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MX2011001741A - Polipeptidos y polinucleotidos aislados utiles para mejorar la eficacia en el uso de nitrogeno tolerancia al estres abiotico, rendimiento y biomasa en plantas. - Google Patents

Polipeptidos y polinucleotidos aislados utiles para mejorar la eficacia en el uso de nitrogeno tolerancia al estres abiotico, rendimiento y biomasa en plantas.

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MX2011001741A
MX2011001741A MX2011001741A MX2011001741A MX2011001741A MX 2011001741 A MX2011001741 A MX 2011001741A MX 2011001741 A MX2011001741 A MX 2011001741A MX 2011001741 A MX2011001741 A MX 2011001741A MX 2011001741 A MX2011001741 A MX 2011001741A
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MX
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plant
blastp
gbl64
acid sequence
rice
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MX2011001741A
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Gil Ronen
Hagai Karchi
Sharon Ayal
Eyal Emmanuel
Alex Diber
Basia Judith Vinocur
Michael Gang
Yoav Herschkovitz
Dotan Dimet
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Evogene Ltd
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Abstract

Se proveen métodos para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abióticio de una planta expresando dentro de la planta, un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que tiene una identidad de, al menos, el 80% con respecto al NR ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2521 o 2522; y para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante y/o contenido de aceite de una planta expresando dentro de la planta un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que tiene una identidad de, al menos, el 80% con respecto al NR ID SEC: 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 288, 294, 2398-2412 o 2413. Además se proveen polinucleótidos y polipéptidos aislados que pueden utilizarse para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de un planta de una planta.

Description

POLIPÉPTIDOS Y POLINUCLEÓTIDOS AISLADOS ÚTILES PARA MEJORAR LA EFICACIA EN EL USO DE NITROGENO, TOLERANCIA AL ESTRES ABIOTICO, RENDIMIENTO Y BIOMASA EN PLANTAS CAMPO Y ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN La presente invención, en algunas de sus realizaciones, se refiere a polipéptidos y polinucleótidos aislados, constructos de ácido nucleico que los comprenden, plantas transgénicas que los expresan y métodos para utilizarlos para mejorar la eficacia en el uso de nitrógeno, rendimiento, biomasa, vigor, tasa de crecimiento, contenido de aceite, eficacia en el uso del fertilizante, eficacia en el uso de agua y tolerancia al estrés abiótico de una planta.
Un enfoque común para promover el desarrollo de una planta ha sido y continua siendo el uso de nutrientes naturales asi como también, sintéticos (fertilizantes). De esta forma, los fertilizantes son el combustible detrás de la "revolución verde", y son directamente responsables del aumento excepcional de los rendimientos de cosechas durante los últimos 40 años, y son considerados como los gastos principales más elevados en agricultura. De los tres macronutrientes provistos como fertilizantes principales [Nitrógeno (N) , Fosfato (P) y Potasio (K) ] , el nitrógeno es el único que usualmente necesita ser repuesto ca-da año, especialmente para cereales, que comprenden más de la mitad de las áreas cultivadas en el mundo entero. Por ejemplo, los fertilizantes nitrogenados como el nitrato de amonio, nitrato de potasio o urea, típicamente suman el 40% de los costos asociados con los cultivos como por ejemplo, de maíz y trigo.
El nitrógeno es un macronutriente esencial para la planta, responsable de la biosíntesis de aminoácidos y ácidos nucleicos, grupos prostéticos, hormonas vegetales y defensas químicas de la planta, entre otros. Además, el nitrógeno a menudo es un elemento limitante de la tasa de crecimiento de una planta y todos los cultivos en campo tienen una dependencia fundamental con el nitrógeno inorgánico. Así, el nitrógeno se transloca a la raíz, donde se almacena en hojas y tallo durante el rápido paso de desarrollo de la planta y hasta la floración. En maíz por ejemplo, las plantas acumulan el volumen de nitrógeno orgánico durante el período de germinación del grano hasta la floración. Una vez ocurrida la fertilización de la planta, los granos comienzan a formarse y se genera el depósito principal de nitrógeno en la planta. El nitrógeno almacenado luego se puede redistribuir desde las hojas y tallo que sirvieron como compartimientos de almacenamiento hasta la formación del grano.
Como el fertilizante se agota rápidamente en la mayoría de tipos de cultivo, se debe proveer a los cultivos en desarrollo, dos o tres veces durante la estación de crecimiento. Además la baja eficacia en el uso de nitrógeno (EUN) en los principales cultivos (por ejemplo, entre un rango de sólo 30-70 %) afecta negativamente los gastos de inicio del agricultor debido al exceso de fertilizante aplicado. Además, el abuso y uso ineficiente de fertilizantes son los factores principales responsables de los problemas ambientales como eutrofización de aguas subterráneas, lagos, ríos y mares, la polución con nitrato del agua potable que puede provocar metahemoglobinemia, contaminación con fosfato, contaminación atmosférica y consecuencias similares. Sin embargo, a pesar del impacto negativo de los fertilizantes en el medio ambiente, y las limitaciones en el uso del fertilizante legisladas en varios países, se espera que el uso de fertilizantes aumente para poder sostener la producción de alimento y fibras para el rápido crecimiento de la población debido a recursos limitados de tierra. Por ejemplo, se ha estimado que para el año 2050, se utilizarán, en el mundo anualmente, más de 150 millones de toneladas de fertilizante nitrogenado.
La eficacia aumentada en el uso de nitrógeno por parte de las plantas, permite que los cultivos se realicen con una cantidad inicial menor de fertilizante o alternativamente, sean cultivados en suelos de menor calidad y podrían, por lo tanto, tener un impacto económico significativo tanto en sistemas agrícolas desarrollados como sistemas en desarrollo.
La mejora genética de la eficacia en el uso del fertilizante (EUF) en plantas puede generarse tanto mediante cultivos tradicionales o mediante ingeniería genética.
Los intentos para generar plantas con EUF aumentado, han sido descriptos en la Solicitud de Patente Estadounidense N° 20020046419 de Choo, y colab. ; Solicitud de Patente Estadounidense N° 2005010879 de Edgerton y colab.; Solicitud de Patente Estadounidense N° 20060179511 de Chomet y colab.; Good, A, y colab. 2007 (Engineering nitrogen use efficiency with alanine aminotransferase . Canadian Journal of Botany 85: 252-262); y Good AG y colab. 2004 (Trends Plant Sci . 9:597-605).
Yanagisawa y colab. (Proc. Nati. Acad. Sci. U.S. A. 2004 101:7833-8) describe las plantas transgénicas Dofl que exhiben un desarrollo mejorado bajo condiciones de baja cantidad de nitrógeno .
La Patente Estadounidense N° 6,084,153 de Good y colab., describe el uso de un promotor responsable del estrés para el control de la expresión de la alanina amina transferasa (AlaAT) y plantas de cañóla transgénicas con una tolerancia mejorada a la sequía y deficiencia de nitrógeno comparadas con las plantas de control .
La escasez global de provisión de agua, la desertificación, las condiciones de estrés abiótico (ABS, por sus siglas en inglés) (por ejemplo, sequía, salinidad, agente osmótico, inundación, temperaturas subóptimas como por ejemplo, frío y calor, contaminación química tóxica, deficiencia de nutrientes y condiciones similares) junto con la presencia limitada de nitrógeno y fuentes de fertilizantes, producen un daño sustancial a las plantas agrícolas como por ejemplo, alteraciones principales en el metabolismo de la planta, muerte celular y disminución en el crecimiento de la planta y productividad de la cosecha.
La sequía es un fenómeno gradual que incluye períodos de clima anormalmente seco que persiste lo suficiente como para producir serios desequilibrios hidrológicos como por ejemplo, daño del cultivo, escasa provisión de agua y susceptibilidad aumentada a diversas enfermedades.
La salinidad afecta una de cada cinco hectáreas de tierra irrigada. Ninguno de los cinco cultivos principales, es decir, trigo, maíz, arroz, papa y soja, puede tolerar excesiva cantidad de sal. Los efectos perniciosos de la sal en las plantas resultan tanto del déficit de agua que produce estrés osmótico (similar al estrés por sequía) como del efecto de iones de sodio en exceso sobre los procesos bioquímicos críticos. Tanto con el congelamiento como la sequía, la elevada cantidad de sal provoca déficit de agua; y la presencia de una cantidad elevada de sal dificulta a las raíces la extracción de agua en su propio medio ambiente. De esta forma, la salinización de suelos utilizados para la producción agrícola es un problema significativo y en aumento en regiones que se basan fuertemente en la agricultura, y empeora con la utilización excesiva, fertilización excesiva y escasez de agua, típicamente provocada por el cambio climático y las demandas de una población en aumento.
Las temperaturas extremas como por ejemplo, temperaturas subóptimas o de elevada temperatura, afectan el crecimiento y desarrollo de la planta durante todo el ciclo de vida vegetal. De esta manera, las bajas temperaturas reducen la tasa de germinación y las elevadas temperaturas resultan en una necrosis de hoja. Además, las plantas maduras expuestas a calor excesivo pueden experimentar un choque térmico por calor que surge en varios órganos como por ejemplo, las hojas y particularmente los frutos, cuando la transpiración es insuficiente para superar el estrés por calor. El calor también daña las estructuras celulares, incluyendo organelos y citoesqueleto e impide la función de la membrana. El choque térmico por calor puede producir una disminución en la síntesis total de la proteína acompañada por la expresión de proteínas de choque térmico, por ejemplo, los chaperones que están involucrados en las renaturalización de proteínas desnaturalizadas por el calor. El daño producido en el polen por la elevada temperatura siempre ocurre junto con el estrés por sequía y, raras veces ocurre bajo buenas condiciones de agua. El estrés combinado puede alterar el metabolismo de la planta de formas nuevas. Las condiciones de enfriamiento excesivo, por ejemplo, temperaturas bajas pero superiores al congelamiento afectan los cultivos de origen tropical, por ejemplo, soja, arroz, maíz y algodón. Los daños típicos por enfriamiento incluyen, marchitamiento, necrosis, clorosis o pérdida de iones de las membranas celulares. Las condiciones de luz excesiva que ocurren bajo condiciones atmosféricas claras subsiguientes a las noches frías del verano/otoño tardíos, pueden producir la fotoinhibición de la fotosíntesis (interrupción de la fotosíntesis). Además, el enfriamiento puede producir pérdidas del producto y una calidad de producto inferior debido a la maduración retardada del maíz.
Las deficiencias de nutrientes provocan adaptaciones de la arquitectura de raíz, especialmente notable es, por ejemplo, la proliferación de raíces dentro de las áreas ricas en nutrientes para aumentar la captación de nutrientes. Las deficiencias de nutrientes producen además la activación de las vías metabólicas de la planta que maximizan los procesos de absorción, asimilación y distribución por ejemplo, mediante la activación de cambios en la arquitectura. La manipulación genética de la expresión de genes disparados, puede hacer gue la planta exhiba cambios en la arquitectura y un metabolismo mejorado también en otras condiciones.
Además, se sabe ampliamente que las plantas usualmente responden a la deficiencia de agua creando un sistema radicular más profundo que permita el acceso a la humedad ubicada en las capas de suelo más profundas. Provocando este efecto se permite a las plantas acceder a nutrientes y agua ubicadas en suelos más profundos, particularmente, aquellos que se disuelven rápidamente en agua como los nitratos.
El rendimiento se ve afectado por varios factores como por ejemplo, la cantidad y el tamaño de los órganos de la planta, la arquitectura de la planta (por ejemplo, la cantidad de ramas) , la longitud determinada de los granos, la cantidad de granos rellenos, el vigor (por ejemplo, de las plántulas) , la tasa de crecimiento, desarrollo de raiz, utilización de agua, nutrientes (por ejemplo, nitrógeno) y fertilizantes, y tolerancia al estrés.
Los cultivos como por ejemplo, maíz, arroz, trigo, cañóla y soja suman más de la mitad de la ingesta calórica humana total, tanto mediante el consumo directo de las semillas mismas como por el consumo de productos comestibles generados con semillas procesadas o forraje. Las semillas también son una fuente de azúcares, proteínas y aceites y metabolitos usados en procesos industriales. La capacidad para aumentar el rendimiento de la planta, tanto mediante el aumento de la tasa de acumulación de materia seca, la modificación de la composición de celulosa o lignina, el aumento de la resistencia del tallo, el agrandamierito del tamaño del meristema, el cambio en el patrón de ramificación de la planta, la capacidad de las hojas de mantenerse erguidas, el aumento en la eficacia de fertilización, la tasa de acumulación de materia seca en semilla aumentada, la modificación del desarrollo de semilla, el aumentado relleno en semilla o mediante el aumento del contenido de aceite, almidón o proteina en las semillas, podrían tener muchas aplicaciones en usos agrícolas y no agrícolas como por ejemplo, en la producción biotecnológica de productos farmacéuticos, anticuerpos o vacunas.
La publicación de Patente WO N° 2009/013750 describe genes, constructos y métodos para aumentar la tolerancia al estrés abiótico, biomasa y/o rendimiento en plantas generadas para dicho fin.
La publicación de Patente WO N° 2008/122980 describe genes, constructos y métodos para aumentar el contenido de aceite, tasa de crecimiento y biomasa de las plantas.
La publicación de Patente WO N° 2008/075364 describe polinucleótidos involucrados en el desarrollo de la fibra de la planta y métodos para utilizarlos.
La publicación de Patente WO N° 2007/049275 describe polipéptidos , polinucleótidos aislados, polinucleótidos que los codifican, plantas transgénicas que ios expresan y métodos para utilizarlos para aumentar la eficacia en el uso del fertilizante, la tolerancia de la planta al estrés abiótico y su biomasa.
La publicación de Patente WO N° 2004/104162 describe métodos para aumentar la tolerancia al estrés abiótico y/o biomasa en plantas y plantas generadas para tal fin.
La publicación de Patente WO N° 2005/121364 describe polinucleótidos y polipéptidos involucrados en el desarrollo de la fibra vegetal y métodos para utilizarlos para mejorar la calidad de la fibra, rendimiento y/o biomasa de una planta que produce fibra.
La publicación de Patente O N° 2007/020638 describe métodos para aumentar la tolerancia al estrés abiótico y/o biomasa y plantas y plantas generadas para tal fin.
COMPENDIO DE LA INVENCIÓN De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un método para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta, que comprende expresar dentro de la planta, un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que tiene una identidad de, al menos, el 80% con respecto al NR ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2521 o 2522, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de la planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un método para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta, que comprende expresar dentro de la planta, un polinucleótido exógeno que comprende la secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo formado por los NRs ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522, 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 20, 61, 62, 129, 288, 294, 307, 363, 667, 668, 669, 670, 672, 2398-2413, 2456 y 2457, aumentando asi. la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de la planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un método para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta, que comprende expresar dentro de ella, un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que tiene una identidad de, al menos, el 80%· con respecto al NR ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2562 o 2563, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de la planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un método para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta, que comprende expresar dentro de ella, un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC : 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563, 138-143, 146, 148, 150-152, 157, 162, 198, 265, 1334-1350, 1352-1364, 1426-1428, 1458, 1460, 1732-1734, 1737-1738, 2523-2532, 2542 y 2543, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de la planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un método para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante y/o contenido de aceite de una planta, que comprende expresar dentro de ella, un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que tiene una identidad de, al menos, el 80% con respecto al NR ID DE SEC: 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 288, 294, 2398-2412 o 2413, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, y/o contenido de aceite de la planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un método para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante y/o contenido de aceite de una planta, que comprende expresar dentro de ella, un polinucleótido exógeno que comprende la secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo formado por el NRs ID DE SEC: 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 288, 294, 2398-2413, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante y/o contenido de aceite de la planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un método para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante y/o contenido de aceite de una planta, que comprende expresar dentro de ella, un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que tiene una identidad de, al menos, el 80% con respecto al NR ID DE SEC: 138-153, 1334-1350, 1352-1364, 1458, 1460, 2523-2531 o 2532, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante y/o contenido de aceite de la planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un método para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante y/o contenido de aceite de una planta, que comprende expresar dentro de ella, un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 138-153, 1334-1350, 1352-1364, 1458, 1460, 2523-2532, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante y/o contenido de aceite de la planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención se provee un polinucleótido aislado que comprende una secuencia de ácido nucleico que tiene una identidad de, al menos, el 80% con respecto al NR ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2521 o 2522, donde la secuencia de ácido nucleico es capaz de aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o estrés abiótico de una planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un polinucleótido aislado que comprende la secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522, 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 20, 61, 62, 129, 288, 294, 307, 363, 667, 668, 669, 670, 672, 2398-2413, 2456 y 2457.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un polinucleótido aislado que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que comprende una secuencia aminoácida que tiene una homología de, al menos, el 80 % con respecto a la secuencia de aminoácido determinada por el NR ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2562 o 2563, donde la secuencia de aminoácido es capaz de aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un polinucleótido aislado que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácido seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563, 138-143, 146, 148, 150-152, 157, 162, 198, 265, 1334-1350, 1352-1364, 1426-1428, 1458, 1460, 1732-1734, 1737-1738, 2523-2532, 2542 y 2543.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un constructo de ácido nucleico que comprende al polinucleótido aislado de la invención, y un promotor para dirigir la transcripción de la secuencia de ácido nucleico en una célula hospedante.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un polipéptido aislado que comprende una secuencia de aminoácido que tiene una homología de, al menos, el 80 % con respecto al NR ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2562 o 2563, donde la secuencia de aminoácido es capaz de aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee un polipéptido aislado que comprende la secuencia de aminoácido seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563, 138-143, 146, 148, 150-152, 157, 162, 198, 265, 1334-1350, 1352-1364, 1426-1428, 1458, 1460, 1732-1734, 1737-1738, 2523-2532, 2542 y 2543.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee una célula vegetal que expresa de manera exógena al polinucleótido de la invención, o el constructo de ácido nucleico de la invención.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la presente invención, se provee una célula de una planta que expresa de manera exógena al polipéptido de la invención.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, la secuencias de ácido nucleico es como se determina en el NR ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447- 2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2521 o 2522.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polinucleótido consiste en la secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo formado por los NRs ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, la secuencia de ácido nucleico codifica una secuencia de aminoácido que tiene una homología de, al menos, el 80 % con respecto al NR ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2562 o 2563.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, la secuencia de ácido nucleico codifica la secuencia de aminoácido seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, la secuencia de ácido nucleico es como se determina en el NR ID DE SEC: 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 288, 294, 2398-2412 o 2413.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polinucleótido consiste en la secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 288, 294, 2398-2413.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, la secuencia de ácido nucleico codifica una secuencia de aminoácido que tiene una homología de, al menos, el 80 % con respecto al NR ID DE SEC: 138-153, 1334-1350, 1352-1364, 1458, 1460, 2523-2531 o 2532.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, la secuencia de ácido nucleico codifica la secuencia de aminoácido seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 138-153, 1334-1350, 1352-1364, 1458, 1460, 2523-2532.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, la célula vegetal forma parte de una planta.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el método además comprende desarrollar la planta que expresa al polinucleótido exógeno bajo estrés abiótico.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el estrés abiótico se selecciona del grupo formado por salinidad, sequía, privación de agua, inundación, etiolización, baja temperatura, alta temperatura, toxicidad por metales pesados, anaerobiosis , deficiencia de nutrientes, exceso de nutrientes, contaminación atmosférica y Radiación UV.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el rendimiento comprende: rendimiento de semilla o rendimiento de aceite .
A menos que se defina de otro modo, todos los términos técnicos y/o científicos usados aquí, tienen el mismo significado comúnmente comprendido por el experto en el arte al que pertenece la invención. Sin embargo, pueden utilizarse métodos y materiales similares o equivalentes a los descriptos aquí en la práctica o ensayo de las realizaciones de la invención, métodos ejemplares y/o materiales descriptos más abajo. En caso de conflicto, primará la especificación de la patente, incluyendo las definiciones. Además, los materiales, métodos y ejemplos son sólo ilustrativos y no son necesariamente limitantes.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS Aquí se describen algunas realizaciones de la invención, a manera de ejemplo solamente, haciendo referencia a los dibujos que la acompañan. Con respecto ahora a los dibujos en detalle, se destaca que los dibujos particulares se muestran a manera de ejemplo y con la finalidad de ilustrar la descripción de las realizaciones de la invención. A este respecto, la descripción considerada junto con los dibujos, muestra claramente ál experto en el arte cómo pueden llevarse a la práctica las realizaciones de la invención.
En los dibujos: La FIG. 1 es una ilustración esquemática del plásmido binario pGI usado para expresar las secuencias de polinucleótido aislado de algunas realizaciones de la invención. RB - T-DNA borde derecho; LB - T-DNA borde izquierdo; . enzima de restricción H- HindIII; enzima de restricción X - Xbal; enzima de restricción B - BamHI; enzima de restricción S - Salí; enzima de restricción Sm - Smal; enzima de restricción R-I - EcoRI; Se - SacI/SstI/Ecll36II ; (números) - Longitud en pares base; NOS pro = promotor de nopalina sintasa; NPT-II = gen de neomicina fosfotransferasa; NOS ter = terminador de nopalina sintasa; señal Poli-A (señal de poliadenilación) ; GUSintrón - el gen reportero GUS (secuencia de codificación e intrón) . Las secuencias de polinucleótido de la invención fueron clonadas dentro del vector reemplazando el gen reportero GUSintrón.
LA FIG. 2 es una ilustración esquemática del plásmido pGI modificado usado para expresar las secuencias de polinucleótido aislado de la invención. RB - T-DNA borde derecho; LB - T-DNA borde izquierdo; Sitio de clonación múltiple MCS -; RE -cualquier enzima de restricción; (números) - Longitud en pares base; NOS pro = promotor de nopalina sintasa; NPT-II = gen de neomicina fosfotransferasa; NOS ter = terminador de nopalina sintasa; señal Poli-A (señal de poliadenilación) ; GUSintrón -el gen reportero GUS (secuencia de codificación e intrón) . Las secuencias de polinucleótido de la invención fueron clonadas dentro del vector reemplazando el gen reportero GUSintrón.
Las FIGs. 3A-B son imágenes que ilustran la visualización del desarrollo de raíz de plantas desarrolladas en placas de agar transparentes. Los diferentes transgenes fueron desarrollados en placas de agar durante 10 días y las placas fueron fotografiadas cada 3-4 días partiendo del día 1. Figura 3A - Una imagen de una fotografía de plantas tomada luego de 10 días en placas de agar. Figura 3B - Una imagen de análisis de raíz donde la longitud de la raíz medida está representada por una flecha.
DESCRIPCIÓN DE LAS REALIZACIONES ESPECÍFICAS DE LA INVENCIÓN La presente invención, en algunas de sus realizaciones, se refiere a polinucleótidos y polipéptidos aislados, vectores de expresión que los comprenden y plantas transgénicas que los expresan y, más particularmente, pero no exclusivamente, a métodos para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, rendimiento, biomasa, vigor, tasa de crecimiento, contenido de aceite y tolerancia al estrés abiótico de una planta utilizando los mismos.
Antes de explicar al menos una realización de la invención en detalle, debe comprenderse que la invención no está necesariamente limitada a su explicación de los detalles incluidos en la siguiente descripción o ejemplificados por los Ejemplos. La invención es capaz de tener otras realizaciones o de ser practicada o llevada a cabo de diversas formas.
Aunque se reduce la presente invención a la práctica, los inventores presentes han identificado polipéptidos y polinucleótidos nuevos que pueden usarse para aumentar la eficacia en el uso de nitróqeno, eficacia en el uso del fertilizante, eficacia en el uso de agua, rendimiento, tasa de crecimiento, biomasa, contenido de aceite, vigor y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta.
De esta manera, como se muestra en la sección Ejemplos que sigue, los inventores presentes han utilizado las herramientas bioinformáticas para generar los perfiles de expresión digitales de agrupamientos génicos cuyo nivel de expresión está asociado con varias condiciones y estrés como por ejemplo, deficiencia de nutrientes, frío, salinidad, sequía, estrés por calor, etiolización, anegamiento y estrés oxidativo (Tablas 1-19; Ejemplo 1 de la sección Ejemplos que sigue), y en base a los perfiles de expresión, han identificado genes que se espera mejoren la eficacia en el uso de nitrógeno, biomasa, tasa de crecimiento, rendimiento, vigor, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta (Tabla 20; polinucleótidos NRs ID DE SEC: 1-137; polipéptidos NRs ID DE SEC: 138-269; Ejemplo 1 .de la Sección Ejemplos que sigue) . También se identificaron polipéptidos y polinucleótidos homólogos que tienen la misma función (Tabla 21, polinucleótido NRs ID DE SEC: 270-1333; polipéptido NRs ID DE SEC: 1334-2397; Ejemplo 2 de la Sección Ejemplos que sigue) . Para ensayar el efecto que tienen los genes aislados sobre la característica de interés, se clonaron los polinucleótidos en vectores binarios (Tabla 23, polinucleótido NRs ID DE SEC: 2398-2522; Ejemplo 3 de la Sección Ejemplos que sigue) y se identificaron las proteínas predichas (Tabla 23, Ejemplo 3) . Se descubrió que las plantas transgénicas que sobreexpresan a los polinucleótidos identificados exhiben una eficacia en el uso de nitrógeno, rendimiento, biomasa, áreas fotosintéticas y tasa de crecimiento mejoradas (Tablas 24-52, Ejemplos 5, 6 y 7 de la Sección Ejemplos que sigue) , así como también, una mejorada tolerancia al estrés abiótico (por ejemplo, bajo estrés salino; Tablas 53-55, Ejemplo 8 de la Sección Ejemplos que sigue) . En general, estos resultados sugieren el uso de los polinucleótidos y polipéptidos nuevos de la invención y sus secuencias homologas para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento (incluyendo el rendimiento de aceite, rendimiento de semilla y contenido de aceite) , tasa de crecimiento, biomasa, vigor y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta.
De esta manera, de acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la invención, se provee un método para aumentar la eficacia en el uso del fertilizante, eficacia en el uso de nitrógeno, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al . estrés abiótico de una planta, que comprende expresar dentro de la planta un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que tiene una identidad de, al menos, el 80% con respecto al NR ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2521 o 2522, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite, eficacia en el uso de agua y/o tolerancia al estrés abiótico de la planta.
Como se utiliza aquí, la frase "eficacia en el uso del fertilizante" se refiere a el (los) proceso (s) metabólico ( s ) que producen una mejora en el rendimiento, biomasa, vigor, y tasa de crecimiento de una planta por unidad de fertilizante aplicado. El proceso metabólico puede ser captación, diseminación, absorción, acumulación, reubicación (dentro de la planta) y utilización de uno o más de los minerales y porciones orgánicas absorbidas por la planta, como por ejemplo, nitrógeno, fosfatos y/o potasio.
Como se utiliza aqui, la frase "condiciones limitadas de fertilizante" se refiere a condiciones de crecimiento que incluyen un nivel (por ejemplo, concentración) de un fertilizante aplicado que esté por debajo del nivel necesario para el metabolismo, crecimiento, reproducción y/o viabilidad normal de la planta.
Como se utiliza aqui, la frase "eficacia en el uso de nitrógeno (EUN)" se refiere a el (los) proceso (s) metabólico ( s ) que producen una mejora en el rendimiento, biomasa, vigor, y tasa de crecimiento de la planta por unidad de nitrógeno aplicada. El (los) proceso (s) metabólico ( s ) pueden ser la captación, diseminación, absorción, acumulación, reubicación (dentro de la planta) y utilización del nitrógeno absorbido por la planta.
Como se utiliza aquí, la frase "condiciones limitadas de nitrógeno" se refiere a condiciones de crecimiento que incluyen un nivel (por ejemplo, concentración) de nitrógeno (por ejemplo, amonio o nitrato) aplicado que es inferior al nivel necesario para el metabolismo, crecimiento, reproducción y/o viabilidad normal de una planta.
EUN y EUF mejorados de la planta se traduce en campo, tanto en la cosecha de cantidades similares de producto utilizando menos fertilizantes como en la obtención de rendimientos aumentados ganados por la utilización de los mismos niveles de fertilizantes. Asi, la EUN o EUF mejoradas tienen un efecto directo sobre el rendimiento de la planta en campo. De esta manera, los polinucleótidos y polipéptidos de algunas realizaciones de la invención afectan positivamente el rendimiento de la planta, rendimiento de semilla, y biomasa de la planta. Además, el beneficio de la EUN mejorada de la planta ciertamente mejorará la calidad de la cosecha y los constituyentes bioquímicos de la semilla como por ejemplo, el rendimiento de la proteina y rendimiento de aceite.
Como se utiliza aquí, la frase "rendimiento de la planta" se refiere a la cantidad (determinada mediante peso y tamaño) o cantidad (número) de tejidos producidos por planta o por estación de crecimiento. Por lo tanto, el rendimiento podría afectar el beneficio económico que se puede obtener de la planta en cierta área de crecimiento y/o tiempo de crecimiento.
Cabe notarse que el rendimiento de una planta puede ser afectado por varios parámetros que incluyen, pero no se limitan a, biomasa de la planta, vigor de la planta; tasa de crecimiento; rendimiento de semilla; cantidad de semilla o grano; calidad de semilla o grano; rendimiento de aceite; contenido de aceite, almidón y/o proteína en órganos cosechados (por ejemplo, semillas o partes vegetativas de la planta) ; cantidad de flores (floretes) por panoja (expresadas como una relación de cantidad de semillas rellenas con respecto a la cantidad de panojas primarias); índice de cosecha; cantidad de plantas desarrolladas por área; cantidad y tamaño de órganos cosechados por planta y por área; cantidad de plantas por área de crecimiento (densidad) ; cantidad de órganos cosechados en campo; área total de hoja; asimilación de carbono y partición de carbono (la distribución/ubicación de carbono dentro de la planta) ; resistencia a la sombra; cantidad de órganos cosechables (por ejemplo, semillas) , semillas por vaina, peso por semilla y arquitectura modificada [por ejemplo, aumento en el diámetro del tallo, espesor o mejora de propiedades físicas (por ejemplo, elasticidad)].
Como se utiliza aquí, la frase "biomasa de la planta" se refiere a la cantidad (medida en gramos de tejido secado al aire) de un tejido producido por la planta en una estación de crecimiento, que podría también determinar o afectar el rendimiento de la planta o rendimiento por área de crecimiento. Un aumento en la biomasa de la planta puede ser en la planta entera o en partes de la misma, por ejemplo, partes debajo del suelo ( cosechables ) , biomasa vegetativa, raíces y semillas.
Como se utiliza aquí, la frase "tasa de crecimiento" se refiere al aumento en el tamaño de un órgano o masa de la planta por tiempo (puede medirse en cm2 por día, día o como coeficiente de regresión en el trascurso del tiempo) .
Como se utiliza aquí, la frase "vigor de la planta" se refiere a la cantidad (medida en peso) de tejido producido por la planta en un tiempo dado. Por lo tanto, el aumento en el vigor podría determinar o afectar el rendimiento de la planta o rendimiento por tiempo de crecimiento o área de crecimiento. Además, se logra un vigor temprano (semilla y/o plántula) con un soporte mejorado en campo.
Como se utiliza aquí, la frase "rendimiento de semilla" se refiere a la cantidad o peso de las semillas por planta, semillas por vaina o área de crecimiento o a la altura de una sola semilla o al aceite extraído por semilla. Por lo tanto, el rendimiento de semilla puede ser afectado por las dimensiones de la semilla (por ejemplo, longitud, ancho, perímetro, área y/o volumen), cantidad de semillas (presentes) y tasa de relleno de semillas y contenido de aceite en semilla. Por lo tanto, el aumento del rendimiento de semilla por planta podría afectar el beneficio económico que se puede obtener de la planta en una cierta área de crecimiento y/o tiempo de crecimiento; y el aumento del rendimiento de semilla por área de crecimiento podría lograrse aumentando el rendimiento de semilla por planta y/o aumentando la cantidad de plantas desarrolladas en la misma área dada.
El término "semilla" (también referido como "grano" o "germen") como se usa aquí, se refiere a una planta embriónica pequeña envuelta en una cubierta llamada recubrimiento de semilla (usualmente con parte de alimento almacenado) , el producto del óvulo maduro de plantas gimnosperma y angiosperma que ocurre después de la fertilización y cierto crecimiento dentro de la planta madre.
La frase "contenido de aceite" como se usa aquí, se refiere a la cantidad de lípidos en un órgano vegetal dado, ya sea de las semillas (contenido de aceite en semilla) o la porción vegetativa de la planta (contenido de aceite vegetativo) y típicamente expresado como porcentaje de peso seco (10% de humedad de las semillas) o peso en húmedo (para la porción vegetativa) .
Cabe destacar que el contenido de aceite está afectado por la producción intrínseca de aceite de un tejido (por ejemplo, semilla, porción vegetativa) , así como también, la masa o tamaño de tejido producido por el aceite por planta o por período de crecimiento.
En una realización, se puede lograr el aumento del contenido de aceite de la planta mediante un aumento del tamaño/masa de el/los tejido/s de una planta que comprende aceite por período de crecimiento. De esta forma, el contenido de aceite aumentado de una planta puede lograrse aumentando el rendimiento, tasa de crecimiento, biomasa y vigor de la planta.
Cabe destacarse que el rendimiento de la planta puede determinarse bajo estrés (por ejemplo, estrés abiótico, condiciones limitadas de nitrógeno) o en condiciones sin estrés (normal) .
Como se usa aquí, la frase "condiciones sin estrés" se refiere a las condiciones de crecimiento (por ejemplo, agua, temperatura, ciclos luz-oscuridad, humedad, concentración de sal, concentración de fertilizante en, suelo, provisión de nutrientes como por ejemplo, nitrógeno, fósforo y/o potasio), que permiten el metabolismo, crecimiento, reproducción y/o viabilidad normal de una planta en cualquier etapa de su ciclo de vida (desde la semilla hasta la planta madura y de vuelta hasta la semilla) . Cabe destacar que, mientras las condiciones sin estrés pueden incluir algunas variaciones leves de las condiciones óptimas (que pueden variar de un tipo/especie de planta a otra) , dichas variaciones no provocan que la planta deje de desarrollarse sin la capacidad de reanudar el crecimiento .
La frase "estrés abiótico" como se usa aquí se refiere a cualquier efecto adverso sobre el metabolismo, crecimiento, reproducción y/o viabilidad de una planta. De esta forma, se puede inducir estrés abiótico mediante condiciones de crecimiento ambiental s bóptimas como por ejemplo, salinidad, privación de agua, inundación, congelamiento, baja y alta temperatura, toxicidad por metales pesados, anaerobiosis , deficiencia de nutrientes, contaminación atmosférica y radiación UV. Las implicancias del estrés abiótico se describen en la sección ANTECEDENTES. , La frase "tolerancia al estrés abiótico" como se usa aquí se refiere a la capacidad que tiene una planta para soportar el estrés abiótico sin sufrir alteración sustancial en el metabolismo, crecimiento, productividad y/o viabilidad.
Como se utiliza aquí, la frase "eficacia en el uso de agua (EUA)" se refiere al nivel de material orgánica producida por unidad de agua consumida por la planta, es decir, el peso seco de una planta en relación al uso de agua por parte de dicha planta, por ejemplo, la biomasa producida por la transpiración por unidad.
Como se utiliza aquí el término "aumentar" se refiere a un aumento de, al menos, alrededor del 2 %, al menos, alrededor del 3 %, al menos, alrededor del 4 %, al menos, alrededor del 5. %, al menos, alrededor del 10 %, al menos, alrededor del 15 %, al menos, alrededor del 20 %, al menos, alrededor del 30 %, al menos, alrededor del 40 %, al menos, alrededor del 50 %, al menos, alrededor del 60 %, al menos, alrededor del 70 %, al menos, alrededor del 80 , en la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite, eficacia en el uso de agua y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta comparado con la planta nativa [es decir, una planta no modificada con las biomoléculas (polinucleótido o polipéptidos ) de la invención, por ejemplo, una planta no transformada de la misma especie que es desarrollada en las mismas condiciones de crecimiento) .
Como se utiliza aquí, la frase "polinucleótido exógeno" se refiere a una secuencia de ácido nucleico heterólogo que puede no expresarse naturalmente dentro de la planta o cuya sobreexpresion se desea en la planta. El polinucleótido exógeno puede introducirse dentro de la planta de manera estable o transitoria, de manera de producir una molécula de ácido ribonucleico (ARN) y/o una molécula de polipéptido. Debe notarse que el polinucleótido exógeno puede comprender una secuencia de ácido nucleico que es idéntica o parcialmente homologa a la secuencia de ácido nucleico endógena de la planta .
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención el polinucleótido exógeno comprende una secuencia de ácido nucleico que es al menos, alrededor del 80 al menos , alrededor del 81 "3 , al menos , alrededor del 82 ¾ , al menos, alrededor del 83 al menos , alrededor del 84 al menos , alrededor del 85 al menos , alrededor del 86 al menos , alrededor del 87 al menos, alrededor del 88 al menos , alrededor del 89 "6 , al menos , alrededor del 90 al menos, alrededor del 91 al menos, alrededor del 92 al menos, alrededor del 93 ¾ , al menos, alrededor del 93 al menos , alrededor del 94 al menos, alrededor del 95 al menos, alrededor del 96 al menos, alrededor del 97 al menos, alrededor del 98 al menos, alrededor del 99 , por ejemplo, 100 % idéntica a la secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo formado por los NR ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, ll, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522.
La identidad (por ejemplo, homología porcentual) puede determinarse usando cualquier software para comparación de homología, incluyendo por ejemplo, el software BlastN del National Center of Biotechnology Information (NCBI) por ejemplo, utilizando los parámetros por defecto. acuerdo con algunas realizaciones de la invención el polinucleótido exógeno es al menos, alrededor del 80 al menos, alrededor del 81 ¾ , al menos , alrededor del 82 al menos, alrededor del 83 al menos , alrededor del 84 al menos , alrededor del 85 al menos , alrededor del 86 al menos, alrededor del 87 al menos , alrededor del 88 %, al menos , alrededor del 89 o , al menos , alrededor del 90 "6 , al menos, alrededor del 91 ¾ , al menos, alrededor del 92 al menos, alrededor del 93 al menos , alrededor del 93 al menos, alrededor del 94 al menos , alrededor del 95 al menos, alrededor del 96 al menos , alrededor del 97 al menos, alrededor del 98 al menos, alrededor del 99 por ejemplo, 100 % idéntico al polinucleótido seleccionado del grupo formado por los NRs ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención el polinucleótido exógeno es como se determina en NR ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2521 o 2522.
Como se utiliza aquí, el término "polinucleótido" se refiere a una secuencia de ácido nucleico de hebra simple o doble que está aislada y provista en la forma de una secuencia de ARN, una secuencia de polinucleótido complementaria (cADN) , una secuencia de polinucleótido genómica y/o secuencias de polinucleótido compuestas (por ejemplo, una combinación de las anteriores) .
El término "aislado" se refiere a estar, al menos parcialmente, separado del entorno natural por ejemplo, de una célula vegetal.
Como se utiliza aquí la frase la frase "secuencia complementaria de polinucleótido" se refiere a una secuencia que resulta de la transcripción inversa del ARN mensajero usando una transcriptasa inversa o cualquier otra ADN polimerasa dependiente de ARN. Dicha secuencia puede subsiguientemente amplificarse in vivo o in vitro usando una ADN polimerasa dependiente de ADN.
Como se utiliza aquí, la frase "secuencia genómica de polinucleótido" se refiere a una secuencia derivada (aislada) de un cromosoma y, por lo tanto, representa una porción contigua de un cromosoma.
Como se utiliza aquí, la frase "secuencia compuesta de polinucleótido " se refiere a una secuencia que es al menos parcialmente complementaria y, al menos, parcialmente genómica. Una secuencia compuesta puede incluir algunas secuencias exónicas requeridas para codificar al polipéptido de la invención, asi como también a algunas secuencias intrónicas que se interponen entre ellas. Las secuencias intrónicas pueden ser de cualquier fuente, incluyendo de otros genes y, típicamente, incluirán secuencias de señal de empalme conservadas. Dichas secuencias intrónicas pueden, además, incluir elementos regulatorios de la expresión cis-actuante.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polinucleótido exógeno de la invención codifica un polipéptidó que tiene una secuencia aminoácida al menos, alrededor del 80 %, al menos, alrededor del 81 %, al menos, alrededor del 82 %, al menos, alrededor del 83 %, al menos, alrededor del 84 %, al menos, alrededor del 85 O O al menos, alrededor del 86 O.
O al menos , alrededor del 87 0, O al menos , alrededor del 88 0.
O / al menos, alrededor del 89 *o t al menos , alrededor del 90 g. ? r al menos, alrededor del 91 0, ? al menos , alrededor del 92 o. ? al menos , alrededor del 93 > al menos, alrededor del 94 o, O al menos, alrededor del 95 o, al menos , alrededor del 96 o, al menos , alrededor del 97 %, al menos , alrededor del 98 o.
O / al menos, alrededor del 99 % , o más , es decir, 100 % homóloga a la secuencia aminoácida seleccionada del grupo formado por los NRs ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563.
La homología (por ejemplo, homología porcentual) puede determinarse usando cualquier software para comparación de homología incluyendo por ejemplo, los softwares BlastP o TBLASTN de National Center of Biotechnology Information (NCBI, por sus siglas en inglés) por ejemplo, usando los parámetros por defecto cuando se comienza con una secuencia de polipéptido; o el algoritmo tBLASTX (disponible por el NCBI) por ejemplo, usando los parámetros por defecto; dicho algoritmo compara los productos de traducción conceptual de seis marcos de una secuencia pregunta (query) de nucleótido (ambas hebras) contra una bases de datos de secuencia de proteína.
Las secuencias homologas incluyen tanto a las secuencias ortólogas como parólogas. El término "parálogo" se refiere a duplicaciones génicas dentro del genoma de una especie que conduce a genes parálogos. El término "ortólogo" se refiere a genes homólogos en diferentes organismos debido a una relación ancestral .
Una opción para identificar ortólogos en una especie de planta monocotiledónea es realizar una búsqueda blast recíproca. Esto puede realizarse mediante una primer búsqueda blast (búsqueda de parecidos en una base de datos) que incluye comparar la secuencia de interés con cualquier base de datos de secuencia, como por ejemplo, la base de datos pública disponible por NCBI que puede encontrarse en: Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) nebí (punto) nlm (punto) nih (punto) gov. Si se buscaran ortólogos en arroz, la secuencia de interés seria sometida a una búsqueda blast contra por ejemplo, los 28.469 clones cADN de longitud completa de Oryza sativa Nipponbare disponible en NCBI. Los resultados de la búsqueda blast pueden filtrarse. Las secuencias de longitud completa tanto de los resultados filtrados como no filtrados, se vuelven a someter a otra búsqueda blast (segundo blast) contra las secuencias del organismo del que deriva la secuencia de interés. Luego se comparan los resultados de la primera y segunda búsqueda blast. Se identifica un ortólogo cuando la secuencia resultante con puntaje más alto (mejor acierto (hit) ) en la primera búsqueda blast, identifica en el segundo blast a la secuencia pregunta (query) (secuencia de interés original) como el mejor acierto (hit). Usando la misma lógica, se encuentra un parálogo (homólogo de un gen en el mismo organismo). En el caso de grandes familias de secuencias, se puede utilizar el programa ClustalW [Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) ebi (punto) ac (punto) uk/Tools/clustalw2/index (punto) html] , seguido por un árbol vecino que se ensambla (Hypertext Transfer Protocol : //en (punto) wikipedia (punto) org/wiki/Neighbor-joining) que ayuda a visualizar el agrupamiento .
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polinucleótido exógeno codifica un polipéptido que consiste en la secuencia aminoácida determinada por el NR ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189- 197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2562 o 2563.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la invención se provee un método para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta. El método se realiza expresando dentro de la planta un polinucleótido exógeno que comprende la secuencia de ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522, 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 20, 61, 62, 129, 288, 294, 307, 363, 667, 668, 669, 670, 672, 2398-2413, 2456 y 2457, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de la planta.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención el polinucleótido exógeno está determinado por el NR ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458- 2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522, 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 20, 61, 62, 129, 288, 294, 307, 363, 667, 668, 669, 670, 672, 2398-2413, 2456 o 2457.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polinucleótido exógeno de la invención codifica un polipéptido que tiene una secuencia de aminoácido seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, . 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563, 138-143, 146, 148, 150-152, 157, 162, 198, 265, 1334-1350, 1352-1364, 1426-1428, 1458, 1460, 1732-1734, 1737-1738, 2523-2532, 2542 y 2543, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de la planta.
De acuerdo con un aspecto de algunas realizaciones de la invención se provee un método para aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante y/o contenido de aceite de una planta. El método se realiza expresando dentro de la planta un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que tiene una identidad de, al menos, el 80% con respecto al NR ID DE SEC: 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 288, 294, 2398-2412 o 2413, aumentando asi la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, y/o contenido de aceite de la planta.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención el polinucleótido exógeno comprende una secuencia de ácido nucleico que tiene una identidad de, al menos, alrededor del 80 %, al menos, alrededor del 81 %, al menos, alrededor del 82 %, al menos, alrededor del 83 %, al menos, alrededor del 84 %, al menos, alrededor del 85 %, al menos, alrededor del 86 %, al menos, alrededor del 87 %, al menos, alrededor del 88 %, al menos, alrededor del 89 %, al menos, alrededor del 90 %, al menos, alrededor del 91 %, al menos, alrededor del 92 %, al menos, alrededor del 93 %, al menos, alrededor del 94 %, al menos, alrededor del 95 %, al menos, alrededor del 96 %, al menos, alrededor del 97 %, al menos, alrededor del 98 %, al menos, alrededor del 99 %, por ejemplo, 100 % de identidad con respecto a la secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 288, 294, 2398-2413.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención el polinucleótido exógeno tiene una identidad de, al menos, alrededor del 80 %, al menos, alrededor del 81 %, al menos, alrededor del 82 % al menos, alrededor del 83 % al menos, alrededor del 84 % al menos, alrededor del 85 % al menos, alrededor del 86 % al menos, alrededor del 87 % al menos, alrededor del 88 % al menos, alrededor del 89 % al menos, alrededor del 90 % al menos, alrededor del 91 % al menos, alrededor del 92 %, al menos, alrededor del 93 %, al menos, alrededor del 94 %, al menos, alrededor del 95 %, al menos, alrededor del 96 %, al menos, alrededor del 97 %, al menos, alrededor del 98 %, al menos, alrededor del 99 %, por ejemplo, 100 % con respecto al polinucleótido seleccionado del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 288, 294, 2398-2413.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención el polinucleótido exógeno está determinado por el NR ID DE SEC: 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 288, 294, 2398-2412 o 2413.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polinucleótido exógeno de la invención codifica un polipéptido que tiene una secuencia de aminoácido con una homología de, al menos, alrededor del 80 al menos , alrededor del 81 al menos, alrededor del 82 al menos , alrededor del 83 al menos, alrededor del 84 al menos , alrededor del 85 al menos, alrededor del 86 al menos, alrededor del 87 al menos, alrededor del 88 al menos , alrededor del 89 al menos, alrededor del 90 al menos, alrededor del 91 al menos, alrededor del 92 al menos , alrededor del 93 al menos, alrededor del 94 al menos , alrededor del 95 al menos, alrededor del 96 al menos , alrededor del 97 "5 , al menos, alrededor del 98 al menos , alrededor del 99 por ej emplo , 100 % con respecto a la secuencia de aminoácido seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 138- 153, 1334-1350, 1352-1364, 1458, 1460, 2523-2532.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polinucleótido exógeno codifica un polipéptido que consiste en la secuencia aminoácida determinada por el NR ID DE SEC: 138-153, 1334-1350, 1352-1364, 1458, 1460, 2523-2531 o 2532.
Las secuencias de ácido nucleico que codifican a los polipéptidos de la presente invención, pueden optimizarse mediante la expresión. Los ejemplos no limitantes de secuencias de aminoácido optimizadas se proveen en los NRs ID DE SEC: 2415, 2420, 2428, 2430, 2431, 2436, 2437, 2441, 2444, 2445, 2446, 2451, 2456, 2468, 2471, 2478, 2481, 2484, 2520 y 2522 (Tabla 23) . Los ejemplos de dichas modificaciones de secuencia incluyen, pero no están limitadas a, un contenido G/C alterado para acercarse más al típicamente hallado en las especies vegetales de interés, y la remoción de codones atípicamente hallada en las especies vegetales, referida aquí, como optimización de codones.
La frase "optimización de codón" se refiere a la selección de nucleótidos de ADN adecuados para usar dentro de un gen o fragmento estructural que incluye la utilización del codón dentro de la planta de interés. Por lo tanto, un gen optimizado o secuencia de ácido nucleico se refiere a un gen en el que la secuencia de nucleótido del gen nativo o natural ha sido modificada para utilizar codones estadísticamente preferidos o favorables dentro de la planta. Típicamente, la secuencia de nucleótido se examina a nivel ADN y se optimiza la región codificante para la expresión en la especie vegetal determinada usando cualquier procedimiento adecuado, por ejemplo, el descripto en Sardana y colab. (1996, Plant Cell Reports 15:677-681) . En este método, la desviación estándar de la utilización del codón, una medida del sesgo de uso del codón, puede calcularse hallando primero la desviación proporcional al cuadrado de la utilización de cada codón del gen natural con respecto a la de los genes altamente expresados en la planta, seguido por el cálculo de la desviación al cuadrado promedio. La fórmula utilizada es: 1 SDCU = n = 1 N [ ( Xn - Yn ) / Yn ] 2 / N, donde Xn se refiere a la frecuencia de utilización del codón n en genes altamente expresados en la planta, Yn a la frecuencia de utilización del codón n en el gen de interés y N se refiere a la cantidad total de codones en el gen de interés. Se compiló una tabla de utilización de codones de genes altamente expresados de plantas dicotiledóneas usando los datos de Murray y colab. (1989, Nuc Acids Res. 17:477-498) .
Un método para optimizar la secuencia de ácido nucleico de acuerdo con la utilización preferida del codón para un tipo de célula vegetal particular, está basado en el uso directo, sin realizar ningún cálculo estadístico extra, de las tablas de optimización de codones como por ejemplo, las provistas en línea en la Base de Datos de Utilización de Codones de NIAS ((National Institute of Agrobiological Sciences) banco de DNA de Japón (http://www.kazusa.or.jp/codon/). La Base de Datos de Utilización de Codones contiene tablas para la utilización de codones para una cantidad de especies diferentes, cada tabla de utilización de codones ha sido estadísticamente determinada en base a los datos presentes en Genbank.
Se puede optimizar el codón de una secuencia de nucleótido natural que codifica una proteina de interés para esa especie vegetal particular, utilizando las tablas anteriores para determinar los codones más preferidos o favoritos para cada aminoácido en una especie particular (por ejemplo, arroz) . Esto se realiza reemplazando codones que pueden tener una baja incidencia estadística en el genoma de una especie particular por codones correspondientes, relacionados con un aminoácido, que son estadísticamente más favorables. Sin embargo, se puede seleccionar uno o más codones menos favoritos para eliminar los sitios de restricción existentes para crear nuevos empalmes potencialmente útiles (extremos 5' y 3' para agregar péptido de señal o cassettes de terminación, sitios internos que podrían utilizarse para cortar y unir segmentos para producir una secuencia correcta de longitud completa) , o para eliminar secuencias de nucleótido que pueden afectar negativamente la estabilidad o expresión de mARN.
La secuencia de nucleótido codificante natural puede ya, antes de cualquier modificación, contener una cantidad de codones que corresponden a un codón estadísticamente favorecido en una especie vegetal particular. Por lo tanto, la optimización de codones de la secuencia de nucleótido natural, puede comprender la determinación de qué codones, dentro de la secuencia de nucleótido natural, no están estadísticamente favorecidos con respecto a una planta particular, y modificar estos codones de acuerdo con la tabla de utilización de codones de la planta particular para producir un derivado optimizado del codón. Una secuencia de nucleótido modificada puede estar completa o parcialmente optimizada para la utilización de un codón vegetal con la condición de que la proteína codificada por la secuencia de nucleótido se produzca a un nivel superior que la proteína codificada por el gen natural o nativo correspondiente. La construcción de genes sintéticos alterando la utilización del codón se describe en por ejemplo, la Solicitud de Patente PCT 93/07278.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polinucleótido exógeno es un ARN no codificante.
Como se utiliza aquí, la frase ^ARN no codificante" se refiere a una molécula de ARN que no codifica una secuencia de aminoácido (un polipéptido) . Ejemplos de dichas moléculas de ARN no codificante incluyen, pero no están limitadas a, ARN antisentido, un pre-miARN (precursor de un microARN) , o un precursor de ARN, ARN de interacción con Piwi (piARN) .
De acuerdo con una realización específica, el polinucleótido no codificante comprende una secuencia de ácido nucleico del NR ID DE SEC: 64 o 2459 (EUN512).
De esta forma, la invención incluye las secuencias de aminoácidos aislados descriptas aqui anteriormente; fragmentos de las mismas, secuencias hibridables con las mismas, secuencias homologas, secuencias que codifican polipéptidos similares usando diferentes codones, secuencias alteradas caracterizadas por mutaciones como por ejemplo, eliminación, inserción o sustitución de uno o más nucleótidos, tanto naturales como inducidos por el hombre, de manera aleatoria o dirigida .
La invención provee un polinucleótido aislado que comprende una secuencia de ácido nucleico al menos, alrededor del 80 %, al menos, alrededor del 81 %, al menos, alrededor del 82 % , al menos, alrededor del 8 3 %, al menos, alrededor del 84 %, al menos, alrededor del 85 % , al menos, alrededor del 86 Q. o al menos, alrededor del 8 7 %, al menos , alrededor del 88 Q. o al menos, alrededor del 89 Q. 0 , al menos, alrededor del 90 Q. o al menos , alrededor del 91 o o , al menos , alrededor del 92 Q. 0 al menos, alrededor del 93 o o , al menos , alrededor del 93 Q. ° / al menos , alrededor del 94 o o , al menos , alrededor del 95 0. o / al menos, alrededor del 96 Q. "6 , al menos , alrededor del 97 o o al menos, alrededor del 98 Q. al menos, alrededor del 99 g. por ejemplo, 100 % idéntica al polinucleótido seleccionado del grupo formado por los NRs ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507- 2511, 2513-2522.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención la secuencia de ácido nucleico es capaz de aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite, tolerancia al estrés abiótico y/o eficacia en el uso de agua de una planta.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención el polinucleótido aislado comprende la secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, . 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522, 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 20, 61, 62, 129, 288, 294, 307, 363, 667, 668, 669, 670, 672, 2398-2413, 2456 y 2457.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención el polinucleótido aislado es como lo determina el NR ID DE SEC: 2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522, 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 20, 61, 62, 129, 288, 294, 307, 363, 667, 668, 669, 670, 672, 2398-2413, 2456 o 2457.
La invención provee un polinucleótido aislado que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que comprende una secuencia aminoácida al menos , alrededor del 80 0. al menos , alrededor del 81 al menos, alrededor del 82 al menos , alrededor del 83 al menos , alrededor del 84 al menos , alrededor del 85 al menos , alrededor del 86 al menos, alrededor del 87 al menos, alrededor del 88 al menos, alrededor del 89 al menos, alrededor del 90 al menos, alrededor del 91 al menos, alrededor del 92 al menos , alrededor del 93 al menos , alrededor del 93 al menos , alrededor del 94 o , al menos, alrededor del 95 al menos , alrededor del 96 o , al menos, alrededor del 97 al menos , alrededor del 98 al menos, alrededor del 99 a. o , o más , es decir, 100 "6 omóloga a la secuencia aminoácida seleccionada del grupo formado por los NRs ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención la secuencia aminoácida es capaz de aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite, tolerancia al estrés abiótico y/o eficacia en el uso de agua de una planta.
La invención provee un polinucleótido aislado que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácido seleccionado del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563, 138-143, 146, 148, 150-152, 157, 162, 198, 265, 1334-1350, 1352-1364, 1426-1428, 1458, 1460, 1732-1734, 1737-1738, 2523-2532, 2542 y 2543.
La invención provee un polipéptido aislado que comprende una secuencia aminoácida al menos, alrededor del 80 al menos, alrededor del 81 , al menos , alrededor del 82 al menos, alrededor del 83 , al menos , alrededor del 84 al menos , alrededor del 85 , al menos , alrededor del 86 al menos, alrededor del 87 , al menos, alrededor del 88 al menos, alrededor del 89 % , al menos , alrededor del 90 al menos, alrededor del 91 , al menos , alrededor del 92 al menos, alrededor del 93 , al menos , alrededor del 93 al menos, alrededor del 94 , al menos, alrededor del 95 al menos, alrededor del 96 , al menos, alrededor del 97 al menos, alrededor del 98 %, al menos, alrededor del 99 %, o más, es decir, 100 % homologa a una secuencia aminoácida seleccionada del grupo formado por los NRs ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polipéptido comprende una secuencia de aminoácido seleccionada del grupo que consiste en los NRs ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563, 138-143, 146, 148, 150-152, 157, 162, 198, 265, 1334-1350, 1352-1364, 1426-1428, 1458, 1460, 1732-1734, 1737-1738, 2523-2532, 2542 y 2543.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polipéptido es como lo determina el NR ID DE SEC: 2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563, 138-143, 146, 148, 150-152, 157, 162, 198, 265, 1334-1350, 1352-1364, 1426-1428, 1458, 1460, 1732-1734, 1737-1738, 2523-2532, 2542 o 2543.
La invención también incluye fragmentos de los polipeptidos descriptos anteriormente y polipéptidos que tienen mutaciones, como por ejemplo, eliminaciones, inserciones o sustituciones de uno o más aminoácidos, tanto naturales como inducidos por el hombre, de manera aleatoria o dirigida.
