JP2001518794A - ヒトgtp結合タンパク質 - Google Patents
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Abstract
(57)【要約】
本発明は、ヒトGTP結合タンパク質(HGBP)及びHGBPをコードするポリヌクレオチドを提供する。また本発明は、発現ベクター、宿主細胞、アゴニスト、アンチセンス分子、抗体、またはアンタゴニストを提供する。また本発明は、HGBPの発現に関連する疾患の治療方法を提供する。
Description
【発明の詳細な説明】
ヒトGTP結合タンパク質技術分野
本発明は、新規なGTP結合タンパク質の核酸及びアミノ酸配列、及び癌、平
滑筋異常、及び免疫異常症の診断、予防、及び治療におけるこれらの配列の使用
に関するものである。背景技術
小胞輸送は、小胞体(ER)において合成されたタンパク質が、それらが機能
を発揮する場である細胞内の種々のコンパートメントにゴルジ回路網を介して輸
送される、真核細胞において一般的なプロセスである。他のタンパク質は、この
プロセスによってこれらが分泌される場である細胞表面に輸送される(エキソサ
イトーシス)。このようなタンパク質には、膜結合タンパク質受容体または他の
膜タンパク質、真空伝達物質、ホルモン、及び消化酵素が含まれる。この輸送プ
ロセスでは、タンパク質を或る膜結合コンパートメント(ドナーコンパートメン
ト)から他のコンパートメント(アクセプターコンパートメント)までそのタン
パク質が特定の目標値に達するまでシャトルさせる輸送用小胞を利用する(Roth
man,J.E及びWieland,F.T.等(1996)Science 272:227-234)。
このプロセスは、ドナー膜からの小胞の発芽から始まる。この小胞は、輸送さ
れるタンパク質を含んでおり、サイトゾルから補充されたタンパク質サブユニッ
トからなる保護皮膜で外囲されている。初期の発芽プロセス及び被覆プロセスは
、SARもしくはARFと称するサイトゾルのGTP結合タンパク質により調節
される。GTPが結合してSARを活性化すると、SARはドナー膜に結合し、
小胞構築プロセスを開始させる。GTP−SAR複合体の付着により被膜が形成
された小胞は、ドナーコンパートメントから離れ、サイトゾルを通して輸送され
る。この輸
送プロセスの際に、SAR結合GTPは加水分解されてGDPとなり、不活化S
ARは輸送小胞から解離する。この時点で保護皮膜は不安定になり、それが包入
していた小胞から解離する。この脱コート小胞は、露出された表面の識別因子(
v-SNARE)によってその受容体コンパートメントに認識される。この表面識別因
子は、受容体コンパートメント膜上の対応する識別因子(v-SNARE)に結合する
。小胞が標的の膜と融合した時、この輸送プロセスは終了する。
タンパク質のSARファミリーは、ERとトランスゴルジ回路網との間の小胞
輸送を特異的に媒介するGTP結合タンパク質の小グループを表す。GTP結合
タンパク質のARFファミリーは、トランスゴルジ回路網と原形質膜との間の小
胞輸送を選択的に媒介する。哺乳類、酵母菌、及び線虫(C.elegans)のSAR
タンパク質は、高い相同性を有しており、これはSARファミリーが進化論的に
保存されていることを示している(Shen,K.A.等(1993)FEBS Lett.335:380-85;Ku
ge,O.等(1994)J.Cell Biol.125:51-65;Wilson,R.等(1994)Nature 368:32-38)
。他の多くのGTP結合タンパク質と同様に、これらのタンパク質はそれぞれG
TP加水分解においても機能を発揮するよく保存された3または4つのGTP結
合ドメインを有している(Shen等,前出;Kuge等,前出)。
新規なヒトGTP結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド及びその分子
自体の発見により、正常な及び疾病状態のもとでの細胞輸送機構を研究する手段
が得られ、且つ癌、平滑筋異常、及び免疫異常症の治療または予防において役立
つ新たな診断用または治療用組成物を提供することにより当分野における必要性
が満たされることになる。発明の開示
本発明は、小胞輸送に関与する他のGTP結合タンパク質に類似性を
有することを特徴とする、新規なヒトGTP結合タンパク質(以下HGBPと称
する)を提供する。
従って本発明は、配列番号:1に示すアミノ酸配列を有する実質的に生成され
たHGBPを提供する。
本発明の或る態様では、HGBPをコードする単離され実質的に精製されたポ
リヌクレオチドが提供される。特定の態様では、このポリヌクレオチドは、配列
番号:2のヌクレオチド配列である。
また本発明は、配列番号:2またはその変異体の相補配列を含むポリヌクレオ
チド配列に関するものである。更に本発明は、配列番号:2の配列と厳密な条件
の下でハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を提供する。
更に本発明は、HGBPをコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクター及
び宿主細胞を提供する。また本発明は、HGBPに特異的に結合する抗体、及び
実質的に生成されたHGBPを含む医薬品組成物を提供する。また本発明は、H
GBPのアゴニスト及びアンタゴニストの使用法、及びベクター及び宿主細胞を
用いるHGBPの製造方法を提供する。また本発明は、HGBPまたはHGBP
のアンタゴニストの投与によるHGBPの発現に関連する疾患の治療方法、及び
生物学的サンプルにおけるGTP結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド
の検出方法を提供する。図面の簡単な説明
第1A図及び第1B図は、HGBPのアミノ酸配列(配列番号:1)及び核酸
配列(配列番号:2)を示す。配列のアライメントは、MacDNASIS PROTMソフト
ウェア(Hitachi Software Engineering Co.,Ltd.,San Bruno,CA)を用いて作
成した。
第2A図及び第2B図は、HGBP(配列番号:1)、及びマウス由
来のSAR1 GTP結合タンパク質(G1436564;配列番号:3)、及びC.eleg ance
由来のSAR1 GTP結合タンパク質(GI 1326351;配列番号:4)の間
のアミノ酸配列アライメントを示す。配列アライメントは、DNASTARTMソフトウ
ェアのマルチシーケンスアライメントプログラム(DNASTAR Inc,Madison WI)を
用いて作成した。
第3A図、第3B図及び第3C図はそれぞれ、HGBP(配列番号:1)、マ
ウスSAR1(配列番号:3)、及びC.elegance SAR1(配列番号:4)の
疎水性プロット(DNASTARTMソフトウェアを用いて作成)を示す。X軸は正の方
向にアミノ酸の位置を表し、Y軸は負の方向に疎水性のレベルを表す。発明の実施の形態
本発明のタンパク質、核酸配列、及び方法について説明する前に、本発明は、
ここに開示した特定の方法論、プロトコル、細胞系、ベクター、及び試薬に限定
されず、当然のことながらこれらを変えて実施することができるものと理解され
たい。また、ここで用いられる用語法は、特定の実施例のみを説明する目的で用
いられたものであり、請求の範囲のみによって限定される本発明の範囲を限定す
ることを意図したものではないということも理解されたい。
本明細書及び請求の範囲において、単数を表す「1つの」及び「その」と形容
されたものは、前後関係でそうでないことが明らかである場合以外は、複数の意
味も含んでいることに注意しなければならない。従って、例えば「宿主細胞」な
る表記が表すものには、複数のそのような宿主細胞が含まれ、「抗体」なる表記
は、1またはそれ以上の抗体及び当業者に周知のその等価物等も表している。
本明細書における全ての科学技術専門用語は、別の意味で定義されていない場
合には、本発明の属する技術分野の専門家に一般に理解される
のと同じ意味を有する。ここに説明したものと類似のまたは等価な方法や材料を
本発明の実施や試験において用いることができるが、好適な方法、装置、及び材
料はここに説明されている。本明細書に記載された全ての文献は、本発明の関連
において用いられ得る文献で報告された細胞系、ベクター、及び方法論を説明し
開示する目的で引用されたものであり、この引用により本明細書と一体にされる
。
定義
本明細書において「核酸配列」は、一本鎖か二本鎖の、センス鎖又はアンチセ
ンス鎖である、ゲノム起源又は合成起源のDNA、RNAや、オリゴヌクレオチ
ド、ヌクレオチド、又はポリヌクレオチド、及びその断片又は一部分である。同
様に、本明細書において「アミノ酸配列」は、自然発生の分子または合成分子の
、オリゴペプチド、ペプチド、ポリペプチド若しくはタンパク質配列及びその断
片又は一部分である。
ここでは「アミノ酸配列」は、自然発生タンパク質分子のアミノ酸配列を指す
ものとして説明されているが、「アミノ酸配列」や類似の用語、例えば「ポリペ
プチド」又は「タンパク質」は、アミノ酸配列を、説明されるタンパク質分子に
関連する完全で元のままのアミノ酸配列に限定する意味で用いられてるのではな
い。
本明細書において「ペプチド核酸」は、リジンのようなアミノ酸残基及びアミ
ノ基が加えられたオリゴマーを含む分子である。これらの小分子は抗遺伝子剤と
も称され、それに対して相補的な核酸の鎖に結合することにより転写物の伸長を
停止させる(Nielsen,P.E.等(1993)Anticancer Drug Des 8:53-63)。
本明細書において、HGBPは、任意の種、特にウシ、ヒツジ、ブタ、マウス
、ウマ、及び好ましくはヒトを含む哺乳類から得られる、天然の、
合成の、半合成の、又は組換え体を起源とする実質的に精製されたHGBPのア
ミノ酸配列である。
本明細書において「コンセンサス」は、再度シークエンシングされて不要な塩
基が分離された核酸配列か、XL-PCRTM(Perkin Elmer,Norwalk,CT)を用いて
5’方向及び/または3’方向に延長されて、再度シークエンシングされた核酸
配列か、GELVIEWTM Fragment Assembly system(GCG,Madison WI)を用いて2以
上のインサイト社クローンの重複した配列を元に組み合わせて構成された核酸配
列か、若しくは延長と組み合わせの双方によって形成された核酸配列の何れかで
ある。
本明細書においてHGBPの「変異体」は、1又は2箇所以上のアミノ酸が変
異したアミノ酸配列である。この変異体は「保存的」変化を含むものであり得、
この保存的変化においては、例えばロイシンをイソロイシンで置き換える場合の
ように置換されるアミノ酸が類似な構造的及び化学的特性を有する。稀に、変異
体が「非保存的」に変化する場合もあり、この非保存的変化では例えばグリシン
がトリプトファンで置換される。類似した小変化には、アミノ酸の欠失か挿入、
若しくはその両方も含まれる。例えばDNASTARソフトウエアのような良く知られ
たコンピュータプログラムを用いて、生物学的或いは免疫学的活性を損なわずに
置換、挿入、又は除去できるアミノ酸が何れかということ、及びそのようなアミ
ノ酸がいくつかということを決定することができる。
本明細書において「欠失」は、1または2以上のヌクレオチド若しくはアミノ
酸残基が欠ける、ヌクレオチド配列またはアミノ酸配列における変化である。
本明細書において「挿入」或いは「付加」は、自然発生の分子と比較して、そ
れぞれ1または2以上のヌクレオチド、アミノ酸残基が加わる
ような、ヌクレオチド配列或いはアミノ酸配列の変化を指す。
本明細書において「置換」は、それぞれ1または2以上のヌクレオチド或いは
アミノ酸を、異なるヌクレオチド或いはアミノ酸に置換することによって生ずる
変化である。
本明細書において、用語「生物学的に活性」は、自然発生の分子の構造的機能
、調節機能、又は生化学的機能を有するタンパク質である。同様に「免疫学的に
活性」は、天然の、組換え体の、又は合成のHGBP、若しくはその任意のオリ
ゴペプチドが適当な動物や細胞における特定の免疫応答を誘発し、特定の抗体に
結合する能力である。
本明細書において、用語「アゴニスト」は、HGBPに結合したとき、HGB
Pの活性を変調するようなHGBPの変化を生じさせる分子である。アゴニスト
には、HGBPに結合するタンパク質、核酸、糖質や、任意の他の分子が含まれ
得る。
本明細書において、用語「アンタゴニスト」または「インヒビター」は、HG
BPに結合したとき、HGBPの活性を阻害する分子である。アンタゴニスト及
びインヒビターには、HGBPに結合するタンパク質、核酸、糖質や、任意の他
の分子が含まれ得る。
本明細書において、用語「変調」は、HGBPの生物学的活性の変化又は変質
である。変調は、タンパク質活性の上昇や低下、結合特性の変化、又はHGBP
の生物学的、機能的、免疫学的特性の他の変化であり得る。
本明細書において、用語「擬似物」は、HGBPまたはその一部分の構造の知
識からその構造を知ることができ、そのようなものとして、SAR様分子の作用
の一部または全てに影響を与え得る分子である。
本明細書において、用語「誘導体」は、HGBPをコードする核酸又はコード
されたHGBPを化学的に修飾したものを意味する。このよう
な修飾の例には、水素からアルキル基、アシル基、又はアミノ基への置換がある
。核酸誘導体は、未修飾HGBPの必須の生物学的特性を保持しているポリペプ
チドをコードする。
本明細書において、用語「実質的に精製」は、天然の環境から取り除かれ、天
然にはそれが結合して存在する他の構成要素から単離又は分離されて、その構成
要素が60%以上、好ましくは75%以上、最も好ましくは90%以上除去され
た核酸配列又はアミノ酸配列である。
本明細書において「増幅」は、核酸配列の更なる複製物を生成することであり
、通常は当業者に周知のポリメラーゼ連鎖反応(PCR)技術を用いて行われる(D
ieffenbach,C.W.及びG.S.Dveksler(1995)PCR Primer .a Laboratory Manual,
Cold Spring Harbor Press,Plainview,NY)。
本明細書において、用語「ハイブリダイゼーション(ハイブリッド形成)」は
、核酸の鎖が塩基対合を介して相補鎖と結合する過程である。
本明細書において、用語「ハイブリダイゼーション複合体」は、相補的なG塩
基とC塩基の間及び相補的なA塩基とT塩基の間での水素結合の形成によって、
2つの核酸配列で形成された複合体である。これらの水素結合は、塩基スタッキ
ング相互作用(base stacking interaction)により更に安定化され得る。この
2つの相補的核酸配列は水素結合して、逆平行構造をなす。ハイブリダイゼーシ
ョン複合体は、溶液中で形成されるか(例えばC0t又はR0t解析)、或いは核
酸は溶液中に存在する一方の核酸と、固定支持体(例えばin situハイブリダイ
ゼーションのために細胞が固定されるメンブラン、フィルタ、ピン、またはスラ
イドガラス)に固定化された他方の核酸との間で形成され得る。
本明細書において、用語「相補的」または「相補性」は、許容的な塩及び温度
の条件の下での塩基対によるポリヌクレオチド同士の自然の結
合である。例えば、配列「A−G−T」は相補的配列「T−C−A」に結合する
。2つの二本鎖分子間の相補性は、核酸の幾つかのみが結合している「部分的」
なものであるか、若しくは一本鎖分子間に完全な相補性が存在する場合は完全に
相補的であり得る。核酸鎖同士の相補性の程度は、核酸鎖同士のハイブリダイゼ
ーションの効率及び強度に有意な影響を与える。このことは、核酸鎖同士の結合
によって左右される増幅反応において特に重要である。
本明細書において、用語「相同性」は、相補性の程度である。部分的な相同性
と、完全な相同性(即ち同一性)の場合があり得る。部分的に相補的な配列は、
同一の配列が標的の核酸とハイブリダイズするのを少なくとも部分的に阻害する
ものであり、これを機能的な用語「実質的に相同な」を用いて表す。完全に相補
的な配列と標的配列とのハイブリダイゼーションの阻害は、低い厳密性の条件の
下で、ハイブリダイゼーションアッセイ(サザンブロット法またはノーザンブロ
ット法、溶液ハイブリダイゼーション等)を用いて検定することができる。実質
的に相同な配列またはプローブは、低い厳密性の条件の下で標的の配列と、完全
に相同な配列またはプローブとの結合(即ちハイブリッド形成)について競合し
、それを阻害する。これは、低い厳密性の条件が、非特異的な結合を許容するよ
うなものであると言っているのではない。低い厳密性の条件では、2つの配列の
相互の結合が特異的(即ち選択的)相互作用であることが必要である。非特異的
結合が存在しないことは、部分的な程度の相補性(即ち約30%未満の同一性)
を有していない第2の標的配列を用いることにより試験できる。非特異的結合が
