MX2007007537A - Plantas que tienen rendimiento incrementado y metodo para crear las mismas - Google Patents
Plantas que tienen rendimiento incrementado y metodo para crear las mismasInfo
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Abstract
La presente invención se refiere a un método para incrementar el rendimiento de plantas en plantas desarrolladas bajo condiciones sin estrés, incrementando preferiblemente la actividad en un plastido de un polipéptido de EFTu o un homologo del mismo. Uno de dichos métodos comprende introducir en una planta unácido nucleico de EFTu o variante del mismo. La invención también se refiere a plantas transgénicas que tienen introducido en las mismas unácido nucleico de EFTu o variante del mismo, dichas plantas tienen rendimiento incrementado, particularmente rendimiento incrementando de semillas, en relación con las plantas de tipo silvestre correspondientes. La presente invención se refiere también a construccionesútiles en los métodos de la invención.
Description
PLANTAS QUE TIENEN RENDIMIENTO INCREMENTADO Y MÉTODO PARA CREAR LAS MISMAS
La presente invención se refiere generalmente al campo de biología molecular y se refiere a un método para incrementar el rendimiento de plantas en una planta relativa a plantas tipo silvestre correspondientes. Más específicamente, la presente invención se refiere a un método para incrementar el rendimiento de plantas bajo condiciones sin estrés incrementando preferiblemente la actividad en un plástido de un EFTu o un homólogo del mismo. La presente invención también se refiere a plantas que tienen actividad en un plástido de un EFTu o un homologo del mismo, dichas plantas tienen rendimiento incrementado bajo condiciones sin estrés en correspondencia con plantas tipo silvestre bajo condiciones comparables. La invención también provee construcciones útiles en los métodos de la invención. La población mundial siempre creciente y el suministro debilitado de la tierra cultivable disponible para la investigación agrícola de combustible para la agricultura para mejorar la eficiencia de la agricultura. Los medios convencionales para mejoras en cultivos y hortícolas utilizan técnicas de reproducción para identificar plantas que tienen características convenientes. Sin embargo, dichas técnicas de reproducción selectivas tienen varios inconvenientes, a saber, esta técnicas normalmente son de mano de obra intensivas y dan como resultado plantas que con frecuencia contienen componentes genéticos heterogéneos que no siempre dan como resultado que se pasen los rasgos convenientes de las plantas madres. Los avances en biología molecular han permitido que el hombre modifique el plasma germinal de animales y plantas. La ingeniería genética de plantas implica el aislamiento y manipulación de material genético (normalmente en forma de ADN o ARN) y la introducción subsiguiente de dicho material genético en una planta. Dicha tecnología tiene la capacidad de suministrar cultivos o plantas que tienen varios rasgos económicos, agronómicos u hortícolas mejorados, üna característica de interés económico particular es la producción. La producción se define normalmente como la producción que puede medirse de valor económico de un cultivo. Esto se puede definir en términos de cantidad y/o calidad. El rendimiento depende directamente de varios factores, por ejemplo, el número y tamaño de los órganos, arquitectura de la planta, (por ejemplo, el número de ramas), producción de semillas y más. El desarrollo de raíces, absorción de nutrientes y tolerancia a la tensión también pueden ser factores importantes para determinar el rendimiento. Además, las semillas de plantas son una fuente importante de nutrición humana y animal. Los cultivos tales como maíz, arroz, trigo, cañóla y soya cuentan para más de la mitad del consumo calórico humano total, aunque sea a través del consumo directo de las propias semillas o a través del consumo de productos de carne originados en semillas procesadas. También son una fuente de azúcares, aceites y muchas clases de metabolitos usados en procesos industriales . Las semillas contienen un embrión, la fuente de nuevos brotes y raices después' de la germinación y un endoesperma, la fuente de nutrientes para crecimiento de embriones, durante la germinación y el desarrollo temprano de semilleros. El desarrollo de una semilla implica muchos genes, y requiere la transferencia de metabolitos de raices, hojas y tallos en la semilla de crecimiento. El endoesperma, en particular, asimila los precursores metabólicos de polímeros de carbohidratos, aceites y proteínas y los sintetiza en macromoléculas de almacenamiento para llenar el grano. La capacidad de incrementar el rendimiento de las semillas de plantas, ya sea a través del índice de cultivo incrementado, peso de la semilla de bulbo incrementada mil veces, número de semillas, biomasa de semillas, desarrollo de semillas, relleno de semillas y cualquier otra característica relacionada con semillas podría tener muchas aplicaciones en agricultura, y aun muchos usos agrícolas tales como en la producción biotecnológica de sustancias tales como farmacéuticos, anticuerpos o vacunas.
Ahora se ha encontrado que la actividad preferiblemente creciente en un plástido de un factor de elongación de traslación (EFTun por sus siglas en inglés) da plantas desarrolladas bajo condiciones de rendimiento incrementado sin estrés en relación con las plantas tipo silvestre correspondientes En plantas, la síntesis de proteínas ocurre en tres compartimientos sub-celulares , a saber, el citoplasma, plástidos y mitocondria . Los mecanismos responsables de la síntesis de proteína en el citoplasma, plástidos y mitocondrias son diferentes entre ellos. Las células de plantas, por lo tanto, contienen tres tipos diferentes de ribosomas, tras grupos de ARNs de transferencia (ARNt) , y tres grupos de factores auxiliares para la síntesis de proteínas. Se piensa que los plástidos y mitocondria se han originado a través de la endosimbiosis de organismos procarióticos anteriores. Concordante con esta teoría, la maquinaría sintética de proteínas en plástidos y mitocondrias se relaciona más estrechamente con los sistemas bacterianos que al aparato de traslación en el citoplasma de células de plantas circundante. Los factores de elongación de traslación (EFTu) son componentes esenciales de síntesis de proteínas que juegan un papel en la elongación de polipéptidos . EFTu interactúa con ARNt y transporta en ARNt específico para codones a sitio de aminoacilo en el ribosoma (sitio A ribosomal) durante el paso de elongación de traslación. EFT se codifica en el cloroplasto de eucariotes fotosintéticos inferiores tales como Chlamydomonas y Euglena, mientras que en plantas superiores una transferencia evolutiva de estos genes ocurrió del cloroplasto al núcleo. Varios clones de ADNc que codifican cloroplastos y otros EFTus se han identificado en cierto número de plantas superiores. La solicitud de patente publicada de E.U.A. US 2003/0044972 Al a nombre de Ristic y otros, describe una proteina de choque de calor con alta homología al factor de elongación de cloroplastos EFTu y la expresión temporal y espacial con alta homología de la proteína de choque de calor en un órgano o tejido de planta para aumentar la tolerancia al calor y sequía en órganos reproductivos hembra. Bhadula y otros (Planta (2001) 212: 359-366) muestra las síntesis inducida por estrés por calor de EFTu en una línea de maíz tolerante al calor. Mientras es evidente a partir de lo anterior que EFTu juega un papel protector durante estrés por calor, no es evidente a partir de la técnica anterior que EFTu podría dar cualquier efecto benéfico bajo condiciones de crecimiento sin estrés o normales. Ahora se ha encontrado sorprendentemente que la actividad preferiblemente creciente en un plástido de un EFTu o un homólogo del mismo da plantas desarrolladas bajo rendimiento incrementado de condiciones sin estrés en relación con plantas tipo silvestre desarrolladas bajo condiciones correspondientes . La referencia en la presente a "plantas de tipo silvestre correspondientes" significa cualquier planta o plantas de control adecuadas, la elección de lo cual podría estar dentro de las capacidades de una persona experta en la materia y puede incluir, por ejemplo, plantas tipo silvestre correspondientes o plantas correspondientes sin el gen de interés. Una "planta de control" como se usa en la presente se refiere no solo a plantas completas, pero también a partes de plantas, incluyendo semillas y partes de semillas. La referencia en la presente a "condiciones sin estrés" significa crecimiento/cultivo de una planta en cualquier etapa en su ciclo de vida (de semilla la planta madura y de nuevo a semilla) bajo condiciones de crecimiento normales, que incluyen estrés moderado cada día que encuentra cada planta, pero que no incluyen estrés severo. En condiciones de estrés severo, la planta puede detener todo el crecimiento. El estrés moderado, por otro lado, se define en la presente por cualquier estrés al cual se expone una planta que o da como resultado que la planta deje de crecer en conjunto sin la capacidad de reasumir el crecimiento. Un ejemplo de un estrés severo que se excluye específicamente es a temperaturas por arriba de 35 °C a la sombra medido por un termómetro doméstico en un cobertizo de instrumentos que está lejos de los materiales que pueden absorber calor y afectar una lectura precisa de temperatura del aire. Otro ejemplo de estrés severo que se excluye específicamente es estés por sequía, que se define en la presente como un incremento continuo en el grado de sequedad durante un período de siete días en comparación con una cantidad "normal" o promedio. Dichas cantidades normales o promedio variarán de región a región. De acuerdo con la presente invención, se provee un método para incrementar el rendimiento de plantas bajo condiciones sin estrés en relación con las plantas tipo silvestre correspondientes desarrolladas bajo condiciones comparables, comprendiendo actividad preferiblemente crecientes en un plástido de un polipéptido de EFTu o un homólogo de los mismos. Ventajosamente, el desempeño de los métodos de acuerdo con la presente invención da como resultado plantas que tienen rendimiento de plantas incrementado, rendimiento de semillas especialmente incrementado. El término "rendimiento incrementado" como se define en la presente, significa un incremento en una o más de las siguiente, cada una relativa a las siguiente plantas tipo silvestre correspondientes: (i) biomasa incrementada (peso) de una o más partes de una planta, particularmente partes que están por arriba de la tierra (cosechables) , biomasa de raices incrementada o biomasa incrementada de cualquier otra parte cosechable; (ii) rendimiento de semillas totales, que incluye un incremento en la biomasa de semillas (peso de semillas) y que puede ser un incremento en el peso de semillas por planta o sobre una base de semillas individual; (iii) número incrementado de semillas (rellenas) ; (iv) régimen de relleno incrementado (que es el número de semillas rellenas dividido entre el número total de semillas y multiplicado por 100) ; (v) tamaño de semilla incrementado, lo cual puede influenciar también la composición de semillas; (vi) volumen de semilla incrementado, que también puede influenciar la composición de semillas; (vii) área de semillas individual incrementada; (viii) peso de semilla de núcleo incrementada mil veces (PSM) , que se extrapoló del número de semillas llenas contadas y su peso total. Un PSM incrementado puede resultar de un incremento en tamaño de embrión y/o tamaño de endoesperma. Tomando el maíz como un ejemplo, puede manifestarse un incremento en rendimiento como uno o más de los siguientes: incremento en el número de plantas por hectárea o acre, un incremento en el número de mazorcas por planta, un incremento en el número de hileras, número de semillas por hilera, peso de semillas de núcleo, peso de semillas de núcleo incrementado mil veces, longitud/diámetro de mazorcas, entre otros. Tomando el arroz como un ejemplo, puede manifestarse un incremento en rendimiento por un incremento en uno o más de los siguientes: número de plantas por hectárea o acre, número de panículas por planta, número de espigas por panícula, número de flores por panícula, incremento en el régimen de llenado de semilla, incremento en peso de semillas de núcleo incrementado mil veces, entre otros . Un incremento en rendimiento también puede dar como resultado la arquitectura modificada, o puede presentarse como resultado de arquitectura modificada. De acuerdo con un aspecto preferido, el desempeño de los métodos de acuerdo con la presente invención da como resultado plantas que tienen rendimiento de semillas incrementado. Por lo tanto, de acuerdo con la presente invención, se provee un método para incrementar el rendimiento de emillas de plantas incrementado en plantas desarrolladas bajo condiciones sin estrés, cuyo método comprende actividad preferiblemente creciente en un plástido de un polipéptido de EFTu o un homólogo del mismo. Dado que las plantas transgénicas de acuerdo con la presente invención tienen rendimiento incrementado probablemente estas plantas exhiben un régimen de crecimiento incrementado (durante por