TW202536421A

TW202536421A - 用於治療ＮＲＧ１表現升高的惡性細胞或癌症的ＥｒｂＢ－２和ＥｒｂＢ－３靶向劑

Info

Publication number: TW202536421A
Application number: TW114107943A
Authority: TW
Inventors: 阿里Ｂ布林克曼; 杰羅恩Ｊ拉默斯凡布倫; 西德尼Ｐ沃克
Original assignee: 荷蘭商美勒斯公司
Priority date: 2024-03-04
Filing date: 2025-03-04
Publication date: 2025-09-16
Also published as: WO2025188180A8; WO2025188180A1

Abstract

本發明涉及ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑領域，例如結合ErbB-2和/或ErbB-3的抗體。特別地，它涉及用於治療ErbB-2/ErbB-3陽性細胞、腫瘤或癌症的治療性(人)抗體領域。更具體地，本發明涉及治療包含高NRG1表現水平的惡性細胞、腫瘤或癌症。

Description

用於治療NRG1表現升高的惡性細胞或癌症的ErbB-2和ErbB-3靶向劑

本發明涉及ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑領域，例如結合ErbB-2和/或ErbB-3的抗體。特別地，它涉及用於治療ErbB-2/ErbB-3陽性細胞、腫瘤或癌症的治療性(人)抗體領域。更具體地，本發明涉及治療包含高神經調節蛋白-1(NRG1)表現水平的惡性細胞、腫瘤或癌症。

所有NRG1亞型的受體是酪胺酸激酶跨膜受體的ErbB家族。該家族也被稱為人表皮生長因子(EGF)受體家族(HER)。該家族有四個成員：ErbB(成紅細胞瘤)-1、ErbB-2、ErbB-3和ErbB-4。表皮生長因子(EGF)受體(EGFR、ErbB1或HER1)。受體(在Yarden Y，Pines G(2012年)中綜述)。ErbB網絡：最後，癌症治療遇到了系統生物學。NATRev Cancer12(8)：553-63)廣泛表現於上皮細胞。HER受體或其配體(如調蛋白(HRG)或表皮生長因子(EGF))的上調是人類癌症中的常見事件(Wilson TR等人。(2012)。生長因子驅動的抗癌激酶抑制劑抗藥性的廣泛潛力。自然487(7408)：505-9)。ErbB-1和ErbB-2的過度表現尤其發生在上皮性腫瘤中，並且與腫瘤侵襲、轉移、對化療的抗性和不良預後相關(Zhang H等人(2007))。ErbB受體：從癌基因到靶向癌症治療。J Clin Invest。117(8)：2051-8)。在正常乳腺中，ErbB-3已被證明對腔上皮的生長和分化具有重要作用。例如，ErbB-3的缺失/抑制導致基底上皮在管腔上皮上的選擇性擴張(Balko JM等人(2012)。受體酪氨酸激酶ErbB-3維持腔上皮和基底乳腺上皮之間的平衡。美國國家科學院院刊109(1)：221-6)。配體與受體酪胺酸激酶(RTK)胞外結構域的結合誘導受體二聚化，包括相同(同源二聚化)和不同(異源二聚化)受體亞型之間的二聚化。二聚化可刺激細胞內酪胺酸激酶結構域，該結構域進行自我磷酸化，並反過來可刺激許多下游促增殖訊號通路，包括由絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)介導的通路和促存活通路Akt(參見Yarden Y和Pines G，2012年)。尚未發現ErbB-2的特異性內源性配體，因此認為ErbB-2通常透過異二聚體發出訊號(Sergina NV等人(2007))。激酶失活的HER3逃避HER-家族酪胺酸激酶抑制劑治療。自然.445(7126)：437-41)。ErbB-3可以透過其配體的結合而被刺激。這些配體包括但不限於神經調節蛋白(NRG)/神經調節蛋白(HRG)。自分泌訊號或基因增幅引起的高NRG1表現與某些癌症的不良預後和對標準療法的抗藥性有關。因此，對於針對NRG1水平升高的癌症的治療存在未滿足的需求。

迄今為止，從NRG1基因已知至少有37種表現的mRNA亞型。跨膜NRG1亞型細胞外結構域的蛋白水解加工釋放可溶性因子。HRG1-β1是該基因編碼的蛋白質之一。包含一個Ig結構域和一個結合受體酪胺酸激酶ErbB-3和ErbB-4的EGF樣結構域。已知NRG1基因及其亞型有許多不同的別名，如：神經調節蛋白1；pro-NRG1；HRGASMDF；HGL；GGF；NDFNRG1內含子轉錄物2(非蛋白編碼)；調蛋白，Alpha(45kD，ErbB-2P185-激活因子)；乙醯膽鹼受體誘導活性；前神經調節蛋白-1，膜結合亞型；感覺和運動神經元衍生因子；神經細胞分化因子；神經膠質生長因子2；NRG1-IT2；MSTP131；MST131；ARIA；GGF2；HRG1和HRG。NRG1基因的外部Id是HGNC：7997；Entrez基因；3084；Ensembl：ENSG00000157168；OMIM：142445和UniProtKB：Q02297。

NRG1的亞型可以透過選擇性剪接形成，包括跨膜、膜外結合、脫落、分泌或細胞內的形式(Falls DL(2003))。神經調節蛋白：功能、形式和訊號策略。實驗細胞研究284：14-30；Gullick·WJ(2008年)。乳腺癌中的神經調節蛋白基因家族及其多重剪接變異體。乳腺生物瘤。(2)：205-14.doi：10.1007/s10911-008-9078-4)。它們與ErbB-3或ErbB-4結合，可能作為ErbB-2(HER2)的異二聚體發出訊號。雖然NRG1編碼的蛋白質通常被認為是促有絲分裂原，但它們也可以是強有力的促凋亡原：特別地，在細胞中表現NRG1可以引起表現細胞的凋亡(Weinstein EJ等(1998))。癌基因調蛋白在乳腺上皮細胞和腫瘤中誘導凋亡。癌基因17：2107-2113)。

在本公開中，本發明人證明了具有升高的NRG1表現水平的患者來源的異種移植物(PDX)模型響應於暴露於雙特異性抗體而表現出顯著的生長抑制，所述雙特異性抗體包含可結合ErbB-2的胞外部分的第一抗原結合位點和可結合ErbB-3的胞外部分的第二抗原結合位點。

此外，本發明人證明，患有包括NRG1表現升高的ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的人類受試者，透過用這種抗體治療，經歷腫瘤縮小或腫瘤生長停止。

Meulendijks D等人(實體瘤患者中魯妥珠單抗加西妥昔單抗或埃羅替尼的Ib期研究，以及HER3和調蛋白作為潛在臨床活性生物標記的評估。Clin.癌症研究；23(18)，2017,5406-5415)描述了一項調查魯妥珠單抗(一種抗HER3抗體)與埃羅替尼或西妥昔單抗聯合用藥的安全性、臨床活性和靶相關生物標記的研究。作者得出結論，在鱗狀非小細胞肺癌(sqNSCLC)隊列中，儘管富集了HRG mRNA表現水平較高的腫瘤，但沒有證據表明有意義的臨床益處。此外，在調查的隊列中，得出的結論是甚至更高的HRG或HER3 mRNA表現水平與增加的客觀總體緩解率(ORR)或有臨床意義的緩解持續時間無關。

本公開涉及將患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應，其中靶向劑可以是結合劑或者可以是其抑制劑。

本公開涉及一種用於鑑定患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者以用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑治療的方法，包括測定來自受試者的含有癌細胞的樣品中的NRG1表現水平。

本公開涉及用於診斷患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者並選擇用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑治療的方法，包括測定來自受試者的含有癌細胞的樣品中的NRG1表現水平。

本公開涉及選擇患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者以用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑治療的方法，該方法包括測定來自所述受試者的含有癌細胞的樣品中的NRG1表現水平。

在某些方面，所述藥劑是澤妥珠單抗。在某些方面，所述藥劑包含抗ErbB-2特異性抗體，例如單特異性二價抗體，包括曲妥珠單抗或帕妥珠單抗。在某些方面，所述藥劑包含抗ErbB-3特異性抗體，例如MM-121(梅裡馬克製藥；也稱為#Ab6)、HMBD-001(蜂鳥)或RG7116(魯妥珠單抗，羅氏)。在某些方面，所述藥劑包含抗ErbB-2/抗ErbB-3特異性抗體，例如來自梅裡馬克製藥的MM-111。在某些方面，所述藥劑包含小分子ErbB-2酪胺酸激酶抑制劑(TKi)，例如拉帕替尼(Tyverb/Tykerb®)、奈拉替尼、阿法替尼、圖卡替尼或AZD8931。在某些方面，所述藥劑包含抗體藥物綴合物，例如曲妥珠單抗曲妥珠單抗抗體或DS-8201。

本公開還涉及用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述受試者被分類為可能對選擇用於治療的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

本公開還涉及用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述受試者被鑑定為用選擇用於治療的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑進行治療。

本公開還涉及用於診斷患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中如果所述受試者具有升高的NRG1表現水平，則診斷所述受試者用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑治療。

本發明人發現，透過確定本文進一步描述的特定參考資料庫的樣品的95百分位數的NRG1表現水平，可以鑑定NRG1表現的閾值，該閾值可以用於分類和選擇患有癌症的受試者以用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑進行治療。本公開還涉及ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中，其中所述癌症表現的NRG1水平等於或高於包含樣品的癌細胞參考資料庫的95百分位數。

本公開還涉及用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述受試者的癌症包含與參考資料庫相比增加的NRG1的閾值表現水平，NRG1的閾值表現水平已經根據包含癌細胞的樣本的參考資料庫的閾值確定分析來確定。

本公開還涉及用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中從受試者獲得的包含癌症的樣品包含一定量的NRG1表現，與不含癌細胞的樣品相比，NRG1表現量升高。

本公開還涉及用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，所述受試者或從所述受試者獲得的樣品具有的神經調節蛋白-1(NRG1)表現量等於或超過參考資料庫NRG1表現的95百分位數，任選地所述受試者或從所述受試者獲得的樣品具有的磷酸化HER3的量與健康受試者相比升高；或所述受試者或從所述受試者獲得的樣品，其FAM83E表現量與健康受試者相比升高，並且所述受試者或從所述受試者獲得的樣品，其OLFML2B表現量與不含癌細胞的樣品相比降低。

本發明還涉及一種治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法，該方法包括確定從該受試者獲得的樣品中神經調節蛋白-1(NRG1)表現的量與來自健康受試者的樣品相比是升高的，並且向從其獲得具有升高的NRG1表現水平的樣品的受試者施用有效量的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，任選地，進一步確定磷酸化HER3的量與來自健康受試者的樣品相比升高，或確定FAM83E表現的量升高，並確定OLFML2B表現的量與來自健康受試者的樣品相比降低。

本公開還涉及治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法，該方法包括確定如本文所述的神經調節蛋白-1(NRG1)表現的量，並且如果樣品中NRG1的量等於或超過參考資料庫的NRG1表現的95百分位數，則向所述受試者施用治療有效量的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，任選地，進一步確定磷酸化HER3的量與來自健康受試者的樣品相比升高，或確定FAM83E表現的量升高，並確定OLFML2B表現的量與來自健康受試者的樣品相比降低。

在某些方面，包含癌症的樣品對pHER3狀態呈陽性。

在某些方面，包含癌症的樣品包含一定量的FAM83E表現，其與包含非癌細胞的樣品相比升高，並且包含一定量的OLFML2B表現，其與來自無癌細胞樣品的樣品相比降低。

在某些方面，本公開的方法進一步包括確定來自受試者的樣品中pHER3的存在或量，或確定來自受試者的樣品中FAM83E表現水平和OLFML2B表現水平。

在某些方面，當具有升高的NRG1表現水平時，本公開的受試者被選擇用於治療或被分類為可能對用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

在某些方面，當具有升高的NRG1表現水平和當具有陽性pHER3狀態時，本發明的受試者被選擇用於治療或被分類為可能對用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應；或當具有升高的NRG1表現水平時，具有升高的FAM83E表現和具有降低的OLFML2B表現水平。

在某些方面，本公開的方法包括：確定從受試者獲得的包含癌細胞的樣品中NRG1的表現水平；將樣品中NRG1的表現水平與NRG1的閾值表現水平進行比較，NRG1的閾值表現水平已經根據包含癌細胞的樣品的參考資料庫的閾值確定分析來確定；和透過比較確定樣品中NRG1的表現水平高於參考資料庫的NRG1的閾值表現水平，從而將癌症分類為對用NRG1治療有反應ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，或由此選擇用於治療的受試者。

在某些方面，本公開的方法包括：透過確定包含癌細胞的樣本參考資料庫的每個個體樣本的NRG1序列讀數豐度來確定NRG1表現水平；計算參考資料庫的NRG1表現的95百分位數；確定包含從受試者獲得的樣品的癌細胞中NRG1表現水平的量；和如果從受試者獲得的樣品中的NRG1表現水平等於或高於參考資料庫的95百分位數，則選擇受試者進行治療或將受試者分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

在某些方面，本公開的方法還包括確定來自受試者的樣品中的pHER3的存在或量，並且選擇受試者進行治療，或者如果另外來自受試者的樣品對pHER3呈陽性，則將受試者分類為可能對治療有反應。

在某些方面，本公開的方法還包括確定來自受試者的樣品中的FAM83E表現水平和OLFML2B表現水平，並且選擇受試者進行治療，或者將受試者分類為可能對治療有反應，如果來自受試者的樣品另外具有升高的FAM83E表現水平和降低的OLFML2B表現水平。

細胞可以是惡性細胞或癌細胞。癌細胞可以是與NRG1基因表現升高相關的癌細胞，例如由NRG1基因表現升高驅動的癌細胞。

在某些方面，患有ErbB-2和/或ErbB-3陽性腫瘤的本公開的受試者可以是處於緩解中的受試者。

在某些方面，癌症是腦癌、乳腺癌、胰腺癌、肺癌、食道癌、肝癌、膽管癌或胃癌。

在某些方面，包含癌細胞的樣本的參考資料庫包含癌症，所述癌症是腦癌、乳腺癌、胰腺癌、肺癌、食道癌、肝癌、膽管癌或胃癌。

在某些方面，包含樣品的癌細胞包括腦癌細胞、乳腺癌細胞、胰腺癌細胞、肺癌細胞、食道癌細胞、肝癌細胞、膽管癌癌細胞、前列腺癌細胞或胃癌細胞。

在某些方面，惡性細胞是癌細胞。在某些方面，惡性或癌細胞是上皮細胞。在某些方面，細胞是肺癌細胞，例如非小細胞肺癌、食道癌細胞、肝癌細胞、膽管癌癌細胞、乳腺癌細胞或胃癌細胞。

在某些方面，腫瘤源於上皮。在某些方面，腫瘤是胰腺癌、乳腺癌、肺癌、食道癌、肝癌、膽管癌或胃癌或其轉移。

惡性細胞可以是癌細胞。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1表現的胰腺癌，並且在某些方面，所述癌症對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是胰腺癌癌症包括NRG1水平升高，FAM83E表現陽性，OLFML2B表現水平降低。

在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1表現的肺癌，並且在某些方面，所述癌症對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是肺癌，其包括升高的NRG1水平，並且對於FAM83E表現呈陽性，並且具有降低的OLFML2B表現水平。

在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1表現的食道癌，並且在某些方面，所述癌症對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平的食道癌，並且對於FAM83E表現呈陽性，並且具有降低的OLFML2B表現水平。

在某些方面，所述癌症是包含高表現的肝癌細胞，並且在某些方面，所述癌症對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平且FAM83E表現陽性且具有降低的OLFML2B表現水平的肝癌。

在某些方面，所述癌症是包含高表現的乳腺癌，並且在某些方面，所述癌症對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平的乳腺癌，並且對於FAM83E表現呈陽性，並且具有降低的OLFML2B表現水平。

在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1表現的膽管癌，並且在某些方面，所述癌症對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平的膽管癌，並且對於FAM83E表現是陽性的，並且具有降低的OLFML2B表現水平。

在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1表現的胃癌，並且在某些方面，所述癌症對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平的胃癌，並且對於FAM83E表現是陽性的，並且具有降低的OLFML2B表現水平。

在某些方面，選擇用於治療的受試者已經接受了靶向EGFR抑制的治療，例如使用EGFR結合抗體，其可以是西妥昔單抗。

如技術人員所清楚的，如本文公開的，本文公開的雙特異性抗體也用於製備藥物和用於治療。

因此，本公開還涉及ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑在製備用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的藥物中的用途，其中所述受試者被鑑定用於用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑進行治療和/或被分類為可能對選擇用於治療的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

本公開還涉及ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑在製備用於治療ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的藥物中的用途，其中所述癌症表現的NRG1水平等於或高於包含樣品的癌細胞參考資料庫的NRG1表現的95百分位數。

本公開還涉及ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑在製備用於治療ErbB-1的藥物中的用途2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症，其中所述受試者的癌症包含NRG1的閾值表現水平，其與參考資料庫的閾值表現水平相比有所增加，NRG1的閾值表現水平已經根據包含癌細胞的樣本的參考資料庫的閾值確定分析來確定。

本公開還涉及ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑在製備用於治療ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的藥物中的用途，其中從受試者獲得的包含癌症的樣品包含一定量的NRG1表現，與不含癌細胞的樣品相比，NRG1表現量升高。