El término "planta" como se usa aquí, incluye plantas completas, antecesoras y progenie de plantas y partes de plantas incluyendo semillas, brotes, tallos, raices (incluyendo tubérculos) y células, tejidos y órganos vegetales. La planta puede tener cualquier forma incluyendo cultivos en suspensión, embriones, regiones meristemáticas , tejido calloso, hojas, gametofitos, esporófitos, polen y microesporas . Las plantas que son particularmente útiles para los métodos de la invención incluyen a todas las plantas que pertenecen a la superfamilia Viridiplantae, en particular, plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas que incluyen forraje o legumbres forrajeras, plantas ornamentales, cultivo de comestibles, árboles o arbustos seleccionados de la lista que comprende: Acacia spp., Acer spp., Actinidia spp., Aesculus spp., Agathis australis, Albizia amara, Alsophila tricolor, Andropogon spp., Arachis spp, Areca catechu, Astelia fragrans, Astragalus cicer, Baikiaea plurijuga, Betula spp., Brassica spp., Bruguiera gymnorrhiza, Burkea africana, Butea frondosa, Cadaba farinosa, Calliandra spp, Camellia sinensis, Canna indica, Capsicum spp., Cassia spp., Centroema pubescens, Chacoomeles spp., Cinnamomum cassia, Coffea arábica, Colophospermum mopane, Coronillia varia, Cotoneaster serótina, Crataegus spp., Cucumis spp., Cupressus spp., Cyathea dealbata, Cydonia oblonga, Cryptomeria japónica, Cymbopogon spp., Cynthea dealbata, Cydonia oblonga, Dalbergia monetaria, Davallia divaricata, Desmodium spp., Dicksonia squarosa, Dibeteropogon amplectens, Dioclea spp, Dolichos spp., Dorycnium rectum, Echinochloa pyramidalis, Ehraffia spp., Eleusine coracana, Eragrestis spp., Erythrina spp., Eucalypfus spp., Euclea schimperi, Eulalia vi/losa, Pagopyrum spp., Feijoa sellowlana, Fragaria spp., Flemingia spp, Freycinetia banksli, Geranium thunbergii, GinAgo biloba, Glycine javanica, Gliricidia spp, Gossypium hirsutum, Grevillea spp., Guibourtia coleosperma, Hedysarum spp., Hemaffhia altissima, Heteropogon contoffus, Hordeum vulgare, Hyparrhenia rufa, Hypericum erectum, Hypeffhelia dissolute, Indigo incamata, Iris spp., Leptarrhena pyrolifolia, Lespediza spp., Lettuca spp. , Leucaena leucocephala, Loudetia simplex, Lotonus bainesli, Lotus spp., Macrotyloma axillare, Malus spp., Manihot esculenta, Medicago saliva, Metasequoia glyptostroboides, Musa sapientum, Nicotianum spp., Onobrychis spp., Ornithopus spp., Oryza spp., Peltophorum africanum, Pennisetum spp., Persea gratissima, Petunia spp., Phaseolus spp., Phoenix canariensis, Phormium cookianum, Photinia spp., Picea glauca, Pinus spp., Pisum sativam, Vainaocarpus totara, Pogonarthria fleckii, Pogonaffhria squarrosa, Populus spp., Prosopis cineraria, Pseudotsuga menziesii, Pterolobium stellatum, Pyrus communis, Quercus spp., Rhaphiolepsis umbellata, Rhopalostylis sápida, Rhus natalensis, Ribes grossularia, Ribes spp., Robinia pseudoacacia, Rosa spp., Rubus spp., Salix spp., Schyzachyriuna sanguineum, Sciadopitys vefficillata, Sequoia sempervirens, Sequoiadendron giganteum, Sorghum bicolor, Spinacia spp., Sporobolus fimbriatus , Stiburus alopecuroides, Stylosanthos hurailis, Tadehagi spp, Taxodium distichum, Themeda triandra, Trifolium spp . , Triticum spp., Tsuga heterophylla, Vaccinium sp . , Vicia spp., Vitis vinifera, atsonia pyramidata, Zantedeschia aethiopica, Zea raays, amaranto, alcaucil, espárrago, brócoli, repollito de Bruselas, repollo, cañóla, zanahoria, coliflor, apio, berza, lino, col rizada, lentejas, colza oleaginosa, quingombó, cebolla, papa, arroz, poroto de soja, popote, remolacha azucarera, caña de azúcar, girasol, tomate, calabaza, maíz, trigo, cebada, centeno, avena, maní, arveja, lenteja y alfalfa, algodón, semilla de colza, cañóla, pimienta, girasol, tabaco, berenjena, eucaliptos, un árbol, una planta ornamental, césped perenne y cultivo forrajero. Alternativamente, pueden usarse para los métodos de la presente invención, algas y otras plantas no Viridiplantae.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, la planta utilizada por el método de la invención es una planta de cultivo como por ejemplo, arroz, maíz, trigo, cebada, maní, papa, sésamo, olivo, aceite de palma, banana, poroto de soja, girasol, cañóla, caña de azúcar, alfalfa, mijo, leguminosas (judía, arveja), lino, lupino, semilla de colza, tabaco, álamo y algodón.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, se provee una célula vegetal que expresa de manera exógena al polinucleótido de algunas realizaciones de la invención, al constructo de ácido nucleico de algunas realizaciones de la invención y/o al polipéptido de algunas realizaciones de la invención .
La expresión del polinucleótido exógeno de la invención dentro de la planta se puede realizar transformando una o más células vegetales con el polinucleótido exógeno, seguido por la generación de una planta madura a partir de células transformadas y el cultivo de la planta madura en condiciones adecuadas para expresar al polinucleótido exógeno dentro de la planta madura.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, la transformación se realiza introduciendo en la célula vegetal, un constructo de ácido nucleico que incluye al polinucleótido exógeno de algunas realizaciones de la invención y, al menos, un promotor capaz de dirigir la transcripción del polinucleótido exógeno en la célula hospedante (una célula vegetal) . En adelante, se proveen más detalles de los métodos de transformación adecuados.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, se provee un constructo de ácido nucleico que comprende al polinucleótido aislado de la invención, y un promotor para dirigir la transcripción de la secuencia de ácido nucleico en una célula hospedante.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el polinucleótido aislado está operativamente ligado a la secuencia promotora.
Una secuencia de ácido nucleico codificante está "operativamente ligada" a una secuencia regulatoria (por ejemplo, un promotor), si la secuencia regulatoria es capaz de ejercer un efecto regulatorio sobre la secuencia de codificación ligada a ella.
Como se utiliza aquí, el término "promotor" se refiere a una región de ADN que está ubicada corriente arriba del sitio de iniciación transcripcional de un gen al que se liga la ARN polimerasa para iniciar la transcripción del ARN. El promotor controla dónde (por ejemplo, qué porción de una planta) y/o cuándo (por ejemplo, en qué estado o condición en la vida de un organismo) se expresa el gen.
Cualquier secuencia promotora adecuada puede utilizarse mediante el constructo de ácido nucleico de la presente invención. Preferentemente, el promotor es un promotor constitutivo, un promotor especifico de tejido, o un promotor inducible por estrés abiótico.
Los promotores constitutivos adecuados incluyen, por ejemplo, al promotor CaMV 35S (NR ID DE SEC: 3063; Odell y colab., Nature 313:810-812, 1985); promotor de Arabidopsis At6669 (NR ID DE SEC: 3064; véase la Publicación PCT N° WO04081173A2) ; de maiz Ubi 1 (Christensen y colab., Plant Sol.
Biol. 18:675-689, 1992); actina de · arroz (McElroy y colab., Plant Cell 2:163-171, 1990); pEMU (Last y colab., Theor. Appl. Genet. 81:581-588, 1991); CaMV 19S (Nilsson y colab., Physiol. Plant 100:456-462, 1997); GOS2 (de Pater y colab., Plant J Nov; 2(6):837-44, 1992); ubiquitina (Christensen y colab., Plant Mol. Biol. 18: 675-689, 1992); ciclofilina de arroz (Bucholz y colab., Plant Mol Biol. 25 (5) : 837-43, 1994); histona H3 en maíz (Lepetit y colab., Mol. Gen. Genet. 231: 276-285, 1992); Actina 2 (An y colab., Plant J. 10(1); 107-121, 1996) y Super MAS sintético (Ni y colab., The Plant Journal 7: 661-76, 1995). Otros promotores constitutivos incluyen aquellos de las Patentes Estadounidenses Nros 5.659.026. 5.608.149; 5.608.144; 5.604.121; 5.569.597: 5.466.785; 5.399.680; 5.268.463; y 5.608.142.
Los promotores específicos de tejido adecuados incluyen, pero no están limitados a, promotores específicos de hoja [como los descriptos, por ejemplo, por Yamamoto y colab., Plant. J. 12:255-265, 1997; Kwon y colab., Plant Physiol. 105:357-67, 1994; Yamammoto y colab., Plant Cell Physiol. 35:773-778, 1994; Gotor y colab., Plant J. 3:509-18, 1993; Orozco y colab., Plant Mol. Biol. 23:1129-1138, 1993; y Matsuoka y colab., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 90:9586-9590, 1993], preferidos de semilla [por ejemplo, genes específicos de semilla (Simón, y colab., Plant Mol. Biol. 5. 191, 1985; Scofield, y colab., J. Biol. Chem. 262: 12202, 1987; Baszczynski, y colab., Plant Mol. Biol. 14: 633, 1990), albúmina de nuez de brasil (Pearson y colab., Plant Mol. Biol. 18: 235- 245, 1992), legumina (Ellis, y colab. Plant Mol. Biol. 10: 203-214, 1988), Glutelina (arroz) (Takaiwa, y colab., Mol. Gen. Genet . 208: 15-22, 1986; Takaiwa, y colab., FEBS Letts. 221: 43-47, 1987), Zeina (Matzke y colab. Plant Mol Biol, 143: 323-32 1990), napA (Stalberg, y colab., Planta 199: 515-519, 1996), trigo SPA (Albanietal, Plant Cell, 9: 171- 184, 1997) , oleosina en girasol (Cummins, y colab., Plant Mol. Biol. 19: 873- 876, 1992)], promotores específicos de endosperma [por ejemplo, trigo LM y HMW, glutenina-1 (Mol Gen Genet 216:81-90, 1989; NAR 17:461-2), gliadinas a, b y g de trigo (EMBO3:1409-15, 1984), promotor ltrl en cebada, hordeína Bl, C, D en cebada (Theor Appl Gen 98:1253-62, 1999; Plant J 4:343-55, 1993; Mol Gen Genet 250:750- 60, 1996), DOF en cebada (Mena y colab., The Plant Journal, 116(1) : 53- 62, 1998), Biz2 (EP99106056.7 ) , promotor sintético (Vicente-Carbaj osa y colab., Plant J. 13: 629-640, 1998), prolamina de arroz NRP33, globulina Glb-1 de arroz (Wu y colab., Plant Cell Physiology 39(8) 885- 889, 1998) , alfa-globulina REB/OHP-1 de arroz (Nakase y colab. Plant Mol. Biol. 33: 513-S22, 1997), ADP-glucosa PP de arroz (Trans Res 6:157-68, 1997), familia génica en la región ESR del maíz (Plant J 12:235-46, 1997), gamma- kafirina de sorgo (PMB 32:1029-35, 1996)] promotores específicos del embrión [por ejemplo, OSH1 de arroz (Sato y colab., Proc. Nati. Acad. Sci. USA, 93: 8117-8122), KNOX ( Postma-Haarsma y colab., Plant Mol.
Biol. 39:257-71, 1999), oleosina de arroz (Wu y colab., J. Biochem., 123:386, 1998)], y promotores específicos de la flor [por ejemplo, AtPRP4, sintasa (chsA) (Van der Meer, y colab., Plant Mol. Biol. 15, 95-109, 1990), LAT52 (Twell y colab., Mol. Gen Genet . 217:240-245; 1989), apétala- 3] .
Los promotores inducibles por estrés abiótico incluyen, pero no están limitados a, promotores inducibles por salinidad como por ejemplo, RD29A ( Yamaguchi-Shinozalei y colab., Mol. Gen. Genet. 236:331-340, 1993); promotores inducibles por sequía como el promotor génico rabl7 del maíz (Pía y colab., Plant Mol. Biol. 21:259-266, 1993), promotor génico rab28 del maíz (Busk y colab., Plant J. 11:1285-1295, 1997) y promotor génico Ivr2 del maíz (Pelleschi y colab., Plant Mol. Biol. 39:373-380, 1999); promotores inducibles por calor como por ejemplo, el promotor tomate hsp80 del tomate (Patente estadounidense N° 5.187.267) .
El constructo de ácido nucleico de algunas realizaciones de la invención puede incluir un marcador seleccionable apropiado y/o un origen de replicación apropiado. De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el constructo de ácido nucleico utilizado es un vector transformador ("shuttle") que puede tanto propagarse en E. coli (donde el constructo comprende un marcador seleccionable adecuado y un origen de replicación) como ser compatible con la propagación en células. El constructo de acuerdo con la presente invención puede ser, por ejemplo, un plásmido, bácmido, fagémido, cósmido, fago, un virus o cromosoma artificial.
El constructo de ácido nucleico de algunas realizaciones de la invención, puede utilizarse de manera estable o transitoria para transformar células vegetales. En la transformación estable, el polinucleótido exógeno se integra dentro del genoma de la planta y, como tal, representa una característica estable y heredada. En la transformación transitoria, el polinucleótido exógeno es expresado por la célula transformada pero no se integra dentro del genoma y, como tal, representa una característica transitoria.
Existen varios métodos para introducir genes extraños en plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas (Potrykus, I. Annu. Rev. Plant. Physiol., Plant. Mol. Biol. (1991) 42:205-225; Shimamoto y colab., Nature (1989) 338:274-276) .
Los métodos principales para producir la integración estable de ADN exógeno en ADN genómico vegetal incluyen dos métodos principales: (i) Transferencia génica mediada por Agrobacterium: Klee y colab. (1987) Annu. Rev. Plant Physiol. 38:467-486; Klee and Rogers en Cell Culture and Somatic Cell Genetics of Plants, Vol. 6, Molecular Biology of Plant Nuclear Genes, Editores: Schell, J., and Vasil, L. K., Academic Publishers, San Diego, Calif. (1989) p. 2-25; Gatenby, en Plant Biotechnology, eds . Kung, S. and Arntzen, C. J. , Butterworth Publishers, Boston, Mass. (1989) páginas 93-112. (ii) Captación directa de ADN: Paszkowski y colab., en Cell Culture and Somatic Cell Genetics of Plants., Vol. 6, Molecular Biology of Plant Nuclear Genes eds . Schell, J. , y Vasil, L. K., Academic Publishers, San Diego, Calif. (1989) páginas 52-68; incluyendo los métodos para la captación directa de ADN en protoplastos , Toriyama, K. y colab. (1988) Bio/Technology 6:1072-1074. La captación de ADN inducida mediante choque eléctrico de células vegetales: Zhang y colab. Plant Cell Rep. (1988) 7:379-384. Fromm y colab. Nature (1986) 319:791-793. Inyección de ADN en células o tejidos vegetales mediante bombardeo de partículas, Klein y colab. Bio/Technology (1988) 6:559-563; McCabe y colab. Bio/Technology (1988) 6:923-926; Sanford, Physiol. Plant. (1990) 79:206-209; mediante el uso de sistemas de micropipetas : Neuhaus y colab., Theor. Appl. Genet. (1987) 75:30-36; Neuhaus and Spangenberg, Physiol. Plant. (1990) 79:213-217; transformación de fibras de vidrio y filamentos de carburo de silicio de cultivos celulares, embriones o tejido calloso, Patente Estadounidense N° 5.464.765 o mediante la incubación directa de ADN con polen germinante, De et y colab. en Experimental Manipulation of Ovule Tissue, eds. Chapman, G. P. and Mantell, S. H. and Daniels, W. Longman, London, (1985) páginas 197-209; y Ohta, Proc. Nati. Acad. Sci. USA (1986) 83:715-719.
El sistema mediado por Agrobacterium incluye el uso de vectores de plásmido que contienen segmentos de ADN definidos que se integran en el ADN genómico de la planta. Los métodos de inoculación del tejido vegetal varían dependiendo de la especie vegetal y del sistema de distribución de Agrobacterium. Un método ampliamente usado, es el procedimiento con discos de hojas, que puede realizarse con cualquier explante de tejido que provea una buena fuente para la iniciación de la diferenciación de la planta completa. Véase, por ejemplo, Horsch y colab. en Plant Molecular Biology Manual A5, Kluwer Academic Publishers, Dordrecht (1988) páginas 1-9. Un método suplementario utiliza el sistema de distribución de Agrobacterium combinado con infiltración por vacío. El sistema de Agrobacterium es especialmente útil para la creación de plantas dicotiledóneas transgénicas .
Existen varios métodos de transferencia directa de ADN en las células vegetales. En la electroporación, se exponen brevemente los protoplastos a un fuerte campo eléctrico. En la microinyección, se inyecta mecánicamente el ADN directamente dentro de las células usando micropipetas . En el bombardeo de micropartículas, se adsorbe el ADN en microproyectiles como por ejemplo, cristales de sulfato de magnesio o partículas de tungsteno y se aceleran físicamente los microproyectiles dentro de las células o tejidos de la planta.
Luego de la transformación estable, ocurre la propagación de la planta. El método más común de propagación es por semilla. Sin embargo, la desventaja de la regeneración por propagación de semilla, es la falta de uniformidad en el cultivo debido a la heterocigosidad, ya que las semillas son producidas por las plantas de acuerdo con variantes genéticas gobernadas por las reglas mendelianas. Básicamente, cada semilla es genéticamente diferente y cada una se desarrollará con sus propias características específicas. Por lo tanto, se prefiere que la regeneración se realice de manera que la planta regenerada tenga características idénticas a las de la planta transgénica parental. Por lo tanto, el método preferido para regenerar una planta transformada es por micropropagación que provee una réproducción rápida, consistente de las plantas transformadas .
La micropropagación es un proceso para desarrollar plantas de segunda generación a partir de una muestra de tejido simple extirpada de una planta o cultivo parental seleccionado. Este proceso permite la reproducción en masa de las plantas que tienen el tejido preferido y expresan una proteína de fusión. Las plantas nuevas generadas son genéticamente idénticas a, y tienen todas las características de la planta original. La micropropagación permite la producción en masa de un material vegetal de calidad en un período corto de tiempo y ofrece una rápida multiplicación de cultivos seleccionados, conservando las características de la planta transgénica o transformada original. Las ventajas de este método de clonación de plantas incluyen la velocidad de multiplicación de plantas y la calidad y uniformidad de las plantas producidas.
La micropropagación es un procedimiento de etapas múltiples que requiere alteración del medio de cultivo o condiciones de desarrollo entre las etapas. De esta forma, el proceso de micropropagación incluye cuatro etapas básicas: etapa uno, cultivo de tejido inicial; etapa dos, multiplicación del cultivo tisular; etapa tres, diferenciación y formación de la planta; y etapa cuatro, cultivo en invernadero y endurecimiento. Durante la etapa uno, el cultivo tisular se determina y certifica libre de contaminantes. Durante la etapa dos, el cultivo tisular inicial se multiplica hasta producir una cantidad suficiente de muestras de tejido para lograr las metas de producción. Durante la etapa tres, las muestras de tejido nuevo desarrollado se dividen y desarrollan en plántulas individuales. En la etapa cuatro, las plántulas transformadas se transfieren a un invernadero para endurecimiento donde se aumenta gradualmente la tolerancia a la luz de las plantas de manera que puedan continuar el desarrollo en el entorno natural .
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, se generan las plantas transgénicas mediante transformación transitoria de células de hoja, células meristemáticas o de la planta completa.
La transformación transitoria puede realizarse mediante cualquiera de los métodos de transferencia directa de ADN descriptos anteriormente o mediante la infección viral usando virus de plantas modificadas.
Los virus que han demostrado ser útiles en la transformación de plantas huésped incluyen CaMV, virus mosaico del tabaco (TMV) , virus mosaico del bromo (BMV) y Virus mosaico común del poroto BV o BVMV) . La transformación de plantas usando virus de plantas se describe en la Patente Estadounidense N° 4.855.237 (virus mosaico dorado del poroto BGV) , EP-A 67,553 (TMV), la Solicitud de Patente Japonesa Publicada N° 63-14693 (TMV), EPA 194,809 (BV), EPA 278,667 (BV) ; y Gluzman, Y. y colab., Communications in Molecular Biology: Viral Vectors, Frío Spring Harbor Laboratory, New York, páginas 172-189 (1988). Las partículas de pseudovirus para utilizar en la . expresión del ADN extraño en muchos huéspedes, incluyendo plantas, se describe en la WO 87/06261.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el virus usado para las transformaciones transitorias es avirulento y, de esta forma, es incapaz de provocar síntomas severos como por ejemplo, velocidad de crecimiento reducida, virus del mosaico, anillo clorótico, hoja enrollada, amarilleo, veteado, formación de viruela, formación de tumores y picaduras. Un virus avirulento adecuado puede ser un virus avirulento natural o un virus artificialmente atenuado. La atenuación del virus puede realizarse usando métodos conocidos en el arte que incluyen, pero no están limitados a, técnicas de calentamiento subletal, tratamiento químico o mutagénesis dirigida al sitio tal como describen por ejemplo, Kurihara y Watanabe (Molecular Plant Pathology 4:259-269, 2003), Gal-on y colab. (1992), Atreya y colab. (1992) y Huet y colab. (1994).
Las cepas de virus adecuadas pueden obtenerse de fuentes-disponibles como por ejemplo, American Type culture Collection (Colección Americana de Cultivos Tipo) (ATCC, por sus siglas en inglés) o mediante el aislamiento de plantas infectadas. El aislamiento de virus de tejidos de plantas infectadas puede realizarse mediante técnicas bien conocidas en el arte como por ejemplo, las descriptas por Foster and Tatlor, Eds. "Plant Virology Protocols: From Virus Isolation to Transgenic Resistance (Methods in Molecular Biology (Humana Pr) , Vol 81)", Humana Press, 1998. En síntesis, se cree que los tejidos de una planta infectada contienen una elevada concentración de un virus adecuado, preferentemente, se muelen hojas jóvenes y pétalos de flores en una solución reguladora (por ejemplo, solución reguladora de fosfato) para producir una savia infectada con el virus que puede usarse para inoculaciones subsiguientes .
La construcción de virus ARN de plantas para la introducción y expresión de secuencias de polinucleótido exógeno no viral en plantas, se demuestra en las referencias anteriores así como también en Dawson, W. O. y colab., Virology (1989) 172:285-292; Takamatsu y colab. EMBO J. (1987) 6:307-311; French y colab. Science (1986) 231:1294-1297; y Takamatsu y colab. FEBS Letters (1990) 269:73-76 y la Patente Estadounidense N° 5.316.931.
Cuando el virus es un virus ADN, pueden realizarse modificaciones adecuadas al virus mismo. Alternativamente, primero se puede clonar el virus en un plásmido bacteriano para facilitar la construcción del vector viral deseado con el ADN extraño. El virus luego se puede extraer del plásmido. Si el virus es un virus ADN, se puede anexar un origen bacteriano de replicación al ADN viral que luego es replicado por la bacteria. La transcripción y traducción de este ADN producirá la proteina de recubrimiento que encapsidará al ADN viral. Si el virus es un virus ARN, generalmente el virus se clona como cADN y se inserta en un plásmido. Luego se usa el plásmido para preparar todas las construcciones. El virus ARN luego se produce mediante la transcripción de la secuencia viral del plásmido, seguido por la traducción de los genes virales para producir la/s proteina/s de recubrimiento que encapsidan al ARN viral .
En una realización, se provee un polinucleótido viral vegetal donde la secuencia codificante de proteina de recubrimiento natural ha sido eliminada de un polinucleótido viral, y se ha insertado una secuencia de codificante de proteina de recubrimiento viral vegetal natural y un promotor no natural, preferentemente, un promotor subgenómico de la secuencia codificante de proteina de recubrimiento no natural, capaz de expresión en la planta hospedante, de empaquetamiento del polinucleótido viral de planta recombinante y de asegurar una infección sistémica del huésped mediante el polinucleótido viral de planta recombinante. Alternativamente, el gen de proteina de recubrimiento puede desactivarse mediante la inserción dentro de él, de una secuencia de polinucleótido no natural, de manera que se produzca una proteina. El polinucleótido viral de planta recombinante puede contener uno o más promotores subgenómicos no naturales adicionales. Cada promotor subgenómico no natural es capaz de transcribir o expresar genes adyacentes o secuencias de polinucleótido en la planta hospedante e incapaz de recombinación entre si y con los promotores subgenómicos naturales. Las secuencias de polinucleótido no naturales (extrañas) pueden insertarse adyacentes al promotor subgenómico viral vegetal natural o a los promotores subgenómicos virales vegetales no naturales si se incluye más de una secuencia de polinucleótido. Las secuencias de polinucleótido no naturales se transcriben o expresan en la planta hospedante bajo el control del promotor subgenómico para producir los productos deseados.
En una segunda realización, se provee un polinucleótido viral de planta recombinante como en la primera realización excepto en que, se coloca la secuencia de codificación de proteina de recubrimiento natural adyacente a uno de los promotores subgenómicos de proteina de recubrimiento no natural en lugar de una secuencia de codificación de proteina de recubrimiento no natural.
En una tercera realización, se provee un polinucleótido viral de planta recombinante donde el gen de proteina de recubrimiento natural está adyacente a su promotor subgenómico y se han insertado uno o más promotores subgenómicos no naturales dentro del polinucleótido viral. Los promotores subgenómicos no naturales insertados son capaces de transcribir o expresar genes adyacentes en una planta hospedante y son capaces de recombinación entre si y con los promotores subgenómicos naturales. Las secuencias de polinucleótido no naturales pueden insertarse adyacentes a los promotores virales vegetales subgenómicos naturales de manera que se transcriban o expresen las secuencias en la planta hospedante, bajo el control de los promotores subgenómicos, para producir el producto deseado.
En una cuarta realización, se provee un polinucleótido viral de planta recombinante como en la tercera realización, excepto en que la secuencia de codificación de proteina de recubrimiento natural es reemplazada por una secuencia de codificación de proteina de recubrimiento no natural.
Los vectores virales son encapsidados por las proteínas de recubrimiento codificadas por el polinucleótido viral de planta recombinante para producir un virus de planta recombinante . El polinucleótido viral de planta recombinante o virus de planta recombinante se utiliza para infectar plantas hospedantes adecuadas. El polinucleótido viral de planta recombinante es capaz de replicarse en el hospedante, dispersarse sistémicamente en el hospedante y de transcripción o expresión de gen/es extraño/s (polinucleótido exógeno) en el hospedante para producir la proteina deseada.
Las técnicas para la inoculación de virus en las plantas pueden hallarse en Foster and Taylor, editores, "Plant Virology Protocols: From Virus Isolation to Transgenic Resistance ( ethods in Molecular Biology (Humana Pr) , Vol 81)", Humana Press, 1998; Maramorosh and Koprowski, Editores, "Methods in Virology" 7 volúmenes, Academic Press, New York 1967-1984; Hill, S.A. "Methods in Plant Virology", Blackwell, Oxford, 1984; Walkey, D.G.A. "Applied Plant Virology", Wiley, New York, 1985; y Kado and Agrawa, editores, "Principies and Techniques in Plant Virology", Van Nostrand-Reinhold, New York.
Además de lo anterior, el polinucleótido de la presente invención también puede introducirse dentro de un genoma de cloroplasto permitiendo asi, la expresión del cloroplasto.
Se conoce una técnica para introducir secuencias de polinucleótido exógenas en el genoma de los cloroplastos . Esta técnica incluye los siguientes procedimientos. Primero, se tratan químicamente las células de las plantas de manera tal de reducir la cantidad de cloroplastos por célula a alrededor de uno. Luego, se introduce el polinucleotido exógeno dentro de las células, preferentemente mediante bombardeo de partículas, con la finalidad de introducir al menos un polinucleotido exógeno dentro de los cloroplastos. Se seleccionan los polinucleótidos exógenos para que sean capaces de integrarse dentro del genoma del cloroplasto mediante recombinación homologa, que se realiza rápidamente mediante las enzimas inherentes al cloroplasto. En este punto, el polinucleotido exógeno comprende, además de un gen de interés, al menos un polinucleotido derivado del genoma del cloroplasto. Además, el polinucleotido exógeno comprende un marcador seleccionable que, mediante los procedimientos de selección secuencial, sirve para permitir al experto determinar que todas o sustancialmente todas las copias del genoma del cloroplasto, luego de dicha selección se incluirá el polinucleotido exógeno. Se pueden hallar más detalles con respecto a esta técnica en la Patente Estadounidense N° 4.945.050 y 5.693.507, que se incorpora aquí como referencia. De esta forma, se puede producir un polipéptido mediante el sistema de expresión de proteína del cloroplasto e integrarse dentro de la membrana interna del cloroplasto .
Como los procesos que aumentan en el contenido de aceite, rendimiento, tasa de crecimiento, biomasa, vigor y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta pueden involucrar múltiples genes que actúan aditivamente o en sinergia (véase, por ejemplo, Quesda y colab., Plant Physiol. 130:951-063, 2002), la invención también incluye la expresión de una pluralidad de polinucleotidos exógenos en una sola planta hospedante para lograr asi, un aumento superior en el contenido de aceite, rendimiento, tasa de crecimiento, biomasa, vigor y/o tolerancia al estrés abiótico.
La expresión de una pluralidad de polinucleotidos exógenos en una sola planta hospedante puede realizarse mediante la cointroducción de múltiples constructos de ácido nucleico, cada uno incluye un polinucleótido exógeno diferente, dentro de una sola célula de planta. La célula transformada luego puede regenerarse en una planta madura usando los métodos descriptos anteriormente .
Alternativamente, la expresión de una pluralidad de polinucleotidos exógenos en una sola planta hospedante, puede realizarse mediante la co-introducción dentro de una sola célula de planta, de un constructo de ácido nucleico solo que incluye una pluralidad de diferentes polinucleotidos exógenos. Dicho constructo puede diseñarse con una secuencia promotora sola que puede transcribir un ARN mensajero policistrónico que incluye a todas las diferentes secuencias de polinucleótido exógenas. Para permitir la co-traducción de los diferentes polipéptidos codificados mediante el ARN mensajero policistrónico, las secuencias de polinucleótido pueden interconectarse mediante una secuencia del sitio interno de entrada al ribosoma (IRES, por sus siglas en inglés), que facilita la traducción de secuencias de polinucleótido posicionadas corriente abajo de la secuencia IRES. En este caso, una molécula ARN policistrónica transcripta que codifica diferentes polipéptidos descriptos anteriormente, se traducirá de ambas, la secuencia del extremo 5' con CAP (Casquete ) y las dos secuencias IRES internas de la molécula ARN policistrónica para producir asi, en la célula, todos los polipéptidos diferentes. Alternativamente, el constructo puede incluir varias secuencias promotoras, cada una ligada a una secuencia de polinucleótido exógeno diferente.
La célula de la planta transformada con el constructo que incluye una pluralidad de diferentes polinucleótidos exógenos, puede regenerarse en una planta 'madura, usando los métodos anteriormente descriptos.
Alternativamente, la expresión de una pluralidad de polinucleótidos exógenos en una sola planta hospedante puede realizarse mediante la introducción de diferentes constructos de ácido nucleico, incluyendo diferentes polinucleótidos exógenos dentro de una pluralidad de plantas. Las plantas transformadas regeneradas luego pueden someterse a fertilización cruzada y seleccionarse la progenie para obtener características de tolerancia al estrés abiótico, crecimiento, biomasa, rendimiento, vigor y/o eficacia en el uso de nitrógeno superiores, usando las técnicas convencionales para reproducción de plantas.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el método además comprende desarrollar la planta que expresa al polinucleótido exógeno bajo estrés abiótico.
Ejemplos no limitantes, de condiciones de estrés abiótico incluyen, estrés por salinidad, sequía, privación de agua, exceso de agua (por ejemplo, inundación, anegamiento) , etiolización, baja temperatura, alta temperatura, toxicidad por metales pesados, anaerobiosis, deficiencia de nutrientes, exceso de nutrientes, contaminación atmosférica y Radiación UV.
De esta forma, la invención incluye plantas que expresan de manera exógena a el (los) polinucleótido ( s ) , constructos de ácido nucleico y/o polipéptidos (s) de la invención. Una vez expresados dentro de la célula vegetal o la planta completa, el nivel de polipéptido codificado por el polinucleótido exógeno puede ser determinado mediante métodos bien conocidos en el arte como por ejemplo, ensayos de actividad, Western Blots usando anticuerpos capaces de ligarse específicamente al polipéptido, Ensayo Inmunosorbente ligado a enzima (ELISA) , radio-immuno-ensayos (RIA) , immunohistoquímica, immunocitoquímica, inmunofluorescencia y métodos similares.
Los métodos para determinar el nivel de una molécula ARN de interés en la planta son bien conocidos en el arte e incluyen, por ejemplo, el análisis Northern blot, análisis de reacción de cadena de polimerasa por transcripción inversa (RT-PCR) (incluyendo RT-PCR cuantitativo, semi-cuantitativo o en tiempo real) e hibridación ARN-in situ.
Además, el homólogo endógeno del polinucleótido exógeno o polipéptido de la invención, o un fragmento del homólogo endógeno (por ejemplo, intrones o regiones no traducidas) en la planta, puede utilizarse como marcador para la selección asistida (MAS, por sus siglas en inglés) , donde se utiliza un marcador para la selección indirecta de un determinante o determinantes genéticos de una característica de interés (por ejemplo, biomasa, tasa de crecimiento, contenido de aceite, rendimiento, tolerancia al estrés abiótico) . Estos genes (secuencia de ADN o ARN) pueden contener o estar ligados a sitios polimórficos o marcadores genéticos en el genoma como por ejemplo, polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP, por sus siglas en inglés), polimorfismo de microsatélites y nucleótido simple (SNP, por sus siglas en inglés), huellas digitales de ADN ( "fingerprinting" ) (DFP, por sus siglas en inglés), polimorfismo de longitud de fragmento amplificado (AFLP, por sus siglas en inglés), polimorfismo de nivel de expresión, polimorfismo de polipéptido codificado y cualquier otro polimorfismo en la secuencia ADN o ARN.
Ejemplos de selecciones asistidas por marcador incluyen, pero no están limitadas a, la selección de una característica morfológica (por ejemplo, un gen que afecta la forma, coloración, esterilidad o resistencia masculina como por ejemplo, la presencia o ausencia de A N, coloración de hoja y vaina, altura, color del grano, aroma del arroz) ; selección de una característica bioquímica (por ejemplo, un gen que codifica una proteína que puede extraerse y observarse; por ejemplo, isozimas y proteínas de almacenamiento) ; selección de una característica biológica (por ejemplo, las razas de patógenos o biotipos de insectos basados en la interacción hospedante patógeno u hospedante parásito puede usarse como marcador ya que la constitución genética de un organismoo puede afectar su susceptibilidad a patógenos y parásitos).
Los polinucleótidos y polipéptidos descriptos aquí pueden usarse en un amplio rango de plantas económicas, de manera segura y rentable.
Las líneas de plantas que expresan de manera exógena al polinucleótido o polipéptido de la invención se clasifican para identificar aquellas que muestran el mayor aumento de la característica deseada de la planta.
A continuación se ofrece una descripción no limitante de ensayos que pueden utilizarse para determinar el efecto del transgén (polinucleótido exógeno de algunas realizaciones de la invención) o su polipéptido codificado sobre la característica de interés en una planta.
Los parámetros principales de la eficacia usada para definir el metabolismo del nitrógeno (N) de la planta, incluyen la eficacia en la captación de nitrógeno, eficacia en la utilización de nitrógeno y eficacia en el uso de nitrógeno.
La eficacia en la captación de nitrógeno [cantidad de N en la biomasa bajo suelo (gramos de nitrógeno) / N aplicado (gramos/hectárea) ] es la cantidad total de nitrógeno incorporado por la planta y es una función de la "captación" (la capacidad de transporte que tiene la planta) , la eficacia metabólica del proceso de asimilación y la tasa de desarrollo del tamaño de la planta ya que, la masa de tallo y hojas creada durante el crecimiento constituyen los órganos reales de almacenamiento de nitrógeno. La fracción de nitrógeno asimilado hallada en una raiz que, en última instancia, es transferida al grano (rendimiento) está controlada enzimáticamente y, de esta forma, puede ser afectada por la manipulación transgénica. Este parámetro es, en efecto, igual a la Eficacia en el uso de nitrógeno (EUN) . Es más probable que la mejor partición grano-raíz mejore el rendimiento y contenido de proteínas del grano.
De manera similar, pueden realizarse los mismos cálculos de uso y eficacia de utilización para otros macronutrientes como por ejemplo, fósforo (P) y potasio (K) , que tienen una correlación directa con el rendimiento y tolerancia general de la planta.
Eficacia en el uso del fertilizante - Para analizar si las plantas transgénicas son más sensibles a los fertilizantes, se desarrollaron plantas en placas de agar o macetas con una cantidad limitada de fertilizante, como se describe por ejemplo, en los Ejemplos 5-7 de la Sección Ejemplos que sigue y en Yanagisawa y colab., (Proc Nati Acad Sci U S A. 2004; 101:7833-8). Se analizaron las plantas en cuanto a su tamaño total, tiempo de floración, rendimiento, contenido de proteina de raiz y/o grano. Los parámetros controlados fueron el tamaño total de la planta madura, su peso en húmedo y peso en seco, el peso de las semillas recolectadas, el tamaño promedio de la semilla y la cantidad de semilas producidas por planta. Otros parámetros para ensayar son: contenido de clorofila en hojas (ya que el estado de nitrógeno en planta y el grado de verdor de hoja están altamante correlacionados) , contenido de aminoácidos y contenido total de proteina en semilla u otras partes de la planta como por ejemplo, hojas o raices, contenido de aciete, etc. De manera similar, en lugar de proveer nitrógeno en cantidades limitadas, se puede agregar fosfato o potasio en concentraciones crecientes. Otra vez, los parámetros medidos son los mismos enumerados anteriormente. De esta manera, se evalúan la eficacia en el uso de nitrógeno (EUN) , eficacia en el uso de fosfato (EUF) y eficacia en el uso de potasio (EUP) , controlando la capacidad que tienen las plantas de prosperar bajo condiciones restringidas de nutrientes.
Eficacia en el uso de nitrógeno - Para analizar- si las plantas transgénicas de Arabidopsis son más sensibles al nitrógeno, se desarrollaron palntas en 0.75-1.5 m (condiciones deficientes de nit'rogeno) o 6-15 mM (concentración óptima de nitrógeno). Se dejaron crecer durante 20-40 dias adicionales o hasta la producción de semilla. Luego se analizaron las plantas en cuanto a su tamaño total, tiempo de floración, rendimiento, contenido de proteina en brote y/o producción de grano/semilla. Los parámetros controlados fueron el tamaño total de la planta madura, su peso en húmedo y peso en seco, el peso de las semillas recolectadas, el tamaño promedio de la semilla y la cantidad de semilas producidas por planta. Otros parámetros para ensayar son: contenido de clorofila en hojas (ya que el estado de nitrógeno en planta y el grado de verdor de hoja están altamante correlacionados), contenido de aminoácidos y contenido total de proteina en semilla u otras partes de la planta como por ejemplo, hojas o raices y contenido de aceite. Las plantas transformadas que no exhiben efectos sustanciales fisiológicos y/o morfológicos o que exhiben niveles parámetros medidos más elevados que las plantas del tipo Silvestre, son identificados como plantas eficientes en el uso de nitrógeno.
Determinación de nitrógeno - El procedimiento para la determinación de concentración de N (nitrógeno) en las partes estructurales de las plantas incluye el método de digestión de persulfato de potasio para convertir el N orgánico en N03- (Purcell and King 1996 Argón. J. 88:111-113, la reducción mediada por Cd- modifcado de N03- en N02- (Vodovotz 1996 Biotechniques 20:390-394) y la medición de nitrito mediante el ensayo de Griess (Vodovotz 1996, arriba) . Los valores de absorbancia se midieron a 550 nm contra una curva estándar de NaN02. El procedimiento se describe en detalle en Samonte y colab. 2006 Agron. J. 98:168-176.
Ensayos de germinación - Los ensayos de germinación comparan el porcentaje de semillas de las plantas transgénicas que podría completer el proceso de germinación hasta llegar al porcentaje de semillas de las plantas de control tratadas de la misma manera. Se considera condiciones normales, por ejemplo, incubaciones a 22 °C bajo ciclos diarios de 22 horas de luz y 2 horas de oscuridad. La evaluación de la germinación y vigor de la plántula se lleva a cabo entre los días 4 y 14 después de plantadas. El medio basal es 50% medio MS (Murashige and Skoog, 1962 Plant Physiology 15, 473-497) .
La germinación se controla también en condiciones desfavorables como por ejemplo, frío (incubando a temperaturas inferiores a los 10 °C en lugar de 22 °C) o usando soluciones para inhibir semillas que contienen elevadas concentraciones de osmolitos como por ejemplo, sorbitol sorbitol (en concentraciones de 50 mM, 100 ' mM, 200 mM, 300 mM, 500 mM, y hasta 1000 mM) o aplicando concentraciones crecientes de sal (de 50 mM, 100 mM, 200 mM, 300 mM, 500 mM de NaCl) .
El efecto del transgén sobre el vigor de la planta, tasa de crecimiento, biomasa, rendimiento y/o contenido de aceite puede ser determinado usando los métodos conocidos.
Vigor de la planta - Se puede calcular el vigor de la planta mediante el aumento en los parámetros de crecimiento como por ejemplo, área de hoja, longitud de fibra, diámetro de roseta, peso fresco de la planta y parámetros similares por tiempo.
Tasa de crecimiento - Se puede medir la tasa de crecimiento usando el análisis digital de las plantas en crecimiento. Por ejemplo, se pueden capturar imágenes de plantas desarrolladas en invernadero sobre la base de una parcela cada 3 días y calcular el área de roseta mediante análisis digital. Se calcula el crecimiento del área de roseta usando la diferencia del área de roseta entre los días de muestreo dividido por la diferencia en días entre las muestras.
Se puede realizar la evaluación de la tasa de crecimiento midiendo la biomasa de la planta producida, el área de roseta, el tamaño de la hoja o longitud de raíz por tiempo (puede medirse en cm2 por día de área de hoja).
El área de crecimiento relativo puede calcularse usando la Fórmula I .
Fórmula I : El valor del área de crecimiento relativo = (Área ? / At) * (1/ Área tQ) At es el día de la imagen actual analizada menos el día inicial (t-tO) .
De esta manera, el valor del área de crecimiento relativo está expresada en unidades de 1/dia y la tasa de longitud de crecimiento está expresado en unidades 1/dia.
Alternativamente, la tasa de crecimiento relative del área puede calcularse como el coeficiente de regresión a lo largo del tiempo.
Rendimiento de semilla - La evaluación del rendimiento de semilla por planta puede realizarse mediante la medición de la cantidad (peso o tamaño) o cantidad (es decir, número) de semillas secas producidas y cosechadas a partir de 8-16 plantas y dividido la cantidad de plantas.
Por ejemplo, se pueden recolectar las semillas totales de 8-16 plantas, pesarlas usando por ejemplo, una balanza analítica y se puede dividir el peso total por la cantidad de plantas. El rendimiento de semilla por área de crecimiento puede calcularse del mismo modo, teniendo en cuenta el área de crecimiento de una sola planta. Aumentar, el rendimiento de semilla por área de crecimiento podría lograrse aumentando el rendimiento de semilla por planta y/o aumentando la cantidad de plantas capaces de desarrollarse en un área dada.
Además, el rendimiento de semilla puede ser determinado mediante el peso de 1.000 semillas. Se puede determinar el peso de 1.000 semillas de la siguiente manera: se diseminan las semillas sobre una bandeja de vidrio y se toma una foto. Cada muestra se pesa y luego se utiliza el análisis digital, se calcula la cantidad de semillas en cada muestra.
Se puede calcular el peso de las 1.000 semillas usando la fórmula II: Fórmula II: Peso de 1.000 semillas = cantidad de semillas en muestra/peso de la muestra X 1.000 Se puede calcular el índice de Cosecha usando la Fórmula III Fórmula III: índice de Cosecha = Rendimiento promedio de semilla por planta/ Peso Promedio seco Concentración de proteina en grano - El contenido de proteínas en grano (gramos de proteina en grano m-2) se estima como el producto de la masa de N en grano (nitrógeno) [gramos de Nitrógeno en grano m-2] multiplicado por la relación de conversión N/proteina de k-5,13 (Mosse 1990, arriba). Se estima la concentración de proteina en grano como la relación entre el contenido de proteina en grano por masa unitaria del grano (gramos de proteina en grano kg-1 de grano) .
Longitud de la Fibra - Se puede medir la longitud de la fibra usando un fibrógrafo.' El sistema de fibrografia se utiliza para medir la longitud en términos de longitud "media de la mitad superior" . La longitud media de la mitad superior (UHM, por sus siglas en inglés) es la longitud promedio de la mitad más larga de la distribución de la fibra. La fibrografia mide la longitud en tramos de longitudes en un punto porcentual dado (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) cottoninc (punto) com/ClassificationofCotton/?Pg=4#Length) .
Contenido de aceite - El contenido de aceite de una planta puede determinarse mediante la extracción del aceite de la semilla o de la porción vegetativa de la planta. Brevemente, se pueden retirar los lipidos (aceite) de la planta (por ejemplo, semilla) moliendo el tejido de la planta en presencia de solventes específicos (por ejemplo, hexano o éter de petróleo) y extrayendo el aceite en un extractor continuo. Se puede llevar a cabo el análisis indirecto de contenido de aceite usando varios métodos como por ejemplo, Resonancia Magnética Nuclear (RMN) , Espectroscopia, que mide la energía de resonancia absorbida por los átomos de hidrógeno en el estado líquido de la muestra [Véase, por ejemplo, Conway TF. y Earle FR. , 1963, Journal of the American Oil Chemists ' Society; Springer Berlín / Heidelberg, ISSN: 0003-021X (Print) 1558-9331 (Online)]; Espectroscopia de infrarrojo cercana (NI, por sus siglas en inglés, que utiliza la absorción de la energía de infrarrojo cercana (1100-2500 nm) por parte de la muestra; y un método descripto en WO/2001/02388 , que está basado en extraer aceite por solvente, evaporar el solvente en una corriente de gas que forma partículas de aceite y, dirigir la luz dentro de la corriente de gas y partículas de aceite que forman una luz reflejada detectable.
El efecto del transgén o su polipéptido codificado sobre la tolerancia al estrés abiótico puede determinarse usando los métodos conocidos.
Tolerancia al estrés abiótico - Las plantas transformadas (es decir, que expresan al transgen) y no transformadas (del tipo silvestre) se exponen a condiciones de estrés abiótico como privación de agua, temperature subóptima (baja temperatura, alta temperatura) , deficiencia de nutrientes, exceso de nutrientes, una condición de estrés salino, estrés osmótico, toxicidad por metales pesados, anaerobiosis, contaminación atmosférica y Radiación UV.
Ensayo de tolerancia a la salinidad - Las plantas transgénicas con tolerancia a concentraciones elevadas de sal, se espera exhiban una mejor germinación, vigor o crecimiento de la plántula, en elevado contenido de sal. El estrés salino puede realizarse de muchas formas, por ejemplo, irrigando las plantas con una solución hiperosmótica, mediante el cultivo hidropónico de plantas en una solución nutritiva hiperosmótica (por ejemplo, solución de Hoagland) o cultivando las plantas en un medio nutritivo hiperosmótico [por ejemplo, 50 % de un medio Murashige-Skoog (medio MS) ] . Como muchas plantas diferentes varían considerablemente en cuanto a su tolerancia a la salinidad, la concentración de sal en agua de riego, solución nutritiva o medio de crecimiento puede ajustarse de acuerdo con características específicas del cultivo o variedad específica de la planta, de manera tal de producir un efecto suave o moderado sobre la fisiología y/o morfología de las plantas (para obtener una guía para la concentración adecuada, véase, Bernstein y Kafkafi, Raíz Growth Under Salinity Stress En: Plant Raízs, The Hidden Half 3rd ed. Waisel Y, Eshel A y Kafkafi U. (editores) Marcel Dekker Inc., New York, 2002, y la referencia citada aquí) .
Por ejemplo, se puede realizar una prueba de tolerancia a la salinidad irrigando las plantas en diferentes etapas de desarrollo con concentraciones de cloruro de sodio en aumento (por ejemplo, 50 mM, 100 mM, 200 mM, 400 mM NaCl) aplicado desde la base y desde arriba para asegurar la distribución pareja de sal. Luego de, exponer a la condición de estrés, se controlan frecuentemente las plantas hasta que aparezcan efectos fisiológicos y/o morfológicos sustanciales en plantas del tipo silvestre. De esta forma, se compara el aspecto fenotípico externo, grado de marchitamiento y éxito completo para alcanzar la maduración y lograr la progenie, entre las plantas de control y las transgénicas . Los parámetros cuantitativos de tolerancia medidos incluyen, pero no se limitan, al peso promedio húmedo y seco, peso de las semillas producidas, tamaño promedio de semilla y cantidad de semillas producidas por planta. Las plantas transformadas que no exhiben efectos fisiológicos y/o morfológicos sustanciales o que exhiben una biomasa mayor que las plantas del tipo silvestre, son identificadas como plantas tolerantes al estrés abiótico.
Ensayo de tolerancia osmótica - Los ensayos de estrés osmótico (incluyendo los ensayos de cloruro de sodio y manitol) se llevan a cabo para determinar si un fenotipo de estrés osmótico era especifico de cloruro de sodio o si era un fenotipo relacionado al estrés osmótico general. Las plantas que son tolerantes al estrés osmótico pueden tener más tolerancia a la sequía y/o congelamiento. Para los experimentos de germinación con estrés salino y osmótico, el medio se suplementa por ejemplo, con 50 mM, 100 mM, 200 mM NaCl o 100 mM, 200 mM NaCl, 400 mM de manitol, 500 mM sorbitol o 15 g (gramos) PEG [Polietilén Glicol 8000] .
Ensayo de tolerancia a la sequía / osmótico - Se realiza el ensayo de tolerancia a la sequía para identificar genes que confieren una mejor supervivencia a la planta después de una privación aguda de agua. Para analizar si las plantas transgénicas son más tolerantes a la sequía, se puede realizar un estrés osmótico producido mediante osmolito no iónico de sorbitol en el medio. Las plantas de control y transgénicas se hacen germinar y desarrollar en placas de planta-agar durante 4 días, cuando se las transfiere a placas que 500 mM de sorbitol. El tratamiento produce un retardo en el crecimiento, luego ambas plantas, las de control y transgénicas, se comparan midiendo el peso de la planta (húmedo y seco) , el rendimiento y tasas de crecimiento medidas como por ejempo, tiempo para la floración.
Inversamente, las clasificaciones de sequía en base suelo se realizan con plantas que sobreexpresan los polinucleótidos descriptos arriba. Se hacen germinar semillas de plantas control de Arabidopsis u otras plantas transgénicas que sobreexpresan al polipéptido de la invención y se las transfiere a macetas. Se obtiene el estrés por sequía después de detener la irrigación acompañada por la colocación de las macetas sobre papel absorbente para aumentar la tasa de secado del suelo. Se comparan las plantas transgénicas y de control entre sí cuando la mayoría de las plantas de control desarrollan un marchitamiento severo. Se vuelve a regar las plantas después de obtener una fracción significativa de plantas de control que muestran marchitamiento severo. Se clasifican las plantas comparando con los controles según cada uno de dos criterios: tolerancia a las condiciones de sequía y recuperación (supervivencia) después de volver a regar.
Tolerancia al estrés por frío - Para analizar el estrés por frío, se transfirieron plantas maduras (de 25 días) a cámaras a 4 °C durante 1 a 2 semanas, con luz constitutiva. Luego, se regresan las plantas al invernadero. Dos semanas más tarde, se comparan los daños producidos por el período de enfriamiento, resultantes en el retraso del crecimiento y otros fenotipos, entre las plantas de control y transgénicas midiendo el peso de la planta (húmedo y seco) y, comparando ambas tasas de crecimiento medidas como tiempo para floración, tamaño de la planta, rendimiento y parámetros similares.
Tolerancia al estrés por calor - La tolerancia al estrés por calor se logra exponiendo las plantas a temperaturas superiores a los 34 °C durante un cierto período de tiempo. Se examina la tolerancia de la planta después de transferirlas de vuelta a 22 °C después de 5 días, para recuperación y evaluación con respecto a los controles internos (plantas no transgénicas ) o plantas no expuestas ni al estrés por calor ni frío .
Eficacia en el uso de agua - Puede determinarse como la biomasa producida por unidad de agua transpirada. Para analizar la EUA, se puede medir el contenido relativo de agua en hoja de las plantas de control y transgénicas. El peso fresco (FW, por sus siglas en inglés) se registra inmediatamente; luego se remojan las hojas durante 8 horas en agua destilada a temperatura ambiente en la oscuridad y se registra el peso turgente (TW, por sus siglas en inglés) . El peso total seco (DW, por sus siglas en inglés) se registra después de secar las hojas a 60 DC hasta obtener un peso constante. El contenido relativo de agua (R C, por sus siglas en inglés) se calcula de acuerdo con la siguiente Fórmula IV: Fórmula IV (FW - DW/TW - DW) X 100 Así, la presente invención tiene un elevado valor agrícola para promover el rendimiento de cultivos comercialmente deseados (por ejemplo, biomasa de órganos vegetativos como por ejemplo, madera de álamo, órganos reproductores como cantidad dé semillas o biomasa de la semilla) en condiciones normales o limitantes de crecimiento (por ejemplo, en condiciones de deficientes de nitrógeno, estrés abiótico) .
Cualquiera de las plantas transgénicas descriptas anteriormente o sus partes, puede ser procesada para producir alimento, comida, preparación de proteina o de aceite, por ejemplo, para animales rumiantes.
Las plantas transgénicas descriptas anteriormente, que exhiben un contenido aumentado de aceite pueden usarse para producir aceite vegetal (extrayendo el aceite de la planta) .
El aceite vegetal (incluyendo al aceite de semilla y/o aceite de porción vegetativa) producido de acuerdo con el método de la invención, puede combinarse con una variedad de otros ingredientes. Los ingredientes específicos incluidos en el producto se determinan de acuerdo con el uso pretendido. Los productos ejemplares incluyen alimento para animales, material prima para modificación química, plástico biodegradable, producto comestible mezcla, aceite comestible, biocombustible, aceite de cocina, lubricante, biodiesel, tentempié, cosméticos y materia prima para procesos de fermentación. Los productos ejemplares que se pueden incorporar al aceite vegetal incluyen alimentos para animales, productos comestibles para humanos como por ejemplo, snacks extruidos, panes, como agente de enlace para comestibles, alimentos para acuicultura, mezclas fermentables , suplementos comestibles, bebidas deportivas, barras de alimento nutricional, suplementos multivitaminicos , bebidas bajas calorías y alimentos de cereales. De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, el aceite comprende un aceite de semilla y/o aceite de una porción vegetativa.
De acuerdo con algunas realizaciones de la invención, la célula vegetal constituye una parte de una planta.
Como se utiliza aguí, el término "alrededor de" se refiere a ± 10 %.
Los términos "comprende", "comprendiendo", "incluye", "incluyendo, "teniendo" y sus conjugaciones, significan "incluyendo pero sin limitarse a".
La frase "consiste en" significa "incluye limitándose a".
La frase "consiste esencialmente en" significa que la composición, método o estructura puede incluir ingredientes adicionales, pasos y/o partes, pero sólo si los ingredientes adicionales, pasos y/o partes no alteran materialmente las características básicas y nuevas de la composición, método o estructura reivindicada.
Como se usa aquí, la forma singular "uno", "una" y "el" incluyen a los plurales a menos que el contexto indique claramente lo contrario. Por ejemplo, el término "un compuesto" o "al menos un compuesto" puede incluir una pluralidad de compuestos, incluyendo mezclas de los mismos.
En esta solicitud, se pueden presentar varias realizaciones de esta invención en formato de rango. Debe entenderse que la descripción en formato de rango es meramente por razones de conveniencia y brevedad y no deben considerarse como una limitación inflexible del alcance de la invención. De esta forma, la descripción de un rango debe considerarse como una descripción especifica de todos los subrangos posibles, asi como también, de los valores numéricos individuales incluidos dentro de dicho rango. Por ejemplo, la descripción de un rango tal como, entre ly 6, debe considerarse como descripción especifica de subrangos tales como, entre 1 y 4, entre 1 y 4, entre 1 y 5, entre 2 y 4, entre 2 y 6, entre 3 y 6, etc., asi como, también, los números individuales dentro de dicho rango, por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, y 6. Esto se aplica independientemente de la amplitud del rango.
Cada vez que se indica aquí un rango, se entiende que incluye cualquier número (fraccional o entero) citado dentro del rango indicado. Las frases "comprendido en un rango/dentro de un rango entre" un primer número indicado y un segundo número indicado y "comprendido en un rango/dentro de un rango entre" un primer número indicado "hasta" un segundo número indicado, se utilizan aquí de manera indistinta y se entiende incluyen al primero y segundo número indicado y todos los números fracciónales o enteros incluidos.
Como se usa aqui, el término "método" se refiere a maneras, medios, técnicas y procedimientos para lograr una tarea dada incluyendo pero sin limitarse a, aquellas maneras, medios, técnicas y procedimientos ya sea conocidos para o rápidamente desarrollados a partir de maneras, medios, técnicas y procedimientos conocidos por los técnicos de las artes químicas, farmacológica, biológica, bioquímica y médica.
Se apreciará que ciertas características de la invención que se describen con la finalidad de ofrecer claridad al contexto de realizaciones separadas, también pueden ser provistas combinadas en una sola realización. De manera inversa, varias características de la invención que se describen por razones de brevedad en el contexto de una sola realización, también pueden ser provistas separadamente o en cualquier subcombinación adecuada o, de manera adecuada en cualquier otra realización descripta de la invención. Ciertas características descriptas en el contexto de varias realizaciones no deben considerarse características esenciales de dichas realizaciones, a menos que la realización sea inoperante sin dichos elementos.
Varias realizaciones y aspectos de la presente invención tal como se detallan abajo y se reivindican en la sección reivindicaciones más adelante, tienen respaldo experimental en los siguientes ejemplos.
EJEMPLOS Ahora se hará referencia a los siguientes ejemplos que, junto con las descripciones anteriores ilustran algunas realizaciones de la invención de manera no limitante.
En general, la nomenclatura usada aquí y los procedimientos de laboratorio utilizados en la presente invención incluyen técnicas moleculares, bioquímicas, microbiológicas y técnicas de ADN recombinante . Dichas técnicas se explican minuciosamente en la literatura. Véase, por ejemplo, "Molecular Cloning: A laboratory Manual" Sambrook y colab., (1989); "Current Protocols in Molecular Biology" Volúmenes I-III Ausubel, R. M. , ed. (1994); Ausubel y colab., "Current Protocols in Molecular Biology", John Wiley and Sons, Baltimore, Maryland (1989); Perbal, "A Practical Guide to Molecular Cloning", John Wiley & Sons, New York (1988) ; Watson y colab., "Recombinant DNA", Scientific American Books, New York; Birren y colab. (eds) ' "Genorae Analysis: A Laboratory Manual Series", Vols. 1-4, Frío Spring Harbor Laboratory Press, New York (1998); metodologías como las descriptas en las Patentes Estadounidenses N° 4.666.828; 4.683.202; 4.801.531; 5.192.659 and 5.272.057; "Cell Biology: A Laboratory Handbook", Volumes I-III Cellis, J. E., ed. (1994); "Current Protocols in Immunology" Volumes I-III Coligan J. E . , ed. (1994); Stites y colab. (eds), "Basic and Clinical Immunology" (Octava Edición), Appleton & Lange, Norwalk, CT (1994); Mishell and Shiigi (eds), "Selected Methods in Cellular Immunology", W. H. Freeman and Co . , New York (1980); los inmunoensayos disponibles se describen extensivamente en la patente y literatura científica available, véase, por ejemplo, las Patentes Estadounidenses N° 3.791.932; 3.839.153; 3.850.752; 3.850.578; 3.853.987; 3.867.517; 3.879.262; 3.901.654; 3.935.074; 3.984.533; 3.996.345; 4.034.074; 4.098.876; 4.879.219; 5.011.771 y 5.281.521; "Oligonucleotide Synthesis" Gait, H. J., ed. (1984); "Nucleic Acid Hybridization" Hames, B. D., and Higgins S. J. , eds . (1985); "Transcription and Translation" Hames, B. D., y Higgins S. J. , Eds. (1984); "Animal Cell Culture" Freshney, R. I., ed. (1986); "Immobilized Cells and Enzymes" IRL Press, (1986); "A Practical Guide to Molecular Cloning" Perbal, B., (1984) y "Methods in Enzymology" Vol. 1-317, Academic Press; "PCR Protocols: A Guide To Methods And Applications", Academic Press, San Diego, CA (1990); Marshak y colab., "Strategies for Protein Purification and Characterization - A Laboratory Course Manual" CSHL Press (1996); todas ellas se incorporan aquí como referencia como si hubieran sido expuestos aquí. Se proveen otras referencias generales en el documento. Se cree que los procedimientos mencionados aquí, son conocidos en el arte y se ofrecen para conveniencia del lector. Toda la información contenida aquí se incorpora como referencia.
