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TW201134825A - Ligand-directed covalent modification of protein - Google Patents

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TW201134825A
TW201134825A TW099147132A TW99147132A TW201134825A TW 201134825 A TW201134825 A TW 201134825A TW 099147132 A TW099147132 A TW 099147132A TW 99147132 A TW99147132 A TW 99147132A TW 201134825 A TW201134825 A TW 201134825A
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TW
Taiwan
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group
independently
compound
doc
formula
Prior art date
Application number
TW099147132A
Other languages
English (en)
Inventor
Russell C Petter
Charles F Jewell
Kwang-Ho Lee
Aravind Prasad Medikonda
Deqiang Niu
Lixin Qiao
Juswinder Singh
Zhendong Zhu
Original Assignee
Avila Therapeutics Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Avila Therapeutics Inc filed Critical Avila Therapeutics Inc
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201134825 六、發明說明： 【發明所屬之技術領域】 本發明係關於酶抑制劑。f_ 離胺酸之I、 ^之，本發明係關於含 離胺s文之蛋白貝的配位體_導向共價修飾。 =申請案主張2_年12月则之美國 —之權益’其揭示内容與本申請 引用的方式併入本申請案中。 且以王文 【先前技術】 :制諸如酶之蛋白質之活性的化合物為重要治療劑。大 多數抑制劑可逆地結合其目標蛋白 貝且因此可逆地抑制立 目標蛋白質之活性。儘管已開發作 為有效治療劑之可逆抑 制劑，但可逆抑制劑具有某些缺點。舉例而言，激酶之， 多可逆抑制劑與ATP結合位點相互作用。因為ATP結合位 點之結構在激酶中高度保留，所以開發選擇性抑制一或多 種所需激酶之可逆抑制劑極具挑戰。另外，因為可逆抑制 劑自其目標蛋白質解離’所以抑制持續時間可能短於所需 時間。因此’當將可逆抑制劑用作治療劑時，可能需要比 所需更高的量及/或更頻繁的給藥來達成預定生物作用。 此給藥需求可能產生毒性或引起其他不良影響。 此項技術中已描述共價結合其目㈣白質之不可逆抑制 劑。藥物目標之共價不可逆抑制劑較之其作為治療劑之可 逆性對應物具有許多重要優勢。為達成最大藥效學效果， 可能必需長久抑制藥物目標’且不可逆抑制劑可藉由持久 消除現有藥物目標活性來提供此優勢，該藥物目標活性僅 153333.doc 201134825 成了新目標蛋白質時方才恢復。當投與不可逆抑制劑 時將需要達成時間僅夠用來使目標蛋白質短暫暴露於抑 制劑的不可逆抑制劑之治療性血毁濃度，此將不可逆地抑 制目標活性且血聚含量可接著快速下降，同時目標蛋白質 將保持不活化。此不可逆結合具有降低出現治療活性之最 小:漿濃度、使多次給藥需求降至最低及消除長血激半衰 期需求而不損及功效的可能優勢。由於在高或持久血漿含 量下可能出現任何非特異性脫目標相互作用，因此所有此 等考慮均可降低毒性。不可逆抑制劑亦可能以兩種方式在 克服抗藥性需求方面具有優勢。第-，不可逆抑制劑消除 長血漿半衰期之需求而無損功效。第=，因為抗性突變可 月b會損害非共價結合，所以儘管面臨非共價親和力降低， 但不活化機制通常仍將引起蛋白質目標修飾及不可逆抑 制。由於在高或持久血漿含量下可能出現任何非特異性脫 目標相互作用，因此所有此等考慮均可降低毒性。不可逆 抑制劑之另一優勢在於引起效能之不活化機制通常將產生 與僅使用非共價結合相互作用輕易達成之型態「正交 (〇nh〇g〇na1)」的選擇性型態（selectivity profile)，亦即藥 理學上有利且使用非共價抑制難以達成之型態。 目前已知蛋白質之許多可逆抑制劑，以及蛋白質中可逆 抑制劑所結合之許多其結合位點。此等可逆抑制劑之結合 位點中有時夾雜能夠用適當反應性配位體共價修飾之胺基 酉文°在其他情況下，胺基酸位於能夠用適當反應性配位體 共價修飾之可逆抑制劑之結合位點附近。能夠共價修飾之 153333.doc 201134825 胺基酸通常為在側鏈中具有雜原子（諸如Ο、8或州之胺基 酸’諸如蘇胺酸、半胱胺酸、組胺酸、絲胺酸、酪胺酸及 離胺酸。由於硫之親核性，因此硫適於共價修飾，且因此 存在修飾相關蛋白質中半胱胺酸之配位體的實例。然而， 諸如離胺酸之胺基酸通常足夠無反應性使得在活體内配位 體不與離胺酸反應。實際上，離胺酸修飾通常採用高度反 應性隨機試劑(indiscriminate reagent)。因此，離胺酸之配 位體-導向修飾此前一直未實現。因為此原因及其他原 因’所以對醫藥相關蛋白質之不可逆抑制劑存在需要，該 等抑制劑經由離胺酸之配位體-導向修飾發揮其生物影 響。 【發明内容】 在一態樣中，本發明提供一種設計共價結合目標蛋白質 之配位體的方法。該方法包含（a)提供在目標蛋白質中之配 位體結合位點内或附近對接的可逆性配位體之結構模型， (b)鑑別目標蛋白質中處於配位體結合位點中或附近的離胺 酸殘基，其中當可逆性配位體在配位體結合位點中或附近 對接時該離胺酸殘基距可逆性配位體小於約15 A，（c)產生 在配位體結合位點内或附近對接之至少一種配位體-彈頭 (warhead)化合物的至少一種結構模型，其中該配位體-彈 頭化合物包含步驟（b)中之可逆性配位體或其一部分、包含 反應性化學部分之彈頭，及視情況存在之繫鏈（Tether)， 及（d)鑑別配位體-彈頭化合物，其結構模型使步驟（b)中之 離胺酸殘基易於呈現使離胺酸殘基之側鏈一級胺基處於彈 153333.doc 201134825 頭親電子劑之成鍵近程（bond-forming proximity)以内的構 形。 在另一態樣中，本發明提供一種設計共價結合目標蛋白 質之離胺酸殘基之配位體的方法。該方法包含（3)提供在目 標蛋白質中之配位體結合位點中或附近對接之可逆性配位 體的結構模型，其中該可逆性配位體產生至少一個與配位 體結合位點之非共價接觸；（b)鑑別處於目標蛋白質之配位 體結合位點中或附近的離胺酸殘基，其中當可逆性配位體 在配位體結合位點中或附近對接時該離胺酸鄰接可逆性配 位體；（c)產生在配位體結合位點中或附近對接之複數種配 位體·彈頭化合物的結構模型，其中各配位體-彈頭化合物 包含彈頭共價連接至步驟（b)中可逆性配位體之可取代位 置’該彈頭包含反應性化學部分及視情況存在之連接子； (d)在步驟（c)中之結構模型中鑑別至少一種配位體-彈頭化 合物’其結構模型使步驟（b)中離胺酸殘基之側鏈一級胺基 處於彈頭親電子劑之鍵結距離以内；及（e)在步驟中鑑 別之結構模型中進一步鑑別處於配位體結合位點中或附近 之含氫鍵供體的胺基酸殘基’其中氫鍵供體胺基酸殘基處 於彈頭之氫鍵結距離以内。 在另—態樣中，本發明提供一種鑑別至少一種蛋白質中 至少一個可共價修飾之離胺酸殘基之方法，。該方法包含（a) 鑑別至少一種具有配位體結合位點之蛋白質，提供所鑑 別蛋白質之三維結構模型，（c)使可逆性配位體在結構模型 中所鑑別蛋白質之配位體結合位點中或附近對接，其中該 153333.doc 201134825 可逆性配位體產生至少一個與配位體結合位點之非共價接 觸，藉此產生可逆性配位體結合於或接近於所鑑別蛋白質 之配位體結合位點的結構模型；及在可逆性配位體結合 於或接近於所鑑別蛋白質之配位體結合位點的結構模型中 鑑別一或多個處於所鑑別蛋白質之配位體結合位點中或附 近的離胺酸殘基，其中該離胺酸殘基距可逆性配位體小於 約 15 A。 在又一態樣中，本發明提供一種共價修飾蛋白質中處於 配位體結合位點令或附近的離胺酸殘基之方法，其包含使 式I化合物：
I y 其中骨架、繫鏈、彈頭、x&y係如本文中所定義； 與在蛋白質之配位體結合位點中或附近含有離胺酸殘基 鲁 W蛋白質接觸’及在離胺酸殘基之側鍵一級胺基與化合物 之彈頭之間形成共價鍵。 在另一態樣中，本發明提供式夏化合物：
其中骨架、彈頭、繫鏈、x&y係如本文中所定義。 在另—態樣中，本發明提供式腿之蛋白質修飾劑-配位 153333.doc 201134825 體接合物：
其中骨架、多肽、繫鏈、Μ、Υ,、Χ及y係如本文中所定 義0 在本揭示案又一態樣中，揭示一種選擇結合於蛋白質之 配位體結合位點中之目標離胺酸之彈頭的方法。該方法包 含（a)鑑別至少一種具有配位體結合位點之蛋白質，（b)提 供所鑑別蛋白質之三維結構模型，（c)鑑別至少一個處於步 驟（a)之配位體結合位點中或附近的離胺酸之位置；（d)提 供至少一個接近於至少一個所鑑別離胺酸之彈頭；（e)在至 少一個所鑑別離胺酸之一級胺的鍵結距離内對準彈頭之親 電子性原子；（f)在彈頭之親電子性原子與至少一個離胺酸 之一級胺之間形成共價鍵；（g)在步驟（f)之共價連接彈頭 的15 A以内使可逆性配位體在所鑑別蛋白質之配位體結合 位·點中對接’其中該可逆性配位體與該配位體結合位點主 要保持已知非共價相互作用；對準配位體之最接近原子 與步驟（f)之共價結合彈頭且確定配位體與步驟⑴之共價結 合彈頭之間繫鏈的幾何條件。 【實施方式】 153333.doc 201134825 a.·定義
本發明之化合物包括上文所概述者，且由本文所揭示之 類別、子類及種類來進一步說明。如本文中所用，除非另 外規定，否則以下定義應適用。出於本發明之目的，根據 元素週期表（Periodic Table of the Elements)，CAS 版， Handbook of Chemistry and Physics，第 75版來標識化學元 素。另外，有機化學之一般原理描述於「Organic Chemistry」，Thomas Sorrell，University Science Books, Sausalito: 1999， 及「March’s Advanced Organic
Chemistry,」第 5版，Smith, M.B.及 March 編，J.，John Wiley & Sons，New York: 2001中，該等文獻之全部内容係以引用 的方式併入本文中。生化定義可見於Structure and
Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding, Alan Fersht, W. H. Freeman, 1998，第 1版；Enzymatic Reaction Mechanisms, Perry A. Frey及 Adrian D. Hegeman，Perry A. Frey (作者），Oxford University Press, 2007，第 1版；及 Biochemistry，第 6 版， Jeremy M. Berg, W. H. Freeman, 2007 中；該等文獻之全部 内容係以引用的方式併入本文中。 如本文所用，術語「蛋白質」意謂由20種不同的天然存 在之L-α-胺基酸以及其他不太常見之胺基酸構成之線性聚 合物。聚合物中之胺基酸由相鄰胺基酸殘基之羧基與胺基 之間的肽鍵聯接在一起。在本文中術語多肽可與術語蛋白 質互換使用。多肽可為全長蛋白質，以及蛋白質之任何部 153333.doc 201134825 分。如本文所用，術語蛋白質及多肽係用以描述含有配位 體結合位點之蛋白f。本文中涵蓋之任何$白質或多肽均 將足夠大以摺疊及構成配位體結合位點。 如本文所用，術語「脂族」或「脂族基」意謂完全飽和 或含有一或多個不飽和單元之直鏈（亦即未分支鏈）或分支 鏈'經取代或未經取代之烴鏈，或完全飽和或含有一或多 個不飽和m巨不為芳族之單環烴或二環烴（在本文中 亦稱作「碳環」、「碳環的」、「環脂族」或「環烷基」）， 其具有單個連接至分子之其餘部分的連接點。除非另有規 定，否則脂族基含有1-8個脂族碳原子。在一些實施例 中月曰族基含有1-5個脂族碳原子。在其他實施例中，脂 族基含有1-4個脂族碳原子。在其他實施例中，脂族基含 有1-3個脂族碳原子，且在其他實施例中，脂族基含有卜2 個脂族碳原子。在-些實施例中，「碳環的」（或「環脂 族」或「碳環」或「環烷基」）係指完全飽和或含有一或 多個不飽和單元、但不為芳族之單環^〇8烴，其具有單 個連接至分子之其㈣分的連接胃卜適合脂族基包括（但 不限於）直鏈或分支鏈、經取代或未經取代之烷基、烯 基、炔基及其雜合物，諸如（環烷基）烷基、（環烯基）烷基 或（環烷基）烯基。 如本文所用，術語「橋聯雙環」係指任何雙環系統，亦 即碳環或雜環、飽和或部分不飽和，具有至少—個橋。如 IUPAC所疋義’「橋」為連接兩個橋頭之視情況經取代之 原子鏈或原子或價鍵，#中「橋頭」為環系統巾㈣於三 153333.doc •10· 201134825 $或三個以上骨架原子（排除氫）之任何骨架原子。在一些 實施例中：橋聯雙環基具有7至12個環成員及"個獨立地 選自氮、氧或硫之雜原子。此等橋聯雙環基在此項技術中 ‘: 匕括下文所述之彼等基團，其中各基團在任何可取 代碳或氮原子處連接至分子之其餘部分。除非另有規定， 、橋聯又％基或橋視情況經一或多個如針對脂族基所述
代基取代。或者或另外，橋聯雙環基之任何可取代氮 視清况經取代。例示性橋聯雙環包括：
βΟ Θ〇 βΟ 術π低石反院基」係指c】_4直鏈或分支鍵烧基。例示性 低碳烧基為甲乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基及 第三丁基。 係指經一或多個螽素原子取代之 術語「低碳函烷基」 Cl·4直鏈或分支鏈烧基。 153333.doc •11- 201134825 術語「雜原子」意謂氧、硫、氮、磷或矽中之—或多者 (包括氮、硫、磷或矽之任何氧化形式；任何鹼性氮之四 級銨化形式；或雜環之可取代氮，例如N(如於3,4_二氫- 2//-吡咯基中）、NH(如於吡咯啶基中）或nr+(如於n經取代 之吡咯啶基中））。 如本文中所用，術語「不飽和」意謂部分具有_或多個 不飽和單元。 如本文所用，術語「二價飽和或不飽和、直 鏈或分支鏈烴鏈」係指如本文所定義為直鏈或分支鏈之二_ 價伸烷基 '伸烯基及伸炔基鏈。 術语「伸烷基」係指二價烷基。「伸烷基鏈」為聚亞甲 基’亦即·((：Η2)η- ’其中η為正整數，較佳為1至6、i至4、 1至3、1至2,或2至3。經取代之伸烷基鏈為一或多個亞甲 基氫原子經取代基置換之聚亞甲基。適合取代基包括下文 針對經取代之脂族基所述者。 術語「伸烯基」係指二價烯基。經取代之伸烯基鏈為一 或多個氫原子經取代基置換之含有至少一個雙鍵之聚亞甲鲁 基。適合取代基包括下文針對經取代之脂族基所述者。 如本文所用，術語「伸環丙基（CyCl〇pr〇pylenyl)」係指 以下結構之二價環丙基： 術語「鹵素J意謂F、Cl、Br或I。 單獨使用或作為較大部分之一部分（如於「芳烷基」、 芳烷氧基」或「芳氧基烷基」中）使用的術語「芳基」 係指具有總共五至十四個環成員之單環或雙環系統，其中 153333.doc
S 12· 201134825 系統中之至少—個環為芳族且其中系統中之各環含有3至7 個環成員。術达_ 。。方基」可與術語「芳環」互換使用。在 發明+之某些實施例中，「芳基」係指包括（但不限於）苯 基聯*蔡基、蒽基及其類似基團之可帶有一或多個取 代基之芳族環系統。當於本文中使用時，術語「芳基」之 範^亦包括芳族環與一或多個非芳族環稍合之基團，諸
如氫知基、鄰笨二酿亞胺基、蔡二甲酿亞胺基、啡咬基 或四氫萘基及其類似基團。 單獨使用或作為較大部分（例#「雜芳烧基」或「雜芳 烷氧基」）之—部分使用的術語「雜芳基」及「雜芳_ (heteroar-)」係指具有5至1〇個環原子較佳具有$、6或$ 個環原子’環狀陣列中共用6、1G或14個τι電子；且除碳原 子外亦具有—至五個雜原子之基團。如在此定義内所用之 術語「雜原子」係指氮、氧或硫，且包括氛或硫之任何氧 化形式&驗性氮之任何四級錄化形式。雜芳基包括（但 不限於）嗟吩基、咬°南基、㈣基、味唾基、。比。坐基、三 °坐基、四°坐基、°惡°坐基、異°惡。坐基、。惡二唾基、嗟唾基、 異塞坐基噻二唑基、吡啶基、噠嗪基、嘧啶基、吡嗪 基、°引°秦基、嗓呤基、峰咬基及4咬基。如本文所用，術 ;”务基」及「雜方_」亦包括雜芳族環與一或多個芳 基$衣月曰族或雜環基環稠合（其中基團或連接點在雜芳族 環上）之基團。非限制性實例包括吲哚基、異吲哚基、苯 并噻％基、笨并呋喃基、二苯并呋喃基、吲唑基、笨并咪 生土 本并塞唾基、啥淋基、異喧琳基、碎琳基、敢嗪 153333.doc •13· 201134825 基、喹唑啉基、喹喏啉基、4//-喹嗪基、咔唑基、„丫咬 基、啡嗪基、啡噻嘻基、啡噁嗪基、四氫喹淋基、四氫異 啥*#基及°比咬并[2,3-1^]-1，4-°惡嗪-3(41^)-酮。雜芳基可為單 環或雙環。術語「雜芳基（heteroaryl)」可與術語「雜芳 環」、「雜芳基（heteroaryl group)」或「雜芳族基」互換使 用，任一該等術語均包括視情況經取代之環。術語「雜芳 烷基」係指經雜芳基取代之烷基，其中烷基及雜芳基部分 獨立地視情況經取代。 如本文所用’術語「雜環（heterocycle) j、「雜環基 (heterocyclyl)」、「雜環基（heterocyclic radical)」及「雜環 (heterocyclic ring)」可互換使用且係指穩定之5至7員單環 或7至10員雙環雜環部分’其為餘和或部分不飽和，且除 碳原子外亦具有.一或多個，較佳一至四個如上文所定義之 雜原子。當提及雜環之環原子使用時，術語「氮」包括經 取代之氮。舉例而言，在具有〇_3個選自氧、硫或氮之雜 原子的飽和或部分不飽和環中，氮可為N(如於3,4-二氫_ 2//-吡咯基中）、NH(如於吡咯啶基中）或+NR(如於N_經取代 之吡咯啶基中）。 雜裒"T以產生穩疋結構之任何雜原子或碳原子連接至其 側基，且任一環原子均可視情況經取代。此等飽和或部分 不飽和雜環基之實例包括（但不限於）四氫呋喃基、四氫噻 吩基吡咯啶基、哌啶基、吡咯啉基、四氫喹啉基、四氫異 噎琳基、十氫㈣基…惡㈣基、略嗪基、二。惡院基 '二 氧戊環基、二氮呼基、錢呼基、嗟環氮己三稀基、嗎嘛 153333.doc 201134825 基及喵啶基。術語「雜環」、「雜環基」、「雜環基環」、「雜 環基團」、「雜環部分」及「雜環基」在本文中可互換使 用，且亦包括雜環基環與—❹個芳基、雜芳基或環脂族 環稠合之基團，諸如吲哚啉基、3开_吲哚基、咣烷基、啡 啶基或四氫喹啉基，其中基團或連接點在雜環基環上。雜 壞基可為單環或雙環。術語「雜環基烷基」係指經雜環基 取代之烷基，其中烷基及雜環基部分獨立地視情況經取 代。 如本文所用，術語「部分不飽和」係指環部分包括至少 個雙鍵或參鍵。術語「部分不飽和」意欲涵蓋具有多個 不飽和位點之環，但不欲包括如本文定義之芳基或雜芳基 部分。 如本文所述，本發明之化合物可含有「視情況經取代 之」部分。一般而言，術語「經取代」無論前面是否有術 語「視情況」均意謂指定部分之一或多個氫經適合取代基 置換。除非另外規定，否則「視情況經取代之」基團可在 基團之各可取代位置具有適合取代基，且當任何指定結構 中之一個以上位置可經一個以上選自指定群組之取代基取 代時，該取代基在每一位置可相同或不同。本發明預想之 取代基之組合較佳為使得形成穩定或化學上可行之化合物 的組合。如本文中所用，術語「穩定」係指化合物當經受 允許其製造、偵測、及在某些實施例中其回收、純化及使 用以達成一或多個本文所揭示之目的的條件時實質上不改 變。 153333.doc -15· 201134825 「視情況經取代之」基團之可取代碳原子上之適合單價 取代基獨立地為鹵素；-(CH2)0_4R。； -(CH2)〇.4OR。； -0(CH2)〇.4R° ; -0-(CH2)〇.4C(0)OR0 ； -(CH2)〇.4CH(OR0)2 ； -(CH2)0.4SRo ； •(CH2)〇-4Ph，其可經R°取代；-(CHdoMCHCHdodPh，其可 經R°取代；-CH=CHPh，其可經R。取代；_(CH2)〇.40(CH2)(M-吡啶基，其可經 R。取代；-N〇2 ; -CN ; -N3 ; -(CH2)(mN(R0)2 ; -(CH2)0_4N(R°)C(O)R° ; -N(R°)C(S)R° ; -(CH2)〇.4N(R0)C(0)NR02 ； -N(R°)C(S)NR°2 ； -(CH2)〇.4N(R0)C(0)OR0 ; -N(R°)N(R°)C(0)R° ； -N(R0)N(R0)C(0)NR02 ； -N(R°)N(R°)C(0)0R° ； -(CH2)〇.4C(0)R° ； -C(S)R° ; -(CH2)〇.4C(0)OR° ; -(CH2)〇_4C(0)SR。； (CH2)0.4C(O)OSiRo3 ; -(CH2)0.4OC(O)R。； -OC(O)(CH2)0.4SR-; SC(S)SR° ； -(CH2)0.4SC(O)R。； -(CH2)〇-4C(0)NR02 ; -C(S)NR°2 ； -C(S)SR° ； -SC(S)SR° ； -(CH2)(m〇C(0)NR02 ； -C(0)N(OR°)R° ； -C(0)C(0)R° ； C(0)CH2C(0)R° ; -C(NOR°)R。； -(CH2)G_4SSR。； -(CH2)0.4S(O)2R° ; -(CH2)0_4S(O)2OR° ; -(ch2)〇.4os(o)2r。； -s(o)2nr°2 ; -(CH2)〇.4S(0)R。； -N(R0)S(0)2NR02 ； -N(R°)S(0)2R° ； -N(OR°)R。； -C(NH)NR〇2 ; -P(0)2R。； -P(0)R°2 ; -0P(0)R°2 ; -0P(0)(0R°)2 ; SiR°3 ; -(C丨.4直鏈或分支鏈伸 烷基）0-N(R°)2 ;或直鏈或分支鏈伸烷基）C(0)0- 201134825 N(R°)2，其中各R。可如下文定義經取代且獨立地為氫、c】.6 脂族基、-CH2Ph、-CKCHdwPh、-CH2-(5 至 6 員雜芳環）， 或具有0-4個獨立地選自氮 '氧或硫之雜原子的5至6員飽 和、部分不飽和或芳基環，或者，儘管上文有所定義，但 兩次獨立出現之R。與其插入原子結合在一起形成具有〇_4 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子（其可如下文定義經取 代）之3至12員飽和、部分不飽和或芳基單環或雙環。 R°(或藉由將兩次獨立出現之R。連同其插入原子結合在 一起形成之環）上之適合單價取代基獨立地為_素、 (CH2)〇.2R·、·（ _ 基 R·)、_(CH2)〇 2〇H、_(CH2)〇 2〇R·、 -(CH2)〇.2CH(OR*)2 ； -〇(i^R·) . _CN ^ -n3 ^ -(CH2)〇.2C(0)R· > -(CH2)〇.2C(0)〇H ^ -(CH2)〇.2C(0)〇R· > -(CH2)〇.2SR· ^ -(CH2)〇_2SH、-(CH2)0.2NH2、-(CH2)0.2NHR·、-(CH^NR%、 -N02、-SiR%、-0SiR*3、_c(〇)SR·、_(Ci 4直鏈或分支鏈 伸烷基）C(0)0R·或-SSR•，其中各R·未經取代或當前面加 有「鹵基」時僅經一或多個鹵素取代，且獨立地選自C14 脂族基、-CH2Ph、_〇(ch2)q·丨Ph，或具有0-4個獨立地選自 氮、氧或硫之雜原子的5至6員飽和、部分不飽和或芳基 環。R°之飽和碳原子上之適合二價取代基包括=〇及=s。 「視情況經取代之」基團之飽和碳原子上之適合二價取 代基包括以下：=〇(「側氧基（〇χ〇)」）、、=NNR\、 =NNHC(0)R、=NNHC(〇)〇R·、=NNHS(0)2R·、=NR*、 =NOR、-0(C(R；2))2-3〇·或 _S(C(R*2))23S’ 其中每次獨立 出現之R係選自氫、可如下文定義經取代之Ci6脂族基， 153333.doc •17· 201134825 或具有0-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的未經取代 之5至6員飽和、部分不飽和或芳基環。結合於「視情況經 取代之」基團的鄰位可取代碳之適合二價取代基包括： •〇(CR 2)2·3〇· ’其中每次獨立出現之R•係選自氫、可如下 文定義經取代之C〗·6脂族基’或具有〇-4個獨立地選自氮、 氧或硫之雜原子的未經取代之5-6員飽和、部分不飽和或 芳基環》 R之脂族基上之適合取代基包括鹵素、_R·、（鹵基 R·)、-OH、-OR·、·〇( _ 基 R·)…CN、_c(〇)〇H、 •c(o)〇r·、-Nh2、-NHr·、-nrwn〇2，其中各R•未經 取代或當前面加有「函基」時僅經一或多個鹵素取代，且 獨立地為Cu脂族基、-CH2Ph ' -〇(CH2)G·丨Ph，或具有〇_4 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員飽和、部分不 飽和或芳基環。 「視情況經取代之」基團之可取代氮上之適合取代基包 括-R、-NR%、-C(0)Rt、-c(〇)〇Rt、_c(〇)c(〇)Rt、 -c(0)CH2C(0)Rt、_s(0)2Rt、_s(〇)2NRt2、_c⑻nr%、 -C(NH)NRt2或_N(Rt)s(〇)2Rt ;其中各Rt獨立地為氫、可如 下文定義經取代之Cw脂族基 '未經取代之_〇ph，或具有 0-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的未經取代之5至6 員飽和、部分不飽和或芳基環，或者，儘管上文有所定 義，但兩次獨立出現之，其插入原子結合在一起形成具 有0-4個獨立地選自m硫之雜原子的未經取代之3至 12員飽和、部分不飽和或芳基單環或雙環。 153333.doc •18· 201134825 R·之脂族基上之適合取代基獨立地為齒素、汰·、·（函 基 R·)、-OH、-OR·、_〇(鹵基 R·)、謂、_c⑼⑽、 -C⑼OR·、·ΝΗ2、-NHR·、视.2或抓2，其中各汉•未經 取代或當前面加有「齒基」時僅經一或多個齒素取代，且 獨立地為Cm脂族基、-CH2Ph、-〇(CH2){Mph，或具有〇·4 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員飽和、部分不 飽和或芳基環。 °乃 如本文中所用’術語「醫藥學上可接受之鹽」係指在合 理醫學判斷料内適用於與人類及低等動物之組織接觸而 無不當毒性、刺激性、過敏反應及其類似作用且與合理的 益處/風險比相稱的鹽。此項技術中熟知醫藥學上可接為 之鹽。舉例而言’S.M. Berge等人在ph_a咖Ζ Sciences’ 66, 1-19 (1977)中詳述了醫藥學上可接受之鹽， 該文獻係以引用的方式併入本文中。本發明化合物之醫藥 學上可接受之鹽包括衍生自適合無機及有機酸及驗的幽。、 醫藥學上可接受之無毒性酸加成鹽之實例為與諸如鹽酸、 氫溴酸、鱗酸、硫酸及過氣酸之無機酸或與諸如乙酸、乙 二酸、順丁烯二酸、酒石酸、檸檬酸、丁二酸或丙:酸之 錢酸或藉由使用此項技術中所用之其他方法（諸如離子 交換）所形成的胺基之鹽。其他醫藥學 ·]按文之鹽包括 己二，鹽、海㈣鹽、抗壞血酸鹽、天冬胺酸鹽、苯續酸 鹽、苯曱酸鹽、硫酸氫鹽、蝴酸鹽、丁酸鹽、掉腦酸晒、 樟腦續酸鹽、檸檬酸鹽、環錢丙酸鹽、二葡糖酸鹽:十 一烷基硫酸鹽、乙院石夤酸鹽、曱酸鹽、 久】綿二酸鹽、葡 153333.doc •19· 201134825 糖庚酸鹽、甘油磷酸鹽、葡糠酸鹽、半硫酸鹽、庚酸鹽、 己酸鹽、氫碘酸鹽、2-羥基-乙烷磺酸鹽、乳糖酸鹽、乳酸 鹽、月桂酸鹽、月桂基硫酸鹽、蘋果酸鹽、順丁烯二酸 鹽、丙二酸鹽、曱烷磺酸鹽、2-萘磺酸鹽、菸鹼酸鹽、硝 酸鹽、油酸鹽、乙二酸鹽、棕櫚酸鹽、雙羥萘酸鹽、果膠 酸鹽、過硫酸鹽、3-苯基丙酸鹽、磷酸鹽、特戊酸鹽、丙 酸鹽、硬脂酸鹽、丁二酸鹽、硫酸鹽、酒石酸鹽、硫氰酸 鹽、對甲苯磺酸鹽、η• —烷酸鹽、戊酸鹽及其類似鹽。 衍生自適當鹼之鹽包括鹼金屬、鹼土金屬、録&n+(c14 烧基）4鹽。代表性鹼或鹼土金屬鹽包括鈉鹽、鋰鹽、鉀 鹽、辦鹽、鎂鹽及其類似物。其他醫藥學上可接受之鹽包 括（適當時）無毒性銨、四級銨，及使用諸如函離子、氫氧 根、羧酸根、硫酸根、磷酸根、硝酸根、低碳烷基磺酸根 及芳基磺酸根之相對離子形成的胺陽離子❶ 除非另外規定，否則本文中所描繪之結構亦意欲包括該 釔構之所有異構（例如對映異構、非對映異構及幾何（或構 形））形式，例如各不對稱中心之尺及s構型、三及E雙鍵異構 體，及Z及E構形異構體。因此，本發明化合物之單一立體 學異構體以及對映異構、非對映異構及幾何（構形）混合 物係在本發明之範嘴内。除非另外規定，否則本發明化合 物之所有互變異構形式均在本發明之範嘴内。 勺^外❺非另外規定，否則本文中所描纷之結構亦意欲 之處僅在於存在—或多㈣位切濃料之化合 欺？。例而士 °具有包括由氘或氚置換氫或由〗3€或〗4c增 153333.doc 201134825 濃碳置換碳之本發明結構的化合物係在本發明之範疇内。 此等化合物適用作例如分析工具、生物學檢定中之探針， 或本發明之治療劑。 如本文所用，術語「不可逆」或「不可逆抑制劑」係指 能夠依實質上不可逆方式共價結合於酶或其部分之抑制劑 (亦即化合物）。亦即，儘管可逆抑制劑能夠結合於酶（但— 般不能與酶形成共價鍵），且因此可能自酶解離，但—旦 已發生共價鍵形成，則不可逆抑制劑將保持實質上結合於 酶。不可逆抑制劑通常顯示時間相關性，藉此抑制程度隨 著抑制劑與酶之接觸時間的長度而增強。在某些實：例 中’-旦已發生共價鍵形成，則不可逆抑制劑將保持實質 上結合於酶，且將保持結合之時間將比酶之壽命更長。 一般技術者已知鑑別化合物是否依不可逆抑制劑形式發 揮作用之方法。此等方法包括(但不限於)化合物對酶之抑 制型態的酶動力學分析、利用蛋白質藥物目標在抑制劑化 合物存在下所改變之質譜分析、不連續暴露（亦稱為「洗 脫（—）」實驗），及使用諸如經放射性標記之抑制劑 的標記法以顯示酶之jt彳营攸杜 > 八秘L飾，以及热習此項技術者已知 之其他方法。 某些反應性官能基可充當「彈 一般技術者咸了解 頭」。如本文所用，「彈頭」或「彈頭基團」係指存 在於本發明化合物上之官能基，纟中該官能基能夠共價結 合存在於目標蛋白質之結合袋中或附近之離胺酸，藉此不 可逆地抑制該蛋白質。應瞭解，在一些實施例中，如本文 153333.doc •21 · 201134825 定義及描述之繫鍵-彈頭基困提供此等彈頭基團，以便共 價且不可逆地抑制蛋白質》 如本文所用’術語「抑制劑」係定義為以可量測之親和 力結合及/或抑制酶之化合物。在某些實施例中，抑制劑 具有小於約10 μΜ、小於約1 μΜ、小於約1 〇〇 nM或小於約 10 nM之IC5〇及/或結合常數。 如本文所用，術語「可量測之親和力」及「可量測地抑 制（measurably inhibit)」意謂包含本發明之化合物或其組 合物及XIAP、ΡΙ3Κβ/γ、PDPK1及HCV-NS3蛋白酶中至少 · 一者的樣品，與包含 ΧΙΑΡ、ΡΙ3Κβ/γ、PDPK1 及 HCV-NS3 蛋白酶中至少一者且不存在該化合物或其組合物之等效樣 品之間任何含離胺酸之蛋白質的可量測變化，諸如 ΧΙΑΡ、Ρΐ3Κβ/γ、PDPK1及HCV-NS3蛋白酶活性之可量測 變化。 2009年9月4曰申請之名稱為「Design Algorithm」之美 國申請案第12/554,433號的揭示内容在此係以全文引用的 方式併入本申請案中。如其中所述，所併入之申請案描述 _ 修飾蛋白質目標中一或多個半胱胺酸殘基之設計方法及演 算法’該等設計方法及演算法同樣適用於修飾蛋白質目標 中之一或多個離胺酸殘基。任何結構及計算模型化，以及 用以產生其中所描述之該模型化的軟體同樣適用於離胺酸 之共價抑制劑的本發明設計，且因此在此係以全文引用的 方式併入本申請案中。 Β·含有可靶向離胺酸殘基之蛋白質家族 153333.doc
S -22- 201134825
一般而言，可靶向位於任何目標蛋白質家族中之配位體 結合位點中或附近的離胺酸殘基以便進行配位體-導向離 胺酸修飾。舉例而言，經乾向用於以不可逆抑制劑進行配 位體-導向修飾之蛋白質家族成員的離胺酸殘基包括（但不 限於）下表1中所概述者，其中「家族」欄涉及相關蛋白質 家族；「UniProtAC」攔涉及根據 UniProt Knowledgebase (UniProtKB)寄存編號（www.uniprot.org)之特定蛋白質的寄 存編號識別符；「序列」欄涉及包括相關離胺酸之家族成 員蛋白質之胺基酸序列的鑑別片段；且「殘基編號」攔涉 及如序列中所述之離胺酸殘基編號。然而，抗體（作為蛋 白質家族）在本發明中未被涵蓋且因此排除在外。（參看例 如 Carlos F. Barbas, III 等人，Science 278，2085-2092 (1997) ; Popkov等人，Proc Natl Acad Sci USA，106，4378-4383, (2009) ; Doppalapudi等人，Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 17, 501-506，（2007) ; Li 等人，J. Med. Chem., 47, 5630-5640, (2004) ； Guo^ A, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103，11009-11014, (2006) ; Rader等人，Proc Natl Acad Sci USA，100, 5396-5400,（2003)。 153333.doc 23- 201134825 1.蛋白質家族表 家族 UniProt KB AC 蛋白質名稱 序列 殘基 編號 BCL-2 Q9BXK5 樣蛋白^ (BCL2L13，亦稱為** MIL1) 107-LGEKVSQ-113 K110 118-PLHKALQ-124 K121 149-GWNKILV-155 K152 Q16548 Bcl-2相關蛋白A1 (BCL2A1，亦稱為 BCL2L5，亦稱為 BFL1 ’亦稱為grS， 亦稱為HBPA1) 043-SVQKEVE-049 K046 047-EVEKNLK-053 K050 074-VMEKEFE-080 K077 144-FVKKFEP-150 K147 Q9UMX3 Bcl-2相關卵巢殺+蛋 白（BOK，亦稱為 BCL2L9) 119-TWGKVVS-125 K122 約蛋白酶 P20807 的资白酶-3 (CAFN3， 亦稱為CANP3 ,亦稱 為CANPL3，亦稱為 NCL1) 217-EALKGGN-223 K220 417-HFTKLEI-413 K410 015484 鈣蛋白酶-5(ITm2 , 亦稱為IGHEP2、 230-ASIKAVT-236 K233 Q9Y6Q1 釣蛋白酶-b(；CAPN5， 亦稱為NCL3) 078-LGHKPMV-084 K081 333-NFHKLNV-339 K336 014815 的蛋白酶-9 (CAPN9， 亦稱為NCL4) 185-EALKGGS-191 K188 327-HFDKVEI-333 K330 卡斯蛋白酶 (Caspase) --—-- P42575 卡斯蛋白酶-2 (CASP2 ’亦稱為 ICH1 ’ 亦稱為NEDD2) 378-RNTKRGS-384 K381 P42574 卡斯蛋白酶-3 (CASP3，亦稱為 CPP32) 207-RNSKDGS-213 K210 P55212 卡斯蛋白酶-6 (CASP6，亦稱為 MCH2) 262-DFCKDPS-268 K265 Q14790 卡斯蛋白酶-8 (CASP8 ’亦稱為 MCH5) 250-KVPKLHS-256 K253 450-VSNKDDK-456 K453 453-KDDKKNM-459 K456 454-DDKKNMG-460 K457 P55211 卡斯蛋白酶-9 (CASP9，亦稱為 MCH6) 355-RDPKSGS-361 K358 391-VSVKGIY-397 K394 Q92851 卡斯蛋白酶-10 (CASP10 ’亦稱為 MCH4) 295-TSLKDRQ-301 K298 153333.doc •24· 201134825
家族 UniProt KB AC 蛋白質名稱 序列 殘基 編號 P31944 卡斯蛋白酶-14 (CASP ⑷ 093-GFLKGED-099 K096 Q9UDY8 點膜相關淋巴組織淋 巴瘤移位蛋白1 (MALT1，亦稱為 MLT) 355-EHPKLKA-361 K358 357-PKLKAPL-363 K360 463-MCRKRND-469 K466 510-IFMKFLK-516 K513 組織蛋白酶 (Cathepsin) Q9UBX1 組織蛋白酶F (CTSF) 325-DCDKMDK-331 K328 328-KMDKACM-334 K331 371-EKAKVYI-377 K374 P09668 組織蛋白酶Η (CTSH ’ 亦稱為cpSB) 275-TPDKVNH-281 K278 P56202 組織蛋白酶W (CTSW) 264-INMKPLQ-270 K267 HCV P26663 基因體聚合蛋白質 (NS3 Protease、 1233-GSGKSTK- 1239 K12361 P26663 基因體聚合蛋白質 (NS5A ’ 亦稱為P56) 2013-RGYKGVW- 2019 K2016 P26663 基因體聚合蛋白質 (NS5B，亦稱為rna 引導RNA聚合酶，亦 稱為p68) 2557-IMAKNEV- 2563 K2560 HDAC Q13547 組蛋白去乙醯基酶1 (HDAC1 ’亦稱為 RPD3L1) 028-HPMKPHR-034 K031 Q96DB2 組蛋白去乙醯基酶11 (HDAC11) 303-GYQKRTA-309 K306 Q92769 組蛋白去乙醯基酶2 (HDAC2) 029-HPMKPHR-035 K032 015379 組蛋白去乙醯基酶3 (HDAC3) 022-HPMKPHR-028 K025 Q9UBN7 組蛋白去乙醯基酶6 (HDAC6) 350-GDPKGEM-356 K353 Q9BY41 組蛋白去乙醯基酶8 (HDAC8 ’亦稱為 HDACLl) 030-SLAKIPK-036 K033 HSP70 P17066 熱休克70kDa蛋白6 (HSPA6 ’亦稱為 HSP70B') 055-DAAKSQA-061 K058 070-FDAKRLI-076 K073 270-ERAKRTL-276 K273 P11142 熱休克同源71 kDa蛋 白（HSPA8 ’亦稱為 HSC70 ’亦稱為 HSP73，亦稱為 HSPA10) 058-DAAKNQV-064 K061 068-FDAKRLI-074 K071 268-ERAKRTL-274 K271 153333.doc -25· 201134825 家族 UniProt KB AC 蛋白質名稱 序列 殘基 編號 HSP90 P07900 热休見蛋白HSP90-a (HSP90AA卜亦稱為 HSP90A，亦稱為 HSPC1，亦稱為 HSPCA) 055-ALDKIRY-061 K058 P08238 熱休克蛋白HSP90-p (HSP90AB1，亦稱為 HSP90B，亦稱為 HSPC2 ’亦稱為 HSPCB) 050-ALDKIRY-056 K053 ΙΑΡ Q13075 含桿狀病毒IAP重複段 之蛋白質1 (NAIP，亦 稱為BIRC1) 188-FTGKQDT-194 K191 216-EHAKWFP-222 K199 Q13490 备桿狀病毒IAP重複段 之蛋白質2(BIRC2， 亦稱為C-IAP1，亦稱 為API1，亦稱為 IAP2 ’ 亦稱為MIHB) 302-DDVKCFC-308 K305 Q13489 兮枰狀病毒IAP重複段 之蛋白質3(BIRC3， 亦稱為C-IAP2，亦稱 為API2，亦稱為 ΪΑΡ1，亦稱為MIHC) 288-DDVKCFC-294 K291 P98170 兮枰狀病毒IAP重複段 之蛋白質4(XIAP，亦 稱為ILP1 ’亦稱為 HILP，亦稱為AI>I3， 亦稱為BIRC4，亦稱 為 IAP3) 294-EGDKVKC-300 K297 296-DKCKCFH-302 K299 308-TDWKPSE-314 K311 015392 含桿狀病毒IAP重複段 之蛋白質5(BIRC5， 亦稱為存活素，亦稱 為API4，亦稱為IAP4) 059-FCFKELE-065 K062 076-EKHKKSS-082 K079 Q6R308 言枰狀病毒IAP重複段 之蛋白質7(BIRC7， 亦稱為ML-IAP，亦稱 為livin，亦稱為K-IAP) 118-HQDKVRC-124 K121 132-QSWKRGD-138 K135 143-EHAKWPF-149 K146 Q96P09 言枰狀病毒IAP重複段 之蛋白質8(BIRC8， 亦稱為ILP2，亦稱為 ‘TslAP、 033-QEDKVQC-039 K036 047-ANWKPKE-053 K050 058-QHAKWYP-064 K061
153333.doc s -26- 201134825
家族 UniProt KB AC 蛋白質名稱 序列 殘基 編號 激酶 P15056 B-Raf原癌基因絲胺酸/ 蘇胺酸-蛋白激酶 (BRAF，亦稱為 BRAF1，亦稱為 RAFB1) 480-VAVKMLN-486 K483 096017 絲胺酸/蘇胺酸-蛋白激 酶Chk2 (CHEK2，亦 稱為CHK2，亦稱為 RAD53) 221-IMSKTLG-227 K224 242-TCKKVAI-248 K245 249-VAIKISK-256 K252 346-RDLKPEN-352 K349 P00533 表皮生長因子受體 (EGFR，亦稱為 ERBB1) 713-KKIKVLG-719 K716 725-TVYKGLW-731 K728 742-VAIKELR-748 K745 P08581 肝細胞生長因子受體 (MET，亦稱為c-MET) 1107-CAVKSLN-1113 K1110 1158-PYMKHGD- 1164 K1161 015530 3-磷酸肌醇依賴性蛋白 激酶1 (PDPK1，亦稱 為 PDK-1) 083-KFGKILG-089 K086 160-SYAKNGE-166 K163 166-ELLKYIR-172 K169 170-YIRKIGS-176 K173 204-RDLKPEN-210 K207 P11309 原癌基因絲胺酸/蘇胺 酸-蛋白激酶Pim-1 (PIM1) 257-RDIKDEN-263 K260 P11362 鹼性纖維母細胞生長 因子受體l(FGFRl) 511-VAVKMLK-517 K514 563-YASKGNL-569 K566 P21802 纖維母細胞生長因子 受體2 (FGFR2) 514-VAVKMLK-520 K517 566-YASKGNL-572 K569 P22607 纖維母細胞生長因子 受體3 (FGFR3) 557-YAAKGNL-563 K560 505-VAVKMLK-511 K508 P22455 纖維母細胞生長因子 受體4(FGFR4) 500-VAVKMLK-506 K503 552-CAAKGNL-558 K555 P15056 絲胺酸/蘇胺酸-蛋白激 酶 B-raf(b-RAF) 470-TVYKGKW-476 K473 P04049 RAF原癌基因絲胺酸/ 蘇胺酸-蛋白激酶 (RAF1，亦稱為c-RAF) 362-TVYKGKW-368 K365 372-VAVKILK-378 K375 428-SLYKHLH-434 K431 P43405 酪胺酸-蛋白激酶SYK 372-LEDKELG-378 K375 384-TVKKGYY-390 K387 455-PLNKYLQ-461 K458 MDM2 Q00987 E3泛素-蛋白質連接酶 Mdm2 (MDM2) 048-YTMKEVL-064 K051 091-FSVKEHR-097 K094 015151 蛋白質Mdm4 (MDM4，亦稱為 MDMX) 047-FTVKEVM-053 K050 090-FSVKDPS-096 K093 153333.doc ·27· 201134825 家族 UniProt KB AC 蛋白質名稱 序列 殘基 編號 Q96GM5 SWI/SNF相關基質相 關肌動蛋白依賴性染 色質調節劑子族D成員 1 (SMARCD1，亦稱為 BAF60A) 324-KTHKLQD-330 Κ327 Q92925 SWI/SNF相關基質相 關肌動蛋白依賴性染 色質調節劑子族D成員 2 (SMARCD2，亦稱為 BAF60B) 298-IPMKLAG-304 Κ301 Q6STE5 SWI/SNF相關基質相 關肌動蛋白依賴性染 色質調節劑子族D成貝 3 (SMARCD3，亦稱為 BAF60C) 299-SHDKEYI-305 Κ302 MMP P39900 巨噬細胞金屬彈，ϋ 白酶（ΜΜΡ12，亦稱 為 ΗΜΕ) 230-SDPKAVM-236 Ρ233 238-PTYKYVD-244 Ρ241 P45452 膠原酶3(ΜΜΡ13) 147-AFKKAFK-153 Κ150 246-YTGKSHF-252 Κ249 P50281 基質金屬蛋白酶-14 _Ρ14，亦稱為 ΜΜΡ-Χ1) 143-AIRKAFR-149 Κ146 P51511 基質金屬蛋白酶-15 (ΜΜΡ15，亦稱為 SMCP-2) 281-YQWKDVD-287 Κ284 060882 基質金屬蛋白酶-20 (ΜΜΡ20) 248-ΥΚΥΚΝΡΥ-254 Κ251 NHR P03372 雌激素受體（ESR1， 亦稱為ESR，亦稱為 NR3A1) 526-YSMKCKN-532 Κ529 Q92731 雌激素受體P(ESR2， 亦稱為ESTRB，亦稱 為 NR3A2) 311-SWAKKIP-317 Κ314 Q07869 過氧化體增殖物活化 受趙a(PPARA，亦稱 為NR1C1 ,亦稱為 PPAR) 249-MAEKTLV-264 Κ252 355-MEPKFDF-361 Κ358 P06401 孕酮受體（PGR，亦稱 為 NR3C3) 916-QLPKILA-922 Κ919 PI3K P42336 磷脂醯肌酵-4,5-雙碟 SIL3-激酶催化次單元a 同功異型物（PI3K-a， 亦稱為PIK3CA) 773-SSAKRPL-779 Κ776 799-IIFKNGD-805 Κ802 153333.doc • 28 · 201134825
家族 UniProt KB AC 蛋白質名稱 序列 殘基 編號 磷脂醯肌醇-4,5-雙鱗 774-EKCKYMD-780 K777 P42338 酸3-激酶催化次單元β 同功異型物（ΡΙ3Κ-β， 亦稱為PIK3CB，亦稱 為 PIK3C1) 802-VIFKNGD-808 K805 磷脂醯肌醇-4,5-雙碌 酸3-激酶催化次單元γ 同功異型物（ΡΙ3Κγ， 亦稱為PIK3CG) 799-EKCKVMA-805 K802 P48736 804-MASKKKP-810 K807 830-IIFKHGD-836 K833 880-EIVKDAT-886 K883 887-TIAKIQQ-893 K890 磷酸酶 白血球共同抗原 620-DDEKQLM-626 K623 P08575 (PTPRC，亦稱為 CD45) 756-NRNKCAE-762 K759 PI8031 酪胺酸-蛋白質磷酸酶 非受體1型（ΡΤΡΝ1 , 亦稱為ΡΤΡ1Β) 117-GSLKCAQ-123 K120 酪胺酸-蛋白質碟酸酶 257-QECKLLY-263 K260 非受體11型 277-NRYKNIL-283 K280 Q06124 (ΡΤΡΝ11 ,亦稱為 PTP2C，亦稱為 SHPTP2) 361-ERGKSKC-367 K364 363-GKSKCVK-369 K366 酪胺酸-蛋白質磷酸酶 2221-QELKPLD-2227 K2224 非受體13型 2241-NRYKNIL-2247 K2244 Q12923 (ΡΤΡΝ13，亦稱為 ΡΝΡ1，亦稱為 2313-EGEKIKC-2319 K2316 2315-EKIKCQR-2321 K2318 ΡΤΡ1Ε，亦稱為 PTPL1) Q15678 酪胺酸-蛋白質磷酸酶 非受體14型 1015-GRTKSHR- 1021 K1018 (ΡΤΡΝ14 ’亦稱為 ΡΕΖ) 915-QIPKKKA-921 K918 916-IPKKKAN-922 K919 路胺酸-蛋白質磷酸酶 038-AAWKADG-044 K041 Q99952 非受體18型 (ΡΤΡΝ18 ’亦稱為 BDP1) 060-NRYKDVL-066 K063 PI7706 路胺酸k蛋白質磷酸酶 非受體2型（PTPM， 亦稱為PTPT) 035-RVAKFPE-041 K038 路胺酸-蛋白質磷醆酶 029-LKLKRQS-035 K032 Q9Y2R2 非受體22型 036-TKYKADK-042 K039 (PTPN22 ’亦稱為 PTPN8) 133-EMGKKKC-139 K136 135-GKKKCER-141 K138 153333.doc -29- 201134825 家族 UniProt KB AC 蛋白質名稱 序列 殘基 編號 酪胺酸-蛋白質磷酸酶 非受體3型（PTPN3， 亦稱為PTPH1) 653-LYRKKPG-659 K656 P26045 663-TFAKLPQ-669 K666 674-NRYKDVL-680 K677 750-GRTKCHQ-756 K753 酪胺酸-蛋白質磷酸酶 662-LYRKKPG-668 L665 P29074 非受體4型（PTPN4， 亦稱為MEG) 759-GRVKCHQ-765 K762 P54829 酪胺酸-蛋白質磷酸酶 326-NRYKTIL-332 K329 非受體5型（PTPN5) 404-MNEKCTE-410 K407 P29350 酪胺酸-蛋白質磷酸酶 非受體6型（PTPN6， 亦稱為HCP，亦稱為 ρτρια 274-NRYKNIL-2280 K277 P35236 酪胺酸-蛋白質鱗酸酶 非受體7型（ΡΤΡΝ7) 123-DRYKTIL-129 K126 P43378 路胺酸·蛋白質鱗酸酶 非受體9型（ΡΤΡΝ9) 408-GRRKCGQ-414 K411 P23467 受體型酪胺酸-蛋白質 磷酸酶P(PTPRB，亦 稱為PTPB) 1808-GRVKCDH- 1814 K1811 運甲狀腺素蛋白 (Transthyretin) P02766 運曱狀腺素蛋白（前白 蛋白，亦稱為TBPA， 亦稱為TTR ’亦稱為 ATTR ,亦稱為palb、 032-LMVKVLD-038 K035 PARP P09874 聚[ADP-核糖]聚合酶1 (PARP1，亦稱為 ADPRT，亦稱為 PPOL，亦稱為 ADPRT) 900-MVSKSAN-906 K903 Q9Y6F1 聚[ADP-核糖]聚合酶3 (PARP3，亦稱為 ADPRT3 ’亦稱為 ADPRTL3，亦稱為 IRT1) 418-ENSKSAG-424 K421 Q53GL7 聚[ADP-核糖]聚合酶 10(PARP10) 938-DGHKAVF-944 K941 Q9H0J9 聚[ADP-核糖] 12 (PARP12 ’ 亦稱為 ZC3HDC1) 606-HYSKSDT-612 K609 Q460N3 聚[ADP-核糖 563-SYGKGTY-569 k566 15(PARP15，亦稱為 576-YSAKDTY-582 K579 BAL3) 633-RSPKLFV-639 K636 153333.doc -30- 201134825 家族 UniProt KB AC 蛋白質名稱 序列 殘基 編號 095271 (Tankyrase-l) (TNKS , 亦稱為PARP5A, PARPL ’亦稱為 TIN1 ’亦稱為 ΤΙΝΠ，亦稱為 TNKS1) 1217-NSSKSNQ-1223 K1220 1264-STIKMAH-1270 K1269 HIV蛋白酶 —--- P03369 Gag-Ροΐ聚合蛋白質 (HIV蛋白酶，亦稱為 逆轉錄胃蛋白酶 (Hetropepsin)，亦稱為 _ __________ 532-WKPKMIG-538 K535 在蛋白質資料庫（Protein Databank，PDB ; www.pdb.org) 中：替代編號為K136。
在一些實施例中’根據本發明具有可靶向離胺酸殘基之 蛋白質的豕族為BCL-2。在其他實施例中，蛋白質家族為 鈣蛋白酶。在其他實施例中，蛋白質家族為卡斯蛋白酶。 在其他實施例中，蛋白質家族為組織蛋白酶。在其他實施 例中，蛋白質家族為HCV。在其他實施例中，蛋白質家族 為h〇ac。在其他實施例中，蛋白質家族為HSP70。在其 他實施例中’蛋白質家族為HSP9〇。在其他實施例中，蛋 白質豕族為IAP »在其他實施例中，蛋白質家族為激酶。 在其他實施例中，蛋白質家族為MDM2。在其他實施例 中，蛋白質家族為MMP。在其他實施例中，蛋白質家族為 NHR。在其他實施例中，蛋白質家族為ρι3Κ。在其他實施 例中’蛋白質家族為磷酸酶。在其他實施例中，蛋白質家 族為運曱狀腺素蛋白。在其他實施例中，蛋白質家族為 PARP。在其他實施例中，蛋白質家族為hIV蛋白酶。 153333.doc •31- 201134825 在一些實施例中，蛋白質之BCL-2家族的成員包含Bcl-2-樣蛋白13、Bcl-2相關蛋白A1及Bcl-2相關卵巢殺手蛋 白。在此等實施例中，目標離胺酸為Bcl-2樣蛋白13中之 K1l〇、K121 及 K152 ; Bcl-2 相關蛋白 A1 中之 K046、 K05 0、K077及K147 ;及Bcl-2相關卵巢殺手蛋白申之 K122 〇 在其他實施例中，蛋白質之鈣蛋白酶家族的成員包含鈣 蛋白酶-3、弼蛋白酶-5、約蛋白酶-6及弼蛋白酶-9。在此 等實施例中’目標離胺酸為鈣蛋白酶3中之K220及k410 ; 鲁 辦蛋白酶-5中之K233 ;鈣蛋白酶-6中之K081及K336 ;及 弼蛋白酶-9中之K188及K3 30。 在一些實施例中，蛋白質之卡斯蛋白酶家族的成員包含 卡斯蛋白酶-2、卡斯蛋白酶_3、卡斯蛋白酶_6、卡斯蛋白 酶-8、卡斯蛋白酶_9、卡斯蛋白酶_10、卡斯蛋白酶_14, 及黏膜相關淋巴組織淋巴瘤移位蛋白丨。在此等實施例 中，目標離胺酸為卡斯蛋白酶_2t2K381;卡斯蛋白酶_3 中之K210 ;卡斯蛋白酶_6中之K265 ;卡斯蛋白酶-8中之 Κ253、Κ453、Κ456及Κ457 ;卡斯蛋白酶·9中之〖358及 Κ394 ;卡斯蛋白酶]〇中之Κ298 ;卡斯蛋白酶·14令之 Κ096 ;及黏膜相關淋巴組織淋巴瘤移位蛋白i中之、 Κ360、Κ466及 Κ513。 在一實施例中，蛋白質之組織蛋白酶家族的成員包含 ，.織蛋白酶F @織蛋白酶Η及組織蛋白酶|。在此等實施 例中目標離胺酸為組織蛋白酶f中之、κ33ι及 153333.doc
