WO1996000784A1 - Fragments d'acide nucleique et fragments peptidiques correspondants issus du genome du virus de l'arthrite et de l'encephalite caprine (vaec) et leurs applications - Google Patents
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- C12N2740/10011—Retroviridae
- C12N2740/15011—Lentivirus, not HIV, e.g. FIV, SIV
- C12N2740/15022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Definitions
- the caprine arthritis and encephalitis virus is a lentivirus, causing leukoencephalitis in young goats and chronic clinical arthritis in 20-30% of naturally infected adult goats. Arthritis is usually progressive and is particularly severe in the synovial spaces of the carpal joints.
- the immune response to the viral antigen plays an important role in the inflammation of the joints (in particular, the inflammation of the synovial spaces of the carpal joints), in particular due to a massive infiltration of said joints. by lymphocytes, plasma cells and macrophages and by an accumulation of antibodies directed against the protein Env.
- the serum ⁇ having an important titer with respect to the monomeric (38 kDa) and oligomeric TM glycoproteins, are found in goats with progressive arthritis (DP KNO IES et al., J. Virol. , 1990, 64, 2396-2398).
- the present invention relates to nucleic acid fragments, characterized in that they code for a peptide fragment including at least one segment of VAEC Env protein comprising at least one immunodominant epitope and selected from the transmembrane region of said protein, which nucleic acid fragments comprise between 15 and 255 nucleotides.
- TAATTGCA SEQ ID No. 3
- G5 a fragment, corresponding to the positions
- TM3 A fragment, corresponding to positions 8130-8165 of the gene coding for the VAEC Env protein, of sequence GAAGCTATCACAGATAGAATAATGCTATACCAAGAA (SEQ ID No. 5) and coding for a peptide fragment called TM2; - A fragment, corresponding to positions 8160-8204 of the gene coding for the Env protein of VAEC, of sequence CAAGAATTGGATTGTTGGCACTATCATCAATACTGTATAACCTCT (SEQ ID No. 6) and coding for a peptide fragment called TM3; and
- TM4 a fragment, corresponding to positions 8256-8297 of the gene coding for the VAEC Env protein, of sequence TGCACATGGCAGCAGTGGGAGAGAGGATTACAGGGGTATGAT (SEQ ID No. 7) and coding for a peptide fragment called TM4.
- Another subject of the present invention is a peptide fragment, characterized in that it includes at least one segment of VAEC Env protein, selected from the transmembrane region of said protein, comprising between 5 and 85 amino acids and at least one epitope. immunodominant, and in that it is recognized by at least 60% of antibodies produced during an infection and / or during an inoculation with a strain of VAEC.
- epitope means group-specific epitopes, that is to say common to all the strains of VAEC (conserved areas), recognized by the antibodies directed against all strains of VAEC (group recognition).
- the invention includes inter alia: a fragment including a segment of 53 amino acids, called Gl, and which corresponds to positions 665-717 of the Env protein of VAEC; a fragment including a segment of 82 amino acids, called G2, and which corresponds to positions 670-751 of said Env protein;
- TM3 a fragment including a segment of 15 amino acids, called TM3, and which corresponds to positions 717-731 of said Env protein, which segment has the sequence: Xaa-Glu-Leu-Asp-Cys-Trp-His-Tyr-Xaa-Xaa -Tyr-Cys-Xaa-Thr-Ser (SEQ ID No.
- the amino acid Xaa in position 13 represents Ile or Val; preferably, when the amino acid Xaa at position 9 represents His, the amino acid Xaa at position 10 and the amino acid Xaa at position 1 represent Gln and the amino acid Xaa at position 13 represents Ile and when the amino acid Xaa at position 9 represents Gln, the amino acid Xaa in position 10 and the amino acid Xaa in position 1 represent His and the amino acid Xaa in position 13 represents Val; a fragment including a segment of 14 amino acids, called TM4, and which corresponds to positions 749-762 of said Env protein, which segment has the sequence:
- the peptide fragments G5 or TM3 and G4 or TM4 exhibit a significantly high correlation with the development of the disease and therefore serve as particularly specific markers for the diagnosis of VAEC infection; the G5 or TM3 peptide fragments also serve as markers for the diagnosis of VISNA infection.
- peptide fragment includes all the fragments including a segment of peptides as defined above, as well as the homologous peptides; generally speaking, by homologous peptides, the peptide fragments whose position and function are equivalent, within the VAEC (same location as that defined above, on the VAEC genome). All of said peptides can advantageously be obtained either by cloning or by synthesis, in particular by synthesis of Merrifield.
- the present invention also relates to anti-VAEC antibodies, characterized in that they consist of antibodies specific for at least one peptide fragment originating from the transmembrane region of the Env protein of VAEC, in accordance with the invention.
- the present invention also relates to a method for screening for a VAEC and / or VISNA infection, characterized in that it consists in detecting the antibodies, possibly present in a biological sample, using at least a peptide or fragment of peptides according to the invention, optionally attached to an appropriate solid support, by bringing said biological sample into contact with said peptide (s) or peptide fragment (s), to which the antibodies bind, if such antibodies are present in the sample to analyze, the reading of the result being revealed by an appropriate means, in particular EIA, RIA, fluorescence.
- an appropriate means in particular EIA, RIA, fluorescence.
- the peptide is chosen from TM3 and TM4 or a mixture of these.
- the present invention also relates to a method for screening for a VAEC infection, characterized in that a biological sample suitably treated to extract the DNA and / or the transcription products of the VAEC:
- the present invention also relates to a method for screening for a VAEC infection, characterized in that it consists in detecting the envelope glycoproteins of the VAEC, by bringing together a biological sample to be tested with minus an anti-peptide antibody according to the invention, the reading of the result being revealed by an appropriate means.
- the invention also comprises other provisions, which will emerge from the description which follows, which refers to examples of implementation of the method which is the subject of the present invention.
- nucleotide and amino acid positions which define the various abovementioned env regions, correspond to the positions of the sequences as published in this reference.
- the VAEC-CO clone consists of two plasmids, one containing a large part of the VAEC-CO genome from 5 '-LTR and the second containing a short insert of 321 bp, comprising the sequences coding for the C-terminal part of Env and the 3 'part of the viral LTR.
- the Smal-HindIII fragment of VAEC-CO is subcloned into the plasmid pUC18, as well as the HindIII-HindIII fragment of 321 bp; we obtain a construction called pUC18 env 3.1.
- the plasmid pUC18 env 3.1 is subjected to a partial digestion with DNAase I at 15 ° C. (15 ⁇ g / ml of DNAase I in Tris-HCl, pH 7.4 in the presence of MgCl2, 1.5 mM, for 20 min), so as to obtain different DNA fragments, of approximately 200 bp.
- the selected fragments are extracted with phenol from agarose; the various fragments obtained are then inserted into the EcoRI site of the phage ⁇ gtll.
- the ligation products are then packaged in vi tro.
- a bank of 3.10 ⁇ phages is thus constituted.
