DE10010118A1 - Beschichtungssystem auf der Basis von Pyranosyl-Nukleinsäuren - Google Patents
Beschichtungssystem auf der Basis von Pyranosyl-NukleinsäurenInfo
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Abstract
Die vorliegende Erfindung betrifft ein Beschichtungssystem auf der Basis von Pyranosyl-Nukleinsäuren (p-NA) zur Ausbildung von Adhäsionsverbindungen, insbesondere von elektrisch leitenden Adhäsionsverbindungen, ein Verfahren zur Ausbildung von Adhäsionsverbindungen sowie verschiedene Verwendungen eines erfindungsgemäßen Beschichtungssystems.
Description
Die vorliegende Erfindung betrifft ein Beschichtungssystem auf der Basis von
Pyranosyl-Nukleinsäuren (p-NA) zur Ausbildung von Adhäsionsverbindungen,
ein Verfahren zur Ausbildung von Adhäsionsverbindungen sowie verschiedene
Verwendungen eines erfindungsgemäßen Beschichtungssystems.
Die Miniaturisierung von technischen Bauelementen, insbesondere von
miniaturisierten, integrierten elektronischen Schaltungen, dringt mittlerweile in
den Bereich molekularer Größenordnungen vor.
Von besonderem Interesse sind neuartige Werkstoffe, die sich in Form von
Paarungssystemen selbst organisieren können. Paarungssysteme sind supra
molekulare Systeme nicht-kovalenter Wechselwirkung, die sich durch Selektivi
tät, Stabilität und Reversiblität auszeichnen, und deren Eigenschaften bevor
zugt thermodynamisch, z. B. durch Temperatur, pH-Wert und Konzentration
beeinflußt werden.
DNA und RNA spielen dabei als Träger der Erbanlagen eine fundamentale
Rolle.
Solche Paarungssysteme können z. B. aufgrund ihrer selektiven Eigenschaften
aber auch als "molekularer Klebstoff" für die Zusammenführung von unter
schiedlichen Metallclustern zu Cluster-Verbänden mit potentiell neuen Eigen
schaften verwendet werden (Mirkin, C. A. et al. Nature, 1996. 382, 607-9, Alivi
satos, A. P. et al., Nature, 1996, 382, 609-11). Die Paarungs- bzw Hybridisie
rungseigenschaften von natürlich vorkommender DNA wurden z. B. verwendet,
um an DNA-Stränge gebundene Metallcluster mit einem komplementären DNA-
Strang paaren zu lassen. Hierdurch wurden Cluster-Verbände mit potentiell
neuen Materialeigenschaften gewonnen. Derartige Paarungssysteme können
daher als "molekulare Maschinen" bzw. funktionelle "molekulare Schaltungen"
angesehen werden.
DNA- bzw. RNA-Bausteine weisen jedoch folgende Nachteile auf:
- a) Die Kräfte, die zwei Stränge zusammenhalten, vor allem Wasserstoffbrücken und Stapeleffekte, sind naturgemäß sehr gering. Solche Duplices weisen daher eine geringe Stabilitat auf. Folglich sind für die Herstellung von Paarungssyste men relativ lange Einzelstränge notwendig, d. h. die "Nukleotidlast" ist hoch.
- b) Durch die Ausbildung von Hoogsteen-Paarungen, die alternativ zu Watson- Crick-Paarungen möglich sind, nimmt die Selektivität ab. Damit sind oftmals parallele Duplices oder irreversible Paarungsvorgänge verbunden.
- c) Durch die hohe Flexibilitat des Zucker-Phosphat-Rückgrates bilden sich heli cale Konformationen, anstelle der zur Ausbildung insbesondere elektrisch lei tender Verbindungen erwünschten linearen Ausrichtung.
- d) Eine mögliche Interferenz mit dem genetischen Material biologischer Syste me ist nicht auszuschließen, falls die supramolekularen Einheiten in einem biologischen System zum Einsatz kommen.
Aus der WO 98/25943 ist ein supramolekulares Nanosystem bekannt, das im
wesentlichen nicht-helikale Oligomere und als bevorzugte Ausführungsform
zwei Pyranosyl-RNA Oligomere aufweist, die miteinander spezifisch nicht-
kovalent paaren. Zwingend vorgeschrieben ist jedoch, daß eines der Oligomere
(Oligomer B) an funktionelle Einheiten gebunden ist. Als funktionelle Einheiten
des Oligomers B sollen sich beispielsweise Metalle, vorzugsweise Metallcluster,
insbesondere Edelmetalle, vor allem Gold, Silber und/oder Platin eignen.
Zur Herstellung leitender "Nano-Wires" wird empfohlen, die Nukleobasen durch
Chelatbildner zu ersetzen, die in Anwesenheit von Metallionen zu einer Paa
rung zwischen den Oligomeren führen.
Nachteiligerweise ist eine so modifizierte Pyranosyl-RNA jedoch toxikologisch
und ökologisch nicht unbedenklich, da die funktionellen Einheiten ihre biologi
sche Abbaubarkeit bei der Entsorgung verringern. Außerdem ist ihre Bereitstel
lung naturgemäß mit höherem Aufwand verbunden, als die unmodifizierter
Pyranosyl-Nukleinsäuren.