本公開還涉及ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑在製備用於治療ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的藥物中的用途，所述受試者或從所述受試者獲得的樣品具有的神經調節蛋白-1(NRG1)表現量等於或超過參考資料庫NRG1表現的95百分位數，任選地所述受試者或從所述受試者獲得的樣品具有的磷酸化HER3的量與健康受試者相比升高或所述受試者或從所述受試者獲得的樣品，其FAM83E表現量與健康受試者相比升高，並且所述受試者或從所述受試者獲得的樣品，其OLFML2B表現量與不含癌細胞的樣品相比降低。

在某些方面，提供了用於治療具有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性細胞或癌症的個體的雙特異性抗體，所述雙特異性抗體包含可結合ErbB-2胞外部分的第一抗原結合位點和可結合ErbB-3胞外部分的第二抗原結合位點，所述細胞或癌症包含升高的NRG1表現。

本公開的細胞可以是具有升高的NRG1表現的惡性細胞或具有升高的NRG1表現的癌細胞。

本公開還提供了用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，所述方法包括確定與來自健康受試者的樣品相比神經調節蛋白-1(NRG1)表現的量升高。在某些方面，所述方法還包括確定與來自健康受試者的樣品相比，磷酸化HER3的量升高。在某些替代方面，所述方法還包括確定與來自健康受試者的樣品相比，FAM83E表現量升高，以及確定OLFML2B表現量降低。在某些方面，所述方法包括向具有升高的NRG1表現水平的受試者施用抗體。在某些方面，所述方法包括如果已經確定受試者具有升高的NRG1表現水平，則對受試者施用抗體。

本公開還提供了用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，所述方法包括確定神經調節蛋白-1(NRG1)表現的量，並且如果NRG1的量等於或超過樣品中參考資料庫的NRG1表現的95百分位數，則向受試者施用ErbB-2/ErbB-3靶向劑。在某些方面，所述方法還包括確定與來自健康受試者的樣品相比，磷酸化HER3的量升高。在某些替代方面，所述方法還包括確定與來自健康受試者的樣品相比，FAM83E表現量升高，以及確定OLFML2B表現量降低。在某些方面，所述方法包括向具有升高的NRG1表現水平的受試者施用抗體。

本發明還提供了一種治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法，該方法包括確定從該受試者獲得的樣品中的神經調節蛋白-1(NRG1)表現量與從健康受試者獲得的樣品相比是升高的，並且向從其獲得具有升高的NRG1表現水平的樣品的受試者施用有效量的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，任選地，進一步確定磷酸化HER3的量與來自健康受試者的樣品相比升高，或確定FAM83E表現的量升高，並確定OLFML2B表現的量與來自健康受試者的樣品相比降低。

本公開還提供了治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法，該方法包括確定神經調節蛋白-1(NRG1)表現的量，並且如果樣品中NRG1的量等於或超過參考資料庫的NRG1表現的95百分位數，則向所述受試者施用治療有效量的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑。在某些方面，所述方法還包括確定與來自健康受試者的樣品相比，磷酸化HER3的量升高。在某些方面，所述方法還包括確定與來自健康受試者的樣品相比，FAM83E表現量升高，以及確定OLFML2B表現量降低。

在某些方面，NRG1的量超過95百分位數。

在某些方面，在本文公開的方法和用途中，使用雙特異性抗體，其包含可結合ErbB-2結構域I的第一抗原結合位點和可結合ErbB-3結構域III的第二抗原結合位點。

在某些方面，所述抗體至少包含i)選自MF2973、MF3004、MF3958、MF2971、MF3025、MF2916、MF3991、MF3031和MF3003的ErbB 2特異性重鏈可變區的CDR1、CDR2和CDR3序列；和/或ii)選自MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF 6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；30 MF6071；MF6072；MF6073和MF6074的ErbB 3特異性重鏈可變區的至少CDR1、CDR2和CDR3序列。

在某些方面，所述抗體包含：i)選自MF2973、MF3004、MF3958、MF2971、MF3025、MF2916、MF3991、MF3031和MF3003的重鏈可變區序列的ErbB 2特異性重鏈可變區序列；和/或ii)選自MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF 6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073和MF6074的重鏈可變區序列的ErbB 3特異性重鏈可變區序列。

在某些方面，抗體至少包含ErbB 2特異性重鏈可變區MF3958的CDR1、CDR2和CDR3序列，並且抗體至少包含ErbB 3特異性重鏈可變區MF3178的CDR1、CDR2和CDR3序列。

在某些方面，雙特異性抗體包含如圖2E所示的「結合ErbB-2的重鏈」和如圖2F所示的「結合ErbB-3的重鏈」。

在某些方面，第一抗原結合位點和所述第二抗原結合位點包含輕鏈可變區，所述輕鏈可變區包含IgVKl-39基因片段，例如重排種系人κ輕鏈IgVKl-39*01/IGJKl*01或IgVκ1-39*01/IGJκ5*01。在某些方面，輕鏈可變區包含具有序列(QSISSY)的CDR1、具有序列(AAS)的CDR2和具有序列(QQSYSTPPT)的CDR3。

在某些方面，結合ErbB-2和ErbB-3的雙特異性抗體是或包含澤妥珠單抗(國際非專有名稱)。

本發明涉及對受試者進行分類或選擇用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑治療的受試者，其中靶向劑可以是結合劑或其抑制劑。在某一方面，所述藥劑是澤妥珠單抗。在某些方面，所述藥劑包含抗ErbB-2特異性抗體，例如單特異性二價抗體，包括曲妥珠單抗或帕妥珠單抗。在某些方面，所述藥劑包含抗ErbB-3特異性抗體，例如MM-121(梅裡馬克製藥；也稱為#Ab6)、HMBD-001(蜂鳥)或RG7116(魯妥珠單抗，羅氏)。在某些方面，所述藥劑包含抗ErbB-2/抗ErbB-3特異性抗體，例如來自梅裡馬克製藥的MM-111。在某些方面，所述藥劑包含小分子ErbB-2酪胺酸激酶抑制劑(TKi)，例如拉帕替尼(Tyverb/Tykerb®)、奈拉替尼、阿法替尼、圖卡替尼或AZD8931。在某些方面，所述藥劑包含抗體藥物綴合物，例如曲妥珠單抗曲妥珠單抗抗體或DS-8201。

本公開提供了用於確定ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症或患有該癌症的受試者可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應，並隨後選擇用於治療癌症的受試者的方法，該方法包括：確定從受試者獲得的包含癌細胞的樣品中NRG1的表現水平；將樣品中NRG1的表現水平與NRG1的閾值表現水平進行比較，NRG1的閾值表現水平已經根據包含癌細胞的樣本的參考資料庫的閾值確定分析來確定；和透過比較確定樣品中NRG1的表現水平高於參考資料庫的NRG1的閾值表現水平，從而將癌症分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應，或者從而選擇用於治療的受試者。

本公開提供了一種方法，用於將患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應，並隨後選擇用於治療癌症的受試者，該方法包括：透過確定包含癌細胞的樣本參考資料庫的每個個體樣本的NRG1序列讀數豐度來確定NRG1表現水平；計算參考資料庫的NRG1表現的95百分位數；確定包含從受試者獲得的樣品的癌細胞中NRG1表現水平的量；和如果從受試者獲得的樣品中的NRG1表現水平等於或高於參考資料庫的95百分位數，則選擇受試者進行治療或對受試者進行分類可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

本公開提供了選擇患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者以用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑治療的方法，該方法包括：透過確定包含癌細胞的樣本參考資料庫的每個個體樣本的NRG1序列讀數豐度來確定NRG1表現水平；計算參考資料庫的NRG1表現的95百分位數；確定包含從受試者獲得的樣品的癌細胞中NRG1表現水平的量；和如果從受試者獲得的樣品中的NRG1表現水平等於或高於參考資料庫的95百分位數，則選擇受試者進行治療或將受試者分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

在某些方面，當從受試者獲得的樣品具有升高的表現水平時，受試者被選擇用於治療或被分類為可能對用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應與參考值相比。在某些方面，當確定從受試者獲得的樣品中的NRG1表現水平與參照相比升高時，受試者被選擇用於治療或被分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

在某些方面，當確定從受試者獲得的樣品中的NRG1表現水平與參照相比升高時，並且當確定從受試者獲得的樣品中的pHER狀態為陽性時，受試者被選擇用於治療或被分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

在某些方面，當確定從受試者獲得的樣品中的NRG1表現水平與參照相比升高時，當確定從受試者獲得的樣品中的FAM83E表現水平與參照相比升高時，以及當確定從受試者獲得的樣品中的OLFML2B表現水平與參照相比降低時，受試者被選擇用於治療或被分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

該參照可以選自例如健康患者、健康樣品、NRG1的閾值水平、FAM83E的閾值水平、OLFML2B或pHER3的閾值水平、包含按NRG1表現水平排序的樣品的癌細胞參照資料庫的95百分位數、無癌細胞的樣品或包含癌細胞的樣品。在某些方面，參照是從患有癌症的受試者獲得的樣品。在某些方面，參照是包含癌細胞的樣品。在某些方面，參照是從患有癌症的受試者獲得的包含癌細胞的樣品。

在某些方面，本公開的方法進一步包括確定來自受試者的樣品中磷酸化HER3(pHER3)的存在或量，或確定來自受試者的樣品中FAM83E表現水平和OLFML2B表現水平。

在某些方面，本公開的方法還包括選擇用於治療的受試者，或者當具有升高的NRG1表現水平時，將其分類為可能對用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

在某些方面，本公開的方法進一步包括當具有升高的NRG1表現水平和當具有陽性pHER3狀態時，選擇用於治療的受試者或將其分類為可能對用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應；或當具有升高的NRG1表現水平時，具有升高的FAM83E表現和具有降低的OLFML2B表現水平。

在某些方面，本公開的方法進一步包括：測量來自受試者的包含癌細胞的樣品中的pHER3水平；將包含癌細胞的樣品中的pHER3水平與pHER3的閾值水平進行比較，根據包含癌細胞的樣品的第一資料庫的閾值確定分析來確定pHER3的閾值水平；和透過結合所述比較來確定包含癌細胞的樣品中的pHER3水平高於閾值pHER3水平，以及包含癌細胞的樣品中的NRG1的表現水平高於NRG1的閾值表現水平，從而確定癌症可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

在某些方面，所述方法進一步包括：測量來自受試者的包含癌細胞的樣品中FAM83E的表現水平和OLFML2B的表現水平；將包含癌細胞的樣品中FAM83E的表現水平和OLFML2B的表現水平與FAM83E和OLFML2B的閾值水平進行比較，FAM83E和OLFML2B水平的閾值表現水平已經根據包含癌細胞的樣品的第一資料庫的閾值確定分析來確定；和透過結合以下比較來確定：1)包含癌細胞的樣品中的FAM83E表現水平高於閾值FAM83E表現水平，2)包含癌細胞的樣品中的OLFML2B表現水平低於閾值OLFML2B表現水平，以及3)包含癌細胞的樣品中的NRG1表現水平高於NRG1的閾值表現水平，從而確定癌症可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

在某些方面，所述方法進一步包括，在確定癌症可能對用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應之後，向受試者施用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑。

在某些方面，在來自受試者的樣品中確定pHER3的存在或量，並且如果另外來自受試者的樣品對pHER3呈陽性，則選擇受試者進行治療，或將其分類為可能對治療有反應。

在某些方面，在來自受試者的樣品中測定FAM83E和OLFML2B的表現水平，並且如果另外來自受試者的樣品具有升高的FAM83E表現水平和降低的OLFML2B表現水平，則選擇受試者進行治療，或將其分類為可能對治療有反應。

在某些方面，確定NRG1、FAM83E和/或OLFML2B表現水平包括分別將NRG1、FAM83E和/或OLFML2B的定序讀數與作為參考基因體的GRCh37.66或GRCh38/hg38基因體組裝進行比對。在某些方面，所述基因體組裝是GRCh38.p13。在某些方面，所述基因體組裝是GRCh38.p13更新106(日期為2022年4月)。

在某些方面，癌症是腦癌(多形性膠質母細胞瘤，GBM)、胰腺癌(胰腺癌，PAAD)、肺癌((肺腺癌(LUAD)或肺鱗癌(LUSC)，或非小細胞肺癌(非小細胞肺癌))、食道癌(食道癌，ESCA)、肝癌(肝細胞癌，LIHC)、膽管癌(CHOL)或胃癌(胃腺癌，STAD)。

在某些方面，所述癌症是多形性膠質母細胞瘤、胰腺癌、肺腺癌、肺鱗癌、非小細胞肺癌(非小細胞肺癌)、食道癌、肝細胞癌、膽管癌、前列腺癌或胃腺癌。在某些方面，樣品來自腦癌、乳腺癌、胰腺癌、肺癌、食道癌、肝癌、膽管癌或胃癌。

在某些方面，包含樣品的癌細胞包括腦癌細胞、乳腺癌細胞、胰腺癌細胞、肺癌細胞、食道癌細胞、肝癌細胞、膽管癌癌細胞或胃癌細胞。

惡性細胞可以是癌細胞。癌細胞可以是與NRG1基因表現升高相關的癌細胞，例如由NRG1基因表現升高驅動的癌細胞。

在某些方面，惡性細胞是癌細胞。在某些方面，細胞是上皮細胞。在某些方面，細胞是肺癌細胞，例如非小細胞肺癌、胰腺癌細胞、乳腺癌細胞、食道癌細胞、肝癌細胞、膽管癌癌細胞或胃癌細胞。

在某些方面，腫瘤源於上皮。在某些方面，腫瘤是胰腺癌、乳腺癌、肺癌(包括非小細胞肺癌)、食道癌、肝癌、膽管癌或胃癌或其轉移。

惡性細胞可以是癌細胞。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1表現的胰腺癌細胞，並且在某些方面，所述癌細胞對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平且FAM83E表現陽性且具有降低的OLFML2B表現水平的胰腺癌細胞。

在某些方面，所述癌細胞是包含升高的NRG1表現的肺癌細胞，並且在某些方面，所述癌細胞對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平且FAM83E表現陽性且具有降低的OLFML2B表現水平的肺癌細胞。

在某些方面，所述癌細胞是包含升高的NRG1表現的食道癌細胞，並且在某些方面，所述癌細胞對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平的食道癌細胞，並且對於FAM83E表現呈陽性，並且具有降低的OLFML2B表現水平。

在某些方面，所述癌細胞是包含高表現的肝癌細胞，並且在某些方面，所述癌細胞對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平且FAM83E表現陽性且具有降低的OLFML2B表現水平的肝癌細胞。

在某些方面，所述癌細胞是包含升高的NRG1表現的膽管癌細胞，並且在某些方面，所述癌細胞對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平的膽管癌細胞，並且對於FAM83E表現呈陽性，並且具有降低的OLFML2B表現水平。

在某些方面，所述癌細胞是包含升高的NRG1表現的胃癌細胞，並且在某些方面，所述癌細胞對pHER3呈陽性。在某些方面，所述癌症是包含升高的NRG1水平且FAM83E表現陽性且具有降低的OLFML2B表現水平的胃癌細胞。

在某些方面，包含癌細胞的樣本的參考資料庫包含至少50個或至少200個樣本，所述樣本包含從患有癌症的人類受試者獲得的癌細胞。參考資料庫可以是從參加特定臨床試驗的受試者身上採集的樣本建構而成。在某些方面，參考資料庫包括來自公眾已知且可獲得的來源的樣本，例如癌症基因組圖譜計劃(TCGA)。使用所述來源的一個優點是其可公開獲得性、可再現性和大量樣本，這提供了統計上合適且有意義的結果。在某些方面，參考資料庫包括TCGA資料庫，例如資料庫TCGA-CHOL、TCGA-GBM、TCGA-LIHC、TCGA-LUAD、TCGA-LUSC、TCGA-PAAD、TCGA-PRAD、TCGA-ESCA或TCGA-STAD。在某些方面，參考資料庫的癌症樣本對應於本公開的受試者患有的癌症類型。在某些方面，所使用的TCGA資料庫是特定癌症指征的整個資料庫(例如TCGA-CHOL)。在某些方面，參考資料庫包括TCGA「遺留」版本，特別是2020年2月17日下載的「遺留」版本。

如技術人員所清楚的，不含癌細胞的樣品在來源或組織方面與來自本文所述的待分類或選擇治療的受試者的樣品相同，以允許結果的最佳比較。這種樣品也可稱為「健康樣品」，可從患有癌症的受試者或未患癌症的受試者的器官或組織的健康部分獲得。

在本文中，「閾值測定分析」應理解為包括這樣的測定，其中基於根據NRG1表現水平對樣品進行分類，計算包含癌細胞的樣品的參考資料庫的NRG1表現的95百分位數數，計算具有最高NRG1表現水平的樣品的95百分位數數，並將從患有癌症的受試者獲得的樣品與95百分位數數進行比較，以確定所述樣品的NRG1水平等於或高於95百分位數數。包含癌細胞的樣本的參考資料庫可以是來自公共領域的資料庫，也可以是來自旨在用任何感興趣的治療劑(包括任何ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑)治療癌症的臨床試驗的資料庫。通常，由於與統計顯著性相關的原因，這樣的樣本參考資料庫具有至少50個或至少200個樣本。

在某些方面，NRG1表現、FAM83E和/或OLFML2B基於透過RNA定序獲得的序列讀數。在某些方面，為包含癌細胞的樣品的參考資料庫建立的95百分位數是基於序列讀數，例如透過RNA定序獲得的那些讀數。在某些方面，為參考資料庫建立的95百分位數基於每百萬轉錄本(TPM)或每千鹼基百萬片段(FPKM)。

在某些方面，建立或計算參考資料庫的95百分位數包括將資料庫的每個單獨樣品的轉錄組或參考基因體的序列讀數與NRG1基因或其外顯子進行計算機比對，並確定NRG1轉錄本豐度或NRG1表現水平。接下來，計算95百分位數，例如使用這裡提到的等式2和3或者這裡提到的程式「R」中的等式1。

