TW202200784A - Sars-cov2特異性t細胞組合物及其於治療及預防冠狀病毒及其他呼吸道病毒感染之用途 - Google Patents

Abstract

本發明之實施例係關於多株SARS-CoV2病毒特異性T細胞系及使用其治療及預防病毒感染之方法。

Description

SARS-COV2特異性T細胞組合物及其於治療及預防冠狀病毒及其他呼吸道病毒感染之用途

本發明之實施例係關於至少細胞生物學、分子生物學、免疫學及醫學領域。

病毒感染係同種異體造血幹細胞移植(allo-HSCT)後發病及死亡之嚴重原因，同種異體造血幹細胞移植係針對多種疾患選擇的治療。然而，移植後，移植物抗宿主疾病(GVHD)、原發性疾病復發及病毒感染仍係致病及死亡之主要原因。在多達40%的同種異體造血幹細胞移植接受者中偵測到由於社區獲得性呼吸道病毒(包括呼吸道融合病毒、流感、副流感病毒及人類間質肺炎病毒)所致之呼吸道感染，在該等接受者中其引起嚴重症狀(包括肺炎及細支氣管炎)且可為致命的。其他呼吸道病毒(包括腺病毒(AdV))及冠狀病毒株(包括SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV亦及通常困擾免疫功能不全患者之地方性CoV)亦引起嚴重症狀，尤其是免疫功能不全個體，及最近的SARS-CoV2大流行已清楚地暴露治療及預防感染的準備多麼不足。鑒於有效抗病毒劑之缺乏及來自吾人組之資料證實過繼轉移之離體擴增之病毒特異性T細胞對於潛伏性(愛潑斯坦-巴爾病毒(Epstein-Barr virus)、巨大細胞病毒、BK病毒、人類皰疹病毒6)及細胞溶解(腺病毒)病毒之治療可均具有臨床益處，吾人正在研究此免疫治療方法延伸至呼吸道病毒之潛力。儘管可用於一些病毒，但抗病毒藥物並不始終有效，凸顯對新穎療法之需求。治療此等病毒感染之一種策略係利用過繼性T細胞轉移，藉此自健康供體之周邊血液離體擴增病毒特異性T細胞(VST)且然後輸注至具有病毒感染之個體(例如幹細胞移植接受者)。

已顯示靶向Adv、EBV、CMV、BK、HHV6之體外擴增之供體衍生及第三方病毒特異性T細胞在過繼轉移至具有病毒感染之幹細胞移植患者時係安全的。重組Adv、EBV、CMV、BK及HHV6之抗病毒免疫之病毒特異性T細胞可有效清除疾病，且展現顯著體內擴增。亦已顯示過繼轉移之體外擴增之病毒特異性T細胞係安全的且當過繼轉移至患者時具有臨床益處。

本發明之實施例藉由提供某些病毒抗原之療法，亦及藉由離體擴增、非基因修飾、病毒特異性T細胞來恢復T細胞免疫以控制病毒感染且移除該時期之症狀直至移植患者的自身免疫系統恢復來滿足此項技術中之長期需求(long-felt need)。

本發明提供病毒特異性T-淋巴細胞(VST)組合物及使用其治療或預防病毒感染之方法。在一些實施例中，本發明提供包含識別一或多種冠狀病毒抗原及/或一或多種SARS-CoV2抗原之VST之多株群體之組合物。在一些實施例中，VST係藉由使周邊血液單核細胞(PBMC)與一或多種肽混物庫接觸來產生，各肽混物庫包含跨越SARS-CoV2抗原之全部或至少一部分之複數個重疊肽。在一些實施例中，VST係藉由使T細胞與經複數個預混物庫初免之抗原呈現細胞(APC)(諸如樹突狀細胞(DC))接觸來產生，各肽混物庫包含跨越SARS-CoV2抗原之全部或至少一部分之複數個重疊肽。在一些實施例中，VST係藉由使T細胞與經至少一種編碼至少一種SARS-CoV2抗原或一種SARS-CoV2抗原之一部分之DNA質體細胞核轉染之APC(諸如DC)接觸來產生。在一些實施例中，VST係在IL-7及IL-4兩者存在下離體培養。在一些實施例中，VST在培養的9至18天內已充分擴增使得其準備好對患者投與。

在一些實施例中，本發明提供一種組合物，其包含識別來自SARS-CoV2之一或多個抗原或其一部分及來自一或多種另外病毒之一或多個另外抗原或其一部分之VST之多株群體。在一些實施例中，該另外病毒包含不同冠狀病毒血清型/株。在一些實施例中，該另外病毒包含β-冠狀病毒(β-CoV)。在一些實施例中，該另外病毒包含α-冠狀病毒(α-CoV)。在一些實施例中，該另外病毒為選自SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-HKU1及HCoV-OC43之β-CoV。在一些實施例中，該另外病毒為選自HCoV-E229及HCoV-NL63之α-CoV。在一些實施例中，該另外病毒包含另一種呼吸道病毒。在一些實施例中，該呼吸道病毒係選自副流感病毒(PIV)、呼吸道融合病毒(RSV)、流感、人類間質肺炎病毒(hMPV)、腺病毒(AdV)及其組合。在一些實施例中，呼吸道病毒包括PIV、RSV、流感、hMPV及AdV。在一些實施例中，VST係藉由使PBMC與複數個肽混物庫接觸來產生，各肽混物庫包含跨越SARS-CoV2抗原或來自一或多種另外病毒之抗原之全部或一部分之複數個重疊肽。在一些實施例中，VST係藉由使T細胞與經複數個肽混物庫初免之APC(諸如DC)接觸來產生，各肽混物庫包含跨越病毒抗原之全部或一部分之複數個重疊肽，其中該複數個肽混物庫中之至少一者跨越來自SARS-CoV2之第一抗原且其中該複數個肽混物庫中之至少一個另外肽混物庫(或一個另外肽混物庫之一部分)跨越各第二抗原。在一些實施例中，VST係藉由使T細胞與經至少一種編碼至少一種SARS-CoV2抗原或其一部分之DNA質體及至少一種編碼各第二抗原或其一部分之DNA質體細胞核轉染之APC(諸如DC)接觸來產生。在一些實施例中，該質體編碼至少一種SARS-CoV2抗原或其一部分及另外抗原中之至少一者或其一部分。在一些實施例中，VST包含CD4+ T-淋巴細胞及CD8+ T-淋巴細胞。在一些實施例中，VST表現αβ T細胞受體。在一些實施例中，VST包含效應記憶T細胞及中樞記憶T細胞。在一些實施例中，VST為MHC限制型。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原包含一或多種選自由nsp1；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；及nsp16組成之群之抗原。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原包含一或多種選自由刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；及核蛋白衣蛋白(N)組成之群之抗原。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原包含一或多種選自由SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (NS7)；SARS-CoV-2 (NS8)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；及SARS-CoV-2 (Y14)組成之抗原。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原係選自S、M、N、nsp4及AP7A或其組合。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原進一步包含nsp3、nsp6及/或nsp12。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原由S、M、N、nsp4及AP7A組成。在一些實施例中，本發明提供一種組合物，其包含識別SARS-CoV2抗原S、M、N、nsp4及AP7A之VST之多株群體。

在一些實施例中，該來自另外病毒之另外抗原係選自由PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、hMPV抗原N及AdV抗原Hexon、AdV抗原Penton及其組合組成之群。在一些實施例中，該來自另外病毒之另外抗原包含PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、hMPV抗原N、AdV抗原Hexon、AdV抗原Penton及其組合。在一些實施例中，VST係在IL-7及IL-4兩者存在下離體培養。在一些實施例中，VST在培養的9至18天內已充分擴增使得其準備好對患者投與。在一些實施例中，VST展現選自以下之一或多種性質：(a)可忽視之同種異體反應性；(b)自患者收穫的抗原特異性T細胞之活化誘導之細胞死亡比自相同患者收穫但不在IL-7及IL-4兩者存在下培養之對應抗原特異性T細胞少；及(c)大於70%之生存力。在一些實施例中，該組合物在培養中呈細菌及真菌陰性至少7天；展現小於5 EU/ml之內毒素，且呈黴漿菌陰性。在一些實施例中，肽混物係化學合成的且為＞70%純。在一些實施例中，VST係Th1極化。在一些實施例中，VST在暴露於抗原後即產生效應細胞介素/分子，包括IFN-γ、TNF-α、GM-CSF、顆粒酶-B或穿孔素。在一些實施例中，VST能夠溶解病毒抗原表現靶細胞。在一些實施例中，VST不顯著溶解未感染的自體或同種異體靶細胞。

在一些實施例中，本發明亦提供通用VST (UVST)。在一些實施例中，本文所提供的UVST包含SARS-CoV2特異性VST之經組併多株群體。在一些實施例中，本文所提供的UVST包含泛-冠狀病毒特異性VST之經組併多株群體。

術語UVST、通用抗原特異性T細胞組合物、通用細胞療法產品、通用抗原特異性細胞療法產品及類似者在本文中可互換使用且係指包含兩個或更多個抗原特異性T細胞系(包括如本文所述的抗原特異性T細胞群體)之細胞療法組合物，其中該抗原特異性T細胞系係衍生自源自至少兩個獨立供體之供體材料(例如MNC或PBMC)。通用抗原特異性T細胞療法產品及/或複數個抗原特異性T細胞系可呈包含組成產品之各抗原特異性T細胞系(亦即兩個或更多個抗原特異性T細胞系)之組合物之形式，或可呈適於在一次給藥過程中投與之個別抗原特異性T細胞系之複數個組合物之形式。在實施例中，通用抗原特異性T細胞療法產品包含自適宜供體群體產生之複數個個別抗原特異性T細胞系。適宜供體群體可包含複數個不同供體，其中各供體之HLA類型在至少一個HLA對偶基因上不同於其他供體中之至少一者，如本文進一步描述。在一些實施例中，通用抗原特異性T細胞療法產品(例如UVST)包含存在於細胞系供體庫中之複數個細胞系。

在實施例中，複數個不同供體，各供體之HLA類型在至少一個HLA對偶基因上不同於其他供體中之至少一者。在實施例中，各供體之HLA類型在至少兩個HLA對偶基因上不同於其他供體中之至少一者。在一個態樣中，通用抗原特異性T細胞組合物及產品包括來自具有HLA對偶基因多樣性之足夠多樣性供體之T細胞，因此該等組合物及產品在整個患者群體中達成高度匹配。在各種實施例中，該複數個不同供體具有HLA對偶基因之足夠多樣性(相對於彼此)，因此該等組合物及產品在至少一個HLA對偶基因上跨整個患者群體匹配大百分比之患者(例如95%或更多給定患者群體)；例如，在特定態樣中，此類組合物及產品在至少兩個HLA對偶基因上跨整個患者群體匹配95%或更多患者。

在一些實施例中，本文提供的UVST包含SARS-CoV2特異性VST與泛-冠狀病毒特異性VST之組合。在一些實施例中，本文提供的UVST包含SARS-CoV2特異性VST及/或泛-冠狀病毒特異性VST與對其他病毒(例如EBV、CMV、腺病毒、BK、JC病毒、HHV6、RSV、流感、副流感、博卡病毒(Bocavirus)、冠狀病毒、鼻病毒、LCMV、腮腺炎、麻疹、人類間質肺炎病毒、小病毒B、輪狀病毒、默克爾細胞病毒(Merkel cell virus)、單純疱疹病毒、HPV、HIV、HTLV1、HHV8、西尼羅河病毒(West Nile Virus)、寨卡病毒(zika virus)、埃博拉(Ebola)及其任何組合)具有特異性之VST之組合。在一些實施例中，本文提供的UVST包含SARS-CoV2特異性VST及/或泛-冠狀病毒特異性VST與對其他病毒(例如EBV、CMV、腺病毒、BK、HHV6及其任何組合)具有特異性之VST之組合。在一些實施例中，本文提供的UVST包含SARS-CoV2特異性VST及/或泛-冠狀病毒特異性VST與對其他呼吸道病毒(例如RSV、流感、PIV、hMPV及其任何組合)具有特異性之VST之組合。

在一些實施例中，本發明亦提供包含本文揭示的組合物中之任何一者之醫藥組合物，其經調配以用於靜脈內遞送，其中該組合物在培養中呈細菌及真菌陰性至少7天；展現小於5 EU/ml之內毒素，且呈黴漿菌陰性。

在一些實施例中，本發明提供一種溶解靶細胞之方法，該方法包括使靶細胞與本文揭示的組合物中之任何一者(例如包含複數種SARS-CoV2特異性VST或包含包括本文揭示的SARS-CoV2特異性VST及對任何一或多種本文揭示的另外病毒具有特異性之VST之多株VST之多病毒特異性群體之組合物或包含本文揭示的通用抗原特異性T細胞療法產品之組合物)接觸。在一些實施例中，該接觸在個體中體內發生。在一些實施例中，該接觸經由投與VST至個體體內發生。