S •32· 201134825 K374 ;組織蛋白酶Η中之K278 ;及組織蛋白酶W中之 K267 ° 在一些實施例中，蛋白質之HCV家族的成員包含基因體 聚合蛋白質（NS3)、基因體聚合蛋白質（NS5A)及基因體聚 合蛋白質（NS5B)。在此等實施例中，目標離胺酸為基因體 聚合蛋白質（NS3)中之K1236;基因體聚合蛋白質（NS5A) 中之K2016 ;及基因體聚合蛋白質（NS5B)中之K2560。 在一些實施例中，蛋白質之HCV家族的成員包含HCV-NS3、HCV-NS5A及 HCV-NS5B。 在一些實施例中，蛋白質之HDAC家族的成員包含組蛋 白去乙醯基酶1、組蛋白去乙醯基酶11、組蛋白去乙醯基 酶2、組蛋白去乙醯基酶3、組蛋白去乙醯基酶6及組蛋白 去乙醯基酶8。在此等實施例中，目標離胺酸為組蛋白去 乙醯基酶1中之K031 ;組蛋白去乙醯基酶11中之K306 ;組 蛋白去乙醯基酶2中之K032 ;組蛋白去乙醯基酶3中之 K025 ;組蛋白去乙醯基酶6中之K353;及組蛋白去乙醯基 酶8中之K033。 在一些實施例中，蛋白質之HSP70家族的成員包含熱休 克70 kDa蛋白6及熱休克同源71 kDa蛋白。在此等實施例 中，目標離胺酸為熱休克70 kDa蛋白6中之K058、K073及 K273 ;及熱休克同源71 kDa蛋白中之K061、K071及 K271。 在一些實施例中，蛋白質之HSP90家族的成員包含熱休 克蛋白HSP 90-α及熱休克蛋白HSP 90-β。在此等實施例 153333.doc -33 - 201134825 中，目標離胺酸為熱休克蛋白HSP 90-α中之K058 ;及熱休 克蛋白HSP 90-β中之Κ053。 在一些實施例中，蛋白質之ΙΑΡ家族的成員包含含桿狀 病毒ΙΑΡ重複段之蛋白質1(ΝΑΙΡ，亦稱為BIRC1)、含桿狀 病毒ΙΑΡ重複段之蛋白質2(BIRC2，亦稱為C-IAP 1，亦稱 為API1，亦稱為IAP2，亦稱為MIHB)、含桿狀病毒IAP重 複段之蛋白質3(BIRC3，亦稱為C-IAP2，亦稱為API2，亦 稱為IAP1，亦稱為MIHC)、含桿狀病毒IAP重複段之蛋白 質4(XIAP，亦稱為ILP1，亦稱為HILP，亦稱為API3，亦 稱為BIRC4，亦稱為IAP3)、含桿狀病毒IAP重複段之蛋白 質5(BIRC5，亦稱為存活素，亦稱為API4，亦稱為IAP4)、 含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質7(BIRC7，亦稱為ML-IAP，亦稱為livin，亦稱為K-IAP)及含桿狀病毒IAP重複段 之蛋白質8(BIRC8，亦稱為ILP2，亦稱為TsIAP)。在此等 實施例中，目標離胺酸為含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質1 中之K191及K199 ;含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質2中之 K3 05 ;含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質3中之K291 ;含桿 狀病毒IAP重複段之蛋白質4中之K297、K299及K311 ;含 桿狀病毒IAP重複段之蛋白質5中之K062及K079 ;含桿狀 病毒IAP重複段之蛋白質7中之K121、K135及K146 ;及含 桿狀病毒IAP重複段之蛋白質8中之K036、K050及K061。 在一些實施例中，蛋白質之IAP家族的成員包含XIAP、 cIAPl、cIAP2及 ML-ΙΑΡ。 在一些實施例中，蛋白質之激酶家族的成員包含B-Raf 153333.doc -34- 201134825 原癌基因絲胺酸/蘇胺酸-蛋白激酶、絲胺酸/蘇胺酸-蛋白 激酶Chk2、表皮生長因子受體、肝細胞生長因子受體、％ 填酸肌醇依賴性蛋白激酶l(PDPKl)、原癌基因絲胺酸/蘇 fee酸-蛋白激崎piln-1。驗性纖維母細胞生長因子受體 l(FGFRl)、纖維母細胞生長因子受體2(FGFR2)、纖維母 細胞生長因子受體3(FGFR3)、纖維母細胞生長因子受體4 (FGFR4)、3_磷酸肌醇依賴性蛋白激酶l(PDPKl)、絲胺酸/ 蘇胺酸·蛋白激酶B-raf(b-RAF)、RAF原癌基因絲胺酸/蘇胺 酸-蛋白激酶（RAF1 ’亦稱為c-RAF)及酪胺酸蛋白激酶 SYK。在此等實施例中，目標離胺酸為B-Raf原癌基因絲 胺酸/蘇胺酸·蛋白激酶中之K483 ;絲胺酸/蘇胺酸-蛋白激 酶Chk2中之K224、K245、K252及K349 ;表皮生長因子受 體中之K716、K728及K745 ;肝細胞生長因子受體t之 K1110及 K1161 ; PDPK1 中之 K086、K163、K169及 K207 ; 原癌基因絲胺酸/蘇胺酸蛋白激酶Pim-1中之K260 ;鹼性 纖維母細胞生長因子受體l(FGFRl)中之K514、K566 ;鹼 性纖維母細胞生長因子受體2(FGFR2)中之K517、K569 ; 鹼性纖維母細胞生長因子受體3(FGFR3)中之K560、 K508 ;鹼性纖維母細胞生長因子受體4(FGFR4)中之 K503、K555 ; 3-磷酸肌醇依賴性蛋白激酶l(PDPKl)中之 K173 ;絲胺酸/蘇胺酸-蛋白激酶B-raf(b-RAF)中之K473 ; RAF原癌基因絲胺酸/蘇胺酸-蛋白激酶（RAF1，亦稱為c-RAF)中之K365 ; RAF原癌基因絲胺酸/蘇胺酸-蛋白激酶 (RAF1，亦稱為c-RAF)中之K375及K431 ;及酪胺酸-蛋白 153333.doc -35- 201134825 激酶 SYK 中之 K375、K387及 K458。 在一些實施例中，蛋白質之PDK家族的成員包含 PDPK1。 在一些實施例中，蛋白質之MDM2家族的成員包含E3泛 素-蛋白質連接酶Mdm2、蛋白質Mdm4、S WI/SNF相關基 質相關肌動蛋白依賴性染色質調節劑子族D成員1、 SWI/SNF相關基質相關肌動蛋白依賴性染色質調節劑子族 D成員2及SWI/SNF相關基質相關肌動蛋白依賴性染色質調 節劑子族D成員3。在此等實施例中，目標離胺酸為E3泛 素-蛋白質連接酶Mdm2中之K051及K094 ;蛋白質Mdm4中 之K050及K093 ; SWI/SNF相關基質相關肌動蛋白依賴性染 色質調節劑子族D成員1中之K327 ; SWI/SNF相關基質相關 肌動蛋白依賴性染色質調節劑子族D成員2中之K301 ;及 SWI/SNF相關基質相關肌動蛋白依賴性染色質調節劑子族 D成員3中之K302。 在一些實施例中，蛋白質之MMP家族的成員包含巨噬細 胞金屬彈性蛋白酶、膠原酶3、基質金屬蛋白酶-14、基質 金屬蛋白酶-15及基質金屬蛋白酶-20。在此等實施例中， 目標離胺酸為巨噬細胞金屬彈性蛋白酶中之K233及 K241 ;膠原酶3中之K150及K249 ;基質金屬蛋白酶-14中 之K146;基質金屬蛋白酶-15中之K284 ;及基質金屬蛋白 酶-20中之K25 1。 在一些實施例中，蛋白質之NHR家族的成員包含雌激素 受體、雌激素受體β、過氧化體增殖物活化受體α及孕酮受 153333.doc -36- 201134825 體。在此等實施例中，目標離胺酸為雌激素受體中之 K529 ;雌激素受體β中之K314;過氧化體增殖物活化受體 α中之Κ252及Κ358;及孕酮受體中之Κ919。 在一些實施例中，ΡΙ3Κ蛋白家族的成員包含填脂酿肌 醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元α同功異型物（ρΐ3κ-α，亦 稱為PIK3CA)、磷脂醢肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元β 同功異型物（ΡΙ3Κ-β，亦稱為PIK3CB，亦稱為PIK3C1)及 磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元γ同功異型物 (ΡΙ3Κ γ ’亦稱為PIK3CG)。在此等實施例中，目標離胺酸 為磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元α同功異型物 中之Κ776及Κ802 ;磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次 單元β同功異型物中之Κ777及Κ805 ;及磷脂醯肌醇-4,5-雙 磷酸3-激酶催化次單元γ同功異型物中之Κ802、Κ807、 Κ833、Κ883及Κ890 ° 在一些實施例中，蛋白質之ΡΙ3Κ家族的成員包含 ΡΙ3Κα、ΡΙ3Κβ及ΡΙ3Κγ。如本文所用，術語Ρ13Κ係指可互 換作為本發明之配位體-導向彈頭的ΡΙ3Κβ及ΡΙ3Κγ，應用 於Ρ13Κ時，將修飾ΡΙ3Κβ以及ΡΙ3Κγ兩者。 在一些實施例中，蛋白質之磷酸酶家族的成員包含白血 球共同抗原、酪胺酸·蛋白質磷酸酶非受體1型、酪胺酸-蛋 白質磷酸酶非受體11型、酪胺酸-蛋白質磷酸酶非受體13 型、酪胺酸-蛋白質磷酸酶非受體14型、酪胺酸-蛋白質磷 酸酶非受體18型、酪胺酸-蛋白質磷酸酶非受體2型、酪胺 酸-蛋白質磷酸酶非受體22型、酪胺酸-蛋白質磷酸酶非受 153333.doc •37- 201134825 體3型、酪胺酸-蛋白質磷酸酶非受體4型、酪胺酸-蛋白質 磷酸酶非受體5型、酪胺酸-蛋白質磷酸酶非受體6型、酪 胺酸-蛋白質磷酸酶非受體7型、酪胺酸-蛋白質磷酸酶非受 體9型及受體型酪胺酸-蛋白質磷酸酶β。在此等實施例 中，目標離胺酸為白血球共同抗原中之Κ623及Κ759 ;酪 胺酸-蛋白質磷酸酶非受體1型中之Κ120;酪胺酸-蛋白質 磷酸酶非受體11型中之Κ260、Κ280、Κ364、Κ366 ;酪胺 酸-蛋白質填酸酶非受體13型中之Κ2224、Κ2244、Κ2316 及Κ2318 ;酪胺酸-蛋白質磷酸酶非受體14型中之Κ918、 Κ919及Κ1018 ;酪胺酸-蛋白質磷酸酶非受體18型中之 Κ041及Κ063 ;酪胺酸-蛋白質填酸酶非受體2型中之 Κ03 8 ;路胺酸-蛋白質填酸酶非受體22型中之Κ03 2、 Κ03 9、Κ136及Κ138 ;酪胺酸-蛋白質鱗酸酶非受趙3型中 之Κ65 6、Κ666、Κ677及Κ753;酪胺酸-蛋白質磷酸酶非受 體4型中之Κ665及Κ762 ;路胺酸-蛋白質璃酸酶非受趙5型 中之Κ3 29及Κ4 07 ;路胺酸-蛋白質峨酸酶非受體6型中之 Κ277;酷·胺酸-蛋白質磷酸酶非受體7型中之κΐ26;酪胺 酸-蛋白質磷酸酶非受體9型中之Κ411 ;及受體型酪胺酸-蛋白質磷酸酶β中之Κ1811。 在一些實施例中，蛋白質之運曱狀腺素蛋白家族的成員 包含運甲狀腺素蛋白（前白蛋白，亦稱為ΤΒρΑ，亦稱為 TTR，亦稱為ATTR，亦稱為pAlb)。在此等實施例中，目 標離胺酸為運甲狀腺素蛋白中之Κ〇35。 在一些實施例中’蛋白質之pARp家族的成員包含聚 153333.doc -38- 201134825 [ADP-核糖]聚合酶1(PARP1，亦稱為ADPRT，亦稱為 PPOL，亦稱為ADPRT)、聚[ADP-核糖]聚合酶3(PARP3， 亦稱為ADPRT3，亦稱為ADPRTL3，亦稱為IRT1)、聚 [ADP-核糖]聚合酶10(PARP10)、聚[ADP-核糖]聚合酶 12(PARP12，亦稱為ZC3HDC1)、聚[ADP-核糖]聚合酶 15(PARP15，亦稱為BAL3)及端錨聚合酶-1(TNKS，亦稱為 PARP5A, PARPL，亦稱為TIN1，亦稱為TINF1，亦稱為 TNKS1)。在此等實施例中，目標離胺酸為聚[ADP-核糖] 聚合酶1中之K903 ;聚[ADP-核糖]聚合酶3中之K421 ;聚 [ADP-核糖]聚合酶10中之K941 ;聚[ADP-核糖]聚合酶12中 之K609 ;聚[ADP-核糖]聚合酶15中之K566、K579及 K636;及端錨聚合酶_1中之K1220及K1269。 在一些實施例中，蛋白質之HIV蛋白酶家族的成員包含 Gag-Pol聚合蛋白質（HIV蛋白酶，亦稱為逆轉錄胃蛋白 酶，亦稱為PR)。在此等實施例中，目標離胺酸為Gag-Pol 聚合蛋白質中之K535。 IV.設計共價結合目標蛋白質之配位體的方法。 本揭示案之一態樣為一種設計共價結合目標蛋白質之配 位體的方法。該方法包含（a)提供在目標蛋白質中之配位體 結合位點内或附近對接的可逆性配位體之結構模型，（b)鑑 別目標蛋白質中處於配位體結合位點中或附近的離胺酸殘 基，其中當可逆性配位體在配位體結合位點中或附近對接 時該離胺酸殘基距可逆性配位體小於約15 A，（c)產生在配 位體結合位點内或附近對接之至少一種配位體-彈頭化合 153333.doc -39- 201134825 物的至少一種結構模型，其中該配位體-彈頭化合物包含 步驟（b)中之可逆性配位體或其一部分、包含反應性化學部 分之彈頭，及視情況存在之繫鏈，及（d)鑑別配位體-彈頭 化合物，其結構模型使步驟（b)中之離胺酸殘基易於呈現使 離胺酸殘基之側鏈一級胺基處於彈頭親電子劑之成鍵近程 以内的構形。 圖1中描繪上述方法之步驟（a)及（b)之非限制性實例。圖 1展示顯示XIAP中鄰近所結合Smac模擬配位體之關鍵離胺 酸之X射線共晶體結構（2JK7)。檢查由與蛋白質χίΑΡ相關籲 之Smac模擬配位體佔據之空間允許鑑別分別距Smac模擬 配位體之部分約5.2 A及4.5 A的離胺酸299及297。圖2描繪 安裝於骨架上之非限制性離胺酸靶向彈頭以使得其指向策 略上位於基於上文所鑑別離胺酸附近之Smac模擬配位體之 藥效團的化合物部分之目標離胺酸。反應性彈頭（需要時 連同繫鏈）係以電腦模擬方式（in siliC0)定位，以使得蛋白 質結合位點之結構模型（上文步驟中提供）中配位體之經 修飾藥效團的對接（如上文步驟（c)中所述）允許測定反應性 · 彈頭相對於步驟（b)之所鑑別離胺酸的空間排列。 2009年9月4曰申請之名稱為「Design Algorithm」之美 國申請案第12/554,433號的揭示内容在此以全文引用的方 式併入本申請案中。如其中所述，所併入之申請案描述修 飾蛋白質目標中之一或多個半胱胺酸殘基之設計方法及演 算法’ s亥等設計方法及演算法同樣適用於修飾蛋白質目標 中之一或多個離胺酸殘基。任何結構及計算模型化，以及 153333.doc
S •40· 201134825 用以產生其中所描述之該模型化的軟體同樣適用於離胺酸 之共價抑制劑的本發明設計，因此在此係以全文引用的方 式併入本申請案中。 在某些實施例中，該方法進一步包含步驟（e):如下形成 步驟（d)中鑑別之配位體-彈頭化合物的配位體_蛋白質共價 加合物：在步驟（b)中鑑別之離胺酸殘基之側鏈一級胺基與 在步驟（d)中鑑別之配位體-彈頭化合物中之彈頭親電子劑 之間形成共價鍵’同時維持非共價結合於配位體之目標蛋 白質所需之藥效團的結合元素。 在一些實施例中，該方法進一步包含步驟⑴：藉由分析 所得構形之整體能量（global energy)或藉由分析繫鏈構形 之能量評估步驟（e)中形成之所得配位體-蛋白質共價加合 物的構形。在其他實施例中，方法包含替代步驟⑴：確定 田在處於配位體結合位點中或附近之離胺酸殘基之側鍵一 級胺基與彈頭親電子劑之間形成共價鍵時配位體結合位點 疋否阻塞（occluded)。 在其他實施例中，該方法包括步驟迭代變化形成 繫鍵，且其中所得構形之整體能量小於前一迭代。 在某些實施例中’步驟⑷中形成之共價鍵係使用計算法 形成，其中彈頭及離胺酸殘基之側鏈為可撓的且配位體_ 彈頭化合物及配位體結合位點之結構的其餘部分為固定 的0 在一些實施例中，在方法之步驟（b)中，鑑別處於目標 蛋白質之配位體結合位點中或附近之各離胺酸殘基，其中 153333.doc -41- 201134825 當可逆性配位體在配位體結合位點或附近對接時該離胺酸 殘基距可逆性配位體小於約丨5 A。 在其他實施例中，方法之步驟⑷進一步包含提供配位 體-彈頭化合物之複數_型，其巾彈頭鍵結於配位艘-彈 頭化合物之各模型中配位體或配位體之__部分的不同可取 代位置，視情況在彈頭與可取代位置之間具有繫鏈。 在所揭示之方法的某些實施例中，目標蛋白質為經鑑別 蛋白質家族之經鑑別成員’且該蛋白質家族之經鑑別成員 沒有保留該離胺酸殘基。 在方法之其他實施例中，目標蛋白質為經鑑別蛋白質家 族之經鑑別成員且在經鑑別蛋白質家族之一個以上經鑑別 成員中保留該離胺酸殘基。 在一些實施例中，在蛋白質家族之經鑑別成員中保留該 離胺酸殘基。 在本文所揭示之方法的一些實施例中，目標蛋白質具有 催化活性。 在其他實施例中，目標蛋白質家族係選自由以下組成之 群：BCL-2、鈣蛋白酶、卡斯蛋白酶、組織蛋白酶、 HCV、HDAC、HSP70、HSP90、IAP、激酶、MDM2、 MMP、NHR、ΡΙ3Κβ/γ、磷酸酶、運曱狀腺素蛋白、PARP 及HI V蛋白酶。 在一些實施例中，蛋白質之目標家族係選自由IAP、 PI3K、PDPK1及HCV組成之群。 在其他實施例中，目標蛋白質係選自由XIAP、 153333.doc -42· 201134825 ΡΙ3Κβ/γ、PDPK1 及 HCV 組成之群。 在所揭示之方法的某些實施例中，配位體結合位點為受 質或輔因子之配位體結合位點。 在方法之其他實施例中’用於共價修飾之離胺酸殘基不 為催化殘基。 在另一態樣中，本揭示案提供一種設計共價結合目標蛋 白質之離胺酸殘基之配位體的方法。該方法包含（a)提供在 φ 目標蛋白質中之配位體結合位點中或附近對接之可逆性配 位體的結構模型’其中該可逆性配位體產生至少一個與配 位體結合位點之非共價接觸’（b)鑑別處於目標蛋白質之配 位體結合位點中或附近的離胺酸殘基，其中當可逆性配位 體在配位體結合位點中或附近對接時該離胺酸殘基鄰接可 逆性配位體；（c)產生在配位體結合位點中或附近對接之複 數種配位體·彈頭化合物之一或多種結構模型，其中各配 位體-彈頭化合物包含彈頭共價連接至步驟中可逆性配 • 位體之可取代位置’該彈頭包含反應性化學部分及視情況 存在之連接子，（d)在步驟中之結構模型中鑑別至少一 種配位體-彈頭化合物，其結構模型使步驟中離胺酸殘 基之側鍵一級胺基處於彈頭親電子劑之鍵結距離以内；及 ()在步驟⑷中別之結構模型十進_步鑑別處於配位體 結合位點中或附近之含氫鍵供體的胺基酸殘基，其中氫鍵 供體基團係在彈頭之氫鍵結距離以内。 在些實施例中’氫鍵供體胺基酸可參與配位體·彈頭 之彈頭與蛋白質之目標離胺酸之間的化學反應。舉例而 153333.doc -43- 201134825 言，當氫鍵貢獻胺基酸（hydrogen bond donating amin。 acid)為離胺酸或精胺酸時，離胺酸與離胺酸或離胺酸與精 胺酸之間的相互作用為排斥相互作用，其降低目標離胺酸 之pKa ’因此增強其親核性。在其他實例中，側鏈或甚至 主鏈醯胺之氫鍵貢獻在許多情況下可增強彈頭之親電子 性。當此氩鍵供體亦帶正電時，庫侖引力（Coul〇mbie attraction)可例如藉由穩定稀醇鹽之形成來加速反應。在 一特定實施例中，當配位體-彈頭之彈頭包含丙烯醯胺 時’彈頭需要處於配位體結合位點中或附近之氫鍵供體胺 基酸殘基，其中氫鍵供體基團係在包含丙烯醯胺之彈頭的 氫鍵結距離以内。 在某些實施例中’該方法進一步包含步驟⑴如下形成步 驟（e)中鑑別之配位體·彈頭化合物之配位體·蛋白質共價加 合物：在步驟（b)中鑑別之離胺酸殘基之側鍵一級胺基與彈 頭親電子劑之間形成共價鍵；以及在氫鍵供體部分與彈頭 親電子劑之間形成氫鍵；或在氫鍵供體部分與步驟（d)中鑑 別之離胺酸殘基之側鏈一級胺基之間形成氫鍵，同時實質 上維持配位體之藥效團與配位體結合位點之間的非共價相 互作用。 在設計配位體之方法的某些實施例中，方法進一步包含 步驟（g)藉由分析所得構形之整體能量來評估配位體-蛋白 質共價加合物之所得構形。 在本方法之一些實施例中，由步驟（a)至（g)迭代變化形 成連接子，且其中所得構形之整體能量小於前一迭代。 153333.doc 201134825 在方法之其他實施例中，含氫鍵供體之胺基酸殘基為能 夠充當氫鍵供體之任何胺基酸殘基。在方法之其他實施例 中’含氫鍵供體之胺基酸殘基係選自由精胺酸、離胺酸、 蘇胺酸、絲胺酸、組胺酸及酪胺酸組成之群。 在方法之某些實施例中，目標蛋白質係選自由χΙΑρ、 PDPK1、ΡΙ3Κβ/γ及HCV組成之群。在其他實施例中，當 彈頭包含丙烯醯胺部分時，彈頭需要處於配位體結合位點 中或附近之含氫鍵供體之胺基酸殘基，其中氫鍵供體基團 處於包含丙烯醯胺之彈頭的氫鍵結距離以内以便彈頭共價
I 結合於目標離胺酸。在一些實施例中，含氫鍵供體之胺基 酸殘基為離胺酸。在至少一種蛋白質内鑑別至少一個可修 飾之離胺酸殘基的方法。 在又一態樣中，揭示一種在至少一種蛋白質内鑑別至少 一個可共價修飾之離胺酸殘基之方法.該方法包含（a)鑑別 至少一種具有配位體結合位點之蛋白質，（b)提供所鑑別蛋 白質之三維結構模型’（C)使可逆性配位體在結構模型中所 鑑別蛋白質之配位體結合位點中或附近對接，其中該可逆 性配位體產生至少一個與配位體結合位點之非共價接觸， 藉此產生可逆性配位體結合於或接近於所鑑別蛋白質之配 位體結合位點的結構模型；及（d)在可逆性配位體結合於或 接近於所鑑別蛋白質之配位體結合位點的結構模型中鑑別 一或多個處於所鑑別蛋白質之配位體結合位點中或附近的 離胺酸殘基，其中該離胺酸殘基距可逆性配位體小於約i 5 A 〇 153333.doc •45- 201134825 在某些實施例中，方法進一步包含鑑別複數種具有結構 上同源之配位體結合位點之蛋白質。在本文中，該方法進 一步包含（a)提供至少一種所鑑別蛋白質之三維結構模型， (b)使可逆性配位體在至少一種所鑑別蛋白質之配位體結合 位點之結構模型中或附近對接，其中該可逆性配位體產生 至少一個與配位體結合位點之非共價相互作用，藉此產生 可逆性配位體結合於或接近於所鑑別蛋白質之配位體結合 位點的結構模型；及（c)在可逆性配位體結合於或接近於所 鑑別蛋白質之配位體結合位點的結構模型中鑑別一或多個鲁 處於所鑑別蛋白質之配位體結合位點中或附近的離胺酸殘 基，其中該離胺酸殘基距可逆性配位體小於約丨5 A。 在方法之一些實施例中，方法包含比較該複數種所鑑別 蛋白質中一者以上之同源性配位體結合位點之三維等效胺 基酸位置’及測定處於所鑑別蛋白質之配位體結合位點中 或附近的離胺酸殘基之分佈（prevalence)。 在方法之其他實施例中，在所鑑別蛋白質之配位體結合 位點中或附近離胺酸殘基的分佈僅係在一種所鑑別蛋白質籲 中。 在某些實施例中，在所鑑別蛋白質之配位體結合位點中 或附近離胺酸殘基的分佈係在一種以上所鑑別蛋白質中。 在一些此等實施例中，在所鑑別蛋白質之配位體結合位 點中或附近離胺酸殘基之分佈小於在配位體結合位點位置 之家族的所鑑別蛋白質之10%。在其他實施例中，在所鑑 別蛋白質之配位體結合位點中或附近離胺酸殘基的分佈小 153333.doc
S .46- 201134825 於或大於所鐘別蛋白質之50%。在一些實施例中，大於 50°/。，在所鑑別蛋白質之配位體結合位點中或附近離胺酸 殘基的分佈係在大於75%所鑑別蛋白質中，而在其他實施 例中，在所鑑別蛋白質之配位體結合位點中或附近離胺酸 殘基的分佈係在所有所鑑別蛋白質中。 在方法之某些實施例中，蛋白質係選自由以下組成之 群.BCL-2、i弓蛋白酶、卡斯蛋白酶、組織蛋白酶、 HCV、HDAC、HSP70、HSP90、IAP、激酶、MDM2、 MMP、NHR、ΡΙ3Κβ/γ、磷酸酶、運甲狀腺素蛋白、PARP 及HIV蛋白酶。 在其他實施例中，蛋白質係選自由ΧΙΑΡ、ΡΙ3Κβ/γ、 PDPK1及HCV組成之群。 V.設計結合於蛋白質之配位艘結合位點内目標離胺酸之 彈頭的方法 在本揭示案又一態樣中，揭示一種選擇結合於蛋白質之 配位體結合位點中目標離胺酸之彈頭的方法。該方法包含 (a)鑑別至少一種具有配位體結合位點之蛋白質，（b)提供 所鑑別蛋白質之三維結構模型，（c)鑑別至少一個處於步驟 (a)之配位體結合位點中或附近的離胺酸之位置；（d)提供 至少一個接近於至少一個所鑑別離胺酸之彈頭；在至少 一個所鑑別離胺酸之一級胺的鍵結距離以内對準彈頭之親 電子性原子；（f)在彈頭之親電子性原子與至少一個離胺酸 之一級胺之間形成共價鍵；（g)在步驟（f)之共價連接彈頭 的15 A以内使可逆性配位體在所鑑別蛋白質之配位體結合 153333.doc •47· 201134825 位點令對接，其中該可逆性配位體保持與配位體結合位點 之非共價相互作用；及（h)對準配位體與步驟（f)之共價結 合彈頭的最接近原子，且提供在配位體與步驟⑴之共價結 合彈頭之間設計繫鏈必需的空間條件》在步驟（h)中，當繫 鍵與配位體之間的區域與彈頭與配位體之間的區域中之蛋 白質表面互補時有利。 VI·共償修飾離胺酸之方法 在另一態樣中，方法包含使式I化合物與含有處於蛋白 質之配位體結合位點中或附近之離胺酸殘基的蛋白質接觸 且在離胺酸殘基之側键一級胺基與化合物之彈頭之間形成 共價鍵。該方法涵蓋式I化合物：
y 其中 骨架為 a) 移除能夠結合於或接近於配位體結合位點之配位體 之氫所產生的基團；或 b) 截短藥效困後所產生之配位體之藥效團的一部分， 以使得骨架能夠結合於或接近於配位體結合位點； 彈頭為視情況含有一或多個選自〇、N及S之雜原子的有 機部分’且具有約14道爾頓（dalton)至約200道爾頓之分子 量’該彈頭能夠與離胺酸殘基之側鏈一級胺基反應且經由 繫鏈連接至骨架； 153333.doc •48· 201134825 繫鏈不存在、為一鍵或二 .. 角丨5飽和、不飽和、亩 鏈、分支鏈、環狀 '雙環、=璟 直 镂俨他 烷基、烯基、炔基；橋聯 雙&、雜環、雜芳基或芳基部分 .刀，兵中視情況烴鏈之一岑 夕固亞曱基單it獨立地經_NRi_、_〇_、_c⑼·、各、_s〇 -H(=s)·或㈣Rl).置換；視情況—0個氣獨立 地經雜原子置換，且視情況c 二 15烷基之一或多個次甲基 虽存在時獨立地經十置換；
X為0、1或2 ; y為1、2或3 ;且 Ri為氫或Κ8垸基。 在一些實施例中，式ϊ化合物為式j，化合物，
Γ
應瞭解’在本揭示案中不包涵或主張經由共價修飾離胺 酸之固有能力發揮其生物作用的天然存在之化合物，亦不 包涵或主張其合成修飾之類似物，其中固有離胺酸共價修 飾機制實質上尚未改變。此外，在本發明中亦不包涵主要 基於單一胺基酸、核苷/核苷酸衍生藥物、酐、包含炔酮 之化合物的化合物。此外’在本發明中不包涵作為基於機 制之不可逆抑制劑（mechanism-based irreversible inhibitor) 的化合物’亦即自殺抑制劑，諸如喜保寧（Vigabatrin)或幾 基葡糖-6·磷酸（carbagiucose_6-ph〇sphate)(偽-DL-葡萄糖、 C-6-P) ° (參看 Structure and Mechanism in Protein 153333.doc -49- 201134825
Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding, Alan Fersht, W. H. Freeman, 1998,第 1 版； Enzymatic Reaction Mechanisms, Perry A. Frey及 Adrian D. Hegeman, Perry A. Frey (作者），Oxford University Press，2007，第1版關於術語基於機制之不可逆抑制劑的定 義。）抗體（作為蛋白質家族）不包涵於本發明中且因此排除 在外。（參看例如 Carlos F. Barbas, III等人，Science 278, 2085-2092 (1997) ; Popkov等人，Proc Natl Acad Sci USA， 106，4378-4383，（2009) ; Doppalapudi 等人，Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 17，501-506，（2007) ; Li等人， J. Med. Chem·，47，5630-5640, (2004) ； Guo 等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103，11009-11014,（2006) ; Rader等 人，Proc Natl Acad Sci USA, 100, 5396-5400,（2003))。 舉例而言，已知天然產物渥曼青黴素（wortmannin)共價 修飾蛋白質磷脂醯肌醇3-激酶（PI3K)中之離胺酸。因此， 渥曼青黴素為已知共價修飾離胺酸且經由其共價結合於離 胺酸之固有能力發揮其生物作用的天然存在之化合物。經 由實質上與渥曼青黴素相同之機制共價修飾離胺酸的渥曼 青黴素之已知類似物亦自本發明中排除。此等渥曼青黴素 類似物之實例包括（但不限於）：
153333.doc -50· 201134825
咸信共價修飾離胺酸且不包涵於本發明中之天然、存在之 化合物的另一貝例為立費戈（Liphagai):
立費戈 不包涵於發明中之其他化合物為Choi等人，Nature Chemical Bi〇l〇gy5 advance online publication, December 20,（2009)中揭示之以下化合物： 153333.doc -51 - 201134825
不包涵於本發明中之其他化合物為Lawate等人，J. Med. Chem. 33, 2319,（1990)中揭示之以下化合物：
不包涵於本發明中之其他化合物為Nango等人，J. Org. Chem· 69, 593-600,（2004)中揭示之以下化合物：
主要基於胺基酸之化合物，諸如結合於FLAG之酪胺酸 -52- 153333.doc
S 201134825 .衍生 DpaTyr-Ni(II)錯合物（Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters，19，6696，（2009))及喜保寧（亦稱為 4-胺 基己-5-烯酸酯或乙烯基GABA(Daniela De Biase，D.,等人， J. Biol. Chem.，266, 20056, 1991))亦不包涵於本發明中。 核苷/核苷酸衍生藥物，諸如Statsuk, A. V.等人，JACS， 130，17568,（2008)及 Guillerm，G.等人，J. Med. Chem·，49, 1223, (2006)所揭示者及其類似物亦不包涵於本發明中。 不包涵於本發明中之天然產物及其類似物的另一實例為 咸信共價修飾離胺酸之曼諾立德（manolide)及其類似物， 諸如曼諾羅格（manoalogue)(Reynolds, L.J.等人，】.八111· Chem. Soc., 1988, 1 10, 5172-5 177)：
曼諾羅格 不包涵於本發明中之化合物及其類似物的另一實例為共 價修飾完整蛋白質中離胺酸之來那替尼（neratinib)(亦稱為 HKI-272)(Wang, J.等人，Drug Metabolism and Disposition， 2010, 38, 1083-1093):
來那替尼 153333.doc -53- 201134825 不包涵於本發明中之天然產物及其類似物的另一實例為 咸1共價修飾離胺酸之氮雜芬酮（azaphii〇ne)及其類似物。 下文描述氮雜芬酮核心之非限制性說明性實例：
在某些實施例中，式I之彈頭為移除式I_a、、he
I-t 153333.doc •54- 201134825 其中 各X】及Χδ獨立地為-〇〜s-或-叫； 各X2獨立地為上、Ίνμ7; 各X9獨立地為-丨丨-或ft% .
各 R2、R3、r4、R 炫 其.甘Λ 6、尺7及R8獨立地為氫咬C Γ 基，其中匸丨{6烷基之—赤夕加兀 NR _ 或夕個亞甲基可經以下置捺. -NRi-、_〇·、_c(〇)_、 卜置換. 俨其夕斗 's- ' -so- ^ -so2.4.C(=s .
烷基之一或多個次甲基 ‘ ，c丨-c6 D ^ 存在時可獨立地經ϋ|-置拖. 為氫或CVC8烷基丨 ξ ?置換，
其中視情況適當時R2、R 何兩者當結合在一起時形 二二6、RARs中之任 ^ ^ '成3至8貝碳環或雜環或芳基或雜 方基，且視情況乂2與〜、1及114中之任-者告社人/* 時形成3至8員碳環或雜環或芳基_芳基；在一起 錢B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或三環 之方基或雜芳基；且 η為2-4之整數；獨立地為^之整數；〜為卜2之 整數；之整數；且〜、、及^中之每一者為 CM之整數；且η13為〇_2之整數1中當任一前述η整數大 於1時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙鍵。 在-些實施例中，式W及h之化合物之&R3中之至 少一者為氫。 i-e、I-j、I-k或 1-1 之化 、II-e、li_f、n-g、Il- 、II-n、li_〇、ii-p、h_ 在其他實施例中，式I-a、Kd、 合物為式 II_a、II-b、II-c、ιυ h、II-i、Π-j、11-k、II-i、u_m 153333.doc -55- 201134825 q、II_r、II-s、II-t、II-u、II-v、II-w、II-x、II-y、II-z、II-aa、II-bb、II-cc、II-dd、II-ee、II-ff、II-gg、II-hh、II-ii、II-jj、II-kk、II-ll、II-mm、ΙΙ-ηη、II-oo 或 II-pp之化合物：
各m獨立地為0-4之整數； 各m5獨立地為0-3之整數； 各m4獨立地為0-5之整數； I53333.doc 56- 201134825 各獨立地為〇_2之整數； &R2、R3、r4、r5、r6、r7、R8、R9、Ri〇、r"、r、 I3、汉“及心5獨立地為氫或Ci_c0烷基且&為氫、c ·/ 基、鹵素、cf3或硝基，直中e p A 1 6>元 x月…、中Ci-c6烷基之-或多個亞 可經以下詈拖.χτρ A T悉 置換.韻!-、-ο-、-C(o)-、-s-、-S0… 或-C(=s)-，（：丨_(：6烷基之一 2" 地經-1¾•晉施· 人甲基田存在時可獨立
Ri為氫或Ci-c8烷基；且，
視情況，適當時R K3 、R5、R6、R7、R8、R、
Rio、Rh、R12、R13、R 9 14及Rl5中之任何兩者當社人. 時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基 在—起 在又一實施例中， 式1 d或I-h之化合物為式ni_a、ΙΠ_ b、III-c、ln_d、Ιη 物： I e、III f、m-g、ιπ-h 或 m-i之化合
lu*b ΙΠ-C III-d
ΙΠ-e
其中 ri3為0-2之整數； R·7及Rs獨立地為氫或C〗-C6炫
各 r2、r3、R4、r5 ' R 基； 153333.doc ·57· 201134825 各B,、B2、b4及B5獨立地為CR7*n ; 各B3為NR7、〇或s ; 各 RZ1、RZ2、Rz3、Rz4及 Rz5為氫、Ci_c6烷基鹵素、 cf3或石肖基’其中Ci-C6烧基之一或多個亞甲基可視情況經 以下置換：视丨-、-〇-、·(：(〇)·、_s…s〇、-s〇2或 CVCW基之-或多個次甲基當存在時可獨立地 經-卜A十置換；
Ri為氫或c^c8烷基；且， 視情況，適當時r2、r3、r4、R5、R6、心及心中之任何 兩者當結合.在一起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳 基。 在某些實施例中，式i-h化合物為式IV-a、Iv_b、IV_c IV-d、iv-e、IV-f、IV_g、^^或代“之化合物：
ΗΝ-^ι
r4 r2 R2 r2
R4 r2 IV.f IV-c r2 IV-d
r4 其中
Ri、R·2及R3係如上文針對式I-h所定義；且 化合物之氮雜環上之任何可取代氫均可經烷基、烷氧 基、醯胺基、醯基、醯氧基、側氧基醯基或鹵素取代。 153333.doc -58 · 201134825
V-a
V-f 在其他貫施例中’移除式I-a、Ld、1氺或之化合物 之氫所產生的基團為式v_a、v-b、V-e、V-d、V-e、V-f、 V_g、V~h、V-i 或 V-j之基團：
mi及rti2各自獨立地為〇至2之整數； 其中 各 1、R3、R4、R5、R6、R7、r8、r9、、及尺"獨立地 為氫或Cl-C6烧基，其中Ci-C6烧基之一或多個亞曱基可視 情況經以下置換：_NRl_、_〇_、_c(〇)·、_s·、_s〇、s〇
或-’ C]-C6烧基之一或多個次甲基當存在時可獨立 地經-Ηι-丨-置換；
Ri為氫或烷基；且 視情況適當時 r2、r3、r4、r5、R6、R7、、 9、R1〇 及Rn中之任何兩者當結合在一起時形成3至8員碳環 環或芳基或雜芳基。 在一些說明性實施例中，下文描述式Ka、τ
x u ' 1-C d、I-e、I-f、I-g、ph、i-i、I-j、i_k、j q η 0、I-p、I-q、I-r、之化合物： 153333.doc -59- 201134825
153333.doc -60- s 201134825
000 在前述化合物⑽中，任何可取代氫可經如由R2-R8定 義之取代基取代。
在某些實施例中，移除式I-a、I-d、I-k或I-m之化合物 之氫所產生的基團為式VI-a、VI-b、VI-c、VI-d、VI-e、 VI-f、VI-g、VI-h、VI-i、VI-j、VI-k、VI-l、VI-m、VI-n、VI-o、VI-p、Vl-q、Vl-r、VI-s或 Vl-t之基團：
153333.doc -61 - 201134825
VI'P VI-q VI-r vi-s Vl-t 其中，Rzz為氫、甲基、乙基、丙基、異丙基、環丙 基、-CH2OCH3 或-CH2CH2OCH3。 在一些實施例中，繫鏈不存在、為一鍵或二價(^-(:15飽 和、不飽和、直鏈、分支鏈、環狀、雙環、三環院基、稀 基、炔基；橋聯雙環、雜環、雜芳基或芳基部分；其中視 情況烴鏈之一或多個亞曱基單元獨立地經以下置換： -NR】-、-0-、-C(O)-、-S-、-SO-、-S〇2_、-C(=S)-或 CpNR,)- ; Ri為氩或CVCs烷基；且視情況一或多個氫獨 立地經雜原子置換；且視情況匕-匚。烷基之一或多個次甲
I ΛΛΑΤ 基當存在時可獨立地經置換。 在某些實施例中，骨架係選自由式VII、VIII、IX-a、 IX-b、XI、XII、XVI、XVII、XVIII、XIX、XX、XXI、 XXII、XXIII、XXXIV、XXV、XXVI、XXVII、 XXVIII、XXIX、XXXVi及XXXVII組成之群。 VII.本發明之化合物 本揭示案提供能夠共價結合於蛋白質之離胺酸殘基藉此 抑制蛋白質功能之化合物。本文中描述式I化合物：
X I y 其中骨架、彈頭、繫鏈、X、y係如上文針對式I所定義， 153333.doc -62- 201134825 其限制條件為式i化合物不為： 渥曼青黴素：
經由與渥曼青黴素實質上相同之機制共價修飾離胺酸之已 知渥曼青黴素類似物：
153333.doc -63- 201134825
It雜芬酮核心類似物，諸如
153333.doc -64·
S 201134825
任何基於機制之不可逆抑制劑。 在某些實施例中，式I化合物為式j，化人物
I， • 其中骨帛、彈頭及繫鏈係如上文式I之實施例中所定義。 在某些實施例中’彈頭為移除式I-a、、I-c、Pd、J· e、I-f、I-g、I-h、I-i、I-j、fk、I_1、、Ι-η、I 〇、工 p、I-q、I-r、I-s及I-t之化合物之氫所產生之基團：
153333.doc -65- 201134825 其中 各X丨及X8獨立地為_〇_、-8_或_取6·; 各x2獨立地為-r6、; 各X9獨立地為-丨十或+_L_R6 ; 各R2 R3、R4、R5、R6、R4R8獨立地為氫或。丨·。烷 基’/、中。C6烷基之一或多個亞甲基可經以下置換. -NRl·、0-、_〇(〇)_、_s_、_s〇—秦或 c(哪 Μ 烧基之-或多減Μ當存料可獨立地經·南置換； R!為氫或CVCs烷基； ' 其中視情況適當時R2、Rm r6、r7及R8中之任 何兩者當結合在-起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜 芳基；且視情況XAR2、m4中之任—者#結合在一起 時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基； A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或三環 之芳基或雜芳基；且 η為2-4之整數；各〜仏獨立地為㈡之整數；n3^2之 整數；IU為1-3之整數；且η,、η10、化及〜2中之每一者為 〇·ι之整數；且叫為〇-2之整數，其中當任一前述η整數大 於1時’該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙鍵。 在一些實施例中，式I-b&I-c之化合物之心及心中之至 少一者為氫。 •e、、I-k 或 I-l 之 /(1 H-e、Ii_f、n_g、们 II-n、ΙΙ·〇、Π-ρ、I] 在其他實施例中，式I-a、I-d、 合物為式 II-a、II-b、Π-c、 h、II-i、II-j、II-k、Π-ΐ、Π-m 153333.doc -66 - 201134825 q、II-r、II-s、II-t、II-u、II-v、II-w、II-x、II-y、II-z、II-aa、II-bb、II-cc、II-dd、II-ee、II-ff、II-gg、II-hh、II_ii、II-jj、II-kk、11-11、II-mm、ΙΙ-ηη、II-oo 或 II-pp之化合物。
各m獨立地為0-4之整數； 各m5獨立地為0-3之整數； 各m4獨立地為0-5之整數； 153333.doc -67- 201134825 各n2獨立地為〇·2之整數； 各 R2、R3'r4、r5、r6、R7、R8、R9、Ri〇、Ri、r〗2、 R13、R丨4及R〗5獨立地為氫或c丨_c6烷基；Rz為氫、c丨<6烷 基、齒素、cf3或硝基；其中。丨_。6烷基之一或多個亞甲基 可經以下置換：-NR丨-、-ο-、_C(W_、-s 、 或-C(=j)- ; Cl-C6烷基之一或多個次曱基當存在時可獨立 地經-HH·置換；視情況適當時R2、r3、R4、R5、R6、I、 R8、R9、Ri。、R丨丨、R丨2、R丨3、之任何兩者當結 合在一起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基；且 R】為氣或C】-Cg烧基。 在又一實施例中，式I-d或I-h之化合物為式ln_a、ΙΠ_ b、III-c、in_d、In_e、m_f、m_g、In h 或 πι i之化合 物：
III-a ΠΙ-b
其中 n3為0-2之整數； 各R2、R3、R4、R5、R6、仏及R8獨立地為氫或q_C6炫 基； 各h、B2、B4及B5獨立地為CR7或N且各b3為NR7、0或 153333.doc • 68 - 201134825 s ; + κζ1 、Λζ3、Rz4 及 I "u /«*·、 C F 3或;6肖基；
CrC6烧基之一或多個亞甲基 *· j視馉況經以下置換： -NR,-、-〇-、_c(0)·、_S·、_s〇_ 、 s〇2-或-C(=S)- ; C”c 烧基之-或多個次甲基當存在時可獨立地經由置換；，6 Ri為氫或Ci-C8烧基；且 、
視情況適當時 R2、R3、R4、R5、R6、R7WUh 者當結合在—起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳 基0 在某些實施财，式1_h化合物為式！V-a、IV-b、IV.c …—…，，或⑺之化合物：
R4 之氮雜環上之氫可經炫基、烧 IV_a、IV-b及IV-c之化合铷+ 氧基、酿胺基、酿基、酿备甘 I基、側氧基醯基及齒素取代。 在其他實施例中，移降★ τ '、式I-a、i-d、I-k或I-m之化合物 之氫所產生的基團為式V_a、v^ a v-b、v-c、v-d、V-e、v-f、 153333.doc • 69 - 201134825 v-g、v-h、V-i 或 v-j之基團：
v-g V-h v-i 其中 叫及叫各自獨立地為〇至2之整數； 各尺2、R3、R4、R>5、Κ·6、R7、尺8、Κ·9、Rl〇 及 Ru 獨立地 為氫或C]-C6烷基，其中CrC6烷基之一或多個亞甲基可視 情況經以下置換：-NR丨-、-〇-、-c(0)-、-S-、-so-、_S〇2_ 或-C(=S)- ; C「C6烷基之一或多個次曱基當存在時可獨 ΛΛΛ^ 地經置換；
Ri為氫或(：丨-(：8院基；且
視情況適當時 R2、R3、r4、r5、r6、r7、r8、R ^10 及R"中之任何兩者當結合在一起時形成3至8員碳環或雜 環或芳基或雜芳基。 在某些實施例中’移除式、I-d、I-k或I-m之化合物 之氫所產生的基團為式VI-a、vi-b、VI-c、VI-d、VI-e、
Vl-f、vi-g、vi_h、VI“、VI j、VI k、VI“、VI m Vj n ' VI·0、VI-P 或 vi-q之基團： 153333.doc 201134825
其中
Rzz為氫、甲基、乙基、丙基、異丙基、環丙基、 -CHzOCH3 或-(：Η2(：Η20(：Η3。 在式I化合物之一些實施例中，繫鏈不存在、為一鍵或 二價CkC!5飽和、不飽和、直鏈、分支鏈、環狀、雙環、 三環烷基、烯基、炔基；橋聯雙環、雜環、雜芳基或芳基
部分；其中視情況烴鏈之一或多個亞甲基單元獨立地經以 下置換：-NRp、_〇_、、_s_、_S() ' _SQ2 、 -c(-s)-或CpNRd-;視情況，一或多個氫獨立地經雜原子 置換’且^見情況Ci_Ci5烧基之—或多個次甲基當存在時獨 立地經-Hi十置換；且
Rl為氫或C〗-C8烷基。 在=實施财，繫鏈不存在、為—鍵或二價kb飽 ΓΓΓ、直鍵、分支鍵、魏、雙環、三環烧基、稀 基、快基；其中視情況烴鏈之-或多個亞甲基單元獨立地 153333.doc •71· 201134825 經以下置換：-NR!-、-0、-C(O)-、-S-、-SO-、-S02-、 -C(=s)-或CpNR!)-;視情況，一或多個氫獨立地經雜原子 置換，且視情況Ci-Cis烷基之一或多個次甲基當存在時獨 ΛΛΛΓ 立地經置換；且 Ri為氫或CVCs烷基。 在某些實施例中，骨架係選自由式VII、VIII、ΙΧ-a、 IX-b、XI、χπ、χνΐ、XVII、XVIII、XIX、XX、XXI、 XXII、XXIII、χχχιν、XXV、XXVI、XXVII、 XXVIII、XXIX、xxxvi及XXXVII組成之群。 · Α·ΙΑΡ蛋白骨架 1·基於式VII化合物之式I化合物 在一些實施例中，描述式I化合物，其中骨架為移除式 VII化合物之一或多個氩所產生之基團：
其中 V及 W各自獨立地為 _(CRi4Ri5)qX3(CR〗6Ri7)r·; q及Γ各自獨立地為〇、1、2、3或4 ; X3 為-cr18r19•或 _Nr2〇_ ; x Ry R丨2、R丨3、R丨4、R丨5、R丨6、R丨7、R丨8、R丨9及尺2。 各自獨立地為氫或Ci Ce烷基；其中C1_C6烷基之一或多個 153333.doc
S -72- 201134825 亞甲基可經以下置換：-NRi-、-Ο-、-C(O)-、-S-、-SO-、 _S〇2_、_c(==s)-、視情況經取代之芳基或雜芳基；C丨-(：6烷 基之或夕個次甲基當存在時可獨立地經-hH·置換；
Rl為氫或ci-c8烷基；且 繫鍵及彈碩係如上文式I之實施例中所定義。 在一些實施例_ ’式VII化合物為式vn_a化合物：
其中 乂及 W各自獨立地為-(CR14Ri5)qX3(CR16R17)r-; q及r各自獨立地為〇、1、2、3或4;
X3 為 _CRl8Rl9_ 或-NR2〇-; P為0、1、2、3或4 ;
Rl 2、R 12 13、Rl4、R15、Ri6、R17、r18、r19及r2❶各自獨立 也為氫或cvc6燒基；其中Ci_C6院基之—或多個亞曱基可 經以下晉；^ . ΧΤΤϊ 換· -NRr、_〇、_c(〇)_、各、_s〇_、_s〇2、 •C(-S)- '視情況經取代之芳基或雜芳基；Q_C6烷基之— 或多個次曱基當存在時可獨立地經-丨-7Γ-丨-置換；
Ri為氫或c〗-c8烷基；且； 23為氫、Cl_C6烧基、齒素、胺基或硝基；其中(^-(：6院 153333.doc -73· 201134825 土之或夕個亞罗基可視情況經以下置換：·ΝΙΙι_、·〇_、 (〇) s·、-so_、—s〇2-或-c(=s)-; cvq貌基之—或多 個次r基當存在時可獨立地經病·置換，·且 一 視清况R2，與R23結合在—起可形成4至8員碳環或雜環。 在其他實施例中’式r化合物為式νΐΐ-b化合物。
z^wh
vn-b 其中R12、Rn ' R21、R22、r23、v、w、p係如上文針對 式VII-a所定義且Τ及Rwh係如上文式I之實施例中所定義。 在某些實施例中，式VII_b化合物為式¥114化合物。
HN I R
Vll-h 其中Τ、Rwh、p、R12、R13、R23及p係如上針對式 所述。 在其他實施例中，式Vll-h化合物為式VII_j、VII_k VII-丨、vil-m、νπ-η 或 VII-o 之化合物： 153333.doc -74- 201134825
其中，R_2、R~3、Κ·4、Κ·5、Κ·6、Κ·7係如上文針對式I之實 施例所述，且R12、R13、R23及p係如上針對式VII及Vll-h 所述。 式VII化合物之非限制性實例係如下文所述。
153333.doc -75- 201134825
VII-4 VII-6 VII-5
153333.doc -76- s 201134825
VII-16 VII-17 VII-18
VII-21 c VII-19 VII-20
VII-22 o
VII-23 VII-24
VII-25
VII-26 VII-27 153333.doc -77- 201134825
Ο Ο VII-32 VII-33
VII-34 VII-38
153333.doc •78- 201134825
VII-43 VII-44 153333.doc -79- 201134825
VII-47 VII-48
VII-49 2.基於式VIII化合物之式I化合物 在其他實施例中，描述式I化合物，其中骨架為移除式 VIII化合物之氫所產生之基團： 153333.doc -80-
S 201134825 R25 _
其中 χ4為-cr33_ 或-N_ ; P及S各自獨立地為〇、i、2、3或4 ;
Rl2、Rn、R21、r22、R24、R25、R26、R”、&、 R3〇 R31、R32及R33各自獨立地為氫或C1-C6烷基丨29、 R23為氫、cvc：6烷基、鹵素、胺基或硝基；其中匸 基之或多個亞曱基可視情況經以下置換：姆1 6境 -C(〇)-、-S·、.so·、_s〇2.或 _c(，； CiC6^基之」α、 個次甲基當存在時可獨立地經置換； 或多
Ri為氫或烷基；且 視情況R21與Ru結合在一起可形成4至8員碳環或雜環. 繫鏈及彈頭係如上文式I之實施例中所定義。 在某些實施例中，式I化合物為式VIII_a或VIII_b之化合 物0 153333.doc • 81 · 201134825
其中 X4、p、s、R12、Rl3、R2I、R22、R23、R24、R25、 R26、R27、R28、R29、尺30、R31、R32、R33係如上文針對式 VIII所定義，且T及Rwh係如上文式I之實施例中所定義。 式VIII化合物之非限制性實例係如下文所述。
Boc
HN
VIII-2
-82 - 153333.doc 201134825
HN
3.基於式IX-A及IX-B之化合物之式I化合物 在其他實施例中，描述式I化合物，其中骨架為移除式 IX-a或IX-b之化合物之氫所產生之基團：
其中 X5為-〇-、-CR42R43 -或-NR42-，
Rl2、Rl3、化27、R28、尺29、尺30、尺31、以32、R33、R34、 R35、R〇6、化3 7、尺38、尺3 9、尺40、以41、Κ·42及Κ·43各自獨立地 153333.doc -83- 201134825 為氫或Ci-C6烷基；其中Cl-C：6烷基之一或多個亞甲基可視 情況經以下置換.-NR丨-、_〇_、_c(〇)_、_§_、_§〇_、_s〇2_ 或-C(=S)-;
Ri為氫或CrC8：^基；CrC6烷基之一或多個次甲基當存 ΛΛΛΓ 在時可獨立地經-卜4-丨-置換； D、E、F、G及Η各自獨立地為視情況經取代之芳基或雜 芳基； 其中F與G稠合在一起形成視情況經取代之雙環之芳基 或雜芳基；且 籲 繫鏈及彈頭係如上文式I之實施例中所定義。 在又一實施例中’式I化合物為式IX_c4IX_d之化合 物：
1X^1 /、中Ri2、R13、R31、F、G及H係如上文針對式 斤疋義，且T及Rwh分別為繫鍵及彈頭且如上文 實施例中所定義。 4·式XVII化合物 在些實施例中，式I化合物由式XVII化合物描述： 153333.doc
S -84 - 201134825
T Rwh
XVII 其中T為繫鏈且Rwh為彈頭且如上文式I之實施例中所定義。 下文闡述式XVII化合物之非限制性實例。
5.式XVIII化合物 153333.doc -85- 201134825 在一些實施例中，式I化合物由式XVIII化合物描述：
XVIII 其中T為繫鏈且Rwh為彈頭且係如上文式I之實施例中所 定義。
下文闡述式XVIII化合物之非限制性實例。
-86 - 153333.doc
S 201134825 6·式XIX化合物 在一些實施例中，式I化合物由式XIX化合物描述：
XIX
其中T為繫鏈且Rwh為彈頭且係如上文式1之實施例中所 定義。
下文闡述式XIX化合物之非限制性實例。
153333.doc -87· 201134825 7.式XX-a及XX-b之化合物 在一些實施例中，式I化合物由式XX-a及式XX-b之化合 物描述： 其中
Riooo為C(H)或N ’其中-T-Rwh可連接至式xx_a及式xx_b 之雜方基部分之任何碳或NH ;且 τ及RWh分別為繫鍵及彈頭且如上文式I之實施例中所定 義。 下文闡述式XX-a及式χχ-b之化合物之非限制性實例。
Ο
ΧΧ·2 ΧΧ·1
ΧΧ·3
153333.doc
C • 88 · 201134825
8.式XXI-A、XXI-B及ΧΧΙ-C之化合物 在一些實施例中，'式I化合物由式XXI-a、式XXI-b及式 XXI-c之化合物描述：
其中T及Rwh分別為繫鏈及彈頭且如上文式I之實施例中 所定義。 下文闡述式XXI-a、式XXI-b及式XXI-c之化合物之非限 制性實例。 153333.doc -89- 201134825
B.PDPK1蛋白骨架 1.式XI化合物 在一些實施例中，式I化合物由式XI化合物描述： 闩73
其中 B6&B7各自獨立地為CR7或N ; R69為氫、CVC6烷基、鹵素、胺基、硝基或 -NH(CO)NR78R79 ; •90· 153333.doc
S 201134825 R7〇為氫、c丨-c6烧基、鹵素、胺基、硝基； 7 R71、R72、R73、R74、R75、R76、r77、〜及尺”各自 獨立地為氫或c丨-c6烷基； 為虱或烧基，其中c]-C0烧基之一或多個亞甲基 y 經以下置換：_NRl_、_〇、_c(0)_、_s_、_s〇·、_s〇l 或-C(=y· ; Cl_C6烷基之-或多個次曱·&當存纟時可獨立 地經-卜1^十置換； 視情況R78與R?9結合在一起形成4至8員碳環或雜環； P為0至4之整數，U為1至4之整數；且 分別為繫鏈及彈頭且如上文式以實施例中所定 義； 在其他實施例中，式XI化合物為式XI_a、xi_^xi_c之 化合物。
Rwh及P係如上文針對式XI所定義。 153333.doc -91- 201134825 在又一實施例中，式XI-a、ΧΙ-b或XI-c之化合物為式 ΧΙ-d、ΧΙ-e、ΧΙ-f、ΧΙ-g、ΧΙ-h、ΧΙ-i或 ΧΙ-j之化合物。
其中R7〇及T係如上文針對式XI所定義；
Rl、R2、R3、R4、R5、R6、R8。Ά、R83、! R85、R86及R87各自獨立地為氫或c心烷基，其中C 基之1多個亞甲基可經以下置換 、-S-、_so…·s〇2•或 _c( _ r Γ η* * 1為虱或匸丨-匕烷基 〇丨-(：6烷基之一或多個次甲基 仔在時可獨立地經 I53333.doc -92· 201134825 換。 在某些實施例中，式xi_d、 ΧΙ-i或ΧΙ-j之化合物為式XI_k
Xl e、XI-f、XI-g、Xl_h、 、XI-丨、Xl-m、XI-n、XI- 〇、XI-p或ΧΙ-q之化合物。
其中R^-Rs、R7〇、Rss及Rs9係如上文針對式xi_a、XI-b 或XI-c所定義； X6為 CH2、NH、O或 S ;且 n5為0至3之整數。 在一些實施例中’式ΧΙ-e或ΧΙ-j之化合物為式χι_Γ、χι_ 153333.doc -93- 201134825 s、XI-t、XI-u、XI-v、XI-w或XI-x之化合物：
ΧΜι χμν XI-w
χμχ 其中R2、R3、R4、R5及R6係如上文針對式XI-d、XI-e、 Xl-f、Xl-g、Xl-h、ΧΙ-i及 XI-j所定義。 在其他實施例中，式XI-e、XI-h、XI-i或XI-j之化合物 為式XI-y、XI-z ' ΧΙ-aa或ΧΙ-bb之化合物。
I53333.doc • 94- 201134825
其中 R2-R9係如上文針對上式ΙΙ-a所定義；且 X6係如上文針對上式ΧΙ-t所定義。 在某些實施例中，式XI_h或ΧΙ-i之化合物為式XI-cc、 ΧΙ-dd、ΧΙ-ee或ΧΙ-ff之化合物。
其中RyR7、Rs、R9係如上文針對式II-a所定義。 下文闡述式XI化合物之非限制性實例。
153333.doc -95- 201134825
ΧΙ-17 ΧΙ.18
I53333.doc ·96·
S 201134825
XI-25 XI-26 153333.doc 97· 201134825 no ο Ο
ΧΙ-27 ΧΙ-28 Ο Ο 0 0
ΧΙ-29
ΧΙ-30
ΧΙ-31 ΧΙ-32
153333.doc -98-
S 201134825
XI-33 XI-34
0 0
NH, 0 0
NH2 HN
153333.doc •99- 201134825
HN
XI-39
XI-40 o o
XI-41
XI-42
OO 0 0
XI-43 XI-44
0 0 0 0
XI-45 XI-46 153333.doc -100- 55 201134825
NH2
0 Η Η ΧΙ-53 153333.doc • 101 - 201134825
2.式XII化合物 在一些實施例中，式I化合物由式XII化合物描述：
其中T及Rwh分別為繫鏈及彈頭且如上文式I之實施例中 所定義；且 R丨及R2各自獨立地為氫或C丨-C8烷基；其中（：丨-(：6烷基之 -102· 153333.doc
S 201134825 一或多個亞曱基可經以下置換·· -NR丨-、-Ο-、-C(O)-、-S-、-SO-、-so2-或-C(=S)- ; C!-C6烷基之一或多個次曱基當 Λ/VV* 存在時可獨立地經-!-ιΗ·置換。 1.式XXXVI化合物心福苷（VERNALIS) 在一些實施例中，式I化合物由式XXXVI化合物描述：
XXXVI 其中
Rv為Η、視情況經取代之CKC3分支鏈或直鏈烷基，或視 情況經取代之分支鏈或直鏈醯基；且 T及Rwh分別為繫鏈及彈頭且如上文式I之實施例中所定 義。 下文闡述式XXXVI化合物之非限制性實例：
XXXVI-1 XXXVI-2 153333.doc •103 201134825 C.HCV蛋白酶 1.基於式χνΐ·Α、XVI-B及XVI-C之化合物之式I化合物 在其他實施例中，描述式I化合物，其中骨架為移除式 XVI-a、XVI-b或XVI-c之化合物之氫所產生之基團：
其中 R90、R9丨、R92、r93、r94、R95、r96、R”、、 R_、R丨02、R丨。4、R丨05、Ri〇6、R丨。7、R丨。8、R丨。9、Rn〇、 R⑴、Ku、R丨丨3及R丨丨4各自獨立地為氫或C]_C6烷基；其中 G-C6烷基之一或多個亞甲基可視情況經以下置換：—NR〗 、-0-、-C(〇)·、-S-、-so-、-S02•或 _c(;=s)·; R103為氫、Ci-Ce院基或C2-C8稀基； cvc6燒基之個次甲基當存在時可獨立地經由 置換； 153333.doc -104- 201134825
Ri為氫或CVCs烷基； 各Riqi獨立地為氫、C〗_C6烷基、C2_C8烯基、_素 '胺 基、硝基、視情況經取代之芳基或雜芳基；
n6及n?各自獨立地為〇至4之整數；118為〇至2之整數；且 彈頭為移除式 I-b、I-C、I-e、I-i、Ιλ|、u、H ϊ_η 或 1-0之化合物之氫所產生之基團；
Ι·ί Χβ'Χι ι-ο
R5 Re Η 各Χι及Χ8獨立地為-〇-或-NR6-; 各X9獨立地為·ΗΗ·或-丨」一r6 ; 各 R2、R3、R4 ' R5 ' R6、獨立地為氮或 Ci_Cj 基；其中。丨-。6烷基之一或多個亞甲基可經以下置換： -NR】-、_〇·、_C(0)-、-s-、_s〇-、_s〇2 j _c卜s)_ ; ㈣烷基之一或多個次曱基當存在時可獨立地經忒 置換；
基 視情況適當時R2、R3、R4、R5、r6、R 當結合在一起時形成3至8員碳環或雜 7及Rs中之任何兩 環或方基或雜芳 153333.doc -105- 201134825 A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或三環 之方基或雜芳基； η為2-4之整數； 各〜及!!2獨立地為0-2之整數； 為1-2之整數； η*為1-3之整數； τ為繫鏈，且不存在、為一鍵或二價Ci_Ci5飽和、不飽 和、直鏈、分支鏈、環狀、雙環、三環烷基、烯基、炔 基；橋聯雙環、雜環、雜芳基或芳基部分；其中視情況烴 鏈之一或多個亞甲基單元獨立地經以下置換：_NRi_、_〇_、 -c(0)-、-s-、-SO-、-S〇2-、_C(=S)-或 CpNR,)·;視情 況’一或多個氫獨立地經雜原子置換，且視情況Ci_Ci5烧 λΛ\λ 基之一或多個次甲基當存在時獨立地經-丨十置換；且 Ri為氮或Ci-Cs烧基。 在一些實施例中，式I化合物為式XVI-d、xvi_e或XVI_f 之化合物：
Rwh XVI-d 153333.doc -106 201134825 n6lRl〇1tCX^i
9、夕 Η V 其中 R9〇、Rm、Rm、η6、η8、Τ及Rwh係如上文針對式xv_a 所定義；且
Rl03為氣或C2-C8稀基。 為 在某些實施例中，式XVI-d、XVI-e或XVI-f之化合物 式XVI-g、XVI-h或XVI-i之化合物：
153333.doc • 107 201134825 其中’ R_2、R3、R4、R5、RlOl、Rll4係如上文針對式 XVI-a所定義。 下文闡述式XVI-a、式XVI-b及式XVI-c之化合物之非限 制性實例。
XVI-1
153333.doc -108- 201134825
XVI-5 XVI-6
XVI-7 XVI-8 153333.doc 109· 201134825
XVI-ll XVI-12 153333.doc -110- s 201134825
XVI-15 XVI-16 153333.doc • 111 - 201134825