在某些方面，建立或計算參考資料庫的中值表現水平包括將資料庫的每個單獨樣品的轉錄組或參考基因體的序列讀數與FAM83E和OLFML2B基因或其外顯子進行計算機比對，並確定各自基因的FAM83E或OLFML2B轉錄本豐度或表現水平。接下來，計算FAM83E或OLFML2B的中值表現水平。

在某些方面，NRG1轉錄組或參考基因體的計算機比對包括GRCh37.66或GRCh38/hg38基因體組裝的NRG1基因。在某些方面，NRG1的表現包括GRCh37.66或GRCh38/hg38基因體組裝的NRG1亞型的DNA序列。在某些方面，NRG1的表現包括編碼ENSG00000157168的蛋白質的DNA序列。在某些方面，NRG1的表現包括SEQ ID NO：129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183或它們的任意等位基因變异體。

在某些方面，與FAM83E的轉錄組或參考基因體的計算機比對包括GRCh37.66或GRCh38/hg38基因體組裝的FAM83E基因。在某些方面，FAM83E的表現包括GRCh37.66或GRCh38/hg38基因體組裝的FAM83E同工型的DNA序列。在某些方面，FAM83E的表現包括編碼ENSG00000105523的蛋白質的DNA序列。在某些方面，FAM83E的表現包括SEQ ID NO：195或197，或其任何等位基因變體。

在某些方面，OLFML2B轉錄組或參考基因體的計算機比對包括GRCh37.66或GRCh38/hg38基因體組裝的OLFML2B基因。在某些方面，OLFML2B的表現包括GRCh37.66或GRCh38/hg38基因體組裝體的OLFML2B同工型的DNA序列。在某些方面，OLFML2B的表現包括編碼ENSG00000162745的蛋白質的DNA序列。在某些方面，OLFML2B的表現包括SEQ ID NO：199、201和/或203或其任何等位基因變體。

在某些方面，為NRG1表現確定的95百分位數是根據癌症類型確定的。在某些方面，使用下面描述的等式1來確定95百分位數，等式1源自「統計計算項目」的等式7。可以使用稱為「R」的軟體，利用其分位數函數進行計算，請參見https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/quantile.html)。

等式1僅作為示例並使用虛數值，在第一步中，根據NRG1表現式(使用適當的 TPM值)對樣本進行排序：{12、23、34、45、54、56、67、78、88、90}，之後計算指數：(95/100)*10=9.5。因為在這種情況下，索引不是整數(在其他例子中可能發生)，所以取位置9和10處的值。檢索第9位和第10位的值：88、90。接下來計算平均值：(88+90)/2=89。在這種情況下，列表的第95個百分位數數是89。

或者，透過使用以下等式計算實值指數h，從大小為N的樣本中估計p分位數(第k個q分位數，其中p=k/q)(參見Hyndman RJ和Fan Y(1996))。統計包中的樣本分位數。美國統計學家，50(4)：361-365)。

根據等式2計算h：h=(N-1)*p+1，其中N是觀察值的數量(即本文中 TPM值的數量)，p是所選的分位數(機率，本文中為0.95)。用於計算分位數Qp的等式則透過等式3：，其中h如上計算，x為觀察值(即本文中的 TPM值)，其中⌊h⌋的意思是h的「最小值」，⌈h⌉意味著h的「最大值」。僅舉例來說，如果h是9.55，⌊h⌋=9，⌈h⌉=10。在本例中，在等式的符號x⌊h⌋中，then表示x中的第9個數字(訂購時)。如果p=0.95和10個 TPM值中的x：x=[0.1，0.3，5.2，10.1，6.8，20.5，3.7，9.5，4.2，0.3]：步驟1.排序x：x=[0.1，0.3，0.3，3.7，4.2，5.2，6.8，9.5，10.1，20.5]步驟2.計算h：h=(N-1)*p+1變成(10-1)*0.95+1，是9.55。步驟3.計算分位數變成x[位置9]+(9.55-9)*(x[位置10]-x[位置9])，變成：10.1+(9.55-9)*(20.5-10.1)，是15.82。

本文中術語「RNA定序」應理解為也包括從RNA逆轉錄的DNA的定序，RNA通常被稱為cDNA。

在某些方面，使用商業供應商採用的商業上已知的RNA定序方法，包括Caris(Caris LifeSciences，USA) Tempus (USA)等，建立了提高的NRG1表現。全轉錄組定序(WTS)利用高通量定序的能力來深入瞭解患者腫瘤的RNA譜，包括詳細的基因表現數據。

在某些方面，透過RNA定序來定量基因表現是透過使用諸如HTSeq-count的程式來計數定位(或比對)到感興趣基因的閱讀次數(閱讀計數)。

在某些方面，NRG1的95百分位數是1.202log10 TPM。在某些方面，當高於log10 TPM水平（至少0.30Log10 TPM或至少0.45Log10 TPM或至少0.66Log10 TPM或至少0.85Log10 TPM或至少1.20Log10 TPM或至少1.40Log10 TPM或至少1.70Log10 TPM或至少2.00Log10 TPM）時，認為FAM83E表現升高。在某些方面，當高於log10 TPM水平（至少2.00Log10 TPM）時，認為FAM83E表現升高。在某些方面，當低於Log10 TPM水平（小於1.40Log10 TPM或小於1.18Log10 TPM、或小於0.92Log10 TPM、或小於0.72Log10 TPM、或小於0.70Log10 TPM、或小於0.50Log10 TPM、或小於0.20Log10 TPM、或小於0.02Log10 TPM、或小於0.00 Log10 TPM）時，認為OLFML2B表現降低。在某些方面，當低於log10 TPM水平（小於0.02Log10 TPM或0.00Log10 TPM）時，認為OLFML2B表現降低。在某些方面，所述癌症是胃癌，例如胃或胃腺癌。

在某些方面，當高於log10 TPM水平（至少1.8或2.0log10 TPM）時，認為FAM83E表現升高。在某些方面，當低於log10 TPM水平（小於0.5或0.2log10 TPM）時，認為OLFML2B表現降低。

在某些方面，癌症是胃癌，例如胃或胃腺癌(STAD)，並且NRG1的95百分位數是1.002log10 TPM，例如為TCGA-STAD確定的。在某些方面，所述癌症是胃癌，並且當高於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，如TCGA-STAD測定的1.325log10 TPM，則認為FAM83E表現升高。在某些方面，所述癌症是胃癌，並且當低於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，如低於TCGA-STAD測定的1.326log10 TPM，則認為OLFML2B表現降低。

在某些方面，癌症是膽管癌，並且NRG1的95百分位數是1.069log10 TPM，如針對TCGA-膽固醇測定的。在某些方面，所述癌症是膽管癌，並且當高於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，如TCGA-CHOL測定的-0.513log10 TPM，則認為FAM83E表現升高。在某些方面，所述癌症是膽管癌，並且當低於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如低於0.989log10 TPM(如針對TCGA-CHOL測定)時，認為OLFML2B表現降低。

在某些方面，癌症是腦癌，例如多形性膠質母細胞瘤(GBM)，並且NRG1的95百分位數是0.882log10 TPM，如TCGA-GBM所確定的。在某些方面，癌症是腦癌，例如多形性膠質母細胞瘤(GBM)，並且當高於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如TCGA-GBM測定的-1.046log10 TPM，則認為FAM83E表現升高。在某些方面，所述癌症是腦癌，例如多形性膠質母細胞瘤(GBM)，並且當低於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如低於TCGA-GBM測定的1.36log10 TPM，則認為OLFML2B表現降低。

在某些方面，癌症是肝癌，例如肝細胞肝癌(LIHC)，並且NRG1的95百分位數是1.057log10 TPM，如TCGA-LIHC所確定的。在某些方面，所述癌症是肝癌，例如肝肝細胞癌(LIHC)，並且當高於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如TCGA-LIHC測定的-1.952log10 TPM，則認為FAM83E表現升高。在某些方面，所述癌症是肝癌，例如肝肝細胞癌(LIHC)，並且當低於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如低於TCGA-LIHC測定的0.580log10 TPM，則認為OLFML2B表現降低。

在某些方面，癌症是肺癌，例如肺腺癌(LUAD)，並且NRG1的95百分位數是0.798log10 TPM，如TCGA-LUAD所確定的。在某些方面，癌症是肺癌，例如肺腺癌(LUAD)，並且當高於參考資料庫的中值log10 TPM水平，例如1.258log10時，FAM83E表現被認為是升高的為TCGA-LUAD確定的輪胎氣壓監測。在某些方面，癌症是肺癌，例如肺腺癌(LUAD)，並且當低於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如低於TCGA-LUAD測定的1.250log10 TPM時，認為OLFML2B表現降低。

在某些方面，癌症是肺癌，例如肺鱗癌(LUSC)，並且NRG1的95百分位數是1.452log10 TPM，如TCGA-LUSC測定的。在某些方面，癌症是肺癌，例如肺鱗癌(LUSC)，並且當高於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如TCGA-LUSC測定的0.811log10 TPM，則認為FAM83E表現升高。在某些方面，癌症是肺癌，例如肺鱗癌(LUSC)，並且當低於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如低於TCGA-LUSC測定的1.250log10 TPM，則認為OLFML2B表現降低。

在某些方面，癌症是胰腺癌，例如胰腺癌(PAAD)，並且NRG1的95百分位數是0.469log10 TPM，如針對TCGA-PAAD所確定的。在某些方面，所述癌症是胰腺癌，例如胰腺癌(PAAD)，並且當高於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如為TCGA-PAAD確定的1.359log10 TPM，則認為FAM83E表現升高。在某些方面，癌症是胰腺癌，如胰腺癌(PAAD)，並且當低於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，如低於TCGA-PAAD測定的1.659log10 TPM，則認為OLFML2B表現降低。

在某些方面，癌症是食道癌，例如食管腺癌(ESCA)，並且NRG1的95百分位數是1.733log10 TPM，如TCGA-ESCA測定的。在某些方面，癌症是食道癌，例如食管腺癌(ESCA)，並且當高於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如為TCGA-ESCA確定的1.071log10 TPM，則認為FAM83E表現升高。在某些方面，癌症是食道癌，例如食管腺癌(ESCA)，並且當低於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如低於TCGA-ESCA測定的1.073log10 TPM，則認為OLFML2B表現降低。

在某些方面，本公開的方法包括確定從受試者獲得的樣品中的pHER3的存在或量。這種樣品獲自受試者，並含有所述受試者患有的ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌細胞或癌組織。在某些方面，透過免疫組織化學(IHC)測定pHER3的存在或量，例如透過使用特異性結合在Tyr1289位磷酸化的HER3的抗體，例如單株抗兔抗體株D1B5。在某些方面，樣品是實體腫瘤的福馬林固定的石蠟包埋的人組織。

在某些方面，如IHC所確定的，樣品對pHER3呈陽性。在某些方面，如果樣品具有至少20、或至少40、或至少120、或至少150、或至少170的H分數，則認為pHER3為陽性由IHC建立。在某些方面，由IHC建立並表示為H-分數的pHER3的存在或量為至少20、或至少40、或至少120、或至少150、或至少170。在某些方面，H分數等於(0 x % [cat.0]) + (1 x % [cat. 1+]) + (2 x % [cat. 2+]) + (3 x % [cat. 3+])。

在某些方面，透過原位雜交(ISH)確定pHER3的存在或量。

在某些方面，本公開的NRG1包含由Entrez基因ID號3084鑑定的NRG1基因，或其任何等位基因變體。在某些方面，NRG1包含SEQ ID NO：129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183或它們的等位基因變异體的任意一個，其中等位基因變异體定義爲與NRG1序列具有至少95%的序列同一性。在某些方面，等位基因變體被定義為與NRG1序列具有至少98%的序列同一性。等位基因變體被定義為與NRG1序列具有至少99%的序列同一性。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：129或SEQ ID NO：130的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：129或SEQ ID NO：130的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：129或SEQ ID NO：130的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：131或SEQ ID NO：132的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：131或SEQ ID NO：132的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：131或SEQ ID NO：132的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：133的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：133的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：133的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：134或SEQ ID NO：135的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：134或SEQ ID NO：135的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：134或SEQ ID NO：135的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：136的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：136的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：136的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：137或SEQ ID NO：138的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：137或SEQ ID NO：138的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：137或SEQ ID NO：138的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：139的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：139的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：139的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：140的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：140的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：140的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：141的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：141的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：141的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：142的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：142的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：142的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：143的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：143的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：143的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：144的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：144的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：144的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：145或SEQ ID NO：146的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：145或SEQ ID NO：146的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：145或SEQ ID NO：146的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：147或SEQ ID NO：148的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：147或SEQ ID NO：148的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：147或SEQ ID NO：148的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：149或SEQ ID NO：150的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：149或SEQ ID NO：150的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：149或SEQ ID NO：150的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：151或SEQ ID NO：152的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：151或SEQ ID NO：152的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：151或SEQ ID NO：152的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：153或SEQ ID NO：154的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：153或SEQ ID NO：154的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：153或SEQ ID NO：154的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：155或SEQ ID NO：156的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：155或SEQ ID NO：156的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：155或SEQ ID NO：156的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：157或SEQ ID NO：158的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：157或SEQ ID NO：158的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：157或SEQ ID NO：158的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：159或SEQ ID NO：160的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：159或SEQ ID NO：160的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：159或SEQ ID NO：160的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：161或SEQ ID NO：162的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：161或SEQ ID NO：162的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：161或SEQ ID NO：162的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：163的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：163的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：163的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：164的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體一種與SEQ ID NO：164的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：164的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：165的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：165的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：165的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：166的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：166的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：166的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：167或SEQ ID NO：168的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：167或SEQ ID NO：168的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：167或SEQ ID NO：168的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：169或SEQ ID NO：170的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：169或SEQ ID NO：170的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：169或SEQ ID NO：170的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：171或SEQ ID NO：172的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：171或SEQ ID NO：172的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：171或SEQ ID NO：172的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：173或SEQ ID NO：174的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：173或SEQ ID NO：174的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：173或SEQ ID NO：174的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：175或SEQ ID NO：176的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：175或SEQ ID NO：176的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：175或SEQ ID NO：176的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：177的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：177的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：177的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：178的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：178的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：178的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：179或SEQ ID NO：180的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：179或SEQ ID NO：180的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：179或SEQ ID NO：180的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：181的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：181的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：181的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：182的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：182的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：182的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：183的序列至少95%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：183的序列至少98%相同的變體。在某些方面，等位基因變體是與SEQ ID NO：183的序列至少99%相同的變體。

在某些方面，FAM83E表現包括FAM83E mRNA表現或mRNA序列讀數，而OLFML2B表現包括OLFML2B mRNA表現或mRNA序列讀數。

在某些方面，FAM83E包含HGNC：25972，也稱為Ensembl：ENSG00000105523。在某些方面，FAM83E mRNA序列包含SEQ ID NO195，或與其具有至少98%序列同一性的序列。在某些方面，FAM83E mRNA序列包含SEQ ID NO197，或與其具有至少98%序列同一性的序列。

在某些方面，OLFML2B包含HGNC：24558，也稱為Ensembl：ENSG00000162745。在某些方面，OLFML2B mRNA序列包含SEQ ID NO：199，或與其具有至少98%序列同一性的序列。在某些方面，OLFML2B mRNA序列包含SEQ ID NO：201，或與其具有至少98%序列同一性的序列。在某些方面，OLFML2B mRNA序列包含SEQ ID NO：203，或與其具有至少98%序列同一性的序列。

序列的比較和兩個序列之間序列同一性百分比的確定可以使用數學算法來完成。本領域技術人員將意識到這樣一個事實，即有幾種不同的計算機程式可用於比對兩個序列並確定兩個序列之間的同一性(Kruskal JB(1983)序列比較概述：時間扭曲、串編輯和大分子。工業和應用數學學會25(2)：201-237。)。可以使用Needleman和Wunsch算法對兩個序列進行比對來確定兩個胺基酸序列或核酸序列之間的序列同一性百分比(Needleman SB和Wunsch CD(1970))。適用於尋找兩種蛋白質胺基酸序列相似性的通用方法。J. Mol. Biol. 48(3)，443-453)。Needleman-Wunsch算法已在計算機程式NEEDLE中實現。出於本公開的目的，來自EMBOSS包的NEEDLE程式用於確定胺基酸和核酸序列的同一性百分比(版本2.8.0，Rice P，Longden I和Bleasby A(2000))。歐洲分子生物學開放軟體套件。遺傳學趨勢16(6)：276—277，http：//emboss.bioinformatics.nl/)。對於蛋白質序列，EBLOSUM62用於替代矩陣。對於DNA序列，使用DNAFULL。所用的參數是缺口打開罰分10和缺口延伸罰分0.5。

如上所述透過程式針比對後，查詢序列和本公開的序列之間的序列同一性百分比計算如下：在比對中顯示兩個序列中相同胺基酸或相同核苷酸的相應位置的數目除以減去比對中缺口總數後的比對總長度。

NRG1基因編碼NRG1的各種亞型。Adélaïde J等人(2003)描述了各種異構體及其預期功能。乳腺癌和胰腺癌細胞系中的復發性染色體易位斷裂點靶向神經調節蛋白/NRG1基因。基因染色體癌症。37(4)：333-45.GGF和GGF2亞型包含一個環狀結構樣序列加上Ig和EGF樣結構域；SMDF亞型與其他亞型僅共享EGF樣結構域。EGF樣結構域由基因的3’端編碼。在某些方面，EGF樣結構域存在於本公開的NRG1同種型中。在某些方面，本公開的癌症或任何樣品不是NRG1融合陽性的。

