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MX2012000921A - Marcadores para cancer endometrial. - Google Patents

Marcadores para cancer endometrial.

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MX2012000921A
MX2012000921A MX2012000921A MX2012000921A MX2012000921A MX 2012000921 A MX2012000921 A MX 2012000921A MX 2012000921 A MX2012000921 A MX 2012000921A MX 2012000921 A MX2012000921 A MX 2012000921A MX 2012000921 A MX2012000921 A MX 2012000921A
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MX
Mexico
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biomarkers
endometrial cancer
p4hb
ikbke
gmip
Prior art date
Application number
MX2012000921A
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English (en)
Inventor
Posada Miguel Abal
Andreas Doll
Moreno Antonio Gil
Tamara Maes
Cristina Perez
Puigjaner Jaume Reventos
Elisabet Rossell
Original Assignee
Geadic Biotec Aie
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Filing date
Publication date
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Abstract

La invención se relaciona con el descubrimiento sorprendente de que los biomarcadores correspondientes a ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN, se expresan de manera diferenciada en muestras control en comparación con muestras obtenidas a partir de pacientes que padecen cáncer endometrial y, por lo tanto, son útiles para detectar cáncer endometrial. En términos particulares, estos biomarcadores tienen excelente sensibilidad, especificidad, y/o capacidad de separar a pacientes afectados de los no afectados. Más aún, los inventores descubrieron que la expresión diferencial de estos biomarcadores en el tejido tumoral de cáncer endometrial primario se correlaciona con su nivel de expresión en muestras obtenidas a partir de fluido uterino en comparación con valores testigo. Así, estos biomarcadores son consistentes en que pueden expresarse de manera diferenciada en diversos tipos distintos de muestras obtenidas a partir de sujetos afectados y pacientes.

Description

MARCADORES PARA CÁNCER ENDOMETRIAL CAMPO DE LA INVENCIÓN La invención se relaciona con el diagnóstico por detección y pronóstico para cáncer uterino. La invención se relaciona con el descubrimiento sorprendente de que los biomarcadores correspondientes a ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE , P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2 , EL PPP1R16A, RASSF7 , RNF183, SIRT6, TJP3, EFE P2, S0CS2 y DCN se expresan de manera diferenciada en muestras control en comparación con las muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial y, por lo tanto, son útiles para detectar cáncer eridometrial . En términos particulares, estos biomarcadores tienen excelente sensibilidad, especificidad, y/o capacidad de separar a pacientes afectados de los no afectados. Más aún, los inventores descubrieron que la expresión diferencial de estos biomarcadores en el tejido tumoral de cáncer endometrial primario se correlaciona con su nivel de expresión en muestras de fluido uterino en comparación con valores testigo. Asi, estos biomarcadores son consistentes en que pueden expresarse de manera diferenciada en varios tipos distintos de muestras de afectados y pacientes.
ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Cada año en Europa hay aproximadamente 150,000 nuevos casos de cáncer endometrial y aproximadamente 46,000 mujeres mueren de esa enfermedad (Ferlay et al. (2007) Ann . Onc. 18:581-592) . En los Estados Unidos, aproximadamente 41,000 nuevos casos de carcinoma endometrial son diagnosticados por año y 7, 300 mujeres mueren cada año (ver la estadística de Sociedad Americana Contra el cáncer disponible en Internet) . La incidencia y el índice de mortalidad de cáncer endometrial aumentan .
Cáncer endometrial (CE) es tumores invasivos más frecuentes de la extensión genital femenina y el cuarto más común en mujeres en países occidentales (Jemal et al. (2008) CA Cáncer J Clin 58:71-96) . Los nuevos métodos para el diagnóstico, pronóstico, y clasificación de cáncer endometrial son necesarios para combatir esta enfermedad mortal.
A menudo cáncer endometrial se detecta temprano, en sus etapas iniciales, por la presentación de síntomas de enfermedad relacionada. Lamentablemente, el 20 % de pacientes presenta la invasión miometrial y/o la afectación de nodulo linfático, que son indicadores principales bajo pronóstico relacionado con, disminuyen en tasa de supervivencia, y enfermedad más avanzada. La modalidad terapéutica primaria para cáncer endometrial es la cirugía.
Los síntomas comunes de cáncer uterino (p.ej, cáncer endometrial) incluyen el sangrado vaginal inusual o descargan, preocupan el dolor que orina, pélvico, y el dolor durante la cópula. Cáncer uterino por lo general ocurre después de la menopausia. Otros factores de riesgo para cáncer endometrial incluyen para ser obesos, incorporando la terapia de reemplazo hormonal solo con estrógeno, el tratamiento con tamixofen y el caso de tener una predisposición genética de cáncer (p.ej, Linche el Síndrome) . El tratamiento contra de norma de cáncer endometrial varía según la etapa de la enfermedad. El tratamiento por lo general implica la cirugía para eliminar el útero que se llama, una histerectomía, aunque otras opciones incluyan la terapia hormonal y la radioterapia.
Los métodos rutinariamente usados en la clínica para diagnosticar cáncer endometrial incluyen la biopsia seguida de análisis citológico y/o ultrasonido transvaginal . El diagnóstico de carcinoma endometrial es por lo general hecho por el examen de patología de un aspirado endometrial (el 20-30 %), y por la histeroscopía guiada por la biopsia (el 70-80 %) . La tasa de éxito del diagnóstico con la histeroscopía es más del' 90 %, con positivos falsos en caso de lesiones precursoras del adenocarcinoma endometrial (hiperplasias ) ; los pólipos endometriales, aquel presente un nivel no insignificante de la neoplasia maligna (el 0-4.8 %) y deben eliminarse aunque apariencia asintomática o benigna; o en caso de formas difusas de adenocarcinomas endometriales que son difíciles de diferenciar de una hiperplasia endometrial. Asi, se necesita una prueba diagnóstica invasiva menor basada en marcadores moleculares. Una prueba invasiva tan menor basada en marcadores moleculares permitiría más detección rutinaria de cáncer uterino. Una prueba diagnóstica basada de marcadores moleculares obtenidos en una manera invasiva menor y esto tiene la sensibilidad y especificidad comparable a aquella de la biopsia endometrial puede impedir la histeroscopía innecesaria.
Carcinomas endometriales pueden ser clasificados en el de bajo grado (tipo I) y de calidad superior (de tipo 2) . Cáncer endometrial endometrioide Tipo I (a veces llamado dependiente de estrógeno) , que representan aproximadamente el 80 % de nuevos casos, es tumores de bajo grado asociados con el estímulo de estrógeno, por lo general desarrollado en mujeres peri-menopáusicas o postmenopáusicas y es por lo general precedido por la hiperplasia endometrial con o sin la atipia. Cáncer endometrial no endometrioide Tipo II por lo general afecta a mujeres de mayor edad, es menos diferenciado y del pronóstico peor, no asociado con el estímulo de estrógeno, y se relaciona con el endometrio atrófico o, de vez en cuando, con pólipos endometriales.
Se conoce por lo común que cánceres Tipo I tienen modificaciones en PTEN, KRAS2, defectos de reparación de apareamiento erróneo de ADN, CTNNB1, y tienen cerca del cariotipo diploide. Cánceres Tipo II por lo común tienen mutaciones TP53 y sobreexpresión ErBB2 y son generalmente no diploides. Sugiyama et al. ((2003) Clin. Can. Res. 9:5589-5600) incluyó en un informe que los ciertos genes son selectivamente o abajo regulados en el tipo I contra el tipo II cánceres endométriales . Por ejemplo, éstos descubrieron que MLH1 es lentificado en el tipo I cánceres asi como otros genes daño de ADN relacionado con hacer señas y reparación como ADN metiltransferasa 06-metil-guanina, ADN polimerasa a subunidad catalítica, y antígeno de Ku (p70/p80) . VEGF-C se encuentra regulado aceleradamente en el tipo I cánceres en la proteína y nivel de ARNm en comparación con tipo II cánceres. KRAS se encuentra regulado aceleradamente en el tipo II cánceres. STAT1 es regulado aceleradamente en el tipo I cánceres y STAT2 son regulados aceleradamente en el tipo II cánceres. El informe de Konecny et al. ((2009) British Journal of Cáncer . 100, 89-95) que la tasa amplificación génica de HER2 como se cuantifica por la fluorescencia la hibridación in situ es mayor en el tipo II cánceres mientras que la expresión de EGFR como se cuantifica por métodos IHC es considerablemente inferior en el tipo II cánceres, el informe de Deng et al. ((2005) Clin. Can. Res. vol . 11, no 23:8258-8264) que EIG121 es un marcador para el tipo I estrógeno cánceres asociados.
Cánceres uterinos también son clasificados histológicamente según el tipo celular. El tipo celular más común es referido al endometrioide y representa aproximadamente el 80 % de los casos recién diagnosticados. Otros cánceres uterinos comunes menores se refieren como carcinomas celulares serosos y depurados. La mayor parte del tipo que I cánceres son del tipo celular endometrioide mientras que el tipo II cánceres con mayor probabilidad será cánceres uterinos no endometrioides . Cánceres Tipo II con mayor probabilidad se diseminarán por metástasis y tendrán un pronóstico más bajo que el tipo I cánceres. Cánceres Tipo I por lo común tienen un mejor pronóstico y responden mejor a la terapia.
Varios estudios han examinado perfiles de expresión génica de clasificar cánceres uterinos. el informe de Sugiyama et al. ((2003) Clin. Canc. Res. 9:5589-5600) que entre el tipo I y II cánceres 45 gen son muy expresados para en el tipo I cánceres y 24 muy expresado para en el tipo I cánceres, el informe de Risinger et al. ((2003) Canc. Res. 63:6-11) que el análisis de análisis en micromatriz de diferentes subtipos histológicos de cáncer endometrial tiene perfiles de expresión génica distintos. Éstos descubrieron que 191 genes mostrados mayor que2 veces la diferencia de expresión entre cánceres endometriales endometrioides y no endometrioides .
Varios biomarcadores de cáncer endometrial para cáncer endometrial se han identificado. Los niveles elevados de CA 125, CA 15-3, y CA 19-9 se asocian con el periodo de tiempo de supervivencia más corto, el CA 125 guarda correlación con tamaño tumoral y etapa y es un pronosticador independiente de la diseminación extrauterina.
Los marcadores séricos para la detección de cáncer uterino se han reportado en la literatura. Yurkovetsky et al. ((2007) Gyn. Onc. El 107:58-65) se identificó aquella prolactina es un biomarcador sérico con la sensibilidad y especificidad para cáncer endometrial. Éstos descubrieron el CA 125 sérico el CA 15-3 y CEA son más elevados en pacientes con la enfermedad de Etapa III en comparación con la etapa I. Un panel de cinco biomarcadores de prolactina, GH, eotaxina, E-selectina, y TSH cáncer endometrial discriminado de ovárico y cáncer de mama.
Otra cuestión importante para clínicos para el diagnóstico de cáncer endometrial se relaciona con cánceres sincrónicos, el Guirguis et al. {Gyn. Onc. (2008) 108:370-376) ha incluido en un informe que el 10 % de enfermos de cáncer ováricos tiene tumor en el endometrio y el 5-25 % de pacientes con cáncer endometrial también tiene tumor en el ovario. La determinación del sitio web primario de cáncer tiene implicaciones de tratamiento importantes. Etapa III carcinoma endometrial se somete a tratamiento con la cirugía seguida de quimioterapia y/o radiación; mientras los cánceres ováricos y endometriales de etapa I primarios duales tienen un mejor pronóstico y pueden no requerir la terapia de adyuvante .
Los métodos actuales de diagnosticar cáncer endometrial a menudo forman la incomodidad al paciente y a veces se basan en la interpretación subjetiva de imágenes visuales. Se necesita métodos invasivos menores de detectar para cáncer endometrial que son menos subjetivos en la interpretación. Además se necesita nuevos marcadores que son útiles para el temprano la detección de cáncer endometrial. Los métodos actuales para detectar cáncer endometrial incluyen la dilatación y método de curetaje que se considera el patrón oro, pero este método es invasivo, puede causar la incomodidad significativa, y puede requerir a un patólogo entrenado para la interpretación, y por lo tanto no es adecuado como una herramienta de detección general. Otro método invasivo menor para diagnosticar cáncer endometrial implica el ultrasonido transvaginal que cuantifica el grosor del endometrio. En un estudio de pacientes que tienen el sangrado postmenopáusico, usando un limite de 4 mm, se descubre aquel ultrasonido transvaginal tienen la sensibilidad del 100 % y la especificidad del 60 % (Gull et al. (2003) Am. J. Obstet. Gynecol . 188 (2) : 01-408) . En mujeres sin el sangrado vaginal, la sensibilidad de la cuantificación de grosor endometrial es el 17 % para un limite permisible de 6 mm y el 33 % para un limite permisible de 5 mm (Fleischer et al. (2001) Am. J. Obstet. Gynecol. 184:70-75). TVS tiene una elevada tasa de positivos falsos ya que otras afecciones además de cáncer endometrial pueden producir un endometrio más espeso. Un problema potencial con el uso de TVS en mujeres pre y peri-menopáusicas consiste en que el grosor del endometrio varia como una función de la fase del ciclo menstrual. Más aún, las mujeres que incorporan tamoxifeno también tienen el endometrio más espeso. Por lo tanto se necesita métodos y marcadores que pueden complementar y/o mejorar la capacidad de TVS en el diagnóstico de cáncer endometrial.
Cleary allí es el cuarto para la mejora de la herramienta actualmente disponible para detectar para cáncer endometrial.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN La invención se relaciona con el descubrimiento sorprendente que biomarcadores correspondiente al ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2 , FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX , P4HB, PHKG2, PPFIBP2 , EL PPP1R16A, RASSF7 , RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN se expresa de manera diferenciada en muestras control en comparación con las muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial y son por lo tanto útiles para detectar cáncer endometrial. Particularmente estos biomarcadores que tienen la excelente sensibilidad, la especificidad, y/o la capacidad de separar a pacientes afectados de no afectados. Más aún, los inventores descubrieron que la expresión diferencial de estos biomarcadores en el tejido tumoral de cáncer endometrial primario se correlaciona a su nivel de expresión en muestras de fluido uterino en comparación con valores testigo. Asi, estos biomarcadores son consistentes en que pueden expresarse de manera diferenciada en varios tipos distintos de muestras de pacientes afectados a pacientes en comparación con no afectados .
¦ Por lo tanto, la presente invención se relaciona con un método de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial o una mayor probabilidad del endometrial que comprende la detección del nivel de: (1) de 1 a 17 biomarcador (es ) seleccionado ( s ) a partir del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6 y TJP3 en una muestra de un paciente donde un mayor nivel del de 1 a 17 biomarcadores comparado con un valor testigo indica un diagnóstico de cáncer .endometrial o mayor probabilidad de cáncer endometrial y/o (2) detectar el nivel de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, SOCS2 y DCN, donde un menor nivel de EFEMP2, S0CS2, y/o DCN comparado con un valor testigo indica un diagnóstico de cáncer endometrial o mayor probábilidad de cáncer endometrial.
En consecuencia, la presente invención se relaciona con un método de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende: (1) detectar el nivel de 1 a 17 biomarcador (es ) seleccionado (s) a partir de P4HB, GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1, SIRT6, PHKG2, ACAA1, AP1M2, EPS8L2 , P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183 y TJP3 en una muestra de un paciente donde un mayor nivel del de 1 a 17 biomarcadores comparado con un valor testigo indica la existencia de cáncer endometrial y/o (2) detectar el nivel de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, SOCS2 y DCN, donde un menor nivel de EFEMP2, S0CS2, y/o DCN comparado con un valor testigo indica la existencia de cáncer endometrial.
Los biomarcadores de la Tabla 1 se expresan diferencialmente entre muestras de cáncer endometrial y muestras normales como se determina mediante estudios de análisis en micromatriz (ver la Tabla 1 en la Descripción Detallada de la Invención) . Los inventores tienen descubrió que individualmente cada uno de los biomarcadores de la Tabla 1 tiene el valor predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial. Más aún, los niveles de combinaciones de marcadores de la Tabla 1 tienen el valor predictivo adicional para el diagnóstico de cáncer endometrial (Ver el Ejemplo 5) . Por ejemplo, los inventores tienen sorprendentemente descubrió que los subgrupos de los biomarcadores de la Tabla 1 que tienen de 2-20 biomarcadores en diversas combinaciones para proporcionar los patrones de huella estructural tienen el excelente valor predictivo para diagnóstico o detección de cáncer endometrial. En términos generales, si más de un de los biomarcadores de la Tabla 1 se expresa de manera diferenciada en una muestra, esto aumenta la probabilidad que el paciente tiene cáncer endometrial. Más aún, los inventores también han descubierto que la adición de otros biomarcadores además de los enumerados en la Tabla 1, al patrón de huella estructural también puede aumentar el valor predictivo, y puede ser útil para clasificar cánceres endometriales , para el diagnóstico diferencial de enfermedades además de cáncer endometrial, y para el pronóstico de cáncer endometrial. La Tabla 1 enumera los números de acceso ENSEMBL para los genes, ARNm, y proteínas correspondiente a los biomarcadores de la invención. Algunos biomarcadores tienen transcritos alternativos. La invención se relaciona con la determinación de la expresión diferencial de cualquier de estos transcritos alternativos (o isoformas protéicas) mientras ello la expresión se correlaciona con la ausencia o la presencia de cáncer endometrial. Los transcritos preferidos (o isoformas protéicas) detectar cáncer endometrial son aquellos que se detectan con las sondas de matriz como indicado en los Ej emplos .
Los inventores también han descubierto que los marcadores de la Tabla 1 pueden detectarse en muestras de fluido uterino y que el nivel de expresión de estos marcadores se correlaciona en tumor primario y fluido uterino (p.ej, obtenido por un lavado uterino o aspiración).
La invención por lo tanto, proporciona métodos para determinar el nivel de 1 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1 en una muestra para la prueba. El método puede comprender el suministro o la obtención de una muestra para la prueba del paciente; la determinación del nivel de 1 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1 en la muestra; y comparando el nivel del biomarcador (es) en la muestra (s) para la prueba, a un valor testigo (p.ej, muestra control, valor testigo, o puntuación de control) . Un nivel más alto de biomarcador (es) que se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial como se muestra en la Tabla 1 en la muestra para la prueba obtenida del paciente comparado con el valor testigo (p.ej, muestra control, valor testigo, y/o puntuación de control) indica cáncer endometrial, una mayor probabilidad de cáncer endometrial, y/o una afección precancerosa (p.ej, hiperplasia endometrial). Un nivel inferior del biomarcador (es) que se encuentra subexpresado en cáncer endometrial como se muestra en la Tabla 1 en la muestra para la prueba obtenida del paciente comparado con el nivel en el valor testigo (p.ej, muestra control, valor testigo, y/o puntuación de control) indica cáncer endometrial, una mayor probabilidad de cáncer endometrial, y/o una afección precancerosa (p.ej, hiperplasia endometrial) . El nivel del biomarcador (es) puede determinarse mediante la utilización de ensayos adecuados, incluyendo el RT-PCR, el PCR cuantitativo, el PCR de multiplexor, Hibridación northern, el análisis de análisis en micromatriz, ensayos de dos híbridos, como el dominio de unión de ADN de GAL4 ensayos con base, ensayos basados en el anticuerpo, EIA, manchar ensayos, ensayos tipos sánd ich, y lo similar. El nivel de los biomarcadores de la Tabla 1 puede determinarse en líquidos corporales y tejidos para el diagnóstico de cáncer endometrial. El nivel de los biomarcadores de la Tabla 1 puede determinarse en el tejido tumoral obtenido por la biopsia por ejemplo. El nivel de los biomarcadores de la Tabla 1 puede determinarse en muestras obtenidas de aspirados uterinos y/o líquido. El nivel de los biomarcadores de la Tabla 1 puede determinarse en sangre, suero, o plasma.
Los biomarcadores de la Tabla 1 incluyen el ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7 , RNF183, SIRT6 y TJP3, que se encuentran regulado aceleradamente en cáncer endometrial y DCN, S0CS2, y EFEMP2 que se encuentran abajo regulado en cáncer endometrial en estos estudios. En una modalidad, los biomarcadores para usarlos en el método de la invención para detectar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial incluyen de 1 a 17 de los biomarcadores regulados aceleradamente enumerados en la Tabla 1 y de 1 a 3 de los marcadores lentificados enumerados en la Tabla 1.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de uno o más biomarcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1 2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4 , P4HB, PHKG2 , PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, S0CS2 y DCN donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es uña muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En consecuencia, la presente invención se relaciona con un método de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende: (1) detectar el nivel del uno o más biomarcador ( es ) seleccionado (s) a partir de P4HB, GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1 , SIRT6, PHKG2, ACAAl, AP1M2 , EPS8L2, P2RX , PPFIBP2, PPP1R16A, CGN , RASSF7, RNF183 y TJP3 en una muestra de un paciente donde un mayor nivel de uno o más biomarcadores comparado con un valor testigo indica la existencia de cáncer endometrial y/o (2) detectar el nivel de uno o más biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, S0CS2 y DCN, donde un menor nivel de EFEMP2, S0CS2, y/o DCN comparado con un valor testigo indica la existencia de cáncer endometrial.
En otra modalidad, la presente invención se relaciona con un método de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende: (1) detectar el nivel de 1 a 17 biomarcador (es) seleccionado (s) a partir de P4HB, GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1, SIRT6, PHKG2, ACAAl, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPPlRl 6A, CGN, RASSF7, RNF183 y TJP3 en una muestra de un paciente donde un mayor nivel del de 1 a 17 biomarcadores comparado con un valor testigo indica la existencia de cáncer endometrial y/o (2) detectar el nivel de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, S0CS2 y DCN, donde un menor nivel de EFEMP2, S0CS2, y/o DCN comparado con un valor testigo indica la existencia de cáncer endometrial.
En una modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la detección del nivel de P4HB. En otra modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la detección del nivel de EFEMP2. En otra modalidad el método in vitro comprende la detección del nivel de IKBKE. En otra modalidad el método de diagnóstico in vitro comprende la detección del nivel de GMIP.
De acuerdo con el método de diagnóstico in vitro de la invención, el nivel de uno o más de GMIP, IKBKE, o EFEMP2 puede detectarse además de P4HB. El método de diagnóstico in vitro puede comprender además la detección del nivel de uno o más de P4HB, IKBKE, o GMIP además de EFEMP2. El método de diagnóstico in vitro puede comprender además la detección del nivel de uno o más de GMIP, EFEMP2, o P4HB además de IKBKE. Esto también es previsto que el método de diagnóstico in vitro puede comprender además la detección del nivel de FASTKD1, DDR1, SIRT6, y/o PHKG2. El método de diagnóstico in vitro puede comprender además la detección del nivel de 1 a 12 biomarcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4 , PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, TJP3, SOCS2 y DCN.
En una modalidad, el paciente tiene un factor de riesgo para cáncer endometrial o está siendo detectado para cáncer endometrial. Adicionalmente, la muestra del paciente puede ser (obtenida) de un paciente con el sangrado uterino anormal. En otras palabras, el paciente puede padecer del sangrado uterino anormal. La muestra del paciente también puede ser (obtenida) de un paciente que tiene un endometrio con mayor grosor. El paciente puede tener, en consecuencia, un endometrio con mayor grosor.
La muestra del paciente puede ser (obtenida) de un paciente premenopáusico, peri-menopáusico, o postmenopáusico . En consecuencia, el paciente es un paciente, premenopáusico, peri-menopáusico, o postmenopáusico. En una modalidad, el paciente es premenopáusico. En otra modalidad, el paciente es peri-menopáusico. En otra modalidad, el paciente es postmenopáusico .
La muestra puede ser una muestra tisular, sangre y/o suero, y/o fluido uterino.
En una modalidad, la muestra es una muestra de fluido uterino. La muestra de fluido uterino puede obtenerse por la aspiración.
En una modalidad, el nivel de los biomarcadores se determina con un anticuerpo de acuerdo con la presente invención. El nivel del biomarcador (es) también puede determinarse mediante el RT-PCR.
Los siguientes marcadores pueden detectarse de acuerdo con el método de diagnóstico in vitro de la presente invención: P4HB, IKBKE, EFE P2, S0CS2, FASTKD1, GMIP, DDR1 , SIRT6, PHKG2 , EPS8L2, PPP1R16A, P2RX , RASSF7 y/o JP3. También los siguientes marcadores pueden detectarse de acuerdo con el método de diagnóstico in vitro de la presente invención: P4HB, IKBKE, S0CS2 , GMIP, DDR1, SIRT6, PHKG2, EPS8L2, PPP1R16A, P2RX4, RASSF7, y/o TJP3.
Los marcadores para detectarse pueden ser P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, y/o S0CS2. Los marcadores para detectarse también pueden ser P4HB, RASSF7 , RNF183 y/o IKBKE.
En una modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la detección de 2 a 20 marcadores.
Preferentemente, la combinación de los siguientes marcadores se detecta: P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, FASTKD1 y DDR1. También preferido es la detección de una combinación . de los siguientes marcadores: P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, FASTKD1 y PHKG2. También preferido es la detección de una combinación de los siguientes marcadores: P4HB, EFEMP2, SIRT6, ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4 , PPFIBP2 y PPP1R16A.
Las combinaciones de marcador que siguen también son preferentemente detectadas de acuerdo con la presente invención: GMIP, IKBKE, PFHB, EFEMP2; DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2 , SIRT6, EFEMP2; P4HB, EFEMP2, IKBKE, GMIP, FASTKD1.
En el contexto de la presente invención, las combinaciones de marcadores que incluyen una combinación con P4HB (es decir conjunto de marcadores que incluyen P4HB) son particularmente preferidas.
También previsto aquí es la detección de la combinación que sigue de marcadores: DDR1 , FASTKD1, G IP, IKBKE, P4HB, PHKG2, SIRT6, EFEMP2; S0CS2; P4HB, SOCS2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, DDR1 ; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, ACAA1 GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, AP1M2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, P2RX4; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, PPFIB2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, ACAA1 , FASTKD1 ; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, FASTKD1, PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, FASTKD1, SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2; Los uno o más biomarcadores adicionales detectarse de acuerdo con el método de diagnóstico in vitro aquí descrito. Los biomarcadores uno o más adicionales pueden seleccionarse de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En una modalidad, los biomarcadores uno o más adicionales se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial.
Los . biomarcadores uno o más auxiliares pueden seleccionarse de marcadores de pronóstico. Los biomarcadores uno o más auxiliares pueden seleccionarse de marcadores de clasificación de cáncer endometrial.
En otra modalidad, la presente invención se relaciona con un ácido nucleico seleccionado a partir de: ARNm de IKBKE, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de P4HB, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de SOCS2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de GMIP, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de DDR1, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de EPS8L2, ADNc, o un complemento de lo mismo; y ARNm de PPP1R16A, ADNc, o un complemento de lo mismo, usarlo en diagnosticar cáncer endometrial.
La invención también se relaciona con un ácido nucleico seleccionado a partir de: Cebadores para IKBKE; Cebadores para P4HB; Cebadores para S0CS2; Cebadores para GMIP; Cebadores para DDR1; Cebadores para EPS8L2; y Cebadores para PPP1R16A; usarlo en diagnosticar cáncer endometrial.
En una modalidad, la invención se relaciona con un ácido nucleico seleccionado a partir de: sonda para IKBKE; sonda para P4HB; sonda para S0CS2; sonda para GMIP; sonda para DDR1; sonda para EPS8L2; y sonda para PPP1R16A, usarlo en diagnosticar cáncer endometrial.
También un kit que comprende dos o más de las sondas aquí descritas para que se usa para diagnosticar cáncer endometrial, es previsto en el contexto de la presente invención. Adicionalmente, un kit que comprende cebadores para dos o más cebadores/pares de cebadores aqui descritos para que se usa para diagnosticar cáncer endometrial es previsto en el contexto de la presente invención. otra modalidad, la presente invención se relaciona un anticuerpo seleccionado a partir de: un anticuerpo contra IKBKE; un anticuerpo contra P4HB; un anticuerpo contra S0CS2 un anticuerpo contra GMIP; un anticuerpo contra DDR1 ; un anticuerpo contra EPS8L2; y un anticuerpo contra PPP1R16A, que se usa para diagnosticar cáncer endometrial.
En consecuencia, un kit que comprende anticuerpos a dos o más anticuerpos aquí descritos para que se usa para diagnosticar cáncer endometrial es previsto. La invención adicionalmente se relaciona con un kit para obtener el fluido uterino para usarlo en diagnosticar cáncer endometrial evaluando los niveles de 1-20 biomarcadores como se define y descrito aquí.
El método de diagnóstico in vitro de la presente invención puede comprender la determinación/detección del nivel de 2 biomarcadores, 3 biomarcadores, 4 biomarcadores, 5 biomarcadores, 7 biomarcadores, 10 biomarcadores, 15 biomarcadores o 20 biomarcadores.
En una modalidad, la presente invención se relaciona con un método de diagnóstico in vitro para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de aspirado de fluido uterino de un paciente que tiene un síntoma o factor de riesgo para cáncer endometrial y determinación del nivel de 1 a 100 marcadores de biomarcadores que se expresan de manera diferenciada en cáncer endometrial en comparación con valores testigo representativos de pacientes no afectados por cáncer endometrial, donde (1) si los niveles de 1 a 100 biomarcadores son regulados aceleradamente en la muestra aspirada endometrial en el paciente y en el valor testigo luego el paciente tiene una mayor probabilidad de padecer cáncer endometrial y donde (2) si el nivel de los 1 a 100 biomarcadores es lentificado en la muestra aspirada y luego el paciente tiene una mayor probabilidad de padecer cáncer endometrial .
Además, la presente invención se relaciona con un ácido nucleico seleccionado a partir de: ARNm de ACAA1, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de AP1M2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de CGN, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de FASTKD1, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de P2RX4, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de RASSF7, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de RNF183, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de PHKG2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de PPFIBP2, ADNc, o un complemento de lo mismo, ARNm de SIRT6, ADNc, o un complemento de lo mismo, ARNm de TJP3, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de EFE P2, ADNc, o un complemento de lo mismo; y ARNm de DCN, ADNc, o un complemento de lo mismo, que se usa para diagnosticar cáncer endometrial.
También el tema de la presente invención es un ácido nucleico seleccionado a partir de: Cebadores para ACAA1 ; Cebadores para AP1M2 ; Cebadores para CGN; Cebadores para FASTKD1; Cebadores para P2RX4; Cebadores para RASSSF7; Cebadores para RNF183; Cebadores para SIRT6; Cebadores para PPFIBP2; Cebadores para PHKG2 ; Cebadores para TJP3; Cebadores para EFEMP2; y Cebadores para DCN; que se usa para diagnosticar cáncer endometrial.
En otra modalidad, la presente invención se relaciona con un ácido nucleico seleccionado a partir de: sonda para ACAA1; sonda para AP1M2; sonda para CGN; sonda para FASTKD1; sonda para P2RX4; sonda para RASSF7; sonda para RNF183; sonda para SIRT6; sonda para PPFIBP2; sonda para PKHG2; sonda para TJP3; sonda para EFEMP2; y sonda para DCN, que se usa para diagnosticar cáncer endometrial.
En otra modalidad, la invención se relaciona con un anticuerpo seleccionado a partir de: un anticuerpo contra ACAA1; un anticuerpo contra AP1M2; un anticuerpo contra CGN; un anticuerpo contra FASTKD1; un anticuerpo contra P2RX4; un anticuerpo contra RASSF7; un anticuerpo contra RNF183; un anticuerpo contra SIRT6; un anticuerpo contra PPFIBP2; un anticuerpo contra PKHG2 ; un anticuerpo contra TJP3; un anticuerpo contra EFEMP2; y un anticuerpo contra DCN, que se usa para diagnosticar cáncer endometrial.
El anticuerpo/anticuerpos, ácido(s) nucleico(s), sondas, cebador (es) / par (es) de cebadores, y/o kit(s) descritos y definidos aquí son útiles en el diagnóstico de cáncer endometrial de acuerdo con la presente invención. Por lo tanto, el anticuerpo/anticuerpos, ácido(s) nucleico(s), sondas, cebador (es) / par (es) de cebadores, y/o kit(s) descritos y definidos aqui deben usarse para diagnosticar cáncer endometrial. De forma similar, también el uso del anticuerpo/anticuerpos, ácido (s) nucleicos, sondas, cebador (es) / par (es) de cebadores, y/o kit (s) para la preparación de una composición de diagnóstico para diagnosticar cáncer endometrial es previsto. También una composición de diagnóstico para usarse en diagnosticar cáncer endometrial y que comprende el anticuerpo/anticuerpos aqui descritos y definidos, ácido(s) nucleicos, sondas, cebador (es) / par (es) de cebadores, y/o kit(s) es prevista en el contexto de la presente invención.
El diagnosticar cáncer endometrial, en este contexto', puede comprender o relacionarse con un método de diagnóstico practicado en el cuerpo humano o animal que comprende o incluye las características que se relacionan con: (i) el diagnóstico, con objetivos curativos stricto sensu, representando la fase de decisión de uso médico o veterinaria deductiva como un ejercicio puramente intelectual, (ii) las etapas precedentes que son constitutivas para elaborar aquel diagnóstico, y (iii) las interacciones especificas con el cuerpo humano o animal que ocurren al llevar a cabo a aquellos entre estas etapas precedentes que son de una naturaleza técnica.
En otra modalidad, la presente invención se relaciona con un método de diagnóstico in vitro para diagnosticar cáncer endometrial que comprende el suministro o la obtención de una muestra de fluido uterino de un paciente humano que tiene un síntoma o factor de riesgo para cáncer ginecológico y determinación del nivel de la expresión de ARN de 2 a 9 biomarcadores seleccionados a partir del P4HB, EFEMP2, GMIP, IKBKE, DDR1 , FASTKD1, SIRT6, PKHG2 y S0CS2 por el PCR cuantitativo donde un mayor nivel de 1 a 7 biomarcadores seleccionados a partir de P4HB, GMIP, IKBKE, DDR1, FASTKD1, SIRT6, y PKHG2 y/o un menor nivel de EFEMP2 o S0CS2 en comparación con controla indica la existencia de cáncer endometrial. Preferentemente, cáncer ginecológico es cáncer endometrial .
En una modalidad, el nivel de expresión de 2 a 8 biomarcadores seleccionados a partir de P4HB, EFEMP2, GMIP, IKBKE, DDR1, FASTKD1, SIRT6, y PKHG2 puede determinarse . Los 2 a 8 biomarcadores también pueden seleccionarse de P4HB, G IP, IKBKE, DDR1, FASTKD1, SIRT6, PKHG2 y SOCS2.
La detección del nivel puede ' comprender poner en contacto uno o más biomarcadores con cebadores y reactivos capaces de la amplificación específicamente uno o más de biomarcadores y detección del nivel de los uno o más biomarcadores amplificados con una sonda o sondas que hibridan al biomarcador amplificado. Los híbridos de sonda específicamente al biomarcador amplificado.
Las combinaciones que siguen de biomarcadores pueden, detectarse en particular, de acuerdo con el método de la presente invención: P4HB y EFEMP2; P4HB e IKBKE; P4HB y GMIP; EFE P2 e IKBKE; EFEMP2 y P4HB; P4HB, GMIP, e IKBKE; P4HB, GMIP, e IKBKE.
También la combinación que sigue de marcadores puede detectarse de acuerdo con el método actual, donde la combinación comprende IKBKE y P4HB; IKBKE y S0CS2; P4HB y SOCS2; GMIP e IKBKE; GMIP y P4HB; GMIP y SOCS2; GMIP, SOCS2, e IKBKE; GMIP, S0CS2, y P4HB; GMIP, IKBKE, y P4HB; IKBKE, P4HB, y S0CS2; GMIP, IKBKE, P4HB, y S0CS2; GMIP, S0CS2, IKBKE, y EPS8L2; GMIP, S0CS2, P4HB, y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, y EPS8L2; IKBKE, P4HB, SOCS2, y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2, y RASSF7; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, y DDRl; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, EPS8L2, PPP1R16A, DDR1; DDR1 , EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, RASSF7 , SIRT6, TJP3, y SOCS2; o DDR1 , EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX , P4HB, PHKG2 , PPP1R16A, RASSF7 , SIRT6, TJP3, RNF183 y S0CS2.
Adicionalmente, la combinación que sigue de marcadores puede detectarse de acuerdo con el método actual, donde la combinación comprende GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y ACAA1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y P2RX4; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y PPFIBP2; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, ACAA1 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, SIRT6 y FASTKD1; ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, SIRT6, y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; DDR1, FASTKD1, PHKG2, SIRT6, SOCS2, GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; DDR1, FASTKD1, PHKG2, SIRT6, GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; o P4HB, EFEMP2, IKBKE, GMIP, y FASTKD1.
Adicionalmente, la combinación que sigue de marcadores puede detectarse de acuerdo con el método actual, donde la combinación comprende GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2and DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y ACAA1; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFE P2 y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFE P2 y P2RX4; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PPFIBP2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2and PPP1R16A; G IP, IKBKE, P4HB, EFE P2, ACAA1 y FASTKD1; G IP, IKBKE, P4HB, EFE P2, PHKG2 y FASTKD1; o GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, SIRT6 y FASTKD1.
Los métodos de la presente invención pueden comprender además el suministro de una muestra de fluido uterino obtenida de un paciente con un dispositivo de cánula de Pipelle o jeringa donde el paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto con la muestra con un agente capaz de conservación, prevención, o disminución de la degradación de ARN en la muestra de fluido uterino; la determinación en la muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente a de 1 a 20 marcadores aquí descritos (preferentemente 2 a 8 marcadores) y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativo; la normalización del nivel de expresión de 1 a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) biomarcadores aquí descritos con uno o más genes endógenos; comparando el nivel normalizado del de 1 a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) biomarcadores a un valor testigo la donde la expresión diferencial de froml a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) de los biomarcadores indica cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial .
La presente invención se relaciona adicionalmente a un método de diagnóstico in vitro que comprende el suministro de una muestra de fluido uterino obtenida de un paciente con un dispositivo de cánula de Pipelle o jeringa donde el paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto con la muestra con un agente capaz de conservación, prevención, o disminución de la degradación de ARN en la muestra de fluido uterino; la determinación en la muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente a de 1 a 20 marcadores aquí descritos (preferentemente 2 a 8 marcadores) y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativo; la normalización del nivel de expresión de 1 a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) biomarcadores aquí descritos con uno o más genes endógenos; comparando el nivel normalizado del de 1 a 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) biomarcadores a un valor testigo la donde la expresión diferencial de froml a' 20 (preferentemente 2 a 8 marcadores) de los biomarcadores indica cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial.
Uno o más los genes endógenos pueden seleccionarse de POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPN1.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de 1-17 biomarcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1 2, CGN, DDR1 , EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2 , PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, y/o de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, S0CS2 y DCN donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto especifico de esta modalidad, cuando el nivel de 1 a 17 biomarcadores seleccionados a partir del.ACAAl, AP1M2, CGN, DDRl , EPS8L2, FASTKD1, G IP, IKBKE, P2RX4, P4HB , PHKG2 , PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, se aumentan con relación a un valor testigo y/o el nivel de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, S0CS2 y los DCN son disminuidos con relación al valor testigo luego esto indica cáncer endometrial o una mayor posibilidad de tener cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente .al biomarcador se determina. Según otro aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
Entre los biomarcadores de la Tabla 1, los niveles de CGN, P4HB, PPP1R16A, IKBKE, RASSF7, RNF183 y TJP3, se encuentran para tener el nivel medio más elevado de la sobreexpresión en los estudios de RT-PCR en comparación con su expresión en muestras normales (p.ej, no teniendo cáncer endometrial) . Asi-, dado que los experimentos de RT-PCR demostrados una de alto nivel de la sobreexpresión en una manera estadísticamente significativa (todos los valores p son menor que 0.0001 para el conjunto de muestra estudiado) para estos marcadores, éstos representan marcadores preferidos para el diagnóstico de cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial. Por lo tanto, los niveles de CGN, P4HB, PPP1R16A, IKBKE, RASSF7 , RNF183 y TJP3 son excelentes pronosticadores de cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial. Los niveles de estos marcadores son menos probables para proporcionar un positivo falso en comparación con otros marcadores cuyos niveles de expresión no son tan elevados y/o como significativo. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de uno o más biomarcadores seleccionados a partir de CGN, P4HB, PPP1R16A, IKBKE, RASSF7, RNF183 y TJP3 donde de ser uno o más de los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, luego el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer. Los perfiles de patrones/expresión de huella estructural que tienen de 1-7 biomarcadores seleccionados a partir de CGN, P4HB, PPP1R16A, IKBKE, RASSF7 , RNF183 y TJP3 y de 1-13 biomarcadores seleccionados a partir de ACAA1, AP1M2, DDR1, EPS8L2 , FASTKD1, GMIP, P2RX4, PHKG2 , PPFIBP2, SIRT6, EFEMP2, S0CS2 y DCN, son un ejemplo de un conjunto perfiles preferidos para diagnosticar y/o pronosticar una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Los ejemplos específicos de los perfiles se describen a continuación. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteína correspondiente al biomarcador se determina.
Entre los biomarcadores de la Tabla 1, el nivel de algunos biomarcadores se encuentra capaz de diferenciar las muestras de pacientes que tienen cáncer muestras en comparación con normales (o control) y muestras de pacientes en la fase secretora del ciclo menstrual. Por lo tanto, los niveles de ACAA1, DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4 , P4HB, PHKG2, PPFIBP2, RASSF7, SIRT6, TJP3, SOCS2 y DCN son excelentes pronosticadores de cáncer endometrial en mujeres pre y postmenopáusicas y en mujeres peri-menopáusicas, los niveles de estos marcadores son menos probables para proporcionar un positivo falso en comparación con otros marcadores a quién el nivel de expresión varia como una función de ciclo. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de uno o más biomarcadores seleccionados a partir de ACAA1, DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, LSR, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, RASSF7, SIRT6, TJP3, S0CS2 y DCN donde de ser uno o más de los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, luego el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Los perfiles de patrones/expresión de huella estructural que tienen de 1-15 marcadores seleccionados a partir de ACAA1 , DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, SIRT6, TJP3, SOCS2 y DCN y de 1 a 5 marcadores seleccionados a partir de AP1M2, CGN, FASTKD1, RNF183, y EFEMP2 son un ejemplo de un conjunto perfiles preferidos para diagnosticar y/o pronosticar una mayor probabilidad de cáncer endometrial ya que el nivel de expresión de al menos un de los marcadores en el perfil no varia como una función de la fase de ciclo menstrual. Los ejemplos específicos de los perfiles se describen a continuación. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina .
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de uno o más biomarcadores seleccionados a partir de IKBKE, P4HB, S0CS2, GMIP, DDR1 , EPS8L2, PPP1R16A, P2RX4, PHKG2 , RASSF7, SIRT6, TJP3, AP1M2, RNF183, y DCN donde de ser uno o más de los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, luego el paciente es diagnosticado con el endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de uno o más biomarcadores seleccionados a partir de IKBKE, P4HB, S0CS2 , GMIP, DDR1, EPS8L2, PPP1R16A, P2RX , PHKG2, RASSF7, SIRT6 y TJP3, donde de ser uno o más de los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, luego el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En una modalidad de la invención, los biomarcadores preferidos para diagnosticar cáncer endometrial y/o diagnosticar una mayor probabilidad de cáncer endometrial son IKBKE, P4HB, SOCS2, GMIP, DDR1, EPS8L2, y PPP1R16A. En un aspecto, el nivel del biomarcador en tumor primario se determina. En un aspecto, el nivel del biomarcador en sangre, plasma, o suero se determina. En un aspecto, el nivel del fluido uterino de biomarcador se determina. Asi, el método según esta modalidad, comprenda la obtención de una muestra y la determinación del nivel de 1 a 7 biomarcadores seleccionados a partir de IKBKE, P4HB, S0CS2, GMIP, DDR1, EPS8L2, y PPP1R16A donde la expresión diferencial de uno o más de estos biomarcadores en comparación con un valor testigo indica cáncer endometrial y/o un mayor riesgo de tener cáncer endometrial. En un aspecto de esta invención, el nivel protéico del biomarcador se determina y/o estimado. En otro aspecto, el nivel de expresión de ARNm se determina y/o estimado.
En una modalidad de la invención, los biomarcadores preferidos para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial incluyen GMIP, IKBKE, P4HB, RASSF7, DDR1, RNF183, EFEMP2 y S0CS2. GMIP, IKBKE, P4HB, RASSF7, DDR1, RNF183, EFEMP2 y S0CS2 se encuentran para tener excelentes valores de AUROC y por lo tanto son clasificadores de improviso adecuados en el conjunto de muestra estudiado. En un aspecto, el nivel del biomarcador en tumor primario se determina. En un aspecto, el nivel del biomarcador en sangre, plasma, o suero se determina. En un aspecto, el nivel del fluido uterino de biomarcador se determina. Asi, el método según esta modalidad, comprenda la obtención de una muestra y la determinación del nivel de 1 a 8 biomarcadores seleccionados a partir de GMIP, IKBKE, P4HB, RASSF7, DDR1, RNF183, EFEMP2 y S0CS2 donde la expresión diferencial de uno o más de estos biomarcadores en comparación con un valor testigo indica cáncer endometrial y/o un mayor riesgo de tener cáncer endometrial. En un aspecto de esta invención, el nivel protéico del biomarcador se determina y/o estimado. En otro aspecto, el nivel de expresión de ARNm se determina y/o estimado.
En una modalidad de la invención, los biomarcadores preferidos para diagnosticar cáncer endometrial y/o diagnosticar una mayor probabilidad de cáncer endometrial incluyen P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2 y S0CS2. A consecuencia de estos estudios se descubre que P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2 y S0CS2 tienen la excelente especificidad para el diagnóstico de cáncer endometrial. En un aspecto, el nivel del biomarcador en tumor primario se determina. En un aspecto, el nivel del biomarcador en sangre, plasma, o suero se determina. En un aspecto, el nivel del fluido uterino de biomarcador se determina. Asi, el método según esta modalidad, comprenda la obtención de una muestra y la determinación del nivel de 1 a 5 biomarcadores seleccionados a partir de P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2 y SOCS2 donde la expresión diferencial de uno o más de estos biomarcadores en comparación con un valor testigo indica cáncer endometrial y/o un mayor riesgo de tener cáncer endometrial. En un aspecto de esta invención, el nivel protéico del biomarcador se determina y/o estimado. En otro aspecto, el nivel de expresión de ARNm se determina y/o estimado.
En una modalidad de la invención, los biomarcadores preferidos para diagnosticar cáncer endometrial y/o diagnosticar una mayor probabilidad de cáncer endometrial incluyen IKBKE, P4HB, RASSF7 , ' y RNF183. A consecuencia de estos estudios se descubre que IKBKE, P4HB, RASSF7 , y RNF183 tienen la excelente sensibilidad para el diagnóstico de cáncer endometrial. En un aspecto, el nivel del biomarcador en tumor primario se determina. En un aspecto, el nivel del biomarcador en sangre, plasma, o suero se determina. En un aspecto, el nivel del fluido uterino de biomarcador se determina. Asi, el método según esta modalidad, comprenda la obtención de una muestra y la determinación del nivel de 1 a 4 biomarcadores seleccionados a partir de IKBKE, P4HB, RASSF7, y RNF183 donde la expresión diferencial de uno o más de estos biomarcadores en comparación con un valor testigo indica cáncer endometrial y/o un mayor riesgo de tener cáncer endometrial. En un aspecto de esta invención, el nivel protéico del biomarcador se determina y/o estimado. En otro aspecto, el nivel de expresión de ARNm se determina y/o estimado .
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de 2 a 7 biomarcadores seleccionados a partir de GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, PPP1R16A, y TJP3 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Ya que el resultado de los estudios descritos aquí, que es sorprendentemente descubrió que las combinaciones (p.ej, perfiles y/o patrones de huella estructural) de biomarcadores seleccionados a partir de GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, EPS8L2 , PPP1R16A, y TJP3 tienen la excelente sensibilidad y especificidad para cáncer endometrial y los valores de AUROC para diversas combinaciones de estos marcadores son indicativos de la capacidad de estos marcadores de separar los pacientes que tienen cáncer endometrial de los que no tienen cáncer endometrial.
Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteína correspondiente al biomarcador se determina.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de 2 a 9 biomarcadores seleccionados a partir de GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, EFEMP2, PHKG2, SIRT6, DDR1, y FASTKD1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Ya que el resultado de los estudios descritos aquí, que es sorprendentemente descubrió que las combinaciones (p.ej, perfiles y/o patrones de huella estructural) de biomarcadores seleccionados a partir de GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, EFEMP2, PHKG2, SIR 6, DDR1, y FASTKD1 tienen la excelente sensibilidad y especificidad para cáncer endometrial y los valores de AUROC para diversas combinaciones de estos marcadores son indicativos de la capacidad de estos marcadores de separar los pacientes que tienen cáncer endometrial de los que no tienen cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina. En un aspecto especifico de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende el suministro de una muestra de fluido uterino obtenida de un paciente con un dispositivo de cánula de Pipelle o jeringa donde el paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto con la muestra con un agente capaz de conservación, prevención, o disminución de la degradación de ARN en la muestra de fluido uterino; la determinación en la muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente al de 2 a 9 marcadores y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativo; la normalización del nivel de expresión del de 2 a 9 biomarcadores con uno o más genes endógenos; comparando el nivel normalizado del de 2 a 9 biomarcadores a un valor testigo la donde la expresión diferencial de 2 a 9 de los biomarcadores indica cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto especifico de este método, uno o más los genes endógenos se seleccionan de POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPN1.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de 2 a 8 biomarcadores seleccionados a partir de GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, PHKG2, SIRT6, DDR1, y FASTKD1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Ya que el resultado de los estudios descritos aquí, que es sorprendentemente descubrió que las combinaciones (p.ej, perfiles y/o patrones de huella estructural) de biomarcadores seleccionados a partir de GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, PHKG2, SIRT6, DDR1, y FASTKD1 tienen la excelente sensibilidad y especificidad para cáncer endometrial y los valores de AUROC para diversas combinaciones de estos marcadores son indicativos de la capacidad de estos marcadores de separar los pacientes que tienen cáncer endometrial de aquellos que no tienen cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra- de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de 2 a 8 biomarcadores se determina mediante el PCR cuantitativo. En un aspecto especifico de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende el suministro de una muestra de fluido uterino obtenida de un paciente con un dispositivo de cánula de Pipelle o jeringa donde el paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto con la muestra con un agente capaz de conservación, prevención, o disminución de la degradación de ARN en la muestra de fluido uterino; la determinación en la muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente al de 2 a 9 marcadores y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativo; la normalización del nivel de expresión del de 2 a 8 biomarcadores con uno o más genes endógenos; comparando el nivel normalizado del de 2 a 8 biomarcadores a un valor testigo la donde la expresión diferencial de 2 a 8 de los biomarcadores indica cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto especifico de este método, uno o más los genes endógenos se seleccionan de P0LR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPN1.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de 2 a 8 biomarcadores seleccionados a partir de GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2, SIRT6, DDR1, y FASTKD1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Ya que el resultado de los estudios descritos aqui, que es sorprendentemente descubrió que las combinaciones {p.ej, perfiles y/o patrones de huella estructural) de biomarcadores seleccionados a partir de GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, PHKG2 , SIRT6, DDR1, y FASTKD1 tienen la excelente sensibilidad y especificidad para cáncer endometrial y los valores de AUROC para diversas combinaciones de estos marcadores son indicativos de la capacidad de estos marcadores de separar los pacientes que tienen cáncer endometrial de los que no tienen cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de 2 a 8 biomarcadores se determina mediante el PCR cuantitativo. En un aspecto especifico de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende el suministro de una muestra de fluido uterino obtenida de un paciente con un dispositivo de cánula de Pipelle o jeringa donde el paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto con la muestra con un agente capaz de conservación, prevención, o disminución de la degradación de ARN en la muestra de fluido uterino; la determinación en la muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente al de 2 a 8 marcadores y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativo; la normalización del nivel de expresión del de 2 a 8 biomarcadores con uno o más genes endógenos; comparando el nivel normalizado del de 2 a 8 biomarcadores a un valor testigo la donde la expresión diferencial de 2 a 8 de los biomarcadores indica cáncer •endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto específico de este método, uno o más los genes endógenos se seleccionan de POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPNl.
En una modalidad, la presente invención proporciona un método a caracterizar una muestra obtenida de un paciente para usos de pronóstico, de diagnóstico y/o farmacogenómicos . Caracterización de una muestra obtenida de un paciente determinando los niveles de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 poder usar para proporcionar información en cuanto a diagnóstico de cáncer endometrial, progresión de la enfermedad, diagnóstico de tipo de cáncer endometrial (y/o subtipo), y selección de un tratamiento terapéutico adecuado. Según el método de la invención, una muestra se obtiene de un paciente. El paciente puede ser una persona sana, un paciente diagnosticado con cáncer, un paciente sospechado de tener cáncer, unos uno o más síntomas individuales que muestran de cáncer y/o una detección de deseo individual para cáncer. El método comprende la etapa de determinar el nivel del biomarcador (es) de la Tabla 1 en una muestra obtenida de un paciente. Los métodos alternativos para determinar los biomarcadores en ARN y/o proteína (IHC, análisis de expresión de ARNm, etc.) pueden usarse en estos métodos. La detección de mayores niveles de 1 a 17 los biomarcadores de la Tabla 1 que se encuentran regulado aceleradamente en cáncer endometrial y/o detección de niveles disminuidos de 1 a 3 biomarcadores que se encuentran lentificado en cáncer endometrial, comparado con un valor testigo, indica que el paciente ha aumentado la probabilidad de tener cáncer endometrial .
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer ginecológico que comprende el uso de reactivos de diagnóstico para realizar ensayos de evaluación para o detectar de 1 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto más especifico de esta modalidad, los reactivos de diagnóstico se usan para detectar el nivel de 1 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1, para el diagnóstico de cáncer endometrial. En un aspecto más especifico de esta modalidad, los reactivos de diagnóstico se usan para detectar el nivel de 1 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1, para la detección de cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, el nivel del ARNm correspondiente a de 1 a 20 biomarcadores se determina. En un aspecto de esta modalidad, el nivel del ARNm correspondiente a de 2 a 17 biomarcadores se determina. En un aspecto de esta modalidad, el nivel del ARNm correspondiente a de 3 a 15 biomarcadores se determina. En un aspecto de esta modalidad, el nivel de una proteina o polipéptido correspondiente a de 1 a 20 biomarcadores se determina. En un aspecto de esta modalidad, el nivel de una proteína o polipéptido correspondiente a de 2 a 17 biomarcadores se determina. En un aspecto de esta modalidad, el nivel de una proteína o polipéptido correspondiente a de 3 a 15 biomarcadores se determina. En un aspecto de esta modalidad, la muestra que se analiza es una muestra tumoral. En un aspecto de esta modalidad, la muestra se analiza es una muestra de fluido uterino. En un aspecto de esta modalidad, la muestra que se analiza es un suero, sangre, o muestra plasmática. En un aspecto, la muestra es esto se usa se obtiene usando un dispositivo suave, parecido a una paja (cánula de Pipelle) que se utiliza la succión apagado una pequeña muestra de revestir del útero (p.ej, fluido uterino). En un aspecto, la muestra se obtiene usando una herramienta afilada llamada una cureta decapando una pequeña muestra y recolectándolo con una jeringa o succión (p.ej, dilatación y curetaje). En un aspecto, la muestra se obtiene usando un dispositivo de succión electrónico (p.ej, aspiración de Vabra) . En un aspecto, la muestra se obtiene usando un aerosol de liquido (irrigación a chorro) para lavar apagado un poco del tejido esto reviste el útero. En algunos aspectos, un cepillo se puede usar para eliminar un poco de revestir antes de que el lavado se lleve a cabo. En un aspecto, una sangre, suero, o la muestra plasmática se analiza para de 1 a 20 de los biomarcadores de la invención.
En estudios de análisis en micromatriz, GMIP se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de GMIP también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, GMIP es un excelente biomarcador . para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen GMIP se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de GMIP y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, GMIP por si solo tiene el valor de AUROC en la Tabla 6 de 0.88 IKBKE por si solo tiene un valor AUROC de 0.90, cuando estos dos marcadores se combinan conjuntamente en un perfil los AUROC valoran 0.92 con un aumento considerable de la especificidad (aumentó valor de AUROC indican la capacidad aumentada de separar a la población) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina .
En estudios de análisis en micromatriz, IKBKE se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de IKBKE también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, IKBKE es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen IKBKE se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de IKBKE y de 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, IKBKE por si solo tiene el valor de AUROC en la Tabla 6 de 0.90, P4HB por si solo tiene un valor AUROC de 0.97, cuando estos dos marcadores se combinan conjuntamente en un perfil los AUROC valoran 0.98 con un aumento considerable de la especificidad al 100 % (aumentó valor de AUROC indican la capacidad aumentada de separar a la población) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, P4HB se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes gue tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor gue 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial.
La expresión de P4HB también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, P4HB es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen P4HB se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de P4HB y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el . paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, P4HB por si solo tiene el valor de AUROC en la Tabla 6 de 0.97, S0CS2 por si solo tiene un valor AUROC de 0.93, cuando estos dos marcadores se combinan conjuntamente en un perfil los AUROC valoran 1 con un aumento considerable de la especificidad al 100 % (aumentó valor de AUROC indican la capacidad aumentada de separar a la población) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, S0CS2 se encuentra subexpresado en muestras . de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de SOCS2 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, SOCS2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen SOCS2 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de S0CS2 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, S0CS2 por si solo tiene el valor de AUROC en la Tabla 6 de 0.93, GMIP por si solo tiene un valor AUROC de 0.88, cuando estos dos marcadores se combinan conjuntamente en un perfil los AUROC valoran . 0.999 con un aumento considerable de la sensibilidad frente al 100 % (aumentó valor de AUROC indican la capacidad aumentada de separar a la población) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, EPS8L2 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.002 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de EPS8L2 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, EPS8L2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen EPS8L2 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de EPS8L2 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando EPS8L2 se combina con GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 , y DDR1 que el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es casi el 96 % y la especificidad es el 100 % (ver la Tabla 11) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteína correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, RASSF7 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0005 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de RASSF7 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, RASSF7 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen RASSF7 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de RASSF7 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando RASSF7 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, SIRT6, TJP3 y SOCS2 el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es el 100 % y la especificidad es el 100 % (ver la Tabla 11) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, DDRl se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.02 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de DDRl también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, DDRl es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen DDRl se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de DDRl y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando DDR1 se combina con EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, SIRT6, TJP3, SOCS2 , y RNF183 que el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es el 100 % y la especificidad es el 100 % (ver la Tabla 11) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, PPP1R16A se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de PPP1R16A también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, PPP1R16A es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen PPP1R16A se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de PPP1R16A y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando PPP1R16A se combina con GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, y EPS8L2 el valor de AUROC es casi 1 y la sensibilidad es casi el 92 % y la especificidad es el 100 % (ver la Tabla 11) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, PHKG2 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de PHKG2 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, PHKG2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen PHKG2 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de PHKG2 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando PHKG2 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPP1R16A, SIRT6, TJP3, SOCS2, y RNF183 que el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es el 100 % y la especificidad es el 100 % (ver la Tabla 11) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ¦ proteina correspondiente al biomarcador se determina .
En estudios de análisis en micromatriz, P2RX4 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0005 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de P2RX4 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, P2RX4 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen P2RX4 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de P2RX4 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando P2RX4 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, SIRT6, TJP3, S0CS2 , y RNF183 que el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es el 100 % y la especificidad es el 100 % (ver la Tabla 11) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, ACAA1 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de ACAA1 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, ACAA1 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen ACAA1 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de ACAA1 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, AP1M2 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de AP1M2 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, AP1M2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen AP1M2 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de AP1M2 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, CGN se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de CGN también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Así, CGN es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen CGN se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de CGN y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente ¦ al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, FASTKD1 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de FASTKD1 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, FASTKD1 es un excelente biomarcador para diaqnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen FASTKD1 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de FASTKD1 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, PPFIBP2 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.02 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de PPFIBP2 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, PPFIBP2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen PPFIBP2 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de PPFIBP2 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, RNF183 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de RNF183 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, RNF183 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen RNF183 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de RNF183 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando RNF183 se combina con DDRl,' EPS8L2, GMIP, IKBKE-, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, SIRT6, TJP3, y S0CS2 que el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es el 100 % y la especificidad es el 100 % (ver la Tabla 11) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, SIRT6 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de SIRT6 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, SIRT6 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial.
\ Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen SIRT6 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de SIRT6 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando SIRT6 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, TJP3, SOCS2, y RNF183 que el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es el 100 % y la especificidad es el 100 % (ver la Tabla 11) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, TJP3 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de TJP3 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, TJP3 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen TJP3 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método · para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de TJP3 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Por ejemplo, cuando TJP3 se combina con DDR1, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, SIRT6, S0CS2 , y RNF183 que el valor de AUROC es 1 y la sensibilidad es el 100 % y la especificidad es el 100 % (ver la Tabla 11) . Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina .
