MX2007000410A - Plantas que tienen caracteristicas de crecimiento mejoradas y metodo para hacer las mismas. - Google Patents
Plantas que tienen caracteristicas de crecimiento mejoradas y metodo para hacer las mismas.Info
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Abstract
La presente invencion se relaciona a un metodo para mejorar las caracteristicas de crecimiento de las plantas incrementando la actividad en una planta de un polipeptido similar a YIPPEE o un homologo del mismo. Un metodo comprende introducir en una planta un acido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo. La invencion tambien se relaciona a plantas transgenicas que tienen introducido en la misma un acido nucleido similar a YIPPEE o una variante del mismo, cuyas plantas tienen caracteristicas de crecimiento mejoradas con relacion a las plantas de tipo silvestre correspondientes. La presente invencion tambien se relaciona a construcciones utiles en los metodos de la invencion.
Description
PLANTAS QUE TIENEN CARACTERÍSTICAS DE CRECIMIENTO MEJORADAS Y MÉTODO PARA HACER LAS MISMAS
La presente invención se relaciona en general al campo de la biología molecular y tiene relación con un método para mejorar las características de crecimiento de la planta. Más específicamente, la presente invención se relaciona a un método para mejorar características de crecimiento de plantas, en particular, rendimiento, incrementando actividad en una planta de un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo. La presente invención se relaciona también a plantas que tienen actividad incrementada de un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo, cuyas plantas tienen características de crecimiento mejoradas relativas a plantas de tipo silvestre correspondientes. La invención proporciona también construcciones útiles en los métodos de la invención. La población mundial cada vez mayor y el suministro decreciente de tierra cultivable disponible para investigaciones agronómicas de combustible agrícola para mejorar la eficiencia de la agricultura. Medios convencionales para cultivos y mejoras hortícolas utilizan técnicas de reproducción selectiva para identificar plantas que tienen características deseables. Sin embargo, tales técnicas de reproducción selectivas tienen varias
desventajas, es decir que estas técnicas requieren normalmente de mucha mano de obra y resulta en plantas que con frecuencia contienen componentes genéticos heterogéneos que no pueden siempre resultar en el rasgo deseable que se pasa desde las plantas progenitoras. Avances en la biología molecular han permitido a la humanidad modificar el material genético de animales y plantas. El diseño genético de las plantas implica el aislamiento y la manipulación de material genético (normalmente en la forma de ADN o de ARN) y la introducción subsecuente de ese material genético en una planta. Tal tecnología tiene la capacidad para suministrar cultivos o plantas que tienen varios rasgos económicos, agronómicos u hortícolas mejorados. Un rasgo de interés económico particular es el rendimiento. El rendimiento se define normalmente como el producto cuantificable de valor económico de un cultivo. Esto puede definirse en términos de cantidad y/o calidad. El rendimiento es directamente dependiente de varios factores, por ejemplo, el número y el tamaño de los órganos, la arquitectura de la planta (por ejemplo, el número de ramas) , la producción de semillas y más. El desarrollo de raíces, la absorción de nutrientes y la tolerancia a la tensión pueden ser también factores importantes para determinar el rendimiento. El rendimiento de cultivos puede incrementarse por lo tanto al optimizar uno de los factores antes mencionados.
La capacidad para mejorar varias características de crecimiento de una planta tendría muchas aplicaciones en áreas tales como mejoramiento de cultivo, reproducción de plantas, en la producción de plantas ornamentales, arboricultura, horticultura y silvicultura. Al mejorar tales características de crecimiento, tales como rendimiento pueden encontrar también uso en la producción de algas para uso en bioreactores (para la producción biotecnológica de sustancias tales como farmacéuticos, anticuerpos, o vacunas, o para la bioconversión de desecho orgánico) y otras áreas. Se ha encontrado ahora que incrementar la actividad en una planta de un polipéptido similar a YIPPEE determina plantas que tienen características de crecimiento mejoradas relativas a plantas de tipo silvestre correspondientes. El gen YIPPEE se identificó primero en Drosophila y reveló una familia novedosa de proteínas de enlace de zinc putativo altamente conservadas entre eucariotes (Roxstrom-Lindquist K. y Faye I. (2001) Insec Mol Biol. 10 (1) : 77-86) . La proteína de YIPPEE se caracterizó y se encontró que contiene un dominio de enlace de metal similar a dedo de zinc putativo. Éste fue el primer miembro caracterizado de una familia genética conservada de proteínas presente en diversos organismos eucarióticos, que varían desde moho de limo celular a humanos. El gen YIPPEE se expresa de forma ubicua en diferentes etapas de desarrollo de Drosophila . El grado
elevado de conservación de secuencia similar a YIPPEE entre un margen amplio de especies es una indicación que la proteína de YIPPEE es de importancia general en eucariotes. De acuerdo a la presente invención, se proporciona un método para mejorar las características de crecimiento de una planta, que comprende incrementar la actividad en una planta de un polipéptido similar a YIPPEE .o un homólogo del mismo. Ventajosamente, el rendimiento de los métodos de acuerdo a la presente invención resulta en plantas que tienen una variedad de características de crecimiento mejoradas, especialmente rendimiento incrementado, particularmente rendimiento de semillas. El término "rendimiento incrementado" como se define en la presente se toma para significar un incremento en cualquiera de uno o más de lo siguiente, cada uno con relación a plantas de tipo silvestre correspondientes: (i) biomasa incrementada (peso) de una o más partes de una planta, particularmente partes exteriores (cosechables) , biomasa de raíces incrementada o biomasa incrementada de cualquier otra parte cosechable; (ii) rendimiento incrementado de semillas, el cual incluye un incremento en biomasa de semillas (peso de semillas) y el cual puede ser un incremento en el peso de la semilla por planta o en una base individual de semillas; (iii) el número incrementado de
semillas (llenas) ; (iv) tamaño incrementado de semillas; la cual puede influenciar también la composición de semillas; (v) volumen incrementado de semillas; la cual puede influenciar también la composición de semillas; (vi) índice de recolección incrementado, el cual se expresa como una relación del rendimiento de partes cosechables, tales como semillas, sobre la biomasa total; y (vii) el peso incrementado en miles de granos (TKW) , el cual se extrapola a partir del número de semillas llenas contadas y su peso total. Un TKW incrementado puede resultar de un tamaño incrementado de semillas y/o el peso de semillas. Tomando al maíz como ejemplo, un incremento en el rendimiento puede manifestarse como uno' o más de lo siguiente: incremento en el número de plantas por hectárea o acre, un incremento en el número de espigas por planta, un incremento en el número de hileras, número de granos por hilera, peso del grano, peso en miles de granos, longitud/diámetro de la espiga, entre otros. Tomando el arroz como un ejemplo, un incremento en el rendimiento puede manifestarse por un incremento en uno o más de lo siguiente: número de plantas por hectárea o acre, número de panojas por planta, número de espiguillas por panoja, número de flores por panoja, incremento en la tasa de llenado de la semilla, incremento en peso en miles de granos, entre otros. Un incremento en el rendimiento puede resultar también en la
arquitectura modificada, o puede ocurrir como un resultado' de la arquitectura modificada. De acuerdo a una característica preferida, el rendimiento de los métodos de la invención resulta en plantas que tienen rendimiento incrementado, particularmente rendimiento de semillas. Por lo tanto, de acuerdo a la presente invención, se proporciona un método para incrementar el rendimiento de plantas, particularmente el rendimiento de semillas, cuyo método comprende incrementar la actividad en una planta de un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo. Ya que las plantas transgénicas de acuerdo a la presente invención tienen rendimiento incrementado, es probable que estas plantas exhiban una tasa de crecimiento incrementado (durante al menos parte de su ciclo de vida) , con relación a la tasa de crecimiento de plantas de tipo silvestre correspondientes en una etapa correspondiente en su ciclo de vida. La tasa de crecimiento incrementada puede ser específica a una o más partes de una planta (incluyendo semillas) , o puede ser en sustancialmente toda la planta completa. Una planta que tiene una tasa de crecimiento incrementada puede incluso exhibir florecimiento temprano. El incremento en una tasa de crecimiento puede tomar lugar en una o más etapas en el ciclo de vida de una planta o durante sustancialmente el ciclo de vida completo de la planta. La
tasa de crecimiento incrementada durante las etapas tempranas en el ciclo de vida de una planta puede reflejar vigor incrementado. El incremento en la tasa de crecimiento puede alterar el ciclo de cosecha de una planta que permiten a las plantas sembrarse después y/o cosecharse más pronto que lo que sería de otra manera posible. Si la tasa de crecimiento se incrementa de forma suficiente, ésta puede permitir sembrar semillas adicionales de la misma especie de planta (por ejemplo, sembrar y cosechar plantas de arroz después de sembrar y cosechar plantas de arroz adicionales todas dentro de un periodo de crecimiento convencional) . De forma similar, si la tasa de crecimiento se incrementa de forma suficiente, ésta puede permitir el sembrado de semillas adicionales de diferentes especies de plantas (por ejemplo, el sembrado y cosecha de plantas de arroz seguidas por ejemplo, por el sembrado y cosecha opcional de soya, papas o cualquier otra planta adecuada) . Los tiempos de cosecha adicionales a partir del mismo rizoma en el caso de algunas plantas pueden también ser posibles. Alterar el ciclo de cosecha de una planta puede conducir a un incremento en la producción de biomasa anual por acre (debido a un incremento en el número de veces
(digamos en un año) que cualquier planta particular puede cultivarse y cosecharse) . Un incremento en la tasa de crecimiento puede permitir también el cultivo de plantas transgénicas en un área geográfica más amplia que sus
contrapartes de tipo silvestre, ya que las limitaciones territoriales para prosperar un cultivo con frecuencia se determina por condiciones ambientales adversas ya sea en el tiempo de plantación (estación temprana) o en el tiempo de cosecha (estación tardía) . Tales condiciones adversas pueden evitarse si el ciclo de cosecha se acorta. La tasa de crecimiento puede determinarse derivando varios parámetros desde las curvas de crecimiento, tales parámetros pueden ser: T-medio (el tiempo tomado para plantas que alcanzan 50% de su tamaño máximo) y T-90 (tiempo tomado para plantas que alcanzan 90% de su tamaño máximo), entre otros. El desempeño de los métodos de la invención determina plantas que tienen una tasa de crecimiento incrementada. Por lo tanto, de acuerdo a la presente invención, se proporciona un método para incrementar la tasa de crecimiento de plantas, cuyo método comprende incrementar actividad en una planta de un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo. Un incremento en la tasa de rendimiento y/o crecimiento ocurre si la planta está bajo condiciones sin tensión o si la planta se expone a varias tensiones comparada a plantas control. Las plantas responden normalmente a la exposición a tensión al crecer más lentamente. En condiciones de tensiones severas, la planta puede incluso detener el crecimiento completamente. Tensiones suaves por otro lado se