存在しない場合、プローブは第2の非相補的標的配列とハイブリダイズしない。
周知のように、多数の等価な条件を用いて、低い厳密性条件か高い厳密性条件
の何れかを含むようにすることができる。例えば配列の長さ及
び性質(DNA、RNA、塩基構成)、標的の性質(DNA、RNA、塩基構成
、溶液中に存在するか或いは固定化されているか等)、及び塩や他の成分の濃度
(例えばホルムアミド、デキストラン硫酸、及び/またはポリエチレングリコー
ルの有無)のような要素を考慮してハイブリダイゼーション溶液を変え、上に列
挙した条件とは異なるが等価である低い厳密性または高い厳密性の何れかの条件
を作り出すことができる。
本明細書において、用語「厳密な条件」は、約(Tm−5)℃(プローブの融
解温度(Tm)より5℃下)からTmの約20〜25℃下まで範囲で生ずる「厳
密性」である。当業者には理解されるように、ハイブリダイゼーションの厳密性
は、同一のポリヌクレオチド配列の同定や検出のためであるか、或いは近縁なポ
リヌクレオチド配列の同定や検出のためであるかによって変えることができる。
本明細書において用語「アンチセンス」は、特定のDNAまたはRNA配列に
対して相補的なヌクレオチド配列である。「アンチセンス鎖」は、「センス」鎖
に対して相補的な核酸鎖の意味で用いられる。アンチセンス分子は、相補的鎖の
合成が可能なウイルスプロモータに、目的の遺伝子を逆方向に結合することによ
る合成を含む任意の方法で作り出すことができる。この転写された鎖は、一度細
胞内に導入されると、細胞によって作られた天然の配列と結合して二重鎖を形成
する。次にこれらの二重鎖は更なる転写や翻訳を阻害する。このようにして、変
異体の表現型を作り出すことができる。「ネガティブ」なる表現はアンチセンス
鎖の意味で時折用いられ、「ポジティブ」はセンス鎖の意味で用いられることが
ある。
本明細書において、(「指定のタンパク質の一部分」と用いられるような)タ
ンパク質に関連する用語「一部分」は、そのタンパク質の断片である。この断片
のサイズは4つのアミノ酸残基から、(全アミノ酸配
列−1)個のアミノ酸の範囲に亘る。従って、「配列番号:1のアミノ酸配列の
少なくとも一部分を含む」タンパク質は、完全長ヒトHGBPとその断片を含む
。
本明細書の定義では、「形質転換」は、外来DNAが入り込みレシピエント細
胞を変化させるプロセスを意味する。このプロセスは、よく知られた種々の方法
を用いた天然または人工の条件の下で生じ得る。形質転換は、外来核酸配列を原
核細胞または真核細胞の宿主細胞に導入するための任意の既知の方法に基づいて
いる。この方法は形質転換される宿主細胞によって選択され、以下のものに限定
されないが、ウイルス感染、電気穿孔法、リポフェクション、及び微粒子銃を用
いる方法が含まれ得る。このように「形質転換された」細胞は、その中で挿入さ
れたDNAが自律的に複製するプラスミドとして、或いは宿主の染色体の一部と
して複製が可能な安定的に形質転換された細胞を含む。またこのような細胞は、
限られた時間だけ導入されたDNAの一過性の発現をする細胞も含む。
本明細書において、用語「抗原決定基」は、特定の抗体と接触する分子の一部
分(即ちエピトープ)である。タンパク質またはタンパク質の断片を用いてホス
トの動物を免疫すると、このタンパク質の種々の領域が、該タンパク質上の所定
の領域または三次元構造に特異的に結合する抗体の産生を誘発し得る。これらの
領域または構造を抗原決定基と称する。抗原決定基は、抗体への結合について、
そのままの抗原(即ち免疫応答を引き出すために用いられる免疫原)と競合し得
る。
本明細書において、用語「特異的結合」または「特異的に結合する」は、抗体
及びタンパク質またはペプチドの相互作用が、タンパク質上の特定の構造(即ち
抗原決定基またはエピトープ)の存在に左右されることを意味している。つまり
、この抗体はタンパク質全体ではなく、特定
のタンパク質構造を認識して結合する。例えば、抗体がエピトープ「A」に対し
て特異的である場合、標識した「A」及びその抗体を含む反応において、エピト
ープA(つまり結合していない、無標識のA)を含むタンパク質が存在すると、
抗体に結合した標識Aの量が低下する。
本明細書において、用語「サンプル」は、その最も広い意味で用いられる。H
GBPをコードする核酸またはその断片を含む疑いのある生物学的サンプルは、
細胞、細胞から単離された染色体(例えば中期染色体の展開物)、(溶液中の、
または例えばサザンブロット解析用に固体支持体に結合した)ゲノムのDNA、
(溶液中の、または例えばノーザンブロット解析用に固体支持体に結合した)R
NA、(溶液中の、または固体支持体に結合した)cDNA、細胞や組織からの
抽出物、その他を含み得る。
本明細書において、「ポリヌクレオチドの発現と相関性を有する」なる表現は
、ノーザン解析ハイブリダイゼーションアッセイにより、配列番号:2に類似な
リボ核酸の存在が検出されることが、サンプル内のHGBPをコードするmRN
Aの存在を表しており、従って該タンパク質をコードする遺伝子からの転写物の
発現と相関性を有しているということを表している。
本明細書において、配列番号:2のポリヌクレオチドにおける「変異」は、ハ
イブリダイゼーションアッセイを用いて検出され得る欠失、挿入、及び点変異を
含む、HGBPをコードするポリヌクレオチドの配列における変化を含む。この
定義に含まれる変異は、(例えば、配列番号:2とハイブリダイズし得る制限断
片長の多形性のパターンの変化による)HGBPをコードするゲノムのDNA配
列に対する変異の検出、(例えばアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブを用
いる)ゲノムDNAのサンプルと配列番号:2の選択された断片とがハイブリダ
イズ不可能で
あること、及び(例えば中期染色体展開物との蛍光in situハイブリダイゼーシ
ョン(FISH)を用いた)HGBPをコードするポリヌクレオチド配列に対する正
常な遺伝子座以外の遺伝子座とのハイブリッド形成のような、不適当な或いは予
期していないハイブリダイゼーションによって検出される。
本明細書において、用語「抗体」は、そのままの抗体分子及び、例えば抗原決
定基と結合し得るFa、F(ab')2、及びFvのようなその断片である。HGBPポリ
ペプチドに結合する抗体は、そのままのポリペプチド、或いは免疫化する抗原と
しての目的の小型のペプチドを含む断片を用いて調製することができる。動物を
免疫するのに用いられるポリペプチドまたはペプチドは、翻訳されたcDNAま
たは化学的合成物を起源とするものであり得、必要ならば担体タンパク質と結合
することができる。ペプチドに化学的に結合する通常用いられる担体には、ウシ
血清アルブミン及びサイログロブリンが含まれる。次にこの結合したペプチドを
用いて動物(例えばマウス、ラット、またはウサギ)を免疫する。
本明細書において、用語「ヒト化抗体」は、元の結合能力をそのまま保持しつ
つ、ヒトの抗体により近づけるために非抗体結合領域においてアミノ酸を置換し
た抗体分子である。
発明
本発明は、新規なヒトGTP結合タンパク質(HGBPの発見、HGBPをコ
ードするポリヌクレオチド、及び癌、平滑筋異常、及び免疫異常症の診断、予防
、または治療のためのこれらの物質の使用に基づくものである。
本発明のヒトHGBPをコードする核酸は、乳房腫瘍組織cDNA(BRSTTUT1
4)を起源とするインサイト社クローンNo.27422
52において、アミノ酸配列アライメントのコンピュータ検索によって始めに同
定された。コンセンサス配列の配列番号:2は、以下の重複及び/または延長さ
れた核酸配列、即ちインサイト社クローンNo.2161044(起源:ENDCNOT02)、27
90553(起源:COLNTUT16)、及び2742252(起源:BRSTTUT14)から構成されたも
のである。
或る実施例では、本発明は、第1A図及び第1B図に示す配列番号:1のアミ
ノ酸配列を含むポリペプチドを包含する。HGBPは198個のアミノ酸からな
る長さを有し、第2A図及び第2B図に示すように、マウス由来のSAR1タン
パク質(G1436564;配列番号:3)及びC.elegance由来のSAR1タンパク質(
GI 1326351;配列番号:4)と化学的及び構造的相同性を有する。詳述すると、
HGBPは、マウス由来のSAR1と89%の同一性を共有し、C.elegance由来
のSAR1と67%の同一性を共有する。HGBPにおけるアミノ酸残基K(27
番)〜T(40番)、H(53番)〜S(61番)、F(71番)〜H(79番)、及びL(
130番)〜D(137番)の4つの配列は、マウス及びC.elegance由来のSARの双
方においてよく保存され、多くの他のGTP結合タンパク質にも認められるGT
P結合ドメインを構成する。第3A図、第3B図、及び第3C図に示すように、
HGBPとマウス及びC.elegance由来のSAR1はかなり類似した疎水性プロッ
トを示す。ノーザン解析の結果から、種々のライブラリーにおけるHGBPの発
現が分かる。これらのライブラリーの約39%は癌若しくは不死化細胞系に関連
し、30%は平滑筋組織及び交換神経系(傍神経節)に関連し、23%は炎症及
び免疫応答に関連するライブラリーである。
また本発明は、HGBP変異体を包含する。好適なHGBP変異体はHGBP
アミノ酸配列(配列番号:1)と80%以上、より好適には90%以上のアミノ
酸配列同一性を有するものである。最も好適なHGB
P変異体は、配列番号:1と95%以上のアミノ酸配列同一性を有するものであ
る。
また本発明は、HGBPをコードするポリヌクレオチドを包含する。従って、
HGBPアミノ酸配列をコードする任意の核酸配列を用いて、HGBPを発現す
る組換え分子を作り出すことができる。特定の実施例では、本発明は、第1A図
及び第1B図に示すような配列番号:2の核酸配列を含むポリヌクレオチドを包
含する。
当業者には理解されるように、遺伝暗号の縮重の結果、任意の既知の自然発生
遺伝子のヌクレオチド配列と最小限の相同性しか有していないものも含めて、多
種のHGBPコーディングヌクレオチド配列が作り出され得る。本発明は、可能
なコドン選択に基づく組み合わせを選択することにより作り出され得る、全ての
可能な核酸配列の変異をその範囲に含んでいる。それらの組み合わせは、自然発
生のHGBPのヌクレオチド配列に適用されるような標準的なトリプレット遺伝
暗号に基づいて作り出されるものであり、このような全ての変異は、ここに具体
的に示されたものと考えられたい。
HGBP及びその変異体をコードするヌクレオチド配列は、適切に選択された
厳密性の条件の下で自然発生配列のヌクレオチド配列とハイブリッド形成可能な
ものであるのが好ましいが、実質的に異なるコドンの使用頻度を有するHGBP
又はその変異体をコードするヌクレオチド配列を作り出すことは有益であり得る
。コドン選択は、特定のコドンが宿主によって使用される頻度に従って、特定の
原核細胞又は真核細胞の発現宿主におけるペプチド発現の発生率を高めるように
選択することができる。HGBP及びその誘導体をコードするヌクレオチド配列
を、コードされるアミノ酸配列を変えないように実質的に変更する理由は、例え
ば自然発生配列から作り出される転写物より長い半減期のような、より
望ましい特性を有するRNA転写物を作り出すためである。
本発明の範囲には、HGBP又はその誘導体をコードするDNA配列又はその
一部の、完全な合成ケミストリによる作製も含まれる。作製したこの合成遺伝子
を、この出願時点において周知の試薬を用いて任意の入手可能なDNAベクター
及び細胞系に挿入することができる。更に、合成ケミストリを用いてHGBPを
コードする配列又はその任意の一部分に突然変異を誘発させることができる。
また本発明の範囲に含まれるものとして、種々の厳密性の条件の下で請求項に
記載のヌクレオチド配列、特に配列番号:2のヌクレオチド配列とハイブリダイ
ズし得るポリヌクレオチド配列がある。ハイブリダイゼーション条件は、Wahl,
G.M.及びS.L.Berger(1987;Methods Enzymol.152:399-407)及びKimmel,A.R.(1
987;Methods in Enzymol.152:507-511)に記載されているように、核酸結合複合
体またはプローブの融解温度(Tm)に基づいており、規定の厳密性において用
いられ得る。
本発明の範囲に含まれるHGBPをコードする変異核酸配列は、異なるヌクレ
オチド残基の欠失、挿入並びに置換を含み、結果的に同一の、または機能的に等
価のHGBPポリペプチドをコードするポリヌクレオチドとなるものである。コ
ードされたタンパク質も、サイレント変化を生ずるアミノ酸残基の欠失、挿入並
びに置換を含み、結果的に機能的に等価なHGBPとなる。意図的な(delibera
te)アミノ酸置換は、HGBPの生物学的活性が保持される限りにおいて、残基
の極性、電荷、溶解度、疎水性、親水性並びにまた両親媒性についての類似性に
基づいてなされ得る。例えば負に荷電したアミノ酸にはアスパラギン酸及びグル
タミン酸が含まれ、正に荷電したアミノ酸にはリジン及びアルギニンが含まれ、
近い親水性値を持つ荷電していない極性頭基を有するアミノ酸
には、ロイシン、イソロイシン、バリン、グリシン、アラニン、アスパラギン、
グルタミン、セリン、スレオニン、フェニルアラニン並びにチロシンが含まれる
。
更に本発明の範囲に含まれるものとして、HGBPのアレルがある。ここで用
いる「アレル」或いは「アレル配列」とは、HGBPの対立形である。アレルは
変異、すなわち核酸配列の変化によって生じ、一般に変異したmRNA或いはポ
リペプチドを生成するが、そのmRNA或いはポリペプチドの構造或いは機能は
、変わる場合もあれば変わらない場合もある。遺伝子によっては、アレル形が存
在しないもの、1つ存在するもの、或いは多数存在するものがある。一般にアレ
ルを生じる変異はアミノ酸の自然な欠失、付加並びに置換に起因する。このタイ
プの変化はそれぞれ単独で、或いは他の変化と同時に、与えられた配列内で1又
は2回以上生じ得る。
当業者が一般に利用可能な周知のDNA配列決定のための方法が、本発明の実
施において用いられ得る。この方法では酵素、例えばDNAポ
Cleveland OH)、Taqポリメラーゼ(Perkin Elmer)、熱安定性T7ポリメラーゼ
(Amersham,Chicago IL)、或いはGibco BRL(Gaithersburg MD)Methods社から
市販されているELONGASE増幅システムのような校正エキソヌクレアーゼと組換え
体ポリメラーゼとの組み合わせのような酵素を使用する。この処理は、Hamilton
Micro Lab2200(Hamilton,Reno,NV)、Peltier Thermal Cycler(PTC200;MJ
Reserch,Watertown MA)並びにABI377DNAシーケンサ(Perkin Elmer)のよう
な装置を用いて自動化するのが好ましい。
HGBPをコードするポリヌクレオチド配列は、部分的なヌクレオチド配列と
、プロモーター及び調節エレメントのような上流配列を検出す
るための当業者には周知の様々な方法とを用いて伸長させることができる。例え
ば、「制限部位」PCR法を用いることができる或る方法では、汎用プライマー
を用いて既知の座位に隣接する未知の配列を得る(Sarkar,G.(1993)PCR Method
s Applic 2:318-322)。詳述すると、まずゲノムDNAを、既知の領域に対して
特異的なプライマー及びリンカー配列に対するプライマーの存在下で増幅する。
増幅された配列を、その同じリンカープライマー及び最初のプライマーの内部に
含まれる別の特異的プライマーを用いてPCRの2巡目にかける。PCRの各回
の生成物を、適切なRNAポリメラーゼを用いて転写させ、逆転写酵素を用いて
配列決定する。
逆PCR法を用いて、既知領域に基づく多様なプライマーを利用した配列の増
幅、または伸長を行うことができる(Triglla,T.等(1988)
Biosciences社,Plymouth MN)や別の適切なプログラムを用いて、長さが22〜
30ヌクレオチドで、50%以上のGC含量を有し、かつ約68〜72℃の温度
で標的配列にアニールするように設計される。この方法ではいくつかの制限酵素
を用いて遺伝子の既知領域の適当な断片を作り出す。次にこの断片を分子内ライ
ゲーションにより環状にし、PCR用の鋳型として使用する。
使用できる別の方法はキャプチャPCR法であり、この方法ではヒト及び酵母
菌人工染色体DNA内の既知の配列に隣接するDNA断片をPCR増幅する(Lag
erstrom,M.等(1991)PCR Methods Applic 1:111-19)。この方法では、PCR処
理の前に、DNA分子の未知の部分に、複数の制限酵素による消化及びライゲー
ションによって組換え二本鎖配列を配置しておいてもよい。
未知の配列を得るために用いることができる別の方法は、Parker,J.D.
