WO2018181428A1 - 核酸医薬及び多分岐脂質の複合体 - Google Patents
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- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
Definitions
- the present invention relates to a nucleic acid drug having a target gene expression inhibitory activity and a complex of multi-branched lipids. More specifically, the present invention relates to a complex in which a multi-branched lipid is bound to an oligonucleotide having a target gene expression inhibitory activity via a linker (hereinafter also referred to as “complex of the present invention”).
- siRNA siRNA
- miRNA micro RNA
- An antisense oligonucleotide is an oligonucleotide complementary to ncRNA (non-coding RNA) such as mRNA, mRNA precursor or ribosomal RNA, transfer RNA, miRNA, etc. of a target gene, and consists of about 8 to 30 bases. Strand DNA, RNA and / or structural analogs thereof. The function of mRNA, mRNA precursor or ncRNA is suppressed by forming a double strand with the mRNA, mRNA precursor or ncRNA targeted by the antisense oligonucleotide.
- ncRNA non-coding RNA
- SiRNA is a small double-stranded RNA consisting of about 19 to 25 base pairs homologous to the target gene. siRNA is incorporated into a protein called RISC and becomes a single-stranded siRNA (guide strand), and a more unstable single strand (passenger strand) is degraded. By binding the mRNA of the target gene having a complementary base sequence to the guide strand, the gene expression is suppressed by cleaving the mRNA in a base sequence-specific manner.
- MiRNA is an endogenous non-coding RNA of about 20 to 25 bases encoded on the genome. miRNA is first transcribed from a miRNA gene on genomic DNA as a primary transcript (Primary miRNA, Pri-miRNA) with a length of several hundred to several thousand bases, and then processed to about 60 to 110 bases. The pre-miRNA (Precusor miRNA) having the hairpin structure of Thereafter, it moves from the nucleus into the cytoplasm and becomes a double-stranded miRNA of about 20 to 25 bases by splicing.
- Primary miRNA Primary miRNA
- Precusor miRNA Precusor miRNA having the hairpin structure of Thereafter, it moves from the nucleus into the cytoplasm and becomes a double-stranded miRNA of about 20 to 25 bases by splicing.
- the double-stranded miRNA is incorporated into a protein called RISC and becomes a single-stranded miRNA (guide strand), and the more unstable single strand (passenger strand) is degraded.
- the single-stranded miRNA functions to inhibit the translation of the target gene by binding to the mRNA of the target gene having a partially complementary base sequence.
- nucleic acid drugs are difficult to be put to practical use because they are easily degraded by nucleases in living bodies and the efficiency of incorporation into target cells is low.
- chemical modification of the active ingredient nucleic acid itself and drug delivery system (DDS) for delivering the nucleic acid into the target cell have been studied for many years.
- nucleic acid examples include S-oligo (phosphorothioate) in which the phosphate moiety is modified, 2 ′, 4′-BNA (bridged nucleic acid) / LNA (locked nucleic acid) in which the sugar moiety is modified (See Patent Documents 1 to 5).
- Non-Patent Documents 1 and 2 describe siRNA in which a single-chain lipid is bound to the 3 'end.
- Patent Documents 6 and 7 describe siRNA to which a lipid containing a GalNac (N-acetylgalactosamine) derivative is bound.
- Patent Document 8 describes siRNA to which phosphatidylethanolamine is bound.
- Patent Document 9 by binding tocophenol to a double-stranded oligonucleotide containing an RNA oligonucleotide complementary to an antisense oligonucleotide, compared to a single-stranded antisense oligonucleotide in a mouse, It is described that it was efficiently delivered and accumulated in the liver, and the expression of the target gene in the liver was suppressed.
- Patent Document 10 discloses that a GalNac derivative is bound to a double-stranded oligonucleotide containing an RNA oligonucleotide complementary to an antisense oligonucleotide, so that it can be efficiently delivered to the liver not only by intravenous injection but also by subcutaneous administration. In other words, it is described that accumulation of the target gene in the liver was suppressed.
- An object of the present invention is to provide a novel complex capable of improving the expression suppression activity of a target gene of an included nucleic acid drug.
- the present inventors synthesized a complex in which a hyperbranched lipid is bound to an oligonucleotide containing a nucleic acid drug.
- the complex containing siRNA as a nucleic acid drug has improved target gene expression inhibitory activity without using a gene transfer reagent, and has target gene expression inhibitory activity not only in the liver but also in skeletal muscle, heart, fat, etc. I found it to improve.
- complex containing miRNA as a nucleic acid pharmaceutical improved the antitumor effect compared with miRNA. It was also found that the complex is resistant to lipolytic enzymes.
- the present invention relates to a complex in which a hyperbranched lipid is bound to an oligonucleotide containing a nucleic acid drug via a linker.
- a hyperbranched lipid in particular, a hyperbranched lipid containing 1 to 3 chains composed of alkyl via an amide is preferable.
- the present inventors have shown that the expression suppression activity of the target gene is decreased in a complex (comparative example: siRNA-101) in which a multi-branched lipid containing 4 chains composed of alkyl via an amide is bonded to the terminal. I have confirmed.
- An oligonucleotide having an activity of suppressing the expression of a target gene has the formula: (Where A 11 is substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl, substituted or unsubstituted alkynyl, or the formula: A group represented by A 1 to A 10 and A 16 to A 19 are each independently a single bond, substituted or unsubstituted alkylene, substituted or unsubstituted alkenylene, or substituted or unsubstituted alkynylene, In the case of A 1 and A 2 or A 16 and A 17 are substituted or unsubstituted alkylene, substituted or unsubstituted alkenylene, or substituted or unsubstituted alkynylene, A 2 and any carbon atom constituting A 1 Any carbon atom constituting the same, or any carbon atom constituting A 16 and any carbon atom constituting A 17
- R 1 , R 3 and R 5 are each independently hydrogen, substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstituted alkynyl;
- a 12 is a group containing a substituted or unsubstituted alkyl, a substituted or unsubstituted alkenyl, a substituted or unsubstituted alkynyl or a fat-soluble substance;
- a 13 to A 15 , A 20 and A 21 are each independently substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or
- alkyl, alkenyl, alkynyl, alkylene, alkenylene and alkynylene are halogen, hydroxy, carboxy, amino, imino, formyl, formyloxy, carbamoyl, sulfamoyl, sulfanyl, sulfino, sulfo, thioformyl, thiocarboxy, dithio Carboxy, thiocarbamoyl, cyano, nitro, nitroso, azide, hydrazino, ureido, amidino, guanidino, trialkylsilyl, aromatic carbocyclic group, non-aromatic carbocyclic group, aromatic heterocyclic group, non-aromatic A heterocyclic group, an aromatic carbocyclic carbonyl, a non-aromatic carbocyclic carbonyl, an aromatic heterocyclic carbonyl or a non-aromatic heterocyclic carbonyl,
- the ⁇ group is hydroxy, alkyl, alkyloxy, mercapto, alkylthio, amino, alkylamino or halogen.
- a complex in which the lipid represented by is bound via a linker. (1-2) The lipid is A 1 to A 5 and Y 1 to Y 5 are a single bond, A 6 to A 10 are each independently a single bond, substituted or unsubstituted alkylene, substituted or unsubstituted alkenylene, or substituted or unsubstituted alkynylene, X 1 to X 5 are NHC ( ⁇ O), The complex according to (1-1), wherein m, n, p, q and r are 1.
- L 0 is a single bond, a nucleotide linker or a non-nucleotide linker;
- L 1 is the formula: (Where Each Z is independently O or S; Each R 6 is independently hydroxy, alkyl or alkyloxy),
- L 2 and L 4 are each independently a single bond or a substituted or unsubstituted alkylene having 1 to 20 carbon atoms,
- L 3 is each independently a single bond, C ( ⁇ O) NR 7 (R 7 is hydrogen or substituted or unsubstituted alkyl), NR 8 C ( ⁇ O) (R 8 is hydrogen, substituted or non-substituted)
- Substituted alkyl or R 8 together with carbon in the alkylene of L 2 may form a substituted or unsubstituted nitrogen-containing ring) or SS;
- L 5 is each independently a single bond, substituted or unsubstituted alkylene having 1 to 20 carbon atoms, C ( ⁇ O)
- a non-aromatic heterocyclic group of Each R 9 is independently hydrogen, substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstituted alkynyl; u is 1 or 2, L 6 is a single bond or an amino acid linker)
- OL is an oligonucleotide having a target gene expression suppression activity
- 5 ′ means binding to the 5 ′ end of the oligonucleotide
- 3 ′ means binding to the 3 ′ end of the oligonucleotide
- Z 1-1 is O or S
- L 0-1 is a single bond, a nucleotide linker or a non-nucleotide linker
- L 5-1 is a single bond, NH or O
- L 6-1 is a single bond or an amino acid linker
- LI is a lipid represented by any one of formulas (LI-1) to (LI-9).
- a 1-1 is a single bond or methylene;
- a 2-1 is a linear alkylene having 1 to 4 carbon atoms,
- a 11-1 is linear or branched alkyl having 7 to 23 carbon atoms,
- a 12-1 represents a straight chain or branched alkyl or alkenyl having 3 to 23 carbon atoms, a group containing a fat-soluble substance, or a formula: It is group shown by these.
- a 13-1 , A 14-1 and A 15-1 are linear alkyl having 9 to 13 carbon atoms
- a 20-1 and A 21-1 are straight-chain alkyl having 13 carbon atoms
- a 12-2 is a group containing a linear alkyl having 15 carbon atoms or a fat-soluble substance.
- a pharmaceutical composition comprising the complex according to any one of (1-1) to (1-6).
- the linker is L 2 is a substituted or unsubstituted alkylene having 1 to 20 carbon atoms, L 3 is NR 8 C ( ⁇ O) (R 8 is hydrogen or substituted or unsubstituted alkyl); L 4 is a single bond, Which L 5 represents a single bond, an NR 9 or O, u is 1, The complex according to (1-5), wherein L 6 is a single bond.
- the linker is L 0 is a single bond, L 2 to L 5 are single bonds, L 6 is a single bond, The complex according to (1-5), wherein u is 1.
- the linker is L 0 is a single bond
- L 3 is NR 8 C ( ⁇ O) (R 8 together with the carbon in the alkylene of L 2 forms a substituted or unsubstituted nitrogen-containing ring)
- L 5 is C ( ⁇ O) NR 9 or O
- u is 1, The complex according to (1-5), wherein L 6 is a single bond.
- the linker is L 0 is a single bond or a nucleotide linker; L 2 and L 4 are, the number of carbon atoms of the substituted or unsubstituted is alkylene of 1 to 20, L 3 is NHC ( ⁇ O) or S—S; L 5 is O, The complex according to (1-5), wherein u is 1.
- the linker is L 2 and L 4 are substituted or unsubstituted alkylene having 1 to 20 carbon atoms, L 3 is NR 8 C ( ⁇ O) (R 8 is hydrogen or substituted or unsubstituted alkyl); L 5 is a substituted or unsubstituted non-aromatic heterocyclic group, u is 1, The complex according to (1-5), wherein L 6 is an amino acid linker.
- the present invention also includes the following.
- the first strand is an oligonucleotide having a sequence capable of hybridizing to a target sequence in a target gene
- the second strand is an oligonucleotide having a sequence capable of hybridizing to the first strand;
- R 2 ′, R 2 ′ is O or NR 3 ′
- R 1 ′ or R 3 ′ is each independently hydrogen, substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstituted alkynyl,
- the substituents of alkyl, alkenyl and alkynyl are halogen, carboxy, amino, imino, formyl, formyloxy, carbamoyl, sulfamoyl, sulfanyl, sulfino, sulfo, thioformyl, thiocarboxy, dithiocarboxy, thiocarbamoyl, cyano, nitro Nitroso, azide, hydrazino, ureido, amidino, guanidino, trialkylsilyl, aromatic carbocyclic group, non-aromatic carbocyclic group, aromatic heterocyclic group or non-aromatic heterocyclic group,
- the substituent may have one or more arbitrary substituents selected from the ⁇ ′ group.
- the ⁇ ′ group is hydroxy, alkyl, alkyloxy, mercapto, alkylthio, amino, alkylamino or halogen.
- the lipid is formula: (In the formula, A 1 ′, A 2 ′, p ′, or q ′ has the same meaning as in claim 1).
- (2-4) The complex according to any one of (2-1) to (2-3), wherein the lipid is bound to the second chain.
- L 2 ′ each independently represents a substituted or unsubstituted alkylene having 1 to 20 carbon atoms or an aromatic ring which may be interposed via an aromatic ring
- L 3 ′ is independently a single bond
- C ( ⁇ O) NR 5 ′ R 5 ′ is hydrogen or substituted or unsubstituted alkyl) or NR 6 ′ C ( ⁇ O) (R 6 ′ is Hydrogen, substituted or unsubstituted alkyl or R 6 ′ may form a substituted or unsubstituted nitrogen-containing ring together with carbon in the alkylene of L 2 ′
- L 4 ′ each independently represents a substituted or unsubstituted alkylene having 1 to 20 carbon atoms or an aromatic ring which may be independently bonded via a single bond or an aromatic ring
- L 5 ′ is a single bond
- r ′ is an integer of 0 to 2)
- the complex of the present invention can exert the activity of suppressing the expression of the target gene of the included nucleic acid drug without using a gene introduction reagent.
- nucleic acid drugs encompassed not only in the liver but also skeletal muscle, heart, fat, etc., to exert the effect, to suppress the expression of target genes in skeletal muscle, heart, fat, etc.
- Nucleoside means a compound in which a nucleobase and a sugar form an N-glycoside bond.
- Olionucleotide means a nucleotide in which a plurality of identical or different nucleosides are linked.
- the linkage between sugars (internucleoside linkage) in an oligonucleotide may be a linkage that a natural nucleic acid has, a phosphodiester (D-oligo), an artificially modified linkage, or a phosphorus atom.
- D-oligo phosphodiester
- bonding as described in international publication 2013/022966, international publication 2011/005761, international publication 2014/012081, international publication 2015/125845, etc. can also be utilized.
- Examples of the bond having no phosphorus atom include divalent substituents derived from alkyl, non-aromatic carbocyclic groups, haloalkyl, halogen-substituted non-aromatic carbocyclic groups, and the like.
- divalent substituents derived from alkyl, non-aromatic carbocyclic groups, haloalkyl, halogen-substituted non-aromatic carbocyclic groups, and the like.
- all may
- DNA nucleoside or “RNA nucleoside” means a natural DNA nucleoside or a natural RNA nucleoside, and means a part of a nucleotide which is one unit constituting an oligonucleotide.
- Natural DNA nucleoside means: (Wherein B X1 is adenine, guanine, cytosine or thymine)
- Natural RNA nucleoside means: (In the formula, B X2 is adenine, guanine, cytosine or uracil.)
- DNA oligonucleotide is an oligonucleotide in which a plurality of DNA nucleosides are bound
- RNA oligonucleotide is an oligonucleotide in which a plurality of RNA nucleosides are bound.
- nucleoside derivative means a nucleoside in which a DNA nucleoside or an RNA nucleoside is artificially modified at the nucleobase and / or sugar site. It is also an abasic nucleoside from which a nucleobase has been deleted. Any modification of nucleosides known in the art can be used.
- nucleobase modifications include 5-methylcytosine, 5-hydroxymethylcytosine, 5-propynylcytosine and the like.
- Examples of the modification of the sugar moiety include substitution at the 2 ′ position of the sugar. Specifically, 2′-F, 2′-OCH 3 (2′-OMe), 2′-OCH 2 CH 2 OCH 3 (2′-MOE) and the like. Moreover, for example, a cross-linked structure between the 4′-position and the 2′-position of the following sugars can be mentioned.
- R 7 ′ and R 8 ′ are preferably a hydrogen atom.
- R 9 ′ is preferably a hydrogen atom, alkyl, alkenyl, alkynyl, aromatic carbocyclic group, non-aromatic carbocyclic group, aromatic heterocyclic group, non-aromatic heterocyclic group, aromatic carbon It is a ring alkyl, a non-aromatic carbocyclic alkyl, an aromatic heterocyclic alkyl or a non-aromatic heterocyclic alkyl, and may have one or more arbitrary substituents selected from the ⁇ ′ group.
- the ⁇ ′ group is hydroxy, alkyl, alkyloxy, mercapto, alkylthio, amino, alkylamino or halogen.
- Each R 7 ′ is independently a hydrogen atom, halogen, cyano, substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl, or substituted or unsubstituted alkynyl;
- Each R 8 ′ is independently a hydrogen atom, halogen, cyano, substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl, or substituted or unsubstituted alkynyl;
- R 9 ′ is a hydrogen atom, substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstituted alkynyl
- the cross-linked structure is particularly preferably 4 ′-(CH 2 ) m′-O-2 ′ (m ′ is an integer of 1 to 4) or 4′-C ( ⁇ O) —NR 9 '-2 ′.
- R 9 ′ is a hydrogen atom or alkyl.
- 4′-CH 2 —O-2 ′ LNA, Locked Nucleic Acid
- Specific examples and preparation methods thereof are described in International Publication No. 98/39352, International Publication No. 2003/066875, International Publication No. 2005/021570, and the like.
- Halogen includes fluorine atom, chlorine atom, bromine atom and iodine atom. In particular, a fluorine atom and a chlorine atom are preferable.
- Alkyl includes straight or branched hydrocarbon groups having 1 to 15 carbon atoms, preferably 1 to 10 carbon atoms, more preferably 1 to 6 carbon atoms, and still more preferably 1 to 4 carbon atoms. To do. For example, methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl, n-pentyl, isopentyl, neopentyl, n-hexyl, isohexyl, n-heptyl, isoheptyl, n-octyl , Isooctyl, n-nonyl, n-decyl and the like.
- Methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl and n-pentyl are preferred. More preferred are methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl and tert-butyl.
- Alkenyl has 2 to 15 carbon atoms, preferably 2 to 10 carbon atoms, more preferably 2 to 6 carbon atoms, and further preferably 2 to 4 carbon atoms, having one or more double bonds at any position. These linear or branched hydrocarbon groups are included.
- Alkynyl has 2 to 10 carbon atoms, preferably 2 to 8 carbon atoms, more preferably 2 to 6 carbon atoms, more preferably 2 to 4 carbon atoms, having one or more triple bonds at any position. Includes straight chain or branched hydrocarbon groups. Examples include ethynyl, propynyl, butynyl, pentynyl, hexynyl, heptynyl, octynyl, nonynyl, decynyl and the like. These may further have a double bond at an arbitrary position. Preferred is ethynyl, propynyl, butynyl, pentynyl.
- “Aromatic carbocyclic group” means a monocyclic or bicyclic or more cyclic aromatic hydrocarbon group.
- phenyl, naphthyl, anthryl, phenanthryl and the like can be mentioned.
- it is phenyl.
- non-aromatic carbocyclic group means a cyclic saturated hydrocarbon group or a cyclic non-aromatic unsaturated hydrocarbon group having one or more rings.
- the non-aromatic carbocyclic group having 2 or more rings includes a monocyclic ring or a non-aromatic carbocyclic group having 2 or more rings condensed with a ring in the “aromatic carbocyclic group”.
- the “non-aromatic carbocyclic group” includes a group which forms a bridge or a spiro ring as described below.
- the monocyclic non-aromatic carbocyclic group preferably has 3 to 16 carbon atoms, more preferably 3 to 12 carbon atoms, and still more preferably 4 to 8 carbon atoms.
- Examples include cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl, cycloheptyl, cyclooctyl, cyclononyl, cyclodecyl, cyclopropenyl, cyclobutenyl, cyclopentenyl, cyclohexenyl, cycloheptenyl, cyclohexadienyl, and the like.
- Examples of the two or more non-aromatic carbocyclic groups include indanyl, indenyl, acenaphthyl, tetrahydronaphthyl, fluorenyl and the like.
- “Aromatic heterocyclic group” means a monocyclic or bicyclic or more aromatic cyclic group having one or more heteroatoms arbitrarily selected from O, S and N in the ring. To do.
- the aromatic heterocyclic group having 2 or more rings is a monocyclic ring or an aromatic heterocyclic group having 2 or more rings, and the ring in the “aromatic carbocyclic group” and / or “non-aromatic carbocyclic group” is Condensed products are also included.
- the monocyclic aromatic heterocyclic group is preferably 5 to 8 members, more preferably 5 or 6 members.
- Examples include pyrrolyl, imidazolyl, pyrazolyl, pyridyl, pyridazinyl, pyrimidinyl, pyrazinyl, triazolyl, triazinyl, tetrazolyl, furyl, thienyl, isoxazolyl, oxazolyl, oxadiazolyl, isothiazolyl, thiazolyl, thiadiazolyl and the like.
- bicyclic aromatic heterocyclic group examples include indolyl, isoindolyl, indazolyl, indolizinyl, quinolinyl, isoquinolinyl, cinnolinyl, phthalazinyl, quinazolinyl, naphthyridinyl, quinoxalinyl, purinyl, pteridinyl, benzimidazolyl, benzisoxazolyl, benzisoxazolyl, Oxazolyl, benzoxiadiazolyl, benzisothiazolyl, benzothiazolyl, benzothiadiazolyl, benzofuryl, isobenzofuryl, benzothienyl, benzotriazolyl, imidazopyridyl, triazolopyridyl, imidazothiazolyl, pyrazinopyr Dazinyl, oxazolopyridyl, thiazolopyridyl and the like can be mentioned
- aromatic heterocyclic group having 3 or more rings examples include carbazolyl, acridinyl, xanthenyl, phenothiazinyl, phenoxathinyl, phenoxazinyl, dibenzofuryl and the like.
- non-aromatic heterocyclic group is a monocyclic or bicyclic or more cyclic non-aromatic cyclic group having one or more of the same or different heteroatoms arbitrarily selected from O, S and N in the ring Means group.
- a non-aromatic heterocyclic group having two or more rings is a monocyclic or two or more non-aromatic heterocyclic group, an “aromatic carbocyclic group”, “non-aromatic carbocyclic group” and / or Also included are those in which each ring in the “aromatic heterocyclic group” is condensed.
- non-aromatic heterocyclic group also includes a group that forms a bridge or a spiro ring as described below.
- the monocyclic non-aromatic heterocyclic group is preferably 3 to 8 members, more preferably 5 or 6 members.
- Haloalkyl means a group in which one or more “halogen” is bonded to “alkyl”. For example, monofluoromethyl, monofluoroethyl, monofluoropropyl, 2,2,3,3,3-pentafluoropropyl, monochloromethyl, trifluoromethyl, trichloromethyl, 2,2,2-trifluoroethyl, 2, Examples include 2,2-trichloroethyl, 1,2-dibromoethyl, 1,1,1-trifluoropropan-2-yl and the like. Preferred are trifluoromethyl and trichloromethyl.
- Alkylamino includes monoalkylamino and dialkylamino.
- “Monoalkylamino” means a group in which “alkyl” is replaced with one hydrogen atom bonded to the nitrogen atom of the amino group.
- methylamino, ethylamino, isopropylamino and the like can be mentioned.
- methylamino and ethylamino are used.
- “Dialkylamino” means a group in which “alkyl” is replaced with two hydrogen atoms bonded to the nitrogen atom of the amino group. The two alkyls may be the same or different.
- Examples include dimethylamino, diethylamino, N, N-diisopropylamino, N-methyl-N-ethylamino, N-isopropyl-N-ethylamino and the like. Preferable examples include dimethylamino and diethylamino.
- Alkylcarbonylamino “alkenylcarbonylamino”, and “alkynylcarbonylamino” are hydrogen atom 1 in which “alkylcarbonyl”, “alkenylcarbonyl”, and “alkynylcarbonyl” are bonded to the nitrogen atom of the amino group, respectively. It means a group in which one or two are replaced. In the case of two, each group may be the same or different.
- alkylcarbonylamino includes methylcarbonylamino, ethylcarbonylamino and the like.
- alkenylcarbonylamino include vinylcarbonylamino, propenylcarbonylamino and the like.
- alkynylcarbonylamino include ethynylcarbonylamino, propynylcarbonylamino and the like.
- Alkylcarbamoyl “alkenylcarbamoyl”, and “alkynylcarbamoyl” are substituted with one or two hydrogen atoms in which “alkyl”, “alkenyl”, and “alkynyl” are bonded to the nitrogen atom of the carbamoyl group, respectively.
- alkylcarbamoyl includes methylcarbamoyl, ethylcarbamoyl, dimethylcarbamoyl, diethylcarbamoyl and the like.
- Alkenylcarbamoyl includes vinylcarbamoyl, propenylcarbamoyl and the like.
- alkynylcarbamoyl include ethynylcarbamoyl, propynylcarbamoyl and the like.
- “Aromatic carbocyclic alkyl” means an alkyl substituted with one or more “aromatic carbocyclic groups”. For example, benzyl, phenethyl, phenylpropyl, benzhydryl, trityl, naphthylmethyl, groups shown below Etc.
- aromatic carbocyclic alkyl Preferable embodiments of “aromatic carbocyclic alkyl” include benzyl, phenethyl and benzhydryl.
