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MXPA06001329A - Variantes humanas de lxr alfa. - Google Patents

Variantes humanas de lxr alfa.

Info

Publication number
MXPA06001329A
MXPA06001329A MXPA06001329A MXPA06001329A MXPA06001329A MX PA06001329 A MXPA06001329 A MX PA06001329A MX PA06001329 A MXPA06001329 A MX PA06001329A MX PA06001329 A MXPA06001329 A MX PA06001329A MX PA06001329 A MXPA06001329 A MX PA06001329A
Authority
MX
Mexico
Prior art keywords
lxra
variant
nucleic acid
polypeptide
acid molecule
Prior art date
Application number
MXPA06001329A
Other languages
English (en)
Inventor
Qiang-Yuan Liu
Original Assignee
Wyeth Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Wyeth Corp filed Critical Wyeth Corp
Publication of MXPA06001329A publication Critical patent/MXPA06001329A/es

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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70567Nuclear receptors, e.g. retinoic acid receptor [RAR], RXR, nuclear orphan receptors
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00

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Abstract

Esta invencion proporciona polipeptidos variantes LXRalfa de humano y acidos nucleicos que codifican tales polipeptidos. Esta invencion tambien proporciona las utilidades terapeuticas, de diagnostico, y de investigacion, asi como la produccion de tales polinucleotidos y polipeptidos.

Description

VARIANTES HUMANAS DE LXR ALFA Campo de la Invención La presente invención se refiere a receptores X novedosos del hígado (LXR, por sus siglas en inglés) y secuencias de ácidos nucleicos que codifican tales receptores .
Antecedentes de la Invención La expresión de geles se regula en las células eucarióticas por la interacción de factores de transcripción. Las hormonas esferoides (por ejemplo glucocorticoides , mineralocorticoides , estrógenos, progestinas, andrógenos y vitamina D) se encuentra que se enlazan a sus receptores nucleares los cuales son factores de transcripción, y por este medio regulan la expresión de la codificación de geles para proteínas específicas y controlan las actividades celulares críticas tales como la diferenciación, proliferación y apoptosis (Meier, Recept. Signal Transduct.
Res. 1997, 17, 319-335). Los receptores X del hígado (LXR) son una familia de factores de transcripción que se identificaron primero como miembros huérfanos de la superfamilia del receptor nuclear. La identificación de una clase específica de derivados oxidados del colesterol como Ref: 169699 ligandos para LXR, ha sido crucial para ayudar a entender la función de estos receptores in vivo y sugiere primero su papel en la regulación del metabolismo de los lípidos. Los LXR, miembros de la superfamilia del receptor nuclear incluyen LXRa (también denominado RLD-1) y el receptor ubicuo (UR, también denominado L ) . Las' trayectorias dependientes de LXR incluyen pero no se limitan a colesterol-7alfa-hidroxilasa para incrementar el consumo del colesterol por medio de la vía del ácido biliar, la expresión de las proteínas ABC con el potencial para estimular el transporte inverso del colesterol e incrementar los niveles de HDL-C en plasma (Venkateswaran et al., J. Biol . Chem. 275, 2000, 14700-14707; Costet et al., J. Biol. Chem. 2000 275(36): 28240-28245; Ordovas, Nutr. Rev. 58, 2000, 76-79, Schmitz and aminsky, Front . Biosci. 6, 2001, D505-D514) , y/o inhibir la absorción del colesterol (Mangelsdorf , Xllth International Symposium on Atherosclerosis, Estocolmo, Junio 2000) . Además, se ha hipotetizado una posible interacción entre el metabolismo del colesterol y los ácidos grasos mediados por el LXR del' hígado (Tobin et al., Mol. Endocrinol . 14, 2000, 741-752) . En resumen, la investigación en marcha sugiere que existe complejidad en las trayectorias dependientes de LXR y las variantes de LXR pueden contribuir de manera diferente a estas trayectorias.
Con objeto de entender las trayectorias dependientes de LXR y el mecanismo de la acción del LXR, es importante aislar y caracterizar los subtipos variantes y/o isoformas variantes novedosas del LXR. La identificación del subtipo variante o isoforma de LXR subyacente responsable para un estado de enfermedad en particular o condición patológica, puede permitir un medio más preciso de pronosticar los resultados de la enfermedad relacionados con LXR. Además, la presencia o cantidad de expresión de tales polinucleótidos o los polipéptidos codificados por tales polinucleótidos, se puede usar para diagnosticar condiciones patológicas asociadas, diagnosticar una susceptibilidad a una condición patológica asociada, desarrollar terapias específicas de las isoformas y específicas de los genes para las enfermedades o trastornos influenciados por LXR, seguir el avance de una terapia para una enfermedad o trastorno relacionado con LXR y/o desarrollar nuevos objetivos de fármacos farmacéuticos. Con el reconocimiento de que estas variantes pueden ser tan críticas para la función metabólica y fisiológica como proteínas que se codifican por separado, hay una necesidad de identificar y caracterizar variantes adicionales de las proteínas LXRa. La presente invención satisface esta necesidad y proporciona también ventajas relacionadas.
Breve Descripción de la Invención La invención se refiere a la identificación de secuencias de ácidos nucleicos que codifican variantes novedosas de LXRa (por ejemplo, LXRa-64, LXRa-42e+, y LXRa-42e-) y ciertas actividades y características de esas variantes. De esta manera, la invención se refiere a una molécula aislada de ácido nucleico que codifica un polipéptido de la variante alfa del receptor X del hígado humano (LXRa) tal como una molécula aislada de ácidos nucleicos que codifica SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17, o 19, una molécula aislada de ácidos nucleicos que codifica una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 90% (por ejemplo, 90%, 95%, o 99%) de identidad con el SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17, o 19, una molécula aislada de ácido nucleico que hibridiza la molécula aislada de ácido nucleico de lo antes descrito bajo condiciones de hibridación de 6X SSC (1M NaCl) , 50% formamida, 1% SDS a 42°C, y un lavado en IX SSC a 42 °C, y un lavado a 68 °C, en 0.2XSSC, y 0.1% SDS; y una molécula aislada de ácido nucleico que es complementaria con cualquiera de las secuencias variantes LXRa aquí descritas. La molécula variante de ácido nucleico de LXRa también puede ser un fragmento de un LXRa variante de longitud completa de mARN o cADN. En general, al menos una porción del fragmento es secuencia que no se encuentra en un LXRa mARN o cADN de tipo silvestre. En algunas modalidades, la molécula aislada de ácido nucleico consiste de SEQ ID NO: 3, 7, 16, o 18. En ciertas modalidades, la molécula aislada de ácido nucleico es una molécula de ADN. La molécula aislada de ácido nucleico puede ser una molécula de ARN o puede contener nucleótidos sintéticos y nucleótidos que se presentan naturalmente. En algunos casos, la molécula aislada de ácido nucleico incluye la secuencia de ácido nucleico de SEQ ID NO: 3, 5, 7, 16, o 18 o un fragmento de la misma, o puede consistir de la secuencia de ácido nucleico de SEQ ID NO: 3, 5, 7, 16, o 18. En ciertas modalidades, una molécula de ácido nucleico de la invención puede codificar un polipéptido que tenga una actividad de trayectoria en respuesta a LXR por ejemplo, puede formar un dímero con un LXRa de tipo silvestre, puede formar un heterodímero con un receptor retinoide X (RXR) (por ejemplo, un RXRa, RXRp , RXRy) o puede afectar la expresión o actividad de una trayectoria de respuesta LXR en la molécula tal como la expresión de ABCA1 o SREBP-1C. En otra modalidad, la invención se refiere a un polipéptido (un polipéptido de variante LXRa, por ejemplo un polipéptido LXRa-64, un polipéptido LXRa-42e+, un polipéptido LXRa-42e-, o un fragmento del mismo) codificado por una molécula de ácido nucleico variante LXRa aislada aquí descrita. En algunos casos, el polipéptido puede formar un dímero con un LX a de tipo silvestre. En algunos casos, el polipéptido puede formar un heterodímero con un RXR (por ejemplo un RXRa, RX o RXRy) . La formación del heterodímero puede en ciertas modalidades, inhibir la formación de un heterodímero entre el RXR y un receptor nuclear con el cual el RXR se heterodimeriza naturalmente. En este caso, la' formación del heterodímero puede resultar en la modulación (por ejemplo una disminución o incremento) de una actividad asociada con la dimerización del RXR y el receptor nuclear con el cual se heterodimeriza naturalmente. En otra modalidad, un polipéptido variante LXRa puede formar un heterodímero que inhiba la formación de un homodímero RXR. En algunos casos, la inhibición resulta en la modulación (por ejemplo, un incremento o disminución) de una actividad inducida por el homodímero RXR. En ciertas modalidades, un polipéptido variante de LXRa o fragmento del mismo, puede demostrar una actividad negativa dominante con respecto a un LXR (por ejemplo, un LXRa de tipo silvestre) . En ciertas modalidades, el polipéptido aquí descrito es un fragmento de una variante de LXRa y puede mostrar al menos una función de una variante de LXRa, por ejemplo, el enlace a un anticuerpo que se enlace específicamente con la variante de LXRa. También se incluye en la invención un constructo (por e emplo, un plásmido que incluye sin limitación pCMV/myc, pcADN 3.1, o un derivado del mismo) que incluye a una molécula aislada de ácido nucleico de una variante de LXRcc o un fragmento del mismo. La molécula aislada de ácido nucleico se puede ligar operativamente a una secuencia reguladora. En otra modalidad, la invención se refiere a una célula hospedadora que comprende una molécula aislada de ácido nucleico como se describe en la presente (por ejemplo, una variante de LXRcc o un derivado del mismo) o un descendiente de las células. También se incluye una célula hospedadora que comprende un constructo descrito supra. La célula hospedadora puede ser una célula procariótica (por ejemplo una célula de E. Coli) , ¦ o una célula eucariótica tal como una célula de mamífero por ejemplo, una célula de ratón, célula de rata, célula de mono o célula humana (tal como una célula embriónica humana u otro tipo de células madres) . Los ejemplos de las células hospedadoras incluyen sin limitación una célula de hepatoma humano (HepG2) , una célula de ovario de hámster chino (CHO) , una célula de mono COS-1, una célula humana de riñon embriónico (HEK 293) . Otros ejemplos de células hospedadoras incluyen sin limitación, una célula de Saccharomyces cerevisia , una célula de Schizosaccharomyces pombe, y una célula de Pichia pastoris. En un aspecto la invención es un polipéptido de variante LXRa aislada que incluye la secuencia de aminoácidos de un LXRa-64, LXRa-42e+, y/o LXRa-42e-, por ejemplo, el polipeptido aislado incluye la secuencia de aminoácido SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17, 19, una variante alélica que se presenta naturalmente del mismo o un fragmento del mismo. El polipeptido aislado puede consistir de la secuencia de aminoácido de SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17, 19, o un fragmento de los mismos. En general, un fragmento no comparte homología con más de 25 aminoácidos contiguos de SEQ ID NO: 2 (por ejemplo, 20, 15, 10, o 5 aminoácidos contiguos). En ciertas modalidades, el polipeptido aislado de la variante de LXRa incluye secuencias heterólogas de aminoácidos . En otro aspecto, la invención se refiere a un método para detectar la presencia de un polipeptido variante de LXRa (por ejemplo, un LXRa-64, LXRa-42e+, o LXRa-42e-) en una muestra. El método incluye poner en contacto la muestra con un compuesto (por ejemplo, un anticuerpo tal como un anticuerpo monoclonal) que se enlace selectivamente a un polipeptido variante de LXRa (o un fragmento del mismo) y determinar si el compuesto se enlaza al polipeptido en la muestra. La invención también incluye un kit que incluye un compuesto que se enlaza selectivamente a un polipeptido variante LXRa (por ejemplo, LXRa-64, LXRa-42e+, o LXRa-42e-) e instrucciones para el uso.
Una modalidad de la invención incluye un anticuerpo que se enlaza específicamente a un polipéptido variante LXRa aislado aquí descrito (por ejemplo LXRoc-64, LXRoc-42e+/ o LXRoc-42e-) , o un fragmento del mismo. En algunos casos, el anticuerpo no se enlaza significativamente a un LXRa de tipo silvestre. El anticuerpo es en ciertas modalidades un anticuerpo policlonal . En otras modalidades, el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal . El anticuerpo puede incluir una etiqueta detectable. También se incluye un fragmento de un anticuerpo tal como un fragmento Fab de un anticuerpo que se enlaza específicamente a una variante de LXRa. La invención también se refiere a una composición que incluye un anticuerpo aquí descrito o un fragmento del mismo y un portador farmacéuticamente aceptable. Un aspecto de la invención incluye un método para identificar una nueva molécula variante de ácido nucleico LXRa (por ejemplo, LXRa-64, LXRa~42e+, LXRae-) . El método incluye ibridizar una muestra que comprende una o más moléculas de ácido nucleico con una molécula variante de ácido nucleico LXRa o un fragmento del mismo bajo condiciones severas de hibridación, identificar una molécula de ácido nucleico en la muestra que se hibridice con la molécula variante de ácido nucleico LXRa, con lo cual se identifica una molécula de ácido nucleico variante de LXRa supuesta, y determinar la secuencia de la molécula variante de ácido nucleico supuesta LXRa en. donde la molécula supuesta de ácido nucleico variante LXRa que tiene una secuencia que no es idéntica a la secuencia de una variante LXRa es un nuevo ácido nucleico variante LXRa. En algunos casos, la nueva molécula de ácido nucleico variante LXRa codifica un polipéptido variante LXRa conocido'. En algunos casos, la nueva molécula de ácido nucleico variante LXRa codifica un polipéptido LXRa que no es idéntico a una variante conocida LXRa (por ejemplo, un LXRa-64, LXRa-42e+, LXRae-) . Un nuevo polipéptido variante de LXRa puede incluir una o más substituciones conservadoras en comparación con un polipéptido variante LXRa conocido. En un aspecto, la invención se refiere a un método para detectar la expresión de una variante (por ejemplo, un LXRa-64, LXRa-42e+, LXRa-42e-) en una muestra biológica. El método incluye hibridizar la muestra biológica con una molécula de ácido nucleico variante LXRa o fragmento del mismo (como se describe en la presente) y determinar si la molécula de ácido nucleico hibridiza a una molécula de ácido nucleico en la muestra en donde la hibridación indica que se expresa la variante de LXRa. En algunas modalidades, se determina la cantidad de la hibridación (por ejemplo, una cantidad absoluta o una cantidad relativa en comparación con una cantidad de control o de referencia) . Otro aspecto de la invención se refiere a un método para disminuir la formación del dímero RXR en una célula. El método incluye poner en contacto la célula con un polipéptido variante de LXRa (por ejemplo, LXRa-64, LXRa-42e+, LXRa-42e-) o fragmento del mismo, con lo cual se inhibe la formación del dímero RXR (por ejemplo, la heterodimerización de RXR se inhibe o se inhibe la homodimerización de RXR) . Todavía en otro aspecto, la invención se refiere a un método de identificación de un ligando de variante LXRa (por ejemplo, un LXRa-64, LXRa-42e+, LXRa-42e-} . El método incluye proporcionar una muestra que comprende un polipéptido variante de LXRa, hacer contacto de la muestra con un compuesto de prueba, determinar si el compuesto de prueba se puede enlazar a la variante LXRa de manera tal que un compuesto que se puede enlazar a la variante LXRa es un ligando de la variante LXRa. En algunas modalidades, la Kd del ligando es menos de 1 x 10e, menos de 1 x 109, entre 1 x 10s y 1 x 1012, entre 1 x 109 y 1 x 1012. En algunos casos, un RXR está presente en la muestra. El método puede incluir determinar si el ligando variante LXRa se puede enlazar a un LXRa de tipo silvestre, por ejemplo, determinar que el ligando variante LXRa no se enlaza a un LXRa de tipo silvestre. En algunos casos, el ligando variante LXRa identificado tiene una mayor afinidad para una variante LXRa comparado con el LXRa de tipo silvestre . Un aspecto de la invención, se refiere a modular (por ejemplo, incrementar o disminuir) la expresión de un gen regulado por LXRa. El método incluye modular la expresión o actividad de una variante LXRa (por ejemplo, un LXRa-64, LXRa-42e+, LXRa-42e-) . Los ejemplos del gen regulado por LXRa incluyen sin limitación un SREBP-1C (elemento de enlace regulador del esterol 1c) , FAS, CYP7A1 (colesterol 7-alfa hidroxilasa) , ApoE, CETP (proteína de transferencia de éster de colesterol) , LPL (lipoproteína de lipasa) , ABCA1 (transportador 1 del cásete de enlace ATP) , ABCG1, ABCG5, ABCG8, ABCG4 y PLTP (proteína de transferencia de fosfolípidos) . Todavía en otro aspecto, la invención se refiere a un método para modular la expresión de la variante de LXRa (por ejemplo un LXRa-64, LXRa-42e+, o LXRa-42e-) o la actividad en un sujeto. El método incluye introducir en un sujeto una molécula variante de ácido nucleico LXRa o un fragmento de la misma en una cantidad y por un tiempo suficiente para que la variante LXRa se expresa y se module la expresión de LXRa o actividad. En alguna modalidades, la variante de LXRa inhibe la expresión o actividad (por ejemplo, la inducción de la expresión de un gen de la trayectoria dependiente de LXRa) de un LXRa de tipo silvestre. En algunos casos, la actividad es la hetercdimerización de LXRa, por ejemplo la heterodimerización estimulada por el ligando. En otro aspecto, la invención incluye un método para modular la expresión o actividad de un RXR en un sujeto. El método incluye introducir en el sujeto una variante de LXRa (por ejemplo, un LXRa-64, LXRa-42e+, o LXRa-42e-) , molécula de ácido nucleico o un fragmento de la misma en una cantidad y por un tiempo suficiente para que la variante de LXRa se exprese y modular la expresión o actividad del RXR. En algunas modalidades, la heterodimerización del RXR (por ejemplo, heterodimerización de RXR con PPARa, PPARy, PPAR5, RAR, XR, o PXR) se modula (por ejemplo, se inhibe) o la homodimerización del RXR se modula (por ejemplo, se inhibe) . El RXR puede ser por ejemplo, un RXR , RXRji, ó RXRy. Todavía en otro aspecto, la invención incluye un método para el tratamiento de un individuo que tienen una enfermedad relacionada con RXR o trastorno, el método comprende administrar al individuo una cantidad farmacéuticamente efectiva de una variante LXRa (por ejemplo, un LXRa-64, LXRa-42e+, o LXRae-) o un fragmento del mismo. La invención también se refiere a una composición farmacéutica que incluye una célula que puede expresar una variante LXRa (por ejemplo, un LXRa-64, LXRa-42e+ o LXRae-) o un fragmento de la misma, e incluye opcional ente un portador farmacéuticamente aceptable; una molécula de ácido nucleico variante de LXRa aislada o un fragmento de la misma como se describe en la presente, y un portador farmacéuticamente aceptable; o una variante de LXR (por ejemplo, un LXRoc-64, LXRa-42e+, o LXRae-) polipéptido como se describe en la presente y un portador farmacéuticamente aceptable. A menos que se define de otra manera, todos los términos técnicos y científicos aquí utilizados tienen el mismo significado como se entiende comúnmente por alguien de experiencia ordinaria en la técnica para quien pertenece esta invención. Aunque se pueden usar métodos y materiales similares o equivalentes a aquellos aquí descritos en la práctica o prueba de la presente invención, los métodos y materiales adecuados se describen a continuación. Todas las publicaciones, solicitudes de patente, patentes y otras referencias aquí mencionadas se incorporan co o referencia en su totalidad. Además, los materiales, métodos y ejemplos son solamente ilustrativos y no se pretende que sean limitativos. Otras características y ventajas de la invención serán evidentes a partir de la descripción detallada, dibujos y de las reivindicaciones.
Breve Descripción de las Figuras y las Secuencias La invención se puede entender más completamente a partir de la siguientes descripción detallada, las figuras y las secuencias que forman parte de esta solicitud. La figura 1A detalla una comparación de secuencia del ADNc de LXRa de tipo silvestre (nativo) con una porción del ADNc de LXRa de tipo silvestre (nativo) con una porción del ADNc LXRGC-64 variante (referido en el ejemplo 2) . La línea superior ilustra una porción de la secuencia LXRa de tipo silvestre y la línea inferior detalla porciones de la secuencia de LXRoc-64. Los números representan la posición del nucleótido desde el codón de partida de cada secuencia de ADNc . La figura IB detalla una comparación de secuencias de la secuencia de aminoácidos predichas del LXRa humano (nativo) con el LXRa-64 que corresponde a la secuencia en la figura 1A. La linea superior detalla una porción de la secuencia nativa de aminoácidos LXRa y la línea inferior es una porción de la secuencia de aminoácidos LXRa-64. Los números representan la posiciones de aminoácidos en la secuencias predichas . La secuencia adicional que es específica para la variante LXRa-64 está subrayada. La figura 2A detalla una comparación de secuencias de una porción del ADNc LXRa de tipo silvestre con una porción del ADNc LXRa-42e+ variante novedoso (referido en el ejemplo 2) . La línea superior detalla porciones de la secuencia nativa de LXRa y la línea inferior es una porción de la secuencia LXRa-42e+. Los números representan las posiciones de nucleotidos desde el codón de partida de los ADNc. La figura 2B detalla una comparación de secuencias de las secuencias predichas ' de aminoácidos de un LXRa humano (tipo silvestre) con LXRa-42e+. La línea superior es una porción de la secuencia nativa de LXRa y la línea inferior es una porción de la nueva variante. Los números representan las posiciones de aminoácidos. La secuencia que es específica para la variante de LXRa-42e+ está subrayada. La figura 3? detalla una comparación de secuencias de una porción de ADNc LXRa de tipo silvestre con una porción de la variante novedosa LXRa-42e-ADNc (referida en el ejemplo 2) . La línea superior detalla porciones de la secuencia LXRa de tipo silvestre y la línea inferior es una porción de la secuencia LXRa-42e-. Los números representan las posiciones de nucleótidos a partir del codón de partida de los ADNc. La figura 3B detalla una comparación de secuencia de las secuencias predichas de aminoácidos de un LXRa humano de tipo silvestre con LXRa-42e- . La línea superior es una porción de la secuencia LXRa de tipo silvestre y la línea inferior es una porción de la nueva variante . Los números representan las posiciones de aminoácidos. La secuencia que es específica para la variante LXRa-42e- está subrayada. La figura 4 es una representación diagramática de LXRa-64 ARNm. La · figura 5 es una representación diagramática de LXRa-42e+ ARNm.
La figura 6 es una representación diagramatica de LXRa-42e- AR m. La figura 7A es una gráfica de barras que detalla los resultados de los experimentos ' que ensayan la expresión relativa de ARN de LXRa-64 en diversos tejidos. La figura 7B es una gráfica de barras que detalla los resultados de los experimentos que ensayan la expresión relativa de ARN LXRoc-42 (LXRoc-42e+ y LXRoc-42e- combinados) en diversos tejidos. La figura 8A es una gráfica de barras que detalla los resultados de los experimentos que ensayan la regulación de genes de la expresión de ARN de LXRa-64 en células THP-1. La figura 8B es una gráfica de barras que detalla los resultados de los experimentos que ensayan la regulación de genes de la expresión de ARN de LXRa-42 en células THP-1. La figura 9 es una gráfica de barras que detalla los resultados de los experimentos que ensayan la inhibición de LXRa-64 y LXRa-42 de la activación del ligando dependiente del ligando LXR de un gen reportero. La figura 10 es una gráfica de barras que detalla los resultados de los experimentos que ensayan la inhibición de la activación dependiente del ligando LXR del gen reportero por LXRa-64 y LXRa-42. la diferencia entre este experimento y el experimento cuyo resultados se muestran en la figura 9 es que se cotransfectaron 293 célulás con el LX a de tipo silvestre y cada una de las nuevas variantes simultáneamente .
La figura 11 es un gráfica de barras que detalla los resultados de los experimentos que ensayan la expresión de SREBP-1C en células HE 293 transíectadas con los vectores de expresión que codifican RXRa (RXRa) , con LXRa (LXRa) y RXRa de tipo silvestre, o LXRa-64 (L64) y RXRa en la presencia o ausencia de un agonista LXRa (0901317) , un agonista RXRa (9RA) , o ambos agonistas. Las muestras son RXRa + pCMV "(vector de control), RXRa + L64, RXRa + LXRa. La expresión se despliega como un cambio en tantos comparado con el control .
La figura 12 es una gráfica de barras que detalla los resultados de los experimentos que ensayan la expresión de ABCA1 en células HEK 293 transfetadas con los vectores de expresión que codifican RXRa (RXRa) , con LXRa (LXRa) y RXRa de tipo silvestre, o LXRa-64 (L64) y RXRa en la presencia o ausencia de un agonista LXRa (TO901317) , un agonista RXRa (9RA) , o ambos agonistas. Las muestras son RXRa + pCMV (vector de control), RXRa + L64, RXRa + LXRa. La expresión se despliega como un cambio en veces comparado el control. Una breve lista de las descripciones de secuencias se proporciona a continuación y se proporcionan secuencias después de los ejemplos y en las figuras. SEQ ID W0:1 es la secuencia de nucleótidos que codifica el LXRa de tipo silvestre. SEQ ID NO: 2 es la secuencia de aminoácidos deducida de LXRa de tipo silvestre. SEQ ID NO: 3 es la secuencia de nucleótidos que codifica la variante LXRa-64. SEQ ID NO: 4 es la secuencia deducida de aminoácidos de la variante LXRa-64. SEQ ID NO: 5 es la secuencia de nucleótidos que codifica la variante LXRa-42e+. SEQ ID NO: 6 es la secuencia deducida de aminoácido de la variante LXRa-42e+. SEQ ID NO: 7 es la secuencia de nucléotidos que codifica la variante LXRa-42e-. SEQ ID NO: 8 es la secuencia deducida de aminoácidos de la variante LXRa-42e- . SEQ ID NO: 9 es la secuencia de nucleótido del cebador delantero LXRa-For. SEQ ID NO: 10 es la secuencia de nucleótido del cebador reverso LXRa-rev. SEQ ID NO: 11 es la secuencia de nucleótido del cebador delantero L64-for. SEQ ID NO: 12 es la secuencia de nucleótido del cebador reverso L64-rev. SEQ ID NO: 13 es la secuencia de nucleótido de la sonda L64 TaqMan. SEQ ID NO -.14 es parte de la secuencia del promotor LXRa usado para el ensayo de luciferasa (referido en el ejemplo 6) . SEQ ID NO: 15 es la secuencia de nucleótidos del elemento de respuesta LXR (LXRE) . SEQ ID ?G?:16 es una secuencia particular de nucleótidos de la variante LXRa-64 que contiene una secuencia adicional comparada con el tipo silvestre que conecta los exones 6 y 7 del LXRa de tipo silvestre, creando un exón más largo 6 en la variante LXRa-64. El nuevo exón 6 incluye todos los exones 6 como se describen para el LXRa de tipo silvestre, además de una secuencia adicional que se deriva de la secuencia en intrón 6 del LXRa de tipo silvestre que se localiza entre exón 6 y exón 7. SEQ ID NO: 17 es la secuencia deducida de aminoácidos codificada por SEQ ID NO: 16. SEQ ID NO: 18 es la secuencia única de nucleótidos de LXRa-42e que combina con el exón 8 del LXRa de tipo silvestre para crear un exón 8 más largo en la variante LXRa-42. esta secuencia tiene 234 nucleótidos de longitud y contiene un codón de detención (TAG) en la posición 126, así los siguientes 108 nucleótidos se traducen. Se encuentra en ambos LXRa-42e- y LXRa-42e+.
SEQ ID NO: 19 es la secuencia deducida de aminoácidos codificada por SEQ ID NO: 18. SEQ ID NO: 20 es la secuencia de nucleótidos del elemento de respuesta LXRa (LXRE) usando en la presente invención. SEQ ID NO: 21 es la secuencia de nucleótidos del cebador L42-For . SEQ ID NO: 22 es la secuencia de nucleótidos del cebador L42-Rev. SEQ ID NO: 23 es la secuencia de nucleótidos de la sonda L42. SEQ ID NO: 24 es una porción de la secuencia de nucleótidos de un LXRa ADNc de tipo silvestre (nativo) . SEQ ID NO: 25 es una porción de la secuencia de nucleotido de un LXRa-64 ADNc. SEQ ID NO: 26 es una porción de la secuencia de nucleótidos de un LXRa-64 ADNc. SEQ ID NO: 27 es una porción de la secuencia de aminoácido del LXRa ADNc de tipo silvestre. SEQ ID NO -.28 es una porción de la secuencia de aminoácidos de LXRa-64 ADNc. SEQ ID NO: 29 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXRa ADNc de tipo silvestre. SEQ ID NO:30 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXRa-42e+ ADNc.
SEQ ID NO: 32 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXR . SEQ ID NO: 33 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXRoc-42e+ ADNc. SEQ ID NO: 34 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXRa ADNc. SEQ ID NO: 35 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXRa-42e ADNc. SEQ ID NO: 36 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXRa-42e ADNc. SEQ ID NO: 37 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXRa ADNc. SEQ ID NO: 38 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXRa-42e ADNc. SEQ ID NO: 39 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXRa. SEQ ID NO: 40 es una porción de la secuencia de nucleotido de LXRa-43e.