EJEMPLO 1 IDENTIFICACIÓN DE GENES QUE AUMENTAN LA EFICACIA EN EL USO DE NITRÓGENO, EFICACIA EN EL USO DEL FERTILIZANTE, RENDIMIENTO, CONTENIDO DE ACEITE, BIOMASA Y/O TOLERANCIA AL ESTRÉS ABIÓTICO Los genes que aumentan la eficacia en el uso de nitrógeno (EUN) , eficacia en el uso del fertilizante (EUF) , rendimiento, contenido de aceite, biomasa y/o tolerancia al estrés abiótico (ABST) fueron identificados usando varias herramientas para minería de datos y bioinformática .
Todos los grupos de datos de secuencias de nucleótido utilizados aquí, se originaron de bases de datos públicas. Los datos de secuencias de 76 especies de plantas diferentes fueron introducidos en una base de datos única, abarcante. También se incorporó información adicional sobre expresión génica, anotación de proteínas, enzimas y vías. Las bases de datos principales incluyen: • Genomas o Genoma de Arabidopsis [genoma TAIR versión 6 (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) arabidopsis (punto) org/)]; o Genoma del arroz [IRGSP construcción 4.0 (Hypertext Transfer Protocol : //rgp (punto) dna (punto) affrc (punto) go (punto) jp/IRGSP/)]; o Álamo [Populus trichocarpa versión 1.1 de JGI (versión de ensamble vl.O) (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) genome (punto) jgi-psf (punto) org/)]; o Braquipodio [ensamble JGI 4x, Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) brachpodium (punto) org)]; o Poroto de soja [DOE-JGI SCP, versión GlymaO (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) phytozome (punto) net/) ] ; o Uva [French-Italian Public Consortiura for Grapevine Genome Caracterización del genoma de vino de uva (Hypertext Transfer Protocol:// World Wide Web (punto) genoscope (punto) cns (punto) fr /)]; o Ricino [TIGR/J Craig Venter Institute 4x assembly [(Hypertext Transfer Protocol : //msc (punto) jcvi (punto) org/r_communis ] ; o Sorgo [DOE-JGI SCP, versión Sbil [Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) phytozome (punto) net/)]; • Las secuencias EST y mARN se extrajeron de las siguientes bases de datos: o GenBank (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) ncbi (punto) nlm (punto) nih (punto) gov/Genbank/ ) ; o RefSeq (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) ncbi (punto) nlm (punto) nih (punto) gov/RefSeq/ ) ; o TAIR (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (dot) arabidopsis (dot) org/) .
· Proteina y bases de datos de vías Uniprot [Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) uniprot (punto) org/].
• AraCyc [Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) arabidopsis (punto) org/biocyc/index (punto) jsp].
· ENZYME [Hypertext Transfer Protocol : //expasy (punto) org/enzyme/] .
• Las bases de datos de microensayos se bajaron de: • GEO (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) TAIR (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web.arabidopsis.org/) . o Datos de microarreglo de fibra de algodón patentados (Publicación PCT N° WO2008 /075364 ) o Datos de microarreglo patentados en ecotipos de Arabidopsis (Publicación PCT No. WO2008/122980) .
Información QTL (mapeo de locus cuantitativos) o Gramene (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (dot) gramene (dot) org/qtl/) .
Se realizó un montaje de bases de datos para armar una base de datos amplia, rica, de notación confiable y fácil de analizar formada por las secuencias mARN genómico, ESTs ADN públicas y disponibles, datos de varias cosechas asi como también expresión génica, notación de proteínas y datos de vías QTLs, y otras informaciones relevantes.
El ensamblado de la base de datos está formado por un grupo de herramientas de refinamiento genético, estructuración y notación y análisis que permiten construir una base de datos recortada para cada proyecto de descubrimiento génico. Las herramientas de refinamiento genético y estructuración permiten detectar de manera confiable las variantes de escisión y transcriptos antisentido, generando la comprensión de varios resultados fenotipicos potenciales de un solo gen. La comunidad científica ha confirmado y aceptado la capacidad de la plataforma "LEADS" de Compugen LTD para analizar el genoma humano [véase, por ejemplo, " idespread Antisense Transcription" , Yelin, y colab. (2003) Nature Biotechnology 21, 379-85; "Splicing of Alu Sequences" , Lev-Maor, y colab. (2003) Science 300 (5623), 1288-91; "Computational analysis of alternative splicing using EST tissue information" , Xie H y colab. Genomics 2002], y también, ha probado ser la más eficaz en genómica vegetal.
Agruparrtiento (clustering) EST y ensamblado génico - Para el agrupamiento y ensamblado génico de arabidopsis, arroz, uva, sorgo, braquipodio, y poroto de soja, se utilizó la versión "LEADS genómica". Esta herramienta permite el agrupamiento más preciso de secuencias ESTs y mRNA en el genoma y predice la estructura génica así como también, los eventoos de escisión alternativa y transcripción anti-sentido .
Notación genética - Se anotaron los genes y proteínas de la siguiente manera: se realizó una búsqueda Blast [Hypertext Transfer Protocol : //blast (punto) ncbi (punto) nlm (punto) nih (punto) gov /Blast (punto) cgi] contra todas las secuencias de plantas de UniProt [Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) uniprot (punto) org/]. Se analizaron los marcos de lectura abierta de cada transcripto putativo y se seleccionó el ORF más largo con mayor cantidad de homólogos como proteina predicha del transcripto. Se analizaron las proteínas predichas mediante InterPro [Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) ebi (punto) ac (punto) uk/interpro/] .
Se realizó una búsqueda Blast contra proteínas de AraCyc y se utilizaron las bases de datos ENZYME para mapear los transcriptos predichos en vías AraCyc.
Se compararon proteínas predichas de diferentes especies usando el algoritmo blast [Hypertext Transfer Protocol :/ /World Wide Web (punto) ncbi (punto) nlm (punto) nih (punto) gov /Blast (punto) cgi] para validar la precisión de la secuencia de proteína predicha y la detección eficaz de ortólogos.
Perfil de expresión génica - Se utilizaron varias fuentes de datos para realizar el perfil de expresión génica que combina datos del microensayo y el perfil de expresión digital (véase abajo). De acuerdo con el perfil de expresión génica, se realizó un análisis de correlación para identificar genes que son coregulados en diferentes etapas de desarrollo y condiciones ambientales.
Se bajaron los grupos de datos de microarreglos publicados y disponibles de los sitios de TAIR y NCBI GEO, se renormalizaron e integraron a la base de datos. El perfil de expresión es uno de los datos de recursos más importante para identificar genes importantes para EUN, ABST, rendimiento, incremiento de biomasa y/o EUF. Además, cuando se descubrió que genes homólogos de diferentes cultivos estaban asociados con el aumento de EUN, ABST, EUF, biomasa, rendimiento o contenido de aceite, los genes fueron marcados como "altamente predictivos" para mejorar la característica.
Se compiló un resumen digital de perfil de expresión para cada agrupamiento (cluster) de acuerdo con las palabras claves incluidas en los registros de secuencias que comprenden dicho agrupamiento. La expresión digital, también conocida como Northern Blot electrónico, es una herramienta que muestra el perfil de expresión virtual basado en las secuencias EST que forman el agrupamiento (cluster) génico. La herramienta puede proveer el perfil de expresión de un agrupamiento (cluster) en términos de la anatomía de la planta (por ejemplo, tejidos/órganos en el . que se expresa el gen), estado de desarrollo (las etapas de desarrollo en las que puede hallarse el gen) y perfil de tratamiento (provee las condiciones fisiológicas en las que se expresa un gen por ejemplo, sequía, frío, infección por patógenos, etc.). Dada una distribución aleatoria de ESTs en diferentes agrupamientos (clusters) , la expresión digital provee un valor de probabilidad que describe la probabilidad de que un agrupamiento (cluster) tenga un total de N ESTs que contengan X ESTs en una cierta colección de bibliotecas. Para los cálculos de probabilidad, se toma en cuenta la siguiente consideración: a) la cantidad de ESTs en el agrupamiento (cluster) , b) la cantidad de ESTs de las bibliotecas implicadas y relacionadas, c) la cantidad total de ESTs disponibles que representan las especies. Asi, los agrupamientos (clusters) con valores de baja probabilidad, se enriquecen mucho con las ESTs del grupo de bibliotecas de interés indicando una expresión especializada.
Los resultados de los datos de expresión génica del microarreglo se proven en las Tablas 1-19, más adelante.
A continuación se resumen los criterios clave utilizados para seleccionar los genes cuya expresión puede utilizarse en una planta para aumentar la EUN, EUF, biomasa, rendimiento, contenido de aceite y ABST. El plegamiento de sobreexpresión ( "Desdoblam. " ) se calcula como la relación entre la cantidad de ESTs halladas en un gen o un grupo ortólogo para cierta categoría ("Palabra Clave") y la cantidad de ESTs esperadas de acuerdo con una distribución normal. Se estimó un valor probabilístico (valor-P) para los desdoblamientos de sobreexpresión calculados. Se seleccionaron los genes en base a los resultados presentados en las Tablas 1-19 a continuación y otros filtros informáticos combinados con la curación manual detallada más adelante.
Las EUN242, EUN244, EUN234, EÜN239, EUN240, EUN514, EUN523, EUN533, EUN538, EUN548, EUN549, EUN241, EUN235, EUN251, EUN587 y EUN582 fueron seleccionadas ya que están altamente expresadas en raíces y bajo condiciones deficientes de nutrientes (como se muestra en las Tablas 1 y 2, más continuación) Tabla 1 Expresión digital de EUN242, EUN244, EUN234, EUN239, EUN240, EUN514, EUN523, EUN533, EUN538, EUN548, EUN549, EUN241, EUN235, EUN251, EUN587 y EÜN582 en diferentes tejidos Tabla 1. Expresión digital de los genes indicados en semilla en germinación, raíz, plántula y brotes. Se provee el aumento por desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados se consideraron estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Las celdas en blanco indican que, el genno está expresado o los datos no están disponibles.
Tabla 2 Expresión digital de EUN242, EUN244, EUN234, EUN239, EUN240, EUN514, EUN523, EUN533, EUN538, EUN548, EUN549, EUN241, EUN235, EUN251, EUN587 y EUN582 bajo diferentes condiciones de desarrollo Tabla 2. Expresión digital de los genes indicados en condiciones de sequía, etiolización, estrés por calor, deficiencias de nutrientes y anegamiento. Se provee el aumento por desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados son considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Se seleccionaron las EUN229, EUN248, EUN254, EUN542, EUN562, EUN237, EUN221, EUN585 y EUN588 debido a su elevada expresión en raíces y condiciones de estrés por sequía (como se muestra en las Tablas 3 y 4, a continuación) .
Tabla 3 Expresión digital de EUN229, EUN248, EUN254, EÜN542, EUN562, EUN237, EUN221, EUN585 y EUN588 en diferentes tejidos Tabla 3. Expresión digital de los genes indicados en hoja, semilla, raíz, plántula y brotes. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Tabla 4 Expresión digital de EUN229, EUN248, EUN254, EUN542, EUN562, EUN237, EUN221 y EUN588 bajo diferentes condiciones de desarrollo Tabla 4. Expresión digital de los genes indicados bajo condiciones de frío, sequía, etiolización y salinidad. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
EUN252 y MAB106, EUN265, EUN553, EUN513, EUN579, EUN580, EUN256, EUN227 y EUN223 fueron seleccionados debido a su elevada expresión en condiciones de desarrollo de etiolización (como se ilustra en la Tabla 5) .
Tabla 5 Expresión digital de EUN252, MAB106, EUN265, EUN553, EUN513, EUN579, EUN580, EUN256, EUN227 y EUN223 bajo diferentes condiciones de desarrollo Tabla 5. Expresión digital de los genes indicados bajo condiciones de sequía, etiolización, calor y metales pesados. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Nótese la elevada expresión de la EUN252 y MAB106 bajo etiolización. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Tabla 6 Expresión digital de EUN252, MAB106, EUN265, EUN553, EUN513, EUN579, EUN580, EUN256, EUN227 y EUN223 bajo diferentes condiciones de desarrollo Tabla 6. Expresión digital de los genes indicados bajo condiciones de salinidad, estrés oxidativo y anegamiento. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Las EUN224, EUN230, EUN255, EUN245, EUN237, EUN233, EUN231, EUN228, EUN225 y EUN249 fueron seleccionadas debido a su elevada expresión en raíces y expresada cuando se las trató con hormonas de plantas intrínsecamente relacionadas con el crecimiento y desarrollo de la planta (como se ilustra en la Tablas 7, 8 y 9) .
Tabla 7 Expresión digital de EUN224, EUN230, EUN255, EUN245, EUN237, EUN233, EUN231, EUN228, EÜN225 y EUN249 en diferentes tej idos Tabla 7. Expresión digital de los genes indicados en hoja, callo, raíz, plántula y brote. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Tabla 8 Expresión digital de EUN224, EUN230, EUN255, EUN245, EUN237, EUN233, EUN231, EUN228, EUN225 y EUN249 bajo diferentes condiciones de desarrollo y tratamientos Table 8. Expresión digital de los genes indicados bajo tratamiento con hormonas de desarrollo vegetal, sequía y etiolización. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Tabla 9 Expresión digital de EUN224, EUN230, EUN255, EUN245, EUN237, EÜN233, EUN231, EUN228, EUN225 y EUN249 bajo diferentes tratamientos para el desarrollo Tratamiento Genes anegamiento respuesta al fotoperíodo salinidad desdoblam. valor-p desdoblam. valor-p desdoblam. valor-p EUN224 EUN230 1 ,26 4,3E-01 EUN255 EUN245 2,00 2,7E-02 0,87 6.9E-01 EUN237 EUN233 EUN231 Tabla 9. Expresión digital de los genes indicados bajo anegamiento, respuesta al fotoperíodo y salinidad. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Las EUN268, EUN574 y EUN575 fueron seleccionadas debido a su elevada expresión en callos (un tejido con una tasa de división celular elevada) e inducidos cuando se los trató con hormonas relacionadas con el crecimiento y desarrollo de la planta (como se ilustra en la Tabla 10, a continuación) .
Tabla 10 Expresión digital de EUN268, EUN574 y EUN575 en varios tejidos y bajo diferentes condiciones y tratamientos EUN268 EUN574 EUN575 valor-p ?,??+00 9.5E-01 9,9E-01 desdoblam. anegamiento valor-p respuesta al desdoblam. 3,32 fotoperiodo valor-p 3,4E-02 desdoblam. 1 ,00 salinidad valor-p 4.3E-01 Tabla 10. Expresión digital de los genes indicados en vario tejidos (hoja, callo, raíz, plántula y brote) y bajo varios tratamientos o condiciones (hormonas de desarrollo, vegetal, sequía, etiolización, anegamiento, respuesta al fotoperiodo y salinidad. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Nótese la expresión de desdoblamiento significativa en callo y con tratamiento con hormonas de desarrollo vegetal.
CT75, CT7, CT76, CT71, CT74, CT11, CT20, CT81, CT22, CT82, CT3, CT40, CT1, CT6, CT27, CT2, EUN269, EUN545 y EUN544, se seleccionaron en base a su elevada expresión en fibra de algodón, cuya formación está fuertemente relacionada con la elongación celular (Tablas 11 y 12, a continuación) y, por lo tanto, se espera que tengan un efecto positivo sobre el desarrollo de raíz en condiciones normales, condiciones deficientes de nitrógeno, escasez de fertilizante y/o condiciones de deficiencia de agua así como también, para aumentar el contenido de aceite.
Tabla 11 Expresión digital de CT75, CT7, CT76, CT71, CT74, CT11, CT81, CT22, CT82, CT3 , CT40, CTl, CT6, CT27, CT2 , EUN269, y EUN544 en diferentes tejidos Tabla 11. Expresión digital de los genes indicados en fibras de algodón, fruto, semilla y raíz. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Nótese la expresión de desdoblamiento significativa en fibra de algodón. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Tabla 12 Expresión digital de CT75, CT7 , CT76, CT71, CT74, CT11, CT20, CT81, CT22, CT82, CT3, CT40, CTl, CT6, CT27, CT2, EUN269, EUN545 y EUN544 Tabla 12. Expresión digital de los genes indicados en plántula, tallo y hoja. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Las plantas desarrolladas bajo condiciones de baja cantidad de nitrógeno o condiciones rigurosas de sequía padecen una senescencia severa de hoja. Se seleccionaron EUN525, EUN535, EUN565, EUN578, EUN515 y EUN591 como genes altamente inducidos en hojas y bajo condiciones de estrés por deficiencias de nutrientes por sequía (como se ilustra en la Tablas 13 y 14, a continuación). Además, EUN578 muestra una fuerte inducción en plantas afectadas por estrés por calor.
Tabla 13 Expresión digital de EUN525, EUN535, EUN565, EUN578, EUN515 y EUN591 en diferentes tejidos Table 13. Expresió.n digital de los genes indicados en hoja, raiz, flor y callo. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Nótese la expresión de desdoblamiento en hoja. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Tabla 14 Expresión digital de EUN525, EUN535, EUN565, EUN578, EUN515 y EUN591 en diferentes condiciones Tabla 14. Expresión digital de los genes indicados bajo deficiencia de nutrientes, sequía, salinidad y calor. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Nótese la expresión de desdoblamiento bajo condiciones de deficiencia de nutrientes y sequía. Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Se seleccionaron EUN520, EUN521, EUN560, EUN563 y EUN573 como genes que mejoran el vigor de la plántula bajo condiciones de estrés por falta de nitrógeno'. Se seleccionaron EUN520, EUN521, EUN560 como genes que se expresan altamente en plántulas completas y son altamente inducidos bajo estrés por squía. Se seleccionó EUN563 como un gen altamente inducido en hojas de plántula y bajo estrés por salinidad. EUN573 es inducido en raíces de plántlas y bajo estrés por salinidad (véase las Tablas 15 y 16) .
Tabla 15 Expresión digital de EUN520, EUN521, EUN560, EUN563 y EUN573 en diferentes tejidos Tabla 15. Expresión digital de los genes indicados en hoja, raíz, flor y plántula. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Nótese la expresión de desdoblamiento en hoja (EUN563) , raíz (EUN573) y plántula (EUN520, EUN521, EUN560, EUN563 y EUN573) . Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Tabla 16 Expresión digital de EUN520, EUN521, EUN560, EUN563 y EUN573 bajo diferentes condiciones Tabla 16. Expresión digital de los genes indicados bajo condiciones de deficiencia de nutrientes, sequía, calor y salinidad. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Nótese la expresión de desdoblamiento bajo condiciones de sequía (EUN520, EUN521, EUN560) y salinidad (EUN563 y EUN573) .
Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Las plántulas y el cultivo de células constituyen tejidos de rápido crecimiento. Además, las plántulas de raíz emergente elongan muy rápidamente para alcanzar el agua . y nitrógeno disponibles en suelos más profundos. Se selecionaron EUN520, EUN211, EUN564 y EUN567 por su elevada expresión en plántulas con raíz y/o plántulas completas, mientras que EUN519 se seleccionó debido a su elevada expresión en plántulas con raíz y cultivos celulares (véase la Tabla 17).
Tabla 17 Expresión digital de EUN520, EUN211, EUN564, EUN567, y EUN519 en diferentes tejidos Tabla 17. Expresión digital de los genes indicados en hoja, suspensión de células, raíz, plántula y brote. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los' resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Nótese la expresión de desdoblamiento en raíz (EUN211, EUN564, EUN567 y EUN519) y plántula (EUN211 y EUN564). Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Se indujeron EUN528, EUN571, EUN531 y EUN590 mediante estrés por baja temperatura. El estrés por baja temperatura reduce la fotosíntesis de la planta y produce un efecto similar al observado en plantas que se desarrollan en condiciones de nitrógeno deficiente (véase la Tabla 18).
Tabla 18 Expresión digital de EUN528, EUN571, EUN531 y EUN590 bajo diferentes condiciones Tabla 18. Expresión digital de los genes indicados bajo condiciones de deficiencias de nutrientes, frío, calor, salinidad y sequía. Se provee el aumento de desdoblamiento y los valores-p calculados. Los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el valor-p era inferior a 0,05. Nótese la expresión de desdoblamiento bajo deficiencias de nutrientes (EUN528) y baja temperatura (EUN528, 571, 531 y 590) . Las celdas en blanco indican que el gen no está expresado o los datos no están disponibles.
Se seleccionó EUN206 en base a su análisis de expresión digital. Se demostró que EUN206 está altamente expresada en raices (2,4 desdoblamiento p < 0,05) hay indicaciones de estar inducida por baja temperatura (2,2 desdoblam. p < 0,08). EUN208 y EUN210 son genes de tomate que están expresados en el fruto y durante la maduración del fruto, respectivamente. Estas etapas fueron consideradas importantes para mantener una elevada turgencia celular. EUN209 es una proteina putativa de homeodominio HB2 altamente expresada en capullos de flor. Se seleccionó como gen que pertenece a un grupo ortólogo de genes que son altamente inducidos por las hormonas de desarrollo vegetal como por ejemplo, auxinas (5 desdoblam. p < 0,002), y en tejidos que mantinen una elevada turgencia celular como por ejemplo, la pulpa del fruto (3 desdoblam. p < 0,00098) y en callo (2 desdoblam. p < 0,0003). EUN246 se seleccionó debido a su elevada expresión en el pericarpio del fruto (3,7 desdoblam. p < 0,01) y debido a que es altamente inducido por sequía (4 desdoblam., p < 0,0013). EUN516 es un interactor de kinasa putativa Pto seleccionado por su inducción bajo condiciones de sequía (3,2 desdoblam., p < 0,03) y antes de la etapa de floración (2,0 desdoblam. p < 0,02). Se eligió EUN527 debido a su expresión en diferentes deficiencias de nutrientes (3,7 desdoblam. p < 0,002) estando principalmente expresada bajo deficiencia de fosfato (4 desdoblam. , p < 0,006) . EUN547, que es una nucleasa putativa dependiente de Ca(2+), se seleccionó como un gen inducido en flores durante la etapa pre-antesis (2,0 desdoblam. p< 0,04) . ' EUN551 es una proteína no caracterizada que se clasificó y eligió como un gen que es inducido en flores (2,6 desdoblam. p < 0,007) y está involucrado en el metabolismo de carbono de la planta (GO: 0005975 metabolismo de carbohidratos) . EUN554 fue caracterizada como proteína del tipo de enlace TBP que es inducida en brotes (1,8 desdoblam. p < 8e-09) durante la etapa de relleno de la vesícula y/o grano lechoso (3,4 desdoblam. p < le-08) . EUN583 es una proteína no caracterizada altamente expresada en flores (2,5 desdoblam. p < 0,006) e inducida significativamente mediante citoquininas (4,0 desdoblam. p < 2e-05) . EUN584 es una proteína desconocida altamente inducida en brotes y raíces (6,0 desdoblam. p < 8e-07) y sobrerepresentada bajo condiciones de deficiencia de nutrientes (6,0 desdoblam. p < le-08) y sequía (3,0 desdoblam. p<0,03) . EUN592 es una proteína desconocida inducida por deficiencia de fosfato (2,0 desdoblam. p< 0,05) y mediante las hormonas relacionadas con el estrés (6,1 desdoblam. p < 2E-05) .
Otros genes EUN y MAB se seleccionaron en base a su expresión inducida en diferentes experimentos de microarreglos. Los experimentos seleccionados de Gene Expression Omnibus (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (dot) nebí (dot) nlm (dot) nih (dot) gov/geo/) son de estrés abiótico (sequía, salinidad) GSE6901, deficiencia de nitrógeno GSE4409, baja temperatura GSE3326, atlas sobre la actividad del arroz GSE6893, y auxina GSE3350. De TAIR (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (dot) arabidopsis (dot) org/servlets/Search?type=expr&search_action=ne _search) , se eligieron los experimentos sobre salinidad 1007966888, agente osmótico 1007966835, baja temperatura 1007966553 y aplicación de ABA 1007964750, y de Nascarrays (Hypertext Transfer Protocol : //affymetrix (dot) arabidopsis (dot) info/narrays/experimentbrowse (dot) pl)/ se eligió un experimento sobre deficiencia de Nitrógeno, NASCARRAYS-136. Además, se utilizaron datos de un microarreglo sobre fibra de algodón patentada para detectar la expresión de los genes específicamente en fibra de algodón o raíz (Publicación PCT No: WO 2008/075364) .
En base al análisis de los experimentos de microarreglo descriptos anteriormente, se seleccionó EUN222 debido a que está altamente expresada bajo deficiencia de nitrógeno, salinidad y debido a que está altamente inducida por ABA (véase, Tabla 19, más adelante) . Se seleccionaron EUN267 y EUN206 como genes que son altamente inducidos por salinidad, 'baja temperatura y ABA. La EUN212 es un gen de algodón específicamente expresado en raíces. MAB52 se seleccionó debido a que es inducido por sequía. MAB53 fue seleccionado porque está inducido por deficiencia de nitrógeno y es un ortólogo funcional de MAB106. EUN566 y EUN568 fueron selecionados por su elevada expresión en hojas cuando ' se los compara con su expresión en raices) . EUN570 fue selecionado debido a que está altamente sobrerepresentado en las bibliotecas EST de hojas (5 desdoblam. p< 0,001) y está inducido por salinidad en el experimento del microarreglo. EUN540 está expresado en raices y está relacionado con la diferenciación de célula ciliada de raíz (GO:0048765) . EUN539, EUN543, EUN576 y EUN577 fueron seleccionados por estar altamente inducidos por deficiencia de nitrógeno. EUN577 también fue seleccionada por estar inducida por estrés por salinidad y baja temperatura. Se seleccionó EUN569 por estar inducido bajo condiciones de salinidad y agente osmótico. EUN586 se seleccionó por estar inducido cuando se trató con la hormona de crecimiento auxina. Se seleccionó EUN253 como gen altamente expresado bajo deficiencia de nitrógeno y EUN593 se seleccionó como gen altamente expresado bajo condiciones de salinidad.
Tabla 19 Análisis de expresión mediante microarreglo de EUN222, EUN267, EUN206, EUN212, MAB52, MAB53, EUN539, EUN543, EUN576, EUN566, EÜN568, EUN569, EUN570, EUN572, EUN581, EUN540, EUN586, EUN577, EUN253 y EUN593 Tabla 19: Análisis de expresión mediante microarreglo de los genes indicados bajo condiciones de salinidad, sequía, agente osmótico, nitrógeno deficiency, baja temperatura, ABA (ácido abscísico) y en raíces, brote y auxina. Las celdas en blanco indican que altuno de los genes no está expresado.
EUN49, EUN50 y EUN102 son variantes de genes previamente descriptos que se seleccionaron originalmente para rendimiento y mejora de la EUN (Publicación PCT No. WO2007/049275) .
Se identificó en todos los 137 genes un impacto principal sobre la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento (por ejemplo, rendimiento de semilla, rendimiento de aceite, cantidad y/o cualidad del grano) , tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite, tolerancia al estrés abiótico y/o eficacia en el uso de agua cuando se aumenta su expresión en plantas. Los genes identificados, sus secuencias de polinucleótido y polipéptido curadas, asi como también sus secuencias actualizadas de acuerdo con la base de datos del GenBank, se resumen en la Tabla 20, a continuación.
Tabla 20 Genes que afectan la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite, tolerancia al estrés abiótico y/o eficacia en el uso de agua Polín.
Nombre del gen Nombre del agrupamiento (cluster) Organismo Polip. NR ID DE SEC: NR ID DE SEO EUN228 rice|gb l 57.2| AA753730 arroz 33 170 EUN229 maize|gbl64|AW455682 maíz 34 171 EUN230 rice|gb I 57.2| AA749861 arroz 35 172 EUN231 rice|gbl 57.2| A .108994 arroz 36 173 EUN233 rice|gbl 57.2|CB640732 arroz 37 174 EU 234 poplar|gbl 57.2|BU868634 álamo 38 175 EUN235 soybean|gbl62|CA852963 soja 39 176 EUN237 rice|gbl 57.2|BI81 1377 arroz 40 177 EUN239 poplar|gbl 57.2|BU880014 álamo 41 178 EUN240 poplar|gbl 57.2|AJ407707 álamo 42 179 EUN241 tomato|gb! 64|BGl 29806 tomate 43 180 EU 242 tomato|gbl64|BG791300 tomate 44 181 EUN244 soybean|gbl62|CF808561 soja 45 182 EUN245 rice|gbl 57.2|AT003383 arroz 46 183 EUN246 grape|gbl60|CF207859 uva 47 184 EUN248 maize|gbl57|BG354535 maíz 48 185 EU 249 rice|gbl 57.2|AU029933 arroz 49 186 EUN250 rice|gbl57.2|AK.102239 arroz 50 187 EUN251 sorghum|gb 161.xeno| A1947781 sorgo 51 188 EU 252 arabidopsis|gb 165|AT1 G58030 arabidopsis 52 189 EU 253 rice|gbl57.2|AF145730 arroz 53 190 EUN254 maize|gbl64|AI600563 maíz 54 191 EUN255 rice|gbl 57.2|CB000630 arroz 55 192 EUN256 wcalor|gbl54|TG BE216912 trigo 56 193 ??G?265 rice|gbl 57.2|BE039218 arroz 57 194 EU 267 arabidopsislgbl 65|AT5G60680 arabidopsis 58 195 EU 268 rice|gbl57.2|AA750934 arroz 59 196 EU 269 cotton|gbl 64|A1730085 algodón 60 197 EUN49 maize|gb l54|AW037179 maíz 61 198 EU 50 maize|gbl64|AW287760 maíz 62 199 EUN51 1 maize|gbl 57|AW360667 maíz 63 200 EUN512 arabidopsislgbl 57.2|AT5G23460 arabidopsis 64 201 EU 513 arabidopsislgbl 57.2|AT3G26100 arabidopsis 65 202 EUN5 I4 soybean|gbl 62|SOYHPR soja 66 203 EUN515 arabidopsis|gb 165|AT 1 G44920 arabidopsis 67 204 EUN515 arabidopsis|gbl 57.2|ATlG44920 P l arabidopsis 67 266 EUN516 arabidopsislgbl 57.2|AT1 G48210 arabidopsis 68 205 EUN519 wcalor|gb! 64|BE445396 trigo 69 206 EUN520 rice|gbl 57.2|B1305493 arroz 70 207 EUN521 rice|gbl 57.2|AU077950 arroz 71 208 EUN523 sorghum|gb 161.xeno| A1901439 sorgo 72 209 EUN525 sorghum|gb 161.xeno|A W052978 sorgo 73 210 EUN527 sorghum|gb 161.xeno| AW055409 sorgo 74 21 1 EUN528 sorghum|gb 161.xeno|A1372194 sorgo 75 212 EUN531 rice|gbl57.2|BI805136 arroz 76 213 EU 532 maize|gbl 64|AW054475 maíz 77 214 EUN533 soybean|gbl 66|AW350050 soja 78 215 EUN535 sorghum|gb 161.crp|BE599042 sorgo 79 216 EUN536 maize|gbl64|BQ279657 maíz 80 217 EUN537 barley|gbl 57.2|AJ234408 cebada 81 218 EUN538 sorghum|gbl61.xeno|AW923729 sorgo 82 219 EUN539 rice|gb l 57.2|AW155216 arroz 83 220 EUN540 arabidopsislgbl 57.2|AT1G 13980 arabidopsis 84 221 EUN542 arabidopsislgbl 57.2|AT3G46280 arabidopsis 85 222 EUN543 rice|gbl 57.2|AK063415 arroz 86 223 EUN544 cotton|gbl64|BQ412384 algodón 87 224 EUN545 cotton|gbl64|A1055737 algodón 88 225 EUN547 sorghum|gb 161.xeno|BI 139559 sorgo 89 226 EUN548 sorghum|gb 161.xeno|BQ279657 sorgo 90 227 Polin.
Nombre del gen Nombre del agolpamiento (cluster) Organismo Polip. NR ID DESEC: NR ID DE SEC: EUN549 sorghum|gb 161.xeno| AF 019147 sorgo 91 228 EUN550 canola|gbl61 |EE559843 cañóla 92 229 EUN551 barley|gbl57.3|BE420701 cebada 93 230 EUN553 barley|gbl57.3|BE421829 cebada 94 231 EUN554 sorghumlgb 161.xeno| AAO 1 1880 sorgo 95 232 EUN560 rice|gbl 57.2|BE229552 arroz 96 233 EU 562 rice|gbl57.2|BE039784 arroz 97 234 EUN563 rice|gbl57.2|AU057884 arroz 98 235 EUN564 maize|gbl64|AI619269 maíz 99 236 EUN565 arabidopsis|gb 157.2| AT5G 15080 arabidopsis 100 237 EUN566 arabidopsis|gb 165 |AT2G43700 arabidopsis 101 238 EUN567 arabidopsis|gbl65|ATl G60680 arabidopsis 102 239 EUN568 arabidopsis|gb 165|AT1 G78450 arabidopsis 103 240 EUN569 arabidopsis|gbl65|AT2G03890 arabidopsis 104 241 EUN570 arabidopsis|gb 1651 AT 1 G43910 arabidopsis 105 242 EUN571 arabidopsis|gbl57.2|ATlG47530 arabidopsis 106 243 EUN572 arabidopsis|gbl57.2|AT2G24240 arabidopsis 107 244 EUN573 arabidopsis|gbl65|AT4G15390 arabidopsis 108 245 EUN574 rice|gbl57.2|BI807603 arroz 109 246 EUN575 rice|gbl 57.2|AU068829 arroz 1 10 247 EUN576 ricelgbl 57.2| AA752451 arroz 1 1 1 248 EUN577 arabidopsis|gbl65|ATl G67800 arabidopsis 1 12 249 EUN578 wcalor|gbl64|BE401454 trigo 1 13 250 EUN579 arabidopsis|gbl 651 ATI G70850 arabidopsis 1 14 251 EUN580 arabidopsis|gbl65|AT2G35880 arabidopsis 1 15 252 EUN581 arabidopsis|gb 165|AT1 Gl 2845 arabidopsis 1 16 253 EUN582 sorghum|gb 161.xeno|T 18303 sorgo 1 17 254 EUN583 ricelgbl 57.2|AU 172665 arroz 1 18 255 EUN584 sorghumlgb 161.crp| AW923545 sorgo 1 19 256 EUN585 arab¡dopsis|gb 1651 AT 1 G71900 arabidopsis 120 257 EUN586 arabidopsis|gb 165|AT1 G72320 arabidopsis 121 258 EUN587 sorghumlgb 161.xeno| AW672541 sorgo 122 259 ELTN588 rice|gb l 57.2|AA750816 arroz 123 260 EUN590 sorghumlgb 161.xeno| AI622209 sorgo 124 261 EUN591 sorghum|gbl 61.xeno|BE 123399 sorgo 125 262 EUN592 sorghumlgb 161.xeno| A1901557 sorgo 126 263 EUN593 arabidopsis|gb 165|AT2G04066 arabidopsis 127 264 CT82 cotton|gbl64|BQ402794 TI algodón 128 153 EU 102 maize|gbl64|AI974922 TI maíz 129 265 EUN21 1 rice|gbl57.2|AU174544 TI arroz 130 162 EUN212 cotton|gbl64|CO081293 TI algodón 131 163 EUN269 cotton|gb!64|AI730085 TI algodón 132 1 7 EUN 1 wcalor|gbl 64|BE445396 TI trigo 133 206 EUN535 sorghumlgbl 6 l .xeno|BE599042 TI sorgo 134 267 EUN537 barley|gbl57.2|AJ234408 TI cebada 135 218 EUN544 cotton|gbl64|BQ412384 TI algodón 136 268 EUN584 sorghumlgbl 6 l .xeno|AW923465 TI sorgo 137 269 Tabla 20. Se proveen polinucleótidos (polin.) polipéptidos (polip.) que afectan la eficacia en el uso d nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite tolerancia al estrés abiótico y/o eficacia en el uso de agua de una planta.
EJEMPLO 2 IDENTIFICACIÓN DE HOMÓLOGOS QUE AFECTAN LA EUN, EUF, RENDIMIENTO, TASA DE CRECIMIENTO, VIGOR, BIOMASA, CONTENIDO DE ACEITE, ABST Y UE Los conceptos de ortología y paralogia han sido aplicados recientemente a caracterizaciones y clasificaciones funcionales sobre la escala de comparaciones de genomas completos. Los ortólogos y parálogos constituyen dos tipos principales de homólogos. El primero evolucionó de un ancestro común mediante especialización y el último, esta relacionado mediante eventoos de duplicación. Debe comprenderse que los parálogos que surgen de eventoos de duplicación antiguos probablemente tengan función divergente mientras que es más probable que los verdaderos ortólogos retengan su función idéntica en el transcurso del tiempo de evolución.
Para investigar e identificar más a los ortólogos putativos de los genes que afectan la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento (por ejemplo, rendimiento de semilla, rendimiento de aceite, biomasa, cantidad y/o cualidad del grano), tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite, tolerancia al estrés abiótico y/o eficacia en el uso de agua (presentados en la Tabla 20, arriba) se alinearon todas las secuencias usando el BLAST (/Basic Local Alignment Search Tool/) . Se agruparon tentativamente las secuencias lo suficientemente similares. Estos ortólogos putativos luego se organizaron en un Filograma un diagrama (árbol) de ramificación tomado como una representación de relaciones en la evolución entre taxonomías biológicas. Estos ortólogos putativos se organizaron después en cuanto a la coincidencia con el filograma -un diagrama con ramificaciones (árbol) considerado como una representación de las relaciones evolucionarías entre los taxones biológicos. Los grupos ortólogos putativos se analizaron en cuanto a la coincidencia con el filograma y, en casos de desacuerdo, se quebraron los grupos ortólogos no coincidentes. Se analizaron los datos de expresión y se clasificaron las bibliotecas EST usando un vocabulario fijo de términos comunes como por ejemplo, etapas de desarrollo (por ejemplo, genes que muestran un perfil de expresión similar a través del desarrollo con regulación ascendente en una etapa especifica, como la etapa de llenado de semillas) y/o órganos vegetales (por ejemplo, genes que muestran un perfil de expresión similar en sus órganos con regulación ascendente en órganos específicos como por ejemplo, la raíz) . Las notaciones de todas las ESTs agrupadas en un gen fueron analizadas estadísticamente mediante la comparación de su frecuencia en el grupo (cluster) contra su abundancia en la base de datos, permitiendo la construcción de un perfil de expresión numérico y gráfico de dicho gen, que se llamó "expresión digital". La razón de usar estos dos métodos complementarios con métodos de estudio de asociación fenotipica de QTLs y correlación de expresión de fenotipo está basada en la presunción de que los verdaderos ortólogos probablemente retienen una función idéntica durante el tiempo de evolución. Estos métodos proveen dos grupos diferentes de indicaciones sobre las similitudes de función entre los genes homólogos, similitudes a nivel de secuencia - aminoácidos idénticos en dominios de proteina y similitud en perfiles de expresión.
La búsqueda e identificación de genes homólogos incluye la clasificación de la información de secuencias disponible, por ejemplo, en bases de datos públicas, que incluyen pero no están limitadas a la Base de Datos de ADN de Japón (DDBJ) , Genbank, y European Molecular Biology Laboratory Nucleic Acid Sequence Datábase (EMBL) o sus versiones o la base de datos MIPS. Se han desarrollado una cantidad de algoritmos diferentes de búsqueda incluyendo pero sin limitarse al conjunto de programas referidos como programas BLAST. Existen cinco implementaciones de BLAST, tres diseñadas para secuencias query de nucleótido (BLASTN, BLASTX, y TBLASTX) y dos diseñadas para secuencias query de proteina (BLASTP y TBLASTN) (Coulson, Trends in Biotechnology : 76-80, 1994; Birren y colab., Genome Analysis, I: 543, 1997). Dichos métodos incluyen la alineación y comparación de secuencias. El algoritmo BLAST calcula la identidad de secuencia porcentual y realiza análisis estadístico de similitudes entre dos secuencias. El software para realizar el análisis BLAST se encuentra disponible al público a través del National Centre for Biotechnology Information. Otros de dicho software y algoritmos son GAP, BESTFIT, FASTA y TFAS A. GAP utilizó el algoritmo de Needleman y Wunsch (J. Mol. Biol. 48: 443-453, 1970) para encontrar la alineación de dos secuencias completas que maximiza la cantidad de coincidencias (matches) y minimiza la cantidad de gaps .
Los genes homólogos pueden pertenecer a la misma familia génica. El análisis de una familia génica puede llevarse a cabo usando el análisis de similitud de secuencias. Para realizar este análisis se pueden utilizar los programas estándar para múltiples alineaciones, por ejemplo, Clustal W. Un árbol que liga vecinos de homólogos de proteínas a los genes en esta invención, puede utilizarse para proporcionar un panorama de las relaciones estructurales y ancestrales. Se puede calcular la identidad de secuencia usando un programa de alineación como describimos anteriormente. Se espera que otras plantas porten un gen funcional similar (ortólogo) o una familia de genes similares y, aquellos genes proporcionarán el mismo fenotipo preferido que los genes presentes aquí. Ventajosamente, estos miembros de familia pueden ser útiles para los métodos de algunas realizaciones de la invención. Ejemplos de otras plantas incluyen pero no están limitados a cebada (Hordeum vulgare) , Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) , maíz (Zea mays) , algodón (Gossypium) , colza (Brassica napus) , arroz (Oryza sativa) , caña de azúcar (Saccharum officinarum) , Sorgo (Sorghum bicolor), soja (Glycine max) , girasol (Helianthus annuus) , Tomate (Lycopersicon esculentum) y trigo (Triticum aestivum) .
Los análisis anteriormente mencionados para homología de secuencia, preferentemente, se llevan a cabo en una secuencia de longitud completa, aunque también pueden basarse en una comparación de ciertas regiones como por ejemplo, los dominios conservados. La identificación de dichos dominios, también podría estar dentro del alcance de la persona experta en el arte e involucraría, por ejemplo, un formato legible por computadora de los ácidos nucleicos de la presente invención, el uso de programas de software para alineaciones y el uso de información pública disponible sobre dominios de proteínas, motivos conservados y cajas. Esta información está disponible en la base de datos de PRODOM (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) biochem (punto) ucl (punto) ac (punto) uk/bsm/dbbrowser/protocol/prodomqry (punto) html), PIR (Hypertext Transfer Protocol : //pir (punto) Georgetown (punto) edu/) o Pfam (Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) sanger (punto) ac (punto) uk/Software/Pfam/ ) . Los programas de análisis de secuencias diseñados para la búsqueda de motivos pueden usarse para la identificación de fragmentos, regiones y dominios conservados como se mencionó anteriormente. Los programas para computadora preferidos incluyen, pero no están limitados a, MEME, SIGNALSCAN, y GENESCAN.
El experto en el arte puede utilizar las secuencias homologas provistas aquí, para encontrar secuencias similares en otras especies y organismos. Los homólogos de una proteina incluyen, péptidos, oligopéptidos, polipéptidos , proteínas y enzimas que tienen sustituciones, eliminaciones y/o inserciones de aminoácido relacionadas con la proteina no modificada en cuestión y que tienen actividades biológicas y funcionales similares a las de la proteína no modificada de la que derivan. Para producir dichos homólogos, se pueden reemplazar los aminoácidos de la proteína por otros aminoácidos que tengan propiedades similares (cambios conservativos, como por ejemplo, hidrofobicidad, hidrofilicidad, antigenicidad, propensión a formar o romper estructuras a-helicoidales o estructuras de 3-láminas) . Se conocen bien en el arte las tablas de sustitución conservativa (véase, por ejemplo, Creighton (1984) Proteins . W.H. Freeman and Company) . Los homólogos de ácido nucleico incluyen ácidos nucleicos que tienen sustituciones, eliminaciones y/o inserciones de nucleótido relacionadas con el ácido nucleico no modificado en cuestión y que tienen actividades biológicas y funcionales similares a las del ácido nucleico no modificado del que derivan.
La Tabla 21, abajo, ofrece una lista resumida de secuencias ortólogas y homologas de las secuencias de polinucleótido (NRs ID DE SEC: 1-137) y secuencias de polipéptido (NRs ID DE SEC: 138-269) presentadas en la Tabla 20, que fueron identificadas usando BLAST (programas TBLASTN y BlastP) que tienen al menos, un 80% de identidad con respecto a los polipéptidos seleccionados y que se espera posean la misma función en la EUN, ABST, EUF, WUE, incrementoo de biomasa, incrementoo en la tasa de crecimiento, rendimiento, vigor y/o contenido de aceite de las plantas.
Tabla 21 Homólogos de los polinucleótidos y polipéptidos identificados que afectan la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite, tolerancia al estrés abiótico y/o eficacia en el uso de agua de una planta Polín. Nombre del %de .
Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Organismo Algo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global cotton|gbl64|AI72 270 cacao|gbl67|CU484898 cacao 1334 138 88.2 blastp 5990 cotton|gbl 64|AI72 271 cotton|gbl 64|AI726705 algodón 1335 138 86.9 blastp 5990 almond|gbl57.2|AY94 cotton|gbl64|AI72 272 almendra 1336 139 85.7 7462 blastp 5968 apple|gbl 57.3|C04159 cotton|gbl64|AI72 273 manzana 1337 139 32 83.5 blastp 5968 cotton|gbl64|AI72 274 bean|gbl67|CA902463 poroto 1338 139 87.9 blastp 5968 cotton|gbl64|A172 275 cacao|gbl 67|CU519200 cacao 1339 139 95.5 blastp 5968 cotton|gbl64|AI72 276 citnis|gbl66|CK936045 cítrico 1340 139 92.4 blastp 5968 277 cotton|gbl64|AI72 cotton|gbl64|AI728519 algodón 1341 139 90.7 blastp 5968 278 grape|gbl60|AF373604 cotton|gbl64|A172 uva 1342 139 86.2 blastp 5968 lotus|gbl57.2|AY77040 cotton|gbl 64|A172 279 loto 1343 139 85.7 5 blastp 5968 medicago|gbl57.2|BI31 cotton|gbl64|AI72 280 medicago 1344 139 87.4 blastp 1053 5968 papaya|gbl65|GFXEUl 281 cotton|gb!64|AI72 papaya 1345 139 41966X1 90.1 blastp 5968 Polin. Nombre del %de Homología NR /D Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global poplar|gbl 70|BU88288 cotton|gbl64|A172 282 álamo 1346 139 87.6 blastp 9 5968 poplar|gbl 70|CV25650 cotton|gbl64|A172 283 álamo 1347 139 83.9 blastp 7 5968 prunus|gbl67|AJ8251 1 ciruela cotton|gbl64|AI72 284 1348 139 85.2 blastp 6 europea 5968 soybean|gbl68|BE6599 cotton|gbl64|A172 285 soja 1349 139 87.4 blastp 13 5968 soybean|gbl68|BE6599 cotton|gbl64|AI72 286 soja 1350 139 85.2 blastp 15 5968 spurge|gbl61 |DV 14372 cotton|gbl64|A172 287 euforbiácea 1351 139 84.75 tblastn 0 5968 cotton|gbl64|A172 288 cotton|gbl64|AI726482 algodón 1352 140 98.1 blastp 7334 cotton|gbl64|A172 289 cacao|gbl 67|CU473257 cacao 1353 141 87.4 blastp 6497 cotton|gbl64|BF27232 cotton|gbl64|AI72 290 algodón 1354 141 83.3 blastp 6 6497 cotton|gbl64|AI72 291 cotton|gbl64|AI729672 algodón 1355 144 83.7 blastp 5456 cotton|gbl64|CB35046 cotton|gbl64|BE05 292 algodón 1356 145 87.8 blastp 0 2317 cotton|gbl 64|DV43794 cotton|gbl64|BE05 293 algodón 1357 145 6 87.8 blastp 2317 cotton|gbl64|A172 294 cotton|gbl64|A1726435 algodón 1358 146 95.1 blastp 6479 cotton|gbl64|A172 295 cacao|gbl67|CF972823 cacao 1359 148 81.4 blastp 5508 cotton|gbl64|AI72 296 cotton|gbl64|AI725520 algodón 1360 148 81.8 blastp 5508 cotton|gbl64|BE05438 cotton|gbl 64|A172 297 algodón 1361 148 85.4 blastp 1 5508 cotton|gbl64|A172 298 cotton|gbl 64|AI726610 algodón 1362 149 86.8 blastp 5950 cotton|gbl64|AI72 299 cotton|gbl64|AI731567 algodón 1363 149 96.4 blastp 5950 cotton|gbl64|AI72 300 cotton|gbl 64|AI726627 algodón 1364 150 96.4 blastp 6599 brachyvainaium|gbl69| 301 braquipodio 1365 154 barley|gb 157.2| AL 84.7 blastp BE425417 450627 leymus|gbl 66|EG3888 barley|gb 157.2| AL 302 leymus 1366 154 86.4 30 blastp 450627 pseudoroegneria|gb 167| pseudoroegn barley|gb 157.2| AL 303 1367 154 89.4 blastp FF340314 eria 450627 wcalor|gbl64|BE42993 barley|gbl57.2|AL 304 trigo 1368 154 89.4 1 blastp 450627 switchgrass|gb 167|DN 1 césped de 305 rice|gbl57.2|BI805 1369 156 42225 82.5 pradera blastp 919 brachy vainaium|gb 169| maize|gb l70|AI97 306 Braquipodio 1370 157 85.2 blastp BE425715 4922 brachyvainaium|gb 169| 306 maize|gbl64|A197 braquipodio 1370 265 81 blastp BE425715 4922 maize|gbl 70|BG32061 307 maize|gbl70|A197 maíz 1371 157 92.1 blastp 5 4922 maize|gbl70|BG32061 maize|gbl64|A197 307 maíz 1371 265 5 86 blastp 4922 maize|gbl70|A197 308 maize|gbl 70|CF023721 maíz 1372 157 89.1 blastp 4922 Polin. Nombre del Yode Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global maize|gbl 64|AI97 308 maize|gbl 70|CF023721 maíz 1372 265 87.5 blastp 4922 ma¡ze|gbl 70|A197 309 maize|gbl 70|CF059393 maíz 1373 157 87.6 blastp 4922 maize|gbl64|AI97 309 maize|gbl70|CF059393 maíz 1373 265 86 blastp 4922 maize|gbl 70|SRR0145 maize|gbl64|AI97 310 maíz 1374 265 88.1 blastp 51 S0286097 4922 maize|gbl70|SRR0145 maize|gbl 70|AI97 310 maíz 1374 157 85.1 blastp 51 S0286097 4922 rice|gbl70|OSHG0902 maize|gbl64|A197 31 1 arroz 1375 265 83.56 tblastn 0 4922 rice|gbl70|OSH G0902 maize|gbl 70|AI97 31 1 arroz 1375 157 80.1 blastp 0 4922 rice|gbl 70|OS12G0809 maize|gbl 70|AI97 312 arroz 1376 157 86 blastp 0 4922 rice|gbl 70|OS12G0809 maize|gbl64|A197 312 arroz 1376 265 81.3 blastp 0 4922 rice|gbl70|OS12G0813 maize|gbl 70|A197 313 arroz 1377 157 86.2 blastp 0 4922 rice|gbl70|OS12G0813 maize|gbl64|AI97 313 arroz 1377 265 81.5 blastp 0 4922 sorghum|gb 161.crp|BE maize|gbl 70|AI97 314 sorgo 1378 157 95.6 blastp 35881 1 4922 sorghum|gb 161.crp|BE maize|gbl64|A197 314 sorgo 1378 265 89.8 blastp 358811 4922 sorghum|gb 161.crp|BG maize|gbl 70|AI97 315 sorgo 1379 157 89.1 blastp 052599 4922 sorghum|gb 161.crp|BG maize|gbl64|AJ97 315 sorgo 1379 265 87.5 blastp 052599 4922 sorghum|gb 161.crp|BG maize|gbl 70|A197 316 sorgo 1380 157 91 blastp 464355 4922 sorghum|gb 161.crp|BG maize|gbl 64|A197 316 sorgo 1380 265 85.6 blastp 464355 4922 sorghum|gb 161.crp|BG maize|gbl 70|AI97 317 sorgo 1381 157 89.1 blastp 488442 4922 sorghum|gb 161.crp|BG maize|gbl64|AI97 317 sorgo 1381 265 87.7 blastp 488442 4922 sorghum|gb 161.crp|SB maize|gbl70|AI97 318 sorgo 1382 157 87.6 blastp GWP027891 4922 sorghum|gb 161.crp|SB maize|gbl64|A197 318 sorgo 1382 265 86 blastp GWP027891 4922 wcalor|gbl64|BI47903 maize|gbl 64|AI97 319 trigo 1383 265 81.74 tblastn 1 4922 wcalor|gbl64|BI47903 maize|gbl70|A197 319 trigo 1383 157 1 80.33 tblastn 4922 b rapa|gbl 62|BG54404 arabidopsis|gbl65| 320 b rapa 1384 158 87.5 blastp 7 AT4G24960 b rapa|gbl 62|EX08764 arabidopsis|gbl65| 321 b_rapa 1385 158 82.2 blastp 9 AT4G24960 canola|gbl61 |DY02004 322 arabidopsis|gbl65| cañóla 1386 158 86.8 blastp 2 AT4G24960 radish|gbl64|EV53886 arabidopsis|gb 165 323 rábano 1387 158 1 84.4 blastp 7 AT4G24960 radish|gbl64|EV54490 arabidopsis|gbl65| 324 rábano 1388 158 85.1 2 blastp AT4G24960 radish|gbl64|EX74692 arabidopsis|gbl65| 325 rábano 1389 158 8 84.4 blastp AT4G24960 Polín. Nombre del %de Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global radish|gbl 64|EX74824 arabidopsis|gbl65| 326 rábano 1390 158 83.9 4 blastp AT4G24960 thellungiella|gbl67|BY arabidopsis|gbl65| 327 thellungiella 1391 158 84.3 blastp 812778 AT4G24960 apple|gbl57.3|CN8769 tomato|gbl64|BGl 328 manzana 1392 159 81.7 blastp 40 24666 apple|gbl57.3|CN9447 tomato|gbl64|BGl 329 manzana 1393 159 81.7 blastp 10 24666 apricot|gbl 57.2|CB819 tomato|gbl64|BGl 330 damasco 1394 159 340 82.3 blastp 24666 b oleracea|gbl61 |AM0 tomato|gbl64|BGl 331 b_oleracea 1395 159 57864 80.6 blastp 24666 b rapa|gbl62|EE52769 332 tomato|gbl64|BGl b_rapa 1396 159 80.6 blastp 0 24666 333 cacao|gbl67|CU493876 tomato|gbl64|BGl cacao 1397 159 80.3 blastp 24666 canola|gbl61 |CD83051 334 tomato|gbl64|BGl cañóla 1398 159 80 blastp 8 24666 canola|gbl61 |CX2791 1 tomato|gbl64|BGl 335 cañóla 1399 159 80.6 0 blastp 24666 cassava|gbl64|DV4542 336 tomato|gbl64|BGl yuca 1400 159 17 82.3 blastp 24666 catharanthus|gb 166| EG 337 tomato|gbl64|BGl catharanthus 1401 159 557732 81.1 blastp 24666 338 citrus|gbl66|CB290240 tomato|gbl64|BGl cítrico 1402 159 83.4 blastp 24666 coffea|gbl57.2|DV694 339 café tomato|gbl64|BGl 1403 159 83.4 blastp 449 24666 340 tomato|gbl 64|BGl cotton|gbl64|AI727100 algodón 1404 159 83.7 blastp 24666 cynara|gbl67|GE58972 341 tomato|gbl64|BGl alcachofa 1405 159 80 8 blastp 24666 ipomoea|gbl57.2|EE87 342 tomato|gbl64|BGl ipomea 1406 159 81.7 blastp 5432 24666 343 tomato|gbl64|BGl kiwi|gbl66|FG405906 kiwi 1407 159 81.6 blastp 24666 peach|gbl57.2|BU0443 344 tomato|gbl64|BGl durazno 1408 159 84 42 blastp 24666 pepper|gbl 57.2|CA514 345 pimienta tomato|gbl64|BGl 1409 159 93.1 blastp 905 24666 periwinkle|gbl 64|EG55 346 tomato|gbl64|BGl vinca 1410 159 7732 81.1 blastp 24666 petunia|gbl 66|CV2949 347 tomato|gbl64|BGl petunia 141 1 159 88.7 73 tblastn 24666 poplar|gbl70|BU86749 348 álamo tomato|gbl64|BGl 1412 159 85.2 blastp 3 24666 prunus|gbl67|BU04434 ciruela 349 tomato|gbl64|BGl 1413 159 2 84 europea blastp 24666 safflor|gbl62|EL39977 350 tomato|gbl64|BGl cártamo 1414 159 8 81.71 tblastn 24666 soybean|gbl68|AL3712 351 soja 1415 tomato|gbl64|BGl 159 64 81.1 blastp 24666 soybean|gbl68|BE6618 352 tomato|gbl64|BGl soja 1416 159 67 80.6 blastp 24666 spurge|gbl61 |DV 12188 353 tomato|gbl64|BGl euforbiácea 1417 159 6 80.6 blastp 24666 strawberry |gb 164| D Y6 354 tomato|gbl64|BGl frutilla 1418 159 70203 82.4 blastp 24666 Polin. Nombre del %de Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global wcalor|gbl64|BE40497 rice|gbl 57.2|AA74 384 trigo 1448 172 81.7 blastp 0 9861 wcalor|gbl64|BE41829 rice|gbl 57.2|AA74 385 trigo 1449 172 82 blastp 0 9861 maize|gbl 70|BM89569 rice|gbl57.2|A 10 386 maíz 1450 173 84.5 blastp 5 8994 rice|gbl70|OS04G5574 rice|gbl57.2|AK10 387 arroz 1451 173 94.7 blastp 0 8994 sorghum|gb 161.crp|BM rice|gbl57.2|AK10 388 sorgo 1452 173 82.2 blastp 895695 8994 brachyvainaium|gbl69| rice|gbl57.2|CB64 389 braquipodio 1453 174 87.2 blastp CA684980 0732 maize|gbl70|AW56280 rice|gbl 57.2|CB64 390 maíz 1454 174 87.1 blastp 5 0732 sorghum|gb 161.crp|CD rice|gbl57.2|CB64 391 sorgo 1455 174 87.7 blastp 219694 0732 soybean]gbl68|AL3661 rice|gbl57.2|CB64 392 soja 1456 174 80.38 tblastn 92 0732 poplar|gbl57.2|BU 393 poplar|gb 170|AI 166596 álamo 1457 175 88.2 blastp 868634 castorbean|gbl 60|AJ60 soybean|gbl62|CA 394 ricino 1458 176 81 blastp 5572 852963 chestnut|gbl70|SRR00 soybean|gbl62|CA 395 castaña 1459 176 6296S0014660 80.08 tblastn 852963 soybean|gbl62|CA 396 citrus|gbl66|C 740163 cítrico 1460 176 80.08 tblastn 852963 cowpea|gbl66|FF39455 guisante soybean|gbl62|CA 397 1461 176 90.7 blastp 1 pinto 852963 medicago|gb 157.2| AA6 soybean|gbl62|CA 398 medicago 1462 176 60751 87.9 blastp 852963 peanut|gbl67|EH04245 soybean|gbl62|CA 399 maní 1463 176 88.66 tblastn 3 852963 soybean|gbl68|BU5476 soybean|gbl62|CA 400 soja 1464 176 97.2 blastp 71 852963 barley|gbl 57.3|BE1944 rice|gbl57.2|BI81 1 401 cebada 1465 177 21 81.5 blastp 377 brachyvainaium|gbl 69| 402 rice|gbl 57.2|BI81 1 braquipodio 1466 177 82.4 blastp BE424330 377 leymus|gbl66|EG3763 403 rice|gbl57.2|BI81 1 leymus 1467 177 81.8 blastp 96 377 pseudoroegneria|gb 167| pseudoroegn 404 rice|gbl57.2|B181 1 1468 177 82.1 blastp FF349876 eria 377 sugarcanelgb 157.3|C A0 caña de 405 rice|gbl57.2|BI81 1 1469 177 81 blastp 991 15 azúcar 377 wcalor|gbl64|BE42433 406 rice|gbl57.2|BI81 1 trigo 1470 177 81.82 tblastn 0 377 wcalor|gbl64|BE51677 407 rice|gbl57.2|B181 1 trigo 1471 177 82.1 5 blastp 377 antirrhinum|gbl66|AJ5 408 tomato|gbl64|BGl antirrhinum 1472 180 60033 82.9 blastp 29806 antirrhinum|gb 166| AJ8 409 antirrhinum 1473 180 tomato|gbl64|BGl 83.3 01252 blastp 29806 apple|gbl57.3|AU3012 410 tomato|gbl64|BGl manzana 1474 180 86.9 87 blastp 29806 apple|gbl57.3|CN4889 41 1 tomato|gbl64|BGl manzana 1475 180 84.7 89 blastp 29806 apple|gbl 57.3|CN8641 412 tomato|g l64|BGl manzana 1476 180 84.7 blastp 73 29806 Polin. Nombre del %de Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global canola|gbl61 |CD84148 tomato|gbl64|BGl 442 cañóla 1506 180 82.4 blastp 4 29806 canola|gbl61 |CN73488 tomato|gbl64|BGl 443 cañóla 1507 180 81.5 blastp 5 29806 canola|gbl61 |DW9985 tomato|gbl64|BGl 444 cañóla 1508 180 82.1 blastp 30 29806 canola|gbl61 |DY02858 tomato|gbl64|BGl 445 cañóla 1509 180 82.5 blastp 0 29806 canola|gbl61 |EE48334 tomato|gbl64|BGl 446 cañóla 1510 180 80.2 blastp 5 29806 cassava|gbl 64|B 2597 tomato|gbl64|BGl 447 yuca 151 1 180 84.2 blastp 89 29806 cassava|gb 164|C 6459 tomato|gbl64|BGl 448 yuca 1512 180 84.7 blastp 68 29806 cassava|gb 164|DV4467 tomato|gbl 64|BGl 449 yuca 1513 180 82.4 blastp 94 29806 castorbean|gbl60|EE25 tomato|gbl64|BGl 450 ricino 1514 180 82.9 blastp 5473 29806 castorbean|gbl60|EE25 tomato|gbl64|BGl 451 ricino 1515 180 85.1 blastp 5572 29806 castorbean|gbl60|EE25 tomato|gbl64|BGl 452 ricino 1516 180 86 blastp 9993 29806 centaurea|gbl66|EH728 tomato|gbl64|BGl 453 centaurea 1517 180 84.3 blastp 993 29806 centaurea|gb 166|EH737 tomato|gbl64|BGl 454 centaurea 1518 180 83.33 tblastn 653 29806 centaurea|gb 166|EH743 tomato|gbl 64¡BGl 455 centaurea 1519 180 84.7 blastp 515 29806 ccntaurea|gb 166|EH747 tomato|gbl64|BGl 456 centaurea 1520 180 82 blastp 496 29806 chestnut|gbl 70|SRR00 tomato|gbl64|BGl 457 castaña 1521 180 84.7 blastp 6295S0000799 29806 chestnut|gbl 70|SRR00 tomato|gbl64|BGl 458 castaña 1522 180 85.7 blastp 6295S0000895 29806 cichorium|gb 166|DT21 tomato|gbl64|BGl 459 cichorium 1523 180 83.33 tblastn 2405 29806 cichorium|gb 166|DT21 tomato|gbl64|BGl 460 cichorium 1524 180 84.7 blastp 2482 29806 cichorium|gb 166|EH68 tomato|gbl64|BGl 461 cichorium 1525 180 82.88 tblastn 6887 29806 tomato|gbl64|BGl 462 citrus|gbl66|BE205677 cítrico 1526 180 88.3 blastp 29806 tomato|gbl64|BGl 463 citrus|gbl66|CB290704 cítrico 1527 180 83.3 blastp 29806 tomato|gbl64|BGl 464 citrus!gbl 66|CF830698 cítrico 1528 180 83.8 blastp 29806 coffea|gbl57.2|CF5886 tomato|gbl64|BGl 465 café 1529 180 60 82.9 blastp 29806 coffea|gbl57.2|DV665 tomato|gbl64|BGl 466 café 1530 180 80.5 blastp 256 29806 tomato|gbl64|BGl 467 cotton|gbl64|AI055143 algodón 1531 180 82.4 blastp 29806 tomato|gbl64|BGl 468 cotton|gbl64|AI726538 algodón 1532 180 82.43 tblastn 29806 cotton|gbl 64|BF26828 tomato|gbl64|BGl 469 algodón 1533 180 1 88.3 blastp 29806 cotton|gbl64|BF27080 tomato|gbl64|BGl 470 algodón 1534 180 85.1 0 blastp 29806 Polin. Nombre del %de Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global cotton|gbl64|BF27430 tomato|gbl64|BGl 471 algodón 1535 180 88.8 blastp 9 29806 cowpea|gbl66|FF38270 guisante tomato|gbl 64|BGl 472 1536 180 84.2 blastp 3 pinto 29806 cowpea|gbl66|FF38550 guisante tomato|gbl64|BGl 473 1537 180 87.4 blastp 0 pinto 29806 cowpea|gbl66|FF38869 guisante tomato|gbl64|BGl 474 1538 180 88 blastp 4 pinto 29806 tomato|gbl64|BGl 475 cycas|gbl66|CB090084 cycas 1539 180 80.6 blastp 29806 cynara|gbl67|GE58364 tomato|gbl64|BGl 476 alcachofa 1540 180 81.98 tblastn 1 29806 cynara|gbl67|GE58600 tomato|gbl64|BGl 477 alcachofa 1541 180 80.18 tblastn 8 29806 dandelion|gbl61 |DY82 diente de tomato|gbl64|BGl 478 1542 180 84.23 tblastn 0375 león 29806 dandelion|gbl61 |DY82 diente de tomato|gbl64|BGl 479 1543 180 85.1 blastp 2153 león 29806 fescue|gbl61 |DT68664 fleo de los tomato|gbl 64|BGl 480 1544 180 82.9 blastp 4 prados 29806 ginger|gbl64|DY35449 tomato|gbl64|BGl 481 jengibre 1545 180 82.9 blastp 0 29806 ginger|gbl64|DY35700 tomato|gbl64|BGl 482 jengibre 1546 180 81.53 tblastn 9 29806 tomato|gbl64|BGl 483 grape|gbl60|BQ797249 uva 1547 180 84.2 blastp 29806 tomato|gbl64|BGl 484 grape|gb>160|CA814878 uva 1548 180 83.4 blastp 29806 tomato|gbl64|BGl 485 grape|gbl60|CB009359 uva 1549 180 83.8 blastp 29806 ipomoea|gbl57.2|BJ55 tomato|gbl64|BGl 486 ipomea 1550 180 90.1 blastp 4498 29806 ipomoea|gb 157.2|BJ55 tomato|gbl64|BGl 487 ipomea 1551 180 89.6 blastp 5833 29806 ipomoea|gb 157.2|BJ56 tomato|gbl64|BGl 488 ipomea 1552 180 89.6 blastp 5525 29806 ipomoea|gbl57.2|DQ01 tomato|gbl64|BGl 489 ipomea 1553 180 82 blastp 6990 29806 tomato|gbl 64|BGl 490 kiwi|gbl66|FG428824 kiwi 1554 180 81.5 blastp 29806 lettuce|gbl57.2|DW046 tomato|gbl64|BGl 491 lechuga 1555 180 85.1 blastp 480 29806 lettuce|gbl57.2|DW051 tomato|gbl64|BGl 492 lechuga 1556 180 80.6 blastp 770 29806 lettuce|gbl57.2|DW054 tomato|gbl64|BGl 493 lechuga 1557 180 84.7 blastp 433 29806 lettuce|gbl57.2|DW104 tomato|gbl64|BGl 494 lechuga 1558 180 83.8 blastp 005 29806 lettuce|gbl57.2|DW148 tomato|gbl64|BGl 495 lechuga 1559 180 84.7 blastp 893 29806 liriodendron|gb 166|CK. tomato|gbl 64|BGl 496 liriodendro 1560 180 81.1 blastp 761427 29806 lovegrass|gbl67|EH189 tomato|gbl64|BGl 497 gramilla 1561 180 81.5 blastp 433 29806 tomato|gbl64|BGl 498 maize|gbl 70|AI621444 maíz 1562 180 83 blastp 29806 tomato|gbl64|BGl 499 maize|gbl70|AI901672 maíz 1563 180 81.5 blastp 29806 Polin. Nombre del %de Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global medicago|gbl 57.2|AL3 tomato|gbl64|BGl 500 medicago 1564 180 81.3 blastp 71369 29806 medicago|gbl57.2|AW tomato|gbl64|BGl 501 medicago 1565 180 85.3 blastp 127543 29806 medicago|gbl57.2|AW tomato|gbl 64|BGl 502 medicago 1566 180 81.5 blastp 329342 29806 melon|gbl 65|AM74303 tomato|gbl 64|BGl 503 melón 1567 180 82.9 blastp 6 29806 melon|gbl65|DV63362 504 tomato|gbl64|BGl melón 1568 180 80.6 blastp 0 29806 nuphar|gbl66|ES73005 tomato|gbl64|BGl 505 nuphar 1569 180 81.2 blastp 4 29806 506 tomato|gbl64|BGl oak|gbl 70|CU639508 roble 1570 180 85.7 blastp 29806 oak|gbl 70|SRR006307 507 tomato|gbl64|BGl roble 1571 180 84.7 blastp S0008904 29806 oil_palm|gbl66|CN599 palma de tomato|gbl64|BGl 508 1572 180 82 blastp 846 aceite 29806 509 tomato|gbl 64|BGl onion|gbl62|CF440003 cebolla 1573 180 82.43 tblastn 29806 papaya|gbl65|AM9041 510 tomato|gbl64|BGl papaya 1574 180 84.2 blastp 22 29806 papaya|gbl65|EX24513 51 1 tomato|gbl64|BGl papaya 1575 180 4 83.8 blastp 29806 peach|gbl 57.2|BU0407 512 tomato|gbl64|BGl durazno 1576 180 88.7 blastp 87 29806 peach|gbl 57.2|BU0486 513 tomato|gbl 64|BGl durazno 1577 180 81.53 tblastn 27 29806 peanut|gbl 67|EH04295 514 tomato|gbl 64|BGl maní 1578 180 88.4 blastp 7 29806 peanut|gbl67|EH04486 515 tomato|gbl64|BGl maní 1579 180 1 83 blastp 29806 pepper|gbl57.2|CA520 516 tomato|gbl64|BGl pimienta 1580 180 82.4 blastp 584 29806 petunia|gbl 66|CV2968 tomato|g l64|BGl 517 petunia 1581 180 53 82.9 blastp 29806 pineapple|gbl57.2|DT3 518 ananá 1582 tomato|gbl 64|BGl 180 83.3 blastp 37519 29806 519 tomato|gbl64|BGl poplarjgb 170| AI 166018 álamo 1583 180 86.9 blastp 29806 520 tomato|gbI 64[BGl poplar|gbl70|BI 120322 álamo¦¦ 1584 180 82.9 blastp 29806 521 tomato|g l64|BGl popIar|gb 170|B 1128184 álamo 1585 180 81.1 blastp 29806 poplar|gb l70|BU81835 522 tomato|gbl64|BGl álamo 1586 180 4 87.8 blastp 29806 poplar]gbl 70|CB24041 523 tomato|gbl64|BGl álamo 1587 1 180 81.1 blastp 29806 potato|gbl 57.2|BG5903 524 papa tomato|gbl 64|BGl 1588 180 29 80.3 blastp 29806 potato|gbl57.2|BG8869 525 papa tomato|gbl 64|BGl 1589 180 82.9 blastp 84 29806 potato|gbl 57.2|B14066 526 tomato|gbl 64|BGl papa 1590 180 100 blastp 51 29806 prunus|gbl 67|BU04078 ciruela 527 tomato|g l 64|BGl 1591 180 88.7 blastp 7 europea 29806 prunus|gbl 67|BU04862 ciruela 528 tomato|gbl64|BGl 1592 180 7 europea 85.6 blastp 29806 Polín. Nombre del %de Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global strawberrylgbl 64|DY6 tomato|gbl64|BGl 558 frutilla 1622 180 83.8 blastp 67942 29806 sugarcanelgb 157.3 |C A0 caña de tomato|gbl64|BGl 559 1623 180 81.53 tblastn 66679 azúcar 29806 sugarcane|gb 157.3|CA0 caña de tomato|gbl64|BGl 560 1624 180 83 blastp 70863 azúcar 29806 sugarcane|gb 157.3|CA0 caña de tomato|gbl64|BGl 561 1625 180 82.5 blastp 73069 azúcar 29806 sugarcane|gb 157.3|CA0 caña de tomato|gbl64|BGl 562 1626 180 81.1 blastp 98212 azúcar 29806 sugarcanelgb 157.3|C A 1 caña de tomato|gbl64|BGl 563 1627 180 83 blastp 05955 azúcar 29806 sugarcanelgb 157.3|C Al caña de tomato|gbl64|BGl 564 1628 180 83 blastp 25341 azúcar 29806 sunflor|gbl62|CD8484 tomato|gbl64|BGl 565 girasol 1629 180 83.8 blastp' 38 29806 sunflor|gbl62|CD8558 tomato|gbl64|BGl 566 girasol 1630 180 84.7 blastp 29 29806 sunflor|gbl62|DY9093 tomato|gbl64|BGl 567 girasol 1631 180 84.7 blastp 91 29806 sunflor|gbl62|EL42356 tomato|gbl64|BGl 568 girasol 1632 180 83.3 blastp 9 29806 sunflor|gbl62|EL42922 tomato|gbl64|BGl 569 girasol 1633 180 85.1 blastp 0 29806 switchgrass|gb 167|DN 1 césped de tomato|gbl64|BGl 570 1634 180 82.4 blastp 43573 pradera 29806 switchgrass|gb 167|DN 1 césped de tomato|gbl64|BGl 571 1635 180 82.9 blastp 51435 pradera 29806 switchgrass|gb 167|FE6 césped de tomato|gbl64|BGl 572 1636 180 83 blastp 07763 pradera 29806 switchgrass|gbl67|FE6 césped de tomato|gbl 64|BGl 573 1637 180 84.2 blastp 24609 pradera 29806 thellungiella|gbl67|BY tomato|gbl64|BGl 574 thellungiella 1638 180 81.5 blastp 802757 29806 tobacco|gbl62|DV1579 tomato|gbl64|BGl 575 tabaco 1639 180 82.4 24 blastp 29806 tobacco|gbl62|EB4264 tomato|gbl64|BGl 576 tabaco 1640 180 96.4 tblastn 44 29806 tobacco|gbl62|EB4265 577 tomato|gbl64|BGl tabaco 1641 180 84.7 blastp 74 29806 tobacco|gbl62|EB6779 tomato|gbl 64|BGl 578 tabaco 1642 180 94.1 blastp 16 29806 tomato|gbl64|BG 13500 tomato|gbl64|BGl 579 tomate 1643 180 84.2 blastp 3 29806 tomato|gbl64|BG62945 tomato|gbl64|BGl 580 tomate 1644 180 82.9 blastp 6 29806 triphysarialgb 164|DR17 tomato|gbl64|BGl 581 triphysaria 1645 180 82.3 blastp 2719 29806 triphysaria|gbl64|EY12 582 tomato|gbl64|BGl triphysaria 1646 180 83.8 6667 blastp 29806 triphysaria|gbl64|EY12 583 triphysaria 1647 tomato|gbl64|BGl 180 83.8 blastp 8979 29806 walnuts|gbl66|CV1983 tomato|gbl64|BGl 584 walnuts 1648 180 85.7 06 blastp 29806 wcalor|gbl 64|BE40049 tomato|gbl64|BGl 585 trigo 1649 180 80.8 blastp 9 29806 wcalor|gbl64|BE41769 tomato|gbl64|BGl 586 trigo 1650 180 81.2 4 blastp 29806 Polín. Nombre del %de Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global sorghum]gb 161.crp| Al 7 maize|gbl 64|AW0 758 sorgo 1822 214 97.8 blastp 39896 54475 sugarcane|gbl 57.3|BQ4 caña de maize|gbl64|AW0 759 1823 214 97.8 blastp 79038 azúcar 54475 switchgrass|gb 167|FE6 césped de maize|gbl64|AW0 760 1824 214 95.1 blastp 22691 pradera 54475 wcalor|gbl64|BE40670 maize|gbl64|AW0 761 trigo 1825 214 86.7 blastp 3 54475 apple|gbl57.3|AU3014 soybean]gbl66|A 762 manzana 1826 215 93.1 blastp 05 W350050 arabidopsis|gb 165 soybean|gbl66|A 763 1 AT2 arabidopsis 1827 215 91 blastp G27600 W350050 b rapa|gbl62|CV54652 soybean|gbl66|A 764 b rapa 1828 215 90.6 blastp 4 W350050 b rapa|gbl62|EX01933 soybean|gbl66|A 765 b rapa 1829 215 89.9 blastp 5 W350050 barley|gbl 57.3|BE4389 soybean|gbl66|A 766 cebada 1830 215 87.5 blastp 44 W350050 basilicum|gbl57.3|DY3 soybean|gbl66|A 767 basilicum 1831 215 88 blastp 30212 W350050 soybean|gbl66|A 768 bean|gbl67|CA896847 poroto 1832 215 98.4 blastp W350050 brachyvainaium|gb 169| soybean|gbl66|A 769 braquipodio 1833 215 BE405668 87.9 blastp W350050 770 soybean|gbl66|A cacao|gbl67|CA794307 cacao 1834 215 93.1 blastp W350050 canola|gbl61 |CD81477 soybean|gb 166|A 771 cañóla 1835 215 88.7 blastp 9 W350050 ' canola|gbl61 |DY02474 soybean|gbl66|A 772 cañóla 1836 215 90.8 blastp 9 W350050 castorbeanlgb 160|EG66 soybean|gbl66|A 773 ricino 1837 215 93.1 blastp 1556 W350050 chestnut|gbl 70|SRR00 soybean|gbl66|A 774 castaña 1838 215 6295S0002595 92.9 blastp W350050 soybean|gbl66|A 775 citrus|gbl66|CF830344 cítrico 1839 215 93.8 blastp W350050 776 soybean|gb 166|A cotton|gbl64|AI726326 algodón 1840 215 94 blastp W350050 soybean|gbl66|A 777 cotton|gbl64|AI729650 algodón 1841 215 91.5 blastp W350050 soybean|gbl66|A 778 cotton|gbl 64|AI731487 algodón 1842 215 89.5 blastp W350050 soybean|gbl66|A 779 cotton|gbl64|AI731657 algodón 1843 215 92.2 blastp W350050 cowpea|gbl66|FF39598 guisante soybean|gbl66|A 780 1844 215 6 pinto 94.2 blastp W350050 iceplant|gbl64|AF1654 planta de soybean|gbl66|A 781 1845 215 22 91.3 blastp hielo W350050 lettuce|gbl57.2|DW049 782 soybean|gbl66|A lechuga 1846 215 90.8 083 blastp W350050 lettuce|gbl57.2|DW059 soybean|gb 166|A 783 lechuga 1847 215 83.9 blastp 917 W350050 784 soybean|gbl66|A maize|gbl 70|AI615072 maíz 1848 215 89.9 blastp W350050 785 soybean|gb 166|A maize|gbl70|AI714627 maíz 1849 215 89.7 blastp W350050 medicago|gbl57.2|AW soybean|gbl66|A 786 medicago 1850 215 329426 91.94 tblastn W350050 Polin. Nombre del %de Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global apple|gbl57.3|CN9950 rice|gbl57.2|BE03 923 manzana 1987 234 90.7 blastp 13 9784 apricot|gbl 57.2|CB819 rice|gbl 57.2|BE03 924 damasco 1988 234 92.7 blastp 597 9784 apricot|gbl 57.2|CV044 rice|gbl57.2|BE03 925 damasco 1989 234 93.4 blastp 080 9784 aquüegia|gbl57.3|DR9 rice|gbl57.2|BE03 926 aquilegia 1990 234 94.7 blastp 15026 9784 arabidopsis|gbl65|AT2 rice|gbl57.2|BE03 927 arabidopsis 1991 234 90.7 blastp G36160 9784 arabidopsis|gb 165|AT3 rice¡gbl57.2|BE03 928 arabidopsis 1992 234 91.4 blastp G l 1510 9784 arabidopsis|gbl65|AT3 rice|gbl 57.2|BE03 929 arabidopsis 1993 234 91.4 blastp G52580 9784 artemisia|gbl64|EY033 rice|gbl57.2|BE03 930 artemisia 1994 234 89.4 blastp 322 9784 artemisia|gbl64|EY038 rice|gbl57.2|BE03 931 artemisia 1995 234 88.1 blastp 655 9784 artemisia|gbl64|EY050 rice|gbl57.2|BE03 932 artemisia 1 96 234 89.4 blastp 701 9784 avocado|gbl64|CK753 rice|gbl 57.2|BE03 933 palta 1997 234 93.4 blastp 882 9784 bJuncea|gbl 64|EVGN rice|gbl57.2|BE03 934 bjuncea 1998 234 92.7 blastp 00033609170815 9784 bJuncea|gbl64|EVGN rice|gbl 57.2|BE03 935 bjuncea 1999 234 92.7 blastp 00191625522759 9784 bJuncea|gbl64|EVGN rice|gbl57.2|BE03 936 bjuncea 2000 234 84.8 blastp 00422623890637 9784 bJuncea|gbl64|EVGN rice|gbl57.2|BE03 937 bjuncea 2001 234 93.4 blastp 00544912222373 9784 bJuncea|gbl64|EVGN rice|gbl57.2|BE03 938 bjuncea 2002 234 92.1 blastp 0071601 1751939 9784 bJuncea|gbl64|EVGN rice|gbl57.2|BE03 939 bjuncea 2003 234 92.1 blastp 0088821 1982122 9784 bJuncea|gbl64|EVGN rice|gbl57.2|BE03 940 bjuncea 2004 234 92.7 blastp 01248609033239 9784 b oleracea|gbl61 |DY0 rice|gbl 57.2|BE03 941 b_oleracea 2005 234 93.4 blastp 26232 9784 b oleracea|gbl61 |DY0 rice|gbl57.2|BE03 942 b_oleracea 2006 234 92.7 blastp 26495 9784 b oleracea|gbl61 |DY0 rice|gbl57.2|BE03 943 b_oleracea 2007 234 93.4 blastp 26867 9784 b oleracea|gbl61 |DY0 rice|gbl57.2|BE03 944 b_oleracea 2008 234 92.7 blastp 27139 9784 b oleracea|gbl61 |DY0 rice|gbl57.2|BE03 945 b_oleracea 2009 234 92.7 blastp 28093 9784 b oleracea|gbl61|ES94 rice|gbl 57.2|BE03 946 b_oleracea 2010 234 92.7 blastp 2246 9784 b rapa|gbl62|BG54439 rice|gbl57.2|BE03 947 b_rapa 201 1 234 92.7 blastp 0 9784 b rapa|gbl62|CA99225 rice|gbl 57.2|BE03 948 b rapa 2012 234 92.7 blastp 5 9784 b rapa|gbl62|CV43376 rice|gbl 57.2|BE03 949 b_rapa 2013 234 92.7 blastp 9 9784 b rapa|gbl62|CV43378 rice|gbl57.2|BE03 950 b_rapa 2014 234 93.4 blastp 3 9784 b rapa|gbl 62|CX26569 rice|gbl57.2|BE03 951 b_rapa 2015 , 234 93.4 blastp 4 9784 Polin. Nombre del %de Homología NR ID Nombre del Polip. núcleo del identi Algo Organismo con NR ID DE agrupamiento (cluster) SEQ ID agrupamiento dad ritmo DE SEC: SEC: (cluster) global sugarcane|gbl57.3|CAl caña de rice|gbl57.2|BE03 1 184 2248 234 96 blastp 23229 azúcar 9784 sugarcane|gbl57.3|CAl caña de rice|gbl57.2|BE03 1 185 2249 234 98.7 blastp 37141 azúcar 9784 sugarcane|gbl57.3|CA2 caña de rice|gbl 57.2|BE03 1 186 2250 234 92.72 tblastn 30074 azúcar 9784 sunflor|gbl62|AJ31826 rice|gbl57.2|BE03 1 187 girasol 2251 234 90.1 blastp 3 9784 sunflor|gbl 62|CD8480 rice|gbl 57.2|BE03 1 188 girasol 2252 234 91.4 blastp 93 9784 sunflor|gbl62|CD8488 rice|gbl57.2|BE03 1 189 girasol 2253 234 90.1 blastp 05 9784 sunflor|gbl62|EL43096 rice|gbl57.2|BE03 1 190 girasol 2254 234 82.8 blastp 7 9784 switchgTass|gb 167|DN 1 césped de rice|gbl 57.2|BE03 1 191 2255 234 96.7 blastp 49917 pradera 9784 switchgrass|gb 167|DN 1 césped de rice|gbl57.2|BE03 1 192 2256 234 98.7 blastp 50990 pradera 9784 switchgrass|gb 167|FE5 césped de rice|gbl57.2|BE03 1 193 2257 234 96 blastp 99497 pradera 9784 switchgrass|gb 167|FE6 césped de rice|gbl57.2|BE03 1 194 2258 234 96.7 blastp 08350 pradera 9784 switchgTass|gb 167|FE6 césped de rice|gbl57.2|BE03 1 195 2259 234 80.13 tblastn 25398 pradera 9784 switchgrass|gb 167|FE6 césped de rice|gbl 57.2|BE03 1 196 2260 234 98.7 blastp 27660 pradera 9784 switchgrass|gbl67|FE6 césped de rice|gbl 57.2|BE03 1 197 2261 234 98 blastp 34044 pradera 9784 switchgrass|gb 167|FE6 césped de rice|gbl57.2|BE03 1 198 2262 234 97.4 blastp 37032 pradera 9784 switchgrass|gb 167|FL9 césped de rice|gbl 57.2|BE03 1 199 2263 234 82.12 tblastn 48269 pradera 9784 switchgrass|gb 167|GD0 césped de rice|gbl57.2|BE03 1200 2264 234 80.13 tblastn 4391 1 pradera 9784 tamarix|gbl 66|EG9669 rice|gbl 57.2|BE03 1201 tamarix 2265 234 33 93.4 blastp 9784 tamarix|gbl 66]EG9729 rice|gbl 57.2|BE03 1202 tamarix 2266 234 82.8 blastp 00 9784 thellungiella|gbl67|BY rice|gbl57.2|BE03 1203 thellungiella 2267 234 94 blastp 818453 9784 thellungiella|gbl67|DN rice|gbl57.2|BE03 1204 thellungiella 2268 234 94 blastp 775374 9784 tobacco|gbl62|AM816 rice|gbl57.2|BE03 1205 tabaco 2269 234 373 81.5 blastp 9784 tobacco|gbl62|CN4988 rice|gbl57.2|BE03 1206 tabaco 2270 234 82.2 blastp 43 9784 tobacco|gbl62|CV0191 rice|gbl 57.2|BE03 1207 tabaco 2271 234 14 91.4 blastp 9784 tobacco|gbl 62|CV0202 rice|gbl57.2|BE03 1208 tabaco 2272 234 91.4 blastp 33 9784 tobacco|gbl62|CV0218 1209 rice|gbl57.2|BE03 tabaco 2273 234 92.7 blastp 07 9784 tobacco|gbl62|NTU662 rice|gbl57.2|BE03 1210 tabaco 2274 234 62 90.7 blastp 9784 tomato|gbl64|BG12315 rice|gbl57.2|BE03 1211 tomate 2275 234 92.1 blastp 9 9784 tomato|gbl 64|BG 12356 1212 rice|gbl 57.2|BE03 tomate 2276 234 2 92.7 blastp 9784 Tabla 21: Se proveen los polipéptidos (polipep.) y polinucleotidos (polinucl.) homólogos de los genes ' y polipéptidos identificados en la Tabla 20, que son capaces de aumentar la eficacia en el uso de nitrógeno, eficacia en el uso del fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite, tolerancia al estrés abiótico y/o eficacia en el uso de agua de una planta. Se calculó la homología como un % de identidad sobre las secuencias alineadas. Las secuencias query eran las secuencias de polipéptido de los NRs ID DE SEC: 138-269 y las secuencias objeto eran secuencias de polipéptido o de nucleótido dinámicamente traducidas en todos los seis marcos de lectura identificados en la base de datos basada en una identidad superior al 80% con respecto a las secuencias query de polipéptido .
EJEMPLO 3 CLONACIÓN GÉNICA Y GENERACIÓN DE VECTORES BINARIOS PARA LA EXPRESIÓN EN PLANTAS Estrategia de clonación Los genes presentados en los Ejemplos 1 y 2 anteriores, fueron clonados en vectores binarios para la generación de plantas transgénicas . Para la clonación, primero se identificó el marco de lectura abierto de longitud completa (ORF, por sus siglas en inglés) . En los agrupamientos (Clusters) EST y en algunos casos de secuencias mARN, se analizaron las secuencias mARN para identificar el marco de lectura abierto completo comparando los resultados de varios algoritmos de traducción para proteínas conocidas de otras especies vegetales.
Para clonar los cADNs de longitud completa, se realizó la Transcripción Inversa seguida por PCR (RT-PCR) sobre el ARN total extraído de hojas, raíces, fibras u otros tejidos vegetales, que se estaban desarrollando en condiciones normales, deficientes d enturientes u otras condiciones de estrés abiótico. La extracción de ARN total, producción de cADN y amplificación por PCR se realizaron usando los protocolos estándar descriptos en varios documentos (Sambrook J. , E.F. Fritsch, and T. Maniatis. 1989. Molecular Cloning. A Laboratory Manual., Segunda edición, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.) y que son de rutina para el experto en el arte. Se purificaron los productos PCR usando un equipo de purificación PCR (Qiagen) y se secuenciaron los productos PCR amplificados usando el secuenciador ABI 377 (Applied Biosystem) . En los casos en que no se hallaron visibles ninguna banda o banda débil de producto PCR sobre bromuro de etidio -teñido con 1% geles de agarosa, se utilizó 0,01-1 C3L del producto PCR como matriz AND y se realizó la amplificación PCR usando el mismo grupo de cebadores o un grupo Nuevo, diseñados internamente para el primer grupo de cebadores. En dichos casos, el grupo de cebadores que se esperaba que produzca el PCR más largo, fue llamado grupo de cebadores externos (EF y ER para Externo-Directo y Externo-Inverso, respectivamente), y el grupo de cebadores que se esperaba produzca el producto PCR más corto fue llamado grupo de cebadores Anidados (NF y NR para Anidado-Directo y Anidado-Inverso, respectivamente, como se ilustra en la Tabla 22 más adelante. La clonación de los genes de algodón CT75, CT7, CT76, CT71, CT74, CT11, CT20, CT81, CT22, CT82, CT3, CT40, CT1, CT6, CT27 y CT2 se realize usando sólo un grupo de cebadores, como se detalla en la Publicación WO Publication No: WO2005/121364.
Para facilitar la clonación de secuencias cDNAs/ genómicas, se agregó una extensión de 7-12 bp al extremo 5' de cada cebador de la mayoría de los cebadores. La extensión del cebador incluye un sitio de restricción de endonucleasa (Tabla 22). Los sitios de restricción se seleccionaron usando dos parámetros: (a). El sitio no existía en la secuencia cDNA; y (b) . Los sitios de restricción en los cebadores directos e inversos fueron diseñados de manera que el cADN digerido se inserta en la formación sentido dentro del vector binario utilizado para transformación. La Tabla 22, a continuación, provee la designación de cebadores, sitios de endonucleasa de restrcción agregados para la subsiguiente clonación y secuencias de cada cebador usadas para la amplifación de genes de algunas de las realizaciones de la invención.
Tabla 22 Cebadores PCR usados para la clonación y clasificación de clones positivos NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: AAAGTCGACAATT EU 241 GGAGAGGACAG EUN241 Salí, CTTCTTTGTTTGCT 2576 35SJ F 2864 _EF_SalI GCTTCTTGAG TGC EUN241 ATTCTAGATAAAT EUN241 ATTCTAGATCAC Xbal ER Xb GCTGATATAGGAC 2577 NR Xb AATAGAAACATC 2865 al AAAGC al CTCCCTC pGXN EUN241 AAAGTCGACGAA NF Sal GAAAACCCACAA 2578 I AACCAG EUN241 ATTCTAGATCACA NR Xb ATAGAAACATCCT 2579 al CCCTC EUN242 TATCTAGAGAGAA GGACAGGCTTCT EU 242 Xbal, EF Xba GAGAGAGACTTTG 2580 p35S_F2 2866 TGAGATCCT I AAGATG EUN242 TGAGCTCTTAAGA EUN242 TGAGCTCTTATT SacI ER Sac GTAGACACAACTC 2581 NR Sac AGGAAGCAACTT 2867 I CTGCG I CAAGAAATG pGXN EUN242 TTAGTCGACTGAA Salí, NF Sal GATGGAAGCAAA 2582 I CTCTAAC EUN242 TGAGCTCTTATTA SacI NR Sac GGAAGCAACTTCA 2583 I AGAAATG EUN255 ATGATATCCCTCC GGACAGGCTTCT EUN255 EF Eco AACCTCTCTCCCA 2584 p35S_F2 2868 TGAGATCCT RV AC EUN255 TAGATATCGATTG EUN255 TAGATATCTCAT ER Eco CTTCTTGTACTCT 2585 NR Ec CATTTGATCAGC 2869 RV GATCATC oRV EcoRV TTTAGCG Topo EUN255 ATGATATCCAAGA NF Eco ATTAAGGTGTAGC 2586 RV AACC EUN255 TAGATATCTCATC NR Ec ATTTGATCAGCTT 2587 oRV TAGCG EUN269 TATGTCGACACAA EU 269 GGAGAGGACAG Salí, NF Sal GGAAATGATGGCT 2588 35SJ F 2870 GCTTCTTGAG I ATTG pGXN EUN269 TATCTAGACACCA EUN269 TATCTAGACACC Xbal NR Xb CAACATGATAGCT 2589 NR Xb ACAACATGATAG 2871 al TTTG al CTTTTG AAGGTCGACCTGG EUN521 GGACAGGCTTCT EU 521 Sal, GAGCTAGCTTTGG 2590 p35S_F2 2872 NF Sal TGAGATCCT AG ACTCTAGATCACA CGTCTAGATCAG EUN521 EUN521 Xba CCGATTCCACACA 2591 ATCGTGTTGAGC 2873 ER Xba NR Xba TAAC ACTTGAGC pGXN AAGGTCGACCTGG EUN521 GAGCTAGCTTTGG 2592 NF Sal AG CGTCTAGATCAGA EUN521 TCGTGTTGAGCAC 2593 NR Xba TTGAGC EUN554 TCCCGGGCTCCGT GGAGAGGACAG EUN554 Smal, EF Sm CTCTAGGGTTTGA 2594 35S_1F 2874 pGXN GCTTCTTGAG al G NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: EUN554 TGAGCTCTCAGTG EUN554 TGAGCTCTCAGT SacI ER Sac ATTGGAACTCTAG 2595 ER Sac GATTGGAACTCT 2875 I ATCTTG I AGATCTTG EUN562 TATCTAGACTTGA EUN562 Xbal, EF Xba GCTAGGGTTTTAT G 2596 35SJF GGAGAGGACA 2876 I CGC GCTTCTTGAG EUN562 TGAGCTCTTAATG EUN562 TGAGCTCTTATG SacI ER Sac CAGACGGTAACAT 2597 NR Sac AAGATTACAGCC 2877 I CTAGG 1 TCCTACC pGXN EUN562 TATCTAGAAACAA NF Xb TGTCCGGGAGGA 2598 al AGAAGAC EUN562 TGAGCTCTTATGA NR Sac AGATTACAGCCTC 2599 I CTACC AGAGTCGACGTG EUN567 Sal, EUN567 ACATAAAATCCAT 2600 35S_1F GGAGAGGACAG 2878 _EF_Sal GCTTCTTGAG GGCTG EUN567 TATCTAGATCAGC ACCTCTAGATCA Xba EUN567 _ER_Xb TTACACAAGCCCT 2601 TTAAGTGGCTTT 2879 NR Xba a TAGCA CCAGGAAG pGXN GAGGTCGACAATC EUN567 CATGGCTGAAGCT 2602 _NF Sal TG EUN567 ACCTCTAGATCAT TAAGTGGCTTTCC 2603 NR Xba AGGAAG AGAGTCGACCGC EUN568 EUN568 Sal, AACGGAAAACAA 2604 GGAGAGGACAG 35S_1F EF Sal 2880 GCTTCTTGAG ATC TATCTAGAAGATA TATCTAGATCAT EUN568 Xba EU 568 GGCTTATCTCAAT GTTCACTGAGTA ER Xba 2605 2881 NR Xba ACGATACTAACA GGCT G pGXN TAGGTCGACACAA EUN568 ATCCGCCAATGGA NF Sal 2606 AG TATCTAGATCATG EUN568 NR ba TTCACTGAGTAAC 2607 GATACTAACAG TAGGTCGACGAG EUN573 Sal, EUN 573 AGAAATCCATGG 2608 35SJF GGAGAGGACAG EF Sal 2882 AGACG GCTTCTTGAG EUN573 CGAGCTCAATTTC CGAGCTCTCAGT Sac EUN573 AGTACAGGATTTA 2609 _ER Sac ACAGGATTTAAA 2883 NR Sac AACC CCAAGACA pKsJ ACCCGGGAGACG EUN573 Sma, ATGACGATGAAG 2610 _NF Sma GTTG EUN573 CGAGCTCTCAGTA Sac NR Sac CAGGATTTAAACC 261 1 AAGACA EUN575 EUN575 AAGATATCCCAAA AAGATATCCCAA EUN575 NF Eco 2612 NF Eco ACACCAAACCCT 2884 RV CACCAAACCCTCG EcoRV RV CG EUN575 pKsJ TAGATATCTCATC NR Ec ATATTCCTAGCTT 2613 101_R AAGTTGGGTAAC 2885 oRV GCCAGGGT ATCAACCTC NR NR ID ¡D del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: AAAGTCGACCGAT EUN585 GGAGAGGACAG EUN585 Salí, TTCTGCTTCGATC 2614 35S 1 F 2886 _EF_Sall GCTTCTTGAG TCTAC EUN585 ATTCTAGACCTTC EU 585 ATTCTAGATTAG Xbal ER Xb TTCGATCTTCTTG 2615 NR Xb TTTGCAGTTATC 2887 al AACC al GCAGTGG pGXN EUN585 AAAGTCGACGTCT NF Sal GGGTCGAAGTTAA 2616 I ATAGG EUN585 ATTCTAGATTAGT NR Xb TTGCAGTTATCGC 2617 al AGTGG AAAGTCGACGTTC EUN587 GGAGAGGACAG EU 587 Salí, CATTGGAGGAGA 2618 35SJ F 2888 _EFJSall GCTTCTTGAG ATCG EUN587 ATTCTAGATTCAA EUN587 ATTCTAGATTAT Xbal ER Xb AAGGAAAATGGA 2619 NR Xb TTCAAACATGAA 2889 al GAGG al ATGAGTTGC pGXN EUN587 AAAGTCGACAAA NF Sal GGCTTGGAAAGG 2620 I AAGG EUN587 ATTCTAGATTATT NR Xb TCAAACATGAAAT 2621 al GAGTTGC EUN528 AGAGCTCAACCCT GCTATGACCATG EU 528 Sac 2622 I 01F 2890 EF Sac AACGTTTCGATCG ATTACGCC TGAGCTCTTCCAG TGAGCTCTGGCC EUN528 EUN528 Salí, AAGTAGCATCTTT 2623 TTCACCCTCTAT 2891 _ER_Sac _NR_Sac CG ATCTC EUN528 AATGTCGACGAA pGXN NF Sal GCGTCTGAGCCAG 2624 I TCC TGAGCTCTGGCCT EUN528 TCACCCTCTATAT 2625 _NR_Sac CTC ATTGTCGACGAGT EUN535 GCTATGACCATG EU 535 Sal, ATGCTTTCCGATG 2626 101_F 2892 _NF_Sal ATTACGCC GG pGXN EUN535 TTTCTAGACTATG EUN535 TTTCTAGACTAT Xbal NR Xb AATGAATCCGTGA 2627 NR Xb GAATGAATCCGT 2893 al CTCTTG al GACTCTTG ATTGTCGACCACG ATTGTCGACCAC EUN538 EUN538 EUN538 Sal, ACCATTCTTCATT 2628 GACCATTCTTCA 2894 _EF_Sal _EF_Sal ' TTCC TTTTCC pKSJ EUN538 TCCCGGGTTAGAA GCGGGACTCTAA Sma ER Sm CTGAGTCTGAAAG 2629 NOS R 2895 TCATAAAAACC a GATGG AATGTCGACGTCC EUN548 GCTATGACCATG EUN548 Sal TAATACTATACTC 2630 101 F 2896 _NF_Sal ATTACGCC GCAATCC pGXN EUN548 AATCTAGATCAAC EUN548 AATCTAGATCAA Xba _NR_Xb CAACTAGTTTGCA 2631 _NR_Xb CCAACTAGTTTG 2897 a GCTCCT a CAGCTCCT TAAGTCGACCAAA EUN537 GAAACACCATCT EUN537 Sal, CAACATGTCTGCC 2632 101_ER 2898 _NF_Sal TCGTTCTTG TGTG pGXN EUN537 ATTCTAGATTAAC TAAGTCGACCAA EUN537 Xba _NR_Xb ACATCGTTTGGTG 2633 ACAACATGTCTG 2899 _NF_Sal a CATAGC CCTGTG NR NR ID ID del ID Enz, Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: AATGTCGACGTTG EU 551 EUN551 GTCAAGCTGTGC EUN551 Sal, ATCAGTCAGCCCA 2634 2900 _NF_Sal _seqF TGTCTTCC CTTC pGXN EUN551 TATCTAGAGACAT GAAACACCATCT Xba _ER_Xb AATCCATCAACGG 2635 101_ER 2901 TCGTTCTTG a TTG AATCTAGACTCAC EUN553 AATCTAGAGACA EUN553 EUN553 Xba. GAATCCACCGATC 2636 _NF_Xb CGGACCGAACA 2902 _EF_Xba AG a GCTAG EUN553 TCCCGGGACACAC GCGGGACTCTAA Sma _ER_Sm ATCATGGCTGTTA 2637 NOS_R 2903 TCATAAAAACC a CAG pGXN EUN553 AATCTAGAGACAC _NF_Xb GGACCGAACAGC 2638 a TAG EUN553 TCCCGGGCGACTT _NR_Sm CATATACAGACGG 2639 a ATG AATCTAGAGATTA AATCTAGAGATT EUN51 1 EUN51 1 EUN51 1 Xba. GGAGCAGGGACC 2640 AGGAGCAGGGA 2904 _EF_Xba _EF_Xba AATC CCAATC pGXN TGAGCTCTTAGGT EUN51 1 GAAACACCATCT Sac ACATGATGACATT 2641 101_ER 2905 NR Sac TCGTTCTTG TCAGCA EUN512 AATCTAGACCTAT EUN512 AATCTAGACCTA EUN512 Xba. _NF_Xb TGCTCATGATGTT 2642 _NF_Xb TTGCTCATGATG 2906 a TGA a TTTGA pGXN TG AGCTCTT AC A A EUN512 GCGGGACTCTAA Sac AGGCAGGAAATA 2643 Nos R 2907 _NR_Sac TCATAAAAACC CAGAAG EUN542 TATCTAGAAATTT EUN542 GTACGTCTCCGT EUN542 Xbal, EF Xba AGCTCGTTGATGA 2644 2908 _seqF CCGACAAC I TGG EUN542 TGAGCTCCTAGTG GAAACACCATCT SacI ER sac TCCATGTCAATGA 2645 101 ER 2909 TCGTTCTTG I TGTC pGXN EUN542 TATCTAGATAGCT NF Xb CGTTGATGATGGA 2646 al GG EUN542 TGAGCTCTTATCC NR Sac ATGTCAATGATGT 2647 1 CCATC EUN569 AAAGTCGACGCTA GGAGAGGACAG EUN569 Salí NF Sal CTGCTTCTTCTGTT 2648 35SJF 2910 GCTTCTTGAG 1 CACC pGXN EUN569 TGAGCTCTACTAC EUN569 GAGATGGAGCCT SacI NR Sac CATAGAACTGAA 2649 291 1 _seqR TGTCATGA I GAAGAAGTC EUN244 TTAGTCGACTAGA EUN244 Salí, GGAGAGGACAG NF Sal CTGATGGGAAGTG 2650 35S_1F 2912 GCTTCTTGAG I TTCC pGXN EUN244 TATCTAGACTACT EUN244 Xbal TATCTAGACTAC NR Xb ACACGGATTGCCC 2651 NR Xb 2913 TACACGGATTGC al AAAC al CCAAAC EUN577 AATCTAGAGTTTA EUN577 GGAGAGGACAG NF Xb TCTTGTTTTGGGT 2652 2914 TopoB 35SJ F GCTTCTTGAG al TTGG NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: EUN577 TCCCGGGGTGAAA EUN577 TCCCGGGGTGAA NR Sm GATCTCAGACCAC 2653 NR Sm AGATCTCAGACC 2915 al CTC al ACCTC EUN253 TATCTAGACTTCT GGAGAGGACAG EUN253 Xbal, EF Xba TCCTCCATATCAC 2654 35S_1 F 2916 GCTTCTTGAG I ACG EUN253 TCCCGGGTCACGT Smal ER Sm GGCATGCATGATC 2655 al TG pl SJ EUN253 TATCTAGAAACAA EUN253 TCCCGGGTCATC NF Xb TGGATGGGGAGG 2656 NR Sm ACTCGCTCTCGA 2917 al AGGAC al ATTCC EUN253 TCCCGGGTCATCA NR Sm CTCGCTCTCGAAT 2657 al TCC EUN583 TATCTAGACACGA GGAGAGGACAG EU 583 Xbal. EF Xba ATCAACCCACCAG 2658 35SJF 2918 GCTTCTTGAG I AG EUN583 TGAGCTCTCAATG EUN583 TGAGCTCTCATC SacI ER Sac CCGATCATCAGTG 2659 NR Sac AGAACCGGAAG 2919 I CTAAG I AAGTTGG pGXN EUN583 TATCTAGAAACAA _NF_Xb TGCCTTGGGTTTA 2660 al TCATCC EUN583 TGAGCTCTCATCA NR Sac GAACCGGAAGAA 2661 I GTTGG EUN235 TATCTAGAATTGA GGAGAGGACAG EUN235 Xbal, EF Xba GCAGAGGAGCCA 2662 35SJ F 2920 GCTTCTTGAG I TG EUN235 TGAGCTCCTACAC EUN235 TGAGCTCTTAAG SacI ER Sac AGGGTGCCAGATC 2663 NR Sac TGCAAGTTGTCA 2921 1 TC I ATCCTATTG pGXN EUN235 TATCTAGAGGAGC NF Xb 2664 CATGGCCAAAATC al EUN235 TGAGCTCTTAAGT NR Sac GC AAGTTGTC A AT 2665 I CCTATTG GGAGAGGACAG EUN231 35SJ F 2922 GCTTCTTGAG EUN231 CCTGAGAGGGC GA 2923 GA R GATCATATC EUN513 AATCTAGAGATGA GGAGAGGACAG EU 513 Xbal, NF Xb TGGTTTGATGCAG 2666 35SJF 2924 GCTTCTTGAG al ATG pKSJ EUN513 TCCCGGGCTAACG EUN513 CTGCTTTGACAT Smal NR Sm TAGTTTCTTACCA 2667 2925 _seqR GGCTTAGAC al ACCAAAC EUN516 AATGTCGACGAG GGACAGGCTTCT EUN516 Salí, NF Sal AGAAGGGTGTAA 2668 p35S_F2 2926 TGAGATCCT I TGAGCTG pGXN EUN516 TATCTAGATCATC EUN516 TATCTAGATCAT Xbal NR Xb AGTAGGGGTTCCT 2669 NR Xb CAGTAGGGGTTC 2927 al ATGTGG al CT ATGTGG EUN223 AAAGTCGACCAA GGAGAGGACAG EUN223 Salí, NF Sal GAGGTAGCACATC 2670 35SJ F 2928 pGXN GCTTCTTGAG I CTCTCC NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: EU 223 ATTCTAGACCGGA EUN223 ATTCTAGACCGG Xbal NR Xb TTGAACTAATTAA 2671 NR Xb ATTGAACTAATT 2929 al CGAC al AACGAC EUN540 AAAGTCGACAGG GGAGAGGACAG EUN540 Salí, NF Sal AAGATTGTGAGCA 2672 35SJF 2930 GCTTCTTGAG I TTGAAG pGX EUN540 ATTCTAGACACCT EUN540 CATACCAACATG Xbal NR Xb AATGATCTCACTT 2673 ER Nd 2931 TTCGACCAC al GTAAGG el TTAGTCGACAGCC EUN544 GGAGAGGACAG EU 544 Salí, TTGCCTTGTTTCTT 2674 35SJ F 2932 _EF_SalI GCTTCTTGAG C EU 544 TCCCGGGCAACTT EUN544 TCCCGGGCTTTC Smal ER Sm ATACACTCAACCA 2675 NR Sm ATCCATGTGTGC 2933 al AAGC al AGTG pKSJ EUN544 TTAGTCGACCATA NF Sal CACACACAGTGA 2676 I GAGGTAGG EUN544 TCCCGGGCTTTCA NR Sm TCCATGTGTGCAG 2677 al TG EUN560 AATCTAGAAGAA EU 560 Xbal, GGAGAGGACAG EF Xba ACCCAGAGGAGC 2678 35S_1 F 2934 I GCTTCTTGAG AGC EUN560 CGAGCTCAAGGG EUN560 TGAGCTCCTACT SacI ER Sac ATTATTATTGCAG 2679 NR Sac TCTAGGCCTTGT 2935 I GTTG I TGCTGC pGXN EUN560 AATCTAGAGAAG NF Xb CAGGAAGGAAGC 2680 al AGAG EUN560 TGAGCTCCTACTT NR Sac CTAGGCCTTGTTG 2681 I CTGC EUN563 AATCTAGAGATAA EUN563 ATTCTAGATCAC EU 563 Xbal, EF Xba CATCAGTAGTTCG 2682 _NF_Xb AGCAACACAATC 2936 I CAGC al ACCAC EUN563 CGAGCTCAACACA AAGTTGGGTAAC SacI ER Sac CTCACACCAAAAG 2683 101_R 2937 GCCAGGGT I TCC pGXN EUN563 ATTCTAGATCACA NF Xb GCAACACAATCAC 2684 al CAC EUN563 TGAGCTCCACTGC NR Sac TACTGAAGGCAA 2685 I ATTC EUN565 ATTCTAGATTTTC GGAGAGGACAG EUN565 Xbal EF Xba CTGGATTTTGTTT 2686 35S_1F 2938 I GCTTCTTGAG TCTC EUN565 TGAGCTCTCAATT EUN565 TGAGCTCCTACT SacI ER Sac AAAGAGTTACCCT 2687 NR Sac TGAGCCTTCTAG 2939 I AACG I CTCTGTTC pGXN EUN565 ATTCTAGAGATTT NF Xb GGGGAAAAGCTA 2688 al TGG EUN565 TGAGCTCCTACTT NR Sac GAGCCTTCTAGCT 2689 I CTGTTC NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías.
Gen DE SEC: SEC: TACGTCGACTTCA EUN566 GGAGAGGACAG EU 566 CATGTCTTGÁCTA 2690 35SJF 2940 _EF_SalI GCTTCTTGAG GTTCATATG EUN566 TAAGTCGACACGA EU 566 CGAAGGCATAG ER Sal TACATTCAATACA 2691 2941 _R ACGTCTGTC I ATCACC Salí Topo EU 566 TTAGTCGACCTTC NF Sal CATCATGCTCCCA 2692 I AAG EUN566 TAAGTCGACTCAA NR Sal CTCAGCATCACGT 2693 I CTCAGC AATGTCGACTCGT EUN586 GGAGAGGACAG EUN586 Salí, TTCTCCTCTAACG 2694 35SJF 2942 _EF_SalI GCTTCTTGAG TCAAC EUN586 TCCCGGGTCAGCA EU 586 CATCGAAGCACT Smal ER Sm GCTCTCTGTCTGT 2695 2943 _R TCTCAACTG al TAC pKSJ EUN586 ATAGTCGACGTTT NF Sal AACATAGTTGGGG 2696 I CTAGG EUN586 CCCCGGGATAAGC NR Sm CAGGAGATGAAA 2697 al GGAG EUN588 AAAGTCGACGATC GGAGAGGACAG EU 588 Salí, NF Sal GAAAAGAGAAGA 2698 35S_1F 2944 GCTTCTTGAG I GGAGC pGXN EUN588 ATTCTAGACTAAT EUN588 ATTCTAGACTAA Xbal NR Xb CTCTCTCCCTCCC 2699 NR Xb TCTCTCTCCCTC 2945 al TCC al CCTCC GGAGAGGACAG EUN591 35S_1F 2946 GCTTCTTGAG EUN591 CTCTTGCAGCTC GA 2947 GA R TTGATCTTC EUN206 ATTCTAGAATTTA GGAGAGGACAG EUN206 Xbal, EF Xba CACAGACTTGTCG 2700 35SJF 2948 GCTTCTTGAG I CTCTC EU 206 TATCTAGACTTCT EUN206 TATCTAGATCAT Salí ER Xb GATTCAGTGACTG 2701 NR Xb CAGTGACTGTGA 2949 al TGAGC al GCCTCGT pGN EUN206 ATAGTCGACAACA NF Sal ATGGACAAATTTT 2702 I GGAC EUN206 TATCTAGATCATC NR Xb AGTGACTGTGAGC 2703 al CTCGT EUN208 A ATCT AG ACTG A A GGAGAGGACAG EUN208 Xbal, EF Xba AGAGAGAGAGGT 2704 35SJ F 2950 GCTTCTTGAG I ATGGC EUN208 TGAGCTCTGAATT EUN208 TGAGCTCTTATT SacI ER Sac AGTCATCTATTGG 2705 NR Sac AGTCATCTATTG 2951 I GTCC I GGTCCTGAG pGN EUN208 TATCTAGAAACAA _NF Xb TGGCAGGTGAGG 2706 al CAACTC EUN208 TGAGCTCTTATTA NR Sac GTCATCTATTGGG 2707 I TCCTGAG MR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE ñas. Gen DE SEC: SEC: AATGTCGACTTTG EUN209 GGAGAGGACAG EUN209 Salí, TGATGACCCTTTT 2708 35SJ F 2952 _EF_SalI GCTTCTTGAG AAGG EUN209 ATTCTAGAGGTAG EUN209 ATTCTAGATTAT Xbal ER Xb TTAGCCGGTCATG 2709 NR Xb TAGCCGGTCATG 2953 al TTG al TTGTAGTC pGN EUN209 AATGTCGACAACA NF Sal ATGGATTGGGAA 2710 I AAACAGC EUN209 ATTCT AG ATT ATT NR Xb AGCCGGTCATGTT 271 1 al GTAGTC TGAGTCGACGTCT EUN210 GGAGAGGACAG EUN210 Salí TGAAATGTTTGGT 2712 35SJ F 2954 _EF_SalI GCTTCTTGAG GGGT TGTCTAGACTAT EUN210 TATCTAGACTTAC EUN210 GCTATGAGGAA Xbal ER Xb TTGCCCTTTGCTT 2713 NR Xb 2955 AAGAAACTAAG al ATGA al C pGN EUN210 AATGTCGACAACA NF Sal ATGTTTGGTGGGT 2714 I TCAATGTG EUN210 TGTCTAGACTATG NR Xb CTATGAGGAAAA 2715 al GAAACTAAGC GGAGAGGACAG EUN21 1 35SJ F 2956 GCTTCTTGAG GCGGGACTCTAA GeneArt NOS_R 2957 TCATAAAAACC EUN212 ATTCT AGAATATC GGAGAGGACAG EUN212 Xbal EF Xba ATAATGAAAGGG 2716 35SJ F 2958 GCTTCTTGAG I ATTCG EUN212 TGAGCTCCCATTA EUN212 TGAGCTCTTATT Sacl ER Sac GAACCGAGACTG 2717 NEW AGAACCGAGAC 2959 I AAG NR Sacl TGAAGATACTTA pGN EUN212 TATCTAGAAACAA NF Xb TGAAAGGGATTCG 2718 al CTCC EUN212 TGAGCTCTTATTA NR Sac GAACCGAGACTG 2719 I AAGATACTTA EUN221 AAGATATCAATGA EU 221 GGAGAGGACAG EF Eco CTTTCCCCATCTA 2720 35SJ F 2960 GCTTCTTGAG RV TCC EUN221 ACGATATCAATCG EUN221 ATGATATCCATT ER Eco ACCAACAACTAAC 2721 NR Ec ACATGTGTGTAT 2961 RV ATTAC oRV CCGACG EcoRV pKSJ EUN221 AAGATATCCTTCT NF Eco AATAATCAACCGA 2722 RV CAGG EUN221 ATGATATCCATTA NR Ec CATGTGTGTATCC 2723 oRV GACG ATAGTCGACGGG EUN222 EUN222 AGTTGCATCGAT EUN222 Salí, AAGT ATC ATT AGT 2724 2962 pGN _EF_SalI _seq_Fl CTTGATCTTG TCATTACC EUN222 TATCTAGACTAGT CTGCAAGGCGAT Xbal ER Xb ATCCCTAACGTAA 2725 101_ER 2963 TAAGTTGG al CAAAGACTC NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: EUN222 AATGTCGACTTAC NF Sal CATGGGAGACTAT 2726 I AACATG EUN222 TATCTAGACTACT NR Xb AACGTAACAAAG 2727 al ACTCTTCACA EU 229 TATCTAGACTGTC EU 229 GCAAGGTTAGCT EUN229 Xbal EF Xba TGTTTGCCTGTCG 2728 2964 _seq_F 1 TCATGACG I AG EUN229 TCCCGGGATACTC GAAACACCATCT Smal ER Sm AAATCAAATGAA 2729 101_ER 2965 TCGTTCTTG al AGTCCG pGN EUN229 CATCTAGACAACA NF Xb ATGGCGAGGATG 2730 al ATC EUN229 TCCCGGGTTAGAT NR Sm AGAAGTTTATCCC 2731 al ATCAGGG AATGTCGACAGTC EUN254 AATGTCGACCTG EUN254 EU 254 Salí TGCACTGGAAGG 2732 NF Sal GAAGGACAGCA 2966 _EF_SalI ACAG I TGTCG EUN254 TATCTAGACTTGT AAGTTGGGTAAC Xbal ER Xb TGCCAGCATCTCT 2733 101_R 2967 GCCAGGGT al TATG pGN EUN254 AATGTCGACCTGG NF Sal AAGGACAGCATG 2734 I TCG EUN254 TATCTAGACTATG NR Xb ACTAGCTGATGGA 2735 al GTCCTCC EUN267 CTTCTTCAATGGC EU 267 CTTCTTCAATGG EUN267 2736 F 2968 GACGG F CGACGG TAGTCATGCAAAT Topo EUN267 GAAACACCATCT ATTTAATCTTGGA 2737 101_ER _R 2969 TCGTTCTTG ACCC EUN519 TTAGTCGACTTAA EU 519 TTAGTCGACTTA EU 51 Salí, NF Sal GATGGCCAAGGTT 2738 NF Sal AGATGGCCAAG 2970 I AACG I GTTAACG pGN EUN519 TATCTAGACTAAT CTGCAAGGCGAT Xbal NR Xb GCCGTTGCTTCTA 2739 101_ER 2971 al TAAGTTGG GTAATAG EUN549 TATCTAGATCCTC EUN549 EU 549 Xbal, EF Xba CAGCTGTGGAAG TCCCTAGCTAGCA 2740 2972 _seq_F3 GCATCAAC I AG EUN549 TGAGCTCCTAATC SacI ER Sac AAGTTGGGTAAC ACCCTGGCTGTTG 2741 101_R 2973 GCCAGGGT I AC pGN EUN549 TATCTAGATCCCT NF Xb AGCTAGCAAGCTC 2742 al TAG EUN549 TGAGCTCCCTTAA NR Sac 2743 TGCCATGCTGCG I EUN572 ATTCTAGATACAT EU 572 Xbal, NF Xb CGTCTTCACCTAA 2744 GGAGAGGACAG 35SJF 2974 al GCTTCTTGAG TTTTC EUN572 pGN CGAGCTCAACAA EUN572 CGAGCTCAACAA SacI NR Sac GCAAACTAAACGT 2745 NR Sac GCAAACTAAAC 2975 I GAAC I GTGAAC NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: EUN592 ATGATATCAAATC GGAGAGGACAG EUN592 EF Eco 2746 35SJ F 2976 CGGTGGAC GCTTCTTGAG RV EUN592 TAGATATCCAACA EUN592 TAGATATCGTTG ER Eco CTCACTAGGGAGC 2747 NR Ec AACGCTCCACAT 2977 RV ACAG oRV CATG EcoRV pl SJ EUN592 TAGATATCAGAAT NF Eco 2748 TCGCAGGGATGCC RV EUN592 TAGATATCGTTGA NR Ec ACGCTCCACATCA 2749 oRV TG EUN248 EUN248 GCTCTAGAAGGC GCTCTAGAAGGCG EU 248 Xbal, NF Xb 2750 NF Xb GAGATGTGGGA 2978 AGATGTGGGAGTC al al GTC pGN EUN248 TGAGCTCCTACTA GCGGGACTCTAA SacI NR Sac GGCCTTCTCCTTT 2751 NOS_R 2979 TCATAAAAACC I GTTG EUN590 AATCTAGACAACT GGAGAGGACAG EUN590 EF Xba GCAACTGCAACTA 2752 35SJ F 2980 GCTTCTTGAG I GC EUN590 CGAGCTCACAGCT ER Sac AAACATCAATCCT 2753 I CTTC SacI TopoB EUN590 TGAGCTCTGCAAG EUN590 TGAGCTCCTCAT NF Sac CAATCACCAGTTT 2754 NR Sac TTTATTTGCTGC 2981 I G I GTG EUN590 TGAGCTCCTCATT NR Sac TTATTTGCTGCGT 2755 I G GGAGAGGACAG EUN245 35SJ F 2982 GCTTCTTGAG EUN245 CTCGGTGTTCTT GA 2983 GA Rl GATGGTCAC EUN520 GGAGAGGACAG 35SJ F 2984 GCTTCTTGAG EUN520 GA TTCTTGACCTTG 2985 GA R2 GTCAGCTTG EUN574 Agattagtcccaaagattatt EUN574 GGAGAGGACAG EF Sm 2756 35SJ F 2986 al cg GCTTCTTGAG EUN574 EUN574 gcatgtaattgtagctttcttt ER Sm Gacattgtggggaagctact 2757 NR Sm 2987 t al al Smal Topo EUN574 NF Sm Gatacaaagaattcgctttgc 2758 al EUN574 NR Sm gcatgtaattgtagctttctttt 2759 al EUN224 TATCTAGAGTTTG GGAGAGGACAG EUN224 Xbal. EF CTTGCTTACCAGG 2760 p35S_Fl 2988 GCTTCTTGAG Xbal AG pGXN EUN224 TCCCGGGTTAGCA EUN224 TCCCGGGTTAGC Smal _ER_ GCATCGATCGTAC 2761 ER Sm AGCATCGATCGT 2989 Smal ACTAG al ACACTAG EUN225 AATGTCGACGAGT GGAGAGGACAG EUN225 Salí, NF TTACAAGAGACCC 2762 p35S_Fl 2990 pGXN GCTTCTTGAG Salí AGACG NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías.