- Non-aromatic carbocyclic alkyl means an alkyl substituted with one or more “non-aromatic carbocyclic groups”. “Non-aromatic carbocyclic alkyl” also includes “non-aromatic carbocyclic alkyl” in which the alkyl moiety is substituted with “aromatic carbocyclic group”. For example, cyclopropylmethyl, cyclobutylmethyl, cyclopentylmethyl, cyclohexylmethyl, groups shown below Etc.
- “Aromatic heterocyclic alkyl” means alkyl substituted with one or more “aromatic heterocyclic groups”. “Aromatic heterocyclic alkyl” also includes “aromatic heterocyclic alkyl” in which the alkyl moiety is substituted with “aromatic carbocyclic group” and / or “non-aromatic carbocyclic group”.
- pyridylmethyl furanylmethyl, imidazolylmethyl, indolylmethyl, benzothiophenylmethyl, oxazolylmethyl, isoxazolylmethyl, thiazolylmethyl, isothiazolylmethyl, pyrazolylmethyl, isopyrazolylmethyl, pyrrolidinylmethyl, benz Oxazolylmethyl, group shown below Etc.
- Non-aromatic heterocyclic alkyl means alkyl substituted with one or more “non-aromatic heterocyclic groups”. In the “non-aromatic heterocyclic alkyl”, the alkyl moiety is replaced with “aromatic carbocyclic group”, “non-aromatic carbocyclic group” and / or “aromatic heterocyclic group”. Non-aromatic heterocyclic alkyl ”is also included. For example, tetrahydropyranylmethyl, morpholinylethyl, piperidinylmethyl, piperazinylmethyl, groups shown below Etc.
- Substituted or unsubstituted alkyl “substituted or unsubstituted alkenyl”, “substituted or unsubstituted alkynyl”, “substituted or unsubstituted alkyloxy”, “substituted or unsubstituted alkylcarbonylamino”, “substituted” Or “unsubstituted alkenylcarbonylamino”, “substituted or unsubstituted alkynylcarbonylamino”, “substituted or unsubstituted alkylcarbamoyl”, “substituted or unsubstituted alkenylcarbamoyl” or “substituted or unsubstituted alkynylcarbamoyl”.
- substituents include the following substituents.
- the carbon atom at any position may be bonded to one or more groups selected from the following ⁇ group.
- ⁇ group halogen, hydroxy, carboxy, amino, imino, hydroxyamino, hydroxyimino, formyl, formyloxy, carbamoyl, sulfamoyl, sulfanyl, sulfino, sulfo, thioformyl, thiocarboxy, dithiocarboxy, thiocarbamoyl, cyano, nitro, nitroso , Azide, hydrazino, ureido, amidino, guanidino, trialkylsilyl, alkyloxy, alkenyloxy, alkynyloxy, haloalkyloxy, alkylcarbonyl, alkenylcarbonyl, alkynylcarbonyl, monoalkylamino, dialkylamino, alky
- Substituted or unsubstituted aromatic carbocyclic group “Substituted or unsubstituted nonaromatic carbocyclic group”, “Substituted or unsubstituted aromatic heterocyclic group”, and “Substituted or unsubstituted aromatic carbocyclic group”
- Substituents on the rings of “aromatic carbocycle”, “non-aromatic carbocycle”, “aromatic heterocycle” and “non-aromatic heterocycle” of “non-aromatic heterocyclic group” include the following substitutions: Groups. The atom at any position on the ring may be bonded to one or more groups selected from the following ⁇ group.
- substituted or unsubstituted non-aromatic carbocyclic group and “substituted or unsubstituted non-aromatic heterocyclic group” may be substituted with “oxo”. In this case, it means a group in which two hydrogen atoms on a carbon atom are substituted as follows.
- the complex of the present invention comprises An oligonucleotide having an activity of suppressing the expression of a target gene has the formula: (Where A 11 is substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl, substituted or unsubstituted alkynyl, or the formula: A group represented by A 1 to A 10 and A 16 to A 19 are each independently a single bond, substituted or unsubstituted alkylene, substituted or unsubstituted alkenylene, or substituted or unsubstituted alkynylene, In the case of A 1 and A 2 or A 16 and A 17 are substituted or unsubstituted alkylene, substituted or unsubstituted alkenylene, or substituted or unsubstituted alkynylene, A 2 and any carbon atom constituting A 1 Any carbon atom constituting the same, or any carbon atom constituting A 16 and any carbon atom constituting A
- R 1 , R 3 and R 5 are each independently hydrogen, substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstituted alkynyl;
- a 12 and A 14 are groups containing substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl, substituted or unsubstituted alkynyl or a fat-soluble substance,
- a 13 , A 15 , A 20 and A 21 are each independently substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstit
- alkyl, alkenyl, alkynyl, alkylene, alkenylene and alkynylene are halogen, hydroxy, carboxy, amino, imino, formyl, formyloxy, carbamoyl, sulfamoyl, sulfanyl, sulfino, sulfo, thioformyl, thiocarboxy, dithio Carboxy, thiocarbamoyl, cyano, nitro, nitroso, azide, hydrazino, ureido, amidino, guanidino, trialkylsilyl, aromatic carbocyclic group, non-aromatic carbocyclic group, aromatic heterocyclic group, non-aromatic A heterocyclic group, an aromatic carbocyclic carbonyl, a non-aromatic carbocyclic carbonyl, an aromatic heterocyclic carbonyl or a non-aromatic heterocyclic carbonyl,
- oligonucleotide having target gene expression suppressing activity of the complex of the present invention
- any oligonucleotide can be used as long as it is known to have “target gene expression suppressing activity”.
- Oligonucleotides include nucleic acid drugs.
- the “nucleic acid drug” include siRNA and miRNA that are double-stranded oligonucleotides, and antisense oligonucleotides that are single-stranded oligonucleotides.
- the “nucleic acid drug” is an antisense oligonucleotide
- a double-stranded oligonucleotide may be formed together with a hybridizable sequence.
- the oligonucleotide of the complex of the present invention is an oligonucleotide of 8 to 50 bases composed of a sequence capable of hybridizing to the target sequence in the target gene.
- 8 to 50 bases 8 to 40 bases, 8 to 30 bases, 10 to 25 bases, and 15 to 25 bases.
- the second strand can hybridize to the oligonucleotide that is the first strand consisting of a sequence that can hybridize to the target sequence in the target gene. It is an oligonucleotide of 8 to 60 bases consisting of a simple sequence. For example, 8 to 60 bases, 8 to 50 bases, 8 to 40 bases, 8 to 30 bases, 10 to 25 bases, and 15 to 25 bases.
- the length of the second strand may be the same length as the first strand, and as long as it hybridizes with the first strand, it is shorter by one or several bases than the first strand. Also good.
- the length of the second strand may be longer than that of the first strand by adding one or several bases to one side or both sides of the site that hybridizes with the first strand.
- “One or several bases” means 1 to 10, 1 to 5, 1 to 3, or 1 or 2 bases.
- the preferred length of the second strand depends on the length of the first strand.
- the length of the first chain is 50% or more, 60% or more, 70% or more, 50 to 100%, 60 to 100%, 70% It is ⁇ 100% long. Particularly preferred is a length of 50 to 100% with respect to the length of the first chain.
- the oligonucleotides of the complex of the present invention include those in which one or several mismatches are present in the hybridizing sites as long as they can hybridize with the target sequence in the target gene under stringent conditions.
- an oligonucleotide having a homology of at least 70% or more, preferably 80% or more, more preferably 90% or more, and most preferably 95% or more with a target sequence is mentioned.
- the second-strand oligonucleotide has stringent conditions with the first strand comprising a sequence capable of hybridizing to the target sequence in the target gene.
- the homology is indicated in the score by using a search program BLAST using an algorithm developed by Altschul et al. (The Journal of Molecular Biology, 215, 403-410 (1990)), for example. .
- “Stringent conditions” means that a certain base sequence forms a hybrid with a specific sequence (so-called specific hybrid), and a base sequence that does not have an equivalent function forms a hybrid with a specific sequence (so-called non-specific hybrid) It means a condition that does not.
- Those skilled in the art can easily select such conditions by changing the temperature during the hybridization reaction and washing, the salt concentration of the hybridization reaction solution and the washing solution, and the like. Specifically, it is 42 ° C. in 6 ⁇ SSC (0.9 M NaCl, 0.09 M trisodium citrate) or 6 ⁇ SSPE (3 M NaCl, 0.2 M NaH 2 PO 4 , 20 mM EDTA ⁇ 2Na, pH 7.4).
- Examples of the stringent conditions of the present invention include, but are not limited to, the conditions in which the cells are hybridized with and washed with 0.5 ⁇ SSC at 42 ° C.
- a hybridization method a well-known and commonly used method in this field, for example, a Southern blot hybridization method or the like can be used. Specifically, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition (1989) (Cold Spring Harbor Laboratory Press), Current Protocol in Amplification in Coal (1994) (Ten-Proc. It can be carried out according to the method described in Second Edition (1995) (Oxford University Press) and the like.
- One or several mismatches means 1 to 5, preferably 1 to 3, more preferably 1 or 2 mismatches.
- oligonucleotide of the complex of the present invention is an oligonucleotide to which a nucleoside selected from the group consisting of a DNA nucleoside, an RNA nucleoside, and a nucleoside derivative is bound. All nucleosides may be of the same type or may contain two or more nucleosides.
- nucleoside derivative in the “oligonucleotide” of the complex of the present invention any nucleoside modification known in the art can be used as exemplified above.
- it is a nucleoside having a substituent at the 2′-position of the sugar and / or a nucleoside having a cross-linking structure between the 4′-position and the 2′-position of the sugar.
- the substituent at the 2 ′ position of the sugar is preferably F, OCH 3 or OCH 2 CH 2 OCH 3 . OCH 3 is particularly preferable.
- any internucleoside bond known in the art can be used as exemplified above. All the internucleoside bonds may be of the same type or may contain two or more types of bonds. Preferred are D-oligo and / or S-oligo.
- the oligonucleotide in the complex of the present invention can be synthesized by a conventional method in the art, and can be easily obtained by, for example, a commercially available automatic nucleic acid synthesizer (for example, manufactured by AppliedBiosystems, manufactured by Dainippon Seiki Co., Ltd.). Can be synthesized.
- Examples of the synthesis method include a solid phase synthesis method using phosphoramidite and a solid phase synthesis method using hydrogen phosphonate. For example, it is disclosed in Example 1 below, Tetrahedron Letters 22, 1859-1862 (1981), and the like.
- the synthesized first strand and second strand are hybridized by a known method to form a double-stranded oligonucleotide. For example, it is disclosed in Example 1 below and Example 1 of International Publication No. 2013/0889283.
- lipid is bonded to the oligonucleotide via a linker.
- the “lipid” of the complex of the present invention is formula: (Where A 11 is substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl, substituted or unsubstituted alkynyl, or the formula: A group represented by A 1 to A 10 and A 16 to A 19 are each independently a single bond, substituted or unsubstituted alkylene, substituted or unsubstituted alkenylene, or substituted or unsubstituted alkynylene, In the case of A 1 and A 2 or A 16 and A 17 are substituted or unsubstituted alkylene, substituted or unsubstituted alkenylene, or substituted or unsubstituted alkynylene, A 2 and any carbon atom constituting A 1 Any carbon atom constituting the same, or any carbon atom constituting A 16 and any carbon atom constituting A 17 are taken together to form a substituted aromatic carbocycle or substituted non-substituted May form an
- R 1 , R 3 and R 5 are each independently hydrogen, substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstituted alkynyl;
- a 12 and A 14 are groups containing substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl, substituted or unsubstituted alkynyl or a fat-soluble substance,
- a 13 , A 15 , A 20 and A 21 are each independently substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstit
- alkyl, alkenyl, alkynyl, alkylene, alkenylene and alkynylene are halogen, hydroxy, carboxy, amino, imino, formyl, formyloxy, carbamoyl, sulfamoyl, sulfanyl, sulfino, sulfo, thioformyl, thiocarboxy, dithio Carboxy, thiocarbamoyl, cyano, nitro, nitroso, azide, hydrazino, ureido, amidino, guanidino, trialkylsilyl, aromatic carbocyclic group, non-aromatic carbocyclic group, aromatic heterocyclic group, non-aromatic A heterocyclic group, an aromatic carbocyclic carbonyl, a non-aromatic carbocyclic carbonyl, an aromatic heterocyclic carbonyl or a non-aromatic heterocyclic carbonyl,
- a 1 and A 2 is a substituted or unsubstituted alkylene, a substituted or unsubstituted alkenylene, or substituted or unsubstituted alkynylene, either constituting one of the carbon atoms and A 2 constituting the "A 1 “The carbon atoms taken together to form a substituted aromatic carbocyclic ring or a substituted non-aromatic carbocyclic ring” means a group represented by the following left formula.
- a 16 and A 17 are substituted or unsubstituted alkylene, substituted or unsubstituted alkenylene, or substituted or unsubstituted alkynylene, and constitute “A 17 with any carbon atom constituting A 16.
- any carbon atoms are joined together to form a substituted aromatic carbocycle or a substituted non-aromatic carbocycle means a group represented by the following right formula.
- ring B 1 or ring B 2 is a substituted or unsubstituted aromatic carbocyclic ring or a substituted or unsubstituted non-aromatic carbocyclic ring, and other symbols are the same as above.
- a 1 to A 10 and A 16 to A 19 are particularly preferably a single bond or unsubstituted alkylene.
- X 1 , X 3 and X 6 are particularly preferably NHC ( ⁇ O) or NHC ( ⁇ O) NH.
- X 2 , X 4 , X 5 and X 7 are particularly preferably a single bond or NHC ( ⁇ O).
- the “fat-soluble substance” is not particularly limited as long as it is a fat-soluble substance known in the art.
- fat-soluble vitamins such as vitamin Es, vitamins A, vitamins B, ⁇ -carotene, vitamins D and / or vitamins K (for example, tocopherol, folic acid, etc.), crotamiton, teprenone , Indomethacin, prednisolone, tannic acid and the like.
- the group containing a fat-soluble substance is preferably a group containing tocopherol, folic acid or cRGD.
- the group containing tocopherol means the following.
- the group containing folic acid means the following.
- the group containing cRGD means the following.
- a 11 to A 15 , A 20 and A 21 are substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstituted alkynyl
- the alkyl, alkenyl or alkynyl is preferably 6 to 30, more preferably Contains 6 to 24 carbon atoms and may be branched.
- a 11 and A 12 , A 13 to A 15 or A 20 and A 21 may have the same or different chain length. Particularly preferred as A 11 and A 13 is unsubstituted alkyl.
- a group including substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or a fat-soluble substance is particularly preferable as A 12 and A 14 .
- M, n, p, q, r, s and t are particularly preferably 1.
- a 1-X , A 2-X , A 18-X and A 19-X are alkylene, A 11-X , A 13-X , A 15-X , A 20-X and A 21-X are alkyl, A 12-X and A 14-X are groups containing a substituted or unsubstituted alkyl or a fat-soluble substance.
- the lipid can be bound via a linker to at least one position selected from the 3 'end, 5' end and chain of the oligonucleotide.
- the lipid is preferably bound to one or two positions of the oligonucleotide.
- a lipid is bound to the second strand.
- the lipid is bound to the 3 'end and / or the 5' end of the second strand.
- the lipid When the lipid is bound to the 5 ′ end of the oligonucleotide, it can be bound as follows, for example. (Wherein, B 1 is a 3 'end base of the oligonucleotide, Z a is O or S, the n1 or n2, are each independently of 5-29 integer, preferably each independently 10 to 18)
- the lipid When the lipid is bound to the 3 ′ end of the oligonucleotide, it can be bound as follows, for example. (Wherein, B 1 is a 5 'end base of the oligonucleotide, Z a is O or S, the n1 or n2, are each independently of 5-29 integer, preferably each independently 10 to 18)
- lipid When the lipid is bound in the oligonucleotide chain, for example, it can be bound as follows. Wherein B 1 and B 2 are adjacent bases in the oligonucleotide, Z a or Z b are each independently O or S, and n1 or n2 are each independently 5 to 29 An integer, preferably 10 to 18 independently.)
- lipids and preparation methods can be synthesized with reference to techniques known in the art. For example, it is disclosed in Example 1 and Non-Patent Document 3 below.
- the lipid is bound to the oligonucleotide via a linker.
- linker any linker used in the art can be used.
- L 0 binds to the oligonucleotide and L 6 binds to the lipid.
- L 0 is a single bond, a nucleotide linker or a non-nucleotide linker;
- L 1 is the formula: (Where Each Z is independently O or S; Each R 6 is independently hydroxy, alkyl or alkyloxy),
- L 2 and L 4 are each independently a single bond or a substituted or unsubstituted alkylene having 1 to 20 carbon atoms,
- L 3 is each independently a single bond, C ( ⁇ O) NR 7 (R 7 is hydrogen or substituted or unsubstituted alkyl), NR 8 C ( ⁇ O) (R 8 is hydrogen, substituted or non-substituted)
- Substituted alkyl or R 8 together with carbon in the alkylene of L 2 may form a substituted or unsubstituted nitrogen-containing ring) or SS;
- L 5 is each independently a
- a non-aromatic heterocyclic group of Each R 9 is independently hydrogen, substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstituted alkynyl; u is 1 or 2, L 6 is a single bond or an amino acid linker)
- R 9 is independently hydrogen, substituted or unsubstituted alkyl, substituted or unsubstituted alkenyl or substituted or unsubstituted alkynyl; u is 1 or 2, L 6 is a single bond or an amino acid linker)
- nucleotide linker is a linker composed of an oligonucleotide to which a nucleoside selected from the group consisting of a DNA nucleoside, an RNA nucleoside, and a nucleoside derivative is bound. All nucleosides may be of the same type or may contain two or more nucleosides.
- the length of the nucleotide linker is 1 to 10 bases, 2 to 8 bases, 4 bases, 5 bases, 6 bases or 7 bases. For example, the following linkers can be mentioned. (Wherein B 3 is adenine (A), guanine (G), cytosine (C), 5-methylcytosine (5-Me-C), thymine (T), or uracil (U).
- B 3 may be deleted (Ab), each W is independently H or OH, preferably H.
- Z c is each independently O or S.
- v is 1 It is an integer of ⁇ 10.) Particularly preferably, B 3 is adenine or thymine, Z c is O, and v is 1-9.
- non-nucleotide linker examples include a linker to which 1 to several alkanediols (for example, butanediol) are bonded, a linker to which 1 to several ethylene glycols are bonded (for example, triethylene glycol, hexaethylene glycol), and the like.
- 1 to several means 1 to 10, 1 to 8, 5, 6, and 7.
- a linker to which 3 to 9 butanediol is bonded is exemplified.
- R 8 together with the carbon in the alkylene of L 2 may form a substituted or unsubstituted nitrogen-containing ring” means the following: means. (Wherein, a is an integer of 0 to 18, and b is an integer of 1 to 5.
- the alkylene may have one or more arbitrary substituents selected from the ⁇ group.
- Nitrogen-containing ring May have one or more arbitrary substituents selected from the above ⁇ group.) Specific examples include the following.
- L 5 is a “substituted or unsubstituted non-aromatic heterocyclic group”, it is preferably succinimide. It may have one or more arbitrary substituents selected from the ⁇ group.
- amino acid linker means a linker derived from one or more amino acids. Any amino acid known in the art can be used. A linker consisting of 2 to 10 amino acids is preferred. For example, Lys-Ala-Ala-Cys-Trp (SEQ ID NO: 14, compound 101), Lys-Val-Lys-Cys-Trp (SEQ ID NO: 15, compound 102) synthesized in A) of Example 1 below, etc. The linker derived from is mentioned.
- L 1 is preferably (Wherein Z is O or S) It is.
- L 2 is preferably 1 to 20 substituted or unsubstituted alkylene.
- L 3 is preferably a single bond, C ( ⁇ O) NH or NR 8 C ( ⁇ O) (R 8 together with the carbon in the alkylene of L 2 forms a substituted or unsubstituted nitrogen-containing ring. Is).
- L 5 is preferably a single bond, C ( ⁇ O) NH, NH or O.
- Z d and Z e are each independently O or S
- v1 or v2 are each independently an integer of 0 to 10, preferably each independently 0 to 5, more preferably each Independently 0-3.
- v3 to v6 are each independently an integer of 1 to 4, preferably each independently 1 to 3, more preferably each independently 2 or 3.
- Nucleotide Linker (nucleotide linker) and Amino acid Linker (amino acid linker) are as defined above.
- linkers and adjustment methods are also disclosed in, for example, Patent Documents 6 and 10 mentioned above.
- the “lipid” and the linker are synthesized as a compound containing a lipid and a part of the linker, and the compound is solid-phased on a resin and introduced into an oligonucleotide. Body "is obtained.
- the oligonucleotide of the complex of the present invention is a double-stranded oligonucleotide, then the “complex” of the present invention is obtained by hybridizing other oligonucleotides.
- Specific examples of the “compound containing a part of a lipid and a linker” include the compounds described in Example 1 below.
- the 3 ′ end or 5 ′ end of the oligonucleotide to which no lipid is bound, or the linker may be further modified.
- modifying groups known in the art to enable tracking of the oligonucleotide, to improve the pharmacokinetics or pharmacodynamics of the oligonucleotide, or to improve the stability or binding affinity of the oligonucleotide Can do examples thereof include a hydroxyl protecting group, a reporter molecule, cholesterol, phospholipid, a dye, and a fluorescent molecule.
- the 3 ′ end or 5 ′ end of the oligonucleotide to which no lipid is bound may contain a phosphate ester moiety.
- Phosphate ester moiety means a terminal phosphate group, including phosphate esters as well as modified phosphate esters.
- the phosphate ester moiety may be located at either end, but is preferably a 5′-terminal nucleoside. Specifically, it is a group represented by the formula: —OP ( ⁇ O) (OH) OH or a modifying group thereof.
- O and OH is replaced by H, O, OR ′, S, N (R ′) (where R ′ is H, an amino protecting group or substituted or unsubstituted alkyl) or alkyl May be.
- R ′ is H, an amino protecting group or substituted or unsubstituted alkyl
- alkyl May be.
- the 5 ′ or 3 ′ end may each independently contain 1 to 3 phosphate ester moieties that are substituted or unsubstituted.
- the present invention encompasses a pharmaceutical composition comprising a compound that is a complex of the present invention or a complex of the present invention specifically described in the following examples.
- the pharmaceutical composition of the present invention has any or all of the following excellent features.
- c) The inhibitory effect on CYP enzymes eg, CYP1A2, CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, CYP3A4, etc.
- d) Good pharmacokinetics such as high bioavailability and moderate clearance.
- Not mutagenic f) Low cardiovascular risk.
- the nucleoside and internucleoside linkage may be modified.
- An appropriately modified oligonucleotide has any or all of the following characteristics as compared to an unmodified oligonucleotide. a) Affinity with the target gene of the nucleic acid drug included in the complex of the present invention is high. b) High resistance to nucleases. c) Improved pharmacokinetics. d) Organization transferability is increased.
- Any administration method and preparation of the pharmaceutical composition of the present invention can be used as long as they are known administration methods and preparations in the art.
- the pharmaceutical composition of the present invention can be administered by various methods depending on whether local or systemic treatment is desired or on the region to be treated.
- the administration method may be, for example, topical (including eye drops, intravaginal, rectal, intranasal, transdermal), oral, or parenteral.
- Parenteral administration includes intravenous injection or infusion, subcutaneous, intraperitoneal or intramuscular injection, pulmonary administration by inhalation or inhalation, intradural administration, intraventricular administration, and the like. Intravenous injection or subcutaneous administration is preferred.
- compositions for oral administration include powders, granules, suspensions or solutions dissolved in water or non-aqueous media, capsules, powders, tablets and the like.
- compositions for parenteral, subdural space, or intraventricular administration include sterile aqueous solutions containing buffers, diluents and other suitable additives.
- composition of the present invention various pharmaceutical additives such as excipients, binders, wetting agents, disintegrating agents, lubricants, diluents and the like suitable for the dosage form are mixed in an effective amount as necessary. Can be obtained. In the case of an injection, it may be sterilized with an appropriate carrier to form a preparation.
- pharmaceutical additives such as excipients, binders, wetting agents, disintegrating agents, lubricants, diluents and the like suitable for the dosage form are mixed in an effective amount as necessary. Can be obtained. In the case of an injection, it may be sterilized with an appropriate carrier to form a preparation.
- excipient examples include lactose, sucrose, glucose, starch, calcium carbonate, crystalline cellulose and the like.
- binder include methyl cellulose, carboxymethyl cellulose, hydroxypropyl cellulose, gelatin, and polyvinyl pyrrolidone.
- disintegrant examples include carboxymethyl cellulose, sodium carboxymethyl cellulose, starch, sodium alginate, agar powder, or sodium lauryl sulfate.
- lubricant examples include talc, magnesium stearate or macrogol. As a suppository base, cocoa butter, macrogol, methylcellulose, or the like can be used.
- solubilizers when preparing as liquid or emulsion or suspension injections, commonly used solubilizers, suspending agents, emulsifiers, stabilizers, preservatives, isotonic agents, etc. are added as appropriate. You may do it. In the case of oral administration, flavoring agents, fragrances and the like may be added.
