HK1010085B - Crystals of fragments of cd40 ligand and their use - Google Patents

Claims (29)

1. Verfahren zur Herstellung eines Kristalls eines CD40-Liganden, umfassend die Schritte:

   (a) Bereitstellen einer wässrigen Lösung, die ein Fragment eines CD40-Ligangen umfasst;

   (b) Bereitstellen einer Reservoir-Lösung, die ein präzipitierendes Agens umfasst;

   (c) Mischen eines Volumens der wässrigen Lösung mit einem Volumen der Reservoir-Lösung, wodurch ein gemischtes Volumen gebildet wird; und

   (d) Kristallisieren von zumindest einem Teil des gemischten Volumens.
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei die wässrige Lösung eines CD40-Liganden, die in Schritt (a) bereitgestellt wird, eine CD40-Liganden-Konzentration von etwa 1 bis etwa 50 mg pro ml aufweist.
3. Verfahren nach Anspruch 2, wobei die wässrige Lösung eine CD40-Liganden-Konzentration von etwa 5 mg pro ml bis etwa 15 mg pro ml aufweist.
4. Verfahren nach Anspruch 3, wobei die wässrige Lösung eine CD40-Liganden-Konzentration von etwa 10 mg pro ml aufweist.
5. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, wobei das präzipitierende Agens ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus Natriumcitrat, Ammoniumsulfat und Polyethylenglykol.
6. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 5, wobei die Konzentration des präzipitierenden Agens in der Reservoir-Lösung etwa 1,0 M bis etwa 1,5 M ist.
7. Verfahren nach Anspruch 6, wobei die Konzentration des präzipitierenden Agens etwa 1,2 M ist.
8. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 7, wobei der pH-Wert der Reservoir-Lösung etwa 4 bis etwa 10 ist.
9. Verfahren nach Anspruch 8, wobei der pH-Wert etwa 7,5 ist.
10. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 9, wobei Schritt (5) durch Dampfdiffusionskristallisation, Batch-Kristallisation, Flüssigbrücken-Kristallisation oder Dialyse-Kristallisation erfolgt.
11. Kristall, der von einem funktionellen Fragment der extrazellulären Domäne des CD40-Liganden gebildet wird, der ungefähr die folgenden Zellkonstanten aufweist: a+b = 77,17 x 10^-10 M (Å), c = 90,46 x 10¹⁰ M (Å), α = β = 90°, γ = 120° und Raumgruppe R3.
12. Kristall des CD40-Liganden (116-261) nach Anspruch 11 oder ein Homolog davon, wobei der Kristall eine Bindungsstelle umfasst, welche die Aminosäuren Lys143, Arg203, Arg207 und Tyr145 umfasst.
13. Kristall nach Anspruch 11 oder 12 oder ein Homolog davon, wobei der Kristall Arg207 umfasst, das von mindestens zwei hydrophoben Resten umgeben ist.
14. Kristall nach Anspruch 12 oder 13, wobei der Kristall weiterhin zumindest 30 Aminosäuren umfasst, die ausgewählt sind aus der Gruppe bestehend aus: Ile127, Ser128, Glu129, Ala130, Ser131, Thr135, Ser136, Ala141, Glu142, Gly144, Tyr146, Cys178, Asn180, Ser185, Gln186, Ala187, Pro188, Ile190, Ala191, Ser192, Ser197, Pro198, Gly199, Arg200, Phe201, Glu202, Ile204, Ala209, Thr211, Pro217, Cys218, Gly219, Gln220, Glu230, Leu231, Gln232, Asn240, Val241, Thr242, Asp243, Ser245, Val247, Ser248, His249, Gly250, Thr251, Gly252 and Phe253.
15. Verfahren zum Bestimmen von zumindest einem Teil einer dreidimensionalen Struktur eines molekularen Komplexes, wobei der Komplex zumindest ein Fragment eines CD40-Liganden umfasst, wobei das Verfahren die Schritte umfasst:

    (a) Bestimmen der Strukturkoordinaten eines Kristalls des Fragments eines CD40-Liganden;

    (b) Berechnen der Phasen aus den Strukturkoordinaten;

    (c) Berechnen einer Elektronendichtekarte aus den Phasen, die in Schritt (b) erhalten wurden;