Gen DE SEC: SEC: EUN225 ACTCTAGAATTCA EU 225 ACTCTAGAATTC Xbal NR GTCATAGATCGCC 2763 NR Xb AGTCATAGATCG 2991 Xbal TTG al CCTTG GGAGAGGACAG EU 230 p35S_Fl 2992 GCTTCTTGAG EUN230 GGATCTTGATGT GA 2993 GA Rl ACACGTTTGG GGAGAGGACAG EUN234 p35S_Fl 2994 GCTTCTTGAG EUN234 CGATGTTGCACC GA 2995 GA Rl TCTTTGG GGAGAGGACAG EUN239 p35S_Fl 2996 GCTTCTTGAG EU 239 CGAAATCCTCTG GA 2997 GA Rl GGAATGAC GGAGAGGACAG EU 240 p35S_Fl 2998 GCTTCTTGAG EUN240 CCTCAGTAGAGA GA 2999 GA Rl GAGACTCGTCG GGAGAGGACAG EUN246 p35S_Fl 3000 GCTTCTTGAG EU 246 CAACACTTGCAT GA 3001 GA Rl CACCCTAGTC GGAGAGGACAG EU 249 p35S_Fl 3002 GCTTCTTGAG EU 249 CCACCTCAAGAA GA 3003 GA Rl CAGTAACGAG GGAGAGGACAG EU 250 p35S_Fl 3004 GCTTCTTGAG EUN250 GA GAAGGTAGAGT 3005 GA Rl GCAGCATGG EUN252 TATCTAGATTGGT GGAGAGGACAG EUN252 Xbal, EF CACAGGGGATAG 2764 p35S_Fl 3006 GCTTCTTGAG Xbal GC SacI EUN252 TGAGCTCCTAAGA EUN252 TGAGCTCCTACT SacI _ER_ TGCTGCTTTCTCA 2765 3007 _NR_ ATGCCAAAGAA SacI GACTATG CCTTCATG pGXN EUN252 TATCTAGAGAAAT NF TGTGTTTGTTTGA 2766 Xbal TGGG EUN252 TGAGCTCCTACTA _NR_ TGCCAAAGAACCT 2767 SacI TCATG EUN265 TATCTAGAGAGAA GGAGAGGACAG EUN265 Xbal, NF ATGACAAGTGTCT 2768 p35S_Fl 3008 GCTTCTTGAG Xbal GGAAG pGXN EUN265 TGAGCTCGGAGTG EU 265 TGAGCTCGGAGT SacI _NR_ ATCACTACTGCTT 2769 NR Sac GATCACTACTGC 3009 SacI CTCC I TTCTCC EUN268 AATGTCGACTGAA GGAGAGGACAG EUN268 Salí NF GATGGCTGACGAT 2770 p35S_Fl 3010 Salí GCTTCTTGAG TTG pGXN EUN268 TATCTAGACTAGT EU 268 TATCTAGACTAG Xbal NR CTTAGCCACCACC 2771 NR Xb TCTTAGCCACCA 301 1 Xbal AGAAC al CCAGAAC NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: EUN514 AATCTAGAGGATT GGAGAGGACAG EUN514 Xbal, EF GAGACATGCACTT 2772 p35S_Fl 3012 GCTTCTTGAG Xbal AACAG EUN514 TGAGCTCTTTTGA EUN514 TGAGCTCCTACA Sacl _ER_ GCACCTCTTATTT 2773 NR Sac ATACACCTCTTG 3013 Sacl AGC 1 ACATCCTTC pGXN EUN514 AATCTAGAACTCA NF TCAGCAACTACAA 2774 Xbal CGTG EUN514 TGAGCTCCTACAA _NR_ TACACCTCTTGAC 2775 Sacl ATCCTTC EUN515 TAAGTCGACGATA GGAGAGGACAG EUN515 Salí, NF CAATGAGAATGTT 2776 p35S_Fl 3014 GCTTCTTGAG Salí AGTTCTTCG pGXN EUN515 TATCTAGATCATC EUN515 TATCTAGATCAT Xbal NR ACCATCGTCTTAT 2777 NR Xb CACCATCGTCTT 3015 Xbal CAATGAAG al ATCAATGAAG EUN523 ACCCGGGTCGTCT GGAGAGGACAG EUN523 Smal, EF CATCAATTCAAGA 2778 p35S_Fl 3016 GCTTCTTGAG ' Smal TCC Topo EUN523 TGAGCTCCCCTTC EUN523 TGAGCTCCCCTT Sacl _ER_ AAACTAATCAATC 2779 ER Sac CAAACTAATCAA 3017 Sacl TTG I TCTTG GGAGAGGACAG EUN525 P35S_F1 3018 GCTTCTTGAG pQXYN EUN525 GTACTGAAGCTC GA 3019 GA R GTCCTGGAC AATCTAGAAAGA EUN527 GGAGAGGACAG EUN527 Xbal GCACCACCAGAG 2780 p35S_Fl 3020 EF Xbal GCTTCTTGAG CAG pKSJ EUN527 EUN527 TTGATATCCTTT TTGATATCCTTTA EcoRV ER 2781 ER Eco ATGTCACCATTC 3021 TGTCACCATTCAT EcoRV RV ATCTCAG CTCAG EUN532 AATCTAGACTGGT GGAGAGGACAG EUN532 Xbal, EF TTAGGAGACGAA 2782 p35S_Fl 3022 GCTTCTTGAG Xbal AAGG EUN532 AGAGCTCCTATCT EUN532 AGAGCTCCTACT Sacl _ER_ CAACTCCATCGCC 2783 NR Sac ACTCAACTTCTC 3023 Sacl TCAG I TGATGATTCTC pGXN EUN532 AATCTAGAAGTGC NF TCTCCGGTTTGAG 2784 Xbal G EUN532 AGAGCTCCTACTA _NR_ CTCAACTTCTCTG 2785 Sacl ATGATTCTC GGAGAGGACAG EUN533 p35S_Fl 3024 GCTTCTTGAG pQXYN EUN533 GGTTAGACACGA GA 3025 GA R GCTTCTCAGAC EUN536 ATTCTAGAGCCTT GGAGAGGACAG EUN536 Xbal, EF CTGATTCCCACTC 2786 p35S_Fl 3026 pGXN GCTTCTTGAG Xbal C EUN536 TGAGCTCTGGAGT EUN536 CGAGCTCAAAGT Sacl _ER_ ATCTGGTTTAGTT 2787 _NR_Sac CTCACTCCGCAC 3027 Sacl CGTC 1 TACAC 1 R NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: EUN536 AATCTAGACCTAC NF TATACTTGCAACC 2788 Xbal TCTCC EUN'536 CGAGCTCAAAGTC _NR_ TCACTCCGCACTA 2789 SacI CAC GGAGAGGACAG EUN547 p35S_Fl 3028 GCTTCTTGAG pQXYN EUN547 GTGTGCAGCTCG GA 3029 GA R AACTTGG EUN550 ACCCGGGGTAAC GGACAGGCTTCT EU 550 _EF_ ACTATCAAGAGAC 2790 p35S_F2 3030 TGAGATCCT Smal GATGAAG EUN550 TCCCGGGGTTTAC EU 550 TCCCGGGAATCT _ER_ ATTGTTCTCGTTT 2791 NR Sm T ATTAACGAAA 3031 Smal CAAATC al CAGCAG Smal pKSJ EUN550 ACCCGGGCTATCA _NF_ AGAGACGATGAA 2792 Smal GGTTG EUN550 TCCCGGGAATCTT _NR_ TATTAACGAAACA 2793 Smal GCAG EUN564 AATCTAGACTTCA GGAGAGGACAG EU 564 Xbal, EF AGCAGGCAGCAC 2794 p35S_Fl 3032 GCTTCTTGAG Xbal AC EUN564 CGAGCTCAAAGG EUN564 TGAGCTCCTACA SacI _ER_ GTCCATCATAATC 2795 NR Sac TGTCCCTTAGAT 3033 SacI ACAG I TGCTCTATTC pGXN EUN564 TATCTAGAGGAAA NF Xb 2796 CCTTGAGCCATGG al EUN564 TGAGCTCCTACAT _NR_ GTCCCTTAGATTG 2797 SacI CTCTATTC EUN576 AAAGTCGACAGG GGAGAGGACAG EUN576 Salí, EF AACAGCAACAAA 2798 p35S_Fl 3034 GCTTCTTGAG Salí AGTAAGC EUN576 TCCCGGGCTAAAC EUN576 TCCCGGGCTAAG Smal _ER_ TGTCCCATTCTGC 2799 NR Sm TAGCATGAGTCT 3035 Smal GTG al AGAGCTTGG pGXN EUN576 AAAGTCGACCAA NF Sal CAACCACACACAC 2800 1 TCACAG EUN576 TCCCGGGCTAAGT _NR_ AGCATGAGTCTAG 2801 Smal AGCTTGG EUN579 AATGTCGACTCTC GGAGAGGACAG EUN579 Salí, NF AAAACCCTAACTG 2802 p35S_F l 3036 GCTTCTTGAG Salí TTTCC pGXN EUN579 ATTCTAGACAGGA EUN579 ATTCTAGACAGG Xbal NR TAATAGATAGTCA 2803 NR Xb ATAATAGATAGT 3037 Xbal CACGAGG al CACACGAGG EUN581 AAAGTCGACCAA GGAGAGGACAG EU 581 Salí, EF AAGAATCTGTCTT 2804 p35S_Fl 3038 pGXN GCTTCTTGAG Salí CTTCTCTG EUN581 ATTCTAGACTATC EUN581 ACTCTAGATTAG Xbal ER CAAGAAGGAACA 2805 NR Xb AACCACAAAAG 3039 Xbal ATGAGG al ATTACAACATC NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: EUN581 AAAGTCGACGGT NF AAAATATCTTTCT 2806 Salí TGTGCAG EUN581 ACTCTAGATTAGA NR ACCACAAAAGATT 2807 Xbal ACAACATC TCAGCCACCCAA MAB52 6669F 3040 ACCATGAC pGN MAB52_ GAAGTCCTGAGA GA 3041 R Seq CCGTTGATAG MAB 106 GTTCCAGTTGAGC TACGACTCACTA MAB106 2808 T7 1 3042 EF GAGCAG TAGGGCGA MAB 106 TTGATATCCCAGT MAB106 AAGATATCGTGC EcoRV ER CTGTTTATTGCAT 2809 NR Ec TAAACTATACAT 3043 EcoRV CATC oRV CAAACGTG AACTGCAGGATCA MAB 106 pGN Pstl TCCTCACATTGCG 2810 _NF_PstI AG MAB106 AAGATATCGTGCT NR 281 1 AAACTATACATCA EcoRV AACGTG GGAGAGGACAG EUN251 35S_1F 3044 GCTTCTTGAG EUN251 GAAGTACCACCA GA 3045 GA R GTTGAAGAAGC EUN545 TATGTCGACAGGT EUN545 GCAACAATTGTG EUN545 Salí, NF Sal TATGGGGAAGAA 2812 3046 _F GAGTCAACAC I GCTAG pGXN EUN545 TATCTAGATCATC Xbal AAGTTGGGTAAC NR Xb AGTAGCCACGAA 2813 101 R 3047 GCCAGGGT al CTTGTCTAG TTCGTCGACTAAG EUN570 EUN570 CTTTGAGACGTT EUN570 Sal, CACAAATGGCGA 2814 _NF Sal 3048 SeqF AGCTGTTGAG CTC pKSJ ACCCGGGTCAAG EUN570 AAGTTGGGTAAC Sma GAGCTGAAACACT 2815 101 3049 NR Sma GCCAGGGT AGAGTTACT GTAGTCGACTTCA EUN571 GTAGTCGACTTC EUN571 EUN571 Sal, CATGGGAAAGGA 2816 ACATGGGAAAG 3050 _NF_Sal _NF_Sal TAAGAC GATAAGAC pGXN AATCTAGATCACT EUN571 AAGTTGGGTAAC Xba GATATAGTCCACG 2817 101_R 3051 NR Xba GCCAGGGT TCCTAAGG EUN578 AATCTAGAATATC GGAGAGGACAG EUN578 Xbal, EF Xba CTCCCATTCTCAT 2818 35S_1F 3052 GCTTCTTGAG I TCTG EUN578 TCCCGGGCTAATG EUN578 TCCCGGGCTAAG Smal ER Sm CAATCTCCAACTC 2819 _NR_Sm AAAAGGTAGGA 3053 al CAAG al GAAGGAAGG pGXN EUN578 AATCTAGAAGCG NF Xb GAGAAGAGGAAG 2820 al GAG EUN578 TCCCGGGCTAAGA NR Sm AAAGGTAGGAGA 2821 al AGGAAGG EUN580 AATCTAGACGGA GGAGAGGACAG EUN580 Xbal, NF Xb ATATACATTTGCT 2822 35SJF 3054 pGXN GCTTCTTGAG al TTGTG NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: EUN580 TCCCGGGCTACTG EUN580 TCCCGGGCTACT Smal NR Sm CTGAATGCTCTCT 2823 NR Sm GCTGAATGCTCT 3055 al TTGC al CTTTGC EUN582 AATCTAGAAATCA GGAGAGGACAG EUN582 Xbal NF Xb TCCTTCCCCAACC 2824 35S_1F 3056 GCTTCTTGAG al TC pGXN EUN582 CCCCGGGACCCAA EUN582 CCCCGGGACCCA Smal NR Sm ACAGTCATGCTAG 2825 NR Sm AACAGTCATGCT 3057 al G al AGG EUN584 AAAGTCGACAAG GGAGAGGACAG EUN584 Salí, NF Sal GTTGGAGATTGTG 2826 35S_1 F 3058 GCTTCTTGAG I AAATTG pGXN EUN584 CGAGCTCATACTC EUN584 CGAGCTCATACT SacI NR Sac TACGTTCCCGTGT 2827 NR Sac CTACGTTCCCGT 3059 I GG I GTGG GGAGAGGACAG EUN593 35S_1F 3060 GCTTCTTGAG EUN593 GTAGCCTGAACA GA 3061 GA R GCAGAACC AAGTTGGGTAACG CT1 Smal Reverse 2828 CCAGGGT p S GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2829 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT1 1 Smal Reverse 2830 CCAGGGT pK.S GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2831 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT2 Xbal Reverse 2832 CCAGGGT pKS ATGGGGCAACATC Forward 2833 ACTTGGG AAGTTGGGTAACG CT20 Smal Reverse 2834 CCAGGGT pKS GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2835 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT22 Smal Reverse 2836 CCAGGGT pKS GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2837 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT27 Smal Reverse 2838 CCAGGGT pKS EcoR GGTGGCTCCTACA Forward 2839 V AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT3 Smal Reverse 2840 CCAGGGT pKS GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2841 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT40 Smal Reverse 2842 CCAGGGT pKS GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2843 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT6 Smal Reverse 2844 CCAGGGT pKS GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2845 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT7 Smal Reverse 2846 pKS CCAGGGT NR NR ID ID del ID Enz. Cebadores para clonación Cebadores para clasificación DE Pías. Gen DE SEC: SEC: EcoR GGTGGCTCCTACA Forward 2847 V AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT71 Xbal Reverse 2848 CCAGGGT pK-S GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2849 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT74 Smal Reverse 2850 CCAGGGT pKS GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2851 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT75 Smal Reverse 2852 CCAGGGT pK.S GGTGGCTCCTACA EcoRV Forward 2853 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT76 Smal Reverse 2854 CCAGGGT pKS GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2855 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT81 Smal Reverse 2856 CCAGGGT pKS GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2857 AATGCCATC AAGTTGGGTAACG CT82 Smal Reverse 2858 CCAGGGT p .S GGTGGCTCCTACA SacI Forward 2859 AATGCCATC Tabla 22: Se proveen las secuencias de los cebadores usados para la clonación de los genes indicados y para la clasificación de los plásmidos binarios clonados. Los cebadores se proven desde 5'D 3'. "EF" = cebadores externo directo; "ER": cebador externo inverso; "NF" cebador anidado directo; "NR" cebador anidado inverso. A menos que se indique de otro modo, todos los genes fueron clonados a partir de las moléculas de ARN. "GA" = GeneArt, genes preparados sintéticamente; "Enz." = enzima; "Pías." = plásmido.
Cada producto PCR digerido fue insertado en un vector de copias elevadas originado en un plásmido pBlue-script KS [pBlue-script KS vector plásmido, Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (punto) stratagene (punto) com/manuals/212205 (punto) pdf] . En los casos donde se utilizó el vector de copias elevadas originado de un vector plásmido pBlue-script KS (pGN) , se insertó el producto PCR corriente arriba del terminador NOS (NR ID DE SEC: 3064) originado en el vector binario pBI 101.3 (Nr de Acceso GenBank U12640, nucleótidos 4417 a 4693) . En otros casos, se insertó el producto PCR en el vector de copias elevadas (lit para clonación ZeroBlunt® TOPO ® PCR, Invitrogene) . Algunos de los genes eran sintéticos obtenidos de un proveedor comercial (GeneArt, GmbH) , estos genes fueron recibidos dentro de vectores de copias elevadas pQXYN, pGXN obtenidos de proveedores .
Se realizó la secuenciación de los genes insertados usando el secuenciador ABI 377 (Applied Biosystems) . En algunos casos, después de confirmar las secuencias de los genes clonados, se introdujo el cADN clonado acompañado con el terminador NOS dentro de los vectores binarios pGI que contienen al promotor 35S mediante la digestión con endonucleasas de restricción adecuadas. En otros casos, el cADN clonado acompañado por el promotor 35S se introdujo dentro de los vectores binarios pGI que contienen al promotor 35S mediante la digestión con endonucleasas de restricción adecuadas. En otros casos, el cADN clonado acompañado por el promotor 35S se introdujo dentro del vector pGI. En cualquiera de los casos, el inserto fue seguido por una sola copia del terminador NOS (NR ID DE SEC: 3064). Los productos digeridos y el vector plásmido linearizado fueron ligados usando la enzima ligasa T4 ADN (Roche, Suiza) .
Para algunos de los polinucleótidos clonados, en lugar de amplificar la secuencia a partir del cADN, se ordenaron secuencias sintéticas a un proveedor commercial (GeneArt, GmbH) . De esta forma, no se utilizaron cebadores para la amplificación de los genes sintéticos. Para optimizar las secuencias de codificación de los genes sintéticos, se utilizaron las Tablas de utilización de codones de los transcriptomas vegetales (un ejemplo de dichas Tablas puede encontrarse en la Base de datos de Utilización de Codones en Hypertext Transfer Protocol : //World Wide Web (dot) kazusa (dot) or (dot) jp/codon/). Se diseñaron las secuencias de codificación de manera que ningún cambio se introdujera en la secuencia de aminoácido codificada mientras se utilizaban los codones preferidos para la expresión en plantas dicotiledóneas, principalmente tomate y Arabidopsis; y plantas monocotiledóneas com por ejemplo, maíz. Dichas secuencias optimizadas promueven una major tasa de traducción y, por lo tanto, niveles de expresión de proteina más elevados. A las secuencias optimizadas que flanquean se agregaron únicos sitios de enzimas de restricción adicionales, para facilitar la clonación de genes dentro de los vectores binarios.
Se utilizaron los plásmidos de vectores binarios pPI y pGI para introducir los constructos del gen dentro de las plantas. Se construyó el plásmido pPI insertando una secuencia de señal poli- (A) sintética originaria del vector plásmido básico pGL3 (Promega, Nr de Acceso U47295; bp 4658-4811) dentro del sitio de restricción HindIII del vector binario pBI101.3 (Clontech, Nr. de Acceso U12640) . En algunos casos, el plásmido binario de cadena principal usado, era pGI que es similar a pPI pero el gen GUS fue reemplazado por el gen GUS-Intrón (Vancanneyt. G, y colab., MGG 220, 245-50, 1990) . Se utilizó el plásmido pPI o pGI para clonar las secuencias de polinucleótido, inicialmente bajo el control del promotor 35S [Odell, JT, y colab. Nature 313, 810 - 812 (28 de febrero de 1985); NR ID DE SEC: 3063] o promotor de Arabidopsis thaliana At6669 (NR ID DE SEC: 3064, Publicación PCT No. WO2004/104162 ) . At6669 o la secuencia del promotor CaMV 35S (determinada en el NR ID DE SEC: 3063) fue insertada en el vector binario pPI o pGI, corriente arriba de los genes clonados utilizando las enzimas de restricción HindIII y Salí o BamHI (Roche, Suiza) . El producto PCR digerido y el vector plásmido linearizado fueron ligados usando la enzima ligasa T4 DNA (Roche, Suisa) , como describimos anteriormente.
Se transformaron 60 DL de E. coli, células competentes cepa DH5-D (alrededor de 109 células/mL) usando 1 DI de una mezcla de reacción para ligadura por electroporación, usando un electroporador MicroPulser (Biorad), cubetas de 0,2 cm (Biorad) y un programa para electroporación EC-2 (Biorad) . Se desarrollaron las células de E. coli cells en 0,8 mL de un medio liquido LB a 37 DC durante 1 hr y 0,2 mL de la suspensión celular se colocaron en placas sobre placas de LB-agar suplementadas con el antibiótico canamicina 50 mg/L (Sigma) . Luego se incubaron las placas a 37 °C durante 16 hrs . Se desarrollaron las colonias de bacterias y se confirmó la expresión mediante amplificación PCR usando los grupos de cebadores detallados en la Tabla 22 anterior, que fueron diseñados para espaciar la secuencia insertada en el vector binario.
Se separaron los productos PCR en geles de agarosa al 1,5% y se estimaron los tamaños del producto comparando con una escalera de ADN (MBI Fermentas) .
Tabla 23 Secuencias clonadas NR ID DESEC: NR ID DE SEC: Nombre Método de del gen clonado del polipéptido Agrupamiento del gen clonación o sintético codificado 2398 CTl 2523 cotton|gbl64|A1725990 TI clonado 2399 CT1 1 2524 cotton|gbl64|AJ725968 TI clonado 2400 CT2 2525 cotton|gbl64|AI727334 TI clonado 2401 CT20 2526 cotton|gbl64|AI726497 TI clonado 2402 CT22 2527 cotton|gbl64|BG440027 TI clonado 2403 CT27 2528 cotton|gbl64|AF336280 TI clonado 2404 CT3 144 cotton|gbl64|AI725456 TI clonado 2405 CT40 145 cotton|gbl 64|BE052317 TI clonado 2406 CT6 2529 cotton|gbl64|AI726479 TI clonado 2407 CT7 147 cotton|gbl64|AI727027 TI clonado 2408 CT71 148 cotton|gbl 64|AI725508 TI clonado 2409 CT74 149 cotton|gbl64|AI725950 TI clonado 2410 CT75 2530 cotton|gbl 64|AI726599 TI clonado 241 1 CT76 2531 cotton|gbl64|AI726155 TI clonado 2412 CT81 2532 cotton|gbl64|AI726693 TI clonado 2413 CT82 153 cotton|gbl64|BQ402794 TI clonado 2414 MAB 106 154 barley|gbl57.2|AL450627 TI clonado NRIDDESEC: NRIDDESEC: Nombre Método de del gen clonado del polipéptido Agrupamiento del gen clonación o sintético codificado sintetizado_optimiz 2415 MAB52 155 rice|gbl57.2|AU070543_Tl ado arabidopsis|gb 165| AT4G24960 2416 EUN206 158 clonado TI 2417 EU 208 2533 tomato|gbl64|BG124666 TI clonado 2418 EU 209 160 tomato|gbl64|BG 134403 TI clonado tomato|gbl 57|TOMTRALTAB 2419 EUN210 2534 clonado TI sintetizado_optimiz 2420 EUN211 162 rice|gb 157.2| AU 174544_T 1 ado 2421 EU 212 163 cotton|gbl64|CO081293 TI clonado 2422 EUN221 164 rice|gbl57.2|BI305241 TI clonado arabidopsislgb 165| ATl G31820 2423 EUN222 165 clonado TI 2424 EUN223 166 ricelgbl 57.2| AW069985 TI clonado 2425 EUN224 167 rice|gbl 57.2| AW155063 TI clonado 2426 EUN225 168 rice|gbl57.2|BE039221 TI clonado 2427 EU 227 169 rice|gbl57.2|AU056888 TI clonado sintetizado_optimiz 2428 EUN228 170 rice|gbl 57.2|AA753730_T1 ado 2429 EU 229 2535 maize|gbl64|AW455682 TI clonado sintetizado_optimiz 2430 EUN230 172 rice|gbl57.2|AA749861_Tl ado sintetizado_optimiz 2431 EUN231 173 rice|gbl 57.2|AK108994_T 1 ado 2432 EU 233 174 rice|gbl57.2|CB640732 TI clonado sintetizado_optimiz 2433 EUN234 175 poplar|gbl 57.2|BU868634_T1 ado 2434 EUN235 176 soybean|gb!62|CA852963 TI clonado 2435 EUN237 177 rice|gbl57.2|BI811377 TI clonado sintetizado optimiz 2436 EUN239 178 poplar|gbl57.2|BU880014_Tl ado sintetizado_optimiz 2437 EUN240 179 poplar|gbl57.2|AJ407707_Tl ado 2438 EUN241 180 tomato|gbl64|BG129806 TI clonado 2439 EU 242 2536 tomato|gbl64|BG791300 TI clonado 2440 EU 244 182 soybean|gbl62|CF808561 TI clonado sintetizado_optimiz 2441 EUN245 2537 rice|gbl57.2|AT003383_Tl ado 2442 EUN246 184 grape|gbl60|CF207859 TI synthesized 2443 EUN248 2538 maize|gbl57|BG354535 TI clonado sintetizado_optimiz 2444 EUN249 186 rice|gbl57.2|AU029933_Tl ado sintetizado_optimiz 2445 EUN250 187 rice|gbl57.2|AK102239_Tl ado sorghum|gb 161.xeno| AI947781 sintetizado_optimiz 2446 EUN251 188 TI ado arabidopsislgb 165|AT1 G58030 2447 EUN252 189 clonado TI 2448 EUN253 1 0 rice|gbl57.2|AF145730 TI clonado 2449 EUN254 2539 maize|gbl64|AI600563 TI clonado 2450 EUN255 2540 rice|gbl57.2|CB000630 TI clonado sintetizado optimiz 2451 EUN256 193 wcalor|gbl 64|BE415875_T1 ado 2452 EU 265 1 4 rice|gbl57.2|BE039218 TI clonado arabidopsislgbl 65|AT5G60680 2453 EU 267 195 clonado TI 2454 EUN268 196 ricelgbl 57.2| AA750934 TI clonado 2455 EUN269 2541 cotton|gbl64|AI730085 TI clonado NR ID DE SEC: NR ID DE SEC: Nombre Método de del gen clonado del polipéptido Agrupamiento del gen clonación o sintético codificado sintetizado_optimiz 2456 EU 49 2542 maizelgb 154|AW037179_T 1 ado 2457 EUN50 2543 maize|gbl64|AW287760 TI clonado 2458 EUN51 1 2544 maize|gbl57|AW360667 TI clonado arabidopsislgb 157.2|AT5G23460 2459 EU 512 201 TI clonado arabidopsislgb 157.2|AT3G26100 2460 EUN513 2545 clonado TI 2461 EUN514 2546 soybean|gbl62|SOYHPR TI clonado arabidopsislgb 165| ATI G44920 2462 EUN515 2547 clonado TI arabidopsislgb 157.2|AT1 G48210 2463 EUN516 205 clonado TI 2464 EUN519 2548 wcalor|gbl64|BE445396 TI clonado 2465 EU 520 207 rice|gbl57.2|B1305493 TI synthesized 2466 EU 521 208 rice|gbl 57.2| AU077950 TI clonado sorghum|gb 161.xeno|A1901439 2467 EUN523 209 clonado TI sorghum|gbl 61.xeno|AW052978 sintetizado_optimiz 2468 EUN525 210 TI ado sorghum|gb 161.xeno|AW055409 2469 EUN527 21 1 clonado TI sorghum|gb 161.xeno| AI372194 2470 EUN528 212 clonado TI sintetizado optimiz 2471 EUN531 213 rice|gb 157.2|BI805136 T1 ado 2472 EUN532 214 maize|gb 164|AW054475 TI clonado 2473 EUN533 215 soybean|gbl66|AW350050 TI clonado 2474 sorghum|gbl61.crp|BE599042 T EUN535 2549 clonado 1 2475 EUN536 217 maizelgb 164|BQ279657 TI clonado 2476 EUN537 218 barley|gbl57.2|AJ234408 TI clonado sorghum|gb 161.xeno| AW923729 2477 EUN538 219 clonado TI sintetizado optimiz 2478 EUN539 220 rice|gbl57.2|AW155216_Tl ado arabidopsislgb 157.2|AT1 G 13980 2479 EUN540 2550 clonado TI arabidopsis|gbl57.2|AT3G46280 2480 EUN542 2551 clonado TI sintetizado_optimiz 2481 EU 543 223 rice|gbl57.2|A 063415_Tl ado 2482 EUN544 2552 cotton|gbl 64|BQ412384 TI clonado 2483 EUN545 2553 cotton|gbl64|AI055737 TI clonado sorghum|gb 161.xeno|BI 139559 2484 sintetizado_optimiz EUN547 226 TI ado sorghum|gb 161.xeno|BQ279657 2485 EUN548 227 clonado TI sorghum|gb 1 1. xeno| AF019147 2486 EUN549 228 clonado TI 2487 EUN550 229 canola|gbl 61 |EE559843 TI clonado 2488 EUN551 2554 barley|gbl57.3|BE420701 TI clonado 2489 EU 553 231 barley|gbl57.3|BE421829 TI clonado sorghum|gbl61.xeno|AA01 1880 2490 EUN554 232 clonado TI 2491 EUN560 233 rice|gbl57.2|BE229552 TI clonado 2492 EUN562 2555 rice|gbl 57.2|BE039784 TI clonado 2493 EUN563 235 rice|gbl 57.2|AU057884 TI clonado 2494 EUN564 236 maizelgb 164|AI619269 TI clonado NR ID DE SEC: NR ID DE SEC: Nombre Método de del gen clonado del polipéptido Agrupamiento del gen clonación o sintético codificado arabidopsislgb 157.2|AT5G 15080 2495 EUN565 237 clonado TI arabidopsis|gbl65|AT2G43700 2496 EUN566 238 clonado TI arabidopsislgb 165 2497 EUN567 239 1 AT 1 G60680 clonado TI arabidopsislgb 165| ATl G78450 2498 EUN568 240 clonado TI arabidopsis|gbl65|AT2G03890 2499 EUN569 241 clonado TI arabidopsislgb 165| AT 1 G43910 2500 EUN570 242 clonado TI arabidopsislgb 157.2|AT1 G47530 2501 EU 571 243 clonado TI arabidopsis|gbl57.2|AT2G24240 2502 EU 572 244 clonado TI arabidopsis|gbl65|AT4G15390 2503 EUN573 245 clonado TI 2504 EUN574 2556 rice|gbl57.2|BI807603 TI clonado 2505 EU 575 247 ricelgbl 57.2| AU068829 TI clonado 2506 EUN576 2557 rice|gbl 57.2| AA752451 TI clonado arabidopsislgb 165 2507 EUN577 249 1 AT 1 G67800 clonado TI 2508 EUN578 250 wcalor|gbl64|BE401454 TI clonado arabidopsis|gbl65|ATl G70850 2509 EUN579 2558 clonado TI arabidopsislgb 165|AT2G35880 2510 EU 580 2559 clonado TI arabidopsislgb 165 251 1 EU 581 253 1 AT 1 G 12845 clonado TI 2512 EU 582 2560 sorghum|gbl 6 l .xeno|Tl 8303 TI clonado 2513 EU 583 255 rice|gbl 57.2|AU 172665 TI clonado sorghum|gb 161.crp| AW923545 2514 EUN584 2561 clonado TI arabidopsislgb 165 19 2515 EUN585 257 1 AT 1 G7 00 clonado TI arabidopsis|gbl65|ATl G72320 2516 EUN586 2562 clonado TI sorghum|gbl 61.xeno| AW672541 2517 EUN587 259 clonado TI 2518 EUN588 260 rice|gbl 57.2|AA750816 TI clonado sorghum|gb 161.xeno|A1622209 2519 EUN590 2563 clonado TI sorghum|gbl61.xeno|BE123399 sintetizado_optimiz 2520 EUN591 262 TI ado sorghum|gb 161.xeno|AI901557 2521 EUN592 263 clonado TI arabidopsislgb 165|AT2G04066 2522 sintetizado_optimiz EUN593 264 TI ado Tabla 23. Se proveen los genes clonados o producidos sintéticamente y sus polipéptidos codificados, junto con los identificadores de secuencia, organismos a partir de los cuales fueron clonados.
EJEMPLO 4 GENERACIÓN DE PLANTAS TRANSGÉNICAS QUE EXPRESAN A LOS POLINUCLEÓTIDOS DE ALGUNAS REALIZACIONES DE LA INVENCIÓN Arabidopsis fue transformada de acuerdo con el procedimiento de Clough SJ, Bent AF. (1998) Floral dip: a simplified method for Agrobacterium-mediated transíormation of Arabidopsis thaliana. Plant J. 16(6): 735-43; y Desfeux C, Clough SJ, Bent AF. (2000) Los tejidos reproductores femeninos son el principal objetivo de la transformación mediada por Agrobacterium mediante el método por inmersión floral. Plant Physiol. 123(3): 895-904] con modificaciones menores. En síntesis, se sembraron Plantas T0 de Arabidopsis thaliana Columbia (ColO) en macetas de 250 mi con una mezcla para crecimiento basada en turba. Se cubrieron las macetas con una hoja de aluminio y una cúpula plástica, se mantuvieron a 4 °C durante 3-4 días, luego se destaparon y se incubaron en una cámara para crecimiento a 18-24 °C en ciclos de 16/8 horas de luz/oscuridad. Las plantas T0 estaban listas para la transformación seis días antes de la antesis. Se cultivaron colonias individuales de Agrobacterium que portan vectores binarios que alojan a los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención en un medio LB suplementado con kanamicina (50 mg/L) y gentamicina (50 mg/L) . Se incubaron los cultivos a 28 °C durante 48 horas con agitación vigorosa y se centrifugó a 4.000 rpm durante 5 minutos. Los pellets que comprendían células de Agrobacterium fueron resuspendidos en un medio de transformación que contenia Murashige-Skoog de concentración media (2,15 g/L) (Duchefa) ; 0,044 DM de bencilamino purina (Sigma) ; 112 Dg/L de vitaminas B5 Gambourg (Sigma); 5 % de sacarosa; y 0,2 ml/L de Silwet L-77 (OSI Specialists, CT) en agua bidestilada, a un pH de 5,7.
La transformación de las plantas TO se realizó invirtiendo cada planta dentro de una suspensión de Agrobacterium de manera que el tallo de floración sea sumergido durante 3-5 segundos. Cada planta T0 inoculada se colocó inmediatamente en una bandeja plástica, luego se cubrió con una cúpula plástica transparente para mantener la humedad y se mantuvo a la oscuridad a temperatura ambiente durante 18 horas para facilitar la infección y transformación. Las plantas transformadas ( transgénicas ) luego se destaparon y se transfirieron a un invernadero para recuperación y maduración. Las plantas T0 transgénicas se desarrollaron en invernadero durante 3-5 semanas hasta la maduración de las silicuas y se cosecharon las semillas y mantuvieron a temperatura ambiente hasta la siembra.
Para generar las plantas transgénicas TI y T2 que portan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención, se esterilizan en superficie las semillas recolectadas de las plantas transgénicas T0 remojando en etanol 70 % durante 1 minuto, seguido por el remojado en hipoclorito de sodio al 5 % y Tritón X-100 0,05 % durante 5 minutos. Las semillas esterilizadas en superficie se lavaron cuidadosamente en agua destilada estéril, luego se colocaron en placas de cultivo que contienen Murashige-Skoog de concentración media (Duchefa) ; sacarosa al 2 %; agar para ' plantas 0,8 % ; 50 mM de kanamicina; y 200 mM de carbenicilina (Duchefa) . Se incubaron las placas de cultivo a 4 °C durante 48 horas, luego se transfirieron a una cámara de crecimiento a 25 °C durante una semana adicional de incubación. Las plantas vitales TI Arabidopsis se transfirieron a placas de cultivo fresco durante otra semana de incubación. Luego de la incubación, las plantas TI se retiraron de las placas de cultivo y se plantaron a una mezcla para crecimiento colocada en macetas de 250 mi. Se dejaron desarrollar las plantas transgénicas en invernadero hasta la maduración. Las semillas cosechadas de las plantas TI fueron cultivadas y desarrolladas hasta la maduración como plantas T2 en las mismas condiciones usadas para el cultivo y desarrollo de plantas TI. Se crearon al menos 10 eventoos de transformación independientes de cada constructor para el que se recolectó un volumen de semillas T2.
Se clonaron los genes de EUN584 (NR ID DE SEC: 2514), EUN253 (NR ID DE SEC: 2448), EUN533 (NR ID DE SEC: 2473), EUN577 (NR ID DE SEC: 2507), EUN590 (NR ID DE SEC: 2519) y EUN562 (NR ID DE SEC: 2492), introducidos en Arabidopsis y se produjeron las semillas T2.
EUN540 (NR ID DE SEC: 2479), EUN549 (NR ID DE SEC : 2486), y EUN533 (NR ID DE SEC: 2473) desarrollaron plantas saludables de color púrpura, sugiriendo vigor aumentado en las plantas transgénicas .
EUN591 (NR ID DE SEC: 2520) produjo plantas verde claro. Este fenotipo relaciona el gen con la capacidad de fotosíntesis que tiene la planta a diferentes niveles de fertilización con con nitrógeno.
EJEMPLO 5 ENSAYO 1: EFICACIA MEJORADA EN EL USO DE NITRÓGENO IN VITRO (ENSAYO DE CULTIVO TISULAR) Se siembran semillas esterilizadas en. superficie en un medio basal [medio de Murashige-Skoog 50 % (MS). suplementado con agar para tejidos vegetales al 0,8 % como agente solidificante] en presencia de kanamicina (usado como agente de selección) . Después de sembrar, se transfirieron las placas durante 2-3 días para estratificación a 4 °C y luego se desarrollaron a 25 °C bajo ciclos diarios de 12 horas de luz, 12 horas de oscuridad durante 7 a 10 días. En este momento, se transfieren cuidadosamente plántulas elegidas aleatoriamente a las placas que contienen un medio ½ MS (15 mM N) para el tratamiento con concentración normal de nitrógeno y 0,75 mM de nitrógeno para los tratamientos con baja concentración de nitrógeno. Cada placa contenía 5 plántulas del mismo eventoo transgénico, y había 3-4 placas diferentes (replicados) para cada eventoo. Para cada polinucleótido de la invención, se analizaron al menos cuatro eventoos diferentes de transformación de cada constructo. Las plantas que expresan a los polinucleótidos de la invención, se compararon con la medición porcentual de las plantas de control (vector vacío o gen reportero GUS bajo el mismo promotor) utilizada en el mismo experimento .
Captura de imágenes digitales - Para capturar imágenes de los plantines sembrados en placas de agar, se utilizó un sistema de adquisición de imágenes de laboratorio que consiste en una cámara réflex digital (Canon EOS 300D) , con una lente de longitud focal 55 mm (Cannon serie EF-S) , montada en un dispositivo de reproducción (Kaiser RS) , que incluía 4 unidades de luz (bombilla de luz 4x150 Vatios) y ubicada en un cuarto oscuro .
El proceso para capturar imágenes se repitió cada 3-4 días comenzando en el día 1 hasta el día 10 (véase, por ejemplo, las imágenes de las Figuras 3 A-B) . Se utilizó un sistema de análisis de imágenes que consistía en una computadora personal de escritorio (procesador Intel P4 3.0 GHz) y un programa de dominio público - ImageJ 1.39 [Programa para procesamiento de imágenes basado en Java que fue desarrollado en U.S. National Institutes of Health y disponible gratis en internet en Hypertext Transfer Protocol : //rsbweb (punto) nih (punto) gov/] .
Las imágenes se capturaron en una resolución de 10 Mega Pixeles (3888 x 2592 pixeles) y se almacenó en un formato JPEG de baja compresión (estándar Joint Photographic Experts Group) . Luego, los datos analizados se guardaron en archivos de texto y se procesaron usando software para análisis estadístico JMP (Instituto SAS) .
Análisis de plántulas - Se calcularon los datos del análisis digital de plántulas incluyendo área de hoja, cobertura de raíz y longitud de raíz.
La tasa de crecimiento relativo para los diversos parámetros de la plántula se calculó de acuerdo con las siguientes fórmulas V, VI y VII.
Fórmula V: índice de crecimiento relativo del área de hoja = Coeficiente de regresión del área de hoja a lo largo del transcurso del tiempo.
Fórmula VI : Tasa de crecimiento relativo de cobertura de raíz Coeficiente de regresión de cobertura de raíz en el transcurso de tiempo.
Fórmula VII: Tasa de crecimiento relative de longitude de raíz = Coeficiente de regresión de cobertura de raíz en el transcurso de tiempo.
Al final del experimento, se retiraron las plántulas del medio y se pesaron para determinar el peso fresco de la planta. Luego se secaron las plántulas durante 24 horas a 60 °C y se pesaron otra vez para medir el peso seco de la planta para un posterior análisis estadístico. Se determinó la tasa de crecimiento comparando la cobertura de área de hoja, cobertura de raíz y longitud de raíz, entre cada par de fotografías secuenciales y se utilizaron los resultados para resolver el efecto del gen introducido sobre el vigor de la planta bajo estrés osmótico así como también, en condiciones óptimas. De manera similar, el efecto del gen introducido sobre la acumulación de biomasa en condiciones óptimas, se determinó comparando el peso fresco y seco de las plantas con el de las plantas de control (que contienen un vector vacío o el gen reportero GUS bajo el mismo promotor) . De cada constructo creado, se examinaron 3-5 eventoos de transformación independientes en replicados.
Análisis estadístico - Para identificar genes que confieren un vigor significativamente mejorado o arquitectura agrandada de raíz, se compararon los resultados obtenidos de las plantas transgénicas con aquellos obtenidos de las plantas de control. Para identificar los genes y constructos con mayor rendimiento, se analizaron separadamente los resultados probados de los eventoos de transformación independiente. Para evaluar el efecto de un eventoo génico con respecto a los datos de control, se analizaron mediante la prueba T de Student y se calculó el valor p. Los resultados fueron considerados significativos si p = 0,1. Se utilizó el paquete de software estadístico JMP (Versión 5.2.1, SAS Institute Inc., Cary, NC, Estados Unidos) .
Resultados experimentales Se halló que los genes presentados en las Tablas 24-25, más adelante, mejoran la eficacia en el uso de nitrógeno (EUN) produciendo una biomasa vegetal mayor cuando se desarrollan bajo condiciones limitadas de nitrógeno, comparados con las plantas de control.
Las Tablas 24 y 25 muestran los análisis de biomasa vegetal (peso fresco y seco de la planta y área de hoja) cuando se desarrollan en condiciones limitantes de nitrógeno [condiciones de poca cantidad de nitrógeno o nitrógeno deficiente (0,75 mM N) ] en plantas que sobreexpresan los the polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) . Se realizó la evaluación de cada gen ensayando el rendimiento de varios eventoos. Se evaluaron algunos de los genes en más de un ensayo de cultivo tisular y el Segundo experimento confirmó un incrementoo significativo en la biomasa vegetal. El eventoo con valor-p <0,1 fue considerado como estadísticamente significativo.
Tabla 24 Plantas transgénicas que expresan de manera exógena los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención, exhiben una biomasa vegetal mejorada (peso fresco y seco) bajo condiciones deficientes de nitrógeno Tabla 24: Análisis de biomasa de planta (peso fresco y seco de la planta) de plantas transgénicas que sobreexpresan polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) bajo la regulación del promotor constitutivo (35S) cuando se desarrollan bajo condiciones limitantes de nitrógeno [condiciones de baja cantidad de nitrógeno o deficientes de nitrógeno (0,75 mM N) ] comparadas con las plantas de control. "Incr." = incrementoo.
Tabla 25 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una biomasa vegetal mejorada (área de hoja) bajo condiciones de nitrógeno deficiente Tabla 25: Análisis de biomasa vegetal (área de hoja) de plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado [condiciones de baja cantidad de nitrógeno o de nitrógeno deficiente (0.75 mM N) ] comparados con las plantas de control.
Los genes presentados en la Tabla 26, más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada ya que produjeron una biomasa mayor de raiz cuando se los desarrolló bajo condiciones de crecimiento con nitrógeno limitado, comparados con las plantas de control. Las plantas que producen una biomasa mayor de raiz tienen mejores posibilidades de absorber una mayor cantidad de nitrógeno del suelo.
