JP2000189180A - L―アミノ酸の製造法 - Google Patents
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Abstract
ア属細菌、及び、その細菌を用いたL−アミノ酸の製造
方法を提供する。 【解決手段】 YeaS、YfiK及びYahNの遺伝子にコードさ
れるL−アミノ酸排出タンパク質の発現量を上昇させる
ことにより、L−アミノ酸の生産性を向上させる。
Description
造方法に関する。より詳しくは、L−アミノ酸生産性エ
シェリヒア細菌及びその細菌を用いるL−アミノ酸、特
にはL−グルタミン酸、L−リジン、L−スレオニン、
L−アラニン、L−ヒスチジン、L−プロリン、L−ア
ルギニン、L−バリン及びL−イソロイシンの製造方法
に関する。
する場合、生産性を向上させるために、自然界から分離
した菌株または該菌株の人工変異株が用いられている。
例えば、L−リジンの場合には、L−リジンを生産する
人工変異株は数多く知られており、その多くはS−2−
アミノエチルシステイン(AEC)耐性変異株であり、ブレ
ビバクテリウム属、コリネバクテリウム属、バチルス
属、またはエシェリヒア属に属している。また、組み換
えDNAを使用して得られた形質転換体の使用(米国特許
第4278765号)等、アミノ酸の生産を増加させる種々の
技術が提案されている。
路の酵素の活性増強や阻害解除型酵素への変換などによ
るものである(エシェリヒア属細菌においては、特開昭
56-18596号公報や国際公開第WO 95/16042号等参照)。
ることによりアミノ酸の生産性を向上させた例として、
コリネバクテリウム属細菌のL−リジン排出遺伝子lysE
を増強したものが知られている。しかしエシェリヒア属
細菌に関してはL−アミノ酸排出タンパク質が存在する
のかさえ知られておらず、よってエシェリヒア属細菌を
用いたL−アミノ酸生産においてL−アミノ酸排出タン
パク質の増強が有効か否かも知られていない。
塩基配列が既に決定されているが(Science, 277, 1453
-1474 (1997))、機能未知のタンパク質も多数存在す
る。
酸の排出に関与するタンパク質を取得し、それにより、
L−アミノ酸の生産性の改良された菌株、及び、改良さ
れた発酵法によるL−アミノ酸の製造法を提供すること
を課題とする。
ノ酸の排出に関与するタンパク質を検索した結果、特定
の遺伝子を増強したときに、対消費糖当たりのL−アミ
ノ酸収率が増大することを見いだし、本発明を完成する
に至った。
性を有するエシェリヒア属細菌であって、以下の(A)
〜(H)のタンパク質からなる群から選ばれる1つ以上
のタンパク質の発現量が上昇することにより、前記L−
アミノ酸の生産性が向上していることを特徴とする細菌
(以下、本発明細菌ともいう)を提供する。 (A)配列表配列番号10に示すアミノ酸配列を有する
タンパク質。 (B)配列表配列番号10に示すアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、または逆位を含むアミノ酸配列からなるタンパク質
であって、そのタンパク質を有する細菌の前記L−アミ
ノ酸の生産性を向上させる活性を有するタンパク質。 (C)配列表配列番号12に示すアミノ酸配列を有する
タンパク質。 (D)配列表配列番号12に示すアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、または逆位を含むアミノ酸配列からなるタンパク質
であって、そのタンパク質を有する細菌の前記L−アミ
ノ酸の生産性を向上させる活性を有するタンパク質。 (E)配列表配列番号14に示すアミノ酸配列を有する
タンパク質。 (F)配列表配列番号14に示すアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、または逆位を含むアミノ酸配列からなるタンパク質
であって、そのタンパク質を有する細菌の前記L−アミ
ノ酸の生産性を向上させる活性を有するタンパク質。 (G)配列表配列番号16に示すアミノ酸配列を有する
タンパク質。 (H)配列表配列番号16に示すアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、または逆位を含むアミノ酸配列からなるタンパク質
であって、そのタンパク質を有する細菌の前記L−アミ
ノ酸の生産性を向上させる活性を有するタンパク質。
〜(D)、(G)及び(H)のタンパク質からなる群か
ら選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇してい
るL−リジン生産性細菌、前記の(A)〜(H)のタン
パク質からなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の
発現量が上昇しているL−グルタミン酸生産性細菌、前
記の(C)及び(D)のタンパク質からなる群から選ば
れる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇しているL−
アラニン生産性細菌、前記の(C)及び(D)のタンパ
ク質からなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発
現量が上昇しているL−バリン生産性細菌、前記の
(C)〜(F)のタンパク質からなる群から選ばれる1
つ以上のタンパク質の発現量が上昇しているL−ヒスチ
ジン生産性細菌、前記の(A)〜(F)のタンパク質か
らなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が
上昇しているL−プロリン生産性細菌、前記の(E)及
び(F)のタンパク質からなる群から選ばれる1つ以上
のタンパク質の発現量が上昇しているL−スレオニン生
産性細菌、前記の(G)及び(H)のタンパク質からな
る群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇
しているL−アルギニン生産性細菌、または、前記の
(C)〜(D)のタンパク質からなる群から選ばれる1
つ以上のタンパク質の発現量が上昇しているL−イソロ
イシン生産性細菌である。
コードするDNAの細胞内のコピー数が上昇しているこ
とが好ましい。また、このDNAは、細胞中のマルチコ
ピーベクター上に保持されているか、または、細胞中の
トランスポゾン上に保持されていることが好ましい。
し、該培地中にL−アミノ酸を生成蓄積せしめ、該培地