等の方法(1991;Nucleic Acids Res 19:3055-3060)である。更に、PCR、ネ
スト化プライマー、PromoterFinderTMライブラリーを用いて、ゲノムDNA内歩
行を行うことができる(Clontech,Palo Alto CA)。このプロセスは、ライブラ
リーをスクリーニングする必要がなく、イントロン/エクソン接合部を探し出す
のに有用である。
完全長cDNAをスクリーニングするときに好適なライブラリーは、サイズ選
択された、より大きなcDNAを含むライブラリーである。またランダムプライ
ミングした(rondom primed)ライブラリーは、遺伝子の5’及び上流領域を含
む配列をより多く含むという点で好適である。ランダムプライミングしたライブ
ラリーは、オリゴd(T)ライブラリーで完全長cDNAが得られない場合に特
に有用である。またゲノムライブラリーは、5’及び3’非翻訳領域への配列の
伸長のために役立ち得る。
配列決定やPCRの産物のヌクレオチド配列をサイズ分析したり確認するため
には、市販のキャピラリー電気泳動システムを用いることができる。詳述すると
、キャピラリーシークエンシングでは、電気泳動による分離のための流動性ポリ
マー、レーザーで活性化される4つの異なる蛍光色素(各ヌクレオチドに対して
1つ)を使用し、CCDカメラにより放射線の波長の検出を行う。出力/光強度
は適切なソフトウエア(例えばPerkin elmer製のGenotyperTM及びSequence Navi
gatorTM)を用いて電気信号に変換され、サンプルの負荷からコンピュータ解析
及び電子データ表示までの全過程がコンピュータ制御される。キャピラリー電気
泳動法は、特定のサンプル内に限られた量だけ存在するDNA小片の配列決定に
特に適している。
本発明の別の実施例では、HGBP、融合タンパク質或いはその機能的等価物
をコードするポリヌクレオチド配列を、適切な宿主細胞内での
HGBPの発現を誘導する組換えDNA分子において用いることができる。遺伝
暗号固有の縮重のために、同一か機能的に等価なアミノ酸配列を実質的にコード
する他のDNA配列も、HGBPのクローニングや発現のために用いることがで
きる。
当業者には理解できるように、非自然発生コドンを有するHGBPコードディ
ングヌクレオチド配列を作り出すことは有益であり得る。特定の原核細胞或いは
真核細胞の宿主において選好されるコドンを選択して、例えば、HGBP発現率
を増大させたり、或いは自然発生配列から生成された転写物より長い半減期のよ
うな望ましい特性を有する組換えRNA転写物を生成することができる。
本発明のヌクレオチド配列は、様々な目的、例えば、以下のものに限定はしな
いが遺伝子産物のクローニング、プロセシング及び/又は発現を変えるようにH
GBPをコードする配列を改変するために既知の方法を用いて組換えることがで
きる。無作為断片によるDNA再編成や遺伝子断片のPCR再会合及び合成オリ
ゴヌクレオチドを用いて、ヌクレオチド配列を組換えることができる。例えば、
特定部位突然変異誘発のような当業者には周知の技術を用いて突然変異を誘発さ
せることによって、新しい制限部位の挿入、グリコシル化パターンの変更、コド
ン選好の変化、スプライスバリアントの生成等をもたらすことができる。
本発明の別の実施例では、未改変HGBPコーディング配列、変異HGBPコ
ーディング配列、又は組換えHGBPコーディング配列を異種の配列に結合して
、融合タンパク質をコードする配列にする。例えば、HGBP活性のインヒビタ
ーをペプチドライブラリーからスクリーニングする場合、市販の抗体により認識
される異なるペプチドを発現するキメラHGBPタンパク質をコードすることが
役立つ。融合タンパク質はHGBP配列と異種のタンパク質配列との間の位置に
切断部位を有する
ように設計することもでき、これによってHGBPを切断して、ヘテロの部分か
ら分けて精製することが可能となる。
本発明の別の実施例では、当業者によく知られた化学的方法(Caruthers.M.H
.等(1980)Nuc Acids Res Symp Ser 7:215-223;Horn,T.等(1980)Nucl.Acids
Res Symp.Ser.225-232参照)を用いて、HGBPコーディング配列の全体、或
いはその一部を合成することができる。別法では、化学的方法を用いてタンパク
質自体を作り出して、HGBPアミノ酸配列の全体或いはその一部を合成するこ
とができる。例えば、種々の固相技術(Roberge,J.Y.等(1995)Science 269:202
-204)でペプチド合成を行うことができ、合成の自動化は、例えばABI431Aペプ
チドシンセサイザ(Perkin Elmer)を用いることにより達成することができる。
この新たに合成されたペプチドは、分離用高速液体クロマトグラフィにより実
質的に精製することができる(例えばCreighton T.(1983)Proteins Structure And Molecular Principles
,WH Freeman and Co.,NY参照)。合成されたペプチ
ドの構成は、アミノ酸解析或いはシークエンシングにより確認することができる
(例えばエドマン分解法;Creighton,上述)。さらにHGBPのアミノ酸配列
或いはその任意の部分を、その直接の合成の際の改変することにより、及び/又
は化学的方法を用いた他のタンパク質或いはその任意の部分に由来する配列との
結合することによって変異体ポリペプチドを作ることができる。
生物学的に活性なHGBPを発現させるために、HGBPコーディングヌクレ
オチド配列或いはその機能的等価物を、適切な発現ベクター、すなわち挿入され
たコーディング配列の転写及び翻訳に必要な要素を含むベクターに挿入する。
HGBPコーディング配列及び適切な転写や翻訳の調節領域を含む発
現ベクターを作製するために当業者に周知の方法が用いられる。これらの方法に
は、in vitro組換えDNA技術、合成技術、並びにin vivo組換え技術、又は遺
伝子組換え技術が含まれる。このような技術は、Sambrook,J.等(1989)Molecula r Cloning ,A Laboratory Manual
,Cold Spring Harbor Press,Planview NY及
びAusubel,F.M.等Current Protocol in Molecular Biology,John Wilky & Son
s,New York NYに記載されている。
種々の発現ベクター/宿主系を、HGBPコーディング配列を保持し、かつ発
現するために利用することができる。このようなものには、以下のものに限定は
されないが、組換えバクテリオファージ、プラスミド或いはコスミドDNA発現
ベクターで形質転換した細菌のような微生物や、酵母菌発現ベクターで形質転換
した酵母菌や、ウイルス発現ベクター(例えばバキュロウイルス)を感染させた昆
虫細胞系や、ウイルス発現ベクター(例えばカリフラワーモザイクウイルスCaMV
、タバコモザイクウイルスTMV)をトランスフェクトした、或いは細菌の発現ベ
クター(例えばTi、或いはpBR322プラスミド)で形質転換した植物細胞系や、或
いは動物細胞系が含まれる。
これらの系の「調節領域」或いは「制御配列」は、転写及び翻訳を実行するた
めに宿主細胞のタンパク質と相互作用するベクターの非翻訳領域、即ちエンハン
サー、プロモーター及び3’非翻訳領域である。このようなエレメントの、強さ
及び特異性は様々であり得る。利用されるベクター及び宿主に応じて、構成的及
び誘導的プロモーターを含む任意の数の適切な転写及び翻訳エレメントを用いる
ことができる。例えば、細
(Stratagene,LaJolla CA)のハイブリッドlacZプロモーター及びptrp-lacハイ
ブリッド等のような誘導的プロモーターを用いることがで
きる。バキュロウイルスポリヘドリンプロモーターは昆虫細胞において用いるこ
とができる。植物細胞のゲノムに由来するプロモーター或いはエンハンサ(例え
ば熱ショック遺伝子,RUBISCO及び貯蔵タンパク質遺伝子)、若しくは植物ウイル
スに由来するプロモーター或いはエンハンサ(例えばウイルス性プロモータ或い
はリーダー配列)を、ベクターにクローン化してもよい。哺乳動物細胞では、哺
乳類遺伝子或いは哺乳類ウイルス由来のプロモーターが最適である。HGBPを
コードする配列の多数の複製を含む株細胞を作る必要がある場合には、SV40或い
はEBVに基づくベクターを適切な選択マーカーと共に用いる。
細菌系では、HGBPの用途に応じて多数の発現ベクターを選択することがで
きる。例えば抗体誘発のために大量のHGBPが必要とされる場合は、容易に精
製される融合タンパク質を高レベルで発現できるベクターが望ましい。そのよう
なベクターには、以下のものに限定はしない
(Stratagene)(このベクターでは、HGBPをコードする配列を、アミノ末端
メチオニン及び後続のβ−ガラクトシダーゼの7残基の配列を備えたフレーム内
においてベクターに結合してハイブリッドタンパク質を生成できる)や、pINベ
クター(Van Heeke,G.及びS.M.Schuster(1989)J.Biol.Chem.264:5503-55
09)等が含まれる。またpGEXベクター(Promage、Madison WI)も、グルタチオ
ンS−トランスファーゼ(GST)を有する融合タンパク質として異種ポリペプチ
ドを発現するため用いることができる。一般に、そのような融合タンパク質は可
溶性であり、グルタチオンアガロースビーズへ吸着させた後、遊離グルタチオン
の存在下で溶出させることにより溶解した細胞から容易に精製できる。その系に
おいて生成されたタンパク質は、ヘパリン、トロンビン或いはXA因子プロテア
ーゼ切断部位を含めて、目的のクローン化ポリペ
プチドをGST部分から随意に放出させることができるように設計される。
酵母菌、サッカロミセスセレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)では、α因
子、アルコールオキシダーゼ及びPGHのような構成的或いは誘導的プロモーター
を含む多数のベクターを用いることができる。その概要を知るには、Ausubel等
(前出)及びGrant等(1987)Methods Enzymol 153:516-544を参照されたい。
植物発現ベクターを用いる場合には、HGBPをコードする配列の発現は、多
数のプロモーターの何れかで促進される。例えばCaMVの35S及び19Sプロモーター
のようなウイルスのプロモーターを、単独で、或いはTMV(Takamatsu,N.等(198
7)EMBO J 6:307-311)由来のオメガリーダー配列と共に用いることができる。
別法として、RUBISCOの小サブユニット、或いは熱ショックプロモーターのよう
な植物プロモーターが用いてもよい(Coruzzi,G.等(1984)EMBO J 3:1671-168
0);Broglie,R.等(1984)Science 224:838-843;及びWinter,J.等(1991)Re
sults Probl.Cell Differ.17:85-105)。これらの構成は、直接のDNA形質
転換或いは病原体によるトランスフェクションにより植物細胞内に導入できる。
このような技術の種々の一般に入手可能な文献に記載されている(Hobbs,S.又はM
urry,L.E.McGraw Hill Yearbook of Science and Technology(1992)McGraw H
ill NY,pp191-196を参照されたい)。
昆虫系もHGBPの発現のために用いることができる。例えば、そのような系
の一つでは、Spodoptera frugiperda細胞或いはTrichoplusia の幼虫において外
来遺伝子を発現するためのベクターとして、Autographa californica核多角体病
ウイルス(AcNPV)が用いられる。HGBPをコードする配列は、ポリヘドリン
遺伝子のようなウイルスの非必須領域にクローニングされ、ポリヘドリンプロモ
ーターの制御下に
置かれ得る。HGBPコーディング配列の挿入が成功すると、ポリヘドリン遺伝
子が不活性になり、コートタンパク質膜が欠如した変異体ウイルスが生成される
。次に、この変異体ウイルスを用いて、S.frugiperda細胞或いはTrichoplusiaの
幼虫へ感染させ、その中でHGBPが発現される(Engelhard,E.K.等(1994)P
roc Nat Acad Sci 91:3224-3227)。
哺乳類宿主細胞では、多数のウイルス性発現系を利用することができる。発現
ベクターとしてアデノウイルスが用いられる場合には、HGBPをコードする配
列は、後期プロモータ及び三連リーダー配列からなるアデノウイルス転写物/翻
訳物複合体内に結合され得る。ウイルスのゲノムの非必須E1又はE3領域へ挿入す
ることにより、感染した宿主細胞でHGBPを発現できる生ウイルスになる(Lo
gan,J.及びShenk,T.(1984)Proc Nat Acad Sci 81:3655-3659)。さらに、哺
乳類宿主細胞内の発現を増加させるためにラウス肉腫ウイルス(RSV)エンハン
サのような転写エンハンサを用いることができる。
また、HGBP配列の効率的な翻訳のためには、特定の開始シグナルも必要で
ある。これらのシグナルには、ATG開始コドン及び隣接する配列が含まれる。H
GBP及びその開始コドン及び上流配列が適切な発現ベクター内に挿入される場
合には、翻訳制御シグナルを加える必要はない。しかしながらコーディング配列
又はその一部のみが挿入される場合には、ATG開始コドンを含む外来の翻訳制御
シグナルを与えなければならない。さらに、全インサートの転写が確実に行われ
るようにするために、開始コドンは正しい読み枠に存在しなければならない。外
来転写エレメント及び開始コドンは、自然及び合成両方の様々な起源に由来する
ものであり得る。発現の効率は、その細胞系に適切なエンハンサーを含めること
により高めることができる(Scharf,D.等(1994)Results Probl Cell Differ 2
0:125-162)。
さらに宿主細胞株は、挿入された配列の発現を調節したり、発現したタンパク
質を望ましい形にプロセシングする能力で選択される。このようなポリペプチド
の修飾には、以下のものに限定はしないが、アセチル化、カルボキシル化、グリ
コシル化、リン酸化、脂質化(lipidation)並びにアシル化が含まれる。またタ
ンパク質の「プレプロ」部分を切り離す翻訳後プロセシングも、正しい挿入、折
り畳み、及び/又は機能の発揮のために重要である。CHO、HeLa、MDCK、293、WI
38等のような異なる宿主細胞は、そのような翻訳後の活動のための特定の細胞装
置及び特徴的な機構を有しており、導入される異種タンパク質の修飾やプロセシ
ングが確実に行われるように選択され得る。
長期間にわたって変異体タンパク質の高収率の産生を確保するためには安定し
た発現が望ましい。例えば、ウイルスの複製起源や内在性発現エレメント及び選
択マーカー遺伝子を含む発現ベクターを用いて、HGBPを安定的に発現する株
細胞を形質転換し得る。ベクターの導入の後、細胞を、選択培地に切り替える前
に濃縮培地内で1〜2日間増殖させる。選択マーカーの目的は、選択のための耐