La Tabla 26 ilustra los análisis de biomasa de raiz (longitud y cobertura de raiz) cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado [condiciones de baja cantidad de nitrógeno o de nitrógeno deficiente (0,75 mM N) ] en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) . Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y el segundo experimento confirmó el incremento significativo en el rendimiento de raíz. Evento with valor-p <0.1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 26 Las Plantas transgénicas gue expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un rendimiento mejorado de raíz bajo condiciones de nitrógeno deficiente Longitud de raíces /cm/ Cobertura de raíces /cm2/ Even Even Nombre del gen Prom. valor-p % incr. Nombre del gen Prom. valor-p % incr. to # to # 3,82 Control EUN209 8192,13 5, 1 10 7,0E-02 24,91 EUN222 8854,1 4,997 7,0E-02 7,48 EUN209 8192,14 5,450 1 ,7E-01 33,21 Control 4,649 Control 4,091 EUN223 9613,1 4,236 5.0E-01 10,38 EUN209 8192,14 5,624 5,5E-02 73,16 EUN223 961 1 ,5 5,091 6,8E-03 32,67 Control 3,248 EUN223 9612,3 4,868 1.6E-01 26,86 EUN210 8202,2 5,208 1 ,0E-01 27,29 Control 3,837 Control 4,091 EUN225 9731 ,7 4,58 4,0E-02 20,0 EUN212 8335,2 6,338 2.8E-02 54,92 EÜN225 9731 ,8 4,30 2.0E-01 12,5 EUN212 8334,1 4,541 3,4E-01 10,99 EUN225 9732,8 4,09 4,7E-01 6,9 EUN212 8331,4 6, 188 1.3E-01 5 1 ,26 EUN225 9734,5 4,07 4,9E-01 6,5 Control 4,091 EUN225 9734,9 4,26 2.3E-01 1 1 ,5 EUN212 8332,2 8,847 2.5E-01 56,56 Control 3,82 EUN212 8331,4 6,998 2,5E-01 23,84 EUN228 10092,2 4,242 1,4E-01 13,89 Control 5,651 EUN228 10093, 1 4,106 2.5E-01 10,23 EUN221 9801, 1 5,06 1.4E-01 29,7 Control 3,725 EUN221 9802,8 5,89 1.2E-03 50,9 EUN231 10631,3 4,27 2,3E-01 1 1 ,6 EUN221 9806,1 4,39 5,4E-01 12,3 EUN231 10631 ,4 4,08 4.8E-01 6,8 Control EUN231 10633,3 4,34 l ,6E-0l 13,5 EUN223 9613,1 5,41 1 2.9E-01 16,86 Control 3,82 EUN223 9612,3 5,162 2,9E-01 1 1 ,49 EUN233 10174,3 3,942 4.0E-01 7,65 Control 4,630 EUN233 10174,1 4,973 2,8E-02 35,83 EUN223 961 1,5 8,701 1.9E-02 67,39 EUN233 10173,5 4,903 2,0E-02 33,89 EUN223 9612,3 6,493 2.6E-01 24,90 EUN233 10172,5 4,240 1,3E-01 15,78 Control 5,198 EUN233 10173,7 4,289 1.7E-01 17,14 EUN225 9731,7 4,77 2.7E-01 22,1 Control 3,662 Control 3,90 EUN233 10174, 1 4,253 l ,5E-02 16,86 EUN228 10092,2 5,763 7,2E-02 34,52 EUN233 10173,5 4, 101 3.7?-0G 12,66 EUN228 10093,3 5,099 1 ,5E-01 19,02 EUN233 10172,5 3,91 1 ? ,??-01 7,44 EUN228 10093,1 5,468 1 ,2E-01 27,63 EUN233 10173,7 4,544 1 ,3E-01 24,84 Control 4,284 Control 3,640 EUN231 10631,3 4,31 5,9E-01 10,5 EUN234 9162,1 4,574 9,8E-02 23,62 EUN231 10631,4 4,87 2.1 E-01 24,8 Control 3,700 EUN231 10633,3 6,21 3,6E-03 59,1 EUN235 9693,4 4,908 6,4E-02 22,32 Control EUN235 9691,1 4,310 4,9E-01 7,43 EUN233 10174,3 4,340 2,8E-01 24,27 EUN235 9694,4 4,347 4.0E-01 8,36 EUN233 10174, 1 7, 195 2,6E-04 106,04 EUN235 9694,3 5,377 3.4E-02 34,03 EUN233 10173,5 4,086 3,5E-01 17,00 Control 4,012 EUN233 10173,7 4,955 5,4E-02 41 ,90 EUN239 9192,3 5,241 4,4E-04 36,59 Control 3,492 EUN239 9192,1 4,041 5,6E-01 5,31 ELN235 9693,4 6,31 1 7,2E-03 44,37 EUN239 9191 ,2 4,081 4.2E-01 6,35 EUN235 9691,1 5,246 3.3E-02 20,00 Control 3,837 EUN235 9694,4 5,145 1,4E-01 17,69 EUN240 9172,1 4,624 l ,3E-02 20,49 EUN235 9694,3 6,927 4,8E-02 58,46 Control 3,837 Control 4,371 EUN241 9633,4 6,137 3,4E-06 52,97 EUN237 9654,4 7,760 1.1 E-01 38,68 EUN241 9632,3 4,772 2.4E-01 18,94 ELN237 9654,1 7, 127 3,0E-01 27,37 EUN241 9632,2 5, 157 3,2E-04 28,54 Control 5,596 EUN241 9632,4 5,016 2.0E-01 25,02 EUN239 9192,3 8,844 6.5E-05 70,14 Control 4,012 EUN239 9191,2 5,903 2.8E-01 13,55 EUN242 9212,1 4,373 4,9E-01 6,96 Control 5,198 EUN242 9211 ,2 4,328 5.2E-01 5,86 EUN240 9172,2 5,902 5,7E-02 27,47 EUN242 9213,4 5,474 l ,3E-03 33,89 EUN240 9174,3 5,530 1 ,2E-01 19,43 Control 4,088 Control 4,630 EUN242 9212,1 4,552 1 ,0E-01 29,06 EUN240 9172,1 7,568 l ,8E-02 45,59 Control 3,527 Control 5,198 EUN245 10641,7 4,388 9,4E-02 20,56 EUN241 9633,4 9,643 7,2E-07 120,61 EUN245 10641,8 4,657 7.4E-03 27,95 EUN241 9632,3 5,344 3,9E-01 22,26 Longitud de raices fcm/ Cobertura de raices fcm2/ Even Even Nombre del gen Prom. valor-p % incr. Nombre del gen Prom. valor-p % incr. to # to # EUN245 10643,4 3,906 2, 1 E-01 7,31 EUN241 9632,2 6,559 3,6E-02 50,05 Control 3,640 EUN241 9632,4 6,451 1 ,3E-01 47,58 EUN246 9033,4 4,695 4.8E-01 7,49 Control 4,371 EUN246 9031 , 1 5,062 8,4E-02 15,90 EUN241 9632,5 5, 170 5, 1 E-01 15,54 Control 4,368 EUN241 9632,3 6, 198 8.3E-02 38,51 EUN250 9134,1 4,593 1 ,6E-01 5,15 EUN241 9632,4 5,754 1.6E-01 28,58 EUN250 9132,2 4,590 3.3E-01 5,09 Control 4,475 Control 4,088 EUN242 9212,1 5,873 4, 1 E-01 1 1 ,59 EUN251 10181,3 3,907 2,6E-01 7,34 EUN242 9213,4 8, 125 l,6E-02 54,40 EUN251 10183,2 4,763 7.9E-02 30,87 Control 5,262 Control 3,640 EUN242 9212,1 5,679 1 ,2E-01 67,87 EUN256 10063,4 5,259 1.4E-02 43,63 EUN242 9213,4 4,572 2.4E-01 35,15 EUN256 10064,1 4,734 2,3E-02 29,28 Control 3,383 EUN256 10061 ,2 4,281 1 ,3E-01 16,92 EUN245 10641,8 4,795 1 ,3 E-01 22,01 EUN256 10062,4 3,855 7.0E-01 5,28 Control 3,930 EUIN256 10063,2 5,276 5.5E-03 44, 10 EUN246 9033,8 6,003 2,5E-01 20,21 Control 3,662 EUN246 9033,4 5,693 4,7E-01 14,00 EUN512 9284,3 4,875 1.0E-01 17,48 EUN246 9034,1 6,292 1 /7E-01 25,99 EUN512 9282,3 4,442 4,4E-01 7,05 EUN246 9031,1 7,329 6,6E-03 46,77 EUN512 9284,4 6, 172 3,9E-04 48,73 Control 4,994 Control 4,150 EUN250 9134,1 5,762 4,8 E-01 9,49 EUN513 9681 ,6 5,009 1/7E-03 30,52 EUN250 9132,2 7,281 2/7E-01 38,35 EUN513 9683,2 4,506 8,6E-02 17,42 Control 5,262 Control 3,837 EUN2S1 10181,3 4,289 1 ,9E-01 22,81 EUN514 9404,1 4,333 5.3E-01 5,99 EUN251 10183,2 4,689 1.4E-01 34,27 EUN514 9404,5 4,906 4, l E-02 20,00 EUN251 10183,1 4,709 1,9E-01 34,86 ELN514 9403,2 4,451 6,9E-02 8,87 Control 3,492 ELN514 9402,5 4,644 2,1 E-01 13,59 EUN251 10183,2 6,691 3,8E-02 70,25 Control 4,088 EUN251 10181,1 4,687 4,8E-01 19,25 EUN514 9403,2 4,874 2,l E-02 38,20 Control 3,930 EUN514 9402,5 4,044 2,9E-01 14,65 EUN256 10063,4 7,393 2,9E-02 1 1 1,70 Control 3,527 EUN256 10064,1 7,214 2,6E-02 106,59 EUN515 9712,5 4,43 1 ,0E-01 15,9 EUN256 10061,2 6,139 2,2E-03 75,81 EUN515 9712,6 4,05 5.0E-01 5,8 EUN256 10062,4 6,337 7.9E-02 81 ,46 EUN515 9713,6 5,34 ? ,??-04 39,7 EUN256 10063,2 6,594 l ,7E-02 88,81 Control 3,82 Control 3,492 EUN520 9771 ,4 4,327 6,9E-02 16, 16 EUN256 10061,3 4,798 3,9E-02 22,09 EUN520 9771 ,7 4,332 1.7E-01 16,28 EUN256 10061 ,2 5,141 1.9E-02 30,82 EUN520 9771 ,2 4,303 l ,2E-01 15,52 EUN256 10061,4 5,617 9,8E-02 42,92 EUN520 9771,3 4,345 1.6E-01 16,66 EUN256 10063,2 5,303 1.5E-02 34,95 Control 3,725 Control 3,930 EUN520 9771,4 4,377 1,4E-01 19,54 EUN268 8996,5 7,789 1.6E-02 40,04 EUN520 9771,2 4,684 3, l E-02 27,93 Control 5,562 EUN520 9771 ,3 3,878 5,2E-01 5,90 EUN512 9284,3 4,930 1.1 E-01 21 ,84 Control 3,662 EUN512 9282,3 5,873 1 ,4 E-01 45,13 EUN523 9 12,5 4,031 3.9E-01 14,28 EUN512 9284,4 7,912 1.6E-03 95,53 EUN523 9414,2 5,032 l ,5E-03 42,68 Control 4,047 EUNS23 9413,4 3,766 2,8E-01 6,78 EUN513 9681,6 6,591 3,6E-02 26,79 Control 3,527 Control 5, 1 8 EUN523 9412,5 5,066 6,2E-01 7,98 EUN514 9404,5 6,570 9,0E-02 24,84 EUN523 9414,2 5,879 2.1 E-04 25,30 , Control 5,262 Control 4,692 EUN514 9403,2 5,579 I .2E-02 64,94 EUN525 9531 ,2 5,029 1.0E-03 25,34 ELN514 9402,5 4,299 3.2E-01 27,09 EUN525 9534, 1 5, 1 16 4,0E-02 27,51 Control 3,383 EUN525 9533,1 4,471 2,8E-01 1 1,43 EUN515 9712,5 4,93 26,3 1 ,9E-01 EUN525 9531 , 1 5, 184 1 ,9E-01 29,21 EUN515 9712,6 4,09 4,7 8, 1 E-01 Control 4,012 EUN515 9713,6 7,39 89,4 l ,9E-05 EUN531 10081,5 5,029 9,2E-02 35,00 Control 3,90 Longitud de raíces /cm/ Cobertura de raíces /cm2/ Even Even Nombre del gen Prom. valor-p % incr. Nombre del gen Prom. valor-p % incr. to # to # Control 3,725 EUN519 9371 ,2 7,868 4.7E-01 51 ,36 EUN531 10083,3 4,502 2,7E-03 23,69 EUN519 9371 ,1 7,813 1 ,7E-01 50,30 EUN531 10081 ,4 3,894 1.4E-01 6,98 Control 5, 198 EUN531 10083,2 4,655 3,2E-02 27,89 EUN520 9771 ,4 4,820 3.0E-01 12,51 EUN531 10081 ,5 5,026 2.1 E-02 38,08 EUN520 9771 ,7 5,879 1.4E-02 37,23 Control 3,640 EUN520 9771,2 6,392 3,3E-02 49,20 EUN536 9233,3 5,416 1.2E-02 24,00 EUN520 9771,3 7,265 1.4E-02 69,57 Control 4,368 Control 4,284 EUN539 10101 ,5 4,107 4.7E-01 12,17 EUN520 9771,4 6, 158 1.8E-02 76,34 EUN539 10103,5 4,561 5,0E-02 24,57 EUN520 9771,2 6,839 1 /7E-02 95,84 EUN539 10101 ,7 4,953 2,0E-02 35,27 EUN520 9771,3 5,440 5,3E-03 55,77 Control 3,662 ELN520 9773,1 4,655 9,8E-02 33,29 EUN539 10101 ,7 4,344 8.5E-02 19,36 Control 3,492 Control 3,640 EUN521 9362,2 4,458 3, 1 E-01 31 ,79 EUN543 10051,1 4,030 3.5E-01 8,20 EUN521 9363,4 5,071 5,6E-02 49,90 EUN543 10052,3 4,347 8,l E-02 . 16,70 Control 3,383 EUN543 10053, 1 4,034 4.0E-01 8,29 EUN523 9412,5 4,834 3,0E-01 42,92 Control 3,725 EUN523 9414,2 5,371 1.7E-04 58,79 EUN563 9452,3 5,668 7,3E-02 41,27 Control 3,383 EUN563 9451,2 4,348 2.6E-01 8,38 EUN523 9413,3 6,532 5, 1 E-01 20,78 EUN5Ó3 9452,1 4,415 3.9E-01 10,04 EUN523 9414,2 8,479 4,6E-02 56,78 Control 4,012 Control 5,408 EUN566 9513, 1 4,306 4.5E-01 7,32 EUN525 9531,2 6,497 l ,7E-04 48,62 EUN566 9 12,2 4, 1 18 6.3E-01 2,63 EUN525 9534,1 6,805 6,9E-02 55,67 EUN566 9512,4 4,41 1 3.9E-01 9,95 EUN525 9531,3 4,928 6,1 E-01 12,73 EUN566 9512,1 5,392 9,6E-02 34,39 EUN525 9533,1 7,002 3,6E-02 60,17 EUN566 9514, 1 5,583 l ,8E-05 39, 15 EUN525 9531, 1 8,063 1.5E-01 84,46 Control 4,012 Control 4,371 EUN574 10363,4 4, 132 3,5E-01 13,52 EUN531 10083,3 4,905 2,4E-02 24,81 EUN574 10366,2 4,697 7.2E-02 29,04 EUN531 10081 ,4 6,308 l ,3E-02 60,52 EUN574 10366, 1 4,264 6.0E-03 17,15 EUN531 10083,2 5,480 8,6E-02 39,45 Control 3,640 EUN531 10081,5 7,516 4,3E-02 91,25 EUN581 9724,9 4,35 1.5E-01 13,8 Control 3,930 Control 3,82 EUN536 9233,3 7, 107 3,3E-02 42,30 EUN583 9673,4 5,145 8,6E-02 41,35 Control 4,994 EUN583 9673,2 4,621 l ,6E-02 26,95 EUN537 9393,3 7,508 5,7E-02 85,53 EUIN583 9671 ,2 4, 181 1 ,0E-01 14,88 Control 4,047 EUN583 9671 ,1 3,903 3.2E-01 7,24 EUN539 10101 ,5 5,026 1 ,1 E-01 43,93 Control 3,640 EUN539 10103,5 5,622 7.6E-03 60,99 EUN586 9751 ,1 4,510 4,7E-01 7,36 EUN539 10101 ,7 6,622 4.1 E-03 89,62 EUN586 9751,7 5,845 3.0E-03 39,13 Control 3,492 EUN586 9751 ,3 5,259 7,3E-02 25,20 EUN543 10051,1 5,204 9,l E-02 21 ,47 EUN586 9752,2 4,903 1 ,1 E-01 16,71 EUN543 10052,3 4,978 2,0E-01 16,20 EUN586 9752,1 6,626 1.3E-05 57,73 EUN543 10051,2 5,086 3, 6 E-01 18,73 Control 4,201 Control 4,284 EUN586 9751,1 5,290 3,0E-01 13,71 EUN544 9764,2 8,303 9,5E-02 46,92 ELN586 9751 ,6 6,090 l,6E-03 30,92 EUN544 9763,3 6,821 1 ,1 E-01 20,71 EUN586 9751 ,3 5, 181 3.1 E-01 1 1 ,38 Control 5,651 EUN586 9752,4 5,952 2,9E-03 27,96 EUN548 9095,2 7,731 2,2 E-01 46,90 EUN586 9752,1 6,660 2.1 E-04 43,17 EUN548 9095,4 7,888 1.3E-01 49,89 Control 4,652 EUN548 9091,1 6,01 1 2/7E-01 14,23 EUN593 10391,2 4,849 8,9E-03 30,18 Control 5,262 EUN593 10394, 1 4,390 2.4E-01 17,85 EUN554 91 15,2 7,603 3,2E-02 36,68 EUN593 10394,2 4,698 3,3E-02 26,13 Control 5,562 Control 3,725 EUN563 9452,3 9,266 1.7E-01 1 1 1 ,97 EUN592 9741.7 4,08 4,8E-01 6,8 EUN563 9451,2 6,068 1 ,3 E-01 38,82 ELN592 9747,4 4,00 6.2E-01 4,8 EUN563 9452,1 5, 145 1 ,2E-01 17,70 EUN592 9747,5 4,70 1.8E-02 23.0 Control 4,371 Longitud de ratees [cm] Cobertura de raices ¡cm2} Even Even Nombre del gen Prom. valor-p % incr. Nombre del gen Prom. valor-p % incr. to # to # Control 3,82 EUN566 9513, 1 5,537 2.0E-01 26fi7 EUN566 9512,2 5,086 1.3E-01 16,36 EUN566 9512,1 7,608 1 ,0E-01 74,05 EUNS66 9514, 1 7,752 2,2E-03 77,33 Control 4,371 EUN569 9381 ,2 5, 147 2,8E-02 21.78 Control 4,226 EUN570 931 1 ,4 4,965 5,6E-01 22,69 EUN570 93 14,4 5,327 8,0E-02 31 ,63 EUN570 9314,1 5,093 3.3E-01 25,85 Control 4,047 EUN574 10364,2 4,318 1.9E-01 9,88 EUN574 10366,2 7,430 5,lE-02 89,06 EUN574 10366, 1 5,260 5,6E-02 33,83 Control 3,930 EUN581 9723,6 4,16 7,4E 6,5 EUN581 9724,9 4,93 1,9E 26,3 Control 3,90 EUN583 9673,4 8,986 1.7E-02 128,64 EUN583 9673,2 6,359 5,0E-02 61 ,80 EUN583 9671,2 4,956 1 ,0E-01 26, 1 1 Control 3,930 EUN586 9751,1 5,324 5,1 E-01 14,00 EUN586 9751 ,7 8,938 2,6E-02 91 ,38 EUN586 9751,3 6,250 8,3E-02 33,83 EUN586 9752,2 5,566 3,7E-01 19, 18 EUN586 9752,1 10,320 9.6E-04 120,99 Control 4,670 EUN586 9751,1 7,261 2,8E-01 28,49 EUN586 9751,6 7,902 4,2E-02 39,83 EUN586 9751 ,7 6,250 6,0E-01 10,60 EUN586 9751,3 7,274 9,2E-02 28,71 EUN586 9752,4 8,572 6,8E-03 51 ,70 EUN586 9752,1 9,922 5,6E-02 75,58 Control 5,651 EUN587 9643,2 7,007 7,6E-02 50,03 Control 4,670 EUN592 9741 ,7 4,20 7,0E 7,7 EUN592 9747,5 5,31 7,3E 36,0 Control 3,90 EUN593 10391 ,2 5,167 2,6E-01 20,60 EUN593 10394,2 6,009 9,4E-02 40,25 Control 4,284 Tabla 26: Análisis del rendimiento de raíz (longitud y cobertura de raíz) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado [condiciones de baja cantidad de nitrógeno o de nitrógeno deficiente (0,75 mM N) ] comparados con las plantas de control. "Prom." Promedio; "Incr." = incremento.
Los genes presentados en la Tablas 27 y 28, más adelante, tienen una mejorada tasa de crecimiento vegetal cuando se los desarrolló bajo condiciones de crecimiento con nitrógeno limitado, comparados con las plantas de control. Las plantas que muestran una tasa de crecimiento más rápida confirman un mejor establecimiento de la planta en suelo bajo condiciones de nitrógeno deficiente. Se observó un crecimiento más rápido cuando se midió la tasa de crecimiento del área de hoja asi como también, cuando se midió la longitud y cobertura de raíz.
Las Tabla 27 y 28 ilustran los análisis de la tasa de crecimiento de la planta del área de hoja, cobertura de raíz y longitud de raíz cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado [condiciones de baja cantidad de nitrógeno o de nitrógeno deficiente (0,75 mM N) ] en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S). Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y el segundo experimento confirmó el incremento significativo en la tasa de crecimiento. El evento con valor-p < 0.1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 27 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una tasa de crecimiento vegetal mejorada (tasa de crecimiento relativa del área de hoja y cobertura de raíz) bajo condiciones de nitrógeno deficiente RGR del Area de hoja RGR de Cobertura de raices Nombre Evento valor- % Nombre Evento valor- % Promedio Promedio del gen # P Incr. del gen # P Incr. 3, 1 E- 2,6E- CT11 4892,3 0,043 14,75 CT11 4894,3 1 ,07 18,78 01 01 7,0E- 4,7E- CT11 4893,2 0,054 43,87 CT11 4892,2 1 ,02 12,68 02 01 4,9E- Control 0,038 CT11 4892,1 1,17 29,43 02 3,2E- CT11 4894,3 0,071 37,85 Control 0,90 02 6,5 E- 6,6E- CT11 4892,3 0,077 47,95 CT22 5023,1 0,49 51 ,49 03 02 8.1E- CT11 4892,2 0,066 27,89 Control 0,32 02 5,1 E- Control 0,052 CT27 5033,7 0,51 59,31 01 2, I E- 4,4E- CT27 5031 ,4 0,059 56,19 CT27 5031,4 0,66 106,25 03 01 3,7E- 3,3E- CT27 5035,2 0,050 31 ,33 CT27 5035,2 0,48 50,35 02 01 1,9E- Control 0,038 CT27 5033,6 0,46 41 ,98 01 1,4E- 5,0E- CT27 5035,2 0,052 47,58 CT27 5033,4 0,81 152,27 02 02 4,5 E- Control 0,035 CT27 5033,8 0,36 12,91 02 1,9E- CT27 5033,4 0,047 28,65 Control 0,32 01 l,7E- 4,7E- CT27 5033,8 0,062 66,84 CT6 4943, 1 0,93 60,75 04 02 3,3 E- Control 0,037 CT6 4941,4 0,88 52,53 02 1 ,9E- CT6 4943,1 0,058 54,43 Control 0,58 02 1,2E- 1, 1 E- CT6 4941 ,4 0,058 52,74 CT75 4873,3 0,75 30,24 02 01 Control 0,038 Control 0,58 · 3,8E- 5,2E- CT76 5044,6 0,059 13,49 CT76 5041 ,5 1 ,29 43,20 01 02 RGR del Area de hoja RGR de Cobertura de raíces Nombre Evento valor- % Nombre Evento valor- % Promedio Promedio del gen # P Incr. del gen # P Incr. 2,9E- 5,2E- CT76 5041 ,5 0,075 44,40 CT76 5043,5 1 ,24 37,15 02 02 2,8E- 4,7E- CT76 5043,5 0,082 58,85 CT76 5041,6 1 ,01 1 1 ,99 04 01 4,2 E- CT76 5041,9 0,084 62,25 Control 0,90 03 5,5E- 3,6E- CT76 5041,6 0,086 65,56 CT76 5044,6 0,59 49,62 04 02 1,9E- Control 0,052 CT76 5043,5 0,67 71 ,45 02 2,9E- 4,1 E- CT76 5044,6 0,044 18,54 CT76 5041,6 0,46 17,98 01 01 5,8E- 8,3E- CT76 5041,5 0,050 36,83 CT76 5041,9 0,64 64,17 02 03 1,6E- CT76 5043,5 0,075 103,60 Control 0,39 07 9,2E- 6, 1 E- CT76 5041,6 0,053 43,71 EUN206 6731,2 0,88 107,33 03 03 7,7E- 2,5 E- CT76 5041 ,9 0,055 48,95 ELN206 6732,7 0,54 28,14 03 01 Control 0,037 Control 0,42 1,9E- 3,0E- CT81 4992,1 0,074 43,33 EUN206 6731,2 0,73 103,93 03 04 2,8E- 1,5E- CT81 4993,5 0,061 17,47 EUN206 6732,9 0,46 29,09 01 01 2,3E- 1,5E- CT81 4992,2 0,072 38,79 EUN206 6732,5 0,51 42,93 02 01 Control 0,052 Control 0,36 2,0E- 3,9E- EUN206 6731,2 0,035 39,25 EUN208 8354,8 0,58 18,43 02 01 6,4E- 3,7E- EUN206 6732,7 0,032 28,96 ELN208 8351 ,3 0,71 44,72 02 02 Control 0,025 Control 0,49 1,0E- 9, 1 E- EUN208 8351,3 0,046 54,30 EUN208 8355,3 0,72 100, 13 02 03 9,5E- EUN208 8355,3 0,038 28,29 Control 0,36 02 1,3E- Control 0,030 ELN209 8192,13 0,63 28,43 01 2,0E- 1, 1 E- ELN208 8355,3 0,073 55,84 ELN209 8192,14 0,65 32,34 02 01 Control 0,047 Control 0,49 3,2E- 4,0E- EUN209 8192,13 0,043 44,12 EUN209 8192,14 0,65 79,86 02 03 6,9E- ELN209 8192,14 0,047 60,54 Control 0,36 03 2,2E- Control 0,030 EUN212 8332,2 0,64 70,92 02 2,2E- 1,5E- EUN209 8192,13 0,047 38,99 EUN212 8334,1 0,61 63,17 02 01 4,8E- EUN209 8191,5 0,055 64,77 Control 0,37 04 1.2E- 1.1 E- EUN209 8192,14 0,041 22,52 EUN212 8335,2 0,75 52,25 01 02 2,4E- Control 0,033 EUN212 8331 ,4 0,76 54,17 02 2,5E- EUN209 8192,14 0,071 52,94 Control 0,49 03 RGR del Area de hoja RGR de Cobertura de raíces Nombre Evento valor- % Nombre Evento valor- % Promedio Promedio del gen # P Incr. del gen # P Incr. 2,2E- 2,7E- EUN209 8191 ,3 0,057 22,44 EUN212 8332,2 1,08 58,34 01 02 1.6E- Control 0,047 EUN212 8331,4 0,87 27,37 01 1.9E- EUN212 8335,2 0,041 40, 1 1 Control 0,68 02 8.8E- 8,9E- EUN212 8331 ,4 0,046 54,77 EUN223 961 1,5 1 ,06 67,16 03 04 2,3 E- Control 0,030 EUN223 9612,3 0,77 21 ,00 01 4,8E- EUN212 8332,1 0,062 50,03 Control 0,63 03 2,0E- Control 0,041 EUN228 10092,2 0,70 41 ,76 02 5,9E- 1 ,5E- EUN224 9001,3 0,064 41 ,00 EUN228 10093,3 0,61 23,30 04 01 5,5E- Control 0,045 EUN228 10093,1 0,66 33,53 02 8.1 E- EUN230 9154,2 0,054 19,70 Control 0,49 02 1,5E- 2,2E- EUN230 9151,2 0,052 14,88 EUN233 10174,3 0,52 27,38 01 01 1,1 E- Control 0,045 EUN233 10174,1 0,86 1 1 1, 13 05 3,5 E- 4,2E- EUN230 9153,3 0,046 23,46 ELN233 10173,7 0,59 45,30 02 02 Control 0,038 Control 0,41 2,8 E- 8, 1 E- EUN233 10174,3 0,047 52,81 EUN233 10174,1 0,56 22,89 03 02 5,3E- 2,7E- EUN233 10174, 1 0,075 141,80 EUN233 10173,7 0,72 57,48 09 03 4,3E- EUN233 10173,7 0,040 28,55 Control 0,46 02 5, 1 E- Control 0,031 EUN234 162,1 0,51 39,40 02 4.5E- EUN237 9651,1 0,051 12,77 Control 0,37 01 2.5E- 2,5 E- EUN237 9654,4 0,059 31 ,14 EUN235 9693,4 0,68 44,45 02 03 2,6E- 2,0E- EUN237 9654,1 0,056 24,39 EUN235 9691,1 0,56 18,18 02 01 2,3E- Control 0,045 ELN235 9694,4 0,55 15,87 01 1,3E- 1, 1 E- EUN239 9191,1 0,063 58,77 EUN235 9694,3 0,76 60,48 02 03 Control 0,040 Control 0,47 5.3E- 7,8E- EUN239 9192,3 0,061 25,48 EUN237 9654,4 0,93 39,79 02 02 2,4E- Control 0,048 EUN237 9654,1 0,84 26,90 01 1 ,5E- EUN240 9172,2 0,067 68,99 Control 0,66 03 1 ,4E- 6,5 E- EUN240 9174,3 0,052 29,40 EUN239 9191,1 0,75 36,48 01 02 Control 0,040 Control 0,55 4.1 E- 7,2E- EUN240 9172,1 0,068 41 ,05 EUN239 9192,3 1 ,08 71,00 03 05 3,5E- Control 0,048 EUN239 9191,2 0,73 14,79 01 RGR del Area de hoja RGR de Cobertura de raices Nombre Evento valor- % Nombre Evento valor- % Promedio Promedio del gen # P Incr. del gen # P Incr. 4,5 E- EUN241 9633,4 0,053 58,65 Control 0,63 04 7,6E- 5.1 E- EUN241 9632,2 0,042 26,55 EUN240 9172,2 0,73 33,21 02 02 6,8E- 1 ,4E- EUN241 9632,4 0,045 35,24 EUN240 9174,3 0,68 23,94 02 01 Control 0,033 Control 0,55 2,2E- 8,4E- EUN241 9632,3 0,056 43,54 EUN240 9172,1 0,93 46,95 02 03 Control 0,039 Control 0,63 4.2E- 5,1 E- EUN242 9212,1 0,053 49,38 EUN241 9633,4 1 ,05 121 , 17 03 09 2,2E- 3,0E- EUN242 9213,4 0,041 15,83 EUN241 9632,3 0,56 17,76 01 01 4,2E- Control 0,036 EUN241 9632,2 0,70 47,48 03 3,3E- 2,6E- EUN245 10641,7 0,064 39,30 EUN241 9632,4 0,68 42,78 02 02 Control 0,046 Control 0,47 5,0E- 8,7E- EUN246 9033,8 0,047 13,54 EUN241 9632,3 0,73 37,63 01 02 1,8E- 1,8E- EUN246 9033,4 0,053 27,65 EUN241 9632,4 0,68 28,48 01 01 1,3E- EUN246 9034,1 0,067 63,07 Control 0,53 02 5,3 E- Control 0,041 EUN242 9214,1 0,82 34,65 01 1,8E- 4,4E- EUN248 8981,5 0,059 42,38 EUN242 9213,4 0,98 61 ,42 02 04 Control 0,041 Control 0,61 2,9E- 2,3E- EUN250 9132,1 0,051 13,50 EUN242 9212,1 0,69 76,75 01 03 4,2E- 4,3 E- EUN250 9132,2 0,051 12,43 EUN242 9213,4 0,55 40,32 01 02 5,3E- EUN250 9134,1 0,055 21 ,91 Control 0,39 02 5,7E- Control 0,045 ELN245 10641 ,7 0,67 46,73 03 3,2E- 4,6E- EUN251 10181 ,3 0,052 67,47 EUN245 10641,8 0,57 24,96 05 02 1, 1 E- 4, 1 E- EUN251 10183,2 0,044 41 ,23 EUN245 10643,4 0,50 10,90 02 01 1,1 E- EUN251 10183,1 0,043 38,27 Control 0,46 02 2,4 E- Control 0,031 EUN246 9033,8 0,72 22,81 01 2,2E- 3,8E- EUN251 10183,2 0,084 83,75 EUN246 9033,4 0,69 17,06 05 01 8, 1 E- 1,5E- EUN251 10182,1 0,057 23,66 EUN246 9034, 1 0,78 32,69 02 01 7,3E- 1 ,2E- EUN251 10181 , 1 0,048 4,28 EUN246 9031,1 0,90 52,58 01 02 Control 0,046 Control 0,59 4,9E- 7,3 E- EUN256 10063,4 0,045 10,33 EUN248 8981,5 0,70 30,02 01 02 1,5E- EUN256 10064, 1 0,057 37,35 Control 0,53 02 3,3E- Control 0,041 EUN250 9134,1 0,68 12,73 01 RGR del Area de hoja RGR de Cobertura de raíces Nombre Evento valor- % Nombre Evento valor- % Promedio Promedio del gen # P Incr. del gen # P Incr. 8.1 E- 3,6E- ELN256 10063,4 0,061 96,42 EUN250 9132,2 0,89 46,62 04 02 1, SE¬ EUN256 10064,1 0,063 104,87 Control 0,61 OS 1 ,0E- 8,3E- EUN256 10061,2 0,065 1 10, 14 EUN251 10183,2 0,81 77,68 07 05 2,3E- 1 ,8E- ELN256 10062,4 0,062 99,98 EUN251 10181 ,1 0,56 24,08 05 01 1 JE- EUN256 10063,2 0,054 74,87 Control 0,46 04 6,0E- Control 0,031 EUN254 8972,4 0,74 38,45 02 6,0E- EUN256 10061,2 0,071 55,03 Control 0,53 04 4, 1 E- 2,3E- EUN256 10061,4 0,068 47,93 EUN256 10063,4 0,88 1 15,25 03 04 3,9E- 1,6E- EUN256 10063,2 0,051 1 1 ,43 EUN256 10064,1 0,89 1 17, 15 01 04 5,9E- Control 0,046 EUN256 10061,2 0,74 81 ,36 04 2,6E- 4,0E- EUN511 9271 ,2 0,056 50,68 EUN256 10062,4 0,77 87,01 02 03 7,9E- Control 0,040 EUN256 10063,2 0,78 90,93 04 3,6E- EUN512 9282,3 0,072 68,22 Control 0,41 04 8,0E- 7,7E- EUN512 9284,4 0,059 38,67 EUN256 10061 ,3 0,55 20,48 03 02 1,1 E- Control 0,043 EUN256 10061,2 0,61 34,76 02 3,4E- 6,4E- EUN514 9404,1 0,047 30,81 EUN256 10061,4 0,67 46,55 02 03 3,3E- 6,6E- EUN514 9402,2 0,041 14,01 EUN256 10063,2 0,63 39,24 01 03 1,7E- EUN514 9403,2 0,042 17,39 Control 0,46 01 7,5 E- Control 0,036 EUN268 8996,5 0,95 46,67 03 3,6E- EUN516 9291 ,1 0,051 12,83 Control 0,65 01 5,2E- 1,2E- EUN516 9291 ,4 0,058 28,67 EUN512 9284,3 0,59 24,74 02 01 1,5E- Control 0,045 EUNS12 9282,3 0,72 51 ,97 02 7,6E- 7,5E- EUN519 9371 ,2 0,065 34,99 EUN512 9284,4 0,94 98,41 02 06 1 ,7E- EUN519 9371 ,1 0,059 22,69 Control 0,47 01 1,4E- Control 0,048 EUN513 9681,6 0,77 21 ,72 01 7,7E- EUN521 9362,2 0,050 41 ,00 Control 0,63 03 3, 1 E- 2,6E- EUN521 9361 ,2 0,041 15,27 EUN514 9404,1 01 0,72 17,95 01 1.4E- 2,9E- EUN521 9363,4 0,056 56,51 EUN514 9404,5 0,79 30,17 04 02 Control 0,036 Control 0,61 3,4E- 3,9E- EUN521 9362,2 0,057 16,01 ELN514 9403,2 0,67 71 ,81 01 05 RGR del Area de hoja RGR de Cobertura de raíces Nombre Evento valor- % Nombre Evento valor- % Promedio Promedio del gen # P Incr. del gen # P Incr. 6,3 E- 5,8E- EUN521 9363,4 0,065 31,54 EUN514 9402,5 0,52 34,24 02 02 Control 0,049 Control 0,39 4,9E- 5,6E- ELN523 9412,5 0,048 33,67 EUN519 9371,2 0,97 52,96 02 02 9.2E- 2,5 E- EUN523 9414,2 0,043 20,21 EUN519 9371,1 0,96 51,45 02 02 Control 0,036 Control 0,63 7,6E- 2,1E- EUN523 9412,5 0,058 41,83 EUIN520 9771,4 0,59 20,79 02 01 2.2E- 9,4E- EÜN523 9414,2 0,049 19,88 EUN520 9771,7 0,72 47,07 01 03 5,2E- 4,4E- EUN523 9412,1 0,062 49,67 EUN520 9771,2 0,78 59,79 03 03 5,5E- Control 0,041 EUN520 9771,3 0,89 81,39 04 8,9E- EUN525 9531,2 0,043 27,96 Control 0,49 02 1,4E- 1,5E- EUN525 9534,1 0,042 27,19 EUN520 9771,4 0,76 85,18 01 03 3,9E- 3,7E- EUN525 9531,3 0,046 36,82 EUN520 9771,2 0,83 102,18 02 04 1,6E- 5,4E- EUN525 9533,1 0,048 42,76 EUN520 9771,3 0,66 60,90 02 03 3,5 E- 1,1E- EUN525 9531,1 0,045 36,14 EUN520 9773,1 0,57 39,32 02 01 Control 0,033 Control 0,41 5,6E- 5,4E- EUN531 10083,1 0,070 24,91 EUN521 9362,2 0,55 39,89 02 02 1,1E- 2,1E- EUN531 10082,2 0,067 20,04 EUN521 9361,3 0,46 18,65 01 01 1,2E- 1,4E- EUN531 10081,4 0,070 24,78 EUN521 9363,4 0,63 61,36 01 03 8,2E- EUN531 10081,5 0,073 30,25 Control 0,39 02 5,0E- Control 0,056 EUN523 9412,5 0,58 49,67 02 4,0E- 9,9E- EUN531 10081,4 0,051 11,96 EUN523 9414,2 0,63 61,62 01 06 1,3E- EUN531 10081,5 0,090 95,63 Control 0,39 05 2,6E- Control 0,046 EUN523 9413,3 0,80 24,87 01 1,6E- 3,8E- EUN532 9222,4 0,050 40,00 EUN523 9414,2 1,03 60,15 01 03 Control 0,036 Control 0,64 1,7E- 5,0E- EUN535 9082,2 0,040 29,19 EUN523 9412,5 1,03 44,09 01 02 2,0E- 7,8 E- EUN535 9084,2 0,037 17,89 EUN523 9414,2 1,05 47,15 01 03 4,7E- ELN535 9081,1 0,045 45,68 Control 0,71 02 9,9E- 1,1E- EUN535 9083,1 0,059 91,43 EUN525 9531,2 0,71 50,16 06 03 6,1E- 3,0E- EUN535 9084,4 0,046 49,99 EUN525 9534,1 0,76 59,45 03 03 3,9E- Control 0,031 EUN525 9531,3 0,55 15,44 01 RGR del Area de hoja RGR de Cobertura de raíces Nombre Evento valor- % Nombre Evento valor- % Promedio Promedio del gen # P Incr. del gen # P Incr. 8.9E- 1, 1 E- EUN537 9391 ,2 0,067 57,56 EUN525 9533,1 0,75 57,42 04 03 3,4E- 9,0 E- EUN537 9393,3 0,078 83,37 EUN525 9531 ,1 0,88 85,07 06 04 Control 0,043 Control 0,47 7,5 E- 6,0 E- EUN539 10103,5 0,060 45,45 EUN527 9201,2 0,91 39,82 02 02 Control 0,041 Control 0,65 6,3E- 8,8E- EUN539 10101,5 0,052 68,95 EUN528 9073, 1 0,91 33,70 04 02 2,7E- EUN539 10103,5 0,052 67,92 Control 0,68 05 4.6E- 1,2E- ELN539 10101,2 0,058 85,91 EUN531 10081 ,4 0,65 33,32 06 01 1 ,3E- 6, 1 E- EUN539 10101,7 0,067 1 15,49 EUN531 10081,5 0,95 93,18 06 03 Control 0,031 Control 0,49 1 JE- 5,7E- EUN542 9333,2 0,058 27,22 EUN531 10083,3 0,56 22,09 02 02 2,5E- Control 0,045 EUN531 10081,4 0,76 67,03 04 4,9E- 7,4E- EUN543 10051,2 0,043 1 1 ,08 EUN531 10083,2 0,65 42,46 01 03 EUN543 10051,6 0,052 2.6E- 5,5 E- 32,97 EUN531 10081 ,5 0,88 94,20 02 05 Control 0,039 Control 0,46 1 ,9E- 1, 1 E- EUN548 9095,2 0,058 45,78 EUN535 9084,2 0,87 34,81 02 01 1 , 1 E- EUN548 9092,2 0,054 34,83 Control 0,65 01 2,7E- Control 0,040 EUN536 9233,3 0,85 45,06 02 2,0E- EUN548 9095,2 0,067 16,93 Control 0,59 01 6,7E- 9,3 E- EUN548 9095,4 0,082 43,33 EUN537 9393,2 0,50 28,21 03 02 7,8 E- 8,0E- EUN548 9091 ,1 0,070 21,75 EUN537 9393,3 0,49 25,71 02 02 Control 0,057 Control 0,39 8,8E- 5,4E- EUN554 91 15,2 0,067 26,2\ EUN537 9393,3 0.92 95,13 02 04 Control 0,053 Control 0,47 4,8E- 3,4E- EUN560 9424,3 0,069 39,85 EUN539 10101 ,5 0,62 50,84 02 02 6,2E- Control 0,049 EUN539 10103,5 0,66 61 ,79 03 8,5 E- 2,0E- EUN564 9242,2 0,066 54,86 EUN539 10101,7 0,80 96,01 03 04 Control 0,043 Control 0,41 2,2E- 2,7E- EUN566 9512,1 0,052 56,47 EUN544 9764,2 1 ,00 46,55 02 02 2,7E- Control 0,033 EUN544 9763,3 0,80 17,81 01 1 ,8E- EUN567 9263,3 0,053 25,10 Control 0,68 01 7,1 E- Control 0,043 EUN545 9482,4 0,61 28,80 02 2,9E- EUN568 9471 ,3 0,051 14,08' Control 0,47 01 RGR del Area de hoja RGR de Cobertura de raices Nombre Evento valor- % Nombre Evento valor- % Promedio Promedio del gen # P Incr. del gen # P Incr. 5,2E- 1,2E- EUN568 9472,2 0,062 40,02 EUN548 9095,2 0,72 30,12 03 01 Control 0,045 Control 0,55 6,7E- 1 ,5E- EUN570 9314,1 0,064 32,94 EUN548 9095,2 0,96 57,39 02 02 4,3 E- Control 0,048 EUN548 9095,4 0,97 59,52 03 6,1 E- 1,1 E- EUN573 9491 ,4 0,058 30,87 EUN548 9091, 1 0,74 22,28 02 01 1.4E- EUN573 9494,3 0,055 23,73 Control 0,61 01 1,4E- Control 0,045 EUN550 9141 ,3 0,83 28,42 01 1 ,0E- EUN574 10364,2 0,062 34,44 Control 0,65 02 6,7E- 1,7E- EUN574 10362,2 0,048 5,59 EUN554 91 15,2 0,93 43,12 01 02 6,5E- EUN574 10366,2 0,079 72,54 Control 0,65 05 3,8E- Control 0,046 EUN563 9452,3 1 ,02 1 14,90 03 2,5E- 3,0E- EUN576 9791,3 0,046 17,12 ELN563 9451,2 0,65 36,75 01 02 9,0E- EUN576 9792,4 0,050 27,76 Control 0,47 02 9.8E- 2,0E- EUN576 9794,1 0,048 24,04 EUN564 9242,3 0,58 21 ,75 02 01 1,4E- 3,1 E- EUN576 9793,3 0,048 22,67 ELN564 9242,2 0,71 49,74 01 02 9,3E- Control 0,039 EUN564 9243,4 0,65 37,10 02 4,1 E- EUN582 9562,4 0,056 24,61 Control 0,47 02 1,3E- Control 0,045 ELN566 9513,1 0,58 23,35 01 3,2E- 1,7E- EUN583 9673,1 0,056 43,43 EUN566 95 12,2 0,56 17,73 02 01 5.1 E- Control 0,039 ELN566 9512,1 0,79 67,15 03 3,5 E- 2,8E- EUN583 9673,4 0,092 100,45 EUN566 9514,1 0,86 80,42 05 05 2,5E- EUN583 9673,2 0,063 38,28 Control 0,47 02 7,7E- Control 0,046 ELN567 9263,3 0,66 39,99 02 4,2E- EUN586 9751,6 0,047 12,92 Control 0,47 01 3, 1 E- 5,0E- EUN586 9751,7 0,049 19,09 EUN567 9263,3 0,97 42,53 01 02 2,6E- EUNS86 9752,4 0,057 36,93 Control 0,68 02 1.0E- 8,8E- EUN586 9752,1 0,058 39,90 EUN569 9381,2 0,60 20,49 01 02 2, 1 E- Control 0,041 EUN569 9381,5 0,59 19,31 01 Control 0,50 2,9E- EUN570 931 1,4 0,60 27,17 01 RGR del Area de hoja RGR de Cobertura de raices Nombre Evento valor- % Nombre Evento valor- % Promedio Promedio del gen # P Incr. del gen # P Incr. 4,5 E- EUN570 9314,4 0,64 35,92 02 1,6E- EUN570 9314,1 0,61 29,32 01 Control 0,47 2,6E- EUN570 9314,4 0,63 26,50 01 1, 1 E- EUN570 9314,1 0,81 64,12 02 Control 0,50 1,4E- EUN571 9304,2 0,84 30, 16 01 Control 0,64 2,5 E- EUN574 10364,2 0,51 12,29 01 7,6E- EUN574 10366,2 0,91 99,71 05 6,2E- EUN574 10366,1 0,63 38,15 03 Control 0,46 7,4E- EUN583 9673,4 1 ,08 136,31 07 3.4E- EUN583 9673,2 0,76 67,32 04 3,4E- EUN583 9671,2 0,58 27,94 02 Control 0,46 4,4E- EUN586 9751,7 1 ,08 90,56 04 1,3E- EUN586 9751,3 0,73 28,69 01 1, 1 E- EUNS86 9752,1 1 ,23 1 17,25 06 Control 0,57 1,9E- EUN586 9751,1 0,86 26,09 01 5,1E- EUN586 9751,6 0,93 35,91 02 9,6E- EUN586 9751,3 0,89 30,27 02 9,5 E- EUN586 9752,4 1 ,02 49,17 03 6,5 E- EUN586 9752,1 1 ,16 69,78 03 Control 0,68 2,3E- EUN587 9643,2 0,85 50,29 02 Control 0,57 1,5E- EUN593 10394,2 0,72 46,89 02 Control 0,49 Tabla 27: Análisis de la tasa de crecimiento de la planta (tasa de crecimiento relativa de área de hoja and cobertura de raíz) de plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) , cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado [condiciones de baja cantidad de nitrógeno o de nitrógeno deficiente (0.75 mM N) ] , comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; "RGR" = tasa de crecimiento relativo.
Tabla 28 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una tasa de crecimiento vegetal mejorada (tasa de crecimiento relativa de longitud de raiz) bajo condiciones de nitrógeno deficiente R GR de Longitud de raíces Nombre del gen Evento # Promedio valor-p % incr.
CT1 4841 ,1 0,325 4.6E-01 14,92 CT1 4844,5 0,386 3,9E-02 36,53 CT1 4841 ,2 0,399 5.1 E-02 41 ,25 Control 0,282 CT11 4892, 1 0,612 9,8E-02 15,48 Control 0,530 CT22 5023,1 0,373 9,6E-02 32,01 Control 0,282 CT27 5033,4 0,394 5,2E-02 29,10 CT27 5033,8 0,350 2.6E-01 14,96 Control 0,305 CT6 4945,8 0,460 2,1 E-01 17,91 CT6 4943,1 0,548 2,0E-02 40,56 Control 0,390 CT75 4873,4 0,473 1.5E-01 21 ,17 CT75 4873,3 0,532 1.3E-02 36,39 Control 0,390 CT76 5044,6 0,408 1.1 E-02 33,88 CT76 5043,5 0,389 7,9E-02 27,59 CT76 5041 ,9 0,381 6,4E-02 25,1 1 Control 0,305 EUN206 6731 ,2 0,496 5,5E-03 49,81 EUN206 6732,7 0,395 1.8E-01 19,18 RGR de Longitud de raíces Nombre del gen Evento # Promedio valor-p % incr.
Control 0,331 EUN206 6731 ,2 0,501 l ,2E-05 64,61 EUN206 6732,9 0,417 8,6E-03 37,13 Control 0,304 EUN208 8351 ,3 0,477 7.4E-02 22,59 Control 0,389 EUN208 8355,3 0,500 7,9E-04 64,40 Control 0,304 ELN209 8192,13 0,506 l,6E-02 30,23 EUN209 8192.14 0,475 9,5E-02 22,29 Control 0,389 EUN209 8191 ,2 0,421 5,l E-02 36,60 EUN209 8192,13 0,394 7.1 E-02 27,85 ELN209 8191 ,5 0,410 3,0E-02 ' 32,93 Control 0,308 ELN209 8192,14 0,452 5,l E-03 48,66 Control 0,304 EUN210 8202,2 0,462 9.4E-02 18,92 Control 0,389 EUN210 6755,3 0,421 3.2E-02 36,49 Control 0,308 EUN212 8332,2 0,455 l,7E-02 47,71 ELN212 8334,1 0,426 1,6E-01 38,40 Control 0,308 EUN212 8331 ,4 0,504 2,3E-02 29,68 Control 0,389 ELN212 8331,1 0,584 6,4E-02 24,96 EUN212 8332,2 0,597 8,7E-02 27,76 EUN212 8331 ,4 0,567 1,3E-01 21 ,20 Control 0,468 EUN223 961 1,5 0,537 4, l E-03 35,20 EUN223 9612,3 0,466 2,5E-01 17,18 Control 0,397 EUN228 10092,2 0,426 5,6E-02 29,90 EUN228 10093,3 0,422 8,2E-02 28,77 EUN228 10093, 1 0,408 ?, ? ?-01 24,40 Control 0,328 EUN233 10174,3 0,391 3,9E-01 14,35 ELN233 10174,1 0,471 4.7E-02 37,60 EUN233 10173,5 0,461 5,6E-02 34,78 ELN233 10172,5 0,412 2,3E-01 20,55 EUN233 10173,7 0,407 2,8E-01 19,07 Control 0,342 EUN233 10174, 1 0,404 l,2E-03 29,24 EUN233 10173,5 0,362 2,5E-01 15,71 ELN233 10172,5 0,362 6,0E-02 15,79 EUN233 10173,7 0,436 3.6E-03 39,35 Control 0,313 EUN234 9162,1 0,426 5,9E-02 25,45 Control 0,340 EUN235 9693,4 0,451 l,4E-02 25,62 EUN235 9694,3 0,517 4,3E-04 43,98 Control 0,359 EUN239 9191 , 1 0,435 3,5E-01 10,73 EUN239 9194,3 0,482 4,7E-02 22,75 Control 0,393 EUN239 9192,3 0,565 2,7E-04 42, 18 EUN239 9192,1 0,447 2,6E-01 ' 12,34 EUN239 9191 ,2 0,449 2,2E-01 13,06 RGR de Longitud de raíces Nombre del gen Evento # Promedio valor-p % incr.
Control 0,397 EUN240 172,2 0,490 l,2E-02 24,73 Control 0,393 EUN240 9172,1 0,507 l ,4E-02 27,47 Control 0,397 EUN241 9633,4 0,554 8,4E-07 54,27 EUN241 9632,3 0,407 2,8E-01 13,32 EUN241 9632,2 0,466 l ,7E-03 29,87 EUN241 9632,4 0,432 1 ,5E-01 20,52 Control 0,359 EUN242 9212,1 0,429 2,2E-01 13,68 EUN242 9213,4 0,544 4.7E-05 44,09 Control 0,377 EUN242 9212, 1 0,462 ? ,? ?-03 54,42 EUN242 921 1,2 0,403 7,9E-02 34,60 EUN242 9213,4 0,347 2,6E-01 16,09 Control 0,299 EUN245 10643,1 0,351 2,1E-01 12,20 EUN245 10641 ,7 0,414 3,8E-03 32,32 EUN245 10641 ,8 0,434 2,5E-04 38,90 EUN245 10643,4 0,377 2,2E-02 20,56 Control 0,313 EUN246 9033,4 0,504 l ,2E-01 21 ,54 EUN246 9034,1 0,510 1,4E-01 22,94 EUN246 9031 ,1 0,524 5,4E-02 26,35 Control 0,414 ELN250 9134,1 0,433 l ,4E-01 14,91 ELN250 9132,2 0,482 2,4E-02 27,68 Control 0,377 EUN251 10183,1 0,460 6,6E-02 34,46 Control 0,342 EUN251 10181 ,3 0,337 3,8E-01 7,88 EUN251 10183,2 0,485 l,4E-04 55,27 EUN251 10182, 1 0,391 3,4E-02 25,13 EUN2S1 10183, 1 0,323 6,8E-01 3,24 EUN2S1 10181 ,1 0,361 2,5E-01 15,54 Control 0,313 EUN252 901 1 ,3 0,468 6.8E-03 24,03 EUN252 9012,2 0,438 1,2E-01 16,22 EUN252 9013,2 0,458 8,4E-02 21 ,40 Control 0,377 EUN254 8972,4 0,508 2,7E-03 27,22 Control 0,399 EUN256 10063,4 0,507 l ,5E-02 48,06 EUN256 10064,1 0,525 4,0E-03 53,43 EUN2S6 10061 ,2 0,431 1 ,4E-01 26,08 EUN256 10063,2 0,518 6,8E-03 51 ,45 Control 0,342 EUN256 10061,3 0,383 6,3E-02 22,55 EUN256 10061,2 0,368 6.1 E-02 17,75 EUN256 10061 ,4 0,432 3,7E-04 38,10 EUN256 10063,2 0,434 3,8E-05 38,83 Control 0,313 EUN512 9282,3 0,479 5,0E-02 22,43 EUN512 9284,4 0,525 3,4E-03 34,40 Control 0,391 ELN513 9681 ,4 0,489 1 ,7E-01 18,01 EUN513 9683,5 0,518 8,4E-02 24,96 Control 0,414 RGR de Longitud de raíces Nombre del gen Evento # Promedio valor-p % incr.
EUN513 9681 ,6 0,475 6,5E-02 19,62 Control 0,397 EUN513 9683,5 0,515 8,4E-02 16,54 Control . 0,442 ELN514 9404,1 0,471 2,5E-02 24,98 EUN514 9402,2 0,445 9,9E-02 17,92 EUN514 9404,5 0,493 4,6E-03 30,81 EUN514 9403,2 0,443 4,8E-02 17,37 EUN514 9402,5 0,503 3,8E-03 33,24 Control 0,377 EUN514 9404,1 0,371 3,0E-02 23,82 EUN514 9403,2 0,471 4,9E-05 57,43 ELN514 9402,5 0,442 9,5E-04 47,79 Control 0,299 EUN519 9371 ,2 0,513 1 ,3E-01 29,00 EUN519 9371 ,1 0,555 l,8E-02 39,76 Control 0,397 EUN520 9771 ,4 0,486 2,5E-03 48,07 EUN520 9771 ,7 0,471 ? ,? ?-02 43,62 EUN520 9771 ,2 0,463 9,8E-03 41 ,14 EUN520 9771 ,3 0,463 2,4E-02 41 ,09 Control 0,328 EUN520 9771 ,4 0,476 3,4E-02 39,14 EUN520 9771 ,2 0,478 3,0E-02 39,79 Control 0,342 EUN521 9362,2 0,414 1.2E-02 38,49 EUN521 9361 ,3 0,383 8,8E-03 27,99 EUN521 9363,4 0,456 ? ,??-04 52,49 Control 0,299 EUN523 9412,5 0,410 2.6E-02 36,99 EUN523 9414,2 0,495 ? ,? ?-06 65,32 EUN523 9412,1 0,364 7,6E-02 21 ,51 EUN523 9413,4 0,372 3,3E-02 24,28 Control 0,299 EUN523 9412,5 0,525 1.7E-01 18,63 EUN523 9414,2 0,552 6,9E-03 24,85 Control 0,442 EUN525 9531 ,2 0,465 3,5E-03 29,55 EUN525 9534,1 0,506 5,7E-04 40,93 EUN525 9531 ,1 0,494 4.1 E-03 37,67 Control 0,359 EUN531 10082,2 0,413 1.1 E-01 25,96 EUN531 10081 ,5 0,451 5,6E-02 37,34 Control 0,328 ELN531 10083,3 0,387 8,0E-03 23,90 EUN531 10082,2 0,359 2.2E-01 14,68 EUN531 10081,4 0,366 5.7E-02 17,00 EUN531 10083,2 0,445 5,0E-04 42,20 EUN531 10081,5 0,478 2.9E-05 52,87 Control 0,313 EUN536 9233,3 0,51 1 8.2E-02 23,25 Control 0,414 EUN537 9393,2 0,409 2,5E-03 36,75 EUN537 9393,3 0,415 1.8E-03 38,64 Control 0,299 EUN537 9393,3 0,496 1.4E-02 26,83 Control 0,391 EUN539 10101,5 0,454 9,5E-02 32,65 EUN539 10103,5 0,436 1,2E-01 27,43 RGR de Longitud de raíces Nombre del gen Evento # Promedio valor-p % incr.
EUN539 10101,7 0,527 4,4E-03 53,99 Control 0,342 EUN539 10101 ,7 0,420 2,4E-03 34,28 Control 0,313 EUN544 9764,2 0,581 9,7E-02 24,20 Control 0,468 ELN548 - 9095,2 0,495 3, l E-02 31 , 12 EUN548 9095,4 0,541 1.3E-03 43,44 EUN548 9091 ,1 0,436 8,2E-02 15,49 Control 0,377 EUN550 9141 ,3 0,469 9,2E-02 27,80 Control 0,367 EUN563 9452,3 0,513 4,5E-03 42,86 Control 0,359 EUN566 9512,1 0,448 7,9E-02 24,77 EUN566 9514,1 0,530 1.3E-05 47,65 Control 0,359 EUN570 9314,4 0,477 6,l E-02 22,12 EUN570 9314,1 0,436 3.3E-01 1 1 ,56 Control 0,391 EUN570 9314,1 0,522 5,4E-02 26,80 Control 0,41 1 EUN574 10363,4 0,384 9,0E-02 22,79 EUN574 10364,2 0,369 3,4E-02 18,18 EUN574 10362,2 0,372 4,OE-02 19,10 EUN574 10366,2 0,505 1.3E-05 61 ,62 EUN574 10366, 1 0,403 1.8E-03 28,75 Control 0,313 EUN583 9673,1 0,337 3.3E-01 7,83 EUN583 9673,4 0,51 1 4,9E-04 63,57 EUN583 9673,2 0,445 1.3E-04 42,20 EUN583 9671.2 0,373 5,7E-02 19,44 EUN583 9671 ,1 0,356 1.3E-01 13,96 Control 0,313 EUN586 9751 ,1 0,466 3.8E-01 12,01 EUN586 9751,7 0,561 1.4E-02 34,87 EUN586 9752,1 0,616 6.6E-04 48,10 Control 0,416 EUN586 9751 ,6 0,578 9,9E-02 23,61 EUN586 9751 ,3 0,544 2.5E-01 16,32 EUN586 9752,4 0,585 6,OE-02 25,16 EUN586 9752,1 0,61 1 3,8E-02 30,58 Control 0,468 EUN593 10394,2 0,446 2.9E-02 35,91 Control 0,328 Tabla 28: Análisis de la tasa de crecimiento de la planta (tasa de crecimiento relativa de longitud de raíz) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado [condiciones de baja cantidad de nitrógeno o de nitrógeno deficiente (0.75 mM N) ] comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; "RGR" = tasa de crecimiento relativo .
Los genes presentados en la Tablas 29 y 30, más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada ya que produjeron una mayor biomasa vegetal cuando se desarrollaron en condiciones estándar de crecimiento con nitrógeno, comparados con las plantas de control, indicando la elevada capacidad de la planta para metabolizar mejor el nitrógeno presente en el medio.
