変更しないアミノ酸置換を
指す。変異体は、当業者に既知のポリペプチド配列を変更するための方法をまと
めた参考文献中に、例えばMolecular Cloning:A Laboratory Manual, J. Sambro
ok, et al., eds., Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, C
old Spring Harbor, New York, 1989またはCurrent Protocols in Molecular Bi
ology, F.M. Ausubel, et al., eds., John Wiley & Sons, Inc., New Yorkに見
出されるような方法により調製することができる。癌関連抗原ポリペプチドの機
能的等価変異体の例としては、本明細書中に開示したタンパク質のアミノ酸配列
の保存的アミノ酸置換が挙げられる。アミノ酸の保存的置換としては、以下の群
内のアミノ酸間でなされる置換が挙げられる：（ａ）Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｖ；（ｂ）Ｆ
、Ｙ、Ｗ；（ｃ）Ｋ、Ｒ、Ｈ；（ｄ）Ａ、Ｇ；（ｅ）Ｓ、Ｔ；（ｆ）Ｑ、Ｎ；お
よび（ｇ）Ｅ、Ｄ。
【０１４５】 例えば、癌関連抗原ポリペプチド由来のペプチドがＭＨＣ分子により呈示され
、ＣＴＬにより認識されることを決定する際に、ペプチドのアミノ酸配列に対し
て特にＭＨＣ分子との直接接点ではないと考えられる残基での、保存的アミノ酸
置換をなし得る。例えば、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体の同定
方法は、StromingerとWucherpfennigの公開済ＰＣＴ出願（ＰＣＴ／ＵＳ９６／
０３１８２）に提供されている。１つ又はそれ以上のアミノ酸置換を保有するペ
プチドも、例えばD’AmaroとDrijfhout（D’Amaro et al., Human Immunol. 43:
13-18, 1995; Drijfhout et al., Human Immunol. 43: 1-12, 1995）により記
載されたコンピュータプログラムを用いた合成の前に、既知のＨＬＡ／ＭＨＣモ
チーフとの一致に関して試験することができる。次に置換ペプチドは、ＭＨＣ分
子との結合、ならびにＭＨＣに結合された場合にはＣＴＬによる認識に関して試
験することができる。
【０１４６】 これらの変異体は、改良された安定性に関して試験され、とりわけワクチン組
成物中で有用である。
【０１４７】 癌関連抗原ポリペプチドの機能的等価変異体を産生するための癌関連抗原ポリ
ペプチドのアミノ酸配列中の保存的アミノ酸置換は、典型的には、癌関連抗原ポ
リペプチドをコードする核酸の変更によりなされる。このような置換は、当業者
に既知の種々の方法によりなすることができる。例えば、アミノ酸置換は、Kunk
el（Kunkel, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 82: 488-492, 1985）の方法によるＰ
ＣＲ特異的突然変異、部位特異的突然変異誘発により、あるいは癌関連抗原ポリ
ペプチドをコードする遺伝子の化学合成によりなすることができる。アミノ酸置
換が、自系または同種異系血清あるいは細胞溶解性Ｔリンパ球により認識される
抗原性エピトープのような癌関連抗原ポリペプチドの小ユニーク断片に対してな
される場合、置換は、ペプチドを直接合成することによりなすることができる。
癌関連抗原ポリペプチドの機能的等価断片の活性は、細菌または哺乳類発現ベク
ターに改変された癌関連抗原ポリペプチドをコードする遺伝子をクローニングし
、ベクターを適切な宿主細胞に導入し、改変された癌関連抗原ポリペプチドを発
現させ、そして本明細書中に開示したような癌関連抗原ポリペプチドの機能的能
力に関して試験することにより、試験することができる。化学的に合成されたペ
プチドは、機能に関して、例えば関連抗原を認識する抗血清との結合に関して直
接試験することができる。
【０１４８】 本発明は、本明細書中に記載されているように多数の用途を有し、そのいくつ
かは本明細書中の他の箇所に記載されている。第一に、本発明は、癌関連抗原タ
ンパク質分子の産生および／または単離を可能にする。当業者に周知の種々の方
法は、短離された癌関連抗原分子を得るために利用することができる。ポリペプ
チドは、クロマトグラフィー的手段または免疫学的認識によりポリペプチドを天
然に産生する細胞から精製することができる。あるいは、発現ベクターが細胞中
に導入されて、ポリペプチドの産生を生じ得る。別の方法では、ｍＲＮＡ転写体
が微量注射され、または他の方法が細胞中に導入されて、コードされたポリペプ
チドの産生を生じ得る。無細胞抽出物、例えば網状赤血球溶解物系におけるｍＲ
ＮＡの翻訳も、ポリペプチドを産生するために用いることできる。当業者は、癌
関連抗原ポリペプチドを単離するための既知の方法にも容易に従い得る。
【０１４９】 これらの例としては、免疫クロマトグラフィー、ＨＰＬＣ、サイズ排除クロマ
トグラフィー、イオン交換クロマトグラフィーおよび免疫アフィニティークロマ
トグラフィーが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１５０】 癌関連抗原遺伝子の単離および同定は、癌関連抗原の発現により特徴づけられ
る障害を当業者が診断することも可能にする。これらの方法は、１つ又はそれ以
上の癌関連抗原核酸および／またはコードされた癌関連抗原ポリペプチドおよび
／またはそれらに由来するペプチドの発現を決定することを含む。前者の場合に
は、このような決定は、ポリメラーゼ連鎖反応を含めた任意の標準核酸決定アッ
セイ、あるいは標識化ハイブリダイゼーションプローブを用いたアッセイにより
実行することができる。後者の場合には、ポリペプチドの認識に関して患者抗血
清をスクリーニングすることによりこのような決定は実行することができる。
【０１５１】 本発明は、癌関連抗原の抗体および細胞結合相手を含めて、本明細書中に開示
されたような癌関連抗原と結合するタンパク質の単離も可能にする。この他の用
途もさらに本明細書中に記載される。
【０１５２】 本発明は、ある実施形態では、癌関連抗原ポリペプチド由来の「優性ネガティ
ブ」ポリペプチドも提供する。優性ネガティブポリペプチドは、細胞機構との相
互作用により、細胞機構とのその相互作用からの活性タンパク質を置き換え、あ
るいは活性タンパク質と競合し、それにより活性タンパク質の作用を低減するタ
ンパク質の不活性変異体である。例えば、リガンドを結合するが、リガンドの結
合に応答してシグナルを伝達しない優性ネガティブ受容体は、リガンドの発現の
生物学的作用を低減し得る。
【０１５３】 同様に、標的タンパク質と正常に相互作用するが、標的タンパク質をリン酸化
しない優性ネガティブ触媒的不活性キナーゼは、細胞シグナルに応答して標的タ
ンパク質のリン酸化を低減し得る。同様に、遺伝子の制御領域におけるプロモー
ター部位と結合するが、遺伝子転写を増大しない優性ネガティブ転写因子は、転
写の増大を伴わずにプロモーター結合部位を占めることにより、正常転写因子の
作用を低減し得る。
【０１５４】 細胞中の優性ネガティブポリペプチドの発現の最終結果は、活性タンパク質の
機能の低減である。当業者は、１つ又はそれ以上の優性ネガティブ変異体ポリペ
プチドを作製するための標準突然変異誘発技術を用いて、タンパク質の優性ネガ
ティブ変異体に関する能力を査定し得る。例えば、乳癌、胃癌および前立腺癌関
連抗原、特に既知の活性を有する既知のタンパク質と同様であるものについて本
明細書中に含入された教示を前提として、当業者は、部位特異的突然変異誘発、
走査突然変異誘発、部分遺伝子欠失または切頭化等により癌関連抗原の配列を修
飾し得る（例えば、米国特許第5,580,723号およびSambrook et al., Molecular
Cloning A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laborato
ry Press, 1989参照）。次に当業者は、選定された活性の縮小および／またはこ
のような活性の保持に関して突然変異化ポリペプチドの集団を試験し得る。タン
パク質の優性ネガティブ変異体を作製し、試験するためのその他の同様の方法は
、当業者には明らかであろう。
【０１５５】 本発明は、癌関連抗原ポリペプチドと結合するポリペプチドのような剤も含む
。このような結合剤は、例えば癌関連抗原ポリペプチドおよび癌関連抗原ポリペ
プチドとそれらの結合相手との複合体の存在または非存在を検出するためのスク
リーニングアッセイに、ならびに単離された癌関連抗原ポリペプチドおよび癌関
連抗原ポリペプチドとそれらの結合相手との複合体のための精製プロトコルに用
いることできる。このような剤は、例えばこのようなポリペプチドとの結合によ
り、癌関連抗原ポリペプチドのネイティブ活性を抑制するためにも用いることで
きる。
【０１５６】 したがって、本発明は、例えば癌関連抗原ポリペプチドと選択的に結合する能
力を有する抗体または抗体の断片であり得るペプチド結合剤を含む。抗体は、慣
用的方法により調製されるポリクローナルおよびモノクローナル抗体を含む。
【０１５７】 有意には、当業界で周知のように、抗体分子の小部分のみ、即ちパラトープが
、抗体のそのエピトープとの結合に関与する（概して、Clark, W.R.（1986）The
Experimental Foundations of Modem Immunology Wiley & Sons, Inc., New Yo
rk; Roitt, 1.（1991）Essential Immunolo 7th Ed., Blackwell Scientific Pu
blications, Oxford参照）。例えばｐＦｃ’およびＦｃ領域は相補体カスケード
のエフェクターであるが、抗原結合に関与しない。ｐＦｃ’領域が酵素的に切断
されていた、またはｐＦｃ’領域を伴わずに産生されていた、Ｆ（ａｂ’）２断
片と呼ばれる抗体は、無傷抗体の抗原結合部位の両方を保持する。同様に、Ｆｃ
領域が酵素的に切断されていた、またはＦｃ領域を伴わずに産生されていた、Ｆ
ａｂ断片と呼ばれる抗体は、無傷抗体分子の抗原結合部位の一方を保持する。さ
らに続けると、Ｆａｂ断片は、共有結合された抗体軽鎖、およびＦｄと示される
抗体重鎖の一部分から成る。
【０１５８】 Ｆｄ断片は、抗体特異性の主要決定因子であり（単一Ｆｄ断片は、抗体特異性
の変化を伴わずに１０までの異なる軽鎖と会合することができる）、Ｆｄ断片は
単離した状態でエピトープ結合能力を保持する。
【０１５９】 当業界で周知であるように、抗体の抗原結合部分内には、相補性決定領域が（
ＣＤＲ）が存在し、これが抗原のエピトープ、およびパラトープの三次構造を保
持する枠組み構造領域（ＦＲ）と直接相互作用する（概して、Clark, 1986; Roi
tt, 1991参照）。ＩｇＧ免疫グロブリンの重鎖Ｆｄ断片および軽鎖の両方におい
て、３つの相補性決定領域（ＣＤＲ１〜ＣＤＲ３）により別々に分けられる４つ
の枠組み構造領域（ＦＲ１〜ＦＲ４）が存在する。
【０１６０】 ＣＤＲ、特にＣＤＲ３領域、より詳細には重鎖ＣＤＲ３は、抗体特異性に大い
に寄与する。
【０１６１】 哺乳類抗体の非ＣＤＲ領域は、元の抗体のエピトープ特異性を保持しながら、
同種または異種抗体の同様領域と置換することができる、ということは、当業界
で目下十分に確立されている。これは、非ヒトＣＤＲがヒトＦＲおよび／または
Ｆｃ／ｐＦｃ’領域と共有結合されて機能性抗体を産生する「ヒト化」抗体の開
発および使用において最も明白に示される（例えば、米国特許第４，８１６，５
６７号、第５，２２５，５３９号、第５，５８５，０８９号、第５，６９３，７
６２号および第５，８５９，２０５号参照）。
【０１６２】 したがって、例えばＰＣＴ国際公開第ＷＯ９２／０４３８１号は、ネズミＦＲ
領域の少なくとも一部分がヒト起源のＦＲ領域により置き換えられたヒト化ネズ
ミＲＳＶ抗体の産生および使用を教示する。このような抗体は、抗原結合能力を
有する無傷抗体の断片を含めて、しばしば「キメラ」抗体と呼ばれる。
【０１６３】 したがって、当業者には明らかなように、本発明は、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ
、ＦｖおよびＦｄ断片；Ｆｃおよび／またはＦＲおよび／またはＣＤＲ１および
／またはＣＤＲ２および／または軽鎖ＣＤＲ３領域が相同ヒトまたは非ヒト配列
により置き換えられたキメラ抗体；ＦＲおよび／またはＣＤＲ１および／または
ＣＤＲ２および／または軽鎖ＣＤＲ３領域が相同ヒトまたは非ヒト配列により置
き換えられたキメラＦ（ａｂ’）２断片抗体；ＦＲおよび／またはＣＤＲ１およ
び／またはＣＤＲ２および／または軽鎖ＣＤＲ３領域が相同ヒトまたは非ヒト配
列により置き換えられたキメラＦａｂ断片抗体；ならびにＦＲおよび／またはＣ
ＤＲ１および／またはＣＤＲ２領域が相同ヒトまたは非ヒト配列により置き換え
られたキメラＦｄ断片抗体も提供する。本発明は、いわゆる一本鎖抗体も含む。
【０１６４】 したがって、本発明は、癌関連抗原ポリペプチド、ならびに癌関連抗原ポリペ
プチドとそれらの結合相手との複合体と特異的に結合する多数のサイズおよび種
類のポリペプチドを含む。これらのポリペプチドは、抗体技術意外の供給源から
も得られる。例えば、このようなポリペプチド結合剤は、溶液中で、固定化形態