Descripción Detallada de la Invención Los solicitantes han tenido éxito en identificar y caracterizar nuevas variantes de empalme del gen LXRa que codifican variantes novedosas de LXRa referidas en la presente como LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e-, codifican variantes novedosas de LXRa referidas en la presente como LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e-, respectivamente. La secuencias recientemente identificadas producen variantes que difieren estructural y funcionalmente de las proteínas conocidas de LXRa. Las variantes de LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e- se codifican por las secuencias de nucleótidos de SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 y SEQ ID NO: 7, respectivamente, y representan variables alternativas del LXRa ADNc de longitud completa. El análisis de organización genómica muestra que las variantes recientemente aisladas.; LXRa-64, LXRa-452e+ y LXRa-42e- comparten ciertos dominios de proteina y organización estructural con el LXRa de tipo silvestre (figuras 4, 5 y 6) . El análisis RT-PCR reveló que los transcritos de ARMm de la variante de la presente invención son más abundantes en el hígado (figuras 7A y 7B) . Más particularmente, LXRa-64 se expresa más elevadamente en el hígado, intestino delgado y páncreas. LXRa-42e y LXRa-42e- se expresan más elevadamente en el hígado. Hay una expresión significativamente menor en otros tejidos. El enlace de ADN en la termina N y los dominios de articulación de los tres subtipos LXRa son idénticos a las regiones correspondientes del LXRa de tipo silvestre, mientras que el dominio de la terminal C y el dominio de enlace al ligando (LBD) muestran ciertas variación. En contraste con la variante LXRa, LXRa-64 de tipo silvestre que tiene 64 aminoácidos extra en su dominio de enlace al ligando, LXRa-42e+ tiene 42 aminoácidos alternativos partiendo del residuo 367 de la secuencia LXRa de tipo silvestre y la termina C del residuo 368 hasta el final del LXRa de tipo silvestre (80 aminoácidos) no está presente en esta variante, y por lo tanto carece de una porción del dominio de enlace al ligando que esta presente en el LXRa de tipo silvestre. LXRa-42e- contiene 349 aminoácidos y carece de 60 aminoácidos que se codifican por el exón 6 del LXRa de tipo silvestre. Partiendo del aminoácido 237 de LXRa-42, hay un 100% de identidad para los 71 aminoácidos con el LXRa de tipo silvestre. Esto se sigue por 42 aminoácidos que son completamente diferentes del tipo silvestre. Como el LXRa-42+ , la terminal C del tipo LXRa silvestre no está presente en LXRa-42e- . También se demuestra en la presente que las variantes novedosas LXRa son funcionales en que pueden actuar como moduladores negativos dominantes de la actividad LXRa de tipo silvestre. Además, se ha encontrado que las variantes LXRa-64 y LXRa-42e+ y LXRa-42e- se sobre regulan por los agonistas LXR o RXR en células THP-1 de monocitos/macrófagos humanos (Figura 8) . Además, la activación dependiente del ligando LXR se encuentra que disminuye fuertemente cuando las variantes novedosas LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e- se cotransfectan con un gen reportero (Figura 9 y 10) . La inducción dependiente del ligando de los genes de la trayectoria dependientes de LXR también se disminuye en presencia de LXRa-64 en la presencia de un agonista LXRa (Figuras 11 y 12) , en algunos casos aun en ausencia de un agonista LXRa (Figura 11) . Las tres variantes novedosas de LXRa también han demostrado antagonizar la actividad biológica/bioquímica de la proteína LXRa que se presenta naturalmente (tipo silvestre) al actuar como genes negativos dominantes. Una porción de una proteína LXRa, por ejemplo un dominio de enlace al ADN (DBD) , también puede activar de alguna manera más eficientemente que un LXRa de tipo silvestre, las actividades biológicas/bioquímicas de una proteína LXRa de tipo silvestre. Al incrementar la expresión o actividad de una variante LXRa (por ejemplo, LXRa-64) es útil para el tratamiento de trastornos asociados con la expresión de SREBP-C1. Por ejemplo, al interrumpir la actividad un LXRa, por ejemplo al sobre expresar un LXRa-64 o incrementar la actividad de un LXRa-64 que se expresa en una célula (por ejemplo, al administrar un compuesto que se enlaza diferencialmente a LXRa-64 en comparación con el LXRa de tipo silvestre, puede proporcionar un método para inhibir la inducción de insulina de SREBP-Cl y proporciona por lo tanto un método para inhibir la inducción indeseable dé la síntesis de ácidos grasos por insilina. En otro ejemplo, la sobre expresión de una variante LXRa (por ejemplo, LXRa-64) o la activación selectiva de una variante LXRa (por ejemplo, con un compuesto que enlace diferencialmente a la variante LXRa) puede resultar en la inhibición de SREBP-Cl, y por lo tanto proporciona un método de tratamiento de la hipertrigliceridemia, que es una condición que es un fuerte predictor de enfermedad cardiaca. En otra ejemplo, la expresión disminuida de SREBP-Cl (po la expresión aumentada o actividad de una variante de. LXRa tal como LXRa-64) puede resultar en una expresión inferior de VLDL-TGs (triglicéridos de lipoproteína de muy baja densidad) , un efecto deseable en ciertos trastornos tales como la diabetes y ciertos tipos de hiperlipoproteinemi . El LXR de tipo silvestre tiene el efecto de sobre regular ARCAl, que se involucra en el transporte reverso del colesterol y se a encontrado que una varíente LXRa puede inhibir la expresión basal del SREBP-1C que se involucra en la síntesis de triglicéridos. Los receptores nucleares que heterodimerizan con RXR y la activación de estos heterodimeros resulta en una expresión mejorada de los genes específicos. En el caso de la expresión indeseable de uno o más de estos genes (por ejemplo, la sobre regulación mediada por LXR de SREBPlc) , luego la sobre expresión de LXRa-64 es benéfica para un sujeto si la expresión de la variante LXRoc se enlaza a RXR, con ¦ lo cual disminuye la disponibilidad del RXR para la heterodimerización y reduce por lo tanto la expresión de genes indeseable en la inducción. Como se describe más completamente a continuación, la presente invención proporciona ácidos nucleicos aislados que codifican cada una de las variantes novedosas de los homólogos LXRoc y fragmentos de los mismos. La invención proporciona además vectores para la propagación y expresión de los ácidos nucleicos de la presente invención, células hospedadoras que comprenden los ácidos nucleicos y vectores de la presente invención, proteínas, fragmentos de proteínas y fusiones de proteínas de la presente invención, y anticuerpos específicos para todos de cualquiera de las variantes. La invención proporciona composiciones farmacéutica o fisiológicamente aceptables que comprenden los polipéptidos , polinucleótidos y/o anticuerpos de la presente invención, así como típicamente un portador fisiológicamente aceptable. La presente invención proporciona adicionalmente métodos de · diagnóstico, de investigación y terapéuticos con base en los fragmentos LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e- de ácidos nucleicos, polipéptidos y anticuerpos de la presente invención. Def niciones Las siguientes definiciones y abreviaturas se proporcionan para un entendimiento completo de los términos y abreviaturas usadas en esta especificación. Como se usa en la presente y en las reivindicaciones anexas, las formas singulares "un", "una" y "los" incluyen la referencia en plural a menos que el contexto claramente lo indique de otra manera. Así, por ejemplo, una referencia a una célula hospedadora , incluye una pluralidad de tales células hospedadoras y una referencia a un anticuerpo, es una referencia a uno o más anticuerpos y equivalentes de los mismos conocidos por aquellos expertos en la técnica y asi sucesivamente . Las abreviaturas en las especificación corresponden a unidades de medida, técnicas, propiedades o compuestos como sigue: "min." minutos, " " significa horas, ?µ1," significa microlitros, "mi" significa mililitros, "mM" significa milimolar, "M" significa molar, "mole" significa milimoles, "bk" significa kilobases, "bp" pares base y "IU" significa unidades internacionales . "Medio Eagle modificado de Dulbecco" se abrevia DMEM. "Cromatografía líquida de alto desempeño" se abrevia CLAR. "Separación por exclusión de alta preparación" se abrevia HTS . "Estructura de lectura abierta" se abrevia ORF. "Electroforesis por gel de poliacrilamida" se abrevia PAGE. "Electroforesis por gel de poliacrilamida y dodecil sulfato de sodio" se abrevia SDS-PAGE. "Reacción en cadena de polimerasa" se abrevia PCR. "Reacción en cadena de polimerasa de transcriptasa reversa" se abrevia RT-PCR.' "Receptor alfa X del hígado" se abrevia LXR . "Receptor retinoide X" se abrevia RXR. RXR se refiere a todos los RXR incluyendo RXRa, RXRp, RXRy y combinaciones de los mismos . "Dominio de enlace ADN" se abrevia DBD. "Dominio de enlace al ligando" se abrevia LBD. "Región no traducida" se abrevia UTR. "Dodecil sulfato de sodio" se abrevia SDS . En el contexto de esta descripción, se deben utilizar diversos términos. Como se usa en la presente, el término "molécula de ácido nucleico" se refiere a la forma de éster de fosfato de los ribonucleótidos (moléculas de AR ) o desoxiribunocleótidos (moléculas de ADN) o cualquiera análogos de fosfoéster, en cualquier forma de hebra sencilla o hélice de hebra doble. Los ADN-ADN, ADN-ARN de hebra doble y hélices de ARN-ARN son posibles. El término molécula de ácido nucleico y en particular molécula de ADN o ARN, se refiere solamente a la estructura primaria y secundaria de la molécula, y no la limita a ninguna formas terciarias en particular. Así, este término incluye el ADN de hebra doble que se encuentra inter alia, en moléculas de ADN linea (por ejemplo, fragmentos de restricción) o circulares, plásmidos y cromosomas. Al discutir la estructura de las moléculas particulares de ADN de hebra doble, se pueden describir las secuencias de acuerdo a la convención normal de solamente dar la secuencia en la dirección 5' a 3' junto con la hebra no transcrita de ADN (esto es, la hebra que tiene una secuencia que corresponde al ARNm) . Una "molécula recombinante de ácido nucleico" es una molécula de ácido nucleico que se ha sometido a una manipulación biológica o se deriva de una molécula que se ha sometido a manipulación biológica, esto es, molécula de ácido nucleico que no se presenta naturalmente. Además, el término "molécula de ADN recombinante" se refiere a una secuencia de ácido nucleico que no se presenta naturalmente o se puede hacer por la combinación artificial de dos segmentos de otra manera separados de la secuencia, esto es, al ligar juntas piezas de ADN que no son normalmente contiguas . Por producido de manera recombinante, significa la producción de una combinación que no se presenta naturalmente que se logra a menudo por medios de síntesis química, o por la manipulación artificial de segmentos aislados de ácidos nucleicos, por ejemplo, por técnicas de ingeniería genética usando enzimas de restricción, ligasas y técnicas recombinantes como se describe por el ejemplo, Sambrook et al., Molecular Cloning, segunda edición, Cold Spring Harbol Laboratory, Plainview, N.Y.; (1989) o Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John iley & Sons, New York, NY (1989), y DNA Cloning: A Practical Approach, Volumnes I y II (ed. D.M. Glover) IREL Press, Oxford, (1985) . En algunos casos, una molécula recombinante de ácidos nucleicos se construye para reemplazar un codón con un codón redundante que codifica la misma o un aminoácido conservador mientras se introduce típicamente o se retira un sitio de reconocimiento de la secuencia. Alternativamente, una molécula recombinante de ácido nucleico se diseña para unir juntos los segmentos de ácidos nucleicos de las funciones deseadas para generar una entidad genética sencilla que comprende una combinación deseada de funciones, que no se encuentran en las formas comunes que se presentan naturalmente de una secuencia manipulada. Los sitios de reconocimiento de las enzimas de restricción pueden ser el objetivo de tales manipulaciones artificiales, pero otros objetivos específicos del sitio por ejemplo, promotores, sitios de replicación del ADN, secuencias de regulación, secuencias de control, u otras características útiles se pueden incorporar por diseño. Ejemplos de las moléculas recombinantes de ácidos nucleicos incluyen vectores recombinantes tales como vectores de clonación o de expresión que contienen secuencias ADN, que están en la orientación 5' a 3' (sentido) o en la orientación 3' a 5' (antisentido) . Los vectores adecuados para hacer vectores recombinantes (por ejemplo, vectores de expresión) que incluyen las secuencias variantes LXRa y fragmentos de las mismas se conocen en el arte . Los términos "polinucleótido, "secuencias de nucleótido" , "ácido nucleico", "molécula de ácido nucleico", "secuencia de ácido nucleico", "fragmento de ácido nucleico", "oligonucleótido" , "gen" , "AR m codificado por un gen" se refieren a una serie de bases de nucleótidos (también llamados nucleótidos" en ADN y ARN, e incluyen cualquier cadena de dos o más nucleótidos, ARN o ADN (ya sea de hebra sencilla o doble que codifica, complementario o antisentido) o secuencias híbridas de ARN/ADN de más un nucleótido ya sea en la cadena sencilla o en forma dúplex (aunque cada una de las especies anteriores se puede especificar en particular) .
Los polinucleótidos pueden ser mezclas quiméricas o derivados, o versiones modificadas de los mismos y pueden ser de hebra sencilla o de hebra doble. Un polinucleótido se puede modificar en una porción base, porción de azúcar o columna de fosfato, por ejemplo, para mejorar la estabilidad de la molécula o alterar sus parámetros de hibridación. Un polinucleótido antisentido puede comprender una porción de una base modificada que se selecciona del grupo que incluye pero no se limita a 5-fluorouracilo, 5-bromouracilo, 5-clorouracilo, 5-yodouracilo, hipoxantina, xantina, 4-acetilcitosina, 5- (carboxihidroxilmetil) racilo, 5-carboximetilaminometil-2-tiouridina, 5-carboximetilamino metiluracilo, dihidrouracilo, beta-D-galactosilqueosina, inosina, N6-isopenteniladenina, l-metilguanina, 1-metillinosina, 2 , 2-dimetilguanina, 2-metiladenina, 2-metilguanina, 3-metilcitoxina, 5-metilcitosina, N6-adenina, 7-metilguanina, 5-metilaminometiluracilo, 5-metoxiaminometil- 2-tiouracilo, beta-D-manosilqueosina, 5'-metoxicarboximetiluracilo, 5-metoxiuracilo, 2-metiltio-N6-isopenteniladenina, wybutoxosina, pseudouracilo, queosina, 2-tocitosina, 5-metil-2-tiouracilo, 2-tiouracilo, 4-tiouracilo, 5-metiluracilo, éster de metilo del ácido uracil-5-oxiacético, ácido uracil-5-oxiacético, 5-metil-2-tiouracilo, 3- (3-amino-3-N-2-carboxipropil)uracilo, y 2 , 6-diaminopurina . Una secuencia de nucleótidos lleva típicamente información genética, incluyendo la información utilizada por la maquinaria celular para hacer proteínas y enzimas . Estos términos incluyen genómicos de hebra sencilla y de hebra doble y ADNc, ARN y cualquier polinucleótido sintético, polinucleótido manipulado genéticamente y polinucleótidos tanto como de sentido o antisentido. Esto incluye moléculas de hebra sencilla y doble, esto es, ADN-ADN, ADN-ARN e híbridos de ARN-ARN, así como "ácido nucleicos de proteínas" (PNAs) formados por bases conjugadas a una estructura de aminoácido. Esto también incluye ácidos nucleicos que contienen bases modificada, por ejemplo tio-uracilo, tioguanina y fluoro-uracilo o que contienen carbohidrato o lípidos . Un "ADN genómico" es una hebra de ADN que tiene una secuencia de nucleótidos homologa con un gen. A manera de ejemplo, un fragmento del ADN cromosomal es un ADN genómico.
En el contexto de la presente invención, las siguientes abreviaturas para las bases de ácidos nucleicos que se presentan naturalmente se usan. "A" significa adenosina, "C" significa citidina, "G" significa guanosina, "T" significa timidina y "U" significa uridina. Los polinucleótidos de la invención se pueden sintetizar usando métodos conocidos en el arte, por ejemplo por el uso de un sintetizador automatizado de ADN (tal como aquellos que están comercialmente disponibles de Biosearch, Applied Biosystems) . Como ejemplos, los oligonucleótidos de fosforotioato se pueden sintetizar por el método de Stein et al., Nucí. Acids Res., 16, 3209, (1988), los oligonucleótidos de metilfosfofato se pueden preparar por el uso de soportes de polímero de vidrio de poro controlado (Sarin et al., Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 85, 7448-7451, (1988) . Se han desarrollado diversos métodos para suministrar ADN o ARN antisentido a las células, por ejemplo, se pueden inyectar moléculas antisentido directamente en el sitio del tejido. Las moléculas antisentido modificadas que se diseñan para dirigirse a células específicas (por ejemplo, un ácido nucleico antisentido ligado a un péptido o anticuerpo que se puede enlazar específicamente a un receptor o antígeno expresado en la superficie de la célula objetivo) se puede administrar sistémicamente . Una molécula de ARN antisentido se puede generar por la transcripción in vitro o in vivo de secuencias de ADN que codifican de la molécula ARN antisentido . Tales secuencias de ADN se pueden incorporar en una amplia variedad de vectores que incorporan promotores adecuados de la polimerasa de ARN tales como los promotores de polimerasa T7 ó SP6. Alternativamente, los constructos antisentido que sintetizan el ARN antisentido de manera constitutiva o inducible, dependiendo del promotor usado, se pueden introducir de manera estable en las líneas celulares. Para mejorar las concentraciones intracelulares el antisentido hasta un nivel suficiente para suprimir la traducción de los ARNm endógenos dirigidos, se puede utilizar un constructo de ARN recombinante en el cual se coloque el oligonucleótido antisentido bajo el control de un promotor fuerte. El uso de tal constructo para transfectar las células objetivo resultará en la transcripción de cantidades suficientes de ARN de hebra sencilla que formarán pares base complementarios con los transcritos endógenos del gen de dirección y con ello evitar la traducción del ARNm del gen objetivo. Por ejemplo, se puede introducir un vector in vivo de manera tal que se tome por una célula y dirija la transcripción de un ARN antisentido en la célula. Tal vector puede permanecer episomal o volverse integrado en el cromosoma, con tal de que se pueda transcribir para producir el ARN antisentido deseado . Tales vectores se pueden construir por métodos de tecnología de ARN recombinante conocidos en el arte. Los vectores pueden ser plásmidos, virales u otro conocidos en el arte que sean adecuados para la replicación y expresión en células de mamífero. La expresión de una secuencia que codifica un ARN antisentido se puede facilitar al usar cualquier promotor conocido en el arte para actuar en células de mamíferos, por ejemplo células humanas . Tales promotores pueden ser inducibles o constitutivos. Tales promotores incluyen, pero no se limitan a la región del promotor temprano SV40 (Bernoist and Chambón, Nature, 290, 304-310, (1981)), el promotor contenido en la repetición de la terminal larga 3' del virus de sarcoma de Rous (Yamamoto et al., Cell, 22, 787-797, (1980)), el promotor del herpes de la timidina cinasa (Wagner et al., Proc. Nati., Acad. Sci. U.S.A. 78, 1441-1445, (1981)) y las secuencias reguladoras del gen metalotioneina (Brinster et al., Nature 296, 39-42, (1982)). Cualquier tipo de plásmido, cósmido, cromosoma artificial de lavadura, o vector viral se puede usar para preparar el constructo de ADN recombinante que se puede introducir directamente en el sitio del tejido. Alternativamente, se pueden usar vectores virales que infecten selectivamente el tejido deseado, en cuyo caso la administración se puede lograr por otra vía (por ejemplo, sistémicamente) . Las ribozimas son moléculas de ARN que poseen la capacidad de desdoblar específicamente el ADN de hebra sencilla en una forma análoga a las endonucleasas de restricción del ADN. A- través de la modificación de la secuencia de nucleótidos que codifican una ribozima es posible preparar por ingeniería moléculas que reconozcan secuencias específicas de nucleótidos en una molécula de ARN y las desdoblen (Cech, JAMA, 260, 3030, (1988)). Una ventaja importante de este método, es que debido a que es específico de la secuencia, solamente los ARNm con secuencias específicas se inactivan. Los polinucleótidos aquí descritos pueden estar flanqueados por secuencias reguladoras naturales (control de expresión) o se pueden asociar con secuencias heterólogas , incluyendo promotores, sitios de entrada internos al ribosoma (IRES, por sus siglas en inglés) y otras secuencias del sitio al enlace a ribosomas, potenciadores, elementos de respuesta, supresores, secuencias de señal, secuencias de poliadenilación, intrones, regiones no codificadoras 5' y 3' y similares. Los ácidos nucleicos también se pueden modificar por otros métodos conocidos en el arte. Ejemplos no limitativos de tales modificaciones incluyen la metilación, "cierres" , substitución de uno o más de los nucleótidos que se presentan naturalmente con un análogo, y modificaciones entre nucleótidos tales como por ejemplo, aquellas con ligaduras sin carga (por ejemplo, metilfosfonatos , fosfotriésteres , fosforoamidatos , o carbamatos) y ligaduras con carga (por ejemplo, fosforotioatos o fosforoditioatos) . Los polinucleotidos pueden contener uno o más porciones adicionales ligadas de manera covalente, tales como, por ejemplo, proteínas (por ejemplo, nucleasas, toxinas, anticuerpos, péptidos de señal, o poli-L-lisina) , intercaladores (por ejemplo, acridina o psoralen) , queladores (por ejemplo, metales, metales radioactivos, hierro o metales oxidantes) y alquiladores. Los polinucleotidos se pueden derivar por la formación de un metil o etilfosfotriéster o cualquier ligadura de alquil fosforamidato . Adicionalmente, los polinucleotidos en la presente también se pueden modificar con una etiqueta capas de suministrar una señal detectable, ya sea directa o indirectamente. Las etiquetas ejemplares incluyen radioisótopos, moléculas fluorescentes, biotina y similares.