- the optimal dosing schedule can be calculated from measurements of pharmaceutical composition accumulation in the body. Persons of ordinary skill in the art can determine optimum dosages, dosing methodologies and repetition rates.
- the optimal dose will vary depending on the relative potency of the nucleic acid drug encompassed by the complex of the invention, but can generally be calculated based on the IC 50 or EC 50 in in vitro and in vivo animal experiments. . For example, given the molecular weight of a nucleic acid drug (derived from sequence and chemical structure) and an effective dose (derived experimentally) such as, for example, IC 50 , the dose expressed in mg / kg is Calculated as usual.
- the pharmaceutical composition of the present invention is used for preventing or treating various diseases in which the effect of the nucleic acid drug is expected, together with an appropriate nucleic acid drug, in order to improve the target gene expression suppression activity of the included nucleic acid drug. Can do.
- CPG Controlled polar glass
- DIEA N, N-diisopropylethylamine
- DMAP 4-dimethylaminopyridine
- DMEM Dulbecco's modified Eagle medium
- DMF N, N-dimethylformamide
- DMSO Dimethylsulfoxide
- DMTr Dimethoxytrityl
- Fmoc 9-fluorenyl Methyloxycarbonyl
- HBTU O-benzotriazole-N, N, N ′, N′-tetramethyl-uronium-hexafluoro-phosphate
- NMP N-methylpyrrolidone
- PBS phosphate buffered saline
- TBS tert-butyldimethylsilyl
- TBAF tetrabutylammonium fluoride
- TFA trifluoroacetic acid
- THF tetrahydrofuran
- ODS acidic analysis mobile phase [A] is 0.1% formic acid-containing aqueous solution
- [B] is 0.1% formic acid-containing acetonitrile solution
- Gradient linear gradient of 5% -100% solvent [B] in 3.5 minutes After carrying out, 100% solvent [B] was maintained for 0.5 minutes.
- Example 1 Synthesis of the complex of the present invention A) Synthesis of lipid 1) Synthesis of 5-n ′ (In the formula, n ′ is an integer of 5 to 29.)
- HybridCPG was washed twice with pyridine, twice with isopropanol and twice with diethyl ether, and then dried under reduced pressure.
- the amount of compound 12-6 supported was calculated by colorimetric determination of DMTr cation to obtain compound 13-6 having a supported amount of 114 ⁇ mol / g.
- n ′ is an integer of 5 to 29.
- 4-1) Synthesis of Compound 14-16 Pyridine (0.78 mL, 9.63 mmol), 4-nitrophenyl chloroformate (1) were added to a solution of Compound 3-16 (3.0 g, 4.81 mmol) in THF (80 mL). .94 g, 9.63 mmol) and DMAP (59 mg, 0.481 mmol) were added, and the mixture was stirred at 70 ° C. for 3 hours.
- Process 4 TFA (10 ml) was added to compound 21 (1.5 g, 2.93 mmol), stirred at room temperature for 1 hour, and then concentrated under reduced pressure to obtain a crude product of compound 22.
- ESI-MS m / z: 312 (M + H).
- HPLC Peak RT 1.06 min.
- Process 5 Triethylamine (2.43 ml, 17.59 mmol) and myristoyl chloride (1.59 g, 6.45 mmol) were added to a dichloromethane solution (15 ml) of compound 22 at room temperature, and the mixture was stirred overnight at room temperature.
- Step 6 Piperidine (0.290 ml, 2.93 mmol) was added to a DMF solution (15 ml) of compound 23-12 (1.9 g, 2.60 mmol), and the mixture was stirred at 80 ° C. for 20 minutes. After cooling to room temperature, the resulting precipitate was collected by filtration, washed with n-hexane, and dried under reduced pressure to give compound 24-12 (742 mg, yield 50%) as a solid.
- Step 7 After adding DIEA (1.20 ml, 1.79 mmol) and HBTU (677 mg, 1.79 mmol) to a 'DMF solution (5 mL) of compound 18 (585 mg, 1.13 mmol) at room temperature and stirring at room temperature for 10 minutes, 45 At 24 ° C., compound 24-12 (700 mg, 1.37 mmol) was added to a dichloromethane solution (30 mL), and the mixture was stirred at 45 ° C. for 30 minutes. Since insoluble matter was confirmed, DMF (1.5 mL) was added to make it a complete ghost.
- reaction solution was washed with saturated sodium bicarbonate water and then dried over magnesium sulfate, and then the solvent was distilled off under reduced pressure.
- the obtained residue was dissolved in ethyl acetate, and n-hexane was added at 80 ° C. to precipitate the desired product, which was collected by filtration to give compound 25-12 (1.31 g, yield 88%) as a solid. It was. The obtained product was used for the next reaction without further purification.
- Process 8 Compound 25-12 (1.0 g, 0.919 mmol) in dichloromethane (20 ml) at room temperature with triethylamine (0.510 ml, 3.68 mmol, 4 eq.), Succinic anhydride (184 mg, 1.839 mmol, 2 eq.), Dimethylaminopyridine (11 mg) was sequentially added, and the mixture was stirred at room temperature for 2 hours. Since the raw materials remained, triethylamine (0.255 ml) and succinic anhydride (90 mg) were added, and the mixture was stirred overnight at room temperature. Was concentrated under reduced pressure.
- Process 1 1-1) Compound 41 was synthesized from compound 40 described in Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 13 (6), 1037-1040; 2003 by the same method as in steps 1 to 4 of steps 1 and 3-1).
- 1 H-NMR (CDCl 3 ) ⁇ : 7.42-7.18 (m, 5H), 6.81 (m, 2H), 6.55 (brs, 1H), 6.39 (brs, 1H), 5.91 (brs, 1H), 4.72 (m , 1H), 4.43 (m, 1H), 4.15 (m, 1H), 3.79 (s, 6H), 3.45-3.37 (m, 4H), 3.05 (m, 4H), 2.58-2.52 (m, 4H), 2.19 (m, 4H), 1.95 (brs, 1H), 1.60-1.14 (m, 32H), 0.88 (m, 4H), 0.78-0.61 (m, 8H), -0.28 (m, 4H).
- Process 2 3-1) By the same method as in Step 5,
- reaction mixture was diluted with ethyl acetate, and the organic layer was washed 3 times with water, twice with 0.2 M aqueous potassium hydrogen carbonate solution and saturated brine, and the organic layer was dried over anhydrous magnesium sulfate.
- the solid was filtered off and the filtrate was concentrated under reduced pressure.
- Process 1 Obtained in Step 1 of DIEA (0.102 mL, 0.583 mmol), DMAP (23.8 mg, 0.194 mmol), 11) in a THF (3 mL) solution of Compound 52 (307 mg, 0.389 mmol) under a nitrogen stream.
- the obtained compound 57 (110 mg, 0.194 mmol) was added and stirred at 55 ° C. for 5 hours. Thereafter, the reaction solution was allowed to stand overnight at room temperature.
- the reaction mixture was diluted with ethyl acetate, the organic layer was washed 3 times with water, and the organic layer was dried over anhydrous magnesium sulfate. The solid was filtered off and the filtrate was concentrated under reduced pressure.
- Process 3 3-1) Compound 94-3-12 was synthesized from compound 93-3-12 by the same method as in Step 1. m / z 1097.84 [MH] Process 4 3-1) By the same method as in Step 5, Compound 95-3-12 with a supported amount of Compound 94-3-12 of 84 ⁇ mol / g was synthesized.
- Process 1 20-1) Compound 96 was synthesized from compound 78 by the same method as in Steps 1 to 3. m / z 1153.04 [M ⁇ H] Process 2 3-1) Compound 97 having a supported amount of Compound 96 of 52 ⁇ mol / g was synthesized by the same method as in Step 5.
- Resin is put into a column with a filter (Fmoc-NH-SAL resin, 100 umol, Watanabe Chemical Co., Ltd.), deprotection reaction (20% piperidine 2 mL / 100 umol resin) and condensation reaction (300 umol protected amino acid, 300 umol HBTU, 300 umol 1-
- the peptide chain was elongated by repeating hydroxybenzotriazole monohydrate, 600 umol DIEA, DMF / NMP (1: 1) 2 mL / 100 umol resin).
- peptide N-terminal synthesis peptide elongation / deprotection was performed using Fmoc-Lys (Fmoc) -OH (Watanabe Chemical Co., Ltd.) in the same manner as described above, and myristic acid was condensed with the peptide on the resin.
- Lipid peptides were synthesized by (300 umol myristic acid, 300 umol HBTU, 600 umol DIEA, chloroform / NMP (1: 1) 2 mL / 100 umol resin).
- a cleaving solution (TFA 92.5%, H2O 2.5%, TIS 2.5%, DODT 2.5%, 2 mL / 100 umol resin) was added to the synthesis column, reacted at room temperature for 1 hour, filtered, and filtered.
- a solvent acetonitrile or water
- the precipitate was dissolved in DMSO and subjected to reverse phase purification (YMC Pack C4, 150 ⁇ 10 mm ID, flow rate 3-5 mL / min, 10 mM TEAA-acetonitrile, isocratic elution (flowing with 50% acetonitrile followed by 95% acetonitrile).
- Process 4 Compound 109 (0.50 g) was suspended in dichloromethane (5 mL), and N, N-dimethylaniline (0.61 mL) and aluminum (III) chloride (0.40 g) were added. The mixture was stirred for 1 hour while refluxing, and then the reaction was stopped by dropwise addition of 1M hydrochloric acid (20 mL). Ethyl acetate (2 ⁇ 30 mL) was added for extraction, and the resulting organic layer was washed with water (2 ⁇ 30 mL).
- the target compound 117 was obtained as a colorless oily substance (30 mg) (isolated yield 6%).
- m / z 572.34 [M + H] + (ES Positive mode), theoretical value 571.279 [M] Process 5 16-1)
- Compound 118 was synthesized from compound 117 by the same method as in Step 1.
- m / z 572.34 [M + H] + (ES Positive mode), theoretical value 571.279 [M] Step 6 3-1)
- Compound 119 was synthesized from compound 118 by the same method as in Step 4.
- Compound 122 was synthesized with reference to the non-patent document Journal of the American Chemical Society, 2008, 130, 11467-11476.
- Compound 123 was purchased from Sigma-Aldrich.
- Compound 124 was purchased from Link-Technologies.
- oligonucleotides used in the examples of the present specification were AKTA Oligopilot 10 (GE Healthcare), NS-8-I (Dainippon Seiki), NS-8-II (Dainippon Seiki), Synthesized by phosphoramidite method.
- the monomer was prepared in a 0.1 M acetonitrile solution using the amidite obtained by the above amidite synthesis.
- the coupling time was 32 seconds to 10 minutes, and 8 to 10 equivalents of amidite were used for the condensation of one monomer.
- the activator used was ETT activator (5-ethylthio) -1H-tetrazole) (Sigma-Aldrich), and the capping reagent used was CapA, CapB (Sigma-Aldrich).
- ETT activator (5-ethylthio) -1H-tetrazole
- CapA, CapB (Sigma-Aldrich)
- the detritylation reagent Deb (3 w / v% TCA CH 2 Cl 2 solution) (Wako Pure Chemical Industries), Deb (3 w / v% Dichloroacetin acid, Toluene Solution) were used.
- NA-6, NA-7, NA-21 and NA-23 were obtained by entrusting gene design to nucleic acid synthesis and oligonucleotide purification.
- an oligonucleotide-bound solid phase (CPG resin, polystyrene resin), 0.25 M ETT activator (5-ethylthio) -1H-tetrazole) dichloromethane solution (the same amount as chloroform) was added and sealed, and the mixture was sealed at 40 ° C. For 10 minutes to 1 hour. After cooling to room temperature, the reaction solution is diluted 2-fold with chloroform, and the resin is collected by filtration. The obtained resin is subjected to PS oxidation on NS-8-I (Dainippon Seiki) and NS-8-II (Dainippon Seiki). The dried resin is then subjected to deprotection D) below to synthesize the desired lipid-binding oligonucleotide.
- CPG resin polystyrene resin
- ETT activator 5-ethylthio) -1H-tetrazole dichloromethane solution
- compounded water 0.2 M NaHCO 3
- compound 14-n ′ etc., 2-10 equivalents of oligonucleotide as DMSO solution And allowed to stand at room temperature to 70 ° C. for 2 hours to synthesize the desired lipid-binding oligonucleotide.
- the obtained white solid and the compound synthesized in A) above (for example, compounds 100, 101, etc., 2-50 equivalents of oligonucleotide) are dissolved in 4 mL of a solvent (DMSO / acetonitrile (1: 1) or DMSO), The desired lipid-binding oligonucleotide was synthesized by reacting at room temperature.
- a solvent DMSO / acetonitrile (1: 1) or DMSO
- the oligonucleotide into which the lipid was introduced was purified by reverse phase HPLC under condition 2.
- Condition 2 The B concentration at the start was adjusted from 20% to 50% according to the lipid solubility of the reverse phase HPLC condition compound.
- Mobile phase solution A 100 mM TEAA (triethylammonium acetate pH 7.0) aqueous solution or 100 mM AcONa aqueous solution (pH 5.4)
- B liquid acetonitrile
- B concentration gradient 20-80% (Condition 2-1)
- the synthesized oligonucleotides are shown in Tables 1-10.
- n lower case
- N upper case
- rN RNA
- dN DNA.
- ⁇ Means -P (S) OH-
- * means -P (O) OH-.
- Ab Abasic is a group shown below. Bu is a group shown below.
- L means a compound introduced at the 5 ′ end of an oligonucleotide (which may also include an oligonucleotide linker), and each compound is covalently bonded to the substituted or unsubstituted methylene at the 5 ′ end of the oligonucleotide with the indicated bond.
- M means a compound introduced at the 3 ′ end of an oligonucleotide (which may also include an oligonucleotide linker), and each compound is covalently bonded to the 3 ′ position of the sugar at the end of the oligonucleotide by the indicated bond.
- L xn ′ binds to the 5 ′ end of an oligonucleotide (which may also include an oligonucleotide linker) as follows.
- OL5 ′ represents “ ⁇ ( ⁇ P (S) OH—)” or “*” at the 5 ′ end of the oligonucleotide or oligonucleotide linker having the target gene expression inhibitory activity, as described in the above table. It means bonding through (—P (O) OH—) ”.
- n ′ is an integer of 5 to 29.
- L 5-n ′ is a group derived from the compound 5-n ′ synthesized in the above A), and L 65-n ′ is a group derived from the compound 65-n ′.
- M xn ′ binds to the 3 ′ end of an oligonucleotide (which may also include an oligonucleotide linker) as follows.
- OL3 ′ represents “ ⁇ ( ⁇ P (S) OH—)” or “*” at the 3 ′ end of the oligonucleotide or oligonucleotide linker having the target gene expression inhibitory activity, as described in the above table. It means bonding through (—P (O) OH—) ”.
- n ′ is an integer of 5 to 29.
- M 13-n ′ is a group derived from the compound 13-n ′ synthesized in A) above.
- M 13a-n ′ is a group bonded to a group other than the oligonucleotide.
- M 13-n ′ is bonded to M 124 which is a group derived from the compound 124 synthesized in the above A).
- M 13b-r1 was synthesized in the same manner as compound 13-n ′ in A) above, and compound 75-n ′′ (substituent (an ′′)), compound 77 (substituent (b)), compound 78 (Substituent (c)), Compound 80 (Substituent (d)), Compound 83 (Substituent (e)), Compound 82 (Substituent (f)) or Compound 86 (Substituent (g)) It is a group.
- n ′ is an integer of 5 to 29, and s ′ , t ′ or u ′ are each independently an integer of 3 to 20.
- M 27-n ′ is a group derived from the compound 27-n ′ synthesized in the above A), and M 33-s′-t′-u ′ is a compound 33-s′-t′-u ′. Is a group derived from
- M 42 is a group derived from the compound 42 synthesized in A
- M 48-n ′ is a group derived from the compound 48-n ′
- M 55-m′-n ′ is a compound. It is a group derived from 55-m′-n ′.
- MNA-102 is a group derived from NA-24 and compound 103 described below according to the above C) 4).
- M NA-89 is a group derived from NA-102 and compound 75-12 according to C) 4) above.
- n ′ is an integer of 5 to 29.
- M 120 is a group derived from compound 120 synthesized in A) above, and M 120-n ′ is a group derived from NA-104 and compound 75-n ′′ according to C) 4) above. .
- M 112-n ′ is a group derived from the compound 112 synthesized in the same manner as the compound 112 synthesized in A) above, and M 97 is a group derived from the compound 97.
- M 100-jn ′ is a group derived and synthesized by the same method as compound 100-jn ′ synthesized in A) above.
- M 112b-r2 was synthesized in the same manner as compound 112 of A) above, and compound 75-n ′′ (substituent (an ′′)), compound 77 (substituent (b)), compound 78 (substituent) (C)), compound 80 (substituent (d)), compound 83 (substituent (e)), compound 86 (substituent (g)), compound 76 (substituent (h)) or compound 81 (substituent) A group derived from (i)).
- M 69-n ′ is a group derived from compound 69-n ′ synthesized in the above A
- M 74-k is a group derived from compound 74-k-14
- M 90a and M 90b-r3 are compound 90-kn ′ and compound 121 (substituent (j)), compound 122 (substituent (k)) or C) 6) synthesized in A) above. In accordance with the above, it is a group derived from the compound 123 (substituent (l)).
- M 105-n ′ is a group derived from the compound 105-n ′ synthesized in A) above.
- M 95-r4 is compound 95-k-14 and compound 88 (substituent (m)), compound 3-14 (substituent (n)) or hexyl isocyanate (substituent (s)) synthesized in A) above. o) a group derived from).
- M NA-100 is a group derived from compound 101 according to C) 5) above, and M NA-101 is a group derived from compound 102 according to C) 5) above.
- M 62 is a group derived from the compound 62 synthesized in the above A).
- substituents of NA-22 to 24 used in the comparative examples bind to oligonucleotides as follows.
- the substituent used for LNA-22 was synthesized with reference to the description in Patent Document 8.
- Substituents used for MNA-24 were purchased from Link Technology.
- a nucleic acid derivative having an amino linker at the 3 ′ end was synthesized by synthesizing an oligonucleotide using a nucleic acid synthesis resin (3′-amino CPG) in the same manner as in B) above.
- SiRNA-1, 18, 19 and 20 are comparative examples.
- SiRNA-101 is a comparative example.
- Example 2 Evaluation experiment 1 by introduction experiment in natural uptake
- the human cervical cancer-derived cell line HeLa was cultured in DMEM Low Glucose (Sigma) + 10% fetal bovine serum (FBS) + Penicillin (100 units / mL) + Streptomycin (100 ug / mL).
- the cells were maintained at 37 ° C., 95-98% humidity and 5% CO 2 .
- siRNA was introduced into cells without using a gene introduction reagent in all cells.
- the complex of the present invention containing siRNA as a nucleic acid drug or siRNA without siRNA (siRNA-1) as a comparative example is added as a nucleic acid drug, and CellAmp RNA 72 hours later Cells were collected with Prep Kit (Takara), and quantitative PCR was performed with One Step SYBR PrimeScript PLUS RT-PCR Kit (Takara). GAPDH was used as an endogenous control.
- the primer sequence used to measure the expression level of human HPRT1 is Fw primer: CTACCCTCTGGTAGATTGTCG (SEQ ID NO: 5); Rv primer: TCGAGAGCTTCAGACTCGTCTA (SEQ ID NO: 6) was used.
- the primer sequence used to measure the expression level of human GAPDH is: Fw primer: GCACCGTCAAGGCTGGAAC (SEQ ID NO: 7); Rv primer: TGGTGAAGACCGCCAGTGGA (SEQ ID NO: 8) was used.
- the results are shown in Table 16.
- the table shows the ratio of Hprt1 mRNA normalized by Gapdh to the ratio of untreated cells as knockdown efficiency.
- Mouse liver cancer-derived cell line Hepa1c1c7 was cultured in MEM Alpha (Thermo Fisher Scientific) + 10% fetal calf serum (FBS) + Penicillin (100 units / mL) + Streptomycin (100 ug / mL). The cells were maintained at 37 ° C., 95-98% humidity and 5% CO 2 .
- siRNA was introduced into cells without using a gene introduction reagent in all cells.
- the complex of the present invention containing siRNA as a nucleic acid drug is added to the culture supernatant of Hepa1c1c7 cells to a final concentration of 2 ⁇ M, and after 72 hours, the cells are collected with CellAmp RNA Prep Kit (Takara), and One Step SYBR PrimeScript Quantitative PCR was performed with the PLUS RT-PCR Kit (Takara).
- the primer sequence used to measure the expression level of mouse Hprt1 is: Fw primer: TTGTTGTTGGATAGCCCCTTGACTA (SEQ ID NO: 9); Rv primer: AGGCAGATGGCCACAGGAACTA (SEQ ID NO: 10)
- Fw primer TTGTTGTTGGATAGCCCCTTGACTA
- Rv primer AGGCAGATGGCCACAGGAACTA
- the results are shown in Table 17.
- the table shows the ratio of Hprt1 mRNA normalized by Gapdh to the ratio of untreated cells as knockdown efficiency.
- the complex of the present invention is bound to the 5 ′ end of the second strand (siRNA). -4, 5 etc.) both in comparison with the comparative example where no lipid is bound (siRNA-1) and the comparative example where the 8-branched lipid is bound (siRNA-101), a high knockdown with respect to HPRT1 Showed activity.
- the complex of the present invention showing high knockdown activity without using a gene introduction reagent is considered to be able to sufficiently exert the effect of the included nucleic acid drug, and is very useful for drug discovery. .
- Experiment 3 As in Experiment 1, the complex of the present invention (siRNA-2, 6 or 7) or, as a comparative example, siRNA not bound to lipid (siRNA-1) was added to the culture supernatant of HeLa cells at a final concentration of 0.5 ⁇ M. After 72 hours, cells were collected and quantitative PCR was performed. GAPDH was used as an endogenous control. The primer sequences used for measuring the expression levels of HPRT1 and GAPDH were the same as those used in Experiment 1. The results are shown in Table 18.
- the complex of the present invention has high knockdown with respect to HPRT1 even when the nucleic acid drug to be included is modified (having a phosphorothioate bond inside the first strand oligonucleotide) (siRNA-6 and 7). Showed activity.
- Example 3 Evaluation of in vivo activity (animal) C57BL / 6JJcl mice (8 weeks old male and 8 weeks old female) were introduced from CLEA Japan.
- a tumor-bearing model mouse was prepared as follows. Human epithelioid cell carcinoma-derived cell line A431 was cultured in DMEM Low Glucose (Sigma) + 10% fetal bovine serum (FBS) + Penicillin (100 units / mL) + Streptomycin (100 ug / mL). About 100,000 cells were transplanted on the back of nude mice Balbc-nu / nu (male 5 weeks old). Since the diameter of the tumor reached about 1 cm after about 10 days, it was used for the experiment.
- DMEM Low Glucose Sigma
- FBS fetal bovine serum
- Penicillin 100 units / mL
- Streptomycin 100 ug / mL
- the complex solution (siRNA-8 to 17) of the present invention dissolved in physiological saline (Otsuka raw food injection, Otsuka Pharmaceutical Factory), siRNA (siRNA-18) or linker to which no lipid is bound as a comparative example
- siRNA siRNA-18
- linker to which no lipid is bound as a comparative example
- RNA extraction was performed according to the manufacturer's recommended protocol using RNeasy 96 Universal Tissue Kit (Qiagen) from the excised tissue and QIAamp RNA Blood Mini Kit (Qiagen) from blood cells contained in whole blood.
- the comparative example in which the lipid is not bound siRNA-18
- the comparative example in which the 8-branched lipid is bound Compared with siRNA-101
- about 40% knockdown was observed in lung, spleen, small intestine, large intestine, bone, ovary, uterus and tumor.
- the complex of the present invention is a disease showing a lesion in muscle, specifically muscular dystrophy, myotonic dystrophy, myopathy, muscle atrophy
- a nucleic acid drug that exhibits activity against diseases such as lateral sclerosis, age-related atrophy, cancerous atrophy, spinal muscular atrophy, myasthenia gravis, Guillain-Barre syndrome, polymyositis It is considered that the nucleic acid drug can be delivered to skeletal muscle and exert its effect, which is very useful.
- Example 4 Evaluation of lipolytic enzyme resistance Complex (siRNA-11) of the present invention, siRNA not bound to lipid (siRNA-18) or a compound described in Patent Document 8 (siRNA-19 and 20) as a comparative example 20 nmol was reacted with 0.27 units of phospholipase A2 (Wako Pure Chemical Industries) in 10 ⁇ l of reaction buffer.
- reaction buffer 10 mM Tris-HCl, 10 mM CaCl 2 and 150 mM NaCl 2 (pH 8.5) were used. Sampling was performed 5 minutes, 15 minutes and 60 minutes after the start of the reaction, and the free fatty acid concentration (uM) in the solution was measured using a NEFA measurement kit Wako (Wako Pure Chemical Industries). The results are shown in Table 24.
- the complex of the present invention exhibits very excellent knockdown activity. Moreover, it has degradation resistance with respect to a lipolytic enzyme, and it is suggested that there exists metabolic stability. Therefore, by including a nucleic acid drug in the complex of the present invention, the activity of the nucleic acid drug in vivo can be improved.
