WO2026015607A1 - Procédés de partitionnement d'adn hyperméthylé, hypométhylé et non méthylé - Google Patents
Procédés de partitionnement d'adn hyperméthylé, hypométhylé et non méthyléInfo
- Publication number
- WO2026015607A1 WO2026015607A1 PCT/US2025/036932 US2025036932W WO2026015607A1 WO 2026015607 A1 WO2026015607 A1 WO 2026015607A1 US 2025036932 W US2025036932 W US 2025036932W WO 2026015607 A1 WO2026015607 A1 WO 2026015607A1
- Authority
- WO
- WIPO (PCT)
- Prior art keywords
- dna
- labeled
- azide
- subsample
- amine
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
L'invention concerne des procédés de traitement de l'ADN d'un échantillon. Les procédés peuvent consister (a) à diviser l'ADN en plusieurs sous-échantillons en mettant l'ADN en contact avec un agent reconnaissant la méthylcytosine dans l'ADN, (b) à mettre en contact l'ADN de l'échantillon ou d'un sous-échantillon de celui-ci avec une méthyltransférase en présence d'un donneur d'azide ou d'un donneur d'amine, marquant ainsi les CpG non méthylés dans l'ADN avec de l'azide ou une amine et fournissant respectivement de l'ADN marqué à l'azide ou de l'ADN marqué à l'amine, et (c) à étiqueter l'ADN marqué à l'azide ou l'ADN marqué à l'amine, et à séparer l'ADN marqué à l'azide étiqueté de l'ADN du deuxième sous-échantillon qui n'est pas marqué à l'azide ou à séparer l'ADN marqué à l'amine étiqueté de l'ADN du deuxième sous-échantillon qui n'est pas marqué à l'amine. Selon certains modes de réalisation des procédés selon la présente invention, ces étapes sont effectuées dans un ordre différent.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US202463669109P | 2024-07-09 | 2024-07-09 | |
| US63/669,109 | 2024-07-09 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| WO2026015607A1 true WO2026015607A1 (fr) | 2026-01-15 |
Family
ID=96806264
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PCT/US2025/036932 Pending WO2026015607A1 (fr) | 2024-07-09 | 2025-07-09 | Procédés de partitionnement d'adn hyperméthylé, hypométhylé et non méthylé |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| WO (1) | WO2026015607A1 (fr) |
Citations (25)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20010053519A1 (en) | 1990-12-06 | 2001-12-20 | Fodor Stephen P.A. | Oligonucleotides |
| US20030152490A1 (en) | 1994-02-10 | 2003-08-14 | Mark Trulson | Method and apparatus for imaging a sample on a device |
| US7537898B2 (en) | 2001-11-28 | 2009-05-26 | Applied Biosystems, Llc | Compositions and methods of selective nucleic acid isolation |
| US20110160078A1 (en) | 2009-12-15 | 2011-06-30 | Affymetrix, Inc. | Digital Counting of Individual Molecules by Stochastic Attachment of Diverse Labels |
| EP2594651A1 (fr) * | 2011-11-17 | 2013-05-22 | Vilnius University | Analyse de sites de méthylation |
| EP2860266B1 (fr) | 2012-03-08 | 2017-02-08 | The Chinese University Of Hong Kong | Analyse d'ADN à partir de la taille pour la classification d'un niveau du cancer |
| US9598731B2 (en) | 2012-09-04 | 2017-03-21 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
| US9738894B2 (en) | 2003-03-21 | 2017-08-22 | Roche Innovation Center Copenhagen A/S | Short interfering RNA (siRNA) analogues |
| US9850523B1 (en) | 2016-09-30 | 2017-12-26 | Guardant Health, Inc. | Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids |
| US9902992B2 (en) | 2012-09-04 | 2018-02-27 | Guardant Helath, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
| WO2018119452A2 (fr) | 2016-12-22 | 2018-06-28 | Guardant Health, Inc. | Procédés et systèmes pour analyser des molécules d'acide nucléique |