El término "dirección ascendente" se refiere a una ubicación que está hacia el extremo 5' del polinucleótido desde un punto de referencia específica. Los términos "apareados en base" y "apareados en base de Watson y Crick" se usan de manera intercambiable en la presente para referirse a nucleótidos que se pueden enlazar por hidrógeno uno con el otro, en virtud de sus identidades de secuencias en una forma como la que se encuentra en ADN de hélice doble con resina de timidina o uracilo ligados a residuos de adenina por dos enlaces de hidrógeno y residuos de citosina y guanina ligados por tres enlaces de hidrógeno (ver Stryer, (1995) Biochemistry, 4a edición, cuya descripción se incorpora en la presente como referencia en su totalidad) . El término "exón" se refiere a una secuencia de ácido nucleico que se encuentra en el ADN genómico que se predice (por ejemplo, usando bioinformática) y/o se confirma experimentalmente para contribuir con la secuencia contigua a un transcrito maduro de AR m. Los términos "sitio de ramificación" y "sitios aceptores 3'" se refieren a secuencias de consenso de uniones de 3 empalmes en ARNm eucariótico. Casi todos los intrones comienzan con GU y terminan con AG. A partir del análisis de muchas fronteras de exón e intrón, las secuencias de consenso extendidas de los nucleotidos preferidos en las terminaciones 5 y 3 sean establecidos. Además de AG, otros nucleótidos junto en las dirección ascendente de la unión de empalme 3' también son importante para precisar el empalme (esto es., consenso del sitio de ramificación, YNYURAY y sitios del aceptor 3 ' , (Y) nAG G) . El término "polinucleótido que codifica un fragmento de ácido nucleico" ' abarca un polinucleótido que incluye solamente la secuencia de codificación así como un polinucleótido que incluye la secuencia de codificación y secuencias adicionales de codificación y no codificadora. Una molécula de ácido nucleico se "hibridiza" a otra molécula de ácido nucleico, tal como un ADWc, ADN genómico, o ARN, cuando una forma de hebra sencilla de la molécula de ácido nucleico puede combinarse en sus pares base con otra molécula de ácido nucleico bajo las condiciones adecuadas de temperatura y resistencia iónica de la solución (Sambrook, J. Et al. Eds., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d Ed. 1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press. N.Y. Vols. 1-3 (ISBN 0-87969-309-6) . Las condiciones de temperatura y resistencia iónica determinan la "severidad" de la hibridación. Para separación por exclusión preliminar para ácidos nucleicos homólogos, las condiciones de hibridación de baja severidad, que corresponden a una Tm de 55°, se pueden usar por ejemplo, 5x SSC, 0.1% SDS, 0.25% leche, y sin formamida; o 30% formamida, 5x SSC, 0.5% SDS). Condiciones de hibridación de severidad moderada corresponden a una TTO mayor, por ejemplo, 40% formamida, con 5x ó 6x SCC. Condiciones de hibridación de alta severidad corresponde a una Tra superior, por ejemplo, 50% formamida, 5x ó 6x SSC. En general, las condiciones de alta severidad son condiciones de hibridación en 6X SSC (1M NaCl) , 50% formamida, 1% SDS a 42 °C, seguidas por lavado durante 20 minutos en IX SSC, 0.1% SDS a 42°C, y luego lavado tres veces por 20 minutos cada una a 68°C en 0.2XSSC, 0.1% SDS. La hibridación requiere que los dos ácidos nucleicos contengan secuencias complementarias aunque dependiendo de la severidad de la hibridación, son posibles no coincidencias entre las bases. La severidad adecuada para hibridizar ácidos nucleicos depende de la longitud de ácido nucleicos y el grado de complementación, variables bien conocidas en el arte. Entre mayor sea el grado de similitud u homología entre las dos secuencias de nucleótidos, mayor el valor de Tm para híbridos de los ácidos nucleicos que tienen esas secuencias. La estabilidad relativa (que corresponde a un Tm superior) de las hibridaciones de ácido nucleico disminuyen el siguiente orden: ARN:ARN, ADN:ARN, ADN:AD . Para híbridos de más de 100 nucleótidos de longitud, sean derivado ecuaciones para calcular Tm (Sambrook et al. Eds., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d Ed. 1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY. Vols 1-3. (ISBN 0-87969-309-6), 9.50-9.51). Para la hibridación con ácidos nucleicos más cortos, esto es, oligonucleótidos , la posición de las no coincidencias se vuelve más importante y la longitud del oligonucleótido determina su especificidad (Sambrook et al. eds . , oecular Cloning: A Laboratory Manual (2d Ed. 1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY. Vpls. 1-3. (ISBN 0-87969-309-6), 11.7-11.8). La Tm de tales secuencias también se puede calcular y determinar las condiciones adecuadas de hibricación. Las moléculas de ácido nucleico aquí descritas incluyen secuencias de ácido nucleicos que hibridizan bajo condiciones severas a las secuencias codificadoras de la variante LXRoc aquí descritas y secuencias complementarias de las mismas. Para los propósitos de esta invención el término "condiciones de severidad" significa que la hibridación sucederá solamente si hay al menos 90%, por ejemplo al menos 95% de identidad entre las secuencias de ácido nucleico. De esta manera, la presente invención también incluye fragmentos nucleicos aislados que son complementarios a las secuencias completas cuando se reportan en el listado de secuencias anexo así como aquellas que tienen al menos 95% de identidad con tales secuencias y polinucleótidos que tienen secuencias que son complementarias a los polinucleótidos antes mencionados. Los polinucleótidos de la presente invención que hibridizan al complemento de la secuencias codificadora de la variante LXRa aquí descritas, codifican generalmente polipéptidos que conservan substancialmente la misma función biológica o actividad como el polipéptido maduro LXRa modificado por el ADNc de SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO : 5 ó SEQ ID NO: 7. Una "porción substancial" de una secuencia de aminoácido o de nucleótido es una cantidad suficiente de la secuencia de aminoácidos de un polipéptido o la secuencia de nucleótidos de un gen para identificar supuestamente ese polipéptido o gen, ya sea por la evaluación directa de la secuencia por alguien experto en la técnica, o por una comparación de secuencias automatizada en computadora y la identificación usando un algoritmo tal como BLAST (Basic Local Alignment Search Tool; Altschul, S. F., et al., (1993)' J. Mol. Biol . 215: 403-410; ver también ncbi.nlm.nih.gov/BLAST. En general, una secuencia de al menos diez, por ejemplo al menos 15, al menos 20, al menos 25, o al menos 30 o más nucleótidos contiguos es necesaria para identificar supuestamente un polipéptido o secuencia de ácido nucleico como homólogo para una proteina o gen conocido. Adicionalmente, con respecto a las secuencias de nucleótidos, las sondas de oligonucleotidos especificas de genes que comprenden 15-30 (por ejemplo 20-30) nucleótidos contiguos se pueden usar en métodos dependientes de la secuencia de identificación de genes (por ejemplo, hibridación Southern) y aislamiento (por ejemplo, hibridación in situ de colonias bacteriales o placas de bacteriófagos) . Además, los oligonucleótidos cortos de 12-25 bases (por ejemplo 12-20 bases, 15-20 bases) se pueden usar como cebadores de amplificación en PCR con objeto de obtener un fragmento particular de ácido nucleico, que comprende los cebadores. De esta manera, una "porción substancial" de una secuencia de nucleotidos que comprende suficiente de la secuencia para identificar específicamente y/o aislar un fragmento de ácido nucleico que comprende las secuencias . La especificación actual enseña secuencias parciales o completas de aminoácidos y de nucleotidos que codifican una o más variantes particulares de LXR. El técnico experimentado, al tener el beneficio de la secuencia como se reporta en la presente, puede usar todo o una porción substancial de las secuencias descritas para los propósitos conocidos por aquellos expertos en esta técnica. De esta manera, la presente invención comprende las secuencias completas como se reporta en el listado de secuencias anexo asi como porciones substanciales de esas secuencias como se definen arriba. El término "complementario" se usa para describir la relación entre las bases de nucleotidos que pueden hibridizar una a la otra. Por ejemplo,, con respecto al ADN, la adenosina es complementaria a la timina y la citosina es complementaria a la guanina. "Identidad" o "similitud" como se conocen en el arte, se refieren a relaciones ente dos o más secuencias de polipéptidos o dos o más secuencias de polinucleótidos cuando se determinan la comparar las secuencias. En- el arte, identidad también significa el grado de relación con la secuencia entre las secuencia de polipéptidos o polinucleotido como pueda ser el caso cuando se determina por la coincidencia entre cadenas de tales secuencias. Tanto la identidad como la similitud se pueden fácilmente calcular por métodos conocidos tales como aquellos descritos en: Computational Molecular Biology, Lesk, A. M. , ed. , Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing : Informatics and Genome Projects, Smith, D. W. ed. , Academic Press, New York, 1993; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G. , Academic Press, 1987; Computer analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A. M. And Friffin, H. G. , eds., Humana Press, New Jersey, 1994; and Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. And Devereux, J., eds., M Stockton Press, New York, 1991. Los métodos comúnmente empleados para determinar la identidad o la similitud entre las secuencias, incluyen pero no se limitan a aquellos descritos en Carillo, H. and Lipman, D. SIAM J. Applied Mat . 48: 1073 (1988). Los métodos para determinar la identidad y la similitud se codifican en programas de computadora públicamente disponibles . Los métodos de programas de computadora para determinar la identidad o similitud entre dos o más secuencias incluyen pero no se limitan al paquete del programa GCG (Devereux, J., et al., Nucleic Acids Res. 12(1): 387 (1984)), BLASTP, BLASTN, y FASTA (Paschal, S. F. Et al., J. Molec. Biol. 215: 403 (1990)). El término "homólogo" se refiere al grado de similitud de secuencia entre dos polímeros (esto es, moléculas de polipéptidos o moléculas de ácidos nucleicos) . Las cifras de porcentaje de homología aquí referidas reflejan la homología máxima posible entre los dos polímeros, esto es, el porcentaje de homología cuando los dos polímero están tan alineados como para tener el número mayor de posiciones en coincidencia (homologas) . El término "homología en porcentaje" se refiere al grado de identidad de secuencias de aminoácidos entre los polipéptidos. La homología entre cualquiera de los dos polipéptidos es una función directa del número total de aminoácidos en coincidencia en una posición dada en cualquier secuencia por ejemplo, si la mitad del número total de aminoácidos en cualquiera de las secuencias es igual, entonces se dice que las dos secuencias muestran un 50% de homología. El término "ortólogo" se refiere a genes o proteínas que son homólogos por medio de la formación de especies, por ejemplo, cercanamente relacionadas y supuestas tener un descendiente común con base en las consideraciones estructurales y funcionales . Las proteínas ortólogas tienen generalmente la misma función y la misma actividad en especia diferentes . El término "paralogo" se refiere a genes o proteínas que son homólogos por medio de la duplicación de genes, por ejemplo variantes duplicadas de un gen dentro de un genoma. Ver también Fritch, W (1970) Sist. Zool . 19: 99-113. El término "ortólogo" se puede referir a un polipéptido de otra especie que corresponde a una secuencia de aminoácido de polipéptido del tipo de la variante LXRa como se establece en SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17 ó 19. Por ejemplo, los polipéptidos del tipo LXRa de ratón y de humano se consideran ser ortólogos uno del otro . El término "fragmento", "análogo" y erivado" cuando se refiere al polipéptido de la invención (por ejemplo, SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17 y 19) se puede referir a un polipéptido que conserva esencialmente al menos una función o actividad biológica como el polipéptido de referencia. Así, un análogo incluye una proteína precursora que se puede activar por desdoblamiento de la porción de la proteína precursora para producir un polipéptido maduro activo. El fragmento, análogo o derivado del polipéptido aquí descrito (por ejemplo, SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17 y 19) puede ser uno que tenga una substitución conservadora o no conservadora de aminoácidos . Los residuos substituidos de aminoácidos pueden o no codificarse por el código genético, o la substitución puede ser tal que uno o más de los residuos substituidos de aminoácidos incluya a un grupo substituyente, es uno en el cual se fusiona el polipéptido con un compuesto tal como polietilenglicol para incrementar la vida media del polipéptido, o uno en el cual se fusionan aminoácidos adicionales al polipéptido tal como un péptido de señal o una secuencia tal como una etiqueta de polihistidina que se emplea para la purificación del polipéptido o de la proteína precursora. Tales fragmentos, análogos o derivados merecen estar dentro del alcance de la presente invención. Residuos "conservados" de una secuencia de polinucleótidos , son aquellos residuos que se presentan sin alterar en la misma posición de dos o más secuencias relacionadas que se comparan. Los residuos que son relativamente conservados son aquellos que se conservan entre más secuencias relacionadas que los residuos que aparecen en alguna otra parte en la secuencia. Los polinucleótidos relacionados son polinucleótidos que comparten una proporción importante de residuos idénticos. Los polinucleótidos diferentes "corresponden uno con el otro" si uno se deriva finalmente del otro. Por ejemplo, el ARN mensajero corresponde al gen a partir del cual se transcribe. El ADNc corresponde al ARN a partir del cual sea producido tal como por una reacción de transcripción inversa o por síntesis química de un ADN basado en el conocimiento de la secuencia de ARN. El ADNc también corresponde con el gen que codifica el ARN. Los polinucleótidos también corresponden uno con el otro y sirven para una función similar tal como codificar un polipéptido relacionado en especies cepas o variantes diferentes que se comparen. Un "análogo" de ADN, ARN o un polinucleótido, se refiere a una molécula que se asemeja a un polinucleótido que se presenta naturalmente en forma y/o función (por ejemplo, en la capacidad para acoplarse a un enlace de hidrógeno especifico de la secuencia a los pares base en una secuencia complementaria de los polinucleótidos pero el cual difiere de ADN o ARN, en por e emplo, la posesión de una base no usual o no natural de una estructura alterada. Ver por ejemplo, Uhlmann et al., Chemical Reviews 90, 543-584 (1990). El término "que se presenta naturalmente" cuando se aplica a un objeto, se refiere al hecho de que un objeto se puede encontrar en la naturaleza. Por ejemplo, una secuencia de polipéptido o polinucleótido que esta presente en un organismo (incluyendo bacterias) que se puede aislar a partir de una fuente en la naturaleza y que se ha modificado intencionalmente por el hombre en el laboratorio, se presenta naturalmente. Como se usa en la presente, el término "que se presenta naturalmente" se usa para referirse a un LXR conocido, el cual también se conoce como LXRa de tipo silvestre. Este uso del término no se debe constituir que signifique que las variantes . LX a aquí descritas no se presentan naturalmente . Una secuencia de codificación o una secuencia que codifica un producto de expresión tal como un AR , polipéptido, proteína o enzima es una secuencia de nucleótidos que cuando se expresa resulta en la producción de ese ARN, polipéptido, proteína o enzimas, esto es, una secuencia de nucleótidos puede codificar una secuencia de aminoácidos para un polipéptido o proteína, por ejemplo, enzima. El término "degeneración del codón" se refiere a la divergencia en el código genético que permite la variación de la secuencia de polinucleótidos sin afectar la secuencia de aminoácidos de un polipéptido codificado. De esta manera, la presente invención se refiere a cualquier fragmento de ácido nucleico o el complemento del mismo que codifica toda o una porción substancial de la secuencia de aminoácidos que codifica una proteína LXRa-64, LXRa-42e+, o LXRa-42e- como se establece en SEQ ID NO: 4, 6 y 8. El técnico experimentado está bien consciente de la desviación del codón mostrada por una célula ospedadora específica para usar codones de nucleótidos para especificar un aminoácido dado. Por lo tanto cuando se sintetiza un gen para la expresión mejorada en una célula hospedadora, es deseable diseñar el gen de manera tal que su frecuencia de uso del codón se acerque a la frecuencia de uso del codón preferido de la célula hospedadora. El término "codificación" , se refiere a la propiedad inherente de las secuencias especificas de nucleótidos en un polinucleotido tal como un gen, ADNc, o ARNm, para servir como plantillas para la síntesis de otros polímeros y macromoléculas en procesos biológicos que tienen ya sea una secuencia definida de nucleótidos (esto es., ARNr, ARNt y ARNm) o una secuencia definida de aminoácidos y las propiedades biológicas que resultan de eso. Así, un gen codifica una proteína si la transcripción y la traducción del ARNm que corresponde ese gen produce la proteína en una célula u otro sistema biológico. Tanto la hebra codificadora, la secuencia de nucleótido de la cual es idéntica a la secuencia del ARNm (usualmente suministrada en los listados se secuencia) como la hebra no codificadora, usada como la plantilla para la transcripción de un gen o ADNc, se puede referir como que codifican la proteína u otro producto de ese gen de ADNc . El polinucleotido de la presente invención, puede estar en forma de ARN o en la forma de ADN, cuyo ADN incluye ADNc y ADN sintético. El ADN puede ser de hebra sencilla o de hebra doble. Si es de hebra sencilla, puede ser la hebra codificadora o la hebra- no codificadora (antisentido) . La secuencia codificadora puede ser idéntica a la secuencia codificadora de cualquiera de SEQ ID NO: 3, 5, 7, 16, 18 o un fragmento del mismo o puede ser una secuencia codificadora diferente la cual como resultado de la degeneración o redundancia del código genético codifica el mismo polipéptido como la secuencia codificadora de referencia, por ejemplo una de SEQ ID NOs : 3, 5, 7, 16, 18 o un fragmento del mismo. La presente invención incluye variantes de los polinucleótidos descritos anteriormente en la presente que codifican fragmentos, análogos y derivados de los polinucleótidos caracterizados por la secuencia deducida de aminoácidos de SEQ ID NOs : 4, 6, 8, 17 ó 19. La variante del polinucleótido puede ser una variante alelica que se presenta naturalmente del polinucleótido o una variante del polinucleótido que no se presenta naturalmente. Un polinucleótido de la presente invención puede tener una secuencia de codificación que sea una variante alelica que se presenta naturalmente de la secuencia codificadora caracterizada por la secuencia de ADM de SEQ ID NOs : 4, S o 8, 17 y 19. El polinucleótido que codifica el polipéptido maduro, esto es, un LXRa, puede incluir solamente la secuencia de codificación para el polipéptido maduro o la secuencia de codificación para el polipéptido maduro y la secuencia adicional tal como la secuencia de control de genes, secuencia reguladora o secuencia secretora.
Por lo tanto la presente invención incluye polinucleótidos tales que la secuencia codificadora para el polipéptido maduro se puede ligar operativamente en la misma estructura de lectura a una secuencia de polinucleótido que ayude en la expresión y secreción de un polipéptido de una célula hospedadora (por ejemplo, un péptido de señal) . El polinucleótido también puede codificar una proteína precursora . Un polinucleótido de la presente invención también puede tener secuencia de codificación fusionada en estructura a una secuencia de marcador, tal como etiqueta de hexa-histidina (Qiagen Inc.), en cualquier terminación 3' ó 5' del gen, por ejemplo, para permitir la purificación del polipéptido. Los "genes sintéticos" pueden ser ensamblados desde bloques de construcción de oligonucleótidos que son sintetizados químicamente usando procedimientos conocidos para aquellos expertos en la técnica. Estos bloques de construcción se ligan y combinan los pares base complementarios para formar segmentos de gen que son luego ensamblados enzimáticamente para construir el gen entero. "Sintetizado químicamente", como se relaciona a una secuencia de ADN, significa que los nucleótidos componentes fueron ensamblados in vitro. La síntesis química manual de ADN se puede lograr usando procedimientos bien conocidos, o se pueden realizar síntesis químicas automatizadas usando uno de un sinnúmero de máquinas disponibles comercialmente. En consecuencia, los genes pueden ser adaptados para expresión de gen óptima basados en optimización de secuencia de nucleótido para reflectar la tendencia del codón de la célula hospedadora. Los técnicos expertos apreciarán la probabilidad de expresión del gen exitosa se el uso del codón si tiende hacia aquellos codones favorecidos por el hospedador. La determinación de los codones preferidos se puede basar en una revisión de genes derivados de la célula hospedadora donde la información de la secuencia está disponible. El término "gen" se refiere a un fragmento de ácido nucleico que expresa una proteína específica, incluyendo secuencias reguladoras que preceden (secuencias que no codifican 5') y siguiendo (secuencias que no codifican 3') la secuencia de codificación. "Gen nativo" se refiere a un gen como se encuentra en la naturaleza con sus propias secuencias reguladoras . "Gen Quimérico" o "constructo quimérico" se refiere a cualquier gen o constructo, no un gen nativo, que comprende secuencias reguladoras y que codifican que no se encuentran juntas en la naturaleza. En consecuencia, un gen quimérico o constructo quimérico puede comprender secuencias reguladoras y secuencias de codificación que se derivan de las diferentes fuentes, o secuencias reguladoras y secuencias de codificación derivadas de la misma fuente, pero arregladas en una manera diferente que aquella encontrada en la naturaleza. "Gen endógeno" se refiere a un gen nativo en su localización natural en el genoma de un organismo. Un gen "exterior" se refiere a un gen no encontrado normalmente en el organismo hospedador, pero el cual se introduce dentro del organismo hospedador mediante transferencia de gen. Los genes exteriores pueden comprenden genes nativos insertados dentro de un organismo no nativo, o genes quiméricos. Un "transgen" es un gen que ha sido introducido dentro del genoma mediante un procedimiento de transformación. "Gen de dirección", "secuencia de gen de dirección", "secuencia de ADN de dirección", o "secuencia de dirección" se refieren a un gen donde el gen, su copia de AR , o su producto de proteina se modula mediante un factor de transcripción. La secuencia de dirección puede incluir un gen intacto, un exon, un intrón, una secuencia reguladora o cualquier región entre genes. El gen de dirección puede comprender una porción de un gen particular o ubicación del cromosoma genético en el ADN genómico del sujeto. "Gen de dirección", como se usó aquí, se refiere a un gen expresado diferencialmente involucrado en caminos sensibles a LXR. "Expresión diferencial", se refiere a ambas diferencias cuantitativa y cualitativa en un temporal de gen y/o patrones de expresión de tejido. Ejemplos de genes de dirección de LXR son SREBP-lc (elemento que enlaza regulatoriamente esterol 1c) , FAS, CYP7A1 (colesterol 7-alfa hidroxilasa) , ApoE, CETP (proteína de transferencia de éster de colesterol) , LPL (lipasa de lipoproteína) , ABCAl (ATP-transportador de cásete que enlaza-1) , ABCG1, ABCG5, ABCG8 , ABCG4, y PLTP (proteína de transferencia de fosfolípido) (Edwards y colaboradores, Vasc. Pharmacol . 38, (2002) 249-256) . El término "secuencias reguladoras" se refiere a secuencias de nucleótido localizadas en la dirección 5' (secuencias que no codifican 5'), dentro, o en la dirección 3' (secuencias que no codifican en 3 ' ) de una secuencia de codificación, y cuya influencia) , por ejemplo, transcripción, procesamiento de AR , estabilidad de AEN, o traslado de la secuencia de codificación asociada. Las secuencias reguladoras pueden incluir promotores, secuencias líderes de traducción, intrones, y secuencias de reconocimiento de poliadenilación. El término "secuencia de control · de gen" se refiere a las secuencias de ADN requeridas para transcripción de gen iniciada más aquellas requeridas para regular la velocidad a la cual ocurre la iniciación. Así la secuencia de control de gen puede consistir del promotor, donde los factores de transcripción general y la polimerasa ensamblada, más todas las secuencias reguladoras para las cuales las proteínas reguladoras del gen enlazan para controlar la velocidad de estos procesos de ensamble en el promotor. Por ejemplo, las secuencias de control que son apropiadas para procariotas pueden incluir un promotor, opcionalmente una secuencia de operador, y un sitio que enlaza ribosoma . Las células eucarióticas son conocidas por utilizar promotores, mejoradotes y/o señales de poliadenilación. El término "promotor" se refiere a una secuencia de nucleotido capaz de controlar la expresión de una secuencia de codificación o AN funcional. En general, una secuencia de codificación se localiza 3' a una secuencia de promotor. La secuencia de promotor consiste de ' elementos en la dirección 5' próximos y más distantes, los últimos elementos a menudo referidos como mejoradotes. En consecuencia, un "mej orador" es una secuencia de nucleotido que puede estimular la actividad del promotor y puede ser un elemento innato del promotor o un elemento heterólogo insertado para mejorar el nivel o especificidad del tejido de un promotor. Los promotores pueden ser derivados en su totalidad de un gen nativo, o estar compuestos de elementos diferentes derivados de promotores diferentes encontrados en la naturaleza, o aún comprender segmentos de nucleotido sintético. Se entiende por aquellos expertos en la técnica que diferentes promotores pueden dirigir la expresión de un gen en diferentes, tejidos o tipos de célula, o en diferentes etapas de desarrollo, o en respuesta a diferentes condiciones ambientales. El término "secuencias que no codifican 3"' se refiere a secuencias de nucleotido localizadas en la dirección 3' de una secuencia de codificación e incluye secuencias de reconocimiento de poliadenilación y otras secuencias que codifican señales reguladoras capaces de afectar el procesamiento de mARN o la expresión del gen. La señal de poliadenilación usualmente se caracteriza por afectar la adición de tractos de ácido poliadenílico a la terminación 3' del precursor mARN. El término "secuencia líder de traducción" se refiere a una secuencia de nucleótido localizada entre la secuencia de promotor de un gen y la secuencia de codificación. La secuencia líder de traducción está presente en la dirección 5' de mARN procesada completamente de la secuencia de inicio de traducción. La secuencia líder de traducción puede afectar el procesamiento de la copia primaría a mARN, estabilidad de mARN o eficiencia de traducción. El término "ligado operativamente" se refiere a la asociación de dos o más fragmentos de ácido nucleico en un fragmento de ácido nucleico único tal que la función de uno se afecta por el otro. Por ejemplo, un promotor se liga operativamente con una secuencia de codificación cuando éste es capaz de afectar la expresión de aquella secuencia de codificación (esto es, que la secuencia de codificación está bajo el control transcripcional del promotor) . Las secuencias de codificación pueden estar ligadas operativamente a secuencias reguladoras en orientación de sentido o antisentido.
El término "dominio" se refiere a un fragmento de aminoácido con propiedades biológicas específicas. Este término abarca todas las porciones estructurales y biológicas lineales conocidas. Ejemplos de tales porciones incluyen pero no se limitan a porciones espiral-giro-espiral, leucina en forma de cremallera, sitios de glicosilación, sitios de ubicuidad, hélices alfa, y láminas beta, los péptidos de señal los cuales dirigen la secreción de proteínas, sitios para modificación post-traduccional , sitios activos enzimáticos, sitios de enlace de sustrato, y sitios de desdoblamiento enzimático. "Dominio de enlace de ADN" se refiere a la porción de cualquier protelna que enlaza ADN que interactúa específicamente con hebras de desoxiribonucleótido . Un ADN de secuencia específica que enlaza proteína enlaza a una secuencia específica o familia de secuencias específicas que muestran un alto grado de identidad de secuencia una con otra . El término "LBD" o "dominio que enlaza ligando" se refiere al dominio de proteína de un receptor nuclear, tal como un receptor de superfamilia esteroide u otro receptor nuclear apropiado como se discutió aquí, el cual enlaza un ligando (por ejemplo, una hormona esteroide) . El término "gen reportero" significa cualquier gen que codifica un producto cuya expresión es detectable y/o cuantificable mediante ensayos físicos, inmunológicos , químicos, bioquímicos o biológicos. Un producto de- gen reportero puede, por ejemplo, tener uno de los siguientes atributos, sin restricciones: un patrón de hibridización de chip de ácido nucleico específico, fluorescencia (por ejemplo, proteína fluorescente -verde) , actividad enzimática, toxicidad, o una capacidad para ser enlazado específicamente mediante una segunda molécula etiquetada o no etiquetada. El término "transcrito de ARN" se refiere al producto que resulta de la transcripción catalizada con polimerasa de AR de una secuencia de ADN. Cuando el transcrito de ARN es una copia complementaria de la secuencia de ADN, esta se refiere como el transcrito primario o puede ser una secuencia de ARN derivada del proceso post-transcripcional de la copia primaria y se refiere como el ARN madura. "ARN mensajero" (mARN) se refiere al ARN que está sin intrones y puede ser traducido en polipeptido mediante la célula. "cADN" se refiere al ADN que es complementario y derivado de una plantilla de mARN. El cADN puede ser de hebra sencilla o convertido a forma de hebra doble usando, por ejemplo, el fragmento de Klenow de polimerasa I de ADN. Una secuencia "complementaria" a una porción de un ARN, se refiere a una secuencia que tiene suficiente complementariedad para ser capaz de hibridizar con el ARN, formando un dúplex estable; en el caso de ácidos nucleicos antisentido de hebra doble, una hebra sencilla de ADN dúplex puede así ser evaluada, o puede ser ensayada la formación triples. La capacidad para hibridizar dependerá tanto del grado de complementariedad como de la longitud del ácido nucleico antisentido. La complementariedad de un ARN antisentido puede estar con cualquier parte de la secuencia de nucleótido específica, esto es, en la secuencia sin codificación 5', secuencia sin codificación 3', intrones, o la secuencia de codificación. Generalmente, el ácido nucleico de hibridización más largo, la mayor base no coincide con un ARN este puede contener y todavía formar un dúplex estable (o triples, como el caso pueda ser) . Un experto en la técnica puede acertar un grado tolerable de no coincidencia mediante el uso de procedimientos estándar para determinar el punto de fusión del complejo hibridizado. El "ARN funcional" se refiere a ARN de sentido, ARN de antisentido, ARN de ribozoma, u otro ARN que puede no ser traducido pero todavía tiene un efecto en procesos celulares. Una copia "antisentido" de un polinucleótido particular se refiere a una secuencia complementaria que es capaz de enlazar hidrógeno al polinucleótido y puede por lo tanto ser capaz de expresión de modulación del polinucleótido. Existen ADN, ARN o análogos de estos, que incluyen análogos que tienen soportes alterados, como se describió anteriormente. El polinucleótido al cual la copia anti sentido se une puede estar en la forma de hebra sencilla o en la forma de hebra doble. Una secuencia de ADN ligada a un promotor en una "orientación de antisentido" puede ser ligada al promotor tal que se produce una molécula de ARN complementaria al mARN que codifica del gen de dirección. El polinucleótido antisentido puede comprender por lo menos una porción de azúcar modificada seleccionada del grupo que incluye pero no está limitado a arabinosa, 2-fluoroarabinosa, xilulosa, y hexosa. En una modalidad, el oligonucleótido antisentido puede comprender por lo menos un soporte de fosfato' modificado seleccionado del grupo que consiste de un fosforotioato, un fosforoditioato, un fosforamidotioato, un fosforamidat'o , un fosforadiamidato, un metilfosfonato, un fosfotriéster, y un formacetal o análogo de este. El término "sentido" se refiere a secuencias de ácido nucleico que están en la misma orientación como la secuencia de ácido nucleico de mARN de codificación. Una secuencia se ADN ligada a un promotor en una "orientación de sentido" .está ligada tal que una molécula de ARN que contiene secuencia idénticas a un mARN se transcribe. La molécula de ARN producida, sin embargo, necesita no ser transcrita en una proteína funcional . Una hebra de "sentido" y una hebra "anti sentido" cuando se usa en el mismo contexto se refiere a polinucleótidos de hebra sencilla que son complementarios uno al otro. Ellos pueden ser hebras que se oponen de un polinucleotido de hebra doble, o una hebra puede ser predicha de la otra de acuerdo generalmente a reglas de emparejamiento base aceptadas. A menos que se especifique o se de a entender de otra manera, la asignación de una u otra de la hebras como "sentido" o "antisentido" es arbitrario. El término "polipéptido que codifica polinucleotido" abarca un polinucleotido que puede incluir solamente la secuencia que codifica además de un polinucleotido que puede incluir secuencia de codificación o no codificación adicional . El término "siARN" o "ARNi" se refiere a ARN de interferencia pequeños y el proceso mediante el cual ellos funcionan. Los siAR son capaces de provocar interferencia de ARN y puede provocar el silenciamiento post-transcripcional de genes específicos en células, por ejemplo, en células de mamíferos (incluyendo células de humano) y en el cuerpo, por ejemplo, cuerpos de mamíferos (incluyendo humanos) . El fenómeno de interferencia de ARN se describe y discute en Eass, NAture, 411, 428-29, (2001); Elbahir y colaboradores, Nature, 411, 494-98, (2001); y FIRE y colaboradores, Nature, 391, 806-11, (1998) , donde métodos de hacer interferencia de ARN también se discuten. Los siARN basados en la secuencia desglosada aquí pueden ser hechos por aproximaciones conocidas en la técnica, que incluyen el uso de hebras de ADN complementarias o aproximaciones sintéticas. Ejemplarmente los si ARN pueden tener hasta 29 bps, 25 bps, 22 bps, 21 bps, 20 bps, 15 bps, 10 bps, 5 bps o cualquier entero alrededor de esos o entre esos. El término "expresión", como se usa aqui, se refiere a la transcripción y acumulación estable de