MX2007001375A

MX2007001375A - Metodo para extraer nylon a partir de materiales de desperdicio.

Info

Publication number: MX2007001375A
Application number: MX2007001375A
Authority: MX
Inventors: Raymond A Berard; Donald Lees; Joel Sheppard; Gabe Moore
Original assignee: Interface Inc
Priority date: 2004-08-05
Filing date: 2005-08-05
Publication date: 2007-04-10
Also published as: DE602005004298T2; JP2012140962A; JP4995085B2; BRPI0513079A; CN101871456B; HK1148569A1; CN101142262B; AU2011265493B2; ES2299084T3; AU2012216811A1; CN101142262A; CA2575575A1; NO20071007L; JP2012140746A; WO2006017792A1; AU2011265493C1; EP1778771A1; ATE383393T1; CA2575575C; AU2005271326A1

Abstract

La invencion es concerniente con un metodo para recuperar nylon a partir de un material que contiene nylon al poner en contacto el material que contiene nylon con un solvente que contiene alcanol a temperatura elevada y a una presion mas alta que la presion de equilibrio del solvente que contiene alcanol a la temperatura elevada, disolviendo mediante esto el nylon en el solvente que contiene alcanol, removiendo el solvente que contiene alcanol que contiene nylon disuelto de cualesquier solidos sin disolver y disminuir la temperatura del solvente que contiene alcanol que contiene nylon disuelto para precipitar el nylon disuelto.

Description

BIOMARCADORES DE PLAQUETAS PARA CÁNCER CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere a los campos de la inmunología y la bioquímica. Particularmente, la presente invención describe métodos, dispositivos y equipos para la detección temprana de condiciones clínicas que tienen cambios asociados en la actividad angiogénica sistémica, particularmente cánceres, condiciones inflamatorias, infecciones y eventos asociados con el embarazo. ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN La angiogénesis, la formación de nuevos vasos sanguíneos capilares, es un proceso fundamental esencial para la reproducción, el desarrollo embrionario y el crecimiento y progresión del cáncer. La principal ruta de diseminación del tumor es a través de la circulación sanguínea. Una vez en circulación, las células tumorales se agregan en grupos con las plaquetas, lo cual incrementa la sobrevivencia de la célula tumoral. Los émbolos tumorales se adherirán entonces al endotelio del vaso sanguíneo. Ver, e .g. , Bikfalvi et al . , Semin Thromb Hemost . , 30(l):137-44 (2004); Sargiannidou et al . , Semin Thromb Hemost . , 30(l):127-36 (2004); Sierko et al . , Semin Thromb Hemost . , 30(1) -.95-108 (2004); Blakytny et al . , J Cell Physiol . , 199(1) -. 61-16 (2004); Folkman J. , Semin Oncol . , 29(6 Suppl 16):15-8 (2002).

La detección temprana de la condición de una enfermedad tal como el cáncer, típicamente permite un tratamiento terapéutico más efectivo con un resultado clínico correspondientemente más favorable. Por lo tanto, existe la necesidad de contar con métodos de detección que permitan a los médicos clínicos determinar la presencia de cánceres y tumores antes de que alcancen las etapas avanzadas de las enfermedades cancerosas. Además, los médicos clínicos necesitan métodos para determinar eficientemente y con precisión si los tumores cancerosos son latentes o malignos. SUMARIO DE LA INVENCIÓN La presente invención permite la detección y diferenciación de condiciones asociadas con la angiogénesis y, en particular, el cáncer. La invención incluye el uso de biomoléculas que se encuentran en las plaquetas de la sangre como biomarcadores para condiciones clínicas que se relacionan con el estado de la angiogénesis y, en particular, con el estado del cáncer. Como se utiliza en la presente, el estado angiogénico incluye, pero no está limitado a, distinguir entre la enfermedad contra los estados no patológicos, tales como cáncer contra el estado normal (i . e . , no de cáncer) y, en particular, el cáncer agresivo contra el cáncer latente o el cáncer agresivo contra el no cáncer. De hecho, sorprendentemente se ha encontrado que un número de los biomarcadores de la presente invención se pueden utilizar para distinguir entre tumores benignos contra malignos, los tumores agresivos contra los latentes, los tumores angiogénicos contra los no angiogénicos , etc . La absorción selectiva de reguladores angiogénicos por las plaquetas, sin un incremento correspondiente de estas proteínas en plasma, proporciona una medida útil para ayudar en el diagnóstico, particularmente el diagnóstico oportuno del cáncer antes de que se detecte clínicamente un tumor. Además, se ha encontrado que la medición multiplexada de una pluralidad de biomarcadores en las plaquetas, i.e., perfil de plaquetas, proporciona una indicación muy sensible de alteraciones en la actividad angiogénica en un paciente y proporciona la identificación específica de la enfermedad. Tales propiedades de las plaquetas se pueden utilizar para detectar cánceres humanos de tamaño microscópico que son indetectables por cualquier método de diagnóstico actualmente disponible. Aún una pequeña fuente de proteínas angiogénicas, tales como un tumor no angiogénico latente puede modificar detectablemente el perfil proteico antes de que el tumor mismo pueda ser detectado clínicamente. En ciertas modalidades, el perfil angiogénico plaquetario es más inclusivo que un solo biomarcador debido a que puede detectar una amplía variedad de tipos de tumor y tamaños de tumor. Los cambios relativos en el perfil angiogénico plaquetario permiten el rastreo de un tumor a lo largo de su desarrollo, comenzando desde un cáncer temprano in situ, i . e. , comenzando desde un punto antes de que el tumor pueda ser clínicamente detectado, lo que permite el pronóstico rápido, el tratamiento temprano y el monitoreo preciso de la progresión o regresión de la enfermedad ( e . g. , después del tratamiento con drogas no tóxicas tales como los inhibidores de la angiogénesis) . Las plaquetas absorben muchas de las proteínas angiogénicas reguladoras conocidas, e .g. , reguladores positivos tales como VEGF-A, VEGF-C, bFGF, HGF, Angiopoyetina-1, PDGF, EGF, IGF-1, IGF BP-3, Vitronectina, Fibronectina, Fibrinógeno, Heparanasa y Esfingosina-1 P04, y/o reguladores negativos como trombospondina, los fragmentos NK1/NK2/N 3 de HGF, TGF-beta-1, plasminógeno (angioestatina) , cininógeno (dominio 5) de peso molecular alto, Fibronectina (fragmento 45 kD) , EGF (fragmento), Alfa-2 antiplasmina (fragmento) , Beta-tromboglobulina, endostatina y BDNF (factor neurotrófico derivado del cerebro) y continúa hasta secuestrarlos durante el tiempo que existe la fuente ( e.g. , un tumor) . Sin limitar la invención a algún mecanismo o papel biológico en particular para la fijación de los reguladores angiogénicos, se cree que las plaquetas actúan como transportadores eficientes de estas proteínas a sitios del endotelio activado y el perfil de los biomarcadores en las plaquetas refleja el inicio de la presencia y del crecimiento del tumor. Como tal, en un aspecto, la presente invención proporciona un método para calificar el estado angiogénico en un sujeto, el método comprende: (a) medir por lo menos un biomarcador asociado con las plaquetas en una muestra biológica obtenida del sujeto, en donde se selecciona al menos un biomarcador asociado con plaquetas del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1 y Tabla 2, supra; y (b) correlacionar la medición con el estado angiogénico. En una modalidad preferida, se selecciona el biomarcador asociado con al menos una plaqueta del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1. En una modalidad preferida, el biomarcador asociado con al menos una plaqueta se selecciona de los siguientes biomarcadores: VEGF, PDGF, bFGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angioestatina y trombospondina . En una modalidad, se mide el biomarcador asociado con al menos una plaqueta por medio de la captura del biomarcador sobre un adsorbente de un sonda SELDI y la detección de los biomarcadores capturados por espectrometría láser de desorción-ionización de masas. En ciertas modalidades el adsorbente es un adsorbente de intercambio catiónico, un adsorbente de intercambio aniónico, un quelato metálico o un adsorbente hidrofóbico. En otras modalidades, el adsorbente es un adsorbente bioespecífico. En otra modalidad, el biomarcador asociado con al menos una plaqueta se mide por inmunoensayo . En otra modalidad, la correlación se efectúa por medio de software de algoritmo de clasificación. En ciertas modalidades, el estado angiogénico es cáncer contra normal (no-cáncer) . En otra modalidad, el estado angiogénico es tumor benigno contra tumor maligno. Aún en otra modalidad, el estado angiogénico es tumor agresivo contra no agresivo, i.e., latente, tumor. Aún en otra modalidad, el estado angiogénico es un tipo particular de cáncer, que incluye cáncer de mama, cáncer hepático, cáncer pulmonar, hemangioblastornas, cáncer de vejiga, cáncer de próstata, cáncer gástrico, cánceres del cerebro, neuroblastomas, cáncer de colon, carcinomas, sarcomas, leucemia, linfoma y miolomas . Aún en otra modalidad, el método comprende además: (c) manejo del tratamiento del sujeto en base al estado angiogénico. Si la medición se correlaciona con el cáncer, entonces el manejo del tratamiento del sujeto comprende la administración, por ejemplo, de un agente quimioterapéutico al sujeto. En una modalidad adicional, el método comprende además: (d) medición del biomarcador asociado con al menos una plaqueta después del manejo del sujeto. En otro aspecto, la presente invención proporciona un método que comprende la medición de al menos un biomarcador en una muestra de un sujeto, en donde el biomarcador asociado con al menos una plaqueta se selecciona del grupo que consiste de los biomarcadores que se exponen en la Tabla 1 o 2. En una modalidad preferida, el biomarcador asociado con al menos una plaqueta se selecciona del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1. En una modalidad, el biomarcador asociado con al menos una plaqueta se mide al capturar el biomarcador sobre un adsorbente de una sonda SELDI y detectar los biomarcadores capturados por espectrometría de masas por desorción láser-ionization. En ciertas modalidades, el adsorbente es un adsorbente de intercambio catiónico, un adsorbente de intercambio aniónico, un quelato metálico o un adsorbente hidrofóbico. En otras modalidades, el adsorbente es un adsorbente bioespecífico. En otra modalidad, el biomarcador asociado con al menos una plaqueta es medido por inmunoensayo . Aún en otro aspecto, la presente invención proporciona un equipo que comprende: (a) un soporte sólido que comprende al menos un reactivo de captura unido a éste, en donde el reactivo de captura se une al biomarcador asociado con al menos una plaqueta de un primer grupo que consiste de los biomarcadores que se exponen en la Tabla 1 y Tabla 2, y (b) instrucciones para utilizar el soporte sólido para detectar el al menos un biomarcador que se expone en la Tabla 1 y Tabla 2. En una modalidad preferida, el biomarcador asociado con al menos una plaqueta se selecciona del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1. En otra modalidad preferida, el biomarcador asociado con al menos una plaqueta se selecciona del grupo que consiste de los siguientes biomarcadores: VEGF, PDGF, bFGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angioestatina y trombospondina y combinaciones de ésta. En una modalidad, el equipo proporciona instrucciones para utilizar el soporte sólido para detectar un biomarcador seleccionado de los siguientes biomarcadores : VEGF, PDGF, bFGF, PF , CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloporeasa, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angioestatina y trombospondina y combinaciones de ésta. En otra modalidad, el soporte sólido que comprende el reactivo de captura (también denominado como un reactivo de afinidad) es un sonda SELDI . En ciertas modalidades, el reactivo de captura es un adsorbente de intercambio catiónico, un adsorbente de intercambio aniónico, un quelato metálico o un adsorbente hidrofóbico. En algunas modalidades preferidas, el reactivo de captura es un adsorbente de intercambio catiónico. En otras modalidades, el equipo comprende adicionalmente (c) un sorbente de cromatografía de intercambio aniónico, tal como un sorbente amino cuaternario ( e .g. , microesferas sorbentes BioSepra Q Ceramic Hyper® F) . En otras modalidades, el equipo comprende adicionalmente (c) un contenedor que contiene al menos uno de los biomarcadores asociados con plaquetas, que se muestran en la Tabla 1 y Tabla 2. En un aspecto adicional, la presente invención proporciona un equipo que comprende: (a) un soporte sólido que comprende al menos un reactivo de captura unido a éste, en donde el reactivo de captura se une con un biomarcador asociado con al menos una plaqueta de un primer grupo que consiste de los biomarcadores que se exponen en la Tabla 1 y Tabla 2 ; y (b) un contenedor que contiene al menos uno de los biomarcadores que se exponen en la Tabla I o Tabla II . En una modalidad preferida, se selecciona el biomarcador asociado con plaquetas del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1. En una modalidad, el equipo proporciona instrucciones para utilizar el soporte sólido para detectar un biomarcador seleccionado de los siguientes biomarcadores : VEGF, PDGF, bFGF, PF4 , CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina. En otra modalidad, el equipo proporciona instrucciones para utilizar el soporte sólido para detectar cada uno de los siguientes biomarcadores: VEGF, PDGF, bFGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina o, alternativamente, detectar adicionalmente cada uno de estos biomarcadores . En otra modalidad, el soporte sólido que comprende el reactivo de captura es un sonda SELDI . En ciertas modalidades, el reactivo de captura es un adsorbente de intercambio catiónico, un adsorbente de intercambio aniónico, un quelato metálico o un adsorbente hidrofóbico. En algunas modalidades, el reactivo de captura es un adsorbente de intercambio catiónico. En otras modalidades, el equipo comprende adicionalmente (c ) un sorbente de cromatografía de intercambio aniónico. Aún en otro aspecto, la presente invención proporciona un producto de software, el producto de software comprende: (a) un código que ingresa datos atribuidos a una muestra, los datos comprenden la medición de un biomarcador asociado con al menos una plaqueta en la muestra biológica, el biomarcador asociado con plaquetas seleccionado del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1 y Tabla 2 ,- y (b) un código que ejecuta un algoritmo de clasificación que clasifica el estado patológico angiogénico de la muestra como una función de la medición. En una modalidad preferida, el biomarcador se selecciona del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1. Aún en otra modalidad, la invención proporciona un método para determinar el curso de la progresión o regresión del tumor en un sujeto, que comprende la medición, en primer lugar, de al menos un biomarcador en una muestra de plaquetas de un sujeto, en donde el al menos un biomarcador se selecciona del grupo que consiste de VEGF, PDGF, bFGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina y la medición, en segundo lugar, del al menos un biomarcador en una muestra de plaquetas del sujeto; y comprende la primera medición y la segunda medición; en donde las mediciones comparativas determinan el curso de la progresión o regresión tumoral en un sujeto.

En una modalidad, el algoritmo de clasificación clasifica el estado angiogénico de la muestra como una función de la medición de un biomarcador seleccionado del grupo que consiste de VEGF, PDGF, bFGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina. En otra modalidad, el algoritmo de clasificación clasifica el estado angiogénico de la muestra como una función de la medición de cada uno de los siguientes biomarcadores: VEGF, PDGF, bFGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina En otros aspectos, la presente invención proporciona biomoléculas purificadas seleccionadas de los biomarcadores asociados con plaquetas que se exponen en la Tabla 1 y Tabla 2 y, adicionalmente, métodos que comprenden la detección de un biomarcador que se expone en la Tabla 1 o Tabla 2 por espectrometría de masas o inmunoensayo. Otras características, objetos y ventajas de la invención y sus modalidades preferidas se harán manifiestas a partir de la descripción detallada, de los ejemplos y de las siguientes reivindicaciones .

BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS La Figura la muestra un mapa de expresión de espectrofotométrica de masa de los extractos plaquetarios tomados de animales de control (líneas grises) y animales implantados con tumores latentes (líneas negras) . Los números de los ejes x se refieren a las proporciones masa-a-carga (m/z) de las partículas observadas y la altura de las curvas corresponden a la intensidad de las crestas observadas. Los extractos que se utilizaron se obtuvieron de la fracción 2 del fraccionamiento de intercambio aniónico inicial, como se describe en los Ejemplos. Las muestras de esta fracción se analizaron en el aparato CX2 ProteinChip. CTAPIII y PF4 se identificaron para aumentarlos en ratones portadores de tumores. La Figura lb muestra que CTAPIII y PF4 (flechas) se aumentaron en las plaquetas de ratones portadores de tumor latente o angiogénico, pero no en plasma. La Figura 2a muestra una gráfica de la intensidad máxima de CTAPIII normalizada que se midió en extractos tomados de las plaquetas y del plasma de tres grupos de ratones : individuos de control e individuos con tumores de liposarcoma humano latente (no angiogénico) y agresivo (angiogénico) , respectivamente. La Figura 2b muestra una gráfica de la intensidad máxima de PF4 normalizada en plaquetas y plasma de los mismos grupos de ratones. La Figura 2c muestra una gráfica de la intensidad máxima de CTAPIII normalizada en las plaquetas y el plasma de ratones portadores de tumor a los 19 días, 32 días y 120 días de crecimiento, lo que indica que los niveles plaquetarios de CTAPIII se incrementaron durante el curso de tiempo estudiado, mientras que los niveles plasmáticos de CTAPIII disminuyeron o no cambiaron, durante el mismo período. La Figura 2d muestra una gráfica de la intensidad máxima de PF4 normalizada en las plaquetas y el plasma de ratones portadores de tumor a los 19 días, 32 días y 120 días de crecimiento, lo que indica que los niveles plaquetarios de PF4 se incrementaron durante el curso de tiempo estudiado, mientras que los niveles plasmáticos de PF4 disminuyeron o no cambiaron, durante el mismo período. La figura 2 muestra los errores medios + estándar de cada grupo de intensidades máximas . La Figura 3a muestra un mapa de descubrimiento de interacción de anticuerpos de plaquetas y extractos plasmáticos, utilizando un anticuerpo de factor de crecimiento de fibroblasto anti-básico (anti-bFGF) . Específicamente, la figura muestra que el bFGF y los fragmentos de éste se incrementan en las plaquetas de ratones portadores de tumor latente (no angiogénico) . La Figura 3b muestra un mapa de expresión que permite la comparación de los cambiantes niveles de expresión en las plaquetas contra los extractos plaquetarios, además de las diferencias entre la expresión en el bFGF en ratones portadores de tumor no angiogénico y angiogénico. La Figura 3c muestra un curso de tiempo de la fijación de bFGF en las plaquetas. La Figura 4a muestra un mapa de descubrimiento de interacción de anticuerpos de extractos plaquetarios, utilizando un anticuerpo de factor de crecimiento derivado de anti-plaquetas (anti-PDGF) . La figura muestra que el PDGF y los fragmentos de éste aumenten en ratones portadores de tumor latente (30 días después de la implantación) . La figura 4b muestra un mapa de expresión que muestra los niveles de PDGF tanto en los extractos como en plasma. La Figura 5 muestra un mapa de expresión de biomarcadores observada después del fraccionamiento de las plaquetas y extractos plasmáticos sobre una columna de intercambio aniónico, seguido por el perfil de una de esas fracciones (fracción 1) sobre un aparato CX2 ProteinChip. La figura muestra que VEGF y los fragmentos de éste se incrementan en plaquetas de ratones portadores de tumor (30 días después de la implantación) y muestra que VEGF y sus fragmentos se incrementan en mayor medida en plaquetas de ratones con tumores agresivos (angiogénico) en comparación con ratones con tumores latentes . La Figura 6 muestra un mapa de expresión de biomarcadores observados después del fraccionamiento de extractos de plaquetas sobre una columna de intercambio aniónico, seguido por el perfil de una de esas fracciones (fracción 1) sobre un aparato WCX2 ProteinChip. La figura muestra que diversos marcadores, incluyendo una proteína 20400 Da, se incrementan en extractos de plaquetas tomados de ratones portadores de tumor (negro) comparados con extractos de plaquetas de ratones de control (gris) . La Figura 7 muestra un mapa de expresión de biomarcadores observados después del fraccionamiento de los extractos plaquetarios sobre una columna de intercambio aniónico, seguido por el perfil de una de esas fracciones (fracción 1) sobre un aparato CX2 ProteinChip. La figura muestra diversos marcadores que fueron identificados para ser incrementados en ratones portadores de tumor latente (negro) en relación con ratones de control (gris) . La Figura 8 muestra gráficas de los niveles de bFGF, VEGF, PDGF y endostatina en plaquetas y en muestras de plasma tomadas de ratones normales, portadores de tumor no angiogénico y angiogénico. La Figura 9a muestra un análisis Western de inmunotransferencia de extractos plaquetarios, utilizando anticuerpos anti-VEGF anti-bFGF y anti-endostatina. Se muestra que la endostatina se incrementa en las plaquetas a expensas del VEGF y bFGF. La Figura 9b muestra que la endostatina compite con el VEGF por la absorción dentro de las células plaquetarias .

La Figura 10 muestra los resultados de un experimento en el cual, a un ratón se le inyectaron 100 microlitros de Matrigel que contenían 50 ng de VEGF marcado con 125I . Subsecuentemente, se aislaron varios tejidos del ratón y se determinó el conteo por gramo de tejido. Los datos muestran que las plaquetas fijan el VEGF marcado con 15I sin un incremento correspondiente en los niveles plasmáticos del factor. Por tanto, las plaquetas pueden absorber las proteínas angiogénicas reguladoras, en una manera selectiva y cuantificable aún cuando se implante por vía subcutánea una fuente tan pequeña como una pildora de Matrigel de 100 microlitros. La Figura 11 muestra el crecimiento de tumores de liposarcoma humano no angiogénico contra angiogénico en ratones atímicos después de 133 días de implantación. Las Figuras 12a-d muestran que el incremento en las cantidades de extractos plaquetarios de proteínas angiogénicas reguladoras tales como el VEGF representan un proceso selectivo de fijación y no una simple asociación con la superficie plaquetaria. DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN Y MODALIDADES PREFERIDAS I. INTRODUCCIÓN Un biomarcador es una biomolécula orgánica que está presente diferencialmente en una muestra tomada de un sujeto de un estado fenotípico (e .g. , que tiene una enfermedad) en comparación con otro estado fenotípico (e. g. , que no tiene la enfermedad) . Un biomarcador está presente diferencialmente entre diferentes estados fenotípicos si se calcula que el nivel de expresión media o mediana del biomarcador en los diferentes grupos es estadísticamente significante. Las pruebas comunes de significancia estadística incluyen, entre otros, la prueba t, ANOVA, Kruskal-Wallis, Wilcoxin, Mann-Whitney y razón de momios. Los biomarcadores, solos o combinados, proporcionan las medidas del riesgo relativo de uno u otro estado fenotípico al que pertenece un sujeto. Por lo tanto, son útiles como marcadores de enfermedad (diagnósticos) , efectividad terapéutica de una droga (Theranostics) y toxicidad de la droga. Se ha encontrado que las plaquetas son una fuente sorprendentemente buena de biomarcadores para el cáncer y otras enfermedades caracterizadas por diferencias en la actividad angiogénica (incluyendo la anti-angiogénica) . En particular, los biomarcadores derivados de plaquetas indican cambios en el estado de la enfermedad muy tempranamente y pueden distinguir no sólo el cáncer del no-cáncer, si no los tumores benignos de los tumores malignos. Como tal, la presente invención proporciona un medio para el diagnóstico temprano de condiciones clínicas tan diversas como el cáncer, la artritis y el embarazo. Diferentes condiciones clínicas se pueden distinguir utilizando la presente invención ya que cada condición clínica puede producir la alteración de un biomarcador diferente o un racimo de múltiples biomarcadores . Por lo tanto, el patrón de expresión del biomarcador para una condición clínica dada puede ser una identificación o perfil de una enfermedad o estado metabólico. Consecuentemente, la presente invención proporciona equipos, métodos y dispositivos para detectar y determinar los niveles de expresión de los biomarcadores indicativos de estados patológicos o alteraciones en la actividad metabólica asociados con un cambio en la actividad angiogénica. La capacidad de la presente invención para detectar variaciones en el crecimiento tumoral, por ejemplo, se ilustra en las figuras y tablas que se proporcionan en la presente. Los métodos utilizados para obtener los datos que se muestran en las figuras y Tablas se describen en detalle en los Ejemplos. En resumen, se implantaron a ratones tumores latentes o agresivos que se permitió que crecieran durante un período de tiempo predeterminado. Los animales de control a los que no se les implantó un tumor también fueron investigados. De estos ratones se obtuvieron plaquetas, homogenadas, tratadas como se describe en los Ejemplos y analizadas utilizando espectrometría de masas SELDI y otros métodos practicados por los expertos en la materia. Utilizando esta metodología, se ha identificado que los biomarcadores derivados de las plaquetas pueden indicar cambios en el estado de la enfermedad muy tempranamente y pueden distinguir no sólo el cáncer del no-cáncer, si no tumores benignos de tumores malignos. Por ejemplo, como se muestra en las Figuras y Tabla 1, la expresión del biomarcador PF4 aumenta en las plaquetas de ratones a los que se les implantaron tumores. Sorprendentemente, la expresión de PF4 es la más alta en aquellos ratones a los que se les administró un implante de tumor latente. Las Figuras y la Tabla 1 ilustran un resultado similar del biomarcador CTAP III, el dímero del cual tiene una masa de aproximadamente 16.2 kDa. Hay que destacar que sólo es necesario conocer el peso molecular de un biomarcador para hacer que el biomarcador sea apropiado para detección, aunque también se puede utilizar la forma y la intensidad de las crestas observadas ( e .g. , Figura la) y otros parámetros. Por ejemplo, se pueden utilizar los anticuerpos para el biomarcador o, si se conoce la actividad del biomarcador, se podría utilizar un ensayo enzimático para detectar y cuantificar el biomarcador. II. BIOMARCADORES DE PLAQUETAS PARA TUMORES CANCEROSOS Y NO CANCEROSOS Biomarcadores Esta invención proporciona biomarcadores basados en polipéptidos que están presentes diferencialmente en las plaquetas de sujetos que tienen un padecimiento caracterizado por actividad angiogénica o anti-angiogénica, en particular, cáncer contra normal (no-cáncer) o tumor benigno (i . e. , latente) contra malignidad. Los biomarcadores se caracterizan por la proporción masa-a-carga, como se determina por la espectrometría de masas, por la forma de su cresta espectral en la de la espectrometría de masas de tiempo de vuelo por sus características de unión a superficies adsorbentes . Estas características proporcionan un método para determinar si una biomolécula detectada particular es un biomarcador de esta invención. Estas características representan características inherentes de las biomoléculas y no limitaciones del proceso en la manera en la que las biomoléculas son discriminadas. En un aspecto, esta invención proporciona estos biomarcadores en forma aislada, i.e. purificada. Los biomarcadores se descubrieron utilizando tecnología SELDI empleando aparatos ProteinChip de Ciphergen Biosystems, Inc. (Fremont, CA) ("Ciphergen"). Las muestras de plaquetas se tomaron de sujetos múridos de uno de tres estados fenotípicos: normal, tumor benigno, tumor maligno. Las plaquetas se extrajeron con un amortiguador de urea y luego ya sea que se amplificaran directamente al intercambio aniónico, intercambio catiónico o biochip SELDI de cobre IMAC para análisis o se fraccionaran sobre microesferas de intercambio aniónico y luego se aplicaran a biochips SELDI de intercambio catiónico para análisis. Los espectros de polipéptidos en las muestras se generaron por la espectrometría de masas tiempo de vuelo sobre un espectrómetro de masa Ciphergen PBSII. Los espectros que obtenidos de esta forma se analizaron por el software Ciphergen Express™ Data Manager con el Biomarker Wizard y el software Biomarker Pattern de Ciphergen Biosystems, Inc. Los espectros de masas de cada grupo se sometieron a análisis de gráfica de dispersión. Se empleó el análisis de prueba Mann-Whitney para comparar los tres diferentes grupos y se seleccionaron proteínas que difirieron significativamente (p<0.0001) entre los dos grupos. Estos métodos se describen más detalladamente en la Sección de Ejemplo. Los biomarcadores que se descubrieron de esta manera se presentan en la Tabla 1 y Tabla 2. La columna de "ensayo ProteinChip" (micro chips de proteínas) se refiere a la fracción cromatográfica de intercambio aniónico en la cual se encontró el biomarcador, el tipo de biochip al que se une el biomarcador y las condiciones de lavado, como se describe en los Ejemplos.

TABLA 1 TABLA 2 Marcador Valor P Ensayo ProteinChip® M: 2019.1 2174.3 2373.6 2535.6 <0.05 Fracciones 1 y 2, 2664.0 2755.2 2974.9 3392.5 chip WCX, lavado 3696.1 3938.8 4204.4 4214.5 con 50 mM Na de 4265.5 4367.4 4527.4 4905.5 acetato pH 5 5023.5 5090.8 5166.5 5487.3 5700.5 5836.7 5975.4 6050.2 6106.5 6158.9 6258.4 6300.3 6428.4 6481.2 6644.1 6715.2 6837.7 6929.1 7084.9 7237.8 7416.2 7489.7 7593.7 7649.3 7684.5 7794.3 7856.7 7918.5 7957.7 7992.1 8609.2 8680.6 8724.4 8861.8 9061.8 9169.5 9527.2 9950.2 10136.4 10843.1 11180.6 11495.8 11637.5 11875.7 12086.4 13610.6 13831.4 14710.8 14861.9 15082.7 15303.2 15476.0 15609.3 15720.8 15830.9 15917.9 18025.1 18302.7 19612.4 20416.4 20923.5 23211.1 23437.0 24077.2 26646.9 30211.0 31160.1 36016.0 38591.6 39346.3 46231.5 47675.7 54408.5 55878.3 62830.5 71978.8 78250.5 81455.9 94140.2 M: 3855 3949.8 4034.4 4063.7 <0.05 Fracción 5, chip 4111.4 4148.7 4242.9 4263.8 WCX, lavado con 50 4389.4 4731.3 4751.6 5062.3 mM Na de acetato 5337.2 5733.7 5804.2 5843.4 pH 5 6537.4 6598.7 6671.2 6714.6 6851.9 7154.8 7618.1 7627.8 7709.2 7740.4 7948.2 8131.2 8218.1 8337.4 8553.7 8594.0 8671.4 8964.0 9103.3 9203.6 9558.1 10885.5 11142.7 11208.2 11250.6 11367.7 11532.3 14405.4 15821.7 15936.4 16017.1 18618.5 18980.2 19736.8 20346.0 23181.4 23837.6 26536.7 27492.7 30154.2 30991.6 31816.1 34901.2 39319.2 41075.3 43369.4 45418.5 47235.7 63928.6 78027.3 81611.9 90648.5 De acuerdo con lo que se determinó por espectrometría de masas, los biomarcadores de esta invención se' caracterizan por su proporción masa-a-carga. La proporción masa-a-carga (valor "M") de cada biomarcador se proporciona en la Tabla 1 y Tabla 2 bajo la columna titulada "Marcador." Así, por ejemplo, M8206 tiene una proporción medida masa-a-carga de 8206. Las proporciones masa-a-carga se determinaron a partir de los espectros de masa generados en un espectrómetro de masas PBS II de Ciphergen Biosystems, Ine . Este instrumento tiene una precisión de masa de aproximadamente +/- 0.15 por ciento. Adicionalmente, el instrumento tiene una resolución de masas de aproximadamente 400 a 1000 m/dm, en donde m es masa y dm es la anchura máxima espectral a 0.5 de la altura de la cresta. La proporción masa-a-carga de los biomarcadores se determinó utilizando el software Biomarker Wizardtm (Ciphergen Biosystems, Inc.). El Biomarker Wizard asigna una proporción masa-a-carga a un biomarcador al agrupar las proporciones masa-a-carga de las mismas crestas de todos los espectros analizados, según se determinó por PBSII, to ando la proporción masa-a-carga máxima y mínima en el grupo y dividiéndola entre dos . Consecuentemente, las masas proporcionadas reflejan estas especificaciones . Los biomarcadores de esta invención también se caracterizan por la forma de su cresta espectral en la espectrometría de masas de tiempo de vuelo. En las Figuras se presentan los espectros de masas que muestran crestas que representan a los biomarcadores . Los biomarcadores de esta invención también se caracterizan por sus propiedades de unión sobre superficies cromatográficas. Por ejemplo, los marcadores que se encontraron en la Fracción III (lavado pH 5) se unen en pH 6, pero se aclara con un lavado con pH 5. La mayoría de los biomarcadores se unen a adsorbentes de intercambio catiónico (e .g. , el aparato ProteinChip® WCX Ciphergen®) después del lavado con 50 mM de acetato de sodio con pH 5, y muchos se unen a biochip IMAC. Como se indica en la Tabla 1, se han determinado las identidades de ciertos biomarcadores de esta invención. El método por el que se efectuó esta determinación se describe en la Sección de Ejemplo. Para los biomarcadores cuya identidad ha sido determinada, la presencia del biomarcador se puede determinar por otros métodos conocidos en el campo, que incluyen, pero no están limitados, a la detección fotométrica e inmunológica. Como los biomarcadores que son detectables utilizando la presente invención se pueden caracterizar por la proporción masa-a-carga, las propiedades de unión y la forma espectral, se pueden detectar por espectrometría de masas sin el conocimiento previo de su identidad específica.

