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CN116497024A - 一种核酸及其组合物、制备方法和用途 - Google Patents

一种核酸及其组合物、制备方法和用途 Download PDF

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CN116497024A
CN116497024A CN202310189134.1A CN202310189134A CN116497024A CN 116497024 A CN116497024 A CN 116497024A CN 202310189134 A CN202310189134 A CN 202310189134A CN 116497024 A CN116497024 A CN 116497024A
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CN
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nucleotide sequence
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nucleotides
sirna
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CN202310189134.1A
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王书成
黄河
王岩
林国良
产运霞
耿玉先
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Beijing Fuyuan Pharmaceutical Co ltd
Original Assignee
Beijing Fuyuan Pharmaceutical Co ltd
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Publication date
Application filed by Beijing Fuyuan Pharmaceutical Co ltd filed Critical Beijing Fuyuan Pharmaceutical Co ltd
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Abstract

本申请涉及能够抑制成纤维细胞生长因子受体(FGFR)基因表达的siRNA、siRNA缀合物、包含其的药物组合物、其制备方法和用途。所述siRNA中的每个核苷酸各自独立地为修饰或未修饰的核苷酸，该siRNA含有正义链和反义链。所述siRNA及其缀合物和药物组合物，可以有效治疗和/或预防FGFR4基因过表达相关的疾病。

Description

一种核酸及其组合物、制备方法和用途
技术领域
本申请涉及能够抑制FGFR4基因表达的siRNA、siRNA缀合物、包含其的药物组合物、其制备方法和用途。
背景技术
成纤维细胞生长因子受体(FGFR，fibroblast growth factor receptor)酪氨酸激酶家族包括FGFR1、FGFR2、FGFR3和FGFR4。其由胞外变异区、结合硫酸乙酰肝素蛋白聚糖的保守区、FGF结合区、单次跨膜区及胞内酪氨酸激酶区组成。
在生理状态下，FGFR4信号通路被严格控制，FGFR4信号失调导致癌症的发生、发展、增殖、存活及转移。FGFR4通过启动STAT3、MAPK和PI3K/AKT等信号级联，调节细胞的增殖、分化和转移。
据统计，39％的食管鳞状细胞癌患者和82％的恶性外周神经鞘膜瘤患者中存在FGFR4的异常过表达，伴随着不良预后和短的生存期。在乳腺癌患者中大约有32％ FGFR4的mRNA表达水平上升，其中有10％是由于FGFR4基因扩增所导致的过表达，且与雌激素受体和孕激素受体水平及淋巴结转移正相关。而在星形胶质细胞瘤中，FGFR4过表达预示着癌症晚期和短的生存期。与良性前列腺增生相比，前列腺癌患者中FGFR4的表达水平显著上升，且其表达水平与格里森评分正相关，并伴随着不良转归。大约三分之一的肝癌患者存在FGFR4的异常高表达且预后差。此外，FGFR4过表达的卵巢癌、胃癌、胰腺癌、结肠癌均具有较高的侵袭性，而抑制FGFR4信号通路能显著降低其侵袭性，表明FGFR4是潜在的治疗靶标。
另外，研究亦表明，FGFR4在全身脂肪和葡萄糖内稳态中发挥作用。FGFR4缺陷小鼠对正常的饮食表现出代谢综合症，包括胰岛素抗性增加以及血胆固醇过多。研究表明FGFR4缺陷缓解了在某些小鼠模型中高脂肪饮食诱导的脂肪肝，该脂肪肝也与代谢综合征相关。FGFR4的恢复尤其是在FGFR4缺陷小鼠中的肝细胞中，降低了血浆脂肪水平和恢复了高脂肪膳食诱导的脂肪肝但不能恢复葡萄糖耐受性和胰岛素敏感性(Xinqiang Huang et al.，FGFR4 Prevents Hyperlipidemia and Insulin Resistance but Underlies High-FatDiet–
Induced Fatty Liver,Diabetes，2007,56(10):2501-2510)，这表明，FGFR4是糖尿病、肥胖、代谢综合症等疾病潜在的治疗靶点。
研究已证明，通过抑制FGFR4基因的表达，能够在细胞水平上对食管鳞状细胞癌、恶性外周神经鞘膜瘤、星形胶质细胞瘤、前列腺癌、肝癌、卵巢癌、胃癌、胰腺癌、结肠癌、脂肪肝、糖尿病、肥胖和代谢综合症等进行预防和治疗(参见，参考文献1-11)。小干扰RNA(small interfering RNA，siRNA)可基于RNA干扰(RNA interference，RNAi)这一机制，以序列特异性的方式抑制或阻断任何感兴趣的目的基因的表达，从而达到治疗疾病的目的。
本申请旨在提供siRNA、siRNA缀合物及其药物组合物，其可影响RNA诱导的沉默复合体(RISC)介导的FGFR4基因的RNA转录物的切割，从而可以抑制肝脏中FGFR4基因的表达，实现相关疾病治疗的目的。
发明内容
本申请涉及一种能够抑制FGFR4基因表达的siRNA，所述siRNA包含正义链与反义链，其中所述siRNA中的每个核苷酸各自独立地为修饰或未修饰的核苷酸，其中所述正义链含有核苷酸序列I，反义链含有核苷酸序列II，所述核苷酸序列I和所述核苷酸序列II至少部分地反向互补形成双链区，其中所述核苷酸序列I和核苷酸序列II选自以下序列：
(1)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:229所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:230所示的核苷酸序列：
5’-CCUCGAAUAGGCACA-3’(SEQ ID NO:229)
5’-UGUGCCUAUUCGAGG-3’(SEQ ID NO:230)
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:37且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:38；
(2)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:231所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:232所示的核苷酸序列：
5’-GCAGCAUCCGCUAUAA-3’(SEQ ID NO:231)
5’-UUAUAGCGGAUGCUGC-3’(SEQ ID NO:232)；
(3)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:233所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:234所示的核苷酸序列：
5’-GCUAUAACUAC-3’(SEQ ID NO:233)
5’-GUAGUUAUAGC-3’(SEQ ID NO:234)；
(4)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:235所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:236所示的核苷酸序列：
5’-CUAUAACUACCUGCUAN1 -3’(SEQ ID NO:235)
5’-N2UAGCAGGUAGUUAUAG-3’(SEQ ID NO:236)
其中N1为A或G，N2为U或C；
(5)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:237所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:238所示的核苷酸序列：
5’-GAAGCACAUCGUCAUN3 -3’(SEQ ID NO:237)
5’-N4AUGACGAUGUGCUUC-3’(SEQ ID NO:238)
其中N3为C或A或T，N4为G或U或不存在；
(6)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:239所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:240所示的核苷酸序列：
5’-CUUCCGGCAAGU-3’(SEQ ID NO:239)
5’-ACUUGCCGGAAG-3’(SEQ ID NO:240)
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:123且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:124，且所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:133且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:134；
(7)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:241所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:242所示的核苷酸序列：
5’-CGUGAGUCUAGAUCUAN5 -3’(SEQ ID NO:241)
5’-UAGAUCUAGACUCACG-3’(SEQ ID NO:242)
其中N5为C或T；
(8)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:243所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:244所示的核苷酸序列：
5’-UCAAGAUGCUCAAAGAN6 -3’(SEQ ID NO:243)
5’-UCUUUGAGCAUCUUGAN7 -3’(SEQ ID NO:244)
其中N6为C或T，N7为C或T，
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:187且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:188；
(9)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:245所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:246所示的核苷酸序列：
5’-GUUUGACCGGGUGUA-3’(SEQ ID NO:245)
5’-UACACCCGGUCAAAC-3’(SEQ ID NO:246)；
(10)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列：
5’-gscsagaaUfcUfCfAfccuugauusTsT-3’(SEQ ID NO:3)
5’-P1asAfsuCfaAfgGfuGfaGfaUfuCfuGfcsTsT-3’(SEQ ID NO:4)；
(11)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:97所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:98所示的核苷酸序列：
5’-CCCUAUGUGCAAGUCCUAA-3’(SEQ ID NO:97)
5’-UUAGGACUUGCACAUAGGG-3’(SEQ ID NO:98)；
(12)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:101所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:102所示的核苷酸序列：
5’-cscsuaugUfgCfAfAfguccuaaasTsT-3’(SEQ ID NO:101)
5’-P1usUfsuAfgGfaCfuUfgCfaCfaUfaGfgsTsT-3’(SEQ ID NO:102)；
(13)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:103所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:104所示的核苷酸序列：
5’-GUCCUAAAGACUGCAGACA-3’(SEQ ID NO:103)
5’-UGUCUGCAGUCUUUAGGAC-3’(SEQ ID NO:104)；
(14)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:105所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:106所示的核苷酸序列：
5’-GACAUCAUCCUGUACGCGU-3’(SEQ ID NO:105)
5’-ACGCGUACAGGAUGAUGUC-3’(SEQ ID NO:106)；
(15)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:193所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:194所示的核苷酸序列：
5’-ACCUGGUCUCGGAGAUGGA-3’(SEQ ID NO:193)
5’-UCCAUCUCCGAGACCAGGU-3’(SEQ ID NO:194)；
(16)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:197所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:198所示的核苷酸序列：
5’-AACCUGCUUGGUGUCUGCA-3’(SEQ ID NO:197)
5’-UGCAGACACCAAGCAGGUU-3’(SEQ ID NO:198)；
(17)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:199所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:200所示的核苷酸序列：
5’-GCAAUGUGCUGGUGACUGA-3’(SEQ ID NO:199)
5’-UCAGUCACCAGCACAUUGC-3’(SEQ ID NO:200)；
(18)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:205所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:206所示的核苷酸序列：
5’-CAUUGACUACUAUAAGAAA-3’(SEQ ID NO:205)
5’-UUUCUUAUAGUAGUCAAUG-3’(SEQ ID NO:206)；