在一些實施例中，本發明提供一種治療或預防病毒感之方法，該方法包括對有需要個體投與本文揭示的組合物中之任何一者或多者(例如包含複數種SARS-CoV2特異性VST或包含包括本文揭示的SARS-CoV2特異性VST及對任何一或多種本文揭示的另外病毒具有特異性之VST之多株VST之多病毒特異性群體之組合物或包含本文揭示的通用抗原特異性T細胞療法產品之組合物)接觸。因此，在實施例中，本發明提供一種治療或預防病毒感染之方法，該方法包括對有需要個體投與包含識別SARS-CoV2抗原S、M、N、nsp4及AP7A之VST之多株群體之組合物。

在一些實施例中，該方法包括對個體投與5x10⁶ 至5x10⁷ 個VST/m2。在一些實施例中，該個體係免疫活性或免疫功能不全。在一些實施例中，該個體係感染SARS-CoV2或已診斷患有COVID-19。在一些實施例中，該個體患有惡性血液病。在一些實施例中，該個體患有急性骨髓性白血病、急性淋巴母細胞性白血病或慢性肉芽腫病。在一些實施例中，在接受VST之前，該個體接受(a)具有降低之強度調理之匹配的相關供體移植；(b)具有清髓性調理之匹配的不相關供體移植；(c)具有降低之強度調理之單倍型相同移植；或(d)具有清髓性調理之匹配的相關供體移植。在一些實施例中，該個體(a)已接受實體器官移植；(b)已接受化學療法；(c)具有HIV感染；(d)具有遺傳免疫缺陷；及/或(e)已接受同種異體幹細胞移植；或(f)已接受自體幹細胞移植。在一些實施例中，該個體患有心血管疾病(包括例如心臟衰竭、冠狀動脈疾病及/或心肌病)、糖尿病、慢性呼吸道疾病(例如COPD)、高血壓、癌症、肥胖、慢性腎臟疾病、唐氏症候群(Down syndrome)、免疫功能不全狀態(例如來自幹細胞或實體器官移植)、懷孕、鐮刀形細胞病(sickle cell disease)，及/或為吸煙者。

在一些實施例中，該組合物係對個體投與複數次。在一些實施例中，組合物之投與有效治療或預防個體之SARS-CoV2感染。在一些實施例中，該組合物有效治療或預防個體之病毒感染，其中該病毒感染係選自由SARS-CoV2、PIV、RSV、流感、hMPV、AdV及其組合組成之群。在一些實施例中，該個體為人類。

在一些實施例中，本發明提供一種治療或預防個體之冠狀病毒感染之方法，該方法包括對個體投與藉由選自以下之方法產生的VST之多株群體：(a)使PBMC與一或多種肽混物庫接觸，各肽混物庫包含跨越一或多種SARS-CoV2抗原之全部或至少一部分之複數個重疊肽；(b)使T細胞與經複數個肽混物庫初免之APC(諸如樹突狀細胞(DC))接觸，各肽混物庫包含跨越一或多種SARS-CoV2抗原之全部或至少一部分之複數個重疊肽；或(c)使T細胞與經至少一種編碼至少一種SARS-CoV2抗原或其一部分之DNA質體細胞核轉染之APC(諸如DC)接觸。在一些實施例中，VST係在IL-7及IL-4兩者存在下離體培養。在一些實施例中，VST在培養的9至18天內已充分擴增使得其準備好對患者投與。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原中之至少一者係選自由nsp1；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；及nsp16組成之群。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原中之至少一者係選自由刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；及核蛋白衣蛋白(N)組成之群。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原中之至少一者係選自由SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (NS7)；SARS-CoV-2 (NS8)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；及SARS-CoV-2 (Y14)組成之群。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原係選自由nsp1；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；nsp16；刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；及核蛋白衣蛋白(N)；SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (NS7)；SARS-CoV-2 (NS8)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；及SARS-CoV-2 (Y14)及其組合組成之群。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原係選自由S、M、N、nsp3、nsp4、nsp6、nsp12及AP7A及其組合組成之群。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原為S、M、N、nsp4及AP7A。

在一些實施例中，冠狀病毒為β-冠狀病毒(β-CoV)。在一些實施例中，冠狀病毒為α-冠狀病毒(α-CoV)。在一些實施例中，β-CoV為SARS-CoV2。在一些實施例中，β-CoV係選自SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-HKU1及HCoV-OC43。在一些實施例中，α-CoV係選自E229及NL63。在一些實施例中，已在個體中(例如在治療之前)偵測到SARs-CoV2。在一些實施例中，該個體已診斷患有COVID-19。在一些實施例中，該個體超過40歲。在一些實施例中，該個體超過60歲。在一些實施例中，該個體不滿40歲。在一些實施例中，該個體係由於事先存在的病症而處於由冠狀病毒感染引起之不利結果之較高風險。在一些實施例中，該個體係由於事先存在的病症而處於由冠狀病毒感染引起之死亡之較高風險。在一些實施例中，該事先存在的病症係選自心血管疾病、糖尿病、慢性呼吸道疾病、高血壓、癌症、肥胖及其組合。

在一些實施例中，本發明提供複數種組合物，各對應於本文組合物揭示內容中之任何一者(例如包含複數種SARS-CoV2特異性VST或包含包括本文揭示的SARS-CoV2特異性VST及對任何一或多種本文揭示的另外病毒具有特異性之VST之多株VST之多病毒特異性群體之組合物)，其中各組合物包含彼此不同之處僅在於其係自自不同供體獲得的供體PBST產生之VST之多株群體。在一些實施例中，各供體包含不同HLA類型。在一些實施例中，該個體係投與複數種組合物。在一些實施例中，該複數種組合物係同時投與給個體。在一些實施例中，該複數種組合物係在投與給個體之前組併在一起。在一些實施例中，將經組併組合物冷凍保存並儲存作為通用抗原特異性T細胞產品，其可在投與給個體之前解凍。在一些實施例中，將VST分別冷凍保存並儲存，其可在投與給個體之前解凍並組併且依次投與給個體。在一些實施例中，該複數種組合物係在不同時間投與給個體。在一些實施例中，該複數種組合物包含相對於彼此足夠的HLA變異性使得大於95%之靶患者群體將在兩個或更多個HLA對偶基因上與複數種組合物中之至少一者為HLA匹配。

相關申請案之交叉參考

本申請案主張2020年3月20日申請之美國臨時申請案第62,992,833號；2020年9月22日申請之63/081,441；及2020年11月4日申請之63/109,456之優先權，各案件之全部內容係以引用之方式併入本文中。定義

如本文所用，詞語「一」或「一個」在與術語「包含」結合用於申請專利範圍及/或本說明書中時可意指「一個」，但亦與「一或多個」、「至少一個」及「一個或超過一個」之含義一致。本發明之一些實施例可由本發明之一或多個要素、方法步驟及/或方法組成或基本上由其組成。經考慮本文描述的任何方法或組合物可相對於本文描述的任何其他方法或組合物來實施。

術語「約」在緊接在數值之前時意指數值之± 0%至10%、± 0%至10%、± 0%至9%、± 0%至8%、± 0%至7%、± 0%至6%、± 0%至5%、± 0%至4%、± 0%至3%、± 0%至2%、± 0%至1%、± 0%至小於1%或其中的任何其他值或值範圍。例如，「約40」意指40之± 0%至10% (亦即36至44)。

使用術語「或」在申請專利範圍中用於意指「及/或」，除非明確指出僅指替代物或替代物係相互排斥，儘管本發明支持僅指替代物及「及/或」之定義。

如本文所用，術語「病毒抗原」係指本質上為蛋白質之抗原。在特定實施例中，病毒抗原為外殻蛋白(coat protein)。

病毒抗原之特定實例包括至少一種選自EBV、CMV、腺病毒、BK、JC病毒、HHV6、RSV、流感、副流感、博卡病毒、冠狀病毒、鼻病毒、LCMV、腮腺炎、麻疹、人類間質肺炎病毒、小病毒B、輪狀病毒、默克爾細胞病毒、單純疱疹病毒、HPV、HIV、HTLV1、HHV8、西尼羅河病毒、寨卡病毒及埃博拉之病毒。

術語「抗原特異性T細胞系」或「病毒特異性T細胞」或「病毒特異性T細胞系」在本文中可互換用於指具有抗所關注病毒之特異性及效力之多株T細胞系。如本文所述，病毒抗原或幾種病毒抗原係呈現給周邊血液單核細胞中之天然T細胞及天然CD4及CD8 T細胞群體對該病毒抗原反應而擴增。例如，針對EBV之抗原特異性T細胞系或病毒特異性T細胞可識別EBV，藉此擴增對EBV具有特異性之T細胞。在另一個實例中，針對腺病毒及BK之抗原特異性T細胞系或病毒特異性T細胞可識別腺病毒及BK兩者，藉此擴增對腺病毒及BK具有特異性之T細胞。

術語通用抗原特異性T細胞組合物、通用細胞療法產品、通用抗原特異性細胞療法產品、通用病毒特異性T細胞產品、UVST及類似者在本文中可互換使用且係指包含兩種或更多種包括如本文所述的病毒特異性T細胞群體之病毒特異性T細胞系之細胞療法組合物，其中該病毒特異性T細胞系係衍生自源自複數個不同供體(亦即至少兩個獨立供體)之供體材料(例如MNC或PBMC))。通用VST已描述於例如PCT/US2021/016266中，該案係以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中，複數個不同供體中之各供體之HLA類型在至少一個HLA對偶基因上不同於複數個不同供體中之至少一個其他供體。在一個態樣中，UVST組合物及產品包括來自具有HLA對偶基因多樣性之足夠多樣性供體之VST細胞系，因此該等組合物及產品在整個患者群體中達成高度匹配。在各種實施例中，該複數個不同供體具有HLA對偶基因之足夠多樣性(相對於彼此)，因此該等組合物及產品在至少一個HLA對偶基因上跨整個患者群體匹配大百分比之患者(例如95%或更多給定患者群體)；例如，在特定態樣中，此類組合物及產品在至少兩個HLA對偶基因上跨整個患者群體匹配95%或更多患者。患者群體可為任何標靶群體，且供體之選擇可根據實際了解該患者群體之HLA類型或根據了解該群體之平均HLA類型來進行。例如，在一些態樣中，該群體可為整個美國群體或整個世界群體。在一些態樣中，該群體可為整個美國同種異體HSCT群體。在態樣中，該群體可為整個世界同種異體HSCT群體。

如本文所用，術語「患者」或「個體」在本文中可互換用於指任何哺乳動物，包括人類、家畜及農場動物、及動物園、運動及寵物動物，諸如狗、馬、貓及農用動物，包括牛、綿羊、豬及山羊。一種較佳哺乳動物為人類，包括成人、兒童及老人。個體亦可為寵物動物，包括狗、貓及馬。農業動物之實例包括豬、牛及山羊。

如本文所用，除非另有指示，否則術語「治療(treat、treating、treatment)」及類似者係指逆轉、減輕、抑制此術語適用之疾病、疾患或病症、或此疾病、疾患或病症之一或多種症狀之過程，或預防此術語適用之疾病、疾患或病症、或此疾病、疾患或病症之一或多種症狀且包括投與本文所述的任何組合物、醫藥組合物或劑型，以預防症狀或併發症之發作，或減輕症狀或併發症，或消除疾病、病症或疾患。在一些情況下，治療係治癒性或改善性。

如本文所用，術語「投與(administering、administer、administration)」及類似者係指轉移、遞送、引入或運輸治療劑至需要用此種藥劑進行治療的個體之任何模式。此種模式包括但不限於眼內、經口、局部、靜脈內、腹膜內、肌肉內、皮內、鼻內及皮下投與。

如本文所用，術語「包含(comprise、comprising)」、「包括(includes、including)」、「具有(has、having)」、「含有(contains、containing)」、「特徵為(characterized by)」或其任何其他變化形式意欲涵蓋非排他性包含所列舉的組分，受限於另外明確指出的任何限制。例如，「包含」要素(例如組分或特徵或步驟)清單之組合物及/或方法不一定僅限於彼等要素(或組分或特徵或步驟)，但可包括沒有明確列出或該組合物及/或方法所固有之其他要素(或組分或特徵或步驟)。

如本文所用，片語「由……組成(consists of/consisting of)」不包括未指明的任何要素、步驟或組分。例如，用於申請專利範圍中之「由……組成」將申請專利範圍限制為申請專利範圍中具體敘述的組分、材料或步驟，除了通常與之相關之雜質(亦即給定組分內的雜質)。當片語「由……組成」出現在申請專利範圍本體之一條項中，而不是緊接在前文之後時，該片語「由……組成」僅限制該條項中闡述的要素(或組分或步驟)；其他要素(或組分)並不整體上排除在申請專利範圍之外。

自以下詳細描述當可明瞭本發明之其他目標、特徵及優點。然而，應明瞭，實施方式及特定實例雖然指示本發明之特定實施例但僅以說明方式給出，因為熟練技術者自此實施方式當可明瞭本發明之精神及範疇內的各種變化及修改。