lo menos parte de su ciclo de vida) , en relación con el régimen de crecimiento de plantas tipo silvestre correspondientes en una etapa correspondiente en su ciclo de vida. El régimen de crecimiento incrementado puede ser especifico para una o más partes de una planta (incluyendo semillas) o puede ser sustancialmente a través de toda la planta. Una planta que tiene un régimen de crecimiento incrementado puede exhibir floración temprana. El incremento en régimen de crecimiento puede tomar lugar en una o más etapas en el ciclo de vida de una planta o durante sustancialmente todo el ciclo de vida de la planta. El régimen de crecimiento durante las etapas tempranas en el ciclo de vida de una planta puede reflejar vigor incrementado. El incremento en el régimen de crecimiento puede alterar el ciclo de cosecha de una planta permitiendo que las plantas se corten después y/o cosecharse más pronto de lo que de alguna otra manera pudiera ser posible. Si el régimen de crecimiento se incrementa suficientemente, puede permitir que se siembren semillas adicionales de la misma especie de la planta (por ejemplo, sembrando y cosechando plantas de arroz seguido por la siembra y cosecha de plantas de arroz adicionales dentro de un periodo de crecimiento convencional) . Similarmente, si el régimen de crecimiento e incrementa lo suficiente, puede permitir la siembra adicional de semillas de diferentes especies de plantas (por ejemplo, la siembra y cosecha de plantas de arroz seguido por, por ejemplo, la siembra y cosecha opcional de soya, papas o cualquier otra planta adecuada) . Los tiempos de cosecha adicionales del mismo rizoma en el caso de algunas plantas también pueden ser posibles . La alteración del ciclo de cosecha de una planta puede conducir a un incremento en producción de biomasa anual por acre (debido a un incremento en el número de veces (es decir en un año) que cualquier planta particular puede desarrollarse y cosecharse) . Un incremento en régimen de crecimiento también puede permitir el cultivo de plantas transgénicas en un área geográfica más amplia que sus contrapartes de tipo silvestre, dado que los limites territoriales para el desarrollo de un cultivo con frecuencia se determinan por condiciones ambientales adversas después del tiempo de plantación (temporada temprana) o en el momento de cosecha (temporada tardía) . Dichas condiciones adversas pueden evitarse si se acorta el ciclo de cosecha. El régimen de crecimiento se puede determinar derivando varios parámetros de curvas de crecimiento graficando experimentos de crecimiento, dichos parámetros pueden ser: T-Mid (el tiempo que las plantas se tarda en alcanzar el 50% de su tamaño máximo) y T-90 (tiempo que tardan las plantas para alcanzar 90% de su tamaño máximo), entre otros. El desempeño de los métodos de la invención da plantas que tienen un régimen de crecimiento incrementado. Por lo tanto, de acuerdo con la presente invención, se provee un método para incrementar el régimen de crecimiento de plantas desarrolladas bajo condiciones sin estrés, dicho método comprende preferiblemente actividad creciente en un plástido de un polipéptido similar a EFTU o un homólogo del mismo . Las características de crecimiento mencionadas antes pueden modificarse venta osamente en alguna planta. El término "planta" como se usa en la presente abarca plantas completas, ancestras y progenies de las plantas y partes de plantas (tales como célula, semillas brotes, tallos, hojas, raíces, flores y tubérculos de plantas), tejidos y órganos, en donde cada uno de los mencionados antes comprende el gen/ácido nucleico de. El término "planta" también abarca células de plantas, cultivos de suspensión, tejidos de callos, embriones, regiones meristemáticas, gametofitos, esporofitos, polen y microesporas, de nuevo en donde cada uno de los mencionados antes comprende el gen/ácido nucleico de interés. Las plantas que son particularmente útiles en los métodos de la invención incluyen algas, heléchos y todas las plantas que pertenecen a la superfamilia Viridiplantae, en particular plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas, incluyendo forraje o leguminosas de forraje, plantas ornamentales, cultivos alimenticios, árboles o arbustos seleccionados de la lista que comprende Acacia spp., Acer spp., Actinidia spp., Aesculus spp., Agathis australis, Albizia amara, Alsophila tricolor, Andropogon spp., Arachis spp, Areca catechu, Astelia fragrans, Astragalus cicer, Baikiaea plurijuga, Betula spp., Brassica spp., Bruguiera gymnorrhiza , Burkea africana , Butea frondosa , Cadaba farinosa , Calliandra spp, Camellia sinensis, Canna indica, Capsicum spp . , Cassia spp . , Centroema pubescens, Chaenomeles spp., Cinnamomum cassia, Coffea arábica, Colophospermum mopane, Coronillia varia, Cotoneaster serótina , Crataegus spp., Cucumis spp-, Cupressus sp . , Cyathea dealbata, Cydonia oblonga, Cryptomeria japónica, Cymbopogon spp., Cynthea dealbata, Cydonia oblonga, Dalbergia monetaria , Davallia divaricata, Desmodium spp., Dicksonia squarosa, Diheteropogon amplectens, Dioclea spp, Dolichos spp., Dorycnium rectum, Echinochloa pyramídalis, Ehrartia spp., Eleusine coracana, Eragrestis spp., Erythrina spp., Eucalyptus spp., Euclea schimperi, Eulalia villosa, Fagopyrum spp., Feijoa sellowiana, Fragaria spp., Flemingia spp, Freycinetia banksii, Geranium thunbergii , Ginkgo biloba, Glycine javanica , Gliricidia spp, Gossypium hirsutum, Grevillea spp., Guibourtia coleosperma, Hedysarum spp., Hemarthia altissima, Heteropogon contortus, Hordeum vulgare, Hyparrhenia rufa, Hypericum erectum, Hyperthelia díssoluta , Indigo incamata , Iris spp-, Leptarrhena pyrolifolia, Lespediza spp., Lettuca spp., Leucaena leucocephala , oudetia simplex, Lotonus bainesii, Lotus spp., Macrotyloma axillare, Malus spp., Manihot esculenta , Medicago sativa, Metasequoia glyptostzoboides, Musa sapientum, Nicotianum spp., Onobrychis spp., Omithopus spp., Oryza spp., Peltophoru africanum, Pennisetum spp.. Persea gratissima, Petunia spp., Phaseolus spp., Phoenix canariensis, Phormium cookianum, Photinia spp., Picea glauca, Pinus spp., Pisum satiyum, Podocarpus totara, Pogonarthria fleckii, Pogonarthria squarrosa, Populus spp., Prosopis cineraria , Pseudotsuga menziesii , Pterlobium stellatum, Pyrus communis, Quercus spp., Rhaphiolepsis umbellata, Rhopalostylis sápida, Rhus natalensis, Pibes grossularia, Ribes spp., Robinia pseudo acacia, Rosa spp., Rubus spp., Salix spp., Schyzachyrium sanguineum, Sciadopitys verticillata , Sequoia sempervirens, Sequoiadendron giganteum, Sorghum bicolor, Spinacia spp., Sporobolus fimbriatus, Stiburus alopecuroides, Stylosanthos humilis, Tadehagi spp, Taxodium distichum, Themeda triandra, Trifolium spp., Triticum spp., Tsuga heterophylla , Vaccinium spp., Vicia spp., Vitis vinifera, Watsonia pyramidata, Zantedeschia aethiopica, Zea mays, amaranto, alcachofa, espárrago, brócoli, coles de Bruselas, col, cañóla, zanahoria, coliflor, apio, repollo, lino, col rizada, lenteja, aceite de colza, quingombó, cebolla, papa, arroz, soya, fresa, remolacha, caña de azúcar, girasol, tomate, calabaza, té y algas, entre otras. De acuerdo con una modalidad preferida de la presente invención, la planta es una planta de cultivo tal como soya, girasol, cañóla, alfalfa, colza, algodón, tomate, papa o tabaco. Preferiblemente además, la planta es una planta monocotiledónea, tal como caña de azúcar. Más preferiblemente la planta es un cereal, tal como arroz, maíz, trigo, cebada, mijo, centeno, sorgo o avena. La actividad de un polipéptido de EFTu puede incrementarse por niveles elevados del polipéptido. Alternativamente, la actividad también puede incrementare cuando no hay cambio en niveles de un polipéptido de EFTu, o aún cuando hay una reducción en niveles de un polipéptido de EFTu. Esto puede ocurrir cuando se alteran las propiedades intrínsecas del polipéptido, por ejemplo, creando versiones mutantes que son más activas que el polipéptido tipo silvestre. La referencia en la presente a actividad "preferiblemente" creciente se toma como un incremento dirigido en la actividad de un polipéptido en un plástido por arriba del encontrado en plástidos de plantas tipo silvestre bajo condiciones sin estrés. La actividad preferiblemente puede incrementarse en un plástido usando técnicas bien conocidas en la materia, tales como actividad dirigida al plástido usando secuencias de péptidos de tránsito o por transformación de un plástido. La actividad puede incrementarse en cualquier plástido, sin embargo, se prefiere la actividad preferiblemente creciente en un cloroplasto.
El término "EFTu (polipéptido) o un homólogo del mismo" como se definió en la presente, se refiere a un polipéptido que comprende: (i) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DCXXG NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (ii) dominio EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene un creciente orden de preferencia de identidad de por lo menos 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% o 95% de la misma y/o K D/G S/A. Un "polipéoptido de EFTu o un homologo del mismo" puede identificarse fácilmente usando técnicas de rutina bien conocidas en la materia. Los motivos definidos antes se consservan altamente, permitiendo asi que una persona experta en la materia identifique fácilmente secuencias de EFTu que están dentro de la definición anterior. La secuencia de polipéptido de EFTu de planta representada por SEC ID NO: 2, codificada por el ácido nucleico de SEC ID NO: 1, se encontró sobre la base de homología a un factor de transcripción en Drosophila . Ejemplos de polipéptidos derivados de plantas que están bajo la definición de un "EFTu o un homólogo del mismo" incluyen: SEC ID NO: 4 de Nicotiana tabacum; SEC ID NO: 6 de Arabidopsis thaliana; SEC ID NO: 8 de Nicotiana sylvestris; SEC ID NO: 10 un factor de elongación traslacional de cloroplastos de arroz; SEC ID NO: 12 un facto de elongación mitocondrial de Arabidopsis thaliana; SEC ID NO: 14 un factor de elongación mitocondrial de Arabidopsis thaliana; SEC ID NO: 16 de Oryza sativa; SEC ID NO: 18 de Zea Mays (codificado por un gen nuclear para un producto mitocondrial) ; SEC ID NO: 20 de Arabidopsis thaliana; y SEC ID NO: 22 Synechocystis. La siguiente tabla muestra el porcentaje de homología de varias secuencias de polipéptidos de EFTu comparado con la secuencia de aminoácidos representada por SEC ID NO: 2 basada en alineación de secuencia global general. El porcentaje de identidad se calculó usando un programa de alineación con parámetros por omisión.
Tabla 1 : Homología de secuencias de proteínas similar a EFTU con SEC ID NO: 2 basado en alineación de secuencia global
También se puede llevar a cabo un análisis para determinar la actividad de EFTu. Un primer paso podría implicar aislar plástidos (por ejemplo cloroplastos ) , seguido por la obtención de EFTu purificado para la determinación en la actividad específica (intercambio de GDP) . Una persona experta en la materia podría ser capas fácilmente de aislar plástidos usando técnicas bien conocidas en la materia. Para un ejemplo de aislamiento de cloroplastos, véase Olsson y otros, (J Biol Chem. 2003 Nov 7:278(45): 44430-47). Similarmente, alguien experto en la materia también podría ser capaz de purificar EFTu de manera fácil. Como un ejemplo, ver Stanzel y otros, (Eur J Biochem. 1994 Jan 15:219(1-2):435-9) para un método para la purificación de EFTu total. Además, alguien experto en la materia puede también determinar la actividad específica de EFTu. Véase por ejemplo Zhang y otros, (J. Bacteriol . 176, 1184-1187) para un análisis de intercambio de [3H]GDP para la determinación de la actividad de pre-EFTu recombinante . Se deberá entender que las secuencias que están bajo la definición de "polipéptido de EFTu u homólogo del mismo" no se limitan a las secuencias representadas por SEC ID NO: 2, SEC ID NO: 4, SEC ID NO: 6, SEC ID NO: 8, SEC ID NO: 10, SEC ID NO: 12, SEC ID NO: 14, SEC ID NO: 16, SEC ID NO: 18, SEC ID NO: 20 y SEC ID NO: 22, pero que cualquier polipéptido que cumple con los criterios de motivos que comprenden los motivos: (i) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (ii) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A puede ser adecuado para usarse en los métodos de la invención. El ácido nucleico que codifica un polipéptido de EFTu o un homólogo del mismo puede ser cualquier ácido nucleico natural o sintético. Un polipéptido de EFTu o un homólogo del mismo como se definió antes es uno que se codifica por un ácido nucleico/gen de EFTu. Por lo tanto, el término "ácido nucleico/gen de EFTu" como se definió en la presente es cualquier ácido nucleico/gen que codifica un polipéptido similar a EFTu o un homólogo del mismo como se definió antes. Ejemplos de ácidos nucleicos de EFTU incluyen aquellos representados por cualquiera de SEC ID NO: 1, SEC ID NO: 3, SEC ID NO: 5, SEC ID NO: 7, SEC ID NO: 9, SEC ID NO: 11, SEC ID NO: 13, SEC ID NO: 15, SEC ID NO: 17, SEC ID NO: 19 y SEC ID NO: 21. Los ácido nucleico/genes de EFTu y variantes de los mismos pueden ser adecuados para practicar los métodos de la invención. La variante de ácido nucleico/gen de EFTu incluye porciones de un ácido nucleico/gen de EFTu y/o ácidos nucleicos capaces de hibridizarse con un ácido nucleico/gen de EFTu.
