TW201512407A

TW201512407A - 用於治療補體相關病況之組合物及方法

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Publication number: TW201512407A
Application number: TW103127673A
Authority: TW
Inventors: Brian Yaspan; Robert Royal Graham; Amy Dressen; zheng-rong Li; Erich Strauss; Teodorica Bugawan
Original assignee: Genentech Inc
Priority date: 2013-08-12
Filing date: 2014-08-12
Publication date: 2015-04-01
Also published as: IL243928A0; MX2016001854A; EP3033436A1; KR20160042438A; JP2018064566A; CN107318267A; CR20160132A; EA201690213A1; AU2014306867A1; US10947591B2; JP2016537006A; US20150044205A1; JP2020028293A; SG11201601044XA; CN107318267B; US20190185935A1; JP6463359B2; KR20180021234A; BR112016002845A2; TWI656217B

Abstract

本發明提供用因子D抑制劑(例如抗因子D抗體或其抗原結合片段)治療各種變性疾病(例如AMD)的方法及組合物。亦提供選擇或鑑別用因子D抑制劑治療之患者的方法。該等方法包括使用預後性及/或預測性生物標記。

Description

用於治療補體相關病況之組合物及方法

相關申請案之交叉參考

本申請案主張美國臨時專利申請案第61/864,941號(2013年8月12日申請)及第61/866,651號(2013年8月16日申請)及第61/872,098號(2013年8月30日申請)及第61/988,012號(2014年5月2日申請)及第62/021,487號(2014年7月7日申請)之權益，上述申請案之內容以全文引用的方式併入本文中。

本發明係關於用因子D抑制劑(例如抗因子D抗體或其抗原結合片段)治療各種補體相關病況(例如年齡相關性黃斑部變性)的方法及組合物。亦提供選擇或鑑別用因子D抑制劑治療之患者的方法。方法包括使用預後性及/或預測性生物標記。

補體系統在免疫複合物之清除及對傳染性病原體、外來抗原、病毒感染之細胞及腫瘤細胞之免疫反應中起著重要作用。然而，補體亦涉及於病理性炎症及自體免疫疾病中。因此，抑制補體級聯之過度或不可控制之活化可向患有該等疾病及病況之患者提供臨床益處。

補體系統包涵兩種不同的活化路徑，稱為經典路徑及替代途徑(V.M.Holers，於Clinical Immunology：Principles and Practice ,R.R.Rich編，Mosby Press；1996,363-391)。經典途徑為鈣/鎂依賴性級聯，其通常藉由抗原-抗體複合物之形成而活化。替代途徑為鎂依賴性級聯，其藉由某些易受影響之表面(例如酵母及細菌之細胞壁多醣及某些生物聚合物物質)上C3之沈積及活化而活化。補體途徑之活化產生具生物活性之補體蛋白片段，例如C3a、C4a及C5a過敏毒素及C5b-9攻膜複合物(MAC)，該等具生物活性之片段介導涉及白細胞趨化性、巨噬細胞、嗜中性白血球、血小板、肥大細胞及內皮細胞之活化、血管通透性、細胞溶解作用及組織損傷之發炎活性。

因子D為活化替代補體途徑所必需的一種高度特異性絲胺酸蛋白酶。其使因子B與C3b之結合分裂，產生作為替代途徑C3/C5轉化酶之活性組分的C3b/Bb酶。因子D可為適用於抑制的標靶，因為其在人體血漿中的濃度極低(1.8μg/mL)，且已顯示其為用於活化替代補體路徑的限制酶(P.H.Lesavre及H.J.Müller-Eberhard.J.Exp.Med. ,1978；148：1498-1510；J.E.Volanakis等人，New Eng.J.Med. ,1985；312：395-401)。

在動物模型中及在離體研究中，補體活化之下調已顯示可有效治療若干疾病適應症，例如全身性紅斑狼瘡及絲球體腎炎(Y.Wang等人，Proc.Natl.Acad.Sci. ；1996,93：8563-8568)、類風濕性關節炎(Y.Wang等人，Proc.Natl.Acad.Sci. ,1995；92：8955-8959)、心肺分流術及血液透析(C.S.Rinder,J.Clin.Invest. ,1995；96：1564-1572)、器官移植之超急性排斥反應(T.J.Kroshus等人，Transplantation ,1995；60：1194-1202)、心肌梗死(J.W.Homeister等人，J.Immunol. ,1993；150：1055-1064；H.F.Weisman等人，Science ,1990；249：146-151)、再灌注損傷(E.A.Amsterdam等人，Am.J.Physiol. ,1995；268：H448-H457)，及成人呼吸窘迫症候群(R.Rabinovici等人，J.Immunol. ,1992；149：1744-1750)。另外，其他發炎病況及自體免疫/免疫複合疾病亦與補體活化緊密相關(V.M.Holers,ibid. ,B.P.Morgan.Eur.J.Clin.Invest. , 1994：24：219-228)，包括熱損傷、嚴重哮喘、過敏性休克、腸炎、蕁麻疹、血管性水腫、血管炎、多發性硬化、重症肌無力、膜增生性絲球體腎炎及休格連氏症候群(Sjögren's syndrome)。

年齡相關性黃斑部變性(AMD)，當不予治療時，為發達世界中50歲或50歲以上人群不可逆失明之主要原因(Friedman等人，Arch Opthalmol ,122：564-72(2004))。約8百萬美國人患有中期AMD(特徵為黃斑(視網膜中心)中存在大型玻璃膜疣)，使其面臨發展晚期疾病及視力下降的風險。晚期AMD分類為兩種臨床形式：地圖狀萎縮(GA)及以脈絡膜新血管生成(CNV)為特徵的滲出性或濕潤形式(Age-Related Eye Disease Study[AREDS]Research Group,Arch Ophthalmol ,121：1621-24(2003))。GA係指視網膜色素上皮(RPE)細胞死亡伴隨上覆光受體萎縮之匯合區域。GA對視覺功能具有實質性影響：患者亞群中約40%已顯示2年內下降至少3行史乃倫氏等效視力線(Snellen equivalent lines of vision)(Sunness等人，Retina ,7：204-10(2007))。雖然AMD之病因學基本上未知，但已提出年齡、吸菸、種族、飲食及遺傳為AMD的風險因素(Amabti等人，Surv Opthalmol ,48(3)：257-93(2003)；Gorin等人，Mol Aspects Med ,33：467-486(2012))且替代補體路徑(ACP)已牽涉於AMD中(de Jong,N.Engl J.Med., 355：1474-1485(2006))。在玻璃膜疣中已發現ACP之活化增強，玻璃膜疣為RPE與布魯赫膜(Bruch's membrane)之間空間內的脂蛋白沈積物，其為AMD標誌。此外，人類遺傳學已證明ACP活化在AMD中的角色(Yates等人，New Engl J Med, 357：553-61(2007))。補體因子D為在替代補體路徑(ACP)之活化中扮演關鍵角色的限速酶。因子D於AMD發病機制中的證據包括在遺傳性缺乏因子D之鼠科模型中防止氧化性壓力介導之光受體變性(Rohrer等人，Invest Ophtalmol Vis Sci ,48：5282-89(2007))及在AMD患者之血清中偵測到補體(包括因子D)之系統性活化增強(相對於對照物)，表明AMD可為老年性黃斑有局部表現的全身性疾病(Scholl等人，PLos ONE ,3(7)：e2593(2008))。此外，關於AMD遺傳學的多篇論文已獨立地證明補體因子H(CFH)存在單核苷酸多形性。Y402H與發展早期與晚期AMD之風險增強強烈相關(Edwards等人，Science ,308(5720)：421-4(2005)；Hageman等人，PNAS ,102(20)：7227-32(2005)；Haines等人，Science ,208(5720)：419-21(2005)；Klein等人，Science, 308(5720)：385-9(2005)；Prosser等人，J.Exp. Med.,204(10：2277-83(2007)；Zareparsi等人，Am J.Hum Genet, 77：149-153(2005))。其他風險對偶基因包括補體因子H(CFH)風險基因座(rs10737680)、補體因子I(CFI)風險基因座(rs4698775)、補體組分2/補體因子B(C2/CFB)風險基因座(rs429608)及補體組分(C3)風險基因座(rs2230199)中之多形性(Fritsche等人，Nat Genet ,45：433-439(2013))。CFI、CFH、C2、CFB及C3為補體路徑之其他成員。與補體路徑中之基因相關的其他SNP及其AMD相關性已提示於例如PCT公開案WO2011/017229、WO2009/146204及WO2009/134709中。然而，此等參考文獻均未揭示或提出所鑑別之SNP與患者疾病如何隨時間進展或患者如何良好回應AMD療法的相關性。在遺傳對AMD進展之影響的前瞻性研究中，補體路徑之遺傳性變異體(諸如SNP)與中型玻璃膜疣進展成大型玻璃膜疣及大型玻璃膜疣進展成GA或NY相關。Yu等人，Invest.Ophthalm.& Visual Sci. ,53：1548-56(2012)。結果表明，與AMD相關的基因可能涉及進展期間明顯不同之AMD期之間的轉變。然而，不知所鑑別之基因是否與疾病進展速率(例如在諸如GA之晚期內)相關。

當前，抗VEGF(血管內皮生長因子)為用於治療患有濕形式之晚期AMD之大部分個案的照護標準。當前不存在中斷或減緩GA進展的有效療法。亦無獲准預防GA進展的療法，在GA患者中產生明顯未滿足的需要。因此，需要鑑別GA之有效療法及用於瞭解如何治療GA患者的經改良方法。特定而言，適用於鑑別患者處於GA進展速率增加之風險中且可能受益於抗因子D抗體療法的診斷方法大大有益於此等患者之臨床管理。本發明滿足此等及其他需要。

本文引用的所有參考文獻，包括專利申請案及公開案，均以全文引用的方式併入本文中用於任何目的。

本發明部分地基於自臨床試驗所收集到的新穎及驚人發現：與補體路徑中之基因相關的某些多形性為AMD患者進展速率以及其對使用抗因子D療法之反應的可靠預測因子。如本文提供之治療、診斷/預後及預測治療反應的方法可應用於罹患年齡相關性黃斑部變性的患者。

本發明之一個實施例提供鑑別AMD(例如中期或晚期AMD，諸如濕性(新生血管性/滲出性)AMD或地圖狀萎縮)進展之風險增強之個體的方法，該方法包含確定個體之基因型，其中經測定攜有風險對偶基因(例如變性疾病相關多形性，諸如AMD相關多形性)的個體鑑別為AMD(例如中期或晚期AMD，諸如濕性(新生血管性/滲出性)AMD或地圖狀萎縮)進展之風險增強的個體。在一些實施例中，AMD進展之風險增強包括早期AMD進展至中期AMD及/或中期AMD進展至晚期AMD。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之次要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之主要對偶基因。在一些實施例中，AMD進展之風險增強包括在AMD各期(包括早期AMD、中期AMD及晚期AMD)中早期疾病進展為較晚期疾病，其中早期AMD的特徵為多個小型(<63μm)，或1個中型玻璃膜疣(63μm且<125μm)；中期AMD的特徵為許多中型或1個大型玻璃膜疣(125μm)，通常伴有視網膜色素上皮細胞之色素過多或色素不足；且晚期 AMD的特徵為地圖狀萎縮(GA)或新生血管性(濕性)AMD)。在一些實施例中，風險對偶基因可為補體因子I(CFI)風險對偶基因、補體因子H(CFH)風險對偶基因、補體組分2(C2)風險對偶基因、補體因子B(CFB)風險對偶基因，及/或補體組分3(C3)風險對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs4698775：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs4698775處之G，或與rs4698775處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs17440077：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs17440077處之G，或與rs17440077處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs10737680：A對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs10737680處之A，或與rs10737680處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs1329428：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs1329428處之G，或與rs1329428處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，C2風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs429608處之G，或與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，CFB風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs429608處之G，或與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，C3風險對偶基因為rs2230199：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs2230199處之G，或與rs2230199處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，連鎖不平衡為D'度量值或r² 度量值。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為1.0。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.70、0.80 或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r2度量值為1.0。在一些實施例中，替代SNP為表4至表7中所指定的SNP。在一些實施例中，SNP rs4698775位於人類染色體4之位置110590479(基因組參考序列聯盟GRCh37(Genome Reference Consortium GRCh37)；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列由T變為G。在一些實施例中，SNP rs17440077位於人類染色體4之位置110537567(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之A變為G。在一些實施例中，SNP rs10737680位於人類染色體1之位置196679455(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。A對偶基因使核苷酸序列中之C變為A。在一些實施例中，SNP rs1329428位於人類染色體1之位置196702810(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之A變為G。在一些實施例中，SNP rs429608位於人類染色體6之位置31930462(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之A變為G。在一些實施例中，SNP rs2230199位於人類染色體19之位置6718387(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之C變為G且使所編碼之胺基酸由精胺酸變為甘胺酸。在一些實施例中，替代SNP位於人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs4698775)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs17440077)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs10737680)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2 月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs1329428)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體6上之SLC44A4基因與TNXB基因之間(對於rs429608)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體19上之TNFSF14基因與VAV1基因之間(對於rs2230199)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。在一些實施例中，替代SNP位於所選SNP上游或下游之500,000個鹼基對內。在一些實施例中，患者經測定攜有CFI風險對偶基因及/或CFH風險對偶基因及/或C2風險對偶基因及/或CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，個體經測定攜有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等個AMD風險對偶基因。在一些實施例中，個體中風險對偶基因之存在包含測定由個體樣品所提供之核酸中之多形性核苷酸之身分。在一些實施例中，核酸樣品包含DNA。在一些實施例中，核酸樣品包含RNA。在一些實施例中，核酸樣品經擴增。在一些實施例中，核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。在一些實施例中，多形性係藉由聚合酶鏈反應或定序來偵測。在一些實施例中，藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該多形性。在一些實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)(Zn(II)-cyclen)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增(isothermal smart amplification)。在一些實施例中，樣品為例如其中基因組DNA可經分離的任何生物樣品，但不限於組織樣品、唾液樣品、口腔內膜抹片、血液，或含有基因組DNA的其他生物流體。在一些實施例中，樣品包含DNA。在一些實施例中，樣品包含RNA。在一些實施例中，患者中具多形性之核苷酸的身分係經由基因分型法確定。在一些實施例中，基因分型係藉由PCR分析、序列分析或LCR分析進行。在一些實施例中，當至少一個對偶基因包含選自由以下組成之群的核苷酸時，鑑別患者為AMD(例如中期或晚期AMD，諸如濕性(新生血管性/滲出性)AMD或地圖狀萎縮)進展之風險增強的患者：SNP rs4698775處存在G核苷酸；SNP rs17440077處存在G核苷酸；SNP rs10737680處存在A核苷酸；SNP rs1329428處存在G核苷酸；SNP rs429608處存在G核苷酸或SNP rs2230199處存在G核苷酸。若患者在與CFI相關之rs4698775或rs17440077或其等效對偶基因、在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因、或在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs10737680或其等效對偶基因處具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者處於增強之AMD進展風險中。若患者在與CFI相關之rs4698775或rs17440077或其等效對偶基因、在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因、或在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處不具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs10737680或其等效對偶基因處不具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者處於降低之AMD進展風險中。

本發明之一個實施例提供預測AMD(例如中期或晚期AMD，諸如濕性(新生血管性/滲出性)AMD或地圖狀萎縮)之進展的方法，該方法包含確定患者之基因型，其中經測定攜有風險對偶基因(例如AMD相關多形性)的患者鑑別為AMD(例如中期或晚期AMD，諸如濕性(新生血管性/滲出性)AMD或地圖狀萎縮)之進展風險增強的患者。在一些實施例中，AMD進展之風險增強包括早期AMD進展至中期AMD及/或中期AMD進展至晚期AMD。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之次要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之主要對偶基因。在一些實施例中，AMD進展之風險增強包括在AMD各期(包括早期AMD、中期AMD及晚期AMD)中早期疾病進展為較晚期疾病，其中早期AMD的特徵為多個小型(<63μm)，或1個中型玻璃膜疣(63μm且<125μm)；中期AMD的特徵為許多中型或1個大型玻璃膜疣(125μm)，通常伴有視網膜色素上皮細胞之色素過多或色素不足；且晚期AMD的特徵為地圖狀萎縮(GA)或新生血管性(濕性)AMD)。在一些實施例中，風險對偶基因可為補體因子I(CFI)風險對偶基因、補體因子H(CFH)風險對偶基因、補體組分2(C2)風險對偶基因、補體因子B(CFB)風險對偶基因，及/或補體組分3(C3)風險對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs4698775：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs4698775處之G，或包含與rs4698775處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs4698775之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs17440077：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs17440077處之G，或包含與rs17440077處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs17440077之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs10737680：A對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs10737680處之A，或包含與rs10737680處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs10737680之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs1329428：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs1329428處之G，或包含與rs1329428處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs1329428之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C2風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFB風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C3風險對偶基因為rs2230199：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs2230199處之G，或包含與rs2230199處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs2230199之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，連鎖不平衡為D'度量值或r² 度量值。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為1.0。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.60。在一些實施例中，所選 SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為1.0。在一些實施例中，替代SNP為表4至表7中所指定的SNP。在一些實施例中，SNP rs4698775位於人類染色體4上之位置110590479(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的T變為G。在一些實施例中，SNP rs17440077位於人類染色體4上之位置110537567(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs10737680位於人類染色體1上之位置196679455(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且A對偶基因使核苷酸序列中的C變為A。在一些實施例中，SNP rs1329428位於人類染色體1上之位置196702810(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs429608位於人類染色體6上之位置31930462(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs2230199位於人類染色體19上之位置6718387(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的C變為G且使所編碼的胺基酸由精胺酸變為甘胺酸。在一些實施例中，替代SNP位於人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs4698775)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs17440077)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs10737680)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2 月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs1329428)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體6上之SLC44A4基因與TNXB基因之間(對於rs429608)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體19上之TNFSF14基因與VAV1基因之間(對於rs2230199)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。在一些實施例中，替代SNP位於所選SNP上游及下游之500,000個鹼基對內。在一些實施例中，替代SNP位於所選SNP上游或下游之500,000個鹼基對內。在一些實施例中，患者經測定攜有CFI風險對偶基因及/或CFH風險對偶基因及/或C2風險對偶基因及/或CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，患者經測定攜有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等個AMD風險對偶基因。在一些實施例中，患者中風險對偶基因之存在包含測定由患者樣品所提供之核酸中之多形性核苷酸之身分。在一些實施例中，核酸樣品包含DNA。在一些實施例中，核酸樣品包含RNA。在一些實施例中，核酸樣品經擴增。在一些實施例中，核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。在一些實施例中，多形性係藉由聚合酶鏈反應或定序來偵測。在一些實施例中，藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該多形性。在一些實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。在一些實施例中，樣品為例如其中基因組DNA可經分離的任何生物樣品，但不限於組織樣品、唾液樣品、口腔內膜抹片、血液，或含有基因組DNA的其他生物流體。在一些實施例中，患者中具多形性之核苷酸的身分係經由基因分型法確定。在一些實施例中，基因分型係藉由PCR分析、序列分析或LCR分析進行。在一些實施例中，當至少一個對偶基因包含選自由以下組成之群的核苷酸時，鑑別患者為AMD(例如中期或晚期AMD，諸如濕性(新生血管性/滲出性)AMD或地圖狀萎縮)進展之風險增強的患者：SNP rs4698775處存在G核苷酸；SNP rs17440077處存在G核苷酸；SNP rs10737680處存在A核苷酸；SNP rs1329428處存在G核苷酸；SNP rs429608處存在G核苷酸或SNP rs2230199處存在G核苷酸。若患者在與CFI相關之rs4698775或rs17440077或其等效對偶基因、在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因、在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因處具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者進展為較晚期AMD的風險增強。若患者在與CFI相關之rs4698775或其等效對偶基因、在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因、在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處不具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs10737680或其等效對偶基因處不具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者進展為較晚期AMD的風險降低。

本發明至少部分地關於一種用抗因子D抗體或其抗原結合片段治療患者之變性疾病(例如AMD)的方法。在一個態樣中，本發明係關於用補體抑制劑治療各種變性病症(例如年齡相關性黃斑部變性)的方法及組合物。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一個實施例中，眼變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在本文揭示的任何實施例中，補體抑制劑為抗因子D抗體或其抗原結合片段。在一些實施例中，抗體為蘭帕珠單抗(lampalizumab)。因此，本發明之一個實施例提供治療患者之年齡相關性黃斑部變性的方法，該方法包含向經診斷患有年齡相關性黃斑部變性的患者投與有效量的抗因子D抗體或其抗原結合片段，其中該患者攜有一或多個年齡相關性黃斑部變性風險對偶基因(例如AMD相關多形性)。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之次要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之主要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因可為CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為CFI風險對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs4698775：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs4698775處之G，或包含與rs4698775處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs4698775之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs17440077：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs17440077處之G，或包含與rs17440077處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs17440077之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs10737680：A對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs10737680處之A，或包含與rs10737680處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs10737680之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs1329428：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含SNP rs1329428處之G，或包含與rs1329428處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs1329428之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C2風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFB風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C3風險對偶基因為rs2230199：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs2230199處之G，或包含與rs2230199處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs2230199之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，連鎖不平衡為D'度量值或r² 度量值。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為1.0。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為1.0。在一些實施例中，替代SNP為表4至表7中所指定的SNP。在一些實施例中，SNP rs4698775 位於人類染色體4上之位置110590479(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中的T變為G。在一些實施例中，SNP rs17440077位於人類染色體4之位置110537567(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之A變為G。在一些實施例中，SNP rs10737680位於人類染色體1之位置196679455(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。A對偶基因使核苷酸序列中之C變為A。在一些實施例中，SNP rs1329428位於人類染色體1之位置196702810(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之A變為G。在一些實施例中，SNP rs429608位於人類染色體6之位置31930462(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之A變為G。在一些實施例中，SNP rs2230199位於人類染色體19之位置6718387(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之C變為G且使所編碼之胺基酸由精胺酸變為甘胺酸。在一些實施例中，替代SNP位於人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs4698775)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs17440077)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs10737680)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs1329428)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體6上之SLC44A4基因與TNXB基因之間(對於 rs429608)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體19上之TNFSF14基因與VAV1基因之間(對於rs2230199)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。在一些實施例中，替代SNP位於所選SNP上游及下游之500,000個鹼基對內。在一些實施例中，替代SNP位於所選SNP上游或下游之500,000個鹼基對內。在一些實施例中，患者經測定攜有CFI風險對偶基因及/或CFH風險對偶基因及/或C2風險對偶基因及/或CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，患者經測定攜有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等個AMD風險對偶基因。在一些實施例中，患者中風險對偶基因之存在包含測定由患者樣品所提供之核酸中之多形性核苷酸之身分。在一些實施例中，核酸樣品包含DNA。在一些實施例中，核酸樣品包含RNA。在一些實施例中，核酸樣品經擴增。在一些實施例中，核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。在一些實施例中，多形性係藉由聚合酶鏈反應或定序來偵測。在一些實施例中，藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該多形性。在一些實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法 (MPEX)，及恆溫智能擴增。在一些實施例中，樣品為例如其中基因組DNA可經分離的任何生物樣品，但不限於組織樣品、唾液樣品、口腔內膜抹片、血液，或含有基因組DNA的其他生物流體。在一些實施例中，患者中具多形性之核苷酸的身分係經由基因分型法確定。在一些實施例中，基因分型係藉由PCR分析、序列分析或LCR分析進行。在一些實施例中，當至少一個對偶基因包含選自由以下組成之群的核苷酸時，患者經鑑別具有增強之AMD進展風險且比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應：SNP rs4698775處存在G核苷酸；SNP rs17440077處存在G核苷酸；SNP rs10737680處存在A核苷酸；SNP rs1329428處存在G核苷酸；SNP rs429608處存在G核苷酸或SNP rs2230199處存在G核苷酸。若患者在與CFI相關之rs4698775或rs17440077或其等效對偶基因、在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因、在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs10737680或其等效對偶基因處具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者具有增強之AMD進展風險且比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應。若患者在與CFI相關之rs4698775或rs17440077或其等效對偶基因、在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因、在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處不具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs10737680或其等效對偶基因處不具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者具有降低之進展為較晚期AMD的風險且不大可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與 20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有優於20/25或劣於20/400的BCVA。在一個實施例中，BCVA係使用ETDRS圖來測定。在一些實施例中，抗體或其抗原結合片段係玻璃體內投與。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為乾性AMD。在一些實施例中，乾性AMD為晚期乾性AMD。在一些實施例中，晚期乾性AMD為地圖狀萎縮。在一些實施例中，與未接受抗體療法的對照患者相比，患者在抗體投與之後的地圖狀萎縮(GA)面積平均變化減少。在一些實施例中，GA面積之平均變化係經由標準成像方法(例如眼底自體螢光(FAF)或眼底彩色照相術(CFP))量測GA面積來測定。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期AMD或中期AMD。在一些實施例中，患有早期AMD或中期AMD的患者之臨床徵象之出現減少或延遲(例如可包括量測玻璃膜疣之數目及尺寸(對於早期及中期AMD)及監測與玻璃膜疣相關的色素不足及色素過度(對於中期AMD))。在一些實施例中，方法進一步包含向個體投與第二藥劑。在一些實施例中，第二藥劑為VEGF抑制劑。

本發明之另一實施例提供鑑別可能受益於抗因子D抗體療法及/或對使用抗因子D抗體療法有反應之變性疾病患者(例如AMD患者)的方法，該方法包含確定患者之基因型，其中經測定攜有風險對偶基因的患者鑑別為可能受益於抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法的患者。在一些實施例中，方法進一步包含選擇包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法。在一些實施例中，抗體為蘭帕珠單抗。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一個實施例中，眼變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之次要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之主要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因(例如AMD相關多形性) 可為CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為CFI風險對偶基因。在一些實施例中，CFI對偶基因為rs4698775：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs4698775處之G，或包含與rs4698775處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs4698775之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFI對偶基因為rs17440077：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs17440077處之G，或包含與rs17440077處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs17440077之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs10737680：A對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs10737680處之A，或包含與rs10737680處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs10737680之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs1329428：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs1329428處之G，或包含與rs1329428處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs1329428之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C2風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFB風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C3風險對偶基因為rs2230199：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs2230199處之G，或包含與rs2230199處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs2230199之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，連鎖不平衡為D'度量值或r² 度量值。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為1.0。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為1.0。在一些實施例中，替代SNP為表4至表7中所指定的SNP。在一些實施例中，SNP rs4698775位於人類染色體4上之位置110590479(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的T變為G。在一些實施例中，SNP rs17440077位於人類染色體4上之位置110537567(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs10737680位於人類染色體1上之位置196679455(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且A對偶基因使核苷酸序列中的C變為A。在一些實施例中，SNP rs1329428位於人類染色體1上之位置196702810(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs429608位於人類染色體6上之位置 31930462(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs2230199位於人類染色體19上之位置6718387(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的C變為G且使所編碼的胺基酸由精胺酸變為甘胺酸。在一些實施例中，替代SNP位於人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs4698775)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs17440077)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs10737680)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs1329428)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體6上之SLC44A4基因與TNXB基因之間(對於rs429608)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體19上之TNFSF14基因與VAV1基因之間(對於rs2230199)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。在一些實施例中，替代SNP位於所選SNP上游或下游之500,000個鹼基對內。在一些實施例中，患者經測定攜有CFI風險對偶基因及/或CFH風險對偶基因及/或C2風險對偶基因及/或CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，患者經測定攜有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等個AMD風險對偶基因。在一些實施例中，患者中風險對偶基因之存在包含測定由患者樣品所提供之核酸中之多形性核苷酸之身分。在一些實施例中，核酸樣品包含DNA。在一些實施例中，核酸樣品包含RNA。在一些實施例中，核酸樣品經擴增。在一些實施例中，核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。在一些實施例中，多形性係藉由聚合酶鏈反應或定序來偵測。在一些實施例中，藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該多形性。在一些實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。在一些實施例中，樣品為例如其中基因組DNA可經分離的任何生物樣品，但不限於組織樣品、唾液樣品、口腔內膜抹片、血液，或含有基因組DNA的其他生物流體。在一些實施例中，樣品包含DNA。在一些實施例中，樣品包含RNA。在一些實施例中，患者中具多形性之核苷酸的身分係經由基因分型法確定。在一些實施例中，基因分型係藉由PCR分析、序列分析或LCR分析進行。在一些實施例中，當至少一個對偶基因包含選自由以下組成之群的核苷酸時，患者經鑑別具有增強之AMD進展風險且比較可能受益於及/或對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應：SNP rs4698775處存在G核苷酸；SNP rs17440077處存在G核苷酸；SNP rs10737680處存在A核苷酸；SNP rs1329428處存在G核苷酸；SNP rs429608處存在G核苷酸或SNP rs2230199處存在G核苷酸。若患者在與CFI相關之rs4698775或其等效對偶基因、在與CFH 相關之rs1329428或其等效對偶基因、或在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs10737680或其等效對偶基因處具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者處於增強之AMD進展風險中。若患者在與CFI相關之rs4698775或其等效對偶基因、在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因、在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處不具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs10737680或其等效對偶基因處不具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者具有降低之進展為較晚期AMD的風險。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有優於20/25或劣於20/400的BCVA。在一個實施例中，BCVA係使用ETDRS圖來測定。在一些實施例中，抗體或其抗原結合片段係玻璃體內投與。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為乾性AMD。在一些實施例中，乾性AMD為晚期乾性AMD。在一些實施例中，晚期乾性AMD為地圖狀萎縮。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期AMD或中期AMD。在一些實施例中，患有早期AMD或中期AMD的患者之臨床徵象之出現減少或延遲(例如可包括量測玻璃膜疣之數目及尺寸(對於早期及中期AMD)及監測與玻璃膜疣相關的色素不足及色素過度(對於中期AMD))。

本發明之另一實施例提供使治療變性疾病(例如AMD)達最佳治療功效的方法，該方法包含確定患者之基因型，其中經測定攜有風險對偶基因(例如AMD相關多形性)的患者比較可能對使用抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一個實施例中，眼變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在一些實施例中，抗體為蘭帕珠單抗。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之次要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之主要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因可為CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為CFI風險對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs4698775：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs4698775處之G，或包含與rs4698775處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs4698775之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs17440077：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs17440077處之G，或包含與rs17440077處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs17440077之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs10737680：A對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs10737680處之A，或包含與rs10737680處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs10737680之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs1329428：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs1329428處之G，或包含與rs1329428處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs1329428之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C2風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs429608 處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFB風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C3風險對偶基因為rs2230199：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs2230199處之G，或包含與rs2230199處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs2230199之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，連鎖不平衡為D'度量值或r² 度量值。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為1.0。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為1.0。在一些實施例中，替代SNP為表4至表7中所指定的SNP。在一些實施例中，SNP rs4698775位於人類染色體4上之位置110590479(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的T變為G。在一些實施例中，SNP rs17440077位於人類染色體4上之位置110537567(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs10737680位於人類染色體1上之位置196679455(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年 2月)且A對偶基因使核苷酸序列中的C變為A。在一些實施例中，SNP rs1329428位於人類染色體1上之位置196702810(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs429608位於人類染色體6上之位置31930462(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs2230199位於人類染色體19上之位置6718387(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的C變為G且使所編碼的胺基酸由精胺酸變為甘胺酸。在一些實施例中，替代SNP位於人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs4698775)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs17440077)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs10737680)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs1329428)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體6上之SLC44A4基因與TNXB基因之間(對於rs429608)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體19上之TNFSF14基因與VAV1基因之間(對於rs2230199)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。在一些實施例中，替代SNP位於所選SNP上游或下游之500,000個鹼基對內。在一些實施例中，替代SNP位於所選SNP上游及下游之500個鹼基對內。在一些實施例中，患者經測定攜有CFI風險對偶基因及/或CFH風險對偶基因及/或C2風險對偶基因及/ 或CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，患者經測定攜有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等個AMD風險對偶基因。在一些實施例中，患者中風險對偶基因之存在包含測定由患者樣品所提供之核酸中之多形性核苷酸之身分。在一些實施例中，核酸樣品包含DNA。在一些實施例中，核酸樣品包含RNA。在一些實施例中，核酸樣品經擴增。在一些實施例中，核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。在一些實施例中，多形性係藉由聚合酶鏈反應或定序來偵測。在一些實施例中，藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該多形性。在一些實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。在一些實施例中，樣品為例如其中基因組DNA可經分離的任何生物樣品，但不限於組織樣品、唾液樣品、口腔內膜抹片、血液，或含有基因組DNA的其他生物流體。在一些實施例中，樣品包含DNA。在一些實施例中，樣品包含RNA。在一些實施例中，患者中具多形性之核苷酸的身分係經由基因分型法確定。在一些實施例中，基因分型係藉由PCR分析、序列分析或LCR分析進行。在一些實施例中，當至少一個對偶基因包含選自由以下組成之群的核苷酸時，患者經鑑別具有增強之AMD進展風險且比較可能受益於包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法：SNP rs4698775處存在G核苷酸；SNP rs17440077處存在G核苷酸；SNP rs10737680處存在A核苷酸；SNP rs1329428處存在G核苷酸；SNP rs429608處存在G核苷酸或SNP rs2230199處存在G核苷酸。若患者在與CFI相關之rs4698775或rs17440077或其等效對偶基因、在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因、在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs10737680或其等效對偶基因處具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者處於增強之AMD進展風險中。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有優於20/25或劣於20/400的BCVA。在一個實施例中，BCVA係使用ETDRS圖來測定。在一些實施例中，抗體或其抗原結合片段係玻璃體內投與。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為乾性AMD。在一些實施例中，乾性AMD為晚期乾性AMD。在一些實施例中，晚期乾性AMD為地圖狀萎縮。在一些實施例中，與未接受抗體療法的對照患者相比，患者在抗體投與之後的地圖狀萎縮(GA)面積平均變化減少。在一些實施例中，GA面積之平均變化係經由標準成像方法(例如眼底自體螢光(FAF)或眼底彩色照相術(CFP))量測GA面積來測定。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期AMD或中期AMD。在一些實施例中，患有早期AMD或中期AMD的患者之臨床徵象之出現減少或延遲(例如可包括量測玻璃膜疣之數目及尺寸(對於早期及中期AMD)及監測與玻璃膜疣相關的色素不足及色素過度(對於中期AMD))。在一些實施例中，方法進一步包含向個體投與第二藥劑。在一些實施例中，第二藥劑為VEGF抑制劑。

本發明之甚至另一個實施例提供預測變性疾病(例如AMD)患者對使用抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之反應性的方法，該方法包含確定患者之基因型，其中經測定攜有風險對偶基因的患者鑑別為具有增強之AMD進展(例如GA進展)風險且比較可能對使用抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應的患者。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一個實施例中，眼變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在一些實施例中，抗體為蘭帕珠單抗。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之次要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之主要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因(例如AMD相關多形性)可為CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為CFI風險對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs4698775：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs4698775處之G，或包含與rs4698775處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs4698775之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs17440077：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs17440077處之G，或包含與rs17440077處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs17440077之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs10737680：A對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs10737680處之A，或包含與rs10737680處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs10737680之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs1329428：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs1329428處之G，或包含與rs1329428處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs1329428之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C2風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFB風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C3風險對偶基因為rs2230199：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs2230199處之G，或包含與rs2230199處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs2230199之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，連鎖不平衡為D'度量值或r² 度量值。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為1.0。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為1.0。在一些實施例中，替代SNP為表4至表7中所指定的SNP。在一些實施例中，SNP rs4698775位於人類染色體4上之位置 110590479(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的T變為G。在一些實施例中，SNP rs17440077位於人類染色體4上之位置110537567(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs10737680位於人類染色體1上之位置196679455(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且A對偶基因使核苷酸序列中的C變為A。在一些實施例中，SNP rs1329428位於人類染色體1上之位置196702810(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs429608位於人類染色體6上之位置31930462(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs2230199位於人類染色體19上之位置6718387(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的C變為G且使所編碼的胺基酸由精胺酸變為甘胺酸。在一些實施例中，替代SNP位於人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs4698775)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs17440077)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs10737680)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs1329428)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體6上之SLC44A4基因與TNXB基因之間(對於rs429608)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體19上之TNFSF14基因與VAV1基因之間(對於rs2230199)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。在一些實施例中，替代SNP位於所選SNP上游及下游之500,000個鹼基對內。在一些實施例中，患者經測定攜有CFI風險對偶基因及/或CFH風險對偶基因及/或C2風險對偶基因及/或CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，患者經測定攜有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等個AMD風險對偶基因。在一些實施例中，患者中風險對偶基因之存在包含測定由患者樣品所提供之核酸中之多形性核苷酸之身分。在一些實施例中，核酸樣品包含DNA。在一些實施例中，核酸樣品包含RNA。在一些實施例中，核酸樣品經擴增。在一些實施例中，核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。在一些實施例中，多形性係藉由聚合酶鏈反應或定序來偵測。在一些實施例中，藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該多形性。在一些實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。在一些實施例中，樣品為例如其中基因組DNA可經分離的任何生物樣品，但不限於組織樣品、唾液樣品、口腔內膜抹片、血液，或含有基因組DNA的其他生物流體。在一些實施例中，血液樣品包括全血、血液源細胞、血漿、血清及其組合。在一些實施例中，患者中具多形性之核苷酸的身分係經由基因分型法確定。在一些實施例中，基因分型係藉由PCR分析、序列分析或LCR分析進行。在一些實施例中，當至少一個對偶基因包含選自由以下組成之群的核苷酸時，患者經鑑別具有增強之AMD進展風險且比較可能受益於包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法：SNP rs4698775處存在G核苷酸；SNP rs17440077處存在G核苷酸；SNP rs10737680處存在A核苷酸；SNP rs1329428處存在G核苷酸；SNP rs429608處存在G核苷酸或SNP rs2230199處存在G核苷酸。若患者在與CFI相關之rs4698775或rs17440077或其等效對偶基因、在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因、在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs10737680或其等效對偶基因處具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者處於增強之AMD進展風險中。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有優於20/25或劣於20/400的BCVA。在一個實施例中，BCVA係使用ETDRS圖來測定。在一些實施例中，抗體或其抗原結合片段係玻璃體內投與。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為乾性AMD。在一些實施例中，乾性AMD為晚期乾性AMD。在一些實施例中，晚期乾性AMD為地圖狀萎縮。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期AMD或中期AMD。在一些實施例中，患有早期AMD或中期 AMD的患者之臨床徵象之出現減少或延遲(例如可包括量測玻璃膜疣之數目及尺寸(對於早期及中期AMD)及監測與玻璃膜疣相關的色素不足及色素過度(對於中期AMD))。在一些實施例中，方法進一步包含向個體投與第二藥劑。在一些實施例中，第二藥劑為VEGF抑制劑。

