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TW202315879A - 胜肽標籤與編碼該胜肽標籤之核酸 - Google Patents

胜肽標籤與編碼該胜肽標籤之核酸 Download PDF

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TW202315879A
TW202315879A TW111128130A TW111128130A TW202315879A TW 202315879 A TW202315879 A TW 202315879A TW 111128130 A TW111128130 A TW 111128130A TW 111128130 A TW111128130 A TW 111128130A TW 202315879 A TW202315879 A TW 202315879A
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TW
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amino acid
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amino acids
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protein
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Application number
TW111128130A
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English (en)
Inventor
樺山博之
Original Assignee
日商安定細胞內抗體療法股份有限公司
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Abstract

本揭示提供胜肽標籤(peptide tag)與編碼該胜肽標籤之核酸。本揭示之胜肽標籤可降低蛋白質在細胞內的凝集性。本揭示之胜肽標籤具體地可為,構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸,(b)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以上為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸之胜肽標籤。

Description

胜肽標籤與編碼該胜肽標籤之核酸
本揭示關於胜肽標籤(peptide tag)與編碼該胜肽標籤之核酸。
在細胞內作用的抗體,即胞內抗體(intrabody;細胞內抗體),透過在高等生物的細胞內鑑定抗原(目標分子)而結合,可對細胞機能造成影響。這些抗原也可經由與細胞內抗體結合而不活化,成為重要的細胞內治療標靶。又,研究方法可關注細胞內抗體的用途是經由在細胞內部與抗體結合而直接特異性抑制蛋白質機能的手段。
如果是細胞內抗體,通常首先以標準方法製作產生鑑定抗原的單株抗體的融合瘤後,從該cDNA構築含有編碼單鏈抗體(single chain Fv;scFv)的DNA的細胞內表現載體,將重鏈(VH)與輕鏈(VL)的複合體作成細胞內抗體。近來,有從人B細胞分離的抗體製作展示人scFv的噬菌體資料庫,使用於與細胞內抗原結合的scFv的分離之事。
抗體一般在血液等的體內的細胞外空間巡邏,鑑定細胞外抗原而作用,前提是在細胞外環境的作用。因此,當抗體在細胞質表現的情形,可能產生表現水平的降低及到達抗體域的半衰期的限制的摺疊及安定性的問題。細胞內抗體在細胞質內的安定性的問題,可與細胞內抗體在細胞質內的凝集體的形成有關。凝集體的形成,可與細胞內抗體的產量下降、及正常機能的表現的抑制等有關。細胞內抗體以外的蛋白質也是一樣。細胞內抗體具有特別容易凝集的特徵,即使是細胞內抗體以外的蛋白質,在細胞質生成時,在細胞質內也可形成凝集體。
對於此等,具有含45%以上酸性胺基酸的胺基酸序列之胜肽標籤改善細胞內抗體的安定性已被揭示(專利文獻1、非專利文獻1)。專利文獻1及非專利文獻1在提出具有含45%以上酸性胺基酸的胺基酸序列之胜肽標籤的有效性之時,指出作為胜肽標籤的設計指標,相較於細胞質的pH環境,以胞內體(endosome)的細胞質側的表面的pH環境作為基準,設計電荷值與pI值非常低的胜肽標籤的重要性。在非專利文獻3,對抗體的重鏈可變區加上HRAS的膜定位訊號。 [先行技術文獻] [專利文獻]
[專利文獻1]WO2019/004213 [非專利文獻]
[非專利文獻1]Kabayama et al., 2020, Nature Communication, 11, 336 [非專利文獻2]Shubhada et al.,2012, Biochemical genetics, Vol. 50, No. 7-8, pp. 625-41. [非專利文獻3]Tanaka et al., 2007, EMBO Journal, 26:3250-3259
本揭示提供胜肽標籤與編碼該胜肽標籤之核酸。本揭示之胜肽標籤可降低蛋白質在細胞內的凝集性。
本發明人等對於多種胺基酸序列的胜肽標籤致力研究,發現對蛋白質在細胞內的凝集性具有減少效果的胜肽標籤。
根據本揭示,提供下列發明。 [1]一種胜肽,例如為具有600個胺基酸長度以下、例如10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度)的胺基酸序列的胜肽, (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以上、較佳為30%以上為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸, 較佳地,可使連接前述胜肽的蛋白質在細胞內的凝集性降低{此處,較佳地,構成胺基酸序列的胺基酸的10%或15%以上為N或P}。 [2]如上述[1]記載之胜肽,其中,(c)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以下、較佳為20%以下、更佳為15%以下、再更佳為10%以下,為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸。 [3]如上述[1]或[2]記載之胜肽,其中,(d)A或G分別為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。 [4]如上述[1]~[3]任一項記載之胜肽,其中, (a)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於70%為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸, (c)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以下為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸, (d)A或G分別為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。 [5]一種胜肽,具有序列識別號2~11任一項記載的胺基酸序列。 [6]一種核酸,編碼上述[1]~[5]任一項記載之胜肽。 [7]一種蛋白質表現載體,包含與調控序列可操作性連接的上述[6]記載之核酸、及與該核酸在框架內的編碼目標蛋白質的核酸。 [8]如上述[7]記載之蛋白質表現載體,其中,目標蛋白質為抗體或抗體的抗原結合片段。 [9]如上述[8]記載之蛋白質表現載體,其中,抗體的抗原結合片段為單鏈Fv(scFv)。 [10]一種融合蛋白,其為上述[1]~[5]任一項記載之胜肽與目標蛋白質的融合蛋白。 [11]如上述[10]記載之融合蛋白,其中,目標蛋白質為抗體或抗體的抗原結合片段。 [12]如上述[11]記載之融合蛋白,其中,抗體的抗原結合片段為單鏈Fv(scFv)。 [13]一種蛋白質生成細胞,包含與調控序列可操作性連接的上述[6]記載之核酸、及與該核酸在框架內的編碼目標蛋白質的核酸。 [14]一種篩選或鑑定胺基酸序列之方法,該胺基酸序列為600個胺基酸長度以下、例如10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度),包括: 從胺基酸序列(群)(可包含10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度)的胺基酸序列(群)),取得: (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以上為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸, 之胺基酸序列(群), 使具有被篩選或鑑定的胺基酸序列的胜肽標籤與對照蛋白的融合蛋白在哺乳動物細胞內(較佳為人細胞內)表現時,篩選或鑑定在細胞內融合蛋白形成凝集體的細胞比例降低(例如為規定值以下)的胜肽標籤的胺基酸序列,以及 獲得具有該胺基酸序列的胜肽標籤或編碼該胜肽標籤的核酸。 [15]如請求項14[14]記載之方法,其中,所取得的胺基酸序列群為上述[1]~[5]任一項記載之胜肽。 [16]如上述[14]或[15]記載之方法,其中,所取得的胺基酸序列群為經由人基因體(Genome)的編碼區(Coding Region)所編碼的胺基酸序列群。 [17]如上述[14]~[16]任一項記載之方法,其中,所取得的胺基酸序列包含新生抗原(Neoantigen)。
[18]一種胜肽,滿足選自由下列(a)~(h)所組成的群組的1個以上,且可使連接前述胜肽的蛋白質在細胞內的凝集性降低。 [19]一種胜肽,選自由下列(A)~(AE)、及(AF)~(AU)所組成的群組、可使連接前述胜肽的蛋白質在細胞內的凝集性降低。
[20]一種核酸,編碼上述[18]記載之胜肽。 [21]一種蛋白質表現載體,包含與調控序列可操作性連接的上述[20]記載之核酸、及與該核酸在框架內的編碼目標蛋白質的核酸。 [22]一種融合蛋白,其為上述[18]記載之胜肽與目標蛋白質的融合蛋白。 [23]如上述[22]記載之融合蛋白,其中,目標蛋白質為抗體或抗體的抗原結合片段。 [24]如上述[23]記載之融合蛋白,其中,抗體的抗原結合片段為單鏈Fv(scFv)。
[25]一種核酸,編碼上述[19]記載之胜肽。 [26]一種蛋白質表現載體,包含與調控序列可操作性連接的上述[25]記載之核酸、及與該核酸在框架內的編碼目標蛋白質的核酸。 [27]一種融合蛋白,其為上述[25]記載之胜肽與目標蛋白質的融合蛋白。 [28]如上述[26]記載之融合蛋白,其中,目標蛋白質為抗體或抗體的抗原結合片段。 [29]如上述[27]記載之融合蛋白,其中,抗體的抗原結合片段為單鏈Fv(scFv)。
[30]如上述[14]記載之方法,其中,胺基酸序列(群)包含上述[18]記載之胜肽。 [31]如上述[14]記載之方法,其中,胺基酸序列(群)包含上述[19]記載之胜肽。
[32]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,規定值為30%以下的值。 [33]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,規定值為20以下的值。 [34]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,規定值為15%以下的值。 [35]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,規定值為10%以下的值。 [36]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,規定值為5%以下的值。
[37]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(A)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(A)記載之條件。 [38]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(B)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(B)記載之條件。 [39]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(C)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(C)記載之條件。 [40]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(D)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(D)記載之條件。 [41]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(E)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(E)記載之條件。 [42]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(F)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(F)記載之條件。 [43]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(G)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(G)記載之條件。 [44]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(H)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(H)記載之條件。 [45]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(I)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(I)記載之條件。 [46]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(J)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(J)記載之條件。 [47]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(K)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(K)記載之條件。 [48]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(L)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(K)記載之條件。 [49]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(M)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(M)記載之條件。 [50]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(N)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(N)記載之條件。 [51]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(O)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(O)記載之條件。 [52]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(P)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(P)記載之條件。 [53]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(Q)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(Q)記載之條件。 [54]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(R)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(R)記載之條件。 [55]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(S)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(S)記載之條件。 [56]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(T)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(T)記載之條件。 [57]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(U)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(U)記載之條件。 [58]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(V)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(V)記載之條件。 [59]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(W)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(W)記載之條件。 [60]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(X)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(X)記載之條件。 [61]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(Y)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(Y)記載之條件。 [62]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(Z)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(Z)記載之條件。 [63]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AA)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AA)記載之條件。 [64]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AB)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AB)記載之條件。 [65]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AC)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AC)記載之條件。 [66]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AD)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AD)記載之條件。 [67]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AE)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AE)記載之條件。 [67A]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AF)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AF)記載之條件。 [67B]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AG)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AG)記載之條件。 [67C]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AH)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AH)記載之條件。 [67D]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AI)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AI)記載之條件。 [67E]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AJ)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AJ)記載之條件。 [67F]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AK)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AK)記載之條件。 [67G]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AL)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AL)記載之條件。 [67H]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AM)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AM)記載之條件。 [67I]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AN)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AN)記載之條件。 [67J]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AO)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AO)記載之條件。 [67K]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AP)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AP)記載之條件。 [67L]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AQ)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AQ)記載之條件。 [67M]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AR)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AR)記載之條件。 [67N]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AS)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AS)記載之條件。 [67O]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AT)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AT)記載之條件。 [67P]如上述[14]記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,胺基酸序列群包含下述(AU)記載之胜肽,較佳為,所取得的胺基酸序列進一步滿足下列(AU)記載之條件。