(19)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:217所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:218所示的核苷酸序列：
5’-UCUCUGAGGAGUACCUCGA-3’(SEQ ID NO:217)
5’-UCGAGGUACUCCUCAGAGA-3’(SEQ ID NO:218)；
(20)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:219所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:220所示的核苷酸序列：
5’-CUCUGAGGAGUACCUCGAA-3’(SEQ ID NO:219)
5’-UUCGAGGUACUCCUCAGAG-3’(SEQ ID NO:220)；
(21)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:221所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:222所示的核苷酸序列：
5’-CUGACCUUCGGACCCUAUUCC-3’(SEQ ID NO:221)
5’-AAUAGGGUCCGAAGGUCAGGC-3’(SEQ ID NO:222)；
(22)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:227所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:228所示的核苷酸序列：
5’-cscsugacCfuUfCfGfgacccuausTsT-3’(SEQ ID NO:227)
5’-P1asUfsaGfgGfuCfcGfaAfgGfuCfaGfgsTsT-3’(SEQ ID NO:228)；
(23)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:39所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:40所示的核苷酸序列：
5’-cscsucgaAfuAfGfGfcacaguuasTsT-3’(SEQ ID NO:39)
5’-P1usAfsaCfuGfuGfcCfuAfuUfcGfaGfgsTsT-3’(SEQ ID NO:40)；
(24)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:85所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:86所示的核苷酸序列：
5’-gsgscugaAfgCfAfCfaucgucausTsT-3’(SEQ ID NO:85)
5’-P1asUfsgAfcGfaUfgUfgCfuUfcAfgCfcsTsT-3’(SEQ ID NO:86)；
(25)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:125所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:126所示的核苷酸序列：
5’-asgsgcucUfuCfCfGfgcaagucasTsT-3’(SEQ ID NO:125)
5’-P1usGfsaCfuUfgCfcGfgAfaGfaGfcCfusTsT-3’(SEQ ID NO:126)；
(26)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:135所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:136所示的核苷酸序列：
5’-gsgscucuUfcCfGfGfcaagucaasTsT-3’(SEQ ID NO:135)
5’-P1usUfsgAfcUfuGfcCfgGfaAfgAfgCfcsTsT-3’(SEQ ID NO:136)；
(27)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:161所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:162所示的核苷酸序列：
5’-cscsucguGfaGfUfCfuagaucuasTsT-3’(SEQ ID NO:161)
5’-P1usAfsgAfuCfuAfgAfcUfcAfcGfaGfgsTsT-3’(SEQ ID NO:162)；
(28)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:173所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:174所示的核苷酸序列：
5’-cscsgucaAfgAfUfGfcucaaagasTsT-3’(SEQ ID NO:173)
5’-P1usCfsuUfuGfaGfcAfuCfuUfgAfcGfgsTsT-3’(SEQ ID NO:174)；以及
(29)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:191所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:192所示的核苷酸序列：
5’-uscsaagaUfgCfUfCfaaagacaasTsT-3’(SEQ ID NO:191)
5’-P1usUfsgUfcUfuUfgAfgCfaUfcUfuGfasTsT-3’(SEQ ID NO:192)。
在一个实施方案中，所述核苷酸序列I和所述核苷酸序列II基本上反向互补、实质上反向互补或完全反向互补；所述基本上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于3个的碱基错配；所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配；完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。
在一个实施方案中，所述正义链还含有核苷酸序列III，所述反义链还含有核苷酸序列IV，核苷酸序列III和核苷酸序列IV的长度各自独立地为0-9核苷酸，其中所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的5'末端，核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的3'末端，所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补；所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配；完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配；和/或,
所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的3'末端，核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的5'末端，所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补；所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配；完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。
在一个实施方案中，所述正义链还含有核苷酸序列V和/或所述反义链还含有核苷酸序列VI，核苷酸序列V和VI的长度为0至3个核苷酸，核苷酸序列V连接在所述正义链的3'末端构成正义链的3'突出端，和/或核苷酸序列VI连接在所述反义链的3'末端构成反义链的3'突出端。在一个优选的实施方式中，所述核苷酸序列V或VI的长度为2个核苷酸。在一个优选的实施方案中，所述核苷酸序列V或VI为连续的两个胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸或连续的两个尿嘧啶核糖核苷酸。在一个优选的实施方案中，所述核苷酸序列V或VI与靶mRNA相应位置的核苷酸错配或互补。
在一个实施方案中，所述正义链或所述反义链中的至少一个核苷酸为修饰的核苷酸，和/或至少一个磷酸酯基为具有修饰基团的磷酸酯基；优选地，所述含有修饰基团的磷酸酯基为磷酸酯基中的磷酸二酯键中的至少一个氧原子被硫原子取代而形成的硫代磷酸酯基。
在一个实施方案中，所述siRNA包括不包含3’突出端核苷酸的正义链。
在一个实施方案中，所述正义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团，和/或所述反义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。
在一个实施方案中，所述修饰的核苷酸选自2’-氟代修饰的核苷酸，2’-烷氧基修饰的核苷酸，2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸，2’-烷基修饰的核苷酸，2’-取代的烷基修饰的核苷酸，2’-脱氧核苷酸，2’-氨基修饰的核苷酸，2’-取代的氨基修饰的核苷酸，核苷酸类似物或其中任意两种以上的组合。
在一个实施方案中，所述修饰的核苷酸选自2’-氟代修饰的核苷酸，2’-甲氧基修饰的核苷酸，2’-O-CH2-CH2-O-CH3修饰的核苷酸，2’-O-CH2-CH＝CH2修饰的核苷酸，2’-CH2-CH2-CH＝CH2修饰的核苷酸，2’-脱氧核苷酸，核苷酸类似物或其中任意两种以上的组合。
在一个实施方案中，所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸或非氟代修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一个实施方案中，每一个非氟代修饰的核苷酸均为2’-甲氧基修饰的核苷酸，所述2’-甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2'-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。
在一个实施方案中，每一个非氟代修饰的核苷酸独立地选自核苷酸的核糖基2'位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物中的一种，核苷酸类似物选自异核苷酸、LNA、ENA、cET BNA、UNA和GNA中的一种。
在一个实施方案中，所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸，2’-甲氧基修饰的核苷酸，GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，GNA修饰的核苷酸位于反义链的第7位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位，GNA修饰的核苷酸位于反义链的第6位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。
在一些实施方案中，所述siRNA中以下核苷酸之间的连接中至少一个为硫代磷酸酯基连接：
所述正义链的5’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述正义链的5’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接；
所述正义链的3’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述正义链的3’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接；
所述反义链的5’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述反义链的5’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接；
所述反义链的3’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述反义链的3’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接。
在一些实施方案中，所述siRNA沿5’末端向3’末端方向，所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基：
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间；
所述正义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述正义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间；
或者，
所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基：
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
在一些实施方案中，所述siRNA沿5’末端向3’末端方向，反义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基：
所述反义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述反义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间；
所述反义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述反义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
在一个实施方案中，所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸，2’-甲氧基修饰的核苷酸，GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接，3’末端除去突出端；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，GNA修饰的核苷酸位于反义链的第7位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位，GNA修饰的核苷酸位于反义链的第6位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。
在一个实施方案中，本申请提供了选自表1的siRNA分子，其中所述siRNA分子不为siRNA分子ER-FYN003012、ER-FYN003036、ER-FYN003013、ER-FYN003021、ER-FYN003050、ER-FYN003003、ER-FYN003022、ER-FYN003034、ER-FYN003010、ER-FYN003011、ER-FYN003023、ER-FYN003018、ER-FYN003001、ER-FYN003004。
在一个优选的实施方案中，本申请提供了选自表3和表5的siRNA分子。在一个更优选的实施方案中，所述siRNA分子选自siRNA分子ER-FYN003027M1、ER-FYN003027MD2、ER-FYN003027M2、ER-FYN003027M3、ER-FYN003025M1、ER-FYN003025MD2、ER-FYN003025M2、ER-FYN003025M3、ER-FYN003037M1、ER-FYN003029M1、ER-FYN003029MD2、ER-FYN003029M2、ER-FYN003029M3、ER-FYN003028M1、ER-FYN003007M1、ER-FYN003031M1、ER-FYN003031D2、ER-FYN003031MD2、ER-FYN003031M2、ER-FYN003031M3、ER-FYN003030M1、ER-FYN003001M1、ER-FYN003003M1、ER-FYN003022M1、ER-FYN003059M1、ER-FYN003059D2、ER-FYN003059MD2、ER-FYN003059M2、ER-FYN003059M3、ER-FYN003059M4、ER-FYN003059M5、ER-FYN003010M1、ER-FYN003057M1、ER-FYN003058M1、ER-FYN003064M1和ER-FYN003065M1。