本發明之又一個實施例提供判定AMD患者受益於抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之可能性的方法，該方法包含測定患者之基因型，其中攜有風險對偶基因之患者鑑別為具有增強之AMD進展風險且比較可能對使用抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應的患者。在一些實施例中，抗體為蘭帕珠單抗。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之次要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為所選SNP中之主要對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因(例如AMD相關多形性)可為CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，風險對偶基因為CFI風險對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs4698775：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs4698775處之G，或包含與rs4698775處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs4698775之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFI風險對偶基因為rs17440077：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs17440077處之G，或包含與rs17440077處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs17440077之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs10737680：A對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs10737680處之A，或包含與rs10737680處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs10737680之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFH風險對偶基因為rs1329428：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs1329428處之G，或包含與rs1329428處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs1329428之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C2風險對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，CFB對偶基因為rs429608：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs429608處之G，或包含與rs429608處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs429608之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，C3風險對偶基因為rs2230199：G對偶基因，或其等效對偶基因，或包含所選SNP rs2230199處之G，或包含與rs2230199處於連鎖不平衡的替代SNP。在一些實施例中，替代SNP包含次要對偶基因或存在於所選SNP rs2230199之風險對偶基因之相同單純型上的對偶基因。在一些實施例中，連鎖不平衡為D'度量值或r² 度量值。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的D'度量值為1.0。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.60。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為0.70、0.80或0.90。在一些實施例中，所選SNP與替代SNP之間的r² 度量值為1.0。在一些實施例中，替代SNP為表4至表7中所指定的SNP。在一些實施例中，SNP rs4698775位於人類染色體4上之位置110590479(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的T變為G。在一些實施例中，SNP rs17440077位於人類染色體4上之位置110537567(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs10737680位於人類染色體1上之位置196679455(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且A對偶基因使核苷酸序列中的C變為A。在一些實施例中，SNP rs1329428位於人類染色體1上之位置196702810(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs429608位於人類染色體6上之位置31930462(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的A變為G。在一些實施例中，SNP rs2230199位於人類染色體19上之位置6718387(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)且G對偶基因使核苷酸序列中的C變為G且使所編碼的胺基酸由精胺酸變為甘胺酸。在一些實施例中，替代SNP位於人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs4698775)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體4上之SEC24B基因與EGF基因之間(對於rs17440077)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體l上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs10737680)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體1上之KCNT2基因與LHX9基因之間(對於rs1329428)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體6上之SLC44A4基因與TNXB基因之間(對於rs429608)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組 HG19組裝軟體；2009年2月)、人類染色體19上之TNFSF14基因與VAV1基因之間(對於rs2230199)(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。在一些實施例中，替代SNP位於所選SNP上游及下游之500,000個鹼基對內。在一些實施例中，患者經測定攜有CFI風險對偶基因及/或CFH風險對偶基因及/或C2風險對偶基因及/或CFB風險對偶基因及/或C3風險對偶基因。在一些實施例中，患者經測定攜有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等個AMD風險對偶基因。在一些實施例中，患者中風險對偶基因之存在包含測定由患者樣品所提供之核酸中之多形性核苷酸之身分。在一些實施例中，核酸樣品包含DNA。在一些實施例中，核酸樣品包含RNA。在一些實施例中，核酸樣品經擴增。在一些實施例中，核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。在一些實施例中，多形性係藉由聚合酶鏈反應或定序來偵測。在一些實施例中，藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該多形性。在一些實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。在一些實施例中，樣品為例如其中基因組DNA可經分離的任何生物樣品，但不限於組織樣品、唾液樣品、口腔內膜抹片、血液，或含有基因組DNA的其他生物流體。在一些實施例中，患者中具多形性之核苷酸的身分係經由基因分型法確定。在一些實施例中，基因分型係藉由PCR分析、序列分析或LCR分析進行。在一些實施例中，當至少一個對偶基因包含選自由以下組成之群的核苷酸時，患者經鑑別具有增強之AMD進展風險且比較可能受益於包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法：SNP rs4698775處存在G核苷酸；SNP rs17440077處存在G核苷酸；SNP rs10737680處存在A核苷酸；SNP rs1329428處存在G核苷酸；SNP rs429608處存在G核苷酸或SNP rs2230199處存在G核苷酸。若患者在與CFI相關之rs4698775或rs17440077或其等效對偶基因、在與CFH相關之rs1329428或其等效對偶基因、在與C2/CFB相關之rs429608或其等效對偶基因、或在與C3相關之rs2230199或其等效對偶基因處具有一或兩個G對偶基因複本，或在與CFH相關之rs10737680或其等效對偶基因處具有一或兩個A對偶基因複本，則鑑別該患者處於增強之AMD進展風險中。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有優於20/25或劣於20/400的BCVA。在一個實施例中，BCVA係使用ETDRS圖來測定。在一些實施例中，抗體或其抗原結合片段係玻璃體內投與。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為乾性AMD。在一些實施例中，乾性AMD為晚期乾性AMD。在一些實施例中，晚期乾性AMD為地圖狀萎縮。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期AMD或中期AMD。在一些實施例中，患有早期AMD或中期AMD的患者之臨床徵象之出現減少或延遲(例如可包括量測玻璃膜疣之數目及尺寸(對於早期及中期AMD)及監測與玻璃膜疣相關的色素不足及色素過度(對於中期AMD))。在一些實施例中，方法進一步包含向個體投與第二藥劑。在一些實施例中，第二藥劑為VEGF抑制劑。

本發明之甚至另一個實施例提供治療患者之變性疾病(例如AMD)的方法，該方法包含向經診斷患有變性疾病的患者投與有效量之抗因子D抗體或其抗原結合片段，其中與對照相比，該患者在治療後的AMD進展減少。在一些實施例中，抗體為蘭帕珠單抗。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一個實施例中，眼變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有優於20/25或劣於20/400的BCVA。在一個實施例中，BCVA係使用ETDRS圖來測定。在一些實施例中，抗體或其抗原結合片段係玻璃體內投與。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為乾性AMD。在一些實施例中，乾性AMD為晚期乾性AMD。在一些實施例中，晚期乾性AMD為地圖狀萎縮。在一些實施例中，與未接受抗體療法的對照患者相比，患者在抗體投與之後的地圖狀萎縮(GA)面積平均變化減少。在一些實施例中，GA面積之平均變化係藉由標準成像方法(例如眼底自體螢光(FAF)或眼底彩色照相術(CFP))量測GA面積來測定。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期AMD或中期AMD。在一些實施例中，患有早期AMD或中期AMD的患者之臨床徵象之出現減少或延遲(例如可包括量測玻璃膜疣之數目及尺寸(對於早期及中期AMD)及監測與玻璃膜疣相關的色素不足及色素過度(對於中期AMD))。在一些實施例中，方法進一步包含向個體投與第二藥劑。在一些實施例中，第二藥劑為VEGF抑制劑。

本發明之另一個實施例提供鑑別可能受益於抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之變性疾病患者(例如AMD患者)的方法，該方法包含測定患者之基線GA面積，其中具有需要臨床介入之基線GA面積的患者鑑別為可能受益於抗因子D抗體之療法的患者。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一個實施例中，眼變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在一些實施例中，抗體為蘭帕珠單抗。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有優於20/25或劣於20/400的BCVA。在一個實施例中，BCVA係使用ETDRS圖來測定。在一些實施例中，抗體或其抗原結合片段係玻璃體內投與。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為乾性AMD。在一些實施例中，乾性AMD為晚期乾性AMD。在一些實施例中，晚期乾性AMD為地圖狀萎縮。在一些實施例中，與未接受抗體療法的對照患者相比，患者在抗體投與之後的地圖狀萎縮(GA)面積平均變化減少。在一些實施例中，GA面積之平均變化係藉由標準成像方法(例如眼底自體螢光(FAF)或眼底彩色照相術(CFP))量測GA面積來測定。在一些實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期AMD或中期AMD。在一些實施例中，患有早期AMD或中期AMD的患者之臨床徵象之出現減少或延遲(例如可包括量測玻璃膜疣之數目及尺寸(對於早期及中期AMD)及監測與玻璃膜疣相關的色素不足及色素過度(對於中期AMD))。在一些實施例中，方法進一步包含向個體投與第二藥劑。在一些實施例中，第二藥劑為VEGF抑制劑。

在一些實施例中，本文所述方法中的補體抑制劑為抗因子D抗體或其抗原結合片段。在一些實施例中，抗體特異性結合因子D。在一些實施例中，抗體包含輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一些實施例中，抗體包含與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一些實施例中，抗體包含含有胺基酸序列SEQ ID NO：7的重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8的輕鏈可變區。在一些實施例中，抗體為具有CAS寄存號1278466-20-8的蘭帕珠單抗。在一些實施例中，抗因子D抗體可為單株抗體、抗體片段、嵌合抗體、人類化抗體、單鏈抗體或競爭性抑制抗因子D抗體結合至其各別抗原性抗原決定基的抗體。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗因子D抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少 95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少95%序列一致性的重鏈序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少95%序列一致性的輕鏈序列。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：含有胺基酸序列SEQ ID NO：7之重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8之輕鏈可變區。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：含有胺基酸序列SEQ ID NO：15之重鏈；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：16之輕鏈。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制具有CAS寄存號1278466-20-8之蘭帕珠單抗結合至其各別抗原性抗原決定基。在一些實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與另一種因子D抗體所結合的抗原決定基相同。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗因子D抗體所結合的抗原決定基相同：輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少95%序列一致性的重鏈序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少95%序列一致性的輕鏈序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：7之重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8之輕鏈可變區。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：15之重鏈；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：16之輕鏈。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與具有CAS寄存號1278466-20-8之蘭帕珠單抗所結合的抗原決定基相同。

在一些實施例中，抗因子D抗體或其抗原結合片段係眼內或玻璃體內投與。在一些實施例中，抗體係以10mg之均一劑量投與。在一些實施例中，抗體係以每月10mg或隔月10mg之均一劑量投與。在一些實施例中，抗體係以每月10mg或隔月10mg之均一劑量玻璃體內投與。在一些實施例中，抗因子D抗體或抗原結合片段之替代調配物或藥物遞送模式可包括低於或高於10mg之劑量。在一些實施例中，抗因子D抗體或其抗原結合片段若經由長效遞送(LAD)裝置投與，則以低於10mg的劑量投與。舉例而言，抗因子D抗體或其抗原結合片段係以9、8、7、6、5、4、3、2、1mg之劑量投與。在一些實施例中，抗因子D抗體或其抗原結合片段若玻璃體內投與，則以大於10mg之劑量投與。舉例而言，抗因子D抗體或其抗原結合片段係以11、12、13、14、15、16、17、18、19、20mg之劑量投與。

在一些實施例中，抗體之投與對於以下一或多者為有效的：(1)GA面積減少；(2)視力下降減少。在一些實施例中，本文所述方法進一步包含向患者投與第二藥劑。在一些實施例中，第二藥劑為VEGF抑制劑。在一些實施例中，第二藥劑為AMD之標準照護。

在另一個態樣中，本發明提供治療攜有風險對偶基因且需要該治療之患者的治療方案，該方案包含投與因子D抑制劑。在一些實施例中，補體抑制劑為抗因子D抗體或其抗原結合片段。在一些實施例中，抗體係以5mg至30mg之均一劑量投與。在一些實施例中，抗體係以每月5-15mg或隔月10-30mg之均一劑量投與。在一些實施例中，抗體係眼內或玻璃體內投與。在一些實施例中，抗體係以每月5mg或15mg之均一劑量玻璃體內投與。在一些實施例中，抗體包含輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一些實施例中，抗體包含與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一些實施例中，抗體包含重鏈可變區，該重鏈可變區包含胺基酸序列SEQ ID NO：7(EVQLVQSGPELKKPGASVKVSCKAS GYTFTNYGMN WVRQAPGQGLEWMG WINTYTGETTYADDFKG RFVFSLDTSVSTAYLQISSLKAEDTAVYYCEREGGVNN WGQGTLVTVSS；HVR加下劃線且為粗體)；及/或輕鏈可變區，該輕鏈可變區包含胺基酸序列SEQ ID NO：8(DIQVTQSPSSLSASVGDRVTITC ITSTDIDDDMN WYQQKPGKVPKLLIS GGNTLRP GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDVATYYC LOSDSLPYT FGQGTKVEIK；HVR加下劃線且為粗體)。在一些實施例中，抗體為具有CAS寄存號1278466-20-8的蘭帕珠單抗。在一些實施例中，抗因子D抗體可為單株抗體、抗體片段、嵌合抗體、人類化抗體、單鏈抗體或競爭性抑制抗因子D抗體結合至其各別抗原性抗原決定基的抗體。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗因子D抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少95%序列一致性的重鏈序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少95%序列一致性的輕鏈序列。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：含有胺基酸序列SEQ ID NO：7之重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8之輕鏈可變區。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：含有胺基酸序列SEQ ID NO：15之重鏈；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：16之輕鏈。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制具有CAS寄存號1278466-20-8之蘭帕珠單抗結合至其各別抗原性抗原決定基。在一些實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與另一種因子D抗體所結合的抗原決定基相同。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗因子D抗體所結合的抗原決定基相同：輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少95%序列一致性的重鏈序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少95%序列一致性的輕鏈序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：7之重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8之輕鏈可變區。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：15之重鏈；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：16之輕鏈。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與具有CAS寄存號1278466-20-8之蘭帕珠單抗所結合的抗原決定基相同。

在另一個態樣中，本發明提供一種鑑別可能受益於因子D抑制劑療法之AMD患者的方法，該方法包含測定該患者之樣品的基因型，其中如藉由基因型分析所量測攜有風險對偶基因的患者鑑別為可能受益於因子D抑制劑療法的患者。在另一個態樣中，本發明提供一種預測AMD患者對因子D抑制劑療法之反應性的方法，該方法包含測定該患者之樣品的基因型，其中攜有風險對偶基因的患者鑑別為可能對因子D抑制劑療法有反應的患者。在一些實施例中，基因型分析係使用SNP陣列Taqman(Hui等人，Current Protocol in Human Genetics ，增刊56：2.10.1-2.10.8(2008))、螢光極化、Sequenom或如本文所述用於分析SNP的其他方法。在一些實施例中，基因型分析係利用PCR或定序。

在另一個態樣中，本發明提供一種治療變性疾病的方法，該方法包含以每月10mg劑量向罹患變性疾病的患者投與包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2、HVRL3及HVRL3的抗因子D抗體或其抗原結合片段，其中各別HVR具有胺基酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一個實施例中，眼變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在一個實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。在一個實施例中，晚期AMD為地圖狀萎縮。在一個實施例中，投與第二藥劑。在一個實施例中，第二藥劑為VEGF抑制劑。在一個實施例中，VEGF抑制劑為蘭尼單抗。在一個實施例中，抗因子D抗體或其抗原結合片段為包含含有SEQ ID NO：7之VH及含有SEQ ID NO：8之VL的抗體或其抗原結合片段。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、 64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於80%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於75%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於70%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於65%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於60%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於55%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於50%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於45%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於40%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於35%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於30%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於25%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於20%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於15%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於10%。在一個實施例中，治療使得GA面積之變化相對於基線GA面積的降幅大於5%。在一個實施例中，患者患有AMD繼發性地圖狀萎縮。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/400之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/25與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/400之間的 BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有20/50與20/100之間的BCVA。在一個實施例中，研究之患者眼具有優於20/25或劣於20/400的BCVA。在一個實施例中，BCVA係使用ETDRS圖來測定。在一個實施例中，患者之研究眼尚未接受任何前述玻璃體內療法、視網膜手術或其他視網膜治療程序。

在一個態樣中，本發明提供對變性疾病患者之生物樣品進行基因分型的套組，其中該套組包含用於聚合酶鏈反應的寡核苷酸；或用於定序以便偵測風險對偶基因。在另一個態樣中，本發明提供用於測定生物樣品中至少一種變性疾病相關多形性之存在的套組，該套組包含針對至少一種變性疾病相關多形性之存在來偵測生物樣品之基因型的試劑及說明書，其中多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。在一個實施例中，生物樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。在一個實施例中，生物樣品為核酸樣品。在一個實施例中，核酸樣品包含DNA。在一個實施例中，核酸樣品包含RNA。在一個實施例中，核酸樣品經擴增。在一個實施例中，生物樣品獲自經診斷患有變性疾病(諸如AMD，包括早期、中期及晚期AMD)的患者。在一個實施例中，晚期AMD為GA。在一個實施例中，套組進一步包含藥品說明書用於判定變性疾病患者是否可能對使用抗因子D抗體或其抗原結合片段有反應。在一個實施例中，套組係用於偵測CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因之存在。在一個實施例中，套組係用於偵測在SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199具有G基因型之一或兩個對偶基因之存在或在SNP rs10737680具有A基因型之兩個對偶基因之存在。在一個實施例中，套組中之試劑包含一組專門用於偵測CFI、C2、CFB、C3 或CFH對偶基因之多形性的寡核苷酸。本發明之寡核苷酸可為適於擴增CFI、C2、CFB、C3或CFH基因中之分別包含CFI、C2、CFB、C3或CFH之多形性之區域的正向引子及反向引子，該多形性選自由以下組成之群：SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199之G基因型或SNP rs10737680之A基因型。套組可進一步包含用於偵測多形性的寡核苷酸探針。適用作本發明之引子及探針的寡核苷酸包括表9中以SEQ ID NO：17-41所列之寡核苷酸。在一個態樣中，套組中之試劑包含(i)SEQ ID NO：17或18之正向引子與SEQ ID NO：19或20之反向引子及選自SEQ ID NO.21-24之標記探針之組合；(ii)SEQ ID NO：25或26之正向引子與SEQ ID NO：27或28之反向引子及SEQ ID NO.29-33之標記探針之組合；或(iii)SEQ ID NO：34或35之正向引子與SEQ ID NO：36或37之反向引子及選自SEQ ID NO.38-41之標記探針之組合。在一個實施例中，套組中之試劑係與如上文(i)、(ii)及(iii)中所列之引子及探針組合。

在另一個態樣中，本發明提供一種用於預測患者是否具有增強之受益於抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之可能性的套組，該套組包含對於CFI、C2、CFB、C3或CFH之多形性具有特異性的第一寡核苷酸及第二寡核苷酸。在一個實施例中，該第一寡核苷酸及該第二寡核苷酸可用於擴增CFI、C2、CFB、C3或CFH基因中之分別包含CFI、C2、CFB、C3或CFH之多形性的區域，該多形性選自由以下組成之群：SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199之G基因型或SNP rs10737680之A基因型。在一個實施例中，抗因子D抗體或其抗原結合片段包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2、HVRL3及HVRL3，其中各別HVR具有胺基酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6。

在本發明之一個態樣中，抗因子D抗體或其抗原結合片段包含SEQ ID NO：7之可變重鏈及/或SEQ ID NO：8之可變輕鏈。

在本發明之一個態樣中，多形性為CFI多形性。在一個實施例中，CFI多形性與一或多個選自由以下組成之群之其他多形性組合存在：CFH多形性、C2多形性、C3多形性或CFB多形性。

在一個態樣中，本發明提供特異性結合至至少一個變性疾病相關多形性之藥劑用於製造供診斷變性疾病用之診斷劑的用途，其中多形性為選自由以下組成之群的次要對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因。在一個實施例中，CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。在一個實施例中，CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077處包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680處包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428處包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，且C3對偶基因在單核百酸多形性(SNP)rs2230199處包含G。在一個實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測至少一種多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒 (MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。在一個實施例中，至少一種多形性如下偵測：擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交。在一個實施例中，個體中SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個具有G基因型之對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個具有A基因型之對偶基因指示變性疾病進展之風險增強。在一個實施例中，偵測到與至少一個選自由以下組成之群之單核苷酸多形性處於連鎖不平衡的多形性：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。在一個實施例中，變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在一個實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。在一個實施例中，晚期AMD為地圖狀萎縮。

在一個態樣中，本發明提供結合至至少一個變性疾病相關多形性之藥劑活體外用於鑑別患有變性疾病、可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應之患者的用途，其中多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因，其中該等多形性之存在鑑別該患者比較可能對該療法有反應。在一個實施例中，CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。在一個實施例中，CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077處包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680處包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428處包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP) rs429608處包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199處包含G。在一個實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測至少一種多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。在一個實施例中，至少一種多形性如下偵測：擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交。在一個實施例中，個體中SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個具有G基因型之對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個具有A基因型之對偶基因指示變性疾病進展之風險增強。在一個實施例中，偵測到與至少一個選自由以下組成之群之單核苷酸多形性處於連鎖不平衡的多形性：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一個實施例中，眼變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在一個實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。在一個實施例中，晚期AMD為地圖狀萎縮。

在一個態樣中，本發明提供變性疾病相關多形性活體外用於選擇患有變性疾病、可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應之患者的用途，其中當偵測到該患者之樣品中存在變性疾病相關多形性時，鑑別該患者比較可能對該療法有反應。在一個實施例中，變性疾病相關多形性為AMD相關多形性。在一個實施例中，AMD相關多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因，其用於鑑別患有變性疾病、可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應的患者，其中該等多形性之存在鑑別該患者比較可能對該療法有反應。在一個實施例中，CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。在一個實施例中，CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077處包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680處包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428處包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199處包含G。在一個實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測至少一種多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。在一個實施例中，至少一種多形性如下偵測：擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交。在一個實施例中，個體中SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個具有G基因型之對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個具有A基因型之對偶基因指示變性疾病進展之風險增強。在一個實施例中，偵測到與至少一個選自由以下組成之群之單核苷酸多形性處於連鎖不平衡的多形性：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一個實施例中，眼變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在一個實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。在一個實施例中，晚期AMD為地圖狀萎縮。

在一個態樣中，本發明提供變性疾病相關多形性用於製造診斷劑的用途，以便評估患有變性疾病之患者對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之反應的可能性。在一個實施例中，變性疾病相關多形性為AMD相關多形性。在一個實施例中，AMD相關多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因，其用於鑑別患有變性疾病、可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應的患者，其中該等多形性之存在鑑別該患者比較可能對該療法有反應。在一個實施例中，CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。在一個實施例中，CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP) rs4698775或rs17440077處包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680處包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428處包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199處包含G。在一個實施例中，藉由選自由以下組成之群的技術偵測至少一種多形性：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。在一個實施例中，至少一種多形性如下偵測：擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交。在一個實施例中，個體中SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個具有G基因型之對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個具有A基因型之對偶基因指示變性疾病進展之風險增強。在一個實施例中，偵測到與至少一個選自由以下組成之群之單核苷酸多形性處於連鎖不平衡的多形性：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一個實施例中，眼變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。在一個實施例中，年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。在一個實施例中，晚期AMD為地圖狀萎縮。

在一個態樣中，本發明提供用於偵測補體相關基因座中之一或多個核苷酸位置之多形性的寡核苷酸。在一個實施例中，補體相關基因座係選自CFH、CFI、C3、C2及CFB風險基因座。在一個實施例中，核苷酸位置係選自由以下組成之群：與rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199相關的核苷酸位置。在一個實施例中，寡核苷酸與選自由SEQ ID NO：17-41組成之群之一或多個序列具有至少90%一致性且具有該等序列之3'末端核苷酸。相對於該等序列之一(不包括3'末端核苷酸)，寡核苷酸可能包含3個或少於3個錯配，及/或至少1個位於3'末端之倒數第二段5個核苷酸中的錯配。寡核苷酸可能進一步包含至少一個位於3'末端之末尾5個核苷酸中的經修飾之核苷酸。在一些實施例中，寡核苷酸適合於偵測rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199之一或多個對偶基因。

在一個態樣中，本發明為偵測CFH、CFI、C3、C2或CFB風險基因座中之SNP的診斷方法。在一個實施例中，SNP係選自rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。在一個實施例中，使用選自SEQ ID NO：17-41的寡核苷酸或與其至少90%一致且具有該寡核苷酸之3'末端核苷酸的變異體來偵測SNP。在一個實施例中，該方法包含使含有核酸的生物樣品與一或多種寡核苷酸在相應下游引子及偵測探針存在下接觸。有利地，若干SNP之偵測可以單一反應進行。在一些實施例中，若干緊密定位之多形性可以含有兩種或兩種以上對偶基因特異性寡核苷酸的單一反應偵測，例如選自表9中所列之序列的寡核苷酸，其可與單一下游引子及視情況存在之單一偵測探針組合成一種反應混合物。在另一個實施例中，方法包含：在相應正向引子及反向引子(亦即能夠與標靶DNA核酸之相對股雜交以便達成指數級擴增的引子)、三磷酸核苷及核酸聚合酶存在下，使含有核酸的測試樣品與一或多種作為SNP特異性探針的寡核苷酸接觸，使得僅當樣品中存在突變時，有效延長一或多個對偶基因特異性引子；及藉由直接或間接地偵測引子延長部分之存在或不存在來偵測突變之存在或不存在。

在一個特定實施例中，用探針偵測引子延長部分之存在。探針可用放射性標記或發色團(螢光團)標記加以標記，例如合併FAM、JA270、CY5系列染料或HEX染料的標記。在使用螢光標記探針偵測的一個實例中，可藉由即時聚合酶鏈反應(rt-PCR)偵測突變，其中探針雜交引起探針之酶促消化及所得螢光之偵測(TaqMan^TM 探測方法，Holland等人，(1991)P.N.A.S.USA 88：7276-7280)。或者，延長產物及擴增產物之存在可藉由凝膠電泳、隨後染色或藉由墨點分析及雜交法偵測，如例如以下文獻中所述：Sambrook,J.及Russell,D.W.(2001)Molecular Cloning，第3版， CSHL Press，第5章及第9章。

在一些實施例中，如本文所述及用於本文所述用途中的因子D抑制劑為抗因子D抗體。抗體特異性結合因子D。在一些實施例中，抗體包含輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一些實施例中，抗體包含與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一些實施例中，抗體包含含有胺基酸序列SEQ ID NO：7的重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8的輕鏈可變區。在一些實施例中，抗體為具有CAS寄存號1278466-20-8的蘭帕珠單抗。在一些實施例中，抗因子D抗體可為單株抗體、抗體片段、嵌合抗體、人類化抗體、單鏈抗體或競爭性抑制抗因子D抗體結合至其各別抗原性抗原決定基的抗體。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗因子D抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少95%序列一致性的重鏈序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少95%序列一致性的輕鏈序列。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：含有胺基酸序列SEQ ID NO：7之重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8之輕鏈可變區。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：含有胺基酸序列SEQ ID NO：15之重鏈；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：16之輕鏈。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制具有CAS寄存號1278466- 20-8之蘭帕珠單抗結合至其各別抗原性抗原決定基。在一些實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與另一種因子D抗體所結合的抗原決定基相同。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗因子D抗體所結合的抗原決定基相同：輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少95%序列一致性的重鏈序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少95%序列一致性的輕鏈序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：7之重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8之輕鏈可變區。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：15之重鏈；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：16之輕鏈。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與具有CAS寄存號1278466-20-8之蘭帕珠單抗所結合的抗原決定基相同。

在另一個態樣中，本發明提供包含IVT投藥裝置的製品，其將均一劑量之抗因子D抗體或其抗原結合片段遞送至患者，其中均一劑量係在微克至毫克範圍內。在一些實施例中，均一劑量為每月10mg或隔月10mg。在一些實施例中，裝置中抗體之濃度為約10mg。在另一個態樣中，本發明提供包含濃度為10mg之抗因子D抗體或其抗原結合片段的製品。在一些實施例中，抗體包含輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一些實施例中，抗體包含與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一些實施例中，抗體包含含有胺基酸序列SEQ ID NO：7的重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8的輕鏈可變區。在一些實施例中，抗體為具有CAS寄存號1278466-20-8的蘭帕珠單抗。

在另一個態樣中，本發明提供用於鑑別可能受益於因子D抑制劑療法之變性疾病患者的套組，該套組包含用於自變性疾病患者收集血液樣品的小瓶及用於判定變性疾病患者是否攜有風險對偶基因的說明書。在一些實施例中，至少一個選自由以下組成之群之SNP之存在用於判定變性疾病患者是否攜有風險對偶基因：補體因子I(CFI)、補體因子H(CFH)、補體因子B(CFB)、補體組分3(C3)及補體組分2(C2)。在一個實施例中，變性疾病為眼變性疾病。在一些實施例中，眼變性疾病為AMD。在一些實施例中，因子D抑制劑為抗因子D抗體或其抗原結合片段。

在另一個態樣中，本發明提供穩定的凍乾組合物，其經無菌注射用水復原之後，包含約80至約120mg/mL之量的抗因子D抗體或其抗原結合片段、約8至約40mM之量的氯化鈉、約80mM至約240mM之量的蔗糖、約10至約60mM之量的L-組胺酸、約0.01至約0.08% w/v之量的聚山梨醇酯20，其中組合物具有約5.0至約6.0之pH。

應瞭解，本文所述之各種實施例的一種、一些或所有特性可組合而形成本發明之其他實施例。本發明之此等及其他態樣對於熟悉此項技術者為顯而易見的。本發明之此等及其他實施例進一步描述於以下實施方式中。

圖1描繪下文實例1中所述之MAHALO試驗之研究設計圖。

圖2A為概述功效可評估之所有患者(n=123)之基線特徵的表格，該等患者來自實例1中所述之II期研究組成部分。如本文所用之「功效可評估患者」定義為隨機分配的所有患者，其接受至少一種注射療法且具有至少一個基線後GA面積量測值。圖2B為概述所分析患者之基於CFI狀況之基線特徵的表格，其中風險對偶基因攜帶者定義為在所測試之SNP處具有異種接合或同種接合之風險對偶基因的個體。VA=視力。GA=地圖狀萎縮。DA=圓盤面積(1DA=2.54mm² )。

圖3A及3B顯示在對全部參加者群體之MAHALO II期研究中，在主要資料庫鎖定之後的初步功效結果；在蘭帕珠單抗每月治療組中，所研究之GA面積相對於基線之平均變化在第18個月達到第一終點，如藉由眼底自體螢光(FAF)所量測，且GA面積相對於基線之平均變化在第18個月達到其第二終點，如藉由眼底彩色照相術(CFP)所評估。自第6個月開始且延伸至第18個月，根據第一(FAF)及第二(CFP)成像終點，在每月治療組中觀測到GA面積增長之進展減緩的正面治療效果。圖3A顯示，根據LOCF資料之未調整平均值，蘭帕珠單抗每月治療組之GA面積增長之進展相對於所組合之假治療組減少23.1%。圖3B顯示，根據分層分析(依據基線之病灶尺寸類別進行分層，<4DA相對於>4DA)LOCF資料之變異數所得之最小平方均值(Henry Scheffe.第1.2章「Mathematical Models」in The Analysis of Variance,New York：John Wiley & Sons,Inc.,1999，第4-7頁)，蘭帕珠單抗每月治療組的GA面積增長之進展相對於所組合之假治療組減少20.4%。結果顯示在18個月研究治療期期間，每月投與之蘭帕珠單抗在減少GA面積增長方面具有臨床上有意義且統計上顯著之作用。「所組合之假治療組」係指每月或隔月接受假治療的治療組。「afD1m」係指每月接受蘭帕珠單抗的治療組。「afD2m」係指隔月接受蘭帕珠單抗的治療組。LOCF方法係指用於推算缺失資料的最後觀測值結轉方法(last-observation-carried-forward method)(David Streiner."Last-Observation-Carried-Forward Method" in Encyclopedia of Research Design，第2卷，Neil Salkind編，Thousand Oaks,California：Sage Publications,Inc.,2010，第681-745頁)。

圖4為假治療組與蘭帕珠單抗每月治療組之定義性減少之自體螢光(DDAF)變化(如本文所用之GA面積之DDAF變化係指基線至第18個月之病灶尺寸(mm2)之變化)的比較情況。假治療組與蘭帕珠單抗每月治療組中之患者總數以「All」表示。指出假治療組與蘭帕珠單抗每月治療組中攜有CFH風險對偶基因(rs1329428)、C2/CFB風險對偶基因(rs429608)、C3風險對偶基因(rs2230199)或CFI風險對偶基因(rs17440077)之患者的數目。所有患者均攜有C2/CFB風險對偶基因(除假治療組中之1位患者之外)。所有患者亦攜有CFH風險對偶基因(不包括假治療組中之2位患者)。

圖5顯示各組在第18個月之DDAF變化(假治療組平均值減去每月治療組平均值)及GA面積之減少%(假治療組平均值減去每月治療組平均值除以假治療組平均值)。假治療組與蘭帕珠單抗每月治療組中之患者總數以「All」表示。指出假治療組與蘭帕珠單抗每月治療組中之對於CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因、C3風險對偶基因或CFI風險對偶基因而言為異種接合或同種接合之患者的數目。對於CFI風險對偶基因而言為異種接合的患者(此等患者亦攜有C2/CFB及CFH風險對偶基因)顯示-2.29mm² 之GA面積平均變化(假治療組對於每月治療組)及52.66%之減少%(每月治療組相對於假治療組)，表明每月治療組之病灶進展速率相對於假治療對照組而言明顯降低。「DDAF」當在本文中使用時係指GA面積。「DDAF變化」當在本文中使用時係指相對於基線之變化。

圖6顯示假治療組與蘭帕珠單抗每月治療組中攜有CFH、C2/CFB及CFI風險對偶基因之患者GA面積相對於基線之DDAF變化(依據FAF)的最小平方均值。此圖中之資料相對於基線之病灶尺寸(作為連續變數)及病灶尺寸類別(<4DA及4DA)經調整。計算第18個月(初始功效時間點)之治療效果及減小率；第18個月之絕對治療效果為1.837mm² ，相應減小率為44%。垂直條形圖為最小平方均值之95%信賴區間。根據混合作用模型之所觀測資料，星號(*)係指未調整的p值<0.005。

圖7顯示假治療組與蘭帕珠單抗每月治療組中攜有CFH、C2/CFB及CFI風險對偶基因之患者之GA面積相對於基線之DDAF變化之最小平方均值與攜有CFH及C2/CFB風險對偶基因、但無CFI風險對偶基因之患者的比較情況。此圖中之資料相對於基線之病灶尺寸(作為連續變數)及病灶尺寸類別(<4DA及4DA)經調整。計算第18個月(初始功效時間點)之治療效果及減小率。第18個月之絕對治療效果為1.837mm² ，相應減小率為44%，如圖6中所示；然而，在經蘭帕珠單抗治療之無CFI風險對偶基因之患者中未觀測到治療效果。另外，相對於無CFI風險對偶基因之假治療組，假治療對照組中之具有CFI風險對偶基因的患者顯示更快速的進展。此等發現表明，CFI生物標記可對AMD之進展(例如GA)進行預後且可對蘭帕珠單抗之治療反應進行預測。垂直條形圖為最小平方均值之95%信賴區間。根據混合作用模型之所觀測資料，星號(*)係指未調整的p值<0.005。

圖8顯示假治療組與蘭帕珠單抗每月治療組中攜有CFH、C2/CFB及CFI風險對偶基因之患者之GA面積相對於基線之DDAF變化(依據FAF)的最小平方均值及20/50-20/100之基線BCVA。此圖中之資料相對於基線之病灶尺寸(作為連續變數)及病灶尺寸類別(<4DA及4DA)經調整。計算第18個月(初始功效時間點)之治療效果及減小率；第18個月之絕對治療效果為2.827mm² ，相應減小率為54%。垂直條形圖為最小平方均值之95%信賴區間。根據混合作用模型之所觀測資料，星號(*)係指未調整的p值<0.005。

圖9顯示獲自公開可獲得之癌症基因組圖譜(TCGA)資料庫的CFI(CFI nRPKM)之mRNA含量在肝臟組織中最高。(RPKM=每一百萬匹配讀段數中每Kb轉錄物長度之讀段數；nRPKM為RPKM之校正值，其說明基因組序列之一些區域比其他更有效)。

圖10顯示正常肝臟組織中之根據rs4698775 SNP基因型所得的CFI mRNA含量。rs698775 SNP基因型與正常TCGA肝臟樣品中之CFI mRNA含量明顯相關(p=0.02)。風險對偶基因同種接合體(GG)中的CFI mRNA比異種接合體(GT)少，異種接合體中的CFI mRNA又比無風險對偶基因同種接合體(TT)少。

圖11顯示與對照組相比，來自MAHALO臨床試驗樣品之樣品中之CFI罕有誤義變異富集(p=0.015)。

圖12顯示CFI-(基於rs17440077之CFI-)罕有誤義變異體攜帶者的進展速率(GA面積相對於基線之平均變化)類似於CFI+(基於rs17440077之CFI+)。

除非另有定義，否則本文所用的技術及科學術語具有與一般熟悉本發明所屬技術者通常所瞭解相同的含義。Singleton等人，Dictionary of Microbiology and Molecular Biology第2版，J.Wiley & Sons(New York,N.Y.1994)，及March,Advanced Organic Chemistry Reactions,Mechanisms and Structure第4版，John Wiley & Sons(New York,N.Y.1992)向熟悉此項技術者提供本申請案中所用之許多術語的一般指導。

I.前言

本發明尤其提供用抗因子D抗體或其抗原結合片段治療AMD(例如GA、濕性(新生血管性/滲出性)、早期AMD或中期AMD)患者的方法，及鑑別可能受益於此療法之患者的方法(例如患者分層)，及診斷面臨AMD進展之風險之患者的方法。

II.定義

為解釋本說明書之目的，將採用以下定義，且只要適當，以單數所用之術語亦將包括複數，且反之亦然。若下文闡述之任何定義與以引用的方式併入本文中之任何文件不一致，則以下文闡述之定義為準。

如本說明書及隨附申請專利範圍中所用，除非上下文另有明確說明，否則單數形式「一(a/an)」及「該(the)」包括複數個指示物。因此，舉例而言，提及「一種蛋白質」或一種「抗體」分別包括複數種蛋白質或抗體；提及「一種細胞」包括細胞之混合物，及其類似表述。

術語「與補體相關之病症」以最廣泛之意義使用且包括與過度或不受控制之補體活化相關的病症。其包括：心肺繞道手術期間之補體活化；急性心肌梗塞、動脈瘤、中風、出血性休克、擠壓傷、多器官衰竭、血量減少性休克、腸局部缺血或引起局部缺血之其他事件之後因局部缺血再灌注所引起之補體活化。補體活化亦已顯示與發炎病況相關，諸如重度燒傷、內毒素血症、敗血性休克、成人呼吸窘迫症候群、血液透析、過敏性休克、重度哮喘、血管性水腫、克羅恩氏病(Crohn's disease)、鐮狀細胞性貧血、鏈球菌感染後絲球體腎炎及胰腺炎。病症可為不良藥物反應、藥物過敏、IL-2誘導血管滲漏症候群或放射攝影造影劑過敏的結果。其亦包括自體免疫疾病，諸如全身性紅斑狼瘡、重症肌無力、類風濕性關節炎、阿茲海默氏症(Alzheimer's disease)及多發性硬化症。補體活化亦與移植排斥反應相關。補體活化亦與眼病相關，諸如年齡相關性黃斑部變性、糖尿病性視網膜病變及其他局部缺血相關性視網膜病變、脈絡膜新血管生成(CNV)、地圖狀萎縮(GA)、葡萄膜炎、糖尿病性黃斑水腫、病理性近視、逢希伯-林道疾病(von Hippel-Lindau disease)、眼組織漿菌病、視網膜中央靜脈阻塞(CRVO)、角膜新血管生成及視網膜新血管生成。

術語「補體相關性眼病況」以最廣泛之意義使用且包括病理涉及補體(包括補體之經典途徑及替代途徑，且尤其補體之替代途徑)之所有眼病況。補體相關性眼病況包括(但不限於)黃斑部變性疾病，諸如所有階段之年齡相關性黃斑部變性(AMD)(包括乾性及濕性(非滲出性及滲出性)形式)、脈絡膜新血管生成(CNV)、地圖狀萎縮(GA)、葡萄膜炎、糖尿病性及其他局部缺血相關性視網膜病變，及其他眼內新生血管性疾病，諸如糖尿病性黃斑水腫、病理性近視、逢希伯-林道疾病、眼組織漿菌病、視網膜中央靜脈阻塞(CRVO)、角膜新血管生成及視網膜新血管生成。在一個實例中，補體相關性眼病況包括年齡相關性黃斑部變性(AMD)，包括非滲出性(乾性或萎縮性)及滲出性(濕性)AMD；脈絡膜新血管生成(CNV)；糖尿病性視網膜病變(DR)；地圖狀萎縮(GA)及眼內炎。