La porción terminal como se definió en la presente se refiere a una pieza de ADN que comprende por o menos suficientes nucleótidos para codificar una proteina que comprnede : (i) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (ii) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene- identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A. Se puede preparar una porción, por ejemplo, realizando una o más supresiones a un ácido nucleico de EFTu. Las porciones pueden usarse en forma aislada o se pueden fusionar a otras secuencias de codificación (o sin codificación) con el fin de, por ejemplo, producir una proteina que combina varias actividades. Cuando se fusiona a otras secuencias de codificación, el polipéptido resultante producido mediante traslación podría ser más grande que el previsto para el fragmento de EFTu. Preferiblemente, la porción funcional es una porción de un ácido nucleico representado por cualquiera de SEC ID NO: 1, SEC ID NO: 3, SEC ID NO: 5, SEC ID NO: 7, SEC ID NO: 9, SEC ID NO: 11, SEC ID NO: 13, SEC ID NO: 15, SEC ID NO: 17, SEC ID NO: 19 y SEC ID NO: 21. Otra variante de ácido nucleico/gen de EFTu es un ácido nucleico capaz de hibridizarse bajo condiciones de restricción reducidas, preferiblemente bajo condiciones de restricción, con un ácido nucleico/gen de EFTu como se definió antes, cuya secuencia de hibridizacion codifica un polipéptido que comprende: (i) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (ii) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A. De preferencia, la secuencia de hibridizacion es una que puede hibridizarse a un ácido nucleico como se representa por alguno de SEC ID NO: 1, SEC ID NO: 3, SEC ID NO: 5, SEC ID NO: 7, SEC ID NO: 9, SEC ID NO: 11, SEC ID NO: 13, SEC ID NO: 15, SEC ID NO: 17, SEC ID NO: 19 y SEC ID NO: 21 o a una porción de cualquiera de las secuencias anteriores como se definió antes. El término "hibridizacion" como se definió en la presente es un proceso en donde las secuencias de nucleótidos complementarios sustancialmente homólogos se fusionan entre ellas. El proceso de hibridizacion puede ocurrir completamente en solución, es decir, ambos ácidos nucleicos están en solución. El proceso de hibridizacion también puede ocurrir con uno de los ácidos nucleicos complementarios inmovilizados a una matriz tal como perlas magnéticas, perlas de Sepharose o cualquier otra resina. El proceso de hibridizacion además puede ocurrir con uno de los ácidos nucleicos complementarios inmovilizados a un soporte sólido tal como una membrana de nitrocelulosa o nylon o inmovilizarse por ejemplo, por fotolitografía para, por ejemplo, un soporte de vidrio de silicio (el último conocido como arreglos de ácidos nucleicos o micro arreglos o como pequeñas partes de ácidos nucleicos) . Con el fin de permitir que ocurra hibridizacion, las moléculas de ácidos nucleicos generalmente se desnaturalizan térmica o químicamente para fusionar una doble hebra en dos hileras sencilla y/o para remover pasadores y otras estructuras secundarias de ácidos nucleicos de una sola hebra. La severidad de hibridizacion se influencia por condiciones tales como temperatura, concentración de sales, resistencia iónica y composición reguladora de hibridizacion. Las "condiciones de hibridizacion severas" y "condiciones de lavado de hibridizacion estrictas" en el contexto de experimentos de hibridizacion de ácidos nucleicos tales como hibridizaciones Southern y Northern dependen de las secuencias y son diferentes bajo parámetros de ambientes diferentes. El experto está consciente de varios parámetros que pueden alterarse durante la hibridizacion y lavado y el cual mantendrá o cambiará las condiciones severas. La Tm es la temperatura bajo resistencia iónica y pH definidos, en la cual el 50% de la secuencia blanco se hibridiza a una sonda igualada perfectamente. La Tm depende de las condiciones de solución y la composición de base y longitud de la sonda. Por ejemplo, las secuencias más largas se hibridizan específicamente a temperaturas superiores. La velocidad máxima de hibridización se obtiene de aproximadamente 16°C a 32°C por debajo de la Tm. La presencia de cationes monovalentes en la solución de hibridización reducen la repulsión electrostática entre las dos hebras de ácidos nucleicos promoviendo así la formación de híbridos; el efecto es visible para concentraciones de sodio de hasta 0.4 M. La formamida reduce la temperatura de fusión de ADN-ADN y duplos de ADN-ARN con 0.6 a 0.7°C para cada porcentaje de formamida, y la adición del 50% de formamida permite que se realice hibridización de 30 a 45 °C, aunque se disminuirá el régimen de hibridización. Las diferencias de pares de base reducen el régimen de hibridización y la estabilidad térmica de los duplos. En promedio y para sondas grandes, la Tm disminuye aproximadamente 1°C por % de base diferente. La Tm puede calcularse usando las siguientes ecuaciones, dependiendo de los tipos de híbridos : 1. Híbridos de ADN-ADN (Meinkoth y Wahl, Anal. Biochem., 138: 267-284, 1984): Tm=81.5°C+ 16.6 xlog [Na+]a + 0.41 x % [G/Cb] - 500 x [Lc]_1-0.61 x % formamida 2. ADN-ARN o híbridos de ARN-ARNb: Tm=79.8 + 18.5 (logi0[Na+]a) + 0.58 (%G/Cb) + 11.8 (%G/Cb)2 - 820/Lc 3. Híbridos oligo-ADN u oligo-ARNd: Para < 20 nucleótidos: Tm = 2 (In) Para 20-35 nucleótidos: Tm = 22 + 1.46 (In) a o para otro catión monovalente, pero solo preciso en la escala de 0.01-0.4 M. b solo preciso para %GC en la escala de 30% a 75%. CL = longitud de duplo en pares de base. d Oligo, oligonucleótido; In, longitud efectiva de iniciador = 2x (no. de G/C) + (no. de A/T) . Nota: para cada 1% de formamida, la Tm se reduce aproximadamente 0.6 a 0.7°C, mientras que la presencia de urea 6M reduce la Tm aproximadamente un 30 °C. La especificidad de hibridización normalmente es la función de lavados posteriores a hibridización. Para remover el fondo que resulta de hibridización no específica, se lavan muestras con soluciones salinas diluidas. Los factores críticos de dichos lavados incluyen la resistencia iónica y temperatura de la solución final de lavado: mientras menor sea la concentración de sales y superior sea la temperatura de lavado, será mayor la severidad del lavado. Las condiciones de lavado normalmente se llevan a cabo en o por debajo de severidad de hibridización. Generalmente, las condiciones severas adecuadas para análisis de hibridización de ácidos nucleicos o procedimientos de detección de amplificación de genes son como se exhibió antes. Se pueden seleccionar condiciones más o menos severas. Generalmente, se seleccionan condiciones de baja severidad para ser aproximadamente 50 °C inferiores que el punto de fusión término (Tm) para la secuencia especifica a una fuerza iónica y pH definidos. Las condiciones de severidad media son cuando la temperatura es de 20 °C por debajo de la Tm y las condiciones de alta severidad son cuando la temperatura está 10 °C por debajo de Tm. Por ejemplo, las condiciones severas son aquellas que por lo menos son tan severas como, por ejemplo, las condiciones de A-L; y las condiciones con severidad reducida son por lo menos tan severas como, por ejemplo, las condiciones de M-R. La unión no especifica puede controlarse usando cualquiera de un número de técnicas conocidas tales como, por ejemplo, bloqueo de la membrana con soluciones que contienen proteina, adiciones de ARN, ADN heterólogos, y SDS a la solución reguladora de hibridizacion y tratamiento con RNasa. Ejemplos de hibridizacion y condiciones de lavado se listan en la tabla 2 siguiente.
Tabla 2: Ejemplos de hibridizacion y condiciones de lavado
F La "longitud de híbrido" es la longitud anticipada para el ácido nucleico de hibridización. Cuando los ácidos nucleicos de secuencia conocida se hibridizan, la longitud de híbrido puede determinarse alineando las secuencias e identificando las regiones conservadas descritas en la presente.
† SSPE (IxSSPE es NaCl 0.15M, Na¾P04 lOmM, y EDTA 1.25 mM, pH 7.4) puede sustituirse por SSC (lxSSC es NaCl 0.15M y citrato de sodio 15m ) en las soluciones reguladoras de hibridización y lavado; los lavados se realizan durante 15 minutos después que se termina la hibridización. Las hibridizaciones y lavados adicionalmente pueden incluir 5x reactivo de Denhardt, 0.5-1.0% SDS, 100 pg/ml de ADN de esperma de salmón fragmentado desnaturalizado, 0.5% pirofosfato de sodio, y hasta 50% formamida. * Tb-Tr: La temperatura de hibridización para híbridos que se anticipa que sea menor a 50 pares de base de longitud podría ser de 5-10 °C menor que la temperatura de fusión Tm de los híbridos; la Tm se determina de acuerdo con las ecuaciones mencionadas antes. * La presente invención también abarca la sustitución de cualquiera o más pares de híbridos de ADN o ARN ya sea con un PNA o un ácido nucleico modificado. Con el fin de definir el nivel de severidad, se puede hacer referencia convenientemente a Sambrook y otros (2001) Molecular Cloning: a laboratory manual, 3a. Edición Cold Spring Harbor Laboratory Press, CSH, New York o a Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y. (1989) . El ácido nucleico de EFTu o variante del mismo se puede derivar de cualquier fuente natural o artificial. Este ácido nucleico puede modificarse de su forma nativa en composición y/o ambiente genómico a través de manipulación humana deliberada. El ácido nucleico es de origen procariótico o eucariótico, de una fuente microbiana, tal como levadura u hongo, o de una fuente de planta, alga o animal (incluyendo ser humano) . Preferiblemente el ácido nucleico es de origen eucariótico. El ácido nucleico además preferiblemente es de origen de planta, ya sea de la misma especie de planta (por ejemplo a una que se va a introducir) o si es de una especie de planta diferente. El ácido nucleico puede aislarse de una planta dicotiledónea, preferiblemente de la familia Solanaceae, además preferiblemente del género Nicotianae, más preferiblemente de tabaco. Aún más preferiblemente, el ácido nucleico de EFTu aislado de tabaco se representa por SEC ID NO: 1 y la secuencia de aminoácido de EFTu es como se representó por SEC ID NO: 2. El ácido nucleico de origen de planta preferiblemente es un ácido nucleico plastidico (es decir, derivado de un plástido) . Los ácidos nucleicos plastidicos tienen una relación mas estrecha a los ácidos nucleicos bacterianos que a los ácidos nucleicos no plastidicos. Por lo tanto, la invención también puede llevarse a cabo usando ácidos nucleicos de EFTu bacterianos o variantes de los mismos. Los ácidos nucleicos bacterianos se dirigen a un plástido, preferiblemente a un cloroplasto. Además, la mitocondria también comparte un origen común a los ácidos nucleicos plastidicos o bacterianos y por lo tanto la invención también puede llevarse a cabo usando un ácido nucleico de EFTu mitocondrial o variante del mismo que puede ser de origen animal o fúngico. Los ácidos nucleicos mitocondriales se dirigen a un plástido, preferiblemente a un cloroplasto. A pesar de estar estrechamente relacionado con un ácido nucleico plastidico que el ácido nucleico bactriano o mitocondrial, también puede ser adecuado un ácido nucleico citosolico para usarse en los métodos de la invención mientras el ácido nucleico se dirige a un plástido, preferiblemente a un cloroplasto. Los métodos para dirigirse a los plástidos son bien conocidos en la materia e incluyen el uso de péptidos de tránsito. La siguiente Tabla 3 muestra ejemplos de péptidos de tránsito que se pueden usar para dirigir cualquier proteina de EFTu a un plástido, cuyo EFTu no es, en su forma natural, dirigido normalmente a un plástido, o cuyo EFTu es su forma natural se dirige a un plástido en virtud de un péptido de tránsito diferente (por ejemplo, su péptido de transito natural) .