En estudios de análisis en micromatriz, EFEMP2 se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.0001 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de EFEMP2 también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, EFEMP2 es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen EFEMP2 se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de EFEMP2 y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un ¦ aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina.
En estudios de análisis en micromatriz, DCN se encuentra sobreexpresado para en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial valores en comparación con normales (no afectados) . En estudios de RT-PCR este resultado es confirmado y un valor p menor que 0.005 se obtiene para muestras aspiradas de pacientes no afectados contra aspirados de pacientes que tienen comparaciones de cáncer endometrial. La expresión de DCN también es descubrió para correlacionarse en tumor primario y fluido uterino. Asi, DCN es un excelente biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Más aún, los patrones de huella estructural / perfiles que tienen DCN se esperan para ser útil para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de DCN, y de otros 2 a 19 biomarcadores seleccionados a partir de la Tabla 1 donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina.
En una modalidad, la invención proporciona un método de diagnóstico in vitro al diagnóstico de cáncer endometrial o una mayor probabilidad del endometrial que comprende la detección del nivel de (1) de 1 a 17 biomarcador (es ) seleccionado (s) a partir del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6 y TJP3 en una muestra de un paciente donde un mayor nivel del de 1 a 17 biomarcadores comparado con un valor testigo indica un diagnóstico de cáncer endometrial o mayor probabilidad de cáncer endometrial y/o (2) detectar el nivel de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, S0CS2 y DCN, donde, un menor nivel de EFEMP2, S0CS2, y/o DCN comparado con un valor testigo indica un diagnóstico de cáncer endometrial o mayor probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto preferido, 'el método de diagnosticar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial implica usar uno o más biomarcadores regulados aceleradamente y uno o más biomarcadores lentificados según la Tabla 1.
En un aspecto de esta modalidad, el paciente tiene un factor de riesgo para cáncer endometrial o está siendo detectado para cáncer endometrial.
En un aspecto de esta modalidad, la muestra del paciente se obtiene de un paciente con el sangrado uterino anormal.
En un aspecto de esta modalidad, la muestra abarca desde el paciente se obtiene de un paciente que tiene un endometrio con mayor grosor.
En un aspecto de esta modalidad, la muestra del paciente se obtiene de un paciente premenopáusico, peri-menopáusico, o postmenopáusico .
En un aspecto de esta modalidad, el paciente es premenopáusico .
En un aspecto de esta modalidad, el paciente es peri-menopáusico.
En un aspecto de esta modalidad, el paciente es postmenopáusico .
En un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular, sangre y/o suero, y fluido uterino .
En un aspecto de esta modalidad, la muestra es una muestra de fluido uterino.
En un aspecto de esta modalidad, la muestra de fluido uterino se obtiene por la aspiración.
En un aspecto de esta modalidad, el nivel del biomarcador (es) se determina con un anticuerpo.
En un aspecto de esta modalidad, el nivel del biomarcador (es) se determina mediante el RT-PCR. En un aspecto especifico, el nivel del biomarcador se determina mediante el RT-PCR cuantitativo.
En un aspecto de esta modalidad, los marcadores se seleccionan de IKBKE, P4HB, S0CS2, GMIP, DDR1 , EPS8L2, PPP1R16A, P2RX4, PHKG2, RASSF7 , SIRT6 y TJP3.
En un aspecto de esta modalidad, el marcador (es) se selecciona (n) de P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, y SOCS2.
En un aspecto de esta modalidad, los marcadores se seleccionan de P4HB, RASSF7, RNF183, e IKBKE.
En un aspecto de esta modalidad, de 2 a 20 marcadores se detectan .
En un aspecto de esta modalidad, los uno o más biomarcadores auxiliares adicionales se detectan.
En un aspecto de esta modalidad, los biomarcadores uno o más auxiliares se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores adicionales para detectar cáncer endometrial.
En un aspecto de esta modalidad, los biomarcadores uno o más auxiliares se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial .
En un aspecto de esta modalidad, los biomarcadores uno o más auxiliares se seleccionan de marcadores de pronóstico.
En un aspecto de esta modalidad, los biomarcadores uno o más auxiliares se seleccionan de marcadores de clasificación de cáncer endometrial.
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico seleccionado a partir de ARNm IKBKE, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de P4HB, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de S0CS2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de GMIP, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de DDR1, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de EPS8L2, ADNc, o un complemento de lo mismo; y el ARNm de PPP1R16A, ADNc, complementa de lo mismo, para el uso para diagnosticar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico seleccionado a partir de ARNm ACAA1, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de AP1M2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de CGN, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de P2RX4, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de PPFIBP2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de RASSF7, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de TJP3, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de DCN, ADNc, o un complemento de lo mismo; y ARNm de RNF183, ADNc, o un complemento de lo mismo, para uso para diagnosticar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico seleccionado a partir de ARNm EFEMP2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de PHKG2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de SIRT6, ADNc, o un complemento de lo mismo; y ARNm de FASTKD1, ADNc, o un complemento de lo mismo, para uso para diagnosticar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial .
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona cebadores seleccionados a partir de cebadores para IKBKE; cebadores para P4HB; cebadores para S0CS2; cebadores para GMIP; cebadores para DDR1; cebadores para EPS8L2; y cebadores para PPP1R16A; para uso para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial .
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona cebadores seleccionados a partir de cebadores para ACAA1; cebadores para AP1M2; cebadores para CGN; cebadores para P2RX4; cebadores para PPFIBP2; cebadores para RASSF7; cebadores para RNF183; cebadores para TJP3; y cebadores para DCN; para uso para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial .
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona cebadores seleccionados a partir de cebadores para EFEMP2; cebadores para SIRT6; cebadores para PHKG2 ; y cebadores para FASTKD1; para uso para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico seleccionado a partir de la sonda para IKBKE; sonda para P4HB; sonda para S0CS2; sonda para G IP; sonda para DDR1; sonda para EPS8L2; y sonda para PPP1R16A, para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico seleccionado a partir de la sonda para ACAA1; sonda para AP1M2; sonda para CGN; sonda para P2RX4; sonda para PPFIBP2; sonda para RASSF7; sonda para RNF183; sonda para TJP3; y sonda para DCN, para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico seleccionado a partir de la sonda para EFEMP2; sonda para FASTKD1; sonda para SIRT6; sonda para GMIP; y sonda para PHKG2, para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial .
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un kit que comprende dos o más sondas dirigidas a los 1-20 biomarcadores de la invención, para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer.
En un aspecto de esta modalidad, _ la invención proporciona un kit que comprende cebadores para dos o más de los 1-20 biomarcadores de la invención para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer.
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un anticuerpo seleccionado a partir de un anticuerpo contra IKBKE; un anticuerpo contra P4HB; un anticuerpo contra SOCS2; un anticuerpo contra GMIP; un anticuerpo contra DDR1; un anticuerpo contra EPS8L2; y un anticuerpo contra PPP1R16A, para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial .
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un anticuerpo seleccionado a partir de un anticuerpo contra ACAA1; un anticuerpo contra AP1M2; un anticuerpo contra CGN; un anticuerpo contra P2RX4; un anticuerpo contra PPFIBP2; un anticuerpo contra RASSF7; un anticuerpo contra RNF183; un anticuerpo contra TJP3; y un anticuerpo contra DCN, para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un anticuerpo seleccionado a partir de un anticuerpo contra EFEMP2; un anticuerpo contra FASTKD1; un anticuerpo contra SIRT6; un anticuerpo contra GMIP; y un anticuerpo contra PHKG2 ; para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial.
En un aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un kit que comprende anticuerpos a dos o más biomarcadores de la Tabla 1 para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer.
En el aspecto de esta modalidad, la invención proporciona un kit a obtener el fluido uterino para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial evaluando los niveles de 1-20 biomarcadores de la Tabla 1.
En un aspecto de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la determinación del nivel de 2 biomarcadores de la invención. En un aspecto de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la determinación del nivel de 3 biomarcadores de la invención. En un aspecto de esta modalidad, el método de diagnóstico in vi tro comprende la determinación del nivel de 4 biomarcadores de la invención. En un aspecto de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la determinación del nivel de 5 biomarcadores de la invención. En un aspecto de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la determinación del nivel de 5 biomarcadores de la invención. En un aspecto de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la determinación del nivel de 7 biomarcadores de la invención. En un aspecto de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la determinación del nivel de 10 biomarcadores de la invención. En un aspecto de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la determinación del nivel de 15 biomarcadores de la invención. En un aspecto de esta modalidad, el método de diagnóstico in vitro comprende la determinación del nivel de 20 biomarcadores de la invención.
A menos que otra cosa no definido, todos los términos técnicos y científicos usados aquí tienen el mismo significado que comúnmente entendido por el experto común en la técnica a la cual esta invención pertenece. Aunque los métodos y los materiales similares o equivalentes a los descritos aquí puedan usarse en la práctica o las pruebas de la presente invención, los métodos adecuados y los materiales se describen a continuación. En caso del conflicto, la presente especificación, incluyendo definiciones, controlará.
Además, los materiales, los métodos, y los ejemplos sólo son ilustrativos y no conceptualizados para limitar.
Otras características y. ventajas de la invención serán evidentes de la descripción detallada que sigue, y de las reivindicaciones .
BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS La Figura 1 muestra la correlación del nivel de expresión de biomarcadores en tumor primario y en el fluido uterino para los biomarcadores que incluyen a aquellos de la invención. Ver el Ejemplo 3 para detalles.
La Figura 2A y 2B es una caja y patillas gráfica representan la cantidad relativa de ARN (RQ) el presente en las muestras aspiradas de pacientes que tiene cáncer endometrial en comparación con las muestras control para cada gen como se determina mediante el RT-PCR. 30 muestras tumorales y 24 controles se consideran en los gráficos. Las cajas representan el rango intercuartílico para cada gen y las patillas van del porcentaje 10 a 90 de los valores de RQ para cada gen. La barra en las cajas representa RQ mediano. Las cajas blancas representan los valores para las muestras de tumor de cada gen y las cajas protegidas contra los valores para las muestras control. Ver el Ejemplo 4 para detalles.
La Figura 3 muestra un ejemplo del nivel de expresión de RNF183 como se determina mediante el RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tiene cáncer endometrial (RNF183_T) , normales en la fase secretora (RNF183_S) , normales que no tienen cáncer endometrial (RNF183_N) , y todos los normales conjuntamente (RNF183_Nt) .
La Figura 4 muestra un ejemplo del nivel de expresión de AP1M2 como se determina mediante el RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tiene cáncer endometrial (AP1 2_T) , normales en la fase secretora (AP1 2_S) , normales que no tienen cáncer endometrial (AP1M2_N) , y todos los normales conjuntamente (APlM2_Nt) .
La Figura 5 muestra un ejemplo del nivel de expresión de CGN como se determina mediante el RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tiene cáncer endometrial (CGN_T) , normales en la fase secretora (CGN_S) , normales que no tienen cáncer endometrial (CGN_N) , y todos los normales conjuntamente (CGN_Nt) .
La Figura '6 muestra un ejemplo del nivel de expresión de FASTKD1 como se determina mediante el RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tiene cáncer endometrial (FASTKD1_T), normales en la fase secretora ( FASTKD1_S ) , normales que no tienen cáncer endometrial (FASTKD1_N) , y todos los normales conjuntamente (FASTKDl_Nt) .
La Figura 7 muestra un ejemplo del nivel de expresión de IKBKE como se determina mediante el RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tiene cáncer endometrial (IKBKE T) , normales en la fase secretora (IKBKE_S), normales que no tienen cáncer endometrial (IKBKE_N) , y todos los normales conjuntamente (IKBKE_Nt) .
La Figura 8 muestra un ejemplo del nivel de expresión de P4H1_! como se determina mediante el RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tiene cáncer endometrial (P4HB_T), normales en la fase secretora (P4HB_S), normales que no tienen cáncer endometrial (P4HB_N), y todos los normales conjuntamente (P4HB_Nt) .
La Figura 9 muestra un ejemplo del nivel de expresión de S0CS2 como se determina mediante el RT-PCR en aspirados obtenidos de pacientes que tiene cáncer endometrial (S0CS2_T) , normales en la fase secretora (S0CS2_S) , normales que no tienen cáncer endometrial (S0CS2_N) , y todos los normales conjuntamente (S0CS2_Nt) .
La Figura 10 muestra un western blot (transferencia western) del tejido de cáncer endometrial con un anticuerpo dirigido con especificidad de objetivo en contra de un Biomarcador de la invención: P4HB. Las muestras analizadas incluyen cuatro tejidos normales (N) y cuatro tejidos tumorales (T) . Normal y tejidos de tumores se obtienen del mismo paciente. Como un control positivo: dar un total el extracto protéico de la linea celular de tumor endometrial Isikawa. Ver el Ejemplo 6.
La Figura 11 muestra un western blot (transferencia western) del tejido de cáncer endometrial con un anticuerpo dirigido con especificidad de objetivo en contra de un Biomarcador de la invención: AP1M2. Las muestras analizadas incluyen cuatro tejidos normales (N) y cuatro tejidos tumorales (T) de 4 diferentes pacientes. Igualado normal y tejidos de tumores se obtienen del mismo paciente. Como un control positivo: dar un total el extracto protéico de la linea de célula tumoral endometrial Isikawa. Ver el Ejemplo 6.
La Figura 12 muestra un western blot (transferencia western) del tejido de cáncer endometrial con un anticuerpo dirigido con especificidad de objetivo en contra de un Biomarcador de la invención: IKBKE. Las muestras analizadas incluyen un tejido normal (N) y un tejido tumoral (T) . Igualado normal y tejido de tumores se obtienen del mismo paciente. Como un control positivo: dar un total el extracto protéico de la linea de célula tumoral endometrial Isikawa. Ver el Ejemplo 6.
La Figura 13 muestra un western blot (transferencia western) del tejido de cáncer endometrial con un anticuerpo dirigido con especificidad de objetivo en contra de un Biomarcador de la invención: EPS8L2. Las muestras analizadas incluyen 3 tejidos normales (N) y 3 tejidos tumorales (T) de 3 diferentes pacientes. Como un control positivo: dar un total el extracto protéico de la linea de célula tumoral endometrial. Igualado normal y tejidos de tumores se obtienen del mismo paciente. Ver el ejemplo 6.
La Figura 14 muestra un western blot (transferencia western) del tejido de cáncer endometrial con un anticuerpo dirigido con especificidad de objetivo en contra de un Biomarcador de la invención: DDR1. Las muestras analizadas incluyen un tejido normal (N) y un tejido tumoral (T) . Igualado normal y tejido de tumores se obtienen del mismo paciente. Como un control positivo: dar un total el extracto protéico de la linea de célula tumoral endometrial Isikawa. Ver el Ejemplo 6.
La Figura 15 muestra un western blot (transferencia western) del tejido de cáncer endometrial con un anticuerpo dirigido con especificidad de objetivo en contra de un Biomarcador de la invención: CGN. Las muestras analizadas incluyen cuatro tejidos normales (N) y cuatro tejidos tumorales (T) de cuatro diferentes pacientes. Los tejidos normales y tumorales igualados se obtienen del mismo paciente. Como un control positivo: dar un total el extracto protéico de la linea de célula tumoral endometrial Isikawa. Ver el Ejemplo 6.
La Figura 16 muestra un western blot (transferencia western) del tejido de cáncer endometrial con un anticuerpo dirigido con especificidad de objetivo en contra de un Biomarcador de la invención: TJP3. Las muestras analizadas incluyen un tejido normal (N) y un tejido tumoral (T) . Igualado normal y tejido de tumores se obtienen del mismo paciente. Como un control positivo: dar un total el extracto protéico de la linea de célula tumoral endometrial Isikawa. Ver el Ejemplo 6.
La Figura 17 muestra el riesgo calculado de cáncer usando 48 muestras no tumorales y 33 muestras tumorales usando el ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, SIRT6, EFEMP2. Ver el Ejemplo 5.
La Figura 18 muestra el riesgo calculado de cáncer usando 48 muestras no tumorales y 33 muestras tumorales usando el FASTKD1, GMIP, P4HB, EFEMP2, SIRT6, y ' PHKG2. Ver el Ejemplo 5.
La Figura 19 muestra el riesgo calculado de cáncer usando 48 muestras no tumorales y 33 muestras tumorales usando el FASTKD1, GMIP, P4HB, EFEMP2, DDR1, y SIRT6. Ver el Ejemplo 5.
DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN La presente invención se basa en el descubrimiento de la asociación de modificaciones en los niveles de expresión de ARNm de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1 en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial en comparación con valores testigo (p.ej, valor de tejido normal (no afectado) ) . Estos biomarcadores, por lo tanto, representan biomarcadores de cáncer endometrial. Además, los inventores sorprendentemente descubrieron que las muestras obtenidas del fluido uterino de pacientes de cáncer endometrial muestran perfiles de expresión para los biomarcadores enumerados en la Tabla 1 que son generalmente correlacionados a los perfiles de expresión de tumor primario. Más aún, varios marcadores descubrieron por los inventores se esperan para encontrarse en superficies celulares y/o en la sangre como la sangre marcadores con base (o en otros líquidos corporales como el fluido uterino) . como se muestra en el Ejemplo 6, los biomarcadores regulados aceleradamente de la Tabla 1 se muestran para ser sobreexpresados para en el nivel protéico en el tejido primario tejido no afectado en comparación con normal. Por ejemplo, el nivel protéico de P4HB por el análisis de Western blot, reveló que este biomarcador es sobreexpresado para a un nivel protéico también. La Figura 11 a través de Figura 16 muestra la sobreexpresión, en el nivel protéico, de AP1M2, IKBKE, EPS8L2, DDRl, CGN, y TJP3. Más aún, P4HB, PPP1R16A y EPS8L2 presentado una expresión citoplásmica especifica dentro de las células tumorales en todo carcinoma tipos histológicos y grados, y una ausencia o tinción citoplásmica débil dentro de las glándulas epiteliales normales como se determina mediante la inmunohistoquimica (TMA) de análisis en micromatriz tisular (IHC) .
Estos estudios proporcionan cáncer endometrial biomarcadores de diagnóstico por el excelente valor predictivo, por si solo o en combinaciones, que pueden detectarse usando métodos que son menos invasivos en comparación con la norma prevaleciente de cuidado. Más aún, los inventores han identificado subconjuntos específicos de biomarcadores que tienen capacidad del característico, en muestras . de aspirados endometriales, cáncer endometrial pacientes afectados de diferentes subgrupos de pacientes no afectados .
Varios de los estudios usados para identificar (la expresión de análisis en micromatriz) y validar (el RT-PCR) los biomarcadores de la invención se describen brevemente a continuación y más detalladamente en la sección de Ejemplo.
Más específicamente, los inventores que el análisis de expresión génica llevado a cabo tras la expresión microcoloca en matrices para detectar genes que se expresan de manera diferenciada en cáncer endometrial en comparación con tejidos normales. Los estudios de análisis en micromatriz de la expresión génica descritos aquí revelaron que varios genes en muestras de cáncer endometrial son sobreexpresados para tejido endometrial en comparación con normal. Se descubre aquel ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6 y TJP3, son sobreexpresados para en muestras de cáncer endometrial y EFE P2, S0CS2 y los DCN están subexpresados , en comparación con sus niveles respectivos en el tejido endometrial normal usando una estrategia experimental de análisis en micromatriz. Estos resultados se resumen en la Tabla 1 que tiene la abreviatura común para el gen, los números de acceso ENSMBL (correspondiente al gen, transcrito (s), y proteina relacionada con los biomarcadores de la invención) , los valores de cambio de periodos de tiempo y los valores p para la significancia estadística.
Tabla 1: Expresión diferencial de biomarcadores de cáncer endometrial en tumor primario en comparación con valores testigo (obtenido de un grupo del tejido inafectado, ver Ejemplo 1) .
Como se muestra en la Figura 1, se descubre que los marcadores de la Tabla 1 también se expresan de manera diferenciada en muestras obtenidas del fluido uterino en pacientes que tienen cáncer endometrial. Los marcadores que no son muy correlacionados caen o más lejos de la linea de correlación en la Figura 1.
La sobreexpresión de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1 , EPS8L2 , FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2 , PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7 , RNF183, SIRT6 y TJP3, y la subexpresión de DCN, SOCS2, y EFEMP2 en cáncer endometrial es validada por el RT-PCR üsando un conjunto independiente de muestras. Las muestras usadas en este estudio se obtienen del fluido uterino de pacientes que tienen cáncer endometrial y de pacientes que no tienen cáncer endometrial. Estos resultados se resumen en la Tabla 2 e ilustrado en Figura 2A y Figura 2B. Estos resultados demuestran que estos marcadores expresión diferencial estadísticamente significativa mostrada en muestras de cáncer endometrial en muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial pacientes en comparación con normales y/o muestras (p.ej, valor testigo) .
Tabla 2: Expresión diferencial de biomarcadores en muestras aspiradas de pacientes que tiene cáncer endometrial comparado con aspirados de pacientes que no tienen cáncer endometrial .
RQ Media SEM valor P ACAA1 1.472 0.476 < 0.0001 AP1 M2 1.688 0.422 < 0.0001 C6N 2.348 1.312 < 0.0001 DCN 0.246 0.196 0.002 DDR1 1.515 0.534 0.0167 EFEMP2 0.414 0.289 < 0.0001 EPS8L2 1.646 0.559 0.0016 FASTKD1 1.693 0.662 < 0.0001 6MIP 1.338 0.491 < 0.0001 IKBKE 2.877 1.617 < 0.0001 P2RX4 1.544 0.504 0.0002 P4HB 1.998 0.647 < 0.0001 PHKG2 1.557 0.378 < 0.0001 PPFIBP2 1.540 0.725 0.0094 PPP1R16A 1.915 0.789 < 0.0001 RASSF7 1.848 0.770 0.0001 RNF183 3.648 2.368 < 0.0001 SIRT6 1.611 0.550 < 0.0001 SOCS2 0.265 0.177 < 0.0001 TJP3 2.088 0.928 < 0.0001 Los valores p se calculan usando una prueba de Mann-Whitney no paramétrica. El término RQ media, se refiere a la cantidad ' relativa, y SEM se refiere a la desviación estándar de la media muestral.
El descubrimiento de la correlación de niveles de expresión de estos biomarcadores en tejido primario y fluido uterino sorprende determinado la heterogeneidad de fluido uterino y las conclusiones en la inicial microcoloca en matrices estudios. Se piensa esto esto es la primera vez que esto que los niveles de biomarcadores en cáncer endometrial primario se muestran para correlacionarse en una manera estadísticamente significativa a aquellos descubrió en el fluido uterino y por lo tanto esto proporciona un método invasivo y más estandarizado menor de detectar para cáncer endometrial y/o un mayor riesgo de cáncer endometrial. La invención por lo tanto proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial obteniendo una muestra de fluido uterino y determinando el nivel de biomarcadores expresados de manera diferenciada en cáncer endometrial en comparación con valor testigo. En un aspecto, la muestra de fluido uterino se obtiene por la aspiración. En un aspecto, la muestra de fluido uterino se obtiene suavemente lavándose y/o enjuague la cavidad uterina. En un aspecto, el nivel de ARNm se determina. En un aspecto, el nivel de proteína se determina. En un aspecto, los biomarcadores se seleccionan de los 20 enumerados en la Tabla 1.
Sorprendentemente, los valores p para los biomarcadores individuales en la Tabla 1 como se determina en los estudios de análisis en micromatriz con un conjunto de muestra son considerablemente mejorados cuando los mismos biomarcadores se analizan por un diferente método (RT-PCR cuantitativo) usando un diferente conjunto de muestras, obtenidas del paciente por un diferente método. En términos generales los valores p son más de 100 veces mejorados comparado con los estudios de análisis en micromatriz.
Los inventores tienen descubrió que individualmente cada uno de los biomarcadores de la Tabla 1 tiene el valor predictivo para el diagnóstico de cáncer endometrial. Más aún, las combinaciones de estos biomarcadores tienen el valor predictivo adicional para el diagnóstico de cáncer endometrial. Por ejemplo, los inventores tienen sorprendentemente descubrió que los diversos subgrupos de los biomarcadores de la Tabla 1, que tenga de 2-20 biomarcadores en diversas combinaciones proporcionan patrones de huella estructural que tienen el excelente valor predictivo para diagnóstico o detección de cáncer endometrial. Además, los inventores también tienen contemplan aquella adición de otros biomarcadores además de los enumerados en la Tabla 1, al patrón de huella estructural también puede aumentar el valor predictivo, y puede ser útil para clasificar cánceres endometriales, para el diagnóstico diferencial de enfermedades además de cáncer endometrial, y para el pronóstico de cáncer endometrial.
En una modalidad, la presente invención proporciona un método a caracterizar una muestra obtenida de un paciente para usos de pronóstico, de diagnóstico y/o farmacogenómicos . Caracterización de una muestra obtenida de un paciente según los niveles uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 poderse usar para proporcionar información en cuanto a progresión de la enfermedad, diagnóstico de tipo de cáncer endometrial (y/o subtipo), y selección de un tratamiento terapéutico adecuado. Según el método de la invención, una muestra se obtiene de un paciente. El paciente puede ser una persona sana, un paciente diagnosticado con cáncer, un paciente sospechado de tener cáncer, unos uno o más síntomas individuales que muestran de cáncer y/o una detección de deseo individual para cáncer. El método comprende la etapa de determinar el nivel del biomarcador (es) de la Tabla 1 en una muestra obtenida para un paciente. Los métodos alternativos para determinar los biomarcadores (IHC, análisis de expresión de ARNm, etc.) pueden usarse en estos métodos.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente y determinación del nivel de 1 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 en la muestra. Si el nivel de 1 a 17 de los biomarcadores regulados aceleradamente se aumenta con relación al valor testigo y/o el nivel de 1 a 3 de los marcadores lentificados son disminuidos comparado . con el valor testigo, entonces el paciente tiene una mayor probabilidad de padecer cáncer endometrial .
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente que tiene un síntoma de cáncer endometrial y determinación del nivel de 1 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 en la muestra. En un aspecto de esta modalidad, el síntoma de cáncer endometrial se selecciona del sangrado vaginal y/o manchándose en mujeres postmenopáusicas, sangrado uterino anormal, períodos menstruales anormales, sangrado entre períodos normales en mujeres premenopáusicas en ' mujeres 40 mayores que, los episodios muy largos, pesados, o frecuentes del sangrado, anemia causada por la pérdida crónica de la sangre, disminuyen el dolor abdominal o el flujo vaginal blanco o depurado que pone obstáculos, delgado pélvico en mujeres postmenopáusicas, y sospechan síntomas en el peri-menopáusico. Así, en un aspecto de esta modalidad, la invención se relaciona con un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención o el suministro de una muestra de un paciente que tiene el sangrado vaginal y/o manchándose en mujeres postmenopáusicas, sangrado uterino anormal, períodos menstruales anormales, sangrado entre periodos normales en mujeres premenopáusicas en mujeres 40 mayores que, los episodios muy largos, pesados, o frecuentes del sangrado, anemia causada por la pérdida crónica de la sangre, disminuyen el dolor abdominal o el. flujo vaginal blanco o depurado que pone obstáculos, delgado pélvico en mujeres postmenopáusicas, o sospechan síntomas en el peri-menopáusico y determinando el nivel de 1-17 biomarcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1 , GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2 , PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, y/o de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, SOCS2 y DCN donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, luego el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto específico de esta modalidad, cuando el nivel de 1 a 17 biomarcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, se aumentan con relación a un valor testigo y/o el nivel de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, SOCS2 y los DCN son disminuidos con relación al valor testigo luego esto indica cáncer endometrial o una mayor posibilidad de tener cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, los niveles de uno o más biomarcadores para detectar cáncer endometrial son normalizados a uno o más biomarcadores endógenos o genes. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según otro aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente que tiene un factor de riesgo para cáncer endometrial y determinación del nivel de 1 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 en la muestra. En un aspecto de esta modalidad, el factor de riesgo para cáncer endometrial se selecciona de altos niveles de estrógeno, hiperplasia endometrial, obesidad, hipertensión, síndrome de ovario poliquistico, nuliparidad, infertilidad, menarca temprana, menopausia tardía, pólipos endometriales u otros crecimientos benignos de revestir uterino, diabetes, exposición de tamoxifeno, hiperplasia, elevada entrada de terapia de radiación gorda, pélvica de animal, cáncer de mama, cáncer ovárico, gasto de energía de alcohol diario pesado, historial familiar de cáncer, historial familiar de HNPCC, y ser un portador de mutación HNPCC. En un aspecto de esta modalidad, los biomarcadores son seleccionados para pacientes característicos que tienen tumor de aquellos en la fase secretora del ciclo menstrual. Asi, en un aspecto de esta modalidad, la invención se relaciona con un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención o el suministro de una muestra de un paciente que tiene un factor de riesgo para cáncer que es altos niveles de estrógeno, hiperplasia endometrial, obesidad, hipertensión, síndrome de ovario poliquístico, nuliparidad, infertilidad, menarca temprana, menopausia tardía, pólipos endometriales u otros crecimientos benignos de revestir uterino, diabetes, exposición de tamoxifeno, hiperplasia, elevada entrada de terapia de radiación gorda, pélvica de animal, cáncer de mama, cáncer ovárico, gasto de energía de alcohol diario pesado, historial familiar de cáncer; historial familiar de HNPCC, o ser un portador de mutación HNPCC que es y determinación del nivel de 1-17 biomarcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, G IP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, y/o de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, S0CS2 y DCN donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un' valor testigo, luego el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto específico de esta modalidad, cuando el nivel de 1 a 17 biomarcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1 , EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7 , RNF183, SIRT6, TJP3, se aumentan con relación a un valor testigo y/o el nivel de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, S0CS2 y los DCN son disminuidos con relación al valor testigo luego esto indica cáncer endometrial o una mayor posibilidad de tener cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, los niveles de uno o más biomarcadores para detectar cáncer endometrial son normalizados a uno o más biomarcadores endógenos o genes. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al biomarcador se determina. Según otro aspecto de esta modalidad, el nivel de protéina correspondiente al biomarcador se determina. En un aspecto preferido de esta modalidad, el método implica determinar el nivel de 1-17 biomarcadores regulados aceleradamente de la Tabla 1 y de 1-3 marcadores lentificados de la Tabla 1 por el PCR cuantitativo en una muestra de fluido uterino.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de un paciente que tiene un endometrio con un mayor grosor. En un aspecto de esta modalidad, el grosor del endometrio se cuantifica por el ultrasonido transvaginal . " El mayor grosor" se refiere un ' grosor mayor a un valor común empleado en la técnica a identificar a pacientes que garantizan el tratamiento final adicional o la investigación. El método de esta modalidad implica determinar el nivel que determina que el nivel de 1 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 en una muestra obtenida de un paciente que tiene un endometrio del mayor grosor. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra es una muestra de fluido uterino. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel de 1-20 biomarcadores de ARNm se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel de 1-20 biomarcadores protéicos se determina. En un aspecto de esta modalidad, los biomarcadores se seleccionan de aquellos que tienen capacidad de muestras características de cáncer endometrial los pacientes afectados y de aquellos pacientes, que tienen otra afección que aumenta el grosor del endometrio. Las afecciones lo que aumenta el grosor del endometrio, pero no necesariamente se encuentra en pacientes de cáncer endometrial incluyen, entre otras cosas, la exposición de tamoxifeno, la exposición a hormonas, fase del ciclo menstrual (en general el aumento de grosor de endometrio de ir del proliferativo a la fase secretora) . Algunos biomarcadores preferidos que llevaron a cabo el pocilio en muestras que separan de pacientes afectado con cáncer endometrial de no cáncer endometrial pacientes afectados en la fase secretora se muestran en la Tabla 9 en los Ejemplos. Asi, en un aspecto de esta modalidad, la invención se relaciona con un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención o el suministro de una muestra de un paciente que tiene el grosor endometrial aumentado y la determinación del nivel de 1-17 biomarcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2 , FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, y/o de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, S0CS2 y DCN donde si los marcadores se expresan de manera diferenciada comparado con un valor testigo, entonces el paciente es diagnosticado con cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto especifico de esta modalidad, cuando el nivel de 1 a 17 biomarcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, se aumentan con relación a un valor testigo y/o el nivel de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, S0CS2 y los DCN son disminuidos · con relación al valor testigo luego esto indica cáncer endometrial o una mayor posibilidad de tener cáncer endometrial. Según un aspecto de esta modalidad, los niveles de uno o más biomarcadores para detectar cáncer endometrial son normalizados a uno o más biomarcadores endógenos o genes. Según un aspecto de esta modalidad, la muestra se selecciona de una muestra tisular y una muestra de fluido. En un aspecto, la muestra de fluido es una muestra de fluido uterino o aspirado uterino. Según un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente al . biomarcador se determina. Según otro aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente al biomarcador se determina. En un aspecto preferido de esta modalidad, el método implica determinar el nivel de 1-17 biomarcadores regulados aceleradamente de la Tabla 1 y de 1-3 marcadores lentificados de la Tabla 1 por el PCR cuantitativo en una muestra de fluido uterino.
Perfiles, patrones de huella estructural, y_ combinaciones Los estudios de análisis en micromatriz iniciales descritos aquí demostraron que cada uno de los biomarcadores de la Tabla 1, como biomarcadores independientes, tiene el valor predictivo para diagnosticar cáncer endometrial. Más aún, se descubre que las combinaciones de marcadores (p.ej, perfiles o patrones de huella estructural) han aumentado el valor predictivo para cáncer endometrial. Asi, además para usar estos marcadores como marcadores individuales, éstos pueden usarse en combinaciones de 2 a 20 biomarcadores para diagnosticar cáncer endometrial. En marcadores algunas modalidades adicionales puede incluirse en el perfil o patrón de huella estructural con objetivos de diagnóstico diferenciales (excluya o confirme una enfermedad o afecciones además de cáncer endometrial (p.ej, hiperplasia endometrial, endometriosis , cáncer ovárico, fibromas, etc. ) ) , la clasificación del tipo de cáncer endometrial (p.ej, tipo I contra el tipo II), clasificación del tipo celular de cáncer endometrial, y pronóstico.
En una modalidad, la invención prevé perfiles y/o los patrones de huella estructural que tienen 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o 20, de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto de esta modalidad, el nivel de ARNm correspondiente a los biomarcadores en el perfil se determina para usarlo en cáncer endometrial de diagnóstico y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, el nivel de proteina correspondiente a los biomarcadores en el perfil se determina para usarlo en cáncer endometrial de diagnóstico y/o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, el nivel de los biomarcadores se determina en una muestra obtenida del fluido uterino. En un aspecto de esta modalidad, el nivel de los biomarcadores se determina en una muestra obtenida de suero, sangre, o plasma.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador ACAAl combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto especifico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN. Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen ACAA1 son ACAA1 y AP1M2; ACAA1 y CGN; ACAA1 y DDR1; ACAA1 y EPS8L2; ACAAl y FASTKD1; ACAAland GMIP; ACAA1 e IKBKE; ACAAl y P2RX4; ACAAl y P4HB; ACAAl y PHKG2; ACAAl y PPFIBP2; ACAAl y PPP1R16A; ACAAl y RASSF7; ACAAl y RNF183; ACAAl y SIRT6; ACAAl y TJP3; ACAAl y EFEMP2; ACAAl y S0CS2; o ACAAl y DCN. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador AP1M2 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores.- En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de ACAA1, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, S0CS2 y DCN. Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen AP1M2 son AP1M2 y ACAA1; AP1M2 y CGN; AP1 2 y DDR1; AP1M2 y EPS8L2; APl 2and FASTKD1; APlM2and GMIP; AP1M2 e IKBKE; AP1M2 y P2RX4; APlM2and P4HB; AP1M2 y PHKG2; AP1 2 y PPFIBP2; AP1M2 y PPP1R16A; AP1M2 y RASSF7; AP1M2 y RNF183; AP1M2 y SIRT6; AP1M2 y TJP3; AP1M2 y EFEMP2; AP1M2 y SOCS2; o AP1M2 y DCN . En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéicá se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador CGN combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial . se seleccionan de ACAAl, AP1M2, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, S0CS2 y DCN. Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen CGN son CGN y AP1M2; ACAAl y CGN; CGN y DDR1; CGN y EPS8L2; CGN y FASTKD1; CGN y GMIP; CGN e IKBKE; CGN y P2RX4; CGN y P4HB; CGN y PHKG2 ; CGN y PPFIBP2; CGN y PPP1R16A; CGN y RASSF7; CGN y RNF183; CGN y SIRT6; CGN y TJP3; CGN y EFEMP2; CGN y SOCS2; o CGN y DCN. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula .
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador DDR1 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto especifico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de ACAA1, AP1M2, CGN, EPS8L2, FASTKD1 , GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFE P2, SOCS2 y DCN . Una combinación preferida o la subcombinación útil para detectar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial son DDR1 y P4HB; DDR1 y GMIP; DDR1 e IKBKE; DDR1 y EFEMP2; DDR1 y S0CS2; DDR1, P4HB, y GMIP; DDR1, P4HB, GMIP, e IKBKE; DDR1, P4HB, GMIP, IKBKE y EFEMP2; o DDR1, GMIP, IKBKE, P4HB, y SOCS2. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas' se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador EPS8L2 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores . En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de ACAAl, AP1 2, CGN, DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, S0CS2 y DCN. Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen EPS8L2 son EPS8L2 y AP1M2; EPS8L2 y CGN; EPS8L2 y DDRl; EPS8L2 y EPS8L2; EPS8L2 y FASTKD1; EPS8L2 y GMIP; EPS8L2 e IKBKE; EPS8L2 y P2RX4; EPS8L2 y P4HB; EPS8L2 y PHKG2; EPS8L2 y PPFIBP2; EPS8L2and PPP1R16A; EPS8L2 y RASSF7; EPS8L2 y RNF183; EPS8L2 y SIRT6; EPS8L2 y TJP3; EPS8L2 y EFE P2; EPS8L2 y S0CS2; EPS8L2 y ACAA1; o EPS8L2 y DC . En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador FASTKD1 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores . En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de ACAA1, AP1 2, CGN, DDR1, EPS8L2, G IP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFE P2, S0CS2 y DCN . Una combinación preferida o la subcombinación útil para detectar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial son FASTD1 y P4HB; FASTKD1 y GMIP; FASTKD1 e IKBKE; FASTKD1 y EFEMP2; FASTKD1 y SOCS2; FASTD1 y DDR1; FASTKD1 y SIRT6; FASTKD1 y PHKG2 ; FASTKD1, P4HB, y GMIP; FASTKD1 , P4HB e IKBKE; FASTKD1 , P4HB, y EFEMP2; FASTKD1, P4HB, EFEMP2, IKBKE, y GMIP; FASTKD1 , P4HB, EFEMP2, SIRT6, DDR1, y GMIP; o FASTKD1, P4HB, EFEMP2, SIRT6, PHKG2 , y GMIP. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador GMIP combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto especifico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de ACAA1 , AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, I BKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFE P2, S0CS2 y DC . Una combinación preferida o la subcombinación útil para detectar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial son GMIP y P4HB; FASTKD1 y GMIP; GMIP e IKBKE; GMIP y EFEMP2; GMIP y SOCS2; GMIP y DDR1; GMIP y SIRT6; GMIP y PHKG2; GMIP, P4HB, e IKBKE; GMIP, SOCS2, e IKBKE; GMIP, SOCS2, y P4HB; GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, y S0CS2; GMIP, P4HB, EFEMP2, IKBKE, y FASTKD1; GMIP, P4HB, EFEMP2, SIRT6, DDR1 , y FASTKD1; o GMIP, P4HB, EFEMP2, SIRT6, PHKG2 , y FASTKD1. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión proteica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador IKBKE combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1 , EPS8L2, FASTKD1, GMIP, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DC . Una combinación preferida o la subcombinación útil para detectar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial son IKBKE y P4HB; IKBKE y GMIP; IKBKE y FASTKD1; IKBKE y EFEMP2; IKBKE y S0CS2; IKBKE y DDR1; IKBKE y SIRT6; IKBKE y PHKG2 ; IKBKE, P4HB, y GMIP; IKBKE, P4HB, y EFEMP2; IKBKE, GMIP, y EFEMP2; IKBKE, P4HB, y SOCS2; IKBKE, GMIP, P4HB, y S0CS2; IKBKE, GMIP, P4HB, y EFEMP2; IKBKE, P4HB, EFEMP2, GMIP, y FASTKD1; o IKBKE, DDR1, GMIP, P4HB, PHKG2, SIRT6, y EFEMP2. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula .
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador P2RX4 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto especifico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores- de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de ACAA1, AP1 2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN. Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen P2RX4 son P2RX4and AP1 2; P2RX4 y CGN; P2RX4 y DDR1; P2RX4 y EPS8L2; P2RX4and FASTKD1; P2RX4 y GMIP; P2RX4 e IKBKE; P2RX4 y P4HB; P2RX4 y PHKG2 ; P2RX4 y PPFIBP2; P2RX4 y PPP1R16A; P2RX4 y RASSF7; P2RX4 y RNF183; P2RX4 y SIRT6; P2RX4 y TJP3; P2RX4 y EFEMP2; P2RX4 y SOCS2; P2RX4 y ACAA1; o P2RX4 y DCN. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador P4HB combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de ACAA1, AP1M2, CGN, DDRl, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, S0CS2 y DC . Una combinación preferida o la subcombinación útil para detectar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial son FASTD1 y P4HB; P4HB y GMIP; P4HB e IKBKE; P4HB y EFE P2; P4HB y SOCS2; P4HB y DDR1; P4HB y SIRT6; P4HB y PHKG2; P4HB, GMIP, e IKBKE; P4HB, GMIP, y SOCS2; P4HB, GMIP, y EFEMP2; P4HB, IKBKE, GMIP, y SOCS2; P4HB, IKBKE, GMIP, y EFEMP2; P4HB, EFEMP2, IKBKE, GMIP, y FASTKD1; P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, DDR1, y FASTKD1; P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, PHKG2 , y FASTKD1; o DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2 , SIRT6, y EFEMP2. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula .
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador PHKG2 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de ACAA1 , AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, S0CS2 y DCN . Una combinación preferida o la subcombinación útil para detectar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial son PHKG2 y P4HB; PHKG2 y GMIP; PHKG2 e IKBKE; PHKG2 y EFEMP2; PHKG2 y S0CS2; PHKG2 y DDR1; PHKG2 y SIRT6; FASTKD1 y PHKG2; PHKG2 , P4HB, y EFEMP2; PHKG2, P4HB, GMIP; PHKG2, P4HB, IKBKE, y EFEMP2; PHKG2, P4HB, IKBKE, y S0CS2; P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, PHKG2, y FASTKD1; o DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2, SIRT6, y EFEMP2 En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador PPFIBP2 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores . En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan de ACAAl, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2 , PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN . Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen PPFIBP2 son PPFIBP2 y AP1M2; PPFIBP2 y CGN; PPFIBP2 y DDR1; PPFIBP2 y EPS8L2; PPFIBP2 y FASTKD1; PPFIBP2 y GMIP; PPFIBP2 e IKBKE; PPFIBP2 y P2RX4; PPFIBP2and P4HB; PPFIBP2 y PHKG2 ; PPFIBP2and PPP1R16A; PPFIBP2 y RASSF7; PPFIBP2 y RNF183; PPFIBP2 y SIRT6; PPFIBP2 y TJP3; PPFIBP2 y ' EFEMP2 ; PPFIBP2 y S0CS2; PPFIBP2 y ACAA1; o PPFIBP2 y DCN . En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador PPP1R16A combinado con el nivel de uno o más biomarcadores . En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial . En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1 , EPS8L2, FASTKD1 , GMIP, IKBKE, P2RX4 , P4HB, PHKG2 , PPFIBP2, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN . Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen PPP1R16A son PPP1R16A y AP1 2; PPP1R16A y CGN; PPP1R16A y DDR1; PPP1R16A y EPS8L2; PPP1R16A y FASTKD1; PPP1R16A y GMIP; PPP1R16A e IKBKE; PPP1R16A y P2RX4 ; PPP1R16A y P4HB; PPP1R16A y PHKG2; PPFIBP2 y PPP1R16A; PPP1R16A y RASSF7; PPP1R16A y RNF183; PPP1R16A y SIRT6; PPP1R16A y TJP3; PPP1R16A y EFEMP2; PPP1R16A y S0CS2; PPP1R16A y ACAA1; o PPP1R16A y DCN. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador RASSF7 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores . En un aspecto especifico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer, endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, I BKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN . Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen RASSF7 son RASSF7and AP1M2; RASSF7 y CGN; RASSF7 y DDR1; RASSF7and EPS8L2; RASSF7 y FASTKD1; RASSF7 y GMIP; RASSF7 e IKBKE; RASSF7 y P2RX4; RASSF7and P4HB; RASSF7 y PHKG2; RASSF7 y PPP1R16A; RASSF7 y RNF183; RASSF7 y SIRT6; RASSF7 y TJP3; RASSF7 y EFEMP2; RASSF7 y SOCS2 ; RASSF7 y ACAA1; o RASSF7 y DCN. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador RNF183 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores . En un aspecto especifico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, SIRT6, TJP3, EFEMP2, S0CS2 y DC . Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen RNF183 son RNF183 y AP1M2; RNF183 y CGN; RNF183 y DDR1; RNF183 y EPS8L2; RNF183 y FASTKD1; RNF183 y G IP; RNF183 e IKBKE; RNF183 y P2RX4; RNF183 y P4HB; RNF183 y PHKG2 ; RNF183 y PPP1R16A; RASSF7 y RNF183; RNF183 y SIRT6; RNF183 y TJP3; RNF183 y EFEMP2; RNF183 y SOCS2; RNF183 y ACAA1; o RNF183 y DCN. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador SIRT6 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan del ACAAl, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKDl, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN . Una combinación preferida o la subcombinación útil para detectar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial son SIRT6 y P4HB; SIRT6 y GMIP; SIRT6 e IKBKE; SIRT6 y EFEMP2; SIRT6 y SOCS2; SIRT6 y DDR1; FASTKDl y SIRT6; SIRT6 y PHKG2; ' SIRT6, P4HB, y EFEMP2; SIRT6, P4HB, e IKBKE; SIRT6, IKBKE, y EFEMP2; SIRT6, P4HB, y SOCS2; SIRT6, P4HB, IKBKE, y GMIP; SIRT6, P4HB, EFEMP2, GMIP, DDR1, y FASTKDl; SIRT6, P4HB, EFEMP2, GMIP, PHKG2-, y FASTKDl; o SIRT6, P4HB, EFEMP2, GMIP, IKBKE, PHKG2 , DDR1, y FASTKDl. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador TJP3 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto especifico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7 , RNF183, SIRT6, EFEMP2, S0CS2 y DCN . Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen TJP3 son TJP3 y AP1M2; TJP3 y CGN; TJP3 y DDRl; TJP3 y EPS8L2; TJP3 y FASTKD1; TJP3 y GMIP; TJP3 e IKBKE; TJP3 y P2RX4; TJP3 y P4HB; TJP3 y PHKG2; TJP3 y PPP1R16A; TJP3 y RNF183; TJP3 y SIRT6; TJP3 y RASSF7 ; TJP3 y EFEMP2; TJP3 y SOCS2; TJP3 y ACAA1; o TJP3 y DCN. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador EFEMP2 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, S0CS2 y DCN . Una combinación preferida o la subcombinación útil para detectar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial son EFEMP2 y P4HB; EFEMP2 y GMIP; EFEMP2 e IKBKE; FASTKD1 y EFEMP2; EFEMP2 y S0CS2; EFEMP2 y DDR1; EFEMP2 y SIRT6; EFEMP2 y PHKG2; EFEMP2, P4HB, e IKBKE; EFEMP2, IKBKE, y GMIP; EFEMP2, IKBKE, y FASTKD1; EFEMP2, GMIP, y DDR1; EFEMP2, SIRT6, y FASTKD1; EFEMP2, IKBKE, GMIP, y P4HB; EFEMP2, P4HB, IKBKE, GMIP, y FASTKD1; EFEMP2, P4HB, SIRT6, DDR1, GMIP, y FASTKD1; EFEMP2, P4HB, SIRT6, PHKG2 , GMIP, y FASTKD1; o EFEMP2, P4HB, IKBKE, GMIP, DDR1, PHKG2, SIRT6, y FASTKD1; En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador S0CS2 combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto especifico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan del ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2 , FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2 , PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7 , RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, y DCN . Una combinación preferida o la subcombinación útil para detectar cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial son S0CS2 y P4HB; SOCS2 y GMIP; SOCS2 e IKBKE; S0CS2 y EFEMP2; FASTKD1 y S0CS2; S0CS2 y DDR1; S0CS2 y SIRT6; S0CS21 y PHKG2 ; S0CS2, P4HB, e IKBKE; S0CS2, GMIP, y P4HB; S0CS2, P4HB, e IKBKE; GMIP, P4HB, IKBKE, y SOCS2; SOCS2, GMIP, IKBKE, P4HB, y DDR1; o S0CS2, DDR1, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P4HB, PHKG2 , SIRT6, y EFEMP2. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene de una célula.
En una modalidad, la invención proporciona un método para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la determinación del nivel de un biomarcador DCN combinado con el nivel de uno o más biomarcadores. En un aspecto específico de esta modalidad uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, los biomarcadores para clasifican cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, y biomarcadores útiles para clasificar cáncer endometrial. En un aspecto de esta modalidad, uno o más los biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial se seleccionan del ACAA1 , AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, G IP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, y S0CS2. Las combinaciones o las subcombinaciones que incluyen DCN son DCN y AP1M2; DCN y CGN; DCN y DDR1; DCN y EPS8L2; DCN y FASTKD1; DCN y GMIP; DCN e IKBKE; DCN y P2RX4; DCN y P4HB; DCN y PHKG2; DCN y PPP1R16A; DCN y RNF183; DCN y SIRT6; DCN y RASSF7; DCN y EFEMP2; DCN y SOCS2; o DCN y ACAA1. En un aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de expresión génica del biomarcador se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el nivel (es) de la expresión protéica se determina. En un aspecto de esta modalidad, tumor o muestra sospechada se analiza. En otro aspecto una muestra de fluido se analiza. En otro aspecto de esta modalidad, una muestra obtenida del fluido uterino se analiza. En aún otro aspecto de esta modalidad, un suero o las muestras sanguíneas se analizan. En un aspecto, la muestra que se analiza se obtiene- de una célula.
En un aspecto preferido del método de diagnóstico in vitro de la invención los niveles de una combinación de marcadores se detectan donde la combinación comprende IKBKE y P4HB; IKBKE y S0CS2; P4HB y SOCS2; GMIP e IKBKE; GMIP y P4HB; GMIP y S0CS2; GMIP, S0CS2, e IKBKE; GMIP, S0CS2 , y P4HB; GMIP, IKBKE, y P4HB; IKBKE, P4HB, y S0CS2; GMIP, IKBKE, P4HB, y SOCS2; GMIP, S0CS2 , IKBKE, y EPS8L2; GMIP, S0CS2, P4HB, y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, y EPS8L2; IKBKE, P4HB, SOCS2, y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, PHKG2 , y RASSF7; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, EPS8L2, y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, EPS8L2, PPP1R16A, y DDR1; DDR1 , EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4 , P4HB, PHKG2 , PPP1R16A, RASSF7 , SIRT6, TJP3, y S0CS2; o DDR1 , EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, RASSF7 , SIRT6, TJP3, RNF183 y S0CS2.
En otro aspecto preferido del método de diagnóstico in vitro de la invención a los niveles de una combinación de marcadores se detectan donde la combinación comprende GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y FASTKD1; GMIP, I BKE , P4HB, SOCS2 y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y ACAAl; -GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y P2RX ; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y PPFIBP2; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2, ACAAl y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, SIRT6 y FASTKD1; ACAAl, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, SIRT6, y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; DDR1, FASTKD1 , PHKG2 , SIRT6, SOCS2, GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; DDR1, FASTKD1, PHKG2, SIRT6, GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; o P4HB, EFEMP2, IKBKE, GMIP, y FASTKD1.
En aún otro aspecto preferido del método de diagnóstico in vitro de la invención los niveles de una combinación de marcadores se detectan donde la combinación comprende GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2and DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y ACAA1; GMIP, IKBKE , P4HB, S0CS2 y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y P2RX4; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PPFIBP2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2and PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, ACAA1 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, PHKG2 y FASTKD1; o GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, SIRT6 y FASTKD1.
Biomarcadores auxiliares "Los biomarcadores auxiliares" se refieren a biomarcadores que pueden usarse junto con uno o más biomarcadores de la Tabla 1. Los biomarcadores auxiliares pueden usarse en los métodos de la invención el proporcionar la caracterización adicional de una enfermedad o condicionar a un paciente puede tener.
Los biomarcadores de diagnóstico diferencial son útiles para el característico entre enfermedades que pueden presentar síntomas clínicos similares. Por ejemplo, un paciente puede tener síntomas de cáncer endometrial {p.ej, dolor sangrante y/o pélvico vaginal) pero estos síntomas también pueden ser causados por diferentes enfermedades (p.ej, cáncer ovárico) . Por lo tanto, los biomarcadores de diagnóstico diferencial proporcionan la información a la caracterización una enfermedad. Los ejemplos de enfermedades que pueden presentar síntomas similares como cáncer endometrial incluyen fibromas uterinos, endometriosis, hiperplasia endometrial, sarcoma uterino - otro tipo de cáncer de útero, leiomiomas uterinos, pólipo endometrial (el tipo del pólipo) , cáncer cervical, endometrio atrófico, adenomiosis, vaginitis atrófica, tumor ovárico, leiomiosarcoma, y proliferación endometrial.
Según el descubrimiento de los inventores que el nivel de biomarcadores en el tejido de cáncer endometrial primario puede correlacionarse a sus niveles en el fluido uterino, se contempla que muestras de fluido uterino puede usarse para el diagnóstico diferencial de afecciones además de cáncer endometrial. Asi, en un aspecto, la invención proporciona un método al diagnóstico diferencial de cáncer endometrial obteniendo una muestra de fluido uterino de un paciente y determinando el nivel de uno o más biomarcadores que tienen capacidad de cáncer endometrial característico de no cáncer endometrial. Los biomarcadores de diagnóstico diferencial para endometriosis son útiles para endometriosis característica -de cáncer endometrial. Los biomarcadores de diagnóstico diferencial para cáncer ovárico son útiles para cáncer ovárico característico de cáncer endometrial. Los ejemplos de biomarcadores útiles para cáncer endometrial característico de cáncer ovárico incluyen, entre otras cosas, los descritos en Yurkovetsky et al. (Gyn. Onc. (2007) 107:58-65) donde éstos incluyeron en un informe un panel de cinco biomarcadores de prolactina, GH, eotaxina, E-selectina, y TSH para cáncer endometrial exigente de ovárico y cáncer de mama.
Varios biomarcadores de cáncer endometrial se han identificado, el CA 125 guarda correlación con tamaño tumoral y etapa y es un pronosticador independiente de la diseminación extrauterina.
Los marcadores séricos para la detección de cáncer uterino se han reportado en la literatura.
Biomarcadores de pronóstico: los niveles elevados de CA 125, CA 15-3, y CA 19-9 se asocian con el periodo de tiempo de supervivencia más corto. Éstos descubrieron el CA 125 sérico el CA 15-3 y CEA son más elevados en pacientes con la enfermedad de Etapa III en comparación con la etapa I. Otro grupo de marcadores de pronóstico incluye el receptor de estrógeno, el receptor de progesterona, y HER2.
Los biomarcadores para clasificar cáncer endometrial incluyen a aquellos para estimar la etapa de cáncer, tipo celular, y/o tipo de cáncer endometrial (p.ej, tipo I con respecto al tipo II) . Los ejemplos de biomarcadores para clasificar cáncer endometrial incluyen, entre otras cosas, los descritos en el Sugiyama et al. (2003) Clin. Can. Res. 9:5589-5600. Los genes mostrando la expresión más elevada en el tipo yo en comparación con tipo II incluyen M P11, RHOG, y factor de crecimiento derivado de la plaqueta B precursor de subunidad, STAT2, factor de transcripción de unión por el octámero 1, y GATA-6, factor de crecimiento precursor de VEGF-C, caspasa (caspasa 1/IL-l ß convertir la enzima) . Genes mostrando la expresión más elevada en el tipo II en comparación con tipo incluí PIRIN, EGR1, STAT1 , IFN factor regulador 1, y KRAS . el informe de Konecny et al. ((2009) British Journal oí Cáncer 100, 89-95) que la tasa amplificación génica de HER2 como se' cuantifica por la fluorescencia la hibridación in situ es mayor en el tipo II cánceres mientras que la expresión de EGFR como se cuantifica por métodos IHC es considerablemente inferior en el tipo II cánceres. El informe de Deng et al. ((2005,) Clin. Can. Res. vol. 11, no 23:8258-8264) que EIG121 es un marcador para el tipo I estrógeno cánceres asociados. Los marcadores para clasificar cáncer endometrial también pueden utilizarse distinguen diferentes tipos histológicos de cáncer endometrial como cánceres serosos y endometrioides . los biomarcadores identificados del Risinger et al. ( (2003) Canc. Res. 63:6-11) que podrían distinguir cánceres serosos papilares de cánceres endometrioides. Por ejemplo AGR2, TFF3, DUSP6, IGF2, FOLR1, y UCHL1 se encuentran expresado de manera diferenciada entre cánceres serosos y endometrioides papilares como descubrió por de análisis en micromatriz y validado por el RT-PCR. AGR2, TFF3, DUSP6 se encuentran regulado aceleradamente en cánceres de tipo endometrioides mientras que IGF2, F0LR1 y UCHL1 se encuentran regulado aceleradamente en cánceres serosos papilares.
Según el descubrimiento del inventor que el nivel de biomarcadores en el tejido de cáncer endometrial primario puede correlacionarse a sus niveles en el fluido uterino, se contempla que muestras de fluido uterino poderse usar para clasificar el tipo de cáncer endometrial. La clasificación del tipo de cáncer endometrial puede referirse a tipo característico I y tipo II cánceres. La clasificación del tipo de cáncer endometrial también puede referirse a la determinación del tipo histológico y/o el subtipo de cáncer endometrial. Así, en un aspecto, la invención proporciona un método a clasificar cáncer endometrial obteniendo una muestra de fluido uterino de un paciente y determinando el nivel de uno o más biomarcadores que tienen capacidad de clasificar cáncer endometrial.
"Los biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial" se refieren a biomarcadores que pueden usarse además de los biomarcadores de la Tabla 1 para el diagnóstico de cáncer endometrial y/o un mayor riesgo de tener cáncer endometrial: Yurkovetsky et al. (Gyn. Onc. (2007) 107:58-65) se identificó aquella prolactina es un biomarcador sérico con la sensibilidad y especificidad para cáncer endometrial. Yurkovetsky. descubrió que la prolactina, GH, la eotaxina, E-selectina, y TSH son útiles marcadores para diagnosticar cáncer endometrial.
En algunos aspectos de estas modalidades, los uno o más biomarcadores auxiliares son examinados de modificaciones en una muestra de un paciente sospechado de tener cáncer endometrial. En un aspecto especifico, los biomarcadores auxiliares se seleccionan de biomarcadores séricos. En un aspecto más específico los biomarcadores séricos son uno o más proteínas seleccionadas a partir de CA 125, CA 15-3, CA 19-9, CEA, Agencia France Press, CA 72-4, VEGF, bFGF, IGFBPI, HGF, ErbB2, EGFR, TGF a, Fas, FasL, Cyfra 21-1, M P-1, M P-2, MMP-3, MMP-7, M P-8, MMP-9, MMP-12, MMP-13, tPAI, sICAM, sVCA , sE-selectina, adiponectina, resistina, IL-6, IL-8, factor de necrosis tumoral a, TNFR I, G-CSF, CD40L, IL-2R, IP 10, proteína 1 quimioatrayente de monocitos, MIP-1 a, MIP-1 ß, MIF, eotaxina, RANTES (citocina expresada y secretada por el linfocito T normal en función de su grado de activación) , FSH, LH, TSH, ACTH, Prolactina, GH, HCG, hK8, hKIO, PAI-1 activo, ULBP-1, ULBP-2, ULBP-3, MICA, angiostatina , SCC, A amiloide sérico, TTR, S100, mesotelina, y mieloperoxidasa (MPO) . En un · aspecto más específico, los biomarcadores séricos se seleccionan de prolactina, GH, eotaxina, electrónica-selectin y FSH. En un aspecto incluso más específico, el biomarcador sérico es la prolactina. En algunos aspectos, el biomarcador (es) auxiliar puede ser examinado en aspirados uterinos (p.ej, nivel de ARNm y/o niveles protéicos) .