[68]如上述[37]~[67]及[67A]~[67N]任一項記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,規定值為15%以下的值。 [69]如上述[37]~[67]及[67A]~[67N]任一項記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,規定值為10%以下的值。 [70]如上述[37]~[67]及[67A]~[67N]任一項記載之方法,其中,對照蛋白為scFv,規定值為5%以下的值。
[71]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為大於30%的值。 [72]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為30~40%的範圍的值。 [73]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為40~50%的範圍的值。 [74]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為50~60%的範圍的值。 [75]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為60~70%的範圍的值。 [76]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為70~80%的範圍的值。 [77]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為80~90%的範圍的值。 [78]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為90~95%的範圍的值。 [79]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為95~99%的範圍的值。 [80]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為99~99.9%的範圍的值。 [81]如上述[37]~[70]任一項記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為99.9~100%的範圍的值。
[82]如上述[69]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為大於30%的值。 [83]如上述[69]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為30~40%的範圍的值。 [84]如上述[69]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為40~50%的範圍的值。 [85]如上述[69]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為50~60%的範圍的值。 [86]如上述[69]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為60~70%的範圍的值。 [87]如上述[69]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為70~80%的範圍的值。 [88]如上述[69]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為80~90%的範圍的值。 [89]如上述[69]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為90~95%的範圍的值。 [91]如上述[69]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為99~99.9%的範圍的值。 [92]如上述[69]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為99.9~100%的範圍的值。
[93]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為大於30%的值。 [94]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為30~40%的範圍的值。 [95]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為40~50%的範圍的值。 [96]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為50~60%的範圍的值。 [97]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為60~70%的範圍的值。 [98]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為70~80%的範圍的值。 [99]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為80~90%的範圍的值。 [100]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為90~95%的範圍的值。 [101]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為95~99%的範圍的值。 [102]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為99~99.9%的範圍的值。 [103]如上述[70]記載之方法,其中,對照蛋白在細胞內形成凝集體的細胞比例為99.9~100%的範圍的值。
[104]如上述[1]~[5]任一項記載之胜肽,其中,胜肽標籤可使至少具有序列識別號1之胺基酸序列的scFv的凝集性降低。 [105]如上述[6]記載之核酸,其中,胜肽標籤可使至少具有序列識別號1之胺基酸序列的scFv的凝集性降低。 [106]如上述[7]~[9]任一項記載之蛋白質表現載體,其中,胜肽標籤可使至少具有序列識別號1之胺基酸序列的scFv的凝集性降低。
[107]如上述[7]~[9]任一項記載之蛋白質表現載體,其中,蛋白質表現載體為病毒載體。 [108]如上述[107]記載之蛋白質表現載體,其中,病毒載體選自由反轉錄病毒(Retrovirus)載體、慢病毒(Lentivirus)載體、腺病毒(Adenovirus)載體、腺病毒相關病毒(Adeno-associated virus)載體、單純疱疹病毒(Herpes simplex virus)載體、牛痘病毒(Vaccinia virus)載體、仙台病毒(Sendai virus)載體、及水疱性口炎病毒(Vesicular stomatitis virus)載體所組成的群組。
[109]如上述[6]記載之核酸,其中,核酸為mRNA。 [110]如上述[109]記載之核酸,其中,核酸在5’端具有Cap結構及在3’ UTR具有poly A鏈。 [111]如上述[109]或[110]記載之核酸,其中,核酸包含假尿苷(Pseudouridine)作為U。 [112]一種奈米粒子,包含如上述[109]~[111]任一項記載之核酸。 [113]如上述[112]記載之奈米粒子,其為脂質奈米粒子。 [114]如上述[14]~[17]及[30]~[103]任一項記載之方法,其中,對照蛋白具有序列識別號1之胺基酸序列。 [115]如上述任一項記載之方法、胜肽、融合蛋白、核酸、或載體,其中,細胞為真核細胞。 [116]如上述任一項記載之方法、胜肽、融合蛋白、核酸、或載體,其中,細胞為人細胞。 [117]如上述任一項記載之方法、胜肽、融合蛋白、核酸、或載體,其中,胜肽標籤不干擾目標蛋白質的自由定位。
本揭示之胜肽標籤可導致標籤化的蛋白質在細胞內的安定性。因此,本揭示之胜肽標籤可為生物相容性更高的胜肽標籤。
在本發明,「對象」為脊椎動物,例如鳥類或哺乳動物,例如哺乳動物如小鼠、大鼠、倉鼠、豚鼠、馬、牛、豬、山羊、綿羊、驢、狗、及貓,以及猴、黑猩猩、大猩猩、紅毛猩猩、倭黑猩猩、人等的靈長類,特別例如人。在本說明書,使用對象如上述包含人的意思,在排除人的情形時,使用「非人」一詞。
在本說明書,「抗體」表示免疫球蛋白,是指具有以雙硫鍵安定化的2個重鏈(H鏈)與2個輕鏈(L鏈)締合的結構之蛋白質。重鏈由重鏈可變區VH、重鏈恆定區CH1、CH2、CH3、及位於CH1與CH2之間的樞紐區所組成,輕鏈由輕鏈可變區VL(VL可為Vκ或Vλ)與輕鏈恆定區CL所組成。其中,由VH與VL所構成的可變區片段(Fv)與抗原結合直接相關,是提供抗體多樣性的區域。又,由VL、CL、VH、CH1所組成的抗原結合區稱為Fab區,由樞紐區、CH2、CH3所組成的區域稱為Fc區。 可變區之中,直接與抗原接觸的區域變化特別大,稱為互補決定區(complementarity-determining region:CDR)。CDR以外的變異較少的部分稱為框架區(framework region:FR)。在重鏈與輕鏈的可變區分別存在3個CDR,分別從N端側依序稱為重鏈CDR1~3及輕鏈CDR1~3。各別的CDR被包含於框架區中。抗體的重鏈可變區,從N端側向C端側,依序具有重鏈框架區1、重鏈CDR1、重鏈框架區2、重鏈CDR2、重鏈框架區3、重鏈CDR3、及重鏈框架區4。抗體的輕鏈可變區,從N端側向C端側,依序具有輕鏈框架區1、輕鏈CDR1、輕鏈框架區2、輕鏈CDR2、輕鏈框架區3、輕鏈CDR3、及輕鏈框架區4。抗體可為重組蛋白(重組抗體),例如可在中國倉鼠卵巢細胞(CHO細胞)等的動物細胞生成者。抗體的來源沒有特別限定,例如非人動物的抗體、非人哺乳動物的抗體(例如,小鼠抗體、大鼠抗體、駱駝抗體)、及人抗體。又,抗體也可為嵌合抗體、人源化抗體、及全人源化抗體。抗體也可為多株抗體或單株抗體,較佳為單株抗體。「嵌合抗體」為重鏈可變區及輕鏈可變區分別連接不同種的重鏈恆定區及輕鏈恆定區之抗體。人源化抗體表示在來自非人抗體以具特徵的胺基酸序列取代人抗體的對應位置之抗體,例如具有使小鼠或大鼠免疫所製作的抗體的重鏈CDR1~3及輕鏈CDR1~3、包含重鏈及輕鏈各自4個框架區(FR)的其他所有區域來自人抗體者。如此的抗體也稱為CDR移植抗體。「人源化抗體」也包含人嵌合抗體。「人嵌合抗體」是在來自非人的抗體,來自非人的抗體的恆定區被取代為人抗體的恆定區之抗體。抗體可為分離的抗體、或純化的抗體。抗體例如可為IgG。
免疫球蛋白鏈的可變區通常呈現包含經由3個超可變區(更頻繁地稱為「互補決定區」或CDR)連接的相對保留的框架區(FR)之相同的整體結構。從上述各重鏈/輕鏈對的2個鏈所得的CDR,經由框架區典型地排列,以形成與目標蛋白質(例如PCSK9)上的特異性抗原決定位特異結合的結構。從N端向C端,天然存在的輕鏈及重鏈可變區通常都符合此等要素的下列順序。FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、及FR4。設計編號系統以編號位於此等各域(domain)中的位置的胺基酸。此編號系統定義於「Kabat Sequences of Proteins of Immunological Interest (1987 and 1991, NIH, Bethesda, MD)」或「Chothia & Lesk, 1987, J.Mol.Biol.196:901-917;Chothia et al., 1989, Nature 342:878-883」。
在本說明書,抗體包含抗體的抗原結合片段。在本說明書,有未片段化的抗體稱為全長抗體。全長抗體可包含除訊息序列外的抗體的全長。
在本說明書,「抗原結合片段」是指維持對抗原的結合性的抗體的一部分。抗原結合片段可包含本揭示之抗體的重鏈可變區或輕鏈可變區或者兩者。抗原結合片段也可以被嵌合化或人源化。抗原結合片段例如Fab、Fab’、F(ab’) 2、Fv。又,抗原結合片段也可包含經由重組所生成的結合體或功能上等效物(例如具有scFv(單鏈Fv)、雙價抗體(diabody)、scDb、串聯scFv(tandem scFv)、白胺酸拉鏈型(Leucine zipper)、sc(Fv) 2(單鏈(Fv) 2)等)的形態的其他抗體的一部分)。如此的抗體的抗原結合片段沒有特別限定,例如可以酵素處理抗體所得者。例如,以木瓜酶分解抗體,可獲得Fab。或者,以胃蛋白酶分解抗體,可獲得F(ab’) 2,再還原此等,可獲得Fab’。在本說明書,可使用如此的抗體的抗原結合片段。在scFv,以人造的多胜肽連接子(linker)連接VL及VH,可維持與原始抗體相同的抗原特異性。VL及VH可從N端側以VH及VL或VL及VH的順序連接。連接子(linker)可具有約10~25個胺基酸的長度。連接子也可富含甘胺酸,以提高水溶性的目的,也可包含絲胺酸、蘇胺酸等的胺基酸。
在本說明書,「細胞內抗體」(intrabody)為在細胞內(例如細胞質內、或核內)表現的抗體。相對於抗體被分泌於細胞外作用,細胞內抗體是以被設計為細胞內表現、作用的方面不同。細胞內抗體可影響細胞內蛋白質的功能,在細胞質、核、或分泌路徑可抑制該等功能。癌基因產物可為細胞內抗體的標靶(Biocca,S.、Pierandrei-Amaldi,P.及Cattaneo,A.(1993年),Biochem Biophys Res Commun,第197卷,第422~7頁;Biocca,S. , Pierandrei-Amaldi,P.,Campioni,N.及Cattaneo,A.(1994年),Biotechnology(NY),第12卷、第396~9頁;Cochet,O.等(1998年),Cancer Res,第58卷,第1170~6頁)。細胞內抗體以抑制蛋白質功能為目的,對蛋白質直接結合。結合雖然直接抑制蛋白質的功能,但也抑制蛋白質與其他蛋白質的結合。
細胞內抗體例如多種的抗體或其抗原結合片段,沒有特別限定,較佳可使用scFv、串聯scFv、VHH抗體(奈米抗體(nanobody))、微型抗體(minibody)、及雙價抗體(diabody)。scFv典型為具有抗體的重鏈可變區與輕鏈可變區的抗體片段,重鏈可變區與輕鏈可變區透過連接子連接。串聯scFv典型為具有2個不同抗原特異性的scFv的抗體片段,透過連接子連接此等。雙價抗體典型為scFv的二聚體。雙價抗體大致區分為2價的單特異性雙價抗體、與雙特異性雙價抗體。微型抗體典型為二聚體化域與scFv的融合蛋白2個透過二聚體域而成為二聚體化。VHH抗體為由重鏈抗體的重鏈的可變域所構成的抗體片段。VHH抗體典型為來自駱駝科的動物(例如駱駝、駱馬、羊駝等)的重鏈抗體的重鏈可變域。一般的抗體在細胞外表現所以只能在細胞外作用,相對地,細胞內抗體可在細胞內發揮抗體功能為優。可使用細胞內抗體於細胞內的目標蛋白質的活化、及不活化、以及蛋白質間交互作用的中和或阻斷等的多種用途。scFv在細胞內表現時具有顯示凝集性的傾向。因此,在如此情形,使本揭示之胜肽標籤連接於細胞內抗體而得融合蛋白、使其凝集性降低是有用的。經由降低蛋白質的凝集性,可使蛋白質應有的功能在細胞內發揮。
在本說明書,「胜肽標籤」是經由與目標蛋白質融合,標記目標蛋白質或改變目標蛋白質的生化學性質者。胜肽標籤例如FLAG標籤、3×FLAG標籤、Myc標籤、HA標籤、T7、6×His標籤、PA標籤、S標籤、E標籤、VSV-G、Glu-Glu、Strep-tagII、HSV標籤、幾丁質結合域(Chitin Binding Domain;CBD)標籤、鈣調蛋白結合胜肽(Calmodulin Binding Peptide;CBP)標籤、V5標籤、GST標籤、麥芽糖結合蛋白(MBP)標籤、硫氧化還原蛋白(Trx)標籤、及mini-AID標籤等的多種標籤。分別可用於例如利用對標籤的親和性、以親和性純化目標蛋白質,或者製作對標籤的抗體、偵測目標蛋白質。辨識標籤的抗體一般稱為標籤抗體,成為標籤抗體的抗原決定位的標籤序列稱為抗原決定位標籤。標籤一般可具有數個胺基酸到數十個胺基酸長度的多肽鏈。
在本說明書,「目標蛋白質」為細胞內表現的蛋白質。目標蛋白質可為凝集性蛋白質,也可為非凝集性蛋白質。這是因為在任何情形,經由加上本揭示之胜肽標籤,皆更增加安定性,對凝集的形成變得穩健(robust)的緣故。但是,本揭示之胜肽標籤即使在對凝集性蛋白質加成的情形,也可使該細胞內的凝集性降低,因此目標蛋白質較佳可為凝集性蛋白質。即使是目標蛋白質為分泌性蛋白質的情形,也有分泌性蛋白質在分泌到細胞外之前在細胞內形成凝集的情形。對於分泌性蛋白質、較佳為凝集性的分泌性蛋白質,也可有利地使用本揭示之胜肽標籤。
在本說明書,「凝集性蛋白質」是指在細胞內形成凝集(特別是不溶性的凝集塊)的蛋白質。在本說明書,「凝集性」表示形成凝集的性質,「非凝集性」表示不形成凝集的性質。凝集性的減弱化可為非凝集性的促進,凝集性的促進可為非凝集性的減弱化。在本說明書,「非凝集性」與「安定性」可相互交替使用。凝集例如可經由免疫細胞染色(IC)在顯微鏡下形成亮點而觀察。凝集率例如可經由在蛋白質強制表現細胞中顯示凝集的細胞比例來計算。如此所計算的凝集率的降低,表示不受因凝集所致的影響的蛋白質強制表現細胞的增加,可為生理學上理想的指標。凝集性的降低(例如凝集率的降低)與可溶性的增大為不同的指標。可溶性的增大表示在水溶液中可利用的蛋白質濃度增加,但與凝集塊的數量、具有凝集塊的細胞比例沒有直接相關。因此,可溶性的增大不一定表示凝集性的降低(例如凝集率的降低)。
在本說明書,胺基酸序列以單字母表示。亦即,A表示丙胺酸,R表示精胺酸,N表示天冬醯胺酸,D表示天冬胺酸,C表示半胱胺酸、Q表示麩醯胺酸,E表示麩胺酸,G表示甘胺酸,H表示組胺酸,I表示異白胺酸,L表示白胺酸,K表示離胺酸,M表示甲硫胺酸,F表示苯丙胺酸,P表示脯胺酸,S表示絲胺酸,T表示蘇胺酸,W表示色胺酸,Y表示酪胺酸,且V表示纈胺酸。胺基酸通常為上述列舉的20種L-胺基酸。
在本說明書,「調控序列」是指具有驅動與該等可操作性連接的基因、從該基因轉錄RNA的活性的序列。調控序列例如啟動子。啟動子例如第I類啟動子(可用於rRNA前驅體的轉錄)、第II類啟動子(由核心啟動子與上游啟動子元件所構成,可用於mRNA的轉錄)、及第III類啟動子(再大致分為I型、II型、III型)。
根據本發明,提供使凝集性蛋白質的凝集傾向降低的胜肽標籤。根據本發明,提供包含可操作性連接調控序列、編碼該胜肽標籤的基因之蛋白質表現載體。根據本發明,提供與該胜肽標籤融合的目標蛋白質。根據本發明,提供包含可操作性連接調控序列、編碼與該胜肽標籤融合的目標蛋白質的基因之蛋白質表現載體。目標蛋白質在一些態樣可為細胞內蛋白質。目標蛋白質在一些態樣可為細胞內抗體。目標蛋白質在一些態樣可為scFv。
以下,對於使本揭示之凝集性蛋白質的凝集傾向降低的胜肽標籤進行詳述。本揭示之胜肽標籤可使真核細胞內、特別是人細胞內的目標蛋白質的凝集傾向降低。在考慮醫療用途等的情形,使人細胞內的目標蛋白質的凝集傾向降低可為有益的。