Tabla 3: Ejemplos de secuencias de péptidos de tránsito útiles para dirigir aminoácidos a los plástidos
La actividad de un polipéptido de EFTu o un homólogo del mismo puede incrementarse introduciendo una modificación genética (preferiblemente en el sitio de un gen de EFTu) . El sitio de un gen como se definió en la presente significa una región genómica, que incluye el gen de interés y 10 KB corriente arriba o abajo de la región de codificación . La modificación genética puede introducirse, por ejemplo, por uno (o más) de los siguientes métodos: activación de ADN T, TILLING, mutagénesis dirigida a sitio, evolución dirigida, recombinación homologa e introduciendo y expresando en una célula de planta un ácido nucleico que codifica un polipéptido de EFTu o un homólogo del mismo (el producto del gen entonces puede dirigirse a un plástido en la célula de planta, a menos que el gen que se está expresando es un gen plastidico) . Después de la introducción de la modificación genética, sigue un paso de selección para la actividad creciente de un polipéptido de EFT, cuyo incremento en actividad da plantas que tiene rendimiento incrementado. La etiqueta de activación de ADN-T (Hayashi y otros, Science (1992) 1350-1353) implica la inserción de ADN-T usualmente conteniendo un promotor (también puede ser un incrementador de traslación o un intrón) , en la región genómica del gen de interés o 10 KB corriente arriba o abajo de la región de codificación de un gen en una configuración tal que el promotor dirige la expresión del gen dirigido al blanco. Normalmente, la regulación de expresión del gen dirigido al blanco por su promotor natural se interrumpe y el gen cae bajo el control del promotor recién introducido. El promotor normalmente se incluye en un ADN-T. Este ADN-T se inserta aleatoriamente en el genoma de la planta, por ejemplo, a través de infección por Agrobacterium y conduce a la sobre-expresión de genes cerca del ADN-T insertado. Las plantas transgénicas resultantes muestran fenotipos dominantes debido a la sobre-expresión de genes cerca del promotor introducido. El promotor que será introducido puede ser cualquier promotor capaz de dirigir la expresión de un gen en el organismo deseado, en este caso una planta. Por ejemplo, los promotores constitutivos, preferidos para tejidos, del tipo de célula preferido e inducibles son adecuados todos para usarse en activación de ADN T. Se prefiere el uso de un promotor especifico para semillas, más particularmente un promotor especifico para embriones y/o alerones . Una modificación genética también puede introducirse en el sitio de un gen que codifica una proteina de unión de ARN usando la técnica de TILLING (por sus siglas en inglés) (Lesiones Locales Inducidas Dirigidas al Blanco IN Genomas) . Esta es una tecnología de mutagénesis útil para generar y/o identificar, y para aislar eventualmente las variantes mutagenizadas de un ácido nucleico de EFTu capaz de exhibir actividad de EFTu. TILLING también muestra selección de plantas que portan dichas variantes mutantes. Estas variantes mutantes aún pueden exhibir actividad de EFTu superior que la exhibida por el gen en su forma natural. TILLING combina mutagénesis de alta densidad con métodos de tamizado de alto rendimiento. Los pasos seguidos normalmente en TILLING son: (a) mutagénesis de EMS (Redei y Koncz, 1992; Feldman y otros, 1994; Lightner y Caspar, 1998); (b) preparación de ADN y combinación de individuos; (c) amplificación RCP de una región de interés; (d) desnaturalización y emparejamiento para permitir la formación de heteroduplex; (e) CLFDH, en donde la presencia de un heteroduplex en una combinación se detecta como un pico extra en el cromatograma; (f) identificación del individuo imitante; y (g) secuenciación de la RCP mutante . Los métodos para TILLING son bien conocidos en la técnica (McCallum Nat Biotechnol. 2000 Apr; 18(4): 455-7, revisado por Stemple 2004 (TILLING-a High-throughput harvest for functional genomics . Nat. Rev. Genet 2004 Feb; 5(2): 145-50)). La mutagénesis dirigida a sitio se puede usar para generar variantes de aminoácidos de EFTu. Varios métodos están disponibles para logar mutagénesis dirigida al sitio, el más común siendo métodos con base en RCP (Current protocols in molecular biology. Willey Eds . http: //www.4ulr, com/products/currentprotocols /index. html) . También puede usarse evolución dirigida (o cambio de genes) para generar variantes de ácidos nucleicos de EFTu. Esto consiste en reiteraciones de los cambios de ADN seguido por tamizado y/o selección apropiados para generar e identificar variantes que tienen una actividad biológica modificada (Castle y otros, (2004) Science 304(5674): 1151-4; patentes de EUA 5,811,238 y 6,395,547). La activación de ADN-T, TILLING, mutagénesis dirigida al sitio y evolución dirigida son ejemplos de tecnologías que permiten la generación de alelos novedosos y variantes de EFTu. La recombinación homologa permite la introducción en un genoma de un ácido nucleico seleccionado en una posición seleccionada definida. La recombinación homologa es una tecnología normal usada rutinariamente en ciencias biológicas para organismos inferiores tales como levadura o musgo Physcomitrella . Los métodos para realizar la recombinación homologa en plantas se han descrito no solo para plantas modelo (Offringa y otros (1990) EMBO J 9 (10) : 3077-8 ) pero también para plantas de cultivos, por ejemplo, arroz (Terada, y otros, (2002) Nat Biotech 20(10): 1030-4/ Lida y Terada (2004) Curr Opin Biotech 15(2): 132.8). El ácido nucleico que será dirigido (el cual puede ser un ácido nucleico de EFTu o variante del mismo como se definió antes) se dirige al sitio de un gen de EFTu. El ácido nucleico que será dirigido puede ser un alelo mejorado usado para reemplazar el gen endógeno o puede introducirse además al gen endógeno. De acuerdo con una modalidad preferida de la invención, el rendimiento de plantas puede incrementarse en plantas desarrolladas bajo condiciones sin estrés introduciendo y expresando en una planta, parte de planta o célula de planta un ácido nucleico que codifica un polipéptido de EFTu o un homólogo del mismo. El polipéptido entonces puede dirigirse a un plástido en la célula de planta, a menos que el gen que se está expresando sea un gen plastidico. Un polipéptido de EFTu o un homólogo del mismo como se mencionó antes es uno que comprende: (i) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (ii) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A. El ácido nucleico que será introducido en una planta puede ser un ácido nucleico de longitud completa o puede ser una porción o una secuencia de hibridización como se definió antes . "Homólogos" de una proteína abarcan péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteínas y enzimas que tienen sustituciones, supresiones y/o inserciones de aminoácidos en relación con la proteína en cuestión no modificada y que tienen actividad biológica y funcional similar a la de la proteína no modificada de la cual se derivan. Para producir dichos homólogos, los aminoácidos de la proteína pueden reemplazarse por otros aminoácidos que tienen propiedades similares (tales como hidrofobicidad, hidrofilicidad, antigenicidad, propensión para formar o romper estructuras a-helicoidales o estructuras ß-laminares similares) . Las tablas de sustitución conservadora son bien conocidas en la materia (véase por ejemplo Creighton (1984) Proteins . W.H. Freeman and Company y Tabla 1 anterior) . De acuerdo con un aspecto preferido de la invención, el homólogo tiene un orden creciente de preferencia de identidad de secuencia de 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% o 95% a la secuencia de aminoácido representada por SEC ID NO: 2. Si un polipéptido tiene por lo menos identidad de 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, al aminoácido representado por SEC ID NO: 2 puede establecerse fácilmente por alineación de secuencia. Los métodos para la alineación de secuencias para comparación son bien conocidas en la técnica, dichos métodos incluyen GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA y TFAS A. GAP utiliza el algoritmo de Needleman y Wunsch (J. Mol. Biol. 48: 443-453; 1970) para encontrar la alineación de dos secuencias completas que maximiza el número de combinaciones y reduce al mínimo el número de espacios. El algoritmo de BLAST calcula el porcentaje de identidad de secuencia y realiza un análisis estadístico de la similitud entre las dos secuencias. El software para llevar a cabo el análisis de BLAST está públicamente disponible a través del National Centre for Biotechnology Information. Un polipéptido de EFTu o un homólogo del mismo que tiene por lo menos identidad de 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, al aminoácido representado por SEC ID NO: 2 puede identificarse fácilmente por alineación de una secuencia de búsqueda (preferiblemente una secuencia de proteínas) con secuencias de proteínas de EFTu conocidas (véase por ejemplo la alineación mostrada en la Figura 1) . La secuencia de búsqueda puede alinearse (con secuencias similares a EFTU conocidas) usando, por ejemplo, el programa de alineación múltiple VNTI AlignX, basado en un algoritmo W agrupado modificado ( InforMax, Bethesda, MD, http://www.informaxinc.com), con la configuración por omisión para la penalidad de apertura de espacios libres de 10 y una extensión de espacios libres de 0.05. También se abarca por el término "homólogos" dos formas especiales de homología, que incluyen secuencias de ortólogos secuencias de parálogos, que abarcan conceptos evolutivos usados para describir relaciones ancestrales de genes. El término "parálogos" se refiere a duplicaciones de genes dentro del genoma de una especie conduciendo a genes parálogos. El término "ortólogos" se refiere a genes homólogos en diferentes organismos debidos a la las especies. Ortólogos, por ejemplo, en especies de plantas monocotiledóneas, pueden encontrarse fácilmente realizando una investigación expansiva recíproca, así llamada. Esto puede hacerse por una primera expansión implicándola expansión de la secuencia en cuestión (por ejemplo, SEC ID NO: 1 ó SEC ID NO: 2) contra cualquier base de datos de secuencia, tal como la base de datos de NCBI públicamente disponible que se puede encontrar en http: //www. ncbi. nlxn. nih, gov. Se pueden usar BLASTN o TBLASTX (usando valores por omisión normales) cuando se inicia a partir de una secuencia de proteínas y BLASTP o BLAS N (usando valores por omisión normales) cuando se inicia a partir de una secuencia de proteína. Opcionalmente se pueden filtrar los resultados de BLAST. Las secuencias de longitud completa de los resultados filtrados o los resultados no filtrados se vuelven a someter a BLAST (segundo BLAST) contra las secuencias del organismo del cual se deriva la secuencia en cuestión (en donde la secuencia en cuestión es SEC ID NO: 1 o SEC ID NO: 2, el segundo BLAST por lo tanto, podría ser contra secuencias de tabaco) . Entonces se comparan los resultados del primero y segundo BLAST. Se identifica un parálogo si un punto de alto rango del segundo BLAST es de la misma especie de la cual se deriva la secuencia en cuestión; se identifica un ortólogo si un punto de alto rango del segundo BLAST no es de la misma especie de la cual se deriva la secuencia en cuestión. Los puntos de rango superior son aquellos que tienen un bajo valor de E. Mientras es inferior el valor E, más importante es la clasificación (o en otras palabras, es menor la oportunidad de que se encuentre el punto) . El cálculo del valor E se conoce bien en la técnica. En el caso de familias grandes, ClustalW puede usarse, seguido por un árbol de unión vecino, para ayudar a visualizar la agrupación de genes relacionados e identificar ortólogos y parálogos. Un homólogo puede tener la forma de una "variante de sustitución" de una proteina, es decir, en donde por lo menos un residuo en una secuencia de aminoácidos se ha removido y se ha insertado un residuo diferente en su lugar. Las sustituciones de aminoácidos normalmente son residuos solos, pero pueden agruparse dependiendo de las restricciones funcionales colocadas sobre el polipéptido; las inserciones usualmente serán del orden de aproximadamente 1 a 10 residuos de aminoácidos. Preferiblemente, las sustituciones de aminoácidos comprenden sustituciones de aminoácidos conservadoras . Un homólogo también puede tener la forma de una "variante de inserción" de una proteina, es decir, en donde se introducen uno o más residuos de aminoácidos en un sitio predeterminado en una proteina. Las inserciones pueden comprender fusiones de amino terminal y/o carboxi terminal así como inserciones entre las secuencias de aminoácidos solos o múltiples. Generalmente, las inserciones dentro de la secuencia de aminoácidos serán más pequeñas que las fusiones amino o carboxi terminales, del orden de aproximadamente 1 a 10 residuos. Ejemplos de proteínas o péptidos de fusión amino o carboxi terminales incluyen el dominio de unión o dominio de activación de un activador transcripcional como se usa en el sistema de dos híbridos de levadura, proteínas de revestimiento de fagos, etiqueta de (histidina) 6, etiqueta de glutationa S transferasa, proteina A, proteina de unión de maltosa, dihidrofolato reductasa, epitope de etiqueta 100, epitope de c-mic, epitope de FLAG®, lacZ, PCM (Péptido de unión de calmodulina) , epitope de HA, epitope de proteina C y epitope de VSV. Los homólogos en la forma de "variantes de supresión" de una proteina se caracterizan por la remoción de uno o más aminoácidos de una proteina. Las variantes de aminoácidos de una proteina peden hacerse fácilmente usando técnicas sintéticas de péptidos bien conocidos en la materia, tales como síntesis de péptidos de fase sólida y similares, o por manipulaciones de ADN recombinante . Los métodos para la manipulación de secuencias de ADN para producir variantes de sustitución, inserción o supresión, de una proteína, son bien conocidos en la materia. Por ejemplo, las técnicas para crear mutaciones de sustitución en sitios predeterminadas en ADN son bien conocidos para los expertos en la materia e incluyen mutagénesis de M13, mutagénesis del gen T7 in vítro (USB, Cleveland, OH) , mutagénesis dirigida al sitio de QuickChange (Stratagene, San Diego, CA) , mutagénesis dirigida al sitio mediada por RCP u otros protocolos de mutagénesis dirigida al sitio.