でまたはファージディスプレイライブラリーとして容易に調製することができる
縮重ペプチドライブラリーにより提供することができる。１つ又はそれ以上のア
ミノ酸を含有するペプチドの組合せライブラリーも合成することができる。ペプ
トイドおよび非ペプチド合成部分のライブラリーがさらに合成することができる
。
【０１６５】 ファージディスプレイは、本発明により有用な結合ペプチドを同定するのに特
に有効であり得る。要するに、慣用的手法を用いて、４〜約８０個のアミノ酸残
基の挿入物を表示するファージライブラリー（例えば、ｍ１３、ｆｄまたはλフ
ァージを用いる）を調製する。挿入物は、例えば完全縮重またはバイアス化アレ
イを表し得る。
【０１６６】 次に、癌関連抗原ポリペプチドと結合するファージ保有挿入物を選択し得る。
この工程は、癌関連抗原ポリペプチドと結合するファージの、数サイクルの再選
択により反復することができる。反復回数は、ファージ保有特定配列の豊富化を
もたらす。ＤＮＡ配列分析を実行して、発現されたポリペプチドの配列を同定し
得る。癌関連抗原ポリペプチドと結合する配列の最小線状部分が決定することが
できる。最小線状部分の一部または全部を含有する挿入物＋それらの上流または
下流の１つ又はそれ以上の付加的縮重残基を含有するバイアス化ライブラリーを
用いて、当該手法を反復し得る。
【０１６７】 癌関連抗原ポリペプチドと結合するポリペプチドを同定するために、酵母２ハ
イブリッドスクリーニング法も用いることできる。したがって、本発明の癌関連
抗原ポリペプチドまたはそれらの断片を用いて、ファージディスプレイライブラ
リーを含めたペプチドライブラリーをスクリーニングして、本発明の癌関連抗原
ポリペプチドのペプチド結合相手を同定し、選定し得る。このような分子は、上
記のように、スクリーニングアッセイに、精製プロトコルに、癌関連抗原の機能
の直接的妨害に、ならびに当業者には明らであろうその他の目的に用いることで
きる。
【０１６８】 本明細書中に詳述されているように、上記の抗体およびその他の結合分子は、
例えばタンパク質を発現する組織を同定し、またはタンパク質を精製するために
用いることできる。抗体はさらに標準カップリング手法により、癌関連抗原を発
現する細胞および組織の画像化のための特異的診断用標識剤と、あるいは治療的
に有用な剤と結合することができる。診断剤としては、硫酸バリウム、ヨーセタ
ム酸、ヨーパン酸、イポデートカルシウム、ジアトリゾアートナトリウム、ジア
トリゾアートメグルミン、メトリザマイド、チロパノエートナトリウムおよび放
射線診断剤、例えば陽電子放出体、例えばフッ素−１８および炭素−１１、γ放
出体、例えばヨウ素−１２３、テクネチウム−９９ｍ、ヨウ素−１３１およびイ
ンジウム−１１１、ならびに核磁気共鳴のための核種、例えばフッ素およびガド
リニウムが挙げられるが、これらに限定されない。本発明で有用なその他の診断
剤は、当業者には明らかであろう。
【０１６９】 本明細書中で用いる場合、「治療的に有用な剤」は、望ましくは、本明細書中
に開示された癌抗原のうちの１つを発現する細胞に対して選択的に標識される任
意の治療用分子を含み、それらの例としては、抗腫瘍剤、放射性ヨウ素化化合物
、毒素、その他の細胞増殖抑制剤または細胞溶解剤等が挙げられる。抗腫瘍性治
療薬は周知であり、その例としては以下のものが挙げられる：アミノグルテチミ
ド、アザチオプリン、硫酸ブレオマイシン、ブスルファン、カルムスチン、クロ
ラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、シクロスポリン、シタラビジ
ン、ダカルバジン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、タキ
ソール、エトポシド、フルオロウラシル、インターフェロン−ａ、ロムスチン、
メルカプトプリン、メトトレキセート、ミトタン、プロカルバジン ＨＣ１、チ
オグアニン、硫酸ビンブラスチンおよび硫酸ビンクリスチン。さらに別の抗腫瘍
剤としては、Chapter 52, Antineoplastic Agents（Paul Calabresi and Bruce
A. Chabner）, and the introduction thereto, 1202-1263, of Goodman and Gi
lman’s “The Pharmacological Basis of Therapeutics,” Eighth Edition, 1
990, McGraw-Hill, Inc. （Health Professions Division）に開示されているも
のが挙げられる。毒素は例えばアメリカヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質のよう
なタンパク質、コレラ消毒、百日咳毒素、リジン、ゲロニン(gelonin)、アブリ
ン、ジフテリア体外毒素、またはジュードモナス体外毒素でアあり得る。毒素部
分は、コバルト60のような高エネルギー放出放射性核種でもあり得る。
【０１７０】 ＊上記の方法および組成物において、本発明により調製される抗体は、好まし
くは、本明細書中に記載した癌関連抗原／ＭＨＣ複合体に特異的でもある。
【０１７１】 「障害」という用語が本明細書中で用いられる場合、それは、癌関連抗原が発
現される任意の病理学的症状を指す。このような障害の一例が癌であり、特定の
例としては乳癌、胃癌および前立腺癌が挙げられる。
【０１７２】 本明細書中に記載した種々の方法に用いるための組織および／または細胞の試
料は、パンチ生検および細胞掻き取りを含めた組織生検、ならびに吸引またはそ
の他の方法による血液またはその他の体液の収集のような標準的方法により採取
することができる。
【０１７３】 本発明のある種の実施形態では、免疫反応性細胞試料が対象から取り出される
。「免疫反応性細胞」とは、適切な刺激時に、免疫細胞（例えば、Ｂ細胞、ヘル
パーＴ細胞または細胞溶解性Ｔ細胞）中で成熟し得る細胞を意味する。したがっ
て、免疫反応性細胞としては、ＣＤ３４＋造血性幹細胞、未熟Ｔ細胞および未熟
Ｂ細胞が挙げられる。癌関連抗原を認識する細胞溶解性Ｔ細胞を産生するのが望
ましい場合、免疫反応性細胞は、細胞溶解性Ｔ細胞の産生、分化および／または
選択に好都合な条件下で癌関連抗原を発現する細胞と接触させられる。抗原への
曝露時のＴ細胞前駆体の細胞溶解性Ｔ細胞への分化は、免疫系のクローン選択と
同様である。
【０１７４】 本開示に基づいたいくつかの治療的アプローチは、対象の免疫系による応答が
前提であって、１つ又はそれ以上の癌関連抗原を呈示する乳癌、胃癌または前立
腺癌細胞のような抗原呈示細胞の溶解をもたらす。このようなアプローチの１つ
は、問題の表現型の異常細胞を有する対象への癌関連抗原／ＭＨＣ複合体に特異
的な自系ＣＴＬの投与である。in vitroでのこのようなＣＴＬを開発することは
、当業者の能力の範囲内である。Ｔ細胞分化のための方法の一例は、国際出願Ｐ
ＣＴ／ＵＳ９６／０５６０７に示されている。一般に血液細胞のような対象から
採取される細胞の試料は、複合体を呈示する細胞であって、増殖するようＣＴＬ
を惹起することが可能な細胞と接触させられる。
【０１７５】 標的細胞は、ＣＯＳ細胞のようなトランスフェクト体であり得る。これらのト
ランスフェクト体はそれらの表面に所望の複合体を呈示し、当該ＣＴＬと組合さ
れると、その増殖を刺激する。ＣＯＳ細胞は、他の適切な宿主細胞と同様に、広
範に利用可能である。ＣＴＬクローンの特異的産生は、当業界で周知である。ク
ローン拡張性自系ＣＴＬは次に対象に投与される。
【０１７６】 ＣＴＬ増殖は、Ｔ細胞培養中のトリプトファンのレベルを増大することにより
、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）のようなトリプトファ
ンを異化する酵素を抑制することにより、もしくはＴ細胞培養中にトリプトファ
ンを添加することにより増大することができる。Ｔ細胞の増殖は、増殖の速度を
増大することにより、および／または培養中のＴ細胞の分裂回数を延長すること
により強化される。さらに、Ｔ細胞培養中のトリプトファンの増大により、培養
中で増殖するＴ細胞の溶解活性も強化される。
【０１７７】 抗原特異的ＣＴＬクローンを選択するための別の方法が近年記載されており（
Altman et al., Science 274:94-96, 1996; Dunbar et al., Curr. Biol. 8:413
-416, 1998）、この場合、特異的ＣＴＬクローンを検出するために、ＭＨＣクラ
スＩ分子／ペプチド複合体の蛍光原性四量体が用いられる。要するに、２−ミク
ログロブリン、およびクラスＩ分子を結合するペプチド抗原の存在下で、可溶性
ＭＨＣクラスＩ分子がin vitroで折り畳まれる。精製後、ＭＨＣ／ペプチド複合
体が精製され、ビオチンで標識される。ビオチニル化ペプチド−ＭＨＣ複合体を
標識化アビジン（例えば、フィコエリトリン）と４：１のモル比で混合すること
により四量体を形成する。四量体は次に、末梢血またはリンパ節のようなＣＴＬ
の供給源と接触させられる。四量体は、ペプチド抗原／ＭＨＣクラスＩ複合体を
認識するＣＴＬを結合する。四量体により結合された細胞は、蛍光活性化細胞分
類により分類されて、反応性ＣＴＬを単離し得る。単離されたＣＴＬは次に、本
明細書中に記載したような使用のためにin vitroで拡張することができる。
【０１７８】 養子移入（Greenberg, J. Immunol. 136（5）:1917, 1986; Riddel et al., S
cience 257:238, 1992; Lynch et al., Eur. J. Immunol. 21:1403-1410, 1991;
Kast et al., Cell 59:603-614, 1989）と呼ばれる治療方法論を詳述するため
に、所望の複合体を呈示する細胞（例えば樹状細胞）はＣＴＬと組合されて、そ
れに特異的なＣＴＬの増殖をもたらす。増殖したＣＴＬは次に、特定の複合体を
呈示するある種の異常細胞により特徴づけられる細胞異常を有する対象に投与さ
れる。ＣＴＬは次に、異常細胞を溶解し、それにより所望の治療目的を達成する
。
【０１７９】 上記の治療は、対象の異常細胞の少なくともいくつかが関連ＨＬＡ／癌関連抗
原複合体を呈示することを想定する。これは、特定のＨＬＡ分子を呈示する細胞
を同定するための方法、ならびに関連する配列、この場合は癌関連抗原配列のＤ
ＮＡを発現する細胞の同定方法に当業界が精通しているので、非常に容易に決定
することができる。関連複合体を呈示する細胞が上記のスクリーニング方法論に
より同定されれば、細胞は患者からの試料と組合することができるが、この場合
、試料はＣＴＬを含有する。複合体呈示細胞が、混合されたＣＴＬ試料により溶
解される場合には、癌関連抗原が呈示されていること、および対象が上記の治療
的アプローチのセットのための適切な候補者であることが想定することができる
。
【０１８０】 養子移入は、本発明により利用可能な治療の唯一の形態であるというわけでは
ない。ＣＴＬは、多数のアプローチを用いて、in vivoでも惹起することができ
る。一アプローチは、複合体を発現する非増殖性細胞の使用である。本アプロー
チに用いられる細胞は、複合体を正常に発現する細胞、例えば照射腫瘍細胞、あ
るいは複合体の呈示に必要な遺伝子の一方または両方でトランスフェクトされた
細胞（即ち、抗原性ペプチドおよび呈示ＨＬＡ分子）であり得る。Chen等（Proc
. Natl. Acad. Sci. USA 88:110-114, 1991）はこのアプローチを例証して、治
療レジメンにおけるＨＰＶ−Ｅ７ペプチドを発現するトランスフェクトした細胞
の使用を示している。種々の細胞型が用いることできる。
【０１８１】 同様に、当該遺伝子の一方または両方を保有するベクターが用いることできる
。ウイルスまたは細菌ベクターが特に好ましい。例えば、癌関連抗原ポリペプチ
ドまたはペプチドをコードする核酸は、ある種の組織または細胞型における癌関
連抗原ポリペプチドまたはペプチドの発現を導くプロモーターおよびエンハンサ
ー配列と動作可能的に連結することができる。核酸は、発現ベクター中に組み入
れられ得る。
【０１８２】 発現ベクターは、本明細書中の他の箇所に記載されているように、癌関連抗原
をコードする核酸のような外因性核酸の挿入を可能にするよう構築されまたは修
飾されたウイルスゲノム、プラスミド、または非修飾化細胞外染色体核酸であり
得る。１つ又はそれ以上の癌関連抗原をコードする核酸は、レトロウイルスゲノ
ム中にも挿入され可能であり、それにより標的組織または細胞型のゲノムへの核
酸の組込みを促し得る。これらの系では、当該遺伝子は、微生物、例えばワクシ
ニアウイルス、ポックスウイルス、単純ヘルペスウイルス、レトロウイルスまた
はアデノウイルス、ならびに事実上、宿主細胞を「感染」させる物質により保有
される。結果として生じる細胞は、当該複合体を呈示し、自系ＣＴＬにより認識
され、その後、細胞が増殖する。
【０１８３】 同様の作用は、癌関連抗原またはその刺激断片をアジュバントと組合せてin v
ivoでの抗原呈示細胞中への組み入れを促すことにより達成することができる。
癌関連抗原ポリペプチドは、ＨＬＡ分子のペプチド相手を産生するようプロセッ
シングされるが、一方、癌関連抗原ペプチドはさらなるプロセッシングを必要と
せずに呈示することができる。一般に、対象は、有効量の癌関連抗原の皮内注射