XVI-17
XVI-19 XVI-18
°v/° 153333.doc 112· 201134825
153333.doc 113· 201134825
XVI-25 XVI-26 D.PI3KP及ΡΙ3Κγ蛋白骨架 1.式XXII-a、式XXII-b或式XXII-c之化合物 在一些實施例中，式I化合物為式xxil-a、式XXII-b或 式XXII-c之化合物：
其中 式XXII-a及式XXII-b之η、m、p及q各自獨立地為0、 1、2、3 ;其限制條件為 η與q不同時為0，且 m與q不同時為0 ; 153333.doc •114· 201134825 T及Rwh係如針對式j所定義且各丁可相同或不同； A為視情況經取代之選自卩下之環：具冑一或兩個獨立 地選自氮、氧或硫之雜原子的4_8員飽和或部分不飽和雜 壤’或具有至少-個氮、至少—個氧及視情況存在之卜2 個獨立地選自氮、氧或硫之其他雜原子的5·ι〇員飽和或部 分不飽和橋聯雙環雜環； B為視情況經取代之選自以下之基團：苯基、8至⑺員 籲雙環芳環、具有1·4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5 至6員雜芳環’或具有卜4個獨立地選自氮 子的/至員雙環雜芳環且 雜原 c為氫或視情況經取代之選自以下之環：3至7員飽和戋 部分不飽和碳環、7至1〇員飽和或部分不飽和雙環碳環: 具有1-2個獨立地選自氮、.氧或硫之雜原子的4至7員飽和 或部分不飽和雜環、具有丨_3個獨立地選自氮、氡或碚之 雜原子的7至1〇員飽和或部分不飽和雙環雜環、苯基、 ❿1〇員雙環芳環、具有Μ個獨立地選自氮、氧或：之雜： 子的5至6員雜芳環，或具有1-4個獨立地選自氮' 氧戋碚 之雜原子的8至10員雙環雜芳環。 5瓜 下文闡述式XXII-a及式xXII_b之化合物 例。 初之非限制性實
201134825
XXII-7 XXII-8 153333.doc -116- 201134825
XXII-9 XXII-10
153333.doc •117· 201134825
153333.doc -118-
S 201134825
XXII-22 XXII-23
XXII-25 153333.doc •119· 201134825
153333.doc • 120· s 201134825
XXII-34
2.式XXIII化合物 在一些實施例中，式I化合物為式XXIII化合物： 〇
其中： 153333.doc -121 - 201134825
Rwh為彈頭基®且如上文式i之實施财所定義； 尺20〗為氫或C丨.6烷基； ’ ^為氬或視情況經取代之選自以下 基、〜梡氧基或（Ci6伸燒基）_R2〇3;或 ^ ' “與與插人碳結合在—起形成視情況經取代之選 自以下之環：3至7員碳環或具有“2個獨立地選自氮、氧 或硫之雜原子的4至7員雜環； 、“為3至7貞飽和或部分不飽和碳環、7錢員飽和或部 刀不飽和雙環碳環、具有W個獨立地選自氮、氧或硫之 雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有μ個獨立 地選自氮、氧或硫之雜原子的7至1〇昌為^ 、 )主1υ員飽和或部分不飽和 雙環雜環、苯基、8至1Q員雙環芳環、具有！·3個獨立地選 自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有Μ個獨 立地選6自氮、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙環雜芳環；且 環Α6不存在或為視情況經取代之選自以下之基團：具有 Μ個獨立地選自氣、氧或硫之雜原子的4至7員雜環了或 具有1·3個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的…員雜芳 環。 下文列出式XXIII化合物之非限制性實例： 153333.doc -122· 201134825
Q
o
XXIII-1
XXIII-2 XXIII-3 153333.doc .123 201134825
ΧΧΙΙΙ-6 ΧΧΙΙΙ-7
153333.doc •124· 201134825 3.式XXIV-a或式XXIV-b之化合物 在一些實施例中，式I化合物為式XXIV-a或式χχιν-b之 化合物：
XXIV-a XXIV-b 或其醫藥學上可接受之鹽， 其中
Rwh為彈頭基團； R2〇4為氫或視情況經取代之選自以下之基團：C] 6脂族 基、-(CH2)m-(3至7員飽和或部分不飽和碳環）、_(cH2)m_(7 至1〇員飽和或部分不飽和雙環碳環）、_(CH2)m_(具有1-2個 獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽 和雜環）、_(CH2)m-(具有10個獨立地選自氮、氧或硫之雜 原子的7至10員飽和或部分不飽和雙環雜環）、 基（Cil2)m-(8至1〇員雙環芳環）、_(CH2)m-(具有i_3個獨立 地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環）或_((：^)^ (具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙環 雜芳環）； ^ 各 R2〇5及 R206獨立地為 _R··、鹵素、_N〇2 ' _CN、_0R"、 R N(R )2、-C(〇)R"、-C〇2R"、_c(0)C(0)R"、 153333.doc •125* 201134825 -C(0)CH2C(0)R" ' -S(0)R" ' -S(0)2R" ' -C(0)N(R")2 ' -S02N(Rm)2 ' -0C(0)RM ' -N(R")C(0)R" ^ -N(RH)N(R")2 ' -N(R")C(=NR")N(R’’)2、-C(=NR，’)N(R'’)2、_c=N〇R"、 -n(r’’)c(o)n(r")2、-n(r")so2n(r")2、-N(R.i)s〇2R"或 -oc(o)n(r，，)2 ; 各R"獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基團：
Cw脂族基、3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至1〇員飽和 或部分不飽和雙環碳環、具有丨_2個獨立地選自氮、氧或 硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有卜3個籲 獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至1〇員飽和或部分不 飽和雙環雜環、苯基、8至1G貝雙環芳環、具有u個獨立
地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有W 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙環雜芳 環；或 ’ 同一氮上之兩個R，，基團與其所連接之氮結合在一起形成
具有L立地選自氮、氧或硫之雜原子的視情況經取 代之5-8員飽和、部分不飽和或芳族環； m為包括0至包括6之整數； XXlV-a或式XXIV.b之各_立地為〇、且 雜芳 環A5為具有u個氮之視情況經取代之6員雜環或 環。 下文閣 例 述式XXIV-a及XXlv_b之化合物之非限制性實 J53333.doc •126* 201134825
ο
XXIV-3 4.式XXV化合物 在一些實施例中， 式I化合物為式XXV化合物：
(R206)n 153333.doc -127- 201134825 或其醫藥學上可接受之鹽； 其中 RWh為彈頭基團 各 R2〇5及 R2〇6獨立地為-R"、齒素、_n〇2、-CN、-OR"、 -SR" ' -N(R")2 > -C(0)R" . -C02R" ' -C(0)C(0)RM ' -C(0)CH2C(0)R"、-S(〇)R"、-S(〇)2r”、c(〇)n(r,,)2、 -S02N(R")2 ' -0C(0)R" . -N(R")C(0)R" ^ -N(R")N(R")2 ' -Ν(Κ/’）(：（=ΝΚ")Ν(ΙΙ")2、_c(=NR")N(R")2、-C=NOR"、 -n(r’’)c(o)n(r")2、_N(R’’)s〇2N(R，，)2、_N(R")s〇2R"或 _oc(o)n(r")2 ; 各R"獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基團： Cw脂族基、3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至1〇員飽和 或部分不飽和雙環碳環、具有i_2個獨立地選自氮、氧或 硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有丨_3個 獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至1〇員飽和或部分不 飽和雙環雜環、苯基、8至10員雙環芳環、具有丨_3個獨立 地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有卜々 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙環雜芳 環；或 視情況，同一氮上之兩個R··基團與其所連接之氮結合在 一起形成具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的視 情況經取代之5-8員飽和、部分不飽和或芳族環； Π1為包括〇至包括6之整數； 各η獨立地為〇、1或2;且 I53333.doc -128- 201134825 環A5為具有1-2個氮之視情況經取代之6員雜環或雜芳 環。 在其他非限制性說明性實施例中，式XXV化合物展示如
XXV-13 XXV-14 XXV-15 5.式XXVI化合物 153333.doc 129- 201134825 在一些實施例中 式1化合物為式XXVI化合物：
XXVI 或其醫藥學上可接受之鹽； 其中： ^為彈頭基團且如上文式I之實施例中所定義； 環A7為視情況經取代之選自以下之環：具有一或兩個獨 立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至8員飽和或部分不飽和 雜環，或具有至少一個1、至少一個氧及視情況存在之“ 2個獨立地選自氮、氧或硫之其他雜原子的員儉和或 部分不飽和橋聯雙環雜環； R2〇7 為 R，"、齒素、_〇R，，，、_CN、_N〇2、_s〇2R."、 SOR C(〇)R > -C〇2r·" . -C(0)N(R"')2 x -NRC(0)R'". -NR,mC(0)N(R"')2 . -NRS02R"-^-N(R"')2 ； 各R’"獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基團： C丨·6脂族基、芳基、具有卜2個獨立地選自氮、氧或硫之雜 原子的4至7員雜環，或具有丨_4個獨立地選自氮、氧或硫 之雜原子的5至6員單環雜芳環，或： 視情況同一氮上之兩個R，"基團與其所連接之氮原子結 合在一起形成具有丨-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子° 153333.doc •130· 201134825 的4至7員餘和、部分不截和或雜芳環； 環B7為視情況經取代之選自以下之基團：笨基、8至忉 員雙環芳環、具有丨-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子 的5至6員雜芳環，或具有個獨立地選自氮、氧或硫之 雜原子的8至1〇員雙環雜芳環； τ為共價鍵或二價直鏈或分支鏈、飽和或不飽和烴 鏈’其中T7之一或多個亞甲基單元視情況經以下置換： ·〇_、_s-、-N(R，·，)-、_c(0)·、_〇c(〇)_、_c(〇)〇·、 -C(0)N(R-.). . .Ν(Κ...)€(〇). . -N(R"-)C(〇)N(R···)- . .S〇2. 、-so2n(r"，)_、-N(R，")s〇2•或谓r，")s〇2N(r ")_， 2 環C7為視情況經取代之選自以下之環：3至7員飽和或部 刀不飽和碳環、7至10員飽和或部分不飽和雙環碳環、具 有〇 4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至u員飽和或 部分不飽和橋聯雙環、具有Μ個獨立地選自氮、氧或硫 之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有卜3個獨 立地選自氮、氧或炉夕施 次”L之雜原子的7至10員飽和或部分不飽 和雙環雜環、苯基、8至10員雙環芳環、具有卜3個獨立地 j氮氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有 個獨立地選自氮、氧 環；且 U雜原子的8至10員雙環雜芳 /裏D不存在或為視情況經取代之選自以下之環：3至7員 飽和或部分不飽和碳、 7至10員飽和或部分不飽和雙環 反裒、具有〇_4個獨立祕，强ώ @ g ^ 也選自氮、氧或硫之雜原子的7至12 或部分不飽和橋聯雙環、具有！_2個獨立地選自 153333.doc •131· 201134825 氣、氧或硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具 有μ個獨立地選自n或硫之雜原子的7錢員飽和或 部分不飽和雙環雜環、苯基、8至_雙環芳環具有13 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具 有μ個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至1()員雙環雜 芳環。 下文闡述式XXVI化合物之非限制性實例。
6.式XXVII化合物 在一些實施例中，式I化合物為式χχνπ化合物： 153333.doc -132- 201134825
T及Rwh係如上文式I之實施例中所定義。 R為Η、烷基或烷氧基。
下文闡述式XXVII化合物之非限制性實例
153333.doc •133 201134825
XXVll-13 XXVII-14 7.式XXVIII化合物 在一些實施例中，式I化合物為式XXVIII化合物：
Rwh XXVIII 及其醫藥學上可接受之鹽； 其中 T及Rwh係如上文式I之實施例中所定義。
下文闡述式XXVIII化合物之非限制性實例：
XXVIII-1 χχνι"·2
-134- 153333.doc
S 201134825
XXVIIM XXVIII-5 XXVIII-6
8.式XXIX化合物 在一些實施例中，式I化合物為式XXIX化合物：
及其醫藥學上可接受之鹽； 其中
T及Rwh分別為繫鏈及彈頭且如上文針對式I所定義； A8為視情況經取代之芳基、聯芳基或雜芳基。 下文闡述式XXIX化合物之非限制性實例：
153333.doc -135 201134825
1.式XXXVII化合物 在一些實施例中，式I化合物為式XXXVII化合物：
及其醫藥學上可接受之鹽； 其中 T及Rwh分別為繫鏈及彈頭且如上文針對式I所定義。 下文闡述式XXXVII化合物之非限制性實例： 153333.doc •136- 201134825
XXXVII-l XXXVII-2
XXXVII-5 一般技術者將認識到如本文所定義之各種彈頭基團適用 153333.doc -137- 201134825 於共價結合於離胺酸。此等Rwh基團包括（但不限於）本文所 述及上文式VI-a-VI-q(包括兩者）所描繪者。此等彈頭適用 於共價結合於離胺酸殘基之一級胺藉由進行質譜實驗，使 用下文實例50-53中詳述之方案來測定，其結果描繪於囷3 至9中。此等貫驗顯示本文所述之化合物共價修都 NS3蛋白酶及XIAP中之目標離胺酸殘基。 VIII·在另一態樣中’本發明提供式χΙΠ之蛋白質_修飾劑_ 配位體接合物：
其中 骨架為 a) 移除能夠結合於或接近於配位體結合位點之配位體 之氫所產生的基團；或 b) 截短藥效團後所產生之配位體之藥效團的一部分， 以使得骨架能夠結合於或接近於配位體結合位點； 彈頭為視情況含有一或多個選自〇、N及S之雜原子的有 機部分；該有機部分具有約14道爾頓至約2〇〇道爾頓之分 子量；彈頭能夠與離胺酸殘基之側鏈一級胺基反應；且彈 頭經由繫鏈連接至骨架；且 153333.doc -138· 201134825 繫鍵不存在、為一鍵或二價飽和、不飽和、直 鍵、分支鍵、環狀、雙環、三環烧基、稀基、炔基；橋聯 雙裱、雜環、雜芳基或芳基部分；其中視情況烴鏈之一或 多個亞甲基單元獨立地經以下置換：_nr「、·〇_、_c(〇)_、 S _ S〇_ _SC)2'、_C(=S)_ 或 CpNR,)-;視情況，一或多 個氫獨立地經雜原子置換，且視情況Cl_C6烷基之一或多 個\曱基當存在時獨立地經-卜十置換； X為0、1或2 ; y為1、2或3 ;
Ri為氫或C丨-C8烷基；且 γι 為移除式 XIV-a、XIV-b、XIV_C、XIV_d、XIV_e、 xiv-f、XlV_g、XIV_h4XnM之基團之氫所產生之二價或 三價部分，
XIV-1 014 其中 153333.doc • 139· 201134825 各 X 1 及 X2獨立地為-CR2R3R4、_〇&2 或-NR2R3， 各R2、R3、R4、R5、R6、尺7及R8獨立地為氫或Ci-C6烷 基； 視情況適當時、Κ·3、Κ·4、R5、R6、尺7及Κ·8中之任何兩 者可連接在一起形成3至8員碳環或雜環； C!-(：6烷基之一或多個亞甲基可經以下置換：-NR〗-、-0-、-C(O)-、-S-、-SO-、-so2-或-c(=s)- ; c】-c6烷基之一或 ΛΛΛΛ 多個次曱基當存在時可獨立地經-丨4十置換；且 η為2-4之整數，m4為1至2之整數； A為視情況經取代之芳基或雜芳基； 二^為單鍵或雙鍵； 式 XIV-a、XlV-b、XIV-c、XIV_d、XIV-e、XIV-f、 XlV-g、XlV-h或XlV-i之基團之氫經繫鏈-骨架取代；且 Μ連接至標記為「*」之位置且為-NH-或=N-，Μ之氮原 子為蛋白質之離胺酸殘基之側鏈一級胺基的氮。 在一些實施例中，式XIII之接合物為式ΧΙΙΓ之接合物， 骨架 繫鏈 Υι~ 多肽 ΧΠΓ 在一些實施例中，骨架係選自由式VII、VIII、IX-a、 IX-b、XI、XII、XVI、XVII、XVIII、XIX、XX、XXI、 XXII、XXIII、XXXIV、XXV、XXVI、XXVII ' XXVIII、XXIX、XXXVI及 XXXVII組成之群。 在其他實施例中，m(ch2)4-蛋白質係選自由以下組成之 153333.doc -140- 201134825 群：M(CH2)4-K1236-HCV-NS3 、M(CH2)4-K2016-HCV- NS3、M(CH2)4-K2560-HCV-NS3、M(CH2)4-K191-(含桿狀 病毒IAP重複段之蛋白質1)、M(CH2)4-K199-(含桿狀病毒 IAP重複段之蛋白質1)、M(CH2)4-K305-(含桿狀病毒IAP重 複段之蛋白質2)、M(CH2)4-K291-(含桿狀病毒IAP重複段 之蛋白質3)、M(CH2)4-K297-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋 白質4)、M(CH2)4-K299-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質 4)、M(CH2)4-K311-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質4)、 M(CH2)4-K062-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質5)、 M(CH2)4-K079-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質5)、 M(CH2)4-K121-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質7)、 M(CH2)4-K135-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質7)、 M(CH2)4-K146-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質7)、 M(CH2)4-K036-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質8)、 M(CH2)4-K050-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質8)、 M(CH2)4-K061-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質8)、 河((：112)4-；^776-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元 〇1同功異型物）、1^((：112)4-：^802-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元α同功異型物）、M(CH2)4-K777-(磷脂醯肌 醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元β同功異型物）、M(CH2)4-K805-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元β同功異 型物）、M(CH2)4-K802-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化 次單元丫同功異型物）、厘((：112)4-〖807-(磷脂醯肌醇-4,5-雙 磷酸3-激酶催化次單元γ同功異型物）、M(CH2)4-K833-(磷 153333.doc -141 - 201134825 脂醯肌醇-4,5·雙磷酸3-激酶催化次單元γ同功異型物）、 M(CH2)4-K890-(磷脂醯肌醇*4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元丫 同功異型物）、M(CH2)4-K086-(3-磷酸肌醇依賴性蛋白激酶 1)、M(CH2)4-K163-(3-磷酸肌醇依賴性蛋白激酶丨）、 M(CH2)4-K169-(3-磷酸肌醇依賴性蛋白激酶 K207-(3-磷酸肌醇依賴性蛋白激酶丨）。 在其他實施例中，移除式χΐν·3、χιν-d、χιν-h或XIV-i 之基團之氫所產生的二價或三價部分為式XV_a、xV_b、 XV_c、XV-d、XV-e、XV-f 或 χν-g之部分；
其中 m4為1至2之整數； 各R2、R3 ' R4、R5&R6獨立地為氫或C丨_c6烷基；其中 視情況適當時R2、R_3、r4、r5及r6中之任何兩者可連接 在一起形成3至8員碳環或雜環；且
CrC6院基之一或多個亞曱基可經以下置換：_NRi_、-〇_ 、-C(O)-、-S-、-SO-、-S02-或-C(=S)-;
CrC6院基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經 153333.doc •142·
I 201134825 置換； Μ連接至標記為「*」之¥】的位置；且 繫鏈連接至標記為「**」之丫丨的位置。 在一些實施例中，式 XV-a、XV-b、XV-c、XV-d、XV-e、XV-f 或 XV-g之二價部分為式乂¥-11、又¥-丨、\¥_>|、\¥· k、XV-1、XV-m、XV-n、XV-o、XV-p、XV-q、XV-r、 XV-s或XV-t之二價部分；
φ 其中 Μ連接至標記為「*」之丫丨的位置；且 繫鏈連接至標記為「**」之丫丨的位置。 如上文大體定義，Rwh為彈頭基團。不希望受任何特定 理論約束，咸信此等Rwh基團（亦即彈頭基團）尤其適用於共 價結合於例如（但不限於）XIAP、PDPK-1、HCV蛋白酶及 PI3K之結合域中之關鍵離胺酸殘基。一般技術者應瞭解 XIAP、PDPK-1、HCV蛋白酶及PI3K及其突變體在各蛋白 質之結合域中具有至少一個離胺酸殘基。 153333.doc -143 - 201134825 在某些實施例中’本發明之化合物具有特徵在於本發明 化合物可靶向XIAP之K297離胺酸殘基的彈頭基團。在某 些實施例中’本發明之化合物具有特徵在於本發明化合物 靶向PDPK-1之K86離胺酸殘基的彈頭基團.在某些實施例 中’本發明之化合物具有特徵在於本發明化合物乾向 PDPK-1之K169離胺酸殘基的彈頭基團。在某些實施例 中’本發明之化合物具有特徵在於本發明化合物乾向 PDPK-1之K173離胺酸殘基的彈頭基團.在其他實施例 中，本發明之化合物具有特徵在於本發明化合物乾向Hcv 蛋白酶之K136離胺酸殘基的彈頭基園。在其他實施例中， 本發明之化合物具有特徵在於本發明化合物靶向pi3Kp之 Κ777離胺酸殘基的彈頭基團。在其他實施例中，本發明之 化合物具有特徵在於本發明化合物乾向ρΐ3Κγ之Κ8〇2離胺 酸殘基的彈頭基團《在其他實施例中，本發明之化合物具 有特徵在於本發明化合物靶向Κ89θ離胺酸殘基的 彈頭基團。 因此，在一些實施例中，尺心之特徵在於部分能夠 共價結合於離胺酸殘基，藉此不可逆地抑制該酶。 根據另一態樣，本發明提供一種包含χΐΑρ或其突變體 在Κ297共價結合於抑制劑之接合物。在一些實施例中，抑 制劑部分係經由連接子部分鍵結。在某些實施例中，本發 明提供式Κ297_連接子·抑制劑部分之接合物…般技術者 將〜識到冑接子」基團對應於如本文所述之-T_Rwh。因 此，在某些實施例t，連接子基團係如針對上文定義之-τ· 153333.doc
S • 144- 201134825 RWh所定義且在本文中之類別及子類中描述。然而，應瞭 解’連接子基團為二價且因此相應_T_Rwh基團亦意欲為二 價’其由彈頭與XIAP或其突變體之K297反應所產生。 在XIAP之某些實施例中，抑制劑部分為式a化合物：
A 其中 V&W各自獨立地為_(CR14R15)qX3(CR16R17)r·; P、q及r各自獨立地為〇、1、2、3或4; X3 為 _CR18Rl9-或-NR20-;且 1121及1122各自獨立地為氫或（:1-(:6烷基； R23為氫、C丨-c0烷基、鹵素、胺基或硝基；其中c ^ 現 土 一或多個亞曱基可視情況經以下置換：_NR^、·〇、 -c(0)-、-s·、-so-、·δ〇2κ(，_ ; Ci_c6烷基之一或多 個次甲基當存在時可獨立地經-丨-7^-置換；
Rl為氫或c!-c8烷基；且 視情況尺^與尺23結合在一起可形成4至8員碳環或雜環。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物： 153333.doc •145- 201134825
其中R丨2、Rl3、R2丨、R22、、v、评及卩係如上文針對 式A所定義。 在某些實施例中，抑制劑部分為式B化合物：
B 其中
X4為-CR33-或-N-; P及s各自獨立地為〇、1、2、3或4;
R 12、Rn、R21、R22、r24、r25、r26、R”、〜、R29、 3〇 31、R32及R33各自獨立地為氫或Ci-C6烧基； 為氫、cvc：6燒基、鹵素、胺基或硝基；其中Ci_C6^ 基之—或多個亞甲基可視情況經以下置換：·Νι·、·⑴、 -C(0)· 、 -、-SO·、-S〇2-或-C(=S)· ; C!-C6院基之一或多 個-人甲基當存在時可獨立地經-ΗΗ·置換； 153333.doc
S -146· 201134825 R1為氫或C丨-c8烷基；且 視情況《^與尺23結合在一起可形成4至8員碳環或雜環。 因此’在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
ΕΗ1Ξ3—κ297 其中 x4、ρ、S、R12、Rl3、R21、R22、R24、R25、R26、 27 R28 R29 R>3G、R3!、R32、R33 及 R23 係如上文針對式 B所定義。 ^ PDPK-1 在某些實施例中，本發明之化合物具有特徵在於本發明 化合物靶向PDPK-1之K86離胺酸殘基的彈頭基團。在某些 • 實施例中，本發明之化合物具有特徵在於本發明化合物靶 向PDPK-1之K169離胺酸殘基的彈頭基團。在某些實施例 中，本發明之化合物具有特徵在於本發明化合物靶向 PDPK-1之K173離胺酸殘基的彈頭基團。 在一些實施例令，Rwh之特徵在於_T_Rwh部分能夠共價結 合於離胺酸殘基，藉此不可逆地抑制該酶。在某些實施例 中，離胺酸殘基為PDPK-丨或其突變體之K86離胺酸殘基。 根據另一態樣，本發明提供一種包含PDPK-丨或其突變 體在K86共價結合於抑制劑之接合物。在一些實施例中， 153333.doc -147- 201134825 抑制劑係經由連接子部分共價結合。 在某些實施例中，本發明提供式K86_連接子_抑制劑部 分之接合物。在某些實施例中，本發明提供式Κ169_連接 子-抑制劑部分之接合物。在某些實施例中，本發明提供 式Κ173-連接子_抑制劑部分之接合物。一般技術者將認識 到「連接子」基團對應於如本文所述之_T_Rwh。因此，在 某些實施例中’連接子基團係如針對上文定義之_T_Rwh所 疋義且在本文中之類別及子類中描述。然而，應瞭解，連 接子基團為二價且因此相應_T-Rwh基團亦意欲為二價，其鲁 由彈頭與PDPK-1或其突變體之K86、K169或K173反應所 產生》 在PDPK-1之某些實施例中，抑制劑部分為式c化合物：
C 其中 B6&B7各自獨立地為CR7或N ; 尺69為氫、CVCe烷基、鹵素、胺基、硝基或 -NH(CO)NR78R79 ； R70為氫、c〗-c6烷基、鹵素、胺基、硝基； R?、R71、R72、R73、R74、R75、R76、R77、R?8及 R79各自 -148· 153333.doc
S 201134825 獨立地為氫或(：丨-(：6烷基； I為氫或Cl_C8烷基；其中。心烷基之一或多 可經以下置換m-c⑼-、各、抓、、s基 或-巧)·; Cl.C6烧基之—或多個次甲基當存在時可〇2· 地經+N十置換； 獨立 視情況R78與R79結合在—^形成4至8貢碳環或雜環；且 p為0至4之整數，u為1至4之整數。
因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
^73 R76R75R74 H NH ::雜1 立接子-I-Κχχχ 其中 Β6、Β7、r69、r7。、R7、Rn、R72、R73、R74、
R75、R~76、R77、r78、r_79、1^及？係如上文針對式c所定義 且 Κχχχ為 K86、K169 或 K173。 在一些實施例中，Κχχχ為PDPK-1之Κ86。 在一些貫施例中，Κχχχ為PDPK-1之Κ169。 在一些實施例中，Κχχχ為PDPK-1之Κ173。 在PDPK-1之某些實施例中’抑制劑部分為式d化合物： 153333.doc -149- 201134825
D 其中Rv為Η、視情況經取代iCl-C3分支鏈或直鏈烷基 或視情況經取代之C1-C3分支鏈或直鍵醯基。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
其中Rv係如上文針對式D所定義。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
153333.doc •150· 201134825 其中Rv係如上文針對式D所定義。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
HCV^^S$ 在某些實_中’本發明之化合物具有特徵在於本發明 化合物靶向HCV蛋白酶之{：136離胺酸殘基的彈頭基團。 在-些實施例中’ Rwh之特徵在於Kh部分能夠共價結 合於離胺酸殘基，藉此不可逆地抑制該酶。在某些實施例 中，離胺酸殘基為HCV蛋白酶或其突變體之幻爾胺酸殘 基。 根據另-態樣，本發明提供一種包含HCV蛋白酶或其突 變體在K136共價結合於抑制劑之接合物。在—些實施例 中，抑制劑係經由連接子部分共價結合。 在某些實施例中’本發明提供式K136_連接子-抑制劑部 分之接合物一般技術者將認識到「連接子」基團對應於 如本文所述之_T_Rwh。因此，在某些實施例中，連接子基 團係如針對上文定義之仰心所定義且在本文中之類別及 子類中描述。然、而，應瞭解’連接子基團為二價且因此相 153333.doc -151 - 201134825
彈頭與HCV蛋白酶或其 抑制劑部分為E、F或G 應-T-Rwh基團亦意欲為二價，其由 突變體之K136反應所產生。 在HCV蛋白酶之某些實施例中， 之化合物：
E
F
其中 ^90 ' K94 W、K99、R1〇〇
-、‘5、iWR107、Rl08、Ri〇9、Rii〇、Ri"、R R⑴及Rn4各自獨立地為氫或Ci_C6燒基；其中Cim -或多個亞甲基可視情況經以下置換：视… -c(o)-、-S·、_so_、_s〇2 或·c(=s)_;
Rl03為氩、Ci-c6烷基或c2_c8烯基； C,-C6烧基之—或多個次f基當存在時可獨立地經 153333.doc •152· 201134825 置換；
Ri為氫或Ci-Cs烷基； 各Run獨立地為氫、Cl-C6烷基、C2_C8烯基、齒素、胺 基、硝基、視情況經取代之芳基或雜芳基；〜為〇至4之整 數；且118為0至2之整數。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
其中 R,、R90、R94、R95、R96、r97、R98、、Ri。。、 Rm、R102、R103、R104、R105、r1〇6、R丨。7、R|〇8、、
Riio、Rln、R112、R113、Rm、n6&n8係如上文針對式£所 定義。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物： 153333.doc •153· 201134825
連接子 CX> 其中 R〗、R90、R94、R95、R_96、R97、Κ·98、R99、RlOO、 RlOl、Rl02、Rl03、Rl04、Rl05、Rl06、Rl07、Rl08、Rl09、 RllO、Rill、R112、Rll3、Rll4、Μ 及 rig 係如上文針對式 F所 定義。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
其中 Rl、R90、R94、R95、R96、R97、Κ·98、R99、RlOO、
Rlio、Rill、R112、Rll3、Rll4、n6 及 n8 係如上文針對式 G所 定義β ΡΙ3Κ 在某些實施例中，本發明之化合物具有特徵在於本發明 153333.doc -154- 201134825 化合物靶向ΡΙ3Κβ之K777離胺酸殘基的彈頭基團。在某些 實施例中，本發明之化合物具有特徵在於本發明化合物靶 向ΡΙ3Κγ之Κ802離胺酸殘基的彈頭基團。在某些實施例 中，本發明之化合物具有特徵在於本發明化合物靶向 ΡΙ3Κγ之Κ890離胺酸殘基的彈頭基團。 在一些實施例中，Rwh之特徵在於-T-Rwh部分能夠共價結 合於離胺酸殘基，藉此不可逆地抑制該酶。在某些實施例 中，離胺酸殘基為ΡΙ3Κβ或其突變體之K777離胺酸殘基。 根據另一態樣，本發明提供一種包含ΡΙ3Κβ或其突變體 在Κ777共價結合於抑制劑之接合物。在一些實施例中，抑 制劑係經由連接子部分共價結合。 在某些實施例中，本發明提供式Κ777-連接子-抑制劑部 分之接合物。在某些實施例中，本發明提供式Κ802-連接 子-抑制劑部分之接合物。在某些實施例中，本發明提供 式Κ890-連接子-抑制劑部分之接合物。一般技術者將認識 到「連接子」基團對應於如本文所述之-T-Rwh。因此，在 某些實施例中，連接子基團係如針對上文定義之-T-RwhK 定義且在本文中之類別及子類中描述。然而，應瞭解，連 接子基團為二價且因此相應-T-Rwh基團亦意欲為二價*其 由彈頭與ΡΙ3Κβ之K777反應，或彈頭與ΡΙ3Κγ或其突變體 之Κ802或Κ890反應所產生。 在ΡΙ3Κ之某些實施例中，抑制劑部分為式Η、J或Κ之化 合物： 153333.doc -155- 201134825
P久q蚤自獨立地為 其中
11 、 III 其限制條件為η 與q不同時為0，且„1與£1不同時為〇 ; A2為視情況經取代之選自以下之環：具有—或兩個獨立 地選自氮、氧或硫之雜原子的4·8員飽和或部分不飽和雜 環’或具有至少一個氣、；g ^ '一個氧及視情況存在之1 -2 個獨立地選自氛、負式於 计 氣或硫《其他雜原子的5-10員飽和或部 分不飽和橋聯雙環雜環； B ·為視情況經取代之撰ό 八炙選自以下之基團：苯基、8至10員 雙環芳環、具有丨_4個獨立 «. c进目釓、氧或硫之雜原子的5 至6員雜芳環，或且丄，丨 •個獨立地選自氮、氧或硫之雜原 子的8至10員雙環雜芳環；或-T-Rwh;且 C2為氫或視情況經取代之選自以下之環：3至7員飽和或 P刀不飽和碳ί*、7至1G負飽和或部分不飽和雙環碳環、 具有W個獨立地選自氛、氧或硫之雜原子的4至7員飽和 或。P刀不飽和雜環、具有1-3個獨立地選自氮、氧或硫之 雜原子的7至10員飽和或部分不飽和雙環雜環、苯基、8至 員雙環芳環、具有！ A , ^ 、有3個獨立地選自氮、氧或硫之雜原 、6員雜芳環’或具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫 I53333.doc 201134825 之雜原子的8至10員雙環雜芳環。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
其中m、η、ο、p及B'係如上文針對式Η所定義，且Kxxx 為 ΡΙ3Κβ之 Κ777，或 ΡΙ3Κγ之 Κ802 或 Κ890 ° 在一些實施例中，Kxxx為ΡΙ3Κβ之Κ777。 在一些實施例中，Kxxx為ΡΙ3Κγ之Κ802。 在其他實施例中，Kxxx為ΡΙ3Κγ之Κ890。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
其中Β'及Α2係如上文針對式J所定義，且Κχχχ為ΡΙ3Κβ之 Κ777，或 ΡΙ3Κγ之 Κ802 或 Κ890 ° 在一些實施例中，Kxxx為ΡΙ3Κβ之Κ777。 在一些實施例中，Kxxx為ΡΙ3Κγ之Κ802。 在其他實施例中，Kxxx為ΡΙ3Κγ之Κ890。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物： 153333.doc -157- 201134825 A：
其中A2及c2係如上文針對式K所定義，且κχχχ為ΡΙ3Κβ之 Κ777，或 ΡΙ3Κγ之 Κ802 或 Κ890。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κβ之Κ777。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ802。 在其他實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ890。 在ΡΙ3Κ之某些實施例中，抑制劑部分為式L或Μ之化合 物：
其中 R2〇4為氫或視情況經取代之選自以下之基團：Cl 6脂族 基、_(CH2)m-(3至7員飽和或部分不飽和碳環）、_(CH2)m(7 至員飽和或部分不飽和雙環碳環）、具有1-2個 獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽 和雜環）、-(CH2)m-(具有1-3個獨立地選自氮、氧或硫之雜 原子的7至10員飽和或部分不飽和雙環雜環）、苯 153333.doc
S •158- 201134825 基、至10員雙環芳環）、-(CH2)m (具有13個獨立 地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環）或_(CH2)m_ (具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙環 雜芳環）； 各R·2。5及R2。6獨立地為-rm 鹵素、-N02、-CN、-OR”、 -C(0)C(0)RM -c(o)n(r，’)2 -N(R")N(Rm)2 、-C=NOR"、 •n(r")so2r"或
_SR,，、_N(R")2、_C(〇)R"、-C〇2R"、 -C(0)CH2C(0)R" > -S(〇)R" . -S(0)2R" ' -S02N(R")2、.〇c(〇)R’’、_N(R")c(〇)R"、 -N(R-)C(=NR-)N(R**)2 . -C(=NR-)N(R")2 -N(R’’)C(0)N(R’’)2、-N(R")s〇2N(R")2、 -〇C(0)N(R")2 ; 各R"獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基團： C!-6知私基、3至7員飽和或部分不飽和碳環' 7至員飽和 或部分不飽和雙環碳環 '具有個獨立地選自氮、氧或 瓜之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有u個 獨立地選自氮、氣或炉夕换@ 虱次硫之雜原子的7至1〇員飽和或部分不
飽和雙環雜環、苯基、8至1G員雙環芳環、具有Μ個獨立 地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有W ::獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙環雜芳 環，或 同一氮上之兩㈣’基團與其所連接之氮結合在—起形成 具有1-4個獨立地選自氮、氧 ^ c 0 H , &瓜心雜原子的視情況經取 代之5-8員飽和、部分不飽和或芳族環； m為包括〇至包括6之整數； 153333.doc -159· 201134825 各η獨立地為0、1或2 ;且 環Α5為具有1-2個氮之視情況經取代之6員雜環或雜芳 環。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
其中R204、R205、R206、η及Α5係如上文針對式L所定義 且 Κχχχ為 ΡΙ3Κβ之 Κ777，或 ΡΙ3Κγ之 Κ802 或 Κ890。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κβ之Κ777。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ802。 在其他實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ890。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物： •160· 153333.doc
S 201134825
其中R204、R205、R206、n及A5係如上文針對式Μ所定義 且 Κχχχ為 ΡΙ3Κβ之 Κ777，或 ΡΙ3Κγ之 Κ802 或 Κ890。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κβ之Κ777。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ802。 在其他實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ890。 在ΡΙ3Κ之某些實施例中，抑制劑部分為式Ν化合物：
其中： R201為敷或C!.6烧基； R202為氫或視情況經取代之選自以下之基團：CN6烷 基、Cw烷氧基或（CN6伸烷基）-R2G3 ;或 153333.doc -161 - 201134825 2二及R 2。2與插人碳結合在—起形成視情況經取代之選 之環.3至7員碳環或具有1-2個獨立地選自氮、氧 或硫之雜原子的4至7員雜環； 广❶3為3至7員飽和或部分不飽和碳環、員飽和或部 刀不飽和雙糸碳環、具有卜2個獨立地選自氮、氧或硫之 雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有1-3個獨立 選自氮氧或硫之雜原子的7至1〇員飽和或部分不飽和 雙環雜環、苯基、8至1G員雙環芳環、具有1·3個獨立地選 自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有卜4個獨 立地選6自氣、氧或硫之雜原子的8至10員雙環雜芳環；且 環Α6不存在或為視情況經取代之選自以下之基團：具有 1-2個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員雜環，或 具有1-3個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳 環。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物： 〇
其中R2〇i、R2。2、R·2。3及Αό係如上文針對式Ν所定義，且 Κχχχ為 ΡΙ3Κβ之 Κ777，或 ΡΙ3Κγ之 Κ802 或 Κ890。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κβ之Κ777。 -162- 153333.doc 201134825 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之K802。 在其他實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ890。 在ΡΙ3Κ之某些實施例中，抑制劑部分為式Ο化合物：
其中 各 R2〇5 及 R2〇6獨立地為-RΜ、鹵素、_Ν〇2、_CN、_OR"、 -SRM、-N(RM)2、-C(0)R"、-C02R"、-C(0)C(0)R"、 -C(0)CH2C(0)R"、-S(0)R"、-S(0)2RM、-C(0)N(R")2、 -S02N(R'，）2、-0C(0)R，'、-N(RM)C(0)RM、-N(RM)N(RM)2、 -N(R")C(=NR")N(R")2、-C(=NR")N(R")2、-C=NOR"、 -n(r")c(o)n(r，，）2、-N(R")S02N(R'，)2、-N(R")S02RM 或 -oc(o)n(rm)2 ; 各Rn獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基團： CN6脂族基、3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至10員飽和 或部分不飽和雙環碳環、具有1-2個獨立地選自氮、氧或 硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有1-3個 獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至10員飽和或部分不 飽和雙環雜環、苯基、8至10員雙環芳環、具有1-3個獨立 地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有1-4 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至10員雙環雜芳 153333.doc -163 - 201134825 環；或 視情況，同一氮上之兩個RM基團與其所連接之氮結合在 一起形成具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的視 情況經取代之5-8員飽和、部分不飽和或芳族環； m為包括0至包括6之整數； 各η獨立地為0、1或2 ;且 環Α5為具有1-2個氮之視情況經取代之6員雜環或雜芳 環。 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
其中R2Q5、Κ·206、η及Α5係如上文針對式Ο所定義，且 Κχχχ為 ΡΙ3Κβ之 Κ777，或為 ΡΙ3Κγ之 Κ802 或 Κ890。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κβ之Κ777。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ802。 在其他實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ890。 在ΡΙ3Κ之某些實施例中，抑制劑部分為式Ρ化合物： 153333.doc •164· 201134825
p 因此，在某些實施例中，本發明提供下式接合物：
Κχχχ
其中 Κχχχ為 ΡΙ3Κβ之 Κ777，或 ΡΙ3Κγ之 Κ802 或 Κ890。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κβ之Κ777。 在一些實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ802。 在其他實施例中，Κχχχ為ΡΙ3Κγ之Κ890。 如本文所用，術語「抑制劑部分」係指在蛋白質之活性 位點中結合之骨架基團。此等骨架基團在此項技術中為熟 知的且包括描述於例如（但不限於）式VII、VIII、IX-a、 IX_b、XI、XII、XVI、XVII、XVIII、XIX、XX、XXI、 XXII 、 XXIII 、 XXXIV 、 XXV 、 XXVI 、 XXVII 、 153333.doc -165- 201134825 XXVIII、XXIX、XXXVI及 XXXVII中之基團》 一般技術者將認識到本文所述之某些化合物為可逆抑制 劑。在某些實施例中，此等化合物適用作檢定比較劑化合 物。在一些實施例中，此等可逆性化合物適用作本文所揭 示之蛋白質或其突變體之抑制劑’且因此適用於治療一或 多種如本文所述之病症。在一些實施例中，所提供之化合 物為所提供之不可逆抑制劑的可逆性對應物。 A.藥效困截短 在一些實施例中，當截短藥效團時，保留非共價結合於 目標蛋白質所需之藥效團之關鍵元件。無論藥效團之關鍵 元件是否保留，當骨架賦予之非共價親和力足以進一步賦 予配位體之選擇性結合以及共價結合時均顯示結合。 1.藥效團為〇1)<：-0941 如本揭示案中所述，下文在式XXX、XXXI、XXXII、 XXXIII、XXXIV及XXXV中闡述自截短藥效團獲得之骨架 的非限制性實例》 在式XXX、XXXI及XXXII中，骨架係基於截短藥效團 GDC-0941 ：
GDC-0941 153333.doc -166· 201134825 個非限制性實例由式XXX描 其中箭頭表示可能之截短位點 GDC-0941之截短形式的一 述：
式XXX
其中 其中繫鏈及Rwh係如 R2〇G位於截短位點且為-繫鏈_Rwh， 針對式I所定義；且 B’環為視情況經取代之選自以下之基團：笨基、8至⑺ 員雙環芳環、具有i_4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子 的5至6員雜芳環，或具有丨_4個獨立地選自氮、氧或碚之 雜原子的8至1 〇員雙環雜芳環。 爪 下文闡述上文式XXX之骨架的非限制性實例：
153333.doc -167· 201134825
XXII-5
χΧΐ1-6
的另一非限制性實例：
XXXI 其中
Rm位於截短位點且為_繫鏈_RwH，其中繫鏈及Rwh係如 式1中所定義；且 B•環為視情況經取代之選自以卞之基團：苯基、8至10 153333.doc 201134825 員雙環芳環、具有w個獨立地選自氮、 的5至6員雜芳環，或具有14個獨立地選 雜原子的8至10員雙環雜芳環。 氧或硫之雜原子 自氮、氧或硫之
下文閣述上文式XXXI之骨架的非限制性實例
XXII-8 XXII-13
153333.doc -169· 201134825
下文在式XXXII中闡述已如本揭示案中所述截短之骨架 的另一非限制性實例：
R200
XXXII 其中 R2〇Q位於截短位點且為-繫鏈_Rwh，其中繫鏈及Rwh係如 上文式I之實施例中所定義； τ為共價鍵或二價直鏈或分支鏈、飽和或不飽和Cl_6烴 鍵’其中T2之一或多個亞甲基單元視情況經以下置換： -0- ' _S、-N(R,)-、-c(0)·、-〇C(0)-、-C(0)0-、 -C(0)N(R,)- > -N(R,)C(0)- > -N(R,)C(0)N(R1)- ' -S02- ' C為氫或視情況經取代之選自以下之環：3至7員飽和或 部分不飽和碳環、7至10員飽和或部分不飽和雙環碳環、 153333.doc •170· 201134825 具有1-2個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的々至？員飽和 或部分不飽和雜環、具有丨_3個獨立地選自氮、氧或硫之 雜原子的7至10員飽和或部分不飽和雙環雜環、苯基、8至 員雙環芳環、具有U個獨立地選自氮、氧或硫之雜原 子的5至6員雜芳環，或具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫 之雜原子的8至1〇員雙環雜芳環；且
B·為視情況經取代之選自以下之基團：苯基、8至員 雙環芳環、具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5 至6員雜芳環，或具有丨_4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原 子的8至1〇員雙環雜芳環。 上文式XXXII之骨架的非限制性實例包括：
在另一實施例中’由式χΧΧΙΙΙ描述之骨架係基於戴短 藥效團二氫咪唑并喹唑琳： 2.經由截短二氫咪唑并喹唑啉所得之式χχχιπ骨架 153333.doc -171 _ 201134825
其中箭頭表示可能之截短位點。 下文在式XXXIII中闡述已如本揭示案中所述戴短之骨 架的另一非限制性實例
XXXIII R2〇q位於截短位點且為-繫鏈_rwh，其中繫鏈及Rwh係如 先前所定義； Χίο為氩、烷氧基、雜環烷基、雜環基烷氧基； Χιι為視情況經取代之選自以下之基團：苯基、8至1〇員 雙環芳環、具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5 至6員雜芳環’或具有i_4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原 子的8至10員雙環雜芳環。 3.經由截短SM-337及SM-122所得之式χχχιν及式 XXXV之IAP骨架 在另一實施例中，由式XXXIV及式XXXV描述之骨架係 基於截短藥效團SM-337及SM-122。 153333.doc •172· 201134825
SM-122 其中箭頭表示可能之截短位點；且 R**為苯基乙醯胺。 SM-337之截短形式的化合物由式XXXIV描述：
XXXIV 其中R**為苯基乙醯胺且箭頭表示T-RWH之連接位點 均如本文所述。 SM-122之截短形式的化合物由式XXXV描述： 153333.doc -173 - 201134825
XXXV 其中箭頭表示T-Rwh之連接位點；其中T為繫鏈；且 Rwh為彈頭’其均如本文中所定義。
B·使用方法 I. IAP 細胞凋亡蛋白之X·性聯抑制劑（x_linked Inhibit〇r Apoptosis pr0tein，XIAP)為蛋白質之細胞凋亡家族之抑制 劑（IAP)的成員。IAP之其他家族成員包括cIAP1、cIAP2及 ML-IAP。IAP最初在桿狀病毒中鑑別出，但XIAp為一種發 現於哺乳動物中之同源蛋白質。其如此稱謂是因為其首先 發現於X染色體上之第273鹼基對位點。 ΧΙΑΡ失調可能導致癌症、神經退化性病症及自體免疫 性。高比例之ΧΙΑΡ可用作腫瘤標記。在肺癌NCI-H460之 發展中’ ΧΙΑΡ過表現不僅抑制卡斯蛋白酶，而且亦停止 細胞色素C(細胞凋亡）之細胞凋亡活性《在前列腺癌之發 展中，ΧΙΑΡ為前列腺上皮中過表現之四種ΙΑΡ之一，表明 抑制所有ΙΑΡ之分子可能為有效治療所必需。 與ΧΙΑΡ失調相關之疾病及病症中包括（但不限於）急性骨 髓性白血病（AML)、阿狄森氏病（Addison's disease)、腎上 腺腦白質營養不良（ALD)、酒精中毒、亞歷山大氏病 153333.doc •174· 201134825 (Alexander’s disease)、斑形脫髮、阿耳珀病（A丨 disease)、阿茲海默氏症（Alzheimer's Disease)、肌萎縮性 側索硬化（盧格里格病（Lou Gehrig's Disease))、脈管炎、 僵直性脊椎炎、抗填脂症候群、共濟失調毛細血管擴張、 自閉症、自體免疫性溶血性貧血、自體免疫性肝炎、巴騰 病（Batten disease)(亦稱為斯皮爾梅-伊爾_修格蘭_巴騰病 (Spielmeyer-Vogt-Sjdgren-Batten disease))、貝塞特氏症候 群（Behcet’s syndrome)、貝格氏病（Berger，s disease)、牛海 綿狀腦病（BSE)、大皰性類天疱瘡、卡拿彎病（Canavan disease)、心肌症、恰加斯式病（chagas disease)、慢性疲 勞症候群（CFS、CFIDS)、慢性發炎性多發性神經病、慢性 阻塞性肺病、謝格-司托司症候群（churg_Straus忌 syndrome)、柯飢因氏症候群（Cockayne syndrome)、腹腔 疾病、皮質基底核退化症、CREST症候群、庫茲德-雅各 布氏病（Creutzfeldt-Jakob disease)、克隆氏病（Crohns