本揭示之胜肽標籤的長度沒有特別限定,可具有例如600個胺基酸以下、500個胺基酸以下、400個胺基酸以下、300個胺基酸以下、200個胺基酸以下,例如5個胺基酸到100個胺基酸、例如10個胺基酸到90個胺基酸、20個胺基酸到80個胺基酸、30個胺基酸到70個胺基酸、40個胺基酸到60個胺基酸、10個胺基酸到50個胺基酸、10個胺基酸到40個胺基酸、10個胺基酸到30個胺基酸的長度。在此態樣,本揭示之胜肽標籤的長度的下限值可為5個胺基酸以上、10個胺基酸以上、15個胺基酸以上、20個胺基酸以上、30個胺基酸以上、40個胺基酸以上、50個胺基酸以上、60個胺基酸以上、70個胺基酸以上、或80個胺基酸以上,及/或上限值可為100個胺基酸以下、90個胺基酸以下、80個胺基酸以下、70個胺基酸以下、60個胺基酸以下、50個胺基酸以下、40個胺基酸以下、30個胺基酸以下、或20個胺基酸以下。
(a)本揭示之胜肽標籤可包含以下比例的酸性胺基酸(要件1的胺基酸)。 本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的45%以上為酸性胺基酸。 本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸。在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤可為構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸,較佳地,可為構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以上、小於45%為酸性胺基酸,更佳地,可為構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、小於45%為酸性胺基酸,再更佳地,可為構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於45%為酸性胺基酸,又再更佳地,可為構成該胺基酸序列的胺基酸的35%以上、小於45%為酸性胺基酸,特佳地,可為構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、小於45%為酸性胺基酸。酸性胺基酸為D或E。又例如,本揭示之胜肽標籤的酸性胺基酸的含量可為44%以下、43.5%以下、43%以下、42.5%以下、42%以下、41.5%以下、41%以下、40%以下、35%以下、30%以下、25%以下、或20%以下。根據此等,在一些態樣,基於胜肽標籤的高酸性胺基酸比例,可降低與具有正電荷的細胞內分子等產生非預期的交互作用的風險。
(b)本揭示之胜肽標籤可包含以下比例的鹼性胺基酸(要件2的胺基酸)。 本揭示之胜肽標籤較佳可具有構成該胺基酸序列的胺基酸的25%以下、20%以下、較佳為15%以下的鹼性胺基酸,更佳地,可具有10%以下的鹼性胺基酸,再更佳地,可具有5%以下的鹼性胺基酸,特佳地,可具有小於3%、小於2%、或小於1%的鹼性胺基酸。在最佳態樣,本揭示之胜肽標籤在該胺基酸序列中不包含鹼性胺基酸。鹼性胺基酸為K、R、或H。
(c)本揭示之胜肽標籤可包含以下比例的要件3的胺基酸。 要件3的胺基酸可為F、P、Y、G、S、Q、N、及A。 本揭示之胜肽標籤較佳地可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以上、較佳地20%以上、更佳地30%以上、40%以上為要件3的胺基酸。又,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的50%以上、60%以上、或70%以上為要件3的胺基酸。本揭示之胜肽標籤較佳地可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的80%以下、更佳地70%以下、再更佳地60%以下為要件3的胺基酸。又,構成該胺基酸序列的胺基酸的50%以下、40%以下、30%以下、或20%以下可為要件3的胺基酸。在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上80%以下、30%以上70%以下、30%以上60%以下、30%以上50%以下、30%以上40%以下、40%以上70%以下、40%以上60%以下、40%以上50%以下、50%以下以上70%以下、50%以上60%以下、60%以上80%以下、或60%以上70%以下可為要件3的胺基酸。
在特佳的態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以上、10%以上、15%以上、或20%以上(較佳地,21%以上、25%以上、或30%以上)為N及P任一者。又例如,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的90%以下、80%以下、70%以下、60%以下、50%以下、45%以下、40%以下、35%以下、30%以下、25%以下為N及P任一者。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以上、20%以下為N及P任一者。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的55%以上、90%以下為N及P任一者。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於10%、20%以下為N及P任一者。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於20%、30%以下為N及P任一者。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於30%、40%以下為N及P任一者。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於40%、50%以下為N及P任一者。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於50%、60%以下為N及P任一者。
例如,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以上、10%以上、15%以上、或20%以上(較佳地21%以上、25%以上、或30%以上)為N。又例如,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的90%以下、80%以下、70%以下、60%以下、50%以下、45%以下、40%以下、35%以下、30%以下、25%以下為N。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以上、20%以下為N。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的55%以上、90%以下為N。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於10%、20%以下為N。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於20%、30%以下為N。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於30%、40%以下為N。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於40%、50%以下為N。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於50%、60%以下為N。
例如,本揭示之胜肽標籤為,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以上、6%以上、7%以上、8%以上、9%以上、10%以上、15%以上、或20%以上(較佳地21%以上、25%以上、或30%以上)為P。又例如,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的90%以下、80%以下、70%以下、60%以下、50%以下、45%以下、40%以下、35%以下、30%以下、25%以下為P。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的55%以上、90%以下為P。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以上、20%以下為P。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於10%、20%以下可為P。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於20%、30%以下為P。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於30%、40%以下為P。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於40%、50%以下為P。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的大於50%、60%以下為P。
又,在特佳的態樣,本揭示之胜肽標籤為,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以下、10%以下、15%以下、或20%以下為F或Y。在特佳的態樣,本揭示之胜肽標籤為,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以下、10%以下、15%以下、或20%以下為F及/或Y。在特佳的態樣,本揭示之胜肽標籤為,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以下、10%以下、15%以下、或20%以下為F及Y。在特佳的態樣,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以上、10%以上、15%以上、或20%以上為N及P任一者,且5%以下、10%以下、15%以下、或20%以下為F及/或Y。
(d)本揭示之胜肽標籤可包含以下比例的要件4的胺基酸。 要件4的胺基酸可不為酸性胺基酸、鹼性胺基酸及要件3的胺基酸任一個的胺基酸。要件4的胺基酸可為例如M、T、W、C、I、V、及L。 本揭示之胜肽標籤較佳地可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的80%以下、70%以下、60%以下、50%以下、40%以下、30%以下、20%以下、15%以下、10%以下、或5%以下為要件4的胺基酸。在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤不包含要件4的胺基酸。
(e)本揭示之胜肽標籤較佳地可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以下、30%以下、20%以下、15%以下、10%以下、或5%以下為G。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不包含G。
(f)本揭示之胜肽標籤較佳地可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以下、30%以下、20%以下、15%以下、10%以下、或5%以下為A。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不包含A。
(g)本揭示之胜肽標籤較佳地可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以下、30%以下、20%以下、15%以下、10%以下、或5%以下為G,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以下、30%以下、20%以下、15%以下、10%以下、或5%以下為A。
(h)本揭示之胜肽標籤,較佳地可包含S。本揭示之胜肽標籤,較佳地不包含S。本揭示之胜肽標籤,較佳地,可包含構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以上、20%以上、30%以上、40%以上、或50%以上的S。本揭示之胜肽標籤,較佳地,可包含構成該胺基酸序列的胺基酸的60%以下、50%以下、40%以下、30%以下、20%以下、15%以下、10%以下、或5%以下的S。
(A)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸。
(B)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。
(C)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G。
(D)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G。
(E)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸。
(F)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。
(G)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G。
(H)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G。
(I)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸。
(J)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。
(K)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G。
(L)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G。
(M)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸。
(N)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。
(O)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G。
(P)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G。
(Q)在上述之胜肽標籤,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、小於45%為酸性胺基酸,更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於45%可為酸性胺基酸,又更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的35%以上、小於45%可為酸性胺基酸,特佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、小於45%可為酸性胺基酸。
(R)在上述之胜肽標籤,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為鹼性胺基酸。更佳地,可具有5%以下的鹼性胺基酸,特佳地,可具有小於3%、小於2%、或小於1%的鹼性胺基酸。或者,上述之胜肽標籤在一些較佳態樣不包含鹼性胺基酸。
(S)在上述之胜肽標籤,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、60%以下為要件3的胺基酸。
(T)在上述之胜肽標籤,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以下、15%以下、10%以下、或5%以下可為要件4的胺基酸。在一些較佳態樣,上述胜肽標籤不包含要件4的胺基酸。
(U)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為鹼性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G,且構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。在此態樣,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%可為酸性胺基酸,更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以上、小於45%可為酸性胺基酸,再更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、小於45%可為酸性胺基酸,再又更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於45%可為酸性胺基酸,又再更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的35%以上、小於45%可為酸性胺基酸,特佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、小於45%可為酸性胺基酸。
(V)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以下為鹼性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G,且構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。在此態樣,較佳地,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於3%、小於2%、或小於1%為鹼性胺基酸,或者,不包含鹼性胺基酸。
(W)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為鹼性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G,且構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。在此態樣,較佳地,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、60%以下為要件3的胺基酸。
(X)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為鹼性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G,且構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。在此態樣,較佳地,本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以下、15%以下、10%以下、或5%以下為要件4的胺基酸。在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤不包含要件4的胺基酸。
(Y)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為鹼性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G,且構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。在此態樣,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於45%可為酸性胺基酸,更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的35%以上、小於45%可為酸性胺基酸,再更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、小於45%可為酸性胺基酸。
(Z)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為鹼性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G,且構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。在此態樣,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、60%以下為要件3的胺基酸。
(AA)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為鹼性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以上、80%以下(較佳地,30%以上、70%以下)為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G,且構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。在此態樣,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的15%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為要件4的胺基酸,或者構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以下為要件4的胺基酸。