Der vorliegenden Erfindung liegt daher die Aufgabe zugrunde, unter Vermei
dung der obengenannten Nachteile ein selektives Paarungssystem bereitzustel
len. Das Paarungssystem sollte vorteilhafterweise elektrisch leitfähig sein.
Überraschenderweise wurde gefunden, daß Pyranosyl-Nukleinsäuren auch
ohne die oben beschriebene Funktionalisierung oder den Ersatz der Nukleoba
sen durch Chelatbildner elektrisch leitende Eigenschaften aufweisen, die die
Ausbildung elektrisch leitender Adhäsionsverbindungen ermöglichen.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist daher ein Beschichtungssystem auf
der Basis von Pyranosyl-Nukleinsäuren (p-NA) zur Ausbildung von Adhäsions
verbindungen, insbesondere von elektrisch leitenden Adhäsionsverbindungen,
das dadurch gekennzeichnet ist, daß es mindestens zwei Beschichtungsmittel A und B umfaßt,
wobei das Beschichtungsmittel A eine Pyranosyl-Nukleinsäure enthält, und das Beschichtungsmittel B ein weiteres Oligo- oder Polymer enthält, das geeignet ist, mit der Pyranosyl-Nukleinsäure in dem Beschichtungsmittel A nicht- kovalente Bindungen einzugehen und
daß die Pyranosyl-Nukleinsäure aus einem Pyranosephosphat-Rückgrat und daran gebundenen Purin- oder Pyrimidinbasen besteht.
das dadurch gekennzeichnet ist, daß es mindestens zwei Beschichtungsmittel A und B umfaßt,
wobei das Beschichtungsmittel A eine Pyranosyl-Nukleinsäure enthält, und das Beschichtungsmittel B ein weiteres Oligo- oder Polymer enthält, das geeignet ist, mit der Pyranosyl-Nukleinsäure in dem Beschichtungsmittel A nicht- kovalente Bindungen einzugehen und
daß die Pyranosyl-Nukleinsäure aus einem Pyranosephosphat-Rückgrat und daran gebundenen Purin- oder Pyrimidinbasen besteht.
"Nicht-kovalente Bindung" im Sinne der vorliegenden Erfindung bedeutet eine
Assoziation der p-NA des Beschichtungsmittels A mit dem Oligo- oder Polymer
des Beschichtungsmittels B über nicht-kovalente Wechselwirkungen, wie zum
Beispiel
Wasserstoffbrücken, Salzbrücken, Stapelungen ("Stacking"), Metalligandierun
gen, oder hydrophobe Wechselwirkungen.
Das erfindungsgemäße Beschichtungssystem bildet vorteilhafterweise elek
trisch leitende Adhäsionsverbindungen aus, obwohl es keine an die p-NA ge
bundenen funktionellen Einheiten oder Chelatbildner anstelle von Nukleobasen
aufweist.
Eine (die Erfindung in keiner Weise einschränkende) Begründung für diese
überraschende elektrische Leitfähigkeit liegt möglicherweise in der spezifischen
Ausbildung von Salzbrücken oder der spezifischen Ausbildung der Basenstapel
in Pyranosyl-Nukleinsäuren.
Die Adhäsionsverbindungen sind überraschenderweise auch dann leitfähig,
wenn im Beschichtungsmittel B keine p-NA sondern ein anderes Oligo- oder
Polymer enthalten ist, das geeignet ist, mit der p-NA in dem Beschichtungsmit
tel A nicht-kovalente Bindungen einzugehen, beispielsweise ein Oligonukleotid
mit phosphatfreiem Rückgrat, wie in Meyers, R. A.; Molecular Biology and Bio
technology; VCH; 1995; S. 617-621; beschrieben.
Vorzugsweise ist das Oligo- oder Polymer in dem Beschichtungsmittel B jedoch
eine Pyranosyl-Nukleinsäure.
Vorzugsweise sind die p-NA des Beschichtungsmittels A und das Oligo- oder
Polymer des Beschichtungsmittels B zueinander komplementär. Die Komple
mentarität kann jedoch erfindungsgemäß je nach Art und Reihenfolge der Mo
nomere des Oligo- oder Polymers in B bzw. der Art und Reihenfolge der Mo
nomere der p-NA in A eingeschränkt oder unvollständig sein. Dies ermöglicht
vorteilhafterweise eine präzise Einstellung der Adhäsionsstärke zwischen den
Beschichtungsmitteln.
Gleichfalls können Änderungen der Adhäsionsverbindung durch eine Änderung
der Gleichgewichtsbedingungen, wie Konzentration der Beschichtungsmittel A
und B, Salzkonzentration, pH-Wert, Druck und/oder Temperatur, hervorgerufen
werden. Durch die Einstellung bestimmter Gleichgewichtsbedingungen können
auch verschiedene Bereiche zum Paaren bzw Entpaaren gebracht werden, so
daß reversibel zunächst entfernte Molekülreste in unmittelbare Nähe gebracht
werden können. Durch diesen Mechanismus lassen sich mithilfe des erfin
dungsgemäßen Beschichtungssystems molekulare Schalter darstellen.