| US10260088B2 (en) | 2015-10-30 | 2019-04-16 | New England Biolabs, Inc. | Compositions and methods for analyzing modified nucleotides |
| US10453556B2 (en) | 2015-07-23 | 2019-10-22 | The Chinese University Of Hong Kong | Analysis of fragmentation patterns of cell-free DNA |
| US20200056245A1 (en) | 2018-07-23 | 2020-02-20 | The Chinese University Of Hong Kong | Cell-free dna damage analysis and its clinical applications |
| WO2020160414A1 (fr) | 2019-01-31 | 2020-08-06 | Guardant Health, Inc. | Compositions et méthodes pour isoler de l'adn acellulaire |
| US10961525B2 (en) | 2017-07-05 | 2021-03-30 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Hyperactive AID/APOBEC and hmC dominant TET enzymes |
| WO2021067484A1 (fr) * | 2019-09-30 | 2021-04-08 | Guardant Health, Inc. | Compositions et procédés d'analyse d'adn acellulaire dans des dosages de partitionnement de méthylation |
| WO2021236778A2 (fr) | 2020-05-19 | 2021-11-25 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Compositions et procédés pour la carboxyméthylation de la cytosine d'adn |
| WO2022040163A1 (fr) | 2020-08-18 | 2022-02-24 | Delfi Diagnostics, Inc. | Procédés et systèmes pour des densités par tailles de fragments d'adn acellulaire pour évaluer le cancer |
| US11352670B2 (en) | 2014-07-25 | 2022-06-07 | University Of Washington | Methods of determining tissues and/or cell types giving rise to cell-free DNA, and methods of identifying a disease or disorder using same |
| WO2022197593A1 (fr) | 2021-03-15 | 2022-09-22 | Illumina, Inc. | Détection de méthylcytosine et de ses dérivés à l'aide d'analogues de s-adénosyl-l-méthionine (xsams) |
| JP2022548951A (ja) * | 2019-09-20 | 2022-11-22 | ザ ユニバーシティ オブ バーミンガム | エピジェネティックプロファイリング法 |
| WO2023288222A1 (fr) | 2021-07-12 | 2023-01-19 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Adaptateurs modifiés pour désamination enzymatique d'adn et leurs procédés d'utilisation pour le séquençage épigénétique d'adn libre et immobilisé |
| WO2024138180A2 (fr) * | 2022-12-22 | 2024-06-27 | Guardant Health, Inc. | Flux de travail ciblés et intégrés de séquençage de génome somatique entier et de méthylation d'adn |
| US20240400603A1 (en) | 2021-09-27 | 2024-12-05 | Tagomics Limited | S- and se- adenosyl-l-methionine analogues with activated groups for transfer by methyltransferases on target biomolecules |
-
2025
- 2025-07-09 WO PCT/US2025/036932 patent/WO2026015607A1/fr active Pending
Patent Citations (30)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6582908B2 (en) | 1990-12-06 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Oligonucleotides |
| US20010053519A1 (en) | 1990-12-06 | 2001-12-20 | Fodor Stephen P.A. | Oligonucleotides |
| US20030152490A1 (en) | 1994-02-10 | 2003-08-14 | Mark Trulson | Method and apparatus for imaging a sample on a device |
| US7537898B2 (en) | 2001-11-28 | 2009-05-26 | Applied Biosystems, Llc | Compositions and methods of selective nucleic acid isolation |
| US9738894B2 (en) | 2003-03-21 | 2017-08-22 | Roche Innovation Center Copenhagen A/S | Short interfering RNA (siRNA) analogues |
| US20110160078A1 (en) | 2009-12-15 | 2011-06-30 | Affymetrix, Inc. | Digital Counting of Individual Molecules by Stochastic Attachment of Diverse Labels |
| EP2594651A1 (fr) * | 2011-11-17 | 2013-05-22 | Vilnius University | Analyse de sites de méthylation |
| US10297342B2 (en) | 2012-03-08 | 2019-05-21 | The Chinese University Of Hong Kong | Classification of cancer level based on genomic coordinates of outermost nucleotides of cell-free DNA |
| EP2860266B1 (fr) | 2012-03-08 | 2017-02-08 | The Chinese University Of Hong Kong | Analyse d'ADN à partir de la taille pour la classification d'un niveau du cancer |