definen en la presente como cualquier tensión a la cual una planta se expone, la cual no resulta en la suspensión de la planta para crecer completamente sin la capacidad de reactivar el crecimiento. Debido a avances en prácticas agrícolas (tratamientos con pesticidas, fertilización, irrigación) tensiones severas no se encuentran con frecuencia en plantas forrajeras cultivadas. Como una consecuencia, el crecimiento comprometido inducido por tensión suave es con frecuencia una característica indeseable para agricultura. Las tensiones suaves son las tensiones típicas a las cuales una planta puede exponerse. Estas tensiones pueden ser las tensiones bióticas y/o abíóticas cotidianas (ambientales) a las cuales se expone una planta. Las tensiones abióticas o ambientales típicas incluyen tensiones de temperatura provocadas por temperaturas calientes o frías/congelantes atípicas; tensiones salinas; tensiones acuosas (sequía o agua en exceso) . Las tensiones 'abióticas pueden provocarse también por químicos. Las tensiones bióticas son normalmente aquellas tensiones provocadas por patógenos, tales como bacterias, virus, hongos e insectos. Las características de crecimiento antes mencionados pueden modificarse ventajosamente en cualquier planta. El término "planta" como se utiliza en la presente, abarca plantas completas, progenitores y progenie de las
plantas y partes de la planta, incluyendo semillas, brotes, tallos, hojas, raíces, flores (incluyendo tubérculos), y tejidos y órganos, en donde cada uno de los anteriores comprende el gen/ácido nucleico de interés y/o una modificación genética, de preferencia en el sitio de un gen similar a YIPPEE. El término "planta" también abarca cultivos de suspensión, tejido calloso, embriones, regiones meristemáticas, gametofitos, esporofitos, polen y microesporas, de nuevo en donde cada uno de los anteriores comprende el gen/ácido nucleico de interés y/o una modificación genética, de preferencia en el sitio de un gen similar a YIPPEE. Las plantas que son particularmente útiles en los métodos de la invención incluyen todas las plantas que pertenecen a la superfamilia Viridiplantae, en particular plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas, incluyendo pastos o legumbres forrajeras, plantas ornamentales, cultivos alimenticios, árboles o arbustos seleccionados de la lista que comprende Acacia spp. , Acer spp. , Actinidia spp. , Aesculus spp. , Agathis australis, Albizia amara , Alsophila tricolor, Andropogon spp. , Arachis spp, Areca catechu, Astelia fragrans , Astragalus cicer, Baikiaea pluríjuga , Betula spp. , Brassica spp. , Bruguiera gymnorrhiza , Burkea africana , Butea frondosa , Cadaba farinosa , Calliandra spp, Camellia sinensis, Canna indica , Capsicum spp . , Cassia spp . , Centroema
pubescens, Chaenomeles spp., Cinnamomum cassia, Coffea arábica, Colophospermum mopane, Coronillia varia, Cotoneaster serótina, Crataegus spp., Cucumis spp., Cupressus spp., Cyathea dealbata, Cydonia oblonga, Cryptomeria japónica, Cymbopogon spp., Cynthea dealbata, Cydonia oblonga, Dalbergia monetaria, Davallia divaricata, Desmodium spp., Dicksonia squarosa, Diheteropogon amplectens, Dioclea spp, Dolichos spp. , Dorycníum rectum, Echinochloa pyramidalis , Ehrarfia spp., Eleusine coracana, Eragrestis spp., Erythrina spp., Eucalyptus spp., Éuclea schimperi, Eulalia villosa, Fagopyrum spp., Feljoa sellowiana, Fragaria spp., Flemingia spp, Freycinetia banksii, Geranium thunbergii, Ginkgo biloba, Glycine javanica, Gliricidia spp, Gossypium hirsutum, Grevillea spp., Guibourtia coleosperma, Hedysarum spp., Hemarthia altissima, Heteropogon contortus, Hordeum vulgare, Hyparrhenia rufa, Hypericum erectum, Hyperthelia dissolute, índigo incamata, Iris spp., Leptarrhena pyrolifolia , Lespediza spp. , Lettuca spp. , Leucaena leucocephala , Loudetia simplex, Lotonus bainesii, Lotus spp., Macrotyloma exiliare, Malus spp., Manihot sculenta, Medicago sativa, Metasequoia glyptostroboides , Musa sapientum, Nicotianum spp. , Onobrychis spp., Omithopus spp., Oryza spp., Peltophorum africanum, Pennisetum spp., Persea gratissíma, Petunia spp., Phaseolus spp., Phoenix canariensis, Phormium cookianum, Photinia spp., Picea glauca, Pinus spp., Pisum sativum, Podocarpus totara ,
Pogonarthria fleckii , Pogonarthria squarrose, Populus spp. , Prosopis cineraria, Pseudotsuga menziesii, Pterolobium stellatum, Pyrus communis, Quercus spp. , Rhaphiolepsis umbellata, Rhopalostylis sápida , Rhus natalensis, Ribes grossularia , Ribes spp. , Robinia pseudoacacia , Rosa spp. , Rubus spp. , Salix spp. , Schyzachyrium sanguineum, Sciadopitys verticillata , Sequoia sempervirens , Sequoiadendron giganteum, Sorghum bicolor , Spinacia spp. , Sporobolus fimbriatus, Stiburus alopecuroides , Stylosanthos humilis, Tadehagi spp, Taxodium distichum, Themeda triandra , Trifolium spp. , Triticum spp. , Tsuga heterophylla, Vaccínium spp. , Vida spp. , Vitis vinifera , Natsonia pyramidata , Zantedeschia aethiopica , Zea mays, amaranto, alcachofa, espárrago, brócoli, col de brusela, col, cañóla, zanahoria, coliflor, apio, col verde, lino, col rizada, lenteja, colza de semilla oleosa, quimbombo, cebolla, papa, arroz, soya, fresa, remolacha azucarera, caña de azúcar, girasol, tomate, chayóte, té y algas, entre otros. De acuerdo a una modalidad preferida de la presente invención, la planta es una planta forrajera tal como soya, girasol, cañóla, alfalfa, semilla de colza, algodón, tomate, papa o tabaco. Además de preferencia, la planta es una planta monocotiledónea tal como caña de azúcar. Más preferiblemente, la planta es un cereal, tal como arroz, maíz, trigo, cebada, mijo, centeno, sorgo o avena. La actividad de un polipéptido similar a YIPPEE
puede incrementarse incrementando los niveles en una planta del polipéptido. Alternativamente, la actividad puede también incrementarse cuando no existe cambio en los niveles de un polipéptido similar a YIPPEE, o incluso en donde existe una reducción en los niveles de un polipéptido similar a YIPPEE. Esto puede ocurrir cuando las propiedades intrínsecas del polipéptido se alteran, por ejemplo, al hacer versiones mutantes que son más activas que el polipéptido de tipo silvestre. El término "polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo" como se define en la presente se refiere a un polipéptido que comprende: (i) un motivo de enlace de zinc putativo: 2xCXXC, en donde X es cualquier residuo aminoácido; e (ii) el motivo KYKEGK, que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora; e (iii) el motivo GRAYLF; que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora. El motivo de enlace de zinc putativo: 2xCXXC se encuentra normalmente con un intervalo de aproximadamente 52 residuos de aminoácidos entre el primero y segundo CXXC, es decir, CXXC{52 aminoácidos }CXXC. El término "cualquier sustitución de aminoácido conservadora" significa que cualquiera de uno o más de los residuos aminoácidos puede reemplazarse con una sustitución conservadora. Las tablas de
sustitución conservadora están fácilmente disponibles en la técnica. La tabla siguiente determina ejemplos de sustituciones de aminoácido conservadoras. Tabla 1: Ejemplos de sustituciones de aminoácidos conservadoras
Un "polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo" puede identificarse fácilmente utilizando técnicas de rutina bien conocidas en el arte. Los motivos definidos anteriormente son altamente conservados, por lo que se permite a una persona experta en la técnica identificar fácilmente otras secuencias similares a YIPPEE con base en la presencia de estos motivos. La secuencia de polipéptido similar a YIPPEE de la planta representada por la SEC de IDENT. NO: 2, codificada por el ácido nucleico de la SEC de IDENT. NO: 1, se encontró en la base de homología a un factor de transcripción en
Drosophila. Ejemplos de polipéptidos derivados de plantas que se basan en la definición de un "polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo" incluye: ?t3g08990 (SEC de IDENT. NO: 4), ?t3gll230 (SEC de IDENT. NO: 6); At2g40110 (SEC de IDENT. NO: 8), At4g27740 (SEC de IDENT. NO: 10) y At5g53940 (SEC de IDENT. NO: 12), todas de Arabidopsis thaliana ; AB061267 (SEC de IDENT. NO: 14), de papa; AY109711.1 (SEC de IDENT. NO: 16) y AY104347.1 (SEC de IDENT. NO: 18) predicciones de proteína en maíz; NM_196100.1 (SEC de IDENT. NO: 20), AK121352.1 (SEC de IDENT. NO: 22) y AK109500.1 (SEC de IDENT. NO: 24), predicciones de proteína en arroz. La tabla siguiente muestra el porcentaje de homología de las secuencias de polipéptido similares a YIPPEE antes mencionadas con la SEC de IDENT. NO: 2 con base en la alineación de secuencia global total. Los números de registro de adquisición 1 a 7 en la tabla se refieren a la proteína y los números de registro de adquisición restantes se refieren al ARNm con la SEC de IDENT. NO: correspondiente dando la predicción de proteína. El porcentaje de identidad se calculó utilizando un programa de alineación NCBI con parámetros predeterminados . Tabla 2 : Homología de secuencias de proteína similar a YIPPEE con la SEC de IDENT. NO: 2 con base en la alineación de secuencia global total
Se entenderá que las secuencias que se basan en la definición del "polipéptido similar a YIPPEE u homólogo del mismo" no van a limitarse a las secuencias representadas por la SEC de IDENT. NO: 2, SEC de IDENT. NO: 4, SEC de IDENT. NO: 6, SEC de IDENT. NO: 8, SEC de IDENT. NO: 10, SEC de IDENT. NO: 12, SEC de IDENT. NO: 14, SEC de IDENT. NO: 16, SEC de IDENT. NO: 18, SEC de IDENT. NO: 20, SEC de IDENT. NO: 22 y SEC de IDENT. NO: 24; pero que cualquier polipéptido que cumple los criterios comprende: (i) un motivo de enlace de zinc putativo: 2xCXXC, en donde X es cualquier residuo aminoácido; e (ii) el motivo de KYKEGK, que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora; e (iii) el motivo GRAYLF, que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora puede ser adecuado para uso en los métodos de la
invención. Los métodos de la invención pueden realizarse también cuando el polipéptido tiene al menos uno de los motivos antes mencionados (i) a (iii) . El ácido nucleico que codifica un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo puede ser cualquier ácido nucleico natural o sintético. Un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo como se define anteriormente es aquel que se codifica por un ácido nucleico/gen similar a YIPPEE. Por lo tanto, el término "ácido nucleico/gen similar a YIPPEE" como se define en la presente es cualquier ácido nucleico/gen que codifica un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo como se define anteriormente. Ejemplos de ácidos nucleicos similares a Yippee incluyen aquellos representados por cualquiera de la SEC de IDENT. NO: 1, SEC de IDENT. NO: 3, SEC de IDENT. NO: 5, SEC de IDENT. NO: 7, SEC de IDENT. NO: 9, SEC de IDENT. NO: 11, SEC de IDENT. NO: 13, SEC de IDENT. NO: 15, SEC de IDENT. NO: 17, SEC de IDENT. NO: 19, SEC de IDENT. NO: 21 y SEC de IDENT. NO: 23. Los ácidos nucleicos/genes similares a YIPPEE y variantes de los mismos pueden ser adecuados para practicar los métodos de la invención. El ácido nucleico/gen similar a YIPPEE variante incluye porciones de un ácido nucleico/gen similar a YIPPEE y/o ácidos nucleicos capaces de hibridizar con un ácido nucleico/gen similar a YIPPEE. El término porción como se define en la presente,
se refiere a una pieza de ADN que comprende al menos 249 nucleótidos y cuya porción codifica un polipéptido que comprende cualquiera de uno o más de, y de preferencia todo de: (i) un motivo de enlace de zinc putativo: 2xCXXC, en donde X es cualquier residuo aminoácido; (ii) el motivo KYKEGK, que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora; (iii) el motivo GRAYLF, que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora. Una porción puede prepararse por ejemplo, al hacer una o más eliminaciones a un ácido nucleico similar a YIPPEE. Las porciones pueden utilizarse en forma aislada o pueden combinarse a otras secuencias de codificación (o sin codificación) con el fin de por ejemplo, producir una proteína que combina varias actividades. Cuando se combinan a otras secuencias de codificación, el polipéptido resultante producido en la traducción podría ser más grande que aquel previsto para el fragmento similar a YIPPEE. De preferencia, la porción funcional es una porción de un ácido nucleico como se representa por cualquiera de una de las SEC de IDENT. NO: 1, SEC de IDENT. NO: 3, SEC de IDENT. NO: 5, SEC de IDENT. NO: 7, SEC de IDENT. NO: 9, SEC de IDENT. NO: 11, SEC de IDENT. NO: 13, SEC de IDENT. NO: 15, SEC de IDENT. NO: 17, SEC de IDENT. NO: 19, SEC de IDENT. NO: 21 y SEC de IDENT. NO: 23.