から前記L−アミノ酸を採取することを特徴とするL−
アミノ酸の製造法(以下、本発明方法ともいう)も提供
する。
〜(D)、(G)及び(H)のタンパク質からなる群か
ら選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇してい
るL−リジン生産性細菌を用いるL−リジンの製造法、
前記の(A)〜(H)のタンパク質からなる群から選ば
れる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇しているL−
グルタミン酸生産性細菌を用いるL−グルタミン酸の製
造法、前記の(C)及び(D)のタンパク質からなる群
から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇して
いるL−アラニン生産性細菌を用いるL−アラニンの製
造法、前記の(C)及び(D)のタンパク質からなる群
から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇して
いるL−バリン生産性細菌を用いるL−バリンの製造
法、前記の(C)〜(F)のタンパク質からなる群から
選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇している
L−ヒスチジン生産性細菌を用いるL−ヒスチジンの製
造法、前記の(A)〜(F)のタンパク質からなる群か
ら選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇してい
るL−プロリン生産性細菌を用いるL−プロリンの製造
法、前記の(E)及び(F)のタンパク質からなる群か
ら選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇してい
るL−スレオニン生産性細菌を用いるL−スレオニンの
製造法、前記の(G)及び(H)のタンパク質からなる
群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇し
ているL−アルギニン生産性細菌を用いるL−アルギニ
ンの製造法、または、前記の(C)及び(D)のタンパ
ク質からなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発
現量が上昇しているL−イソロイシン生産性細菌を用い
るL−イソロイシンの製造法である。
コードするDNAの、細菌の細胞内のコピー数が上昇し
ていることが好ましい。また、このDNAは、細胞中の
マルチコピーベクター上に保持されているか、または、
細胞中のトランスポゾン上に保持されていることが好ま
しい。
て説明する。以下、特記しない限りアミノ酸の立体配置
はLである。
を向上させる活性又はアミノ酸もしくはアミノ酸アナロ
グに対する耐性を向上させる活性を有するタンパク質の
発現量が上昇している、アミノ酸の生産性を有するエシ
ェリヒア属細菌である。以下、このタンパク質を便宜的
に「アミノ酸排出タンパク質」と呼ぶ。しかし、この用
語は、これらのタンパク質の機能がアミノ酸排出に限定
されることを意味するものではない。
配列番号10、12、14または16に示すアミノ酸配
列を有するタンパク質が挙げられる。
対する選択性を有するものがある。各アミノ酸について
適切なアミノ酸排出タンパク質は、アミノ酸の生産性を
有するエシェリヒア属細菌においてそのアミノ酸排出タ
ンパク質を発現させ、アミノ酸の収率の向上を測定する
こと又はアミノ酸もしくはアミノ酸アナログの最小阻止
濃度(MIC)の増加を測定することによって選択する
ことができる。
0、12または16に示すアミノ酸配列を有するタンパ
ク質が有効である。グルタミン酸の場合には、配列番号
10、12、14または16に示すアミノ酸配列を有す
るタンパク質が有効である。アラニンの場合には、配列
番号12に示すアミノ酸配列を有するタンパク質が有効
である。バリンの場合には、配列番号12に示すアミノ
酸配列を有するタンパク質が有効である。ヒスチジンの
場合には、配列番号12または14に示すアミノ酸配列
を有するタンパク質が有効である。プロリンの場合に
は、配列番号10、10、12または14に示すアミノ
酸配列を有するタンパク質が有効である。スレオニンの
場合には、配列番号14に示すアミノ酸配列を有するタ
ンパク質が有効である。アルギニンの場合には、配列番
号16に示すアミノ酸配列を有するタンパク質が有効で
ある。イソロイシンの場合には、配列番号12に示すア
ミノ酸配列を有するタンパク質が有効である。
る」とは、通常には、E.coliの野生株(例えばMG1655株
及びW3110株)よりも発現量が多いことを意味し、ま
た、遺伝子組換え技術等による改変により菌株を得た場
合には、改変前の菌株よりも発現量が多いことを意味す
る。アミノ酸排出タンパク質の発現量は、アミノ酸排出
タンパク質の定量により直接的に決定してもよいし、ア
ミノ酸排出タンパク質を有するエシェリヒア属細菌の、
アミノ酸もしくはアミノ酸アナログのMICの定量また
はアミノ酸の生産性の定量により間接的に決定してもよ
い。
せる方法としては、アミノ酸排出タンパク質をコードす
るDNAの、細菌の細胞内のコピー数を上昇させる方法
が挙げられる。
ノ酸排出タンパク質をコードするDNA断片を、エシェ
リヒア属細菌で機能するベクターと連結して組み換えD
NAを作製し、これを宿主に導入して形質転換すればよ
い。形質転換株の細胞内のアミノ酸排出タンパク質をコ
ードする遺伝子(アミノ酸排出タンパク質遺伝子)のコ
ピー数が上昇する結果、アミノ酸排出タンパク質の発現
量が上昇する。上記ベクターとしては、マルチコピーベ
クターを用いることが好ましい。
タンパク質遺伝子を上記宿主の染色体DNA上に多コピ
ー存在させることによっても達成できる。エシェリヒア
属細菌に属する細菌の染色体DNA上にアミノ酸排出タ
ンパク質遺伝子を多コピーで導入するには、染色体DN
A上に多コピー存在する配列を標的に利用して相同組換
えにより行う。染色体DNA上に多コピー存在する配列
としては、レペッティブDNA、転移因子の端部に存在
するインバーティッド・リピートが利用できる。あるい
は、特開平2−109985号公報に開示されているよ
うに、アミノ酸排出タンパク質遺伝子をトランスポゾン
に搭載してこれを転移させて染色体DNA上に多コピー
導入することも可能であり、好ましい。いずれの方法に
よっても形質転換株内のアミノ酸排出タンパク質遺伝子
のコピー数が上昇する結果、アミノ酸排出タンパク質の