ARN sentido (mARN) o antisentido ARN derivado del fragmento de ácido nucleico de la invención. La expresión también se puede referir a traducción de mARN en un polipéptido. "Inhibición antisentido" se refiere a la producción de copias de ARN antisentido capaces de suprimir la expresión de la proteina de dirección. El término "sobreexpresión" se refiere a la producción de un producto de gen en organismos transgenicos que exceden niveles de producción en organismos normales o no transformados. "Cosupresión" se refiere a la producción de copias de ARN capaces de suprimir la expresión de genes endógenos o exteriores similares' sustancialmente o idénticos (Patente de EUA No. 5,231,020, incorporada aquí por referencia) . El término "niveles alterados" se refiere a la producción de productos de gen en organismos transgénicos en cantidades o proporciones que difieren de aquellos organismos normales o no transformados. La sobre expresión del polipéptido de la presente invención pude ser lograda primero por construcción de un gen quimérico o constructo quimérico en el cual la región de codificación está enlazada operativamente a un promotor capaz de dirigir la expresión de un gen o constructo en los tejidos deseados a la etapa deseada del desarrollo. Por razones de conveniencia, el gen quimérico o constructo quimérico puede comprender secuencias de promotor y secuencias de líder de traducción derivadas de los mismos genes. Las secuencias de codificación 3' que codifican señales, de terminación de transcripción también se pueden proporcionar. El gen quimérico o constructo quimérico instantáneo también puede comprender uno o más intrones con el propósito de facilitar la expresión del gen. Los vectores plásmidos que comprenden el gen quimérico o constructo quimérico instantáneo pueden luego ser construidos. La selección del vector plásmido es dependiente del método que será usado para transformar células hospedadoras . Los técnicos expertos están bien conscientes de los elementos genéticos que deben estar presentes en el vector plásmido con el propósito de transformar, seleccionar y propagar exitosamente las células hospedadoras que contienen el gen quimérico o el constructo quimérico. Los técnicos especializados también reconocerán que los eventos de transformación independientes diferentes resultarán en niveles diferentes y patrones de expresión (Jones y colaboradores, 1985, EMBO J. 4:2411-2418; De Almeida y colaboradores, 1989, Mol. Gen. Genetics 218:78-86), y así esos eventos múltiples deben ser separados por exclusión con el propósito de obtener líneas que exhiban el nivel y patrón de expresión deseada. Tal separación por exclusión se puede lograr por análisis de Southern de ADN, análisis de Northern de expresión de mARN, análisis de Western de expresión de protelna, o análisis fenotípico. Los términos "cásete" o "cásete de expresión" se refieren a un ADN que codifica secuencia o segmento de ADN que codifica para un producto de expresión que puede estar insertado dentro de un vector en sitios de restricción definidos. Los sitios de restricción de cásete están designados para inserción segura del cásete en la propia estructura de lectura. Generalmente, el ADN exterior se inserta en uno o más sitios de restricción del ADN del vector, y luego se transporta mediante el vector dentro de una célula hospedadora con el ADN del vector transmisible. Un segmento o secuencia de ADN que tiene insertado o agregado ADN, tal como un vector de expresión, también se puede llamar ún "constructo de ADN" . El término "sistema de expresión" significa una célula hospedadora y vector compatible bajo condiciones apropiadas, por ejemplo, para la expresión de una proteína codificada por ADN exterior llevada por el vector e introducida a la célula hospedador. Los sistemas de expresión comunes incluyen células hospedadoras de E. coli y vectores plásmidos, células hospedadoras de insectos y vectores de Baculovirus, y células hospedadoras y vectores de mamíferos. El término "transíección" se refiere a la inserción de un polinucleótido exógeno en una célula hospedadora, sin tomar en consideración el método usado para la inserción, o la forma molecular del polinucleótido que se inserta. La inserción de un polinucleótido per se y la inserción de un vector o plásmido comprendido del polinucleótido exógeno está incluida. El polinucleótido exógeno se puede transcribir y traducir por la célula, se mantiene como un vector no integrado, por ejemplo, un plásmido, o puede ser integrado establemente en el genoma hospedador. El término "transformado" se refiere a cualquier método conocido para la inserción de un fragmento de ácido nucleico en una célula procariótica hospedadora. El término "transfectado" se refiere a cualquier método conocido para la inserción de un fragmento de ácido nucleico en una célula eucariótico hospedadora. Tales células transformadas o transfectadas incluyen células transformadas o transíectadas en las cuales el ADN insertado se vuelve a hacer capaz de replicacion en la célula hospedadora. Estas también incluyen células de expresión transitoria que expresan el ADN y ARN insertado por períodos de tiempo limitados . El procedimiento de transformación o transfección depende de la célula hospedadora que es transformada. Esto puede incluir el empaque del fragmento de ácido nucleico en un virus además de absorción directa del fragmento de ácido nucleico, tal como, por ejemplo, electroporación, lipofección, o microinyección. La transformación y transfección puede resultar en incorporación del ADN insertado en el genoma de la célula hospedadora o el mantenimiento del ADN insertado dentro de la célula hospedadora en forma de plásmido. Los métodos de transformación son bien conocidos en la técnica e incluyen, pero no se limitan a, lipofección, electroporación, infección viral, y absorción directa mediada de fosfato de calcio. Los métodos de transfección son conocidos para aquellos en la técnica que incluyen coprecipitación de ADN de fosfato de calcio (Methods in Molecular Biology, Vol . 7, Gene Transfer and Expression Protocols, Ed. E. J. Murria, Humana Press (1991)); DEAE-dextrano; electroporación; transfección mediada de liposoma catiónico; y bombardeo de micropartículas facilitado de partícula de tungsteno (Johnston, Nature 346:776-777 (1990)). La co-precipitación de ADN de fosfato de estroncio (Brash y colaboradores, Molec . Cell . BIol . 7:2031-2034 (1987) es un método de transfección alternativo. "Células", "células hospedadoras" o "células hospedadoras recombinantes" son términos usados aquí intercambiablemente. Se entiende que los términos se refieren no solamente a la célula sujeto particular sino también a la progenie o progenie potencial de una célula tal . Debido a que ciertas modificaciones pueden ocurrir en generaciones que suceden debido ya sea a mutación o influencias ambientales, tal progenie pudiera no ser idéntica a la célula madre, pero todavía están incluidas dentro del alcance del término como se usa aquí . El término "célula recombinante" se refiere a una célula que contiene ácido nucleico heterólogo, y el término "célula que ocurre naturalmente" se refiere a una célula que no contiene ácido nucleico heterólogo introducido por mano humana . La célula puede ser una célula procariótica o una eucariótica. Comúnmente las células hospedadoras procarióticas incluyen varias cepas de E. coli. Las células hospedadores eucarióticas comunes son mamíferas, tal como células de ovario de hámster chino o células de riñon embriónico humano 293 (células HEK 293) . El ADN introducido usualmente está en la forma de un vector que contiene una pieza insertada de ADN. La secuencia de ADN introducida puede ser de la misma especie como la célula hospedadora o una especie diferente de la célula hospedadora, o esta puede ser una secuencia de ADN híbrida, que contiene algún ADN exterior y algún ADN homólogo. Además se entiende que tales términos se refieren no solamente a la célula sujeto particular sino también a la progenie o progenie potencial de una célula tal . Debido a que ciertas modificaciones pueden ocurrir en generaciones que suceden debido ya sea a mutación influencias ambientales, tal progenie pudiera no, en efecto, ser idéntica a la célula madre, pero todavía están incluidas dentro del alcance del término como se usó aquí. El término "clon" se refiere a una población de células derivadas de una célula única o antepasado común por mitosis. Una "línea de célula" se refiere a un clon de una célula primaria que es capaz de crecer estable in vitro por varias generaciones . El término "crecimiento de células" se refiere a un aumento en el tamaño de una población de células . El término "división de células" se refiere a mitosis, esto es, el proceso de reproducción de la célula. El término "proliferación" se refiere a crecimiento y división de células. ÍVProliferación activamente" significa células que están creciendo y dividiéndose activamente. El término iferenciado" se refiere a tener un carácter o función diferente del tipo original de los tejidos o células. Así, "diferenciación" es el proceso o acto de diferenciar . El término "sistema inducible de genes" se refiere al uso de ligandos para regular la expresión del gen. Varios sistemas reguladores se han desarrollado que utilizan moléculas pequeñas para inducir expresión de gen (revisado en Clackson, Curr. Opin. Chem. Biol . , 1, 210-218, (1997); ¦Lewandoski, Nat Rev Genet . 2, 743-755 (2001). Un sistema inducible de gen es una herramienta molecular la cual se permite para bajar a expresión basal indetectable de un gen de dirección cuando el sistema no está activado y los niveles de expresión aumentados del gen de dirección cuando el sistema se activa. El término "inhibición de proliferación celular" se refiere a hacer lento y/o prevenir el crecimiento y división de células . Las células además pueden ser especificadas como que están arrestadas en una etapa de ciclo de célula particular: Gl (Gap 1), S fase (síntesis de ADN) , G2 (Gap 2) o Fase M (mitosis) . El término "proliferación celular de inhibición preferencialmente" se refiere a hacer lento y/o prevenir el crecimiento y división de células comparado con células normales . El término "apoptosis" se refiere a muerte de célula programada como se señaló por el núcleo en células humanas y animales que funcionan normalmente cuando la edad o estado de salud de la célula y condiciones lo dicta. La "apoptosis" es un proceso activo que requiere actividad metabólica por la célula que se muere, caracterizado a menudo por desdoblamiento del ADN en fragmento que dan un asi llamado patrón de escalera en geles. Las células que mueren por Apoptosls usualmente no provocan la respuesta inflamatoria que está asociada con necrosis, se cree que las razones no son claras. Las células de cáncer, sin embargo, son incapaces para experiencia, o tener una reducción en, la transducción de célula normal o el proceso de muerte de célula natural manejado por apoptosis. Morfológicamente, la apoptosis se caracteriza por pérdida de contacto con células vecinas, concentración de citoplasma, condensación de cromatina asociada con actividad de endonucleasa y piknosis, y segmentación del núcleo, entre otros. El término "polipéptido" se refiere a un polímero de aminoácidos sin considerar la longitud del polímero; así, los "péptidos" , "oligopéptidos" , y "proteínas" están incluidos dentro de la definición del polipéptido y usado aquí intercambiablemente. El término se refiere a un polímero que ocurre naturalmente o sintético de monómeros de aminoácido (residuos) , sin tomar en consideración la longitud, donde el monómero de ácido nucleico aquí incluye aminoácidos que ocurren naturalmente, variantes estructurales de aminoácido que ocurren naturalmente, o análogos que no ocurren naturalmente sintéticos que son capaces de participar en los enlaces de péptido. Este término tampoco especifica o excluye modificaciones químicas o pos -expresión de los polipéptidos de la invención, aunque las modificaciones químicas o post-expresión de estos polipéptidos puedan estar incluidas como modalidades específicas. Por lo tanto, por ejemplo, las modificaciones a polipéptidos que incluyen el acoplamiento covalente de grupos glicosilo, grupos acetilo, grupos fosfato, grupos de lípidos y similares están expresamente abarcados por el término polipéptido. Además, los polipéptidos con estas modificaciones pueden ser especificados como especies individuales para estar incluido o excluidos de la presente invención. Las modificaciones naturales u otras químicas, tales como aquellas enlistadas en ejemplos anteriores pueden ocurrir en cualquier parte en un polipéptido, que incluye el soporte de péptido, las cadenas laterales de aminoácido y la terminación amino o carboxilo. Se apreciará que el mismo tipo de modificación puede estar presente en el mismo o variación de grados en los diferentes sitios en un polipéptido dado. También, un polipéptido dado puede contener muchos tipos de modificaciones. Los polipéptidos pueden ser ramificados, por ejemplo, como un resultado de ubicuidad, y pueden ser cíclicos, con o sin ramificación. Las modificaciones incluyen acetilación, acilación, ADP-ribosilación, amidacíón, acoplamiento covalente de flavina, acoplamiento covalente de una porción emo, acoplamiento covalente de un nucleótido o derivado de nucleótido, acoplamiento covalente de un lípido o derivado de lípido, acoplamiento covalente de fosfotidilinositol , ligamento cruzado, cristalización, formación de enlace de disulfuro, desmetilación, formación de reticulados covalentes, formación de cisteína, formación de piroglutamato, formilación, gama-carboxilación, glicosilación, formación de sujetador GPI, hidroxilación, yodación, metilación, miristoilación, oxidación, pegilación, proceso proteolítico, fosforilación, prenilación, racemización, selenoilación, sulfatación, transferencia de ARN mediada por adición de aminoácidos a proteínas tales como arginilación, y ubicuidad. (Ver, por ejemplo, proteins-structure and molecular properties, 2nd Ed. , T. E. Creighton, W. H. Freeman and Company, New York (1993) ; posttranslational covalent modification of proteins, b. c. Johnson, Ed. , Academic Press, New York, pgs . 1-12, 1983; Seifter y colaboradores, Meth. Enzymol . 182:626-646, 1990; Rattan y colaboradores, Ann. NY Acad. Sci . 663:48-62, 1992). También están incluidos dentro de la definición los polipéptidos que contienen uno o más análogos de un aminoácido (incluyendo, por ejemplo, aminoácidos que no ocurren naturalmente, aminoácidos los cuales solamente ocurren naturalmente en un sistema biológico no relacionado, o aminoácidos modificados de sistemas mamíferos) , polipéptidos con ligas sustituidas, además de otras modificaciones conocidas en la técnica, tanto que ocurren naturalmente como que no ocurren naturalmente. El término "polipéptido" también se puede usar intercambiablemente con el término "proteína" o "péptido" . El término "péptido" se refiere a cualquier polímero de dos o más aminoácidos, en donde cada aminoácido está ligado a uno o más de otros aminoácidos vía un enlace de péptido (-CONH-) formados entre el NH.sub.2 y los grupos COOH de aminoácidos adyacentes. Preferiblemente, los aminoácidos son aminoácidos que ocurren naturalmente, particularmente aminoácido alfa de la forma L-enantiomérica . Sin embargo, otros aminoácidos, formas enantioméricas, y aminoácidos derivados pueden estar incluidos en un péptido. Los péptidos incluyen "polipéptidos" , los cuales en hidrólisis, producen más de dos aminoácidos. Los polipéptidos pueden incluir proteínas, las cuales comúnmente comprenden 50 o más aminoácidos. El término "oligopéptido" aquí denota una proteína, polipéptido, o péptido que tiene 25 o menos subunidades monoméricas . "Variante" se refiere a un polinucleó ido o polipéptido que difiere de un polinucleótido o polipéptido de referencia, pero retiene las propiedades esenciales de este. Una variante común de un polinucleótido difiere en secuencia de nucleotido del polinucleótido de referencia. Los cambios en la secuencia de nucleotido de la variante pueden o no alterar la secuencia de aminoácido de un polipéptido codificado por el polinucleótido de referencia.' Los cambios de la secuencia de nucleótidos pueden resultar en sustituciones, adiciones, eliminaciones, fusiones y trucados de aminoácido en el polipéptido codificado por la secuencia de referencia, como se discute posteriormente. El término "variante (s) " se refiere a una pluralidad de polipéptido de polipeptidos que difieren de un polipéptido de referencia respectivamente. Generalmente, las diferencias entre el polipéptido que difiere en secuencia de aminoácido del polipéptido de referencia, y el polipéptido de referencia están limitadas de manera que las secuencias de aminoácido de la referencia y la variante son cercanamente similares en todo y en algunas regiones, pueden ser idénticas. Una variante y polipéptido de referencia puede diferir en secuencia de aminoácido por una o más sustituciones, eliminaciones, adiciones, fusiones y truncamientos, las cuales pueden estar presentes en cualquier combinación. Un residuo de aminoácido sustituido o insertado puede o no ser uno codificado por el código genético. Las sustituciones conservadoras comunes incluyen Gly, Ala; Val, lie, Leu; Asp, Glu; Asn, Gln; Ser, Thr; Lys, Arg; y Phe y Tyr. Adicionalmente , una variante puede ser un fragmento de un polipéptido de la invención que difiere de una secuencia de polipéptido de referencia por ser más corto que la secuencia de referencia, así como por un terminal o eliminación interna. Una variante de un polipéptido de la invención también puede incluir un polipéptido que retiene esencialmente la misma función biológica o actividad tal como el polipéptido, por ejemplo, proteínas precursoras que pueden ser activadas por desdoblamiento de la porción precursora para producir un polipéptido activo maduro. Más aún, una variante puede ser (i) una en la cual uno o más de los residuos de aminoácido se sustituyen con un residuo de aminoácido conservado o no conservado (preferiblemente un residuo de aminoácido conservado) y tal residuo de aminoácido sustituido puede o no ser uno codificado por el código genético, o (ii) uno en el cual uno o más de los residuos de aminoácido incluye un grupo sustituyente, o (iii) uno en el cual el polipéptido maduro se fusiona con otro compuesto, tal como un compuesto para incrementar la vida media del polipéptido (por ejemplo, polietilén glicol) , o (IV) uno en el cual los aminoácidos adicionales se fusionan al polipéptido maduro tal como un líder o secuencia de secreción o una secuencia la cual se emplea para purificación del polipéptido maduro o una secuencia de proteína del precursor. Una variante del polipéptido también puede ser una variante que ocurre naturalmente tal como una variante alélica que ocurre naturalmente, o puede ser una variante que no se sabe que ocurra naturalmente. Las variantes que no ocurren naturalmente de polinucleótidos y ' polipéptidos se pueden hacer por técnicas de mutagénesis o por síntesis directa. También se incluyen como variantes los polipéptidos que tienen una o más modificaciones post-traduccionales, por ejemplo glicosilación, fosforilación, metilación, ribosilación de ADP y similares. Las modalidades incluyen mutilación del aminoácido N-terminal, fosforilaciones de serinas y treoninas y modificación de glicinas en la terminal WC" . Entre variantes de polipéptido en esta consideración están variantes que difieren de los polipéptidos antes mencionados por sustituciones, eliminaciones o adiciones de aminoácido. Las sustituciones, eliminaciones o adiciones pueden involucrar uno o más aminoácidos. Las alteraciones en la secuencia de los aminoácidos pueden ser sustituciones eliminaciones o adiciones de aminoácido conservadoras o no conservadoras . Todas las variantes definidas anteriormente son consideradas para estar dentro del alcance de aquellos expertos en la técnica de las enseñanzas dada aquí y de la técnica. La variante LXRa descrita aquí que se designa LXRa-54 (SEQ ID NO: 4), es homologa a la conocida previamente LXRa en que esta contiene un ADN que enlaza dominio y un ligando que enlaza dominio; sin embargo, diferente de la LXRa conocida en su parte media de la secuencia en que ésta contiene 64 nuevos aminoácidos. Por virtud de la identidad parcial y la divergencia parcial de sus secuencias de aminoácido, la variante y los homólogos conocidos pueden tener alguna funcionalidad en común pero pueden diferir en otras funciones. Por ejemplo, la LXROÍ de tipo silvestre se conoce por ser un sensor para oxisteroles celulares y, cuando se activan por sus agonistas, incrementa la expresión de los genes que controlan el metabolismo/homeostasis del esterol y ácido graso donde tanto LXRa-L64, LXRa-42e* y LXRc¡-42e-funcionan como moduladores negativos dominantes de la LXRa de tipo silvestre. El término "polipéptido negativo dominante" significa una variante inactiva de una proteína, la cual, por interacción con la maquinaria celular, desplaza una proteína activa de su interacción con la maquinaria celular o compite con la proteína activa, para de esa manera reducir el efecto de la proteína activa. Por ejemplo, un receptor negativo dominante que enlaza un ligando ero no transmite una señal en respuesta para enlace del ligando puede reducir el efecto biológico de expresión del ligando. De la misma manera, una cinasa inactiva catalíticamente negativa dominante que interactúa normalmente con las proteínas de dirección pero no fosforila las proteínas de dirección puede reducir la fosforilación de las proteínas de dirección en respuesta a una señal celular. Similarmente, un factor de transcripción negativo dominante que enlaza a un sitio promotor en la región de control de un gen pero no aumenta la transcripción del gen puede reducir el efecto de un factor de transcripción normal por ocupación sitios que enlazan promotores sin aumentar la transcripción. El término "variante de empalme" se refiere a moléculas de cADN producidas de moléculas de ARN inicialmente transcritas de la misma secuencia de ADN genómica pero las cuales han experimentado empalme de ARN alternativo. El empalme de ARN alternativo ocurre cuando una copia de ARN experimenta empalme, generalmente para la remoción de intrones, lo cual resulta en la producción de más de una molécula de mARN cada una de ellas puede codificar diferentes secuencias de aminoácido. El término variante de empalme también se puede referir a las proteínas codificadas por las moléculas de cADN anteriores . La variante de empalme puede ser idéntica parcialmente en secuencia para el producto de gen homólogo conocido. "Variantes de empalme" se refiere a una pluralidad de proteínas que tienen secuencia de aminoácido primaria no idénticas pero que comparten la secuencia de aminoácido codificada por al menos un exón común. Como se usa aquí, la frase "empalme alternativo" y sus equivalentes lingüísticos incluyen todos los tipos de procesamiento de ARN que llevan a la expresión de isoformas de proteína plural de un gen único; en consecuencia la frase "variante de empalme" o "variantes de empalme" y sus equivalentes lingüísticos abarcan mARN transcrito de un gen dado que, sin embargo procesa, colectivamente isoformas de proteína plural de código. Por ejemplo, y a manera de ilustración solamente, las variantes de empalme pueden incluir inserciones de exón, extensiones de exón, truncamientos de exón, eliminaciones de exón, alternativas en la región no traducida 5' ("50 UT") y alternativas en la región no traducida 3' ("3' UT"=. Tales alternativas 3' incluyen, por ejemplo, diferencias en el sitio de desdoblamiento de la copia de ARN y el sitio de adición poli (A) (por ejemplo, Gautheret y colaboradores, Genome Res. 8 :524-530 (1998) ) . El término "aislado" significa que el material se remueve de su ambiente original o nativo (por ejemplo, el ambiente natural si este ocurre naturalmente) . Por lo tanto, polinucleótido o polipéptido que ocurre naturalmente presente en un animal viviente no está aislado pero el mismo polinucleótido o polipéptido, separados por intervención humana de alguno o todos los materiales que coexisten en el sistema natural, se aisla. Por ejemplo, un "fragmento de ácido nucleico aislado" es un polímero de ARN o ADN que es de hebra sencilla o doble, opcionalmente que contiene bases de nucleótido sintéticas, no naturales o alteradas. Un fragmento de ácido nucleico aislado en la forma de un polímero de ADN puede estar comprendido de uno o más segmentos de cADN, ADN genómico o ADN sintético. Tales polinucleótidos pueden ser parte de un vector, estar integrados en un cromosoma de célula hospedadora en un sitio heterólogo, y/o tales polinucleótidos o polipéptidos pueden ser parte de una composición, y todavía ser aislados en aquel vector o composición tal que no es parte del ambiente en el cual este se encuentra en la naturaleza. El término "purificado" no requiere pureza absoluta; mejor, se propone como una definición relativa. La purificación de material de inicio o material natural para por lo menos un orden de magnitud, preferiblemente dos o tres órdenes, y más preferiblemente cuatro o cinco órdenes de magnitud está contemplado expresamente. Similarmente, el término "purificado sustancialmente" se refiere a una sustancia, la. cual ha sido separada o removida de otra manera, a través de intervención humana, del ambiente químico inmediato en el cual ocurre en la naturaleza. Los polipéptidos o ácidos nucleicos purificados sustancialmente se pueden obtener o producir por cualquiera de un sinnúmero de técnicas y procedimientos generalmente conocidos en el campo . El término "purificado" se usa más aquí para describir un polipéptido o polinucleótido de la presente invención que ha sido separado de otros compuestos que incluyen, pero no limitados a, polipéptidos, polinucleótidos, carbohidratos, o lípidos. El término "purificado" se puede usar para especificar la separación de polipéptidos monoméricos de la invención de formas oligoméricas tales como homodí eros, heterodímero, o trímeros. El término "purificado" también se puede usar para especificar la separación de polinucleótidos cercanos covalentemente (esto es, circular) de polinucleótidos lineales. Un polipéptido o polinucleótido sustancialmente puro comúnmente comprende alrededor de 50%, preferiblemente 60 a 90% peso/peso de una muestra de polipéptido o polinucleótido, respectivamente, más usualmente alrededor de 95%, y preferiblemente se sobre alrededor de 99% puro pero, se puede especificar como cualquier entero de porcentaje entre 50 y 100. La pureza de polipéptido y polinucleótido, u homogeneidad, se indica por sinnúmero de medios bien conocidos en la técnica, tal como agarosa o electroforesis de gel de poliacrilamida de una muestra, seguido por visualización de una banda única en teñido del gel. Para ciertos propósitos, la mayor resolución se puede proporcionar por el uso de CLAP u otros medios que son conocidos en la técnica. Como una modalidad alternativa, la purificación de los polipéptidos y polinucleótidos de la presente invención se puede expresar como "por lo menos " un por ciento de pureza relativa a polipéptidos y polinucleótidos heterólogos (ADN, ARN o ambos) . En una modalidad, los polipéptidos y polinucleótidos de la presente invención son por lo menos; 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, ó 100% relativamente puros a los polipéptidos y polinucleótidos heterólogos, respectivamente. En otra modalidad los polipéptidos y polinucleótidos tienen un rango de pureza desde cualquier número, hasta la posición de miles, entre 90% y 100% (por ejemplo, un polipéptido o polinucleótido en' por lo menos 99.995% puro) relativo a- ya sea polipéptidos o polinucleótidos heterólogos, respectivamente, o como una relación peso/peso relativa a todos los compuestos y moléculas diferentes a aquellas que existen en el portador. Cada número que representa un porcentaje de pureza, hasta la posición de miles, se puede reivindicar como especie individual de pureza. Una proteina puede ser "aislada" cuando esta existe en una pureza no encontrada en la naturaleza donde la pureza puede ser juzgada con respecto a la presencia de proteínas de otra secuencia, con respecto a la presencia de compuestos no proteínas, tales como ácido nucleico, lípidos, u otros componentes de una célula biológica, o cuando este existe en una composición no encontrada en la naturaleza, tal como en una célula hospedadora que no expresa naturalmente aquella proteina. El polipéptido y los polinucleótidos de la presente invención se proporcionan preferiblemente en una forma aislada, y preferiblemente están purificados a homogeneidad.
El término proteína "madura" se refiere a un polipéptido procesado post-traduccionalmente ; esto es, uno de los cuales cualquier pre- o propéptidos presentes en el producto de traducción primaria ha sido removido. Proteína "precursora" se refiere al producto primario de traducción de mARN esto es, con pre- y propéptidos todavía presentes. Los pre- y propéptidos incluyen pero no están limitados a señales de localización intracelular . El término "anticuerpo" se refiere a un polipéptido, por lo menos una porción de la cual está codificada por al menos un gen de inmunoglobulina, o fragmento de este, y que puede enlazar específicamente a una molécula de dirección deseada. El término incluye formas que ocurren naturalmente, además de fragmento y derivados . Los fragmentos pueden incluir aquellos producidos por digestión con varias proteasas, aquellos producidos por desdoblamiento químico y/o disociación química, y aquellos producidos recombinantemente, tanto como el fragmento permanezca capaz de enlazar específicamente a una molécula de dirección. Entre los fragmentos están Fab, Fab' , Fv, F(ab)'2, y fragmentos Fv de cadena única (ScFv) . Los derivados dentro del alcance del término incluyen anticuerpos (o fragmentos de estos) que han sido modificados en secuencia, pero permanecen capaces de enlazar específicamente a una molécula de dirección, que incluye: anticuerpos quiméricos y humanizados inter-especies ; fusiones de anticuerpos; complejos de anticuerpo heteromérico y fusiones de anticuerpo, tal como diacuerpos (anticuerpos biespecificos) , diacuerpos de cadena única, e intracuerpos (ver, por ejemplo, Marasco (ed.) Intracellular Antibodies : Research, and Disease Applications, Springer-Verlag New York, Inc. (1998) (ISBN: 3540641513), el desglose del cual está incorporada aquí por referencia en su totalidad) . El término "inmunoreactivo" se refiere a un polipéptido cuando es "inmunológicamente reactivo" con un anticuerpo, esto es, cuando este enlaza a un anticuerpo debido a reconocimiento de anticuerpo de un epitopo específico contenido dentro del polipéptido. La reactividad inmunológica se puede determinar por enlace de anticuerpo, más particularmente por la cinética de enlace de anticuerpo, y/o por competencia en enlace que usa como competidor o competidores un polipéptido o polipéptidos conocidos que contienen un epitopo contra el cual el anticuerpo se dirige. Las técnicas para determinar si un polipéptido es reactivo inmunológicamente con un anticuerpo se conocen en la técnica. Un polipéptido "inmunoreactivo" también puede ser "inmunogénico" . Los anticuerpos se pueden producir por cualquier técnica conocida, incluyendo cosecha de cultivo de células de linfocitos B nativos, la cosecha de cultivo de hibridomas, ¦ sistemas de expresión recombinante, y despliegue de fagos. Una molécula es "antígénica" cuando es capaz de interactuar específicamente con una molécula de reconocimiento de antígeno del sistema inmune, tal como una inmunoglobulina (anticuerpo) o receptor de antígeno de célula T. Un polipeptido antigenico contiene por lo menos alrededor de 5, y preferiblemente al menos alrededor de 10, aminoácidos . Una porción antigénica de una molécula puede ser aquella porción que es. inmunodominante para anticuerpo o reconocimiento de receptor de célula T, o puede ser una porción usada para generar un anticuerpo para la molécula por conjugación de la porción antigénica para una molécula portadora para inmunización. Una molécula que es antigénica necesita no ser auto inmunogénica, esto es, capaz de provocar una respuesta inmune sin un portador. Las porciones de un antígeno que hace contacto con el anticuerpo se denominan "epítopos" . El término "moléculas de enlace molecular" y equivalentemente, "moléculas de enlace específico" se refiere a pares de moléculas, comúnmente pares de biomoléculas , las cuales exhiben enlace específico. Los ejemplos sin limitación son receptor y ligando, anticuerpo y antígeno, y biotina para cualquiera de avidina, estreptavidina, NeutrAvidin™ y CaptAvidin™ . El término "molécula de enlace" o "proteínas de interacción" se refiere a una molécula o complejo molecular el cual es capaz de reconocimiento específicamente o ser reconocido por una molécula particular o complejo molecular, como por ejemplo, un antígeno y un anticuerpo específico de antígeno o una enzima y su inhibidor. Las moléculas de enlace pueden incluir, por ejemplo, biotina y avidina o estreptavidina, IgG, y proteína A, pares de ligando-receptor, interacción de proteína-proteína, y estándares de polinucleótido complementarios. El término "molécula de enlace" también se puede referir a polipéptidos, lípidos, moléculas pequeñas, o ácidos nucleicos que enlazan a polipéptidos en células. Un cambio en la interacción entre una proteína y una molécula de enlace puede manifestar a sí mismo como una probabilidad aumentada o disminuida de que las formas de interacción, o una concentración aumentada o disminuida del complejo de molécula de enlace de proteína. Por ejemplo, la proteína LXRa-64 ó LXRa-42 puede enlazar sin otra proteína o polipéptido y formar un complejo que puede resultar en modulación de la actividad de LXR o RXR. "Enlace específico" se refiere a la capacidad de dos especies moleculares presentes concurrentemente en una muestra heterogénea (no homogénea) para enlazar a otra en preferencia para enlazar a otra especie molecular en la muestra. Comúnmente, una interacción de enlace específico discriminará sobre adventicios que enlazan interacciones en la reacción por al menos dos veces, más comúnmente por al menos 10 veces, a menudo al menos 100 veces; cuando se usa para detectar analito, el enlace específico es suficientemente discriminatorio cuando es determinativo de la presencia del analito en una muestra heterogénea (no homogéneo) . El término "dimérico" se refiere a una molécula multimérica especifica donde dos polipéptidos de proteína están asociados a través de interacciones covalentes o no covalentes . "Molécula dimérica" pueden ser receptores que están comprendidos de dos subunidades de molécula de proteína idénticas (Homodiméricas) o diferentes (heterodiméricas) . El término "homodímero" se refiere a una molécula dimérica en donde las dos subunidades constituyentes son esencialmente idénticas, por ejemplo RXR y RXR. El "complejo homodimérico" se refiere a un complejo de proteína entre dos receptores idénticos (por ejemplo, RXR/RXR) . El "complejo homodimérico" puede incluir proteínas diméricas con menores microheterogeneidades que ocasionalmente aumentan en producción o procesamiento de proteínas recombinantes . El término "homodimerización" se refiere al proceso por el cual dos subunidades idénticas (por ejemplo, RXR y RXR) dimerizan.