Otro ácido nucleico/gen similar a YIPPEE variante es un ácido nucleico capaz de hibridizar bajo condiciones severas reducidas, de preferencia bajo condiciones severas, con un ácido nucleico/gen similar a YIPPEE como se define anteriormente, cuya secuencia de hibridización codifica un polipéptido que comprende cualquiera de uno o más de, y de preferencia todo de: (i) un motivo de enlace de zinc putativo: 2xCXXC, en donde X es cualquier residuo aminoácido; (ii) el motivo KYKEGK, que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora; (iii) el motivo GRAYLF, que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora. De preferencia, la secuencia de hibridización es aquella que es capaz de hibridizar a un ácido nucleico como se representa por cualquiera de una de la SEC de IDENT. NO: 1, SEC de IDENT. NO: 3, SEC de IDENT. NO: 5, SEC de IDENT. NO: 7, SEC de IDENT. NO: 9, SEC de IDENT. NO: 11, SEC de IDENT. NO: 13, SEC de IDENT. NO: 15, SEC de IDENT. NO: 17, SEC de IDENT. NO: 19, SEC de IDENT. NO: 21 y la SEC de IDENT. NO: 23 o a una porción de cualquiera de las secuencias antes mencionadas como se define anteriormente. El término "hibridización" cómo se define en la presente es un proceso en donde secuencias de nucleótido complementarias sustancialmente homologas se recocen entre
sí. El proceso de hibridización puede ocurrir completamente en solución, es decir, ambos ácidos nucleicos complementarios están en solución. El proceso de hibridización puede ocurrir también con uno de los ácidos nucleicos complementarios inmovilizados a una matriz tal como perlas magnéticas, perlas de Sefarosa o cualquier otra resina. El proceso de hibridización puede ocurrir además con uno de los ácidos nucleicos complementarios inmovilizados a un soporte sólido tal como una nitrocelulosa o una membrana de nylon o inmovilizados por ejemplo, por fotolitografía a, por ejemplo, un soporte de vidrio silíceo (el último conocido como disposiciones o microdisposiciones de ácido nucleico o como trozos de ácido nucleico) . Con el fin de permitir que ocurra la hibridización, la molécula de ácido nucleico se desnaturaliza térmica o químicamente en general para fundir una doble hebra dentro de dos hebras sencillas y/o para remover horquillas u otras estructuras secundarias a partir de ácidos nucleicos de una sola hebra. Esta severidad de hibridización se influencia por condiciones tales como temperatura, concentración salina, resistencia iónica y composición de tampón por hibridización. "Condiciones de hibridización severas" y "condiciones de lavado por hibridización severas" en el contexto de experimentos de hibridización de ácido nucleico tales como hibridizaciones Southern y Northern son
dependientes de secuencia y pueden diferir dependiendo de parámetros ambientales. El experto calificado tiene en cuenta varios parámetros los cuales pueden alterarse durante la hibridización y lavado y los cuales mantendrán o cambiarán ya sea las condiciones de severidad. La Tm es la temperatura bajo la resistencia iónica definida y el pH, en la cual 50% de la secuencia objetivo hibridiza a una sonda perfectamente acoplada. La Tm es dependiente de las condiciones de solución y la composición base y la longitud de la sonda. Por ejemplo, las secuencias más largas hibridizan específicamente a temperaturas más elevadas. La tasa máxima de hibridización se obtiene desde aproximadamente 16°C a 32 °C debajo de la Tm. La presencia de cationes monovalentes en la solución de hibridización reduce la repulsión electrostática entre las dos hebras de ácido nucleico por lo que se promueve la formación híbrida; este efecto es visible para concentraciones de sodio de hasta O.4M. La formamida reduce la temperatura de fusión de los dúplex de ADN-ADN y ADN-ARN con 0.6 a 0.7°C para cada porcentaje de formamida, y además de 50% de la formamida permite la hibridización que se realiza de 30 a 45 °C, aunque la tasa de hibridización se disminuirá. Las incompatibilidades pares base reducen la tasa de hibridización y la estabilidad térmica de los dúplex. En promedio y para sondas largas, la Tm disminuye aproximadamente
1°C por % de incompatibilidad base. La Tm puede calcularse utilizando las siguientes ecuaciones, dependiendo de los tipos de híbridos: 1 Híbridos de ADN-ADN (Meinkoth y Wahl, Anal. Biochem., 138:267-284, 1984): Tra = 81.5°C + 16.6xlog[Na+]a + 0.41x%[G/Cb] - 500x[Lc]-1 - 0.61x% de formamida 2 Híbridos de AND-ARN o ARN-ARN: Tm = 79.8 + 18.5 (log?0[Na+]a) + 0.58 (% de G/Cb) + 11.8 (% de G/Cb)2 - 820/Lc 3 Híbridos de oligo-ADN u oligo-ARNd Para <20 nucleótidos: Tm= 2(/n) Para 20-35 nucleótidos: Tm = 22 + 1.46 (/n) ao para otro catión monovalente, pero sólo exacto en el margen 0.01-0.4 M. bsólo exacto para % de GC en un margen de 30% a 75%. CL = longitud de dúplex en pares de bases. d01igo, oligonucleótido; /n, longitud efectiva del cebador = 2x(no. de G/C) + (no. de A/T). Nota : para cada 1% de formamida, la Tm se reduce por aproximadamente 0.6 a 0.7°C, mientras la presencia de 6M de urea reduce la Tm por aproximadamente 30 °C. La especificidad de hibridización es normalmente la función de lavados post-hibridización. Para remover el plano
que resulta a partir de la hibridización no específica, las muestras se lavan con soluciones salinas diluidas. Los factores críticos de tales lavados incluyen la resistencia iónica y la temperatura de la solución de lavado final: entre más baja la concentración salina y más elevada la temperatura de lavado, más elevada la resistencia de lavado. Las condiciones de lavado se realizan normalmente en o debajo de la severidad de hibridización. Generalmente, las condiciones de severidad adecuadas para ensayos de hibridización de ácido nucleico o de procedimientos de detección de amplificación genética son como se establece anteriormente. Condiciones de mayor o menor severidad pueden seleccionarse también. En general, las condiciones de severidad baja se seleccionan para ser aproximadamente 50 °C debajo del punto de fusión térmico (Tm) para la secuencia específica en una resistencia iónica definida y pH. Las condiciones de severidad media son cuando la temperatura está 20 °C debajo de la Tm, y las condiciones de severidad elevada son cuando la temperatura está 10°C debajo de la Tm. Por ejemplo, las condiciones de severidad son aquellas que son al menos tan severas como, por ejemplo, condiciones A-L; y las condiciones de severidad reducidas son al menos tan severas como, por ejemplo, condiciones M-R. La unión no específica puede controlarse utilizando cualquiera de un número de técnicas conocidas tales como por ejemplo, bloqueando la membrana con soluciones
que contienen proteínas , adiciones de ARN, ADN y SDS heterólogas al tampón de hibridizacíón, y el tratamiento con ribonucleasa . Ej emplos de hibridización y de condiciones de lavado se listan en la Tabla 2 siguiente .