In einer bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung handelt es
sich bei der Pyranosyl-Nukleinsäure um eine Pentopyranosyl-Nukleinsäure,
insbesondere eine Ribo-, Arabino-, Lyxo- und/oder Xylo-pyranosyl-
Nukleinsäure, vorzugsweise eine Ribopyranosyl-Nukleinsäure, auch Pyranosyl-
RNA (p-RNA) genannt.
Pyranosyl-Nukleinsäuren (p-NA's) sind im allgemeinen zur natürlichen RNA
isomere Strukturtypen, bei denen die Pentose-Einheiten in der Pyranoseform
vorliegen und durch Phosphodiestergruppen zwischen den Positionen C-2' und
C-4' repetitiv verknüpft sind Unter "Basen" oder "Nukleobasen" werden im
Rahmen der vorliegenden Erfindung die kanonischen Nukleobasen A, T, U, C,
G, aber auch die Paare Isoguanin/Isocytosin und 2,6-Diaminopurin/Xanthin und
auch andere Purine und Pyrimidine verstanden. p-NA's, und zwar die von der
Ribose abgeleitete p-RNA's, wurden zum erstenmal von Eschenmoser et al.
beschrieben (s. S. Pitsch et al., Helv. Chim. Acta 76,2161 (1993); S. Pitsch et
al., Helv. Chim Acta 78,1621 (1995); R. Krishnamurthy, Angew. Chem.
108,1619-1623 (1996)). Sie bilden ausschließlich sogenannte Watson-Crick
gepaarte, d. h. Purin-Pyrimidin- und Purin-Purin-gepaarte, antiparallele, reversi
bel "schmelzende", quasi-lineare und stabile Duplices. Homochirale p-RNA-
Stränge entgegengesetzten Chiralitätssinns paaren ebenfalls kontrollierbar und
sind in der gebildeten Duplex streng nicht-helical. Diese für die Ausbildung von
Adhäsionsverbindungen wertvolle Spezifität hängt mit der relativ geringen Fle
xibilität des Ribopyranosephosphat-Rückgrats sowie mit der starken Neigung
der Basenebene zur Strangachse und der hieraus folgenden Tendenz zu inter
catenarer Basenstapelung im resultierenden Duplex zusammen und läßt sich
letzlich auf die Teilnahme eines 2',4'-cis-disubstituierten Ribopyranoserings am
Aufbau des Rückgrates zurückführen. Diese wesentlich besseren Paarungsei
genschaften machen p-NA's gegenüber DNA und RNA für die Ausbildung von
Adhäsionsverbindungen zu bevorzugten Paarungssystemen. Sie bilden ein zu
natürlichen Nukleinsäuren orthogonales Paarungsystem, d. h. sie paaren nicht
mit in der natürlichen Form vorkommenden DNA's und RNA's. Eine Paarung mit
Oligonukleotiden mit phosphatfreiem Rückgrat, wie in Meyers, R. A.; Molecular
Biology and Biotechnology; VCH; 1995; S. 617-621; beschrieben, ist jedoch
nicht ausgeschlossen.
Als Bestandteil des erfindungsgemäßen Beschichtungssystems einsetzbare p-
RNA kann, wie von Eschenmoser et al. (1993, supra) beschrieben und nach
stehend erläutert, hergestellt werden.
Hierbei wird eine geeignete geschützte Nukleobase mit dem Anomerengemisch
der Tetrabenzoyl-Ribopyranose durch Einwirken von Bis(trimethylsilyl)acetamid
und einer Lewis-Säure wie z. B. Trimethylsilyl-trifluormethansulfonat zur Reakti
on gebracht (analog H. Vorbrüggen, K. Krolikiewicz, B. Bennua, Chem. Ber.
1981, 114, 1234). Unter Baseneinwirkung (NaOH in THF/Methanol/Wasser im
Falle der Purine; gesättigter Ammoniak in MeOH im Falle der Pyrimidine) wird
die Acylschutzgruppen vom Zucker abgespalten, und das Produkt unter saurer
Katalyse mit p-Anisaldehyddimethylacetal in 3',4'-Position geschützt. Das Di
astereomerengemisch wird in 2'-Stellung acyliert, das 3',4'-methoxybenzyliden
geschützte 2'-Benzoat durch saure Behandlung, z. B. mit Trifluoressigsäure in
Methanol deacetalisiert, und mit Dimethoxytritylchlorid umgesetzt. Die 2'-3'-
Wanderung des Benzoats wird durch Behandlung mit p-Nitro-phenol/4-
(Dimethylamino)pyridin/Triethylamino/Pyridin/n-Propanol eingeleitet. Die Reak
tionen werden durch Säulenchromatographie aufgearbeitet. Der so synthetisier
te Schlüsselbaustein, das 4'-DMT-3'-benzoyl-1'-Nukleobasen-Derivat der Ribo
pyranose, wird dann zum Teil phosphityliert bzw. über einen Linker an eine
feste Phase gebunden.