性を与え、その存在によって導入された配列をうまく発現する細胞を増殖、回収
できるようにすることである。安定的に形質転換された細胞の耐性凝集塊は、そ
の細胞型に適した組織培養技術を用いて増殖することができる。
形質転換された株細胞を回収するために任意の数の選択系を用いることができ
る。選択系には、以下のものに限定はしないが、単純ヘルペスウイルスチミジン
キナーゼ(tk)(Wigler,M.等(1977)Cell 11:223-32)及びアデニンホスホリ
ボシルトランスフェラーゼ(aprt)(Lowy,I.等(1980)Cell 22:817-23)遺伝
子が含まれ、それぞれtk及びaprt細胞において用いられる。また代謝拮抗物質、
抗生物質或いは除草剤への耐性を選択の基礎として用いることができる。例えば
dhfrはメトトレキ
セートに対する耐性を与え(Wigler,M.等(1980)Natl Acad Sci 77:3567)、nptは
アミノ配糖体のネオマイシン及びG-418に対する耐性を与え(Colberre-Garapin
,F.等(1981)J Mol Biol 150:1)、als或いはpatはクロルスルフロン(chlors
ulfuron)、ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ(phosphinotricin
acetyltransferase)に対する耐性を与える(Murry,前出)。さらに選択に利
用できる遺伝子として、例えば細胞がトリプトファンの代わりにインドールを利
用できるようにするtrpB、細胞がヒスチジンの代わりにヒスチノール(histinol
)を利用できるようにするhisDが文献に記載されている(Hartman,S.C.及びR.C
.Mulligan(1988)Proc Nalt Acad Sci 85:8047-51)。最近になって、形質転
換体を特定するためばかりではなく、特定ベクター系による一過性の或いは安定
的なタンパク質発現の量を定量するために広く用いられる、例えばアントシアニ
ン、β−グルクロニダーゼ及びその基質、GUS、及びルシフエラーゼ及びその基
質、ルシフェリンのような可視マーカーがよく利用されるようになった(Rhodes
,C.A.等(1995)Methods Mol.Biol.55:121-131)。
マーカー遺伝子発現の存在/不存在によって目的の遺伝子の存在も示されるが
、その存在及び発現は確認すべきである。例えばHGBPをコードする配列がマ
ーカー遺伝子配列内に挿入された場合は、HGBPをコードする配列を含む組換
え体細胞をマーカー遺伝子の機能の存在により確認できる。別法では、マーカー
遺伝子をHGBPをコードする配列と直列に配置して、両者が単一プロモータの
制御下となるようにすることができる。誘導に応じてのマーカー遺伝子の発現、
つまり選択は、通常直列に配置された配列の発現をも同時に示すことになる。
この他当業者には周知の様々な方法により、HGBPのコーディング配列を含
みHGBPを発現する宿主細胞を識別できる。このような方法
には、以下のものに限定はしないが、DNA-DNA或いはDNA-RNAハイブリダイゼーシ
ョン及び、核酸及びタンパク質を検出及び/又は定量するための膜ベース、溶液
ベース或いはチップベースの技術を含むタンパク質バイオアッセイ或いはイムノ
アッセイが含まれる。
HGBPをコードする配列のプローブ、一部、或いは断片を用いるDNA-DNA又
はDNA-RNAハイブリダイゼーション若しくは増幅により、HGBPポリヌクレオ
チド配列の存在を検出することができる。核酸増幅に基づくアッセイでは、HG
BPをコードするDNA或いはRNAを含む形質転換体を検出するために、核酸配列に
基づくオリゴヌクレオチド或いはオリゴマーを用いる。本明細書において「オリ
ゴヌクレオチド」或いは「オリゴマー」とは、プローブ或いは、PCRで増幅さ
れるセグメントであるアンプリマーとして用いることができる核酸配列であって
、長さが約10ヌクレオチド以上、最大60ヌクレオチド程度、好適には15〜
30ヌクレオチド、より好適には20〜25ヌクレオチドであるものを指す。
このタンパク質に特異的なポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体のいず
れかを用いてHGBPポリペプチドの発現を検出し、測定するための種々のプロ
トコルが当業者には周知である。このようなプロトコルの例には、酵素結合免疫
検定法(ELISA)、ラジオイムノアッセイ(RIA)及び蛍光表示式細胞分取器法(FACS
)を含まれる。HGBPポリペプチド上で2つの非干渉なエピトープに対して反
応するモノクローナル抗体を利用する二部位モノクローナルベースのイムノアッ
セイ(two-site,monoclonal-based immunoassay)が好適であるが、競合的結合
アッセイも用いられる。これらアッセイの並びに他のアッセイは、他の文献、Ha
mpton,R.等(1990;Serologivcal Methods,a Laboratory Manual,APS Press,
St Paul MN)及びMaddox,D.E.等(1983,J.Exp.Med.
158:1211-1216)に記載されている。
さらに多くの標識及び結合技術が当業者には周知であり、種々の核酸及びアミ
ノ酸のアッセイにおいて用いることができる。近縁な配列を検出するための、標
識されたハイブリダイゼーションプローブやPCRプローブを作成するための手
段には、オリゴ標識、ニックトランスレーション法、末端標識、或いは標識ヌク
レオチドを用いるPCR増幅などが含まれる。別法としては、HGBPコーディ
ング配列、或いはその任意の部分を、mRNAプローブの作成のためのベクター
にクローン化する。そのようなベクターは当分野では周知で、市販されており、
例えばT7、T3、或いはSP6のような適切なRNAポリメラーゼ及び標識されたヌ
クレオチドを加えることにより、in vitroでRNAプローブを合成するために用
いることができる。これらの方法は、種々の市販のキット(Pharmacia Upjohn(
Kalamazoo,MI);Promega(Madison WI);US Biochemical Corp(Cleveland OH
))を用いて実行することができる。適切なリポーター分子、すなわち標識には
、放射性核種、酵素、フルオレセント(蛍光剤)、化学発光剤或いは色素剤や、
基質、補助因子、インヒビター、磁気粒子等が含まれる。
HGBPをコードするヌクレオチド配列で形質転換された宿主細胞を、コード
されたタンパク質を細胞培地で発現させ、そこから回収するのに適した条件下で
培養することができる。組換え体細胞により生成されるタンパク質は、用いられ
る配列及び/またはベクターに応じて、細胞内に分泌、つまり細胞内に含まれる
ようにすることができる。当業者には理解されるように、HGBPをコードする
ポリヌクレオチドを含む発現ベクターを、原核細胞か真核細胞の細胞膜を通して
のHGBP分泌を誘導するシグナル配列を含むように設計することができる。他
の組換え体作製物では、HGBPをコードする配列を、可溶性タンパク質の精製
を
容易にするポリペプチドドメインをコードするヌクレオチド配列に結合すること
ができる。そのような精製を容易にするドメインには、以下のものに限定はしな
いが、固定化金属上での精製を可能にするヒスチジントリプトファンモジュール
のような金属キレートペプチド、固定化免疫グロブリン上での精製を可能にする
プロテインAドメイン、並びにFLAGS伸長/アフィニティ精製システムにおいて
用いられるドメイン(Immunex、Seattle WA)が含まれる。精製ドメインとHG
BPの間にXA因子或いはエンテロキナーゼ(Invitrogen,San Diego CA)に対
して特異的な配列のような切断可能なリンカー配列を含めるのは精製を促進する
のに役立つ。HGBPをコードする配列とともに、6個のヒスチジン残基、それ
に続くチオレドキシン及びエンテロキナーゼ切断部位をコードする核酸配列を含
むこのような発現ベクターの1つは、融合タンパク質を発現する。ヒスチジン残
基がIMIAC(Porath,J等(1992;Protein Exp.Purif.3:263-281)に記載のよう
な固定化金属イオンアフィニティクロマトグラフィー)精製を促進するとともに
、エンテロキナーゼ切断部位が融合タンパク質からのHGBPの精製のための手
段となる。融合タンパク質を含むベクターについての解説は、Kroll,D.J.等(1
993;DNA Cell Biol 12:441-453)に記載されている。
組換え体の産生に加えて、HGBPの断片を、固層技術を用いた直接のペプチ
ド合成で形成することもできる(Merrifield J.(1963)J.Am.Chem.Soc.85:2
149-2154参照)。in vitroタンパク質合成は手作業で行えるが、自動化すること
もできる。自動的な合成は、例えば、Applied Biosystem 431Aペプチドシンセサ
イザ(Perkin Elmer)を用いて行うことができる。HGBPの種々の断片を個別
に化学的に合成し、化学的方法を用いて結合して完全長分子を作り出してもよい
。
治療
HGBPとマウス由来のSAR1及びC.elegans由来のSAR1との間に化学
的及び構造的相同性が存在する。更に、ノーザン解析の結果から、癌組織及び不
死化細胞系、平滑筋組織、及び炎症や免疫応答に関連する組織におけるHGBP
の発現が分かる。従って、HGBPは、癌、平滑筋異常、及び免疫異常症の発生
と関連を有すると考えられる。
HGBPの発現又は活性の低下は、平滑筋異常の発生と関連を有し得る。従っ
て或る実施例では、平滑筋異常を治療するために、HGBP又はその断片若しく
は誘導体を患者に投与し得る。平滑筋異常は、平滑筋の正常な作用の障害又は変
化として定義され、以下に限定されないが、高血圧症、心筋梗塞、心血管ショッ
ク、口峡炎、不整脈、喘息、及び片頭痛が含まれ得る。平滑筋には、以下に限定
されないが、血管、消化管、心平滑筋、肺、及び子宮の筋肉が含まれる。
他の実施例では、上述の平滑筋異常の何れかの治療のため、HGBP又はその
断片若しくは誘導体を発現し得るベクターを患者に投与することもできる。
HGBPの活性又は発現の上昇は、癌の発生と関連を有し得る。従って、別の
実施例では、腺癌、肉腫、黒色腫、リンパ腫、白血病、神経節細胞腫及び骨髄腫
を含む癌の治療又は予防のために、HGBPのアンタゴニスト又はインヒビター
を患者に投与し得る。詳述すると、癌のタイプには、以下に限定されないが、心
臓、脳、卵巣、副甲状腺、乳房、結腸、脾臓、肺、腎臓、前立腺、膀胱、肝臓、
傍神経節、小腸、甲状腺、子宮、骨、皮膚、血液、及び膵臓の癌が含まれ得る。
HGBPの活性又は発現の上昇は、免疫異常症の発生とも関連を有し得る。従
って、別の実施例では、免疫異常症の治療又は予防のために、HGBPのアンタ
ゴニスト又はインヒビターを患者に投与し得る。この
ような疾患には、以下に限定されないが、シェーグレン症候群、アジソン病、気
管支炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、腎炎、クローン病、糖尿病、肺気腫、グレーブ
ス病、萎縮性胃炎、エリテマトーデス、重症筋無力症、多発性硬化症、自己免疫
性甲状腺炎、潰瘍性大腸炎、貧血症、膵炎、強皮症、リウマチ性及び変形性関節
炎、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、及び痛風が含まれ得る。
上述の実施例の或る態様では、HGBPに特異的な抗体をアンタゴニストとし
て直接的に用いたり、或いはHGBPを発現する細胞又は組織に薬物を送達する
ためのターゲティング又はデリバリー機構として間接的に用いることができる。
別の実施例では、上述したタイプの癌の治療又は予防のために、HGBPをコ
ードするポリヌタレオチドの相補配列、つまりアンチセンス分子を患者に投与し
得る。
別の実施例では、上述した免疫異常症の治療又は予防のために、HGBPをコ
ードするポリヌクレオチドの相補配列、つまりアンチセンス分子を患者に投与し
得る。
別の実施例では、上述した治療用タンパク質、アンタゴニスト、抗体、アゴニ
スト、アンチセンス配列又はベクターの何れかを、他の適切な薬剤と組み合わせ
て投与し得る。当業者であれば、併用療法において使用するための適切な薬剤を
、既存の医薬上の原理に基づいて選択することができよう。治療薬を組み合わせ
ることにより、上述した種々の疾患の治療又は予防に効果を上げる相乗作用を与
え得る。この方法を用いることにより、より少ない投与量の各薬剤で同じ治療効
果を上げることができ、従って副作用の可能性を減らすことができる。
HGBPのアンタゴニスト又はインヒビターは、周知の方法を用いて製造する
ことができる。詳述すると、精製されたHGBPを用いて抗体
を精製したり、或いはHGBPに特異的に結合するものを同定するべく薬物のラ
イブラリーをスクリーニングすることができる。
抗体は、周知の方法を用いて作り出すことができる。このような抗体には、以
下に限定されないが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、
一本鎖抗体、Fabフラグメント、及びFab発現ライブラリーにより産生され
たフラグメントが含まれ得る。中和抗体(即ち二量体形成を阻害する抗体)は治
療の用途に特に好適である。
抗体を産生するため、HGBP或いは免疫学的特性を保持するその任意の一部
、断片或いはオリゴペプチドを注射することによって、ヤギ、ウサギ、ラット、
マウス等を含む種々の宿主を免疫することができる。宿主の種に応じて、種々の
アジュバントを免疫学的反応を増強するために用いることができる。そのような
アジュバントには、以下のものに限定はしないが、フロイントのアジュバント、
水酸化アルミニウムのような無機質ゲルアジュバント、リゾレシチンのような界
面活性物質アジュバント、プルロニックポリオールアジュバント、ポリアニオン
アジュバント、ペプチドアジュバント、油性乳剤アジュバント、キーホールリン
ペットヘモシニアンアジュバント並びにジニトロフェノールアジュバントが含ま
れる。BCG(カルメット‐ゲラン杆菌)及びコリネバクテリウム−パルヴム(
Corynebacterium parvum)は有用なヒトアジュバントである。
好ましくは、HGBPに対する特異的抗体を誘発するために用いられるペプチ
ドは、5個以上のアミノ酸、より好ましくは10個以上のアミノ酸からなるアミ
ノ酸配列を有し得る。また好ましくは、これらの配列は、自然タンパク質のアミ
ノ酸配列の一部と同一であり、小形の自然発生の分子の全アミノ酸配列を含んで
いてもよい。HGBPアミノ酸の短いストレッチを、キーホールリンペットヘモ
シアニン及びキメラ分子に
対して産生された抗体のような他のタンパク質の配列に融合してもよい。
HGBPのモノクローナル抗体は、培地内の連続株細胞によって抗体分子を産
生する任意の技術を用いて調製できる。このような技術には、以下のものに限定
はしないが、ハイブリドーマ技術、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術、及びEBV
−ハイブリドーマ技術(Koehler,G.等(1975)Nature 256:495-497;Kozbor,D.