Sin embargo, si se desea, los biomarcadores cuya identidad no ha sido determinada se pueden identificar, por ejemplo, por medio de la determinación de la secuencia de aminoácidos de los polipéptidos. Por ejemplo, un biomarcador de proteína se puede identificar por la cartografía peptídica con varias enzimas, tales como tripsina o proteasa V8, y los pesos moleculares de los fragmentos de digestión utilizados para buscar en las bases de datos las secuencias que coincidan con los pesos moleculares de los fragmentos de digestión generados por las proteasas utilizadas en la cartografía. Alternativamente, los biomarcadores de proteína se pueden secuenciar utilizando la tecnología de espectrometría de masas (MS) en tándem. En este método, la proteína se aisla, por ejemplo, por medio de electroforesis de gel. Se corta una banda que contiene el biomarcador y la proteína se somete a digestión con proteasa. Los fragmentos individuales de proteína se separan por el primer espectrómetro de masas de la MS en tándem. El fragmento se somete luego a enfriamiento inducido por colisión. Esto fragmenta el péptido produciendo una escalera polipeptídica. La escalera polipeptídica puede analizarse luego por el segundo espectrómetro de masas de la MS en tándem. Las diferencias en las masas de los miembros de la escalera polipeptídica identifican los aminoácidos en la secuencia. De esta manera se puede secuenciar una proteína completa, o un fragmento de secuencia puede someterse a la búsqueda en la base de datos para encontrar candidatos de identidad. La fuente biológica preferida para la detección de los biomarcadores son las plaquetas . Los biomarcadores de esta invención son biomoléculas. Consecuentemente, esta invención proporciona estas biomoléculas en forma aislada. Los biomarcadores se pueden aislar a partir de fluidos biológicos, tales como plaquetas o suero. Se pueden aislar por cualquiera de los métodos conocidos en el campo, basándose tanto en su masa como en sus características de unión. Por ejemplo, una muestra que comprende las biomoléculas puede someterse a fraccionamiento cromatográfico, como se describió en la presente y someterse a otra separación por, e.g. , electroforesis en gel de acrilamida. El conocimiento de la identidad del biomarcador también permite su aislamiento por cromatografía de inmunoafinidad. USO DE FORMAS MODIFICADAS DE UN BIOMARCADOR ASOCIADO A PLAQUETAS Se ha encontrado que las proteínas existen, frecuentemente, en una muestra en una pluralidad de formas diferentes caracterizadas por una masa detectablemente diferente. Estas formas pueden ser el resultado ya sea de la modificación pre o post-translacional o por ambas. Las formas modificadas de manera pre-translacional incluyen variantes alélicas, variantes de corte y formas de edición del APST. Las formas modificadas de forma post-translacional incluyen las formas producidas por el desdoblamiento proteolítico ( e . g. , fragmentos de una proteína original) , glucosilación, fosforilación, lipidación, oxidación, metilación, cistinilación, sulfonación y acetilación. La colección de proteínas que incluyen una proteína específica y todas las formas modificadas de ésta se denominan en la presente como un "grupo proteínico" . La colección de todas las formas modificadas de una proteína específica, excluyendo la proteína específica misma, se denomina en la presente como un "grupo proteínico modificado" . Las formas modificadas de cualquier biomarcador de esta invención también se pueden utilizar, ellas mismas, como biomarcadores. En ciertos casos, las formas modificadas pueden mostrar mejor poder de discriminación en el diagnóstico que las formas específicas que se exponen en la presente. Las formas modificadas de un biomarcador se pueden detectar inicialmente por cualquier metodología que pueda detectar y distinguir las formas modificadas del biomarcador. Un método preferido para la detección inicial incluye primero capturar el biomarcador y las formas biomodificadas de éste, e . g. , con reactivos de captura bioespecíficos y luego detectar las proteínas capturadas por espectrometría de masas. Más específicamente, las proteínas se capturan utilizando reactivos de captura bioespecíficos, tales como anticuerpos, aptámeros o Affibodies que reconocen el biomarcador y las formas modificadas de éste. Este método también logrará la captura de interactores proteínicos que se unen a las proteínas o que, en otro caso, son reconocidos por los anticuerpos y que, ellos mismos, pueden ser biomarcadores. Preferentemente, los reactivos de captura bioespecíficos se unen a una fase sólida. Luego las proteínas capturadas se pueden detectar por espectrometría de masas SELDI o por la elusión de las proteínas del reactivo de captura y la detección de las proteínas eluidas por MALDI tradicional o por SELDI . El uso de la espectrometría de masas es especialmente atractivo debido a que puede distinguir y cuantificar las formas modificadas de una proteína basándose en la masa y sin la necesidad de marcar. Preferentemente, el reactivo de captura bioespecífico se une a una fase sólida, tal como una microesfera, una placa, una membrana o un chip. Los métodos de acoplamiento de las biomoléculas, tales como anticuerpos, a una fase sólida son bien conocidos en el campo. Pueden emplear, por ejemplo agentes de enlace bifuncional, o la fase sólida se puede derivar con un grupo reactivo, tal como un epóxido o un imidizol, que unirá la molécula al contacto. Los reactivos de captura bioespecíficos contra diferentes proteínas blanco se pueden mezclar en el mismo lugar, o se pueden unir a fases sólidas en diferentes ubicaciones físicas o dirigibles. Por ejemplo, uno puede cargar columnas múltiples con microesferas derivadas, cada columna es capaz de capturar un solo grupo proteínico. Alternativamente, uno puede rellenar una sola columna con diferentes microesferas derivados con reactivos de captura contra una variedad de grupos proteínicos, capturando así todos los analitos en un solo lugar. Consecuentemente, las tecnologías basadas en microesferas derivadas de anticuerpos, tales como la tecnología xMAP de Luminex (Austin, Texas) se pueden utilizar para detectar los grupos proteínicos. Sin embargo, los reactivos de captura bioespecífica se deben dirigir específicamente hacia los miembros de un grupo a fin de diferenciarlos . Aún en otra modalidad, las superficies de los biochips se pueden derivar con los reactivos de captura dirigidos contra los grupos proteínicos ya sea en el mismo lugar o en lugares dirigibles físicamente diferentes . Una ventaja de la captura de diferentes grupos en diferentes lugares dirigibles es que el análisis se vuelve más simple. Después de la identificación de las formas modificadas de una proteína y la correlación con el parámetro clínico de interés, la forma modificada se puede utilizar como un biomarcador en cualquiera de los métodos de esta invención. En este punto, la detección de la forma modificada se puede lograr por cualquier metodología específica de detección incluyendo la captura por afinidad seguida por la espectrometría de masas, o el inmunoensayo tradicional dirigido específicamente a la forma modificada. El inmunoensayo requiere reactivos de captura bioespecíficos, tales como los anticuerpos, para capturar los analitos. Aún más, si el ensayo debe ser diseñado para distinguir específicamente la proteína y las formas modificadas de la proteína. Esto se puede lograr, por ejemplo, al emplear un ensayo en sandwich en el que un anticuerpo captura más de una forma y, enseguida, anticuerpos marcados de forma distinta, se unen específicamente y proporcionan una detección distinta de, las diversas formas. Los anticuerpos se pueden producir por la inmunización de animales con las biomoléculas. Esta invención contempla inmunoensayos tradicionales que incluyen, por ejemplo los inmunoensayos en sandwich que incluyen el ELISA o inmunoensayos con base en fluorescencia, así como otros inmunoenzayos enzimáticos. En otro aspecto, esta invención proporciona una composición que comprende un reactivo de captura bioespecífico, tal como un anticuerpo, unido a un biomarcador de esta invención. Por ejemplo, un anticuerpo que es dirigido contra un biomarcador de esta invención y que se une al biomarcador, es útil para detectar el biomarcador. En una modalidad, el reactivo de captura bioespecífico se une a un apoyo sólido, tal como una microesfera, un chip, una membrana o una placa para microtitulación. III. DETECCIÓN DE BIOMARCADORES ASOCIADOS A PLAQUETAS Los biomarcadores de esta invención pueden ser detectados por cualquier método apropiado. Los paradigmas de detección que se pueden emplear para este fin incluyen métodos ópticos, métodos electroquímicos (técnicas de voltimetría y amperometría) , microscopía de fuerza atómica y métodos de frecuencia de radio, e .g. , espectroscopia de resonancia multipolar. Las ilustraciones de los métodos ópticos, además de la microscopía, tanto confocal como no confocal, son detección de fluorescencia, luminiscencia, quimioluminiscencia, absorbencia, reflectancia, y transmitancia y el índice de birefringencia o refractivo (e .g. , resonancia de plasmón superficial, elipsometría, un método resonante en espejo, un método de guía de onda de acoplador reticular o interferometría) . Antes de la detección utilizando la invención reivindicada, los biomarcadores se pueden fraccionar para aislarlos de otros componentes de la sangre» que pudieran interferir con la detección. El fraccionamiento puede incluir el aislamiento plaquetario de otros componentes de la sangre, fraccionamiento sub-celular de los componentes plaquetarios y/o fraccionamiento de los biomarcadores deseados de otras biomoléculas encontradas en las plaquetas utilizando técnicas tales como cromatografía, purificación por afinidad, cartografía ID y 2D, y otras metodologías para purificación que son del conocimiento de los expertos en el campo. En una modalidad, se analizó una muestra por medio de un biochip. Generalmente, los biochips comprenden sustratos sólidos que tienen generalmente una superficie plana, a la cual se une un reactivo de captura (también llamado un adsorbente o reactivo por afinidad) . Frecuentemente, la superficie de un biochip comprende una pluralidad de lugares tratables, cada uno de los cuales tiene un reactivo de captura unido . Los biochips de proteína (proteinochips) son biochips adaptados para la captura de polipéptidos . Muchos biochips de proteína se describen en la técnica. Estos incluyen, por ejemplo, biochips de proteína producidos por Ciphergen Biosystems, Inc. (Fremont, California), Packard BioScience Company (Meriden, Connecticut) , Zyomyx (Hayward, California) , Phylos (Lexington, Massachussets) y Biacore (Uppsala, Suecia) . Los ejemplos de tales biochips de proteína se describen en la siguientes patentes o solicitudes de patente publicadas: Patente E.U. No. 6,225,047; PCT International Publication No. WO 99/51773; Patente E.U. No. 6,329,209; PCT International Publication No. WO 00/56934; y Patente E.U. No. 5,242,828. Detección por Espectrometría de Masas En una modalidad preferida, los biomarcadores de esta invención son detectados por espectrometría de masas, un método que emplea un espectrómetro de masas para detectar iones en fase gaseosa. Ejemplos de espectrómetros de masas son tiempo de vuelo, sector magnético, filtro cuadrupolar, trampa de iones, resonancia del ciclotrón iónico, analizador de sector electroestático e híbridos de estos. En un método más preferido, el espectrómetro de masas es un espectrómetro de masas de desorción láser/ionización. En la espectrometría de masas por desorción láser/ionización, los analitos se colocan sobre la superficie de una sonda de espectrometría de masas, un dispositivo adaptado para enganchar una interfase de sonda del espectrómetro de masas y presentar un analito a la energía ionizante para su ionización e introducción dentro de un espectrómetro de masas . Un espectrómetro de masas de desorción láser emplea energía láser, típicamente de un láser ultravioleta, pero también de un láser infrarrojo, para desabsorber los analitos de una superficie, para volatilizarlos y ionizarlos y hacerlos disponibles para las ópticos iónicos del espectrómetro de masas. SELDI Una técnica espectrométrica de masas preferida para utilizarla en la invención es la "Surface Enhanced Láser Desorption and Ionization" (Desorción o Ionización Láser Aumentada de Superficie) o "SELDI" , como se describe, por ejemplo en las patentes E.U. No. 5,719,060 y 6,225,047, tanto para Hutchens y Yip. Esto se refiere a un método de espectrometría iónica de fase gaseosa de desorción/ionización (e.g. , espectrometría de masas) en la que un analito (aquí, uno o más de los biomarcadores) es capturado sobre la superficie de una sonda de espectrometría de masas SELDI . Hay varias versiones de SELDI . Una versión de SELDI es llamada "espectrometría de masas de captura por afinidad" . También es llamada "Surface-Enhanced Affinity Capture" (Captura por Afinidad Superficial Aumentada) o "SEAC" . Esta versión incluye el uso de sondas que tienen un material sobre la superficie de la sonda que captura analitos a través de una interacción por afinidad no covalente (adsorción) entre el material y el analito. Al material se le denomina variablemente como "adsorbente" , un "reactivo de captura" , un "reactivo por afinidad" o una "porción de unión" . Tales sondas se pueden denominar como "sondas de captura por afinidad" y como poseedoras de una "superficie adsorbente." El reactivo de captura puede ser cualquier material capaz de unirse a un analito. El reactivo de captura se puede unir directamente al sustrato de la superficie selectiva, o el sustrato puede tener una superficie reactiva que lleva una porción reactiva que es capaz de unirse al reactivo de captura, e.g. , a través de una reacción que forma un covalente o una unión covalente coordinada. El epóxido y el carbodiimidizole son porciones reactivas útiles para unir covalentemente los reactivos de captura polipeptídicos tales como anticuerpos o receptores celulares. El ácido nitriloacético y el ácido iminodiacético son porciones reactivas útiles que funcionan como agentes quelantes para unir iones de metal que interactúan de forma no covalente con los péptidos que contienen histidina. Los adsorbentes se clasifican generalmente como adsorbentes cromatográficos y adsorbentes bioespecíficos . "Adsorbente cromatográfico" se refiere a un material adsorbente utilizado típicamente en la cromatografía. Los adsorbentes cromatográficos incluyen, por ejemplo, materiales de intercambio iónico, quelantes metálicos ( e . g. , ácido nitriloacético o ácido iminodiacético) quelatos metálicos inmovilizados, adsorbentes de interacción hidrofóbica, adsorbentes de interacción hidrofílica, colorantes, biomoléculas simples ( e .g. , nucleótidos, aminoácidos, azúcares simples y ácidos grasos) y adsorbentes de modo mixto (e.g., adsorbentes por atracción hidrofóbica/repulsión electroestática) . "Adsorbente bioespecífico" se refiere a un adsorbente que comprende una biomolécula, e .g. , una molécula de ácido nucleico (e.g. , un aptámero) , un polipéptido, un polisacárido, un lípido, un esteroide o un conjugado de éstos (e .g. , una glucoproteína, una lipoproteína, un glucolípido, un conjugado de ácido nucleico ( e.g. , ADN) -proteína) . En ciertas instancias, el adsorbente bioespecífico puede ser una estructura macromolecular tal como un grupo multiproteínico, una membrana biológica o un virus. Ejemplos de adsorbentes bioespecíficos son los anticuerpos, proteínas receptoras y ácidos nucleicos. Los adsorbentes bioespecíficos tienen, típicamente, una mayor especificidad por un analito blanco que los adsorbentes cromatográficos . Se pueden encontrar ejemplos adicionales de adsorbentes para su uso en SELDI en la Patente E.U. No. 6,225,047. Un "adsorbente bioselectivo" se refiere a un adsorbente que se une a un analito con una afinidad de al menos 10"8 M. Los biochips de proteína producidos por Ciphergen Biosystems, Inc. Comprenden superficies que tienen adsorbentes cromatográficos o bioespecíficos unidos a ellos en lugares tratables . Los aparatos Ciphergen ProteinChip® incluyen NP20 (hidrofílico); H4 y H50 (hidrofóbico); SAX-2, Q-10 y LSAX-30 (intercambio aniónico); WCX-2, CM-10 y LWCX-30 (intercambio catiónico); IMAC-3, IMAC-30 e IMAC 40 (quelato metálico); y PS-10, PS-20 (superficie reactiva con carboimidizol, expóxido) y PG-20 (proteína G acoplada a través de carboimidizol) . Los aparatos Hidrofóbicos ProteinChip tienen funcionalidades de isopropil o nonilfenoxi-poli (etilenglicol) metacrilato. Los aparatos ProteinChip de intercambio aniónico tienen funcionalidades cuaternarias de amonio. Los aparatos ProteinChip de intercambio catiónico tienen funcionalidades de carboxilato. Los aparatos ProteinChip de quelato metálico inmovilizado tienen funcionalidades de ácido nitriloacético que adsorben iones metálicos de transición, tales como cobre, níquel, zinc y galio, por quelación. Los aparatos ProteinChip preactivados tienen grupos funcionales de carboimidizol o epóxido que pueden reaccionar con grupos sobre proteínas para la unión covalente. Tales biochips también se describen en: Patente E.U. No. 6,579,719 (Hutchens y Yip, "Reténtate Chromatography," Junio 17, 2003); PCT International Publication No. WO 00/66265 (Rich et al., "Probes for a Gas Phase Ion Spectrometer, " Noviembre 9, 2000); Patente E.U. No. 6,555,813 (Beecher et al . , "Sample Holder With Hydrophobic Coating for Gas Phase Mass Spectrometer," Abril 29, 2003); Solicitud de Patente E.U. No. 2003 0032043 Al (Pohl y Papanu, "Látex Based Adsorbent Chip," Julio 16, 2002); y PCT International Publication No. WO 03/040700 (Um et al . , "Hydrophobic Surface Chip," Mayo 15, 2003); Solicitud de Patente E.U. No. E.U. 2003/0218130 Al (Boschetti et al . , "Biochips With Surfaces Coated With Polysaccharide-Based Hydrogels," Abril 14, 2003) y Solicitud de Patente E.U. No. 60/448,467, titulada "Photocrosslinked Hydrogel Surface Coatings "(Huang et al . , registrada en Febrero 21, 2003). En general, una sonda con una superficie adsorbente se pone en contacto con la muestra durante un período de tiempo suficiente para permitir que el biomarcador o biomarcadores que pudieran estar presentes en la muestra se unan al adsorbente. Después de un período de incubación, el sustrato se lava para eliminar el material que no se ha unido. Se puede utilizar cualquier solución adecuada para lavado; preferentemente se emplean soluciones acuosas. La medida en la que las moléculas permanecen unidas se puede manipular por el ajuste de la astringencia del lavado. Las características de la elusión de una solución de lavado dependerán, por ejemplo, del pH, poder iónico, hidrofobicidad, grado de caotropismo, poder detergente y temperatura. A menos que la sonda tenga propiedades tanto SEAC como SEND (como se describen en la presente) , una molécula que absorbe energía se aplica entonces al sustrato con los biomarcadores unidos . Los biomarcadores unidos a los sustratos se detectan en un espectrómetro iónico de fase gaseosa tal como el espectrómetro de masas de tiempo de vuelo. Los biomarcadores se ionizan por una fuente de ionización tal como un láser, los iones generados se colectan por medio de un ensamblaje óptico iónico y luego un analizador de masas dispersa y analiza los iones que pasan. Luego el detector traduce la información de los iones detectados dentro de las proporciones masa-a-carga. Típicamente, la detección de un biomarcador incluirá la detección de la intensidad de la señal. Por tanto, se puede determinar tanto la cantidad como la masa del biomarcador. Otra versión del SELDI es el Surface Enhanced Neat Desorption (SEND) , el cual incluye el uso de sondas que comprenden moléculas absorbentes de energía que se unen químicamente a la superficie de la sonda ("sonda SEND") . La frase "moléculas absorbentes de energía" (EAM, por sus siglas en inglés) denota a las moléculas que son capaces de absorber energía de una fuente de desorción láser/ionización y, a partir de eso, contribuir a la desorción y ionización de las moléculas de analito que están en contacto con esto. La categoría EAM incluye las moléculas que se utilizaron en MALDI, denominadas frecuentemente como "matriz", y se ejemplifican por los derivados de ácido cinámico, ácido sinapínico (SPA) , ácido ciano-hidroxi-cinámico (CHCA) y ácido dihidroxibenzoico, ácido ferúlico y derivados de hidroxiaceto-fenona. En ciertas modalidades, la molécula absorbente de energía se incorpora en un polímero de ligaduras cruzadas, e .g. , un polimetacrilato. Por ejemplo, la composición puede ser un copolímero de ácido -ciano-4-metacriloiloxicinámico y acrilato. En otra modalidad, la composición es un copolímero de ácido a-ciano-4-metacriloiloxicinámico, acrilato y 3- (tri-etoxi) silil propil metacrilato. En otra modalidad, la composición es un copolímero de ácido a-ciano-4-metacriloiloxicinámico y octadecilmetacrilato ("C18 SEND") . El SEND se describe más ampliamente en la Patente E.U. No. 7,124,137 y PCT International Publication No. WO03/64594 (Kitagawa, "Monomers And Polymers Having Energy Absorbing Moieties Of Use In Desorption/lonization Of Analytes," Agosto 7, 2003). SEAC/SEND es una versión de SELDI en la que tanto un reactivo de captura como una molécula absorbente de energía se unen a la superficie que presenta la muestra. Por lo tanto, las sondas SEAC/SEND permiten la captura de los analitos a través de la captura por afinidad y la ionización/desorción, sin la necesidad de aplicar una matriz externa. El biochip C18 SEND es una versión de SEAC/SEND, que comprende una porción C18 que funciona como un reactivo de captura y una porción CHCA que funciona como una porción absorbente de energía. Otra versión de SELDI, llamada Surface-Enhanced Photolabile Attachment and Reléase (SEPAR) , incluye el uso de sondas que tienen porciones unidas a la superficie que se pueden unir de forma covalente a un analito y luego liberar el analito a través de la desintegración de una unión fotolábil en la porción después de su exposición a la luz, e . g. , a la luz láser (ver, Patente E.U. No. 5,719,060).