Muestras La invención, en algunas modalidades, se relaciona con uno o más biomarcadores que caracterizan de la Tabla 1, de úna muestra de un paciente sospechado de tener cáncer endometrial o desear detectar para cáncer. Los ejemplos de las muestras que pueden usarse en la invención son liquido, muestras tisulares, y/o células. Según el marcador especifico, los métodos usados para caracterizar los biomarcadores de la invención pueden incluir p.ej, examinando la cantidad de copias de ADN del gen correspondiente al biomarcador, detectando la proteina relacionada con el biomarcador, determinando los niveles de expresión de ARNm del biomarcador, etc. La invención es útil para varias solicitudes que incluyen diagnóstico, pronóstico, unidades en serie, pronosticando respuesta a la terapia. Los inventores tienen descubrió pruebas de la expresión diferencial de los biomarcadores de la Tabla 1 en varias diferentes muestras que incluyen el ARNm en tumor primario, la proteina en tumor primario, y el ARNm en aspirados, y la proteina en aspirados. Los biomarcadores de la Tabla 1 incluyen a aquellos que son sobreexpresados para en muestras de pacientes de cáncer endometrial niveles en comparación con normales. Además algunos biomarcadores de la Tabla 1 están subexpresados en muestras de pacientes de cáncer endometrial niveles en comparación con normales La invención, en algunas modalidades, se relaciona con la caracterización uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1, de una muestra obtenida del paciente {p.ej, tumor, células cancerígenas, muestra sospechada de ser cáncer, líquido corporal (p.ej, fluido uterino), sangre, suero, plasma, y sangre/descargar vaginal) y/o de una célula "normal", de un paciente (o alternativamente un valor testigo puede usarse en lugar del valor normal de la célula) .
En un aspecto, la muestra para analizarse se obtiene de un paciente que tiene factores de riesgo para cáncer endometrial. Los factores de riesgo para cáncer endometrial incluyen, entre otras cosas, tener Linchan el Síndrome, que es genéticamente relacionado con una persona que tiene Linchan el Síndrome, la terapia de reemplazo hormonal solo con estrógeno obesa, que incorpora, y el tratamiento previo con tamixofen.
En un aspecto de esta modalidad, la muestra se analiza es una muestra de fluido uterino. En un aspecto, la muestra es esto se usa se obtiene usando un dispositivo suave, parecido a una paja (cánula de Pipelle) para la succión apagado una pequeña muestra de revestir del útero. En un aspecto, la muestra se obtiene usando una herramienta afilada llamada una cureta decapando una pequeña muestra y recoléctelo con una jeringa o succión (p.ej, dilatación y curetaje). En un aspecto, la muestra se obtiene usando un dispositivo de succión electrónico {p.ej, aspiración de Vabra) . En un aspecto, la muestra se obtiene usando un aerosol de liquido (irrigación a chorro) para lavar apagado un poco del tejido esto reviste el útero. En algunos aspectos, un cepillo se puede usar para eliminar un poco de revestir antes de que el lavado se lleve a cabo.
En una modalidad, la muestra para analizar los biomarcadores se obtiene usando una jeringa o dispositivo de tipo de cánula de Pipelle. En una modalidad, el dispositivo para la recolección de la muestra de fluido uterino de una cavidad interna {p.ej, útero) de un paciente, comprende un barril que tiene una abertura en un extremo de lo mismo, un émbolo operable axialmente dentro del barril, el barril y el émbolo que define una cámara fluida que tiene un volumen que varia por el movimiento axial del émbolo dentro del barril, y un hueco, alargue el tubo que se extiende de la cámara fluida a través de la abertura en el barril, el tubo está en el acoplamiento operativo con el émbolo para el movimiento axial para extender y retraer el tubo dentro del respeto al barril por el movimiento axial del émbolo, y el tubo está en comunicación fluida con la cámara fluida para proporcionar un trayecto de flujo de fluido hacia y desde la cámara fluida a través del tubo hueco. En un aspecto de esta modalidad, después de que la muestra se obtiene usando el dispositivo, esto se almacena en un agente que conserva la integridad de los biomarcadores de interés. Por ejemplo, cuando el biomarcador se analiza es un ácido nucleico como ARN, la muestra puede almacenarse en un agente que previene la degradación de moléculas de ARN en la muestra, o si el biomarcador es una proteina la muestra puede almacenarse p.ej, en un agente que conserva la proteína. El ejemplo de agentes que previenen la degradación de moléculas de ARN en una muestra es inhibidores de ARNasa (p.ej, RNeasy de Qiagen, SUPERase»In™ de Ambion o ScriptGuard ™ Inhibidor de ARNasa de biotecnologías de epicentro) o moléculas que precipitan ARN de soluciones biológicas {p.ej, tintes de trifenilmetano {p.ej, metilo verde, violeta cristal, y pararosanilina), cresyl violeta, poliaminas, e iones de cobalto) . El ejemplo de agentes que previenen la degradación de proteína es inhibidores de proteasa (p.ej. P SF ( fenilmetansulfonil fluoruro, Complete el cóctel de inhibidor de proteasa de Roche, o Pepstatin) o los agentes aquel apuro tejidos (formalina) .
Así, la invención proporciona en una modalidad, un método de diagnóstico in vitro para cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de aspirado de fluido uterino de un paciente que tiene un síntoma o factor de riesgo para cáncer endometrial y determinación del nivel de 1 a 100 marcadores de biomarcadores que se expresan de manera diferenciada en cáncer endometrial en comparación con valores testigo representativos de pacientes no afectados por cáncer endometrial, donde (1) si los niveles de 1-100 biomarcadores son regulados aceleradamente en la muestra aspirada endometrial en el paciente y en el valor testigo luego el paciente tiene una mayor probabilidad de padecer cáncer endometrial y donde (2) si el nivel de los 1-100 biomarcadores es lentificado en la muestra aspirada y luego el paciente tiene una mayor probabilidad de padecer cáncer endometrial. Los biomarcadores de este aspecto pueden ser cualquier biomarcador que sea diferencialmente representado en muestras obtenidas del paciente de cáncer endometrial comparado con muestras de pacientes no afectados con cáncer endometrial y sea útil para el diagnóstico de cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Los biomarcadores preferidos están los 1-20 descritos aqui en la Tabla 1.
Métodos para Detectar Biomarcadores La invención se relaciona con la identificación de biomarcadores que son útiles para diagnosticar cáncer endometrial. La invención proporciona métodos para detectar uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 para diagnosticar cáncer endometrial. El método de la invención poderse usar para detectar uno o más proteínas correspondiente a los biomarcadores de la Tabla 1 para diagnosticar cáncer endometrial . El método de la invención poderse usar para detectar uno o más ARNm correspondiente a los biomarcadores de la Tabla 1 para diagnosticar cáncer endometrial. Los biomarcadores pueden detectarse en una muestra obtenida de un paciente p.ej, una muestra obtenida de tejido uterino, fluido uterino, o sangre.
. En algunas modalidades, el método de la invención implica obtener una muestra y determinar el nivel de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o 20, de los biomarcadores de la Tabla 1 en la muestra. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 2 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica déterminar el nivel de 3 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica déterminar el nivel de 4 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica déterminar el nivel de 5 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica déterminar el nivel de 6 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica déterminar el nivel de 7 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica déterminar el nivel de 8 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 9 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 10 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 11 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 12 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 13 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 14 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 15 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 2 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 3 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 3 a 17 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 4 a 17 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de 5 a 17 de los biomarcádores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto específico, el método implica determinar el nivel de 10 a 17 de los biomarcádores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel menor que 500 diferentes biomarcádores. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel menor que 250 diferentes biomarcádores. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel menor que 100 diferentes biomarcádores. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel menor que 50 diferentes biomarcádores. Los mayores niveles de uno o más biomarcádores de la Tabla 1 que son sobreexpresados para y/o las anguilas disminuidas de los uno o más biomarcádores de la Tabla 1 que están subexpresados indican que hay una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Se entiende que en algunos aspectos de esta modalidad, los biomarcádores analizados incluyen más que los enumerados en la Tabla 1.
En algunos aspectos de estas modalidades, el método implica obtener una muestra y determinar el nivel del ARNm de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o 20, de los biomarcádores de la Tabla 1 en la muestra. En un aspecto específico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 2 o más biomarcádores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto específico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 3 o más biomarcádores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 4 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 5 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 6 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 7 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 8 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 9 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 10 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 11 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 12 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 13 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 14 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 15 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 2 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1.' En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 3 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 3 a 17 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 4 a 17 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 5 a 17 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel de ARNm de 10 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel de ARNm menor que 500 diferentes biomarcadores. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel de ARNm menor que 250 diferentes biomarcadores. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel de ARNm menor que 100 diferentes biomarcadores. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel de ARNm menor que 50 diferentes biomarcadores. Los mayores niveles de uno o más ARNm correspondiente a los biomarcadores' de la Tabla 1 que son sobreexpresados para y/o los niveles disminuidos de los uno o más biomarcadores de la Tabla 1 que están subexpresados indican que hay una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Se entiende que en algunos aspectos de esta modalidad, los biomarcadores analizados incluyen más que los enumerados en la Tabla 1.
En algunos aspectos de estas modalidades, el método implica obtener una muestra y determinar el nivel protéico de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o 20, de los biomarcadores de la Tabla 1 en la muestra. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 2 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 3 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 4 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 5 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 6 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 7 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 8 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 9 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 10 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 11 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 12 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto específico, el método implica determinar el nivel protéico de 13 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto específico, el método implica determinar el nivel protéico de 14 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto específico, el método implica determinar el nivel protéico de 15 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto específico, el método implica determinar el nivel protéico de 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un "aspecto específico, el método implica determinar el nivel protéico de 2 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1.. En un aspecto específico, el método implica determinar el nivel protéico de 3 a 20 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto específico, el método implica determinar el nivel protéico de 3 a 17 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto específico, el método implica determinar el nivel protéico de 4 a 17 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 5 a 17 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto especifico, el método implica determinar el nivel protéico de 10 a 17 de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel protéico menor que 500 diferentes biomarcadores. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel protéico menor que 250 diferentes biomarcadores. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel protéico menor que 100 diferentes biomarcadores. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel protéico menor que 50 diferentes biomarcadores. En un aspecto de esta modalidad, el método implica determinar el nivel protéico de 1 a 10 diferentes biomarcadores. Los mayores niveles de uno o más proteínas correspondiente a los biomarcadores de la Tabla 1 indican que hay una mayor probabilidad de cáncer endometrial. Se entiende que en algunos aspectos de esta modalidad, los biomarcadores analizados incluyen más que los enumerados en la Tabla 1.
En una modalidad, la invención proporciona un método para detectar uno o más biomarcadores protéicos en suero, sangre, y/o plasma. En un aspecto específico de esta modalidad, uno o más . los biomarcadores se seleccionan del ACAA1, AP1 2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, G IP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2 , PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, S0CS2 y DCN . En un aspecto más especifico, uno o más los biomarcadores se seleccionan de IKBKE, P4HB, S0CS2, GMIP, DDR1, EPS8L2, PPP1R16A, P2RX4, PHKG2, RASSF7, SIRT6, TJP3, AP1M2, RNF183, y DCN. En otro aspecto especifico de esta modalidad, el método comprende la detección del nivel de IKBKE. En otro aspecto especifico de esta modalidad, el método comprende la detección del nivel de P4HB. En otro aspecto especifico de esta modalidad, el método comprende la detección del nivel de S0CS2. En otro aspecto especifico de esta modalidad, el método comprende la -detección del nivel de GMIP. En otro aspecto especifico de esta modalidad, el método comprende la detección del nivel de AP1M2. En otro aspecto especifico de esta modalidad, el método comprende la detección del nivel de EPS8L2. En otro aspecto especifico de esta modalidad, el método comprende la detección del nivel de DDR1. En otro aspecto especifico de esta modalidad, el método comprende la detección del nivel de CGN. En otro aspecto especifico de esta modalidad, el método comprende la detección del nivel de TJP3.
En algunos aspectos de estas modalidades, el método implica determinar el nivel de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, o 50 o más de biomarcadores además de uno o más de los enumerados en la Tabla 1. Estos marcadores pueden ser aquellos cuyos niveles de expresión se conocen para ser alterados en pacientes que tienen cáncer endometrial . Alternativamente, los biomarcadores adicionales pueden usarse para el diagnóstico diferencial de otras enfermedades (p.e , endometriosis , cáncer ovárico, y fibromas) , para clasificar el tipo de cáncer, información de pronóstico y/o para proporcionar la información a seleccionar una terapia. En un aspecto especifico de esta modalidad, los biomarcadores adicionales se analizan en muestras de fluido uterino.
En un aspecto especifico de la invención, uno o más los biomarcadores enumerados en la Tabla 1 se detectan en una matriz que tiene diferentes sondas en la matriz que son oligonucleótidos que tienen de aproximadamente 5 a 200 bases de longitud. En otro aspecto especifico, cada una de las diferentes sondas en la matriz es un oligonucleótido que tiene de aproximadamente 15 a 200, 15 a. 150, 15 a 100, 15 a 75, 15 a 60, o 20 a 55 bases de longitud. En un aspecto, la matriz tiene sondas dirigidas a 2 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas dirigidas a 3 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas dirigidas a 4 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas dirigidas a 5 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas dirigidas a 6 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas dirigidas a- 7 o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1. En un aspecto, la matriz tiene sondas dirigidas a menos que 1000 diferentes genes. En un aspecto, la matriz tiene sondas dirigidas a menos que 500 diferentes genes. En un aspecto, la matriz tiene sondas dirigidas a menos que 100 diferentes genes.
En algunos aspectos de estas modalidades, la cantidad de copias de uno o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1 se determina. En otro aspecto de esta modalidad, el perfil de cantidad de copias de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o 20 de los biomarcadores de la Tabla 1 (o locus correspondiente al biomarcador) se determina para detectar cáncer endometrial.
En un aspecto, la invención proporciona cebadores que pueden hibridar a un ácido nucleico correspondiente a un biomarcador enumerado en la Tabla 1 y utilizarse amplifican un ácido nucleico o fragmento de lo mismo correspondiente al biomarcador para diagnosticar cáncer endometrial según los métodos de la invención. En un aspecto más específico, los cebadores son diseñados para amplificar uno o más exones del biomarcador. En otro aspecto, los cebadores son diseñados para amplificar un fragmento de uno o más exones del biomarcador. En un aspecto, los cebadores son adecuados para el análisis de RT-PCR. En un aspecto, el método de la invención implica el uso de cebadores para amplificar un ácido nucleico correspondiente a un biomarcador de la Tabla 1, y detección del producto de amplificación con una sonda al producto de amplificación. En otro aspecto, el método de la invención implica el uso de cebadores para amplificar un ácido nucleico correspondiente a un biomarcador de la Tabla 1, y detección del producto de amplificación con un tinte que permite la cuantificación del producto de amplificación.
En un aspecto, la invención proporciona sondas dirigidas a los biomarcadores de la Tabla 1 para detectar un ácido nucleico o fragmento de lo mismo correspondiente al biomarcador. Las sondas pueden usarse en los métodos de la invención p.ej, para diagnosticar cáncer endometrial. En un aspecto especifico, la sonda es para el ARNm de biomarcador o un ácido nucleico, se obtiene del ARNm correspondiente al biomarcador. En un aspecto especifico, la sonda corresponde a dos exones contiguos del biomarcador de la Tabla 1, (o fragmentos de dos o más exones contiguos) . En un aspecto especifico, la sonda corresponde a un exón del biomarcador o un fragmento de lo mismo. En un aspecto especifico, la sonda corresponde con al menos una porción de la región promotora del biomarcador y al menos una porción del exón 1 del biomarcador.
En un aspecto de la invención, un ensayo de PCR de multiplexor se utiliza evalúan los niveles de 2 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1 para detectar presencia o ausencia de cáncer endometrial. En un aspecto más especifico, los niveles de 3 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 se evalúan por el PCR de multiplexor. En un aspecto más especifico, los niveles de 4 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 se evalúan por el PCR de multiplexor. En un aspecto más especifico, los niveles de 5 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 se evalúan por el PCR de multiplexor. En un aspecto más especifico, los niveles de 6 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 se evalúan por el PCR de multiplexor. En un aspecto más especifico, los niveles de 7 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 se evalúan por el PCR de multiplexor. En un aspecto más especifico, los niveles de 8 a 20 o más biomarcadores de la Tabla 1 se evalúan por el PCR de multiplexor. En un aspecto más especifico, los niveles de 9 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 se evalúan por el PCR de multiplexor. En un aspecto más especifico, los niveles de 10 a 20 o más biomarcadores de la Tabla 1 se evalúan por el PCR de multiplexor. En un aspecto más especifico, los niveles de 15 a 20 biomarcadores de la Tabla 1 se evalúan por el PCR de multiplexor. En un aspecto más especifico, los niveles de 20 de los biomarcadores de la Tabla 1 se evalúan por el PCR de multiplexor.
PCR cuantitativo En algunas modalidades, la invención se basa en el PCR cuantitativo para determinar el nivel de uno o más biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto especifico el método de PCR cuantitativo es el RT-PCR cuantitativo. Los métodos pueden ser semicuantitativos o completamente cuantitativos .
Los métodos de la invención para detectar los biomarcadores de la invención püeden comprender el PCR cuantitativo competitivo o el PCR cuantitativo en tiempo real que amba concentración de gen objetivo de estimación en una muestra en la comparación con curvas estándar o de distribución normal construidas de amplificaciones de diluciones en serie del ADN convencional. El PCR cuantitativo o el PCR cuantitativo en tiempo real se diferencian sustancialmente en como las curvas de norma se generan. En QPCR competitivo, un ADN de competidor interno se agrega en una concentración conocida tanto a muestras patrón diluidas en serie como a desconocido (p.e , obtenido de un paciente) muestras. Después de la amplificación simultánea, las proporciones del competidor interno y productos de PCR con especificidad de objetivo se calculan tanto para diluciones convencionales como para muestras desconocidas, y una curva estándar o de distribución normal se construye lo que gráfica proporciones de producto de PCR con especificidad de objetivo por el competidor contra la concentración de ADN con especificidad de objetivo inicial de diluciones de norma.
Considerando la eficacia de amplificación igual de competidor y ADN con especificidad de objetivo, la concentración de éste en muestras obtenidas del paciente puede ser extrapolada de esta curva estándar o de distribución normal.
En QPCR en tiempo real, la acumulación del producto de amplificación se cuantifica continuamente tanto en diluciones convencionales del ADN con especificidad de objetivo como en muestras que contienen cantidades desconocidas del ADN con especificidad de objetivo. Una curva estándar o de distribución normal se construye correlacionando la concentración de plantilla inicial en muestras de norma con la cantidad de ciclos de PCR (Ct) necesario para producir una concentración de limite permisible especifica del producto. En las muestras para la prueba, la acumulación de producto de PCR con especificidad de objetivo se cuantifica después de mismo Ct, que permite la interpolación de la concentración de ADN con especificidad de objetivo de la curva de norma. Aunque en tiempo real QPCR permite la cuantificación más rápida y fácil del ADN con especificidad de objetivo durante análisis rutinarios, QPCR competitivo permanece una alternativa importante para la cuantificación con especificidad de objetivo en muestras ambientales. La amplificación simultánea de una cantidad conocida del ADN de competidor con el ADN con especificidad de objetivo es un modo intuitivo de corregir para la variación de muestra a muestra de la eficacia de amplificación debido a la presencia de sustratos inhibitorios y las grandes cantidades del ADN de referencia que son obviamente ausentes de diluciones de norma .
Otro tipo de QPCR se aplica cuantitativamente el PCR. El "PCR cuantitativo relativo a menudo conocido como, " este método determina las concentraciones relativas de ácidos nucleicos específicos. En el contexto de la' presente invención, el RT-PCR se lleva a cabo en especies de ARNm aisladas de pacientes. Determinando que la concentración de una especie de ARNm específica, esto puede determinarse si el gen que codifica para las especies de ARNm específicas se expresa de manera diferenciada.
En una modalidad, la invención proporciona un método que comprende, obteniendo una muestra para la prueba de células, tejido, o líquido de un paciente; la detección del nivel de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 y comparando el nivel del biomarcador (es) en la muestra al nivel previsto para una muestra normal (o valor testigo) .
En una modalidad, la invención proporciona un método que comprende, obteniendo una muestra tumoral sospechada de un paciente; la detección del nivel de uno o más biomarcadores enumerados en la Tabla 1 y comparando el nivel de biomarcador (es) en la muestra al nivel previsto para una muestra inafectada normal (o valor testigo) .
En una modalidad, la invención proporciona un método que comprende, obteniendo una muestra de un paciente que comprende una célula; la detección del nivel de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 en la célula y comparando el nivel del biomarcador (es) en la célula al nivel previsto para una célula inafectada normal (o valor testigo) .
En una modalidad, la invención proporciona un método que comprende, obteniendo una muestra para la prueba de un liquido de un paciente; la detección del nivel de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 y comparando el nivel del biomarcador (es) en la muestra al nivel previsto para una muestra inafectada normal. En un aspecto de esta modalidad, el liquido es el fluido uterino obtenido por la aspiración. En un aspecto de esta modalidad, el liquido es el fluido uterino obtenido por la aspiración con una cánula de Pipelle más sentimental. En un aspecto de esta modalidad, el liquido es el fluido uterino. En otro aspecto de esta modalidad, el liquido es el flujo vaginal. En una modalidad, la invención proporciona un método que comprende, obteniendo una muestra para la prueba de una sangre o muestra de suero de un paciente; y la detección del nivel de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 y comparando el nivel del biomarcador (es) en la muestra al nivel previsto para una muestra inafectada normal.
En una modalidad, la invención proporciona un método que comprende, obteniendo una muestra para la prueba de la orina de un paciente; la detección del nivel de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 y comparando el nivel de los biomarcadores en la orina al nivel previsto para un valor testigo.
En una modalidad, la invención proporciona un método que comprende, obteniendo una muestra para la prueba del útero de un paciente usando un cepillo; y la detección del nivel de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 y comparando el nivel de los biomarcadores en la muestra al nivel previsto para una muestra normal.
La presencia de mayores niveles de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 puede indicar cáncer endometrial o una afección precancerosa en el tejido p.ej, hiperplasia endometrial. En un aspecto de esta modalidad, el método implica identificar a un paciente en la necesidad del análisis de uno o más biomarcadores de la Tabla 1.
En otro aspecto de esta modalidad, la presente invención proporciona métodos para diagnosticar o pronosticar cáncer endometrial. El método de este aspecto puede comprender (1) obtención de una muestra para la prueba de células, tejido, y/o liquido (2) obtención de una muestra control de células, tejido, o liquido que es normal, u obtención de un valor testigo normal, y (3) detectar o cuantificar tanto en la muestra para la prueba como en la muestra control el nivel de uno o más transcritos de ARNm correspondiente a uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1. Si el nivel de uno o más transcritos es más elevado en la muestra para la prueba que esto en la muestra control, esto indica cáncer endometrial (y/o y mayor riesgo de tener cáncer endometrial) o una afección precancerosa en las células de muestra para la prueba o tejido. En otro aspecto la muestra control puede obtenerse de un diferente paciente o ser un valor normalizado basado en datos básales obtenidos de una población. En un aspecto de esta modalidad, el método implica identificar a un paciente en la necesidad del análisis de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el paciente en la necesidad del análisis de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 es el que que es en riesgo de tener cáncer endometrial, se sospecha de tener cáncer endometrial, o y/o experimenta a la detección.
En aún otro aspecto de esta modalidad, el método comprende, obteniendo una muestra para la prueba de células, tejido, o liquido; la detección de la cantidad de copias de ADN de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 ((p.ej, por célula) en la muestra; y comparando la cantidad de copias de ADN detectadas (por ejemplo, cuantitativamente y/o cualitativamente) en la muestra a una muestra control o un valor conocido (o un valor testigo) , asi determinando si la cantidad de copias del biomarcador (es) es amplificada en la muestra para la prueba. En un aspecto de esta modalidad, el método implica identificar a un paciente en la necesidad del análisis de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el paciente en la necesidad del análisis de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 es el que que es en riesgo de tener cáncer endometrial, se sospecha de tener cáncer endometrial, o y/o experimenta a la detección.
En aún otro aspecto de esta modalidad, el método comprende (1) obtención de una muestra para la prueba de células, tejido, o liquido; poniendo en contacto con la muestra con un anticuerpo contra una proteina o fragmento de lo mismo correspondiente a uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1, y detectando en la muestra para la prueba, el nivel del biomarcador (es), donde un mayor nivel el biomarcador (es) , en comparación con un valor testigo indica que el paciente puede tener un precanceroso o una afección cancerosa. En otro aspecto, el valor testigo puede obtenerse de un diferente paciente o ser un valor normalizado basado en datos básales obtenidos de una población. Alternativamente, un nivel determinado de un biomarcador, representativo de la población sin cáncer endometrial, que ha sido establecida previamente con base en cuantificaciones de pacientes sin cáncer normales, endometriales, puede usarse como un valor testigo. Un punto de datos de control de una base de datos de referencia, basada en datos obtenidos de muestras control representativas de una población sin cáncer endometrial, también puede usarse como un valor testigo. En un aspecto de esta modalidad, el método implica identificar a un paciente en la necesidad del análisis de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el paciente en la necesidad del análisis del biomarcador (es) es el que que es en riesgo de tener cáncer endometrial, se sospecha de tener cáncer endometrial, o y/o experimenta a la detección.
En algunas modalidades, el método de la invención implica comparar la expresión de un biomarcador de la invención a un biomarcador endógeno. Por ejemplo, el nivel de expresión de uno o más de los biomarcadores enumerados en la Tabla 1 es normalizado al nivel de expresión de un biomarcador endógeno. Asi, en un aspecto especifico, el biomarcador endógeno se selecciona de POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPN1. Los números de referencia ENSMBL se les proporcionan a continuación para estos biomarcadores endógenos .
Reactivos de Diagnóstico y de Pronóstico La invención proporciona reactivos a detectar los biomarcadores de la invención {p.ej, aquellos en la Tabla 1) .
Los reactivos son útiles para detectar proteina y niveles de ácido nucleico de los biomarcadores de la Tabla 1 para detectar y/o diagnosticar cáncer endometrial. Los reactivos a continuación pueden usarse para detectar combinaciones de los biomarcadores para diagnosticar cáncer endometrial. Los ejemplos específicos de ácidos nucleicos, sondas, cebadores, etc. relacionados con cada · uno de los biomarcadores individuales se les proporcionan en los Ejemplos.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico ACAA1 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico ACAA1 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico ACAA1 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteína ACAA1 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido ACAA1 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido ACAA1 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico AP1M2 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico AP1 2 para detectar cáncer endometrial . En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico AP1M2 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina AP1M2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido AP1M2 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido AP1M2 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico CGN a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico CGN para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico CGN para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina CGN para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido CGN a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido CGN a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico DDR1 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico DDR1 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico DDR1 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunologicamente a una proteina DDR1 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido DDR1 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido DDR1 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico EPS8L2 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico EPS8L2 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención .proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico EPS8L2 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunologicamente a una proteina EPS8L2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido EPS8L2 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido EPS8L2 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico FASTKDl a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico FASTKDl para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico FASTKDl para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina FASTKDl para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido FASTKDl a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido FASTKDl a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico GMIP a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico GMIP para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico GMIP para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina GMIP para detectar cáncer endometrial . En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido GMIP a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido GMIP a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico IKBKE a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico IKBKE para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico IKBKE para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina IKBKE para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido IKBKE a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido IKBKE a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico P2RX4 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico P2RX4 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico P2RX4 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina P2RX4 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido P2RX4 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido P2RX4 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico P4HB a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico P4HB para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico P4HB para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina P4HB para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido P4HB a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido P4HB a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico PHKG2 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico PHKG2 para detectar cáncer endometrial . En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico PHKG2 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina PHKG2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido PHKG2 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido PHKG2 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico PPFIBP2 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico PPFIBP2 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico PPFIBP2 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina PPFIBP2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido PPFIBP2 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido PPFIBP2 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico PPP1R16A a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico PPP1R16A para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico PPP1R16A para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunologicamente a una proteina PPP1R16A para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido PPP1R16A a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido PPP1R16A a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico RASSF7 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico RASSF7 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico RASSF7 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunologicamente a una proteina RASSF7 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido RASSF7 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido RASSF7 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico RNF183 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico RNF183 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico RNF183 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina RNF183 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido RNF183 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido RNF183 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico SIRT6 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico SIRT6 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico SIRT6 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo- que liga inmunológicamente a una proteina SIRT6 para detectar cáncer endometrial . En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido SIRT6 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido SIRT6 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico TJP3 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico TJP3 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico TJP3 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina TJP3 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido TJP3 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido TJP3 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico EFEMP2 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico EFEMP2 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico EFEMP2 para detectar cáncer endometrial .
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina EFEMP2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido EFEMP2 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido EFEMP2 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico S0CS2 a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico S0CS2 para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico S0CS2 para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunológicamente a una proteina S0CS2 para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido S0CS2 a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido SOCS2 a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
En una modalidad, la invención proporciona un ácido nucleico DCN a detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado, la invención proporciona cebadores a amplificar un ácido nucleico DCN para detectar cáncer endometrial. En otro aspecto relacionado la invención proporciona una sonda que puede hibridar a un ácido nucleico DCN para detectar cáncer endometrial.
En otro aspecto relacionado, la invención proporciona un anticuerpo que liga inmunologicamente a una proteina DCN para detectar cáncer endometrial. En un aspecto relacionado la invención proporciona un polipéptido DCN a generar un anticuerpo. En aún otro aspecto relacionado, la invención proporciona un polipéptido DCN a generar una respuesta inmunitaria contra el marcador.
Kits La invención también proporciona kits a detectar uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1. En una modalidad, el kit es útil para detectar y/o diagnosticar cáncer ginecológico. En otra modalidad, el kit es útil para detectar y/o diagnosticar cáncer endometrial. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar CGN. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar CGN. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar AP1M2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar AP1M2. En un aspecto, el kit" contiene reactivos para detectar EPS8L2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar EPS8L2. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar IKBKE. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar IKBKE. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar PPP1R16A. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar PPP1R16A. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar RASSF7. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar RASSF7. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar TJP3. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar TJP3. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar P2RX4. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar P2RX . En un aspecto, el kit contiene reactivos para · detectar RNF183. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar RNF183. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar GMIP. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar GMIP. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar PHKG2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar PHKG2. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar P4HB. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar P4HB. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar PPFIBP2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar PPFIBP2. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar FASTKD1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar FASTKD1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar DDR1.
En un aspecto, el kit contiene medios para detectar DDR1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar SIRT6. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar SIRT6. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar ACAA1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar ACAA1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar DCN. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar DCN. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar S0CS2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar SOCS2. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar EFEMP2. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar EFEMP2.
En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 2 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 2 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 3 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 3 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 4 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 4 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 5 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 5 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 6 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 6 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 7 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 7 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 8 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 8 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene reactivos para detectar de 9 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 9 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 10 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 10 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit contiene medios para detectar de 15 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit comprende reactivos para la evaluación de RT-PCR de 1 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit comprende medios para la evaluación de RT-PCR de 1 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit comprende reactivos para la evaluación de análisis en micromatriz de 1 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit comprende medios para la evaluación de análisis en micromatriz de 1 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit comprende reactivos para la evaluación basada en el anticuerpo de 1 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit comprende medios para la evaluación basada en el anticuerpo de 1 a 20 de los' biomarcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit tiene reactivos para detectar diferentes biomarcadores además de uno o más de los enumerados en la Tabla 1. En un aspecto, el kit tiene medios para detectar diferentes biomarcadores además de 1 a 20 de los enumerados en la Tabla 1. En un aspecto, el kit tiene reactivos para el PCR de multiplexor de 2 a 20 marcadores de la Tabla 1. En un aspecto, el kit tiene medios para el PCR de multiplexor de 2 a 20 marcadores de la Tabla 1.
En algunos aspectos, el kit tiene un dispositivo para obtener una muestra para el análisis. En un aspecto el dispositivo es una cánula de Pipelle. En otro aspecto, el dispositivo es como se describe en la patente de E.U. núm. 7 207 951, Presentado el 24 de abril de 2007, que se incorpora por aquí la referencia en su totalidad. En otro aspecto, el dispositivo es el curetaje. En otro aspecto, el dispositivo es un cepillo. Un ejemplo de un dispositivo de cepillo es el cepillo de tao En algunos aspectos, el kit tiene un agente a la estabilización de las muestras obtenidas del paciente. Por ejemplo, en un aspecto especifico, el agente es un amortiguador para estabilizarse la muestra obtenida del paciente comprende una solución de conservación de ARN. En otro aspecto, el agente es útil para estabilizar sangre o muestras de suero.
Anticuerpos de diagnóstico a los Biomarcadores de la Tabla 1 Los anticuerpos de diagnóstico a uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 (también referido como una proteina con especificidad de objetivo) para usos de diagnóstico pueden obtenerse en cualquier cantidad de modos. Más aún, los anticuerpos a algunos biomarcadores de la Tabla 1 se encuentran comercialmente disponibles o descrito en la literatura. Estos anticuerpos conocidos pueden usarse en los métodos de la invención y/o como la base de nuevos anticuerpos técnicos. Métodos de despliegue de fagos poderse usar para generar anticuerpos a uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1. Tecnologías de hibridoma convencionales poderse usar para generar anticuerpos a uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1. Los anticuerpos a algunos biomarcadores de la Tabla 1 se conocen en la técnica ver los ejemplos. En algunos aspectos, el anticuerpo contra uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 se deriva de una fuente de animal (p.ej, ratón, rata, o conejo) .
Anticuerpos policlónicos Los anticuerpos protéicos con especificidad de objetivo pueden comprender anticuerpos policlónicos. Los métodos para preparar anticuerpos policlónicos se conocen al técnico experto. Los anticuerpos policlónicos pueden elevarse en un mamífero, por ejemplo, por uno o más inyecciones de un agente de inmunización y, de ser deseado, un adyuvante. Por lo común, el agente de inmunización y/o el adyuvante t se inyectarán en el mamífero por múltiples inyecciones subcutáneas o intraperitoneales . El agente de inmunización puede incluir el polipéptido protéico con especificidad de objetivo (o fragmento de lo mismo) o una proteína de fusión de lo mismo. Esto puede ser útil para conjugar al agente de inmunización a una proteína conocida ser inmunogénica en el mamífero que es inmunizado. Los ejemplos de las proteínas inmunogénicas incluyen entre otras cosas la hemocianina de lapa ojo de cerradura (Megathura crenulata) , la albúmina sérica, la tiroglobulina bovina, y el inhibidor de tripsina de soya. Los ejemplos de adyuvantes que pueden emplearse incluyen el adyuvante completo de Freund y de adyuvante de GRÁFICOS-TDM (Lípido A de monofosforilo, trehalosa dicorinomicolato sintético) . El protocolo de inmunización puede seleccionarse por un experto en la técnica sin la experimentación excesiva.
Anticuerpos monoclónicos Los anticuerpos protéicos con especificidad de objetivo pueden ser, alternativamente, anticuerpos monoclónicos. Los anticuerpos monoclónicos pueden prepararse usando métodos de hibridoma, como los descritos por Kohler y Milstein (1975) Naturaleza 256:495. En un método de hibridoma, un ratón, el hámster, u otro animal hospedero adecuado, es por lo común inmunizado con un agente de inmunización para provocan como respuesta linfocitos que producen o tienen capacidad de producir anticuerpos que se unirán de manera especifica al agente de inmunización. Alternativamente, los linfocitos pueden ser inmunizados in vitro.
El agente de inmunización incluirá por lo común el polipéptido protéico con especificidad de objetivo (o fragmento de lo mismo) o una proteina de fusión de lo mismo. En términos generales, los linfocitos de sangre periférica ("PBLs") se usan si las células del origen de humano son deseadas, o las células de bazo o las células de nodulo linfático se usan si las fuentes de mamífero no humanas son deseadas. Los linfocitos son fusionados luego con una línea celular inmortalizada usando a un agente adecuado que fusiona, como el polietilenglicol, para formar una célula de hibridoma (Goding, Anticuerpos monoclónicos: Principios y Práctica, Edición académica, (1986) pps 59-103). Las lineas celulares inmortalizadas son células de mamífero por lo general transformadas, particularmente las células de mieloma del roedor, origen bovino y de humano. Por lo general, la rata o las líneas celulares de mieloma de ratón se emplean. Las células de hibridoma pueden ser cultivadas en un medio de cultivo adecuado que preferentemente contiene uno o más sustancias que inhiben el crecimiento o la supervivencia de las células no fusionadas, inmortalizadas. Por ejemplo, si las células parenterales carecen de hipoxantina guanina fosforibosil transferasa enzimática (HGPRT o HPRT) , el medio de cultivo para los hibridomas por lo común incluirá la hipoxantina, la aminopterina, y la timidina ("medio de HAT"), qué sustancias previenen el crecimiento de células HGPRT-deficientes.
Las líneas celulares inmortalizadas preferidas son aquellos que fusionan eficazmente, apoyan la expresión de alto nivel estable del anticuerpo por las células seleccionadas que producen el anticuerpo, y son sensibles a un medio, como el medio HAT. Las líneas celulares inmortalizadas más preferidas son líneas de mieloma de murino, que pueden obtenerse, por ejemplo, del Centro de Distribución de Célula de Instituto de Salk, San Diego, California, y la Colección Americana de Tipos de Cultivo, Manassas, Va. La mieloma de humano y las líneas celulares de heteromieloma de humano por el ratón también se han descrito para la producción de anticuerpos monoclónicos de humano (Kozbor (1984) J. Immunol. 133:3001; Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, Marcel Dekker, Inc., Nueva York, (1987) pp. 51-63) .
El medio de cultivo donde las células de hibridoma son cultivadas puede analizarse mediante ensayos luego para la presencia de anticuerpos monoclónicos dirigidos con especificidad de objetivo contra la proteina con especificidad de objetivo. Preferentemente, la especificidad de unión de anticuerpos monoclónicos producidos por las células de hibridoma se determina mediante la inmunoprecipitacion o por un inmunoensayo in vi tro, como el radioinmunoensayo (radioinmunoensayo) o ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas) . Los métodos y los ensayos se conocen en la técnica. La afinidad de unión del anticuerpo monoclónico puede determinarse mediante, por ejemplo, el análisis de Scatchard de Munson y Árbol desmochado (1980) Anal. Biochem. 107:220.
Después de que las células de hibridoma deseadas se identifican, los clones pueden ser subclonados limitando procedimientos de dilución y cultivados por métodos convencionales [Anticuerpos monoclónicos: Principios y Práctica, Edición académica, (1986) pps 59-103] . Los medios de cultivo adecuados para este fin incluyen, por ejemplo, el medio Eagle modificado por Dulbecco y el medio RPMI-1640. Alternativamente, las células de hibridoma pueden cultivarse in vivo como la ascitis en un mamífero.
Los anticuerpos monoclónicos secretados por los subclones . pueden ser aislados o purificados del medio de cultivo o líquido de ascitis por procedimientos de purificación de inmunoglobulina convencionales tal como, por ejemplo, sefarosa de la proteína A, cromatografía de hidroxilapatita, electroforésis en gel, diálisis, o cromatografía de afinidad.
Los anticuerpos monoclónicos también pueden elaborarse por métodos de ADN recombinante, como . los descritos en la Patente Estadounidense Número 4 816 567. El ADN que codifica para los anticuerpos monoclónicos de la invención puede ser fácilmente aislado y secuenciado usando procedimientos convencionales [p.ej, usando sondas de oligonucleótido que tienen capacidad de unirse específicamente genes que codifican para las cadenas pesadas y ligeras de anticuerpos de murino) . Las células de hibridoma de la invención funcionan como una fuente preferida del ADN. Una vez aislado, el ADN puede colocarse en vectores de expresión, que son transíectados luego en células hospederas, como el simio PORQUE las células, Ovario de hamster chino (CHO) células, o células de mieloma que no producen otra cosa la proteína de inmunoglobulina, para obtener la síntesis de anticuerpos monoclónicos en las células hospederas de recombinante . El ADN también puede modificarse, por ejemplo, sustituyendo la secuencia codificadora para dominios constantes de cadena pesada y ligera de humano en vez de las secuencias de murino homologas [Patente de EE.UU. No. 4,816,567; Morrison et al., supra] o uniéndose covalentemente a la secuencia codificadora de inmunoglobulina todo o parte de la secuencia codificadora para un polipéptido de no inmunoglobulina. Tal polipéptido de no inmunoglobulina puede ser sustituido para los dominios constantes de un anticuerpo de la invención, o puede ser sustituido para los dominios variables de un sitio web que combina el antigeno de un anticuerpo de la invención para formar un anticuerpo bivalente quimérico.
Los anticuerpos pueden ser anticuerpos monovalentes. Los métodos para preparar anticuerpos monovalentes son conocidos en la técnica. Por ejemplo, un método implica la expresión de recombinante de cadena ligera de inmunoglobulina y cadena pesada modificada. La cadena pesada está truncada generalmente a cualquier punto en la región Fe para prevenir la cadena pesada entrecruzar. Alternativamente, los residuos de cisteina relevantes son sustituidos con otro residuo aminoacídico o son borrados para prevenir el entrecruzamiento .
Los métodos in vi tro también son adecuados para preparar anticuerpos monovalentes, La digestión de anticuerpos para producir fragmentos de lo mismo, particularmente, fragmentos Fab, puede llevarse a cabo usando métodos rutinarios conocidos en la técnica.
Despliegue de fagos Los anticuerpos a los biomarcadores de la invención también pueden elaborarse usando genotecas combinatorias para detectar para clones de anticuerpo sintéticos con la actividad deseada o actividades. En principio, el anticuerpo sintético se clona son seleccionados detectando genotecas de fago que contienen el fago que muestran diversos fragmentos de la región variable de anticuerpo (Fv) fusionado a la proteina de capa de fago. Las genotecas de fago son dejadas por los suelos por la cromatografía de afinidad contra el antígeno deseado. Los clones que expresan para fragmentos de Fv capaces de la unión al antígeno deseado son adsorbidos al antígeno y separados de los clones de unión en la genoteca. Los clones de unión son eluidos luego del antígeno, y pueden ser enriquecidos adicionalmente por ciclos adicionales de la adsorción/elución de antígeno. Los anticuerpos a los biomarcadores de la invención pueden obtenerse intentando que un procedimiento de detección de antígeno adecuado para seleccionar para el fago se clone de interés seguido de la construcción de un clon de anticuerpo de cadena completa usando las secuencias de Fv de la región constante de interés y adecuada del clon del fago (Fe) secuencias descritas en el Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Quinta Edición, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3.
Conjugados de anticuerpo Los anticuerpos (y fragmentos de lo mismo) de la invención pueden ser conjugados a moléculas con objetivos de diagnóstico. Por ejemplo, un anticuerpo contra un biomarcador de la Tabla 1 puede ser conjugado a un marcador detectable (p.ej, para procesar gráficamente objetivos) para diagnosticar o detectar cáncer endometrial. Los marcadores detectables adecuados incluyen, entre otras cosas, un radioisótopo, una nanoparticula, un compuesto fluorescente, un compuesto compuesto, quimioluminiscente bioluminiscente , un quelante metálico o una enzima. Los métodos para conjugar a agentes de diagnóstico a anticuerpos son conocidos (Holmes et al. (2001) Curr Protoc Cytom. May; Capt . 4:Unit 4.2; Kumar et al (2008) ACS Nano. Mar; 2 (3) : 449-56; Rosenthal et al. (2006) Laryngoscope Sep; 116 ( 9) : 1636-41 ) . Además los kits para conjugar a agentes a anticuerpos de diagnóstico se encuentran comercialmente disponibles.
Datos e información En un aspecto de la invención, la presente invención se relaciona con métodos para comparar y compilar datos donde los datos se almacenan en el formato electrónico o de papel. El formato electrónico puede seleccionarse a partir del grupo que comprende el e-mail, el disco, el disco compacto (CD) , disco digital versátil (DVD) , tarjeta de memoria, microcircuito de memoria, ROM o RAM, disco óptico magnético, graban, video, sujetador de video, microfilm, Internet, red compartida, servidor . compartido y lo similar; donde los datos se muestran, transmitidos o analizaron vía transmisión electrónica, pantalla de video, telecomunicaciones, o usando cualquiera de lo anterior formatos almacenados; donde los datos se comparan y compilado en el sitio web de probar especímenes o en una ubicación donde los datos son transportados siguiente un .proceso como se describe anteriormente. Los datos de esta modalidad son la información en cuanto a los resultados del análisis de los biomarcadores de la Tabla 1.
Los biomarcadores, los reactivos, los objetivos, los ensayos, las pruebas, las interrogaciones y las metodologías descritas aquí pueden emplearse en una variedad de contextos, incluyendo descubrimiento de diagnóstico, desarrollo de diagnóstico, seguridad y monitorización de eficacia, estudios comparativos, comercialización y lo similar. La información proporcionada por la invención puede ser comunicada a reguladores, médicos y otros proveedores de asistencia médica, fabricantes, titulares, inversionistas, pacientes, y/o el público en general. Esta información y lo similar puede usarse en investigación exploratoria, configuraciones preclinicas y clínicas, mareaje, producción, publicidad, y ventas, por ejemplo.
Definiciones Como se utiliza aquí un "biomarcador de ACAA1" se refiere a un "ácido nucleico de ACAA1" o una "proteína de ACAA1" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico ACAA1 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen ACAA1 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico ACAA1 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm ACAA1. Una proteína ACAA1 se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen ACAA1. Los ejemplos de biomarcadores ACAA1 se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores ACAA1, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de AP1M2" se refiere a un "ácido nucleico de AP1M2" o una "proteína de AP1 2" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico AP1M2 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u- otro ácido nucleico que corresponde al gen AP1M2 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico AP1M2 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm AP1M2. Una proteina AP1M2 se refiere a una proteina (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen AP1M2. Los ejemplos de biomarcadores AP1M2 se les proporcionan en los ejemplos asi como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores AP1M2, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de CGN" se refiere a un "ácido nucleico de CGN" o una "proteína de CGN" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico CGN puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen CGN de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico CGN puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm CGN. Una proteína CGN se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen CGN. Los ejemplos de biomarcadores CGN se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores CGN, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de DDR1" se refiere a un "ácido nucleico de DDR1" o una "proteína de DDR1" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico DDR1 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen DDRl de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico DDRl puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm DDRl. Una proteina DDRl se refiere a una proteina (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen DDRl. Los ejemplos de biomarcadores DDRl se les proporcionan en los ejemplos asi como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores DDRl, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de EPS8L2" se refiere a un "ácido nucleico de EPS8L2" o una "proteína de EPS8L2" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico EPS8L2 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen EPS8L2 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido EPS8L2nucleic puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm EPS8L2. Una proteína EPS8L2 se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen EPS8L2. Los ejemplos de biomarcadores EPS8L2 se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores EPS8L2, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de FASTKD1" se refiere a un "ácido nucleico de FASTKD1" o una "proteína de • FASTKDl" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico FASTKDl puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen FASTKDl de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico FASTKDl puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm FASTKDl. Una proteína FASTKDl se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen FASTKDl. Los ejemplos de biomarcadores FASTKDl se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores FASTKDl, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de GMIP" se refiere a un "ácido nucleico de GMIP" o una "proteína de GMIP" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico GMIP puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen GMIP de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico GMIP puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm GMIP. Una proteína GMIP se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen GMIP. Los ejemplos de biomarcadores GMIP se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores GMIP, ácidos nucleicos, y proteínas .
Como se utiliza aquí un "biomarcador de IKBKE" se refiere a un "ácido nucleico de IKBKE" o una "proteína de IKBKE" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico IKBKE puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen IKBKE de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico IKBKE puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm IKBKE. Una proteína IKBKE se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen IKBKE. Los ejemplos de biomarcadores IKBKE se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores IKBKE, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de P2RX4" se refiere a un "ácido nucleico de P2RX4" o una "proteína de P2RX4" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico P2RX4 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen de humano P2RX4 o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico P2RX4 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm P2RX4. Una proteína P2RX4 se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen P2RX4. Los ejemplos de biomarcadores P2RX4 se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores P2RX4, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarc'ador de P4HB" se refiere a un "ácido nucleico de P4HB" o una "proteína de P4HB" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico P4HB puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen de humano P4HB o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico P4HB puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm P4HB. Una proteína P4HB se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen P4HB. Los ejemplos de biomarcadores P4HB se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores P4HB, ácidos nucleicos, y proteínas .
Como se utiliza aquí un "biomarcador de PHKG2" se refiere a un "ácido nucleico de PHKG2" o una "proteína de PHKG2" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico PHKG2 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen AP1M2 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico PHKG2 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula dé ARNm PHKG2. Una proteína PHKG2 se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen PHKG2. Los ejemplos de biomarcadores PHKG2 se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores PHKG2, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de PPFIBP2" se refiere a un "ácido nucleico de biomarcador de PPFIBP2" o una "proteína de biomarcador de PPFIBP2" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico de biomarcador PPFIBP2 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen de biomarcador PPFIBP2 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico de biomarcador PPFIBP2 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm de biomarcador PPFIBP2. Una proteína de biomarcador PPFIBP2 se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen de biomarcador PPFIBP2. Los ejemplos de biomarcadores de biomarcador PPFIBP2 se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores de biomarcador PPFIBP2, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de PPP1R16A" se refiere a un "ácido nucleico de PPP1R16A" o una "proteína de PPP1R16A" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico PPP1R16A puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen PPP1R16A de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico PPP1R16A puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm PPP1R16A. Una proteína PPP1R16A se refiere a una proteina (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen PPP1R16A. Los ejemplos de biomarcadores PPP1R16A se les proporcionan en los ejemplos asi como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores PPP1R16A, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de TJP3" se refiere a un "ácido nucleico de TJP3" o una "proteína de TJP3" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico TJP3 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen TJP3 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico TJP3 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm TJP3. Una proteína TJP3 se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen TJP3. Los ejemplos de biomarcadores TJP3 se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores TJP3, ácidos nucleicos, y proteínas .
Como se utiliza aquí un "biomarcador de RASSF7" se refiere a un "ácido nucleico de RASSF7" o una "proteína de RASSF7" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico RASSF7 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen RASSF7 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico RASSF7 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm RASSF7. Una proteina RASSF7 se refiere a una proteina (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen RASSF7. Los ejemplos de biomarcadores RASSF7 se les proporcionan en los ejemplos asi como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores RASSF7, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de RNF183" se refiere a un "ácido nucleico de RNF183" o una "proteina de RNF183" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico RNF183 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen RNF183 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico RNF183 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm RNF183. Una proteína RNF183 se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen RNF183. Los ejemplos de biomarcadores RNF183 se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores RNF183, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de SIRT6" se refiere a un "ácido nucleico de SIRT6" o una "proteína de SIRT6" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico SIRT6 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen SIRT6 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico SIRT6 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm SIRT6. Una proteina SIRT6 se refiere a una proteina (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen SIRT6. Los ejemplos de biomarcadores SIRT6 se les proporcionan en los ejemplos asi como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores SIRT6, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de DCN" se refiere a un "ácido nucleico de DCN" o una "proteína de DCN" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico DCN puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen DCN de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico DCN puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm DCN. Una proteína DCN se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen DCN. Los ejemplos de biomarcadores LSR se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores DCN, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de SOCS2" se refiere a un "ácido nucleico de S0CS2" o una "proteína de SOCS2" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico S0CS2 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen S0CS2 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico S0CS2 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm SOCS2. Una proteina S0CS2 se refiere a una proteina (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen SOCS2. Los ejemplos de biomarcadores S0CS2 se les proporcionan en los ejemplos asi como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores S0CS2, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí un "biomarcador de EFEMP2" se refiere a un "ácido nucleico de EFEMP2" o una "proteína de EFEMP2" que puede ser específicamente detectada. Un ácido nucleico EFE P2 puede ser una molécula de ARN, Molécula de ADN, u otro ácido nucleico que corresponde al gen EFEMP2 de humano o un fragmento de lo mismo. Por ejemplo, un ácido nucleico EFEMP2 puede ser un ADNc, o fragmento de lo mismo, correspondiente a una molécula de ARNm EFEMP2. Una proteína EFEMP2 se refiere a una proteína (o fragmento de lo mismo) codificado para o expresado para por el gen EFEMP2. Los ejemplos de biomarcadores EFEMP2 se les proporcionan en los ejemplos así como algunos reactivos útiles para detectar biomarcadores EFEMP2, ácidos nucleicos, y proteínas.
Como se utiliza aquí, el término "sensibilidad" se refiere a la proporción de referencia dan un resultado positivo pacientes (enfermos) quiénes dan un resultado positivo con la prueba de detección.
Como se utiliza aquí, el término "especificidad" se refiere a la proporción de referencia dan resultado negativo en la prueba pacientes (sanos) quiénes dan resultado negativo • en la prueba con la prueba de detección.
Como se utiliza aquí, el término "fase secretora" se refiere a una fase del ciclo menstrual que es distinguible de las otras fases del ciclo menstrual usando procedimientos ordinarios en la técnica, p.e , el examen patológico del tejido obtenido de endometrio o útero. La fase secretora se asocia con el sangrado (menstruación) .
Como se utiliza aquí, el término "ROC" o "característica de operador receptora" se refiere a un gráfico gráfico de la sensibilidad con respecto (1 especificidad) o en otras palabras un gráfico de la tasa positiva verdadera contra la fracción de positivos falsos. El área bajo el ROC, o AUROC, la curva puede abarcar desde 0 a 1. Un área bajo la curva ROC de 1 es una prueba perfecta o separación de grupos mientras un área bajo el ROC de 0.5 indica que el clasificador es esencialmente incapaz de separar los grupos y no es por lo tanto útil.
"Cáncer" en un animal se refiere a la presencia de células que poseen características comunes de células que causan cáncer, por ejemplo, proliferación incontrolada, pérdida de funciones especializadas, inmortalidad, aumento potencial, significativo metastásico significativo de actividad antiapoptótica, rápido crecimiento y tasa de proliferación, y cierta morfología característica y marcadores celulares.
La frase "detección de cáncer" o "diagnosticar cáncer" se refiere a la determinación de presencia o ausencia de cáncer o una afección precancerosa en un animal. "La detección de cáncer" también puede referirse a la obtención de pruebas en cuanto a la probabilidad de la presencia de células precancerosas o cancerosas en el animal o evaluación de la predisposición de un paciente' al desarrollo de cáncer. La detección de cáncer puede llevarse a cabo usando los métodos de esta invención por sí solo, combinada con otros métodos, o en vista de otra información en cuanto al estado de salud del animal.
"Tumor", como se utiliza aqui, se refiere a todo el crecimiento celular neoplásico y proliferación, o de neoplasia maligna o benigno, y todas las células precancerosas y cancerosas y tejidos.
El término "precanceroso" , se refiere a células o los tejidos que tienen características que se relacionan con cambios que pueden dar como resultado a la neoplasia maligna o cáncer.
En términos generales, un "gen", es una región en el genoma que tiene capacidad de ser transcrito a ARN que cualquiera tiene una función reguladora, una función catalítica, y/o codifica para una proteína. Un gen eucariótico por lo común tiene intrones y exones, que pueden organizar para producir diferentes variantes de empalme de ARN que codifican para versiones alternativas de una proteína madura. El técnico experto valorará que la presente invención abarca todos los transcritos de codificación que pueden encontrarse, incluyendo variantes de empalme, variantes alélicas y transcritos que ocurren debido a sitios web promotores alternativos o sitios web de poliadenilación alternativos de los biomarcadores como enumerado en la Tabla 1. Un gen "de cadena completa" o ARN por lo tanto abarcan cualquier variante de empalme de origen natural, las variantes alélicas, otros transcritos alternativos, empalman variantes generadas por tecnologías de recombinación genética que albergan la misma función que las variantes de origen natural, y las moléculas de ARN resultantes. Un "fragmento" de un gen, incluyendo un oncogén, puede ser cualquier porción del gen, que puede o puede no representar un dominio funcional, por ejemplo, un dominio catalítico, un dominio de unión de ADN, etc. Un fragmento puede incluir preferentemente secuencias nucleotídicas que codifican para para al menos 25 aminoácidos contiguos, y preferentemente al menos aproximadamente 30, 40, 50, 60, 65, 70, 75 o más aminoácidos contiguos o cualquier número entero alrededor o en medio. En algunos aspectos de la invención, el técnico experto reconoce que el término el gen se usa de modo indistinto con el término "locus", que se refiere más genéricamente a una región del ADN genómico independientemente si esto codifica para ARN, proteina, o un elemento regulador.
Un "transcrito génico expresado de manera diferenciada", como se utiliza aqui, se refiere a un gen, el transcrito que se encuentra a un diferente nivel en diferentes tipos celulares o tisulares de un organismo que tiene tumor o cáncer, comparado con el nivel o el estado del transcrito génico descubrió en las células del mismo tejido en un organismo sano, o en las células del mismo tejido en el mismo organismo. Múltiples copias de transcritos génicos pueden encontrarse en un organismo que tiene tumor o cáncer, mientras menos copias del mismo transcrito génico se encuentran en un organismo sano o células sanas del mismo tejido en el mismo organismo, o viceversa para genes subexpresados . En términos generales, los transcritos expresados de manera diferenciada son aquellos que cuando cuantificado en una muestra afectada o muestra de un paciente afectado tienen un detectablemente diferente nivel de la expresión en comparación con un valor testigo que es representativo de una muestra no afectada o muestra de un paciente no afectado. Los ejemplos de la expresión diferencial incluyen un cambio del 10 % o más, el 20 % o más el 30 % o más, el 40 % o más, o el 50 % o más en el afectado en comparación con no afectado.
Como se utiliza aquí, el término "polipéptido" , significa una secuencia de aminoácidos unidos conjuntamente por enlaces peptidicos. La secuencia aminoacidica del polipéptido puede determinado por la secuencia de las bases de ADN que codifican para los aminoácidos de la cadena polipeptidica . Los polipéptidos descritos aquí incluyen, entre otras cosas, proteínas completas, fragmentos de proteínas completas, epítopos de proteínas etc. Como se utiliza aquí el término el polipéptido, el péptido, y la proteína se refiere a la molécula que tiene dos o más residuos aminoacídicos (natural o no natural) unido conjuntamente por uno o más enlaces peptidicos.
Un "gen expresado de manera diferenciada", puede ser un objetivo, huella estructural, o gen de la vía. Por ejemplo, un "gen de huella estructural", como se utiliza aquí, se refiere a un gen expresado de manera diferenciada cuyo modelo de expresión puede usarse como un marcador de pronóstico o de diagnóstico para la evaluación de tumores y cánceres, o que poderse usar para identificar compuestos útiles para el tratamiento contra tumores y cánceres, por ejemplo, cáncer endometrial. Los genes de huella estructural pueden ser uno o más genes (o biomarcadores correspondientes p.ej, proteína) correspondiente a los biomarcadores de la Tabla 1.
Un "patrón de huella estructural", como se utiliza aquí, se refiere a un patrón generado cuando el modelo de expresión de una serie (que puede abarcar desde dos hasta todos los genes de huella estructural que existen para un estado determinado) de genes de huella estructural se determina. Un patrón de huella estructural también puede referirse como n "perfil". Un patrón de huella estructural o el perfil de expresión que tienen de 1 a 20 de los biomarcadores de la Tabla 1 puede usarse en' el mismo de diagnóstico, de pronóstico, y los métodos de la invención.
El término "genes de la vía", como se utiliza aquí, es genes que codifican para proteínas o polipéptidos que interactúan con otros productos génicos implicados en tumores y cánceres. Los genes de la vía también pueden mostrar un gen objetivo y/o características de gen de huella estructural.
Un nivel de expresión de ARN "detectable" " , como se utiliza aquí, significa un nivel que es detectable por métodos convencionales actualmente conocidos en la técnica o aquellos que se hacen convencionales en algún futuro período de tiempo, e incluyen por ejemplo, pantalla diferencial, RT ( transcriptasa inversa) - reacción en cadena de la polimerasa copulada (PCR), Northern Blot, y/o análisis de protección de ARNasa.
Las moléculas de ácido nucleico de la invención, por ejemplo, aquellos correspondiente a uno o más biomarcadores de la Tabla 1, y sus transcritos de subsecuencias/alternativa, pueden insertarse en un vector, como se describe a continuación, que facilitará la expresión del inserto. Las moléculas de ácido nucleico y los polipéptidos que éstos codifican para pueden usarse directamente como agentes de diagnóstico, o pueden usarse (directamente en caso del polipéptido o indirectamente en caso de una molécula de ácido nucleico) para generar anticuerpos que, por su parte, son clínicamente útiles como un agente de diagnóstico. En consecuencia, los vectores que contienen los ácidos nucleicos de la invención, células transíectadas con estos vectores, los polipéptidos expresados para, y anticuerpos generados contra el polipéptido completo o contra un fragmento antigénico de lo mismo, están entre los aspectos de la invención.