如本文所用，「年齡相關性黃斑部變性」，在本文中亦稱為「AMD」，為因黃斑細胞變性所引起的眼疾病，黃斑為視網膜中負責中心視力的一部分。AMD可為(1)濕性(滲出性)AMD，其特徵為視網膜下血管之異常生長導致流體或血液滲漏，最終損傷光受體；或(2)乾性(非滲出性)，其特徵為細胞碎屑(玻璃膜疣)積聚於視網膜與脈絡膜之間。

如本文所用，「地圖狀萎縮」，在本文中亦稱為「GA」，為涉及視網膜色素上皮細胞(RPE)變性、與光受體損失相關的疾病。GA為乾性AMD之晚期形式。

如本文所用，「GA面積」係指代表視網膜解剖結構(例如光受體及視網膜色素上皮細胞(RPE))損失的離散面積。GA面積係藉由標準成像技術量測，諸如眼底自體螢光(FAF)及數位彩色眼底照相術(CFP)。

如本文所用，「早期AMD」為以多個小型(<63μm)或1個中型玻璃膜疣(63μm且<125μm)為特徵的疾病。

如本文所用，「中期AMD」為以許多中型或1個大型玻璃膜疣(125μm)為特徵、通常伴有視網膜色素上皮細胞之色素過多或色素不足的疾病。

如本文所用，「晚期AMD」為以地圖狀萎縮(GA)或新生血管性(濕性)AMD為特徵的疾病。

如本文所用，「預後性生物標記」為指示未治療個體之疾病之可能病程的標記。

如本文所用，「預測性生物標記」鑑別比較可能對指定療法有反應的患者子群。

「親和力」係指分子(例如抗體)之單一結合位點與該分子之結合搭配物(例如抗原)之間的非共價相互作用力之總和。除非另有說明，否則如本文所用，「結合親和力」係指反映結合對之成員(例如抗體與抗原結合臂)之間1：1相互作用的內在結合親和力。分子X對其搭配物Y之親和力一般可由解離常數(Kd)表示。可藉由此項技術中已知之常見方法(包括本文所述之方法)量測親和力。量測結合親和力之具體說明性及例示性實施例描述於下文中。

「親和力成熟」抗體係指與一或多個高變區(HVR)中不具有一或多個變化之親本抗體相比，在一或多個高變區(HVR)中具有此等變化之抗體，此等變化使抗體對抗原之親和力得到改良。

術語「抗標靶抗體」及「結合至標靶的抗體」係指能夠以足夠親和力結合標靶(例如因子D)的抗體，使得該抗體適用作靶向標靶(例如因子D)的診斷劑及治療劑。在一個實施例中，抗標靶抗體結合至無關非標靶蛋白質之程度小於該抗體與標靶之結合的約10%，如例如藉由放射免疫分析(RIA)或biacore分析所量測。在某些實施例中，結合至標靶的抗體具有1μM、100nM、10nM、1nM、0.1nM、0.01nM或0.001nM之解離常數(Kd)(例如10^-8 M或小於10^-8 M，例如10^-8 M至10^-13 M，例如10^-9 M至10^-13 M)。在某些實施例中，抗標靶抗體結合至標靶之抗原決定基，此抗原決定基在不同物種中具保守性。

本文中之術語「抗體」以最廣泛含義使用且尤其涵蓋單株抗體、多株抗體、由至少兩個完整抗體形成之多特異性抗體(例如雙特異性抗體)及抗體片段，只要其展現所要生物活性即可。

「抗體片段」包含完整抗體之一部分，較佳包含其抗原結合區。抗體片段之實例包括Fab、Fab'、F(ab')₂ 及Fv片段，雙功能抗體，線性抗體，單鏈抗體分子；及由抗體片段形成之多特異性抗體。

與參考抗體「結合至相同抗原決定基之抗體」係指在競爭分析中將參考抗體與其抗原之結合阻斷50%或50%以上之抗體，及反之，參考抗體在競爭分析中將抗體與其抗原之結合阻斷50%或50%以上。在一個態樣中，本發明抗體之抗原結合活性可藉由例如已知方法(諸如ELISA、西方墨點法等)進行測試。在一些實施例中，可利用競爭分析法鑑別與參考抗體競爭結合至因子D的抗體。在某些實施例中，此競爭性抗體結合的抗原決定基(例如線性或構形抗原決定基)與本文指定之參考抗因子D抗體所結合的抗原決定基相同。用於對抗體所結合之抗原決定基進行定位的詳細例示性方法提供於Morris(1996A)"Epitope Mapping Protocols," in Methods in Molecular Biology第66卷(Humana Press,Totowa,NJ)。在例示性競爭分析中，固著之因子D在溶液中培育，該溶液包含結合至因子D之第一標記抗體(例如蘭帕珠單抗)及針對與第一抗體競爭結合至因子D之能力受測試的第二未標記抗體。第二抗體可存在於融合瘤上清液中。作為對照，將固著之因子D在包含第一標記抗體(例如蘭帕珠單抗)、但不包含第二未標記抗體的溶液中培育。在容許第一抗體結合至因子D的條件下培育後，移除過量的未結合抗體，且量測與所固著之因子D結合之標記的量。若測試樣品中與所固著之因子D結合之標記的量相對於對照樣品實質上降低，則此表明第二抗體與第一抗體(例如蘭帕珠單抗)競爭結合至因子D。參見Harlow及Lane(1988)Antibodies：A Laboratory Manual第14章(Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY)。

出於本文之目的，「受體人類構架」為包含來源於人類免疫球蛋白構架或人類共同構架(如以下所定義)之輕鏈可變域(VL)構架或重鏈可變域(VH)構架之胺基酸序列的構架。「來源於」人類免疫球蛋白構架或人類共同構架之受體人類構架可包含其相同胺基酸序列，或其可含有胺基酸序列變化。在一些實施例中，胺基酸變化之數目為10個或 10個以下、9個或9個以下、8個或8個以下、7個或7個以下、6個或6個以下、5個或5個以下、4個或4個以下、3個或3個以下、或2個或2個以下。在一些實施例中，VL受體人類構架的序列與VL人類免疫球蛋白構架序列或人類共同構架序列一致。

出於本文之目的，「完整抗體」為包含重鏈及輕鏈可變域以及Fc區的抗體。

如本文所用，「抗人類因子D抗體」意謂以抑制或實質上降低補體活化之方式特異性結合人類因子D之抗體。

如本文所用，術語「因子D」在本文中用於指原生序列及變異型因子D多肽。

「原生序列」因子D為一種多肽，不論其製備方式，其具有與來源於自然界之因子D多肽相同之胺基酸序列。因此，原生序列因子D可自自然界分離或可藉由重組及/或合成方式產生。除成熟因子D蛋白(諸如成熟人類因子D蛋白(NM_001928))外，術語「原生序列因子D」特別包含天然存在之因子D前驅體形式(例如無活性之前體蛋白，其經蛋白水解裂解而產生活性形式)、天然存在之變異形式(例如替代性拼接形式)及天然存在之因子D對偶基因變異體，以及具有與來源於自然界之因子D多肽相同之胺基酸序列的因子D分子之結構性構形變異體。此定義特別包括非人類動物(包括較高級靈長類動物及非人類哺乳動物)之因子D多肽。

「因子D變異體」意謂如下文定義之與原生序列因子D多肽(諸如原生序列人類因子D多肽(NM_001928))具有至少約80%胺基酸序列一致性的活性因子D多肽。通常，因子D變異體與成熟人類胺基酸序列(NM_001928)具有至少約80%胺基酸序列一致性或至少約85%胺基酸序列一致性或至少約90%胺基酸序列一致性或至少約95%胺基酸序列一致性或至少約98%胺基酸序列一致性或至少約99%胺基酸序列一致性。

如本文所用，術語「因子D抑制劑」係指能夠抑制野生型或突變型因子D之生物功能的分子。因此，術語「抑制劑」係在因子D之生物角色之背景下定義。在一個實施例中，本文提及之因子D抑制劑特異性抑制補體之替代途徑。因子D抑制劑可呈任何形式，只要其能夠抑制因子D活性；抑制劑包括抗體(例如下文中所定義及美國專利第8,067,002號及第8,273,352號中所述的單株抗體)、有機/無機小分子、反義寡核苷酸、適體、抑制性肽/多肽、抑制性RNA(例如干擾性小RNA)、其組合等。在本發明之因子D拮抗劑或抑制劑之上下文中，「活性」或「生物活性」為拮抗(部分或完全抑制)因子D之生物活性的能力。因子D拮抗劑之生物活性之一個實例為使因子D相關疾病或病況(諸如補體相關眼病況)的狀態(例如病狀)達成可量測之改善的能力。活性可在活體外或活體內測試(包括結合分析、替代路徑溶血分析)中使用有關動物模型或人類臨床試驗測定。

如本文所用，術語「生物標記」一般係指一種分子，包括單核苷酸多形性(SNP)、蛋白質、碳水化合物結構或糖脂，其在哺乳動物組織或細胞中或表面上的表現可藉由標準方法(或本文揭示的方法)偵測且對於哺乳動物細胞或組織對基於補體(例如補體之替代途徑)抑制之治療方案的敏感性具有預測、診斷及/或預後作用。當SNP(二元實體)使一組個體分為反應者及無反應者時，視情況測定SNP生物標記。舉例而言，若SNP具有兩個核苷酸：G及A，其中A為風險對偶基因，則A對偶基因攜帶者(例如AA或GA個體)對治療有反應，而無A對偶基因的個體(例如GG個體)無反應。

如本文所用，術語「單核苷酸多形性」(本文中亦稱為「SNP」)係指DNA序列內之單鹼基取代，此取代導致遺傳變異性。群體中可存在超過一種序列的基因組中之核苷酸位置在本文中稱為「多形位點」或「多形性」。多形位點可為例如兩個或兩個以上核苷酸之核苷酸序列、所插入之核苷酸或核苷酸序列、缺失核苷酸或核苷酸序列，或微衛星核苷酸。具有兩個或兩個以上核苷酸長度的多形位點可具有3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或超過15個、20或超過20個、30或超過30個、50或超過50個、75或超過75個、100或超過100個、500或超過500個、或約1000個核苷酸長度，其中所有或一些核苷酸序列在該區域內有所不同。具有單核苷酸長度的多形位點在本文中稱為SNP。當多形位點存在兩、三或四個替代核苷酸序列時，各核苷酸序列稱為「多形性變異體」或「核酸變異體」。DNA序列之每種可能變異體稱為「對偶基因」。在兩種多形性變異體均存在的情況下，代表群體中大多數樣品的多形性變異體稱為「主導對偶基因」或「主要對偶基因」且群體中不占主導的多形性變異體稱為「不常見對偶基因」或「次要對偶基因」。攜有兩種主導對偶基因或兩種不常見對偶基因的個體就多形性而言為「同種接合體」。攜有一個主導對偶基因及一個不常見對偶基因的個體就多形性而言為「異種接合體」。對於C/G或A/T SNP而言，對偶基因為不確定的且取決於自基因分型平台提取資料所利用的股。對於此等C/G或A/T SNP而言，C或G核苷酸或A或T核苷酸可分別為風險對偶基因且依據對偶基因頻率之相關性確定。與增強之疾病風險相關或與>1之勝算比或相對風險有關的對偶基因稱為「風險對偶基因」或「效應對偶基因」。「風險對偶基因」或「效應對偶基因」可為次要對偶基因或主要對偶基因。舉例而言，在患有年齡相關性黃斑部變性疾病的個體群中，SNP rs4698775、rs17440077及rs2230199的風險對偶基因為次要對偶基因且SNP rs10737680、rs1329428及rs429608的風險對偶基因為主要對偶基因(例如在患有年齡相關性黃斑部變性疾病之個體群中，確定對偶基因的主要及次要對偶基因狀態)。術語「風險基因座」為含有與特定疾病(例如AMD)相關之風險對偶基因的基因組區域。在一些態樣中，風險基因座(基因座)及風險對偶基因表示其與牽涉特定疾病(例如AMD)之特定基因(例如補體路徑中之基因)相關。舉例而言，如本文中可互換使用的「CFH風險對偶基因」或「CFH對偶基因」係指與CFH風險基因座相關的風險對偶基因；如本文中可互換使用的「CFI風險對偶基因」或「CFI對偶基因」係指與CFI風險基因座相關的風險對偶基因；如本文中可互換使用的「C3風險對偶基因」或「C3對偶基因」係指與C3風險基因座相關的風險對偶基因；如本文中可互換使用的「C2風險對偶基因」或「C2對偶基因」係指與C2風險基因座相關的風險對偶基因；如本文中可互換使用的「CFB風險對偶基因」或「CFB對偶基因」係指與CFB風險基因座相關的風險對偶基因；且如本文中可互換使用的「C2/CFB風險對偶基因」或「C2/CFB對偶基因」係指與C2/CFB風險基因座相關的風險對偶基因。如本文所用，「等效對偶基因」或「替代對偶基因」係指預期表現類似於已公開風險對偶基因的對偶基因，其係根據對偶基因頻率及高r² (0.6)及/或高D'(0.6)、利用已公開風險對偶基因及/或如本文定義之所選SNP來選擇。在一個實施例中，高r² 為0.6、0.7、0.8、0.9或1.0。在一個實施例中，高D'為0.6、0.7、0.8、0.9或1.0。與年齡相關性黃斑部變性相關的SNP包括基因座中之對應於補體級聯組分的SNP，包括(但不限於)CFH、CFI、C3、C2、CFB風險基因座(Fritsche等人(Nature Genetics,45(4)：435-441(2013))。與年齡相關性黃斑部變性相關的此等SNP在本文中稱為「AMD相關多形性」。「變性疾病相關多形性」係指與變性疾病相關的多形性或SNP且包括與年齡相關性黃斑部變性相關的多形性及/或SNP。「連鎖不平衡」或「LD」當在本文中使用時係指隨機位於無關(亦即與其頻率成比例、無關)之不同基因座的對偶基因。若對偶基因處於正連鎖不平衡，則對偶基因一起出現的頻率大於所預期的假設統計獨立性。反之，若對偶基因處於負連鎖不平衡，則對偶基因一起出現的頻率小於所預期的假設統計獨立性。「勝算比」或「OR」當在本文中使用時，係指具有標記(對偶基因或多形性)之個體之疾病幾率相對於無標記(對偶基因或多形性)之個體之疾病幾率的比率。「單純型」當在本文中使用時係指單一染色體上之緊密關聯的、通常足以作為一個單元遺傳的一組對偶基因。SNP rs4698775及rs17440077位於CFI風險基因座中，SNP rs10737680及rs1329428位於CFH風險基因座中，SNP rs429608位於C2/CFB風險基因座中且SNP rs2230199位於C3風險基因座(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組H19組裝軟體；2009年2月)。SNP rs4698775位於人類染色體4之位置110590479(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列由T變為G。SNP rs17440077位於人類染色體4之位置110537567(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之A變為G。SNP rs10737680位於人類染色體1之位置196679455(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。A對偶基因使核苷酸序列中之C變為A。SNP rs1329428位於人類染色體1之位置196702810(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之A變為G。SNP rs429608位於人類染色體6之位置31930462(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之A變為G。SNP rs2230199位於人類染色體19之位置6718387(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)。G對偶基因使核苷酸序列中之C變為G且使所編碼之胺基酸由精胺酸變為甘胺酸。可偵測到雙股核酸之任一股或兩股均存在多形性變異體。又，多形性變異體可位於基因之內含子或外顯子內，或位於調控區之一部分內，諸如啟動子、5'未轉譯區(UTR)、3'UTR，及位於DNA(例如基因組DNA(gDNA)及互補DNA(cDNA))、RNA(例如mRNA、tRNA及RRNA)或多肽中。多形性變異可引起或可不引起基因表現、多肽結構或多肽功能之可偵測差異。

術語「所選SNP」當在本文中使用時係指選自由rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、rs2230199組成之群的SNP。

術語「替代SNP」當在本文中使用時係指預期表現類似於所選SNP的SNP，其係根據類似對偶基因頻率選擇且與所選SNP處於連鎖不平衡，如依據r² 0.6及/或D'0.6所量度。替代SNP包括表4至7中所列之SNP，該等SNP與本文所述的SNP(包括SNP rs1329428、SNP rs2230199、SNP rs17440077或SNP rs429608)處於連鎖不平衡(D'或r² 0.6)。替代SNP包括與本文所述之SNP(包括SNP rs2230199或SNP rs4698775)處於連鎖不平衡(D'或r² 0.6)的SNP。表4至7中所用之術語定義如下：(i)MAHALO_SNP係指實例1至4中所述之本發明抗因子D研究中所用的SNP；(ii)LD_SNP係指與MAHALO_SNP處於連鎖不平衡之SNP(rsID名稱來自NCBI dbSNP測試版137(2012年6月6日)或內部命名法名稱(例如X-XXXXX)(包括染色體及鹼基對位置(第一位數字=染色體數且連字號之後的第二位數字=鹼基對位置)來自基因組測試版hg18(UCSC HG18基因組組裝軟體；2006年3月))；(iii)CHR係指LD_SNP之染色體位置(基因組測試版hg19；UCSC HG19基因組組裝軟體；2009年2月)；(iv)BP係指LD_SNP之DNA鹼基對位置(基因組測試版hg19；UCSC HG19基因組組裝軟體；2009年2月)。R2係指MAHALO_SNP及LD_SNP之r均方值；(v)D'係指MAHALO_SNP及LD_SNP之D'值；(vi)祖先或「ANC」係指用於確定r² 及D'值之種群之祖先；(vii)源或「SRC」係指列舉人類基因組中之常見變異的資料庫 (內部資料或「GID」係指非公開資料庫，1000GP或「GP」係指1000基因組專案公開資料庫(1000基因組專案聯盟等人，Nature ,467(7319)：1061-73(2010))且Hapmap或「HM」係指HapMap公開資料庫(國際HapMap聯盟，Nature ,437(7063)：1299-320(2005))。種群說明包括：白種人(CAU)；祖籍非洲的美國西南部居民(ASW(A))；來自CEPH群之祖籍歐洲北部及西部的猶他州(Utah)居民(CEU(C))；中國北京漢族中國人(CHB(H))；科羅拉多州丹佛市(Metropolitan Denver,Colorado)之中國人(CHD(D))；德克薩斯州休斯頓(Houston,Texas)之印度古吉拉特邦人(Gujarati Indians)(GIH(G))；日本東京之日本人(JPT(J))；肯尼亞之維布葉之魯雅人(Luhya,Webuye,Kenya)(LWK(L))；祖籍墨西哥的加利福尼亞州洛杉磯居民(Mexican ancestry in Los Angeles,California)(MEX(M))；肯尼亞之金雅瓦之麻撒人(Maasai,Kinyawa,Kenya)(MKK(K))；意大利之托斯卡納人(Tuscan,Italy)(TSI(T))；尼日利亞之伊巴丹之優魯班人(Yoruban,Ibadan,Nigeria)(YRI(Y))。表4顯示與MAHALO_SNP rs17440077處於連鎖不平衡(LD)之LD_SNP。表5顯示與MAHALO_SNP rs2230199處於連鎖不平衡(LD)之LD_SNP。表6顯示與MAHALO_SNP rs429608處於連鎖不平衡(LD)之LD_SNP。表7顯示與MAHALO_SNP rs1329428處於連鎖不平衡(LD)之LD_SNP。

本發明提供使用SNP或基於遺傳之其他機制作為預測性生物標記以預測對治療之反應及作為預後性生物標記以評估AMD進展的方法；使用SNP或基於遺傳之其他機制選擇治療策略的方法；及使用SNP或基於遺傳之其他機制將患者分層的方法，包括(但不限於)選擇用於臨床研究的患者或作出臨床治療決策。「患者分層」當在本文中使用時係指對個體進行基因分型以確定對治療之反應的可能性。進行基因分型以鑑別個體是否攜有SNP。量測特定SNP基因型存在許多方法。一或多個SNP攜有突變的個體可在DNA層面藉由多種技術偵測，包括(但不限於)SNP陣列、Taqman、螢光極化、Sequenom(或如本文所述之用於分析SNP的其他方法)。用於診斷的核酸可獲自患者細胞，諸如獲自血液、尿、唾液、組織活檢及剖檢材料。

「增強之風險」當在本文中使用時，係指當個體之基因組中在基因組之特定位置存在之特定鹼基與該個體發展較晚期AMD形式的機率提高(與基因組中之該位置不具有該鹼基的種群相比)相關時，稱該個體處於發展較晚期AMD形式的「增強之風險」中，亦即易感性增強。在此情況下，當個體之一個或另一個或兩個對偶基因中均存在該鹼基時，存在此提高之機率。此外，當個體之兩個對偶基因(而非個體之一個對偶基因)中均存在該鹼基時，機率提高。

「降低之風險」當在本文中使用時，係指當個體之基因組中在基因組之特定位置存在之特定鹼基與該個體發展較晚期AMD形式的機率降低(與基因組中之該位置不具有該鹼基的種群相比)相關時，稱該個體處於發展較晚期AMD形式的「降低之風險」中，亦即易感性降低。此對偶基因在此項技術中有時稱為具「保護性」。如同增強之風險，降低之風險亦可以顯性或隱性表徵。

「改變之風險」意謂增強或降低之風險。

基因組DNA可直接用於偵測或可在分析基因組DNA或轉錄物之前使用PCR擴增。舉例而言，使來自個體之片段化單股DNA與含有數百或數千所固著獨特核苷酸探針序列的陣列雜交。核苷酸探針序列設計成可結合至標靶DNA序列(例如對於SNP而言，使用對偶基因特異性探針鑑別及分析SNP之存在或不存在)。使用偵測系統記錄及解譯所固著探針與個體之DNA之間的雜交信號(探針或DNA經可偵測及量測的螢光體標記)。特定DNA序列之偵測可藉由包括(但不限於)以下之方法達成：雜交、核糖核酸酶保護、化學裂解、直接DNA定序或使用限制酶、基因組DNA之南方墨點分析、原位分析、使樣品及對照核酸與含有數百或數千寡核苷酸探針之高密度陣列雜交(Cronin等人，Hum Mutat,7(3)：244-55(1996)(或如本文所述之用於分析SNP的其他方法)。舉例而言，可使用微陣列鑑別遺傳突變(Shen等人，Mutat Res,573(1-2)：70-82(2005)))。此等遺傳學測試適用於將個體種群分成對使用抗因子D療法有不同反應的子群。

如本文所用，術語「基因分型」係指測定個體之遺傳構成(「基因型」)之差異的方法，包括(但不限於)偵測DNA插入或缺失之存在、多形性(SNP或其他)、對偶基因(包括呈SNP形式之次要或主要或風險對偶基因，此係藉由使用分析性或生物學分析(或如本文所述之用於分析SNP的其他方法)檢查個體DNA序列)。舉例而言，可將藉由定序或其他方法(例如如本文所述用於分析SNP的其他方法)測定的個體DNA序列與另一個體序列或參考序列進行比較。基因分型方法在此項技術中一般已知(例如如本文所述用於分析SNP的其他方法)，包括(但不限於)基因組DNA之限制性片斷長度多形性鑑別(RFLP)、隨機擴增基因組DNA多形性偵測(RAPD)、擴增片段長度多形性偵測(AFLPD)、聚合酶鏈反應(PCR)、DNA定序、對偶基因特異性寡核苷酸(ASO)探針，及與DNA微陣列或珠粒雜交。類似地，此等技術可應用於分析編碼SNP或其他遺傳因子的轉錄物。樣品中的SNP宜使用聚合酶鏈反應(PCR)分析、陣列雜交或使用可市購的DNA SNP晶片微陣列(包括DNA微陣列快照)分析。微陣列可用於確定SNP是否存在或不存在於核酸樣品中。微陣列可包括寡核苷酸，且用於製備及使用適於診斷用途之寡核苷酸微陣列的方法揭示於美國專利第5,492,806號、第5,525,464號、第5,589,330號、第5,695,940號、第5,849,483號、第6,018,041號、第6,045,996號、第6,136,541號、第6,152,681號、第6,156,501號、第6,197,506號、第6,223,127號、第6,225,625號、第6,229,911號、第6,239,273號；WO 00/52625、WO 01/25485及WO 01/29259中。

在一些實施例中，臨床醫師可利用基因分型以將適當治療程序導向最需要該等程序之個體。舉例而言，對研究中之個體進行基因分型且分類成(1)對治療有良好反應之群體及(2)對治療無明顯反應的群體，及(3)對治療有不良反應之群體。根據結果，對個體進行基因分型以預測個體對治療是否有良好反應、無明顯反應或有不良反應。可對臨床治療試驗之潛在參與者進行篩選以鑑別出對治療比較可能有良好反應的參與者且排除可能經歷副作用的參與者。因此，可量測對藥物有正面反應之個體的藥物治療有效性。因此，一個實施例為一種選擇包括於臨床治療試驗中之個體的方法，該包含以下步驟：(a)自個體獲得核酸樣品；(b)確定與對治療之正面反應相關之多形性變異體或與對治療之負面反應相關之多形性變異體的存在。在另一個實施例中，本發明包括選擇用於治療之個體的方法，該方法包含以下步驟：(a)自個體獲得核酸樣品；(b)確定與對治療之正面反應相關之多形性變異體的存在及(c)藉由投與療法來治療個體。

術語「對偶基因特異性引子」或「AS引子」係指與標靶序列之超過一種變異體雜交、但能夠區分標靶序列之變異體的引子，原因為在適合條件下，藉由核酸聚合酶，變異體中僅有一者有效延長引子。對於標靶序列之其他變異體，延長不太有效或低效。在延長不太有效或低效的情況下，信號強度實質上減弱或較佳降至偵測極限以下。

術語「對偶基因特異性探針」或「AS探針」係指與標靶序列之超過一種變異體雜交、但能夠區分標靶序列之變異體的引子，原因為變異體中僅有一者產生可偵測信號。對於標靶序列之其他變異體，信號強度實質上減弱或較佳降低至偵測極限以下。

術語「一級序列」係指聚核苷酸或寡核苷酸之核苷酸序列。核苷酸修飾，諸如含氮鹼基修飾，糖修飾或其他主鏈修飾，不為一級序列的一部分。標記，諸如與寡核苷酸結合之發色團，亦非一級序列之一部分。因此，兩個寡核苷酸可具有共同的一級序列，但就修飾及標記而言有所不同。

術語「引子」係指與標靶核酸之序列雜交且能夠充當合成起始點的寡核苷酸，起始合成係在適於合成之條件下沿著核酸之互補股達成。如本文所用，術語「探針」係指與標靶核酸中之序列雜交且通常經可偵測標記的寡核苷酸。探針可具有修飾，諸如使探針不可藉由核酸聚合酶延長的3'末端修飾；及一或多個發色團。具有相同序列的寡核苷酸可在一種分析中充當引子且在不同分析中充當探針。

術語「經修飾之核苷酸」係指核酸聚合物中之單元，其含有經修飾之鹼基、糖或磷酸酯基，或其結構中合併非天然部分。非天然核苷酸之實例包括具有經修飾之含氮鹼基的核苷酸，例如經烷基化或以其他方式經涉及沃森-克里科成對(Watson-Crick pairing)之習知含氮鹼基中不存在之基團取代。作為說明而非限制，經修飾之核苷酸包括其中鹼基經甲基、乙基、苯甲基或丁基苯甲基取代的核苷酸。在對偶基因特異性PCR中，至少一個引子具有對偶基因特異性，使得引子延長僅僅(或優先)在序列之特異性變異體存在時發生，而在另一種變異體存在時不發生(或不太有效地發生，亦即具有實質性△Ct)。設計成功的對偶基因特異性引子為不可預測的技術。雖然針對已知序列設計引子為例行程序，但無設計可區分非常相似序列的公式。當靶向一或多個多形性位點的一或多個對偶基因特異性引子存在於同一反應混合物中時，區分尤其困難。

術語「互補」或「互補性」係在提及沃森-克里科鹼基配對規則所指之聚核苷酸之逆平行股時使用。術語「完全互補」或「100%互補」係指逆平行股之間之所有鹼基均依沃森-克里科規則配對的互補序列，聚核苷酸雙螺旋體中任何兩個鹼基之間無錯配。然而，即使缺少完全互補性，逆平行股之間亦形成雙螺旋體。術語「部分互補」或「不完全互補」係指逆平行聚核苷酸股之間鹼基的任何比對小於100%完全互補(例如聚核苷酸雙螺旋體中存在至少一個錯配或不匹配鹼基)。部分互補股之間之雙螺旋體的穩定性一般小於完全互補股之間的雙螺旋體。

「表型」為個體之間可比較的性狀，諸如病況之存在或不存在，例如中型或晚期AMD之發生。

核酸樣品自生物樣品中分離，該生物樣品獲自個體。「生物樣品」包括(但不限於)血液、唾液、痰、尿、細胞碎片及活檢組織。核酸樣品可使用標準技術自生物樣品中分離。核酸樣品可用於確定多形性變異體之存在的方法中。多形性變異體之存在或不存在可使用代表核酸樣品之一種或兩種染色體補體確定。確定代表核酸樣品之兩種染色體補體中存在或不存在多形性變異體適用於確定個體之多形性變異體之接合型。

雜交反應之「嚴格度」容易由熟習此項技術者確定，且一般為與探針長度、洗滌溫度及鹽濃度有關的經驗計算結果。一般而言，探針愈長，達成適當黏接所需的溫度愈高，而探針愈短，需要的溫度愈低。當互補股存在於低於其解鏈溫度的環境中時，雜交一般取決於變性DNA再黏接的能力。探針與可雜交序列之間所要同源性程度愈高，則可使用的相對溫度愈高。因此可得知，較高的相對溫度傾向於使反應條件更嚴格，而較低溫度則不然。關於雜交反應之其他細節及說明，參見Ausubel等人，Current Protocols in Molecular Biology ,Wiley Interscience Publishers,(1995)。

如本文所定義，「嚴格條件」或「高嚴格度條件」可如下鑑別：(1)使用低離子強度及高溫進行洗滌，例如0.015M氯化鈉/0.0015M檸檬酸三鈉/0.1%十二烷基硫酸鈉，50EC；(2)在雜交期間、在42EC使用變性劑，諸如甲醯胺，例如50%(v/v)甲醯胺+0.1%牛血清白蛋白 /0.1% Ficoll/0.1%聚乙烯吡咯啶酮/50mM磷酸鈉緩衝液pH 6.5+750mM氯化鈉、75mM檸檬酸三鈉；或(3)在42EC、在溶液中雜交隔夜，該溶液使用50%甲醯胺、5 x SSC(0.75M NaCl、0.075M檸檬酸三鈉)、50mM磷酸鈉(pH 6.8)、0.1%焦磷酸鈉、5x登哈特氏溶液(Denhardt's solution)、經超音波處理之鮭魚精子DNA(50μg/ml)、0.1% SDS及10%硫酸葡聚糖，在42EC、在0.2 x SSC(氯化鈉/檸檬酸三鈉)中洗滌10分鐘，隨後在55EC進行10分鐘由含有EDTA之0.1 x SSC組成的高嚴格度洗滌。

「中等嚴格條件」可如以下文獻所述鑑別：Sambrook等人，Molecular Cloning：A Laboratory Manual ,New York：Cold Spring Harbor Press,1989，且包括使用嚴格度小於上述嚴格度的洗滌溶液及雜交條件(例如溫度、離子強度及% SDS)。中等嚴格條件之一實例為在37EC、在溶液中培育隔夜，該溶液包含：20%甲醯胺、5 x SSC(150mM NaCl、15mM檸檬酸鈉)、50mM磷酸鈉(pH 7.6)、5x登哈特氏溶液、10%硫酸葡聚糖及20mg/ml經變性且經剪切之鮭魚精子DNA，隨後在約37-50EC、在1 x SSC中洗滌過濾器。熟習此項技術者將認識到如何在需要時調整溫度、離子強度等，以適應諸如探針長度及其類似因素之因素。

如本文所用，術語「樣品」或「測試樣品」係指獲自或來源於所關注之個體的組合物，其含有可根據例如物理、生物化學、化學及/或生理學特徵表徵及/或鑑別的細胞性及/或其他分子實體。在一個實施例中，該定義包涵生物來源之血液及其他液體樣品以及組織樣品，諸如活檢標本或組織培養物或來源於其之細胞。組織樣品之來源可為來自新鮮、冷凍及/或保藏器官或組織樣品或活檢或吸出物的實體組織；血液或任何血液組分；體液；以及個體妊娠或發育之任何時間的細胞或血漿中的細胞。術語「樣品」、「生物樣品」或「測試樣品」包括在其採購之後已以任何方式操作的生物樣品，諸如用試劑處理、增溶或增濃某些組分，諸如蛋白質或聚核苷酸，或嵌埋入半固體或固體基質中用於切片目的。出於本文之目的，組織樣品之「切片」意謂組織樣品之單一部分或碎片，例如自組織樣品剪切之組織或細胞薄片。樣品包括(但不限於)全血、血液源細胞、血清、血漿、淋巴液、滑膜液、細胞萃取物及其組合。在一個實施例中，樣品為臨床樣品。在另一個實施例中，樣品用於診斷分析中。

在一個實施例中，自個體或患者獲得樣品，隨後用補體抑制劑處理。在另一個實施例中，個體或患者在至少一次補體抑制劑治療之後，自個體或患者獲得樣品。

如本文所用，「參考樣品」係指用於比較目的的任何樣品、標準或含量。在一個實施例中，參考樣品獲自同一個體或患者之身體(例如組織或細胞)之健康及/或無疾病部分。在另一個實施例中，參考樣品獲自同一個體或患者之身體的未治療組織及/或細胞。在又一個實施例中，參考樣品獲自不為該個體或患者之個體身體(例如組織或細胞)之健康及/或無疾病部分。在又一個實施例中，參考樣品獲自不為該個體或患者之個體身體的未治療組織及/或細胞部分。

在某些實施例中，參考樣品為來自同一個體或患者的單一樣品或組合之多個樣品，其在一或多個與獲得測試樣品不同的時間點獲得。舉例而言，自同一個體或患者獲得參考樣品的時間點早於測試樣品之獲得。在某些實施例中，參考樣品包括如上文在術語「樣品」下所定義的所有類型之生物樣品，其獲自一或多個不為該個體或患者的個體。在某些實施例中，參考樣品獲自一或多個患有變性疾病(例如年齡相關性黃斑部變性)之不為該個體或患者的個體。

在某些實施例中，參考樣品為組合之多個樣品，其獲自一或多個不為該個體或患者的健康個體。在某些實施例中，參考樣品為組合之多個樣品，其獲自一或多個患有疾病或病症(例如變性疾病，諸如年齡相關性黃斑部變性)、不為該個體或患者的個體。在某些實施例中，參考樣品為獲自正常組織之混合RNA樣品或獲自一或多個不為該個體或患者之個體的混合血漿或血清樣品。

術語「Fc受體」及「FcR」用於描述結合至抗體之Fc區的受體。較佳FcR為原生序列人類FcR。此外，較佳FcR為結合IgG抗體的FcR(γ受體)且包括FcγRI、FcγRII及FcγRIII子類之受體，包括對偶基因變異體及此等受體之替代拼接形式。FcγRII受體包括FcγRIIA(「活化受體」)及FcγRIIB(「抑制性受體」)，其具有類似的胺基酸序列，不同之處主要在於其胞質域。活化受體FcγRIIA在其胞質域中含有基於免疫受體酪胺酸之活化基元(ITAM)。抑制性受體在其胞質域中含有基於免疫受體酪胺酸之抑制基元(ITIM)(參見Daëron Annu.Rev.Immunol.15：203-234(1997))。FcR評述於Ravetch及Kinet Annu.Rev.Immunol 9：457-92(1991)；Capel等人，Immunomethods 4：25-34(1994)；及de Haas等人，J.Lab.Clin.Med.126：330-41(1995)。本文術語「FcR」包涵其他FcR，包括可於將來鑑別的FcR。該術語亦包括新生兒受體FcRn，其負責母親IgG轉移至胎兒(Guyer等人，J.Immunol.117：587(1976)及Kim等人，J.Immunol.24：249(1994))。

「原生抗體」通常為約150,000道爾頓之雜四聚糖蛋白，其由兩條相同輕鏈(L)及兩條相同重鏈(H)組成。每條輕鏈藉由一個共價二硫鍵連接至重鏈，而二硫鍵數目在不同免疫球蛋白同型之重鏈中有變化。每個重鏈及輕鏈亦具有規則間隔之鏈內二硫橋鍵。每條重鏈在一端具有可變域(V_H )，繼之為多個恆定域。每條輕鏈在一端具有可變域(V_L )且在其另一端具有恆定域；輕鏈恆定域與重鏈之第一恆定域對準，且輕鏈可變域與重鏈可變域對準。特定胺基酸殘基咸信在輕鏈與重鏈可變域之間形式界面。

術語「可變」係指可變域之某些部分之序列在抗體中廣泛不同且用於各特定抗體對其特定抗原之結合及特異性。然而，可變性並非均勻遍佈於抗體可變域中。其集中於輕鏈與重鏈可變域之三個稱為高變區的區段中。可變域之更高度保守性部分稱為構架區(FR)。原生重鏈及輕鏈之可變域各包含四個基本上採用β片組態之FR，此等FR經三個高變區連接，從而形成連接β片結構且在一些情況下形成為β片結構之一部分的環。各鏈中之高變區經FR緊密固持在一起且與來自另一鏈之高變區一起促成抗體之抗原結合位點之形成(參見Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版，Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991))。恆定域不直接涉及抗體與抗原之結合，而是展現各種效應功能，諸如抗體參與ADCC。

木瓜蛋白酶消化抗體產生兩個各具有單一抗原結合位點之相同抗原結合片段，稱為「Fab」片段；及一個殘餘「Fc」片段，其名稱反映其容易結晶之能力。胃蛋白酶處理產生F(ab')₂ 片段，其具有兩個抗原結合位點且仍能夠與抗原交聯。

「Fv」為含有完全抗原識別及抗原結合位點的最小抗體片段。此區域係由一個重鏈與一個輕鏈可變域處於緊密非共價結合之二聚體組成。此組態使得各可變域之三個高變區相互作用以界定V_H -V_L 二聚體表面上之抗原結合位點。總而言之，六個高變區將抗原結合特異性賦予抗體。然而，甚至單一可變域(或僅包含對抗原具特異性之三個高變區之Fv的一半)亦具有識別及結合抗原的能力，雖然親和力低於整個結合位點。

Fab片段亦含有輕鏈之恆定域及重鏈之第一恆定域(CH1)。Fab'片段不同於Fab片段之處為重鏈CH1域之羧基末端添加有幾個殘基，包括來自抗體鉸鏈區之一或多個半胱胺酸。Fab'-SH為本文中Fab'之名稱，其中恆定域之半胱胺酸殘基具有至少一個自由硫醇基。F(ab')₂ 抗體片段最初以其間具有鉸鏈半胱胺酸之一對Fab'片段形式產生。抗體片段之其他化學偶合形式亦已知。

來自任何脊椎動物種之抗體(免疫球蛋白)之「輕鏈」基於其恆定域之胺基酸序列可歸類為兩種明顯不同類型(稱為κ及λ)之一。

抗體根據其重鏈之恆定域胺基酸序列可分為不同類別。存在五種主要類別之完整抗體：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，且此等類別中若干者可進一步分成亞類(同型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2。對應於不同類別之抗體的重鏈恆定域分別稱為α、δ、ε、γ及μ。不同類別之免疫球蛋白之亞單元結構及三維組態已熟知。