El polipéptido de EFTu u homólogo del mismo puede ser un derivado. "Derivados" incluyen péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteínas y enzimas que pueden comprender sustituciones, supresiones o adicionas de residuos de aminoácidos presentes en la naturaleza y no presentes en la naturaleza comparado con la secuencia de aminoácidos de una forma presente en la naturaleza de la proteína, por ejemplo, como la presentada en SEC ID NO: 2. "Derivados" de una proteína abarcan péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteínas y enzimas que pueden comprender residuos de aminoácidos presentes en la naturaleza, alterados, glicosilados, acilados o no presentes en la naturaleza, comparado con la secuencia de aminoácidos de una forma presente en la naturaleza del polipéptido. Un derivado también puede comprender uno o más sustituyentes que no son aminoácidos comparado con la secuencia de aminoácidos de las cuales se deriva, por ejemplo, una molécula reportero u otro ligando, unido covalentemente o no covalentemente a la secuencia de aminoácidos, tal como la molécula de reportero que se une para facilitar su detección, y residuos de aminoácidos no presentes en la naturaleza en relación con la secuencia de aminoácidos de una proteína presente en la naturaleza . El polipéptido de EFTu u homólogo del mismo, se puede codificar por una variante empalmada alternativa de un ácido nucleico/gen de EFTu. El término "variante empalmada alternativa" como se utiliza en la presente abarca variantes de una secuencia de ácidos nucleicos en los cuales los intrones y/o exones seleccionados se han eliminado, reemplazado o agregado. Dichas variantes serán unas en las cuales se retiene la actividad biológica de la proteína, lo cual puede lograrse reteniendo selectivamente segmentos funcionales de la proteína. Dichas variantes de empalme pueden encontrarse en la naturaleza o pueden ser hachas por el hombre. Los métodos para crear dichas variantes de empalme son bien conocidos en la materia. Las variantes de empalme preferidas son variantes de empalme del ácido nucleico representadas por SEC ID NO: 1, SEC ID NO: 3, SEC ID NO: 5, SEC ID NO: 7, SEC ID NO: 9, SEC ID NO: 11, SEC ID NO: 13, SEC ID NO: 15, SEC ID NO: 17, SEC ID NO: 19 y SEC ID NO: 21, pero que cualquier polipépitido que cumple con los criterios de motivos que comprenden los motivos: (i) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (ii) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% "al mismo y/o K D/G EE S/A. El homólogo también puede codificarse por una variante alélica de un ácido nucleico que codifica EFTu o un homólogo del mismo, preferiblemente una variante alélica del ácido nucleico representado por SEC ID NO: 1, SEC ID NO: 3, SEC ID NO: 5, SEC ID NO: 7, SEC ID NO: 9, SEC ID NO: 11, SEC ID NO: 13, SEC ID NO: 15, SEC ID NO: 17, SEC ID NO: 19 y SEC ID NO: 21. Utiles en los métodos de la invención son las variantes alélicas que codifican polipéptidos que comprenden: (i) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (ii) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A. Las variantes alélicas existen en la naturaleza y dentro de los métodos de la presente invención se abarca el uso de estos alelos naturales. Las variantes alélicas abarcan Polimorfismos de Nucleótidos Solos (SNP, por sus siglas en inglés) asi como Polimorfismos de Inserción/Supresión Pequeñas (INDEL, por sus siglas en .inglés). El tamaño de INDEL usualmente es menor que 100 pb. Los SNP y INDEL del conjunto más grande de variantes de secuencias en cepas polimórficas presentes en la naturaleza de la mayoría de los organismos . De acuerdo con un aspecto preferido de la presente invención, se prevé la expresión mejorada o incrementada del ácido nucleico de EFTu o variante del mismo. Los métodos para obtener la expresión mejorada o incrementada de genes o productos de genes están bien documentados en la técnica e incluye, por ejemplo, la sobre expresión impulsada por promotores apropiados, el uso de mejoradores de transcripción o mej oradores de traslación. Los ácidos nucleicos aislados que sirven como elementos promotores o mej oradores se pueden introducir en una posición apropiada (normalmente corriente arriba) de una forma no heterólogo de un polinucleótido de manera que regule la expresión de un ácido nucleico de EFTu o variante del mismo. Por ejemplo, los promotores endógenos pueden alterarse in vivo por mutación, supresión, y/o sustitución (véase, Kmiec, Patente de E.U.A. No. 5,565,350; Zarling y otros, PCT/US93/036868) , o promotores aislados en una células de plantas en la orientación apropiada y distancia de un gen de la presente invención de manera que controle la expresión del gen. Si se desea la expresión de polipéptidos, generalmente es conveniente incluir una región de poliadenilación en el extremo 3' de una región de codificación de polinucleótido. La región de poliadenilación se puede derivar del gen natural, de una variedad de diferentes genes de plantas, o de ADN-T. La secuencia del extremo 3' que será agregado puede derivarse de, por ejemplo, genes de nopalina sintasa u octapina sintasa, o alternativamente de otro gen de plantas, o menos preferiblemente de cualquier otro gen eucariótico. Los métodos para incrementar preferiblemente la actividad de un polipéptido de EFTu en un plástido son descritos antes.
Una secuencia de intrones también se puede agregar se puede agregar a la región no trasladada 51 o la secuencia de codificación de la secuencia de codificación parcial para incrementa la cantidad del mensaje maduro que se acumula en el citosol. La inclusión de un intron que puede dividirse en la unidad de transcripción en construcciones de expresión de plantas y animales se ha mostrado que incrementa la expresión de genes tanto en ARNm como en niveles de proteina de hasta 1000 veces, Buchman y Berg, Mol. Cell biol. 8:4395-4405 (1988); Callis y otros, Genes Dev. 1:1183-1200 (1987). Dicha mejora en intrones de la expresión de genes normalmente es mayor cuando se coloca cerca del extremo 5 ' de la unidad de transcripción. En la técnica se conoce el uso de los intrones de maiz, intrón Adhl-Sl, 2, y 6, el intrón Bronze-1. Véase generalmente, The Maize Handbook, Capitulo 116, Freeling and Walbot, Eds . , Sringer, N. Y. (1994). La invención también provee construcciones y vectores genéticos para facilitar la introducción y/o expresión de las secuencias de nucleótidos útiles en los métodos de acuerdo con la invención. Por lo tanto, se provee una construcción de genes que comprende : (i) Un ácido nucleico de EFTu que codifica un polipéptido que comprende: (a) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (b) el dominio de EFTu
ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A; y (ii) una o más secuencias de control capaces de dirigir la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i) ; y opcionalmente (iü) una secuencia de terminación de transcripción . Las construcciones útiles en los métodos de acuerdo con la presente invención se pueden construir usando tecnología de ADN recombinante bien conocida por los expertos en la materia. Las construcciones de genes pueden insertarse en vectores, que pueden estar comercialmente disponibles, adecuados para transformarse en células de plantas y adecuados para la expresión del gen de interés en las células transformadas . Las plantas se transformaron con un vector que comprende la secuencia de interés (es decir, un ácido nucleico de EFTu u homólogo del mismo) . La secuencia de interés se liga operablemente a una o más secuencias de control (por lo menos a un promotor) . Los términos "elemento regulador", "secuencia de control" y "promotor" se usan todos intercambiablemente en la presente y se deben considerar en un amplio contexto para referirse a las secuencias de ácidos nucleicos reguladores capaces de efectuar la expresión de las secuencias a las cuales están ligados . Los términos antes mencionados abarcan las secuencias reguladoras transcripcionales derivadas de un gen geonómico eucariótico clásico (incluyendo la casilla TATA que se requiere para la iniciación de transcripción precisa, con o sin una secuencia de casilla de CCAAT) y los elementos reguladores adicionales (es decir, secuencias de activación corriente arriba, mejoradores y silenciadores) que alteran la expresión de genes en respuesta a los estímulos de desarrollo y/o externos, o en una forma específica para tejidos. También, dentro del término se incluye una secuencia reguladora transcripcional de un gen procariótico clásico, en cuyo caso puede incluir una secuencia de -35 casillas y/o secuencias reguladoras transcripcionales de -10 casillas. El término "elemento regulador" también abarca una molécula de fusión sintética o derivado que confiere, activa o mejora la expresión de una molécula de ácido nucleico en una célula, tejido u órgano. El término "ligado operablemente" como se usa en la presente, se refiere a una unión funcional ente la secuencia del promotor y el gen de interés, de manera que la secuencia del promotor puede iniciar la transcripción del gen de interés. Ventajosamente, cualquier tipo de promotor, se puede usar para impulsar la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos, sin embargo, nuestros estudios han revelado que algunos promotores superan a otros en los métodos de la invención. Preferiblemente, el promotor es un promotor especifico para tejidos, es decir, uno que es capas de iniciar preferiblemente la transcripción en ciertos tejidos, tal como las hojas, raices, tejido de semillas, etc., sustancialmente a la exclusión de iniciar la transcripción en otra parte de la planta, pero mientras aún permite la expresión residual en otras partes de una planta debido a promotores de selección. Los estudios han revelado que el uso de promotores especificos para semillas, más particularmente promotores específicos para embriones y/o específicos para alerones se comportan mejor en los métodos de la invención (es decir, da plantas con mejor rendimiento) que los promotores constitutivos en los mismos métodos. Por lo tanto se prefiere que el ácido nucleico de EFTu o variante del mismo se ligue operablemente a un promotor específico para semillas. Un promotor específicos para semillas es transcripcionalmente activo predominantemente en tejido de semillas, pero no necesariamente de manera exclusiva en tejido de semillas (en caso de expresión de selección) . Los promotores específicos para semillas son bien conocidos en la materia. Preferiblemente, el promotor específico para semillas es un promotor específico para embriones y/o específico para aleurones , más preferiblemente un promotor de oleosina (véase por ejemplo, SEC ID NO: 29 que representa la secuencia del promotor de oleosina de arroz) . Se debe aclarar que la aplicabilidad de la presente invención no se restringe al ácido nucleico similar a EFTu representado por SEC ID NO: 1, SEC ID NO: 3, SEC ID NO: 5, SEC ID NO: 7, SEC ID NO: 9, SEC ID NO: 11, SEC ID NO: 13, SEC ID NO: 15, SEC ID NO: 17, SEC ID NO: 19 y SEC ID NO: 21, ni se restringe la aplicabilidad de la invención a la expresión de un acido nucleico de EFTu cuando se impulsa por un promotor de oleosina. Opcionalmente, una o más secuencias de terminadores se pueden usar en la construcción introducida en una planta. El término "terminador" abarca una secuencia de control que es una secuenciad e ADN al fina de una unidad transcripcional que señala el procesamiento 3' y poliadenilación de una transcripción primaria y terminación de transcripción. Los elementos reguladores adicionales pueden incluir me oradores transcripcionales asi como traslacionales . Los expertos en la materia estarán conscientes que las secuencias del terminador y mej orador que puede ser adecuado para usarse en la realización de la invención. Dichas secuencias podrían conocerse o se pueden obtener fácilmente a una persona experta en la materia. Las construcciones genéticas de la invención además pueden incluir un origen de secuencia de replicación, que se requiere para mantenimiento y/o replicación en un tipo de célula especifico. Un ejemplo es cuando se requiere una construcción genética para mantenerse en una célula bacteriana como un elemento genético episomal (v.gr., molécula de plásmido o cósmido) . Los orígenes preferidos de replicación incluyen, pero no están limitados al fl-ori y colEl. La construcción genética comprende opcionalmente un gen marcador seleccionable . Como se usa en la presente, el término "gen marcador seleccionable" incluye cualquier gen que confiere un fenotipo en una célula en la cual se expresa para facilitar la identificación y/o selección de células que se transfectan o transforman con una construcción de ácido nucleico de la