Una "Molécula de ADN aislada" es un fragmento de ADN que se ha separado del cromosómico o el ADN genómico de un organismo. El aislamiento también se define para implicar un nivel de la separación de fuente original o alrededores.
Un "ADN complementario", (ADNc) , comúnmente referido como "ADN de copia", es una Molécula de ADN monocatenaria que se forma de una plantilla de ARNm por la transcriptasa inversa enzimática. Los expertos en la técnica también usan el término "ADNc" para referirse a una molécula de ADN bicatenario que comprende una Molécula de ADN tan monocatenaria y su hebra de ADN de complemento.
El término "expresión", se refiere a la biosintesis de un producto génico.
Un "vector de clonación" es una molécula de ácido nucleico, por ejemplo, un plásmido, cósmido o bacteriófago que tiene la capacidad de replicarse autónomamente en una célula hospedera. Los vectores de clonación por lo común contienen (i) un o un pequeño número de sitios web de reconocimiento de endonucleasa de restricción las secuencias de ADN en donde ajenas pueden insertarse de una forma determinable sin la pérdida de una función biológica esencial del vector, y (ii) un gen de marcador que es adecuado para usarlo en la identificación y selección de células transformadas o transfectadas con el vector de clonación. Los genes de marcador incluyen, entre otras cosas, genes que proporcionan la resistencia de tetraciclina o la resistencia de ampicilina..
Un "vector de expresión" es un constructo de ácido nucleico, generado recombinantemente o sintéticamente, albergando una serie de elementos de ácido nucleico especificados que habilitan la transcripción de un gen particular en una célula hospedera. Por lo común, la expresión génica se coloca bajo el control de ciertos elementos reguladores, incluyendo constitutivo o promotores inducibles, elementos reguladores preferidos al tejido, y potenciadores .
Un "hospedero de recombinante" puede ser cualquier célula procariótica o eucariótica que contenga un vector de clonación o vector de expresión. Este término también incluye aquellas células procarióticas o eucarióticas que han sido manipuladas genéticamente para contener el gen (es) clonado en el cromosoma o el genoma de la célula hospedera.
El término "ligado funcionalmente" se utiliza describen conexión entre elementos reguladores y un gen o su región codificadora. Es decir la expresión génica es por lo común colocada bajo el control de ciertos elementos reguladores, incluyendo constitutivo o promotores inducibles, elementos reguladores específicos para tejido, y potenciadores . Tal gen o la región codificadora son el para ser "ligados funcionalmente a" o "funcionalmente conectó con" o "funcionalmente se asoció con" los elementos reguladores, significando que el gen o la región codificadora se controla o bajo la influencia del elemento regulador.
"Homología de secuencia" se utiliza describen las relaciones . de secuencia entre dos o más ácidos nucleicos, polinucleótidos , proteínas, o polipéptidos , y es entendido en el contexto de y junto con los términos incluyendo: (a) secuencia de referencia, (b) ventana de comparación, (c) identidad de secuencia, (d) porcentaje de la identidad de secuencia, e identidad sustancial (e) o "homólogo".
Una "secuencia de referencia" es una secuencia definida usada como una base para la comparación de secuencia. Una secuencia de referencia puede ser un subconjunto de o la totalidad de una secuencia especificada; por ejemplo, un segmento de un ADNc de cadena completa o secuencia génica, o el ADNc completo o secuencia génica. Para polipéptidos , la longitud de la secuencia de polipéptido de referencia puede seleccionarse de al menos aproximadamente 16 aminoácidos, al menos aproximadamente 20 aminoácidos, al menos aproximadamente 25 aminoácidos, y aproximadamente 35 aminoácidos, aproximadamente 50 aminoácidos, o aproximadamente 100 aminoácidos. Para ácidos nucleicos, la longitud de la secuencia nucléoacidica de referencia puede seleccionarse de al menos aproximadamente 50 nucleótidos, al menos aproximadamente 60 nucleótidos, al menos aproximadamente 75 nucleótidos, y aproximadamente 100 nucleótidos o aproximadamente 300 nucleótidos o cualquier número entero alrededor o allí entre.
Una "ventana de comparación" incluye la referencia a un segmento contiguo y especificado de una secuencia polinucleotidica, donde la secuencia polinucleotidica puede compararse a una secuencia de referencia y donde la porción de la secuencia polinucleotidica en la ventana de comparación puede comprender adiciones, substituciones, o eliminación (es decir, separaciones) comparado con la secuencia de referencia (que no comprende adiciones, substituciones, o eliminación) para la alineación óptima de las dos secuencias. En términos generales, la ventana de comparación es al menos 20 nucleótidos contiguos de longitud, y opcionalmente puede ser 30, 40, 50, 100, o más larga. Los expertos en la técnica entienden que para evitar un engañosamente elevado parecido para una secuencia de referencia debido a la inclusión de separaciones en la secuencia polinucleotidica una pena de separación es por lo común introducida y es restada de la cantidad de correspondencias.
Los métodos de la alineación de secuencias para la comparación son bien conocidos en la técnica. La alineación óptima de secuencias para la comparación puede llevarse a cabo por el algoritmo de homología local de Smith y Waterman (1981) A contracorriente. Appl. Matemáticas., 2: 482; por el algoritmo de alineación de homología de Needleman y Wunsch (1970) J. Mol. Biol., 48: 443; por la búsqueda de método de parecido de Pearson y Lipman (1988) Proc. Nati. Acad. Sci. EE. UU, 8: 2444; por realizaciones automatizadas de estos algoritmos, incluyendo, entre otros: CLUSTAL en la Computadora personal/Gen programan por Intelligenetics , Mountain View, California., SEPARACIÓN, BESTFIT, BLAST, FASTA, y TFASTA en Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group (GCG) , 7 Science Dr., Madison, Wisc, EE. UU; el programa de CLUSTAL es el pocilio descrito por Higgins y Sharp (1988) Gene 73: 237-244; Corpet et al. (1988) Nucleic Acids Research, 16:881-90; Huang, et al., Computer Applications in the Biosciences, 8:1-6, 1992; y Pearson, et al. (1994) Methods in Molecular Biology, 24:7-331. La familia de BLAST de programas que pueden usarse para búsquedas de parecido de base de datos incluye: BLASTN para secuencias de búsqueda de nucleótidos contra secuencias de base de datos nucleotidicas; BLASTX para secuencias de búsqueda de nucleótidos contra secuencias de base de datos de proteínas; BLASTP para secuencias de búsqueda de proteínas contra secuencias de base de datos de proteínas; TBLASTN para secuencias de búsqueda de proteínas contra secuencias de base de datos nucleotidicas; y TBLASTX para secuencias de búsqueda de nucleótidos contra secuencias de base de datos nucleotidicas. Ver, Protocolos Actuales en la Biología molecular, el Capítulo 19, Ausubel, et al., Editores, Greene Publishing y iley-interciencia, Nueva York, 1995. Las nuevas versiones de los programas anteriores o nuevos programas totalmente se harán indudablemente disponibles en el futuro, y pueden usarse con la presente invención.
A menos que se indique otra cosa, los valores de identidad/parecido de secuencia proporcionados aquí se refieren al valor obtenido usando el BLAST 2.0 suite de programas, o sus sucesores, usando parámetros por defecto. Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res, 2:3389-3402. Hay que entender que las configuraciones por defecto de estos parámetros pueden ser fácilmente cambiadas según sea necesarias en el futuro.
Como los común experto en la técnica entenderán, las búsquedas de BLAST suponen que las proteínas puedan ser modeladas como secuencias aleatorias. Sin embargo, muchas proteínas reales comprenden regiones de secuencias no aleatorias que pueden ser extensiones homopoliméricas, repeticiones de período corto, o regiones enriquecidas en uno o más aminoácidos. Las regiones de complejidad baja pueden ser alineadas entre proteínas no relacionadas aunque otras regiones de la proteína sean completamente distintas. Varios programas de filtro de complejidad baja pueden emplearse para reducir las alineaciones de complejidad baja. Por ejemplo, el SEG o los filtros de complejidad baja pueden emplearse por sí solo o combinados (Wooten y Federhen, (1993) Comput. Chem. 17:149-163) y XNU (Claverie y States (1993) Comput. Chem., 17: 191-1) .
Una "identidad de secuencia" o "la identidad", en el contexto de dos ácido nucleico o secuencias polipeptídicas incluyen la referencia a los residuos en las dos secuencias que son iguales cuando alineado a favor de la correspondencia máxima sobre una ventana de comparación especificada, y puede tener en cuenta adiciones, eliminación y substituciones. Cuando el porcentaje de la identidad de secuencia se usa en la referencia a proteínas es reconocido que las posiciones de residuo que a menudo no son idénticas se diferencian por sustituciones aminoacidicas conservadoras, donde los residuos aminoacidicos son sustituidos para otros residuos aminoacidicos con propiedades químicas similares (por ejemplo, cargue o hidrofobicidad) y por lo tanto no cambie deletéreamente las propiedades funcionales de la molécula. Donde las secuencias se diferencian en sustituciones conservadoras, la identidad de secuencia de por ciento puede ser ajustada hacia arriba para corregir para la naturaleza conservadora de la substitución. Las secuencias que se diferencian por las sustituciones conservadoras son el para tener la similitud de secuencia. Los enfoques para elaborar este ajuste son bien conocidos a expertos en la técnica. Por lo común esto implica marcar una sustitución conservadora como un parcial en vez de un apareamiento erróneo completo, así aumentando la identidad de secuencia de porcentaje. Así, por ejemplo, donde un aminoácido idéntico se les proporciona una puntuación de 1 y una no sustitución conservadora se les proporciona una puntuación del cero, una sustitución conservadora se les proporciona una puntuación entre el cero y 1. La puntuación de sustituciones conservadoras se calcula, por ejemplo, según el algoritmo de Meyers y Miller (1988) Computer Applic. Biol. Sci . , 4: 11-17, por ejemplo, como puesto en práctica en el programa la PC/GEN ( Intelligenetics , Mountain View, California., EE. UU) .
El término "porcentaje de identidad de secuencia", significa el valor determinado al comparar dos secuencias óptimamente alineadas sobre una ventana de comparación, donde la porción de la secuencia polinucleotidica en la ventana de comparación puede comprender adiciones, substituciones, o eliminación (es decir, separaciones) en comparación con la secuencia de referencia (que no comprende adiciones, substituciones, o eliminación) para la alineación óptima de las dos secuencias. El porcentaje se calcula determinando la cantidad de posiciones en donde la base de ácido nucleico idéntica o el residuo aminoacidico ocurren en ambas secuencias para producir la cantidad de posiciones igualadas, dividiendo la cantidad de posiciones igualadas por la cantidad total de posiciones en la ventana de la comparación y multiplicando el resultado por 100 para producir el porcentaje de la identidad de secuencia.
El término "identidad sustancial" u "homólogo" en sus diversas formas gramaticales y en el contexto de polinucleótidos, significa que un polinucleótido comprende una secuencia que tiene una identidad deseada, por ejemplo, identidad de al menos, el 60 %, identidad de secuencia preferentemente de al menos el 70 %, más preferentemente al menos el 80 %, todavía más preferentemente al menos el 90 % e incluso más preferentemente al menos el 95 %, comparado con una secuencia de referencia usando uno de los programas de alineación descritos usando parámetros convencionales. El experto reconocerá que estos valores pueden ser apropiadamente ajustados para determinar la identidad correspondiente de proteínas dos secuencias nucleotídicas codificadas por teniendo en cuenta la degeneración de codón, el parecido aminoacídico, marco de lectura que coloca y lo similar. Identidad sustancial de secuencias aminoacídicas con estos objetivos n normalmente identidad de secuencia de medios de al menos el 60 %, más preferentemente al menos el 70 %, el 80 %, el 90 %, e incluso más preferentemente al menos el 95 %.
Otra indicación que las secuencias nucleotídicas son sustancialmente idénticas consiste en si dos moléculas hibridan entre sí bajo condiciones rigurosas. Sin embargo, los ácidos nucleicos que no hibridan entre sí bajo condiciones rigurosas todavía son sustancialmente idénticos si los polipéptidos que éstos codifican para son sustancialmente idénticos. Esto puede ocurrir, por ejemplo, cuando una copia de un ácido nucleico se forma usando la degeneración de codón máxima permitida por el código genético. Una indicación que dos secuencias nucleoacídicas son sustancialmente idénticas consiste en que el polipéptido que el primer ácido nucleico codifica para es el reactivo inmunológicamente reticulado con el polipéptido codificado por el segundo ácido nucleico, aunque la reactividad reticulada no requiera para dos polipéptidos para ser considerados sustancialmente idéntica.
El término "identidad sustancial" o "homólogo", en sus diversas formas gramaticales en el contexto de péptidos, indica que un péptido comprende una secuencia que tiene una identidad deseada, por ejemplo, identidad de al menos el 60 %, identidad de secuencia preferentemente de al menos el 70 % a una secuencia de referencia, más preferentemente el 80 %, todavía más preferentemente el 85 %, incluso más preferentemente identidad de secuencia de al menos el 90 % o del 95 % a la secuencia de referencia sobre una ventana de comparación especificada. Preferentemente, la alineación óptima se lleva a cabo usando el algoritmo de alineación de homología del Needleman y Wunsch (1970) J. Mol. Biol., 48:443. Una indicación que dos secuencias peptídicas son sustancialmente idénticas consiste en que un péptido es inmunológicamente reactivo con anticuerpos sensibilizados contra el segundo péptido, aunque la reactividad reticulada no requiera para dos polipéptidos para ser considerados sustancialmente idéntica. Así, un péptido es sustancialmente idéntico a un segundo péptido, por ejemplo, donde los dos péptidos sólo se diferencian por una sustitución conservadora. Los péptidos que son "" secuencias de acción sustancialmente similares como observado mayor a salvo que las posiciones de residuo que no son idénticas pueden diferenciarse por cambios aminoacidicos conservadores. Las sustituciones conservadoras por lo común incluyen, entre otras cosas, substituciones dentro de los grupos que siguen: glicina y alanina; valina, isoleucina, y leucina; ácido aspártico y ácido glutámico; asparagina y glutamina; serina y treonina; lisina y arginina; y fenilananina y tirosina, y otros como conocido al experto.
Un "paciente biológico", como se utiliza aquí, se refiere a un objeto biológico con especificidad de objetivo obtenido, alcanzado, o recolectado in vivo, ex vivo, o in situ, que contiene o se sospecha de contener ácidos nucleicos o polipéptidos correspondiente a un biomarcador de la Tabla 1.
Una "muestra biológica", como se utiliza aquí, se refiere a una muestra obtenida de un paciente biológico, incluyendo la muestra del origen tisular o fluido biológico, obtenido, alcanzado, o recolectado in vivo, ex vivo, o in situ, que contiene o se sospecha de contener ácidos nucleicos o polipéptidos correspondiente a un biomarcador de la Tabla 1. Una muestra biológica también incluye muestras de una región de un sometido biológico que contiene precanceroso o células cancerígenas o tejidos. Las muestras pueden ser, entre otras cosas, órganos, tejidos, fracciones y células aisladas de mamíferos incluir, humanos, como un paciente. Las muestras biológicas también pueden incluir secciones de la muestra biológica que incluye tejidos, por ejemplo, secciones congeladas incorporadas con objetivos histológicos. Una muestra biológica, como se describe aquí, puede ser: un "control" o una "muestra, control" o una "muestra para la prueba". Una muestra biológica puede obtenerse del útero usando comúnmente empleaba prácticas clínicas {p.ej. Aspiración, cepillo, curetaje, o histeroscopía) .
Un "control" o "valor testigo", se refiere a un representante de paciente biológico sin cáncer sano, endometrial o información obtenida de un diferente paciente o un valor normalizado, que puede basarse en datos básales obtenidos de una población u otras fuentes aceptables. Un control también puede referirse a un nivel determinado de un biomarcador de la Tabla 1, representativa de la población sin cáncer endometrial, que ha sido establecida previamente con base en cuantificaciones de pacientes sin cáncer normales, endometriales . Un control también puede ser una función de datos de referencia en una base de datos basada en datos obtenidos de muestras control representativas de una población sin cáncer. Adicionalmente, un control puede ser establecido por una edad específica, sexo, pertenencia étnica u otros parámetros demográficos. En algunos contextos, el control es implícito en la cuantificación particular. Un valor testigo o el control también pueden referirse a una "puntuación de control". Las puntuaciones de control pueden ser valores obtenidos de la determinación del nivel de expresión de uno o más biomarcadores de la invención. Por ejemplo, los diferentes programas y los algoritmos se encuentran comercialmente disponibles para generar fórmulas que producen un valor de puntuación basado en la cuantificación de los niveles de uno o más biomarcadores, que pueden indicar si un paciente probablemente tendrá una afección o no. En otro ejemplo, una puntuación o a continuación un cierto limite permisible que puede indicar un mayor (o disminuido) probabilidad de tener la enfermedad. Un valor de puntuación de control puede basarse en un marcador individual o una combinación de marcadores.
Una "muestra control", se refiere a una muestra del representante material biológico de animales sanos, sin cáncer o un paciente biológico normal obtenido de una población sin cáncer. El nivel de un biomarcador de la Tabla 1, en una muestra control es deseablemente común de la población en general de animales normales, sin cáncer de las mismas .especies . Esta muestra puede recolectarse de un animal para usarse en los métodos descritos en la presente invención o puede ser cualquier representante material biológico de animales normales, sin cáncer adecuados para usarlos en los métodos de esta invención. Una muestra control también puede obtenerse del tejido normal del animal que tiene cáncer o se sospecha de tener cáncer.
Una "muestra para la prueba", como se utiliza aquí, se refiere a una muestra biológica, incluyendo la muestra del origen tisular o fluido biológico, obtenido, alcanzado, o recolectado in vivo, ex vivo, o in situ, que contiene g se sospecha de contener ácidos nucleicos o polipéptidos correspondiente a un biomarcador de la Tabla 1. Una muestra para la prueba también incluye muestras biológicas que contienen precanceroso o células cancerígenas o tejidos. Una muestra para la prueba también puede incluir secciones de la muestra biológica que incluye tejidos, por ejemplo, secciones congeladas incorporadas con objetivos histológicos.
"Proporcionando un paciente biológico, una muestra biológica, o una muestra para la prueba" medios de obtener un paciente biológico in vivo, ex vivo, o in situ, incluyendo tejido o muestra celular para usarlo en los métodos descritos en la presente invención. El más a menudo, esto se llevará a cabo eliminando una muestra de células de un animal, pero también puede llevarse a cabo in vivo, ex vivo, o in situ, o usando células previamente aisladas (por ejemplo, aislado de otra persona, en otro período de tiempo, y/o con otro objetivo) . La muestra también puede obtenerse de fuentes, como sangre, suero, y fluido uterino.
El término "datos" incluye, entre otras cosas, la información obtenida que se relaciona con "muestra biológica", "muestra para la prueba", "muestra control", y/o "control", como se describe anteriormente, donde la información se aplica en la generación de un nivel de prueba para diagnóstico, prevención, monitorización o uso terapéutico. La presente invención se relaciona con métodos para comparar y compilar datos donde los datos se almacenan en formatos electrónicos o de papel. El formato electrónico puede seleccionarse a partir del grupo que comprende el e-mail, el disco, el disco compacto (CD) , disco digital versátil (DVD), tarjeta de memoria, microcircuito de memoria, ROM o RAM, disco óptico magnético; cinta, video, sujetador de video, microfilm, Internet, red compartida, servidor compartido y lo similar; donde los datos se muestran, transmitidos o analizaron vía transmisión electrónica, pantalla de video, telecomunicaciones, o usando cualquiera de lo anterior formatos almacenados; donde los datos se comparan y compilado en el sitio web de probar especímenes o en una ubicación donde los datos son transportados siguiente un proceso como: descrito anteriormente.
La "sobreexpresión" de un gen o un "mayor nivel" o "nivel elevado" de un ribonucleótido o proteína se refiere a un nivel del gen, ribonucleótido o polipéptido que, en comparación con un nivel de control / valor del gen, ribonucleótidos o polipéptido, es detectablemente más elevado. La comparación puede llevarse a cabo por análisis estadísticos tras cuantificaciones numéricas de la expresión; o, esto puede llevarse a cabo el examen a través de visual de resultados experimentales por investigadores calificados. Los ejemplos de la sobreexpresión incluyen un cambio del 10 % o más, el 20 % o más el 30 % o más, el 40 % o más, o el 50 % o más en el afectado en comparación con no afectado.
La "subexpresión" de un gen o un "menor nivel" o "nivel inferior" de un ribonucleótido o proteina se refiere a un nivel del gen, ribonucleótido o polipéptido que, en comparación con un nivel de control del gen, ribonucleótidos o polipéptido, es detectablemente inferior. La comparación puede llevarse a cabo por análisis estadísticos tras cuantificaciones numéricas de la expresión; o, esto puede llevarse a cabo el examen a través de visual de resultados experimentales por investigadores calificados. Los ejemplos de la subexpresión incluyen un cambio del 10 % o más, el 20 % o más el 30 % o más, el 40 % o más, o el 50 % o más en el afectado en comparación con no afectado.
Un nivel de ribonucleótido o polipéptido, que es "previsto" en una muestra control se refiere a un nivel que representa una muestra común, sin cáncer, y de que una presencia, elevada, o de diagnóstico del polipéptido o polinucleótido, puede distinguirse. Preferentemente, un nivel "previsto" se controlará para los factores como la edad, sexo, historial médico, etc. del mamífero, así como para el paciente biológico particular que se analiza.
Los términos "aislado", "purificado", o "biológicamente puro" se refieren al material que está libre a grados diversos de componentes que normalmente lo acompañan como descubrió en su estado de origen natural. "El aislado" denota un nivel de la separación de fuente original o alrededores." Purificar" denota un nivel de la separación que es más elevada que el aislamiento. Una "proteína purificada", o una "proteína biológicamente pura", es suficientemente sin otros materiales tales que cualquier impureza no afecta materialmente las propiedades biológicas de la proteína o causa otras consecuencias adversas. Es decir un ácido nucleico o el péptido de esta invención se purifican si está sustancialmente libre del material material, viral celular, o medio de cultivo cuando producido por métodos de ADN recombinante, o precursores químicos u otros productos químicos cuando sintetizado químicamente. La pureza y la homogeneidad son por lo común determinadas usando métodos de química analíticos, por ejemplo, electroforesis sobre gel de poliacrilamida o cromatografía líquida de alta eficiencia. El término "purificado" puede denotar que un ácido nucléico o proteína da origen a esencialmente una banda en un gel electroforético . Para una proteína que puede someterse a modificaciones, por ejemplo, fosforilación o glucosilación, las diferentes modificaciones pueden dar origen a diferentes proteínas aisladas, que pueden ser por separado purificadas.
Diversos niveles de la pureza pueden aplicarse según sea necesarios según esta invención en las diferentes metodologías establecidas aquí; los patrones de pureza acostumbrados conocidos en la técnica se pueden usar si ningún patrón es otra cosa especificado.
Una "molécula de ácido nucleico aislada", puede referirse a una molécula de ácido nucleico, según la circunstancia, que se separa de los 5' y 3' secuencias codificadoras de genes o fragmentos génicos contiguos en el genoma de origen natural de un organismo. El término "molécula de ácido nucleico aislada" también incluye moléculas de ácido nucleico que no son de origen natural, por ejemplo, moléculas de ácido nucleico formadas por métodos de ADN recombinante .
El término "ácido nucleico", se refiere a desoxirribonucleótidos o ribonucleótidos y polímeros de lo mismo en cualquiera mono o bicatenario - forma. El término abarca ácidos nucleicos que contienen análogos nucleotídicos conocidos o residuos de estructura primaria modificados o enlaces, que son sintéticos, . de origen natural, y artificialmente ocurrir, que tienen propiedades de unión similares como el ácido nucleico de referencia, y que son metabolizados en una manera similar a los nucleótidos de referencia. Los ejemplos de los análogos incluyen, entre otras cosas, fosforotioatos , fosforoamidatos , fosfonatos de metilo, fosfonatos de metilo quirales, 2-0-metil ribonucleótidos , y ácidos peptidonucléicos (PNAs) .
Al menos que se indique otra cosa, una secuencia nucleoacidica particular también implícitamente abarca de forma conservadora, variantes modificadas de lo mismo (por ejemplo, degenere substituciones de codón) y las secuencias complementarias, así como la secuencia explícitamente indicada. Específicamente, degenere las substituciones de codón pueden lograrse generando secuencias donde la tercera posición del uno o más seleccionado (o todos) los codones son sustituidos con base mixta adecuada y/o residuos de deoxiinosina (Batzer et al. (1991) Nucleic Acid Res, 19:081; Ohtsuka et al. (1985) J. Biol. Chem. , 260:2600-2608; Rossolini et al. (1994) Mol. Cell Probes, 8:91-98) . El término el ácido nucleico puede usarse de modo indistinto con gen, ADNc, ARNm, oligonucleótido, y polinucleótido .
Un "marcador" o una "porción detectable", es una composición que cuando unido con la molécula de ácido nucléico o proteína de interés hace a éste detectable, vía medios espectroscópicos, fotoquímicos, bioquímicos, inmunoquímicos, o químicos. Por ejemplo, los marcadores útiles incluyen isótopos ' radiactivos, perlas magnéticas, perlas metálicas, partículas coloidales, tintes fluorescentes, reactivos electrodensos , enzimas (por ejemplo, como comúnmente usado en un ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas), biotina, digoxigenina, o haptenos. Una "sonda de oligonucleótido o ácido nucléic marcado" es el que que es ligado, covalentemente, a través de un ligador o una unión química, o no covalentemente, a través de enlaces iónicos, fuerzas de van der Waals, atracciones electrostáticas, interacciones hidrofóbicas, o uniones de hidrógeno, a un marcador tal que la presencia del ácido nucleico o la sonda pueden detectarse detectando la presencia del marcador unido al ácido nucleico o sonda.
Como se utiliza aquí una "sonda de oligonucleótido o ácido nucleico" se define como un ácido nucleico capaz de la unión a un ácido nucleico con especificidad de objetivo de secuencia complementaria los a través de uno o más tipos de las uniones químicas, por lo general a través de formación de pares baja complementaria, por lo general a través de formación de unión de hidrógeno. Como se utiliza aquí, una sonda puede incluir natural (es decir, A, G, 0 C, o. T) o bases modificadas (7-deazaguanosina, inosina, etc. ) . Además, las bases en una sonda pueden unirse por un enlace además de una unión de fosfodiéster, mientras que esto no interfiere excesivamente con la hibridación. Será entendido por el experto en la técnica que las sondas pueden ligar secuencias con especificidad de objetivo que carecen de la complementariedad completa con la secuencia de sonda según la rigurosidad de las afecciones de hibridación. Las sondas son preferentemente directamente marcadas por isótopos, por ejemplo, cromóforos, lumiforos, cromógenos, o indirectamente marcadas por la biotina a la cual un complejo de estreptavidina puede ligar más tarde. Realizando ensayos de evaluación para presencia o ausencia de la sonda, uno puede detectar presencia o ausencia de un gen objetivo de interés.
La frase "selectivamente (o específicamente) híbrida a" se refiere a la unión, duplexado, o hibridar de una molécula sólo a una secuencia nucleotídica particular bajo condiciones rigurosas de hibridación cuando aquella secuencia se encuentra en una mezcla compleja (por ejemplo, total celular o ADN o ARN de genoteca) .
La frase "condiciones rigurosas de hibridación" se refiere a afecciones en las cuales una sonda hibridará a su secuencia complementaria con especificidad de objetivo, por lo común en una mezcla compleja de ácidos nucleicos, pero a ningunas otras secuencias. Las condiciones rigurosas son dependientes de la secuencia y dependientes de la circunstancia; por ejemplo, las secuencias más largas pueden hibridar con la especificidad a temperaturas más elevadas. Una guía extensa de la hibridación de ácidos nucleicos se encuentra en el Tijssen (1993) Techniques in Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization with Nucleic Probes, "Overview of principies of hybridization and the strategy of nucleic acid assays". En el contexto de la presente invención, como se utiliza aquí, el término "híbrida bajo condiciones rigurosas" pretende describen afecciones para la hibridación y lavándose bajo cuales secuencias nucleot ídicas al menos el 60 % homólogo entre sí por lo común permanece hibridado entre sí. Preferentemente, las afecciones son tales que las secuencias al menos aproximadamente el 65 %, más preferentemente al menos aproximadamente el 70 %, e incluso más preferentemente al menos aproximadamente el 75 % o más homólogo entre sí por lo común permanecen hibridadas entre sí.
En términos generales, las condiciones rigurosas se seleccionan para ser de aproximadamente 5 a 10 ° C inferior que la temperatura de fusión térmica (Tm) para la secuencia específica en un pH de fuerza iónica definido. La Tm es la temperatura (bajo fuerza iónica definida, pH, y concentración nucleica) en donde el 50 % de las sondas complementarias al objetivo híbrida a la secuencia con. especificidad de objetivo en el equilibrio (ya que las secuencias con especificidad de objetivo se encuentran en el exceso, en la Tm, el 50 % de las sondas es ocupado en el equilibrio) . Las condiciones rigurosas serán aquellos donde la concentración de sal es menor que sobre 1.0 ión de sodio, por lo común aproximadamente 0.01 a 1.0M de la concentración de ión de sodio (u otras sales) a pH 7.0 a 8.3 y la temperatura son al menos aproximadamente 30 ° C para sondas cortas (por ejemplo, 10 a 50 nucleótidos) y al menos aproximadamente 60 ° C para largas sondas (por ejemplo, mayor que 50 nucleótidos) . Las condiciones rigurosas también pueden lograrse con la adición de desestabilizar a agentes, por ejemplo, formamida. Para la hibridación selectiva o especifica, una señal positiva es antecedentes de al menos dos veces, preferentemente hibridación de antecedentes de 10 veces.
Las condiciones rigurosas de hibridación ejemplificantes pueden seguir como, por ejemplo: la formamida del 50 %, 5xSSC y SDS del 1 %, que incuba en 42 0 C, o 5xSSC y SDS del 1 %, que incuba en 65 ° C, con el lavado en 0.2xSSC y el 0.1 % de SDS a una temperatura de 65 afecciones de C. Alternative ° incluyen, por ejemplo, afecciones al menos tan rigurosas como la hibridación en 68 ° C durante 20 horas, seguidas lavando en 2xSSC, SDS del 0.1 %, dos veces durante 30 minutos en 55 ° C y tres veces durante 15 minutos en 60 ° C. Otro conjunto alternativo de afecciones es la hibridación en 6xSSC en aproximadamente 45 0 C, seguido de uno o más lavados en 0.2xSSC, el 0.1 % de SDS a una temperatura de 50-65 ° C. Para el PCR, una temperatura de aproximadamente 36 0 C son comunes para la amplificación de rigurosidad baja, aunque el apareamiento de temperaturas pueda variar entre aproximadamente 32 ° C y 48 ° C según la longitud de cebador. Para la amplificación por PCR de gran rigurosidad, una temperatura de aproximadamente 62 ° C son comunes, aunque las temperaturas de apareamiento de gran rigurosidad puedan abarcar de aproximadamente 50 ° C hasta aproximadamente 65 ° C, según la longitud de cebador y especificidad. Las afecciones de ciclo comunes para ambas amplificaciones de rigurosidad altas y bajas incluyen una fase de desnaturalización de 90 ° C a 95 ° C para el de 30 segundos, a 2 minutos, una fase de apareamiento que dura de 30 segundos. a 2 minutos, y una fase de extensión de aproximadamente 72 ° C para 1 a 2 minutos.
Los ácidos nucleicos que no hibridan entre si bajo condiciones rigurosas todavía pueden ser sustancialmente idénticos si los polipéptidos que éstos codifican para son sustancialmente idénticos. Esto ocurre, por ejemplo, cuando una copia de un ácido nucleico se forma usando la degeneración de codón máxima, permitida por el código genético. En tales casos, los ácidos nucleicos por lo común hibridan bajo moderadamente condiciones rigurosas de hibridación. Ejemplificante "moderadamente las condiciones rigurosas de hibridación" incluyen una hibridación en un amortiguador de la formamida del 40 %, 1M NaCl, el 1 % de SDS a una temperatura de 37 ° C, y un lavado en lxSSC en 45 0 C. Una hibridación positiva es al menos dos veces antecedentes. Aquellos de la habilidad común reconocerán fácilmente que la hibridación alternativa y las afecciones de lavado pueden utilizarse para proporcionar afecciones de la rigurosidad similar .
El término "gen objetivo" o "biomarcador con especificidad de objetivo" o "ácido nucleico con especificidad de objetivo" o "proteína con especificidad de objetivo" puede referirse a un ácido nucleico con especificidad de objetivo (ADN y ARN ) o proteína (o polipéptido) , (p.ej, correspondiente a los biomarcadores en la Tabla 1) y puede incluir sus variantes polimorfas, alelos, mutantes, y homólogos de interespecies que tienen (i) homología de secuencia nucleotídica considerable (por ejemplo, identidad de al menos el 60 %, identidad de secuencia preferentemente de al menos el 70 %, más preferentemente al menos el 80 %, todavía más preferentemente al menos el 90 % e incluso más preferentemente al menos el 95 %) con la secuencia nucleotídica indicada en la base de datos de Ensembl para el Número de identificación indicado; o (ii) homología de secuencia de al menos el 65 % con la secuencia aminoacídica como indicado en el registro de Ensembl; o (iii) homología de secuencia nucleotídica considerable (por ejemplo, identidad de al menos el 60 %, identidad de secuencia preferentemente de al menos el 70 %, más preferentemente al menos el 80 %, todavía más preferentemente al menos el 90 ¾ e incluso más preferentemente al menos el 95 %) con la secuencia nucleotídica como se expone en Ensembl registran con homología de secuencia considerable con la secuencia aminoacidica codificada. Usado como en aquí, y a menos que otra cosa no especificado, estos términos se refieren la secuencia génica completa, secuencia de ARNm, y/o secuencia protéica asi como fragmentos de estas secuencias. En una definición más especifica, estos términos se refieren a la cantidad mínima de ácido nucleico o secuencia aminoacidica que poderse usar para identificar el biomarcador en una manera específica. El técnico experto reconoce que los genes/biomarcador con especificidad de objetivo pueden tener diversas formas de empalme y variantes. Al referirse a un gen objetivo específico o locus por un número de referencia (p.ej. ID de gen de Entrez o Ensembl) , todas formas de empalmes y variante que se incluyen en .diversas modalidades de la invención. El gen objetivo / biomarcador también puede comprender un elemento regulador. Estas secuencias son representativas de un paciente particular en la población de humanos. Los humanos varían de un al otro en sus secuencias génicas. Estas variaciones son muy mínimas, a veces ocurriendo en una frecuencia de aproximadamente 1 a 10 nucleótidos por gen. Diferentes formas de cualquier gen particular existen dentro de la población humana. Estas diferentes formas se llaman variantes alélicas. Las variantes alélicas a menudo no cambian la secuencia aminoacidica de la proteína codificada; las variantes son conocidas como sinónimo. Aun si éstos realmente cambian el aminoácido codificado (no sinónimo) , la función de la proteina no es por lo común afectada. Los cambios son evolutivamente o funcionalmente neutros. Cuando ID génico (p.ej. El genbank o Ensembl) es referido a en la presente solicitud todas las variantes alélicas pretenden ser abarcadas por el término. Las secuencias de ID génicas proporcionadas para un biomarcador se proporcionan simplemente como ejemplos representativos de una secuencia de humano natural. La invención no es limitada con forma alélica individual de los genes amplificados o regiones (y proteínas que éstos codifican para) .
Ej emplos Los siguientes ejemplos se incluyen para demostrar modalidades preferidas de la invención. Esto debería valorarse por expertos en la técnica que los métodos descritos en los ejemplos que siguen representan métodos usados por el inventor para funcionar el pocilio en la práctica de la invención, y pueden considerarse para constituir modos preferidos para su práctica. Sin embargo, los expertos en la técnica deberían, en vista de la presente descripción, valorar que muchos cambios pueden elaborarse en las modalidades específicas que se describen y todavía obtienen un resultado parecido o similar sin apartarse del espíritu y alcance de la invención.
Ejemplo 1; Identificación de Biomarcadores de Cáncer endometrial A fin de identificar biomarcadores para pronosticar y/o diagnosticar cáncer endometrial, los niveles de expresión génica de cincuenta y seis tumores primarios endometriales en varias etapas de diferenciación se comparan con 10 normal (es decir, no teniendo cáncer endometrial) tejidos endometriales por el ADN método de análisis en micromatriz. Este método nos permite que para registrar la expresión del genoma completo en un tipo¦ particular de la célula, tejido, órgano, o en este caso, registrar la expresión génica diferencial entre cáncer endometrial y tejido endometrial sano. Un circuito integrado de análisis en micromatriz contiene pequeñas secuencias de ADN configuradas en un patrón regular con discursos específicos para sondas para por lo común miles de genes.
La cantidad de ARNm específicos en una muestra puede ser estimada por ello señal de hibridación en la matriz.
Descripción de una muestra Las muestras tumorales se obtienen de pacientes que experimentaron a la cirugía y controle el tejido se obtiene de no las regiones afectadas del tejido endometrial de los mismos pacientes. Durante la preparación de los especímenes, el cuidado se obtiene para disecar macroscópicamente cáncer lejos de cualquier myometrium adyacente.
Diez muestras control (nueve de ellos son formados pares con sus muestras tumorales correspondientes y el décimo son un endometrio atrófico) se usan y las características alcalinas de las otras muestras para la prueba se resumen en la Tabla 3 a continuación.
Tabla 3. Muestras afectadas usadas en estudios análisis en micromatriz .
El ARN total se extrae con el kit raini RNeasy (Qiagen, Hilden, Alemania) , siguiente las instrucciones proporcionadas por el fabricante. La cantidad y la calidad de ARN obtenido se cuantifican con Nanodrop (Nandrop ND-1000, Agilent 2100 Bioanalyzer) y ARN de baja calidad es desechado del proceso de hibridación de matriz.
Diseño de análisis en micromatriz Las micromatrices para la Expresión génica son diseñadas por el -algoritmo de Tethys usando la base de datos ENSEMBL. Para secuencias donde no descubrimos sondas de alta calidad, complementamos el diseño con Oryzon sondas Agilent Optimizadas. El ADN síntesis de análisis en micromatriz es externalizado a Agilent.
La Matriz de Expresión génica Genómica Completa contiene : • 20148 sondas de Alta calidad Oryzon de Base de datos ENSEMBL. • 5698 Tm Oryzon sondas de Agilent optimizadas.
La cantidad total de sondas es 25846. mareaje de aRNA El aRNA marcado de Cy3 y Cy5 se produce usando el Kit de MessageAmplification por Ambion (en Cuanto a: 1819 para 96x kit o en Cuanto a: 1751 para 20x kit) . Estos kits se usan con algunas modificaciones introducidas por la genómica de Oryzon. El mareaje de ARN se lleva a cabo esencialmente usando el protocolo . de Eberwine (Van Gelder, 1992) comercializado por Ambion con MessageAmplification Kit (Ambion/Applied Biosystems) con modificaciones menores. 500 ng de ARN total son inversos transcrito en la presencia del oligo(dT)24, la síntesis de segunda hebra se genera y la transcripción de este dsDNA se prepara usando CTP_Cy3 o CTP_Cy5 ( PerkinElmer) . CRNA amplificado se cuantifica por Nanodrop ND-1000 y la calidad cRNA se controla con ARN Agilent Bionalyzer 2100.
Hibridación de análisis en micromatriz La hibridación de análisis en micromatriz se lleva a cabo en 60°C y período de tiempo de hibridación de 17 horas según indicaciones de Agilent, usando juntas de Agilent (G2534-60002) , cámaras de hibridación de Agilent (G2534A) y en un Agilent DNA Hybridization Oven (G2545A) . Los controles de hibridación de Oryzon se usan también en el proceso de hibridación. Los controles para el proceso de hibridación correspondiente a 3 clones de ADNc del maíz (Xet, Zm42, Exp) se incluyen en todo el análisis. Exp se usa como el control enriquecido negativo y no es amplificado, ni marcado. Ya que Xet y los fragmentos de PCR Zm42 se generan por la amplificación por PCR del vector con cebadores universales y cRNA se genera usando sistemas de transcripción in vitro (T7 o kit de Megaescritura T3; Ambion) con CTP_Cy3 o CTP_Cy5 (PerkinElmer) . Ambos del punto positivo controlan Xet y Zm42 son tanto con el Cy5 como con Cy3 fluorofor.
Adquisición de datos Los Datos sin procesar iniciales se obtienen usando un ADN Agilent Escáner de análisis en Micromatriz (G2505B) y software de adquisición de Agilent (Software de Extracción de la característica) . El protocolo de extracción llevado a cabo no usa la substracción de referencia, el cálculo de tendencias de tinte y la corrección de proporción.
Análisis de datos Una gran cantidad de controles se incluye en los diseños de análisis en micromatriz para monitorizar el escáner y el desempeño de matriz y controlar homogeneidad espacial y desviaciones correctas. Estos modo, el error total en las cuantificaciones de datos de análisis en micromatriz puede ser estimado por el análisis que se extiende de los datos de los controles.
Los períodos de tiempo medios cambian los valores de orM pueden 'ser clasificados con base en su probabilidad de ser diferente de 0, según el valor absoluto de la t-estadística regularizada (Baldi y Long, 2001) que usa un marco de Bayesian para derivar una estadística de t-estudiante modificada y mejorada. Para elaborar el Cambio de Periodos de tiempo selección con base, M medio de distribución se usa. Esta distribución es ajustada a una distribución normal y un proceso iterativo se utiliza definen medio de cantidades que son fuera de la distribución. El limite se selecciona como n desviaciones de norma de periodos de tiempo (o) de la media. Este método genera una media consistente y desviación estándar y permite a ajusfar dinámicamente el valor discriminatorio a la distribución del ruido de los datos. Por lo común, valores con FC medio> 3 s o FC medio <-3 s de la distribución de datos de muestra son seleccionados.
Una comparación de análisis indirecta donde los niveles de expresión de biomarcadores particulares en muestras tumorales se comparan a un grupo de ARN de referencia obtenido de un grupo de más de 20 lineas celulares (melanoma, cáncer de pulmón, cáncer ovárico, cáncer de colon, y varias lineas de no células cancerígenas) . El nivel de expresión de genes particulares en las muestras normales (controles) se compara al mismo grupo de referencia y los cambios de períodos de tiempo de expresión finales entre tumor y tejido endometrial normal se generan la eliminación in silicio del grupo de referencia.
Los genes candidatos se seleccionan como biomarcadores para cáncer endometrial basado en sobreexpresion de períodos de tiempo, valor p, y otros factores. La Tabla 1 en la Descripción Detallada de la Invención muestra 17 genes sobreexpresados para y 3 genes underexpresssed identificado usando estos procedimientos. La sobreexpresion de estos genes es validada por el RT-PCR como se describe en los siguientes ejemplos.
Los resultados a partir de los estudios de análisis en micromatriz se resumen en la Tabla 1 en la Descripción Detallada de la Invención, que muestra la abreviatura común usada para el gen, el gen ENSMBL, transcrito y números de acceso protéicos junto con la sobreexpresion de periodos de tiempo y valores p calculados.
Ejemplo 2: Preparación de Muestra de Fluido Uterino Los aspirados endometriales se recolectan con la ayuda de una cánula de Pipelle Más sentimental, después de que el consentimiento informado completo se obtiene de todos los pacientes. El aspirado (fluido uterino) es inmediatamente transferido a un tubo eppendorf que contiene 500 microlitros de una solución de conservación de ARN (ARN más tarde, Ambion) . La muestra es centrifugada y el sedimento que contiene a una población representativa de células de la cavidad uterina es procesado adicionalmente para la extracción de ARN (Qiagen) . Las pruebas de calidad (Bioanalyzer ) se llevan a cabo antes del análisis de expresión génica con la tecnología de Taqman para los marcadores seleccionados de carcinoma endometrial.
Ejemplo 3: Correlación de Biomarcadores en Tumor Primario y en Fluido Uterino Los niveles de biomarcadores de muestra tumoral primaria y muestra de fluido uterino obtenida por el procedimiento de Ejemplo 2 se comparan como por el RT-PCR siguiente el protocolo de RT-PCR general como se describe en el Ejemplo 4. Los biomarcadores en este estudio ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2 , PPFIBP2 incluido, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN cuyo nivel de expresión se encuentra sorprendentemente correlacionado entre tumor primario y aspirados endometriales (fluido uterino). Ver la Figura 1. Como se puede observar en la Figura 1, el nivel de expresión de varios biomarcadores de cáncer endometrial se correlaciona en el fluido, uterino y tumor primario. En términos particulares, se descubre que hay una de alto nivel de la correlación de la expresión de biomarcadores correspondiente a ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1 , EPS8L2, FASTKD1 , GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2 , PPFIBP2, PPPlRl 6A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, S0CS2 y DCN en la muestra tumoral y en muestras obtenidas del fluido uterino. Asi, los inventores tienen sorprendentemente el descubrimiento de un grupo de genes que poderse usar el diagnóstico o pronosticar una mayor probabilidad de cáncer endometrial basado en sus niveles de expresión en muestras obtenidas del fluido uterino. Más aún, los inventores han mostrado que el fluido uterino se pueda usar para evaluar biomarcadores para cáncer endometrial. Por ejemplo, los biomarcadores de pronóstico para cáncer endometrial, los biomarcadores para organizar cáncer endometrial, biomarcadores para determinar- el tipo de cáncer endometrial (p.ej, de Tipo 1 con respecto Tipo II) o tipo (célula endometrioide , depurada,- serrous, etc.), biomarcadores de diagnóstico auxiliares, biomarcadores de diagnóstico diferencial, pueden analizarse mediante ensayos en el fluido uterino para caracterizar cáncer.
Ejemplo 4: Confirmación de Sobreexpresión de Biomarcadores por RT-PCR cuantitativo Una vez que los datos de matriz se obtienen, un grupo de genes regulados aceleradamente y lentificados en muestras tumorales comparado con el tejido normal son seleccionados en parte basado en sus valores p y desviaciones estándares . Estos candidatos se seleccionan para determinar sus niveles de expresión por un método independiente usando un diferente conjunto de muestras tumorales.
Las Microfluidic Cards (MFC) de Applied Biosystems, se utilizan para llevar a cabo el RT-PCR con ARN aislado de tumor y muestras tisulares endometriales normales. En este caso ambos tipos de tejidos, sanos y carcinógenos se obtienen del mismo paciente por procedimientos de microdisección . Estos estudios confirmados los resultados de análisis en micromatriz para la mayor parte de los marcadores de la Tabla 1. Otro conjunto de estudios de P.C. DE RT se lleva a cabo usando aspirados obtenidos de pacientes de cáncer endometrial (confirmados) y aspirados de pacientes no afectados. Estos estudios que usan muestras de aspirados se describen más detalladamente a continuación.
Las muestras aspiradas se obtienen siguiente un procedimiento similar a esto descrito en el Ejemplo 2. La descripción de características del paciente para las muestras afectadas y no afectadas se les proporciona en la Tabla 4 y la Tabla 5 a continuación.
Brevemente, los pocilios de la Tarjeta Microfluídica contienen el Applied Biosystems fluorogenic 5' ensayos de nucleasa que detectan la amplificación en tiempo real de la matriz objetivos seleccionados. Los niveles relativos de la expresión génica se determinan de los datos de fluorescencia generados durante el PCR usando el Sistema de Detección de Secuencia de ABI PRISM® 7900HT (7900HT SDS) software de Cuantificación Relativo.
La análisis de datos se elabora usando el método comparativo de AACt de cuantificación relativa. Los genes expresados de manera diferenciada se confirman mediante el análisis estadístico cuidadoso usando una prueba de T-modificada .
Las muestras usadas para el estudio descrito en este Ejemplo incluido: Las muestras de 30 pacientes que tienen cáncer endometrial: 25 adenocarcinomas endometrioides con 9 en G3, 9 en G2 y 7 en Gl. Y 5 muestras tumorales de tipo distinto II carcinomas (4 en G3 y 1 en G2) Muestras de 24 pacientes que no tienen cáncer endometrial ("controles" o "normales"). Éstos son una mezcla heterogénea de muestras algunos de ellos de pacientes con otras patologías no tumorales pólipos gustados: 4 muestras de pacientes con el atróficó endometrioide, 4 muestras normales, dos de pacientes que tienen pólipos de mujeres postmenopáusicas y 11 muestras de mujeres premenopáusicas (7 de ellos en la fase secretora y 4 en la fase proliferativa del ciclo). Ver Siguientes tablas para resumen de muestras.
Tabla 4: Muestras Afectadas para Estudios de RT-PCR Tabla 5: Muestras no afectadas para Estudios de RT-PCR Aspirados control 7 premenopáusicas en fase secretoria 6 premenop usic s en f se proliferativa 11 aspirados de mujeres postmenop usicas Procedimientos experimentales Las muestras de ARN son aisladas de muestras aspiradas siguiente el procedimiento anteriormente descrito y un control de calidad se lleva a cabo previamente a la selección de muestra final. Las muestras aspiradas se recolectan como se describe en el Ejemplo 2.
EL RT-PCR se lleva a cabo siguiente el protocolo convencional Biosystem Aplicado para el 7900HT sistema. El protocolo comprendió en un método de dos pasos donde la primera etapa es la generación de ADNc de las muestras de ARN usando un High Capacity cDNA Kit y la segunda etapa son la amplificación de ADNc, una vez cargado en el MFC, por el PRISMA ABI ® 7900 sistema HT .
Los datos de RT-PCR se recolectan para un conjunto de 20 genes identificados en el Ejemplo 1 y cuantificado con relación a niveles POLR2A. El RQ valora por los aspirados correspondiente a las 30 muestras tumorales y las 24 muestras que no son cáncer endometrial (normales) se ilustran en una caja y las- patillas grafican, observan la Figura 2A y 2B. La Tabla 2 en la Descripción Detallada de la Invención proporciona resumen de los valores de RQ medios, desviación estándar de la media muestral y valores p calculados para estos marcadores en este conjunto de muestra. Como se puede observar, los valores p obtenidos usando el conjunto de muestra control en los estudios de análisis en micromatriz (la Tabla 1) son considerablemente mejorados en una diferente muestra ajustada usando diferentes métodos (de análisis en micromatriz contra el RT-PCR) y diferentes fuentes de muestra (aspirados contra tumor primario) . En mayoría de los casos el valor p más de 100 períodos de tiempo mejorados para los biomarcadores . Esto se relaciona en parte a la naturaleza consistente del diseño experimental de análisis en micromatriz y la selección consistente de marcadores basados en los criterios de los Inventores.
La siguiente tabla muestra la sensibilidad y especificidad para cada gen individual en la solicitud de patente y el área bajo de ROC (AUROC) curva para cada gen al comparar los valores de RQ de las 30 muestras de tumor y las 24 muestras control. Un aparato de vector de soporte (SVM) el programa se utiliza calcula los datos. Como se puede observar en la siguiente tabla, los marcadores identificados en estos estudios tienen la excelente sensibilidad y/o la especificidad para pronosticar una mayor probabilidad y/o el diagnóstico de cáncer endometrial. Más aún, los valores de AUROC para estos biomarcadores indican que estos marcadores son muy útiles para el diagnóstico de cáncer endometrial.
Tabla 6: Valores de Sensibilidad, Especificidad y AUROC para los biomarcadores de la invención determinados a partir de muestras de aspirados en pacientes afectados (cáncer endometrial) y en no afectados.
Las muestras control son un grupo heterogéneo con mujeres pre y postmenopáusicas . Al mismo tiempo, los aspirados de mujeres premenopáusicas podrían dividirse en dos categorías que dependen de la fase de ciclo endometrial uterina que éstos son cuando la muestra se obtiene: proliferativo o secretor. La caracterización de secretor contra pacientes de fase proliferativos se lleva a cabo por un patólogo usando métodos convencionales.
Algunos genes analizados podrían proporcionar un resultado positivo falso para cáncer endometrial si el aspirado se obtiene de mujeres premenopáusicas en la fase secretora. ? fin de registrar qué genes podrían proporcionar positivos falsos que dependen de la fase de ciclo o qué otros podrían distinguirse entre muestras de tumor y fase secretora, llevamos a cabo unos tumores de comparación de análisis estadísticos con diferentes grupos controles. ? tumores contra muestras control (todas las muestras control: 24 muestras) ? tumores contra .muestras control menos estos en fase secretora: 17 muestras ? muestras de tumores contra muestras control en fase secretora: 7 muestras ? muestras de tumores contra muestras control de mujeres postmenopáusicas : 11 muestras El área ROC para cada comparación se calcula usando el programa de GraphPad Prism y prueba de anova se aplica para observar si las diferencias entre estos grupos son significativas.
En las Siguientes tablas las abreviaturas que siguen se usan para valores p: *** p <0.0001 ** p <0.001 *p <0.01 ns (no significativos) .
Como esto se muestra en las tablas hay genes, como P4HB o S0CS2, que separan las muestras de tumor del control independientemente de la naturaleza de las muestras control (postmenopáusico, premenopáusico en el secretor o en el proliferativo) . Otros genes como P2RX4 o PPFIBP2, podría distinguirse entre una muestra de tumor (afectada) y una muestra en la fase secretora mejor en comparación con controla de mujeres postmenopáusicas .
Esta observación abre la posibilidad de usar diferentes algoritmos y/o diferente conjunto de genes que dependen si la prueba interroga a mujeres premenopáusicas o postmenopáusicas. Más aún, una modalidad primaria para detectar para problemas endometriales es el ultrasonido transvaginal que se utiliza la estimación grosor endometrial donde los pacientes que tienen un endometrio más espeso (sobre un cierto límite permisible) probablemente tendrán cáncer endometrial u otra enfermedad o afección. El grosor de endometrio también varía ya que una función de la fase del menstrual con pacientes en la fase secretora que tiene un endometrio más espeso en comparación con pacientes en la fase proliferativa. Así, éstos descubrimiento indican que los métodos y los biomarcadores de la invención poderse usar para ayudar y mejorar la capacidad del ultrasonido transvaginal de identificar cáncer endometrial.
Tabla 7: Resumen de Datos para Estudios de RT-PCR que comparan los niveles de expresión de biomarcadores en aspirados (30) de pacientes afectados con cáncer endometrial y aspirados obtenidos de pacientes, todos los pacientes no están afectados con cáncer endometrial (24) .
La Tabla 7 muestra que los 20 biomarcadores capaces de aspirados característicos de cáncer endometrial pacientes afectados del aspirado de todo el control pacientes no afectados con elevados valores de ROC y/o excelente significancia estadística.
Tabla 8: Resumen de Datos para Estudios de RT-PCR que comparan los niveles de expresión de biomarcadores en aspirados (30) de pacientes afectados con cáncer endometrial y aspirados obtenidos de pacientes no afectados con cáncer endometrial y de pacientes que no están en la fase secretora (17) .
La Tabla 8 muestra las clasificaciones de 20 biomarcadores de la invención capaz de aspirados característicos de cáncer endometrial pacientes afectados de aspirados de todo el control pacientes no afectados excluyendo a pacientes en la fase secretora. La Tabla 7 muestra que los biomarcadores de la invención tienen elevados valores de ROC y/o excelente significancia estadística para separar a estas poblaciones .
Tabla 9: Resumen de Datos para estudios de RT-PCR que comparan los niveles de expresión de biomarcadores en aspirados (30) de pacientes afectados con cáncer endometrial y aspirados obtenidos de pacientes no afectados con cáncer endometrial y de pacientes que están en la fase secretora (7) .
Como se puede observar en la Tabla 9 marcadores preferidos capaces de aspirados característicos de cáncer endometrial pacientes afectados de aspirados de no cáncer endometrial los pacientes afectados en la fase secretora incluyen P4HB, S0CS2 P2RX4, IKBKE, PPFIB2, DDR1 y DCN que tienen elevados valores de ROC y/o excelente significancia estadística.
Como observado de los datos en ejemplos anteriores de Tablas 7 y 9 de genes capaces de la diferenciación entre aspirados de pacientes que tienen tumor y los aspirados de todos los pacientes no afectados (incluyendo la fase secretora) y/o entre aspirados de pacientes que tienen tumor y los aspirados de pacientes no afectados en la fase secretora incluyen P4HB, S0CS2, e IKBKE que tienen elevada significancia estadística y valores de ROC.
Tabla 10: Resumen de Datos para Estudios de RT-PCR que comparan los niveles de expresión de biomarcadores en aspirados (30) de pacientes afectados con cáncer endometrial y aspirados obtenidos de pacientes postmenopáusicos no afectados con cáncer endometrial (11) .
Como se puede observar en la Tabla 10 marcadores preferidos capaces de aspirados característicos de cáncer endometrial pacientes afectados del aspirado del montante menopáusico no cáncer endometrial los pacientes afectados incluyen PHKG2, P4HB, EFE P2 , RNF183, y SOCS2 que tienen elevados valores de ROC y/o excelente significancia estadística.
En referencia a Figura 2A y 2B (diagrama de percentiles) , RQ: cantidad relativa, es la cantidad relativa de ARN para unas muestras de tumores presentes en génicas específicas referidas a la cantidad muestra control presente en para el mismo gen.
Para calcular el RQ los valores de Ct de cada gen son normalizan el respeto a Ct del gen endógeno ' para obtener el delta Ct. La fórmula el 2"(del aC ) se utiliza calcula de RQ.
Varios genes endógenos pueden usarse como un control para la normalización así como otros controles para la normalización. En un ejemplo un gen endógeno preferido tiene las características que siguen: es un gen constitutivamente expresado para en el mismo tejido en diferentes circunstancias como por ejemplo el desarrollo de cáncer. Entonces esto podría utilizarse normalizan diferencias en cantidad del ADNc al cargar las muestras o variaciones debido a razones experimentales del qRT-PCR.
Hemos analizado cuatro diferentes genes de gobierno de la casa como posibles genes endógenos con objetivos de normalización: 18, B2M, PFN-1 y P0LR2A. Finalmente, P0LR2A es el gen más estable de todos ellos y todos los cálculos y las estadísticas se llevan a cabo usándolo como endógeno. Su nivel de expresión es similar a los genes puestos en duda en nuestra prueba y diferente en comparación con 18 S cuya expresión es tranquila elevado comparado con los genes seleccionados para la prueba. Se contempla que biomarcadores endógenos, como el P0LR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, o PABPN1 u otro gen estable pueden usarse con objetivos de normalización en los métodos del inventionif éstos asi requiera.
Ejemplo 5: Perfiles para Diagnosticar Cáncer endometrial Un aparato de vector de soporte el algoritmo con base se utiliza identifica combinaciones de marcadores de la Tabla 1 que son útiles para pronosticar cáncer endometrial y/o una mayor probabilidad de tener cáncer endometrial. En términos particulares, el programa en público disponible el programa de DTREG se utiliza analiza los datos (ver el www en DTREG.COM) .
El algoritmo de aparato de vector de soporte puede usarse para muchas solicitudes los perfiles de expresión génica incluyen que se identifican para separar a poblaciones que tienen diferentes características fenotípicas. La idea detrás del algoritmo es una representación multidimensional de los datos, p.ej, cada marcador es graficado en una diferente dimensión y un plano es buscado aunque esta representación multidimensional de los datos que pueden separar los fenotipos. El plan a través del "medio" se refiere como el hiperplano que separa y representa una solución: las respuestas {p.ej, nivel de expresión sobre un valor umbral determinado) que la caída en un lado de la linea cae a una categoría {p.ej, cáncer) y respuestas {p.ej, nivel de expresión sobre un valor umbral determinado) que siguen al otro lado de la línea corresponden a la otra categoría {p.ej, ningún cáncer) . Vario plano hyper que separa puede ser posible para cada conjunto de datos. La pregunta se hace que es el mejor hiperplano que separa. En la teoría de aparato de vector de soporte, la mejor solución se refiere como el hiperplano de margen máximo. Este hiperplano de margen máximo es el que que separa los dos grupos y adopta la distancia máxima de cualquiera de los perfiles de expresión determinados .
Aunque los genes individuales muestren una elevada sensibilidad, y especificidad, estos parámetros son incluso más elevados al combinarse varios genes. Algunos ejemplos de la sensibilidad, especificidad y genes AUROC dos combinados a dos, tres a tres, cuatro a cuatro, cinco a cinco, seis a seis, siete a siete y todos ellos conjuntamente. Ver la Siguiente tabla para resumen de los datos.