在一个实施方案中，本申请提供了siRNA缀合物，其包含前述中任一项的siRNA以及缀合至所述siRNA的缀合基团(如下式所示，双螺旋结构表示所述siRNA，并且所述缀合基团连接至所述siRNA的正义链3'末端)：
上述缀合物结构中X可选择为O或S，在一个实施方案中，X为O。
在一个实施方案中，所述缀合基团包含药学上可接受的靶向基团和接头，并且所述siRNA、所述接头和所述靶向基团依次共价或非共价连接。
优选地，在所述siRNA缀合物中，siRNA的正义链与反义链互补形成所述siRNA缀合物的双链区，且所述正义链的3’末端形成平末端，所述反义链的3’末端具有1-3个延伸出所述双链区的突出的核苷酸；
或者，
在所述siRNA缀合物中，siRNA的正义链与反义链互补形成所述siRNA缀合物的双链区，且所述正义链的3’末端形成平末端，所述反义链的3’末端形成平末端。
在一个实施方案中，所述缀合基团为下式的L96。
在一个实施方案中，所述siRNA缀合物为选自表2的siRNA缀合物。在一个优选的实施方案中，所述siRNA缀合物选自表6中的siRNA缀合物。
在一个实施方案中，本申请提供了药物组合物，其包含本申请的siRNA，或本申请的siRNA缀合物，以及药学上可接受的载体；在一个优选的实施方案中，所述载体为脂质纳米颗粒。
在一个实施方案中，本申请提供了试剂盒，其包含本申请的siRNA，或本申请的siRNA缀合物，或本申请的药物组合物。
在一个实施方案中，本申请提供了本申请的siRNA，或本申请的siRNA缀合物，或本申请的药物组合物用于制备抑制FGFR4基因表达的药剂的用途。
在一个实施方案中，本申请提供了本申请的siRNA，或本申请的siRNA缀合物，或本申请的药物组合物用于制备治疗FGFR4基因过表达相关的疾病的药剂的用途。
在具体实施方案中，所述疾病选自食管鳞状细胞癌、恶性外周神经鞘膜瘤、星形胶质细胞瘤、前列腺癌、肝癌、卵巢癌、胃癌、胰腺癌、结肠癌、脂肪肝、糖尿病、肥胖和代谢综合症。
在一个实施方案中，本申请提供了抑制FGFR4基因表达的方法，包括将治疗有效量的本申请的siRNA，或本申请的siRNA缀合物，或本申请的药物组合物与表达FGFR4的细胞接触或给予有需要的受试者。
在一个实施方案中，本申请提供了治疗和/或预防FGFR4基因过表达相关的疾病的方法，包括将治疗有效量的本申请的siRNA，或本申请的siRNA缀合物，或本申请的药物组合物给予有需要的受试者。
在具体实施方案中，所述疾病选自食管鳞状细胞癌、恶性外周神经鞘膜瘤、星形胶质细胞瘤、前列腺癌、肝癌、卵巢癌、胃癌、胰腺癌、结肠癌、脂肪肝、糖尿病、肥胖和代谢综合症。
在一个实施方案中，本申请的siRNA、siRNA缀合物或药物组合物是通过脂质纳米颗粒((Lipid Nanoparticle，LNP)递送系统递送的。
有益效果
本申请提供的siRNA、药物组合物和siRNA缀合物在细胞实验中显示出优异的FGFR4基因表达抑制活性，具有良好的治疗FGFR4基因过表达相关的疾病的潜力。例如，本申请公开的siRNA及其缀合物能够降低肝脏中FGFR4 mRNA的表达，毒副作用低，血浆稳定性好，具有良好的临床应用前景。
本申请提供的siRNA及其缀合物在HepG2细胞中显示出对FGFR4基因良好的抑制效果，在一些实施方式中，本申请提供的siRNA在1nM的siRNA浓度下抑制率至少为20％，30％，40％，50％，60％或70％。在一些实施方式中，本申请提供的siRNA在1nM的siRNA浓度下48h抑制率高达96.28％。
在一些实施方式中，本申请提供的siRNA在HepG2细胞中有较高的FGFR4基因抑制活性，例如，IC50低至0.016nM。
在一些实施方式中，本申请提供的siRNA缀合物类似地在PHH细胞中具有较高的FGFR4基因抑制活性，例如，在siRNA缀合物通过自由摄取进入PHH的情况下，IC50可低至0.219nM；在siRNA缀合物通过转染进入PHH的情况下，IC50可低至0.004nM。
具体实施方式
以下实施例用于进一步说明本发明，而不意欲以任何方式限制本申请的保护范围。
定义
在说明书通篇中，如无特别说明，在本技术领域中，“G”、“C”、“A”、“T”和“U”通常分别代表鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶的碱基，但本领域中也通常知晓，“G”、“C”、“A”、“T”和“U”每个通常也代表分别含有鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶和尿嘧啶作为碱基的核苷酸，这在表示脱氧核糖核酸序列和/或核糖核酸序列中是常见的方式，因此在本公开的上下文中，“G”、“C”、“A”、“T”、“U”表示的含义包括上述各种可能的情形。小写字母a、u、c、g：表示2’-甲氧基修饰的核苷酸；Af、Gf、Cf、Uf：表示2’-氟代修饰的核苷酸；小写字母s表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；P1：表示该P1右侧相邻的一个核苷酸为5′-磷酸核苷酸；A、U、C、G(下划线+斜体)：表示GNA修饰的核苷酸。
在上文及下文中，所述“2’-氟代修饰的核苷酸”指核苷酸的核糖基2'位的羟基被氟取代形成的核苷酸。“非氟代修饰的核苷酸”指核苷酸的核糖基2'位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物。在一些实施方式中，每一个非氟代修饰的核苷酸独立地选自核苷酸的核糖基2'位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物中的一种。这些核糖基2'位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸是本领域技术人员所公知的，这些核苷酸可以选自2'-烷氧基修饰的核苷酸、2'-取代的烷氧基修饰的核苷酸、2'-烷基修饰的核苷酸、2'-取代的烷基修饰的核苷酸、2'-氨基修饰的核苷酸、2'-取代的氨基修饰的核苷酸、2'-脱氧核苷酸中的一种。
“烷基”包括直链、支链或环状的饱和烷基。例如，烷基包括但不限于甲基、乙基、丙基、环丙基、正丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、环丁基、正戊基、环已基等类似基团。示例性的，“C1-6烷基”中的“C1-6”是指包含有1、2、3、4、5或6个碳原子的直链、支链或环状形式排列的基团。
“烷氧基”在本文中是指烷基基团通过氧原子与分子其余部分相连(-O-烷基)，其中所述烷基如本文中所定义。烷氧基的非限制性实例包括甲氧基、乙氧基、三氟甲氧基、二氟甲氧基、正丙氧基、异丙氧基、正丁氧基、叔丁氧基、正戊氧基等。
“核苷酸类似物”指能够在核酸中代替核苷酸，但结构不同于腺嘌呤核糖核苷酸、鸟嘌呤核糖核苷酸、胞嘧啶核糖核苷酸、尿嘧啶核糖核苷酸或胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸的基团。如异核苷酸、桥联的核苷酸(bridged nucleic acid，简称BNA)或无环核苷酸。
BNA是指受约束的或不能接近的核苷酸。BNA可以含有五元环、六元环、或七元环的具有“固定的”C3'-内切糖缩拢的桥联结构。通常将该桥掺入到该核糖的2'-、4'-位处以提供一个2',4'-BNA核苷酸，如LNA、ENA、cET BNA等，其中，LNA如式(1)所示，ENA如式(2)所示，cET BNA如式(3)所示。
无环核苷酸是核苷酸的糖环被打开形成的一类核苷酸，如解锁核酸(UNA)或甘油核酸(GNA)，其中，UNA如式(4)所示，GNA如式(5)所示。
上述式(4)和式(5)中，R选自H、OH或烷氧基(O-烷基)。
异核苷酸是指核苷酸中碱基在核糖环上的位置发生改变而形成的化合物，例如，碱基从核糖环的1'-位移动至2'-位或3'-位而形成的化合物，如式(6)或(7)所示。
上述式(6)-式(7)化合物中，Base表示碱基，例如A、U、G、C或T；R选自H、OH、F或者如上所述的非氟基团。
在一些实施方式中，核苷酸类似物选自异核苷酸、LNA、ENA、cET BNA、UNA和GNA中的一种。在一些实施方式中，每一个非氟代修饰的核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸、GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合。在一些优选实施方式中，每一个非氟代修饰的核苷酸均为2’-甲氧基修饰的核苷酸，在上文和下文中，所述2’-甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2'-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。
所述“2’-甲氧基修饰的核苷酸”指核糖基的2'-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。所述“硫代磷酸酯基”指磷酸酯基中的磷酸二酯键中的一个氧原子被硫原子取代而成的硫代磷酸酯基。所述“5′-磷酸核苷酸”指下式的结构
在本说明书的上下文中，表述“互补”和“反向互补”可互相替代使用，并具有本领域技术人员周知的含义，即，在双链核酸分子中，一条链的碱基各自与另一条链上的碱基以互补的方式相配对。在DNA中，嘌呤碱基腺嘌呤(A)始终与嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)(或者在RNA中为尿嘧啶(U))相配对；嘌呤碱基鸟嘌呤(C)始终与嘧啶碱基胞嘧啶(G)相配对。每个碱基对都包括一个嘌呤和一个嘧啶。当一条链上的腺嘌呤始终与另一条链上的胸腺嘧啶(或尿嘧啶)配对，以及鸟嘌呤始终与胞嘧啶配对时，两条链被认为是彼此相互补的，以及从其互补链的序列中可以推断出该链的序列。与此相应地，“错配”在本领域中意指在双链核酸中，对应位置上的碱基并未以互补的形式配对存在。
在上文及下文中，如无特别说明，“基本上反向互补”是指所涉及的两段核苷酸序列之间存在不多于3个的碱基错配；“实质上反向互补”是指两段核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配；“完全反向互补”是指两段核苷酸序列之间不存在碱基错配。
在上文及下文中，一个核苷酸序列与另外一个核苷酸序列存在“核苷酸差异”，是指前者与后者相比，相同位置的核苷酸的碱基种类发生了改变，例如，在后者中一个核苷酸碱基为A时，在前者的相同位置处的对应核苷酸碱基为U、C、G或者T的情况下，认定为两个核苷酸序列之间在该位置处存在核苷酸差异。在一些实施方式中，以无碱基核苷酸或其等同物代替原位置的核苷酸时，也可认为在该位置处产生了核苷酸差异。
在上下文中，“突出端”是指当siRNA的一条链的一个3’末端延伸超出另一条链的5’末端时从该siRNA的双链体结构突出的一个或多个不成对的核苷酸，或反之亦然。“平端”或“平末端”意指在该siRNA的那端处不存在不成对的核苷酸，即无核苷酸突出端。一种“平末端的”siRNA是一种在其整个长度上都是双链、即在该分子的任一端处都无核苷酸突出端的siRNA。
在本申请说明书上文及下文中，特别是在描述本申请的siRNA、药物组合物或siRNA缀合物的制备方法时，除非特别说明，所述核苷单体指，根据欲制备的siRNA或siRNA缀合物中核苷酸的种类和顺序，固相亚磷酰胺合成中使用的修饰或未修饰的核苷亚磷酰胺单体。固相亚磷酰胺合成为本领域技术人员所公知的RNA合成中所用的方法。本申请所用的核苷单体均可商购得到。
在本申请的上下文中，除非另有说明，“缀合”是指两个或多个各自具有特定功能的化学部分之间以共价连接的方式彼此连接；相应地，“缀合物”是指该各个化学部分之间通过共价连接而形成的化合物。进一步地，“siRNA缀合物”表示一个或多个具有特定功能的化学部分共价连接至siRNA上而形成的化合物。siRNA缀合物应根据上下文，理解为多个siRNA缀合物的总称或者某个化学式所示的siRNA缀合物。在本申请说明书的上下文中，“缀合分子”应当理解为可通过反应缀合至siRNA，最终形成本申请的siRNA缀合物的特定化合物。
在本申请中可以使用各种羟基保护基团。一般来说，保护基团使化学官能团对特定的反应条件不敏感，并且可以在分子中的该官能团上附加以及去除，而不实质上损害分子的其余部分。在一些实施方式中，保护基团在碱性条件下稳定，但可以在酸性条件下脱除。在一些实施方式中，本申请可使用的羟基保护基的非排他性实例包括二甲氧基三苯甲基(DMT)、单甲氧基三苯甲基、9-苯基黄嘌呤-9-基(Pixyl)和9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基(Mox)。在一些实施方式中，本申请可使用的羟基保护基的非排他性实例包括Tr(三苯甲基)、MMTr(4-甲氧基三苯甲基)、DMTr(4,4’-二甲氧基三苯甲基)和TMTr(4,4’,4”-三甲氧基三苯甲基)。
如本说明书所使用的，“任选的”或“任选地”是指其后描述的事件或状况可以发生或不发生，并且所述描述包括事件或状况发生的情况和其中不发生的情况。
“受试者”一词，如本说明书所使用的，指任何动物，例如哺乳动物或有袋动物。本申请的受试者包括但不限于人类、非人灵长类(例如，恒河猴或其他类型的猕猴)、小鼠、猪、马、驴、牛、绵羊、大鼠、兔或任何种类的家禽。
如本说明书所使用的，“治疗”是指获得有益的或期望的结果的方法，包括但不限于治疗益处。“治疗益处”意味着根除或改善被治疗的潜在障碍。此外，治疗益处通过根除或改善与潜在障碍相关的一个或多个生理症状，从而在受试者中观察到改善而获得，尽管受试者可能仍然受到潜在障碍的折磨。
如本说明书所使用的，“预防”是指获得有益或期望的结果的方法，包括但不限于预防性益处。为了获得“预防性益处”，可将siRNA、siRNA缀合物或药物组合物给予有罹患特定疾病风险的受试者，或给予报告疾病的一种或多种生理症状的受试者，即便可能该疾病的诊断尚未作出。
siRNA
本申请涉及一种能够抑制FGFR4基因表达的siRNA。本申请的siRNA含有核苷酸基团作为基本结构单元，本领域技术人员公知，所述核苷酸基团含有磷酸基团、核糖基团和碱基。
本申请的siRNA含有正义链和反义链，所述siRNA中的每个核苷酸各自独立地为修饰或未修饰的核苷酸，其中所述正义链含有一段核苷酸序列I，所述反义链含有一段核苷酸序列II，所述核苷酸序列Ⅰ和所述核苷酸序列II至少部分地反向互补形成双链区。