Bei der anschließenden automatisierten Oligonukleotidsynthese wird die
trägergebundene Komponente in 4'-Position wiederholt sauer entschützt, ein
Phosphoramidit unter Einwirkung eines Kupplungsreagenz, z. B. ein Tetrazolderivat,
angekuppelt, noch freie 4'-Sauerstoffatome werden acetyliert und das
Phosphoratom wird oxidiert, um so das oligomere Produkt zu erhalten. An
schließend werden die restlichen Schutzgruppen abgespalten, das Produkt
über HPLC gereinigt und entsalzt.
Ein weiteres Verfahren zur Herstellung von Pentopyranosyl-Nukleinsäuren wird
in der DE-A-197 41 715 beschrieben, auf die hiermit vollumfänglich Bezug
genommen wird.
Vorzugsweise stellt man die als Bestandteil des erfindungsgemäßen Beschich
tungssystems einsetzbare p-RNA jedoch her, wie in der DE-A-198 15 901 be
schrieben, auf die hiermit ebenfalls in vollem Umfang Bezug genommen wird.
Bei diesem Verfahren wird die Ausbeute bei der Herstellung des 3',4'-cyclischen
Acetals eines Pentopyranosyl-Nukleosids, das ein Zwischenprodukt bei der
obenbeschriebenen Eschenmoser-Synthese ist, dadurch optimiert, daß das
Pentopyranosyl-Nukleosid unter Unterdruck mit einem Aldehyd oder Keton bzw.
mit einem Acetal oder Ketal umgesetzt wird.
Unter dem Begriff Unterdruck versteht man hierbei insbesondere einen Druck
von weniger als ca. 500 mbar, vorzugsweise von weniger als ca. 100 mbar,
insbesondere von weniger als ca. 50 mbar, vor allem von ca. 30 mbar. Der
Aldehyd ist beispielsweise Formaldehyd, Acetaldehyd, Benzaldehyd oder 4-Me
thoxybenzaldehyd; das Acetal Formaldehyd-dimethylacetal, Acetaldehyd-
dimethylacetal, Benzaldehyd-dimethylacetal oder 4-Methoxybenzaldehyd-
dimethylacetal; das Keton Aceton, Cyclopentanon oder Cyclcohexanon und das
Ketal Acetondimethylketal, Cyclopentanon-dimethylketal, Cyclohexanon-
dimethylketal oder in Form von 2-Methoxypropen. In einer besonderen Ausfüh
rungsform wird das Pentopyranosyl-Nukleosid vor der Umsetzung beispielswei
se über SiO2, vorzugsweise über SiO2 in Form von Kieselgel, gereinigt. Hierzu
eignet sich beispielsweise eine Reinigung über eine Kieselgel-
Chromatographiesäule. Für die Elution des Pentopyranosyl-Nukleosids eignet
sich z. B. ein Gradient von ca. 1-20% oder ca. 5-15% Methanol in Dichlormethan.
Besonders vorteilhaft ist es, wenn das Pentopyranosyl-Nukleosid vor
der Reinigung beispielsweise mit einer 1-%igen Salzsäurelösung oder mit fes
tem Ammoniumchlorid neutralisiert wird und gegebenenfalls die Lösemittel
abgezogen werden.
Als Pentopyranosyl-Nukleosid eignet sich im allgemeinen ein Ribo-, Arabino-,
Lyxo- oder Xylo-pyranosyl-Nukleosid. Beispiele von geeigneten Pentopyrano
syl-Nukleosiden sind ein Pentopyranosyl-purin, -2,6-diaminopurin, -6-purin
thiol, -pyridin, -pyrimidin, -adenosin, -guanosin, -isoguanosin, -6-thioguanosin, -
xanthin, -hypoxanthin, -thymidin, -cytosin, -isocytosin, -indol, -tryptamin, -N-
phthaloyltryptamin, -uracil, -coffein, -theobromin, -theophyllin, -benzotriazol oder
-acridin.
Das erfindungsgemäß bevorzugte Verfahren wird im allgemeinen bei einer
Temperatur von ca. 40-70°C, vorzugsweise von ca. 50-60°C, insbesondere von
ca. 50-55°C durchgeführt. Ferner wird die Umsetzung im allgemeinen unter
saurer Katalyse beispielsweise in Gegenwart von p-Toluolsulfonsäure, Methan
sulfonsäure, Tetrafluoroborsäure, Schwefelsäure, sauren Ionenaustauschern,
wie z. B. saurem Amberlite® (Rohm & Haas) und/oder Lewissäuren, wie z. B.
Zinkchlorid, Trimethylsilyltriflat oder Pyridiniumparatoluolsulfonat, durchgeführt.
