HK1010085B - Crystals of fragments of cd40 ligand and their use - Google Patents

Claims (29)

1. Méthode de préparation d'un cristal d'un ligand de CD40 comprenant les étapes de :

   (a) prévoir une solution aqueuse comprenant un fragment d'un ligand de CD40;

   (b) prévoir une solution en réservoir comprenant un agent précipitant;

   (c) mélanger un volume de ladite solution aqueuse avec un volume de ladite solution en réservoir pour ainsi former un volume mélangé; et

   (d) cristalliser au moins une portion dudit volume mélangé.
2. Méthode de la revendication 1, où la solution aqueuse du ligand de CD40 prévue à l'étape (a) a une concentration du ligand de CD40 d'environ 1 à environ 60 mg par ml.
3. Méthode de la revendication 2, où la solution aqueuse a une concentration du ligand de CD40 d'environ 5 mg par ml à environ 15 mg par ml.
4. Méthode de la revendication 3, où la solution aqueuse a une concentration du ligand de CD40 d'environ 10 mg par ml .
5. Méthode de l'une quelconque des revendications 1 à 4, où l'agent précipitant est sélectionné dans le groupe consistant en citrate de sodium, sulfate d'ammonium et polyéthylène glycol.
6. Méthode de l'une quelconque des revendications 1 à 5, où la concentration de l'agent précipitant dans la solution en réservoir est d'environ 1,0 M à environ 1,5 M.
7. Méthode de la revendication 6, où la concentration de l'agent précipitant est d'environ 1,2 M.
8. Méthode de l'une quelconque des revendications 1 à 7, où le pH de la solution en réservoir est d'environ 4 à environ 10.
9. Méthode de la revendication 8, où le pH est d'environ 7,5.
10. Méthode de l'une quelconque des revendications 1 à 9, où l'étape (d) est par cristallisation par diffusion en phase vapeur, cristallisation discontinue, cristallisation à pont liquide ou cristallisation par dialyse.
11. Cristal formé par un fragment fonctionnel du domaine extracellulaire d'un ligand de CD40 ayant à peu près les constantes cellulaires suivantes: a+b=77,17 x 10^-10 M (Å) , c=90,46 x 10^-10 M (Å), α=β=90°, γ= 120°, et un groupe spatial de R3 .
12. Cristal du ligand de CD40 (116-261) de la revendication 11 ou son homologue, où ledit cristal comprend un site de liaison, ledit site de liaison comprenant les acides aminés Lys143, Arg203, Arg207 et Tyr145.
13. Cristal de la revendication 11 ou 12 ou son homologue, où ledit cristal comprend Arg207 entouré d'au moins deux résidus hydrophobes.
14. Cristal de la revendication 12 ou 13, où ledit cristal comprend de plus au moins 30 acides aminés sélectionnés dans le groupe consistant en: Ile127, Ser128, Glu129, Ala130, Ser131, Thr135, Ser136, Ala141, Glu142, Gly144, Tyr146, Cys178, Asn180, Ser185, Gln186, Ala187, Pro188, Ile190, Ala191, Ser 192, Ser 197, Pro198, Gly199, Arg200, Phe201, Glu202, Ile204, Ala209, Thr211, Pro217, Cys218, Gly219, Gln220, Glu230, Leu231, Gln232, Asn240, Val241, Thr242, Asp243, Ser245, Val247, Ser248, His249, Gly250, Thr251, Gly252, et Phe253.
15. Méthode pour déterminer au moins une portion d'une structure tridimensionnelle d'un complexe moléculaire, ledit complexe comprenant au moins sur fragment d'un ligand de CD40, ladite méthode comprenant les étapes de:

    (a) déterminer les coordonnées de structure d'un cristal du fragment du ligand de CD40;

    (b) calculer les phases à partir des coordonnées de structure;

    (c) calculer une carte de densité des électrons à partir des phases obtenues à l'étape (b);

    (d) déterminer la structure d'au moins une portion du complexe en se basant sur ladite carte de densité des électrons.
16. Méthode de la revendication 15, où les coordonnées de structure utilisées à l'étape (a) sont les mêmes que ou s'écartent d'au moins d'environ 2 Å de celles décrites au Tableau 1.
17. Méthode pour évaluer l'aptitude d'une entité chimique à s'associer à un ligand de CD40 ou CD40, un fragment de CD40 ou d'un ligand de CD40 ou un complexe comprenant un ligand de CD40, CD40 ou leurs homologues, ladite méthode comprenant les étapes de:

    (a) employer des moyens de calcul ou expérimentaux pour accomplir une opération d'ajustement entre l'entité chimique et ledit ligand de CD40 ou CD40, fragment ou complexe de celui-ci, pour ainsi obtenir des données en rapport avec ladite association, et

    (b) analyser les données obtenues à l'étape (a) pour déterminer les caractéristiques de l'association entre l'entité chimique et ledit ligand de CD40 ou CD40, fragment ou complexe.
18. Méthode de la revendication 17, comprenant de plus l'identification, la caractérisation ou la désignation d'une entité chimique ayant une association souhaitée avec un ligand de CD40 ou son fragment, en utilisant les coordonnées de structure d'un cristal du ligand de CD40 de l'une quelconque des revendications 11 à 14.
19. Méthode de la revendication 18, comprenant de plus l'étape d'optimiser les caractéristiques de liaison de l'entité chimique identifiée, caractérisée ou désignée.
20. Méthode de la revendication 15, comprenant de plus l'étape de déterminer l'orientation des ligands dans un site de liaison du ligand de CD40.
21. Dérivé d'atome lourd d'une forme cristallisée d'un ligand de CD40.
22. Dérivé d'atome lourd du cristal de l'une quelconque des revendications 11 à 14 .
23. Utilisation des coordonnées de structure du ligand de CD40, ou ses portions, pour résoudre une forme cristalline d'un homologue mutant ou co-complexe d'un ligand de CD40 ou son fragment par remplacement moléculaire.
24. Utilisation d'un cristal du ligand de CD40 de l'une quelconque des revendications 11 à 14, ou ses coordonnées de structure, pour évaluer par calcul ou expérimentalement une entité chimique pour obtenir une information concernant son association avec le site de liaison du ligand de CD40.
25. Utilisation de la revendication 24, où le cristal a les coordonnées de structure décrites au Tableau 1.
26. Utilisation de la revendication 24, où ledit cristal est le même que le cristal du ligand de CD40 décrit par les coordonnées du Tableau 1 ou par les coordonnées s'écartant d'au moins d'environ 2Å des coordonnées du Tableau 1.
27. Utilisation d'un cristal d'un ligand de CD40 de l'une quelconque des revendications 11 à 14 pour déterminer les interactions de liaison entre une entité chimique et un ligand de CD40.
28. Support de stockage de données lisible à la machine comprenant un matériau de stockage de données encodé par des données lisibles en machine qui, quand il est lu par une machine appropriée, est capable de présenter une représentation tridimensionnelle d'un cristal d'une molécule ou d'un complexe moléculaire comprenant un fragment de CD40L ayant un site de liaison comprenant les acides aminés Lys143, Arg203, Arg207 et Tyr145.
29. Méthode pour la production d'une composition pharmaceutique comprenant la méthode de l'une quelconque des revendications 17 à 20 et en formulant par ailleurs l'entité chimique identifiée à la dernière étape de la méthode de l'une quelconque des revendications 17 à 20 sous une forme pharmaceutiquement acceptable.