在一些实施方式中，所述正义链还含有核苷酸序列III，所述反义链还含有核苷酸序列IV，核苷酸序列III和核苷酸序列IV的长度各自独立地为0-9个核苷酸，所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的5'末端，核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的3'末端，所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补；所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配；完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。在一些实施方式中，所述正义链还含有核苷酸序列III，所述反义链还含有核苷酸序列IV，核苷酸序列III和核苷酸序列IV的长度各自独立地为0-9个核苷酸，所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的3'末端，核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的5'末端，所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补；所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配；完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。在一些实施方式中，所述正义链还含有核苷酸序列III，所述反义链还含有核苷酸序列IV，核苷酸序列III和核苷酸序列IV的长度各自独立地为0-9个核苷酸，所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的5'末端，核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的3'末端，所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补；和所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的3'末端，核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的5'末端，所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补；所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配；完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。
在一些实施方式中，所述正义链还含有核苷酸序列V和/或所述反义链还含有核苷酸序列VI，核苷酸序列V和VI的长度为0至3个核苷酸，核苷酸序列V连接在所述正义链的3'末端构成正义链的3'突出端，和/或核苷酸序列VI连接在所述反义链的3'末端构成反义链的3'突出端。在一些实施方式中，所述核苷酸序列V或VI的长度为2个核苷酸。在另一些实施方案中，所述核苷酸序列V或VI为连续的两个胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸或连续的两个尿嘧啶核糖核苷酸。在另一些实施方案中，所述核苷酸序列V或VI与靶mRNA相应位置的核苷酸错配或互补。
研究发现，不同修饰策略会对siRNA的稳定性、生物活性及细胞毒性等指标产生截然不同的影响。例如，CN102140458B中对siRNA的多种化学修饰策略进行了研究，证实了7种有效的修饰方式，与未经修饰的siRNA相比，其中一种修饰方式所得的siRNA在提高血液稳定性的同时，还保持了与未经修饰的siRNA基本相当的抑制活性。
本申请的siRNA中的核苷酸各自独立地为修饰或未修饰的核苷酸。在一些实施方式中，本申请的siRNA中的每个核苷酸均为未经修饰的核苷酸；在一些实施方式中，本申请的siRNA中的部分或全部核苷酸为修饰的核苷酸，核苷酸基团上的这些修饰不会导致本申请的siRNA抑制FGFR4基因表达的功能明显削弱或丧失。
在一些实施方式中，本申请的siRNA至少含有1个修饰的核苷酸。在本申请的上下文中，所使用的术语“修饰的核苷酸”是指核苷酸的核糖基2'位羟基被其他基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物，或者具有经修饰的碱基的核苷酸。所述修饰的核苷酸不会导致siRNA抑制基因表达的功能明显削弱或丧失。例如，可以选择J.K.Watts,G.F.Deleavey,andM.J.Damha,Chemically modified siRNA:tools and applications.Drug Discov Today,2008,13(19-20):842-55中公开的修饰的核苷酸。
在一些实施方式中，本申请提供的siRNA的所述正义链或所述反义链中的至少一个核苷酸为修饰的核苷酸，和/或至少一个磷酸酯基为具有修饰基团的磷酸酯基；换句话说，所述正义链和所述反义链中至少一条单链的磷酸-糖骨架中的磷酸酯基和/或核糖基的至少一部分为具有修饰基团的磷酸酯基和/或具有修饰基团的核糖基。在一些实施方式中，所述含有修饰基团的磷酸酯基为磷酸酯基中的磷酸二酯键中的至少一个氧原子被硫原子取代而形成的硫代磷酸酯基。
在一些实施方式中，所述siRNA包括不包含3’突出端核苷酸的正义链；即siRNA的正义链可以存在3’突出端核苷酸，将正义链的3’突出端核苷酸排除后形成平末端。
在一些实施方式中，当正义链与反义链的核苷酸序列互补形成双链区后，正义链的3’末端不存在突出的核苷酸时，在正义链的3’末端添加核苷酸序列V，作为突出的核苷酸。然后，当核苷酸序列V连接正义链的3'末端形成的核苷酸序列在完成化学修饰后，排除核苷酸序列V，相应地，siRNA的正义链形成平末端。
在一些实施方式中，当正义链与反义链的核苷酸序列互补形成双链区后，正义链的3’末端具有延伸出双链区的突出的核苷酸时，将正义链中位于3’末端的突出的核苷酸排除后作为正义链的核苷酸序列，相应地，siRNA的正义链形成平末端。
在一些实施方式中，正义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。在一些实施方式中，所述反义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。
示例性的5’磷酸基团的结构为：5’磷酸衍生基团的结构包括但不限于：等。
位于正义链或反义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团后，形成如下所示结构：
其中，Base表示碱基，例如A、U、G、C或T。R’为羟基或被本领域技术人员所知晓的各类基团所取代，例如，2’-氟代(2’-F)修饰的核苷酸，2’-烷氧基修饰的核苷酸，2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸，2’-烷基修饰的核苷酸，2’-取代的烷基修饰的核苷酸，2’-氨基修饰的核苷酸，2’-取代的氨基修饰的核苷酸，2’-脱氧核苷酸。
示例性的修饰的核苷酸具有如下所示结构：
其中，Base表示碱基，例如A、U、G、C或T。核糖基团2’位的羟基被R取代。这些核糖基团2’位的羟基可以为本领域技术人员所知晓的各类基团所取代，例如，2’-氟代(2’-F)修饰的核苷酸，2’-烷氧基修饰的核苷酸，2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸，2’-烷基修饰的核苷酸，2’-取代的烷基修饰的核苷酸，2’-氨基修饰的核苷酸，2’-取代的氨基修饰的核苷酸，2’-脱氧核苷酸。
在一些实施方案中，2’-烷氧基修饰的核苷酸为2’-甲氧基(2’-OMe，2’-O-CH3)修饰的核苷酸等等。
在一些实施方案中，2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸为2’-甲氧基乙氧基(2’-O-CH2-CH2-O-CH3)修饰的核苷酸，2’-O-CH2-CH＝CH2修饰的核苷酸等。
在一些实施方案中，2’-取代的烷基修饰的核苷酸为2’-CH2-CH2-CH＝CH2修饰的核苷酸等等。
在一些实施方式中，所述正义链和/或所述反义链中的全部核苷酸均为修饰的核苷酸。在一些实施方式中，本申请提供的siRNA的正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸或非氟代修饰的核苷酸。在一些实施方式中，每一个非氟代修饰的核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸、GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合；所述2’-甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2'-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。在一些实施方式中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一些实施方式中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一些实施方式中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一些优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一些优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一些优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一些优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，GNA修饰的核苷酸位于反义链的第7位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一些优选的实施方案中，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位，GNA修饰的核苷酸位于反义链的第6位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一些更优选的实施方案中，每一个非氟代修饰的核苷酸均为2’-甲氧基修饰的核苷酸，所述2’-甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2’-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。
在一些实施方式中，所述siRNA中以下核苷酸之间的连接中至少一个为硫代磷酸酯基连接：
所述正义链的5’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述正义链的5’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接；
所述正义链的3’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述正义链的3’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接；
所述反义链的5’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述反义链的5’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接；
所述反义链的3’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述反义链的3’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接。
在一些实施方式中，所述siRNA沿5’末端向3’末端方向，所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基：
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间；
所述正义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述正义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间；
或者，
所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基：
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
在一些实施方式中，所述siRNA沿5’末端向3’末端方向，反义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基：
所述反义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述反义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间；
所述反义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述反义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
siRNA缀合物
本申请涉及一种siRNA缀合物，所述siRNA缀合物含有上述siRNA以及缀合连接至该siRNA的缀合基团。
在本申请中，siRNA缀合物的正义链与反义链形成siRNA缀合物的双链区，并且，在siRNA缀合物的正义链的3’末端形成平末端。在一些实施方案中，siRNA缀合物的正义链的3’末端形成平末端，siRNA缀合物的反义链的3’末端具有1-3个延伸出所述双链区的突出的核苷酸。在另外一些实施方案中，siRNA缀合物的正义链的3’末端形成平末端，siRNA缀合物的反义链的3’末端形成平末端。
在一些优选地实施方案中，siRNA缀合物由siRNA与缀合基团缀合连接得到。其中，siRNA的正义链与反义链互补形成siRNA的双链区，并且，siRNA的正义链的3’末端形成平末端，缀合基团与具有平末端的正义链的3’末端缀合连接，形成siRNA缀合物。
在一些优选的实施方案中，siRNA的正义链的3’末端具有延伸出双链区的突出的核苷酸，将位于正义链中3’末端的突出的核苷酸排除后形成的具有3’平末端的序列作为用于连接缀合基团的核苷酸序列，在正义链的3’平末端连接缀合基团，形成siRNA缀合物。
在一些更优选实施方式中，当正义链与反义链的核苷酸序列互补形成双链区后，正义链的3’末端不存在突出的核苷酸时，在正义链的3’末端添加核苷酸序列V，作为突出的核苷酸。将位于正义链中3’末端的突出的核苷酸排除后形成的具有3’平末端的序列作为用于连接缀合基团的核苷酸序列，在正义链的3’平末端连接缀合基团，形成siRNA缀合物。
在一些更优选实施方式中，当正义链与反义链的核苷酸序列互补形成双链区后，正义链的3’末端具有延伸出双链区的突出的核苷酸时，将位于正义链中3’末端的突出的核苷酸排除后形成的具有3’平末端的序列作为用于连接缀合基团的核苷酸序列，在正义链的3’平末端连接缀合基团，形成siRNA缀合物。
示例性地，序列如ER-FYN003001M1所示的siRNA，该siRNA的正义链的3’末端具有延伸出双链区的突出的核苷酸，将位于正义链中3’末端的突出的-sTsT核苷酸排除后形成的gsgscucuUfcCfGfGfcaagucaa平末端序列作为用于连接L96缀合基团的核苷酸序列，因此，形成siRNA缀合物的序列为：正义链为gsgscucuUfcCfGfGfcaagucaaL96，反义链为
P1usUfsgAfcUfuGfcCfgGfaAfgAfgCfcsTsT。
一般来说，所述缀合基团包含药学上可接受的至少一个靶向基团，或者进一步还包含接头(linker)，并且，所述siRNA、所述接头和所述靶向基团依次连接。在一些实施方式中，所述靶向基团为1-6个。在一些实施方式中，所述靶向基团为2-4个。所述siRNA分子可以非共价或共价缀合至所述缀合基团，例如可以共价缀合至所述缀合基团。siRNA与缀合基团的缀合位点可以在siRNA正义链的3’末端或5'末端，也可在反义链的5'末端，还可以在siRNA的内部序列中。在一些实施方式中，所述siRNA与缀合基团的缀合位点在siRNA正义链的3'末端。
在一些实施方式中，所述缀合基团可以连接在核苷酸的磷酸基团、2'-位羟基或者碱基上。在一些实施方式中，所述缀合基团还可以连接在3'-位羟基上，此时核苷酸之间采用2'-5'磷酸二酯键连接。当缀合基团连接在siRNA链的末端时，所述缀合基团通常连接在核苷酸的磷酸基团上；当缀合基团连接在siRNA的内部序列时，所述缀合基团通常连接在核糖糖环或者碱基上。各种连接方式可以参考文献：Muthiah Manoharan et.al.siRNAconjugates carrying sequentially assembled trivalent N-acetylgalactosaminelinked through nucleosides elicit robust gene silencing in vivo inhepatocytes.ACS Chemical biology,2015,10(5):1181-7.