(AB)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為鹼性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G,且構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。在此態樣,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、60%以下為要件3的胺基酸。在此態樣,更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的35%以上、小於45%為酸性胺基酸,再更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、小於45%為酸性胺基酸。在此態樣,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、60%以下為要件3的胺基酸,且構成該胺基酸序列的胺基酸的35%以上、小於45%為酸性胺基酸,再更佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、60%以下為要件3的胺基酸,且構成該胺基酸序列的胺基酸的40%以上、小於45%為酸性胺基酸。
(AC)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為鹼性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的20%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G,且構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。在此態樣,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的15%以下、10%以下、或5%以下可為G。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不包含G。
(AD)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的35%以上、小於45%為酸性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為鹼性胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的30%以上、70%以下為要件3的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為要件4的胺基酸,構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為G,且構成該胺基酸序列的胺基酸的10%以下為A。
(AE)本揭示之胜肽標籤可具有例如序列識別號2~11任一個記載之胺基酸序列。本揭示之胜肽標籤較佳可具有序列識別號5之胺基酸序列。
(AF)本揭示之胜肽標籤可具有例如表1~11、表12-1、表12-2、表13-1、表13-2、表14-1、及表14-2所記載之任一個胺基酸序列。
(AG)本揭示之胜肽標籤也可具有選自由上述(AE)及(AF)任一個的胺基酸序列的任意胺基酸(例如要件1、要件2、要件3、或要件4的胺基酸,例如要件2、要件3、或要件4的胺基酸)的N及P所組成的群組中的1個以上的胺基酸的加成、及插入、以及具有1個以上選自由對上述胺基酸的取代(例如,1個到約30%的胺基酸的取代,例如對1到20個、10個、或數個的胺基酸的取代)所組成的群組。本揭示之胜肽標籤也可具有上述(AF)及(AG)任一個的胺基酸序列的任意胺基酸(例如要件1、要件2、要件3、或要件4的胺基酸,例如要件2、要件3、或要件4的胺基酸)的S的加成、及插入、以及對上述胺基酸的取代(例如,1個到約30%的胺基酸的取代,例如對1到20個、10個、或數個的胺基酸的取代)。本揭示之胜肽標籤也可具有上述(AF)及(AG)任一個的胺基酸序列的任意胺基酸(例如要件1、要件2、要件3、或要件4的胺基酸,例如要件2、要件3(特別是F及/或Y,要件4的胺基酸,A或G)的缺失。
(AH)本揭示之胜肽標籤較佳地可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以上、6%以上、7%以上、8%以上、9%以上、10%以上、11%以上、12%以上、13%以上、14%以上、15%以上、16%以上、17%以上、18%以上、19%以上、或20%以上為N或P,或者N及P的任一者。本揭示之胜肽標籤可為,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以上、6%以上、7%以上、8%以上、9%以上、10%以上、11%以上、12%以上、13%以上、14%以上、15%以上、16%以上、17%以上、18%以上、19%以上、20%以上、21%以上、25%以上、或30%以上為P。本揭示之胜肽標籤可為,較佳地,構成該胺基酸序列的胺基酸的5%以上、6%以上、7%以上、8%以上、9%以上、10%以上、11%以上、12%以上、13%以上、14%以上、15%以上、16%以上、17%以上、18%以上、19%以上、20%以上、21%以上、25%以上、或30%以上為N。
(AI)本揭示之胜肽標籤可為,構成該胺基酸序列的胺基酸的45%以上為酸性胺基酸,且5%以上、6%以上、7%以上、8%以上、9%以上、10%以上、11%以上、12%以上、13%以上、14%以上、15%以上、16%以上、17%以上、18%以上、19%以上、20%以上、21%以上、25%以上、或30%以上為N或P。在此態樣,構成該胺基酸序列的胺基酸的小於10%(較佳為小於5%,更佳為0%)為G,小於10%(較佳為小於5%,更佳為0%)為A,及/或小於10%(較佳為小於5%,更佳為0%)為F及Y。
(AJ)本揭示之胜肽標籤可為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於70%為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸,且構成胺基酸序列的胺基酸的60%以下為S, (c)構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸,且 (d)A及G各自為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。 在此態樣,胺基酸序列可有10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度)。
(AK)本揭示之胜肽標籤可為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於70%為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸,構成胺基酸序列的胺基酸的60%以下為S,構成胺基酸序列的胺基酸的10%以上為N或P, (c)構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸,且 (d)A及G各自為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。 在此態樣,胺基酸序列可有10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度)。
(AL)本揭示之胜肽標籤可為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於70%為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸,構成胺基酸序列的胺基酸的60%以下為S,構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為F及/或Y, (c)構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸,且 (d)A及G各自為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。 在此態樣,胺基酸序列可有10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度)。
(AM)本揭示之胜肽標籤可為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於70%為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸,構成胺基酸序列的胺基酸的60%以下為S,構成胺基酸序列的胺基酸的10%以上為N或P,構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為F及/或Y, (c)構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸,且 (d)A及G各自為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。 在此態樣,胺基酸序列可有10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度)。
(AN)本揭示之胜肽標籤可為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於65%為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸,構成胺基酸序列的胺基酸的60%以下為S,構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為F及/或Y, (c)構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸,且 (d)A及G各自為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。 在此態樣,胺基酸序列可有10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度)。
(AN)本揭示之胜肽標籤可為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於65%為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸,構成胺基酸序列的胺基酸的60%以下為S,構成胺基酸序列的胺基酸的10%以上為N或P, (c)構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸,且 (d)A及G各自為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。 在此態樣,胺基酸序列可有10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度)。
(AO)本揭示之胜肽標籤可為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於65%為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸,構成胺基酸序列的胺基酸的60%以下為S,構成胺基酸序列的胺基酸的10%以上為N或P,構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為F及/或Y, (c)構成胺基酸序列的胺基酸的10%以下為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸,且 (d)A及G各自為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。 在此態樣,胺基酸序列可有10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度)。
(AP)本揭示之胜肽標籤可為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b1)構成胺基酸序列的胺基酸的55%以上、小於90%為N及P任一個,且 構成胺基酸序列的剩餘的胺基酸為其他胺基酸。在此態樣,構成胺基酸序列的胺基酸的20%以下(較佳為15%以下、10%以下、5%以下、4%以下、3%以下、2%以下、1%以下、或0%)不為酸性胺基酸、N及P的任一者。
(AQ)本揭示之胜肽標籤可為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的45%以上為酸性胺基酸, (b1)構成胺基酸序列的胺基酸的21%以上為N,及/或7%以上為P, 構成胺基酸序列的胺基酸的20%以下(較佳為15%以下、10%以下、5%以下、4%以下、3%以下、2%以下、1%以下、或0%)為其他胺基酸。
(AR)在上述(AK)~(AQ),較佳地,要件4可為0%。
(AS)在上述(AK)~(AQ),A或G可為0%。在上述(AK)~(AO),較佳地,A及G為0%。
(AT)在上述(AK)~(AQ),較佳地,要件4為0%,且A及G為0%。
(AU)在上述(AR)~(AT),較佳地,要件2為0%。
在上述(a),較佳地,構成胺基酸序列的胺基酸的10%以上、小於45%為酸性胺基酸,更佳地,15%以上、小於45%為酸性胺基酸,再更佳地,20%以上、小於45%為酸性胺基酸,又再更佳地,25%以上、小於45%為酸性胺基酸,特佳地,30%以上、小於45%為酸性胺基酸,在這些例子,酸性胺基酸的含量的上限例如可為小於45%、40%以下、或35%以下。
本揭示之胜肽標籤可加在蛋白質(例如細胞內凝集性蛋白質)。因此,根據本揭示,提供本揭示之胜肽標籤與細胞內凝集性蛋白質的融合蛋白。又,本揭示之胜肽標籤也可加在細胞內非凝集性蛋白質。經由加上標籤,可增加與非凝集性蛋白質的非凝集性相關的強韌性。蛋白質例如可為細胞內抗體。細胞內抗體可為抗體的抗原結合片段。本揭示之胜肽標籤也可加在細胞內抗體與分解誘導序列的融合蛋白。因此,可誘導結合細胞內抗體的標靶的選擇性分解。細胞內抗體例如為如上述的抗體片段。又,細胞內抗體例如α-突觸核蛋白(α-synuclein)、LRRK2、Tau、β-類澱粉蛋白、類澱粉蛋白前驅物蛋白質(APP)、C9orf72、超氧化物歧化酶1(SOD1)、TAR DNA結合蛋白43(TDP43)、融合於肉瘤(Fused in Sarcoma;FUS)及普里昂蛋白(prion),以及以該病理學形態結合的抗體。細胞內抗體例如為抑制蛋白質間交互作用(PPI)的抗體。細胞內抗體例如為與標靶結合的分解誘導序列的融合蛋白的形態者。細胞內抗體例如為Molecular Tharapy, 29(2):859-872, 2021所記載的細胞內抗體(例如CP13 iB、PHF1 iB、及Tau5 iB)及具有這些細胞內抗體的全部CDR序列的細胞內抗體。iB為intrabody的簡稱,亦即表示細胞內抗體。在本揭示,例如提供此等細胞內抗體與本揭示之胜肽標籤的融合蛋白。細胞內抗體較佳地也可更具有分解誘導序列。又,細胞內抗體例如為Molecular Tharapy, 30(4):1484-1499, 2022所記載的細胞內抗體(例如VHH E4-1及VHHZ70)及具有這些細胞內抗體的全部CDR序列的細胞內抗體。細胞內抗體較佳地也可更具有分解誘導序列。細胞內抗體例如為J. Biol. Chem., 295(31):10662-10676, 2020所記載的細胞內抗體(例如M204-scFv)及具有這些細胞內抗體的全部CDR序列的細胞內抗體。細胞內抗體較佳地也可更具有分解誘導序列。細胞內抗體例如為WO2018/231254所記載的細胞內抗體(例如BIIB092抗體)、WO2016/207245所記載的細胞內抗體、WO2018/011073所記載的細胞內抗體(例如C10-2)、WO2015/114538所記載的細胞內抗體(例如VHH tau A2、VHH tau A2-SH、VHH tau A2var-SH)、WO2014/059442所記載的細胞內抗體(例如F9T、D11C、D4G、G12C、H2A、及H7T)、JP2020/515233(例如1E4、9B11、3A9、10F10、11F11、AC8、AE8、AA9、DG5、AD2、AD7、DG11、DG8、DA9)及具有這些細胞內抗體的全部CDR序列的細胞內抗體。細胞內抗體較佳地也可更具有分解誘導序列。細胞內抗體又例如為可分解去除WO2019177138所記載的異常TDP-43的細胞內抗體(例如序列識別號21~24)及具有此細胞內抗體的全部CDR序列的細胞內抗體。細胞內抗體較佳地也可更具有分解誘導序列。如此,與tau結合的細胞內抗體(例如scFv或VHH)、與α-突觸核蛋白(α-synuclein)結合的細胞內抗體(例如scFv或VHH)、及對在其他細胞內產生細胞毒性的類澱粉蛋白的細胞內抗體(例如scFv或VHH),較佳與標籤連接,可作成與標籤的融合蛋白。
在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不具有CAAX模體(motif)(例如序列識別號58:KLNPPDESGPGCMSCKCVLS)。在一些態樣,本揭示之胜肽不具有膜定位訊號。在一些態樣,以細胞內表現目標蛋白質的觀點,本揭示之胜肽標籤不具有用以向細胞外分泌的訊號胜肽序列。在一些態樣,以促進目標蛋白質向細胞外分泌的觀點,本揭示之胜肽標籤也可具有用以向細胞外分泌的訊號序列。在分泌性蛋白質為凝集性的情形,在該序列中含有訊息序列的本揭示之胜肽標籤、或串聯連接訊號序列的本揭示之胜肽標籤可為有利的。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可包含核定位訊號。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不具有干擾蛋白質對細胞質定位的序列。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤促進目標蛋白質在細胞內的自由分佈。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可促進目標蛋白質與細胞內原本的結合配偶體(binding partner)的結合及與結合配偶體的共定位。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可具有對目標蛋白質在細胞內的分佈提供胜肽標籤固有的制約的序列(或干擾自由分佈的序列),但較佳地,可不具有如此的序列。
在任何態樣,本揭示之胜肽標籤皆不包含下列序列(Enzymol. 326, 362-367 (2000)):S-tag:KETAAAKFERQHMDS(序列識別號14)。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可具有,要件2為10%以下、及/或A為10%以下的序列。
在任何態樣,本揭示之胜肽標籤不具有KLNPPDESGPGCMSCKCVLS(序列識別號15)(Tanaka et al., 2007,EMBO Journal, 26:3250-3259)。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不具有與該序列有90%以上的序列相同性的序列。
在任何態樣,本揭示之胜肽標籤不具有EFGGAPEFPKPSTPPGSSGL(序列識別號16)及與該序列有90%以上的序列相同性的序列(Paolo et al., 2003,Clinical Cancer Research, 9:2837-2848)。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不具有與該序列有90%以上的序列相同性的序列。
在任何態樣,本揭示之胜肽標籤不具有下列任一序列(Arimori et al., 2017, Structures, 25:1611-1622): hMst1:DYEFLKSWTVEDLQKRLLALDPMMEQEIEEIRQKYQSKRQPILDAIEAK(序列識別號17); hMST2:DFDFLKNLSLEELQMRLKALDPMMEREIEELRQRYTAKRQPILDAMDAK(序列識別號18); hRaf1:GEVNWDAFSMPELHNFLRILQREEEEHLRQILQKYSYSRQKIQEALHAS(序列識別號19); hRaf5:GEVEWDAFSIPELQNFLTILEKEEQDKIQQVQKKYDKFRQKLEEALRES(序列識別號20); hSAV1:HILKWELFQLADLDTYQGMLKLLFMKELEQIVKMYEAYRQALLTELENR(序列識別號21)。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不具有與該等序列的任一個有90%以上的序列相同性的序列。