- a sample from the ⁇ gtll bank is inoculated on the strain of E. coli Y1090 at a dilution representing 10 ⁇ phages per dish 90 cm in diameter.
- the PCR includes 32 cycles (cycle 1: 94 ° C,
- the E. coli Y1090 probe is infected with 3 ⁇ 10 4 PFUs from the original unamplified library, spread on plates and incubated at 42 ° C. for 4 hours.
- the plates are then covered with nitrocellulose filters, saturated with 10 mM IPTG and incubated for 3 hours at 37 ° C., so as to induce the expression of the fusion protein, ⁇ -galactosidase- Env peptide.
- the TM3 epitope is located in the most conserved env region, while the sequences corresponding to TM1, TM2 and TM4 show variations (FIG. 3A).
- EXAMPLE 2 Screening test for a VAEC infection.
- the bacteria lysates containing the fusion proteins were prepared from lysogenic culture-HPTG.
- nitrocellulose strips are incubated with a goat serum diluted 1: 100/1: 800 overnight at 4 ° C.
- TM1 1 mg / ml
- TM2 0.5 mg / ml
- the ELISA test is carried out as follows: after coating the microtitra ⁇ tion plates, the latter are washed three times with PBS, the residual adsorption sites on the plates are saturated by incubation with 100 ⁇ l of PBS containing milk (1 %) and Tween 20 (0.1%) (ELISA EB buffer) for 2 hours at room temperature.
- optical density is measured at 405 nm on tests carried out in duplicate.
- the results are normalized using, as standard, a set of goat sera, calibrated in a Gag-GST ELISA, produced as described in R.G. ZANONI et al., J. Clin. Microbiol., 1991, 29, 1290-1294.
- TM4, TM2 and TM1 peptides react with the majority of sera, although with lower percentages than for TM3.
- optical density values obtained by ELISA were normalized and expressed as a percentage of reactivity, compared to a reference serum consisting, as specified above, in a set of serums seropositive with respect to VAEC.
- the ELISA reactivities of sera from healthy animals and arthritic animals were compared.
- IR reactivity index
- TM fragments or anti-TM antibodies
- results obtained made it possible to identify the determinants involved in the correlation between serological reactivity and evolution of viral arthritis, and therefore allow better monitoring of this disease.
- the TM3 epitope of the VAEC TM protein has the same location as the immunodominant epitope of other lentiviruses such as the lentiviruses causing immunodeficiency: HIV, SIV and FIV.
- This epitope is located in a region containing a structure defined by two cysteines which is conserved by all of the lentiviruses despite the absence of a homology of the primary sequence.
- cysteines which is conserved by all of the lentiviruses despite the absence of a homology of the primary sequence.
- SIV and FIV the sequence between the cysteines is highly conserved between the different viral isolates of the same species.
- the ELISA TM3 according to the invention is significantly more specific. The only case of reactive serum with TM3 and
- TM4 and negative with the Chekit® test requires additional tools to determine whether it is a true or a false positive.
- SEQ ID NO: 1 TAAGGCAGCT GTCCAGACCC TTGCTAATGC AACTGCTGCA CAGCAGGATG TGTTAGAGGC 60 AACCTATGCC ATGGTACAGC ATGTGGCTAA AGGCGTACGA ATCTTGGAAG CTCGAGTGGC 120 TCGAGATGGAA GCTGATA
- SEQ ID NO: 2 TACAAAAACA GAAGTAGCAA AATATATCAA TTGGACGAGG TTTAAGGATA ATTGCACATG 60 GCAGCAGTGG GAGAGAGGAT TACAGGGTA TGATACAAAC TTAACAATAC TGTTAAAGGA TACAGAAGA 120 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO: 3:
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Abstract
Fragments nucléotides issus du gène env du virus de l'arthrite et de l'encéphalite caprine (VAEC ou CAEV : caprine arthritis-encephalitis virus) et fragments peptidiques correspondants et leurs applications au dépistage de l'encéphalite et de l'arthrite virale caprine. Anticorps anti-fragments peptidiques ainsi que leurs applications au diagnostic de l'encéphalite et de l'arthrite virale. Lesdits fragments d'acide nucléique codent pour un fragment peptidique includant au moins un segment de protéine Env du VAEC comprenant au moins un épitope immunodominant, sélectionné dans la région transmembranaire de ladite protéine, lesquels fragments d'acide nucléique comprennent entre 15 et 255 nucléotides.
Description
FRAGMENTS D'ACIDE NUCLEIQUE ET FRAGMENTS PEPTIDIQUES CORRESPONDANTS ISSUS DU GENOME DU VIRUS DE L'ARTHRITE ET DE L'ENCEPHALITE CAPRINE (VAEC) ET LEURS APPLICATIONS.
La présente invention est relative à des frag- ments nucleotidiques issus du gène env du virus de l'arthrite et de l'encéphalite caprine (VAEC ou CAEV : caprine arthri tis-encephali tis virus) et aux fragments peptidiques correspondants et à leurs applications au dépistage de l'encéphalite et de l'arthrite virale caprine ; la présente invention est également relative à des anticorps anti-fragments peptidiques ainsi qu'à leurs applications au diagnostic de l'encéphalite et de l'arthrite virale.
Le virus de 1 'arthrite et de 1 'encéphalite caprine est un lentivirus, entraînant une leucoencépha- lite chez les jeunes chèvres et une arthrite chronique clinique, chez 20 à 30 % des chèvres adultes infectées naturellement. L'arthrite est habituellement progressive et est particulièrement sévère au niveau des espaces synoviaux des articulations carpiennes.
La séquence nucléotidique de la souche VAEC-CO a été séquencée et décrite (M. SALTARELLI et al., Virol. , 1990, 179, 347-364), à partir de clones infectieux, obte¬ nus à partir de fragments HindIII, transfectés dans des cellules de membrane synoviale de chèvre. Le génome com¬ prend 9189 nucleotides et inclut successivement la séquence codant pour le LTR, les séquences codant pour les différentes protéines virales : protéine Gag, pro¬ téine Pol, la protéine de régulation Q, la protéine Tat, les protéines d'enveloppe et la protéine Rev.
L'organisation du gène env, codant pour la glycoprotéine d'enveloppe du VAEC est similaire à celle des virus du mouton (virus VISNA) et comprend une séquence codant pour une protéine de surface (SU) et une séquence codant pour une protéine transmembranaire (TM) , qui forment la glycoprotéine d'enveloppe.
Les protéines d'enveloppe du VAEC sont consi¬ dérées comme étant au centre de la relation hôte-virus ; leur étude est donc essentielle pour comprendre 1 ' interaction du virus avec le système immunitaire (épitopes neutralisants, épitopes B et T) et avec les cellules-cibles de l'infection et pour mettre au point des réactifs de diagnostic performants.