在一些实施方式中，所述siRNA与缀合基团间可以通过酸不稳定的、或可还原的化学键相连，在细胞内涵体的酸性环境下，这些化学键可降解，从而使siRNA成为自由状态。对于不可降解的缀合方式，缀合基团可连接在siRNA的正义链，从而尽量降低缀合对siRNA活性的影响。
在一些实施方式中，所述药学上可接受的靶向基团可以是siRNA给药领域常规使用的配体，例如WO2009082607A2中描述的各种配体，以引用的方式全文纳入本说明书。
在一些实施方式中，所述药学上可接受的靶向基团可以选自以下靶向分子或其衍生物形成的配体中的一种或多种：亲脂分子，例如胆固醇、胆汁酸、维生素(例如维生素E)、不同链长的脂质分子；聚合物，例如聚乙二醇；多肽，例如透膜肽；适配体；抗体；量子点；糖类，例如乳糖、聚乳糖、甘露糖、半乳糖、N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)；叶酸(folate)；肝实质细胞表达的受体配体，例如去唾液酸糖蛋白、去唾液酸糖残基、脂蛋白(如高密度脂蛋白、低密度脂蛋白等)、胰高血糖素、神经递质(如肾上腺素)、生长因子、转铁蛋白等。
在一些实施方式中，所述的每个配体独立地选自一个能够与细胞表面受体结合的配体。在一些实施方式中，至少一个配体是能够与肝细胞表面受体结合的配体。在一些实施方式中，至少一个配体是能够与哺乳动物细胞表面受体结合的配体。在一些实施方式中，至少一个配体是能够与人肝细胞表面受体结合的配体。在一些实施方式中，至少一个配体是能够与肝表面去唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)结合的配体。这些配体的种类为本领域技术人员所公知，其作用一般是与靶细胞表面的特异性受体相结合，介导与配体连接的siRNA递送至靶细胞。
在一些实施方式中，所述药学上可接受的靶向基团可以是与哺乳动物肝细胞表面上的去唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)结合的任意一种配体。在一些实施方式中，每个配体独立地为去唾液酸糖蛋白，例如去唾液酸血清类粘蛋白(asialoorosomucoid，ASOR)或去唾液酸胎球蛋白(asialofetuin，ASF)。在一些实施方式中，所述配体为糖或糖的衍生物。
在一些实施方式中，至少一个配体是糖。在一些实施方式中，每个配体均是糖。在一些实施方式中，至少一个配体是单糖、多糖、修饰的单糖、修饰的多糖或糖衍生物。在一些实施方式中，至少一个所述配体可以是单糖，双糖或三糖。在一些实施方式中，至少有一个配体是修饰的糖。在一些实施方式中，每一个配体均为修饰的糖。在一些实施方式中，每个配体均独立地选自多糖、修饰的多糖、单糖、修饰的单糖、多糖衍生物或单糖衍生物。在一些实施方式中，每一个或至少一个配体选自于由以下糖所组成的组：葡萄糖及其衍生物、甘露聚糖及其衍生物、半乳糖及其衍生物、木糖及其衍生物、核糖及其衍生物、岩藻糖及其衍生物、乳糖及其衍生物、麦芽糖及其衍生物，阿拉伯糖及其衍生物、果糖及其衍生物和唾液酸。
在一些实施方式中，每个所述配体可独立地选自D-吡喃甘露糖、L-吡喃甘露糖、D-阿拉伯糖、D-呋喃木糖、L-呋喃木糖、D-葡萄糖、L-葡萄糖、D-半乳糖、L-半乳糖、α-D-呋喃甘露糖、β-D-呋喃甘露糖、α-D-吡喃甘露糖、β-D-吡喃甘露糖、α-D-吡喃葡萄糖、β-D-吡喃葡萄糖、α-D-呋喃葡萄糖、β-D-呋喃葡萄糖、α-D-呋喃果糖、α-D-吡喃果糖、α-D-吡喃半乳糖、β-D-吡喃半乳糖、α-D-呋喃半乳糖、β-D-呋喃半乳糖、葡糖胺、唾液酸、半乳糖胺、N-乙酰半乳糖胺、N-三氟乙酰半乳糖胺、N-丙酰半乳糖胺、N-正丁酰半乳糖胺、N-异丁酰半乳糖胺、2-氨基-3-O-[(R)-1-羧乙基]-2-脱氧-β-D-吡喃葡萄糖、2-脱氧-2-甲基氨基-L-吡喃葡萄糖、4,6-二脱氧-4-甲酰胺基-2,3-二-O-甲基-D-吡喃甘露糖、2-脱氧-2-磺氨基-D-吡喃葡萄糖、N-乙醇酰基-α-神经氨酸、5-硫代-β-D-吡喃葡萄糖、2,3,4-三-O-乙酰基-1-硫代-6-O-三苯甲基-α-D-吡喃葡萄糖苷甲酯、4-硫代-β-D-吡喃半乳糖、3,4,6,7-四-O-乙酰基-2-脱氧-1,5-二硫代-α-D-吡喃葡庚糖苷乙酯、2,5-脱水-D-阿洛糖腈、核糖、D-核糖、D-4-硫代核糖、L-核糖或L-4-硫代核糖。所述配体的其它选择可参见例如CN105378082A的记载，以引用的方式全文纳入本说明书。
在一些实施方式中，所述siRNA缀合物中药学上可接受的靶向基团可以是半乳糖或N-乙酰半乳糖胺，其中，半乳糖或N-乙酰半乳糖胺分子可以是一价、二价、三价、四价。应当理解的是，这里所述的一价、二价、三价、四价分别指siRNA分子与含有作为靶向基团的半乳糖或N-乙酰半乳糖胺分子的缀合基团形成siRNA缀合物后，该siRNA缀合物中siRNA分子与半乳糖或N-乙酰半乳糖胺分子的摩尔比为1:1、1:2、1:3或1:4。在一些实施方式中，所述药学上可接受的靶向基团是N-乙酰半乳糖胺。在一些实施方式中，当本申请所述的siRNA与含有N-乙酰半乳糖胺的缀合基团缀合时，N-乙酰半乳糖胺分子是三价或四价。在一些实施方式中，当本申请所述的siRNA与含有N-乙酰半乳糖胺的缀合基团缀合时，N-乙酰半乳糖胺分子是三价。
靶向基团可经由合适的接头与siRNA分子相连，本领域技术人员可以根据靶向基团的具体类型选择合适的接头。这些接头、靶向基团的种类以及与siRNA的连接方式，可参见WO2015006740A2的公开内容，以引用的方式全文纳入本说明书。
siRNA的合成方法
通过本领域常规的固相亚磷酰胺法，按照核苷酸排布顺序自3'-5'方向逐一连接核苷单体。每连接一个核苷单体都包括脱保护、偶联、盖帽、氧化或硫化四步反应。其中，两个核苷酸之间采用磷酸酯连接时，连接后一个核苷单体时，包括脱保护、偶联、盖帽、氧化四步反应。两个核苷酸之间采用硫代磷酸酯连接时，连接后一个核苷单体时，包括保护、偶联、盖帽、硫化四步反应。
例如，本申请的siRNA的合成条件可以如下：
脱保护的条件包括：反应温度为25℃，反应时间为70秒，脱保护试剂选自二氯乙酸的二氯甲烷溶液(3％V/V)，脱保护试剂与固相载体上的保护基的摩尔比为5:1。
偶联反应条件包括：反应温度为25℃，反应时间为600秒，偶联试剂选自5-乙硫基-1H-四氮唑(ETT)的0.25M乙腈溶液，固相载体上连接的核酸序列与核苷单体的摩尔比为1:10。
盖帽反应条件包括：反应温度为25℃，反应时间为15秒，盖帽试剂选自摩尔比为1:1的CapA(10％乙酸酐乙腈溶液)和CapB(10％的N-甲基咪唑吡啶/乙腈溶液)的混合溶液，盖帽试剂与固相载体上连接的核酸序列的摩尔比为乙酸酐：N-甲基咪唑:固相载体上连接的核酸序列的摩尔比为1:1:1。
氧化反应条件包括：反应温度为25℃，反应时间为15秒，氧化试剂选自0.05M碘四氢呋喃溶液，氧化试剂与偶联步骤中固相载体上连接的核酸序列的摩尔比为30:1。
硫化反应条件包括：反应温度为25℃，反应时间为300秒，硫化试剂选自氢化黄原素，硫化试剂与偶联步骤中固相载体上连接的核酸序列的摩尔比为120:1。
在将所有核苷单体连接之后，依次对固相载体上连接的核酸序列进行切割、脱保护、纯化、脱盐，得到siRNA正义链和反义链，最后将两条链进行加热退火得到产品。
切割、脱保护、纯化、脱盐和退火的方法是本领域中公知的。例如，通过将连接有固相载体的核苷酸序列与浓氨水接触进行切割和脱保护；通过色谱法进行纯化；通过反相色谱进行脱盐；通过在不同严格条件下等摩尔比混合正义链和反义链后逐渐降温冷却。
siRNA缀合物合成方法
第一步，通过将DMTr-L96和丁二酸酐反应，得到化合物L96-A：
制备过程：将DMTr-L96、丁二酸酐、4-二甲基氨基吡啶和二异丙基乙胺加入二氯甲烷中，25℃下搅拌反应24小时，然后用0.5M三乙胺磷酸盐洗涤反应液，水相以二氯甲烷洗涤三次，合并有机相减压蒸干得粗品。然后柱层析纯化得到纯品L96-A。
第二步，将L96-A与SPS-NH2反应得到L96-B：
制备过程：将L96-A、O-苯并三氮唑-四甲基脲六氟磷酸酯(HBTU)和二异丙基乙胺混合溶于乙腈中，室温搅拌5分钟得到均一溶液，加入氨甲基树脂(100-200目)至反应液体中，25℃下开始摇床反应，反应18小时后过滤，滤饼依次用二氯甲烷和乙腈洗涤，得滤饼。所得滤饼用CapA/CapB混合溶液进行盖帽反应得到L96-B，即为含有缀合分子的固相载体，然后在偶联反应下将核苷单体连接至缀合分子，随后按照前文所述的siRNA分子合成方法合成连接至缀合物分子的siRNA正义链，采用前文所述的siRNA分子合成方法合成siRNA反义链，退火生成本申请的siRNA缀合物。
药物组合物
本申请提供了一种药物组合物，所述药物组合物含有如上所述的siRNA作为活性成分和药学上可接受的载体。
所述药学上可接受的载体可以是siRNA给药领域常规使用的载体，例如但不限于脂质纳米颗粒(Lipid Nanoparticle，LNP)、磁性纳米粒(magnetic nanoparticles，如基于Fe3O4或Fe2O3的纳米粒)、碳纳米管(carbon nanotubes)、介孔硅(mesoporous silicon)、磷酸钙纳米粒(calcium phosphate nanoparticles)、聚乙烯亚胺(polyethylenimine，PEI)、聚酰胺型树形高分子(polyamidoamine(PAMAM)dendrimer)、聚赖氨酸(poly(L-lysine)，PLL)、壳聚糖(chitosan)、1,2-二油酰基-3-三甲铵丙烷(1,2-dioleoyl-3-trimethylammonium-propane，DOTAP)、聚D型或L型乳酸/羟基乙酸共聚物(poly(D&L-lactic/glycolic acid)copolymer，PLGA)、聚(氨乙基乙撑磷酸酯)(poly(2-aminoethylethylene phosphate)，PPEEA)和聚(甲基丙烯酸-N,N-二甲氨基乙酯)(poly(2-dimethylaminoethyl methacrylate)，PDMAEMA)以及它们的衍生物中的一种或多种。
所述药物组合物中，对siRNA和药学上可接受的载体的含量没有特别要求，可以是各组分常规的含量。
在一些实施方式中，所述药物组合物中，还可以包含药学上可接受的其它辅料，该辅料可以为本领域常规采用的各种制剂或化合物的一种或多种。例如，所述药学上可接受的其它辅料可以包括pH缓冲液、保护剂和渗透压调节剂中的至少一种。
所述pH缓冲液可以为pH值7.5-8.5的三羟甲基胺基甲烷盐酸盐缓冲液和/或pH值5.5-8.5的磷酸盐缓冲液，例如可以为pH值5.5-8.5的磷酸盐缓冲液。
所述保护剂可以为肌醇、山梨醇、蔗糖、海藻糖、甘露糖、麦芽糖、乳糖和葡萄糖中的至少一种。以所述药物组合物的总重量为基准，所述保护剂的含量可以为0.01-30重量％。
所述渗透压调节剂可以为氯化钠和/或氯化钾。所述渗透压调节剂的含量使所述药物组合物的渗透压为200-700毫渗摩尔/千克(mOsm/kg)。根据所需渗透压，本领域技术人员可以容易地确定所述渗透压调节剂的含量。
在一些实施方式中，所述药物组合物可以为液体制剂，例如注射液；也可以为冻干粉针剂，实施给药时与液体辅料混合，配制成液体制剂。所述液体制剂可以但不限于用于皮下、肌肉或静脉注射给药，也可以但不限于通过喷雾给药到肺脏、或通过喷雾经肺脏给药到其它脏器组织(如肝脏)。在一些实施方式中，所述药物组合物用于静脉注射给药。
在一些实施方式中，所述药物组合物可以为脂质体制剂的形式。在一些实施方式中，所述脂质体制剂中使用的药学上可接受的载体包含含胺的转染化合物(下文也可将其称为有机胺)、辅助脂质和/或聚乙二醇化脂质。
LNP
作为将药物特异性地输送到患部的手段，提出了将药物包封作为脂质膜结构体的方法。使用脂质膜结构体可以将药物、核酸、肽、多肽、糖等目标物质递送至靶器官或肿瘤组织等特异性部位。内封有抗肿瘤剂等药物的脂质膜结构体到达靶细胞，则通过胞吞作用被摄入到细胞内，从而形成被包含在内体中的状态，其后，受到溶酶体的酶的水解作用等，将内封的药物释放到细胞质内12-17。
脂质纳米颗粒(Lipid Nanoparticle，LNP)由可电离脂质、饱和磷脂(DSPC)、胆固醇和聚乙二醇(PEG)四种脂质组成的稳定的纳米颗粒。可电离脂质促进mRNA自主聚集成病毒大小的颗粒和mRNA在细胞质中的释放，PEG延长了复合物的半衰期，胆固醇作为一种稳定剂，可提高复合物的稳定性，磷脂支持形成脂质双层结构。LNP是目前比较成熟的一个技术平台，用来递送RNA药物、疫苗或基因编辑工具。LNP对于核酸包封率高并且能够有效转染细胞，组织穿透性强，细胞毒性和免疫原性低，有利于递送药物。
LNP作用机制是PEG-脂质从颗粒表面解离，内源性ApoE聚集到LNP表面，LNPs通过开窗内皮运输并与肝细胞上的低密度脂蛋白受体和其他ApoE结合受体结合，LNPs通过内吞作用内化，可电离脂质由于核内体中的低pH值而质子化，质子化的电离脂质与带负电荷的内源性脂质相互作用，这会导致内体膜的不稳定，并释放siRNA到细胞质中，在那里它可以与RNAi机制相结合。LNP是目前核酸药物研究应用多的递送系统之一，LNP能够安全而有效地递送核酸。
以下实施例用于进一步说明本发明，但不对本发明进行任何限制。
实施例
本公开的其他目的、特征和优点将从以下详细描述中变得明显。但是，应当理解的是，详细描述和具体实施例(虽然表示本公开的具体实施方式)仅为解释性目的而给出，因为在阅读该详细说明后，在本公开的精神和范围内所作出的各种改变和修饰，对于本领域技术人员来说将变得显而易见。
本实施例中所用到的实验技术与实验方法，如无特殊说明均为常规技术方法，例如下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件如Sambrook等人，分子克隆：实验室手册(New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press,1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。实施例中所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可通过正规商业渠道获得。
下述实施例中使用的细胞、试剂如下表所示：
实施例1siRNA的制备
由天霖生物科技(上海)有限公司合成了具有以下序列的siRNA分子：
表1siRNA及其序列
其中，大写字母“G”、“C”、“A”、“T”和“U”每个通常代表分别含有鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶和尿嘧啶作为碱基的核苷酸；小写字母a、u、c、g：表示2’-甲氧基修饰的核苷酸；Af、Gf、Cf、Uf：表示2’-氟代修饰的核苷酸；小写字母s表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间TM为硫代磷酸酯基连接；P1：表示该P1右侧相邻的一个核苷酸为5′-磷酸核苷酸；A、U、C、G(下划线+斜体)：表示GNA修饰的核苷酸。
由天霖生物科技(上海)有限公司合成了具有以下序列的siRNA缀合物：
表2siRNA缀合物及其序列：
其中L96为:
实施例2siRNA抑制FGFR4基因表达
实验材料：
HepG2细胞，购自ATCC，货号HB-8065；
MEM培养基，购自HyClone，货号SH30024.01；
RNAiMAX转染试剂，购自Invitrogen，货号13778-150；
Opti-medium：减血清培养基，购自Gibco，货号31985-070；
siNTC(No target control)：与靶标不相关的RNA。
方法：
1.将HepG2细胞铺于96孔板的新鲜MEM培养基中培养24小时。将所培养的细胞用无PS(青霉素链霉素混合液)的MEM培养基重悬，制成密度为5.55x 104/ml的细胞悬液，铺到96孔板中，每孔加90μL细胞悬液，即5000个细胞/孔。
2.将待测siRNA(包括本发明的siRNA和siNTC)的干粉以低温高速离心，然后用超纯蒸馏水(ULtraPure Distilled Water)溶解，配制成100μM siRNA母液。
3.配制25nM的siRNA转染稀释液
(1)10μM siRNA贮备液制备：取100μM的上述siRNA母液5μl，加入45μl超纯蒸馏水，得到终浓度为10μM siRNA贮备液。
(2)按照以下配比配制转染混合液的梯度稀释液
10nM的siNTC转染稀释液配制：取上述配置好的10μM siNTC贮备液2μl，加入98μlOpti-medium，得到200nM的siNTC稀释液，再加入等体积的RNAiMax稀释液得到100nM siNTC稀释液；取上述100nM siNTC稀释液10μl加入96孔板中，得siNTC终浓度为10nM的siNTC转染稀释液。
25nM siRNA转染稀释液配制：取上述配置好的10μM siRNA贮备液5μl，加入95μlOpti-medium，得到500nM的siRNA稀释液，再加入等体积的RNAiMax稀释液得到250nM siRNA稀释液；取上述250nM siRNA稀释液10μl加入96孔板中，得siRNA终浓度为25nM的siRNA转染稀释液。