    (d) Bestimmen der Struktur von zumindest einem Teil des Komplexes auf der Basis der Elektronendichtekarte.
16. Verfahren nach Anspruch 15, wobei die Strukturkoordinaten, die in Schritt (a) verwendet werden, dieselben sind wie die in Tabelle 1 beschriebenen oder um weniger als etwa 2 Å von den in Tabelle 1 beschriebenen abweichen.
17. Verfahren zur Evaluierung der Fähigkeit einer chemischen Einheit zur Assoziation mit einem CD40-Ligand oder CD40, mit einem Fragment von CD40 oder einem CD40-Ligand oder mit einem Komplex, der einen CD40-Ligand, CD40 oder Homologe davon umfasst, wobei das Verfahren die Schritte umfasst:

    (a) Anwenden von rechnerischen oder experimentellen Mitteln, um eine Zusammenpassungsüberprüfung zwischen der chemischen Einheit und dem CD40-Ligand oder CD40, einem Fragment oder einem Komplex davon auszuführen, wodurch Daten erhalten werden, die mit der Assoziation zusammenhängen; und

    (b) Analysieren der Daten, die in Schritt (a) erhalten wurden, um die Merkmale der Assoziation zwischen der chemischen Einheit und dem CD40-Ligand oder CD40, dem Fragment oder Komplex zu bestimmen.
18. Verfahen nach Anspruch 17, das weiterhin das Identifizieren, Charakterisieren oder Entwerfen einer chemischen Einheit umfasst, die eine gewünschte Assoziation mit einem CD40-Ligand oder Fragment davon aufweist, indem die Strukturkoordinaten eines Kristalls eines CD40-Liganden nach einem der Ansprüche 11 bis 14 verwendet werden.
19. Verfahren nach Anspruch 18, das weiterhin den Schritt des Optimierens der Bindungseigenschaften der identifizierten, charakterisierten oder entworfenen chemischen Einheit umfasst.
20. Verfahren nach Anspruch 19, das weiterhin den Schritt des Bestimmens der Orientierung von Liganden in einer Bindungsstelle des CD40-Liganden umfasst.
21. Schweratomderivat einer kristallisierten Form des CD40-Liganden.
22. Schweratomderivat des Kristalls nach einem der Ansprüche 11 bis 14.
23. Verwendung der Strukturkoordinaten eines CD40-Liganden oder Teilen davon, um eine Kristallform eines mutanten Homologen oder eines Co-Komplexes eines CD40-Liganden oder eines Fragments davon durch molecular replacement aufzulösen.
24. Verwendung eines Kristalls des CD40-Liganden nach einem der Ansprüche 11 bis 14 oder der Strukturkoordinaten davon für das rechnerische oder experimentelle Evaluieren einer chemischen Einheit, um Informationen über ihre Assoziation mit der Bindungsstelle des CD40-Liganden zu erhalten.
25. Verwendung nach Anspruch 24, wobei der Kristall die in Tabelle 1 beschriebenen Strukturkoordinaten aufweist.
26. Verwendung nach Anspruch 24, wobei der Kristall der gleiche ist wie der Kristall eines CD40-Liganden, der durch die Koordinaten in Tabelle 1 oder durch Koordinaten, die um weniger als etwa 2 Å von den Koordinaten in Tabelle 1 abweichen, beschrieben ist.
27. Verwendung eines CD40-Liganden-Kristalls nach einem der Ansprüche 11 bis 14, um die Bindungswechselwirkungen zwischen einer chemischen Einheit und einem CD40-Liganden zu bestimmen.
28. Maschinenlesbares Datenspeichermedium, umfassend ein Datenspeichermaterial, das mit maschinenlesbaren Daten codiert ist, das, wenn es von einer geeigneten Maschine gelesen wird, in der Lage ist, eine dreidimensionale Wiedergabe eines Kristalls eines Moleküls oder molekularen Komplexes darzustellen, das/der ein Fragment eines CD40L umfasst, das eine Bindungsstelle aufweist, die die Aminosäuren Lys143, Arg203, Arg207 und Tyr145 umfasst.
29. Verfahren zur Herstellung eines Arzneimittels, umfassend das Verfahren nach einem der Ansprüche 17 bis 20 und weiterhin das Formulieren der chemischen Einheit, die im letzten Schritt des Verfahrens nach einem der Ansprüche 17 bis 20 identifiziert wurde, in eine pharmazeutisch verträgliche Form.