SEPAR y otras formas de SELDI se adaptan fácilmente para detectar un biomarcador o perfil de biomarcador, conforme a la presente invención. Otros métodos de espectrometría de masas En otro método de espectrometría de masas, los biomarcadores se pueden capturar primero sobre una resina cromatográfica que tiene propiedades cromatográficas que unen los biomarcadores. En el presente ejemplo, esto podría incluir una variedad de métodos. Por ejemplo, uno podría capturar los biomarcadores sobre una resina de intercambio catiónico tal como la resina CM Ceramic HyperDF, lavar la resina eluir los biomarcadores y detectarlos por MALDI . Alternativamente, este método podría ser precedido por el fraccionamiento de la muestra sobre una resina de intercambio aniónico antes de su aplicación a la resina de intercambio catiónico. En otra alternativa, uno podría fraccionar sobre una resina de intercambio aniónico y proceder directamente a la detección por MALDI . Aún en otro método, uno podría capturar los biomarcadores sobre una resina inmuno-cromatográfica que comprende anticuerpos que unen a los biomarcadores, lavar la resina para eliminar el material que no se unió, eluir los biomarcadores de la resina y detectar los biomarcadores eluídos por MALDI o por SELDI . Análisis de Datos El análisis de los analitos por espectrometría de masas de tiempo de vuelo genera un especto de tiempo de vuelo. Típicamente, el espectro de tiempo de vuelo que se analiza al final no representa la señal de un solo pulso de energía ionizante contra una muestra, si no la suma de las señales de varios pulsos. Esto reduce el ruido e incrementa el límite dinámico. Estos datos de tiempo de vuelo se someten luego al procesamiento de datos . En el software ProteinChip® de Ciphergen, el procesamiento de datos incluye, típicamente, la transformación TOF-a-M/Z para generar un espectro de masas, la substracción de línea basal para eliminar los desplazamientos de instrumentos y la filtración del ruido de alta frecuencia para reducir el ruido de alta frecuencia. Los datos generados por la desorción y detección de los biomarcadores se pueden analizar con el uso de una computadora digital programable. El programa de computadora analiza los datos para indicar el número de biomarcadores detectados y, opcionalmente, el poder de la señal y la masa molecular determinada de cada uno de los biomarcadores detectados. El análisis de datos puede incluir fases para determinar el poder de la señal de un biomarcador y eliminar los datos que se desvíen de una distribución estadística predeterminada. Por ejemplo, las crestas observadas se pueden normalizar, por el cálculo de la altura de cada cresta en relación con cierta referencia. La referencia puede ser el sonido de fondo generado por el instrumento y los químicos, tales como la molécula absorbente de energía que se estiman en cero en la escala. La computadora puede transformar los datos resultantes en varios formatos para mostrarlos . El espectro estándar se puede mostrar, pero en un formato útil, de la se vista del espectro sólo se conservan la altura de la cresta y la información de las masas, con lo que se produce una imagen más limpia y se hace posible que los biomarcadores con pesos moleculares casi idénticos se observen más fácilmente. En otro formato útil, se comparan dos o más espectros, se conserva destacando convenientemente los biomarcadores únicos y los biomarcadores que se han aumentado o disminuido entre las muestras. Utilizando cualquiera de estos formatos, uno puede determinar fácilmente si un biomarcador particular está presente en una muestra. El análisis generalmente incluye la identificación de las crestas en el espectro que representa la señal de un analito. La selección de la cresta se puede efectuar visualmente, pero hay un software disponible, como parte del paquete del software ProteinChip® de Ciphergen, que puede automatizar la detección de las crestas. En general, este software funciona por la identificación de señales que tienen una proporción señal-a-ruido arriba de un umbral seleccionado y por el etiquetado de la masa del pico en el centroide de la señal pico. En una aplicación útil, se comparan muchos espectros para identificar las crestas idénticas presentes en cierto porcentaje seleccionado de los espectros de masas. Una versión de este software agrupa todas las crestas que aparecen en los varios espectros dentro de un límite definido de masas y asigna una masa (M/Z) a todas las crestas que están próximas al punto medio del grupo de masas (M/Z) . El software utilizado para analizar los datos puede incluir el código que aplica un algoritmo al análisis de la señal para determinar si la señal representa una cresta en una señal que corresponde a un biomarcador de acuerdo con la presente invención. El software también puede someter los datos relacionados con las crestas del biomarcador observadas al árbol de clasificación o análisis ANN, para determinar si está presente una cresta de biomarcador o combinación de crestas de biomarcadores, que indiquen el estado del parámetro clínico particular en revisión. El análisis de los datos se puede "teclear" en una variedad de parámetros que se obtienen, directa o indirectamente, del análisis espectrométrico de masas de la muestra. Estos parámetros incluyen, pero no están limitados a, la presencia o ausencia de una o más crestas, la forma de una cresta o grupo de crestas, la altura de una o más crestas, el logaritmo de la altura de una o más crestas y otras manipulaciones aritméticas de los datos de la altura de la cresta.