0.1％RNAiMAX转染试剂稀释液的配置：取5％RNAiMAX转染试剂20μl，加入980μl Opti-medium，得到0.1％RNAiMAX转染试剂稀释液。
参照配制25nM的siRNA转染稀释液的类似方法，对以下siRNA序列配制1nM的siRNA转染稀释液，siRNA序列包括：ER-FYN003066、ER-FYN003067、ER-FYN003027、ER-FYN003027M1、ER-FYN003027M2、ER-FYN003027MD2、ER-FYN003027M3、ER-FYN003068、ER-FYN003069、ER-FYN003048、ER-FYN003070、ER-FYN003049、ER-FYN003025M1、ER-FYN003025M2、ER-FYN003025MD2、ER-FYN003025M3、ER-FYN003037M1、ER-FYN003029M1、ER-FYN003029M2、ER-FYN003029MD2、ER-FYN003029M3、ER-FYN003071、ER-FYN003072、ER-FYN003028M1、ER-FYN003073、ER-FYN003074、ER-FYN003075、ER-FYN003076、ER-FYN003065、ER-FYN003065M1、ER-FYN003007M1、ER-FYN003043M1、ER-FYN003077、ER-FYN003021M1、ER-FYN003078、ER-FYN003079、ER-FYN003031D2、ER-FYN003031M1、ER-FYN003031M2、ER-FYN003031MD2、ER-FYN003031M3、ER-FYN003080、ER-FYN003081、ER-FYN003030M1、ER-FYN003054、ER-FYN003054M1、ER-FYN003055、ER-FYN003001M1、ER-FYN003056、ER-FYN003044M1、ER-FYN003053、ER-FYN003051、ER-FYN003082、ER-FYN003052、ER-FYN003052M1、ER-FYN003064、ER-FYN003064M1、ER-FYN003003M1、ER-FYN003083、ER-FYN003084、ER-FYN003085、ER-FYN003022M1、ER-FYN003057、ER-FYN003057M1、ER-FYN003058、ER-FYN003058M1、ER-FYN003059、ER-FYN003059M1、ER-FYN003059D2、ER-FYN003059MD2、ER-FYN003010M1、ER-FYN003060、ER-FYN003061、ER-FYN003062、ER-FYN003063、ER-FYN003063M1、ER-FYN003023M1。
4.将RNAiMAX转染试剂稀释液与siRNA稀释液以1:1体积比混合，静置5分钟，将10μl的转染混合物加入到96孔板中转染所培养的HepG2细胞(终体积100μl)。
5.转染后培养48小时，每个浓度设置3个重复。
6.利用TaqManTMFast Advanced Cells-to-CTTM试剂盒(Invitrogen#A35377)提取RNA：
a)吸掉每孔中的旧培养基，加入100μl PBS缓冲液洗涤两次；
b)吸掉PBS缓冲液，每孔中加入50μl裂解液；
c)室温下以500rpm震荡孵育5分钟；
d)每孔加入5μl终止液，室温下以500rpm震荡2分钟。
7.对RNA进行逆转录至cDNA，按照以下步骤进行：
a)如下表所述制备逆转录反应混合物并充分混匀，在整个操作过程中，所有试剂都放置在冰上；
体积/μl
2×Fast Advanced RT Buffer 25
20×RT Fast Advanced Enzyme Mix 2.5
步骤6的细胞裂解物 22.5
总体积 50
b)如下所述进行逆转录程序
c)将逆转录产物储存在-20℃以进行实时PCR分析。
8.进行实时PCR分析
a)如下表所示制备qPCR反应混合物，在整个操作过程中，所有试剂都放置在冰上；
b)如下所述进行qPCR程序
9.结果分析
a)使用Quant Studio 7软件采用默认设置，自动计算Ct值；
b)使用以下公式计算基因的相对表达量：
ΔCt＝Ct(目的基因)–Ct(ACTB)
ΔΔCt＝ΔCt(检测样品)-ΔCt(Mock组)
相对于Mock组的mRNA表达＝2-ΔΔCt
抑制率＝(Mock组mRNA表达量–检测样品组mRNA表达量)/Mock组mRNA表达量×100％
表3本发明的siRNA的抑制率
表4对照siRNA的抑制率
siRNA ID 25nM-48h
ER-FYN003036 -23.13％
从上表中可以看出，本申请的siRNA在1nM和25nM浓度下均可显著抑制FGFR4基因的表达。
实施例3siRNA抑制FGFR4基因表达的IC50测定
材料：
HepG2细胞，购自ATCC，货号HB-8065；
MEM培养基，购自HyClone，货号SH30024.01；
RNAiMAX转染试剂，购自Invitrogen，货号13778-150；
Opti-medium：减血清培养基，购自Gibco，货号31985-070；
siNTC(No target control)：与靶标不相关的RNA。
方法：
1.将HepG2细胞铺于96孔板的新鲜MEM培养基中培养24小时。将所培养的细胞用无PS(青霉素链霉素混合液)的MEM培养基重悬，制成密度为5.55x 104/ml的细胞悬液，铺到96孔板中，每孔加90μL细胞悬液，即5000个细胞/孔。
2.将待测siRNA(包括本发明的siRNA和siNTC)的干粉以低温高速离心，然后用超纯蒸馏水(ULtraPure Distilled Water)溶解，配制成100μM siRNA母液。
3.配制siRNA转染稀释液(参照实施例2中步骤3配制)
(1)按照以下配比配制siRNA贮备液
(2)按照以下配比配制转染混合液的梯度稀释液
siNTC转染稀释液配制
RNAiMAX转染试剂稀释液
参照实施例2配制25nM的siRNA转染稀释液的类似方法，配制siRNA转染稀释液浓度分别为5nM，2nM，1nM，0.5nM，0.2nM，0.1nM，0.05nM，0.01nM，0.005nM。
4.将RNAiMAX转染试剂稀释液与siRNA稀释液以1:1体积比混合，静置5分钟，将10μl的转染混合物加入到96孔板中转染所培养的HepG2细胞(终体积100μL)。
5.转染后培养48小时，每个浓度设置3个重复。
6.利用TaqManTMFast Advanced Cells-to-CTTM试剂盒(Invitrogen#A35377)提取RNA：
a)吸掉每孔中的旧培养基，加入100μl PBS缓冲液洗涤两次；
b)吸掉PBS缓冲液，每孔中加入50μl裂解液；
c)室温下以500rpm震荡孵育5分钟；
d)每孔加入5μl终止液，室温下以500rpm震荡2分钟。
7.对RNA进行逆转录至cDNA，按照以下步骤进行：
a)如下表所述制备逆转录反应混合物并充分混匀，在整个操作过程中，所有试剂都放置在冰上；
体积/μl
2×Fast Advanced RT Buffer 25
20×RT Fast Advanced Enzyme Mix 2.5
步骤6的细胞裂解物 22.5
总体积 50
b)如下所述进行逆转录程序
c)将逆转录产物储存在-20℃以进行实时PCR分析。
8.进行实时PCR分析
a)如下表所示制备qPCR反应混合物，在整个操作过程中，所有试剂都放置在冰上；
b)如下所述进行qPCR程序
9.结果分析
a)使用Quant Studio 7软件采用默认设置，自动计算Ct值；
b)使用以下公式计算基因的相对表达量：
ΔCt＝Ct(目的基因)–Ct(ACTB)
ΔΔCt＝ΔCt(检测样品组)-ΔCt(Mock组)，其中Mock组表示和检测样品组相比，未加入siRNA的组；
相对于Mock组的mRNA表达＝2-ΔΔCt
抑制率＝(Mock组mRNA表达量–检测样品组mRNA表达量)/Mock组mRNA表达量×100％
以siRNA浓度的log值作为X轴，百分比抑制率为Y轴，采用分析软件GraphPadPrism 8的log(抑制剂)vs.响应-变量斜率，来拟合量效曲线，从而得出各个siRNA的IC50值。
拟合公式为：Y＝
Bottom+(Top-Bottom)/(1+10^((LogIC50-X)*HillSlope))
其中：Top表示顶部平台，曲线的Top标准一般在80％至120％；Bottom表示底部平台，曲线的Bottom一般在-20％至20％之间。
表5siRNA的IC50值
siRNA ID IC50
ER-FYN003001M1 0.312nM
ER-FYN003003M1 0.156nM
ER-FYN003007M1 0.171nM
ER-FYN003010M1 0.066nM
ER-FYN003022M1 0.171nM
ER-FYN003025M1 0.072nM
ER-FYN003027M1 0.028nM
ER-FYN003028M1 0.016nM
ER-FYN003029M1 0.065nM
ER-FYN003030M1 0.113nM
ER-FYN003031M1 0.028nM
ER-FYN003037M1 0.284nM
ER-FYN003059M1 0.054nM
ER-FYN003059M2 0.066nM
ER-FYN003059M3 0.051nM
ER-FYN003059M4 0.103nM
ER-FYN003059M5 0.112nM
从上表中可以看出，本申请的siRNA具有很高的FGFR4基因抑制活性。例如，siRNA的IC50可低至0.016nM。
实施例4siRNA缀合物抑制FGFR4基因表达的IC50测定
材料：
PHH细胞，药明康德提供；
PHH培养基：invitroGRO CP Meduim serum free BIOVIT，货号：S03316；
RNAiMAX转染试剂，购自Invitrogen，货号：13778-150；
RNA提取试剂盒96Kit，货号：QIAGEN-74182；
逆转录试剂盒FastKing RT Kit(With gDNase)，货号：天根-KR116-02；
FastStart Universal Probe master，购自Roche，货号：04914058001；
培养液，InvitroGRO CP Medium,serum-free(BIOIVT-S03316)，加入10％FBS+1％P/S。
FGFR4及GAPDH引物由药明康德提供。
siRNA缀合物(siRNA缀合物终浓度为10nM、2.5nM、0.63nM、0.16nM、0.04nM、0.01nM、0.0024nM和0.0006nM，复孔)通过转染进入PHH细胞，过程如下所述：取冻存的PHH细胞，复苏，计数，调整细胞到1×105细胞/ml，同时应用RNAiMax转染试剂将siRNA缀合物转入细胞，以每孔54,000个细胞的密度接种到96孔板中，每孔加入PPH培养基100μL。细胞置于5％ CO2、37℃孵箱中培养。48小时后，去除培养基并收集细胞用于总RNA提取。根据试剂盒产品说明书使用96Kit提取总RNA。
siRNA缀合物(siRNA缀合物终浓度分别为500nM、125nM、31.25nM、7.81nM、1.95nM、0.49nM、0.12nM和0.03nM，复孔)通过自由摄取进入PHH细胞，过程如下所述：取冻存的PHH细胞，复苏，计数，调整细胞到1×105细胞/ml，同时加入siRNA缀合物，以每孔54,000个细胞的密度接种到96孔板中，每孔培养液为100μl。细胞置于5％ CO2、37℃孵箱中培养。48小时后，去除培养基并收集细胞用于总RNA提取。根据试剂盒产品说明书使用96Kit提取总RNA。
采用与实施例3中相似的方法，通过逆转录反应将提取的总RNA逆转录为cDNA，以及通过qPCR对逆转录得到的FGFR4 cDNA进行定量扩增。GAPDH cDNA将作为内部对照进行平行扩增。PCR反应程序为：95℃10分钟，然后进入循环模式，95℃15秒，随后60℃，60秒，共40个循环。
结果分析
a)使用Quant Studio 7软件采用默认设置，自动计算Ct值；
b)使用以下公式计算基因的相对表达量：
ΔCt＝Ct(目的基因)–Ct(GAPDH)
ΔΔCt＝ΔCt(检测样品组)-ΔCt(Mock组)
相对于Mock组的mRNA表达＝2-ΔΔCt，
其中Mock组表示和实验组相比，未加入siRNA的组。
表6siRNA缀合物的IC50值
从上表中可以看出，本申请的siRNA缀合物具有很高的FGFR4基因抑制活性。
以上详细描述了本申请的一些实施方式，但是，本申请并不限于上述实施方式中的具体细节，在本申请的技术构思范围内，可以对本申请的技术方案进行多种简单变型，这些简单变型均属于本申请的保护范围。
另外需要说明的是，在上述一些实施方式中所描述的各个具体技术特征，在不矛盾的情况下，可以通过任何合适的方式进行组合，为了避免不必要的重复，本申请对各种可能的组合方式不再另行说明。
此外，本申请的各种不同的实施方式之间也可以进行任意组合，只要其不违背本申请的思想，其同样应当视为本申请所公开的内容。
参考文献：
1.Andreas Roidl et al.,Resistance to Chemotherapy Is Associated withFibroblast Growth Factor Receptor 4Up-regulation,Clin CancerRes 2019；15(6):2058-2066；
2.Xinqiang Huang et al.,FGFR4 prevents hyperlipidemia andinsulinresistance but underlies high-fat diet induced fatty liver,Diabetes.2007 Oct；56(10):2501-10；
3.Yan Li et al.,Up-regulation of fibroblast growth factor 19 anditsreceptor associates with progression from fatty liver tohepatocellularcarcinoma,Oncotarget.2016 Aug 9；7(32):52329-52339；
4.Xing Xian Yu et al.,Peripheral reduction of FGFR4 withantisenseoligonucleotides increases metabolic rate and lowers adiposityin diet-inducedobese mice,PLoS One.2013 Jul 29；8(7):e66923；
5.Qiang Chen et al.,Soluble FGFR4 extracellular domain inhibitsFGF19-induced activation of FGFR4 signaling and preventsnonalcoholic fatty liverdisease,Biochem Biophys Res Commun.2011Jun 17；409(4):651-6；
6.Christine Gauglhofer et al.,Fibroblast growth factor receptor 4:aputative key driver for the aggressive phenotype of hepatocellularcarcinoma,Carcinogenesis.2014 Oct；35(10):2331-8；
7.Kevin M Levine et al.,FGFR4:A promising therapeutic targetforbreast cancer and other solid tumors,Review Pharmacol Ther.2020Oct；214:107590；
8.Riyaz N H Shah et al.,FGFR4 overexpression in pancreaticcancer ismediated by an intronic enhancer activated by HNF1alpha,Oncogene.2002 Nov 28；21(54):8251-61；
9.Liwei Lang et al.,Fibroblast Growth Factor Receptor 4Targeting inCancer:New Insights into Mechanisms and TherapeuticStrategies,ReviewCells.2019 Jan 9；8(1):31；
10.Yanan Liu et al.,Novel Regulatory Factors and Small-MoleculeInhibitors of FGFR4 in Cancer,Review Front Pharmacol.2021 Apr 26；12:633453；