在本文中，術語「NRG1融合陽性」被理解為意指受試者或從其獲得的樣品包含癌細胞，或包含NRG1融合基因的細胞，所述NRG1融合基因包含與來自不同染色體位置的序列融合的NRG1基因的至少一部分。通常，細胞包含NRG1融合基因，該融合基因至少包含與來自不同染色體位置的5’序列融合的NRG1基因的3’末端。所述癌細胞可以是與NRG1融合基因相關的癌細胞，例如癌細胞由NRG1核聚變驅動。這種NRG1融合基因表現包含NRG1 EGF樣結構域的蛋白質。在某些方面，NRG1融合基因是NRG1基因的3’末端與另一基因的5’序列的融合體。本文參考例如Duruisseaux等人(2016)在法國侵襲性黏液性肺腺癌隊列中的NRG1融合。癌症醫學5(12)：3579-3585，例如NRG1融合基因。

ErbB-1有不同的同義詞，其中最常見的是EGFR。EGFR具有由四個亞結構域組成的胞外結構域(ECD)，其中兩個涉及配體結合，兩個涉及同源二聚化和異源二聚化。EGFR整合來自各種配體的細胞外訊號，產生不同的細胞內反應。EGFR刺激的主要訊號轉導途徑由Ras-絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)促有絲分裂訊號級聯組成。這一途徑的刺激是由Grb2募集到酪胺酸磷酸化的EGFR而啟動的。這導致Ras透過Grb2結合的Ras-鳥嘌呤核苷酸交換因子Son of Sevenless(SOS)刺激。此外，PI3-激酶-Akt訊號轉導途徑也被EGFR刺激，儘管這種刺激在ErbB-3(HER3)共表現的情況下強得多。EGFR與幾種人類上皮惡性腫瘤有關，特別是乳腺癌、膀胱癌、非小細胞肺癌、肺癌、結腸癌、卵巢癌、頭頸癌和腦癌。已經發現基因中的刺激突變，以及受體及其配體的過度表現，引起自分泌刺激環。因此，這種RTK被廣泛用作癌症治療的靶點。針對RTK的小分子抑制劑和針對細胞外配體結合域的單株抗體(mAbs)已經被開發出來，並且迄今為止已經顯示出幾個臨床成功，儘管主要是針對一組選擇的患者。人EGFR蛋白及其編碼基因的數據庫登錄號為(GenBank NM_005228.3)。給出該登錄號主要是為了提供另一種鑑定作為靶的EGFR蛋白的方法，與抗體結合的EGFR蛋白的實際序列可以變化，例如由於編碼基因中的突變，如在一些癌症等中發生的突變。

除非另有說明，本文提及EGFR時，指的是人類EGFR。結合EGFR的抗原結合位點，結合EGFR及其多種變體，例如在一些EGFR陽性腫瘤上表現的那些。

本文所用的術語「ErbB-1」是指人類中由ErbB-1基因編碼的蛋白質。基因或蛋白質的替代名稱包括EGFR、ErbB、HER1、Erb-B2受體酪氨酸激酶1。當本文提及ErbB-1時，是指人ErbB-1。

本文所用的術語「ErbB-2」是指人類中由ErbB-2基因編碼的蛋白質。基因或蛋白質的替代名稱包括CD340HER-2；HER-2/neu；MLN19；NEU；NGL；TKR1。ErbB-2基因通常被稱為HER2(來自人類表皮生長因子受體2)。當本文提及ErbB-2時，是指人ErbB-2。包含結合ErbB-2的抗原結合位點的抗體結合人ErbB-2。由於人類和其他哺乳動物直向同源物之間的序列和三級結構相似性，ErbB-2抗原結合位點也可以結合這種直向同源物，但不一定如此。人類ErbB-2蛋白及其編碼基因的數據庫登錄號為(NP_001005862.1，NP_004439.2 NC_000017.10 NT_010783.15 NC_018928.2)。登錄號是主要是為了提供另一種鑑定作為靶標的ErbB-2的方法，結合抗體的ErbB-2蛋白的實際序列可以變化，例如由於編碼基因中的突變，例如在一些癌症等中發生的突變。ErbB-2抗原結合位點結合ErbB-2及其多種變體，例如由一些ErbB-2陽性細胞或腫瘤細胞表現的那些。在某些方面，結合ErbB-2的抗原結合位點結合ErbB-2的結構域I。

本文使用的術語「ErbB-3」是指在人體中由ErbB-3基因編碼的蛋白質。該基因或蛋白質的另一個名字是HER3；LCCS2；MDA-BF-1；c-ErbB-3；c-ErbB-3；ErbB-3-S；p180-ErbB-3；p45-sErbB-3和p85-sErbB-3。當本文提及ErbB-3時，是指人ErbB-3。包含結合ErbB-3的抗原結合位點的抗體結合人ErbB-3。由於人類和其他哺乳動物直向同源物之間的序列和三級結構相似性，ErbB-3抗原結合位點也可以結合這種直向同源物，但不一定如此。人類ErbB-3蛋白及其編碼基因的數據庫登錄號為(NP_001005915.1，NP_001973.2，NC_000012.11，NC_018923.2，NT_029419.12)。給出的登錄號主要是為了提供一種鑑定作為靶標的ErbB-3的進一步方法，與抗體結合的ErbB-3蛋白的實際序列可能會發生變化，例如由於編碼基因中的突變，例如在一些癌症等中發生的突變。ErbB-3抗原結合位點結合ErbB-3及其多種變體，例如由一些ErbB-3陽性腫瘤細胞表現的那些。在某些方面，結合ErbB-3的抗原結合位點結合ErbB-3的結構域III。在此，術語「HER3」和「ErbB-3」可互換使用。

本文所用的術語「ErbB-4」是指人類中由ErbB-4基因編碼的蛋白質。該基因或蛋白質的替代名稱包括HER4、Erb-B2受體酪氨酸激酶4和人表皮生長因子受體4。當本文提及ErbB-4時，是指人ErbB-4。

在某些方面，癌症包括KRAS中的致癌突變。在某些方面，癌症包括KRAS中的致癌錯義突變，例如突變G12D。突變G12D賦予了一種可以影響下游訊號傳導並可能導致致癌活性的結構構象。

除非另有具體說明，本文中使用的詞語「癌症」和「腫瘤」通常都指癌症。

抗體中的抗原結合位點通常存在於可變結構域中。可變結構域包括重鏈可變區和輕鏈可變區。

在某些方面，所述陽性癌症是胃癌。然而，本發明可應用於大範圍的ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症，如腦癌、乳腺癌、胰腺癌、肺癌、食道癌、肝癌和膽管癌等。在某些方面，惡性細胞是上皮細胞。或者，細胞或腫瘤是上皮來源的細胞或腫瘤。在某些方面，細胞或腫瘤是肺癌或其轉移。在某些方面，腫瘤源於上皮。

在某些方面，ErbB-2/ErbB-3陽性細胞或腫瘤的細胞具有高水平的調蛋白表現。調蛋白是一種參與ErbB-3陽性細胞或腫瘤細胞生長的生長因子。通常，當細胞或腫瘤細胞表現高水平的調蛋白時，目前已知的治療方法如曲妥珠單抗、帕妥珠單抗和拉帕替尼不再能夠抑制細胞或腫瘤生長。這種現象被稱為赫勒古林抗性。

在轉移瘤的形成(即細胞或腫瘤細胞或腫瘤起始細胞的遷移、侵襲、生長和/或分化)過程中，通常存在升高的調蛋白水平。典型地，基於幹細胞標記物，例如CD44、CD24、CD133和/或ALDH1，鑑定腫瘤起始細胞。因此，這些過程幾乎不能被目前已知的治療方法抵消，如曲妥珠單抗和帕妥珠單抗。本文公開的雙特異性抗體能夠對抗患有包含升高的NRG1表現水平的細胞腫瘤的受試者中轉移瘤的形成。

在某些方面，受試者是人類受試者。在某些方面，受試者是有資格使用ErbB-2特異性抗體如曲妥珠單抗進行單株抗體治療的受試者。

在某些方面，受試者之前已經接受了ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療。在某些方面，受試者或癌症在接受了用包含結合ErbB-2的胞外部分或ErbB-3的胞外部分的抗原結合位點的單特異性二價抗體的在先治療，或用ErbB-2的酪胺酸激酶抑制劑(TKi)或化療或其組合的在先治療後已經發展。在某些方面，TKI是拉帕替尼、卡那替尼、奈拉替尼、圖卡替尼、CP-724714、他洛西替尼、穆布替尼、阿法替尼、伐利替尼和達科替尼中的一種或多種。在某些方面，TKI是阿法替尼。在某些方面，包含結合ErbB-3胞外部分的抗原結合位點的單特異性二價抗體包含德帕瑞妥單抗、瑟瑞妥單抗、魯妥珠單抗、依更妥單抗、GSK2849330、KTN3379或AV-203。在某些方面，受試者之前接受過曲妥珠單抗或培妥珠單抗治療。

待施用於患者的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的量通常在治療窗內，這意味著足夠的量用於獲得治療效果，而該量不超過導致不可接受程度的副作用的閾值。獲得所需治療效果所需的抗體量越低，治療窗通常越大。選定的劑量水平將取決於多種因素，包括給藥途徑、給藥時間、所用特定化合物的排泄速率、治療持續時間、聯合使用的其他藥物、化合物和/或材料、接受治療的患者的年齡、性別、體重、狀況、總體健康狀況和既往病史，以及醫學領域中眾所周知的類似因素。劑量可以在曲妥珠單抗給藥方案的範圍內或更低。

可以將ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑配製成藥物組合物，其包含藥學上可接受的載體、稀釋劑或賦形劑，以及額外的任選活性劑。抗體和包含抗體的組合物可以透過任何途徑給藥，包括腸胃外、腸內和局部給藥。腸胃外給藥通常是透過注射，包括例如靜脈內、肌肉內、動脈內、鞘內、心室內、囊內、眶內、心內、皮內、腹膜內、經氣管、皮下、皮下、關節內、包膜下、蛛網膜下、椎管內、脊髓內、腫瘤內和胸骨內注射和輸注。

在某些方面，本公開的雙特異性抗體以每兩週一次750mg的量施用或使用，例如平劑量。在某些方面，雙特異性抗體是澤妥珠單抗。

本公開提供了用於本文所述方法和治療的雙特異性抗體。合適的雙特異性抗體包含結合ErbB-2的第一抗原結合位點和結合ErbB-3的第二抗原結合位點，其中雙特異性抗體降低或可以降低ErbB-2和ErbB-3陽性細胞上ErbB-3的配體誘導的受體功能。抗體及其製備在WO2015/130173中公開，其透過引用併入本文。WO2015/130173中的實施例進一步描述了抗體的許多特性，例如配體結合和表位作圖。

如本文所用，術語「抗原結合位點」是指來源於能夠結合抗原的雙特異性抗體的位點。未修飾的抗原結合位點通常由抗體的可變區形成並存在於其中。可變結構域包含所述抗原結合位點。結合抗原的可變結構域是包含結合抗原的抗原結合位點的可變結構域。

在某些方面，抗體可變域包含重鏈可變區(VH)和輕鏈可變區(VL)。抗原結合位點可存在於組合的VH/VL可變結構域中，或僅存在於VH區或僅存在於VL區中。當抗原結合位點僅存在於可變區的兩個區域中的一個時，對應的可變區可有助於結合可變區的折疊和/或穩定性，但不會顯著有助於抗原本身的結合。

如本文所用，抗原結合指抗體與其抗原的典型結合能力。一種抗體，其包含與ErbB-2結合的抗原結合位點，與ErbB-2結合，並且在其他相同條件下，比相同物種的同源受體ErbB-1和ErbB-4低至少100倍。包含與ErbB-3結合的抗原結合位點的抗體，與ErbB-3結合，並且在其他相同條件下，不與相同物種的同源受體ErbB-1和ErbB-4結合。考慮到ErbB家族是細胞表面受體家族，通常在表現受體的細胞上評估結合。可以用多種方法評估抗體與抗原的結合。一種方法是將抗體與抗原(例如表現抗原的細胞)一起培養，去除未結合的抗體(例如透過洗滌步驟)，並透過與結合抗體結合的標記抗體來檢測結合的抗體。

抗體的抗原結合通常是透過抗體的互補區以及抗原和可變區的特定三維結構介導的，使得這兩種結構精確地結合在一起(類似於鎖和鑰匙的相互作用)，這與抗體的隨機、非特異性黏附相反。由於抗體通常識別抗原的表位，並且這種表位也可能存在於其他化合物中，所以根據本發明的結合ErbB-2和/或ErbB-3的抗體也可以識別其他蛋白質，如果這些其他化合物包含相同的表位的話。因此，術語「結合」不排除抗體與含有相同表位的另一種或多種蛋白質的結合。在某些方面，這樣的其他蛋白質不是人類蛋白質。本文定義的ErbB-2抗原結合位點和ErbB-3抗原結合位點通常不與出生後(通常為成年人)細胞膜上的其他蛋白質結合。本文公開的ABI特異性抗體通常能夠以至少1x10e-6M的結合親和力結合ErbB-2和ErbB-3，如下文更詳細描述的。

本文使用的術語「干擾結合」是指抗體針對ErbB-3上的表位，並且抗體與配體競爭結合ErbB-3。抗體可以減少配體結合，取代已經與ErbB-3結合配體，或者例如透過空間位阻，至少部分阻止配體與ErbB-3結合。

本文使用的術語「抗體」是指蛋白質分子，其在某些方面屬免疫球蛋白類蛋白質，包含一個或多個結合抗原上表位的可變結構域，其中這些結構域來自抗體的可變結構域或與抗體的可變結構域具有序列同源性。在某些方面，用於治療用途的抗體盡可能接近待治療受試者的天然抗體(例如用於人類受試者的人類抗體)。抗體結合可以用特異性和親和力來表示。特異性決定了哪種抗原或其表位被結合結構域特異性結合。親和力是對與特定抗原或表位結合強度的度量。特異性結合被定義為具有至少1x10e-6M或1x10e-7M或高於1x10e-9M的親和力(KD)的結合。通常，用於治療應用的抗體具有高達1x10e-10M或更高的親和力。抗體如本發明的雙特異性抗體包含天然抗體的恆定區(Fc部分)。在某些方面，本發明的抗體通常是雙特異性全長抗體，例如人IgG亞類的抗體。在某些方面，本文公開的抗體屬人IgG1亞類。這種抗體具有良好的ADCC特性，在體內給藥於人後具有良好的半衰期，並且存在CH3工程技術，該技術可提供經修飾的重鏈，其在株細胞中共表現時優先形成異二聚體而不是同二聚體。

在某些方面，本文公開的抗體是「全長」抗體。術語「全長」被定義為包含基本上完整的抗體，然而其不一定具有完整抗體的所有功能。為避免疑問，全長抗體包含兩條重鏈和兩條輕鏈。每條鏈包含恆定區(C)和可變區(V)，這些區域可被分為CH1、CH2、CH3、VH和CL、VL。抗體透過Fab部分包含的可變結構域與抗原結合，結合後可透過恆定結構域，主要是透過Fc部分與免疫系統的分子和細胞相互作用。術語「可變結構域」、「VH/VL對」、「VH/VL」在本文中可互換使用。根據本發明的全長抗體包括其中可能存在提供所需特徵的突變的抗體。這種突變不應是任何區域實質部分的缺失。然而，其中一個或幾個胺基酸殘基被刪除而基本上不改變所得抗體的結合特性的抗體包括在術語「全長抗體」中。例如，IgG抗體在恆定區可具有1-20個胺基酸殘基插入、缺失或其組合。例如，當抗體本身具有低ADCC活性時，可以透過稍微修飾抗體的恆定區來提高抗體的ADCC活性(Junttila TT，Parsons K等人(2010))。阿夫糖基化曲妥珠單抗在治療HER2擴增乳腺癌中的優越體內療效。癌症研究70(11)：4481-4489)。

在某些方面，抗體是全長IgG抗體，因為它們具有有利的半衰期，並且出於免疫原性的原因，需要盡可能接近完全自體的(人)分子。在某些方面，本文公開的抗體是雙特異性IgG抗體，例如雙特異性全長IgG1抗體。IgG1因其在人體內長的循環半衰期而受到青睞。為了防止在人體中的任何免疫原性，雙特異性IgG抗體可以是人IgG1。

術語「雙特異性」(bs)是指抗體的一部分(如上定義)結合抗原上的一個表位，而第二部分結合不同的表位。不同的表位通常存在於不同的抗原上。第一和第二抗原實際上是兩種不同的蛋白質。在某些方面，雙特異性抗體是包含兩種不同單株抗體的部分並因此結合兩種不同類型抗原的抗體。雙特異性抗體的一條臂通常包含一種抗體的可變區，另一條臂包含另一種抗體的可變區。雙特異性抗體的重鏈可變區通常彼此不同，而輕鏈可變區通常相同。其中不同的重鏈可變區與相同或共同的輕鏈相關聯的雙特異性抗體也被稱為具有共同輕鏈的雙特異性抗體。

在某些方面，透過在單個細胞中共表現兩條不同的重鏈和一條共同的輕鏈來獲得雙特異性抗體。當使用野生型CH3結構域時，兩條不同重鏈和一條共同輕鏈的共表現將產生三種不同的種類，AA、AB和BB。為了增加所需雙特異性產物(AB)的百分比，可以使用CH3工程，或者換句話說，可以使用具有相容異二聚化結構域的重鏈，如下文所定義。