発現量が上昇する。
pMW118、pUC19等のプラスミドベクター、λ1059、λBF1
01、M13mp9等のファージベクターが挙げられる。また、
トランスポゾンとしては、Mu、Tn10、Tn5が挙げられ
る。
D. M. Morrisonの方法(Methods inEnzymology 68, 326
(1979))あるいは受容菌細胞を塩化カルシウムで処理
してDNAの透過性を増す方法(Mandel, M. and Higa,
A., J. Mol. Biol., 53, 159 (1970))等により行うこ
とができる。
は、上記の遺伝子増幅による以外に、アミノ酸排出タン
パク質遺伝子のプロモーター等の発現調節配列を強力な
ものに置換することによっても達成される(特開平1−
215280号公報参照)。たとえば、lacプロモー
ター、trpプロモーター、tacプロモーター、ラム
ダファージのPRプロモーター、PLプロモーター等が強
力なプロモーターとして知られている。これらのプロモ
ーターへの置換により、アミノ酸排出タンパク質遺伝子
の発現が強化されることによってアミノ酸排出タンパク
質の発現量が上昇する。発現調節配列の増強は、アミノ
酸排出タンパク質遺伝子のコピー数を高めることと組み
合わせてもよい。
出タンパク質の発現量を上昇させてもよい。
子、yeaS遺伝子、yfiK遺伝子及びyggA遺伝
子として知られていた、今まで機能が不明であった遺伝
子にコードされている。従って、アミノ酸排出タンパク
質をコードするDNAは、既知の塩基配列に基づいて
(例えば、エシェリヒア・コリK-12株の染色体の全塩基
配列は既に明らかにされている(Science, 277, 1453-1
474 (1997)))、プライマーを合成し、エシェリヒア属
細菌の染色体DNAを鋳型にしてPCR法により増幅を
行うことによって取得できる。また、既知の塩基配列に
基づいてプローブを調製し、エシェリヒア属細菌の染色
体DNAライブラリーからハイブリダイゼーションによ
り目的のDNA断片を選択することもできる。あるい
は、アミノ酸排出タンパク質をコードするDNAを、既
知の塩基配列に基づいて化学的に合成してもよい。アミ
ノ酸排出タンパク質をコードするDNAの塩基配列の例
としては、配列表配列番号9、11、13または15に
示すものが挙げられる。
ラリーの作製、ハイブリダイゼーション、PCR、プラ
スミドDNAの調製、DNAの切断及び連結、形質転
換、プライマーとして用いるオリゴヌクレオチドの設定
等の方法は、当業者によく知られている通常の方法を採
用することができる。これらの方法は、Sambrook, J.,F
ritsch, E. F., and Maniatis, T., "Molecular Clonin
g A Laboratory Manual, Second Edition," Cold Sprin
g Harbor Laboratory Press (1989)等に記載されてい
る。
質を有するエシェリヒア属細菌のアミノ酸の生産性を向
上させる活性が損なわれない限り、1若しくは複数の位
置での1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、
付加、または逆位を含んでもよい。ここで、「数個」と
は、アミノ酸残基のタンパク質の立体構造における位置
や種類によっても異なる。それは、イソロイシンとバリ
ンのように、アミノ酸によっては、類縁性の高いアミノ
酸が存在し、そのようなアミノ酸の違いが、タンパク質
の立体構造に大きな影響を与えないことに由来する。
質的に同一のタンパク質をコードするDNAは、例えば
部位特異的変異法によって、特定の部位のアミノ酸残基
が置換、欠失、挿入、付加、または逆位を含むように塩
基配列を改変することによって得られる。また、上記の
ような改変されたDNAは、従来知られている変異処理
によっても取得され得る。変異処理としては、アミノ酸
排出タンパク質をコードするDNAをヒドロキシルアミ
ン等でインビトロ処理する方法、及びアミノ酸排出タン
パク質をコードするDNAを保持する微生物、例えばエ
シェリヒア属細菌を、紫外線照射またはN−メチル−
N’−ニトロ−N−ニトロソグアニジン(NG)もしくは
亜硝酸等の通常に変異処理に用いられている変異剤によ
って処理する方法が挙げられる。
欠失、挿入、付加、または逆位等には、アミノ酸排出タ
ンパク質を保持する微生物の個体差、種や株の違いに基
づく場合などの天然に生じる変異(mutantionまたはvar
iantion)も含まれる。
なエシェリヒア属細菌の細胞で発現させ、その細胞のア
ミノ酸の生産性の向上を調べることにより、アミノ酸排
出タンパク質と実質的に同一のタンパク質をコードする
DNAが得られる。
質をコードするDNAまたはこれを保持する細胞から、
例えば配列表の配列番号9、11、13または15に記
載の塩基配列を有するDNAとストリンジェントな条件
下でハイブリダイズし、かつ、エシェリヒア属細菌のア
ミノ酸の生産性を向上させる活性を有するタンパク質を
コードするDNAを単離することによっても、アミノ酸
排出タンパク質と実質的に同一のタンパク質をコードす
るDNAが得られる。ここでいう「ストリンジェントな
条件」とは、いわゆる特異的なハイブリッドが形成さ
れ、非特異的なハイブリッドが形成されない条件をい
う。この条件を明確に数値化することは困難であるが、
一例を示せば、相同性が高いDNA同士、例えば70%
以上の相同性を有するDNA同士がハイブリダイズし、
それより相同性が低いDNA同士がハイブリダイズしな
い条件、あるいは通常のサザンハイブリダイゼーション
の洗いの条件である60℃、1×SSC,0.1%SD
S、好ましくは、0.1×SSC、0.1%SDSに相
当する塩濃度の条件が挙げられる。
子の中には途中にストップコドンが発生したものや、活
性中心の変異により活性を失ったタンパク質をコードす
るものも含まれるが、それらについては、市販の活性発
現ベクターにつなぎ、エシェリヒア属細菌のアミノ酸の
生産性を向上させる活性を前記の方法で測定することに
よって容易に取り除くことができる。
とは、DNAが二本鎖の場合にはそのいずれか一方の鎖
がタンパク質をコードすることを意味する。
細菌において、上記のようにしてアミノ酸排出タンパク
質の発現量を上昇させると、そのアミノ酸の生産量を増
大させることができる。アミノ酸排出タンパク質の発現
量を上昇させるエシェリヒア属細菌としては、目的とす
るアミノ酸を産生する能力(アミノ酸の生産性)を有す