在任何態樣,本揭示之胜肽標籤不具有下列任一者(Zhang et al., 2004, Protein Expression and Purification, 36(2):207-216): T7C:LEDPFQSGVMLGVASTVAASPEEASVTSTEETLTPAQEAARTRAANKARKEAELAAATAEQ(序列識別號22); T7B:LEDPEEASVTSTEETLTPAQEAARTRAANKARKEAELAAATAEQ(序列識別號23); T7B1:LEDPEEASVTSTEETLTPAQEAARTRPPNKARKEAELAAATAEQ(序列識別號24); T7B2:LEDPEEASVTSTEETLTPAQEAARTRGGNKARKEAELAAATAEQ(序列識別號25); T7B3:LEDPEEASVTSTEETLTPAQEAARTRAANKARKEAELTAEQ(序列識別號26); T7B4:LEDPEEASVTSTEETLTPAQEAARTRAANKARKEAELEAETAEQ(序列識別號27); T7B5:LEDPEEASVTSTEETLTPAQEAARTRAAAKARKEAELAAATAEQ(序列識別號28); T7B6:LEDPEEASVTSTEETLTPAQEAARTRKARKEAELAAATAEQ(序列識別號29); T7B7:LEDPEEASVTSTEETLTPAQEAARTRAANKARKEAELAA(序列識別號30); T7B8:LEDPEEASVTSTEETLTPAQEAARTRAANKARKEAELAAA(序列識別號31); T7B9:LEDPEEASVTSTEETLTPAQEAAETEAANKARKEAELEAETAEQ(序列識別號32); T7B10:LEDPTPAQEAARTRAANKARKEAELAAATAEQ(序列識別號33); T7A:LEDPAANKARKEAELAAATAEQ(序列識別號34); T7A1:LEDPERNKERKEAELAAATAEQ(序列識別號35); T7A2:LEDPERNKERKEAELEAATAEQ(序列識別號36); T7A3:LEDPERNKERKEAELEAETAEQ(序列識別號37); T3:LEDPAVWEAGKVVAKGVGTADITATTSNGLIASCKVIVNAATS(序列識別號38); T3A:LEDPAVWEAGKVVAKGVGTADITATTSNGLIASSEEADNAATS(序列識別號39)。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不具有與該等序列的任一個有90%以上的序列相同性的序列。
在任何態樣,本揭示之胜肽標籤不具有下列任一者(特開2015-97519號): Zif628:ERPYACPVESCDRRFSRSDELTRHIRIHTGQKPFQCRICMRNFSRSDHLTTHIRTHTGEKPFACDICGRKFARSDERKRHTKIHLRQKD(序列識別號40); HinR:GRPRAITKHEQEQISRLLEKGHPRQQLAIIFGIGVSTLYRYFPASSIKKRMN(序列識別號41);及 TrpR:MAQQSPYSAAMAEQRHXXQEWLRFVDLLKNAYQNXXDLHLPLLNLMLTPDERXXEALGTRVRIVEELLRGEMSQRELKNELGAGIATITRGSNSLKAAPVELRQWLEEVLLKSD(序列識別號42)。
在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤可為在非人生物發現的天然序列。在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤可為在非天然序列或其一部分。在任何態樣,本揭示之胜肽標籤不為下列任一者(WO2010/034183): NE-1:TKENPRSNQEESYDDNES(序列識別號43); NE-8:TKENPRTNQEESYDDNES(序列識別號44); NE-9:TKENPRSNQDESYDDNES(序列識別號45); NE-10:TKENPRSNQPPSYDDNES(序列識別號46)。
在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不為下列任一者(WO2011/034605): ACID.P1:GGSAQLEKELQALEKENAQLEWELQALEKELAQGAT(序列識別號50)。
在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不為下列任一者(WO2009/023270): rPEG_K288-GFP:(GEGEGGGEG) 32(序列識別號51)。
在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不為下列任一者(WO2020/059228): Hero7:MTRGNQRELARQKNMKKQSDSVKGKRRDDGLSAAARKQRDSEIMQQKQKK ANEKKEEPK(序列識別號1038); Hero9:MSGPNGDLGMPVEAGAEGEEDGFGEAEYAAINSMLDQINSCLDHLEEKNDHLHARLQELLESNRQTRLEFQQQLGEAPSDASP(序列識別號1039); Hero11:MAQGQRKFQAHKPAKSKTAAAASEKNRGPRKGGRVIAPKKARVVQQQKLKKNLEVGIRKKIEHDVVMKASSSLPKKLALLKAPAKKKGAAAATSSKTPS(序列識別號1040)。
又,在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不為下列任一者(Protein Engineering, Design & Selection, 26(8):490-501, 2013): PAS#1:ASPAAPAPASPAAPAPSAPAA(序列識別號52); 1P2:ASAAAPAAASAAASAPSAAAA(序列識別號53); PAS#5:AASPAAPSAPPAAASPAAPSAPPAA(序列識別號54); 以及此等的重複序列(例如重複次數200±20次、400±40次、或600±60次等)。
又,在一些態樣,本揭示之胜肽標籤不為下列任一者(Protein Engineering, Design & Selection, 17(11):779-786, 2004): Z(W):VDNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNAFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK(序列識別號55); Z(a1):VDNKFNKEQQNAEYEIEHLPNLNEEQENAFIQSLEDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK(序列識別號56); Z(a2):VDNKFNKEEEEAEEEIEHLPNLNEEQEEAFIESLEDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK(序列識別號57)。
在一些態樣,本揭示之胜肽標籤也可具有選自由序列識別號43~46、及47~58所記載的任一胺基酸序列的1個以上、較佳地2個以上的胺基酸的取代、插入、缺失、不可、及刪除所組成的群組的突變。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可具有與序列識別號44~47、及47~58所記載的任一胺基酸序列的小於90%、85%以下、80%以下、75%以下、70%以下、60%以下、50%以下、40%以下、30%以下、20%以下、或10%以下的序列相同性。
在任何態樣,本揭示之胜肽標籤不包含下列序列(Protein Science (2019) 28, 823-836): PA12-tag: GVAMPGAEDDVV(序列識別號47); PA14-tag: EGGVAMPGAEDDVV(序列識別號48)。又,在任何態樣,本揭示之胜肽標籤不包含下列序列: DYKDDDDVEAEESDNVDSADAEEDDSDVWWGGADTDYADGSEDKVVEVAEEEEVAEVEEEEADDDEDDEDGDEVEEEAEEPYEEATERTTSIATTTTTTTESVEEVYPGQVGYPGQVGYPGQV(序列識別號49)。
在一些態樣,本揭示之胜肽標籤具有與序列識別號14~48、及49~58任一個的小於90%、80%以下、70%以下、60%以下、50%以下、40%以下、30%以下、20%以下、或10%以下的序列相同性。
在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可具有滿足下列(i)~(iii)任一個的1個、2個、或全部的序列:(i)要件2為10%以下,(ii) A為10%以下,及(iii)G為10%以下。
在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤不具有包含連續5個以上的A的序列。在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤不具有包含連續5個以上的Q的序列。在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤不具有包含連續5個以上的S的序列。在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤不具有包含連續5個以上的N的序列。在一些較佳態樣,胜肽標籤的胺基酸序列中的特定的單一胺基酸的含量不大於50%、不大於40%、不大於35%、不大於30%、不大於25%、或不大於20%。在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤不包含WO2022/092132的表1所記載的具有3~8個胺基酸長度的胺基酸序列,或不包含該胺基酸序列的連續重複(例如2個以上、3個以上、4個以上、5個以上、6個以上、7個以上、8個以上、9個以上、或10個以上的連續重複)。
例如,本揭示之胜肽標籤對細胞內抗體可抑制凝集形成、促進抗體在細胞內的均勻分佈,及/或抑制凝集形成、促進細胞內抗體與細胞內的抗原的結合及與抗原的共定位。在一些態樣,本揭示之胜肽標籤可不具有對細胞內抗體在細胞內的分佈提供胜肽標籤固有的制約的序列(或干擾自由分佈的序列),及/或可不具有細胞內抗體與細胞內的抗原的結合及與抗原的共定位。
本揭示之胜肽標籤皆可緩和、抑制或改善被標籤化的蛋白質的凝集傾向;增加、促進、或改善非凝集性;或增強、促進、或提升安定性。本揭示之胜肽標籤可不具有對細胞內抗體在細胞內的分佈提供胜肽標籤固有的制約的序列(或干擾自由分佈的序列),及/或可不具有細胞內抗體與細胞內的抗原的結合及與抗原的共定位。又,本揭示之胜肽標籤,在目標蛋白質為抗體的抗原結合片段的情形,該蛋白質經由與抗原結合,可促進在細胞質中與抗原進行共定位。
本揭示之胜肽標籤例如可為編碼生物所具的基因的基因產物或其片段,此處可為非人生物(例如微生物如細菌、藻類、或真菌、動物如哺乳動物、鳥類、或魚類、或植物)所具的基因編碼的基因產物或其片段。或者,在一些較佳態樣,本揭示之胜肽標籤可為人所具有的基因編碼的基因產物或其片段。
本揭示之胜肽標籤經由與凝集性蛋白質融合,可緩和、抑制或改善該凝集性蛋白質的凝集傾向,或增加、促進、或改善凝集性蛋白質的非凝集性。蛋白質的凝集不僅可對表現該蛋白質的細胞造成負影響,而且因為凝集可對蛋白質的生成量、功能性也造成負影響。因此,緩和、抑制或改善凝集傾向,可與降低因為凝集對細胞的影響、降低對蛋白質的生成量、功能性的影響相關。因此,在細胞內表現的凝集性蛋白質的表現量的改善及/或功能性的提升的觀點,可以是有益的,因此,在凝集性蛋白質的活體內(in vivo)的強制表現,可以是有用的。
因此,本揭示之胜肽標籤也可與凝集性蛋白質融合。凝集性蛋白質可為,例如在細胞內表現時,在30%以上、40%以上、50%以上、60%以上、70%以上、80%以上、或90%以上的細胞形成凝集的蛋白質。凝集性蛋白質也可為,例如在細胞內表現時,在90%以下、80%以下、70%以下、60%以下、或50%以下的細胞形成凝集的凝集性蛋白質。融合例如可對凝集性蛋白質的N端及/或C端(較佳為N端與C端兩者)進行。融合例如可經由使編碼本揭示之胜肽標籤的核酸、與編碼凝集性蛋白質的核酸在框架內(如整合密碼子的閱讀框架)連接而達成。本揭示之胜肽標籤也可與非凝集性蛋白質融合。經此,可更加提高非凝集性蛋白質的非凝集性。非凝集性蛋白質也可為,例如在細胞內表現時,在20%以下、15%以下、10%以下、9%以下、8%以下、7%以下、6%以下、5%以下、4%以下、3%以下、2%以下、或1%以下的細胞形成凝集的蛋白質或不形成凝集的蛋白質。
本揭示之胜肽標籤經由與蛋白質融合,可增強、促進、或提升該蛋白質在細胞內環境下的安定性。在細胞內環境下的蛋白質的安定化在凝集性蛋白質或非凝集性蛋白質皆是有益的。
在一些態樣,目標蛋白質也可連接第2胜肽標籤。第2胜肽標籤例如可以偵測目的或純化目的而加成於目標蛋白質。在此情形,本揭示之胜肽標籤對目標蛋白質與第2胜肽標籤的融合蛋白,可用於緩和、抑制、或改善凝集傾向;增加、促進、或改善非凝集性;或者增強、促進、或提升安定性。第2胜肽標籤可使用一般的胜肽標籤,例如HA標籤。
凝集性蛋白質沒有特別限定,例如可為抗體的抗原結合片段。凝集性蛋白質較佳可為單鏈Fv(scFv)或VHH抗體。scFv包含抗體的重鏈可變區與輕鏈可變區,為重鏈可變區與輕鏈可變區透過連接子(較佳為可撓性連接子)連接的融合蛋白。例如,細胞內存在無法成藥(undrggable)的治療標靶。此等例如在未發現治療標靶與小分子化合物結合的部位的情形是顯著的。抗體可以與小分子化合物完全不同的原理,以強的結合親和性對標靶結合,小分子化合物對於被認為無法成藥的治療標靶可有效發揮作用。但是,抗體通常分泌於細胞外,是在細胞外作用者。因此,為了使分泌性蛋白質(分泌在細胞外的蛋白質)在細胞內表現,可設計使分泌性蛋白質(細胞內抗體)在細胞內表現的基因。例如,為了使分泌性蛋白質(細胞內抗體)表現,可實施蛋白質所具有的訊息序列的破壞、較佳為去除等。特別是scFv在細胞內可顯示凝集性。因此,本揭示之標籤可對於凝集性蛋白質、特別是分泌性蛋白質、特別是抗體的抗原結合片段、較佳為scFv,進行融合。又,有分泌性蛋白質在細胞內顯示凝集性的情形。本揭示之標籤在如此的分泌性蛋白質在分泌前的細胞內的安定化中可以是有效的。
抗體、或抗體的抗原結合片段,對於該抗原,可具有例如10 -5M以下、10 -6M以下、10 -7M以下、10 -8M以下、10 -9M以下、10 -10M以下、10 -11M以下、或10 -12M以下的結合親和性(KD)。結合性試驗及結合親和性試驗可例如在緩衝的生理食鹽水中實施。
抗原為細胞內抗原,例如細胞內蛋白質。細胞內蛋白質例如為細胞質內的蛋白質(例如細胞內囊泡外的細胞質的蛋白質)、核內的蛋白質(在此情形,胜肽標籤或融合蛋白也可包含核定位訊號)、核內的轉錄因子、與轉錄因子結合的蛋白質、與基因體DNA結合的蛋白質、與基因體DNA結合的蛋白質結合的蛋白質、染色質的結構蛋白質、與染色質結合的蛋白質、細胞內的細胞骨架、與細胞內的細胞骨架結合的蛋白質。又,細胞內蛋白質沒有特別限定,例如為癌驅動基因的基因產物、活化的傳訊級聯反應(signaling cascade)中的蛋白質(特別是在癌細胞或具有免疫相關疾病的患者的活化免疫細胞中)、及癌抑制基因的基因產物(特別是經由負調控此等的結合配偶體的調控下)。在一些態樣,抗原可為Kras。
蛋白質向細胞內的導入可經由將含有編碼與調控序列可操作性連接的融合蛋白(胜肽標籤與目標蛋白質的融合蛋白)的核酸之蛋白質表現載體導入細胞而達成。蛋白質表現載體可被導入蛋白質生成細胞內或哺乳動物細胞內,在該細胞內表現融合蛋白。
調控序列可為可進行mRNA轉錄的啟動子,例如可使用各種pol II類啟動子。pol II類啟動子沒有特別限制,例如為CMV啟動子、EF1啟動子(EF1α啟動子)、SV40啟動子、MSCV啟動子、hTERT啟動子、β肌動蛋白啟動子、CAG啟動子、及CBh啟動子等。啟動子也可使用T7啟動子、T3啟動子、及SP6啟動子等的驅動來自噬菌體的RNA聚合酶的啟動子,以及U6啟動子等的pol III類啟動子,對於環狀DNA較佳可為T7啟動子,對於直鏈狀DNA較佳可為SP6啟動子。啟動子也可為病毒的啟動子。啟動子也可為誘導性啟動子。誘導性啟動子只有在驅動啟動子的誘導因子存在下,才能誘導功能性連接至該啟動子的多核苷酸表現的啟動子。誘導性啟動子例如為經由熱休克啟動子等的加熱而誘導基因表現的啟動子。又,誘導性啟動子例如為驅動啟動子的誘導因子為藥劑的啟動子。如此的藥劑誘導性啟動子例如Cumate操縱子序列、λ操縱子序列(例如,12×λOp)、四環黴素類誘導性啟動子等。四環黴素類誘導性啟動子例如為在四環黴素或其衍生物(例如去氧羥四環素(Doxycycline))、或反四環黴素調控性轉錄活化因子(reverse  Tc-controlled transactivator;rtTA)的存在下驅動基因表現的啟動子。四環黴素類誘導性啟動子例如為TRE3G啟動子。
蛋白質表現載體沒有特別限定,可為病毒載體及質體載體。病毒載體沒有特別限定,例如反轉錄病毒載體、慢病毒載體、腺病毒載體、腺病毒相關病毒載體、單純疱疹病毒載體、牛痘病毒載體、仙台病毒載體、及水疱性口炎病毒載體。以改變對細胞的感染性的觀點,這些載體也可為假模式(pseudotype)。這些載體也可來自弱毒性株。如此的載體可根據習知技術適宜調製。
以蛋白質表現載體的製作簡便性的觀點,蛋白質表現載體包含編碼調控序列與可操作性連接調控序列的本揭示之胜肽標籤的核酸,也可具有在該核酸的下游具有編碼目標蛋白質的核酸的選殖(cloning)部位。選殖部位具有在該載體內存在獨特性的限制酶切位,適合導入編碼目標蛋白質的基因片段。編碼胜肽標籤與目標蛋白質的融合蛋白的基因可經由框架內連接編碼胜肽標籤的基因與編碼目標蛋白質的基因而獲得。因此,在本揭示,提供包含編碼調控序列與可操作性連接調控序列的本揭示之胜肽標籤的核酸之蛋白質表現載體。此載體在一些較佳態樣,在該核酸的下游具有編碼目標蛋白質的核酸的選殖部位。又,本揭示提供包含編碼調控序列與可操作性連接調控序列的本揭示之胜肽標籤的核酸及與該核酸在框架內連接的編碼目標蛋白質的核酸之蛋白質表現載體。如此,可在細胞內表現胜肽標籤與目標蛋白質的融合蛋白。
根據本揭示,提供包含編碼本揭示之胜肽標籤的核酸之訊息RNA(mRNA)。mRNA更包含編碼目標蛋白質的核酸。編碼目標蛋白質的核酸與編碼胜肽標籤的核酸框架內連接。在一些態樣,在mRNA,至少1個以上的尿苷也可改變為假尿苷(pseudouridine)。假尿苷可為1-甲基假尿苷。mRNA也可為從cDNA轉錄者,亦即不具有內含子(intron)。又,在mRNA,5’端也可有Cap結構(Furuichi Y & Miura K. Nature. 1975;253(5490):374-5)。Cap結構可經由使用Cap類似物的抗反轉Cap類似物(Anti-Reverse Cap Analogues;ARCA)法將Cap0結構加成在mRNA(Stepinski J et al. RNA. 2001 Oct;7(10):1486-95)。經由進一步實施2’-O甲基轉移酶處理,可將mRNA的Cap0結構轉換為Cap1結構。此等可常規進行,例如也可經由市售的套組,例如ScriptCap m7G Capping System、及ScriptCap 2’-O-Methyltransferase Kit、或T7 mScript Standard mRNA Production System(AR Brown CO., LTD)實施。mRNA可具有poly A鏈。poly A鏈的加成可常規進行,例如可經由A-Plus Poly(A) Polymerase Tailing Kit(AR Brown CO., LTD)進行。因此,在一些態樣,mRNA可在5’端具有Cap結構,在3’端具有poly A,較佳為尿苷的至少一部分為假尿苷(較佳為1-甲基假尿苷)的mRNA。mRNA可為分離的mRNA或合成的mRNA。
mRNA可內包於奈米粒子例如脂質奈米粒子(LNP)。因此,防止mRNA在生物體內的分解,同時提高mRNA送達細胞內的效率。因此,在一些態樣,mRNA可為在5’端具有Cap結構,在3’端具有poly A,較佳為尿苷的至少一部分為假尿苷(較佳為1-甲基假尿苷)的mRNA。又提供內包如此mRNA的脂質奈米粒子。脂質奈米粒子沒有特別限定,例如可使用US9364435B、US8822668B、US8802644B、及US8058069B2所記載的脂質奈米粒子。或者,mRNA也可內包於聚離子錯合型微胞(Polyion complex micelles)、或聚離子錯合型多聚體(Polyion complex-type polymersome)(Miyata et al., Chem. Soc. Rev., 2012, 41, 2562-2574)。奈米粒子為具有小於1μm直徑(例如流體力學系統)的粒子。
因此,根據本發明,提供包含至少含有編碼本揭示之胜肽標籤的核酸之mRNA的奈米囊泡(例如,脂質奈米囊泡及聚離子錯合型多聚體)。mRNA可包含編碼上述胜肽標籤與目標蛋白質的融合蛋白的核酸。
根據本發明,提供緩和、抑制或改善蛋白質的凝集傾向之方法,包括使該蛋白質與本揭示之緩和、抑制或改善凝集傾向的胜肽標籤融合。在此態樣,蛋白質可為凝集性蛋白質。凝集傾向可為在細胞內環境下的凝集傾向。融合通常對蛋白質的N端及/或C端進行。方法可為體外(in vitro)的方法。
又,根據本揭示,提供增加、促進、或改善蛋白質的非凝集性之方法,包括使該蛋白質與本揭示之緩和、抑制或改善凝集傾向的胜肽標籤融合。在此態樣,蛋白質可為凝集性蛋白質。非凝集性可為在細胞內環境下的非凝集性。方法可為體外(in vitro)的方法。
又,根據本揭示,提供增強、促進、或提升蛋白質的安定性之方法,包括使該蛋白質與本揭示之緩和、抑制或改善凝集傾向的胜肽標籤融合。在此態樣,蛋白質可為凝集性蛋白質。在此態樣,蛋白質可為非凝集性蛋白質。安定性可為在細胞內環境下的安定性。方法可為體外(in vitro)的方法。
根據本發明,提供本揭示之胜肽標籤之用途,以用於緩和、抑制或改善蛋白質的凝集傾向。又根據本發明,提供本揭示之胜肽標籤之用途,以用於增加、促進、或改善蛋白質的非凝集性。又根據本發明,提供本揭示之胜肽標籤之用途,以用於增強、促進、或提升蛋白質的安定性。用途可為體外(in vitro)的用途。
本揭示之胜肽標籤以何種程度的強度可緩和、抑制或改善蛋白質的凝集傾向;增加、促進、或改善非凝集性;或增強、促進、或提升安定性,可經由體外(in vitro)分析進行試驗。例如,使編碼具有序列識別號1之胺基酸序列的scFv等的凝集性蛋白質的基因的N端或C端融合編碼本揭示之胜肽標籤的基因,導入細胞內,在細胞內使融合本揭示之胜肽標籤的凝集性蛋白質表現。觀察以對凝集性蛋白質的抗體經由凝集性蛋白質所形成的凝集體,可計算出相對於表現該凝集性蛋白質的細胞,具有凝集體的細胞比例(%)。根據此比例可評估本揭示之胜肽標籤對蛋白質的凝集傾向、非凝集傾向、安定性的影響。