El término "heterodímero" se refiere a una molécula dimérica en donde las dos subunidades constituyentes son diferentes, por- ejemplo RXR y LXR. El término "complejo heterodimérico" se refiere a un complejo de proteína entre cualquiera de uno de los receptores nucleares (por ejemplo, RXR y cualquiera de una de las variantes de la presente invención, o RXR y LXRa, LXR , PPARa, PPARy, PPAR5, RAR, XR, o PXR) . El término "heterodimerización" se refiere a un proceso por el cual dos subunidades diferentes (por ejemplo, RXR y LXRa-64) dimerizan. El término "heterodimeriza naturalmente" se refiere a un proceso por el cual una molécula (por ejemplo, polipéptido) normalmente heterodimeriza con moléculas diferentes en la naturaleza. Por ejemplo, polipéptidos que heterodimerizan naturalmente con RXR son los receptores nucleares que normalmente heterodimerizan con RXR en la naturaleza tal" como LXRa, LXR , PPARa, PPARy, PPAR5, RAR, XR, y PXR. El término "trayectoria en respuesta a LXR" se refiere a cualquiera de uno de los caminos conocidos en la técnica el cual involucra la activación o desactivación de un receptor nuclear (por ejemplo, LXR o RXR) , y los cuales están al menos parcialmente mediados por el LXR. El término "trayectoria de transducción de señal" se refiere a las moléculas que propagan una señal extracelular a través de la membrana de la célula para volverse una señal intracelular. Esta señal puede luego estimular una respuesta celular. Las moléculas de polipéptido involucradas en los procesos de transducción de señal pueden ser proteínas receptoras y no receptoras.
El término "receptor" se refiere a una estructura molecular dentro de una célula o en la superficie de la célula que generalmente está caracterizada por enlace selectivo de una sustancia especifica. Receptores ejemplares incluyen receptores de superficie de célula para hormonas de péptido, neurotransmisores, antígenos, fragmentos de complemento e inmunoglobulinas además de receptores citoplásmicos para hormonas esteroides . El término "modulación" se refiere a la capacidad para ya sea mejorar o inhibir una propiedad funcional de una actividad o proceso biológico, por ejemplo, enlace de receptor o actividad de señalización. Tal mejoramiento o inhibición puede ser contingente en la ocurrencia de un evento especifico, tal como activación de una transducción de camino y/o puede ser manifestada solamente en tipos de célula particular. Un "modulador" de una proteína se refiere a un rango amplio de moléculas (por ejemplo, anticuerpo, fragmento de ácido nucleico, molécula pequeña, péptido, oligopéptido, polipéptido, o proteína) y/o condiciones que pueden, ya sea directa o indirectamente, ejercer una influencia sobre la activación y/o represión de la proteína (por ejemplo, receptor de interés) , que incluye enlace físico a la proteína, alteraciones de la cantidad o calidad de expresión de la proteína, alteración ce cualquier actividad medible o detectable, característica, o comportamiento de la proteína, o en cualquier forma interactúa con la proteina o compuesto.
El término "inhibe" se refiere al acto de disminuir, suprimir, aliviar, prevenir, reducir o eliminar, ya sea parcial o completamente, una función o una actividad. Por ejemplo, inhibición de transcripción o expresión de gen se refiere a cualquier nivel de sub-regulación de estas funciones, que incluyen eliminación completa de estas funciones . El término "inhibir" se puede aplicar a ambos sistemas in vitro además de los in vivo. Como se usó aquí, el término "inhibidor" o "represor" se refieren a cualquier agente que inhibe . El término "molécula pequeña" se refiere a un compuesto químico que ocurre sintética o naturalmente, por ejemplo un péptido u oligonucleótido que opcionalmente puede ser derivado, producto natural o cualquier otro compuesto orgánico, bioinorgánico o inorgánico de bajo peso molecular (comúnmente menor que alrededor de 5KD) , de cualquier origen natural o sintético. Las moléculas pequeñas pueden ser una sustancia liberable terapéuticamente o pueden ser más derivadas para facilitar el suministro. El término "inductor" se refiere a cualquier agente que induce, mejora promueve o incrementa una actividad específica, tal como metabolismo de lípidos, o expresión de la molécula LXR. El término "agente" o "agente de prueba" o "muestra de prueba" se refiere a cualquier molécula o combinación de más de una molécula que está para ser evaluada. Ejemplos de agentes de la presente invención incluyen pero no se limitan a péptidos , proteínas, moléculas pequeñas, y anticuerpos. Los fragmentos y porciones de nucleótido, tanto como las modalidades de antisentido descritas anteriormente también pueden servir como agentes, si se desea. Los agentes pueden ser seleccionados aleatoriamente o seleccionados racionalmente o designados. Como se usó aqui, un agente se dice que es "seleccionado aleatoriamente" cuando el agente se escoge aleatoriamente sin considerar la interacción específica entre el agente y el compuesto o sitio de dirección. Como se usó aquí, un agente se dice que se "selecciona aleatoriamente o se designa" cuando el agente se escoge en una base no aleatoria que toma en cuanta la interacción específica entre el agente y el compuesto o sitio de dirección y/o la conformación en conexión con la acción del agente . El término "muestra biológica" se define ampliamente para incluir cualquier célula, tejido, fluido biológico, órgano, organismo multicelular, y lo similar. Una muestra biológica puede ser derivada, por ejemplo, de cultivos de células o tejido in vitro. Alternativamente, una muestra biológica se puede derivar de un organismo viviente o de una población de organismos de célula única. Una muestra biológica puede ser un tejido vivo tal como hígado. El término "muestra biológica" también se propone que incluya muestras tales como células, tejidos o fluidos biológicos aislados de un sujeto, tanto como las muestras presentes dentro de un sujeto. Eso es, el método de detección de la invención se puede usar para detectar el mAR de variante LXR, proteína, ADN genómico, o actividad en una muestra biológica tanto in vitro como in vivo. Por ejemplo, las técnicas in vitro para detección de mARN de variante LXR incluyen análisis Taqman, hibridización de Northern, e hibridización in situ. Las técnicas in vitro para detección de proteína LXR incluyen ensayos con sustancias inmunoabsorbentes unidas a enzimas (ELISA) , inmunotinciones "Western blot" , inmunoprecipitaciones e inmunofluorescencia. Las técnicas in vitro para detección de ADN genómico de variante LXR incluye hibridizaciones de Southern. El término "muestra de prueba" se refiere a una muestra biológica de un sujeto de interés. Por ejemplo, una muestra de prueba puede ser una muestra de célula o muestra de tejido. Una "muestra de prueba" y muestra biológica" se usan aquí intercambiablemente. El término "fluido corporal" se refiere a cualquier fluido corporal que incluye, sin limitación, suero, plasma, fluido de linfa, fluido sinovial, fluido folicular, fluido seminal, fluido amniótico, leche, sangre completa, sudor, orina, fluido cerebro espinal, esputo, lágrimas, perspiración, moco, medio de cultivo de tejido, extracto de tejido, y extractos celulares. También se puede aplicar a fracciones y diluciones de fluidos corporales, La fuente de un fluido corporal puede ser un cuerpo humano, un cuerpo animal, un animal experimental, una planta, u otro organismo.
Los términos "tratamiento" , "que trata" , y "terapia" se refiere a cualquier proceso, acción, aplicación, terapia, o lo similar, en donde a un sujeto, que incluye un humano, se proporciona ayuda médica con el propósito de mejorar la condición del su eto, directa o indirectamente, o retrasar el progreso de una condición o trastorno en el sujeto. Además, el término "tratamiento" se define como la aplicación o administración de un agente (por ejemplo, agente terapéutico o una composición terapéutica) a un sujeto, o un tejido aislado o línea de célula de un sujeto, quien puede tener una enfermedad, un síntoma de enfermedad o una predisposición hacia una enfermedad, con el propósito de curar, sanar, aliviar, mitigar, alterar, remediar, aminorar, mejorar o afectar la enfermedad, los síntomas de enfermedad o la predisposición hacia la enfermedad. Como se usó aquí, un "agente terapéutico" se refiere a cualquier sustancia o combinación de sustancias que asisten en el tratamiento de una enfermedad. En consecuencia, un agente terapéutico incluye, pero no está limitado a, moléculas pequeñas. péptidos, anticuerpos, ribozimas y oligonucleótidos antisentido . El agente terapéutico o composiciones terapéuticas también pueden incluir un compuesto en una forma farmacéuticamente aceptable que previene y/o reduce los síntomas de una enfermedad particular. Por ejemplo una composición terapéutica puede ser una composición farmacéutica que previene y/o reduce los síntomas de un trastorno de metabolismo de lípidos. Se contempla que la composición terapéutica de la presente invención será proporcionada en cualquier forma apropiada. La forma de la composición terapéutica dependerá de un sinnúmero de factores, que incluyen el modo de administración. La composición terapéutica puede contener diluyentes, adyuvantes y excipientes, entre otros ingredientes. El término "cantidad terapéuticamente efectiva" se refiere a la cantidad de un compuesto o composición de compuestos que, cuando se administran a un sujeto para tratar una enfermedad, es suficiente para efectuar tal tratamiento para la enfermedad. La "cantidad terapéuticamente efectiva" variará, de acuerdo a los parámetros conocidos por aquellos de la técnica, por ejemplo, dependiendo del compuesto, la enfermedad, la severidad de la enfermedad, y la edad, peso, o sexo del mamífero a ser tratado. El término "sujeto" se refiere a cualquier mamífero, incluyendo un humano, o sujeto no humano. Los sujetos no humanos pueden incluir animales experimentales, . de prueba, agrícolas, de entretenimiento o de compañía. La presente invención incorpora por referencia métodos y técnicas conocidas en el campo de biología molecular y celular-. Estas técnicas incluyen, pero no están limitadas a técnicas descritas en las siguientes publicaciones: Oíd, R. W. & S. B. Primrose, Principies of Gene Manipulation : An Introduction To Genetic Engineering (3d Ed. 1985) Black ell Scientific Publications, Boston. Studies in Microbiology,-V.2:409 pp. (ISBN 0-632-01318-4), Sambrook, J. y colaboradores, Molecular Cloning: A Labo tory Manual (2d Ed. 1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY. Vols. 1-3. (ISBN 0-87969-309-6); Miller, J. H. & M. P. Calos eds . , Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells (1987) Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY (ISBN 0-87969-198-0) . La codificación de ADN para la proteína de la presente invención puede ser cualquiera proporcionado que comprenda la secuencia de nucleótido que 'codifica para la proteína mencionada anteriormente de la presente invención.
Moléculas de ácido nucleico La presente invención se relaciona a moléculas de ácido nucleico aisladas que codifican tres proteínas variantes de LXRa novedosas (esto es, LXRa-64, LXRa-42e+, y LXRa-42e~) . También están incluidas moléculas de ácido nucleico que tienen por lo menos 90% de identidad de secuencia a una proteína de variante LXRa o un fragmento de esta, variantes degenerantes de una variante de LXRa, variantes que codifican una proteína LXRa-64, LXRa-42e+, y LXRa-42e- que tienen sustituciones conservadoras o moderadamente conservadoras, ácidos nucleicos de hibridización cruzada (por ejemplo, aquella hibridización bajo condiciones de alta severidad) , y fragmentos de estos. Las secuencias de la presente invención están presentes, respectivamente, en SEQ ID NO: 3 (secuencia de nucleótido de longitud completa de LXRa-60, cADN) , SEQ ID NO: 4 (secuencia de aminoácido de longitud completa de LXRa-64) , SEQ ID NO: 5 (secuencia de nucleótido que codifica la totalidad de LXRa-42e+) , SEQ ID NO: 6 (secuencia de aminoácido de longitud completa de LXRa-42e+) , SEQ ID NO: 7 (secuencia de nucleótido que codifica la totalidad de LXRa -42e-) , SEQ ID NO: 8 (secuencia de aminoácido de longitud completa de LXRa-42e-) , SEQ ID NO: 16 (secuencia de nucleótido único de variante LXRa-64 que conecta exón 6 y 7 de LXRa de tipo silvestre y crea un exón 6 más grande en variante LXRa-64 comparado con exón 6 del LXRa de tipo silvestre), SEQ ID NO: 17 (secuencia de aminoácido deducida codificada por SEQ ID NO: 16) , SEQ ID NO: 18 (secuencia de nucleótido única de LXRa-42e que combina con exón 8 de LXRa del tipo silvestre para crear un exón 8 más largo en variante LXRa~42e comparado con el exón 8 de LXRa de tipo silvestre), y SEQ ID NO: 19 (la secuencia de aminoácido deducida codificada por SEQ ID NO: 18) . Los ácidos nucleicos de la presente invención se pueden producir por reacción de cadena de polimerasa (PCR) . Tales reacciones son conocidas para uno de experiencia en la técnica (Las patentes de EUA Nos. 4,754,065; 4,800,159; 4,683,195 y- 4,683,202 proporcionan técnicas por PCR y métodos y estas patentes de EUA están incorporadas aqui por referencia en su totalidad) . En otra modalidad de la presente invención, una molécula de ácido nucleico LXRa-64, LXRa-42e+ o LXRa-42e- es un ácido nucleico sintético o un mimético de un ácido nucleico que puede tener biocapacidad, estabilidad, potencia, o toxicidad disminuida comparada con una variante LXRa que ocurre naturalmente. Los ácidos nucleicos sintéticos pueden tener alteraciones de las bases A, T, C, G, o U o azúcares básicos que recubren el polímero de nucleótido como para alterar el efecto del ácido nucleico. La variante de LXRa y los fragmentos de ácido nucleico derivados de variantes de LXRa descritas aquí se pueden usar como reactivos en procedimientos de aislamiento, ensayo de diagnóstico, y procedimientos forenses. Por ejemplo, las secuencias a partir de un polinucleótido LXRa-64, LXRa-42e+ o LXRa-42e- descrito aquí al cual pueden hibridizarse (por ejemplo, bajo condiciones de hibridización severas) pueden ser etiquetados detectableme te y usados como una sonda para aislar otras secuencias. Además, las secuencias de un polinucleótido LXROÍ-64, LXRa-42e+, o LXRcc-42e- se pueden usar para designar cebadores PCR para uso en aislamiento, diagnóstico, o procedimientos forenses. Las moléculas de ácido nucleico LXRa-64, LXRa-42e+, y LXRa-42e- descritas aquí también se pueden usar para clonar secuencias localizadas en la dirección 5' de las secuencias de variante LXR en el ADN genómico que corresponde . Las secuencias en la dirección 5 ' pueden ser capaces de regular la expresión del gen, y pueden incluir, por ejemplo, secuencias de promotor, secuencias potenciadoras , u otras secuencias en la dirección 5' que influyen en niveles de transcripción o traducción. Una vez identificadas y clonadas, estas secuencias reguladoras en la dirección 5' se pueden usar en vectores de expresión diseñados para dirigir la expresión de un gen insertado en un modo espacial, temporal, de desarrollo, o cuantitativo deseado. Las secuencias derivadas de los polinucleotidos descritos aquí se pueden usar para aislar los promotores de los genes que corresponden usando las técnicas de caminar de cromosoma. Las técnicas de caminar de cromosoma son conocidas en la técnica, por ejemplo, el kit de GenomeWalker® disponible de BD Biosciences Clontech (Palo Alto, CA) , el cual se puede usar de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Una vez que las secuencias genómicas en la dirección 5' han sido clonadas y secuenciadas, los promotores prospectivos y los sitios de inicio de transcripción dentro de las secuencias en la dirección 5' se pueden identificar por comparación de las secuencias en la corriente 5' de los polinucleótidos de las invenciones con bases de datos que contiene sitios de inicio de transcripción conocidos, sitios de enlace de factor de transcripción, o secuencias de promotores . Además, los promotores en las secuencias en la dirección 5' pueden ser identificados usando vectores reporteros promotores como sigue: La expresión de un gen reportero se detecta cuando se coloca bajo el control del fragmento o variante del polinucleótido regulador de la región del promotor LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e- localizada en la dirección 5' del primer exón de los genes LXRa-64, LXRa-42e+, o LXR -42e- . Los vectores reporteros promotores apropiados, en los cuales las secuencias del promotor LXRa-64, LXRa-42e+, o LXRa-42e~ pueden ser clonadas incluyen pSEAP-Básico, pSEAP-Mejorador, pPgal-Básico, p gal-Mejorador, o pEGFP-1, los vectores reporteros promotores disponibles de Clontech, opGL2-básico o pGL3-básico vector de gen reportero de luciferasa menos promotor de Promega. Brevemente, cada uno de estos vectores reporteros promotores incluyen sitios de clonación múltiple posicionados en la dirección 5' de un gen reportero que codifica una proteína de ensayo fácilmente tal cmo fosfatasa alcalina secretada, luciferasa, beta-galactosidasa, o proteína fluorescente verde. Las secuencias en la dirección 5' una región que codifica LXRa-64, LXRa-42e+, o LXRa-42e" están insertadas en los sitios de clonación en la dirección 5' del gen reportero en ambas orientaciones e inducida en una célula hospedadora apropiada. El nivel de proteína reportera se ensaya y compara con el nivel obtenido de un vector que carece de un inserto en el sitio de clonación. La presencia de un nivel de expresión elevado por el vector que contiene el inserto con respecto al vector de control indica la presencia de un promotor en el inserto. En algunos casos, las secuencias en la corriente 5' están clonadas en vectores que contienen un mejorador para aumentar los niveles de transcripción de secuencias de promotor débil. Un nivel significante de expresión por el vector que contiene inserto arriba de aquel observado para el vector que carece de un inserto indica que una secuencia de promotor está presente en la secuencia en la dirección 5' insertada. La secuencia promotora dentro del ADN genomico en la dirección 5' puede estar más definido por mutagénesis dirigida a sito, análisis de escaneo del ligador, u otras técnicas familiares a aquellas en la técnica.
La fuerza y la especificidad del promotor de cada gen de LXROÍ-64, LXRoí-42e+ y LXRa-42e~ se puede evaluar a través de niveles de expresión de un polinucleótido detectable operativamente ligado a los promotores LXRa-64, LXRa-42e+, o LXRa-42e~ en diferentes tipos de células y tejidos. El polinucleótido detectable puede ser ya sea un polinucleótido que específicamente hibridiza con una sonda de oligonucleótido predefinido, o un polinucleótido que codifica una proteína detectable, que incluye los polipéptidos LXR -64, LXR -42e+ y LXRa-42e~ o fragmentos o variantes de estos. Este tipo de ensayo se bien conocido para aquellos expertos en la técnica. Algunos de los métodos se discuten en más detalle en otra parte en la solicitud. Los promotores y otras secuencias reguladoras localizadas en la dirección 5' de los polinucleótidos de la invención se pueden usar para diseñar vectores de expresión capaces de dirigir la expresión de un gen insertado en una forma espacial, temporal, de desarrollo, o cuantitativa deseada. Se puede seleccionar un promotor capaz de dirigir los patrones espaciales, temporales de desarrollo, y cuantitativos deseados usando los resultados de los análisis de expresión descritos aquí. Por ejemplo, si se desea un promotor que confiere un nivel alto de expresión en músculo, se puede usar en el vector de expresión la secuencia del promotor en la dirección 5' de un polinucleótido de la invención derivada de un mARN que se expresa en un nivel alto en el músculo . Además, los fragmentos de ácido nucleico de la invención se pueden usar para aislar y/o purificar ácidos nucleicos similares a estos usando cualquiera de los métodos bien conocidos para aquellos expertos en la técnica que incluyen las técnicas basadas en hibridización o en amplificación descritas en esta sección. Estos métodos se pueden usar para obtener los ADN genómicos que codifican los mARN de los cuales se derivan los ADN LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e~, los mARN que corresponden a los ADN LXROÍ-64, LXRa-42e+ y LXR -42e~ " , o los ácidos nucleicos que son homólogos a los ADN LXRa-64, LXR -42e+ y LXRa-42e' o fragmentos de estos, tales como variantes, especies homologas y ortólogos. Alternativamente los fragmentos de ácido nucleico y genes de la presente invención se pueden usar como una referencia para sujetos identificados (por ejemplo, mamíferos, humanos, pacientes) que expresan disminuciones de funciones asociadas con estos receptores .
Vectores y células hospedadoras La presente invención se relaciona a los vectores que incluyen polinucleótidos de la presente invención, células hospedadoras que se diseñan genéticamente con vectores de la presente invención tal como vector de clonación o vector de expresión y para 1 producción de polipéptidos de la presente invención por técnicas recombinantes . Por ejemplo, la moléculas de ácido nucleico LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e~ se puede ligar a un vector. El vector puede ser un vector de auto replicación o un vector incompetente que replica. El vector puede ser un vector farmacéuticamente aceptable para métodos de terapia de gen. La presente invención además se relaciona a un método de producción de los polipéptidos de la presente invención mediante polinucleótidos de expresión que codifican los polipéptidos de la presente invención en un -hospedador apropiado y recobran los productos expresados empleado técnicas recombinantes conocidas. Los polipéptidos de la presente invención también se pueden sintetizar usando sintetizadores de péptido. Las células hospedadores pueden ser diseñadas con los vectores de la presente invención. El organismo hospedador (célula hospedadora recombinante) puede ser cualquier célula eucariótica o procariótica, u organismo multicelular. Modalidades alternativas pueden emplear células mamiferas o humanas, especialmente células mamíferas y humanas embriónicas. Las células hospedadoras incluyen pero no se limitan a células mamiferas tales como células de Riñon Embriónicas Humanas (HE 293) , células de hematoma Humanas (HepG2) , células de ovario de hámster chino (CHO) , la línea de célula de mono COS-1, célula mamífera CV-1) , células anfibias (por ejemplo, célula de huevo de Xenopus) . Células de levadura {Saccharomyces cerevisiae, Schízosaccharomyces pome, Pichia pastoris) , y células de insectos. Además, varias cepas de E. coli. (por ejemplo, DH5D, HB101, MC1061) se pueden usar como células hospedadoras en particular para manipulación biológica molecular. Los vectores pueden ser vectores de clonación o vectores de expresión tales como en la forma de un plásmido, un cósmico, o un fago o cualquier otro vector que es replicable y viable en la célula hospedadora. Las células hospedadoras diseñadas se pueden cultivar en medio de nutrimento convencional modificado como apropiado para promotores de activación, transformantes de selección o amplificación de un polinucleótido de la presente invención. Las condiciones de cultivo tales como pH, temperatura, y lo similar, son aquellas apropiadas para uso con la célula hospedadora seleccionada para expresión del polinucleótido y son conocidas para el experto ordinario en la técnica. Generalmente los plásmidos se designan aquí por una letra inferior "p" precedida y/o seguida por letras mayúsculas y/o números, de acuerdo con convenciones de nombramiento estándar que son familiares para aquellos de experiencia en la técnica. Los plásmidos aquí son ya sea disponibles comercialmente, disponibles públicamente en bases no restringidas, o pueden ser construidos de plásmidos disponibles por aplicación de rutina de procedimiento publicados bien conocidos. Adicionalmente, muchos plásmidos y otros vectores de clonación y expresión que se pueden usar de acuerdo con la presente invención son bien conocidos y fácilmente disponibles para aquellos de experiencia en la técnica. Más aún, aquellos expertos fácilmente pueden construir cualquier número de otros plásmidos apropiados para uso en la invención. Las propiedades, construcción y uso de los plásmidos, además de otros vectores, en la presente invención serán apreciables fácilmente para aquellos de experiencia del desglose presente . La secuencia de ADN apropiada se puede insertar en el vector mediante una variedad de procedimientos conocidos en la técnica. La secuencia de ADN en el vector de expresión puede ser ligada operativamente a una secuencia o secuencias de control de expresión apropiadas (promotor) para dirigir la síntesis del mAKN. Los promotores incluyen pero no se limitan a SN40, promotores de citomegalovirus humano (C V) (por ejemplo, vectores pC V/myc, vector pcAND3.1 o cualquier forma de la serie de pcADN) , promotores de polimerasa de ARN SP6, T7, y T3. El vector de expresión también puede incluir un ribosoma que enlaza sitio para iniciación de traducción, un terminador de transcripción, y una secuencia apropiada para amplificación de la expresión. El vector de expresión también puede incluir uno o · más genes marcadores seleccionableS para proporcionar un fenotipo específico para la selección de células hospedadoras transformadas tales como resistencia a neomicina para células eucarióticas o resistencia a ampicilina para E. coli. Los vectores de expresión pueden incluir por lo menos un marcador seleccionable . Tales marcadores incluyen pero no se limitan a resistencia a reductasa de dihidrofolato o neomicina para cultivo de célula eucariótica y genes de resistencia a tetraciclina o ampicilina para cultivo en E. coli y otras bacterias. Ejemplos representativos de hospedadores apropiados incluye, pero no se limitan a, células bacteriales, tales como células de E. coli, Streptomyces, coli, Streptomyces, y Salmonella typhimurium; células micóticas, tales como células de levadura; células de insectos tales como células de Drosophila S2 y Spodoptera Sf9; células animales tales como células CHO, Cos, y melanoma de Bowes; y células de planta. El medio de cultivo y condiciones apropiadas para las células hospedadoras descritas anteriormente son bien conocidos en la técnicas . Ejemplos ilustrativos de vectores para uso en bacterias incluyen, pero no se limitan a, pA2 , pQE70, pQE60 y pQE-9, disponibles de Qiagen (Valencia, CA) ; vectores pBS, vectores Phagescript, vectores Bluescript™, pNH8A, pNH16a, pNH18A, pNH46A, disponibles de Stratagene (Cedar Creek, TX) ; y pGEMEX®- 1 , pGEMEX®-2, PinPoint™ series X, series pET-5, disponibles de PRomega (Madison, WI) . Los vectores eucarióticos incluyen, pero no se limitan a, pWLNEO, pSV2CAT, pOG44 , pXTl, y pSG, disponibles- de Stratagene; y pSVK3 , pBPV, pMSG, y pSVL disponibles de Pharmacia. Otros vectores apropiados serán palpables para los expertos técnicos. El gen puede estar localizado bajo el control de un promotor, ribosoma que enlaza sitio (para expresión bacterial) , secuencia de control de gen apropiada, o secuencias reguladoras tal que la secuencia de ADN que codifica la proteína se transcribe en ARN en la célula hospedadora transformada por un vector que contiene el constructo de expresión. Los promotores incluyen pero no están limitados a SV40, promotores de citomegalovirus humano (CMV) (por ejemplo, vectores pCMV/myc, vector pcADN 3.1 o cualquier forma de series de pcADN) , promotores de polimerasa de ARN SP6, T7 , y T3. En algunos casos puede ser deseable agregar secuencias que provocan la secreción del polipeptido de la célula hospedadora, con desdoblamiento subsiguiente de señal secretora. Para algunas aplicaciones, es deseable reducir o eliminar LA expresión de genes que codifican un polipeptido de la presente invención. Para lograr esto, se puede construir un gen quimérico o un constructo quimérico diseñado para co-supresión del polipéptido instantáneo, mediante unión a un gen o fragmento de gen que codifica aquel polipeptido a unas secuencias promotoras. Alternativamente, un gen quimérico o constructo quimérico diseñado para expresar ARN antisentido para todo o parte del fragmento de ácido nucleico se puede construir mediante ligar el gen o fragmento de gen en orientación inversa a unas secuencias promotoras . Ya sea los genes de co-supresión o quiméricos antisentido se pueden introducir en la célula hospedadora deseada vía transformación en donde la expresión de los genes endógenos que corresponden se reduce o elimina.
Polipeptidos . Los polipéptidos variantes de LXRa son útiles para una variedad de aplicaciones, que incluyen pero no se limitan a producción de anticuerpos (por ejemplo, aquel específicamente enlazado a una variante de LXRa) , modulación de la actividad de tipo silvestre de LXR, y alteración del metabolismo de ácido graso y colesterol (por ejemplo, por modulación de expresión del gen de enzimas que regulan el metabolismo de ácido graso y colesterol en una célula en la cual se expresa la variante de LXRa) . Los polipéptidos de variante de LXRa también son útiles para identificar compuestos que diferencialmente enlazan a polipéptidos de tipo silvestre de LXRa y polipéptidos de variantes de LXRa. Los compuestos son compuestos candidatos para actividades metabólicas que regulan diferencialmente asociados con LXRa. Los polipeptidos de la presente invención se pueden producir por crecimiento de células hospedadoras apropiadas transformadas mediante un vector de expresión descrito anteriormente bajo condiciones por las cuales se expresa el polipéptido de interés. Los polipéptidos luego pueden ser aislados y purificados. Los métodos de purificación de proteínas de cultivos de células son conocidos en la técnica e incluyen, pero no se limitan a, precipitación de sulfato de amonio, cromatografía de intercambio de anión o catión, y cromatografía de afinidad. Los sistemas de traducción libres de célula también se pueden emplear para producir los polipéptidos de la presente invención usando los ARN derivados de los polinucleótidos de la presente invención. Los polipéptidos de la presente invención se pueden producir por crecimiento de células hospedadoras apropiadas transformadas por un vector de expresión (por ejemplo, como se describe aquí) bajo condiciones, de esa manera el polipéptido de interés se expresa. El polipéptido puede luego ser aislado y purificado. Los métodos de purificación de proteínas de cultivos de células son conocidos en la técnica e incluyen, pero no se limitan a, precipitación de sulfato de amonio, cromatografía de intercambio de anión o catión, y cromatografía de afinidad.