る菌株を用いる。また、アミノ酸排出タンパク質の発現
量が上昇したエシェリヒア属細菌に、アミノ酸の生産性
を付与してもよい。エシェリヒア属に属するアミノ酸生
産菌の例としては、E. coli AJ13199(フランス特許第
2747689号)、公知の材料から得られる細菌(例
えば、後記実施例に記載したE. coli W3110(tyrA)/pCAB
D2、E. coli VL614、E. coli VL2054、E. coli VL216
0、E. coliVL2151、E. coli W3350 argE::Tn10/pKA10)
が挙げられる。
ク質は、以下のようにして本発明者らによって初めて同
定されたものである。
ニン排出タンパク質の遺伝子としてrhtB、rhtCを同定し
ている。本発明者らは、アミノ酸排出タンパク質には共
通する構造が存在するかもしれないという仮説に基づき
データベースの検索を行った。すなわち、rhtBのコード
するタンパク質に対するホモロジー検索をBLAST、及びP
SI-BLAST(Altschul, S. F. et al., Nucleic Acids Re
s., 25, 3389-3402(1997))を用いて、GenBank CDS、PD
B、SWISS-PROT、Spupdate、PIRに対して行った。またtb
lastn searchを微生物ゲノムの部分配列に対して行っ
た。またBLITZ search(Sturrock, S. S., and Collins,
J. F., MPsch version 1.3. Biocomputing research u
nit University of Edinburgh, UK(1993))をSWALL data
baseに対して、SMART search(Ogiwara, I. et al., Pro
tein Sci., 5, 1991-1999(1996))を翻訳データベースや
SWISS-PROTに対して行った。その結果得られた60以上
の候補の中からE.coli由来のものとしてYeaS(GenBank
のACCESSION No.AE000274のf212に対応)、YahN(GenBa
nkのACCESSION No.AE000140のf223に対応)、YfiK(Gen
BankのACCESSION No.AE000344のo195に対応)及びYggA
(GenBankのACCESSION No.AE000375のf211に対応)がRh
tBと機能的に類似する可能性のあるタンパク質として残
った。これらの機能はいずれも不明であったため、実際
にこれらの遺伝子を取得し、その活性を高めることによ
りアミノ酸及びアミノ酸アナログのMIC並びにL-リジ
ン生産に与える影響を確認した。その結果、YeaS、Yfi
K、YahN及びYggAにアミノ酸及びアミノ酸アナログのい
くつかのMICを増大させる効果が見いだされた。さら
に検討した結果、これらの遺伝子のコードするタンパク
質は、アミノ酸特異性があるものの、アミノ酸の蓄積を
増大させる効果があることが判明した。
アミノ酸を生産蓄積せしめ、該培地からアミノ酸を採取
することを特徴とする。
ミン酸、アラニン、バリン、ヒスチジン、プロリン、ス
レオニン、アルギニン、イソロイシンなどが挙げられ
る。
培養および培養液からのアミノ酸の採取、精製等は、従
来の微生物を用いた発酵法によるアミノ酸の製造法と同
様にして行えばよい。培養に使用する培地としては、炭
素源、窒素源、無機物を含有し、必要があれば使用菌株
が生育に要求する栄養源を適当量含有するものであれ
ば、合成培地でも天然培地でもよい。炭素源としては、
グルコースやシュークロースをはじめとする各種炭水化
物、各種有機酸があげられる。また使用する微生物の資
化性によってはエタノールやグリセロール等のアルコー
ルを用いることが出来る。窒素源としては、アンモニア
や、硫酸アンモニウム等の各種のアンモニウム塩類や、
アミン類その他の窒素化合物や、ペプトン、大豆加水分
解物、発酵菌体分解物等の天然窒素源を用いることが出
来る。無機物としては、燐酸一カリウム、硫酸マグネシ
ウム、塩化ナトリウム、硫酸第一鉄、硫酸マンガン、炭
酸カルシウム等が用いられる。
的条件下で行うことが好ましく、培養温度は通常には2
0〜40℃で、好ましくは30〜38℃の範囲で行う。
培地のpHは通常には5〜9の範囲であり、6.5〜
7.2の範囲が好ましい。培地のpHは、アンモニア、
炭酸カルシウム、各種酸、各種塩基、緩衝液などによっ
て調整することができる。通常、1〜3日の培養によっ
て、培養液中に目的とするアミノ酸が蓄積する。
を遠心分離や膜分離法で除去し、イオン交換法、濃縮
法、晶析法等によって目的とするアミノ酸を採取、精製
することが出来る。
説明する。
A断片の調製 エシェリヒア・コリ(E. coli)K-12株の染色体の全塩基
配列は既に明らかにされている(Science, 277, 1453-1
474 (1997))。報告されている塩基配列に基づいてプラ
イマーを合成し、yahN、yfiK、yeaS及びyggAの遺伝子を
PCR法により増幅した。
体DNAを鋳型として用いての調製 染色体DNAを常法(Sambrook, J., Fritsch E. F. an
d Maniatis T. (1989)Molecular cloning: a laborator
y manual, 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Pr
ess, Cold Spring Harbor, N. Y.)により調製した。P
CR反応には、"PCR protocols. Current methods and
applications". (White, B.A., ed. Humana Press, Tot
owa, New Jersey, 1993)に記載の標準条件を用いた。得
られたPCR産物は常法により精製し、下記のように制
限酵素で切断した。
用いて増幅した。 プライマー1:gtgtggaaccgacgccggat (GenBankのACC
ESSION No. AE000140の塩基配列の塩基番号1885〜1904
の配列に相補的な配列;配列番号17) プライマー2:tgttgtatggtacggggttcgag (同塩基配列
の塩基番号223〜245の配列;配列番号18)
uIで切断し、制限酵素PstI及びEcoRVで切断したベクタ
ーpUC21(Vieira, Messing, Gene, 100, 189-194, 199