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Abstract
Description
(1-1)標的遺伝子の発現抑制活性を有するオリゴヌクレオチドに
式:
(式中、
A11は、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル又は
式:
で示される基であり、
A1~A10及びA16~A19は、それぞれ独立して単結合、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンであり、
A1及びA2又はA16及びA17は、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンの場合、A1を構成するいずれかの炭素原子とA2を構成するいずれかの炭素原子が一緒になって、又は、A16を構成するいずれかの炭素原子とA17を構成するいずれかの炭素原子が一緒になって、置換芳香族炭素環又は置換非芳香族炭素環を形成していてもよく、
Y1~Y7は、それぞれ独立して単結合又はOであり、
X1、X3及びX6は、それぞれ独立してNR1C(=O)、C(=O)NR1、R2C(=O)NR1又はNR1C(=O)R2であり、
X2、X4、X5及びX7は、それぞれ独立して単結合、NR3C(=O)、C(=O)NR3、R4C(=O)NR3、NR3C(=O)R4又はS-Sであり、
R2及びR4は、それぞれ独立してO又はNR5であり、
R1、R3及びR5は、それぞれ独立して水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
A12は、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル又は脂溶性物質を含む基であり、
A13~A15、A20及びA21は、それぞれ独立して置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
m、n、p、q、r、s及びtは、それぞれ独立して1又は2である。
ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキレン、アルケニレン及びアルキニレンの置換基は、ハロゲン、ヒドロキシ、カルボキシ、アミノ、イミノ、ホルミル、ホルミルオキシ、カルバモイル、スルファモイル、スルファニル、スルフィノ、スルホ、チオホルミル、チオカルボキシ、ジチオカルボキシ、チオカルバモイル、シアノ、ニトロ、ニトロソ、アジド、ヒドラジノ、ウレイド、アミジノ、グアニジノ、トリアルキルシリル、芳香族炭素環式基、非芳香族炭素環式基、芳香族複素環式基、非芳香族複素環式基、芳香族炭素環カルボニル、非芳香族炭素環カルボニル、芳香族複素環カルボニル又は非芳香族複素環カルボニルであり、該置換基はα群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。
α群は、ヒドロキシ、アルキル、アルキルオキシ、メルカプト、アルキルチオ、アミノ、アルキルアミノ又はハロゲンである。)
で示される脂質が
リンカーを介して結合している複合体。
(1-2)該脂質が、
A1~A5及びY1~Y5が、単結合であり、
A6~A10が、それぞれ独立して単結合、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンであり、
X1~X5が、NHC(=O)であり、
m、n、p、q及びrが、1である、(1-1)記載の複合体。
(1-3)A11及びA13が、炭素数が6~30のアルキルである(1-1)又は(1-2)記載の複合体。
(1-4)該脂質が、オリゴヌクレオチドの3’末端及び/又は5’末端に結合している、(1-1)~(1-3)いずれかに記載の複合体。
(1-5)該リンカーが、
式:
(式中、
L0はオリゴヌクレオチドに結合し、L6は脂質に結合する。
L0は、単結合、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり、
L1は、式:
(式中、
Zは、それぞれ独立してO又はSであり、
R6は、それぞれ独立してヒドロキシ、アルキル又はアルキルオキシである)で示される基であり、
L2及びL4は、それぞれ独立して単結合又は置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレンであり、
L3は、それぞれ独立して単結合、C(=O)NR7(R7は水素又は置換若しくは非置換のアルキルである)、NR8C(=O)(R8は水素、置換若しくは非置換のアルキル又はR8はL2のアルキレン中の炭素と一緒になって置換若しくは非置換の含窒素環を形成してもよい)又はS-Sであり、
L5は、それぞれ独立して単結合、置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレン、C(=O)NR9、NR9C(=O)、NR9、O又は置換若しくは非置換の非芳香族複素環式基であり、
R9は、それぞれ独立して水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
uは、1又は2であり、
L6は、単結合又はアミノ酸リンカーである)
で示される基である、(1-1)~(1-5)いずれかに記載の複合体。
(1-6)式(C-1)~(C-7)のいずれかで示される複合体。
(式中、
OLは、標的遺伝子の発現抑制活性を有するオリゴヌクレオチドであり、
5’は、該オリゴヌクレオチドの5’末端に結合することを意味し、
3’は、該オリゴヌクレオチドの3’末端に結合することを意味し、
Z1-1は、O又はSであり、
L0-1は、単結合、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり、
L5-1は、単結合、NH又はOであり、
L6-1は、単結合又はアミノ酸リンカーであり、
LIは、式(LI-1)~(LI-9)のいずれかで示される脂質である。
(式中、
A1-1は、単結合又はメチレンであり、
A2-1は、炭素数が1~4の直鎖状のアルキレンであり、
A11-1は、炭素数が7~23の直鎖又は分枝状のアルキルであり、
A12-1は、炭素数が3~23の直鎖若しくは分枝状のアルキル若しくはアルケニル、脂溶性物質を含む基又は式:
で示される基である。)、
(式中、A13-1、A14-1及びA15-1は、炭素数が9~13の直鎖状のアルキルである。)、
(式中、
A20-1及びA21-1は、炭素数が13の直鎖状アルキルであり、
A12-2は、炭素数が15の直鎖状アルキル又は脂溶性物質を含む基である。)
(式中、
A11-2は、炭素数が15の直鎖状アルキルであり、
A12-3は、アミノで置換されている炭素数が1~4の直鎖状アルキルである。)
(式中、
A20-2及びA21-2は、炭素数が13の直鎖状アルキルであり、
A12-4は、アミノで置換されている炭素数が4の直鎖状アルキルである。)
(式中、A11-3及びA12-5は、炭素数が15の直鎖状アルキルである。)
(式中、
A11-4は、炭素数が14の直鎖状アルキルであり、
A12-6は、炭素数が6~12の直鎖状アルキルである。)
(1-7)(1-1)~(1-6)いずれかに記載の複合体を含む、医薬組成物。
L2が、置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレンであり、
L3が、NR8C(=O)(R8は水素又は置換若しくは非置換のアルキルである)であり、
L4が、単結合であり、
L5が、単結合、NR9又はOであり、
uが、1であり、
L6が、単結合である、(1-5)記載の複合体。
(1-9)該リンカーが、
L0が、単結合であり、
L2~L5が、単結合であり、
L6が、単結合である、
uが1である、(1-5)記載の複合体。
(1-10)該リンカーが、
L0が、単結合であり、
L3が、NR8C(=O)(R8はL2のアルキレン中の炭素と一緒になって置換若しくは非置換の含窒素環を形成している)であり、
L5が、C(=O)NR9又はOであり、
uが、1であり、
L6が、単結合である、(1-5)記載の複合体。
(1-11)リンカーが、
L0が単結合又はヌクレオチドリンカーであり、
L2及びL4が、置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレンであり、
L3が、NHC(=O)又はS-Sであり、
L5がOであり、
uが、1である、(1-5)記載の複合体。
(1-12)リンカーが、
L2及びL4が、置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレンであり、
L3が、NR8C(=O)(R8は水素又は置換若しくは非置換のアルキルである)であり、
L5が、置換若しくは非置換の非芳香族複素環式基であり、
uが、1であり、
L6が、アミノ酸リンカーである、(1-5)記載の複合体。
(2-1)第1の鎖が、標的遺伝子中の標的配列にハイブリダイズ可能な配列からなるオリゴヌクレオチドであり、
第2の鎖が、該第1の鎖にハイブリダイズ可能な配列からなるオリゴヌクレオチドであり、
かつ、前記標的遺伝子の発現抑制活性を有する二本鎖オリゴヌクレオチドであって、
第1の鎖及び/又は第2の鎖に
式:
(式中、
X1’又はX2’は、それぞれ独立して単結合、NR1’C(=O)、C(=O)NR1’、R2’C(=O)NR1’又はNR1’C(=O)R2’であり、
R2’は、O又はNR3’であり、
R1’又はR3’は、それぞれ独立して水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
A1’又はA2’は、それぞれ独立して置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
p’又はq’は、それぞれ独立して0~4の整数である。
ここで、アルキル、アルケニル及びアルキニルの置換基は、ハロゲン、カルボキシ、アミノ、イミノ、ホルミル、ホルミルオキシ、カルバモイル、スルファモイル、スルファニル、スルフィノ、スルホ、チオホルミル、チオカルボキシ、ジチオカルボキシ、チオカルバモイル、シアノ、ニトロ、ニトロソ、アジド、ヒドラジノ、ウレイド、アミジノ、グアニジノ、トリアルキルシリル、芳香族炭素環式基、非芳香族炭素環式基、芳香族複素環式基又は非芳香族複素環式基であり、該置換基はα’群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。
α’群は、ヒドロキシ、アルキル、アルキルオキシ、メルカプト、アルキルチオ、アミノ、アルキルアミノ又はハロゲンである。)
で示される脂質が
リンカーを介して結合している複合体。
(2-2)該脂質が、
式:
(式中、A1’、A2’、p’又はq’は、請求項1と同意義である。)
で示される基である、(2-1)記載の複合体。
(2-3)A1’又はA2’が、それぞれ独立して炭素数が6~30のアルキルである(2-1)又は(2-2)記載の複合体。
(2-4)該脂質が、第2の鎖に結合している、(2-1)~(2-3)いずれかに記載の複合体。
(2-5)該脂質が、オリゴヌクレオチドの3’末端及び/又は5’末端に結合している、(2-4)記載の複合体。
(2-6)該リンカーが、
(式中、
L1’はオリゴヌクレオチドに結合し、L5’は脂質に結合する。
L1’は、C(=O)NH、NHC(=O)、NHC(=O)NH、
(式中、Z’はO又はSであり、R4’は、アルキル又はアルキルオキシである)であり、
L2’は、それぞれ独立して芳香族環を介していてもよい置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレン又は芳香族環であり、
L3’は、それぞれ独立して単結合、C(=O)NR5’(R5’は水素又は置換若しくは非置換のアルキルである)又はNR6’C(=O)(R6’は水素、置換若しくは非置換のアルキル又はR6’はL2’のアルキレン中の炭素と一緒になって置換若しくは非置換の含窒素環を形成してもよい)であり、
L4’は、それぞれ独立して単結合又は芳香族環を介していてもよい置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレン若しくは芳香族環であり、
L5’は、単結合、C(=O)NH、NHC(=O)、NH又はOであり、
r’は、0~2の整数である)
である、(2-1)~(2-5)記載の複合体。
(2-7)(2-1)~(2-6)いずれかに記載の複合体を含む、医薬組成物。
本発明においては、当該分野で公知の遺伝子操作方法の使用が可能である。例えば、Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Forth Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press (2012)、Current Protocols Essential Laboratory Techniques, Current Protocols (2012)に記載された方法等が挙げられる。
「オリゴヌクレオチド」とは、同一又は異なるヌクレオシドが複数個結合したヌクレオチドを意味する。
(式中、BX1は、アデニン、グアニン、シトシン又はチミンである。)
「天然のRNAヌクレオシド」とは、以下を意味する。
(式中、BX2は、アデニン、グアニン、シトシン又はウラシルである。)
また、例えば、以下の糖の4’位と2’位との間の架橋構造が挙げられる。
4’-(CR7’R8’)m’-O-2’、4’-(CR7’R8’)m’-S-2’、4’-(CR7’R8’)m’-O-C(=O)-2’、4’-(CR7’R8’)m’-NR9’-O-(CR7’R8’)m1’-2’、4’-(CR7’R8’)m1’-C(=O)-NR9’-2’、4’-(CR7’R8’)m2’-C(=O)-NR9’-Y4’-2’、4’-(CR7’R8’)m1-SO2-NR9’-2’、又は
であり、
ここで、
Y4’は、O、S、NH又はCH2であり、
R7’は、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン、シアノ、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
R8’は、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン、シアノ、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
R9’は、水素原子、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル、置換若しくは非置換の芳香族炭素環式基、置換若しくは非置換の非芳香族炭素環式基、置換若しくは非置換の芳香族複素環式基、置換若しくは非置換の非芳香族複素環式基、置換若しくは非置換の芳香族炭素環アルキル、置換若しくは非置換の非芳香族炭素環アルキル、置換若しくは非置換の芳香族複素環アルキル又は置換若しくは非置換の非芳香族複素環アルキルであり、
Y1’はCR10’又はNであり、
Y2’はCR11’又はNであり、
Y3’はCR12’又はNであり、
R10’、R11’及びR12’はそれぞれ独立して、水素原子、ハロゲン、シアノ、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル、置換若しくは非置換のアミノ、置換若しくは非置換のアルキルオキシ、置換若しくは非置換のアルキルカルボニルアミノ、置換若しくは非置換のアルケニルカルボニルアミノ、置換若しくは非置換のアルキニルカルボニルアミノ、置換若しくは非置換のアルキルカルバモイル、置換若しくは非置換のアルケニルカルバモイル又は置換若しくは非置換のアルキニルカルバモイルであり、
m’は、1~4の整数であり、
m1’は、0~3の整数であり、
m2’は、0又は1である。
α’群は、ヒドロキシ、アルキル、アルキルオキシ、メルカプト、アルキルチオ、アミノ、アルキルアミノ又はハロゲンである。
ここで、
R7’は、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン、シアノ、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
R8’は、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン、シアノ、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
R9’は、水素原子、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
m’は、1~4の整数であり、
m1’は、0~2の整数である。
4’-(CH2)m’-O-2’(m’は1~4の整数)の中で、特に好ましくは4’-CH2-O-2’(LNA、Locked nucleic acid)である。具体例及びその調製方法は、国際公開第98/39352号、国際公開第2003/068795号、国際公開第2005/021570号等に記載されている。
4’-C(=O)-NR9’-2’(R9’は、水素原子又はアルキルである)の中で、特に好ましくは4’-C(=O)-NCH3-2’である。具体例及びその調製方法は、国際公開第2011/052436号に記載されている。
国際公開第98/39352号、国際公開第99/014226号、国際公開2000/056748、国際公開第2005/021570号、国際公開第2003/068795号、国際公開第2011/052436号、国際公開第2004/016749号、国際公開第2005/083124号、国際公開2007/143315号、国際公開第2009/071680号、国際公開2014/112463号、国際公開2014/126229号等。
さらに、「非芳香族炭素環式基」は、以下のように架橋している基、又はスピロ環を形成する基も包含する。
単環の非芳香族炭素環式基としては、炭素数3~16が好ましく、より好ましくは炭素数3~12、さらに好ましくは炭素数4~8である。例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル、シクロノニル、シクロデシル、シクロプロペニル、シクロブテニル、シクロペンテニル、シクロヘキセニル、シクロヘプテニル、シクロヘキサジエニル等が挙げられる。
2環以上の非芳香族炭素環式基としては、例えば、インダニル、インデニル、アセナフチル、テトラヒドロナフチル、フルオレニル等が挙げられる。
2環以上の芳香族複素環式基は、単環又は2環以上の芳香族複素環式基に、「芳香族炭素環式基」及び/又は「非芳香族炭素環式基」における環が縮合したものも包含する。
単環の芳香族複素環式基としては、5~8員が好ましく、より好ましくは5員又は6員である。例えば、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、トリアゾリル、トリアジニル、テトラゾリル、フリル、チエニル、イソオキサゾリル、オキサゾリル、オキサジアゾリル、イソチアゾリル、チアゾリル、チアジアゾリル等が挙げられる。
2環の芳香族複素環式基としては、例えば、インドリル、イソインドリル、インダゾリル、インドリジニル、キノリニル、イソキノリニル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、ナフチリジニル、キノキサリニル、プリニル、プテリジニル、ベンズイミダゾリル、ベンズイソオキサゾリル、ベンズオキサゾリル、ベンズオキサジアゾリル、ベンズイソチアゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾチアジアゾリル、ベンゾフリル、イソベンゾフリル、ベンゾチエニル、ベンゾトリアゾリル、イミダゾピリジル、トリアゾロピリジル、イミダゾチアゾリル、ピラジノピリダジニル、オキサゾロピリジル、チアゾロピリジル等が挙げられる。
3環以上の芳香族複素環式基としては、例えば、カルバゾリル、アクリジニル、キサンテニル、フェノチアジニル、フェノキサチイニル、フェノキサジニル、ジベンゾフリル等が挙げられる。
2環以上の非芳香族複素環式基は、単環又は2環以上の非芳香族複素環式基に、「芳香族炭素環式基」、「非芳香族炭素環式基」及び/又は「芳香族複素環式基」におけるそれぞれの環が縮合したものも包含する。
さらに、「非芳香族複素環式基」は、以下のように架橋している基、又はスピロ環を形成する基も包含する。
単環の非芳香族複素環式基としては、3~8員が好ましく、より好ましくは5員又は6員である。例えば、ジオキサニル、チイラニル、オキシラニル、オキセタニル、オキサチオラニル、アゼチジニル、チアニル、チアゾリジニル、ピロリジニル、ピロリニル、イミダゾリジニル、イミダゾリニル、ピラゾリジニル、ピラゾリニル、ピペリジル、ピペラジニル、モルホリニル、モルホリノ、チオモルホリニル、チオモルホリノ、ジヒドロピリジル、テトラヒドロピリジル、テトラヒドロフリル、テトラヒドロピラニル、ジヒドロチアゾリル、テトラヒドロチアゾリル、テトラヒドロイソチアゾリル、ジヒドロオキサジニル、ヘキサヒドロアゼピニル、テトラヒドロジアゼピニル、テトラヒドロピリダジニル、ヘキサヒドロピリミジニル、ジオキソラニル、ジオキサジニル、アジリジニル、ジオキソリニル、オキセパニル、チオラニル、チイニル、チアジニル等が挙げられる。
2環以上の非芳香族複素環式基としては、例えば、インドリニル、イソインドリニル、クロマニル、イソクロマニル等が挙げられる。
「モノアルキルアミノ」とは、「アルキル」がアミノ基の窒素原子と結合している水素原子1個と置き換わった基を意味する。例えば、メチルアミノ、エチルアミノ、イソプロピルアミノ等が挙げられる。好ましくは、メチルアミノ、エチルアミノが挙げられる。
「ジアルキルアミノ」とは、「アルキル」がアミノ基の窒素原子と結合している水素原子2個と置き換わった基を意味する。2個のアルキルは、同一でも異なっていてもよい。例えば、ジメチルアミノ、ジエチルアミノ、N,N-ジイソプロピルアミノ、N-メチル-N-エチルアミノ、N-イソプロピル-N-エチルアミノ等が挙げられる。好ましくは、ジメチルアミノ、ジエチルアミノが挙げられる。
等が挙げられる。
「芳香族炭素環アルキル」の好ましい態様としては、ベンジル、フェネチル、ベンズヒドリルが挙げられる。
等が挙げられる。
等が挙げられる。
等が挙げられる。
β群:ハロゲン、ヒドロキシ、カルボキシ、アミノ、イミノ、ヒドロキシアミノ、ヒドロキシイミノ、ホルミル、ホルミルオキシ、カルバモイル、スルファモイル、スルファニル、スルフィノ、スルホ、チオホルミル、チオカルボキシ、ジチオカルボキシ、チオカルバモイル、シアノ、ニトロ、ニトロソ、アジド、ヒドラジノ、ウレイド、アミジノ、グアニジノ、トリアルキルシリル、アルキルオキシ、アルケニルオキシ、アルキニルオキシ、ハロアルキルオキシ、アルキルカルボニル、アルケニルカルボニル、アルキニルカルボニル、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルスルホニル、アルケニルスルホニル、アルキニルスルホニル、モノアルキルカルボニルアミノ、ジアルキルカルボニルアミノ、モノアルキルスルホニルアミノ、ジアルキルスルホニルアミノ、アルキルイミノ、アルケニルイミノ、アルキニルイミノ、アルキルカルボニルイミノ、アルケニルカルボニルイミノ、アルキニルカルボニルイミノ、アルキルオキシイミノ、アルケニルオキシイミノ、アルキニルオキシイミノ、アルキルカルボニルオキシ、アルケニルカルボニルオキシ、アルキニルカルボニルオキシ、アルキルオキシカルボニル、アルケニルオキシカルボニル、アルキニルオキシカルボニル、アルキルスルファニル、アルケニルスルファニル、アルキニルスルファニル、アルキルスルフィニル、アルケニルスルフィニル、アルキニルスルフィニル、モノアルキルカルバモイル、ジアルキルカルバモイル、モノアルキルスルファモイル、ジアルキルスルファモイル、芳香族炭素環式基、非芳香族炭素環式基、芳香族複素環式基、非芳香族複素環式基、芳香族炭素環オキシ、非芳香族炭素環オキシ、芳香族複素環オキシ、非芳香族複素環オキシ、芳香族炭素環カルボニル、非芳香族炭素環カルボニル、芳香族複素環カルボニル、非芳香族複素環カルボニル、芳香族炭素環オキシカルボニル、非芳香族炭素環オキシカルボニル、芳香族複素環オキシカルボニル、非芳香族複素環オキシカルボニル、芳香族炭素環アルキルオキシ、非芳香族炭素環アルキルオキシ、芳香族複素環アルキルオキシ、非芳香族複素環アルキルオキシ、芳香族炭素環アルキルオキシカルボニル、非芳香族炭素環アルキルオキシカルボニル、芳香族複素環アルキルオキシカルボニル、非芳香族複素環アルキルオキシカルボニル、芳香族炭素環アルキルアミノ、非芳香族炭素環アルキルアミノ、芳香族複素環アルキルアミノ、非芳香族複素環アルキルアミノ、芳香族炭素環スルファニル、非芳香族炭素環スルファニル、芳香族複素環スルファニル、非芳香族複素環スルファニル、非芳香族炭素環スルホニル、芳香族炭素環スルホニル、芳香族複素環スルホニル、及び非芳香族複素環スルホニル。なお、上記α群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。
「非芳香族複素環」の環上の置換基としては、次の置換基が挙げられる。環上の任意の位置の原子が次のγ群から選択される1以上の基と結合していてもよい。
γ群:ハロゲン、ヒドロキシ、カルボキシ、アミノ、イミノ、ヒドロキシアミノ、ヒドロキシイミノ、ホルミル、ホルミルオキシ、カルバモイル、スルファモイル、スルファニル、スルフィノ、スルホ、チオホルミル、チオカルボキシ、ジチオカルボキシ、チオカルバモイル、シアノ、ニトロ、ニトロソ、アジド、ヒドラジノ、ウレイド、アミジノ、グアニジノ、トリアルキルシリル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、アルキルオキシ、アルケニルオキシ、アルキニルオキシ、ハロアルキルオキシ、アルキルオキシアルキル、アルキルオキシアルキルオキシ、アルキルカルボニル、アルケニルカルボニル、アルキニルカルボニル、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルスルホニル、アルケニルスルホニル、アルキニルスルホニル、モノアルキルカルボニルアミノ、ジアルキルカルボニルアミノ、モノアルキルスルホニルアミノ、ジアルキルスルホニルアミノ、アルキルイミノ、アルケニルイミノ、アルキニルイミノ、アルキルカルボニルイミノ、アルケニルカルボニルイミノ、アルキニルカルボニルイミノ、アルキルオキシイミノ、アルケニルオキシイミノ、アルキニルオキシイミノ、アルキルカルボニルオキシ、アルケニルカルボニルオキシ、アルキニルカルボニルオキシ、アルキルオキシカルボニル、アルケニルオキシカルボニル、アルキニルオキシカルボニル、アルキルスルファニル、アルケニルスルファニル、アルキニルスルファニル、アルキルスルフィニル、アルケニルスルフィニル、アルキニルスルフィニル、モノアルキルカルバモイル、ジアルキルカルバモイル、モノアルキルスルファモイル、ジアルキルスルファモイル、芳香族炭素環式基、非芳香族炭素環式基、芳香族複素環式基、非芳香族複素環式基、芳香族炭素環オキシ、非芳香族炭素環オキシ、芳香族複素環オキシ、非芳香族複素環オキシ、芳香族炭素環カルボニル、非芳香族炭素環カルボニル、芳香族複素環カルボニル、非芳香族複素環カルボニル、芳香族炭素環オキシカルボニル、非芳香族炭素環オキシカルボニル、芳香族複素環オキシカルボニル、非芳香族複素環オキシカルボニル、芳香族炭素環アルキル、非芳香族炭素環アルキル、芳香族複素環アルキル、非芳香族複素環アルキル、芳香族炭素環アルキルオキシ、非芳香族炭素環アルキルオキシ、芳香族複素環アルキルオキシ、非芳香族複素環アルキルオキシ、芳香族炭素環アルキルオキシカルボニル、非芳香族炭素環アルキルオキシカルボニル、芳香族複素環アルキルオキシカルボニル、非芳香族複素環アルキルオキシカルボニル、芳香族炭素環アルキルオキシアルキル、非芳香族炭素環アルキルオキシアルキル、芳香族複素環アルキルオキシアルキル、非芳香族複素環アルキルオキシアルキル、芳香族炭素環アルキルアミノ、非芳香族炭素環アルキルアミノ、芳香族複素環アルキルアミノ、非芳香族複素環アルキルアミノ、芳香族炭素環スルファニル、非芳香族炭素環スルファニル、芳香族複素環スルファニル、非芳香族複素環スルファニル、非芳香族炭素環スルホニル、芳香族炭素環スルホニル、芳香族複素環スルホニル、及び非芳香族複素環スルホニル。なお、上記α群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。