Las Tablas 29 y 30 ilustran el análisis de biomasa vegetal (peso fresco y seco de la planta y área de hoja) cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno [condiciones de crecimiento normales o regulares (15 mM N) ] en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención, bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S). Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos, de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0.1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 29 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una biomasa vegetal mejorada (peso fresco y seco) bajo condiciones estándar de nitrógeno Peso fresco de la planta ¡mg/ Peso seco de la planta fmg/ Nombre Evento % Nombre Evento valor- Promedio valor-p Promedio % incr. del gen # incr. del gen # P 1 ,0E- CT1 4841 ,1 224,68 5.7E-03 44,54 CT11 4894,3 10,93 57,88 01 2,3E- CT1 4844,3 220,28 1.3E-01 41 ,71 CT11 4892,2 1 1,00 58,84 02 1,6E- Control 155,44 CT11 4892,3 9,35 35,02 01 7,0E- CT11 4892,2 327,13 1.2E-02 41 ,78 CT11 4893,2 7,20 3,97 01 1,0E- CT11 4892,3 321 ,38 4,4E-02 39,29 CT11 4892,1 12,40 79,06 01 Control 230,73 Control 6,93 5,8E- CT11 4893,2 293,83 l ,8E-02 70,30 CT11 4894,2 6,70 8,06 01 5,8E- Control 172,54 CT11 4893,2 12,73 105,24 03 CT22 5023,1 249,48 1.3E-02 60,50 Control 6,20 1,9E- Control 155,44 CT27 5033,6 7,40 79,39 01 9,2E- CT27 5033,6 234,13 1 ,1E-01 148, 18 CT27 5033,8 7,50 81 ,82 02 1 ,9E- CT27 5033,8 192,50 8,4E-03 104,05 CT27 5033,5 5,55 34,55 01 CT27 5033,5 143,73" 3.1E-01 52,35 Control 4, 13 1.5E- Control 94,34 CT27 5033,7 8,23 32,66 01 2,1 E- CT27 5033,7 224,58 1 ,2E-01 30,16 CT27 5035,2 13,10 1 1 1,29 04 8,2E- CT27 5035,2 343,65 2,2E-02 99,17 CT27 5031,4 9,28 49,60 03 2,7E- CT27 5031 ,4 255,88 3.0E-03 48,30 CT27 5033,6 8,15 31 ,45 01 4,7E- Control 172,54 CT27 5033,4 7,95 28,23 02 2,5 E- CT76 5041,7 292,55 5,6E-02 26,80 CT27 5033,8 8,90 43,55 02 2, 1 E- CT76 5043,5 415,05 1.4E-03 79,89 CT27 5033,5 7,63 22,98 01 Control 230,73 Control 6,20 3,2E- CT76 5044,6 239,08 2.1E-03 153,43 CT6 4943,1 7,83 26,21 01 1 ,8E- CT76 5041 ,5 209,10 l,6E-03 121,65 CT6 4945,9 7,63 22,98 01 2,9E- CT76 5043,5 272,60 2,7E-02 188,96 CT6 4941,4 9,28 49,60 02 CT76 5041 ,6 124,75 3,9E-02 32,24 Control 6,20 1 ,2E- CT76 5041 ,9 245,20 7.1E-02 159,92 CT75 4874,4 9,35 50,81 02 Peso fresco de la planta lmg¡ Peso seco de la planta Img/ Nombre Evento % Nombre Evento valor- Promedio valor-p Promedio % incr. del gen # incr. del gen # P Control 94,34 Control 6,20 1 ,6E- CT81 4992, 1 381 ,73 3,3E-04 65,45 CT76 5044,6 9,40 35,74 01 7,8E- CT81 4992,2 305,85 2.8E-01 32,56 CT76 5043,5 17,23 148,74 06 9.7E- Control 230,73 CT76 5041 ,6 10,03 44,89 02 EUN209 8192,14 217,23 3,8E-02 86,30 Control 6,93 5,8E- Control 1 16,60 CT76 5044,6 7,43 80,00 02 1,0E- EUN210 8202,1 279,53 1 ,1 E-01 139,73 CT76 5041,5 9,70 135,15 04 4,5E- EUN210 8201 ,3 250,90 4.8E-02 1 15,18 CT76 5041,7 5,03 21 ,82 01 1 ,3E- Control 1 16,60 CT76 5043,5 10,88 163,64 02 1 , 1 E- EUN211 8263,5 162,35 5.0E-02 31,43 CT76 5041,9 8,95 1 16,97 02 Control 123,53 Control 4, 13 4,1 E- EUN212 8332,1 253,75 1 ,0E-01 105,42 CT81 4992,1 1 1 ,20 61 ,73 02 3,6E- EUN212 8335,2 169,28 4,9E-02 37,03 CT81 4993,5 8,60 24,19 01 3,4E- Control 123,53 CT81 4992,2 8,63 24,55 01 3,8E- EUN212 8335,2 221,83 2,0E-02 90,24 CT81 4995,5 7,90 14,08 01 EUN212 8331 ,4 163,88 2JE-01 40,54 Control 6,93 7,9E- Control 1 16,60 EUN206 6732,9 13,68 43,38 03 4.3E- EUN212 8332,1 1 16,43 1 ,8E-01 29,34 EUN206 6731,2 14,13 48,19 01 1 ,8E- EUN212 8334,1 128,33 8,lE-02 42,56 EUN206 6732,5 12,98 36,04 02 3,6E- EUN212 8331 ,4 143,63 3,0E-02 59,56 EUN206 6732,2 10,98 15,07 01 Control 90,01 Control 9,54 2.7E- EUN208 8354,8 8,20 78,75 EUN221 9802,8 149,35 3,9E-03 58,7 02 3,3 E- EUN208 8355,3 5,78 25,89 EUN221 9806, 1 209,18 1.7E-08 122,3 01 Control 94,09 Control 4,59 3, 1 E- EUN222 8851 ,3 240,70 6,lE-02 106,43 EUN208 8354,8 6,15 14,42 02 EUN222 8852,4 138,15 3,1E-01 18,48 Control 5,38 1 ,9E- Control 1 16,60 EUN208 8354,8 16,45 72,48 03 2,4E- EUN224 9002,4 279,08 6,lE-02 32,66 EUN208 8354,5 15,58 63,30 03 9,6E- Control 210,36 EUN208 8355,3 12,40 30,01 02 EUN224 9002,4 159,13 2.6E-01 14,58 Control 9,54 1 ,5E- EUN224 9002,2 268,95 3,8E-03 93,66 EUN209 8192,1 7,73 68,39 01 7.1 E- EUN224 9001 ,3 181,65 3,2E-02 30,80 EUN209 8191 ,5 7, 13 55,31 02 Control 138,88 Control 4,59 6,2E- EUN225 24,4 EUN209 8191,5 10,83 162,42 9732,8 1 17,00 2.2E-01 01 Peso fresco de la planta ¡mgl Peso secó de la planta Imgl Nombre Evento % Nombre Evento valor- Promedio valor-p Promedio % incr. del gen # incr. del gen # P 6,3E- Control 94,09 EUN209 8191,3 15,40 03 EUN227 9853, 1 197,68 9,4E-02 55,51 Control 9,54 1 ,0E- Control 127,1 1 EUN210 8202,1 10,95 138,69 02 5,5E- EUN229 8862,2 75,00 l,2E-02 26,32 ELN210 8201,3 8,98 95,64 02 EUN229 8862,5 74,03 1 ,3E-01 24,67 Control 4,59 2,4E- EUN229 8864,2 84,93 3,9E-02 43,03 ELN210 8202,1 4,28 41 ,91 02 1 , 1 E- Control 59,38 ELN210 8751,4 4,33 43,57 01 2,4E- EUN230 9154,2 171 ,38 4,4E-01 23,40 EUN210 6755,3 3,85 27,80 01 2,1 E- EUN230 9151 ,2 203,78 3,lE-02 46,73 EUN210 8201,2 3,93 30,29 01 Control 138,88 Control 3,01 10633,3 199,70 l ,6E-07 8,8E- EUN231 112,2 ELN211 8265,1 7,38 60,76 02 Control 94,09 Control 4,59 7,3 E- EUN233 10174,3 139,08 9,0E-02 44,46 EUN212 8335,2 9,53 107,63 02 EUN233 10174,1 190,05 5,5E-04 97,40 Control 4,59 7,4E- EUN233 10173,7 143,98 3.5E-03 49,55 F.UN212 8334, 1 4,20 39,42 02 5,7E- Control 96,28 EUN212 8331,4 5,08 68,46 02 EUN235 9694,2 171,15 1 ,0E-01 23,24 Control 3,01 EUN221 9802,8, 7,50 2,5E- 56,3 EUN235 9691 ,1 172,20 7,8E-02 24,00 03 EUN221 9806,1, 9,08 3,5E- 89,1 EÜN235 9693,3 194,48 5,4E-02 40,04 06 Control 138,88 Control 4,80 4,2E- EUN237 9651 ,1 293,05 3,8E-02 1 1 1,02 ELN222 8851,3 1 1 ,60 152,86 02 EUN237 9652,3 167,10 1 , 1E-01 20,32 Control 4,59 5,4E- EUN237 9654,4 195,80 1.4E-01 40,99 EUN224 9002,2 10,13 83,67 02 1 , 1E- Control 138,88 EUN224 9001,3 7,03 27,44 01 EUN237 9651 , 1 191,70 1.8E-02 26,32 Control 5,51 1 ,4E- Control 151,76 EUN227 9851,2 5,88 24,34 01 4,0E- EUN239 9192,1 245,53 3,6E-02 56,82 EUN227 9853,1 8,88 87,83 02 Control 156,56 Control 4,73 2,0E- EUN240 9172,1 212,68 7,3E-02 35,84 EUN228 10092 7,90 45,29 01 8,6E- EUN240 9174,3 255,50 2.6E-01 ELN228 10093 7,98 46,67 02 5,3E- Control 156,56 EUN228 10093 6,68 22,76 03 EUN241 9631 ,3 166,03 6,6E-02 30,61 Control 5,44 4,1 E- EUN241 9632,5 185,58 l ,4E-02 45,99 EUN229 8862,2 3,90 30,54 02 2,7E- EUN241 9632,4 219,43 8,4E-03 72,62 EUN229 8862,5 3,80 27,20 01 2,9E- Control 127,1 1 ELN229 8864,2 4,45 48,95 02 Peso fresco de la planta ¡mg¡ Peso seco de ta planta ¡mgj Nombre Evento % Nombre Evento valor- Promedio valor-p % incr. del gen # incr. del gen # Promedio P EUN242 9212,1 140,78 3,9E-02 59,41 Control 2,99 1 ,0E- EUN242 9214,1 129,18 1,5E-01 46,27 EUN230 9154,2 7,38 33,79 01 5,8E- ELN242 9213,2 101 ,43 3,7E-01 14,85 EUN230 9151,2 7,48 35,60 02 EUN242 9213,4 146,30 3.0E-02 65,66 Control 5,51 EUN231 10632,2 5,53 4, 1 E- 15,1 Control 88,31 01 ELN231 10633,3 1 1,43 2,0E- 138,0 EUN244 9061,1 164,20 8,9E-04 45,23 1 1 EUN244 9061,5 143,40 4,8E-01 26,83 Control 4,80 1 ,2E- Control 1 13,06 EUN233 10174 6, 13 58,58 02 2, 1 E- EUN246 9033,6 273,05 8,9E-03 43,57 ELN233 10174 8,63 123,30 04 8,2E- EUN246 9033,4 241,48 4,8E-01 26,97 ELN233 10174 5,10 32,04 02 EUN246 9034,1 224,08 2,5E-01 17,82 Control 3,86 8,7E- EUN246 9031 ,1 232,65 3,3E-01 22,33 EUN234 9163,5 4,28 43,10 02 1 ,3E- Control 190,19 EUN234 9162,1 4,60 53,97 01 EUN246 9034,1 160,45 l,8E-02 41 ,91 Control 2,99 2,2E- Control 1 13,06 EUN235 9694,2 7,35 33,33 01 1 ,4E- EUN246 9033,4 185,78 4,3E-01 16,45 EUN235 9691,1 7,90 43,31 01 6,2E- EUN246 9033,8 205,95 1,8E-01 29,09 ELN235 9693,3 6,98 26,53 02 EUN246 9034,1 228,95 2,4E-03 43,51 Control 5,51 2,9E- Control 159,54 EUN237 9651, 1 10,20 85,03 02 6,3E- EUN248 8982,4 275,80 2,2E-02 45,01 ELN237 9652,3 6,68 21,09 02 1 , 1 E- EUN248 8981 ,5 343,28 ?,??-02 80,49 EUN237 9654,4 8,25 49,66 02 EUN248 8984,1 294,45 1.5E-01 54,82 Control 5,51 4,0E- EUN248 8981 ,2 245,25 1.1E-01 28,95 ELN237 9651,1 6,98 26,53 02 Control 190,19 Control 5,51 7,6E- EUN248 8982,4 1 18,75 1 ,6E-01 37,56 EUN239 9191,2 8,80 19,32 02 EUN248 8984,1 124,38 2,5E-02 44,08 Control 7,38 8,5 E- EUN248 8981 ,5 140,05 4.8E-02 62,24 EUN241 9631,3 6,43 35,98 02 2,8E- EUN248 8983,1 1 14,05 3.2E-01 32, 12 EUN241 9632,5 8,33 76,19 04 1 ,6E- Control 86,33 EUN241 9632,3 6,55 38,62 02 1 ,0E- EUN249 9122,5 145,73 4,6E-02 68,82 ELN241 9632,4 8,03 70,02 04 EUN249 9121 ,4 1 12,83 3,6E-01 30,71 Control 4,73 6,3 E- EUN249 9123,3 107,98 2,1E-01 25,08 ELN244 9061,1 5,65 34,52 02 6,7E- Control 86,33 EUN244 9061,5 5,88 39,88 02 EUN250 9133,2 182,70 4,3E-02 31 ,56 Control 4,20 2,9E- EUN250 9134,1 216,85 2,5E-02 56,15 EUN246 9033,6 8,98 28,90 02 Peso fresco de la planta ¡mg¡ Peso seco de la planta ¡mg¡ Nombre Evento % Nombre Evento valor- Promedio valor-p Promedio % incr. del gen # incr. del gen # P 3, 1 E- Control 138,88 EUN246 9033,4 8,28 18,85 01 EUN251 10181,3 143,00 4,0E-02 48,53 Control 6,96 7,3E- EUN251 10183,2 146,38 2,4E-02 52,04 EUN246 9034,1 5,60 33,33 02 EUN251 10183,1 128,05 3,6E-01 33,00 Control 4,20 1 ,7E- Control 96,28 EUN246 9033,4 6,28 18,40 01 5,2E- EUN254 8972,2 173,28 8,8E-02 100,72 EUN246 9033,8 8,63 62,74 04 2,5E- EUN254 8974,1 130,38 4,l E-02 51 ,03 ELN246 9034,1 8,35 57,55 04 Control 86,33 Control 5,30 2,2E- EUN256 10063,4 132,65 l ,4E-02 37,78 EUN248 8982,4 9,88 41 ,83 02 1 ,3E- EUN256 10064,1 212,63 1.5E-04 120,85 ELN248 8981,5 1 1 ,78 69, 12 01 l ,4E- EUN256 10061,2 151,98 1 ,2E-01 57,86 EUN248 8984,1 10,25 47,22 01 6,5 E- EUN256 10062,4 152,75 1 ,5E-01 58,66 EUN248 8981,2 7,55 8,44 01 EUN256 10063,2 162,50 2.1 E-01 68,79 Control 6,96 l ,2E- Control 96,28 EUN248 8984,1 7,15 43,00 01 l ,9E- EUN267 8962,1 185,23 1.6E-02 63,83 EUN248 8981,5 8,65 73,00 02 Control 1 13,06 Control 5,00 l ,3E- EUN268 8994,5 228,80 8.7E-02 64,46 EUN250 9134,3 8,48 49,67 02 EUN268 8992, 1 204,08 2,2E-01 46,69 Control 5,66 1 ,5E- EUN268 8996,5 146,34 7,6E-02 5,19 ELN250 9132,1 1 1 ,18 102,72 01 2,6E- Control 139,13 EUN250 9133,2 7,88 42,86 02 3,2E- EUN269 9101,1 95,83 l ,4E-02 79,28 EUN250 9132,2 8,55 55,10 02 4,5E- EUN269 9102,2 89,05 7,7E-05 66,60 EUN250 9134,1 8,88 61 ,00 02 EUN269 9102,3 1 17,90 6,5E-02 120,58 Control 5,51 i,8E- EUN269 9103,1 83,60 7,0E-02 56,41 ELN250 9134,1 3,53 17,99 01 7,2E- EUN269 9103,3 82,45 1 ,6E-02 54,26 EUN250 9131,2 4,38 46,44 02 Control 53,45 Control 2,99 4,9E- EUN512 9284,2 94,55 9,0E-O2 20,60 EUN251 10181 5,98 54,69 02 3,6E- EUN512 9284,3 92,98 4.2E-01 18,59 EUN251 10183 6,63 71 ,52 03 EUN512 9283,1 91 ,30 8.6E-02 16,45 Control 3,86 2, 1 E- EUN512 9282,3 92,85 5.7E-02 18,43 EUN254 8972,2 6,43 52,98 02 EUN512 9281 ,3 105,50 2.1 E-01 34,57 Control 4,20 3,3E- Control 78,40 EUN254 8972,2 9,28 85,50 02 EUN514 9404,1 158,73 3.8E-02 79,73 Control 5,00 1 ,7E- Control 88,31 EUN256 10063 6,10 57,93 03 EUN515 2,9E- EUN256 10064 9,55 147,25 9712,5 104,98 5.6E-01 1 1 ,6 07 Peso fresco de la planta /mg/ Peso seco de la planta fmg/ Nombre Evento % Nombre Evento valor- Promedio valor-p Promedio % incr. del gen # incr. del gen # P EUN515 5,2E- EUN256 10061 6,30 63,1 1 9713,6 185,55 4,0E-06 97,2 02 1.1 E- Control 94,09 EUN256 10062 7,65 98,06 01 4,9E- EUN516 9291 ,1 230,00 8,3E-02 65,62 EUN256 10063 6,33 63,75 03 EUN516 9291 ,4 227,13 5,7E-02 63,55 Control 3,86 5,0E- Control 138,88 EUN267 8962,1 6,43 52,98 03 EUN520 9771 ,4 137,73 5,8E-02 43,05 Control 4,20 8,4E- EUN520 9771,7 160,25 3,5E-03 66,45 ELN268 8994,5 7,18 59,44 02 1,9E- EUN520 9771 ,2 158,98 1.3E-02 65,13 EUN268 8996,3 6,85 52,22 02 2,8E- EUN520 9771 ,3 148,40 6,5E-02 54,14 EUN268 8996,5 7,00 55,56 03 Control 96,28 Control 4,50 1 ,6E- EUN521 9361 ,2 167,53 7,3E-05 89,70 EUN512 9284,2 4,20 46,72 02 l ,7E- EUN521 9363,4 180,95 7,6E-03 104,90 EUN512 9284,3 3,58 24,89 01 1 ,8E- Control 88,31 EUN512 9283,1 4,35 51 ,97 02 2,6E- EUN523 9412,1 271 ,35 1 ,0E-01 42,67 EUN512 9282,3 4,18 45,85 02 1,9E- Control 190,19 EUN512 9281,3 4,93 72,05 02 EUN523 9413,3 184,25 7,3E-02 28,51 Control 2,86 2,3E- EUN523 9413,4 180,55 2,2E-01 25,93 EUN512 9284,2 6,00 53,35 03 Control 143,37 Control 3,91 6,3E- EUN527 9202,6 152,18 6, 1E-01 9,38 EUN514 9404, 1 7,90 61 ,64 02 EUIN527 9203,2 249,95 7,5E-02 79,66 Control 4,89 1,0E- EUN527 9201 ,2 273,53 4,2E-04 96,60 EUN51S 9713,6 8,38 04 74,5 Control 139,13 Control 4,80 1 ,4E- EUN527 9204,2 101,70 l ,3E-02 90,27 EUN519 9371,1 12,15 64,75 01 3,5E- EUN527 9202,6 82,40 3,4E-02 54,16 EUN519 9371,2 14,15 91 ,86 01 2.4E- EUN527 9201,1 120,30 3.6E-03 125,07 EUN519 9373,1 9,20 24,75 01 EUN527 9203,2 84,63 2,6E-03 58,33 Control 7,38 1,5E- EUN527 9204,1 68,55 1 ,2E-01 28,25 EUN520 9771,4 5,73 48,22 01 5,4E- Control 53,45 EUN520 9771,7 6,60 70,87 02 7,6E- EUN532 9222,4 210,65 3,5E-01 51 ,41 ELN520 9771 ,2 8,05 108,41 03 2,9E- EUN532 9222,1 168,45 8,4E-02 21 ,08 ELN520 9771,3 5,73 48,22 02 EUN532 9223,5 210,15 7,6E-02 51,05 Control 3,86 6,0E- Control 139,13 EUN523 9412,1 9,03 29,62 02 EUN535 9081 ,1 1 17,15 3,0E-01 21 ,68 Control 6,96 7,7E- EUN535 9083,1 235,35 7,7E-02 144,46 EUN527 9201,2 8,78 95,00 02 EUN535 9084,4 128,88 5,4E-02 33,86 1 Control 4,50 Peso fresco de la planta ¡mg¡ Peso seco de la planta ¡mgj Nombre Evento % Nombre Evento valor- Promedio valor-p Promedio % incr. del gen # incr. del gen # P 1 ,2E- EUN535 9082,1 1 14,83 3, 1 E-01 19,27 EUN531 10083 7,05 29,66 01 7,5 E- Control 96,28 ELN531 10082 8,90 63,68 02 2,4E- EUN535 9082,2 85,55 5,9E-03 60,06 EUN531 10081 8,60 58,16 01 1.6E- EUN535 9086,2 120,63 l ,3E-02 125,68 EUN531 10082 9,43 73,33 02 EUN535 9086,3 86,67 1.2E-01 62,15 Control 5.44 4,2E- EUN535 9081 ,1 90,65 4,3E-03 69,60 ELN531 10081 8,48 32,13 02 l ,2E- EUN535 9084,4 69,83 2.2E-02 30,64 EUN531 10082 8,95 39,53 01 Control 53,45 Control 6,41 1 ,4E- EUN537 9393,3 207,43 6,7E-02 30,28 EUN532 9222,4 8,28 83,89 01 8.4E- Control 159,21 ELNS32 9222,1 6,53 45,00 02 7,5 E- EUN538 9782,1 203,68 4,0E-02 60,23 EL.NS32 9223,3 6,08 35,00 02 1 ,8E- Control 127,1 1 EUN532 9223,5 6,70 48,89 01 EUN539 10101 ,5 146,60 3,7E-03 52,27 Control 4,50 5,6E- EUN539 10103,5 126,33 7,8E-02 31 ,21 EUN53S 9083,1 10,90 182,20 02 EUN539 10101 ,2 190,80 5,0E-03 98,18 Control 3,86 9.9E- EUM539 10101,7 173,78 2,0E-04 80,50 EUN537 9391,1 6,48 65,50 02 2,9E- Control 96,28 EUN537 9393,3 5,53 41 ,21 01 EUN542 9332,1 196,48 3,3E-02 41 ,48 Control 3,91 2,8E- Control 138,88 EUN538 9782,1 8,30 75,66 05 EUN544 9763,3 169,78 8,8E-02 26,31 Control 4,73 1 ,4E- Control 134,41 EUN539 10102 6.83 76,70 03 2,0E- EUN549 9343,6 200,95 9,7E-02 32,41 EUN539 10101 9,15 136,89 02 1 ,6E- EUN549 9343,7 205,95 2,8E-01 35,71 EUN539 10102 7,80 101,94 02 Control 151 ,76 Control 3,86 7,1 E- EUN550 9144,4 128,13 5.6E-03 139,71 EÜN543 10052 5,90 24,87 02 EUN550 9141 ,3 1 16,60 5,0E-07 1 18,15 Control 4,73 1 , 1 E- EUN550 9143,1 124,23 l ,9E-02 132,41 EUN544 9764,2 8,25 53,49 01 2,7E- EUN550 9143,4 98,70 5.2E-02 84,66 ELN544 9763,3 8,25 53,49 02 Control 53,45 Control 5,38 7,6E- EUN550 9143, 1 197,68 2,6E-01 42,08 EUN548 9095,2 7,50 32,45 02 1 ,7E- EUN550 9143,4 174,85 l ,4E-01 25,68 EUN548 9095,4 8, 18 44,37 01 2,1 E- EUN550 9142,2 240,83 7,2E-05 73,10 EUN548 9091,1 7,68 35,54 01 Control 139,13 Control 5,66 2,7E- EUN553 9181 ,5 76,85 l ,9E-03 43,78 EUN548 9095,2 10,17 71 ,23 02 Peso fresco de la planta ¡mgl Peso seco de la planta [mgl Nombre Evento % Nombre Evento valor- Promedio valor-p Promedio % incr. del gen # incr. del gen # P 8,9E- EUN553 9185,2 74,85 2.4E-01 40,04 EUN548 9092,2 8, 15 37,26 02 EUN553 9184,3 61 ,65 5,6E-01 15,34 Control 5,94 6,9E- EUN553 9182,2 72,28 1 ,3E-01 35,22 EUN549 9343,7 7,25 31 ,52 02 Control 53,45 Control 5,51 3.0E- EUN554 91 1 1 ,4 135,30 6,7E-02 153,13 EUN550 9141,3 5,80 28,89 01 8,3 E- Control 53,45 EUN550 9143,4 5,73 27,22 03 1 ,6E- EUN563 9453,2 270,58 1 ,2E-01 53,26 EUN550 9142,2 8,08 79,44 02 EUN563 9452,3 207,35 4,2E-01 17,45 Control 4,50 4,5 E- EUN563 9451 ,2 273,50 4,7E-02 54,91 EUN554 91 15,2 6,40 42,22 02 Control 176,55 Control 4,50 1.7E- EUN564 9242,3 1 13,35 4,7E-02 44,58 EUN560 9424,3 8,85 65,64 03 4,7E- EÜN564 9242,4 90,95 8,5E-02 16,01 EUN560 9422,1 6,88 28,68 02 EUN564 9244,1 94,08 l ,3E-02 19,99 Control 5,34 3,0E- Control 78,40 EUN562 9252,8 8,43 57,69 02 EUN566 9512,4 257,28 l ,4E-02 45,72 Control 5,34 6.3E- Control 176,55 EUN567 9261,3 4,10 43,23 02 EUN567 9263,2 130,00 7,3E-03 65,82 Control 2,86 1 ,8E- EUN567 9261 ,3 93,50 8.4E-02 19,26 EUN568 9471,3 7,63 38,32 02 EUN567 9261,4 1 12,75 2,2E-02 43,81 Control 5,51 1.7E- EUN567 9263,3 84,55 5,9E-01 7,84 EUN569 9381,2 4,40 53,71 02 9,0E- Control 78,40 EUN569 9381,5 4,90 71 ,18 02 2,4E- EUN568 9471,3 230,43 4.1 E-02 51,83 EUN569 9381,3 4,73 65,07 03 EUN568 9461 ,2 186,87 2,5E-01 23, 13 Control 2,86 1,4E- EUN568 9474,4 187,77 2,0E-01 23,72 EUN570 93 1 1,4 3,63 26,64 01 4,3 E- ELN568 9472,2 195,70 3.0E-01 28,95 ELN570 9313,3 4,33 51,09 02 8,5E- EUN568 9462,3 172,65 5, 1 E-01 13,76 EUN570 9314,4 4,78 66,81 03 3,0E- Control 151,76 EUN570 9314,1 4,33 51 ,09 02 4,2 E- EUN569 9384,4 90,90 2,1 E-01 15,94 EUN570 9312,3 5,23 82,53 04 EUN569 9381 ,2 124,28 7,9E-03 58,51 Control 2,86 5,6E- EUN569 9381,5 130,40 4,3E-02 66,33 EUN571 9304,2 8,98 67,98 02 2,3 E- EUN569 9381,3 99,18 1 JE-01 26,50 EUN571 9303,2 8,63 61 ,43 03 6,3 E- EUNS69 9384,2 99,08 9,4E-02 26,37 EUN571 9301,4 7,13 33,36 02 Control 78,40 Control 5,34 2,4E- EUN570 9313,3 1 10,70 1.2E-01 41 ,20 EUN571 9304,3 6,50 127,07 04 2,8E- EUN570 9314,4 1 19,08 l ,2E-02 51 ,88 EUN571 9304,2 6,05 1 1 1 ,35 02 Peso fresco de la planta ¡mgl Peso seco de la planta ¡mg/ Nombre Evento % Nombre Evento valor- Promedio valor-p Promedio % incr. del gen # incr. del gen # P 4,2E- EUN570 9314,1 109,93 8,7E-03 40,21 EUN571 9303,2 4,98 73,80 03 4, 1 E- EUN570 9312,3 149,30 8,0E-03 90,43 EUN571 9301,4 4,13 44, 10 02 3,4E- Control 78,40 EUN571 9302,3 4,03 40,61 02 EUN571 9304,2 212,53 1 , 1 E-01 48,23 Control 2,86 9,0E- EUN571 9303,2 240,93 3,8E-02 68,04 EUN572 9321,3 4,95 72,93 02 2,4E- EUN571 9302,1 177,58 4.0E-01 23,86 EUN572 9324,3 4,55 58,95 02 4,7E- EUN571 9301 ,4 209,80 1.0E-01 46,33 EUN572 9321,1 4,80 67,69 03 1 ,5E- EUN571 9302,3 199,13 2,6E-01 38,89 EUN572 9322,2 4,35 51 ,97 02 Control 143,37 Control 2,86 1.8E- EUN571 9304',3 124,43 1.2E-02 58,71 EUN573 9491,4 7,28 31 ,97 03 EUN571 9304,2 123,90 4,5E-02 58,04 Control 5,51 7,1 E- EUN571 9303,2 106,00 l ,7E-02 35,20 EUN576 9793,3 8,03 69,84 04 Control 78,40 Control 4,73 9,3 E- EUN572 9322,1 124,90 3,5E-02 59,31 EUN581 9723,6 6,28 02 30,7 2,0E- EUN572 9324,3 1 15,85 2.7E-03 47,77 EUN581 9724,9 8, 15 04 69,8 EUN572 9321 ,1 101,00 3,lE-02 28,83 Control 4,80 2,6E- EUN572 9322,2 98,05 1.1E-02 25,06 EUN582 9561,1 6,90 25,17 01 3,3 E- Control 78,40 EUN582 9562,4 7,88 42,86 02 3,0E- EUN573 9491 ,1 226,63 4,7E-02 49,33 EUN582 9561,2 8,95 62,36 02 Control 151,76 Control 5,51 6,2E- EUN583 9673,4 1 1,28 75,78 EUN581 9723,6 125,85 9,7E-02 33,8 02 4,3 E- EUN583 9673,2 7,70 20,04 EUN581 9724,5 99,23 7.8E-01 5,5 01 EUN581 9724,9 165,35 2,0E-04 75,7 Control 6,41 7,5 E- Control 94,09 EUN585 9661,1 6,95 31 , 13 02 EUN582 9564,2 189,45 1.4E-01 36,42 Control 5,30 3,2E- EUN582 9561,1 186,30 1.5E-01 34,15 EUN587 9643,2 10,20 85,03 02 1 ,8E- EUN582 9562,4 209,48 7.3E-02 50,84 EUN587 9641,3 8,23 49,21 01 EUN582 9561 ,2 244,25 9,8E-02 75,88 Control 5,51 rol 138,88 1 ,0E- Cont EUN592 9744,5 9,80 07 104,2 2,0E- EUN583 9673,4 222,13 4,7E-02 54,28 EUN592 9747,5 8,23 04 71 ,4 Control 143,97 Control 4,80 EUN585 9661 ,5 198,18 6,9E-02 24,22 EUN585 9661 ,1 194,93 2,6E-01 22,18 Control 159,54 EUN587 9643,2 242,53 4.2E-02 53,46 EUN587 9643,1 221,50 1.9E-01 40,16 EUN587 9642,5 169,73 7,0E-01 7,40 EUN587 9642,2 192,08 4.1 E-01 21 ,54 Peso fresco de la planta ¡mgl Peso seco de la planta /mg/ Nombre Evento % Nombre Evento valor- Promedio valor-p Promedio % incr. del gen # incr. del gen # P EUN587 9641 ,3 268,95 3,5E-04 70,18 Control 158,04 EUN592 9741 ,7 1 15,18 2.6E-01 22,4 EUN592 9744,5 197,68 2,6E-07 1 10,1 EUN592 9747,4 1 18,53 1.9E-01 26,0 EUN592 9747,5 169,38 l ,0E-04 80,0 Control 94,09 Tabla 29: Análisis de biomasa vegetal (peso fresco y seco de la planta) de plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno [condiciones de crecimiento normales o regulares (15 mM N) ] comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; "RGR" = tasa de crecimiento relativo.
Tabla 30 Las plantas transgénicas gue expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una biomasa vegetal mejorada (área de hoja) bajo condiciones estándar de nitrógeno Tabla 30: Análisis de biomasa vegetal (área de hoja) de plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno [condiciones de crecimiento normales o regulares (15 mM N) ] comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; "RGR" = tasa de crecimiento relativo.
Los genes presentados en la Tabla 31 más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada ya que produjeron una biomasa mayor de raíz cuando se desarrollaron en condiciones estándar de crecimiento con nitrógeno, comparados con las plantas de control. Las plantas que producen una biomasa mayor de raíz tienen mejores posibilidades de absorber una mayor cantidad de nitrógeno del suelo.
La Tabla 31 muestra los análisis del rendimiento de raíz (longitud y cobertura de raíz) cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno [condiciones de crecimiento normales o regulares (15 mM N) ] en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) . Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0.1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 31 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un rendimiento mejorado de raíz (longitud y cobertura de raíz) bajo condiciones estándar de nitrógeno I I I Longitud de raíces fcm/ \ Cobertura de raices /cm1/ \ Tabla 31: Análisis del rendimiento de raíz (longitud y cobertura de raíz) de las plantas transgénicas gue sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno [condiciones de crecimiento normales o regulares (15 mM N) ] comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; "RGR" = tasa de crecimiento relativo.
Los genes presentados en la Tabla 32, más adelante, tienen una mejorada tasa de crecimiento vegetal cuando se desarrollan en condiciones estándar de crecimiento con nitrógeno, comparados con las plantas de control. Se observó un crecimiento más rápido cuando se midieron la tasa de crecimiento del área de hoja y longitud y cobertura de raíz.
La Tabla 32 ilustra el análisis de área de hoja, longitud y cobertura de raiz tasa de crecimiento cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno [condiciones de crecimiento normales o regulares (15 mM N) ] en plantas que sobreexpresan los polinucleotidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) . Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0.1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 32 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleotidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una tasa de crecimiento mejorada bajo condiciones estándar de nitrógeno Tabla 32: Análisis de la tasa de crecimiento de la planta (área de hoja, cobertura de raíz y longitud de raiz) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), ' cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno [condiciones de crecimiento normales o regulares (15 mM N) ] comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; "RGR" = tasa de crecimiento relativo; " Prom." = promedio .
EJEMPLO 6 ENSAYO 2: EFICACIA EN EL USO DE NITRÓGENO: RENDIMIENTO Y TASA DE CRECIMIENTO DE LA PLANTA A UNA CONCENTRACIÓN DE NITRÓGENO LIMITADA Y ÓPTIMA EN CONDICIONES DE INVERNADERO Este ensayo sigue al de producción del rendimiento de semilla, formación de biomasa y crecimiento del área de roseta de plantas desarrolladas en invernadero, en condiciones de fertilización estándar deficientes de nitrógeno. Se sembraron las semillas en un medio de agar suplementado con un medio ½ S y un agente de selección (canamicina) . Las plántulas T2 transgénicas luego se transplantaron a bandejas 1,7 rellenadas con turba y perlita. Se irrigaron las bandejas con una solución que contenia condiciciones constantes de nitrógeno limitado, logradas irrigando las plantas con una solución que contiene 1,5 mM de nitrógeno inorgánico en la forma de KN03, suplementadas con 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos , logrando niveles normales de nitrógeno aplicando una solución de 6 mM de nitrógeno inorgánico también en la forma de KN03 con 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos. Todas las plantas se desarrollaron en invernadero hasta obtener semillas maduras. Se cosecharon las semillas separadametne con respecto al tejido bajo tierra anterior, se extrajeron y pesaron. La biomasa de la planta (tejido bajo suelo anterior) también fue recolectada y secada durante 1 semana a 30 °C.
Se validó cada constructo según la generación de T2. Las plantas transgénicas transformadas con un constructo conformadas mediante un vector vacio que porta al promotor 35S y al marcador seleccionable , fueron usadas como controles.
Se analizaron las plantas según su tamaño total, tasa de crecimiento, rendimiento de semilla, peso de 1.000 semillas, materia seca e índice de cosecha (HI- rendimiento de semilla/materia seca) . Se compararon el rendimiento de las plantas transgénicas con las plantas de control desarrolladas en paralelo en las mismas condiciones.
Se planeó el experimento en una distribución de parcelas aleatorias anidadas. Para cada gen de la invención, se analizaron de tres a cinco eventos de transformación independientes para cada constructo.
Captura de imágenes digitales - Para capturar imágenes de las muestras de las muestras de plantas, se utilizó un sistema de adquisición de imágenes de laboratorio que consiste en una cámara réflex digital (Canon EOS 300D) , con una lente de longitud focal 55 mm (Cannon serie EF-S) , montada en un dispositivo de reproducción (Kaiser RS) , que incluía 4 unidades de luz (bombilla de luz 4x150 Vatios) y ubicada en un cuarto oscuro .
El proceso de captura de imágenes se repitió cada dos días comenzando en el día 7 hasta el día 15. Se utilizó para capturar imágenes de plantas más grandes sembradas en tubos blancos en un invernadero con ambiente controlado, la misma cámara colocada en un soporte de hierro habitual. Los tubos blancos tenían forma cuadrada, medían 36 x 26,2 cm y 7,5 de profundidad. Durante el proceso de captura, se colocaron las bandejas debajo del soporte de hierro, evitando la luz directa del sol y la proyección de sombras.
Se utilizó un sistema de análisis de imágenes que consistía en una computadora personal de escritorio (procesador Intel P4 3.0) y un programa de dominio público - ImageJ 1.37 (programa de procesamiento de imágenes basado en Java que fue desarrollado en el U.S National Institutes of Health y de distribución libre por Internet en Hypertext Transfer Protocol : //rsbweb (punto) nih (punto) gov/) . Se capturaron las imágenes en una resolución de 10 Mega Pixeles (3.888 x 2.592 pixeles) y se almacenó en un formato JPEG de baja compresión (estándar Joint Photographic Experts Group) . Luego se guardaron los datos analizados en archivos de texto y se procesaron usando el software para análisis estadístico JMP (SAS Institute) .
Análisis de crecimiento de hoja - Usando los datos del análisis digital se calcularon los datos de hojas, incluyendo cantidad de hojas, área de roseta, diámetro de roseta, área de corte de hoja, cobertura de parcela, longitud de pecíolo de hoj a .
Tasa vegetativa de crecimiento: es la tasa de crecimiento de la planta tal como se define mediante las fórmulas VIII, IX, X y XI Fórmula VIII: Tasa de crecimiento relativa del área de corte de hoja = Coeficiente de regresión del área de hoja con el transcurso del tiempo.
Fórmula IX: Tasa de crecimiento relativa del área de roseta = Coeficiente de regresión del área de roseta con el transcurso del tiempo.
Fórmula X Tasa de crecimiento relativa del diámetro de roseta = Coeficiente de regresión del diámetro de roseta con el transcurso del tiempo.
Fórmula XI Tasa de crecimiento relativa de cobertura de parcela = Coeficiente de regresión de cobertura de parcela con el transcurso del tiempo.
Peso promedio de semillas (peso de semilla o peso de 1000 semillas) - Al final del experimento, se recolectaron todas las semillas. Se diseminaron las semillas sobre una bandeja de vidrio y se tomó una foto. Usando el análisis digital, se calculó la cantidad de semillas de cada muestra.
Peso seco de la planta y rendimiento de semilla Alrededor del día 80 desde la siembra, se cosecharon las plantas y se dejaron secar a 30 DC en una cámara de secado. Se midió la biomasa y el peso de semilla de cada parcela y se dividió por la cantidad de plantas de cada parcela.
Peso seco = peso total de la porción vegetativa anterior en suelo (excluyendo las raices) después de secar a 30 DC en una cámara de secado; Rendimiento de semilla por planta = peso total de semilla por planta (gramos) .
Se puede calcular el índice de cosecha usando la Fórmula III (como se describió anteriormente; índice de cosecha = Promedio rendimiento de semilla por planta/ peso seco promedio) .
Análisis estadístico - Para identificar los genes que confieren una significat ivmente mejorada eficacia en el uso de nitrógeno y producción de rendimiento, se analizaron los resultados obtenidos de las plantas transgénicas comparados con los obtenidos de las plantas de control. Para identificar los genes y constructos destacados en su comportamiento, se ensayaron separadamente los eventos de transformación independientes. Los datos se analizaron mediante la prueba T de Student y se consideraron como datos significativos si el valor p era inferior a 0,1. Se utilizó el paquete de software estadístico JMP (Versión 5.2.1, SAS Institute Inc., Cary, NC, Estados Unidos) .
Resultados experimentales: Los genes presentados en las Tablas 33, 34 y 35, más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada cuando se desarrollan con niveles de concentración de nitrógeno limitados. Estos genes producen un mayor rendimiento de semilla, índice de cosecha, peso de semilla (expresado como peso de 1.000 semillas) y biomasa de la planta [expresado como peso seco de la planta (DW)] cuando se los desarrolló bajo condiciones de crecimiento con nitrógeno limitado, comparados con los de control.
Las Tablas 33, 34 y 35 ilustran los análisis de rendimiento de semilla, índice de cosecha, tamaño de semilla (expresado como peso de 1.000 semillas) cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención, bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) . Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0,1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 33 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado rendimiento de semilla y peso (expresado como peso de 1.000 semillas) en condiciones de crecimiento deficientes de nitrógeno Nombre Rendimiento de semilla Nombre Evento Peso de semillas Evento # del gen Prom. valor-p % incr. del gen # Pro . valor-p % incr.
EUN241 9631 ,6 0,169 1,3E-01 12,60 EUN241 9632,3 0,020 2.5E-01 2,46 EUIN241 9631 ,4 0,150 9JE-01 0,40 EUN241 9631,4 0,020 6,4E-01 1 ,96 Control 0, 150 Control 0,020 EUN248 8982,3 0,144 3,6E-01 7,27 EUN248 8982,4 0,023 4,l E-03 14,08 Control 0, 135 EUN248 8982,3 0,021 4,3E-01 4,59 EUN525 9534,1 0,161 6,7E-01 7,33 EUN248 8981,1 0,021 7,2E-01 7,54 EUN525 9531 ,3 0,169 5,6E-01 12.83 EUN248 8983,1 0,021 7,3E-01 5,14 EUN525 9533,4 0, 162 7,0E-01 8,26 Control 0,020 Nombre Rendimiento de semilla Nombre Evento Peso de semillas Evento # del gen Prom. valor-p % incr. del gen # Prom. valor-p % incr.
EUN525 9531 ,1 0, 166 1.0E-01 10,90 EUN255 9431 ,4 0.021 ?,??-01 4,57 Control 0,150 Control 0,020 EUN536 9234,1 0,157 6.1 E-01 16,81 EUN525 9533,1 0,022 2.1 E-01 10,94 Control 0,135 EUN525 9531 ,3 0,020 7,6E-01 2,55 EUN545 9482,4 0,184 1.7E-04 22,72 Control 0,020 Control 0, 150 EUN536 9234,1 0,020 6,0E-01 3,02 EUN565 9443,4 0,204 1.8E-01 36,33 EUN536 9231,3 0,021 5.3E-01 4,99 Control 0, 150 Control 0,020 EUN566 9514,3 0,163 1 ,6E-01 9,08 EUN545 9482,4 0,020 7.1 E-01 1 ,36 EUN566 9514,1 0,172 7,0E-01 15,02 Control 0,020 Control 0,150 EUN549 9343.6 0,023 2,7E-01 14,91 EUN568 9471 ,3 0, 160 1.8E-01 6,55 EUN549 9342,3 0,021 5.1E-01 3,66 Control 0,150 Control 0,020 EUN573 9493,4 0, 172 3.8E-01 14,54 EUN560 9424,1 0,023 l ,3E-04 18,35 EUN573 9491 ,2 0,181 3,3E-04 20,87 EUN560 9424,3 0,021 8.0E-02 4,76 EUN573 9492,2 0,155 8.9E-01 3,21 EUN560 9422,1 0,020 3,1E-01 3,38 Control 0,150 Control 0,020 EUN578 9524,1 0,147 9.3E-01 -1 ,70 EUN568 9461 ,2 0,024 l,3E-05 21,77 Control 0, 150 Control 0,020 EUN580 9552,3 0,180 1.9E-01 19,99 EUN573 9491 ,2 0,023 1.1 E-01 14,40 Control 0,150 EUN573 9492,2 0,021 3,6E-02 5,14 EUN585 9661 ,1 0,150 1 ,8E-01 1 1 ,29 Control 0,020 Control 0,135 EUN578 9524,1 0,022 8,2E-04 10,87 Control 0,020 EUN580 9551 ,3 0,025 7,2E-02 24,52 EUN580 9554,4 0,023 9,7E-02 14,78 Control 0,020 EUN585 9662,4 0,021 7.5E-02 6,26 EUN585 9661, 1 0,022 5,2E-03 9,36 Control 0,020 Tabla 33 : Análisis de rendimiento de semilla and weight of plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) bajo la regulación de un promotor constitutivo ( 35S ) cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno deficiente (1.5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3.6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; "Prom." = promedio.
Tabla 34 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado índice de cosecha en condiciones de crecimiento deficientes de nitrógeno.
Tabla 34: Análisis de índice de cosecha de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior), bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) , cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno deficiente (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3, 6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control.
Tabla 35 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado peso seco bajo condiciones de crecimiento deficientes en nitrógeno Tabla 35: Análisis de peso seco de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno deficiente (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control.
Los genes presentados en las Tablas 36 y 37, más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada ya gue producen un mayor rendimiento de semilla, índice de cosecha, peso de semilla (expresado como peso de 1.000 semillas) y biomasa de la planta [ (expresado como peso seco de la planta (DW) ] cuando se desarrollaron en condiciones estándar de crecimiento con nitrógeno, comparados con las plantas de control indicando la elevada capacidad de la planta para metabolizar mejor el nitrógeno presente en el medio.
Las Tablas 36 y 37 ilustran los análisis de peso seco, rendimiento de semilla, índice de cosecha, tamaño de semilla (expresado como peso de 1.000 semillas) cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno (6 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos) en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) . Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0,1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 36 Las plantas transgénicas que expresan exógénamente los polinucleotidos de algunas realizaciones de la invención, exhiben una biomasa vegetal mejorada (peso seco) y mejorado rendimiento de semilla bajo condiciones estándar de nitrógeno Tabla 36: Análisis de biomasa vegetal (peso seco) y rendimiento de semilla . de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleotidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno (6 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; "RGR" = tasa de crecimiento relativo; " Prom. " = promedio.
Tabla 37 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado índice de cosecha y mejorado peso de semilla bajo condiciones estándar de nitrógeno Nombre Evento índice de cosecha Nombre Even Peso de semilla del gen # Prom. Valor-p % incr. del gen to # Prom. Valor-p % incr.
EUN568 9462,3 0,023 6,l E-04 10,961 Control 0,021 EUN573 9491 ,4 0,021 7.1 E-01 1 ,229 EUN573 9492,1 0,021 1 ,8E-01 3, 164 EUN573 9493,4 0,022 1,9E-01 8,883 EUN573 9491 ,2 0,023 4,0E-01 14,335 Control 0,021 EUN582 9561 ,2 0,024 1.6E-03 15,172 Control 0,021 Tabla 37: Análisis del índice de cosecha y peso de semilla de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) , cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno (6 m KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; "RGR" = tasa de crecimiento relativo; " Prom." = promedio.
La mejora en el área de roseta así como también, en la tasa de crecimiento avala el hecho de que las plantas pueden producir una biomasa mayor mediante una mejor explotación del nitrógeno disponible en suelo. Además, la producción de una mayor cantidad de hojas, así como también, de una mayor cobertura de parcela cuando se desarrolln en condiciones de baja cantidad de nitrógeno, indicant una mayor capacidad de fotosíntesis de la planta cuando se desarrola en diferentes condiciones de crecimiento con nitrógeno.
Los genes presentados en las Tablas 38 y 39, más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada producen una mayor biomasa vegetal cuando se los desarrolló bajo condiciones de crecimiento con nitrógeno limitado, comparados con las plantas de control. Además, una producción de mayor cantidad de hojas asi como también una mayor cobertura de parcela, cuando se desarrollan en condiciones de bajo nitrógeno, indican una mayor capacidad fotosintética de la planta.
Las Tablas 38 y 39 ilustran los análisis de área de roseta y cantidad de hojas (diámetro de roseta, área de roseta, cantidad de hojas, área de corte de hoja y cobertura de parcela) cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado (1.5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos ) en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S). Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0.1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 38 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado rendimiento en el crecimiento de la (diámetro y área de roseta y cobertura de parcela) , condiciones de nitrógeno deficiente Nombre Evento Diámetro de roseta ¡cm¡ Área de roseta fcm2/ Cobertura de parcela /%/ del gen Prom. valor-p % incr. Prom. valor-p % incr. Prom. valor-p % incr.
Control 1,42 0,709 5,67 EUN575 9501,4 2,04 l,4E-02 43,55 1,338 8JE-08 88,73 10,70 8.7E-08 88,73 EUN575 9504,1 1,93 1,8E-01 35,73 1,259 2,5E-01 77,60 10,07 2,5E-01 77,60 EUN575 9503,1 1,84 2,2E-01 29,22 1,282 2,0E-01 80,88 10,26 2,0E-01 80,88 EUN575 9502,1 1,73 2,7E-01 21,38 1,097 2,1 E-01 54,82 8,78 2,1 E-01 54,82 Control 1,42 0,709 5,67 EUN578 9524,3 1,92 6,lE-02 34,78 1,274 4.5E-02 79,68 10,19 4.5E-02 79,68 EUN578 9524,1 2,13 1,5E-01 49,88 1,602 1,4E-01 126,00 12,12 2,2E-01 #### EUN578 9523,3 1,97 l,9E-02 38,35 1,400 4,0E-02 97,45 11,20 4,0E-02 97,45 EUN578 9522,3 1,75 4,8E-04 22,83 1,095 6.4E-05 54,54 8,76 6,4E-05 54,54 Control 1,42 0,709 5,67 EUN580 9552,3 1,52 1,2E-01 6,68 0,783 3,5E-02 10,46 6,26 3.5E-02 10,46 EUN580 9551,3 1,71 1,7E-01 19,93 1,049 2,0E-01 48,02 8,39 2.0E-01 48,02 EUN580 9553,4 1,73 ?,??-05 21,63 1,058 5,lE-06 49,24 8,46 5.1E-06 49,24 EUNS80 9551,4 1,85 6,7E-02 30,17 1,284 6,8E-02 81,21 10,28 6.8E-02 81,21 EUN580 9554,4 1,70 2,7E-01 19,55 1,084 2,8E-01 52,96 8,67 2,8E-01 52,96 Control 1,42 0,709 5,67 EUN582 9561,1 1,73 3,0E-01 21,81 1,026 3.3E-01 44,69 7,60 2,5E-01 34,04 EUN582 9562,1 1,60 3,4E-01 12,36 0,985 2,2E-01 38,99 7,88 2.2E-01 38,99 EUN582 9562,4 1,58 4,7E-01 11,39 0,920 4,7E-01 29,79 7,00 6,1 E-01 23,36 EUN582 9563,3 1,76 2,1E-01 23,73 1,071 1,4 E-01 51,05 8,57 1,4 E-01 51,05 EUN582 9561,2 1,92 6,2E-02 34,91 1,328 9,8E-02 87,34 10,02 2,1 E-01 76,63 Control 1,42 0,709 5,67 Tabla 38: Análisis de diámetro y área de roseta y cobertura de parcela de plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) cuando se desarrollan bajo condiciones de' nitrógeno deficiente (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; " Prom." = promedio.
Tabla 39 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado crecimiento de roseta (cantidad de hojas y corte de hoja) bajo condiciones de nitrógeno deficiente Nombre del Cantidad de hojas Área de corte de la hoja /cm2/ Evento # gen Prom. valor-p % incr. Prom. valor-p % incr.
EUN241 9632,3 8,0 6.4E-01 7,34 0,174 5,3E-01 30,98 EUN241 9631,4 8,3 1.6E-01 10,69 0,156 2,8E-02 17,43 Control 7,5 0,133 EUN249 9122,2 9,8 UE-01 4,20 0,266 4.7E-02 12,23 Control 9,4 0,237 EUN525 9534,1 8,8 5,9E-02 17,88 0,199 1,6E-01 49,90 EUN525 9531,2 8,9 3.6E-05 19,80 0,181 4,lE-02 36,68 EUN525 9533,1 7,8 l,9E-02 4,82 0,175 3,3E-01 31,80 ELN525 9531,3 7,6 8.6E-01 2,31 0,149 6,4E-01 12,26 EUN525 9533,4 8,3 8,0E-02 11,53 0,176 2,0E-02 32,40 EUN525 9531,1 8,4 3.0E-05 12,37 0,161 3.4E-03 21,39 Control 7,5 0,133 EUIN536 9234,1 9,4 9/7E-01 0,19 0,266 3.0E-01 12,00 Control 9,4 0,237 EUN545 9484,2 8,7 4.6E-02 16,56 0,216 2.8E-03 62,69 EUN545 9482,4 8,0 4,7E-01 7,34 0,174 1,6E-01 31,20 EUN545 9481,3 7,8 7,2E-01 3,98 0,188 4,7E-01 41,85 EUN545 9484,4 8,3 1.6E-01 10,69 0,207 2,6E-07 56,09 Control 7,5 0,133 EUN549 9341,1 7,9 6.7E-01 5,66 0,160 8,3E-02 20,34 Control 7,5 0,133 EUN563 9454,1 8,3 1,6E-01 10,69 0,154 1JE-01 16,19 EUN563 9452,3 7,4 9,8E-0l -0,21 0,150 6,1E-01 13,28 EUN563 9453,4 8,1 1.9E-01 9,01 0,181 2,2E-01 36,86 EUN563 9452,1 0,141 4,4E-01 6,33 Control 7,5 0,133 EUN565 9444,1 7,7 8,6E-02 3,14 0,162 2,2E-01 21,85 EUN565 9442,4 7,8 1.9E-02 4,82 0,148 1,4E-01 11,60 Control 7,5 0,133 EUN566 9514,3 7,8 4.5E-01 4,94 0,188 5,6E-02 41,70 EUN566 9513,1 7,8 1,8E-01 3,98 0,162 3,2E-01 22,40 EUN566 9512,4 8,1 5,4E-01 8,18 0,170 3,9E-01 28,31 EUN566 9514,1 8,0 4,2E-01 7,82 0,180 1,9E-01 35,77 Control 7,5 0,133 EUN568 9474,4 7,9 3,1E-01 5,66 0,175 4,2E-02 31,80 EUN568 9461,2 8,6 9,9E-03 15,72 0,195 9,6E-02 47,20 EUN568 9462,4 8,1 1.3E-01 8,18 0,193 3,2E-01 45,51 EUN568 9462,3 7,8 5,7E-01 3,98 0,176 5,3E-02 32,52 EUN568 9463,4 7,6 6,1E-01 2,31 0,185 3,7E-01 39,91 EUN568 9473,3 7,9 4.6E-01 6,50 0,148 1,8E-01 11,71 Control 7,5 0,133 EUN573 9491,4 7,9 6.7E-01 5,66 0,168 2,6E-01 27,07 EUN573 9492,1 9,1 6,lE-02 22,43 0,234 3,8E-02 76,54 EUN573 9493,4 8,0 3,1E-01 7,94 0,193 9,4E-07 45,94 EUN573 9494,3 8,1 3,6E-02 9,01 0,193 l,3E-05 45,95 EUN573 9491,2 8,7 2,0E-01 16,56 0,181 2,2E-01 36,33 EUN573 9492,2 7,6 6,7E-01 1,47 0,183 5.8E-02 38,25 Control 7,5 0,133 EUN575 9501,4 8,5 1,1E-01 14,05 0,216 l,9E-02 62,82 EUN575 9504,1 8,5 2,0E-01 14,05 0,214 2,2E-01 61,54 EUN575 9503,1 8,4 3.8E-01 13,21 0,207 2.1E-01 55,92 EUN575 9502,1 8,4 2.5E-01 13,21 0,182 2.6E-01 37,35 Control 7,5 0,133 EUN578 9524,3 8,4 2,3E-01 12,37 0,208 l,5E-07 57,07 EUN578 9524,1 9,1 1,3E-01 22,19 0,242 1,6E-01 82,58 EUN578 9523,3 8,8 3,lE-06 17,40 0,223 7,2E-02 68,19 Nombre del Cantidad de hojas Área de corte de la hoja fcm2/ Evento # gen Prom. valor-p % incr. Prom. valor-p % incr.
EUN578 9522,3 8,4 2,3E-01 12,37 0, 178 2,4E-04 34,51 Control 7,5 0, 133 EUN580 9552,3 8,1 l ,6E-03 8, 18 0, 135 6,4E-01 1 ,85 ELN580 9551 ,3 8,5 l ,3E-05 14,05 0,175 2,4E-01 31 ,72 EUN580 9553,4 7,9 1 ,8E-01 6,50 0, 185 1 ,4E-01 39,73 EUN580 9551 ,4 8,5 2,0E-0I 14,05 0,202 2,0E-05 52,26 EUN580 9554,4 7,9 9,4E-02 5,66 0,183 3,4E-0 l 38,26 Control 7,5 0, 133 EUN582 9561 ,1 8,3 2,8E-01 1 1 ,29 0,171 3,9E-01 28,94 EUN582 9562,1 8,1 1 ,9E-01 9,01 0,168 3,4E-01 26,84 EUN582 9562,4 7,7 5,3E-01 2,67 0, 164 5,0E-01 24,06 EUN582 9563,3 8,4 l ,0E-04 13,21 0,186 1 ,5E-01 40,09 EUN582 9561,2 8,7 7,5E-02 16,08 0,217 1 ,5 E-01 63,53 Control 7,5 0, 133 Tabla 39: Análisis de cantidad de hojas y corte de hoja de plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno deficiente (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3.6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos) comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; " Prom." = promedio.
Los genes presentados en la Tablas 40 y 41, más adelante, tienen una mejorada tasa de crecimiento vegetal cuando se desarrollan en niveles de fertilización con nitrógeno limitado. Estos genes mejoran la tasa de crecimiento de roseta y cubren más rápido el suelo cuando se desarrollan en condiciones de crecimiento de nitrógeno limitado.
Las Tablas 40 y 41 ilustran los análisis de tasa de crecimiento del diámetro de roseta, área de roseta, área de corte de la hoja, cantidad de hojas y cobertura de parcela cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos ) en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S). Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0,1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 40 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una mejorada tasa de crecimiento (RGR del área de corte de la hoja y RGR de la cantidad de hojas) bajo condiciones de nitrógeno deficiente RGR del Area de corte de la hoja RGR Of Cantidad de hojas Nombre del gen Evento # Promedio valor-p % incremento Promedio valor-p % incremento EUN545 9484,2 0,026 1 , 1 ?-07 60,54 EUN545 9482,4 0,021 6,0E-03 28,52 EUN545 9482,2 0,018 9,81 EUN545 9481 ,3 0,022 2, 1 E-02 39,32 EUN545 9484,4 0,025 l ,3E-06 54,25 Control 0,016 EUN549 9341 ,1 0,018 1 ,6E-01 12,49 Control 0,016 EUN563 9454,1 0,018 1 ,4E-01 13,13 0,544 0,509 8,79 EUN563 9452,3 0,018 3,7E-01 9,76 EUN563 9453,4 0,021 2,7E-03 30,97 0,580 0,223 16,07 Control 0,016 0,500 EUN565 9444,1 0,020 3,2E-02 21,06 Control 0,016 EUN566 9514,3 0,022 3,5E-03 34,09 0,558 0,384 1 1 ,55 EUN566 9513,1 0,020 3,2E-02 22,23 0,551 0,432 10,19 EUN566 9512,4 0,021 l ,2E-02 31,16 0,575 0,285 14,98 EUN566 9514,1 0,021 5.5E-03 29,97 0,515 3,05 Control 0,016 0,500 EUN568 9474,4 0,022 6,2E-04 34,41 EUN568 9461 ,2 0,024 l ,2E-04 46,02 0,567 0,327 13,35 EUIN568 9462,4 0,024 5.3E-04 48,85 0,527 0,687 5,52 EUN568 9462,3 0,022 l ,2E-03 35,77 EUN568 9463,4 0,022 2.5E-03 38,12 Control 0,016 0,500 EUN573 9491 ,4 0,018 1 ,4E-01 14,16 EUN573 9492,1 0,029 7,4E-09 77, 15 0,606 0, 122 21,29 EUN573 9493,4 0,023 9.0E-05 42,33 0,539 0,549 7,79 EUN573 9494,3 0,023 1.3E-04 40,79 0,573 0,271 14,63 EUN573 9491 ,2 0,020 9,4E-03 26,53 0,565 0,383 13,00 EUN573 9492,2 0,022 4,2E-04 39, 19 Control 0,016 0,500 EUN575 9501,4 0,026 2,8E-07 59,00 0,554 0,441 10,78 EUN575 9504,3 0,016 8.9E-01 -1 ,86 0,517 0,813 3.41 EUN575 9504,1 0,025 l,3E-04 55,64 0,560 0,398 12,06 EUN575 9503, 1 0,024 l,4E-04 51,12 0,615 0, 126 23,04 EUN575 9502,1 0,021 1,5 E-02 28,36 0,513 0,852 2,58 Control 0,016 0,500 EUN578 9524,3 0,025 4.9E-06 56,63 0,575 0,268 14,98 EUN578 9524,1 0,029 3.0E-07 77,86 0,630 0,050 25,93 EUN578 9523,3 0,027 6,9E-08 65,64 0,561 0,372 12,29 EUN578 9522,3 0,021 l,6E-03 32,66 0,606 0, 1 19 21 ,29 Control 0,016 0,500 RGR del Area de corte de la hoja RGR Of Cantidad de hojas Nombre del gen Evento # Promedio valor-p % incremento Promedio valor-p % incremento EUN580 9551 ,3 0,021 6,5E-03 28,15 0,538 0,545 7,62 EUN580 9554,2 0,564 0,339 12,76 EUN580 9553,4 0,023 1.5E-04 40,79 0,526 0,686 5,28 EUN580 9551 ,4 0,024 1.3E-05 47,33 0,524 0,734 4,82 EUN580 9554,4 0,022 4,0E-03 37,25 Control 0,016 0,500 EUN582 9561 ,1 0,021 l,3E-02 29,36 0,585 0,225 16,94 EUN582 9562,1 0,020 1.8E-02 26,50 0,560 0,379 1 1 ,94 EUN582 9562,4 0,020 3,7E-02 26,29 0,556 0,464 1 1 ,24 EUN582 9563,3 0,023 1 JE-04 44,35 0,615 0, 1 13 23,04 EUN582 9561 ,2 0,026 1.4E-06 61 ,66 0,605 0,124 21 ,1 1 Control 0,016 0,500 Table 40: Análisis de tasa de crecimiento (RGR de área de corte de la hoja y RGR de cantidad de hojas) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno deficiente (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3, 6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control.
Tabla 41 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una mejorada tasa de crecimiento (RGR de área y diámetro de roseta y RGR de cobertura de parcela) bajo condiciones de nitrógeno deficiente Nombre % Prom. valor-p % incr. Prom. valor-p Prom. valor-p % incr. incr.
EUN241 9633,4 0,102 2,9E-01 13,04 0,130 6,4E-01 -3,23 0,82 2,9E-01 13,04 EUN241 9632,3 0,131 2,2E-02 44,18 0,163 5,3E-02 21,41 1,05 2,2E-02 44,18 EUN241 9631,4 0,114 2,6E-02 25,68 0,151 8,4E-02 12,12 0,91 2,6E-02 25,68 Control 0,091 0,135 0,72 ELN525 9534,1 0,160 3,4E-07 76,36 0,164 3,4E-03 21,78 1,20 2,3E-05 66,06 EUN525 9531,2 0,150 3,9E-06 65,52 0,161 7,7E-03 19,52 1,13 2,0E-04 55,87 EUN525 9533,1 0,135 3,4E-04 48,53 0,153 5,lE-02 13,37 1,08 3,4E-04 48,53 ELN525 9531,3 0,111 ?,??-01 22,62 0,135 9,8E-01 0,21 0,89 1.1E-01 22,62 EUN525 9533,4 0,130 3,6E-04 43,83 0,149 ?,??-01 11,07 1,04 3,6E-04 43,83 EUN525 9531,1 0,129 6,5E-04 42,14 0,140 5,5E-01 4,10 1,03 6,5E-04 42,14 Control 0,091 0,135 0,72 EUN545 9484,2 0,168 4,4E-08 85,85 0,184 4.2E-06 36,37 1,35 4,4E-08 85,85 EUN545 9482,4 0,127 3.1E-03 40,34 0,154 6.9E-02 14,35 1,02 3,1 E-03 40,34 EUN545 9482,2 0,098 8,66 0,135 9,6E-01 0,34 0,79 4,4E-01 8,66 EUN545 9481,3 0,130 2,3E-02 43,77 0,173 3,3E-02 28,42 1,04 2,3E-02 ¦43,77 EUN545 9484,4 0,163 2,7E-07 79,91 0,194 4,6E-07 43,83 1,30 2,7E-07 79,91 Control 0,091 0,135 0,72 EUN549 9341,1 0,118 U4E-02 30,70 0,140 6,0E-01 3,79 0,95 1.4E-02 30,70 Control 0,091 0,135 0,72 EUN563 9454,1 0,119 9,5E-03 31,19 0,148 1,5E-01 9,88 0,95 9.5E-03 31,19 EUN563 9452,3 0,104 2,4E-01 15,20 0,140 6.0E-01 4,00 0,84 2,4E-01 15,20 EUN563 9453,4 0,137 2,lE-04 51,54 0,155 3,6E-02 15,50 1,10 2,lE-04 51,54 Control 0,091 0,135 0,72 EUN565 9444,1 0,111 6,2E-02 22,99 0,157 6,4E-02 16,45 0,89 6,2E-02 22,99 Control 0,091 0,135 0,72 EUNS66 9514,3 0,143 3,0E-04 58,15 0,162 4,2E-02 20,44 1,07 6,9E-04 47,03 EUN566 9513,1 0,118 l,7E-02 30,34 0,155 4.8E-02 14,92 0,94 1JE-02 30,34 EUN566 9512,4 0,121 2,4E-02 33,06 0,156 7,6E-02 15,84 0,96 2.4E-02 33,06 EUN566 9514,1 0,134 1 , 1 E-03 48,17 0,160 ?,??-02 18,57 1,02 l,0E-02 40,14 Control 0,091 0,135 0,72 EUN568 9474,4 0,121 7,0E-03 33,08 0,160 l,2E-02 19,19 0,96 7,0E-03 33,08 EUN568 9461,2 0,157 7,6E-06 73,36 0,170 4,1 E-03 26,24 1,26 7,6E-06 73,36 EUN568 9462,4 0,139 5,3E-04 53,79. 0,172 5,8E-03 27,76 1,11 5,3E-04 53,79 EUN568 9462,3 0,131 l,4E-03 44,88 0,167 l,3E-03 23,84 1,05 l,4E-03 44,88 EUN568 9463,4 0,129 3,7E-03 42,01 0,159 2.5E-02 18,33 1,03 3JE-03 42,01 Control 0,091 0,135 0,72 EUN573 9491,4 0,123 6,0E-03 35,42 0,149 1,7E-01 10,44 0,98 6,0E-03 35,42 EUN573 9492,1 0,182 5,7E-09 100,76 0,190 l,2E-06 41,04 1,46 5JE-09 100,76 EUN573 9493,4 0,141 5,6E-05 55,36 0,166 2,1 E-03 23,03 1,06 6,8E-04 45,86 EUN573 9494,3 0,151 5,3E-06 66,87 0,171 6,6E-04 26,79 1,21 5,3E-06 66,87 EUN573 9491,2 0,139 l,3E-04 53,69 0,164 l,lE-02 21,53 1,11 l,3E-04 53,69 EUN573 ' 9492,2 0,130 1,5 E-03 43,69 0,165 4,8E-03 22,63 1,04 1,5 E-03 43,69 Control 0,091 0,135 0,72 EUN575 9501,4 0,172 9.2E-09 89,99 0,198 1,1?-07 47,36 1,38 9,2E-09 89,99 EUNS75 9504,3 0,095 7,7E-01 4,69 0,135 l,0E+00 -0,04 0,76 7,7E-01 4,69 EUN575 9504,1 0,160 4.5E-05 76,22 0,178 3,5E-03 32,48 1,28 4,5E-05 76,22 EUN575 9503,1 0,165 4,lE-06 82,22 0,168 1.2E-02 24,58 1,32 4, 1 E-06 82,22 EUN575 9502,1 0,136 9,0E-04 50,03 0,151 1.3E-01 12,57 1,09 9,0E-04 50,03 Control 0,091 0,135 0,72 EUN578 9524,3 0,165 6.9E-07 81,99 0,185 2.5E-04 37,68 1,32 6.9E-07 81,99 EUN578 9524,1 0,206 3,9E-09 127,63 0,202 1.1E-06 49,79 1,56 4,4E-07 115,41 EUN578 9523,3 0,181 4,2E-09 99,40 0,179 1.9E-05 33,16 1,45 4,2E-09 99,40 EUN578 9522,3 0,141 6,5E-05 55,95 0,167 l,6E-03 24,01 1,13 6,5E-05 55,95 Control 0,091 0,135 0,72 EUN580 9551,3 0,135 3,5E-04 48,50 0,157 2,7E-02 16,48 1,08 3,5E-04 48,50 EUN580 9554,2 0,093 8,5E-01 0,130 7.1E-01 0,74 8,5E-01 EUN580 9553,4 0,137 1.5E-04 51,17 0,169 8,0E-04 25,59 1,10 l,5E-04 51,17 EUN580 9551,4 0,165 2,lE-07 82,42 0,170 1,3 E-03 26,33 1,32 2,lE-07 82,42 EÜN580 9554,4 0,138 l,0E-03 52,73 0,152 9.4E-02 12,99 1,11 l,0E-03 52,73 RGR de Area de roseta RGR de Diámetro de roseta RGR de Cobertura de parcela Nombre Evento % del gen Prom. valor-p % incr. Prom. valor-p Prom. valor-p % incr. # incr.