根據本揭示,可提供包含本揭示之胜肽標籤的組合物。本揭示之胜肽可在與目標蛋白質的反應溶液中,例如經由點擊反應(click reaction)而連接。點擊反應可為Huisgen反應。胜肽標籤及目標蛋白質一方經由炔修飾,另一方經由疊氮化合物   修飾,經此形成1,2,3-三唑環,達成此等的連接。
根據本揭示,提供一種組合物,包含本揭示之胜肽標籤與目標蛋白質的融合蛋白。目標蛋白質在一些態樣可為凝集性蛋白質。目標蛋白質在一些態樣可為抗體的抗原結合片段。目標蛋白質在一些態樣可為scFv。
根據本揭示,提供包含編碼本揭示之胜肽標籤與目標蛋白質的融合蛋白的核酸之mRNA,及包含該mRNA的組合物。根據本揭示,提供包含含有編碼本揭示之胜肽標籤與目標蛋白質的融合蛋白的核酸之mRNA的囊泡及包含該囊泡之組合物。
根據本發明,提供蛋白質表現載體及包含該蛋白質表現載體之組合物,該蛋白質表現載體包含編碼可操作性連接調控序列的本揭示之胜肽標籤與目標蛋白質的融合蛋白的核酸。
在一些態樣,組合物也可進一步具有藥學上可容許載劑、賦形劑、及/或添加劑。組合物在一些態樣可為醫藥組合物。
在本揭示的所有態樣,連接本揭示之胜肽標籤的融合蛋白可為非天然蛋白質。
在本揭示的所有態樣,胜肽及蛋白質各自可為重組胜肽及蛋白質。
在本揭示的所有態樣,本揭示之胜肽標籤對於具有至少序列識別號1之胺基酸序列的scFv,可緩和、抑制或改善蛋白質的凝集傾向;增加、促進、或改善非凝集性;或增強、促進、或提升安定性。
胜肽、蛋白質、及核酸可被分離、濃縮、或純化。分離表示,從系統的至少1個以上的其他成分分離某成分。純化表示,相對於系統的至少1個以上的其他成分的濃度,提高某成分的相對濃度。濃縮表示提高某成分的濃度。
本揭示在一些方面,提供一種取得(或篩選或鑑定)胺基酸序列(或編碼該胺基酸序列的核酸)之方法,包括取得胺基酸序列, 該胺基酸序列為: (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以上為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸。
本揭示在一些方面,提供一種取得(或篩選或鑑定)胺基酸序列(或編碼該胺基酸序列的核酸)之方法,包括取得滿足上述(A)~(AE)及(AF)~(AU)的任一個條件、或此等條件的組合的任一者之胺基酸序列。
本揭示在一些方面,上述的取得方法也可更包含:在使具有被篩選或鑑定的胺基酸序列的胜肽與對照蛋白(對照蛋白質)的融合蛋白在哺乳動物細胞內(較佳為人細胞內)表現時,篩選或鑑定在細胞內融合蛋白形成凝集體的細胞比例(凝集率)降低(成為規定值以下)的胜肽標籤的胺基酸序列。
本揭示在一些方面,上述的取得方法也可更包含,獲得具有該胺基酸序列的胜肽或編碼該胜肽的核酸。
在上述的取得方法,取得的胺基酸序列可為10~200個胺基酸長度(例如10~90個胺基酸長度)。
本揭示在一些方面,提供一種取得(篩選或鑑定)10~200個胺基酸長度(10~90個胺基酸長度)的胺基酸序列(或編碼該胺基酸序列的核酸)之方法,包括: 取得胺基酸序列,該胺基酸序列為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以上為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸, 在使具有被篩選或鑑定的胺基酸序列的胜肽與對照蛋白(對照蛋白質)的融合蛋白在哺乳動物細胞內(較佳為人細胞內)表現時,篩選或鑑定使細胞內融合蛋白形成凝集體的細胞比例(凝集率)降低(成為規定值以下)的胜肽標籤的胺基酸序列,以及 獲得具有該胺基酸序列的胜肽標籤或編碼該胜肽標籤的核酸。 在此方法,可經由增加降低的程度、或縮小規定值,從具有安定化作用的胜肽之中,篩選顯示特別優良的安定化作用的胜肽。在一些態樣,本方法也可進一步包含使具有被篩選或鑑定的胺基酸序列的胜肽與對照蛋白(對照蛋白質)的融合蛋白在哺乳動物細胞內(較佳為人細胞內)表現。在本方法,也可進一步包含獲得編碼被篩選或鑑定的胺基酸序列的核酸。規定值可為根據相對於表現該凝集性蛋白質的細胞,具有凝集體的細胞的比例(%)的數值。例如,規定值可為30%以下的值、20%以下的值、15%以下的值、10%以下的值、5%以下的值、3%以下的值、2%以下的值、或1%以下的值、或0%。又規定值可為0%~10%的範圍的值、10%~20%的範圍的值、20~30%的範圍的值。如果希望以較高效率取得胜肽,縮小規定值為佳。根據此態樣,例如可從本揭示之上述胜肽標籤(例如上述(A)~(Z)、(AA)~(AE)、及(AF)~(AU)的任一個胜肽標籤)之中,篩選顯示較強力效果的胜肽標籤。
對照蛋白可為,例如在細胞內融合蛋白形成凝集體的細胞比例可大於30%、40%~50%以下、50%~60%、60%~70%、70%~80%、80%~90%、90%~95%、95%~99%、99%~99.9%、或99.9%以上的蛋白質(凝集性蛋白質,例如scFv)。對照蛋白不必具有特別的功能性或對抗原的結合性,因為只是用以凝集率的降低的評估之目的,其CDR序列可以是任意的序列。scFv的凝集率可能會因為CDR的胺基酸序列而變動。對於具有變動的凝集率的scFv,可以探索凝集率在規定值以下的胜肽標籤的胺基酸序列。在一些較佳態樣,對照蛋白可為具有序列識別號1記載之胺基酸序列的蛋白質。
在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(B)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(D)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(E)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(F)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(G)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(H)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(I)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(I)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(J)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(K)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(L)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(M)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(N)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(O)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(P)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(Q)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(R)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(S)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(T)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(U)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(V)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(W)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(X)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(Y)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(Z)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AA)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AB)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AC)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AD)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AE)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AF)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AG)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AH)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AI)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AJ)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AK)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AL)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AM)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AN)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AO)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AP)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AQ)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AR)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AS)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AT)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(AU)規定的條件。 在一些態樣,取得的胺基酸序列更滿足上述(A)~(Z)、(AA)~(AE)及(AF)~(AU)所記載的任一項1個以上的條件。
在一些態樣,取得的胺基酸序列可選自胺基酸序列群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(A)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(B)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(C)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(D)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(E)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(F)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(G)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(H)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(I)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(J)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(K)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(L)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(M)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(N)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(O)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(P)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(Q)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(R)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(S)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(T)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(U)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(V)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(W)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(X)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(Y)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(Z)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AA)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AB)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AC)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AD)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AE)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AF)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AG)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AH)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AI)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AJ)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AK)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AL)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AM)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AN)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AO)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AP)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AQ)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AR)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AS)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AT)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。 在一些態樣,胺基酸序列群可為上述(AU)所規定的胺基酸序列的群,或可包含該群。
在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低1%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低2%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低3%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低4%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為6~10%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低5%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為7~10%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低6%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為8~10%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低7%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為9~10%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低8%以上、規定值以下。
在一些較佳態樣,融合蛋白的凝集率相對於對照蛋白的凝集率的比為0.9以下、0.8以下、0.7以下、0.6以下、0.以下、0.4以下、0.3以下、0.2以下、或0.1以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.9以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.8以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.7以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.6以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.5以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.4以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.3以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.2以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率為5~10%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.1以下的規定值以下。
在一些態樣,前述對照蛋白的凝集率小於5%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率小於5%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.9以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率小於5%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.8以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率小於5%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.7以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率小於5%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.6以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率小於5%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.5以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率小於5%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.4以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率小於5%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.3以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率小於5%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.2以下的規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率小於5%,融合蛋白的凝集率對該凝集率的比為0.1以下的規定值以下。