invención. Los marcadores adecuados pueden seleccionarse de marcadores que confieren resistencia a antibióticos o herbicidas, que introduce un nuevo rasgo metabólico que permite la selección visual. Ejemplos de genes marcadores seleccionables incluyen genes que confieren resistencia a antibióticos (tales como nptll que fosforilan neomicina y canamicina o hpt, higromicina de fosforilación) , a herbicidas (por ejemplo, bar que provee resistencia a Basta; aroA o gox que provee resistencia contra glifosato) , o genes que proveen un rasgo metabólico (tal como manA permite que las plantas usen mañosa como una única fuente de carbón) . Los genes marcadores visuales dan como resultado la formación de color (por ejemplo ß-glucuronidasa, GUS) , luminiscencia (tales como luciferasa) o fluorescencia (Green Fluorescent Protein, GFR, y derivados de los mismos) . La presente invención también abarca plantas o partes de plantas obtenibles por los métodos de acuerdo con la presente invención. Por lo tanto, la presente invención provee plantas o partes de las mismas que pueden obtenerse por el método de acuerdo con la presente invención, dichas plantas han introducido en la misma un ácido nucleico de EFTu o variante del mismo (transgene) . La invención también provee un método para la producción de plantas transgénicas que tienen características de desarrollo mejoradas, que comprenden introducción y expresión en una planta o partes de plantas (incluyendo célula de planta) de un ácido nucleico ácido nucleico de EFTu o variante del mismo. El producto del gen de expresión del ácido nucleico se dirige a un plástido en una célula de planta si no está ya en el plástido. Más específicamente, la presente invención provee un método para la producción de plantas transgénicas que tienen características de crecimiento mejoradas, dicho método comprende : (i) introducir y/o expresar en una planta o parte de una planta (incluyendo célula de planta) un ácido nucleico de EFTu o variante del mismo que codifica un polipéptido que comprende: (a) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (b) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A; y (ii) cultivar la célula de plantas bajo condiciones que promueven crecimiento y desarrollo de plantas. El ácido nucleico puede introducirse directamente en una célula de planta o en la misma planta (incluyendo introducción en un tejido, órgano o cualquier otra parte de una planta) . De acuerdo con un aspecto preferido de la presente invención, el ácido nucleico preferiblemente se introduce en una planta por transformación. El término "transformación" como se denomina en la presente abarca la transferencia de un polinucleótido exógeno en una célula huésped, con respecto al método usado para transferencia. El tejido de plantas capaz de propagación clonal subsiguiente, ya sea por organogénesis o embriogénesis, puede transformarse con una construcción genética de la presente invención y una planta completa regenerada del mismo. El tejido particular elegido variará dependiendo de los sistemas de propagación clónales disponibles para, y mejor adecuados para, las especies particulares que está siendo transformada. El blanco de tejido ilustrativos incluyen discos de hojas, polen, embriones, cotiledones, hipocotiledones, megagametofitos, tejido calloso, tejido meristemático existente ( . gr . , meristemo apical, brotes axilares, y meristemos de raices) , y tejido de meristemo inducido (v. gr . , meristemo de cotiledones y meristemo de hipocotiledones) . El polinucleótido puede ser temporal o introducirse establemente en una célula de huésped y puede mantenerse de manera no integrada, por ejemplo, como un plásmido. Alternativamente, puede integrarse en el genoma huésped. La célula de planta transformada resultante entonces puede usarse para regenerar una planta transformada en una manera conocida para los expertos en la materia. La transformación de especies de plantas ahora es una técnica meramente de rutina. Ventajosamente, cualquiera de varios métodos de transformación se puede usar para introducir el gen de interés en una célula ancestral adecuada. Los métodos de transformación incluyen el uso de liposimas, electroporación, químicos que incrementan la absorción de ADN libre, inyección de ADN directamente en la planta, bombardeo con pistola de partículas, transformación usando virus o polen y micro proyección. Los métodos pueden seleccionarse del método de calcio/propilenglicol para protoplastos (Krens y otros (1982) Nature 296, 72-74; Negrutiu y otros (1987) Plant Mol. Biol. 8, 363-373);
electroporación de protoplastos (Shillito y otros (1985) Bio/Technol 3, 1099-1102) ; microinyección en material de planta (Crossway y otros (1986) Mol. Gen. Enet . 202, 179-185) ; infección por bombardeo de partículas revestidas con ADN o ARN (Klein y otros (1987) Nature 327, 70) con virus (no integradores) y similares. Las plantas de arroz transgénicas que expresan una proteína de HKT se producen preferiblemente vía transformación mediada por Agrobacterium usando cualquiera de los métodos bien conocidos para transformación de arroz, tales como las descritas en cualquiera de los siguientes: solicitud de patente Europea publicada EP 1198985 Al, Aldemita y Hodges (Planta 199, 612-617, 1996); Chan y otros (Plant Mol. Biol . 22, 491-506, 1993), Hiei y otros (Plant J. 6, 271-282, 1994), cuyas descripciones se incorporan aquí por referencia como se exhiben en su totalidad. En el caso de transformación de maíz, el método preferido es como se describió tanto en Ishida y otros (Nature Biotechnol. 14, 745-50, 1996) como Frame y otros (Plant Physiol . 129, 13-22, 2002), cuyas descripciones de incorporan aquí por referencia en su totalidad. Generalmente después de la transformación, se seleccionan células de plantas o agrupaciones de células para la presencia de uno o más marcadores que se codifican por genes que pueden expresarse en plantas co-transferidos con el gen de interés, después de lo cual se regenera el material transformado en una planta completa. Siguiendo la transferencia y regeneración de ADN, las plantas transformadas putativamente pueden evaluarse, por ejemplo, usando análisis Southern, para la presencia del gen de interés, número de copias y/u organización genómica. Alternativa o adicionalmente, los niveles de expresión del ADN recién introducido puede monitorearse usando análisis Northern y/o Western, ambas técnicas siendo bien conocidas para las personas que tienen experiencia ordinaria en la técnica . Las plantas transformadas generadas pueden propagarse por una variedad de medios, tal como por propagación clonal o técnicas de reproducción clásicas. Por ejemplo, una primera generación de de planta transformada (o TI) puede independizarse para dar transformantes de segunda generación homocigota (o T2) y las plantas de T2 además se propagan a través de técnicas de reproducción clásicas. Los organismos transformados generados pueden tener una variedad de formas. Por ejemplo, pueden ser quimeras de células transformadas y células no transformadas, transformantes clónales (v.gr., todas las células transformadas que contienen el cásete de expresión) ; injertos de tejidos transformados y no transformados (v.gr., en plantas, un rizoma transformado injertado a un retoño no transformado) . La presente invención se extiende claramente a cualquier célula de planta o planta producida por cualquiera de los métodos descritos en la presente y a todas las partes de plantas y propágulos de las mismas. La presente invención se extiende además para abarcar la progenie de una célula, tejido, órgano o planta completa transformada primo transfectada primariamente que se ha producido por cualquiera de los métodos mencionados antes, el único requerimiento siendo que la progenie exhiba las mismas características genotípicas y/o fenotípicas que aquellas producidas en la madre por los métodos de acuerdo con la invención. La invención también incluye células huésped que contienen un ácido nucleico de EFTu aislado o variante del mismo. Las células huésped preferidas de acuerdo con la invención son células de plantas. La invención también se extiende a partes cosechables de una planta de acuerdo con la invención, tal como, pero no limitado a semillas, hojas, frutos, flores, tallos, rizomas, tubérculos o bulbos. La invención además se refiere a productos derivados (de preferencia directamente) de una parte cosechable de dicha planta, tal como pellas secas o polvos, aceite, grasa y ácidos grasos, almidón o proteínas.
La presente invención también abarca el uso de ácidos nucleicos de EFTu o variantes de los mismos y al uso de polipéptidos similares a ácido nucleico de EFTu o variante del mismo, para incrementar el rendimiento, especialmente rendimiento de semillas en plantas desarrolladas bajo condiciones sin estrés. El rendimiento de semillas es como se definió antes. Los ácidos nucleicos de EFTu o variantes de los mismos, o polipéptidos de EFTu u homólogos del mismo, pueden encontrar uso en programas de reproducción en los cuales se identifica un marcador de ADN puede ligarse genéticamente a un gen de EFTu o variante del mismo. Los ácidos nucleicos/genes de EFTu o variantes del mismo, o polipéptidos de EFTu u homólogos del mismo pueden usarse para definir un marcador molecular. Este ADN o marcador de proteina puede usarse en programas de reproducción para seleccionar plantas que tienen rendimiento de plantas mejorado. El gen de EFTu o variante del mismo puede, por ejemplo, ser un ácido nucleico como el representado por uno de SEC ID NO: 1, SEC ID NO: 3, SEC ID NO: 5, SEC ID NO: 7, SEC ID NO: 9, SEC ID NO: 11, SEC ID NO: 13, SEC ID NO: 15, SEC ID NO: 17, SEC ID NO: 19 y SEC ID NO: 21. Las variantes alélicas de un ácido nucleico/gen de EFTu también pueden encontrar uso en programas de reproducción asistida por marcadores. Dichos programas de reproducción requieren algunas veces de la introducción de variación alélica por tratamiento mutagénico de las plantas, usando por ejemplo, mutagénesis de EMS; alternativamente, el programa puede iniciar con una recopilación de variantes alélicas del origen "natural", así llamado, producido no intencionalmente . La identificación de variantes alélicas toma lugar, por ejemplo, por RCP. Esto es seguido por un paso de selección para la selección de variantes alélicas superiores de la secuencia en cuestión y que origina características de crecimiento mejoradas en una planta. La selección normalmente se lleva a cabo monitoreando desempeño de crecimiento de plantas que contienen variantes alélicas diferentes de la secuencia en cuestión, por ejemplo, diferentes variantes alélicas de SEC ID NO: 1, SEC ID NO: 3, SEC ID NO: 5, SEC ID NO: 7, SEC ID NO: 9, SEC ID NO: 11, SEC ID NO: 13, SEC ID NO: 15, SEC ID NO: 17, SEC ID NO: 19 y SEC ID NO: 21. El desempeño de crecimiento puede monitorearse en un invernadero o en el campo. Los pasos opcionales adicionales incluyen plantas de cruzas, en las cuales se identificó la variante alélica con otra planta. Esto se podría usar, por ejemplo, para formar una combinación de características fenotípicas de interés. Un ácido nucleico de ácido nucleico de EFTu o variante del mismo también se pueden usar como sondas para mapear genética y físicamente los genes de los que son una parte, y como marcadores para los rasgos ligados a aquellos genes. Dicha información puede ser útil en reproducción de plantas con el fin de desarrollar lineas con fenotipos deseados. Dicho uso de ácidos nucleicos de de ácido nucleico de EFTu o variantes de los mismos requiere únicamente una secuencia de ácidos nucleicos de por lo menos 15 nucleótidos de longitud. Los ácidos nucleicos de de ácido nucleico de EFTu o variantes del mismo pueden usarse como marcadores de polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (PLFR) . Los análisis de Southern (Maniatis) de ADN genómico de plantas digeridas por restricción pueden probarse con los ácidos nucleicos de de ácido nucleico de EFTu o variantes de los mismos. Los patrones de formación de bandas resultantes entonces se pueden someter a análisis genéticos usando programas de computadora tales como MapMarker (Lander y otros (1987) Genomics 1, 174-181) con el fin de construir un mapa genético. Además, los ácidos nucleicos pueden usarse para probar análisis de manchas Southern que contienen ADN genómico tratado con endonucleasa de restricción de un grupo de individuos que representan los padres y progenie de una cruza genética definida. La segregación de los polimorfismos de ADN se notan y usan para calcular la posición del ácido nucleico de HKT o variante del mismo en el mapa genético obtenido previamente usando esta población (Botstein y otros (1989) Am. J. Hum. Gent . 32, 314-331).