11.Osamu Shibata et al.,Effect of Lenvatinib on aHepatocellularCarcinoma with Fibroblast Growth Factor Receptor 4 Expression:ACase Report and Review of the Literature,Review Intern Med.2021Jun1；60(11):1709-1715；
12.Niko Kimura et al.,Development of a Microfluidic-Based Post-Treatment Process for Size-Controlled Lipid Nanoparticles and Application tosiRNA Delivery,ACS Appl.Mater.Interfaces.2020,12,30,34011–34020；
13.中国申请CN110740985；
14.Alex K.K.Leung et al.,Lipid Nanoparticles for Short InterferingRNA Delivery,Advances in Genetics,Volume 88,2014,Pages 71-110；
15.Satish G.Jadhay et al.,Overcoming delivery barriers with LNPs,Nature Materials,volume 20,pages575–577(2021)；
16.Xinwei Cheng et al.,The role of helper lipids in lipidnanoparticles(LNPs)designed for oligonucleotide delivery,Advanced DrugDelivery Reviews,Volume 99,Part A,1April 2016,Pages 129-137；
17.Jayesh A.Kulkarni et al.,Lipid Nanoparticles Enabling GeneTherapies:From Concepts to Clinical Utility,NUCLEIC ACID THERAPEUTICS,2018Jun；28(3):146-157。

Claims (28)

1.一种抑制FGFR4基因表达的siRNA分子，包含正义链和反义链，其中所述siRNA中的每个核苷酸各自独立地为修饰或未修饰的核苷酸，其中所述正义链含有核苷酸序列I，反义链含有核苷酸序列II，所述核苷酸序列I和所述核苷酸序列II至少部分地反向互补形成双链区，其中所述核苷酸序列I和核苷酸序列II选自以下序列：
(1)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:229所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:230所示的核苷酸序列：
5’-CCUCGAAUAGGCACA-3’(SEQ ID NO:229)
5’-UGUGCCUAUUCGAGG-3’(SEQ ID NO:230)
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:37且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:38；
(2)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:231所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:232所示的核苷酸序列：
5’-GCAGCAUCCGCUAUAA-3’(SEQ ID NO:231)
5’-UUAUAGCGGAUGCUGC-3’(SEQ ID NO:232)；
(3)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:233所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:234所示的核苷酸序列：
5’-GCUAUAACUAC-3’(SEQ ID NO:233)
5’-GUAGUUAUAGC-3’(SEQ ID NO:234)；
(4)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:235所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:236所示的核苷酸序列：
5’-CUAUAACUACCUGCUAN1-3’(SEQ ID NO:235)
5’-N2UAGCAGGUAGUUAUAG-3’(SEQ ID NO:236)
其中N1为A或G，N2为U或C；
(5)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:237所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:238所示的核苷酸序列：
5’-GAAGCACAUCGUCAUN3-3’(SEQ ID NO:237)
5’-N4AUGACGAUGUGCUUC-3’(SEQ ID NO:238)
其中N3为C或A或T，N4为G或U或不存在；
(6)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:239所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:240所示的核苷酸序列：
5’-CUUCCGGCAAGU-3’(SEQ ID NO:239)
5’-ACUUGCCGGAAG-3’(SEQ ID NO:240)
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:123且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:124，且所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:133且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:134；
(7)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:241所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:242所示的核苷酸序列：
5’-CGUGAGUCUAGAUCUAN5-3’(SEQ ID NO:241)
5’-UAGAUCUAGACUCACG-3’(SEQ ID NO:242)
其中N5为C或T；
(8)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:243所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:244所示的核苷酸序列：
5’-UCAAGAUGCUCAAAGAN6-3’(SEQ ID NO:243)
5’-UCUUUGAGCAUCUUGAN7-3’(SEQ ID NO:244)
其中N6为C或T，N7为C或T，
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:187且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:188；
(9)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:245所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:246所示的核苷酸序列：
5’-GUUUGACCGGGUGUA-3’(SEQ ID NO:245)
5’-UACACCCGGUCAAAC-3’(SEQ ID NO:246)；
(10)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列：
5’-gscsagaaUfcUfCfAfccuugauusTsT-3’(SEQ ID NO:3)
5’-P1asAfsuCfaAfgGfuGfaGfaUfuCfuGfcsTsT-3’(SEQ ID NO:4)；
(11)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:97所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:98所示的核苷酸序列：
5’-CCCUAUGUGCAAGUCCUAA-3’(SEQ ID NO:97)
5’-UUAGGACUUGCACAUAGGG-3’(SEQ ID NO:98)；
(12)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:101所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:102所示的核苷酸序列：
5’-cscsuaugUfgCfAfAfguccuaaasTsT-3’(SEQ ID NO:101)
5’-P1usUfsuAfgGfaCfuUfgCfaCfaUfaGfgsTsT-3’(SEQ ID NO:102)；
(13)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:103所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:104所示的核苷酸序列：
5’-GUCCUAAAGACUGCAGACA-3’(SEQ ID NO:103)
5’-UGUCUGCAGUCUUUAGGAC-3’(SEQ ID NO:104)；
(14)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:105所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:106所示的核苷酸序列：
5’-GACAUCAUCCUGUACGCGU-3’(SEQ ID NO:105)
5’-ACGCGUACAGGAUGAUGUC-3’(SEQ ID NO:106)；
(15)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:193所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:194所示的核苷酸序列：
5’-ACCUGGUCUCGGAGAUGGA-3’(SEQ ID NO:193)
5’-UCCAUCUCCGAGACCAGGU-3’(SEQ ID NO:194)；
(16)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:197所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:198所示的核苷酸序列：
5’-AACCUGCUUGGUGUCUGCA-3’(SEQ ID NO:197)
5’-UGCAGACACCAAGCAGGUU-3’(SEQ ID NO:198)；
(17)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:199所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:200所示的核苷酸序列：
5’-GCAAUGUGCUGGUGACUGA-3’(SEQ ID NO:199)
5’-UCAGUCACCAGCACAUUGC-3’(SEQ ID NO:200)；
(18)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:205所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:206所示的核苷酸序列：
5’-CAUUGACUACUAUAAGAAA-3’(SEQ ID NO:205)
5’-UUUCUUAUAGUAGUCAAUG-3’(SEQ ID NO:206)；
(19)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:217所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:218所示的核苷酸序列：
5’-UCUCUGAGGAGUACCUCGA-3’(SEQ ID NO:217)
5’-UCGAGGUACUCCUCAGAGA-3’(SEQ ID NO:218)；
(20)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:219所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:220所示的核苷酸序列：
5’-CUCUGAGGAGUACCUCGAA-3’(SEQ ID NO:219)
5’-UUCGAGGUACUCCUCAGAG-3’(SEQ ID NO:220)；
(21)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:221所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:222所示的核苷酸序列：
5’-CUGACCUUCGGACCCUAUUCC-3’(SEQ ID NO:221)
5’-AAUAGGGUCCGAAGGUCAGGC-3’(SEQ ID NO:222)；
(22)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:227所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:228所示的核苷酸序列：
5’-cscsugacCfuUfCfGfgacccuausTsT-3’(SEQ ID NO:227)
5’-P1asUfsaGfgGfuCfcGfaAfgGfuCfaGfgsTsT-3’(SEQ ID NO:228)；
(23)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:39所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:40所示的核苷酸序列：
5’-cscsucgaAfuAfGfGfcacaguuasTsT-3’(SEQ ID NO:39)
5’-P1usAfsaCfuGfuGfcCfuAfuUfcGfaGfgsTsT-3’(SEQ ID NO:40)；
(24)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:85所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:86所示的核苷酸序列：
5’-gsgscugaAfgCfAfCfaucgucausTsT-3’(SEQ ID NO:85)
5’-P1asUfsgAfcGfaUfgUfgCfuUfcAfgCfcsTsT-3’(SEQ ID NO:86)；
(25)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:125所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:126所示的核苷酸序列：
5’-asgsgcucUfuCfCfGfgcaagucasTsT-3’(SEQ ID NO:125)
5’-P1usGfsaCfuUfgCfcGfgAfaGfaGfcCfusTsT-3’(SEQ ID NO:126)；
(26)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:135所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:136所示的核苷酸序列：
5’-gsgscucuUfcCfGfGfcaagucaasTsT-3’(SEQ ID NO:135)
5’-P1usUfsgAfcUfuGfcCfgGfaAfgAfgCfcsTsT-3’(SEQ ID NO:136)；
(27)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:161所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:162所示的核苷酸序列：