Die Reaktionszeiten betragen üblicherweise ca. 1-1,5 Stunden, vorzugsweise
ca. 1,5 Stunden. In einer weiteren Ausführungsform des erfindungsgemäß
bevorzugten Verfahrens kann in einem weiteren Schritt das gemäß dem obigen
Verfahren erhaltene 3',4'-cyclische Acetal eines Pentopyranosyl-Nukleosids an
der 2'-Position geschützt werden, Vorzugsweise wird die 2'-Position durch eine
basenlabile oder metallkatalysiert abspaltbare Schutzgruppe, insbesondere
durch eine Acylgruppe, vor allem durch eine Acetyl-, Benzoyl-, Nitrobenzoyl-
und/oder Methoxybenzoylgruppe, nach dem Fachmann bekannten Verfahren
beispielsweise mit Benzoylchlorid in einer Dimethylaminopyridin/Pyridin-Lösung
bei Raumtemperatur geschützt. In einer weiteren Ausführungsform des erfin
dungsgemäß bevorzugten Verfahrens kann das an der 2'-Position geschützte
3',.4'-cyclische Acetal eines Pentopyranosyl-Nukleosids deketalisiert werden. Im
allgemeinen erfolgt die Deketalisierung in Gegenwart einer Säure, vorzugswei
se in Gegenwart einer starken Säure, wie z. B. Trifluoressigsäure. Die Aufarbeitung
des erhaltenen Reaktionsproduktes erfolgt vorzugsweise trocken-basisch,
beispielsweise in Anwesenheit von festem Hydrogencarbonat, Carbonat
und/oder basischem Ionenaustauscher, wie z. B. basischem Amberlite® (Rohm
& Haas), Anschließend kann das aufgearbeitete Reaktionsprodukt beispiels
weise über SiO2, insbesondere über SiO2 in Form von Kieselgel, gereinigt wer
den.
In einer weiteren Ausführungsform dieses Verfahrens kann in einem weiteren
Schritt auch die 4'-Position geschützt werden. Als Schutzgruppe eignet sich im
allgemeinen eine säure- oder basenlabile Schutzgruppe, vorzugsweise eine
Trityl-Gruppe, insbesondere eine DMT-Gruppe, und/oder eine β-eliminierbare
Gruppe, insbesondere eine Fmoc-Gruppe.
Die Einführung einer Schutzgruppe erfolgt nach allgemein bekannten Verfah
ren, beispielsweise durch Dimethoxytritylchlorid in Gegenwart von z. B. N-
Ethyldiisopropylamin (Hünig-Base).
In einer weiteren Ausführungsform des Verfahrens kann in einem weiteren
Schritt eine Umlagerung der Schutzgruppe von der 2'-Position zur 3'-Position
erfolgen. Im allgemeinen wird die Umlagerung in Gegenwart einer Base, insbe
sondere in Gegenwart von N-Ethyldiisopropylamin und/oder Triethylamin nach
allgemein bekannten Verfahren, z. B. in Gegenwart einer Mischung aus N-
Ethyldiisopropylamin, Isopropanol, p-Nitrophenol und Dimethylaminopyridin in
Pyridin, bei erhöhter Temperatur, z. B. ca. 60°C, durchgeführt. Die erhaltenen
Produkte können anschließend mittels Chromatographie über SiO2, insbeson
dere über SiO2 in Form von Kieselgel, und/oder Kristallisation gereinigt werden.
Die Ausgangsverbindung für das beschriebene Verfahren, das Pentopyranosyl-
Nukleosid, läßt sich beispielsweise dadurch herstellen, daß zuerst eine
geschützte Nukleobase mit einer geschützten Ribopyranose umgesetzt wird
und anschließend die Schutzgruppen von dem Ribopyranosyl-Teil abgespalten
werden. Das Verfahren kann beispielsweise wie bei Pitsch et al. (1993), supra,
oder Pitsch et al. (1995), supra, beschrieben durchgeführt werden. Hierbei ist
es zur Vermeidung weiterer Zeit- und materialaufwendiger Chromatographien
vorteilhaft, nur anomerenreine geschützte Pentopyranosen, wie z. B. Tetrabenzoylpentopyranosen,
vorzugsweise β-Tetrabenzoyl-ribopyranosen (R, Jeanloz,
J. Am, Chem. Soc, 1948, 70, 4052), einzusetzen.
Vorteilhaft einsetzbar ist somit ein Verfahren zur Herstellung eines Ribopyrano
sylnukleosids, bei dem
- A) eine geschützte Nukleobase mit einer geschützten Ribopyranose umgesetzt wird,
- B) die Schutzgruppen von dem Ribopyranosyl-Teil des Produktes aus Schritt (I) abgespalten werden, und
- C) das Produkt aus Schritt (II) gemäß dem oben näher beschriebenen Verfah ren umgesetzt wird.
Zur Herstellung einer Pentopyranosyl-Nukleinsäure wird das erhaltenen Pento
pyranosyl-Nukleosid in einem weiteren Schritt entweder für die Oligomerisie
rung phosphityliert oder für die Festphasensynthese an eine feste Phase ge
bunden, Die Phosphitylierung erfolgt beispielsweise durch Phosphorigsäure
monoallylesterdiisopropyl-amidchlorid in Anwesenheit einer Base, z. B. N-
Ethyldiisopropylamin. Die Bindung eines geschützten Pentopyranosyl-
Nukleosids an eine feste Phase, z. B. "long-chain-alkylamino-controlled pore
glass" (CPG, Sigma Chemie, München) kann beispielsweise wie bei Pitsch et
al. (1993), supra, beschrieben erfolgen.