本発明の複合体は、
標的遺伝子の発現抑制活性を有するオリゴヌクレオチドに
式:
(式中、
A11は、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル又は
式:
で示される基であり、
A1~A10及びA16~A19は、それぞれ独立して単結合、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンであり、
A1及びA2又はA16及びA17は、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンの場合、A1を構成するいずれかの炭素原子とA2を構成するいずれかの炭素原子が一緒になって、又は、A16を構成するいずれかの炭素原子とA17を構成するいずれかの炭素原子が一緒になって、置換芳香族炭素環又は置換非芳香族炭素環を形成していてもよく、
Y1~Y7は、それぞれ独立して単結合又はOであり、
X1、X3及びX6は、それぞれ独立してNR1C(=O)、C(=O)NR1、R2C(=O)NR1又はNR1C(=O)R2であり、
X2、X4、X5及びX7は、それぞれ独立して単結合、NR3C(=O)、C(=O)NR3、R4C(=O)NR3、NR3C(=O)R4又はS-Sであり、
R2及びR4は、それぞれ独立してO又はNR5であり、
R1、R3及びR5は、それぞれ独立して水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
A12及びA14は、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル又は脂溶性物質を含む基であり、
A13、A15、A20及びA21は、それぞれ独立して置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
m、n、p、q、r、s及びtは、それぞれ独立して1又は2である。
ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキレン、アルケニレン及びアルキニレンの置換基は、ハロゲン、ヒドロキシ、カルボキシ、アミノ、イミノ、ホルミル、ホルミルオキシ、カルバモイル、スルファモイル、スルファニル、スルフィノ、スルホ、チオホルミル、チオカルボキシ、ジチオカルボキシ、チオカルバモイル、シアノ、ニトロ、ニトロソ、アジド、ヒドラジノ、ウレイド、アミジノ、グアニジノ、トリアルキルシリル、芳香族炭素環式基、非芳香族炭素環式基、芳香族複素環式基、非芳香族複素環式基、芳香族炭素環カルボニル、非芳香族炭素環カルボニル、芳香族複素環カルボニル又は非芳香族複素環カルボニルであり、該置換基はα群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。
α群は、ヒドロキシ、アルキル、アルキルオキシ、メルカプト、アルキルチオ、アミノ、アルキルアミノ又はハロゲンである。)
で示される脂質が
リンカーを介して結合している複合体である。
「1又は数個の塩基」とは、1~10個、1~5個、1~3個又は1若しくは2個の塩基を意味している。
第2の鎖の好ましい長さは第1の鎖の長さに依存する。例えば、第1の鎖の長さに対して50%以上の長さ、60%以上の長さ、70%以上の長さ、50~100%の長さ、60~100%の長さ、70~100%の長さである。特に好ましくは第1の鎖の長さに対して50~100%の長さである。
本発明の複合体のオリゴヌクレオチドが二本鎖オリゴヌクレオチドである場合、第2の鎖のオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子中の標的配列にハイブリダイズ可能な配列からなる第1の鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズできる限り、ハイブリダイズする部位において、1又は数個のミスマッチが存在するものも含まれる。例えば、ハイブリダイズする部位が、第1の鎖の相補配列と少なくとも70%以上、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、もっとも好ましくは95%以上の相同性を有するオリゴヌクレオチドが挙げられる。
ここで、相同性は、例えば、Altschulら(The Journal of Molecular Biology,215,403-410(1990).)の開発したアルゴリズムを使用した検索プログラムBLASTを用いることにより、スコアで類似度が示される。
好ましくは、糖の2’位に置換基を有するヌクレオシド及び/又は糖の4’位と2’位との間に架橋構造を有するヌクレオシドである。
糖の2’位の置換基として好ましくは、F、OCH3又はOCH2CH2OCH3である。特に、OCH3が好ましい。
糖の4’位と2’位との間の架橋構造として好ましくは、4’-(CH2)m’-O-2’(m’は1~4の整数)、4’-C(=O)-NR9’-2’(R9’は、水素原子又はアルキルである)である。
式:
(式中、
A11は、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル又は
式:
で示される基であり、
A1~A10及びA16~A19は、それぞれ独立して単結合、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンであり、
A1及びA2又はA16及びA17は、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンの場合、A1を構成するいずれかの炭素原子とA2を構成するいずれかの炭素原子が一緒になって、又は、A16を構成するいずれかの炭素原子とA17を構成するいずれかの炭素原子が一緒になって、置換芳香族炭素環又は置換非芳香族炭素環を形成していてもよく、
Y1~Y7は、それぞれ独立して単結合又はOであり、
X1、X3及びX6は、それぞれ独立してNR1C(=O)、C(=O)NR1、R2C(=O)NR1又はNR1C(=O)R2であり、
X2、X4、X5及びX7は、それぞれ独立して単結合、NR3C(=O)、C(=O)NR3、R4C(=O)NR3、NR3C(=O)R4又はS-Sであり、
R2及びR4は、それぞれ独立してO又はNR5であり、
R1、R3及びR5は、それぞれ独立して水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
A12及びA14は、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル又は脂溶性物質を含む基であり、
A13、A15、A20及びA21は、それぞれ独立して置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
m、n、p、q、r、s及びtは、それぞれ独立して1又は2である。
ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキレン、アルケニレン及びアルキニレンの置換基は、ハロゲン、ヒドロキシ、カルボキシ、アミノ、イミノ、ホルミル、ホルミルオキシ、カルバモイル、スルファモイル、スルファニル、スルフィノ、スルホ、チオホルミル、チオカルボキシ、ジチオカルボキシ、チオカルバモイル、シアノ、ニトロ、ニトロソ、アジド、ヒドラジノ、ウレイド、アミジノ、グアニジノ、トリアルキルシリル、芳香族炭素環式基、非芳香族炭素環式基、芳香族複素環式基、非芳香族複素環式基、芳香族炭素環カルボニル、非芳香族炭素環カルボニル、芳香族複素環カルボニル又は非芳香族複素環カルボニルであり、該置換基はα群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。
α群は、ヒドロキシ、アルキル、アルキルオキシ、メルカプト、アルキルチオ、アミノ、アルキルアミノ又はハロゲンである。)
で示される脂質である。
同様に、A16及びA17が、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンであり、「A16を構成するいずれかの炭素原子とA17を構成するいずれかの炭素原子が一緒になって、置換芳香族炭素環又は置換非芳香族炭素環を形成している」とは、以下の右の式で表される基を意味する。
(式中、環B1又は環B2は、置換若しくは非置換の芳香族炭素環又は置換若しくは非置換の非芳香族炭素環であり、その他記号は上記と同様である。式:Y1-[A6-X1]m-A11で示される基及び式:Y2-[A7-X2]n-A12で示される基は環B1上の異なる炭素原子に結合し、さらにその他の環B1上の炭素原子に上記γ群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。式:Y6-[A18-X6]s-A20で示される基及び式:Y7-[A19-X7]t-A21で示される基は環B2上の異なる炭素原子に結合し、さらにその他の環B1上の炭素原子に上記γ群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。)
環B1又は環B2として特に好ましくは、フェニルである。
X2、X4、X5及びX7として特に好ましくは、単結合又はNHC(=O)である。
脂溶性物質を含む基として好ましくは、トコフェロール、葉酸又はcRGDを含む基が挙げられる。
トコフェロールを含む基とは、以下を意味する。
葉酸を含む基とは、以下を意味する。
cRGDを含む基とは、以下を意味する。
A11及びA13として特に好ましくは、非置換のアルキルである。
A12及びA14として特に好ましくは、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は脂溶性物質を含む基である。
(式中、
A1―X、A2-X、A18―X及びA19―Xは、アルキレンであり、
A11―X、A13―X、A15―X、A20―X及びA21―Xは、アルキルであり、
A12―X及びA14―Xは、置換若しくは非置換のアルキル又は脂溶性物質を含む基である。)
(式中、B1は、オリゴヌクレオチドの3’末端の塩基であり、Zaは、O又はSであり、n1又はn2は、それぞれ独立して5~29の整数であり、好ましくはそれぞれ独立して10~18である。)
(式中、B1は、オリゴヌクレオチドの5’末端の塩基であり、Zaは、O又はSであり、n1又はn2は、それぞれ独立して5~29の整数であり、好ましくはそれぞれ独立して10~18である。)
(式中、B1及びB2は、オリゴヌクレオチド中隣接する塩基であり、Za又はZbは、それぞれ独立してO又はSであり、n1又はn2は、それぞれ独立して5~29の整数であり、好ましくはそれぞれ独立して10~18である。)
式:
(式中、
L0はオリゴヌクレオチドに結合し、L6は脂質に結合する。
L0は、単結合、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり、
L1は、式:
(式中、
Zは、それぞれ独立してO又はSであり、
R6は、それぞれ独立してヒドロキシ、アルキル又はアルキルオキシである)で示される基であり、
L2及びL4は、それぞれ独立して単結合又は置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレンであり、
L3は、それぞれ独立して単結合、C(=O)NR7(R7は水素又は置換若しくは非置換のアルキルである)、NR8C(=O)(R8は水素、置換若しくは非置換のアルキル又はR8はL2のアルキレン中の炭素と一緒になって置換若しくは非置換の含窒素環を形成してもよい)又はS-Sであり、
L5は、それぞれ独立して単結合、置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレン、C(=O)NR9、NR9C(=O)、NR9、O又は置換若しくは非置換の非芳香族複素環式基であり、
R9は、それぞれ独立して水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
uは、1又は2であり、
L6は、単結合又はアミノ酸リンカーである)
で示される基。
ヌクレオチドリンカーの長さは、1~10塩基、2~8塩基、4塩基、5塩基、6塩基、7塩基である。例えば、以下に記載のリンカーが挙げられる。
(式中、B3は、アデニン(A)、グアニン(G)、シトシン(C)、5-メチルシトシン(5-Me-C)、チミン(T)、又はウラシル(U)である。また、B3は欠失(Ab)していてもよい。Wは、それぞれ独立してH又はOHであり、好ましくはHである。Zcは、それぞれ独立してO又はSである。vは1~10の整数である。)
特に好ましくは、B3がアデニン又はチミンであり、ZcがOであり、vが1~9である。
ここで、1~数個とは1~10個、1~8個、5個、6個、7個である。
好ましくは、3~9個のブタンジオールが結合したリンカーが挙げられる。
(式中、aは0~18の整数であり、bは1~5の整数である。アルキレンは上記β群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。含窒素環は上記γ群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。)
具体的には、以下が挙げられる。
(式中、Zは、O又はSである)
である。
L2として好ましくは、1~20の置換又は非置換のアルキレンである。
L3として好ましくは、単結合、C(=O)NH又はNR8C(=O)(R8はL2のアルキレン中の炭素と一緒になって置換若しくは非置換の含窒素環を形成している)である。
L5として好ましくは、単結合、C(=O)NH、NH又はOである。
(式中、
OLは、標的遺伝子の発現抑制活性を有するオリゴヌクレオチドに結合することを意味し、LIは、脂質に結合することを意味する。
Zd及びZeは、それぞれ独立してO又はSであり、v1又はv2は、それぞれ独立して0~10の整数であり、好ましくはそれぞれ独立して0~5であり、より好ましくはそれぞれ独立して0~3である。v3~v6は、それぞれ独立して1~4の整数であり、好ましくはそれぞれ独立して1~3、より好ましくはそれぞれ独立して2又は3である。Nucleotide Linkder(ヌクレオチドリンカー)及びAmino acid Linker(アミノ酸リンカー)は、上記と同意義である。)
「脂質」とリンカーは、下記実施例1に記載の通り脂質とリンカーの一部を含む化合物として合成し、該化合物を樹脂に固相化し、オリゴヌクレオチドに導入することにより、本発明の「複合体」が得られる。本発明の複合体のオリゴヌクレオチドが二本鎖オリゴヌクレオチドである場合、その後、他のオリゴヌクレオチドをハイブリダイズさせることにより、本発明の「複合体」が得られる。「脂質とリンカーの一部を含む化合物」の具体例としては、下記実施例1に記載の化合物等が挙げられる。
また、本発明の「複合体」に関し、脂質が結合していないオリゴヌクレオチドの3’末端又は5’末端はリン酸エステル部分を含んでいてもよい。「リン酸エステル部分」とは、リン酸エステル並びに修飾リン酸エステルが含まれる、末端リン酸基を意味する。リン酸エステル部分は、いずれの末端に位置してもよいが、5’-末端ヌクレオシドであることが好ましい。具体的には、式:-O-P(=O)(OH)OHで示される基又はその修飾基である。つまり、O及びOHの1以上が、H、O、OR’、S、N(R’)(ここでR’は、H、アミノ保護基又は置換若しくは非置換のアルキルである)又はアルキルで置換されていてもよい。5’又は3’末端は、それぞれ独立して置換又は非置換の1~3のリン酸エステル部分を含んでいてもよい。
a)本発明の複合体に包含されている核酸医薬の標的遺伝子に対する発現抑制活性を向上させる。
b)代謝安定性が高い。
c)CYP酵素(例えば、CYP1A2、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6、CYP3A4等)に対する阻害作用が弱い。
d)高いバイオアベイラビリティー、適度なクリアランス等良好な薬物動態を示す。
e)変異原性を有さない。
f)心血管系のリスクが低い。
g)高い溶解性を示す。
h)急性毒性のリスクが低い。
a)本発明の複合体に包含されている核酸医薬の標的遺伝子との親和性が高い。
b)ヌクレアーゼに対する抵抗性が高い。
c)薬物動態が改善する。
d)組織移行性が高くなる。
経口投与用組成物としては、散剤、顆粒剤、水若しくは非水性媒体に溶解させた懸濁液又は溶液、カプセル、粉末剤、錠剤等が挙げられる。
非経口、硬膜下腔、又は、脳室内投与用組成物としては、バッファー、希釈剤及びその他の適当な添加剤を含む無菌水溶液等が挙げられる。
結合剤としてはメチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ゼラチン又はポリビニルピロリドン等が挙げられる。
崩壊剤としてはカルボキシメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、デンプン、アルギン酸ナトリウム、カンテン末又はラウリル硫酸ナトリウム等が挙げられる。
滑沢剤としてはタルク、ステアリン酸マグネシウム又はマクロゴール等が挙げられる。坐剤の基剤としてはカカオ脂、マクロゴール又はメチルセルロース等を用いることができる。
また、液剤又は乳濁性、懸濁性の注射剤として調製する場合には通常使用されている溶解補助剤、懸濁化剤、乳化剤、安定化剤、保存剤、等張剤等を適宜添加しても良い。経口投与の場合には嬌味剤、芳香剤等を加えても良い。
CPG:コントロールドポーラーガラス
DIEA:N,N-ジイソプロピルエチルアミン
DMAP:4-ジメチルアミノピリジン
DMEM:ダルベッコ改変イーグル培地
DMF:N,N-ジメチルホルムアミド
DMSO:ジメチルスルホキシド
DMTr:ジメトキシトリチル
Fmoc:9-フルオレニルメチルオキシカルボニル
HBTU:O-ベンゾトリアゾール-N,N,N’,N’-テトラメチル-ウロニウム-ヘキサフルオロ-ホスフェート
NMP:N-メチルピロリドン
PBS:リン酸緩衝生理食塩水
TBS:tert-ブチルジメチルシリル
TBAF:テトラブチルアンモニウムフルオリド
TFA:トリフルオロ酢酸
THF:テトラヒドロフラン
実施例で得られた化合物のNMR分析は300MHz、400MHzで行い、CD3OD、CDCl3、DMSO-d6を用いて測定した。
1)ODS酸性分析
移動相:[A]は0.1%ギ酸含有水溶液[B]は0.1%ギ酸含有アセトニトリル溶液
グラジエント:3.5分間で5%-100%溶媒[B]のリニアグラジエントを行った後、0.5分間、100%溶媒[B]を維持した。
カラム:ACQUITY UPLC(登録商標)BEH C18(1.7μm、i.d.2.1x50mm)(Waters)
流速:0.8 mL/分
PDA検出波長:254nm(検出範囲210-500nm)
2)ODS塩基性分析
移動相:[A]は10mM炭酸アンモニウム含有水溶液、[B]はアセトニトリル
グラジェント:3.5分間で5%-100%溶媒[B]のリニアグラジエントを行い、0.5分間、100%溶媒[B]を維持した。
カラム:ACQUITY UPLC(登録商標)BEH C18(1.7μm、i.d.2.1x50mm)(Waters)
流速:0.8 mL/分
PDA検出波長:254nm(検出範囲210-500nm)
3)C4塩基性分析
移動相:[A]は10mM炭酸アンモニウム含有水溶液、[B]はアセトニトリル
グラジェント:3.5分間で60%-100%溶媒[B]のリニアグラジエントを行い、0.5分間、100%溶媒[B]を維持した。
カラム:Xbridge Protein BEH C4(3.5μm、i.d.2.1x50mm)(Waters)
流速:0.8 mL/分
PDA検出波長:254nm(検出範囲210-500nm)
工程1
化合物2-12(5.07g、22.19mmol、東京化成工業株式会社)をDMF(51.8mL)、ジクロロメタン溶液(28.6mL)に溶解し、DIEA(5.81mL、33.3mmol)、HBTU(9.26g、24.4mmol)を加え、室温で激しく30分間撹拌した。得られた白濁溶液に対して、室温で化合物1(1.0g、11.1mmol)を加えて激しく撹拌した。その後、40℃に昇温しさらに2時間撹拌した。反応液に飽和重そう水(10mL)を加え反応を停止した後に、白色固体をろ取した。得られた固体を水(50mL)、アセトニトリル(50mL)、ジクロロメタン(50mL)で洗浄後、白色固体として化合物3-12(4.8g、9.4mmol)を得た。
1H-NMR(CDCl3)δ:6.20 (2H, brs), 3.96 (1H, d, J = 4.0 Hz), 3.75 (1H, m), 3.40 (2H, dd, J=4.0, 12.0 Hz), 3.25 (2H, dd, J = 4.0, 12.0 Hz), 2.22 (4H, t, J = 12.0 Hz), 1.62 (4H, d, J = 8.0 Hz), 1.29-1.25 (40H, m), 0.90-0.86 (6, m)
ESI-MS(m/z) : 512 (M+1).
工程2
化合物3-12(5.10g、9.98mmol)をジクロロメタン(257mL)に懸濁し、DIEA(6.97mL、39.9mmol)を加えた。その後室温にて、化合物4(4.46mL、20.0mmol)を加え、2時間加熱還流した。室温へ放冷後、反応溶液を分液漏斗へ移し、有機層を飽和重そう水(100mL)で二回、水(100mL)で二回、食塩水(100mL)で一回洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥した後、溶媒を減圧留去した。褐色オイルである化合物5-12(4.80g、6.75mmol)を粗生成物として得た。化合物の生成は31P-NMRにより3価のリンが導入されたことをもって判断した。
31P-NMR(CDCl3)δ:148.2 (s)
化合物6(米国特許出願公開第2014/0142253号明細書参照、292mg、0.435mmol)のDMF溶液(2.0mL)にイミダゾール(71mg、1.044mmol)とt-ブチルジメチルクロロシラン(79mg、0.522mmol)加え、室温で16時間撹拌した。反応液へ水を加えてシクロペンチルメチルエーテルで抽出した。有機層を水、飽和食塩水で洗浄後、硫酸ナトリウムで乾燥した。溶媒を減圧留去し、化合物7の粗製物(352mg)を得た。
化合物7の粗製物(352mg)のジクロロメタン溶液(2.4mL)にジエチルアミン(0.6mL、5.74mmol)を加え、室温で16時間撹拌した。反応液にエタノールを加えて撹拌した後、溶媒を減圧留去した。残渣をエタノールで2回共沸し、得られた粗製物をアミノシリカゲルカラムクロマ卜グラフィ一(クロロホルム)で精製し、無色油状物質として化合物8(190mg、78%)を得た。
1H-NMR (CDCl3) δ: 7.45-7.43 (2H, m), 7.32 (4H, d, J = 8.8 Hz), 7.29-7.25 (2H, m), 7.22-7.18 (1H, m), 6.81 (4H, d, J = 8.8 Hz), 3.79 (6H, s), 3.68-3.61 (2H, m), 3.08-3.02 (2H, m), 2.63 (2H, t, J = 7.2 Hz), 1.75-1.69 (1H, m), 1.41-1.30 (6H, m), 1.27-1.15 (2H, m), 0.84 (9H, s), 0.01 (6H, s).
工程1
化合物3-6(1.0g、2.92mmol)のTHF(20mL)―クロロホルム(20mL)溶液にDIEA(1.53mL、8.76mmol)、ビス(ニトロフェニル)カーボネート(1.33g、4.38mmol)、DMAP(178mg、1.46mmol)を加え、60℃で1時間撹拌した。反応液を濾過し母液を減圧留去した後、得られた粗製物をシリカゲルカラムクロマ卜グラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=60:40→20:80)で精製し、化合物9-6(982mg、66%)を白色固体として得た。
1H-NMR (CDCl3) δ: 8.32-8.26 (2H, m), 7.42 (2H, dt, J = 9.9, 2.5 Hz), 6.36 (2H, t, J = 6.4 Hz), 4.80 (1H, ddd, J = 10.7, 5.6, 3.3 Hz), 3.65-3.50 (4H, m), 2.26 (4H, t, J = 7.6 Hz), 1.69-1.62 (4H, m), 1.28 (16H, dt, J = 19.1, 4.7 Hz), 0.87 (6H, t, J = 6.8 Hz).
工程2
化合物8(500mg、0.89mmol)のジクロロメタン溶液(10.0mL)に化合物9-6(450mg、0.89mmol)を加え、室温で2時間撹拌した。反応液を減圧濃縮後、アミノシリカゲルカラムクロマ卜グラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=65:35→10:90)で精製し、化合物10-6(625mg、76%)を無色油状物質として得た。
1H-NMR (CDCl3) δ: 7.42 (2H, d, J = 7.4 Hz), 7.31 (4H, t, J = 6.2 Hz), 7.26 (3H, t, J = 3.9 Hz), 7.19 (1H, t, J = 7.2 Hz), 6.82 (4H, t, J = 6.0 Hz), 6.25 (2H, t, J = 5.8 Hz), 4.70 (2H, dd, J = 10.3, 5.3 Hz), 3.79 (6H, d, J = 4.4 Hz), 3.62 (2H, dd, J = 10.1, 5.1 Hz), 3.51 (2H, dd, J = 13.3, 6.4 Hz), 3.32-3.26 (2H, m), 3.08 (4H, dt, J = 20.2, 6.6 Hz), 2.19 (4H, t, J = 7.7 Hz), 1.70 (1H, t, J = 5.7 Hz), 1.61 (8H, t, J = 9.3 Hz), 1.42 (2H, t, J = 7.3 Hz), 1.26 (20H, tt, J = 26.0, 10.5 Hz), 0.88 (6H, dd, J = 12.0, 5.3 Hz), 0.83 (9H, s).
工程3
化合物10-6(625mg、0.67mmol)のTHF溶液(10mL)にTBAF(1M THF溶液、1.34mL、1.34mmol)を加え、室温で24時間撹拌した。反応液を減圧濃縮後、得られた粗製物をジオールシリカゲルカラムクロマ卜グラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=50:50→10:90)で精製し、化合物11-6(541mg、99%)を無色液体物質として得た。
1H-NMR (CDCl3) δ: 7.41 (2H, t, J = 4.3 Hz), 7.26 (9H, ddt, J = 31.6, 12.0, 4.9 Hz), 6.83 (4H, d, J = 8.8 Hz), 6.38 (2H, q, J = 6.1 Hz), 4.88 (1H, t, J = 5.6 Hz), 4.67 (1H, t, J = 5.0 Hz), 3.79 (6H, t, J = 7.5 Hz), 3.69-3.61 (2H, m), 3.50-3.44 (2H, m), 3.30 (3H, tt, J = 20.6, 6.5 Hz), 3.15-3.06 (3H, m), 2.63 (1H, s), 2.21-2.17 (4H, m), 1.78 (1H, s), 1.62 (4H, t, J = 6.9 Hz), 1.43 (2H, t, J = 5.4 Hz), 1.30 (20H, dt, J = 29.2, 11.0 Hz), 0.87 (6H, t, J = 6.9 Hz).