Tabla 3 : Ejemplos de hibridización y condiciones de lavado
* La "longitud de híbrido" es la longitud anticipada para el ácido nucleico hibridizante. Cuando los ácidos nucleicos de la secuencia conocida se hibridizan, la longitud del híbrido puede determinarse alineando las secuencias e identificando las regiones conservadas descritas en la presente. "•"SSPE (lxSSPE es 0.15M de NaCl, 10 mM de NaH2P04 y 1.25 m-M de EDTA, pH 7.4) puede sustituirse para SSC (lxSSC es 0.15M de NaCl y 15 mM de citrato de sodio) en la hibridización y tampones de lavado; los lavados se realizan durante 15 minutos después que se completa la hibridización. Las hibridizaciones y lavados pueden incluir además 5 x reactivo Denhardt, .5-1.0% de SDS, 100 µg/ml de ADN de esperma de salmón fragmentado, desnaturalizado, 0.5% de pirofosfato de sodio y hasta 50% de formamida. *Tb-Tr: la temperatura de hibridización para híbridos anticipados para ser menos de 50 pares de bases de longitud debe ser 5-10 °C menor que la temperatura de fusión Tm de los híbridos; la Tm se determina de acuerdo a las ecuaciones
mencionadas anteriormente. "La presente invención también abarca la sustitución de cualquiera de uno o más socios híbridos de ADN o ARN con cualquier PNA o ácido nucleico modificado. Para propósitos de definir el nivel de severidad, puede hacerse referencia a Sambrook et al . (2001) Molecular Cloning: a laboratory manual, 3a edición, Cold Spring Harbor Laboratory Press, CSH, New York o a Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y. (1989) . El ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo puede derivarse de cualquier fuente natural o artificial. El ácido nucleico/gen o variante del mismo pueden aislarse de una fuente microbiana, tal como bacterias, levadura u hongos, o. de una fuente vegetal, de algas o animal (incluyendo ser humano) . Este ácido nucleico puede modificarse .a partir de su forma nativa en la composición y/o ambiente genómico mediante manipulación humana deliberada. El ácido nucleico es de preferencia de origen vegetal, ya sea de la misma especie de planta (por ejemplo, aquella en la cual va a introducirse) o ya sea de una diferente especie de planta. El ácido nucleico puede aislarse a partir de una especie de dicotiledónea, de preferencia de la familia Brassicaceae, además de preferencia de Arabidopsis thaliana . Más preferiblemente, el ácido, nucleico similar a Yippee aislado a partir de Arabidopsis thaliana se representa por la
SEC de IDENT. NO: 1 y la secuencia de aminoácido similar a YIPPEE es como se representa por la SEC de IDENT. NO: 2. La actividad de un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo pueden incrementarse al introducir modificación genética (de preferencia en el sitio de un gen similar a YIPPEE) . El sitio de un gen como se define en la presente se toma para significar una región genómica, la cual incluye el gen de interés y 10KB corriente arriba o debajo de la región de codificación. La modificación genética puede introducirse por ejemplo, por cualquiera (o más) de los siguientes métodos: activación de ADNT, TILLING, mutagénesis sitio dirigida, evolución directa, recombinación homologa, o introduciendo y expresar en una planta un ácido nucleico que codifica un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo. Después de la introducción de la modificación genética se sigue una etapa de selección para incrementar la actividad de un polipéptido similar a YIPPEE, el cual incrementa en actividad dando plantas que tienen características mejoradas de crecimiento. El etiquetado de activación de ADN-T (Hayashi et al . Science, (1992) 1350-1353), implica la inserción de ADN-T que contiene usualmente un promotor (puede también ser un mejorador de traducción o un intrón) , en la región genómica del gen de interés o 10 Kb corriente arriba o debajo de la
región de codificación de un gen en una configuración de manera que tal promotor dirige la expresión del gen objetivo. Normalmente, la regulación de la expresión del gen objetivo por su promotor natural se interrumpe y el gen cae bajo el control del promotor recientemente introducido. El promotor se integra normalmente en un ADN-T. Este ADN-T se inserta aleatoriamente en un genoma de planta, por ejemplo, mediante infección de Agrobacterium y conduce a la sobre-expresión de genes cerca del ADN-T insertado. Las plantas transgénicas resultantes muestran fenotipos dominantes debidos a la sobre-expresión de genes cerca del promotor introducido. El promotor que se introduce puede ser cualquier promotor capaz de dirigir la expresión de un gen en el organismo deseado, en este caso una planta. Por ejemplo, los promotores constitutivos, preferidos de tejido, preferidos de tipo celular e inducibles son todos adecuados para uso en la activación de ADN-T. Una modificación genética puede también introducirse en el sitio de un gen similar a YIPPEE utilizando la técnica de TILLING (Genomas IN de Lesiones Locales Inducidas Objetivo) . Esto es una tecnología de mutagénesis útil para generar y/o identificar, y para aislar eventualmente variantes mutagenizadas de un ácido nucleico de similar a YIPPEE capaz de exhibir actividad similar a YIPPEE. TILLING permite también la selección de plantas que portan
tales variantes mutantes. Estas variantes mutantes pueden incluso exhibir actividad similar a YIPPEE más elevada que aquella exhibida por el gen en su forma natural. TILLING combina mutagénesis de densidad elevada con métodos de selección completamente elevados. Las etapas seguidas normalmente en TILLING son: (a) mutagénesis de EMS (Redei y
Koncz (1992); Feldmann et al . , (1994); Lightner y Caspar
(1998); (b) preparación y agrupamiento de ADN de individuos;
(c) amplificación de PCR de una región de interés; (d) desnaturalización y recocido que permite la formación de heterodúplex; (e) DHPLC, en donde la presencia de un heterodúplex en un grupo se detecta como un pico extra en el cromatograma; (f) identificación del individuo mutante; y (g) secuenciación del producto de PCR mutante. Los métodos para TILLING son bien conocidos en la técnica (McCallum Nat Biotechnol. 2000 Apr; 18 (4): 455-7 revisada por. Stemple 2004 (TILLING-a high-troughput harvest for functional genomics. Nat Rev Genet. 2004 feb; 5 (2): 145-50)). La mutagénesis sitio-dirigida puede utilizarse para generar variantes de ácidos nucleicos similar a YIPPEE o porciones de los mismos. Varios métodos están disponibles para conseguir mutagénesis sitio-dirigida, los más comunes son los métodos basados en PCR (current protocols in molecular biology. Wiley Eds. http: //www.4ul . com/poducts/currentprotocols/index. html) .
La evolución directa puede utilizarse también para generar variantes de ácidos nucleicos similares a YIPPEE. Esta consiste de iteraciones de desordenamiento de ADN seguido por detección y/o selección apropiada para generar variantes de ácidos nucleicos similares a YIPPEE o porciones de los mismos codificando polipéptidos que tienen una actividad biológica modificada (Castle et al . (2004) Science 304(5674): 1151-4; Patentes Norteamericanas 5,811,238 y 6,395,547) . La activación de ADNT, TILLING, mutagénesis sitio--dirigida y evolución dirigida son ejemplos de tecnologías que permiten la generación de alelos novedosos y variantes similar a YIPPEE. La recombinación homologa permite la introducción en un genoma de un ácido nucleico seleccionado en una posición seleccionada definida. La recombinación homologa es una tecnología estándar utilizada de forma rutinaria en ciencias biológicas para un organismo inferior tal como levadura o el musgo physcomitrella . Los métodos para realizar recombinación homologa en plantas se han descrito no sólo para plantas modelo (Offringa et al . Extrachromosomal homologous recombination and gene targeting in plant cells after Agrobacteriuir.-mediated transformation. 1990 EMBO J. 1990 Oct; 9(10) : 3077-84) , pero también para plantas forrajeras, por ejemplo, arroz (Terada R, Urawa H, Inagaki Y,
Tsugane K, lida S. Efficient gene targeting by homologous recombination in rice. Nat Biotechnol. 2002. lida y Terada: A tale of two integrations, transgene and T-DNA; gene targeting by homologous recombination in rice. Curr Opin Biotechnol. 2004 Apr; 15 (2) : 132-8) . El ácido nucleico que se va a enfocar (el cual puede ser un ácido nucleico similar a YIPPEE o una variante del mismo como se define anteriormente) no necesita enfocarse al sitio de un gen similar a YIPPEE, pero puede introducirse en por ejemplo, regiones de expresión elevada. El ácido nucleico que se enfoca puede ser un alelo mejorado utilizado para reemplazar el gen endógeno o puede introducirse además del gen endógeno. De acuerdo a una modalidad preferida de la invención, características de crecimiento de plantas pueden mejorarse introduciéndose y expresarse en una planta un ácido nucleico que codifica un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo. Un método preferido para introducir una modificación genética (el cual en este caso no necesita estar en el sitio de un gen similar a YIPPEE) es para introducir y expresar en una planta un ácido nucleico que codifica un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo. Un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo como se menciona anteriormente es uno que comprende (i) un motivo de enlace de zinc putativo: 2xCXXC, en donde X es cualquier
residuo aminoácido; e ,(ii) el motivo de KYKEGK, que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora; e (iii) el motivo GRAYLF, que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora. El ácido nucleico que se introdµce dentro de una planta puede ser un ácido nucleico de longitud total o puede ser una porción o una secuencia de hibridización como se define anteriormente. "Homólogos" de una proteína abarcan péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteínas y enzimas que tienen sustituciones, eliminaciones y/o inserciones de aminoácido relativas a la proteína no modificada en cuestión y que tienen actividad biológica y funcional similar como la proteína no modificada a partir de la cual se derivan. Para producir tales homólogos, los aminoácidos de la proteína pueden reemplazarse por otros aminoácidos que tienen propiedades similares (tales como carácter hidrofóbico, carácter hidrofílico, antigenicidad, propensión a formar o dividir estructuras a-helicoidales o estructuras de hojas ß) . Las tablas de sustitución conservadoras se conocen bien en la técnica (véase por ejemplo Creighton (1984) Proteins. W.H. Freeman and Company y la Tabla 1 anterior) . De acuerdo a una característica preferida de la -invención, el homólogo tiene al menos 45% de identidad de
secuencia a la secuencia de aminoácido representada por SEC de IDENT. NO: 2. Si un polipéptido tiene al menos 45% de identidad al aminoácido representado por la SEC de IDENT. NO: 2 pueden fácilmente establecerse por alineación de secuencia. Los métodos para alineación de secuencias para comparación son bien conocidos en la técnica, tales métodos incluyen GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA y TFASTA. GAP utiliza el algoritmo de Needleman y Wunsch (J. Mol. Biol. 48: 443-453, 1970) para encontrar la alineación de dos secuencias completas que maximizan el número de equivalencias y minimiza el número de intervalos. El algoritmo BLAST calcula el por ciento de identidad de secuencia y realiza un análisis estadístico de similaridad entre las dos secuencias. El software para realizar análisis BLAST está públicamente disponible mediante el Centro Nacional para Información Biotecnológica. Un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo que tiene al menos 45% de identidad al aminoácido representado por la SEC de IDENT. NO: 2 puede identificarse fácilmente al alinear una secuencia de rastreo (de preferencia una secuencia de proteína) con secuencias de proteína similares a YIPPEE (véase por ejemplo la alineación mostrada en la Figura 1) . La secuencia de rastreo puede alinearse (con secuencias similares a YIPPEE conocidas) utilizando, por ejemplo, el programa de alineación múltiple VNTI AlignX, basado en un algoritmo clustal W modificado (InforMax, Bethesda, MD,