「單鏈Fv」或「scFv」抗體片段包含抗體之V_H 及V_L 域，其中此等域存在於單一多肽鏈中。較佳地，Fv多肽進一步包含位於V_H 與V_L 域之間的多肽連接子，從而使scFv能夠形成所要結構用於結合抗原。欲回顧scFv，參見Plückthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies，第113卷，Rosenburg及Moore編，Springer-Verlag,New York，第269-315頁(1994)。

術語「雙功能抗體」係指具有兩個抗原結合位點的小抗體片段，該等片段包含以同一多肽鏈(V_H -V_L )相連之重鏈可變域(V_H )與輕鏈可變域(V_L )。藉由使用太短而無法使同一鏈上兩個域之間配對的連接子，迫使該等域與另一鏈之互補域配對且產生兩個抗原結合位點。雙功能抗體更充分地描述於例如EP 404,097；WO 1993/11161；及Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90：6444-6448(1993)。

如本文所用，術語「單株抗體」係指由實質上均質之抗體群獲得之抗體，亦即構成該群之個別抗體相同及/或結合相同抗原決定基，但其中在產生單株抗體期間可出現可能變異體，該等變異體存在的量一般較少。與典型地包括針對不同決定子(抗原決定基)之不同抗體的多株抗體製劑相比，單株抗體係針對抗原上之單一決定子。單株抗體除其特異性之外，有利之處為其未被其他免疫球蛋白污染。修飾語「單株」指示自實質上均質之抗體群獲得之抗體的特徵，且不應解釋為需要藉由任何特定方法來產生抗體。舉例而言，根據本發明使用之單株抗體可藉由首次由Kohler等人，Nature 256：495(1975)所述之融合瘤方法來製成，或可藉由重組DNA方法(參見例如美國專利第4,816,567號)來製成。「單株抗體」亦可使用例如Clackson等人，Nature,352：624-628(1991)及Marks等人，J.Mol.Biol.,222：581-597(1991)中所述之技術自噬菌體抗體文庫中分離。

本文中之單株抗體特別包括「嵌合」抗體(免疫球蛋白)，其中重鏈及/或輕鏈之一部分與來源於特定物種或屬於特定抗體類別或子類之抗體之相應序列一致或同源，而該(等)鏈之剩餘部分與來源於另一物種或屬於另一抗體類別或子類之抗體之相應序列一致或同源，只要其展現所要生物活性(美國專利第4,816,567號；Morrison等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81：6851-6855(1984))。本文中所關注之嵌合抗體包括「靈長類化」抗體，其包含來源於非人類靈長類動物(例如舊大陸猴(Old World Monkey)，諸如狒狒、恆河猴或食蟹猴)之可變域抗原結合序列及人類恆定區序列(美國專利第5,693,780號)。

非人類(例如鼠科)抗體之「人類化」形式為含有來源於非人類免疫球蛋白之最小序列的嵌合抗體。人類化抗體大部分為人類免疫球蛋白(受者抗體)，其中來自接受者之高變區的殘基已置換為來自非人類物種(供者抗體)(諸如具有所要特異性、親和力及能力的小鼠、大鼠、兔或非人類靈長類動物)之高變區的殘基。有時候，人類免疫球蛋白之構架區(FR)殘基經相應非人類殘基置換。此外，人類化抗體可包含受者抗體或供者抗體中未發現的殘基。此等修飾進一步改進抗體效能。一般而言，人類化抗體將包含實質上所有至少一個且典型兩個可變域，其中所有或實質上所有高變環對應於非人類免疫球蛋白之高變環且所有或實質上所有FR為人類免疫球蛋白序列之FR，但上文指出之FR取代除外。人類化抗體視情況亦包含免疫球蛋白恆定區(典型地為人類免疫球蛋白恆定區)之至少一部分。欲知詳情，參見Jones等人，Nature 321：522-525(1986)；Riechmann等人，Nature 332：323-329(1988)；及Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2：593-596(1992)。

「構架」或「FR」係指除高變區(HVR)殘基之外的可變域殘基。可變域之FR一般由四個FR域(FR1、FR2、FR3及FR4)組成。因此，HVR及FR序列一般依如下順序出現於VH(或VL)中：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。

如本文所用，術語「高變區」或「HVR」係指抗體可變域中在序列上高度可變及/或形成結構確定之環(「高變環」)的各區。一般而言，原生四鏈抗體包含六個HVR；三個在VH中(H1、H2、H3)，且三個在VL中(L1、L2、L3)。HVR一般包含來自高變環及/或「互補決定區」(CDR)之胺基酸殘基，互補決定區具有最高序列可變性及/或涉及抗原識別。如本文所用，HVR包含位於位置24至36(對於L1)、46至56(對於L2)、89至97(對於L3)、26至35B(對於H1)、47至65(對於H2)及93至102(對於H3)中之任意數目個殘基。因此，HVR包括前述位置之殘基：A)24-34(L1)、50-52(L2)、91-96(L3)、26-32(H1)、53-55(H2)及96-101(H3)(Chothia及Lesk,J.Mol.Biol. 196：901-917(1987))；B)L1之24-34、L2之50-56、L3之89-97、H1之31-35B、H2之50-65，及H3之95-102(Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991))；C)30-36(L1)、46-55(L2)、89-96(L3)、30-35(H1)、47-58 (H2)、93-100a-j(H3)(MacCallum等人，J.Mol.Biol.262：732-745(1996))。

除非另外說明，否則可變域中之HVR殘基及其他殘基(例如FR殘基)在本文中係根據Kabat等人(同上)進行編號。Kabat編號系統一般在提及可變域中之殘基(大約為輕鏈之殘基1至107及重鏈之殘基1至113)時使用(例如Kabat等人，Sequences of Immunological Interest.第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991)，該文獻以引用的方式明確併入本文中)。「EU編號系統」或「EU索引」一般在提及免疫球蛋白重鏈恆定區中之殘基時使用(例如Kabat等人(同上)報導之EU索引；重鏈恆定域中之鉸鏈區大約為重鏈之殘基216至230(EU編號))。「如Kabat中之EU索引」係指人類IgG1EU抗體之殘基編號。除非本文另有說明，否則提及抗體可變域中之殘基編號意謂殘基藉由Kabat編號系統編號。除非本文另有說明，否則提及抗體恆定域中之殘基編號意謂殘基藉由EU編號系統編號(參見例如美國臨時申請案第60/640,323號EU編號圖)。

「裸抗體」為未與異源分子(諸如細胞毒性部分或放射性標記)結合之抗體(如本文所定義)。

「經分離」抗體為已鑑別且自其天然環境之組分分離及/或回收之抗體。其天然環境之污染組分為干擾抗體之診斷或治療用途之物質，且可包括酶、激素及其他蛋白質或非蛋白質溶質。在較佳實施例中，抗體純化至(1)大於95wt%之抗體(如藉由Lowry方法所測定)，且最佳大於99wt%；(2)純化至足以獲得N末端或內部胺基酸序列的至少15個殘基之程度(使用旋杯式定序儀)；或(3)使用庫馬斯藍(Coomassie blue)或較佳銀染色，在還原或非還原性條件下藉由SDS-PAGE純化至均質。由於抗體之天然環境之至少一個組分將不存在，因此經分離抗體包括重組細胞內之原位抗體。然而，經分離抗體通常藉由至少一個純化步驟製備。

相對於參考多肽序列之「胺基酸序列一致性百分比(%)」定義為，在比對序列且必要時引入間隙以達成最大序列一致性百分比之後，且在不將保守性取代視為序列一致性之一部分之情況下，與參考多肽序列中之胺基酸殘基一致之候選序列胺基酸殘基之百分比。可以此項技術之技能範圍內之多種方式，例如使用公開可獲得之電腦軟體，諸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)軟體達成比對以便測定胺基酸序列一致性百分比。熟習此項技術者可確定適於比對序列之參數，包括在所比較序列之全長內達成最大比對所需之任何算法。然而，出於本文之目的，使用序列比較電腦程式ALIGN-2來產生胺基酸序列一致性百分比值。ALIGN-2序列比較電腦程式係由Genentech,Inc.創作且原始碼已與使用說明書一起在美國版權局(U.S.Copyright Office)(Washington D.C.,20559)存檔，其中其以美國版權登記號TXU510087登記。ALIGN-2程式可自Genentech,Inc.(South San Francisco,California)公開獲得，或可由原始碼編譯。ALIGN-2程式應針對在UNIX操作系統(包括數位UNIX V4.0D)上使用而編譯。所有序列比較參數均藉由ALIGN-2程式設定且未改變。

在採用ALIGN-2進行胺基酸序列比較之情況下，指定胺基酸序列A相對於、與或對照指定胺基酸序列B之胺基酸序列一致性%(或者可稱為指定胺基酸序列A具有或包含相對於、與或對照指定胺基酸序列B之胺基酸序列一致性%)如下計算：100×分率X/Y

其中X為利用序列比對程式ALIGN-2在該程式對A與B進行比對時評為完全匹配的胺基酸殘基之數目，且其中Y為B中胺基酸殘基的總數。應瞭解，當胺基酸序列A之長度不等於胺基酸序列B之長度時，A與B之胺基酸序列一致性%不等於B與A之胺基酸序列一致性%。除非另外具體說明，否則本文使用之所有胺基酸序列一致性%值均如剛剛前一段落中所述使用ALIGN-2電腦程式獲得。

術語「最小平方」當在本文中使用時，係指使用最小平方法使各觀測值與其估算值之差之平方之總和最小化(Plackett,R.L.Biometricka, 59：239-251(1972))。本文呈現的最小平方均值為根據線性混合效應模型(Garret Fitzmaurice,Nan Laird,James Ware,Applied Longitudinal Analysis， 第2版，第8章，Publisher(John Wiley & Sons)(August 2011))，GA面積相對於基線之平均DDAF變化的估算值，該模型用於擬合GA面積相對於基線GA病灶尺寸之變化(連續)、基線GA病灶尺寸類別(<4DA相對於4DA)、時間、治療與治療時間相互作用之間的關係。參見圖5及圖6。

術語「醫藥調配物」係指一種製劑，其所呈形式允許其中所含活性成分之生物活性有效且不含對該調配物所投與之個體有不可接受之毒性之其他組分。

「醫藥學上可接受之載劑」係指醫藥調配物中除活性成分以外的對個體無毒之成分。醫藥學上可接受之載劑包括(但不限於)緩衝劑、賦形劑、穩定劑或防腐劑。

「中和抗體」為一種抗體分子，其能夠清除或明顯降低其所結合之靶抗原的效應功能。因此，「中和性」抗因子D抗體或其抗原結合片段能夠清除或明顯降低因子D之效應功能，諸如替代補體活性。

例示性分析為監測抗因子D抗體或其抗原結合片段中和因子D之替代補體活性之能力的分析。參見例如如PCT/US2007/083172(2008年5月8日公開)中所述的溶血抑制分析，其中使用C1q耗乏性人類血清作為補體源來量測候選抗體抑制兔紅血球的中和能力。

或者，可藉由C3流體相轉化酶分析來測試抗因子D抗體中和因子D誘導細胞反應的能力，如Wiesmann等人， Nature, 444：217-220 (2006)所述。

「明顯」降低意謂靶抗原(例如因子D)之效應功能(諸如替代補體活性)降低至少約60%，或至少約70%，較佳至少約75%，更佳至少約80%，甚至更佳至少約85%，仍更佳至少約90%，仍更佳至少約95%，最佳至少約99%。較佳地，如本文定義的「中和性」抗體能夠中和因子D之抗替代路徑活性之至少約60%，或至少約70%，較佳至少約75%，更佳至少約80%，甚至更佳至少約85%，仍更佳至少約90%，仍更佳至少約95%，最佳至少約99%，如利用2008年5月8日公開之PCT/US2007/083172中之溶血分析所測定。

本文中「個體」或「患者」為人類個體或患者。一般而言，此個體或患者適於地圖狀萎縮療法。在一個實施例中，此合格個體或患者為正經歷或已經歷地圖狀萎縮之一或多種病徵、症狀或其他指標或已診斷患有地圖狀萎縮(不論例如新近診斷、先前診斷或面臨發展地圖狀萎縮之風險)的個體或患者。在另一個實施例中，可使用可偵測出與AMD相關之SNP之存在的分析來篩選待治療之患者。「穩定」調配物為儲存時其中蛋白質基本上保持其物理穩定性及/或化學穩定性及/或生物活性的調配物。調配物在儲存時較佳基本上保持其物理及化學穩定性以及其生物活性。儲存期一般係基於調配物之預期存放期來選擇。量測蛋白質穩定性之各種分析技術可於此項技術中獲得且評述於例如Peptide and Protein Drug Delivery,247-301,Vincent Lee編，Marcel Dekker,Inc.,New York,New York,Pubs.(1991)及Jones,A.Adv.Drug Delivery Rev.10：29-90(1993)。可在所選溫度下量測所選時段的穩定性。較佳地，調配物在約40℃的穩定期為至少約2至4週，且在約5℃及/或15℃的穩定期為至少3個月，且/或在約-20℃的穩定期為至少3個月或至少1、2、3或4年。此外，較佳在冷凍(例如冷凍至-70℃)及解凍調配物之後，例如在冷凍及解凍之1、2或3個循環之後，調配物較佳為穩定的。穩定性可以如下多種不同方式定性及/或定量地評估，包括：評估聚集物形成(例如使用尺寸排阻層析、量測濁度及/或目測)；藉由使用陽離子交換層析或毛細管區電泳評估電荷異質性；胺基端或羧基端序列分析；質譜分析；比較經還原抗體與完整抗體的SDS-PAGE分析；肽定位(例如胰蛋白酶或LYS-C)分析；評估抗體之生物活性或抗原結合功能等方式。不穩定性可包括以下任一者或多者：聚集、脫醯胺化(例如Asn脫醯胺化)、氧化(例如Met氧化)、異構化(例如Asp異構化)、截斷/水解/片段化(例如鉸鏈區片段化)、丁二醯亞胺形成、未配對之半胱胺酸、N末端延長、C末端加工、糖基化差異等。

「組胺酸緩衝劑」為包含組胺酸離子之緩衝劑。組胺酸緩衝劑之實例包括組胺酸氯化物、組胺酸乙酸鹽、組胺酸磷酸鹽、組胺酸硫酸鹽。本文實例中所鑑別之較佳組胺酸緩衝劑發現為組胺酸氯化物。在一個實施例中，組胺酸氯化物緩衝劑係藉由鹽酸(液體)滴定L-組胺酸(游離鹼，固體)來製備。在另一個實施例中，組胺酸緩衝劑係藉由組胺酸與組胺酸鹽酸鹽之混合物製備以達成所要pH。較佳地，組胺酸緩衝劑或組胺酸氯化物緩衝劑為pH 5.0至6.0，較佳為pH 5.2至5.8。

本文「醣類」包含一般組合物(CH₂ O)_n 及其衍生物，包括單醣、雙醣、三醣、多醣、糖醇、還原糖、非還原糖等。本文醣類之實例包括葡萄糖、蔗糖、海藻糖、乳糖、果糖、麥芽糖、葡聚糖、甘油、葡聚糖、赤藻糖醇、丙三醇、阿拉伯糖醇、木糖醇、山梨糖醇、甘露糖醇、蜜二糖、松三糖、棉子糖、甘露三糖、水蘇糖、麥芽糖、乳果糖、麥芽酮糖、葡糖醇、麥芽糖醇、乳糖醇、異麥芽酮糖等。

本文中，「界面活性劑」係指表面活性劑，較佳為非離子型界面活化劑。本文中界面活性劑之實例包括聚山梨醇酯(例如聚山梨醇酯20及聚山梨醇酯80)；泊洛沙姆(poloxamer)(例如泊洛沙姆188)；曲拉通(Triton)；十二烷基硫酸鈉(SDS)；月桂基硫酸鈉；辛基糖苷鈉；月桂基-、肉豆蔻基-、亞油烯基-或硬脂醯基-磺基甜菜鹼；月桂基-、肉豆蔻基-、亞油烯基-或硬脂醯基-肌胺酸；亞油烯基-、肉豆蔻基-或鯨蠟基-甜菜鹼；月桂醯胺丙基-、椰油醯胺丙基-、亞油烯醯胺丙基、肉豆蔻醯胺丙基、棕櫚醯胺丙基或異硬脂醯胺丙基-甜菜鹼(例如月桂醯胺丙基甜菜鹼)；肉豆蔻醯胺丙基-、棕櫚醯胺丙基-或異硬脂醯胺丙基-二甲胺；甲基椰油醯基牛磺酸鈉或甲基油烯基牛磺酸二鈉；及MONAQUAT^TM 系列(Mona Industries,Inc.,Paterson,New Jersey)；聚乙二醇、聚丙二醇，及乙二醇與丙二醇之共聚物(例如泊洛尼克(Pluronics)、PF68等)等。本文中較佳界面活性劑為聚山梨醇酯20。

可根據臨床病史、臨床檢查及已確立之成像方式來診斷GA。

本文中之個體「治療」係指治療性治療與預防性或防治性措施。需要治療之彼等患者包括已患GA者以及欲預防GA者。因此，個體可能已診斷出患有GA或可能傾向於或易患GA。

GA之「症狀」為個體所經歷且有疾病指征的任何病態現象或正常結構、功能或感覺之偏離。

表述「有效量」係指抗體有效預防、改善或治療GA的量。

「抗體暴露」係指在約1天至約5週期間內以所投與之一或多種劑量接觸或暴露於本文中之抗體。在此暴露時段期間，可一次性或在固定或無規律的時間間隔給與劑量，諸如每週一劑歷時四週，或相隔約13至17天之時段給與兩劑。初始及隨後抗體暴露彼此的時間間隔如本文中詳細所述。

本文中「因子D抑制劑」為在某種程度上抑制因子D之生物功能的藥劑，一般經由結合至因子D及中和其活性。本文中特別涵蓋之因子D抑制劑之實例為蘭帕珠單抗。

「包裝插頁」用於指通常包括於治療性產品之商業包裝中之說明書，其含有關於與使用該等治療性產品有關之適應症、用途、劑量、投藥、禁忌、與所包裝產品組合之其他治療性產品及/或警告等資訊。

「初始暴露後」或任何先前暴露後之某一時間所投與或提供的暴露意謂，若在該暴露中投與超過一次劑量，則第二次或隨後暴露之時間係自先前暴露之任何劑量所投與的時間量測。舉例而言，當在初始暴露中投與兩次劑量時，至少約16至54週內不給與第二次暴露，如依據該先前暴露中所投與之第一次或第二次劑量的時間所量測。類似地，當投與三次劑量時，第二次暴露可自先前暴露內之第一、第二或第三次劑量之時間量測。較佳地，「初始暴露」係自第一次劑量之時間量測。

「藥劑」為治療地圖狀萎縮或其症狀或副作用的活性藥物。

如本文所用的術語「投藥」係以最廣泛的意義使用且尤其包涵經腸、局部投藥及「非經腸投藥」。如本文所用，「非經腸投藥」及「非經腸投與」意謂除經腸及局部投藥之外的投藥方式，通常為注射，且包括(不限於)靜脈內、肌內、動脈內、鞘內、囊內、眶內、心內、皮內、腹膜內、經氣管、皮下、表皮下、關節內、囊下、蛛網膜下、脊柱內、硬膜外、胸骨內注射、輸注、眼部、眼內、玻璃體內、近鞏膜、結膜下及脈絡膜上腔。「IVT」或「ITV」當在本文中使用時係指玻璃體內。

術語「評估AMD」用於指本發明方法有助於醫學專業人員(包括例如醫師)評估個體是否面臨發展中期或晚期AMD或預後為中期或晚期AMD的風險。樣品中CFI、CFH、C3、C2或CFB之風險對偶基因之存在指示個體面臨發展中期或晚期AMD或預後為晚期AMD之風險。

可將預後性測試結果與診斷進展為更晚期AMD的其他測試結果組合。在一些實施例中，可將素因分析結果與指示進展為更晚期 AMD的其他流行病學或遺傳學測試結果組合。在此等實施例中，預後性測試結果與其他測試結果之組合可證明進展為更晚期AMD且該組合可用於AMD診斷。

如本文所用，術語「進展」係指疾病隨時間之惡化。疾病之「進展速率」係指疾病在診斷患有該疾病之患者中隨時間發展有多快或多慢。疾病通常為慢性的且時段可為數週、數月或數年。疾病之進展速率可由疾病之具體特徵隨時間之可量測變化表示。舉例而言，GA患者之進展速率可由GA病灶面積自基線至第18個月之增長速率表示，如藉由標準成像方法所量測，諸如眼底自體螢光(FAF)或眼底彩色照相術(CFP)。攜有特定遺傳性狀的患者若其疾病病況進展快於無此遺傳性狀的彼等患者，則稱具有或比較可能具有「加快之進展速率」。另一方面，對療法有反應的患者若其疾病進展在治療之後減慢(與其疾病病況在治療之前相比或與未經治療的其他患者相比)，則稱具有或比較可能具有「降低之進展速率」。

如本文所用，「比較可能有反應」係指患者比較可能顯示AMD進展之減速或阻止。就GA而言，「比較可能有反應」係指患者在治療情況下比較可能顯示GA面積損失之減少(依據FAF或CFP)。就中期AMD而言，「比較可能有反應」係指患者比較可能顯示進展為晚期AMD的速度減慢。就早期AMD而言，「比較可能有反應」係指患者比較可能顯示進展為中期AMD的速度減慢。在本發明之上下文中，片語「有反應」意指罹患、懷疑罹患或傾向於罹患或經診斷患有如本文所述之病症的患者顯示對使用抗因子D療法有反應。

「個體(individual或subject)」為哺乳動物。哺乳動物包括(但不限於)馴養動物(例如牛、綿羊、貓、犬及馬)、靈長類動物(例如人類及非人類靈長類動物，諸如猴)、兔及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠)。在某些實施例中，個體為人類。

本文中之「患者」或「個體」為正經歷或已經歷AMD之一或多種病徵、症狀或其他指標、適於治療的任何單一人類個體。個體意欲包括涉及臨床研究試驗、未顯示任何臨床病徵的任何個體，或涉及流行病學研究的個體，或作為對照一次使用的個體。個體可能先前已經抗因子D抗體或其抗原結合片段或另一種藥物治療，或未經如此治療。個體在本文中之治療開始時可能未使用過其他藥物，亦即個體先前可能未經治療，例如在「基線」(亦即，在本文治療方法中，在投與第一劑量之抗因子D之前的設定時間點，諸如治療開始前之篩選個體當天)未經抗因子D之外的療法治療。此「未治療」個體一般考慮為此(等)其他藥物治療的候選人。

如本文所用，片語「提供評估」係指使用關於患者樣品中風險對偶基因之存在所產生的資訊或資料評估患者AMD。資訊或資料可呈書面、口頭或電子材料之任何形式。在一些實施例中，使用所產生的資訊或資料包括通信、呈現、報導、儲存、發送、轉移、供應、傳遞、配送或其組合。在一些實施例中，通信、呈現、報導、儲存、發送、轉移、供應、傳遞、配送或其組合係由電腦裝置、分析單元或其組合進行。在一些其他實施例中，通信、呈現、報導、儲存、發送、轉移、供應、傳遞、配送或其組合係由實驗室或醫學專業人員進行。在一些實施例中，資訊或資料包括樣品中風險對偶基因存在或不存在之指示。在一些實施例中，資訊或資料包括評估患者患有中期或晚期AMD之指示。

術語「樣品」係指體液樣品、經分離細胞之樣品或來自組織或器官之樣品。體液樣品可藉由熟知技術獲得且包括血液、血漿、血清、尿、淋巴液、痰、腹水、支氣管灌洗液或任何其他身體分泌物或其衍生物之樣品。組織或器官樣品可藉由例如活檢而獲自任何組織或器官。經分離細胞可藉由分離技術(諸如離心或細胞分類)獲自體液或組織或器官。舉例而言，細胞、組織或器官樣品可獲自表現或產生生物標記的彼等細胞、組織或器官。樣品可為冷凍的、新鮮的、經固著(例如經福馬林固著)、離心及/或嵌埋(例如石蠟嵌埋)等。評估樣品中標記之量之前，當然可對細胞樣品應用多種熟知的收集後製備及儲存技術(例如核酸及/或蛋白質萃取、固著、儲存、冷凍、超濾、濃縮、蒸發、離心等)。同樣，亦可對活檢樣品應用收集後製備及儲存技術，例如固著。可在治療之前、在治療期間或在治療之後取樣。樣品可取自懷疑患有或經診斷患有AMD且因此可能需要治療的患者，或取自不懷疑患有任何病症的正常個體。

如本文所用，片語「選擇患者」或「鑑別患者」係指使用關於患者樣品中風險對偶基因之存在所產生的資訊或資料鑑別或選擇比較可能受益於包含抗因子D抗體之療法的患者。所用或所產生的資訊或資料可呈書面、口頭或電子材料之任何形式。在一些實施例中，使用所產生的資訊或資料包括通信、呈現、報導、儲存、發送、轉移、供應、傳遞、配送或其組合。在一些實施例中，通信、呈現、報導、儲存、發送、轉移、供應、傳遞、配送或其組合係由電腦裝置、分析單元或其組合進行。在一些其他實施例中，通信、呈現、報導、儲存、發送、轉移、供應、傳遞、配送或其組合係由實驗室或醫學專業人員進行。在一些實施例中，資訊或資料包括樣品中風險對偶基因存在或不存在之指示。在一些實施例中，資訊或資料包括患者比較可能對包含抗因子D之療法有反應的指示。

如本文所用，片語「選擇療法」係指使用關於患者樣品中風險對偶基因之存在所產生的資訊或資料鑑別或選擇用於患者之療法。在一些實施例中，療法可包含抗因子D。在一些實施例中，片語「鑑別/選擇療法」包括鑑別需要調整所投與之抗因子D之有效量的患者。在一些實施例中，推薦療法包括推薦調整所投與之抗因子D之量。如本文所用，片語「推薦療法」亦可指使用關於建議或選擇包含抗因子D之療法所產生的資訊或資料來鑑別或選擇比較可能對包含抗因子D之療法有反應的患者。所用或所產生的資訊或資料可呈書面、口頭或電子材料之任何形式。在一些實施例中，使用所產生的資訊或資料包括通信、呈現、報導、儲存、發送、轉移、供應、傳遞、配送或其組合。在一些實施例中，通信、呈現、報導、儲存、發送、轉移、供應、傳遞、配送或其組合係由電腦裝置、分析單元或其組合進行。在一些其他實施例中，通信、呈現、報導、儲存、發送、轉移、供應、傳遞、配送或其組合係由實驗室或醫學專業人員進行。在一些實施例中，資訊或資料包括樣品中風險對偶基因存在或不存在之指示。在一些實施例中，資訊或資料包括包含抗因子D之療法適於患者的指示。

III.方法

本發明提供用於治療、預後、診斷及/或選擇作為補體抑制劑療法之良好候選者之AMD患者群體的組合物及方法。在一個實施例中，本發明提供對患者之變性疾病(例如AMD(包括GA及CNV))之進展進行預後的方法，方法包含判定患者中風險對偶基因之存在。在一個實施例中，本發明提供治療患者之變性疾病(例如AMD(包括GA及CNV))的方法，方法包含投與有效量之結合至因子D的抗體，其中該患者攜有與AMD相關的風險對偶基因。在一些實施例中，本發明提供治療患者之變性疾病(例如AMD(包括GA及CNV))的方法，方法包含根據特定給藥方案投與結合至因子D的某種抗體。在一些實施例中，本發明提供治療患者之變性疾病(例如AMD(包括GA及CNV))的方法，該方法包含投與有效量之結合至因子D的抗體或其抗原結合片段，其中該患者對於與變性疾病(例如AMD(包括GA及CNV))相關的風險對偶基因而言為異種接合體或同種接合體。在一些實施例中，患者在CFH、CFI、C3、C2及CFB之一、或全部、或組合中攜有風險對偶基因。在一個實施例中，該抗體或其抗原結合片段為蘭帕珠單抗。在一個實施例中，本發明提供預測變性疾病患者對使用抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之反應的方法。在一個實施例中，本發明提供使接受抗因子D抗體或其抗原結合片段治療之變性疾病患者達最佳治療功效的方法。

本發明係部分基於使用與因子D抑制劑(例如抗因子D抗體或其抗原結合片段)之功效相關的特異性基因(例如以下一或多者：補體因子I(CFI)、補體因子H(CFH)、補體組分2(C2)、補體組分3(C3)及補體因子B(CFB)及其組合)或生物標記(例如補體因子I(CFI)、補體因子H(CFH)、補體組分2(C2)、補體組分3(C3)及補體因子B(CFB)之SNP)。因此，所揭示方法提供以獲得適用於評估治療患者之適當或有效療法的資料及資訊之方便、有效及有節約成本潛力之方式。舉例而言，樣品可獲自AMD患者，且樣品可藉由各種活體外分析法檢查，以判定與參考樣品相比是否存在一或多種生物標記之表現量。在一個實施例中，若患者攜有風險對偶基因，則患者可能受益於包含因子D抑制劑(例如抗因子D抗體或其抗原結合片段，諸如蘭帕珠單抗)之療法的治療。基因或生物標記或SNP之存在可根據此項技術中已知的任何適合準則判定，包括(但不限於)mRNA、cDNA、蛋白質、蛋白質片段及/或基因複本數目。

分析樣品中之SNP可於血液、組織或其他體液中藉由許多方法分析，其中多者在此項技術中已知且為熟習此項技術者所瞭解，包括(但不限於)DNA定序、RNA定序、DNA之聚合酶鏈反應分析、RNA之聚合酶鏈反應分析、基於寡核苷酸之雜交、原位雜交、基於寡核苷酸之引子延長、電泳及HPLC。偵測SNP之其他技術包括(但不限於)以下技術：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增(Methods in Molecular Biology,Single Nucleotide Polymorphisms，第2版，編者Anton Komar,Humana Press 2009；第7-28章)；PCR擴增單一序列長度多形性(SSLP)、連接酶鏈反應(LCR)、雜雙鏈體DNA之核糖核酸酶A裂解、化學裂解、單股構形多形性(SSCP)分析(Warren等人，Current Protocol in Human Genetics ，增刊15：7.4.1-7.4.23(2001))；珠粒晶片微陣列(Lambert等人，Current Protocol in Human Genetics, Supp 78：2.9.1-2.9.3(2013))；單股構形多形性(SSCP)分析、引子單鹼基延長(SBE)(Deshpande等人，Current Protocol in Human Genetics， 增刊34：13.4.1-13.4.11(2005))；引子延長分析(Kwok等人，Current Protocol in Human Genetics， 增刊39：2.11.1-2.11.10(2003))。SNP之存在亦可根據基於蛋白質之技術分析(檢查例如蛋白質表現量或蛋白質功能)推測，包括免疫分析(例如ELISA、ELIFA、免疫組織化學及/或西方墨點分析、免疫沈澱法、分子鍵結分析、螢光活化細胞分類(FACS)及其類似技術、基於血液之定量分析(例如血清ELISA)、原位雜交或功能性分析，包括生物化學酶活性分析或基於細胞之系統，以及可藉由基因及/或組織陣列分析進行之多種分析中的任一者。評估基因及基因產物之狀態的典型方案發現於例如Ausubel等人編，1995,Current Protocols In Molecular Biology,Units 2(Northern Blotting),4(Southern Blotting),15(Immunoblotting)and 18(PCR Analysis)。亦可使用多路免疫分析(諸如購自Rules Based Medicine之免疫分析)、基於珠粒之免疫分析(例如Luminex)、ELISA或Meso Scale Discovery(MSD)。

一種對於本發明之SNP分析靈敏且經得起檢驗的技術為例如美國專利第6,627,402號中的對偶基因特異性PCR(AS-PCR)。此技術係在核酸序列之野生型變異體存在下偵測核酸序列中之突變或多形性。在成功的對偶基因特異性PCR中，擴增靶核酸之所要變異體，而其他變異體不擴增，至少不擴增至可偵測水準。

對偶基因特異性PCR之一種辨別量度值為涉及涉及兩個對偶基因之擴增反應之Ct差值(△Ct)。各擴增反應藉由核酸擴增分析之背景下的「生長曲線」或「擴增曲線」表徵，其為函數圖，其中自變數為擴增循環數目且因變數為每輪擴增時所量測之擴增相關性可量測參數，諸如螢光團所發出之螢光。典型地，擴增相關性可量測參數為探針在雜交時或探針藉由核酸聚合酶之核酸酶活性水解時所發出之螢光的量，參見Holland等人，(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.88：7276-7280及美國專利第5,210,015號。生長曲線藉由「臨限值」(或Ct值)表徵，其為循環數目，其中達成可量測參數之預定量級。較低Ct值表示較快擴增，而較高Ct值表示較慢擴增。在對偶基因特異性反應之背景下，兩個模板之Ct差值表示對偶基因性反應差別。

在對偶基因特異性PCR中，至少一個引子具有對偶基因特異性，使得引子延長僅僅(或優先)在序列之特異性變異體存在時發生，而在另一種變異體存在時不發生(或不太有效地發生，亦即具有實質性△Ct)。設計成功的對偶基因特異性引子為不可預測的技術。雖然針對已知序列設計引子為例行程序，但無設計可區分非常相似序列的公式。當靶向一或多個多形性位點的一或多個對偶基因特異性引子存在於同一反應混合物中時，區分尤其困難。

典型地，引子中之辨別性核苷酸，亦即僅與標靶序列之一種變異體匹配的核苷酸，為3'末端核苷酸。然而，引子之3'末端僅為眾多特異性決定子之一。舉例而言，其他錯配亦可影響辨別。參見2009年10月20日申請的美國專利申請案第12/582,068號(以US20100099110公開)。另一方法為包括非天然或經修飾之核苷酸，其使引子與標靶序列之間的鹼基配對改變(美國專利第6,001,611號，其以全文引用的方式併入本文中)。引子之延長動力學減弱且因此特異性減弱係受多種因素影響，包括存在於反應中之錯配及其他核酸之總體序列背景。此等外部因素對其他每個錯配以及其他每個單獨或組合之非天然核苷酸的影響無法預測。本案申請人測試引子之多種變異體且驚人地發現，某些變異體在區分緊密相關標靶序列的能力方面顯著不同。

在一個實施例中，本發明包含專門用於分別測定CFI、C2、CFB、C3或CFH中之多形性的寡核苷酸。在一個實施例中，本發明包含選自SEQ ID NO：17至41(表9)的寡核苷酸，以及與該等寡核苷酸至少90%一致且具有該等寡核苷酸之3'末端核苷酸的變異體，其專門用於分別偵測CFI SNP rs4698775、CFH SNP rs1329428及C2/CFB SNP rs429608中之風險對偶基因。如表9中所說明，錯配及非天然核苷酸典型地存在於用作引子之寡核苷酸的3'末端部分中，特定而言，存在於倒數第二組5個核苷酸中。然而，與指定寡核苷酸具有90%一致性的一些寡核苷酸亦包括寡核苷酸中別處具有1、2或3個錯配的寡核苷酸，例如在寡核苷酸的5'部分中。

在一個特定實施例中，多形性之存在係用探針偵測。探針可用放射性標記或發色團(螢光團)標記加以標記，例如合併FAM、JA270、CY5系列染料或HEX染料的標記。在使用螢光標記探針偵測的一個實例中，可藉由即時聚合酶鏈反應(rt-PCR)偵測突變，其中探針雜交引起探針之酶促消化及所得螢光之偵測(TaqMan^TM 探針方法， Holland等人(1991)P.N.A.S.USA 88：7276-7280)。表9列舉用於分別偵測CFI SNP rs4698775、CFH SNP rs1329428及C2/CFB SNP rs429608中之風險對偶基因的例示性探針。或者，多形性及擴增產物之存在可藉由凝膠電泳、隨後染色或藉由墨點分析法及雜交來偵測，如例如Sambrook,J.及Russell,D.W.(2001)Molecular Cloning，第3版，CSHL Press，第5及9章。

「螢光染料」或「螢光團」為與例如核酸連接的化合物或部分，其藉由適合波長之光激發時能夠發射光輻射。典型的螢光染料包括若丹明染料(rhodamine dyes)、花青染料、螢光素染料及BODIPY®染料。螢光團為螢光發色團。「FRET」或「螢光能量共振轉移」或「弗斯特能量共振轉移(Foerster resonance energy transfer)」為至少兩個發色團(供體發色團與受體發色團(稱為淬滅劑))之間的能量轉移。當供體藉由具有適合波長的光輻射激發時，供體典型地將能量轉移至受體。當受體為「暗」淬滅劑時，其使所轉移能量以除光之外的形式耗散。常用暗淬滅劑為BlackHole Quenchers^TM (BHQ),Biosearch Technologies,Inc.(Novato,Cal.)；Iowa Black^TM ,Integrated DNA Tech.,Inc.(Coralville,Iowa)；BlackBerry^TM Quencher 650(BBQ-650),Berry & Assoc.,(Dexter,Mich.)。常用供體-淬滅劑對包括FAM-BHQ對、CY5-BHQ對及HEX-BHQ對。

包含生物標記或SNP的樣品可藉由此項技術中熟知的方法獲得。參見定義。另外，藉由測試此身體樣品中之SNP可更容易監測治療進展。

基因分型陣列可用於分析DNA或RNA以偵測SNP之存在或基於遺傳學之其他機制。一個此實例為基於Illumina之陣列技術，其為包含>700K個基因座的市售微陣列系統(Oliphant等人，Biotechniques， 增刊：56-8,60-1(2002))且為用於DNA及RNA分析的常見方法(例如鑑別核酸樣品中之SNP)。Illumina微陣列技術係使用在光纖束或平坦二氧化矽載片兩種基板之任一者之微孔中自組裝的3微米二氧化矽珠粒。每個珠粒被幾十萬個充當捕捉序列之特異性寡核苷酸複本覆蓋。

組織或細胞樣品中所選基因或生物標記之表現亦可經由功能性分析或基於活性之分析進行檢查。舉例而言，若生物標記為酶，則可進行此項技術中已知的分析來測定或偵測組織或細胞樣品中指定酶促活性之存在。

基於測試結果的患者SNP狀態可以報導提供。報告可呈書面材料(例如呈論文或數位形式，或位於互聯網上)或口頭呈現(例如個人(即時講話)或錄音)之任何形式。報導可進一步向健康專業人員(例如醫師)指明，患者可能受益於或可能對因子D抑制劑療法有反應。

本發明之套組具有許多實施例。在某些實施例中，套組包含容器、該容器上之標籤，及該容器內所含之組合物，其中該組合物包括一或多種一次抗體，該等抗體結合至一或多種與針對SNP之自體抗體對應的標靶多肽序列，容器上之標籤指明該組合物可用於評估至少一種類型之哺乳動物細胞中一或多種標靶蛋白質的存在；及抗體使用說明書，其用於評估至少一種類型之哺乳動物細胞中一或多種標靶蛋白質的存在。套組可進一步包含用於製備組織樣品及將抗體及探針應用於組織樣品之相同切片的一組說明書及材料。套組可包括一次抗體與二次抗體，其中二次抗體與標記(例如酶促標記)結合。

在一個實施例中，個體先前從未經可治療AMD的藥物(諸如免疫抑制劑)治療且先前從未經抗因子D的抗體或其抗原結合片段治療。在另一個實施例中，個體先前已經可治療變性疾病的藥物治療且/或先前已經此抗體治療。在另一個實施例中，抗因子D抗體或其抗原結合片段為投與個體以治療變性疾病的唯一藥劑。在另一個實施例中，抗因子D抗體或其抗原結合片段為用於治療AMD之藥劑之一。