Vorteilhaft einsetzbar ist somit auch ein Verfahren zur Herstellung einer
Pentopyranosyl-Nukleinsäure, bei dem
- 1. in einem ersten Schritt ein Pentopyranosyl-Nukleosid nach dem oben be schriebenen Verfahren hergestellt wird,
- 2. in einem zweiten Schritt das gemäß Schritt (Ia) hergestellte Pentopyrano syl-Nukleosid an eine feste Phase gebunden wird, und
- 3. in einem weiteren Schritt das gemäß Schritt (IIa) an eine feste Phase gebundene Pentopyranosylnukleosid um ein phosphityliertes 3'-, 4'-geschütztes Pentopyranosyl-Nukleosid verlängert wird, und
- 4. Schritt (IIIa) solange mit gleichen oder verschiedenen phosphitylierten 3'-, 4'-geschützten Pentopyranosyl-Nukleosiden wiederholt wird, bis die gewünsch te Pentopyranosyl-Nukleinsäure erhalten wird.
Als Kupplungsreagenz für die Verlängerung gemäß Schritt (IIIa) werden im
allgemeinen saure Aktivatoren, vorzugsweise 5-(4-Nitrophenyl)-1H-tetrazol,
insbesondere Benzimidazoliumtriflat eingesetzt, da bei Benzimidazoliumtriflat
im Gegensatz zu 5-(4-Nitrophenyl)-1H-tetrazol als Kupplungsreagenz keine
Verstopfung der Kupplungsreagenz-Leitungen und keine Verunreinigung des
Produktes erfolgt.
Weiterhin ist es vorteilhaft durch Zusatz von einem Salz, wie Natriumchlorid, zur
schutzgruppenabspaltenden Hydrazinolyse die Nukleobasen, insbesondere
Pyrimidinbasen, vor allem Uracil und Thymin, vor einer Ringöffnung zu schüt
zen, die das Oligonukleotid zerstören würde. Allyloxygruppen können vorzugs
weise durch Palladium [Pd(O)]-Komplexe z. B. vor der Hydrazinolyse ab
gespalten werden.
Die Abspaltung der gebildeten Nukleinsäure von der festen Phase erfolgt im
allgemeinen ebenso durch Hydrazinolyse. Daher können in einem weiteren
Schritt (Va) die Schutzgruppen und die gebildete Pentopyranosyl-Nukleinsäure
von der festen Phase abgespalten werden.
Im allgemeinen werden die Pentopyranosyl-Nukleinsäuren chromatographisch
beispielsweise über alkylsilyliertes Kieselgel, vorzugsweise über RP-C18-
Kieselgel, gereinigt.
Vorzugsweise ist der der Pyranosyl-Teil der Pyranosyl-Nukleinsäure(n) in dem
erfindungsgemäßen Beschichtungssystem D- oder L-konfiguriert.
Die Länge der Pyranosyl-Nukleinsäure(n) in dem erfindungsgemäßen Be
schichtungssystem kann in dem Fachmann bekannter Weise variiert werden, je
nach Stärke der gewünschten Adhäsionsverbindung. In der Regel weisen die
Pyranosyl-Nukleinsäure(n) eine Länge von etwa 5 bis etwa 500, vorzugsweise
von etwa 5 bis etwa 100, insbesondere von etwa 5 bis etwa 50, besonders
bevorzugt etwa 5 bis etwa 25, ganz besonders bevorzugt etwa 5 bis 10 Mono
mereinheiten auf.
Der Pyranosyl-Teil der Pyranosyl-Nukleinsäure(n) kann in dem erfindungsge
mäßen Beschichtungssystem in Form eines Thiophosphates, alkylierten Phos
phates, Phosphonates und/oder Amids vorliegen.
Das erfindungsgemäße Beschichtungssystem enthält insbesondere Nuklein
säure(n) mit Adenosin, Guanosin, Isoguanosin, Cytosin, Isocytosin, Tymidin,
Uracil, 2,6-Diaminopurin und/oder Xanthin als Nukleobasen.
Vorzugsweise wird das erfindungsgemäße Beschichtungssystem angewendet,
indem man die Oberflächen, zwischen denen eine Adhäsionsverbindung, ins
besondere eine elektrisch leitende Adhäsionsverbindung, ausgebildet werden
soll, mit jeweils nur einem der beiden Beschichtungsmittel A oder B beschichtet
und den beschichteten Oberflächen dann ermöglicht, miteinander in Kontakt zu
treten und durch die obenbeschriebenen nicht-kovalenten Wechselwirkungen
die gewünschte Verbindung zwischen mit A und mit B beschichteten Oberflä
chen auszubilden.
Vorteilhafterweise ermöglicht das hier bereitgestellte Beschichtungssystem
insbesondere im wäßrigen Milieu ein "auto-targeting" der zu verbindenden
Oberflächen, was insbesondere für Anwendungen im industriellen Maßstab von
Interesse ist.