本文所用術語「相容的異二聚化結構域」是指蛋白質結構域，其被工程化使得工程化結構域A’通常將與工程化結構域B’形成異二聚體，反之亦然，而A’-A’和B’-B’之間的同二聚化減少。

術語「共同輕鏈」是指可能相同或具有一些胺基酸序列差異的輕鏈，而全長抗體的結合特異性不受影響。例如，有可能製備或發現不相同但仍功能等同的輕鏈，例如，透過引入和測試保守胺基酸變化、與重鏈配對時對結合特異性沒有貢獻或僅部分貢獻的區域中的胺基酸變化等。術語「共同輕鏈」、「共同VL」、「單一輕鏈」、「單一VL」，加上或不加上術語「重排的」，在本文中均可互換使用。

在某些方面，共同的輕鏈(可變區)具有種系序列。在某些方面，種系序列是一種經常用於人類庫的輕鏈可變區，具有良好的熱力學穩定性、產量和溶解性。在某些方面，輕鏈包含含有O12/IgVκ1-39*01基因區段的胺基酸序列的輕鏈區域，如普通輕鏈IGKV1-39/jk1序列中所述，具有0-10個，通常0-5個胺基酸插入、缺失、取代、插入或其組合。IgVκ1-39是免疫球蛋白可變κ1-39基因的簡稱。該基因也被稱為免疫球蛋白κ可變區1-39；IGKV139igkv1-39；O12a或O12。該基因的外部id是HGNC：5740；Entrez基因：28930；Ensembl：ENSG00000242371。IGKV1-39的可變區列在共同的輕鏈序列中(圖2C和2D)。V區可以是與五個J區域之一結合。本文常見的輕鏈序列(圖2C和2D)描述了IgVκ1-39與J區結合的兩種可能序列。連接的序列表示為IGKV1-39/jk1和igkv1-39/jk5；替代名稱是IgVκ1-39*01/IGJκ1*01或IgVκ1-39*01/IGJκ5*01(根據imgt.org上的IMGT數據庫網站命名)。

在某些方面，包含輕鏈可變區的O12/IgVκ1-39*01是種系序列。在某些方面，包含輕鏈可變區的IGJκ1*01或/IGJκ5*01是種系序列。在某些方面，IGKV1-39/jk1或IGKV1-39/jk5輕鏈可變區是種系序列。

在某些方面，輕鏈可變區包含種系O12/IgVκ1-39*01。在某些方面，輕鏈可變區包含κ輕鏈IgVκ1-39*01/IGJκ1*01或IgVκ1-39*01/IGJκ5*01，在某些方面，IgVκ1-39*01/IGJκ1*01。在某些方面，輕鏈可變區包含種系κ輕鏈IgVκ1-39*01/IGJκ1*01或種系κ輕鏈IgVκ1-39*01/IGJκ5*01，或者通常是種系IgVκ1-39*01/IGJκ1*01。

本領域技術人員將認識到，「共同的」也指胺基酸序列不相同的輕鏈的功能等同物。存在所述輕鏈的許多變體，其中存在的突變(缺失、取代、插入)不會實質性影響功能性結合區的形成。輕鏈也可以是如上所述的輕鏈，具有1-5個胺基酸插入、缺失、取代或其組合。

在某些方面，第一抗原結合位點和所述第二抗原結合位點都包含輕鏈可變區，所述輕鏈可變區包含具有序列(QSISSY)的CDR1、具有序列(AAS)的CDR2和具有序列(QQSYSTPPT)的CDR3。

本文公開的抗體可以降低ErbB-2和ErbB-3陽性細胞上ErbB-3的配體誘導的受體功能。在過量ErbB-2存在的情況下，ErbB-2/ErbB-3異源二聚體可以在異源二聚體中缺乏可檢測的ErbB-3鏈配體的情況下為表現細胞提供生長訊號。這種ErbB-3受體功能在本文中被稱為ErbB-3的配體非依賴性受體功能。ErbB-2/ErbB-3異二聚體也在ErbB-3配體存在下向表現細胞提供生長訊號。這種ErbB-3受體功能在本文中被稱為ErbB-3的配體誘導的受體功能。

本文所用術語「ErbB-3配體」指結合並刺激ErbB-3的多肽。ErbB-3配體的例子包括但不限於神經調節蛋白1(NRG)和神經調節蛋白2、β細胞素、肝素結合表皮生長因子和表皮調節蛋白。該術語包括天然多肽的生物活性片段和/或變體。

ErbB-2蛋白包含幾個結構域(參見Landgraf，R.Breast Cancer Res.2007的參考圖1；9(1)：202-)。胞外結構域被稱為結構域I-IV。已經繪製了與本文所述抗體的抗原結合位點的相應結構域結合的位置。具有結合ErbB-2的結構域I或結構域IV(第一抗原結合位點)的抗原結合位點(第一抗原結合位點)的雙特異性抗體包含重鏈可變區，當與各種輕鏈結合時，該重鏈可變區保持對ErbB-2的顯著結合特異性和親和力。當與包含結合至ErbB-2的胞外結構域的抗體結合位點（第一抗原結合位點）的雙特異性抗體相比，具有結合ErbB-2結構域I或結構域IV(第一抗原結合位點)的抗原結合位點(第一抗原結合位點)和ErbB-3抗原結合位點(第二抗原結合位點)的雙特異性抗體在降低ErbB-3的配體誘導的受體功能方面更有效。在某些方面，雙特異性抗體包含結合ErbB-2的抗原結合位點(第一抗原結合位點)，其中所述抗原結合位點結合ErbB-2的結構域I。在某些方面，所述雙特異性抗體包含結合ErbB-2的結構域I的第一抗原結合位點和結合ErbB-3的結構域III的第二抗原結合位點。

在某些方面，所述抗體包含抗原結合位點，其結合ErbB-2的結構域I的至少一個胺基酸，所述胺基酸選自T144、T164、R166、P172、G179、S180和R181，以及位於T144、T164、R166、P172、G179、S180或R181的約5個胺基酸位置內的表面暴露的胺基酸殘基。

在某些方面，所述抗體包含抗原結合位點，所述抗原結合位點結合ErbB-3的結構域III的至少一個胺基酸，所述胺基酸選自R426和天然ErbB-3蛋白中位於R426的11.2範圍內的表面暴露胺基酸殘基。

具有結合ErbB-2的抗原結合位點(第一抗原結合位點)並進一步包含ADCC的雙特異性抗體比不具有顯著ADCC活性的其它ErbB-2結合抗體更有效，尤其是在體內。在某些方面，雙特異性抗體因此表現出ADCC。發現其中所述第一抗原結合位點結合ErbB-2結構域IV的抗體具有內在的ADCC活性。具有低內在ADCC活性的結構域I結合ErbB-2結合抗體可被工程化以透過結合免疫效應細胞如巨噬細胞、自然殺傷細胞、B細胞和嗜中性粒細胞上的不同受體來增強ADCC活性Fc區介導的抗體功能。這些受體中的一些，如CD16A(FcγRIIIA)和CD32A(FcγRIIA)，刺激細胞建立針對抗原的反應。其他受體，如CD32B，抑制免疫細胞的刺激。透過工程改造Fc區(透過引入胺基酸取代)使其以更高的選擇性與活化受體結合，可以產生具有更大能力介導抗癌單株抗體所需的細胞毒性活性的抗體。

一種增強抗體ADCC的技術是糖基化。(例如，Junttila TT、Parsons K等人(2010年)。阿夫糖基化曲妥珠單抗在治療HER2擴增乳腺癌中的優越體內療效。癌症研究70(11)：4481-4489)。因此，進一步提供了本文公開的雙特異性抗體，其是非糖基化的。可選地或另外地，可以使用多種其他策略來實現ADCC增強，例如包括糖基因工程(Kyowa Hakko/Biowa，GlycArt(羅氏)和尤裡卡療法)和誘變(Xencor和Macrogenics)，所有這些策略都試圖提高Fc與低親和力活化FcγRIIIa的結合，和/或降低與低親和力抑制性FcγRIIb的結合。

存在幾種體外方法來確定抗體或效應細胞在引發ADCC中的效力。其中包括鉻-51[Cr51]釋放試驗、銪[Eu]釋放試驗和硫-35[S35]釋放試驗。通常，表現某種表面暴露抗原的標記靶細胞系與對該抗原特異的抗體一起培養。洗滌後，表現Fc的效應細胞受體CD16通常與抗體標記的靶細胞共培養。隨後通常透過釋放細胞內標記來測量靶細胞裂解，例如透過閃爍計數器或分光光度法。

在某些方面，所公開方法中使用的雙特異性抗體不會顯著影響心肌細胞的存活。在ErbB 2靶向治療中，心臟毒性是一個已知的風險因素，當曲妥珠單抗與蒽環類藥物聯合使用時，併發症的頻率會增加，從而誘導心臟應激。

在某些方面，本文公開的雙特異性抗體用於人類。因此，在某些方面，抗體是人或人源化抗體。人對多肽的耐受性受許多不同方面的控制。免疫，無論是T細胞介導的、B細胞介導的還是其他的，都是人類對多肽的耐受性中包含的變量之一。在某些方面，雙特異性抗體的恆定區是人恆定區。恆定區可含有一個或多個，通常不超過10個，例如不超過5個胺基酸與天然存在的人抗體的恆定區不同。在某些方面，恆定部分完全來源於天然存在的人抗體。本文產生的各種抗體來自人抗體可變結構域文庫。因此，這些可變域是人類的。獨特的CDR區可以來源於人類，可以是合成的或來源於另一種生物。當可變區的胺基酸序列與天然存在的人抗體可變區的胺基酸序列相同時，該可變區被認為是人可變區，但CDR區除外。抗體中的ErbB-2結合VH、ErbB-3結合VH或輕鏈的可變區可包含一個或多個，通常不超過10個，例如不超過5個與天然存在的人抗體的可變區的胺基酸差異，不包括CDR區胺基酸序列中可能的差異。這種突變在自然界中也發生在體細胞超突變的情況下。

抗體可以來自各種動物物種，至少在重鏈可變區是如此。將例如鼠重鏈可變區人源化是通常的做法。有多種方法可以實現這一點，其中有將CDR移植到具有3D結構的人重鏈可變區，該3D結構與鼠重鏈可變區的3D結構相匹配；鼠重鏈可變區的去免疫化，例如透過從鼠重鏈可變區去除已知或可疑的T-或B-細胞表位。這種去除通常是透過用表位中的一個或多個胺基酸替換另一個(通常是保守的)胺基酸來進行的，這樣該表位的序列被修飾，使得它不再是T-或B-細胞表位。

這種去免疫化的鼠重鏈可變區在人體內的免疫原性低於原始的鼠重鏈可變區。在某些方面，可變區或結構域被進一步人源化，例如被貼面。透過使用貼面技術，免疫系統容易遇到的外部殘基被選擇性地用人殘基替代，以提供包含弱免疫原性的或基本上無免疫原性的貼面表面。在某些方面，本發明中使用的動物是哺乳動物，例如靈長類動物或人類。

在某些方面，本文公開的雙特異性抗體包含人抗體的恆定區。根據其重鏈恆定區的不同，抗體分為五類或同種型：IgG、IgA、IgM、IgD和IgE。這些類別或同種型包含至少一條用相應的希臘字母命名的所述重鏈。在某些方面，恆定區包含IgG恆定區，例如IgG1恆定區或突變的IgG1恆定區。IgG1恆定區中的一些變異在自然界中存在，例如同種異型G1m1、17和G1m3，和/或在不改變所得抗體的免疫學特性的情況下是允許的。通常，恆定區中允許約1-10個胺基酸的插入、缺失、取代或其組合。

在某些方面，本文公開的雙特異性抗體包含：選自MF2973、MF3004、MF3958、MF2971、MF3025、MF2916、MF3991、MF3031和MF3003的ErbB 2特異性重鏈可變區的至少CDR1、CDR2和CDR3序列；和/或選自MF3178；MF3176；MF3163；MF3099；MF3307；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073和 MF6074的ErbB 3特異性重鏈可變區的至少CDR1、CDR2和CDR3序列或至少重鏈可變區序列。

CDR序列例如為了優化目的而變化，例如為了提高抗體的結合效力或穩定性。例如透過誘變程式進行優化，其中在測試所得抗體的穩定性和/或結合親和力後，選擇改進的ErbB-2或ErbB-3特異性CDR序列。技術人員完全能夠產生包含至少一個改變的CDR序列的抗體變體。例如，應用保守胺基酸取代。保守胺基酸取代的例子包括一個疏水殘基如異白胺酸、纈胺酸、白胺酸或甲硫胺酸取代另一個疏水殘基，以及一個極性殘基取代另一個極性殘基，如精胺酸取代離胺酸，麩胺酸取代天門冬胺酸，或麩醯胺酸取代天門冬醯胺。

在某些方面，抗體包含結合ErbB-2的可變結構域，其中所述可變結構域的VH鏈包含VH鏈MF2973的胺基酸序列；MF3004；MF3958(是人源化MF2971)；MF2971；MF3025；MF2916；MF3991(是人源化MF3004)；MF3031或MF3003或包含VH鏈MF2973的胺基酸序列；MF3004；MF3958(是人源化MF2971)；MF2971；MF3025；MF2916；MF3991(是人源化MF3004)；MF3031或MF3003相對於上述VH鏈序列具有最多15個，通常1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個，例如最多1、2、3、4或5個胺基酸插入、缺失、取代或其組合。

在某些方面，結合ErbB-3的可變結構域的VH鏈包含VH鏈的MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060； MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF 6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073或MF6074的胺基酸序列。在某些方面，結合ErbB-3的可變結構域的VH鏈包含MF3178、MF3176、MF3163、MF6058、MF6061或MF6065的胺基酸序列；或者在某些方面包括MF3178、MF3176、MF3163、MF6058、MF6061或MF6065的胺基酸序列相對於各自的VH鏈序列具有最多15個，或通常1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個，或例如最多1、2、3、4或5個胺基酸插入、缺失、取代或其組合。在某些方面，結合ErbB-3的可變結構域的VH鏈包含MF3178的胺基酸序列；或包含MF3178的胺基酸序列，其相對於VH鏈序列具有最多15個，或通常1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個，或例如最多1、2、3、4或5個胺基酸插入、缺失、取代或其組合。在某些方面，上述胺基酸插入、缺失和取代不存在於CDR1、CDR2和CDR3區域中。在某些方面，上述胺基酸插入、缺失和取代也不存在於FR4區域中。

在某些方面，抗體包含MF2971、MF3958、MF3004或MF3991的至少CDR1、CDR2和CDR3序列，或MF3958的至少CDR1、CDR2和CDR3序列。在某些方面，所述抗體至少包含MF3178、MF3176、MF3163、MF6058、MF6061或MF6065的CDR1、CDR2和CDR3序列，或至少MF3178的CDR1、CDR2和CDR3序列。

在某些方面，ErbB-2特異性重鏈可變區包含VH鏈MF3958的胺基酸序列，其相對於所述VH具有最多15個，或通常1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個，或例如最多1、2、3、4或5個胺基酸插入、缺失、取代或其組合(其中所述插入、缺失、取代不在CDR1、CDR2或CDR3中)。在某些方面，ErbB-3特異性重鏈可變區包含VH鏈MF3178的胺基酸序列，其相對於所述VH具有最多15個，通常1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個，或例如最多1、2、3、4或5個胺基酸插入、缺失、取代或其組合。一個或多個胺基酸插入、缺失、取代或其組合通常不在VH鏈的CDR1、CDR2和CDR3區。它們通常也不存在於FR4區域。在某些方面，胺基酸取代是保守胺基酸取代。

在某些方面，ErbB-2特異性重鏈可變區包含VH鏈MF3991的胺基酸序列，其相對於所述VH具有最多15個，通常1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個，例如最多1、2、3、4或5個胺基酸插入、缺失、取代或其組合(在某些方面，所述插入、缺失、取代不在CDR1、CDR2或CDR3中)。在某些方面，ErbB-3特異性重鏈可變區包含VH鏈MF3178的胺基酸序列，其相對於所述VH具有最多15個，通常1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個，例如最多1、2、3、4或5個胺基酸插入、缺失、取代或其組合。在某些方面，一個或多個胺基酸插入、缺失、取代或其組合不在VH的CDR1、CDR2和CDR3區中鏈條。在某些方面，它們也不存在於FR4區域。在某些方面，胺基酸取代是保守胺基酸取代。

在某些方面，抗體的第一抗原結合位點至少包含MF3958的CDR1、CDR2和CDR3序列，或與MF3958的CDR1、CDR2和CDR3序列最多相差3個、最多相差2個或最多相差1個胺基酸的CDR1、CDR2和CDR3序列，並且其中所述第二抗原結合位點至少包含MF3178或CDR1的CDR1、CDR2和CDR3序列，與MF3178的CDR1、CDR2和CDR3序列最多3個、最多2個或最多1個胺基酸差異的CDR2和CDR3序列。

在某些方面，所述雙特異性抗體包含i)第一抗原結合位點，其包含ErbB-2特異性重鏈可變區和輕鏈可變區，所述ErbB-2特異性重鏈可變區包含MF3958的CDR1、CDR2和CDR3序列，以及ii)第二抗原結合位點，其包含ErbB-3特異性重鏈可變區和輕鏈可變區，所述ErbBb-3特異性重鏈可變區包含MF3178的CDR1、CDR2和CDR3序列。

在某些方面，ErbB-2特異性重鏈可變區具有MF3958序列，ErbB-3特異性重鏈可變區具有MF3178序列。這種組合也被稱為PB4188抗體。在某些方面，PB4188抗體是無糖基化的。