La sévérité de la maladie chez les animaux infectés semble directement corrélée au taux d'anticorps anti-protéine d'enveloppe virale (Env), et en particulier au taux d'anticorps anti-protéine transmembranaire (TM) et/ou au taux d'anticorps anti-protéine de surface (SU) de ladite protéine d'enveloppe Env (T.C. cGUIRE et al. J. Virol., 1992, 66., 5, 3247-3250 ; D.P. KNOWLES et al., 1991, J. Virol., 1991, 6.5, 11, 5744-5750) .
En effet, la réponse immune à l'antigène viral joue un rôle important dans l'inflammation des articula¬ tions (en particulier, l'inflammation des espaces syno¬ viaux des articulations carpiennes) , notamment en raison d'une infiltration massive desdites articulations par des lymphocytes, plasmocytes et macrophages et par une accu¬ mulation d'anticorps dirigés contre la protéine Env.
En particulier, les séru ε, présentant un titre important vis-à-vis des glycoprotéines TM monomé- rique (38 kDa) et oligomerique, se retrouvent chez les chèvres présentant une arthrite progressive (D.P. KNO IES et al., J. Virol., 1990, 64, 2396-2398) .
En outre, les chèvres, vaccinées avec du virus de l'arthrite et de l'encéphalite caprine inactivé, déve- loppent une arthrite plus sévère, après infection en laboratoire, que les animaux contrôles (McGUIRE et al;, J. Vet. Res., 1986, 47, 537-540) .
Il est donc crucial d'établir une surveillance constante des troupeaux, afin d'éviter la propagation de la maladie, en particulier en excluant le plus rapidement possible les animaux malades.
A l'heure actuelle, l'arthrite à VAEC est essentiellement diagnostiquée à l'aide de tests sérolo- giques, basés sur une préparation de virus entier ; de tels tests présentent l'inconvénient d'être difficiles à préparer et d'être coûteux ; ils nécessitent également une mise au point particulièrement délicate (problème de standardisation) et peuvent, en outre, entraîner des réactions faussement négatives et/ou des réactions faus¬ sement positives. II existe également d'autres tests (tests
ELISA) , utilisant .des protéines recombinantes Gag ; de tels tests présentent également 1 ' inconvénient d'entraîner des réactions faussement négatives et/ou faussement positives et créent, en outre, des problèmes de bruit de fond.
Or, il est absolument crucial de disposer d'un test fiable et peu coûteux, de manière à pouvoir tester l'ensemble des troupeaux, pour éviter une contagion mas¬ sive (notamment par le lait) (programme d'éradication) . La présente invention s'est, en conséquence, donné pour but de pourvoir à des réactifs aptes à dépis¬ ter l'arthrite à VAEC, qui répondent mieux aux besoins de la pratique, notamment en permettant la mise au point de tests diagnostics hautement spécifiques (absence de faux- positifs et de faux négatifs) ne comportant en outre au¬ cun risque pour l'utilisateur et permettant un dépistage rapide de l'ensemble des troupeaux.
La présente invention a pour objet des frag¬ ments d'acide nucléique, caractérisés en ce qu'ils codent pour un fragment peptidique incluant au moins un segment de protéine Env du VAEC comprenant au moins un épitope immunodominant et sélectionné dans la région transmembra¬ naire de ladite protéine, lesquels fragments d'acide nu¬ cléique comprennent entre 15 et 255 nucleotides. Parmi ces fragments d'acide nucléique, on peut citer :
un fragment, correspondant aux positions 8003-8163 du gène codant pour la protéine Env du VAEC, de séquence TAAGGCAGCTGTCCAGACCCTTGCTAATGCAACTGCTGCACAGCAGGA TGTGTTAGAGGCAACCTATGCCATGGTACAGCATGTGGCTAAAGGCGTACGAATCTT GGAAGCTCGAGTGGCTCGAGTGGAAGCTATCACAGATAGAATAATGCTATACCAAG (SEQ ID n°l) , et codant pour un fragment peptidique dénommé Gl ;
- un fragment, correspondant aux positions 8019-8264 du gène codant pour la protéine Env du VAEC, et codant pour un fragment peptidique dénommé G2 ;
- un fragment, correspondant aux positions 7991-8107 du gène codant pour la protéine Env du VAEC, et codant pour un fragment peptidique dénommé G3 ;
- un fragment, correspondant aux positions 8204-8360 du gène codant pour la protéine Env du VAEC, de séquence TACAAAAACAGAAGTAGCAAAATATATCAATTGGACGAGGTTTAAGGA TAATTGCACATGGCAGCAGTGGGAGAGAGGATTACAGGGGTATGATACAAACTTAAC AATACTGTTAAAGGAATCAGCAGCAATGACACAACTAGCAGAAGAGCAAGCA (SEQ ID n°2), et codant pour un fragment peptidique dénommé G4 ;
- un fragment, correspondant aux positions 8090-8259 du gène codant pour la protéine Env du VAEC, de séquence TAAAGGCGTACGAATCTTGGAAGCTCGAGTGGCTCGAGTGGAAGCTAT CACAGATAGAATAATGCTATACCAAGAATTGGATTGTTGGCACTATCATCAATACTG TATAACCTCTACAAAAACAGAAGTAGCAAAATATATCAATTGGACGAGGTTTAAGGA
TAATTGCA (SEQ ID n°3), et codant pour un fragment peptidique dénommé G5 ; un fragment, correspondant aux positions
8049-8093 du gène codant pour la protéine Env du VAEC, de séquence GATGTGTTAGAGGCAACCTATGCCATGGTACAGCATGTGGCTAAA
(SEQ ID n°4) , et codant pour un fragment peptidique dénommé TMl ;
- un fragment, correspondant aux positions 8130-8165 du gène codant pour la protéine Env du VAEC, de séquence GAAGCTATCACAGATAGAATAATGCTATACCAAGAA (SEQ ID n°5) et codant pour un fragment peptidique dénommé TM2 ;
- un fragment, correspondant aux positions 8160-8204 du gène codant pour la protéine Env du VAEC, de séquence CAAGAATTGGATTGTTGGCACTATCATCAATACTGTATAACCTCT (SEQ ID n°6) et codant pour un fragment peptidique dénommé TM3 ; et
- un fragment, correspondant aux positions 8256-8297 du gène codant pour la protéine Env du VAEC, de séquence TGCACATGGCAGCAGTGGGAGAGAGGATTACAGGGGTATGAT (SEQ ID n°7) et codant pour un fragment peptidique dénommé TM4.
La présente invention a également pour objet un fragment peptidique, caractérisé en ce qu'il inclut au moins un segment de protéine Env du VAEC, sélectionné dans la région transmembranaire de ladite protéine, com- prenant entre 5 et 85 aminoacides et au moins un épitope immunodominant, et en ce qu'il est reconnu par au moins 60 % d'anticorps produits lors d'une infection et/ou lors d'une inoculation par une souche du VAEC.
On entend par épitope, au sens de la présente invention, les épitopes spécifiques de groupe, c'est-à- dire communs à toutes les souches du VAEC (zones conser¬ vées) , reconnus par les anticorps dirigés contre toutes les souches de VAEC (reconnaissance de groupe) .