在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於10%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低10%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於20%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低10%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於20%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低20%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於30%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低10%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於30%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低20%以上、規定值以下。
在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於30%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低30%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於40%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低10%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於40%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低20%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於40%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低30%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於40%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低40%以上、規定值以下。
在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於50%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低10%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於50%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低20%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於50%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低30%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於50%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低40%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於50%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低50%以上、規定值以下。
在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於60%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低10%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於60%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低20%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於60%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低30%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於60%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低40%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於60%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低50%以上、規定值以下。
在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於60%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低60%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於70%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低10%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於70%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低20%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於70%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低30%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於70%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低40%以上、規定值以下。
在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於70%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低50%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於70%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低60%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於70%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低70%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於80%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低10%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於80%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低20%以上、規定值以下。
在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於80%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低30%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於80%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低40%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於80%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低50%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於80%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低60%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於80%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低70%以上、規定值以下。
在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於80%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低80%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於90%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低10%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於90%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低20%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於90%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低30%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於90%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低40%以上、規定值以下。
在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於90%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低50%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於90%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低60%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於90%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低70%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於90%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低80%以上、規定值以下。 在一些較佳態樣,前述對照蛋白的凝集率大於90%,融合蛋白的凝集率較該凝集率低90%以上、規定值以下。
使所得的編碼胜肽標籤的核酸與編碼目標蛋白質的核酸在框架內連接,可獲得編碼胜肽標籤與目標蛋白質的融合蛋白的核酸。從編碼融合蛋白的核酸可表現融合蛋白。也可調製包含與可調控序列操作性連接的編碼融合蛋白的核酸之蛋白質表現載體。
在本揭示之一些一方面,上述方法可用於確定對於具有10~200個胺基酸(例如10~90個胺基酸)長度的胺基酸序列的胜肽標籤標籤化的蛋白質,是否具有規定強度以上的凝集性的改善效果。亦即,本揭示之一些一方面,提供一種方法,其為對於具有10~90個胺基酸長度的胺基酸序列的胜肽標籤標籤化的蛋白質,確定是否具有規定強度以上的凝集性的改善效果之方法,包括: 取得胺基酸序列,該胺基酸序列為: (α)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (β)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以上為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸, 在使具有被篩選或鑑定的胺基酸序列的胜肽與對照蛋白的融合蛋白在哺乳動物細胞內(較佳為人細胞內)表現時,確定在細胞內使融合蛋白形成凝集體的細胞比例(凝集率)降低(或為規定值以下)的胜肽標籤的胺基酸序列具有凝集性(例如規定強度以上的凝集性)的改善效果。 在一些態樣,本方法也可更包含使具有被篩選或鑑定的胺基酸序列的胜肽與對照蛋白的融合蛋白在哺乳動物細胞內(較佳為人細胞內)表現。在一些態樣,所取得的胺基酸序列可選自胺基酸序列群。胺基酸群的詳細情況如上所述。在一些態樣,所取得的序列滿足再1個以上的條件。該條件如上所述。在一些態樣,對照蛋白的凝集率與規定值如上所述。
在一些態樣,在篩選或鑑定上述10~200個胺基酸(例如10~90個胺基酸)長度的胺基酸序列之方法,10~200個胺基酸(例如10~90個胺基酸)長度的胺基酸序列群可為經由人基因體的編碼區所編碼的胺基酸序列的群。在一些態樣,10~90個胺基酸長度的胺基酸序列群可為經由非人生物的基因體的編碼區所編碼的胺基酸序列的群。
在一些態樣,10~200個胺基酸(例如10~90個胺基酸)長度的胺基酸序列可為新生抗原(Neoantigen)。新生抗原被發現是經由癌細胞獨自基因突變所新生成的突變抗原。新生抗原在非癌細胞中未被發現。期待經由投予含有新生抗原的胜肽,可誘導對新生抗原的免疫、及誘導對癌特異性免疫。在各癌細胞新生抗原可為不同。新生抗原例如可用於對於具有該新生抗原的細胞的細胞內表現的目標蛋白質加上標籤,因為是原本表現的胜肽而對細胞沒有負影響,或者被認為幾乎沒有負影響,所以可以利用。新生抗原可為天然生成的突變體。新生抗原例如對於其野生型的序列具有選自由加成、插入、缺失、及取代所組成的群組的1個以上的突變。例如,人的新生抗原典型地為,對於人野生型的序列具有選自由加成、插入、缺失、及取代所組成的群組的1個以上(例如1~10個,例如1~數個、1~5個、1~4個、1~3個、2個、或1個)的突變。人的新生抗原例如可具有與人野生型序列的80%以上的相同性、85%以上的相同性、90%以上的相同性、或95%以上的相同性。
在一些態樣較佳地,對照蛋白為scFv。在一些態樣,scFv具有序列識別號1之胺基酸序列。
在本發明之再一方面,提供一種方法,其為改變胜肽標籤的胺基酸序列之方法,包括: 準備製作融合蛋白用的胜肽標籤(本說明書所揭示的任一胜肽標籤皆可),以及 經由將胜肽標籤的要件2、3、或4的1個以上(較佳為複數個)的胺基酸(較佳為要件2、要件4、A、G、Y、及F的任一個)取代為P及N任一個,獲得經改變的胺基酸序列。 本方面之方法,也可進一步包含,在使具有被篩選或鑑定的胺基酸序列的胜肽與對照蛋白的融合蛋白在哺乳動物細胞內(較佳為人細胞內)表現時,確定在細胞內使融合蛋白形成凝集體的細胞比例(凝集率)降低(或為規定值以下)的胜肽標籤的胺基酸序列具有凝集性(例如,規定強度以上的凝集性)的改善效果者。藉此,特別強的凝集降低作用的改變是可能的。 [實施例]
實施例1 [方法] •基因表現載體的構築 編碼含有胜肽標籤與凝集性蛋白質的融合蛋白的基因片段的製作,經由Eurofins Genomics或Vector Builder Japan來進行。合成的基因片段以pEF-BOS載體(Mizushima and Nagata, Nucleic Acids Res. 1990 Sep 11; 18(17): 5322.)選殖。凝集性蛋白質使用具有序列識別號1記載之胺基酸序列的蛋白質(具體為scFv)。此凝集性蛋白質在細胞內表現時在細胞質內凝集。所使用的標籤序列及其序列編號如下表1所示。
[表1]
Figure 02_image001
具體的胺基酸的含量比如下。
[表2]
Figure 02_image003
表2中, 要件1為D及E, 要件2為H、K及R, 要件3為F、P、Y、G、S、Q、N、及A, 要件4為該等以外的胺基酸。
使胜肽標籤融合於抗體片段的N端。與胜肽標籤融合的抗體片段,為了偵測,使序列識別號13的HA標籤連接於抗體片段的C端。
•細胞內抗體的細胞內凝集的測量 (細胞培養) 準備來自人子宮頸上皮癌的HeLa細胞。HeLa細胞購自國立研究開發法人醫藥基盤・健康・營養研究所、JCRB細胞銀行(JCRB9004),以含有10% FBS的DMEM(D-MEM,Fujifilm Wako Pure Chemical  Co. 4548995066251)培養。 (轉染) 在塗佈聚-L-離胺酸(Sigma-Aldrich P1399 Poly-L-lysine hydrobromide mol. Wt.150000-300000)的35 mm-玻璃底盤(IWAKI 3911-035,玻璃孔,内徑12 mm),接種HeLa細胞4×10 5個,在24小時後,以Lipofectamine 3000 (Invitrogen,L3000-008)根據製造商的使用方法,將上述抗體片段基因導入HeLa細胞,使標籤化抗體片段在細胞內表現。轉染24小時候去除培養液,以4%PFA固定細胞。固定20分鐘後,以PBS(-)洗淨細胞,之後,經由免疫染色,觀察細胞內表現的抗體(以下簡稱為「細胞內抗體」),測量其凝集率。 (免疫染色) 免疫染色以標準方法進行。以0.3% Triton X-100/PBS(-)處理細胞2分鐘,以阻斷溶液(1% BSA,0.1% Triton X-100/PBS(-))在室溫保溫1小時。以阻斷溶液稀釋的抗HA抗體(兔抗HA抗體(rabbit anti-HA antibody): Sigma-Aldrich H6908)在室溫保溫細胞2小時,以阻斷溶液洗淨細胞後,以阻斷溶液稀釋的Alexa Fluor 488山羊抗兔IgG(Goat anti-rabbit IgG)(H+L)(Invitrogen A11034)在室溫保溫細胞2小時。以阻斷溶液洗淨細胞後,以核染色探針(NucBlue Fixed cell stain ReadyProbes,Invitrogen R37606)在室溫保溫15分鐘,以PBS(-)洗淨,保存於4℃至取得螢光影像。 (螢光影像的取得) 螢光影像使用Keyence BZ-X700或BZ-X800以40倍接物鏡進行。取得每1盤含200個以上細胞的影像,計數細胞內抗體凝集的細胞(細胞內抗體凝集細胞)的數量。以表現細胞內抗體的全細胞數,常態化細胞內抗體凝集細胞的數量,定量細胞內抗體的細胞內凝集率。
[結果] 使具有表1所示之胺基酸序列的胜肽與抗體的抗原結合片段(具體為scFv)融合,使所得的融合蛋白在HeLa細胞的細胞質內表現。各胜肽標籤的胺基酸比例顯示於表2。又,從螢光影像所求得的細胞內凝集率,如表2所示。在表2,使用加上Myc標籤的分子作為對照,根據與Myc標籤的凝集率的差,評估各胜肽標籤的效果。
如表2所示, •觀察到要件3的比例在40~75%的範圍,凝集率降低的傾向; •觀察到要件4的比例越小,凝集率越降低的傾向; •觀察到丙胺酸(A)的比例大於10%時,凝集率增加的傾向; •觀察到甘胺酸(G)的比例大於10%時,凝集率增加的傾向; •觀察到要件1的比例越大,細胞內凝集率越降低的傾向。
絲胺酸(S)可不存在(參照Tag-4-1),但即使大量存在也不會對凝集率的降低造成負影響(參照Tag-1-1~Tag-1-3)。
在任何情形,皆未觀察到酸性胺基酸含量小於45%的胜肽標籤對細胞內蛋白質等的非特異性吸附(特別是經由胜肽標籤的負電荷的非特異性吸附)。在不對目標蛋白質的自由的細胞內定位施加標籤的固有限制的觀點,暗示本揭示之胜肽標籤的有用性。
又,當比較Myc(對照)與Tag-4-1時,可理解減少要件4、增加要件3強烈地有助於胜肽標籤的凝集率的降低作用。相同地,從Tag-1-2與Tag-1-1的比較,也可理解減少要件4、增加要件3有助於胜肽標籤的凝集率的降低作用。
特別是,在要件1的比例為20%以上且小於45%、要件2為10%以下、要件3為40~75%、要件4的比例為10%以下、丙胺酸的比例為10%以下、且甘胺酸的比例為10%以下的情形,較佳地凝集率降低。
在螢光顯微鏡下觀察表現凝集性蛋白質與標籤(Tag4-1)的融合蛋白的HeLa細胞。在螢光顯微鏡下觀察表現無Tag4-1標籤的凝集性蛋白質的HeLa細胞,作為陰性對照。結果如圖1所示。如圖1所示,當以Tag4-1標籤化(與Tag-4-1融合)時,凝集性蛋白質在細胞質內分佈均勻,相對地,無Tag4-1標籤的凝集性蛋白質在多數的細胞的細胞質內形成凝集體。