在某些方面，雙特異性抗體的抗原結合位點包含種系輕鏈O12，例如重排種系人κ輕鏈IgVκ1-39*01/IGJκ1*01或其片段或功能衍生物(根據imgt.org的IMGT數據庫網站命名)。使用術語重排種系人κ輕鏈IgVκ1-39*01/IGJκ1*01、IGKV1-39/IGKJ1、huVκ1-39輕鏈或簡稱huVκ1-39。輕鏈可以具有1、2、3、4或5個胺基酸插入、缺失、取代或其組合。在某些方面，提及的1、2、3、4或5個胺基酸取代是保守胺基酸取代，並且插入、缺失、取代或其組合通常不在VL鏈的CDR1、CDR2或CDR3區或FR4區中。在某些方面，第一抗原結合位點和第二抗原結合位點包含相同的輕鏈可變區，或者說共同的輕鏈。在某些方面，輕鏈可變區包含具有序列(QSISSY)的CDR1、具有序列(AAS)的CDR2和具有序列(QQSYSTPPT)的CDR3。在某些方面，輕鏈可變區包含圖2C所示的常見輕鏈序列。

各種方法可用於產生雙特異性抗體，並在WO2015/130173中討論。一種方法包括在細胞中表現兩條不同的重鏈和兩條不同的輕鏈，並收集細胞產生的抗體。以這種方式產生的抗體通常包含具有不同重鏈和輕鏈組合的抗體集合，其中一些是期望的雙特異性抗體。隨後可以從收集物中純化雙特異性抗體。

為了清楚起見，在此將簡明描述特徵描述為相同或單獨實施例的一部分，然而，應當理解，本發明的範圍可以包括具有所有或一些所述特徵的組合的實施例。

條款

1.一種用於將患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者分類為可能對用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應的方法，包括測定來自受試者的含有癌細胞的樣品中的NRG1表現水平。

2.一種用於鑑定患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者以用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑治療的方法，包括測定來自受試者的含有癌細胞的樣品中的NRG1表現水平。

3.一種用於診斷患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者並選擇用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑治療的方法，包括測定來自受試者的含有癌細胞的樣品中的NRG1表現水平。

4.一種用於選擇患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者以用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑進行治療的方法，該方法包括測定來自所述受試者的含有癌細胞的樣品中的NRG1表現水平。

5.前述條款中任一項的方法，還包括確定樣品中磷酸化HER3(pHER3)的存在或量或測定來自受試者的樣品中的FAM83E表現水平和OLFML2B表現水平。

6.前述條款中任一項的方法，其中當所述NRG1表現水平被確定為升高時，所述受試者被選擇用於治療或被分類為可能對用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

7.前述條款中任一項的方法，其中當確定所述NRG1表現水平升高並且當所述pHER3狀態升高或確定為陽性時，所述受試者被選擇用於治療或被分類為可能對用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應；或者當確定所述NRG1表現水平升高時，當確定FAM83E表現升高時，以及當確定OLFML2B表現水平降低時。

8.前述條款中任一項的方法，該方法包括：確定從受試者獲得的包含癌細胞的樣品中NRG1的表現水平；將樣品中NRG1的表現水平與NRG1的閾值表現水平進行比較，NRG1的閾值表現水平已經根據包含癌細胞的樣品的參考資料庫的閾值確定分析來確定；和透過比較確定樣品中NRG1的表現水平高於參考資料庫的NRG1的閾值表現水平，從而將癌症分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應，或者從而選擇用於治療的受試者。

9.前述條款中任一項的方法，其中所述方法包括，從包含參考樣本資料庫的癌細胞的樣本中確定NRG1表現水平；計算參考資料庫的NRG1表現水平的95百分位數；將從所述受試者的樣品中測定的NRG1表現水平與參考資料庫的95百分位數進行比較，其中當NRG1表現水平等於或高於參考資料庫的95百分位數時，樣品具有升高的NRG1表現水平；和如果從受試者獲得的樣品中的NRG1表現水平等於或高於參考資料庫的95百分位數，則選擇受試者進行治療或對受試者進行分類可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

10.條款8或9的方法，還包括確定來自受試者的樣品中的pHER3的存在或量，並且選擇受試者進行治療，或者如果另外確定來自受試者的樣品對pHER3的存在呈陽性，則將受試者分類為可能對治療有反應。

11.條款8或9的方法，還包括確定來自受試者的樣品中的FAM83E表現水平和OLFML2B表現水平，並且選擇受試者進行治療，或者將受試者分類為可能對治療有反應，如果另外，來自受試者的樣品被確定為FAM83E表現水平升高並且被確定為OLFML2B表現水平降低。

12.根據前述條款中任一項所述的方法，其中所述NRG1表現、FAM83E和/或OLFML2B基於透過RNA定序獲得的序列讀數。

13.根據前述條款中任一項所述的方法，其中為參考資料庫建立的95百分位數基於透過RNA定序獲得的序列讀數。

14.根據前述條款中任一項的方法，其中表現水平以每百萬轉錄本(TPM)表示。

15.根據前述條款中任一項所述的方法，其中為參考資料庫計算的95百分位數基於每百萬轉錄本(TPM)。

16.根據前述條款中任一項所述的方法，其中確定NRG1、FAM83E和/或OLFML2B表現水平包括分別將NRG1、FAM83E和/或OLFML2B的定序讀數與作為參考基因體的GRCh37.66或GRCh38/hg38基因體組裝進行比對。

17.根據前述條款中任一項所述的方法，其中所述參考資料庫包含至少50個或至少200個樣本，所述樣本包含獲自人類受試者的癌細胞。

18.根據前述條款中任一項所述的方法，其中所述參考資料庫包括TCGA資料庫，例如資料庫TCGA-CHOL、TCGA-GBM、TCGA-LIHC、TCGA-LUAD、TCGA-LUSC、TCGA-PAAD、TCGA-ESCA或TCGA-STAD，或者從其獲得的至少50個或至少200個樣本。

19.根據前述條款中任一項所述的方法，其中所述癌症為胃癌，並且NRG1的95百分位數為1.002log10 TPM。

20.根據前述條款中任一項所述的方法，其中所述癌症是胃癌，並且當高於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，如TCGA-STAD測定的1.325log10 TPM，則認為FAM83E表現升高。

21.根據前述條款中任一項所述的方法，其中所述癌症是胃癌，並且當低於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，如低於TCGA-STAD測定的1.326log10 TPM，則認為OLFML2B表現降低。

22.根據前述條款中任一項所述的方法，其中透過免疫組織化學(IHC)確定pHER3的存在或量，例如透過使用特異性結合在Tyr1289位磷酸化的HER3的抗體，例如單株抗兔抗體株D1B5。

23.根據前述條款中任一項所述的方法，其中如IHC所確定的，pHER3或對pHER3呈陽性的量的H評分是至少20、或至少40、或至少120、或至少150的pHER3。

24.根據前述條款中任一項所述的方法，其中所述癌症是腦癌、乳腺癌、胰腺癌、肺癌(包括非小細胞肺癌)、食道癌、肝癌、膽管癌或胃癌，和/或其中所述樣品來自腦癌、乳腺癌、胰腺癌、肺癌、食道癌、肝癌、膽管癌或胃癌。

25.根據前述條款中任一項所述的方法，其中所述樣品是實體腫瘤的福馬林固定的石蠟包埋的人組織或液體活檢樣品。

26.根據前述條款中任一項所述的方法，其中NRG1包含由HGNC：7997鑑定的NRG1基因或其任何等位基因變體。

27.根據前述條款中任一項所述的方法，其中NRG1包含SEQ ID NO：129至SEQ ID NO：183中的任一個，或其任何等位基因變體。

28.根據前述條款中任一項所述的方法，其中FAM83E包含SEQ ID NO：195或197；或由HGNC：25972鑑定的基因，或其任何等位基因變體。

29.根據前述條款中任一項所述的方法，其中OLFML2B包含SEQ ID NO：199、201或203；或者HGNC鑑定的基因：24558；或其等位基因變體。

30.一種用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述受試者被確定對根據前述條款中任一項診斷或選擇用於治療的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。

31.一種用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述癌症表現的NRG1水平等於或高於包含樣品的癌細胞參考資料庫的95百分位數。

32.條款31的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中NRG1水平、95百分位數和/或參考資料庫是根據條款1-29中任一項。

33.一種用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述受試者的癌症包含NRG1的閾值表現水平，所述NRG1的閾值表現水平與參考資料庫的閾值表現水平相比有所增加，所述NRG1的閾值表現水平已經根據包含癌細胞的樣本的參考資料庫的閾值確定分析來確定。

34.一種用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中從所述受試者獲得的包含癌症的樣品包含一定量的NRG1表現，與不含癌細胞的樣品相比，所述NRG1表現量升高，或者所述癌症具有升高的NRG1表現水平。

35.根據條款30-34中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中從所述受試者獲得的包含癌症的樣品對pHER3呈陽性。

36.根據條款30-35中任一項所述的用途的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述包含癌症的樣品包含與包含非癌細胞的樣品相比提高的FAM83E表現量，並且包含與來自無癌細胞樣品的樣品相比降低的OLFML2B表現量。

37.用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，所述癌症或獲自所述受試者的樣品的神經調節蛋白-1(NRG1)表現量等於或超過參考資料庫NRG1表現的95百分位數，任選地，所述癌症或獲自所述受試者的樣品的磷酸化HER3的量為與健康受試者相比升高的；或所述癌症或從所述受試者獲得的樣品，其FAM83E表現量與健康受試者相比升高，並且所述癌症或從所述受試者獲得的樣品，其OLFML2B表現量與不含癌細胞的樣品相比降低。

38.一種治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法，所述方法包括確定從所述受試者獲得的樣品中神經調節蛋白-1(NRG1)的表現量與參照相比升高，並向所述受試者施用有效量的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑。

39.一種治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法，所述方法包括確定從所述受試者獲得的樣品中的神經調節蛋白-1(NRG1)表現量與從健康受試者獲得的樣品相比升高，並且向從其獲得具有升高的NRG1表現水平的樣品的受試者施用有效量的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，任選地，進一步確定從所述受試者獲得的樣品中磷酸化HER3的量與來自健康受試者的樣品相比升高，或者所述樣品對pHER3呈陽性；或確定FAM83E表現量升高，並確定與來自健康受試者的樣品相比，來自所述受試者的樣品中OLFML2B表現量降低。

40.一種治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法，該方法包括根據條款1-23中任一項確定神經調節蛋白-1(NRG1)表現的量，並且如果樣品中NRG1的量超過參考資料庫的NRG1表現的95百分位數，則向所述受試者施用治療有效量的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，任選地，進一步確定磷酸化HER3的量與來自健康受試者的樣品相比升高，或確定FAM83E表現的量升高，並確定OLFML2B表現的量與來自健康受試者的樣品相比降低。

41.條款38-40中任一項的方法，包括透過測定來自受試者的含有癌細胞的樣品中的NRG1表現水平來診斷受試者NRG1表現水平升高的步驟。

42.根據前述條款中任一項所述的方法或所用的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述治療方法包括每兩週一次以750mg的量施用澤妥珠單抗。

43.根據前述條款中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症或樣品不是NRG1融合陽性。

44.根據前述條款中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述靶向劑是雙特異性抗體，其包含能夠結合ErbB-2的結構域I的第一抗原結合位點和能夠結合ErbB-3的結構域III的第二抗原結合位點。

45.根據前述條款中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述靶向劑是雙特異性抗體，其包含i)選自MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073和MF6074的ErbB-2特異性重鏈可變區的至少CDR1、CDR2和CDR3序列，或者其中所述抗體包含與MF2973、MF3004、MF3958的CDR1、CDR2和CDR3序列有最多3個胺基酸差異的CDR序列；和/或ii)選自MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062;MF6063；MF6064；MF6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073 和 MF6074的ErbB-3特異性重鏈可變區的至少CDR1、CDR2和CDR3序列，或其中所述抗體包含與MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073或 MF6074的CDR1、CDR2和CDR3序列最多3個胺基酸差異的CDR序列。

46.根據前述條款中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述靶向劑是雙特異性抗體，其包含：i)ErbB-2特異性重鏈可變區序列，其選自MF2973、MF3004、MF3958、MF2971、MF3025、MF2916、MF3991、MF3031和MF3003的重鏈可變區序列，或者其中所述抗體包含與MF2973、MF3004、MF3958、MF23003的重鏈可變區序列最多相差15個胺基酸的重鏈可變區序列；和/或ii)ErbB-3特異性重鏈可變區序列，其選自MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073和MF6074的重鏈可變區序列，或其中所述抗體包含與MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF 6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073或 MF6074的重鏈可變區序列最多有15個胺基酸差異的重鏈可變區序列。

47.根據前述條款中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述靶向劑是包含MF3958和MF3178的重鏈可變區序列的雙特異性抗體。

48.根據前述條款中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述靶向劑是包含所述第一抗原結合位點的可變結構域和包含所述第二抗原結合位點的可變結構域的雙特異性抗體，並且其中所述第一和第二抗原結合位點包含輕鏈可變區，所述輕鏈可變區包含序列QSISSY的CDR1、包含序列AAS的CDR2和包含序列QQSYSTPPT的CDR3。

49.根據前述條款中任一項所述的使用的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑或方法，其中所述受試者是人類受試者。

50.根據前述條款中任一項所述的用於用途或方法的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含抗ErbB-2特異性抗體、抗ErbB-3特異性抗體、抗ErbB-2/抗ErbB-3特異性抗體、小分子ErbB-2酪胺酸激酶抑制劑或抗體藥物綴合物。

51.根據前述條款中任一項所述的方法或所使用的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含單特異性二價抗體，其包括曲妥珠單抗或帕妥珠單抗。

52.根據前述條款中任一項所述的使用的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑或方法，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含MM-121(梅裡馬克製藥；也稱為#Ab6)、HMBD-001(蜂鳥)或RG7116(魯妥珠單抗，羅氏)。

53.根據前述條款中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含MM111(梅裡馬克製藥)。

54.根據前述條款中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包括拉帕替尼(Tyverb/Tykerb®)、奈拉替尼、阿法替尼、圖卡替尼或AZD8931。

55.根據前述條款中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含曲妥珠單抗恩坦辛或DS-8201。

示例

如本文所用，「MFXXXX」，其中X獨立地為數字0-9，是指包含可變結構域的Fab，其中VH具有由圖1、圖2A(ErbB-3結合Fab的重鏈序列)或圖2B(ErbB-2結合Fab的重鏈序列)中描述的4個數字識別的胺基酸序列。除非另有說明，輕鏈可變區通常具有圖2C的序列。實施例中的輕鏈恆定區具有如圖2C所示的序列。「MFXXXXVH」是指由4位數字識別的VH的胺基酸序列。MF還包含輕鏈恆定區和通常與輕鏈恆定區相互作用的重鏈恆定區。重鏈的VH/可變區不同，通常還有CH3區，其中一條重鏈具有其CH3結構域的KK突變，另一條重鏈具有其CH3結構域的互補DE突變(參見參考文獻PCT/NL2013/050294(公佈為WO2013/157954))以及圖2E和圖2F。實施例中的雙特異性抗體具有如圖2E和2F所示的帶有KK/德氏CH3異二聚化結構域的Fc尾、CH2結構域和CH1結構域、如圖2C所示的共同輕鏈和由MF號指定的VH。

實施例1：多特異性抗體結合ErbB-2的結構域I和ErbB-3的結構域III。

如WO2015/130173中所述，獲得了包含如圖2A和2B所述的重鏈可變區的雙特異性抗體。所示的ErbB-3結合結構域也可用於提供單特異性抗體。

表1.在本公開的雙特異性抗體中，結合ErbB-2的任何重鏈可變區可以與結合ErbB-3的任何重鏈可變區組合。可變重鏈區的變體也可以組合在本公開的雙特異性抗體中。

實施例2：從PDX模型獲得的材料的RNA定序

使用RNeasy Mini試劑盒(Qiagen，#74106)提取RNA。透過液氮中的研缽破碎來自PDX模型的組織，並將大約30mg破碎的組織用於RNA提取。將組織放入1.5ml含有1個不銹鋼珠(平均直徑5毫米)和600µl緩衝RLT的微量離心管中。將試管置於Tissue Lyser適配器裝置中，並在30Hz下操作5分鐘。裂解物以最大速度離心3分鐘。用移液管小心移出上清液，並轉移到一個新的乾淨試管中。向裂解物中加入一體積的70%乙醇，並透過移液管充分混合。將多達700µl的樣品(包括任何沉澱物)轉移到置於2ml收集管中的RNeasy微型旋轉柱中。然後在≥8000xg的條件下離心15秒，棄去流通液。向RNeasy柱中加入350µl緩衝液RW1，並以8000xg離心15秒，棄去流過液。將10µlDNase I儲備液加入到70µl緩衝RDD中，輕輕混合，並短暫離心。將80µlDNaseI培養混合物直接插入到RNeasy柱膜上，並在20-30℃下放置在工作臺上15分鐘。將350µl緩衝液RW1插入到RNeasy柱中，並在8000xg下離心15秒。棄去流通液。向旋轉柱中加入500µl緩衝液RPE，並以8000xg離心2分鐘，以洗滌旋轉柱膜。流通被丟棄。然後將500µl緩衝液RPE加入到旋轉柱中，並以8000xg離心2分鐘，以洗滌旋轉柱膜。然後將RNeasy旋轉柱置於新的1.5ml收集管中。將30-50µl不含RNA酶的水直接加入到旋轉柱膜的中心，並全速離心1分鐘以洗脫RNA。