1)にライゲーションキットを用いて連結した。生成物
によりエシェリヒア・コリTG1のコンピテントセルを形
質転換し(Sambrook, J., Fritsch E. F. and Maniatis
T. (1989) Molecular cloning: a laboratory manual,
2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold
Spring Harbor, N. Y.)、細胞を、IPTG(イソプロピル
−β−D−チオガラクトピラノシド)10μg/ml、X-Gal
(5−ブロモ−4−クロロ−3−インドリル−β−D−
ガラクトシド)40μg/ml及びアンピシリン100μg/mlを
含むL培地(バクトトリプトン10 g/L、イーストエキス
トラクト5 g/L、NaCl 5 g/L、寒天15 g/L、pH7.0)に塗
布し、一晩培養した。出現した白色のコロニーを釣り上
げ、単コロニー分離し、形質転換株を得た。形質転換株
からアルカリ抽出法によりプラスミドを調製し、pYAHN
と名付けた。
用いて増幅した。 プライマー3:ctttgccaatcccgtctccc(GenBankのACCES
SION No. AE000274の塩基配列の塩基番号7683〜7702の
配列に相補的な配列;配列番号19) プライマー4:gccccatgcataacggaaag(同塩基配列の塩
基番号5542〜5561の配列;配列番号20)
し、ベクターpUC19に連結した。上記と同様にエシェリ
ヒア・コリTG1を形質転換し、pYEASと名付けたプラスミ
ドを得た。
用いて増幅した。 プライマー5:gaagatcttgtaggccggataaggcg(5'末端に
制限酵素BglII部位を付加した、GenBankのACCESSION N
o. AE000344の塩基配列の塩基番号4155〜4177の配列;
配列番号21) プライマー6:tggttttaccaattggccgc(同塩基配列の塩
基番号6307〜6326の配列に相補的な配列;配列番号2
2)
unIで切断し、制限酵素BglII及びEcoRIで切断したベク
ターpUC21に連結した。上記と同様にエシェリヒア・コ
リTG1を形質転換し、pYFIKと名付けたプラスミドを得
た。
用いて増幅した。 プライマー7:(GenBankのACCESSION No. AE000375の
塩基配列の塩基番号9606〜9626の配列に相補的な配列;
配列番号23) プライマー8:(同塩基配列の塩基番号8478〜8498の配
列;配列番号24)
びClaIで切断し、同制限酵素で切断したベクターpOK12
(Vieira, Messing, Gene, 100, 189-194, 1991)に連
結した。上記と同様にエシェリヒア・コリTG1を形質転
換し、pYGGAと名付けたプラスミドを得た。
体DNAを鋳型として用いての調製 yahN遺伝子は、プライマー9(配列番号1)及びプライ
マー10(配列番号2)を用いて増幅した。
3)及びプライマー12(配列番号4)を用いて増幅し
た。
5)及びプライマー14(配列番号6)を用いて増幅し
た。
7)及びプライマー16(配列番号8)を用いて増幅し
た。
cI及びXbaI(yggAに対してはEcoRI及びPstI)で切断
し、プラスミドpMW118(日本ジーン製)と連結した。報
告されている塩基配列と一致するDNA断片が挿入され
ているプラスミドを下記のように名付けた。
シェリヒア・コリTG1株の耐性に対する、yahN、yeaS、y
fiK及びyggAのDNA断片の増幅の効果 yeaS、yfiK、yahN及びyggA遺伝子産物の、コリネバクテ
リウム・グルタミカムのリジン輸送体lysE(Vrljic et
al., Mol. Microbiol., 22, 815-826, 1996)及びホモ
セリン排出に関与するRhtBタンパク質に対する相同性
は、これらのタンパク質が同様な機能を有することを示
唆する。抗生物質及び重金属の排出に関与する遺伝子の
発現の増強が薬物に対する耐性のレベルを上昇させるこ
とが知られている(Nikaido, H. J. Bacteriology, 17
8, 5853-5859, 1996)。従って、pYEAS、pYAHN、pYFIK
及びpYGGAプラスミドの、TG1株のアミノ酸酸及びアミノ
酸アナログへの感受性に対する影響を試験した。エシェ
リヒア・コリTG1/pYEAS株、TG1/pYAHN株、TG1/pYFIK
株、TG1/pYGGA株並びに対照株のTG1/pUC21株、TG1/pUC1
9及びTG1/pOK12株を、適切な抗生物質を加えたM9最少
培地でロータリーシェーカーにより培養した一夜培養物
(109 cfu/ml)を、M9最少培地で1:100に希釈し、同
培地で5時間培養した。このようにして得られた対数増
殖期の培養液を希釈し、約104の生存細胞を、2倍づつ
増加させた量のアミノ酸又はアミノ酸アナログを含む、
よく乾かしたM9寒天培地にプレーティングした。この
ようにして、これらの化合物の最小阻止濃度(MIC)
を調べた。
に、yfiK遺伝子の多コピーにより、プロリン、ホモセリ
ン、ヒスチジン、スレオニン、グルタミン酸、リジン、
α−アミノ−β−ヒドロキシ吉草酸(AHVA)、S−
(2−アミノエチル)−L−システイン(AEC)及び
α−アミノ酪酸に対する耐性が増大し、yahN遺伝子の多
コピーにより、プロリンに対する耐性が増大し、yeaS遺
伝子の多コピーにより、スレオニン、ホモセリン、リジ
ン、グルタミン酸、ヒスチジン、プロリン及びα−アミ
ノ酪酸に対する耐性が増大し、yggA遺伝子の多コピーに
より、S−(2−アミノエチル)−L−システイン(A
EC)、リジン及びアルギニンに対する耐性が増大し
た。これらの結果は、yahNを除いて、推定の輸送体が数
種の基質(アミノ酸及びアミノ酸アナログ)に対して特
異性を有すること、または、増幅の結果、非特異性を示
す可能性があることを示している。
びyfiKのDNA断片の増幅の効果 エシェリヒア・コリAJ13199株(フランス特許第2747689
号)を、ベクターpUC21並びにpYAHN、pYEAS及びpYFIKの
それぞれで形質転換し、AJ13199/pUC21株(VKPM B-772
8)、AJ13199/pYAHN株(VKPM B-7729)、AJ13199/pYEAS
株(VKPM B-7731)及びAJ13199/pYFIK株(VKPM B-773
0)を得た。
シリンを含む栄養ブイヨンで37℃において18時間培養し