を受けることができる。当業界での免疫処置プロトコル標準にしたがって、初期
用量と、その後の追加免疫用量が投与することができる。好ましい癌関連抗原と
しては、以下の実施例に示された同種癌抗血清と反応することが判明しているも
のが挙げられる。
【０１８４】 本発明は、対象を「免疫処置する」ための、または「ワクチン」としての、本
明細書中に開示された種々の物質の使用を含む。本明細書中で用いる場合、「免
疫処置」または「予防接種」とは、抗原に対する免疫応答を増大または活性化す
ることを意味する。それは症状の排除または根絶を必要とせず、むしろ抗原に対
する免疫応答の臨床的に好都合な強化を意図する。一般的に許容される動物モデ
ルは、癌関連抗原核酸を用いた癌に対する免疫処置の試験のために用いることで
きる。例えばヒト癌細胞は、マウスに導入されて、腫瘍を作り出し、１つ又はそ
れ以上の癌関連抗原核酸が本発明書に記載された方法により送達することができ
る。癌細胞に及ぼす作用（例えば腫瘍サイズの低減）は、癌関連抗原核酸免疫処
置の有効性の測定値として査定することができる。もちろん、免疫処置のための
より慣用的な方法を用いた上記の動物モデルの試験には、免疫応答を高めるため
の、１つ又はそれ以上の癌関連抗原ポリペプチドまたはそれらに由来するペプチ
ドの、任意に１つ又はそれ以上のアジュバントおよび／またはサイトカインと組
合せた投与が含まれ得る。ワクチン組成物の処方ならびに用量、投与経路および
投与計画（例えば、初回および１回またはそれ以上の追加免疫投与）の選択を含
めた免疫処置のための方法は、当業界で周知である。試験はヒトでも実施するこ
とができるが、この場合、終点は抗原を保有する細胞に対する増大レベルの循環
ＣＴＬの存在に関して試験すること、抗原に対する循環抗体のレベルに関して試
験すること、抗原を発現する細胞の存在に関して試験すること等である。
【０１８５】 免疫処置組成物の一部として、１つ又はそれ以上の癌関連抗原またはその刺激
断片が、１つ又はそれ以上のアジュバントとともに投与されて、免疫応答を誘導
するか、または免疫応答を高める。アジュバントは、抗原に組み入れられるかま
たは抗原とともに投与され、これが免疫応答を増強する。アジュバントは、抗原
の貯蔵所（細胞外またはマクロファージ内）を提供し、マクロファージを活性化
し、かつ特定組のリンパ球を刺激することにより、免疫学的応答を高める。
【０１８６】 多数の種類のアジュバントが、当業界で周知である。アジュバントの特定の例
としては、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ、SmithKline Beecham）、サルモネ
ラ属のSalmonella minnesota Re 595リポ多糖の精製および酸加水分解後に得ら
れる同属体；サポニン、例えばＱＳ２１（SmithKline Beecham）、Quillja sapo
naria抽出物から精製される純ＱＡ−２１サポニン；ＰＣＴ出願ＷＯ９６／３３
７３９（SmithKline Beechm）に記載されたＤＱＳ２１；ＱＳ−７、ＱＳ−１７
、ＱＳ−１８およびＱＳ−Ｌ１（So et al., Mol. tells 7:178-186, 1997）；
フロイントの不完全アジュバント；フロイントの完全アジュバント；モンタニド
；ミョウバン；ＣｐＧオリゴヌクレオチド（例えば、Kreig et al., Nature 374
:546-9, 1995を参照）；ならびにスクアレンおよび／またはトコフェロールのよ
うな生分解性油から調製される種々の油中水エマルションが挙げられる。好まし
くは、ペプチドは、ＤＱＳ２１／ＭＰＬの組合せと混合して投与される。ＤＱＳ
２１対ＭＰＬの比は、典型的には約１：１０〜１０：１、好ましくは約１：５〜
５：１、さらに好ましくは約１：１である。典型的には、ヒト投与に関しては、
ＤＱＳ２１およびＭＰＬは、約１ｕｇ〜約１００ｐｇの範囲でワクチン処方物中
に存在する。その他のアジュバントが当業界で既知であり、本発明に用いること
できる（例えば、Goding, Monoclonal Antibodies:Principles and Practice, 2 nd Ed., 1986を参照）。
【０１８７】 ペプチドおよびアジュバントの混合物またはエマルションの製造方法は、予防
接種の当業者には周知である。
【０１８８】 対象の免疫応答を刺激するその他の剤も、対象に投与することができる。例え
ばその他のサイトカインも、それらのリンパ球調節特性の結果として、予防接種
プロトコルに有用である。このような目的のために有用な多数のその他のサイト
カインは当業者に既知であり、その例としては、ワクチンの防御作用を強化する
ことが示されている（例えば、Science 268:1432-1434, 1995を参照）インター
ロイキン−１２（ＩＬ−１２）、ＧＭ−ＣＳＦおよびＩＬ−１８が挙げられる。
したがって、サイトカインは抗原およびアジュバントと一緒に投与されて、抗原
に対する免疫応答を増大し得る。
【０１８９】 予防接種プロトコルに用いることできる多数の免疫応答助長化合物が存在する
。これらは、タンパク質または核酸形態で提供される共刺激分子を含む。このよ
うな共刺激分子としては、樹状細胞（ＤＣ）で発現される分子であって、Ｔ細胞
で発現されるＣＤ２８分子と相互作用するＢ７−１およびＢ７−２（それぞれＣ
Ｄ８０およびＣＤ８６）分子が挙げられる。この相互作用は、抗原／ＭＨＣ／Ｔ
ＣＲ刺激（シグナル１）Ｔ細胞に共刺激（シグナル２）を提供して、Ｔ細胞増殖
およびエフェクター機能を増大する。Ｂ７はＴ細胞でＣＴＬＡ４（ＣＤ１５２）
とも相互作用し、ＣＴＬＡ４およびＢ７リガンドを含む試験は、Ｂ７−ＣＴＬＡ
４相互作用が抗腫瘍免疫性およびＣＴＬ増殖を強化し得るということを示す（Zh
eng P., et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95（11）:6284-6289（1998））。
【０１９０】 Ｂ７は、典型的には腫瘍細胞で発現されず、そこでそれらはＴ細胞に関する効
率的抗原呈示細胞（ＡＰＣ）ではない。Ｂ７発現の導入は、ＣＴＬ増殖およびエ
フェクター機能を、より効率的に腫瘍細胞が刺激するのを可能にする。Ｂ７／Ｉ
Ｌ−６／ＩＬ−１２共刺激の組合せは、Ｔ細胞母集団中にＩＦＮ−γおよびＴｈ
１サイトカインプロフィールを誘導して、Ｔ細胞活性のさらなる強化をもたらす
ことが示されている（Gajewski et al., J. Immunol. 154:5637-5648（1995））
。Ｂ７による腫瘍細胞トランスフェクションは、Wang等（J. Immunol., 19:1-8
（1986））による養子移入免疫治療に関するin vitroＣＴＬ拡張に関連して考察
されている。
【０１９１】 Ｂ７分子のためのその他の送達メカニズムは、核酸（裸ＤＮＡ）免疫処置（Ki
m J., et al. Nat Biotechnol., 15:7:641-646（1997））および組換えウイルス
、例えばアデノおよびポックス（Wendtner et al., Gene Ther., 4:7:726-735（
1997））を含む。これらの系は、他の分子、例えば特に、本明細書中で考察され
た抗原または抗原の断片（単数または複数）（ポリトープを含む）またはサイト
カインとのＢ７の同時発現のための発現カセットの構築および使用をすべて施し
易い。これらの送達系は、in vitroでの適切な分子の導入のために、ならびにin
vivo予防接種の場合のために用いることできる。Ｔ細胞をin vitroおよびin vi
voで直接刺激するための抗ＣＤ２８抗体の使用も考慮することができる。
【０１９２】 同様に、外来抗原に対するＴ細胞応答を誘導する誘導可能共刺激分子ＩＣＯＳ
は、例えば抗ＩＣＯＳ抗体の使用により調整することができる（Hutloff et al.
, Nature 397: 263-266, 1999）。
【０１９３】 リンパ球機能関連抗原−３（ＬＦＡ−３）はＡＰＣおよびいくつかの腫瘍細胞
で発現され、Ｔ細胞で発現されるＣＤ２と相互作用する。この相互作用は、Ｔ細
胞ＩＬ−２およびＩＦＮ−γ産生を誘導し、したがってＢ７／ＣＤ２８共刺激相
互作用を補足し得るが、置換しない（Parra et al., J. Immunol., 158: 637-64
2（1997）, Fenton et al., J. Immunother., 21: 2: 95-108（1998））。
【０１９４】 リンパ球機能関連抗原−１（ＬＦＡ−１）は白血球で発現され、ＡＰＣおよび
いくつかの腫瘍細胞で発現されるＩＣＡＭ−１と相互作用する。この相互作用は
、Ｔ細胞ＩＬ−２およびＩＦＮ−γ産生を誘導し、したがってＢ７／ＣＤ２８共
刺激相互作用を補足し得るが、置換しない（Fenton et al., J. Immunother., 2
1: 2: 95-108（1998））。したがってＬＦＡ−１は、上記でＢ７に関して考察し
た種々の方法における予防接種プロトコルにおいて提供することができる共刺激
分子のさらなる一例である。
【０１９５】 完全ＣＴＬ活性化およびエフェクター機能は、Ｔｈ細胞ＣＤ４０Ｌ（ＣＤ４０
リガンド）分子およびＤＣにより発現されるＣＤ４０分子間の相互作用によるＴ
ｈ細胞ヘルプを要する（Ridge et al., Nature, 393: 474（1998）、Bennett et
al., Nature, 393: 478（1998）、Schoenberger et al., Nature, 393: 480（1
998））。この共刺激シグナルのこのメカニズムは、ＤＣ（ＡＰＣ）によるＢ７
および関連ＩＬ−６／ＩＬ−１２産生の上向き調節を含むと思われる。したがっ
てＣＤ４０−ＣＤ４０Ｌ相互作用は、シグナル１（抗原／ＭＨＣ−ＴＣＲ）およ
びシグナル２（Ｂ７−ＣＤ２８）相互作用を補足する。
【０１９６】 ＤＣ細胞を直接刺激するための抗−ＣＤ４０抗体の使用は、正常では炎症情況
の外側で遭遇するかまたは非専門的ＡＰＣ（腫瘍細胞）により呈示される腫瘍抗
原に対する応答を強化すると予測される。これらの状況では、Ｔｈヘルプおよび
Ｂ７共刺激シグナルは提供されない。このメカニズムは、抗原パルスＤＣベース
の治療の状況において、またはＴｈエピトープが既知の癌抗原前駆体内に限定さ
れていない状況において用いることできる。
【０１９７】 癌関連抗原ポリペプチドまたはその断片は、それらのネイティブ結合相手を単
離するためにも用いることできる。このような結合相手の単離は、周知の方法に
より実施することができる。例えば単離された癌関連抗原ポリペプチドは、支持
体（例えば、クロマトグラフィー媒質、例えばポリスチレンビーズまたはフィル
ター）に結合され、次に結合相手を含有する疑いのある溶液が支持体に適用する
ことができる。癌関連抗原ポリペプチドと相互作用し得る結合相手が溶液中に存
在する場合には、それは支持体結合癌関連抗原ポリペプチドと結合する。次に結
合相手が単離することができる。
【０１９８】 本発明は、発現ベクター中での、ならびに、原核生物（例えば大腸菌）または
真核生物（例えば樹状細胞、Ｂ細胞、ＣＨＯ細胞、ＣＯＳ細胞、酵母発現系、お
よび昆虫細胞における組換えバキュウロウイルス発現）であるならば宿主細胞お
よび細胞系をトランスフェクトするための、癌関連抗原ｃＤＮＡ配列の使用を含
む、ということも認識されるであろう。
【０１９９】 特に有用なのは、哺乳類細胞、例えばヒト、マウス、ハムスター、ブタ、ヤギ
、霊長類等である。
【０２００】 それらは、広範囲の組織型のものである場合があり、霊長類細胞および細胞系
を含む。
【０２０１】 特定の例としては、ケラチノサイト、末梢血白血球、骨髄幹細胞および胚幹細
胞が挙げられる。発現ベクターは、関連配列即ち上記の核酸がプロモーターと作
動可能に結合されることを必要とする。
【０２０２】 本発明は、予防接種のための核酸、ポリペプチドまたはペプチドの送達も意図
する。ポリペプチドおよびペプチドの送達は、当業界で周知の標準予防接種プロ
トコルにより成し遂げられ得る。別の実施形態では、核酸の送達は、ex vivo方
法により、即ち対象から細胞を取り出し、細胞を遺伝子工学処理して癌関連抗原
を含入し、工学処理細胞を対象に再導入することにより、成し遂げられる。この
ような手法の一例は、米国特許第５，３９９，３４６号に、ならびにその特許の
包袋に提出された書類中に略記されている（これらはすべて、公的に利用可能な
文書である）。概して、それは、対象の細胞（単数または複数）への遺伝子の機
能性コピーのin vitroでの導入、ならびに対象への遺伝子工学処理細胞（単数ま
たは複数）の返還を含む。遺伝子の機能性コピーは、遺伝子工学処理細胞（単数
または複数）中の遺伝子の発現を可能にする調節素子の操作可能な制御下にある
。多数のトランスフェクションおよび形質導入技法、ならびに適切な発現ベクタ
ーは、当業者には周知であり、それらのいくつかは、ＰＣＴ出願ＷＯ９５／００
６５４に記載されている。ウイルスおよび標的化リポソームのようなベクターを
用いたin vivo核酸送達も、本発明により意図される。
【０２０３】 好ましい実施形態では、癌関連抗原をコードする核酸を送達するためのウイル
スベクターは、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ポックスウイルス、例え
ばワクシニアウイルスおよび弱毒化ポックスウイルス、セムリキ森林熱ウイルス
、ベネズエラウマ脳脊髄炎ウイルス、レトロウイルス、シンドビスウイルスおよ