Tabla 11: Datos que Resumen Valores Predictivos para Combinaciones Como se puede observar en la Tabla la sensibilidad muy elevada anterior y las especificidades se obtienen para combinaciones de los biomarcadores de la invención y los valores de AUROC son muy elevados. Asi, estos resultados muestran que las combinaciones de los 2 o más marcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1M2 , CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, I BKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, EL PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, S0CS2 y DCN proporciona la sensibilidad y especificidad de improviso adecuada para pronosticar una mayor probabilidad y/o diagnosticar cáncer endometrial. Estos resultados se obtienen de muestras del fluido uterino e indican que las combinaciones de biomarcadores detectados en el fluido uterino pueden ser útiles para diagnosticar y/o caracterizar cáncer endometrial. Más aún, estos resultados se obtienen en muestras de pre e informan a mujeres menopáusicas y por lo tanto representa un conjunto de marcadores que pueden ser examinados a través de estos tipos de pacientes. Esto se observa que diferentes programas y algoritmos poderse usar para generar patrones de huella estructural o perfiles. La invención pretende abarcan perfiles y/o patrones de huella estructural usando programas y algoritmos además de DTREG como se utiliza aquí. Los perfiles identificados en la Tabla 11 son ejemplos no limitantes usados para ilustrar que las combinaciones de los biomarcadores de la Tabla 1 tienen la excelente sensibilidad y especificidad para cáncer endometrial .
Combinaciones adicionales Los valores de la sensibilidad y especificidad aunque completamente definan la validez de una prueba diagnóstica tienen la desventaja de no proporcionar la información relevante al tomar una decisión clínica a un resultado de la prueba particular. Sin embargo, éstos tienen la ventaja de propiedades intrínsecas sidas a la prueba y definen su validez independientemente de la prevalencia de la enfermedad en la población a la' cual esto aplica.
Sensibilidad Es la probabilidad de clasificación correctamente de un paciente individual o la probabilidad que un paciente con cáncer obtiene un resultado positivo al aplicar la prueba diagnóstica.
Especificidad Es la probabilidad de clasificación correctamente de un paciente sano o la probabilidad que un paciente sano que obtiene un resultado negativo al aplicar la prueba diagnóstica La sensibilidad y especificidad puede, por lo tanto, para evaluar la validez de una prueba diagnóstica. Sin embargo, estos conceptos no son mucha ayuda en la práctica clínica. Cuando un paciente experimenta a una prueba diagnóstica, el doctor no tiene ninguna información a priori sobre su diagnóstico entonces la pregunta surge al próximo: ¿considerando un positivo (o negativo) en la prueba? ¿Cuál es la probabilidad que el paciente analizado tiene la enfermedad (o no) ? Estas probabilidades se conocen como valor predictivo positivo y valor predictivo negativo de una prueba particular. El valor predictivo positivo es la probabilidad de tener la enfermedad si el paciente tiene un resultado positivo al aplicar la prueba diagnóstica. El valor predictivo negativo es la probabilidad que un paciente que tiene obtenido un resultado negativo en la prueba, es de hecho sano.
Los clínicos prefieren pruebas diagnósticas con el elevado valor predictivo negativo ya que éstos no pueden permitir que la gente con cáncer obtenga un -diagnóstico incorrecto. Por esta razón hemos priorizado estas combinaciones que nos proporcionan los valores predictivos negativos más elevados.
Los valores seguir en la Tabla 12 se calculan usando los marcadores indicados como se determina mediante el RT-PCR en muestras de fluido uterino.
Las combinaciones mostradas en Figura 18 (P4HB, EFEMP2, SIRT6, DDR1 , GMIP, y FASTKD1) y Figura 19 (P4HB, EFE P2, SIRT6, PHKG2, GMIP, y FASTKD1), y la combinación de 20 marcadores tienen sensibilidades, especificidades, NPVs, y pagos por visión del 100 % y AUROCs de 1.
Maximizar Valor Predictivo Negativo: nuevas muestras: tres nuevas muestras de cáncer y 24 ningunas muestras tumorales que proporcionan una cantidad total de muestras en el análisis que sigue (33T y 48 sin tumor) con la muestra adicional que tienen las características que siguen: Aspirados control 4 premenopáusicas en fase secretoria 5 premenopáusicas en fase proliferativa 4 premenopáusicas ( fase de ciclo desconocida) 11 aspirados de mujeres postmenopáusicas El calculo del riesgo de cáncer para 48 sin tumor y 33 muestras tumorales usando la combinación que sigue de genes ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, SIRT6, y EFEMP2 el resultado se muestra en la Figura 17.
La Figura 18 muestra el riesgo calculado de cáncer para 48 sin tumor y 33 muestras tumorales usando FASTKD1, GMIP, P4HB, EFEMP2, DDR1 , y SIRT6.
La Figura 19 muestra el riesgo calculado de cáncer para 48 sin tumor y 33 muestras tumorales usando FASTKD1, GMIP, P4HB, EFEMP2, PHKG2, y SIRT6.
Como se muestra en la Figura 17, la primera combinación es capaz de clasificar todas las muestras correctamente pero el porcentaje de algunas muestras sanas de tener cáncer están muy cerca del 50 %: algunas muestras de cáncer deben estar demasiado cerca misclassified al usar esta combinación. En resumen, el riesgo de enfermos de cáncer misclassifying con un diagnóstico falso. Aunque las combinaciones en Figura 18 y Figura 19 misclassify una y dos muestras de pacientes sanas respectivamente, ambos clasifiquen correctamente a todos los enfermos de cáncer y éstos lo hacen con un porcentaje más elevado del riesgo de cáncer que la combinación anterior. Por esta razón estas combinaciones son valiosas desde un punto de vista clínico.
Ejemplo 6: Detección de .Proteína Correspondiente a los Biomarcadores de la Tabla 1 La detección de la proteína correspondiente a los Biomarcadores de la Tabla 1 puede llevarse a cabo por cualquier cantidad de medios disponibles para el técnico de habilidad. Según este método las muestras de controles (o un valor testigo es establecido) y pacientes afectados se obtienen {p.ej, suero, tejido, y fluido uterino) y sonda para con anticuerpos selectivos o específicos para el biomarcador particular. Un método para detectar las proteínas es por el análisis de Western blot y es ejemplificado como en caso de P4HB.
El análisis de Western blot (transferencia Western) de muestras de humano de yissue endometrial normal y tejidos de cáncer endometrial de tumor a fin de analizar el nivel protéico de P4HB (aprox. 60kDa) en estas muestras.
Los geles se cargan con 40 ug de extractos proteicos totales de cada muestra. Como se puede observar en Figura 10, muestras tumorales teñidas mucho más fuertemente para P4HB en comparación con tejido normal.
Las muestras analizadas incluyen cuatro tejidos normales (N) y cuatro tejidos de tumor (T) . Normal y tejidos de tumores se obtienen del mismo paciente. Como un control positivo: dar un total el extracto protéico de la linea celular de tumor endometrial Isikawa. El Anticuerpo usado: LS-C38385 de LifeSpan.
Los resultados confirman al nivel protéico los resultados obtenidos en la matriz y los experimentos de TaqMan .
El análisis de Western blot (transferencia Western) se lleva a cabo para AP1M2, IKBKE, EPS8L2, DDR1, CGN, y TJP3. Ver FIG.X a través de FIG.X. Estos resultados confirman en el nivel protéico los resultados obtenidos en la matriz y los experimentos de TaqMan para estos biomarcadores.
Para la validación de inmunohistoquímica, las micromatrices tisulares se construyen. A fin de recubrir el completo abarcan desde el tejido normal a tipos distintos y grados de carcinomas endometriales , áreas representativas de 70 carcinomas de parafina e incrustados (56 endometrioide, 6 seroso papilar, 1 mucinico, 4 carcinomas celulares depurados, 3 carcinosarcomas) , y 11 endometrios no neoplásicos (4 atrófico, 3 proliferativo, 1 secretor endometrial y 3 hiperplasias) , son cuidadosamente seleccionados y marcados en bloques de parafina individuales. Dos núcleos tisulares de 1 mm en el diámetro se obtienen de cada bloque de parafina y son exactamente colocados en matrices en un nuevo bloque de parafina. Las secciones de 5µ?? se obtienen de todos los bloques de parafina de análisis en micromatriz tisulares. El protocolo es aprobado por el Comité examinador Institucional en Hospital Valí D'Hebron, y el consentimiento informado se obtiene de todos los pacientes. P4HB, PPP1R16A y EPS8L2 se detectan por el ensayo de immunoperoxidasa indirecto con el pH de amortiguador de citrato 7,3 para la recuperación de antigeno. Las secciones se incuban con unos anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra primarios P4HB (LS-C38385) y PPP1R16A (H00084988-M06) para 1 h a temperatura ambiente usando una dilución 1:500 y 1:100, respectivamente, y EPS8L2 (H00064787-B01) durante la noche en 1:100 dilución. A partir de entonces las secciones se incuban con la peroxidasa la inmunoglobulina de antiratón de cabra conjugada (EnVision Sistema Dual, DAKO, Glostrup, Dinamarca) . La actividad de peroxidasa endógena es inactivada con H202 del 3 %. Las secciones se lavan, y las reacciones se desarrollan con diaminobencidina, seguida contratiñendo con hematoxilina . La evaluación semicuantitativa de las proteínas se lleva a cabo por tres investigadores independientes, marcando la intensidad del teñido y el porcentaje de células positivas .
Inmunohistoquímica de T A confirmada la expresión diferencial de las tres proteínas en las glándulas tumorales en comparación a las glándulas endometriales normales. P4HB, PPP1R16A y EPS8L2 presentado una expresión citoplásmica específica dentro de las células tumorales en todo carcinoma tipos histológicos y grados, y una ausencia o mancha citoplásmica débil dentro de las glándulas epiteliales normales. Estos resultados confirman en el nivel protéico los resultados obtenidos para estas proteínas en los experimentos de PCR de análisis en micromatriz y cuantitativos descritos aquí .
Ejemplo 7: ACAA1 ACAA1 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que ACAA1 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal y es sorprendentemente descubrió que ACAA1 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por los métodos descritos en Ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que ACAA1 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a ACAA1 se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000333167 y tiene una secuencia como en SEQ ID N0:1 1 ATGTGGTTCTGCGCGTGTGCGGACGGCTGTCTGTTAACTCCGCGGTCAGTTCCCGGACTG 61 GTGGCTGGTCTGCAGGGTTGACCTGCGCAATGCAGAGGCTGCAGGTAGTGCTGGGCCACC 121 TGAGGGGTCCGGCCGATTCCGGCTGGATGCCGCAGGCCGCGCCTTGCCTGAGCGGTGCCC 181 CGCAGGCCTCGGCCGCGGACGTGGTGGTGGTGCACGGGCGGCGCACGGCCATCTGCCGGG 241 CGGGCCGCGGCGGCTTCAAGGACACCACCCCCGACGAGCTTCTCTCGGCAGTCATGACCG 301 CGGTTCTCAAGGACGTGAATCTGAGGCCGGAACAGCTGGGGGACATCTGTGTCGGAAATG 361 TGCTGCAGCCTGGGGCCGGGGCAATCATGGCCCGAATCGCCCAGTTTCTGAGTGACATCC 421 CGGAGACTGTGCCTTTGTCCACTGTCAATAGACAGTGTTCGTCGGGGCTACAGGCAGTGG 481 CCAGCATAGCAGGTGGCATCAGAAATGGGTCTTATGACATTGGCATGGCCTGTGGGGTGG 541 AGTCCATGTCCCTGGCTGACAGAGGGAACCCTGGAAATATTACTTCGCGCTTGATGGAGA 601 AGGAGAAGGCCAGAGATTGCCTGATTCCTATGGGGATAACCTCTGAGAATGTGGCTGAGC 661 GGTTTGGCATTTCACGGGAGAAGCAGGATACCTTTGCCCTGGCTTCCCAGCAGAAGGCAG 721 CAAGAGCCCAGAGCAAGGGCTGTTTCCAAGCTGAGATTGTGCCTGTGACCACCACGGTCC 781 ATGATGACAAGGGCACCAAGAGGAGCATCACTGTGACCCAGGATGAGGGTATCCGCCCCA 8 1 GCACCACCATGGAGGGCCTGGCCAAACTGAAGCCTGCCTTCAAGAAAGATGGTTCTACCA 901 CAGCTGGAAACTCTAGCCAGGTGAGTGATGGGGCAGCTGCCATCCTGCTGGCCCGGAGGT 961 CCAAGGCAGAAGAGTTGGGCCTTCCCATCCTTGGGGTCCTGAGGTCTTATGCAGTGGTTG 1021 GGGTCCCACCTGACATCATGGGCATTGGACCTGCCTATGCCATCCCAGTAGCTTTGCAAA 1081 AAGCAGGGCTGACAGTGAGTGACGTGGACATCTTCGAGATCAATGAGGCCTTTGCAAGCC 1141 AGGCTGCCTACTGTGTGGAGAAGCTACGACTCCCCCCTGAGAAGGTGAACCCCCTGGGGG 1201 GTGCAGTGGCCTTAGGGCACCCACTGGGCTGCACTGGGGCACGACAGGTCATCACGCTGC 1261 TCAATGAGCTGAAGCGCCGTGGGAAGAGGGCATACGGAGTGGTGTCCATGTGCATCGGGA 1321 CTGGAATGGGAGCCGCTGCCGTCTTTGAATACCCTGGGAACTGAGTGAGGTCCCAGGCTG 1381 GAGGCGCTACGCAGACAGTCCTGCTGCTCTAGCAGCAAGGCAGTAACACCACAAAAGCAA 1441 AACCACATGGGAAAACTCAGCACTGGTGGTGGTGGCAGTGGACAGATCAAGGCACTTCAA 1501 CTCATTTGGAAAATGTGAACACTGATGACATGGTATAGGAGTGGGTGGGGTGTTGAGCCA 1561 CCCATCAGACCCTCTTTAGCTGTGCAAGATAAAAGCAGCCTGGGTCACCCAGGCCACAAG 1621 GCCATGGTTAATTCTTAAGGCAAGGCAAATCCATGGATGAGAAGTGCAATGGGCATAGTA 1681 AAAGTGCATGAATTT La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSE BL con Número de acceso ENSP00000333664 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 2 1 MQRLQWLGHLRGPADSGWMPQAAPCLSGAPQASAADVVWHGRRTAICRAGRGGFKDTT 61 PDELLSAVMTAVLKDVNLRPEQLGDICVGNVLQPGAGAIMARIAQFLSDIPETVPLSTVN 121 RQCSSGLQAVASIAGGIRNGSYDIGMACGVESMSLADRGNPGNITSRLMEKEKARDCLIP 181 MGITSENVAERFGISREKQDTFALASQQKAARAQSKGCFQAEIVPVTTTVHDDKGTKRSI 241 TVTQDEGIRPSTT EGLAKL PAFKKDGSTTAGNSSQVSDGAAAILLARRSKAEELGLPI 301 LGVLRSYAVVGVPPDIMGIGPAYAIPVALQKAGLTVSDVDIFEINEAFASQAAYCVE LR 361 LPPEKVNPLGGAVALGHPLGCTGARQVITLLNELKRRGKRAYGVVSMCIGTGMGAAAVFE 421 YPGN Los cebadores para amplificar la secuencia ACAAl pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como Oligo Cale y/o Cebador 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar ACAAl incluyen a aquellos en Cebador directo : SEQ ID NO: 3 GAGCTTCTCTCGGCAGTCAT Cebador inverso : SEQ ID NO: 4 CTCAGAAACTGGGCGATTC Cebador directo : SEQ ID NO: 5 GCAATCATGGCCCGAATC Cebador inverso : SEQ ID NO: 6 CCCCGACGAACACTGTCTAT Cebador directo : SEQ ID NO: 7 GTGCCTTTGTCCACTGTCAA Cebador inverso : SEQ ID NO: 8 . ACAGGCCATGCCAATGTC Cebador directo : SEQ ID NO: 9 TCACGGGAGAAGCAGGATAC Cebador inverso : SEQ ID NO: 10 CTCTTGGTGCCCTTGTCATC Cebador directo : SEQ ID NO: 11 GGCTGACAGTGAGTGACGTG Cebador inverso : SEQ ID NO: 12 AGGGGGTTCACCTTCTCAG Cebador directo : SEQ ID NO: 13 GTGGCATCAGAAATGGGTCT Cebador inverso : SEQ ID NO: 14 CTCTGGCCTTCTCCTTCTCC Cebador directo : SEQ ID NO: 15 ATTACTTCGCGCTTGATGGA Cebador inverso : SEQ ID NO: 16 AGGGCAAAGGTATCCTGCTT Cebador directo : SEQ ID NO: 17 GCCTGCCTTCAAGAAAGATG Cebador inverso : SEQ ID NO: 18 TAAGACCTCAGGACCCCAAG Cebador directo : SEQ ID NO: 19 TGGGGTCCTGAGGTCTTATG Cebador inverso : SEQ ID NO: 20 TCTCGAAGATGTCCACGTCA Cebador directo : SEQ ID NO: 21 GTGGCATCAGAAATGGGTCT Cebador inverso : SEQ ID NO: 22 AGGGCAAAGGTATCCTGCTT Cebador directo: SEQ ID NO: 23 TGACCCAGGATGAGGGTATC Cebador inverso: SEQ ID NO: 24 TCTCGAAGATGTCCACGTCA Cebador directo: SEQ ID NO: 25 GGAGACTGTGCCTTTGTCCA Cebador inverso: SEQ ID NO: 26 CTCTGTCAGCCAGGGACAT Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica .
Las sondas para detectar ACAA1 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) . Otros ejemplos de sondas incluyen SEQ ID NO: 27 CGGTTCTCAAGGACGTGAAT SEQ ID NO: 28 AGTGACATCCCGGAGACTGT SEQ ID NO: 29 GTGGCATCAGAAATGGGTCT SEQ ID NO: 30 AGCTGAGATTGTGCCTGTGA SEQ ID NO: 31 ATCAATGAGGCCTTTGCAAG SEQ ID NO: 32 ACAGAGGGAACCCTGGAAAT SEQ ID NO: 33 GATTGCCTGATTCCTATGGG SEQ ID NO: 34 GTCCAAGGCAGAAGAGTTGG SEQ ID NO: 35 ATGCCATCCCAGTAGCTTTG SEQ ID NO: 36 GCCTGTGGGATAACCTCTGA SEQ ID NO: 37 AAACTGAAGCCTGCCTTCAA SEQ ID NO: 38 ATAGACAGTGTTCGTCGGGG Una sonda para detectar un ácido nucleico ACAA1 que se usa en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO:39 GCTACGCAGACAGTCCTGCTGCTCTAGCAGCAAGGCAGTAACACCACAAAAGCAAAACCA Otras sondas dirigidas a ACAAl se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de ACAAl incluyen, entre otras cosas, Conejo anti-ACAA1 policlónico Cat# HPA006764 de anticuerpos de atlas (sólo reconoce el primer transcrito) ; y Ratón anticuerpo policlónico sensibilizado contra una proteina ACAAl de humano de cadena completa. Catálogo #: H00000030-B01 de abnova (MáxPab) .
Ejemplo 8: AP1M2 AP1 2 (complejo proteinico relacionado con el adaptador 1, mu 2 subunidad) también conocido como D9Ertd818e, HSMU1B, MU-IB, MU1B) se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que AP1M2 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal y es sorprendentemente descubrió que AP1M2 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en Ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que AP1M2 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
AP1M2 es una subunidad del heterotetrameric clathrin complejo proteínico relacionado con el adaptador 1 (AP-1), que desempeñan papeles fundamentales en muchas vías de tráfico de vesícula dentro de la célula. Esta proteína tiene capacidad de la interacción con señales de clasificación basadas en tirosina. API se expresa exclusivamente en células epiteliales. Todos los complejos de AP comprenden las dos subunidades espaciosas del 100-130kDa (a y ß? en API), una subunidad de medio de 50kDa (µ? en API), y una pequeña subunidad del 17-20kDa (s? en API) . PMID: 10338135 En vesículas clathrin-recubiertas, AP-2 se ubica entre el lípido bilayer y retículo clathrin, y probablemente se fija clathrin' a la membrana. AP1 2 es el miembro de la familia de cadena de medio de adaptador MulB conocido como, que es específicamente expresado para en células epiteliales polarizadas y algunas células exócrinas. MulB es con mayor exactitud relacionado con la subunidad MulA ubicuamente expresada para de AP-1 (identidad del 79 % en el nivel aminoacídico) .
La secuencia de un ARNm correspondiente a AP1M2 se les proporciona en el ENSEMBL con Número de acceso ENST00000250244 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 40 GGCGCTTCCGCAGGAAGAAGGAAGCGGCGCCGCCATCGCCTCCCGGCGCTCCCTCCCCGACTCCTAAGTC CTTCGGCCGCCACCATGTCCGCCTCGGCTGTCTTCATTCTGGACGTTAAGGGCAAGCCATTGATCAGCCG CAACTACAAGGGCGATGTGGCCATGAGCAAGATTGAGCACTTCATGCCTTTGCTGGTACAGCGGGAGGAG GAAGGCGCCCTGGCCCCGCTGCTGAGCCACGGCCAGGTCCACTTCCTATGGATCAAACACAGCAACCTCT ACTTGGTGGCCACCACATCGAAGAATGCCAATGCCTCCCTGGTGTACTCCTTCCTGTATAAGACAATAGA GGTATTCTGCGAATACTTCAAGGAGCTGGAGGAGGAGAGCATCCGGGACAACTTTGTCATCGTCTACGAG TTGCTGGACGAGCTCATGGACTTTGGCTTCCCGCAGACCACCGACAGCAAGATCCTGCAGGAGTACATCA CTCAGCAGAGCAACAAGCTGGAGACGGGCAAGTCACGGGTGCCACCCACTGTCACCAACGCTGTGTCCTG GCGCTCCGAGGGTATCAAGTATAAGAAGAACGAGGTCTTCATTGATGTCATAGAGTCTGTCAACCTGCTG GTCAATGCCAACGGCAGCGTCCTTCTGAGCGAAATCGTCGGTACCATCAAGCTCAAGGTGTTTCTGTCAG GAATGCCAGAGCTGCGGCTGGGCCTCAATGACCGCGTGCTCTTCGAGCTCACTGGCCGCAGCAAGAACAA ATCAGTAGAGCTGGAGGATGTAAAATTCCACCAGTGCGTGCGGCTCTCTCGCTTTGACAACGACCGCACC ATCTCCTTCATCCCGCCTGATGGTGACTTTGAGCTCATGTCATACCGCCTCAGCACCCAGGTCAAGCCAC TGATCTGGATTGAGTCTGTCATTGAGAAGTTCTCCCACAGCCGCGTGGAGATCATGGTCAAGGCCAAGGG GCAGTTTAAGAAACAGTCAGTGGCCAACGGTGTGGAGATATCTGTGCCTGTACCCAGCGATGCCGACTCC CCCAGATTCAAGACCAGTGTGGGCAGCGCCAAGTATGTGCCGGAGAGAAACGTCGTGATTTGGAGTATTA AGTCTTTCCCGGGGGGCAAGGAGTACTTGATGCGAGCCCACTTTGGCCTCCCCAGTGTGGAAAAGGAAGA GGTGGAGGGCCGGCCCCCCATCGGGGTCAAGTTTGAGATCCCCTACTTCACCGTCTCTGGGATCCAGGTC CGATACATGAAGATCATTGAGAAAAGTGGTTACCAGGCCCTGCCCTGGGTTCGCTACATCACCCAGAGTG GCGATTACCAACTTCGTACCAGCTAGAAGGGAGAAGAGATGGGGGCTTGAACACGGGGCTTCCTTACAGC CCCGGATGCAGATTTTAGAGGGAGGGCAGGTGCGGGCTGTGTGTGTCTGTGTGAGGGCAGGTCCTGGACT TGGCAGTTTCTTGCTCCCAGCACCCGCCCCTTCCTCACCTCTTCCTTATTCCATAGGCTGGGAGAGAAAC TCTCTGCTTCCCTCGCCCTTGGAGCTTTCCCCATCCCCCTGATTTTATATGAAGAAATAGAAGAGGGGCT TGAAGTCCCCCTCGCGAGTGCCTTCTTGCAATTACCTGCCTTAGCGGGTGTTGCGGGTCCCTCCTTCACA GCCGCTGAGCCCAGAGGTCCCGCTGGCCCCTCCTCTGAATTTTAGGATGTCATTAAAAAGATGAATCTA La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP000002502 4 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 41 MSASAVFILDVKGKPLISRNYKGDVAMSKIEHFMPLLVQREEEGALAPLLSHGQVHFL IKHSNLYLVATTSK NANASLVYSFLYKTIEVFCEYFKELEEES IRDNFVIVYELLDELMDFGFPQTTDSKILQEYITQQSNKLETGKSRVPPTVTNAVSWR SEGIKYKKNEVFIDVIESVNLLVNANGSVLLSEIVGTIKLKVFLSGMPELRLGLNDRV LFELTGRSKNKSVELEDVKFHQCVRLSRFDNDRTISFIPPDGDFELMSYRLSTQVKPL IWIESVIEKFSHSRVEIMVKAKGQFKKQSVANGVEISVPVPSDADSPRFKTSVGSAKY VPERNVVI SIKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEKEEVEGRPPIGVKFEIPYFTVSGIQV RY KIIEKSGYQALPWVRYITQSGDYQLRTS Los cebadores para amplificar la secuencia ENST00000250244 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar AP1M2 incluyen : Cebador directo: SEQ ID NO: 42 CGCCACCATGTCCGCCTCGGCTG Cebador inverso: SEQ ID NO: 3 GCTCAATCTTGCTCATGGCCAC (Ex2) Cebador directo: SEQ ID NO: 44 CAGGTCCACTTCCTATGGATC (excepto 2) Cebador inverso: SEQ ID NO: 5 CAAAGTTGTCCCGGATGCTC (Ex4) Cebador directo: SEQ ID NO: 6 CGCTCCGAGGGTATCAAG (EX5) Cebador inverso: SEQ ID' NO: 7 CTTGCTGCGGCCAGTGAGC (ex6- 7) Cebador directo: SEQ ID NO: 48 GACTTTGAGCTCATGTCATACC (Ex7) Cebador inverso: SEQ ID NO: 49 CTTAATACTCCAAATCACGACG (Ex9) Cebador directo: SEQ ID NO: 50 GTTTGAGATCCCCTACTTC (ExlO) Cebador inverso: SEQ ID NO: 51 GCCTGGTAACCACTTTTCTCAATG (Exll) Cebador directo: SEQ ID NO: 52 CTGGGTTCGCTACATCACC (Exll) Cebador inverso: SEQ ID NO: 53 GCCCCGTGTTCAAGC (Exl2) Cebador directo: SEQ ID NO: 54 CATGCCTTTGCTGGTACAG (Ex2) Cebador inverso: SEQ ID NO: 55 GAGTACACCAGGGAGGCATTG (Ex3) Cebador directo: SEQ ID NO: 56 CTCCCTGGTGTACTCCTTC (Ex3) Cebador inverso: SEQ ID NO: 57 GCTGTCGGTGGTCTGCGGGAA G (Ex4) Cebador directo: SEQ ID NO: 58 CAGCAAGATCCTGCAGGAG (Ex4- 5) ' Cebador inverso: SEQ ID NO: 59 CAGGTTGACAGACTCTATG (Ex5) Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica .
Las sondas para detectar AP1M2 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) . Los ejemplos de sondas incluyen: SEQ ID NO: 60 ATGAAGAAATAGAAGAGGGGCTTGAAGTCCTCCTCGCGAGTGCCTTCTTGCAATTACCTG SEQ ID NO: 61 CCAGGTCCACTTCCTATGGATCAAACACAGCAACCTCTACTTGGTGGCCACCACAT CG SEQ ID NO: 62 GACAATAGAGGTATTCTGCGAATACTTCAAGGAGCTGGAGGAG SEQ ID NO: 63 CAATGACCGCGTGCTCTTCGAGCTCACTGGCCGCAGCAAGAACAAATCAGTAGA SEQ ID NO: 64 TTTCCCGGGGGGCAAGGAGTACTTGATGCGAGCCCACTTTGGCCTCCCCAGTGTGG Otras sondas dirigidas a AP1M2 se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de AP1M2 incluyen, entre otras cosas, Proteintech Group, Inc. Cat# 10618-1-AP que es una afinidad conejo purificado anticuerpo policlónico con un antigeno que es un recombinante proteina de AP1M2 que incluyó los aminoácidos 1-320 de la proteina y de Abnova Cat# H00010053-B01 , que es un ratón anticuerpo dirigido con especificidad de objetivo en contra policlónico de la proteina de cadena completa.
Ejemplo 9: CGN CGN (también conocido como DKFZp779N1112, FLJ39281, y KIAA1319) se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que CGN es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal y es sorprendentemente descubrió que CGN es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en Ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que CGN puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a CGN se les proporciona en el ENSEMBL con Número de acceso ENST00000271636 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 65 ENSG00000143375: gen, sólo un transcrito ENST00000271636 GAGGGAGCTCCGAGGACGAGGGGGAGGGCCGGAGCTGCGCGTGCTGCTTTGCCCGAGCCCGAGCCCGAGC CCGAGCCCGAGCCCGAGCCCGAGCCCGAACGCAAGCCTGGGAGCGCGGAGCCCGGCTAGGGACTCCTCCT ATTTATGGAGCAGGCACCCAACATGGCTGAGCCCCGGGGCCCCGTAGACCATGGAGTCCAGATTCGCTTC ATCACAGAGCCAGTGAGTGGTGCAGAGATGGGCACTCTACGTCGAGGTGGACGACGCCCAGCTAAGGATG CAAGAGCCAGTACCTACGGGGTTGCTGTGCGTGTGCAGGGAATCGCTGGGCAGCCCTTTGTGGTGCTCAA CAGTGGGGAGAAAGGCGGTGACTCCTTTGGGGTCCAAATCAAGGGGGCCAATGACCAAGGGGCCTCAGGA GCTCTGAGCTCAGATTTGGAACTCCCTGAGAACCCCTACTCTCAGGTCAAGGGATTTCCTGCCCCCTCGC AGAGCAGCACATCTGATGAGGAGCCTGGGGCCTACTGGAATGGAAAGCTACTCCGTTCCCACTCCCAGGC CTCACTGGCAGGCCCTGGCCCAGTGGATCCTAGTAACAGAAGCAACAGCATGCTGGAGCTAGCCCCGAAA GTGGCTTCCCCAGGTAGCACCATTGACACTGCTCCCCTGTCTTCAGTGGACTCACTCATCAACAAGTTTG ACAGTCAACTTGGAGGCCAGGCCCGGGGTCGGACTGGCCGCCGAACACGGATGCTACCCCCTGAACAGCG CAAACGGAGCAAGAGCCTGGACAGCCGCCTCCCACGGGACACCTTTGAGGAACGGGAGCGCCAGTCCACC AACCACTGGACCTCTAGCACAAAATATGACAACCATGTGGGCACTTCGAAGCAGCCAGCCCAGAGCCAGA ACCTGAGTCCTCTCAGTGGCTTTAGCCGTTCTCGTCAGACTCAGGACTGGGTCCTTCAGAGTTTTGAGGA GCCGCGGAGGAGTGCACAGGACCCCACCATGCTGCAGTTCAAATCAACTCCAGACCTCCTTCGAGACCAG CAGGAGGCAGCCCCACCAGGCAGTGTGGACCATATGAAGGCCACCATCTATGGCATCCTGAGGGAGGGAA GCTCAGAAAGTGAAACCTCTGTGAGGAGGAAGGTTAGTTTGGTGCTGGAGAAGATGCAGCCTCTAGTGAT GGTTTCTTCTGGTTCTACTAAGGCCGTGGCAGGGCAGGGTGAGCTTACCCGAAAAGTGGAGGAGCTACAG CGAAAGCTGGATGAAGAGGTGAAGAAGCGGCAGAAGCTAGAGCCATCCCAAGTTGGGCTGGAGCGGCAGC TGGAGGAGAAAACAGAAGAGTGCAGCCGACTGCAGGAGCTGCTGGAGAGGAGGAAGGGGGAGGCCCAGCA GAGCAACAAGGAGCTCCAGAACATGAAGCGCCTCTTGGACCAGGGTGAAGATTTACGACATGGGCTGGAG ACCCAGGTGATGGAGCTGCAGAACAAGCTGAAACATGTCCAGGGTCCTGAGCCTGCTAAGGAGGTGTTAC TGAAGGACCTGTTAGAGACCCGGGAACTTCTGGAAGAGGTCTTGGAGGGGAAACAGCGAGTAGAGGAGCA GCTGAGGCTGCGGGAGCGGGAGTTGACAGCCCTGAAGGGGGCCCTGAAAGAGGAGGTAGCCTCCCGTGAC CAGGAGGTGGAACATGTCCGGCAGCAGTACCAGCGAGACACAGAGCAGCTCCGCAGGAGCATGCAAGATG CAACCCAGGACCATGCAGTGCTGGAGGCCGAGAGGCAGAAGATGTCAGCCCTTGTGCGAGGGCTGCAGAG GGAGCTGGAGGAGACTTCAGAGGAGACAGGGCATTGGCAGAGTATGTTCCAGAAGAACAAGGAGGATCTT AGAGCCACCAAGCAGGAACTCCTGCAGCTGCGAATGGAGAAGGAGGAGATGGAAGAGGAGCTTGGAGAGA AGATAGAGGTCTTGCAGAGGGAATTAGAGCAGGCCCGAGCTAGTGCTGGAGATACTCGCCAGGTTGAGGT GCTCAAGAAGGAGCTGCTCCGGACACAGGAGGAGCTTAAGGAACTGCAGGCAGAACGGCAGAGCCAGGAG GTGGCTGGGCGACACCGGGACCGGGAGTTGGAGAAGCAGCTGGCGGTCCTGAGGGTCGAGGCTGATCGAG GTCGGGAGCTGGAAGAACAGAACCTCCAGCTACAAAAGACCCTCCAGCAACTGCGACAGGACTGTGAAGA GGCTTCCAAGGCTAAGATGGTGGCCGAGGCAGAGGCAACAGTGCTGGGGCAGCGGCGGGCCGCAGTGGAG ACGACGCrTCGGGAGACCCAGGAGGAAAATGACGAATTCCGCCGGCGCATCCTGGGTTTGGAGCAGCAGC TGAAGGAGACTCGAGGTCTGGTGGATGGTGGGGAAGCGGTGGAGGCACGACTACGGGACAAGCTGCAGCG GCTGGAGGCAGAGAAACAGCAGCTGGAGGAGGCCCTGAATGCGTCCCAGGAAGAGGAGGGGAGTCTGGCA GCAGCCAAGCGGGCACTGGAGGCACGCCTAGAGGAGGCTCAGCGGGGGCTGGCCCGCCTGGGGCAGGAGC AGCAGACACTGAACCGGGCCCTGGAGGAGGAAGGGAAGCAGCGGGAGGTGCTCCGGCGAGGCAAGGCTGA GCTGGAGGAGCAGAAGCGTTTGCTGGACAGGACTGTGGACCGACTGAACAAGGAGTTGGAGAAGATCGGG GAGGACTCTAAGCAAGCCCTGCAGCAGCTCCAGGCCCAGCTGGAGGATTATAAGGAAAAGGCCCGGCGGG AGGTGGCAGATGCCCAGCGCCAGGCCAAGGATTGGGCCAGTGAGGCTGAGAAGACCTCTGGAGGACTGAG CCGACTTCAGGATGAGATCCAGAGGCTGCGGCAGGCCCTGCAGGCATCCCAGGCTGAGCGGGACACAGCC CGGCTGGACAAAGAGCTACTGGCCCAGCGACTGCAGGGGCTGGAGCAAGAGGCAGAGAACAAGAAGCGTT CCCAGGACGACAGGGCCCGGCAGCTGAAGGGTCTCGAGGAAAAAGTCTCACGGCTGGAAACAGAGTTAGA TGAGGAGAAGAACACCGTGGAGCTGCTAACAGATCGGGTGAATCGTGGCCGGGACCAGGTGGATCAGCTG AGGACAGAGCTCATGCAGGAAAGGTCTGCTCGGCAGGACCTGGAGTGTGACAAAATCTCCTTGGAGAGAC AGAACAAGGACCTGAAGACCCGGTTGGCCAGCTCAGAAGGCTTCCAGAAGCCTAGTGCCAGCCTCTCTCA GCTTGAGTCCCAGAATCAGTTGTTGCAGGAGCGGCTACAGGCTGAAGAGAGGGAGAAGACAGTTCTGCAG TCTACCAATCGAAAACTGGAGCGGAAAGTTAAAGAACTATCCATCCAGATTGAAGACGAGCGGCAGCATG TCAATGACCAGAAAGACCAGCTAAGCCTGAGGGTGAAGGCTTTGAAGCGTCAGGTGGATGAAGCAGAAGA GGAAATTGAGCGACTGGACGGCCTGAGGAAGAAGGCCCAGCGTGAGGTGGAGGAGCAGCATGAGGTCAAT GAACAGCTCCAGGCCCGGATCAAGTCTCTGGAGAAGGACTCCTGGCGCAAAGCTTCCCGCTCAGCTGCTG AGTCAGCTCTCAAAAACGAAGGGCTGAGCTCAGATGAGGAATTCGACAGTGTCTACGATCCCTCGTCCAT TGCATCACTGCTTACGGAGAGCAACCTACAGACCAGCTCCTGTTAGCTCGTGGTCCrCAAGGACrCAGAA ACCAGGCTCGAGGCCTATCCCAGCAAGTGCTGCTCTGCTCTGCCCACCCTGGGTTCTGCATTCCTATGGG TGACCCAATTATTCAGACCTAAGACAGGGAGGGGTCAGAGTGATGGTGATAAAAAAAAAAAATCATCAGC AATAAGCTGATAGATGGACTTTCCACTGTAGGAGTGGACATTTCAAGCCAACTGAGCCTTTTCCTCAAGT GCCGACACCTCCCTCATCTCTCTTATAGTGGAAGGATGGTCAGCATTAGGCTGATGGGGACTGAGAAGGA TAGGAAGGGATAGAAATTGCCATGTGTATAAAGCTTTATTCTTTAGCCCTTAACCCTAAGGCTCAGGGAA ATACCCTATGTTATTGTGCTCCCTGGATTCCTGCAACTCATTTTCCTTCCACTCTGGAGCAGGGTGAGGG GAATGTTATGGGTAACAGACATGCAGGCATGGCTCTACCCATTTCTTTGCACAAGTATGGGGCCCATGTG GTAGTCCCCATACCCCTCCAGTTCCTATATTTTTGTCTTCTTCCTTTCCCCTCTTTGCCATTCCTACCTT GCATTTTTCCTGTCAGTGCCTTAGCCAAGGCAAGGAGATAAGGATGCTCTTCTTGCTTTTTATATCTGCA CATTCATACCTCTCCAAAGACCAGCTTTTCCCCAGCCAGGGCCCTCAGCCTTCCCTGCTGCCCCAGTGAT ' TGATTGAGAGAGCTGTTGGGGTTTCTCTGCCAATGACCCCTGGGAGAGGGACTTTGGTAGGGTCATGATA AAGTGGCGGGGGTCTGGTCCTGCTCAGGGTTTTCATCCTTCCTCCTCTCCCTCCTCTGTGACTGTGGATA TGGTTATAAGGTGGTTGCACCTGGGAGCCCTGACAACTGGCTGCACAAATTCCAAAAGTAAAGGTGTCAG TCCCTGTGGCCTTCCTTGGGGCTTCTCTGACCACATGTGCCCAACTTCAATAAGAGAACCAAGGGACCCT CATTTTCTGAGGTGCTTGGCTCTGATTCAGGGCTTTGCAAGGGGTTAGAAGCTGACTGTAAAAATGGGAA GAGGCAACGGAAGACATTTATTTCTCCTTTGGATTTTGGGGAGAACCAAGCCCTGGTAGGGAAGAGGTAA GGGGGATGATTCACCTCCATATTTCCTAAGCAGGTTGTATAGGGAGCCGGTGGCAGGAGGAAGGCTGTTT TCACAAATGACTTGTAATGTCGTGATTAAAAAAATTCCTATATTCTTCTGCAAATCAAACGTTCTTTCCC AATCCAATCCAGCCTTGGTTTTATTTTAAATTAAATATTAAAATTACACATTTATATTGAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Los codones iniciadores y finalizadores se indican en negritas .
La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000271636 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 66 MEQAPNMAEPRGPVDHGVQIRFITEPVSGAEMGTLRRGGRRPAK DARASTYGVAVRVQGIAGQPFVVLNSGEKGGDSFGVQIKGANDQGASGALSSDLELPE NPYSQVKGFPAPSQSSTSDEEPGAYWNGKLLRSHSQASLAGPGPVDPSNRSNSMLELA PKVASPGSTIDTAPLSSVDSLINKFDSQLGGQARGRTGRRTRMLPPEQR RSKSLDSR LPRDTFEERERQSTNHWTSSTKYDNHVGTSKQPAQSQNLSPLSGFSRSRQTQDWVLQS FEEPRRSAQDPTMLQFKSTPDLLRDQQEAAPPGSVDHMKATIYGILREGSSESETSVR RKVSLVLEKMQPLVMVSSGSTKAVAGQGELTRKVEELQRKLDEEVKKRQKLEPSQVGL ERQLEEKTEECSRLQELLERRKGEAQQSNKELQNMKRLLDQGEDLRHGLETQVMELQN KLKHVQGPEPAKEVLLKDLLETRELLEEVLEGKQRVEEQLRLRERELTALKGALKEEV ASRDQEVEHVRQQYQRDTEQLRRSMQDATQDHAVLEAERQKMSALVRGLQRELEETSE ETGHWQS FQKNKEDLRATKQELLQLRMEKEE EEELGEKIEVLQRELEQARASAGDT RQVEVLKKELLRTQEELKELQAERQSQEVAGRHRDRELEKQLAVLRVEADRGRELEEQ NLQLQKTLQQLRQDCEEASKAKMVAEAEATVLGQRRAAVETTLRETQEENDEFRRRIL GLEQQLKETRGLVDGGEAVEARLRDKLQRLEAEKQQLEEALNASQEEEGSLAAAKRAL EARLEEAQRGLARLGQEQQTLNRALEEEGKQREVLRRGKAELEEQ RLLDRTVDRLNK ELEKIGEDSKQALQQLQAQLEDYKEKARREVADAQRQAKDWASEAEKTSGGLSRLQDE IQRLRQALQASQAERDTARLDKELLAQRLQGLEQEAENKKRSQDDRARQLKGLEE VS RLETELDEEKNTVELLTDRVNRGRDQVDQLRTELMQERSARQDLECDKISLERQNKDL KTRLASSEGFQKPSASLSQLESQNQLLQERLQAEEREKTVLQSTNRKLERKVKELSIQ IEDERQHVNDQKDQLSLRVKALKRQVDEAEEEIERLDGLRKKAQREVEEQHEVNEQLQ ARIKSLEKDSWRKASRSAAESALKNEGLSSDEEFDSVYDPSSIASLLTESNLQTSSC Los cebadores para amplificar la secuencia CGN pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale. Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar CGN incluyen a aquellos en Cebador directo : SEQ ID NO: 67 GCTTTAGCCGTTCTCGTCA Cebador inverso : SEQ ID NO: 68 CTGGTCTCGAAGGAGGTCTG Cebador directo : SEQ ID NO: 69 CAGACCTCCTTCGAGACCAG Cebador inverso : SEQ ID NO: 70 TTCCTCCTCACAGAGGTTTCA Cebador directo : SEQ ID NO: 71 TACAGCGAAAGCTGGATGAA Cebador inverso : SEQ ID NO: 72 AGTCGGCTGCACTCTTCTGT Cebador directo : SEQ ID NO: 73 TGCAGAACAAGCTGAAACAT Cebador inverso : SEQ ID NO: 74 GCTGCTCCTCTACTCGCTGT Cebador directo : SEQ ID NO: 75 GGGCATTGGCAGAGTATGTT Cebador inverso : SEQ ID NO: 76 TTCCATCTCCTCCTTCTCCA Cebador directo : SEQ ID NO: 77 CAGCAACTGCGACAGGACT Cebador inverso : SEQ ID NO: 78 CATTTTCCTCCTGGGTCTCC Cebador directo : SEQ ID NO: 79 : CTGAGCTGGAGGAGCAGAAG Cebador inverso : SEQ ID NO: 80 TGCAGGGCTTGCTTAGAGTC Cebador directo : SEQ ID NO: 81 TGGAGCAAGAGGCAGAGAAC Cebador inverso : SEQ ID NO: 82 ACTCTGTTTCCAGCCGTGAG Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica.
Las sondas para detectar CGN pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) . Otros ejemplos de sondas incluyen SEQ ID NO: 83 CAGGACTGGGTCCTTCAGAG SEQ ID NO: 84 CAGGCAGTGTGGACCATATG SEQ ID NO: 85 GCTAGAGCCATCCCAAGTTG SEQ ID NO: 86 TGAGCCTGCTAAGGAGGTGT SEQ ID NO: 87 TAGAGCCACCAAGCAGGAAC SEQ ID NO: 88 TTCCAAGGCTAAGATGGTGG SEQ ID NO: 89 GACAGGACTGTGGACCGACT SEQ ID NO: 90 TGAAGGGTCTCGAGGAAAAA Sonda de la matriz SEQ ID NO: 91 GGGAAGAGGTAAGGGGGATGATTCACCTCCATATTTCCTAAGCAGGTTGTATAGGGAGCC Los anticuerpos a CGN incluyen, entre otras cosas Conejo Cingulin no humano (CGN) Policlónico, No conjugado Cat# LS-C22229-100, de la vida útil bioscience (Región C-terminal) ; y Ratón Cingulin no humano (CGN) Monoclónico, No conjugado, Clon 6a40 Cat# LS-C22230-100 , de Vida útil Bioscience (Región C-terminal) .
Ejemplo 10: DDR1 DDR1 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que DDR1 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal y es sorprendentemente descubrió que DDR1 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en Ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que DDR1 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a DDR1 se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000376570 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 92 1 GTCTTCCCCTCGTGGGCCCTGAGCGGGACTGCAGCCAGCCCCCTGGGGCGCCAGCTTTG 61 AGGCCCCCGACAGCTGCTCTCGGGAGCCGCCTCCCGACACCCGAGCCCCGCCGGCGCCTC 121 CCGCTCCCGGCTCCCGGCTCCTGGCTCCCTCCGCCTCCCCCGCCCCTCGCCCCGCCGCC 181 AAGAGGCCCCGCTCCCGGGTCGGACGCCTGGGTCTGCCGGGAAGAGCGATGAGAGGTGTC 241 TGAAGGTGGCTATTCACTGAGCGATGGGGTTGGACTTGAAGGAATGCCAAGAGATGCTGC 301 CCCCACCCCCTTAGGCCCGAGGGATCAGGAGCTATGGGACCAGAGGCCCTGTCATCTTTA 361 CTGCTGCTGCTCTTGGTGGCAAGTGGAGATGCTGACATGAAGGGACATTTTGATCCTGCC 421 AAGTGCCGCTATGCCCTGGGCATGCAGGACCGGACCATCCCAGACAGTGACATCTCTGCT 481 TCCAGCTCCTGGTCAGATTCCACTGCCGCCCGCCACAGCAGGTTGGAGAGCAGTGACGGG 5 1 GATGGGGCCTGGTGCCCCGCAGGGTCGGTGTTTCCCAAGGAGGAGGAGTACTTGCAGGTG 601 GATCTACAACGACTGCACCTGGTGGCTCTGGTGGGCACCCAGGGACGGCATGCCGGGGGC 661 CTGGGCAAGGAGTTCTCCCGGAGCTACCGGCTGCGTTACTCCCGGGATGGTCGCCGCTGG 721 ATGGGCTGGAAGGACCGCTGGGGTCAGGAGGTGATCTCAGGCAATGAGGACCCTGAGGGA 781 GTGGTGCTGAAGGACCTTGGGCCCCCCATGGTTGCCCGACTGGTTCGCTTCTACCCCCGG 8 1 GCTGACCGGGTCATGAGCGTCTGTCTGCGGGTAGAGCTCTATGGCTGCCTCTGGAGGGAT 901 GGACTCCTGTCTTACACCGCCCCTGTGGGGCAGACAATGTATTTATCTGAGGCCGTGTAC 961 CTCAACGACTCCACCTATGACGGACATACCGTGGGCGGACTGCAGTATGGGGGTCTGGGC 1021 CAGCTGGCAGATGGTGTGGTGGGGCTGGATGACTTTAGGAAGAGTCAGGAGCTGCGGGTC 1081 TGGCCAGGCTATGACTATGTGGGATGGAGCAACCACAGCTTCTCCAGTGGCTATGTGGAG 11 1 ATGGAGTTTGAGTTTGACCGGCTGAGGGCCTTCCAGGCTATGCAGGTCCACTGTAACAAC 1201 ATGCACACGCTGGGAGCCCGTCTGCCTGGCGGGGTGGAATGTCGCTTCCGGCGTGGCCCT 1261 GCCATGGCCTGGGAGGGGGAGCCCATGCGCCACAACCTAGGGGGCAACCTGGGGGACCCC 1321 AGAGCCCGGGCTGTCTCAGTGCCCCTTGGCGGCCGTGTGGCTCGCTTTCTGCAGTGCCGC 1381 TTCCTCTTTGCGGGGCCCTGGTTACTCTTCAGCGAAATCTCCTTCATCTCTGATGTGGTG 1 41 AACAATTCCTCTCCGGCACTGGGAGGCACCTTCCCGCCAGCCCCCTGGTGGCCGCCTGGC 1501 CCACCTCCCACCAACTTCAGCAGCTTGGAGCTGGAGCCCAGAGGCCÁGCAGCCCGTGGCC 1561 AAGGCCGAGGGGAGCCCGACCGCCATCCTCATCGGCTGCCTGGTGGCCATCATCCTGCTC 1621 CTGCTGCTCATCATTGCCCTCATGCTCTGGCGGCTGCACTGGCGCAGGCTCCTCAGCAAG 1681 GCTGAACGGAGGGTGTTGGAAGAGGAGCTGACGGTTCACCTCTCTGTCCCTGGGGACACT 17 1 ATCCTCATCAACAACCGCCCAGGTCCTAGAGAGCCACCCCCGTACCAGGAGCCCCGGCCT 1801 CGTGGGAATCCGCCCCACTCCGCTCCCTGTGTCCCCAATGGCTCTGCCTACAGTGGGGAC 1861 TATATGGAGCCTGAGAAGCCAGGCGCCCCGCTTCTGCCCCCACCTCCCCAGAACAGCGTC 1921 CCCCATTATGCCGAGGCTGACATTGTTACCCTGCAGGGCGTCACCGGGGGCAACACCTAT 1588 CCCCATTATGCCGAGGCTGACATTGTTACCCTGCAGGGCGTCACCGGGGGCAACACCTAT 1981 GCTGTGCCTGCACTGCCCCCAGGGGCAGTCGGGGATGGGCCCCCCAGAGTGGATTTCCCT 16 8 GCTGTGCCTGCACTGCCCCCAGGGGCAGTCGGGGATGGGCCCCCCAGAGTGGATTTCCCT 2041 CGATCTCGACTCCGCTTCAAGGAGAAGCTTGGCGAGGGCCAGTTTGGGGAGGTGCACCTG 1708 CGATCTCGACTCCGCTTCAAGGAGAAGCTTGGCGAGGGCCAGTTTGGGGAGGTGCACCTG 2101 TGTGAGGTCGACAGCCCTCAAGATCTGGTTAGTCTTGATTTCCCCCTTAATGTGCGTAAG 1768 TGTGAGGTCGACAGCCCTCAAGATCTGGTTAGTCTTGATTTCCCCCTTAATGTGCGTAAG 2161 GGACACCCTTTGCTGGTAGCTGTCAAGATCTTACGGCCAGATGCCACCAAGAATGCCAGG 1828 GGACACCCTTTGCTGGTAGCTGTCAAGATCTTACGGCCAGATGCCACCAAGAATGCCAGG 2221 AATGATTTCCTGAAAGAGGTGAAGATCATGTCGAGGCTCAAGGACCCAAACATCATTCGG 1888 AATGATTTCCTGAAAGAGGTGAAGATCATGTCGAGGCTCAAGGACCCAAACATCATTCGG 2281 CTGCTGGGCGTGTGTGTGCAGGACGACCCCCTCTGCATGATTACTGACTACATGGAGAAC 1948 CTGCTGGGCGTGTGTGTGCAGGACGACCCCCTCTGCATGATTACTGACTACATGGAGAAC 2341 GGCGACCTCAACCAGTTCCTCAGTGCCCACCAGCTGGAGGACAAGGCAGCCGAGGGGGCC 2008 GGCGACCTCAACCAGTTCCTCAGTGCCCACCAGCTGGAGGACAAGGCAGCCGAGGGGGCC 2401 CCTGGGGACGGGCAGGCTGCGCAGGGGCCCACCATCAGCTACCCAATGCTGCTGCATGTG 2068 CCTGGGGACGGGCAGGCTGCGCAGGGGCCCACCATCAGCTACCCAATGCTGCTGCATGTG 2461 GCAGCCCAGATCGCCTCCGGCATGCGCTATCTGGCCACACTCAACTTTGTACATCGGGAC 2128 GCAGCCCAGATCGCCTCCGGCATGCGCTATCTGGCCACACTCAACTTTGTACATCGGGAC 2521 CTGGCCACGCGGAACTGCCTAGTTGGGGAAAATTTCACCATCAAAATCGCAGACTTTGGC 2188 CTGGCCACGCGGAACTGCCTAGTTGGGGAAAATTTCACCATCAAAATCGCAGACTTTGGC 2581 ATGAGCCGGAACCTCTATGCTGGGGACTATTACCGTGTGCAGGGCCGGGCAGTGCTGCCC 2248 ATGAGCCGGAACCTCTATGCTGGGGACTATTACCGTGTGCAGGGCCGGGCAGTGCTGCCC 2641 ATCCGCTGGATGGCCTGGGAGTGCATCCTCATGGGGAAGTTCACGACTGCGAGTGACGTG 2308 ATCCGCTGGATGGCCTGGGAGTGCATCCTCATGGGGAAGTTCACGACTGCGAGTGACGTG 2701 TGGGCCTTTGGTGTGACCCTGTGGGAGGTGCTGATGCTCTGTAGGGCCCAGCCCTTTGGG 2368 TGGGCCTTTGGTGTGACCCTGTGGGAGGTGCTGATGCTCTGTAGGGCCCAGCCCTTTGGG 2761 CAGCTCACCGACGAGCAGGTCATCGAGAACGCGGGGGAGTTCTTCCGGGACCAGGGCCGG 2428 CAGCTCACCGACGAGCAGGTCATCGAGAACGCGGGGGAGTTCTTCCGGGACCAGGGCCGG 2821 CAGGTGTACCTGTCCCGGCCGCCTGCCTGCCCGCAGGGCCTATATGAGCTGATGCTTCGG 2488 CAGGTGTACCTGTCCCGGCCGCCTGCCTGCCCGCAGGGCCTATATGAGCTGATGCTTCGG 2881 TGCTGGAGCCGGGAGTCTGAGCAGCGACCACCCTTTTCCCAGCTGCATCGGTTCCTGGCA 2548 TGCTGGAGCCGGGAGTCTGAGCAGCGACCACCCTTTTCCCAGCTGCATCGGTTCCTGGCA 2941 GAGGATGCACTCAACACGGTGTGAATCACACATCCAGCTGCCCCTCCCTCAGGGAGCGAT 3001 CCAGGGGAAGCCAGTGACACTAAAACAAGAGGACACAATGGCACCTCTGCCCTTCCCCTC 3061 CCGACAGCCCATCACCTCTAATAGAGGCAGTGAGACTGCAGGTGGGCTGGGCCCACCCAG 3121 GGAGCTGATGCCCCTTCTCCCCTTCCTGGACACACTCTCATGTCCCCTTCCTGTTCTTCC 3181 TTCCTAGAAGCCCCTGTCGCCCACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGATCCTCTCCACCCTC 3241 CTCTAGCCATCCCTTGGGGAAGGGTGGGGAGAAATATAGGATAGACACTGGACATGGCCC 3301 ATTGGAGCACCTGGGCCCCACTGGACAACACTGATTCCTGGAGAGGTGGCTGCGCCCCCA 3361 GCTTCTCTCTCCCTGTCACACACTGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGGGGGTGAGGAGGA 3421 CAAGAAGGAGAGGAAAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGCT 3 81 TCTTCCTCCTCCATCACCTGAAACACTGGACCTGGGGGTAGCCCCGCCCCAGCCCTCAGT 3541 CACCCCCACTTCCCACTTGCAGTCTTGTAGCTAGAACTTCTCTAAGCCTATACGTTTCTG 3601 TGGAGTAAATATTGGGATTGGGGGGAAAGAGGGAGCAACGGCCCATAGCCTTGGGGTTGG 3661 ACATCTCTAGTGTAGCTGCCACATTGATTTTTCTATAATCACTTGGGGTTTGTACATTTT 3721 TGGGGGGAGAGACACAGATTTTTACACTAATATATGGACCTAGCTTGAGGCAATTTTAAT 3781 CCCCTGCACTAGGCAGGTAATAATAAAGGTTGAGTTTTCC La secuencia aminoacídica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso EP0000365754 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 93 1 MGPEALSSLLLLLLVASGDADMKGHFDPAKCRYALGMQDRTIPDSDISASSSWSDSTAAR 61 HSRLESSDGDGAWCPAGSVFPKEEEYLQVDLQRLHLVALVGTQGRHAGGLGKEFSRSYRL 121 RYSRDGRRWMGWKDRWGQEVISGNEDPEGVVLKDLGPPMVARLVRFYPRADRVMSVCLRV 181 ELYGCLWRDGLLSYTAPVGQTMYLSEAVYLNDSTYDGHTVGGLQYGGLGQLADGVVGLDD 241 FRKSQELRVWPGYDYVGWSNHSFSSGYVEMEFEFDRLRAFQAMQVHCNNMHTLGARLPGG 301 VECRFRRGPAMAWEGEPMRHNLGGNLGDPRARAVSVPLGGRVARFLQCRFLFAGPWLLFS 361 EISFISDVVNNSSPALGGTFPPAP PPGPPPTNFSSLELEPRGQQPVAKAEGSPTAILI 421 GCLVAIILLLLLIIALML RLHWRRLLSKAERRVLEEELTVHLSVPGDTILINNRPGPRE 481 PPPYQEPRPRGNPPHSAPCVPNGSAYSGDYMEPEKPGAPLLPPPPQNSVPHYAEADIVTL 541 QGVTGGNTYAVPALPPGAVGDGPPRVDFPRSRLRFKEKLGEGQFGEVHLCEVDSPQDLVS 601 LDFPLNVR GHPLLVAVKILRPDATKNARNDFLKEVKIMSRLKDPNIIRLLGVCVQDDPL 661 CMITDYMENGDLNQFLSAHQLEDKAAEGAPGDGQAAQGPTISYP LLHVAAQIASGMRYL 721 ATLNFVHRDLATRNCLVGENFTIKIADFGMSRNLYAGDYYRVQGRAVLPIRWMAWECILM 781 GKFTTASDVWAFGVTLWEVLMLCRAQPFGQLTDEQVIENAGEFFRDQGRQVYLSRPPACP 841 QGLYELMLRCWSRESEQRPPFSQLHRFLAEDALNTV Los cebadores para amplificar la secuencia DDR1 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar DDR1 incluyen a aquellos en Cebador directo: SEQ ID NO: 94 CATCTCTGCTTCCAGCTCCT Cebador inverso: SEQ ID NO: 95 TACTCCTCCTCCTTGGGA7AA Cebador directo: SEQ ID NO: 96 AGCTACCGGCTGCGTTACT Cebador inverso: SEQ ID NO: 97 CTTCAGCACCACTCCCTCAG Cebador directo: SEQ ID NO: 98 CGTCTGTCTGCGGGTAGAG Cebador inverso: SEQ ID NO: 99 CCGTCATAGGTGGAGTCGTT Cebador directo: SEQ ID NO: 100 CAACGACTCCACCTATGACG Cebador inverso: SEQ ID NO: 101TGCTCCATCCCACATAGTCA Cebador directo : SEQ ID NO: 102 TGACTATGTGGGATGGAGCA Cebador inverso : SEQ ID NO: 103 CCAGCGTGTGCATGTTGTTA Cebador directo : SEQ ID NO: 104 TGTCTCAGTGCCCCTTGG Cebador inverso : SEQ ID NO: 105 GTGCCGGAGAGGAATTGTT Cebador directo : SEQ ID NO: 106 ACCTCCCACCAACTTCAGC Cebador inverso : SEQ ID NO: 107 CAGCAGGAGCAGGATGATG Cebador directo : SEQ ID NO: 108 CATCATCCTGCTCCTGCTG Cebador inverso : SEQ ID NO: 109 CCAGGGACAGAGAGGTGAAC Cebador directo : SEQ ID NO: 110 ACCGCCCAGGTCCTAGAG Cebador inverso : SEQ ID NO: 111 CGGTAGGCTGGATTGGAGA Cebador directo : SEQ ID NO: 112 CACCCTTTGCTGGTAGCTGT Cebador inverso : SEQ ID NO: 113 CGAATGATGTTTGGGTCCTT Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica.