Disease)(兩種類型特發性發炎性腸病或ibD之一）、皮肌 炎、1型糠尿病、子宮内膜異位、家族性致死性失眠症、 肌肉纖維疼痛、巨細胞性動脈炎、額顳葉退化 '古德帕斯 徹氏症候群（Goodpasture's syndrome)、格雷夫斯氏病 (Graves· disease)、吉蘭-巴雷症候群（Guillain-Barr6)(GBS)、橋本氏曱狀腺炎（Hashimoto's thyroiditis)、 化膿性汗腺炎、HIV相關性癡呆、亨丁頓氏病 (Huntington's disease)、特發性肺纖維化、特發性血小板 減少性紫瘋（idiopathic .thrombocytopenia purpura，ITP)、 153333.doc -175- 201134825 特發性血小板減少性紫瘋（idiopathic thrombocytopenic purpura)、IgA腎病變、間質性膀胱炎、川崎氏病 (Kawasaki disease)、肯尼迪氏病（Kennedy’s disease)、克 利伯病（Krabbe’s disease)、乳酸中毒及中風（MELAS)、路 易體性癡呆（Lewy body dementia)、扁平苔癬（lichen planus)、肺癌、紅斑性狼瘡症、馬查多-約瑟夫病 (Machado-Joseph disease)(3型脊髓小腦性運動失調）、惡性 淋巴瘤、惡性神經膠質瘤、美尼爾氏病（Meniere，s disease)、粒線體腦病、混合性結締組織病、硬斑病、多 發性系統萎縮症、多發性硬化症、重症肌無力、發作性睡 病、神經疏螺旋體病（neuroborreliosis)、神經性肌強直 (neuromyotonia)、尼曼匹克病（Niemann Pick disease)、帕 金森氏病（Parkinson’s disease)、佩利措伊斯-梅茨巴赫病 (Pelizaeus-Merzbacher disease)、尋常天疱瘡惡性貧血、匹 克氏病（Pick's disease)、結節性多動脈炎、風濕性多肌 痛、多發性肌炎、原發性膽汁性肝硬化症、原發性側索硬 化、朊病毒病、牛皮癣、牛皮癬性關節炎、雷謹氏病 (Raynaud’s disease)、雷富孫氏病（Refsum's disease)、萊特 爾氏症候群（Reiter's syndrome)、復發性多軟骨炎、進行性 核上麻癖、風濕熱、類風濕性關節炎（RA)、山多夫病、肉 狀瘤病、希爾逗病（Schilder's disease)、精神分裂症、硬皮 病、修格蘭氏症候群（Sjdgren’s syndrome)、斯皮爾梅_伊 爾-修格蘭-巴騰病（亦稱為巴騰病）、脊髓性肌萎縮、脊髓 小腦性運動失調（具有不同特徵之多種類型）、史提爾_理查 153333.doc -176- 201134825 森-奥爾塞斯基病（Steele-Richardson-Olszewski disease)、 僵硬人症候群（stiff person syndrome)、繼發於惡性貧血之 亞急性脊髓聯合退化.、脊髓癆（Tabes dorsalis)、顳動脈炎 (亦稱為巨細胞性動脈炎）、中毒性腦病及χ_性聯淋巴增生 性疾病（XLP)、潰瘍性結腸炎（兩種類型特發性發炎性腸病 或IBD之一）、葡萄膜炎、脈管炎、白斑症及華格納氏肉芽 腫病（Wegener's granulomatosis)。 在一些實施例中，本發明提供適用於治療或預防增生性 病症或自體免疫性疾病之組合物。該等組合物適於内部使 用且包含有效量之IAP抑制劑及生理上可接受之載劑或媒 劑’適用於治療或預防癌症、神經退化性病症及自體免疫 性。 XIAP抑制劑可以有效治療或預防個體之增生性病症或 降低增生性病症嚴重程度之量投與。增生性病症包括（但 不限於）貫體腫瘤癌症，諸如惡性淋巴瘤、惡性神經膠質 瘤、X-性聯淋巴增生性疾病（XLp)、急性骨髓性白血病 (AML)、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、軟骨肉瘤、骨 原肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋 巴 ί 内皮肉瘤（lymphangioendotheliosarcoma)、滑膜瘤、 間皮瘤、尤因氏瘤（Ewing，s tum〇r)、平滑肌肉瘤、橫紋肌 肉瘤、腦癌、結腸癌、結腸直腸癌、腎癌、肝癌、胰臟 癌、骨癌、乳癌、卵巢癌、前列腺癌、食管癌、胃癌、口 腔癌、鼻癌、咽喉癌、頭頸癌、鱗狀細胞癌、基底細胞 癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、 153333.doc •177· 201134825 囊腺癌、髓性癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝腫瘤、膽管 癌、絨膜癌、精原細胞瘤、胚胎癌、韋爾姆斯氏瘤（Wilms， tumor)、子宮頸癌、子宮癌、睪丸癌、小細胞肺癌、膀胱 癌、肺癌、中柩神經系統癌症、上皮癌、皮膚癌、黑色素 瘤、神經母細胞瘤及視網膜母細胞瘤。 在一些實施例中’本發明提供適用於治療或預防自體免 疫性疾病之IAP抑制劑的組合物。自體免疫性疾病包括（但 不限於）自體免疫性血液病症（例如溶血性貧丘、再生障礙 性貧血、純紅血球貧血症及特發性血小板減少症）、全身 _ 性紅斑性狼瘡症、類風濕性關節炎、多軟骨炎、硬皮病、 華格納氏肉芽腫病、皮肌炎、慢性活動型肝炎、重症肌無 力、史蒂文斯-約翰遜症候群（Steven-Johnson syndrome)、 特發性脂肪瀉（idiopathic sprue)、急性胰臟炎、自體免疫 性發炎性腸病（例如潰瘍性結腸炎及克隆氏病）、内分泌性 眼病、格雷夫氏病（Grave's disease)、肉狀瘤病、肺泡炎、 慢性過敏性肺炎、多發性硬化症、原發性膽汁性肝硬化 症、葡萄膜炎（前部及後部）、乾燥性角膜結膜炎及春季角鲁 膜結膜炎、間質性肺纖維化、牛皮癖性關節炎及絲球體腎 炎.（有或無腎病症候群，例如包括特發性腎病症候群或微 小變化腎病變）。 XIAP抑制劑可以有效治療或預防個體之自體免疫性疾 病之量投與。可根據本發明之方法治療的神經退化性疾病 包括（但不限於）阿茲海默氏症、帕金森氏病、肌萎縮性側 索硬化、亨丁頓氏病及大腦缺血’及由外傷性損傷、麵胺 153333.doc
S -178· 201134825 酸鹽神經毒性（glutamate neurotoxicity)及低氧引起之神經 退化性疾病。 cIAP抑制劑可以有效治療或預防個體之增生性病症或降 低增生性病症嚴重程度之量投與。增生性病症包括（但不 限於）黏膜相關淋巴組織淋巴瘤（MALT淋巴瘤）（其為非霍奇 金氏淋巴瘤（non-Hodgkin's lymphoma)之子集）、乳癌、前 列腺癌、胰臟癌、肺癌、卵巢癌、結腸癌、惡性神經膠質 瘤及急性骨髓性白血病（AML)。 II. ΡΙ3Κβ/γ 磷脂醯肌醇3-激酶（「ΡΙ3Κβ/γ」）路徑為發揮其對眾多細 胞功能（包括細胞週期進程、增殖、運動、代謝及存活）之 影響的重要信號傳導路徑（Marone等人，5/〇〇/2/所.5/〇/?/7>^· (2008) 1784: 159-185)。在 IA 類 PI3K 之情況下的受體 酪胺酸激酶活化，或在IB類ΡΙ3Κγ之情況下的G蛋白活化引 起磷脂醯肌醇-(4,5)-二磷酸之磷酸化，產生膜結合型磷脂 φ 醯肌醇-(3,4,5)-三磷酸。後者藉由使磷脂醯肌醇-(3,4,5)-三 填酸結合於激酶之普列克受質蛋白同源（pleckstrin-homology，PH)域而促進多種蛋白激酶自細胞質轉移至質 膜。 作為PI3K之下游目標的激酶包括磷脂醯肌醇依賴性激酶 1(PI3K)及Akt(亦稱為蛋白激酶B或PKB)。此等激酶之磷酸 化接著使涉及諸如以下之介體的眾多其他路徑活化或去活 化：GSK3、mTOR、PRAS40、FKHD、NF-κΒ、BAD、卡 斯蛋白酶-9及其他。此等路徑涉及許多細胞過程，諸如細 153333.doc -179- 201134825 胞週期進程、細胞存活及細胞凋亡、細胞生長、轉錄、轉 譯、代謝、去顆粒及細胞運動。 PI3K路徑之重要負反館機制為PTEN ’ 一種催化麟脂酿 肌醇~(3,4,5)-三磷酸去磷酸化成磷脂醯肌醇-(4,5)-二磷酸 之磷酸酶。在超過60%之所有實體腫瘤中，PTEN突變為非 活性形式，從而允許PI3K路徑組成性活化。因為許多癌症 為實體腫瘤，所以此觀察結果提供以下證據：把向PI3κ路 徑中之PI3K本身或個別下游激酶提供減輕或甚至消除許多 癌症中之失調且因此恢復正常細胞功能及特性的有希望之 方法。 了藉由调節PI3K功能來治療之疾病及病症包括（但不限 於）患者之癌症、神經纖維瘤、眼部血管生成、中風、糖 尿病、肝腫大、心血管疾病、阿茲海默氏症、囊腫性纖維 化、病毒疾病、自體免疫性疾病、動脈粥樣硬化、再狹 窄、牛皮癬、過敏性病症、炎症、神經性病症、血管生成 性病症、激素相關疾病、與器官移植相關之病狀、免疫缺 乏病症、毀壞性骨病、增生性病症、感染性疾病、與細胞 死亡相關之病狀、凝血酶誘導之血小板凝集、慢性骨髓白 血病（CML)、肝病、涉及τ細胞活化之病理學免疫病狀及 CNS病症。此等增生性疾病/病症包括（但不限於）實體腫瘤 癌症，諸如纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、軟骨肉瘤、 骨原肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、 淋巴管内皮肉瘤、滑膜瘤、間皮瘤、尤因氏瘤、平滑肌肉 瘤、橫紋肌肉瘤、腦癌、結腸癌、結腸直腸癌、腎癌、肝 153333.doc -180· 201134825 癌、胰臟癌、骨癌、乳癌、卵巢癌、前列腺癌食管癌、 胃癌、口腔癌、鼻癌、咽喉癌'頭頸癌、鱗狀細胞癌、基 底細胞癌、腺癌、汁腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀 腺癌、囊腺癌、髓性癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝腫瘤、 膽管癌、絨膜癌、精原細胞瘤、胚胎癌、韋爾姆斯氏瘤、 子宮頸癌、子宮癌、睪丸癌、小細胞肺癌、膀耽癌、肺 癌、中枢神經系統癌症、上皮癌、皮膚癌、黑色素瘤、神 ^ 經母細胞瘤及視網膜母細胞瘤。 PI3K抑制劑可以有*治療或預防個體之增纟性病症或降 低增生性病症嚴重程度之量投與。更特定言之，本發明之 化合物適用於治療選自以下之增生性疾病：良性或惡性腫 瘤、腦癌、腎癌、肝癌、膽管癌、腎上腺癌、膀胱癌、乳 癌、食管癌、胃癌、胃腫瘤、#巢癌、結腸癌、直腸癌、 前列腺癌、胰臟癌、肺癌（包括小細胞肺癌、非小細胞肺 癌及支氣管肺泡癌）、胃癌、陰道癌、子宮内膜癌、子宮 φ 癌、子呂頭癌及外陰癌、睪丸癌、泌尿生殖道癌、喉癌、 皮膚癌、骨癌或甲狀腺癌、肉瘤、神經膠母細胞瘤、神經 母細胞瘤、多發性骨髓瘤及淋巴瘤、腸胃癌（尤其結腸癌 或結腸直腸腺瘤）、頭頸腫瘤 '中樞神經系統癌症、表皮 增生、牛皮癖、前列腺增生、瘤形成、上皮特徵之瘤形 成、腺瘤、腺癌、角化棘皮瘤、表皮樣癌、大細胞癌、非 小細胞肺癌、淋巴瘤、霍奇金氏病、乳腺癌、滤泡性癌、 未分化癌、乳頭狀癌、精原細胞瘤、黑色素瘤或白血病 (包括ALL及CML)。其他疾病包括考登症候群（c〇wden 153333.doc -181 · 201134825 syndrome)、萊爾米特 _度多斯病（Lhermitte_Dud〇s disease) 及班那延-佐納納症候群（Bannayan_z〇nana Syn(jrome)，或 PI3K/PK路徑異常活化之疾病。 P13 K抑制劑可以有效治療或預防個體之神經退化性疾病/ 病症或降低神經退化性疾病/病症嚴重程度之量投與。可 根據本發明之方法治療的神經退化性疾病包括（但不限於） 阿茲海默氏症、帕金森氏病、肌萎縮性側索硬化、亨丁頓 氏病及大腦缺血，及由外傷性損傷、麩胺酸鹽神經毒性及 低氧引起之神經退化性疾病。 PI3K抑制劑可以有效治療或預防個體之自體免疫性疾病 之量投與》自體免疫性疾病包括（但不限於）自體免疫性血 液病症（例如溶血性貧血、再生障礙性貧血、純紅血球貧 血症及特發性血小板減少症）、全身性紅斑性狼瘡症、類 風濕性關節炎、多軟骨炎、硬皮病、華格納氏肉芽腫病、 皮肌炎、慢性活動型肝炎、重症肌無力、史蒂文斯-約翰 遜症候群、特發性脂肪瀉、急性胰臟炎、自體免疫性發炎 性腸病（例如溃瘍性結腸炎及克隆氏病）、内分泌性眼病、 格雷夫氏病、肉狀瘤病、肺泡炎、慢性過敏性肺炎、多發 性硬化症、原發性膽汁性肝硬化症、葡萄膜炎（前部及後 4 )、乾燥性角膜結膜炎及春季角膜結膜炎、間質性肺纖 維化、牛皮癬性關節炎及絲球體腎炎（有或無腎病症候 群，例如包括特發性腎病症候群或微小變化腎病變 在某些實施财’本發明提供一種使用所揭#之化合物 來預防、治療以下疾病或降低以下疾病之嚴重程度的方 153333.doc -182- 201134825 法：I型神經纖維瘤（NFl)、II型神經纖維瘤（NF2)、許旺細 胞贅瘤（Schwanii cell neoplasms)(例如MPNST)或神經勒瘤 (Schwannomas) 〇 此外，本文所揭示之化合物適用於預防、治療與κ相 關之發k性或阻塞性呼吸道疾病或降低該等疾病之嚴重程 度。本發明適用之發炎性或阻塞性呼吸道疾病包括任何類 型或起源之哮喘，包括内因性（非過敏性）哮喘與外因性（過 # 敏性）哮喘、輕度哮喘、中度哮喘、嚴重哮喘、支氣管哮 喘、運動誘發之哮喘、職業性哮喘及細菌感染後誘發之哮 喘。治療哮喘亦應理解為包含治療例如年齡小於4或5歲且 顯示哮喘症狀且診斷或可診斷為「哮喘嬰兒」之個體，亦 即受到嚴重醫學關注且現在經常標識為初期或早期哮喘患 者之確立患者類別。 在治療哮喘令之預防功效將由以下證實：症狀發作（例 如急性哮喘或支氣管收縮發作）之頻率或嚴重程度降低， 肺功能改良或呼吸道過廑及虛 、、度反應改良。其可進一步由以下證 實：對其他症狀療法（諸如合 、兩如田症狀發作出現時，用於或意 I限制或中止症狀發作之瘃 療法，例如消炎或支氣管擴張） 之需求降低。在傾向於「 ,. 、 早晨‘〜、壓觸診（morning dipping)」之個體中，哮 5 芩而之預防益處可能尤其明顯。「早 晨，。壓觸診」為公認之哮 ^ ^ ^ 0 矢砰吊見於貫質百分比之 .^ ^ 如在上午約4點至ό點之間（亦即 在通常實質上遠離任何弁 U又與之症狀哮喘療法之時）哮 153333.doc • 183 · 201134825 在又一實施例中’本發明之化合物可用以預防、治療其 他與P13 K相關之發炎性或阻塞性呼吸道疾病及病狀或降低 該等疾病及病狀之嚴重程度，該等疾病及病狀包括（但不 限於）急性肺損傷（ALI)、成人/急性呼吸窘迫症候群 (ARDS)、慢性阻塞性肺病、呼吸道疾病或肺病（c〇pD、 COAD或COLD)(包括與其相關之慢性支氣管炎或呼吸困 難）、氣腫、以及繼其他藥物療法（尤其是其他吸入式藥物 療法）後呼吸道過度反應之加重。本發明亦適用於治療任 何類型或起源之支氣管炎’包括（但不限於）急性、花生仁 吸入性（arachidic)、卡他性（catarrhal)、格魯布性 (croupus)、慢性或結核性支氣管炎。本發明適用之其他發 炎性或阻塞性呼吸道疾病包括任何類型或起源之肺塵埃沉 著病（pneumoconiosis)(—種發炎性肺病，通常為職業性肺 病’經常伴隨氣管阻塞（無論慢性或急性），且由反覆吸入 粉塵引起）’包括例如礬土沉著病（aluminosis)、炭末沉著 病（anthracosis)、石綿沉著病（asbest〇sis)、石硝沉著病 (chalicosis)、睫毛脫落（ptil〇sis)、鐵質沉著病（sider〇sis)、 矽粉沉著病（silicosis)、菸末沉著病（tabac〇sis)及棉屑沉著 病（byssinosis)。 關於其消炎活性，尤其關於抑制嗜伊紅白血球活化，本 文揭示之方法可用以治療與PI3K相關之嗜伊紅白血球相關 疾病’例如嗜伊紅白血球增多症（e〇sinophilia)，特定言之 呼吸道之嗜伊紅白血球相關病症（例如涉及肺部組織之病 態嗜伊紅白友球浸潤），包括影響呼吸道及/或肺之嗜伊紅 153333.doc •184· 201134825 細胞過多（hypereosinophilia)，以及例如繼發或伴隨於以下 之呼吸道嗜伊紅白血球相關疾病：呂弗勒氏肺炎（L〇ffier，s syndrome)、嗜伊紅白血球肺炎、寄生蟲（尤其後生動物）感 染（包括熱帶嗜伊紅白血球增多症）、支氣管與肺之麯黴 病、結節性多動脈炎（包括謝格-司托司症候群）、嗜伊紅白 血球性肉芽腫及由藥物反應引起之影響呼吸道之嗜伊紅白 血球相關病症。 因為PI3K牵涉於發炎性及過敏症中，所以本文所揭示之 方法亦適用於預防、治療以下疾病或降低其嚴重程度：牛 皮癬、接觸性皮膚炎、異位性皮膚炎、斑形脫髮、多形性 紅斑（erythema multiforma)、疱疹樣皮膚炎、硬皮病白 斑症、過敏性脈管炎、蓴痲疹、大皰性類天疱瘡、全身性 紅斑性狼瘡症、天疱瘡、後天性大皰性表皮松解及其他發 炎性或過敏性皮膚病狀。 此外，具有由異常PI3K引起之發炎性組分的疾病或病狀 亦可藉由本文所揭示之方法預防、治療或用以降低嚴重程 度。此等疾病及病症包括（但不限於）眼睛疾病及病狀（諸如 結膜炎、乾燥性角膜結膜炎及春季結膜炎）、影響鼻之疾 病（包括過敏性鼻炎），及發炎性疾病，其中自體免疫性反 應牵涉或具有自體免疫性組分或病料，包括自體免疫性 血液病症（例如溶血性貧血、再生障礙性貧血、純紅血球 貧血症及特發性血小板減少症）、全身性紅斑性狼瘡症、 類風濕性關節炎、多軟骨炎、硬皮病、華格納氏肉芽腫 病、皮肌炎、慢性活動型肝炎、重症肌無力、史蒂文斯· 153333.doc •185- 201134825 約翰遜症候群、特發性脂肪填、急性胰臟炎、自體免疫性 發炎性腸病（例如潰瘍性結腸炎及克隆氏病）、内分泌性眼 病、格雷夫氏病、肉狀瘤病、肺泡炎、慢性過敏性肺炎、 多發性硬化症、原發性膽汁性肝硬化症、葡萄膜炎（前部 及後4 )、乾燥性角膜結膜炎及春季角膜結膜炎、間質性 肺纖維化、牛皮癬性關節炎及絲球體腎炎（有或無腎病症 候群，例如包括特發性腎病症候群或微小變化腎病變卜 可根據本發明之方法預防、治療或用以降低嚴重程度之 “血S疾病包括（但不限於）再狹窄、心臟肥大、動脈粥樣 硬化、心肌梗塞、缺血性中風及充血性心臟衰竭。 在一實施例中，本發明提供適用於治療或預防患者之以 下疾病之組合物：癌症、神經纖維瘤、眼部血管生成、中 風、糖尿病、肝腫大、心血管疾病、阿茲海默氏症、囊腫 性纖維化、病毒疾病、自體免疫性疾病、動脈粥樣硬化、 再狹窄、牛皮癬'過敏性病纟、炎症、神經性病症、血管 生成病症、激素相關疾病、肖器官移植相關之病狀、免疫 缺乏病症、毁壞性骨病、增生性病症、感染性疾病、與細 胞死亡相關之病狀、凝血酶誘導之血小板凝集、慢性骨髓 白血病(CML)、肝病、涉及τ細胞活化之病理學免疫病 狀，及CNS病症。 因為PI3K具促血管生成性伽叩⑽等人，❿加（2刪) = 3(7195): 662·6)，所以本發明之方法可能有利於抑制血 官生成’例h以諸如藉由局部投與本發明〖合物來治療與 眼部血管生成相關之眼病。轉明之化合物可調配用於局 153333.doc •186- 201134825 部投與。舉例而言，不可逆抑制劑可調配用於局部傳遞至 肺（例如呈氣霧劑，諸如乾粉或液體調配物形式）以治療哮 喘，調配為乳膏劑、軟膏劑、洗劑或其類似物以便局部施 用於皮膚以治療牛皮癬，或調配為眼用調配物以便局部施 用於眼睛以治療眼病^此種調配物將含有本發明之抑制劑 及醫藥學上可接受之載劑。亦可存在其他組分，諸如防腐 劑，及提高調配物黏度之藥劑，諸如天然或合成聚合物。 眼用調配物可呈任何適合形式，諸如液體、軟膏劑、水凝 膠或散劑。本發明之化合物可連同另一治療劑一起投與， 該另一治療劑為諸如抗VEGF劑，例如蘭尼珠單抗 (ranibizumab) ’亦即結合VEGFA之抗體的Fab片段，或如 下文進一步描述之另一抗血管生成化合物。 III.PDPK1 3-麟酸肌醇依賴性激酶l(PDPKl)將AGC激酶超家族之許 多蛋白質絲胺酸/蘇胺酸激酶（包括蛋白激酶B(PKB ;亦稱 為Akt)、血清及糖皮質激素誘導性激酶、蛋白激酶c同功 異型物及p70核糖體S6激酶）之活化環磷酸化。磷酸肌醇3_ 激酶/3-磷酸肌醇依賴性激酶i(pDPKl)/Akt信號傳導路徑在 癌細胞生長、存活及腫瘤血管生成中起關鍵作用且代表抗 癌藥物之有希望目標。 增生性病症可藉由投與有需要之個體有效量之pDPK i抑 制劑來預防、治療或降低嚴重程度》可藉由投與有效量之 PDPK1抑制劑來預防、治療或降低嚴重程度之增生性病症 包括（但不限於）癌症、子宮肌瘤、良性前列腺肥大、家族 153333.doc •187- 201134825 性腺瘤性息肉病、神經纖維瘤病、動脈粥樣硬化、肺纖維 化、關節炎、牛皮癬、絲球體腎炎、繼血管成形術或血管 手術後之再狹窄、肥厚性疤痕形成、發炎性腸病、移植排 斥反應、内毒素休克、真菌感染、缺陷細胞凋亡相關病狀 或與PDPK1活性相關之增生性疾病。 因為PDPK1為PI3K之下游目標，所以由PI3K調節之疾病 及病症亦涉及異常PDPK1功能。因此，可藉由調節PDPK1 活性來治療之疾病包括（但不限於）患者之癌症、神經纖維 瘤、眼部血管生成、中風、糖尿病、肝腫大、心血管疾 病、阿茲海默氏症、囊腫性纖維化、病毒疾病、自體免疫 性疾病、動脈粥樣硬化、再狹窄、牛皮癖、過敏性病症、 炎症、神經性病症、血管生成病症、激素相關疾病、與器 官移植相關之病狀、免疫缺乏病症、毀壞性骨病、增生性 病症、感染性疾病、與細胞死亡相關之病狀、凝血酶誘導 之血小板凝集、慢性骨髓白血病（CML)、肝病、涉及τ細 胞活化之病理學免疫病狀及CNS病症。此等增生性疾病/病 症包括（但不限於）實體腫瘤癌症，諸如纖維肉瘤、黏液肉 瘤、脂肪肉瘤、軟骨肉瘤、骨原肉瘤、脊索瘤、血管肉 瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、滑膜瘤、 間皮瘤、尤因氏瘤、平滑肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、腦癌、結 腸癌、結腸直腸癌、腎癌、肝癌、胰臟癌、骨，癌、乳癌、 卵巢癌、前列腺癌、食管癌、胃㉟、口腔癌、鼻癌、咽喉 癌、頭頸癌、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、 皮脂腺癌、乳頭狀癌、导匕頭狀腺癌、囊腺癌、髓性癌、支 153333.doc 201134825 氣管癌、腎細胞癌、肝腫瘤、膽管癌、絨膜癌、精原細胞 瘤、胚胎癌、韋爾姆斯氏瘤、子宮頸癌、子宮癌、睪丸 癌、小細胞肺癌、膀胱癌、肺癌、中樞神經系統癌症、上 皮癌、皮膚癌、黑色素瘤、神經母細胞瘤及視網膜母細胞 瘤。 PDPK1抑制劑可以有效治療或預防個體之增生性病症或 降低其嚴重程度之量投與。更特定言之，本發明之化合物 適用於治療選自以下之增生性疾病：良性或惡性腫瘤、腦 癌、腎癌、肝癌、膽管癌、腎上腺癌、膀胱癌、乳癌、食 官癌、胃癌、胃腫瘤、卵巢癌、結腸癌、直腸癌、前列腺 癌、騰臟癌、肺癌（包括小細胞肺癌、非小細胞肺癌及支 氣官肺泡癌）、胃癌、陰道癌、子宮内膜癌、子宮癌、子 呂頸癌及外陰癌 '睪丸癌、泌尿生殖道癌、喉癌、皮膚 癌、骨癌或甲狀腺癌、肉瘤、神經膠母細胞瘤、神經母細 胞瘤、多發性骨髓瘤及淋巴瘤、腸胃癌（尤其結腸癌或結 腸直腸腺瘤）、頭頸腫瘤、中樞神經系統癌症、表皮增 生、牛皮癬、前列腺增生、瘤形成、上皮特徵之瘤形成、 腺瘤、腺癌、角化棘皮瘤、表皮樣癌、大細胞癌、非小細 胞肺癌、淋巴瘤、霍奇金氏病、乳腺癌、濾泡性癌、未分 化癌、乳頭狀癌、精原細胞瘤、黑色素瘤或白血病（包括 ALL及CML)。其他疾病包括考登症候群、萊爾米特_度多 斯病及班那延-佐納納症候群或PI3K/Pkb路徑異常活化之 疾病。 PDPK1抑制劑可以有效治療或預防個體之神經退化性疾 153333.doc -189· 201134825 病/病症或降低其嚴重程度之量投與。可根據本發明之方 法治療的神經退化性疾病包括（但不限於）阿茲海默氏症、 帕金森氏病、肌萎縮性側索硬化、亨丁頓氏病及大腦缺 血，及由外傷性損傷、麩胺酸鹽神經毒性及低氧引起之神 經退化性疾病。 PDPK1抑制劑可以有效治療或預防個體之自體免疫性疾 病之量投與。自體免疫性疾病包括（但不限於）自體免疫性 血液病症（例如溶血性貧血、再生障礙性貧血、純紅血球 貧血症及特發性血小板減少症）、全身性紅斑性狼瘡症、 類風濕性關節炎、多軟骨炎、硬皮病、華格納氏肉芽腫 病、皮肌炎、慢性活動型肝炎、重症肌無力、史蒂文斯_ 約輪遜症候群、特發性脂肪濱、急性騰臟炎、自體免疫性 發炎性腸病（例如潰瘍性結腸炎及克隆氏病）、内分泌性眼 病、格雷夫氏病、肉狀瘤病、肺泡炎、慢性過敏性肺炎、 多發性硬化症、原發性膽汁性肝硬化症、葡萄膜炎(前部 及後部）、乾燥性角膜結膜炎及春季角膜結膜炎、間質性 肺纖維化、牛皮癬性關節炎及絲球體腎炎（有或無腎病症 候群，例如包括特發性腎病症候群或微小變化腎病變）。 涉及異常PDPK1表現之血源性癌症包括（但*限於）急性 淋巴母細胞白血病、急性淋巴母細胞B細胞白血病、急性 淋巴母細胞T-細胞白血病 '急性髓母細胞性白血病、急性 前鑛細胞白企病、急性單核母細胞白血病、急性紅白血病 性白血病、急性巨核母細胞白血病、急性髓單核細胞白血 病、急性非淋巴細胞白血病、急性未分化性白血病、慢性 J53333.doc 201134825 髓細胞白血病（「CML」）、慢性淋巴細胞白血病 (「CLL」）、毛細胞白血病及骨髓_瘤。 牵涉PDPK1之淋巴瘤包括（但不限於）霍奇金病、非霍奇 金氏淋巴瘤、多發性骨髓瘤、瓦爾登斯特倫巨球蛋白血症 (Waldenstr6m’s macroglobulinemia)、重鏈病及真性紅細胞 增多症。 PDPK1表現異常之CNS及腦部癌症包括（但不限於）神經 膠質瘤、纖維性星形細胞瘤、星形細胞瘤、多形性星形細 胞瘤、多形性膠質母細胞瘤、神經管胚細胞瘤、顱咽管 瘤、室管膜瘤、鬆果腺瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、少 枝膠質瘤、腦膜瘤、前庭神經朝瘤、腺瘤、轉移性腦腫瘤 及腦膜瘤。 病毒介導性癌症亦涉及PDPK1過表現。此等病毒包括人 類乳頭狀瘤病毒，其可引起子宮頸癌（參看例如Hernandez_
Avila 等人，Archives of Medical Research (1997) 28:265-271)，艾普斯坦-巴爾病毒（EpStein-Barr virus，EBV)，其 可引起淋巴瘤（參看例如Herrmann等人，J Pathol (2003) 199(2):140-5) ; B或C型肝炎病毒，其可引起肝癌（參看例 如 El-Serag，J Clin Gastroenterol (2002) 35(5增刊 2):S72· 8);人類T細胞白血病病毒（HTLV)-I，其可引起T-細胞白 血病（參看例如 Mortreux等人，Leukemia (2003) 17(1 ):26-38)，人類癌療病毒-8感染，其可引起卡波氏肉瘤（Kap0Si’s sarcoma)(參看例如 Kadow等人，Curr Opin Investig Drugs (2002) 3(11): 1574-9);及人類免疫缺乏病毒（Human 153333.doc -191 - 201134825
Immune deficiency Virus’ HIV)感染，其可引起免疫缺乏 所致之癌症（參看例如Dal Maso等人，Lancet Oncol (2003) 4(2):110-9)。 本發明提供治療或預防此等上述癌症、病症及疾病之方 法，其包含投與需要此治療或預防之個體有效量之PDPK1 抑制劑。
IV. HCV HCV為正股RNA病毒，其基因體編碼約3000個胺基酸之 聚合蛋白質。此前驅蛋白質被加工成至少1〇種病毒結構及 非結構性蛋白質：C、El、E2、p7、NS2、NS3、NS4A、 NS4B、NS5A 及 NS5B(Blight，K.J.等人，Antiviral Ther. 增刊3: 71-81，1998)。HCV非結構性（NS)蛋白質係藉由聚 合蛋白質之蛋白水解裂解所產生且認為其提供病毒複製必 需之催化機構。 NS3為約68 Kda蛋白質，且具有N端絲胺酸蛋白酶域與 其C端之RNA依賴性ATPase域。已顯示NS4A蛋白用作NS3 之絲胺酸蛋白酶活性的輔因子。NS3用作蛋白水解酶，其 裂解釋放HCV複製必需之其他非結構性蛋白質的位點，且 為抗病毒化學療法之經驗證治療目標。 無疫苗可用於HCV，且干擾素治療之確立療法僅在15 -20%之患者中有效（Weiland，〇.，FEMS Microbiol· Rev. 14: 279-88，1994)，且具有顯著副作用（Walker，Μ.A.等人， DDT 4: 518-29，1999 ; Moradpour, D.等人，£111·.·!· Gastroenterol. Hepatol. 11: 1199-1202，1999)。儘管現行護 153333.doc -192- 201134825 理標準（聚乙一醇化干擾素α與病毒《>坐（ribavirin)組合）較有 效且似乎減少患有HCV相關肝硬化之患者的肝細胞癌 (Hung, C.H.等人，J Viral Hepatitis 13(6): 409-414, 2006)， 但此治療亦已顯示產生副作用，諸如甲狀腺功能異常 (Huang，J.F.等人，J Viral Hepatitis 13(6): 396-401，2006) 〇 HCV感染之症狀可為急性或慢性。急性症狀包括食慾降 低、疲勞、腹痛、黃疸、瘙癢及流感樣症狀。大多數具有 急性症狀之診斷有HCV感染之患者最終產生慢性症狀，包 括疲勞、流感樣症狀、關節痛、瘙療、睡眠蒼亂、食您改 變、噁心及抑鬱症《慢性HCV感染最終引起肝臟炎症、纖 維化且最終引起肝硬化，其所有均引起肝功能降低且最終 引起肝哀竭。慢性C型肝炎亦可與諸如以下之與hcv存在 相關之肝外表現相關：遲發性皮膚卟啉病（p〇rphyria cutanea tarda)、冷球蛋白血症（cry〇gi〇bulinemia)(小血管脈 管炎之形式）及絲球體腎炎（腎臟炎症）、特異性膜增生性絲 球體腎炎（MPGN)。 在一實施例中，本發明提供適用於治療或預防Hcv感染 之組合物。組合物適用於内部使用且包含有效量之hcv抑 制劑及生理上可接受之載劑或媒劑。 HCV抑制劑可以有效治療或預防個體之Hcv感染或降低 其嚴重程度之量投與。 視所治療之特定病狀或疾病而定，通常投與以治療該病 狀之其他治療劑可與本發明之化合物及組合 如本文所用，通常投與以治療特定疾病或病狀之=療 153333.doc •193· 201134825 劑稱為「適於所治療之疾病或病狀」。 在某些實施例中，所提供之化合物或其組合物係與HCV 蛋白酶或其變異體之另一抑制劑組合投與。在—些實施例 中’所提供之化合物或其組合物係與另一抗病毒劑組合投 與。此等抗病毒劑包括（但不限於）免疫調節劑，諸如α—干 擾素、β-干擾素及γ·干擾素、聚乙二醇化衍生之干擾素_α 化合物’及胸腺素（thymosin);其他抗病毒劑，諸如病毒 唑、金剛胺（amantadine)及替比夫定（teibivudine) ; c型肝 炎蛋白酶之其他抑制劑（NS2-NS3抑制劑及NS3-NS4A抑制 劑，例如BILN 2〇61及VX-950) ; HCV生命週期中其他目標 之抑制劑’包括解螺旋酶及聚合酶抑制劑；内部核糖體進 入之抑制劑；廣效病毒抑制劑，諸如IMPDH抑制劑（例如 黴酚酸（mycophenolic acid)及其衍生物）；或任何上述各物 之組合。 在某些實施例中’可投與2種或2種以上抗病毒劑之組 合。在某些實施例中，可投與3種或3種以上抗病毒劑之組 合。在一些實施例中，抗病毒劑係選自病毒唑或干擾素。 在其他實施例中，抗病毒劑為α-干擾素。 亦可與本發明之抑制劑組合之藥劑的其他實例包括（但 不限於）：阿茲海默氏症之治療，諸如Aricept®及 Excelon ，HIV之治療，邊如利托那拿（rjt〇navir);帕金森 氏病之治療，諸如L-DOPA/卡比多巴（carbidopa)、恩他卡 朋（entacapone)、羅匹尼羅（r〇pinr〇le)、普拉克索 (pramipexole)、溴麥角環肽（bromocriptine) ' 培高利特 153333.doc •194- 201134825
(pergolide)、三己苯迪（trihexephendyl)及金剛胺；治療多 發性硬化症（MS)之藥劑，諸如β干擾素（例如Avonex®及 Rebif®)、Copaxone®，及米托蒽 S昆（mitoxantrone);哮喘之 治療’諸如沙丁胺醇（albuterol)及Singulair®;治療精神分 裂症之藥劑，諸如金普薩（zyprexa)、維思通（risperdal)、 啥硫平（seroquel)及私旅咬醇（haloperidol);消炎劑，諸如 皮質類固醇、TNF阻斷劑、IL-1 RA、硫唑嗓呤 (azathioprine)、環構醯胺（cyclophosphamide)及柳氣續胺 口比 咬（sulfasalazine);免疫調節劑及免疫抑制劑，諸如環孢素 (cyclosporin)、他克莫司（tacrolimus)、雷帕徽素 (rapamycin)、黴紛酸嗎琳乙醋（myCOphenolate mofetil)、干 擾素、皮質類固醇、環磷醯胺 '硫唑嘌呤及柳氮磺胺吡 咬；神經營養因子’諸如乙醯膽鹼酯酶抑制劑、MAo抑制 劑、干擾素、抗驚厥劑、離子通道阻斷劑、利魯唑 (riluzole)及抗帕金森氏症劑；治療心血管疾病之藥劑，諸 如β阻斷劑、ACE抑制劑、利尿劑、硝酸鹽、鈣通道阻斷 劑及士他;T (statin);治療肝病之藥劑，諸如皮質類固醇' 考來烯胺（ch〇lestyramine)、干擾素及抗病毒劑；治療血液 病症之藥劑，諸如皮質類固醇、抗白血病劑及生長因子； 延長或改良藥物動力學之藥劑，諸如細胞色素P45〇抑制劑 (代謝破壞之抑制劑）及CYp3A4抑制劑（例如酮康啥 (ketokenozole)及利托那韋），及治療免疫缺乏病症之藥 劑，諸如γ球蛋白。 在某些實施例中，本發明之化合物或其醫藥學上可接受 153333.doc -195· 201134825 之組合物係與單株抗體或siRNA治療劑組合投與。 "彼，其他藥劑可與含本發明化合物之組合物分別作為多 次給樂方案之-部分投與。或者，彼等藥劑可為單—劑型 =一部A，與本發明化纟物於單_組合物中混合在一起。 若作為多次給藥方案之一部分投與，則兩種活性劑可同 時、依序或彼此在-定時段内（通常彼此在五小時内）呈 遞0 V·劑量 本發明之方法可用以預防、治療以下疾病或降低以下疾 病之嚴重程度：癌症、自體免疫性病症、神經退化性或神 經性病症、精神分裂症、骨相關病症、肝病或心臟病症。 所需確切量將視個體之物種、年齡及一般狀況、感染嚴重 程度、特定藥劑、其投藥模式及其類似因素而在個體間不 同。本發明之化合物較佳調配成單位劑型以便利投藥及劑 量均一。如本文所用，表述「單位劑型」係指適於所欲治 療患者之藥劑的物理個別單位。然而應瞭解，本發明之化 合物及組合物之總日用量將由主治醫師於合理醫學判斷之 範疇内決定。任何特定患者或生物體之特定有效劑量將視 多種因素而定，包括所治療之病症及病症嚴重程度；所用 特定化合物之活性；所用特定組合物；患者之年齡、體 重、一般健康狀況、性別及飲食；所用特定化合物之投藥 時間、投藥途徑及排出速率；治療持續時間；與所用特定 化合物組合或同時使用之藥物，及其醫學技術中熟知之類 似因素。如本文所用’術語「患者」意謂動物，較佳為哺 153333.doc -196· 201134825 乳動物且最佳為人類。 投與本文所述之抑制劑或醫藥活性劑可經由治療劑之任 何投藥模式來完成。此等模式包括全身性投藥或局部投 藥’諸如經口、經鼻、非經腸、經皮、皮下、經陰道、頻 内、經直腸或局部投藥模式。在—些情況下，投藥將使得 本文所述之抑制劑或醫藥活性劑釋放至血流中。 在一實施例中，纟文所述之抑制劑或醫藥活性劑係經口
投與。 視預定投藥模式而定，組合物可呈固體、半固體或液體 J垔諸如可/主射劑、錠劑、栓劑、丸劑、時間釋放膠 囊、醜劑、g丁劑、乳液、糖毁、散劑、液體、懸浮液或其 類似物，較佳為單位劑量且與習知醫藥實踐一致。同樣， 其亦可以靜脈内（快速注射與輸注）、腹膜内、皮下或肌肉 内形式投與，所有均使用熟習醫藥技術者熟知之形式。 用於經口投與之液體劑型包括（但不限於）醫藥學上可接 受之乳液、微乳液、溶液、懸浮液、糖漿劑及酏劑。除活 性化合物外，液體劑型亦可含有此項技術中常用之惰性稀 釋劑’諸如水或其他溶劑、增溶劑及乳化劑，諸如乙醇' 異丙醇、碳酸乙酯、乙酸乙酯、苯甲醇、苯甲酸笨曱酯、 丙二醇、1，3-丁二醇、二甲基曱醯胺、油類（尤其棉籽油、 花生油、玉米油、胚芽油、橄欖油、蓖麻油及芝麻油）、 甘油、四氫糠醇、聚乙二醇及脫水山梨糖醇脂肪酸雖及其 混合物。除惰性稀釋劑外，經口組合物亦可包括佐劑，諸 如濕潤劑、乳化劑及懸浮劑、甜味劑、調味劑及芳香劑。 153333.doc -197- 201134825 可注射製劑（例如無菌可注射水性或油性懸浮液）可根據 已知技術使用溶解或適合之分散劑或濕潤劑及懸浮劑來調 …、菌可;主射冑劑亦可為於無毒性非經腸可接受之稀釋 劑或溶劑中之無菌可注射溶液、懸浮液或乳液，例如呈 1，3-丁二料之溶液的形式。可採用之可接受之媒劑及溶 劑包括水、右旋糖水溶液、甘油、乙醇、林格氏溶液 (Ringers solution)(u.s.p.)及等張氣化鈉溶液。另外，習用 無菌不揮發性油作為溶劑或懸浮介質。為此，可採用任何 無刺激性不揮發性油，包括合成之單甘油醋或二甘油醋。 此外’在製備可注射劑時使用諸如油酸之脂肪酸。 可注射調配物可例如藉由經細菌截留過攄器過遽或藉由 併入滅菌劑來滅菌，呈使用之前可溶解或分散於無菌水或 其他無菌可注射介質中之無菌固體組合物形式。 為延長本發明化合物之作用’經常需要減緩化合物自皮 下或肌肉内注射之吸收。此舉可藉由使用水溶性較差之紝 晶或非晶物質之液體懸浮液來實現。化合物之吸收速率貝; 取決於其溶解速率，而溶解速率又可取決於晶體大小及結 晶形式。或者’藉由使化合物溶解或懸浮於油媒劑中來實 現非經腸投與之化合物形式的延遲吸收。藉由在生物可降 解聚合物（諸如聚丙交醋.聚乙交醋）中形成化合物之微膠囊 基質來製備可注射儲積形式。視化合物與聚合物之比率及 所用特定聚合物之性質而定，可控制藥物釋放速率。其他 生物可降解聚合物的實例包括聚（原酸醋）及聚（野）。亦藉 由將化合物包埋於與身體組織相容之脂質體或微乳液中來 J53333.doc -198- 201134825 製備儲積式可注射調配物。 ;·里直腸或經陰道投與之本文所述之抑制劑或醫藥舌 f劑的組合物較佳為栓劑’其可藉由將本發明化合物與在 環境溫度下為固體但在體溫下為液體且因此在直腸或陰道 腔中熔融且釋放活性化合物之適合非刺激性賦形劑或載劑 (諸如可可脂、聚乙二醇或栓劑蠟）混合來製備。 用於經口投與之固體劑型包括膠囊、錠劑、丸劑、散劑 Φ 及顆粒劑。在此等固體劑型中，活性化合物與以下混合： 至少一種醫藥學上可接受之惰性賦形劑或載劑，諸如擰檬 酸鈉或磷酸二鈣；及/或a)填充劑或增積劑或稀釋劑，諸如 澱粉、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露糖醇、纖維素、糖精、 甘胺酸及矽酸；b)黏合劑，諸如矽酸鎂鋁、澱粉糊、黃芪 膠、叛甲基纖維素、甲基纖維素、海藻酸鹽、明膠、聚乙 烯吡咯啶酮、碳酸鎂、天然糖、玉米甜味劑、蔗糖、蠟及 天然或合成膠’諸如阿拉伯膠；C)保濕劑，諸如甘油； Φ 崩解劑，諸如瓊脂-瓊脂、碳酸鈣、馬鈴薯或木薯澱粉、 海藻酸、某些矽酸鹽及碳酸鈉；e)溶解阻滯劑，諸如石 蠟；f)吸收促進劑或崩解劑’諸如四級銨化合物、殿粉、 瓊脂、甲基纖維素、膨潤土、三仙膠（xanthangum)、海藻 酸及發泡混合物；g)濕潤劑’諸如十六醇及甘油單硬脂酸 酯；h)吸附劑，諸如高嶺土及膨潤土；及i)潤滑劑，諸如 滑石、二氧化矽、硬脂酸、硬脂酸鈣、硬脂酸鎂、油酸 鈉、乙酸納 '氣化納、固體聚乙二醇、月桂基硫酸納及其 混合物。在膠囊、錠劑及丸劑之情況下，劑型亦可包含緩 153333.doc -199· 201134825 衝劑。 類似類型之固體組合物亦可用作使用諸如乳糖 (lactose/milk sugar)以及高分子量聚乙二醇及其類似物之 賦形劑的填充軟明膠膠囊及硬明膠膠囊中的填充劑。錠 劑、糖衣藥丸、膠囊、丸劑及顆粒劑之固體劑型可製備為 具有包衣及外殼（諸如腸溶衣及醫藥調配技術中熟知之其 他包衣）。該等劑型可視情況含有乳濁劑且亦可具有使得 其僅在或優先在腸道之某一部分視情況以延遲方式釋放活 性成分的組成。可使用之包埋組合物的實例包括聚合物質 及蠟。類似類型之固體組合物亦可用作使用諸如乳糖以及 兩为子量聚乙一醇及其類似物之賦形劑的填充軟明膠膠囊 及硬明膠膠囊中的填充劑。 活性化合物亦可呈具有一或多種如上所述之賦形劑的微 囊封形式。知_劑、糖衣藥丸、膠囊、丸劑及顆粒劑之固體 劑型可製備為具有包衣及外殼（諸如腸溶衣及釋放控制包 衣及在醫藥調配技術中熟知之其他包衣）。在此等固體劑 型中，活性化合物可與至少一種諸如蔗糖、乳糖或澱粉之 惰性稀釋劑混合。此等劑型亦可包含（當正常實施時）除惰 性稀釋劑以外之其他物質，例如製錠潤滑劑及其他製錠助 劑，諸如硬脂酸鎂及微晶纖維素。在膠囊、錠劑及丸劑之 情況下，劑型亦可包含緩衝劑。其可視情況含有乳濁劑且 亦可具有使得其僅在或優先在腸道之某一部分視情況以延 遲方式釋放活性成分的組成。可使用之包埋組合物的實例 包括聚合物質及蠟。 153333.doc •200· 201134825 本文所述之抑制劑或醫藥活性劑亦可以脂質體傳遞系統 (諸如單層小微脂粒、單層大微脂粒及多層微脂粒）之形式 投與。脂質體可由含有膽固醇、十八胺或鱗脂酿膽驗之多 種碟脂形成。在-些實施例中’如美國專利第5,262,564號 中所述，脂質組分之膜以藥物水溶液水合以形成囊封藥物 之脂質層。 本文所述之抑制劑或醫藥活性劑亦可藉由使用與本文所 • 述之抑制劑或醫藥活性劑偶合之單株抗體作為個別載體來 傳遞。本文所述之抑制劑或醫藥活性劑亦可與作為可乾向 藥物載體之可>谷性聚合物偶合。此等聚合物可包括聚乙稀 吡咯啶酮、哌喃共聚物、聚羥丙基甲基丙烯醯胺-笨酚、 聚經乙基天冬醯胺苯紛或經軟脂酿基殘基取代之聚環氧乙 烷聚離胺酸。此外，本文所述之抑制劑或醫藥活性劑可與 一類適用於達成藥物控制釋放之生物可降解聚合物偶合， 生物可降解聚合物為例如聚乳酸、聚ε己内酯、聚經基丁 φ 酸、聚原酸酯、聚縮醛、聚二氫哌喃、聚氰基丙烯酸酯、 及水凝膠之交聯或兩性散段共聚物。 非經腸可注射投藥可用於皮下、肌肉内或靜脈内注射及 輸注。可注射劑可製備為習知形式、液體溶液或懸浮液或 適用於在注射前溶解於液體中之固體。 根據美國專利第3,710,795號（以引用的方式併入本文 中），用於非經腸投與之一實施例採用植入緩慢釋放或持 續釋放系統。 組合物可經滅菌或含有無毒量之佐劑，諸如保藏劑、穩 153333.doc -201 - 201134825 定劑、濕潤劑或乳化劑、溶解促進劑（s〇iuti()np麵叫、 調節滲透塵之鹽、PH值緩衝劑及其他物質，包括（但不限 。乙s夂鈉或—乙醇胺油酸酯。另外，其亦可含有其他有 治療價值之物質。 用於局π或經皮投與本發明化合物之劑型包括軟膏劑、 糊劑、乳膏劑、洗齊卜凝膠劑、散劑、溶液、喷霧劑、吸 入劑或貼片。活性組分在無菌條件下與醫藥學上可接受之 載劑及任何所需防腐劑或可能需要之緩衝劑混合。眼用調 配物、滴耳劑及滴眼劑亦涵蓋於本發明之範嘴内。另外， 本發明涵蓋使用經皮貼片’纟具有向身體提供化合物之控 制傳遞的額外優勢。此等劑型可藉由將化合物溶解或分配 於適當介質中來製備。亦可使用吸收增強劑以增大化合物 穿過皮膚之流量。可藉由提供速率控制膜或藉由將化合物 分散於聚合物基質或凝膠中來控制速率。 可分別根據習知混合、造粒或塗佈方法來製備組合物， 且本發明之醫樂組合物以重量或體積計可含有約〇 1 %至約 99¾、較佳約1 %至約70%本文所述之抑制劑或醫藥活性 劑。 可根據多種因素來選擇利用本文所述之抑制劑或醫藥活 性劑的給藥方案：因素包括個體之類型、物種、年齡、體 重、性別及醫學病狀；待治療病狀之嚴重程度；投藥途 徑；個體之腎或肝功能；及所採用之本文所述之特定抑制 劑或醫藥活性劑。熟習此項技術者可輕易確定及指定適用 於治療或預防增生性病症之藥物的有效量。 153333.doc 202· 201134825 當投與個體時，本文所述之抑制劑或醫藥活性劑之有效 劑量介於每日約0.05 mg至約1〇〇〇 mg本文所述之抑制劑或 醫藥活性劑的範圍内。供活體内或活體外使用之組合物可 含有約 0.5、1.0、2.5、5.0、1〇.〇、15.0、25.〇、5〇 〇、 100.0、250.0、500.0或looo.o mg本文所述之抑制劑。在一 實施例中，組合物呈可經刻痕之錠劑的形式。本文所述之 抑制劑或醫藥活性劑的有效金漿含量可介於每曰每公斤體 重約0.002 mg至約50 mg之範圍内。有效治療或預防癌症 之本文所述之抑制劑或醫藥活性劑的量可藉由熟習此項技 術者已知之臨床技術來確定。另外，活體外及活體内檢定 可視清况用以幫助鑑別最佳劑量範圍。待用之精確劑量亦 可視投藥途徑及所治療之增生性病症之嚴重性而定，且可 根據從業者之判斷及各個體之情形鑒於例如公開之臨床研 究來決定》然而，適合之有效劑量可介於約每4小時約1〇 微克至約5公克之範圍内，但其通常為每4小時約5〇〇瓜^或 500 mg以下。在一貫施例中，有效劑量為每4小時約〇 mg、0.5 mg、約 1 mg、約 50 mg、約 100 mg、約 200 mg、 約 300 mg、約 400 mg、約 500 mg、約 600 mg、約 700 mg、 約 800 mg、約 900 mg、約 1 g、約 ι·2 g、約 ι·4 g、約 16 g、約 1.8 g、約 2.0 g、約 2.2 g、約 2.4 g、約 2.6 g、約 2.8 g、約 3.0 g、約 3.2 g、約 3.4 g、約 3.6 g、約 3.8 g、約 4.0 g、約4.2 g、約4.4 g、約4.6 g、約4.8 g及約5.0 g。等效劑 量可歷經不同時段投與，包括約每2小時、約每6小時、約 每8小時、約每12小時、約每24小時、約每36小時、約每 153333.doc •203 · 201134825 48小時、約每72小時、約每週、約每兩週、約每三週、約 每月，及約兩月一次。本文所述之有效劑量係指總投與 量，亦即，若彳X與一種以上本文所述之抑制劑或醫藥活性 劑’則有效劑量對應於總投與量。 可根據多種因素來選擇利用本文所述之抑制劑或醫藥活 性劑的給藥方案：因素包括個體之類型、物種、年齡、體 重、性別及醫學病狀；待治療之增生性病症之嚴重程度； 投藥途徑；個體之腎或肝功能；及所採用之本文所述之特 疋抑制劑或醫藥活性劑。熟習此項技術者可輕易確定及指 定預防、對抗或阻止增生性病症發展所需之藥物的有效 量。 本文所述之抑制劑或醫藥活性劑可以單次日劑量投與， 或總曰劑量可以每天二、三或四次之分次劑量投與。此 外，本文所述之抑制劑或醫藥活性劑可以鼻内形式經由局 部使用適合鼻内媒劑或經由經皮途徑，使用一般技術者所 熟知之經皮皮膚貼片之彼等形式來投與。為以經皮傳遞系 統形式投與，在整個給藥方案期間劑量投與可為連續的而 非間歇式的。其他說明性局部製劑包括乳膏劑、軟膏劑、 洗劑、氣霧劑喷霧及凝膠劑，其中本文所述之抑制劑或醫 藥活性劑的濃度介於約0.1%至約15%(w/w* w/v)之範圍 内。 VI.组合 視待治療之特定病狀或疾病而定，通常投與以治療該病 狀之其他治療劑可與本發明之化合物及組合物組合投與。 J53333.doc •204- 201134825 如本文所用，通常投與以治療特定疾病 劑稱為「適於所料之疾病或病狀」。 ^他治療 Μ與其他治療狀組合巾，其他治療财為^ 1
抑制劑的目標蛋白質内活性結合位點之競爭性：合劑用之 在某些實施例中，本文提供之抑制劑或醫藥活性 組合物與另—醫藥活性劑或其變體組合投與。在—些實施 例中，所提供之化合物或其組合物與—或多種其他醫藥活 性劑組合投與。此等其他醫藥活性劑包括(但不限於)阿茲 海默氏症之治療’諸如八士邛一及以“丨⑽^出乂之治療， 諸如利托那韋；帕金森氏病之治療’諸如L_DOPA/卡比多 巴、恩他卡朋、羅匹尼羅、普拉克索、漠麥角環肽、培高 利特、三己苯迪及金剛胺；治療多發性硬化症（MS)之藥 劑’諸如β干擾素（例如Avonex®及Rebif®)、Copax〇ne®，及 米托蒽醌；哮喘之治療，諸如沙丁胺醇及Singulair<^治 療精神分裂症的藥劑，諸如金普薩、維思通、喹硫平及氟 派咬醇；消炎劑，諸如皮質類固醇、Tnf阻斷劑' IL· 1 RA、硫唑嘌呤、環麟醯胺及柳氮續胺吡啶；免疫調節劑 及免疫抑制劑，諸如環孢素、他克莫司、雷帕黴素、黴酚 酸嗎啉乙酯、干擾素、皮質類固醇、環磷醯胺、硫唑嘌呤 及柳氮磺胺°比啶；神經營養因子，諸如乙醯膽鹼酯酶抑制 劑、MAO抑制劑、干擾素、抗驚厥劑、離子通道阻斷劑、 利魯唾及抗帕金森氏症劑；治療心血管疾病之藥劑，諸如 β-阻斷劑、ACE抑制劑、利尿劑、硝酸鹽、的通道阻斷劑 及士他汀；治療肝病之藥劑，諸如皮質類固醇、考來烯 153333.doc •205· 201134825 胺、干擾素及抗病毒劑；治療血液病症之藥劑，諸如皮質 類，醇、抗白血病劑及生長因子；延長或改良藥物動力學 藥劑諸如細胞色素P450抑制劑（代謝破壞之抑制劑）及 CYP3A4抑制劑⑽口酮康唾及利托那韋），及丨療免疫缺 乏病症之藥劑，諸如γ球蛋白。 在某些實施例中，本發明之化合物或其醫藥學上可接受 之組合物與單株抗體或siRNA治療劑組合投與。 」皮等其他藥劑可與含本發明化合物之組合物作為多次給 樂方案之一部分分別投與。或者，彼等藥劑可為單一劑型 之一部分，與本發明化合物於單一組合物中混合在一起。 右作為多次給藥方案之一部分投與，則兩種活性劑可同 時、依序或彼此在一定時段内（通常彼此在五小時内）呈 遞。 如本文所用’術語「組合」、「經組合」及相關術語係指 同時或連續投與本發明之治療劑。舉例而言，本發明之化 合物可與另一治冑劑以個別單位劑型或一起以單一單位劑 型同時或依序投肖。因&，本發明提供一種單一單位劑 型’其包含本發明之化合物、另一治療劑及醫藥學上可接 受之載劑、佐劑或媒劑。 可與載劑物質組合以產生單一劑型的本發明化合物與另 〜療劑（在包含如上所述之另一治療劑的彼等組合物中） 兩者之量均將視所治療主體及特定投藥模式而不同。較佳 地本發明之組合物應經調配以使得可投與本發明之在 〇_〇1-100毫克/公斤體重/日之間的劑量。 153333.doc •206· 201134825 在包含另一治療劑之彼等組合物中，該另-治療劑與本 發明之化合物可協同作用。因此，此等組合物中另一治療 劑之量將小於僅利用該治療劑之單一療法中所需之量:在 此等組合物中，可投與在0.01-100毫克/公斤體重/日之間 的劑量之另一治療劑。 本發明組合物中存在之另一治療劑之量將不超過在包含 5玄治療劑作為唯一活性劑之組合物中通常投與之量。目前 Φ 揭示之組合物中另一治療劑之量較佳將介於包含該藥劑作 為唯一治療活性劑之組合物中通常存在之量的約50%至 100%之範圍内。 在些實施例中，組合物包含一定量之本文所述之抗癌 抑制劑，例如XIAP抑制劑，及另一抗癌劑，其一起有效 治療或預防癌症。在另一實施例中，本文所述之抗癌抑制 劑及另一抗癌劑之量為組合物之經組合之組合化學治療劑 的至少約0.01重量。/〇。當意欲用於經口投與時，此量可自 • 組合物之約0.1重量％至約80重量％變化。一些經口組合物 可包含約4%至約50。/。本文所述之抗癌抑制劑及另一抗癌 劑。製備本發明之其他組合物以使非經腸劑量單位含有組 合物之約0.01重量％至約2重量％。 治療或預防有需要之個體之癌症的本發明之方法可進一 步包含向正投與本文所述之抗癌抑制劑的個體投與另一預 防或治療劑。在一實施例中，其他預防或治療劑係以有效 量投與。其他預防或治療劑包括（但不限於）消炎劑、抗腎 衰竭劑、抗糖尿病劑、抗心血管疾病劑、止吐劑、造血群 153333.doc -207· 201134825 落刺激因子、抗焦慮劑及類鴉片或非類鸦片止痛劑。 在另—實施例中’本文所述之抗癌抑制劑可在止吐劑之 前、同時或之後投與，或在同-曰，或在彼此i小時、2小 時、12小時、24小時、48小時或72小時内投與。 實施例中，本文所述之抗癌抑制劑可在造血群落 刺激因子之前、同時或之後投與，或在同―日，或在彼此 1小時、2小時、12小時、24小時、48小時或72小時、！ 週、2週、3週或4週内投與。 在又一實施例中，本文所述之抗癌抑制劑可在類鴉片或 非類鴉片止痛劑之前、同時或之後投與，或在同一日，或 在彼此1小時、2小時、12小時、24小時、48小時或72小時 内投與。 在又一實施例中，本文所述之抗癌抑制劑可在抗焦慮劑 之前、同時或之後投與，或在同一日，或在彼此〗小時、2 小時' 12小時、24小時、48小時或72小時内投與。 熟習此項技術者熟知其他治療劑之有效量。然而，測定 其他治療劑之最佳有效量範圍完全在熟習此項技術者之技 旎範圍内。在投與個體另一治療劑之本發明之一實施例 中’本文所述之抗癌抑制劑的有效量小於當不投與其他治 療劑時之其有效量。在此情況下，不受理論約束，咸信本 文所述之抗癌抑制劑及其他治療劑協同作用，從而治療或 預防癌症。 適用於本發明之方法的止吐劑包括（但不限於）甲氧氣普 胺（metoclopromide)、多潘立酮（domperidone)、丙氣拉嗪 153333.doc -208- 201134825 (prochlorperazine)、異丙口秦(promethazine)、氣兩嘻 (chlorpromazine)、曲美节胺（trimethobenzamide)、昂丹司 環（ondansetron)、格拉司璦（granisetron)、經 °秦 (hydroxyzine)、乙醯白胺酸單乙醇胺（acetylleucine
mono ethanol amine)、阿立必利（alizapride)、阿紮司壤 (azasetron)、苯啥胺（benzquinamide)、胺醇醋茶驗 (bietanautine)、漠必利（bromopride)、布克力嗓 (buclizine)、氣波必利（clebopride)、赛克利嗪（cyclizine)、 茶苯海明（dimenhydrinate)、地芬尼多（diphenidol)、多拉 司填（dolasetron)、美克利°秦（meclizine)、美色拉妥 (methallatal)、美托旅丙嗓（metopimazine)、大麻隆 (nabilone)、歐普定(oxypemdyl)、匹 π底馬嗪（pipamazine)、貧 菪驗（scopolamine)、舒必利（sulpiride)、四氫大麻紛 (tetrahydrocannabinol)、硫乙拉 0秦（thiethylperazine)、硫丙 拉0秦（thioproperazine)及托烧司瓊（tropisetron) 〇 適用於本發明之方法的造血群落刺激因子包括（但不限 於）非格司亭（filgrastim)、沙格司亭（sargramostim)、莫拉 司亭（molgramostim)及依泊汀 a(epoietin alfa)。 適用於本發明之方法的類鸦片止痛劑包括（但不限於）嗎 °#驗（morphine)、 海洛英（heroin)、 氫嗎啡酮 (hydromorphone)、氫可酮（hydrocodone)、氧化嗎啡 _ (oxymorphone)、氧可酮（oxycodone)、美托酮（metopon)、 阿樸嗎_ (apomorphine)、去曱嗎啡（normorphine)、埃托0非 (etorphine) 、 丁 丙諾0非（buprenorphine)、參咬 153333.doc -209- 201134825 (meperidine)、洛0底丁胺（lopermide)、阿尼利定 (anileridine)、依索庚嘻（ethoheptazine)、匹米尼定 (piminidine)、倍他羅定（betaprodine)、地芬諾 S旨 (diphenoxylate)、芬太尼（fentanil)、舒芬太尼 (sufentanil)、阿芬太尼（alfentanil)、瑞芬太尼 (remifentanil)、左啡諾（levorphanol)、右曱嗎喃 (dextromethorphan)、非那佐辛（phenazocine)、戊吐星 (pentazocine) 環佐辛（cyclazocine)、持殺酮 (methadone)、異美沙酮（isomethadone)及丙氧芬 (propoxyphene) 0 適用於本發明之方法的非類鴉片止痛劑包括（但不限於） 阿司匹靈（aspirin)、塞内昔布（celecoxib)、羅非考昔 (rofecoxib)、雙氣芬酸（diclofenac)、地夫西納 (diflusinal)、依託度酸（etodolac)、非諾洛芬（fenoprofen)、 氟比洛芬（flurbiprofen)、布洛芬（ibuprofen)、酮洛芬 (ketoprofen)、。引 °朵美辛（indomethacin)、酮 π各酸 (ketorolac)、美洛芬（meclofenamate)、甲芬那酸 (mefenamic acid)、蔡 丁美酮（nabumetone)、萘普生 (naproxen)、°比羅昔康（piroxicam)及舒林酸（sulindac)。 適用於本發明之方法的抗焦慮劑包括（但不限於）丁螺環 _ (buspirone)，及苯并二氮呼，諸如安定（diazepam)、勞 拉西泮（lorazepam)、奥沙西泮（oxazepam)、氣氮卓 (chlorazepate)、氣确西泮（clonazepam)、氣二氮環氧化物 及阿普。坐命（alprazolam)。 153333.doc -210- 201134825 本發明 益 一 矣"ίβ 9 ·〇Γ ^ y,. , 當、，·且具了簡化向個體投與配位體，使 其與具有離胺酸殘某在扃於、本ω ^ , 妝敗坟丞存在於活性位點之目標多肽共價結 合。 本發明之典型套組包含單位劑型#配位體，纟可與具有 離胺酸殘基存在於活性位點之目標多狀共價結合。在—實 施例中，單位劑型為容器，其可無菌、含有可與具有離胺 酸殘基存在於活性位點之目標多狀共價結合之有效量配位 φ 體，及生理上可接受之載劑或媒劑。該套組可進一步包含 標籤或印刷說明書，其說明使用該可與具有離胺酸殘基存 在於活性位點之目標多肽共價結合之配位體來治療或預防 癌症。該套組亦可進一步包含另一預防或治療劑之單位劑 型，例如含有有效Ϊ之另—預防或治療劑或另一抗癌劑之 容器。在-實施例中，該套組包含—容器，該容器含有可 與具有離胺酸殘基存在於活性位點之目才票多肽共價結合之 有效量配位體，及有效量之另一預防或治療劑。其他預防 • 或治療劑及其他抗癌劑之實例包括（但不限於）上文所列 者。 C·探針化合物 本發明之化合物可繫检於可制部分…般技術者將認 識到可偵測部分可經由適合取代基連接至所提供之化合 物。如本文所用’術語「適合取代基」係指能夠共價連接 至可偵測部分之部分m卩分為—般技術者所熟知且包 括含有例如羧酸酯基部分'胺基部分、硫醇部分或羥基部 分等之基團。應瞭解，此等部分可直接或經由繫鏈基團 153333.d〇i •211 - 201134825 (諸如二價飽和或不飽和煙鏈）連接至所提供之化合物。在 一些實施例中，此等部分可經由點擊化學（cUck ehemistry) 連接。在一些貫施例中，此等部分可經由視情況在銅催化 劑存在下用块烴對叠氮化物進行丨，3_環加成來連接。使用 點擊化學之方法在此項技術中為已知的且包括以下所述 者：Rostovtsev等人，Angew. Chem Int Ed· 2〇〇2，41, 2596-99及 Sun等人，Bi〇C〇njUgate Chem，2〇〇6, 17, 52 57。 如本文所用，術語「可偵測部分」與術語「標記」及 「報導體」可互換使用且係指能夠被偵測之任何部分，例 如一級標記及二級標記。可使用定量（絕對、近似或相對 術語）所研究系統中之可偵測部分的方法來量測可偵測部 分之存在。在一些實施例中，此等方法為一般技術者所熟 知且包括定量以下之任何方法：報導體部分（例如標記、 染料、光交聯劑、細胞毒性化合物、藥物、親和力標記、 光親和力標記、反應性化合物、抗體或抗體片段、生物材 料、奈米粒子、自旋標記、螢光團、含金屬之部分、放射 性部分、量子點、新穎官能基、與其他分子共價或非共價 相互作用之基團、光籠化部分（ph〇t〇caged m〇iet幻光化 輻射可激發部分、配位體、光可異構化部分、生物素、生 物素類似物（例如生物素亞颯）、併有重原子之部分、化學 了裂解基團、光可裂解基團、氧化還原活性劑、同位素標 記部分、生物物理探針、磷光基團、化學發光基團、電子 緻密基團、磁性基團、插入基團、發色團、能量轉移劑、 生物活性劑、可偵測標記及上述各者之任何組合）。 153333.doc -212· 201134825 下文闡述非限制性例示性探針化合物。
VIII-6 153333.doc •213· 201134825
MeO.