5’-cscsucguGfaGfUfCfuagaucuasTsT-3’(SEQ ID NO:161)
5’-P1usAfsgAfuCfuAfgAfcUfcAfcGfaGfgsTsT-3’(SEQ ID NO:162)；
(28)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:173所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:174所示的核苷酸序列：
5’-cscsgucaAfgAfUfGfcucaaagasTsT-3’(SEQ ID NO:173)
5’-P1usCfsuUfuGfaGfcAfuCfuUfgAfcGfgsTsT-3’(SEQ ID NO:174)；以及
(29)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:191所示的核苷酸序列，且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:192所示的核苷酸序列：
5’-uscsaagaUfgCfUfCfaaagacaasTsT-3’(SEQ ID NO:191)
5’-P1usUfsgUfcUfuUfgAfgCfaUfcUfuGfasTsT-3’(SEQ ID NO:192)。
2.根据权利要求1所述的siRNA分子，其中，所述核苷酸序列I和所述核苷酸序列II基本上反向互补、实质上反向互补或完全反向互补；所述基本上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于3个的碱基错配；所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配；完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。
3.根据权利要求1或2所述的siRNA分子，其中所述正义链还含有核苷酸序列III，所述反义链还含有核苷酸序列IV，核苷酸序列III和核苷酸序列IV的长度各自独立地为0-9核苷酸，其中所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的5'末端，核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的3'末端，所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补；所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配；完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配；和/或，
其中所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的3'末端，核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的5'末端，所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补；所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配；完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的siRNA分子，其中所述正义链还含有核苷酸序列V和/或所述反义链还含有核苷酸序列VI，核苷酸序列V和VI的长度为0至3个核苷酸，核苷酸序列V连接在所述正义链的3'末端构成正义链的3'突出端和/或核苷酸序列VI连接在所述反义链的3'末端构成反义链的3'突出端；
优选地，所述核苷酸序列V或VI的长度为2个核苷酸；
优选地，所述核苷酸序列V或VI为连续的两个胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸或连续的两个尿嘧啶核糖核苷酸；
或者所述核苷酸序列V或VI与靶mRNA相应位置的核苷酸错配或互补。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的siRNA分子，其中所述正义链或所述反义链中的至少一个核苷酸为修饰的核苷酸，和/或至少一个磷酸酯基为具有修饰基团的磷酸酯基；优选地，所述含有修饰基团的磷酸酯基为磷酸酯基中的磷酸二酯键中的至少一个氧原子被硫原子取代而形成的硫代磷酸酯基；和/或，所述siRNA包括不包含3’突出端核苷酸的正义链。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的siRNA分子，其中，所述正义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团，和/或所述反义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的siRNA分子，其中所述修饰的核苷酸选自2’-氟代修饰的核苷酸，2’-烷氧基修饰的核苷酸，2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸，2’-烷基修饰的核苷酸，2’-取代的烷基修饰的核苷酸，2’-脱氧核苷酸，2’-氨基修饰的核苷酸，2’-取代的氨基修饰的核苷酸，核苷酸类似物或其中任意两种以上的组合。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的siRNA分子，其中，所述修饰的核苷酸选自2’-氟代修饰的核苷酸，2’-甲氧基修饰的核苷酸，2’-O-CH2-CH2-O-CH3修饰的核苷酸，2’-O-CH2-CH＝CH2修饰的核苷酸，2’-CH2-CH2-CH＝CH2修饰的核苷酸，2’-脱氧核苷酸，核苷酸类似物或其中任意两种以上的组合。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的siRNA分子，其中所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸或非氟代修饰的核苷酸；
优选地，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位，其余位置为非氟代修饰的核苷酸；
进一步优选地，每一个非氟代修饰的核苷酸均为2’-甲氧基修饰的核苷酸，所述2’-甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2’-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。
10.根据权利要求9所述的siRNA分子，其中每一个非氟代修饰的核苷酸独立地选自核苷酸的核糖基2'位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物中的一种，所述核苷酸类似物选自异核苷酸、LNA、ENA、cET BNA、UNA和GNA中的一种。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的siRNA分子，其中所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸，2’-甲氧基修饰的核苷酸，GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合；
优选地，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，GNA修饰的核苷酸位于反义链的第7位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位，GNA修饰的核苷酸位于反义链的第6位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的siRNA分子，其中所述siRNA中以下核苷酸之间的连接中至少一个为硫代磷酸酯基连接：
所述正义链的5’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述正义链的5’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接；
所述正义链的3’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述正义链的3’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接；
所述反义链的5’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述反义链的5’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接；
所述反义链的3’末端第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接；
所述反义链的3’末端第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的siRNA分子，按照5’到3’的方向，所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基：
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间；
所述正义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述正义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间；
或者，
所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基：
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的siRNA分子，按照5’到3’的方向，所述反义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基：
所述反义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述反义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间；
所述反义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间；
所述反义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的siRNA分子，其中所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸，2’-甲氧基修饰的核苷酸，GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合；
优选地，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接，3’末端除去突出端；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位，GNA修饰的核苷酸位于反义链的第7位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；
或者，按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接；按照5’到3’的方向，2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位，GNA修饰的核苷酸位于反义链的第6位，其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸，5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间，3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间，3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。
16.根据权利要求1所述的siRNA分子，其选自表1中所示的siRNA分子，其中所述siRNA分子不为siRNA分子ER-FYN003012、ER-FYN003036、ER-FYN003013、ER-FYN003021、ER-FYN003050、ER-FYN003003、ER-FYN003022、ER-FYN003034、ER-FYN003010、ER-FYN003011、ER-FYN003023、ER-FYN003018、ER-FYN003001、ER-FYN003004。
17.根据权利要求16所述的siRNA分子，其选自表3和表5中的siRNA分子；优选地，其选自siRNA分子ER-FYN003027M1、ER-FYN003027M2、ER-FYN003027MD2、ER-FYN003027M3、ER-FYN003025M1、ER-FYN003025M2、ER-FYN003025MD2、ER-FYN003025M3、ER-FYN003037M1、ER-FYN003029M1、ER-FYN003029M2、ER-FYN003029MD2、ER-FYN003029M3、ER-FYN003028M1、ER-FYN003007M1、ER-FYN003021M1、ER-FYN003031D2、ER-FYN003031M1、ER-FYN003031M2、ER-FYN003031MD2、ER-FYN003031M3、ER-FYN003030M1、ER-FYN003001M1、ER-FYN003003M1、ER-FYN003022M1、ER-FYN003059M1、ER-FYN003059D2、ER-FYN003059MD2、ER-FYN003059M2、ER-FYN003059M3、ER-FYN003059M4、ER-FYN003059M5和ER-FYN003010M1。
18.一种siRNA缀合物，其包含前述权利要求中任一项的siRNA分子以及缀合至所述siRNA的缀合基团。
19.根据权利要求18所述的siRNA缀合物，其中所述缀合基团包含药学上可接受的靶向基团和接头，并且所述siRNA、所述接头和所述靶向基团依次共价或非共价连接；
优选地，在所述siRNA缀合物中，siRNA的正义链与反义链互补形成所述siRNA缀合物的双链区，且所述正义链的3’末端形成平末端，所述反义链的3’末端具有1-3个延伸出所述双链区的突出的核苷酸；
或者，
在所述siRNA缀合物中，siRNA的正义链与反义链互补形成所述siRNA缀合物的双链区，且所述正义链的3’末端形成平末端，所述反义链的3’末端形成平末端。
20.根据权利要求19所述的siRNA缀合物，其中所述缀合基团为下式的L96
21.根据权利要求18-20中任一项所述的siRNA缀合物，其中所述siRNA缀合物为选自表2的siRNA缀合物；优选地，其选自表6中的siRNA缀合物。
22.一种药物组合物，其包含权利要求1-17中任一项所述的siRNA分子，或权利要求18-21中任一项所述的siRNA缀合物，以及药学上可接受的载体；优选地，其中所述载体为脂质纳米颗粒。
23.一种试剂盒，其包含权利要求1-17中任一项所述的siRNA分子，或权利要求18-21中任一项所述的siRNA缀合物，或权利要求22所述的药物组合物，以及药学上可接受的载体；优选地，其中所述载体为脂质纳米颗粒。
24.权利要求1-17中任一项所述的siRNA分子，或权利要求18-21中任一项所述的siRNA缀合物，或权利要求22所述的药物组合物用于制备抑制FGFR4基因表达的药剂的用途。
25.权利要求1-17中任一项所述的siRNA分子，或权利要求18-21中任一项所述的siRNA缀合物，或权利要求22所述的药物组合物用于制备治疗FGFR4基因过表达相关的疾病的药剂的用途。
26.根据权利要求25的用途，其中所述疾病选自食管鳞状细胞癌、恶性外周神经鞘膜瘤、星形胶质细胞瘤、前列腺癌、肝癌、卵巢癌、胃癌、胰腺癌、结肠癌、脂肪肝、糖尿病、肥胖和代谢综合症。
27.一种抑制FGFR4基因表达的方法，包括将治疗有效量的权利要求1-17中任一项所述的siRNA分子，或权利要求18-21中任一项所述的siRNA缀合物，或权利要求22所述的药物组合物与表达FGFR4的细胞接触或给予有需要的受试者。
28.一种治疗和/或预防FGFR4基因过表达相关的疾病的方法，包括将治疗有效量的权利要求1-17中任一项所述的siRNA分子，或权利要求18-21中任一项所述的siRNA缀合物，或权利要求22所述的药物组合物给予有需要的受试者。
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