化合物11-6(541mg、0.66mmol)の塩化メチレン溶液(2mL)にDIEA(0.35mL、1.98mmol)、DMAP(8.0mg、0.066mmol)、無水コハク酸(132mg、1.32mmol)を加え、室温で4時間撹拌した。反応液を減圧濃縮した後、得られた粗精製物をシリカゲルカラムクロマ卜グラフィー(クロロホルム:メタノール=40:1→10:1)で精製し、化合物12-6(591mg、97%)を無色液体物質として得た。
1H-NMR (CDCl3) δ: 7.41 (2H, d, J = 7.5 Hz), 7.31-7.25 (8H, m), 7.20 (1H, t, J = 7.2 Hz), 6.82 (4H, d, J = 8.5 Hz), 6.62 (1H, t, J = 6.3 Hz), 6.48 (1H, t, J = 6.5 Hz), 5.91 (1H, t, J = 5.5 Hz), 4.71 (1H, t, J = 5.3 Hz), 4.42 (1H, dd, J = 11.0, 3.2 Hz), 4.14 (1H, dd, J = 10.9, 5.9 Hz), 3.79 (6H, s), 3.40 (4H, tt, J = 20.4, 7.0 Hz), 3.08 (4H, dq, J = 33.3, 8.0 Hz), 2.69-2.49 (4H, m), 2.20 (4H, dd, J = 15.6, 8.2 Hz), 1.95 (1H, s), 1.61 (4H, d, J = 7.0 Hz), 1.27 (22H, d, J = 5.0 Hz), 0.87 (6H, dd, J = 6.8, 5.1 Hz).
工程5
化合物12-6(312mg、0.34mmol)のアセトニトリル/塩化メチレン混合溶液(4:1、25mL)にDIEA(0.30mL、1.70mmol)とHBTU(142mg、0.37mmol)を加え、室温で15分間振とう撹拌した。反応液へHybridCPG amino form 2000Å(Prime Synthesis社)(2.8g)を加え、24時間振とう撹拌した。反応液をろ過後、HybridCPGをアセトニトリルで3回、ジエチルエーテルで3回洗浄した後、減圧下で乾燥した。乾燥したHybridCPGにTHF/無水酢酸/ピリジン混液(8:1:1、30mL)を加えて3時間振とう撹拌した。反応液をろ過後、HybridCPGをピリジンで2回、イソプロパノールで2回、ジエチルエーテルで2回洗浄した後、減圧乾燥した。化合物12-6の担持量はDMTrカチオンの比色定量により算出し、担持量が114μmol/gの化合物13-6を得た。
化合物12-8の担持量が107μmol/gの化合物13-8
化合物12-10の担持量が69μmol/gの化合物13-10
化合物12-12の担持量が31μmol/gの化合物13-12
化合物12-14の担持量が40μmol/gの化合物13-14
化合物12-18の担持量が15μmol/gの化合物13-18
化合物12-20の担持量が48μmol/gの化合物13-20
化合物12-22の担持量が47μmol/gの化合物13-22
(式中、n’は5~29の整数である。)
4-1)化合物14-16の合成
化合物3-16(3.0g、4.81mmol)のTHF(80mL)溶液にPyridine(0.78mL、9.63mmol)、クロロぎ酸4-ニトロフェニル(1.94g、9.63mmol)、DMAP(59mg、0.481mmol)を加え、70℃で3時間撹拌した。反応液を濾過し母液を減圧留去した後、得られた粗製物をシリカゲルカラムクロマ卜グラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=50:50)で精製し、化合物14-16(1g、26%)を白色固体として得た。
1H-NMR (CDCl3) δ: 8.29 (2H, dt, J = 9.7, 2.6 Hz),7.43 (2H, dt, J = 9.9, 2.7 Hz),6.28 (2H, t, J = 6.4 Hz),4.80-4.77 (1H, m),3.62 (2H, ddd, J = 14.5, 7.0,),3.51 (2H, dt, J = 14.5, 6.3 Hz),2.25 (4H, t, J = 7.7 Hz),1.65 (4H, td, J = 12.4, 5.3 Hz),1.36-1.20 (56H, m),0.88 (6H, t, J = 6.8 Hz).
化合物17(3.00g、7.15mmol)のジクロロメタン溶液(15ml)に室温でトリエチルアミン(1.98ml、14.3mmol、2.0eq.)、無水コハク酸(751mg、7.51mmol、1.05eq.)を加え、室温で1時間撹拌した後、反応液を減圧下濃縮した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(SiO2:120g、クロロホルム:メタノール:トリエチルアミン=95:5:1→75:25:1)により精製し、化合物18(3.37g、収率91%)を無色粉末として得た。1H-NMRでは63:37のロータマー混合物として観測された。
ESI-MS (m/z) : 530 (M+H). HPLC Peak RT = 1.86 min.
1H-NMR(CDCl3)δ:(Major) 7.39-7.33 (2H, m), 7.30-7.22 (6H, m), 7.22-7.16 (1H, m), 6.85-6.77 (4H, m), 4.50 (1H, brs), 4.41 (1H, m), 3.88 (1H, d, J = 11.0 Hz), 3.775 (6H, s), 3.65 (1H, dd, J = 11.0, 4.0 Hz), 3.43 (1H, dd, J = 9.2, 4.5 Hz),3.14 (1H, dd, J = 9.2, 2.7 Hz), 2.85-1.97 (6H, m). (Minor) 7.39-7.33 (2H, m), 7.30-7.22 (6H, m), 7.22-7.16 (1H, m), 6.85-6.77 (4H, m), 4.41 (1H, m), 4.31 (1H, brs), 4.11 (1H, d, J = 12.3 Hz), 3.783 (6H, s), 3.25 (1H, dd, J = 12.3, 3.5 Hz), 3.18 (1H, dd, J = 9.5, 4.8 Hz),3.10 (1H, dd, J = 9.5, 4.8 Hz), 2.85-1.97 (6H, m).
工程1
Journal of Medicinal Chemistry,48,7781(2005)に記載の方法に従って、化合物1より化合物19を合成した。
工程2
化合物19(3.00g、7.15mmol)のTHF-水(9:1)の混合溶液(30ml)に室温でトリフェニルホスフィン(1.98ml、14.3mmol、2.0eq.)を加え、室温で1時間撹拌した後、70℃に昇温し、4時間撹拌した。室温へ放冷後、反応液を減圧下濃縮することにより、化合物20の粗生成物を無色油状物として得た。
工程3
化合物20(7.15mmol)のジクロロメタン溶液(30ml)に室温でトリエチルアミン(2.10ml、15.1mmol、1.2eq.)、Fmoc-Cl(3.59g、13.9mmol、1.1eq.)を加え、室温で1時間撹拌した後、反応液をクロロホルムで希釈し、飽和食塩水にて洗浄、次いで硫酸マグネシウム乾燥後、溶媒を減圧留去した。得られた固体をn-ヘキサン及び少量のクロロホルムにて洗浄した後、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(SiO2:120g、n-ヘキサン:酢酸エチル=75:25→0:100)により精製し、化合物21(4.18g、化合物19からの収率65%)を無色泡状物質として得た。
ESI-MS (m/z) : 512 (M+H). HPLC Peak RT = 2.71 min.
1H-NMR(CDCl3)δ:7.80 (2H, d, J = 7.5 Hz), 7.60 (2H, d, J = 7.5Hz), 7.40 (2H, dd, J = 7.5, 7.5 Hz), 7.30 (2H, dd, J = 7.5, 7.5 Hz), 6.02 (1H, brs), 5.21 (2H, brs), 4.46-4.27 (2H, m), 4.21 (1H, m), 3.59 (1H, m), 3.45-3.29 (2H, m), 3.27-3.13 (2H, m), 1.46 (18H, s).
化合物21(1.5g、2.93mmol)にTFA(10ml)を加え、室温で1時間撹拌した後、減圧下濃縮することにより、化合物22の粗生成物を得た。
ESI-MS (m/z) : 312 (M+H). HPLC Peak RT = 1.06 min.
工程5
化合物22のジクロロメタン溶液(15ml)に室温でトリエチルアミン(2.43ml、17.59mmol)、ミリストイルクロリド(1.59g、6.45mmol)を加え、室温で1晩撹拌した。生じた白色の析出物をろ取した後、ジクロロメタン、水、n-ヘキサンにて洗浄、減圧下乾燥することにより、化合物23-12(2.45g)を固体として得た。
1H-NMR(CDCl3)δ:12.32 (1H, s), 7.76 (2H, d, J = 7.3 Hz), 7.60 (2H, d, J = 7.3 Hz), 7.35 (4H, dt, J = 33.7, 7.3 Hz), 6.56 (1H, s), 6.40 (1H, s), 4.32-4.19 (2H, m), 3.60 (2H, s), 3.20-3.09 (4H, m), 2.23 (4H, t, J = 7.1 Hz), 1.64 (4H, s), 1.37-1.25 (40H, m), 0.88 (6H, t, J = 6.8 Hz).
工程6
化合物23-12(1.9g、2.60mmol)のDMF溶液(15ml)にピペリジン(0.290ml、2.93mmol)を加え、80℃で20分間撹拌した。室温まで冷却した後、生じた析出物をろ取し、n-ヘキサンにて洗浄、減圧下乾燥することにより、化合物24-12(742mg、収率50%)を固体として得た。
1H-NMR(CDCl3)δ:6.43 (1H, s), 3.43 (2H, t, J = 8.2 Hz), 3.03 (4H, m), 2.22 (4H, t, J = 7.6 Hz), 1.73 (4H, m), 1.38-1.25 (40H, m), 0.88 (6H, t, J = 6.7 Hz).
工程7
化合物18(585mg、1.13mmol)の‘DMF溶液(5mL)に室温でDIEA(1.20ml、1.79mmol)、HBTU(677mg、1.79mmol)を加え、室温で10分間撹拌した後、45℃で化合物24-12(700mg、1.37mmol)のジクロロメタン溶液(30mL)に加え、45℃で30分間撹拌した。不溶物が確認されたのでDMF(1.5mL)を加えることで完全妖怪させた.反応液の溶媒を減圧留去したのち,反応液を飽和重そう水にて洗浄、次いで硫酸マグネシウム乾燥後、溶媒を減圧留去した。得られた残渣を酢酸エチルに溶解し、80℃でn-ヘキサンを加えて、目的物を析出させ、ろ取することで化合物25-12(1.31g、収率88%)を固体として得た。得られた生成物はそれ以上の精製を経ず、次反応に用いた。
化合物25-12(1.0g、0.919mmol)のジクロロメタン溶液(20ml)に室温でトリエチルアミン(0.510ml、3.68mmol、4eq.)、無水コハク酸(184mg、1.839mmol、2eq.)、ジメチルアミノピリジン(11mg)を順次加え、室温で2時間撹拌した後、原料が残っていたのでトリエチルアミン(0.255ml)、無水コハク酸(90mg)を加え,室温で一晩撹拌した後、反応液を減圧下濃縮した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(SiO2:30g、クロロホルム:メタノール:トリエチルアミン=100:0:1→90:10:1)により精製することで化合物26-12(261mg、収率35%)を固体として得た。
ESI-MS (m/z) : 1110 (M-H). HPLC Peak RT = 3.08 min.
工程9
3-1)工程5と同様の方法により、化合物26-12の担持量が31.2umol/gの化合物27-12を得た。
工程1
Journal of Controlled Release,220,44―50(2015)に記載の方法に従って化合物28-7-7-7を合成した。
工程2
化合物28-7-7-7(1g、2.45mmol)のTHF溶液(50mL)ビス(ニトロフェニル)カーボネート(2.23g、7.34mmol)、DMAP(897g、7.34mmol)を加え、65℃で2時間撹拌した。反応液を減圧留去した後、得られた粗製物をシリカゲルカラムクロマ卜グラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=100:10)で精製し、化合物29-7-7-7(932mg、66%)を無色固体として得た。
ESI-MS (m/z) : 591 (M+H+H2O). HPLC Peak RT = 2.49 min.
工程3
化合物29-7-7-7(644mg、1.12mmol)のジクロロメタン溶液(6.4mL)に6-アミノ-2-ヒドロキシメチルヘキサン-1-オール(500mg、0.89mmol)のDMF溶液(6.4mL)及びDIEA(0.39mL、2.24mmol)を加え、40℃で2時間撹拌した。反応溶液に水を加え反応を停止後分液漏斗へ移し、有機層を水で二回、食塩水で一回洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥した後、溶媒を減圧留去した。得られた粗生成物をアミノシリカゲルカラムクロマ卜グラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=50:50)で精製し、化合物30-7-7-7(424mg、65%)を無色油状物質として得た。
ESI-MS (m/z) : 583 (M+H). HPLC Peak RT = 2.06 min.
工程4
化合物30-7-7-7(424mg、0.729mmol)のピリジン溶液(6.4mL)にDMTrCl(272mg、0.802mmol)を加え、室温で16時間撹拌した。反応液を減圧濃縮後、ジオールシリカゲルカラムクロマ卜グラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=3:1)で精製し、化合物31-7-7-7(510mg、51%)を無色油状物質として得た。
ESI-MS (m/z) : 883 (M-H). HPLC Peak RT = 2.60 min
化合物31-7-7-7(510mg、0.58mmol)の塩化メチレン溶液(6.4mL)にDMAP(137mg、1.12mmol)、無水コハク酸(337mg、3.37mmol)、DIEA(0.59mL、3.37mmol)を加え、室温で3日間撹拌した。反応液を減圧濃縮した後、得られた粗製物をシリカゲルカラムクロマ卜グラフィー(クロロホルム:メタノール=20:1)で精製し、化合物32-7-7-7(945mg)を無色液体物質として得た。
ESI-MS (m/z) : 983 (M-H). HPLC Peak RT = 1.97 min
工程6
3-1)工程5と同様の方法により、化合物32-7-7-7の担持量が16μmol/gの化合物33-7-7-7を得た。
1-1)工程1及び3-1)の工程1~4と同様の方法により、Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 13(6), 1037-1040; 2003に記載の化合物40から化合物41を合成した。
1H-NMR(CDCl3)δ:7.42-7.18 (m, 5H), 6.81 (m, 2H), 6.55 (brs, 1H), 6.39 (brs, 1H), 5.91 (brs, 1H), 4.72 (m, 1H), 4.43 (m, 1H), 4.15 (m, 1H), 3.79 (s, 6H), 3.45-3.37 (m, 4H), 3.05 (m, 4H), 2.58-2.52 (m, 4H), 2.19 (m, 4H), 1.95 (brs, 1H), 1.60-1.14 (m, 32H), 0.88 (m, 4H), 0.78-0.61 (m, 8H), -0.28 (m, 4H).
工程2
3-1)工程5と同様の方法により、化合物41の担持量が92μmol/gの化合物42を得た。
工程1
デカン酸(1.16g、6.75mmol、東京化成工業株式会社)をDMF(14mL)、ジクロロメタン溶液(14mL)に溶解し、DIEA(3.14mL、18mmol)、HBTU(2.82g、7.43mmol)を加え、室温で激しく1時間撹拌した。得られた褐色溶液に対して、室温で化合物43(Chemistry-A European Journal (2010), 16, (15), 4519-4532, S4519参照、2.0g、2.25mmol)を加えて室温で24時間撹拌した。反応液を減圧下で濃縮した後に、残渣を25%含水アセトニトリルで処理し、生じた固体をろ取した。得られた固体を水で3回、25%含水アセトニトリルで三回洗浄後、化合物44-8(2.19g、2.07mmol)を白色固体として得た。
工程2
化合物44-8(0.5g、0.471mmol)をエタノール(6mL)に溶解し、水酸化パラジウム(221mg、Pd20%、含水)を加えて水素雰囲気下、室温で2時間激しく撹拌した。窒素で置換後、不溶物をセライトを用いて濾去した。残渣を減圧下で濃縮し、残渣に対してアセトニトリルを加えた。生じた白色固体をろ取し、化合物45-8(0.400g、0.471mmol)を白色泡状固体として得た。
1H-NMR(CDCl3)δ:6.44 (brs, 2H), 3.71 (m, 6H), 3.37 (m, 6H), 3.27 (m, 12H), 2.45 (m, 6H), 2.17 (m, 6H), 1.63 (m, 6H), 1.25 (m, 36H), 0.88 (t, 9H, J = 6.8 Hz).
窒素気流下、化合物45-8(0.4g、0.432mmol)のDMF(1.7mL)―ジクロロメタン(1.4mL)―クロロホルム(1.0mL)溶液に、ビス-(p-ニトロフェニル)カーボネート(0.131g、0.432mmol)及びDIEA(0.226mL、1.30mmol)を加えた後、室温下12時間撹拌した。次に、2)で得られた化合物8(0.243g、0.432mmol)を加えて、室温で6時間撹拌した。反応液を酢酸エチルで希釈後、水で有機層を3回、0.2M炭酸水素カリウム水溶液で2回、飽和食塩水で洗浄し、有機層を無水硫酸マグネシウムで乾燥した。固体をフィルター濾去したのちに、ろ液を減圧下で濃縮した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(クロロホルム:アセトン=1:0→9:1)で精製し、化合物46-8(0.375g、0.247mmol)を白色固体として得た。
1H-NMR(CDCl3)δ:7.40 (m, 2H), 7.30-7.26 (m, 13H), 7.09 (m, 3H), 5.82 (brs, 1H), 5.51 (brm, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.68-3.65 (m, 13H), 3.25 (m, 12H), 3.03 (m, 2H), 2.44 (m, 6H), 2.17 (m, 6H), 1.63-1.60 (m, 6H), 1.27-1.25 (m, 28H), 0.89-0.72 (m, 18H).
工程4
3-1)工程3及び工程4と同様の方法により、化合物46-8から化合物47-8を合成した。
1H-NMR(CDCl3)δ:7.41-7.20 (m, 5H), 6.82 (m, 4H), 6.61 (brs, 3H), 3.79 (s, 6H), 3.69-3.62 (m, 12H), 3.25 (m, 12H), 3.02 (m, 6H), 2.60 (m, 6H), 2.42 (m, 6H), 2.17 (m, 6H), 1.60 (m, 12H), 1.27 (m, 20H), 0.88 (m, 9H).
工程5
3-1)工程5と同様の方法により、化合物47-8の担持量が68.6μmol/gの化合物48-8を得た。
9-1)と同様の方法により、以下の化合物を得た。
化合物47-12
1H-NMR(CDCl3)δ:7.40-7.26 (m, 5H), 6.81 (m, 4H), 6.56 (brs, 3H), 3.79 (s, 6H), 3.69-3.62 (m, 12H), 3.25 (m, 12H), 3.07 (m, 8H), 2.58 (m, 4H), 2.44 (m, 6H), 2.17 (m, 6H), 1.60 (m, 12H), 1.27-1.22 (m, 60H), 0.88 (m, 9H).
化合物47-12の担持量が70.0μmol/gの化合物48-12
工程1
化合物49(20g、77mmol、東京化成工業株式会社)をジクロロメタン(5mL)に溶解し、0℃においてDIEA(13.5mL、77mmol)を加え、室温まで昇温した。その後、室温で一晩撹拌した。反応液を減圧下で濃縮した後に、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=7:3→4:6)で精製し、化合物50(22.5g、59.4mmol)を無色油状物として得た。
1H-NMR(CDCl3)δ:5.18 (brs, 2H), 4.11 (m, 4H), 3.74 (m, 1H), 3.45 (s, 1H), 3.39 (m, 1H), 3.29-3.20 (m, 4H), 0.93 (t, 4H, J = 8.4 Hz), 0.00 (s, 18H).
LC/MS: [M+] m/z: 380
工程2
窒素気流下、化合物50(3.79g、10mmol)のTHF(33mL)溶液に、ビス-(p-ニトロフェニル)カーボネート(3.04g、10mmol)及びDIEA(1.75mL、10mmol)、DMAP(1.2g、10mmol)を加えた後、室温下12時間撹拌した。反応液を減圧下で濃縮し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=4:1→1:1)で精製し、化合物51(4.43g、8.14mmol)を無色油状物として得た。
1H-NMR(CDCl3)δ:8.26 (d, 2H, J = 9.2 Hz), 7.38 (d, 2H, J = 9.2 Hz), 5.20 (brs, 2H), 4.77 (brs, 1H), 4.13 (t, 2H, J = 8.8 Hz), 3.51-3.46 (m, 4H), 0.93 (m, 4H), 0.00 (m, 18H).
LC/MS: [M+] m/z: 545
工程3
3-2)の工程2及び工程3と同様の方法により、化合物51から化合物52を合成した。
1H-NMR(CDCl3)δ:7.41-7.20 (m, 5H), 6.82 (m, 4H), 3.79 (s, 6H), 3.72-3.62 (m, 4H), 3.22-3.01 (m, 6H), 1.29 (m, 6H).
2-へキシルデカン酸(110mg、0.428mmol)のジクロロメタン(2mL)-DMF(2.5mL)溶液にDIEA(0.102mL、0.583mmol)、HBTU(0.162g、0.428mmol)を加え、室温で激しく30分撹拌した。得られた褐色溶液に対して、室温で化合物52(0.110g、0.194mmol)を加えて室温で24時間撹拌した。反応液を減圧下で濃縮した後に、残渣を酢酸エチルで希釈後、水で有機層を3回洗浄し、有機層を無水硫酸マグネシウムで乾燥した。固体をフィルター濾去したのちに、ろ液を減圧下で濃縮した。残渣をアミノシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-へキサン:酢酸エチル=1:0→1:1)で精製し、化合物53-5-7(90mg、0.086mmol)を白色アモルファスとして得た。
1H-NMR(CDCl3)δ:7.42-7.19 (m, 5H), 6.83 (m, 4H), 4.81 (brm, 1H), 4.65 (brs, 1H), 3.79 (s, 6H), 3.67 (m, 2H), 3.46-3.39 (m, 3H), 3.25 (m, 1H), 3.11 (m, 3H), 2.05 (m, 2H), 1.78 (m, 1H), 1.55-1.24 (m, 48H), 0.84 (m, 12H).
工程5
3-1)工程4と同様の方法により、化合物53-5-7から化合物54-5-7を合成した。
1H-NMR(CDCl3)δ:7.42-7.19 (m, 5H), 6.83 (m, 4H), 6.65 (brs, 1H), 6.52 (brs, 1H), 5.86 (brs, 1H), 4.65 (m, 1H), 4.38 (brs, 1H), 4.13 (m, 1H), 3.79 (s, 6H), 3.41 (m, 4H), 3.02 (m, 4H), 2.55 (m, 4H), 2.05 (m, 2H), 1.78 (m, 1H), 1.55-1.24 (m, 48H), 0.84 (m, 12H).
LC/MS: [M-] m/z: 1142
工程6
3-1)工程5と同様の方法により、化合物54-5-7の担持量が70.0μmol/gの化合物55-5-7を合成した。
3-1)工程1と同様の方法により、化合物56(6.94g、24.4mmol、東京化成工業株式会社)から化合物57を合成した。
1H-NMR(CDCl3)δ:8.30 (d, 2H, J =9.2 Hz), 7.45 (m, 2H), 6.32 (brs, 2H), 4.75 (brs, 1H), 4.55 (brs, 1H), 3.51 (m, 6H), 1.87 (m, 1H), 1.70 (m, 1H), 1.67 (m, 16H), 1.25 (m, 6H), 1.21 (m, 6H), 1.03 (m, 12H), 0.88 (m, 42H).
LC/MS: [M+] m/z: 789
工程2
3-1)工程2~4と同様の方法により、化合物57から化合物58を合成した。
1H-NMR(CDCl3)δ:7.42-7.18 (m, 6H), 6.80 (d, 4H, J = 8.4 Hz), 5.89 (brs, 1H), 4.62 (brs, 1H), 4.38 (brs, 1H), 4.14 (brs, 1H), 3.79 (s, 6H), 3.57-3.34 (m, 4H), 3.05 (m, 6H), 2.66-2.57 (m, 4H), 1.87 (m, 1H), 1.75 (m, 1H), 1.66 (m, 1H), 1.56 (m, 16H), 1.45 (m, 6H), 1.25 (m, 6H), 1.03 (m, 12H), 0.88 (m, 42H).