等(1983)Immunol Today 4:72;Cote,R.J.等(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.80:
2026-2030;Cote,S.P.等(1985)Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,A
lan R Liss Inc,pp77-96)が含まれる。
さらに、適切な抗原特異性並びに生物活性を有する分子を得るための「キメラ
抗体」の産生、即ちヒト抗体遺伝子へのマウス抗体遺伝子の結合のために開発さ
れた技術が用いられる(Morrison,S.L.等(1984)Proc Natl Acad Sci 81:6851-
6855;Neuberger,M.S.等(1984)Nature 312:604-608;Takeda,S.等(1985)N
ature 314:452-454)。別法として、一本鎖抗体の生成のための周知技術を適用
して、HGBP特異的一本鎖抗体を作り出すことができる。近縁な特異性を有す
るが、イディオタイプの構成が異なる抗体は、無作為の免疫グロブリン組み合わ
せライブラリーからの鎖再編成(chain shuffling)により生成することができ
る(Burton D.R.(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.88:11120-3)。
また抗体は、リンパ球集団でのin vivo産生を誘導することにより、或いは文
献(Orlandi等(1989),Proc.Natl.Acad.Sci.86:3833-3837;Winter,G.等199
1,Nature 349:293-299)に開示されているような高度に特異的な結合試薬のパ
ネルや組換え免疫グロブリンライブラリーをスクリーニングすることによっても
生成することができる。
HGBPに対する特異結合部位を含む抗体フラグメントも生成することができ
る。このようなフラグメントには例えば、限定はしないが、抗
体分子のペプシンによる消化で生成することができるF(ab’)2フラグメントや、
F(ab’)2フラグメントのジスルフィド架橋を減らすことにより生成することがで
きるFabフラグメントが含まれる。別法として、所望の特異性を有するモノクロ
ーナルFabフラグメントを迅速かつ容易に同定できるように、Fab発現ライブラリ
ーを作製してもよい(Huse,W.D.等(1989)Science 256:1275-1281)。
所望の特異性を有する抗体を同定するための選別のために種々のイムノアッセ
イを用いることができる。確立された特異性を有するモノクローナル抗体或いは
ポリクローナル抗体のいずれかを用いる競合的結合アッセイ或いは免疫放射線測
定法の種々のプロトコルが当分野ではよく知られている。このようなイムノアッ
セイでは、HGBPとその特異的抗体との複合体の形成、並びに複合体形成の測
定が行われる。特定のHGBPタンパク質上の2つの互いに非干渉なエピトープ
に対して反応するモノクローナル抗体を用いる二部位モノクローナルベースイム
ノアッセイが好適であるが、競合的結合アッセイも用いられる(Maddox(1983),
前出)。
本発明の別の実施例では、HGBPをコードするポリヌクレオチド、またはそ
の任意の断片やアンチセンス配列を、治療目的で用いることができる。或る態様
では、このタンパク質の合成を阻害することが望ましいような状況において、H
GBPをコードするポリヌクレオチドに対するアンチセンスを用いることができ
る。詳述すると、HGBPをコードするポリヌクレオチドに対するアンチセンス
配列で細胞を形質転換することができる。従って、アンチセンス配列を用いて、
HGBP関連の組織損傷を予防したり、遺伝子機能の調節を達成することができ
る。このような技術は現在周知となっており、センス又はアンチセンスオリゴマ
ー、若しくはより大きな断片を、HGBPコーディング配列のコード領
域や調節領域の種々の位置から設計することができる。
レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペス或いはワクシニアウイルスに由来
する発現ベクター、或いは種々の細菌性プラスミドに由来する発現ベクターは、
標的の器官、組織、または細胞群へのヌクレオチド配列の送達のために用いられ
る。当業者によく知られた方法を用いて、HGBPをコードする配列のアンチセ
ンスを発現する組換えベクターを作り出すことができる。これらの技術はSambro
ok等(上記)及びAusubel等(上記)に記載されている。
所望のHGBP断片を高レベルで発現する発現ベクターを細胞または組織にト
ランスフェクトすることにより、HGBPをコードする遺伝子の機能を停止させ
ることができる。このような作製物は、翻訳不可能なセンス配列或いはアンチセ
ンス配列で細胞に導入するために用いることができいる。このようなベクターは
、DNAへ組み込まれない場合ですら、全ての複製物が内在性ヌクレアーゼによ
り分解されるまで、RNA分子を転写し続ける。このような一過性の発現は、非
複製ベクターでも1ヶ月以上、適当な複製エレメントがベクター系の一部である
場合には更に長い期間継続し得る。
上述のように、HGBPをコードする配列の制御領域、即ちプロモータ、エン
ハンサ或いはイントロンに対するアンチセンス分子、DNA、RNAまたはPN
Aを設計することにより遺伝子発現を改変することができる。転写開始部位、例
えばリーダー配列の+10〜−10領域の間に由来するオリゴヌクレオチドが好
適である。また、転写産物がリボソームへの結合するのを防止することによりm
RNAの翻訳を阻止するアンチセンス分子も設計される。同様に、「三重らせん
」塩基対合法を用いて阻害を達成することができる。三重らせん対合は、二重ら
せんが十分にほどけないことでポリメラーゼ、転写因子、或いは調節分子が結合
できないようにする。三重らせんDNAを用いた最近の治療法は、文献(Gee,J
.E.等(1994)於Huber,B.E.及びB.I.Carr,Molecular and Immunologic Approac hes
,Futura Publishing Co,Mt Kisco NY)に記載されている。
リボザイムはRNAの特異的切断を触媒することができる酵素性RNA分子で
ある。リボザイムの作用機序では、相補的標的RNAへのリボザイム分子の配列
特異的ハイブリダイゼーションが行われ、その後エンドヌクレアーゼによる切断
(endonucleolytic cleavage)がなされる。発明の範囲内には、HGBPのエン
ドヌクレアーゼによる切断を特異的かつ効果的に触媒し得る人工合成のハンマー
ヘッド型リボザイム分子も含まれている。
任意のRNA標的可能部分内の特異的なリボザイム切断部位を、初めに、配列
GUA、GUU並びにGUCが後続するリボザイム切断部位に対する標的分子を調べるこ
とによって同定する。一度同定されると、切断部位を含む標的遺伝子の領域に対
応する15〜20個のリボヌクレオチドの間の短いRNA配列を、そのオリゴヌ
クレオチドの機能を停止させる2次構造の特徴について評価することが可能とな
る。候補の標的部分の適切性も、リボヌクレアーゼ保護アッセイを用いて相補的
なオリゴヌクレオチドとのハイブリッド形成に対する接触性をアッセイすること
により評価することができる。
本発明のアンチセンス分子及びリボザイムは、RNA分子を合成するのための
当分野で周知の方法により調製することができる。これらの技術には、固相ホス
ホラミダイト(phosphoramidite)化学合成のようなオリゴヌクレオチドの化学
的合成技術が含まれる。この他、RNA分子を、HGBPをコードするDNA配
列のin vivo及びin vitro転写により生成することができる。このようなDNA
配列は、T7或いはSP6
のような適切なRNAポリメラーゼプロモーターを有する多種のベクターに組み
込むことができる。更に別の方法として、構成的に或いは誘導的にアンチセンス
RNAを合成するアンチセンスcDNA作成物を、株細胞、細胞或いは組織内に
導入することができる。
RNA分子は細胞内安定性を高め及び半減期を長くするために修飾することが
できる。可能な修飾には、限定はしないが、その分子の5’末端か3’末端、或
いはその両方へのフランキング配列の付加や、分子のバックボーン内においてホ
スホジエステラーゼ結合ではなくホスホロチオネート(phosphorothioate)或い
は2’O−メチルを使用することが含まれる。このコンセプトは、PNA生成固
有のものであり、内在性エンドヌクレアーゼにより容易に認識されないアデニン
、グアニン、シチジン、チミン、及びウリジンの、アセチル−、メチル−、チオ
−形態、及び類似の改変形態とともに、イノシン、キュエオシン(queosine)、
及びワイブトシン(Wybutosine)のような従来あまり用いられなかった塩基を含
めることによって、これら全ての分子に拡張することができる。
細胞或いは組織内にベクターを導入するための方法には、上述の方法が含まれ
、これらの方法は、in vivo、in vitro、及びex vivoの使用に対しても同様に適
切なものである。ex vivo治療法の場合には、患者から採取された幹細胞にベク
ターを導入し、自家移植用のクローンとして増殖して同じ患者に戻す方法がある
。またトランスフェクションによるデリバリー、リポソームによるデリバリーは
、当分野でよく知られている。
上述の治療法の任意のものは、例えばイヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ウサギ、サル
、及び最も好ましくはヒトのような哺乳類を含む、任意の適切な被験体に適用す
ることができる。
更に別の実施例は、上述の治療効果のいずれかを発揮させるべく、薬学的に許
容される担体とともに医薬品組成物を投与することに関連する。
このような医薬品組成物は、HGBP、HGBPに対する抗体、HGBPの擬似
物、アゴニスト、アンタゴニスト、又はインヒビターからなるものであり得る。
この医薬品組成物は、単体で、或いは例えば安定剤のような1種以上の他の薬剤
と組み合わせて、任意の無菌の生体適合性製薬用担体に含めて投与される。この
ような担体には、限定はしないが、生理食塩水、緩衝食塩水、ブドウ糖或いは水
が含まれる。これらの分子は、患者に対して、単体で、或いは他の薬品やホルモ
ンと結合して、賦形剤或いは製薬学的に許容される担体と混合される他の医薬品
組成物に含めて投与され得る。本発明の或る実施例では、製薬学的に許容される
担体とは、製薬学的に不活性なものである。
本発明で用いられる医薬品組成物の投与経路には、以下の経路に限定されない
が、経口投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、髄内投与、くも膜下内投
与、心室内投与、経皮投与、皮下投与、腹腔内投与、鼻腔内投与、経腸投与、局
所投与、舌下投与、或いは直腸内投与が含まれ得る。
活性成分に加えて、これらの薬品組成物は、薬学的に用いられ得る調合物内へ
の活性化合物の処理を容易にする賦形剤及び補助剤を含む適切な製薬学的に許容
される担体を含み得る。調合或いは投与に関する技術の詳細は、“Remington's
Pharmaceutical Sciences”(Maack Publishing Co,Easton PA)の最新版におい
て見ることができる。
経口投与用の医薬品組成物は、当分野でよく知られる製薬学的に許容される担
体を用いて適切な剤形に製剤される。このような担体により、薬品組成物は、治
療を受ける患者による経口及び鼻腔摂取のための、錠剤、丸剤、カプセル剤、液
体剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁液或いは類似の製剤として処方さ
れる。
経口投与するための製剤は、活性化合物と固形の賦形剤とを結合する
ことによって得ることができるが、所望に応じて、必要なら適切な補助剤を添加
した後、得られた混合物を粉砕し、顆粒の混合物を処理して、錠剤或いは糖衣剤
核を得ることができる。適切な賦形剤は、ラクトース、スクロース、マンニトー
ル或いはソルビトールを含む砂糖のような糖質或いはタンパク質充填剤、とうも
ろこし、小麦、米、じゃがいも等からのでんぷん、メチルセルロース、ヒドロキ
シプロピルメチルセルロース或いはカルボキシルメチルセルロースナトリウムの
ようなセルロース、アラビアゴム或いはトラガカントのようなゴム、並びにゼラ
チン或いはコラーゲンのようなタンパク質である。必要ならば、架橋結合したポ
リビニルピロリドン、寒天、アルギン酸ナトリウムのようなアルギン酸或いはア
ルギン酸ナトリウムや、その塩のような、崩壊剤或いは可溶化剤が加えられる。
糖衣剤核は、濃縮砂糖溶液のような適切な錠皮を与えられるが、溶液はアラビ
アゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポルゲル剤、ポリエチレングリ
コール並びにまた二酸化チタン、ラッカー溶液及び適切な有機溶剤或いは溶剤混
合物が含み得る。錠剤の識別のため、すなわち活性化合物の量、すなわち投与量
を特徴付けるために染料或いは色素が錠剤或いは糖衣錠皮に加えられてもよい。
経口投与可能な製剤は、ゼラチンからなるプッシュフィットカプセル及びゼラ
チンからなる柔らかい、密封されたカプセル、並びにグリセロール或いはソルビ
トールのような錠皮を含む。プッシュフィットカプセルは、ラクトース或いはで
んぷんのような充填剤或いは結合剤、タルク或いはステアリン酸マグネシウムの
ような潤滑剤、並びに付加的には安定剤と混合された活性処方組成物を含み得る
。柔らかいカプセルでは、活性化合物は、安定剤があるなしにかかわらず、脂肪
油、液体パラフィン、液体ポリエチレングリコールのような適切な液体に溶解或
いは懸濁
される。
非経口投与用の製剤は、水溶性の活性化合物の水溶液を含む。注射用として、
本発明の薬品組成物を水溶液、好適にはハンクの溶液、リンゲル溶液或いは生理
緩衝食塩水のような生理学的に適合性の緩衝液に入れて製剤することができる。
水性の注入懸濁剤は、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、ソルビトール
或いはデキストランのような懸濁剤の粘性を高める物質を含み得る。更に、活性
成分の懸濁液は、適切な油性注入懸濁剤として調製される。適切な親油性の溶媒
或いは媒介物は、胡麻油のような脂肪油や、オレイン酸エチル、トリグリセリド
或いはリポソームのような合成脂肪酸エステルを含む。また懸濁剤は、所望に応
じて、それにより溶解度を増加し、非常に濃縮された溶液の調製ができるように
なる適切な安定剤或いは薬剤を含んでもよい。
局所的投与または経鼻粘膜投与用には、浸透される特定の障壁に対して適切な
浸透剤を用いて調合が行われる。このような浸透剤は、一般に周知である。
本発明の薬品組成物は周知の方法、例えば従来の混合処理、溶解処理、顆粒化
処理、糖衣形成処理、研和処理、乳化処理、封入処理(entrapping)処理或いは凍
結乾燥処理により製造される。