Protocolo general de la detección SELDI de biomarcadores asociados con plaquetas Como se mencionó arriba, la espectrometría de masas SELDI es el protocolo preferido contemplado por esta invención para la detección de los biomarcadores . El protocolo general para la detección de biomarcadores utilizando SELDI preferentemente, comienza con la muestra que contiene los biomarcadores que están siendo fraccionados, aislando así, al menos parcialmente, el biomarcador (es) de interés, de los otros componentes de la muestra. Es preferible el fraccionamiento temprano de la muestra ya que este procedimiento frecuentemente mejora la sensibilidad de la invención reivindicada. Un método preferido de pre-fraccionamiento incluye poner la muestra en contacto con un material cromatográfico de intercambio aniónico, tal como el Q Hyperd (BioSepra, SA) . Los materiales unidos se someten luego a elusión de pH escalado utilizando amortiguadores con pH 9, pH 7, pH 5 y pH 4, con fracciones que contienen el biomarcador que se está captando. La muestra que se someterá a prueba (preferentemente pre-fraccionada) se pone luego en contacto con una sonda de afinidad que comprende un adsorbente de intercambio catiónico (preferentemente un aparato WCX ProteinChip (Ciphergen Biosystems, Inc.)) o un adsorbente IMAC (preferentemente un aparato IMAC3 ProteinChip (Ciphergen Biosystems, Inc.)) . Luego la sonda se lava con un amortiguador que conserva el biomarcador mientras que elimina por lavado las moléculas que no se unieron. Los biomarcadores se detectan por espectrometría de masas de desorción láser/ionización. Alternativamente, si están disponibles los anticuerpos que reconocer al biomarcador, como es el caso con PF4 y CTAP III, se puede construir una sonda bioespecífica. Tal sonda se puede formar al poner en contacto los anticuerpos con la superficie de una sonda funcionalizada tal como un aparato PS10 o PS20 ProteinChip pre-activado (Ciphergen Biosystems, Inc.) . Una vez unidos a la superficie de la sonda, la sonda se puede utilizar luego para capturar los biomarcadores de una muestra sobre la superficie de la sonda. Luego, los biomarcadores se pueden detectar por, e .g. , espectrometría de masas de desorción láser/ionización. Detección por Inmunoensayo En otra modalidad, los biomarcadores de esta invención se pueden medir por inmunoensayo . El inmunoensayo requiere reactivos bioespecíficos de captura, tales como anticuerpos, para capturar los biomarcadores. Los anticuerpos se pueden producir por métodos bien conocidos en el campo, e.g. , al inmunizar animales con los biomarcadores. Los biomarcadores se pueden aislar de las muestras basándose en sus características de unión. Alternativamente, si se conoce la secuencia de aminoácidos de un biomarcador polipeptídico, el polipéptido se puede sintetizar y utilizarlo para generar anticuerpos por métodos bien conocidos en el campo . Esta invención contempla el inmunoensayo tradicional que incluye, por ejemplo, los inmunoensayos en sandwich incluyendo el ELISA o inmunoensayos con base de fluorescencia, así como otros inmunoensayos enzimáticos. En el inmunoensayo con base SELDI, un reactivo bioespecífico de captura para el biomarcador se une a la superficie de una sonda MS, tal como un aparato ProteinChip pre-activado. Luego, el biomarcador se captura específicamente sobre el biochip a través de este reactivo y el biomarcador capturado se detecta por espectrometría de masas . IV. CORRELACIÓN DE CAMBIOS EN LA EXPRESIÓN DEL BIOMARCADOR CON EL ESTADO ANGIOGÉNICO El uso de la presente invención permite que el practicante diagnostique cambios en el estado metabólico de un individuo que estén asociados con un incremento en la actividad angiogénica. Esto se logra por el monitoreo de los cambios en los niveles de expresión de los biomarcadores asociados con plaquetas, que resultan de la actividad angiogénica asociada con el estado metabólico alterado que se busca detectar. Consecuentemente, los biomarcadores preferidos de la presente invención se asocian con angiogénesis o angioestasis, aunque la identificación precisa de los biomarcadores apropiados no es un pre-requisito para la práctica de la invención reivindicada utilizando aquellos biomarcadores . La práctica de la invención reivindicada en la manera descrita se puede efectuar con un solo marcador detectable o con múltiples marcadores detectables que muestran individualmente o como un grupo, niveles alterados de expresión en respuesta a las modificaciones de la actividad angiogénica asociada con una modificación fisiológica tal como un cáncer, infección, embarazo, daño tisular y semejantes. La expresión del biomarcador se puede monitorear en una variedad de formas. Por ejemplo, una sola muestra se puede analizar por los niveles de expresión del biomarcador que se comparan subsecuentemente con un umbral de control determinado a partir del muestreo de una población de control representativa. Alternativamente, se pueden comparar muestras múltiples de un solo paciente, que se hayan tomado durante un curso de tiempo, para determinar si los niveles de expresión del biomarcador se han incrementado o han disminuido. Este procedimiento es particularmente útil cuando se evalúa el pronóstico de un paciente después del tratamiento para una enfermedad que afecta la expresión del biomarcador. Hay aún otras evaluaciones del biomarcador que pueden ser fácilmente identificadas por un experto en la materia, quien puede efectuar el análisis sin experimentación indebida . Marcadores Únicos La invención reivindicada contempla la detección de biomarcadores individuales, siempre que el biomarcador cumpla los criterios mencionados arriba, particularmente la correlación con la enfermedad o el cambio en el estado metabólico que se buscar detectar a través del uso de la invención. Se pueden utilizar biomarcadores únicos en pruebas de diagnóstico para evaluar el estado angiogénico en un sujeto, e . g. , para diagnosticar la presencia de cáncer o alteraciones en el curso de una enfermedad, tal como ciertos cánceres, que afectan la actividad angiogénica en un paciente . La frase "estado angiogénico" incluye la distinción, inter. alia, de estados de enfermedad vs . no enfermedad y, en particular cáncer agresivo vs . cáncer latente o cáncer agresivo vs . no cáncer. Además, el estado angiogénico puede incluir cánceres de varios tipos . Basándose en este estado, se pueden indicar otros procedimientos, incluyendo pruebas adicionales de diagnóstico 0 procedimientos o regímenes terapéuticos . Cada uno de los biomarcadores listados en la Tabla 1 y Tabla 2 se expresa diferencialmente en respuesta a una alteración en la angiogénesis en un paciente. Por lo tanto, cada uno de estos biomarcadores es individualmente útil para ayudar en la determinación del estado angiogénico. Algunas modalidades de la presente invención incluyen, por ejemplo, la medición del nivel de expresión del biomarcador seleccionado en una preparación de plaquetas . Al comparar el nivel de expresión del biomarcador con un nivel de expresión determinado más tempranamente en el mismo individuo, un experto en la materia puede determinar el curso de la enfermedad, o la respuesta de la enfermedad al tratamiento. Alternativamente, el nivel de expresión del biomarcador detectado se puede comparar con valores del umbral de uno o más estados patológicos, e. g. , como se determinó por las poblaciones investigadas de los individuos que mostraron fenotipos adecuadamente conocidos . Los biomarcadores conocidos que se ejemplifican que pueden ser apropiados para propósitos de diagnóstico o pronóstico por detección individualmente con la presente invención incluyen, pero no están limitados a, VEGF, PDGF, bFGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetina, agiostatina y trombospondina. El uso individual de biomarcadores como indicadores de alteraciones en la actividad angiogénica incluye típicamente la detección del biomarcador, seguida por la correlación del nivel de expresión del biomarcador, determinado con niveles del umbral asociados con una enfermedad en particular o con un cambio en el estado metabólico. Por ejemplo, la captura sobre un biochip SELDI seguida por la detección por espectrometría de masas y, segundo, la comparación de la medición con una cantidad diagnóstica o umbral que distingue un estado angiogénico positivo de un estado angiogénico negativo. La cantidad diagnóstica representa una cantidad medida de un biomarcador arriba o debajo de la clasificación de un sujeto, en la que se considera que tiene un estado angiogénico en particular. Por ejemplo, si el biomarcador se incrementa comparativamente con lo normal durante la formación del tumor, entonces la cantidad medida arriba del umbral de diagnóstico proporciona un diagnóstico de cáncer. Alternativamente, si el biomarcador se reduce durante el tratamiento de un tumor agresivo, entonces una cantidad medida debajo del umbral de diagnóstico proporciona un diagnóstico de regresión del tumor, o paso del tumor a un estado latente. El nivel medido de un biomarcador también se puede utilizar para facilitar el diagnóstico de tipos particulares de cánceres o distinguir entre diferentes tipos de cáncer. Por ejemplo, si un biomarcador o combinación de biomarcadores es aumentado por arriba de un nivel particular en ciertos tipos de cánceres comparados con otros, una cantidad medida del biomarcador por arriba del umbral del diagnóstico proporciona una indicación de que está presente un tipo particular de cáncer. Además, se pueden utilizar combinaciones de biomarcadores para proporcionar información diagnóstica adicional, como se describe abajo. Algunos ejemplos de los tipos de cánceres que se pueden identificar y distinguir de cada uno de lo otros utilizando los biomarcadores y las técnicas descritas en la presente, incluyen cáncer de mama, cáncer hepático, cáncer pulmonar, hemangioblastomas, neuroblastomas, cáncer de vejiga, cáncer prostático, cáncer gástrico, cánceres del cerebro y cáncer de colon. También se pueden distinguir los carcinomas, sarcomas, leucemia, linfoma y miolomas utilizando los biomarcadores y métodos descritos en la presente. Además, diferentes tipos de cánceres expresan diferentes patrones de biomarcadores y así se distinguen de cada uno de los otros. Los patrones característicos de cada tipo de cáncer se pueden determinar como se describe en la presente por medio de, e . g. , el análisis de las muestras de cada tipo de cáncer con un algoritmo de aprendizaje para generar un algoritmo de clasificación que puede clasificar una muestra basándose en el tipo de cáncer. Como se entiende bien en el campo, al ajustar el umbral de diagnóstico utilizado en un ensayo, uno puede incrementar la sensibilidad o especificidad del ensayo de diagnóstico dependiendo de la preferencia del que diagnostica. El umbral de diagnóstico en particular se puede determinar, por ejemplo al medir la cantidad del biomarcador en un número estadísticamente significativo de muestras de sujetos con diferentes estados angiogénicos, como se hizo aquí, y determinar el umbral para ajustarse a los niveles deseados de especificidad y sensibilidad del que diagnostica. Combinaciones de Marcadores Mientras que los biomarcadores individuales son biomarcadores de diagnóstico útiles, se ha encontrado que una combinación de biomarcadores puede proporcionar mayor valor predictivo de un estado particular que los biomarcadores únicos solos. Específicamente, la detección de una pluralidad de biomarcadores en una muestra puede incrementar la sensibilidad y/o especificidad de la prueba. En el contexto de la presente invención, al menos dos, preferentemente 3, 4, 5, 6 o 7, más preferentemente 10, 15 o 20 diferentes niveles de expresión de biomarcador se determinan en el diagnóstico de una enfermedad o cambio en el estado metabólico. Los biomarcadores que se ejemplifican que se pueden utilizar en combinación incluyen PF4, VEGF, PDGF, bFGF, PDECGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina, endostatina y trombospondina. Una modalidad preferida de la presente invención detecta una pluralidad de biomarcadores que incluyen bFGF y al menos algún otro biomarcador seleccionado del grupo que consiste de VEGF, PDGF, PDECGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, PF4, angiostatina, endostatina y trombospondina. Una modalidad alternativa preferida detecta una pluralidad de biomarcadores que incluye PF4 y al menos algún otro biomarcador seleccionado del grupo que consiste de VEGF, PDGF, bFGF, PDECGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina, endostatina y trombospondina. V. GENERACIÓN DE ALGORITMOS DE CLASIFICACIÓN PARA CALIFICACIÓN DEL ESTADO DEL TUMOR Como se discutió arriba, el análisis de los niveles detectados de expresión del biomarcador se puede efectuar manualmente o de forma automatizada utilizando un software. Se puede efectuar el análisis de muestras únicas, o se puede emprender el análisis de muestras múltiples, con cada una de las muestras múltiples tomadas del individuo en estudio en un tiempo apropiado durante el curso del tratamiento o evaluación. La precisión del análisis es particularmente importante ya que la determinación se puede utilizar tanto para monitorear el progreso durante el tratamiento de una enfermedad o del cambio en el estado metabólico y para diagnosticar la enfermedad o cambio en el estado metabólico. En las modalidades preferidas de la invención reivindicada, el manejo del tratamiento del paciente se basa en la categorización de los niveles de expresión para reflejar con precisión la enfermedad o el estado metabólico del paciente que está en evaluación. En el campo se conocen muchas estrategias diferentes de categorización apropiadas para su uso con la presente invención. Una estrategia preferible identifica distintos niveles de expresión de un biomarcador con distintas etapas de progresión de la enfermedad. Por ejemplo, en el crecimiento del tumor, el tumor puede pasar a través de una serie de etapas desde la formación naciente hasta la metástasis. Por tanto, un esquema apropiado de categorización puede incluir la clasificación "agresiva" para el crecimiento del tumor y/o la actividad metastásica; latente, para identificar los tumores que no están creciendo o en metástasis activa; regresiva para identificar un tumor que está mermando, por ejemplo después de quimioterapia; y la ausencia de tumor. En algunas modalidades, los datos derivados de los espectros (e.g. , espectros de masas o espectros de tiempo de vuelo) que se generan utilizando muestras tales como "muestras conocidas" pueden entonces utilizarse para "entrenar" un modelo de clasificación. Una "muestra conocida" es una muestra que ha sido pre-clasificada. Los datos que se derivan de los espectros y que se utilizan para formar el modelo de clasificación se pueden denominar como una "serie de datos de entrenamiento" . Una vez entrenado, el modelo de clasificación puede reconocer los patrones en los datos derivados de los espectros generados utilizando las muestras desconocidas. El modelo de clasificación se puede utilizar entonces para clasificar las muestras desconocidas en clases. Esto puede ser útil, por ejemplo, para predecir si una muestra biológica está asociada o no con cierta condición biológica ( e . g. , enferma contra no enferma) . La serie de datos de entrenamiento que se utilizan para formar el modelo de clasificación puede comprender datos en bruto o datos pre-procesados . En algunas modalidades, los datos en bruto se pueden obtener directamente de los espectros de tiempo de vuelo o de los espectros de masas y luego se pueden "pre-procesar" opcionalmente, como se describe arriba. Los modelos de clasificación se pueden formar utilizando cualquier método de clasificación estadística apropiada (o de "aprendizaje" ) que intente segregar los cuerpos de los datos en clases que se basan en parámetros objetivos que están presentes en los datos. Los métodos de clasificación también pueden ser supervisados o no supervisados. Ejemplos de los procesos de clasificación supervisados y no supervisados se describen en Jain, "Statistical Pattern Recognition: A Review", IEEE Transactions on Pattern Análisis and Machine Intelligence, Vol. 22, No. 1, Enero 2000, cuyas enseñanzas se incorporan por referencia.