〇v p ¥
BX 探針 XI-56
153333.doc •214· 201134825 一級標記’諸如放射性同位素（例如氚、32P、33p、35s、 14。、123j i24 12 、 、1、125i或131i)、質量標籤（包括（但不限於）穩 定同位素(例如"C、2H、17〇、丨8〇、15N、19ρ及丨271)、正； 子發射同位素（例如、Up、πΝ、^、及”⑺及螢光標記） 為產生信號之報導基團，其可未經進一步修飾便偵測到。
可偵測部分可藉由包括（但不限於）以下之方法分析··螢 光、正電子發射斷層攝影術、SPECT醫學成像、化學發 光、電子自旋共振、紫外/可見光吸光度光譜法、質譜分 析、核磁共振、磁共振、流動式細胞量測術、自動放射攝 影術、閃爍計數、光成像及電化學方法。 如本文所用，術語「二級標記」係指需要存在第二申間 物來產生可偵測信號之部分，諸如生物素及各種蛋白質抗 原。對於生物素，二級中間物可包括抗生蛋白鏈菌素_酶 接合物。對於抗原標記，二級中間物可包括抗體_酶接合 物 些螢光基團充當二級標記，因為其在非輕射螢光共 振能量轉移（FRET)過程中將能量轉移至另一基團，且第二 基團產生偵測信號。 如本文所用，術語「螢光標記」、「螢光染料」及「螢光 團」係指在規定激發波長下吸收光能且在不同波長下發射 光能之部分。螢光標記之實例包括（但不限於）Alexa Fiuor 染料（Alexa Fluor 350、Alexa Fluor 488、Alexa Fluor 532、Alexa Fluor 546、Alexa Fluor 568、Alexa Fluor 594、Alexa Fluor 633、Alexa Fluor 660 及 Alexa Fluor 680)、AMCA、AMCA-S、BODIPY 染料（BODIPY FL、 153333.doc -215· 201134825
BODIPY R6G、BODIPY TMR、BODIPY TR、BODIPY 493/503 ' BODIPY 530/550、BODIPY 558/568、BODIPY 564/570 ' BODIPY 576/589、BODIPY 581/591 > BODIPY 630/650 、 BODIPY 650/665)、羧基若丹明 6G (Carboxyrhodamine 6G)、叛基-X-若丹明（ROX)、瀑布藍 (Cascade Blue)、瀑布黃、香豆素 343(Coumarin 343)、花 青染料（Cy3、Cy5、Cy3.5、Cy5.5)、丹醯基（Dansyl)、 Dapoxyl、二烷胺基香豆素、4·，5·-二氣-2·，7·-二甲氧基-螢 光素、DM-NERF、伊紅（Eosin)、赤藻紅（Erythrosin)、螢 光素、FAM、羥基香豆素、IR染料（IRD40、IRD 700、IRD 800)、JOE、麗絲胺若丹明B(Lissamine rhodamine B)、海 藍（Marina Blue)、甲氧基香豆素、萘并螢光素 (Naphthofluorescein)、俄勒岡綠 488(Oregon Green 488)、 俄勒岡綠500、俄勒岡綠514、太平洋藍（Pacific Blue)、 PyMPO、芘、若丹明B、若丹明6G、若丹明綠、若丹明 紅、對曱胺基酚綠（Rhodol Green)、2’,4'，5'，7'-四溴砜-螢光 素、四甲基-若丹明（TMR)、羧基四甲基若丹明（TAMRA)、 德克薩斯紅（Texas Red)、德克薩斯紅-X、5(6)-羧基螢光 素、2,7-二氣螢光素、N，N-雙（2,4,6-三曱基苯基）-3,4:9,10-茈雙（二曱醯亞胺）、HPTS、乙基伊紅、DY-490XL MegaStokes、DY-485XL MegaStokes、阿蒂倫達克綠 520(Adirondack Green 520)、ATTO 465、ATTO 488、 ATTO 495、Y〇YO-l，5-FAM、BCECF、二氣螢光素、若丹 明 110、若丹明 123、YO-PRO-1、SYTOX綠、鈉綠（Sodium 153333.doc -216- 201134825
Green)、SYBR綠 I、Alexa Fluor 500、FITC、Fluo-3 ' Fluo-4、氟费翠（fluoro-emerald)、YoYo-1 ssDNA、YoYo-1 dsDNA、YoYo-1、SYTO RNASelect ' Diversa 綠-FP、龍綠 (Dragon Green)、EvaGreen、衝浪綠EX(Surf Green EX)、 光譜綠（Spectrum Green)、NeuroTrace 500525、NBD-X、 MitoTracker綠 FM、LysoTracker綠 DND-26、CBQCA、PA-GFP(活化後）、WEGFP(活化後）、F1ASH-CCXXCC、單體 Azami 綠（Azami Green monomeric)、Azami綠、綠色榮光蛋 • 白(GFP)、EGFP(Campbell Tsien 2003)、EGFP(Patterson 2001)、Kaede綠、7-苯甲基胺基-4-硝基苯基2-氧雜-1，3-二 0坐、Bexl、小紅每（Doxorubicin)、Lumio 綠及 SuperGlo GFP。 如本文所用，術語「質量標籤」係指能夠藉助於其質量 使用質譜分析（MS)偵測技術獨特地偵測之任何部分。質量 標籤之實例包括電泳釋放標籤（electrophore release tag)， φ 諸如Ν-[3-[4’-[(對曱氧基四氟苯甲基）氧基]苯基]-3-曱基甘 油醯基]異哌啶曱酸、4'-[2,3,5,6-四氟-4·(五氟苯氧基）]曱 基苯乙酮及其衍生物。此等質量標籤之合成及效用描述於 美國專利 4,650,750、4,709,016、5,360,8191、5,516,931、 5,602,273、5,604，104、5,610,020及 5,650,270 中。質量標 籤之其他實例包括（但不限於）核苷酸、二去氧核苷酸、不 同長度及鹼基組成之寡核苷酸、寡肽、寡醣，及不同長度 及單體組成之其他合成聚合物。具有適當質量範圍（100-2000道爾頓）之多種有機分子（中性與帶電（生物分子或合成 153333.doc -217- 201134825 化合物））亦可用作質量標籤。穩定同位素（例如UC、2H、 17〇、18〇及15N)亦可用作質量標籤。 如本文所用，術語「化學發光基困」係指因在不加熱下 發生化學反應而發光之基團。舉例而言，魯米諾 (lumin〇l)(5-胺基-2,3-二氫-1，4-酞嗪二酮）與氧化劑（如過氧 化氫（H2〇2))在驗及金屬催化劑存在下反應，產生激發態產 物（3-胺基鄰苯二甲酸酯，3-APA) » 如本文所用，術語「發色團」係指吸收可見波長、uv 波長或IR波長之光的分子。 如本文所用，術語「染料」係指含有發色團之可溶性著 色物質。 如本文所用，術語「電子緻密基團」係指當以電子束輻 射時散射電子之基團^此等基團包括（但不限於）鉬酸敍、 次硝酸叙、峡化鎘、甲醯肼（carb〇hydrazide)、六水合氯化 鐵、六亞甲基四胺、無水三氣化銦、硝酸鑭、三水合乙酸 船、二水合檸檬酸錯、确酸船、過蛾酸、罐鉬酸、碟鎮 酸、鐵氰化鉀、亞鐵氰化卸、釕紅、硝酸銀、蛋白銀（Ag 檢定：8.0-8.5。/。）「強」、四苯基卟吩銀（suver tetraphenylporphin，S_TPPS)、氣金酸鈉、鎢酸鈉、硝酸 銘、硫胺腺（TSC)、乙酸鈾醯、硝酸鈾醯及硫酸釩醢。 如本文所用’術語「能量轉移劑」係指貢獻能量或自另 一分子接受能量之分子。僅舉例而言，螢光共振能量轉移 (FRET)為偶極_偶極偶合方法，藉此螢光供體分子之激發 狀·態能量以非輻射方式轉移至未激發之受體分子，其接著 153333.doc •218· 201134825 以螢光方式在較長波長下發射所貢獻之能量。 如本文所用，術語Γ併有重原子之 比磁番夕工·>姑 部刀」係指併有通常 比碳重之原子之離子的基團。在一歧 .e f知例中，此等離子 或原子包括（但不限於）矽、鎢、金、鉛及鈾。 如本文所用，術語「光親和力標 择—？料甘a 士 An 」保知具有曝光後與 對其具有親和力之分子形成鍵聯之基團的標記。 如本文所用，術語「光籠化部分 MM 」係扣在某些波長下照
射後共敍或非共價結合其他離子或分子之基團。 如本文所用，術語「光可異構化部分^，t 1 „ ,^ m 1刀」係指以光照射後 自一種異構形式變為另一形式之基團。 如本文所用，術語「放射性邱公 ±_ 6 ㈣性郤刀」係指核自發地發出核 輪射之基團，諸如α、β或粒子；装 枧卞，旲中，α粒子為氦核，β 粒子為電子，且γ粒子為高能光子。 如本文所用，術語「自旋標記」係指含有顯示不成對電 子自旋之原子或原子群的分子（亦即穩定順磁基團），其在 一實把例中藉由電子自旋共振光譜法偵測且在其他實施 例中連接至另-分子。此等自旋標記分子包括（但不限於） 硝醯基及氮氧化物’且在一些實施例中為單自旋標記或雙 自旋標記。 如本文所用’術語「量子點」係指膠態半導體奈米晶 體其在些實施例中係在近紅外偵測且具有極高量子產 率（亦即，在適度照射後極亮）。 一般技術者將認識到可偵測部分可經由適合取代基連接 至所提供之化合物。如本文所用，術語「適合取代基」係 153333.doc -219- 201134825 指能夠共價連接至可偵測部分之部分。此等部分為一般技 術者所熟知且包括含有例如羧酸酯基部分、胺基部分、硫 醇部分或羥基部分等之基團。應瞭解，此等部分可直接或 經由繫鏈部分（諸如二價飽和或不飽和烴鏈）連接至所提供 之化合物》 在-些實施例中’可賴測部分經由點擊化學連接至所提 供之化合物。在-些實施例中，此等部分經由視情況在銅 催化劑存在下用炔烴對疊氮化物進行1，3·環加成來連接。 使用點擊化學之方法在此項技術中為已知的且包括以下所 述者：Rostovtsev等人，Angew. Chem Int 別 2〇〇2, Ο, 2596-99^ Sun# A, Bioconjugate Chem., 2006, 17, 52-57 〇 在-些實施例中’提供點擊適用抑制劑部分⑽& inhibitor moiety)且使其與點擊適用分反應。如本 文所用，「點擊適用(click ready)J係指含有供在點擊化學 反應中使用之III化物或炔烴的部分4 —些實施例中， 點擊適用抑制劑部分包含疊氮化物。在某些實施例中，點 擊適用-TP-RP部分包含供在無銅點擊化學反應中使用之應 變環辛快⑽ained cyclooctyne)(例如使用Mb等人 hoc. NatL Acad· Sci. USA 2007, 1〇4, 16793 16797 中所述 之方法）。 IX·例證 本揭示案利用以下實例進一步說明’該等實例不應理解 為將本揭钱神限於本文巾所述之特絲序。 應瞭解，提供實例以說明某些實施例而非意欲籍此對本揭 I53333.doc •220· 201134825 不案之範疇加以限制。應進一步瞭解，可採用本身可由熟 習此項技術者想到而不脫離本揭示案之精神及/或隨附申 請專利範圍之範疇的各種其他實施例、修改及其等效物。 A.設計XIAP之不可逆抑制劑 實例1 (3S，6S，10aR)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）·5·側氧基 _N_ ((R)-l，2,3,4-四氫萘-ΐ·基）十氫吡咯并n，2_a]氮啐·3_曱醯胺 φ (化合物A)為XIAP之可逆抑制劑（Ki 26 nM)(Sun等人，丄 Md· CAern· 52, 593-596 (2009))。使用本文所述之基於結 構之設計演算法，使化合物A自可逆抑制劑轉化為化合物 VII-1，其為XIAp之有效不可逆抑制劑。下文摇述使化合 物A轉化為化合物vil-l之方法。
VII-1 XIAP與化合物B(化合物A之相關化合物）之錯合物的乂射 153333.doc • 221 - 201134825 線晶體結構已報導（Sun, Η.等人，J. Med. Chem. 51，7169-7 1 80 (2008))且獲自蛋白質資料庫（於www.rcsb.org之 pdbcode 2JK7)。使用化合物B結合於XIAP之X射線錯合物來
使用本文所述之設計演算法設計XIAP之共價抑制劑。 使用 Discovery Studio之 CD0CKER方法（www.accelrys.com) 將化合物B之三維結構對接於XIAP配位體結合位點中。 XIAP之配位體結合位點使用圍繞參考配位體具有7.5埃半 徑之球體來界定。對接結果顯示抑制劑化合物A以與化合 物B結合於XIAP之X射線錯合物中所見方式類似之方式結 合於XIAP。將化合物B對接於XIAP之配位體結合位點中之 後，鑑別XIAP-化合物B錯合物中15埃以内之XIAP的所有 離胺酸殘基（Lys) : Lys281、Lys297、Lys299、Lys311、 Lys322 、 Lys328及Lys334 。 使用化合物A之模型化座標（modeled coordinate)，藉由 在下文模板X中所示之八,（鄰、間及對）、八2及八3位置中每 一者處構建丙烯醯胺彈頭來產生虛擬共價抑制劑之文庫。 153333.doc -222- 201134825
模板x 為對彈頭可撓性及側鏈位置進行取樣，進行彈頭及 XIAP側鏈位置之分子動力學模擬且加以分析以確定彈頭 是否在結合位點中之任何Lys殘基之6埃以内。另外，對彈 頭與殘基之間的可能空間衝突進行分析。在Discovery Studio之標準動力學級聯模擬方案（Standard Dynamics Cascade Simulations protocol)中使用標準設定以及默克分 子力場（Merck Molecular Force Field)以便進行分子動力學 模擬（www.accelrys.com)。在分子動力學模擬期間保持非 彈頭位置及Lys主鏈原子之座標固定。模型化顯示VII-1(A!=間位取代之丙烯醯胺）接近於XIAP中之Lys297以及 Lys299。為證實VII-1能夠與任一此等Lys殘基形成鍵，構 建XIAP與Lys297或Lys299之間的反應產物之模型。在兩種 情況下，反應產物均可在模型幾何形狀無任何顯著變化下 形成，藉此支持鍵形成。 隨後，合成VII-1且VII-1以161 nM之Ki抑制XIAP(參看 下表2)，而化合物VII-2(非活性對照化合物）顯示 Ki>10,000 nM。與XIAP—起培育之VII-1之反應產物的質 譜分析表明VII-1共價修飾XIAP(參看下文實例50及5 1)。 153333.doc - 223 - 201134825
VII-2 Β· XIAP抑制劑合成實例 實例1Α
VII-1 (3S，6S，10aS)-N-(3-丙烯醯胺基苯甲基）-6-((S)-2-(甲胺 基）丙酿胺基）_5_側氧基十氣〇ifc哈并【l，2-a]氮崎甲酿胺： 根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。
153333.doc •224· 201134825
(S)-5-側氧基吡咯啶-1,2-二甲酸2-苯甲酯1-第三丁酯（la)
在〇°C下向L-焦麵胺酸（75 g，0.58 mol)及N，N-二異丙基· 乙胺（87.3 g’ 0.676 mol)於無水二氣曱烧（1.0 L)中之搜拌 溶液中逐滴添加笨曱基溴（98 84 g，〇 58 mol)。在回流下 加熱反應混合物5小時’冷卻至室溫且以NaH2P〇4水溶液 洗務。以CH2C12萃取水層；合併之有機層以鹽水洗滌，經 Na2S04乾燥，過據且在減壓下濃縮。接著將所得殘餘物溶 解於乙腈（1.5 中，且添加4·二甲胺基。tb咬（7.G9 g，58〇 153333.doc •225- 201134825 mmol)及Boc-酐（150.0 g，〇.688 m〇1)且在室溫下攪拌3小 時。濃縮反應混合物；以水處理所得殘餘物且以乙酸乙酯 萃取。乙酸乙酯層以NaHJCU水溶液及鹽水洗滌，經 Na2S〇4乾燥，過濾且在減壓下濃縮，得到淡黃色黏性油狀 物。其以乙酸乙酯-石油醚結晶’得到呈淡黃色固體狀之 la(150 g，80.8%)。 (2S)-5-羥基吡咯啶-1，2-二甲酸2-苯甲酯i•第三丁酯（lb)
在-78°C下在氮氣下向la(i〇〇.〇 g，3131 mmol)於 THF(1 000 mL)中之搜拌溶液中緩慢添加Super hydride®(l Μ於THF中’ 469 mL，469 mmol)，且在-78°C下攪拌混合 物2小時。添加飽和碳酸氫鈉水溶液（3〇〇 mL)且在〇°C下攪 拌反應混合物3 0分鐘。濃縮反應混合物以移除大部分THF 且以乙酸乙酯萃取殘餘物。合併之有機萃取物經Na2s〇4乾 燥，過濾且在減壓下濃縮，得到呈無色油狀之lb(100 g， 99.3%)。其未經進一步純化便用於下一步驟β (2S)-5-曱氧基吡咯啶-1，2-二甲酸2_苯甲酯1-第三丁酯 (lc)
153333.doc -226- 201134825 向lb(100 g，311.1 mm〇l)於甲醇（1000 mL)中之攪拌溶 液中添加單水合對甲笨磺酸（5.89 g，30.96 mmol)且在室溫 下搜拌16小時。添加飽和碳酸氫納溶液（500 mL)，接著在 減壓下濃縮以移除大部分甲醇。以MTBE萃取殘餘物且合 併之MTBE萃取物以鹽水洗滌，經Na2S04乾燥，過濾且在 減壓下濃縮，得到呈無色油狀之lc(88 g，84.3%)。其未經 進一步純化便用於下一步驟。 (2S)-5·烯丙基吡咯啶-i，2-二甲酸2-苯甲酯1·第三丁酯 (Id)
在-78°C 下向 lc(25 g ’ 74.4 mmol)於二氣曱烷（250 mL)中 之擾拌溶液中緩慢添加三氟化棚合二乙醚（9.2 mL，74.5 mmol)且在-78°C下攪拌溶液1小時。緩慢添加烯丙基三丁 基錫烷（28 mL ’ 90.3 mmol)且在-78。(：下進一步攪拌反應混 合物3小時》添加去離子水（3 〇〇 mL)且使溶液升溫至室 溫。其經由矽藻土過濾，分離各層且以二氣甲烷萃取水 層。合併之有機萃取物以水及鹽水洗滌，經Na2S04乾燥， 過濾且在減壓下濃縮，得到粗物質。藉由管柱層析 (Si〇2，乙酸乙酯：石油醚，8:92)純化所得粗產物，得到呈 無色油狀之ld(15 g，58.3%)。 (2S)-5-稀丙基咕略咬-2 -曱酸苯甲輯（ie) 153333.doc •227· 201134825
在 〇C 下向 id(30 g，86.7 mmol)於二氣曱烷（300 mL)中 之授拌溶液中緩慢添加三氟乙酸（45 mL)且在室溫下在氮 氣下授拌溶液2小時。在減壓下濃縮反應混合物且將所得 殘餘物溶解於二氣甲烷-水（2:1，150 mL)中，劇烈攪拌且 添加三乙胺（50 mL，356.4 mmol)。在室溫下繼續攪拌2小 時。分離各相且以二氣甲烷萃取水相。合併之有機萃取物 經NaaSO4乾燥’過濾且在減壓下濃縮，得到呈淡黃色油狀 之le(20 g ’ 93.9%)，且未經進一步純化便用於下一步驟。 烯丙基-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基）戊-4·烯醯 基）吡咯啶-2-甲酸苯甲酯（lf)
向le(ll g’44.9 mmol)於DMF(110 mL)中之授拌溶液中 添加（S)-2-(第三丁氧羰基胺基）戊_4-烯酸（9.65 g，44.9 mmol)、EDC.HC1(12.87 g，67.35 mmol)、HOBt(2.42 g， 17.96 mmol)及 DIPEA(11.63 mL，67.35 mmol)。在氮氣氛 圍下在室溫下攪拌反應混合物18小時。其以冷水稀釋且以 乙酸乙酯萃取。合併之有機萃取物以水及鹽水洗滌，經 NaaSCU乾燥，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。將所得 153333.doc •228· 201134825 粗產物與獲自另一類似批次之粗物質混合且藉由管柱層析 (Si〇2 ’含15_20%乙酸乙酯之石油醚）純化，得到呈淡黃色 油狀之lf(25 g，62.9%)。 (3S，6S，10aR，Z)-6-(第三丁氧羰基胺基）_5_側氧基_ l,2,3,5,6,7,10，10a-八氮1it洛并[l，2-a】象^吟-3-甲酸苯甲輯 (ig)
X) 向lf(25 g，56.49 mmol)於二氣甲烷（500 mL)中之溶液中 添加二氯化雙（三環己基膦）苯亞甲基釕(格拉布催化 劑）(9.3 g，11.29 mmol)且在回流下攪拌24小時《冷卻至室 溫’在減壓下濃縮，將殘餘物溶解於MTBE中且經由矽藻 土過滤’在減壓下濃縮濾液，得到呈深綠色殘餘物狀之 lg(50 g)。其未經進一步純化便用於下一步驟。 (3S，6S，10aR，Z)-6-胺基 _5_ 側氧基 _1，2,3,5,6,7，10，1〇3-八 氫吼咯并丨1,2-a]氮啐_3-甲酸苯甲酯（lh)
A 在〇C下向lg(約5〇 g，粗）於二氯甲烷（500 mL)中之攪拌 办液中緩慢添加三氟乙酸（50 mL)且在室溫下在氮氣下攪 摔冷液2小時。在減壓下濃縮反應混合物且將所得殘餘物 153333.doc -229- 201134825 溶解於水中《其以MTBE洗滌；水層以10% NaOH溶液鹼化 且以乙酸乙酯萃取。合併之乙酸乙酯萃取物以水及鹽水洗 滌’經Na2S04乾燥，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色油 狀之lh(9 g，兩個步驟產率50.7%)，發現其足夠純。 (38,68，1〇3贝，乙)-6-((8)-2-(第三丁氧羰基（甲基）胺基）丙醯 胺基）-5·側氧基-l，2,3,5,6,7，10，10a-八氫吡咯并[l，2-a】氮4-3-甲酸苯甲酯（li)
向lh(7.3 g，23.22 mmol)於二氣甲娱:（150 mL)中之视拌 溶液中添加（R)-2-(第三丁氧羰基（曱基）胺基）丙酸（4.71 g， 23.22 mmol)、EDC.HC1(6.59 g，34.5 mmol)、HOBt(l.55 g，11.5 mmol)及 DIPEA(5.96 mL，34.5 mmol)且在氮氣氛 圍下在室溫下攪拌1 8小時。在減壓下濃縮反應混合物且將 所得殘餘物溶解於水中且以乙酸乙醋萃取。合併之有機萃 取物以水及鹽水洗滌，經NadO4乾燥，過濾且在減壓下濃 縮’得到殘餘物。其藉由管柱層析（Si02，含1_2%曱醇之 氣仿）純化，得到呈淡色油狀之1 i( 10 g，86.2%)。 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(第三丁氧羰基（甲基）胺基）丙醯胺 基）-5-側氧基十氩咯并[l，2-a]氮啐-3-甲酸（lj) 153333.doc -230- 201134825
向li(2.5 g，5.01 mmol)於乙醇（100 mL)中之溶液中添加 10%纪/碳（l.〇 g)且使用氫氣球在室溫下攪拌6小時。反應 混合物經由矽藻土過濾且在減壓下濃縮濾液，得到殘餘 物。將其溶解於二氣甲烷中且經由矽藻土過濾以移除任何 未溶解之物質，且在減壓下濃縮濾液，得到呈白色固體狀 之1jU.8 g，87.8%)。4 NMR (400 MHz, DMSO-c/6)； δ=1.21 (d，J=7.16 Hz, 3H)，1.39 (s，9H)，1.53-1.92 (m， 10H), 1.99-2.10 (m, 1H), 2.18-2.28 (m, 1H), 2.73 (s, 3H), 4.16-4.24 (m, 2H), 4.33-4.75 (m, 2H), 7.76 (d, J=7 Hz, 1H), 12.45 (brs，1H)。 (S)-l-((3S，6S，10aS)-3-(3-胺基苯甲基胺甲醯基）-5-側氧 基十氫《Λ咯并[l，2-a]氮4-6-基胺基）-1-側氧基丙-2-基（甲 基）胺基甲酸第三丁酯（lk)
在室溫下攪拌lj(488 mg)、3-胺基苯甲基胺（173 mg)、 EDC.HC1(272 mg)、HOBT(192 mg)、N-曱基嗎啉（0 39 mL) 153333.doc •231· 201134825 於乙腈（16 mL)中之混合物隔夜。在減壓下濃縮後，藉由 管柱層析（Si〇2，異丙醇：二氣甲烷，7:93)直接純化殘餘 物，得到420 mg呈白色固體狀之所需苯胺lk。nMr (400 MHz，CDC13): δ=7_08 (m，2 H)，6.59 (m，3 H)，4.88 (m, 1 H), 4.55 (t, J=6.9 Hz, 1 H), 4.34 (ddd, J=2.8, 6 〇 14.7 Hz，2 H)，4.18 (t，J=10.0 Hz，1 H)，2.79 (s，2 H)，2 5 (m，1 H)，2.1-1.4 (m)，1.48 (s，9 H)，1.32 (d，J=7.3 Hz，3 H) ; LCMS: w/e 516.3 (M+l)。 (3S，6S，10aS)-N-(3-丙烯醯胺基苯甲基）-6-((S)-2-(甲胺 基）丙醯胺基）-5-側氧基十氫"比咯并[l，2-a]氮4-3-甲醜胺 (VII-1)
在〇°C下向苯胺lk(60 mg)及三乙胺（80 μΐ)於無水二氣曱 烧（2 mL)中之混合物中逐滴添加丙烯醯氣（19 μΐ)。在〇»c下 授拌10分鐘後’添加三氟乙酸（1 mL)至反應混合物中且在 室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體（VII-1)。NMR (400 MHz, DMSO-A): δ=10.1 (s, 1 Η), 8.70 (m, 2 Η), 8.47 (t, J=5.5 Hz, 1 H), 7.57 (s, 1 H), 153333.doc •232- 201134825 7.50 (d, J=9.2 Hz, 1 H), 7.24 (t, J=7.8 Hz, 1 H), 6.98 (d, J=7.8 Hz, 1 H), 6.42 (dd, J=10.1, 14.6 Hz, 1 H), 6.23 (dd, J=2.3, 17.0 Hz, 1 H), 5.72 (dd, J=2.3 Hz, 10.1 Hz, 1 H), 4.78 (m, 1 H), 4.31 (m, 2 H), 4.17 (m, 2 H), 3.7-1.3 (m), 1.31( d，J=6.9 Hz, 3 H) ; LCMS: m/e 470.2 (M+l)。 實例2
VII-2 (S)-l-((3S,6S，10aS)-3-(3-丙烯醯胺基苯甲基胺甲醯基） 5-側氧基十氫吼咯并[l，2-a】氮咔基胺基）_][_側氧基丙_2 基（甲基）胺基甲酸第二丁醋：根據如下所述之步驟及中間 物製備標題化合物。 在〇°C下向苯胺lk(60 mg)及三乙胺（80 μι)於無水二氯甲 烷（2 mL)中之混合物中逐滴添加丙烯醯氣（19 μ1)。濃縮反 應混合物且使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物， 得到白色固體。LCMS: m/e 470.3 (M+i_tBu) 〇 實例3 153333.doc -233- 201134825
ο ο VII-3 (3S’6S，i〇as)_6_((s) 2_(甲胺基）丙醯胺基）_5_側氧基-Ν- (3-((S)-S-侧氧基四氮呋喃_2甲醯胺基）苯甲基）十氫吡咯并 U，2-a]氮啐甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製備 標題化合物。 在室溫下攪拌苯胺lk(19.8 mg)、（S)-5-側氧基_2_四氫呋 鳴甲酸（6 mg)、EDC.HC1(12 mg)、HOBt(9 mg)、N-甲基嗎 琳（2〇 Μ·1)於二氯甲烧（1 mL)中之混合物隔夜。在〇°C下搜掉 1〇分鐘後，添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室 溫下攪拌1 〇分鐘❶濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物’得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: m/e 528.3 (M+1) 〇 實例4
VII-4 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醢胺基）-5·側氧基 _Ν· -234· 153333.doc
CL 201134825 (3-((S)-4-側氧基氮雜環丁烷_2_甲醯胺基）苯甲基）十氫吡咯 并[l，2-a]氮4-3-甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製 備標題化合物。 在室溫下攪拌苯胺lk(24.5 mg)、（S)-4-側氧基-2-氮雜環 丁 烷甲酸（6.6 mg)、EDC.HC1(12 mg)、HOBt(9 mg)、N-甲 基嗎琳（20 μΐ)於二氣甲院（1 mL)中之混合物隔夜。在〇。〇下 攪拌10分鐘後，添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且 在至溫下撥拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物’得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: w/e 513.3 (M+1)。 實例5
VII-5 (3S,6S,10aS)-N-(3-(2·異丙氧基-3,4-二側氧基環丁 j 稀 基胺基）苯甲基）-6-((S)-2-(甲胺基）丙醢胺基）側氧基十氫 吡咯并[l，2-a】氮唓-3-甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間
物製備標題化合物。 S 在室溫下攪拌苯胺lk(37.7 mg)、3,4--里*甘 ，—呉丙基-3-環丁 烯-1，2-二酮（16 mg)、三乙胺（20 μΐ)於二氣甲栌 肌τ沉（1 mL)中之 153333.doc •235 · 201134825 混合物隔夜。在0°C下攪拌10分鐘後，添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下授拌1 〇分鐘。濃縮反應混 合物且使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到 呈TFA鹽形式之白色固體。 LCMS: w/e 554.2 (M+1)。 實例6
VII-6 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醢胺基）_5_側氧基-N- (3-(3-側氧基丁醯胺基）苯甲基）十氫吼咯并丨12^】氮啐-夂甲 酿胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。 在80°C下攪拌苯胺ik(20 mg)、2,2,4-三甲基-6-酮基-1,3-二氧雜環己烯（10 μΐ)於二噁烧（1 mL)中之混合物隔夜。濃 縮混合物且以二氣甲烷（1 mL)稀釋。添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌1〇分鐘。濃縮反應混 合物且使用半製備型HPLC(丁 FA改質劑）純化殘餘物，得到 呈TFA鹽形式之白色固體。[CMS: w/e 500.3 (M+1)。 實例7 153333.doc 236· 201134825
VII-9 (3S，6S，l〇aS)-6-((S)-2-(甲胺基）兩醯胺基）5側氧基_N_ (3-(4,4,4-三氟-3-側氧基丁酿胺基）笨甲基）十氫咐咯并 a]氮啐-3-甲醯胺·根據如下所述之步驟及中間物製備標題 化合物。 在80 C下攪拌苯胺lk(12 mg)、4,4,4-三氟乙醯乙酸乙酯 (100 μΐ)於曱苯（1 mL)中之混合物2小時。濃縮混合物且以 二氯甲烷（1 mL)稀釋。添加三氟乙酸（〇.3 mL)至反應混合 物中且在室溫下攪拌1〇分鐘。濃縮反應混合物且使用半製 備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之 白色固體。LCMS: m/e 554.2 (M+1) 0 實例8 153333.doc
/N VII-10 -237- 201134825 (38,68，1〇38)-1>{-(3-((£)-4-(二甲胺基）丁-2-烯醢胺基）苯 甲基）-6-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）-5-側氧基十氫吼咯并 [l，2-a】氣吟-3-甲酿胺：根據如下所述之步驟及中間物製備 標題化合物。 在〇C下向苯胺lk(12.7 mg)及二異丙基乙胺（1〇〇 μΐ)於無 水二氣甲烷（1 mL)中之混合物中逐滴添加（ε)-4-(二甲胺基） 丁-2-烯醯氣（2〇 μΐ)。在下攪拌1〇分鐘後，添加三亂乙 酸（1 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌1〇分鐘。濃縮反 應混合物且使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，_ 得到呈TFA鹽形式之白色固體。LCMS: w/e 527.3 (M+1)。 實例9
VII-11 (3S，6S，l〇aS)-N-(3·甲基丙烯醢胺基苯甲基）_6_((s)_2(甲 胺基）丙醯胺基）-5-側氧基十氫咕咯并【12_a】氮啐_3_甲酿 胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。 在〇c下向苯胺ik(10 mg)及二異丙基乙胺（50 μ1)於無水 一氣甲烷（1 mL)中之混合物中逐滴添加甲基丙烯醯氣（2〇 μΐ)在〇 C下攪拌ίο分鐘後，添加三氟乙酸（丨mL)至反應 混。物中且在室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用 153333.doc 6 •238- 201134825 半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形 式之白色固體。LCMS: w/e 484.4 (M+1)。 實例10
VII-12 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醢胺基）-N-(3-(3-甲基 丁-2-烯醢胺基）苯甲基）_5_側氧基十氫”比咯并[12·^氮吟_3_ 甲酿胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。 在〇°C下向苯胺lk(l〇 mg)及二異丙基乙胺（50 μΐ)於無水 二氣曱烧（1 mL)中之混合物中逐滴添加3-甲基丁 ·2·烯醯氣 (20 μΐ)。在〇°c下攪拌10分鐘後，添加三氟乙酸（1 mL)至反 應混合物中且在室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使 用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽 形式之白色固體。LCMS: w/e 498.3 (M+1)。 實例11 153333.doc -239· 201134825
VII-16 根據如下所述之步驟及中間物製備VII-16。 在室溫下攪拌苯胺lk(13.2 mg)、丙烯酸_d4(1.7 μΐ)、 EDC.HC1(8 mg)、HOBt(6 mg)、Ν-曱基嗎琳（13 μΐ)於二氣 曱烷（1 mL)中之混合物隔夜。在〇艺下攪拌丨〇分鐘後，添 加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌1〇分 鐘°濃縮反應混合物且使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純 化殘餘物’得到呈TFA鹽形式之白色固體。lCMS: m/e 473.2 (M+1)。 實例12
VII-21 (3S，6S，10aS)-6-((S)_2_(甲胺基）丙酿胺基）-5_侧氧基·Ν· (3-((R>_5-側氧基四氫呋喃_2_甲醯胺基）苯甲基）十氫β比咯并 [l，2-a】氣啐-3-甲釀胺：根據如下所述之步驟及中間物製備 153333.doc 6 •240· 201134825 標題化合物。 在室溢下授拌苯胺lk(8.1 mg)、（R)-5-側氧基-2-四氫吱 喃甲酸（2.4 mg)、EDC.HC1(5 mg)、HOBt(4 mg)、N-甲基 嗎啉（10 μΐ)於二氯曱烷mL)中之混合物隔夜。在0°C下攪 拌10分鐘後，添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在 室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 ❿ 固體。LCMS:所/e 528.3 (M+1)。 實例13
VII-23 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）-5-側氧基 (3-(乙烯基磺醢胺基）苯甲基）十氫β比咯并[12_a】氮啐_3_曱 醜胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。 在〇°C下向苯胺lk(30 mg)及二異丙基乙胺（50 μΐ)於無水 二氣曱烧（1 mL)中之混合物中逐滴添加2_氣·ι_乙烷磺醯氯 (5 μΐ)。在〇°C至室溫下攪拌3〇分鐘後，添加三氟乙酸〇 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌1〇分鐘。濃縮反應混 合物且使用半製備型hplc(tfa改質劑）純化殘餘物，得到 呈TFA鹽形式之白色固體。[CMS: m/e 506.2 (M+1) 〇 153333.doc •241· 201134825 實例14
VII-24 (3S，6S，l〇aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）-5-側氧基-N-(3-((4R)-4,7,7-三甲基-3-側氧基-2-氧雜雙環[2.2.1】庚烷-1-甲酿胺基）苯甲基）十氫咯并[l，2-a]氮唓-3-甲醯胺：根據 如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。 在室溫下攪拌苯胺lk(8.0 mg)、（lS)-(·)-樟腦酸（6.0 mg)、EDC-HC1(8 mg)、HOBt(6 mg)、N-甲基嗎淋（10 μΐ)於 二氣曱烷（1 mL)中之混合物2天。在〇。〇下攪拌1 〇分鐘後， 添加二氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌！〇 为鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型HpLC(TFA改質劑） 純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色固體eLCMS: w/e 596.4 (M+l)= 實例15 153333.doc -242· 201134825
VII-26 (3S，6S，l〇aS)-6-(…，
(3⑽S)-4,7,7-三甲其（甲胺基）丙醯胺基側氧基·Ν_ 甲醯胺基）苯甲一基側氧基-2_氧雜雙環（2.2.11庚烧小 如下所、f夕氣响略并丨1，2·3】氮吟士甲酿胺：根據 ，之步驟及中間物製備標題化合物。 在室溫下授拌苯胺lk(8 i叫）、叫⑴棒腦酸⑴ mg)、EDC‘HC1(16 mg)、職(12叫）、n甲基嗎嘴⑽叫 於二氣甲烷(1 mL)中之混合物3天。在〇t下授拌ι〇分鐘 後，添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下攪 拌ίο分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型hplc(tfa改 質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色固體。LCMS w/e 596.3 (M+1)。 實例16
VII-34 153333.doc -243 · 201134825 (3S，6S，10aS)-N-(3-(l-乙醢基環丙烷甲醯胺基）苯甲基）_ 6-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）_5_側氧基十氫。比咯并丨12 a】氛 4-3-甲酿胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合 物。 在室溫下攪拌苯胺lk(14.2 mg)、1-乙醯基環丙烷甲酸 (1〇 mg)、HATU(20 mg)、二異丙基乙胺（10 μΐ)於二氣曱烷 (1 mL)中之混合物隔夜。在〇°C下攪拌10分鐘後，添加三 氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌1 〇分鐘。 濃縮反應混合物且使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘 餘物，得到呈TFA鹽形式之白色固體。LCMS: w/e 526.3 (M+1)。 實例17
VII-38 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙酿胺基）-5-側氧基-N-(3-((S)-5-側氧基吼咯啶-2-甲醯胺基）苯甲基）十氫”比咯并 [l，2-a]氮4-3-甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製備 標題化合物。 在室溫下攪拌苯胺lk(8 mg)、（S)-2-。比咯啶-5-甲酸（5 mg)、EDC.HC1(10 mg)、HOBt(7 mg)、二異丙基乙胺（1〇 153333.doc -244- 201134825 μΐ)於二氣曱燒.（1 mL)中之混合物隔夜。在〇°c下授拌1〇分 鐘後，添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下 攪拌ίο分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型hplc(tfa 改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色固體。 LCMS: m/e 527.2 (M+1)。 實例18
VII-39 (3S，6S，l〇aS)-6-((S)-2-(曱胺基）丙醯胺基）_5_ 側氧基 _N_ (3-((R)-5-側氧基》比咯啶-2-甲醯胺基）苯甲基）十氫咬洛并 【l，2-a】氮今-3-曱酿胺：根據如下所述之步驟及中間物製備 標題化合物。 在室溫下擾拌苯胺lk(8 mg)、（R)-2- °比π各0定_5_甲酸（5 mg)、EDC.HC1(10 mg)、HOBt(7 mg)、二異丙基乙胺（1〇 μΐ)於二氣曱院（1 mL)中之混合物隔夜。在〇°c下搜拌ι〇分 鐘後’添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下 擾拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型hplc(tfa 改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色固體。 LCMS: w/e 527.2 (M+1)。 實例19 153333.doc -245- 201134825
VII-44 (3S，6S，l〇aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醢胺基）_s_側氧基·N-(3-(2-側氧基四氫呋喃_3_甲醯胺基）苯甲基）十氫吡咯并 [l，2-a]氮啐-3-甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製備 標題化合物。 在室溫下授拌苯胺1 k(8 mg)、2-側氧基-3-四氫呋喃甲酸 (10 mg)、EDC.HC1(10 mg)、HOBt(7 mg)、二異丙基乙胺 (10 μΐ)於二氣甲烷（1 mL)中之混合物隔夜。在〇。(：下攪拌10 分鐘後，添加三氟乙酸（0·3 mL)至反應混合物中且在室溫 下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: m/e 528.3 (M+1)。 實例20
VII-45 153333.doc -246- 201134825 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）芮醯胺基）·5-側氧基-N-(3-(5-側氧基四氫咬鳴_3_甲酿胺基）苯甲基）十氫"tbug·并 [l，2-a】氮4-3-甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製備 標題化合物。 在室溫下攪拌苯胺lk(8 mg)、2-側氧基-4-四氫呋喃曱酸 (10 mg)、EDC.HCl(l〇 mg)、HOBt(7 mg)、二異丙基乙胺 (10 μΐ)於二氣甲烧（1 mL)中之混合物隔夜。在〇°C下授拌l〇 分鐘後’添加三氟乙酸（〇.3 mL)至反應混合物中且在室溫 下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: m/e 528.3 (M+1)。 實例21
VII-49 (38,68，1〇38)_6-((8)-2-(甲胺基）丙醯胺基）_5-側氧基-1^-(3-((R)-4-側氧基氮雜環丁烷_2-甲醢胺基）苯曱基）十氫咯 并[l，2-a]氮啐-3-甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製 備標題化合物。 在室溫下攪拌苯胺lk(16 mg)、（R)_4-側氧基-2-氮雜環丁 烷曱酸（12 mg)、EDC.HC1(20 mg)、H0Bt(14 mg)、二異丙 153333.doc •247· 201134825 基乙胺（20 μΐ)於二氣甲烷（1 mL)中之混合物隔夜。在0°C下 攪拌10分鐘後，添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且 在室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: w/e 513.3 (M+1)。 實例22
VII-7 (8)-1-((38,68，1〇38)-3-(3-(2,4-二側氧基戊-3-基）苯甲基 胺甲酿基）-5-側氧基十氮吼洛并[l，2-a】氣辞·_6-基胺基）-1-側 氧基丙-2-基（甲基）胺基甲酸第三丁酯：根據如下所述之步 驟及中間物製備標題化合物。 在室溫下攪拌lj(250 mg)、3-碘苯甲胺（97 μΐ)、 EDC-HC1(152 mg)、HOBt(99 mg)、Ν-甲基嗎啉（0.20 mL) 於乙腈（10 mL)中之混合物隔夜。在減壓下濃縮後，藉由 管柱層析（Si02，異丙醇：二氣曱烷，7:93)直接純化殘餘 物’得到 300 mg所需蛾化物。LCMS: m/e 527.2 (M+1-lBu)。 向所製備之碘化物（32 mg)於DMSO(l mL)中之溶液中添 加埃化銅（1.0 mg)、L-脯胺酸（1.2 mg)、碳酸铯（66 mg)及 丙酮乙醯（10 μΐ)且在9(TC下攪拌2小時。過濾反應混合物 153333.doc • 248· 201134825 且使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化濾液’得到固體。 LCMS: /n/e 499.2 (Μ+1-ιΒιι)。 實例23
Τ • VII-8 (3S，6S，10aS)-N-(3-(2,4-二側氧基戊-3-基）苯甲基）-6_ ((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）_5_側氧基十氫啦咯并u,2_a]氮 吟-3-甲酿胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合 物。 向含（8)-1-((3 8,68，1(^8)-3-(3-(2,4-二側氧基戊-3-基）苯 甲基胺曱醢基）-5-側氧基十氫吡咯并[i，2_a]氮啐_6_基胺 基）-1-側氧基丙-2-基（甲基）胺基曱酸第三丁酯（VII_7)(7 • mg)之二氣甲烷（1 mL)中添加三氟乙酸（〇 3 mL)且在室溫下 攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型HPLC(TFA 改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色固體。 LCMS: m/e 499.2 (M+1)。 實例24 153333.doc •249· 201134825
VII-13 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2·(甲胺基）丙醯胺基）-5-側氧基-N-(3-((S)-2-側氧基四氫呋喃-3-基胺甲醯基）苯甲基）十氫"比洛 并【l，2-a]氮啐-3-甲酼胺：根據如下所述之步驟及中間物製 備標題化合物。
(S)-3-(2-側氧基四氫呋喃_3基胺甲醯基）苯甲基胺基甲 酸第三丁酯（2a)
在室溫下棵拉& α许J-((第三丁氧羰基胺基）甲基）苯甲酸（100 153333.doc 201134825 mg)、（S)-3-私基一虱D夫喃-2(3H)-綱鹽酸鹽（55 mg)、 EDC.HC1(92 mg)、HOBt(64 mg)、N-甲基嗎琳（0.13 mL)於 乙腈（2 mL)中之混合物隔夜。在減壓下濃縮後，藉由管柱 層析（Si〇2，庚烷：乙酸乙酯’ i〇:9〇)直接純化殘餘物，得 到120 mg呈白色固體狀之所需苯胺2a。NMR (400 MHz， CDC13)： 5=7.7-7.2 (m, 6 Η), 5.21 (s, 1 Η), 4.96 (m, 1 Η), 4.54 (t，J=9‘2 Hz，1 H)，4.32 (m，3 H)，2.86 (m, 1 H)，2.31 (m，1 H)，1.47 (s，9 H)。
VII-13 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）-5_側氧基 _N_ (3-((S)-2-側氧基四氫呋喃_3_基胺甲醯基）苯甲基）十氫吡咯 并[l，2-a]氮啐-3-甲醯胺 在室溫下向含内酯2a(40 mg)之無水二氣曱烷（1 mL)中逐 滴添加三氟乙酸（0.3 mL)。在室溫下攪拌1〇分鐘後，在減 壓下完全濃縮反應混合物。向含此殘餘物2 b之無水二氣甲 烷（1 mL)中添加 ij(i2 mg)、EDC.HCl(5.6 mg)、HOBt(4.3 mg) ' N-甲基嗎啉（9.6 μι)且在室溫下攪拌所得混合物隔 仗。添加三氟乙酸（〇. 3 mL)至反應混合物中且在室溫下搜 153333.doc -251 - 201134825 拌1 〇分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型hplc(tfa改 質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色固體VII-13。 'H NMR (400 MHz, DMSO-t/6)： 8=8.95 (d, J=8.2 Hz, 1 H), 8.75 (m, 2 H), 8.70 (d, J=6.8 Hz, 1 H), 8.55 (t, J=6.0 Hz, 1 H), 7.72 (m, 2 H), 7.44 (m, 2 H), 4.76 (m, 2 H), 4.43-4.15 (m，5 H)，3.80 (q，J=6.4 Hz，1 H)，2.5-1.4 (m)，1.31 (d， J=6.8 Hz, 3 H) ; LCMS: w/e 528.3 (M+l)。 實例25
(3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙酿胺基）_5_側氧基-N-(3-(6-側氧基四氫-2H-哌喃-2-甲醯胺基）苯甲基）十氫吡略 并[l，2-a]氮啐-3-甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製 備標題化合物β 在室溫下向含3-(6-側氧基四氫-2Η-哌喃-2-甲醯胺基）苯 甲基胺基曱酸第三丁酯（20 mg)之無水二氣甲烷（1 mL)中逐 滴添加三氟乙酸（0.3 mL)。在室溫下攪拌1〇分鐘後，在減 壓下完全濃縮反應混合物。向含此殘餘物之無水二氯曱烧 (1 mL)中添加 lj(12 mg)、EDC.HC1(20 mg)、HOBt(14 153333.doc •252- 201134825 mg)、N-曱基嗎啉（2〇 μι)且在室溫下攪拌所得混合物隔 仗添加_氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下授 拌1 〇为鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型HpLc(TFA改 質劑）純化殘餘物’得到呈TFA鹽形式之白色固體。Lcms: m/e 542.3 (M+1)。 實例26
VII-14 3-(((3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙酿胺基）-5-側氧基 十氫β比咯并[l，2-a】氮啐-3-甲醯胺基）曱基）苯甲酸4,4-二甲 基-2-側氧基四氫呋喃基酯：根據如下所述之步驟及中 間物製備標題化合物。 在室溫下向含3-((第三丁氧羰基胺基）曱基）苯曱酸4,4-二 甲基-2-側氧基四氫。夫喃-3-基酯（40 mg)之無水二氣甲院（1 mL)中逐滴添加三氟乙酸（0.3 mL)。在室溫下攪拌1〇分鐘 後，在減壓下完全濃縮反應混合物。向含此殘餘物之無水 二氣曱烷（1 mL)中添加 lj(12 mg)、EDOHCl(5.6 mg)、 HOBt(4.3 mg)、N-曱基嗎淋（9.6 μΐ)且在室溫下攪拌所得混 合物隔夜。添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室 153333.doc -253- 201134825 溫下攪拌ίο分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: m/e 557.3 (M+1)。 實例27
VII-15 3-(((3 S,6S, 10a S)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醢胺基）側氧基 十氫吼咯并【l，2-a〗氮啐-3-甲醢胺基）甲基）笨甲酸2_側氧基 四氫吱响-3-基醋：根據如下所述之步驟及中間物製備標題 化合物。 在室溫下向含3·((第三丁氧羰基胺基）甲基）苯甲酸2_側氧 基四氫呋喃-3-基酯（40 mg)之無水二氣曱烷（1 mL)中逐滴 添加三氟乙酸（0.3 mL)。在室溫下授拌1 〇分鐘後，在減壓 下完全濃縮反應混合物。向含此殘餘物之無水二氣曱燒（1 mL)中添加 lj(12 mg)、EDC-HC1(5.6 mg)、HOBt(4.3 mg)、 N-曱基嗎啉（9.6 μΐ)且在室溫下攪拌所得混合物隔夜。添加 三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌1〇分 鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型hplc(tfa改質劑）純 化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色固體。LCMS: m/e 153333.doc •254· 201134825 529.3 (Μ+l)。 實例28
(3S，6S，1〇aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙酿胺基）-5-側氧基-N-(3-(2-側氧基四氫咬味-3-基氧基）苯甲基）十氫咕咯并[M_
VII-17 a]氮啐-3·甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題 化合物。 向含3-(3-(胺基曱基）苯氧基）二氫呋喃_2(3H)酮（1〇 mg) 之無水二氯甲烧（1 mL)中添加ij(12 mg)、EDC.HC1(5.6 mg)、HOB t( 4.3 mg)、N-甲基嗎咐（9.6 μΐ)且在室溫下撥掉 所得混合物隔夜。添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中 且在室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: w/e 501.3 (Μ+l)。 實例29 153333.doc • 255 · 201134825
VII-18 (3S，6S，10aS)-N-(3-(丙烯醯胺基甲基）苯甲基 (甲胺基）丙醯胺基）-5-側氧基十氫吡咯并[l，2-a】氮畔_3甲 醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。 向含1，3-伸苯基二曱胺mL)之無水二氣曱烷〇 mL)中 添加 lj(12 mg)、EDC.HC1(5.6 mg)、HOBt(4.3 mg)、N-曱 基嗎啉（9.6 μΐ)且在室溫下攪拌所得混合物隔夜。在 添加丙烯醯氣且在下攪拌10分鐘。添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混 合物且使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到 呈TFA鹽形式之白色固體。LCMS: m/e 484.3 (M+1)。 實例30
VII-19 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）_n_(3-(3-甲基 153333.doc •256· 201134825 丁-2-烯醯基）苯甲基）_5_側氧基十氫咕咯并【12^】氮啐_3甲 醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。 在室溫下向含3-(3-甲基丁_2·烯醮基）苯甲基胺基甲酸第 三丁酯（40 mg)之無水二氣甲烷（1 mL)中逐滴添加三氟乙酸 (0.3 mL)。在室溫下攪拌1〇分鐘後，在減壓下完全濃縮反 應混合物。向含此殘餘物之無水二氣曱烷（1 mL)中添加 lj(28 mg)、EDC.HC1(17.3 mg)、HOBt(12.2 mg)、N-甲基 嗎啉（25 μΐ)，且在室溫下攪拌所得混合物隔夜。添加三氟 乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌1〇分鐘。濃 縮反應混合物且使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘 物，得到呈TFA鹽形式之白色固體。LCMS: w/e 483 3 (M+1)。 實例31
11-20 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醢胺基）側氧基·Ν_ (3-((18,48)-3-側氧基-2-氧雜_5-氮雜雙環[2.2.1]庚烷_5-羰 基）苯甲基）十氫®Λ嘻并[1，2-a]氣吟-3-甲酿胺：根據如下所 述之步驟及中間物製備標題化合物。 153333.doc -257- 201134825 在室溫下向含3-((lS，4S)-3-側氧基-2-氧雜-5-氮雜雙環 [2·2.1]庚烧-5-羰基）苯甲基胺基甲酸第三丁酯（55 mg)之無 水一氯甲炫（1 mL)中逐滴添加三氣乙酸（〇.3 mL)。在室溫 下搜拌10分鐘後’在減壓下完全濃縮反應混合物。向含此 殘餘物之無水二氣甲烷（1 mL)中添加lj(28 mg)、 EDC.HC1(17.3 mg)、HOBt(12.2 mg)、N-甲基嗎啉（25 μΐ)， 且在室溫下攪拌所得混合物隔夜。添加三氟乙酸（〇 ；3 mL) 至反應混合物中且在室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物 且使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈 TFA鹽形式之白色固體。[CMS: m/e 540.3 (M+1)。VII-20 實例32
VII-22