この医薬品組成物は塩類として提供されることもあり、限定はしないが、塩酸
、硫酸、酢酸、乳酸、酒石酸、リンゴ酸、コハク酸等を含む、多くの酸とともに
形成することができる。塩は、対応する遊離塩基形態である水性或いはプロトニ
ック溶剤において、より可溶性が高くなる傾向がある。他の場合には、好適な製
剤は、1mM〜50mMのヒスチジン、0.1%〜2%のショ糖、使用前に緩衝
剤と結合させたpH範囲4.5〜5.5にある2%〜7%のマンニトールにおけ
る凍結乾燥粉末である。
医薬上許容される担体内に製剤された本発明の化合物を含む組成物は、調製さ
れた後、適切な容器内に入れて、さらに提示した疾病状態の治療のためにラベル
付けすることができる。HGBPの投与の場合、このようなラベルには、投与の
量、頻度、方法が表示される。
本発明において使用するために適切な医薬品組成物は、活性成分を所望の目的
を達成するための有効量含む組成物である。有効量の決定は、当業者の能力の範
囲内で十分行うことができる。
任意の化合物について、治療的有効量は、初めに、新生物細胞、或いは通常マ
ウス、ウサギ、イヌ、ブタのような動物モデルの何れかの細胞培地のアッセイか
ら推定される。次いで、このような情報を用いて、ヒトにおける有効量や投与経
路を決定することができる。
治療上の有効量とは、症状や状態を改善するタンパク質、その抗体、アンタゴ
ニスト、またはインヒビターの量である。そのような化合物の毒性及び治療的有
効性は、例えばLD50(個体群の50%の致死投与量)及びED50(個体群
の50%における治療的有効量、50%有効量)を決定するための、細胞培地或
いは実験動物における標準的な製薬学的方法により決定することができる。毒性
と治療有効性との間の投与量比は治療指数であり、LD50/ED50の比とし
て表すことができる。大きな治療指数を示す医薬品組成物が好ましい。これらの
細胞培地のアッセイ及び付加的な動物研究から得られるデータは、ヒトへの使用
に対する投与量の範囲を決める際に用いることができる。そのような化合物の投
与量は、毒性がほとんど或いは全くなく、ED50を達成する循環濃度の範囲内
にあることが望ましい。投与量は、用いられる剤形、患者の感受性並びに投与経
路に応じてこの範囲内で変化する。
正確な投与量は治療されるべき患者を考慮して個々の医師により選択される。
投与量及び投薬量は、十分なレベルの活性成分を与え、かつ所
定の効果を維持するために調節される。考慮すべき付加的な要因は、疾患状態の
重症度、または患者の年齢、体重並びに性別、食事、投与の時間及び頻度、併用
する薬剤、反応感受性、並びに治療への耐性/反応を含む。長期的に作用する薬
品組成物は3〜4日毎に、1週間毎に、或いは半減期及び特定の処方のクリアラ
ンス速度に応じて2週間に1度投与してもよい。
通常の投与量は0.1〜100,000μgの範囲にあって、全投与量は最大
約1gであり、投与経路に応じて変わってくる。特定の投与量或いは送達の方法
に関する手引きは、当分野の実施者が通常入手できる文献において見出すことが
できる。当業者なれば、ヌクレオチドに対しては、タンパク質やインヒビター用
の剤形とは異なる剤形を採用するであろう。同様に、ポリヌクレオチドまたはポ
リペプチドの送達方式は、特定の細胞、状態、位置等によって決まってくる。
診断
別の実施例において、HGBPに特異的な抗体は、HGBPの発現を特徴とす
る状態や疾病の診断や、HGBPで治療を受けている患者のモニタリングのため
のアッセイにおいて役立つ。診断目的で有用な抗体は、上述の治療用のものと同
じように調製することができる。HGBPの診断的測定法には、ヒトの体液、細
胞或いは組織の抽出物においてHGBPを検出するために抗体或いは標識を利用
する方法が含まれる。本発明のポリペプチド及び抗体は、修飾したものでも、修
飾なしでも用いることができ、共有結合、或いは非共有結合かのいずれかでリポ
ーター分子と結合することにより標識することができる。種々のリポーター分子
が周知となっており、その幾つかについては上記した。
例えばELISA(酵素結合免疫測定法)、RIA(ラジオイムノアッセイ)
並びにFACS(蛍光表示式細胞分取器法)を含む、HGBPを測定するための種々
のプロトコルが当分野では周知であり、これによってHGBP発現の変化や異常
を診断するための基礎が得られる。HGBPの発現の正常値、つまり標準値は、
哺乳類、好ましくはヒトの正常被験者から得られる体液或いは細胞抽出物とHG
BPに対する抗体とを、複合体形成に適した条件の下で結合することによって得
ることができる。標準の複合体形成量は、種々の方法、好ましくは測光手段を用
いることにより定量することができる。被験者、対照標準、及び生検組織からの
患部組織サンプルにおいて発現されたHGBPの量を、標準値と比較する。標準
値と被験者の値との偏差で、疾病診断のパラメータが確立される。
本発明の別の実施例では、HGBPをコードするポリヌクレオチドを、診断目
的で用いることができる。使用できるポリヌクレオチドには、オリゴヌクレオチ
ド配列、アンチセンスRNA及びDNA分子、及びペプチド核酸(PNA)が含
まれる。このポリヌクレオチドは、HGBPの発現が疾病と相関性を有する生検
組織における遺伝子発現を検出し、定量するために用いられる。診断的測定は、
HGBPが存在、不存在、及び過剰発現の何れの状態にあるかを区別したり、治
療的介入の際にHGBPレベルの調節をモニタリングするのに役立つ。
或る態様では、HGBPまたは近縁な分子をコードする、ゲノム配列を含むポ
リヌクレオチド配列を検出できるハイブリダイゼーションプローブ或いはPCR
プローブを用いて、HGBPをコードする核酸配列を同定することができる。そ
して、そのプローブの特異性、即ち、そのプローブが非常に高度な保存領域(例
えば5’調節領域における10個の独特のヌクレオチド)と、保存的である度合
いの低い領域(例えば特に3’領域におけるシステイン残基の間の領域)の何れ
に由来するのかということ、及びハイブリダイゼーション或いは増幅の(高い、
中程度の
或いは低い)厳密性によって、そのプローブが自然発生HGBPのみを同定する
ものであるか、或いはアレル配列や近縁な配列も同定するものであるかというこ
とが決まってくる。
プローブは、近縁なインヒビターをコードする配列を検出するためにも用いる
ことができ、好ましくは、これらのHGBPをコードする任意の配列から得られ
るヌクレオチドを少なくとも50%含むべきである。本発明のハイブリダイゼー
ションプローブは、配列番号:2のヌクレオチド配列か、自然発生HGBPのイ
ントロン、プロモータ、及びエンハンサーエレメントを含むゲノムの配列に由来
するものであり得る。
HGBPをコードするDNAに対して特異的なハイブリダイゼーションプロー
ブの作製のための他の手段には、HGBPやHGBP誘導体をコードする核酸配
列を、mRNAプローブ生成のためのベクターにクローン化する方法がある。こ
のようなベクターは周知で市販されており、適切なRNAポリメラーゼや適切な
放射性標識ヌクレオチドを付加することにより、in vitroでのRNAプローブを
合成のために用いることができる。ハイブリダイゼーションプローブは種々のリ
ポータ分子により標識することができ、この標識には、32Pや35Sのような放射
性核種、アビジン/ビオチン結合系によりプローブに結合するアルカリホスファ
ターゼのような酵素標識等が含まれる。
HGBPをコードするポリヌクレオチド配列をHGBPの発現に関連する状態
又は疾病の診断のために用いることができる。このような状態又は疾病の例には
、高血圧症、心筋梗塞、心血管性ショック、口峡炎、不整脈、喘息、片頭痛のよ
うな平滑筋異常;心臓、脳、卵巣、副甲状腺、乳房、結腸、脾臓、肺、腎臓、前
立腺、膀胱、肝臓、傍神経節、小腸、甲状腺、子宮、骨、皮膚、血液、及び膵臓
の癌のような癌;及びアジソン病、気管支炎、皮膚筋炎、多発筋炎、腎炎、クロ
ーン病、糖尿病、肺
気腫、グレーブス病、萎縮性胃炎、エリテマトーデス、重症筋無力症、多発性硬
化症、自己免疫性甲状腺炎、潰瘍性大腸炎、貧血症、膵炎、強皮症、リウマチ性
及び変形性関節炎、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、及び痛風のような免
疫異常症が含まれる。HGBPをコードするポリヌクレオチド配列は、HGBP
発現の変化を検出するための生検組織や体液を試験するための、サザンブロット
法或いはノーザンブロット法、ドットブロット法或いは他の膜ベース技術、PC
R技術、ディップスティック試験法(試験紙法)、ピン或いはチップ技術及びEL
ISAアッセイにおいて用いることができる。このような定性的或いは定量的試験
方法は当分野ではよく知られている。
特定の態様では、種々の癌、特に上述の癌の活性化または誘導を検出するアッ
セイにおいてHGBPをコードするヌクレオチド配列が役立ち得る。HGBPを
コードするヌクレオチド配列を標準的な方法で標識し、ハイブリダイゼーション
複合体の形成に適した条件の下で患者の体液や組織サンプルに加える。適切なイ
ンキュベーション時間の経過後、このサンプルを洗浄しシグナルを定量して、標
準値を比較する。生検サンプルまたは抽出サンプルにおけるシグナルの量が、比
較できる対照サンプルのシグナル量と有意に異なっている場合、このヌクレオチ
ド配列はサンプルのヌクレオチド配列とハイブリダイズしており、サンプルにお
けるHGBPをコードするヌクレオチド配列のレベルの変化が存在することは、
関連疾患の存在を示している。このようなアッセイは、動物実験、臨床試験、ま
たは個々の患者の治療のモニタリングにおける特定の治療措置の効果を評価する
ために用いることもできる。
HGBPの発現が関係する疾病の診断の基礎を得るために、正常な、或いは標
準の発現プロフィールを確立する。この標準プロフィールは、動物或いはヒト何
れかの正常な被験者から得られる体液或いは細胞抽出
物を、ハイブリダイゼーション或いは増幅に適切な条件下で、HGBPをコード
する配列又はその一部分と結台することにより確立される。標準のハイブリッド
形成量は、既知の量の実質的に精製されたHGBPが用いられる同一の実験で得
られる値と、正常被験者に対して得られる値とを比較することにより定量するこ
とができる。正常なサンプルから得られた標準値は、疾病の症状を示す患者から
のサンプルから得られる値と比較することができる。標準値と被験者値との偏差
を用いて疾病の存在を確認する。
ひとたび疾患が確認され、治療プロトコルが開始されると、患者での発現レベ
ルが正常な患者において観察されるレベルに近づき始めたか否かを評価するため
に、このようなアッセイが定期的に繰り返される。継続的なアッセイから得られ
る結果を用いて、数日間或いは数ヶ月の期間にわたる治療効果を知ることができ
る。
癌については、患者の生検組織において転写物が比較的少ない量存在すること
が疾病の発生の素因を示し、つまり実際の臨床的症状が現れる前に疾病を検出す
る手段となり得る。この型の一層確定的な診断により、医療従事者が予防的処置
を講じたり、より早期に積極的な治療を開始することが可能となり、疾病の発生
や更なる進行を予防することができるようになり得る。
HGBPをコードするオリゴヌクレオチドの別の診断目的の使用では、PCR
を使用することがある。このようなオリゴマーは一般には化学的に合成するが、
酵素を用いて作製したり、或いは組換え体を起源として作り出すこともできる。
オリゴマーは、特定の遺伝子或いは状態を識別するために最適な条件下で用いら
れる2つのヌクレオチド配列、即ちセンス方向(5’→3’)のヌクレオチド及
びアンチセンス方向(3’←5’)のヌクレオチドからなる。同一の2つのオリ
ゴマー、入れ子オリ
ゴマーの組、或いはオリゴマーの縮重プールでさえ、近縁なDNAまたはRNA
配列の検出や定量のためのより厳密性の低い条件の下であっても用いることがで
きる。
さらにHGBPの発現を定量するための方法には、放射性標識(radiolabelin
g)或いはビオチン標識ヌクレオチドの利用、コントロールの核酸の同時増幅(c
oamplification)の利用、並びに実験結果を補完して引かれた標準的なグラフ曲
線の利用も含まれる(Melby PC等1993 J Immunol Methods 159:235-44;Duplaa
C等1993 Anal Biochem 229-36)。多数のサンプルの定量は、ELISA形式の連続ア
ッセイを実行することにより一層迅速に行うことができる。このアッセイでは目
的のオリゴマーが様々な希釈溶液中に存在し、分光光度計を用いる分析或いは比
色分析反応により迅速に定量することができる。
本発明の別の実施例では、HGBPをコードする核酸配列を用いて、自然発生
のゲノム配列マッピングのためのハイブリダイゼーションプローブを生成するこ
とができる。この配列を、よく知られた技術を用いて特定の染色体或いはその染
色体の特定領域に対してマッピングすることができる。このような技術には、FI
SH、FACSや人工染色体作製物の使用、例えば酵母菌人工染色体、細菌性人工染色
体の細菌性P1作製物、Price,C.M.(1993;Blood Rev 7:127-34)及びTrask,B
.J.(1991;Trends Ganet 7:149-54)に概要が示されている単染色体cDNAラ
イブラリーの使用が含まれる。
FISH(Verma等(1988)Human Chromosomes:A Manual of Basic Technioue,Pe
rgamon Press,New York”に記載)は、他の染色体マッピング技術及び遺伝子地
図データと関係を有し得る。遺伝子地図データの例は、1994 Genome Issue of S
cience(265:1981f)に見ることができる。物理的染色体地図上でのHGBPをコ
ードする配列の位置と、特定
の疾病(または特定の疾病の素因)との相関関係を助けとして、ある遺伝病が関
係するDNAの領域の限界決定ができる。本発明のヌクレオチド配列を用いて、
正常者とキャリアまたは患者との遺伝子配列の違いを検出することができる。
染色体調製物のin situハイブリダイゼーション及び確定された染色体マーカ
ーを用いる連鎖解析のような物理的地図作成技術は、遺伝子地図を延長するため
に大変重要である。多くの場合、特定のヒト染色体の数或いは腕が未知であって
も、マウスのような別の哺乳類種の染色体上の遺伝子配置から、関連するマーカ
ーがわかる。新しい配列は、物理的マッピングにより染色体のアーム、或いはそ
の一部へ割当てることができる。これは位置クローニング或いは他の遺伝子発見
技術を用いて疾患遺伝子を調査する研究者に貴重な情報を提供する。ひとたび毛
細血管拡張性運動失調(AT)のような疾患或いは症候群が、特定のゲノム領域へ
、例えばATならば11q22-23(Gatti,R.A.等(1988)Nature 336:577-580)へ、遺伝
子連鎖によって粗い局所化がなされれば、その領域にマッピングされる任意の配
列は、さらなる研究のための関連する遺伝子、或いは調節遺伝子ということにな
る。本発明のヌクレオチド配列は、正常者とキャリアまたは患者との間の、転座