以下論述係關於本發明之各種實施例。術語「發明」無意指任何特定實施例或以其他方式限制本發明之範疇。儘管此等實施例中之一者或多者可為較佳，但所揭示的實施例不應解釋為或以其他方式用作限制本發明(包括申請專利範圍)之範疇。另外，熟習此項技術者當明瞭，以下描述具有廣泛應用，及任何實施例之論述僅意欲作為該實施例之示例，而無意於意指本發明(包括申請專利範圍)之範疇受限於該實施例。綜述

在多達40%的同種異體造血幹細胞移植(同種異體-HSCT)接受者中偵測到由於社區獲得性呼吸道病毒(CARV) (包括呼吸道融合病毒(RSV)、流感、副流感病毒(PIV)及人類間質肺炎病毒(hMPV))所致之呼吸道病毒感染，在該等接受者中其可引起嚴重疾病，諸如可致命的细支氣管炎及肺炎。RSV誘發性细支氣管炎為小於1歲兒童住院(hospital admission)的最常見原因，而疾病控制中心(CDC)估計流感每年佔全世界多達3560萬例病患，僅在美國住院治療140,000至710,000例，疾病管理之每年成本為約$871億，及死亡12,000至56,000例。

其他呼吸道病毒(包括腺病毒(AdV)及冠狀病毒株SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV)亦及罹患免疫活性及免疫功能不全患者兩者之地方性CoV亦引起嚴重症狀，尤其在免疫功能不全個體中，及最近的SARS-CoV2大流行已清楚地暴露治療及預防感染的準備多麼不足。此種可怕的大流行已經導致全世界數百萬例死亡，健康照護系統崩潰，及數十年來未曾發生的全球經濟崩潰。因此，很明顯，迫切需要新穎療法來治療此等病毒。

本發明藉由投與離體擴增、非基因修飾、病毒特異性T細胞(VST)以控制病毒感染及消除症狀來提供T細胞免疫之恢復。在不希望受任何理論約束下，VST經由其天然T細胞受體(TCR)識別且殺死感染病毒之細胞，該受體結合至表現於呈現病毒衍生肽之靶細胞上之主要組織相容性複合物(MHC)分子。因此，在一些實施例中，本文揭示的SARS-CoV2特異性VST可用於治療或預防SARS-CoV2感染，及/或治療或預防其他冠狀病毒感染。

在一些實施例中，VST係由自健康、預先篩選、血清陽性供體獲得的單核細胞(MNC)產生，該等單核細胞可作為部分HLA匹配之「現成的(off-the-shelf)」產品獲得。在一些實施例中，VST係由自健康、預先篩選、血清陽性供體獲得的周邊血液單核細胞(PBMC)產生，該等單核細胞可作為部分HLA匹配之「現成的」產品獲得。在一些實施例中，供體可為已自親本或變異株之SARS-CoV2感染恢復的人。在一些實施例中，如本文所述的VST對至少SARS-CoV2反應(或「具有特異性」)。在一些實施例中，如本文所述的VST為對SARS-CoV2及一或多種另外病毒反應之多病毒特異性T細胞。在一些實施例中，如本文所述的VST對SARS-CoV2及一或多種另外冠狀病毒反應。在一些實施例中，該另外冠狀病毒為α冠狀病毒。在特定實施例中，α冠狀病毒係選自HCoV-E229及HCoV-NL63。在一些實施例中，該另外冠狀病毒為β冠狀病毒。在一些實施例中，β冠狀病毒係選自SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-HKU1及HCoV-OC43。在一些實施例中，本文所述的VST對SARS-CoV2及一或多種另外呼吸道病毒反應。在一些實施例中，該另外呼吸道病毒係選自副流感病毒(PIV)、呼吸道融合病毒(RSV)、流感、人類間質肺炎病毒(hMPV)、腺病毒(AdV)及其組合。在一個特定實施例中，VST對SARS-CoV2、PIV、RSV、流感、hMPV、AdV具有特異性。在一些實施例中，本文所述的VST對親本及SARS-CoV2變體反應。例如，在一些實施例中，本文所述的VST對親本及SARS-CoV2之一或多種D614G變體、一或多種UK變體(例如B.1.1.7譜系 - 201/501Y.V1)、一或多種英國/南非變體(例如B.1.351譜系 - 20H/501Y.V2)、一或多種巴西變體(P.1譜系 – 20J/501Y.V3)及/或已知、後來發現及/或後來出現之一或多種另外變體反應。

SARS-CoV2為與SARS冠狀病毒SARS-CoV有關的β-冠狀病毒(β-CoV)。如圖1中所顯示，SARS-CoV2與SARS-CoV共有高度同源性及與β-CoV家族之其他成員共有較小程度同源性：

SARS-CoV2為導致COVID-19之病毒，COVID-19於2019年在中國武漢首次發現且於2020年初被宣佈為全球大流行。COVID-19通常會引起包括發熱、咳嗽及呼吸急促，及在一些罕見情況下可引起肌肉疼痛、痰產生及喉嚨痛(sore throat)之症狀。在罕見情況下，疾病進展為嚴重肺炎及多器官衰竭。特定言之，儘管該疾病仍處於其起步階段(infancy)及不利結果之傾向性仍在變化，但似乎嚴重進展在老年個體及患有併發症(諸如(但不限於)心血管疾病(包括例如心臟衰竭、冠狀動脈疾病及/或心肌病)、糖尿病、慢性呼吸道疾病(例如COPD)、高血壓、癌症、肥胖、慢性腎臟疾病、唐氏症候群、免疫功能不全狀態(例如來自幹細胞或實體器官轉移)、懷孕、鐮刀形細胞病、吸煙及其任何組合)的個體中更為常見。在一些實施例中，本發明提供用於藉由投與本文所提供的VST來治療患有此等併發症及/或在將來識別的COVID-19併發症中之一者或多者的患者之方法。因此，在一些實施例中，本發明提供用於治療或預防有需要患者之SARS-CoV2感染及/或COVID-19之方法，其中該患者患有心血管疾病(例如心臟衰竭、冠狀動脈疾病及/或心肌病)、糖尿病、慢性呼吸道疾病(例如COPD)、高血壓、癌症、肥胖、慢性腎臟疾病、唐氏症候群、免疫功能不全狀態(例如來自幹細胞或實體器官移植)、懷孕及鐮刀形細胞病中之一者或多者。

在一些實施例中，本文揭示的對SARS-CoV2具有特異性之VST亦展現對其他冠狀病毒之交叉反應性。因此，儘管本文揭示的SARS-CoV2特異性VST在一些實施例中可用於治療或預防SARS-CoV2感染，其可另外或替代地在一些實施例中用於治療其他冠狀病毒感染。例如，在一個實施例中，本文揭示的SARS-CoV2特異性VST係用於治療或預防SARS-CoV感染。在一個實施例中，本文揭示的SARS-CoV2特異性VST係用於治療或預防MERS-CoV感染。在一個實施例中，本文揭示的SARS-CoV2特異性VST係用於治療或預防HCoV-HKU1感染。在一個實施例中，本文揭示的SARS-CoV2特異性VST係用於治療或預防HCoV-OC43感染。在一個實施例中，本文揭示的SARS-CoV2特異性VST係用於治療或預防α冠狀病毒感染。在一個實施例中，本文揭示的SARS-CoV2特異性VST係用於治療或預防HCoV-E229感染。在一個實施例中，本文揭示的SARS-CoV2特異性VST係用於治療或預防HCoV-NL63感染。肽混物庫之產生

在本發明之一些實施例中，將肽庫提供至PBMC以最終產生VST。該庫在特定情況下包括跨越部分或全部相同抗原之肽之混合物(「肽混物」)。在某些態樣中，用於本發明中之肽混物可為來自由15個胺基酸長且彼此重疊11個胺基酸之肽組成之市售肽庫。在一些情況下，其可為合成產生。實例包括來自JPT Technologies (Springfield，VA)或Miltenyi Biotec (Auburn，CA)之彼等。在特定實施例中，該等肽為至少7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35個或更多個胺基酸長度，例如，及在特定實施例中，存在例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33或34個胺基酸長度之重疊。

在一些實施例中，如用於肽混物中之胺基酸具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99、至少99.9%純度，包括其間的全部範圍及子範圍。在一些實施例中，如本文用於肽混物中之胺基酸具有至少70%純度。

不同肽之混合物可包括任何比率之不同肽，然而在一些實施例中，各特定肽係以與另一特定肽實質上相同數目存在於混合物中。製備及產生具有廣泛特異性之多病毒細胞毒性T細胞之肽混物之方法描述於US2018/0187152中，該案係以全文引用之方式併入。VST 之產生

在一些實施例中，產生VST之方法包括自獲自供體的血液分離單核細胞(MNC)或分離MNC。在一些實施例中，MNC為PBMC。MNC及PBMC係藉由使用熟習此項技術者已知的方法來分離。舉例來說，可使用密度離心(梯度) (Ficoll-Paque)分離PBMC。在其他實例中，可使用具有新鮮收集的血液之細胞製備管(CPT)及SepMate管分離PBMC。

在一些實施例中，MNC為PBMC。舉例來說，PBMC可包括淋巴細胞、單核細胞及樹突狀細胞。舉例來說，淋巴細胞可包括T細胞、B細胞及NK細胞。在一些實施例中，培養或冷凍保存如本文所用的MNC。在一些實施例中，培養或冷凍保存細胞之方法可包括使培養中的細胞與一或多個抗原在適宜培養條件下接觸以刺激及擴增抗原特異性T細胞。在一些實施例中，該一或多個抗原可包含一或多種病毒抗原。

在一些實施例中，培養或冷凍保存細胞之方法可包括使培養中的細胞與來自一或多個抗原之一或多個抗原決定基在適宜培養條件下接觸。在一些實施例中，使MNC或PBMC與一或多個抗原或來自一或多個抗原之一或多個抗原決定基接觸，刺激及擴增來自各個供體的MNC或PMBC中之各者之抗原特異性T細胞之多株群體。在一些實施例中，可冷凍保存抗原特異性T細胞系。

在一些實施例中，該一或多個抗原可呈完整蛋白質之形式。在一些實施例中，該一或多個抗原可為包含跨越各抗原之部分或整個序列之一系列重疊肽之肽混物。在一些實施例中，該一或多個抗原可為完整蛋白質及包含跨越各抗原之部分或整個序列之一系列重疊肽之肽混物之組合。

在一些實施例中，PBMC或MNC之培養係在包含透氣培養表面之容器中。在一個實施例中，容器為具有透氣部分之輸液袋(infusion bag)或剛性容器。在一個實施例中，容器為GRex生物反應器。在一個實施例中，容器可為適於培養如本文所述的PBMC或MNC之任何容器、生物反應器或類似者。

在一些實施例中，PBMC或MNC係在一或多種細胞介素之存在下培養。在一些實施例中，細胞介素為IL4。在一些實施例中，細胞介素為IL7。在一些實施例中，細胞介素為IL4及IL7。在一些實施例中，細胞介素包括IL4及IL7，但不包括IL2。在一些實施例中，細胞介素可為適於培養如本文所述的PBMC或MNC之細胞介素之任何組合。

在一些實施例中，培養MNC或PBMC可為在至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、15、16、17、18、19、20或更多種不同肽混物之存在下。肽混物(複數種肽)包含跨越抗原之部分或整個序列之一系列重疊肽。在一些實施例中，MNC或PBMC可在複數種肽混物之存在下培養。在此種情況下，各肽混物覆蓋至少一個抗原，該至少一個抗原不同於複數個肽混物中之各其他肽混物覆蓋的抗原。在一些實施例中，至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多個不同抗原係經複數種肽混物覆蓋。在一些實施例中，來自至少2種不同病毒之至少一個抗原係經複數種肽混物覆蓋。

在一些實施例中，肽混物包含15 mer肽。在一些實施例中，肽混物包含適於如本文所述的方法之肽。在一些實施例中，肽混物中跨越抗原之肽在序列上重疊8個胺基酸、9個胺基酸、10個胺基酸、11個胺基酸、12個胺基酸、13個胺基酸、14個胺基酸、15個胺基酸。在一些實施例中，肽混物中跨越抗原之肽在序列上重疊11個胺基酸。

在一些實施例中，一或多個肽混物中之病毒抗原係來自SARS-CoV2。圖2顯示SARS-CoV2病毒結構之示意圖及圖3顯示SARS-CoV2基因組結構。此種病毒為包膜、單股、正義RNA病毒。SARS-CoV2基因組編碼27種蛋白質，包括4種主要結構蛋白：刺突(S)、基質(M)、包膜(E)、核蛋白衣(N)及幾種非結構輔助蛋白。術語「基質(M)蛋白」及類似者(例如M蛋白或M抗原)在本文中與術語「膜(M)蛋白」及類似者(例如膜(M)基質蛋白)可互換使用。