た。得られた培養物の0.3 mlを、20×200 mm試験管中
の、100 mg/lアンピシリンを含む発酵培地の3 mlに接種
し、ロータリーシェーカーで37℃において48時間培養し
た。培養後、培地中に蓄積したグルタミン酸の量を公知
の方法により測定した。
l)。
に、AJ13199/pYAHN株、AJ13199/pYEAS株及びAJ13199/pY
FIK株は、アミノ酸排出タンパク質の発現量が増大して
いないAJ13199/pUC21株と比較して多量のグルタミン酸
を蓄積した。
のDNA断片の増幅の効果 (1)リジン生産性エシェリヒア属細菌として、国際公
開第WO95/16042号記載の、プラスミドpCABD2が導入され
たE. coli W3110(tyrA)株(欧州特許第488424号記載)
を用いた。具体的には、E. coli W3110(tyrA)株に、プ
ラスミドpCABD2と共にプラスミドpMW118::yahN、pMW11
8::yeaS、pMW118::yfiK及びpMW118のいずれかを導入
し、以下の菌株を得た。
価を行った。用いた培地の組成を以下に示す(単位g/
l)。
しグルコース及びMgSO4・7H2Oは別殺) 局方CaCO3 25g/l(180℃で2時間乾熱滅菌したもの)
てストレプトマイシン20 mg/l及びアンピシリン50 mg/l
を添加した。培養は、温度37℃、攪拌115rpmの条件下
で30時間行った。結果を表3に示す。
り、リジンの蓄積量及び対消費糖収率が向上することが
示される。
して、E. coli VL614株を用いた。この株は、公知のE.
coli VL613株(ロシア特許第1354458号)の誘導体であ
る。VL613株は、公知のGif102株(Theze, J. and Saint
Girons. J.Bacteriol., 118,990-998, 1974)から以下
の三段階の工程で得られた。
エチル)−L−システインに耐性の変異体が選択され、
その中に、リジンを生産できるVL611株が見い出され
た。
与し、トランスポゾンTn2555に位置する遺伝子(Dorosh
enko et al., Mol. Biologiya, 22, 645-658, 1988)
が、ファージP1媒介形質導入によりVL611株に導入さ
れ、VL612株が得られた。
対する耐性を付与する、VKPM B-3996株由来のrhtA23変
異(米国特許第5,175,107号)が、ファージP1媒介形
質導入によりVL612株に導入され、VL613株が得られた。
株(MG1655 zbi3058::Tn10)由来のrhtA遺伝子の野生型
対立遺伝子の、VL613株への形質導入により得られた。
形質導入体は、10 mg/lテトラサイクリンを含むL培地
で選択され、その中に、10 g/lホモセリンに感受性のVL
614株(rhtA+)が見い出された。
pOK12で形質転換し、VL614/pYGGA株(VKPM B-7719)及
びVL614/pOK12株(VKPM B-7722)を得た。
イシンを含む栄養ブイヨンで37℃において18時間培養し
た。得られた培養物の0.3 mlを、20×200 mm試験管中
の、0.3 g/lメチオニン及び50 mg/lカナマイシンを含む
発酵培地(実施例3)の3 mlに接種し、ロータリーシェ
ーカーで37℃において48時間培養した。培養後、培地中
に蓄積したリジン及びグルタミン酸の量を公知の方法に
より測定した。結果を表4に示す。
は、yggA遺伝子が増強されていないVL614/pOK12株と比
較して多量のリジンを蓄積した。さらに、VL614/pYGGA
株は、VL614/pOK12株よりも多量にグルタミン酸を蓄積
した。
イシン生産に対する、yeaS、yahN及びyfiKのDNA断片
の増幅の効果スレオニン生産性エシェリヒア属細菌とし
て、E. coli VL2054株を用いた。この株は公知のE. col
i VKPM B-3996株(米国特許第5,175,107号)から以下の
ように誘導された。
した。 ・VKPM B-3996株のプラスミド非保持誘導体を、プラス
ミドpVIC40の自然排除(spontaneous elimination)によ
り選択した。 ・E. coli VKPM B-6204株(MG1655 zbi3058::Tn10)由来
のrhtA遺伝子の野生型対立遺伝子を、上記で得られた株
に、実施例4と同様にファージP1媒介形質導入により
導入した。 ・tdh遺伝子に挿入されたTn5トランスポゾンのkan遺伝
子を不活化する変異を、NG突然変異誘発及びスレオニン
を分解できないカナマイシン感受性細胞の選択により得
た。このようにしてVL2053株が得られた。
を、組込みMudベクターへファージλのPRプロモーター
の制御下にクローニングした。さらに、クロラムフェニ
コールに対する耐性を付与するTn9のcat遺伝子を同ベク
ターにクローニングした。得られた構築物を、公知の方
法(米国特許第5,595,889号)により、E. coli C600株
の染色体に挿入した。このようにして得られた株からVL
2053株に形質導入を行い、プラスミド非保持スレオニン
生産性VL2054株を得た。この株は、培養液中に、アラニ
ン、バリン及びイソロイシンも蓄積した。
び、ベクターpUC21のそれぞれにより形質転換し、E. co
li VL2054/pYEAS株(VKPM B-7707)、VL2054/pYFIK株
(VKPM B-7712)及びVL2054/pUC21株(VKPM B-7708)を
得た。
シリンを含む栄養ブイヨンで37℃において18時間培養し
た。得られた培養物の0.3 mlを、20×200 mm試験管中
の、100 mg/lアンピシリンを含む発酵培地(実施例3)
の3 mlに接種し、ロータリーシェーカーで37℃において
48時間培養した。培養後、培地中に蓄積したスレオニ
ン、アラニン、バリン及びイソロイシンの量を公知の方
法により測定した。結果を表5に示す。
は、yfiK遺伝子が増強されていないVL2054/pUC21株と比
較して多量のスレオニンを蓄積した。また、VL2054/pYE
AS株は、yeaS遺伝子が増強されていないVL2054/pUC21株
と比較して多量のアラニン、バリン及びイソロイシンを
蓄積した。
DNA断片の増幅の効果 ヒスチジン生産性エシェリヒア属細菌として、E. coli
VL2160株を用いた。この株は、公知のNK5526 hisG::Tn1
0株(VKPM B-3384)に基づき、CC46株由来のATP-ホスホ