、逆位等による染色体位置の違いを検出するために用いることもできる。
本発明の別の実施例では、HGBPや、その触媒作用性または免疫原性フラグ
メント或いはオリゴペプチドを、種々の薬物スクリーニング技術において治療用
化合物のスクリーニングのために用いることができる。そのような試験において
用いられるフラグメントは、溶液に遊離した形態か、固体支持体へ付着したもの
か、細胞表面へ付着したものか、或いは細胞内に存在するものであり得る。HG
BPと試験される薬剤との結合複合体形成が測定され得る。
HGBPポリペプチドへの適切な結合親和性を有する化合物の高スループット
スクリーニングのために用いることができる別の薬物スクリーニング技術が、公
開されたPCT出願WO84/03564に詳細に記載されている。この方法をHGBPに適
用する場合には、多数の異なる小形ペプチドの試験用化合物を、プラスチックピ
ン或いは他の表面のような固体基質上で合成する。ポリペプチド試験用化合物を
HGBP又はその断片と反応させ、洗浄する。次いで結合HGBPを当分野で周
知の方法により検出する。また、前述の薬物スクリーニング技術において使用す
るために、精製HGBPをプレート上に直接コーティングすることもできる。こ
の他、ペプチドを捕捉し固体支持体上にペプチドを固定するために非中和抗体を
用いることができる。
別の実施例では、HGBPに結合し得る中和抗体が、HGBPとの結合につい
て試験化合物と特異的に競合する競合的薬物スクリーニングアッセイを使用する
ことができる。このように、抗体を用いて、1または2以上のHGBPと共通の
エピトープを有する任意のペプチドの存在を検出することができる。
更に別の実施例では、ここに開示するHGBPをコードするヌクレオチド配列
は、その新技術が、以下に限らないが、例えばトリプレット遺伝暗号及び特異的
塩基対合相互作用のような特性を含む、現在周知のヌクレオチド配列の特性に基
づく技術であれば、まだ開発されていない分子生物学的技術においても用いるこ
とができる。
以下に示す本発明の実施例は、単なる例示であって、本発明をこの実施例に限
定しようとするものではない。実施例
1 BRSTTUT14 cDNAライブラリーの作製
BRSTTUT14 cDNAライブラリーを、年齢62歳の白人女性から、片側拡大単
純乳房切除術の際に採取された癌性乳房組織から作製した。症状が示すのは、浸
潤性部グレード3(4段階の3)、核部グレード3(3段階の3)の腺管癌で、
上外側4分の1区に堅い腫瘤塊を形成していた。その部位の腺管癌(コメド型)
は、60%の腫瘤塊からなるものであった。転移性腺癌は、腋窩リンパ節の1つ
(14個のなかの1つ)において、節周囲拡大のない形態のものが同定された。
免疫組織化学的染色により、腫瘍細胞はエストロゲン受容体について強い陽性を
示し、プロゲステロン受容体について弱い陽性を示すことが分かった。患者の既
往症には、良性結腸新生物、高脂血症及び肥満症が含まれていた。家族歴には、
兄弟の悪性結腸新生物、悪性卵巣新生物、及び悪性上肺葉新生物が含まれていた
。
冷凍組織を、Brinkmann Homogenizer Polytron PT-3000(Brinkmann Instrumen
ts,Westbury,NY)を用いて、Trizol試薬(lgmの組織/10mlのTrizol;Cat.#1029
6-028;Gibco/BRL,Gaithersburg,MD)、即ち単一組成細胞のフェノールとグアニ
ジンイソチオシアネートの溶液においてホモジナイズし溶解した。氷冷しながら
短時間インキュベートした後、クロロホルム(1:5v/v)を添加し、溶解産物を遠
心分離にかけた。上側のクロロホルム層を新しい試験管に取り出し、RNAをイ
ソプロパノールで抽出し、DECP処理した水に再度懸濁し、37℃で25分間DNアー
ゼ処理した。RNAを酸性フェノールクロロホルムpH4.7でもう一回抽出し、0.3
M酢酸ナトリウム及び2.5倍量のエタノールを用いて沈殿させた。mRNAをQiag
en Oligotex kit(QIAGEN,Inc.,Chatsworth,CA)を用いて単離し、cDNA
ライブラリーの作製に用いた。
このmRNAは、SuperScript Plasmid System for cDNA Synthesis
and Plasmid Cloning(Cat.#18248-013,Gibco/BRL)の推奨プロトコルに従って
取り扱った。cDNAはSepharose CL4Bカラム(Cat.#275105,Pharmacia)で分
画化し、400bpを越えるcDNAをpINCY1にリゲートした。次にこのプラスミド
pINCY1をDH5aTMコンピテント細胞(Cat.#18258-012,Gibco/BRL)に入れて形質
転換させた。
2 cDNAクローンの単離及び配列決定
プラスミドDNAは細胞から放出され、REAL Prep 96 Plasmid Kit(Catalog#
26173,QIAGEN,Inc.)を用いて精製した。このキットは、マルチチャネル試薬デ
ィスペンサーを用いて、96穴のブロックにおける96個のサンプルの同時精製
が可能である。推奨プロトコルを用いたが、以下の点を変更した。(1)25mg
lLのカルベニシリン及び0.4%のグリセロールと共に1mlの滅菌Terrific Bro
th(Catalog#22711,Gibco/BRL)において細菌を培養した。(2)植菌の後、培
地を19時間インキュベートし、インキュベーションの終わりに、細胞を0.3
mlの溶解バッファに溶解した。(3)イソプロパノール沈殿の後、プラスミドD
NAペレットを0.1mlの蒸留水に再懸濁した。プロトコルの最終ステップの後
、サンプルを96穴ブロックに移し4℃で保管した。
このcDNAの配列決定は、Peltier Thermal Cyclers(PTC200 from MJ Rese
arch,Watertown,MA)及びApplied Biosystems 377 DNA Sequencing Systemsと
組み合わせてHamilton Micro Lab 2200(Hamilton,Reno,NV)を用いてSanger
らの方法(1975,J.Mol.Biol.94:441f)により行い、読み枠を決定した。
3 cDNAクローン及びそれらの類推されるタンパク質の相同性検索
配列表のヌクレオチド配列及び、それらから類推されるアミノ酸配列を問い合
わせ配列として用いて、例えばGenBank,SwissProt、BLOCKS、
及びPima IIのようなデータベースを検索した。これらのデータベースには既に
同定された配列が注釈付きで含められており、BLAST(Basic Local Alignment T
oolを表す)を用いて相同性(類似性)を有する領域をこのデータベースのなか
から検索した(Altschul S.F.(1993)J.Mol.Evol.36:290-300;Altschul.S.F.
等(1993)J.Mol.Biol.215:403-410)。
BLASTはヌクレオチド及びアミノ酸配列の両方のアライメントを生成して配列
類似性を決定する。そのアライメントの局所性のために、BLASTは厳密な一致、
すなわち原核生物(細菌)や真核生物(動物、菌類、又は植物)を起源とするホ
モログを求める際に特に有効である。一次配列パターンや二次構造ギャップペナ
ルティを処理する際には、本明細書に一体に引用されたSmith RF及びTF Smith(
1992,Protein Engineering 5:35-51)に記載のもののような他のアルゴリズム
を用いることができる。本明細書に開示された配列の長さは少なくとも49ヌクレ
オチドであり、不必要な塩基は12%以下である(ここで、NはA、C、G、又は
T以外と記録されたものである)。
BLAST法は、本明細書に一体に引用されたKarlin,S及びS.F.Atschul(1993;Pr
oc.Nat.Acad.Sci.90:5873-7)に詳細に記載されているように、問い合わせ
配列とデータベースの配列の一致を検索する。BLASTは発見したあらゆる配列の
一致の統計的有意性を評価して、ユーザが選択した有意性の閾値を満たす一致の
みを報告する。本出願での閾値は、ヌクレオチドで10-25、ペプチドで10-14
に設定した。
インサイト社のヌクレオチド配列を、霊長類(pri)、げっ歯類(rod)、及び
他の哺乳類配列(mam)のGenBankデータベースで検索した。次に同じクローンか
ら類推されたアミノ酸配列を、GenBankの機能性タンパク質データベース、哺乳
類(mamp)、脊椎動物(vrtp)、及び真核生物(eukp)で、相同性について検索
した。これらのデータベースは
特定の一致をGixxx±pという形式で報告した(ここでxxxはpri;rod等であり、存
在の場合はp=ペプチドである)。
4 ノーザン法による解析
ノーザン解析は、標識されたヌクレオチド配列と特定の細胞型または組織に由
来するRNAが結合したメンブランとのハイブリッド形成を伴う、遺伝子の転写
物の存在を検出するために用いられる実験技術である(Sambrook等、上述)。
BLAST(Altschul,S.F.1993及び1990,上述)を用いる類似のコンピュータ技
術で、GenBankまたはLIFESEQTMデータベース(Incyte,Palo Alto CA)のような
データベースにおける同一のまたは近縁な分子を検索した。この解析は、多くの
膜ベースのハイブリダイゼーションより非常に短時間で行うことができる。更に
、コンピュータ検索の感度を変更して、ある一致が正確な一致か、相同的である
かの分類を決定することができる。
検索の基準値は、積スコアであり、これは以下の式で定義されるものである。
(配列の一致(%)×最大BLASTスコア(%))/100
この積スコアでは、2つの配列間の類似性の程度、及び配列の長さの一致の双方
が考慮されている。例えば、積スコアが40の場合は、一致は誤差が1〜2%の
範囲で正確であり、スコアが70の場合は正確に一致している。相同な分子は、
通常積スコアとして15〜40を示すものを選択することにより同定されるが、
スコアの低いものは近縁関係にある分子として同定される。
検索の結果は、完全長配列、又はその部分が存在するライブラリー、配列の存
在量(abundance)、及びパーセント存在量(percent abundance)のリストとし
て報告される。存在量は、特定の転写物の検
出回数を直接反映し、パーセント存在量は、存在量をライブラリー内で検出され
た配列の総数で除したものである。
5 HGBPをコードするポリヌクレオチドの延長
完全長HGBPコード化核酸配列(配列番号:2)を用いて、部分的ヌクレオ
チド配列を完全長まで伸長させるための、或いはゲノムライブラリーから5’ま
たは3’配列を得るためのオリゴヌクレオチドプライマーを設計することができ
る。一方のプライマーはアンチセンス方向(XLR)の延長を開始するために合成
され、他方のプライマーはセンス方向(XLF)に配列を延長するために合成さ
れる。これらのプライマーにより、周知のHGBP配列を「外側に」延長し、対
象の制御領域の新しい未知のヌクレオチド配列を含むアンプリコンを生成できる
ようにな
Plymouth MN)、或いは他の適切なプログラムを用いて、長さが22〜30ヌ
クレオチドで50%以上のGC含量を有し、かつ約68〜72℃の温度で標的配
列にアニールするように設計することができる。アピン構造及びプライマー−プ
ライマー二量体化を生じるような任意のヌクレオチドのストレッチの延長は回避
される。
元の選択されたcDNAライブラリーか、ヒトゲノムライブラリーを用いて配
列を延長する。後者のライブラリーは、5’上流配列を得るために最も役立つ。
必要なら、既知領域をさらに延長するために追加のプライマーの組が設計される
。
XL-PCRキット(Perkin Elmer)の説明書の指示に従って、酵素と反応混合物と
を完全に混合することにより、高い忠実度の増幅が得られる。40pmolの各プラ
イマーと、推奨された濃度のキットの他の全ての成分とから増幅を開始する場合
、PCRはPeltier Thermal Cycler(PTC200;MJ Reserch,Watertown MA)を用
いて、以下のパラメー
タで実行される。
ステップ1 94℃で1分間(初期変性)
ステップ2 65℃で1分間
ステップ3 68℃で6分間
ステップ4 94℃で15秒間
ステップ5 65℃で1分間
ステップ6 68℃で7分間
ステップ7 ステップ4〜6をさらに15サイクル反復
ステップ8 94℃で15秒間
ステップ9 65℃で1分間
ステップ10 68℃で7分15秒間
ステップ11 ステップ8〜10を12サイクル反復
ステップ12 72℃で8分間
ステップ13 4℃(その温度を保持)
反応混合物の5〜10μlのアリコットを、低濃度(約0.6〜0.8%)ア
ガロースミニゲル上での電気泳動で解析して、反応物が配列を延長することに成
功したか否かを決定する。最も大きな生成物或いはバンドを選択して、ゲルから
切り出した。さらなる精製には、QIAQuickTM(QIAGEN,Chatsworth CA)のよう
な市販のゲル抽出法を用いる。DNA回収の後、クレノウ酵素を用いて一本鎖ヌ
クレオチドの延び出しを切り取り、再結合及びクローニングを容易にする平滑末
端を作った。
エタノール沈殿の後、生成物を13μlのリゲーション緩衝液内に再溶解し、
1μlのT4−DNAリガーゼ(15単位)及び1μlのT4ポリヌクレオチド
キナーゼを加えて、その混合物を室温で2〜3時間、或いは16℃で一昼夜イン
キュベートする。コンピテントな大腸菌細胞(40μlの適切な溶媒内にある)
を、3μlのリゲーション混合物を
用いて形質転換し、80μlのSOC培地(Sembrook等、上記)で培養する。3
7℃で1時間のインキュベーションの後、全ての形質転換混合物を、2xCarbを含
むLuria Bertani(LB)寒天(Sembrook等、上記)上にのせる。後日、いくつか
のコロニーを各プレートから無作為に選択し、適切な市販の無菌の96穴マイク
ロタイタープレートの個々のウェル内に入れられた150μlの液状LB/2xCarb
培地で培養する。さらに後日、5μlの各一昼夜の培養物を非無菌96穴プレー
ト内に移し、水で1:10に希釈した後、それぞれ5μlのサンプルをPCRア
レイに移す。
PCR増幅のため、4単位のrTthDNAポリメラーゼを含む18μlの濃
縮PCR反応混合物(3.3x)、ベクタープライマー、並びに延長反応に用い
られる遺伝子特異的プライマーの一方或いは両方を各ウェルに加える。増幅は以
下の条件に従って行う。
ステップ1 94℃で60秒間
ステップ2 94℃で20秒間
ステップ3 55℃で30秒間
ステップ4 72℃で90秒間
ステップ5 ステップ2〜4をさらに29サイクル反復
ステップ6 72℃で180秒間
ステップ7 4℃(そのまま保持)
PCR反応物のアリコットを、分子量マーカーと共にアガロースゲル上で移動
させる。PCR生成物のサイズを元の部分的なcDNAと比較して、適切なクロ
ーンを選択し、プラスミドに結合して、配列決定を行う。