| US10741270B2 (en) | 2012-03-08 | 2020-08-11 | The Chinese University Of Hong Kong | Size-based analysis of cell-free tumor DNA for classifying level of cancer |
| US9892230B2 (en) | 2012-03-08 | 2018-02-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Size-based analysis of fetal or tumor DNA fraction in plasma |
| EP3617324A1 (fr) | 2012-03-08 | 2020-03-04 | The Chinese University Of Hong Kong | Analyse basée sur la taille de l'adn pour la classification d'un cancer |
| US9598731B2 (en) | 2012-09-04 | 2017-03-21 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
| US9902992B2 (en) | 2012-09-04 | 2018-02-27 | Guardant Helath, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
| US11352670B2 (en) | 2014-07-25 | 2022-06-07 | University Of Washington | Methods of determining tissues and/or cell types giving rise to cell-free DNA, and methods of identifying a disease or disorder using same |
| US10453556B2 (en) | 2015-07-23 | 2019-10-22 | The Chinese University Of Hong Kong | Analysis of fragmentation patterns of cell-free DNA |
| US10260088B2 (en) | 2015-10-30 | 2019-04-16 | New England Biolabs, Inc. | Compositions and methods for analyzing modified nucleotides |
| US9850523B1 (en) | 2016-09-30 | 2017-12-26 | Guardant Health, Inc. | Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids |
| WO2018119452A2 (fr) | 2016-12-22 | 2018-06-28 | Guardant Health, Inc. | Procédés et systèmes pour analyser des molécules d'acide nucléique |
| US10961525B2 (en) | 2017-07-05 | 2021-03-30 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Hyperactive AID/APOBEC and hmC dominant TET enzymes |
| US20200056245A1 (en) | 2018-07-23 | 2020-02-20 | The Chinese University Of Hong Kong | Cell-free dna damage analysis and its clinical applications |
| WO2020160414A1 (fr) | 2019-01-31 | 2020-08-06 | Guardant Health, Inc. | Compositions et méthodes pour isoler de l'adn acellulaire |
| JP2022548951A (ja) * | 2019-09-20 | 2022-11-22 | ザ ユニバーシティ オブ バーミンガム | エピジェネティックプロファイリング法 |
| WO2021067484A1 (fr) * | 2019-09-30 | 2021-04-08 | Guardant Health, Inc. | Compositions et procédés d'analyse d'adn acellulaire dans des dosages de partitionnement de méthylation |
| WO2021236778A2 (fr) | 2020-05-19 | 2021-11-25 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Compositions et procédés pour la carboxyméthylation de la cytosine d'adn |
| WO2022040163A1 (fr) | 2020-08-18 | 2022-02-24 | Delfi Diagnostics, Inc. | Procédés et systèmes pour des densités par tailles de fragments d'adn acellulaire pour évaluer le cancer |
| WO2022197593A1 (fr) | 2021-03-15 | 2022-09-22 | Illumina, Inc. | Détection de méthylcytosine et de ses dérivés à l'aide d'analogues de s-adénosyl-l-méthionine (xsams) |
| WO2023288222A1 (fr) | 2021-07-12 | 2023-01-19 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Adaptateurs modifiés pour désamination enzymatique d'adn et leurs procédés d'utilisation pour le séquençage épigénétique d'adn libre et immobilisé |
| US20240400603A1 (en) | 2021-09-27 | 2024-12-05 | Tagomics Limited | S- and se- adenosyl-l-methionine analogues with activated groups for transfer by methyltransferases on target biomolecules |
| WO2024138180A2 (fr) * | 2022-12-22 | 2024-06-27 | Guardant Health, Inc. | Flux de travail ciblés et intégrés de séquençage de génome somatique entier et de méthylation d'adn |
Non-Patent Citations (51)
| Title |
|---|
| "MethBank3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species", NUCLEIC ACIDS RES, 2018 |
| BASHTRYKOV PI ET AL.: "The UHRF 1 protein stimulates the activity and specificity of the maintenance DNA methyltransferase DNMT1 by an allosteric mechanism", J BIOL CHEM., 2014 |