Nach Ausbildung der Adhäsionsverbindung können die Bindungspartner auch
dauerhaft verknüpft, d. h. fixiert werden. Bevorzugt ist eine chemische Fixie
rung, beispielsweise eine kovalente Vernetzung, wie Metathese, Heckkupplung,
Michael-Addition von Thiolen und/oder oxidative Bildung von Disulfidbrücken.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist ein Beschichtungsmit
tel, das p-NA enthält, zur Verwendung in einem erfindungsgemäßen Beschich
tungssystem.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist ein Verfahren zur
Ausbildung von Adhäsionsverbindungen, insbesondere von elektrisch leitenden
Adhäsionsverbindungen, das dadurch gekennzeichnet ist, daß man
- a) die Oberflächen der zu verbindenden Teile aktiviert,
- b) auf die zu verbindenden Oberflächen Oligo- oder Polymere auf bringt, die befähigt sind, miteinander nicht-kovalente Bindungen auszubilden, wobei zumindest einer der Bindungspartner eine Pyranosyl-Nukleinsäure ist,
- c) die Oligo- oder Polymere auf den Oberflächen immobilisiert,
- d) den Oberflächen der beschichteten Teile ermöglicht, miteinander in Berührung zu kommen und die gewünschten nicht-kovalenten Bindungen auszubilden und
- e) gegebenenfalls die verbundenen Teile von den nicht verbundenen trennt.
Die Aktivierung in Schritt a) erfolgt vorzugsweise durch photolithographische
oder chemische Verfahren.
Die in Schritt a) zu aktivierende Oberfläche besteht vorzugsweise im wesentli
chen aus Keramik, Metall, insbesondere Edelmetall wie Gold, Silber oder Platin,
Glas, Kunststoffen, kristallinen Materialien oder besonders bevorzugt aus
Quartz oder anderen Siliziumverbindungen.
Besonders bevorzugt setzt man in Schritt b) des erfindungsgemäßen Verfah
rens ein erfindungsgemäßes Beschichtungssystem ein.
Die Immobilisierung in Schritt c) erfolgt nach dem Fachmann aus der "DNA-
Chip-Technologie" bekannten Verfahren; im allgemeinen kovalent, quasi-
kovalent, supramolekular oder physikalisch, wie magnetisch (Shepard, AR
(1997) Nucleic Acids Res, 25, 3183-3185, Nr 15), im elektrischen Feld oder
durch ein Molekularsieb. Beispielsweise können die Oligo- oder Polymere ent
weder direkt auf den zu verbindenden Oberflächen synthetisiert oder an be
stimmte Positionen der Oberfläche "gelinkt" werden. Beispiele hierfür sind Konjugations-
und Immobilisierungsverfahren über Perjodatoxidation und reduktiver
Aminierung der Schiffbase, N-Hydroxysuccinimidester von vorzugsweise Dicar
bonsäurelinker, Ethylendiaminphosphoamidatlinker, Mercapto-, Jodacetyl- oder
Maleinimido-Verfahren und/oder kovalente oder nicht-kovalente Biotin-Linker-
Verfahren.
Die Trennung der verbundenen Teile von den nicht verbundenen Teilen erfolgt
in zweckmäßiger Weise; am einfachsten, indem die nicht verbundenen Teile
nach Ausbildung der gewünschten Adhäsionsverbindung physikalisch abge
trennt werden, beispielsweise durch Waschen oder bei kleineren Teilen durch
Sedimentantion oder Filtration.
Hinsichtlich der Herstellung und der Eigenschaften der in dem erfindungsge
mäßen Verfahren einsetzbaren Oligo- oder Polymere wird auf die obige Darstel
lung des erfindungsgemäßen Beschichtungssystems verwiesen.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist eine Adhäsionsverbin
dung, vorzugsweise eine elektrisch leitende Adhäsionsverbindung, erhältlich
durch das erfindungsgemäße Verfahren und/oder durch Verwendung eines
erfindungsgemäßen Beschichtungssystems.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist die Verwendung eines
erfindungsgemäßen Beschichtungssystems oder einer erfindungsgemäßen
Adhäsionsverbindung in der Mikroelektronik, insbesondere als Platinenkleber,
als elektronisches Bauteil, Halbleiter oder lichtchemische Einheit.
Fig. 1 zeigt einen Ausschnitt aus der Struktur von RNA in ihrer natürlich vor
kommenden Form (links) und in Form einer p-NA (rechts).
THF bedeutet Tetrahydrofuran
DMT bedeutet Dimethoxytrityl
CPG bedeutet "controlled pore glass".
DMT bedeutet Dimethoxytrityl
CPG bedeutet "controlled pore glass".
Claims (16)
1. Beschichtungssystem auf der Basis von Pyranosyl-Nukleinsäuren (p-NA)
zur Ausbildung von Adhäsionsverbindungen, dadurch gekennzeichnet,
daß es mindestens zwei Beschichtungsmittel A und B umfaßt,
wobei das Beschichtungsmittel A eine Pyranosyl-Nukleinsäure enthält, und das Beschichtungsmittel B ein weiteres Oligo- oder Polymer enthält, das geeignet ist, mit der Pyranosyl-Nukleinsäure in dem Beschichtungsmittel A nicht- kovalente Bindungen einzugehen und
daß die Pyranosyl-Nukleinsäure aus einem Pyranosephosphat-Rückgrat und daran gebundenen Purin- oder Pyrimidinbasen besteht.
daß es mindestens zwei Beschichtungsmittel A und B umfaßt,
wobei das Beschichtungsmittel A eine Pyranosyl-Nukleinsäure enthält, und das Beschichtungsmittel B ein weiteres Oligo- oder Polymer enthält, das geeignet ist, mit der Pyranosyl-Nukleinsäure in dem Beschichtungsmittel A nicht- kovalente Bindungen einzugehen und
daß die Pyranosyl-Nukleinsäure aus einem Pyranosephosphat-Rückgrat und daran gebundenen Purin- oder Pyrimidinbasen besteht.