Control 0,091 0, 135 0,72 EUN582 9561 ,1 0, 133 2,5E-03 47,08 0, 167 6,9E-03 24,32 0,99 7,7E-03 36,09 ELN582 9562, 1 0, 127 3,4E-03 40,44 0, 152 7,7E-02 13,15 1 ,02 3,4E-03 40,44 EUN582 9562,4 0,120 2,8E-02 32,82 0, 153 1 ,1 E-01 13,90 0,91 ? ,??-01 26,19 EUN582 9563,3 0, 141 2,l E-04 55,33 0,178 4,6E-04 32,62 1 , 13 2, 1 ?-04 55,33 EUN582 9561,2 0,172 9,3E-08 89,88 0, 186 1 , 1 ?-05 37,84 1 ,30 4,6E-06 79,08 Control 0,091 0, 135 0,72 Tabla 41: Análisis de tasa de crecimiento (RGR de área y diámetro de roseta y RGR de cobertura de parcela) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno deficiente (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3, 6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control.
Los genes presentados en la Tables 42 and 43, más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada and produced larger plant biomasa cuando se desarrollan under standard nitrógeno fertilization conditions, comparados con las plantas de control. In addition a production of a larger number of leaves as well as a higher cobertura de parcela cuando se desarrollan at low nitrógeno conditions indícate a larger photosynthetic capacity de la planta cuando se desarrollan at high nitrógeno growth conditions. Table 42 and 43 ilustran los análisis de área de roseta and cantidad de hojas (diámetro de roseta, área de roseta, cantidad de hojas, área de corte de la hoja and cobertura de parcela) cuando se desarrollan under standard nitrógeno fertilization conditions (6 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos ) en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S). Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. Evento with valor-p < 0.1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 42 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado rendimiento del crecimiento de roseta (diámetro y área de roseta y cobertura de parcela) bajo condiciones estándar de nitrógeno Tabla 42: Análisis del rendimiento de crecimiento de roseta (diámetro y área de roseta y cobertura de parcela) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior), bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan under standard nitrógeno (6 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control.
Tabla 43 Las plantas transgénicas gue expresan exógenamente los polinucleotidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado rendimiento del crecimiento de roseta (cantidad y área de hojas y área de corte de la hoja) bajo ondiciones estándar de nitrógeno Cantidad de hojas Area de corte de la hoja fcm2/ Nombre del gen Evento # Prom. Valor-p % incr. Prom. Valor-p % incr.
EUN230 9154,2 8,75 1 ,4E-01 4,03 0,26 7.3E-03 16,16 Control 8,41 0,23 EUN234 9163,4 8,88 4.2E-01 5,52 0,28 2,9E-02 23,30 EUN234 9162,5 8,06 5.7E-01 -4,14 0,26 9,0E-02 12,41 Control 8,41 0,23 EUN248 8983,1 8,75 1.4E-01 4,03 0,25 1.0E-02 1 1 ,97 Control 8,41 0,23 EUN249 9122,2 9,25 2.2E-02 9,98 0,27 3.5E-03 17,48 Control 8,41 0,23 ELN268 8996,3 8,81 1.4E-02 4,78 0,28 6.2E-04 21 ,22 Control 8,41 0,23 ELN525 ; 9534,1 8,88 3.4E-02 9,44 0,23 6,6E-02 20,64 ELN525 9531 ,2 9,06 9.5E-03 1 1 ,75 0,26 1.3E-01 39,24 EUN525 9533,1 8,63 5,6E-01 6,36 0,24 3,4E-01 29,39 ELN525 9531 ,3 8,69 4.8E-01 7,13 0,23 2,3E-02 23,65 EUN525 9533,4 8,88 4,8E-01 9,44 0,23 3.5E-01 24,51 Control 8,1 1 0,19 EUN536 9233,3 9,50 1.2E-02 12,95 0,27 2,8E-01 1 8,94 EUN536 9234,1 9,44 6,lE-02 12,21 0,29 7,6E-02 28,74 Control 8,41 0,23 EUN545 9484,2 9,31 1 ,5E-01 14,84 0,28 2.1 E-03 47,68 EUN545 9482,4 8,56 6,3E-01 5,59 0,22 . 6,6E-01 18,07 EUN545 9481 ,3 8,06 8JE-01 -0,58 0,27 1.2E-03 41 ,88 EUN545 9484,4 8,88 1 , 1 E-01 9,44 0,25 8,3E-02 31 ,54 Control 8, 1 1 0,19 EUN549 9343,6 8,81 7,7E-02 8,67 0,20 6.6E-01 8,33 EUN549 9341 , 1 8,44 6,7E-01 4,05 0,21 6,0E-01 14,37 EUN549 9342,3 9,06 ? , ? ?-01 1 1 ,75 0,21 1 ,3E-01 13,98 Control 8,1 1 0, 19 EUN560 9423,4 8,75 l ,3E-02 4,03 0,28 4.4E-01 21 ,95 Cantidad de hojas Area de corte de la hoja ¡cm2/ Nombre del gen Evento # Prom. Valor-p % incr. Prom. Valor-p % incr.
Control 8,41 0,23 EUN568 9461 ,2 9,63 l ,5E-02 1 8,69 0,30 2.1 E-02 59,80 EUN568 9461,3 8,94 2,6E-01 10,21 0,23 3,2E-02 25,07 EUN568 9462,4 8,48 3,5E-01 4,60 0,21 4,6E-01 13,21 EUNS68 9463,4 8,69 7,2E-02 7,13 0,24 7,0E-02 28,16 Control 8, 1 1 0, 19 EUN573 94 1 ,4 8,63 2,3E-01 6,36 0,23 6,2E-02 22,82 EUN573 9492,1 8,81 7,7E-02 8,67 0,23 3,9E-02 20,79 EUN573 9493,4 8,86 4,2E-02 9,22 0,22 8.1 E-02 17,66 EUN573 9491 ,2 8,63 1 ,2E-01 6,36 0,25 1.2E-01 33,61 EUN573 9494,3 9,13 1 ,5E-01 12,52 0,23 9,9E-02 20,47 ELN573 9492,2 8,46 7.1E-01 4,30 0,23 5.5E-01 25,07 Control 8, 1 1 0, 19 EUN575 9501 ,4 8,38 3,6E-01 3,28 0,21 3.9E-01 14,56 ELIN57S 9504,1 9,06 9,5E-03 1 1 ,75 0,25 ?, ? ?-01 33,06 EUN575 9503,1 8,06 9,2E-01 -0,58 0,22 3,3E-01 16,13 EUN575 9502,1 8,98 3,9E-01 10,73 0,22 3.0E-01 18,72 Control 8,1 1 0,19 EUN578 9524,1 8,50 1 ,9E-01 4,82 0,26 7,3E-03 40,77 EUN578 9524,3 8,31 8,7E-01 2,50 0,25 5.4E-01 32,70 EUN578 9523,3 9,48 l ,5E-02 16,93 0,28 4,2E-03 51 ,09 EUN578 9522,3 9,06 1.1 E-01 1 1 ,75 0,24 1.9E-01 27,90 Control 8, 1 1 0, 19 EUN580 9552,3 8,56 1.4E-01 5,59 0,20 4.9E-01 7,20 ELN580 9551 ,3 8,69 7,2E-02 7,13 0,23 1.6E-02 25,62 EUN580 9554,4 8,63 4.8E-01 6,36 0,23 3,5E-01 24,90 Control 8,1 1 0, 19 EUN582 9561 ,1 9,44 2,7E-01 16,38 0,27 1,6E-01 43,32 ELN582 9561 ,2 8,94 1.8E-02 10,21 0,25 5,5E-03 33,79 Control 8, 1 1 0, 19 ELN585 9661 ,1 8,94 4,0E-03 6,26 0,33 1.8E-02 43,63 Control 8,41 0,23 ELN588 9591 ,3 9, 19 5,6E-04 9,24 0,25 2,6E-02 9,62 Control 8,41 0,23 Tabla 43: Análisis de rendimiento de crecimiento de roseta (cantidad y área de hojas y área de corte de la hoja) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleó idos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan con cantidad estándar de nitrógeno (6 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control.
Los genes presentados en las Tablas 44 y 45, más adelante, tienen una mejorada tasa de crecimiento vegetal cuando se desarrollan a niveles de fertilización con nitrógeno limitado. Estos genes mejoran la tasa de crecimiento de la roseta y cubrieron más rápidamente el suelo cuando se desarrollan a niveles de fertilización con nitrógeno estándar. Estos genes produjeron un crecimiento más rápido en plantas que muestran una major utilización del nitrógeno presente.
Las Tablas 44 y 45 ilustran los análisis de la tasa de crecimiento del diámetro de roseta, área de roseta, área de corte de la hoja, cantidad de hojas y cobertura de parcela cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno (6 mM KN03, 1 m KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos ) en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) . Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0,1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 44 Plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhibit improved tasa de crecimiento (RGR of área de corte de la hoja, cantidad de hojas and área de roseta) bajo condiciones estándar de nitrógeno Tabla 44: Análisis de tasa de crecimiento (RGR del área de corte de la hoja, cantidad de hojas y área de roseta) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno (6 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaCl2 y microelementos ) comparadas con las plantas de control.
Tabla 45 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una mejorada tasa de crecimiento (RGR del diámetro de roseta y cobertura de parcela) bajo condiciones estándar de nitrógeno RGR de Diámetro de roseta RGR de Cobertura de parcela Nombre del gen Evento # Prom. Valor-p % incr. Prom. Valor-p % incr.
EUN568 9474,4 0,18 0,947 0,98 1,24 0,624 10,72 EUN568 9461,3 0,21 0,218 18,40 1,56 0,080 39,53 Control 0,17 1,12 EUN573 9491,4 0,19 0,582 8,00 1,50 0,121 34,11 EUN573 9493,4 0,19 0,589 7,89 1,35 0,349 20,66 EUN573 9491,2 0,21 0,222 18,90 1,64 0,042 ' 46,75 EUN573 9492,2 0,18 0,821 3,40 1,27 0,542 13,46 Control 0,17 1,12 EUN575 9504,1 0,21 0,196 19,39 1,64 0,040 47,00 EUN575 9503,1 0,19 0,644 6,72 1,29 0,472 15,58 EUN575 9502,1 0,19 0,637 7,16 1,33 0,439 19,10 Control 0,17 1,12 EUN578 9524,1 0,21 0,154 21,31 1,73 0,018 54,74 EUN578 9524,3 0,21 0,302 19,94 1,67 0,073 49,17 EUN578 9523,3 0,23 0,036 33,14 1,73 0,017 54,56 EUN578 9522,3 0,19 0,472 10,54 1,71 .0,024 52,52 Control 0,17 1,12 EUN580 9551,3 0,20 0,319 14,57 1,55 0,084 38,45 EUN580 9554,4 0,18 0,764 4,75 1,55 0,094 38,64 Control 0,17 1,12 EUN582 9561,1 0,22 0,112 24,58 1,79 0,012 60,37 EUN582 9562,1 0,19 0,548 9,10 1,38 0,300 23,28 EUN582 9562,4 0,19 0,469 10,79 1,31 0,438 16,65 EUN582 9561,2 0,20 0,325 16,03 1,72 0,031 54,06 Control 0,17 1,12 EUN585 9661,3 0,20 0,518 7,29 1,46 0,528 10,62 EUN585 9661,1 0,22 0,142 17,93 2,00 0,007 52,30 Control 0,19 1,32 EUN588 9591,3 0,21 0,413 9,34 1,54 0,317 17,29 Control 0,19 1,32 Tabla 45: Análisis de tasa de crecimiento (RGR del diámetro de roseta y cobertura de parcela) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan en condiciones de nitrógeno estándar (6 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1'mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos) comparadas con las plantas de control.
EJEMPLO 7 ENSAYO 3: EFICACIA EN EL USO DE NITRÓGENO MEDIDA HASTA LA ETAPA DE FLORACIÓN PREMATURA: BIOMASA VEGETAL Y TASA DE CRECIMIENTO DE LA PLANTA EN CONCENTRACIONES DE NITRÓGENO LIMITADO Y ESTÁNDAR EN CONDICIONES DE INVERNADERO Este ensayo sigue la producción del rendimiento de semilla, la formación de biomasa y el crecimiento del área de roseta de las plantas desarrolladas en invernadero, en condiciones de crecimiento con nitrógeno limitado y no limitado. Las semillas de Arabidopsis transgénicas se sembraron en un medio de agar suplementado con un medio ½ MS y un agente de selección (canamicina) . Las plántulas T2 transgénicas luego se transplantaron a bandejas 1,7 rellenadas con turba y perlita en una relación 1:1. Se irrigaron las bandejas con una solución que contenia condiciciones constantes de nitrógeno limitado, logradas irrigando las plantas con una solución que contiene 1,5 mM de nitrógeno inorgánico en la forma de N03, suplementadas con 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM K2S04, 2 mM CaC12 y microelementos , logrando niveles normales de nitrógeno aplicando una solución de 6 mM de nitrógeno inorgánico también en la forma de KN03 con 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos. Todas las plantas se desarrollaron en invernadero hasta obtener semillas maduras. La biomasa de la planta (tejido bajo suelo anterior) se pesó inmediatamente después de cosechar la roseta (peso fresco de la planta [F ] ) . Luego, se secaron las plantas en un horno a 50 DC durante 48 horas y se pesó (peso seco de la planta [D ] ) .
Se validó cada constructo según la generación de T2. Las plantas transgénicas transformadas con un constructo conformadas mediante un vector vacio que porta al promotor 35? y al marcador seleccionadle , fueron usadas como controles.
Se analizaron las plantas según su tamaño total, tasa de crecimiento, materia fresca y seca. Se compararon el rendimiento de las plantas transgénicas con las plantas de control desarrolladas en paralelo en las mismas condiciones.
Se planeó el experimento en una distribución de parcelas aleatorias anidadas. Para cada gen de la invención, se analizaron de tres a cinco eventos de transformación independientes para cada constructo.
Captura de imágenes digitales - Para capturar imágenes de las muestras de las muestras de plantas, se utilizó un sistema de adquisición de imágenes de laboratorio que consiste en una cámara réflex digital (Canon EOS 300D) , con una lente de longitud focal 55 mm (Cannon serie EF-S) , montada en un dispositivo de reproducción (Kaiser RS) , que incluía 4 unidades de luz (bombilla de luz 4x150 Vatios) y ubicada en un cuarto oscuro.
El proceso de captura de imágenes se repitió cada dos días comenzando en el día 1 hasta el día 15. Se utilizó para capturar imágenes de plantas más grandes sembradas en tubos blancos en un invernadero con ambiente controlado, la misma cámara colocada en un soporte de hierro habitual. Durante el proceso de captura, se colocaron las bandejas debajo del soporte de hierro, evitando la luz directa del sol y la proyección de sombras.
Se utilizó un sistema de análisis de imágenes que consistía en una computadora personal de escritorio (procesador Intel P4 3.0) y un programa de dominio público - ImageJ 1.37 (programa de procesamiento de imágenes basado en Java que fue desarrollado en el U.S National Institutes of Health y de distribución libre por Internet en Hypertext Transf.er Protocol : //rsbweb (punto) nih (punto) gov/) . Se capturaron las imágenes en una resolución de 10 Mega Pixeles (3.888 x 2.592 pixeles) y se almacenó en un formato JPEG de baja compresión (estándar Joint Photographic Experts Group) . Luego se guardaron los datos analizados en archivos de texto y se procesaron usando el software para análisis estadístico JMP (SAS Institute) .
Análisis de hoja - Usando los datos del análisis digital se calcularon los datos de hojas, incluyendo cantidad de hojas, área de roseta, diámetro de roseta, área de corte de hoja, cobertura de parcela, longitud de pecíolo de hoja.
Tasa vegetativa de crecimiento: es la tasa de crecimiento de la planta tal como se define mediante las fórmulas VIII, IX, X y XI Fórmula VIII: Tasa de crecimiento relativa del área de corte de hoja = Coeficiente de regresión del área de hoja con el transcurso del tiempo .
Fórmula IX: Tasa de crecimiento relativa del área de la hoja Coeficiente de regresión del área de hoja con el transcurso del tiempo .
Fórmula X Tasa de crecimiento relativa del diámetro de roseta = Coeficiente de regresión del diámetro de roseta con el transcurso del tiempo.
Fórmula XI Tasa de crecimiento relativa de cobertura de parcela = Coeficiente de regresión de cobertura de parcela con el transcurso del tiempo.
Peso fresco y seco de la planta - Alrededor del dia 40 desde la siembra, se cosecharon las plantas y se pesó directamente para la determinación del peso fresco de la planta (FW) y se dejó secar a 50 DC en una cámara de secado durante alrededor de 48 horas antes de pesar para determinar el peso seco de la planta (DW) .
Análisis estadístico - Para identificar los genes que confieren una EUN significativamente mejorada, se analizaron los resultados obtenidos de las. plantas transgénicas comparados con los obtenidos de las plantas de control. Para identificar los genes y constructos destacados en su comportamiento, se ensayaron separadamente los resultados de los eventos de transformación independientes. Los datos se analizaron mediante la . prueba T de Student y se consideraron como datos significativos si el valor p era inferior a 0,1. Se utilizó el paquete de software estadístico JMP (Versión 5.2.1, SAS Institute Inc., Cary, NC, Estados Unidos).
Resultados experimentales: Los genes presentados en las Tablas 46 y 47, más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada cuando se los desarrolló bajo condiciones de crecimiento con nitrógeno limitado, comparados con las plantas de control. Estos genes produjeron plantas más grandes con mayor capacidad fotosintética cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado.
Las Tablas 46 y 47 ilustran el análisis de biomasa vegetal y área fotosintética (peso fresco, peso seco, diámetro de roseta, área de roseta y cobertura de parcela) cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado (1.5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM KC1, 2 mM CaC12 y microelementos ) en plantas que ' sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) . Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0,1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 46 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleotidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una biomasa vegetal mejorada (peso seco y peso fresco) en condiciones de nitrógeno limitado Peso seco [g Peso fresco |¡ Nombre *1 Evento # % % del gen Promedio Valor-p Promedio Valor-p incremento incremento Control 0,026 0,248 EUN576 9791 ,3 0,431 0,838 6,86 EUN576 9792,4 0,500 0,007 23,89 EUN576 9792,3 0,550 0, 159 36,28 Control 0,404 Tabla 46: Análisis de biomasa vegetal (peso seco y fresco) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan bajo condiciones de nit rógeno limitado (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM KC1, 2 mM CaC12 y microelementos) comparados con las plantas de control.
Tabla 47 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una biomasa vegetal mejorada (diámetro y área de roseta y cobertura de parcela) en condiciones de nitrógeno limitado Nom Diámetro de roseta |cm| Área de roseta [cm2l Cobertura de parcela [%] Even bre del Pro % Prom to # % Prom % Valor-p Valor-p gen Valor-p m. incr. incr. incr.
EUN22 2,04 9851 ,4 1 1 ,81 2,4E-02 48,28 1,477 7,6E-02 1 15,90 7,6E-02 1 15,90 7 0 9 EUN22 1 ,77 9854,2 5,9E-02 29,24 1,070 7,0E-03 56,44 8,564 7,0E-03 56,44 7 8 EUN22 1 ,67 9853,1 9,5E-02 22,03 0,979 ?, ? ?-01 43,09 7,833 1 ,1 E-01 43,09 7 9 EUN22 1 ,55 9851 ,1 2,8E-01 13,03 0,915 2.8E-01 33,71 7,320 7 5 2.8E-01 33,71 EUN22 1 ,88 9852,3 10,38 1.7E-01 37,33 1 ,298 1 ,8E-01 89,71 1 ,8E-01 89,71 7 9 6 1 ,37 Control 0,684 5,474 6 Nom Diámetro de roseta [cm] Área de roseta [cm2] Cobertura de parcela |%1 Even re del Pro % Prom % Prom % to# Valor-p Valor-p Valor-p gen m. incr. incr. incr.
EUN23 10173, 1,77 1,9E-01 7,66 1,080 3.2E-01 16,76 7,559 7,1E-01 5,15 3 5 8 1,65 Control 0,925 7,189 1 EUN25 10061, 1,99 10,66 2.6E-03 20,56 1,333 2,7E-02 44,13 2,0E-02 48,34 6 1 1 4 1,65 Control 0,925 7,189 1 EUN51 1,47 9284,2 7,1E-01 7,21 0,794 7,0E-01 15,97 6,349 7,0E-01 15,97 2 5 EUN51 1,58 9283,1 1,8E-01 14,91 0,916 2,6E-02 33,86 7,328 2,6E-02 33,86 2 1 EUN51 1,39 9284,3 9,0E-01 1,41 0,719 8,2E-01 5,14 5,755 8,2E-01 5,14 2 5 EUN51 1,58 9282,3 2.6E-01 15,43 0,928 6,3E-02 35,67 7,427 6,3E-02 35,67 2 8 EUN51 1,41 9283,3 8,2E-01 2,50 0,789 3,9E-01 15,37 6,315 3,9E-01 15,37 2 0 EUN51 1,52 9281,3 3,8E-01 10,94 0,824 4,1E-01 20,42 6,236 6,5E-01 13,91 2 6 1,37 Control 0,684 5,474 6 EUN51 1,58 9403,5 5,6E-01 14,93 0,901 5,4E-01 31,69 7,209 5.4E-01 31,69 4 1 EUN51 1,60 9404,4 2,3E-01 16,92 0,930 2,0E-01 35,86 6,923 2,2E-02 26,47 4 8 EUN51 1,99 11,15 9402,2 1,8E-01 45,07 1,395 1,5E-01 103,85 1,5E-01 103,85 4 6 9 EUN51 1,86 9402,5 3,2E-01 35,21 1,160 3,2E-01 69,52 9,280 3,2E-01 69,52 4 0 EUN51 1,68 9404,5 2,2E-01 22,77 1,006 4,7E-02 47,02 8,048 4,7E-02 47,02 4 9 1,37 Control 0,684 5,474 6 EUN52 1,77 9201,1 l,4E-02 28,89 1,109 ^9,3E-02 62,12 8,875 9.3E-02 62,12 7 3 1,37 Control 0,684 5,474 6 EUN53 10081, 1,75 4,5E-01 6,49 1,043 5,1E-01 12,74 8,342 4,3E-01 16,04 1 5 8 1,65 Control 0,925 7,189 1 EUN53 1,75 9222,4 3,9E-01 27,34 1,056 4,4E-01 54,32 8,448 4.4E-01 54,32 2 2 EUN53 1,66 9222,3 4.6E-04 21,24 1,034 8,3E-05 51,08 8,270 8,3E-05 51,08 2 8 EUN53 1,62 9222,1 3,8E-01 17,95 1,016 2.8E-01 48,52 2 3 8,130 2.8E-01 48,52 EUN53 1,58 9223,3 5.5E-03 15,23 0,902 6,2E-03 31,88 7,219 6,2E-03 31,88 2 5 ELIN53 1,73 9224,4 1.4E-04 25,88 1,060 6.5E-05 54,91 7,941 2,3E-02 2 2 45,06 EUN53 1,89 10,35 9223,5 7.1E-02 38,02 1,294 3.2E-02 89,11 3,2E-02 89,11 2 9 3 1,37 Control 0,684 5,474 6 EUN53 1,69 9086,2 2,2E-01 23,27 0,938 2,2E-01 37,03 7,502 2,2E-01 37,03 5 6 Nom Diámetro de roseta |cm] Area de roseta |cm ] Cobertura de parcela [%] Even bre del Pro % Prom % Prom % to # Valor-p Valor-p Valor-p gen m. incr. incr. incr.
EUN53 1 ,46 9084,2 6,4E-01 6,35 0,827 4,3E-01 20,92 6,620 4,3E-01 20,92 5 3 EUN53 1 ,52 9081 ,1 3,3E-01 10,57 0,823 3,0E-01 20,21 6,581 3,0E-01 20,21 5 1 EUN53 1 ,43 9082,1 5,6E-01 4, 10 0,742 3,8E-01 8,46 5,938 3,8E-01 8,46 5 2 1,37 Control 0,684 5,474 6 EUN53 1 ,50 9391 ,1 5,2E-01 9,24 0,807 3,8E-01 17,86 6,452 3,8E-01 17,86 7 3 EUN53 1,47 9392,2 4,9E-01 7,21 0,851 3,4E-01 24,32 6,806 3,4E-01 24,32 7 5 EUN53 1 ,53 9393,2 8,5E-03 1 1 ,34 0,955 4,l E-04 39,59 7,157 4,5E-02 30,73 7 2 EUN53 1 ,85 9393,1 l ,7E-03 34,95 1,225 7,0E-05 78,96 9,797 7,0E-05 78,96 7 6 EUN53 1 ,42 9392,3 8,3E-01 3,89 0,784 7.3E-01 14,54 6,270 7,3E-01 14,54 7 9 EUN53 1 ,73 9393,3 5,3E-02 26,42 1,092 l,5E-02 59,52 8,733 1.5E-02 59,52 7 9 1,37 Control 0,684 5,474 6 EUN57 1 ,96 10,80 9794,1 1 ,5E-01 18,86 1,350 2,3E-01 45,96 2,1 E-01 50,23 6 3 0 1 ,65 Control 0,925 7,189 1 EUN57 1,41 9791 ,3 8,6E-01 2,94 0,753 7,4E-01 10,01 6,022 7.4E-01 10,01 6 6 EUN57 1,82 9792,4 2,lE-05 32,75 1,204 2,4E-04 75,90 9,629 2,4E-04 75,90 6 6 EUN57 1,91 9792,3 5,4E-06 39,03 1,208 ?,? ?-05 76,46 9,660 1 ,1 ?-05 76,46 6 2 1,37 Control 0,684 5,474 6 Tabla 47: Análisis de biomasa vegetal (diámetro y área de roseta y cobertura de parcela) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) , cuando se desarrollan en condiciones de nitrógeno limitado (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM KC1, 2 mM CaC12 y microelementos) comparados con las plantas de control.
Los genes presentados en la Tabla 48, más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada cuando se los desarrolló bajo condiciones de crecimiento con nitrógeno limitado, comparados con las plantas de control. Estos genes produjeron áreas fotosintéticas más grandes como puede observarse por su mayor cantidad de hojas, área de corte de la hoja y área de peciolo.
La Tabla 48 ilustra el análisis del área fotosintética (cantidad de hojas, área de corte de la hoja y área de peciolo) cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado (l,5.mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM KC1, 2 mM CaC12 y microelementos ) en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención, bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S)). Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0,1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 48 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un área fotosintética mejorada (cantidad de hojas, área de corte de la hoja y área de pecíolo) en condiciones de nitrógeno limitado Longitud del peciolo de la Cantidad de hojas Área de corte de hoja fcm2¡ Nombre Evento hoja fcm¡ del gen # Pro % % % Valor-p Pront. Valor-p Prom. Valor-p m. incr. incr. incr.
EUN227 9851,4 8,56 l,9E-02 16,38 0,24 4,6E-02 108,44 0,38 6,5E-02 69,59 EUN227 9854,2 7,63 1,5E-01 3,64 0, 19 5,8E-03 67,63 0,32 1.2E-04 41 ,44 EUN227 9853,1 7,81 3,5E-02 6,19 0,17 2,2E-01 49,04 0,26 3,8E-02 14,04 EUN227 9851,1 7,69 2,8E-01 4,49 0,16 2,9E-01 35,75 0,24 4,7E-01 5,61 EUN227 9852,3 8,50 2.4E-01 15,53 0,21 1 ,1 E-01 82,96 0,32 4,4E-01 41 ,85 Control 7,36 0,1 1 0,22 EUN233 10173,5 7,79 6,0E-01 2,05 0,19 4,0E-01 15,50 0,26 5.8E-01 8,27 Control 7,63 0,17 0,24 EUN256 10061 ,1 8,13 2,5E-01 6,50 0,23 8,4E-02 39,00 0,31 2,0E-01 30,30 Control 7,63 0,17 0,24 EUN512 9283,1 7,63 2,5E-01 3,64 0, 16 7,0E-02 42,74 0,24 1.2E-01 8,56 EUN512 9284,3 6,88 5,0E-01 -6,55 0,13 4,9E-01 15,53 0,21 8,3E-01 -5,04 EUN512 9282,3 7,38 9,8E-01 0,24 0,16 3,9E-02 41 ,04 0,26 5.5E-01 14,40 EUN512 9283,3 7,56 6.3E-01 2,79 0,13 6, 1 E-01 12,00 0,25 6,2E-02 1 1 ,05 EUN512 9281,3 7,08 7,9E-01 -3,76 0,15 3,8E-02 31,49 0,23 9,9E-01 0,30 Control 7,36 0,1 1 0,22 ELN514 9403,5 7,31 8,7E-01 -0,61 0, 16 5,0E-01 35,23 0,28 4.7E-01 25,62 EUN514 9404,4 8,04 4,1 E-01 9,22 0, 14 1,2E-01 25,05 0,26 1.1 E-02 17,01 EUN514 9402,2 8,75 2,5E-01 18,93 0,22 1,4E-01 89,22 0,35 3,1 E-01 55,03 EUN514 9402,5 8,38 2,7E-01 13,83 0, 19 3.3E-01 63,94 0,32 3.1 E-01 42,26 EUN514 9404,5 8,56 ? ,??-01 16,38 0,16 3,9E-02 37,00 0,30 3,7E-01 31 ,67 Control 7,36 0, 1 1 0,22 EUN527 9201 ,1 8,19 2,0E-03 1 1 ,29 0, 17 1,3E-01 49,68 0,33 l,7E-03 45,43 EUN527 9201,2 6,94 6,5E-01 -5,70 0,12 5,8E-01 7,58 0,22 9.3E-01 -1 ,31 Control 7,36 0,1 1 0,22 EUN531 10082,2 8,24 7,l E-02 7,98 0,15 2.3E-01 -12,84 0,27 3.9E-01 13,71 EUN531 10081,5 8,31 4.4E-02 8,95 0, 17 9.4E-01 1 ,15 0,27 3,2E-02 15,99 Control 7,63 0, 17 0,24 EUN532 9222,4 7,56 8,4E-01 2,79 0,17 4,2E-01 51,79 0,30 4, 1E-01 32,08 EUN532 9222,3 8,31 3,5E-02 12,99 0,16 2,5E-05 41,75 0,29 1,5 E-03 30,67 EUN532 9222,1 7,94 ?, ? ?-01 7,89 0,16 2,6E-01 40,64 0,27 5,0E-01 21 ,12 EUN532 9223,3 7,31 9,4E-01 -0,61 0, 15 2,6E-01 32,70 0,28 1 ,5 E-03 26,20 EUN532 9224,4 8,27 l ,3E-03 12,38 0,16 3,4E-02 41 ,63 0,32 6,8E-02 43,77 EÜN532 9223,5 8,25 9,8E-02 12,14 0,20 l ,5E-02 72,88 0,35 1.5E-02 58,06 Control 7,36 0,1 1 0,22 EUN535 9086,2 7,75 5.7E-01 5,34 0,16 2,0E-01 37,02 0,34 2, 1 E-01 52,44 EUN535 9084,2 6,88 4.0E-01 -6,55 0,15 2,4E-01 28,20 0,23 8.7E-01 2,43 EUN535 9081 ,1 8,31 I .4E-01 12,99 0,13 4.7E-01 12,91 0,28 2.6E-03 25,65 EUN535 9082,1 7,25 6,2E-01 -1,46 0,13 2,5E-02 12,04 0,26 4,5E-01 14,26 Control 7,36 0,11 0,22 EUN537 9391 ,1 7,81 4,8E-01 6,19 0, 14 2,6E-01 23,28 0,25 5.7E-01 1 1 ,88 EUN537 9392,2 7,31 9,4E-01 -0,61 0, 14 2,9E-01 25,68 0,26 4,1E-01 14,53 EUN537 9393,2 7,56 7.2E-01 2,79 0,15 2,2E-02 33,42 0,24 5.1E-01 4,72 EUN537 9393,1 8,63 1.7E-03 17,23 0,19 4,6E-02 69,46 0,34 4.7E-04 52,73 EUN537 9392,3 7,19 8.5E-01 -2,31 0,13 7.3E-01 10,02 0,25 7.4E-01 1 1 ,68 EUN537 9393,3 8,00 4.8E-01 8,74 0, 18 2,6E-02 56,70 0,30 3.1E-04 33,39 Control 7,36 0,11 0,22 EUN576 9794,1 8, 13 5,7E-01 6,50 0,24 1.4E-01 42,20 0,30 5,0E-01 28,80 Control 7,63 0, 17 0,24 EUN576 9791 ,3 7,00 6.7E-01 -4,85 0, 13 6,3E-01 15,21 0,24 8,0E-01 7,24 EUN576 9792,4 8,75 1 , 1 E-03 18,93 0, 18 l ,4E-04 55,06 0,35 2,8E-02 56,82 EUN576 9792,3 8,06 2.1 E-01 9,59 0,20 2,9E-05 71,82 0,34 9,6E-04 52,50 Control 7,36 0,1 1 0,22 Tabla 48: Análisis del área fotosintética (cantidad de hojas, área de corte de la hoja y área de pecilo) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan bajo condiciones de nitrógeno limitado (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM KC1, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control .
Los genes presentados en la Tabla 49, más adelante, tienen una mejorada tasa de crecimiento vegetal cuando se desarrollan a niveles de fertilización de nitrógeno limitado. Estos genes mejoraron la tasa de crecimiento de la roseta y cubrieron más rápidamente el suelo cuando se los desarrolló bajo condiciones de crecimiento con nitrógeno limitado, comparados con las plantas de control. Estos genes produjeron plantas de crecimiento más rápido demostrando una major utilización del nitrógeno presente.
La Tabla 49 ilustra el análisis de la tasa de crecimiento del diámetro de roseta, área de roseta, área de corte de la hoja, cantidad de hojas y cobertura de parcela, cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno y bajo condiciones de nitrógeno limitado (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM KC1, 2 mM CaC12 y microelementos) en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S). Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0,1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 49 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado rendimiento del crecimiento de roseta (RGR del área y diámetro de roseta y cobertura de parcela) en condiciones de nitrógeno limitado RGR del Diámetro de RGR del Cobertura de RGR del Area de roseta Nombre Evento roseta parcela del gen # Prom. Valor-p % % incr. Prom. Valor-p Prom. Valor-p % incr. incr.
EUN527 9201,1 0,131 l,5E-02 56,83 0,146 3.8E-01 11,45 1,048 1.5E-02 56,83 Control 0,084 0,131 0,668 EUN532 9222,4 0,132 3,4E-02 58,62 0,1 7 4,2E-02 34,79 1,060 3,4E-02 58,62 EUN532 9222,3 0,124 2,7E-02 48,99 0,148 3,2E-01 12,66 0,995 2,7E-02 48,99 EUN532 9222,1 0,124 3,9E-02 48,48 0,153 2,5 E-01 16,37 0,992 3.9E-02 48,48 EUN532 9223,3 0,106 2.0E-01 26,75 0,135 8,3 E-01 2,62 0,847 2,0E-01 26,75 EUN532 9224,4 0,132 9,5E-03 58,37 0,159 1,0E-01 21,08 0,991 2,7E-02 48,37 EUN532 9223,5 0,162 l,4E-04 94,31 0,169 3,4E-02 28,67 1,298 1.4E-04 94,31 Control 0,084 0,131 0,668 EUN535 9086,2 0,118 6,7E-02 40,98 0,169 3,7E-02 28,72 0,942 6,7E-02 40,98 EUN535 9084,2 0,103 2,6E-01 23,65 0,138 7.0E-01 4,93 0,826 2.6E-01 23,65 EUN535 9081,1 0,101 3,1 E-01 20,62 0,137 7,2E-01 4,66 0,806 3,1 E-01 20,62 Control 0,084 0,131 0,668 EUN537 9391,1 0,101 3.0E-01 20,89 0,143 5,1 E-01 8,62 0,808 3,0E-01 20,89 EUN537 9392,2 0,107 1,9 E-01 27,77 0,142 5,0E-01 8,29 0,854 l,9E-01 27,77 EUN537 9393,2 0,120 4,4E-02 43,18 0,135 8,3 E-01 2,61 0,894 1,1E-01 33,89 EUN537 9393,1 0,156 5,lE-04 86,73 0,198 2,4E-04 50,58 1,247 5.1E-04 86,73 EUN537 9392,3 0,101 3,8E-01 20,36 0,140 6,6E-01 6,28 0,804 3.8E-01 20,36 EUN537 9393,3 0,133 ?,??-02 59,56 0,162 7,9E-02 23,54 1,066 ?,??-02 59,56 Control 0,084 0,131 0,668 EUN576 9793,4 0,163 ?,??-01 37,49 0,157 5,5 E-01 11,44 1,139 3.0E-01 23,91 EUN576 9792,4 0,139 2,6E-01 17,71 0,167 2.7E-01 18,29 1,047 4.2E-01 13,98 EUN576 9794,1 0,168 1.7E-02 41,95 0,161 4,0E-01 14,09 1,343 1.6E-02 46,20 Control 0,118 0,141 0,919 EUN576 9792,4 0,150 8.5E-04 79,96 0,162 6,5E-02 23.36 1,202 8.5E-04 79,96 EUN576 9792,3 0,149 I.2E-03 78,96 0,177 1.3E-02 34,59 1,196 l,2E-03 78,96 EUN576 9794,1 0,095 5,1 E-01 14,23 0,145 4.7E-01 10,57 0,763 5,1 E-01 14,23 EUN576 9793,3 0,104 2.4E-01 24,59 0,140 6,4 E-01 6,33 0,771 4.4E-01 15,45 Control 0,084 0,131 0,668 Tabla 49: Análisis del rendimiento del crecimiento de roseta (RGR del área y diámetro de roseta y cobertura de parcela) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior), bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) , cuando se desarrollan en condiciones limitadas de nitrógeno (1,5 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 3,6 mM KC1, 2 mM CaC12 y microelementos) comparados con las plantas de control.
Los genes presentados en las Tablas 50 y 51, más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada cuando se desarrollaron en condiciones estándar de crecimiento con nitrógeno, comparados con las plantas de control. Estos genes produjeron plantas más grandes con un área fotosintética mayor cuando se desarrollaron en condiciones estándar de crecimiento con nitrógeno, comparados con las plantas de control.
Las Tablas 50 y 51 ilustran el análisis de biomasa vegetal (peso fresco, peso seco, diámetro de roseta, área de roseta y cobertura de parcela) cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno (6 m KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos ) en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) ) . Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0,1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 50 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una biomasa vegetal mejorada (peso seco y peso fresco) en condiciones de nitrógeno limitado Nombre del gen \ Evento # Peso seco Peso fresco Prom. Valor-p % incremento Prom. Valor-p % incremento EUN227 9851,4 0,170 1,8E-01 18,41 1,631 2, 1 E-01 12,64 EUN227 9854,2 0,163 1.7E-01 13,18 1,744 2,lE-02 20,41 EUN227 9853,1 0,202 2,1E-01 40,61 2,019 l,9E-02 39,40 EUN227 9852,3 0,199 2.6E-01 38,87 1,794 3.7E-01 23,86 Control 0,144 1,448 EUN233 10174,3 0,128 1,3E-01 21,58 1,206 l,0E-Ol 19,80 EUN233 10173,7 0,143 l,4E-02 36,31 1,210 3,8E-01 20,15 Control 0,105 1,007 EUN256 10063,4 0,139 4,0E-01 32,65 1,363 1,6E-01 35,31 EUN256 10061,3 0,118 5,8E-01 12,64 1,025 9.2E-01 1,80 Control 0,105 1,007 EUN512 9282,3 0,177 2.0E-01 23,20 1 ,881 2,8E-03 29,90 Control 0,144 1,448 EUNS14 9403,5 0,168 2,3E-02 17,10 1,556 5,9E-01 7,46 EUN514 9402,2 0,161 2,2E-01 11,88 1,769 3,7E-02 22,13 EUN514 9404,5 0,153 5,0E-01 6,65 1,531 3, 9 E-01 5,73 EUN514 9402,5 0,171 1,7E-01 19,28 1,488 7,3E-01 2,71 Control 0,144 1,448 EUN531 10081,5 0,115 5,2E-01 10,00 1,086 5,9E-01 7,83 Control 0,105 1,007 EUN532 9222,4 0,175 4,9E-01 21,89 1,750 3, 4 E-01 20,84 EUN532 9223,3 0,156 2,3E-01 8,83 1,556 2,8E-01 7,46 EUN532 9223,5 0,164 4,4E-01 14,05 1,669 5,3E-02 15,23 Control 0,144 1,448 EUN537 9391,1 0,178 1,3E-01 24,07 1,669 4,8E-02 15,23 EUN537 9393,1 0,168 2,4E-01 16,92 1,743 3,2E-02 20,35 Control 0,144 1,448 Tabla 50: Análisis de biomasa vegetal (peso seco y peso fresco) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) , cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno (6 mM KN03, 1 inM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos) comparados con las plantas de control. " Prom." = promedio.
Tabla 51 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben una biomasa vegetal mejorada (diámetro y área de roseta y cobertura de parcela) en condiciones estándar de nitrógeno Tabla 51: Análisis de biomasa vegetal (diámetro y área de roseta y cobertura de parcela) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) , cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno (6 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos ) comparados con las plantas de control. "Incr." = incremento; " Prom. " = promedio .
Los genes presentados en la Tabla 52, más adelante, tienen una EUN vegetal mejorada cuando se desarrollaron en condiciones estándar de crecimiento con nitrógeno, comparados con las plantas de control. Estos genes produjeron áreas fotosintéticas más grandes como se puede observar por su mayor cantidad de hojas, área de corte de la hoja y área de peciolo, comparados con las plantas de control.
La Tabla 52 ilustra el análisis del área fotosintética de la planta (cantidad de hojas y área de pecilo) cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno (6 mM KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos) en plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S)). Se realizó la evaluación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos. El evento con valor-p < 0,1 fue considerado estadísticamente significativo.
Tabla 52 Las plantas transgénicas ,que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben áreas fotosintéticas mejoradas (área de corte de la hoja y longitud del pecíolo de la hoja) en condiciones de crecimiento con nitrógeno estándar Tabla 52: Análisis áreas fotosintéticas (área de corte la hoja y 'longitud pecíolo de la hoja) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan en condiciones estándar de nitrógeno (6 m KN03, 1 mM KH2P04, 1 mM MgS04, 2 mM CaC12 y microelementos) comparados con las plantas de control. " Prom. " = promedio.
EJEMPLO 8 EVALUACIÓN DEL DESARROLLO DE PLANTAS TRANSGÉNICAS EN CONDICIONES DE ESTRÉS ABIÓTICO Una de las consecuencias de la sequía es la inducción de estrés osmótico en el área que rodea las raíces; por lo tanto, en muchos estudios científicos, se utiliza PEG (por ejemplo, 1,5 % PEG8000) para simular las condiciones de estrés osmótico que simulan la elevada osmolaridad encontrada durante el estrés por sequía.
Ensayo 1: Ensayo de tolerancia al estrés abiótico en condiciones de cultivo tisular - Se evaluó el desarrollo de la planta en condiciones de salinidad (150 mM NaCl) o estrés osmótico [poli (etilén glicol) (PEG)] en un cultivo tisular.
Se siembran semillas esterilizadas en superficie en un medio basal [medio de Murashige-Skoog 50 % (MS) suplementado con agar para tejidos vegetales al 0,8 % como agente solidificante] en presencia de kanamicina (para seleccionar sólo las plantas transgénicas) . Después de sembrar, se transfirieron las placas durante 2-3 días para estratificación a 4 °C y luego se desarrollaron a 25 °C bajo ciclos diarios de 12 horas de luz, 12 horas de oscuridad durante 7 a 10 días. En este momento, se transfieren cuidadosamente plántulas elegidas aleatoriamente a las placas que contienen 150 mM o 1,5 % PEG: 0,5 medio MS o condiciones de Crecimiento Normal (0,5 medio MS) . Cada placa contenia 5 -plántulas del mismo evento transgénico, y habla 3-4 placas diferentes (replicados) para cada evento. Para cada polinucleótido de la invención, se analizaron al menos cuatro eventos diferentes de transformación de cada constructo. Las plantas que expresan a los polinucleótidos de la invención, se compararon con la medición porcentual de las plantas de control (vector vacio o gen reportero GUS bajo el mismo promotor) utilizada en el mismo experimento.
Captura de imágenes digitales - Para capturar imágenes de los plantines sembrados en placas de agar, se utilizó un sistema de adquisición de imágenes de laboratorio que consiste en una cámara réflex digital (Canon EOS 300D) , con una lente de longitud focal 55 mm (Canon Serie EF-S), montada en un dispositivo de reproducción (Kaiser RS) , que incluía 4 unidades de luz (bombilla de luz 4x150 Vatios) y ubicada en un cuarto oscuro .
Se utilizó un sistema de análisis de imágenes que consistía en una computadora personal de escritorio (procesador Intel P4 3.0 GHz) y un programa de dominio público - ImageJ 1.39 [Programa para procesamiento de imágenes basado en Java que fue desarrollado en U.S. National Institutes of Health y disponible gratis en internet en Hypertext Transfer Protocol : //rsbweb (punto) nih (punto) gov/]. Las imágenes se capturaron en una resolución de 10 Mega Pixeles (3888 x 2592 pixeles) y se almacenó en un formato JPEG de baja compresión (estándar Joint Photographic Experts Group) . Luego, los datos analizados se guardaron en archivos de texto y se procesaron usando software para análisis estadístico JMP (Instituto SAS).
Análisis de plántulas - Se calcularon los datos del análisis digital de plántulas incluyendo área de hoja, cobertura de raíz y longitud de raíz.
La tasa de crecimiento relativo para los diversos parámetros de la plántula se calculó de acuerdo con las fórmulas V, VI y VII, como se describió anteriormente.
Fórmula V: Tasa de crecimiento relativa de área de hoja = Coeficiente de regresión de área de hoja con el transcurso del tiempo.
Fórmula VI: Tasa de crecimiento relativa de cobertura de raíz= Coeficiente de regresión de cobertura de raíz con el transcurso del tiempo.
Fórmula VII: Tasa de crecimiento relativa de longitud de raíz Coeficiente de regresión de cobertura de raiz con el transcurso del tiempo.
Al final del experimento, se retiraron las plántulas del medio y se pesaron para determinar el peso fresco de la planta. Luego se secaron las plántulas durante 24 horas a 60 °C y se pesaron otra vez para medir el peso seco de la planta para un posterior análisis estadístico. Se determinó la tasa de crecimiento comparando la cobertura de área de hoja, cobertura de raíz y longitud de raíz, entre cada par de fotografías secuenciales y se utilizaron los resultados para resolver ' el efecto del gen introducido sobre el vigor de la planta bajo estrés osmótico así como también, en condiciones óptimas. De manera similar, el efecto del gen introducido sobre la acumulación de biomasa, bajo estrés osmótico así como también en condiciones óptimas, se determinó comparando el peso fresco y seco de las plantas con el de las plantas de control (que contienen un vector vacío o el gen reportero GUS bajo el mismo promotor) . De cada constructo creado, se examinaron 3-5 eventos de transformación independientes en replicados.
Análisis estadístico - Para identificar genes que confieren una tolerancia significativamente mejorada al estrés abiótico o arquitectura agrandada de raíz, se compararon los resultados obtenidos de las plantas transgénicas con aquellos obtenidos de las plantas de control. Para identificar los genes y constructos con mayor rendimiento, se analizaron separadamente los resultados probados de los eventos de transformación independiente. Para evaluar el efecto de un evento génico con respecto a los datos de control, se analizaron mediante la prueba T de Student y se calculó el valor p. Los resultados fueron considerados significativos si p = 0,1. Se utilizó el paquete de software estadístico JMP (Versión 5.2.1, SAS Institute Inc., Cary, NC, Estados Unidos).
Resultados experimentales: Los genes presentados en las Tablas 53, 54 y 55, más adelante, tienen una (tolerancia al estrés abiótico) mejorada cuando se desarrollan en niveles de elevada concentración de salinidad, comparados con las plantas de control. Los resultados demostraron que los genes tmabién mejoraron el rendimiento de la planta en condiciones de no-salinidad.
Las Tablas 53, 54 y 55 ilustran los análisis de rendimiento de la planta (área de hojas y raíces) en condiciones normales (0 mM NaCl) o de elevada salinidad (150 mM NaCl) de plantas que sobreexpresan los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) . Se realizó la evalulación de cada gen realizando el ensayo de rendimiento de varios eventos. Algunos de los genes fueron evaluados con más de un ensayo de cultivo tisular y se repitieron los resultados obtenidos.- El evento con valor-p < 0,1 fue considerado estadísticamente significativo .
Tabla 53 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado rendimiento de la planta (área de hojas y raices) en condiciones normales (estándar) Tabla 53: Análisis del rendimiento de la planta (área de hojas y de raices) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) , bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) , cuando se desarrollan en condiciones estándar (0 mM NaCl) comparados con las plantas de control.
Tabla 54 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado rendimiento de la planta (área de hojas) bajo estés salino Area de hojas fcm2/ Nombre del gen Evento Tratamiento Promedio Estadística % incremento 150 m NaCl CT81 4991 ,1 0,25 A 27,57 150 mM NaCl CT81 4995,1 0,21 B 3,74 Area de hojas fcm2/ Nombre del gen Evento Tratamiento Promedio Estadística % incremento 150 m NaCl CT81 4993,1 0,20 B 2,09 150 mM NaCl Control 4543,3 0,20 B Tabla 54: Análisis de rendimiento de la planta (área de hojas) de las plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior), bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S), cuando se desarrollan en condiciones de salinidad (150 mM NaCl) comparados con las plantas de control.
Tabla 55 Las plantas transgénicas que expresan exógenamente los polinucleótidos de algunas realizaciones de la invención exhiben un mejorado rendimiento de la planta (área de raices) en condiciones de salinidad Table 55: Análisis de rendimiento de la planta (área de raices) of plantas transgénicas que sobreexpresan los polinucleótidos exógenos de algunas realizaciones de la invención (usando los genes clonados o sintéticos enumerados en la Tabla 23 anterior) bajo la regulación de un promotor constitutivo (35S) cuando se desarrollan en condiciones de salinidad (150 mM NaCl) comparados con las plantas de control.
Si bien la invención ha sido descripta junto con sus realizaciones especificas, es evidente que serán obvias para el experto en el arte, muchas alternativas, modificaciones y variaciones. De esta forma, se pretende incluir todas dichas alternativas, modificaciones y variaciones que están dentro del espíritu y amplio alcance de las reivindicaciones anexas.
Todas las publicaciones, patentes y solicitudes de patentes mencionadas en esta especificación, se incorporan aquí completas como referencia en la memoria descriptiva, como si cada publicación, patente o solicitud de patente hubiera sido específica e individualmente indicada para ser incorporada aquí como referencia. Además, no debe considerarse cada cita o identificación de cualquier referencia de esta solicitud como el reconocimiento de que dicha referencia está disponible en el arte previo de la invención. Hasta el grado en que se utilizan, los títulos de sección no deben ser necesariamente considerados limitantes .

Claims (15)

REIVINDICACIONES
1. Un método para incrementar la eficiencia de uso de nitrógeno, eficiencia de uso de fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta, caracterizado porque comprende expresar dentro de la planta un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido por lo menos 80% idéntica a SEQ ID NO:2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2562 o 2563, para de esta manera incrementar la eficiencia de uso de nitrógeno, eficiencia de uso de fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de la planta .
2. Un método para incrementar la eficiencia de uso de nitrógeno, eficiencia de uso de fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta, caracterizado porque comprende expresar dentro de la planta un polinucleótido exógeno que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionada del grupo que consiste de SEQ ID NOs:2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365- 1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563, 138-143, 146, 148, 150-152, 157, 162, 198, 265, 1334-1350, 1352-1364, 1426-1428, 1458, 1460, 1732-1734, 1737-1738, 2523-2532, 2542 y 2543, para de esta manera incrementar la eficiencia de uso de nitrógeno, eficiencia de uso de fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de la planta.
3. El método de conformidad con la reivindicación 1 o 2, caracterizado porque el polinucleótido exógeno comprende una secuencia de ácido nucleico por lo menos 80% idéntica a SEQ ID NO:2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2521 o 2522.
4. El método de conformidad con la reivindicación 1 o 2, caracterizado porque el polinucleótido exógeno comprende la secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de SEQ ID NOs:2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522, 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 20, 61, 62, 129, 288, 294, 307, 363, 667, 668, 669, 670, 672, 2398-2413, 2456 y 2457.
5. Un polinucleótido aislado, caracterizado porque comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos por lo menos 80% homologa a la secuencia de aminoácidos expuesta en SEQ ID NO:2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2562 o 2563, en donde la secuencia de aminoácidos es capaz de incrementar la eficiencia de uso de nitrógeno, eficiencia de uso de fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta.
6. Un polinucleótido aislado, caracterizado porque comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de SEQ ID NOs:2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563, 138-143, 146, 148, 150-152, 157, 162, 198, 265, 1334-1350, 1352-1364, 1426-1428, 1458, 1460, 1732-1734, 1737-1738, 2523-2532, 2542 y 2543.
7. El polinucleótido aislado de conformidad con la reivindicación 5 o 6, caracterizado porque la secuencia de ácido nucleico es por lo menos 80% idéntica a SEQ ID NO:2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21- 60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2521 o 2522.
8. El polinucleótido aislado de conformidad con la reivindicación 5 o 6, caracterizado porque la secuencia de ácido nucleico se selecciona del qrupo que consiste de SEQ ID NOs:2506, 2512, 2442, 2496, 2446, 1, 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13, 16-19, 21-60, 63-128, 130-137, 270-287, 289-293, 295-306, 308-362, 364-666, 671, 673-1333, 2414-2441, 2443-2445, 2447-2455, 2458-2495, 2497-2505, 2507-2511, 2513-2522, 3, 5, 6, 9, 10, 14, 15, 20, 61, 62, 129, 288, 294, 307, 363, 667, 668, 669, 670, 672, 2398-2413, 2456 y 2457.
9. Un constructo de ácido nucleico, caracterizado porque comprende el polinucleótido aislado de la reivindicación 5, 6, 7 u 8 y un promotor para dirigir la transcripción de la secuencia de ácido nucleico en una célula hospedera.
10. Un polipéptido aislado, caracterizado porque comprende una secuencia de aminoácidos por lo menos 80% homologa a SEQ ID NO:2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2562 o 2563 en donde la secuencia de aminoácidos es capaz de incrementar la eficiencia de uso de nitrógeno, eficiencia de uso de fertilizante, rendimiento, tasa de crecimiento, vigor, biomasa, contenido de aceite y/o tolerancia al estrés abiótico de una planta.
11. Un polipéptido aislado, caracterizado porque comprende la secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de SEQ ID NOs:2557, 2560, 184, 238, 188, 154-156, 158-161, 163-183, 185-187, 189-197, 200-237, 239-264, 266-269, 1351, 1365-1425, 1429-1457, 1459, 1461-1730, 1735, 1739-2397, 2533-2541, 2544-2556, 2558, 2559, 2561-2563, 138-143, 146, 148, 150-152, 157, 162, 198, 265, 1334-1350, 1352-1364, 1426-1428, 1458, 1460, 1732-1734, 1737-1738, 2523-2532, 2542 y 2543.
12. Una célula de planta, caracterizada porque expresa exógenamente el polinucleótido de la reivindicación 5, 6, 7 u 8, el constructo de ácido nucleico de la reivindicación 9 o el polipéptido de la reivindicación 10 u 11.
13. La célula de planta de conformidad con la reivindicación 12, caracterizada porque la célula de planta forma parte de una planta.
14. El método de conformidad con la reivindicación 1, 2 , 3 o 4, caracterizado porque además comprende cultivar la planta que expresa el polinucleótido exógeno bajo estrés abiótico.
15. El método de conformidad con la reivindicación 1, 2, 3, 4 o 14, el polinucleótido aislado de la reivindicación 5, el constructo^ de ácido nucleico de la reivindicación 9, el polipéptido aislado de la reivindicación 10, o la célula de planta de la reivindicación 12, caracterizado porque el estrés abiótico se selecciona del grupo que consiste de salinidad, sequía, privación de agua, inundación, etiolación, baj temperatura, alta temperatura, toxicidad con metales pesados anaerobiosis, deficiencia de nutrientes, exceso de nutrientes contaminación atmosférica e irradiación UV.
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