| BLANCO ET AL., J. BIOL. CHEM., vol. 264, 1989, pages 8935 - 8940 |
| BOCK ET AL., NAT BIOTECH, vol. 28, 2010, pages 1106 - 1114 |
| BOOTH ET AL., SCIENCE, vol. 336, 2012, pages 934 - 937 |
| CORONEL: "Database Systems: Design, Implementation, & Management, Cengage Learning", 2014 |
| DEEN J ET AL.: "Methyltransferase-Directed Labeling of Biomolecules and its Applications", ANGEW CHEM INT ED ENGL, vol. 56, no. 19, 2017, pages 5182 - 5200, XP093011281, DOI: 10.1002/anie.201608625 |
| DIETARY GUIDELINES FOR AMERICANS 2020-2025, Retrieved from the Internet <URL:dietaryguidelines.gov/sites/default/files/2021> |
| DU ET AL.: "Methyl-CpG-binding domain proteins: readers of the epigenome", EPIGENOMICS, vol. 7, no. 6, 2015, pages 1051 - 73, XP093109738, DOI: 10.2217/epi.15.39 |
| ELMASRI: "Fundamentals of Database Systems", 2010, ADDISON WESLEY |
| FIILLGRABE ET AL., BIORXIV, 2022 |
| FREIER ET AL., NUCLEIC ACIDS RES, vol. 25, 1997, pages 4429 - 4443 |
| GAJULA ET AL., NUCLEIC ACIDS RES., vol. 42, no. 15, September 2014 (2014-09-01), pages 9964 - 75 |
| GALE ET AL., PLOS ONE, vol. 13, 2018, pages e0194630 |
| GANSAUGE ET AL., NATURE PROTOCOLS, vol. 8, 2013, pages 737 - 748 |
| GOUILKENIRY, ESSAYS IN BIOCHEMISTRY, vol. 63, 2019, pages 639 - 648 |
| HENNION ET AL., GENOME BIOLOGY, vol. 21, 2020 |
| IURLARO ET AL., GENOME BIOL, vol. 14, 2013, pages R119 |
| KINDE ET AL., PROC NAT'L ACAD SCI USA, vol. 108, 2011, pages 9530 - 9535 |
| KO ET AL., NATURE, vol. 468, 2010, pages 839 - 843 |
| KOU ET AL., PLOS ONE, vol. 11, pages e0146638 |
| KUROSE: "Computer Networking: A Top-Down Approach", 2016, PEARSON |
| KUTYAVIN, BIOCHEMISTRY, vol. 47, no. 51, 2008, pages 13666 - 1367 |
| LIU ET AL., NAT CHEM BIOL, vol. 13, 2017, pages 181 - 187 |
| LIU ET AL., NAT CHEM BIOL., vol. 13, no. 2, February 2017 (2017-02-01), pages 181 - 187 |
| LIU ET AL., NATURE BIOTECHNOLOGY, vol. 37, 2019, pages 424 - 429 |
| LIZARD ET AL., NAT. GENETICS, vol. 19, 1998, pages 225 - 232 |
| MOSS ET AL., NAT COMMUN, vol. 9, 2018, pages 5068 |
| MULLER ET AL., NATURE METHODS, vol. 16, 2019, pages 429 - 436 |
| NOTOMI ET AL., NUC. ACIDS RES., vol. 28, no. e63, 2000, pages e63 |
| PARDOLL, NATURE REVIEWS CANCER, vol. 12, 2012, pages 252 - 264 |
| PETERSON: "Cloud Computing Architected: Solution Design Handbook", 2011, RECURSIVE PRESS |
| ROBERTSON ET AL., NUCLEIC ACIDS RES., vol. 39, 2011, pages 8740 - 8751 |
| SCHUTSKY ET AL., NATURE BIOTECHNOLOGY, vol. 36, 2018, pages 1083 - 1090 |
| SCHUTSKY ET AL., NUCLEIC ACIDS RES., vol. 45, no. 13, 27 July 2017 (2017-07-27), pages 7655 - 7665 |
| SCOTT, C.A.DURYEA, J.D.MACKAY, H. ET AL.: "Identification of cell type-specific methylation signals in bulk whole genome bisulfite sequencing data", GENOME BIOL, vol. 21, 2020, pages 156 |
| SONG ET AL., NAT BIOTECH, vol. 29, 2011, pages 68 - 72 |
| SONG ET AL., NAT. BIOTECH., vol. 29, 2010, pages 68 - 72 |
| TOSTI ET AL., EPIGENOMIC PROFILING OF ACTIVE REGULATORY ELEMENTS BY ENRICHMENT OF UNMODIFIED CPG DINUCLEOTIDES, 26 February 2024 (2024-02-26) |
| TOSTI LUCA ET AL: "Epigenomic profiling of active regulatory elements by enrichment of unmodified CpG dinucleotides", BIORXIV, 16 February 2024 (2024-02-16), XP093240667, Retrieved from the Internet <URL:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.16.575381v1.full.pdf> [retrieved on 20251025], DOI: 10.1101/2024.02.16.575381 * |
| TROLL ET AL., BMC GENOMICS, vol. 20, 2019, pages 1023, Retrieved from the Internet <URL:https://doi.org/10.1186/s12864-019-6355-0> |
| TUCKER: "Programming Languages", 2006, MCGRAW-HILL SCIENCE/ENGINEERING/MATH |