備標題化合物。 (3S，6S，10aS)_6_((S)_2_(甲胺基）丙醯胺基）5側氧基_n -3-基胺甲醯基） 在室溫下向含（S)-3-(5·側氧基四氫n夫喃 153333.doc -258· 201134825 苯甲基胺基甲酸第三丁酯（2〇 mg)之無水二氯甲烷（1 mL)中 逐滴添加三氟乙酸（〇·3 mL)。在室溫下授拌1〇分鐘後，在 減壓下完全濃縮反應混合物。向含此殘餘物之無水二氯甲 烧（1 mL)中添加 lj(20 mg)、EDC-HC1(17.3 mg)、HOBt (12.2 mg)、N-曱基嗎琳（50 μΐ)，且在室溫下攪拌所得混合 物隔夜。添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫 下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: w/e 528.3 (M+1)。 實例33
VII-25 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2·(甲按基）丙酿胺基）-5_側氧基-N· (3-((lR，4R)-3-側氧基氧雜·s氮雜雙環[221】庚烷_5_羰 基）苯甲基）十氫吡咯并Ha】氮啐_3_甲醯胺：根據如下所 述之步驟及中間物製備標題化合物。 在室溫下向含3-((ir，4R)_3_側氧基氧雜巧·氮雜雙環 [2.2.1]庚烷-5-羰基）苯曱基胺基甲酸第三丁酯（3〇 mg)之無 水一氯甲院（1 mL)中逐滴添加三氟乙酸（0.3 mL)。在室溫 153333.doc •259· 201134825 下攪拌ίο分鐘後，在減壓下完全濃縮反應混合物。向含此 殘餘物之無水二氣曱烷（1 mL)中添加ij(11.5 mg)、 EDC.HC1(17 mg)、HOBt(12 mg)、N-甲基嗎啉（10 μΐ)，且 在室溫下攪拌所得混合物隔夜。添加三氟乙酸（〇·3 mL)至 反應混合物中且在室溫下攪拌1〇分鐘。濃縮反應混合物且 使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA 鹽形式之白色固體。LCMS: w/e 540.3 (M+1)。 實例34
VII-27 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）-S-側氧基-N-(3-((R)-2-側氧基四氫呋喃_3_基胺甲醢基）苯甲基）十氫0比咯 并【l，2-a]氮啐_3_甲醢胺：根據如下所述之步驟及中間物製 備標題化合物。 在室溫下向含（11)-3_(5_側氧基四氫呋喃·3_基胺甲醯基） 苯甲基胺基甲酸第三丁酯（37 mg)之無水二氣甲烷（1 mL)中 逐滴添加三氟乙酸（0.3 mL)。在室溫下攪拌10分鐘後，在 減壓下完全濃縮反應混合物^向含此殘餘物之無水二氣甲 烧（1 mL)中添加 1κ1〇 mg)、EDC.HC1(17.3 mg)、 153333.doc •260· 201134825 HOBt(12.2 mg)、N-甲基嗎啉（10 μΐ)，且在室溫下攪拌所 得混合物隔夜。添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且 在室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS:所/e 528.3 (M+1)。 實例35
VII-29 3-側氧基丁酸3-(((38,68,1〇38)-6-((8)-2-(甲胺基）丙醯胺 基）-5-側氧基十氫吼咯并【12-a]氮4_3·甲醯胺基）甲基）苯 甲醋：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。 向含（3-(胺基甲基）苯基）曱醇（1〇 mg)之無水二氯曱烧（J mL)申添加 ij(i3.7 mg)、EDC.HC1(7 mg)、HOBt(5.0 mg)、 N-甲基嗎啉（i〇 μι)且使用半製備型hplc(TFA改質劑）純化 所得混合物。在80。(：下攪拌分離產物（5 mg)、2,2,4-三曱 基-6-酮基-ΐ，3·二氧雜環己烯（10 μ1)於二曱氧乙烷（1 mL)中 之混合物隔夜。濃縮混合物且以二氯曱烷〇 mL)稀釋。添 加二氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌丨〇分 鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型Hplc (TFA改質劑）純 化殘餘物’得到呈TFA鹽形式之白色固體。lCMS: m/e 153333.doc •261 - 201134825 515.2 (M+l) 〇 實例36
VII-31 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙酿胺基）_5_側氧基 _n_ (3-(2-側氧基嗎琳·4-叛基）苯甲基）十氫ι»比略并[i，2_a]氮碎_ 3-甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合 物。 在室溫下向含3-(2-側氧基嗎啉-4_羰基）苯甲基胺基甲酸 第三丁酯（20 mg)之無水二氣甲烷（1 mL)中逐滴添加三乳乙 酸（0.3 mL)。在室溫下攪拌1〇分鐘後，在減壓下完全濃縮 反應混合物。向含此殘餘物之無水二氣甲烷（丨mL)中添加 lj(10 mg)、EDC-HC1(10 mg)、HOBt(7 mg)、N-甲基嗎啉 (10 μΐ) ’且在室溫下攪拌所得混合物隔夜。添加三氟乙酸 (0.3 mL)至反應混合物中且在室溫下攪拌1〇分鐘。濃縮反 應混合物且使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物， 得到呈TFA鹽形式之白色固體。[CMS: m/e 528.3 (M+1)。 實例37 153333.doc .262· 201134825
VII-32 ο
基）丙醯胺基）-5-側氧基_N_ 甲酿胺基）甲基）苯甲基）十氫 根據如下所述之步驟及中間 (3S’6S’10aS)-6-((S)-2-(甲胺 (3-(((S)-5-側氧基四氫咳喃-2· 吡咯并[l，2-a】氮啐甲醯胺： 物製備標題化合物。 在至下向3 (S)-3-((5_侧氧基四氣咬喊_2•甲酿胺基）甲 基）苯甲基胺基甲酸第二 gn 〜Ί 0曰（10 mg)之無水二氣曱烷〇 mL)中逐滴添加二氟乙酸3虹）。在室溫下擾拌^分鐘 後’在減壓"F凡全濃縮反應混合#。向含此殘餘物之無水
一氣曱烷（1 mL)中添加"（Μ mg)、EDC.HC1(10 mg)、 HOBt(7 mg)、N-曱基嗎啉（1〇 μι)，且在室溫下攪拌所得混 合物隔夜。添加三氟乙酸（〇.3 mL)至反應混合物中且在室 溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: m/e 542.3 (M+1)。 實例38 153333.doc -263- 201134825
VII-33 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）-5-側氧基-N-(3-(((R)-5-側氧基四氩呋喃_2_甲醯胺基）甲基）苯甲基）十氫 nb咯并[l，2-a]氮啐-3·甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間 物製備標題化合物。 在室溫下向含（R)_3-((5-側氧基四氫呋喃-2-甲醯胺基）甲 基）苯曱基胺基曱酸第三丁酯（10 mg)之無水二氣甲烷（1 mL)中逐滴添加三氟乙酸（〇.3 mL)。在室溫下攪拌1〇分鐘 後’在減壓下完全濃縮反應混合物。向含此殘餘物之無水 二氣甲烷（1 mL)中添加 lj(10 mg)、EDC.HC1(10 mg)、 HOBt(7 mg)、N-甲基嗎啉（l〇 μΐ) ’且在室湓下授掉所得混 合物隔夜。添加三氟乙酸（〇·3 mL)至反應混合物中且在室 溫下攪拌1 0分鐘β濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: m/e 542.3 (M+1)。 實例39 153333.doc -264- 201134825
VII-41 (3S，6S，10aS)-6-((S)_2_( f 胺基）丙醯胺基）_5·側氧基 _Ν· (3-(((R)-5-側氧基四氫呋喃_2_基）甲基胺曱酿基）苯甲基）十 氫®比洛并[1，2-a】氮啤_3-甲醯胺：.根據如下所述之步驟及中 間物製備標題化合物。 在室溫下向含（R)_3-((5-側氧基四氫呋喃-2-基）曱基胺曱 醯基）苯曱基胺基曱酸第三丁酯（20 mg)之無水二氣曱烧（丄 mL)中逐滴添加三氟乙酸（〇·3 mL)。在室溫下攪拌10分鐘 後’在減壓下完全濃縮反應混合物。向含此殘餘物之無水 二氯甲烷（1 mL)中添加 lj(l〇 mg)、EDC.HC1(20 mg)、 HOBt(14 mg)、N-曱基嗎啉（20 μΐ)，且在室溫下攪拌所得 混合物隔夜。添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在 室溫下攪拌10分鐘》濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFa鹽形式之白色 固體。LCMS: m/e 542.3 (M+1)。 實例40 153333.doc -265· 201134825
VII-42 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(曱胺基）丙醯胺基）·5側氧基養 (3-(((S)-5-側氧基四氩呋喃_2·基）甲基胺甲醯基）苯甲基）十 氫吡咯并[l，2-a]氮啐-3·曱醢胺：根據如下所述之步驟及中 間物製備標題化合物。 在室溫下向含（S)-3-((5-側氧基四氫呋喃_2_基）甲基胺曱 醯基）苯曱基胺基曱酸第三丁酯（20 mg)之無水二氣甲烷〇 mL)中逐滴添加三氟乙酸（0.3 mL)。在室溫下授拌1〇分鐘 後’在減壓下完全濃縮反應混合物。向含此殘餘物之無水 二氣甲院（1 mL)中添加 lj(l〇 mg)、EDC.HC1(20 mg)、 HOBt(14 mg)、N-曱基嗎啉（20 μΐ)，且在室溫下攪拌所得 混合物隔夜。添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在 室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: w/e 542.3 (M+1)。 實例41 153333.doc -266 · 201134825
VII-43 (3S，6S，1〇aS)_M(S)-2-(曱胺基）丙酿胺基）·5-側氧基_Ν-(3-(3_側氧基_2·氧雜-氮雜雙環[2.2.2]辛烷·擬基）苯甲 基)十氫吡咯并[1，2叫氮啐_3_甲醯胺··根據如下所述之步 驟及中間物製備標題化合物。 在室溫下向含3-((1S，4S)_3·側氧基_2_氧雜_5·氮雜雙環 [2·2·2]辛烷-5_幾基）苯甲基胺基甲酸第三丁醋⑽之無 水二氣甲烧（1 mL)中逐滴添加三氟乙酸（()3叫。在室溫 下攪拌10分鐘後，在減壓下完全濃縮反應混合物。向含此 殘餘物之無水二氣甲烷〇 mL)中添加川1〇爪经）、 φ EDC.HC1(20 mg)、HOBt(14 mg)、N-甲基嗎淋（2〇 μΐ)，且 在至溫下授拌所得混合物隔夜。添加三氟乙酸（〇 3 mL)至 反應混合物中且在室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且 使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈tFa 鹽形式之白色固體。LCMS: w/e 544·3 (M+1)。 實例42 153333.doc -267- 201134825
VII-47 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）·5_侧氧基-N-(3-((lS)-7-侧氧基-6-氧雜-2-氮雜雙環[3.2.1]辛烷_2-羰基） 苯甲基）十氫吡咯并[l，2-a]氮4-3-甲醯胺：根據如下所述 之步驟及中間物製備標題化合物。 在室溫下向含3-((lR，5S)_7-側氧基-6-氧雜-2-氮雜雙環 [3.2.1]辛烷-2-羰基）苯甲基胺基曱酸第三丁酯（18 mg)之無 水二氣曱烷（1 mL)中逐滴添加三氟乙酸（〇.3 mL)。在室溫 下攪拌10分鐘後，在減壓下完全濃縮反應混合物。向含此 殘餘物之無水一氣甲炫《(1 mL)中添加；ij(i〇 mg)、 EDC.HC1(20 mg)、HOBt(14 mg)、N-甲基嗎琳（20 μΐ)，且 在室溫下视拌所得混合物隔夜。添加三I乙酸（〇 3 mL)至 反應混合物中且在室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且 使用半製備型HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈tFa 鹽形式之白色固體。LCMS: m/e 554.3 (M+1)。 實例43 153333.doc •268- 201134825
VII-48 (3S，6S，10aS)-6-((S)-2-(曱胺基）丙醯胺基）_5侧氧基-N-(3-(7-側氧基-6-氧雜-2-氮雜雙環[3 ·2.ι】辛炫_2 -採基）苯甲 _ 基）十氫吡咯并[l，2-a]氮啐-3-甲醯胺：根據如下所述之步 驟及中間物製備標題化合物。 在室溫下向含3-((lS，5R)-7-側氧基_6•氧雜氮雜雙環 [3.2.1]辛烷_2·羰基）苯曱基胺基甲第三丁酸酯（9 〇 mg)之無 水二氯甲烷（1 mL)中逐滴添加三氟乙酸（〇 3 mL)。在室溫 下攪拌1 0分鐘後，在減壓下完全濃縮反應混合物。向含此 殘餘物之無水二氯甲烷〇 mL)中添加“（Μ mg)、 edc.hC1(10 mg)、H0Bt(7 mg)、队甲基嗎琳（ι〇 叫，且在 鲁 t溫下授拌所得混合物隔夜。添加三氣乙酸（〇 3紅)至反 應混合物中且在室溫下授拌10分鐘。濃縮反應混合物且使 用半製備型HPix(tfa改㈣）純化殘餘物，得到呈tfa鹽 形式之白色固體。LCMS: m/e 554·3 (M+1)。 實例44 153333.doc •269· 201134825
VIII-2 (S)-N-(3-丙烯醯胺基苯甲基）-l-((S)-3,3-二甲基-2-((S)-2-(甲胺基）丙醢胺基）丁醯基）吡咯啶-2-甲醯胺：根據如下 所述之步驟及中間物製備標題化合物。
(S)-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基）-3,3-二甲基丁醯基）啦 咯啶-2-甲酸苯甲酯（3a)
在室溫下攪拌脯胺酸苯曱酯（1·〇 g)、Boc-Tle-OH(1.05 153333.doc -270- 201134825 g)、HATU(1.73 g)、二異丙基乙胺（0.5 mL)於DMF(10 mL) 中之混合物隔夜。在減壓下濃縮後，將殘餘物分配於 EtOAc及飽和碳酸氫鈉中。有機層經硫酸鈉乾燥且過濾。 藉由管柱層析（Si02，庚烷：乙酸乙酯，60:40)純化殘餘 物’得到呈白色固體狀之所需3a。LCMS: m/e 319.1 (M+1-tBu)。 (S)-l-((S)-2-((S)-2_(第三丁氧羰基（甲基）胺基）丙醯胺 基）-3,3-二甲基丁酿基）哺洛咬_2_甲酸苯甲酯（3b)
〇_b 在室溫下向含3a(110 mg)之無水二氣甲烷（2 mL)中逐滴 添加三氟乙酸（1 mL)。在室溫下攪拌1〇分鐘後，在減壓下 濃縮混合物。以 Boc-N-Me-Ala-OH(59 mg)、EDOHCl(61 mg)、HOBt(39 mg)、二異丙基乙胺（o.io mL)處理含殘餘 物之無水二氯甲烷（3 mL)，且在室溫下攪拌所得混合物隔 夜。將反應混合物分配於EtOAc中且以飽和碳酸氫納洗 滌。有機層經硫酸鈉乾燥且過濾❶藉由管柱層析（si〇2， 庚烧：乙酸乙酯，40:60)純化殘餘物，得到呈無色油狀之所 需 3b。4 NMR (400 MHz, CDCI3): δ=7.34 (m，5 H) 5 19 (d，J=11.9 Hz，1 H)，5.12 (d，J=ll_9 Hz，1 H)，4.7 (m，1 Η), 4.61 (d, J=14.0 Hz, 1 H), 4.57 (m, 1 H), 3.86 (m} 1 H), 3.69 153333.doc -271 - 201134825 (m, 1 Η), 2.79 (s, 3 Η), 2.22 (m, 1 Η), 1.97 (m, 2 Η), 1.48 (s, 9 Η), 1.35 (m, 1 Η), 0.98 (s, 9 Η) ； LCMS: m/e 404.3 (M+l-lBu) « (S)-l-((S)-l-((S)-2-(3·胺基苯甲基胺曱醯基）吼咯啶-i· 基）-3,3-—甲基側氧基丁-2-基胺基）-1-側氧基丙-2-基（甲 基）胺基甲酸第三丁酯（3c)
在鈀/碳（10%，濕型）存在下氫化含苯曱酯3b(100 mg)之 無水曱醇（10 mL)2小時。過濾混合物且在減壓下濃縮濾 液。以3-胺基苯曱基胺（3〇 mg)、EDC.HC1(61 mg)、 HOBT(39 mg)、二異丙基乙胺（0.10 mL)處理含殘餘物之無 水二氯曱烷（3 mL) ’且在室溫下攪拌所得混合物隔夜。將 反應混合物分配於EtOAc中且以飽和碳酸氫鈉洗滌。有機 層經硫酸鈉乾燥且過濾。藉由管柱層析（Si〇2，二氣曱烷: 異丙醇’ 90:10)純化殘餘物，得到呈無色油狀之所需3c。 丨H NMR (400 MHz，CDC13): LCMS: m/e 418.2 (M+1-tBu)。
VIII-2 153333.doc •272 · 201134825 (S)-N-(3-丙烯醯胺基苯甲基）小((s)_33_二甲基_2_((s)_ 2-(甲胺基）丙酿胺基）丁酿基）啦略咬·2甲酿胺 在〇C下向苯胺3c(14 mg)及三乙胺（2〇 μΐ)於無水二氯甲 烧（1 mL)中之混合物中逐滴添加丙烯醯氯（1〇 μι)。在〇。匸下 攪拌10分鐘後，添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且 在室溫下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體4。NMR (400 MHz，DMSO〇: δ=ΐ〇‘〇 (s，i H) 8.75 (m，2 H)，8.53 (d，J=8.7 Hz, 1 H)，8.37 (t, J=6.0 Hz，i H)，7.52 (s，1 H)，7.45 (d，J=8.2 Hz，1 H)，7.17 (t，J=8 2 Hz 1 H), 6.95 (d, J=7.8 Hz, 1 H), 6.38 (dd, J=i〇.l5 16 9 ^ j H), 6.19 (dd, J=2.3, 16.9 Hz, 1 H), 5.69 (dd, J=2.3 Hz, 10.1 Hz, 1 H), 4.46 (d, J=8.7 Hz, 1 H), 4.29 (m, 1 H), 4.19 (m, i H), 3.87 (m, 1 H), 3.65 (m, 2 H), 2.04 (m5 1 H), 1.93 (m? ! H), 1.78 (m, 2 H), 1.25( d5 J=6.9 Hz, 3 H), 0.95 (s, 9 H)； LCMS: w/e 472.2 (M+l)。 實例45
VIII-1 (8)-1-((8)-1.).2.(3.丙稀酿胺基苯曱基胺甲醜基卜比略 153333.doc -273- 201134825 啶-1-基）-3,3-二甲基-1-側氧基丁_2_基胺基）]_側氧基丙·2_ 基（甲基）胺基甲酸第三丁酯：根據如下所述之步驟及中間 物製備標題化合物。 在〇°C下向苯胺3c(14 mg)及三乙胺（20 μΐ)於無水二氣甲 烷（1 mL)中之混合物中逐滴添加丙烯醯氣（丨〇 μι)。在下 攪拌10分鐘後，濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到白色固體*。LCMs. zw/e 472.2 (M+lVBu)。 實例46
VIII-3 (S)-l-((S)-3,3-二甲基-2-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）丁醯 基）-N-(3-((R)-5-側氧基四氩呋喃-2-甲醯胺基）苯甲基）吡咯 啶-2-甲醢胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合 物。 在室溫下攪拌3c(12 mg)、（R)-5-側氧基-2-四氫呋喃曱酸 (6 mg)、EDC.HC1(10 mg)、HOBt(7 mg)、二異丙基乙胺 (10 μΐ)於二氣甲烷（1 mL)中之混合物隔夜。在〇°C下攪拌1 〇 分鐘後，添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在室溫 下攪拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 153333.doc -274- 201134825 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體》LCMS: /w/e 530.3 (M+1)。 實例47
VIII-7 (S)-l-((S)-3,3-二甲基-2-((S)-2-(甲胺基）丙酿胺基）丁醢 基）-N-(3-((R)-4-側氧基氮雜環丁烷-2-甲醯胺基）苯甲基）0比 ，咬-2-甲醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化 合物。 在室溫下授拌苯胺3c(12 mg)、（R)-4-側氧基-2-氮雜環丁 烷曱酸（6 mg)、EDC.HC1(10 mg)、HOBt(7 mg)、二異丙基 乙胺（10 μΐ)於二氯甲烷（1 mL)中之混合物隔夜。在〇。〇下搜 拌10分鐘後’添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且在 室溫下授拌10分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體。LCMS: m/e 515.3 (M+1) 0 實例48 153333.doc •275 · 201134825
VIII-5 (S)-l-((S)-3-丙烯酿胺基-2-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）丙 醯基）-N-(3-丙烯醢胺基苯甲基）吡咯啶-2-甲醯胺：根據如 下所述之步驟及中間物製備標題化合物。
(S)-l-((S)-3-(苯甲氧基羰基胺基）-2-(第三丁氧羰基胺基） 丙醯基）吡咯啶-2-甲酸苯甲酯（4a) 153333.doc -276- 201134825 NHCbz
在室溫下授拌脯胺酸苯曱醋（〇.66呂）、8〇〇〇3卩(2)-
OH(l.l g)、EDC HC1(0.58 g)、HOBt(370 mg)、二異丙基 乙胺（1.0 mL)於DCM( 1 0 mL)中之混合物隔夜。在減壓下濃 縮後，將殘餘物分配於EtOAc及飽和碳酸氫鈉中。有機層 經硫酸鈉乾燥且過濾。藉由管柱層析（si〇2，庚烷义酸乙 酯’ 60:40)純化殘餘物，得到呈白色泡沫狀之所需扣。 LCMS: m/e 426.2 (Μ+1-ιΒιι)。 (S)-l-((S)-3-(苯甲氧基羰基胺基(第三丁氧羰 基（曱基）胺基）丙醯胺基）丙醯基）吼咯啶_2-甲酸苯甲酯（4b)
在室溫下向含4a(l.i5 g)之無水二氯甲烷（1() mL)中逐滴 添加二氣乙酸（3 mL)。在室溫下攪拌1 〇分鐘後，在減壓下 浪縮混合物。以 B〇c_N-Me-Ala-OH(489 mg) ' EDC.HC1 (505 mg)、H〇Bt(325 mg)、二異丙基乙胺（0.60 mL)處理含 殘餘物之二氣曱烷（10 mL)，且在室溫下攪拌所得混合物 隔仪。將反應混合物分配於EtOAc中且以飽和碳酸氫鈉洗 滌。有機層經硫酸鈉乾燥且過濾。藉由管柱層析（Si〇2， 153333.doc •277· 201134825 庚烷：乙酸乙酯’ 40:60)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之 所需 4b。LCMS: m/e 511.2 (Μ+1」Βιι) 〇 (S)-l-((S)-3-(苯甲氧基羰基胺基）-1-((8)_2_(3_胺基苯甲 基胺甲酸基）°Λ洛咬-1-基）-1-側氧基丙-2·基胺基）_l側氧基 丙·2-基（甲基）胺基甲酸第三丁酯（4c)
在〇°C下向含4b(540 mg)之水（3 mL)中添加含74 mg氫氧 化鋰之3 mL曱醇。30分鐘後，使用1 N HC1將混合物酸化 至pH 3.0且分配於乙酸乙酯中。有機層經硫酸鈉乾燥。過 濾混合物且在減壓下濃縮濾液。以3-胺基苯甲基胺（130 mg)、EDC，HC1(204 mg)、HOBt(131 mg)、二異丙基乙胺 (0.60 mL)處理含殘餘物之無水二氣甲烷（10 mL)，且在室 溫下攪拌所得混合物隔夜。將反應混合物分配於EtOAc中 且以飽和碳酸氩鈉洗滌。有機層經硫酸鈉乾燥且過濾。藉 由管柱層析（Si02，二氣甲烧：異丙醇，90:10)純化殘餘 物’得到呈白色固體狀之所需4c。4 NMR (400 MHz， CDC13): LCMS: w/e 625.3 (M+1)。 (S)-l-((S)-3-胺基-l-((S)-2-(3-胺基苯甲基胺甲醢基）咕咯 啶-1-基）-1-側氧基丙-2-基胺基）-1-側氧基丙-2-基（甲基）胺 基甲酸第三丁酯（4d) 153333.doc • 278- 201134825
Boc ΗΝΛ=\ Q^mh2 在鈀/碳（10%，濕型）存在下氫化含4b(30 mg)之無水甲醇 (5 mL)2小時。過濾混合物且在減壓下濃縮濾液，得到 4d。LCMS: m/e 491.3 (M+1) 〇
(S)-l-((S)-3-丙烯酿胺基-2-((S)-2-(甲胺基）丙醯胺基）两 醯基）-N-(3-丙烯醯胺基苯甲基）吡咯啶_2_甲醯胺（VIII-S)
在〇°C下向苯胺4d(14 mg)及三乙胺（20 μΐ)於無水二氣甲 烧（1 mL)中之混合物中逐滴添加丙稀醯氣（1〇 μΐ)。在〇〇c下 攪拌10分鐘後，添加三氟乙酸（0.3 mL)至反應混合物中且 在室溫下攪拌1 0分鐘。濃縮反應混合物且使用半製備型 HPLC(TFA改質劑）純化殘餘物，得到呈TFA鹽形式之白色 固體 VIII-5。LCMS: w/e 499.2 (M+1)。 實例49 153333.doc -279- 201134825
VIII-4 (S)-l-((S)-3-丙烯醯胺基-l-((S)-2-(3-丙烯醯胺基苯甲基 胺甲醯基）"比咯啶-1-基）-1-側氧基丙-2-基胺基）-1-側氧基 丙-2-基（甲基）胺基曱酸第三丁酯：根據如下所述之步驟及 中間物製備標題化合物。 在〇°C下向苯胺4d(14 mg)及三乙胺（20 μΐ)於無水二氣甲 院（1 mL)中之混合物中逐滴添加丙烯醯氣（10 μ丨）。在〇C下 攪拌1 0分鐘後，濃縮反應混合物且使用半製備型HPLC (TFA改質劑）純化殘餘物，得到白色固體。LCMS: m/e 499.2 (M+1-tBu)。 C. XIAP生物學資料 實例50 化合物與XIAP、cIAP-1及ML-IAPP BIR3域之結合之親 和力評估的均質、螢光偏振、競爭結合檢定方案 在由 25 mM Tris-HCL(pH 7.5)(Sigma)、10 mM NaCl2 (Sigma)、1 mM DTT(Fluka)及 0.005% TritonX-lOO(Pierce) 組成之檢定緩衝液中製備重組人類XIAP ; BIR3域（895-XB)、重組人類 cIAP-l(818_IA)或重組人類 ML-IAPp(818-ΙΑ)(來自 R&D Systems)及榮光偏振（Fluorescence 153333.doc -280- 201134825
Polarization，FP)檢定示蹤劑（Atto-647標記之IAP抑制劑探 針化合物）之lx儲備液。在ΙΑΡ蛋白與示蹤劑在環境溫度下 在黑暗中平衡（30-60分鐘）之同時，在50°/。DMS0:H20中製 備測試化合物之l〇〇x儲備液，連續稀釋且點潰 (spotted)(0.5微升/孔）於384孔平底聚丙烯黑色檢定板 (Greiner #781209)之雙重複孔中。關於各蛋白質之使用量 如下：[XIAP] = 120 nM，[檢定示蹤劑]=20 nM(示蹤劑：蛋白 質 Kd=83-61 nM ; 0-3 小時）；[cIAP_l] = 30 nM，[檢定示蹤 劑]=10 nM(示蹤劑：蛋白質Kd=37-14 nM ; 0-1小時）；且 [ML-IAPP] = 100 nM，[檢定示蹤劑]=15 nM(示蹤劑：蛋白質 Kd=43-55 nM ; 0-3小時）。藉由每孔添加50微升預平衡之 IAP蛋白與檢定示蹤劑來起始測試化合物與檢定示蹤劑之 間的競爭結合。在來自Bi〇Tek(Winooski，VT)之Synergy板 讀取器中，在Xex620Aem680下，經由660 nm—半尺寸雙向 色鏡及S/P偏振濾光器每30分鐘量測檢定示蹤劑之位移歷 時 3 小時。（參看 Huang，X.，〇/ •Screemig 8，2003)。將所得化合物劑量反應資料擬合成 GraphPad 軟體（San Diego, CA)之 GraphPad Prism中之單位 點結合 Kj模型（one-site binding Kj model)。 表 2展示在 Ki(XIAP)、Ki(c-IAP-1，3 h)及 Ki (ML-IAP， 2 h)檢定中所選本發明化合物之活性。具有指定為「A」 之活性的化合物的IC50 $10 nM ;具有指定為「B」之活性 的化合物的IC50>10 nM且5100 nM;具有指定為「C」之 活性的化合物的IC50>100 nM且$1000 nM;具有指定為 153333.doc -281 - 201134825 「D」之活性的化合物的IC50>1000 nM且<10,000 nM;且 具有指定為「E」之活性的化合物的IC502l0,000 nM。 表2
化合物 酶/Ki 抑制指定 VII-1 XIAP C c-IAP-1 c ML-IAP c VII-2 XIAP E c-IAP-1 E ML-IAP E VII-3 XIAP C c-IAP-1 C VII-4 XIAP C c-IAP-1 C VII-5 XIAP B c-IAP-1 C VII-6 XIAP C c-IAP-1 B VII-7 XIAP E c-IAP-1 E VII-8 XIAP B c-IAP-1 C VII-9 XIAP B c-IAP-1 C VII-10 XIAP C c-IAP-1 C VII-11 XIAP C c-IAP-1 C VII-12 XIAP C c-IAP-1 B VII-13 XIAP C c-IAP-1 C VII-14 XIAP C c-IAP-1 D VII-15 XIAP B c-IAP-1 C VII-16 XIAP C c-IAP-1 C ML-IAP C VII-17 XIAP B c-IAP-1 C VII-18 XIAP C c-IAP-1 C VII-19 XIAP C c-IAP-1 B
153333.doc -282-
S 201134825
化合物 酶/Ki 抑制指定 VII-20 XIAP B c-IAP-1 C VII-21 XIAP C c-IAP-1 C ML-IAP D VII-22 XIAP C c-IAP-1 C VII-23 XIAP B c-IAP-1 A ML-IAP B VII-24 XIAP C c-IAP-1 C VII-25 XIAP C c-IAP-1 C VII-26 XIAP C c-IAP-1 C VII-27 XIAP C c-IAP-1 C VII-28 XIAP B c-IAP-1 B VII-29 XIAP C c-IAP-1 D ML-IAP B VII-30 XIAP B c-IAP-1 B ML-IAP B VII-31 XIAP C c-IAP-1 C VII-32 XIAP C c-IAP-1 C VII-33 XIAP C c-IAP-1 D VII-34 XIAP C c-IAP-1 C VII-35 XIAP B c-IAP-1 A VII-36 XIAP C c-IAP-1 C ML-IAP D VII-37 XIAP C c-IAP-1 C VII-38 XIAP C c-IAP-1 D VII-39 XIAP C c-IAP-1 C VII-40 XIAP C c-IAP-1 C 153333.doc -283 - 201134825 化合物 酶/Ki 抑制指定 VII-41 XIAP c c-IAP-1 c VII-42 XIAP c c-IAP-1 c VII-43 XIAP c c-IAP-1 D ML-IAP E VII-44 XIAP C c-IAP-1 c VII-45 XIAP c c-IAP-1 D VII-46 XIAP B c-IAP-1 C VII-47 XIAP C c-IAP-1 D VII-48 XIAP C c-IAP-1 C D.與本發明化合物接觸之XIAP的質譜分析 實例51 在相對於蛋白質10倍過量之VII-1下培育完整ΧΙΑΡ 18小 時。以10 μΐ 0·1% TFA稀釋樣品之3 μΐ等分試樣，隨後使用 芥子酸（Sinapinic acid)作為解吸附基質（10 mg/mL於0.1% TFA:乙腈（50:5 0)中）以用微C4吸管尖直接吸移於MALDI目 標上。圊6之上圖展示完整XIAP蛋白之質譜跡線（m/z 13,096 Da)。囷6之下圖展示與VII-l(mw=469.59) —起培育 18小時之XIAP的質譜跡線（m/z為13，513)，其展示質量偏 移417 Da，無13,096之m/z，表明在18小時内VII-1完全修 飾 XIAP。 實例52 在相對於蛋白質10倍過量之VII-1下培育完整XIAP 18小 時。培育後，使用低容量ZEBA脫鹽管柱清潔蛋白質，接 著以等體積之含1 mM DTT之0.2 Μ碳酸氫銨稀釋。接著藉 153333.doc -284- 201134825 由在56°C下加熱45分鐘來縮減蛋白質。培育後，使樣品冷 卻至室溫且添加1.9 pg/pL碘乙醯胺溶液，且在室溫下培育 30分鐘以將半胱胺酸殘基烷基化。以1:20(蛋白酶：蛋白質） 比率添加定序級胰蛋白酶（promega)且在37°C下培育16小 時。接著純化肽且使用C4填充吸移管尖端（Millipore)增 濃，且直接點潰於含α-氰基-4-羥基-肉桂酸作為基質（10 mg/mL於0.1% TFA:乙腈（5 0:5 0)中）之；\1八1^1目標板上。 圖7之上圖展示對照XIAP消化產物之質量區域的質譜跡 線，且圖7之下圖展示與VII-1—起培育之XIAP之消化產物 的質譜跡線。在XIAP+VII-21消化產物中鑑別出m/z為 1，826 Da之肽，但未在對照XIAP消化產物中觀察到，其對 應於含有單一 VII-1修飾之XIAP的肽胺基酸287-299 (AGFYALGEGDKVK)之質量。肽修飾發生於離胺酸K297 而未發生於K299，因為若修飾已在K299發生，則胰蛋白 酶消化將不會在該位點發生，表明VII_1結合於XIAP之 K297 ° 實例53 在相對於蛋白質10倍過量之VII-21下培育完整XIAP 18 小時。以10 μΐ 0.1% TFA稀釋樣品之3 μΐ等分試樣，隨後使 用芥子酸作為解吸附基質（10 mg/mL於0.1% TFA:乙腈 (50:5 0)中）用微C4吸管尖直接吸移於MALDI目標上。結 果：圖8之上圖展示完整XIAP蛋白之質譜跡線（m/z 12,994 Da)。圖8之下圖展示與VII-21(mw=572.62)—起培育18小 時之XIAP的質譜跡線（m/z為13，51 6)，其展示質量偏移522 153333.doc -285 - 201134825
Da，且在12,994 Da無m/z，表明在18小時内VII-21完全修 飾 XIAP。 實例54 在相對於蛋白質10倍過量之VII-21下培育完整ΧΙΑΡ 18 小時。培育後，使用低容量ΖΕΒΑ脫鹽管柱清潔蛋白質， 接著以等體積之含1 mM DTT(pH 7.8)之100 mM TrisHCl、 10 mM CaCl2稀釋。接著藉由在56°C下加熱45分鐘來縮減 蛋白質。培育後，接著使樣品冷卻至室溫，接著添加1.9 pg/pL碘乙醯胺溶液，且在室溫下培育30分鐘以將半胱胺 酸殘基烷基化。最終，以1:20(蛋白酶：蛋白質）比率添加胰 凝乳蛋白酶（Roche)且在室溫下培育16小時。接著純化肽 且使用C4填充吸移管尖端（Millipore)增濃，且直接點潰於 含α-氰基-4-羥基-肉桂酸作為基質（10 mg/mL於0.1% TFA: 乙腈（50:5 0)中）之MALDI目標板上。 圊9之上圖展示對照XIAP消化產物之分子量之質量區域 的質譜跡線，且圊9之下圖展示與VII-21—起培育之XIAP 之消化產物的質譜跡線。在XIAP+VII-21消化產物中鑑別 出m/z為1，750 Da之肽，其在對照XIAP消化產物中不存 在。此肽對應於含有單一 VII-21修飾之XIAP的胺基酸291-301(ALGEGDKVKCF)之肽及半胱胺酸烷基化碘乙醯胺的 質量。 C.HCV蛋白酶合成實例 實例55 153333.doc -286- 201134825
# XVI-16 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（SS)-1-((S)-2-(第三丁氧叛秦胺基）-5-側氧基-5-((lR，4R)-3-側氧基-2-氧雜-5-氮雜雙環【2.2·1】 庚-5-基）戊醢基）-5-((lR，2S)-l-(環丙基磺釀基胺甲醢基）-2-乙烯基環丙基胺甲酿基）吡咯啶_3_基酯：根據如下所述之 步驟及中間物製備標題化合物。 中間物1 a
在授拌下向（1R，2S)-1-胺基-2-乙烯基環丙烷曱酸乙酯曱 苯㈣酸（0.33 g，1·〇 mm〇l)及（2S，4R)-l-(第三丁氧羰基）-4-( 異弓丨0朵琳-2-幾氧基）〇比洛咬-2-曱酸（0.4 g’ 1.〇 mmol) 153333.doc -287- 201134825 於10 mL乙腈中之溶液中依次添加HATU(0.44 g，1.2 mmol)及DIEΑ(0·46 mL，2.5 mmol)。在室溫下授拌混合物 兩小時。起始物質完全消耗後，蒸發反應混合物。將殘餘 物溶解於30 mL乙酸乙酯中且以水及鹽水洗滌兩次且經 Na2S04乾燥。移除溶劑後，對粗產物進行矽膠層析（己 烷：EtOAc=l:l)。獲得0.35 g標題化合物：MS m/z: 532.0 (ES+)。 中間物lb
向步驟 la之產物（0.35 g，0.66 mmol)於5 mL THF/MeOH (1:1)中之溶.液中添加IN LiOH水溶液（2 mL，2.0 mmol)。 在室溫下攪拌1 〇小時後，以1.0 N HC1中和反應混合物。在 真空下蒸發有機溶劑，且使用1.0 N HC1將剩餘水相酸化至 約pH 3且以EtOAc萃取。有機層以鹽水洗滌，且經無水硫 酸鎂乾燥。移除溶劑後，獲得0.3 g標題化合物：MS m/z: 526.2 (M+Na+)。 中間物lc 153333.doc -288 - 201134825
向步称lb之產物（0.30 g，0.6 mmol)於1 〇 mL DCM中之 溶液中添加CDI(0.16 g，1.0 mmol)且在4〇。(；下撲拌所得溶 液1小時。添加環丙基續醯胺（〇. 1 8 g，1.5 mmol)及 DBU(0_16 g ’ 1·0 mmol)至反應混合物中。在4〇°C下再攪拌 混合物10小時。接著移除溶劑且以EtOAc稀釋殘餘物，且 以NaOAc水溶液緩衝液（約pH 5，2xl〇 mL)、NaHC03溶液 及鹽水洗滌。經NajO4乾燥且移除溶劑後，使用己烷 /EtOAc(l:l〜1:2)對殘餘物進行矽膠層析。獲得總共〇3〇 g 標題化合物：Rf 0.1(EtOAc:己烷=1:1)，MS m/z: 605.0 (ES-)。 中間物Id
將步驟lc之產物（0.25 g，0·41 mm〇i)溶解於4 N HC1之二 153333.doc -289- 201134825 。惡烧溶液中。在室溫二 。在室溫下授拌混合物1小時。移除溶劑後，
於下一步驟：MS m/z: 507.0 (Μ+Η+)。 中間物1 e
向攪拌之213 mg (lR，4R)-3-側氧基氧雜_5_氮雜_雙環 [2.2.1]庚烷_5_曱酸第三丁酯（2131^,1111111〇1)於11^ DCM中之溶液中添加2.〇 mL 4 M HC1之二噁烷溶液。在室 溫下攪拌所得混合物30分鐘，且蒸發至乾燥，得到所需鹽 酸鹽，其直接用於以下步驟中。 中間物If :
向攪拌之N-Boc-L-麩胺酸1-苯甲酯（no mg，〇 5 mmol)、0.5 mmol 中間物 le及250 μΐ休尼格驗（Hunig's base) 於2 mL DCM中之混合物中添加1.5 mL 0.5 Μ氣化2-氣_i 3_ 二甲基-咪唑錠之DCM溶液。在室溫下攪拌所得混合物3〇 分鐘，且濃縮。用EtOAc、1 N HC1水溶液對殘餘物進行常 規處理，經無水硫酸鈉乾燥。過濾及濃縮後，藉由碎膠急 驟管柱層析用庚烷/EtOAc(!/4)純化產物，得到146 mg無色 153333.doc • 290- 201134825 油狀物（67%)。LC-MS: 333.2 (ES +，M-Boc) 中間物1 g :
BocHN/,. 在無水MeOH中以20 mg Pd(OH)2作為催化劑對140 mg前 一步驟之苯甲酯進行氫化。在室溫下1小時後，LC-MS顯 示笨甲基移除完成。反應混合物經由矽藻土過濾，且濃 縮’得到呈泡沫固體狀之所需酸。LC-MS: 243.2 (ES +，M-Boc)。 中間物1 h :
以與製備中間物1 g相同之方式，同時使用對映異構雙環 内酯作為製備中間物le之步驟中之起始物質來合成中間物 lh ° 中間物li :
以與製備中間物lg相同之方式，使用Ν-Boe-天冬胺酸i 153333.doc •291 - 201134825 苯甲酯製備中間物If替代N-Boc-L-麩胺酸1-苯曱略來合成 中間物li。 中間物lj :
以與製備中間物lh相同之方式，使用N-Boc-天冬胺酸卜 苯甲酯製備中間物If替代N-Boc-L-麵胺酸1-苯甲s旨來合成 中間物lj。
XVI-16 4-氟異吲哚啉-2-曱酸（5S)-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基）_ 5-側氧基-5-((lR，4R)_3-側氧基-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1] 庚-5·基）戊醯基(環丙基磺醯基-胺甲醯基）_ 2-乙烯基環丙基胺甲醯基）吡洛啶·3-基酯（XVI-j 6):向15 mg中間物Id、8 mg中間物lg及20 μΐ休尼格驗於1 mL DMA 中之混合物中添加20 mg HATU。在室溫下攪拌20分鐘 後，藉由製備型HPLC純化所得混合物，得到XVI-16。LC- 153333.doc •292- 201134825 MS: 829.2 (ES-)。 實例56
XVl_i7 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-l-((s)_2-(第三丁氧叛基胺基）-5-側氧基-5-((lS，4S)-3-側氧基-2-氧雜-5-氮雜雙環【2.2.1】 庚-5-基）戊醯基）-5-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基胺甲酿基）-2-乙烯基環丙基胺甲醯基）吡咯啶-3-基酯：根據如下所述之 步驟及中間物製備標題化合物》 4_氟異吲哚啉-2-曱酸（5S)-1-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基）_ 5-側氧基-5-((lS，4S)-3-側氧基-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1] 庚-5-基）戊醯基環丙基磺醯基胺甲醯基）_2_ 乙烯基環丙基胺甲醯基）吡咯啶·3_基酯（χνι_17):以與 XVI·16相同之方式，最終步驟使用中間物lh替代中間物lg 來製備標題化合物。LC-MS: 829.2 (ES-)。 實例57 153333.doc -293- 201134825
XVI-15 4-氟異吲哚啉-2_甲酸（5S)-l-((S)-2·(第三丁氧羰基胺基）· 4-側氧基-4-((lS，4S)-3-側氧基-2-氧雜-5-氮雜雙瓖[2.2·1] 庚-5-基）丁醯基）-5-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基胺甲醢基）-2_ 乙烯基環丙基胺甲醯基）吼咯啶-3-基酯：根據如下所述之 步驟及中間物製備標題化合物。 4_氟異吲哚啉-2·曱酸（5S)-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基）- 4_側氧基-4-((18,48)-3-側氧基-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1] 庚-5-基）丁酿基）-5-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基胺甲醯基）_2_ 乙烯基環丙基胺甲醯基）吡咯啶-3·基酯（χνι_ΐ5):以與 XVI-16相同之方式，最終步驟使用中間物丨丨替代中 來製備標題化合物。LC-MS: 815.3 (ES-)。 ^ 實例58 153333.doc •294- 201134825
4-自里 XVI-14 2. 4_側氧甲酸叫1冊2·(第三丁氧叛基胺恭）-庚5基 ’4R)_3_側氧基-2-氧雜-5-氮雜雙環丨2.2.1】 秘JL )丁醜基）S ((1R，2S)-1-(環丙基績酿基胺甲斑基） 卡：2丙基胺甲酿基)…_3·基醋：根據如下所述之 步驟及中間物製備標題化合物。 心氟異，料_2_甲酸（5S)小((吓2_(第三丁氧魏基胺基）_
'J氧基4-((lR，4R)-3-側氧基_2_氧雜_5_氮雜雙環[2.2.1] 庚-5-基）丁酿基）-5-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基胺甲醯基）_2_ 乙烯基環丙基胺曱醯基）吡咯啶_3_基酯（χνι_14):以與 XVI_16相同之方式，最終步驟使用中間物lj替代中間物lg 來製備標題化合物。LC-MS: 815.3 (ES-)。 實例59 153333.doc -295· 201134825
XVI-23 4-氟異吲鳴琳-2-甲酸(環丙基磺醯基 胺甲醯基）-2-乙烯基環丙基胺甲醯基•側氧基四氫 呋喃-2-羰基）吼咯啶-3-基酯（χνΐ_23):以與製備XVI-16相 同之化學使用中間物Id與「2幻-5-側氧基-四氫-呋喃-2-甲酸 偶合來合成標題化合物。LC-MS: 617.2纟ES-；)。 實例60
XVI-22 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-5-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基 胺甲醯基）-2-乙烯基環丙基胺甲醯基）_i_((R)_5-側氧基四氩 呋喃-2-羰基）吡咯啶-3·基酯（XVI-22):以與製備XVI-16相 同之化學使用中間物Id與〈2/^-5-側氧基-四氫-呋喃-2-曱酸 偶合來合成標題化合物。LC-MS: 617.2 (ES-)。 153333.doc -296· 201134825 實例61
>=〇
XVI-13 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-5-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基 胺甲醯基）-2-乙烯基環丙基胺曱醯基）4-(2-((8)-5-側氧基 四氫呋喃-2-甲醯胺基）乙醯基）吡咯啶-3-基酯：根據如下所 述之步驟及中間物製備標題化合物。 中間物2a
HN 在室溫下在攪拌下向中間物ld(0.12 g，0.22 mmol)及 Boc-甘胺酸（0.054 g，0.31 mmol)於4.0 mL乙腈中之溶液中 添加 HATU(133 mg，0.35 mmol)及 DIEA(0.12 mL，0.66 mmol)。擾拌反應混合物2小時。LC-MS及TLC分析指示偶 合反應完成。傾入20 mL EtOAc且以緩衝液（約pH 4， 153333.doc •297- 201134825
AcONa/AcOH)、NaHC〇3及鹽水洗滌混合物，且經Na2S〇4 乾燥。移除溶劑後，對粗產物進行矽膠層析（溶離劑： EtOAc/己烧）。獲得總共〇·1〇 g標題化合物：Rf 〇.2 (EtOAc) ； MS m/z: 664.0 (M+H+) 〇 中間物2 b
將中間物2a(0.10 g，0.15 mmol)溶解於2 mL 4 N HC1 之 二嗯燒溶液中且在室溫下攪拌反應液1小時。移除溶劑 後，傾入一份3 mL DCM，接著蒸發至乾燥。將依次進行 DCM添加、蒸發之此過程重複三次，得到呈鹽酸鹽形式之 才τ «I 化。物中間物 2b(〇. 1 〇 g)。ms m/z: 564.0 (M+H+) » 實例62
XVI-13 153333.doc 201134825 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-5-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基 胺甲醯基）-2-乙烯基環丙基胺甲醯基）-l-(2-((s)-5-側氧基 四氫咬喃-2-甲酿胺基）乙酿基）啦洛咬-3-基酯（XVI-13):以 與製備XVI-23相同之化學使用中間物2b與側氧基-四氫-呋喃-2-甲酸偶合來合成標題化合物。LC-MS: 676.2 (ES+), 674.1 (ES-) 〇 實例63
XVI-12 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-5-((lR,2S)-l-(環丙基磺醯基 胺甲醯基）-2-乙烯基環丙基胺甲醯基）-i-(2-((R)-5-側氧基 四氫呋喃-2-甲酿胺基）乙醯基）吡咯啶-3-基酯（XVI-12):以 與製備XVI-13相同之化學使用中間物2b與P幻-5-側氧基-四氫-呋喃-2-曱酸偶合來合成標題化合物。LC-MS: 676.2 (ES+)，674.1 (ES-) 〇 實例64 153333.doc •299- 201134825
^=0
、NH Ο
XVI-21 4-氟異吲哚啉-2-曱酸（5S)-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基） 3-((S)-5-側氧基四氫呋喃-2-甲醯胺基）丙酸基）_s«lR 2s> 1·(環丙基確酿基胺甲酿基）-2-乙稀基環丙基胺甲醜基）吸洛 啶-3-基酯：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化人 物。 中間物3 a
在室溫下在攪拌下向中間物ld(0.16 g，0.28 mmol)及N-
Boc-3-(Fmoc)胺基-l_ 丙胺酸（0.15 g，0.35 mmol)於 5.0 mL DMF中之溶液中添加haTU(125 mg，0.33 mmol)及 153333.doc • 300· 201134825 DIEA(130 mg，L0 mmol)。TLC分析指示—小時後偶合反 應已完成。傾入一份20 mL EtOAc且以緩衝液（約pH 4， AC〇Na/AC〇H)、NaHC〇3及鹽水洗滌混合物，且經MgS〇4 乾燥。移除溶劑後，對粗油產物進行矽膠層析（溶離劑： EtOAc/己烷）。獲得總共〇·14 g標題化合物：pH 9 (ES+) 中間物3b
在室溫下攪拌〇·10 g中間物3a產物於1 mL DMF(含i2%略 籲 Ο中之洛液1.5小時，接著在高真空下蒸發至乾燥。以己 院/乙縫（4.1)濕磨殘餘物，得到7〇呵標題化合物。lc_ms: 693.2 (ES+), 691.2 (ES-) 〇 實例65
•30U 153333.doc 201134825
XVI-21 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基）-3-((S)-5-側氧基四氫呋喃-2-甲酿胺基）丙醯基）-5-((lR，2S)-1-(環丙基磺醯基胺甲醢基）-2-乙烯基環丙基胺甲酿基）吡咯 啶-3-基酯（XVI-21):以與製備XVI-23相同之化學使用中間 物3b與-5-側氧基-四氫-呋喃-2-甲酸偶合來合成標題化 合物。LC-MS: 803.2 (ES-)。 實例66
XVI-20 4-氟異吲哚啉-2_甲酸（5S)-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基）- 153333.doc - 302 - 201134825 3-((R)-5-側氧基四氫呋喃-2·甲醯胺基）丙酿基）-5-((lR，2S)-1-(環丙基磺醯基胺甲醯基）-2-乙烯基環丙基胺甲醯基）吡咯 啶-3-基酯（XVI-20):以與製備XVI-21相同之化學使用中間 物3b與（2幻-5-側氧基-四氫·呋喃-2-甲酸偶合來合成標題化 合物。LC-MS: 803.2 (ES-)。 實例67
4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基）-3-((S)-N-甲基-5-側氧基四氫呋喃-2-甲醯胺基）丙醯基）-5-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基胺甲醯基）-2-乙烯基環丙基胺甲 醯基）吡咯啶-3-基酯：根據如下所述之步驟及中間物製備 標題化合物。 中間物4a
153333.doc •303 · 201134825 在室溫下向（S)-3-胺基-2-(第三丁氧羰基胺基）丙酸（2 〇4 g，10 mmol)、TEA(4.5 mL，30 mmol)於 50 mL CH2C12 中 之〉谷液中添加石肖基本續酿氣（2.9 g，13.0 mmol)。在室溫下 攪拌混合物10小時》在真空下移除溶劑，接著添加1〇〇 mL EtOAc。以1 N HC1(至pH 3)、水及鹽水洗滌有機層。有機 層經NadCU乾燥，過濾且移除溶劑，得到粗中間物4a(4 〇 g) 0 中間物4 b
將粗中間物4a(2.0 g)、K2C03(1.5,4當量）溶解於1〇 mL DMF中。在室溫下添加MeI(0.8 mL，4當量）至反應液中。 攪拌所得混合物20小時。在真空下移除大部分DMF且添加 1〇〇 mL EtOAc，且以水及鹽水洗滌混合物。有機層經 NaaSCU乾燥。移除溶劑後，對·粗產物進行短矽膠管柱層析 (溶離劑：EtOAc/己烷），產生丨.62 g中間物仆。MS m/z: 439.9 (M+Na+)。 中間物4c
向中間物 4b(1.6 g’ 3.8 mmol)於 10 mL THF/MeOH(l:l) 153333.doc •304· 201134825 中之溶液中添加1 N LiOH水溶液（5.8 mL，5.8 mmol)。在 室溫下攪拌1 0小時後，以1 ·0 N HC1中和反應混合物。在真 空下蒸發有機溶劑，且使用1 .〇 N HC1將剩餘水相酸化至約 pH 3且以EtOAc萃取。有機層以鹽水洗滌，且經無水硫酸 鈉乾燥。移除溶劑後，獲得1.5 g中間物4c。MS m/z: 402.0 (ES-)。 中間物4d
在室溫下在攪拌下向中間物ld(0· 12 g，0.20 mmol)及中 間物4c(0.12 g，0.3 mmol)於5.0 mL無水乙腈中之溶液中添 加 HATU(0.11 g，0.3 mmol)及 DIEA(0.14 mL，0.9 mmol)。 TLC分析及LC-MS指示一小時後偶合反應完成。傾入一份 20 mL EtOAc 且以缓衝液（約 pH 4，AcONa/AcOH)、 NaHC03及鹽水洗滌混合物。有機層經Na2S04乾燥。移除 溶劑後，對粗產物進行矽膠層析（溶離劑：EtOAc/己烷）。 獲得總共 0.10 g 中間物 4d : Rf 0.1 (EtOAc) ; MS m/z: 891.8 (M+H+)。 中間物4e 153333.doc -305 - 201134825
向中間物4d(0.10 g ’ 0,11 mmol)於3 mL DMF中之溶液中 添加苯基硫醇（30 mg，0.26 mmol)及 K2CO3(40 mg，0.3 mmol)。在室溫下揽拌所得混合物20小時。添加30 mL EtOAc且以水及鹽水及水洗滌混合物。有機層經Na2S04乾 燥。移除溶劑後，對粗產物進行矽膠管柱層析（溶離劑： EtOAc/ 己烧），產生 0· 1 g 粗中間物 4e。MS m/z: 706.9 (M+H+) » 實例68 153333.doc
XVI-19 4-氟異吲哚啉-2·甲酸(第三丁氧羰基胺基 3-((S)-N-甲基_s_側氧基四氫呋鳴_2•甲酿胺基）丙醯基）_5_ ((1R，2S)-1-(環丙基磺醢基胺甲醯基）_2_乙烯基環丙基胺甲
Θ -306· 201134825 酿基）吼咯啶-3-基酯（χνΐ-19):以與製備XVI-21相同之化 學使用中間物4e替代中間物3b與卩幻-5-側氧基-四氫-呋喃-2-甲酸偶合來合成標題化合物。LC-MS: 817.2 (ES-)。 實例69
XVI-18 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（54-1((8)-2-(第三丁氧羰基胺基）_ 3-((R)-N-甲基-5-側氧基四氫呋喃_2_甲醯胺基）丙醯基）5_ ((111,28)-1-(環丙基項酿基胺甲酸基）_2_乙稀基環丙基胺甲 • 醯基）吡咯啶基酯（XVI_18):以與製備XVI-20相同之化 學使用中間物4e替代中間物扑與Γ25>5_側氧基_四氫·呋喃_ 2-甲酸偶合來合成標題化合物。817 2 〇 實例70 153333.doc -307- 201134825
^=0
XVI-11 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基） 4-((S)-5-側氧基四氫呋喊甲酿胺基）丁醯基 1·(環丙基磺酿基胺甲醯基）-2·乙烯基環丙基胺甲酿基）〇比洛 啶-3-基酯：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合 物。 中間物5a
>=〇
以與中間物3b相同之方式使用（S)-4_(((9H-第-9-基）甲氧 基）羰基胺基）-2-(第彡丁氧裁基胺基）丁酸替代N-B〇C-3_ (Fmoc)胺基_L-丙胺酸來合成中間物5a。LC_MS: 707.2 153333.doc • 308- 201134825 (ES+) 實例71
XVI-11 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基）-4-((S)-5-側氧基四氫呋喃-2-曱醯胺基）丁醯基）-5-((lR，2S)-1-(環丙基磺醯基胺甲醯基）-2-乙烯基環丙基胺甲醯基）吡咯 啶-3-基酯（XVI-11):以與製備XVI-19相同之化學使用中間 物5a替代中間物4e與側氧基-四氫-呋喃-2-甲酸偶合 來合成標題化合物。LC-MS: 817.2 (ES-)。 實例72 153333.doc 309- 201134825
XVI-10 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-l-((S)-2-(第三丁氧羰基胺基）-4-((R)-5-側氧基四氫呋喃-2-甲醯胺基）丁醢基）-5-((lR，2S)-1-(環丙基磺醯基胺甲醯基）-2-乙烯基環丙基胺甲酿基）"比咯 啶-3-基酯（XVI-10):以與製備XVI-18相同之化學使用中間 物5a替代中間物4e與^25^-5-側氧基-四氫-β夫喃-2-甲酸偶合 來合成標題化合物。LC-MS: 817.2 (ES-)。 實例73
XVI-9 (2S)-l-((2S)-2-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基胺甲醯基）_2_乙 153333.doc •310· 201134825 烯基環丙基胺甲醯基）-4-(6-甲氧基異喹啉基氧基）咕洛 啶-1-基）-1,5-二側氧基-5-((lS，4S)-3-側氧基-2-氣雜_s氮雜 雙環丨2.2.1]庚-5-基）戊-2-基胺基甲酸第三丁酯：根據如下 所述之步驟及中間物製備標題化合物。 中間物6a
中間物6a係按照WO 2006086381中公開之程序製備 中間物6b :
BocHN/,.