びＴｙウイルス様粒子からなる群から選択される。外因性核酸を送達するために
用いられてきたウイルスおよびウイルス様粒子の例としては、複製欠陥アデノウ
イルス（例えば、Xiang et al., Virology 219: 220-227, 1996; Eloit et al.,
J. Virol. 7: 5375-5381, 1997; Chengalvala et al., Vaccine 15: 335-339,
1997）、修飾レトロウイルス（Townsend et al., J. Virol. 71: 3365-3374, 19
97）、非複製レトロウイルス（Irwin et al., J. Virol. 68: 5036-5044, 1994
）、複製欠陥セムリキ森林熱ウイルス（Zhao et al., Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 92: 3009-3013, 1995）、カナリア痘ウイルスおよび高弱毒化ワクシニアウ
イルス誘導体（Paoletti, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 11349-11353, 1996
）、非複製ワクシニアウイルス（Moss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 11341
-11348, 1996）、複製ワクシニアウイルス（Moss, Dev. Biol. Stand. 82:55-63
, 1994）、ベネズエラウマ脳脊髄炎ウイルス（Davis et al., J. Virol. 70: 37
81-3787, 1996）、シンドビスウイルス（Pugachev et al., Virology 212: 587-
594, 1995）およびＴｙウイルス様粒子（Allsopp et al., Eur. J. Immunol 26:
1951-1959, 1996）が挙げられる。好ましい実施形態では、ウイルスベクターは
アデノウイルスである。
【０２０４】 ある種の用途のための別の好ましいウイルスは、アデノ随伴ウイルス、二本鎖
ＤＮＡウイルスである。アデノ随伴ウイルスは、広範囲の細胞型および細胞種お
よび主を感染させ得るし、複製欠損性になるよう工学処理することができる。そ
れはさらに、熱および脂質溶媒安定性、造血細胞を含めた多様な系統の細胞にお
ける高形質導入頻度、ならびに重複感染抑制の欠如といった利点を有するため多
数組みの形質導入を可能にする。アデノ随伴ウイルスは、部位特異的様式でヒト
細胞ＤＮＡ中に組み込まれ、それにより挿入性突然変異誘発の可能性および挿入
遺伝子発現の変動性を最小限にし得る。さらに、野生型アデノ随伴ウイルス感染
は、選定圧の非存在下で１００より多い継代の間組織培養で継がれるが、これは
、アデノ随伴ウイルスゲノム組込みが相対的に安定した事象であることを意味す
る。アデノ随伴ウイルスは、染色体外様式でも機能し得る。
【０２０５】 概して、その他の好ましいウイルスベクターは、非必須遺伝子が当該遺伝子に
置き換えられた非細胞障害性真核生物ウイルスを基礎にしている。非細胞障害性
ウイルスとしては、その生活環が、ＤＮＡへのゲノムウイルスＲＮＡの逆転写と
その後の宿主細胞ＤＮＡへのプロウイルス組込みを含むレトロウイルスが挙げら
れる。
【０２０６】 アデノウイルスおよびレトロウイルスは、ヒト遺伝子治療試験に関して承認さ
れている。概して、レトロウイルスは、複製欠損性である（即ち、所望のタンパ
ク質の合成を指示し得るが、感染性粒子を製造できない）。このような遺伝的に
改変されたレトロウイルス発現ベクターは、in vivoでの遺伝子の高効率性形質
導入のための一般的実用性を有する。複製欠損性レトロウイルスを産生するため
の標準プロトコル（プラスミドへの外因性遺伝物質の組み入れの工程、プラスミ
ドによるパッケージング細胞系のトランスフェクションの工程、パッケージング
細胞系による組換えレトロウイルスの産生の工程、組織培地からのウイルス粒子
の収集の工程、ならびにウイルス粒子による標的細胞の感染の工程を含む）は、
Kriegler, M., “Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual,” W.H
. Freeman Co., New York（1990）およびMurry, E.J. Ed.”Methods in Molecul
ar Biology,” vol. 7, Humana Press, Inc., Clifton, New Jersey（1991）に
呈示されている。
【０２０７】 好ましくは、上記の核酸送達ベクターは、（１）哺乳類細胞中へ転写され、翻
訳することができる、そして宿主中での免疫応答を誘導し得る外因性遺伝物質を
含有し、ならびに（２）標的細胞、例えば哺乳類細胞の表面の受容体と選択的に
結合し、それにより標的細胞への進入を獲得する配位子を表面に含有する。
【０２０８】 核酸が宿主中にin vitroで導入されるかまたはin vivoで導入されるかによっ
て、細胞中に本発明の核酸を導入するための種々の技法が用いることできる。
【０２０９】 このような技法としては、核酸−ＣａＰＯ４沈殿物のトランスフェクション、
ＤＥＡＥに関連した核酸のトランスフェクション、当該核酸を含めた上記のウイ
ルスによるトランスフェクトまたは感染、リポソーム媒介性トランスフェクショ
ン等が挙げられる。ある種の用途のためには、特定の細胞に対して核酸を標的化
するのが好ましい。このような場合、細胞中に本発明の核酸を送達するために用
いられるビヒクル（例えば、レトロウイルスまたはその他のウイルス；リポソー
ム）は、それに結合されたターゲッティング分子を有し得る。例えば、標的細胞
上の表面膜タンパク質に特異的な抗体のような分子、または標的細胞上の受容体
に対するリガンドは、核酸送達ビヒクルに結合されるか、またはその中に組み入
れられ得る。好ましい抗体としては、癌関連抗原を、単独でまたはＭＨＣ分子と
の複合体として、選択的に結合する抗体が挙げられる。特に好ましいのは、モノ
クローナル抗体である。本発明の核酸を送達するためにリポソームが用いられる
場合、エンドサイトーシスに関連した表面膜タンパク質と結合するタンパク質は
、ターゲッティングのためにおよび／または取込みを促すために、リポソーム処
方物中に組み入れられ得る。
【０２１０】 このようなタンパク質としては、特定の細胞型に向性であるキャプシドタンパ
ク質またはその断片、周期中にインターナリゼーションを受けるタンパク質に対
する抗体、細胞内局在化を標的とし、細胞内半減期を強化するタンパク質等が挙
げられる。当業者に既知であるように、高分子送達系も、細胞中に核酸を送達す
るために首尾よく用いられている。このような系は、核酸の経口送達さえ可能に
する。
【０２１１】 本発明の治療薬は、注射を含めた任意の慣用的経路により、または長時間に亘
る漸進的注入により投与することができる。投与は、例えば経口的、静脈内、腹
腔内、筋内、腔内、皮下または経皮的であり得る。
【０２１２】 癌関連抗原ペプチドが予防注射に用いられる場合、抗原に対する免疫応答が増
大されるように、癌関連抗原およびアジュバントを有効に送達する投与方式が用
いることできる。アジュバント中の癌関連抗原ペプチドの投与に関しては、好ま
しい方法としては、皮内、静脈内、筋内および皮下投与が挙げられる。これらは
好ましい実施形態であるが、本発明は、本明細書中に開示された特定の投与方式
に限定されない。
【０２１３】 当業界の標準的参考文献（例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences,
18th edition, 1990）は、投与方式およびアジュバントを含有するかまたは非ア
ジュバント担体中の免疫原の送達のための処方物を提供する。抗体が治療的に用
いられる場合、好ましい投与経路は、肺エーロゾルによる。抗体を含有するエー
ロゾル送達系を調製するための技法は、当業者には周知である。一般に、このよ
うな系は、抗体の生物学的特性、例えばパラトープ結合能力を有意に損傷しない
構成成分を利用すべきである（例えば、Sciarra and Cutie, “Aerosols,” in
Remington’s Pharmaceutical Sciences, 18th edition, 1990, pp 1694-1712参
照、この記載内容は参照により本明細書中に援用される）。当業者は、過度の実
験に頼ることなく、抗体エーロゾルを生成するための種々のパラメーターおよび
条件を容易に決定し得る。本発明のアンチセンス調製物を用いる場合には、緩徐
静脈内投与が好ましい。
【０２１４】 本発明の組成物は、有効量で投与される。「有効量」とは、単独でまたはさら
なる用量とともに、所望の応答を生じる、例えば癌関連抗原に対する免疫応答を
増大する癌関連抗原組成物の量である。１つ又はそれ以上の癌関連抗原の発現に
より特徴づけられる特定の疾患または症状、例えば乳癌、胃癌または前立腺癌を
治療する場合には、望ましい応答は、疾患の進行の抑制である。これは、疾患の
進行を一時的に遅くすることのみを包含し得るが、さらに好ましくは、永続的に
疾患の進行を停止させることを含む。これは、ルーチン法により監視することが
できるし、あるいは本明細書中で考察された本発明の診断方法により監視するこ
とができる。疾患または症状の治療に対する望ましい応答は、疾患または症状の
発症を遅らせることでもあり、あるいは防止することでさえある。
【０２１５】 このような量は、もちろん、治療中の特定の症状、症状の重篤度、年齢、体調
、サイズおよび体重を含めた個々の患者パラメーター、治療の継続期間、併用治
療の性質（もしあれば）、特定の投与経路、ならびに健康従事者の知識および専
門的技術の範囲内の同様の剤によっている。これらの剤は、当業者には周知であ
って、ルーチンに過ぎない実験を用いて扱われ得る。個々の構成成分またはその
組合せの最大用量が用いられるのが、即ち健全な医学的判断による最大安全用量
が用いられるのが一般に好ましい。しかしながら、患者は、医学的理由、心理学
的理由、または事実上あらゆるその他の理由のために低用量または耐容可能用量
を主張し得るということが当業者には理解されよう。
【０２１６】 上記の方法に用いられる製剤組成物は、好ましくは滅菌性であり、患者への投
与に適した重量または容量の単位での所望の応答を生じるための有効量の癌関連
抗原または癌関連抗原をコードする核酸を含有する。応答は、例えば遺伝子発現
のような下流作用を測定することによって、または腫瘍の後退または疾患症状の
低減といった癌関連抗原組成物の生理学的作用を測定することによって、レポー
ター系を介して癌関連抗原組成物の投与後の免疫応答を決定することにより測定
することができる。その他のアッセイは当業者に既知であり、応答のレベルを測
定するために用いることできる。
【０２１７】 対象に投与される癌関連抗原組成物（例えば、ポリペプチド、ペプチド、抗体
、細胞または核酸）の用量は、異なるパラメーターにしたがって、特に用いられ
る投与方式および対象の状態にしたがって選定することができる。その他の剤と
しては、所望の治療期間が挙げられる。対象における応答が適用された初期用量
で不十分である場合には、患者の耐容性が許す程度まで、より高用量（または異
なるより局在化された送達経路による有効高用量）が用いることできる。
【０２１８】 概して、免疫応答を引き出すかまたは増大するための治療に関しては、癌関連
抗原の用量が処方され、当業界の任意の標準手法により、１ｎｇ〜１ｍｇの、好
ましくは１０ｎｇ〜１００ｚｇの用量で投与される。
【０２１９】 癌関連抗原またはその変異体をコードする核酸が用いられる場合、標準手法に
したがって１ｎｇ〜０．１ｍｇの用量が一般に処方され、投与されるであろう。
癌関連抗原組成物の投与のためのその他のプロトコルは当業者には既知であり、
その場合、投与量、注射計画、注射部位、投与方式（例えば、腫瘍内）等は、上
記とは変わる。例えば試験目的または獣医学的治療目的のためのヒト以外の哺乳
類への癌関連抗原組成物の投与は、上記と実質的に同一条件下で実行される。
【０２２０】 投与される場合、本発明の製剤組成物は、薬学的に許容し得る量で、ならびに
薬学的に許容し得る調製物で適用される。「薬学的に許容し得る」という用語は
、活性成分の生物学的活性の有効性を妨げない非毒性物質を意味する。このよう
な調製物は、塩、緩衝剤、防腐剤、相溶性担体および任意にその他の治療薬をル
ーチン的に含有し得る。薬剤中に用いられる場合、塩は製薬上許容可能であるべ
きであるが、非製薬上許容可能塩は、その薬学的に許容し得る塩を調製するため
に便利に用いることできるし、本発明の範囲から除外されない。このような薬理
学的および製薬的に許容可能な塩としては、以下の酸：塩酸、臭化水素酸、硫酸
、硝酸、リン酸、マレイン酸、酢酸、サリチル酸、クエン酸、蟻酸、マロン酸、
コハク酸等から調製されるものが挙げられるが、これらに限定されない。
【０２２１】 さらに、薬学的に許容し得る塩は、アルカリ金属またはアルカリ土類金属塩と
して、例えばナトリウム、カリウムまたはカルシウム塩として調製することがで
きる。
【０２２２】 癌関連抗原組成物は、所望により薬学的に許容し得る担体と組合せられ得る。
本明細書中で用いられる「薬学的に許容し得る担体」という用語は、ヒトへの投
与に適した１つ又はそれ以上の相溶性個体または液体充填剤、希釈剤または封入