Parmi ces fragments peptidiques, l' invention englobe entre autre : un fragment incluant un segment de 53 aminoacides, dénommé Gl, et qui correspond aux positions 665-717 de la protéine Env du VAEC ; un fragment incluant un segment de 82 aminoacides, dénommé G2, et qui correspond aux positions 670-751 de ladite protéine Env ;
- un fragment incluant un segment de 38 ami¬ noacides, dénommé G3 , et qui correspond aux positions 661-698 de ladite protéine Env ; - un fragment incluant un segment de 52 ami¬ noacides, dénommé G4, et qui correspond aux positions 732-783 de la protéine Env ;
- un fragment incluant un segment de 56 ami¬ noacides, dénommé G5, et qui correspond aux positions 694-749 de ladite protéine Env ; un fragment incluant un segment de 15 aminoacides, dénommé TMl, et qui correspond aux positions 680-694 de la séquence de la protéine Env du VAEC et dont la formule est :
Asp-Val-Leu-Glu-Ala-Thr-Tyr-Ala-Met-Val-Gln-His-Val-Ala- Lys (SEQ ID n°8) ; - un fragment incluant un segment de 12 aminoacides, dénommé TM2, et qui correspond aux positions 707-718 de la séquence de la protéine Env du VAEC et dont la formule est : Glu-Ala-Ile-Thr-Asp-Arg-Ile-Met-Leu-Tyr-Gln-Glu (SEQ ID n°9) ; un fragment incluant un segment de 15 aminoacides, dénommé TM3, et qui correspond aux positions 717-731 de ladite protéine Env, lequel segment présente la séquence : Xaa-Glu-Leu-Asp-Cys-Trp-His-Tyr-Xaa-Xaa-Tyr-Cys-Xaa-Thr- Ser (SEQ ID n°10) , dans laquelle l'a inoacide Xaa en position 1, 9 et 10 représente His ou Gin, l'aminoacide Xaa en position 13 représente Ile ou Val ; de préférence, lorsque l'aminoacide Xaa en position 9 représente His, l'aminoacide Xaa en position 10 et l'aminoacide Xaa en position 1 représentent Gin et l'aminoacide Xaa en position 13 représente Ile et lorsque l'aminoacide Xaa en position 9 représente Gin, l'aminoacide Xaa en position 10 et l'aminoacide Xaa en position 1 représentent His et l'aminoacide Xaa en position 13 représente Val ; un fragment incluant un segment de 14 aminoacides, dénommé TM4, et qui correspond aux positions 749-762 de ladite protéine Env, lequel segment présente la séquence :
Cys-Thr-Trp-Gln-Gln-Trp-Glu-Arg-Glu-Leu-Gln-Gly-Tyr-Asp
(SEQ ID n°ll) .
De manière inattendue, l'ensemble des sé¬ quences définies ci-dessus permettent un dépistage spé¬ cifique et sensible d'une infection à VAEC.
Egalement de manière inattendue, parmi ces fragments, les fragments peptidiques G5 ou TM3 et G4 ou TM4 présentent une corrélation significativement élevée avec le développement de la maladie et servent donc de marqueurs particulièrement spécifiques pour le diagnostic de 1 ' infection au VAEC ; les fragments peptidiques G5 ou TM3 servent également de marqueurs pour le diagnostic de l'infection à VISNA.
Au sens de la présente invention, le terme fragment peptidique, comprend tous les fragments incluant un segment de peptides tel que défini ci-dessus, ainsi que les peptides homologues ; de manière générale, on en¬ tend par peptides homologues, les fragments peptidiques dont la position et la fonction sont équivalentes, au sein du VAEC (même localisation que celle définie ci-des¬ sus, sur le génome du VAEC) . L'ensemble desdits peptides peut avantageuse¬ ment être obtenu soit par clonage, soit par synthèse, no¬ tamment par synthèse de Merrifield.
La présente invention a également pour objet des anticorps anti-VAEC, caractérisés en ce qu'ils sont constitués par des anticorps spécifiques d'au moins un fragment peptidique issu de la zone transmembranaire de la protéine Env de VAEC, conforme à l'invention.
La présente invention a également pour objet un procédé de dépistage d'une infection à VAEC et/ou à VISNA, caractérisé en ce qu'il consiste à détecter les anticorps, éventuellement présents dans un échantillon biologique, à l'aide d'au moins un peptide ou fragment de peptides conforme à l'invention, éventuellement fixé sur un support solide approprié, en mettant en présence ledit échantillon biologique avec ledit/lesdits peptide(s) ou fragmen (s) de peptides, auxquels se lient les anticorps, si de tels anticorps sont présents dans l'échantillon à
analyser, la lecture du résultat étant révélée par un moyen approprié, notamment EIA, RIA, fluorescence.
Selon un mode de mise en oeuvre avantageux du- dit procédé, le peptide est choisi parmi TM3 et TM4 ou un mélange de ceux-ci.
La présente invention a, également, pour objet un procédé de dépistage d'une infection à VAEC, caracté¬ risé en ce qu'un échantillon biologique convenablement traité pour extraire l'ADN et/ou les produits de trans- cription du VAEC :
(1) est mis en contact avec au moins un frag¬ ment nucléotidique tel que défini ci-dessus,
(2) après quoi, l'hybride formé est détecté. De manière avantageuse, préalablement à l'étape (1) , ledit ADN peut être amplifié.
La présente invention a également pour objet un procédé de dépistage d'une infection à VAEC, caracté¬ risé en ce qu'il consiste à détecter les glycoprotéines d'enveloppe du VAEC, en mettant en présence un échantil- Ion biologique à tester avec au moins un anticorps anti- peptide conforme à l'invention, la lecture du résultat étant révélée par un moyen approprié.
Outre les dispositions qui précèdent, l'invention comprend encore d'autres dispositions, qui ressortiront de la description qui va suivre, qui se ré¬ fère à des exemples de mise en oeuvre du procédé objet de la présente invention.
Il doit être bien entendu, toutefois, que ces exemples sont donnés uniquement à titre d'illustration de l'objet de l'invention, dont ils ne constituent en aucune manière une limitation.
EXEMPLE 1 : Peptides conformes à l'invention.
1) Construction d'une banque d'expression des peptides conformes à 1 ' invention : a) Clonage du gène env : Le gène env est obtenu à partir d'un clone in¬ fectieux du VAEC-CO (M. SALTARELLI et al., Virology, 1990, 179, 347-364) .
Les positions nucleotidiques et aminoacides, qui définissent les différentes régions env précitées, correspondent aux positions des séquences telles que pu¬ bliées dans cette référence.
Le clone du VAEC-CO consiste en deux plas- mides, l'un contenant une grande partie du génome du VAEC-CO à partir du 5 ' -LTR et le deuxième contenant un insert court de 321 pb, comprenant les séquences codant pour la partie C-terminale de Env et la partie 3 ' du LTR viral.