En la clasificación supervisada, los datos de entrenamiento que contienen ejemplos de categorías conocidas se presentan a un mecanismo de aprendizaje, el cual aprende una o más series de relaciones que definen cada una de las clases conocidas. Entonces, se pueden aplicar nuevos datos al mecanismo de aprendizaje, el cual clasifica después los nuevos datos utilizando las relaciones aprendidas. Ejemplos de los procesos supervisados de clasificación incluyen los procesos de regresión lineal (e.gr. , regresión lineal múltiple (MLR) , regresión parcial de mínimos cuadrados (PLS) y regresión de componentes principales (PCR) ) , árboles binarios de decisión ( e.g. , procesos recursivos de partición tal como CART -árboles de clasificación y regresión) , redes neurales de trabajo artificiales tales como las redes de trabajo de propagación retrógrada, análisis discriminantes ( e .g. , clasificador Bayesiano o análisis de Fischer) , clasificadores de logística y clasificadores de vector de apoyo (máquinas de vector de apoyo) . Un método preferido de clasificación supervisada es un proceso recursivo de partición. Los procesos recursivos de partición utilizan árboles recursivos de partición para clasificar los espectros derivados de muestras desconocidas . En la Solicitud de Patente E.U. No. 2002/0138208 Al a Paulse et al . , "Method for analyzing mass spectra.", se proporcionan detalles adicionales sobre los procesos recursivos de partición. En otras modalidades, los modelos de clasificación que son creados se pueden formar utilizando métodos no supervisados de aprendizaje. La clasificación no supervisada intenta aprender clasificaciones basándose en similitudes en la serie de datos de entrenamiento, sin pre-clasificar los espectros de los que se derivó la serie de datos de entrenamiento. Los métodos no supervisados de aprendizaje incluyen análisis en grupo. Un análisis en grupo intenta dividir los datos en "racimos" o grupos que idealmente deberían tener miembros que son muy similares unos con otros y muy disímiles de los miembros de otros grupos. La similitud se mide luego utilizando cierta métrica de distancia, la cual mide la distancia entre las partidas de datos, y los grupos junto con las partidas de datos que están más cerca de unos con otros . Las técnicas de agrupamiento incluyen el algoritmo promedio-K de MacQueen y el algoritmo de Mapa Auto-Asociativo de Kohonen. Los algoritmos de aprendizaje defienden para su uso en la clasificación de información biológica se describen, por ejemplo, en PCT International Publication No. WO 01/31580 (Barnhill et al . , "Methods and devices for identifying patterns in biological systems and methods of use thereof") , Solicitud de Patente E.U. No. 2002 0193950 Al (Gavin et al . , "Method or analysing mass spectra" ) , Solicitud de Patente E.U. No. 2003 0004402 Al (Hitt et al . , "Process for discriminating between biological states based on hidden patterns from biological data") y Solicitud de Patente E.U. No. 2003 0055615 Al (Zhang and Zhang, "Systems and methods for processing biological expression data" ) . Los modelos de clasificación se pueden formar y utilizar en cualquier computadora digital apropiada. Las computadoras digitales apropiadas incluyen computadoras micro, mini o grandes computadoras que utilizan cualquier sistema operativo estándar o especializado, tal como un sistema operativo basado en Unix, Windows™ o Linux™. La computadora digital que se utilice puede estar físicamente aparte del espectrómetro de masas que se utilice para crear los espectros de interés o puede estar acoplada al espectrómetro de masas . La serie de datos de entrenamiento y los modelos de clasificación de acuerdo con las modalidades de la invención pueden estar formuladas por el código de la computadora que sea ejecutado o utilizado por una computadora digital. El código de la computadora se puede almacenar en cualquier medio legible de computación apropiado que incluya discos, cartuchos, cintas ópticas o magnéticas y se puede escribir en cualquier lenguaje de programación apropiado para computación incluyendo C, C++, visual basic, etc. Los algoritmos de aprendizaje que se describen arriba son útiles tanto para desarrollar los algoritmos de clasificación de los biomarcadores que ya se han descubierto como para encontrar nuevos biomarcadores para la determinación de estados angiogénicos . Los algoritmos de clasificación, en cambio, forman la base de las pruebas de diagnóstico al proporcionar valores diagnósticos (e. g. , puntos de cierre) para los biomarcadores que se utilizan unitariamente o en combinación. VI. MANEJO DEL CUIDADO DEL PACIENTE Al proporcionar equipos de métodos y dispositivos para el diagnóstico y evaluación del pronóstico de estados patológicos, la presente invención tiene utilidad para proporcionar herramientas para el manejo del cuidado del paciente. En particular, la presente invención encuentra uso en el diagnóstico y evaluación del tratamiento de una variedad de enfermedades que llevan a un cambio en la actividad angiogénica en el paciente. Tales condiciones pueden incluir, por ejemplo, cáncer, embarazo, infección (e . g. , hepatitis), heridas y condiciones artríticas. En ciertas modalidades de la presente invención, métodos para calificar el estado angiogénico, los métodos además comprenden el manejo del tratamiento del sujeto basado en el estado. Tal manejo incluye las acciones subsecuentes del médico o clínico para determinar el estado de la enfermedad. Por ejemplo, si un médico hace un diagnóstico de cáncer agresivo, entonces el siguiente paso podría ser un cierto régimen de tratamiento, tal como quimioterapia o cirugía. Alternativamente, un diagnóstico de no tumor o tumor latente podría requerir que se llevaran a cabo pruebas adicionales para determinar una enfermedad específica que afligiera al paciente. Un aspecto particularmente útil de la presente invención es que proporciona la detección temprana de condiciones que, potencialmente, ponen en riesgo la vida, como se menciona arriba. El diagnóstico temprano aumenta el pronóstico de recuperación al permitir el tratamiento temprano de la condición. Por medio del ejemplo, la detección temprana del cáncer permite que se administre una quimioterapia más temprana y menos debilitante o la eliminación quirúrgica de algún tumor antes de la metástasis. La detección temprana de la artritis permite que la intervención farmacológica controle la inflamación antes de que ocurra un daño articular debilitante, retardando los síntomas de la enfermedad. En otra modalidad, esta invención proporciona métodos para determinar el curso de la progresión del cáncer o la regresión del cáncer en un sujeto. Con el tiempo, cambian las cantidades o cantidades relativas (e . g. , el patrón) de los biomarcadores. Por ejemplo, los biomarcadores de tumstatina en la Tabla 1 se incrementan durante la angiogénesis. Por lo tanto, la tendencia de este biomarcador, e . g. , que se incrementa con el tiempo, indica que la angiogénesis en el sujeto está incrementando. De igual forma, la disminución en los niveles de tumstatina indican que la angiogénesis en el sujeto está disminuyendo. Consecuentemente, este método incluye la medición de uno o más biomarcadores en un sujeto en al menos dos puntos de tiempo diferentes, e. g. , un primer tiempo y un segundo tiempo y comparar el cambio en las cantidades, si lo hay. El curso de la enfermedad, e . g. , progresión o regresión del cáncer, se determina sobre la base de estas comparaciones . Después del diagnóstico, la detección de los biomarcadores que utilizan la presente invención permite la evaluación de la efectividad del régimen de tratamiento que se emplea. Por ejemplo, en los cánceres, la detección de una disminución en la expresión del biomarcador CTAP III después del tratamiento de un tumor latente se correlaciona con el fenotipo de alteración tumoral a un tumor agresivo. Por el contrario, la detección de un incremento subsecuente en CTAP III se correlaciona con un cambio en el fenotipo del tumor de agresivo a latente o ausente . Modalidades adicionales de la invención se relacionan con la comunicación de los resultados de los ensayos o diagnósticos, o ambos, a los técnicos, a los médicos o a los pacientes, por ejemplo. En ciertas modalidades, se utilizarán computadoras para comunicar los resultados de los ensayos o diagnósticos, o ambos, a las partes interesadas, e . g. , los médicos y sus pacientes. En algunas modalidades, los ensayos se llevarán a cabo o los resultados del ensayo se analizarán en un país o jurisdicción que difiere del país o jurisdicción al que se le comunican los resultados o diagnósticos . En una modalidad preferida de la invención, un diagnóstico basado en la presencia o ausencia en un sujeto de prueba de un biomarcador indicativo de una enfermedad o estado metabólico se comunica al sujeto tan pronto como sea posible después de que se haya obtenido el diagnóstico. El diagnóstico se puede comunicar al sujeto por medio del médico tratante del sujeto. Alternativamente, el diagnóstico se puede enviar a un sujeto de prueba por correo electrónico o comunicárselo telefónicamente al sujeto. Se puede utilizar una computadora para comunicar el diagnóstico por correo electrónico o telefónicamente. En ciertas modalidades, el mensaje que contiene los resultados de una prueba diagnóstica se puede generar y entregar automáticamente al sujeto utilizando una combinación de hardware y de software que será familiar a los expertos en telecomunicaciones. Un ejemplo de un sistema de comunicaciones orientado al cuidado de la salud se describe en la Patente E.U. Número 6,283,761; sin embargo, la presente invención no está limitada a métodos que utilizan este sistema particular de comunicaciones. En ciertas modalidades de los métodos de la invención, todas o algunas de las etapas del método, incluyendo el ensayo de muestras, diagnóstico de enfermedades y comunicación de los resultados de los ensayos o diagnósticos, se pueden efectuar en diversas jurisdicciones ( e .g. , extranjero). VII. EQUIPOS DE DETECCIÓN DE BIOMARCADORES ASOCIADOS A PLAQUETAS PARA TUMORES CANCEROSOS Y NO CANCEROSOS En otro aspecto, la presente invención proporciona equipos para calificar *el estado de la enfermedad o un cambio en la actividad metabólica asociada con la angiogénesis. Estos equipos se utilizan para detectar biomarcadores de acuerdo con la invención. En una modalidad, el equipo comprende un soporte sólido, tal como un chip, una placa microtituladora o una microesfera o resina que tiene un adsorbente unido a éste, en donde el adsorbente se une a un biomarcador de la invención. Por tanto, por ejemplo, los equipos de la presente invención pueden comprender sondas de espectrometría de masas SELDI, tales como aparatos ProteinChip®. En el caso de adsorbentes bioespecíficos, el equipo puede comprender un soporte sólido con una superficie reactiva y un contenedor que comprende el adsorbente bioespecífico. En algunas modalidades, el soporte sólido se acopla a uno o más adsorbentes capaces de unirse a al menos uno, preferentemente al menos 2, 3 o 4 biomarcadores tales como los que se exhiben en la Tabla 1 y Tabla 2. En modalidades preferidas, los biomarcadores pueden ser PF4, VEGF, PDGF, bFGF, PDECGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetina, angiostatina, endostatina o trombospondina y combinaciones de éstos . Los absorbentes preferidos para acoplamiento al soporte sólido incluyen adsorbentes de intercambio catiónico y aniónico, hidrofóbicos y bioespecíficos . Los adsorbentes bioespecíficos preferidos incluyen anticuerpos, aptámeros, ácidos nucleicos complementarios, proteínas de afinidad (Affibodies) y los semejantes. Un experto en la materia reconocerá fácilmente los adsorbentes bioespecíficos adicionales . El equipo también puede comprender una solución de lavado o instrucciones para elaborar una solución de lavado, en la que la combinación del reactivo de captura y la solución de lavado permita la captura del biomarcador o biomarcadores sobre el soporte sólido para su detección subsecuente por, e . g. , espectrometría de masas. El equipo podría incluir más de un tipo de adsorbente, cada uno presente sobre un soporte sólido diferente . En una modalidad adicional, tal equipo puede comprender instrucciones de parámetros operacionales apropiados en la forma de un marbete o folleto separado. Por ejemplo, las instrucciones pueden informar al consumidor respecto a cómo colectar la muestra, cómo lavar la sonda o los biomarcadores particulares que deberán ser detectados. Aún en otra modalidad, el equipo puede comprender uno o más contenedores con muestras de biomarcador, para utilizarlos como estándar (es) de calibración. VIII. SISTEMAS DE DIAGNÓSTICO La presente invención también contempla sistemas de diagnóstico para la detección de biomarcadores cuya expresión se altera en respuesta a los cambios en la actividad angiogénica en un paciente. Los sistemas de diagnóstico de la invención se operan preferentemente en un solo paso, pero no están limitados a tal. Por ejemplo, algunas modalidades comprenden una pluralidad de superficies adsorbentes que se unen a una pluralidad de biomarcadores asociados con plaquetas. Preferentemente, los adsorbentes son adsorbentes bioespecíficos que adsorben específicamente los biomarcadores de interés. Los sistemas de diagnóstico de la invención también tienen un medio para detectar los biomarcadores de interés, el cual puede ser un espectrómetro de masas. A manera de ejemplo, una modalidad preferida de la presente invención acepta un homogenado plasmático en un frito sinterizado. La frita está en comunicación fluida con un material absorbente capaz de apoyar el flujo capilar de un líquido. Dentro del material absorbente hay reactivos, que incluyen un adsorbente bioespecífico fluidamente móvil que reconoce específicamente al biomarcador que debe ser detectado. Preferentemente el adsorbente bioespecífico fluidamente móvil incluye una marca detectable, más preferentemente, una marca visible. También corriente abajo en el material absorbente hay un adsorbente bioespecífico fijo que reconoce al biomarcador que debe ser detectado. Utilizando un simple dispositivo, tal como el descrito arriba, un homogenado plasmático introducido en la frita sinterizado se filtra libre de residuos celulares. El resto del líquido progresa hasta el material absorbente, el cual vacía el líquido dentro y finalmente a lo largo de su extensión. Al atravesar el material absorbente, el adsorbente bioespecífico fluidamente móvil se solubiliza y se une al biomarcador que debe ser detectado y forma un grupo . Conforme el líquido progresa más a través del material absorbente, el grupo se encuentra y se une con el adsorbente bioespecífico fijo. Conforme el grupo se une al adsorbente bioespecífico fijo, se concentra en el punto donde el adsorbente bioespecífico fijo se une al material absorbente, donde puede ser detectado. El dispositivo se puede lavar opcionalmente con un amortiguador de agua después de la unión del grupo para eliminar el material que potencialmente interfiera, presente en el homogenado original. Un experto en la materia reconocerá fácilmente que hay diversos formatos variantes del dispositivo que se desempeñan sustancialmente de la misma manera que el dispositivo preferido descrito arriba. Por ejemplo, el dispositivo podría esencialmente efectuarse de una manera tipo ELISA utilizando reactivos bioespecíficos acoplados al piso de los pozos de la placa para microtitulación. En este formato, el homogenado se añade a un pozo. Luego se elimina el exceso de homogenado y el pozo se lava con un amortiguador de agua. Finalmente, se añade el anticuerpo móvil marcado y se detecta el grupo resultante. Un experto en la materia reconocerá fácilmente el formato del dispositivo descrito arriba como bien conocido, con muchas variantes que están dentro del ámbito de la presente invención. Por ejemplo, en las Patentes E.U. Nos. 5,409,664, 6,146,589, 4,960,691, 5,260,193, 5,202,268 y 5,766,961 se describen dispositivos similares. IX. USO DE BIOMARCADORES DE CÁNCER EN ENSAYOS DE DETECCIÓN Y MÉTODOS PARA TRATAR EL CÁNCER Los métodos de la presente invención tienen otras aplicaciones también. Por ejemplo, se pueden utilizar los biomarcadores para revisar los compuestos que modulan la expresión de los biomarcadores in vi tro o in vivo, cuyos compuestos en cambio pueden ser útiles para tratar o prevenir el cáncer en pacientes o para tratar o prevenir la transformación de un tumor, de un tumor latente a un tumor agresivo. En otro ejemplo, los biomarcadores se pueden utilizar para monitorear la respuesta a los tratamientos para el cáncer. Aún en otro ejemplo, se pueden utilizar los biomarcadores en estudios sobre aspectos hereditarios para determinar si el sujeto está en riesgo de desarrollar cáncer. Por tanto, por ejemplo, los equipos de esta invención podrían incluir un sustrato sólido que tiene una función hidrofóbica, tal como un biochip proteínico ( e.g. , un aparato ProteinChip Ciphergen H50, e .g. aparato ProteinChip) y un amortiguador de acetato de sodio para lavar el sustrato, así como instrucciones que proporcionan un protocolo para medir los biomarcadores asociados con plaquetas de esta invención sobre el chip y para utilizar estas mediciones para diagnosticar, por ejemplo, cáncer. Los compuestos apropiados para efectuar las pruebas terapéuticas se pueden detectar inicialmente por la identificación de los compuestos que interactúan con uno o más biomarcadores listados en la Tabla 1 y Tabla 2. Por medio de un ejemplo, la detección podría incluir expresar recombinantemente un biomarcador listado en la Tabla 1 o Tabla 2 , purifica el biomarcador y anexar el biomarcador al sustrato . Los compuestos de prueba se pondrían luego en contacto con el sustrato, típicamente en condiciones acuosas, y se miden las interacciones entre el compuesto de prueba y el biomarcador, por ejemplo, por la medición de las tasas de elusión como una función de la concentración de sal . Ciertas proteínas pueden reconocer y desdoblar uno o más biomarcadores de la Tabla 1 o Tabla 2 , en cuyo caso se pueden detectar las proteínas a través del monitoreo de la digestión de uno o más biomarcadores en un ensayo estándar, e.g., por electroforesis en gel de las proteínas. En una modalidad relacionada, se puede medir la capacidad de un compuesto de prueba para inhibir la actividad de uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 o Tabla 2. Un experto en la materia reconocerá que las técnicas utilizadas para medir la actividad de un biomarcador particular variará dependiendo de la función y propiedades del biomarcador. Por ejemplo una actividad enzimática de un biomarcador se puede analizar siempre que se tenga disponible un sustrato apropiado y siempre que la concentración del sustrato o el aspecto del producto de reacción se mida fácilmente. La capacidad de los compuestos de prueba potencialmente terapéuticos para inhibir o aumentar la actividad de un biomarcador dado se pueden determinar por la medición de las tasas de catálisis en la presencia o ausencia de los compuestos de prueba. La capacidad de un compuesto de prueba para interferir con la función o actividad no-enzimática ( e .g. , estructural) de uno de los biomarcadores de la Tabla 1 o Tabla 2 también se puede medir. Por ejemplo, el auto-ensamblaje de un grupo multi-proteínico que incluye uno de los biomarcadores de la Tabla 1 y Tabla 2 se puede monitorear por espectroscopia en la presencia o ausencia de un compuesto de prueba. Alternativamente, si el biomarcador es un aumentador no-enzimatico, los compuestos de prueba que interfieren con la habilidad del biomarcador para aumentar la transcripción se pueden identificar al medir los niveles de transcripción dependientes del biomarcador in vivo o in vi tro en la presencia y ausencia del compuesto de prueba. Los compuestos de prueba capaces de modular la actividad de cualquiera de los biomarcadores de la Tabla 1 o Tabla 2 se pueden administrar a pacientes que estén padeciendo de o que estén en riesgo de desarrollar cáncer. Por ejemplo, la administración de un compuesto de prueba que incremente la actividad de un biomarcador particular puede reducir el riesgo de cáncer en un paciente, si la actividad del biomarcador particular in vivo previene la acumulación de proteínas para el cáncer. Por el contrario, la administración de un compuesto de prueba que reduce la actividad de un biomarcador particular puede reducir el riesgo de cáncer en un paciente si el incremento de la actividad del biomarcador es responsable, al menos en parte, del inicio del cáncer. En un aspecto adicional, la invención proporciona un método para identificar los compuestos útiles para el tratamiento de trastornos tales como el cáncer que están asociados con incremento en los niveles de formas modificadas de los biomarcadores asociados con plaquetas de la Tabla 1 y Tabla 2. Por ejemplo, en una modalidad, los extractos celulares o bibliotecas de expresión se pueden revisar para detectar compuestos que catalicen el desdoblamiento de los biomarcadores completos para formar formas truncadas . En una modalidad de tal ensayo de detección, el desdoblamiento de los biomarcadores se puede detectar por la unión de un fluoróforo al biomarcador que permanece apagado cuando se desdobla el biomarcador, pero el cual se pone fluorescente cuando el biomarcador se desdobla. Alternativamente, una versión del biomarcador completo modificado de manera que produce la unión amida entre ciertos aminoácidos que no se desdoblan se puede utilizar para unir selectivamente o "atrapar" la proteasa celular que desdobla al biomarcador completo en ese lugar in vivo . Los métodos para revisar e identificar las proteasas y sus blancos están bien documentadas en la literatura científica, e . g. , en López-Ottin et al . (Nature Reviews, 3:509-519 (2002)). En otra modalidad, esta invención proporciona métodos para determinar la eficacia terapéutica de una droga farmacéutica, e.g. , un compuesto anti-angiogénico o anti-tumorigénico. Estos métodos son útiles para efectuar estudios clínicos de la droga, así como para monitorear el progreso de un paciente al que se le está administrando la droga. El tratamiento o los estudios clínicos incluyen la administración de la droga en un régimen en particular. El régimen puede incluir una dosis única de la droga o múltiples dosis de la droga durante un tiempo. El doctor o investigador clínico monitorea el efecto de la droga en el paciente o sujeto durante el curso de la administración. Si la droga tiene un impacto farmacológico sobre la condición, las cantidades o cantidades relativas (e.g. , el patrón o perfil) de los biomarcadores de esta invención cambia hacia un perfil de no enfermedad. Por ejemplo, los biomarcadores PF4 y CTAP III en la Tabla 1 se incrementan en las plaquetas de los sujetos portadores de tumor. Por lo tanto, uno puede seguir el curso de las cantidades de estos biomarcadores en el sujeto durante el curso del tratamiento de un tumor. Consecuentemente, este método incluye la medición de uno o más biomarcadores en un sujeto al que se le administra el tratamiento con la droga y la correlación de las cantidades de los biomarcadores con el estado de la enfermedad del sujeto. Una modalidad de este método incluye la determinación de los niveles de los biomarcadores en al menos dos puntos diferentes de tiempo durante el curso de una terapia con droga, e.g. , un primer tiempo y un segundo tiempo, y la comparación del cambio en las cantidades de los biomarcadores, si lo hay. Por ejemplo, los biomarcadores se pueden medir antes y después de la administración de la droga o en dos diferentes puntos de tiempo durante la administración de la droga. El efecto de la terapia se determina en base a estas comparaciones . Si un tratamiento es efectivo, entonces los biomarcadores tendrán tendencia a la normalidad, mientras que si el tratamiento no es efectivo, los biomarcadores tendrán una tendencia a los indicios de enfermedad. Si un tratamiento es efectivo, entonces los biomarcadores tendrán tendencia a lo normal, mientras que si el tratamiento no es efectivo, los biomarcadores tendrán tendencia a los indicios de enfermedad. Aún en otra modalidad, la invención proporciona un método para tratar o reducir la progresión o probabilidad de una enfermedad, e . g. , cáncer, el cual se asocia con el incremento en los niveles de un biomarcador truncado. Por ejemplo, después de que se han identificado una o más proteínas que desdoblan un biomarcador completo de la Tabla 1 o 2 , las bibliotecas combinatorias se pueden revisar para localizar compuestos que inhiban la actividad del desdoblamiento de las proteínas identificadas. Los métodos para revisar bibliotecas químicas para localizar tales compuestos son bien conocidas en el campo. Ver, e . g. , López-Otin et al . (2002) . Alternativamente, se pueden diseñar compuestos inhibidores basados en la estructura del biomarcador asociado con plaquetas . Al nivel clínico, la revisión de un compuesto de prueba incluye la obtención de muestras de sujetos de prueba antes y después de que los sujetos han sido expuestos a un compuesto de prueba. Los niveles en las muestras de uno o más biomarcadores asociados con plaquetas listados en la Tabla 1 y Tabla 2 pueden medirse y analizarse para determinar si los niveles de los biomarcadores cambian después de la exposición a un compuesto de prueba . Las muestras se pueden analizar por espectrometría de masas, como se describe en la presente, o las muestras se pueden analizar por cualquiera de los medios apropiados conocidos al experto en la materia. Por ejemplo, los niveles de uno o más de los biomarcadores listados en la Tabla 1 y Tabla 2 se pueden medir directamente por medio del análisis Western de inmunotransferencia utilizando anticuerpos marcados con radio o con fluorescencia que se unen específicamente a los biomarcadores . Alternativamente, los cambios en los niveles de mARN que codifican al uno o más biomarcadores se pueden medir y correlacionar con la administración, a un sujeto, de un compuesto de prueba dado. En una modalidad adicional, los cambios en el nivel de expresión de uno o más de los biomarcadores pueden medirse utilizando métodos y materiales in vitro. Por ejemplo, células tisulares cultivadas humanas que expresan o son capaces de expresar uno o más de los biomarcadores de la Tabla 1 y Tabla 2 se pueden poner en contacto con los compuestos de prueba. Los sujetos que han sido tratados con compuestos de prueba serán examinados rutinariamente para detectar cualquiera efectos fisiológicas que pudieran haber sido producidos por el tratamiento. En particular, se evaluarán los compuestos de prueba para determinar su habilidad para reducir la probabilidad de enfermedad en un sujeto. Alternativamente, si los compuestos de prueba se administran a sujetos que han sido previamente diagnosticados con cáncer, los compuestos de prueba serán revisados para determinar su habilidad para reducir o detener la progresión del cáncer dentro del espíritu y el alcance de esta aplicación y del ámbito de las reivindicaciones anexas. Toda publicación. X EJEMPLOS Ejemplo 1: Identificación de los Biomarcadores de Cáncer A. Preparación de la Muestra; Se tomó sangre de ratones anestesiados por punción cardiaca directa en un tubo con 3.2% de polietileno de citrato de sodio y se centrifugó tan pronto como fue posible a 200g. La fase superior, plasma rica en plaquetas (PRP) , se transfirió luego a un tubo fresco y se separaron las plaquetas (P) por centrifugación a 800 g. La pelotilla de plaquetas aislada (P) y el supernadante de plasma pobre en plaquetas (PPP) se analizaron por separado. Las pelotillas (P) de plaquetas de cada ratón se extrajeron con urea 9M, 2% de CHAPS (3-[3-Colamidropropil) dimetilamonio]-l-propansulfonato) , 50 mM TrisHCl, pH 9; se centrífugo a 10,000 xg a 4o C durante 1 min y se fraccionó el extracto plaquetario como se describe abajo. Se desnaturalizaron 20 µl de PPP de cada ratón con 40 µl de amortiguador U9 (urea 9M, 2% de CHAPS, 50mM Tris HCl, pH 9) , y el extracto puro de plasma se fraccionó como se describe abajo. También se extrajo el tejido tumoral de cada ratón con amortiguador U9 moliendo el tejido con una mano de mortero desechable y se movió en remolino durante 15 min a 4o C. Las proteínas extraídas se recolectan por centrifugado a 10,000 xg a 4o C durante 10 min. Luego, los extractos tumorales puros se fraccionaron como se describe abajo. B. Fraccionamiento de la Muestra: El tumor, la pelotilla de plaquetas y las muestras de plasma se fraccionaron por cromatografía de intercambio aniónico modificada después del protocolo de Fraccionamiento Sérico EDM (Ciphergen®, Fremont, California) . Se efectuó el fraccionamiento en una placa de filtrado con formato de 96 pozos sobre una Estación de Trabajo para Laboratorio Beckman Biomek® 2000 equipada con un sacudidor DPC® Micromix 5. Una alícuota de 20 µl de las plaquetas y extracto tumoral y 60 µl de plasma desnaturalizado se diluyeron con 100 ul de 50 mM TrisHCl pH 9 y se transfirió a una microplaca con fondo filtrante de 96 pozos pre-llenada con microesferas sorbentes BioSepra Q Ceramic HyperD® rehidratados con 50 mM Tris HCl, pH 9 y se pre-equilibró con 50 mM Tris-HCl, pH 9.0. Todos los líquidos se removieron de la placa filtrante utilizando un colector al vacío de múltiples cribas (Millipore, Bedford, MA) . Después de incubar durante 30 min a 4°C, el flujo pasante se colectó como Fracción I . La placa de filtración se incubó con 2 x 100 µl de los siguientes amortiguadores para producir las siguientes fracciones: 1M urea, 0.1% de CHAPS, 50 mM NaCl , 2.5% de acetonitrilo 50 mM TrisHCl pH 7.5 (Fracción II), 1M urea, 0.1% CHAPS, 50 mM NaCl, 2.5% acetonitrilo 50mM NaAcetato, pH 5.0 (Fracción III), 1M urea, 0.1% CHAPS, 50 mM NaCl , 2.5% acetonitrilo 50 mM NaAcetato, pH 4.0 (Fracción IV), 1M urea, 0.1% CHAPS, 500 mM NaCl, 2.5% acetonitrilo 50 mM NaCitrato, pH 3.0 (Fracción V) y 33.3% isopropanol/16.7% acetonitrilo/8% ácido fórmico (Fracción VI) . Estas son las fracciones a las que se hace referencia en las Tablas I y II. C. Cartografía de la Diferencia de Expresión en Aparatos ProteinChip Los aparatos de cromatografía de intercambio catiónico débil para proteínas (aparatos WCX2 ProteinChip™ ,-Ciphergen®, Fremont, California) se cargaron en un bioprocesador de 96 pozos, y se equilibraron con 50 mM de acetato de sodio/ 0.1% de glucósido de octilo (Sigma, San Luis, Missouri), pH 5.0. Se diluyó una fracción de cuarenta µl de cromatografía de intercambio aniónico en 100 µl del mismo amortiguador en cada área del aparato y se incubó durante una hora . Las áreas del aparato se lavaron 3 min con 100 µl de 50mM de acetato de sodio/ 0.1% glucósido de octilo pH 5. Después de enjuagar con agua, se añadió 2 x 1 µl de solución de ácido sinapínico por cada área del aparato. D. Determinación del Perfil Proteínico con SELDI-TOF MS Los aparatos se leyeron utilizando el espectrómetro de masas Biology Protein System II SELDI-TOF (Ciphergen®, Fremont, California) . El lector se calibró externamente diariamente utilizando calibrantes peptídicos estándar de pesos moleculares conocidos (Ciphergen®, Fremont, California) . E. Procesamiento de los espectros de masas SELDI-TOF Los espectros se procesaron con el software Edición Biomarcador ProteinChip, Versión 3.2.0 (Ciphergen, Fremont, California) . Después de la sustracción inicial, los espectros se normalizaron por el método actual de iones totales . La detección de las crestas se llevó a cabo con el software Biomarker Wizard (Ciphergen, Fremont, California) empleando una proporción señal-a-ruido de 3. F. Identificación del Marcador de Proteína Los marcadores de proteína se purificaron por cromatografía de afinidad sobre una columna de rotación de IgG y por cromatografía de fase inversa. La pureza de cada etapa se monitoreó con el Aparato ProteinChip de Fase Normal . Las principales fracciones se redujeron por 5 mM DTT pH 9 y se efectuó la alquilación con 50 mM de yodoacetamida en la oscuridad durante 2 h. La separación final se efectuó en un gel 16% Tricina SDS PAGE. El gel se coloreó con el Equipo de Tinción Azul Coloidal (Invitrogen) . Las bandas de proteína seleccionadas se removieron, se lavaron con 200 µl de ACN durante 15 min y se extrajeron con 70 µl de 50% de ácido fórmico, 25% de ACN, 15% de isopropanol, 10% de agua durante 2 hrs a temperatura ambiente sacudiendo vigorosamente. El marcador de proteína en extracto se verificó por el análisis de 2 µl sobre un Aparato Proteinchip de Fase Normal . El extracto remanente se digirió por 20 µl de 10 ng/ul de tripsina modificada (Roche Applied Science) en 50 mM de bicarbonato de amonio (pH 8) durante 3 hrs a 37° C. Los espectros MS único y MS/MS se adquirieron por un espectrómetro de masas QSTAR equipado con un Ciphergen PCI-1000 ProteinChip Interface. Un alícuota de 1 µl de cada digesta de proteasa se analizó en un Aparato ProteinChip NP20 en la presencia de CHCA. Los espectros se colectaron de 0.9 a 3kDa en modo MS único. Después de revisar los espectros, se seleccionaron iones específicos y se introdujeron en la célula de colisión para fragmentación CID. Los datos espectrales de CID se sometieron a las herramientas de extracción de la base de datos Mascot (Matrix Sciences) para identificación. Ejemplo 2: Identificación de Biomarcadores utilizando SELDI Este ejemplo describe cómo se puede utilizar la presente invención para identificar los biomarcadores útiles para diagnóstico, o para determinar el pronóstico después del tratamiento de, un paciente. Para identificar los biomarcadores útiles para la práctica de la presente invención, primero se establecen los perfiles del biomarcador de referencia de dos poblaciones de pacientes. Una población actúa como el grupo de "control", expresando un primer fenotipo. La segunda población es un "grupo de prueba" que muestra el fenotipo del cual se busca el diagnóstico a través de la detección de un biomarcador. En este ejemplo, el grupo de prueba está conformado por individuos afectados o que estuvieron subsecuentemente afectados (dentro de un período de seis meses) con un tumor que mostró potencial metastásico durante el curso del estudio. El grupo de control es de una población que no manifestó ninguna afección cancerosa o de cualquier tipo durante al menos doce meses subsecuentes a la terminación del estudio . Los biomarcadores entre las poblaciones se identifican por la comparación de la expresión de las biomoléculas aisladas de las plaquetas . La preparación de las muestras de sangre para efectuar las pruebas se describen abajo. Los homogenados plaquetarios formados se perfilan secuencialmente en aparatos ProteinChip con sonda Q10, IMAC30-Cu(II) y CM10 SELDI . Los biomarcadores se identifican por los niveles diferenciales de expresión de una o más biomoléculas asociadas con plaquetas del homogenado como se determinó por el área bajo la cresta (s) formada por las especies de iones producidas por el biomarcador (es) . Luego, se efectúa el análisis estadístico sobre los datos para confirmar que los cambios en los niveles de expresión del biomarcador son significantes y que tienen una correlación precisa con el cáncer metastásico. Ejemplo 3: Uso de biomarcadores para predecir el pronóstico de un paciente con cáncer durante el tratamiento Este ejemplo ilustra el uso de biomarcadores para determinar el pronóstico de un paciente con cáncer después del tratamiento para aliviar el cáncer. Se toman muestras de sangre de un paciente para evaluarlas en uno o más tiempos diferentes durante el curso de la evaluación, por ejemplo en los días 0, 2, 5, 10, 14, 21, 30, 60 y/o 90 días. Preferentemente, las muestras de sangre se evalúan mientras están frescas, pero se pueden almacenar congeladas hasta el momento apropiado para la evaluación. La evaluación del paciente comienza en el primer día que llega el paciente al hospital o a la clínica y continúa durante al menos varias semanas después del tratamiento para que haya cesado la condición cancerosa.