物質を意味する。「担体」という用語は、活性成分がそれと組合されて適用を促
進する天然または合成の、有機または無機成分を意味する。製剤組成物の構成成
分は、所望の製薬効力を実質的に減損する相互作用が存在しないような方式で、
本発明の分子と、そして互いに混合することができる。
【０２２３】 製剤組成物は、適切な緩衝剤、例えば塩の酢酸、塩のクエン酸、塩のホウ酸お
よび塩のリン酸を含有し得る。
【０２２４】 製剤組成物は、任意に、適切な防腐剤、例えば塩化ベンザルコニウム、クロロ
ブタノール、パラベンおよびチメロサールも含有し得る。
【０２２５】 製剤組成物は、単位投与形態で呈示されるのが便利であり得るし、製薬業界で
周知の方法のいずれかにより調製することができる。すべての方法が、１つ又は
それ以上の補助成分を構成する担体と活性剤を会合させる工程を含む。概して、
組成物は、均一に且つ密接に活性化合物を液体担体、微粉固体担体または両方と
会合させることにより、そして次に、必要な場合には、生成物を造形することに
より調製される。
【０２２６】 経口投与に適した組成物は、各々が予定量の活性化合物を含有する、カプセル
、錠剤、ロゼンジのような離散単位として呈示することができる。その他の組成
物としては、水性液体または非水性液体中の懸濁液、例えばシロップ、エリキシ
ルまたはエマルションが挙げられる。
【０２２７】 非経口投与に適した組成物は、好ましくはレシピエントの血液と等張である、
癌関連抗原ポリペプチドまたは核酸の滅菌水性または非水性調製物を含むのが便
利である。この調製物は、適切な分散剤または湿潤剤および沈澱防止剤を用いて
既知の方法により処方することができる。滅菌注射可能調製物は、例えば１，３
−ブタンジオール中の溶液のような、非毒性非経口的許容可能な希釈剤または溶
媒中の滅菌注射可能溶液または懸濁液でもあり得る。用いることできる許容可能
なビヒクルおよび溶媒に、水、リンガー液および等張塩化ナトリウム溶液がある
。さらに、滅菌固定油は、溶媒または懸濁媒体として用いられるのが便利である
。この目的のために、合成モノ−またはジ−グリセリドを含めた任意の無刺激固
定油が用いることできる。さらに、脂肪酸、例えばオレイン酸は、注射可能薬物
の調製物中に用いることできる。経口、皮下、静脈内、筋内投与等に適した担体
処方物は、Remington’s Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Eas
ton, PAに見出すことができる。
【０２２８】 実施例 実施例１：乳癌、胃癌および前立腺癌細胞のＳＥＲＥＸスクリーニング 標準技法を用いて乳癌、胃癌および前立腺癌ｃＤＮＡライブラリーを確立し、
Sahin等（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:11810（1995））およびChen等（Proc
. Natl. Acad. Sci. USA 94:1914（1997））（これらの各記載内容は、参照によ
り本明細書中に援用される）により記載されたＳＥＲＥＸ法を用いて、ライブラ
リーをスクリーニングした。
【０２２９】 明確にするために、４Ｍのグアニジニウムチオシアネート／０．５％ナトリウ
ムＮ−ラウリルサルコシン／２５ｍＭのＥＤＴＡ中で腫瘍試料を均質化し、その
後、５．７ＭのＣｓＣｌ／２５ｍＭの酢酸ナトリウム／１０ｇＭのＥＤＴＡ中で
３２，０００ｒｐｍで遠心分離することにより、全ＲＮＡを単離した。オリゴ−
ｄＴセルロースカラムに試料を通して、全ｍＲＮＡを取り出した。次に、標準技
法を用いて５ｌｌｇのｍＲＮＡを取って、その物質を逆転写することにより、ｃ
ＤＮＡライブラリーを構築した。「ＭＴ」および「ＭＫ」と呼ばれる２名の異な
る乳癌患者から、乳癌ライブラリーを調製した。胃癌ライブラリーは、「ＹＳ」
と呼ばれる胃癌患者から調製した。
【０２３０】 ｃＤＮＡを用いて、λファージライブラリーを構築し、５００ファージをＸＬ
１−ＢｌｕｅＭＲＦ大腸菌上へ平板培養し、３７℃で８時間、インキュベートし
た。次に上記平板上にニトロセルロース膜をのせた後、一夜インキュベートした
。次に、０．０５％ツイーンを含有するトリス緩衝化生理食塩水（ＴＢＳ）で膜
を４回洗浄した後、５％脱脂粉乳を含有するＴＢＳ中に浸した。１時間後、ヒト
抗体のＦｃ部分に特異的なペルオキシダーゼ−ヤギ抗ヒトＩｇＧの複合体（１：
２０００、１％ＢＳＡを含有するＴＢＳ中に稀釈）とともに膜をインキュベート
した。インキュベーションを室温で１時間実行し、次に膜をＴＢＳで３回洗浄し
た。抗体を産生したクローンを、５０ｍＭのトリス（ｐＨ７．５）中の０．０６
％の３，３’ジアミノベンジジンテトラクロリドおよび０．０１５％のＨ２Ｏ２ で可視化した。免疫グロブリンを産生した任意のクローンに印をつけて、次に膜
を０．０５％ツイーンを含有するＴＢＳでさらに２回洗浄した後、「正味」ＴＢ
Ｓで２回洗浄した。
【０２３１】 次に１：１００稀釈患者血清中で、４℃で一夜、膜をインキュベートした。
【０２３２】 患者血清は、予備処理しておいた。特に、１％ウシ血清アルブミンおよび０．
０２％Ｎａ３Ｎを含有する１０ｍｌのＴＢＳで５ｍｌの試料を稀釈した。大腸菌
Ｙ１０９０の溶解産物を結合させておいたセファロースカラム５ｍｌに通し、そ
の後、大腸菌溶解産物およびλバクテリオファージに感染した大腸菌の溶解産物
を有する第２カラムに通すことにより、血清を処理して、バクテリオファージに
対する抗体を除去した。スクリーニングを５回実行した。次に試料を５０ｍｌに
稀釈して、本明細書中に記載したように用いるまで、−８０℃に保持した。
【０２３３】 膜を用いて一夜インキュベーションした後、ＴＢＳ／０．０５％ツイーン２０
で２回、次にＴＢＳで１回、膜を洗浄した。ペルオキシダーゼ標識抗体に関して
上記プロトコルを用いて、さらなるインキュベーションを実行した。
【０２３４】 次に標準技法を用いて、陽性クローンをシーケンシングをした。データバンク
で利用可能な情報との上記配列の比較後、クローンを既知および未知の遺伝子に
分割した。いくつかのクローンは、前に同定されたヒトタンパク質およびヌクレ
オチド配列に対応し、他のクローンはヒトにおいて以前に同定されていなかった
が、、他の種で見出された関連分子が存在した。さらに他のクローンは、関連配
列が見出されなかった分子を呈示する（ほとんどのクローンは、非関連配列の部
分に対応する非常に短い区分（例えば２５またはより少ないヌクレオチド）を含
有した）。本発明の癌関連抗原ヌクレオチド配列との相同性を有する配列を代表
するいくつかのＧｅｎＢａｎｋ寄託番号を表１に示す。表１に呈示した配列の寄
託番号を参照することにより、相同配列はすべて、公的に利用可能なデータベー
スでアクセス可能である。
【０２３５】 乳癌クローン： 乳癌患者「ＭＴ」および「ＭＫ」から得られたクローンのヌクレオチド配列を
、配列番号１〜２０５として示す。核酸クローンのオープンリーディングフレー
ムによりコードされるポリペプチドを、配列番号５９４〜８２９として示す。核
酸分子およびコードされるポリペプチド間の対応を表２に示す。
【０２３６】 胃癌クローン： 胃癌患者「ＹＳ」から得られたクローンのヌクレオチド配列を、配列番号２０
６〜３５２として示す（「ＹＳ」で開始するクローン）。ＹＳ核酸クローンのオ
ープンリーディングフレームによりコードされるポリペプチドを、配列番号８３
０〜１０８３として示す。核酸分子およびコードされるポリペプチド間の対応を
表２に示す。
【０２３７】 前立腺癌クローン： 前立腺癌患者「ＺＨ」から得られたクローンのヌクレオチド配列を、配列番号
３５３〜５９３として示す（「ＺＨ」で開始するクローン）。ＺＨ核酸クローン
のオープンリーディングフレームによりコードされるポリペプチドを、配列番号
１０８４〜１３３２として示す。核酸分子およびコードされるポリペプチド間の
対応を表２に示す。
【０２３８】 表１．配列が相同なもの（GenBank寄託番号）
【表１】
【０２３９】
【表２】
【０２４０】
【表３】
【０２４１】
【表４】
【０２４２】
【表５】
【０２４３】
【表６】
【０２４４】
【表７】
【０２４５】
【表８】
【０２４６】
【表９】
【０２４７】
【表１０】
【０２４８】
【表１１】
【０２４９】
【表１２】
【０２５０】
【表１３】
【０２５１】
【表１４】
【０２５２】
【表１５】
【０２５３】
【表１６】
【０２５４】
【表１７】
【０２５５】
【表１８】
【０２５６】
【表１９】
【０２５７】
【表２０】
【０２５８】
【表２１】
【０２５９】
【表２２】
【０２６０】
【表２３】
【０２６１】
【表２４】
【０２６２】
【表２５】
【０２６３】
【表２６】
【０２６４】
【表２７】
【０２６５】
【表２８】
【０２６６】
【表２９】
【０２６７】
【表３０】
【０２６８】
【表３１】
【０２６９】
【表３２】
【０２７０】
【表３３】
【０２７１】
【表３４】
【０２７２】
【表３５】
【０２７３】
【表３６】
【０２７４】
【表３７】
【０２７５】
【表３８】
【０２７６】
【表３９】
【０２７７】
【表４０】
【０２７８】
【表４１】
【０２７９】
【表４２】
【０２８０】
【表４３】
【０２８１】
【表４４】
【０２８２】
【表４５】
【０２８３】
【表４６】
【０２８４】
【表４７】
【０２８５】
【表４８】
【０２８６】
【表４９】
【０２８７】
【表５０】
【０２８８】
【表５１】
【０２８９】
【表５２】
【０２９０】
【表５３】
【０２９１】
【表５４】
【０２９２】
【表５５】
【０２９３】
【表５６】
【０２９４】
【表５７】
【０２９５】
【表５８】
【０２９６】
【表５９】
【０２９７】
【表６０】
【０２９８】
【表６１】
【０２９９】
【表６２】
【０３００】
【表６３】
【０３０１】
【表６４】
【０３０２】
【表６５】
【０３０３】
【表６６】
【０３０４】
【表６７】
【０３０５】
【表６８】
【０３０６】
【表６９】
【０３０７】
【表７０】
【０３０８】
【表７１】
【０３０９】
【表７２】
【０３１０】
【表７３】
【０３１１】
【表７４】
【０３１２】
【表７５】
【０３１３】
【表７６】
【０３１４】
【表７７】
【０３１５】
【表７８】
【０３１６】
【表７９】
【０３１７】
【表８０】
【０３１８】
【表８１】
【０３１９】
【表８２】
【０３２０】
【表８３】
【０３２１】
【表８４】
【０３２２】
【表８５】
【０３２３】
【表８６】
【０３２４】
【表８７】
【０３２５】
【表８８】
【０３２６】
【表８９】
【０３２７】
【表９０】
【０３２８】
【表９１】
【０３２９】
【表９２】
【０３３０】
【表９３】
【０３３１】
【表９４】
【０３３２】
【表９５】
【０３３３】
【表９６】
【０３３４】
【表９７】
【０３３５】
【表９８】
【０３３６】
【表９９】
【０３３７】
【表１００】
【０３３８】
【表１０１】
【０３３９】
【表１０２】
【０３４０】
【表１０３】
【０３４１】
【表１０４】
【０３４２】
【表１０５】
【０３４３】
【表１０６】
【０３４４】
【表１０７】
【０３４５】
【表１０８】
【０３４６】
【表１０９】
【０３４７】
【表１１０】
【０３４８】
【表１１１】
【０３４９】
【表１１２】
【０３５０】
【表１１３】
【０３５１】
【表１１４】
【０３５２】
【表１１５】
【０３５３】
【表１１６】
【０３５４】
【表１１７】
【０３５５】
【表１１８】
【０３５６】
【表１１９】
【０３５７】
【表１２０】
【０３５８】
【表１２１】
【０３５９】
【表１２２】
【０３６０】
【表１２３】
【０３６１】
【表１２４】
【０３６２】
【表１２５】
【０３６３】
【表１２６】
【０３６４】
【表１２７】
【０３６５】
【表１２８】
【０３６６】
【表１２９】
【０３６７】
【表１３０】
【０３６８】
【表１３１】
【０３６９】
【表１３２】
【０３７０】
【表１３３】
【０３７１】
【表１３４】
【０３７２】
【表１３５】
【０３７３】
【表１３６】
【０３７４】
【表１３７】
【０３７５】
【表１３８】
【０３７６】
【表１３９】
【０３７７】
【表１４０】
【０３７８】
【表１４１】
【０３７９】
【表１４２】
【０３８０】
【表１４３】
【０３８１】
【表１４４】
【０３８２】
【表１４５】
【０３８３】
【表１４６】
【０３８４】
【表１４７】
【０３８５】
【表１４８】
【０３８６】
【表１４９】
【０３８７】
【表１５０】
【０３８８】
【表１５１】
【０３８９】
【表１５２】
【０３９０】
【表１５３】
【０３９１】
【表１５４】
【０３９２】
【表１５５】
【０３９３】
【表１５６】
【０３９４】
【表１５７】
【０３９５】
【表１５８】
【０３９６】
【表１５９】
【０３９７】
【表１６０】
【０３９８】
【表１６１】
【０３９９】
【表１６２】
【０４００】
【表１６３】
【０４０１】
【表１６４】
【０４０２】
【表１６５】
【０４０３】
【表１６６】
【０４０４】
【表１６７】
【０４０５】
【表１６８】
【０４０６】
【表１６９】
【０４０７】
【表１７０】
【０４０８】
【表１７１】
【０４０９】
【表１７２】
【０４１０】
【表１７３】
【０４１１】
【表１７４】
【０４１２】
【表１７５】
【０４１３】
【表１７６】
【０４１４】
【表１７７】
【０４１５】
【表１７８】
【０４１６】
【表１７９】
【０４１７】
【表１８０】
【０４１８】
【表１８１】
【０４１９】
【表１８２】
【０４２０】
【表１８３】
【０４２１】
【表１８４】