總RNA的完整性由2100生物分析儀(Agilent)測定，並使用Nano Drop(Thermo Scientific)定量。僅使用高品質的RNA樣本(OD260/280=1.8~2.2，OD260/230≥2.0，RIN≥7，＞500ng)建構定序文庫。定序由依諾米那或MGISeq2000進行。

依諾米那

來自總RNA的mRNA聚焦定序文庫。使用oligo-dT附著的磁珠從總RNA中純化PolyA mRNA，然後用片段化緩衝液片段化。以這些短片段為模板，使用逆轉錄酶和隨機引物合成第一鏈cDNA，然後合成第二鏈cDNA。然後根據文庫建構方案對合成的cDNA進行末端修復、磷酸化和「A」鹼基插入。然後將定序接頭加入兩種大小的cDNA片段中。對cDNA片段進行PCR擴增後，250-350bp的靶被清除。文庫建構後，使用Qubit 2.0螢光分析儀dsDNAHS檢測(Thermo Fisher Scientific)來量化所得定序文庫的濃度，同時使用安捷倫生物分析儀2100(安捷倫)來分析大小分佈。文庫驗證後，使用帶有HiSeqPE簇試劑盒的依諾米那cBOT簇生成系統(依諾米那)生成簇。按照依諾米那提供的2x150配對末端定序方案，使用依諾米那系統進行配對末端定序。

MGIseq2000

用rRNA耗盡試劑盒(MGI，#1000005953)進行RNA富集。來自mRNA富集過程的RNA洗脫產物透過片段化緩衝液進一步片段化，並與逆轉錄混合物混合，置於熱循環儀中以運行程式並合成第一條cDNA鏈。然後透過第二鏈酶混合物和第二鏈緩衝液以及另一個反應程式合成第二鏈。第二條鏈合成產物被DNA清潔球和磁分離架清理了。然後根據文庫建構方案對純化的第二條鏈合成產物進行末端修復和加尾。將銜接子插入到cDNA片段中。接頭連接產物純化後，PCR擴增cDNA片段，然後純化PCR產物。使用Qubit2.0螢光分析儀dsDNAHS分析(Thermo Fisher Scientific)來定量純化的PCR產物的濃度，同時使用安捷倫生物分析儀2100(安捷倫)來分析大小分佈。PCR產物變性後進行單鏈環化、酶消化和純化。按照MGI提供的2x150配對末端定序方案，使用MGI系統對酶消化產物進行品質控制，然後進行配對末端定序。

RNAseq原始數據分析

依諾米那或MGIse2000後，用Fast QC軟體檢查RNAseq原始數據的品質。銜接子和低品質序列透過Trimmomatic軟體進行修剪。透過STAR軟體將讀數映射到人(hg19)和小鼠基因組(mm10)，去除傾向於比對到小鼠基因組的讀數。修剪和鼠標讀數清洗後的清洗數據用於以下分析。透過Bowtie軟體將讀數比對到參考基因(Ensembl GRCh37.66，見表2)，透過MMSEQ軟體計算基因表現。表現式值為log_2(FPKM)。透過STAR軟體將讀數繪製在hg19基因組上，透過GATK軟體的命令調用變體，並透過VEP軟體進行標註。將公共數據庫中AF＞0.01或Crownbio腫瘤模型中AF＞0.2的突變作為種系突變。突變的驅動狀態是按照癌症基因組數據庫的方法預測的。透過arriba2、SOAPfuse和Fusioncatcher軟體檢測基因融合。

表2.從所示公共領域獲得的與NRG1亞型相關的序列標識符。

實施例3：患者樣品的RNA定序

從患有胃癌的患者獲得包含癌細胞的樣品，並進行如下處理。從福馬林固定的石蠟包埋(FFPE)患者樣品塊上切下10-20μm厚的切片，並置於1.5ml帶安全鎖的微量離心管中。脫蠟可以透過使用脫蠟溶液、庚烷或二甲苯來進行。使用脫蠟溶液時，插入320µl脫蠟溶液。劇烈震盪10秒，並短暫離心，使樣品到達試管底部。在56℃下培養3分鐘，然後在室溫(15-25℃)下冷卻，並全速離心2分鐘。小心地用移液管移去上清液，不要擾動沉澱，並使用精細的移液管吸頭移去任何殘留的脫蠟溶液。保持蓋子打開，並在37℃下培養10分鐘以乾燥沉澱。當使用庚烷時，插入500μl庚烷，震盪10秒，並在室溫下培養10分鐘。然後加入25μl甲醇，劇烈震盪10秒，並在9000xg下離心2分鐘。小心移取上清液，不要擾動沉澱，並使用細吸管尖移取任何殘留的庚烷/甲醇。向沉澱中加入1ml乙醇(96-100%，Fisher Scientific，#BP2818)，透過震盪混合，並全速離心2分鐘。小心移取上清液，不要擾動沉澱，並使用細吸管尖移去任何殘留的乙醇。保持蓋子打開，並在室溫或最高37℃下培養10分鐘或直到所有殘留的乙醇蒸發。當使用二甲苯時，插入1ml二甲苯(99-100%，Fisher Scientific，#10467270)，劇烈震盪10秒，並全速離心2分鐘。小心移取上清液，不要擾動沉澱。向沉澱中加入1ml乙醇(96-100%)，透過震盪混合，並全速離心2分鐘。乙醇從樣品中提取殘留的二甲苯。小心移取上清液，不要擾動沉澱。使用精細的移液管吸頭小心移除任何殘留的乙醇。保持蓋子打開，並在室溫或最高37℃下培養。培養10分鐘或直到所有殘留的乙醇蒸發。

脫蠟後，透過使用AllPrep DNA/RNAFFPE提取試劑盒(Qiagen，#80234)從FFPE載玻片提取RNA。透過加入150μl緩衝液PKD並輕彈試管以鬆開沉澱來重懸沉澱。加入10μl蛋白酶K，透過震盪混合，然後在56℃培養15分鐘。樣品在冰上培養3分鐘，並以20,000xg離心15分鐘。小心地將上清液轉移到新的1.5ml或2ml安全鎖微量離心管中，不擾動沉澱，用於RNA純化。

為了純化總RNA，將上清液在80℃培養15分鐘。將試管短暫離心以除去蓋子內部的液滴。加入320µl緩衝液RLT以調節結合條件，並透過震盪或移液。加入720µl或1120µl乙醇(96-100%)，透過震盪或移液充分混合。將700µl樣品(包括可能形成的任何沉澱物)轉移到置於2ml收集管中的RNeasy MinElute旋轉柱中。輕輕關閉蓋子，並以≥8000xg(≥10,000rpm)的速度將樣品離心15秒，然後丟棄流通液。重複該步驟，直到整個樣品透過RNeasy MinElute旋轉柱。將350µl緩衝液FRN加入RNeasy MinElute旋轉柱中。輕輕關閉蓋子，並以≥8000xg(≥10,000rpm)的速度將樣品離心15秒，然後丟棄流通液。將10µl脫氧核糖核酸酶I儲備液加入到70µl緩衝RDD中，透過倒置試管輕輕混合，將樣品短暫離心以從試管側面收集殘留液體。將DNaseI培養混合物(80μl)直接插入到RNeasy MinElute旋轉柱膜上，並放置在檯面(20-30℃)上15分鐘。將500µl緩衝液FRN加入RNeasy MinElute旋轉柱中。輕輕蓋上蓋子，樣品以≥8000xg(≥10,000rpm)的速度離心15s。流通已保存。將RNeasy MinElute旋轉柱置於新的2ml收集管中，並將流通液應用於旋轉柱。輕輕蓋上蓋子，並以≥8000xg(≥10,000rpm)的速度離心15s。流通被丟棄。將500µl緩衝液RPE加入RNeasy MinElute旋轉柱中。輕輕蓋上蓋子，以≥8000xg(≥10,000rpm)的速度將樣品離心15秒，以清洗旋轉柱膜。流通被丟棄。然後，將500µl緩衝液RPE加入RNeasy MinElute旋轉柱中。輕輕蓋上蓋子，以≥8000xg(≥10,000rpm)的速度將樣品離心15秒，以清洗旋轉柱膜。帶流通裝置的收集管被丟棄。將RNeasy MinElute旋轉柱置於新的2ml收集管中。打開蓋子，將樣品全速離心5分鐘。帶流通裝置的收集管被丟棄。將RNeasy MinElute旋轉柱置於新的1.5ml收集管中。將14-30μl無RNase的水直接加入到旋轉柱膜中。輕輕蓋上蓋子，樣品在室溫下培養1分鐘，然後全速離心1分鐘以洗脫RNA。

為了產生RNA定序文庫，用依諾米那®TruSeq® RNA外顯子組工作流程(依諾米那，#20020189)處理提取的RNA。簡而言之，在高溫下使用二價陽離子使RNA斷裂。在第一和第二條鏈合成期間，使用隨機引發從切割的RNA片段產生cDNA。將定序接頭連接到所得的雙鏈cDNA片段上。最後，在定序前用依諾米那Exome面板(依諾米那，#20020183)捕獲文庫。在捕獲之前，使用高靈敏度D1000試劑(安捷倫，#5067-5583)和篩網帶(安捷倫，#5067-5582)，使用Agilent4150TapeStation檢查每個文庫的品質。透過使用Invitrogen Qubit3.0熒光計和DNA高靈敏度試劑盒(Thermo fisher，#Q32854)測量文庫濃度。使用依諾米那NextSeq500上的Mid輸出盒對文庫進行定序(75bp配對末端)。RNAseq數據處理從來自成對末端定序的FASTQ文件開始。使用CutAdapt進行讀取微調，使用FastQC評估讀取微調前後的讀取品質。使用STAR，使用Gencodev36基因標註，將讀數與基因組(GRCh38/hg38)進行比對。隨後使用特徵計數獲得基因水平表現值。

實施例4：PDX模型和腫瘤生長抑制分析

如實施例3所述，在Crown Bioscience對患者來源的異種移植物(PDX)模型進行RNA定序。分析了NRG1的表現水平，並在表3中描述。

磷酸-HER3/ErbB-3(Tyr1289)(D1B5)兔mAb(#2842，細胞訊號技術)和兔(DA1E)mAbIgGXP同型對照(#3900秒，細胞訊號技術)用於IHC染色。在Aperio平臺上掃描載玻片(放大40倍)。確定H分數(0-300之間)。記錄每個強度組(0-陰性、1+-弱、2+-中等、3+-高)陽性染色腫瘤細胞的百分比值，用於膜染色。最後，可以使用下面的公式來確定H分數：H分數=

在Crown Bioscience的PDX模型中評估了澤妥珠單抗的抗腫瘤功效。與相同適應症的其他樣本相比，PDX模型具有相對較高的NRG1表現，相應適應症內NRG1表現的95百分位數被視為截止值。小鼠接種了來自多種適應症的患者來源的腫瘤(見表4)。每個PDX模型約16只受體BALB/c裸鼠或NOD/SCID小鼠(北京安尼克生物技術有限公司和傑克森實驗室)接受由腫瘤塊或細胞懸浮液組成的皮下植入物，這取決於具體的模型。所有動物都是雌性，在研究開始時體重為16-20克；腫瘤接種時的估計年齡為6-8周。對於涉及用腫瘤片段接種的PDX模型，這些腫瘤首先在供體BALB/c裸鼠或NOD/SCID小鼠中皮下擴增，這取決於模型。對於涉及用細胞懸浮液接種的PDX模型，在使用前將細胞解凍並懸浮在PBS中的50%基質膠中。透過厚度測量跟蹤腫瘤生長，直到腫瘤達到100-200mm³的平均尺寸。然後將腫瘤體積最接近的動物隨機分組，並在第二天(第0天)開始治療，其中3只小鼠接受25mg/kg澤妥珠單抗在可注射的0.9%NaCl中的腹膜內注射，3只小鼠僅接受0.9%NaCl，每週一次，持續3-5周。每週兩次測定小鼠體重和腫瘤體積。腫瘤接種後，每天檢查動物的發病率和死亡率。在常規監測期間，檢查動物的腫瘤生長或治療對行為的任何影響，例如活動能力、食物和水消耗、體重增加/減少(隨機分組後每週測量兩次體重)、眼睛/毛髮消光和任何其他異常。動物的總體狀況是可接受的，小鼠僅表現出輕微的臨床症狀(腫瘤結痂、腫瘤潰瘍、毛髮粗糙、過度梳理或駝背姿勢)。根據腫瘤生長情況，在第四、第五或第六次給藥後48小時，或達到人道終點時，處死小鼠。將腫瘤加工成福馬林固定的石蠟包埋(FFPE)塊並儲存。對PDX模型的腫瘤生長抑制(TGi)計算如下：TGI=(1-Ti/Vi)×100%，其中Ti=治療組在最後一天測量所有小鼠時的平均腫瘤體積，Vi=賦形劑組在最後一天測量所有小鼠時的平均腫瘤體積。將＞60%的TGI用作臨界值。為了在預先指定的一天比較兩組之間的腫瘤體積，使用Bartlett檢驗來檢查一對組的方差的同質性假設。如果Bartlett檢驗的p值≥0.05，則使用Welcht檢驗，否則使用Mann-Whitney U檢驗獲得名義p值。所有統計分析均在SPSS(18.0版)中完成。除非另有說明，所有測試都是雙側的，p值＜0.05被認為具有統計學意義。

表3.適應症：BN：腦；PA：胰腺；LU；肺；ES；食道；GL：膽囊；LI：肝。在Log2FPMK測定的NRG1表現水平。pHER3分數是透過IHC確定的H分數。TGI(%)：腫瘤生長抑制。百分位數：被鑑定為百分位數的各個被研究樣品的NRG1表現值。*精確計算95百分位數閾值的小樣本量。

表3的結果表明，NRG1表現水平等於或高於NRG1表現水平的95百分位數的樣品與對澤妥珠單抗的反應正相關，澤妥珠單抗用作靶向ErbB-2和/或ErbB-3的模型藥物。下一步在患有胃癌的患者的臨床環境中測試了95百分位數可以作為與澤妥珠單抗反應正相關的標記的見解。

實施例5：確定公共可用數據庫的95百分位數分數

NRG1、FAM83E和OLFML2B的RNA序列閱讀訊息從癌症基因組圖譜計劃的TCGA-CHOL、TCGA-GBM、TCGA-LIHC、TCGA-LUAD、TCGA-LUSC、TCGA-PAAD、TCGA-PRAD、TCGA-ESCA和TCGA-STAD資料庫獲得(TCGA，資料發佈39.0-2023年12月4日)。

首先，根據所選資料庫的相應樣本大小N，透過使用等式計算實值指數h來確定p分位數：，其中N是觀察值的數量(即表4所示的選定項目的 TPM值的數量)，p是選定的分位數(機率，此處為0.95)。計算分位數Qp的公式是，其中h如上計算，x為觀察值(即本文中的 TPM值)，其中⌊h⌋的意思是h的「最小值」，⌈h⌉意味著h的「最大值」。

對x進行排序，然後計算，之後透過(Qp)計算分位數：。

表4.從癌症基因組圖譜計劃(TCGA，https//www.Cancer.gov/ccg/research/Genome-sequencing/tcga)獲得的資料庫/項目和癌症指標計算的值。NRG1的Log10 TPM是確定的95百分位數，而log10 TPM中值是確定的FAM83E和OLFML2B的中值表現。

實施例6：澤妥珠單抗(靶向HER2和HER3的全長IgG1雙特異性抗體)在實體瘤患者中的I/II期研究

研究持續時間：

招募28名患者後，本研究的劑量遞增部分(第1部分，第一名患者於2015年2月3日給藥)已經完成。本研究第2部分(劑量擴大期)的第一名患者於2016年1月15日在歐洲接受了給藥。第二部分的總持續時間約為25-32個月；然而，第2部分的實際持續時間將受到幾個變量的影響，特別是總體受試者招募率。

站點數量：

在研究過程中，預計將涉及多達8個站點。可能會插入額外的站點，以確保有可接受的註冊率或替換未註冊/退出的站點。

患者人數：

第1部分招募了二十八(28)名患者。至少20名可評估的患者可被納入第2部分，用於以下組：晚期/轉移性胃癌或胃食管結合部癌；GC或GEC。由於疾病進展之外的其他原因而沒有完成至少兩個週期研究治療的患者，其療效不可評估，並在相應的組中被替換。這個例子描述了第2部分。雖然該實施例描述了澤妥珠單抗(一種結合ErbB-2、ErbB-3的雙特異性抗體)的施用，但是該實施例並不旨在限制該具體實施方案的使用，而是適用於本文公開的其他雙特異性抗體。

研究藥物

澤妥珠單抗，一種雙特異性人源化全長IgG1抗體，配製成20mg/mL。

澤妥珠單抗

符合條件的患者入選並接受連續治療週期，治療週期為4周(28天)。所有患者均接受澤妥珠單抗，劑量為750mg，靜脈注射，每兩週一次(Q2W)。澤妥珠單抗在第1天靜脈輸注2小時，然後在每28天週期的第2周靜脈輸注。