Los sistemas de traducción libre de células también se pueden emplear para producir los polipéptidos de la presente invención usando los ARN derivados de los polinucleótidos de la presente invención. La producción a gran escala de LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e~ clonados puede hacer posible la separación por exclusión de números grandes de análogos de LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e", y puede facilitar el desarrollo de agonistas nuevos o mejorados y antagonistas para el tratamiento de trastornos de metabolismo de lípidos. Más específicamente, la separación por exclusión de números grandes de análogos para actividad de LXRa-64, LXRa-42e+ y LXRa-42e" puede llevar a desarrollo de fármacos mejorados que afectan el metabolismos de lipidos. Los trastornos y condiciones del metabolismo de lípidos incluyen pero no se limitan a ateroesclerosis , diabetes,, obesidad, enfermedad de Alzheimer, trastornos inflamatorios e hipercolesterolemia . Para algunas aplicaciones es útil dirigir un polipéptido descrito aquí a compartimentos celulares diferentes, o para facilitar la secreción de un polipéptido de la célula. Así se supone que el gen quimérico descrito anteriormente puede ser complementado además por alteración de la secuencia de codificación para codificar los polipéptidos instantáneos con secuencias de dirección intracelular apropiadas tales como secuencias de tránsito agregadas y/o con secuencias de dirección que ya están removidas presentes . Además, los polipéptidos de la presente invención o células que los expresan se pueden usar como inmunógeno para preparar anticuerpos usando métodos conocidos para aquellos expertos en la técnica. Por ejemplo, un polipeptido codificado por SEQ ID NO: 3, 5, ó 7 o un fragmento de este y/o un polipéptido codificado por SEQ ID NO: 16 ó 18, o células que expresan cualquiera de los polipéptidos antes mencionados se pueden usar como inmunógenos . De uso particular son los anticuerpos dirigidos contra los aminoácido 64 novedosos de LXRa-64, los cuales no están presentes en LXROÍ de tipo silvestre. Los anticuerpos pueden ser policlonales o monoclonales, y pueden incluir fragmentos quiméricos, de cadena única, y Fab o los productos de una biblioteca de expresión Fab. Los anticuerpos son útiles para detección del polipéptido de la presente invención in situ en células o in vitro en extractos, de célula. Además, un polipéptido de la presente invención se puede usar como un objetivo para facilitar el diseño y/o identificación de compuestos que pueden ser útiles como fármacos (por ejemplo, compuestos candidatos) . En particular, estos compuestos se pueden usar para tratar enfermedades que resultan para alteraciones en caminos tales como síntesis de ácido biliar, control de composición de lipoproteína de plasma, el transporte de colesterol de tejidos periféricos al hígado, regulación de proliferación de célula, diferenciación, y apoptosis. Además, los polipéptidos de la presente invención se pueden usar para identificar objetivos adicionales (por ejemplo, proteínas co-activadores o co-represoras) que pueden influir en LXROÍ. Varios usos de las variantes de LXRa de la presente invención incluyen pero no están limitadas a modulación terapéutica de trayectoria sintética de isoprenoide patofisiológica, metabolismo de colesterol, catabolismo de colesterol, síntesis de ácido biliar, y diferenciación de célula (por ejemplo, aproximaciones de suministro de gen, aproximaciones de silencio de gen, terapéuticos de proteína, terapéuticos de anticuerpo) , utilidad de diagnóstico, objetivos de fármaco farmacéutico, identificación de agonistas o antagonistas basados en receptor, y estudio de mecanismos moleculares de acción de LXRa. Más aún, en células con baja actividad de LXRa debida a expresión fenotípica de variantes de LXRa negativas dominantes endógenas de la presente invención, aproximaciones de silencia de gen tales como antisentido, siARN (interferencia pequeña de ARN) , se pueden emplear como estrategias para inducir o estimular la actividad de LXRa. Adicionalmente, las variantes novedosas de la presente invención se pueden usar para hacer fusión de variantes LXRa que se pueden emplear hacia el desarrollo de agonistas y antagonistas basados en receptor. Además, las secuencias novedosas de la presente invención, por ejemplo, SEQ ID NO: 16, y SEQ ID NO: 18, se pueden usar para generar un regulador negativo dominante de LXRa de tipo silvestre. Las moléculas de ácido nucleico de SEQ ID NO: 16 o 18 o fragmentos de estas se pueden incorporar en cualquiera de una de las variantes que existen tales como LXRa, y/o otros receptores nucleares. Los polipéptidos nuevos que resultan comprenden la secuencia de aminoácido codificada por SEQ ID NO: 16 y 18 o fragmentos de esta (por ejemplo, las secuencias establecidas en SEQ ID NO: 17 y 19) pueden generar un regulador negativo dominante de LXRa de tipo silvestre. La importancia de los LXR, y particularmente del LXRa para el balance delicado del metabolismo de colesterol y a biosíntesis de ácido graso ha llevado al desarrollo de moduladores de LXR que son útiles como agentes terapéuticos o agentes de diagnóstico para el tratamiento de trastornos asociados con metabolismo de ácido biliar y colesterol. Las variantes de LXRa negativas dominantes novedosas de la presente invención se pueden utilizar para desarrollar tales agentes terapéuticos o agentes de diagnóstico. En consecuencia, una modalidad de la presente invención es un método de tratamiento de una condición caracterizada por un nivel aberrante o no deseado de expresión de LXR (por ejemplo, LXRa), en un sujeto. El método incluye el proveer al sujeto con una cantidad terapéuticamente efectiva de una proteína LXRa-64, LXRa-42e+, o LXRa-42e~, proteínas homologas, o fragmentos de una proteína de variante LXR que tiene una actividad deseable así como la capacidad para habitas una actividad variante de LXRa, o cualquier combinación de esta que pueda modular una actividad de LXRa. Las proteínas se pueden proporcionar por introducción en células que portan LXRa del sujeto, una secuencia de ácido nucleico que codifica una proteína LXRa-64, LXRcx-42e+, o LXRa-42e~, proteína homologa, o fragmento, o cualquier combinación de esta bajo condiciones tales que las células expresan una proteína LXRof-64, LXRa-42e+, o LXRa-42e~, proteína homologa, o fragmento de esta que resulta en modulación del receptor LXRa de tipo silvestre y/u otros receptores nucleares que heterodimerizan con RXR. Ejemplos de estos receptores incluyen pero no se limitan a LXRa, LXRß, PPARa, PPARy, PPAR5, RAR, XR, y PXR. La introducción de un ácido nucleico de variante LXRa en células de un sujeto puede comprender a) tratamiento de células del sujeto o unas células o tejido cultivado apropiado para transplante en el sujeto (por ejemplo, una línea de células madre cultivadas, células de médula ósea, células de sangre de cordón umbilical) ex vivo para insertar la secuencia de ácido nucleico en las células; y b) la introducción de las células del paso a) en el sujeto (por ejemplo, Patentes de EUA Nos. 6,068,836 y 5, 506, 674) . El sujeto puede ser un animal tal como un mamífero (por ejemplo, ratón, rata, primate no humano, perro, cabra, u oveja) . El sujeto mamífero puede ser un humano. Los LXR funcionan como heterodímeros con los receptores X retinoides (EXE) .Más aún, los RXR son único en su capacidad para funcionar como ambos : receptores homodiméridos y como moléculas heterodiméricas (por ejemplo, LXRa, ?, ? , PPARa, PPARy, PPAR5, RAR, XR, y PXR (Miya a y colaboradores, J. BIol . Chem. , 271 9189-9192, 1996)) en caminos sensibles a hormona múltiple. Las variantes de LXR de la presente invención, LXRa-64, LXRa-42e+, y LXRa-42e~, pueden heterodimerizar con RXR. Así, por ejemplo, donde las variantes de LXRa- 64, LXRa-42e+, y/o LXRa-42e~ se trasladan, RXR heterodimerizará con estas variantes mejor que la heterodimerización con- LXRa, LXR , PPARa, PPARy, PPAR5, RAR, XR, y/o PXR, u homodimerización con ella misma (RXR) . Esto reduce la acumulación de RXR disponible para heterodimerización con receptores nucleares específicos, y/u homodimerización. Por lo tanto, como variantes negativas dominantes, los LXRa-64, LXRoc-42e+, y LXR -42e- novedosos de la presente invención se pueden usar para dirigir receptores específicos tales como LXRa, LXR , PPARa, PPARy, PPAR5, RAR, XR o PXR. De esta manera, las variantes LXRa negativas dominantes de la presente invención ofrecen utilidad para la modulación terapéutica de condiciones pato fisiológicas, diagnóstico, riesgo de desarrollo de una enfermedad o tratamiento de una amplia variedad de estados de enfermedad en los cuales RXR, LXR, u otro receptor nuclear (por ejemplo, LXRoc, LXRp, PPARa, PPARy, PPAR8, RAR, PXR, XR) median los procesos asociados con la condición o enfermedad pato fisiológica. Ejemplos de tales enfermedades son aterosclerosis , diabetes, obesidad, cáncer y trastornos del metabolismo por f rmacos. Adicionalmente, las variantes de LXRa de la presente invención pueden modular la expresión de genes objetivos o la actividad de productos de genes objetivo al interactuar con los moléculas de enlace de LXRa de tipo silvestre tal como RXR. La actividad de LXR o RXR como se usa en la presente, se refiere a la modulación de la expresión del gen de dirección LXR (por ejemplo LXRa) o. RXR o la actividad respectivamente. En una modalidad, la especificidad del gen de dirección de las células que contienen RXR se puede alterar al poner en contacto las células con al menos una de las variantes LXRa novedosas de la presente invención. En una modalidad especifica, la célula que contiene RXR, genes objetivos asociados operativamente con los elementos de respuesta que tiene la secuencia 5 ' -AGGTTAnnnnTGGTCA-3 ' (SEQ ID NO: 15), en donde cada "n" se selecciona independientemente de A, G, T o C, se puede activar al poner en contacto las células con al menos una de las variantes novedosas de LXRa de la presente invención . El efecto de las variante LXRa de la presente invención en los procesos de homodimerización o heterodimerización se puede determinar usando diversos métodos conocidos en el arte. Los ejemplos de estos métodos se describen en Terrillon et al. Molecular Endocrinology 2003, 17: 667-691, Germain-Desprez et al., J. Biol.. Chem., 2003, 278 (25) 22367-22373, and Merceier et al., J. Biol. Chem. 2002, 277 (47) 44925-44931. Por ejemplo, la actividad de RXR se puede determinar por evaluación cuantitativa de la homodimerización o heterodimerización de RXR usando cualquiera de las técnicas en la referencias anteriores. Por ejemplo, la homo y heterodimerización del receptor nuclear se puede cuantificar al fusionar uno de los receptores nucleares (por ejemplo, un RXR) en el ADNc al donador de energía Rluc (Renilla luciferasa) en la terminación carboxilo y fusionar el segundo TADNc del receptor nuclear (por ejemplo, un LXRa) al aceptor de energía GFP (proteína verde fluorescente) . Usando la tecnología BRET (Biosignal Packard) , que permite la separación entre Renilla luciferasa y los espectros de emisión de la proteína verde fluorescente, la homo y heterodimerización de los receptores nucleares se puede cuantificar. Adicionalmente, la presente invención se refiere a métodos para reducir la expresión de genes mamíferos SREBP-1.
La invención se basa en el descubrimiento de que las variantes LX a, como negativos dominantes, inhiben la LXRcc de tipo silvestre y de manera correspondiente pueden inhibir la expresión de SREBP-1 en células de mamífero. La última conclusión se puede confirmar fácilmente al evaluar la expresión de genes SREBP-1 en presencia y ausencia de las variantes de la presente invención. La expresión anormal del gen SREBP-1 se involucra en condiciones tales como la lipodistrofia, hipergliceremia, hipertrigliceridemia y diabetes. Las variantes de la presente invención son útiles solamente para el tratamiento terapéutico y profiláctico de condiciones . que están mediadas por la sobre expresión de SREBP-1 si no son también útiles para la investigación de los mecanismos de la homeostasis de ácidos grasos y las causas y mecanismos de la lipodistrofia .
Anticuerpos La invención también proporciona un anticuerpo aislado y purificado, por ejemplo, un anticuerpo monoclonal o anticuerpo policlonal, que incluye un anticuerpo idiotípico o anti-idiotípico que es especifico para la variante novedosa de LXRa. Los polipéptidos de la presente invención o células que los expresan se pueden usar como un inmunógeno para preparar anticuerpos por los métodos conocidos por aquellos expertos en la técnica. Por ejemplo, estos polipéptidos codificados por SEQ ID NO: 3, 5, 7, 16 ó 18 o cualquier posición de SEQ ID NO: 3, 5, 7, 16 ó 18 y/o codificado por SEQ ID NO: 3, 5, 7, 16 ó 18 o células que expresan cualquiera de los polipéptidos antes mencionados se pueden usar como inmunógenos. Estos anticuerpos pueden ser policlonales o monoclonales y pueden incluir fragmentos quiméricos, de cadena sencilla y fragmentos Fab o los productos de la colección de expresión Fab. Los anticuerpos son útiles para detectar el polipéptido de la presente invención in situ en células o in vitro en extractos de célula. Por ejemplo, el anticuerpo puede reconocer específicamente los 64 aminoácidos novedosos de la variante novedosa. Los conejos se inmunizan con un péptido que comprende SEQ ID NO: 4 o una porción inmunogénica del mismo, o un péptido de fusión que comprende SEQ ID NO: 4 y antisueros policlonales específicos para las variantes novedosas aisladas. De manera alternativa, se fusionan las células de bazo de animales inmunizados a células de mieloma para producir hibridomas . Luego se separan por exclusión los hibridomas para identificar unos que secretan un anticuerpos monoclonal especifico para un polipéptido o péptido que comprende las 64 secuencias de aminoácidos de la variante novedosa LXRa-64. Estos anticuerpos son útiles para detectar las variantes novedosas LXRa-64 en muestras biológicas, por ejemplo, muestras clínicas para detectar la cantidad relativa de la variante novedosa con otra variante .
Ensayos de separación por exclusión En general , los nuevos métodos aquí descritos incluyen métodos para identificar compuestos que puedan modular la expresión o actividad de una variante LXRa. En algunos casos, los compuestos se identifican que modulan la expresión o actividad de la variante LXRa y ya sea que no afecten o afectan en un menor grado la expresión o actividad de una LXRa de tipo silvestre. También se incluyen métodos para producir LXRa (por ejemplo, producción a gran escala) de LXRa clonado que permitiría la separación por exclusión de números relativamente grandes de análogos de LXRa y facilitaría el desarrollo de agonistas y antagonistas nuevos o mejorados en la terapia clínica de la producción a escala del LXRa clonado que permitiría la separación por exclusión de números grandes del trastornos relacionados con LXRa tales como los trastornos del metabolismo de lípidos . Más específicamente, la separación de grandes números de análogos para la producción a escala del LXRa clonado permitiría la separación por exclusión de grandes números de la actividad LXRa puede conducir al desarrollo de herramientas y fármacos mejorados para el uso en el diagnóstico y terapia clínica de por ejemplo, lipodistrofia, hipertrigliceridemia, hipergliceremia, diabetes o hipercolesterolemia . En una modalidad, los polipéptidos de la presente invención se usan como objetivos para facilitar el diseño y/o la identificación de compuestos que modulen la expresión o actividad de los polipéptidos, por ejemplo por el enlace aun polipéptido. Tales compuestos son compuestos candidatos para tratar trastornos asociados con las trayectorias mediadas por LXRa, por ejemplo, se pueden usar como fármacos para regular uno o más aspectos de una trayectoria de LXRa. En particular, se pueden usar tales compuestos para tratar enfermedades que resulten de las alteraciones en las trayectorias de respuestas a hormonas tales como diabetes y trastornos del metabolismo de fármacos. Adicionalmente, los polipéptidos de la presente . invención se pueden usar para identificar objetivos adicionales (por ejemplo, proteínas co-activadoras o co-represoras) que pueden tener influencia en la señalización de hormonas. Varios usos de las variantes de LXRa de la presente invención incluyen pero no se limitan a la modulación terapéutica de las condiciones patofisiológicas que involucran el metabolismo aberrante de lípidos (por ejemplo, métodos de suministro de genes, métodos de silenciamiento de genes, terapéutica de anticuerpos o terapéutica de proteínas) , utilidad del diagnóstico, objetivos de fármacos terapéuticos, identificación de agonistas o antagonistas basados en el receptor y el estudio de mecanismos moleculares de la acción de LXRa. El estudio sistemático de las variantes de LXRa hará posible deducir la relaciones de actividad y estructura para las proteínas en cuestión. El conocimiento de estas variantes con respecto a la enfermedad estudiada es fundamental, ya que hace posible entender la causa molecular de patología. Adicionalmente, se pueden usar las variantes novedosas de LXRa para direccionar interacciones del receptor especifico como un método distinto en la investigación de moduladores del receptor nuclear selectivos del tejido tales como LXRa, LXRp, PPARa, PPARy, PPAR6, RAR, XR y PXR. De esta manera, la invención proporciona métodos (también referidos en la presente como "ensayos de separación por exclusión") para identificar moduladores, esto es, compuestos candidatos o agentes (por ejemplo, proteínas, péptidos, péptidomimeticos, peptoides, moléculas pequeñas u ' otros fármacos) que se enlazan a las proteínas variantes de LXRa que tienen un efectos estimulador o inhibidor en por ejemplo, la expresión o actividad de variantes LXRa, o que tienen un efectos estimulador o inhibidor, en por e emplo, la expresión o actividad de un substrato de variante LXRa. Los compuestos así identificados se puede usar para modular la actividad de los productos del gen de dirección (por ejemplo, los genes variantes de LXRa) en un protocolo terapéutico, para elaborar la función biológica del producto de genes objetivo o para identificar compuestos que rompan la interacciones normales del objetivo. En una modalidad, la invención proporciona ensayos para separar por exclusión los compuestos de prueba o candidatos que sean substratos de una proteína variante de LXRa o polipéptido o una porción biológicamente activa del mismos. En otra modalidad, la invención proporciona ensayos para separar por exclusión compuestos de prueba o candidato que se enlacen o modulen la actividad de una proteína o polipéptido variante de LXRa o una porción biológicamente activa del mismo. Los compuestos de prueba de la presente invención se pueden obtener por ejemplo, al usar cualquiera de diversos métodos en métodos de conexión combinatoria conocidos en el arte, incluyendo colecciones biológicas, colecciones peptoides (colecciones de moléculas que tienen las funcionalidades de péptidos, pero con una estructura novedosa que no es de péptido que sea resistente a la degradación enzimática pero que permanezca sin embargo bioactiva; ver por ejemplo, Zuckermann et al. (1994) J. Med. Chem. 37: 2678-85); colecciones de fase en solución o fase sólida paralelas que se dirigen especialmente; métodos de colección sintética que requiere la desconvolución; el método de colección de un compuesto y una perla; y método de colección sintética que usan una selección de cromatografía por afinidad. Los métodos de colección de peptoides y colección biológica se limitan a colecciones de péptidos mientras que los otros cuatro métodos se aplican a oligómeros que no son de péptidos, a péptidos o colecciones de compuestos de moléculas pequeñas (Lam (1997) Anticancer Drug Des. 12:145) . Los ejemplos de los métodos para la síntesis de colecciones moleculares se pueden encontrara en el arte, por ejemplo en: DeWitt et al. (1993) Proc . Nati. Acad. Sci. U.S.A. 90: 6909; Erb et al. (1994) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 91:11422; Zuckermann et al. (1994) J. Med. Chem. 37: 2678; Cho et al. (1993) Science 261: 1303; Carrell et al. (1994) Angew. Chem. Int. Ed. Engl . 33: 2059; Carrel et al. (1994) Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33: 2061; and in Gallp et al. 81994) J. Med. Chem. 37: 1233. Las colecciones de compuestos se pueden presentar en solución (por ejemplo, Houghten (1992) Biotechniques 13:412-421), o sobre perlas (Lam (1991) Nature 354: 82-84), chíps (Fodor (1993) Nature 364: 555-556), bacterias (Ladner, Patente E.U.A. No. 5,223,409), esporas (Ladner, supra) , plásmidos '(Culi et al. (1992) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 89: 1865-1869) o en fagos (Scott and smith (1990) Science 249: 386-390; Devlin (1990) Science 249: 404-406; Cwirla et al. (1990) Proc . Nati. Acad. Sci . 87: 6378-6382; Felici (1991) J. Mol. Biol . 222: 301-310; Ladner supra) . En una modalidad, un ensayo es un ensayo basado en células en el cual una célula que expresa una proteina variante de LXRa o una porción biológicamente activa del mismo hace contacto con un compuesto de prueba y la capacidad del compuesto de prueba para modular una actividad variante de LXRa se determina. Al determinar la capacidad del compuesto de prueba para modular la actividad de la variante LXRa se puede lograr al monitorear por ejemplo, la actividad negativa dominante de la variante LXRa en un célula que expresa el LXRa de tipo silvestre, por ejemplo, al monitorear la expresión de un gen que induce LXRa o producto de genes . La célula, por ejemplo, puede ser de origen mamífero, por ejemplo humano. La capacidad del compuesto de prueba para modular el enlace de la variante LXRa de un compuesto, por ejemplo, un ligando de la variante LXRa que se presenta naturalmente o enlazarse a una variante LXRa también se puede evaluar. Esto se puede lograr por ejemplo, al acoplar el compuesto con un radioisótopo o etiqueta enzimática tal que el enlace del compuesto a la variante LXRa se puede determinar al detectar el compuesto etiquetado en un complejo. Alternativamente, se puede acoplar la variante LXRa con un radioisótopo, etiqueta enzimática o prepararse por ingeniería para incluir una etiqueta de péptido para observar la capacidad de un compuesto de prueba para modular el enlace de la variante LXRa a por ejemplo, una variante LXRa, LXRa de tipo silvestre o heterodimerizar con otro miembro de la superfamilia del receptor esteroide en un complejo. Por ejemplo, se pueden etiquetar los compuestos con 1251 , 35S, 1C o 3H ya sea directamente o indirectamente y el radioisótopo se detecta por el conteo directo de radioemisión o por el conteo de escintilación . Alternativamente, los compuestos se pueden etiquetar de forma enzimática con por ejemplo, peroxidasa de raíz de rábano, fosfatasa alcalina, o luciferasa, y se detecta la etiqueta enzimática por la determinación de la conversión de un substrato adecuado para el producto . La capacidad de un compuesto para interactuar con una variante LXRa, con o sin el etiquetado de algunos de los agentes de interacción, se puede evaluar. Por ejemplo, se puede usar un microfisiómetro para detectar la interacción de un compuesto con una variante LXRa sin el etiquetado de cualquier compuesto o variante LXRa (por ejemplo, McConnell et al. (1992) Science 257: 1906-1912). Como se usa en la presente, un ^microfisiómetro" (por ejemplo, cytosensor) es un instrumento analítico que mide la velocidad a la cual se acidifica una célula en su ambiente usando un sensor potenciométrico dirigido por la luz (LAPS) . Los cambios en esta velocidad de acidificación se pueden usar como un indicador de la interacción entre un compuesto y una variante LXRa. Todavía en otro método, se proporciona un ensayo libre de células en el cual una proteína variante de LXRa o una porción biológicamente activa del mismo hace contacto con un compuesto de prueba y la capacidad del compuesto de prueba para enlazar a la proteína variante LXRa o porción biológicamente activa del mismo se evalúa. Las porciones biológicamente activas preferidas de las proteínas variantes LXRa usarse en los ensayos incluyen fragmentos que participan en las interacciones con las moléculas variantes de LXRa, moléculas no variantes de LXRa (por ejemplo, fragmentos con altos registros de probabilidad en la superficie) y dominios predichos de enlace al ligando de una variante LXRa. Las formas enlazadas a la membrana y/o solubles de proteína aisladas [por ejemplo, proteínas variantes LXRa o porciones biológicamente activas del mismo) se pueden usar en los ensayos libres de células de la invención. Los ensayos libres de células involucran la preparación de una mezcla de reacción de la proteína del gen de dirección y el compuesto de prueba bajo condiciones por un tiempo suficiente para permitir que interactúen y se enlacen los dos componentes, formando así un complejo que se puede retirar y/o detectar usando los métodos conocidos en el arte. También se puede detectar la interacción entre las dos moléculas, por ejemplo, al usar la transferencia de energía de fluorescencia (PET, por sus siglas en inglés) (ver, por ejemplo, Lakowicz et al., Patente de E.U.A. No. 5,631,169; Stavrianopoulos, et al., Patente de E.U.A. No. 4,868,103). Una etiqueta de fluoróforo en la primera molécula donadora se selecciona de manera tal que su energía fluorescente emitida se absorberá por una etiqueta fluorescente de una segunda molécula aceptora, que a su vez puede fluorescer debido a la energía absorbida. Alternativamente, la molécula de proteína del donador puede utilizarse simplemente la energía fluorescente natural de los residuos de triptofano. Se escogen etiquetas que emitan diferentes longitudes de onda de luz, de manera tal que la etiqueta de la molécula aceptora se pueda diferenciar de aquella del donador. Ya que la eficiencia de la transferencia de energía entre las etiquetas se relaciona con la distancia que separa las moléculas, la relación especial entre las moléculas se puede evaluar. En una situación en la cual sucede el enlace entre las moléculas, la emisión fluorescente de la etiqueta de la molécula del aceptor en el ensayo puede ser máximo. Un efecto de enlace FET se puede medir de manera conveniente a través de medios de detección fluorométricos estándar bien conocidos en el arte (por ejemplo, usando un fluorimetro) . En otra modalidad, la determinación de la capacidad de la proteína variante LXRoc para enlazarse a una molécula objetivo se puede lograr usando un análisis de interacción molecular en tiempo real (BIA) (por ejemplo, Sjolander and Urbaniczky (1991) Anal. Chem. 63: 2338-2345 and Szabo et al. (1995) Curr. Opin. Struct . Biol . 5: 699-705). "La resonancia de plasmón de superficie" o "BIA" detecta la interacciones bioespecíficas en tiempo real, sin etiquetar a ninguno de los agentes de interacción (por ejemplo, BIAcore) . Los cambios en la masa en la superficie en enlace (indicadoras de un evento de enlace) resulta en alteraciones del índice de refracción de la luz cercano a la superficie (el fenómeno óptico de resonancia del plasmón de superficie (SPR) ) , lo que resulta en una señal detectable que se puede usar como una indicación de reacción de tiempo real entre las moléculas biológicas. En una modalidad, el producto del gen de dirección (por ejemplo, una proteína variante LXRa o fragmento del mismo) o la substancia de prueba se ancla sobre la fase sólida. El producto del gen de dirección/compuesto de prueba hace complejos anclados en la fase sólida se puede detectar al final de la reacción. En general, el producto del gen de dirección se puede anclar en una superficie sólida y el compuesto de prueba (que no se ancla) se puede etiquetar, ya sea directa o indirectamente con etiquetas detectables aquí discutidas . Puede ser deseable inmovilizar una variante LXRa, un anticuerpo de una variante LXRa o su molécula objetivo para facilitar la separación de formas complejas de las que no son complejas de una o ambas de las proteínas, así como acomodar la automatización del ensayo. El enlace de un compuesto de prueba a un proteína variante LXRa o la interacción de una proteína variante LXRa con una molécula objetivo en presencia y ausencia de un compuesto candidato, se puede lograr en cualquier recipiente adecuado para contener los reactivos. Ejemplos de tales recipientes incluyen placas de microtitulación, tubos de prueba y tubos de microcentrífugas . En una modalidad, se puede proporcionar una proteína de fusión que ayuda a un dominio que permita que una o ambas de las proteínas se enlacen a una matriz. Por ejemplo, las proteínas de fusión de la variante de glutatión-S-transferasa/LXRa o las proteínas de fusión ¦ del obj etivo/glutatión-S-transferasa se puede absorber sobre las perlas de glutatión Sefarosa™ (Sigma, Chemical, St . Louis, MO) o placas de microtitulación derivadas de glutatión, que luego se combinan con el compuesto de prueba o el compuesto de prueba y cualquiera de las proteínas objetivo no absorbidas o la proteína variante LXRa y la mezcla incubada bajo condiciones que conducen la formación del complejo (por ejemplo, en condiciones fisiológicas para la sal y pH) .