在一些實施例中，一或多種肽混物中之SARS-CoV2抗原包含一或多種結構抗原。在一些實施例中，一或多種肽混物中之SARS-CoV2抗原包含一或多種非結構抗原。在一些特定實施例中，一或多種肽混物中之抗原包含結構抗原及一或多種其他肽混物中之抗原包含非結構抗原。

在一些實施例中，一或多種肽混物中之SARS-CoV2抗原包含一或多種選自由nsp1；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；及nsp16組成之群之抗原。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原包含一或多種選自由刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；及核蛋白衣蛋白(N)組成之群之抗原。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原包含一或多種選自由SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (NS7)；SARS-CoV-2 (NS8)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；及SARS-CoV-2 (Y14)組成之群之抗原。

在一些實施例中，一或多種肽混物中之SARS-CoV2抗原包含一或多種選自由nsp1；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；nsp16；刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；核蛋白衣蛋白(N)組成之群之抗原。在一些實施例中，SARS-CoV2抗原進一步包含一或多種選自由SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (NS7)；SARS-CoV-2 (NS8)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；及SARS-CoV-2 (Y14)組成之群之抗原。在實施例中，SARS-CoV2抗原包含S、M、N、nsp4、AP7A或其任何組合。在實施例中，SARS-CoV2抗原由S、M、N、nsp4及AP7A組成。

在實施例中，本發明提供包含針對nsp1；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp7；nsp8；nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；nsp16；刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；核蛋白衣蛋白(N)；SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；SARS-CoV-2 (Y14) SARS-CoV-2 (AP7A)；SARS-CoV-2 (AP7B)中之一者或多者之複數個VST之VST (例如VST組合物)。在一些實施例中，本發明提供包含針對以下之複數個VST之VST (例如VST組合物)：(i)一或多種選自刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；及核蛋白衣蛋白中之一者或多者之結構抗原；(ii)一或多種選自nsp1；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp7；nsp8 nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；nsp16之非結構抗原；及(iii)一或多種選自SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；SARS-CoV-2 (Y14)；SARS-CoV-2 (AP7A)；及SARS-CoV-2 (AP7B)之抗原。本發明亦包括包含此種VST組合物之醫藥組合物。

在實施例中，本發明提供包含針對S、M、N、nsp3、nsp4、nsp6、nsp12及AP7A中之一者或多者之複數個VST之VST (例如VST組合物)。在實施例中，本發明提供由針對S、M、N、nsp3、nsp4、nsp6、nsp12及AP7A中之一者或多者之複數個VST組成之VST (例如VST組合物)。在實施例中，本發明提供基本上由針對S、M、N、nsp3、nsp4、nsp6、nsp12及AP7A中之一者或多者之複數個VST組成之VST (例如VST組合物)。在實施例中，本發明提供藉由在SARS-CoV2抗原S、M、N、nsp3、nsp4、nsp6、nsp12及AP7A之存在下培養PBMC產生之VST。在實施例中，本發明提供包含針對抗原S、M、N、nsp4及AP7A之複數個VST之VST (例如VST組合物)。在實施例中，本發明提供由針對抗原S、M、N、nsp4及AP7A之複數個VST組成之VST (例如VST組合物)。在實施例中，本發明提供基本上由針對抗原S、M、N、nsp4及AP7A之複數個VST組成之VST (例如VST組合物)。在實施例中，本發明提供藉由在SARS-CoV2抗原S、M、N、nsp4及AP7A之存在下培養PBMC產生之VST。

本發明亦提供包含針對上述SARS-CoV2抗原中之一者或多者且針對一或多種另外病毒抗原之複數個VST之多-VST。該另外病毒抗原可包含由PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、hMPV抗原N及AdV抗原Hexon、AdV抗原Penton及其組合組成之群之一者或多者或全部。

該另外病毒抗原亦可在一些實施例中包含選自EBV、CMV、腺病毒、BK、JC病毒、HHV6、RSV、流感、副流感、博卡病毒、鼻病毒、冠狀病毒、LCMV、腮腺炎、麻疹、人類間質肺炎病毒、小病毒B、輪狀病毒、默克爾細胞病毒、單純疱疹病毒、HPV、HIV、HTLV1、HHV8、西尼羅河病毒、寨卡病毒及埃博拉之病毒。在一些實施例中，至少一種肽混物覆蓋來自RSV、流感、PIV、HMPV之抗原(或抗原之一部分)。在一些實施例中，病毒可為任何適宜病毒。

在一些實施例中，流感抗原可為流感A抗原NP1。在一些實施例中，流感抗原可為流感A抗原MP1。在一些實施例中，流感抗原可為NP1及MP1之組合。在一些實施例中，RSV抗原可為RSV N。在一些實施例中，RSV抗原可為RSV F。在一些實施例中，RSV抗原可為RSV N及F之組合。在一些實施例中，hMPV抗原可為F。在一些實施例中，hMPV抗原可為N。在一些實施例中，hMPV抗原可為M2-1。在一些實施例中，hMPV抗原可為M。在一些實施例中，hMPV抗原可為F、N、M2-1及M之組合。在一些實施例中，PIV抗原可為M。在一些實施例中，PIV抗原可為HN。在一些實施例中，PIV抗原可為N。在一些實施例中，PIV抗原可為F。在一些實施例中，PIV抗原可為M、HN、N及F之組合。

在其他實施例中，至少一種肽混物覆蓋來自EBV、CMV、腺病毒、BK及HHV6之抗原。在一些實施例中，EBV抗原係來自LMP2、EBNA1、BZLF1及其組合。在一些實施例中，CMV抗原係來自IE1、pp65及其組合。在一些實施例中，腺病毒抗原係來自Hexon、Penton及其組合。在一些實施例中，BK病毒抗原係來自VP1、大T及其組合。在一些實施例中，HHV6抗原係來自U90、U11、U14及其組合。

在一些實施例中，PBMC或MNC係在跨越流感A抗原NP1及流感A抗原MP1、RSV抗原N及F、hMPV抗原F、N、M2-1及M、及PIV抗原M、HN、N及F之肽混物之存在下培養。在一些實施例中，PBMC或MNC係在跨越EBV抗原LMP2、EBNA1、及BZLF1、CMV抗原IE1及pp65、腺病毒抗原Hexon及Penton、BK病毒抗原VP1及大T、及HHV6抗原U90、U11及U14之肽混物之存在下培養。在一些實施例中，測試抗原特異性T細胞之抗原特異性細胞毒性。

本發明提供治療疾病或病症之方法，該方法包括依次或同時對患者投與一或多種本文所述的適宜VST細胞系。

在一些實施例中，該患者係感染SARS-CoV2。在一些實施例中，該患者已診斷患有COVID-19。在一些實施例中，該患者係免疫功能不全。如本文所用，免疫功能不全意指具有減弱之免疫系統。例如，免疫功能不全之患者具有降低之抵抗感染及其他疾病之能力。在一些實施例中，該患者係由於該患者接受以治療疾病或病症或另一疾病或病症之治療而免疫功能不全。在一些實施例中，免疫功能不全之原因係由於年齡。在一個實施例中，免疫功能不全之原因係由於青年。在一個實施例中，免疫功能不全之原因係由於老年。在一些實施例中，該患者需要移植療法。在實施例中，該患者已接受器官或組織移植。在實施例中，該患者患有癌症，例如惡性血液病。

在一些實施例中，治療功效係在VST細胞系之投與後測定。在其他實施例中，治療功效係基於感染之病毒血症消退來測定。在其他實施例中，治療功效係基於感染之病毒尿的(viruric)消退來測定。在其他實施例中，治療功效係基於來自患者的樣品中病毒負荷量之消退來測定。在一些實施例中，樣品係來自鼻拭子。在其他實施例中，治療功效係基於來自患者的樣品中感染之病毒血症消退、感染之病毒尿的消退及病毒負荷量之消退來測定。在一些實施例中，治療功效係藉由監測患者之周邊血液中可偵測之病毒負荷量來測定。在一些實施例中，治療功效包括宏觀血尿之消退。在一些實施例中，治療功效包括出血性膀胱炎症狀之減輕，如藉由檢查患者及/或臨床醫生報告結果之CTCAE-PRO或類似評定工具測定。

該樣品係選自來自患者之組織樣品。該樣品係選自來自患者之流體樣品。該樣品係選自來自患者之腦脊柱流體(CSF)。該樣品係選自來自患者之BAL。該樣品係選自來自患者之糞便。

在一些實施例中，該一或多種第二病毒可為PIV抗原。在一些實施例中，該PIV抗原可為PIV抗原M。在一些實施例中，PIV抗原可為PIV抗原HN。在一些實施例中，PIV抗原可為PIV抗原N。在一些實施例中，PIV抗原可為PIV抗原F。在一些實施例中，PIV抗原可為PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N及PIV抗原F之任何組合。

在一些實施例中，該一或多種第二病毒可為RSV。在一些實施例中，該一或多種第二病毒可為流感。在一些實施例中，該一或多種第二病毒可為hMPV。在一些實施例中，該一或多種第二病毒可包含RSV、流感及人類間質肺炎病毒。在一些實施例中，該一或多種第二病毒可由RSV、流感及人類間質肺炎病毒組成。在一些實施例中，該一或多種第二病毒可選自如本文所述的任何適宜病毒。

在一些實施例中，該組合物可包含兩種或三種第二病毒。在一些實施例中，該組合物可包含三種第二病毒。在一些實施例中，該三種第二病毒可包含流感、RSV及hMPV。在一些實施例中，該組合物每個第二病毒包含至少兩種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含1種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含2種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含3種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含4種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含5種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含6種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含7種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含8種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含9種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含10種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含11種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含12種第二抗原。在一些實施例中，該組合物包含將適於如本文所述的組合物之任何數目之第二抗原。

在一些實施例中，該第二抗原可為流感抗原NP1。在一些實施例中，該第二抗原可為流感抗原MP1。在一些實施例中，該第二抗原可為RSV抗原N。在一些實施例中，該第二抗原可為RSV抗原F。在一些實施例中，該第二抗原可為hMPV抗原M。在一些實施例中，該第二抗原可為hMPV抗原M2-1。在一些實施例中，該第二抗原可為hMPV抗原F。在一些實施例中，該第二抗原可為hMPV抗原N。在一些實施例中，該第二抗原可為流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F及hMPV抗原N之任何組合。

在一些實施例中，該第二抗原包含流感抗原NP1。在一些實施例中，該第二抗原包含流感抗原MP1。在一些實施例中，該第二抗原同時包含流感抗原NP1及流感抗原MP1。在一些實施例中，該第二抗原包含RSV抗原N。在一些實施例中，該第二抗原包含RSV抗原F。在一些實施例中，該第二抗原包含RSV抗原N及RSV抗原F兩者。

在一些實施例中，該第二抗原包含hMPV抗原M。在一些實施例中，該第二抗原包含hMPV抗原M2-1。在一些實施例中，該第二抗原包含hMPV抗原F。在一些實施例中，該第二抗原包含hMPV抗原N。在一些實施例中，該第二抗原包含hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F及hMPV抗原N之組合。

在一些實施例中，該第二抗原包含流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、hMPV抗原N中之各者。在一些實施例中，該複數個抗原包含PIV-3抗原M、PIV-3抗原HN、PIV-3抗原N、PIV-3抗原F、流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F及hMPV抗原N。在一些實施例中，該複數個抗原由PIV-3抗原M、PIV-3抗原HN、PIV-3抗原N、PIV-3抗原F、流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F及hMPV抗原N組成。在一些實施例中，該複數個抗原基本上由PIV-3抗原M、PIV-3抗原HN、PIV-3抗原N、PIV-3抗原F、流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F及hMPV抗原N組成。在一些實施例中，該第二抗原可包含針對如本文所述的組合物之任何適宜抗原。

在一些實施例中，組合物中之VST可藉由使PBMC與複數個肽混物庫接觸來產生。在一些實施例中，各肽混物庫包含跨越病毒抗原之至少一部分之複數個重疊肽。在一些實施例中，該複數個肽混物庫中之至少一者跨越來自PIV-3之第一抗原。在一些實施例中，該複數個肽混物庫中之至少一個另外肽混物庫跨越各第二抗原。

在一些實施例中，VST可藉由使T細胞與經至少一種DNA質體細胞核轉染之APC(諸如樹突狀細胞(DC))接觸來產生。在一些實施例中，DNA質體可編碼PIV抗原。在一些實施例中，該至少一種DNA質體編碼各第二抗原。在一些實施例中，該質體編碼至少一種PIV抗原及至少一種第二抗原。在一些實施例中，如本文所述的組合物包含CD4+ T淋巴細胞及CD8+ T淋巴細胞。在一些實施例中，該等組合物包含表現αβT細胞受體之VST。在一些實施例中，該等組合物包含MHC限制型CTL。