Las sondas para detectar DDR1 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) . Otros ejemplos de sondas incluyen SEQ ID NQ:114 ACAGCAGGTTGGAGAGCAGT SEQ ID NO: 115 GTCAGGAGGTGATCTCAGGC SEQ ID NO: 116 CTCTATGGCTGCCTCTGGAG SEQ ID NO: 117 GTGGGGCTGGATGACTTTAG SEQ ID NO: 118 AGTTTGAGTTTGACCGGCTG SEQ ID NO: 119 CCCTGGTTACTCTTCAGCGA SEQ ID NO: 120 CTTGGAGCTGGAGCCCAG SEQ ID NO: 121 AGGGTGTTGGAAGAGGAGCT SEQ ID NO: 122 ACTCTGCTCCCTGTGTCCC SEQ ID NO: 123 GCCAGGAATGATTTCCTGAA Una sonda usada para detectar el ácido nucleico DDR1 que se usa en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 124 ATTGGGATTGGGGGGAAAGAGGGAGCAACGGCCCATAGCCTTGGGGTTGGACATCT CTAG Otras sondas dirigidas a DDR1 se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de DDR1 incluyen, entre otras cosas, el Conejo anticuerpo policlónico a MCK10 de abcam cat# ab5508 epítopo: aa31-47; y Ratón Anticuerpo Policlónico DDR1 No humano, No conjugado de abnova cat# H00000780-A01 contra de cadena completa .
Ejemplo 11: EPS8L2 EPS8L2 (2 parecidos a EPS8 también conocidos como AI042819, A 545405, Eps812_predicted, Eps812 pronosticado, EPS8R2, FLJ16738, FLJ21935, FLJ22171, MGC126530, MGC3088) se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Estudios adicionales que usan el RT-PCR demostrado que EPS8L2 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario el tejido endometrial en comparación con normal y esto es sorprendentemente descubrió que EPS8L2 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en Ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que EPS8L2 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
El gen EPS8L2 codifica para una proteína que se relaciona con el sustrato de vía de receptor de factor de crecimiento epidérmico 8 (EPS8), un sustrato para el receptor de factor de crecimiento epidérmico. Los eps8Ls definen a una novedosa familia de proteínas responsables de la redundancia funcional en la vía de señalización RTK-activada que da como resultado a la actina remodelar. Los miembros de esta familia unen el estímulo de factor de crecimiento a la organización de actina. Los miembros de la familia eps8 comparten una organización modular que comprende un dominio PTB putativo, un dominio SH3 central y una región efector C-terminal. Los dominios SH3 de eps8Ls muestran preferencias de unión exclusivas para péptidos que contienen un proline-X-X-aspartate-tyrosine (pXXDY) consenso y constituyen a una subfamilia distinta phylogenetically dentro de la familia de dominio SH3. (P ID: 14565974) .
Aunque la función de EPS8L2 sea desconocida, los análisis de expresión génica de los cánceres de tiroides y pecho Eps8 identificado, otro miembro de la familia, como un novedoso oncogén putativo y también es implicado en la migración de célula tumoral en células de fibrosarcoma . (PMID: 16618726) (PMID: 17075124) (PMID: 15289329) La secuencia de un ARNm correspondiente a EPS8L2 se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000318562 y SEQ ID NO: 125 ACTCCGCAACCTGTCGCTCAGGTTCCTCCTCTCCCGGCCCCGCCCCGGCCCGGCCCCGCCGAGCGTCCCA CCCGCCCGCGGGAGACCTGGCGCCCCGGCCGAGGCGCGAACAGACGGACGCACCGGCGAGCGCCGAGGGG ACAGGCCGAGCGCGGGGCGCCGGAGGCAGGTGTGGGACAGGCACTGGCCTCAGACCGGGGCCACACTGAG GTCTGCCCTTCTCCCGCTGGCCGCCACCCAAGACACCATGAGCCAGTCCGGGGCCGTGAGCTGCTGCCCG GGTGCCACCAATGGCAGCCTGGGCCGGTCCGACGGTGTGGCCAAGATGAGCCCCAAGGACCTGTTTGAGC AGAGGAAGAAGTATTCCAACTCCAACGTCATCATGCACGAGACCTCGCAGTACCACGTCCAGCACCTGGC CACATTCATCATGGACAAGAGCGAAGCCATCACGTCTGTGGACGACGCCATCCGGAAGCTGGTGCAGCTG AGCTCCAAGGAGAAGATCTGGACCCAGGAGATGCTGCTGCAGGTGAACGACCAGTCGCTGCGGCTGCTGG ACATCGAGTCACAGGAGGAGCTGGAAGACTTCCCGCTGCCCACGGTGCAGCGCAGCCAGACGGTCCTCAA CCAGCTGCGCTACCCGTCTGTGCTGCTGCTCGTGTGCCAGGACTCGGAGCAGAGCAAGCCGGATGTCCAC TTCTTCCACTGCGATGAGGTGGAGGCAGAGCTGGTGCACGAGGACATCGAGAGCGCGTTGGCCGACTGCC GGCTGGGCAAGAAGATGCGGCCGCAGACCCTGAAGGGACACCAGGAGAAGATTCGGCAGCGGCAGTCCAT CCTGCCTCCTCCCCAGGGCCCGGCGCCCATCCCCTTCCAGCACCGCGGCGGGGATTCCCCGGAGGCCAAG AATCGCGTGGGCCCGCAGGTGCCACTCAGCGAGCCAGGTTTCCGCCGTCGGGAGTCGCAGGAGGAGCCGC' GGGCCGTGCTGGCTCAGAAGATAGAGAAGGAGACGCAAATCCTCAACTGCGCCCTGGACGACATCGAGTG GTTTGTGGCCCGGCTGCAGAAGGCAGCCGAGGCTTTCAAGCAGCTGAACCAGCGGAAAAAGGGGAAGAAG AAGGGCAAGAAGGCGCCAGCAGAGGGCGTCCTCACACTGCGGGCACGGCCCCCCTCTGAGGGCGAGTTCA TCGACTGCTTCCAGAAAATCAAGCTGGCGATTAACTTGCTGGCAAAGCTGCAGAAGCACATCCAGAACCC CAGCGCCGCGGAGCTCGTGCACTTCCTCTTCGGGCCTCTGGACCTGATCGTCAACACCTGCAGTGGCCCA GACATCGCACGCTCCGTCTCCTGCCCACTGCTCTCCCGAGATGCCGTGGACTTCCTGCGCGGCCACCTGG TCCCTAAGGAGATGTCGCTGTGGGAGTCACTGGGAGAGAGCTGGATGCGGCCCCGTTCCGAGTGGCCGCG GGAGCCACAGGTGCCCCTCTACGTGCCCAAGTTCCACAGCGGCTGGGAGCCTCCTGTGGATGTGCTGCAG GAGGCCCCCTGGGAGGTGGAGGGGCTGGCGTCTGCCCCCATCGAGGAGGTGAGTCCAGTGAGCCGACAGT CCATAAGAAACTCCCAGAAGCACAGCCCCACTTCAGAGCCCACCCCCCCGGGGGATGCCCTACCACCAGT CAGCTCCCCACATACTCACAGGGGCTACCAGCCAACACCAGCCATGGCCAAGTACGTCAAGATCCTGTAT GACTTCACAGCCCGAAATGCCAACGAGCTATCGGTGCTCAAGGATGAGGTCCTAGAGGTGCTGGAGGACG GCCGGCAGTGGTGGAAGCTGCGCAGCCGCAGCGGCCAGGCGGGGTACGTGCCCTGCAACATCCTAGGCGA GGCGCGACCGGAGGACGCCGGCGCCCCGTTCGAGCAGGCCGGTCAGAAGTACTGGGGCCCCGCCAGCCCG ACCCACAAGCTACCCCCAAGCTrCCCGGGGAACAAAGACGAGCTCATGCAGCACATGGACGAGGTCAACG ACGAGCTCATCCGGAAAATCAGCAACATCAGGGCGCAGCCACAGAGGCACTTCCGCGTGGAGCGCAGCCA GCCCGTGAGCCAGCCGCTCACCTACGAGTCGGGTCCGGACGAGGTCCGCGCCTGGCTGGAAGCCAAGGCC TTCAGCCCGCGGATCGTGGAGAACCTGGGCATCCTGACCGGGCCGCAGCTCTTCTCCCTCAACAAGGAGG AGCTGAAGAAAGTGTGCGGCGAGGAGGGCGTCCGCGTGTACAGCCAGCTCACCATGCAGAAGGCCTTCCT GGAGAAGCAGCAAAGTGGGTCGGAGCTGGAAGAACTCATGAACAAGTTTCATTCCATGAATCAGAGGAGG GGGGAGGACAGCTAGGCCCAGCTGCCTTGGGCTGGGGCCTGCGGAGGGGAAGCCCACCCACAATGCATGG AGTATTATTTTTATATGTGTATGTATTTTGTATCAAGGACACGGAGGGGGTGTGGTGCTGGCTAGAGGTC CCTGCCCCTGTCTGGAGGCACAACGCCCATCCTTAGGCCAAACAGTACCCAAGGCCTCAGCCCACACCAA GACTAATCTCAGCCAAACCTGCTGCTTGGTGGTGCCAGCCCCTTGTCCACCTTCTCTTGAGGCCACAGAA CTCCCTGGGGCTGGGGCCTCTTTCTCTGGCCTCCCCTGTGCACCTGGGGGGTCCTGGCCCCTGTGATGCT CCCCCATCCCCACCCACTTCTACATCCATCCACACCCCAGGGTGAGCTGGAGCTCCAGGCTGGCCAGGCT GAACCTCGCACACACGCAGAGTTCTGCTCCCTGAGGGGGGCCCGGGAGGGGCTCCAGCAGGAGGCCGTGG GTGCCATTCGGGGGAAAGTGGGGGAACGACACACACTTCACCTGCAAGGGCCGACAACGCAGGGGACACC GTGCCGGCTTCAGACACTCCCAGCGCCCACTCTTACAGGCCCAGGACTGGAGCTTTCTCTGGCCAAGTTT CAGGCCAATGATCCCCGCATGGTGTTGGGGGTGCTGGTGTGTCTTGGTGCCTGGACTTGAGTCTCACCCT ACAGATGAGAGGTGGCTGAGGCACCAGGGCTAAGCAATTAAACCAGTTAAGTCTCCCAGGAAAAAAAAAA AAAAAA Los codones iniciadores y finalizadores se indican en negritas asi como la posición correspondiente a la sonda de análisis en micromatriz.
La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000320828 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 126 MSQSGAVSCCPGATNGSLGRSDGVAKMSPKDLFEQRKKYSNSNV IMHETSQYHVQHLATFIMDKSEAITSVDDAIRKLVQLSSKEKIWTQEMLLQVNDQSLR LLDIESQEELEDFPLPTVQRSQTVLNQLRYPSVLLLVCQDSEQS PDVHFFHCDEVEA ELVHEDIESALADCRLGKKMRPQTLKGHQEKIRQRQSILPPPQGPAPIPFQHRGGDSP EAKNRVGPQVPLSEPGFRRRESQEEPRAVLAQKIEKETQILNCALDDIEWFVARLQKA AEAFKQLNQRKKG KKGKtAPAEGVLTLRARPPSEGEFIDCFQKI LAINLLA LQKH IQNPSAAELVHFLFGPLDLIVNTCSGPDIARSVSCPLLSRDAVDFLRGHLVPKEMSLW ESLGESWMRPRSEWPREPQVPLYVPKFHSGWEPPVDVLQEAPWEVEGLASAPIEEVSP VSRQSIRNSQKHSPTSEPTPPGDALPPVSSPHTHRGYQPTPAMAKYVKILYDFTARNA NELSVLKDEVLEVLEDGRQWWKLRSRSGQAGYVPCNILGEARPEDAGAPFEQAGQKYW GPASPTHKLPPSFPGNKDELMQHMDEVNDELIRKISNIRAQPQRHFRVERSQPVSQPL TYESGPDEVRA LEAKAFSPRIVENLGILTGPQLFSLNKEELK VCGEEGVRVYSQLT MQKAFLEKQQSGSELEELMNKFHSMNQRRGEDS Los cebadores para amplificar la secuencia ENST00000318562 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3. Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar EPS8L2 incluyen : Cebador directo: los SEQ ID NO: 127 AMORDAZAN LA CUENTA TGG CGC CCC GGC (Exl) Cebador inverso: SEQ ID NO: 128 GTG GCC CCG GTC TGA GGC (Ex2) Cebador directo: los SEQ ID NO: 129 AMORDAZAN CCA GTC CGG GGC CGT G (Ex2) Cebador inverso: SEQ ID NO: 130 CTT GGG GCT GATO CTT GGC (Ex3) Cebador directo: SEQ ID NO: 131 CGA CGG TGT GGC CAA GAT MORDAZA (Ex3 Cebador inverso: los SEQ ID NO: 132 CGT Gamma-glutamil transpeptidasa ACTÚAN GCG AGG TC (Ex4) Cebador directo: SEQ ID NO: 133 CTCCAACGTCATCATGCAC (Ex4) Cebador inverso: SEQ ID NO: 134 GATGGCGTCGTCCACAGAC (Ex5) Cebador directo: SEQ ID NO: 135 CAGTCGCTGCGGCTGCTGG (Ex5) Cebador inverso: SEQ ID NO: 136 GGACCGTCTGGCTGCGCTG (Ex6) Cebador directo: SEQ ID NO: 137 GATGTCCACTTCTTCCACTGC (Ex6) Cebador inverso: SEQ ID NO: 138 CCGAATCTTCTCCTGGTGTC (Ex8) Cebador directo: SEQ ID NO: 139 GAGGCCAAGAATCGCGTGGGC (Ex8) Cebador inverso: SEQ ID NO: 140 GTCCAGGGCGCAGTTGAGG (ExlO) Cebador directo: SEQ ID NO: 141 CGACTGCTTCCAGAAAATC (Exll) Cebador inverso: SEQ ID NO: 142 CGAAGAGGAAGTGCACGAG (Exl2) Cebador directo: SEQ ID NO: 143 GATGTCGCTGTGGGAGTCAC (Exl3) .
Cebador inverso: SEQ ID NO: 144 GAGGGGCACCTGTGGCTC (Exl4) Cebador directo: SEQ ID NO: 145 GGTGGAGGGGCTGGCGTC (Exl4) Cebador inverso: SEQ ID NO: 146 GGCTCTGAAGTG GGGCTGTG (Exl5) Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica.
Las sondas para detectar EPS8L2 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores descritos anteriormente y los reactivos adecuados) .
Los ejemplos de sondas incluyen: SEQ ID NO:147 GCTTCCCGGGGAACAAAGACGAGCTCATGCAGCACATGGACGAGGTCAACGACGAGCTCA SEQ ID NO:148 GCAGAGCTGGTGCACGAGGACATCGAGAGCGCGTTGGCCGACTGCCGG SEQ ID NO: 149 GCCGTCGGGAGTCGCAGGAGGAGCCGCGGGCCGTGCTGGCTCAGAAGATAG SEQ ID NO: 150 GCTCGTGTGCCAGGACTCGGAGCAGAGCAAGCCGGATGTCCAC SEQ ID NO: 151 GTACAGCCAGCTCACCATGCAGAAGGCCTTCCTGGAGAAGCAGCAAAG Otras sondas dirigidas a EPS8L2 se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de EPS8L2 incluyen, entre otras cosas, a Abnova Cat# H00064787-M01 que es un anticuerpo monoclónico de ratón sensibilizado contra un recombinante parcial EPS8L2 (615 a. a. ~ 715 a. a) y Abnova Cat# H00064787-B01which es un ratón anticuerpo policlónico sensibilizado contra una proteina EPS8L2 de humano de cadena completa.
Ejemplo 12: FASTKD1 FASTKD1 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que FASTKD1 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal y es sorprendentemente descubrió que FASTKD1 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en Ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que FASTKD1 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a FAST D1 se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000260971 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 152 1 ATAAACCCTGAGATATGAGGGTTGGGCGAGACATCCGAGCCTGTTTCGTTCCGTGTTGGG 61 ACCAGGAATAACCCTGACTTCTGAGCTTTCATAACCCCAGGATCCTCCAGAAAATTTGCG 121 GCGCGCTGAGGGAAAACCTTGCTGAAGCTGTACATTGGAATGCGTTTACAGTCATTGTAA 181 TGGAAGCAAAATACATGAAGGAAAAACTGTTATTTGTATCCCTGCTTATTGCACCTGACG 2 1 ACTAGTTGCAGATGGTTTTGTTTACCTAAGAAAACTTGTGATATAAATGAAAAAAACACC 301 TGTTTTCCTAGAGTCATTGGTTACAAATATGCTTCGTCTAAGAGCTATTTGTCCATTCTC 361 CTGGAGAGTGTTTCAATTTCGACCCATCAGTTGTGAACCACTAATTATTCAGATGAATAA 421 GTGTACAGATGAGGAGCAAATGTTTGGTTTTATTGAAAGAAACAAAGCCATACTTTCAGA 481 AAAGCAAGTGGGATGTGCATTTGATATGCTTTGGAAGCTTCAAAAGCAGAAGACCAGCCT 541 GTTAAAAAATGCTGAGTATGTCAGAGACCATCCTCAATTTCTTACTCTTCATAATTTAGC 601 TACAAATAAATTCAAATTAATGAATGACGATACCCTGGTGAATGTGTTATACGTCACACA 661 ACAGTTTGCTGGTGAGGCCCATGACCCGCTAGTTGAAGCACTAGTTACAGAAGCATGGAG 721 AAGGCTAGAAAGGTTTGATATTAAACTGCTCTCAGAATTTTCCTCTTGCCTAGCAGATCA 781 GCATTTGTATTTTAGTCCATTAATGGGAAAAATAGCTGATATTGTTCATAGGAACTTGGA 8 1 AACCACACAGGACTTAAGTTCCTTGTCTGTCTTGATGGTCAACATATCTTCTTTAATATC 901 ACGACATTTTCAACAACAACTGGTGAACAAAACAGAACTTCTTTTTGACACCATAGATTC 961 TTCTGAGGTCAACGTTGCAAAAAGCATAGCAAAGTTTCTTCGAAATGTTAGATATCGTTA 1021 TCAACCACTATTAGAAAGATGTAATAACGTATTTTT AGTAATGTGGACCACCTTGATTT 1081 GGATTCCATCAGTAAAATACTTAGTGTATACAAATTTCTACAATTTAATAGTTTTGAATT 1141 TATTATAATGGCTAAAAAGAAGCTAACTGAAATGATTCCTCTGTGTAATCATCCTGCTAG 1201 CTTTGTAAAATTGTTTGTAGCATTGGGACCCATTGCAGGACCTGAAGAAAAGAAACAACT 1261 TAAATCAACTATGTTATTGATGTCAGAGGACCTAACTGGCGAGCAAGCCCTGGCAGTGTT 1321 GGGAGCAATGGGAGATATGGAAAGCAGAAACTCATGTCTGATTAAAAGAGTTACTTCAGT 1381 TCTGCATAAACATTTGGATGGCTATAAACCATTAGAGTTGTTGAAGATAACTCAAGAATT 1441 AACTTTTCTGCATTTCCAAAGGAAGGAGTTTTTTGCGAAACTTAGAGAATTACTGCTTAG 1501 TTATTTGAAAAATAGTTTCATACCAACTGAGGTGTCTGTTCTGGTCCGTGCTATTTCCCT 1561 GCTCCCTTCTCCTCACTTGGACGAAGTGGGGATATCCCGAATTGAAGCCGTTTTACCACA 1621 GTGTGACCTAAATAACCTGAGTAGTTTTGCCACATCTGTTTTAAGATGGATTCAGCATGA 1681 TCACATGTATTTGGATAATATGACTGCGAAACAACTGAAACTACTTCAAAAATTAGATCA 17 1 CTATGGTCGTCAGAGACTACAACACAGCAACAGTTTGGATCTGTTACGGAAGGAACTTAA 1801 ATCTCTCAAAGGAAACACGTTTCCTGAGTCACTTCTTGAAGAAATGATTGCTACTTTACA 1861 GCATTTCATGGATGATATTAATTACATAAATGTTGGGGAGATTGCATCTTTTATTTCTAG 1921 TACTGATTACCTCAGTACTTTGCTACTAGATAGGATAGCCTCAGTGGCTGTTCAGCAGAT 1981 TGAAAAGATCCATCCTTTTACAATCCCTGCTATTATTCGTCCATTCAGCGTATTGAACTA 2041 TGATCCACCTCAAAGGGATGAATTTTTGGGAACTTGCGTGCAACATCTTAATTCTTACTT 2101 AGGTATATTGGATCCTTTTATATTAGTGTTTCTTGGTTTCTCTTTGGCCACACTTGAATA 2161 TTTTCCAGAAGATCTGCTAAAGGCAATTTTTAACATCAAATTCTTAGCTAGATTGGATTC 2221 TCAACTTGAAAGTATTGGTGGCATGGATGGAACACAACAGCAGATTTTTAAAATGTTAGC 2281 AGAGGTACTAGGAGGAATCAATTGTGTAAAAGCCTCGGTTCTTACGCCTTATTACCACAA 2341 AGTAGATTTTGAGTGTATCTTGGATAAAAGAAAAAAACCTCTTCCGTATGGAAGCCATAA 2 01 TATAGCATTGGGACAACTACCAGAAATGCCCTGGGAATCAAATATCGAAATAGTTGGATC 2461 AAGGCTGCCACCAGGGGCTGAAAGGATTGCTTTGGAATTTTTGGATTCAAAAGCACTTTG 2521 TAGAAATATCCCTCACATGAAAGGAAAATCTGCTATGAAAAAACGACATTTGGAAATTCT 2581 GGGGTATCGTGTAATTCAGATTTCCCAGTTTGAATGGAACTCTATGGCACTGTCAACAAA 2641 GGATGCTCGGATGGACTACCTGAGAGAATGTATATTTGGAGAAGTCAAGTCATGTTTGTA 2701 GTTTTTATTTAAAATGAATGTTATCGTGTGTTACATTTGGACCTATTTTAATAAAGTGGC 2761 CTGTCTC La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000260971and tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 153 1 MKKTPVFLESLVTNMLRLRAICPFSWRVFQFRPISCEPLIIQMN CTDEEQMFGFIERNK 61 AILSEKQVGCAFDMLWKLQKQKTSLLK AEYVRDHPQFLTLHNLATNKFKLM DDTLVNV 121 LYVTQQFAGEAHDPLVEALVTEA RRLERFDIKLLSEFSSCLADQHLYFSPL GKIADIV 181 HRNLETTQDLSSLSVL VNISSLISRHFQQQLVNKTELLFDTIDSSEVNVAKSIAKFLRN 241 VRYRYQPLLERCNNVFLSNVDHLDLDSISKILSVYKFLQFNSFEFI IMAKKKLTEMIPLC 301 NHPASFVKLFVALGPIAGPEEKKQLKSTMLLMSEDLTGEQALAVLGAMGDMESRNSCLI 361 RVTSVLHKHLDGYKPLELLKITQELTFLHFQRKEFFAKLRELLLSYLKNSFIPTEVSVLV 421 RAISLLPSPHLDEVGISRIEAVLPQCDLNNLSSFATSVLRWIQHDHMYLDNMTAKQLKLL 481 QKLDHYGRQRLQHSNSLDLLRKELKSLKGNTFPESLLEEMIATLQHFMDDINYINVGEIA 541 SFISSTDYLSTLLLDRIASVAVQQIEKIHPFTIPAIIRPFSVLNYDPPQRDEFLGTCVQH 601 LNSYLGILDPFILVFLGFSLATLEYFPEDLLKAIFNIKFLARLDSQLESIGGMDGTQQQI 661 FKMLAEVLGGINCVKASVLTPYYHKVDFECILDKRKKPLPYGSHNIALGQLPEMPWESNI 721 EIVGSRLPPGAERIALEFLDSKALCRNIPHMKGKSAMKKRHLEILGYRVIQISQFEWNSM 781 ALSTKDARMDYLRECIFGEVKSCL Los cebadores para amplificar una secuencia nucleoacidica FASTKD1 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar un ácido nucleico FASTKD1 incluyen a aquellos en Cebador directo : SEQ ID NO: 154 TGAATGACGATACCCTGGTG Cebador inverso : SEQ ID NO: 155 AGCCTTCTCCATGCTTCTGT Cebador directo : SEQ ID NO: 156 CCATGACCCGCTAGTTGAAG Cebador inverso : SEQ ID NO: 157 TGATCTGCTAGGCAAGAGGAA Cebador directo : SEQ ID NO: 158 TTCCTCTTGCCTAGCAGATCA Cebador inverso : SEQ ID NO: 159 TGTTGACCATCAAGACAGACA Cebador directo : SEQ ID NO: 160 TCCTCTGTGTAATCATCCTGCT Cebador inverso : SEQ ID NO: 161 CTCGCCAGTTAGGTCCTCTG Cebador directo : SEQ ID NO: 162 GGAGCAATGGGAGATATGGA Cebador inverso : SEQ ID NO: 163 TTCCTTTGGAAATGCAGAAAA Cebador directo : SEQ ID NO: 164 TGCATTTCCAAAGGAAGGAG Cebador inverso : SEQ ID NO: 165 CAAGTGAGGAGAAGGGAGCA Remitir : SEQ ID 1MO:166 AAATGTTGGGGAGATTGCAT Cebador inverso : SEQ ID NO: 167 TCAATACGCTGAATGGACGA Cebador directo : SEQ ID NO: 168 GATCCACCTCAAAGGGATGA Cebador inverso : SEQ ID NO: 169 GGCCAAAGAGAAACCAAGAA Cebador directo : SEQ ID NO: 170 GTGTTTCTTGGTTTCTCTTTGG Cebador inverso : SEQ ID NO: 171 CTGTTGTGTTCCATCCATGC Cebador directo : SEQ ID NO: 172 GCATTGGGACAACTACCAGAA Cebador inverso : SEQ ID NO: 173 GTATGGGAGCGCAAAAGAAG Cebador directo : SEQ ID NO: 174 TGTGTTGCTTCATATTTGTACCC Cebador inverso : SEQ ID NO: 175 CATAGCAGATTTTCCTTTCATGTG Cebador directo : SEQ ID NO: 176 TGACCGCTTCTGTCAACAAT Cebador inverso : SEQ ID NO: 177 TGAATCCAAAAATTCCAAAGC Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilment diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica .
Las sondas para detectar FASTKD1 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) . Otros ejemplos de sondas incluyen SEQ ID NO: 178 GACCCGCTAGTTGAAGCACT SEQ ID NO: 179 ACAGAAGCATGGAGAAGGCT SEQ ID NO: 180 GAACTTGGAAACCACACAGGA SEQ ID NO: 181 TTGTAGCATTGGGACCCATT SEQ ID NO: 182 TGCATAAACATTTGGATGGC SEQ ID NO: 1.83 TTCTGGTCCGTGCTATTTCC SEQ ID NO: 18 GTGGCTGTTCAGCAGATTGA SEQ ID NO: 185 GAACTTGCGTGCAACATCTT SEQ ID NO: 186 CCAGAAGATCTGCTAAAGGCA SEQ ID NO: 187 TGCCCTGGGAATCAAATATC SEQ ID NO: 188 GGATTGCTTTGGAATTTTTGG SEQ ID NO: 189 ATGGATGGAACACAACAGCA Una sonda para detectar un ácido nucleico FASTKD1 que se usa en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 190 TGAATGGAACTCTATGGCACTGTCAACAAAGGATGCTCGGATGGACTACCTGAGAGA Otras sondas dirigidas a FASTKD1 se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto .
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de FASTKD1 incluyen, entre otras cosas, el Ratón Anticuerpo Policlónico FLJ21901 No humano Cat# H00079675-A01 contra el de N-terminal (de aa 2-100) .
Ejemplo 13: IKBKE IKBKE (el inhibidor de kappa iluminan el potenciador génico polipeptidico en linfocitos B, cinasa epsilon) también conocido como IKK-I; IKKE; IKKI; KIAA0151; MGC125294; MGC125295; MGC125297, se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que IKBKE es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal y es sorprendentemente descubrió que IKBKE es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que IKBKE puede combinarse con otros biómarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial .
IKBKE es un miembro del complejo de cinasa de IkB espacioso capaz de fosforilar IkB. IKK fosforila sólo un de dos residuos de serina en ??? o¡ necesario para ubiquitinación y degradación de ??? . La degradación de IkB OÍ expone sin embargo, las señales de localización nucleares en la NF-kb, dando como resultado a su desplazamiento al núcleo, donde esto se une con a promotores específicos y activa la transcripción. (PMID: 10882136) ¦.
La secuencia de un ARNm correspondiente a IKBKE se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000367120 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 191 GAGAGAGCTGAGAGCCAGGACTCAGTGCTGAGCTTGGTGTCCCACCGCCACAAGGAGGCAGGGAAGAAAC GCACTAGTCCCAGCTCCTGGGGTGGCACAGACATTGCAACTGGCCCTGCCTGTGGGTCCTAGGGGCCCTT GGCTACCAGGAGGCTAAGAACACTGCTCATGAATGACAGTGAGCCCTGAAAGCTCTGGGGGTGTCACCCA GTCCCACAAGCCTGCATCCCCTGCAGTGGAGATGGGCTCAGCTCCTGGACGTGCCACAGACAGAAAGCAT AACATACACTCGCCAGGAAGAGCCTTTGCCTGACTCAGGGCAGCTCAGAGTGTGGGGCAGAAGGTGACCA GCCAGCTCAGGGCAGGAGATGCAGAGCACAGCCAATTACCTGTGGCACACAGATGACCTGCTGGGGCAGG GGGCCACTGCCAGTGTGTACAAGGCCCGCAACAAGAAATCCGGAGAGCTGGTTGCTGTGAAGGTCTTCAA CACTACCAGCTACCTGCGGCCCCGCGAGGTGCAGGTGAGGGAGTTTGAGGTCCTGCGGAAGCTGAACCAC CAGAACATCGTCAAGCTCTTTGCGGTGGAGGAGACGGGCGGAAGCCGGCAGAAGGTACTGGTGATGGAGT ACTGCTCCAGTGGGAGCCTGCTGAGTGTGCTGGAGAGCCCTGAGAATGCCTTTGGGCTGCCTGAGGATGA GTTCCTGGTGGTGCTGCGCTGTGTGGTGGCCGGCATGAACCACCTGCGGGAGAACGGCATTGTGCATCGC GACATCAAGCCGGGGAACATCATGCGCCTCGTAGGGGAGGAGGGGCAGAGCATCTACAAGCTGACAGACT TCGGCGCTGCCCGGGAGCTGGATGATGATGAGAAGTTCGTCTCGGTCTATGGGACTGAGGAGTACCTGCA TCCCGACATGTATGAGCGGGCGGTGCTTCGAAAGCCCCAGCAAAAAGCGTTCGGGGTGACTGTGGATCTC TGGAGCATTGGAGTGACCTTGTACCATGCAGCCACTGGCAGCCTGCCCTTCATCCCCTTTGGTGGGCCAC GGCGGAACAAGGAGATCATGTACCGGATCACCACGGAGAAGCCGGCTGGGGCCATTGCAGGTGCCCAGAG GCGGGAGAACGGGCCCCTGGAGTGGAGCTACACCCTCCCCATCACCTGCCAGCTGTCACTGGGGCTGCAG AGCCAGCTGGTGCCCATCCTGGCCAACATCCTGGAGGTGGAGCAGGCCAAGTGCTGGGGCTTCGACCAGT TCTTTGCGGAGACCAGTGACATCCTGCAGCGAGTTGTCGTCCATGTCTTCTCCCTGTCCCAGGCAGTCCT GCACCACATCTATATCCATGCCCACAACACGATAGCCATTTTCCAGGAGGCCGTGCACAAGCAGACCAGT GTGGCCCCCCGACACCAGGAGTACCTCTTTGAGGGTCACCTCTGTGTCCTCGAGCCCAGCGTCTCAGCAC AGCACATCGCCCACACGACGGCAAGCAGCCCCCTGACCCTCTTCAGCACAGCCATCCCTAAGGGGCTGGC CTTCAGGGACCCTGCTCTGGACGTCCCCAAGTTCGTCCCCAAAGTGGACCTGCAGGCGGATTACAACACT GCCAAGGGCGTGTTGGGCGCCGGCTACCAGGCCCTGCGGCTGGCACGGGCCCTGCTGGATGGGCAGGAGC TAATGTTTCGGGGGCTGCACTGGGTCATGGAGGTGCTCCAGGCCACATGCAGACGGACTCTGGAAGTGGC AAGGACATCCCTCCTCTACCTCAGCAGCAGCCTGGGAACTGAGAGGTTCAGCAGCGTGGCTGGAACGCCT GAGATCCAGGAACTGAAGGCGGCTGCAGAACTGAGGTCCAGGCTGCGGACTCTAGCGGAGGTCCTCTCCA GATGCTCCCAAAATATCACGGAGACCCAGGAGAGCCTGAGCAGCCTGAACCGGGAGCTGGTGAAGAGCCG GGATCAGGTACATGAGGACAGAAGCATCCAGCAGATTCAGTGCTGTTTGGACAAGATGAACTTCATCTAC AAACAGTTCAAGAAGTCTAGGATGAGGCCAGGGCTTGGCTACAACGAGGAGCAGATTCACAAGCTGGATA AGGTGAATTTCAGTCATTTAGCCAAAAGACTCCTGCAGGTGTTCCAGGAGGAGTGCGTGCAGAAGTATCA AGCGTCCTTAGTCACACACGGCAAGAGGATGAGGGTGGTGCACGAGACCAGGAACCACCTGCGCCTGGTT GGCTGTTCTGTGGCTGCCTGTAACACAGAAGCCCAGGGGGTCCAGGAGAGTCTCAGCAAGCTCCTGGAAG AGCTATCTCACCAGCTCCTTCAGGACCGAGCAAAGGGGGCTCAGGCCTCGCCGCCTCCCATAGCTCCTTA CCCCAGCCCTACACGAAAGGACCTGCTTCTCCACATGCAAGAGCTCTGCGAGGGGATGAAGCTGCTGGCA TCTGACCTCCTGGACAACAACCGCATCATCGAACGGCTAAATAGAGTCCCAGCACCTCCTGATGTCTGAG CTCCATGGGGCACATGAGGCATCCTGAAGCATTAGAATGATTCCAACACTGCTCTTCTGCACCATGAGAC CAACCCAGGGCAAGATCCCATCCCATCACATCAGCCTACCTCCCTCCTGGCTGCTGGCCAGGATGTCGCC AGCATTACCTTCCACTGCCTTTCTCCCTGGGAAGCAGCACAGCTGAGACTGGGCACCAGGCCACCTCTGT TGGGACCCACAGGAAAGAGTGTGGCAGCAACTGCCTGGCTGACCTTTCTATCTTCTCTAGGCTCAGGTAC TGCTCCTCCATGCCCATGGCTGGGCCGTGGGGAGAAGAAGCTCTCATACGCCTTCCCACTCCCTCTGGTT TATAGGACTTCACTCCCTAGCCAACAGGAGAGGAGGCCTCCTGGGGTTTCCCCAGGGCAGTAGGTCAAAC GACCTCATCACAGTCTTCCTTCCTCTTCAAGCGTTTCATGTTGAACACAGCTCTCTCCGCTCCCTTGTGA TTTCTGAGGGTCACCACTGCCAGCCTCAGGCAACATAGAGAGCCTCCTGTTCTTTCTATGCTTGGTCTGA CTGAGCCTAAAGTTGAGAAAATGGGTGGCCAAGGCCAGTGCCAGTGTCTTGGGGCCCCTTTGGCTCTCCC TCACTCTCTGAGGCTCCAGCTGGTCCTGGGACATGCAGCCAGGACTGTGAGTCTGGGCAGGTCCAAGGCC TGCACCTTCAAGAAGTGGAATAAATGTGGCCTTTGCTTCTGTT Los codones_ iniciadores y finalizadores se indican en negritas .
La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000356087 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 192 QSTANYLWHTDDLLGQGATASVYKARNKKSGELVAVKVFNTTS YLRPREVQVREFEVLRKLNHQNIVKLFAVEETGGSRQKVLV EYCSSGSLLSVLESPE NAFGLPEDEFLVVLRCVVAGMNHLRENGIVHRDIKPGNIMRLVGEEGQSIYKLTDFGA ARELDDDEKFVSVYGTEEYLHPDMYERAVLRKPQQKAFGVTVDLWSIGVTLYHAATGS LPFIPFGGPRRNKEIMYRITTEKPAGAIAGAQRRENGPLEWSYTLPITCQLSLGLQSQ LVPILANILEVEQAKC GFDQFFAETSDILQRVVVHVFSLSQAVLHHIYIHAHNTIAI FQEAVHKQTSVAPRHQEYLFEGHLCVLEPSVSAQHIAHTTASSPLTLFSTAIPKGLAF RDPALDVPKFVPKVDLQADYNTAKGVLGAGYQALRLARALLDGQELMFRGLHWVMEVL QATCRRTLEVARTSLLYLSSSLGTERFSSVAGTPEIQELKAAAELRSRLRTLAEVLSR CSQNITETQESLSSLNRELVKSRDQVHEDRSIQQIQCCLDKMNFIYKQFKKSRMRPGL GYNEEQIHKLDKVNFSHLAKRLLQVFQEECVQKYQASLVTHGKRMRVVHETRNHLRLV GCSVAACNTEAQGVQESLS LLEELSHQLLQDRAKGAQASPPPIAPYPSPTRKDLLLH MQELCEGMKLLASDLLDNNRI IERLNRVPAPPDV Los cebadores para amplificar la secuencia ENST00000367120 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar IKBKE incluyen : Cebador directo: SEQ ID NO: 193 GTGCCACAGACAGAAAGCATAAC (ex2) Cebador inverso: SEQ ID NO: 194 GGCTGTGCTCTGCATCTC (ex3) Cebador de Foward SEQ ID NO: 195 GGGGCCACTGCCAGTGTG (ex3) Cebador inverso: SEQ ID NO: 196 GCAGGTAGCTGGTAGTGTTGAAG (ex4) Cebador directo: SEQ ID NO: 197 GAGGTCCTGCGGAAGCTGAAC (ex4) Cebador inverso: SEQ ID NO: 198 CACTCAGCAGGCTCCCACTG (ex5) Cebador directo: SEQ ID NO: 199 CCTGAGGATGAGTTCCTGGTG (ex5) Cebador inverso: SEQ ID NO: 200 GTCGCGATGCACAATGCCGTTC (ex6) Cebador directo: SEQ ID NO: 201 GGATGATGATGAGAAGTTCGTCTC Cebador inverso: SEQ ID NO: 202 GAACGCTTTTTGCTGGGGC (ex7) Cebador directo: SEQ ID NO:203 CATCCCCTTTGGTGGGCCAC (ex7) Cebador inverso: SEQ ID NO: 204 CCGTTCTCCCGCCTCTGG (ex8) Cebador directo: SEQ ID NO: 205 CCTGGAGTGGAGCTACACC (ex8) Cebador inverso: SEQ ID NO: 206 CACTTGGCCTGCTCCACCTC (ex9) Cebador directo: SEQ ID NO: 207 GTCCCAGGCAGTCCTGCAC (ex9) Cebador inverso: SEQ ID NO: 208 GACGCTGGGCTCGAGGACAC (exlO) Cebador directo: SEQ ID NO: 209 GACCCTCTTCAGCACAGCCATC Cebador inverso: SEQ ID NO: 210 GCCGCAGGGCCTGGTAGC (exl2) Cebador de cebador directo SEQ ID NO: 211 GATCCAGGAACTGAAGGCGGC (exl4) Cebador inverso: SEQ ID NO: 212 CCTGATCCCGGCTCTTCAC (exl5) Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica.
Las sondas para detectar IKBKE pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores descritos anteriormente y los reactivos adecuados) .
Otros ejemplos de sondas incluyen: SEQ ID NO: 213 CTCCTGTTCTTTCTATGCTTGGTCTGACTGAGCCTAAAGTTGAGAAAATGGGTGGC CAAG SEQ ID NO:214 CATCACCTGCCAGCTGTCACTGGGGCTGCAGAGCC SEQ ID NO:215 CTATATCCATGCCCACAACACGATAGCCATTTTCC SEQ ID NO:216 . GGACGTCCCCAAGTTCGTCCCCAAAGTGGACCTGCAGGCG SEQ ID NO: 217 GGTCCAGGAGAGTCTCAGCAAGCTCCTGGAAGAGCTATCTCAC Otras sondas dirigidas a IKBKE se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de IKBKE incluyen, entre otras cosas, Abcam Cat# ab37596 que es un conejo anticuerpo policlónico con un antigeno que es un KLH péptido sintético conjugado seleccionado dentro de á.a. 700-800 de IKKE de humano; y Abcam Cat# abl2142 que es un anticuerpo monoclónico de ratón contra un péptido sintético correspondiente a residuos a. a. 175-188, 525-540, o 567-580 de IKK de humano iota/IKK epsilon .
Ejemplo 14: PHKG2 PHKG2 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que PHKG2 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal y es sorprendentemente descubrió que PHKG2 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en Ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que PHKG2 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a PHKG2 se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000328273 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 218 1 AAGGTGAGCGACTGCAGGCAAACCCGGCGACAGCGCAGCTCGCGTCGACCCTGGCTCCTC 61 TGCCTGCCCCCTCAGGCCCCCGCCTCCTTCAGGATGACGCTGGACGTGGGGCCGGAGGAT 121 GAGCTGCCCGACTGGGCCGCCGCCAAAGAGTTTTACCAGAAGTACGACCCTAAGGACGTC 181 ATCGGCAGAGGAGTGAGCTCTGTGGTCCGCCGTTGTGTTCATCGAGCTACTGGCCACGAG 241 TTTGCGGTGAAGATTATGGAAGTGACAGCTGAGCGGCTGAGTCCTGAGCAGCTGGAGGAG 301 GTGCGGGAAGCCACACGGCGAGAGACACACATCCTTCGCCAGGTCGCCGGCCACCCCCAC 361 ATCATCACCCTCATCGATTCCTACGAGTCTTCTAGCTTCATGTTCCTGGTGTTTGACCTG 421 ATGCGGAAGGGAGAGCTGTTTGACTATCTCACAGAGAAGGTGGCCCTCTCTGAAAAGGAA 481 ACCAGGTCCATCATGCGGTCTCTGCTGGAAGCAGTGAGCTTTCTCCATGCCAACAACATT 541 GTGCÁTCGAGATCTGAAGCCCGAGAATATTCTCCTAGATGACAATATGCAGATCCGACTT 601 TCAGATTTCGGGTTCTCCTGCCACTTGGAACCTGGCGAGAAGCTTCGAGAGTTGTGTGGG 661 ACCCCAGGGTATCTAGCGCCAGAGATCCTTAAATGCTCCATGGATGAAACCCACCCAGGC 721 TATGGCAAGGAGGTCGACCTCTGGGCCTGTGGGGTGATCTTGTTCACACTCCTGGCTGGC 781 TCGCCACCCTTCTGGCACCGGCGGCAGATCCTGATGTTACGCATGATCATGGAGGGCCAG 841 TACCAGTTCAGTTCCCCCGAGTGGGATGACCGTTCCAGCACTGTCAAAGACCTGATCTCC 901 AGGCTGCTGCAGGTGGATCCTGAGGCACGCCTGACAGCTGAGCAGGCCCTACAGCACCCC 961 TTCTTTGAGCGTTGTGAAGGCAGCCAACCCTGGAACCTCACCCCCCGCCAGCGGTTCCGG 1021 GTGGCAGTGTGGACAGTGCTGGCTGCTGGACGAGTGGCCCTAAGCACCCATCGTGTACGG 1081 CCACTGACCAAGAATGCACTGTTGAGGGACCCTTATGCGCTGCGGTCAGTGCGGCACCTC 1141 ATCGACAACTGTGCCTTCCGGCTCTACGGGCACTGGGTAAAGAAAGGGGAGCAGCAGAAC 1201 CGGGCGGCTCTCTTTCAGCACCGGCCCCCTGGGCCTTTTCCCATCATGGGCCCTGAAGAG 1261 GAGGGAGACTCTGCTGCTATAACTGAGGATGAGGCCGTGCTTGTGCTGGGCTAGGACCTC 1321 AACCCCAGGGATTCCCAGGAAGCAGAACTCTCCAGAAGAAGGGTTTTGATCATTCCAGCT 1381 CCTCTGGGCTCTGGCCTCTGGCCTCAGGCCCACTAATGATCCTGCTACCCTCTTGAAGAC 14 1 CAGCCCGGTACCTCTCTCCCCACTGGCCAGGACTCTGAGATCAGAGCTGGGGTGGAAGGG 1501 AGCCATTCTGAACGCCACGCCTGGCCCGGTCAGTGCTGCATGCACTGCATATGAAATAAA 1561 ATCTGCTACACGCCAGGG Los codones iniciadores y finalizadores se indican en negritas.
La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000329968 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 219. ,1-MTLDVGPEDELPDWAAAKEFYQKYDPKDVIGRGVSSVVRRCVHRATGHEFAVKIMEVTAE 61 RLSPEQLEEVREATRRETHILRQVAGHPHIITLIDSYESSSFMFLVFDLMRKGELFDYLT 121 EKVALSEKETRSIMRSLLEAVSFLHANNIVHRDLKPENILLDDNMQIRLSDFGFSCHLEP 181 GEKLRELCGTPGYLAPEILKCSMDETHPGYG EVDLWACGVILFTLLAGSPPF HRRQIL 241 MLR IMEGQYQFSSPEWDDRSSTVKDLISRLLQVDPEARLTAEQALQHPFFERCEGSQPW 301 NLTPRQRFRVAVWTVLAAGRVALSTHRVRPLTKNALLRDPYALRSVRHLI DNCAFRLYGH 361 WVKKGEQQNRAALFQHRPPGPFPIMGPEEEGDSAAITEDEAVLVLG · Los cebadores para amplificar la secuencia PHKG2 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar PHKG2 incluyen a aquellos en: Cebador directo: SEQ ID NO: 220 CCGCCAAAGAGTTTTACCAG Cebador inverso: SEQ ID NO: 221 TCCATAATCTTCACCGCAAA Cebador directo: SEQ ID NO: 222 GGCGAGAGACACACATCCTT Cebador inverso : SEQ ID NO: 223 CAAACACCAGGAACATGAAGC Cebador directo : SEQ ID NO: 224 GCTTCATGTTCCTGGTGTTTG Cebador inverso : SEQ ID NO: 225 TTTTCAGAGAGGGCCACCTT Cebador directo : SEQ ID NO: 226 GGAAGGGAGAGCTGTTTGACT Cebador inverso : SEQ ID NO: 227 TGTTGTTGGCATGGAGAAAG Cebador directo : SEQ ID NO: 228 TCAGATTTCGGGTTCTCCTG Cebador inverso : SEQ ID NO: 229 ATAGCCTGGGTGGGTTTCAT Cebador directo : SEQ ID NO: 230 ATGAAACCCACCCAGGCTAT Cebador inverso : SEQ ID NO: 231 TGCGTAACATCAGGATCTGC Cebador directo : SEQ ID NO: 232 CGTTCCAGCACTGTCAAAGA Cebador inverso : SEQ ID NO: 233 CCTTCACAACGCTCAAAGAA Cebador directo : SEQ ID NO: 234 ACCCCTTCTTTGAGCGTTGT Cebador inverso : SEQ ID NO: 235 CGTACACGATGGGTGCTTAG Otros <conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica .
Las sondas para detectar PHKG2 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) . Otros ejemplos de sondas incluyen SEQ ID NO: 236 CCGTTGTGTTCATCGAGCTA SEQ ID NO: 237 CATCACCCTCATCGATTCCT SEQ ID NO: 238 GGAAGGGAGAGCTGTTTGACT SEQ ID NO: 239 AGGAAACCAGGTCCATCATG SEQ ID NO: 240 CAGGGTATCTAGCGCCAGAG SEQ ID NO: 241 CCTGTGGGGTGATCTTGTTC SEQ ID NO: 242 ACAGCTGAGCAGGCCCTAC SEQ ID NO: 243 GTTGTGGCAGTGTGGACAGT Una sonda para detectar un ácido nucleico PHKG2 que se usa en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO:244 CTCAACCCCAGGGATTCCCAGGAAGCAGAACTCTCCAGAAGAAGGGTTTTGATCATTCCA Otras sondas dirigidas a PHKG2 se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de PHKG2 incluyen, entre otras cosas, el anticuerpo monoclónico de Ratón Anti-PHKG2 contra la proteina de cadena completa Cat# WH0005261M1 de SIGMA; anticuerpo de PHKG2 - N-terminal Cat# ab71129 de abcam; y anticuerpo de PHKG2 Cat# ab28642 contra una región entre aminoácidos 8-57 de PHKG2 de humano de abcam.
Ejemplo 15: P4HB P4HB se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que P4HB es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal y es sorprendentemente descubrió que P4HB es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en Ejemplos 2-4. El ejemplo 5 muestra que P4HB puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a P4HB se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000331483 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 245. 1 GAGCCTCGAAGTCCGCCGGCCAATCGAAGGCGGGCCCCAGCGGCGCGTGCGCGCCGCGGC 61 CAGCGCGCGCGGGCGGGGGGGCAGGCGCGCCCCGGACCCAGGATTTATAAAGGCGAGGCC 121 GGGACCGGCGCGCGCTCTCGTCGCCCCCGCTGTCCCGGCGGCGCCAACCGAAGCGCCCCG 181 CCTGATCCGTGTCCGACATGCTGCGCCGCGCTCTGCTGTGCCTGGCCGTGGCCGCCCTGG 2 1 TGCGCGCCGACGCCCCCGAGGAGGAGGACCACGTCCTGGTGCTGCGGAAAAGCAACTTCG 301 CGGAGGCGCTGGCGGCCCACAAGTACCTGCTGGTGGAGTTCTATGCCCCTTGGTGTGGCC 361 ACTGCAAGGCTCTGGCCCCTGAGTATGCCAAAGCCGCTGGGAAGCTGAAGGCAGAAGGTT 421 CCGAGATCAGGTTGGCCAAGGTGGACGCCACGGAGGAGTCTGACCTGGCCCAGCAGTACG 481 GCGTGCGCGGCTATCCCACCATCAAGTTCTTCAGGAATGGAGACACGGCTTCCCCCAAGG 541 AATATACAGCTGGCAGAGAGGCTGATGACATCGTGAACTGGCTGAAGAAGCGCACGGGCC 601 CGGCTGCCACCACCCTGCCTGACGGCGCAGCTGCAGAGTCCTTGGTGGAGTCCAGCGAGG 661 TGGCTGTCATCGGCTTCTTCAAGGACGTGGAGTCGGACTCTGCCAAGCAGTTTTTGCAGG 721 CAGCAGAGGCCATCGATGACATACCATTTGGGATCACTTCCAACAGTGACGTGTTCTCCA 781 AATACCAGCTCGACAAAGATGGGGTTGTCCTCTTTAAGAAGTTTGATGAAGGCCGGAACA 8 1 ACTTTGAAGGGGAGGTCACCAAGGAGAACCTGCTGGACTTTATCAAACACAACCAGCTGC 901 CCCTTGTCATCGAGTTCACCGAGCAGACAGCCCCGAAGATTTTTGGAGGTGAAATCAAGA 961 CTCACATCCTGCTGTTCTTGCCCAAGAGTGTGTCTGACTATGACGGCAAACTGAGCAACT 1021 TCAAAACAGCAGCCGAGAGCTTCAAGGGCAAGATCCTGTTCATCTTCATCGACAGCGACC 1081 ACACCGACAACCAGCGCATCCTCGAGTTCTTTGGCCTGAAGAAGGAAGAGTGCCCGGCCG 1141 TGCGCCTCATCACCCTGGAGGAGGAGATGACCAAGTACAAGCCCGAATCGGAGGAGCTGA 1201 CGGCAGAGAGGATCACAGAGTTCTGCCACCGCTTCCTGGAGGGCAAAATCAAGCCCCACC 1261 TGATGAGCCAGGAGCTGCCGGAGGACTGGGACAAGCAGCCTGTCAAGGTGCTTGTTGGGA 1321 AGAACTTTGAAGACGTGGCTTTTGATGAGAAAAAAAACGTCTTTGTGGAGTTCTATGCCC 1381 CATGGTGTGGTCACTGCAAACAGTTGGCTCCCATTTGGGATAAACTGGGAGAGACGTACA 1441 AGGACCATGAGAACATCGTCATCGCCAAGATGGACTCGACTGCCAACGAGGTGGAGGCCG 1501 TCAAAGTGCACAGCTTCCCCACACTCAAGTTCTTTCCTGCCAGTGCCGACAGGACGGTCA 1561 TTGATTACAACGGGGAACGCACGCTGGATGGTTTTAAGAAATTCCTGGAGAGCGGTGGCC 1621 AGGATGGGGCAGGGGATGATGACGATCTCGAGGACCTGGAAGAAGCAGAGGAGCCAGACA 1681 TGGAGGAAGACGATGATCAGAAAGCTGTGAAAGATGAACTGTAATACGCAAAGCCAGACC 1741 CGGGCGCTGCCGAGACCCCTCGGGGGCTGCACACCGAGCAGCAGCGCACGCCTCCGAAGC 1801 CTGCGGCCTCGCTTGAAGGAGGGCGTCGCCGGAAACCCAGGGAACCTCTCTGAAGTGACA 1861 CCTCACCCCTACACACCGTCCGTTCACCCCCGTCTCTTCCTTCTGCTTTTCGGTTTTTGG 1921 AAAGGGATCCATCTCCAGGCAGCCCACCCTGGTGGGGCTTGTTTCCTGAAACCATGATGT 1981 ACTTTTTCATACATGAGTCTGTCCAGAGTGCTTGCTACCGTGTTCGGAGTCTCGCTGCCT 2041 CCCTCCCGCGGGAGGTTTCTCCTCTTTTTGAAAATTCCGTCTGTGGGATTTTTAGACATT 2101 TTTCGACATCAGGGTATTTGTTCCACCTTGGCCAGGCCTCCTCGGAGAAGCTTGTCCCCC 2161 GTGTGGGAGGGACGGAGCCGGACTGGACATGGTCACTCAGTACCGCCTGCAGTGTCGCCA 2221 TGACTGATCATGGCTCTTGCATTTTTGGGTAAATGGAGACTTCCGGATCCTGTCAGGGTG 2281 TCCCCCATGCCTGGAAGAGGAGCTGGTGGCTGCCAGCCCTGGGGCCCGGCACAGGCCTGG 2341 GCCTTCCCCTTCCCTCAAGCCAGGGCTCCTCCTCCTGTCGTGGGCTCATTGTGACCACTG 2 01 GCCTCTCTACAGCACGGCCTGTGGCCTGTTCAAGGCAGAACCACGACCCTTGACTCCCGG 2461 GTGGGGAGGTGGCCAAGGATGCTGGAGCTGAATCAGACGCTGACAGTTCTTCAGGCATTT 2521 CTATTTCACAATCGAATTGAACACATTGGCCAAATAAAGTTGAAATTTTACCACCTGT Los codones iniciadores y finalizadores se indican en negritas asi como la posición correspondiente a la sonda de análisis en micromatriz .
La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000327801 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 246. 1 MLRRALLCLAVAALVRADAPEEEDHVLVLRKSNFAEALAAHKYLLVEFYAPWCGHCKALA 61 PEYAKAÁG LKAEGSEIRLAKVDATEESDLAQQYGVRGYPTI FFRNGDTASPKEYTAGR 121 EADDIVNWLKKRTGPAATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAID 181 DI FGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEF 241 TEQTAPKIFGGEI THILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQR 301 ILEFFGLKKEECPAVRLITLEEEMTKYKPESEELTAERITEFCHRFLEGKIKPHLMSQEL 361 PED DKQPVKVLVGKNFEDVAFDEKKNVFVEFYAP CGHCKQLAPIWDKLGETYKDHENI 421 VIAKMDSTANEVEAV VHSFPTLKFFPASADRTVIDYNGERTLDGFKKFLESGGQDGAGD 481 DDDLEDLEEAEEPDMEEDDDQKAVKDEL Los cebadores para amplificar la secuencia P4HB pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar P4HB incluyen a aquellos en Cebador directo : SEQ ID NO: 247 : : GCTGCGGAAAAGCAACTTC Cebador inverso : SEQ ID NO: 248 CTGATCTCGGAACCTTCTGC Cebador directo : SEQ ID NO: 249 GGCTATCCCACCATCAAGTT Cebador inverso : SEQ ID NO: 250 TCTTCAGCCAGTTCACGATG Cebador directo : SEQ ID NO: 251 GCAGAGTCCTTGGTGGAGTC Cebador inverso : SEQ ID NO: 252 TGGAAGTGATCCCAAATGGT Cebador directo : SEQ ID NO: 253 ACCATTTGGGATCACTTCCA Cebador inverso : SEQ ID NO: 254 GGTGACCTCCCCTTCAAAGT Cebador directo : SEQ ID NO: 255 CCCCTTGTCATCGAGTTCAC Cebador inverso : SEQ ID NO: 256 TGCTCAGTTTGCCGTCATAG Cebador directo : SEQ ID NO: 257 TCACATCCTGCTGTTCTTGC Cebador inverso : SEQ ID NO: 258 GTCGCTGTCGATGAAGATGA Cebador directo : SEQ ID NO: 259 GACGGCAGAGAGGATCACAG Cebador inverso : SEQ ID NO: 260 TTCTTCCCAACAAGCACCTT Cebador directo : SEQ ID NO: 261 AGCCTGTCAAGGTGCTTGTT Cebador inverso : SEQ ID NO: 262 CAAATGGGAGCCAACTGTTT Cebador directo : SEQ ID NO: 263 ACAGCTTCCCCACACTCAAG Cebador inverso : SEQ ID NO: 264 CACCGCTCTCCAGGAATTT Cebador directo : SEQ ID NO: 265 GCACGCTGGATGGTTTTAAG Cebador inverso : SEQ ID NO: 266 TCATCGTCTTCCTCCATGTCT Otros <conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica.
Las sondas para detectar P4HB pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) . Otros ejemplos de sondas incluyen SEQ ID NO: 267 CACAAGTACCTGCTGGTGGA SEQ ID NO: 268 GGCTTCCCCCAAGGAATATA SEQ ID NO: 269 GCTTCTTCAAGGACGTGGAG SEQ ID NO: 270 CTCGACAAAGATGGGGTTGT SEQ ID NO: 271 TCACATCCTGCTGTTCTTGC SEQ ID NO: 272 CTATGACGGCAAACTGAGCA SEQ ID NO: 273 AAAATCAAGCCCCACCTGAT SEQ ID NO: 274 TGAAGACGTGGCTTTTGATG SEQ ID NO: 275 GGTCATTGATTACAACGGGG SEQ ID NO: 276 ATGACGATCTCGAGGACCTG Una sonda para detectar un ácido nucleico P4HB que se usa en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO:277 GGCATTTCTATTTCACAATCGAATTGAACACATTGGCCAAATAAAGTTGAAATTTTCCCC Otras sondas dirigidas a P4HB se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de P4HB incluyen, entre otras cosas, anti P4HB Cat# ab31811 de abcam (conejo policlónico) contra residuos 400 a 500; y PDI (P4HB) Ratón Anticuerpo monoclónico no humano de Vida útil Biosciences Cat# LS-C38385.
Ejemplo 16: P2RX4 P2RX4 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que P2RX4 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal como se describe en el Ejemplo 2. Es sorprendentemente descubrió que P2RX4 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que P2RX4 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
P2RX4 (también conocido como P2X4; P2X4R; P2RX4) Purinoceptor de P2X 4 (P2X4) (receptor de ATP) (Receptor purinérgico ENSG00000135124 <http : //www. ncbi . nlm. nih . gov/entrez/utils/fref . fcgi?http: //ww w. ensembl . org/Homo_sapiens/geneview?gene=ENSG00000135124>) .