Pour générer un plasmide contenant la région codant pour la protéine Env entière, le fragment Smal- HindlII du VAEC-CO est sous-cloné dans le plasmide pUC18, ainsi que le fragment HindIII-HindIII de 321 pb ; on obtient une construction dénommée pUC18 env 3.1. (figure
1) . b) Construction de la banque d'expression λgtll :
Le plasmide pUC18 env 3.1 est soumis à une digestion partielle à l'ADNase I à 15°C (15 pg/ml d'ADNase I dans du Tris-HCl, pH 7,4 en présence de MgCl2, 1,5 mM, pendant 20 min), de manière à obtenir différents fragments d'ADN, d'environ 200 pb.
Ces différents fragments sont traités avec le fragment de Klenow de l'ADNase polymérase d ' E. coli , de manière à obtenir des extrémités à bouts francs, pour une ligature efficace avec des séquences de liaison EcoRI de 10 paires de base (pb) (Pharmacia) .
Le marquage au phosphore 32 des fragments d'ADN permet le contrôle des étapes ultérieures.
Les produits de la ligature sont alors digérés avec l'enzyme de restriction EcoRI et séparés par élec- trophorèse dans des gels d'agarose LMP NUSieve® 2 %, de manière à sélectionner un ensemble de fragments compre¬ nant entre 100 et 200 pb et à éliminer les séquences de liaison libres.
Les fragments sélectionnés sont extraits au phénol à partir de 1 'agarose ; on insère ensuite les dif¬ férents fragments obtenus dans le site EcoRI du phage λgtll.
Les produits de la ligature (phages recombi¬ nants) sont alors empaquetés in vi tro . Une banque de 3.10^ phages est ainsi constituée.
On obtient ainsi une banque d'expression de peptides Env de VAEC, fusionnés à la β-galactosidase, et exprimés dans E. coli , en utilisant le vecteur λgtll.
Un échantillon de la banque λgtll est inoculé sur la souche de E. coli Y1090 à une dilution représen¬ tant 10^ phages par boîte de 90 cm de diamètre.
L'induction de l'expression de la protéine sous contrôle du promoteur Lac est déclenchée à 42°C, en présence d' isopropyl-thio-β-galactosidase (IPTG) . Les phages recombinants sont sélectionnés par 1 'absence de coloration bleue des plaques de lyse. c) Contrôle des peptides obtenus : Les phages λgtll recombinants permettent l'expression des fragments de gènes env sous le contrôle du promoteur Lac, après fusion de l'ADN env avec le gène de la β-galactosidase de E. coli .
Pour contrôler la qualité de ladite banque, et également obtenir un titre plus important, 40 plaques ont été isolées et analysées par PCR, en utilisant des
amorces λgtll complémentaires, spécifiques de la portion β-galactosidase de la matrice λgtll comme suit : un total de 10 μl de lysat de phage est dilué dans 60 μl d'eau et porté à ébullition pendant 10 min. Après microcentrifugation, 15 μl du surnageant sont ajou¬ tés à 85 μl d'un mélange PCR contenant 50 pM de chaque amorce, 10 nM de chaque désoxynucléoside triphosphate et 0,5 U de Taq polymérase (Perkin-Elmer-Cetus) , dans une solution de Tris-HCl 10 mM, KC1 50 M et MgCl2 2 mM. Les amorces λgtll utilisées sont, comme pré¬ cisé ci-dessus, complémentaires de la portion β-galacto¬ sidase de la matrice λgtll, à savoir :
5 ' GGTGGCGACGACTCCTGGAGCCCG 3' (amorce sens) (SEQ ID N° 12) 5 ' TTGACACCAGACCAACTGGTAATG 3' (amorce anti- sens) (SEQ ID N° 13 ) .
La PCR comprend 32 cycles (cycle 1 : 94°C,
2 min ; cycles 2 à 31 : 94°C, 15 sec./55°C, 30 sec./72°C, 30 sec. ; cycle 32 : 72°C, 3 min) . Les produits de 1 ' amplification montrent que l'on obtient des inserts de différentes tailles, compre¬ nant entre 130 et 250 pb.
Ces fragments amplifiés par PCR sont ensuite hybrides avec trois fragments Ncol radioactifs marqués au phosphore 32, représentant la séquence Env de VAEC-CO entière (sonde 1 : 6071-6456, sonde 2 : 6457-8071, sonde
3 : 8072-8712) , indiquant que la banque est repré¬ sentative du gène env entier.
2) Criblaσe de la banque : La banque env λgtll est criblée en utilisant les sérums de 3 chèvres, naturellement infectées, et ayant un titre élevé en protéines Gag de VAEC, par test
ELISA.
La sonde E. coli Y1090 est infectée par 3xl04 PFU de la banque originale non amplifiée, étalée sur plaques et incubée à 42°C pendant 4 heures.
Les plaques sont alors recouvertes de filtres de nitrocellulose, saturés avec de 1 ' IPTG 10 mM et incu¬ bées pendant 3 heures à 37°C, de manière à induire l'expression de la protéine de fusion, β-galactosidase- peptide Env.
Les filtres sont traités pour un criblage im- munologique avec des sérums de 3 chèvres par incubation séparée (2 filtres par sérum) , en utilisant des méthodes standard, telle que la procédure au lait dégraissé
(MANIATIS) .
Ce criblage permet d'isoler 5 clones fortement immunoréactifs, qui sont séquences selon le protocole suivant : les produits de la PCR sont séparés sur gel d'agarose à 1,8 % et purifiés à l'aide de billes QIAEX® (Qiagen®) , selon les instructions du fabricant. Un total de 1 μl de diméthylsulfoxyde (DMSO) et de 20 pM soit d'amorce sens, soit d'amorce anti-sens, sont ajoutés dans un volume final de 10 μl.
Ce mélange est dénaturé à 100°C, pendant 12 min, et immédiatement transféré dans un bain glacé de méthanol .
1 μl de dithiothréitol (0,1 M) , 0,2 μl dGTP (UBS) , 0,5 μl de [35S]ATP (600 Ci/mM) , 0 , 6 μl de DMSO, 3,8 μl de d^O et 0,2 μl de Séquénase (UBS) sont ajoutés. Les échantillons sont incubés à température ambiante pendant 1 min, puis pendant 15 min à 37°C.
Les séquences de ces 5 inserts, à savoir
Nom du Positions sur la sé¬ positions sur la pro¬ fragment quence d'acide nu¬ téine Env cléique
Gl 8003-8163 665-617
G2 8019-8264 670-751
G3 7991-8107 661-698
G4 8204-8360 732-783
G5 8090-8259 694-749 sont comprises dans la région extracellulaire de TM.
Ces résultats indiquent 1 ' immunodominance et la conservation de ces domaines entre les différents iso- lats viraux.
3) Carte des épitopes immunodominants TM conformes à 1 ' invention : a) Protocole : Une analyse Pepscan® est réalisée de manière à définir précisément les épitopes TM immunoréactifs .
