AR113786A1 - Método para marcar secuencias de ácido nucleicos, composición y uso de la misma - Google Patents

Abstract

Un primer aspecto de la presente se relaciona con un método para marcar una molécula de ácido nucleico con un número de ID predeterminado, en donde el método comprende: (a) unir a dicha molécula de ácido nucleico un marcador de ácidos nucleicos para formar una molécula de ácido nucleico marcada, en donde dicho marcador de ácidos nucleicos comprende una o más subunidades de marcadores de ácidos nucleicos en donde cada una consiste en grupos de por lo menos dos nucleótidos, en donde a dicho marcador de ácidos nucleicos se atribuye dicho número de ID realizando los pasos de: (i) convertir cada nucleótido de dichas subunidades de marcadores de ácidos nucleicos en un número que varía en un rango entre 0 y 3, creando de esta manera subunidades de marcadores numéricos en donde la distribución y el contenido de los nucleótidos en las subunidades de marcadores de ácidos nucleicos se han configurado para permitir un número limitado de subunidades de marcadores numéricos, (ii) atribuir a cada una de dichas subunidades de marcadores numéricos un elemento del marcador numérico predeterminado, creando de esta manera un marcador numérico, (iii) decodificar en forma lineal dicho marcador numérico, creando de esta manera dicho número de ID. Un segundo aspecto de la presente se relaciona con un método de secuenciación multiplexada y/o de desmultiplexado, en donde el método comprende los pasos de: (a) amplificar en forma multiplexada las moléculas de ácidos nucleicos marcadas obtenidas de acuerdo con el método del primer aspecto de la presente para generar una pluralidad de dichas moléculas de ácidos nucleicos marcadas, (b) agrupar y secuenciar en paralelo dicha pluralidad de moléculas de ácidos nucleicos marcadas, generando de esta manera una pluralidad de lecturas de secuencias, y (c) desmultiplexar dicha pluralidad de lecturas de secuencias, en donde cada una de dichas lecturas de secuencias es atribuida a una muestra. Un tercer aspecto de la presente se relaciona con una molécula de ácido nucleico marcada construida de acuerdo con el método del primer aspecto de la presente y su uso en un método de secuenciación multiplexada y/o de desmultiplexado. Un cuarto aspecto de la presente se relaciona con un aparato configurado para desmultiplexar una secuenciación multiplexada, en donde el aparato comprende: herramientas para diseñar marcadores de ácidos nucleicos de acuerdo con el método que se describe en el primer aspecto de la presente, herramientas para agrupar y multiplexar una pluralidad de secuencias de ácidos nucleicos marcadas, un desmultiplexador de secuencias, herramientas adicionales para la reproducción de datos y el análisis de post secuenciación. En un quinto aspecto de la presente, se provee un método para marcar una molécula de ácido nucleico con un número de ID predeterminado, en donde el método comprende: (a) unir a dicha molécula de ácido nucleico un marcador de ácidos nucleicos para formar una molécula de ácido nucleico marcada, en donde dicho marcador de ácidos nucleicos comprende una o más subunidades de marcadores de ácidos nucleicos en donde cada una consiste en grupos de por lo menos dos nucleótidos, en donde dicho marcador de ácidos nucleicos se obtiene de dicho número de ID realizando los pasos de: (i) decodificar de manera lineal dicho número de ID, creando de esta manera un marcador numérico, en donde el marcador numérico comprende una pluralidad de elementos del marcador numérico; (ii) atribuir a cada uno de dichos elementos del marcador numérico una subunidad del marcador numérico, en donde la subunidad del marcador numérico comprende una pluralidad de números que varían en un rango entre 0 y 3; (iii) atribuir a cada una de dichas subunidades de marcadores numéricos una subunidad del marcador de ácidos nucleicos, creando de esta manera dicho marcador de ácidos nucleicos, en donde la distribución y el contenido de los nucleótidos en las subunidades de marcadores de ácidos nucleicos se han configurado para permitir un número limitado de subunidades de marcadores numéricos.