2. Beschichtungssystem nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß
die Adhäsionsverbindungen elektrisch leitend sind.
3. Beschichtungssystem nach Anspruch 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet,
daß das Oligo- oder Polymer in dem Beschichtungsmittel B eine Pyranosyl-
Nukleinsäure ist.
4. Beschichtungssystem nach einem der Ansprüche 1 bis 3, dadurch
gekennzeichnet, daß die Pyranosyl-Nukleinsäure eine Pentopyranosyl-
Nukleinsäure, insbesondere eine Ribo-, Arabino-, Lyxo- und/oder Xylo
pyranosyl-Nukleinsäure, vorzugsweise eine Ribopyranosyl-Nukleinsäure ist.
5. Beschichtungssystem nach einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch
gekennzeichnet, daß der Pyranosyl-Teil der Pyranosyl-Nukleinsäure D- oder L-
konfiguriert ist.
6. Beschichtungssystem nach einem der Ansprüche 1 bis 5, dadurch
gekennzeichnet, daß die Pyranosyl-Nukleinsäure eine Länge von etwa 5 bis
etwa 500, vorzugsweise von etwa 5 bis etwa 100, insbesondere von etwa 5 bis
etwa 50, besonders bevorzugt von etwa 5 bis etwa 25, ganz besonders
bevorzugt von etwa 5 bis etwa 10 Monomereinheiten aufweist.
7. Beschichtungssystem nach einem der Ansprüche 1 bis 6, dadurch ge
kennzeichnet, daß der Pyranosyl-Teil der Pyranosyl-Nukleinsäure in Form eines
Thiophosphates, alkylierten Phosphates, Phosphonates und/oder Amids vor
liegt.
8. Beschichtungssystem nach einem der Ansprüche 1 bis 7, dadurch ge
kennzeichnet, daß die Nukleinsäure als Nukleobase Adenosin, Guanosin, Iso
guanosin, Cytosin, Isocytosin, Tymidin, Uracil, 2,6-Diaminopurin und/oder Xan
thin enthält.
9. Beschichtungsmittel, enthaltend Pyranosyl-Nukleinsäure, zur Verwen
dung in einem Beschichtungssystem nach einem der Ansprüche 1 bis 8.
10. Verfahren zur Ausbildung von Adhäsionsverbindungen, insbesondere
von elektrisch leitenden Adhäsionsverbindungen, dadurch gekennzeichnet, daß
man
- a) die Oberflächen der zu verbindenden Teile aktiviert,
- b) auf die zu verbindenden Oberflächen Oligo- oder Polymere auf bringt, die befähigt sind, miteinander nicht-kovalente Bindungen auszubilden, wobei zumindest einer der Bindungspartner eine Pyranosyl-Nukleinsäure ist,
- c) die Oligo- oder Polymere auf den Oberflächen immobilisiert,
- d) den Oberflächen der beschichteten Teile ermöglicht, miteinander in Berührung zu kommen und die gewünschten nicht-kovalenten Bindungen auszubilden und
- e) gegebenenfalls die verbundenen Teile von den nicht verbundenen
11. Verfahren nach Anspruch 10, dadurch gekennzeichnet, daß die Aktivie
rung in Schritt a) durch photolithographische oder chemische Verfahren erfolgt.
12. Verfahren nach Anspruch 10 oder 11, dadurch gekennzeichnet, daß die
in Schritt a) zu aktivierenden Oberflächen im wesentlichen aus Keramik; Metall,
insbesondere Edelmetall wie Gold, Silber oder Platin; Glas; Kunststoffen; kri
stallinen Materialien oder besonders bevorzugt aus Quartz oder anderen Silizi
umverbindungen bestehen.
13. Verfahren nach einem der Ansprüche 10 bis 12, dadurch gekennzeich
net, daß man in Schritt b) ein Beschichtungssystem nach einem der Ansprüche
1 bis 8, vorzugsweise ein Beschichtungssystem nach einem der Ansprüche 2
bis 8, besonders bevorzugt ein Beschichtungssystem nach einem der Ansprü
che 3 bis 8 einsetzt.
14. Adhäsionsverbindung, erhältlich durch ein Verfahren nach einem der
Ansprüche 10 bis 13 und/oder durch Verwendung eines Beschichtungssystems
nach einem der Ansprüche 1 bis 8.
15. Elektrisch leitende Adhäsionsverbindung, erhältlich durch ein Verfahren
nach einem der Ansprüche 10 bis 13 und/oder durch Verwendung eines Be
schichtungssystems nach einem der Ansprüche 2 bis 8.
16. Verwendung eines Beschichtungssystems nach einem der Ansprüche 1
bis 8 oder einer Adhäsionsverbindung nach Anspruch 14 oder 15 in der Mikro
elektronik, insbesondere als Platinenkleber, als elektronisches Bauteil, Halblei
ter oder lichtchemische Einheit.
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|---|---|---|---|
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