Después de la incubación, las perlas o placas de pozo de microtitulación se lavan para retirar algunos compuestos no enlazados, la matriz se inmoviliza en el caso de las perlas, el complejo se determina directa o indirectamente, por ejemplo, como se describe arriba. Alternativamente, se pueden disociar los complejos de la matriz y el nivel del enlace o actividad de la variante LXR determinado usando técnicas estándar. Otras técnicas para inmovilizar una proteína variante de LXRa o una molécula objetivo en las matrices incluye el uso de la conjugación de biotina o estxeptavidina . La proteína variante de LXRa biotinilada o las moléculas objetivo se pueden preparar a partir de biotina-NHS (N-hidroxi-succinimida) usando técnicas conocidas en el arte (por ejemplo, kit de biotinilación, Pierce Chemicals, Rockford, IL) , e inmovilizarse en los pozos de placas de 96 pozos recubiertas con estreptavidina (Pierce Chemical) . Para efectuar el ensayo, el componente no inmovilizado se agrega a la superficie recubierta que contiene el componente anclado. Después de que está completa la reacción, se retiran los componentes sin reaccionar (por ejemplo, por lavado) bajo condiciones tales que algunos complejos formados permanecerán inmovilizados en la superficie sólida. La detección de los complejos anclados en la superficie sólida se puede lograr de diversas maneras. En donde se pre-etiqueta el componente previamente no inmovilizado, la detección de la etiqueta inmovilizada en la superficie indica que se formaron los complejos. En donde el componente previamente no inmovilizado no se preetiqueta, se puede usar una etiqueta indirecta para detectar los complejos anclados sobre la superficie; por ejemplo, al usar un anticuerpo etiquetado específico para el componente inmovilizado (el anticuerpo, a su vez se puede etiquetar o etiquetar indirectamente con por ejemplo, un anticuerpo etiquetado anti-Ig) . En una modalidad, este ensayo se lleva a cabo utilizando anticuerpo que reaccionan con una proteína variante LXRa o moléculas objetivo pero que no interfieren con el enlace de la proteína variante LXRa a su molécula objetivo. Tales anticuerpos se pueden derivar a los pozos de la placa y el objetivo sin enlazar o la proteína variante LXRa quedar atrapada en los pozos por conjugación de anticuerpos. Los métodos para la detección de tales complejos, además de aquellos antes descritos para los complejos inmovilizados GST, incluyen la inmunodetección de complejos usando anticuerpos reactivos con la proteína variante de LXRa o la molécula objetivo así como ensayos ligados a enzimas que se basan en la detección de la actividad enzimática asociada con la proteína variante de LXRa o la molécula de dirección. Alternativamente, los ensayos libres de células se pueden efectuar . en una fase líquida. En tal ensayo, los productos de reacción se pueden separar de los componentes sin reaccionar por cualquiera de diversas técnicas conocidas en el arte, que incluyen pero no se limitan a centrifugación diferencial (por ejemplo, Rivas and Minton, (1993) Trends Biochem Sci 18: 284-7); cromatografía (cromatografía por filtración de gel, cromatografía por intercambio de iones); electroforesis (por ejemplo, Ausubel et al., eds. Current Protocols ín Molecular Biology 1999, J. Wiley: New York.), e inmunoprecipitación (por ejemplo, Ausubel et al., eds. (1999) Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley: New York) . Tales resinas y técnicas cromatográficas se conocen por alguien experto en la técnica (por ejemplo, Heegaard, (1998) J, Mol. Recognit. 11: 141-8; Hage and Tweed, (1997) J. Chromatogr. B. Biomed. Sci. Appl . 699: 499-525). Además, se puede utilizar también convenientemente la transferencia de energía por fluorescencia como se describe en la presente para detectar el enlace sin purificación adicional del complejo de la solución. En algunos casos, el ensayo incluye poner en contacto la proteína de la variante LXRa o la porción biológicamente activa del mismo con un compuesto conocido que se enlaza a la variante LXR (por ejemplo, un LXRa, variante LXR , u otro miembro de la superfamilía del receptor esteroide) para formar una mezcla de ensayo, hacer contacto de la mezcla de ensayo con un compuesto de prueba y determinar la capacidad del compuesto de prueba para interactuar con una proteína variante LXRa, en donde la determinación de la capacidad del compuesto de prueba para interactuar con una proteína variante LXRa incluye determinar la capacidad del compuesto de prueba para enlazar preferentemente la variante LXRa o la porción biológicamente activa del mismo, para romper la interacción entre la variante LXRa y el compuesto conocido o para modular la actividad de una molécula objetivo, en comparación con el compuesto conocido (por ejemplo, al observar una actividad negativa dominante de la variante LXRa) . Los productos de gen de dirección de la invención pueden in vivo, interactuar con una o más macromoléculas celulares o extacelulares tales como proteínas. Para los propósitos de esta discusión, tales macromolecular celulares y extracelulares se refieren en la presente como "moléculas de enlace" . Los compuestos que rompen tales interacciones pueden ser útiles en regular la actividad del producto de genes objetivo. Tales compuesto pueden incluir, pero no se limitan a moléculas tales como anticuerpos, péptidos y moléculas pequeñas. Los productos/genes objetivos para su uso en esta modalidad son generalmente los genes de las variantes LXRa aquí identificadas. En una modalidad alternativa, la invención proporciona métodos para determinar la capacidad del compuesto de prueba para modular la actividad de una proteína variante LXRa a través de la modulación de la actividad de un efector en la dirección descendente de una molécula objetivo de la variante LXRa. Por ejemplo, la actividad de la moléculas efectora en un objeto adecuado se puede determinar, o el enlace del efector a un objetivo apropiado se puede determinar como se describe previamente. Para identificar los compuestos que interfieren con la interacción entre el producto del gen de dirección y sus moléculas de enlace celulares o extracelulares, una mezcla de reacción que contiene el producto del gen de dirección y el molécula de enlace se prepara bajo condiciones y por un tiempo suficiente para permitir que los dos productos formen un complejo. Con objeto de probar un agente inhibidor, la mezcla de reacción se proporciona en presencia y ausencia del compuesto de prueba. El compuesto de prueba se puede incluir inicialmente en la mezcla de reacción, o se puede agregar en un tiempo posterior a la adición del gen de dirección y su molécula de enlace celular o extracelular. Las mezclas de reacción de control se incuban sin el compuesto de prueba o con un placebo. La formación de algunos complejos entre el producto del gen de dirección y el molécula de enlace celular o extracelular luego se detectan. La formación de un complejo en la reacción de control, pero no en la mezcla de reacción que contiene el compuesto de prueba, indica que el compuesto interfiere con la interacción del producto del gen de dirección y el molécula de enlace interactivo. Adicionalmente, la formación del complejo dentro de las mezclas de reacción que contienen el compuesto de prueba y el producto de gen de dirección normal también se puede comparar con la formación de complejos dentro de las mezclas de reacción que contienen el compuesto de prueba y el producto del gen de dirección mutante. Esta comparación puede ser importante en aquellos casos en donde sea deseable identificar compuestos que fragmenten las interacciones de los productos de genes objetivo mutantes pero no los normales . Estos ensayos se pueden llevar a cabo en un formato heterogéneo u homogéneo . Los ensayos heterogéneos involucran anclar ya sea el producto del gen de dirección o el molécula de enlace en una fase sólida y detectar los complejos anclados en la fase sólida al final de la reacción. En ensayos homogéneos, la reacción completa se lleva a cabo en una fase liquida. En cualquier método, el orden de adición de los reactivos puede variar para obtener información diferente acerca de los compuestos que se prueban. Por ejemplo, compuestos de prueba que interfieren con la interacción entre los productos del gen de dirección y los moléculas de enlace, por ejemplo por competencia, se puede identificar al efectuar la reacción en presencia de la substancia de prueba. De manera alternativa, los compuestos de prueba que fragmentan los complejos preformados, por ejemplo, compuestos con mayores constantes de enlace que desplazan uno de los componentes del complejo, se pueden probar al agregar el compuesto de prueba a la mezcla de reacción después de que sean formado los complejos. Se describen a continuación brevemente los diversos formatos . En un ¦ sistema de ensayo heterogéneo, cualquiera del producto de gen de dirección o el molécula de enlace extracelular o celular interactivo se ancla sobre una superficie sólida (una placa de microtitulación) mientras que se etiqueta la especie no anclada ya sea directa o indirectamente. Las especies ancladas se puede inmovilizar por uniones covalentes o no covalentes . Alternativamente, un anticuerpo inmovilizado específico para la especie a anclarse se puede usar para anclar la especie a la superficie sólida.
Con objeto de efectuar el ensayo, el molécula de la especie inmovilizada se expone a la superficie recubierta con o sin el compuesto de prueba. Después de que se termina la reacción, se retiran los componentes sin reaccionar (por ejemplo por lavado) y se permanecerán algunos complejos formados inmovilizados en la superficie sólida. En donde se pre-etiqueta la especie no inmovilizada, la detección de la etiqueta inmovilizada en la superficie indica que se formaron los complejos. En donde la especie no movilizada no se pre-etiqueta, se puede usar una etiqueta indirecta para detectar los complejos anclados sobre la superficie, al usar un anticuerpo etiquetado específico para la especie inicialmente no inmovilizada (el anticuerpo a su vez se puede etiquetar directamente o etiquetar indirectamente con por ejemplo un anticuerpo anti-Ig etiquetado) . Dependiendo del orden de adición de los componentes de reacción, los compuestos de prueba que inhiben la formación de complejos o que fragmentan los complejos preformados se puede detectar. De manera alternativa, se puede llevar a cabo la reacción en una fase líquida en presencia o ausencia del compuesto de prueba, los productos de reacción se separan de los componentes sin reaccionar y los complejos detectados por ejemplo, al usar un anticuerpo inmovilizado específico para uno de los componentes de enlace para anclar algunos complejos formados en solución, y un anticuerpo etiquetado específico para el otro molécula para detectar complejos anclados. De nuevo, dependiendo del orden de adición de los reactivos a la fase líquida, los compuestos de prueba que inhiben el complejo o que fragmentan los complejos preformados se pueden identificar. En algunos métodos, se puede usar un ensayo homogéneo. Por ejemplo, un complejo preformado de un producto del gen de dirección y el producto del molécula de enlace celular o extracelular interactivo se prepara en que cualquiera de los productos del gen de dirección o sus moléculas de enlace se etiquetan, pero la señal generada por la etiqueta se apaga debido a la formación del complejo (ver por ejemplo Patente de EUA No. 4,109,496 que utiliza este método para los inmunoensayos) . La adición de una substancia de prueba que compite y desplaza a una de las especies del complejo preformado, resultará en la generación de una señal arriba del respaldo. De esta manera, las substancias de prueba que fragmentan la interacción del molécula de enlace del producto del gen de dirección se pueden identificar. Todavía en otro aspecto, las proteínas de la variante LXRa se pueden usar como "proteínas de carnada" en un ensayo de 2 híbridos o ensayo de 3 híbridos (ver, por ejemplo • Patentes de EUA No. 5,283,317; Zervos et al. (1993) Cell 72:223-232; Madura et al. (1993) J. Biol .. Chem. 268:12046- 12054; Bartel et al. (1993) Biotechniques 14:920-924; Iwabuchi et al. (1993) Oncogene 8:1693-1696; y Brent WO 94/10300) , para identificar otras proteínas que se enlacen o interactúen con una variante LXRa (proteínas de enlace a la variante LXRa o una variante LXRa-bp) y se involucran en una actividad de la variante LXRa. Tales LXRa de la variante de bps pueden ser activadores o inhibidores de señales (por ejemplo, ligandos) por las proteínas de variante LXRa o los objetivos de la variante LXRa como por ejemplo, elementos en la dirección descendente de una variante LXRa trayectoria de señalización mediada. Los kits para efectuar tales ensayos están comercialmente disponibles (por ejemplo Stratagene, La Jolla, CA; BD Biosciences Clointech, Palo Alto, CA) . En otra modalidad, los moduladores de la expresión de la variante LXRa se identifican. Por ejemplo, una célula o una mezcla libre de células hace contacto con un compuesto candidato y la' expresión de un ARNm de variante LXRa o proteína evaluada con relación al nivel de expresión del ARNm de la variante LXRa o la proteína en ausencia del compuesto candidato. Cuando la expresión del ARNm variante de LXRa o la proteína es mayor en presencia del compuesto candidato que en su ausencia, el compuesto candidato se identifica como un estimulador del ARNm de la variante de LXRa o de la expresión de proteína. Alternativamente, cuando la expresión del ARNm de la variante LXRa o de la proteína es menor (estadísticamente significativamente menor) en presencia del compuesto candidato que en su ausencia, se identifica el compuesto candidato como un inhibidor del ARNm de la variante de LXRa o de la expresión de proteína. El nivel del ARNm dé la variante de LXRa o de la expresión de proteínas se puede determinar por métodos descritos en la presente para detectar el ARNm variante de LXRa o la proteína. En otro aspecto, la invención se refiere a una combinación de 2 o más de los ensayos aquí descritos. Por ejemplo, se puede identificar un agente modulador al usar un ensayo libre de células o basado en células, y la capacidad del agente para modular la actividad de una proteína variante de LXRa se puede confirmar in vivo, por ejemplo en un animal tal como un modelo de animal para la hipercolesterolemia, u otro trastorno relacionado con el metabolismo de ácidos grasos . Esta invención se refiere además a agentes novedosos identificados por los ensayos de separación por exclusión antes descritos . De esta manera esta dentro del alcance de esta invención usar además un agente idenfiticado como se describe en la presente (por ejemplo un agente modulador de la variante de LXRa, una molécula de ácido nucleico de la variante LXRa antisentido, un anticuerpo especifico de la variante de LXRa o un molécula de enlace de la variante de LXRa) . En un modelo de animal adecuado para determinar la eficacia, toxicidad, efectos colaterales o mecanismo de acción del tratamiento con tal agente. Adicional ente, los agentes novedosos identificados por los' ensayos de separación por exclusión antes descritos se pueden usar para tratamientos como se describen en la presente.
Animales transgénicos La invención también se refiere a animales transgénicos no humanos. Tales animales son útiles para estudiar la función y/o actividad de una proteína variante de LXRa y ara identificar y/o evaluar moduladores de la expresión variante de LXRa o actividad. Como se usa en la presente, un animal transgénico es un animal no humano tal como un mamífero, por ejemplo un roedor tal como una rata o ratón, en el cual una o más de las células del animal incluyen un transgen. Otros ejemplos de los animales transgénicos incluyen primates no humanos, ovejas, perros, vacas, cabras, pollos, anfibios y similares. Un transgen es un ADN exógeno o una reconfiguración por ejemplo, una eliminación de un ADN cromosomal endógeno, que se integra generalmente o se presenta en el genoma de las células de un animal transgénico. Un transgen puede dirigir la expresión de un producto de genes codificado en uno o más tipos o tejidos celulares del animal transgénico, otros transgenes por ejemplo un agenico, reduce la expresión. Así, un animal transgénico puede ser uno en el cual un gen variante de LXRa endógeno se ha alterado por ejemplo, por recombinación homologa entre el gen endógeno y una molécula de ADN exógena introducida en una célula del animal por ejemplo, una célula enbriónica del animal previo al desarrollo del animal. En algunos casos, el ortólogo de la variante de LXRa se identifica en el animal y la secuencia del ortólogo se usa para generar el animal transgénico. Cuando la homología es suficiente entre el gen variante LXR y el gen conocido (por ejemplo humano) de interés, se puede usar la secuencia humana. Las secuencias intrónicas y las señales de poliadenilación también se puede incluir en el transgen para incrementar la eficiencia de la expresión del transgen. Una secuencia reguladora especifica del tejido se puede ligar operativamente a un transgen de la invención para dirigir la expresión de una proteina variante de LXRa a las células particulares. Un animal transgénico fundador se puede identificar con base en la presencia de un transgen variante de LXRa en su genoma y/o la expresión del LXRa variante de AR m en tejidos o células de los animales. Los animales transgénicos también se pueden identificar por otras características asociadas con el transgen. Por ejemplo, un animal transgénico que expresa un transgen LXRa-64 tendrá una cantidad disminuida de expresión de SREBP-1C que es particularmente notable en la presencia de un agonista LXRa en comparación con el animal de control . Un animal fundador transgénico luego se puede usar para cruzar animales adicionales que lleven el transgen. Por otro lado, los animales transgénicos que llevan un transgen que codifica una proteina variante de LXRa pueden además cruzarse con otros animales transgénicos que lleven otros transgenes. Las proteínas o polipéptidos de la variante de LXRa se puede expresar en animales transgénicos por ejemplo, un ácido nucleico que codifica la proteína o polipéptido se puede introducir en el genoma de un animal . En general , se coloca el ácido nucleico bajo el control de un promotor especifico del tejido por ejemplo, un promotor especifico de la leche o del huevo, y se recupera de la leche o huevos producidos por el animal . Animales adecuados para esta aplicación incluyen ratones, cerdos, vacas, cabras y ovejas. La invención también incluye una población de células de un animal transgénico. Los métodos de aislamiento y propagación de tales células son conocidos en el arte e incluyen el desarrollo y propagación de células primarias, secundarias e inmortalizadas.
EJEMPLOS La presente invención se define además en los siguientes ejemplos en los cuales todas las partes y porcentajes están en peso y los grados son Celsius a menos que se establezca de otra manera. Se entenderá que estos ejemplos aunque indican ejemplos de las modalidades de la invención, se dan solamente a manera de ilustración. A partir de la discusión anterior y de estos ejemplos, alguien experto en la técnica puede determinar las características esenciales de esta invención y sin alejarse del espíritu y alcance de la misma, puede hacer diversos cambios y modificaciones de la invención para adaptarla a los diversos usos y condiciones. Los ejemplos no se constituyen como limitantes del alcance o contenido de la invención de ninguna manera.
EJEMPLO 1 Clonación de las variantes humanas LXR Se aisló el ARN total a partir de células THP-1 (linea celular de macrófagos y monocitos humanos usando un kit QIÁGEN (QIAGEN, Valencia; CA) . El ADNc de la primera hebra se sintetizó a partir de 0.1 µg de THP-1 ARN total en una mezcla de reacción de 20 µL que contiene 4 µL de la solución amortiguadora de reacción 5XRT, 10 unidades de Rnasina, 200 µ? dNTP, cebador aleatorio 20 pM y 20 unidades de transcriptasa reversa. La mezcla se incubó a 42 °C durante 1 hora y luego a 53 °C durante 30 minutos. El ARN sin hibridizar luego se digirió con 10 unidades de RNasa H a 37°C durante 10 minutos. Dos µL de los productos de la transcriptaza reversa se sometieron a amplificación por PCR usando cebadores específicos de LXRa humanos. Las secuencias del cebador fueron LXR -For : 5' CGGTCGACATGTCCTTGTGGCTGGG (SEQ ID NO: 9) ; y LXRa- e : 5 ' CAGCGGCCGCTTCGTGCACATCCCAGATCTC (SEQ ID NO: 10) (los sitios de restricción están subrayados) . Se llevaron a cabo 35 ciclos de amplificación en un termociclizador a 94°C (30 segundos), 58°C (30 segundos) y 72°C (12 minutos) . Se analizaron los productos por RT-PCR en un gel de agarosa al 1.2%. Se usó la misma cantidad del AR total como una plantilla en e PCR para verificar que la banda se amplificará a partir de ADNc . Los productos de RT-PCR se subclonaron en los sitios Sal I/Nit I en los sitios de expresión de pCMV para formar secuencias. El resultado de la formación de la secuencia de subclones fue la identificación de un número de secuencia novedosas que incluyen aquellas denominadas como LXRa-64, LXR -42e+ y LXRa-42e~ .
EJEMPLO 2 Formación de secuencias y análisis preliminar del clon Al usar los cebadores LXRa-For y LXRa-Rev del Ejemplo 1 (supra) , se identificaron 3 variantes alternativas del LXRa humano y se clonaron a partir de células THP-1 de monocitos/macrófagos humanos. Las variantes fueron LXRa-64, que se encontraron que tenían 64 aminoácidos más largas que las LXRa; LXRa-42e+ nativas (tipo silvestre) , que tuvo 42 aminoácidos diferentes de las LXRa; y LXRa-42e" nativas que tuvieron 42 aminoácidos diferentes de la LXRa nativa y la secuencia que corresponde al exón 6 de la LXRa está faltando .
La comparación de las secuencias de nucleótidos y las secuencias de aminoácidos predichas de las nuevas variantes LXRa con el LXRa humano de tipo silvestre se muestran en las Figuras IB, 2B, y 3B. La figura 1A ilustra la secuencia novedosa de nucleótidos que está presente en LXRa-64 que no está presente en el LXRa de tipo silvestre (nucleótidos 1121-1154) . La figura IB ilustra la secuencia novedosa de aminoácidos que está presente en LXRa- -64 que no está presente en el LXRa de tipo silvestre (aminoácidos 368-409) . La figura 2A ilustra la secuencia novedosa de nucleótidos que está presente en LXRa-42e+. La secuencia faltante en LXRa-42e+ que está presente en LXRa de tipo silvestre (nucleótidos 1121-1154) introduce un giro en la estructura. Esto resulta en una secuencia novedosa de aminoácidos en LXRa-42e+ (aminoácidos 368-409 de LXRa-42e+) . LXRa-42e+ carece de la secuencia de aminoácidos que corresponde a los aminoácidos 368-447 del LXRa-42e+ de tipo silvestre . La figura 3A detalla la secuencia completa para LXRa-42e-a partir de los nucleótidos 651-1220. Esta figura no detalla la secuencia completa del LXRa de tipo silvestre a partir de la región correspondiente (nucleótidos 651-1166) . La secuencia correspondientes a los nucleótidos 708-887 del LXRa de tipo silvestre no está presente en LXRa-42e- . La secuencia correspondiente a los nucleotidos 1101-1134 de LXR-42e- no está presente en el LXRa de tipo silvestre. La figura 3B muestra las secuencias que están presentes en el LXRa de tipo silvestre y no en LXRa42e- (aminoácidos 237-296 y 368-447 del LXRa de tipo silvestre) y la secuencias que están presentes solamente en LXRa-42e- (aminoácidos 308-349 de LXRa-42e-) . La región de codificación completa de ADNc y la secuencia predicha de aminoácidos de las nuevas variantes se muestran en SEQ ID NO: 3 (secuencia de nucleotidos que codifica para LXRa-64) , SEQ ID NO: 4 (secuencia de aminoácidos deducida de LXRa-64) , SEQ ID NO: 5 (secuencia de nucleotidos que codifica para LXRa-42e+ ADNc), SEQ ID NO: 6 (secuencia de aminoácidos deducida de LXRa-42e+) , SEQ ID NO: 7 (secuencia de nucleotidos que codifica para LXRa-423") , SEQ ID NO: 8 (secuencia deducida de aminoácidos de LXRa-42e~) , SEQ ID NO: 16 (secuencia única de nucleotidos de LXRa-64 que conecta los exones 6 y 7 del LXRa de tipo silvestre, derivado del intrón 6, creando un exón mayor 6) , SEQ ID NO: 17 (secuencia única de aminoácidos en LXRa- 64 y codificada por SEQ ID NO: 16), SEQ ID NO: 18 (la porción novedosa del exón 8 en LXRa-42e ARNm que no está presente en el exón 8 del LXRa de tipo silvestre y SEQ ID NO: 19 (secuencia de aminoácidos deducida codificada por la secuencia adicional identificada por LXRoc-42 ADNc) .
EJEMPLO 3 Caracterización de genes La organización genómica de las variantes novedosas de la presente invención, LXRa-64, LXRa-42+ y LXRa-42" se determinó. Los sitios de inicio de la transcripción, estructura genómica, empalme alternativo y dominios funcionales del LXRa-64, LXRa-42+ y LXRa-42" y su comparación con el LXRa de tipo silvestre se describen en las figuras 4, 5 y 6 respectivamente . · La figura 4 muestra un diagrama de la estructura de LXRa.64 ARNm que muestra que la secuencia novedosa se incorpora en la secuencia que corresponde al exón 6 del LXRa de tipo silvestre. Por lo tanto, una sonda que tiene la secuencia novedosa es útil para por ejemplo, identificar la expresión de un LXRa-64 o identificar variantes LXRa-64. la secuencia de aminoácidos codificada por la secuencia novedosa se puede usar como un antígeno para generar un anticuerpo que se enlace específicamente a las variantes de LXRa-64. Es una característica de las variantes LXRa-64 que su ARNm contiene la secuencia de ácidos nucleicos de la secuencia novedosa, y codifica la secuencia novedosa de aminoácidos. Tales variantes pueden contener substituciones conservadoras. La figura 5 muestra el diagrama de la estructura de LXRa-42e+ ARNm que muestra que la secuencia novedosa se incorpora en la secuencia que corresponde al exón 8 del LXRa de tipo silvestre, la secuencia introduce una señal de detención dentro de la secuencia que antecede al exón 9. la nueva secuencia de LXRa-42e+ también carece del exón 10 del LXRa de tipo silvestre. Una sonda que tiene la secuencia novedosa es útil para por ejemplo, identificar la expresión de un LXRa-42e+ o identificar las variantes de LXRa-42e+. Es una característica de las variantes de LXRa-42e+ que sus AR m contengan la secuencia novedosa de ácido nucleico y codifique la secuencia novedosa de aminoácidos. Tales variantes pueden contener substituciones conservadoras. Ciertas variantes de LXRa-42e+ carecen del exón 10. En algunos casos una variante de LXRa-42e+ contiene la secuencia novedosa y carece del exón 10. La figura 6 muestra un diagrama de la estructura de LXRa-42e" ARNm, que muestra que el exón 6 del LXRa de tipo silvestre est ausente en LXRa-42e". (Algunos reportes del LXRa de tipo silvestre, designan al exón 1 como el exón 1A y al exón 2 como el exón IB. Bajo esta terminología, el exón 5 del LXRa de tipo silvestre corresponde a la secuencia faltante del exón 6) . Una sonda que incluye la secuencia contigua de exón 5 y exón 7 de LXRa-42e~ es por lo tanto útil, por e emplo, para detectar específicamente la expresión de esta secuencia o para identificar variantes novedosas de LXRcc-42e~. De manera, una característica de una variante LXRa-42e~ es la falta del exón 6 de tipo silvestre. Una secuencia de aminoácidos que se codifica por los exones 5 y 7 de puenteo de las secuencias también es útil para generar un anticuerpo que se enlace específicamente a LXRa-42e~.
EJEMPLO 4 Distribución de tejidos Los estudios de distribución de tejidos se efectuaron usando PCR en tiempo real y paneles de ADNc de tejidos múltiples (MTC, ADNc humano) de BD Biosciences Clontech (Palo Alto, CA) . Los ensayos de PCR cuantitativa en tiempo real se efectuaron en los paneles usando un detector de secuencias Applied Biosystems 7700 (Foster City, CA) . Cada mezcla de amplificación (50 µL) contenía 50 ng de ADNc, 400 nM cebador delantero (SEQ ID NO: 11), 400 nM cebador reverso (SEQ ID NO: 12) , 200 nM sonda fluorogénica dual etiquetada (SEQ ID NO: 13) (Applied Biosystems), 5.5 mM MgCl2 y 1.25 units Gold Taq (Applied Biosystems) . Los cebadores amplifican una porción de la secuencias de LXR que es de alrededor de 80 nucleótidos de longitud. Los parámetros de termociclización de PCR fueron 95°C durante 10 minutos y 40 ciclos a 95°C durante 15 segundos y 60°C durante 1 minuto. Junto con las muestras y los controles que no son de plantilla, se analizó un estándar de ADNc diluido en serie en paralelo. Se analizaron todas las muestras para la expresión gliceraldehido-3-fosfato deshidrogenase (GAPDH) humana en paralelo en la misma corrida usando la sonda y cebadores de los ensayos previamente desarrollados para GAPDH (Applied Biosystems) . Toda la expresión del gen de dirección se normalizó a la expresión de GAPDH. El análisis cuantitativo se llevó a cabo usando el procedimiento de umbral siguiendo el protocolo del fabricante (Perkin-Elmer) y se calcularon la cantidades relativas a partir de la curva estándar. Los cebadores y sonda usados para detectar la variante de LXRcc LXRoc-64 en estos estudios fueron como sigue L64-For (5 ' -TGGGAAGCAGGGATGAGG-3 ' ; SEQ ID NO: 11), L64-Rev (5'-gagggctggtcttggagca-3 ' ; SEQ ID NO: 12), y la sonda TaqMan L64 (FAM-TCGGCCTCCCTGGAAGAGGCC-TAMRA; SEQ ID NO: 13) . Los cebadores y sonda L64 se localizan para los 64 nucleótidos que se encuentran en el LXR -64 ADNc. LXRa-64 ARNm se encontró que se expresaba más abundantemente en el hígado (Figura 7) . También se detectaron transcritos a un nivel relativamente alto en el intestino delgado, placenta, páncreas, ovario y colon. Se observó muy poca expresión en los otros tejidos de prueba. Los cebadores y sonda usados para detectar la variante de LXRa LXRa-42 en estos estudios fueron como siguen: L42-For (5'-GGTGGAGGCATTTGCTGTGT-3 ' ; SEQ ID NO: 21), L42-Rev 85'-CCCAAATTGCAACAAAATATAGA-3 ' ; SEQ ID NO : 22) y la sonda L42 (FA -TTTAGGATGAGAGAGCTTGGCTGGAGCAT-TAMRA; SEQ ID NO: 23) las sondas fluorogénicas FAM/TAMRA están disponibles de BioSearch Technologies (Novato, CA) . La expresión de LXRoc-42 tuvo un patrón diferente en comparación con LXRa-64. Aunque la expresión más abundante se observó en el hígado, las secuencias de LXR -42 se detectaron solamente a bajos niveles o estuvieron ausentes en otros tejidos probados. El LXRa de tipo silvestre así como las variantes de LXRcc se expresan altamente en el hígado. Después del hígado, el LXRa de tipo silvestre está presente en mayor abundancia en el páncreas seguido por los testículos, intestino delgado y bazo, que comparte niveles similares de ARNm. La próstata, timo, riñon, ovario, placenta, pulmón, y colon expresan menos que los testículos, mientras que los leucocitos, corazón, cerebro y músculo esquelético contienen cantidades despreciables del LXRa ARNm de tipo silvestre. LXRa-64 también se expresa al mayor nivel en el hígado seguido por el intestino delgado. La placenta, páncreas, ovario, colon y pulmón expresan menos LXRa-64 que el intestino delgado. La expresión se observa que es aún menor en el riñon y leucocitos mientras que en el corazón, cerebro, músculo esquelético, bazo, timo, próstata y testículos contienen cantidades despreciables de expresión. La expresión de LXRcc-42 (LXRa-42e" plus LXRa-42e+) en el pulmón fue menor que en el hígado. Los tejidos restantes (discutido supra) tuvieron niveles significativamente inferior de expresión en comparación con el hígado.