抗體藉由任何適合方式投與，包括非經腸、局部、皮下、腹膜內、肺內、鼻內、病灶內及/或玻璃體內投藥。非經腸輸注包括肌肉內、靜脈內、動脈內、腹膜內或皮下投藥。亦涵蓋鞘內投藥。另外，抗體宜藉由脈衝輸注(例如衰減之抗體劑量)投與。較佳為靜脈內或皮下給藥，且更佳藉由靜脈內輸注給藥。各暴露可使用相同或不同投藥方式提供。在一個實施例中，各暴露係藉由IVT投藥達成。

可聯合抗因子D抗體或其抗原結合片段投與第二藥劑，諸如VEGF拮抗劑或抗體。

舉例而言，可將抗體與抗VEGF藥物(諸如AVASTIN(貝伐株單抗(bevacizumab))或LUCENTIS(蘭尼單抗(ranibizumab))或另一種因子D拮抗劑/抗體或其抗原結合片段組合。

若抗因子D抗體或其抗原結合片段稱作第一藥劑，則此類第二藥劑之更特定實例包括VEGF拮抗劑或抗體。

此等第二藥劑的一般使用劑量及投藥途徑與上文中所用相同或為迄今所用劑量的約1%至99%。若全部使用此類第二藥劑，則其使用量較佳低於抗因子D抗體或其抗原結合片段不存在時，特別是隨後給藥劑量超過初始給與抗體時，以便清除或減少由此引起的副作用。

在第二藥劑以抗體暴露的有效量投與時，其可以任何暴露量投與，例如僅有一次暴露或超過一次暴露。在一個實施例中，第二藥劑係以初始暴露量投與。在另一個實施例中，第二藥劑係以初始及第二暴露量投與。在另一個實施例中，第二藥劑係以所有暴露量投與。

組合投藥包括使用各別調配物或單一醫藥調配物進行的共投藥(並行投藥)，及依次進行(其中較佳存在時段)、而兩種(或全部)活性劑同時發揮其生物活性的連續投藥。在一個較佳實施例中，初始暴露之後，此藥劑之量減少或清除，以便減少個體於具有副作用之藥劑(諸如潑尼松(prednisone)及環磷醯胺(cyclophosphamide))的暴露，尤其當藥劑為皮質類固醇時。在另一個實施例中，第二藥劑之量未減少或未清除。

IV.針對因子D抗體或其抗原結合片段的抗體

此項技術中已知的任何因子D抗體或其片段可用於本文所述的方法中。舉例而言，在一個實施例中，可用於本發明的抗因子D抗體為美國專利第8,067,002號或US 8,273,352中所揭示的任何抗因子D抗體，且可進一步包括此等抗體之嵌合、人類化或人類型式(若尚未為嵌合、人類化或人類型式)，且可進一步包括其片段或衍生物。

在一些實施例中，抗人類因子D單株抗體或其抗原結合片段至少結合至人類因子D且中和其生物活性。在某些實施例中，人類因子D單株抗體或其抗原結合片段可明顯減少或清除所述人類因子D之生物活性。在一個實施例中，人類因子D單株抗體或其抗原結合片段能夠中和個體人類因子D之生物活性的至少60%，或至少70%，較佳至少75%，更佳至少80%，甚至更佳至少85%，仍更佳至少90%，仍更佳至少95%，最佳至少99%。結合及中和分析在此項技術中已熟知。關於適用於根據具有所要結合及中和特性的抗體進行篩選的分析，參見例如美國專利第7,087,726號。

在某些實施例中，抗因子D抗體或其抗原結合片段能夠使由於因子D所致的替代途徑溶血減少至少約60%，或至少70%，較佳至少75%，更佳至少80%，甚至更佳至少85%，仍更佳至少90%，仍更佳至少95%，最佳至少99%，如利用替代途徑溶血分析所測定。

在一些實施例中，抗因子D單株抗體包含以下HVR(a)式ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)之L1；(b)式GGNTLRP(SEQ ID NO：2)之L2；及(c)式LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)之L3；及/或(d)式GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)之H1； (e)式WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)之H2；及(f)式EGGVNN(SEQ ID NO：6)之H3。

在某些實施例中，抗人類因子D單株抗體的重鏈及輕鏈可變域分別包含胺基酸序列： (SEQ ID NO：7)，及 (SEQ ID NO：8)。

在某些實施例中，抗因子D抗體包含如下文所示的序列SEQ ID NO：15及SEQ ID NO：16，其中238-1係指美國專利第8,273,352號中所述的特異性人類化抗因子D Fab：人類化抗因子D Fab(238-1)之重鏈序列： (SEQ ID NO：15)

人類化抗因子D Fab(238-1)之輕鏈序列： (SEQ ID NO：16)

在另一個實施例中，抗體包含可變區序列SEQ ID NO：15及SEQ ID NO：16。在另一個實施例中，抗體包含HVR序列SEQ ID NO：15及SEQ ID NO：16。在另一個實施例中，抗體包含與HVR序列SEQ ID NO：15及SEQ ID NO：16具有95%或超過95%一致性的HVR序列且/或抗體包含與HVR序列SEQ ID NO：15及SEQ ID NO：16具有95%一致性的HVR序列。

在任何上述實施例中，抗因子D抗體可經人類化。在一個實施例中，抗因子D抗體如同任何上述實施例包含HVR，且進一步包含受體人類構架，例如人類免疫球蛋白構架或人類共同構架。

在另一個態樣中，抗因子D抗體包含與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的重鏈可變域(VH)序列。在某些實施例中，具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致性之VH序列相對於參考序列含有取代(例如保守性取代)、插入或缺失，但包含該序列之因子D抗體保持結合至因子D的能力。在某些實施例中，SEQ ID NO：15中總共1至10個胺基酸已取代、插入及/或缺失。在某些實施例中，取代、插入或缺失發生於HVR外部區域中(亦即在FR中)。抗因子D抗體視情況包含VH序列SEQ ID NO：15，包括該序列之轉譯後修飾。

在另一個態樣中，抗因子D抗體包含與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的輕鏈可變域(VL)序列。在某些實施例中，具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致性之VL序列相對於參考序列含有取代(例如保守性取代)、插入或缺失，但包含該序列之因子D抗體保持結合至因子D的能力。在某些實施例中，SEQ ID NO：16中總共1至10個胺基酸已取代、插入及/或缺失。在某些實施例中，取代、插入或缺失發生於HVR外部區域中(亦即在FR中)。抗因子D抗體視情況包含VL序列SEQ ID NO：16，包括該序列之轉譯後修飾。

在另一個態樣中，提供因子D抗體，其中該抗體如同上文提供之任何實施例包含VH，且如同上文提供之任何實施例包含VL。

在另一態樣中，本發明提供與另一種因子D抗體結合至相同抗原決定基的抗體。在一個實施例中，本發明提供與本文所提供之因子D抗體結合至相同抗原決定基的抗體。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗因子D抗體所結合的抗原決定基相同：輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：7之重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8之輕鏈可變區。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少95%序列一致性的重鏈序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少95%序列一致性的輕鏈序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：15之重鏈；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：16之輕鏈。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D 上之抗原決定基與具有CAS寄存號1278466-20-8之蘭帕珠單抗所結合的抗原決定基相同。

在另一態樣中，本發明提供競爭性抑制抗因子D抗體結合至其各別抗原性抗原決定基的抗體。舉例而言，在某些實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗因子D抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：含有胺基酸序列SEQ ID NO：7之重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8之輕鏈可變區。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少95%序列一致性的重鏈序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少95%序列一致性的輕鏈序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：15之重鏈；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：16之輕鏈。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制具有CAS寄存號1278466-20-8之蘭帕珠單抗結合至其各別抗原性抗原決定基。

在本發明之另一態樣中，根據任何上述實施例之因子D抗體為單株抗體，包括嵌合、人類化或人類抗體。在一個實施例中，因子D抗體為抗體片段，例如Fv、Fab、Fab'、scFv、雙功能抗體或F(ab')2片段。在另一個實施例中，抗體為全長抗體，例如完整IgG1或IgG4抗體，或如本文定義之其他抗體類別或同型。在另一個實施例中，抗體為雙特異性抗體。

在另一態樣中，根據任何上述實施例的因子D抗體可合併如本章節IV及下文章節V中所述之任何單獨或組合的特徵。

在一些實施例中，抗因子D單株抗體或其抗原結合片段具有與人類因子D單株抗體一致的胺基酸序列，該人類因子D單株抗體具有USAN委員會採納的非專有名稱，稱為蘭帕珠單抗。在其他實施例中，抗人類因子D單株抗體或其抗原結合片段的胺基酸序列與蘭帕珠單抗具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%一致性。參見美國專利第8,067,002號或US 8,273,352。在某些實施例中，抗人類因子D單株抗體為蘭帕珠單抗。在一些實施例中，抗人類因子D單株抗體具有如CAS登記號1278466-20-8所揭示的胺基酸序列。

在一些實施例中，抗人類因子D單株抗體包含由以下序列編碼的HVR：(a)式ATTACCAGCACTGATATTGATGATGATATGAAC(SEQ ID NO：9)之L1；(b)式GGAGGCAATACTCTTCGTCCT(SEQ ID NO：10)之L2；(c)式TTGCAAAGTGATTCTTTGCCGTACACG(SEQ ID NO：11)之L3；(d)式GGATACACCTTCACTAACTATGGAATGAAC(SEQ ID NO：12)之H1； (e)式TGGATTAACACCTACACTGGAGAGACAACATATGCTGACGACTTCAAGGGA(SEQ ID NO：13)之H2；及(f)式GAGGGGGGGGTTAATAAC(SEQ ID NO：14)之H3。

V.製備抗體

本發明之製造方法及製品可使用或合併結合至因子D的抗體。因此，在此將描述用於產生此等抗體的方法。

用於產生或篩選抗體的因子D抗原可為例如含有所要抗原決定基的呈可溶形式之因子D或其一部分。或者或另外，細胞表面上表現因子D的細胞可用於產生或篩選抗體。適用於產生抗體的其他形式因子D對於熟習此項技術者而言為顯而易見的。

下文描述用於產生根據本發明使用之抗體的例示性技術。

(i)多株抗體

多株抗體較佳藉由多次皮下(sc)或腹膜內(ip)注射相關抗原及佐劑而產生於動物中。使用雙官能或衍生劑(例如順丁烯二醯亞胺基苯甲醯基磺基丁二醯亞胺酯(經由半胱胺酸殘基結合)、N-羥基丁二醯亞胺(經由離胺酸殘基)、戊二醛、丁二酸酐、SOCl₂ 或R¹ N=C=NR(其中R及R¹ 為不同烷基))使相關抗原與在待免疫之物種中具免疫原性之蛋白質(例如匙孔螺血氰蛋白、血清白蛋白、牛甲狀腺球蛋白或大豆胰蛋白酶抑制劑)結合可為適用的。

藉由將例如100μg或5μg蛋白質或結合物(分別用於兔或小鼠)與3個體積的弗氏不完全佐劑(Freund's complete adjuvant)合併且在多個部位皮內注射溶液來使動物獲得針對抗原、免疫原性結合物或衍生物的免疫力。一個月後，藉由在多個部位皮下注射而對動物加打存於弗氏不完全佐劑中之肽或結合物之原始量的1/5至1/10。7天至14天後，將動物放血且分析血清的抗體效價。對動物加打直至效價平穩。動物較佳用相同抗原、但與不同蛋白質結合及/或經由不同交聯試劑的結合物加打。結合物亦可於重組細胞培養液中以蛋白融合物形式產生。又，宜使用諸如礬(alum)之聚集劑增強免疫反應。

(ii)單株抗體

單株抗體獲自實質上均質的抗體群體，亦即構成該群體的個別抗體相同且/或結合相同抗原決定基，但在產生單株抗體期間可能出現變異體，此等變異體的存在量一般較少。因此，修飾語「單株」表示抗體不為離散或多株抗體之混合物的特徵。

舉例而言，單株抗體可藉由首次由Kohler等人，Nature 256：495(1975)所述之融合瘤方法來產生，或可藉由重組DNA方法(參見例如美國專利第4,816,567號)產生。

在融合瘤方法中，如上文中所述，對小鼠或其他適當宿主動物(諸如倉鼠)進行免疫，以引發淋巴細胞產生或能夠產生將特異性結合至用於免疫之蛋白質的抗體。或者，可活體外使淋巴細胞免疫。接著使用適合融合劑(諸如聚乙二醇)使淋巴細胞與骨髓瘤細胞融合，以形成融合瘤細胞(Goding,Monoclonal Antibodies：Principles and Practice，第59-103頁(Academic Press,1986))。

由此製備的融合瘤細胞接種且生長於適合培養基中，該培養基較佳含有一或多種抑制未稠合親本骨髓瘤細胞之生長或存活的物質。舉例而言，若親本骨髓瘤細胞缺乏次黃嘌呤鳥嘌呤轉磷酸核糖基酶(HGPRT或HPRT)，則用於融合瘤的培養基典型地將包括次黃嘌呤、胺基蝶呤及胸苷(HAT培養基)，該等物質阻止缺乏HGPRT的細胞生長。

較佳骨髓瘤細胞為有效融合、支持所選抗體產生細胞穩定高量產生抗體且對培養基(諸如HAT培養基)敏感的骨髓瘤細胞。其中，較佳骨髓瘤細胞株為鼠科骨髓瘤細胞株，諸如購自沙克研究所細胞分配中心(Salk Institute Cell Distribution Center,San Diego,California USA)之MOPC-21及MPC-11小鼠腫瘤所產生的彼等細胞株，及購自美國菌種保存中心(American Type Culture Collection,Rockville,Maryland USA)的SP-2或X63-Ag8-653細胞。人類骨髓瘤及小鼠-人類融合骨髓瘤細胞株用於產生人類單株抗體亦已描述(Kozbor,J.Immunol.,133：3001(1984)；Brodeur等人，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications，第51-63頁(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987))。

根據針對抗原之單株抗體的產生情況，對融合瘤細胞生長於其中的培養基進行分析。融合瘤細胞所產生之單株抗體的結合特異性較佳藉由免疫沈澱法或藉由活體外結合分析(諸如放射免疫分析(RIA)或酶聯免疫吸附分析(ELISA))測定。

單株抗體之結合親和力可例如藉由Munson等人，Anal.Biochem.,107：220(1980)之Scatchard分析測定。

鑑別出產生具有所要特異性、親和力及/或活性之抗體的融合瘤細胞之後，可藉由限制稀釋程序對純系進行次選殖且藉由標準方法生長(Goding,Monoclonal Antibodies：Principles and Practice，第59-103頁(Academic Press,1986))。適用於此目的的培養基包括例如D-MEM或RPMI-1640培養基。另外，融合瘤細胞可以腹水腫瘤形式活體內生長於動物中。

由次純系分泌的單株抗體宜藉由習知免疫球蛋白純化程序(諸如蛋白質A-SEPHAROSE^TM 交聯瓊脂糖、羥磷灰石層析、凝膠電泳、透析或親和性層析)自培養基、腹水液或血清中分離。

編碼單株抗體的DNA容易使用習知程序(例如使用能夠特異性結合至編碼鼠科抗體重鏈及輕鏈之基因的寡核苷酸探針)分離及定序。融合瘤細胞充當此DNA之較佳來源。DNA一經分離，即可置放於表現載體中，接著轉染至宿主細胞(諸如大腸桿菌細胞、猿COS細胞、中國倉鼠卵巢(CHO)細胞或骨髓瘤細胞)中(否則不會產生免疫球蛋白)，以在重組宿主細胞中實現單株抗體之合成。關於編碼抗體之DNA在細菌中之重組表現的評述文章包括Skerra等人，Curr.Opinion in Immunol.,5：256-262(1993)及Plückthun,Immunol.Revs.,130：151-188(1992)。

在另一實施例中，抗體或抗體片段可自使用McCafferty等人，Nature,348：552-554(1990)中所述之技術使用的抗體噬菌體文庫分離。Clackson等人，Nature,352：624-628(1991)及Marks等人，J.Mol.Biol.,222：581-597(1991)描述使用噬菌體文庫分別分離鼠科及人類抗體。後續公開案描述藉由鏈改組(Marks等人，Bio/Technology,10：779-783(1992))以及組合感染及活體內再組合作為建構極大型噬菌體文庫的策略(Waterhouse等人，Nuc.Acids.Res.,21：2265-2266(1993))來產生高親和力(nM範圍)人類抗體。因此，此等技術為用於分離單株抗體之傳統單株抗體融合瘤技術的可行替代技術。

DNA亦可經修飾，例如藉由用人類重鏈及輕鏈恆定域之編碼序列取代同源鼠科序列(美國專利第4,816,567號；Morrison等人，Proc.Natl Acad.Sci.USA,81：6851(1984))，或藉由將非免疫球蛋白多肽之編碼序列的全部或一部分連接至免疫球蛋白編碼序列來修飾。

典型地，此等非免疫球蛋白多肽取代抗體之恆定域，或取代抗體之抗原結合位點之可變域，以產生嵌合二價抗體，該嵌合二價抗體包含對抗原具有特異性的抗原結合位點及對不同抗原具有特異性的另一抗原結合位點。

(iii)人類化抗體

對非人類抗體進行人類化的方法已描述於此項技術中。人類化抗體較佳具有一或多個自非人類來源引入其中的胺基酸殘基。此等非人類胺基酸殘基通常稱為「輸入」殘基，其典型地得自「輸入」可變域。人類化基本上可沿用Winter及同事的方法(Jones等人，Nature,321：522-525(1986)；Riechmann等人，Nature,332：323-327(1988)；Verhoeyen等人，Science,239：1534-1536(1988))，藉由用高變區序列取代人類抗體之相應序列來進行。因此，此等「人類化」抗體為嵌合抗體(美國專利第4,816,567號)，其中實質上小於完整的人類可變域已經來自非人類物種的相應序列取代。實務上，人類化抗體典型地為其中一些高變區殘基及可能一些FR殘基經來自嚙齒動物抗體中之類似位點之殘基取代的人類抗體。

選擇可用於製備人類化抗體之人類可變域(輕鏈與重鏈)對於降低抗原性而言非常重要。根據所謂的「最佳擬合」方法，參照已知人類可變域序列之整個文庫篩選嚙齒動物抗體之可變域序列。與嚙齒動物序列最接近的人類序列接著當作人類化抗體之人類構架區(FR)(Sims等人，J.Immunol.,151：2296(1993)；Chothia等人，J.Mol.Biol.,196：901(1987))。另一種方法係使用輕鏈或重鏈可變區之特定亞群之所有人類抗體之共同序列的特定構架區。若干不同的人類化抗體可使用相同構架(Carter等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89：4285(1992)；Presta等人，J.Immunol.,151：2623(1993))。

更重要的是，抗體經人類化而保持針對抗原之高親和力及其他有利生物特性。為實現此目標，根據一個較佳方法，人類化抗體係藉由使用親本及人類化序列之三維模型分析親本序列及各種概念性人類化產物的方法製備。三維免疫球蛋白模型通常可獲得且為熟習此項技術者所熟悉。可利用電腦程式說明及呈現所選候選免疫球蛋白序列之大概三維構形結構。對此等呈現的檢查可分析殘基在候選免疫球蛋白序列之功能中的可能作用，亦即分析可影響候選免疫球蛋白結合其抗原之能力的殘基。以此方式可自受者及輸入序列選出FR殘基且組合，以便達成所要抗體特徵，諸如針對靶抗原的親和力增強。一般而言，高變區殘基直接且大部分實質上涉及影響抗原結合。

(iv)人類抗體

作為人類化的一個替代方案，可產生人類抗體。舉例而言，現可產生轉殖基因動物(例如小鼠)，其經免疫而能夠在缺乏內源性免疫球蛋白產生的情況下產生完整譜系的人類抗體。舉例而言，已描述嵌合及生殖系突變型小鼠之抗體重鏈連接區(J_H )基因的同種接合性缺失使得內源性抗體產生受到完全抑制。人類生殖系免疫球蛋白基因陣列轉移至此類生殖系突變型小鼠中在抗原攻擊時將引起人類抗體產生。參見例如Jakobovits等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90：2551(1993)；Jakobovits等人，Nature,362：255-258(1993)；Bruggermann等人，Year in Immuno.,7：33(1993)；及美國專利第5,591,669號、第5,589,369號及第5,545,807號。

或者，可利用噬菌體呈現技術(McCafferty等人，Nature 348：552-553(1990))，使用來自未免疫供者的免疫球蛋白可變(V)域基因譜系活體外產生人類抗體及抗體片段。根據此技術，將抗體V域基因同框選殖入絲狀噬菌體之主要或次要鞘蛋白基因(諸如M13或fd)，且以功能性抗體片段形式呈現於噬菌體顆粒表面上。由於絲狀顆粒含有噬菌體基因組之單股DNA複本，因此基於抗體功能特性之選擇亦可選擇編碼展現彼等特性之抗體的基因。因此，噬菌體模擬B細胞之一些特性。噬菌體呈現可以多種形式進行；欲回顧其，參見例如Johnson,Kevin S.及Chiswell,David J.,Current Opinion in Structural Biology 3：564-571(1993)。V基因區段之若干來源可用於噬菌體呈現。Clackson等人，Nature,352：624-628(1991)自來源於免疫小鼠脾臟之V基因之小型隨機組合文庫分離出多種抗噁唑酮抗體。可建構來自未免疫人類供者的V基因譜系且沿用以下文獻所述的技術可基本上分離出針對多種抗原(包括自身抗原)的抗體：Marks等人，J.Mol.Biol.222：581-597(1991)；或Griffith等人，EMBO J.12：725-734(1993)。亦參見美國專利第5,565,332號及第5,573,905號。

人類抗體亦可由活體外活化B細胞產生(參見美國專利第5,567,610號及第5,229,275號)。

(v)抗體片段

已開發出用於產生抗體片段的各種技術。傳統上，此等片段經由完整抗體之蛋白水解性消化而獲得(參見例如Morimoto等人，Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24：107-117(1992)及Brennan等人，Science,229：81(1985))。然而，此等片段現可由重組宿主細胞直接產生。舉例而言，抗體片段可自上文論述的抗體噬菌體文庫分離而得。或者，可自大腸桿菌中直接回收Fab'-SH片段且化學偶合而形成F(ab')₂ 片段(Carter等人，Bio/Technology 10：163-167(1992))。根據另一方法，可自重組宿主細胞培養物中直接分離出F(ab')₂ 片段。用於產生抗體片段的其他技術對於熟練從業者而言顯而易見。在其他實施例中，所選抗體為單鏈Fv片段(scFv)。參見WO 1993/16185及美國專利第5,571,894號及第5,587,458號。抗體片段亦可為「線性抗體」，例如如美國專利第5,641,870號中所述。此等線性抗體片段可具單特異性或雙特異性。

(vi)雙特異性抗體

雙特異性抗體為具有針對至少兩種不同抗原決定基之結合特異性的抗體。例示性雙特異性抗體可結合至因子D抗原上之兩種不同抗原決定基。或者，可將抗因子D結合臂與結合至白血球上之觸發分子的臂組合，觸發分子諸如T細胞受體分子(例如CD2或CD3)，或IgG之Fc受體(FcγR)，諸如FcγRI(CD64)、FcγRII(CD32)及FcγRIII(CD16)。雙特異性抗體亦可用於局部化細胞毒性劑。此等抗體具有因子D結合臂及結合細胞毒性劑(例如沙泊寧(saporin)、長春花生物鹼(vinca alkaloid)、蓖麻素A鏈、甲胺喋呤(methotrexate)或放射性同位素半抗原)的臂。雙特異性抗體可製備為全長抗體或抗體片段(例如F(ab')₂ 雙特異性抗體)。

製備雙特異性抗體的方法在此項技術中已知。全長雙特異性抗體之傳統製備係基於兩個免疫球蛋白重鏈-輕鏈對之共表現，其中兩條鏈具有不同特異性(Millstein等人，Nature,305：537-539(1983))。由於免疫球蛋白重鏈及輕鏈隨機分配，因此此等融合瘤(四源融合瘤)產生10種不同抗體分子之潛在混合物，其中僅一者具有正確的雙特異性結構。通常藉由親和性層析步驟進行的正確分子之純化相當繁瑣，且產物產量較低。類似程序揭示於WO 1993/08829及Traunecker等人，EMBO J.,10：3655-3659(1991)中。

根據一種不同方法，將具有所要結合特異性(抗體-抗原結合位點)的抗體可變域與免疫球蛋白恆定域序列融合。融合較佳與免疫球蛋白重鏈恆定域進行，該恆定域包含鉸鏈、CH2及CH3區域之至少一部分。較佳為融合體中之至少一者存在含有為輕鏈結合所必需之位點的第一重鏈恆定區(CH1)。將編碼免疫球蛋白重鏈融合體及需要時之免疫球蛋白輕鏈的DNA插入各別表現載體中且共轉染至適合的宿主生物體中。在實施例中，當使用不相等比率之三條多肽鏈建構得到最佳產量時，此為調整三個多肽片段之相互比例提供了較大靈活性。然而，當等比率之至少兩條多肽鏈之表現引起高產量或當比率不特別顯著時，可將兩條或全部三條多肽鏈之編碼序列插入一個表現載體中。

在此方法之一個較佳實施例中，雙特異性抗體係由以下組成：位於一個臂中之具有第一結合特異性的融合免疫球蛋白重鏈，及位於另一臂中之融合免疫球蛋白重鏈-輕鏈對(提供第二結合特異性)。已發現，此不對稱結構有利於所要雙特異性化合物與非所要免疫球蛋白鏈組合分離，因為雙特異性分子中僅一半存在免疫球蛋白輕鏈，從而提供輕易分離方式。此方法揭示於WO 1994/04690中。關於產生雙特異性抗體之其他細節，參見例如Suresh等人，Methods in Enzymology,121：210(1986)。

根據美國專利第5,731,168號中所述的另一方法，抗體分子對之間的界面可經工程改造以使自重組細胞培養物中回收之雜二聚體的百分比最大化。較佳界面包含抗體恆定域之C_H 3域的至少一部分。在此方法中，第一抗體分子之界面中的一或多個小胺基酸側鏈經較大側鏈(例如酪胺酸或色胺酸)置換。在第二抗體分子之界面上，藉由用較小胺基酸側鏈(例如丙胺酸或蘇胺酸)置換較大胺基酸側鏈而產生尺寸與較大側鏈相同或相似的補償性「空腔」。此為提高雜二聚體之產量超過其他非所要最終產物(諸如同二聚體)提供了機制。

雙特異性抗體包括交聯或「雜結合物」抗體。舉例而言，雜結合物中抗體之一可偶合至抗生物素蛋白，另一者偶合至生物素。此等抗體例如已提出可使免疫系統細胞靶向非所要細胞(美國專利第4,676,980號)，及用於治療HIV感染(WO 1991/00360、WO 1992/200373及EP 03089)。雜結合物抗體可使用任何方便的交聯方法產生。適合的交聯劑以及許多交聯技術在此項技術中已熟知且揭示於例如美國專利第4,676,980號中。

利用抗體片段產生雙特異性抗體的技術亦已描述於文獻中。舉例而言，雙特異性抗體可使用化學鍵製備。Brennan等人，Science,229：81(1985)描述一種使完整抗體經蛋白水解分裂而產生F(ab')₂ 片段的程序。此等片段在二硫醇錯合劑亞砷酸鈉存在下還原，以使鄰近二硫醇穩定且阻止分子間二硫鍵形成。所產生的Fab'片段接著轉化為硫代硝基苯甲酸酯(TNB)衍生物。Fab'-TNB衍生物之一接著藉由巰基乙胺還原而再轉化為Fab'-硫醇，且與等莫耳量的其他Fab'-TNB衍生物混合而形成雙特異性抗體。所產生的雙特異性抗體可用作選擇性固著酶的藥劑。

用於產生及自重組細胞培養物中直接分離出雙特異性抗體片段的各種技術亦已描述。舉例而言，使用白胺酸拉鏈產生雙特異性抗體。Kostelny等人，J.Immunol.,148(5)：1547-1553(1992)。來自Fos及Jun蛋白的白胺酸拉鏈肽藉由基因融合來連接至兩種不同抗體的Fab'部分。抗體同二聚體在鉸鏈區還原而形成單體且接著再氧化而形成抗體雜二聚體。此方法亦可用於產生抗體同二聚體。Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90：6444-6448(1993)所述的「雙功能抗體」技術已為產生雙特異性抗體片段提供替代機制。該等片段包含藉由連接子相連的重鏈可變域(V_H )及輕鏈可變域(V_L )，該連接子太短而不允許同一鏈上之兩個域之間成對。因此，一個片段之V_H 及V_L 域被迫與另一個片段之互補V_L 及V_H 域成對，從而形成兩個抗原結合位點。藉由使用單鏈Fv(sFv)二聚體產生雙特異性抗體片段的另一策略亦已報導。參見Gruber等人，J.Immunol.,152：5368(1994)。

涵蓋超過兩價的抗體。舉例而言，可製備三特異性抗體。Tutt等人，J.Immunol.147：60(1991)。

VI.抗體之結合物及其他修飾

本文方法中所用或製品中所包括的抗體視情況與細胞毒性劑結合。舉例而言，(因子D)抗體可與如WO 2004/032828中所述的藥物結合。

適用於產生此等抗體-細胞毒性劑結合物的化學治療劑已描述如上。

本文亦涵蓋抗體與一或多種小分子毒素的結合物，諸如卡奇黴素(calicheamicin)、美登素(maytansine)(美國專利第5,208,020號)、單端孢烯(trichothene)及CC1065。在本發明之一個實施例中，抗體與一或多個美登素分子結合(例如每個抗體分子約1至約10個美登素分子)。美登素可例如轉化為May-SS-Me，其可還原成May-SH3且與經修飾之抗體反應(Chari等人，Cancer Research 52：127-131(1992))以產生類美登素-抗體結合物。

或者，抗體與一或多個卡奇黴素分子結合。抗生素之卡奇黴素系列能夠在亞皮莫耳濃度下產生雙股DNA斷裂。可使用之卡奇黴素的結構模擬物包括(但不限於)γ₁ ¹ 、α₂ ¹ 、α₃ ¹ 、N-乙醯基-γ₁ ¹ 、PSAG及θ¹ ₁ (Hinman等人，Cancer Research 53：3336-3342(1993)及Lode等人，Cancer Research 58：2925-2928(1998))。

可使用的酶促活性毒素及其片段包括白喉A鏈(diphtheria A chain)、白喉毒素之非結合活性片段、外毒素A鏈(來自綠膿假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa))、蓖麻素A鏈(ricin A chain)、相思豆毒素A鏈(abrin A chain)、莫迪素A鏈(modeccin A chain)、α-帚麴菌素(alpha-sarcin)、油桐(Aleurites fordii)蛋白、康乃馨(dianthin)蛋白、美洲商陸(Phytolaca americana)蛋白(PAPI、PAPII及PAP-S)、苦瓜(momordica charantia)抑制劑、麻瘋樹毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制劑、白樹素(gelonin)、有絲分裂素(mitogellin)、侷限麴菌素(restrictocin)、酚黴素(phenomycin)、伊諾黴素(enomycin)及黴菌毒素(tricothecenes)。參見例如1993年10月28日公開的WO 1993/21232。

本發明進一步涵蓋抗體與具有核酸水解活性之化合物(例如核糖核酸酶或DNA核酸內切酶，諸如脫氧核糖核酸酶DNase)的結合物。

多種放射性同位素可供用於產生放射性結合抗體。實例包括At²¹¹ 、I¹³¹ 、I¹²⁵ 、Y⁹⁰ 、Re¹⁸⁶ 、Re¹⁸⁸ 、Sm¹⁵³ 、Bi²¹² 、P³² ，及Lu之放射性同位素。

抗體與細胞毒性劑之結合物可使用各種雙官能蛋白質偶合劑產生，雙官能蛋白質偶合劑諸如3-(2-吡啶基二硫醇)丙酸N-丁二醯亞胺酯(SPDP)、4-(N-順丁烯二醯亞胺基甲基)環己烷-1-甲酸丁二醯亞胺酯、亞胺基硫雜環戊烷(IT)、醯亞胺基酯之雙官能衍生物(諸如二亞胺代己二酸二甲酯鹽酸鹽)、活性酯(諸如辛二酸二丁二醯亞胺酯)、醛(諸如戊二醛)、雙疊氮基化合物(諸如雙(對疊氮基苯甲醯基)己烷二胺)、雙重氮基衍生物(諸如雙(對重氮基苯甲醯基)-伸乙二胺)、二異氰酸酯(諸如甲苯2,6-二異氰酸酯)，及雙活性氟化合物(諸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)。舉例而言，蓖麻素免疫毒素可如Vitetta等人，Science 238：1098(1987)中所述製備。經碳14標記之1-異硫氰酸酯基苯甲基-3-甲基二伸乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)為用於放射性核苷酸與抗體結合的例示性螯合劑。參見WO 1994/11026。連接子可為有利於細胞毒性藥物釋放於細胞中的「可分裂連接子」。舉例而言，可使用酸不穩定性連接子、肽酶敏感性連接子、二甲基連接子或含二硫鍵連接子(Chari等人，Cancer Research 52：127-131(1992))。

或者，包含抗體及細胞毒性劑的融合蛋白可藉由例如重組技術或肽合成術產生。

在又一個實施例中，抗體可與用於預靶向腫瘤的「受體」(諸如抗生蛋白鏈菌素)結合，其中將抗體-受體結合物投與個體，隨後使用清除劑將未結合的結合物自循環中移除且接著投與「配位體」(例如抗生物素蛋白)與細胞毒性劑(例如放射性核苷酸)之結合物。

本發明抗體亦可與前藥活化酶結合，該前藥活化酶可將前藥(例如肽基化學治療劑，參見WO 1981/01145)轉化為活性抗癌藥物。參見例如WO 1988/07378及美國專利第4,975,278號。

此等結合物之酶組分包括能夠以使得前藥轉化為其更具活性之細胞毒性形式的方式作用於前藥的任何酶。

適用於本發明方法中的酶包括(但不限於)：適用於將含磷酸酯前藥轉化為游離藥物的鹼性磷酸酶；適用於將含硫酸酯前藥轉化為游離藥物的芳基硫酸酯酶；適用於將無毒5-氟胞嘧啶轉化為抗癌藥物5-氟尿嘧啶的胞嘧啶脫胺酶；適用於將含肽前藥轉化為游離藥物的蛋白酶，諸如沙雷菌蛋白酶、嗜熱菌蛋白酶、枯草桿菌蛋白酶、羧基肽酶及組織蛋白酶(諸如組織蛋白酶B及L)；適用於轉化含有D-胺基酸取代基之前藥的D-丙胺醯基羧基肽酶；適用於將糖基化前藥轉化為游離藥物的碳水化合物分裂酶，諸如β-半乳糖苷酶及神經胺糖酸苷酶；適用於將經衍生化而具有β-內醯胺之藥物轉化為游離藥物的β-內醯胺酶；及適用於將在胺氮上經衍生化而具有苯氧基乙醯基或苯乙醯基之藥物分別轉化為游離藥物的青黴素醯胺酶，諸如青黴素V醯胺酶或青黴素G醯胺酶。或者，可使用具有酶促活性的抗體(此項技術中亦稱為「抗體酶」)將本發明之前藥轉化為游離活性藥物(參見例如Massey,Nature 328：457-458(1987))。可本文所述製備抗體-抗體酶結合物用於將抗體酶遞送至腫瘤細胞群體。

本發明之酶可藉由此項技術中熟知的技術(諸如使用上文論述的雜二官能性交聯試劑)共價結合至抗體。或者，可使用此項技術中熟知的重組DNA技術建構融合蛋白，此等融合蛋白包含相連的本發明抗體之至少抗原結合區域與本發明酶之至少功能活性部分(參見例如Neuberger等人，Nature,312：604-608(1984))。

本文涵蓋抗體之其他修飾。舉例而言，抗體可連接至多種非蛋白質性聚合物之一，例如聚乙二醇(PEG)、聚丙二醇、聚環氧烷，或聚乙二醇與聚丙二醇之共聚物。與一或多個PEG分子連接的抗體片段(諸如Fab')為本發明之一個特別較佳實施例。

本文所揭示的抗體亦可調配為脂質體。含有抗體的脂質體係藉由此項技術中已知的方法製備，諸如以下文獻中所述：Epstein等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,82：3688(1985)；Hwang等人，Proc.Natl. Acad.Sci.USA,77：4030(1980)；美國專利第4,485,045號及第4,544,545號；及1997年10月23日公開的WO 1997/38731。循環時間延長的脂質體揭示於美國專利第5,013,556號中。

特別適用的脂質體可藉由逆相蒸發法、使用包含磷脂醯膽鹼、膽固醇及PEG衍生化磷脂醯乙醇胺(PEG-PE)的脂質組合物產生。脂質體係經由規定孔徑之過濾器擠出，以產生具有所要直徑的脂質體。本發明抗體之Fab'片段可經由二硫化物互換反應、與如Martin等人，J.Biol.Chem.257：286-288(1982)中所述的脂質體結合。脂質體內視情況含有化學治療劑。參見Gabizon等人，J.NationalCancer Inst.81(19)1484(1989)。

涵蓋本文所述之蛋白質或肽抗體的胺基酸序列修飾。舉例而言，可能需要改良抗體之結合親和力及/或其他生物特性。抗體之胺基酸序列變異體係藉由將適當核苷酸變化引入抗體核酸中或藉由肽合成法製備。此等修飾包括例如抗體胺基酸序列內之殘基的缺失及/或插入及/或取代。進行缺失、插入與取代之任何組合以獲得最終構築體，限制條件為最終構築體具有所要特徵。胺基酸變化(諸如糖基化位點之數目或位置變化)亦可改變抗體之轉譯後加工。

適用於鑑別抗體之某些殘基或區域為突變誘發之較佳位置的方法稱作「丙胺酸掃描突變誘發」，如Cunningham and Wells Science,244：1081-1085(1989)中所述。其中，鑑別殘基或一組靶殘基(例如帶電荷殘基，諸如arg、asp、his、lys及glu)且用中性或帶負電荷胺基酸(最佳為丙胺酸或聚丙胺酸)置換以影響胺基酸與抗原的相互作用。接著藉由將其他變異體引入取代位點來改進對取代顯示功能敏感性的彼等胺基酸位置。因此，雖然引入胺基酸序列變異的位點係經預先確定，但突變本身之性質無需預先確定。舉例而言，為了分析指定位點處突變之效能，在標靶密碼子或區域進行ala掃描或隨機突變誘發且根據所要活性篩選所表現的抗體變異體。

胺基酸序列插入包括長度範圍為一個殘基至含有一百或超過一百個殘基之多肽的胺基末端及/或羧基末端融合體，以及單個或多個胺基酸殘基之序列內插入。末端插入之實例包括具有N末端甲硫胺醯基殘基的抗體或與細胞毒性多肽融合的抗體。抗體分子之其他插入型變異體包括與酶抗體之N末端或C末端的融合體，或延長抗體血清半衰期的多肽。

另一類變異體為胺基酸取代型變異體。此等變異體為抗體分子中之至少一個胺基酸殘基經不同殘基置換。用於抗體之取代型突變誘發的最關注位點包括高變區，但亦涵蓋FR變化。保守性取代顯示於表1中標題「較佳取代」之下。若此等取代引起生物活性變化，則可引入更多實質性變化(表1中稱為「例示性取代」或如下文關於胺基酸類別進一步描述)且篩選產物。

抗體生物特性之實質性修改係藉由選擇取代來達成：此等取代在其對維持以下之作用方面顯著不同：(a)多肽主鏈在取代區域中的結構，例如如片狀或螺旋構形；(b)分子在靶點處的電荷或疏水性；或(c)側鏈之堆積。胺基酸可根據其側鏈特性之類似處分類(於A.L.Lehninger,Biochemistry，第2版，第73-75頁，Worth Publishers,New York(1975))：(1)非極性：Ala(A)、Val(V)、Leu(L)、Ile(I)、Pro(P)、Phe(F)、Trp(W)、Met(M)(2)不帶電荷、極性：Gly(G)、Ser(S)、Thr(T)、Cys(C)、Tyr(Y)、Asn(N)、Gln(Q)(3)酸性：Asp(D)、Glu(E)(4)鹼性：Lys(K)、Arg(R)、His(H)。