El análisis de las muestras de sangre se efectúa aislando primero las plaquetas y creando un homogenado plaquetario apropiado para la prueba. Las plaquetas se aislan de las muestras individuales de sangre utilizando procedimientos establecidos bien conocidos por los expertos en la materia. Luego, los extractos plaquetarios se preparan por la suspensión de plaquetas aisladas en amortiguador isotónico helado (1 vol plaquetas: 3 vol de solución amortiguadora) , luego la suspensión plaquetaria se somete a sonicación durante quince segundos. Luego, se fracciona cada extracto plaquetario utilizando microesferas de intercambio iónico (Q HyperD) y se analiza en aparatos WCX2 ProteinChip. Las proteínas retenidas en los aparatos se detectan por espectroscopia de masas SELDI y se cuantifican las cantidades de cada una de las especies de iones por la determinación del área bajo la cresta iónica que se produjo. Los resultados se tabulan y se determinan las cantidades de biomarcadores correspondientes a BF4 y CTAP III de cada muestra. Los resultados tabulados se utilizan luego para establecer el pronóstico del paciente. El pronóstico se determina por la comparación de las cantidades relativas de especies iónicas relacionadas con PF4 y CTAPIII de cada muestra. Para los pacientes que están bajo terapia para tratar un tumor canceroso agresivo, un incremento en los niveles medidos del biomarcador indica que el tumor ha cesado la invasión agresiva en los nuevos ambientes tisulares y que actualmente está latente . En esta situación el paciente se monitorea periódicamente después del tratamiento por cualquier decremento futuro en los niveles de marcador indicativos del regreso del tumor a un fenotipo agresivo. Para los pacientes que son sometidos a la eliminación quirúrgica de un tumor agresivo, los pacientes son evaluados para detectar el inicio de la recaída varias semanas después del tratamiento. El lapso de tiempo es necesario para permitir que las fluctuaciones del biomarcador causadas por el procedimiento quirúrgico, independientemente de que el tumor haya sido removido, se establezcan. Bajo estas circunstancias, la eliminación exitosa del tumor es acompañada por una desaparición de los marcadores BF4 y CTAP III. Se entiende que las muestras y modalidades descritas en la presente solamente tienen propósitos ilustrativos y que se sugieren varias modificaciones o cambios a la luz de esto a las personas expertas en la materia y se incluirán las patentes y las solicitudes de patentes citadas en la presente se incorporan en la presente por referencia en su totalidad para todos los propósitos.