EJEMPLO 5 Sobreregulacion de LXR0C-L64 por los agonistas de LXR en las células dTHP-1 Se llevaron a cabo experimentos para determinar si los agonistas del LXRa de tipo silvestre pueden también regular la expresión de las variantes de LXRa. En estos experimentos, las células THP-1 se obtuvieron de American Type Culture Collection (ATCC) y se cultivaron en medio RPMI que contenía 10% de suero de bovino fetal (FBS) . Para el análisis de expresión de genes en las células diferenciadas por THP-1, se incubaron las células THP1 en medio RPMI suplementado con suero deficiente en lipoproteína al 10% (LPDS) (Intracel Corp, Rockville, MD) y se trataron con 150 nM de éster de forbol por 3 días seguido por el tratamiento con LXR, RXR o los compuestos agonistas del receptor ? activador por el proliferador de peroxisoma (PPARy) , específicamente con vehículo solamente (control) 10 µ T0901317, 10 µ? GW 3965, 10 µ? Ciglitazone o 1 µ? 9RA. Los cebadores y la sonda TaqMan para la RT-PCR en tiempo real se describen como en el Ejemplo 4. Los datos mostraron que la expresión de LXRa-64 y LXRa-42 ARNm se incrementó en las células THP-1 incubadas con cualquiera de los 2 agonistas sintéticos LXR T0901317 ( [N- (2,2,2, -trifluro-etil) -N- [4- (2,2,2, -trifluoro-l-hidroxi-1-trifluorometil-etil) fenil] -bencensulfonamida] ) (Repa et al., Science 2000 289(5484): 1524-9, y Schultz et al., Genes Dev. 2000 14 (22): 2831-8), GW3965 [ácido de 3- (3- (2-cloro-3-trifluorometilbencil-2 , 2-difeniletilamino) propoxi) fenilacético Collins et al., J. Med. Chem., 2002 45: 1963-14996 y Laffitte et al., Mol. Cell . Biol. 2001, 21: 7558-7568), ligando PPARy (10 µ? de citglitazona) , y ligando RXR (ácido 9-cis retinoico) (Figuras 8A y 8B) . Estos datos demuestran que la expresión de las variantes LXRoc se puede inducir usando agonistas conocidos de LXRa.
EJEMPLO 6 Caracterización funcional de las variantes de LXRa El promotor humano de LXRa (SEQ ID NO: 14) se amplificó por PCR usando la información de la estructura genómica LXRa publicada y la secuencia (número de acceso al GenBank AC090589. Un fragmento que abarca desde -2660 hasta -2363 (con relación al sitio de inicio de la transcripción del exón 1) del promotor LX a que contiene el elemento de respuesta LXR (5 ' -TGACCAgcagTAACCT-3 ' , SEQ ID NO: 20) (Laffitte et al. 2001 Mol. Cell. Biol . 21, 7558-7568 and Whitney et al., 2001, J. Biol. Chem. 276, 43509-43515) de LXRa se subclonó el plásmido básico pGL3 para crear pGL-3 -LXRa-Luc . El número de acceso al GenBank de la secuencia nativa de LXRa usada como referencia para los experimentos y análisis aqui descritos es el número de acceso al GenBank para el LXRa humano es BC008819. Las regiones de codificación del LXRa humano y de RXRa (número de acceso al GenBank BC007925) se amplificaron por RT-PCR de acuerdo con la secuencia en GenBank y se subclonaron en los vectores de expresión pCMV/myc/nuc (Invitrogen, Carlsbad, CA) . La nueva región de codificación de LXRa-L64 se subclonó en los vectores de expresión pCMV/myc/nuc . Las células HE 293 se hicieron crecer en medio Eagle modificado de Dulbecco (DMEM) que contiene FBS al 10%. Las transfecciones se llevaron a cabo por triplicado en placas de 24 posos usando Lipofectamina 2000 (Invitrogen) . Cada pozo se transfectó con 400 ng del plásmido reportero, 100 ng del vector de expresión del receptor, y 200 ng del plásmido de referencia de pC V^gal que contiene un gen bacteriano de ß-galactosidasa . Se ajustaron las adiciones a cada pozo para contener cantidades constantes de ADN y del vector de expresión pC V (Invtirogen, Carlsbad, CA) . Después de 6 a 8 horas después de la transfeccion, se lavaron las células una vez con solución salina amortiguada de fosfato (PBS) y luego se incubaron con medio fresco que contiene suero deficiente de lipoproteína al 10% (LPDS) (Intracel Corp, Rockville MD) y un agonista LXR, agonista RXR o control de vehículo por 24 horas. Las células se cosecharon, analizaron y los extractos se ensayaron para la actividad de luciferasa y ß-galactosidasa en un lector de microplacas y luminómetro/fotómetro (Lucy-1; Anthos, Salzburgo, Austria) . La actividad de la luciferasa se normalizó a la actividad de ß-galactosidasa. En mayor detalle, las células de HEK 293 se cotransfectaron con el vector básico de control pGL3 (Promega Madison, WI 53711) o pGL3-LXRa-Luc (parte del promotor LXRoc que contiene la secuencia LXRE del promotor LXRa ( GACCAgcagTAACC ; SEQ ID NO: 20) se subclonó en los sitios Kpn I/Xho I del vector básico pGL3) reporteros con pCMV-h LXRa/ CMV-hRXR , pCMV-LXRa-6 /pCMV-hRXRa, pCMV-LXRa- 42e+/pCMV-hRXR , pCMV-LXR 42e"/pCMV-hRXRa respectivamente. Después de la transfeccion, se incubaron las células por 24 horas en DMEM complementado con suero deficiente lipoproteína al 10% (LPDS) y 10 µ? T0901317 o control de vehículo luego la actividad de luciferasa se ensayó y se normalizó. Como se muestra en la Figura 9, cuando las variantes LXRa nuevas se cotransfectan con el gen reportero, la activación dependiente del ligando LXR se reduce abruptamente en comparación con el LXRa nativo cotransfectado . Adicionalmente, como se muestra en la Figura 10, cuando las variantes y LXRa se co-transfectan simultáneamente con el gen reportero, la activación del LXRa exógeno se inhibe en comparación con el LXRa cotransfectado solo. Estos datos indican que las variantes LXRa recientemente clonadas pueden funcionar como reguladores negativos dominantes de la expresión LXRa nativa.
EJEMPLO 7 Regulación de genes objetivo LXR por variante LXR Una característica importante de LXRa es su desenvolvimiento en efectos fisiológicos múltiples, algunos de los cuales son ventajosos a un organismo y algunos de los cuales son, en ciertos casos, perjudiciales al organismo. De esta manera, el descubrimiento descrito en la presente de nuevas variantes LXRa proporciona objetivos para permitir la regulación diferencial de aspectos diferentes de la actividad en un xxx. Para determinar la función de las variantes, la expresión de los genes objetivo LXR en presencia de una variante LXRa expresada se examina. En estos experimentos, regiones de codificación de LXRa, RXRa, y la variante LXRa (LXRa-64) se amplifican por RT-PCR. Los productos PCR se succionan en vectores de expresión pCMV/myc/nuc (Invitrogen, Carlsbad, CA) y se usan en experimentos descritos abajo. Los experimentos de expresión se conducen en células HE 293 que se propagan en medio Eagle modificado Dulbecco (DMEM) que contiene FBS al 10%. Las células cultivadas se transfectan con ya sea el vector de expresión que contiene la secuencia que codifica LXRa (tipo silvestre) o un vector de expresión que codifica LXRa-64. Todas las muestras se cotransfectan con un vector de expresión que codifica una secuencia RXRa. Las transfecciones se realizan en triplicado en placas de 24 pozos usando Lipofectamina 2000 (Invitrogen, Carlsbad, CA) . Cada pozo se transfecta con 200 ng del vector de expresión LXRa (LXRa) , el vector de expresión LXR©-64 (L64) , o el plásmido de control (pCMV) junto con 200 ng de vector de expresión RXRa (RXR xxx) . Las adiciones a cada pozo se ajustan para contener cantidades constantes de ADN y de vector de expresión pCMV. Seis hasta ocho horas después de la transfección, las células se lavan una vez con solución salina amortiguada en fosfato (PBS) , luego se incuba con medio fresco que contiene suero deficiente en lipoproteína al 10% (LPDS) (Intracel Corp, Rockville, MD) y un agonista LXR sintético (TO9013 xxx y/o agonista RXR (ácido 9-cis-retinoico, 9RA) , o sólo vehículo (control) durante 48 horas. Las células se cosecharon entonces y el ARN total se aisla de las células usando un kit QIAGEN. Los niveles de expresión de genes se determinan con ensayos PCR cuantitativos en tiempo real usando un detector de secuencia de Applied Biosystems 7700. Cuando una secuencia que codifica una variante nueva, LXRa-64, se cotransfecta con una secuencia que codifica el RXRa humano y se expresa en células HEK 293, la inducción dependiente del ligando LXR, y dependiente del ligando LXR+RXR, basal, de la expresión SREBP-cl (un gen de dirección LXR) se reduce dramáticamente en comparación con la expresión de SREBP-cl en células transfectadas con ya sea LXRa de tipo silvestre con RXRa o vector de expresión vacío con RXRa (Fig 11) . La expresión basal de otro gen de dirección LXR, ABCA1 no se afecta por la introducción de la variante L64 con RXRa en las células. Sin embargo, LXR así como la inducción dependiente del ligando LXR + RXR de la. expresión ABCA1 fue menor en células que expresan LXRa-64 y RXRa en comparación con la expresión en células transfectadas con LXRa y RXRa nativo o el vector de expresión vacío con RXRa (Fig. 12) . Estos datos demuestran que las variantes LXRcx pueden regular diferencialmente la expresión de los genes objetivo LXR en células ??? 293, lo que sirve como moduladores negativos de dominio xxxx expresión de genes inducida por LXRcx. De esta manera, la expresión o actividad regulada de una variante LXRcc proporciona un método para regular diferencialmente los efectos asociados con LXRa en las células. Estos datos también demuestran que al sobreexpresar una variante LXRa puede inhibir la expresión SREBP-C1. También, la inducción de la expresión de SREBP-1C por un agonista LXR se reduce significativamente en una célula que expresa una variante LXRa (por ejemplo, LXRa-64) . Por lo tanto, incrementar la expresión o actividad de una variante LXRa (por ejemplo, LXRa-64) es útil para tratar trastornos asociados con la expresión de SREBP-1C. Por ejemplo, al romper la actividad de un LXRa, por ejemplo, al sobreexpresar un LXRa- 64 o incrementar la actividad de un LXRa-64 que se expresa en una célula (por ejemplo, al administrar un compuestos que se enlaza diferencialmente a LXRa-64 en comparación con el LXRa tipo silvestre) puede proporcionar un método para inhibir la inducción de insulina de SREBP-1C, y por lo tanto proporciona un método para inhibir la inducción indeseable de la síntesis de ácido graso por insulina. En otro ejemplo, sobreexpresar una variante LXRoc (por ejemplo, LXRa-64) o activar selectivamente una variante LXR (por ejemplo, con un compuesto que se enlaza diferencialmente a la variante LXRa) puede resultar en la inhibición de SREBP-1C, y por lo tanto proporciona un método para tratar la hipertrigliceridemia, que es una condición que es un predictor fuerte de enfermedades cardiacas. En otro ejemplo, reducir la expresión SREBP-1C (por la expresión o actividad incrementada de una variante LXRa tal como LXRa-64) puede resultar en una expresión inferior de VLDL-TGs (triglicéridos de lipoproteínas de muy baja densidad), un efecto deseable en ciertos trastornos tales como diabetes y ciertos tipos de hiperlipoproteinemia . La expresión LXR de tipo silvestre en presencia de un agonista LXR tiene el efecto de sobreregular ABCA1 , que esta involucrado en el transporte de colesterol inverso. La expresión de una variante LXRa (por ejemplo, LXRa-64) tiene poco efecto aparente en los procesos celulares. Por lo tanto, la sobreexpresión de una variante LXRa puede ser benéfica en que reduce la expresión de un gen de dirección LXRa particular (por ejemplo, SREBP-1C) pero no afecta otro gen de dirección LXRa cuya expresión puede ser deseable (por e emplo, ABCA1) .
Los receptores nucleares que heterodimerizan con RX y la activación de estos heterodímeros resultan en la expresión incrementada de genes específicos. En el caso de una expresión indeseable de uno o más de estos genes (por ejemplo, la sobreregulación mediada por LXR de SREBP-ac) , entonces la sobreexpresión de un LXRa-64 puede ser benéfico a un sujeto si la expresión de la variante LXRoe. enlaza al RXR, por ello reduciendo la disponibilidad del RXR para heterodimerización y por lo tanto reducir la inducción de la expresión de genes indeseable .
Otras Modalidades Se entenderá que aunque la invención se ha descrito en conjunto con la descripción detallada de la misma, la descripción anterior se pretende que ilustre y no limite el alcance de la invención, que se define por el alcance de las reivindicaciones adjuntas. Otros aspectos, ventajas, y modificaciones están dentro del alcance de las siguientes reivindicaciones. Se hace constar que con esta fecha, el mejor método conocido por la solicitante para llevar a cabo la práctica la citada invención, es el que resulta claro de la presente descripción de la invención.

Claims (1)

  1. Reivindicaciones Habiéndose descrito la invención como antecede, se reclama como propiedad lo contenido en las siguientes reivindicaciones : 1. Una molécula de ácido nucleico aislada que codifica una polipéptido de variante alfa del receptor X de hígado humano (LXRcc) , caracterizada porque se selecciona del grupo que consiste de: (a) una molécula de ácido nucleico aislada que codifica SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17, ó 19; (b) una molécula de ácido nucleico aislada que codifica una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 90% de identidad con la SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17, ó 19; (c) una molécula de ácido nucleico aislada que hibridiza con la molécula de ácido nucleico aislada de (a) o (b) bajo condiciones de hibridización de 6X SSC (1 M NaCl) , formamida al 50%, SDS al 1% a 42°C, y un lavado en 1 X SSC a 42°C, y un lavado a 68°C, en 0.2XSSC, y 0.1% SDS; y (d) una molécula de ácido nucleico aislada que es complementaria para (a) , (b) , o (c) . 2. La molécula de ácido nucleico aislada de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada porque consiste de SEQ ID NO: 3, 5, 7, 16, ó 18. 3. La molécula de ácido nucleico aislada de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada porque la molécula de ácido nucleico aislada es una molécula de ADN. 4. La molécula de ácido nucleico aislada de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada porque la molécula de ácido nucleico aislada es una molécula de ARN. 5. La molécula de ácido nucleico aislada de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada porque la molécula de ácido nucleico aislada comprende SEQ ID NO: 3, 5, 7, 16, ó 18. 6. La molécula de ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada porque la molécula de ácido nucleico codifica un polipéptido que tiene una actividad de trayectoria en respuesta a LXR. 7. La molécula de ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada porque el polipéptido codificado por la molécula de ácido nucleico aislada puede formar un dimero con un LXRa de tipo silvestre. 8. La molécula de ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada porque el polipéptido codificado por la molécula de ácido nucleico aislada puede formar un heterodlmero con un receptor X retinoide (RXR) . 9. La molécula de ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 8, caracterizada porque el RXR es un RXRcc, RXR , o RXRy. 10. Un polipeptido caracterizado porque es codificado por la molécula de ácido nucleico aislada de conformidad con la reivindicación 1. 11. El polipeptido de conformidad con la reivindicación 10, caracterizado porque el polipeptido puede formar un damero con un LXRa de tipo silvestre. 12. El polipeptido de conformidad con la reivindicación 10, caracterizado porque el polipeptido puede formar un heterodímero con un RXR. 13. El polipeptido de conformidad con la reivindicación 12, caracterizado porque la formación de un heterodímero puede inhibir la formación de un heterodímero entre el RXR y un receptor nuclear con el cual el RXR se heterodimeriza naturalmente . polipeptido de conformidad con la reivindicación 12, caracterizado porque la formación de un heterodímero puede inhibir la formación de un homodímero del RXR. 15. El polipéptido de conformidad con la reivindicación 12, caracterizado porque, RXR es un RXRa, RXR , o RXRy. 16. El polipéptido de conformidad con la reivindicación 10, caracterizado porque el polipéptido puede exhibir actividad negativa dominante LXRa. 17. El polipéptido de conformidad con la reivindicación 12, caracterizado porque la variante LXRa es un fragmento de una LXRa-64, una LXRa-42+, o una LXRa-42". 18. El' polipéptido de conformidad con la reivindicación 17, caracterizado porque el fragmento de una variante LXRa puede exhibir al menos una función de una variante LXRa. 19. Un constructo, caracterizado porque comprende una molécula de ácido nucleico aislada de conformidad con la reivindicación 1. 20. El constructo de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque la molécula de ácido nucleico aislada se liga operativamente a una secuencia reguladora. 21. El constructo de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque el constructo es un plásmido. 22. El constructo de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque el constructo comprende pCMV/myc o pcADN 3.1, o es un derivado de los mismos. 23. Una célula hospedadora, caracterizada porque comprende una molécula de ácido nucleico aislada de conformidad con la reivindicación 1 o un descendiente de la célula. 24. Una célula hospedadora, caracterizada porque comprende el constructo de conformidad con la reivindicación 19. 25. La célula hospedadora de conformidad con la reivindicación 23, caracterizada porque la célula hospedadora es una célula procariótica. 26. La célula hospedadora de conformidad con la reivindicación 23, caracterizada porque la célula hospedadora es un E coli. 27. La célula hospedadora de conformidad con la reivindicación 23, caracterizada porque la célula hospedadora es una célula de mamífero. 28. La célula hospedadora de conformidad con la reivindicación 23, caracterizada porgue la célula hospedadora es una célula de humano . 29. La célula hospedadora de conformidad con la reivindicación 23, caracterizada porque la célula hospedadora es una célula embriónica humana. 30. La célula hospedadora de conformidad con la reivindicación 23, caracterizada porque la célula hospedadora se selecciona del grupo que consiste de una célula de hepatoma humano (HepG2) , una célula de ovario de hámster chino (CHO) , una célula COS-1 de mono, y una célula de riñon embriónico humano (HE 293) . 31. La célula hospedadora de conformidad con la reivindicación 23, caracterizada porque la célula hospedadora se selecciona del grupo que consiste de una célula de Saccharomyces cerevisiae, una célula Schizosaccharo yces pombe, y una célula Pichia pastoría. 32. Un polipéptido aislado, caracterizado porque comprende la secuencia de aminoácidos de un LX a-64, LXRoc-42e+, y/o LXRa-42e- . 33. El polipéptido aislado de conformidad con la reivindicación 32, caracterizado porgue el polipéptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17, 19, una variante alélica que se presenta naturalmente de los mismos, o un fragmento de los mismos. 34. El polipéptido aislado de conformidad con la reivindicación 32, caracterizado porque el polipéptido consiste de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4, 6, 8, 17, 19, o un fragmento de los mismos que no portan homología con más de cinco aminoácidos contiguos de SEQ ID NO: 2. 35. El polipéptido de conformidad con la reivindicación 32, caracterizado además porque comprende secuencias de aminoácidos heterólogas . 36. Un método para detectar la presencia de un polipéptido de conformidad con la reivindicación 32 en una muestra, el método caracterizado porque comprende: a) poner en contacto la muestra con un compuesto que se enlaza selectivamente a un polipéptido de conformidad con la reivindicación 32; y b) determinar si el compuesto se enlaza al polipéptido en la muestra. 37. El método de conformidad con la reivindicación 36, caracterizado porque el compuesto que se enlaza al polipeptido es un anticuerpo. 38. Un kit, caracterizado porque comprende un compuesto que se enlaza selectivamente a un polipéptido de conformidad con la reivindicación 32 e instrucciones para su uso . 39. Un anticuerpo, caracterizado porque enlaza específicamente el polipéptido aislado de conformidad con la reivindicación 14 o la reivindicación 32. 40. El anticuerpo de conformidad con la reivindicación 39, caracterizado porque el anticuerpo es un anticuerpo policlonal . 41. El anticuerpo de conformidad con la reivindicación 39, caracterizado porque el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal . 42. El anticuerpo de conformidad con la reivindicación 39, caracterizado porque el anticuerpo comprende una etiqueta detectable. 43. Una composición, caracterizada porque comprende el anticuerpo de conformidad con la reivindicación 39 y un portador farmacéuticamente aceptable. 44. Un método para identificar una molécula de ácido nucleico variante LXRa, caracterizado porque comprende: (a) hibridizar la muestra que comprende una o más moléculas de ácido nucleico con una molécula de ácido nucleico variante LXRa o un fragmento de los mismos bajo condiciones de hibridización severas; (b) identificar la molécula de ácido nucleico en la muestra que ibridiza con la molécula de ácido nucleico variante LXRa, por ello identificando una molécula de ácido nucleico variante LXRa supuesta; y (c) determinar la secuencia de la molécula de ácido nucleico variante LXRa supuesta, en donde la molécula de ácido nucleico variante LXRa supuesta que tiene una secuencia que no es idéntica a la secuencia de una variante LXRa es un ácido nucleico variante LXRa nuevo. 45. El método de conformidad con la reivindicación 44, caracterizado porque la molécula de ácido nucleico variante LXRa nueva codifica un polipéptido variante LXRa. 46. El método de conformidad con la reivindicación 45, caracterizado porque el polipéptido variante LXRa nuevo comprende una o más substituciones conservadoras en comparación con un polipéptido variante LXRa. 47. Un método para detectar la expresión de una variante LXRa en una muestra biológica, caracterizado porque comprende (a) hibridizar la muestra biológica con la molécula de ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 1; y (b) determinar si la molécula de ácido nucleico hibridiza a la molécula de ácido nucleico en la muestra, en donde la hibridización indica que la variante LXRa se expresa. 48. El método de conformidad con la reivindicación 47, caracterizado porque se determina la cantidad de ' hibridi zación . 49. Un método para reducir la formación de damero RXR en un célula, caracterizado porque comprende poner en contacto la célula con un polipéptido de conformidad con la reivindicación 10, por ello inhibiendo la formación del dímero RXR. 50. El método de conformidad con la' reivindicación 49, caracterizado porque se inhibe la heterodimerización RXR. 51. El método de conformidad con la reivindicación 49, caracterizado porque se inhibe la homodimerización RXR. 52. Un método para identificar un ligando variante LXRa, caracterizado porque comprende (a) proporcionar una muestra que comprende un polipéptido variante LXRa, (b) poner en contacto la muestra con un compuesto de prueba, (c) determinar si el compuesto de prueba puede enlazarse a la variante LXRa, en donde el compuesto que puede enlazarse a la variante LXRa es un ligando variante LXRa. 53. El método de conformidad con la reivindicación 52, caracterizado porque el Kd del ligando es menos de 1 x 106. 54. El método de conformidad con la reivindicación 52, caracterizado porque el Kd del ligando es menos de 1 x 109. 55. El método de conformidad con la reivindicación 52, caracterizado porque un RXR se presenta en la muestra. 56. El método de conformidad con la reivindicación 52, caracterizado además porque comprende determinar si el ligando variante LXRa puede enlazar un LXRa de tipo silvestre. 57. El método de conformidad con la reivindicación 52, caracterizado porque el ligando variante LXRa no se enlaza al LXRa de tipo silvestre . 58. El método de conformidad con la reivindicación 52, caracterizado porque el ligando variante LXRa tiene una afinidad mayor para una variante LXRa comparado con el LXRa de tipo silvestre. 59. Un método para modular la expresión de un gen que regula LXRa, caracterizado porque comprende modular la expresión o actividad de una variante LXRa. 60. El método de conformidad con la reivindicación 59, caracterizado porque el gen que regula LXRa es un FAS, CYP7A1 (colesterol 7-alfa hidroxilasa) , ApoE, CETP (proteína de transferencia de éster de colesterol) , LPL (lipoproteína lipasa) , ABCG1, ABCG5, ABCG8, ABCG , o PLTP (proteína de transferencia de fosfolipido) . 61. El método de conformidad con la reivindicación 59, caracterizado porque el gen que regula LXRa es un SREBP-1C (elemento de enlace regulador del esterol 1c) , FAS, CYP7A1 (colesterol 7-alfa hidroxilasa) , ApoE, CETP (proteína de transferencia de éster de colesterol) , LPL (lipoproteína lipasa) , ABCA1 (transportador 1 del cásete que enlaza ATP) , ABCG1, ABCG5, ABCG8 , ABCG4, o PLTP (proteína de transferencia de fosfolipido) . 62. El método de conformidad con la reivindicación 59, caracterizado porque la expresión del gen regulado por LXRa se incrementa. 63'. El método de conformidad con la reivindicación 59, caracterizado porque la expresión del gen regulado por LXRa se reduce . 64. El método de conformidad con la reivindicación 59, caracterizado porque la variante LXRa es una LXRa-64, LXRa- 42+, o LXRa-42". 65. Un método para modular la expresión o actividad de la variante LXRa en un sujeto, caracterizado porque comprende introducir en un sujeto una molécula de ácido nucleico variante LXRa o un fragmento de los mismos en una cantidad y para un tiempo suficiente para la variante LXRa para expresar y modular la expresión o actividad LXRa. 66. El método de conformidad con la reivindicación 65, caracterizado porque la variante LXRa inhibe la expresión o actividad de un LXRa de tipo silvestre. 67. El método de conformidad con la reivindicación 65, caracterizado porque la actividad es heterodimerización LXRa. 68. El método de conformidad con la reivindicación 66, caracterizado porque la heterodimerización LXRa se estimula por el ligando. 69. El método de conformidad con la reivindicación 68, caracterizado porque la variante LXRa es una LXRa-64, LXRa-42+, o LXRa-42". 70. Un método para modular la expresión o actividad de un RXR en un sujeto, caracterizado porque comprende introducir en un sujeto una molécula de ácido nucleico variante LXRa o un fragmento de los mismos en una cantidad y para un tiempo suficiente para la variante LXRa para expresar y modular la expresión o actividad del RXR. 71. El método de conformidad con la reivindicación 70, caracterizado porque la' heterodimerización del RXR se modula o la homodimerización del RXR se modula. 72. El método de conformidad con la reivindicación 70, caracterizado porque, la heterodimerización de RXR con un PPARa, PPARy, PPAR6, RAR, XR, o PXR se modula. 73. El método de conformidad con la reivindicación 70, caracterizado porque heterodimerización de RXR se inhibe o se inhibe la homodimerización RXR. 74. El método de conformidad con la reivindicación 70, caracterizado porque la variante LXRa es un LXRa-64, LXRa-42+, o LXRa-42". 75. El método de conformidad con la reivindicación 70, caracterizado porque el RXR es un RXRa, Rp, o RXRy. 76. Un método para tratar un individuo que tiene una enfermedad o trastorno relacionado con RXR, caracterizado porque comprende administrar al individuo una cantidad terapéuticamente efectiva de una variante LXRa. 77. Una composición farmacéutica, caracterizada porque comprende la célula de conformidad con la reivindicación 23 y un portador farmacéuticamente aceptable, la molécula de ácido nucleico aislada de conformidad con la reivindicación 1 y un portador farmacéuticamente aceptable, o un polipéptido de conformidad con " la reivindicación 10 y un portador farmacéuticamente aceptable.
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