或者，天然存在之殘基可根據共同側鏈特性分類：(1)疏水性：正白胺酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；(2)中性親水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；(3)酸性：Asp、Glu；(4)鹼性：His、Lys、Arg；(5)影響鏈取向的殘基：Gly、Pro；(6)芳族：Trp、Tyr、Phe。

非保守性取代要求此等類別之一中的成員交換成另一類別。

不涉及維持抗體適當構形的任何半胱胺酸殘基亦可經取代，一般經絲胺酸取代，以改良分子之氧化穩定性及阻止異常交聯。反之，可向抗體添加半胱胺酸鍵以改良其穩定性(尤其在抗體為諸如Fv片段之抗體片段的情況下)。

取代型變異體之一種特別較佳類型涉及取代親本抗體之一或多個高變區殘基。一般而言，選用於進一步開發的所得變異體相對於產生其的親本抗體具有改良的生物特性。宜用於產生此等取代型變異體的方式為使用噬菌體呈現術的親和力成熟法。簡言之，使若干高變區位點(例如6至7個位點)發生突變以在各位點產生所有可能的胺基酸取代。由此產生的抗體變異體係以單價方式、以與各顆粒內所封裝之M13基因III產物的融合體形式自絲狀噬菌體顆粒中呈現。接著根據生物活性(例如結合親和力)篩選噬菌體呈現的變異體，如本文所揭示。為了鑑別用於修飾的候選高變區，可進行丙胺酸掃描突變誘發以鑑別出對抗原結合有顯著作用的高變區殘基。或者，或另外，鑑別抗體與抗原之間的接觸點可有益於分析抗原-抗體複合物之晶體結構。此等接觸殘基及相鄰殘基為根據本文詳述技術進行取代的候選殘基。此等變異體一經產生，則如本文所述對該組變異體進行篩選且可選擇在一或多種相關分析中具有優良特性的抗體用於進一步開發。

抗體之另一類型胺基酸變異體為改變抗體之原始糖基化模式。此等改變包括使存在於抗體中的一或多個碳水化合物部分缺失，及/或添加不存在於抗體中的一或多個糖基化位點。

多肽糖基化典型地為N連接或O連接型。N連接型係指碳水化物部分與天冬醯胺酸殘基之側鏈連接。三肽序列天冬醯胺酸-X-絲胺酸及天冬醯胺酸-X-蘇胺酸(其中X為除脯胺酸外的任何胺基酸)為用於碳水化物部分酶促連接至天冬醯胺酸側鏈的識別序列。因此，多肽中此等三肽序列任一者之存在均產生潛在糖基化位點。O連接型糖基化係指糖N-乙醯基半乳糖胺、半乳糖或木醣之一連接至羥基胺基酸(最常見為絲胺酸或蘇胺酸，但亦可使用5-羥基脯胺酸或5-羥基離胺酸)。

糖基化位點添加至抗體中宜藉由改變胺基酸序列以使得其含有一或多個上述三肽序列來達成(對於N連接型糖基化位點)。亦可藉由向原始抗體之序列中添加或取代一或多個絲胺酸或蘇胺酸殘基來產生變化(對於O連接型糖基化位點)。

在抗體包含Fc區的情況下，可改變與其連接的碳水化合物。舉例而言，其中成熟碳水化合物結構缺乏與抗體Fc區連接之海藻糖的抗體描述於US 2003/0157108(Presta,L.)中。亦參見US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.,Ltd.)。碳水化合物中之二分N-乙醯基葡糖胺(GlcNAc)與抗體Fc區連接的抗體提及於Jean-Mairet等人之WO 2003/011878及Umana等人之美國專利第6,602,684號中。寡糖中至少一個半乳糖殘基與抗體Fc區連接的抗體報導於Patel等人之WO 1997/30087中。關於經改變之碳水化合物與抗體Fc區連接的抗體，亦參見WO 1998/58964(Raju,S.)及WO 1999/22764(Raju,S.)。

本文中之較佳糖基化變異體包含Fc區，其中與Fc區連接的碳水化合物結構缺乏海藻糖。此等變異體具有改良之ADCC功能。視情況，Fc區中進一步包含一或多個進一步改良ADCC的胺基酸取代，例如位於Fc區之位置298、333及/或334的取代(殘基之Eu編號)。與「去海藻糖化」或「海藻糖缺乏」抗體有關之公開案實例包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；Okazaki等人，J.Mol.Biol.336：1239-1249(2004)；及Yamane-Ohnuki等人，Biotech.Bioeng.87：614(2004)。產生去海藻糖化抗體之細胞株之實例包括缺乏蛋白質海藻糖化之Lec13 CHO細胞(Ripka等人，Arch.Biochem.Biophys.249：533-545(1986)；US 2003/0157108,Presta,L；及WO 2004/056312,Adams等人，尤其實例11)；及基因剔除細胞株，諸如α-1,6-海藻糖基轉移酶基因FUT8剔除之CHO細胞(Yamane-Ohnuki等人，Biotech.Bioeng.87：614(2004))。

編碼抗體之胺基酸序列變異體的核酸分子係藉由此項技術中已知的各種方法製備。此等方法包括(但不限於)自天然源分離(在天然存在之胺基酸序列變異體情況下)或藉由對早先製備之變異型或非變異型抗體進行寡核苷酸介導(或定點)之突變誘發、PCR突變誘發及卡匣突變誘發來製備。

可能需要根據效應功能來修飾本發明抗體，例如以便增強抗體之ADCC及/或CDC。此可藉由將一或多個胺基酸取代引入抗體Fc區中來達成。或者或另外，可將半胱胺酸殘基引入Fc區中，從而允許該區域內形成鏈間二硫鍵。由此產生的同二聚抗體可具有改良之內化能力及/或增強之補體介導細胞殺死作用及ADCC。參見Caron等人，J.Exp Med.176：1191-1195(1992)及Shopes,B.J.Immunol.148：2918-2922(1992)。具有增強之抗腫瘤活性的同二聚抗體亦可使用雜二官能性交聯劑如Wolff等人，Cancer Research 53：2560-2565(1993)中所述製備。或者，抗體可經工程改造而具有雙重Fc區且可藉此具有增強的補體溶解及ADCC能力。參見Stevenson等人，Anti-Cancer Drug Design 3：219-230(1989)。

WO 2000/42072(Presta,L.)描述在人類效應細胞存在下具有改良之ADCC功能的抗體，其中該等抗體的Fc區中包含胺基酸取代。ADCC改良之抗體較佳在Fc區之位置298、333及/或334包含取代。改變之Fc區較佳為包含或其組成為位於此等位置之一、兩或三者之取代的人類IgG1 Fc區。

C1q結合及/或CDC改變之抗體描述於WO 1999/51642及美國專利第6,194,551號、第6,242,195號、第6,528,624號及第6,538,124號(Idusogie等人)中。抗體在其Fc區之胺基酸位置270、322、326、 327、329、313、333及/或334中之一或多個位置包含胺基酸取代。

為了延長抗體之血清半衰期，可將救援受體結合抗原決定基併入抗體(特別抗體片段)中，如例如美國專利5,739,277中所述。如本文所用，術語「救援受體結合抗原決定基」係指IgG分子(例如IgG₁ 、IgG₂ 、IgG₃ 或IgG₄ )之Fc區的抗原決定基，其擔負延長IgG分子之活體內血清半衰期的作用。Fc區中具有取代且血清半衰期延長的抗體亦描述於WO 2000/42072(Presta,L.)中。

亦涵蓋具有三個或超過三個(較佳四個)功能性抗原結合位點的經工程改造抗體(US 2002/0004587 A1,Miller等人)。

VII.醫藥調配物

根據本發明使用之抗體的治療性調配物係藉由將具有所要純度的抗體與視情況存在之醫藥學上可接受之載劑、賦形劑或穩定劑(Remington's Pharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.編(1980))混合來製備成凍乾調配物或水溶液形式以便儲存。可接受之載劑、賦形劑或穩定劑在所用劑量及濃度下對於接受者而言為無毒的，且包括緩衝劑，諸如磷酸鹽、組胺酸、檸檬酸鹽及其他有機酸；鹽，諸如氯化鈉、氯化鈣及硫酸銨；抗氧化劑，包括抗壞血酸及甲硫胺酸；防腐劑(諸如氯化十八烷基二甲基苯甲基銨；氯化六羥季銨；氯化苯甲烴銨、苄索氯銨；苯酚、丁基或苯甲醇；對羥苯甲酸烷酯，諸如對羥苯甲酸甲酯或對羥苯甲酸丙酯；兒茶酚；間苯二酚；環己醇；3-戊醇；及間甲酚)；低分子量(小於約10個殘基)多肽；蛋白質，諸如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水性聚合物，諸如聚乙烯吡咯啶酮；胺基酸，諸如甘胺酸、麩醯胺酸、天冬醯胺酸、組胺酸、精胺酸或離胺酸；單醣、雙醣及其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑，諸如EDTA；糖，諸如蔗糖、甘露糖醇、海藻糖或山梨糖醇；成鹽相對離子，諸如鈉；金屬錯合物(例如Zn蛋白質錯合物)；及/或非離子性界面活性劑，諸如TWEEN^TM 、PLURONICS^TM 或PEG。

例示性抗因子D抗體或其抗原結合片段調配物描述於美國專利第8,067,002號、第8,193,329號、第8,187,604號、第8,372,403號、第8,273,352號、第6,954,107號、第7,943,135號、第7,439,331號、第7,112,327號、第8,124,090號及第8,236,317號中。

適於皮下投藥的凍乾調配物描述於例如美國專利第6,267,958號(Andya等人.)中。適於玻璃體內投藥的凍乾調配物描述於例如美國專利第7,807,164號、第8,481,046號中。此等凍乾調配物可用適合稀釋劑復原為高蛋白濃度(描述於例如美國專利第8,142,776號中)且復原調配物可皮下投與或玻璃體內投與本文中所治療之哺乳動物。

亦涵蓋抗體之結晶形式。參見例如US 2002/0136719A1(Shenoy等人)。

當治療特定適應症需要時，本文中調配物亦可含有超過一種活性化合物(第二藥劑)，較佳為具有互補活性、彼此間無不利影響的彼等物。舉例而言，調配物中可能需要進一步提供VEGF抑制劑。此等其他藥劑(本文中稱為第二藥劑，其中第一藥劑為抗因子D抗體)之類型及有效量取決於例如存在於調配物中之抗體的量、所治療之變性疾病類型及個體之臨床參數。

活性成分亦可截留於藉由例如團聚技術或藉由界面聚合所製備之微膠囊(例如分別為羥甲基纖維素或明膠微膠囊及聚(甲基丙烯酸甲酯)微膠囊)中，截留於膠體藥物遞送系統(例如脂質體、白蛋白微球體、微乳液、奈米顆粒及奈米膠囊)中或截留於微乳液中。此等技術揭示於例如Remington's Pharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.編(1980)中。

可製備持續釋放型製劑。持續釋放型製劑之適合實例包括含有抗體之固體疏水性聚合物之半透性基質，該等基質呈成形物品形式，例如薄膜或微膠囊。持續釋放型基質之實例包括聚酯、水凝膠(例如聚(甲基丙烯酸2-羥基乙基酯)或聚(乙烯醇))、聚乳酸交酯(美國專利第3,773,919號)、L-麩胺酸與γ乙基-L-麩胺酸酯之共聚物、非降解性乙烯-乙酸乙烯酯、可降解性乳酸-乙醇酸共聚物，諸如LUPRON DEPOT^TM (由乳酸-乙醇酸共聚物及亮丙立德乙酸鹽(leuprolide acetate)組成的可注射微球體)，及聚D-(-)-3-羥丁酸。

用於活體內投藥的調配物必須無菌。此容易藉由無菌過濾膜過濾達成。

VIII.製品

本發明之範疇內涵蓋各種製品。在本發明之另一個實施例中，提供含有適用於治療上述變性疾病之物質的製品。製品較佳包含：(a)容器，該容器內包含含有抗因子D抗體或其抗原結合片段及醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑的組合物；及(b)藥品說明書，該藥品說明書具有治療個體之變性疾病的說明，其中該等說明指示將抗體以有效提供約0.5至4公克之初始抗體暴露、隨後約0.5至4公克之第二次抗體暴露的量投與個體，其中該第二次暴露直至初始暴露後約16至54週才提供且每次抗體暴露係以抗體之單次劑量或兩或三次各別劑量提供給個體。

藥品說明書位於容器表面上或與容器連結。適合容器包括例如瓶子、小瓶、注射器等。容器可由諸如玻璃或塑膠之多種材料形成。容器容納或含有有效治療AMD的組合物且可具有無菌接取孔(例如容器可為靜脈內溶液袋或具有可由皮下注射針刺穿之瓶塞的小瓶)。組合物中之至少一種活性劑為抗體。標籤或藥品說明書指示，在關於抗體之給藥量及間隔時間及所提供之任何其他藥物的具體指導下使用組合物治療適於治療之個體之變性疾病。製品可進一步包含第二容器，第二容器包含醫藥學上可接受之稀釋劑緩衝液，諸如抑菌性注射用水 (BWFI)、磷酸鹽緩衝鹽水、林格氏溶液(Ringer's solution)及右旋糖溶液。製品仍可進一步包含含有第二藥劑的第二或第三容器，其中抗因子D抗體或其抗原結合片段為第一藥劑，其中製品進一步在藥品說明書上包含關於用第二藥劑治療個體的說明。例示性第二藥劑包括化學治療劑、免疫抑制劑、抗瘧疾劑、細胞毒性劑、整合素拮抗劑、細胞激素拮抗劑或激素。在一些實施例中，第二藥劑為化學治療劑、抗瘧疾劑或免疫抑制劑，包括例如羥氯喹(hydroxychloroquine)、氯喹(chloroquine)、奎吖因(quinacrine)、環磷醯胺、潑尼松、黴酚酸嗎啉乙酯、甲胺喋呤(methotrexate)、硫唑嘌呤(azathiprine)或6-巰基嘌呤；皮質類固醇，諸如潑尼松(以及視情況存在之甲胺喋呤、羥氯喹、氯喹、奎吖因、MMF、或硫唑嘌呤聯合或不聯合6-巰基嘌呤)；或皮質類固醇，諸如潑尼松以及MMF或環磷醯胺。製品可進一步包括自商業及使用者觀點合乎需要的其他物質，包括其他緩衝液、稀釋劑、過濾器、針及注射器。

在另一個態樣中，本發明提供包含IVT或長效遞送裝置的製品，其將固定劑量的抗因子D抗體或其抗原結合片段遞送至患者，其中固定劑量係在抗因子D抗體或其抗原結合片段之微克至毫克範圍內。在一些實施例中，固定劑量為每月約10mg或隔月約10mg。在一些實施例中，裝置中抗體之濃度為約10mg。在另一個態樣中，本發明提供包含濃度約10mg之抗因子D抗體或其抗原結合片段的製品。在一些實施例中，抗因子D抗體包含輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一些實施例中，抗體包含與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一些實施例中，抗體包含含有胺基酸序列SEQ ID NO：7的重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8的輕鏈可變區。在一些實施例中，抗體為具有CAS寄存號1278466-20-8的蘭帕珠單抗。在一些實施例中，抗因子D抗體可為單株抗體、抗體片段、嵌合抗體、人類化抗體、單鏈抗體或競爭性抑制抗因子D抗體結合至其各別抗原性抗原決定基的抗體。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗因子D抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少95%序列一致性的重鏈序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少95%序列一致性的輕鏈序列。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：含有胺基酸序列SEQ ID NO：7之重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8之輕鏈可變區。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制包含以下之抗體結合至其各別抗原性抗原決定基：含有胺基酸序列SEQ ID NO：15之重鏈；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：16之輕鏈。在一個實施例中，抗因子D抗體競爭性抑制具有CAS寄存號1278466-20-8之蘭帕珠單抗結合至其各別抗原性抗原決定基。在一些實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與另一種因子D抗體所結合的抗原決定基相同。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗因子D抗體所結合的抗原決定基相同：輕鏈，該輕鏈包含含有胺基酸序列ITSTDIDDDMN(SEQ ID NO：1)的HVR-L1、含有胺基酸序列GGNTLRP(SEQ ID NO：2)的HVR-L2及含有胺基酸序列LQSDSLPYT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；及/或重鏈，該重鏈包含含有胺基酸序列GYTFTNYGMN(SEQ ID NO：4)的HVR-H1、含有胺基酸序列WINTYTGETTYADDFKG(SEQ ID NO：5)的HVR-H2及含有胺基酸序列EGGVNN(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：7具有至少95%序列一致性的重鏈可變區序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：8具有至少95%序列一致性的輕鏈可變區序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：與胺基酸序列SEQ ID NO：15具有至少95%序列一致性的重鏈序列；及/或與胺基酸序列SEQ ID NO：16具有至少95%序列一致性的輕鏈序列。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：7之重鏈可變區；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：8之輕鏈可變區。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與包含以下之抗體所結合的抗原決定基相同：含有胺基酸序列SEQ ID NO：15之重鏈；及/或含有胺基酸序列SEQ ID NO：16之輕鏈。在一個實施例中，抗因子D抗體結合的因子D上之抗原決定基與具有CAS寄存號1278466-20-8之蘭帕珠單抗所結合的抗原決定基相同。

IX.例示性實施例

1.一種治療患有變性疾病之患者的方法，該方法包含：(a)如下判定患者樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在；(i)提供患者核酸樣品；(ii)對存在之至少一種變性疾病相關多形性進行基因分型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群的風險對偶基因時，鑑別該患者比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；及(c)當存在選自由以下組成之群的至少一種風險對偶基因時，向該患者投與抗因子D抗體或其抗原結合片段：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、C3B對偶基因或C3對偶基因。

2.如技術方案1之方法，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

3.如技術方案1之方法，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

4.如技術方案1之方法，其中該樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。

5.如技術方案1之方法，其中該核酸樣品包含DNA。

6.如技術方案1之方法，其中該核酸樣品包含RNA。

7.如技術方案5或6之方法，其中該核酸樣品經擴增。

8.如技術方案5或6之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。

9.如技術方案5或6之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。

10.如技術方案5或6之方法，其中至少一種多形性係藉由定序來偵測。

11.如技術方案9或10之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

12.如技術方案1之方法，其中藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

13.如技術方案1之方法，其中患者SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因表明對使用抗因子D抗體療法有反應之可能性增強。

14.如技術方案3之方法，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

15.如技術方案1之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

16.如技術方案15之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

17.如技術方案16之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

18.如技術方案1之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段為蘭帕珠單抗。

19.一種鑑別比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應之變性疾病患者的方法，該方法包含：(a)如下判定患者樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在；(i)提供患者之核酸樣品；(ii)對存在之至少一種變性疾病相關多形性進行基因分型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群的風險對偶基因時，鑑別該患者比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；及(c)選擇包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法。

20.如技術方案19之方法，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

21.如技術方案19之方法，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

22.如技術方案19之方法，其中該樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。

23.如技術方案19之方法，其中該核酸樣品包含DNA。

24.如技術方案19之方法，其中該核酸樣品包含RNA。

25.如技術方案19之方法，其中該核酸樣品經擴增。

26.如技術方案19之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。

27.如技術方案19之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。

28.如技術方案19之方法，其中至少一種多形性係藉由定序來偵測。

29.如技術方案19之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

30.如技術方案19之方法，其中藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

31.如技術方案19之方法，其中患者SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因表明對使用抗因子D抗體療法有反應之可能性增強。(定義增強之可能性)

32.如技術方案21之方法，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

33.如技術方案19之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

34.如技術方案33之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

35.如技術方案34之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

36.如技術方案19之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段為蘭帕珠單抗。

37.一種使抗因子D抗體或其抗原結合片段治療變性疾病患者達最佳治療功效的方法，該方法包含：(a)如下判定患者樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在；(i)提供患者之核酸樣品；(ii)對存在之至少一種變性疾病相關多形性進行基因分型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群的風險對偶基因時，鑑別該患者比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；及(c)選擇包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法。

38.如技術方案37之方法，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

39.如技術方案37之方法，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

40.如技術方案37之方法，其中該樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。

41.如技術方案37之方法，其中該核酸樣品包含DNA。

42.如技術方案37之方法，其中該核酸樣品包含RNA。

43.如技術方案37之方法，其中該核酸樣品經擴增。

44.如技術方案37之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。

45.如技術方案37之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。

46.如技術方案37之方法，其中至少一種多形性係藉由定序來偵測。

3b5b如技術方案37之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

47.如技術方案37之方法，其中藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

48.如技術方案37之方法，其中患者SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因表明對使用抗因子D抗體療法有反應之可能性增強。

49.如技術方案39之方法，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

50.如技術方案37之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

51.如技術方案50之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

52.如技術方案37之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

53.如技術方案37之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段為蘭帕珠單抗。

54.一種預測變性疾病患者對使用抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之反應性的方法，該方法包含(a)如下判定患者樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在；(i)提供患者之核酸樣品；(ii)對存在之至少一種變性疾病相關多形性進行基因分型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群的風險對偶基因時，鑑別該患者比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。

55.如技術方案55之方法，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

56.如技術方案55之方法，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

57.如技術方案55之方法，其中該樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。

58.如技術方案55之方法，其中該核酸樣品包含DNA。

59.如技術方案55之方法，其中該核酸樣品包含RNA。

60.如技術方案55之方法，其中該核酸樣品經擴增。

61.如技術方案55之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。

62.如技術方案55之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。

63.如技術方案55之方法，其中至少一種多形性係藉由定序來偵測。

64如技術方案55之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

65.如技術方案55之方法，其中藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

66.如技術方案55之方法，其中患者SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因表明對使用抗因子D抗體療法有反應之可能性增強。

4d1.如技術方案4a2之方法，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

67.如技術方案56之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

68.如技術方案67之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

69.如技術方案55之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

70.如技術方案55之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段為蘭帕珠單抗。

71.一種判定變性疾病患者受益於抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之可能性的方法，該方法包含(a)如下判定患者樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在；(i)提供患者之核酸樣品；(ii)對存在之至少一種變性疾病相關多形性進行基因分型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群的風險對偶基因時，鑑別該患者比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。

72.如技術方案71之方法，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

73.如技術方案71之方法，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

74.如技術方案71之方法，其中該樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。

75.如技術方案71之方法，其中該核酸樣品包含DNA。

76.如技術方案71之方法，其中該核酸樣品包含RNA。

77.如技術方案71之方法，其中該核酸樣品經擴增。

78.如技術方案71之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。

79.如技術方案71之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。

80.如技術方案71之方法，其中至少一種多形性係藉由定序來偵測。

81.如技術方案71之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

82.如技術方案71之方法，其中藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

83.如技術方案71之方法，其中患者SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因表明對使用抗因子D抗體療法有反應之可能性增強。

84.如技術方案73之方法，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

85.如技術方案71之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

86.如技術方案85之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

87.如技術方案73之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

88.如技術方案3之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段為蘭帕珠單抗。

89.一種評估個體之變性疾病的方法，該方法包含：(a)如下判定患者樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在；(i)提供患者之核酸樣品；(ii)對存在之至少一種變性疾病相關多形性進行基因分型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當個體樣品中存在至少一種選自由以下組成之群的風險對偶基因時，提供變性疾病之評估：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。

90.如技術方案89之方法，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

91.如技術方案89之方法，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

92.如技術方案89之方法，其中該樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。

93.如技術方案6之方法，其中該核酸樣品包含DNA。

94.如技術方案89之方法，其中該核酸樣品包含RNA。

95.如技術方案89之方法，其中該核酸樣品經擴增。

96.如技術方案89之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。

97.如技術方案89之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。

98.如技術方案89之方法，其中至少一種多形性係藉由定序來偵測。

99.如技術方案89之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

100.如技術方案89之方法，其中藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

101.如技術方案89之方法，其中在SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199具有一或兩個G基因型對偶基因或在SNP rs10737680具有一或兩個A基因型對偶基因的患者比較可能對使用抗因子D抗體療法有反應。

102.如技術方案91之方法，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

103.如技術方案689之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

104 如技術方案103之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

105.如技術方案104之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

106.一種鑑別具有增強之呈現年齡相關性黃斑部變性之更晚期形式之個體的方法，該方法包含：(a)如下判定個體樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在；(i)提供個體之核酸樣品；(ii)對存在之至少一種變性疾病相關多形性進行基因分型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群之風險對偶基因時，鑑別該個體比較可能呈現更晚期形式之AMD：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。

107.(p 11)如技術方案106之方法，其中當存在至少一種選自由以下組成之群之風險對偶基因，該個體比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；且進一步包含選擇包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法。

108.如技術方案106之方法，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

109.如技術方案106之方法，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

110.如技術方案106之方法，其中該樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。

111.如技術方案106之方法，其中該核酸樣品包含DNA。

112.如技術方案106之方法，其中該核酸樣品包含RNA。

113.如技術方案106之方法，其中該核酸樣品經擴增。

114.如技術方案106之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。

115.如技術方案106之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。

116.如技術方案106之方法，其中至少一種多形性係藉由定序來偵測。

117.如技術方案106之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

118.如技術方案106之方法，其中藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

119.如技術方案106之方法，其中在SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199具有一或兩個G基因型對偶基因或在SNP rs10737680具有一或兩個A基因型對偶基因的患者比較可能對使用抗因子D抗體療法有反應。

120.如技術方案108之方法，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

121.如技術方案106之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

122.如技術方案121之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

123.如技術方案106之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

124.如技術方案106之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段為蘭帕珠單抗。

125.一種預測個體之AMD進展的方法，該方法包含：(a)如下判定個體樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在；(i)提供個體之核酸樣品；(ii)對存在之至少一種變性疾病相關多形性進行基因分型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群之風險對偶基因時，鑑別該個體比較可能呈現更晚期形式之AMD：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。

126.如技術方案7之方法，其中當存在至少一種選自由以下組成之群之風險對偶基因，該個體比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；且進一步包含選擇包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法。

127.如技術方案7之方法，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

128.如技術方案7之方法，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

129.如技術方案7之方法，其中該樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。

130.如技術方案7之方法，其中該核酸樣品包含DNA。

131.如技術方案7之方法，其中該核酸樣品包含RNA。

132.如技術方案7之方法，其中該核酸樣品經擴增。

133.如技術方案7之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。

134.如技術方案7之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。

135.如技術方案7之方法，其中至少一種多形性係藉由定序來偵測。

136.如技術方案7之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

137.如技術方案7之方法，其中藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

138.如技術方案7之方法，其中在SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199具有一或兩個G基因型對偶基因或在SNP rs10737680具有一或兩個A基因型對偶基因的患者比較可能對使用抗因子D抗體療法有反應。

139.如技術方案7a2之方法，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

140.如技術方案7之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

141.如技術方案7e之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

142.如技術方案7之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

143.如技術方案7之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段為蘭帕珠單抗。

144.一種判定變性疾病個體之變性疾病進展風險的方法，該方法包含：(a)如下偵測個體樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在，(i)提供個體之核酸樣品；(ii)對存在之至少一種變性疾病相關多形性進行基因分型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因；(b)當存在風險對偶基因多形性時，鑑別該個體具有增強之變性疾病進展風險，其中增強之風險係關於多形性之主要對偶基因存在時的風險。

145.如技術方案144之方法，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

146.如技術方案144之方法，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

147.如技術方案144之方法，其中該樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。

148.如技術方案144之方法，其中該核酸樣品包含DNA。

149.如技術方案144之方法，其中該核酸樣品包含RNA。

150.如技術方案144之方法，其中該核酸樣品經擴增。

151.如技術方案144之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。

152.如技術方案144之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。

153.如技術方案144之方法，其中至少一種多形性係藉由定序來偵測。

154.如技術方案144之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

155.如技術方案144之方法，其中藉由擴增含有至少一個多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

156.如技術方案144之方法，其中個體SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在兩個G基因型對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因表明變性疾病進展風險增強。

157.如技術方案146之方法，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

158.如技術方案144之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

150.如技術方案158之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

160.如技術方案144之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

161.一種治療變性疾病的方法，該方法包含以每月10mg劑量向罹患變性疾病的患者投與包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2、HVRL3及HVRL3的抗因子D抗體或其抗原結合片段，其中各別HVR具有胺基酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO： 3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6。

162.如技術方案161之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

163.如技術方案162之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

164.如技術方案161之方法，其中投與第二藥劑。

165.如技術方案164之方法，其中第二藥劑為VEGF抑制劑。

166.如技術方案165之方法，其中該VEGF抑制劑為蘭尼單抗。

167.如技術方案161之方法，其中抗因子D抗體或其抗原結合片段為包含含有SEQ ID NO：7之VH及含有SEQ ID NO：8之VL的抗體或其抗原結合片段。

168.如技術方案161之方法，其中該療法使得GA面積之變化相對於基線GA面積減少大於或等於20%。

169.如技術方案161之方法，其中該療法使得GA面積之變化相對於基線GA面積減少大於或等於15%。

170.如技術方案161之方法，其中該療法使得GA面積之變化相對於基線GA面積減少大於或等於10%。

171.如技術方案161之方法，其中該療法使得GA面積之變化相對於基線GA面積減少大於或等於5%。

172.如技術方案161之方法，其中該患者患有AMD繼發性地圖狀萎縮。

173.如技術方案161之方法，其中研究之患者眼具有20/25與20/400之間的BCVA。

174.如技術方案161之方法，其中研究之患者眼具有20/25與20/100之間的BCVA。

175.如技術方案161之方法，其中研究之患者眼具有20/50與20/400之間的BCVA。

176.如技術方案161之方法，其中研究之患者眼具有優於20/25或劣於20/400的BCVA。

177.如技術方案161之方法，其中該患者的所研究眼尚未接受任何先前玻璃體內療法、視網膜手術或其他視網膜治療性程序。

178.一種用於對變性疾病患者之生物樣品進行基因分型的套組，其中該套組包含用於聚合酶鏈反應的寡核苷酸；或用於定序以便偵測風險對偶基因。

179.如技術方案178之套組，其中該生物樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜、組織樣品或體液樣品。

180.如技術方案178之套組，其中該生物樣品為核酸樣品。

181.如技術方案180之套組，其中該核酸樣品包含DNA。

182.如技術方案181之套組，其中該核酸樣品包含RNA。

183.如技術方案180之套組，其中該核酸樣品經擴增。

184.如技術方案178之套組，其中該套組進一步包含藥品說明書用於判定變性疾病患者是否可能對使用抗因子D抗體或其抗原結合片段有反應。

185.如技術方案178之套組，其中該套組係用於偵測CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因之存在。

186.如技術方案10之套組，其中該套組係用於偵測一或兩個G基因型對偶基因在SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199之存在或兩個A基因型對偶基因在SNP rs10737680之存在。

187.一種用於預測患者是否具有增強之受益於抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之可能性的套組，該套組包含對CFI、C2、CFB、C3或CFH中之多形性具有特異性的第一寡核苷酸及第二寡核苷酸。

188.如技術方案187之套組，其中該第一寡核苷酸及該第二寡核苷酸可用於擴增分別包含CFI、C2、CFB、C3或CFH中之多形性之CFI、C2、CFB、C3或CFH基因區域，該多形性選自由以下組成之群：位於SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199之G基因型或位於SNP rs10737680之A基因型。

189.如技術方案1至5及7中任一方案之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2、HVRL3及HVRL3，其中各別HVR具有胺基酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6。

190.如技術方案1至160中任一項之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段包含SEQ ID NO：7之可變重鏈及/或SEQ ID NO：8之可變輕鏈。

191.如技術方案1至160中任一方案之方法，其中該多形性為CFI多形性。

192.如技術方案191之方法，其中該CFI多形性與一或多種選自由以下組成之群的其他多形性組合存在：CFH多形性、C2多形性、C3多形性或CFB多形性。

193.一種特異性結合至至少一種變性疾病相關多形性之藥劑用於製造供診斷變性疾病用之診斷劑的用途，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因。

194.如技術方案193之用途，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

195.如技術方案193之用途，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

196.如技術方案193之用途，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

197.如技術方案193之方法，其中藉由擴增含有至少一個多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

198.如技術方案193之用途，其中個體SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因表明變性疾病進展風險增強。

199.如技術方案195之用途，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

200.如技術方案193之用途，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

201.如技術方案200之用途，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

202.如技術方案201之用途，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

203.一種結合至至少一種變性疾病相關多形性之藥劑活體外用於鑑別可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應之變性疾病患者的用途，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因，其中該多形性之存在鑑別該患者比較可能對該療法有反應。

204.如技術方案203之用途，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

205.如技術方案203之方法，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

206.如技術方案203之用途，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。

16b6.如技術方案16之方法，其中藉由擴增含有至少一種多形性的目標區且與在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交來偵測該至少一種多形性。

207.如技術方案203之用途，其中個體SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因表明變性疾病進展風險增強。

208.如技術方案204之用途，其中偵測到多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。

209.如技術方案203之用途，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。

210.如技術方案209之用途，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。

211.如技術方案210之用途，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。

212.一種變性疾病相關多形性用於選擇可能對包含抗因子D或其抗原結合片段之療法有反應之變性疾病患者的活體外用途，其中當在該患者之樣品中偵測到該變性疾病相關多形性時，鑑別該患者比較可能對該療法有反應。

213.如技術方案212之用途，其中該變性疾病相關多形性為AMD相關多形性。

214.如技術方案212之用於製造供診斷變性疾病用之診斷劑的用途，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因。

215.如技術方案214之用途，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

216.如技術方案214之用途，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

217.一種變性疾病相關多形性用於製造供評估變性疾病患者對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之反應之診斷劑的用途。

218.如技術方案217之用途，其中該變性疾病相關多形性為AMD相關多形性。

219.如技術方案217之用於製造供診斷變性疾病用之診斷劑的用途，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因。

220.如技術方案219之用途，其中CFI對偶基因為其等效對偶基因，CFH對偶基因為其等效對偶基因，C2對偶基因為其等效對偶基因，CFB對偶基因為其等效對偶基因，或C3對偶基因為其等效對偶基因。

221.如技術方案219之用途，其中CFI對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，CFH對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，C2對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，CFB對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且C3對偶基因在單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。

在某些實施例中，特別指定偵測、預防及/或治療方案且/或投與個體，如藉由本文所述的方法評估，該等個體基於其AMD進展為更晚期AMD(例如中期AMD或CNV或地圖狀萎縮)之風險將最受益於此方案。由此提供用於鑑別處於AMD進展風險中之患者及接著向鑑別為AMD進展之風險增強之個體指定偵測、治療或預防方案的方法。某些實施例係關於治療個體之AMD、減少個體AMD之進展或早期偵測個體AMD進展，其包含：在核苷酸序列中之SNP(包括SNP rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、rs2230199)偵測與AMD或AMD進展相關之多形性變異體之存在或不存在(基因組參考序列聯盟GRCh37；UCSC基因組HG19組裝軟體；2009年2月)，及向樣品所來源之個體指定或投與AMD治療方案、預防方案及/或偵測方案，其中在核苷酸序列中之一或多種SNP偵測到與AMD或AMD進展相關之多形性變異體之存在。在此等方法中，可將遺傳學結果與其他測試結果組合用於診斷AMD或AMD進展，如本文所述。

在其他實施例中，可利用藥物基因組學方法分析及預測對AMD療法或藥物的反應。若藥物基因組學分析指示個體可能對特定藥物(例如抗因子D抗體或其抗原結合片段)治療AMD有正面反應，則可將藥物投與個體。若分析指示個體可能對特定藥物療法有負面反應，則可指定替代治療過程。負面反應可定義為不存在有效反應或存在毒性副作用。對治療性療法的反應可在背景研究中預測，在此背景研究中對任何以下群體(但不限於以下群體)中的個體進行基因分型：對治療方案有有利反應的群體、對治療方案無明顯反應的群體，及對治療方案有不利反應(例如展現一或多種副作用)的群體。可對個體進行基因分型以預測其屬於哪種群體。

本文所述的方法亦適用於臨床藥物試驗。可在一或多種SNP鑑別對治療AMD之藥劑顯示反應或對治療AMD之藥劑顯示副作用的多形性變異體。之後，可篩選潛在參與者加入此藥劑之臨床試驗中，以鑑別比較可能對藥物有有利反應的彼等個體且排除不太可能有反應或經歷副作用的個體。因此，可量測對藥物有正面反應之個體的治療功效，而不會因包括對療法不太可能有正面反應之個體而降低量測水準。因此，另一實施例為一種選擇用於包括於療法之臨床試驗中之個體的方法，該方法包含以下步驟：(a)獲得個體之核酸樣品；(b)確定與療法之正面反應相關之多形性變異體或與療法之負面反應相關之多形性變異體的身分；及(c)若核酸樣品含有與療法之正面反應相關的多形性變異體，則臨床試驗中包括該個體。若核酸樣品含有與療法之正面反應相關的多形性變異體及/或若核酸樣品缺乏與療法之負面反應相關的多形性變異體，則步驟(c)亦可包括向個體投與該療法。

本發明之其他細節藉由以下非限制性實例說明。說明書中所有引用文之揭示內容以引用的方式明確併入本文中。

實例 實例1-地圖狀萎縮臨床研究 1.概要

進行1b/II期、隨機分組、單遮蔽式、假注射對照多中心研究，以評估18個月治療期期間每月或隔月投與蘭帕珠單抗玻璃體內(ITV)注射劑對患有地圖狀萎縮(GA)之患者的安全性、耐受性及活性證據。隨機分組研究之前為安全試驗評估。在18個月治療期結束時評估初級、次級及初探性結果。對於沒有資格或選擇不繼續進行開放標記擴大研究(OLE)的研究患者而言，投與最後ITV或假注射劑之後，開始3個月安全隨訪期。在安全試驗評估中，每月多次ITV投與10mg蘭帕珠單抗，隨後開始募集進入研究之隨機分組階段。為了獲得10位可評估患者的安全資料，安全試驗評估中的所有患者均接受每月最少3次劑量的蘭帕珠單抗。可評估患者為已接受至少三次研究藥物注射的患者。

在隨機分成四組的階段中，使用交互網回應系統(IWRS)、依藥物組與假治療組之2：1：2：1比率將患者隨機分組，從而使43位患者每月接受蘭帕珠單抗注射，21位患者每月接受假注射、總共18次注射，44位患者隔月接受蘭帕珠單抗注射，且21位患者隔月接受假注射、總共9次注射。

試驗設計概述於表2中。

此研究中之患者群體包括57%女性且平均年齡為79歲。此研究中之大多數患者為白種人(>98%)且不為西班牙或拉丁美洲人(>98%)。治療組之人口資料及基線特徵一般經平衡。所有功效可評估患者中58%具有基線地圖狀萎縮病灶面積<4DA(1DA=2.54mm² )，且在整個治療組中之分佈大體相似。

對每月多次ITV投與10mg蘭帕珠單抗進行安全性及耐受性試驗評估，隨後開始募集進入研究之隨機分組階段。為了獲得10位可評估患者的安全資料，安全試驗評估中的所有患者均接受每月最少3次劑量的蘭帕珠單抗(圖1)。可評估患者為已接受至少三次研究藥物注射的患者。除BCVA包括準則(參見下文；3.1.1.b.1)之外，合格且募集加入安全試驗評估的患者依循針對研究之隨機分組階段所述的方法(參見下文)。