研究目標：

第1部分，主要目標：確定澤妥珠單抗的最大耐受劑量(MTD)和/或最大推薦劑量(MRD)。不良事件(AE)和劑量限制毒性的評估(DLT)。

次要目標：描述澤妥珠單抗的安全性和耐受性。AE/嚴重不良事件(SAE)的頻率和性質。澤妥珠單抗的PK簡介。PK變量的評估，包括總暴露量、最大濃度(Cmax)清除率、分佈體積(V)、穩態分佈體積(Vss)、半衰期(t1/2)、AUC0-t(從時間0到時間t的濃度-時間曲線下面積)、AUC0-∞(濃度-時間曲線下面積)、tmax(達到最大濃度的時間)。澤妥珠單抗的免疫原性。澤妥珠單抗抗藥抗體的發生率和血清滴度。抗腫瘤反應和臨床受益率(CBR)的評價。透過RECISTv1.1評估抗腫瘤活性和臨床益處，確定客觀總體緩解率(ORR)、緩解持續時間(DOR)、無進展生存期(PFS)和生存期；CBR的定義是觀察到完全緩解(CR)或部分緩解(PR)或疾病穩定(SD)的患者(其中SD持續時間至少為12周)。

第二部分.主要目標(安全性)：描述澤妥珠單抗的安全性和耐受性。不良事件的頻率和性質。

主要目的(療效)：探索澤妥珠單抗的抗腫瘤活性與疾病相關生物標記之間的關係。根據RECIST1.1，根據當地研究者的評估，總體緩解率(ORR)、DOR、CBR(定義為觀察到CR或PR或至少持續12周的SD的患者比例)。研究了抗腫瘤活性與生物標記(包括HER2、HER3和調蛋白的表現)和血清生物標記(如CA-125(卵巢、子宮內膜))之間的關係。

次要目的：描述澤妥珠單抗的藥代動力學特徵。PK變量的評估，包括總暴露量、Cmax、V、Vss、t1/2、AUC0-t、AUC0-∞、tmax。澤妥珠單抗的免疫原性。澤妥珠單抗抗藥抗體的發生率和血清滴度。PFS和總生存期、緩解持續時間的評估。

研究設計：

這是一項I/II期、開放性、多中心、多國家、劑量遞增、單組分配研究，旨在評估澤妥珠單抗的安全性、耐受性、PK、PD、免疫原性和抗腫瘤活性。這項研究分為兩部分。

部分1

本研究第1部分的累積已於2015年11月24日完成。在研究的第1部分，研究了9個劑量水平：1名患者隊列中的40mg、80mg、160mg；和240毫克、360毫克、480毫克、600毫克、750毫克和900毫克。澤妥珠單抗最初在3周治療週期的第1天給藥約60分鐘。在任何劑量水平下均未出現劑量限制毒性(DLT)。為了獲得足夠的藥代動力學訊息，在600mg組和750mg組各給了另外三名患者。由於在900mg的劑量水平下未達到MTD，CL01的數據審查委員會(DRC)基於累積安全性、可用的藥代動力學數據和藥代動力學模擬，決定將750mg的劑量水平指定為該研究的2期推薦劑量(RP2D)。

部分2

第2部分包括對選定劑量水平的澤妥珠單抗的安全性和耐受性的進一步特性分析，以及對CBR的評估，CBR定義為在選定患者群體的擴展組中出現CR、PR或持久SD(SD持續時間至少為12周)的患者比例。第二部分已經在歐洲開始。第2部分不允許患者內部劑量增加。在研究的部分2中評估的目標患者群體是在GC或GEC中晚期/轉移性中擴增的HER2。可以招募至少20到大約40名患者。

治療持續時間

本研究第1部分和第2部分中的患者可繼續接受治療，直至疾病惡化、死亡、出現不可接受的毒性或因任何其他原因停藥。

腫瘤評估

由當地研究者根據RECIST版本進行腫瘤評估。在篩選時和每兩個治療週期結束時進行成像。

實施例7

測試患者數據中的響應簽名

分析來自如實施例6中所述的臨床試驗的以750mg Q2W施用澤妥珠單抗的患者的反應數據和來自如實施例2中所述的患者樣品的相應RNAseq數據。首先，為了確定NRG1表現和pHER3的預測能力，使用了基於RNAseq的pHER3替代物。透過IHC計算，LASSO回歸從預定基因組中鑑定出OLFML2B和FAM83E對基線膜p-HER3具有最佳預測能力。如實施例3所述，當將基於RNAseq的基因表現與IHC計算的PDX樣品中的膜pHER3水平相關時，FAM83E顯示與PDX模型中的這些p-HER3水平正相關(R=0.9，p=4.1e-11)，與OLFML2B相同，但負相關(R=-0.8，p=3.1e-07)。線性關係的強度表明了它們作為pHER3替代物的潛力。因此，這兩個基因的RNAseq表現用於估計從足夠數量的根據實施例6的臨床試驗方案治療的患者獲得的臨床患者數據中的pHER3。高FAM83E表現和低或無OLFML2B水平的患者被估計為p-HER3陽性。來自資料庫的患有胃癌的完全緩解者(CR)被鑑定為在整個隊列中具有升高的NRG1表現水平(1.202log10 TPM)，以及陽性預測因子的高表現(FAM83E，4.696log10 TPM)和陰性預測因子的缺失表現(OLFML2B，0log10 TPM)。值得注意的是，完全反應者的NRG1的log10 TPM高於TCGA-STAD參考資料庫和臨床試驗資料庫建立的95百分位數，其為0.96log10 TPM。

總之，從在PDX模型上進行的實驗中獲得的結果表明，NRG1和pHER3表現的相關性可以應用於人類臨床試驗，並且具有類似的結果。

此外，從乳腺癌和非小細胞肺癌細胞系中獲得的數據顯示，表現水平升高的NRG1且對pHER呈陽性的細胞系與對澤妥珠單抗治療的反應良好相關。

(無)

圖1：MF3178變體的胺基酸比對。圓點表示該位置與MF3178中相同的胺基酸。MF3178的CDR1、CDR2和CDR3序列用粗體和底線標出。

圖2：相關抗體及其部分的胺基酸序列。圖2A：ErbB-3結合抗體的重鏈可變區序列，包括用KABAT標註的重鏈CDR序列。圖2B：ErbB-2結合抗體的重鏈可變區序列，包括用KABAT標註的重鏈CDR序列。圖2C：ErbB-2/ErbB-3結合抗體的輕鏈可變區序列。圖2D：VK1-39/jk5共同的輕鏈可變結構域(CDR區域根據IMGT用底線標出)。圖2E：用於ErbB-2結合的重鏈。圖2F：ErbB-3結合的重鏈。圖2G：來自表現的NRG1亞型和由其翻譯的蛋白質的DNA序列。

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Claims

一種用於鑑定患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者以用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑治療的方法，包括測定來自受試者的含有癌細胞的樣品中的NRG1表現水平。
一種用於選擇患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者以用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑治療的方法，該方法包括測定來自所述受試者的含有癌細胞的樣品中的NRG1表現水平。
根據請求項1或2所述的方法，其進一步包括確定來自所述受試者的樣品中磷酸化HER3(pHER3)的存在或量，或確定來自所述受試者的樣品中FAM83E表現水平和OLFML2B表現水平。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中當確定所述NRG1表現水平升高時，所述受試者被選擇用於治療或被分類為可能對使用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中當確定所述NRG1表現水平升高且當所述pHER3狀態升高或確定為陽性時、或者當確定所述NRG1表現水平升高時、當確定FAM83E表現水平升高時和當確定OLFML2B表現水平降低時，所述受試者被選擇用於治療或被分類為可能對用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。
根據前述請求項中任一項所述的方法，所述方法包括：確定從受試者獲得的包含癌細胞的樣品中NRG1的表現水平；將樣品中NRG1的表現水平與NRG1的閾值表現水平進行比較，NRG1的閾值表現水平已經根據包含癌細胞的樣品的參考資料庫的閾值確定分析來確定；和透過比較確定所述樣品中NRG1的表現水平高於所述參考資料庫的NRG1的閾值表現水平，從而將所述癌症分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應，或者從而選擇用於治療的受試者。
根據請求項1-5中任一項所述的方法，其中所述方法包括：從包含參考樣本資料庫的癌細胞的樣本中確定NRG1表現水平；計算所述參考資料庫的NRG1表現水平的95百分位數；將從所述受試者的樣品中測定的NRG1表現水平與所述參考資料庫的95百分位數進行比較，其中當NRG1表現水平等於或高於參考資料庫的95百分位數時，樣品具有升高的NRG1表現水平；和如果從受試者獲得的樣品中的NRG1表現水平等於或高於所述參考資料庫的95百分位數，則選擇受試者進行治療或將受試者分類為可能對ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的治療有反應。
根據請求項6或7所述的方法，其進一步包括確定來自所述受試者的樣品中的pHER3的存在或量，並且如果另外確定來自所述受試者的樣品對pHER3的存在呈陽性，則選擇所述受試者進行治療，或將所述受試者分類為可能對所述治療有反應。
根據請求項6或7所述的方法，其進一步包括：如果來自所述受試者的樣品另外被確定為FAM83E表現水平升高並且被確定為OLFML2B表現水平降低，確定來自所述受試者的樣品中的FAM83E表現水平和OLFML2B表現水平並且選擇所述受試者進行治療，或者將所述受試者分類為可能對所述治療有反應。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中所述NRG1表現、FAM83E和/或OLFML2B基於透過RNA定序獲得的序列讀數。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中為所述參考資料庫建立的95百分位數基於透過RNA定序獲得的序列讀數。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中表現水平以每百萬轉錄本(TPM)表示。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中為所述參考資料庫計算的所述95百分位數基於每百萬轉錄本(TPM)。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中確定NRG1、FAM83E和/或OLFML2B表現水平包括分別將NRG1、FAM83E和/或OLFML2B的定序讀數與作為參考基因體的GRCh37.66或GRCh38/hg38基因體組裝進行比對。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中所述參考資料庫包含至少50個或至少200個樣本，所述樣本包含獲自人類受試者的癌細胞。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中所述參考資料庫包括TCGA資料庫，例如TCGA-CHOL、TCGA-GBM、TCGA-LIHC、TCGA-LUAD、TCGA-LUSC、TCGA-PAAD、TCGA-ESCA或TCGA-STAD資料庫，或者從中獲得的至少50個或至少200個樣本。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中所述癌症為胃癌，且NRG1的95百分位數為1.002log10 TPM。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中所述癌症為胃癌，且當高於參考資料庫的中值log10 TPM水平(例如為TCGA-STAD測定的1.325log10 TPM)時，FAM83E表現被視為升高。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中所述癌症為胃癌，且當低於參考資料庫的中值log10 TPM水平時，例如低於為TCGA-STAD測定的1.326log10 TPM，則認為OLFML2B表現降低。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中透過免疫組織化學(IHC)來確定pHER3的存在或量，例如透過使用特異性結合在Tyr1289位磷酸化的HER3的抗體，例如單株抗兔抗體株D1B5。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中所述pHER3或對pHER3呈陽性的量由IHC確立的H評分是至少20、或至少40、或至少120、或至少150的pHER3。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中所述癌症是腦癌、乳腺癌、胰腺癌、肺癌(包括非小細胞肺癌)、食道癌、肝癌、膽管癌或胃癌和/或其中所述樣品來自腦癌、乳腺癌、胰腺癌、肺癌、食道癌、肝癌、膽管癌或胃癌。
根據前述請求項中任一項所述的方法，其中所述樣品是實體腫瘤的福馬林固定的石蠟包埋的人類組織或液體活檢樣品。
一種用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述受試者被分類為可能對根據前述請求項中任一項所述的方法用ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑進行的治療有反應，或者被選擇用於根據前述請求項中任一項所述的治療。
一種用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述癌症表現的NRG1水平等於或高於包含樣品的癌細胞參考資料庫的95百分位數。
根據請求項25所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述NRG1水平、所述95百分位數和/或所述參考資料庫是根據請求項1-24中任一項。
一種用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中所述受試者的癌症包含NRG1的閾值表現水平，所述NRG1的閾值表現水平與參考資料庫的閾值表現水平相比有所增加，所述NRG1的閾值表現水平已經根據包含癌細胞的樣本的參考資料庫的閾值確定分析來確定。
一種用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，其中從所述受試者獲得的包含癌症的樣品包含一定量的NRG1表現，與不含癌細胞的樣品相比，所述NRG1表現量升高，或者所述癌症具有升高的NRG1表現水平。
根據請求項24-28中任一項請求項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用，其中包含從所述受試者獲得的樣本的癌症對pHER3呈陽性。
根據請求項24-29中任一項請求項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用，其中所述包含癌症的樣品包含與包含非癌細胞的樣品相比升高的FAM83E表現量，且包含與不含癌細胞的樣品相比降低的OLFML2B表現量。
用於治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法中的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，所述癌症或獲自所述受試者的樣品的神經調節蛋白-1(NRG1)表現量等於或超過參考資料庫NRG1表現的95百分位數；任選地，所述癌症或獲自所述受試者的樣品的磷酸化HER3的量與健康受試者相比升高；或所述癌症或從所述受試者獲得的樣品，其FAM83E表現量與健康受試者相比升高，並且所述癌症或從所述受試者獲得的樣品，其OLFML2B表現量與不含癌細胞的樣品相比降低。
一種治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法，所述方法包括確定從所述受試者獲得的樣品中的神經調節蛋白-1(NRG1)表現量升高。
一種治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法，所述方法包括確定從所述受試者獲得的樣品中的神經調節蛋白-1(NRG1)表現量與從健康受試者獲得的樣品相比升高，並且向從其獲得具有升高的NRG1表現水平的樣品的受試者施用有效量的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，任選地，進一步確定從所述受試者獲得的樣品中磷酸化HER3的量與來自健康受試者的樣品相比升高，或者所述樣品對pHER3呈陽性；或確定FAM83E表現量升高，並確定與來自健康受試者的樣品相比，來自所述受試者的樣品中OLFML2B表現量降低。
一種治療患有ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症的受試者的方法，所述方法包括確定根據請求項1-23中任一項所述的神經調節蛋白-1(NRG1)表現的量，並且如果樣品中NRG1的量超過參考資料庫的NRG1表現的95百分位數，則向所述受試者施用治療有效量的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑，任選地，進一步確定磷酸化HER3的量與來自健康受試者的樣品相比升高，或確定FAM83E表現的量升高，並確定OLFML2B表現的量與來自健康受試者的樣品相比降低。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述治療方法包括每兩週一次施用750mg量的雙特異性抗體。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述ErbB-2、ErbB-3或ErbB-2/ErbB-3陽性癌症或樣品不是NRG1融合陽性。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述靶向劑為雙特異性抗體，其包含可結合ErbB-2的結構域I的第一抗原結合位點和可結合ErbB-3的結構域III的第二抗原結合位點。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述靶向劑是雙特異性抗體，所述雙特異性抗體包含：i)選自MF2973、MF3004、MF3958、MF2971、MF3025、MF2916、MF3991、MF3031和MF3003的ErbB-2特異性重鏈可變區的至少CDR1、CDR2和CDR3序列，或者其中所述抗體包含與MF2973、MF3004、MF3958、MF2971、MF3025、MF2916、MF3991、MF3031或MF3003的CDR1、CDR2和CDR3序列最多有3個胺基酸差異的CDR序列；和/或ii)選自MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073和MF6074ErbB-3特異性重鏈可變區的至少CDR1、CDR2和CDR3序列，或其中所述抗體包含CDR的序列與MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF60645； MF6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073或MF6074的CDR1、CDR2和CDR3序列最多有3個胺基酸差異。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述靶向劑是雙特異性抗體，所述雙特異性抗體包含：i)選自MF2973；MF3004；MF3958；MF2971；MF3025；MF2916；MF3991；MF3031和 MF3003的重鏈可變區序列的ErbB-2特異性重鏈可變區序列，或者其中所述抗體包含與MF2973；MF3004；MF3958；MF2971；MF3025；MF2916；MF3991；MF3031或MF3003的重鏈可變區序列最多有15個胺基酸差異的重鏈可變區序列；和/或ii)選自MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073 和MF6074的重鏈可變區序列的ErbB-2特異性重鏈可變區序列，或者其中所述抗體包含與MF3178；MF3176；MF3163；MF6055；MF6056；MF6057；MF6058；MF6059；MF6060；MF6061；MF6062；MF6063；MF6064；MF6065；MF6066；MF6067；MF6068；MF6069；MF6070；MF6071；MF6072；MF6073 或MF6074的重鏈可變區序列最多有15個胺基酸差異的重鏈可變區序列。
根據前述請求項中任一項所述的的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述靶向劑是包含MF3958和MF3178的重鏈可變區序列的雙特異性抗體。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述靶向劑為雙特異性抗體，所述雙特異性抗體包含具有所述第一抗原結合位點的可變結構域和具有所述第二抗原結合位點的可變結構域，且其中所述第一抗原結合位點和第二抗原結合位點包含輕鏈可變區，所述輕鏈可變區包含序列QSISSY的CDR1、包含序列AAS的CDR2和包含序列QQSYSTPPT的CDR3。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的用途或方法，其中所述受試者為人類受試者。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的用途或方法，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含抗ErbB-2特異性抗體、抗ErbB-3特異性抗體、抗ErbB-2/抗ErbB-3特異性抗體、小分子ErbB-2酪胺酸激酶抑制劑或抗體藥物綴合物。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含單特異性二價抗體，所述單特異性二價抗體包含曲妥珠單抗或帕妥珠單抗。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的用途或方法，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含MM-121(梅裡馬克製藥；也稱為#Ab6)、HMBD-001(蜂鳥)或RG7116(魯妥珠單抗，羅氏)。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含MM-111(梅裡馬克製藥)。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含拉帕替尼(Tyverb/Tykerb®)、奈拉替尼、阿法替尼、圖卡替尼或AZD8931。
根據前述請求項中任一項所述的ErbB-2和/或ErbB-3靶向劑的應用或方法，其中所述ErbB-2/ErbB-3靶向劑包含曲妥珠單抗恩坦辛或DS-8201。