LC/MS: [M-] m/z: 1198
工程3
3-1)工程5と同様の方法により、化合物58の担持量が53.4μmol/gの化合物59を合成した。
窒素気流下、化合物52(307mg、0.389mmol)のTHF(3mL)溶液に、DIEA(0.102mL、0.583mmol)、DMAP(23.8mg、0.194mmol)、11)の工程1で得られた化合物57(110mg、0.194mmol)を加えて、55℃で5時間撹拌した。その後反応溶液を室温で一晩静置した。反応液を酢酸エチルで希釈後、水で有機層を3回洗浄し、有機層を無水硫酸マグネシウムで乾燥した。固体をフィルター濾去したのちに、ろ液を減圧下で濃縮した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=1:0→1:1)で精製し、化合物60(100mg、0.054mmol)を白色アモルファスとして得た。
LC/MS: [M+3H]3+ m/z: 622
工程2
3-1)工程4と同様の方法により、化合物60から化合物61を合成した。
LC/MS: [M+2H]2+ m/z: 983
工程3
3-1)工程5と同様の方法により、化合物61の担持量が47.7μmol/gの化合物62を合成した。
工程1
窒素気流下、化合物63(Nucleic Acids Research, Volume 42, Issue 13, 29 July 2014, Pages 8796-8807参照、0.621g、1.48mmol)のジクロロメタン溶液(29mL)溶液に、DMAP(181mg、1.48mmol)、DIEA(0.258mL、1.48mmol)、3-1)工程1と同様の方法により得られた化合物9-12(1.0g、1.48mmol)を加えて、加熱還流下で4時間撹拌した。反応液を減圧下で濃縮後、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(クロロホルム:メタノール=1:0→9:1)で精製し、化合物64-12(1.0g、1.05mmol)を無色油状物として得た。
LC/MS: [M+H] m/z: 955
工程2
1-1)工程2と同様の方法により、化合物64-12から化合物65-12を合成した。
31P-NMR(CDCl3)δ:147.9, 147.6, 147.4, 146.3
工程1
9-フルオレニルメチル-N-ヒドロキシスクシンイミド(4.00g、11.87mmol、渡辺化学工業株式会社)のメタノール懸濁液(40.0mL)に、室温で化合物1(1.07g、11.87mmol)のメタノール溶液(10.0mL)を加え、1.5時間撹拌した。反応液にピリジン塩酸塩(3.02g、26.1mmol)を加えて10分間撹拌した後に、ろ過した。ろ液を濃縮後、得られた粗製物をシリカゲルカラムクロマ卜グラフィ一(クロロホルム:メタノール=90:10→75:25)で精製し、白色固体物質として化合物66(1.53g、37%)を得た。
1H-NMR (DMSO-D6) δ: 7.90 (2H, d, J = 7.5 Hz), 7.82 (2H, s), 7.70 (2H, d, J = 7.4 Hz), 7.44-7.41 (3H, m), 7.34 (2H, t, J = 7.4 Hz), 5.53 (1H, d, J = 5.0 Hz), 4.32 (2H, d, J = 7.0 Hz), 4.22 (1H, t, J = 6.7 Hz), 3.71 (1H, s), 3.12-3.06 (1H, m), 3.03-2.96 (1H, m), 2.87 (1H, dd, J = 12.9, 2.6 Hz), 2.60 (1H, dd, J = 12.9, 9.2 Hz).
ESI-MS(m/z) : 313 (M+1).
工程2
パルミチン酸(300mg、1.17mmol)をDMF(6.0mL)、ジクロロメタン溶液(2.0mL)に溶解し、DIEA(0.31mL、1.76mmol)、HBTU(489mg、1.29mmol)を加え、室温で激しく30分間撹拌した。得られた白濁溶液に対して、室温で化合物66(409mg、1.17mmol)を加えて3日間撹拌した。反応液に飽和重そう水(8.0mL)と水(2.0mL)を加え反応を停止した後に、白色固体をろ取した。得られた固体を水(40mL)で洗浄後、白色固体として化合物67-14(719mg、quant.)を得た。
1H-NMR (DMSO-D6) δ: 7.89 (2H, d, J = 7.4 Hz), 7.77 (1H, t, J = 5.6 Hz), 7.70 (2H, d, J = 7.4 Hz), 7.41 (2H, t, J = 7.3 Hz), 7.33 (2H, t, J = 7.3 Hz), 7.22 (1H, t, J = 5.8 Hz), 4.95 (1H, s), 4.28-4.19 (3H, m), 3.51 (2H, t, J = 5.6 Hz), 3.14-3.08 (2H, m), 3.02-2.89 (4H, m), 2.07 (2H, t, J = 7.5 Hz), 1.47 (2H, s), 1.22 (19H, s), 0.94 (2H, d, J = 6.5 Hz), 0.85 (3H, t, J = 6.8 Hz).
ESI-MS(m/z) : 552 (M+1).
工程3
3-1)工程1~4と同様の方法により、化合物67-14から化合物68-14を合成した。
ESI-MS (m/z) : 1125 (M-H). HPLC Peak RT = 1.09 min
工程4
3-1)工程5と同様の方法により、化合物68-14の担持量が108μmol/gの化合物69-14を合成した。
工程1
パルミチン酸(209mg、0.81mmol)をDMF(6.0mL)に溶解し、HBTU(309mg、0.81mmol)を加え、室温で10分間撹拌した。反応液に化合物70-3(300mg、0.81mmol、渡辺化学工業株式会社)とDIEA(0.14mL、0.81mmol)を加えて50℃で5分間撹拌した後、室温で3時間撹拌した。反応液へ2M塩酸を加えて酢酸エチルで抽出した。有機層を飽和食塩水で洗浄後、硫酸ナトリウムで乾燥した。溶媒を減圧留去し、得られた粗製物をシリカゲルカラムクロマ卜グラフィ一(クロロホルム:メタノール=100:0→90:10)で精製し、白色固体物質として化合物71-3-14(491mg、99%)を得た。
1H-NMR (CDCl3) δ: 7.76 (2H, d, J = 7.4 Hz), 7.58 (2H, d, J = 6.9 Hz), 7.39 (2H, t, J = 7.3 Hz), 7.30 (2H, t, J = 7.4 Hz), 6.43 (1H, d, J = 7.3 Hz), 5.08 (1H, s), 4.58-4.18 (5H, m), 3.19-3.06 (3H, m), 2.21 (2H, t, J = 7.6 Hz), 1.90-1.24 (30H, m), 0.87 (3H, t, J = 6.5 Hz).
ESI-MS(m/z) : 608 (M+1).
工程2
化合物71-3-14(240mg、0.40mmol)をアセトニトリル(2.5mL)、ジクロロメタン溶液(5.0mL)に懸濁し、DIEA(0.21mL、1.19mmol)、HBTU(165mg、0.44mmol)を加え、室温で15分間撹拌した。米国特許出願公開第2009/259030号明細書を参照し、合成した6-アミノ-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)ヘキサンー1-オール(178mg、0.40mmol)のアセトニトリル(2.5mL)溶液を反応液に加えて室温で3時間撹拌した。反応液へ飽和重曹水を加えて酢酸エチルで抽出した。有機層を水、飽和食塩水で洗浄後、硫酸ナトリウムで乾燥した。溶媒を減圧留去し、得られた粗製物をシリカゲルカラムクロマ卜グラフィ一(ヘキサン:酢酸エチル=70:30→10:90)で精製し、白色固体物質として化合物72-3-14(146mg、36%)を得た。
1H-NMR (CDCl3) δ: 7.76 (2H, d, J = 7.5 Hz), 7.58 (2H, d, J = 7.5 Hz), 7.39 (4H, t, J = 7.4 Hz), 7.32-7.28 (8H, m), 7.20 (1H, t, J = 7.3 Hz), 6.82 (4H, d, J = 8.8 Hz), 6.21-6.15 (2H, m), 4.96 (1H, d, J = 6.1 Hz), 4.42-4.28 (3H, m), 4.20 (1H, t, J = 6.8 Hz), 3.78 (6H, s), 3.65-3.60 (2H, m), 3.24-3.18 (4H, m), 3.05 (1H, dd, J = 9.1, 7.3 Hz), 2.62 (1H, t, J = 5.6 Hz), 2.16 (2H, t, J = 7.0 Hz), 1.84-1.76 (2H, m), 1.55-1.23 (38H, m), 0.88 (3H, t, J = 6.8 Hz).
ESI-MS(m/z) : 1039 (M+1).
工程3
3-1)工程1~4と同様の方法により、化合物72-3-14から化合物73-3-14を合成した。
ESI-MS (m/z) : 1137 (M-H). HPLC Peak RT = 1.34 min
工程4
3-1)工程5と同様の方法により、化合物73-3-14の担持量が120μmol/gの化合物74-3-14を合成した。
(式中、n’’は2~29の整数である。)
16-1)化合物75-2の合成
化合物2-2(300mg、3.40mmol)のTHF溶液(4.5mL)にN-ヒドロキシコハク酸イミド(431mg、3.75mmol)を加えた。続いて、N,N’-ジシクロヘキシルカルボジイミド(773mg、3.75mmol)のTHF溶液(1.5mL)加え、室温で2時間撹拌した。生成した固体をろ過で除いた後、ろ液を濃縮して化合物75-2(476mg、75%)を無色油状物質として得た。
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.84 (4H, s), 2.59 (2H, t, J = 7.3 Hz), 1.84-1.74 (2H, m), 1.05 (3H, t, J = 7.5 Hz).
ESI-MS(m/z) : 186 (M+1).
化合物75-6(803mg、77%)、白色固体物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.83 (4H, s), 2.60 (2H, t, J = 7.5 Hz), 1.78-1.71 (2H, m), 1.42-1.29 (8H, m), 0.88 (3H, t, J = 6.5 Hz).
ESI-MS(m/z) : 242 (M+1).
化合物75-10(232mg、52%)、白色固体物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.84 (4H, s), 2.60 (2H, t, J = 7.5 Hz), 1.78-1.71 (2H, m), 1.42-1.20 (16H, m), 0.88 (3H, t, J = 6.8 Hz).
ESI-MS(m/z) : 298 (M+1).
化合物75-12(402mg、56%)、白色固体物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.83 (4H, s), 2.60 (2H, t, J = 7.6 Hz), 1.78-1.70 (2H, m), 1.40 (2H, t, J = 6.8 Hz), 1.26 (18H, s), 0.88 (3H, t, J = 6.8 Hz).
化合物75-16(256mg、62%)、白色固体物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.84 (4H, s), 2.60 (2H, t, J = 7.5 Hz), 1.78-1.70 (2H, m), 1.44-1.26 (24H, m), 0.88 (3H, t, J = 6.8 Hz).
化合物75-18(310mg、79%)、白色固体物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.84 (4H, s), 2.60 (2H, t, J = 7.5 Hz), 1.78-1.70 (2H, m), 1.42-1.25 (32H, m), 0.88 (3H, t, J = 6.8 Hz).
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.84 (4H, s), 2.59 (2H, t, J = 7.5 Hz), 1.79-1.71 (2H, m), 1.63-1.53 (1H, m), 1.32-1.26 (2H, m), 0.90 (6H, d, J = 6.7 Hz).
ESI-MS(m/z) : 228 (M+1).
化合物77(302mg、60%)、無色油状物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.83 (4H, d, J = 4.0 Hz), 2.63-2.56 (1H, m), 1.82-1.56 (4H, m), 1.43-1.31 (4H, m), 1.03 (3H, t, J = 7.5 Hz), 0.92 (3H, t, J = 7.0 Hz).
ESI-MS(m/z) : 242 (M+1).
化合物78(224mg、54%)、無色油状物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.83 (4H, d, J = 4.8 Hz), 2.68-2.61 (1H, m), 1.78-1.68 (2H, m), 1.63-1.54 (2H, m), 1.43-1.26 (20H, m), 0.89-0.86 (6H, m).
化合物79(296mg、84%)、白色固体物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.82 (4H, s), 2.68-2.60 (1H, m), 1.74-1.68 (2H, m), 1.61-1.56 (2H, m), 1.40-1.25 (64H, m), 0.88 (6H, t, J = 6.5 Hz).
化合物80(373mg、82%)、白色固体物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 2.83 (4H, s), 2.60 (2H, t, J = 7.5 Hz), 1.76-1.67 (6H, m), 1.45-1.37 (2H, m), 1.26-1.11 (7H, m), 0.90-0.82 (2H, m).
ESI-MS(m/z) : 282 (M+1).
化合物81(476mg、quant.)、白色油状物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 3.68-3.63 (6H, m), 3.49-3.47 (2H, m), 3.01 (2H, t, J = 7.1 Hz), 2.87-2.82 (4H, m), 2.74 (2H, t, J = 7.1 Hz).
ESI-MS(m/z) : 285 (M+1).
化合物82(459mg、quant.)、無色油状物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 5.40-5.33 (4H, m), 2.83 (4H, s), 2.77 (2H, t, J = 6.3 Hz), 2.60 (2H, t, J = 7.5 Hz), 2.05 (4H, q, J = 6.7 Hz), 1.78-1.71 (2H, m), 1.43-1.26 (14H, m), 0.89 (3H, t, J = 6.7 Hz).
ESI-MS(m/z) : 378 (M+1).
化合物83(433mg、quant.)、無色油状物質
1H-NMR (CDCl3) δ: 8.01 (1H, d, J = 8.3 Hz), 7.88 (1H, d, J = 7.9 Hz), 7.77 (1H, d, J = 7.7 Hz), 7.58-7.49 (2H, m), 7.45-7.39 (2H, m), 3.53 (2H, t, J = 8.0 Hz), 3.06 (2H, t, J = 8.0 Hz), 2.86 (4H, s).
ESI-MS(m/z) : 298 (M+1).
ESI-MS (m/z) : 324 (M+H). HPLC Peak RT = 1.29 min
1H-NMR (CDCl3) δ: 8.31 (2H, d, J = 9.2 Hz), 7.48 (2H, d, J = 9.2 Hz), 2.62 (2H, t, J = 6.7 Hz), 2.16 (3H, s), 2.12 (6H, s), 1.87-1.74 (2H, m), 1.60-1.05 (24H, m), 0.87-0.83 (12H, m).
ESI-MS(m/z) : 596 (M+1).
工程1
15-1)工程1~3と同様の方法により、化合物70-3及び化合物9-12から化合物89-3-12を合成した。
LC/MS: Rt=2.48min [M-] m/z: 1435
工程2
3-1)工程5と同様の方法により、化合物89-3-12の担持量が68μmol/gの化合物90-3-12を合成した。
工程1
15-1)工程1と同様の方法により、化合物91-3から化合物92-3-12を淡赤色固体(1.11g)として得た。
1H-NMR (CDCl3) δ: 6.16 (1H, d, J = 7.7 Hz), 5.64 (1H, m), 4.58 (1H, td, J = 8.1, 4.6 Hz), 3.74 (3H, s), 3.27-3.23 (2H, m), 2.23-2.16 (4H, m), 1.86-1.82 (2H, m), 1.74-1.28 (48H, m), 0.88 (6H, t, J = 6.8 Hz).
工程2
化合物92-3-12(1.17g)をTHF(12mL)に溶解し、2M水酸化ナトリウム水溶液(2mL)を加え一晩撹拌した。アセトニトリル(40mL)を加えることで生成した沈殿物をろ取し、粗固体を得た。その後、酢酸エチル(50mL)に溶解し、1M 塩酸水溶液(40mL)で有機相を洗った。有機層を水洗し、その後飽和食塩水で脱水して無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過、減圧濃縮を行い、化合物93-3-12を無色個体(199mg)として得た(収率18%)。
1H-NMR (CDCl3) δ: 6.82 (1H, d, J = 7.0 Hz), 5.81 (1H, t, J = 6.0 Hz), 4.51 (1H, td, J = 7.4, 4.6 Hz), 3.37 (1H, td, J = 13.8, 6.9 Hz), 3.18 (1H, dt, J = 19.4, 5.7 Hz), 2.33-2.25 (2H, m), 2.19 (2H, t, J = 7.7 Hz), 1.95-1.77 (2H, m), 1.63-1.25 (49H, m), 0.88 (6H, t, J = 6.8 Hz).
工程3
3-1)工程1と同様の方法により、化合物93-3-12から化合物94-3-12を合成した。
m/z 1097.84[M-H]
工程4
3-1)工程5と同様の方法により、化合物94-3-12の担持量が84μmol/gの化合物95-3-12を合成した。
化合物94-3-14
1H-NMR (CDCl3) δ: 7.35-6.82 (13H), 6.47 (1H, m), 6.20 (1H, t, 6 Hz), 6.02 (1H, t, 6 Hz), 4.51 (1H, q, J = 7.5 Hz), 4.42 (1H, dd, J = 8.1, 3.6 Hz), 4.18 (1H, d, J = 5.6 Hz), 4.09 (1H, dd, J = 11.0, 4.3 Hz), 3.77 (6H, s), 3.42-2.97 (8H, m), 2.72-1.74 (12H, m), 1.60-1.15 (58H, m), 0.88 (6H, t, J = 6.8 Hz).
化合物94-3-14の担持量が60μmol/gの化合物95-3-14
化合物94-3-16
1H-NMR (CDCl3) δ: 8.02-6.81 (13H), 6.40 (1H, dd, J = 8.9, 4.4 Hz), 6.18 (1H, t, J = 6.4 Hz), 5.97 (1H, t, J = 6.5 Hz), 4.53 (1H, dd, J = 15.9, 7.4 Hz), 4.44 (1H, d, J = 11, 4 Hz), 4.20-4.15 (1H, m), 4.09 (1H, dd, J = 11.1, 4.0 Hz), 3.79 (6H, s), 3.45-3.00 (8H, m), 2.78-2.42 (4H, m), 2.20 (4H, m), 2.04-1.24 (62H, m), 0.88 (6H, t, J = 6.8 Hz).
化合物94-3-16の担持量が65μmol/gの化合物95-3-16
化合物94-2-14
m/z 1138.74[M―H]
化合物94-2-14の担持量が77μmol/gの化合物95-2-14
20-1)工程1~3と同様の方法により、化合物78から化合物96を合成した。
m/z 1153.04[M―H]
工程2
3-1)工程5と同様の方法により、化合物96の担持量が52μmol/gの化合物97を合成した。
工程1
15-1)工程1~3と同様の方法により、化合物98-3より化合物99-3-18を合成した。
1H-NMR (CDCl3) δ: 7.42 (2H, d, J = 7.4 Hz), 7.30 (5H, d, J = 8.7 Hz), 7.19 (1H, t, J = 7.2 Hz), 6.81 (5H, d, J = 8.7 Hz), 6.74 (1H, t, J = 5.8 Hz), 6.26 (1H, t, J = 5.9 Hz), 5.55 (1H, t, J = 5.9 Hz), 4.72-4.67 (1H, m), 3.79 (6H, s), 3.58-3.49 (17H, m), 3.32-3.27 (6H, m), 3.14 (2H, q, J = 6.5 Hz), 3.04 (2H, d, J = 5.4 Hz), 2.49-2.46 (4H, m), 2.20 (5H, t, J = 7.5 Hz), 1.76-1.72 (4H, m), 1.65-1.62 (10H, m), 1.42-1.41 (3H, m), 1.25 (68H, s), 0.88 (6H, t, J = 6.6 Hz).
工程2
3-1)工程5と同様の方法により、化合物99-3-18の担持量が56μmol/gの化合物100-3-18を合成した。
ペプチドN末端の合成においては、Fmoc-Lys(Fmoc)-OH(渡辺化学工業株式会社)を用いて上記と同様にペプチド伸長・脱保護反応を行った後、ミリスチン酸を樹脂上のペプチドと縮合(300umol ミリスチン酸、300umol HBTU、600umol DIEA、クロロホルム/NMP(1:1) 2mL/100umol resin)することで、脂質ペプチドを合成した。切り出し溶液(TFA 92.5%、H2O 2.5%、TIS 2.5%、DODT 2.5%、2mL/100umol resin)を合成カラムに加えて室温で一時間反応させた後ろ過し、ろ液に溶媒(アセトニトリル又は水)を加え、沈殿物を回収した。該沈殿物をDMSOに溶解し、逆相精製(YMC Pack C4、150x10mmI.D.、流速 3-5mL/min、10mM TEAA-アセトニトリル、イソクラティック溶出(50%アセトニトリルで流した後、95%アセトニトリルで溶出)、検出 260nm、280nm)を行った。回収したフラクションを濃縮、凍結乾燥して脂質ペプチド(例えば化合物101及び102等)を白色固体として得た。
化合物101 [M+H]+, calc. 997.68824, obs. 997.4476
化合物102 [M+H]+, clac. 1082.77739, obs. 1082.7048
ESI-MS, [M+H]+ calc. 688.26534, obs. 688.4007
1-1)工程1及び3-1)工程1と同様の方法により、化合物104より化合物105-14を合成した。
ESI-MS(m/z) : 779 (M-H).