【０４２２】
【表１８５】
【０４２３】
【表１８６】
【０４２４】
【表１８７】
【０４２５】 表２．核酸配列およびポリペプチド配列間の関係
【表１８８】
【０４２６】
【表１８９】
【０４２７】
【表１９０】
【０４２８】
【表１９１】
【０４２９】
【表１９２】
【０４３０】
【表１９３】
【０４３１】 実施例２：組換え体癌関連抗原の調製 例えば、ＥＬＩＳＡにより、癌関連抗原に反応性である抗原に関する患者血清
のスクリーニングを促すために、標準手法にしたがって組換え体タンパク質を調
製する。本明細書中に開示したクローンにより呈示される遺伝子配列中にギャッ
プが存在する場合、あるいはフランキング配列が望ましい場合には、標準手法に
より、このような核酸配列を単離し得る。例えば、遺伝子配列の５’および３’
クローンが既知である場合、クローン間のヌクレオチド配列の増幅のためにＰＣ
Ｒプライマーを設計し得る。ＲＡＣＥ ＰＣＲのような手法を用いて、フランキ
ング配列を単離し得る。このような配列は、標準ハイブリダイゼーションクロー
ニングプロトコルによっても単離し得る。
【０４３２】 組換え体癌関連抗原の一製造方法では、癌関連抗原をコードするクローンをバ
キュウロウイルス発現ベクター中でサブクローニングして、組換え発現ベクター
を適切な昆虫細胞中に導入する。
【０４３３】 バキュウロウイルス／昆虫クローニング系は、昆虫細胞中で翻訳の修飾が実行
されるために、好ましい。別の好ましい真核生物系は、Invitrogen社からのショ
ウジョウバエ発現系である。多量の組換え体タンパク質を発現するクローンを選
択し、それを用いて、組換え体タンパク質を生産する。特定のクローンを単離す
るために用いられた患者からの血清を用いて、あるいは同種異系血清により認識
される癌関連抗原の場合には、クローンを単離するために用いられた患者のいず
れかからの血清あるいはクローンの遺伝子産物を認識する血清により、抗体認識
に関して組換え体タンパク質を試験する。
【０４３４】 あるいは、細菌中での組換え体タンパク質の産生のために、癌関連抗原クロー
ンを原核生物発現ベクター中に挿入する。酵母発現系および哺乳類細胞培養系を
含めたその他の系も用い得る。
【０４３５】 実施例３：癌関連抗原に対する抗体の調製 上記の実施例２と同様に産生した組換え体癌関連抗原を用いて、標準手法にし
たがって、ポリクローナル抗血清およびモノクローナル抗体を生成する。
【０４３６】 そのようにして生成した抗血清および抗体を、特定の癌関連抗原を発現するこ
とが既知の患者の細胞抽出物のアッセイ（例えばＥＬＩＳＡアッセイ）における
抗血清／抗体を用いることにより、癌関連抗原の的確な認識に関して試験する。
これらの抗体は、実験目的（例えば、癌関連抗原の局在化、免疫沈降、ウエスタ
ンブロット等）ならびに診断目的（例えば、組織生検の抽出物の試験、癌関連抗
原の存在に関する試験）に用い得る。
【０４３７】 実施例４：同様のおよび異なる起源の癌における乳癌、胃癌および前立腺癌関
連抗原の発現 一連の腫瘍試料において、１つ又はそれ以上の乳癌、胃癌および／または前立
腺癌関連抗原の発現を試験して、本明細書中に記載した方法により、もしあれば
、他の悪性疾患を診断し、および／または治療すべきか否かを決定する。好まし
くは標準手法にしたがってＲＴ−ＰＣＲにより、癌関連抗原発現に関して、腫瘍
細胞系および腫瘍試料を試験する。癌関連抗原の発現を試験するためには、ノー
ザンブロットも用いる。抗体ベースのアッセイ、例えばＥＬＩＳＡおよびウエス
タンブロットも、タンパク質発現を決定するために用い得る。癌関連抗原の発現
を試験する好ましい方法は（他の癌における、ならびにさらに別の同一型癌患者
における）、（上記と同様の）変形ＳＥＲＥＸプロトコルを用いる同種異系の血
清型分類である。
【０４３８】 上記のすべてにおいて、癌関連抗原の初期単離のための血清を提供した患者の
腫瘍からの抽出物を、陽性対照として用いる。上記の実施例に記載した組換え発
現ベクターを含有する細胞も、陽性対照として用い得る。
【０４３９】 上記の実験から生じた結果は、診断法（例えば癌の存在を決定する、治療を受
けている患者の予後を決定する等）および治療法（例えば、ワクチン組成物等）
に用いるための多数癌関連核酸および／またはポリペプチドのパネルを提供する
。
【０４４０】 実施例５：癌関連抗原に陽性の患者のＨＬＡ型分類 ＨＬＡ分子が癌関連抗原由来のペプチドを示すか否かを決定するために、乳癌
および／または胃癌関連抗原を発現する患者の細胞をＨＬＡ型分類する。末梢血
リンパ球を患者から採取して、ＨＬＡクラスＩまたはクラスＩＩに関して、なら
びにクラスＩまたはクラスＩＩの特定のサブタイプに関して型分類する。
【０４４１】 型分類のために、腫瘍生検試料も用い得る。臨床免疫学の業界における標準的
方法のいずれかにより、例えば特異的モノクローナル抗体による認識により、ま
たはＨＬＡ対立遺伝子特異的ＰＣＲ（例えば、ＷＯ９７／３１１２６に記載され
ているような）により、ＨＬＡ型分類を実行し得る。
【０４４２】 実施例６：ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩ分子により呈示される癌関連抗原
ペプチドの特徴づけ 対象における抗体応答を惹起する抗原は、細胞媒介性免疫応答も惹起し得る。
細胞は、免疫サーベイランスのための細胞表面のＭＨＣクラスＩまたはクラスＩ
Ｉ分子上での呈示のために、タンパク質をペプチドに加工処理する。ある種のＭ
ＨＣ／ＨＬＡ分子により呈示されるペプチドは、一般に、モチーフに合致する。
これらのモチーフはいくつかの場合に既知であり、潜在のクラスＩおよび／また
はクラスＩＩペプチドの存在に関して乳癌および／または胃癌関連抗原をスクリ
ーニングするために用い得る。クラスＩおよびクラスＩＩモチーフの要約は、公
表されている（例えば、Rammensee et al., Immunogenetics 41:178-228, 1995
）。
【０４４３】 上記のような実験結果に基づいて、個々の乳癌関連抗原を示すＨＬＡ型が既知
である。したがって、これらのＨＬＡ分子により示されるペプチドのモチーフを
優先的に調べる。
【０４４４】 コンピューターアルゴリズムを用いてクラスＩおよびクラスＩＩモチーフを調
べることもできる。例えば、既知のクラスＩモチーフに基づいた潜在のＣＴＬエ
ピトープを予測するためのコンピュータープログラムが記載されている（例えば
、Parker et al., J Immunol. 152:163, 1994; D’Amaro et al., Human Immuno
l. 43:13-18, 1995; Drijfhout et al., Human Immunol. 43:1-12, 1995参照）
。ＨＬＡ結合予測は、ＵＲＬ http://bimas.dcrt.nih.gov.でNational Institu
tes of Health World Wideウェブサイトでインターネットを介して利用可能なア
ルゴリズムを用いて、便利になし得る。
【０４４５】 ＨＬＡクラスＩＩペプチドの決定およびそれに対する置換の作製のための方法
も既知である（例えば、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ９６／０３１８２およびＰＣＴ／
ＵＳ９８／０１３７３参照）。
【０４４６】 ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを選定するためのコンピューターソフトウェア ＊ も利用可能である（ＴＥＰＩＴＯＰＥ；Sturniolo et al., Nature Biotechno
l. 17: 555-561, 1999; Manici et al., J Exp. Med. 189: 871876, 1999）。こ
のように選択されるペプチドは、特異的ＣＤ４＋リンパ球を誘発し、ペプチドを
同定するためのものであり得る。ＨＬＡクラスＩＩ結合に関してペプチドを選択
し、試験するためのさらに別の方法は、当業者に周知である。
【０４４７】 実施例７：抗原をコードする癌関連ポリペプチドの部分の同定 上記と同様に単離された癌関連抗原が細胞溶解性Ｔリンパ球応答を惹起し得る
か否かを決定するために、以下の方法を実施する。癌関連抗原ポリペプチドをコ
ードするクローンの１つで、または推定タンパク質に対応し、適切なＨＬＡクラ
スＩ分子（上記と同様）に関するコンセンサスを適合して癌関連抗原クローン内
に抗原性ペプチドを局在化する合成ペプチドを負荷された照射ＰＢＬでトランス
フェクトされた自系正常細胞を用いて患者の末梢血リンパ球（ＰＢＬ）を刺激す
ることにより、ＣＴＬクローンを生成する（例えば、Knuth et al., Proc. Natl
. Acad. Sci. USA 81: 3511-3515, 1984; van der Bruggen et al., Eur. J. Im
munol. 24: 3038-3043, 1994参照）。Brichard等（Eur. J. Immunol. 26: 224-2
30, 1996）により記載されたように、癌関連抗原クローンおよび自系ＨＬＡ対立
遺伝子でトランスフェクトされたＣＯＳ細胞に対する特異性に関して、これらの
ＣＴＬクローンをスクリーニングする。細胞溶解性Ｔリンパ球からのＴＮＦの放
出を測定することにより、または５’Ｃｒ放出アッセイにより（Herin et al.,
Int. J. Cancer 39: 390-396, 1987）、癌関連抗原のＣＴＬ認識を決定する。Ｃ
ＴＬクローンがトランスフェクトされたＣＯＳ細胞を特異的に認識する場合には
、そのＣＯＳ細胞中でトランスフェクトされた癌関連抗原クローンのより短い断
片を試験して、ペプチドをコードする遺伝子の領域を同定する。エキソヌクレア
ーゼｍ消化またはその他の標準的分子生物学法により、癌関連抗原クローンの断
片を調製する。合成ペプチドを調製して、抗原の正確な配列を確証する。
【０４４８】 任意に、癌関連抗原ｃＤＮＡのより短い断片を、ＰＣＲにより生成する。より
短い断片を用いて、上記と同様にＴＮＦ放出または５１Ｃｒ放出を惹起する。
【０４４９】 ＴＮＦ放出を惹起する癌関連抗原クローンの最も短い断片の一部に対応する合
成ペプチドを調製する。累進的に短いペプチドを合成して、所定のＨＬＡ分子の
ための最適癌関連抗原腫瘍拒絶抗原ペプチドを決定する。
【０４５０】 同様の方法を実施して、癌関連抗原が、Ｔ細胞により認識される１つまたはそ
れ以上のＨＬＡクラスＩＩペプチドを含有するか否かを決定する。上記と同様に
ＨＬＡクラスＩＩモチーフに関して癌関連抗原ポリペプチドの配列を調べ得る。
クラスＩペプチドと対照をなして、クラスＩＩペプチドは限定数の細胞型により
呈示される。したがって、これらの実験のためには、好ましくはＨＬＡクラスＩ
Ｉ分子を発現する樹状細胞またはＢ細胞クローンを用いる。
【０４５１】 実施例８：癌患者血清による癌抗原の認識 標準手法（例えば上記で略記したＳＥＲＥＸ手法）により、正常および乳癌患
者からの血清との反応性に関して、ここで同定した癌抗原のいくつかを試験した
。
【０４５２】 表３．抗原の血清学
【表１９４】
【０４５３】 配列番号１〜１２によりコードされるタンパク質は、多数の乳癌患者血清によ
り認識されるが、対照個体の血清によっては認識されないということをデータは
示す。配列番号１３〜１８によりコードされるタンパク質は、単一乳癌患者の血
清によってのみ認識され、対照個体の血清によっては認識されなかった。
【０４５４】 均等物 ルーチンに過ぎない実験を用いて、本明細書中に記載した本発明の特定の実施
形態に対する多数の均等物を、当業者は認識するであろうし、あるいは確かめ得
る。このような均等物は、特許請求の範囲に包含されるものとする。
【０４５５】 本明細書中に開示した参考文献はすべて、それらの記載内容は参照により本明
細書中に援用される。
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ａ６１Ｋ 39/395 Ａ６１Ｋ 45/00 ４Ｃ０８４ 45/00 48/00 ４Ｃ０８５ 48/00 Ａ６１Ｐ 35/00 ４Ｃ０８６ Ａ６１Ｐ 35/00 43/00 １１１ ４Ｃ０８７ 43/00 １１１ Ｃ０７Ｋ 14/47 ４Ｈ０４５ Ｃ０７Ｋ 14/47 16/18 16/18 19/00 19/00 Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 Ｃ１２Ｑ 1/02 5/10 1/68 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/02 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ 1/68 33/50 Ｚ Ｇ０１Ｎ 33/15 33/53 Ｄ 33/50 Ｍ 33/53 33/566 Ｃ１２Ｐ 21/08 33/566 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ // Ｃ１２Ｐ 21/08 5/00 Ａ (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＡＵ，ＣＡ，Ｃ Ｎ，ＪＰ，ＫＲ，ＵＳ Ｆターム(参考） 2G045 AA34 AA35 AA40 BA11 BB50 DA12 DA13 DA14 DA36 FB02 FB03 4B024 AA01 AA12 BA36 BA54 BA61 CA04 CA07 CA09 CA20 DA02 EA02 FA02 GA11 HA11 HA14 HA15 HA17 4B063 QA01 QA19 QQ02 QQ03 QQ43 QQ53 QQ79 QR08 QR32 QR35 QR40 QR42 QR55 QR62 QR77 QS16 QS25 QS32 QS33 QS34 QS36 QX01 QX02 QX10 4B064 AG27 CA10 CA20 DA05 DA14 4B065 AA01X AA58X AA72X AA90X AA93Y AB01 AC14 BA02 CA44 CA46 4C084 AA13 AA16 MA17 MA22 MA23 MA35 MA37 MA52 MA55 MA56 MA63 MA66 NA14 ZB262 ZC412 4C085 AA03 AA14 AA16 BB01 CC23 EE01 FF13 GG02 GG03 GG04 GG08 4C086 AA01 AA02 EA16 MA01 MA04 MA05 MA17 MA22 MA23 MA35 MA37 MA52 MA55 MA56 MA63 MA66 NA14 ZB26 ZC41 4C087 BB37 MA17 MA22 MA23 MA35 MA37 MA52 MA55 MA56 MA63 MA66 NA14 ZB26 ZC41 4H045 AA10 AA11 AA20 AA30 BA10 BA41 CA40 DA75 DA76 DA86 EA22 EA28 EA51 FA71 FA72 FA74