在一些實施例中，該等VST可在IL-7及IL-4兩者之存在下離體培養。在一些實施例中，該等多病毒VST在培養的9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天內(包括全部範圍及其間的子範圍)已充分擴增使得其準備好投與給患者。在一些實施例中，多病毒VST在適於如本文所述的組合物之任何天數內已充分擴增。

本發明提供包含展現可忽略之同種異體活性之VST之組合物。在一些實施例中，與自相同患者收穫之對應抗原特異性T細胞相比，包含VST之組合物展現自患者收穫之抗原特異性T細胞之更少活化誘導之細胞死亡。在一些實施例中，該等組合物不在IL-7及IL-4兩者之存在下培養。在一些實施例中，包含CTL之組合物展現大於70%之生存力(例如至少約70%、至少約75%、至少約80%、至少約85%、至少約90%或至少約95%之生存力)。

在一些實施例中，該等組合物在培養中呈細菌及真菌陰性至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天。在一些實施例中，該組合物在培養中呈細菌及真菌陰性至少7天。在一些實施例中，該等組合物展現小於1 EU/ml、小於2 EU/ml、小於3 EU/ml、小於4 EU/ml、小於5 EU/ml、小於6 EU/ml、小於7 EU/ml、小於8 EU/ml、小於9 EU/ml、小於10 EU/ml內毒素。在一些實施例中，該等組合物展現小於5 EU/ml內毒素。在一些實施例中，該等組合物呈黴漿菌陰性。

在一些實施例中，用於構築CTL之多株之肽混物係化學合成的。在一些實施例中，該等肽混物視需要為＞10%、＞20%、＞30%、＞40%、＞50%、＞60%、＞70%、＞80%、＞90%純度，包括其間的全部範圍及子範圍。在一些實施例中，該等肽混物視需要為＞90%純度。

在一些實施例中，藉由本文提供的方法獲得的細胞之至少約90%、至少約95%、至少約96%、至少約97%、至少約98%或至少約99%為CD3+ T細胞。在實施例中，VST包含CD4+及CD8+ T細胞兩者。在實施例中，VST包括表現活化標記CD25、CD69及/或CD28之T細胞。在實施例中，細胞之至少約20%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%或至少約80%為CD28+ T細胞(CD3+ CD28+)及/或CD69+ T細胞(CD3+CD69+)及/或CD25+ T細胞(CD3+CD25+)。在實施例中，VST不包含大量衰竭、無能或調節T細胞。例如，在實施例中，該等VST包含小於約10%、小於約5%、小於約2%或小於約1% PD1+ T細胞(CD3+PD1+)，及/或包含小於約10%、小於約5%、小於約2%或小於約1% TIM3+ T細胞(CD3+TIM3+)。在一些實施例中，該等VST實質上不含展現衰竭、無能及/或調節T細胞表型之細胞。

在一些實施例中，該等VST包含效應記憶T細胞及中樞記憶T細胞兩者。因此，在實施例中，該等VST包含具有CD45RO+/CD62L+ (中樞記憶)表型之細胞以及具有CD45RO+/CD62L- (效應記憶)表型之細胞。在實施例中，該等VST包含至少約10%、至少約20%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%或更多具有中樞記憶表型之T細胞。在實施例中，該等VST包含至少約10%、至少約20%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%或更多具有效應記憶表型之T細胞。

在一些實施例中，該等VST係Th1極化。在一些實施例中，該等VST主要係Th1極化。在一些實施例中，該等VST包含CD4+及CD8+ T細胞兩者。在一些實施例中，該等VST對SARS-CoV2具有反應性。在一些實施例中，該等VST產生IFNγ及/或TNFα。在一些實施例中，該等VST產生IFNγ及TNFα兩者。在一些實施例中，大多數產生IFNγ之VST亦產生TNFα。在一些實施例中，該等VST產生一或多種選自顆粒酶B、IFNγ、TNFα、MIP-1α及穿孔素之效應分子。在一些實施例中，該等VST產生一或多種化學吸引分子，例如MIP-1β。在一些實施例中，該等VST係多功能的。如本文所用，術語「多功能的」係指能夠超過一種效應功能之T細胞。效應功能包括一或多種細胞介素及/或趨化介素之產生，及靶細胞之溶解，例如，在一些實施例中，該等VST產生兩種或更多種(例如3、4、5種或更多種)不同效應分子。在一些實施例中，該等VST之至少約5%、至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%、至少約50%或更多係多功能的。在一些實施例中，該VST群體中CD4+ T細胞之至少約5%、至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%或更多係多功能的。在一些實施例中，該VST群體中CD8+ T細胞之至少約2%、至少約4%、至少約5%、至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%或更多係多功能的。

在一些實施例中，該等VST能夠溶解病毒抗原表現靶細胞。在一些實施例中，該等VST能夠溶解其他適宜類型之抗原表現靶細胞。在一些實施例中，該等組合物中之VST不顯著溶解未感染之自體靶細胞。在一些實施例中，該等組合物中之VST不顯著溶解未感染之自體同種異體靶細胞。

本發明提供包含任何組合物之醫藥組合物，其經調配用於靜脈內遞送。在一些實施例中，該等組合物在培養中呈細菌陰性至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天。在一些實施例中，該等組合物在培養中呈細菌陰性至少7天。在一些實施例中，該等組合物在培養中呈真菌陰性至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天。在一些實施例中，該等組合物在培養中呈真菌陰性至少7天。

本發明醫藥組合物展現小於1 EU/ml、小於2 EU/ml、小於3 EU/ml、小於4 EU/ml、小於5 EU/ml、小於6 EU/ml、小於7 EU/ml、小於8 EU/ml、小於9 EU/ml、小於10 EU/ml內毒素。在一些實施例中，本發明醫藥組合物呈黴漿菌陰性。

本發明提供溶解靶細胞之方法，該方法包括使靶細胞與如本文所述的組合物或醫藥組合物接觸。在一些實施例中，靶細胞與組合物或醫藥組合物之間的接觸在個體中體內產生。在一些實施例中，靶細胞與組合物或醫藥組合物之間的接觸經由投與VST至個體體內產生。在一些實施例中，該個體為人類。

本發明提供治療或預防病毒感染之方法，該方法包括對有需要個體投與如本文所述的組合物或醫藥組合物。在一些實施例中，該等VST為5x10³ 至5x10⁹ 個VST/m²、5x10⁴ 至5x10⁸ 個VST/m²、5x10⁵ 至5x10⁷ 個VST/m²、5x10⁴ 至5x10⁸ 個VST/m²、5x10⁶ 至5x10⁹ 個VST/m²，包括其間的全部範圍及子範圍。在一些實施例中，對個體投與VST。在一些實施例中，該個體係免疫功能不全。在一些實施例中，該個體患有急性骨髓性白血病。在一些實施例中，該個體患有急性淋巴母細胞性白血病。在一些實施例中，該個體患有慢性肉芽腫病。

在一些實施例中，該個體可患有一或多種醫學病症。在一些實施例中，該個體在接受VST之前接受具有降低之強度調理之匹配的相關供體移植。在一些實施例中，該個體在接受VST之前接受具有清髓性調理之匹配的不相關供體移植。在一些實施例中，該個體在接受VST之前接受具有降低之強度調理之單倍型相同移植。在一些實施例中，該個體在接受VST之前接受具有清髓性調理之匹配的相關供體移植。在一些實施例中，該個體已接受實體器官移植。在一些實施例中，該個體已接受化學療法。在一些實施例中，該個體患有HIV感染。在一些實施例中，該個體患有遺傳免疫缺陷。在一些實施例中，該個體已接受同種異體幹細胞移植。在一些實施例中，該個體患有超過一種如此段落中所述的醫學病症。在一些實施例中，該個體患有如此段落中所述的全部醫學病症。在一些實施例中，該個體沒有除感染SARS-CoV2之外之其他醫學病症。

在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物複數次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物超過一次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物超過兩次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物超過三次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物超過四次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物超過五次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物超過六次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物超過七次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物超過八次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物超過九次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物超過十次。在一些實施例中，對個體投與如本文所述的組合物適用於個體之多次。

在一些實施例中，組合物之投與可有效治療或預防個體之病毒感染。在一些實施例中，該病毒感染為PIV。在一些實施例中，該病毒感染為RSV。在一些實施例中，該病毒感染為流感。在一些實施例中，該病毒感染為hMPV。在一些實施例中，該病毒感染為SARS-CoV2。在一些實施例中，該病毒感染為SARS-CoV。在一些實施例中，該病毒感染為MERS-CoV。在一些實施例中，該病毒感染為HCoV-HKU1。在一些實施例中，該病毒感染為HCoV-OC43。在一些實施例中，該病毒感染為HCoV-E229。在一些實施例中，該病毒感染為HCoV-NL63。

本發明提供包含識別複數種病毒抗原之VST之多株群體之組合物。本發明提供複數種病毒抗原包含至少一個抗原。在一些實施例中，該至少一個抗原可為SARS-CoV2。在一些實施例中，該至少一個抗原可為來自PIV。在一些實施例中，該至少一個抗原可為RSV抗原。在一些實施例中，該至少一個抗原可為來自流感。在一些實施例中，該至少一個抗原可為來自hMPV。

在一些實施例中，本發明提供識別包含來自PIV、RSV、流感及hMPV中之各者之至少一個抗原之複數種病毒抗原之VST之多株群體。在一些實施例中，本發明提供識別包含來自PIV、RSV、流感及hMPV中之各者之至少兩個抗原之複數種病毒抗原之VST之多株群體。

在一些實施例中，該複數個抗原包含PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F及hMPV抗原N。在一些實施例中，該複數個抗原可選自PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F及hMPV抗原N中之任何者。

在一些實施例中，本發明提供包含如本文所述的組合物之醫藥組合物，其經調配用於靜脈內遞送。在一些實施例中，如本文所述的組合物呈細菌陰性。在一些實施例中，如本文所述的組合物呈真菌陰性。在一些實施例中，如本文所述的組合物在培養中呈細菌或真菌陰性至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天。在一些實施例中，如本文所述的組合物在培養中呈細菌或真菌陰性至少7天。

在一些實施例中，經調配用於靜脈內遞送之醫藥組合物展現小於1 EU/ml、小於2 EU/ml、小於3 EU/ml、小於4 EU/ml、小於5 EU/ml、小於6 EU/ml、小於7 EU/ml、小於8 EU/ml、小於9 EU/ml、小於10 EU/ml內毒素。在一些實施例中，經調配用於靜脈內遞送之醫藥組合物呈黴漿菌陰性。實例 實例 1. 識別 SARS-CoV2 抗原。

探索選擇抗原作為SARS-CoV2中之潛在免疫原性標靶係基於多種因素，包括： (i) 在病毒「適應性」方面之作用(亦即病毒複製、宿主免疫逃避、靶細胞感染等) - 吾人聚焦於對於病毒存活最關鍵之抗原，藉此識別在對抗病毒中可被免疫系統最佳利用之標靶 (ii)與其他冠狀病毒之同源性 - 若誘導之VST識別在其他血清型及株中保守之抗原之區域，則此允許吾人同時探索開發不僅對SARS-CoV2而且對其他冠狀病毒均具有活性之T細胞療法之可能性。

基於此等參數，吾人選擇以下SARS-CoV2抗原以供進一步免疫原性分析：nsp1；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp7；nsp8；nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；及nsp16；刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；及核蛋白衣蛋白(N)。吾人亦選擇分析SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；及SARS-CoV-2 (Y14)。最初選擇的靶抗原及其大小/功能顯示於圖4及圖5中。

訂購覆蓋此等抗原之肽混物(JPT and Genemed Synthesis，Inc)且根據以下方案刺激PBMC。

為了製造，收集血液且分離PBMC。將PBMC接種於G-Rex 5生物反應器(Wilson Wolf，Minneapolis，MN)中且在包含IL4、IL7及SARS-CoV2肽混物(2 ng/肽/ml)之TexMAC培養基中培養。刺激及擴增後，收穫T細胞，進行冷凍保存且藉由IFNᵧ酶聯免疫斑點(ELISpot)分析評估病毒特異性。

將VST同種異體投與具有SARS-CoV2感染的患者或診斷具有COVID-19的患者。各患者接受一次靜脈內輸注第三方VST中之一者或其組合且可選擇接受另外輸注。可在主治醫師(treating physician)的判斷下投與標準抗病毒藥物之療法。

在臨床實驗室改進修正案(CLIA)批准的實驗室中藉由定量PCR (qPCR)監測鼻拭子樣品中之SARS-CoV2負荷。實例 2. 對 SARS-CoV2 具有特異性之 VST 之製備及表徵

圖6至12顯示用於活化及擴增對SARS-CoV2具有特異性之VST之策略，及經擴增之VST之表徵。一組示例性候選抗原(相對於顯示於圖4中之初始分析策略進行修訂)提供於圖6中。