| VAISVILA ET AL., MOL CELL, vol. 84, no. 5, 7 March 2024 (2024-03-07), pages 854 - 866 |
| VAISVILA ET AL.: "Discovery of novel DNA cytosine deaminase activities enables a nondestructive single-enzyme methylation sequencing method for base resolution high-coverage methylome mapping of cell-free and ultra-low input DNA", BIORXIV, 2023, Retrieved from the Internet <URL:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.29.547047v1> |
| VAISVILA R ET AL.: "EM-seq: Detection of DNA methylation at single base resolution from picograms of DNA", BIORXIV, 2019, Retrieved from the Internet <URL:www.biorxiv.org/content/I0.1101/2019.12.20.884692vl> |
| WEIRATHER ET AL., F'1000RESEARCH, vol. 6, 2017, pages 100 |
| WEIRATHER JL ET AL., F1000RESEARCH, vol. 6, 2017, pages 100 |
| WEIRATHER JL ET AL.: "Comprehensive comparison of Pacific Biosciences and Oxford Nanopore Technologies and their applications to transcriptome analysis", F1000RESEARCH, vol. 6, 2017, pages 100 |
| YANG ET AL., BIO-PROTOCOL, vol. 12, no. 17, 2023, pages e4496 |
| YANG ET AL., PROTOCOL, vol. 12, no. 17, 2023, pages e4496 |
| YU ET AL., CELL, vol. 149, 2012, pages 1368 - 80 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP4638781A2 (fr) | Procédés recourant à une amplification préservant la méthylation avec correction des erreurs | |
| US20240191290A1 (en) | Methods for detection and reduction of sample preparation-induced methylation artifacts | |
| US20250101494A1 (en) | Methods for analyzing cytosine methylation and hydroxymethylation | |
| US20250084464A1 (en) | Compositions and methods for synthesis and use of probes targeting nucleic acid rearrangements | |
| US20240263241A1 (en) | Methods and compositions for copy-number informed tissue-of-origin analysis | |
| US20260022424A1 (en) | Nucleic acid methylation profiling method | |
| JP2025522763A (ja) | 異常にメチル化されたdnaの富化 | |
| WO2025090956A1 (fr) | Procédés de détection de variants d'acide nucléique à l'aide de sondes de capture | |
| WO2025029475A1 (fr) | Procédés d'enrichissement de variants nucléotidiques par sélection négative | |
| WO2024229143A1 (fr) | Procédé de contrôle qualité pour les procédures de conversion enzymatique | |
| WO2024138180A2 (fr) | Flux de travail ciblés et intégrés de séquençage de génome somatique entier et de méthylation d'adn | |
| US20240093292A1 (en) | Quality control method | |
| WO2026015607A1 (fr) | Procédés de partitionnement d'adn hyperméthylé, hypométhylé et non méthylé | |
| US20260009024A1 (en) | Non-invasive monitoring of genomic alterations induced by gene-editing therapies | |
| WO2025090954A1 (fr) | Procédé de détection de variants d'acide nucléique | |
| WO2025160433A1 (fr) | Procédés d'analyse de lectures de séquençage | |
| WO2026015794A1 (fr) | Procédés de modification de l'adn à l'aide de la désamination spécifique des cpg et de l'excision de la base uracile | |
| WO2025207941A1 (fr) | Procédés de séparation d'adn riche en cpg par liaison de protéines se liant au cpg et désamination sensible au méthyle | |
| WO2025038399A1 (fr) | Procédés d'enrichissement méthylé pour séquençage génétique et épigénétique à molécule unique | |
| WO2025137620A1 (fr) | Procédés de séquençage de méthylation de haute qualité et de haute précision | |
| WO2025235889A1 (fr) | Procédés impliquant une pcr groupée multiplexée | |
| WO2025155895A1 (fr) | Procédé de profilage de modification d'acide nucléique | |
| WO2024229433A1 (fr) | Procédés d'analyse de la méthylation de l'adn | |
| WO2024073508A2 (fr) | Procédés et compositions de quantification d'adn de cellules immunitaires |