Des décapeptides chevauchants couvrant les sé¬ quences comprises entre les positions 8022 et 8327 de la protéine Env du VAEC ont été synthétisés. Un essai immunoenzymatique a été réalisé conformément aux instructions du fabricant (Cambridge Research Biochemicals) , en utilisant les sérums provenant de 7 chèvres (dilution 1:100) .
5 sérums proviennent de chèvres infectées naturellement avec des souches de VAEC, un sérum provient d'une chèvre infectée expérimentalement avec le VAEC-CO, et un sérum correspond à un pool de 4 sérums provenant de chèvres infectées expérimentalement avec le virus de 1 ' arthrite-encéphalite caprine-CO. La réaction est détectée par incubation en présence d'Ig de lapin anti-chèvre conjuguées à de la peroxydase (Sigma) , diluée au 1:20000 ou en présence d'anticorps monoclonal conjugué à de la peroxydase
(Chekit®) dilué au 1:200, suivie par une révélation à l'aide de 2 , 2 ' -azino-bis (3-éthylbenz-thiazoline-6-acide sulfonique (ABTS, Sigma) .
b) Résultats :
- TMl, TM2 et TM4 :
Il ressort de ces essais que 3 groupes de pep¬ tides chevauchants sont réactifs et définissent trois épitopes différents conformément à la figure 2, qui com¬ prend en abscisse les différents fragments chevauchant étudiés et en ordonnée, la densité optique à 405 nm (figure 2A) ainsi que la position des peptides immuno- réactifs sur la séquence (figure 2B) . Ces peptides correspondent à TMl, TM2 et TM4.
- TM3 :
De manière surprenante, la région contenant les deux cystéines conservées, connue pour former une structure immunodominante et conservée chez différents lentivirus, ne réagit pas avec les sérums testés, mais le peptide TM3 , comprenant cette région, a néanmoins été synthétisé.
Un autre peptide, avec la même séquence, mais chimiquement cyclisé par un lien covalent entre les deux cystéines a également été préparé (TM3c) , de manière à reproduire une structure en boucle, considérée comme de¬ vant exister dans la protéine TM native.
Un pool de sérums provenant de 30 chèvres est testé en ELISA pour sa réactivité à TM3 et à TM3c. Tous les sérums reconnaissent les deux pep¬ tides, il n'existe donc aucune différence significative entre TM3 et TM3c, de telle sorte que les autres expé¬ riences ont été réalisées uniquement avec TM3c.
L' épitope TM3 est localisé dans la région env la plus conservée, alors que les séquences correspondant à TMl, TM2 et TM4 présentent des variations (figure 3A) .
L'étude comparative et l'alignement des sé¬ quences TM immunodominantes avec 3 clones moléculaires MAEDI-VISNA très proches montrent une forte similarité de la région TM3 par rapport à celle de la protéine Env en¬ tière (figure 3B) .
De plus, il existe une bonne corrélation entre le pourcentage de similarité et la réactivité sérologique des 4 peptides. En fait, la réactivité la plus large du peptide TM3 , qui est compris dans la protéine de fusion G5, confirme que cet épitope est localisé dans une région hautement conservée, comme cela est le cas dans les épi¬ topes correspondants, d'autres lentivirus.
TM4 correspond également à une région conservée. Inversement, le domaine Gl qui contient les épitopes TMl et TM2, semble plus variable.
EXEMPLE 2 : Test de dépistage d'une infection à VAEC.
I - Analyse par immunoblot. a) Protocole :
Les domaines se liant aux anticorps, à sa- voir : Gl : 8003-8163, G4 : 8204-8360 et G5 : 8090-8259 ont été exprimés sous forme de protéines de fusion avec la β-galactosidase dans les bactéries E. coli lyso- géniques Y1089, comme précisé ci-dessus.
Les lysats de bactéries contenant les pro- téines de fusion ont été préparés à partir de culture lysogénique-HPTG.
Les lysats (40 μg/puits) sont séparés dans des gels SDS-PAGE (sodium dodécylsulfate-polyacrylamide) à 10 % et transférés sur filtres de nitrocellulose. Les sites non spécifiques sont bloqués par in¬ cubation avec du lait dégraissé à 3 % dans un tampon Tris-HCl (10 mM) , NaCl (150 mM) et Tween 20 (0,1 %) .
Les bandes de nitrocellulose sont incubées avec un sérum de chèvre dilué au 1:100/1:800 pendant une nuit à 4°C.
La liaison avec l'anticorps est révélée par incubation avec de la protéine G conjuguée à de la per¬ oxydase, diluée au 1:5 000, suivie par une révélation au 4-chlore-l-naphtol (Sigma) . Un lysat de bactéries infectées avec un phage non recombinant λgtll est utilisé comme contrôle négatif.
Les sérums collectés avant l'infection expéri¬ mentale et un pool de sérums provenant de chèvres non in¬ fectées sont utilisés comme contrôle de l'anticorps.
De plus, la co-localisation des bandes immuno- réactives avec les protéines de fusion est vérifiée avec un anticorps monoclonal dirigé contre la β-galactosidase
(Promega) ; le western blot sur l'antigène viral purifié est réalisé comme précisé dans R. ZANONI et al. , J. Clin.
Microbiol., 1989, 27, 580-582. b) Résultats :
Les peptides Gl, G4 et G5 tels que définis à 1 ' exemple 1 couvrant la région immunoréactive de la pro¬ téine transmembranaire TM, sont utilisés dans un western blot pour cribler 60 sérums de chèvres infectées naturel- lement provenant de différents troupeaux, dans les condi¬ tions ci-dessus.
Le Tableau I ci-après montre que les sérums réagissent avec G5 et G4 à plus de 95 %, alors que seule¬ ment 60 % réagissent avec Gl. TABLEAU I
RÉSUMÉ DES 60 SÉRUMS TESTES région TM Gl G4 G5 sérums positifs 39 57 57
% de sérums positifs 65 % 95 % 95 %
II - Méthocle ELISA. a) Protocole : Les peptides (TM1-TM4) ont été synthétisés et purifiés .
Les peptides TM3 et TM4 ont été. adsorbes sur plaque de microtitration comme suit :
100 μl d'une solution à 5 μg/ml dans du carbo- nate de sodium 0,1 M, pH 9,6 ont été adsorbes dans chaque puits de plaque de microtitration (Nunc, Maxisorp®) , pen¬ dant une nuit à 4°C.
Le peptide TMl montre une liaison faible et le peptide TM2 ne se lie pas du tout à ces plaques ou à d'autres plaques ELISA testées.
Pour cette raison des plaques qui permettent une liaison covalente de peptides dérivatisés (Nunc Cova- link®) ont été utilisées pour TMl et TM2.
La dérivatisation et 1 'adsorption de ces pep¬ tides sur des plaques sont réalisées comme décrit dans J. SONDERGARD-ANDERSON et al., J. Immunol. Methods, 1990, 131, 99-104.