リボシルトランスフェラーゼを非感受性にするhisGR変
異(Astvatsaturianz et al., Genetika, 24, 1928-193
4, 1988)のファージP1媒介形質導入により得られ
た。
び、ベクターpUC21のそれぞれにより形質転換し、E. co
li VL2160/pYEAS株(VKPM B-7753)、VL2160/pYFIK株
(VKPM B-7754)及びVL2160/pUC21株(VKPM B-7752)を
得た。
シリンを含む栄養ブイヨンで37℃において18時間培養し
た。得られた培養物の0.3 mlを、20×200 mm試験管中
の、イーストエキストラクトの量を増加し(3 g/l)、100
mg/lアンピシリンを含む発酵培地(実施例3)の3 ml
に接種し、ロータリーシェーカーで34℃において68時間
培養した。
を公知の方法により測定した。結果を表6に示す。
びVL2160/pYFIK株は、yeaS遺伝子及びyfiK遺伝子が増強
されていないVL2160/pUC21株と比較して多量のヒスチジ
ンを蓄積した。
aSのDNA断片の増幅の効果 プロリン生産性エシェリヒア属細菌として、E. coli VL
2151株(W3110 proB*ΔputAP Tn10)を用いた。この株
は、Tn10にリンクしたΔputAP変異をW3350株に形質導入
し、単独の炭素源としてプロリンを使用できないテトラ
サイクリン耐性形質導入体を選択することにより得られ
た。このようにして得られたW3350 ΔputAP Tn10株をNG
で変異誘発処理し、20 mg/lの3,4-デヒドロ-DL-プロリ
ンに耐性の変異体を選択した。この中に、プロリンを生
産できるVL2151株(W3350 proB* ΔputAP Tn10)が見い
出された。
AHN及び、ベクターpUC21のそれぞれにより形質転換し、
E. coli VL2151/pYEAS株(VKPM B-7714)、VL2151/pYFI
K株(VKPM B-7713)、VL2151/pYAHN株(VKPM B-7748)
及びVL2151/pUC21株(VKPM B-7715)を得た。
シリンを含む栄養ブイヨンで37℃において18時間培養し
た。得られた培養物の0.3 mlを、20×200 mm試験管中
の、100 mg/lアンピシリンを含む発酵培地(実施例3)
の3 mlに接種し、ロータリーシェーカーで37℃において
48時間培養した。
公知の方法により測定した。結果を表7に示す。
VL2151/pYAHN株及びVL2151/pYEAS株は、yfiK遺伝子、ya
hN遺伝子及びyeaS遺伝子が増強されていないVL2151/pUC
21株と比較して多量のプロリンを蓄積した。yfiK遺伝子
の増幅が最も顕著な効果を示した。
の増幅の効果 アルギニン生産性エシェリヒア属細菌として、E. coli
W3350 argE::Tn10/pKA10株を用いた。この株は、E. col
i K-12株の受容株において少なくともargA及びargE変異
を相補する、コリネバクテリウム(ブレビバクテリウ
ム)・フラバム由来のDNA領域を含むプラスミドpKA1
0(Kharitonov A. and Tarasov A.P. Molecular Geneti
cs, Microbiology and Virology. No.9, 29-33, 1986)
を保持する。
pYGGA又はベクターpOK21により形質転換し、E. coli W3
350 argE::Tn10/pKA10, pYGGA株(VKPM B-7716)及びW3
350argE::Tn10/pKA10, pOK12株(VKPM B-7718)を得
た。
/lアンピシリン及び50 mg/lカナマイシンを含む栄養ブ
イヨンで37℃において18時間培養した。得られた培養物
の0.3 mlを、20×200 mm試験管中の、100 mg/lアンピシ
リン及び50 mg/lカナマイシンを含む発酵培地(実施例
3)の3 mlに接種し、ロータリーシェーカーで37℃にお
いて48時間培養した。
を公知の方法により測定した。結果を表8に示す。
/pKA10, pYGGA株は、yggA遺伝子が増強されていないW33
50 argE::Tn10/pKA10, pOK12株と比較して多量のアルギ
ニンを蓄積した。
ナル・コレクション・オブ・インダストリアル・マイク
ロオーガニズムズ(Russian National Collection of I
ndustrial Microorganisms;VKPM)に、1998年12月
29日から、括弧内に示した受託番号で(ブタペスト条約
に基づく国際寄託に従い)寄託されている。
−アミノ酸の生産能を向上させることができる。また、
L−アミノ酸の製造方法においてL−アミノ酸の生産速
度を改善することができる。
Claims (26)
- 【請求項1】 L−アミノ酸の生産性を有するエシェリ
ヒア属細菌であって、以下の(A)〜(H)のタンパク
質からなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現
量が上昇することにより、前記L−アミノ酸の生産性が
向上していることを特徴とする細菌。 (A)配列表配列番号10に示すアミノ酸配列を有する
タンパク質。 (B)配列表配列番号10に示すアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、または逆位を含むアミノ酸配列からなるタンパク質
であって、そのタンパク質を有する細菌の前記L−アミ
ノ酸の生産性を向上させる活性を有するタンパク質。 (C)配列表配列番号12に示すアミノ酸配列を有する
タンパク質。 (D)配列表配列番号12に示すアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、または逆位を含むアミノ酸配列からなるタンパク質
であって、そのタンパク質を有する細菌の前記L−アミ
ノ酸の生産性を向上させる活性を有するタンパク質。 (E)配列表配列番号14に示すアミノ酸配列を有する
タンパク質。 (F)配列表配列番号14に示すアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、または逆位を含むアミノ酸配列からなるタンパク質
であって、そのタンパク質を有する細菌の前記L−アミ
ノ酸の生産性を向上させる活性を有するタンパク質。 (G)配列表配列番号16に示すアミノ酸配列を有する