在安全試驗評估中，各患者在第0天接受研究藥物注射且每次注射之後的第1天、第7(±2)天及第30(±7)天進行評估，直至開始中斷給藥。第十位可評估患者在第三次研究藥物投與之後完成第90(±7)天訪診，接著中斷給藥約1週。在停藥期間，評估多次投藥之安全性及耐受性。根據劑量限制準則(DLC；參見下文)，安全試驗評估顯示10mg蘭帕珠單抗為可接受之安全及耐受劑量，且開始隨機分組階段。停藥且確定10mg蘭帕珠單抗為可接受之安全及耐受劑量之後，參與安全試驗評估之患者繼續進行每月10mg研究藥物投與。此等患者在研究期間接受最多18次蘭帕珠單抗治療。

鼓勵較早中斷研究治療的患者經歷預定月度評估，直至其研究期結束。若不能進行月度評估，則患者至少每3個月評估一次且完成第12個月及第18個月訪診。過早中斷研究治療的患者不允許加入OLE研究。

完成之前退出研究的患者在其監測不利事件之最後研究治療及最後研究訪診評估之後的第30(±7)天，要求返回參加早期終止評估。完成之前退出研究的患者不允許加入OLE研究。

若2位患者在安全試驗評估期間經歷相同的劑量限制毒性(DLT)(例如滿足DLT準則的2位玻璃體炎患者)，則中斷10mg給藥組，且此組中之所有患者中斷研究且依循早期終止評估程序。募集新群組以獲得在5mg劑量下可評估的10位患者試驗；對5mg患者群應用安全試驗評估的相同程序及規則，如針對10mg群組所概述。若起動5mg劑量降低計劃，則需要此群組根據DLC成功完成，以起始隨機分組階段(圖1)。

個別DLT定義為任何以下不利事件，其在安全試驗評估期期間發生且咸信為相關研究藥物：

1.玻璃體炎或葡萄膜炎，其定義為研究藥物注射之後，根據標準評級尺度(評估前房耀斑或細胞及玻璃體細胞之評級尺度)，2個單位之變化。根據此定義，研究排除準則確立基線分數為0，且2+或大於2+之增幅構成DLT。前房或玻璃體細胞計數為分數4+視為需要中斷募集之主要毒性，且由內部安全審查委員會(Safety Review Committee)進一步評估進一步募集/治療是否為適當的

2.眼內炎

3.眼內壓(IOP)之持續升高(在3次連續預定訪診時量測)30mmHg

4.研究藥物注射之後，不可歸因於注射程序或GA進展的視力(VA)持續下降(在3次連續預定訪診時量測)15個字母。

各研究藥物注射之後，在第1天、第7(±2)天及第30(±7)天訪診時，評估安全試驗患者的DLT。繼續執行此方案，直至第十位可評估患者接受第三次研究藥物注射且完成第90(±7)天訪診。

研究之隨機分組階段中使用10mg研究藥物劑量，此劑量根據安全試驗評估中所定義之DLC顯示可接受之安全及耐受性。隨機分組階段中募集129位患有AMD繼發性GA的患者。此研究係由以下組成：長達14天(第-14天至第-1天)之篩選期，及18個月之治療期(對於所有隨機分組之患者)，及最終研究藥物或假藥物投與(對於不合格或不能繼續加入開放標記擴大研究的患者)之後的3個月安全隨訪期。

需要患者在篩選與第0天訪診時滿足所有合格準則，包括中央讀取中心接收所有篩選訪診影像。作為篩選過程之一部分，中央讀取中心評估眼底自體螢光(FAF)影像、數位眼底像片(FP)，及螢光素血管造影像片(FA)，以對與GA有關之合格患者提供客觀的遮蔽式評估。在第0天募集合格患者，且使用交互網回應系統(IWRS)、依藥物組與假治療組之2：1：2：1比率進行隨機分組，從而使43位患者每月接受蘭帕珠單抗注射，21位患者每月接受假注射、總共18次注射，44位患者隔月接受蘭帕珠單抗注射，且21位患者隔月接受假注射、總共9次注射(圖1)。合格患者根據GA病灶尺寸分層。同一天募集患者，開始治療(第0天)。

僅選擇一隻眼作為研究眼。若兩隻眼均合格，則選擇視力更差的眼(VA更差及/或功能最小)用於研究治療(研究眼)。患者的治療分配方案不向研究人員及其他現場工作人員遮蔽。僅向患者遮蔽其治療分配方案。所有患者在研究期間均接受預定月度訪診。研究人員在第0天向所募集的患者投與蘭帕珠單抗或假藥之首次ITV注射。隨機分組階段患者在首次注射之後的7(±2)天進行安全性及眼評估。隨後訪診(每個月)時，月度治療組之患者在接受研究藥物或假注射之前，由研究人員進行安全評估。隔月治療組之患者亦每月進行安全評估，但僅在隔月訪診時接受研究藥物或假藥。每次注射之後第7(±2)天，現場工作人員聯絡隨機分組階段患者，以得到研究眼之視力降低、眼疼痛、異常發紅或任何其他新眼症狀的報導。亦詢問患者以核實其使用指定的、自投與的注射後抗微生物劑。合格且經選擇繼續加入OLE研究的患者在第18個月訪診時進行最後的安全訪診。不合格或未選擇繼續加入OLE研究的患者在第19個月訪診時(隔月治療組)或在第20個月訪診時(每月治療組)進行最後的安全訪診。不補充缺失劑量。

鼓勵過早中斷研究治療的患者經歷預定月度評估，直至其研究期結束。若不能進行月度評估，則患者至少每3個月評估一次且完成第12個月及第18個月訪診。過早中斷研究治療的患者不允許繼續加入OLE研究。完成之前退出研究的患者在其監測不利事件之最後研究治療及最後研究訪診評估之後的第30(±7)天，要求返回參加早期終止評估。完成之前退出研究的患者不允許繼續加入OLE研究。

2.結果量度 2.1主要結果量度

1b/II期研究中之關於活性證據的主要功效結果為解剖學終點：GA病灶面積自基線至第18個月的增長速率，如藉由FAF所量測。主要解剖學終點為GA進展提供更靈敏的量度且充當視力下降之替代量度。

2.2第二結果量度

第二功效結果量度為GA病灶面積自基線至第18個月之增長速率，如藉由數位化立體彩色眼底像片所評估，且意謂基線至第18個月之BCVA變化(使用ETDRS VA圖)。

2.3其他結果量度

其他探索性結果量度包括以下：a)藉由譜域-光同調斷層掃描 (SD-OCT)評估之GA面積自基線之增長速率；b)藉由SD-OCT所評估之玻璃膜疣體積變化；c)經蘭帕珠單抗相對於假對照物治療之研究眼轉變為AMD的轉變速率；d)黃斑下手術試驗(Submacular Surgery Trial；SST)閱讀速度評估中每分鐘讀取字數相對於基線的變化；(e)明尼蘇達閱讀速度評估(Minnesota Reading Speed Assessment；MNRead)中雙眼每分鐘讀取字數相對於基線的變化；(f)對比靈敏度相對於基線的變化，如依據派尼-羅布森圖(Pelli-Robson chart)中正確讀取的字母數目所量度；(g)國家眼研究所視覺功能問卷-25(National Eye Institute Visual Functioning Questionnaire-25)(NEI VFQ-25)綜合分數及12個次評級分數相對於基線的變化；(h)功能閱讀獨立指標(Functional Reading Independence Index；FRII)相對於基線的變化；(i)臨床基因分型以評估AMD相關性遺傳學多形性、疾病特徵與投與蘭帕珠單抗之反應之間的關係。

2.4藥物動力學及藥效學結果量度

投與蘭帕珠單抗之後，利用血清濃度-時間資料測定PK概況。所得PK參數包括以下：(a)第一劑量之後的暴露(AUC)；(b)所觀測之最大血清濃度(Cmax)；(c)所觀測之穩態波谷濃度；(d)達到穩態的時間；及(e)基於波谷濃度的累積比率。收集前房(水狀液)穿刺樣品以評估PK與PD關係。另外進行PK及PD分析。

2.5探索性結果量度

a.GA面積相對於基線之增長速率，藉由譜域-光同調斷層掃描術(SD-OCT)評估

b.玻璃膜疣體積之變化，藉由SD-OCT評估

c.經蘭帕珠單抗相對於假對照物治療之研究眼轉變為濕性AMD的轉變速率

d.黃斑下手術試驗(SST)閱讀速度評估中每分鐘讀字數目相對於基線的變化

e.明尼蘇達閱讀速度評估(MNRead)中雙眼每分鐘讀字數目相對於基線的變化

f.對比靈敏度相對於基線的變化，如依據派尼-羅布森圖中正確讀取的字母數目所量度

g.國家眼研究所視覺功能問卷-25(NEI VFQ-25)綜合分數及12個次評級分數相對於基線的變化

h.功能閱讀獨立指標(FRII)相對於基線的變化

i.臨床基因分型，以評估AMD相關性遺傳學多形性、疾病特徵與投與蘭帕珠單抗之反應之間的關係。

2.5安全計劃

與蘭帕珠單抗之投與途徑或藥理學相關的潛在安全問題包括降低之BCVA；結膜出血；葡萄膜炎或玻璃體炎(參見上文定義之葡萄膜炎及玻璃體炎之定義；用於評估前房耀斑或前房細胞及玻璃體細胞的評級尺度及玻璃體發炎評級尺度)；眼內感染；IOP之暫時及/或持續升高；白內障發展或進展；視網膜或玻璃體內出血、黃斑水腫；及視網膜斷裂或脫離。在此研究期間，所有不利事件(嚴重及不嚴重)之發生率均記錄在電子個案報導表(eCRF)上。

多次ITV投與之後的蘭帕珠單抗全身含量預期較低。然而，監測到患者之ACP活性被全身性抑制的證據，諸如降低之感染臨限值，尤其包封之細菌(亦即腦膜炎奈瑟球菌(Neisseria meningitidis )、肺炎鏈球菌(Streptococcus pneumonia )及流感嗜血桿菌(Haemophilus influenza ))。

評估不利事件、嚴重不利事件及實驗室異常之發生率及特徵。對安全進行不間斷的審查。

安全試驗階段： 進行即時的安全監測且對研究後藥物治療安全資料進行審查，以判定是否滿足DLC。報導在研究藥物之預指定窗內存在的所有DLT且審查報導。

第0天注射研究藥物之後，所有患者在每月每次注射之後第1天、第7(±2)天及第30(±7)天返回參加安全評估訪診，直至開始中斷給藥。對安全試驗患者進行相同的安全評估，如下文針對隨機分組階段患者所列。

隨機分組階段： 所有患者在首次注射之後的第天7(±2天)返回參加安全評估訪診。對於後續注射而言，每次注射之後第7(±2)天，研究現場人員聯絡隨機分組的患者，以得到研究眼之視力降低、眼疼痛、異常發紅或任何其他新眼症狀的報導。詢問患者是否其使用指定的、自投與的注射後抗微生物劑。指示患者若其具有任何的健康相關擔憂，則可在任何時間聯絡研究人員。若經保證，要求患者儘快返回至臨床試驗點參加安全評估訪診。

研究治療之後的15分鐘內，由醫師對每位患者進行數手指測試；必要時，測試手動或光覺。研究治療之後，患者在臨床試驗點逗留至少60(±10)分鐘。治療之前，雙向量測眼內壓且研究治療之後60(±10)分鐘，僅量測研究眼之眼內壓。若在60(±10)分鐘無安全性顧慮，則允許患者離開臨床試驗點。若IOP在60(±10)分鐘相對於注射前量測結果提高10mm Hg，則在注射後120(±10)分鐘再次量測研究眼。若在重複量測時無安全性顧慮，則允許患者離開臨床試驗點。若IOP相對於注射前量測值升高10mm Hg，且在重複量測之後為研究人員所擔憂，則患者留在臨床試驗點且根據研究人員的臨床判斷加以治療，直至患者獲准離開。完成不利事件eCRF頁。

在整個研究中進行詳細的目測檢查，包括間接的眼底檢查及裂隙燈檢查。獲得所有患者的常規血液學、血清化學、凝血及尿分析概況，以及血液樣品之血清研究藥物濃度、CH50及AH50分析、及針對蘭帕珠單抗之抗體。亦自同意此程序及樣品收集的患者獲得水狀液穿刺樣品。

除在第18個月訪診時繼續加入OLE研究的患者之外，完成之前退出研究的患者(隔月治療組第19個月訪診且每月治療組第20個月訪診)被要求在最後研究治療訪診後30(±7)天之後返回參加早期終止訪診評估。訪診包括評估所有不利事件(嚴重及非嚴重事件；眼及非眼事件)。

3.材料及方法 3.1患者選擇及性別分佈

任何研究程序開始之前均獲得書面知情同意書。在第0天(首次研究治療日)之前14天內的任何時間進行篩選評估。除眼包括準則之外，安全試驗階段與隨機分組階段之患者選擇準則相同；隨機分組階段中募集嚴重視覺缺陷較小的患者。

男性與女性均可募集，限制條件為滿足進入準則。然而，懷孕或母乳餵養列入排除準則，因此試驗排除懷孕或母乳餵養之女性。

適用於男性與女性患者之其餘包括/排除準則係與患者健康效能問題及安全問題有關。

不根據性別進行隨機分組，因此預期患者之募集可反映所研究之疾病的人口統計因素。

3.1.1.b.1 3.1.1包括準則

有研究准入資格的患者必須滿足以下準則：

a.一般包括準則

1.願意且能夠提供簽名知情同意書且遵循如方案中所定義之研究程序。

2.年齡60至89歲

對於具有生育潛力之性活躍女性，同意在研究期間使用適當避孕形式(或禁慾)。女性若其為絕經後或已經歷子宮切除術及/或雙側卵巢切除術，則視為不具有生育潛力。性活躍男性需要使用避孕方法(避孕套)以保證其女性伴侶避免懷孕，除非已成功進行輸精管切除術(男性手術絕育)

3.能夠且願意接受所有預定訪診及評估

b.針對研究眼之眼包括準則

一隻眼指定為研究眼。若兩隻眼均合格，則選擇VA更差及/或功能最小的眼用於研究治療(研究眼)。

1.視力

(a)安全試驗階段： BCVA為20/125至20/400(包括20/125及20/400)(史乃倫氏等效值)(使用ETDRS圖)

(b)隨機分組階段： BCVA為20/50至20/400(包括20/50及20/400)(史乃倫氏等效值)(使用ETDRS圖)

2.AMD繼發性GA之區域界限分明，不存在脈絡膜新血管生成(CNV)

3.GA1個盤面積(DA)(2.5mm² )

4.若GA為多灶的，則至少一個局灶性病變為0.5DA(1.25mm² )

5.總病變尺寸為7DA(17.5mm² )且完全存在於FAF成像場內

6.GA區域鄰近處存在超自體螢光(例如帶狀或擴散性接面FAF圖案；Holz等人，Am J Ophthalmol ,143：463-472(2007))

7.足夠透明的眼介質，足夠的瞳孔擴張，及注視以保證眼底成像品質

c.針對非研究眼之眼包括準則

1.不存在CNV時之AMD繼發性GA

3.1.2排除準則

研究准入排除滿足任何以下準則的患者：

1.研究眼存在玻璃體切除手術、黃斑下手術或AMD之其他外科手術的歷史

2.研究眼存先前接受窩下鱗聚焦雷射光凝術

3.研究眼接受雷射光凝術(近中心凹或中央凹外)

4.研究眼先前經Visudyne^® 、外部輻射束療法或經瞳孔溫熱療法治療

5.先前經芬維A胺(fenretinide)治療或參與芬維A胺研究

6.先前經艾庫組單抗(eculizumab)治療或參與艾庫組單抗研究

7.除先前經蘭帕珠單抗ITV治療之患者之外，先前ITV藥物遞送(例如ITV皮質類固醇注射、抗血管生成藥物、抗補體藥劑，或裝置植入)於研究眼中。篩選之前至少3個月，允許在白內障手術期間單一手術中投與抗VEGF藥劑以便預防囊樣黃斑部水腫。

a.GA特徵

1.研究眼中之GA延伸超過FAF成像場或未能滿足單灶或多灶性病變準則

2.研究眼中之GA鄰近處之超自體螢光不存在或最少(例如焦點FAF圖案；Holz等人，2007)

3.任一眼中之GA歸因於除AMD之外的原因(例如斯特格疾病(Stargardt disease)、圖案性營養不良、錐桿營養不良，或氯喹/羥氯喹毒性)

b.併發性眼病況

1.牽涉研究眼中之黃斑的RPE撕裂

2.研究眼之視網膜撕裂史

3.研究眼中之任何併發性眼或眼內病況(例如白內障或視網膜前膜)，此病況在研究人員看來： (a)在研究期期間需要醫學或手術介入以預防或治療可能由此病況引起的視力下降；或(b)若不治療而任其進展，則在研究期期間有可能導致至少2行史乃倫氏等效值之BCVA下降。

4.禁忌使用研究藥物或可能影響研究結果之解釋或可能導致患者處於治療併發症之高風險中的其他眼或眼內病況歷史

5.任一眼中之活躍葡萄膜炎及/或玻璃體炎(微量級或超過微量級)(參見葡萄膜炎及玻璃體炎之定義及葡萄膜炎及玻璃體炎評級尺度)

6.研究眼之當前玻璃體出血

7.研究眼之視網膜剝離史或黃斑裂孔(3期或4期)

8.研究眼中無晶狀體或不存在後囊

(a)亦排除研究眼之後囊先前遭到侵害，除非其作為釔鋁石榴石(YAG)雷射後囊切開術與先前後房人工晶狀體植入之結果發生

9.研究眼之折射率誤差之球形等效值顯示超過8個近視屈光度

10.對於研究眼中已經歷先前屈光性或白內障手術的患者，研究眼之手術前屈光率誤差不應超過8個近視屈光度

11.研究眼在第0天前之3個月內之眼內手術(包括白內障手術)

12.研究眼之不可控青光眼(定義為IOP30mmHg，但經抗青光眼藥物治療)

13.研究眼存在青光眼過濾手術史

14.研究眼存在角膜移植史

15.任一眼之糖尿病性視網膜病變

16.任一眼之活躍濕性AMD或濕性AMD歷史

17.任一眼之自發性或自體免疫相關性葡萄膜炎歷史

18.任一眼之活躍感染性結膜炎、角膜炎、鞏膜炎或眼內炎

19.任一眼之感染性或發炎性眼疾病

c.併發性全身病況

1.不可控之血壓(定義為患者坐時收縮壓>180mmHg及/或舒張壓>110mmHg)

(a)若患者初始量測值超過此等值，則可30分鐘或超過30分鐘後第二次讀取。若患者血壓必須藉由抗高血壓藥控制，若藥物在第0天之前連續服用至少30天，則患者為合格的。

2.醫學病況可與臨床上明顯的出血風險相關

3.其他疾病史、代謝功能異常、身體檢查發現或臨床實驗發現，此發現合理懷疑患有禁忌使用研究藥物或可能影響研究結果之解釋帶或致使患者處於治療併發症之高風險中的疾病或病況

4.治療活動性全身感染

5.增強之感染風險素因或歷史

6.已知的補體因子D或替代補體路徑活性缺乏

7.過去5年內之活動性惡性疾病或惡性疾病史(除完全消除之皮膚基底細胞癌外)

8.螢光素過敏史，不適於治療

9.不能獲得品質足以藉由中央讀取中心分析及分級的FP、FAF、FA、SD-OCT或NI影像

10.不能遵循研究或隨訪程序

11.先前參與藥物研究之任何研究(不包括維生素及礦物質)，此等研究藥物係在第0天前之3個月內投與

12.需要連續使用「排除療法」章節(參見章節3.4.2)中所指示之任何藥物/療法

3.3研究療法 3.3.1試驗藥物 調配物

蘭帕珠單抗藥品係在預定用於ITV投藥之6-cc USP/Ph.Eur.1型玻璃小瓶中、以白色至灰白色無菌凍乾粉末形式提供。各玻璃小瓶含有標稱40mg蘭帕珠單抗。藥品需要用無菌注射水(SWFI)(USP/Ph.Eur.)復原。復原之後，藥品於40mM L-組胺酸鹽酸鹽、20mM氯化鈉、180mM蔗糖、0.04%(w/v)聚山梨醇酯20(pH 5.5)中調配為100mg/mL蘭帕珠單抗。藥品不含防腐劑且僅適於一次性使用。

劑量、投藥及儲存

安全試驗階段之給藥： 每月向所有安全試驗患者投與開放標記之10mg劑量之蘭帕珠單抗。相對於首次注射日期(第0天)，每30(±7)天安排研究藥物治療訪診，直至第十位可評估患者在第三次研究藥物治療之後完成第90(±7)訪診，接著中斷給藥持續約7天。停藥期間，審查多次給藥之安全性。當安全試驗評估顯示蘭帕珠單抗具有可接受之多劑量安全性及耐受性(如DLC(參見章節3.1.2)中所描繪)，起始隨機分組階段。

停藥之後，安全試驗患者繼續每月投與研究藥物，其18個月治療期之剩餘時間的投與劑量與隨機分組階段之患者劑量，訪診頻率及評估與隨機分組階段每月給藥組相同。此等患者在研究期間接受最多18次蘭帕珠單抗治療。前一次給藥之後，不早於22天重複給藥。不補充缺失劑量。

隨機分組階段之給藥： 如安全試驗評估中所測定，蘭帕珠單抗之劑量在第0天訪診時開始每月或隔月投與研究藥物組中之患者，每月治療組總共18次注射且隔月治療組9次注射。

假注射在第0天訪診時開始每月或隔月投與患者，每月治療組總共18次注射且隔月治療組9次注射。前一次給藥之後，不早於22天重複給藥。 不補充缺失治療。

投藥： 蘭帕珠單抗用無菌注射水SWFI復原以便製備劑量。蘭帕珠單抗之小瓶僅為一次性使用。用於一位患者的小瓶不用於任何其他患者。

注射之前，需要患者核實其是否可自投與其抗微生物劑每日4次歷時3天且告知注射後再次自投與其抗微生物劑每日4次歷時3天。第18個月訪診之前，挑選繼續加入OLE研究的患者要求在OLE研究知情同意書上簽名且根據指示服用方案指定的抗微生物劑。對於此等患者，判定其在第18個月訪診時募集加入OLE研究的合格性。不合格或未選擇繼續加入OLE研究的患者繼續參加安全隨訪研究且在第19個月訪診時(隔月治療組)或在第20個月訪診時(每月治療組)進行最後的安全訪診。

儲存： 一經接收蘭帕珠單抗，小瓶即在2℃-8℃(36℉-46℉)冷凍直至使用。蘭帕珠單抗小瓶使用不超過製造商所提供的有效期。蘭帕珠單抗藥品中不使用防腐劑；因此，小瓶旨在僅一次性使用。小瓶內含物不冷凍或振盪且避免陽光直接照射。在劑量製備(復原)後2小時內，投與蘭帕珠單抗；所製備劑量在投與可在室溫下維持。

3.4其他療法 3.4.1伴同療法

伴同藥物為除方案指定之程序性藥物之外的任何處方藥物或非處方製劑(例如擴張滴劑或螢光素染料)以及注射前及注射後藥物(例如丙美卡因(proparacaine)或抗微生物劑)，其由患者在第0天前之7天內使用直至患者的研究參與或早期終止訪診結束。

使用其他維持療法的患者繼續使用其他維持療法。需要使用排除在外之藥物的患者不適於募集加入研究。所有伴同藥物均報導給研究人員且記錄在適當eCRF上。

在患者研究參與期間，研究眼之青光眼發作如臨床上所指示來治療。

在研究參與期間眼睛發生輕度非增生性糖尿病性視網膜病變(例如偶然出血或微動脈瘤)的患者在由醫學監護者會診之後允許繼續參加研究治療。

在患者研究參與期間，眼睛發生白內障或後囊混濁係如臨床上所指示來治療。白內障手術或YAG雷射療法適用劑量保持準則。

允許對患者研究參與期間任一眼之新發作CNV進行雷射光凝療法，限制條件為CNV距離GA病變足夠遠，如讀取中心所判定，其可用單一雷射療法消除，且已獲醫學監護者批准。雷射光凝療法適用劑量保持準則。

3.4.2排除療法

根據研究人員之判斷，允許患者繼續接受針對其他病況所投與的藥物及標準療法。然而，在患者參與研究期間禁止使用以下藥物/療法：

1.全身性抗VEGF藥劑

2.任一眼之ITV抗VEGF藥劑

3.任一眼之ITV、結膜下或局部(眼)皮質類固醇(白內障手術之後允許短期使用局部皮質類固醇)

4.口服皮質類固醇(潑尼松或等效物)，劑量>10毫克/天

5.由醫學監護者會診之後，可以有限方式使用關節內或肌肉內皮質類固醇

6.靜脈內皮質類固醇

7.全身性或IV免疫調節療法(例如硫唑嘌呤、甲胺喋呤、黴酚酸嗎啉乙酯(mycophenolate mofetil)、環孢素(cyclosporine)、環磷醯胺、抗TNF、艾庫組單抗)

8.任一眼用Visudyne^® 治療

其他實驗療法(除使用維生素及礦物質之療法之外)

3.5研究評估 3.5.1研究評估之定義

研究評估詳述於下文且在多次研究訪診時進行。

在研究期間，募集加入安全試驗階段的患者訪診約29次且募集加入隨機分組階段的患者研究訪診至多22次(不包括篩選訪診)。除在第18個月繼續參加OLE研究之患者之外， 過早中斷因子 D研究的任何患者(隔月治療組在第19個月訪診之前且每月治療組在第20個月訪診之前)在其最後研究治療之後30天(±7)完成早期終止(ET)訪診。

相對於第0天訪診，每30(±7)天安排研究治療訪診。

常規血液學、血清化學、凝血、尿分析及補體評估(CH50及AH50)藉由中央實驗室評估。其他試樣評估係在Genentech(PK、抗蘭帕珠單抗抗體、水狀液及基因分型)進行。

a.患者報導結果

患者完成該訪診之任何其他研究程序之前，由現場工作人員(除VA檢查員之外)投與NEI VFQ-25問卷。

患者完成該訪診之任何其他研究程序之前，由現場工作人員(除VA檢查員之外)投與FRII問卷(針對募集加入隨機分組階段且看懂英文的患者)。

b.眼評估

開始距離為4公尺的ETDRS圖上之BCVA(在擴張眼之前進行)

根據派尼-羅布森圖上正確讀出之字母數目所量度的對比靈敏度；在擴張眼之前進行

SST閱讀速度評估；在擴張看懂英語之患者之眼之前進行

MNRead雙眼閱讀速度評估(針對募集加入隨機分組階段且看懂英語之患者；在擴張眼之前，在注射前進行)

IOP量測(在擴張眼之前進行；患者所用的方法在整個研究中保持一致)

裂隙燈檢查(細胞之評級尺度)

擴張式雙眼間接高倍放大檢眼鏡檢查

數手指測試，或手動，或光覺測試，僅由醫師在注射後15分鐘內對研究眼進行

注射前IOP量測兩隻眼且注射後60(±10)分鐘僅量測研究眼；若IOP相對於注射前增加10mmHg，接著在注射後120(±10)分鐘再次量測；患者所用的方法在整個研究中保持一致。

c.眼成像

中央閱讀中心向現場提供所指定研究眼影像的研究手冊及培訓材料。獲得任何研究影像之前，如研究手冊中所說明，由閱讀中心確認/驗證現場工作人員、測試影像、系統及軟體(若適用)。所有眼影像由研究點之經培訓現場工作人員獲得且轉送至中央閱讀中心用於獨立性分析及/或儲存。

所得眼影像包括以下：

●兩隻眼之立體數位彩色眼底像片

●兩隻眼之螢光素血管造影像片(在獲得實驗樣品之後進行)

●兩隻眼之FAF、NI及SD-OCT影像

中央閱讀中心手冊中包括關於獲得此等影像的其他細節。

d.實驗室評估

在研究眼治療及FA評估(若適用)之前，在預定之訪診時收集試樣。收集試樣之前，不需要禁食。所有試樣均轉送至中央實驗室用於處理。中央實驗室進行分析或轉送至Genentech分析。獲得、處理、儲存及裝運所有試樣的說明書提供於實驗室手冊中。實驗室供應套組由中央實驗室提供至現場。

進行以下評估：

1.血液學：血紅蛋白、血球比容、定量血小板計數、紅血球(RBC)、白血球(WBC)，及分化細胞，包括嗜中性白血球、區帶、淋巴細胞、嗜鹼性球、嗜酸性球及單核細胞(絕對數及百分比)

2.血清化學：鈉、鉀、氯離子、碳酸氫根、葡萄糖、血液尿素氮(BUN)、肌酐、鈣、磷、總膽紅素及直接膽紅素、總蛋白、白蛋白、AST、ALT、乳酸脫氫酶(LDH)、鹼性磷酸酶及尿酸

3.尿分析：比重、pH、血液、蛋白質、酮、葡萄糖、膽紅素、尿膽素原、顯微鏡檢查(若前述尿分析測試、其他該等葡萄糖及酮中之任一者異常)

4.凝血：aPTT及PT5

5.血清妊娠測試(β-人類絨毛膜促性腺激素)：針對具有生育潛力之女性，包括輸卵管已結紮者。若呈陽性，則不投與研究藥物。

6.補體評估：AH50及CH50

7.PK分析：

(a)獲得血清樣品以量測蘭帕珠單抗濃度

(b)獲得血清樣品以便量測抗蘭帕珠單抗抗體

(c)收集前房(水狀液)穿刺樣品以評估PK與PD關係。

e.臨床基因分型樣品

自患者收集單一全血樣品以便在研究期間進行遺傳標記分析。募集加入研究之隨機分組階段且居住於美國的所有患者需要收集此樣品，但位於阿拉斯加(Alaska)及奧勒岡(Oregon)的研究中心(此等地方的法律禁止)及現行政策禁止收集樣品用於遺傳標記分析之研究中心除外。使用遺傳標記樣品以評估與AMD相關之遺傳多形性、基線疾病特徵與投與蘭帕珠單抗之反應之間的關係。

f.分析法

使用ELISA方法測定血清中的藥物濃度。使用橋聯式ELISA偵測血清中的抗治療性抗體(ATA)。

3.5.2安全試驗階段：在治療期間之評估

當患者在篩選與第0天訪診(初始研究藥物投與當天)時均滿足所有合格準則(包括中央閱讀中心收到及評估所選影像(在篩選訪診時獲得之FAF、NI、FP、FA及SD-OCT))時，IWRS在第0天將識別編號(不同於患者篩選編號的編號)及藥物套組分配給患者。患者藥物套組分配係在治療前評估之後且在第0天投與研究療法之前進行。

a.第0天

第0天為蘭帕珠單抗第一次注射日。第0天進行以下評估：

1.NEI VFQ-25問卷；在患者完成任何其他研究程序之前，由現場工作人員(除VA檢查員之外)投與

2.生命徵象(血壓、呼吸、脈搏及體溫；注射前進行)

3.眼評估

(i)開始距離為4公尺的BCVA測試(擴張眼之前，注射前進行)

(ii)根據派尼-羅布森圖上正確讀出之字母數目所量度的對比靈敏度(擴張眼之前，注射前進行)

(iii)SST閱讀速度評估(擴張眼之前，注射前進行)

(iv)IOP量測(擴張之前，注射前獲得(兩隻眼)；患者所用的方法在整個研究中必須保持一致)

(v)裂隙燈檢查(注射前進行)

(vi)擴張式雙眼間接高倍放大檢眼鏡檢查(注射前進行)

4.審查包括及排除準則

開始治療之前，聯絡IWRS獲得患者的識別編號及研究藥物套組分配

6.復原研究藥物(參見Pharmacy Binder)

7.向研究眼投與蘭帕珠單抗注射劑

(a)注射之前，確保患者自投與其抗微生物劑每日4次歷時3天且告知其注射後再次自投與其抗微生物劑每日4次歷時3天

8.注射後眼評估

(a)數手指測試，隨後為手動或光覺測試(必要時)，由醫師在注射後15分鐘內僅對研究眼進行

(b)注射後60(±10)分鐘僅針對研究眼進行IOP量測；患者所用的方法在整個研究中必須保持一致

9.臨床評估

(a)監測及記錄所有不利事件

(b)記錄患者在第0天前之7天內所用的伴同藥物

(c)記錄並行的眼程序

b.第1天及第7天安全評估訪診

安全試驗患者在第1(±0)天及第7(±2)天、在臨床試驗點經歷各研究藥物治療之後直至開始停藥的安全評估。進行以下評估：

1.臨床評估

(a)生命徵象(血壓、呼吸、脈搏及體溫)

(b)記錄伴同藥物

(c)記錄並行的眼程序

(d)監測及記錄所有不利事件

2.眼評估

(a)開始測試距離為4公尺的BCVA測試(擴張眼之前進行)注意：進行數手指測試，必要時隨後進行手動及光覺測試。

(b)IOP量測(針對兩隻眼獲得；患者所用的方法在整個研究中必須保持一致)

(c)裂隙燈檢查(注射前進行)

(d)擴張式雙眼間接高倍放大檢眼鏡檢查(注射前進行)

3.僅在第一次研究藥物治療之後，在第1天及第7天訪診時，收集血清樣品用於量測蘭帕珠單抗濃度

4.僅在第一次研究藥物治療之後，在第1天訪診時獲得全血樣品用於遺傳標記分析

c.第X個月安全性

相對於第0天，每30(±7)天安排安全試驗患者進行研究藥物治療訪診，直至開始停藥。進行以下評估：

1.生命徵象(血壓、呼吸、脈搏及體溫)

2.眼評估

(a)開始距離為4公尺的BCVA測試(擴張眼之前進行)

(b)IOP量測(擴張之前，針對兩隻眼獲得；患者所用的方法在整個研究中必須保持一致)

(c)裂隙燈檢查(擴張式雙眼間接高倍放大檢眼鏡檢查)

3.眼成像

(a)對兩隻眼進行的SD-OCT

4.開始治療之前，聯絡IWRS獲得研究藥物套組分配情況

5.復原研究藥物(參見Pharmacy Binder)

6.向研究眼投與蘭帕珠單抗注射劑

7.注射後眼評估

(a)數手指測試，隨後進行手動或光覺測試(若適用)，由醫師在注射後15分鐘內僅對研究眼進行

(b)注射後60(±10)分鐘僅針對研究眼進行IOP量測；(患者所用的方法在整個研究中必須保持一致)

8.臨床評估

(a)監測及記錄所有不利事件

(b)記錄伴同藥物

(c)記錄並行的眼程序

9.收集實驗室樣品，實驗室樣品係在各研究治療訪診時收集直至開始停藥：

(a)獲得血清樣品以量測蘭帕珠單抗濃度

(b)獲得血清樣品以便量測抗蘭帕珠單抗抗體

(c)補體AH50及CH50

(d)血液學

(e)血清化學

(f)凝血：aPTT及PT

(g)尿分析

3.5.3隨機分組階段：治療期間之評估

當患者在篩選與第0天訪診(研究藥物投與的第一天)時均滿足所有合格準則(包括中央閱讀中心收到及評估所選影像(在篩選訪診時獲得之FAF、NI、FP、FA及SD-OCT))時，IWRS在第0天將識別編號(不同於患者篩選編號的編號)及藥物套組分配給患者。患者藥物套組分配係在治療前評估之後且在第0天投與研究療法之前進行。

a.第0天

第0天為首次研究治療注射日。第0天進行以下評估：

1.NEI VFQ-25問卷；在患者完成任何其他研究程序之前，由現場工作人員(除VA檢查員之外)投與。患者完成該訪診之任何其他研究程序之前，由現場工作人員(除VA檢查員之外)投與FRII問卷(針對募集加入隨機分組階段且看懂英文的患者)。

2.生命徵象(血壓、呼吸、脈搏及體溫；注射前進行)

3.眼評估

(a)開始距離為4公尺的BCVA測試(擴張眼之前，注射前進行)

(b)根據派尼-羅布森圖上正確讀出之字母數目所量度的對比靈敏度(擴張眼之前，注射前進行)

(c)SST閱讀速度評估(擴張眼之前，注射前進行)

(d)MNRead雙眼閱讀速度評估(針對募集加入隨機分組階段且看懂英語之患者)；在擴張眼之前，在注射前進行

(e)IOP量測(擴張之前，注射前獲得(兩隻眼)；患者所用的方法在整個研究中必須保持一致)

(f)裂隙燈檢查(注射前進行)

(g)擴張式雙眼間接高倍放大檢眼鏡檢查(注射前進行)

4.審查包括及排除準則

5.開始治療之前，聯絡IWRS獲得患者的隨機分組識別編號及研究治療套組分配

6.復原研究藥物(若適用)

7.向研究眼投與研究治療注射劑(藥物或假藥，根據隨機分組)

(a)注射之前，確保患者根據醫囑自投與其抗微生物劑且告知其注射後再次自投與其抗微生物劑每日4次歷時3天

8.注射後眼評估

9.臨床評估

(a)監測及記錄所有不利事件

(b)記錄患者在第0天前之7天內所用的伴同藥物

(c)記錄並行的眼程序

b.第7天訪診

1.臨床評估

(a)生命徵象(血壓、體溫、呼吸及脈搏)

(b)記錄伴同藥物

(c)記錄並行的眼程序

(d)監測並行的眼程序

2.眼評估

(a)開始距離為4公尺的ETDRS圖上之BCVA(在擴張眼之前進行)

(b)IOP量測(在擴張眼之前進行；患者所用的方法在整個研究中必須保持一致)

(c)裂隙燈檢查

(d)擴張式雙眼間接高倍放大檢眼鏡檢查

3.樣品收集

針對蘭帕珠單抗濃度之血清PK樣品

c.第1個月至第18個月訪診

第18個月為合格且選擇繼續加入OLE研究之患者的最後研究訪診。第18個月訪診之前，此等患者要求在OLE知情同意書上簽名且告知其服用方案指定的抗微生物劑。募集加入OLE研究的合格性係在第18個月訪診時判定。

1.患者完成任何其他研究程序之前，由現場工作人員(除VA檢查員之外)在第6、12及18個月訪診時投與NEI VFQ-25問卷

2.患者完成該訪診之任何其他研究程序之前，由現場工作人員(除VA檢查員之外)在第6、12及18個月訪診時投與FRII問卷(針對募集加入隨機分組階段且看懂英文的患者)

3.生命徵象(血壓、呼吸、脈搏及體溫；注射前進行)

4.第12及18個月訪診時進行身體檢查

5.眼評估

(a)開始距離為4公尺的BCVA測試(擴張眼之前，注射前進行)

(b)在第6、12及18個月訪診時根據派尼-羅布森圖上正確讀出之字母數目所量度的對比靈敏度(擴張眼之前，注射前進行)

(c)在第6、12及18個月訪診時的SST閱讀速度評估(擴張眼之前，注射前進行)

(d)在第6、12及18個月訪診時進行的MNRead雙眼閱讀速度評估(針對募集加入隨機分組階段且看懂英語之患者)(在擴張眼之前，在注射前進行)

(f)裂隙燈檢查(注射前進行)

(g)擴張式雙眼間接高倍放大檢眼鏡檢查(注射前進行)

6.眼成像(影像轉送至中央閱讀中心)

(a)在第6、12及18個月訪診時針對兩隻眼之FAF及NI

(b)在第6、12及18個月訪診時，兩隻眼之眼底像片

(c)兩隻眼之SD-OCT影像(始於第1個月且每個月繼續直至第12個月訪診)；隨後，僅在第15及18個月訪診時獲得影像

(d)在第6、12及18個月訪診時進行之螢光素血管造影術

7.研究療法投與：

(a)每月治療組：訪診自第1個月至第17個月

(b)隔月治療組：第2、4、6、8、10、12、14及16個月訪診

(c)開始治療之前，聯絡IWRS獲得患者的研究治療套組分配(若適用)