6 ハイブリダイゼーションプローブの標識及び使用
配列番号:2の配列に基づくハイブリダイゼーションプローブを用い
て、cDNA、mRNA並びにゲノムDNAをスクリーニングする。約20の塩
基対からなるオリゴヌクレオチドの標識について特に記すが、大きなcDNAフ
ラグメントの場合でも概ね同じ手順を用いる。オリゴヌクレオチドを、50pm
olの各オリゴマーと、250mCiの[γ‐32P]アデノシン三リン酸(Amersh
am)及びT4ポリヌクレオチドキ
る。標識されたオリゴヌクレオチドを、SephadexG-25超精細樹脂カラム(Pharma
cia)を用いて精製する。毎分107カウントのセンス及びアンチセンスオリゴヌ
クレオチドのそれぞれを含む部分を、エンドヌク
の1つを用いて切断したヒトゲノムDNAの典型的な膜ベースのハイブリダイゼ
ーション解析において用いる。
各消化物からのDNAを、0.7%アガロースゲル上で分画化して、ナイロン
膜(Nytran Plus,Schleicher & Schuell,Durham NH)にトランスファーする。
-ハイブリダイゼーションは40℃で16時間かけて行う。非特異的シグナルを
取り除くため、ブロットを、0.1xクエン酸ナトリウム食塩水及び0.5%ド
デシル硫酸ナトリウムまで段階的に厳密性が増す条件下で、室温にて順次洗浄す
る。XOMAT ARTMフィルム(Kodak,Rochester NY)を、Phosphoimager cassette
(Molecular Dynamics,Sunnyvale CA)においてブロットに数時間露光した後、
ハイブリダイゼーションパターンを視覚的に比較する。
7 相補的ポリヌクレオチド、アンチセンス分子
HGBPをコードする配列のアンチセンス分子或いはその任意の一部分は、自
然発生の配列のin vivoまたはin vitro発現を阻害するために用られる。約20
塩基対からなるアンチセンスオリゴヌクレオチドの使用について特に記すが、よ
り大きなcDNAフラグメントの場合でも概
ね同じ方法を用いることができる。第1A図及び第1B図に示すようなHGBP
をコードする配列に基づくオリゴヌクレオチド用いて、自然発生HGBPの発現
を阻害することができる。相補的なオリゴヌクレオチドを、第1A図及び第1B
図に示す最も独特な5’配列から設計し、これを用いてプロモーターが結合する
のを阻害することにより転写を抑制したり、リボソームが転写物に結合するのを
阻害してHGBP転写物の翻訳を抑制することができる。配列番号:2の5’配
列の適切な部分を用いることにより、効果的なアンチセンスオリゴヌクレオチド
が、第1A図及び第1B図に示すポリペプチドのシグナル配列または5’コーデ
ィング配列に翻訳される領域全体にわたる15〜20個のヌクレオチドを含むよ
うになる。
8 HGBPの発現
HGBPの発現は、cDNAを適切なベクター内にサブクローニングし、その
ベクターを宿主細胞にトランスフェクトすることによって行われる。この場合、
前にcDNAライブラリーの作製の際に用いたクローニング用のpSportベクター
を用いて、大腸菌においてHGBPを発現させる。クローニング部位の上流には
、β−ガラクトシダーゼに対するプロモータが存在し、その後ろにはアミノ基末
端Met及びβ−ガラクトシダーゼの7残基が存在する。後続のこれら8つの残基
は、転写に役立つバクテリオファージプロモーターであり、多くの独特の切断部
位を含むリンカーである。
単離されたトランスフェクト菌株を、IPTGを用いて標準的な方法で誘導し、初
めのβガラクトシダーゼの7残基、約5〜15残基のリンカー、及び完全長HG
BPからなる融合タンパク質を作り出す。このシグナル配列は菌培地へのHGB
Pの分泌を誘導し、この培地は後の活性のアッセイにおいて直接用いることがで
きる。
9 HGBP活性の確認
HGBPの活性を、サイトゾルが枯渇したSAR1を用いた酵母菌ミクロソー
ム小胞体形成検査において、HGBPが小胞形成を剌激する能力に基づいて確認
する(Barlowe,C.等(1993)J.Biol.Chem.268(2):873-79)。ミクロソーム及
びサイトゾルは、SARが枯渇した酵母菌細胞から調製する。ミクロソームを、35
S標識プレプロα因子と共にインキュベートする。この35S標識プレプロα因
子は、反応において放射標識タンパク質をミクロソームに転位させ、そこで放射
標識されたタンパク質はグリコシル化されて35S標識プロα因子となる。ミクロ
ソームを洗浄して転位していない標識を取り除き、精製されたHGBPを或るも
のには添加し、或るものには添加せずにインキュベートしてSAR1枯渇サイト
ゾルと反応させる。この反応を水冷することによって止め、遠心分離にかけてミ
クロソームを沈降させる。ミクロソームから形成された小胞は上清に残り、コン
カナバリンAを添加し遠心分離にかけることによって沈殿する。沈殿した小胞を
、βラジオアイソトープカウンタでカウントすることによって定量する。SAR
I枯渇サイトゾルを用いて行った反応の場合と、HGBPを添加したサイトゾル
で行った反応の場合の小胞体形成量の差は、HGBPの活性を表す。
10 HGBP特異的抗体の産生
標準的なプロトコルを用いたウサギの免疫化及び抗体の産生には、PAGE電
気泳動法(Sambrook前出)を用いて実質的に精製されたHGBPを用いる。配列
番号:2から類推されるアミノ酸配列をDNAStarソフトウエア(DNASTAR社)を用
いて解析して免疫抗原性の高い領域を決定し、対応するオリゴペプチドを当業者
には周知の手段により合成して、当業者に周知の方法で抗体を産生するために用
いる。C末端付近の、或いは隣接する親水性領域内のエピトープのような、適切
なエピト
ープを選択するための解析法は、Ausubel等(上記)の論文他に記載されている
。
通常、約15残基の長さを有するオリゴペプチドを、Applied Biosystemsのペ
プチド合成機Model 431Aを用いてfmoc法のケミストリにより合成し、M−マ
レイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシンイミドエステル(MBS:Ausube
l等、上記)を用いた反応によりキーホールリンペットヘモシニアン(KLH、S
igma)に結合する。フロイントの完全アジュバントにおいてオリゴペプチド−K
LH複合体を用いてウサギを免疫する。得られた抗血清の抗ペプチド活性を検査
するには、例えばペプチドをプラスチックに結合し、1%BSAを用いてブロック
し、ウサギ抗血清と反応させて洗浄し、さらに放射性ヨウ素標識されたヤギ抗ウ
サギIgGと反応させる。
11 特異的抗体を用いる自然発生HGBPの精製
自然発生HGBP或いは組換えHGBPは、HGBPに特異的な抗体を用いる
イムノアフィニティークロマトグラフィにより精製することができる。イムノア
フィニティーカラムは、CnBr-activated Sepharose(Pharmacia Biotech社)の
ような活性化クロマトグラフレジンとHGBP抗体とを共有結合させることによ
り構築される。結合後、そのレジンを使用説明書の指示に従って、ブロックし洗
浄する。
HGBPを含む培地をイムノアフィニティーカラムに通し、そのカラムをHG
BPを優先的に吸着できる条件下で(例えば界面活性剤の存在下において高イオ
ン強度バッファで)洗浄する。このカラムを、抗体/HGBP結合を切るような
条件下(例えばpH2〜3のバッファ、或いは高濃度の尿素またはチオシアン酸
塩イオンのようなカオトロピックイオン)で溶出させ、HGBPを回収する。
12 HGBPと相互作用する分子の同定
HGBP又は生物学的に活性なその断片を、125Iボルトンハンター試薬(Bol
tonら(1973)Biochem.J.133:529)で標識する。マルチウェルプレートに予め配
列しておいた候補の分子を、標識したHGBPとともにインキュベートし、洗浄
して、標識HGBP複合体を有する任意のウェルをアッセイする。異なる濃度の
HGBPを用いて得られたデータを用いて、候補の分子とHGBPの会合、親和
性、数の数値を計算する。
上記のすべての刊行物及び特許明細書は、本明細書と一体に参照されたい。本
発明の記載した方法及びシステムの種々の改変は、本発明の範囲及び精神から逸
脱しないことは当業者には明らかであろう。本発明は特に好適な実施例に関連し
て記載されているが、本発明の請求の範囲は、そのような特定の実施例に不当に
制限されるべきではないことを理解されたい。実際には、本発明を実施するため
に記載された方法の種々の改変は、分子生物学或いは関連する分野の専門家には
明らかなように、請求の範囲内に含まれるものである。
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考)
A61P 9/02 A61P 9/10
9/06 9/12
9/10 11/06
9/12 25/06
11/06 35/00
25/06 37/02
35/00 C07K 14/47
37/02 16/18
C07K 14/47 C12N 1/15
16/18 1/19
C12N 1/15 1/21
1/19 C12P 21/02 C
1/21 C12Q 1/68 A
5/10 C12N 15/00 ZNAA
C12P 21/02 5/00 A
C12Q 1/68 A61K 37/02
(81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY,
DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I
T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ
,CF,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,
NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,KE,L
S,MW,SD,SZ,UG,ZW),EA(AM,AZ
,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ,TM),AT
,AU,BR,CA,CH,CN,DE,DK,ES,
FI,GB,IL,JP,KR,MX,NO,NZ,R
U,SE,SG,US
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.配列番号:1のアミノ酸配列又はその断片を含む実質的に精製されたヒトG TP結合タンパク質。 2.請求項1のGTP結合タンパク質をコードする単離され精製されたポリヌク レオチド配列。 3.請求項2のポリヌクレオチド配列と厳密な条件の下でハイブリダイズするポ リヌクレオチド配列。 4.請求項2のポリヌクレオチド配列を含むハイブリダイゼーションプローブ。 5.配列番号:2の配列又はその変異体を含む単離され精製されたポリヌクレオ チド配列。 6.請求項2のポリヌクレオチド配列又はその変異体に相補的なポリヌクレオチ ド配列。 7.請求項6のポリヌクレオチド配列を含むハイブリダイゼーションプローブ。 8.請求項2のポリヌクレオチド配列を含む発現ベクター。 9.請求項8のベクターを含む宿主細胞。 10.配列番号:1のアミノ酸配列を含むポリペプチドの製造方法であって、 (a)該ポリペプチドの発現に適した条件の下で請求項9の宿主細胞を培養す る過程と、 (b)前記宿主細胞の培地から該ポリペプチドを回収する過程とを含むことを 特徴とする配列番号:1のアミノ酸配列を含むポリペプチドの製造方法。 11.請求項1のアミノ酸配列を有する実質的に精製されたGTP結合タンパク 質を、適切な医薬用担体と共に含む医薬品組成物。 12.請求項1のポリペプチドに特異的に結合する精製された抗体。 13.請求項1のポリペプチドの活性を変調する精製されたアゴニスト。 14.請求項1のポリペプチドの活性を低下させる精製されたアンタゴニスト。 15.平滑筋異常の治療方法であって、 そのような治療が必要な患者に、請求項11の医薬品組成物を有効量投与する 過程を含む平滑筋異常の治療方法。 16.癌の治療方法であって、 そのような治療が必要な患者に、請求項14の精製されたアンタゴニストを有 効量投与する過程を含む癌の治療方法。 17,免疫異常症の治療方法であって、 そのような治療が必要な患者に、請求項14の精製されたアンタゴニストを有 効量投与する過程を含む免疫異常症の治療方法。 18.生物学的サンプルにおけるGTP結合タンパク質をコードするポリヌクレ オチドの検出方法であって、 (a)請求項6のポリヌクレオチドと生物学的サンプルの核酸材料とをハイブ リダイズさせ、ハイブリダイゼーション複合体を形成する過程と、 (b)前記ハイブリダイゼーション複合体を検出する過程とを含むことを特徴 とし、 前記複合体の存在が、前記生物学的サンプルにおけるGTP結合タンパク質を コードするポリヌクレオチドの存在と相関性を有することを特徴とする生物学的 サンプルにおけるGTP結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドの検出方 法。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US08/825,780 US5834238A (en) | 1997-04-08 | 1997-04-08 | Human GTP binding protein |
| US08/825,780 | 1997-04-08 | ||
| PCT/US1998/007087 WO1998045441A1 (en) | 1997-04-08 | 1998-04-08 | Human gtp binding protein |
Publications (1)
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|---|---|
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Family
ID=25244905
Family Applications (1)
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|---|---|---|---|
| JP54311898A Pending JP2001518794A (ja) | 1997-04-08 | 1998-04-08 | ヒトgtp結合タンパク質 |
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Families Citing this family (2)
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|---|---|---|---|---|
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-
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