タンパク質。 (H)配列表配列番号16に示すアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、または逆位を含むアミノ酸配列からなるタンパク質
であって、そのタンパク質を有する細菌の前記L−アミ
ノ酸の生産性を向上させる活性を有するタンパク質。 - 【請求項2】 前記L−アミノ酸がL−リジンであり、
前記の(A)〜(D)、(G)及び(H)のタンパク質
からなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量
が上昇している請求項1記載の細菌。 - 【請求項3】 前記L−アミノ酸がL−グルタミン酸で
あり、前記の(A)〜(H)のタンパク質からなる群か
ら選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇してい
る請求項1記載の細菌。 - 【請求項4】 前記L−アミノ酸がL−アラニンであ
り、前記の(C)及び(D)のタンパク質からなる群か
ら選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇してい
る請求項1記載の細菌。 - 【請求項5】 前記L−アミノ酸がL−バリンであり、
前記の(C)及び(D)のタンパク質からなる群から選
ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇している請
求項1記載の細菌。 - 【請求項6】 前記L−アミノ酸がL−ヒスチジンであ
り、前記の(C)〜(F)のタンパク質からなる群から
選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇している
請求項1記載の細菌。 - 【請求項7】 前記L−アミノ酸がL−プロリンであ
り、前記の(A)〜(F)のタンパク質からなる群から
選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇している
請求項1記載の細菌。 - 【請求項8】 前記L−アミノ酸がL−スレオニンであ
り、前記の(E)及び(F)のタンパク質からなる群か
ら選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇してい
る請求項1記載の細菌。 - 【請求項9】 前記L−アミノ酸がL−アルギニンであ
り、前記の(G)及び(H)のタンパク質からなる群か
ら選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇してい
る請求項1記載の細菌。 - 【請求項10】 前記L−アミノ酸がL−イソロイシン
であり、前記の(C)及び(D)のタンパク質からなる
群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上昇し
ている請求項1記載の細菌。 - 【請求項11】 前記タンパク質をコードするDNAの
細胞内のコピー数が上昇している、請求項1〜10のい
ずれか一項に記載の細菌。 - 【請求項12】 前記DNAが細胞中のマルチコピーベ
クター上に保持された請求項11記載の細菌。 - 【請求項13】 前記DNAが細胞中のトランスポゾン
上に保持された請求項11記載の細菌。 - 【請求項14】 請求項1記載の細菌を培地で培養し、
該培地中にL−アミノ酸を生成蓄積せしめ、該培地から
前記L−アミノ酸を採取することを特徴とするL−アミ
ノ酸の製造法。 - 【請求項15】 前記L−アミノ酸がL−リジンであ
り、前記細菌が前記の(A)〜(D)、(G)及び
(H)のタンパク質からなる群から選ばれる1つ以上の
タンパク質の発現量が上昇しているものである請求項1
4記載の方法。 - 【請求項16】 前記L−アミノ酸がL−グルタミン酸
であり、前記細菌が前記の(A)〜(H)のタンパク質
からなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量
が上昇しているものである請求項14記載の方法。 - 【請求項17】 前記L−アミノ酸がL−アラニンであ
り、前記細菌が前記の(C)及び(D)のタンパク質か
らなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が
上昇しているものである請求項14記載の方法。 - 【請求項18】 前記L−アミノ酸がL−バリンであ
り、前記細菌が前記の(C)及び(D)のタンパク質か
らなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が
上昇しているものである請求項14記載の方法。 - 【請求項19】 前記L−アミノ酸がL−ヒスチジンで
あり、前記細菌が前記の(C)〜(F)のタンパク質か
らなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が
上昇しているものである請求項14記載の方法。 - 【請求項20】 前記L−アミノ酸がL−プロリンであ
り、前記細菌が前記の(A)〜(F)のタンパク質から
なる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量が上
昇しているものである請求項14記載の方法。 - 【請求項21】 前記L−アミノ酸がL−スレオニンで
あり、前記細菌が前記の(E)及び(F)のタンパク質
からなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量
が上昇しているものである請求項14記載の方法。 - 【請求項22】 前記L−アミノ酸がL−アルギニンで
あり、前記細菌が前記の(G)及び(H)のタンパク質
からなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現量
が上昇しているものである請求項14記載の方法。 - 【請求項23】 前記L−アミノ酸がL−イソロイシン
であり、前記細菌が前記の(C)及び(D)のタンパク
質からなる群から選ばれる1つ以上のタンパク質の発現
量が上昇しているものである請求項14記載の方法。 - 【請求項24】 前記タンパク質をコードするDNAの
細胞内のコピー数が上昇している、請求項14〜23の
いずれか一項に記載の方法。 - 【請求項25】 前記DNAが細胞中のマルチコピーベ
クター上に保持された請求項24記載の方法。 - 【請求項26】 前記DNAが細胞中のトランスポゾン
上に保持された請求項24記載の方法。
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