La producción y uso de sondas derivadas de genes de plantas para usarse en mapeo genético se describe en Bematzky y Tanksley (1986) Plant Mol. Biol . Repórter 4, 37-41. Numerosas publicaciones describe mapeo genético de clones de ADNc específicos usando la metodología descrita antes o variaciones de la misma. Por ejemplo, las poblaciones de cruzas internas F2, poblaciones de cruzas posteriores, poblaciones igualadas aleatoriamente, líneas isogénicas cercanas, y se pueden usar otros grupos de individuos para mapeo. Dichas metodologías son bien conocidas por los expertos en la materia. Las sondas de ácidos nucleicos también pueden usarse para mapeo físico (es decir, colocación de secuencias en mapas físicos; véase Hoheisel y otros, en: Nonmammlian Genomic Analysis: A Practical Guide, Academic Press 1996, págs . 319-346, y referencias citadas en la presente). En otra modalidad, las sondas de ácidos nucleicos se pueden usar en mapeo por hibridización in situ de fluorescencia directa (HISF) (Trask (1991) Trends Genet . 7, 149-154) . Aunque los métodos actuales de mapeo de HISF favorecen el uso de clones grandes (bastantes cientos de kb; véase Laan y otros (1995) Genome Res. 5, 13-20), las mejoras en sensibilidad pueden permitir el desempeño de mapeo de HISF usando sondas más cortas.
Una variedad de métodos basados en amplificación de ácidos nucleicos de mapeo genético y fisico pueden llevarse a cabo usando los ácidos nucleicos. Los ejemplos incluyen amplificación especifica para alelos) (Kzazian (1989) J. Lab. Clin. Med. 11, 95-96) , polimorfismo de fragmentos amplificados por RCP (CAPS; Sheffield y otros, (1993) Genomics 16, 325-332), ligación especifica para alelos (Landegren y otros, (1988) Science 241, 1077-1080) , reaccione de extensión de nucleótidos (Sokolov (1990) Nucleic Acid Res. 18, 3671), Radiation Hybrid apping (Walter y otros (1997) Nat. Genet. 7, 22-28) y Happy Mapping (Dear and Cook (1989) Nucleic Acid Res. 17, 6795-6807). Para estos métodos, se usa la secuencia de ácidos nucleicos para diseñar y producir pares de iniciadores para usarse en la reacción de amplificación o en las reacciones de extensión de iniciador. El diseño de dichos iniciadores es bien conocido por loes expertos en la materia. En los métodos que emplean mapeo genético basado en RCP, puede ser necesario identificar diferencias de secuencias de ADN entre los padres de la cruza de mapeo en la región que corresponde a la secuencia de ácidos nucleicos presente. Sin embargo, generalmente no es necesario para métodos de mapeo. El desempeño de los métodos de acuerdo con la presente invención dan como resultado plantas que tienen rendimiento de plantas incrementado desarrolladas bajo condiciones in estrés, como se describió antes. Este rendimiento de plantas incrementado también se puede combinar con otras características económicamente ventajosas, tales como características mej oradoras de rendimiento adicionales, tolerancia a varios estrés, características que modifican varios aspectos arquitectónicos y/o aspectos bioquímicos y/o fisiológicos .
DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS
La presente invención ahora será descrita con referencia a las siguientes figuras en las cuales: La Fig. 1 muestra la alineación de múltiples CLÜSTAL W de varios polipéptidos de EFTu de plantas. El motivo de EFTu se representa por un motivo de EFTu adicional se representa por y un motivo de unión de GTP se representa por La Fig. 2 muestra un vector binario para la expresión en Oryza sativa de un EFTu de trabajo bajo el control de un promotor de oleosina. La Fig. 3 detalla ejemplos de secuencias útiles para llevar a cabo los métodos de acuerdo con la presente invención .
EJEMPLOS
La presente invención será descrita ahora con referencia a los siguientes ejemplos, que a manera de ilustración son únicos . Manipulación de ADN: a menos que se establezca de otra manera, las técnicas de ADN recombinantes se realizan de acuerdo con protocolos normales descritos en (Sambrook (2001) Molecular Cloning: un manual de laboratorio, 3a. Edición Cold Spring Harbor Laboratory Press, CSH, New York) o en los Volúmenes 1 y 2 de Ausubel y otros (1994), Current Protocols in Molecular Biology, Current Protocols. Los materiales y métodos normales para trabajo molecular de plantas se describen en Plant Molecular Biology Labfase (1993) por R.D.D. Croy, publicado por BIOS Scientific Publications Ltd (Rü) y Blackwell Scientific Publications (Rü) .
Ejemplo 1: Clonación de Genes El gen que codifica una proteina de EFTu se identificó primero como una etiqueta de secuencia expresada de células de tabaco BY2 y se aisló como una secuencia parcial en un experimento de ADNc-AFLP realizado con ADNc hecho de un cultivo de células de BY2 de tabaco sincronizado {Nicotiniana tabacum L. cv. Amarillo Brillante-2 ) . Con base en este experimento de ADNc-AFLP, etiquetas de BY2 que fueron modulados en su ciclo celular se identificaron y seleccionaron para clonación adicional. Las etiquetas de secuencia expresadas se usaron para tamizar un banco de ADNc de tabaco y para aislar el ADNc de longitud completa.
Sincronización de Células de BY2 La suspensión celular cultivada de BY2 de tabaco {Nicotiana tahacum : cv. Amarillo Brillante-2) se sincronizó bloqueando células en la fase temprana S con afidicolina de la siguiente manera. Una suspensión de células cultivadas de Nicotiana tabacum L. cv. Amarillo Brillante-2 se mantuvieron como se describe (Nagata y otros, Int. Rev. Cytol. 132, 1-30, 1992) . Para sincronización, se diluyó un cultivo estacionario de 7 días de edad 10 veces en medio de cultivo fresco suplementado con afidicolina (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO; 5 mg/1) , un fármaco de inhibición de ADN-Polimerasa a. Después de 24 horas, las células se liberaron del bloque mediante varios lavados con medio fresco y resumieron su progresión de ciclo celular.
Extracción de AKN y síntesis de ADNc El ARN total se preparó usando precipitación de LiCl (Sambrook y otros, 2001) y ARN poli(A+) se extrajo de 500 g de ARN total usando columnas de Oligotex. (Quiagen, Hilden, Alemania) de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Partiendo de 1 de ARN poli (A+) , se sintetizó ADNc de la primera hebra por transcripción inversa con un iniciador oligo-dT25 biotinilado (Genset, Paris, Francia) y Superscript II (Life Technologies, Gaithersburg, MD) . Se realizó síntesis de la segunda hebra por desplazamiento de hebra con ligasa de Escherichia coli (Life Tehcnologies) , polimerasa I de ADN (USB, Cleveland, OH) y ARNasa-H (USB) :
Análisis de AFLP de ADNc Quinientos ng de ADNc de doble hebra se usaron para el análisis de AFLP como se describió (Vos y otros, Nucleic Acids Res. 23 (21) 4407-4414, 1995; Bachem y otros, Plant J. 9 (5) 745-53, 1996) con modificaciones. Las enzimas de restricción usadas fueron BstYI y Msel (Biolabs) y la digestión se realizó en dos pasos separados. Después de la primera digestión de restricción con una de las enzimas, se recopilaron dos fragmentos del extremo 3' en perlas de Dyna (Dynal, Oslo, Noruega) por medio de su cola biotinilada, mientras que se lavaron los otros fragmentos. Después de la digestión con la segunda enzima, los fragmentos de restricción liberados se recopilaron y usaron como modelos en los pasos de AFLP subsecuentes. Para preamplificaciones, un iniciador de Msel sin nucleótidos selectivos se combinaron con un iniciador de BstYI conteniendo ya una T o una C como la mayoría de nucleótidos 3'. Las condiciones de RCP fueron como se describió (Vos y otros, 1995) . Las mezclas de amplificación obtenidas se diluyeron 600 veces y 5 µ? se usaron para amplificaciones selectivas usando un iniciador de BstYI marcado con P33 y la polimerasa Amplitaq-Gold ( Roche Diagnostics , Brussels, Bélgica) . Los productos de amplificación se separaron en geles de poliacrilamida al 5% usando el sistema de Sequigel (Biorad) . Los geles secos se expusieron a películas Kodak Biopmax así como se escanearon en un Phospholmager (Amersham Pharmacia Biotech, Little Chalfont, RU) .
Caracterización de fragmentos de AFLP Las bandas que corresponden a transcripciones expresadas diferencialmente, entre las que estaba la transcripción correspondiendo a SEC ID NO 1, se aislaron del gel y el ADN eluído se reamplificó bajo las mismas condiciones que para la amplificación selectiva. La información de secuencia se obtuvo ya sea por secuenciación directa del producto de reacción de cadena de polimerasa reamplificado con el iniciador de BstYI selectivo o después de la clonación de los fragmentos en pGEM-Teasy (Promega, Madison, WI) o por clones individuales de secuenciación. Las secuencias obtenidas se compararon contra secuencias de nucleótidos y proteínas presentes en las bases de datos disponibles públicamente por alineaciones de secuencias de BLAST (Altschul y otros, Nucleic Acids Res. 25 (17) 3389-3402, 1997). Cuando estaba disponible, las secuencias de etiquetas se reemplazaron con ESE más largos o secuencias de ADN c aislados para incrementar la oportunidad de hallar homología significante. El clon de ADNc físico que corresponde a SEC ID NO 1 se amplificó subsecuentemente de un banco de ADNc de Tabaco comercial domo sigue.
Clonación de Genes Un banco de ADNc con insertos promedio de 1,400 pb se hizo con poli(A+) aislado de células de tabaco BY2 o sincronizadas divididas activamente. Estos insertos de bancos se clonaron en el vector pCMVSPORT6.0 , comprendiendo un cásete de Gateway attB (Life Technologies) . De este banco se seleccionaron 46,000 clones, dispuestos en placas de microtitulación de 384 pozos, y subsecuentemente se formaron manchas en duplicado en filtros de nylon. Los clones dispuestos se tamizaron usando combinaciones de varios cientos de etiquetas marcadas radiactivamente como sondas (entre las cuales estaba la etiqueta de BY2 que corresponde a la secuencia de SEC ID NO. 1) . Los clones positivos se aislaron (entre las cuales el clon reaccionó con la etiqueta BY2 correspondiente para la secuencia de SEC ID NO 1) , se secuenciaron, se alinearon con la secuencia de etiqueta. En casos en donde la hibridización con la etiqueta falló, se seleccionó ADNc de longitud completa correspondiendo a la etiqueta por amplificación de RCP como sigue. Los iniciadores específicos para Etiquetas se diseñaron usando el programa de iniciador 3 (http://www.genome.wi.mit.edu/ genome_software/other/primer3.html) y se usó en combinación con el iniciador de vector común para amplificar insertos de ADNc parciales. Las combinaciones de ADN, de 50,000, 100,000, 150,000 y 300,000 clones de ADNc se usaron como modelos en amplificaciones de RCP. Los productos de amplificación se aislaron de geles de agarosa, se clonaron, secuenciaron y alinearon con etiquetas. Subsecuentemente, el aDNc de longitud completa que corresponde a SEC ID NO 1 se clonó del vector de banco de pCM Sport 6.0 en un vector de expresión de planta adecuado vía una reacción de Gateway LR.