Claims

REIVINDICACIONES 1. Un método para calificar el estado angiogénico en un sujeto, comprendiendo el método: a . medir al menos un biomarcador asociado con plaquetas en una muestra biológica del sujeto, en donde se selecciona el al menos un biomarcador asociado con plaquetas del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1 y la Tabla 2 ; y b. correlacionar la medición con el estado angiogénico. 2. El método de la reivindicación 1 en donde el al menos un biomarcador asociado con plaquetas se selecciona del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1. 3. El método de la reivindicación 1 en donde el al menos un biomarcador asociado con plaquetas se selecciona del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 2. 4. El método de la reivindicación 1 en donde al menos uno de los biomarcadores detectados se selecciona del grupo que consiste del factor de crecimiento vascular endotelial (VEGF) , factor de crecimiento derivado de plaquetas (PDGF) , básico del factor de crecimiento de fibroblasto (bFGF) , factor plaquetario 4 (PF4) , proteína activadora del tejido conectivo III (CTAP III) , endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8 , factor de crecimiento celular endotelial derivado de plaquetas (PDECGF) , factor de crecimiento de tejido conectivo (CTGF), angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina. 5. El método de la reivindicación 1 en donde el estado angiogénico es cáncer contra no cáncer. 6. El método de la reivindicación 1 en donde el estado angiogénico es tumor benigno contra tumor maligno. 7. El método de la reivindicación 1 en donde el estado angiogénico es cáncer agresivo contra cáncer latente. 8. El método de la reivindicación 1 en donde el estado angiogénico es un tipo de cáncer, en donde dicho tipo de cáncer se selecciona del grupo que consiste de cáncer de mama, cáncer hepático, cáncer pulmonar, hemangioblastomas, cáncer de vejiga, cáncer de próstata, cáncer gástrico, cánceres del cerebro, neuroblastomas, cáncer de colon, carcinomas, sarcomas, leucemia, linfoma y miolomas . 9. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 5, 6, 7 u 8 en donde la etapa de detección comprende la detección cromatográfica, inmunológica, citométrica de flujo o espectrofotométrica de masas de los biomarcadores . 10. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 5, 6, 7 u 8 en donde la etapa de detección comprende la detección de una pluralidad de biomarcadores incluyendo bFGF y al menos un biomarcador distinto seleccionado del grupo que consiste de VEGF, PDGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8 , TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina. 11. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 5, 6, 7 u 8 en donde la etapa de detección comprende la detección de una pluralidad de biomarcadores que incluyen PF4 y al menos un biomarcador distinto seleccionado del grupo que consiste de VEGF, PDGF, bFGF, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina. 12. El método de la reivindicación 5 en donde el cáncer se clasifica como latente, agresivo, agresivo sostenido, regresivo o sin cambio. 13. El método de la reivindicación 12 en donde la detección de una disminución en la expresión de uno o más biomarcadores se correlaciona con un cáncer clasificado como agresivo. 1 . El método de la reivindicación 12 en donde la detección de un incremento en la expresión de uno o más biomarcadores se correlaciona con un cáncer clasificado como latente o regresivo. 15. El método de la reivindicación 1 en donde el al menos un biomarcador se detecta por inmunoensayo. 16. El método de la reivindicación 1 en donde la correlación se efectúa por medio de un algoritmo de clasificación, de software. 17. El método de la reivindicación 1 en donde el al menos un biomarcador se detecta por espectrometría de masas de desorción láser-ionización después de capturar el biomarcador en una superficie adsorbente de una sonda SELDI . 18. El método de la reivindicación 17 en donde el adsorbente es un adsorbente de intercambio iónico . 19. El método de la reivindicación 17 en donde el adsorbente es un adsorbentes bioespecífico. 20. El método de la reivindicación 19 en donde el adsorbente bioespecífico es un anticuerpo. 21. El método de la reivindicación 13 que comprende además (c) manejar el tratamiento del sujeto en base al estado angiogénico. 22. El método de cualquiera de las reivindicaciones 5 o 13 que comprende además (c) manejar el tratamiento del sujeto basado en la clasificación del cáncer. 23. El método de la reivindicación 22 en donde el cáncer se clasifica como agresivo y el manejo del tratamiento del sujeto comprende la corrección quirúrgica del cáncer. 24. El método de la reivindicación 22 que comprende además : (d) medir el al menos un biomarcador asociado con plaquetas después del tratamiento del sujeto. 25. El método de la reivindicación 24 en donde la detección de un incremento subsecuente en al menos un biomarcador asociado con plaquetas se correlaciona con un cambio en el cáncer de agresivo a latente o ausente. 26. El método de la reivindicación 24 en donde la detección de un incremento subsecuente en el al menos un biomarcador asociado con plaquetas se correlaciona con que el cáncer continúa siendo agresivo. 27. Un método para determinar un cambio en la actividad angiogénica endógena de un sujeto, comprendiendo el método : a. detectar la expresión de uno o más biomarcadores asociados con plaquetas en una muestra biológica del sujeto, en donde la expresión de al menos un biomarcador detectado se modifica en relación con el cambio en la actividad angiogénica endógena. b. correlacionar la expresión de al menos un biomarcador detectado con el cambio en la actividad angiogénica endógena por la comparación de la expresión del biomarcador detectado con la expresión previamente determinada para el mismo biomarcador. 28. El método de la reivindicación 27 en donde al menos uno de los biomarcadores detectados se selecciona del grupo que consiste del factor de crecimiento vascular endotelial (VEGF) , factor de crecimiento derivado de plaquetas (PDGF) , básico del factor de crecimiento de fibroblasto (bFGF) , factor plaquetario 4 (PF4) , proteína activadora del tejido conectivo III (CTAP III) , endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, factor de crecimiento celular endotelial derivado de plaquetas (PDECGF) , factor de crecimiento de tejido conectivo (CTGF), angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina. 29. El método de la reivindicación 27 en donde el cambio en la actividad angiogénica endógena del sujeto es producida por una condición médica seleccionada del grupo que consiste de formación tumoral, crecimiento tumoral, embarazo, daño e infección tisular. 30. El método de la reivindicación 29 en donde la condición médica es la formación tumoral o crecimiento tumoral asociados con un cáncer. 31. El método de la reivindicación 27 en donde la etapa de detección comprende la detección cromatográfica, inmunológica, citométrica de flujo o espectrofotométrica de masas, de los biomarcadores. 32. El método de la reivindicación 27 en donde la etapa de detección comprende la detección de una pluralidad de biomarcadores que incluyen bFGF y al menos un marcador distinto seleccionado del grupo que consiste de VEGF, PDGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina. 33. El método de la reivindicación 27 en donde la etapa de detección comprende la detección de una pluralidad de biomarcadores incluyendo PF4 y al menos un biomarcador distinto seleccionado del grupo que consiste de VEGF, PDGF, bFGF, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina. 34. El método de la reivindicación 27 en donde el cambio en la actividad angiogénica endógena del sujeto se clasifica como latente, agresiva, agresiva sostenida, regresiva o sin cambio. 35. El método de la reivindicación 34 en donde la detección de una disminución en la expresión de uno o más biomarcadores se correlaciona con un cambio en la actividad angiogénica a agresiva. 36. El método de la reivindicación 34 en donde la detección de un incremento en la expresión de uno o más biomarcadores se correlaciona con un cambio en la actividad angiogénica a latente o regresiva. 37. El método de la reivindicación 27 en donde el al menos un biomarcador es detectado por inmunoensayo. 38. El método de la reivindicación 27 en donde la correlación se efectúa por medio de un algoritmo de clasificación, de software. 39. El método de la reivindicación 27 en donde el al menos un biomarcador se detecta por espectrometría de masas de desorción láser-ionización después de capturar el biomarcador en una superficie adsorbente de una sonda SELDI . 40. El método de la reivindicación 39 en donde la superficie adsorbente es un adsorbente de intercambio iónico. 41. El método de la reivindicación 39 en donde la superficie adsorbente es un adsorbente bioespecífico. 42. El método de la reivindicación 40 en donde el adsorbente bioespecífico es un anticuerpo. 43. El método de la reivindicación 34 que comprende además (c) manejo del tratamiento del sujeto basado en el cambio clasificado en la actividad angiogénica endógena . 44. El método de la reivindicación 43 en donde el cambio en la actividad angiogénica endógena es clasificado como agresivo, y el manejo del tratamiento del sujeto comprende la corrección quirúrgica de la causa de la actividad angiogénica endógena agresiva. 45. El método de la reivindicación 43 que comprende además : (d) detectar la expresión de la pluralidad de los biomarcadores asociados con plaquetas después del tratamiento del sujeto. 46. El método de la reivindicación 45 en donde la detección de un incremento subsecuente en la expresión de uno o más de los biomarcadores se correlaciona con un cambio en la actividad angiogénica endógena de agresiva a latente o ausente . 47. El método de la reivindicación 45 en donde la detección de una disminución subsecuente en la expresión de uno o más de los biomarcadores se correlaciona con la actividad angiogénica endógena agresiva sostenida. 48. Un equipo que comprende : (a) un soporte sólido que comprende al menos dos superficies adsorbentes distintas unidas a éste, en donde las superficies adsorbentes se unen a una pluralidad de biomarcadores asociados con plaquetas seleccionados del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1 y Tabla 2 ; y (b) instrucciones para utilizar el soporte sólido para detectar un biomarcador. 49. El equipo de la reivindicación 48 en donde los biomarcadores asociados con plaquetas se seleccionan del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1. 50. El equipo de la reivindicación 48 en donde los biomarcadores asociados con plaquetas se seleccionan del grupo que consiste de VEGF, PDGF, bFGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8 , TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina. 51. El equipo de la reivindicación 48 comprende adicionalmente (c ) un contenedor que contiene al menos dos biomarcadores unidos a las superficies adsorbentes . 52. El equipo de la reivindicación 48 que comprende además una gráfica que incluye la detección de rangos en un sujeto, para los biomarcadores que serán detectados . 53. El equipo de la reivindicación 48 en donde el soporte sólido es una sonda SELDI . 54. El equipo de la reivindicación 53 comprende además un material de matriz apropiado para utilizarlo en la espectrometría de masas SELDI o MALDI . 55. El eguipo de la reivindicación 53 en donde la sonda SELDI comprende un adsorbente de intercambio catiónico. 56. El equipo de la reivindicación 55 en donde la sonda SELDI comprende además un adsorbente de cromatografía de intercambio aniónico. 57. El equipo de la reivindicación 53 en donde la sonda SELDI comprende un adsorbente bioespecífico. 58. ?l equipo de la reivindicación 57 en donde el adsorbente bioespecífico es un anticuerpo. 59. Un producto de software que comprende: a. un código que accesa datos atribuidos a una muestra tomada de un sujeto, los datos comprenden los niveles detectados de expresión de una pluralidad de biomarcadores asociados con plaquetas en la muestra, al menos uno de los biomarcadores asociados con plaquetas es seleccionado del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1 y Tabla 2 ; y b. un código que ejecuta un algoritmo de clasificación que clasifica un cambio en la actividad angiogénica endógena de un sujeto como una función de la medición de los biomarcadores en la muestra. 60. Un método que comprende comunicar a un sujeto un cambio en la actividad angiogénica endógena del sujeto determinado por la correlación de una pluralidad de biomarcadores asociados con plaquetas en una muestra del sujeto, en donde dichos biomarcadores asociados con plaquetas se seleccionan del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1 y Tabla 2. 61. El método de la reivindicación 60, en donde el diagnóstico se comunica al sujeto por un medio generado por computadora . 62. Un sistema de diagnóstico para detectar la presencia de un cáncer en un sujeto, comprendiendo el sistema: a. una pluralidad de superficies adsorbentes que se unen a una pluralidad de biomarcadores asociados con plaquetas, en donde los biomarcadores asociados con plaquetas se seleccionan de los biomarcadores de la Tabla 1 y Tabla 2 , y en donde la expresión de al menos uno de los biomarcadores asociados con plaquetas se modifica por la presencia del cáncer en el sujeto; y b . un detector para detectar los biomarcadores asociados con plaquetas unidos a los residuos de enlace . 63. El sistema de la reivindicación 62 , en donde al menos una de las superficies adsorbentes es una porción de la superficie de una sonda SELDI . 64. El sistema de la reivindicación 62 en donde al menos una de las superficies adsorbentes es un adsorbente de intercambio iónico. 65. El sistema de la reivindicación 62, en donde el detector es un espectrómetro de masas . 66. El sistema de la reivindicación 62, en donde el detector comprende al menos un anticuerpo marcado, específico para un biomarcador unido por los adsorbentes . 67. El sistema de la reivindicación 62, en donde al menos uno de los biomarcadores se selecciona del grupo que consiste de VEGF, PDGF, bFGF, PF4, CTAPIII, endostatina, tumstatina, inhibidor tisular de metaloproteasas, apolipoproteína Al, IL8, TGF, NGAL, MIP, metaloproteasas, BDNF, NGF, CTGF, angiogenina, angiopoyetinas, angiostatina y trombospondina . 68. El sistema de la reivindicación 62 en donde al menos una de las superficies adsorbentes es un adsorbente bioespecífico. 69. El método de la reivindicación 68, en donde el adsorbente bioespecífico es un anticuerpo. 70. Un método para distinguir el tipo de cáncer en un sujeto que comprende: a. medir al menos un biomarcador asociado con plaquetas en una muestra biológica del sujeto, en donde el al menos un biomarcador asociado con plaquetas se selecciona del grupo que consiste de los biomarcadores de la Tabla 1 y Tabla 2 ; y b. correlacionar la medición con al menos un tipo de cáncer. 71. El método de la reivindicación 70, en donde el tipo de cáncer se selecciona del grupo que consiste de cáncer de mama, cáncer hepático, cáncer pulmonar, hamangioblastomas, cáncer de vejiga, cáncer prostático, cáncer gástrico, cánceres del cerebro, neuroblastomas, cáncer de colon, carcinomas, sarcomas, leucemia, linfoma y miolomas. 72. El método de la reivindicación 70 en donde el al menos un biomarcador asociado con plaquetas se mide por inmunoensayo. 73. El método de la reivindicación 70 en donde el al menos un biomarcador asociado con plaquetas se mide por espectrometría de masas . 74. El método de la reivindicación 73 en donde la medición comprende además la captura de al menos un biomarcador derivado de plaquetas en un adsorbente unido a una fase sólida antes de la espectrometría de masas . 75. El método de la reivindicación 73 en donde la espectrometría de masas es espectrometría de masas de desorción láser/ionización. 76. El método de la reivindicación 73 en donde la correlación comprende someter la medición o mediciones a un algoritmo que ejecuta un modelo de clasificación que clasifica la muestra en un tipo de cáncer. 77. El método de cualquiera de las reivindicaciones 70-76 que comprende medir y correlacionar una pluralidad de biomarcadores asociados con plaquetas.