實施例2:對標籤的胺基酸的加成實驗 對於標籤中的胺基酸含量及加上標籤的蛋白質的凝集率,進一步進行分析。對Tag4-1或Tag11-1隨機插入或加成絲胺酸(S),對於所得的改變標籤的蛋白質凝集率的效果進行調查。除標籤不同外,其餘如上述實施例所記載進行實驗。結果如表3記載。在表3,加成或插入的胺基酸以底線標示。
[表3] 表3:改變標籤的序列、S含量、D/E含量、及凝集率
Figure 02_image005
表3所示之結果,標籤中的S的增加,對於加上標籤的胜肽的凝集率沒有大的影響。已知標籤中的酸性胺基酸的增加,對加上標籤的胜肽的凝集率的降低有大的影響(US2020/0157210A),但對於此等,根據本實施例,即使酸性胺基酸的比例下降,凝集率也不會大幅降低。
同樣地確認,改變絲胺酸以外的胺基酸含量,對加上標籤的胜肽的凝集率的影響。在表4~8,加成或插入的胺基酸以底線標示。
[表4] 表4:改變標籤的序列、Q含量、D/E含量、及凝集率
Figure 02_image007
[表5] 表5:改變標籤的序列、N含量、D/E含量、及凝集率
Figure 02_image009
[表6] 表6:改變標籤的序列、P含量、D/E含量、及凝集率
Figure 02_image011
[表7] 表7:改變標籤的序列、F含量、D/E含量、及凝集率
Figure 02_image013
[表8] 表8:改變標籤的序列、Y含量、D/E含量、及凝集率
Figure 02_image015
如上所述,當確認經由10個或20個特定胺基酸隨機加成或插入所得的標籤對蛋白質凝集率的影響時,F及Y的加成或插入顯示使加上標籤的蛋白質的凝集率惡化的傾向。又,其他胺基酸的加成或插入,儘管D及E的含量減少,但是對加上標籤的蛋白質的凝集率的負影響有限。
實施例3:因標籤中的胺基酸的取代之胺基酸含量變動對蛋白質的凝集率的效果 將N、P、S、Q、F、及Y分別取代為其他胺基酸,嘗試在這些胺基酸之中確定蛋白質凝集率達到效果的胺基酸。在表9及10,被取代的胺基酸以底線標示。
[表9] 表9:改變標籤的序列、N含量、D/E含量、及凝集率
Figure 02_image017
[表10] 表10:改變標籤的序列、P含量、N含量、及凝集率
Figure 02_image019
從表9及表10可知,在標籤中P或N的含量高的情形,加上標籤的蛋白質的凝集率的降低作用最大,其次,S及Q的含量、再者F及Y的含量依序達到凝集率的降低作用。關於酸性胺基酸含量約51%的45Tag1,將要件3全部取代為P所製作的45Tag1-m1胜肽標籤,經由胺基酸取代為P,大大提高該凝集抑制作用。如此可知,經由P及N的追加之凝集率的降低作用的增大,與酸性胺基酸含量無關。又,由此結果也顯示,該構成胺基酸的多數也可能為酸性胺基酸及N或P。
實施例4:序列的混排(shuffle) 合成隨機混排Tag4-8胺基酸序列的2個標籤:Tag4-8(Scr1)及Tag4-8(Scr2),與上述相同地,對scFv的凝集率的降低作用進行試驗。結果如表11所示。
[表11] 表11:序列的混排
Figure 02_image021
如表11所示,Tag4-8、Tag4-8(Scr1)及Tag4-8(Scr2)達到相同的凝集率的降低作用。即使只改變胺基酸的排列順序而不改變各胺基酸的含量比或長度,也沒有觀察到對凝集率降低作用的影響。
實施例5:來自人胜肽的標籤利用 從人蛋白質體數據庫(Proteome ID: UP000005640)完全萃取出具有特定胺基酸含量比的胜肽,隨機選擇胜肽作為標籤使用,對於加上標籤的蛋白質檢討凝集率的降低作用。
萃取條件1: 長度    20~70個胺基酸 群[D, E]      含量[30]以上 群[D, E]      含量小於[45] 群[H, K, R] 含量[5]以下 群[C, T, V, L, I, W, M]   含量[5]以下 群[G]    含量小於[10] 群[A]    含量小於[10] 群[F, Y]      含量[5]以下 群[N]    含量[15]以上 ※在上述萃取條件,含量的單位為%。胺基酸以單字母表示。
[表12] 表12:加上經由萃取條件1所萃取的標籤的scFv的凝集率
Figure 02_image023
在表12,萃取的標籤的胺基酸序列的N含量比為15%以上,其他的胺基酸含量比如萃取條件1所記載。為了確定凝集抑制作用不依賴具體的胺基酸序列,從根據萃取條件1所萃取的標籤,隨機選擇標籤。關於某些標籤,從相同蛋白質的其他位置,追加篩選滿足相同萃取條件的胺基酸序列。透過對加上具有所篩選的胺基酸序列的標籤的scFv的凝集率進行試驗,獲得如表12所示的結果。如表12所示,加上標籤的scFv的凝集率整體上是低的。因此可知,胜肽標籤的凝集抑制作用大大地依賴其胺基酸含量比,只微弱地依賴具體的胺基酸序列本身。
又,可以萃取條件1萃取的來自人的胺基酸序列如下。 [表12-2]
Figure 02_image025
Figure 02_image027
表12-2:可以萃取條件1萃取的來自人的胺基酸序列之例
Figure 02_image029
Figure 02_image031
Figure 02_image033
Figure 02_image035
Figure 02_image037
Figure 02_image039
Figure 02_image041
Figure 02_image043
萃取條件2: 長度    20~70個胺基酸 群[D, E]      含量[30]以上 群[D, E]      含量小於[45] 群[P]    含量[10]以上 群[H, K, R] 含量[5]以下 群[G]    含量小於[10] 群[A]    含量小於[10] 群[C, T, V, L, I, W, M]   含量[0] 群[F, Y]      含量[0] ※在上述萃取條件,含量的單位為%。胺基酸以單字母表示。
[表13] 表13:加上經由萃取條件2所萃取的標籤的scFv的凝集率
Figure 02_image045
在表13,萃取的標籤的胺基酸序列的P含量比為15%以上,其他的胺基酸含量比如萃取條件2所記載。為了確定凝集抑制作用不依賴具體的胺基酸序列,從根據萃取條件2所萃取的標籤,隨機選擇標籤。關於某些標籤,從相同蛋白質的其他位置,追加篩選滿足相同萃取條件的胺基酸序列。透過對加上具有所篩選的胺基酸序列的標籤的scFv的凝集率進行試驗,獲得如表13所示的結果。如表13所示,加上標籤的scFv的凝集率整體上是低的。
又,可以萃取條件2萃取的來自人的胺基酸序列如下。 [表13-2] 表13-2:可以萃取條件2萃取的來自人的胺基酸序列之例
Figure 02_image047
Figure 02_image049
Figure 02_image051
Figure 02_image053
Figure 02_image055
Figure 02_image057
萃取條件3: 長度    20~70 群[D, E]      含量[45]以上 群[G]    含量小於[10] 群[A]    含量小於[10] 群[F, Y]      含量[0] 群[C, M, L, I, W, T, V]   含量[0] 群[P]    含量[15]以上
[表14] 表14:加上經由萃取條件3所萃取的標籤的scFv的凝集率
Figure 02_image059
Figure 02_image061
在表14,萃取的標籤的胺基酸序列的酸性胺基酸比為45%以上,P含量比為15%以上,其他的胺基酸含量比如萃取條件3所記載。為了確定凝集抑制作用不依賴具體的胺基酸序列,從根據萃取條件3所萃取的標籤,隨機選擇標籤。關於某些標籤,從相同蛋白質的其他位置,追加篩選滿足相同萃取條件的胺基酸序列。透過對加上具有所篩選的胺基酸序列的標籤的scFv的凝集率進行試驗,獲得如表14所示的結果。如表14所示,加上標籤的scFv的凝集率整體上是低的。從表14-1可理解,即使是對於酸性胺基酸的含量高的胜肽標籤,降低G、A、F、Y、C、M、L、I、W、T、及V的含量、提高P的含量的策略也能發揮作用。
又,可以萃取條件3萃取的來自人的胺基酸序列如下。 [表14-2]表14-2:可以萃取條件3萃取的來自人的胺基酸序列之例
Figure 02_image063
Figure 02_image065
Figure 02_image067
Figure 02_image069
Figure 02_image071
Figure 02_image073
Figure 02_image075
Figure 02_image077
如上述實施例所示,胜肽標籤的蛋白質凝集率降低作用,對具體的胺基酸序列的依賴性低,又,對來源的蛋白質的依賴性也低,而對胺基酸含量的依賴性高。
實施例6:對多種蛋白質的加成與凝集抑制作用 在上述實施例,使用Y13-259作為scFv。在本實施例,使用VHH抗體(重鏈抗體的重鏈可變域)。VHH抗體使用與Ras結合的iDab#6。標籤使用Tag4-8。其他條件與實施例1相同。結果,沒有標籤的VHH抗體的凝集率為57.89%,相對地,在C端具有Tag4-8的VHH抗體的凝集率為8.77%,經由加上標籤,顯示強的凝集抑制作用。
又,使用神經母細胞瘤細胞株SHSY5Y(人多巴胺樣細胞)作為細胞,使用scFv-6E(6E)作為scFv,以Tag4-8或Tag18-1作為標籤加在C端及N端,加上Tag4-8的scFv的凝集率為0.96%,加上Tag18-1的scFv的凝集率為1.14%,顯示加上標籤有助於低的凝集率。
再者,使用與A型肉毒桿菌毒素結合的D4(序列識別號1032:QVQLQQSGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTLDYYAIGWFRQAPGKEREGVLCISSSGGSTNYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAADDLRCGSNWSSYFRGSWGQGTQVTVSS)作為VHH抗體,以Tag4-8作為標籤加在上述VHH抗體的C端,加上Tag4-8的D4的凝集率為7.8%,沒有加上標籤的D4的凝集率為81.5%。由此結果顯示,加上標籤有助於VHH抗體的凝集率的降低。
實施例7:經由細胞內抗體的安定化之作用強化(對類澱粉蛋白蓄積的抗體作用的增強效果) 已知經由在神經細胞內蓄積類澱粉蛋白(amyloid)可產生中樞神經疾病。當從細胞外將人α-突觸核蛋白原纖維(α-synuclein fibril)導入神經細胞時,涉及細胞內具有正常結構的突觸核蛋白(synuclein),形成突觸核蛋白原纖維(synuclein fibril)。當使具有GFP標籤的突觸核蛋白在細胞內表現時,與導入的人α-突觸核蛋白原纖維共同形成突觸核蛋白原纖維,所形成的突觸核蛋白原纖維可經由GFP以螢光觀察。在本實施例,使具有GFP標籤的突觸核蛋白在SHSY-5Y細胞表現,將α-突觸核蛋白原纖維(Cosmo Bio,SYNO3)從細胞外導入SHSY-5Y細胞內。在本實施例,測試使此突觸核蛋白原纖維減少的抗體能力。具體而言,使用與纖維化的突觸核蛋白結合的scFv-6E(序列識別號1033:AEVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSYIASGGDTTNYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKGASAFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSTDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASYLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSNDPYTFGQGTKVEIKR)作為抗體。scFv-6E為對突觸核蛋白的單體或寡聚物顯示無顯著結合性的抗體,如此的突觸核蛋白原纖維選擇性或特異性的抗體適合於選擇性去除突觸核蛋白原纖維。對scFv-6E,加上具有凝集率降低作用的標籤(Tag4-8或Tag18-1)及分解誘導序列(CMA(序列識別號1034):MARVKKDQAEPLHRKFERQPPG)。上述蛋白質的表現質體載體經由X-tremGENE9、突觸核蛋白原纖維經由Multifectam(Merck)導入細胞內。抗體加上HA標籤或myc標籤,以抗HA標籤抗體偵測。突觸核蛋白原纖維以抗磷酸化α突觸核蛋白抗體偵測。這些抗體以Alexa 555標記抗體及Alexa 633標記抗體特異性偵測。以Keyence BZ-X800觀察螢光染色的細胞。
在N端及C端加上標籤。考量在N端及C端加上Tag4-8的凝集率,在SHSY-5Y細胞為0.96%,在N端及C端加上Tag18-1的凝集率,在SHSY-5Y細胞為1.14%,未加上標籤的scFv-E6的凝集率在HeLa細胞為41.6%,認為顯示良好的凝集抑制。
當scFv與突觸核蛋白原纖維結合時,因為分解誘導序列,使突觸核蛋白原纖維靶向溶酶體(lysosme),分解突觸核蛋白原纖維,結果細胞內的突觸核蛋白原纖維的量有望減少。經由標籤而使scFv的凝集率降低,功能性的scFv的細胞內的量增加,根據此等評估突觸核蛋白原纖維的減少量是否增大。
在形成突觸核蛋白原纖維的細胞內使上述抗體表現,測量突觸核蛋白原纖維陽性細胞數。在表現抗體的細胞與未表現的細胞,比較突觸核蛋白原纖維的陽性率。由抗體陽性細胞中的突觸核蛋白原纖維陽性細胞比/抗體陰性細胞中的突觸核蛋白原纖維陽性細胞比(P/N)求得結果。
如圖2所示,在導入加上標籤的scFv-E6的細胞,磷酸化突觸核蛋白消失。又,P/N如圖3所示。如圖3所示,加上Tag4-8的scFv-E6、及加上Tag18-1的scFv-E6皆大幅降低突觸核蛋白陽性細胞率。
實施例8:經由細胞內抗體的安定化之作用強化(使CFTR機能回復的抗體的作用的增強效果) 囊腫纖維化跨膜傳導調節因子(CFTR;UniProtKB/Swiss-Prot:P13569.3)為在全身的上皮細胞表現的陰離子通道,其異常會引起囊腫纖維化。已知CFTR的F508缺失突變(CFTRΔF508)是CFTR中最常見的突變,因為3個核苷酸的缺失而缺少第508位的苯丙胺酸。結果顯示,CFTRΔF508無法正常摺疊,顯示形成凝集體的強烈傾向,向膜上的移行量也較野生型少。scFv-C2(序列識別號1035:EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKMRLGLFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQRGDVPPTFGQGTKVEIKAAA)與CFTR的NBD1域結合,可抑制NBD1的凝集體的形成(Lovato et al., Protein Engineering, Design and Selection, 20(12):607~614, 2007)。達到CFTRΔF508向膜的移行量增大的效果。在本實施例評估對scFv-C2加上標籤(Tag18-1)是否可抑制在HeLa細胞内的NBD1域的突變體ΔF508的凝集。經由Lipo3000(商標)將表現這些蛋白質的質體載體導入HeLa細胞。抗體加上myc標籤,以兔抗myc標籤抗體偵測,NBD1加上His標籤,以小鼠抗His標籤抗體偵測。小鼠抗His標籤抗體經由Alex 633標記抗小鼠IgG抗體偵測,兔抗myc標籤抗體經由Alex 488標記抗兔IgG抗體偵測。以Kyenece BZ-X800觀察螢光染色的細胞。
首先,在HeLa細胞中,scFv-C2的凝集率為82%。相對地,在N端具有Tag18-1的scFv-C2的凝集率為31%,在N端及C端具有Tag18-1的scFv-C2的凝集率為4.6%(參照圖3A及圖3B)。野生型的NBD1域的凝集率,在scFv-C2表現細胞內為74%,NBD1的ΔF508突變體的凝集率,在scFv-C2表現細胞內為85%,相對地,在N端及C端分別具有Tag18-1的scFv-C2表現細胞內,野生型NSD1域的凝集率為32%,NBD1的ΔF508突變體的凝集率為43%。由此可知,經由在scFv-C2加上標籤,可抑制scFv-C2本身形成凝集,因此可抑制因NBD1所導致的凝集體形成。NBD1的凝集的抑制預料有助於NBD1的細胞膜表現量的增加。
實施例9:對既存標籤的胺基酸取代的效果 從上述實施例可知,朝向本揭示之胜肽標籤應具有的條件的胺基酸取代、特別是向P或N的胺基酸取代,使標籤的凝集率降低作用增大。在本實施例,將PEST序列的一部分胺基酸取代為N,調查分別具有取代前後的標籤的scFv(Y14-259)的凝集率。
表15:取代前後的序列的比較
PEST(取代前) 序列識別號1036 YPYDVPDYAGSPQPVEDGEDEFCTPMACEANIQSGDSAAPMSAVHRHRL
PEST(取代後) 序列識別號1037 NNYDVPDNAGSPQPQEDGEDEFNNPQANEANQQSGDSNNPNSAVNRHNN
透過各別在細胞內表現,與實施例1相同,評估scFv的凝集率,具有取代前的標籤的scFv的凝集率為50.3%,相對於此,具有取代後的標籤的scFv的凝集率為18.0%。由此可知,朝向本揭示之胜肽標籤應具有的條件的胺基酸取代、特別是向P或N的胺基酸取代,提高標籤的蛋白質凝集抑制效果。
如上所述,含有抗體的多種蛋白質在細胞內形成凝集,因此可能損害其部分或全部功能。抑制凝集體形成的蛋白質標籤抑制此等的蛋白質的凝集形成,因此可使蛋白質發揮原本應發揮的作用。在難以使用酸性胺基酸比例高的標籤的情形下,酸性胺基酸比例相對低的標籤可為有益的。
[圖1]圖1顯示胜肽標籤Tag4-1對單鏈Fv(scFv)在細胞內的凝集性的效果。 [圖2A]圖2A顯示作為類澱粉蛋白(amyloid)的α-突觸核蛋白(α-synuclein)的細胞內蓄積模式的製作流程。 [圖2B]圖2B顯示經由具有本揭示之胜肽標籤之一的Tag18-1之scFv-E6-CMA胜肽融合蛋白在細胞內表現,對細胞內突觸核蛋白原纖維(Synuclein Fibril)的影響之螢光顯微鏡影像。 [圖2C]圖2C顯示經由具有本揭示之胜肽標籤之一的Tag4-8或Tag18-1之scFv-E6-CMA胜肽融合蛋白在細胞內表現,所導致的突觸核蛋白原纖維的去除效果。 [圖3A]圖3A為使具有本揭示之胜肽標籤之一的Tag18-1之scFv-C2本身在細胞內表現,顯示其細胞內定位之螢光顯微鏡影像。 [圖3B]圖3B顯示具有本揭示之胜肽標籤之一的Tag18-1之scFv-C2的安定化作用。
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Claims (17)

  1. 一種胜肽,其為 (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以上、較佳為30%以上為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸, 能夠使連接前述胜肽的蛋白質在細胞內的凝集性降低。
  2. 如請求項1所述之胜肽,其中,(c)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以下、較佳為20%以下、更佳為15%以下、再更佳為10%以下,為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸。
  3. 如請求項1或2所述之胜肽,其中,(d)A或G分別為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。
  4. 一種胜肽,其為如請求項1~3任一項所述之胜肽,其中, (a)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的30%以上、小於70%為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸, (c)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以下為選自由M、T、W、C、I、V、及L所組成的群組的胺基酸, (d)A或G分別為構成胺基酸序列的胺基酸的小於10%。
  5. 一種胜肽,具有序列識別號2~11任一項記載的胺基酸序列。
  6. 一種核酸,編碼如請求項1~5任一項所述之胜肽。
  7. 一種蛋白質表現載體,包含與調控序列可操作性連接的如請求項6所述之核酸、及與該核酸在框架內的編碼目標蛋白質的核酸。
  8. 如請求項7所述之蛋白質表現載體,其中,目標蛋白質為抗體或抗體的抗原結合片段。
  9. 如請求項8所述之蛋白質表現載體,其中,抗體的抗原結合片段為單鏈Fv(scFv)。
  10. 一種融合蛋白,其為如請求項1~5任一項所述之胜肽與目標蛋白質的融合蛋白。
  11. 如請求項10所述之融合蛋白,其中,目標蛋白質為抗體或抗體的抗原結合片段。
  12. 如請求項11所述之融合蛋白,其中,抗體的抗原結合片段為單鏈Fv(scFv)。
  13. 一種蛋白質生成細胞,包含與調控序列可操作性連接的如請求項6所述之核酸、及與該核酸在框架內的編碼目標蛋白質的核酸。
  14. 一種篩選或鑑定胺基酸序列之方法,包括: 取得胺基酸序列,該胺基酸序列為: (a)構成胺基酸序列的胺基酸的5%以上、小於45%為酸性胺基酸, (b)構成胺基酸序列的胺基酸的20%以上為選自由F、P、Y、G、S、Q、N、及A所組成的群組的胺基酸, 使具有被篩選或鑑定的胺基酸序列的胜肽標籤與對照蛋白的融合蛋白在哺乳動物細胞內(較佳為人細胞內)表現時,篩選或鑑定在細胞內融合蛋白降低形成凝集體的細胞比例、或成為規定值以下的胜肽標籤的胺基酸序列,以及 獲得具有該胺基酸序列的胜肽標籤或編碼該胜肽標籤的核酸。
  15. 如請求項14所述之方法,其中,所取得的胺基酸序列為如請求項1~5任一項之胜肽。
  16. 如請求項14或15所述之方法,其中,所取得的胺基酸序列為經由人基因體的編碼區所編碼的胺基酸序列的群。
  17. 如請求項14~16任一項所述之方法,其中,所取得的胺基酸序列包含新生抗原。
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