Reacción de compuerta de LR para clonar el gen en un vector de expresión de plantas El pCMV Sport 6.0 se utilizó subsecuentemente en una reacción de LR con un vector' de destino de Gateway adecuado para transformación de arroz. ESte vector contiene como elementos funcionales dentro de los límites de ADN T un marcador seleccionable de plantas y un cásete de Gateway destinado para recombinación in vivo de LR con la secuencia de interés y clonada en el vector donador. Corriente arriba de este cásete de compuerta es el promotor de prolamina de arroz para expresión especifica de semilla del gen. Después del paso de recombinación, el vector de expresión resultante (véase Fig.2) se transformó en la cepa LBA4404 de Agrobacterium y subsecuentemente en plantas de
Ejemplo 3: Evaluación y Resultados
Se generaron aproximadamente de 15 a 20 transformantes de arroz TO independientes. Las transformantes primarias se transfirieron de cámaras de cultivos de tejidos a un invernadero para el crecimiento y se cosecharon de semillas de TI. 5 eventos, de los cuales se retuvieron de la progenie de TI se segregaron 3:1 para la presencia/ausencia del transgenes. Para cada uno de estos eventos, aproximadamente 10 TI plantas de semilleros conteniendo el transgen (Hetero y homocigotos) y en el mismo número, aproximadamente 10 Ti plantas de semilleros careciendo del transgen (nulicigotos ) , se seleccionaron por expresión de marcador de monitoreo visual. Además se evaluaron 4 eventos de TI en la generación de T2 siguiendo el mismo procedimiento de evaluación como para la generación de TI pero con más individuos por evento.
Análisis estadístico: Prueba-F Se utilizó un ANOVA de dos factores (análisis de variantes) como un modelo estadístico para la evaluación global de características fenotípicas de plantas. Se llevó a cabo una prueba F en todos los parámetros medidos de todas las plantas de todos los eventos transformados con el gen de la presente invención. La prueba F se llevó a cabo para revisar un efecto del gen sobre todos los eventos de transformación y para verificar un efecto general del gen, también conocido como efecto de gen global. El umbral para significancia para un efecto de gen global se estableció en un nivel de probabilidad del 5% para la prueba F. ün valor de prueba F significante señala un efecto de gen, significando que no solo es la presencia o posición del gen que ocasiona las diferencias en fenotipos.
3.1 Mediciones de parámetros relacionados con semillas Las panículas primarias maduras se cosecharon, empacaron en bolsas, se marcaron con códigos de barras y luego se secaron durante tres días en el horno a 37 °C. Las panículas luego se trillaron y todas las semillas se recopilaron y contaron. Las cáscaras llenas se separaron de las vacías usando un dispositivo de soplado de aire. Las cáscaras vacías se descartaron y la fracción restante se contó de nuevo. Las cáscaras llenas se pesaron en una balanza analítica. La producción total de semillas se midió pesando todas las cáscaras llenas cosechadas de una planta. El índice de cosecha de la presente invención se definió como una relación de la producción total de semilla y el área sobre la tierra (mm2) multiplicado por un factor 106.
3.2 Area Sobre la Tierra El área sobre la tierra se determinó contando el número total de píxeles de las imágenes de las partes de las plantas sobre la tierra discriminadas del fondo de la tierra. Este valor se promedió para las imágenes tomadas en el mismo punto de tiempo de diferentes ángulos y se convirtió a un valor de superficie físico expresado en mm cuadrado por calibración. Los experimentos muestran que el área de planta sobre la tierra medida se correlaciona de esta manera con la biomasa de la planta. La siguiente tabla de resultados muestra los valores p de la prueba F para las evaluaciones Ti y Ti. El porcentaje de diferencia entre los transgénicos y los nulicigotos correspondientes. Por ejemplo, en el caso del numero se semillas llenas, 2 líneas en la generación de TI dio una diferencia mayor al 50% en el número de semillas llenas obtenidas de plantas transgénicas comparado con el número de semillas llenas obtenidas de nulicigotos correspondientes; el valor p de la prueba F de estas dos líneas fue menor a 0.12. En general, se evaluaron 5 lineas para el número de semillas llenas dando una diferencia de porcentaje de 19% para el número de semillas llenas de plantas transgénicas comparado con el número de semillas llenas de nulicigotos correspondientes; y un valor p de la prueba F de estas 5 líneas dio un valor de 0.05. Similarmente, en la generación de T2 , 1 línea dio una diferencia de 23% para el número de semillas llenas obtenidas de plantas transgénicas comparado con el número de semillas llenas obtenidas de nulicigotos correspondientes; el valor p de la prueba F para esta línea fue de 0.08. En general, en la generación T2, 3 líneas se evaluaron para el número de semillas llenas dando un porcentaje de diferencia entre el numero de semillas llenas de plantas transgénicas comparado con el numero de semillas llenas de nulicigotos correspondientes de 11%; un valor p de la prueba F para estas 3 líneas dio un valor de 0.08.
Claims (27)
1. - Método para incrementar el rendimiento en plantas desarrolladas bajo condiciones sin estrés, comprendiendo actividad preferiblemente creciente en un plástido de un factor de elongación de traslación (EFTu) o un homólogo del mismo que comprende: (i) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DCXXG NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (ii) dominio EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene un creciente orden de preferencia de identidad de por lo menos 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% o 95% de la misma y/o K D/G S/A, y seleccionando opcionalmente plantas que tienen rendimiento incrementado en relación con plantas tipo silvestre correspondientes desarrolladas bajo condiciones comparables .
2. - El método de acuerdo con la reivindicación 1, en donde la actividad incrementada se efectúa introduciendo una modificación genética preferiblemente en el sitio de un gen que codifica dicho polipéptido de EFTu o un homólogo del mismo .
3. - El método de acuerdo con la reivindicación 2, en donde la modificación genética se efectúa por uno de: mutagénesis dirigida a sitio, evolución dirigida, recombinación homologa, TILLING, y activación de ADN T.
4. - El método para incrementar el rendimiento de plantas en plantas desarrolladas bajo condiciones sin estrés, que comprende (i) introducir y expresar en una planta o parte de una planta un ácido nucleico de
EFTu o variante del mismo que codifica un polipéptido de EFTU que comprende: (a) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (b) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A; y (ii) dirigir el polipéptido a un plástido en la célula de planta a menos que el ácido nucleico o variante del mismo sea un gen plastidico. 5. - El método de acuerdo con la reivindicación 4, en donde la variante es una porción de un ácido nucleico de EFTu o una secuencia capaz de hibridizar un acido nucleico de EFTu, dicha porción o secuencia de hibridización codifica un polipéptido que comprende: (i) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (ii) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A.
6. - El método de acuerdo con la reivindicación 4 ó 5, en donde el ácido nucleico de EFTu o variante del mismo se sobre-expresa en una planta.
7. - El método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6, en donde el ácido nucleico de EFTu o variante del mismo es de origen de planta, preferiblemente de una planta dicotiledónea, preferiblemente además de la familia Solanaceae, más preferiblemente del género Nicotinanae. 8.- El método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6, en donde dicho ácido nucleico de EFTu o variante del mismo se liga operablemente a un promotor especifico para semillas, preferiblemente a un promotor especifico para embriones y/ especifico para alerones.. 9.- El método de acuerdo con la reivindicación 8, en donde el promotor es un promotor de oleosina. 10. - El método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, en donde el rendimiento incrementado es rendimiento de semillas incrementado en relación con las plantas tipo silvestre correspondientes. 11. - El método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10, en donde dicho rencimiento incrementado es biomasa de plantas sobre la tierra incrementada . 12.- El método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11, en donde el rendimiento incrementado da régimen de crecimiento incrementado en relación con las plantas tipo silvestre correspondientes . 13.- El método de acuerdo con la reivindicación 10, en donde el crecimiento de semillas incrementado se selecciona de cualquiera o más de (i) biomasa de semillas incrementada; (ii) número incrementado de semillas (llenas); (iii) tamaño de semillas incrementado; (iv) volumen de semillas incrementado; (v) índice de cosecha incrementado; y (vi) peso de semilla de bulbo incrementado mil veces (PSM) . 14. - Plantas que pueden obtenerse por un método de cuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13. 15. - Construcción que comprende: (i) Un ácido nucleico de EFTu que codifica un polipéptido que comprende: (a) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (b) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A; y (ii) una . o más secuencias de control capaces de dirigir la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i) ; y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de transcripción . 16. - Construcción de acuerdo con la reivindicación 15, en donde el promotor especifico para semillas es un promotor especifico para embriones y/o especifico apara alerones . 17. - Construcción de acuerdo con la reivindicación 15 ó 16, en donde el promotor es un promotor de oleosina. 1
8. - Planta transformada con una construcción de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 17. 1
9. - Método para la producción de una planta transgénica que tiene rendimiento incrementado bajo condiciones sin estrés en relación con el rendimiento de plantas tipo silvestre correspondientes desarrolladas bajo condiciones comparables, dicho método comprende: (i) introducir y expresar en una planta o parte de una planta un ácido nucleico de EFTu o variante del mismo que codifica un polipéptido de EFTU que comprende: (a) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (b) el dominio de EFTu ALMANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A; y (ii) cultivar la planta o parte de planta bajo condiciones que promueven el crecimiento y desarrollo de plantas. 20. - Plantas transgénicas desarrolladas bajo condiciones sin estrés y que tienen rendimiento incrementado, particularmente rendimiento incrementado, en relación con las plantas de tipo silvestre desarrolladas bajo condiciones comparables, el rendimiento incrementado resultante de un ácido nucleico de EFTu o variante del mismo introducido y expresado en dicha planta, el ácido nucleico de EFTu o variante del mismo codificando un polipéptido que comprende: (a) los siguientes dominios de unión de GTP en cualquier orden GXXXXGK y DXXG y NKXD y S/L/K/Q A/G L/V/F, en donde X es cualquier aminoácido; y (b) el dominio de EFTu AL ANPAIKR o un dominio que tiene identidad del 50% al mismo y/o K D/G EE S/A, dicho polipéptido se dirige a un plástido en una célula de planta si no está ya en el plástido. 21. - La planta transgénica de acuerdo con la reivindicación 14, 18 ó 20, en donde la planta es una planta monocotiledónea, tal como caña de azúcar o en donde la planta es un cereal, tal como arroz, maíz, trigo, cebada, mijo, centeno, avena o sorgo. 22. - Partes cosechables de una planta de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 14, 18, 20 ó 21. 23.- Partes cosechables de acuerdo con la reivindicación 22, en donde las partes cosechables son semillas . 24.- Productos derivados de una planta de acuerdo con la reivindicación 21, o de partes cosechables de acuerdo con la reivindicación 22 ó 23. 25. - Uso de un ácido nucleico/gen de EFTu o variante del mismo o uso de un polipéptido de EFTu u homólogo del mismo para incrementar rendimiento de plantas, especialmente rendimiento de semillas, en plantas desarrolladas bajo condiciones sin estrés. 26. - Uso de acuerdo con la reivindicación 25, en donde el rendimiento de semillas incluye uno o más de los siguientes: número incrementado de Semillas (llenas), peso de semillas incrementado, índice cosechado incrementado y PSM incrementado . 27. - Uso de un ácido nucleico/gene de EFTu o variante del mismo o uso de un polipéptido similar a EFTu u homólogo del mismo como un marcador molecular.
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| EP04106984.0 | 2004-12-24 | ||
| US60/641,657 | 2005-01-06 |
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