http : //ww . informaxinc . com) con parámetros predefinidos para penalidad de abertura de intervalo de 10 y una extensión de intervalo de 0.05. También abarcadas por el término "homólogos" son dos formas especiales de homología, las cuales incluyen secuencias ortólogas y secuencias parólogas, las cuales abarcan conceptos evolutivos utilizados para describir relaciones ancestrales de genes. El término "parólogo" se relaciona a duplicados genéticos dentro del genoma de una especie que conduce a genes parólogos. El término "ortólogos" se relaciona a genes homólogos en diferentes organismos debido a la especificación. Los ortólogos en por ejemplo, especies de planta monocotiledóneas pueden encontrarse fácilmente al realizar una investigación de estallido recíproco, así llamada. Esto puede hacerse por un primer estallido que implica hacer estallar la secuencia en cuestión (por ejemplo, la SEC. DE IDENT. NO.: 1 o la SEC. DE IDENT. NO.: 2) contra cualquier base de datos de la secuencia, tal como la base de datos NCBI públicamente disponible la cual puede encontrarse en: http : // ww . ncbi . nlm. nih . gov. -Si los ortólogos en el arroz fueron buscados, la secuencia en cuestión sería estallada contra por ejemplo, los 28,469 clones de ADNc de longitud total a partir de Oryza sa tiva Nipponbare disponible de NCBI. BLASTn o tBLASTX pueden utilizarse cuando se inicia a partir
de nucleótidos o BLASTP o TBLASTN cuando se inicia a partir de la proteína, con valores predeterminados estándares. Los resultados de estallido pueden filtrarse. Las secuencias de longitud total de cualquiera de los resultados filtrados o los resultados no filtrados se hacen estallar de nuevo (segundo estallido) contra las secuencias del organismo a partir del cual la secuencia en cuestión se deriva. Los resultados del primero y segundo estallidos se comparan entonces. Un ortólogo se encuentra cuando los resultados del segundo estallido se dan como aciertos con la similaridad más elevada de un ácido nucleico similar a YIPPEE o polipéptido similar a YIPPEE por ejemplo, si uno de los organismos es Arabidopsis thaliana entonces un parólogo se encuentra. En el caso de familias grandes, ClustalW puede utilizarse, seguido por un árbol de acoplamiento vecino, para ayudar a visualizar el agrupamiento. Un homólogo puede estar en la forma de una "variante sustitucional" de una proteína, es decir, en donde al menos un residuo en una secuencia de aminoácido se ha removido y un diferente residuo insertado en su lugar. Sustituciones de aminoácido son normalmente de residuos sencillos, pero pueden agruparse dependiendo de las restricciones funcionales colocadas en el polipéptido; las inserciones serán usualmente del orden de aproximadamente 1 a 10 residuos de aminoácido. De preferencia, las sustituciones
de aminoácido comprenden sustituciones de aminoácido conservadoras . Un homólogo puede estar también en la forma de una "variante de inserción" de una proteína, es decir, en donde uno o más residuos de aminoácido se introducen dentro de un sitio predeterminado en una proteína. Las inserciones pueden comprender fusiones de amino terminal y/o carboxi terminal así como inserciones de intra-secuencia de aminoácidos sencillos o múltiples. Generalmente, las inserciones dentro de la secuencia de aminoácido serán más pequeñas que las fusiones de amino o carboxi terminal, del orden de aproximadamente 1 a 10 residuos. Ejemplos de proteínas o péptidos de fusión amino o carboxi terminal incluyen el dominio de unión o el dominio de activación de un activado transcripcional cuando se utiliza en el sistema de levadura de dos híbridos, proteínas de recubrimiento de fago etiqueta
(histidina) 6, etiqueta de glutation S-transferasa, proteína
A, proteína de enlace de maltosa, dihidrofolato reductasa, epítope TaglOO, epítope c-myc, epítope FLAG®, lacZ, CMP (péptido de unión de calmodulina) , epítope HA, epítope de proteína C y epítope VSV. Los homólogos en la forma de "variantes de eliminación" de una proteína se caracterizan por la remoción de uno o más aminoácidos a partir de una proteína. Las variantes de aminoácido de una proteína pueden
hacerse fácilmente utilizando técnicas sintéticas peptídicas bien conocidas en la técnica, tales como síntesis de péptido de fase sólida y similares, o por manipulaciones de ADN recombinante. Los métodos para la manipulación de secuencias de ADN que producen variantes de sustitución, inserción o eliminación de una proteína son bien conocidos en la técnica. Por ejemplo, las técnicas para hacer mutaciones de sustitución en sitios predeterminados en el ADN son bien conocidas por aquellos expertos en el arte e incluyen mutagénesis M13, mutagénesis in vi tro de Gen T7 (USB,
Cleveland, OH) , mutagénesis Sitio Dirigida QuickChange
(Stratagene, San Diego, CA) , mutagénesis sitio dirigida mediada por PCR u otros protocolos de mutagénesis sitio dirigida. El polipéptido similar a YIPPEE u homólogo del mismo puede ser un derivado. Los "derivados" incluyen péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteínas y enzimas los cuales pueden comprender sustituciones, eliminaciones o adiciones de residuos de aminoácidos de origen natural o no naturales comparados a la secuencia de aminoácidos de una forma de origen natural de la proteína, por ejemplo, como se presenta en la SEC. DE IDENT. NO.: 2. "Derivados" de una proteína abarcan péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteínas y enzimas los cuales pueden comprender residuos de aminoácidos de origen natural, alterados, glicosilados,
acilados o no naturales comparados a la secuencia de aminoácido de una forma de origen natural del polipéptido. Un derivado puede también comprender uno o más sustituyentes sin aminoácido comparados a la secuencia de aminoácido a partir de la cual se deriva, por ejemplo, una molécula reportera u otro ligando, covalente o no covalentemente unida a la secuencia de aminoácido, tal como una molécula reportera la cual se enlaza para facilitar su detección, y residuos de aminoácido no naturales relativos a la secuencia de aminoácido de una proteína de origen natural. El polipéptido similar a YIPPEE u homólogo del mismo puede codificarse por una variante de empalme alternativa de un ácido nucleico/gen similar a YIPPEE. El término "variante de empalme alternativa" como se utiliza en la presente abarca variantes de una secuencia de ácido nucleico en la cual intrones y/o exones seleccionados han sido eliminados, reemplazados o agregados. Tales variantes serán aquellas en la cuales la actividad biológica de la proteína se retiene, la cual puede conseguirse al retener selectivamente segmentos funcionales de la proteína. Tales variantes de empalme pueden encontrarse por naturaleza o pueden hacerse por el hombre. Los métodos para hacer tales variantes de empalme son bien conocidos en la técnica. Las variantes de empalme preferidas son variantes de empalme del ácido nucleico representadas por la SEC. DE IDENT. No.: 1. Se
prefieren además variantes de empalme que codifican un polipéptido que comprende cualquiera de uno o más de y de preferencia todo de: (i) un motivo de enlace de zinc putativo: 2xCXXC, en donde X es cualquier residuo aminoácido; (ii) el motivo KYKEGK, que permite una sustitución de aminoácido y cualquier sustitución de aminoácido conservadora; (iii) el motivo GRAYLF; que permite una sustitución de aminoácido y cualquier sustitución de aminoácido conservadora. El homólogo puede codificarse también por una variante alélica de un ácido nucleico que codifica un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo, de preferencia una variante alélica del ácido nucleico representada por la SEC de IDENT. NO: 1. Además, de preferencia, el polipéptido codificado por la variante alélica comprende cualquiera de uno o más de, y de preferencia toda de: (i) un motivo de enlace de zinc putativo: 2xCXXC, en donde X es cualquier residuo aminoácido;
(ii) el motivo KYKEGK, que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora; (iii) el motivo GRAYLF; que permite una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora. Las variantes alélicas existen por naturaleza y abarcado dentro de los métodos de la presente invención es el uso de estos
alelos naturales. Las variantes alélicas abarcan Polimorfismos de Nucleótido Sencillos (los SNP) , así como Polimorfismos de Inserción/Eliminación Pequeños (los INDEL) . El tamaño de los INDEL es usualmente menor de 100 pb. Los SNP y los INDEL forman el conjunto más grande de variantes de secuencia en cepas polimórficas de origen natural de la mayoría de los organismos. De acuerdo a un aspecto preferido de la presente invención, la expresión mejorada o incrementada del ácido nucleico similar a YIPPEE o variante de la misma se visualiza. Los métodos para obtener expresión mejorada o incrementada de genes o productos genéticos se documentan bien en la técnica e incluyen, por ejemplo, la sobre-expresión conducida por promotores apropiados, el uso de mejoradores de transcripción o mejoradores de traducción. Los ácidos nucleicos aislados los cuales sirven como promotor o elementos mejoradores pueden introducirse en una posición apropiada (normalmente corriente arriba) de una forma no heteróloga de un polinucléotido de manera que se sobre-regula la expresión de un ácido nucleico similar a YIPPEE o variante de la misma. Por ejemplo, los promotores endógenos pueden alterarse in vivo por mutación, eliminación y/o sustitución (véase, Kmiec, Patente Norteamericana No. 5,565,350; Zarling et al . PCT/US93/03868) , o promotores aislados pueden introducirse dentro de una célula de planta en la orientación
y la distancia apropiada a partir de un gen de la presente invención de manera que se controla la expresión del gen. Si se desea la expresión de polipéptido, es generalmente deseable para incluir una región de poliadenilación en el extremo 3' de una región de codificación de polinucléotido. La región de poliadenilación puede derivarse a partir del gen natural, a partir de una variedad de otros genes de plantas, o desde ADN-T. La secuencia de extremo 3' que se agrega puede derivarse a partir de por ejemplo, los genes de nopalina sintasa u octopina sintasa, o alternativamente a partir de otro gen de planta, o menos preferiblemente desde cualquier otro gen eucariótico. Una secuencia de intrón puede agregarse también a la región 5' no traducida o la secuencia de codificación de la secuencia de codificación parcial para incrementar la cantidad del mensaje maduro que se acumula en el citosol. La inclusión de un intrón empalmable en la unidad de transcripción tanto en construcciones de expresión de planta como animal se ha demostrado que incrementan la expresión genética tanto en el ARNm como en niveles de proteína hasta
1000 veces Buchman y Berg, Mol. Cell biol. 8, 4395-4405
(1988); Callis et al . , Genes Dev. 1, 1183-1200 (1987). Tal mejoramiento de intrón de la expresión genética es normalmente mayor cuando se coloca cerca del extremo 5' de la
unidad de transcripción. El uso de los intrones de maíz intrón Adhl-S 1, 2 y 6, el intrón Bronce-1 se conocen en la técnica. Véase en general, The Maize Handbook, capítulo 116, Freeling y Walbot, Eds., Springer, N.Y. (1994). La invención proporciona también construcciones genéticas y vectores para facilitar la introducción y/o expresión de las secuencias de nucleótido útiles en los métodos de acuerdo a la invención. Por lo tanto, se proporciona una construcción genética que comprende: (i) un ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo; (ii) una o más secuencias control capaces de dirigir la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i) ; y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de transcripción . Las construcciones útiles en los métodos de acuerdo a la presente invención pueden construirse utilizando tecnología de ADN recombinante bien conocida por personas expertas en al técnica. Las construcciones genéticas pueden insertarse en vectores, los cuales pueden estar comercialmente disponibles, adecuadas para transformar en plantas y adecuadas para expresión del gen de interés en las células transformadas.