Claims (104)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 核酸分子によりコードされるヒト癌関連抗原前駆体の発現に
    より特徴づけられる障害の診断方法であって、 対象から単離された生物学的試料を、核酸分子、その発現産物またはＨＬＡ分
    子と複合されたその発現産物の断片と特異的に結合する剤とを接触させること、
    ここで核酸分子はＮＡ群１核酸分子であり、および 障害を決定づけるものとして、剤と核酸分子または発現産物との間の相互作用を
    決定すること、 を含む、前記方法。
  2. 【請求項２】 剤が、 （ａ）ＮＡ群１核酸分子またはその断片を含む核酸分子、 （ｂ）ＮＡ群３核酸分子またはその断片を含む核酸分子、 （ｃ）ＮＡ群５核酸分子またはその断片を含む核酸分子、 （ｄ）ＮＡ群１核酸の発現産物と結合する抗体、 （ｅ）ＮＡ群３核酸の発現産物と結合する抗体、 （ｆ）ＮＡ群５核酸の発現産物と結合する抗体、 （ｇ）ＨＬＡ分子およびＮＡ群１核酸の発現産物の断片の複合体と結合する剤、
    （ｈ）ＨＬＡ分子およびＮＡ群３核酸の発現産物の断片の複合体と結合する剤、
    および （ｉ）ＨＬＡ分子およびＮＡ群５核酸の発現産物の断片の複合体と結合する剤 からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  3. 【請求項３】 障害が複数のヒト癌関連抗原前駆体の発現により特徴づけら
    れ、そして剤はその各々が異なるヒト癌関連抗原前駆体に特異的である複数の剤
    であり、そしてその複数の剤は少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少
    なくとも４、少なくとも６、少なくとも７、または少なくとも８、少なくとも９
    または少なくとも１０のそのような剤である、請求項１に記載の方法。
  4. 【請求項４】 剤が、乳癌関連抗原前駆体であるヒト癌関連抗原前駆体に特
    異的である、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
  5. 【請求項５】 ＮＡ群１分子である核酸分子によりコードされるタンパク質
    の異常レベルの発現により特徴づけられる症状の回帰、進行または発症の決定方
    法であって、 症状を有するかまたは有することが疑われる患者からの試料を、 （ｉ）タンパク質、 （ｉｉ）タンパク質由来のペプチド、 （ｉｉｉ）タンパク質またはペプチドを選択的に結合する抗体、及び （ｉｖ）タンパク質由来のペプチドおよびＭＨＣ分子の複合体に特異的な細胞
    溶解性Ｔ細胞 からなる群から選択されるパラメーターに関して、 前記症状の回帰、進行または発症を決定づけるものとしてモニタリングすること
    、 を含む、前記方法。
  6. 【請求項６】 試料が、体液、身体滲出液または組織である、請求項５に記
    載の方法。
  7. 【請求項７】 モニタリングの工程が、試料を、 （ａ）（ｉ）のタンパク質または（ｉｉ）のペプチドを選択的に結合する抗体
    、 （ｂ）（ｉｉｉ）の抗体と結合するタンパク質またはペプチド、及び （ｃ）（ｉｖ）のペプチドおよびＭＨＣ分子の複合体を呈示する細胞 からなる群から選択される検出可能な剤と接触させることを含む、請求項５に記
    載の方法。
  8. 【請求項８】 抗体、タンパク質、ペプチドまたは細胞が放射性標識または
    酵素で標識される、請求項７に記載の方法。
  9. 【請求項９】 ペプチドに関して試料をアッセイすることを含む、請求項５
    に記載の方法。
  10. 【請求項１０】 核酸分子がＮＡ群３分子である、請求項５に記載の方法。
  11. 【請求項１１】 核酸分子がＮＡ群５分子である、請求項５に記載の方法。
  12. 【請求項１２】 タンパク質が複数のタンパク質であり、パラメーターが複
    数のパラメーターであり、複数のパラメーターの各々が複数のタンパク質の異な
    る１つに特異的であり、そのうちの少なくとも１つがＮＡ群１分子によりコード
    される癌関連タンパク質である、請求項５に記載の方法。
  13. 【請求項１３】 ヒト対象のための医薬製剤であって、 対象に投与された場合、ＨＬＡ分子およびヒト癌関連抗原の複合体の存在を選択
    的に豊富化する剤、ならびに 薬学的に許容し得る担体を含み、ヒト癌関連抗原がＮＡ群１分子を含む核酸分子
    によりコードされるヒト癌関連抗原前駆体の断片である医薬製剤。
  14. 【請求項１４】 剤が、その各々がＨＬＡ分子および異なるヒト癌関連抗原
    の複合体を対象中で選択的に豊富化する複数の剤を含み、ヒト癌関連抗原の少な
    くとも１つがＮＡ群１分子によりコードされる、請求項１３に記載の医薬製剤。
  15. 【請求項１５】 複数の剤が少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４ま
    たは少なくとも５の異なるものである、請求項１４に記載の医薬製剤。
  16. 【請求項１６】 核酸分子がＮＡ群３核酸分子である、請求項１３に記載の
    医薬製剤。
  17. 【請求項１７】 剤が、以下の： （１）ヒト癌関連抗原を含む単離ポリペプチドまたはその機能的変異体、 （２）単離ポリペプチドまたはその機能的変異体を発現するためのプロモータ
    ーに作動可能に連結される単離核酸、 （３）単離ポリペプチドまたはその機能的変異体を発現する宿主細胞、及び （４）ポリペプチドまたはその機能的変異体とＨＬＡ分子の単離複合体、 からなる群から選択される、請求項１３に記載の医薬製剤。
  18. 【請求項１８】 アジュバントをさらに含む、請求項１３〜１７のいずれか
    に記載の医薬製剤。
  19. 【請求項１９】 剤が、ヒト癌関連抗原を含む単離ポリペプチドまたはその
    機能的変異体を発現する細胞であり、細胞が非増殖性である、請求項１３に記載
    の医薬製剤。
  20. 【請求項２０】 剤が、ヒト癌関連抗原を含む単離ポリペプチドまたはその
    機能的変異体を発現する細胞であり、細胞がポリペプチドを結合するＨＬＡ分子
    を発現する、請求項１３に記載の医薬製剤。
  21. 【請求項２１】 剤が、各々が異なるヒト癌関連抗原をコードする少なくと
    も２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたは少なくとも５つの異なるポリペ
    プチド、あるいはそれらの機能的変異体であって、ヒト癌関連抗原の少なくとも
    １つがＮＡ群１分子によりコードされる、請求項１３に記載の医薬製剤。
  22. 【請求項２２】 剤がＰＰ群２ポリペプチドである、請求項１３に記載の医
    薬製剤。
  23. 【請求項２３】 剤がＰＰ群３ポリペプチドまたはＰＰ群４ポリペプチドで
    ある、請求項１３に記載の医薬製剤。
  24. 【請求項２４】 細胞がポリペプチドおよびＨＬＡ分子の、一方または両方
    を組換え的に発現する、請求項２０に記載の医薬製剤。
  25. 【請求項２５】 細胞が非増殖性である、請求項２０に記載の医薬製剤。
  26. 【請求項２６】 ＰＰ群１ポリペプチドを選択的に結合する単離された剤、
    を含む組成物。
  27. 【請求項２７】 剤がＰＰ群２ポリペプチドを選択的に結合する、請求項２
    ６に記載の物質の組成物。
  28. 【請求項２８】 剤がＰＰ群３ポリペプチドを選択的に結合する、請求項２
    ６に記載の物質の組成物。
  29. 【請求項２９】 剤がＰＰ群４ポリペプチドを選択的に結合する、請求項２
    ６に記載の物質の組成物。
  30. 【請求項３０】 剤がＰＰ群５ポリペプチドを選択的に結合する、請求項２
    ６に記載の物質の組成物。
  31. 【請求項３１】 剤が、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ
    または少なくとも５つの異なるこのようなポリペプチドを選択的に結合する異な
    る複数の剤である、請求項２６〜３０のいずれかに記載の組成物。
  32. 【請求項３２】 剤が抗体である、請求項２６〜３０のいずれかに記載の組
    成物。
  33. 【請求項３３】 剤が抗体である、請求項３１に記載の組成物。
  34. 【請求項３４】 請求項２６〜３０のいずれかに記載の剤および治療薬また
    は診断薬の複合体、を含む物質の組成物。
  35. 【請求項３５】 請求項３１に記載の剤および治療薬または診断薬の複合体
    、を含む物質の組成物。
  36. 【請求項３６】 剤および治療薬または診断薬の複合体が毒素である、請求
    項３４に記載の物質の組成物。
  37. 【請求項３７】 ＮＡ群１分子およびＮＡ群２分子からなる群から選択され
    る単離核酸分子ならびに薬学的に許容し得る担体を含む医薬組成物。
  38. 【請求項３８】 単離核酸分子がＮＡ群３またはＮＡ群４分子を含む、請求
    項３７に記載の医薬組成物。
  39. 【請求項３９】 単離核酸分子が、２つの異なるポリペプチドをコードする
    少なくとも２つの単離核酸分子を含み、各ポリペプチドが異なるヒト癌関連抗原
    を含む、請求項３７に記載の医薬組成物。
  40. 【請求項４０】 単離核酸分子と作動可能に連結されたプロモーターを有す
    る発現ベクターをさらに含む、請求項３７〜３９のいずれかに記載の医薬組成物
    。
  41. 【請求項４１】 単離核酸分子を組換え的に発現する宿主細胞をさらに含む
    、請求項３７〜３９のいずれかに記載の医薬組成物。
  42. 【請求項４２】 ＰＰ群１またはＰＰ群２ポリペプチドを含む単離ポリペプ
    チド、ならびに 薬学的に許容し得る担体、 を含む医薬組成物。
  43. 【請求項４３】 単離ポリペプチドがＰＰ群３またはＰＰ群４ポリペプチド
    を含む、請求項４２に記載の医薬組成物。
  44. 【請求項４４】 単離ポリペプチドが、各々が異なるヒト癌関連抗原を含む
    少なくとも２つの異なるポリペプチドを含む、請求項４２に記載の医薬組成物。
  45. 【請求項４５】 単離ポリペプチドが、乳癌ポリペプチドまたはそのＨＬＡ
    結合断片である、請求項４２に記載の医薬組成物。
  46. 【請求項４６】 単離ポリペプチドが、胃癌ポリペプチドまたはそのＨＬＡ
    結合断片である、請求項４２に記載の医薬組成物。
  47. 【請求項４７】 アジュバントをさらに含む、請求項４２〜４６のいずれか
    に記載の医薬組成物。
  48. 【請求項４８】 ＮＡ群３分子を含む単離核酸分子。
  49. 【請求項４９】 ＮＡ群４分子を含む単離核酸分子。
  50. 【請求項５０】 以下の： （ａ）ヒトゲノム内に配列ユニークを呈示するのに十分な長さの、ヒト癌関連
    抗原前駆体をコードする核酸を同定する、配列番号１〜５９３として既述される
    ヌクレオチド配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子
    の断片、 （ｂ）（ａ）の相補体 からなる群から選択される単離核酸分子であるが、但し、断片が、以下の： （１）表１のGenBank寄託番号を有する配列、および他の公的に利用可能な配
    列、 （２）（１）の相補体、ならびに （３）（１）および（２）の断片 からなる配列群から選択されるいずれの配列とも同一でない連続ヌクレオチドの
    配列を含む、単離核酸分子。
  51. 【請求項５１】 連続ヌクレオチドの配列が、 （１）配列群と同一でない少なくとも２つの連続ヌクレオチド、 （２）配列群と同一でない少なくとも３つの連続ヌクレオチド、 （３）配列群と同一でない少なくとも４つの連続ヌクレオチド、 （４）配列群と同一でない少なくとも５つの連続ヌクレオチド、 （５）配列群と同一でない少なくとも６つの連続ヌクレオチド、 （６）配列群と同一でない少なくとも７つの連続ヌクレオチド からなる群から選択される、請求項５０に記載の単離核酸分子。