La secuencia de un ARNm correspondiente a P2RX4 se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000337233 <http : //www. ensembl . org/Homo_sapiens/Transcript /Summary?db=co re; g=ENSGOOOO0135124 ; r=12 : 120132047- 120156290;t=ENST00000337233> y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:278. 1 AAGTGCTGGGATGACAGGTGTGAGCCACCGCCCCCGGCCCCTCGCCCGCCTTTTGAAGGA 61 GCCTTTCGTCCTCAAGGGCGAGGCCACTCCCCCCCCGCGAGTTCCATGCCCCCTAGAGGG 121 TCATCGTTCCCGACGGGGAGGTGGCGCCCTCCCCCGGGCCCCGGGCCCCGACCGCCCGTG 181 CTGCCTCCTTCCGGGCCCTCCTCCGCGATGACGGCGCCGCCAGCAGGCCAGGCGGACTGG 241 GCGGGGCTCCGAGCGGGGACTGGGACCCAGACCGACTAGGGGACTGGGAGCGGGCGGCGC 301 GGCCATGGCGGGCTGCTGCGCCGCGCTGGCGGCCTTCCTGTTCGAGTACGACACGCCGCG 361 CATCGTGCTCATCCGCAGCCGCAAAGTGGGGCTCATGAACCGCGCCGTGCAACTGCTCAT 421 CCTGGCCTACGTCATCGGGTGGGTGTTTGTGTGGGAAAAGGGCTACCAGGAAACTGACTC 481 CGTGGTCAGCTCCGTTACGACCAAGGTCAAGGGCGTGGCTGTGACCAACACTTCTAAACT 541 TGGATTCCGGATCTGGGATGTGGCGGATTATGTGATACCAGCTCAGGAGGAAAACTCCCT 601 CTTCGTCATGACCAACGTGATCCTCACCATGAACCAGACACAGGGCCTGTGCCCCGAGAT 661 TCCAGATGCGACCACTGTGTGTAAATCAGATGCCAGCTGTACTGCCGGCTCTGCCGGCAC 721 CCACAGCAACGGAGTCTCAACAGGCAGGTGCGTAGCTTTCAACGGGTCTGTCAAGACGTG 781 TGAGGTGGCGGCCTGGTGCCCGGTGGAGGATGACACACACGTGCCACAACCTGCTTTTTT 841 AAAGGCTGCAGAAAACTTCACTCTTTTGGTTAAGAACAACATCTGGTATCCCAAATTTAA 901 TTTCAGCAAGAGGAATATCCTTCCCAACATCACCACTACTTACCTCAAGTCGTGCATTTA 961 TGATGCTAAAACAGATCCCTTCTGCCCCATATTCCGTCTTGGCAAAATAGTGGAGAACGC 1021 AGGACACAGTTTCCAGGACATGGCCGTGGAGGGAGGCATCATGGGCATCCAGGTCAACTG 1081 GGACTGCAACCTGGACAGAGCCGCCTCCCTCTGCTTGCCCAGGTACTCCTTCCGCCGCCT 1141 CGATACACGGGACGTTGAGCACAACGTATCTCCTGGCTACAATTTCAGGTTTGCCAAGTA 1201 CTACAGAGACCTGGCTGGCAACGAGCAGCGCACGCTCATCAAGGCCTATGGCATCCGCTT 1261 CGACATCATTGTGTTTGGGAAGGCAGGGAAATTTGACATCATCCCCACTATGATCAACAT 1321 CGGCTCTGGCCTGGCACTGCTAGGCATGGCGACCGTGCTGTGTGACATCATAGTCCTCTA 1381 CTGCATGAAGAAAAGACTCTACTATCGGGAGAAGAAATATAAATATGTGGAAGATTACGA 1441 GCAGGGTCTTGCTAGTGAGCTGGACCAGTGAGGCCTACCCCACACCTGGGCTCTCCACAG 1501 CCCCATCAAAGAACAGAGAGGAGGAGGAGGGAGAAATGGCC CCACATCACCCCAGAGAA 1561 ATTTCTGGAATCTGATTGAGTCTCCACTCCACAAGCACTCAGGGTTCCCCAGCAGCTCCT 1621 GTGTGTTGTGTGCAGGATCTGTTTGCCCACTCGGCCCAGGAGGTCAGCAGTCTGTTCTTG 1681 GCTGGGTCAACTCTGCTTTTCCCGCAACCTGGGGTTGTCGGGGGAGCGCTGGCCCGACGC 1741 AGTGGCACTGCTGTGGCTTTCAGGGCTGGAGCTGGCTTTGCTCAGAAGCCTCCTGTCTCC 1801 AGCTCTCTCCAGGACAGGCCCAGTCCTCTGAGGCACGGCGGCTCTGTTCAAGCACTTTAT 1861 GCGGCAGGGGAGGCCGCCTGGCTGCAGTCACTAGACTTGTAGCAGGCCTGGGCTGCAGGC 1921 TTCCCCCCGACCATTCCCTGCAGCCATGCGGCAGAGCTGGCATTTCTCCTCAGAGAA.GCG 1981 CTGTGCTAAGGTGATCGAGGACCAGACATTAAAGCGTGATTTTCTT Los codones iniciadores y finalizadores se indican en negritas asi como la posición correspondiente a la sonda de análisis en micromatriz .
La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000336607 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 279. 1 MAGCCAALAAFLFEYDTPRIVLIRSRKVGLMNRAVQLLILAYVIGWVFVWEKGYQETDSV 61 VSSVTTKVKGVAVTNTSKLGFRIWDVADYVIPAQEENSLFVMTNVILTMNQTQGLCPEIP 121 DATTVCKSDASCTAGSAGTHSNGVSTGRCVAFNGSVKTCEVAAWCPVEDDTHVPQPAFLK 181 AAENFTLLV NNI YP FNFSKRNILPNITTTYLKSCIYDAKTDPFCPIFRLGKIVENAG 241 HSFQDMAVEGGIMGIQVNWDCNLDRAASLCLPRYSFRRLDTRDVEHNVSPGYNFRFAKYY 301 RDLAGNEQRTLIKAYGIRFDI IVFGKAGKFDI I PTMINIGSGLALLGMATVLCDIIVLYC 361 MKKRLYYREKKYKYVEDYEQGLASELDQ ENST00000359949 <http: //www. ensembl . org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_Prot ein?db=core; g=ENSG00000135124 ;r=12: 120132047-120156290; t=ENST00000359949> ENSP00000353032 <http : / /www. ensembl . org/Homo_sapiens/Transcript /ProteinSummar y?db=core;g=ENSG00000135124 ;r=12 : 120132047-120156290;t=ENST00000359949> SEQ ID NO:280 1 MAGCCAALAAFLFEYDTPRIVLIRSRKVGLMNRAVQLLILAYVIGWVFVWEKGYQETDSV 61 VSSVTTKVKGVAVTNTSKLGFRIWDVADYVIPAQEENSLFVMTNVILTMNQTQGLCPEI 121 DATTVCKSDASCTAGSAGTHSNVVCTLIPAFLKAAENFTLLVKNNIWYPKFNFSKRNILP 181 NITTTYLKSCIYDAKTDPFCPIFRLGKIVENAGHSFQDMAVEGGIMGIQVNWDCNLDRAA 2 1 SLCLPRYSFRRLDTRDVEHNVSPGYNFRFAKYYRDLAGNEQRTLIKAYGIRFDIIVFGKA 301 GKFDI I PTMINIGSGLALLGMATVLCDI IVLYCMKKRLYYREKKYKYVEDYEQGLASELD 361 Q Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar P2RX4 incluyen : Cebador directo: SEQ ID NO: 281 AACTGCTCATCCTGGCCTAC Cebador inverso: SEQ ID NO: 282 GTCGTAACGGAGCTGACCAC Cebador directo: SEQ ID NO: 283 GGATGTGGCGGATTATGTG Cebador inverso: SEQ ID NO: 284 CCTGTGTCTGGTTCATGGTG Cebador directo : SEQ ID NO: 285 AGATTCCAGATGCGACCACT Cebador inverso : SEQ ID NO: 286 CAGACCCGTTGAAAGCTACG Cebador directo : SEQ ID NO: 287 TCTGTCAAGACGTGTGAGGTG Cebador inverso : SEQ ID NO: 288 CCAAAAGAGTGAAGTTTTCTGC Cebador directo : SEQ ID NO: 289 TTTTGGTTAAGAACAACATCTGG Cebador inverso : SEQ ID NO: 290 ATATGGGGCAGAAGGGATCT Cebador directo : SEQ ID NO: 291 CGCTTCGACATCATTGTGTT Cebador inverso : SEQ ID NO: 292 TAGCAGTGCCAGGCCAGAG Cebador directo : SEQ ID NO: 293 GAAAAGACTCTACTATCGGGAGAA Cebador inverso : SEQ ID NO: 294 CTGTTCTTTGATGGGGCTGT Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica .
Sondas para detectar P2RX4 derivado de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) .
Otros ejemplos de sondas incluyen: SEQ ID NO: 295 TTGTGTGGGAAAAGGGCTAC SEQ ID NO: 296 TTCGTCATGACCAACGTGAT SEQ ID NO: 297 TCAGATGCCAGCTGTACTGC SEQ ID NO: 298 GTGGAGGATGACACACACGT SEQ ID NO: 299 TCCTTCCCAACATCACCACT SEQ ID NO: 300 GAAGGCAGGGAAATTTGACA SEQ ID NO: 301 GGGTCTTGCTAGTGAGCTGG Una sonda para detectar un ácido nucleico P2RX4 que se usa en el de análisis en mieromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 302 CTCCTCAGAGAAGCGCTGTGCTAAGGTGATCGAGGACCAGACATTAAAGCGTGATTTTCT.
Otras sondas dirigidas a P2RX4 se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Anticuerpos a P2RX4, incluye, entre otras cosas, P2RX4 no humano de ratón Maxpab policlónico, no conjugado de Novus Biologicals, P2RX4 (1 a. a. ~ 388 a. a) proteina de humano de cadena completa, H00005025-B01 , y Cabra Anti-P2RX4 policlónico, no conjugado de Novus Biologicals, NBP1-00141, péptido Sintético, SEQ ID NO: 303 YREKKYKYVEDYEQ, representando el ° C Término de la secuencia según NP_002551.2.
Ejemplo 17: PPFIBP2 PPFIBP2 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en mieromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que PPFIBP2 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal como se describe en el Ejemplo 2. Es sorprendentemente descubrió que PPFIBP2 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que PPFIBP2 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
PPPFIBP2 La secuencia de un ARNm correspondiente a PPPFIBP2 se les proporciona en ENSE BL con Número de acceso ENST00000299492 <http: //www. ensembl . org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_cDNA ?db=core;g=ENSG00000166387;r=ll: 7491627- 7631558; t=ENST00000299492> y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:304. 1 GCAGGCTTCTTCGGTGCCCGAGAGGGAGCGGGTGCCCAAGGGGGTGGTCCCTGTGGCAGG 61 TCCCGGGGTGGGGGCGCGGCGCTCCGGGAAGAGCCTTCCGCAGGTCCCCGCCCCGTCACG 121 TGGGCGCCGGCCCCGGCCGCTGCGGTCGGTCCGCTGGTTGGTCGGGCGCTTGGTCCGGCA 181 GTTGGTCGGTGGGCCAGTGGCCCGTCGCTCGCTTCTGGGCTCTCATGTTTGAAGGTGGGA 2 1 GGGACACGGGAGCGGCCCGCACACCTGAGCCGCCCGGAGAGGAGCCTCGGCCCCGTACCC 301 AGTAAGAAGÁGGAGGAGGCCAGGCAGGCAAAAGGAGTCATGGCTTCTGATGCTAGTCATG 361 CGCTGGAAGCTGCCCTGGAGCAAATGGACGGGATCATTGCAGGCACTAAAACAGGTGCAG 421 ATCTTAGTGATGGTACTTGTGAGCCTGGACTGGCTTCCCCGGCCTCCTACATGAACCCCT 481 TCCCGGTGCTCCATCTCATCGAGGACTTGAGGCTGGCCTTGGAGATGCTGGAGCTTCCTC 541 AGGAGAGAGCAGCCCTCCTGAGCCAGATCCCTGGCCCAACAGCTGCCTACATAAAGGAAT 601 GGTTTGAAGAGAGCTTGTCCCAGGTAAACCACCACAGTGCTGCTAGTAATGAAACCTACC 661 AGGAACGCTTGGCACGTCTAGAAGGGGATAAGGAGTCCCTCATATTGCAGGTGAGTGTCC 721 TCACAGACCAAGTAGAAGCCCAGGGAGAAAAGATTCGAGACCTGGAAGTGTGTCTGGAAG 781 GACACCAGGTGAAACTCAATGCTGCTGAAGAGATGCTTCAACAGGAGCTGCTAAGCCGCA 8 1 CATCTCTTGAGACCCAGAAGCTCGATCTGATGACTGAAGTGTCTGAGCTGAAGCTCAAGC 901 TGGTTGGCATGGAGAAGGAGCAGAGAGAGCAGGAGGAGAAGCAGAGAAAAGCAGAGGAGT 961 TACTGCAAGAGCTCAGGCACCTCAAAATCAAAGTGGAAGAGTTGGAAAATGAAAGGAATC 1021 AGTATGAATGGAAGCTAAAGGCCACTAAGGCTGAAGTCGCCCAGCTGCAAGAACAGGTGG 1081 CCCTGAAAGATGCAGAAATTGAGCGTCTGCACAGCCAGCTCTCCCGGACAGCAGCTCTCC 11 1 ACAGTGAGAGTCACACAGAGAGAGACCAAGAAATTCAACGTCTGAAAATGGGGATGGAAA 1201 CTTTGCTGCTTGCCAATGAAGATAAGGACCGTCGGATAGAGGAGCTTACGGGGCTGTTAA 1261 ACCAGTACCGGAAGGTAAAGGAGATTGTGATGGTCACTCAAGGGCCTTCGGAGAGAACTC 1321 TCTCAATCAATGAAGAAGAACCGGAGGGAGGTTTCAGCAAGTGGAACGCTACAAATAAGG 1381 ACCCTGAAGAATTATTTAAACAAGAGATGCCTCCAAGATGTAGCTCTCCTACAGTGGGGC 14 1 CACCTCCATTGCCACAGAAATCACTGGAAACCAGGGCTCAGAAAAAGCTCTCTTGTAGTC 1501 TAGAAGACTTGAGAAGTGAATCTGTGGATAAGTGTATGGATGGGAACCAGCCCTTCCCGG 1561 TGTTAGAACCCAAGGACAGCCCTTTCTTGGCGGAGCACAAATATCCCACTTTACCTGGGA 1621 AGCTTTCAGGAGCCACGCCCAATGGAGAGGCTGCCAAATCTCCTCCCACCATCTGCCAGC 1681 CTGACGCCACGGGGAGCAGCCTGCTGAGGCTGAGAGACACAGAAAGTGGCTGGGACGACA 1741 CTGCTGTGGTCAATGACCTCTCATCCACATCATCGGGCACTGAATCAGGTCCTCAGTCTC 1801 CTCTGACACCAGATGGTAAACGGAATCCCAAAGGCATTAAGAAGTTCTGGGGAAAAATCC 1861 GAAGAACTCAGTCAGGAAATTTCTACACTGACACGCTGGGGATGGCAGAGTTTCGACGAG 1921 GTGGGCTCCGGGCAACCGCAGGGCCAAGACTCTCTAGGACCAGGGACTCCAAGGGACAGA 1981 AAAGTGACGCCAATGCCCCCTTTGCCCAGTGGAGCACAGAGCGTGTGTGTGCATGGCTGG 20 1 AGGACTTTGGCCTGGCTCAGTATGTGATCTTTGCCAGGCAGTGGGTATCTTCTGGCCACA 2101 CCTTATTGACAGCCACCCCTCAGGACATGGAAAAGGAGCTAGGAATTAAGCACCCACTCC 2161 ACAGGAAGAAGCTTGTTTTAGCAGTGAAAGCCATCAACACCAAACAGGAGGAGAAGTCTG 2221 CACTGCTAGACCACATTTGGGTGACAAGGTGGCTTGATGATATTGGCTTACCCCAGTACA 2281 AAGACCAGTTTCATGAATCTAGAGTTGACAGACGAATGCTGCAATACCTAACTGTGAACG 2341 ATTTACTCTTCTTAAAAGTCACCAGCCAACTACATCATCTCAGCATCAAATGTGCCATTC 2401 ACGTGCTGCATGTCAACAAGTTCAACCCCCACTGCCTGCACCGGCGGCCAGCTGATGAGA 2461 GTAACCTTTCTCCTTCAGAAGTTGTACAGTGGTCCAACCACAGGGTGATGGAGTGGTTAO 2521 GATCTGTGGACCTGGCAGAGTATGCACCCAATCTTCGAGGGAGTGGAGTCCATGGAGGCC 2581 TCATTATCCTGGAGCCACGCTTCACTGGGGACACCCTGGCTATGCTTCTCAACATCCCCC 26 1 CACAAAAGACGCTCCTCAGGCGCCACCTGACCACCAAGTTCAATGCCTTGATTGGTCCGG 2701 AGGCTGAACAGGAGAAGCGAGAGAAAATGGCCTCACCAGCTTACACACCACTGACCACCA 2761 CAGCCAAAGTCCGGCCAAGGAAACTAGGATTTTCACACTTCGGAAACATAAGAAAAAAGA 2821 AGTTCGATGAATCGACGGACTACATTTGCCCAATGGAGCCCAGTGACGGTGTCAGTGATA 2881 GTCACAGGGTCTACAGTGGCTACCGGGGCCTCAGCCCCCTTGATGCCCCTGAACTGGATG 2941 GGCTGGACCAGGTGGGACAGATTAGCTGATGCCCTTGTCACCTGCCCTCTGTGCACCCTG 3001 AGAGCTCACAGTAACACTGTGTGTGTCACCATATAACTGCACCTCACCCCCGCACGTGTG 3061 CATGACTCGCAGAGAATATTCCAGCAATTGTGTACCCCTGGGCCAGTCTCTTTGAACCCT 3121 GAGGGTGGCCAGGATCTGGAGCTGCATCTCTAAGGGGCCAGGCTTTGGGGACCATTGCCA 3181 AAGGTGGACTCAGGAGGAAAGACACTTAAAGACACTTTTACATGTCTAGTAATTCTTGAT 32 1 GTTCATCTTCAGCACCAGTGGAAACACATGAACTTCGATGCAGGTCCAGAGACCATGGAC 3301 ACTCCCACGAGGCTCAGCTCTCAGGCACCCCCTACACTTCAGTTGAGGGAAAAGCTCAAG 3361 TGCCTTAGGCCCGTGGACCACAGTCTTGGCTGAGATCAAAGGGATGAGCAACAGGGACTT 3421 CTGCCACAGTGACAATGGAATTGTGTTGTGCCTTACTTCAGAGGTGGTCTCTTCTTTCTT 3481 GTAATAAAAGCAATATTTATGC os codones iniciadores y finalizadores se indican e negritas así como la posición correspondiente a la sonda de análisis en micromatriz .
La secuencia aminoacídica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000299492 <http : //www . ensembl . org/Homo_sapiens/Transcript /ProteinSummar y?db=core;g=ENSG00000166387;r=ll: 7491627- 7631558; t=ENST00000299 2> y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:305. 1 MASDASHALEAALEQMDGIIAGTKTGADLSDGTCEPGLASPASYMNPFPVLHLIEDLRLA 61 LE LELPQERAALLSQIPGPTAAYIKEWFEESLSQVNHHSAASNETYQERLARLEGDKES 121 LILQVSVLTDQVEAQGEKIRDLEVCLEGHQVKLNAAEEMLQQELLSRTSLETQKLDLMTE 181 VSELKLKLVGMEKEQREQEEKQRKAEELLQELRHLKIKVEELENERNQYE KLKAT AEV 2 1 AQLQEQVALKDAEIERLHSQLSRTAALHSESHTERDQEIQRLKMGMETLLLANEDKDRRI 301 EELTGLLNQYRKV EIVMVTQGPSERTLSINEEEPEGGFSKWNATNKDPEELFKQEMPPR 361 CSSPTVGPPPLPQKSLETRAQKKLSCSLEDLRSESVDKCMDGNQPFPVLEPKDSPFLAEH 421 KYPTLPGKLSGATPNGEAAKSPPTICQPDATGSSLLRLRDTESGWDDTAVVNDLSSTSSG 481 TESGPQSPLTPDG RNPKGIKKFWGKIRRTQSGNFYTDTLGMAEFRRGGLRATAGPRLSR 541 TRDSKGQKSDANAPFAQWSTERVCA LEDFGLAQYVIFARQWVSSGHTLLTATPQDMEKE 601 LGIKHPLHRKKLVLAVKAINTKQEEKSALLDHIWVTR LDDIGLPQYKDQFHESRVDRRM 661 LQYLTVNDLLFLKVTSQLHHLSIKCAIHVLHVNKFNPHCLHRRPADESNLSPSEVVQWSN 721 HRVMEWLRSVDLAEYAPNLRGSGVHGGLIILEPRFTGDTLAMLLNIPPQKTLLRRHLTT 781 FNALIGPEAEQEKREKMASPAYTPLTTTAKVRPRKLGFSHFGNIRKKKFDESTDYICPME 8 1 PSDGVSDSHRVYSGYRGLSPLDAPELDGLDQVGQIS Los cebadores para amplificar la secuencia ENST00000299492 <http : //www. ensembl . org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_cDNA ?db=core;g=ENSG00000166387;r=ll: 7491627-7631558;t=ENST00000299492> pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar PPFIBP2 incluyen: 1) Cebador directo: SEQ ID NO: 306 GCTAGTCATGCGCTGGAAG Cebador inverso: SEQ ID NO: 307 GAAGCTCCAGCATCTCCAAG 2) Cebador directo: SEQ ID NO: 308 CCCAGGTAAACCACCACAGT Cebador inverso: SEQ ID NO: 309 CTGGTGTCCTTCCAGACACA 3) Cebador directo: SEQ ID NO: 310 TGTGTCTGGAAGGACACCAG Cebador inverso: SEQ ID NO: 311 TCCTCCTGCTCTCTCTGCTC 4) Cebador directo: SEQ ID NO: 312 AAGAGCTCAGGCACCTCAAA Cebador inverso: SEQ ID NO: 313 CTCACTGTGGAGAGCTGCTG 5) Cebador directo: SEQ ID NO: 314 AAACTTTGCTGCTTGCCAAT Cebador inverso: SEQ ID NO: 315 TTGAGTGACCATCACAATCTCC 6) Cebador directo: SEQ ID NO: 316 TCTCTCAATCAATGAAGAAGAACC Cebador inverso: SEQ ID NO: 317 TCCAGTGATTTCTGTGGCAAT 7) Cebador directo: SEQ ID NO: 318 GCCTCCAAGATGTAGCTCTCC Cebador inverso: SEQ ID NO: 319 TCCACAGATTCACTTCTCAAGTC 8) Cebador directo: SEQ ID NO: 320 CGGAGCAGAAATATCCCACT Cebador inverso: SEQ ID NO: 321 CTTTGGGATTCCGTTTACCA 9) Cebador directo.: SEQ ID NO: 322 TGGTAAACGGAATCCCAAAG Cebador inverso: SEQ ID NO: 323 TTGGAGTCCCTGGTCCTAGA 10) Cebador directo: SEQ ID NO: 324 TCTAGGACCAGGGACTCCAA Cebador inverso: SEQ ID NO: 325 GGGTGGCTGTCAATAAGGTG Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica.
Sondas para detectar PPFIBP2 derivado de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) .
Otros ejemplos de sondas incluyen: Sonda : SEQ ID NO: 326 CAGGCACTAAAACAGGTGCA SEQ ID NO: 327 AGGGGATAAGGAGTCCCTCA SEQ ID NO: 328 TTGAGACCCAGAAGCTCGAT SEQ ID NO: 329 GAAATTGAGCGTCTGCACAG SEQ ID NO: 330 TTACGGGGCTGTTAAACCAG SEQ ID NO: 331 CAGCAAGTGGAACGCTACAA SEQ ID NO: 332 TGCCACAGAAATCACTGGAA SEQ ID NO: 333 ACACAGAAAGTGGCTGGGAC SEQ ID NO: 334 TTCTACACTGACACGCTGGG SEQ ID NO: 335 GGCCTGGCTCAGTATGTGAT Una sonda para detectar el ácido nucleico PPFIBP2 que se usa en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO:336: AGATCAAAGGGATGAGCAACAGGGACTTCTGCCACAGTGACAATGGAATTGTGTTGTGCC Otras sondas dirigidas a PPP1R16A se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto . 1) Anticuerpos: 2) <http: //www.biocompare . com/ProductDetails/535305/Mouse-Anti-Human-PPFIBP2-Polyclonal-Antibody, -Unconj ugated-from-Abnova-Corporation . html>Mouse Anti-Human PPFIBP2 onoclonal Antibody, Unconjugated, Clone 3A5 <http : //www . biocompare . com/ProductDetails/566102/Mouse-Anti-Human-PPFIBP2- onoclonal-Antibody, -Unconjugated, -Clone-3A5-from-Abnova-Corporation . html>, Abnova Corporation, PPFIBP2 (NP_003612, 1 a. a. ~ 101 a. a) proteina recombinante parcial con marcador de GST. El MW del marcador GST por si solo es 26 KDa. 3) PPFIBP2 no humano Purificado de Conejo - MaxPab Anticuerpo Policlónico, No conjugado <http: //www. biocompare . com/ProductDetails/ 15 8977 /Rabbit -Anti-Human-PPFIBP2-Purified-MaxPab-Polyclonal-Antibody, -Unconj ugated-from-Abnova-Corporation. html>, Abnova Corporation, PPFIBP2 (NP_003612.1, 1 a. a. ~ 876 a. a) proteina de humano de cadena completa.
Ejemplo 18: PPP1R16A PPP1R16A (fosfatase protéica 1, regulador (inhibidor) subunidad 16A) también conocido como GC14333 y MYPT3 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que PPP1R16A es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal como se describe en el Ejemplo 2. Es sorprendentemente descubrió que PPP1R16A es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que PPP1R16A puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
PPP1R16A, también designado la subunidad de acción selectiva de fosfatasa de Miosina 3 (MYPT3), es una membrana la proteína ubicada que tiene 524 residuos aminoacídicos , donde cinco repeticiones de Ankyrin y un consenso el sitio de unión de PP1 se ubica dentro de los 300 residuos aminoacídicos N-terminales . La región C-terminal con 224 residuos contiene dos posible homología de Src 3 sitios de unión y un motivo de prenilación (CaaX) . Estas características estructurales sugieren que R16A podría ser una proteína de andamio regulación de interacciones proteína-proteína así como señalización celular. (P ID: 18202305) La secuencia de un ARNm correspondiente a PPP1R16A se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000292539 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 337.
GTGAAAAGAGGACTCTCAGGGGCTCACAGGGGCTCTCACTGCTGGTTGGCCCTGCCCTCCCTTCCCCCTC AGCAGGGTGCCCGGAAGCTGGAACCTTGTTATCTGGGTAATTAGTTTCAGACCCTGCACTGAGGCCGGCC AGGTCTCGGGGCTGCCTCCCATAGGTTGTGCACCCTGACCCCGAGAGGGAGGCGAGGCGCTGCTTGTCGA CAGCTAGAGGCTGGCCTGGGGAGCAGGTTTGGGGTGCCCTCCCACACTGCCCTCCCTGCCCCGGCCCATG CCCCCCAGGGCTGCCTGGGCCTGGTTATTGTGTGGGGCCTCCTGACCCAGCCAAGGGCACGAAGCTCTGG GAAGGGGATGCCCCCGAGGGTGCCAGTCCAGCTAGCTGCCCCACCCCTCAGGCCCAGCCTGGCCCCCAAG CTCCCCACTCTGGTGCCCCGAGCAGCCCTGTGGGCAAGCAGCCGCCGCCATGGCCGAGCACCTGGAGCTG CTGGCAGAGATGCCCATGGTGGGCAGGATGAGCACACAGGAGCGGCTGAAGCATGCCCAGAAGCGGCGCG CCCAGCAGGTGAAGATGTGGGCCCAGGCTGAGAAGGAGGCCCAGGGCAAGAAGGGTCCTGGGGAGCGTCC CCGGAAGGAGGCAGCCAGCCAAGGGCTCCTGAAGCAGGTCCTCTTCCCTCCCAGTGTTGTCCTTCTGGAG GCCGCTGCCCGAAATGACCTGGAAGAAGTCCGCCAGTTCCTTGGGAGTGGGGTCAGCCCTGACTTGGCCA ACGAGGACGGCCTGACGGCCCTGCACCAGTGCTGCATTGATGATTTCCGAGAGATGGTGCAGCAGCTCCT GGAGGCTGGGGCCAACATCAATGCCTGTGACAGTGAGTGCTGGACGCCTCTGCATGCTGCGGCCACCTGC GGCCACCTGCACCTGGTGGAGCTGCTCATCGCCAGTGGCGCCAATCTCCTGGCGGTCAACACCGACGGGA ACATGCCCTATGACCTGTGTGATGATGAGCAGACGCTGGACTGCCTGGAGACTGCCATGGCCGACCGTGG CATCACCCAGGACAGCATCGAGGCCGCCCGGGCCGTGCCAGAACTGCGCATGCTGGACGACATCCGGAGC CGGCTGCAGGCCGGGGCAGACCTCCATGCCCCCCTGGACCACGGGGCCACGCTGCTGCACGTCGCAGCCG CCAACGGGTTCAGCGAGGCGGCTGCCCTGCTGCTGGAACACCGAGCCAGCCTGAGCGCTAAGGACCAAGA CGGCTGGGAGCCGCTGCACGCCGCGGCCTACTGGGGCCAGGTGCCCCTGGTGGAGCTGCTCGTGGCGCAC GGGGCCGACCTGAACGCAAAGTCCCTGATGGACGAGACGCCCCTTGATGTGTGCGGGGACGAGGAGGTGC GGGCCAAGCTGCTGGAGCTGAAGCACAAGCACGACGCCCTCCTGCGCGCCCAGAGCCGCCAGCGCTCCTT GCTGCGCCGCCGCACCTCCAGCGCCGGCAGCCGCGGGAAGGTGGTGAGGCGGGTGAGCCTAACCCAGCGC ACCGACCTGTACCGCAAGCAGCACGCCCAGGAGGCCATCGTGTGGCAACAGCCGCCGCCCACCAGCCCGG AGCCGCCCGAGGACAACGATGACCGCCAGACAGGCGCAGAGCTCAGGCCGCCGCCCCCGGAGGAGGACAA CCCCGAAGTGGTCAGGCCGCACAATGGCCGAGTAGGGGGCTCCCCAGTGCGGCATCTATACTCCAAGCGA CTAGACCGGAGTGTCTCCTACCAGCTGAGCCCCCTGGACAGCACCACCCCCCACACCCTGGTCCACGACA AGGCCCACCACACCCTGGCTGACCTGAAGCGCCAGCGAGCTGCTGCCAAGCTGCAGCGACCCCCACCTGA GGGGCCCGAGAGCCCTGAGACAGCTGAGCCTGGCCTGCCTGGTGACACGGTGACCCCCCAGCCTGACTGT GGCTTCAGGGCAGGCGGGGACCCACCCCTGCTCAAGCTCACAGCCCCGGCGGTGGAGGCTCCCGTGGAGA GGAGGCCGTGCTGCCTGCTCATGTGAGGCTGTTGCTCAGCATGCAGGGGCCCTGTCGCGGGCACAGCCCA AGGCTGCCTCCCCACGGTGCGTGCCCTGGTGCTGCGGGTGCAGCACGGAAACCCCGGCTTCTACTGTACA GGAC^CTGGCCCCTCTCAGGTCAGAAGACATGCCTGGAGGGATGTCTGGCTGCAAAGACTATTTTTATCC TGCAACTCTTGATAAAGGGCTGTTTTGCCATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAA Los codones iniciadores y finalizadores se indican en negritas asi como la posición correspondiente a la sonda de análisis en micromatriz .
La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000292539 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 338.
MAEHLELLAEMPMVGRMSTQERLKHAQKRRAQQVKMWAQAEKEA QGKKGPGERPRKEAASQGLLKQVLFPPSVVLLEAAARNDLEEVRQFLGSGVSPDLANE DGLTALHQCCIDDFREMVQQLLEAGANINACDSEC TPLHAAATCGHLHLVELLIASG ANLLAVNTDGNMPYDLCDDEQTLDCLETAMADRGITQDSIEAARAVPELRMLDDIRSR LQAGADLHAPLDHGATLLHVAAANGFSEAAALLLEHRASLSAKDQDGWEPLHAAAYWG QVPLVELLVAHGADLNAKSLMDETPLDVCGDEEVRAKLLELKHKHDALLRAQSRQRSL LRRRTSSAGSRGKVVRRVSLTQRTDLYRKQHAQEAIVWQQPPPTSPEPPEDNDDRQTG AELRPPPPEÉDNPEVVRPHNGRVGGSPVRHLYSKRLDRSVSYQLSPLDSTTPHTLVHD KAHHTLADLKRQRAAA LQRPPPEGPESPETAEPGLPGDTVTPQPDCGFRAGGDPPLL KLTAPAVEAPVERRPCCLLM Los cebadores para amplificar la secuencia ENST00000292539 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar PPP1R16A incluyen: Cebador directo: SEQ ID NO: 339 GTGTTGTCCTTCTGGAGGCCG (Ex2) Cebador inverso: SEQ ID NO: 340 GCCGTCAGGCCGTCCTCGTTG (Ex3) Cebador directo: SEQ ID NO: 341 GCTGCCCGAAATGACCTGG (Ex3) Cebador inverso: SEQ ID NO: 342 CGGAAATCATCAATGCAGC (Ex5) Cebador directo: SEQ ID NO: 343 GACGCCTCTGCATGCTGCGG (Ex5) Cebador inverso: SEQ ID NO: 344 CACAGGTCATAGGGCATGTTC (Ex6) Cebador directo: SEQ ID NO: 345 GATGAGCAGACGCTGGACTG (Ex6) Cebador inverso: SEQ ID NO: 346 CTCCGGATGTCGTCCAGC (Ex7) Cebador directo: SEQ ID NO: 347 CAGGCCGGGGCAGACCTC Cebador inverso: SEQ ID NO: 348 GGCTCGGTGTTCCAGCAGCAG Cebador directo: SEQ ID NO: 349 GGGAGCCGCTGCACGCC Cebador inverso: SEQ ID NO: 350 CCCGCACCTCCTCGTCCC Cebador directo: SEQ ID NO: 351 CTGCGCGCCCAGAGCCGC Cebador inverso: SEQ ID NO: 352 GCGTGCTGCTTGCGGTAC Cebador directo: SEQ ID NO: 353 GCCAGACAGGCGCAGAGCTC Cebador inverso: SEQ ID NO: 354 CTACTCGGCCATTGTGCG Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica .
Sondas para detectar PPP1R16A derivado de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) .
Otros ejemplos de sondas incluyen: SEQ ID NO:355 TCTACTGTACAGGACACTGGCCCCTCTCAGGTCAGAAGACATGCCTGGAGGGATGT CTGGCTGCAAAGACTATTTTTATCC SEQ ID NO: 356 CTGACGGCCCTGCACCAGTGCTGCATTGATGATTTCC SEQ ID NO: 357 GACTGCCATGGCCGACCGTGGCATCACCCAG SEQ ID NO: 358 GCTCGTGGCGCACGGGGCCGACCTGAACGC SEQ ID NO: 359 GCGCCGGCAGCCGCGGGAAGGTGGTGAGG Otras sondas dirigidas a PPP1R16A se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto .
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de PPP1R16A incluyen, entre otras cosas, Abnova Corporation Cat# H00084988-M06 que es un anticuerpo monoclónico de ratón sensibilizado contra un recombinante parcial PPP1R16A: 429 a. a. ~ 529 a. a; y de Abnova Cat# H00084988-B01 que es un ratón policlónico sensibilizó contra una proteina PPP1R16A de humano de cadena completa.
Ejemplo 19: RASSF7 RASSF7, asociación de Ras (RalGDS/AF-6 ) familia de dominio miembro (N-terminal) 7 también conocido como 2400009B11RIK, AW210608, C110RF13, HRAS1, HRC1, MGC126069, MGC126070, y RGD1306244 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que RASSF7 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal como se describe en el Ejemplo 2. Es sorprendentemente descubrió que RASSF7 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que RASSF7 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
RASSF7 es un miembro de nuevo Ras que la familia efector caracteriza para la presencia de un dominio de AR en su secuencia. Aunque éstos interactúen cualquiera directa o indirectamente con Ras activado, su función en regular sus efectos biológicos permanece confusa. Lo que es depurado es que éstos parece modulan un poco del crecimiento respuestas inhibitorias reguladas por Ras y pueden funcionar como genes supresores de tumor. De hecho, es descrito que los miembros de la familia se silencian en tumores por la metilación de sus promotores. (P ID: 17692468) .
La secuencia de un ARNm correspondiente a RASSF7 se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000344375 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 360.
GAATTCGGGGGGAGGGGGCAGTGTCCTCCGAGCCAGGACAGGCATGTTGTTGGGACTGGCGGCCATGGAG CTGAAGGTGTGGGTGGATGGCATCCAGCGTGTGGTCTGTGGGGTCTCAGAGCAGACCACCTGCCAGGAAG TGGTCATCGCACTAGCCCAAGCAATAGGCCAGACTGGCCGCTTTGTGCTTGTGCAGCGGCTTCGGGAGAA GGAGCGGCAGTTGCTGCCACAAGAGTGTCCAGTGGGCGCCCAGGCCACCTGCGGACAGTTTGCCAGCGAT GTCCAGTTTGTCCTGAGGCGCACAGGGCCCAGCCTAGCTGGGAGGCCCTCCTCAGACAGCTGTCCACCCC CGGAACGCTGCCTAATTCGTGCCAGCCTCCCTGTAAAGCCACGGGCTGCGCTGGGCTGTGAGCCCCGCAA AACACTGACCCCCGAGCCAGCCCCCAGCCTCTCACGCCCTGGGCCTGCGGCCCCTGTGACACCCACACCA GGCTGCTGCACAGACCTGCGGGGCCTGGAGCTCAGGGTGCAGAGGAATGCTGAGGAGCTGGGCCATGAGG CCTTCTGGGAGCAAGAGCTGCGCCGGGAGCAGGCCCGGGAGCGAGAGGGACAGGCACGCCTGCAGGCACT AAGTGCGGCCACTGCTGAGCATGCCGCCCGGCTGCAGGCCCTGGACGCTCAGGCCCGTGCCCTGGAGGCT GAGCTGCAGCTGGCAGCGGAGGCCCCTGGGCCCCCCTCACCTATGGCATCTGCCACTGAGCGCCTGCACC AGGACCTGGCTGTTCAGGAGCGGCAGAGTGCGGAGGTGCAGGGCAGCCTGGCTCTGGTGAGCCGGGCCCT GGAGGCAGCAGAGCGAGCCTTGCAGGCTCAGGCTCAGGAGCTGGAGGAGCTGAACCGAGAGCTCCGTCAG TGCAACCTGCAGCAGTTCATCCAGCAGACCGGGGCTGCGCTGCCACCGCCCCCACGGCCTGACAGGGGCC CTCCTGGCACTCAGGGCCCTCTGCCTCCAGCCAGAGAGGAGTCCCTCCTGGGCGCTCCCTCTGAGTCCCA TGCTGGTGCCCAGCCTAGGCCCCGAGGTGGCCCCCATGACGCAGAACTCCTGGAGGTAGCAGCAGCTCCT GCCCCAGAGTGGTGTCCTCTGGCAGCCCAGCCCCAGGCTCTGTGACAGCCTAGTGAGGGCTGCAAGACCA TCCTGCCCGGACCACAGAAGGAGAGTTGGCGGTCACAGAGGGCTCCTCTGCCAGGCAGTGGGAAGCCCTG GGTTTGGCCTCAGGAGCTGGGGGTGCAGTGGGGGACTGCCCTAGTCCTTGCCAGGTCGCCCAGCACCCTG GAGAAGCATGGGGCGTAGCCAGCTCGGAACTTGCCAGGCCCCAAAGGCCACGACTGCCTGTTGGGGACAG GAGATGCATGGACAGTGTGCTCAAGCTGTGGGCATGTGCTTGCCTGCGGGAGAGGTCCTTCACTGTGTGT ACACAGCAAGAGCATGTGTGTGCCACTTCCCCTACCCCAACGTGAAAACCTCAATAAACTGCCCGAAGC La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000344226 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 361.
MLLGLAAMEL V VDGIQRVVCGVSEQTTCQEVVIALAQAIGQTGRFVLVQRLREKERQLLPQECPVGAQ ATCGQFASDVQFVLRRTGPSLAGRPSSDSCPPPERCLIRASLPVKPRAALGCEPRKTLTPEPAPSLSRPG ' PAAPVTPTPGCCTDLRGLELRVQRNAEELGHEAFWEQELRREQAREREGQARLQALSAATAEHAARLQAL DAQARALEAELQLAAEAPGPPSPMASATERLHQDLAVQERQSAEVQGSLALVSRALEAAERALQAQAQEL EELNRELRQCNLQQFIQQTGAALPPPPRPDRGPPGTQGPLPPAREESLLGAPSESHAGAQPRPRGGPHDA ELLEVAAAPAPEWCPLAAQPQAL Los cebadores para amplificar la secuencia ENST00000344375 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar RASSF7 incluyen: Cebador directo: SEQ ID NO: 362 CTGCCAGGAAGTGGTCAT ° C (Exl) Cebador inverso: SEQ ID NO: 363 GCCGCTGCACAAGCACA (ex2) Cebador directo: SEQ ID NO: 364 CATGGAGCTGAAGGTG (exl) Cebador inverso: SEQ ID NO: 365 CTCAGGACAAACTGGAC (ex2) Cebador directo: SEQ ID NO: 366 GCCACTGAGCGCCTGC (Ex2) Cebador inverso: SEQ ID NO: 367 GTCTGCTGGATGAACTG (EX3) Cebador directo: SEQ ID NO: 368 CAG CAG AGC AMORDAZAN CCT TGC AG Cebador inverso: SEQ ID NO: 369 CTG AGT GCC AGG AGG GC • (Ex3) Cebador directo: SEQ ID NO: 370 CAC GGC CTG ACA GGG GCC (Ex3) Cebador inverso: los SEQ ID NO: 371 GCC MARCAN GCT GGG CAC (EX4 ) Cebador directo: SEQ ID NO: 372 CTCTGAGTCCCATGCTGG (EX4) Cebador inverso: SEQ ID NO: 373 GACACCACTCTGGGGC (EX5) Cebador directo: SEQ ID NO: 374 TGCCCAGCCTAGGCCC (EX4) Cebador inverso: SEQ ID NO: 375 GCCAGAGGACACCACTC (EX5) Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica .
Las sondas para detectar RASSF7 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados). Otros ejemplos de sondas incluyen: SEQ ID NO: 376 GAGAGGTCCTTCACTGTGTGTACACAGCAAGAGCATGTGTGTGCCACTTC SEQ ID NO: 377 AGTGTCCTCCGAGCCAGGACAGGCATGTTGTTGGGACTGGCGGCCATGGAG SEQ ID NO: 378 GAGCCGGGCCCTGGAGGCAGCAGAGCGAGCCTTGCAGGCTCAGGCTCAGGAGCTG SEQ ID NO: 379 CGGCCTGACAGGGGCCCTCCTGGCACTCAGGGCCCTCTGCCTCCAGCCAGAGAGGA G SEQ ID NO: 380 GAGGAGCTGGGCCATGAGGCCTTCTGGGAGCAAGAGCTGCGCCGGGAGCAGGCCCG GGAG Otras sondas dirigidas a RASSF7 se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de RASSF7 incluyen, entre otras cosas, LifeSpan BioSciences. Cat# LS-C31793-100 que es un conejo anticuerpo policlónico; y de Novus Biologivals Cat#NB100-93434 , que es una cabra anti-RASSF7 policlónico contra el epitopo SEQ ID NO: 381 CTDLRGLELRVQRN.
Ejemplo 20: RNF183 RNF183 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que RNF183 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal como se describe en el Ejemplo 2. Es sorprendentemente descubrió que RNF183 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el ' método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que RNF183 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
La secuencia de un ARNm correspondiente a RNF183 se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000297894 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 382.
CGATTCAGGGGAGGGAGCAACTGGAGCCTCAGGCCCTCCAGAGTAGTCTGCCTGACCACCCTGGAGCCCA ' CAGAAGCCCAGGACGTCTCCCGCGAAGCCTCCCCGTGTGTGGCTGAGGATGGCTGAGCAGCAGGGCCGGG AGCTTGAGGCTGAGTGCCCCGTCTGCTGGAACCCCTTCAACAACACGTTCCATACCCCCAAAATGCTGGA TTGCTGCCACTCCTTCTGCGTGGAATGTCTGGCCCACCTCAGCCTTGTGACTCCAGCCCGGCGCCGCCTG CTGTGCCCACTCTGTCGCCAGCCCACAGTGCTGGCCTCAGGGCAGCCTGTCACTGACTTGCCCACGGACA CTGCCATGCTCGCCCTGCTCCGCCTGGAGCCCCACCATGTCATCCTGGAAGGCCATCAGCTGTGCCTCAA GGACCAGCCCAAGAGCCGCTACTTCCTGCGCCAGCCTCAAGTCTACACGCTGGACCTTGGCCCCCAGCCT GGGGGCCAGACTGGGCCGCCCCCAGACACGGCCTCTGCCACCGTGTCTACGCCCATCCTCATCCCCAGCC ACCACTCTTTGAGGGAGTGTTTCCGCAACCCTCAGTTCCGCATCTTTGCCTACCTGATGGCCGTCATCCT CAGTGTCACTCTGTTGCTCATATTCTCCATCTTTTGGACCAAGCAGTTCCTTTGGGGTGTGGGGTGAGTG CTGTTCCCAGACAAGAAACCAAACCTTTTTCGGTTGCTGCTGGGTATGGTGACTACGGAGCCTCATTTGG TATTGTCTTCCTTTGTAGTGTTGTTTATTTTACAATCCAGGGATTGTTCAGGCCATGTGTTTGCTTCTGG GAACAATTTTAAAAAAAAACAAAAAAACGAAAAGCTTGAAGGACTGGGAGATGTGGAGCGACCTCCGGGT GTGAGTGTGGCGTCATGGAAGGGCAGAGAAGCGGTTCTGACCACAGAGCTCCACAGCAAGTTGTGCCAAA GGGCTGCACAGTGGTATCCAGGAACCTGACTAGCCCAAATAGCAAGTTGCATTTCTCACTGGAGCTGCTT ' CAAAATCAGTGCATATTTTTTTGAGTTGCTCTTTTACTATGGGTTGCTAAAAAAAAAAAAAAAATTGGGA AGTGAGCTTCAATTCTGTGGGTAAATGTGTGTTTGTTTCTCTTTGAATGTCTTGCCACTGGTTGCAGTAA AAGTGTTCTGTATTCATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA La secuencia aminoacídica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000297894 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 383.
MAEQQGRELEAECPVCWNPFNNTFHTPKMLDCCHSFCVECLAHLSLVTPARRRLLCPLCRQPTVLAS GQPVTDLPTDTAMLALLRLEPHHVILEGHQLCLKDQPKSRYFLRQPQVYTLDLGPQPGGQTGPPPDTASATVS T ILIPSHHSLRECFRNPQFRI FAYLMAVILSVTLLLIFSI F TKQFLWGVG Los cebadores para amplificar la secuencia RNF183 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar RNF183 incluyen a aquellos en Cebador directo: SEQ ID NO: 384 GAGAAGCTGGGCTGGAG (EX0N3) Cebador inverso: SEQ ID NO: 385 CAGCCACACACGGGGA (EX0N4) Cebador directo: SEQ ID NO: 386 CAGCTGTGTGCTAAGAACAAAG (EXON3) Cebador inverso: SEQ ID NO: 387 GCCCTGCTGCTCAGCCATC (EX0N ) Cebador directo: SEQ ID NO: 388 GCAGAAGGCAGCGAGGAC (EXON3) Cebador inverso: SEQ ID NO: 389 GGCAGCAATCCAGCATTTTG (EXON4) Cebador directo: SEQ ID NO: 390 CTGCGTGGAATGTCTGGCG (EXON4) Cebador inverso: SEQ ID NO: 391 CAAGTCAGTGACAGGCTGC (EXON4) Cebador directo: SEQ ID NO: 392 GTCTACACGCTGGACCTTG (EXON4) Cebador inverso: SEQ ID NO: 393 GATGCGGAACTGAGGGTTG (EXO ) Cebador directo: SEQ ID NO: 394 CTACCTGATGGCCGTCATC (EXON4) Cebador inverso: SEQ ID NO: 395 CCAGCAGCAACCGAAAAAG (EXON4) Cebador directo: SEQ ID NO: 396 CATGCGTGCAGGGCTGCA (EXON1) Cebador inverso: SEQ ID NO: 397 GTGCTGCTCTCCCAGGG (EXON2) Cebador directo: SEQ ID NO: 398 CCG TGGAATCGATTCCCAG (EXON2) Cebador inverso: SEQ ID NO: 399 CTGTTTCTCATATGGGTCATTCG (EXON3) Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica .
Las sondas para detectar RNF183 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado {p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados). Otros ejemplos de sondas incluyen: •SEQ ID NO: 400 ATGGCTGAGCAGCAGGGCCGGGAGCTTGAGGCTGAGTGCCC SEQ ID NO: 401 GCCCACGGACACTGCCATGCTCGCCCTGCTCC SEQ ID NO: 02 GGACCAGCCCAAGAGCCGCTACTTCCTGCGCCAGCCT SEQ ID NO: 403 CGCTGGACCTTGGCCCCCAGCCTGGGGGCCAG SEQ ID NO: 404 GTTCCTTTGGGGTGTGGGGTGAGTGCTG - Una sonda para detectar el ácido nucleico RNF183 que se usa en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 05 CAGTGGTATCCAGGAACCTGACTAGCCCAAATAGCAAGTTGCATTTCTCACTGGAG CTGC.
Otras sondas dirigidas a RNF183 se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Ejemplo 21: SIRT6 SIRT6 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que SIRT6 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal como se describe en el Ejemplo 2. Es sorprendentemente descubrió que SIRT6 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que SIRT6 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial .
La secuencia de un ARNm correspondiente a SIRT6 se les proporciona en ENSÉMBL, con Número de acceso ENST00000269860 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 406. 1 GCTTCCGGCGGAAGCGGCCTCAACAAGGGAAACTTTATTGTTCCCGTGGGGCAGTCGAGG 61 ATGTCGGTGAATTACGCGGCGGGGCTGTCGCCGTACGCGGACAAGGGCAAGTGCGGCCTC 121 CCGGAGATCTTCGACCCCCCGGAGGAGCTGGAGCGGAAGGTGTGGGAACTGGCGAGGCTG 181 GTCTGGCAGTCTTCCAGTGTGGTGTTCCACACGGGTGCCGGCATCAGCACTGCCTCTGGC 2 1 ATCCCCGACTTCAGGGACAAACTGGCAGAGCTCCACGGGAACATGTTTGTGGAAGAATGT 301 GCCAAGTGTAAGACGCAGTACGTCCGAGACACAGTCGTGGGCACCATGGGCCTGAAGGCC 361 ACGGGCCGGCTCTGCACCGTGGCTAAGGCAAGGGGGCTGCGAGCCTGCAGGGGAGAGCTG 421 AGGGACACCATCCTAGACTGGGAGGACTCCCTGCCCGACCGGGACCTGGCACTCGCCGAT 481 GAGGCCAGCAGATCCGGCCCAGCGGGAACCTGCCGCTGGCTACCAAGCGCCGGGGAGGCC 5 1 GCCTGGTCATCGTCAACCTGCAGCCCACCAAGCACGACCGCCATGCTGACCTCCGCATCC 601 ATGGCTACGTTGACGAGGTCATGACCCGGCTCATGAAGCACCTGGGGCTGGAGATCCCCG 661 CCTGGGACGGCCCCCGTGTGCTGGAGAGGGCGCTGCCACCCCTGCCCCGCCCGCCCACCC 721 CCAAGCTGGAGCCCAAGGAGGAATCTCCCACCCGGATCAACGGCTCTATCCCCGCCGGCC 781 CCAAGCAGGAGCCCTGCGCCCAGCACAACGGCTCAGAGCCCGCCAGCCCCAAACGGGAGC 8 1 GGCCCACCAGCCCTGCCCCCCACAGACCCCCCAAAAGGGTGAAGGCCAAGGCGGTCCCCA 901 GCTGACCAGGGTGCTTGGGGAGGGTGGGGCTTTTTGTAGAAACTGTGGATTCTTTTTCTC 961 TCGTGGTCTCACTTTGTTACTTGTTTCTGTCCCCGGGAGCCTCAGGGCTCTGAGAGCTGT •1021 GCTCCAGGCCAGGGGTTACACCTGCCCTCCGTGGTCCCTCCCTGGGCTCCAGGGGCCTCT 1081 GGTGCGGTTCCGGGAAGAAGCCACACCCCAGAGGTGACAGGTGAGCCCCTGCCACACCCC 11 1 AGCCTCTGACTTGCTGTGTTGTCCAGAGGTGAGGCTGGGCCCTCCCTGGTCTCCAGCTTA 1201 AACAGGAGTGAACTCCCTCTGTCCCCAGGGCCTCCCTTCTGGGCCCCCTACAGCCCACCC 1261 TACCCCTCCTCCATGGGCCCTGCAGGAGGGGAGACCCACCTTGAAGTGGGGGATCAGTAG 1321 AGGCTTGCACTGCCTTTGGGGCTGGAGGGAGACGTGGGTCCACCAGGCTTCTGGAAAAGT 1381 CCTCAATGCAATAAAAACAATTTCTTTCTTGCA Los codones iniciadores y finalizadores se indican en negritas asi como la posición correspondiente a la sonda de análisis en micromatriz.
La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSE BL con Número de acceso ENSP00000269860 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 407. 1 MSVNYAAGLSPYADKGKCGLPEIFDPPEELERKWELARLVWQSSSVVFHTGAGISTASG 61 IPDFRDKLAELHGNMFVEECAKCKTQYVRDTVVGTMGLKATGRLCTVAKARGLRACRGEL 121 RDTILDWEDSLPDRDLALADEASRSGPAGTCRWLPSAGEAAWSSSTCSPPSTTAMLTSAS 181 MATLTRS Los cebadores para amplificar la secuencia SIRT6 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar SIRT6 incluyen a aquellos en Cebador directo: SEQ ID NO: 408 TTGTGGAAGAATGTGCCAAG Cebador inverso: SEQ ID NO: 409CCTTAGCCACGGTGCAGAG Cebador directo: SEQ ID NO: 410 TCTTCCAGTGTGGTGTTCCA Cebador inverso: SEQ ID NO: 11 TTGGCACATTCTTCCACAAA Cebador directo: SEQ ID NO: 12 AGCTGAGGGACACCATCCTA Cebador inverso: SEQ ID NO: 413 GCAGGTTGACGATGACCAG Cebador directo: SEQ ID NO: 414 GCTTCCTGGTCAGCCAGA Cebador inverso: SEQ ID NO: 15 ATGTACCCAGCGTGATGGAC Cebador directo: SEQ ID NO: 416 GCTTCCTGGTCAGCCAGA Cebador inverso: SEQ ID NO: 417 CTAGGATGGTGTCCCTCAGC Cebador directo: SEQ ID NO: 18 GAGAGCTGAGGGACACCATC Cebador inverso: SEQ ID NO: 419 GTACCCAGCGTGATGGACAG Cebador directo: SEQ ID NO: 420 AGGATGTCGGTGAATTACGC Cebador inverso: SEQ ID NO: 421 AAAGGTGGTGTCGAACTTGG Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica .
Las sondas para detectar SIRT6 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) . Otros ejemplos de sondas incluyen SEQ ID NO: 422 TGTAAGACGCAGTACGTCCG SEQ ID NO: 423 GACTTCAGGGACAAACTGGC SEQ ID NO: 424 ACTGGGAGGACTCCCTGC SEQ ID NO: 425 TGTAAGACGCAGTACGTCCG SEQ ID NO: 426 TGTAAGACGCAGTACGTCCG SEQ ID NO: 427 TAGACTGGGAGGACTCCCTG SEQ ID NO: 28 GAGTCTGGACCATGGAGGAG Una sonda para detectar el ácido nucleico SIRT6 que se usa en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en . SEQ ID NO: 29 GAAGTGGGGGATCAGTAGAGGCTTGCACTGCCTTTGGGGCTGGAGGGAGA Otras sondas dirigidas a SIRT6 se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra de SIRT6 incluyen, entre otras cosas, el Conejo SIRT6 anti-policlónico contra el de C-terminal Cat# 2590 de la Tecnología de Señalización de Célula; y anticuerpo monoclónico de Ratón sensibilizado contra un recombinante parcial SIRT6 141 a. a. ~ 251 Catálogo a. a # : H00051548-M01 de abnova.
Ejemplo 22: TJP3 El TJP3, proteína de unión estrecha 3 (zona occludens 3), también conocido como MGC119546, ZO-3, Z03 se encuentra sobreexpresado para en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que TJP3 es sobreexpresado para en el tejido de cáncer endometrial primario tejido endometrial en comparación con normal como se describe en el Ejemplo 2. Es sorprendentemente descubrió que TJP3 es sobreexpresado para en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que TJP3 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
El TJP3 (ZO-3) , es identificado primero como un 130kDa proteina esto coinmunoprecipitados con ZO-1. Es un miembro de las proteínas MAGUK (guanilato asociado por la MEMBRANA homólogos parecidos a una cinasa) . Estas proteínas son implicadas en la formación y el mantenimiento de complejos supramoleculares en áreas específicas de la superficie celular llamadas uniones apretadas. Las uniones apretadas ubican en la parte más apical de membranas laterales de células epiteliales simples, y se consideran para estar implicadas en funciones de cerca y barrera.
La clonación y l secuenciación de ADNces que codifican para proteínas de MAGUK mostró que todos tienen tres dominios PDZ (PDZ1 a-3) , un dominio SH3, y un guanilato dominio (GUK) parecido a una cinasa en este orden de sus términos NH2 (PMID: 10966866) . Entre estos dominios, los dominios de PDZ se unen con COOH-extremos-terminales de diversas proteínas, sobre todo proteínas de la membrana integrales, la mayor parte de las cuales se termina en la valina. Así, MAGUKs puede entrecruzar múltiples proteínas de la membrana integrales en la superficie citoplásmica de membranas plasmáticas para establecer dominios de la membrana especializados. ZO-3 también se ha reportado para asociarse con ZO-1, pero no con ZO-2, aunque los dominios responsables de ZO-3/ZO-1 la interacción permanezcan no identificados. ZO-3 se muestra también para unirse con directamente el dominio citoplásmico de la ocludina (Haskins et al. 1998).
La secuencia de un ARNm correspondiente a TJP3 se les proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENST00000262968 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 430.