Las plantas se transforman con un vector que comprende la secuencia de interés (es decir, un ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo) . La secuencia de interés se enlaza operablemente a una o más secuencias control (al menos a un promotor) . Los términos "elemento regulador", "secuencia control" y "promotor" se utilizan intercambiablemente en la presente y van a tomarse en un contexto amplio para referirse a secuencias de ácido nucleico reguladoras capaces de efectuar la expresión de las secuencias a las cuales se ligan. Abarcadas por los términos antes mencionados son secuencias reguladoras transcripcionales derivadas de un gen genómico eucariótico clásico (incluyendo el caja TATA el cual se requiere para inicio de transcripción exacta, con o sin secuencia de caja CCAAT) y elementos reguladores adicionales (es decir, secuencias de activación corriente arriba, mejoradores y silenciadores) los cuales alteran la expresión genética en respuesta al desarrollo y/o estímulo externo, o en una manera específica de tejido. También incluido dentro del término es una secuencia reguladora transcripcional de un gen procariótico clásico, en cuyo caso puede incluir una secuencia de -35 caja y/o secuencias reguladoras transcripcionales de -10 caja. El término "elemento regulador" abarca también una molécula de fusión sintética o derivado el cual confiere, activa o mejora la expresión de
una molécula de ácido nucleico en una célula, tejido u órgano. El término "operablemente enlazado" como se utiliza en la presente se refiere a una conexión funcional entre la secuencia promotora y el gen de interés, de manera que la secuencia promotora es capaz de iniciar la transcripción del gen de interés. Ventajosamente, cualquier tipo de promotor puede utilizarse para dirigir la expresión de la secuencia de ácido nucleico. El promotor puede ser un promotor inducible, es decir, que tiene inicio de transcripción inducida o incrementada en respuesta a un estímulo de desarrollo, químico, ambiental o físico. Un ejemplo de un promotor inducible que es un promotor inducible de tensión, es decir, un promotor activado cuando una planta se expone a varias condiciones de tensión. Además o alternativamente, el promotor puede ser un promotor específico de tejido, es decir, uno que es capaz de iniciar de preferencia la transcripción en ciertos tejidos, tales como hojas, raíces, tejido de semillas, etc. Los promotores capaces de iniciar la transcripción en ciertos tejidos sólo se refieren en la presente como "específicos de tejido". De preferencia, el ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo se enlaza operablemente a un promotor constitutivo. Un promotor constitutivo es transcripcionalmente activo durante la mayoría, pero no
necesariamente toda las fases de su crecimiento y desarrollo y se expresa sustancialmente de forma ubicua. De preferencia, el promotor constitutivo es un promotor GOS2 (de arroz) (SEC de IDENT. NO: 25) . Se debe aclarar que la aplicabilidad de la presente invención no se restringe al ácido nucleico similar a YIPPEE representado por la SEC de IDENT. NO: 1, ni es la aplicabilidad de la invención restringida para expresión de un ácido nucleico similar a YIPPEE cuando se dirige por un promotor GOS2. Ejemplos de otros promotores constitutivos se muestran en la Tabla 4 posterior. Tabla 4 Ejemplos de promotores constitutivos
Opcionalmente, una o más secuencias terminadoras pueden utilizarse también en la construcción introducida en una planta.- El término "terminador" abarca una secuencia control la cual es una secuencia de ADN en el final de una unidad de transcripción las cuales indican el procesamiento
3' y poliadenilación de una transcripción primaria y terminación de transcripción. Los elementos reguladores adicionales pueden incluirse de forma transcripcional así como mejoradores de traducción. Aquellos expertos en la técnica sabrán de las secuencias terminadoras y mejoradoras las cuales pueden ser adecuadas para uso en realizar la invención. Tales secuencias serían conocidas o pueden obtenerse fácilmente por una persona experta en la técnica. Las construcciones genéticas de la invención pueden incluir además un origen de secuencia de replicación, la cual se requiere para mantenimiento y/o replicación en un tipo de célula específica. Un ejemplo es cuando una construcción genética se requiere para mantenerse en una célula bacterial como un elemento genético episomal (por ejemplo, molécula de plásmido o cósmido) . Los orígenes preferidos de replicación incluyen, pero no se limitan a fl-ori y ColEl. La construcción genética puede comprender opcionalmente un gen marcador seleccionable. Como se utiliza en la presente, el término "gen marcador seleccionable" incluye cualquier gen el cual confiere un fenotipo en una célula en la cual se expresa para facilitar la identificación y/o selección de células las cuales se transfectan o transforman con una construcción de ácido nucleico de la invención. Los marcadores adecuados pueden seleccionarse a partir de marcadores que confieren resistencia de antibiótico
o herbicida. Las células que contienen el ADN recombinante serán así capaces de sobrevivir en la presencia de antibiótico o concentraciones herbicidas que eliminan células no transformadas. Ejemplos de genes marcadores seleccionables incluyen el gen bar el cual proporciona resistencia al herbicida Basta; el gen npt el cual confiere resistencia al antibiótico kanamicina; el gen hpt el cual confiere resistencia a' higromicina. Los marcadores visuales tales como Proteína Fluorescente Verde (GFP, Haseloff et al . , 1997), ß-glucuronidasa (GUS) o luciferasa pueden utilizarse también como marcadores seleccionables. Ejemplos adicionales de genes marcadores seleccionables adecuados incluyen la resistencia a la ampicilina (Ampr) , gen de resistencia a tetraciclina
(Ter) , gen de resistencia a fosfinotricina, gen de resistencia a higromicina y el gen de cloranfenicol acetiltransferasa (CAT) entre otros. La presente invención abarca también plantas obtenibles por los métodos de acuerdo a la presente invención. La presente invención por lo tanto proporciona plantas obtenibles por el método de acuerdo a la presente invención, cuyas plantas han introducido en la presente un ácido nucleico similar a YIPPEE o una variante del mismo, y/o cuyas plantas tienen una modificación genética, de preferencia en el sitio de un gen similar a YIPPEE. La invención proporciona también un método para la
producción de plantas transgénicas que tienen características de crecimiento mejoradas, que comprenden la introducción y la expresión en una planta de un ácido nucleico similar a YIPPEE o una variante de la misma y/o que comprende la introducción de una modificación genética en el sitio de un gen similar a YIPPEE. Más específicamente, la presente invención proporciona un método para la producción de plantas transgénicas que tienen características mejoradas de crecimiento, cuyo método comprende: (i) introducir en una planta o célula de planta un ácido nucleico similar a YIPPEE o una variante de la misma y/o introduciendo una modificación genética de preferencia en el sitio de un gen similar a YIPPEE; y (ii) cultivar la célula de planta bajo condiciones que promueven el crecimiento y desarrollo de plantas. El ácido nucleico puede introducirse directamente en una célula de planta o dentro de la planta misma (incluyendo la introducción dentro de un tejido, órgano o cualquier otra parte de una planta) . De acuerdo a una característica preferida de la presente invención, el ácido nucleico se introduce de preferencia en una planta por transformación . El término "transformación" como se refiere en la presente abarca la transferencia de un polinucléotido exógeno
dentro de una célula huésped, sin relacionarse al método utilizado para transferencia. El tejido de planta capaz de propagación clonal subsecuente, ya sea por organogénesis o embriogénesis, puede transformarse con una construcción genética de la presente invención y una planta completa regenerada de la misma. El tejido particular elegido variará dependiendo de los sistemas de propagación clónales disponibles para, y más acordes a especies particulares que se transforman. Objetivos de tejido ejemplares incluyen discos de hojas, polen, embriones, cotiledóneas, hipocotiledóneas, megagametofitos, tejido de callos, tejido meristemático existente (por ejemplo, meristemo apical, brotes axilares y meristemos de raíz) , y tejido de meristemo inducido (por ejemplo, meristemo de cotiledónea y meristemo de hipocotiledónea) . El polinucléotido puede introducirse transitoria o establemente en una célula huésped y pueden mantenerse sin integrarse, por ejemplo, como un plásmido. Alternativamente, esto puede integrarse en el genoma huésped. La célula de planta transformada resultante puede utilizarse entonces para regenerar una planta transformada en una manera conocida para personas expertas en la técnica. La transformación de especies de planta es ahora una técnica bastante rutinaria. Ventajosamente, cualquiera de diversos métodos de transformación puede utilizarse para introducir el gen de interés dentro de una célula predecesora
adecuada. Los métodos de transformación incluyen el uso de liposomas, electroporación, químicos que incrementan la incorporación de ADN libre, inyección del ADN directamente en la planta, bombardeo de cañón de partículas, la transformación que utiliza virus o polen y la microproyección. Los métodos pueden seleccionarse a partir del método de calcio/polietilenglicol para protoplastos (Krens F.A. et al . (1882) Nature 296, 72-74; Negrutiu I et al . junio 1987, Plant Mol. Biol. 8, 363-373); electroporación de protoplastos (Shillito R.D. et al . 1985 Bio/Technol 3, 1099-1102); microinyección en material de planta (Crossway A. et al . 1986 Mol. Gen Genet 202, 179-185); bombardeo de partícula recubierta con ADN o ARN (Klein T.M. et al . 1987 Nature 327, 70) infección con (no integrador) virus y similares. Plantas de arroz transgénicas que expresan un ácido nucleico/gen similar a YIPPEE se producen de preferencia mediante transformación mediada por Agrobacterium utilizando cualquiera de los métodos bien conocidos para transformación de arroz, tal como se describe en cualquiera de los siguientes: solicitud de patente Europea publicada EP 1198985 Al, Aldemita y Hodges (Planta 199, 612-617, 1996); Chan et al . (Plant Mol. Biol. 22 (3) 491-506, 1993), Hiei et al . (Plant J. 6, (2) 271-282, 1994) cuyas descripciones se incorporan para referencia en la presente como se establece completamente. En el caso de la transformación de maíz, el
método preferido es como se describe ya sea en Ishida et al .
(Nat Biotechnol. 1996 junio; 14 (6) 745-50) o Frame et al .