為識別免疫顯性抗原，篩選具有輕度COVID-19的恢復期個體(無需住院)之PBMC之對跨越17種結構及非結構SARS-COV-2蛋白之重疊肽庫(肽混物)之T細胞活性。如圖8中所顯示，刺突(S)、基質(M)、核蛋白(N)、非結構蛋白3 (nsp3)及非結構輔助蛋白7A (AP7A)經識別為免疫顯性(圖8)。

圖7提供VST細胞系產生方法之示意圖。自血液分離PBMC且接種於G-Rex 5生物反應器中且在補充IL4、IL7及肽混物之培養基中培養。培養10天後，收集SARS-CoV-2 VST且進行表型及功能表徵。

在一項研究中，使用8種抗原作為刺激抗原(S、M、N、nsp3、nsp4、nsp6、nsp12及AP7A)且達成細胞之平均29±7倍擴增(平均值±SEM；n=5)。該等細胞幾乎僅包含CD3+ T細胞(97.1±0.7%；平均值±SEM)，及細胞毒性(CD8+；10.2±1.2%)及輔助(CD4+；85.5±1.8%) T細胞之混合物。為確認經擴增之細胞之抗病毒活性，IFNγ ELIspot使用各單獨刺激抗原作為免疫原。全部細胞系均被證明對靶抗原具有反應性[S：2,118±479 SFC/2x10⁵ ；M：1,084±182；N：1,124±335；Nsp3：71±48.6；Nsp4：68±30；Nsp6：23±6.7；AP7a：65±43；及Nsp12：29±9]。VST主要係Th1極化及多功能，產生TNFα、GM-CSF及顆粒酶B，藉由單細胞蛋白質分析評定。

在另一項研究中，將S、M、N、nsp4及AP7a添加至補充IL4及IL7之培養基且與PBMS在G-Rex中培養。利用單次刺激達成平均9.3 +1.1倍擴增(平均值+SEM；n=8)。在使用各單獨刺激抗原作為免疫原之IFNγ ELIspot中測試經擴增之細胞之抗病毒活性且全部細胞系均被證明對靶抗原具有反應性(S：2,926±487 SFC/2x10⁵ ；M：1,579±339；N：1,999±556；Nsp4：45±15；及AP7a：149±108)。

該等細胞幾乎僅包含CD3+ T細胞(97±0.5%)，及表現活化標記CD69及CD28之細胞毒性(CD8+)及輔助(CD4+) T細胞以及具有最小PD1或Tim3表現之中樞(CD45RO+/CD62L+)及效應記憶標記(CD45RO+/CD62L−)之混合物(圖9)。如藉由細胞內細胞介素染色(ICS)證實，該等細胞對SARS-CoV-2具有反應性且該反應係藉由CD4+及CD8+ T細胞子組兩者介導，及大多數產生IFNγ之細胞亦產生TNFα (圖10)。反應性細胞展現主要Th1極化概況，藉由顆粒酶B產生、luminex陣列及單細胞蛋白質分析測定(圖11)。另外，經擴增之細胞能夠殺死對非抗原表現自體及同種異體標靶具有最小/無活性之病毒肽混物負荷自體PHA母細胞(圖12)。

總而言之，資料顯示SARS-CoV2特異性T細胞可使用指定方法進行擴增，該等經擴增之細胞包括為多株、多功能且細胞溶解性之兩種CD4+及CD8+ T細胞。例如，資料顯示對靶抗原S、M、N、nsp4及AP7A具有特異性之SARS-CoV2特異性T細胞有效擴增且該等經擴增之細胞係多株、多功能且細胞溶解性的。

此外，SARS-CoV2特異性T細胞缺乏脫靶活性且缺乏自體及同種異體反應性。因此，資料顯示經擴增之SARS-CoV2特異性T細胞適於進行臨床測試。實例 3. 臨床研究

實施一項研究以評定SARS-CoV2 VST之安全性及臨床效應。一個示例性患者群體提供於圖14中。一個示例性研究設計顯示於圖15中，其中在導入期(run-in)劑量遞增研究中建立最大耐受劑量，且增加投與連續患者之細胞劑量。輸注的細胞劑量之實例包括針對處在進展至機械通氣之高風險中的COVID-19患者之1 x 10⁷ 、2 x 10⁷ 或4 x 10⁷ VST。輸注後，與照護標準相比，在接受VST的患者中監測到安全性及臨床終點。臨床終點包括住院治療、氧氣需求、機械通氣需求及存活率之分析。探索性終點包括藉由一系列T細胞測量之輸注的T細胞之擴增/持久性及體內效應、內源性免疫重建/抗體誘導，及T細胞輸注至輸注後第28天及第24天之延長之安全性。

在以上描述於圖15中之研究中，對患者給與1 x 10⁷ 個SARS-CoV2 VST。該研究中的患者為具有進展至機械通氣之高風險之COVID-19患者。測試VST給與前及藉由IFNγ ELISPOT進行VST給與後的第14天 (±2天)之各患者之對藉由輸注的產品靶向之SARS-CoV-2抗原之細胞免疫。觀測到細胞免疫之增加，藉由對靶抗原S、M、N、AP7a及/或nsp4之活性測定。正在進行臨床研究(NCT04401410)。實例 4. 通用 SARS-CoV-2 特異性 T 細胞產品 (UVST)

實施一項臨床前研究，以評定來自不同HLA類型供體之組併的SARS-CoV-2特異性T細胞產品之安全性及功效，以確定是否可產生SARS-CoV-2特異性T細胞產品以用於普遍投與。藉由與個別供體產品之特異性相比測定UVST之特異性來評定組併的通用產品(UVST)之功效。藉由測試同種異體反應性來評定UVST之安全性。

如上所述，對具有以下顯示於表1中之不同HLA類型之三個供體，製造對SARS-CoV-2具有特異性之三種細胞系。 表1. 供體HLA類型

	HLA
	A	B	DR	DQ
供體 1	02,24	35,39	4,7	9,11
供體 2	01,03	37,37	06,06	10,15
供體 3	11,30	15,40	2,3	8,14

識別各供體之獨特免疫原性HLA限制型抗原決定基(UE)以促進在組併(亦即在UVST中)後追蹤各細胞系。 ● UE1 – 刺突：抗原決定基肽67 (HLA-2限制型 – 供體1獨有的) ● UE2 – 刺突：抗原決定基肽217 (HLA-A1限制型 – 供體2獨有的) ● UE3 – 刺突：抗原決定基肽113 (HLA-A11限制型 – 供體3獨有的)

冷凍保存來自各供體之個體SARS-COV-2特異性T細胞產品。

冷凍保存後，解凍來自3個供體中之各者之病毒且靜置過夜。將細胞再懸浮於補充細胞介素(10 ng/mL之IL7及400 U/mL之IL4)之VST培養基中且轉移至24孔板以在37℃，5% CO2下培養過夜。

靜置後，將來自各供體之VST (各5 x 10⁶ 個)組併在一起得到總計15 x10⁶ 個VST/病毒且經冷凍保存為組合的通用產品(UVST)。然後冷凍保存UVST。

解凍組併的UVST產品小瓶及個別VST以用於藉由IFNγ ELISPOT之效力評定及藉由鉻釋放分析之同種異體反應性。IFNγ ELISPOT用於評估對以下結構及非結構抗原及獨特抗原決定基肽及對照之效力： ● 抗原：刺突、膜、核蛋白衣、NSP4及AP7A ● 獨特(追蹤)抗原決定基肽：UE1-67、UE2-217、UE3-113 ● 陽性對照：PHA ● 陰性對照：僅中等

使用Mabtech IRIS讀取器定量斑點形成單位(SFU)/2x10⁵ 個VST/孔。結果提供於下表2中。結果證實UVST在解凍後很有效。在UVST中證實個別VST細胞系中之各者之一致性。 表2.效力及一致性結果

	UVST
刺突	5708
膜	1146
核蛋白衣	962
NSP 4	54
AP 7A	41
	UVST	供體1	供體2	供體3
供體1 UE (67)	623	675	1	11
供體2 UE (217)	475	6	515	5
供體3 UE (113)	1555	34	98	1087
陰性對照	0	3	0	0
陽性對照	4226	1106	1750	1205

進行鉻釋放分析以評定UVST之自體及同種異體反應性。分析中之效應細胞為UVST；靶細胞為自體PHA母細胞(供體1及3)或不相關供體PHA母細胞(供體4及5)。此等供體中之各者之HLA類型提供於下表3中。 表3.包括不相關供體之供體HLA

	HLA
	A	B	DR	DQ
供體 1	02,24	35,39	4,7	9,11
供體 2	01,03	37,37	06,06	10,15
供體 4	24,24	40,45	3,16	10,16
供體 5	24,68	07,07	07,07	15,15

研究之結果提供於圖17中，且證實該通用SARS-CoV-2特異性T細胞產品缺乏自體及同種異體反應性。實例 5. SARS-CoV-2 特異性 T 細胞系對跨越變異株之變異區域之肽之反應性

實施一項研究以確定如以上所述產生的SARS-CoV-2特異性T細胞系(亦即使用跨越S、N、M、NSP4及AP7抗原之肽混物)是否證實對跨越SARS-CoV-2之變異株之變異區域之肽以及跨越親本(野生型)株之對應序列之肽之反應性。此處提及的親本(野生型)株為P0DTC2株。圖16A顯示P0DTC2株之刺突蛋白，其中該蛋白質在英國變體(B.1.1.7譜系 - 201/501Y.v1)、南非變體(B.1.352譜系 – 20H/501Y.V2)及/或巴西變體P.1譜系 – 201/501Y.V3)中突變之區域周圍具有方框。個別WT及經突變之區域序列亦提供於圖16B中。

在本研究中，使用IFNγ ELISPOT評定SARS-CoV-2 VST對跨越S、M、N、AP7a、NSP4 (p0DTC2株)之刺激抗原序列、S內的個別特異性、獨特免疫原性抗原決定基(UIE)肽及跨越變異區域之肽以及其野生型(親本)等效物之效力。

使用跨越基於p0DTC2株序列之刺突(S)、膜(M)、核蛋白衣(N)、AP7a、NSP4之肽混物，如以上所述自三個供體產生SARS-CoV-2 VST，且冷凍保存。隨後，解凍SARS-CoV-2 VST且在補充細胞介素(10 ng/mL IL-7及400 ng/mL IL-4)之VST培養基中靜置過夜，且轉移至24孔板以在37℃、5% CO₂ 下進行過夜培養。供體HLA顯示於表4中。 表4. 供體HLA

	HLA
	A	B	DR
供體1	02,26	44,50	04,07
供體2	24,68	7,7	15,15
供體3	11,30	15,40	8,14

UIE肽作為陽性對照被包括在內，且為HLA限制型抗原決定簇，在S蛋白中衍生自在變異株中未突變之區域。用於各供體之UIE如下所示，且亦以粗體、加底線文本顯示於圖16A中。 ● UIE1 – 刺突：抗原決定基肽YYV (HLA-A2-限制型 – 供體1獨有的) ● UIE2 – 刺突：抗原決定基肽LLT (HLA-DR15-限制型 – 供體2獨有的) ● UIE3 – 刺突：抗原決定基肽YNY (HLA-A11-限制型 – 供體3獨有的)

為測試對變體之活性，產生並組併藉由跨越突變區域重疊11個胺基酸之15’mer肽 - (6種變體肽混物)。作為對照，亦生成跨越野生型/親本株之對應區域之15’mer肽 – (6種野生型肽混物)。亦評定對N、M、NSP4及AP7 (p0DTC2株)之抗原特異性活性且用作陽性對照。表4提供用於研究中之S肽(野生型及變體)中之各者之胺基酸序列。 表5. WT及變體肽之胺基酸序列