  52. 【請求項５２】 断片が、少なくとも８のヌクレオチド、１０のヌクレオチ
    ド、１２のヌクレオチド、１４のヌクレオチド、１６のヌクレオチド、１８のヌ
    クレオチド、２０のヌクレオチド、２２のヌクレオチド、２４のヌクレオチド、
    ２６のヌクレオチド、２８のヌクレオチド、３０のヌクレオチド、５０のヌクレ
    オチド、７５のヌクレオチド、１００のヌクレオチド、および２００のヌクレオ
    チドからなる群から選択されるサイズを有する、請求項５０に記載の単離核酸分
    子。
  53. 【請求項５３】 ヒトＨＬＡ受容体またはヒト抗体を結合するポリペプチド
    またはその断片をコードする、請求項５０に記載の単離核酸分子。
  54. 【請求項５４】 プロモーターと作動可能に連結される請求項４８〜５３の
    いずれかに記載の単離核酸分子を含む発現ベクター。
  55. 【請求項５５】 プロモーターと作動可能に連結される核酸を含む発現ベク
    ターであって、核酸がＮＡ群２分子である、前記発現ベクター。
  56. 【請求項５６】 ＮＡ群１または群２分子ならびにＨＬＡ分子をコードする
    核酸を含む発現ベクター。
  57. 【請求項５７】 請求項５４に記載の発現ベクターで形質転換またはトラン
    スフェクトされる宿主細胞。
  58. 【請求項５８】 請求項５５または５６に記載の発現ベクターで形質転換ま
    たはトランスフェクトされる宿主細胞。
  59. 【請求項５９】 請求項５４に記載され、かつＨＬＡをコードする核酸をさ
    らに含む発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされる宿主細胞。
  60. 【請求項６０】 請求項５５に記載され、かつＨＬＡをコードする核酸をさ
    らに含む発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされる宿主細胞。
  61. 【請求項６１】 請求項４８または４９に記載の単離核酸分子によりコード
    される単離ポリペプチド。
  62. 【請求項６２】 免疫原性である請求項６１に記載のポリペプチドの断片。
  63. 【請求項６３】 断片または断片の一部がＨＬＡまたはヒト抗体を結合する
    、請求項６２に記載の断片。
  64. 【請求項６４】 ＨＬＡまたはヒト抗体を結合するヒト癌関連抗原前駆体の
    単離断片またはその一部であって、前駆体が、ＮＡ群１分子である核酸分子によ
    りコードされる、前記断片。
  65. 【請求項６５】 断片がＨＬＡとの複合体の一部である、請求項６４に記載
    の断片。
  66. 【請求項６６】 断片が８〜１２アミノ酸長である、請求項６５に記載の断
    片。
  67. 【請求項６７】 ヒトゲノム内に配列ユニークを呈示するのに十分な長さの
    、ヒト癌関連抗原前駆体であるポリペプチドを同定する、請求項６１に記載のポ
    リペプチドの断片を含む単離ポリペプチド。
  68. 【請求項６８】 ヒト癌関連抗原前駆体の発現の存在を検出するためのキッ
    トにおいて、 一対の単離核酸分子であって、その各々が（ａ）ＮＡ群１分子のいずれかのヌク
    レオチド配列の１２〜３２ヌクレオチド連続セグメントおよび（ｂ）（ａ）の相
    補体からなる群から選択される分子から本質的になり、該連続セグメントは重複
    していない、前記一対の単離核酸分子を含む、前記キット。
  69. 【請求項６９】 単離核酸分子の対が構築され、配置されて、ＮＡ群３分子
    である単離核酸分子を選択的に増幅する、請求項６８に記載のキット。
  70. 【請求項７０】 ヒト癌関連抗原前駆体の発現により特徴づけられる障害を
    有する対象の治療方法であって、 障害を改善するのに有効なＨＬＡ分子とヒト癌関連抗原の複合体の存在を対象
    中で選択的に豊富化する量の剤を対象に投与すること を含む方法であり、ヒト癌関連抗原が、以下の： （ａ）ＮＡ群１核酸分子を含む核酸分子、 （ｂ）ＮＡ群３核酸分子を含む核酸分子、 （ｃ）ＮＡ群５核酸分子を含む核酸分子、 からなる群から選択される核酸分子によりコードされるヒト癌関連抗原前駆体の
    断片である、前記方法。
  71. 【請求項７１】 障害が複数のヒト癌関連抗原前駆体の発現により特徴づけ
    られ、剤が、その各々がＨＬＡ分子および異なるヒト癌関連抗原の複合体の存在
    を対象中で選択的に豊富化する複数の剤であり、ヒト癌関連抗原の少なくとも１
    つがＮＡ群１分子によりコードされる、請求項７０に記載の方法。
  72. 【請求項７２】 複数が少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ
    または少なくとも５つのこのような剤である、請求項７１に記載の方法。
  73. 【請求項７３】 剤がＰＰ群１、ＰＰ群２、ＰＰ群３、ＰＰ群４およびＰＰ
    群５からなる群から選択される単離ポリペプチドである、請求項７０〜７２のい
    ずれかに記載の方法。
  74. 【請求項７４】 障害が癌である、請求項７０〜７２のいずれかに記載の方
    法。
  75. 【請求項７５】 障害が癌である、請求項７３に記載の方法。
  76. 【請求項７６】 対象の細胞中のヒト癌関連抗原前駆体の発現により特徴づ
    けられる症状を有する対象の治療方法であって、 （ｉ）対象から免疫反応性細胞含有試料を取り出すこと、 （ｉｉ）前駆体の断片であるヒト癌関連抗原に対する細胞溶解性Ｔ細胞の産生
    に好都合な条件下で宿主細胞に免疫反応性細胞含有試料を接触させること、 （ｉｉｉ）ヒト癌関連抗原を発現する細胞を溶解するのに有効な量で対象に細
    胞溶解性Ｔ細胞を導入すること、 を含む方法であって、宿主細胞がプロモーターと作動可能に連結される単離核酸
    分子を含む発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされ、単離核酸分子
    がＮＡ群１、ＮＡ群２、ＮＡ群３、ＮＡ群４およびＮＡ群５からなる核酸分子の
    群から選択される、前記方法。
  77. 【請求項７７】 宿主細胞が、ヒト癌関連抗原を結合するＨＬＡ分子を組換
    え的に発現する、請求項７６に記載の方法。
  78. 【請求項７８】 宿主細胞が、ヒト癌関連抗原を結合するＨＬＡ分子を内因
    的に発現する、請求項７６に記載の方法。
  79. 【請求項７９】 対象の細胞中のヒト癌関連抗原前駆体の発現により特徴づ
    けられる症状を有する対象の治療方法であって、 （ｉ）症状に関連した細胞により発現される核酸分子を同定することであって
    、核酸分子はＮＡ群１分子であること、 （ｉｉ）（ａ）同定された核酸分子、（ｂ）ヒト癌関連抗原をコードするセグ
    メントを含有する同定された核酸の断片、（ｃ）（ａ）または（ｂ）に対する欠
    失、置換または付加、ならびに（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）の縮重からな
    る群から選択される核酸で宿主細胞をトランスフェクトすること、 （ｉｉｉ）トランスフェクトした宿主細胞を培養して、トランスフェクトした
    核酸分子を発現させること、 （ｉｖ）症状に関連した対象の細胞に対する免疫応答を増大するのに有効な量
    の宿主細胞またはその抽出物を対象に導入すること、 を含む、前記方法。
  80. 【請求項８０】 核酸分子の発現産物の一部分を呈示するＭＨＣ分子を同定
    することをさらに含み、宿主細胞が同定されたものと同一のＭＨＣ分子を発現し
    、宿主細胞が核酸分子の発現産物のＭＨＣ結合部分を呈示する、請求項７９に記
    載の方法。
  81. 【請求項８１】 免疫応答がＢ細胞応答またはＴ細胞応答を含む、請求項７
    ９に記載の方法。
  82. 【請求項８２】 応答が、核酸分子の発現産物の一部を呈示する宿主細胞ま
    たはヒト癌関連抗原を発現する対象の細胞に特異的な細胞溶解性Ｔ細胞の生成を
    含むＴ細胞応答である、請求項８１に記載の方法。
  83. 【請求項８３】 核酸分子がＮＡ群３分子である、請求項７９に記載の方法
    。
  84. 【請求項８４】 宿主細胞を処理してそれらを非増殖性にさせることをさら
    に含む、請求項７９または８０に記載の方法。
  85. 【請求項８５】 ＮＡ群１分子である核酸分子によりコードされる異常量の
    タンパク質の発現により特徴づけられる症状を有する対象を治療し、または診断
    し、またはモニタリングするための方法であって、 タンパク質またはそれに由来するペプチドと特異的に結合する抗体であって、
    治療的に有用な剤に結合された抗体を、症状を治療するのに有効な量で対象に投
    与すること、 を含む、前記方法。
  86. 【請求項８６】 抗体がモノクローナル抗体である、請求項８５に記載の方
    法。
  87. 【請求項８７】 モノクローナル抗体がキメラ抗体またはヒト化抗体である
    、請求項８６に記載の方法。
  88. 【請求項８８】 ＮＡ群１核酸分子である核酸分子によりコードされる異常
    量のタンパク質の対象中での発現により特徴づけられる症状の治療方法であって
    、 対象における症状を防止し、その発症を遅延し、または抑制するのに有効な量
    で、請求項１３〜２５および３７〜４７のいずれかに記載の医薬組成物を対象に
    投与すること を含む、前記方法。
  89. 【請求項８９】 症状が癌である、請求項８８に記載の方法。
  90. 【請求項９０】 組織内で異常量のタンパク質を対象が発現することを最初
    に同定することをさらに含む、請求項８８に記載の方法。
  91. 【請求項９１】 対象が組織内で異常量のタンパク質を発現することを最初
    に同定することをさらに含む、請求項８９に記載の方法。
  92. 【請求項９２】 ＮＡ群１核酸分子である核酸分子によりコードされる異常
    量のタンパク質の発現により特徴づけられる症状を有する対象の治療方法であっ
    て、 （ｉ）異常量のタンパク質を発現する対象からの細胞を同定すること、 （ｉｉ）細胞の試料を単離すること、 （ｉｉｉ）細胞を培養すること、 （ｉｖ）細胞に対する免疫応答を惹起するのに有効な量で対象に細胞を導入す
    ること、 を含む、前記方法。
  93. 【請求項９３】 対象にそれらを導入する前に細胞を非増殖性にすることを
    さらに含む、請求項９２に記載の方法。
  94. 【請求項９４】 ＮＡ群１核酸分子である核酸分子によりコードされるタン
    パク質の異常発現により特徴づけられる病理学的細胞症状の治療方法であって、 それを必要とする対象に、タンパク質の発現または活性を抑制する有効量の剤
    を投与すること、 を含む、前記方法。
  95. 【請求項９５】 剤が、タンパク質と選択的に結合する抑制抗体であり、抗
    体がモノクローナル抗体、キメラ抗体またはヒト化抗体である、請求項９４に記
    載の方法。
  96. 【請求項９６】 剤が、タンパク質をコードする核酸分子と選択的に結合す
    るアンチセンス核酸分子である、請求項９４に記載の方法。
  97. 【請求項９７】 核酸分子がＮＡ群３核酸分子である、請求項９４に記載の
    方法。
  98. 【請求項９８】 ＮＡ群１分子である核酸分子によりコードされる複数のタ
    ンパク質に対する免疫応答を刺激するのに有用な物質の組成物であって、 タンパク質のアミノ酸配列に由来する複数のペプチドを含み、ペプチドが、異常
    量のタンパク質を発現する細胞の表面に呈示される１またはそれ以上のＭＨＣ分
    子と結合する、前記物質の組成物。
  99. 【請求項９９】 複数のペプチドの少なくとも一部分がＭＨＣ分子と結合し
    、それに対する細胞溶解性応答を引き出す、請求項９８に記載の物質の組成物。
  100. 【請求項１００】 アジュバントをさらに含む、請求項９９に記載の物質の
    組成物。
  101. 【請求項１０１】 アジュバントがサポニン、ＧＭ−ＣＳＦまたはインター
    ロイキンである、請求項１００に記載の物質の組成物。
  102. 【請求項１０２】 ＮＡ群１分子である核酸分子によりコードされない少な
    くとも１つのタンパク質に対する免疫応答を刺激するのに有用な少なくとも１つ
    のペプチドをさらに含み、少なくとも１つのペプチドが１またはそれ以上のＭＨ
    Ｃ分子と結合する、請求項９８記載の物質の組成物。
  103. 【請求項１０３】 以下の： （ｉ）ＮＡ群１分子である核酸分子によりコードされるタンパク質に由来する
    ペプチド、および （ｉｉ）ペプチドと結合して複合体を形成するＭＨＣ分子 の複合体と選択的に結合する単離抗体であって、（ｉ）または（ｉｉ）単独とは
    結合しない、前記単離抗体。
  104. 【請求項１０４】 抗体が、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体
    またはそれらの断片である、請求項１０３に記載の抗体。
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