6-N-Boc―カプロン酸(1.0g、Sigma―Aldrich)をDMF(20mL)に溶解し、DIEA(2.3mL)とHBTU(1.8g)を加えて室温で15分間撹拌した。化合物106(0.45g、東京化成株式会社)を加えて室温で一晩撹拌した。飽和重曹水(50mL)に反応液を加えて酢酸エチル(100mL)で抽出し、有機層を減圧濃縮してフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、A溶媒 クロロホルム/B溶媒 25%メタノール―クロロホルム、15分間で0→5%B溶媒のグラジエント)で精製を行い、化合物107を茶色油状物質(1.12g)として得た(収率44%)。
m/z 585.19[M―H]―(ES Negative mode)、理論値 586.394[M]
工程2
化合物107(1.12g)をジクロロメタン(5.6mL)に溶解し,TFA(5.6mL)を加えて室温で30分間撹拌した。その後、トルエン共沸操作を二回繰り返しTFAを除き、乾燥することで化合物108を橙色オイル状物質(1.9g)として得た。
m/z 387.44[M+H]+(ES Positive mode)、理論値 386.289[M]
工程3
化合物108(1.9g)を1,4-ジオキサン/水(1:1、14.6mL)に溶解し、炭酸水素ナトリウム(1.58g)を加えた。クロロぎ酸9-フルオレニルメチル(1.08g)を加えて加熱しながら撹拌した。炭酸水素ナトリウム(0.79g)を加え、室温まで冷却し固体をろ取した。該固体を酢酸エチルに再溶解し、n―ヘキサンを加えて析出した固体をろ取し、乾燥することで化合物109(1.93g)を白色固体を得た。
m/z 831.46[M+H]+(ES Positive mode)、理論値 830.425[M]
化合物109(0.50g)をジクロロメタン(5mL)に懸濁し、N,N-ジメチルアニリン(0.61mL)と塩化アルミニウム(III)(0.40g)を加えた。1時間還流しながら撹拌し、その後1M塩酸(20mL)を滴下することで反応を停止した。酢酸エチル(2x30mL)を加えて抽出し、得られた有機層を水洗した(2x30mL)。その後飽和食塩水で脱水し、濃縮乾固し、フラッシュクロマトグラフィー(シリカタイプ、A溶媒 クロロホルム/B溶媒 25% メタノール―クロロホルム、12分間で0→50% B溶媒のグラジエント条件)で精製し、化合物110を無色固体(32mg)として得た(収率7%)。
m/z 815.32[M―H]―(ES Negative mode)、理論値 816.410[M]
工程5
3-1)工程4と同様の方法により、化合物110から化合物111を合成した。
m/z 1248.38[M+H]+(ES Positive mode)、理論値 1247.656[M]
工程6
3-1)工程5と同様の方法により、化合物111の担持量が45μmol/gの化合物112を合成した。
化合物113(2g、Sigma―Aldrich)をメタノール(20mL)に溶解し、1,2―ジ(ピリジン―2―イル)ジスルファン(1.91g)を加えて室温で一日撹拌した。1M 塩酸水溶液(50mL)に滴下して反応を停止し、酢酸エチル(2x50mL)で抽出した。得られた有機層を濃縮して化合物114を黄色油状物質(2.44g)として得た(収率83%)。
m/z 340.38[M+H]+(ES Positive mode)、理論値 339.205[M]
工程2
化合物114(1.22g)をメタノール(2mL)に溶解し、L-エチルシステイン塩酸塩(0.53g)を加え室温で一晩撹拌した。アセトニトリル(5mL)を加えて析出した固体をろ取した。該固体をアセトニトリルで洗浄し、乾燥することで化合物115を無色固体(0.98g)として得た(収率72%)。
m/z 378.96[M+H]+(ES Positive mode)、理論値 377.242[M]
工程3
化合物115(400mg)を1,4―ジオキサン(4mL)とテトラヒドロフラン(4mL)と水(1mL)に溶解し、炭酸水素ナトリウム(222mg)とDIEA(462μL)とクロロぎ酸9-フルオレニルメチル(174mg)を加えて室温で3時間撹拌した。クロロぎ酸9-フルオレニルメチル(80mg)を追加して更に室温で1時間撹拌し、反応を完結させた。反応液を水(50mL)と酢酸エチル(50mL)で分液し、得られた有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を減圧濃縮し、フラッシュクロマトグラフィー(シリカタイプ、A溶媒 n―ヘキサン/B溶媒 酢酸エチル、20分間で0→20% B溶媒のグラジエント条件)で精製し、化合物116を無色アモルファス(534mg)として得た(収率84%)。
m/z 599.64[M+H]+(ES Positive mode)、理論値 599.310[M]
化合物116(534mg)をテトラヒドロフラン(5.3mL)に溶解し、1M 水酸化ナトリウム水溶液(2mL)を加え、室温で一晩撹拌した。反応溶液を1M 塩酸水溶液(40mL)と酢酸エチル(40mL)で分液を行い、得られた有機層を二回水洗した。有機層を飽和食塩水で洗い、有機層を減圧濃縮し、フラッシュクロマトグラフィー(シリカタイプ、A溶媒 クロロホルム/B溶媒 25%メタノール―クロロホルム、15分間で0→20% B溶媒のグラジエント条件)で精製し、目的の化合物117を無色オイル状物質(30mg)として得た(単離収率6%)。
m/z 572.34[M+H]+(ES Positive mode)、理論値 571.279[M]
工程5
16-1)工程1と同様の方法により、化合物117から化合物118を合成した。
m/z 572.34[M+H]+(ES Positive mode)、理論値 571.279[M]
工程6
3-1)工程4と同様の方法により、化合物118から化合物119を合成した。
m/z 1024.34[M+Na]+(ES Positive mode)、理論値 1024.52[M+Na]+
工程7
3-1)工程5と同様の方法により、化合物119の担持量が32μmol/gの化合物120を合成した。
本明細書の実施例に利用したオリゴヌクレオチドはAKTA Oligopilot10(GE Healthcare)、NS-8-I(大日本精機)、NS-8-II(大日本精機)を用いて、ホスホロアミダイト法により合成した。モノマーは上記アミダイト合成で得られたアミダイトを用いて、0.1Mアセトニトリル溶液に調製した。カップリング時間は32秒~10分間とし、1つのモノマーの縮合に8~10当量のアミダイト体を用いた。PO酸化には0.02M Oxidizer(Sigma―Aldrich)、ヨウ素/ピリジン/水/=12.7/9/1(w/v/v)を使用し、PS酸化には50mM DDTT((ジメチルアミノ-メチリデン)アミノ-3H-1,2,4-ジチアゾリン-3-チオン)のアセトニトリル/3-ピコリン1/1(v/v)、1/4(v/v)、アセトニトリル/ピリジン1/4(v/v)溶液を用いた。活性化剤はETT activator(5-エチルチオ)-1H-テトラゾール)(Sigma―Aldrich)、キャッピング試薬はCapA、CapB(Sigma―Aldrich)を使用した。脱トリチル化試薬はDeb(3w/v%TCA CH2Cl2 solution)(和光純薬)、Deb(3w/v% Dichloroacetin acid、Toluene Solution)を使用した。
なお、NA-6、NA-7、NA-21、NA-23は、ジーンデザイン社に核酸合成及びオリゴヌクレオチドの精製を委託することで得た。
1)合成アミダイト体からの合成-1
上記A)で合成した合成アミダイト(例えば、化合物5-n’等)を用いて、上記B)と同様の方法で望みの脂質結合オリゴヌクレオチドを合成した。
2)合成アミダイト体からの合成-2
Biotage社製マイクロウェーブチューブ(2-5ml、10-20ml)に撹拌子、Molecular Sieves 4A 1/16及び上記A)で合成した合成アミダイト(例えば、化合物5-n’等。オリゴヌクレオチドの10~100等量)を入れ、クロロホルム(安定化剤として2-メチル-2-ブテン添加)で0.2Mに調製する。5時間乾燥後、オリゴヌクレオチドが結合した固相(CPG樹脂、ポリスチレン樹脂)、0.25M ETT activator(5-エチルチオ)-1H-テトラゾール)ジクロロメタン溶液(クロロホルムと同量)を加え密閉し、40℃で10分~1時間加熱する。室温へ放冷後、反応溶液をクロロホルムで2倍希釈し、樹脂をろ取する。得られた樹脂をNS-8-I(大日本精機)、NS-8-II(大日本精機)上でPS酸化する。その後乾燥した樹脂を下記D)の脱保護に付し、望みの脂質結合オリゴヌクレオチドを合成する。
上記A)で合成した脂質を担持した樹脂(例えば、化合物13-n’、化合物27-n’、化合物33-s’-t’-u’等)を用いて、上記B)と同様の方法で望みの脂質結合オリゴヌクレオチドを合成した。
4)活性化体からの合成
エッペンチューブ(1.5ml)にアミノ基リンカーを有する1本鎖オリゴヌクレオチド(例えば、NA-23、NA-24等)を入れ、DMSO(0.5% DIEA添加)と重そう水(0.2M NaHCO3)を1:5で加え1mMに調製し、上記A)で合成した化合物(例えば、化合物14-n’等。DMSO溶液としてオリゴヌクレオチドの2~10等量)を入れ、室温~70℃で2時間静置することで、望みの脂質結合オリゴヌクレオチドを合成した。
5)脂質アミノ酸からの合成
アミノ基リンカーを有する1本鎖オリゴヌクレオチド(例えば、NA-23、NA-24等)(1.2umol)と6-マレイミドヘキサン酸 N-ヒドロキシスクシンイミドエステル(26umol)とを混合し、0.1% DIEA存在下、DMSO(1mL)中、2~4時間、室温で反応させ、反応液を限外ろ過した後、凍結乾燥により白色固体を得た。
得られた白色固体と上記A)で合成した化合物(例えば、化合物100、101等。オリゴヌクレオチドの2~50等量)を4mLの溶媒(DMSO/アセトニトリル(1:1)またはDMSO)に溶かし、室温で反応させることで、望みの脂質結合オリゴヌクレオチドを合成した。
6)脂溶性ペプチドからの合成
アミノ基リンカーを有する1本鎖オリゴヌクレオチド(例えば、NA-23、NA-24等)の25mM リン酸ナトリウム緩衝液(pH7.4)に10倍当量のNHS-PEG4-Maleimide (ThermoFisher Scientific社)を加えて、室温下5時間振とう撹拌した。反応液から限外濾過キット(分子量カットオフ3,000)を用いて、過剰のNHS-PEG4-Maleimideを除去した。続いて、上記A)で合成した化合物(例えば、化合物123。オリゴヌクレオチドの3~10等量)を加え、40℃で1時間反応させることで、望みの脂質結合オリゴヌクレオチドを合成した。
1)樹脂からの切り出し、塩基及びリン酸の脱保護
オリゴヌクレオチドの切り出しは28%アンモニア水/40%メチルアミン水溶液/EtOH=4/4/1(v/v)を用いて、室温下で4時間振とうした。1μmol合成の際は、アンモニア溶液を1ml用い、5μmol又は10μmol合成の際は、5ml、10mlそれぞれ用いて切り出し反応を行った。樹脂を50%エタノール水で洗浄後、ろ過液を減圧下で1~5mL程度まで濃縮した。
2)樹脂上でのFmoc及びリン酸の脱保護
C)の5)の合成終了後、樹脂を20%ピぺリジン含有DMF溶液で洗浄した。
脂質を導入していないオリゴヌクレオチドは条件1の逆相HPLCで精製を行った。
逆相HPLCの条件
条件1
移動相 A液:100mM TEAA(triethylammoniumacetate pH7.0)水溶液あるいは100mM AcONa水溶液(pH5.4)
B液:アセトニトリル
B濃度グラジエント:10-30%
(条件1-1)
Column:Hydrosphere C18(YMC社製)100x20mmI.D、S-5 μm、12 nm
流速:10mL/min
カラム温度:室温
検出UV:260nm
(条件1-2)
Column:Hydrosphere C18(YMC社製)150x10mmI.D、S-5 μm、12 nm
流速:4mL/min
カラム温度:室温
検出UV:260nm
条件2
逆相HPLCの条件
化合物の脂溶性に応じ、開始時のB濃度を20%~50%まで調節した
移動相 A液:100mM TEAA(triethylammoniumacetate pH7.0)水溶液あるいは100mM AcONa水溶液(pH5.4)
B液:アセトニトリル
B濃度グラジエント:20-80%
(条件2-1)
Column:YMC-Pack C4(YMC社製)100x20mml.D、S-5 μm、12 nm
流速:10mL/min
カラム温度:室温
検出UV:260nm
(条件2-2)
Column:YMC-Pack C4(YMC社製)150x10mml.D、S-5 μm、12 nm
流速:4mL/min
カラム温度:室温
検出UV:260nm
得られたオリゴヌクレオチドはVivaSpin20(MWCO 3000)(Sartorius社製)、アミコンウルトラ(Amicon Ultra)-4 遠心式フィルターユニット-3Kを用いて、限外濾過を繰り返すことでフラクションに含まれる塩成分を除去した。その後、凍結乾燥にて目的とするオリゴヌクレオチドを粉末として得た。なお、TEAA溶媒を用いて精製したオリゴヌクレオチドに対しては100mM酢酸ナトリウム水溶液(20mL)で塩フォームの変換を行った後に脱塩操作を行った。
得られたオリゴヌクレオチドは、UPLC/MS測定による実測分子量が理論分子量と一致することで、目的の配列が合成できていることを確認した。
条件1(脂質を導入していないオリゴヌクレオチド)
Xevo G2 Tof System(Waters社製)
Column:Aquity OST C18(2.1x50mm)(Waters社製)
移動相 A液:200mM 1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール/8mMトリエチルアミン
B液:メタノール
B濃度グラジエント:10-30%(10min)
温度:50℃
流速:0.2mL/min
条件2(脂質を導入したオリゴヌクレオチド)
Xevo G2 Tof System(Waters社製)
Column:ACQUITY UPLC Protain BEH C4 Column、300Å、1.7μm、2.1mm×100mm、1/pkg(Waters社製)
移動相 A液:200mM 1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール/8mMトリエチルアミン
B液:メタノール
B濃度グラジエント:10-95%(10min)
温度:50℃
流速:0.2mL/min
また、Ab(Abasic)は、以下で示される基である。
Buは以下で示される基である。
(式中、n’は、5~29の整数である。)
L5-n’は、上記A)で合成した化合物5-n’から誘導される基であり、L65-n’は、化合物65-n’から誘導される基である。)
(式中、n’は、5~29の整数である。)
M13-n’は上記A)で合成した化合物13-n’から誘導される基である。
M13a-n’はオリゴヌクレオチド以外の基に結合する基である。例えば、上記A)で合成した化合物124から誘導される基であるM124にM13-n’が結合することを意味する。
(式中、r1は以下の置換基(an’’)~(g)のいずれかで示される基である。)
(式中、n’’は、2~29の整数である。)
M13b-r1は上記A)の化合物13-n’と同様の方法により合成され、化合物75-n’’(置換基(an’’))、化合物77(置換基(b))、化合物78(置換基(c))、化合物80(置換基(d))、化合物83(置換基(e))、化合物82(置換基(f))又は化合物86(置換基(g))から誘導される基である。
(式中、n’は、5~29の整数、s’、t’又はu’は、それぞれ独立して3~20の整数である。)
なお、M27-n’は上記A)で合成した化合物27-n’から誘導される基であり、M33-s’-t’-u’は化合物33-s’-t’-u’から誘導される基である。
(式中、m’及びn’は、それぞれ独立して5~29の整数である。)
なお、M42は上記A)で合成した化合物42から誘導される基であり、M48-n’は化合物48-n’から誘導される基であり、M55-m’-n’は化合物55-m’-n’から誘導される基である。
(式中、n’は、5~29の整数である。)
なお、MNA-102は以下に記載のNA-24と化合物103から上記C)4)に従い誘導される基である。MNA―89は該NA-102と化合物75-12から上記C)4)に従い誘導される基である。
(式中、n’は、5~29の整数である。)
なお、M120は上記A)で合成した化合物120から誘導される基であり、M120-n‘はNA-104と化合物75-n’’から上記C)4)に従い誘導される基である。
(式中、r2は、r1の置換基(an’’)~(e)、(g)及び以下の(h)、(i)のいずれかで示される基である。)
M112b-r2は上記A)の化合物112と同様の方法により合成され、化合物75-n’’(置換基(an’’))、化合物77(置換基(b))、化合物78(置換基(c))、化合物80(置換基(d))、化合物83(置換基(e))、化合物86(置換基(g))、化合物76(置換基(h))又は化合物81(置換基(i))から誘導される基である。
(式中、kは0~4の整数であり、n’は、1~4の整数である。)
なお、M69-n’は上記A)で合成した化合物69-n’から誘導される基であり、M74-kは化合物74-k-14から誘導される基であり、MNA-95は上記A)で合成した化合物95-2-14から誘導される基である。
(式中、r3は、以下の置換基(j)~(l)のいずれかで示される基である。)
なお、M90a及びM90b-r3は、上記A)で合成した化合物90-k-n’及び化合物121(置換基(j))、化合物122(置換基(k))又は上記C)6)に従い化合物123(置換基(l))から誘導される基である。
(式中、kは0~4の整数であり、r4は、以下の置換基(m)~(o)のいずれかで示される基である。)
なお、M95-r4は、上記A)で合成した化合物95-k-14及び化合物88(置換基(m))、化合物3-14(置換基(n))又はヘキシルイソシアネイト(置換基(o))から誘導される基である。
なお、 LNA-22に用いる置換基については、特許文献8の記載を参考に合成した。
MNA-24に用いる置換基については、リンクテクノロジーから購入した。核酸合成樹脂(3’-アミノCPG)を用いて、上記B)と同様の方法でオリゴヌクレオチドを合成することで、3’末端にアミノリンカーを有する核酸誘導体を合成した。
各オリゴヌクレオチドの100μM水溶液を等モル量混合した後、その後75℃下で5分間加温後、室温まで自然冷却させることで二本鎖核酸を得た。二本鎖形成の確認は、サイズ排除クロマトグラフィーにより実施した。
Column:YMC-PAC Diol-120(4.6x300mm)(YMC社製)
移動相:40%アセトニトリル含有1xPBS溶液
流速0.5mL/min
温度:室温
実験1
ヒト子宮頸ガン由来細胞株HeLaは、DMEM Low Glucose(Sigma)+10%ウシ胎児血清(FBS)+Penicillin(100units/mL)+Streptomycin(100ug/mL)で培養した。細胞は、37℃、95~98%湿度及び5%CO2で維持した。自然取り込みによる導入実験では、すべての細胞において、遺伝子導入試薬を用いずにsiRNAを細胞へ導入した。HeLa細胞の培養上清に最終濃度1μMになるよう、核酸医薬としてsiRNAを含む本発明の複合体又は比較例として脂質が結合していないsiRNA(siRNA-1)を添加し、72時間後にCellAmp RNA Prep Kit(Takara)にて細胞を回収し、One Step SYBR PrimeScript PLUS RT-PCR Kit(Takara)により定量的PCRを行った。内在性コントロールとしてGAPDHを使用した。
ヒトHPRT1の発現量を測定するために使用したプライマー配列は、
Fwプライマー:CTACCCTCTGGTAGATTGTCG(配列番号:5);
Rvプライマー:TCGAGAGCTTCAGACTCGTCTA(配列番号:6)
を用いた。ヒトGAPDHの発現量を測定するために使用したプライマー配列は、
Fwプライマー:GCACCGTCAAGGCTGAGAAC(配列番号:7);
Rvプライマー:TGGTGAAGACGCCAGTGGA(配列番号:8)
を用いた。
結果を表16に示す。表には、Gapdhで正規化したHprt1のmRNA量について、未処理細胞に対する割合をノックダウン効率として示した。
マウス肝臓ガン由来細胞株Hepa1c1c7は、MEM Alpha(Thermo Fisher Scientific)+10%ウシ胎児血清(FBS)+Penicillin(100units/mL)+Streptomycin(100ug/mL)で培養した。細胞は、37℃、95~98%湿度及び5%CO2で維持した。自然取り込みによる導入実験では、すべての細胞において、遺伝子導入試薬を用いずにsiRNAを細胞へ導入した。Hepa1c1c7細胞の培養上清に最終濃度2μMになるよう、核酸医薬としてsiRNAを含む本発明の複合体を添加し、72時間後にCellAmp RNA Prep Kit(Takara)にて細胞を回収し、One Step SYBR PrimeScript PLUS RT-PCR Kit(Takara)により定量的PCRを行った。内在性コントロールとしてGapdhを使用し、マウスHprt1の発現量を測定するために使用したプライマー配列は、
Fwプライマー:TTGTTGTTGGATATGCCCTTGACTA(配列番号:9);
Rvプライマー:AGGCAGATGGCCACAGGACTA(配列番号:10)
を用い、
マウスGapdhの発現量を測定するために使用したプライマー配列は、
Fwプライマー:TGTGTCCGTCGTGGATCTGA(配列番号:11);
Rvプライマー:TTGCTGTTGAAGTCGCAGGAG(配列番号:12)
を用いた。
結果を表17に示す。表には、Gapdhで正規化したHprt1のmRNA量について、未処理細胞に対する割合をノックダウン効率として示した。
実験1と同様に、本発明の複合体(siRNA-2、6又は7)又は比較例として脂質が結合していないsiRNA(siRNA-1)をHeLa細胞の培養上清に最終濃度0.5μMになるよう添加し、72時間後に細胞を回収し定量的PCRを行った。内在性コントロールとしてGAPDHを使用した。HPRT1及びGAPDHの発現量を測定するために使用したプライマー配列は、実験1と同一のものと使用した。結果を表18に示す。
(動物)
C57BL/6JJclマウス(オス8週齢及びメス8週齢)を日本クレアから導入した。担癌モデルマウスは次の通り作製した。ヒト上皮様細胞ガン由来細胞株A431を、DMEM Low Glucose(Sigma)+10%ウシ胎児血清(FBS)+Penicillin(100units/mL)+Streptomycin(100ug/mL)で培養した。ヌードマウスBalbc-nu/nu(オス5週齢)の背部に約10万個の細胞を移植した。約10日後に腫瘍の直径が1cm程度に到達したため、実験に供した。
各種マウスへ、生理食塩水(大塚生食注、大塚製薬工場)に溶解した本発明の複合体溶液(siRNA-8~17)、比較例として脂質が結合していないsiRNA(siRNA-18)又はリンカーのみが第2鎖に結合しているsiRNA(siRNA-21)約0.2mLを、マウス個体あたり投与量が50mg/kg若しくは25mg/kgとなるように静脈投与した。オスのマウスへ投与3日後にイソフルラン麻酔下で全血約0.5mL及び肝臓、腎臓、肺、脾臓、脂肪、筋肉、小腸、大腸、精巣、骨、骨髄、胸腺、気道、皮膚、後根神経節、脊髄、及び脳組織を採取した。メスのマウスへ投与3日後にイソフルラン麻酔下で子宮及び卵巣を摘出した。担癌モデルマウスへ投与3日後に腫瘍組織を摘出した。RNA抽出は、摘出組織からはRNeasy 96 Universal Tissue Kit (Qiagen)を用いて、また全血に含まれる血球からはQIAamp RNA Blood Mini Kit (Qiagen)を用いてメーカー推奨プロトコル通りに行った。得られたRNAのうち20ng(後根神経節及び血球)又は100ng(その他組織)を用いて、One Step SYBR PrimeScript PLUS RT-PCR Kit(Takara)による定量的PCRを行った。内在性コントロールとしてGapdhを使用し、マウスHprt1又はマウスGapdhの発現量を測定するために使用したプライマー配列は、実験2と同じである。
結果を表19~21(投与量:50mg/kg)及び表22及び23(投与量:25mg/kg)に示す。各表には、Gapdhで正規化したHprt1のmRNA量について、生理食塩水投与群に対する割合をノックダウン効率として示した。
例えば、上記結果の「骨格筋で高効率なノックダウンが可能なこと」から、本発明の複合体は筋肉で病変を示す疾患、具体的には筋ジストロフィーや筋強直性ジストロフィー、ミオパチー、筋萎縮性側索硬化症、加齢性筋萎縮症、ガン性筋委縮症、脊髄性筋委縮症、重症筋無力症、ギランバレー症候群、多発性筋炎等の疾患に対する活性を示す核酸医薬を包含させることにより、該核酸医薬を骨格筋に送達させ、効果を発揮させることができると考えられ、非常に有用である。
本発明の複合体(siRNA-11)、比較例として脂質が結合していないsiRNA(siRNA-18)又は特許文献8記載の化合物(siRNA-19及び20)20nmolを0.27ユニットのホスホリパーゼA2(和光純薬工業)と10μlの反応バッファー中で反応させた。反応バッファーは10mM Tris-HCl、10mM CaCl2、150mM NaCl2(pH8.5)を用いた。反応開始5分後、15分後、60分後にサンプリングし、溶液中の遊離脂肪酸濃度(uM)を、NEFA測定キット ワコー(和光純薬工業)を用いて測定した。
結果を表24に示す。
Claims (7)
- 標的遺伝子の発現抑制活性を有するオリゴヌクレオチドに
式:
(式中、
A11は、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル又は
式:
で示される基であり、
A1~A10及びA16~A19は、それぞれ独立して単結合、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンであり、
A1及びA2又はA16及びA17は、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンの場合、A1を構成するいずれかの炭素原子とA2を構成するいずれかの炭素原子が一緒になって、又は、A16を構成するいずれかの炭素原子とA17を構成するいずれかの炭素原子が一緒になって、置換芳香族炭素環又は置換非芳香族炭素環を形成していてもよく、
Y1~Y7は、それぞれ独立して単結合又はOであり、
X1、X3及びX6は、それぞれ独立してNR1C(=O)、C(=O)NR1、R2C(=O)NR1又はNR1C(=O)R2であり、
X2、X4、X5及びX7は、それぞれ独立して単結合、NR3C(=O)、C(=O)NR3、R4C(=O)NR3、NR3C(=O)R4又はS-Sであり、
R2及びR4は、それぞれ独立してO又はNR5であり、
R1、R3及びR5は、それぞれ独立して水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
A12及びA14は、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル又は脂溶性物質を含む基であり、
A13、A15、A20及びA21は、それぞれ独立して置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
m、n、p、q、r、s及びtは、それぞれ独立して1又は2である。
ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキレン、アルケニレン及びアルキニレンの置換基は、ハロゲン、ヒドロキシ、カルボキシ、アミノ、イミノ、ホルミル、ホルミルオキシ、カルバモイル、スルファモイル、スルファニル、スルフィノ、スルホ、チオホルミル、チオカルボキシ、ジチオカルボキシ、チオカルバモイル、シアノ、ニトロ、ニトロソ、アジド、ヒドラジノ、ウレイド、アミジノ、グアニジノ、トリアルキルシリル、芳香族炭素環式基、非芳香族炭素環式基、芳香族複素環式基、非芳香族複素環式基、芳香族炭素環カルボニル、非芳香族炭素環カルボニル、芳香族複素環カルボニル又は非芳香族複素環カルボニルであり、該置換基はα群から選択される任意の置換基を1以上有していてもよい。
α群は、ヒドロキシ、アルキル、アルキルオキシ、メルカプト、アルキルチオ、アミノ、アルキルアミノ又はハロゲンである。)
で示される脂質が
リンカーを介して結合している複合体。 - 該脂質が、
A1~A5及びY1~Y5が、単結合であり、
A6~A10が、それぞれ独立して単結合、置換若しくは非置換のアルキレン、置換若しくは非置換のアルケニレン又は置換若しくは非置換のアルキニレンであり、
X1~X5が、NHC(=O)であり、
m、n、p、q及びrが、1である、請求項1記載の複合体。 - A11及びA13が、炭素数が6~30のアルキルである請求項1又は2記載の複合体。
- 該脂質が、オリゴヌクレオチドの3’末端及び/又は5’末端に結合している、請求項1~3いずれかに記載の複合体。
- 該リンカーが、
式:
(式中、
L0はオリゴヌクレオチドに結合し、L6は脂質に結合する。
L0は、単結合、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり、
L1は、式:
(式中、
Zは、それぞれ独立してO又はSであり、
R6は、それぞれ独立してヒドロキシ、アルキル又はアルキルオキシである)で示される基であり、
L2及びL4は、それぞれ独立して単結合又は置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレンであり、
L3は、それぞれ独立して単結合、C(=O)NR7(R7は水素又は置換若しくは非置換のアルキルである)、NR8C(=O)(R8は水素、置換若しくは非置換のアルキル又はR8はL2のアルキレン中の炭素と一緒になって置換若しくは非置換の含窒素環を形成してもよい)又はS-Sであり、
L5は、それぞれ独立して単結合、置換若しくは非置換の炭素数が1~20のアルキレン、C(=O)NR9、NR9C(=O)、NR9、O又は置換若しくは非置換の非芳香族複素環式基であり、
R9は、それぞれ独立して水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル又は置換若しくは非置換のアルキニルであり、
uは、1又は2であり、
L6は、単結合又はアミノ酸リンカーである)
で示される基である、請求項1~5いずれかに記載の複合体。 - 式(C-1)~(C-7)のいずれかで示される複合体。
(式中、
OLは、標的遺伝子の発現抑制活性を有するオリゴヌクレオチドであり、
5’は、該オリゴヌクレオチドの5’末端に結合することを意味し、
3’は、該オリゴヌクレオチドの3’末端に結合することを意味し、
Z1-1は、O又はSであり、
L0-1は、単結合、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり、
L5-1は、単結合、NH又はOであり、
L6-1は、単結合又はアミノ酸リンカーであり、
LIは、式(LI-1)~(LI-9)のいずれかで示される脂質である。
(式中、
A1-1は、単結合又はメチレンであり、
A2-1は、炭素数が1~4の直鎖状のアルキレンであり、
A11-1は、炭素数が7~23の直鎖又は分枝状のアルキルであり、
A12-1は、炭素数が3~23の直鎖若しくは分枝状のアルキル若しくはアルケニル、脂溶性物質を含む基又は式:
で示される基である。)、
(式中、A13-1、A14-1及びA15-1は、炭素数が9~13の直鎖状のアルキルである。)、
(式中、
A20-1及びA21-1は、炭素数が13の直鎖状アルキルであり、
A12-2は、炭素数が15の直鎖状アルキル又は脂溶性物質を含む基である。)
(式中、
A11-2は、炭素数が15の直鎖状アルキルであり、
A12-3は、アミノで置換されている炭素数が1~4の直鎖状アルキルである。)
(式中、
A20-2及びA21-2は、炭素数が13の直鎖状アルキルであり、
A12-4は、アミノで置換されている炭素数が4の直鎖状アルキルである。)
(式中、A11-3及びA12-5は、炭素数が15の直鎖状アルキルである。)
(式中、
A11-4は、炭素数が14の直鎖状アルキルであり、
A12-6は、炭素数が6~12の直鎖状アルキルである。) - 請求項1~6いずれかに記載の複合体を含む、医薬組成物。
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