ATGAACCTGTGTGGCCTCATGCCCATCTTCCCCGCTCCCCTCGACCAGGTGGCTGACATGGAGGAGCTGA CCATCTGGGAACAGCACACGGCCACACTGTCCAAGGACCCCCGCCGGGGCTTTGGCATTGCGATCTCTGG AGGCCGAGACCGGCCCGGTGGATCCATGGTTGTATCTGACGTGGTACCTGGAGGGCCGGCGGAGGGCAGG CTACAGACAGGCGACCACATCGTCATGGTGAACGGGGTTTCCATGGAGAATGCCACCTCCGCGTTTGCCA TTCAGATACTCAAGACCTGCACCAAGATGGCCAACATCACAGTGAAACGTCCCCGGAGGATCCACCTGCC CGCCACCAAAGCCAGCCCCTCCAGCCCAGGGCGCCAGGACTCGGATGAAGACGATGGGCCCCAGCGGGTG GAGGAGGTGGACCAGGGCCGGGGCTATGACGGCGACTCATCCAGTGGCTCCGGCCGCTCCTGGGACGAGC GCTCCCGCCGGCCGAGGCCTGGTCGCCGGGGCCGGGCCGGCAGCCATGGGCGTAGGAGCCCAGGTGGTGG CTCTGAGGCCAACGGGCTGGCCCTGGTGTCCGGCTTTAAGCGGCTGCCACGGCAGGACGTGCAGATGAAG CCTGTGAAGTCAGTGCTGGTGAAGAGGAGAGACAGCGAAGAGTTTGGCGTCAAGCTGGGCAGTCAGATCT TCATCAAGCACATTACAGATTCGGGCCTGGCTGCCCGGCACCGTGGGCTGCAGGAAGGAGATCTCATTCT ACAGATCAACGGGGTGTCTAGCCAGAACCTGTCACTGAACGACACCCGGCGACTGATTGAGAAGTCAGAA GGGAAGCTAAGCCTGCTGGTGCTGAGAGATCGTGGGCAGTTCCTGGTGAACATTCCGCCTGCTGTCAGTG ACAGCGACAGCTCGCCATTGGAGGAAGGCGTGACCATGGCTGATGAGATGTCCTCTCCCCCTGCAGACAT CTCGGACCTCGCCTCGGAGCTATCGCAGGCACCACCATCCCACATCCCACCACCACCCCGGCATGCTCAG CGGAGCCCCGAGGCCAGCCAGACCGACTCTCCCGTGGAGAGTCCCCGGCTTCGGCGGGAAAGTTCAGTAG ATTCCAGAACCATCTCGGAACCAGATGAGCAACGGTCAGAGTTGCCCAGGGAAAGCAGCTATGACATCTA CAGAGTGCCCAGCAGTCAGAGCATGGAGGATCGTGGGTACAGCCCCGACACGCGTGTGGTCCGCTTCCTC AAGGGCAAGAGCATCGGGCTGCGGCTGGCAGGGGGCAATGACGTGGGCATCTTCGTGTCCGGGGTGCAGG CGGGCAGCCCGGCCGACGGGCAGGGCATCCAGGAGGGAGATCAGATTCTGCAGGTGAATGACGTGCCATT CCAGAACCTGACACGGGAGGAGGCAGTGCAGTTCCTGCTGGGGCTGCCACCAGGCGAGGAGATGGAGCTG GTGACGCAGAGGAAGCAGGACATTTTCTGGAAAATGGTGCAGTCCCGCGTGGGTGACTCCTTCTACATCC GCACTCACTTTGAGCTGGAGCCCAGTCCACCGTCTGGCCTGGGCTTCACCCGTGGCGACGTCTTCCACGT GCTGGACACGCTGCACCCCGGCCCCGGGCAGAGCCACGCACGAGGAGGCCACTGGCTGGCGGTGCGCATG GGTCGTGACCTGCGGGAGCAAGAGCGGGGCATCATTCCCAACCAGAGCAGGGCGGAGCAGCTGGCCAGCC TGGAAGCTGCCCAGAGGGCCGTGGGAGTCGGGCCCGGCTCCTCCGCGGGCTCCAATGCTCGGGCCGAGTT CTGGCGGCTGCGGGGTCTTCGTCGAGGAGCCAAGAAGACCACTCAGCGGAGCCGTGAGGACCTCTCAGCT CTGACCCGACAGGGCCGCTACCCGCCCTACGAACGAGTGGTGTTGCGAGAAGCCAGTTTCAAGCGCCCGG TAGTGATCCTGGGACCCGTGGCCGACATTGCTATGCAGAAGTTGACTGCTGAGATGCCTGACCAGTTTGA AATCGCAGAGACTGTGTCCAGGACCGACAGCCCCTCCAAGATCATCAAACTAGACACCGTGCGGGTGATT GCAGAAAAAGACAAGCATGCGCTCCTGGATGTGACCCCCTCCGCCATCGAGCGCCTCAACTATGTGCAGT ACTACCCCATTGTGGTCTTCTTCATCCCCGAGAGCCGGCCGGCCCTCAAGGCACTGCGCCAGTGGCTGGC GCCTGCCTCCCGCCGCAGCACCCGTCGCCTCTACGCACAAGCCCAGAAGCTGCGAAAACACAGCAGCCAC CTCTTCACAGCCACCATCCCTCTGAATGGCACGAGTGACACCTGGTACCAGGAGCTCAAGGCCATCATTC GAGAGCAGCAGACGCGGCCCATCTGGACGGCGGAAGATCAGCTGGATGGCTCCTTGGAGGACAACCTAGA CCTCCCTCACCACGGCCTGGCCGACAGCTCCGCTGACCTCAGCTGCGACAGCCGCGTTAACAGCGACTAC GAGACGGACGGCGAGGGCGGCGCGTACACGGATGGCGAGGGCTACACAGACGGCGAGGGGGGGCCCTACA CGGATGTGGATGATGAGCCCCCGGCTCCAGCCCTGGCCCGGTCCTCGGAGCCCGTGCAGGCAGATGAGTC CCAGAGCCCGAGGGATCGTGGGAGAATCTCGGCTCATCAGGGGGCCCAGGTGGACAGCCGCCACCCCCAG GGACAGTGGCGACAGGACAGCATGCGAACCTATGAACGGGAAGCCCTGAAGAAAAAGTTTATGCGAGTAC ATGATGCGGAGTCCTCCGATGAAGACGGCTATGACTGGGGTCCGGCCACTGACCTGTGA La secuencia aminoacídica correspondiente se proporciona en ENSE BL con Número de acceso ENSP00000262968 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 31.
MNLCGLMPIFPAPLDQVADMEELTIWEQHTATLSKDPRRGFGIA ISGGRDRPGGSMVVSDVVPGGPAEGRLQTGDHIV VNGVSMENATSAFAIQILKTCTK MANITVKRPRRIHLPATKASPSSPGRQDSDEDDGPQRVEEVDQGRGYDGDSSSGSGRS WDERSRRPRPGRRGRAGSHGRRSPGGGSEANGLALVSGFKRLPRQDVQMKPV SVLV RRDSEEFGVKLGSQIFIKHITDSGLAARHRGLQEGDLILQINGVSSQNLSLNDTRRLI EKSEGKLSLLVLRDRGQFLVNIPPAVSDSDSSPLEEGVTMADEMSSPPADISDLASEL SQAPPSHIPPPPRHAQRSPEASQTDSPVESPRLRRESSVDSRTISEPDEQRSELPRES SYDIYRVPSSQSMEDRGYSPDTRVVRFLKGKSIGLRLAGGNDVGIFVSGVQAGSPADG QGIQEGDQILQVNDVPFQNLTREEAVQFLLGLPPGEEMELVTQRKQDIFWKMVQSRVG DSFYIRTHFELEPSPPSGLGFTRGDVFHVLDTLHPGPGQSHARGGH LAVRMGRDLRE QERGIIPNQSRAEQLASLEAAQRAVGVGPGSSAGSNARAEFWRLRGLRRGAKKTTQRS REDLSALTRQGRYPPYERVVLREASFKRPVVILGPVADIAMQKLTAEMPDQFEIAETV SRTDSPSKIIKLDTVRVIAEKDKHALLDVTPSAIERLNYVQYYPIVVFFIPESRPALK ALRQWLAPASRRSTRRLYAQAQ LRKHSSHLFTATIPLNGTSDTWYQELKAIIREQQT RPIWTAEDQLDGSLEDNLDLPHHGLADSSADLSCDSRVNSDYETDGEGGAYTDGEGYT DGEGGPYTDVDDEPPAPALARSSEPVQADESQSPRDRGRISAHQGAQVDSRHPQGQWRQDSMRTYEREALKKK FMRVHDAESSDEDGYDWGPATDL Los cebadores para amplificar la secuencia ENST00000262968 pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3.
Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar TJP3 incluyen : Cebador directo: SEQ ID NO: 32 CCCTCGACCAGGTGGCTGAC (Exonl) Cebador inverso: SEQ ID NO: 33 CCTCCAGAGATCGCAATGC (Exon2) Cebador directo: SEQ ID NO: 34 GTATCTGACGTGGTACCTG (Exon2) Cebador inverso: SEQ ID NO: 435 GGCAAACGCGGAGGTGGCATT ° C (Exon3) Cebador directo: SEQ ID NO: 436 CGGGGTTTCCATGGAGAATG (Exon3) Cebador inverso: SEQ ID NO: 437 GCGGGCAGGTGGATCCTCC (Exon4) Cebador directo: SEQ ID NO: 38 GCAGGACGTGCAGATGAAGC (Exon4) Cebador inverso: SEQ ID NO: 439 CCCGAATCTGTAATGTGCTTG (Exon5) Cebador directo: SEQ ID NO: 440 GTGGGCTGCAGGAAGGAGATC (Exon5) Cebador inverso: SEQ ID NO: 41 GAACTGCCCACGATCTCTCAGC (Exon6) Cebador directo: SEQ ID NO: 442 GATCGTGGGCAGTTCCTGG (????ß) Cebador inverso: SEQ ID NO: 443 GATGTCTGCAGGGGGAGAGG (Exon7) Cebador directo: SEQ ID NO: 444 CACCCCGGCATGCTCAGCG (Exon7) Cebador inverso: SEQ ID NO: 445 CCGAGATGGTTCTGGAATC (Exon8) Cebador directo: SEQ ID NO: 446 GAGTCCCCGGCTTCGGCGG (Exon8) Cebador inverso: SEQ ID NO: 47 CGATCCTCCATGCTCTGACTG (Exon9) Cebador directo: SEQ ID NO: 448 GTG CAG GCG GGC AGC CCG (ExonlO) Cebador inverso: SEQ ID NO: 449 GTC CTG CTT CCT CTG CGT ° C (Exonll) Cebador directo: SEQ ID NO: 450 CGAGAGCAGCAGACGCGGCC Cebador inverso: SEQ ID NO: 451 GAGGTCAGCGGAGCTGTCG Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica.
Las sondas para detectar TJP3 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) .
Otros ejemplos de sondas incluyen: SEQ ID NO: 452 CAGGGACAGTGGCGACAGGACAGCATGCGAACCTATGAACGGGAAGCCCTGAAGAA AAAG SEQ ID NO: 53 GAACAGCACACGGCCACACTGTCCAAGGACCCCCGCCGGGGC SEQ ID NO: 454 ACCAAGATGGCCAACATCACAGTGAAACGTCCCCGGAGGATCCACCTGCCCGCC SEQ ID NO:455 CAGTGACAGCGACAGCTCGCCATTGGAGGAAGGCGTGACCATGGCTGATGAGAT SEQ ID NO:456 CGAGTGGTGTTGCGAGAAGCCAGTTTCAAGCGCCCGGTAGTGATCCTGGGACCC Otras sondas dirigidas a TJP3 se conocen en la técnica y/o pueden ser fácilmente diseñadas por el técnico experto.
Los anticuerpos dirigidos con especificidad de objetivo en contra incluyen, entre otras cosas, TJP3 se encuentran comercialmente disponibles de p.ej, Abnova Cat# H00027134-A01 que es un ratón anticuerpo policlónico sensibilizado contra un recombinante parcial TJP3 que tiene la secuencia SEQ ID NO: 57 DEPPAPALARSSEPVQADESQSPRDRGRISAHQGAQVDSRHPQGQWRQDS MRTYEREALKKKFMRVHDAESSDEDGYD GPATDL (NP_055243, 868 a. a. ~ 953 a. a); de LifeSpanBiosciences Cat# LS-C18593 que es un conejo policlónico contra un péptido sintético derivado del extremo- C-terminus de TJP3 de humano (ZO-3) proteína; y de LifeSpanBiosciences Cat#LS-C50518 que es un conejo policlónico contra un péptido sintético derivado del extremo C-terminus de TJP3 de humano (ZO-3) proteína.
Ejemplo 23: EFEMP2 El EFEMP2 también conocido como FBLN4, MBPl, y UPH1 se encuentra subexpresado en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que EFEMP2 está subexpresado en el tejido de cáncer endometrial primario el tejido endometrial en comparación con normal como se describe en el Ejemplo 2. Es sorprendentemente descubrió que EFEMP2 está subexpresado en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que EFE P2 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
ENSG00000172638 : Sólo un transcrito La secuencia de un ARNm correspondiente a EFEMP2 se les proporciona en el ENSEMBL con Número de acceso ENST00000307998 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 58.
GGGGCG CTTCCTGGGGCCGCGCGTCCAGGGAGCTGTGCCGTCCGCCCGTCCGTCTGCCCGCAGGCATTGCCCGAGC CAGCCGAGCCGCCAGAGCCGCGGGCCGCGGGGGTGTCGCGGGCCCAACCCCAGGATGCTCCCCTGCGCCT CCTGCCTACCCGGGTCTCTACTGCTCTGGGCGCTGCTACTGTTGCTCTTGGGATCAGCTTCTCCTCAGGA TTCTGAAGAGCCCGACAGCTACACGGAATGCACAGATGGCTATGAGTGGGACCCAGACAGCCAGCACTGC CGGGATGTCAACGAGTGTCTGACCATCCCTGAGGCCTGCAAGGGGGAAATGAAGTGCATCAACCACTACG GGGGCTACTTGTGCCTGCCCCGCTCCGCTGCCGTCATCAACGACCTACACGGCGAGGGACCCCCGCCACC AGTGCCTCCCGCTCAACACCCCAACCCCTGCCCACCAGGCTATGAGCCCGACGATCAGGACAGCTGTGTG GATGTGGACGAGTGTGCCCAGGCCCTGCACGACTGTGGCCCCAGCCAGGACTGCCATAACTTGCCTGGCT CCTATCAGTGCACCTGCCCTGATGGTTACCGCAAGATCGGGCCCGAGTGTGTGGACATAGACGAGTGCCG CTACCGCTACTGCCAGCACCGCTGCGTGAACCTGCCTGGCTCCTTCCGCTGCCAGTGCGAGCCGGGCTTC CAGCTGGGGCCTAACAACCGCTCCTGTGTTGATGTGAACGAGTGTGACATGGGGGCCCCATGCGAGCAGC GCTGCTTCAACTCCTATGGGACCTTCCTGTGTCGCTGCCACCAGGGCTATGAGCTGCATCGGGATGGCTT CTCCTGCAGTGATATTGATGAGTGTAGCTACTCCAGCTACCTCTGTCAGTACCGCTGCGTCAACGAGCCA GGCCGTTTCTCCTGCCACTGCCCACAGGGTTACCAGCTGCTGGCCACACGCCTCTGCCAAGACATTGATG AGTGTGAGTCTGGTGCGCACCAGTGCTCCGAGGCCCAAACCTGTGTCAACTTCCATGGGGGCTACCGCTG CGTGGACACCAACCGCTGCGTGGAGCCCTACATCCAGGTCTCTGAGAACCGCTGTCTCTGCCCGGCCTCC AACCCTCTATGTCGAGAGCAGCCTTCATCCATTGTGCACCGCTACATGACCATCACCTCGGAGCGGAGCG TGCCCGCTGACGTGTTCCAGATCCAGGCGACCTCCGTCTACCCCGGTGCCTACAATGCCTTTCAGATCCG TGCTGGAAACTCGCAGGGGGACTTTTACATTAGGCAAATCAACAACGTCAGCGCCATGCTGGTCCTCGCC CGGCCGGTGACGGGCCCCCGGGAGTACGTGCTGGACCTGGAGATGGTCACCATGAATTCCCTCATGAGCT ACCGGGCCAGCTCTGTACTGAGGCTCACCGTCTTTGTAGGGGCCTACACCTTCTGAGGAGCAGGAGGGAG CCACCCTCCCTGCAGCTACCCTAGCTGAGGAGCCTGTTGTGAGGGGCAGAATGAGAAAGGCAATAAAGGG AGAAAGAAAGTCCTGGTGGCTGAGGTGGGCGGGTCACACTGCAGGAAGCCTCAGGCTGGGGCAGGGTGGC ACTTGGGGGGGCAGGCCAAGTTCACCTAAATGGGGGTCTCTATATGTTCAGGCCCAGGGGCCCCCATTGA CAGGAGCTGGGAGCTCTGCACCACGAGCTTCAGTCACCCCGAGAGGAGAGGAGGTAACGAGGAGGGCGGA CTCCAGGCCCCGGCCCAGAGATTTGGACTTGGCTGGCTTGCAGGGGTCCTAAGAAACTCCACTCTGGACA GCGCCAGGAGGCCCTGGGTTCCATTCCTAACTCTGCCTCAAACTGTACATTTGGATAAGCCCTAGTAGTT CCCTGGGCCTGTTTTTCTATAAAACGAGGCAACTGGACTGTT La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000309953 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 459.
MLPCASCLPGSLLLWALLLLLLGSASPQDSEEPDSYTECTDGYE DPDSQHCRDVNECLTIPEACKGEMKCINHYGGYLCLPRSAAVINDLHGEGPPPPVPP AQHPNPCPPGYEPDDQDSCVDVDECAQALHDCRPSQDCHNLPGSYQCTCPDGYRKIGP ECVDIDECRYRYCQHRCVNLPGSFRCQCEPGFQLGPNNRSCVDVNECDMGAPCEQRCF NSYGTFLCRCHQGYELHRDGFSCSDIDECSYSSYLCQYRCVNEPGRFSCHCPQGYQLL ATRLCQDIDECESGAHQCSEAQTCVNFHGGYRCVDTNRCVEPYIQVSENRCLCPASNP LCREQPSSIVHRYMTITSERSVPADVFQIQATSVYPGAYNAFQIRAGNSQGDFYIRQI NNVSAMLVLARPVTGPREYVLDLEMVTMNSLMSYRASSVLRLTVFVGAYTF Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar EFEMP2 incluyen a aquellos en Cebador directo: SEQ ID NO: 460 TGCTCTTGGGATCAGCTTCT Cebador inverso: SEQ ID NO: 461 CCTCAGGGATGGTCAGACAC Cebador directo: SEQ ID NO: 462 TGCCCACCAGGCTATGAG Cebador inverso: SEQ ID NO: 63 CAGGCAAGTTATGGCAGTCC Cebador directo: SEQ ID NO: 464 AACTTGCCTGGCTCCTATCA Cebador inverso: SEQ ID NO: 465 GTGCTGGCAGTAGCGGTAG Cebador directo: SEQ ID NO: 466 GGCCTAACAACCGCTCCT Cebador inverso: SEQ ID NO: 467 CGACACAGGAAGGTCCCATA Cebador directo: SEQ ID NO: 468 TATGGGACCTTCCTGTGTCG Cebador inverso: SEQ ID NO: 469 GATGCAGCGGTACTGACAGA Cebador directo: SEQ ID NO: 470 GTCAGTACCGCTGCATCAAC Cebador inverso: SEQ ID NO: 471 CGCACCAGACTCACACTCAT Cebador directo: SEQ ID NO: 472 GTGGAGCCCTACATCCAGGT Cebador inverso: SEQ ID NO: 473 TCCGAGGTGATGGTCATGTA Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica.
Las sondas para detectar EFE P2 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) . Otros ejemplos de sondas incluyen La sonda usada en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 474 TTCATCCATTGTGCACCGCTACATGACCATCACCTCGGAGCGGAGCGTGC SEQ ID NO: 475 GAAGAGCCCGACAGCTACAC SEQ ID NO: 476 CAGGCAAGTTATGGCAGTCC SEQ ID NO: 77 CCTGATGGTTACCGCAAGAT SEQ ID NO: 478 GTGAACGAGTGTGACATGGG SEQ ID NO: 479 ATGGCTTCTCCTGCAGTGAT SEQ ID NO: 480 ACGCCTCTGCCAAGACATT SEQ ID NO: 81 ATGTCGAGAGCAGCCTTCAT Los anticuerpos a EFEMP2 incluyen el Ratón MaxPab EFEMP2 No humano ® Anticuerpo Policlónico, No conjugado Cat# H00030008-B01 contra EFEMP2 de humano de cadena completa; Anticuerpo monoclónico de Anti-EFEMP2, No conjugado, Clon 2C8 Cat# H00030008-M01 contra una proteina parcial, 26aa-443aa; y Conejo Anticuerpo Policlónico EFEMP2 No humano, No conjugado Cat# ab74873 contra un péptido Sintético derivado de una región interna de EFEMP2 de humano.
Ejemplo 24: S0CS2 El S0CS2 , también conocido como CIS2, Cish2, SOCS-2, SSI-2, SSI2, y STATI2 se encuentra subexpresado en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que S0CS2 está subexpresado en el tejido de cáncer endometrial primario el tejido endometrial en comparación con normal como se describe en el Ejemplo 2. Es sorprendentemente descubrió que SOCS2 está subexpresado en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que S0CS2 puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial..
La secuencia de un ARNm correspondiente a S0CS2 se les proporciona en el ENSEMBL con Número de acceso ENST00000340600 y tiene una secuencia como . en SEQ ID NO: 482. 1 AGCCGCGGCCTCAACTAAAAGTGGCCATTGACCTTTCAAGCTTTCGAGCAGTGATGCAAT 61 AGAATAGTATTTCAAAGAAAAATGCTTATCGAAATTTTGGATCCGGTTTTCCCGTGATTG 121 TTAAGGGTTTCTTTTAAAAAGTAGGTCACATTTCAAGTAGGTCATATTTCGGGGGCGGGT 181 GCGCAGACAAGGAGATGAGTTTCCACTAAGGCCAGGGGGCCTCCAACGGGGTTGGAGGTG 241 AGAATCCCAGGTAGGGTAGAGGTGCCGAGATCCTTCCGAATCCCAGCCCTGGGGCGTCAG 301 CCCTGCAGGGAATGGCAGAGACACTCTCCGGACTGAGGGAACCGAGGCCAGTCACCAAGC 361 CCCTTCCGGGCGCGCAGGCGATCAGTGGGTGACCGCGGCTGCGAGGGACTTTGTCATCCG 421 TCCTCCAGGATCTGGGGAGAAAGAGCCCCATCCCTTCTCTCTCTGCCACCATTTCGGACA 481 CCCCGCAGGGACTCGTTTTGGGATTCGCACTGACTTCAAGGAAGGACGCGAACCCTTCTC 5 1 TGACCCCAGCTCGGGCGGCCACCTGTCTTTGCCGCGGTGACCCTTCTCTCATGACCCTGC 601 GGTGCCTTGAGCCCTCCGGGAATGGCGGGGAAGGGACGCGGAGCCAGTGGGGGACCGCGG 661 GGTCGGCGGAGGAGCCATCCCCGCAGGCGGCGCGTCTGGCGAAGGCCCTGCGGGAGCTCG 721 GTCAGACAGGATGGTACTGGGGAAGTATGACTGTTAATGAAGCCAAAGAGAAATTAAAAG 781 AGGCACCAGAAGGAACTTTCTTGATTAGAGATAGCTCGCATTCAGACTACCTACTAACAA 841 TATCTGTTAAAACATCAGCTGGACCAACTAATCTTCGAATCGAATACCAAGACGGAAAAT 901 TCAGATTGGACTCTATCATATGTGTCAAATCCAAGCTTAAACAATTTGACAGTGTGGTTC 961 ATCTGATCGACTACTATGTTCAGATGTGCAAGGATAAGCGGACAGGTCCAGAAGCCCCCC 1021 GGAACGGCACTGTTCACCTTTATCTGACCAAACCGCTCTACACGTCAGCACCATCTCTGC 1081 AGCATCTCTGTAGGCTCACCATTAACAAATGTACCGGTGCCATCTGGGGACTGCCTTTAC 1141 CAACAAGACTAAAAGATTACTTGGAAGAATATAAATTCCAGGTATAAATGTTTCTCTTTT 1201 TTTAAACATGTCTCACATAGAGTATCTCCGAATGCAGCTATGTAAAAGAGAACCAAAACT 1261 TGAGTGCTCTGGATAACTATATGGAATGCTTTCTAAGAACAGCTGAAGCTAATCTAATTT 1321 AAATTTAACAGCTTGAAGAGGTAGCTAGGTGTTTAAAGTTCCTCCAGATACTTTTACCTG 1381 AGTGATGCTTCCCTTCCTAAGGCTGACCAAGACCTGTTGATCCTTTTAGATTAAAAATAA 1441 AATGTCGCATGTAAAGGCTGAAGTCGCGTTTTATCAGAATGCCTTGCCTTCTTAGGTTCT 1501 TTTCCATTATGTCAAAGGTCCAGGCTCCAGTAGGAGAGAAAGAACTCCTCATAGGAATAC 1561 TGAAGAAGTGGGAAGGAACCAAGCTGACACAGGCCTCACTGCAATTTGATATGCCTGCTG 1621 ATCAGAGTCTCTTGGGCATTTTATATTTTGCATTCTGATGTACCTAGGAGTTTTGTTAAA 1681 CAGATGATGTATGTGAGTATTTATCCCATTTTATGCAATTAACCAAATCAACCAAAAAAA 1741 GTGACCATGAAGTCCTGTATTTGTCTTTTTACTACATGTAGGAACTCTCATGTGAATGAG 1801 TACTGTAGTAATCCATTCTATGGGAGCCTTATTTCAGAAATATTTCAAACTGGTGCAAAT 1861 GGAAAAGACTTTCTCTTTTCCTTTAAAGCTAAAGACAAGAATATCATGCTATACAGGTGC 1921' AACTCAATCCCCGTTAATAAAAACCAATGTAGGTATAGGCATTCTACCCTTTGAAATAGC 1981 TGTGTCCCAACCTGTTGCCATTGATTTTTTGGAAATGGCTTTAGAAATATCCAAGTTGTC 2041 CTTGAATTGTCTAACCATGGACATAAACAGTTGTCTCCCTTCTACTGTGTAGAATACTTT 2101 GACTTAATTTTCTTCCAGATACAGGGGGATACCTGCCTGTTTTTCAAAGTGTTTATTTAC 2161 TGCTGTTACTATTTGATTAGAATGTATTAAATAAAAAAAACCTGATTTCT Los codones iniciadores y finalizadores se indican en negritas.
La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000339428 <http : //www . ensembl . org/Homo_sapiens/Transcript/ProteinSummar y?db=core;g=ENSG00000120833;r=12 : 92487729- 92494109; t=ENST00000340600> y tiene una secuencia como en SEQ ID NO:483. 1 MTLRCLEPSGNGGEGTRSQWGTAGSAEEPSPQAARLAKALRELGQTGWYWGSMTVNEAKE 61 KLKEAPEGTFLIRDSSHSDYLLTISVKTSAGPTNLRIEYQDGKFRLDSIICVKSKLKQFD 121 SVVHLIDYYVQMCKD RTGPEAPRNGTVHLYLTKPLYTSAPSLQHLCRLTINKCTGAI G 181 LPLPTRLKDYLEEYKFQV Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar SOCS2 incluyen a aquellos en Cebador directo: SEQ ID NO: 484 AGTCACCAAGCCCCTTCC . Cebador inverso: SEQ ID NO: 485 GCTCTTTCTCCCCAGATCCT Cebador directo: SEQ ID NO: 486 GGGACTGCCTTTACCAACAA Cebador inverso: SEQ ID NO: 487 TTTACATAGCTGCATTCGGAGA Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en la técnica (p.ej, usando el Oligo Cale y/o Cebador 3).
Las sondas para detectar S0CS2 pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados). Otros ejemplos de sondas incluyen La sonda usada en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 488 AGTGTGGTTCATCTGATCGACTACTATGTTCAGATGTGCAAGGATAAGCGGACAGG TCCA SEQ ID NO: 89 GACTTTGTCATCCGTCCTCC SEQ ID NO: 490 ACTTGGAAGAATATAAATTCCAGGT Los anticuerpos a SOCS2 incluyen, entre otras cosas, el Ratón Anticuerpo Policlónico SOCS2 No humano, No conjugado Cat# H00008835-A01 contra una proteina parcial: 99aa-198aa; Ratón Anticuerpo monoclónico SOCS2 No humano, No conjugado, Clon 3E7 Cat# H00008835-M01 contra una proteina parcial: 99aa-198aa; Conejo Anticuerpo Policlónico SOCS2 No humano, No conjugado Cat# ab74533 contra la parte C-terminal de la proteina.
Ejemplo 25: DCN DCN también conocido como CSCD, DSPG2 , PG40, PGII, PGS2 , y SLRR1B se encuentra subexpresado en cáncer endometrial tejido primario tejido endometrial en comparación con normal por el experimento de análisis en micromatriz descrito en el Ejemplo 1. Los estudios adicionales que usan el RT-PCR, demostraron que DCN está subexpresado en el tejido de cáncer endometrial primario el tejido endometrial en comparación con normal como se describe en el Ejemplo 2. Es sorprendentemente descubrió que DCN está subexpresado en muestras obtenidas del fluido uterino (p.ej, aspirados) de pacientes que tienen cáncer endometrial por el método descrito en el Ejemplo 4. El ejemplo 5 muestra que DCN puede combinarse con otros biomarcadores la para proporcionar excelente energía predictiva para el diagnóstico de cáncer endometrial.
Seis transcritos de ENSG00000011 65 génico pero sólo 4 de ellos hibridan con nuestra sonda de matriz, los que siguen: La secuencia de un ARNm correspondiente a DCN se les proporciona en el ENSEMBL con Número de acceso ENST00000052754 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 491. 1 GAATCTACAATAAGACAAATTTCAAATCAAGTTGCTCCACTATACTGCATAAGCAGTTTA 61 GAATCTTAAGCAGATGCAAAAAGAATAAAGCAAATGGGAGGAAAAAAAAGGCCGATAAAG 121 TTTCTGGCTACAATACAAGAGACATATCATTACCATATGATCTAATGTGGGTGTCAGCCG 181 GATTGTGTTCATTGAGGGAAACCTTATTTTTTAACTGTGCTATGGAGTAGAAGCAGGAGG 241 TTTTCAACCTAGTCACAGAGCAGCACCTACCCCCTCCTCCTTTCCACACCTGCAAACTCT 301 TTTACTTGGGCTGAATATTTAGTGTAATTACATCTCAGCTTTGAGGGCTCCTGTGGCAAA 361 TTCCCGGATTAAAAGGTTCCCTGGTTGTGAAAATACATGAGATAAATCATGAAGGCCACT 421 ATCATCCTCCTTCTGCTTGCACAAGTTTCCTGGGCTGGACCGTTTCAACAGAGAGGCTTA 481 TTTGACTTTATGCTAGAAGATGAGGCTTCTGGGATAGGCCCAGAAGTTCCTGATGACCGC 5 1 GACTTCGAGCCCTCCCTAGGCCCAGTGTGCCCCTTCCGCTGTCAATGCCATCTTCGAGTG 601 GTCCAGTGTTCTGATTTGGGTCTGGACAAAGTGCCAAAGGATCTTCCCCCTGACACAACT 661 CTGCTAGACCTGCAAAACAACAAAATAACCGAAATCAAAGATGGAGACTTTAAGAACCTG 721 AAGAACCTTCACGCATTGATTCTTGTCAACAATAAAATTAGCAAAGTTAGTCCTGGAGCA 781 TTTACACCTTTGGTGAAGTTGGAACGACTTTATCTGTCCAAGAATCAGCTGAAGGAATTG 841 CCAGAAAAAATGCCCAAAACTCTTCAGGAGCTGCGTGCCCATGAGAATGAGATCACCAAA 901 GTGCGAAAAGTTACTTTCAATGGACTGAACCAGATGATTGTCATAGAACTGGGCACCAAT 961 CCGCTGAAGAGCTCAGGAATTGAAAATGGGGCTTTCCAGGGAATGAAGAAGCTCTCCTAC 1021 ATCCGCATTGCTGATACCAATATCACCAGCATTCCTCAAGGTCTTCCTCCTTCCCTTACG 1081 GAATTACATCTTGATGGCAACAAAATCAGCAGAGTTGATGCAGCTAGCCTGAAAGGACTG 1141 AATAATTTGGCTAAGTTGGGATTGAGTTTCAACAGCATCTCTGCTGTTGACAATGGCTCT 1201 CTGGCCAACACGCCTCATCTGAGGGAGCTTCACTTGGACAACAACAAGCTTACCAGAGTA 1261 CCTGGTGGGCTGGCAGAGCATAAGTACATCCAGGTTGTCTACCTTCATAACAACAATATC 1321 TCTGTAGTTGGATCAAGTGACTTCTGCCCACCTGGACACAACACCAAAAAGGCTTCTTAT 1381 TCGGGTGTGAGTCTTTTCAGCAACCCGGTCCAGTACTGGGAGATACAGCCATCCACCTTC 1441 AGATGTGTCTACGTGCGCTCTGCCATTCAACTCGGAAACTATAAGTAATTCTCAAGAAAG 1501 CCCTCATTTTTATAACCTGGCAAAATCTTGTTAATGTCATTGCTAAAAAATAAATAAAAG 1561 CTAGATACTGGAAACCTAACTGCAATGTGGATGTTTTACCCACATGACTTATTATGCATA 1621 AAGCCAAATTTCCAGTTTAAGTAATTGCCTACAATAAAAAGAAATTTTGCCTGCCATTTT 1681 CAGAATCATCTTTTGAAGCTTTCTGTTGATGTTAACTGAGCTACTAGAGATATTCTTATT 17 1 TCACTAAATGTAAAATTTGGAGTAAATATATATGTCAATATTTAGTAAAGCTTTTCTTTT 1801 TTAATTTCCAGGAAAAAATAAAAAGAGTATGAGTCTTCTGTAATTCATTGAGCAGTTAGC 1861 TCATTTGAGATAAAGTCAAATGCCAAACACTAGCTCTGTATTAATCCCCATCATTACTGG 1921 TAAAGCCTCATTTGAATGTGTGAATTCAATACAGGCTATGTAAAATTTTTACTAATGTCA 1981 TTATTTTGAAAAAATAAATTTAAAAATACATTCAAAATTACTATTGTATACAAGCTTAAT 20 1 TGTTAATATTCCCTAAACACAATTTTATGAAGGGAGAAGACATTGGTTTGTTGACAATAA 2101 CAGTACATCTTTTCAAGTTCTCAGCTATTTCTTCTACCTCTCCCTATCTTACATTTGAGT 2161 ATGGTAACTTATGTCATCTATGTTGAATGTAAGCTTATAAAGCACAAAGCATACATTTCC 2221 TGACTGGTCTAGAGAACTGATGTTTCAATTTACCCCTCTGCTAAATAAATATTAAAACTA 2281 TCATGTG El codón finalizador se indica en negritas asi como la posición correspondiente a la sonda de análisis en raicromatriz .
La secuencia aminoacidica correspondiente se proporciona en ENSEMBL con Número de acceso ENSP00000052754 y tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 492 1 MKATIILLLLAQVSWAGPFQQRGLFDFMLEDEASGIGPEVPDDRDFEPSLGPVCPFRCQC 61 HLRVVQCSDLGLDKVPKDLPPDTTLLDLQNNKITEIKDGDFKNLKNLHALILVNNKISKV 121 SPGAFTPLVKLERLYLSKNQL ELPEKMPKTLQELRAHENEITKVRKVTFNGLNQMIVIE 181 LGTNPLKSSGIENGAFQGMKKLSYIRIADTNITSIPQGLPPSLTELHLDGNKISRVDAAS 241 LKGLNNLAKLGLSFNSISAVDNGSLANTPHLRELHLDNNKLTRVPGGLAEHKYIQVVYLH 301 NNNISVVGSSDFCPPGHNTKKASYSGVSLFSNPVQYWEIQPSTFRCVYVRSAIQLGNYK Los cebadores para amplificar la secuencia DCN pueden ser diseñados usando el software de diseño de cebador, como el Oligo Cale y/o Cebador 3. Los ejemplos de pares de cebadores para amplificar DCN incluyen a aquellos en: Cebador directo : SEQ ID NO: 493 AGCTTTGAGGGCTCCTGTG Cebador inverso : SEQ ID NO: 494 GCAAGCAGAAGGAGGATGAT Cebador directo : SEQ ID NO: 495 AATGCCATCTTCGAGTGGTC Cebador inverso : SEQ ID NO: 496 TGCAGGTCTAGCAGAGTTGTG Cebador directo : SEQ ID NO: 497 AACCGAAATCAAAGATGGAGA Cebador inverso : SEQ ID NO: 498 GTCCAGGTGGGCAGAAGTC Cebador directo : SEQ ID NO: 499 AATGCCATCTTCGAGTGGTC Cebador inverso : SEQ ID NO: 500 CTGCTGATTTTGTTGCCATC Cebador directo : SEQ ID NO: 501 TGGCAACAAAATCAGCAGAG ' Cebador inverso : SEQ ID NO: 502 GCCATTGTCAACAGCAGAGA Cebador directo : SEQ ID NO: 503 GGGCTGGCAGAGCATAAGTA Cebador inverso : SEQ ID NO: 504 GTCCAGGTGGGCAGAAGTC Cebador directo : SEQ ID NO: 505 AACCGAAATCAAAGATGGAGA Cebador inverso : SEQ ID NO: 506 CCAAAGGTGTAAATGCTCCAG Cebador directo : SEQ ID NO: 507 GAGATCACCAAAGTGCGAAA Cebador inverso : SEQ ID NO: 508 AAAGCCCCATTTTCAATTCC Cebador directo : SEQ ID NO: 509 AATGCCATCTTCGAGTGGTC Cebador inverso : SEQ ID NO: 510 AAAGCCCCATTTTCAATTCC Otros conjuntos de cebadores pueden ser fácilmente diseñados por el técnico experto y/o se conocen en técnica .
Las sondas para detectar DCN pueden derivarse de cualquier cantidad de fuentes según el uso deseado (p.ej, usando los cebadores anteriormente descritos y reactivos adecuados) . Otros ejemplos de sondas incluyen La sonda usada en el de análisis en micromatriz tiene una secuencia como en SEQ ID NO: 511 TTTAACTGTGCTATGGAGTAGAAGCAGGAGGTTTTCAACCTAGTCACAGAGCAGCA CC SEQ ID NO: 512 TTCCCGGATTAAAAGGTTCC SEQ ID NO: 513 AAGTGCCAAAGGATCTTCCC SEQ ID NO: 514 CCTGAAGAACCTTCACGTTG SEQ ID NO: 515 TCCTCCTTCCCTTACGGAAT SEQ ID NO: 516 ATGCAGCTAGCCTGAAAGGA SEQ ID NO: 517 CATCCAGGTTGTCTACCTTCA SEQ ID NO: 518 TGAAGAACCTTCACGCATTG SEQ ID NO: 519 TGTCATAGAACTGGGCACCA SEQ ID NO: 520 GTTCTGATTTGGAACTGGGC Los anticuerpos a DCN incluyen, entre otras cosas, el Ratón Anticuerpo monoclonico Decorin No humano, No conjugado Cat# ab54728, contra el recombinante proteina de cadena completa; y Anticuerpo monoclonico de Anti-DCN, No conjugado, el Clon 2B5-G5 Cat# H00001634-M02 , contra recombinante proteina de cadena completa.
Cebadores adicionales para los biomarcadores de la invención : ACAA1 SEQ ID NO: 521 tcacgggagaagcaggatac SEQ ID NO: 522 cttgctctgggctcttgc SEQ ID NO: 523 ccagagattgcctgattcct SEQ ID NO: 524 cctgcttctcccgtgaaat SEQ ID NO: 525 agctgggggacatctgtgt SEQ ID NO: 526 cactcagaaactgggcgatt AP1 2 SEQ ID NO: 527 cacatcgaagaatgccaatg SEQ ID NO: 528 gctccttgaagtattcgcaga SEQ ID NO: 529 tgctcttcgagctcactgg SEQ ID NO: 530 cacgcactggtggaatttt SEQ ID NO: 531 gttcgctacatcacccagagt SEQ ID NO: 532 gtaaggaagccccgtgttc CGN SEQ ID NO: 533 gagcttacccgaaaagtgga SEQ ID NO: 534 tctagcttctgccgcttctt SEQ ID NO: 535 ggagatactcgccaggttga SEQ ID NO: 536 ccttaagctcctcctgtgtcc SEQ ID NO: 537 cctctgtgaggaggaaggttag SEQ ID NO: 538 ttagtagaaccagaagaaaccatcac DDR1 SEQ ID NO: 539 tagagagccacccccgta SEQ ID NO:540 ccatatagtccccactgtaggc SEQ ID NO: 541 ccactctgctccctgtgtc SEQ ID NO: 542 ctggcttctcaggctccata SEQ ID NO: 543 tggggactattaccgtgtgc SEQ ID NO: 544 acgtcactcgcagtcgtg EPS8L2 SEQ ID NO: 545 gcagctcttctccctcaaca SEQ ID NO: 546 cccactttgctgcttctcc SEQ ID NO: 547 caagatgagccccaaggac SEQ ID NO: 548 tgatgacgttggagttggaa SEQ ID NO: 549 caaggatgaggtcctagaggtg SEQ ID NO: 550 gatgttgcagggcacgta FASTKD1 SEQ ID NO: 551 tggaaattctggggtatcgt SEQ ID NO: 552 gcatcctttgttgacagtgc SEQ ID NO: 553 cctgggaatcaaatatcgaaatag SEQ ID NO: 554 ccaaaaattccaaagcaatcc SEQ ID NO: 555 aagaattaacttttctgcatttcca SEQ ID NO: 556 cagaacagacacctcagttggt GMIP SEQ ID NO: 557 aaccctggccatggagac SEQ ID NO: 558 ccgccacttctcaatctcag SEQ ID NO: 559 cccagcaccacagtaccc SEQ ID NO: 560 ctctgtggagttggaatctcg SEQ ID NO: 561 ctggtggcccatctgttc SEQ ID NO: 562 ggttgttggcagacatcttgt IKBKE SEQ ID NO: 563 acagttcaagaagtctaggatgagg SEQ ID NO: 564 tggctaaatgactgaaattcacc SEQ ID NO: 565 ggacatccctcctctacctca SEQ ID NO: 566 ggatctcaggcgttccag SEQ ID NO: 567 ctgcctgaggatgagttcct SEQ ID NO: 568 gatgcacaatgccgttctc P2RX4 SEQ ID NO: 569 ccgttacgaccaaggtcaag SEQ ID NO: 570 tgacgaagagggagttttcc SEQ ID NO: 571 tctgtcaagacgtgtgaggtg SEQ ID NO: 572 agtgaagttttctgcagccttta SEQ ID NO:573 tctcctggctacaatttcagg SEQ ID NO: 574 atgccataggccttgatgag P4HB SEQ ID NO: 575 gcttcccccaaggaatataca SEQ ID NO: 576 tcttcagccagttcacgatg SEQ ID NO: 577 gcaggggatgatgacgat SEQ ID NO: 578 cgtcttcetceatgtctgg SEQ ID NO: 579 ctggagggcaaaatcaagc SEQ ID NO: 580 ttcttcccaacaagcacctt PHKG2 SEQ ID NO: 581 gcagatccgactttcagatttc SEQ ID NO: 582 ggggtcccacacaactctc SEQ ID NO: 583 ttccagcactgtcaaagacct SEQ ID NO: 84 aaagaaggggtgctgtaggg SEQ ID NO: 585 aggctatggcaaggaggtc SEQ ID NO: 586 tgcgtaacatcaggatctgc PPFIBP2 SEQ ID NO: 587 aggggataaggagtccctca SEQ ID NO: 588 ctggtgtccttccagacaca SEQ ID NO: 589 gaatggaagctaaaggccact SEQ ID NO: 590 atctttcagggccacctgtt SEQ ID NO: 591 aatcttcgagggagtggagtc SEQ ID NO: 592 cagggtgtccccagtgaa PPP1R16A SEQ ID NO: 593 ccctcccagtgttgtcctt SEQ ID NO: 594 ccccactcccaaggaact SEQ ID NO: 595 gagtgctggacgcctctg SEQ ID NO: 596 ttgaccgccaggagattg SEQ ID NO: 597 atgccctatgacctgtgtgat SEQ ID NO: 598 gatgctgtcctgggtgatg RASSF7 SEQ ID NO: 599 cactagcccaagcaataggc SEQ ID NO: 600 cactcttgtggcagcaactg SEQ ID NO: 601 cagcctggctctggtgag SEQ ID NO: 602 ggagctctcggttcagctc SEQ ID NO: 603 tctgcctccagccagaga SEQ ID NO: 604 ctccaggagttctgcgtcat RNF183 SEQ ID NO: 605 tccagagtagtctgcctgacc SEQ ID NO: 606 catcctcagccacacacg SEQ ID NO: 607 tccagagtagtctgcctgacc SEQ ID NO: 608 tgttgttgaaggggttccag SEQ ID NO: 609 tctgccaccgtgtctacg SEQ ID NO: 610cggaaacactccctcaaaga SIRT6 SEQ ID NO: 611 agetgagggacaccatceta SEQ ID NO: 612 atgtacccagcgtgatggac SEQ ID NO: 613 aggatgtcggtgaattacgc SEQ ID NO: 614 agaccagcctcgccagtt SEQ ID NO: 615 ggtcagccagaacgtgga SEQ ID NO: 616 gtggagctctgccagtttgt TJP3 SEQ ID NO: 617 gtgggcatcttcgtgtcc SEQ ID NO: 618 gaatggcacgtcattcacc SEQ ID NO: 619 atctggacggcggaagat SEQ ID NO: 620 ggtgagggaggtctaggttgt SEQ ID NO: 621 tcatcaagcacattacagattcg SEQ ID NO: 622 ggctagacaccccgttgat EFEMP2 SEQ ID NO: 623 actcgcagggggacttttac SEQ ID NO: 624 catgagggaattcatggtga SEQ ID NO: 625 atcgggatggcttctcct SEQ ID NO: 626 tgatgcagcggtactgaca SEQ ID NO: 627 agtaccgctgcatcaacga SEQ ID NO: 628 cgcaccagactcacactcat SOCS2 SEQ ID NO: 629 ggagctcggtcagacagg SEQ ID NO: 630 ctaatcaagáaagttccttctggtg SEQ ID NO: 631 cagtcaccaagccccttc SEQ ID NO: 632 aagggatggggctctttct SEQ ID NO: 633 ggagctcggtcagacagg SEQ ID NO: 634 gttccttctggtgcctctttt DCN SEQ ID NO: 635 ggagactttaagaacctgaagaacc SEQ ID NO: 636 cgttccaacttcaccaaagg SEQ ID NO: 637 ctgtcaatgccatcttcgag SEQ ID NO: 638 gatcctttggcactttgtcc SEQ ID NO: 639 caatatcaccagcattcctcaag SEQ ID NO: 640 ctgctgattttgttgccatc .
Todas las publicaciones y las solicitudes de patente mencionadas en la especificación son indicativas del nivel de los expertos en la técnica a la cual esta invención pertenece. Todas las publicaciones y las solicitudes de patente se incorporan aquí como referencia al mismo grado como si cada publicación individual o solicitud de patente son específicamente e individualmente indicadas para incorporarse por referencia. La mera mención de las publicaciones y solicitudes de patente no necesariamente constituye una admisión que éstos son la técnica anterior a la solicitud actual.
Aunque la invención anterior se haya descrito en algunos detalles por vía de ilustración y ejemplo con objetivos de la claridad de la comprensión, será obvio que los ciertos cambios y las modificaciones pueden ser llevados a la práctica dentro del alcance de las reivindicaciones anexadas.

Claims (75)

  1. REIVINDICACIONES 1. Un método de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende (1) detectar el nivel de 1 a 17 biomarcador (es) seleccionado (s) a partir de P4HB, GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1, SIRT6, PHKG2, ACAA1 , AP1M2, EPS8L2 , P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7 , RNF183 y TJP3 en una muestra de un paciente donde un mayor nivel de 1 a 17 biomarcadores comparado con un valor testigo indica la existencia de cáncer endometrial y/o (2) detectar el nivel de 1 a 3 biomarcadores seleccionados a partir de EFEMP2, S0CS2 y DCN, donde un menor nivel de EFEMP2 , S0CS2, y/o DCN comparado con un valor testigo indica la existencia de cáncer endometrial . 2. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 1, que comprende la detección del nivel de P4HB . 3. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 1, que comprende la detección del nivel de EFE P2. 4. El método in vitro según la reivindicación 1, que comprende la detección del nivel de IKBKE. 5. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 1, que comprende la detección del nivel de GMIP. 6. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 2, que comprende además la detección del nivel de uno o más GMIP, IKBKE, o EFEMP2. 7. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 3, que comprende además la detección del nivel de uno o más P4HB, IKBKE, o GMIP. 8. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 4, que comprende además la detección del nivel de uno o más GMIP, EFEMP2, o P4HB. 9. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 2 a 8, que comprende además la detección del nivel de FASTKDl . 10. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 2 a 9, que comprende además la detección del nivel de DDR1. 11. El método de diagnóstico in vitro de cualquiera de reivindicaciones 2 tolO, que comprende además la detección del nivel de SIRT6. 12. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 2 a 11, que comprende además la detección del nivel de PHKG2. 13. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 2 a 12, que comprende además la detección del nivel de 1 a 12 biomarcadores seleccionados a partir del ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2 , PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, TJP3, S0CS2 y DC . 14. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13, donde el paciente tiene un factor de riesgo para cáncer endometrial o es que está siendo evaluado para cáncer endometrial. 15. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 14, donde la muestra del paciente es (obtenida) de un paciente con el sangrado uterino anormal o donde el paciente padece del sangrado uterino anormal. 16. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15, donde la muestra del paciente es (obtenida) de un paciente que tiene un endometrio con mayor grosor o donde el paciente tiene un endometrio con mayor grosor. 17. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 16, donde la muestra del paciente es (obtenida) de un paciente premenopáusico, peri-menopáusico, o postmenopáusico o donde el paciente es un paciente premenopáusico, peri-menopáusico, o postmenopáusico. 18. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 17, donde el paciente es premenopáusico. 19. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 17, donde el paciente es peri-menopáusico. 20. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 17, donde el paciente es postmenopáusico. 21. El método de diagnóstico in vitro de cualquiera de reivindicaciones 1 a 2,0 donde la muestra se selecciona de una muestra tisular, sangre y/o suero, y fluido uterino. 22. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 21, donde la muestra es una muestra de fluido uterino. 23. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 22, donde la muestra de fluido uterino se obtiene por la aspiración. 24. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 23, donde el nivel de los biomarcadores se determina con un anticuerpo. 25. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 23, donde el nivel del biomarcador (es) se determina mediante el RT-PCR. 26. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 25, donde los marcadores se seleccionan del P4HB, IKBKE, EFEMP2, SOCS2, FASTKD1, GMIP, DDR1, SIRT6, PHKG2, EPS8L2, PPP1R16A, P2RX4, RASSF7 y TJP3. 27. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 26, donde el marcador (es) se selecciona (n) de P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, y SOCS2. 28. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 26, donde el marcador (es) se selecciona (n) de P4HB, RASSF7, RNF183 e IKBKE. 29. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 28, donde de 2 a 20 marcadores se detectan . 30. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 29, donde una combinación de los siguientes marcadores se detecta: P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, FASTKD1 y DDR1. 31. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 29, donde una combinación de los siguientes marcadores se detecta: P4HB, EFEMP2, SIRT6, GMIP, FASTKD1 y PHKG2. 32. El método de diagnóstico in vitro de las reivindicaciones 1 a 29, donde una combinación de los siguientes marcadores se detecta: P4HB, EFEMP2, SIRT6, ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, PPFIBP2 y PPP1R16A. 33. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 32, donde uno o más los biomarcadores adicionales se detectan. 34. El método de diagnóstico in ¦ vitro según la reivindicación 33, donde uno o más los biomarcadores adicionales se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial. 35. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 33 o 34, donde uno o más de biomarcadores adicionales se seleccionan de biomarcadores de diagnóstico diferencial . 36. El método de diagnóstico in vi tro según la reivindicación 33 o 34, donde uno o más de biomarcadores auxiliares se seleccionan de marcadores de pronóstico. 37. El método de diagnóstico in vitro según la reivindicación 33 o 34, donde uno o más de biomarcadores auxiliares se seleccionan de marcadores de clasificación de cáncer endometrial. 38. Un ácido nucleico seleccionado a partir de: ARNm de IKB E, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de P4HB, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de S0CS2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de GMIP, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de DDR1, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de EPS8L2, ADNc, o un complemento de lo mismo ARNm de PPP1R16A, ADNc, o un complemento de lo mismo, que se usa para diagnosticar cáncer endometrial. 38. Un ácido nucleico seleccionado a partir de: Cebadores para IKBKE; Cebadores para P4HB; Cebadores para S0CS2; Cebadores para GMIP; Cebadores para DDR1; Cebadores para EPS8L2; y Cebadores para PPP1R16A; que se usa para diagnosticar cáncer endometrial. Un ácido nucleico seleccionado a partir de sonda para IKBKE; sonda para P4HB; sonda para S0CS2; sonda para GMIP; sonda para DDR1; sonda para EPS8L2 y sonda para PPP1R16A, que se usa para diagnosticar cáncer endometrial. 40. Un kit que comprende dos o más sondas según la reivindicación 39, para que se usa para diagnosticar cáncer endometrial. 41. Un kit que comprende cebadores para dos o más cebadores forma pares según la reivindicación 38, para que se usa para diagnosticar cáncer endometrial. 42. Un anticuerpo seleccionado a partir de: un anticuerpo contra IKBKE; un anticuerpo contra P4HB; anticuerpo contra S0CS2; un anticuerpo contra GMIP; anticuerpo contra DDR1; anticuerpo contra EPS8L2; un anticuerpo contra PPP1R16A, que se usa para diagnosticar cáncer endometrial. 43. Un kit que comprende anticuerpos a dos o más anticuerpos según la reivindicación 42, para que se usa para diagnosticar cáncer endometrial. 44. Un kit para obtener el fluido uterino para que se usa para diagnosticar cáncer endometrial evaluando los niveles de 1-20 biomarcadóres como se define en la reivindicación 1. 45. El método de diagnóstico in vitro de cualquiera según la reivindicación 1 a 37, que comprende la determinación del nivel de 2 biomarcadóres. 46. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, que comprende la determinación del nivel de 3 biomarcadóres. 47. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, que comprende la determinación del nivel de 4 biomarcadóres. 48. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, que comprende la determinación del nivel de 5 biomarcadóres. 49. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, que comprende la determinación del nivel de 7 biomarcadóres. 50. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, que comprende la determinación del nivel de 10 biomarcadores. 51. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, que comprende la determinación del nivel de 15 biomarcadores. 52. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, que comprende la determinación del nivel de 20 biomarcadores. 53. Un método de diagnóstico in vitro para diagnosticar cáncer endometrial que comprende la obtención de una muestra de aspirado de fluido uterino de un paciente que tiene un síntoma o factor de riesgo para cáncer endometrial y determinación del nivel de 1 a 100 marcadores de biomarcadores que se expresan de manera diferenciada en cáncer endometrial en comparación con valores testigo representativos de pacientes no afectados por cáncer endometrial, donde (1) si los niveles de 1 a 100 biomarcadores son regulados aceleradamente en la muestra aspirada endometrial en el paciente y en el valor testigo, entonces el paciente tiene una mayor probabilidad de padecer cáncer endometrial y donde (2) si el nivel de los 1 a 100 biomarcadores es lentificado en la muestra aspirada, entonces el paciente tiene una mayor probabilidad de padecer cáncer endometrial. 54. Un ácido nucleico seleccionado a partir de: ARNm de ACAA1, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de AP1M2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de CGN, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de FASTKD1, ADNc , o un complemento de lo mismo ARNm de P2RX , ADNc , o un complemento de lo mismo; ARNm de RASSF7, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de RNF183, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de PHKG2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de PPFIBP2, ADNc :, o un complemento de lo mismo ARNm de SIRT6, ADNc, o un complemento de lo mismo, ARNm de TJP3, ADNc, c un complemento de lo mismo; ARNm de EFEMP2, ADNc, o un complemento de lo mismo; ARNm de DCN, ADNc, o un complemento de lo mismo, que se usa para diagnosticar cáncer endometrxal. 55. Un ácido nucleico seleccionado a partir de: Cebadores para ACAA1; Cebadores para AP1M2; Cebadores para CGN; Cebadores para FASTKD1; Cebadores para P2RX4; Cebadores para RASSSF7; Cebadores para RNF183; Cebadores para SIRT6; Cebadores para PPFIBP2; Cebadores para PHKG2; Cebadores para TJP3; Cebadores para EFEMP2; y Cebadores para DCN; que se usa para diagnosticar cáncer endometrial 56. Un ácido nucleico seleccionado a partir de: sonda para ACAAl; sonda para AP1M2; sonda para CGN; sonda para FASTKD1; sonda para P2RX4; sonda para RASSF7; sonda para RNF183; sonda para SIRT6; sonda para PPFIBP2; sonda para PKHG2; sonda para TJP3; sonda para EFEMP2; y sonda para DCN, que se usa para diagnosticar cáncer endometrial 57. Un anticuerpo seleccionado a partir de: un anticuerpo contra ACAAl; un anticuerpo contra AP1M2; un anticuerpo contra CGN; un anticuerpo contra FASTKD1; un anticuerpo contra P2RX4; un anticuerpo contra RASSF7; un anticuerpo contra RNF183; un anticuerpo contra SIRT6; un anticuerpo contra PPFIBP2; un anticuerpo contra PKHG2 ; un anticuerpo contra TJP3; un anticuerpo contra EFEMP2; un anticuerpo contra DCN, que se usa para diagnosticar cáncer endometrial. 58. Un método de diagnóstico in vitro para diagnosticar cáncer endometrial que comprende el suministro o la obtención de una muestra de fluido uterino de un paciente humano que tiene un síntoma o factor de riesgo para cáncer ginecológico y determinación del nivel de la expresión de ARN de 2 a 9 biomarcadores seleccionados a partir del P4HB, EFEMP2, GMIP, IKBKE , DDR1 , FASTKD1, SIRT6, PKHG2 y S0CS2 por el PCR cuantitativo donde un mayor nivel de 1 a 7 biomarcadores seleccionados a partir de P4HB, GMIP, IKBKE, DDR1 , FASTKD1, SIRT6, y PKHG2 y/o un menor nivel de EFEMP2 o S0CS2 en comparación con el control, indica la existencia de cáncer endometrial . 59. El método según la reivindicación 58, donde cáncer ginecológico es cáncer endometrial. 60. El método según la reivindicación 58 o 59, donde los marcadores son 2 a 8 biomarcadores seleccionados a partir de P4HB, EFEMP2, GMIP, IKBKE, DDR1, FASTKD1, SIRT6, y PKHG2. 61. El método según la reivindicación 58 o 59, donde los marcadores son 2 a 8 biomarcadores seleccionados a partir de P4HB, GMIP, IKBKE, DDR1, FASTKD1, SIRT6, PKHG2 y SOCS2. 62. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 61, donde la detección del nivel comprende poner en contacto uno o más biomarcadores con cebadores y reactivos capaces de la amplificación de específicamente uno o más biomarcadores y detección del nivel de los uno o más biomarcadores amplificados con una sonda o sondas que hibridan al biomarcador amplificado. 63. El método según la reivindicación 62, donde la sonda se hibridiza específicamente al biomarcador amplificado. 64. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 63, donde P4HB y EFEMP2 se detecta. 65. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 63, donde P4HB e IKBKE se detecta. 66. El método cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 63, donde P4HB y GMIP se detecta. 67. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 63, donde EFEMP2 e IKBKE se detecta. 68. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 63, donde EFEMP2 y P4HB se detecta. 69. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 63, donde P4HB, GMIP, e IKBKE se detecta . 70. El método cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 63, donde P4HB, GMIP, e IKBKE se detecta. 71. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 63, donde una combinación de marcadores se detecta, y donde la combinación comprende IKBKE y P4HB; IKBKE y S0CS2; P4HB y S0CS2; GMIP e IKBKE; GMIP y P4HB; GMIP y SOCS2; GMIP, SOCS2, e IKBKE; GMIP, SOCS2, y P4HB; GMIP, IKBKE, y P4HB; IKBKE, P4HB, y S0CS2; GMIP, IKBKE, P4HB, y SOCS2; GMIP, SOCS2, IKBKE, y EPS8L2; GMIP, SOCS2, P4HB, y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, y EPS8L2; IKBKE, P4HB, SOCS2, y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, y DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2, y RASSF7; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, y DDRl; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, EPS8L2, PPP1R16A, y DDRl; DDRl, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2 , PPP1R16A, RASSF7, SIRT6, TJP3, y SOCS2; o DDRl, EPS8L2, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPP1R16A, RASSF7, SIRT6, TJP3, RNF183 y SOCS2. 72. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37 , 45 a 53 y 58 a 63, donde una combinación de marcadores se detecta, y donde la combinación comprende GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y ' FASTKD1 ; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y DDRl; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y ACAA1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y P2RX4; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 y PPFIBP2; GMIP, IKBKE , P4HB, SOCS2 y PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2 , ACAA1 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, PHKG2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, SOCS2, SIRT6 y FASTKD1; ACAA1, AP1M2, EPS8L2, IKBKE, P2RX4, P4HB, PPFIBP2, PPP1R16A, SIRT6, y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; DDR1, FASTKD1, PHKG2, SIRT6, SOCS2 , GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; DDR1, FASTKD1, PHKG2, SIRT6, GMIP, IKBKE, P4HB, y EFEMP2; o P4HB, EFEMP2, IKBKE, GMIP, y FASTKD1. 73. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 63,· donde una combinación de marcadores se detecta, y donde la combinación comprende GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2and DDR1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PHKG2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y SIRT6; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y ACAAl GMIP, IKBKE, P4HB, S0CS2 y EFEMP2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y EPS8L2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y P2RX4; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 y PPFIBP2; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2and PPP1R16A; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, ACAAl y FASTKD1; GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2 , PHKG2 y FASTKD1 ; ' o GMIP, IKBKE, P4HB, EFEMP2, SIRT6 y FASTKD1. 74. El método de diagnóstico in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 37, 45 a 53 y 58 a 73, que comprende el suministro de una muestra de fluido uterino obtenida de un · paciente con un dispositivo de cánula de Pipelle o jeringa, donde el paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial; poner en contacto con la muestra con un agente capaz de la conservación, prevención, o disminución de la degradación de ARN en la muestra de fluido uterino; la determinación en la muestra del nivel de expresión de ARNm correspondiente a 1 a 20 marcadores y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativo; la normalización del nivel de expresión de 1 a 20 biomarcadores con uno o más genes endógenos; comparando el nivel normalizado de 1 a 20 biomarcadores con respecto a un valor testigo, y donde la expresión diferencial de 1 a 20 biomarcadores indica cáncer endometrial o una mayor probabilidad de cáncer endometrial. 75. El método según la reivindicación 74, donde uno o más de los genes endógenos se seleccionan a partir de POLR2A, B2M, PFN1, HMBS, G6PD, y PABPN1.
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