Ces peptides sont solubilisés dans 1 'eau (TMl : 1 mg/ml, TM2 : 0,5 mg/ml) .
A un volume de solution peptidique, un volume égal de solution aqueuse fraîchement préparée de N-hy- droxysuccinimide 0,1 M (NHS, Sigma H-7377) et de 1-éthyl-
3- (3-diméthylaminopropyl)carbodiimide, HC1 (EDC, Sigma E-
6383), sont ajoutés.
Après 30 min à température ambiante, les pep¬ tides activés sont dilués dans un tampon carbonate 0,1 M glacé (pH 8,9) à 10 μg/ml et 100 μl/puits sont adsorbes par des plaques Covalink® pendant une nuit à 4°C.
Le test ELISA est réalisé comme suit : après revêtement des plaques de microtitra¬ tion, ces dernières sont lavées trois fois avec du PBS, les sites d'adsorption résiduelle sur les plaques sont saturés par incubation avec 100 μl de PBS contenant du lait (1 %) et du Tween 20 (0,1 %) (tampon ELISA EB) pen¬ dant 2 heures à température ambiante.
Après lavage, 50 μl de sérum de chèvre, dilués au 1:10, dans un tampon EB, sont incubés pendant 2 heures et demi, à température ambiante.
Après lavage 4 fois avec du tampon EB, de la protéine G conjuguée à de la peroxydase (diluée au 1:5 000 dans du PBS Tween 20 0,1 %) est ajoutée pendant 2 heures à température ambiante.
Après 5 lavages au PBS, le conjugué à la per¬ oxydase adsorbé est visualisé avec de l'ABTS, 0,2 mg/ml dans de l'acide acétique à 0,6 % pH 4,7 et à une concen¬ tration finale p/v de H2O2 de 0,01 %. b) Résultats :
La densité optique est mesurée à 405 nm sur des essais réalisés en double. Les résultats sont normalisés en utilisant, comme standard, un ensemble de sérums de chèvre, calibré dans un ELISA Gag-GST, réalisé comme décrit dans R.G. ZANONI et al., J. Clin. Microbiol., 1991, 29, 1290-1294.
On considère qu'il y a une réaction positive, lorsqu'il y a une réactivité supérieure à 25 % du sérum de référence. 190 sérums de chèvres infectées avec le virus de l'arthrite et de l'encéphalite caprine, à un stade clinique bien défini, ont été testés selon cette procé¬ dure ELISA pour la réactivité avec les 4 épitopes et avec la protéine Gag. Comme illustré au Tableau II ci-après, la plu¬ part des sérums réagissent avec le peptide TM3 et avec la protéine Gag.
TABLEAU II
RESUME DES _ L90 SÉRUMS TESTÉS
Peptide TMl TM2 TM3 TM4 o-ao" sérums positifs 122 136 174 145 175
% de sérums po¬ 64 % 72 % 92 % 76 % 93 % sitifs* réactivité supérieure à 25 % du sérum de référence
Les peptides TM4, TM2 et TMl réagissent avec la majorité des sérums, quoiqu'avec des pourcentages plus faibles que pour TM3.
Quelques sérums, quoique réactifs en western blot avec un culot de virus comme antigènes, sont néga¬ tifs en ELISA.
c) Analyse statistique :
Les valeurs de densité optique obtenues en ELISA ont été normalisées et exprimées en tant que pour¬ centage de réactivité, comparé à un sérum de référence consistant, comme précisé ci-dessus, en un ensemble de sérums séropositifs vis-à-vis du VAEC.
Les réactivités ELISA des sérums d'animaux en bonne santé et d'animaux arthritiques ont été comparées.
Un index de réactivité (IR) est calculé pour chaque sérum testé et correspond à :
% de réactivité aux peptides TM
% de réactivité à la protéine Gag Ces résultats sont illustrés au Tableau III ci-après :
TABLEAU III
Par contre, il n'existe aucune différence significative entre les deux groupes d'animaux en ce qui concerne la réactivité des sérums vis-à-vis de Gag et de
TM2 (Gag : U = 4106,0, p - 0,391 ; TM2 : U = 4905,5, p - 0,198) .
Ces résultats sont illustrés à la figure 4.
La comparaison de la réactivité des sérums de chèvres en bonne santé et arthritiques avec les 4 pep¬ tides TM et la protéine Gag a révélé l'existence d'une corrélation entre le développement de l'arthrite virale et la réactivité aux épitopes TMl, TM3 et TM4. Cette corrélation n'a pas été retrouvée pour la réactivité anti-Gag.
La détection de la présence des fragments TM précités (ou des anticorps anti-TM) présente une valeur prédictive, dans le but d'évaluer l'apparition de la ma¬ ladie clinique et permet de prendre les mesures néces¬ saires pour une meilleure sauvegarde des troupeaux.
III - Interprétation des résultats obtenus en I et en II. a) Sensibilité des tests :
- Il existe une certaine différence entre les résultats western blot en ce qui concerne le peptide G4 et les résultats ELISA obtenus avec TM4. - Le western blot se révèle plus sensible pour cet épitope sans doute parce que ce peptide fusionné avec la β-galactosidase présente une conformation qui n'est pas présente dans le peptide libre ou parce qu'il contient plus qu'un épitope. - Environ 35 % des animaux ne réagissent pas avec les épitopes TMl et TM2 dans les deux tests.
Intérêt et propriétés des peptides sélec¬ tionnes
Les résultats obtenus ont permis d'identifier les déterminants impliqués dans la corrélation réactivité sérologique-évolution de l'arthrite virale, et permettent donc un meilleur suivi de cette maladie.
De manière intéressante, l'épitope TM3 de la protéine TM de VAEC a la même localisation que l'épitope immunodominant d'autres lentivirus tels que les lenti- virus entraînant une immunodéficience : HIV, SIV et FIV.
Cet épitope est localisé dans une région contenant une structure définie par deux cystéines qui est conservée par l'ensemble des lentivirus en dépit de l'absence d'une homologie de la séquence primaire. Chez HIV-1, SIV et FIV, la séquence comprise entre les cystéines est hautement conservée entre les différents isolats viraux de la même espèce.
Ceci reflète une pression sélective importante de conservation, probablement dictée par des contraintes structurales.
De manière inattendue, il est apparu que la réactivité de TM3 et TM4 vis-à-vis des anticorps produits lors d'une infection par le VAEC, présente une corréla¬ tion significativement élevée avec le développement de la maladie.
Si les régions conservées et immunogéniques de TM ne mutent pas, en raison de contraintes fonction¬ nelles, l'apparition continuelle de variants env nouveaux entraîne une stimulation permanente du système immuni- taire, qui perpétue et amplifie la production d'anticorps vis-à-vis des épitopes TM constants.
En conséquence, les peptides sélectionnés pré¬ sentent un intérêt particulier dans le dépistage et 1'étude de la réponse humorale à ces épitopes conservés et dans 1 'étude du suivi et du développement de 1'arthrite caprine.