株	肽 ID	胺基酸序列	SEQ ID NO
野生型	D614WT.1	YQD VNCTEVPVAIHA	1
D614WT.2	VAVLYQD VNCTEVPV	2
D614WT.3	TSNQVAVLYQD VNCT	3
D614WT.4	PGTNTSNQVAVLYQD	4
D614WT.5	D VNCTEVPVAIHADQ	5
D614WT.6	VLYQD VNCTEVPVAI	6
D614WT.7	NQVAVLYQD VNCTEV	7
D614WT.8	TNTSNQVAVLYQD VN	8
D614G變體	G614V.1	YQG VNCTEVPVAIHA	9
G614V.2	VAVLYQG VNCTEVPV	10
G614V.3	TSNQVAVLYQG VNCT	11
G614V.4	PGTNTSNQVAVLYQG	12
G614V.5	G VNCTEVPVAIHADQ	13
G614V.6	VLYQG VNCTEVPVAI	14
G614V.7	NQVAVLYQG VNCTEV	15
G614V.8	TNTSNQVAVLYQG VN	16
野生型	69/70delWT.1	HVSGTNGTKRFDNPV	17
69/70delWT.2	FHAIHVSGTNGTKRF	18
69/70delWT.3	NVTWFHAIHVSGTNG	19
69/70delWT.4	PFFSNVTWFHAIHVS	20
69/70delWT.5	IHVSGTNGTKRFDNP	21
69/70delWT.6	WFHAIHVSGTNGTKR	22
69/70delWT.7	SNVTWFHAIHVSGTN	23
69/70delWT.8	LPFFSNVTWFHAIHV	24
英國變體 – B.1.1.7譜系(201/501Y.V1)	69/70delV.1	SGTNGTKRFDNPVLP	25
69/70delV.2	FHAISGTNGTKRFDN	26
69/70delV.3	NVTWFHAISGTNGTK	27
69/70delV.4	PFFSNVTWFHAISGT	28
69/70delV.5	ISGTNGTKRFDNPVL	29
69/70delV.6	WFHAISGTNGTKRFD	30
69/70delV.7	SNVTWFHAISGTNGT	31
69/70delV.8	LPFFSNVTWFHAISG	32
野生型	P681WT.1	NSPRRARSVASQSII	33
P681WT.2	QTQTNSPRRARSVAS	34
P681WT.3	CASYQTQTNSPRRAR	35
P681WT.4	GAGICASYQTQTNSP	36
P681WT.5	PRRARSVASQSIIAY	37
P681WT.6	QTNSPRRARSVASQS	38
P681WT.7	SYQTQTNSPRRARSV	39
P681WT.8	GICASYQTQTNSPRR	40
英國變體	H681V.1	NSHRRARSVASQSII	41
H681V.2	QTQTNSHRRARSVAS	42
H681V.3	CASYQTQTNSHRRAR	43
H681V.4	GAGICASYQTQTNSH	44
H681V.5	HRRARSVASQSIIAY	45
H681V.6	QTNSHRRARSVASQS	46
H681V.7	SYQTQTNSHRRARSV	47
H681V.8	GICASYQTQTNSHRR	48
野生型	N501WT.1	PTNGVGYQPYRVVVL	49
N501WT.2	YGFQPTNGVGYQPYR	50
N501WT.3	PLQSYGFQPTNGVGY	51
N501WT.4	NCYFPLQSYGFQPTN	52
N501WT.5	NGVGYQPYRVVVLSF	53
N501WT.6	FQPTNGVGYQPYRVV	54
N501WT.7	QSYGFQPTNGVGYQP	55
N501WT.8	YFPLQSYGFQPTNGV	56
英國變體及南非變體(B.1.351譜系 - 20H/501Y.V2)及巴西變體(P.1譜系 -  20J/501Y.V3)	Y501V.1	PTYGVGYQPYRVVVL	57
Y501V.2	YGFQPTYGVGYQPYR	58
Y501V.3	PLQSYGFQPTYGVGY	59
Y501V.4	NCYFPLQSYGFQPTY	6084
Y501V.5	YGVGYQPYRVVVLSF	6185
Y501V.6	FQPTYGVGYQPYRVV	6286
Y501V.7	QSYGFQPTYGVGYQP	6387
Y501V.8	YFPLQSYGFQPTYGV	64
野生型	E484WT.1	GVEGFNCYFPLQSYG	65
E484WT.2	TPCNGVEGFNCYFPL	66
E484WT.3	QAGSTPCNGVEGFNC	67
E484WT.4	TEIYQAGSTPCNGVE	68
E484WT.5	EGFNCYFPLQSYGF	69
E484WT.6	CNGVEGFNCYFPLQS	70
E484WT.7	GSTPCNGVEGFNCYF	71
E484WT.8	IYQAGSTPCNGVEGF	72
南非變體及巴西變體	K484V.1	GVKGFNCYFPLQSYG	73
K484V.2	TPCNGVKGFNCYFPL	74
K484V.3	QAGSTPCNGVKGFNC	75
K484V.4	TEIYQAGSTPCNGVK	76
K484V.5	KGFNCYFPLQSYGFQ	77
K484V.6	CNGVKGFNCYFPLQS	78
K484V.7	GSTPCNGVKGFNCYF	79
K484V.8	IYQAGSTPCNGVKGF	80
野生型	K417WT.1	TGKIADYNYKLPDDF	81
K417WT.2	APGQTGKIADYNYKL	82
K417WT.3	VRQIAPGQTGKIADY	83
K417WT.4	RGDEVRQIAPGQTGK	84
K417WT.5	KIADYNYKLPDDFTG	85
K417WT.6	GQTGKIADYNYKLPD	86
K417WT.7	QIAPGQTGKIADYNY	87
K417WT.8	DEVRQIAPGQTGKIA	88
南美變體及巴西變體	N417V.1	TGNIADYNYKLPDDF	89
N417V.2	APGQTGNIADYNYKL	90
N417V.3	VRQIAPGQTGNIADY	91
N417V.4	RGDEVRQIAPGQTGN	92
N417V.5	NIADYNYKLPDDFTG	93
N417V.6	GQTGNIADYNYKLPD	94
N417V.7	QIAPGQTGNIADYNY	95
N417V.8	DEVRQIAPGQTGNIA	96

藉由IFNγ ELISPOT評定效力。定量斑點形成單位(SFU)/2x10⁵ 個VST/孔(Mabtech IRIS)。結果顯示於表6中。 表6. 效力結果

	供體1	供體2	供體3
刺突抗原	4438	3940	4071
刺突：UIE	259	2257	1172
WT 614	19	114	1
V614	33	15	10
WT69/70	141	628	19
V69/70	88	440	19
WT681	66	445	12
V681	0	42	6
WT501	6	30	42
V501	10	45	17
WT484	17	103	11
V484	14	18	34
WT417	17	9	24
V417	14	14	8
M抗原	1867	169	711
N抗原	2102	196	823
NSP4抗原	7	44	25
AP7A抗原	4	11	0

該研究證實，靶向S、M、N、AP7a、NSP4之SARS-CoV2-VST很有效，且識別親本序列之S抗原(p0DTC2株)以及刺突內的在親本及變異序列之間保守之UIE。此外，該等結果顯示，對於各變體及其WT等效物： ● WT或變體均不具有免疫原性(例如WT/V417)； ● 變體形式減少但沒有消除效力(例如供體1及2中之WT/V 69/70反應)；或 ● 未識別出變體肽(供體2中之WT/V 614反應)。

甚至在突變序列導致對單個肽之效力損失之情況下，亦保留對其他免疫原性刺突衍生肽(UIE)以及其他結構及非結構抗原之活性。因此，該研究證實，本文所述的SARS-CoV2 VST對親本及變體SARS-CoV-2病毒株兩者均很有效。

可將以上所述的各種實施例組合以提供其他實施例。本說明書中提及及/或申請資料表中列出之全部美國專利、美國專利申請公開案、美國專利申請案、外國專利、外國專利申請案及非專利公開案係以全文引用之方式併入本文中。若需要採用各種專利、申請案及公開案之概念以提供再進一步之實施例，則可修改實施例之態樣。

可根據以上詳述之描述對實施例進行此等及其他改變。一般而言，在以下申請專利範圍中，所使用的術語不應解釋為將申請專利範圍限制於揭示於本說明書及申請專利範圍中之特定實施例，但應解釋為包括全部可能實施例以及此等申請專利範圍所享有之等效物之全部範疇。因此，申請專利範圍不受本揭示內容限制。

圖 1 顯示β-CoV家族成員 – 與SARS-CoV2同源

圖 2 顯示SARS-CoV2病毒結構之示意圖

圖 3 顯示SARS-CoV2基因組結構。

圖 4 顯示示例性候選SARS-CoV2結構及輔助蛋白抗原

圖 5 顯示候選SARS-CoV2非結構抗原。

圖 6 顯示候選SARS-CoV2結構及輔助抗原之修訂示例性清單。

圖 7 為活化且擴增來自免疫供體之SARS CoV2特異性T細胞之方法之示意性描繪。

圖 8 顯示免疫供體中之免疫顯性抗原，如藉由IFNγ陽性細胞之數量及反應供體(responding donor)之數量測定。

圖 9 顯示經擴增之VST之表型。顯示經擴增之群體中之表現指示標記之細胞之百分比。

圖 10 為一組流動式細胞測量術點圖，顯示經擴增之VST之多功能性。左圖顯示CD3+ T細胞中之IFNγ及TNFα產生。右圖證實在CD4+及CD8+ T細胞兩者中偵測到抗病毒活性，如藉由以細胞內細胞介素染色(ICS)測得的IFNγ產生來評定。

圖 11 顯示多功能性，如藉由CD8+及CD4+ T細胞於單細胞層面，藉由isoplexus測定來評定。匯總多功能性資料顯示在右側。

圖 12 顯示經擴增之VST展現對SARS-CoV2表現靶細胞之細胞溶解活性，但對對照細胞沒有(左圖)；及經擴增之VST展現對未感染的同種異體或自體靶細胞沒有活性。

圖 13 提供關於SARS-CoV2特異性VST之臨床前資訊之匯總。

圖 14 提供用於描述於實例3中之臨床試驗之示例性患者群體及潛在風險因子。

圖 15 顯示示例性臨床試驗設計。

圖 16A 提供SARS2株P0DTC2之刺突蛋白之胺基酸序列。該蛋白質在英國變體(B1.1.7譜系 – 201/501Y.V1)、南非變體(B.1.351譜系 – 20H/501Y.V2)或巴西變體(P.1譜系 – 201/501Y.V3)中突變之區域由帶框的文本指示。用於在實例5處描述的研究中之獨特免疫原性HLA限制型抗原決定基用粗體、加底線之文本指示。圖 16B 顯示野生型及變體株中之指示區域之序列。

圖 17 為顯示UVST不展現對供體PHA母細胞(供體1及供體3)之自體反應性且不展現對不相關供體PHA母細胞(供體4及供體5)之同種異體反應性(allo-reactivity)之圖。

Claims (95)