(Plant Physiol. 2002 may 129 (1): 13-22), cuyas descripciones se incorporan para referencia en la presente como se establece completamente. En general, después de la transformación, las células de plantas o agrupamientos celulares se seleccionan para la presencia de uno o más marcadores los cuales se codifican por genes expresables de plantas co-transfectados con el gen de interés, después de lo cual el material transformado es regenerado dentro de una planta completa. Después de la transferencia y regeneración de ADN, pueden evaluarse plantas putativamente transformadas por ejemplo, utilizando análisis Southern, para la presencia del gen de interés, número de copias y/o organización genómica. Alternativa o adicionalmente, los niveles de expresión del ADN recientemente introducido puede monitorearse utilizando análisis Northern y/o Western, ambas técnicas son bien conocidas por personas que tienen experiencia ordinaria en la técnica. Las plantas transformadas generadas, pueden propagarse por una variedad de medios, tales como por propagación clonal o técnicas de reproducción' clásicas. Por ejemplo, una planta transformada de primera generación (o TI) puede por sí mismas dar transformantes homocigosas de segunda
generación (o T2), y las plantas de T2 propagadas además mediante técnicas de reproducción clásicas. Los organismos transformados generados pueden tener una variedad de formas. Por ejemplo, pueden ser quimeras de células transformadas y células no transformadas; transformantes clónales (por ejemplo, todas las células transformadas que contienen el cásete de expresión) ; injertos de tejidos transformados y no transformados (por ejemplo, en plantas, un rizoma transformado injertado a un vastago no transformado) . La presente invención se extiende claramente a cualquier célula de planta o planta producida por cualquiera de los métodos descritos en la presente, y a todas las partes de planta y propágulos de la misma. La presente invención se extiende además para abarcar la progenie de una célula transformada o transfectada primaria, tejido, órgano o planta completa que se ha producido por cualquiera de los métodos antes mencionados, el único requerimiento es aquella progenie que exhibe la o las características genotípicas y/o fenotípicas como aquellas producidas en el progenitor por los métodos de acuerdo a la invención. La invención incluye también células huésped que contienen un ácido nucleico similar a YIPPEE aislado o una variante de la misma. Las células huésped preferidas de acuerdo a la invención son células de plantas. La invención se extiende también a partes
cosechables de una planta tales como, pero sin limitarse a semillas, hojas, frutas, flores, tallos, rizomas, tubérculos y bulbos . La presente invención abarca también el uso de ácidos nucleicos similar a YIPPEE o variantes de los mismos y al uso de polipéptidos similar a YIPPEE u homólogos de los mismos . Uno de tal uso se relaciona a mejorar las características de crecimiento de plantas, en particular a mejorar rendimiento/biomasa, especialmente rendimiento de semillas. El rendimiento de semilla puede incluir uno o más de lo siguiente: número incrementado de semillas (llenas), peso incrementado de semillas, índice de recolección incrementado, entre otros. Los ácidos nucleicos similar a YIPPEE o variantes de los mismos o polipéptidos similar a YIPPEE u homólogos de los mismos pueden encontrar uso en programas de reproducción en los cuales se identifica un marcador de ADN el cual puede unirse genéticamente a un gen similar a YIPPEE o variante del mismo. Los ácidos nucleicos/genes similares a YIPPEE o variantes de los mismos, o polipéptidos similares a YIPPEE u homólogos de los mismos pueden utilizarse para definir un marcador molecular. Este ADN o marcador de proteína pueden utilizarse entonces en programas de reproducción para seleccionar plantas que tienen características alteradas de
crecimiento. El gen similar a YIPPEE o variante del mismo puede por ejemplo, ser un ácido nucleico como se representa por cualquiera de una de las SEC. DE IDENT. NO.: 1, SEC. DE IDENT. NO.: 3, SEC. DE IDENT. NO.: 5, SEC. DE IDENT. NO.: 7, SEC. DE IDENT. NO.: 9, SEC. DE IDENT. NO.: 11, SEC. DE IDENT. NO.: 13, SEC. DE IDENT. NO.: 15, SEC. DE IDENT. NO.: 17, SEC. DE IDENT. NO.: 19, SEC. DE IDENT. NO.: 21, y SEC. DE IDENT. NO.: 23. Variantes alélicas de un ácido nucleico/gen similar a YIPPEE puede encontrar también uso en programas de reproducción asistidos por marcador. Tales programas de reproducción requieren algunas veces la introducción de variación alélica por tratamiento mutagénica de las plantas, utilizando por ejemplo, mutagénesis de EMS; alternativamente, el programa puede iniciar con una recolección de variantes alélicas de origen "natural" así llamado provocado no intencionalmente. La identificación de variantes alélicas tiene lugar entonces por ejemplo, PCR. Esto se sigue por una etapa de selección para selección de variantes alélicas superiores de la secuencia en cuestión y las cuales dan lugar a características de crecimiento mejoradas en una planta. La selección se lleva a cabo normalmente monitoreando el rendimiento de crecimiento de plantas que contienen diferentes variantes alélicas de la secuencia en cuestión, por ejemplo, diferentes variantes alélicas de cualquiera de
una de las SEC. DE IDENT. NO.: 1, SEC. DE IDENT. NO.: 3, SEC. DE IDENT. NO.: 5, SEC. DE IDENT. NO.: 7, SEC. DE IDENT. NO.: 9, SEC. DE IDENT. NO.: 11, SEC. DE IDENT. NO.: 13, SEC. DE IDENT. NO.: 15, SEC. DE IDENT. NO.: 17, SEC. DE IDENT. NO.: 19, SEC. DE IDENT. NO.: 21, y SEC. DE IDENT. NO.: 23. El rendimiento de crecimiento puede verificarse en un invernadero o en el campo. Etapas opcionales adicionales incluyen el cruce de plantas, en las cuales la variante alélica superior se identificó, con otra planta. Esto podría utilizarse, por ejemplo, para hacer una combinación de características fenotípicas interesantes. Un ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo pueden utilizarse también como una sonda para mapear genética y físicamente los genes que son una parte de, y como marcadores para rasgos enlazados a aquellos genes. Tal información puede ser útil en reproducción de plantas con el fin de líneas de desarrollo con fenotipos deseados. Tal uso de ácidos nucleicos similar a YIPPEE o variantes de los mismos requiere sólo una secuencia de ácido nucleico de al menos 15 nucleótidos de longitud. Los ácidos nucleicos similar a YIPPEE o variantes de los mismos pueden utilizarse como marcadores de polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP) . Transferencias Southern (Maniatis) de ADN genómico de planta digeridas por restricción pueden sondearse con los ácidos nucleicos similar a YIPPEE o variantes de los
mismos. Los patrones de agrupación resultantes pueden someterse entonces a análisis genéticos utilizando programas de computadora tales como MapMaker (Lander et al . (1987) Genomics 1:174-181) con el fin de construir un mapa genético. Además, los ácidos nucleicos pueden utilizarse para sondear transferencias Southern que contienen los ADN genómicos tratados con endonucleasa de restricción de un conjunto de individuos que representan progenitor y progenie de un cruce genético definido. La segregación de los polimorfismos de ADN se observa y se utiliza para calcular la posición del ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo en el mapa genético previamente obtenido utilizando esta población (Botstein et al . (1980) Am. J. Hum. Genet. 32:314-331). La producción y el uso de sondas derivadas de genes de plantas para uso en el mapeo genético se describen en Bematzky y Tanksley (1986) Plant Mol. Biol. Repórter 4:37-41. Numerosas publicaciones describen el mapeo genético de clones de ADNc específicos utilizando la metodología subrayada anteriormente o variaciones de los mismos. Por ejemplo, poblaciones de entrecruce F2, poblaciones de hibridación, poblaciones aleatoriamente acopladas, líneas isogénicas adjuntas, y otros conjuntos de individuos pueden utilizarse para mapeo. Tales metodologías son bien conocidas por aquellos expertos en la técnica. Las sondas de ácido nucleico pueden utilizarse
también para mapeo físico (es decir, para la colocación de secuencias en mapas físicos; véase Hoheisel et al . en: Nonmammalian Genomic Analysis: A Practical Guide, Academic press 1996, pp. 319-346, y referencias citadas en la presente) . En otra modalidad, las sondas de ácido nucleico pueden utilizarse en mapeo de hibridización in situ de fluorescencia directa (FISH) (Trask (1991) Trends Genet. 7:149-154). Aunque métodos actuales de mapeo FISH favorecen el uso de clones grandes (varios a varios cientos de KB; véase Laan et al . (1995) Genome Res 5:13-20), los mejoramientos en sensibilidad pueden permitir el rendimiento de mapeo de FISH utilizando sondas más cortas. Una variedad de métodos basados en amplificación de ácido nucleico de mapeo genético y físico pueden llevarse a cabo utilizando los ácidos nucleicos. Ejemplos incluyen amplificación específica de alelos (Kazazian (1989) J. Lab. Clin. Med. 11:95-96), el polimorfismo de fragmentos amplificados de PCR (CAPS; Sheffield et al . (1993) Genomics 16:325-332), ligación específica de alelo (Landegren et al .
(1988) Science 241:1077-1080), reacciones de extensión de nucleótido (Sokolov (1990) Nucleic Acid Res. 18:3671), Mapeo de Híbrido de Radiación (Walter et al . (1997) Nat. Genet.
7:22-28) y Mapeo Happy (Dear y Cook (1989) Nucleic Acid Res. 17:6795-6807). Para estos métodos, la secuencia de un ácido
nucleico se utiliza para diseñar y producir pares cebadores para uso en la reacción de amplificación o en reacciones de extensión cebadora. El diseño de tales cebadores se conoce bien por aquellos expertos en la técnica. En los métodos que emplean mapeo genético basado en PCR, puede ser necesario para identificar diferencias de secuencia de ADN entre los progenitores del cruce de mapeo en la región que corresponde a la secuencia de ácido nucleico instantánea. Esto, sin embargo, en general no es necesario para métodos de mapeo. Los ácidos nucleicos similar a YIPPEE o variantes de los mismos o polipéptidos similar a YIPPEE u homólogos de los mismos pueden encontrar uso como reguladores de crecimiento. Ya que estas moléculas han demostrado que son útiles para mejorar las características de crecimiento de plantas, serían también reguladores de crecimiento útil, tales como herbicidas o estimuladores de crecimiento. La presente invención proporciona por lo tanto una composición para uso como un regulador de crecimiento, que comprende un ácido nucleico/gen similar a YIPPEE o una variante del mismo, o un polipéptido similar a YIPPEE u homólogo del mismo, junto con un portador, diluyente o excipiente adecuado. Los métodos de acuerdo a la presente invención resultan en plantas que tienen características mejoradas de crecimiento, como se describen anteriormente. Estas características de crecimiento ventajosas pueden combinarse
también con otros rasgos económicamente ventajosos, tales como rasgos de mejoramiento de rendimiento adicional, tolerancia a varias tensiones, rasgos para modificar varias características arquitectónicas y/o características bioquímicas y/o fisiológicas.
DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS La presente invención se describirá ahora con referencia a las siguientes figuras en las cuales: La Figura 1 muestra una alineación múltiple de varios polipéptidos similares a YIPPEE de planta. Los residuos cisteína del motivo de enlace de zinc putativo 2xCXXC, en donde X puede ser cualquier aminoácido, están en negras . El motivo KYKEGK y el motivo GRAYLF están en recuadro. At significa Arabidopsis thaliana . La Figura 2 muestra un vector binario para expresión en Oryza sativa de una Arabidopsis thaliana similar a YIPPEE (referencia interna CDS1522) bajo el control de un promotor GOS2 (referencia interna PRO0129) . La Figura 3 detalla ejemplos de secuencias útiles para realizar los métodos de acuerdo a la presente invención.
Ejemplos La presente invención se describirá ahora con referencia a los siguientes ejemplos, los cuales son solo a
modo de ilustración. Manipulación de ADN: a menos que se establezca de otro modo, se realizan técnicas de ADN recombinantes de acuerdo a los protocolos estándares descritos en (Sambrook (2001) Molecular Cloning: a laboratory manual, 3a edición Cold Spring Harbor Laboratory Press, CSH, New York) o en volúmenes 1 y 2 de Ausubel et al . (1994), Current Protocols in Molecular Biology, Current Protocols. Materiales estándares y métodos para trabajo molecular en plantas se describen en Plant Molecular Biology Labfax (199-3) por R.D.D. Croy, publicado por BIOS Scientific Publications Ltd (UK) y Blackwell Scientific Publications (UK) .
Ejemplo 1 : Clonación Genética. Se amplificó el gen similar a YIPPEE de Arabidopsis thaliana por PCR utilizando como plantilla una biblioteca de ADNc de plántula Arabidopsis thaliana (Invitrogen, Paisley, UK) . Después de la transcripción inversa de ARN extraído a partir de plántulas, los ADNc se clonaron en pCMV Sport 6.0. El tamaño de inserto promedio del banco fue 1.5 kb y el número original de clones fue del orden de 1.59xl07 cfu. El título original se determinó para ser 9.6xl05 cfu/ml, y después de una primera amplificación de 6x1o11 cfu/ml. Después de la extracción de plásmido, 200 ng de plantilla se utilizó en una mezcla de 50 µl de PCR. Los cebadores prm03196
(sentido, codón de inicio en negritas, sitio AttBl en cursiva: 5'- GGGGACAAGTTTGTACAAA?AAGCAGGCTTCACA?.TGGCTGTCGGAG?'IGAT 3') y prm03199 (inverso, complementario, codón de detención en negritas, sitio AttB2 en cursiva: 5' GGGGACCACTTTGTACAAGAAAGCTGGGT?ATCAAGCATCATCTCCATCACT?AC 3' ) , la cual incluye los sitios AttB para recombinación Gateway, se utilizaron para amplificación de PCR. La PCR se realizó utilizando ADN polimerasa Hifi Taq en condiciones estándares. Un fragmento de PCR de 366 pb se amplificó y purificó también utilizando métodos estándares. La primera etapa del procedimiento Gateway, la reacción BP, se realizó entonces, durante la cual el fragmento de PCR recombina in vivo con el plásmido pDONR201 para producir, de acuerdo a la terminología Gateway un "clon de admisión", p3956. El plásmido pDONR201 se adquirió de Invitrogen, como parte de la tecnología Gateway®.