EXEMPLE 3 : Test de dépistage d'une infection à VISNA.
Un essai a été réalisé, pour tester la réacti¬ vité des peptides TM3 et TM4 avec des sérums de moutons infectés par le virus VISNA. 40 sérums provenant de mou¬ tons d'élevage ont été testés avec les peptides conformes à l'invention (méthode "ELISA peptides") ont été comparés avec le test Chekit® précité.
Les résultats sont résumés dans le Tableau IV suivant :
TABLEAU IV
6 des sérums positifs avec le test Chekit® et négatifs avec TM3 ont pu être contrôlés par immunoblot : 5 sur 6 ont été négatifs.
Il apparaît donc qu'un nombre important de faux positifs sont détectés avec le test Chekit® et que
1'ELISA TM3 conforme à l'invention est significativement plus spécifique. Le seul cas de sérum réactif avec TM3 et
TM4 et négatif avec le test Chekit® nécessite des outils supplémentaires pour déterminer s'il s'agit d'un vrai ou d'un faux positif.
Ainsi que cela ressort de ce qui précède, l'invention ne se limite nullement à ceux de ses modes de mise en oeuvre, de réalisation et d'application qui vien¬ nent d'être décrits de façon plus explicite ; elle en em-
brasse au contraire toutes les variantes qui peuvent ve¬ nir à l'esprit du technicien en la matière, sans s'écarter du cadre, ni de la portée de la présente inven¬ tion.
LISTE DE SEQUENCES
( 1 ) INFORMATIONS GENERALES :
(i) DEPOSANT:
(A) NOM: CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE
SCIENTIFIQUE-CNRS
(B) RUE: 3 rue Michel Ange
(C) VILLE: PARIS
(E) PAYS: FRANCE
(F) CODE POSTAL: 75794 PARIS
(ii) TITRE DE L' INVENTION: FRAGMENTS D'ACIDE NUCLEIQUE ET FRAGMENTS
PEPTIDIQUES CORRESPONDANTS ISSUS DU GENOME DU VIRUS DE L'ARTHRITE ET DE L'ENCEPHALITE CAPRINE (VAEC) ET LEURS APPLICATIONS.
(iii) NOMBRE DE SEQUENCES: 13
(iv) FORME DECHIFFRABLE PAR ORDINATEUR:
(A) TYPE DE SUPPORT: Floppy disk
(B) ORDINATEUR: IBM PC compatible
(C) SYSTEME D' EXPLOITATION: PC-DOS/MS-DOS
(D) LOGICIEL: Patentln Release #1.0, Version #1.30 (OEB)
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 1:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 161 paires de bases
(B) TYPE: nucléotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN (génomique)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 1: TAAGGCAGCT GTCCAGACCC TTGCTAATGC AACTGCTGCA CAGCAGGATG TGTTAGAGGC 60 AACCTATGCC ATGGTACAGC ATGTGGCTAA AGGCGTACGA ATCTTGGAAG CTCGAGTGGC 120 TCGAGTGGAA GCTATCACAG ATAGAATAAT GCTATACCAA G 161
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 2:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 157 paires de bases
(B) TYPE: nucléotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN (génomique)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 2: TACAAAAACA GAAGTAGCAA AATATATCAA TTGGACGAGG TTTAAGGATA ATTGCACATG 60 GCAGCAGTGG GAGAGAGGAT TACAGGGGTA TGATACAAAC TTAACAATAC TGTTAAAGGA 120 ATCAGCAGCA ATGACACAAC TAGCAGAAGA GCAAGCA 157
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 3:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 170 paires de bases
(B) TYPE: nucléotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN (génomique)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 3: TAAAGGCGTA CGAATCTTGG AAGCTCGAGT GGCTCGAGTG GAAGCTATCA CAGATAGAAT 60 AATGCTATAC CAAGAATTGG ATTGTTGGCA CTATCATCAA TACTGTATAA CCTCTACAAA 120 AACAGAAGTA GCAAAATATA TCAATTGGAC GAGGTTTAAG GATAATTGCA 170
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 4:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 45 paires de bases
(B) TYPE: nucléotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN (génomique)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 4: GATGTGTTAG AGGCAACCTA TGCCATGGTA CAGCATGTGG CTAAA 45
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 5:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 36 paires de bases
(B) TYPE: nucléotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN (génomique)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 5: GAAGCTATCA CAGATAGAAT AATGCTATAC CAAGAA 36
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 6:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 45 paires de bases
(B) TYPE: nucléotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN (génomique)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 6: CAAGAATTGG ATTGTTGGCA CTATCATCAA TACTGTATAA CCTCT 45
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 7:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 42 paires de bases
(B) TYPE: nucléotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN (génomique)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 7: TGCACATGGC AGCAGTGGGA GAGAGGATTA CAGGGGTATG AT 42
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 8:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 15 acides aminés
(B) TYPE: acide aminé
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: peptide
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 8:
Asp Val Leu Glu Ala Thr Tyr Ala Met Val Gin His Val Ala Lys 1 5 10 15
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 9:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 12 acides aminés
(B) TYPE: acide aminé
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: peptide
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 9:
Glu Ala Ile Thr Asp Arg Ile Met Leu Tyr Gin Glu 1 5 10
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 10:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 15 acides aminés
(B) TYPE: acide aminé
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: peptide
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 10:
Xaa Glu Leu Asp Cys Trp His Tyr Xaa Xaa Tyr Cys Xaa Thr Ser 1 5 10 15
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 11:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 14 acides aminés
(B) TYPE: acide aminé
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: peptide
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 11:
Cys Thr Trp Gin Gin Trp Glu Arg Glu Leu Gin Gly Tyr Asp 1 5 10
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 12:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 24 paires de bases
(B) TYPE: nucléotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: Autre acide nucléique (A) DESCRIPTION: /desc = "amorce sens"
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 12:
GGTGGCGACG ACTCCTGGAG CCCG 24
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 13:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 24 paires de bases
(B) TYPE: nucléotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: Autre acide nucléique
(A) DESCRIPTION: /desc = "amorce anti-sens"
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 13:
TTGACACCAG ACCAACTGGT AATG 24
Claims
(1) est mis en contact avec au moins un frag¬ ment nucléotidique selon l'une quelconque des revendica¬ tions 1 à 10,
(2) après quoi, l'hybride formé est détecté. 26°) Procédé de dépistage d'une infection à
VAEC selon la revendication 25, caractérisé en ce que, préalablement à l'étape (1), ledit ADN peut être ampli¬ fié.
27°) Procédé de dépistage d'une infection à VAEC, caractérisé en ce qu'il consiste à détecter les glycoprotéines d'enveloppe du VAEC, en mettant en pré¬ sence un échantillon biologique à tester avec au moins un anticorps anti-peptide selon la revendication 22, la lec¬ ture du résultat étant révélée par un moyen approprié.
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