以與製備中間物lg相同之方式在製備中間物le時使用 (lS，4S)-3-側氧基-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2 2]辛烷_5_甲酸第 三丁醋替代⑽件3-側氧基-2_氧雜_5_氮雜-雙環[2·2庚 烷-5-甲酸第二丁 g曰作為起始物質來合成中間物。LC_ MS: 355.1 (ES-)。 中間物6c :
153333.doc •311· 201134825 以與製備中間物1 g相同之方式在製備中間物丨e時使用 (7及5幻-6-氧雜-2-氮雜·雙環[3.2.1]辛-7-酮替代"足^^-3· 側氧基-2-氧雜-5-氮雜-雙環[2.2.1]庚烷·5_曱酸第三丁酯來 合成中間物 6c。LC-MS: 355.1 (ES-)。 實例74
XVI-9 (2S)-l-((2S)-2-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基胺〒醢基）2_乙 烯基環丙基胺甲醯基）-4-(6-甲氧基異喹啉基氧基）β比咯 啶-1-基）-1，5-二側氧基-5-((lS，4S)-3-側氧基_2-氧雜-5-氮雜 雙環[2.2.1】庚-5-基）戊-2-基胺基甲睃第三丁酯（χνΐ9):以 與XVI-17相同之方式使用中間物6a替代中間物1(1作為起始 物質來合成標題化合物。LC-MS: 825.3 (ES+)，823.2 。 實例75 153333.doc 312· 201134825
XVI-8
(2S)-l-((2S)-2-((lR，2S)-l-(環丙基磺酿基胺甲酿基）-2-乙 烯基環丙基胺甲醯基）-4-(6-甲氧基異喹啉-1-基氧基）咐•咯 啶-1-基）-1,5-二側氧基-5-((lR，4R)-3-側氧基-2-氧雜-5-氮 雜雙環[2.2.1]庚-5-基）戊-2-基胺基甲酸第三丁酯（XVI-8): 以與XVI-16相同之方式使用中間物6a替代中間物Id作為起 始物質來合成標題化合物。LC-MS: 825.3 (ES + )，823.2 (ES-)。 實例76
XVI-7 153333.doc -313- 201134825 (2S)-l-((2S)-2-((lR，2S)-l-(環丙基續酿基胺甲酿基）·2·乙 烯基環丙基胺甲醯基）-4-(6-甲氧基異喹啉基氧基）呢洛 啶-1-基）-1,4-二側氧基-4-((1 S，4S)-3-側氧基-2-氧雜-5-氮雜 雙環丨2.2.1]庚-5-基）丁 -2-基胺基甲酸第三丁酯（χνΐ-7):以 與XVI-15相同之方式使用中間物6a替代中間物id作為起始 物質來合成標題化合物。LC-MS: 811，2 (ES+)，809.1 (ES-)。 實例77
XVI-27
Nl-((2S)-l-((2S)-2-((lS，2R)-l-(環丙基磺醯基胺甲醯 基）-2-乙稀基環丙基胺甲醯基）-4-(6-甲氧基異啥琳_ι_基氧 基）咕咯啶-1-基）-1,5-二側氧基-5-((lS，4S)-3-側氧基·2-氧 •314- 153333.doc Θ 201134825 雜-5-氮雜雙環[2.21】庚_5_基）戊_2基）N5 (15側氧基_i9_ ((3aS，4S，6aR)-2-側氧基六氫_1Η·噻吩并[3,4_d】咪唑_4•基）· 4,7，1〇_三氧雜-14·氮雜十九基）戊二醯胺（XVI-27):向2 mg XVI-7於1〇〇 μΐ無水DCm中之溶液中添加50 gL TFA。在室 溫下攪拌1小時後，在減壓下移除溶劑，且在真空中乾燥 殘餘物2小時。接著添加〇·5 mL#水乙腈，接著添加5〇成 休尼格鹼、5 mg 5,21-二側氧基-25_((3aS，4S，6aR)-2-側氧 基六氫-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑I基）-10，13，16-三氧雜_ 6,20-二氮雜二十五烷-1_酸及6 mg HATU。在室溫下授拌 反應混合物1小時，接著藉由製備型HPLC純化，在凍乾後 得到呈白色粉末狀之所需工具化合物XVI-27。LC-MS: 1267.5 (ES+), 1265.6 (ES-) 實例78
(2S)-l-((2S)-2-((lR，2S)-l-(環丙基磺醢基胺甲醯基）-2-乙 烯基環丙基胺甲醯基）-4_(6·甲氧基異喹啉-1-基氧基）咬咯 啶-1-基二側氧基-4-((lR，4R)-3·側氧基-2·氧雜-5-氮 153333.doc -315- 201134825 雜雙環[2.2.1】庚-5-基）丁 -2-基胺基甲酸第三丁酯（χνι_6): 以與XVI-14相同之方式使用中間物6a替代中間物ld作為起 始物質來合成標題化合物。LC-MS: 8.11.2 (ES+)，809.1 (ES-)。 實例79
XVI-3 (2S)-l-((2S)-2-((lR，2S)-l·(環丙基磺醯基胺甲醯基）_2_乙 稀基環丙基胺甲酿基）-4_(6·甲氧基異啥琳基氧基）吼洛 啶-1-基）-1,5-二侧氧基-5-((lS，4S)-3-側氧基·2·氧雜-5·氮雜 雙環[2.2·2】辛·5-基）戊-2-基胺基甲酸第三丁酯（χνι_3):以 與XVI-9相同之方式使用中間物补作為中間物化之偶合酸 來合成 4示通化合物。LC-MS: 839.3 (ES+)，837.3 (ES)。 實例80 153333.doc 316- 201134825
MeO
XVI-2
(2S)-l-((2S)-2-((lR，2S)-l-(環丙基磺醢基胺甲醯基）-2-乙 烯基環丙基胺甲醯基）-4_(6-曱氧基異喹啉-1-基氧基）"比咯 啶-1-基）-1,5-二側氧基-5-((lR，5S)-7-側氧基-6-氧雜-2-氮雜 雙環[3.2.1]辛-2-基）戊-2-基胺基甲酸第三丁酯（XVI-2):以 與XVI-3相同之方式使用中間物6c作為中間物6b之偶合酸 來合成標題化合物。LC-MS: 839.3 (ES + )，837.3 (ES-)。 實例81
XVI-26 (2S)-l-((2S)-2-((lR，2S)-l-(環丙基磺酿基胺甲醯基）-2-乙 浠基環丙基胺甲醯基）-4-(7-甲氧基-2-苯基喹啉-4-基氧基） 153333.doc -317- 201134825 吡咯啶-1-基）4,5-二側氧基-5-(2-側氧基氮雜環丁·1-基）戍_ 2-基胺基甲酸第三丁酯：根據如下所述之步驟及中間物製 備標題化合物。 中間物7a :
中間物7a係按照WO 20060863 81中之公開程序來製備。 中間物7b :
在78 C下向搜拌之氮雜環丁 _2__ (36 mg，0.5 mmol)於5 mL無水THF中之溶液中添加6 M，〇 3 i瓜匕）。在_ 78°C下搜拌溶液G.5小時且升溫至室溫接著將此溶液轉移 至（S)-5·(苯f氧基）_4_(第1丁氧絲胺基）_5•側氧基戍酸 (〇·25 g，G.75 職。1)及 Dcc(。16 g，G 75 随叫於 5 mL二 氣甲烷中之攪拌溶液中（預攪拌1〇分鐘）。接著向混合物中 添加 DIEA(0.55 mmol)及 DMAP(0.2 mmol)，且在室溫下攪 153333.doc •318. 201134825 拌溶液l 〇小時。移除溶劑且藉由石夕膠急驟柱層析用庚烧/ EtOAc( 1:1)純化粗物質，得到30 mg白色固體（20%)作為中 間物 7b。LC-MS: 291.1 (ES +，M -Boc)。 中間物7c
在乙酸乙酯（H2，Pd/C，1小時）中氫化中間物7b(30 mg)，得到30 mg(100%)脫除保護基之缓酸》LC-MS: 299.1 (ES-)。 實例82
XVI-26 (2S)-l-((2S)-2-((lR，2S)-l-(環丙基磺醢基胺甲醯基）_2_乙 烯基環丙基胺甲醯基）-4-(7-甲氧基-2-笨基喹啉_4_基氧基） 11比洛咬-1-基）-1，5-二側氧基- 5-(2-側氧基氣雜環丁 _ι_基）戊· 2-基胺基甲酸第三丁酯（XVI_26):使用中間物乃及中間物 153333.doc -319- 201134825 7c經由針對XVI_16所述之化學來合成標題化合物。1^(：- MS: 859.3 (ES+)。 實例83
XVI-1 (S)-l-((2S，4R)-2-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基胺甲醯基）-2-乙烯基環丙基胺甲醯基）-4-(6-甲氧基異喹啉-1-基氧基”比 咯啶-1-基）-1，5-二側氧基-5-(2-側氧基氮雜環丁-1-基）戊-2-基胺基甲睃第三丁酯（XVI-1):以與XVI-26類似方式使用 中間物6a及中間物7c作為反應物來合成標題化合物。！^-MS: 783.3 (ES+) 〇 實例84 153333.doc 320- 201134825
F
Φ XVI-25 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)_1-((S)_2·(第三丁氧羰基胺基）-3-((2R，3S)-2-甲基-4-側氧基氧雜環丁 _3_基胺甲酿氧基）丙 醯基）-5-((lR，2S)-l-(環丙基磺酿基胺甲醢基）-2-乙烯基環 丙基胺甲醯基）吡咯啶-3-基酯：根據如下所述之步驟及中 間物製備標題化合物。 中間物8a
中間物8a係經由HATU偶合反應使用中間物Id與N-Boc L-絲胺酸來製備。[e-MS: 692.2 (ES-)。 153333.doc -321 - 201134825 實例85
F
XVI^25 4-氟異吲哚啉-2-甲酸（5S)-1-((S)_2_(第三丁氧羰基胺基卜 3-((2R，3S)-2-甲基-4·側氧基氧雜環丁 _3_基胺甲醯氧基）丙 酿基）-5-((111，28)-1-(環丙基磺醯基胺甲醯基）_2_乙稀基環 丙基胺甲醯基）吡咯啶-3-基酯（χνΐ-25):在0°C下以含2當 量光氣之DCM處理中間物8a 1小時。在減壓下蒸發所得混 合物。添加含1當量（3S，4R)-3-胺基-4-甲基氧雜環丁_2_綱 及2當量休尼格鹼之乙腈，在室溫下攪拌所得混合物i小 時。濃縮後，對所得殘餘物進行製備型HPLC純化，得至,j 所需 XVI-25。LC-MS: 843.1 (ES + , M+Na) 實例86 153333.doc •322· 201134825
XVI-24 (2S)_l-((2S)-2-((lR，2S)-l-(環丙基確醯基胺乎酿基）-2-乙 烯基環丙基胺甲醯基）-4-(7-甲氧基苯基喹淋_4_基氧基） 吡咯啶-1-基）-1-側氧基-3-((S)-5-側氧基四氫呔喃-2-甲醯胺 基）丙-2-基胺基甲酸第三丁酯：根據如γ所述之步驟及中 間物製備標題化合物。 中間物9 a
中間物9a係以與中間物3b相同之方式，以中間物〜替代 中間物id作為起始物來製備。LC_MS: 763 3 (es+)。 實例87 153333.doc •323 · 201134825
XVI-24 (2S)-l-U2S)-2-((lR，2S)-l-(環丙基磺醯基胺甲醢基）-2-乙 稀基環丙基胺甲醢基）-心(7-甲氧基-2 -苯基喧淋-4-基氧基） 0比哈咬-1-基）-1_側氧基_3-((S)-5-側氧基四氫**夫喃-2·甲酿胺 基）丙-2-基胺基甲酸第三丁酯（XVI-24):以與XVI-21相同 之方式使用中間物9a替代中間物3b來製備標題化合物。 LC-MS: 875.3。（ES+)。 HCV-NS3生物學資料 表 3展示 NS3/4A_App (nM)、MS_HCVNS3_INTACT_NS3 WT lb 1HR 、 MS_HCVNS3」NTACT_C139S_3HR 、 MS_HCVNS3_INTACT_K136A_3HR檢定中所選本發明化合 物之活性。具有指定為「A」之活性的化合物的IC50 nM ;具有指定為「B」之活性的化合物的IC50>1 nM且210 nM;具有指定為「C」之活性的化合物的IC50>10 nM且 $100 nM;具有指定為「D」之活性的化合物的IC50>100 nM且<1000 nM ;且具有指定為「E」之活性的化合物的 153333.doc •324· 201134825 IC5021000 nM。 具有指定為「F」之活性的化合物提供完全修飾；具有 指定為「G」之活性的化合物提供>70%修飾；具有指定為 「H」之活性的化合物提供>50%且570%修飾；具有指定 為「I」之活性的化合物提供>30%且$50%修飾；且具有指 定為「K」之活性的化合物提供£30%修飾。 表3
化合物名稱 酶/檢定 抑制/修飾指定 XVI-1 NS3/4A App (nM) A MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR G MS HCVNS3 INTACT C139S 3HR F MS HCVNS3 INTACT K136A 3HR K XVI-2 NSf/4A_ App (nM) A MS HCVNS3_INTACT NS3 WT lb 1HR K XVI-3 NS3/4A App (nM) A MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR K MS HCVNS3 INTACT K136A 3HR K XVI-4 NSi/4A App (nM) D MS HCVNS3_INTACT NS3 WT lb 1HR K XVI-5 NSi/4A App (nM) D MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR K XVI-6 NS3/4A App (nM) B MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR H XVI-7 NSf/4A App (nM) B MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR H XVI-8 NSf/4A_App (liM) A MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR G XVI-9 NS3/4A App (nM) A MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR H MS HCVNS3 INTACT K136A 3HR K XVI-10 NSi/4A App (nM) D XVI-11 NS3/4A—App (_ D XVI-12 NS3/4A App(nM) D XVI-13 NS3/4A App (nM) D XVI-14 NS3/4A App (nM) A MS INTACT NS3 WT lb 1HR H MS HCVNS3 INTACT C139S 3HR I MS HCVNS3_INTACT—K136A 3HR I XVI-15 NS3/4A App (nM) A MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR H MS HCVNS3 INTACT C139S 3HR H 153333.doc -325 - 201134825
化合物名稱 酶/檢定 抑制/修飾指定 MS HCVNS3 INTACT K136A 3HR Η XVI-16 NS3/4A App (nM) A MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR Η MS HCVNS3 INTACT C139S 3HR F MS_HCVNS3 INTACT K136A _3HR F XVI-17 NS3/4A App (iiM) A MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR G MS HCVNS3 INTACT C139S 3HR F MS. HCVNS3 INTACT K136A 3HR F XVI-18 NSf/4A App (iiM) B XVI-19 NS3/4A App (nM) B MS HCVNS3 INTACT C139S 3HR K XVI-20 NS3/4A App (nM) B XVI-21 NS3/4A App (nM) B XVI-22 NS3/4A App (nM) E XVI-23 NS3/4A App (nM) D XVI-24 NS3/4A App (nM) B MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR K XVI-25 NS3/4A App (nM) A MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR K XVI-26 NS3/4A App (nM) A MS HCVNS3 INTACT NS3 WT lb 1HR H MS HCVNS3 INTACT Cl39S 3HR F 一些HCV蛋白酶抑制劑，諸如化合物XVI-l、XVI-8、 XVI-17、XVI-16及XVI-26提供HCV蛋白酶或其突變體之 >70%修飾。一些HCV蛋白酶抑制劑，諸如化合物XVI-6、 XVI-7、XVI-9、XVI-14、XVI-15、XV-16 及 XVI 26 提供 HCV蛋白酶或其突變體之>50%至$70°/。修飾。一些HCV蛋 白酶抑制劑，諸如化合物XVI-14提供HCV蛋白酶或其突變 體之>30%且$50%修飾。一些HCV蛋白酶抑制劑，諸如化 合物 XVI-1、XVI-2、XVI-3、XVI-4、XVI-5、XVI-9、 XVI-19、XVI-24及XVI-25提供HCV蛋白酶或其突變體之 530%修飾。 E.與本發明化合物接觸之HCV蛋白酶的質譜分析 實例88 153333.doc 326- 201134825 在相對於蛋白質10倍過量之XVI-26下培育完整HCV(蛋 白酶）lbWT 1小時。以10 μΐ 0.1% TFA稀釋樣品之3 μΐ等分 試樣，隨後使用芥子酸作為解吸附基質（10 mg/mLM〇.1% TFA:乙腈（50:50)中）用微C4吸管尖直接吸移於MALDI目標 上。圖3中之上圖展示完整HCV lbWT蛋白之質譜跡線（m/z 24,529 Da)。圖3中之中間圖展示當HCV lbWT與XVI-26(mw=858.9) —起培育時之質譜跡線。質心質量 (m/z=25,340 Da)展示約811 Da之正偏移’表明XVI-26修飾 HCV lbWT。由於在蛋白質純化期間可能之蛋白質異常褶 疊，因此一小部分異常褶疊之蛋白質未修飾。 為確定蛋白質修飾是否發生於離胺酸，將上述實驗之pH 值自7.4提高至10.0。因為化合物離胺酸加合物為醢胺’所 以pH值之任何提高均將對經修飾之蛋白質具有極小影響。 然而，若修飾發生於半胱胺酸，則所得硫酯鍵將不穩定且 化合物將水解出蛋白質。圖3之下圖展示HCV lbWT與 XVI-26在pH值7.4下反應1小時’接著在pH 10下反應2小時 之質譜跡線，且XVI-26未自蛋白質脫離，意味加合物存在 於離胺酸上。 在相對於蛋白質10倍過量之XVI-26下培育完整HCV(蛋 白酶）lbWT、C159S及 C159S/K136A 1小時。以 10 μΐ 0.1% TFA稀釋樣品之3 μΐ等分試樣，隨後使用芥子酸作為解吸 附基質（1〇 mg/mL於0.1〇/〇 TFA:乙腈（50:50)中）用微C4吸管 尖直接吸移於MALDI目標上。圈4之第一圖展示完整HCV lbWT蛋白之質譜跡線（m/z 24,460 Da)。圖4之第二圖展示 153333.doc •327· 201134825 當HCV lbWT與XVI-26(mw=858.9)—起培育時之質譜跡 線，質心質量（m/z=25,320 Da)展示約860 Da之正偏移’表 明 XVI-26修飾 HCV lbWT。 圖4之第三圖展示當HCV C159S突變體與XVI-26—起培 育時之質譜跡線，且質心質量（m/z=25,237 Da)展示770 Da 之正偏移，表明XVI-26修飾HCV C159S。圖4之第四圖展 示當HCV C159S/K13 6A雙重突變體與XVI-26—起培育時
之質譜跡線，質心質量（m/z=24,412 Da)與未經修飾之HCV C159S/K136A的質量一致，表明XVI-26未修飾HCV C159S/K136A。此資料顯示K136為經XVI-26修飾之胺基 酸。 在相對於蛋白質1〇倍過量之XVI-l(mw==782.87)下培育完 整HCV(蛋白酶）WTlb I小時。以10 μΐ 0.1% TFA稀釋樣品 之3 μΐ等分試樣，隨後使用芥子酸作為解吸附基質（10 mg/mL於0.1% TFA:乙腈（50:50)中）用微C4吸管尖直接吸移 於MALDI目標上。圖5之上圖展示HCV NS3蛋白之質譜跡 線（m/z 24,550 Da)，且圓5之下圖展示1小時時點（m/z為 24,611及25,372)，其展示質量偏移+755(約72%轉化率）’ 表明XVI-1修飾HCV NS3 WTlb。由於蛋白質純化期間之 一些蛋白質異常褶疊，因此蛋白質之伸展部分不能與XVI· 1反應。 實例89 單鏈HCV蛋白酶（wt)肽表現及純化 將單鍵蛋白水解域（NS4A2i.32-GSGS-NS33.63 i)選殖於 153333.doc •328· 201134825
pET-14b(Novagen，Madison，WI)中且轉型至 DH10B 細胞 (Invitrogen)中。將所得質體轉移至大腸桿菌（Escherichia coZ〇BL21(Novagen)中以便進行蛋白質表現及純化。簡言 之，使培養物在37°C下在含有100 pg/ml安比西林 (ampicUlin)之LB培養基中生長直至600 nm下之光學密度 (OD600)達到1.0 ’且藉由添加異丙基-β-D-硫代哌喃半乳糖 苷（IPTG)至1 mM進行誘導。在18°C下再培育20小時後，藉 由在6,000xg下離心1〇分鐘來收集細菌且再懸浮於含有以 下之溶解緩衝液中：50 mM Na3P04(pH 8.0)、300 mM NaCl、5 mM 2-巯基乙醇、ι〇% 甘油、0.5% Igepai CA630，及由1 mM笨基曱基磺醯氟、0.5 pg/ml抗纖維蛋白 溶酶肽（leupeptin)、胃酶抑素A(pepstatin A)及2mM笨甲脉 組成之蛋白酶抑制劑混合物。藉由冷凍及解凍溶解細胞， 接著進行音波處理。藉由在12,000xg下離心30分鐘來移除 細胞碎片。上清液藉由穿過0.45 μιη過滤器（Corning)進一 步澄清，接著負載於裝有NiS04之HiTrap螯合管柱 (Amersham Pharmacia Biotech)上。用咪嗤溶液以呈 1〇〇至 500 mM線性梯度溶離結合之蛋白質。所選溶離份經由Ni2+ 管柱層析進行操作且在10%十二烷基硫酸鈉（SDS)·聚丙烯 醯胺凝膠上分析。經純化之蛋白質藉由在12% SDS-PAGE 凝膠中進行電泳來解析，接著轉移至硝化纖維素膜上。蛋 白質藉由西方墨點分析（Western blot analysis)使用針對 NS3之單株抗體進行分析。蛋白質藉由使用具有辣根過氧 化酶接合之山羊抗小鼠抗體（Pierce)作為二次抗體之化學 153333.doc -329· 201134825 發光套組（Roche)進行觀測。將蛋白質等分且儲存於-8〇°C 下。 實例90 HCV蛋白酶 A156S、A156T、D168A、D168V抗藥性突變 體及C159S變異體之選殖及表現 藉由PCR產生NS4A/NS之突變型DNA片段且將其選殖於 pET表現載體中。轉型至BL21勝任細胞中後，以IPTG誘導 表現2小時。依次使用親和管柱、尺寸排阻層析法來純化 經His標記之融合蛋白。 實例91 用於Lys洗脫之質體及共價探針： 圖10描繪修飾NS3/4A C159S之離胺酸共價探針化合物 XVI-27。藉由使用 Accuprime Pfx(Invitrogen)根據製造商 之說明且用將Nhel位點及FLAG抗原決定基標籤添加至5·端 且將Xbal位點添加至1端之引子擴增pFK-I3 89-luc-ubi-neo-NS3-3'ET載體之NS3及4a序列來構築pCI-Neo-FLAG-NS3/4a-WT質體。 (FTAATAAGCTAGCACCATGGACTACAAAGATGATGACGATAAAGGAGCGCCTAT TACGGCCTACTCCCAACAG, R-TTATTATCTAGACTAGCACTCTTCCATCTCATCGAACTCCCGGTAAAG) 。 接著用Nhel及Xbal消化所得PCR產物且連接至pCI-Neo 載體（Invitrogen)之相同位點。接著將WT構築體用作使用 Quickchange II定點突變誘發套組（Qiagen)及含有K136R或 C159S突變之引子（下文）進行的定點突變誘發之模板。 201134825
NS3-C159S-F ATCTTTCGGGCTGCCGTGAGCACCCGAGGGGTTGCGAAG NS3-C159S-R CTTCGCAACCCCTCGGGTGCTCACGGCAGCCCGAAAGAT NS3-K136R-F GTCTCCTACTTGAGGGGCTCTTCGGGCGGT NS3-K136R-R ACCGCCCGAAGAGCCCCTCAAGTAGGAGAC 實例92 延長作用持續時間之說明（洗脫） 圖11描繪XVI-26之延長作用持續時間。將親本Huh-7細 胞以每100 mm培養皿1.75x106個細胞之密度塗鋪於含10% FBS之培養基中。次日，根據製造商之說明，使用28 pg質 體及 112 μΐ Lipfectamine 2000(Invitrogen)在 OptiMEM 中轉 ® 染細胞。與轉染複合物一起培育4小時後，將培養基更換 為複製子檢定培養基（Replicon Assay Medium)(補充有5% FBS、1 χ非必需胺基酸及pen/strep之RPMI)。次曰早晨， 以胰蛋白酶處理細胞、計數且以12孔板之每個孔20,000個 細胞（每種基因型4個孔）之密度再塗鋪於複製子培養基中。 使細胞黏著於板，接著移除培養基且置換為含有XVI-26(每種化合物3個孔）及0.02% DMSO之1 ml培養基，且放 ^ 回恆溫箱隔夜。十六小時後，以PBS洗滌1個來自各基因型 (0小時樣品）之經處理孔及1個未處理孔，接著溶解且刮入 30 μΐ細胞萃取緩衝液（Cell Extraction Buffer)(Biosource， Camarillo, CA)加完全蛋白酶抑制劑（Complete Protease Inhibitor)(Roche，Indianapolis，IN)中。以 PBS沖洗其餘孔2 次，接著饋入複製子培養基且放回恆溫箱。藉由移除舊培 養基且置換為新鮮培養基來每小時洗滌細胞一次，且進行 溶解且在首次收集之後1及6小時收集。使用標準免疫墨點 法解析溶胞物且相對於未處理樣品評估及定量NS3自裂解 153333.doc • 331 - 201134825 活性。 實例93 使用共價探針進行離胺酸修飾的說明 如圖11中所說明，NS3/4A WT、C159S或K136分別使用 200 pg總細胞溶胞物。以1 μΜ生物素標記之共價探針XVI· 27處理溶胞物1小時且以抗NS3抗體（小鼠）進行免疫沈澱。 以抗生蛋白鏈菌素及抗NS3抗體（山羊）探測免疫墨點。相 對於WTNS3評估及定量共價探針之成功修飾。 實例94 檢定緩衝液：2% CHAPS、50 mM Tris(pH 7.5)、50%甘 油、2 μΜ M-2235(Bachem)受質。在50 μΐ反應中，添加49 μΐ檢定緩衝液、1 gl(lU)HCV絲胺酸蛋白酶（Bioenza)。在 室溫下培育20分鐘》在螢光微板讀取器上在350/460 nm(激 發/發射）下讀取板或以一分鐘時間間隔監測以獲得動力學 曲線。 酶耐受1% DMSO及2%甲醇。在測試化合物之實驗中， 以20%曱醇（10% DMSO及20%甲醇）將化合物之純DMSO溶 液稀釋10倍。將此化合物溶液添加至反應中（不超過最終 反應體積之10%)。有機溶劑之最終濃度為1% DMSO及2% 甲醇。 實例95 WT及突變型NS3/4A lb酶之HCV蛋白酶FRET檢定 (IC50_APP)。 使用以下方案來產生如下表6中所描繪之「表觀 •332· 153333.doc 6 201134825 (apparent)」IC5〇(IC5〇_ApP)值。不希望受任何特定理論約 束，咸信IC5〇_APP與IC5Q值形成對比，可提供更適用之時間 相關性抑制指標，且因此更好地表示結合親和力。該方案 為經修改之基於FRET之檢定（v_03)，其經開發來評估化合 物效能、排序（rank-order)及針對如下HCV NS3/4A lb蛋白 酶之野生型及C159S、A156S、A156T、D168A、D168V、 R155K突變體之抗性型態：在50 mM Tris-HCl(pH 7.5)、5 mM DTT 、 2% CHAPS及20%甘油中製備來自
Bioenza(Mountain View, CA)之 NS3/4A 蛋白酶及來自 Anaspec(San Jose，CA)之 1.13X 5-FAM/QXL™520 FRET肽 受質的l〇x儲備液。在點潰0.5 pL體積之50% DMSO及在 50% DMSO中製備之連續稀釋化合物後，將5 μί各酶添加 至Corning(#3575)384孔黑色微量滴定板（Corning, ΝΥ)中。 在添加酶與添加45 μΐ^ FRET受質之後即刻開始蛋白酶反 應，且在來自BioTek(Winooski，VT)之Synergy板讀取器中 在λεχ485/λβηι520下監測60-90分鐘。在各檢定結束時，檢查 各孔之進展曲線的線性反應動力學及適合度統計（fit statistics)(R2 ’ 95%信賴區間’絕對平方和）。自相對螢光 單位相對於時間（分鐘）之圖的斜率測定各反應之初始速度 (0分鐘至15 +分鐘），接著相對於抑制劑濃度（呈無抑制劑及 無酶對照物之百分比的形式）繪圖以自log[抑制劑]相對於 反應評估表觀IC5g值。（GraphPad軟體（San Diego，CA)之 GraphPad Prism中之可變斜率模型。） F. PI3激酶抑制劑（LYS)合成實例 153333.doc -333 - 201134825 實例96
XXII-17 1-(4-((2-(1Η-吲唑-4-基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧 咬-6 -基）甲基）旅唤-1 -基）丙-2 -稀-1 -嗣.根據如下所述之步 驟及中間物製備標題化合物。
步驟la : 4-(2-氣噻吩并[3,2-d]嘧啶-4-基）嗎啉（中間物la) 0
153333.doc -334- 201134825 向 2,4-一氣 B塞吩并[3,2-d]嘴咬（2.0 g，9.7 mmol)於 30 mL MeOH中之溶液中添加1.9 mL嗎淋。在室溫下授拌一小時 後，過濾反應混合物；以水及曱醇洗滌固體，得到2〇 g標 題化合物。MS m/z: 256.0，258.1 (M+l)。1H NMR (400 MHz, CDC13)： δ: 7.78 (1Η, d5 J=5.48 Hz), 7.38 (1H, d, J=5.48 Hz), 4.02 (4H, t, J=4.80 Hz), 3.85 (4H, t, J=4.82 Hz)。 步帮lb : 2-氣-4_(Ν·嗎琳基）嗔吩并[3,2-d]痛咬-6-甲搭（中 間物lb) 0
在-78°C 下向中間物 la(1.02 g，4.0 mmol)於30 mL THF 中 之懸浮液中緩慢添加LiHMDS(1.0 N，6.0 mL，6.0 mmol)。在-78°C下擾拌反應混合物1小時，添加DMF(0.5 mL)且歷經2小時使反應混合物升溫至室溫。以nh4C1水溶 液泮滅反應且在真空下移除THF。添加一份50 mL EtOAc 且以NaHC〇3水溶液及鹽水洗蘇混合物。分離有機層且經 NazSO4乾燥。移除溶劑後，對粗產物進行矽夥層析（溶離 劑：EtOAc/己燒）。獲得總共0.6 g標題化合物（6〇%)。ms m/z: 284.2 (ES+，M+1) 0 步琢lc : 4-((2-氣-4-(〜嗎淋基）嘆吩并[3,2-*|]嘴咬-6-基）甲 基）哌嗪-1-甲酸第三丁酯（中間物lc) 153333.doc -335- 201134825 Ο
將中間物lb(0.40 g，1.5 mmol)、0底嗪-1-曱酸第三丁醋 及0.2 mL乙酸溶解於12 mL二氣乙烷中。在室溫下攪拌混 合物2小時。添加NaBH(OAc)3(0.54 g，2.5 mmol)至反應混 合物中且在室溫下攪拌所得混合物10小時。添加20 mL NaHC03水溶液及1〇 mL DCM。分離有機層且經Na2S04乾 燥。移除溶劑後，對粗產物進行矽膠層析（溶離劑：3:7 EtOAc/己烷）。獲得總共〇.3〇 g標題化合物：MS m/z: 454.2 (ES +，M+1)。 步驟Id : 4-((2_(1Η-吲唑-4-基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d] 嘧啶-6-基）甲基）哌嗪-1-甲酸第三丁酯（中間物ld)
將中間物lc(0.14 g，0.31 mmol)、4_(三甲基錫烷基）_1H_ 吲唑（0.10g，0.37 mmol)及肆（三苯膦）鈀（35 mg，〇 〇3 mmol)溶解於5 mL甲苯中。使溶液脫氣且以乂吹拂。在密 封小瓶中將反應混合物加熱至135°c維持4〇小時。在真空 下移除溶劑且藉由矽膠層析（溶離劑：Et〇Ac/己烷5:5)純化 153333.doc •336- 201134825 殘餘物。獲得總共0.10 g標題化合物。MS m/z: 536.1 (M+1)。 或者’中間物Id可藉由以下鈴木偶合程序（Suzuki coupling procedure)製備：將中間物 ic(7〇 mg，0.15 mmol)、4-(4,4,5,5 -四曱基-1，3,2-二氧删味-2-基），1H-吲嗤 (56 mg，0.23 mmol)、Pd(PPh3)2Cl2(10 mg，0.015 mmol)及 碳酸鈉（60 mg，0.56 mmol)溶解於甲苯/乙醇/水（2.5 mL/1.5 mL/0.7 mL)中。使溶液脫氣且以氬氣吹拂。在密封小瓶中 將反應混合物加熱至125 °C維持1〇小時。反應液接著藉由 添加10 mL乙酸乙酯進行處理且以水及鹽水洗滌。分離有 機層且經NazSO4乾燥。移除溶劑後，對粗產物進行矽膠層 析（溶離劑：EtOAc/己烧1:1至4:1 )，得到標題化合物。MS m/z: 536.1 (M+1)。 步驟le : 4-(2-(1Η-吲唑-4-基）_6-(哌嗪•基甲基）噻吩并 【3,2-d】嘧啶-4-基）嗎啉（中間物“）
將中間物 ld(100 mg，0.1 8 mmol)溶解於 3 mL 4N HC1之 一 °惡垸溶液中且在室溫下攪拌反應液3小時。移除溶劑 後，傾入一份3 mL DCM，接著蒸發至乾燥。將依次進行 DCM添加、蒸發之此過程重複三次，得到白色固體且其直 接用於下一步驟。MS m/z: 436.2 (M+H+)。 153333.doc •337. 201134825 步驟If : 1-(4_((2-(1Η-吲唑-4-基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】嘧啶-6-基）甲基）哌嗪-1-基）丙-2-烯-1_酮
XXII-17 在攪拌的同時在-40°C下向中間物le(10 mg，0.02 mmol) 及丙烯酸（2.0 mg，0.025 mmol)於1.0 mL無水乙腈中之溶 液中添加 HATU(9.1 mg，0.024 mmol)及 DIEA(15 mg，0.1 mmol)。在約- i〇°c下攪拌反應混合物l〇分鐘。添加一份ι〇 mL EtOAc及5 mL NaHC03水溶液。分離有機層且經Na2S04 乾燥。移除溶劑後，對粗產物進行矽膠層析（溶離劑：9:1 EtOAc/己烧）。獲得總共6 mg標題化合物。MS m/z: 490.2 (M+H+)。】H NMR (400 MHz，CDC13): δ: 9.01 (1H d，J=0.88
Hz), 8.27 (1H d, J=7.32 Hz), 7.58 (1H d, J=7.0 Hz), 7.51 (1H t，J=6.84 Hz)，7.39 (1H，s)，6.56 (1H dd，J=10.56, 16.96
Hz), 6.32 (1H d, 16.96 Hz), 5.70 (ih d, 10.52 Hz), 4.09 (4H, m), 3.93 (6H, m), 3.79 (2H, s), 3.62 (2H, s), 2.60 (4H, s)。 以類似方式，使用中間物le且與（R)-5-側氧基四氫呋喃· 2-甲酸偶合，製備以下化合物： 153333.doc - 338- 201134825
以類似方式，使用令間物le且與巧側氧基四氫呋喃_ 2-甲酸偶合，製備以下化合物：
實例97
XXII-14 1-(4·((2-(ΐΗ-吲唑-4-基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并【3,2-d]嘧 咬-6-基）甲基）旅嗓-1-基）丁炫-1，3-二網：以類似方式，使 用中間物le及適合羧酸，製備標題化合物：MS m/z: 520.1 153333.doc - 339- 201134825 (M+H+)。 實例98
.〇 N
XXII-13 4_((2-(1Η-吲唑·4·基）·4 (Ν_嗎啉基）噻吩并【3 2 d】嘧啶 基）甲基）-N-((2R，3S)-2-甲基_4-側氧基氧雜環丁-3-基）哌嗪 1_甲醢胺。以類似方式，使用中間物le及適合羧酸，製備 標題化合物：MS m/z: 563.3 (M+H+)。 實例99
XXII-22 (R)-5-(4-((2-(lH-吲唑-4-基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d] 嘧啶-6-基）甲基）哌嗪-1-羰基）二氩呋喃-2(3H)-酮：以類似 方式，使用中間物le及適合羧酸，製備標題化合物：MS m/z: 548.1 (M+H+) » 153333.doc • 340· 201134825 實例100
XXII-23 (S)-5-(4-((2-(lH-巧丨唾·4-基）_4-(N-嗎琳基）嗟吩并[3,2-d】 嘧啶-6-基）甲基）哌嗪-i_羰基）二氫呋喃·2(3Η)__ :以類似 方式’使用中間物le及適合羧酸，製備標題化合物：MS m/z: 548.1 (M+H+)。 實例101
XXII-28 (R)-2-(4-((2-(2-胺基鳴啶_5基）·心(N_嗎啉基）隹吩并 [3,2-d】嘧啶-6-基）甲基）哌嗪4•羰基）_5_側氧基吡咯啶甲 酸甲酯。以類似方式，使用中間物le及適合羧酸，製備栌 題化合物：MS m/z: 582.2 (M+H+)。 實例102 153333.doc •341 - 201134825 Ο
MeO
ΧΧΙΙ-29 (S)-2-(4-((2-(2-胺基嘴咬_s_基）-4_(Ν，琳基）嘆吩并【3,2-d]嘧啶-6-基）甲基）哌嗪羰基）_5_側氧基吡咯啶甲酸甲 酯（XXII-29)。以類似方式，使用中間物le及適合羧酸，製 備標題化合物：MS m/z: 582.2 (M+H+)。 實例103
XXII-30 3-(4-((2-(2-胺基嘧啶-5-基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d] 嘧啶-6-基）甲基）哌嗪-1-羰基）二氫噻吩-2(3H)-酮（XXII- 30) 。 以類 似方式 ，使用 中間物 le 及適合羧酸 ，製備標題 化合物：MS m/z: 541.1 (M+H+)。 實例104 153333.doc -342- 201134825
XXII-31
4-(4-((2-(2-胺基嘧啶·5·基）-4_(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】 嘧啶-6-基）甲基）哌嗪-1-羰基）二氫噻吩-2(3H)-酮（XXII- 31) »以類似方式，使用中間物le及適合羧酸，製備標題 化合物：MS m/z: 541.1 (M+H+)。 實例105
XXII-32 5-(4-((2-(2-胺基嘧啶-5-基）-4-(N_嗎啉基）噻吩并[3,2-d] 嘧啶_6_基）甲基）哌嗪-1-羰基）二氫噻吩-2(3H)-酮（XXII- 32) 。 以類 似方式 ，使用 中間物 le 及適合羧酸 ，製備標題 化合物：MS m/z: 541.1 (M+H+)。 153333.doc • 343 · 201134825 實例106
XXII-33
5_(4-((2_(2-胺基嘧啶_5_基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2_d】 嘧啶-6-基）甲基）哌嗪-1-羰基）環己烷-1,3-二酮（χχπ-33)。 以類似方式，使用中間物le及適合羧酸，製備標題化合 物：MS m/z: 551.2 (M+H+)。 實例107
XXII-16 (4-((2-(1Η-喷唑-4-基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】嚷咬_ 6-基）甲基）旅嗓-1-基）（1H_咪吐.-1-基）甲明：以類似方式， 使用中間物le且與CDI在TEA存在下於二氣甲烷中偶合， 製備（4-((2-(1Η-叫丨。坐-4-基）-4-(N-嗎琳基）β塞吩并[3,2-d]嚷 -344- 153333.doc ex 201134825 啶-6-基）曱基）哌嗪-1-基）（111-咪唑-1-基）曱酮（\叉11-16): MS m/z: 530.2 (M+H+)。 實例108
N
/~t° XXII-12 4-(2-(lH-吲唑-4-基）-6-((4•(乙烯基磺醯基）哌嗪-1-基）甲 基）噻吩并[3,2-d】嘧啶-4-基）嗎啉：以類似方式，使用中間 物le且與2-氣乙烷磺醯氣在TEA存在下偶合，製備4-(2-(1H-吲唑-4-基）-6-((4-(乙烯基磺酿基）哌嗪-1-基）甲基）噻吩 并[3,2-d]嘧啶-4-基）嗎啉（XXII-8) : MS m/z: 526.2 (M+H+)。
實例109
(Ε)-5-(4·(Ν·嗎淋基）-6-((4-(丙-1-稀基確酿基）旅嗓-1 -基） 153333.doc -345 - 201134825 甲基）噻吩并[3,2-d]嘧啶-2-基）嘧啶-2-胺（XXII-25)。以類 似方式，使用中間物le及（Ε)·丙-1-烯-1-磺醯氣，製備標題 化合物：MS m/z: 517.2 (M+H+)。 實例110
XXII-8 2-(2-(4-((2-(1Η_"5丨峻-4-基）-4-(N-嗎啉基）嗟吩并[3,2-d】 变咬-6-基）甲基）旅嗓-1-基項酿基）乙基）異吲嗓琳_ι，3-二 酮：以類似方式’使用中間物le且與2-(1，3-二側氧基異吲 哚琳-2-基）乙炫項醯氣在TEA存在下偶合，製備以下化合 物：MS m/z: 673.2 (M+H+)。 實例111
XXII-15 153333.doc •346- 201134825 3-(4-((2-(1Η-»5丨唾-4·基）_4·(Ν-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧 咬-6-基）甲基）旅嗓-1-基）-4-異丙氧基環丁 _3_稀_12-二萌： 以類似方式，在TEA存在下於乙腈中以3,4_二異丙氧基環 丁 -3-烯-1，2-二鲷處理中間物le，製備以下化合物：MS m/z: 574.2 (M+H+) ° 實例112
XXII-26
(Μ+1)。 實例113 153333.doc •347 · 201134825
XXII-27 3-(2-(4-((2-(2-胺基嘧啶-5-基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3 2_ d]嘴咬-6-基）甲基）旅嗓-1-基）-2-側氧基乙胺基）-4-異丙氧 基環丁-3-烯-1,2-二酮（XXII-27)。以類似方式製備標題化 合物。MS m/z: 608.3 (M+1)。 實例114
XXII-19 1·(4·((4-(Ν-嗎啉基）_2-苯基噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-基）甲 基）娘嗓-1-基）丙-2-稀-1-酮：以與上述類似之方式，當在 步驟Id中在標準鈐木偶合條件下使用苯基晒酸替代4_(三甲 基錫烧基）-1Η-叫卜坐時，製備以下化合物：ms m/z: 450.2 (M+H+)。 實例115 153333.doc •348- 201134825
XXII-18 (1H-咪唑-1·基）(4-((4-(N-嗎啉基）-2-苯基噻吩并[3,2-d】 嘧啶-6-基）曱基）哌嗪-1-基）甲酮：MS m/z: 490.2 (M+H+)。 實例116
XXII-5 N-((2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-基） 甲基）-N_甲基丙烯醯胺：根據如下所述之步驟及中間物製 備標題化合物。
153333.doc • 349- 201134825 步驟2a : (2-氣-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧啶-6·基）甲醇 (中間物2 a)
在 0°C 下向化合物 lb(5 g，17.6 mmol)於 MeOH(50 mL)中 之溶液中逐份添加NaBH4(0.98 g，26.4 mmol)且在室溫下 搜拌5小時。反應完成（藉由TLC監測）後，在減壓下移除揮 發物’將殘餘物溶解於水中且以DCM(3x75 mL)萃取。合 併之有機相以水洗滌’經無水Na2S04乾燥且在真空中濃 縮’得到呈淺黃色固體狀之中間物6a(3 g，60%)。TLC : 80〇/〇 EtOAc/己烷（Rf: 0.3) ; h-NMR (CDC13, 200 ΜΗζ): δ 7.21 (s, 1H), 4.98 (s, 2H), 4.0 (t, 7=4.2 Hz, 4H), 3.83 (t, •/=4.8 Hz, 4H);質量：286 [M++1] 步驟2b :甲烷磺酸（2-氣·4-(Ν-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-基）甲酯（中間物2b)
在〇°C下經10分鐘之時間向中間物2a(i g，3 5 mmol)於 DCM(10 mL)中之溶液中添μτΕΑ(1·〇6 g，ι〇·5 mmol)，接 著添加甲確醯氣（0·48 g，4.2 mm〇i)。在室溫下授拌反應混 合物1小時。反應完成（藉由TLC監測）後，添加水（25 153333.doc •350· 201134825 mL)，以DCM(2x50 mL)萃取》合併之有機相經無水 Na2S04乾燥且在真空中濃縮。藉由矽膠管柱層析（50% EtOAc/己烷）純化粗化合物，得到呈黃色固體狀之中間物 2b(0.8 g，62%)。TLC : 80% EtOAc/己烷（111":0.6);111-NMR (CDC13, 500 MHz) (SAV-A9008-009): δ 7.39 (s, 1H), 5.46 (s, 2H), 4.0 (t, J=4.5 Hz, 4H), 3.84 (t, /=5.0 Hz, 4H),
3.05 (s，3H);質量：364 [M++l] ; Mp: 151.4°C 步驟2c : 1-(2-氯-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-基）-N- 甲基甲胺（中間物2c)
在室溫下攪拌中間物2b(〇.24 g，0.67 mmol)、2 Μ甲胺 之 THF 溶液（2.0 mL，4.0 mm〇i)及 DIEA(0.35 mL，2.0 mmol)於THF(5 mL)中之溶液2小時。lC_ms顯示完全轉化 為產物。在真空中移除溶劑且粗物質直接用於下一步驟。 MS m/z: 299.1 (Μ+1)。 步称2d · (2-氣-4-(N-嗎啉基）嗔吩并【3,2_d丨嚷啶_6_基）甲基 (甲基）胺基甲後第三丁_(中間物2d) 將粗中間物2c、
153333.doc -351 · 201134825 mL)溶解於l〇 mL二氣甲烷中且攪拌溶液ι〇小時。LC-MS顯 示完全轉化為產物。在真空中移除溶劑且粗物質直接用於 下一步驟。MS m/ζ: 399·1 (M+1) » 步驟2e : (2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】嘧啶-6-基）甲基（甲基）胺基甲酸第三丁酯（中間物2e)
將中間物2d(0.20 g，〇·50 mmol)、3-羥基苯基麵酸（139 mg ’ 1.0 mmol)、Pd(PPh3)2Cl2(50 mg，0.067 mmol)及碳酸 鈉（0.5 g，4.1 mmol)溶解於曱苯/乙醇/水（5 mL/3 mL/15 mL)中。使溶液脫氣且以N2吹拂。在密封小瓶中將反應混 合物加熱至120°C維持3小時。在真空下移除溶劑且藉由矽 膠層析（溶離劑：EtOAc/己烷1:1)純化殘餘物。獲得總共 190 mg(66%)標題化合物。 MS m/z: 457.1 (M+1) » 步驟2f : 3-(6-((甲胺基）甲基）_4_(N_嗎啉基）噻吩并[3,2 d】 嘧啶-2-基）苯酚（中間物2f)
153333.doc •352- 201134825 按照實例102步驟le中所述之程序以4n HC1處理中間物 ’得到標題化合物。MS m/z: 357.1 (M+1)。
〇. N
XXII-5
步称2g : N-((2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘴 咬-6-基）甲基）-N-甲基丙烯醯胺（ΧΧΠ-5) 藉由使用HATU，按照步琢1 f中所述之程序使丙烯酸與 中間物2f偶合來製備標題化合物。MS m/z: 411.1 (M+H+) 〇 實例117
ΧΧΙΙ-10 Ν-((2·(3·羥苯基）-4-(Ν-嗎啉基）噻吩并【3,2-d】嘧啶-6-基） 曱基）-N-甲基乙烷磺醯胺：以類似方式，使用中間物2f， 製備以下化合物：MS m/z: 447.1 (M+1)。 實例118 153333.doc • 353 - 201134825
XXII-9 乙炫項酸3-(6-((N_甲基乙烯基磺醯胺基）甲基）·4(Ν嗎 琳基）嗟吩并丨3,2~d]峨啶小基）苯醋：MS m/z: 537·2 (M+1)。 實例119
〇 XXII-11 3-(((2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-基） 甲基）（甲基）胺基）-4-異丙氧基環丁-3-烯-1，2-二酮：MS m/z: 495.1 (M+1) 〇 實例120
0
XXII-7 (R)-N-((2-(3-羥苯基）-4·(Ν-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】嘧啶-6-基）甲基）-N-甲基-5-側氧基四氩呋喃-2-甲醯胺：MS m/z: 153333.doc •354- 201134825 469.2 (M+l) ° 實例121
XXII-6
(S)-N-((2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】嘧啶-6-基）甲基）-N-甲基-5-側氧基四氫呋喃-2-甲醯胺：MS m/z: 469.2 (M+1)。 實例122 Ν·
ΧΧΙΙ-4 (Ε)-Ν-((2-(3-羥苯基）-4-(Ν-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-基）甲基）-N-甲基-4-側氧基庚-5-烯醯胺：MS m/z: 481.2 (M+1)。 153333.doc -355 - 201134825
XXII-24 N-((2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】嘧啶·6-基） 甲基）·Ν-甲基-4-側氧基-4-(2-側氧基氮雜環丁-1-基）丁醯胺 (ΧΧΙΙ-24)。以類似方式’使用中間物2f，製備標題化合 物：MS m/z: 510.2 (M+1)。 實例123
XXII-2 (R)-5-(4-(2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】嘧啶-基）-1，2,3,6_四氫吡啶_1_羰基）二氫呋喃_2(311)-酮：根據 如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。
3c 153333.doc •356_ 201134825 步驟3a : 4-(2-氣-6-碘噻吩并【3,2-d]嘧啶-4·基）嗎啉（中間物 3a) 在-78°C下歷經30分鐘之時間向中間物la(5 g，〇 〇19 mol)於THF(100 mL)中之授拌溶液中添加n_BuLi(2.5 g， 0.03 mol) ’在-40°C下攪拌2小時，接著在_78t：下添加含碘 (9.9 g，〇.〇3 mol)之THF(5 mL)。在室溫下攪拌反應混合物 8小時。反應完成（藉由TLC監測）後，以飽和氣化銨（1 〇〇 mL)淬滅反應且以EtOAc(4x200 mL)萃取。有機層以硫代 硫酸鈉溶液洗滌，經無水Na2S04乾燥且在真空中濃縮。以 乙醚洗滌粗產物，得到呈灰白色固體狀之申間物3a(7 g， 940/〇)。TLC : 30% 乙酸乙酯 / 己烧（Rf : 〇 3);】h_NMr (CDC13j 500 MHz): δ 7.57 (s, 1H), 3.94-3.91 (m, 4H), 3.85- 3.80 (m, 4H);質量：382 [M++1]，MP: 173.5°c。 步驟3b : 4-(2-氯-4-(N-嗎琳基）噻吩并[3,2_d]嘧啶-6-基）_ 5,6-二氫吡啶·1(2Η)_甲酸第三丁酯（中間物3b)
在室溫下向4-(2-氣-6-碘噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基）嗎啉（中 間物 3a)(0.57 g ’ 1.5 mmol)於曱苯（1〇 mL)、Et〇H(6 〇 mL)、H2〇(3.0 mL)中之攪拌溶液中添加4·(4 4 5,5_四甲基_ 1，3,2-二氧侧咮-2-基）-5,6-二氫〇比咬-1(2Η)-曱酸第三丁酯 (0.5 g，1.6 mmol) ' Na2CO3(0.7 g)及 Pd(PPh3)2Cl2(56 mg， 153333.doc •357- 201134825 0.08 mmol)。以氬使反應混合物脫氣且在40 C下搜拌3小 時。LC-MS顯示轉化完成：MS m/z: 437.1 (M+1)。反應混 合物直接用於下一步驟。 步驟3c : 4-(2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-(1]嘧啶-6-基）-5,6-二氫吡啶-1(2H)-甲酸第三丁酯（中間物3c)
在室溫下向步驟3b之反應混合物中添加3-羥基苯基自明酸 (0.35 g，2.5 mmol)、Na2CO3(1.0 g)及 Pd(PPh3)2Cl2(30 mg ’ 0.04 mmol)。以氬使反應混合物脫氣且在130°C下攪 拌3小時》接著藉由添加50 mL乙酸乙酯來處理反應液且以 水及鹽水洗條。分離有機層且經Na2S〇4乾燥。移除溶劑 後’對粗產物進行矽膠層析（溶離劑：EtOAc/己烷1:1至 4.1)’ 知到標題化合物。MS m/z: 495.1 (M+1)。
.0. Ν'
ΧΧΙΙ-2 步琢3d : (r)_5_(4-(2-(3-羥苯基）·4-(Ν-嗎啉基）噻吩并 【3,2_d】嚷啶-6-基）-1,2,3,6-四氩吡啶-1-羰基）二氫呋喃_ 2(3H)-鲷 153333.doc
S •358- 201134825 合程序來製備標題 藉由以下de-boc及實例1中所述之偶 化合物。MS m/z: 507.1 (M+H+)。 實例124
XXII-1 以類似方式製備（S)-5-(4-(2-(3-羥苯基）_4_(n_嗎淋基）嗟 吩并[3,2-d]鳴咬-6-基）-1，2,3,6-四氫nfc咬_ι_擬基）二氫吱喃· 2(3H)·酮，XXII] : MS m/z: 507.1 (M+H+)。 實例125
XXII-3 (4-(3-(2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）雀吩并[3,2-d]嘧啶_ 基）丙I炔基）娘嗪-1-基）丙-2-稀-1-嗣：根據如下所述之 步驟及中間物製備標題化合物。 153333.doc •359· 201134825
步稱4a : 4-(3-(2-氣_4·(Ν-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-基） 丙-2-炔基）哌嗪甲酸第三丁酯（中間物4a)
在室溫下向中間物3a(1.0 g，2.6 mmol)、4-(丙-2-炔基） 哌嗪-1-曱酸第三丁酯（880 mg，3.8 mmol)於THF(40 mL)中 之攪拌溶液中依次添加TEA(16 mL)、Pd(PPh3)2Cl2(184 mg ’ 0.26 mmol)，以氬脫氣30分鐘且添加 Cul(496 mg，2.6 mmol)至反應混合物中。再次以氬使反應混合物脫氣3〇分 鐘。將所得反應混合物回流3小時《反應完成（藉由TLC監 測）後’以D C Μ稀釋反應混合物。有機層以水洗蘇且經無 水NasSCU乾燥且在減壓下濃縮。藉由矽膠管柱層析（2〇〇/0 EtOAc/己烷）純化粗物質’得到中間物4a(0.60 g)。質量： 478 [M++1]。 153333.doc -360· 201134825 步驟4b : 4-(3-(2-(3-羥笨基）_4_(N_嗎啉基）噻吩并丨3,2d】嘧 啶-6-基）丙_2·炔基）哌嗪甲酸第三丁酯（中間物4b)
0
Boc 藉由按照實例123之步驟3c中所述之程序使中間物牦與
3-羥基苯基蝴酸偶合來製備標題化合物。MS m/z: 536.2 (M+H+)。
XXII-3 步驟4c : 1-(4-(3-(2-(3-羥苯基）_4·(Ν_嗎啉基）噻吩并丨3,2_d】 嘧啶-6-基）丙-2_炔基）哌嗪-i_基）丙_2·烯闞
按照實例96步驟le及If中所述之程序製備標題化合物。 MS m/z: 490.1 (M+H+)。 實例126
XXII-22 153333.doc -361- 201134825 (R)-5-(4-(3-(2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-dj, 啶-6-基）丙-2-炔基）哌嗪-1-羰基）二氩呋喃-2(3Η)·_ :以類 似方式，以中間物4b為起始物’使用適合羧酸’製備以下 化合物。 實例127
XXII-23 (S)-S-(4-(3-(2-(3-羥苯基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]鳴 咬_6~基）丙-2_炔基）哌嗪_1_羰基）二氫呋喃-2(3H)__ :以類 似方式，以中間物4b為起始物，使用適合羧酸’製備以下 化合物。 實例128
Ύ N \ XXIII-5 2-(6-(1·丙烯醢基·1Η-«Λ唑-4-基）-2H-苯并[b]【l，4】噁嗪- 153333.doc 201134825 4(3H)基）-6,6-二甲基_6,7_二氫咳唾并【5,4c】咐咬·4(5Η)_ 嗣：根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。 合成中間物5-1 : C02Et NH3
5·卜b
5-l<
0
5A-6
Br2, THF s II h2n^nh2 DIPEA. THF, 80 °C, 5-f-e
CuBr2, tBuONO MeCN,室溫·
步驟5-I-a : 3-胺基·3-甲基丁酸乙酯鹽酸鹽（tpa):
在-70°C下向3-甲基丁-2-烯酸乙酯（15 g，117 mmol)於 EtOH(40 mL)中之溶液中添加液氨（8〇 mL)且反應混合物在 45°C下於高壓爸（200 Psi)中攪拌16小時。反應完成（藉由 TLC監測）後’藉由吹拂N2來移除過量氨，冷卻至〇°C且添 加HC1之二噁烷溶液（pH-2)。在〇°C下攪拌反應混合物30分 鐘，在減壓下移除揮發物，且以乙醚洗滌所得固體，得到 呈白色固體狀之5-I-a鹽酸鹽（1〇 g，58.8%) ; TLC : 10〇/〇 MeOH/DCM(Rf ： 0.1) ； 'H-NMR (DMSO d6, 200 MHz): δ 8.33 (bs, 1H), 4.09 (q, J=7.〇 Hz, 2H), 2.70 (s, 2H), 1.33 (s, 6H), 1.20 (t，*7=7.0 Hz，3H);質量：146 [M++1]。 步驟5-I-b : 3-(乙基2-胺甲醯基乙醯基）-3-甲基丁酸乙酯（5- I-b)： 在 0°C 下向化合物 5-I_a(l 1 g，68.9 mmol)於 DCM(150 mL)中之溶液中添加TEA(38.1 mL，275 mmol)及乙基丙二 153333.doc -363 · 201134825 醯氣（8.8 mL，68.9 mmol)。在室溫下攪拌反應混合物3小 時。反應完成（藉由TLC監測）後，以水淬滅反應且以 DCM(2x200 mL)萃取。合併之有機層以1 N HC1(100 mL)、飽和NaHC03(100 mL)洗滌，經無水Na2S04乾燥且在 真空中濃縮，得到呈褐色糖漿狀之HWU g，62%)。 TLC : 30% EtOAc/己烷（Rf : 0.3) ; W-NMR (CDC13，200 MHz): δ 4.28-4.07 (m, 4H), 3.24 (s, 2H), 2.74 (s, 2H), 1.45 (s，6H)，1.35-1.20 (m，6H);質量：260 [M++1]。 步驟 5-I-c 及5-I-d : 6,6-二甲基哌啶-2,4-二酮（5-I-d): 向化合物5_I-b(ll g，42.6 mmol)於曱苯（120 mL)中之攪 拌溶液中添加含NaOEt(4.34 g，63.9 mmol)之甲苯（30 mL)，且在80°C下攪拌反應混合物4小時。反應完成（藉由 TLC監測）後，以水淬滅反應反應，且以乙醚（1〇〇 mL)萃取 水層。分離有機層；以IN HC1酸化水層且以DCM(2x200 mL)萃取。合併之有機層經Na2S04乾燥且在真空中濃縮。 將所得粗5-I-c溶解於1% H2O/ACN(80 mL)中且回流3小 時。反應完成（藉由TLC監測）後，在減壓下移除揮發物且 以乙趟洗務所得殘餘物，得到呈灰白色固體狀之5-i-d(3.2 g，53.3%)。TLC : 10% MeOH/DCM(Rf: 0.3) ； ^-NMR (CDCl3+DMSO-d6s 200 MHz): δ 7.28 (bs, NH), 3.21 (s, 2H), 2.56 (s，2H)，1.34 (s，6H);質量：142 [M++1]。 步麻5-1-6:2-胺基-6,7-二氣-6,6-二甲基嗟嗤并【5,4-<!]吼 啶-4(5H)-酮（5-I-e): 向化合物 5-I-d(3.2 g，22.7 mmol)於 THF(100 mL)中之授 153333.doc -364· 201134825 拌/谷液中添加Βι*2(1.13 mL，22.7 mmol)且在室溫下授拌反 應混合物10分鐘’接著添加硫脲（1 72 g，22 7 mmol)及 DIPEA(12 mL，68.0 mmol)。在8〇°c下攪拌反應混合物2小 時。反應完成（藉由TLC監測）後，以水淬滅反應且以 EtOAc(2xl50 mL)萃取。合併之有機層經Na2S〇4乾燥，在 真空中濃縮且以乙越洗務粗殘餘物，得到呈黃色固體狀之 5-I-e(2.5 g，56%)。TLC : 10% MeOH/DCM(Rf: 0.2) ; ^H- _ NMR (DMSO d6, 200 MHz): δ 7.63 (bs, 2H), 7.17 (bs, 1H), 2.61 (s，2H)，1.22 (S，6H);質量：198 [M++1]。 中間物5-1 : 2-溴-6,7-二氫-6,6-二曱基噻唑并[5,4_c】吡咬_ 4(5H)-酮 在室溫下向化合物5-I-e(2.5 g，12.7 mmol)於乙腈（70 mL)中之溶液中添加CuBr2(2.26 g，ι〇·15 mmol)及亞硝酸 第三丁酯（1.3 g，12.8 mmol)。在室溫下攪拌反應混合物2 小時。反應完成（藉由TLC監測）後，以1 n HC1淬滅反應且 φ 以DCM(2x150 mL)萃取。合併之有機層經NaaSO4乾燥，在 真空中濃縮且以乙鍵洗條粗殘餘物，得到呈褐色固體狀之