Ejemplo 2: Construcción de Vector El clon de admisión p3956 se utilizó subsecuentemente en una reacción LR con p0640, un vector de destino utilizado para transformación de Oryza sativa. Este vector contiene como elementos funcionales dentro de los márgenes de ADN-T: un marcador seleccionable de planta; un cásete de expresión marcador detectable; y un cásete Gateway pretendido para recombinación in vivo LR con la secuencia de
interés ya clonada en el clon de admisión. Un promotor G0S2 de arroz para expresión constitutiva (PRO0129) estuvo corriente arriba de este cásete Gateway (De Pater et al . , Plant J. 1992 Nov; 2 ( 6) : 837-44) . Después de la etapa de recombinación LR, el vector de expresión resultante (Figura 2) se transformó en la cepa Agrobacterium LBA4044 y subsecuentemente a plantas Oryza sativa . Las plantas de arroz transformadas se permitieron para cultivo y se examinaron entonces para los parámetros descritos en el Ejemplo 3.
Ejemplo 3: Evaluación y Resultados Se generaron aproximadamente 15 a 20 transformantes de arroz TO independientes. Se transfirieron transformantes primarias a partir de una cámara de cultivo de tejido a un invernadero para cultivo y cosecha de semilla TI. Cinco casos de los cuales la progenie Ti segrega 3:1 para la presencia/ausencia del transgen, se retuvieron. Para cada uno de estos casos, aproximadamente 10 plántulas Ti que contienen el transgen (hetero y homocigotos) y aproximadamente 10 plántulas TI que carecen del transgen (nulocigotos) , se seleccionaron monitoreando por expresión de marcador visual.
Análisis Estadístico: prueba F Un factor ANOVA doble (análisis de variantes) se
utilizó como un modelo estadístico para la evaluación total de características fenotípicas de la planta. Una prueba F se llevó a cabo en todos los parámetros medidos de todas las plantas de todos los casos transformados con el gen de la presente invención. La prueba F se llevó a cabo para checar un efecto del gen sobre todos los casos de transformación y para verificar un efecto total del gen, también conocido como efecto genético global. El umbral de importancia para un efecto genético global real se estableció en un 5% del nivel de probabilidad para la prueba F. Un valor de prueba F notable se dirige a un efecto genético, significando que no es sólo la presencia o la posición del gen la que provoca las diferencias en el fenotipo. 3.1 Mediciones de parámetro relacionadas con semillas Se cosecharon panojas primarias maduras, se colocaron en bolsas, se etiquetaron con código de barras y luego se secaron durante tres días en un horno a 37 °C. Las panojas se trillaron entonces y todas las semillas se recolectaron y se contaron. Las vainas llenas se separaron de las vacías utilizando un dispositivo de soplado de aire. Las vainas vacías se desecharon y la fracción restante se contó de nuevo. Las vainas llenas se pesaron en una báscula analítica. El número de semillas llenas se determinó al contar el número de vainas llenas que permaneció después de la etapa de separación. El total de rendimiento de semillas
se midió al pesar todas las vainas llenas cosechadas desde una planta. El número total de semillas por planta se midió al contar el número de vainas cosechadas de una planta. El coeficiente de producción de cosecha en la presente invención se define como la relación del rendimiento total de semillas y el área sobre la superficie (mm2) multiplicada por un factor 106. 3.2 Área Sobre la Superficie El área sobre la superficie de la planta se determinó al contar el número total de pixeles desde las partes de la planta sobre la superficie excluidas desde el fondo. Este valor se promedio para las fotografías tomadas en el mismo punto de tiempo desde diferentes ángulos y se convirtió a un valor de superficie física expresado en mm cuadrados por calibre. Los experimentos muestran que el área de planta sobre la superficie medida de este modo se correlaciona con la biomasa de partes de planta sobre la superficie . La Tabla de resultados muestra posteriormente los valores p desde la prueba F para las evaluaciones TI y para casos TI extras generados. El porcentaje de diferencia entre los transgénicos y los nulocigotos correspondientes se muestra también. Por ejemplo, para peso total de semillas, 3 a 6 líneas fueron positivas para el peso total de semillas (es decir, mostraron un incremento en peso total de semillas
(de más de 32%) comparado al peso de semillas de plantas nulocigotas correspondientes) . 1 de 6 de estas líneas mostró un incremento notable en el peso total de semillas con un valor p de la prueba F de 0.18.
Tabla 5. Resultados de la generación TI
Tabla 6 : casos extras TI
Claims (28)
- REIVINDICACIONES 1. Método para mejorar características de crecimiento de planta, que comprende las etapas de (A) incrementar la actividad en una planta de un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo que comprende cualquiera de uno o más de, y de preferencia todo de: (i) un motivo de enlace de zinc putativo: 2xCXXCf en donde X es cualquier residuo aminoácido; (ii) el motivo KYKEGK, permitiendo una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora; (iii) el motivo GRAYLF, permitiendo una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora; y (B) seleccionar opcionalmente para plantas que tienen características de crecimiento mejoradas.
- 2. Método de acuerdo a la reivindicación 1, en donde la actividad incrementada se efectúa al introducir una modificación genética de preferencia en el sitio de un gen que codifica un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo.
- 3. Método de acuerdo a la reivindicación 2, en donde la modificación genética se efectúa por cualquiera de uno o más: mutagénesis sitio-dirigida, evolución directa, recombinación homologa, TILLING, activación de ADN-T y al introducir y expresar en una planta un ácido nucleico que codifica un polipéptido similar a YIPPEE.
- 4. Método para mejorar características de crecimiento de planta, que comprende introducir y expresar en una planta un ácido nucleico similar a YIPPEE o una variante del mismo, cuyo ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo codifica un polipéptido similar a YIPPEE o un homólogo del mismo, que comprende cualquiera de uno o más de, y de preferencia todo de: (i) un motivo de enlace de zinc putativo; 2xCXXC, en donde X es cualquier residuo aminoácido; (ii) el motivo KYKEGK, permitiendo una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora; (iii) el motivo GRAYLF, permitiendo una sustitución de aminoácido en cualquier posición y cualquier sustitución de aminoácido conservadora.
- 5. Método de acuerdo a la reivindicación 4, en donde la variante es una porción de un ácido nucleico similar a YIPPEE o una secuencia capaz de hibridizar a un ácido nucleico similar a YIPPEE.
- 6. Método de acuerdo a la reivindicación 4 ó 5, en donde el ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo se sobre-expresa en una planta.
- 7. Método de acuerdo a cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6, en donde el ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo es de origen vegetal, de preferencia de una planta dicotiledónea, además de preferencia de la familia Brassicaceae , más preferiblemente el ácido nucleico es de Arabidopsis thaliana .
- 8. Método de acuerdo a cualquiera de las reivindicaciones 4 a 7, en donde el ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo se une operablemente a un promotor constitutivo.
- 9. Método de acuerdo a la reivindicación 8, en donde el promotor constitutivo es un promotor G0S2.
- 10. Método de acuerdo a cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, en donde la característica de crecimiento mejorada de planta es el rendimiento incrementado relativo a plantas de tipo silvestre correspondientes.
- 11. Método de acuerdo a cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10, en donde la característica de crecimiento mejorado de planta es la biomasa de planta incrementada.
- 12. Método de acuerdo a la reivindicación 10, en donde el rendimiento incrementado es rendimiento incrementado de semillas.
- 13. Método de acuerdo a la reivindicación 12, en donde el rendimiento incrementado de semillas se selecciona de cualquiera de una o más de (i) la biomasa incrementada de semillas; (ii) número incrementado de semillas (llenas) ; (iii) tamaño incrementado de semillas; (iv) volumen incrementado de semillas; (v) coeficiente de producción incrementado de cosecha; y (vi) peso en miles de granos incrementado (TKW) .
- 14. Método de acuerdo a cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13, en donde la característica de crecimiento de planta mejorada es la tasa de crecimiento incrementada.
- 15. Plantas obtenibles por un método de acuerdo a cualquiera de las reivindicaciones 1 a 14.
- 16. Construcción, que comprende: (i) un ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo; (ii) Una o más secuencias control capaz de dirigir expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i) ; y opcionalmente (iii) Una secuencia de terminación de transcripción.
- 17. Construcción de acuerdo a la reivindicación 16, en donde el promotor es un promotor constitutivo.
- 18. Construcción de acuerdo a la reivindicación 17, en donde el promotor es un promotor GOS2.
- 19. Planta transformada con una construcción de acuerdo a cualquiera de una de las reivindicaciones 16 a 18.
- 20. Método para la producción de una planta transgénica que tiene características mejoradas de crecimiento, cuyo método comprende: (i) introducir dentro de una planta un ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo y/o introducir una modificación genética en el sitio de un gen similar a YIPPEE; (ii) cultivar la célula de la planta bajo condiciones celulares que promueven el crecimiento y desarrollo de la planta.
- 21. Planta transgénica que tiene características mejoradas de crecimiento que resultan de un ácido nucleico similar a YIPPEE o variante del mismo, introducido dentro de la planta y/o que resultan de una modificación genética introducida en el sitio de un gen similar a YIPPEE.
- 22. Planta transgénica de acuerdo a la reivindicación 15, 19 ó 21, en donde la planta es una planta monocotiledónea, tal como caña de azúcar o en donde la planta es un cereal, tal como arroz, maíz, trigo, cebada, mijo, centeno, avena o sorgo.
- 23. Partes cosechables de una planta de acuerdo a cualquiera de las reivindicaciones 15, 19, 21 ó 22.
- 24. Partes cosechables de acuerdo a la reivindicación 23, en donde las partes cosechables son semillas .
- 25. Productos derivados directamente de una planta de acuerdo a cualquiera de las reivindicaciones 15, 19, 21 ó 22 y/o productos derivados directamente a partir de partes cosechables de acuerdo a las reivindicaciones 23 ó 24.
- 26. Uso de ácido nucleico/gen similar a YIPPEE o variante del mismo o uso de un polipéptido similar a YIPPEE u homólogo del mismo para mejorar las características de crecimiento de plantas, en particular para mejorar el rendimiento/biomasa, especialmente rendimiento de semillas.
- 27. Uso de acuerdo a la reivindicación 25, en donde el rendimiento de semillas incluye uno o más de lo siguiente: número incrementado de semillas (llenas) , peso incrementado de semillas, coeficiente de producción de cosecha y TKW incrementado.
- 28. Uso de un ácido nucleico/gen similar a YIPPEE o variante del mismo o uso de un polipéptido similar a YIPPEE u homólogo del mismo como un marcador molecular.
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