(d)復原研究藥物(詳情參見Pharmacy Binder)

8.向研究眼投與研究治療注射劑(藥物或假藥，根據隨機分組)

(a)注射之前，確保患者根據醫囑自投與其抗微生物劑且告知其注射後再次自投與其抗微生物劑每日4次歷時3天。第18個月訪診之前，挑選繼續加入OLE研究的患者要求在OLE研究知情同意書上簽名且根據指示服用方案指定的抗微生物劑。

9.注射後眼評估

10.臨床評估

(a)監測及記錄所有不利事件

(b)記錄伴同藥物

(c)記錄並行的眼程序

11.中央實驗室評估

(a)中央實驗室評估係在FA評估之前進行；收集試樣之前，患者不需要空腹

(b)血液學、血清化學、凝血：aPTT及PT；血清化學、尿分析，在第6個月、第12個月及第18個月訪診時進行

(c)血清妊娠測試，在第12個月及第18個月訪診時進行

(d)血清蘭帕珠單抗濃度，在第1、2、3、6、9、12、15及18個月訪診時獲得

(e)血清抗蘭帕珠單抗抗體濃度，在第1、2、3、6、9、12、15及18個月訪診時獲得

(f)補體評估：AH50及CH50，在第3、6、9、12、15及18個月進行

(g)在第1個月訪診時，針對遺傳標記收集全血樣品

(h)在第0天、第6個月及第12個月訪診時，現場收集前房(水狀液)穿刺樣品，以評估PK與PD關係

12.關於實驗室測試之完整清單，參見實驗室手冊。

13.初始治療訪診之後，經研究藥物或假藥治療的患者在每次治療訪診之後的7(±2)天接受電話通話以告知不利事件。

d.第19個月及第20個月或早期終止訪診

僅對不合格或選擇不繼續加入OLE研究的因子D研究患者進行第19個月(隔月治療組)及第20個月(每月治療組)安全訪診。

除非另有說明，否則在第19個月、第20個月及早期終止訪診時進行以下評估：

1.患者完成任何其他研究程序之前，由現場工作人員(除VA檢查員之外)僅在早期終止訪診時投與NEI VFQ-25問卷

2.患者完成該訪診之任何其他研究程序之前，由現場工作人員(除VA檢查員之外)僅在早期終止訪診時投與FRII問卷(針對募集加入隨機分組階段且看懂英文的患者)。

3.臨床評估

(a)生命徵象(血壓、呼吸、脈搏及體溫)

(b)身體檢查：僅在早期終止訪診時進行

(c)監測及記錄所有不利事件

(d)記錄伴同藥物

(e)記錄並行的眼程序

4.眼評估

(a)開始距離為4公尺的BCVA測試

(b)對比靈敏度，其僅在早期終止訪診時 根據派尼-羅布森圖上正確讀出之字母數目所量度(擴張眼之前進行)

(c)僅在早期終止訪診時進行的SST閱讀速度評估(擴張眼之前進行)

(d)僅在早期終止訪診時進行的MNRead雙眼閱讀速度評估(針對募集加入隨機分組階段且看懂英語之患者)(在擴張眼之前進行)

(e)IOP量測；患者所用的方法在整個研究中保持一致

(f)裂隙燈檢查(根據耀斑/細胞之評級尺度)

(g)擴張式雙眼間接高倍放大檢眼鏡檢查

5.中央實驗室評估僅在早期終止訪診時進行

(a)中央實驗室評估係在FA評估之前進行；收集試樣之前，患者不需要空腹。

(b)血液學

(c)血清化學

(d)凝血：aPTT及PT

(e)尿分析

(f)血清妊娠測試

(g)血清蘭帕珠單抗濃度

(h)血清抗蘭帕珠單抗抗體

(i)補體評估：AH50及CH50

3.5.4研究完成/早期終止訪診

若患者的研究眼經歷眼疼痛、視力降低、異常發紅或任何其他新眼症狀，則研究人員判定患者是否返回臨床試驗點進行安全評估。若需要訪診，則進行評估。

3.6分析方法

使用ELISA方法測定血清中的藥物濃度。使用橋聯式ELISA偵測血清中的ATA。

3.7統計方法

當所有患者完成或中斷治療及安全隨訪期時，清潔及鎖定資料庫。僅對患者及對患者視力進行評分的研究人員遮蔽治療分配。在研究期間計劃進行兩種分析：1)隨機分組階段之所有患者完成18個月治療期之後的初始分析；及2)在第20個月針對不參與OLE研究 且完成因子D安全隨訪期之患者進行的最終分析。

功效分析係基於經修改之意向性治療群體，其定義為接受至少一個劑量之治療且具有至少一個基線後初始功效量測結果的所有隨機分組患者。在功效分析中，根據隨機分組時所分配之療法將患者分組。

安全分析係基於接受至少一個劑量之療法的所有患者。患者係根據所接受之療法分組。

所有統計學檢驗均為I型誤差率為0.2的雙側檢驗。為了瞭解所估算治療效果之臨床顯著性及有助於解釋形式上的假設檢驗，提供雙側80%信賴區間。

描述性概要包括連續變數之平均值、標準差、中值及範圍，以及類別變數之計數及百分率。所有分析、概述及清單均使用SAS軟體(9.1或高於9.1版本)進行。詳細統計方法概述於資料分析計劃(DAP)中。

3.7.1治療組可比較性之分析

利用描述性統計學，依據治療組，對隨機分組之所有患者的人口統計學及基線特徵(諸如年齡、性別、種族、總病變尺寸及VA分數)進行概述。

3.7.2功效分析 a.初始功效終點

初始功效終點為在第18個月相對於基線之平均GA面積增長速率，如藉由FAF所量測；初始功效終點係在第18個月進行分析。初始分析係使用分層ANOVA，其中基線病變尺寸為分層變數。提供關於治療效果大小的信賴區間，以及各治療組之描述性概要統計資料。

b.第二功效終點

以下第二終點使用與初始終點類似的分析方法：

1.GA面積在第18個月相對於基線之平均增長速率，依據數位化立體彩色眼底像片

2.BCVA在第18個月相對於基線的平均變化(使用ETDRS系統)

3.8藥物動力學及藥效學分析

根據劑量水準，將個別及平均血清蘭帕珠單抗濃度-時間資料列表且作圖。藉由以下參數估算來概述蘭帕珠單抗之血清藥物動力學：給藥間隔時間之間的暴露(AUC)、血清濃度最大觀測值(C_max )以及達到穩態的時間及累積比率。將此等參數估算值列表且根據描述性統計學進行概述。收集前房(水狀液)穿刺樣品以評估PK與PD關係。進行其他PK、PD及生物標記研究。

3.9處理缺失資料

竭盡全力使缺失資料最小化。在初始功效分析中，經修改之ITT群體中的所有患者均包括於分析中。若缺失第18個月的初始功效量測值，則使用第18個月之前的最後觀測結果推算資料。若認為適當，則應用其他推算方法以進一步表徵結果。缺失資料處理方法詳細說明於DAP中。

實例2：功效分析

如實例1中所述接受IVT投與之蘭帕珠單抗相對於/或假注射劑之患者在第18個月的治療效果闡明於下文圖3至7中。圖3至7藉由量測GA面積(mm² )在第18個月相對於基線之平均變化來闡明治療效果。

圖3A及3B顯示所有參與者群體之MAHALO II期研究之主要資料庫剛好鎖定之後的初步功效結果。在蘭帕珠單抗每月治療組中，研究滿足GA面積在第18個月相對於基線之平均變化之初始終點，如藉由眼底自體螢光(FAF)所量測，且滿足GA面積在第18個月相對於基線之平均變化之第二終點，如藉由彩色眼底照相術(CFP)所評估。在每月治療組中，自第6個月開始直至第18個月，觀測到GA面積增長進展減緩的正面治療效果。根據LOCF資料之未調整平均值，蘭帕珠單抗每月治療組之GA面積增長之進展相對於所組合之假治療組減少23.1%(圖3A)。根據分層變方分析所得的最小平方均值(Henry Scheffe.第1.2章"Mathematical Models"於The Analysis of Variance,New York：John Wiley & Sons,Inc.,1999，第4-7頁)(利用LOCF資料，依據基線、<4DA相對於>4DA之病變尺寸類別分層)，蘭帕珠單抗每月治療組之GA面積增長之進展相對於所組合之假治療組減少20.4%(圖3B)。結果顯示在18個月研究治療期期間，每月投與之蘭帕珠單抗在減少GA面積增長方面具有臨床上有意義且統計上顯著之作用。「所組合之假治療組」係指每月接受假藥物與隔月接受假治療組合的對照治療組。「afD1m」係指每月接受蘭帕珠單抗的治療組。「afD2m」係指隔月接受蘭帕珠單抗的治療組。LOCF方法係指用於推算缺失資料的最後觀測值結轉方法。

圖7概述藉由FAF假治療組與蘭帕珠單抗每月治療組中攜有CFH、C2/CFB及CFI風險對偶基因之患者之GA面積相對於基線之DDAF變化之最小平方均值與攜有CFH及C2/CFB風險對偶基因、但無CFI風險對偶基因之患者的比較情況。此圖中之資料相對於基線之病灶尺寸(作為連續變數)及病灶尺寸類別(<4DA及>=4DA)經調整。計算第18個月(初始功效時間點)之治療效果及減小率。第18個月的絕對治療效果為1.837mm² ，對應減小率為44%。相比之下，在無CFI風險對偶基因之經蘭帕珠單抗治療患者中未觀測到治療效果。此外，相對於無CFI風險對偶基因之假治療組，假治療對照組中之具有CFI風險對偶基因的患者顯示更快速的進展。

上述發現表明，CFI生物標記可對AMD進展進行預後且可對蘭帕珠單抗治療反應進行預測。

實例3：基因分型分析結果

使用Illumina Omni 2.5M SNP晶片對使用抗因子D研究中的參與者(n=93)進行基因分型。為了進行基因分型，自各患者收集單一全血樣品。自各樣品提取基因組DNA且使用Illumina Omni 2.5M SNP晶片進行分析(Oliphant等人，Biotechniques ，增刊：56-8,60-1(2002))。對全基因組資料應用以下品質控制措施，如下移除：缺失SNP>5%的樣品(n=44,180)；缺失SNP>5%(n=0)、SNP次要對偶基因頻率<0.1(n=831,590)、Hardy-Weinberg平衡<1e-8(n=1,678)的樣品；雙重複/相關樣品(n=0)，SNP與適當染色體不對應(n=3,624)、無rs標識符之SNP(n=56,333)。品質控制措施之後，得到總共1,442,450個SNP。

根據Fritsche等人原稿(Nature Genetics,45(4)：435-441(2013))，自此組1,442,450個SNP中選出與五種基因(CFH、C2、CFB、C3與CFI)相關的4個指針SNP(rs10737680(CFH)；rs429608(C2/CFB)；rs2230199(C3)；rs4698775(CFI))(或替代SNP(r² >0.8，若原稿中所標明之指針SNP不在吾等之資料集中))，此等五種基因與年齡相關性黃斑部變性風險相關。替代SNP為rs1329428(CFH)及rs17440077(CFI))。C2及CFB彼此靠近地位於染色體上且因此均以rs429608 SNP為標記且風險基因座在本文中稱為包括C2與CFB基因的「C2/CFB風險基因座」。以rs429608為標記的C2/CFB基因座與年齡相關性黃斑部變性之風險相關。由於此研究中之樣品大小有限，因此根據各SNP將個體分類為「風險對偶基因攜帶者」(風險對偶基因之異種接合體或同種接合體)或「非風險對偶基因攜帶者」(非風險對偶基因之同種接合體)。對於所有SNP(rs1329428、rs17440077、rs429608及rs2230199)而言，風險對偶基因在吾等之資料集中為鳥嘌呤(G)。「指針SNP」當在本文中使用時，係指指定研究中，在特定區域內具有最強p值的SNP。舉例而言，CFH、CFI、C2/CFB或C3之指針SNP為Fritche Nature Genetics(Fritsche等人，Nature Genetics ,45(4)：435-441(2013))研究中CFH、CFI、C2/CFB或C3分享基因座分別具有最強p值的SNP。

吾等使用觀測而得之資料集比較FAF量測之病變尺寸(mm² )自基線至第18個月的差異。

抗因子D每月治療組與假治療組(所組合)之間的差異如下計算：所組合之假治療組平均DDAF-抗因子D每月治療組之DDAF/所組合之假治療組平均DDAF。

吾等發現，本發明研究中的所有個體(假治療組中之2名除外)攜有CFH風險對偶基因(圖4)。所有個體(假治療組中之1名除外)攜有C2/CFB風險對偶基因(圖4)。因而，不能判定此等兩個基因攜有風險對偶基因對於抗因子D之功效是否具有任何影響。C3之風險對偶基因與非風險對偶基因攜帶者之間未見差異。對於CFI而言，可見與假治療組中具有CFI風險對偶基因之患者(n=12)相比，治療組中具有CFI風險對偶基因之患者(n=16)之病變增長在第18個月減少44%(圖6；資料為最小平方均值)。與假治療組中無風險對偶基因之患者(n=17)相比，治療組中無CFI風險對偶基因之患者(n=8)之病變增長之進展為可忽略的9%(圖5，底列)(圖5)。此外，可見與假治療組中具有CFI風險對偶基因及20/50-20/100之基線BCVA的患者(n=6)相比，治療組中具有CFI風險對偶基因及20/50-20/100之基線BCVA的患者(n=9)之病變增長在第18個月減少54%(圖8；資料為最小平方均值)。

因為Illumina Omni 2.5M SNP晶片上無rs4698775 SNP(CFI SNP)，所以隨後亦直接使用Taqman分析對來自抗因子D研究之相同患者樣品中的rs4698775 SNP進行基因分型(如Fritsche等人原稿 (Fritsche等人，Nature Genetics ,45(4)：435-441(2013)中所鑑別)。使用SNP rs4698775的結果與使用SNP rs17440077的結果無明顯不同。特定而言，由於SNP rs17440077與SNP rs4698775之間存在連鎖不平衡模式，因此患者樣品中之兩種SNP均得到幾乎相同的基因型資訊。此外，亦關於rs4698775 SNP觀測到與關於rs17440077 SNP可見類似的對病變增長的作用(圖6)。

此資料表明，CFI風險對偶基因可適用於預測對蘭帕珠單抗的反應，因為具有CFI風險對偶基因的患者之病變增長比無CFI風險對偶基因之患者大為減少。此資料亦表明，CFI風險對偶基因可適用於對AMD進展進行預後，因為具有CFI風險對偶基因的患者之預後(例如AMD進展)比不攜有CFI風險對偶基因的患者更糟。與所選CFI SNP(rs4698775及/或rs17440077)處於連鎖不平衡的替代SNP(例如表4至7中針對rs17440077所列之SNP)亦可適用於預測患者對蘭帕珠單抗的反應且可適用於對AMD進展進行預後。與所選CFH SNP(rs10737680及/或rs1329428)、C2或CFB SNP(rs429608)及/或C3 SNP(rs2230199)處於連鎖不平衡的替代SNP亦可適用於預測患者對蘭帕珠單抗的反應且可適用於對AMD進展進行預後。

實例4：不利事件

最常見的不利事件(AE)為結膜出血：假治療組為2.4%，蘭帕珠單抗每月治療組為48.8%且蘭帕珠單抗隔月治療組為34.1%(參見表8)。最常見的抗因子D相關不利事件(AE)為眼內壓(IOP)增強，蘭帕珠單抗每月治療組中有1位患者(43位患者中有1位；在每月治療組中佔2.3%)發生，且蘭帕珠單抗隔月治療組有3位患者(44位患者中有3位，6.8%)發生(表8顯示所有AE，不管其是否與藥物相關或與藥物無關；參見表8中之註解)。

因研究眼發生眼不利事件而中斷治療的患者比例對於接受抗因子D抗體的患者(分別為每月及隔月)而言為7%及2.3%且對於假注射治療患者而言為2.4%。不利事件之概述顯示於表3中。不存在懷疑因研究藥物所致的死亡、眼SAE，且研究眼不存在導致治療中斷之眼SAE。在此發展階段，蘭帕珠單抗之安全概況仍然可接受。

實例5：eQTL分析

雖然SNP rs4698775位於基因CCDC109B之內含子中，但根據遺傳學及生物學證據，CFI為基因座上迄今最引人注目的候選基因。吾等檢查此rs4698775 SNP是否可為影響CFI mRNA在肝臟中之含量的表現定量性狀基因座(eQTL)。

為了進行eQTL分析，自位於UC Santa Cruz的癌症基因組中心(Cancer Genomics Hub)獲得TCGA RNA-seq資料(癌症基因組圖譜(TCGA)資料庫)(Cancer Genome Atlas Research Network,Nature,Comprehensive Genomic Characterization Defines Human Gioblasoma Genes and Core Pathways,455(7216)：1061-8(2008年10月23日)；Collins等人，Sci Am ,Mapping the Cancer Genome.Pinpointing the Genes Involved in Cancer Will Help Chart a New Course Across the Complex Landscape of Human Malignancies,296(3)：50-7(March 2007年3月))。TCGA含有體內多種組織之腫瘤及正常樣品的RNA-seq及基因型資料。在此研究中，吾等使用34個正常肝臟組織樣品。使用HTSeqGenie(Pau,G.B.等人，HTSeqGenie：a software package to analyse high-throughput sequencing experiments(2012))、如下分析此等樣品之RNAseq資料：首先，移除核苷酸品質低的讀段(70%鹼基的品質<23)。接著使用GSNAP(基因組短讀核苷酸比對程式)將通過的讀段與參考基因組GRCh37比對(基因組研究聯盟37(Genome Research Consortium 37))(Wu,TD.等人，Bioinformatics, Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads,26(7)：873-81 (4/1/2010)。藉由GSNAP報導為「唯一匹配」之讀段比對用於隨後分析。接著依據RPKM=與CFI基因比對之讀段數/(樣品中之唯一匹配讀段總數×CFI基因長度)定量各樣品中之CFI基因表現量。此等樣品之基因型資料係經由基因型及表型之資料庫(dbGaP；dbGaP為NCBI主持地，其將研究基因型與表型之間相互作用的研究結果存檔及分配)獲得且包括Affymetrix 6.0(1百萬)SNP陣列之基因型。作為所關注之SNP，rs4698775不藉由此陣列直接分析，使用包括以下之工作流程進行基因型推算：使用SHAPEIT進行預分期(Delaneau,O.,Nature Methods, Improved whole-chromosome phasing for disease and population genetic studies,10：5-6(2013))，隨後使用IMPUTE2進行推算(Howie,B.N.等人，PLoS Genet ,A Flexible and Accurate Genotype Imputation Method for the Next Generation of Genome-Wide Association Studies,5(6)：e1000529(2009))及1000個基因組專案之參考單純型(1000 Genomes Project Consortium,Abecasis GR.等人，Nature, A map of human genome variation from population-scale sequencing,467(7319)：1061-73(2010))推算。接著進行結合分析，其包括對另外編碼之rs4698775基因型(亦即「T」對偶基因之0、1、2個複本)進行log(CFI RPKM)之線性回歸。

結果顯示，身體肝臟組織(CFI合成部位)中之CFI表現最高(圖9)。根據rs4698775基因型分類時，發現正常TCGA肝臟樣品中之CFI mRNA含量明顯減少(p=0.02)。簡言之，rs4698775基因型與正常TCGA肝臟樣品中之CFI mRNA含量明顯相關(p=0.02)。風險對偶基因同種接合體(GG)中的CFI mRNA比異種接合體(GT)少，異種接合體中的CFI mRNA又比無風險對偶基因同種接合體(TT)少(圖10)。此等結果與吾等假設一致，其中CFI為替代補體路徑之負調節劑且風險對偶基因攜帶者具有可供調節替代補體路徑之較低含量的CFI。根據此等結果，吾等顯示本發明II期MAHALO分析中所用之常見GWAS相關SNP(rs4689775)的可能功能性作用。

實例6：CFI稀有變異體分析

最近報導已顯示，與對照(2.3%)相比，AMD患者之CFI基因中存在明顯過量(p=1.7x10^-8 )的稀有誤義變異(7.8%)(Seddon等人，Nat Genet. 2013 45：1366-70)。主要集中於CFI基因內之一個特定稀有變異體G119R的第二個報導顯示，此等類型的變異體對AMD風險具有較大影響(p=3.79x10^-6 ；OR 22.20)(van de Ven等人，Nat.Genet. 2013 45：813-7)。

在DNA可獲得的MAHALO研究中，使用Sanger雙脫氧定序法對所有患者之CFI基因中的外顯子進行再定序。使用標準PCR技術、使用AmpliTaq Gold PCR Master Mix(Applied Biosystems)及Applied Biosystems 3730./3730xl DNA分析儀進行聚合酶鏈反應(PCR)擴增，AmpliTaq Gold PCR Master Mix(Applied Biosystems)包括經由PCR擴增樣品所必需之所有化學組分(除引子及模板外)，該DNA分析儀為用於分析螢光標記DNA片段的自動化、高處理量、毛細管電泳系統。使用兩步「強化式/巢式」PCR策略，其包括首先擴增基因組DNA模板中的大部分以產生強化產物，接著使用強化產物作為模板來擴增用於定序的較小區域。使用「強化式/巢式」策略，吾等在MAHALO研究中使用「強化」引子擴增患者基因組DNA之CFI基因的較大區域，以產生在第二巢式反應中用作模板的產物。第二巢式PCR反應中使用「巢式」引子擴增較小區域。使用巢式反應產物作為標準定序技術進行定序的模板。

吾等對可獲得DNA的MAHALO患者之CFI之所有外顯子再定序且發現其中6位(6.9%)攜有稀有誤義變異體(圖11)。吾等發現，與對照組(p=0.015)相比，GA患者之MAHALO試驗樣品中的CFI稀有誤義變異明顯富集。將攜有稀有誤義變異體的此等患者均等地分配於本發明之假治療組、隔月治療組與每月治療組之間。在假治療組中，具有稀有變異體之兩位個體(CFI基因中之290E>D及553P>S)為rs17440077之非風險對偶基因攜帶者(CFI-，基於rs17440077)。吾等觀測到，類似於風險對偶基因攜帶者(CFI+，基於rs17440077)(圖12)，作為MAHALO研究中所用之rs17440077 SNP(CFI-，基於rs17440077)之非風險對偶基因攜帶者的此等稀有變異體陽性個體自基線至第18個月之病變面積增長(例如GA進展速率)有差異。

由於具有稀有變異體之此等非風險對偶基因攜帶者的增長速率類似於風險對偶基因攜帶者之增長速率，因此攜有此等稀有誤義變異體之GA患者的進展速率類似於風險對偶基因攜帶者，不管其根據CFI之共同rs17440077 SNP是否歸類為風險對偶基因攜帶者或非風險對偶基因攜帶者。

實例7：選擇患者用於抗因子D療法

根據與編碼所選補體因子之基因相關之多形性的存在，對診斷患有GA的患者進行基因分型。若存在所鑑別之風險對偶基因及其組合時，即指示患者有可能對使用抗因子D(諸如蘭帕珠單抗)療法有反應。

特定而言，藉由TaqMan即時PCR偵測患者基因型。各反應包括0.4μM各正向及反向引子及0.15-0.3μM偵測探針(表9)、尿嘧啶-N-糖基化酶、0.04-0.32mM dNTP(包括dUTP)、DNA聚合酶及合適之DNA聚合酶緩衝液(包括適體)。在COBAS®4800儀器(Roche Molecular Diagnostics,Indianapolis Ind.)上，使反應物經受以下熱循環型態：50℃維持5分鐘，隨後95℃(10秒)至62℃(30秒)2個循環，及93℃(10秒)至62℃(30秒)55個循環，隨後為37℃(10分鐘)及25℃(10分鐘)。在每次開始62℃步驟時收集螢光資料。

L=N6-第三丁基-苯甲基dA

F=蘇胺醇-FAM

Q=BHQ2

P=3'-磷酸酯

H=蘇胺醇-HEX

S=7-脫氮dG

E=CY5.5

GA患者基因型一經使用上述TaqMan RT-PCR測定，則分析其補體基因座CFI、C2/CFB及CFH中特定風險對偶基因之存在，以得到如表10中所述的CFI概況狀態。進一步評估可能對使用抗因子D療法有反應的CFI概況陽性患者。一種選擇方法舉例說明於表10中。「+」指示患者為「生物標記陽性」且因此比較可能對使用抗因子D療法有反應；而「-」指示患者為「生物標記陰性」且因此不大可能對使用抗因子D療法有反應。如表10中所示，具有至少一個CFI對偶基因(G)與至少一個C2/CFB對偶基因(G)或CFH對偶基因(互補股上之C)組合的患者可能對使用抗因子D療法有反應。在另一種情況下，具有至少一個CFI對偶基因(G)的患者可能對使用抗因子D療法有反應。可開發涉及此等SNP及其他補體基因座上之SNP的其他類似選擇準則。

<110> 美商建南德克公司等人

<120> 用於治療補體相關病況之組合物及方法

<130> P5661R1-WO

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Claims

一種預測變性疾病患者之該變性疾病之進展速率的方法，該方法包含：(a)如下判定獲自該患者之生物樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在：(i)提供自該生物樣品分離出的核酸樣品；及(ii)針對該至少一種變性疾病相關多形性之存在來偵測該核酸樣品之基因型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群之風險對偶基因時，鑑別該患者比較可能出現加快之該變性疾病進展速率：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。
如請求項1之方法，其中該CFI對偶基因為其等效對偶基因，該CFH對偶基因為其等效對偶基因，該C2對偶基因為其等效對偶基因，該CFB對偶基因為其等效對偶基因，或該C3對偶基因為其等效對偶基因。
如請求項1之方法，其中該CFI對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077包含G，該CFH對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs10737680包含A或在該單核苷酸多形性(SNP)rs1329428包含G，該C2對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，該CFB對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且該C3對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs2230199包含G。
如請求項1之方法，其中該生物樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜抹片、組織樣品或體液樣品。
如請求項1之方法，其中該核酸樣品包含DNA。
如請求項1之方法，其中該核酸樣品包含RNA。
如請求項1之方法，其中該核酸樣品經擴增。
如請求項7之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。
如請求項8之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。
如請求項8之方法，其中至少一種多形性係藉由定序法偵測。
如請求項1之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)(Zn(II)-cyclen)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如於磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增(isothermal smart amplication)。
如請求項1之方法，其中如下偵測至少一種多形性：擴增含有至少一種多形性的目標區，且與可在嚴格條件下和至少一種多形性雜交之至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交。
如請求項1之方法，其中該患者之該SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或該SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因時表示該疾病之進展速率加快。
如請求項3之方法，其中偵測到之多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。
如請求項1之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。
如請求項15之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。
如請求項16之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮(GA)。
如請求項1之方法，其中使用根據表9之選自SEQ ID NO：17至41之針對各別對偶基因之一組寡核苷酸進行PCR來偵測該基因型，且其中當CFI對偶基因之SNP rs4698775存在風險對偶基因G且CFH對偶基因之SNP rs1329428或C2/CFB對偶基因之SNP rs429608存在至少一種風險對偶基因G時，鑑別該患者比較可能出現加快之進展速率。
如請求項18之方法，其中根據表9，該組寡核苷酸包括選自由SEQ ID NO.17、18、25、26、34及35組成之群的正向引子；選自由SEQ ID NO.19、20、27、28、36及37組成之群的反向引子；及選自由SEQ ID NO.21-24、29-33及38-41組成之群的標記探針。
如請求項19之方法，其中位於rs4698775(CFI)之該基因型係使用SEQ ID NO：17或18之正向引子與SEQ ID NO：19或20之反向引子及選自SEQ ID NO.21-24之標記探針之組合來偵測；位於rs429608(C2)之該基因型係使用SEQ ID NO：25或26之正向引子與SEQ ID NO：27或28之反向引子及選自SEQ ID NO.29-33之標記探針之組合來偵測；且位於rs1329428(CFH)之該基因型係使用SEQ ID NO：34或35之正向引子與SEQ ID NO：36或37之反向引子及選自SEQ ID NO.38-41之標記探針之組合來偵測。
一種鑑別比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應之變性疾病患者的方法，該方法包含：(a)如下判定獲自該患者之生物樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在：(i)提供自該生物樣品分離出的核酸樣品；及(ii)針對該至少一種變性疾病相關多形性之存在來偵測該核酸樣品之基因型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群的風險對偶基因時，鑑別該患者比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。
如請求項21之方法，其中該CFI對偶基因為其等效對偶基因，該CFH對偶基因為其等效對偶基因，該C2對偶基因為其等效對偶基因，該CFB對偶基因為其等效對偶基因，或該C3對偶基因為其等效對偶基因。
如請求項21之方法，其中該CFI對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077處包含G，該CFH對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs10737680處包含A或在該單核苷酸多形性(SNP)rs1329428處包含G，該C2對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，該CFB對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，且該C3對偶基因在該單核苷酸多形性 (SNP)rs2230199處包含G。
如請求項21之方法，其中該生物樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜抹片、組織樣品或體液樣品。
如請求項21之方法，其中該核酸樣品包含DNA。
如請求項21之方法，其中該核酸樣品包含RNA。
如請求項21之方法，其中該核酸樣品經過擴增。
如請求項21之方法，其中該核酸樣品係藉由聚合酶鏈反應擴增。
如請求項28之方法，其中至少一種多形性係藉由聚合酶鏈反應偵測。
如請求項28之方法，其中至少一種多形性係藉由定序法偵測。
如請求項21之方法，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如於磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。
如請求項21之方法，其中如下偵測至少一種多形性：擴增含有至少一種多形性的目標區，且與可在嚴格條件下和至少一種多形性雜交的至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交。
如請求項21之方法，其中該患者之該SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或該SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因時表示對使用抗因子D抗體療法有反應之可能性增強。
如請求項23之方法，其中偵測到之多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。
如請求項21之方法，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。
如請求項35之方法，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。
如請求項36之方法，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮(GA)。
如請求項21之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2、HVRL3及HVRL3，其中該等各別HVR具有胺基酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6。
如請求項21之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段包含SEQ ID NO：7之可變重鏈及/或SEQ ID NO：8之可變輕鏈。
如請求項21之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段為蘭帕珠單抗(lampalizumab)。
如請求項21之方法，其進一步包含向該患者推薦包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法的步驟。
如請求項41之方法，其進一步包含用包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法治療該患者的步驟。
如請求項42之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2、HVRL3及HVRL3，其中該等各別HVR具有胺基酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6。
如請求項42之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段包含SEQ ID NO：7之可變重鏈及/或SEQ ID NO：8之可變輕鏈。
如請求項42之方法，其中該抗因子D抗體或其抗原結合片段為蘭帕珠單抗。
如請求項21之方法，其中使用根據表9之選自SEQ ID NO：17至41之針對各別對偶基因之一組寡核苷酸進行PCR來偵測該基因型，且其中當CFI對偶基因之SNP rs4698775存在風險對偶基因G且CFH對偶基因之SNP rs1329428或C2/CFB對偶基因之SNP rs429608存在至少一種風險對偶基因G時，鑑別該患者比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應。
如請求項46之方法，其中根據表9，該組寡核苷酸包括選自由SEQ ID NO.17、18、25、26、34及35組成之群的正向引子；選自由SEQ ID NO.19、20、27、28、36及37組成之群的反向引子；及選自由SEQ ID NO.21-24、29-33及38-41組成之群的標記探針。
如請求項47之方法，其中位於rs4698775之該基因型係使用SEQ ID NO：17或18之正向引子與SEQ ID NO：19或20之反向引子及選自SEQ ID NO.21-24之標記探針之組合來偵測；位於rs429608(C2)之該基因型係使用SEQ ID NO：25或26之正向引子與SEQ ID NO：27或28之反向引子及選自SEQ ID NO.29-33之標記探針之組合來偵測；且位於rs1329428(CFH)之該基因型係使用SEQ ID NO：34或35之正向引子與SEQ ID NO：36或37之反向引子及選自SEQ ID NO.38-41之標記探針之組合來偵測。
一種使用抗因子D抗體或其抗原結合片段治療變性疾病患者達最佳治療功效的方法，該方法包含：(a)如下判定獲自該患者之生物樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在：(i)提供自該生物樣品分離出的核酸樣品；及(ii)針對該至少一種變性疾病相關多形性之存在來偵測該核酸樣品之基因型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群的風險對偶基因時，鑑別該患者比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。
一種預測變性疾病患者對使用抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之反應性的方法，該方法包含：(a)如下判定獲自該患者之生物樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在：(i)提供自該生物樣品分離出的核酸樣品；及(ii)針對該至少一種變性疾病相關多形性之存在來偵測該核酸樣品之基因型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；(b)當存在至少一種選自由以下組成之群的風險對偶基因時，鑑別該患者比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。
一種判定變性疾病患者受益於抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法之可能性的方法，該方法包含(a)如下判定獲自該患者之生物樣品中之至少一種變性疾病相關多形性之存在：(i)提供自該生物樣品分離出的核酸樣品；及(ii)針對該至少一種變性疾病相關多形性之存在來偵測該核酸樣品之基因型，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因；及(b)當存在至少一種選自由以下組成之群的風險對偶基因時，鑑別該患者比較可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段的療法有反應：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。
一種用於測定生物樣品中至少一種變性疾病相關多形性之存在的套組，該套組包含針對該至少一種變性疾病相關多形性之存在來偵測該生物樣品之基因型的試劑及說明書，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI對偶基因、CFH對偶基因、C2對偶基因、CFB對偶基因或C3對偶基因。
如請求項52之套組，其中該生物樣品為血液樣品、唾液、口腔內膜抹片、組織樣品或體液樣品。
如請求項52之套組，其中該生物樣品獲自診斷患有變性疾病的患者。
如請求項52之套組，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性 (AMD)。
如請求項55之套組，其中該AMD為早期、中期或晚期AMD。
如請求項56之套組，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮(GA)。
如請求項178之套組，其中該套組進一步包含用於判定變性疾病患者是否可能對使用抗因子D抗體或其抗原結合片段有反應的藥品說明書。
如請求項52之套組，其中該套組係用於偵測CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因之存在。
如請求項52之套組，其中該套組係用於偵測一或兩個G基因型對偶基因在該SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199之存在或兩個A基因型對偶基因在該SNP rs10737680之存在。
如請求項52之套組，其中該等試劑包含一組專門用於偵測CFI、C2、CFB、C3或CFH對偶基因中之多形性的寡核苷酸。
如請求項61之套組，其中該組寡核苷酸包含適於擴增分別包含CFI、C2、CFB、C3或CFH中之多形性之CFI、C2、CFB、C3或CFH基因區域之正向引子與反向引子，該多形性選自由以下組成之群：位於該SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199之G基因型或位於該SNP rs10737680之A基因型。
如請求項62之套組，其進一步包含用於偵測該多形性的寡核苷酸探針。
如請求項52之套組，其中該等試劑包含根據表9之選自SEQ ID NO：17至41之針對各別對偶基因的一組寡核苷酸。
如請求項64之套組，其中該等試劑包含(i)SEQ ID NO：17或18之正向引子與SEQ ID NO：19或20之反向引子及選自SEQ ID NO.21-24之標記探針之組合；(ii)SEQ ID NO：25或26之正向引子與SEQ ID NO：27或28之反向引子及選自SEQ ID NO.29-33之標記探針之組合；或(iii)SEQ ID NO：34或35之正向引子與SEQ ID NO：36或37之反向引子及選自SEQ ID NO.38-41之標記探針之組合。
如請求項65之套組，其中該等試劑包含(i)至(iii)之組合。
一種以特異性結合至至少一種變性疾病相關多形性之藥劑於製造供診斷變性疾病之診斷劑上的用途，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因。
如請求項67之用途，其中該CFI對偶基因為其等效對偶基因，該CFH對偶基因為其等效對偶基因，該C2對偶基因為其等效對偶基因，該CFB對偶基因為其等效對偶基因，或該C3對偶基因為其等效對偶基因。
如請求項67之用途，其中該CFI對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077處包含G，該CFH對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs10737680處包含A或在該單核苷酸多形性(SNP)rs1329428處包含G，該C2對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，該CFB對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs429608包含G，且該C3對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs2230199處包含G。
如請求項67之用途，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如於磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。
如請求項67之用途，其中如下偵測至少一種多形性：擴增含有至少一種多形性的目標區，且與可在嚴格條件下和至少一種多形性雜交的至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交。
如請求項67之用途，其中該個體之該SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或該SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因時表示變性疾病進展風險增強。
如請求項69之用途，其中偵測到之多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。
如請求項67之用途，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。
如請求項74之用途，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。
如請求項75之用途，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。
一種以結合至至少一種變性疾病相關多形性之藥劑於活體外鑑別可能對包含抗因子D抗體或其抗原結合片段之療法有反應之變性疾病患者的用途，其中該多形性為選自由以下組成之群的風險對偶基因：CFI風險對偶基因、CFH風險對偶基因、C2風險對偶基因、CFB風險對偶基因或C3風險對偶基因，其中該等多形性之存在鑑別該患者比較可能對該療法有反應。
如請求項77之用途，其中該CFI對偶基因為其等效對偶基因，該CFH對偶基因為其等效對偶基因，該C2對偶基因為其等效對偶基因，該CFB對偶基因為其等效對偶基因，或該C3對偶基因為其等效對偶基因。
如請求項77之用途，其中該CFI對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs4698775或rs17440077處包含G，該CFH對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs10737680處包含A或在該單核苷酸多形性(SNP)rs1329428處包含G，該C2對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，該CFB對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs429608處包含G，且該C3對偶基因在該單核苷酸多形性(SNP)rs2230199處包含G。
如請求項77之用途，其中至少一種多形性係藉由選自由以下組成之群之技術偵測：掃描探針及奈米孔DNA定序、焦磷酸定序、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、時間溫度梯度電泳(TTGE)、大環多胺鋅(II)聚丙烯醯胺凝膠電泳、基於均相螢光PCR之單核苷酸多形性分析、磷酸鹽親和性聚丙烯醯胺凝膠電泳、高處理量SNP基因分型平台、分子標誌、5'核酸酶反應、Taqman分析、MassArray(單鹼基引子延長法聯合基質輔助型雷射脫吸/電離飛行時間質譜法)、三苯甲基質量標記、基因分型平台(諸如Invader Assay®)、單鹼基引子延長(SBE)分析、PCR擴增(例如於磁性奈米顆粒(MNP)上之PCR擴增)、PCR產物之限制酶分析(RFLP方法)、對偶基因特異性PCR、多引子延長法(MPEX)，及恆溫智能擴增。
如請求項77之用途，其中如下偵測至少一種多形性：擴增含有至少一種多形性的目標區，且與可在嚴格條件下和至少一種多形性雜交的至少一個序列特異性寡核苷酸雜交且偵測該雜交。
如請求項77之用途，其中該個體之該SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608或SNP rs2230199存在一或兩個G基因型對偶基因或該SNP rs10737680存在一或兩個A基因型對偶基因時表示變性疾病進展風險增強。
如請求項79之用途，其中偵測到之多形性與至少一種選自由以下組成之群的單核苷酸多形性處於連鎖不平衡：單核苷酸多形性(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及rs2230199。
如請求項77之用途，其中該變性疾病為年齡相關性黃斑部變性。
如請求項84之用途，其中該年齡相關性黃斑部變性為早期、中期或晚期AMD。
如請求項85之用途，其中該晚期AMD為地圖狀萎縮。