1. 一種組合物，其包含識別一或多種SARS-CoV2抗原之病毒特異性T淋巴細胞(VST)之多株群體。
2. 如請求項1之組合物，其中該等VST係藉由使周邊血液單核細胞(PBMC)與一或多種肽混物庫(pepmix libraries)接觸來產生，各肽混物庫包含跨越該等SARS-CoV2抗原之全部或至少一部分之複數個重疊肽。
3. 如請求項1之組合物，其中該等VST係藉由使T細胞與經複數個預混物庫初免之抗原呈現細胞(APC)(諸如樹突狀細胞(DC))接觸來產生，各肽混物庫包含跨越該等SARS-CoV2抗原之全部或至少一部分之複數個重疊肽。
4. 如請求項1之組合物，其中該等VST係藉由使T細胞與經至少一種編碼至少一種SARS-CoV2抗原或一種SARS-CoV2抗原之一部分之DNA質體細胞核轉染之APC(諸如DC)接觸來產生。
5. 如請求項1至4中任一項之組合物，其中該等VST係在IL-7及IL-4兩者之存在下離體培養。
6. 如請求項1至5中任一項之組合物，其中該等VST在培養的9至18天內已充分擴增使得其準備好投與給患者。
7. 一種組合物，其包含識別來自SARS-CoV2之一或多個抗原或其一部分及來自一或多種另外病毒之一或多個另外抗原或其一部分之VST之多株群體。
8. 如請求項7之組合物，其中該另外病毒包含不同冠狀病毒血清型/株。
9. 如請求項7或8之組合物，其中該另外病毒包含β-冠狀病毒(β-CoV)。
10. 如請求項7或8之組合物，其中該另外病毒包含α-冠狀病毒(α-CoV)。
11. 如請求項9之組合物，其中該另外病毒為選自SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-HKU1及HCoV-OC43之β-CoV。
12. 如請求項10之組合物，其中該另外病毒為選自HCoV-E229及HCoV-NL63之α-CoV。
13. 如請求項7至12中任一項之組合物，其中該另外病毒包含另一呼吸道病毒。
14. 如請求項13之組合物，其中該呼吸道病毒係選自副流感病毒(PIV)、呼吸道融合病毒(RSV)、流感、人類間質肺炎病毒(hMPV)、腺病毒(AdV)及其組合。
15. 如請求項13之組合物，其中該呼吸道病毒包含PIV、RSV、流感、hMPV及AdV。
16. 如請求項7至15中任一項之組合物，其中該等VST係藉由使PBMC與複數個肽混物庫接觸來產生，各肽混物庫包含跨越SARS-CoV2抗原或來自一或多種另外病毒之抗原之全部或一部分之複數個重疊肽。
17. 如請求項7至15中任一項之組合物，其中該等VST係藉由使T細胞與經複數個肽混物庫初免之APC(諸如DC)接觸來產生，各肽混物庫包含跨越病毒抗原之全部或一部分之複數個重疊肽，其中該複數個肽混物庫中之至少一者跨越來自SARS-CoV2之第一抗原且其中該複數個肽混物庫中之至少一個另外肽混物庫(或一個另外肽混物庫之一部分)跨越各第二抗原。
18. 如請求項7至15中任一項之組合物，其中該等VST係藉由使T細胞與經至少一種編碼至少一種SARS-CoV2抗原或其一部分之DNA質體及至少一種編碼各第二抗原或其一部分之DNA質體細胞核轉染之APC(諸如DC)接觸來產生。
19. 如請求項4或18之組合物，其中該質體編碼至少一種SARS-CoV2抗原或其一部分及另外抗原中之至少一者或其一部分。
20. 如請求項1至19中任一項之組合物，其中該等VST包含CD4+ T淋巴細胞及CD8+ T淋巴細胞。
21. 如請求項1至20中任一項之組合物，其中該等VST表現αβ T細胞受體。
22. 如請求項1至21中任一項之組合物，其包含MHC限制型VST。
23. 如請求項1至21中任一項之組合物，其中該等VST包含中樞記憶及效應記憶T細胞。
24. 如請求項1至23中任一項之組合物，其中該SARS-CoV2抗原包含一或多種選自由非結構蛋白1 (nsp1)；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；nsp16；輔助蛋白7A (AP7A)或AP7B組成之群之抗原。
25. 如請求項1至24中任一項之組合物，其中該SARS-CoV2抗原包含一或多種選自由刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；及核蛋白衣蛋白(N)組成之群之抗原。
26. 如請求項1至24中任一項之組合物，其中該SARS-CoV2抗原包含一或多種(i)選自由SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (NS7)；SARS-CoV-2 (NS8)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；及SARS-CoV-2 (Y14)組成之群之抗原，或一或多種為結構抗原之抗原及一或多種為非結構抗原之抗原。
27. 如請求項1至26中任一項之組合物，其中該等SARS-CoV2抗原包含刺突(S)、基質蛋白(M)、核蛋白衣蛋白(N)、非結構蛋白4 (nsp4)及輔助蛋白7a (AP7A)。
28. 如請求項27之組合物，其中該等SARS-COV2抗原進一步包含nsp3、nsp6及/或nsp12。
29. 如請求項1至28中任一項之組合物，其中該等SARS-CoV2抗原由S、M、N、nsp4及AP7A組成。
30. 如請求項7至29中任一項之組合物，其中該另外抗原係選自由PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、hMPV抗原N、及AdV抗原Hexon、AdV抗原Penton及其組合組成之群。
31. 如請求項7至30中任一項之組合物，其中該另外抗原包含PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、流感抗原NP1、流感抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、hMPV抗原N、AdV抗原Hexon、AdV抗原Penton及其組合。
32. 如請求項1至31中任一項之組合物，其中該等VST係在IL-7及IL-4兩者之存在下離體培養。
33. 如請求項1至32中任一項之組合物，其中該等VST在培養的9至18天內已充分擴增使得其準備好投與給患者。
34. 如請求項1至33中任一項之組合物，其中該等VST展現選自以下之一或多種性質 a. 可忽視之同種異體反應性； b. 自患者收穫的抗原特異性T細胞之活化誘導之細胞死亡比自相同患者收穫但不在IL-7及Il-4兩者之存在下培養的相應抗原特異性T細胞少；及 c. 大於70%之生存力。
35. 如請求項1至34中任一項之組合物，其中該組合物在培養中呈細菌及真菌陰性至少7天；展現小於5 EU/ml內毒素，且呈黴漿菌陰性。
36. 如請求項1至35中任一項之組合物，其中該等肽混物係化學合成的且為＞70%純。
37. 如請求項1至36中任一項之組合物，其中該等VST係Th1極化。
38. 如請求項1至37中任一項之組合物，其中該等VST在暴露於抗原後即產生效應細胞介素/分子，包括IFN-γ、TNF-α、GM-CSF、顆粒酶-B或穿孔素。
39. 如請求項1至38中任一項之組合物，其中該等VST能夠溶解病毒抗原表現靶細胞。
40. 如請求項1至39中任一項之組合物，其中該等VST不顯著溶解未感染的自體或同種異體靶細胞。
41. 一種醫藥組合物，其包含如請求項1至40中任一項之組合物，該醫藥組合物經調配用於靜脈內遞送，其中該組合物在培養中呈細菌及真菌陰性至少7天；展現小於5 EU/ml內毒素，且呈黴漿菌陰性。
42. 一種溶解靶細胞之方法，該方法包括使該靶細胞與如請求項1至40中任一項之組合物或如請求項41之醫藥組合物接觸。
43. 如請求項42之方法，其中該接觸在個體中體內發生。
44. 如請求項42或43之方法，其中該接觸係經由對個體投與該等VST體內發生。
45. 一種治療或預防病毒感染之方法，該方法包括對有需要個體投與如請求項1至40中任一項之組合物或如請求項41之醫藥組合物或如請求項89之通用抗原特異性T細胞療法產品。
46. 如請求項43至45中任一項之方法，其中對該個體投與5x10⁶ 至5x10⁷ 個VST/m² 。
47. 如請求項43至46中任一項之方法，其中該個體係免疫活性或免疫功能不全。
48. 如請求項43至47中任一項之方法，其中該個體感染SARS-CoV2或已診斷患有COVID-19。
49. 如請求項43至48中任一項之方法，其中該個體患有急性骨髓性白血病、急性淋巴母細胞性白血病或慢性肉芽腫病。
50. 如請求項43至49中任一項之方法，其中該個體在接受該等VST之前接受： a. 具有降低之強度調理之匹配的相關供體移植； b. 具有清髓性調理之匹配的不相關供體移植； c. 具有降低之強度調理之單倍型相同移植；或 d. 具有清髓性調理之匹配的相關供體移植。
51. 如請求項43至50中任一項之方法，其中該個體 a. 已接受實體器官移植； b. 已接受化學療法； c. 具有HIV感染； d. 具有遺傳免疫缺陷； e. 已接受同種異體幹細胞移植或自體幹細胞移植； f. 患有心血管疾病； g. 患有糖尿病； h. 患有慢性呼吸道疾病； i. 患有高血壓； j. 患有癌症 k. 患有肥胖 l. 患有慢性腎臟疾病； m. 患有唐氏症候群(Down syndrome)； n. 係懷孕； o. 患有鐮刀形細胞病(sickle cell disease)；及/或 p. 係吸煙者。
52. 如請求項44至51中任一項之方法，其中將該組合物投與給該個體複數次。
53. 如請求項44至52中任一項之方法，其中該組合物之投與有效治療或預防該個體之SARS-CoV2感染。
54. 如請求項44至53中任一項之方法，其中該組合物之投與有效治療或預防該個體之病毒感染，其中該病毒感染係選自由SARS-CoV2、PIV、RSV、流感、hMPV、AdV及其組合組成之群。
55. 如請求項43至54中任一項之方法，其中該個體為人類。
56. 一種治療或預防個體之冠狀病毒感染之方法，該方法包括對該個體投與藉由選自以下之方法產生的VST之多株群體： a. 使PBMC與一或多個肽混物(pepmix)庫接觸，各肽混物庫包含跨越一或多個SARS-CoV2抗原之全部或至少一部分之複數個重疊肽； b. 使T細胞與經複數個肽混物庫初免之APC(諸如樹突狀細胞(DC))接觸，各肽混物庫包含跨越一或多個SARS-CoV2抗原之全部或至少一部分之複數個重疊肽；或 c. 使T細胞與經至少一種編碼至少一種SARS-CoV2抗原或其一部分之DNA質體細胞核轉染之APC(諸如DC)接觸。
57. 如請求項56之方法，其中該等VST係在IL-7及IL-4兩者之存在下離體培養。
58. 如請求項56或57之方法，其中該等VST在培養的9至18天內已充分擴增使得其準備好投與給患者。
59. 如請求項56至58中任一項之方法，其中該等SARS-CoV2抗原中之至少一者係選自由nsp1；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；及nsp16組成之群。
60. 如請求項56至59中任一項之方法，其中該等SARS-CoV2抗原中之至少一者係選自由刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；及核蛋白衣蛋白(N)組成之群。
61. 如請求項56至60中任一項之方法，其中該等SARS-CoV2抗原中之至少一者係選自由SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (NS7)；SARS-CoV-2 (NS8)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；及SARS-CoV-2 (Y14)組成之群。
62. 如請求項56至61中任一項之方法，其中該等SARS-CoV2抗原係選自由nsp1；nsp3；nsp4；nsp5；nsp6；nsp10；nsp12；nsp13；nsp14；nsp15；nsp16；刺突(S)；包膜蛋白(E)；基質蛋白(M)；及核蛋白衣蛋白(N)；SARS-CoV-2 (AP3A)；SARS-CoV-2 (NS7)；SARS-CoV-2 (NS8)；SARS-CoV-2 (ORF10)；SARS-CoV-2 (ORF9B)；及SARS-CoV-2 (Y14)、及其組合組成之群。
63. 如請求項56至62中任一項之方法，其中該等SARS-CoV2抗原係選自S、M、N、nsp4及AP7A、或其組合。
64. 如請求項63之方法，其中該等SARS-CoV2抗原進一步包含nsp3、nsp6及/或nsp12。
65. 如請求項56至62中任一項之方法，其中該等SARS-CoV2抗原由S、M、N、nsp4及AP7A組成。
66. 如請求項56至65中任一項之方法，其中該冠狀病毒為β-冠狀病毒(β-CoV)。
67. 如請求項56至67中任一項之方法，其中該冠狀病毒為α-冠狀病毒(α-CoV)。
68. 如請求項66之方法，其中該β-CoV為SARS-CoV2。
69. 如請求項66之方法，其中該β-CoV係選自SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-HKU1及HCoV-OC43。
70. 如請求項67之方法，其中該α-CoV係選自E229及NL63。
71. 如請求項66至68中任一項之方法，其中SARs-CoV2已在該個體中偵測到。
72. 如請求項66至68中任一項之方法，其中該個體已診斷患有COVID-19。
73. 如請求項43至72中任一項之方法，其中該個體超過40歲。
74. 如請求項43至73中任一項之方法，其中該個體超過60歲。
75. 如請求項43至72中任一項之方法，其中該個體不滿40歲。
76. 如請求項43至75中任一項之方法，其中該個體係由於事先存在的病症而處於由冠狀病毒感染引起之不利結果之較高風險。
77. 如請求項43至75中任一項之方法，其中該個體係由於事先存在的病症而處於由冠狀病毒感染引起之死亡之較高風險。
78. 如請求項76或77之方法，其中該事先存在的病症係選自心血管疾病、糖尿病、慢性呼吸道疾病、高血壓、癌症、肥胖及其組合。
79. 複數種組合物，各組合物為如請求項1至40中任一項，其中各組合物包含彼此不同之處僅在於其係自不同供體獲得的供體PBMT產生之VST之多株群體。
80. 如請求項79之複數種組合物，其中沒有一個供體共享全部相同HLA對偶基因。
81. 如請求項43至78中任一項之方法，其中該個體係投與一種或複數種如請求項79或80之組合物。
82. 如請求項81之方法，其中該複數種組合物係同時投與給該個體。
83. 如請求項82之方法，其中該複數種組合物係在投與給該個體之前被組併在一起。
84. 如請求項83之方法，其中該等組併的組合物係經冷凍保存且隨後在投與給該個體之前解凍。
85. 如請求項82之方法，其中該等VST不被組併，而是被依次投與給個體。
86. 如請求項84之方法，其中該複數種組合物係在不同時間投與給該個體。
87. 如請求項81至85中任一項之方法，其中該複數種組合物或依次投與的VST包含相對於彼此足夠的HLA變異性使得大於95%之靶患者群體將在兩個或更多個HLA對偶基因上與該等VST細胞系中之至少一者或與該複數種組合物之一部分為HLA匹配。
88. 如請求項56至62中任一項之方法，其中該等SARS-CoV2抗原包含一或多種結構抗原及一或多種非結構抗原。
89. 一種通用抗原特異性T細胞療法產品，其包含識別一或多種SARS-CoV2抗原之病毒特異性T細胞淋巴細胞(VST)之複數個多株群體，其中該等VST係衍生自複數個不同供體，且其中，視需要，各供體之HLA類型在至少兩個HLA對偶基因上不同於其他供體中之至少一者。
90. 如請求項89之通用抗原特異性T細胞療法產品，其中各供體之HLA類型在至少兩個HLA對偶基因上不同於其他供體中之至少一者。
91. 一種醫藥組合物，其包含如請求項89或90之通用抗原特異性T細胞療法產品，該醫藥組合物經調配用於靜脈內遞送，其中該組合物在培養中呈細菌及真菌陰性至少7天；展現小於5 EU/ml內毒素，且呈黴漿菌陰性。
92. 一種溶解靶細胞之方法，該方法包括使靶細胞與如請求項89或請求項90之通用抗原特異性T細胞療法產品或如請求項91之醫藥組合物接觸。
93. 如請求項92之方法，其中該接觸在個體中體內發生。
94. 如請求項92或93之方法，其中該接觸經由對個體投與該等VST體內發生。
95. 如請求項45至78、81至88及93中任一項之方法，其中該個體係在不了解個體的HLA類型下投與該通用抗原特異性T細胞療法產品。

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