5-1(2 g，60〇/〇)。TLC : 10% MeOH/DCM(Rf: 〇.5) ; iH-NMR (CDC13, 500 MHz): δ 5.48 (bs, ΝΗ), 3.02 (s, 2Η), 1.4 (s, 6H);質量：283 [M++Na]。 合成中間物5-II : 153333.doc -365- 201134825 乙基乙烯 jr基醚 Γ=\ HCI HN、/
6-ll-a
雙(頻哪醇 根基)二硼 PdfctopfiCU
4-溴-1-(1-乙氧基乙基）-iH-咐•唑（5-II-a): 向4-漠-1Η-°比。坐（3 g，20.4 mmol)、乙基乙稀基謎（ι·76 g ’ 24.5 mmol)於DCM(30 mL)中之溶液中添加HC1(4 Μ於 二噁烷中，0.16 mL)，且在室溫下攪拌反應混合物3小 時。反應完成（藉由TLC監測）後，以飽和NaHC03溶液中和 反應液且以DCM(3 XI 00 mL)萃取。合併之有機層經無水 NaJO4乾燥且在真空中濃縮，得到呈無色液體狀之 g ， 89%) ; TLC : 30% EtOAc/己烷（1^:〇.7);4- NMR (CDC13, 200 MHz): δ 7.60 (s, 1Η), 7.46 (s, 1H), 5.46 (q, /=6.0 Hz, 1H), 3.55-3.25 (m, 2H), 1.63 (d, J=6.〇 Hz, 3H)，1.15 (t，*7=7.2 Hz, 3H) ; MS: 221【M++2]。 1(1-乙氧基乙基）-4-(4,4,5,5-四甲基-1，3,2_二氧蝴味_2-基唑（5-II): 在至溫下向化合物5-II-a(600 mg，2.73 mmol)於二°惡燒 (15 mL)中之溶液中添加k〇Ac(800 mg，8.2 mmol)、雙（頻 哪醇根基）二蝴（1.39 g，5.4 mm〇G&Pd(dppf)Cl2(0.06 g， 〇·〇8 mmol)。藉由以氬淨化30分鐘使反應混合物脫氣且在 5〇°C下攪拌16小時。反應完成（藉由TLC監測）後，以η2〇淬 滅反應且以EtOAc(3xlOO mL)萃取。合併之有機層經無水 153333.doc •366· 201134825
NazSO4乾燥且在真空中濃縮。藉由管柱層析（15〇/〇 EtOAc/ 己烧）純化粗化合物，得到篆灰白色固體狀之5_π(5〇〇 mg ’ 68.5%)。TLC : 30% EtOAc/己烷（Rf: 〇·4) ; i-NMR (CDC13, 200 MHz): δ 7.90 (s, 1Η), 7.79 (s, 1H), 5.56 (q, /=6.0 Hz, 1H), 3.55-3.25 (m, 2H), 1.63 (d, /=6.0 Hz, 3H), 1.35 (s, 12H)，1.15 (t，>7 2 HZ, 3H);質量：267 [M++l]。 合成 XXIII-5 : 2-(6-(1-丙烯醢基]!^哺唑_4_基）_2H•苯并[b】【14】噁唤· 4(3H)-基）-6,6-二甲基_6,7·二氫噻唑并 酮： 根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物：
2-(6-溴·2,3-二氫苯并[b】[l，41 噁嗪-4-基）-6,7-二氫-6,6-二 甲基噻唑并[5,4-c】吡啶-4(5Η)-酮（5-ΙΙΙ-1): 在室溫下向化合物5-1(2.7 g，10.3 mmol)於乙腈（100 mL)中之溶液中添加 Cs2C03(6.71 g，20.6 mmol)、 Xanthophos(476 mg，0.82 mmol)及Pd(OAc)2(139 mg，0.61 153333.doc -367- 201134825 mmol)。藉由以氬淨化使反應混合物脫氣且添加6•漠-3,4_ 二氫-2H-苯并[b][l，4]噁嗪（2.31 g’ 10.3 mm〇i)之乙腈溶 液。使反應混合物在室溫下脫氣45分鐘且在85。(：下脫氣16 小時。反應完成（藉由TLC監測）後，經由矽藻土墊過濾反 應混合物’以5% MeOH/DCM洗滌且在真空中濃縮渡液。 藉由以乙_洗條來純化粗化合物’得到呈褐色固體狀之化 合物5-III-l(3.24g，80%)»TLC:EtOAC(Rf:0,4);lH-NMR (CDC13, 200 MHz): δ 8.24 (d, 7=2.2 Hz, 1H), 7.14 (dd, 7=2.4, 8.8 Hz, 1H), 6.83 (d, /=9.0 Hz, 1H), 5.29 (bs, NH), 4.38-4.30 (m, 2H), 4.10-4.02 (m, 2H), 2.90 (s, 2H), 1.40 (s，6H);質量：394.5 [M++1] ; MP: 154.7°C。 2-(6-(1-(1-乙氧基乙基唑_4·基）-：2H-苯并[b】【l，4] 嗔嗓-4(311)-基）-6,6-二甲基-6,7-二氮嗟峻并[5,4-<:】"11»咬-4(5H)-酮（5-ΙΠ-2): 在室溫下向化合物5-111-1(2.0 g，5.0 mmol)於THF(70 mL)中之溶液中添加g朋酸酯5-11(3.37 g，12.7 mmol)、
Na2C03(1.6 g，15.2 mmol)、TBAB(653 mg，20.3 mmol)及
Pd(PPh3)4(470 mg，〇_4 mmol)。藉由以氬淨化45分鐘使反 應混合物脫氣且在l〇〇°C下攪拌36小時。反應完成（藉由 TLC監‘測）後’在減壓下移除揮發物且添加水。以 DCM(3xl00 mL)萃取水層’合併之有機層經無水Na2s〇4乾 燥且在真空中濃縮。藉由管柱層析（3% MeOH/DCM)純化 粗化合物，得到呈褐色固體狀之5-111-2(850 mg，3 7%)。 TLC ： 5% MeOH/DCM(Rf: 0.4) ； 'H-NMR (CDC13, 200 153333.doc •368· 201134825 MHz): δ 8.03 (S, 1H), 7.75 (d5 7=8.4 Hz, 2H), 7.20 (d, 7=2.4, 8.4 Hz, 1H), 6.95 (d, J=8.4 Hz, 1H), 5.55 (q, 7-6.0
Hz, 1H), 5.26 (bs, 1H), 4.40-4.30 (m, 2H), 4.25-4.15 (m, 2H), 3.55-3.35 (m, 2H), 2.90 (s, 2H), 1.73 (d, 7=6.0 Hz, 3H)，1.43 (s, 6H)，1.15 (t, «7=7.2 Hz，3H);質量：476 [M++Na]及 382 [M-71]。 2-(6_(1Η_»比唑 _4_ 基）_2H-苯并[b][l，4】噁嗪-4(3H)-基）_ 6,6-二甲基 二氫噻唑并丨5,4-c]吡啶-4(5H)-酮（5·ΙΙΙ- 3): 在 〇°C 下向化合物 5-111-2(0.85 g，1.87 mmol)於 DCM(l〇 mL)中之溶液中添加HC1/二噁燒（2 mL)，且在室溫下攪拌 反應混合物2小時。反應完成（藉由TLC監測）後，在減壓下 移除揮發物且依次以二異丙醚、20% EtOAc/己烷洗滌殘餘 物’得到呈灰白色固體狀之5_in_3(6〇〇 mg，84%)。 TLC ： 10% MeOH/DCM(Rf: 0.3) ； *H-NMR (DMSO d6, 200 φ MHz)： δ 8.28 (d, 7=8.4 Hz, 1H), 7.98 (s, 1H), 7.53 (s, 1H), 7.3 (dd, J=2.2, 8.4 Hz, 1H), 6.94 (d, /=8.4 Hz, 1H), 4.35- 4.25 (m, 2H), 4.14-4.05 (m, 2H), 2.83 (s, 2H), 1.28 (s, 6H)。質量：382 [M++1]。 2-(6_(l-丙烯醢基·1H_„比唑_4_基）2H苯并[^口，^噁嗪_ 4(3H)-基）-6,6-二甲基·6,7·二氫嘆峻并[5,4-cJ nb 咬-4(511)- 酮（XXIII-5): 在室溫下向上述化合物5_ΠΙ_3(〇 〇1 g，〇 〇24 mm〇1)於 DCM(1.0 mL)中之攪拌溶液中依次添加TEA(〇 • 008 g > 0.08 153333.doc •369· 201134825 mmol)、丙烯醯氣（0.0025 g，0.029 mmol)。攪拌反應混合 物0.5小時。在真空中移除溶劑。藉由製備型hplC(含有 0.1% TFA之25。/。至90% CH3CN水溶液）純化粗化合物，得 到 7.0 mg標題化合物。MS m/z: 436.0 (M+1)。 實例129 0
XXIII-8 US’4S)-5-(4-(4-(6,6-二甲基-4-侧氧基-4,5,6,7-四氫噻唑并 [5,41】响啶-2-基）-3,4-二氫_211-苯并[1)】丨1，4】噁嗪-6-基）苯 甲醯基）-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1]庚-3-酮： 根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。
步播6a · 4-(4-(6,6-二甲基-4-側氧基_4,5,6,7_四氫噻唾并 【5,4_C】°比咬_2_基）-3,4-二氫-2H-苯并[b】丨1，4】噁嗪-6-基）苯 甲酸 153333.doc
S 370- 201134825
按照步驟3c中所述之鈴木偶合程序使2-(6-溴-2H-苯并 [b][l，4]噁嗪-4(3H)-基）-6,6-二甲基-6,7-二氫噻唑并[5,4-c] 吡啶-4(5H)-酮（化合物 5·111-1)與 4-(4,4,5,5-四曱基-1，3,2-二 氧硼咮-2-基）苯甲酸偶合’得到標題化合物（30 mg) » MS m/z: 436.2 (M+l) ° 步驟 6b : (lS，4S)-5-(4-(4-(6,6_二甲基-4-側氧基·4,5,6,7_四 氫噻唑并[5,4-c】吡啶-2-基）-3,4-二氫-2H-苯并[b】[l，4】噁嗪-6-基）苯甲醢基）-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1】庚-3-酮（XXIII-8) 向中間物6a(22 mg，0.05 mmol)及（lS，4S)-2-氧雜-5-氮雜 雙％[2.2.1]庚-3-酮鹽酸鹽（1〇 mg’ 0.06 mmol)於 2 mL 二氣 曱烧中之溶液中添加EDCI.HC1(15 mg，〇.〇8 、 HOBT(ll mg，0.08 min〇l)及 DIEA(0.05 mL)。在室溫下攪 拌反應混合物1小時。移除溶劑後，對粗產物進行製備型 HPLC(含有〇.1% TFA之40%至90% CH3CN水溶液），得到15 mg標題化合物。Ms m/z: 531.2 (M+1)。 實例130 153333.doc •371 _ 201134825
XXIII-7 (1R 4R)_5-(4-(4-(6,6·二甲基-4-側氧基-4,5,6,7-四氮隹嗅 并【5,4-c]11比咬-2 -基）-3,4 -一氣·2Η·苯并【b][l，4】嚼唤·6 -基） 苯甲醯基）-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1】庚-3·酮。以類似方 式’當在步驟613中使用（111，411)-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1] 庚-3-酮鹽酸鹽時，製備以下化合物：ms m/z: 531.2 (M+1) 〇 實例131
XXIII-2 (R)-N-(4-(6,6_二甲基 _4_ 側氧基-4,5,6,7-四氫噻唑并[5,4-c]0*咬基）-3,4-二氩-2Η-苯并[b】【l，4]噁嗪-6-基>-5-侧氧 基四氫咳喃-2-甲醯胺。根據如下所述之步驟及中間物製備
標題化合物D 153333.doc 201134825 ok
氣乙酿氣 o2n 還原
ο2ν 7b
7c 〇2Ν 73 ο 還原
7d η2^
Ο
Q° 步驟7a : 6-硝基-2H·苯并[b】【l，4】噁嗪-3(4H)-酮（中間物7a) 在〇°C下向2-胺基-4-硝基苯紛（3 g，19·4 mmol)於 DMF(25 mL)中之攪拌溶液中添加吡啶（1.6 mL，19.4 mmol)及氣乙醢氣（1.53 mL，19.4 mmol)。在室溫下授拌反 應混合物1小時，接著添加60% NaH(780 mg，19.4 mmol)，且在室溫下繼續再攪拌2小時。反應完成（藉由 TLC監測）後’以冰冷水（mo mL)淬滅反應，過濾所沈澱之 固體且乾燥，得到呈灰白色固體狀之7a(2 g，54%)。 TLC: 60% 乙酸乙酯 / 己烷（Rf: 〇.4); NMR (500 MHz， CDC13)： δ 8.05 (bs, 1Η), 7.93 (d, 7=9.0 Hz, 1H)S 7.73 (s, 1H)，7.08 (d，《7=9.0 Hz，1H)，4.75 (s，2H)。 步驟7b : 3,4-二氫-6-確基-2H-苯并【1)】[1，4】噁嗪（中間物71)) 在 0〇C 下向 7a(1.7 g，8.85 mmol)於THF(30 mL)中之攪拌 溶液中添加醚合BF3(2.8 mL，22.13 mmol)，在室溫下攪拌 反應混合物1小時，接著在0艺下在惰性氛圍下添加 NaHB4(83 6 mg，22.13 mmol)。在室溫下擾拌反應混合物 16小時。反應完成（藉由TLC監測）後，以EtOAc/H2〇稀釋 153333.doc -373 - 201134825 反應/昆合物且以EtOAc(2xl〇〇 mL)萃取水層。合併之有機 層經無水NkSCU乾燥且在真空令濃縮。藉由乙醚洗滌來純 化所得固體，得到呈灰白色固體狀之7b(1 g，63%)。 TLC : 50% 乙酸乙酯 / 己烷（Rf: 〇 3) ; iH NMR (500 MHz, CDC13)： δ 7.56 (dd, /=2.5, 9.0 Hz, 1H), 7.47 (d, 7=5.3 Hz, 1H), 6.8 (d, 7=9.0 Hz, 1H), 4.33 (t, /=4.0 Hz, 2H), 3.48- 3.44 (m, 2H);質量：178 [M++1]。 步驟7c : 6,7-二氩-2-(2,3-二氫-6-硝基苯并[b】[l，4】噁嗪-4- 基）-6,6-二甲基噻唑并[5,4-c】吼啶_4(5H)_酮（中間物7c) 在室溫下向5-1(1 g，3.8 mmol ’來自實例128)於乙腈（25 mL)中之撲拌溶液中添加化合物7b(68〇 mg，3.8 mmol)、
Xanthophos(176 mg，0.3 mmol)、Pd(OAc)2(52 mg，0.2 mmol)及Cs2C03(2.5 g，7.6 mmol)。以氬使反應混合物脫 氣45分鐘且在80°C下攪拌6小時。反應完成（藉由TLC監測） 後’在真空中移除揮發物，以水稀釋且以DCM(2xl00 mL) 萃取。合併之有機層經無水Na2S04乾燥且在真空中濃縮。 以乙驗洗務粗殘餘物，得到呈淺褐色固體狀之7c( 1 g， 73%)。TLC :乙酸乙酯（Rf: 0.3);】H NMR (200 MHz， CDCI3): δ 9.32 (d, J=2.6 Hz, 1H), 7.94 (dd, 7=2.6, 9.0 Hz, 1H), 7.04 (d, 7=9.0 Hz, 1H), 5.33 (bs, 1H), 4.46 (t, J=4.4 Hz, 2H)，4.07 (t，J=4.6 Hz, 2H)，2.95 (s，2H)及 1.41 (s，6H)。 步驟7d : 2-(6-胺基-2,3-二氫苯并[b】[l，4]噁嗪-4-基）-6,7-二 氩-6,6-二甲基噻唑并[5,4_c]吡啶-4(5H)-酮（中間物7d) 向 7c(l g，2.7 mmol)於EtOAc/MeOH(l: 1，40 mL)中之揽 153333.doc • 374· 201134825 拌溶液中添加Pd/C(100 mg)。在室溫下在氫氣氛圍（60 Psi) 下攪拌反應混合物36小時。反應完成（藉由TLC監測）後， 經由矽藻土墊過濾反應混合物且在真空中濃縮濾液。使粗 殘餘物自DCM/己烷中再結晶，得到呈灰白色固體狀之 7d(520 mg « 57%) ° TLC ： 10% MeOH/DCM(Rf: 0.4) ； NMR (500 MHz, CDC13)： δ 7.34 (d, 7=3.0 Hz, 1H), 6.76 (d, ^=8.5 Hz, 1H), 6.42 (dd, J=2.5, 8.0 Hz, 1H), 5.17 (bs, 2H), 鲁 4.25 (t, /=4.0 Hz, 2H), 4.11 (t, J=5.5 Hz, 2H), 3.5 (bs, 2H), 2.87 (s, 2H), 1.39 (s，6H);質量：331 [M++1] ; MP: 244.8°C。 步驟7e : (R)-N-(4-(6,6-二甲基-4-側氧基_4,5,6,7_四氫噻唑 并[5,4-c】吼啶-2-基）-3,4-二氫-2H-苯并[b][1，4】噁嗪基）-5-側氧基四氫呋喃-2-甲醢胺： 使用HATU，如實例1步驟If中所述藉由使中間物7d與 (R)-5-側氧基四氫呋喃-2-甲酸偶合來製備標題化合物。MS • m/z: 443_2 (M+H+) » 實例132 0
XXIII-1 153333.doc -375 - 201134825 (S)-N-(4-(6,6·二甲基-4-側氧基·4,5,6,7-四氫噻唑并【5,4-c]«tb啶-2-基）·3,4-二氫-2Η-苯并[b】[i，4]噁嗪-6-基）-5-側氧 基四氫呋喃-2·甲醢胺。藉由以中間物7(1及（8)-5-側氧基四 氫呋喃-2·曱酸為起始物來製備以下化合物：MS m/z: 443.2 (M+H.) 〇 實例133
XXIII-4 (lS，4S)-S-(4-(6,6-二甲基-4-側氧基-4,5,6,7-四氫噻唑并 [5,4-c] »比啶_2_基）_3 4_二氫_2ΙΙ_苯并[b】丨14]噁嗪_6•羰基）_ 2_氧雜氮雜雙環[2.2.1]庚-3-嗣。根據如下所述之步驟及 中間物製備標題化合物。
步驟8a : 4-(6,6·二甲基-4-側氧基-4,5,6,7·四氫噻唑并[5,4· c】°*啶-2-基）_3,4_二氫_2Η_苯并叫口，4】噁嗪_6甲酸甲酯 (中間物8a): 在至下向化合物5·Ι(1 g，3.8 mmol)於乙腈（4〇 mL)中 之攪拌溶液中添加3,4_二氫_2H•苯并[b][1，4]噁嗪_6甲酸曱 153333.doc 201134825 酯（0.73 g ’ 3.8 mmol)、Cs2C03(2.5 g，7.6 mmol)、 Pd(OAc)2(51 mg，0.2 mmol)及 Xanthophos(176 mg，0.3 mmol)。以氬使反應混合物脫氣45分鐘且在80°C下授拌16 小時。反應完成（藉由TLC監測）後，經由石夕藻土塾過渡反 應混合物且以DCM(100 mL)洗滌且以水（100 mL)洗務滤 液，經無水Na2S04乾燥且在真空中濃縮。藉由以乙醚洗條 來純化粗化合物，得到呈褐色固體狀之化合物8a(880 mg，62%)。TLC : EtOAc(Rf: 0.3)。iH-NMR (CDC13，200 MHz): δ 8.64 (d, /=2.0 Hz, 1H), 7.76 (dd, /=2.0, 8.6 Hz, 1H), 6.99 (d, 7=8.8 Hz, 1H), 5.21 (bs, 1H), 4.43-4.38 (m, 2H), 4.20-4.14 (m, 2H), 3.9 (s, 3H), 2.89 (s, 2H), 1.4 (s, 6H)。MS: 374 [M++1] 〇 步驟8b : 4-(6,6-二甲基-4-側氧基-4,5,6,7-四氫噻唑并[5,4-c]吡啶-2-基）-3,4-二氫-2H-苯并[b】[l，4】噁嗪-6-甲酸（中間 物 8b): 在 〇°C 下向化合物 8a(0.87 g，2.3 mmol)於 THF(7 mL)及 Η20(4·6 mL)中之攪拌溶液中添加U0H‘H20(195 mg，4.6 mmol)，且在室溫下攪拌反應混合物16小時。反應完成（藉 由TLC監測）後，以乙醚（2x30 mL)萃取水層且分離有機 層。水層以10°/。KHS04水溶液（pH-2)酸化，攪拌15分鐘且 過遽所得固體且乾燥，得到呈灰白色固體狀之中間物
8b(520 mg，62%)。TLC : EtOAc(Rf: 0.1)。h-NMR (DMSO-J6s 500 MHz): δ 12.80 (bs, 1Η), 8.76 (s, 1H), 7.63 (d, /=9.0 Hz, 1H), 7.55 (s, 1H), 7.04 (d, J=8.5 Hz, 1H), 377- 153333.doc 201134825 4.39 (t, 7=4.0 Hz, 2H), 4.1 (t, J=5.0 Hz, 2H), 2.82 (s, 2H), 1.28 (s, 6H)。MS: 360 [M++1]。IR: 3402，3193，2973， 2529，1892，1677，1646，1525，1373，1251，1104, 751 cm·1。 MP: 300.5°C。 步驟 8c . (lS，4S)-5-(4-(6,6-二甲基 側氧基- 4,5,6,7-四氛 噻唑并【5,4-c】吡啶-2-基）-3，<4-二氫-2H-苯并[b】[l，4】噁嗪-6-羰基）-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1】庚-3-酮（乂又111-4): 使用HATU，如實例1步驟1 f中所述，藉由使中間物8b與 (lS，4S)-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1]庚-3-酮TFA鹽偶合來製 鲁 備標題化合物。MS m/z: 455.1 (M+H+)。 實例134 〇
XXIII-3 (1R，4R)-5-(4-(6,6-二甲基 _4_側氧基-4,5,6,7-四氩噻唑并· [5,4-<:]»*咬_2-基）_3,4-二氫_211-苯并[1)]丨1，4]噁嗪-6-羰基）-2-氧雜_5-氮雜雙環[2.2.1]庚-3-酮。藉由以81?及（111，411)-2- 氧雜-5·氮雜雙環[2.2.1]庚_3_酮TFA鹽為起始物來製備以下 化合物：MS m/z: 455.1 (M+H+)。
實例13S 153333.doc
S •378· 201134825
6’6-二甲基-2-(6-(2-側 g jt μ 4乳基吡咯啶-1·幾基）-2H-笨并 [b】[l，4]噁嗪 _4(311)_基）_6 7_-条 a , 2 }，一氫噻唑并[5,4-c】吡啶-4(5Η)-
嗣。藉由以中間物8b為起始 巧始物且與適合胺或醯胺偶合來製 備標題化合物。 實例136 0 XXII-25 甲基-2-(6-(2-側氧基氮雜環丁燒小叛基）·2Η_苯并 lbH1’4㈣^4㈣基）·6,7·二氫心并[S，4,咬-4叫 :藉由M中間物朴為起始物且與適合胺或醯胺偶合來製 備私題化合物。 實例137 153333.doc 379. 201134825
XXlI-26 (R)-4-(6,6-二甲基-4-側氧基·4 s ，ϊ>，6,7-四氫嘆峻并[5,4-c】 啦啶-2-基）-N-(l-甲氧基-2-侧氧其 乳基氮雜環丁 -3-基）-3,4-二 氫-2H·苯并[b】【l，4]噁嗪-6-甲醯脸 现胺。藉由以中間物8b為起 始物且與適合胺或酿胺偶合來製備標題化合物。 實例138
XXII-27 (8)-4-(6,6-二甲基-4-側氧基-4,5,6,7-四氫逢嗅并[5,4-(：] 咐•咬-2·基）-N-(l-甲氧基-2-側氧基氮雜環丁_3-基）-3,4-二 氫-2H-苯并【b】【l，4】噁嗪-6-甲醯胺。藉由以中間物8b為起 始物且與適合胺或醯胺偶合來製備標題化合物。 實例139 153333.doc -380 - 201134825 Ο 你Ν:
ΧΧΙΙΙ-6 •(6-(4-側氣基-4Η-吮烯_6_基）_2Η-苯并 [】[’]嗓嗪-4(3Η)-基）_6,7·二氫噻唾并【54c]咕咬_4(5Η)_
6,6·二甲基 _2η 嗣：根據如下職之步驟及中間物製備標題化合物。
步驟9a · 6,6-二甲基_2_(6_(4,4,5,5_四甲基H2-二氧硼咪· 2-基）-2H-苯并[bl[1，4】嚼嗓_4(3H)基）6,7 二氮嗟 <并[5,4-c]nb 啶·4(5Η)-酮（9a):
在室溫下向實例5之化合物5-111-1(1.5 g，3.8 mmol)於二 噁烷（30 mL)中之攪拌溶液中添加K〇Ac(i i6 g，4 5 mm〇1)、雙（頻哪醇根基）二硼（1.12 g，11.4 mm〇l)及 Pd(dppf)Cl2(556 mg ’ 〇·7 mmol)。藉由以氬淨化3〇分鐘使 反應混合物脫氣且在9〇t：下攪拌2小時。反應完成（藉由 TLC監測）後，以h2〇淬滅反應且以Et〇Ac(3xl〇〇爪“萃 取。合併之有機層經無ANkSO4乾燥且在真空中濃縮。藉 由管柱層析（40% EtOAc/己烷）純化粗化合物，得到呈灰白 153333.doc -381 · 201134825 色固體狀之化合物 9a(900 mg，53%)。TLC : EtOAc(Rf: 0·5)。^-NMR (CDC13, 200 MHz): δ 8·16 (s，1H)，7.52 (d， 7=8.4 Hz, 1H), 6.94 (d5 J=8.0 Hz, 1H), 5.19 (bs, NH), 4.40-4.31 (m, 2H), 4.24-4.14 (m, 2H), 2.86 (s, 2H), 1.39 (s, 6H), 1.27 (s，12H) 〇 MS: 442 [M++l] 步驟9b : 6,6-二甲基-2-(6-(4-側氧基-4H-咣烯-6-基）-2H-苯 并[b】[l，4]噁嗪·4(3Η)_基）-6,7-二氫噻唑并[5,4_c] „比咬_ 4(5H)-酮： _ 藉由在實例3中步驟3c中所述之標準鈴木偶合條件下以 6-溴-4H-咣烯-4-酮處理化合物9a來製備標題化合物，MS m/z: 460.1 (M+H+)。 實例140
XXIV-2 (S，Z)-2-(2,6-二氯苯基胺基）-5-((4-(4·(5·側氧基四氩呋 喃-2-羰基）哌嗪4_基）喹啉_6_基）亞甲基）噻唑_4(sh)酮： 根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。 153333.doc -382 - 201134825 步驟10a : 4-(4-(第三丁氧羰基）派嗪基）喹啉_6甲酸甲酯 向含4-氣喹啉-6-曱酸甲酯（根據w〇 2007099326合 成）（1.5 g，6.8 mmol)之異丙醇（30 mL)中添加N_B〇c·哌嗪 (1.3 g，7.0 mmol)，且將溶液加熱至9〇。〇維持三天。將反 應液冷卻至環境溫度’過渡且藉由旋轉蒸發移除溶劑。藉 由一氧化石夕層析（DCM/EtOAc)純化產物，得到標題化合物 (0.51 g，1.4 mmol) 〇 A NMR (d6DMSO) δ ppm: 8.78 (d, 7=5.1 Hz, 1H), 8.66 (d, 7=1.9 Hz, 1H), 8.14 (dd, J=8.7, 1.9 Hz, 1H), 8.02 (d5 J=8.7 Hz, 1H), 3.91 (s, 3H), 3.64-3.58 (m, 4H)，3.20-3.14 (m, 4H)，1.43 (s，9H) ; m/z 372 (M+l) 〇 步驟10b : 4-(6-(經甲基）啥淋-4-基）痕嗓-1-甲酸第三丁醋 向冷卻至0°C之含4-(4-(第三丁氧羰基）哌嗪-1·基）喹啉_6_ 曱酸曱酯（0.51 g，1.4 mmol)之THF(10 mL)中添加氫化鐘 鋁（0.10 g ’ 2.7 mmol)且攪拌反應液30分鐘。藉由添加過量 水來淬滅反應且以EtOAc(3x30 mL)萃取產物。乾燥 (MgS〇4)經合併之有機物，過濾且藉由旋轉蒸發移除溶 劑’得到呈黃色油狀之標題化合物（0.45 g，1.3 mmol)。ιΗ NMR (d6DMSO) δ ppm: 8·64 (d，/=5.0 Hz, 1H)，7.94 (d J=0.9 Hz, 1H), 7.89 (d, 7=8.7 Hz, 1H), 7.62 (dd, J=8.3, i>9
Hz，1H)，6.97 (d，《7=5.0 Hz，1H)，5.38 (dd，《7=6.0, 5.5 Hz， 1H)，4.67 (d，《7=6.0 Hz，1H)，3.63-3.57 (m，4H)，3·14-3·08 (m，4H)，1.43 (s，9H)。m/z 344 (M+l)。 步驟10c : 4-(6-甲醯基喹啉-4-基）哌嗪-1-甲酸第三丁酯 向含4-(6-(經曱基）啥淋-4-基）派嗓-1-曱酸第三丁酯（〇 45 153333.doc -383 · 201134825
g’ 1.3 mmol)之DCM(10 mL)中添加戴斯-馬丁高碘烧 (Dess-Martin periodinane)(0.62 g，1.5 mmol)。在環境溫度 下授拌溶液隔夜。過濾溶液且藉由旋轉蒸發移除揮發物。 藉由二氧化矽層析（DCM/EtOAc)純化產物，得到呈黃色泡 床狀之標題化合物（0.31 g，0.91 mmQ〇。4 NMR (d6DMSO) δ ppm: 10.20 (s，1H)，8.80 (d, J=5.〇 Hz，1H) 8.62 (dd，《7=1.4，0.9 Hz，1H)，8.06 (s，ih)，8.05 (s，1H)， 7.10 (d，《7=5.0 Hz，1H)，3.67-3.62 (m，4H)，3.24-3.21 (m， 4H)，1.44 (s，9H)。m/z 342 (M+l)。 步驟lOd : (Ζ)-4·(6-((2-(2,6-二氣苯基胺基）_4_側氧基噻唑_ 5(4H)-亞基）甲基）喧琳_4_基）旅嗓-1-甲酸第三丁酯 在微波小瓶中組合4-(6-甲酿基唾琳_4_基）n辰嗪_丨_曱酸第 三丁酯（0.17 g，0.50 mmol)、2-(2,6-二氣笨基胺基）噻唑 _ 4(5H)-酮（參看，〇 2006132739)(〇 13 g，〇 5〇 mm〇1)及哌咬 (0.040 g，〇·5〇 mm〇i)且添加乙醇mL)。在微波中在 150C下加熱溶液30分鐘。在旋轉式蒸發器上移除揮發物 且藉由二氧化矽層析（EtOAc/MeOH)純化殘餘物。 步驟 10e : (S，Z)-2-(2,6·二氣苯基胺基）-5-((4-(4-(5-側氧基 四氫咬喃-2-羰基）旅嗓_ι_基）喹啉_6_基）亞甲基）噻唑_ 4(5H)， 將上述經純化之物質溶解於MeOH中且以4 N HC1之二。惡 院溶液處理。攪拌1小時後，藉由旋轉蒸發移除揮發物。 將殘餘物溶解於Et0Ac中且以飽和NaHC〇3溶液洗滌。乾燥 (MgS〇4)溶液’過濾且藉由旋轉蒸發移除溶劑。按照實例 153333.doc •384- 201134825 96中步驟If中所述之程序，用HATU使殘餘物與（S)_5_側氧 基四氫呋喃-2-甲酸偶合。MS m/z: 597.2 (M+H+)。 實例141
NH
XXIV-1 (R，Z)-2-(2,6·二氣苯基胺基）5_((4_(4 (5側氧基四氫呋 喊[2_幾基）娘嗓小基）啥啉+基）亞甲基）嗟峻-4(5H)-酮。 以類^方式’當在步驟10e中使用（R)-5-側氧基四氫呋喃- 時氣備以下化合物：MS m/z: 597.2 (M+H+)。 實例142 〇
XXII-28 )((4-(4-(5-侧氧基四氫呋喃-2-羰基）哌嗪-1-基）喹 )亞甲基）噻唑啶-2,4-二_。以類似方式，當在步驟 10 d中使用嗔 °坐咬-2,4-二_與4_(6_甲醯基喹啉_4_基）哌嗪· 153333.doc 201134825 1-甲酸第三丁酯偶合，接著進行步驟10e時，可製備標題 化合物 實例143
XXII-29 (R，Z)-5-((4-(4-(5-側氧基四氫呋喃-2-羰基）哌嗪-1-基）喹 啉-6-基）亞甲基）噻唑啶-2,4-二酮。以類似方式，當在步驟 1 〇d中使用售唾。定-2,4-二酮與4-(6-曱酿基啥淋-4-基）娘嗪-1-甲酸第三丁酯偶合，接著進行步驟10e，但改為使用丙 烯酸時，可製備標題化合物。 實例144
XXIV-3 (Z)-5-((4-(4-丙烯醯基哌嗪-1-基）喹啉-6-基）亞甲基）噻唑 咬-2,4-二酮。 實例145 153333.doc •386- 201134825
XXII-21 ν·(3-(4-(Ν-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧啶-2-基）苯基）丙烯醯 胺。根據如下所述之步驟及中間物製備標題化合物。
步驟11a : 3-(4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d]嘧啶-2-基）苯基胺 基甲酸第三丁酯（中間物11a)
按照實例3步驟3c中所述之標準鈴木偶合條件，藉由使 中間物la與3-(4,4,5,5-四甲基-1，3,2-二氧硼咪_2_基）苯基胺 基甲酸第三丁酯偶合來製備中間物1U。m/z: 413 3 (M+1) ° 步驟lib : N-(3-(4-(N-嗎啉基）噻吩并【3,2_d】嘧咬_2•基）苯 基）丙稀酿胺： 按照實例96步膝le及If中所述之程序製備標題化合物。 MS m/z: 367.2 (M+H+) ° 153333.doc • 387· 201134825 實例146
XXII-20 (lS，4S)-5-(3-羥基-5-(4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】嘧啶-2-基）苯甲基）-2-氧雜-5-氮雜雙環【2.2.1]庚-3-酮：根據如下 所述之步驟及中間物製備標題化合物。
步驟12a : 3-(4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】嘧啶·2-基）_卜丙氧 基苯甲醛（中間物12a)
按照實例3步驟3c中所述之標準鈴木偶合條件，藉由使 中間物la與3·甲醯基-5-丙氧基苯基_酸偶合來製備^間物 12a。MS m/z: 384.1 (M+1)。 步驟12b : 3-羥基-5-(4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2-d】嘧啶基） 153333.doc -388- 201134825 苯甲醛（中間物12b):
〇 N
藉由在-78°C至室溫下以含2當量BBr3之二氣曱烷處理中 間物12a 1小時來製備標題化合物。MS m/z: 342.1 (M+H+)。 步驟 12c : (lS，4S)-5-(3-羥基-5-(4-(Ν·嗎啉基）噻吩并[3,2-d] 嘧啶_2_基）苯甲基）-2-氧雜_5_氮雜雙環【2.2.1】庚-3_酮：
藉由以含（lS，4S)-2-氧雜_5_氮雜雙環[2.2.1]庚-3-酮TFA 鹽（2當量）、NaBHsCNC4當量）之乙腈/乙酸（3:1)處理中間物 12b來製備標題化合物。MS m/z: 439.2 (M+H+)。 實例147
XXII-30 (lR，4R)-5-(3-羥基-5-(4-(N_嗎啉基）噻吩并【3,2 d】嘧啶_ 2·基）苯甲基）-2-氧雜-S-氮雜雙環[221】庚_3•輞。以類似方 式，當使用（iR，4R)-2-氧雜i氮雜雙環[221]庚·3_酮似 153333.doc -389- 201134825 鹽時，可製備以下化合物： 實例148
XXII-31 (lS，4S)-S-(3-羥基-5-(4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2_d]嘧啶 _2_ 基）苯甲酿基）-2-氧雜_5_氮雜雙環丨以…庚小嗣。標題化
合物可自化合物12b藉由以下兩步順序製備：丨）藉由適合 氧化劑氧化為羧酸，2)使所得酸與適當胺偶合。 實例149
XXII-32 (1R，4R)-S_(3_經基-5普(N_嗎琳基）嗟吩并【3 2 d】嘴咬 ^基）苯甲敢基）·2·氣雜-5_氛雜雙環【2211庚㈣。標題化 合物可自化合物12b藉由以下兩步順序製備：υ藉由適合 氧化劑氧化為羧酸，2)使所得酸與適當胺偶合。 153333.doc
S • 390· 201134825 實例150
XXII-33 2-(1Η-吲唑_4_基）_N-(1-甲氧基-2-側氧基氮雜環丁 _3_ 基）-4-(N-嗎啉基）噻吩并[3,2_d】嘧啶_6_f酿胺。使用上述 實例中所述之中間物及程序中概述之化#，可相應地製備 標題化合物。 實例151 2,4-二氟 _N_(2_ 甲氧基 _5_(4_(4_((lS，4S)-3-側氧基-2-氧 雜氮雜雙環[m】庚烷_5_羰基）苯基）喹啉-6·基）吼啶_3_ 基）苯磺醢胺（XXV-13)。經由如下所述之以下中間物製備 標題化合物。
4-(6-(5-(2,4-二氟苯基磺醢胺基）-6-甲氧基咕啶-3-基）喹 啉-4-基）苯甲酸：按照與專利WO 2008144463及WO 20081444464中所公開類似之化學製備標題酸。 153333.doc •391 · 201134825
2,4-二氟·Ν·(2_ 甲氧基 _5_(4_(4 ((1S，4S) 3•側氧基 氧 雜-5-氮雜雙環[2·2·1]庚烷-S-羰基）苯基）喹啉_6_基）吡啶·3_ 基）苯磺醯胺（XXV-13)。經由上述苯曱酸與（1S，4S)_2_氧雜- 5-氮雜雙環[2.2.1]庚-3-酮之標準HATU偶合來製備標題化 合物。 W-NMR (CDC13, 500 ΜΗζ): δ 8.99 (d，·7=4.0 Ηζ，ιΗ) 8 27 (<W=8.5Hz，lH)，8.15(s，lH)，7.98-7.88 (m，5H)，7 78- 7.75 (m，1H)，7.66 (d，《7=7.5 Hz，1H)，7.39 (d，《/=3 5 Hz 1H)，7.29-7.25 (m，1H)，6.91 (d，·7=5.5 Hz，2H)，5.26 (bs 1H)，4.95-4.91 (m，1H)，3.96-3.93 (m，4H)，2.36 (d，J=1〇 Hz，1H)，2.17 (d，·7=10·5 Hz，1H)，2.05-2.03 (m，1H)。 MS ： m/z=643.1 [M+H] 實例152
153333.doc -392- 201134825 2,4-二氟-N-(2-甲氧基-5-(4-(4-((lR，4R)-3-側氧基 _2·氧 雜-5-氮雜雙環[2.2.1】庚烧-5-幾基）苯基）啥淋_6_基）哺咬 基）苯項酿胺（XXV-15):以與XXV-13相同之方式，在最終 偶合步驟中使用對映異構胺來製備標題化合物。 'H-NMR (CDC13, 500 MHz): δ 8.99 (d, /=4.0 Hz, 1H), 8.27 (d, 7=8.5 Hz, 1H), 8.15 (s, 1H), 7.98-7.88 (m, 5H), 7.78-7.75 (m, 1H), 7.66 (d, 7=7.5 Hz, 1H), 7.39 (d, 7=3.5 Hz, • 1H), 7.29-7.25 (m, 1H), 6.91 (d, J=5.5 Hz, 2H), 5.26 (bs, 1H), 4.95-4.91 (m, 1H), 3.96-3.93 (m, 4H), 2.36 (d, 7=i〇 Hz, 1H)，2.17 (d, *7=10.5 Hz, 1H)，2.05-2.03 (m, 1H)。 MS : m/z 643.1 [M+H]。 實例153 N-(4-(6-(5-(2,4-二氟苯基磺醯胺基）-6-甲氧基啦啶-3·基）啥 淋-4-基）苯基）丙稀酿胺（XXV-14)。經由如下所述之以下中 間物製備標題化合物。
Ν-(5-(4-(4-胺基苯基）喹啉-6-基）-2-甲氧基啦啶-3-基）-2,4-二氟苯-磺醯胺：按照與專利WO 2008144463及WO 2〇〇81444464中所公開類似之化學製備標題酸。 153333.doc •393- 201134825
XXV-14 N-(4-(6-(5-(2,4-二氟苯基磺醯胺基）-6-甲氧基《比啶-3-基） 喹啉-4-基）苯基）丙烯醯胺。經由上述苯胺與丙烯酸之標準 HATU偶合來製備標題化合物。 !H-NMR (CDCI3+ CD3OD, 500 MHz): δ 8.88 (d, J=5.0 Hz, 1H), 8.22 (d, J=9.0 Hz, 1H), 8.11 (d, J=2.0 Hz, 1H), 8.02 (s, 1H), 7.97 (d, J=2.0 Hz, 1H), 7.91-7.88 (m, 3H), 7.78-7.73 (m, 1H), 7.54 (d, 7=8.5 Hz, 2H), 7.42 (d, J=4.5 Hz, 1H), 6.95-6.84 (m, 2H), 6.48-6.40 (m, 2H), 5.79 (d, J=9.5 Hz，1H)，3.93 (s，3H)。 LCMS ： 595 [M+Na], 573 [M+H] 實例154
XXXVII-5 201134825 (lR，4R)-5-(3-(2-((9H-嘌呤-6-基硫基）甲基）_s_ 氣·4 側氧 基喹唑啉-3(4H)-基）_4_曱氧基苯甲酿基）_2_氧雜氮雜雙 環[2.2.1】庚-3-酮（叉又又¥11-5):根據如下所述之步驟及中門 物製備標題化合物。
步驟8b : 3-(5-氣-2·(氯甲基）-4-側氧基喹唑啉-3(4H)-基）-4-甲氧基苯甲酸乙醋
在〇°C下向2-氯-6-(2-c氣乙醯胺基）苯甲酸（5.7 g，22.97 mmol)、3-胺基-4-甲氧基苯曱酸乙酯（4.0 g，20.67 mmol) 於THF(24 mL)中之混合物中添加pci3(4.7 mL，34.45 mmol)。接著在65°C下將反應混合物回流1-2小時。反應完 153333.doc • 395 · 201134825 成後，將反應混合物傾入水中且以EtOAc萃取。有機層以 稀鹽酸（2x25 mL)及飽和NaHC〇3(2><25 mL)、鹽水溶液洗 滌且經無水NazSCU乾燥》過濾及濃縮後，藉由管柱層析使 用含1 7% EtOAc之己烧純化粗產物，得到呈白色固體狀之 化合物8b(5.4 g，65%產率）。 4 NMR: (DMS0，400 ΜΗζ): δ 1.280 (t，3H)，3.831 (s， 3H)，4.254 (m，4H)，7.359-8.145 (m，6H)。 質量：407.0 (M+l) 步驟8c : 3-(2-((9H-嘌呤-6-基硫基）甲基）-5-氣-4-側氧基喹 唑啉-3(4H)-基）-4-甲氧基苯甲酸乙酯
向 6-酼基嘌呤（0.459 g，2.70 mmol)於 DMF(10 mL)中之 溶液中添加無水 K2CO3(0.397 g，2.94 mmol)。攪拌 15-20 分鐘後，添加化合物8b(1.0 g，2.45 mmol)且繼續反應1-1.5小時。接著將反應混合物傾入水（150 mL)中，且濾出沈 澱物，得到白色固體（1.1 g，86%產率）。 !H NMR ： (DMSO, 400 MHz): δ 1.233 (t, 3H), 3.801 (s, 3H), 4.182 (m，2H)，4.227 (q，2H)，7.143-8.392 (m，8H)。 質量：523.0 (Μ++1；) » 步驟8d : 3-(2-((9H-嘌呤-6-基硫基）甲基）-5-氣-4-側氧基喹 153333.doc -396- 201134825 唑啉-3(4H)-基）-4-甲氧基苯甲睃
化合物 8c(1.4 g，2.67 mmol)及 NaOH(0.214 g，5 35
mmol)於乙醇（5 mL)與水（15 mL)之混合溶劑中授拌。藉由 TLC/質譜定期監測反應，且在約50%轉化率時停止。藉由 移除乙醇-水來處理反應混合物，接著添加水（15 mL)，接 著在0-5°C下添加HC1直至酸性pH值。濾出白色固體，得到 5 60 mg所需酸（41 %產率）。 質量：495.0 (M+1)。 步驟 8e : (lR,4R)-5-(3-(2-((9H·嘌呤-6-基硫基）甲基）_5_氣_ 4-側氧基喹唑啉-3(4H)-基）-4-甲氧基苯甲醯基）_2_氧雜_5· 氮雜雙環[2.2.1】庚-3-酮
向化合物 8d(0.4 g，0.81 mmol)、（lR，4R)-2-氧雜-5-氮雜 雙環[2.2.1]庚-3-酮（0.179 g，1.21 mmol)、DIPEA(0.628 153333.doc •397- 201134825 g，4.86 mmol)於5 mL乙腈中之混合物中添加HATU(0.456 g ’ 1.21 mmol)。10分鐘後，濃縮反應混合物，且藉由製備 型HPLC純化。 !H NMR: (DMSO, 400 MHz): δ 2.143 (t, 2H), 2.287 (t, 2H), 3.769 (s, 3H), 4.482 (dd, 2H), 5.303 (s, 1H), 7.137-8.480 (m, 8H), 13.508 (s, 1H) » 質量：590.1 (M+l)。 實例155
XXXVII-1 (lS，4S)-5-(3-(2-((9H-嗓呤-6·基硫基）甲基）_s_ 氣 _4 側氧 基喹唑啉-3(4H)-基）-4-甲氧基苯甲醯基）·2_氧雜_5氣雜雙 環[2.2.1】庚-3-_(XXXVII-l)。以相同方式，在最終偶合步 驟中使用對映異構胺來製備標題化合物。 *H NMR ： (DMSO, 400 MHz): δ 2.143 (t, 2Η) 2 287 (t 2Η)，3·769 (s，3Η)，4.482 (dd，2Η)，5.303 (s，1Η) ? 13?_ 8.480 (m，8H)，13.508 (s，1H)。 質量：590.1 (M+l)。 實例156 153333.doc - 398- 201134825 ΗΝ々0
(S)-N-(3-(2-((9H-嘌呤-6-基硫基）甲基）-5-氣-4-側氧基喹 唑啉-3(4H)-基）-4-甲氧基苯基）-5-側氧基四氫呋喃-2-甲醯 胺（XXXVII-3)。經由如下所述之中間物製備標題化合物。
5-氣-2-(氣甲基）-3-(2-甲氧基-5-確基苯基）啥唾淋_4(3H)- 酮：以與步驟8b中所述類似之方式，使用2-甲氧基_5_頌基 苯胺作為苯胺對應物來製備標題中間物。 'H NMR ： (DMSO, 400 ΜΗζ): δ 3.336 (s, 3H), 4.366 (dd, 2H), 7.460-8.575 (m，6H)。 質量：380 (M+) » 153333.doc -399· 201134825
Cl ο
2-((9H-«f吟-6-基硫基）甲基）_5-氣-3·(2-甲氧基-5-確基苯 基）喹唑啉-4(3Η)-酮：以與步驟8<:中所述相同之方式製備 標題中間物。質量：496 (Μ+1)，498 (Μ+2)。
2-((9Η-嘌呤-6-基硫基）甲基）-3-(5-胺基-2-甲氧基苯基） 5-氣啥唾啉-4(3Η)-酮：在催化量之HC1存在下利用Fe粉還 原硝基，得到呈褐色固體狀之所需苯胺。 H NMR ： (DMSO, 400 MHz): δ 3.596 (s, 3H), 4.420 (dd, 2H), 4.892 (s, 2H)，6.624-8.552 (m，8H)。 質量：466 (M+l)。 實例157 153333.doc • 400- 201134825
XXXVII-3
(S)-N-(3-(2-((9H-嘌呤-6-基硫基）甲基）-5-氣-4-側氧基喹 唑啉-3(4H)-基）-4-甲氧基苯基）-5-側氧基四氫呋喃-2-甲醯 胺（XXXVII-3)。經由上述苯胺與（R)-5-側氧基-2-四氫呋喃 甲酸之標準HATU偶合製備標題化合物。 NMR ： (DMSO, 400 MHz): δ 2.309 (m, 2H), 2.474 (m, 2H), 3.582 (s, 3H), 4.430 (dd, 2H), 4.976 (t, 1H), 7.059-8.425 (m, 8H)，10.100 (s，1H) ° 質量：578.1 (M+l)。 實例158 ί ΗΝ々0
XXXVII-2 153333.doc -401 - 201134825 (R)-N-(3-(2-((9H -嗓吟-6-基硫基）甲基）·5 -氣-4-側氧基啥 嗤琳-3 (4Η)-基）-4-甲氧基苯基）-5-側氧基四氫咬味_2_甲酿 胺（XXXVII-2)。以與XXXVII-3相同之方式，在最終步驟 中使用（S)-5-側氧基-2-四氫呋喃甲酸來製備標題化合物。 NMR ： (DMSO, 400 MHz): δ 2.309 (m, 2H), 2.474 (m, 2H), 3.582 (s, 3H), 4.430 (dd, 2H), 4.976 (t, 1H), 7.059-8.425 (m，8H)，10.100 (s，1H)。 質量：578.1 (M+l)。 實例159
N^N XXXVII-4 · (lS，4S)-N-(3-(2-((9H-嗓呤-6-基硫基）甲基）_5氣 _4_ 側氧 基喹唑啉-3(4H)-基）-4_甲氧基苯基）-3-側氧基_2-氧雜·5_氮 雜雙環【2.2.1】庚烷-5-甲醯胺（XXXVII-4)。使用關於 XXXVII-3所用之苯胺、三光氣、（lS,4S)-2-氧雜-5-氮雜雙 環[2.2.1]庚-3-酮在三乙胺存在下製備標題化合物。 !H NMR： (DMSO, 400 MHz): δ 2.044 (t, 2H), 2.219 (t, 2H), 3.678 (s, 3H), 4.492 (dd, 2H), 4.784 (s, 1H), 4.875 (s, •402- 153333.doc s 201134825 1H)，7.003-8.746 (m，8H)。 質量：605.1 (M+l)。 實例160 N-(7-甲氧基-8-(4_側氧基_4-((lR，4R)-3-側氡基-2-氧雜_ 5-氮雜雙環[2.2.1】庚-5-基）丁氧基）-2,3-二氫咪唑并[i，2_c】 喹唑啉-5-基）菸鹼醯胺（χχνΐΙ·13)。經由如下所述之以下 中間物製備標題化合物。
4·(7-甲氧基-5-(菸驗醯胺基）-2,3-二氫咪唑并[i，2-c】喹吐 啉基氧基）丁酸。按照專利WO 2009091550中所公開類 似之化學來製備標題酸。
0 XXVII-13 N-(7-甲氧基-8-(4-側氧基-4-((lR，4R)-3-側氧基_2_氧雜_ 氮雜雙環[2.2.lm _5•基）丁氧基）·2,3·二氫咪4并u，2_c】 喹唑啉-5-基）菸鹼醯胺（χχνΐϊ_13)。藉由上述羧酸與 (，)氧雜氮雜雙丨衣[2_2·1]庚-3-酮之標準^^丁⑴禹 153333.doc -403 - 201134825 合來製備標題化合物。 'H-NMR (CDCI3, 500 MHz): δ 12.82 (bs, 1H), 9.47 (s, 1H)， 8.70 (d, J =4.0 Hz, 1H), 8.46 (d, J=7.5 Hz, lH), 7.70 ^=6.0 Hz, 1H), 7.35-7.31 (m, 1H), 6.81 (d, 7=9.5 Hz, lH), 5.11-5.15 (m, 1H), 4.20-4.17 (m} 5H), 4.04 (s, 3H), 3.70- 3.50 (m, 4H), 2.65-2.60 (m, 2H), 2.50-2.45 (m, 2H), 2.22-2.20 (m，2H)。 MS ： m/z 519.1 (M++l) 實例161
XXVII-14 N-(7-甲氧基-8-(4-側氧基-4_((i s，4S)-3-側氧基-2-氧雜 氮雜雙環【2·2·1]庚基）丁氧基）_2,3_二氫咪唑并[l，2_c】喹 唑啉-5-基）菸鹼醯胺（XXVII-14)。以與XXVII-13相同之方 式，在最終偶合步驟中使用（lR，4R)-2-氧雜-5-氮雜雙環 [2.2.1]庚-3-酮來製備標題化合物。 ^-NMR (CDCI3, 500 MHz): δ 12.82 (bs, 1H), 9.47 (s, 1H), 8.70 (d, J =4.0 Hz, 1H), 8.46 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.70 (d, 7=6.0 Hz, 1H), 7.35-7.31 (m, 1H), 6.81 (d, 7=9.5 Hz, 1H), 5.11-5.15 (m, 1H), 4.20-4.17 (m, 5H)S 4.04 (s, 3H), 3.70- J53333.doc -404- 201134825 3.50 (m, 4H), 2.65-2.60 (m, 2H), 2.50-2.45 (m, 2H), 2.22-2.20 (m, 2H)。 MS : m/z 519.1 (M+H) G· PI3K生物學資料 使用以下一般方案檢定作為PI3激酶之抑制劑的本發明 化合物。 實例162 針對活性形式ρ110α/ρ85α之效能評估之HTRF檢定方案： 下述方案描述用以量測測試化合物針對活性 ρ110α/ρ85α、ρ110β/ρ85α、ρ120γ酶之固有效能的終點競爭 結合HTRF檢定。檢定平台之結構由供應商（Millipore， Billerica, ΜΑ)於其以下URL之網站最佳描述： http://www.millipore.com/coa/techl/74jt4z 〇 簡言之，在使用前約2小時如製造商建議製備停止溶液 (Stop solution)(Stop A，#33-007及 Stop B，#33-009 ; 3:1 比 率）及 4貞測混合物（Detection Mix)(DMC、#33-01 5 與 DMA、 #3 3-011及〇]^8，#3 3-013;18:1:1比）。另外，在1><反應緩 衝液中製備lx反應緩衝液（4x緩衝儲備液# 33-003)、來自 BPS Bioscience(San Diego，Ca)或 Millipore(Billerica，MA) 之酶與di-C8-PIP2脂質受質（#33-005)之1.4χ儲備液，及 4χΑΤΡ溶液（#A7699)Sigma/Aldrich(St. Louis，Μ0)。在 25°C 下在未處理Corning(#3573)384孔黑色微量滴定板（Corning， NY)中將15 μί酶與脂質受質混合物與0.5 μι體積之50% DMSO及在50%-75% DMS0中製備之連續稀釋化合物一起 153333.doc -405· 201134825 預培育30分鐘。添加5 μί ATP溶液來開始脂質激酶反應， 在旋轉板震盪·器（rotary plate shaker)上混合15秒且在25°C 下培育15-30分鐘。接著，添加5 pL停止溶液來停止反 應，接著添加5 μί體積之偵測混合物。使停止之反應在室 溫下平衡1及18小時，接著在來自BioTek(Winooski，VT)之 Synergy4板讀取器中在 Xex330-80Aem620-35 及 Xem665-7.5 下讀取。在各檢定結束時，計算各孔之螢光發射值之 HTRF比率且自平均對照物孔測定抑制％。接著相對於抑制 劑濃度繪製各化合物之抑制％值以自log[抑制劑]相對於反 應、GraphPad軟體（San Diego，CA)之 GraphPad Prism 中之 可變斜率模型來評估IC50。 最佳化方案中所用之試劑： [ρ110α/ρ85α] = 500-750 ρΜ、[ΑΤΡ] = 50 μΜ、[di-C8- ΡΙΡ2]=10 μΜ (40620 ; BPS Bioscience或 14-602 ; Millipore) 參考抑制劑IC50 : LY294002=1.3 μΜ(公開之 IC50 = 0.7-3 μΜ) 渥曼青黴素=2.9 ηΜ(公開之IC50=l-5 ηΜ) 最佳化方案中所用之試劑： [ρ110β/ρ85α] = 750 ρΜ-1.25 ηΜ、[ΑΤΡ] = 50 μΜ、[di- C8-PIP2] = 10 μΜ (14-603 ； Millipore) 參考抑制劑IC50 : ΡΙΚ75=249 ηΜ(公開之 IC50=343 ηΜ) 153333.doc -406- 201134825
AZ-REF=21 nM 最佳化方案中所用之試劑： [ρ120γ] = 1-4 nM ' [ΑΤΡ] = 50 μΜ ' [di-C8-PIP2] = 10 μΜ (40625 ； BPS Bioscience) 參考抑制劑IC50 :
PIK75=55 nM
AZ-REF = 14 nM
[[ATP]及[PIP2]各自等於或低於KMapp保持固定。 表 4 展示在 PI3Ka-HTRF-IC50nM、PI3KBg-HTRF-IC50nM及HCT116-WB檢定中所選本發明化合物的活性。 具有指定為「A」之活性的化合物的IC50 £10 nM ;具有指 定為「B」之活性的化合物的IC50>10 nM且$100 nM ;具 有指定為「C」之活性的化合物的IC50>100 nM且$1000 nM ;具有指定為「D」之活性的化合物的IC50>1000 nM且 <10,000 nM ;且具有指定為「E」之活性的化合物的IC50 £10,000 nM。 表4
化合物名稱 酶/檢定 抑制指定 XXII-1 ΡΙ3Κα Β ΡΙ3Κγ C XXII-2 ΡΙ3Κα Β ΡΙ3Κγ C HCT116-WB C XXIV-1 ΡΙ3Κα Β ΡΙ3Κγ C XXIV-2 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ C 153333.doc -407· 201134825
化合物名稱 酶/檢定 抑制指定 XXIII-1 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ c XXIII-2 ΡΙ3Κα c ΡΙ3Κγ c XXII-3 ΡΙ3Κα B ΡΙ3Κγ C HCT116-WB C XXIII-3 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ C XXIII-4 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ C XXIII-5 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ c XXII-4 ΡΙ3Κα B ΡΙ3Κγ C XXII-5 ΡΙ3Κα B ΡΙ3Κγ C XXIII-6 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ C XXII-6 ΡΙ3Κα B ΡΙ3Κγ C HCT116-WB B XXII-7 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ C HCT116-WB B XXIII-7 ΡΙ3Κα D ΡΙ3Κγ D XXII-8 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ C XXII-9 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ C XXII-10 ΡΙ3Κα B ΡΙ3Κγ C HCT116-WB C XXII-11 ΡΙ3Κα B ΡΙ3Κγ C HCT116-WB B
153333.doc •408-
S 201134825
化合物名稱 酶/檢定 抑制指定 XXIII-8 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ C HCT116-WB D XXII-12 ΡΙ3Κα B ΡΙ3Κγ C XXII-13 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ C XXII-14 ΡΙ3Κα B XXII-15 ΡΙ3Κα B ΡΙ3Κγ C XXII-16 ΡΙ3Κα B XXII-17 ΡΙ3Κα B XXII-18 ΡΙ3Κα D XXII-19 ΡΙ3Κα D XXII-20 ΡΙ3Κα C ΡΙ3Κγ D XXII-21 ΡΙ3Κα D ΡΙ3Κγ D XXII-22 ΡΙ3Κβ C ΡΙ3Κγ C XXII-23 ΡΙ3Κβ D ΡΙ3Κγ C XXII-24 ΡΙ3Κβ C ΡΙ3Κγ XXII-25 ΡΙ3Κβ C ΡΙ3Κγ B XXII-26 ΡΙ3Κβ C ΡΙ3Κγ C XXII-27 ΡΙ3Κβ C ΡΙ3Κγ C XXII-28 ΡΙ3Κ3 C ΡΙ3Κγ C XXII-29 ΡΙ3Κβ C ΡΙ3Κγ C XXII-30 ΡΙ3Κβ C ΡΙ3Κγ B XXII-31 ΡΙ3Κβ C 153333.doc •409· 201134825
化合物名稱 酶/檢定 抑制指定 ΡΙ3Κγ c XXII-32 ΡΙ3Κ3 c ΡΙ3Κγ c XXII-33 ΡΙ3Κ0 c ΡΙ3Κγ c XXXVII-1 ΡΙ3Κβ c XXXVII-2 ΡΙ3Κβ c XXXVII-3 ΡΙ3Κβ c XXXVII-4 ΡΙ3Κβ c XXXVII-5 ΡΙ3Κ3 XXV-13 ΡΙ3Κβ A XXV-14 ΡΙ3Κ3 A XXV-15 ΡΙ3Κβ A XXVII-13 ΡΙ3Κβ C XXVII-14 ΡΙ3Κ3 C Η.與本發明化合物接觸之PI3K的質譜分析 實例163 在相對於蛋白質10倍過量之化合物下培育完整ΡΙ3Κβ 3 小時。以15 μΐ 0.1 % TFA稀釋樣品之5 μΐ等分試樣，隨後使 用芥子酸作為解吸附基質（10 mg/mL於0.1% TFA:乙腈 (5 0:50)中）用微C4吸管尖直接吸移於MALDI目標上。接著 經由MALDI-M分析各點。XXII-10在3小時100%修飾 ΡΙ3Κβ。XXII-8、XXII-6、XXIII-4及XXIII-3各自提供約 35%至約55%之間的修飾。 實例164
在3 7°C下在相對於蛋白質1〇倍過量之化合物ΧΧΙΙ-33下 培育完整ΡΙ3Κγ 1小時。以10 μΐ 0.1% TFA稀釋樣品之5 μΐ 等分試樣，隨後使用芥子酸作為解吸附基質（10 mg/mL於 0.1% TFA:乙腈（50:50)中）用微C4吸管尖直接吸移於MALDI 153333.doc -410- 201134825 目標板上。圖22之上圖展示完整ΡΙ3Κγ蛋白之質譜跡線 (m/z 13 1,963 Da)。圖22之下圖展示當ΡΙ3Κγ與化合物 XXII-33(mw=550.64) —起培育時之質譜跡線。質心質量 (m/z=13 2,45 5 Da)展示質量偏移492 Da(90%)，表明化合物 XXII-33 完全修飾 ΡΙ3Κγ。 B. PDPK-1抑制劑合成實例 實例165 中間物Α之合成流程
6 A 步驟-1 : Boc-酐、CHC13，0°C-室溫，16小時》步驟-2 : Et3N、CH3CN，0°C-室溫，16小時。 步驟-3 : 4MHC1之二噁烷溶液，室溫，5小時。步驟-4 : (i) 3-乙氧基-2,2-二曱基-3-側氧基丙酸、 乙二醯氯 ' DMF、CH2C12，2小時；（ii) DIPEA、CH3CN，室溫，16小時。步驟-5 :乙醇、HQ， 60°C，16小時。步驟-6 :乙酸乙酯、SnCl2.2H20，90°C，3小時。步驟-7 :氨、曱醇，80°C，4天。 步驟-1 :化合物1
在 〇°C 下向丙烷-1，3-二胺（10 g，134.9 mmol)於氯仿（250 -411 · 153333.doc 201134825 ml)中之攪拌溶液中逐滴添加含b〇c酐（6 2 m卜％ 9坩坩 之氣仿（250 ml)且在室溫下攪拌反應混合物隔夜。（進行$ 個平行反應）》接著將反應混合物混合在一起濃縮至其 總體積之約50%且過濾。濾液以鹽水洗滌，經硫酸鈉乾燥 且濃縮。將殘餘物溶解於石油醚中且藉由過濾移除未溶解 之部分。濃縮濾液，獲得呈無色液體狀之化合物1(19 g， 80.8%)。 步禅-2 :化合物2
在〇°C下向1(19 g’ 109 mmol)於乙腈（120 mL)中之搜摔 /谷液中依次添加三乙胺（23 ml，165 mmol)、5-漠-2，4-二氣 嘧啶（35 g ’ 153.5 mmol)。在室溫下繼續攪拌16小時。完 全濃縮反應混合物且所得殘餘物以乙酸乙酯稀釋，以水及 鹽水溶液洗滌’經無水NajO4乾燥，過濾且濃縮。接著使 用管柱層析（Si〇2 ’石油醚：乙酸乙酯，9:1)純化粗物質， 獲得呈淡褐色固體狀之化合物2(26.5 g，66.5%)。 步驟-3 :化合物3
將HC1於二噁烷中之冷溶液（4 Μ，150 mL)添加至化合物 153333.doc •412- 201134825 2(30 g，82 mm〇1)中，接著在室 卜櫈拌5小時。藉由過濾 收集所得固體，以石油醚洗滌且乾燥（25宮，定量）。 步驟·4 :化合物4
Λ 一 叫乳霉内酉曼(1 0 g , 62.4随°1}於二氣甲炫（刚叫中之授拌溶液中依次添加 乙一酿氣（6.4g’ 75.6mm<)1)、兩滴dm卜在室溫下授掉反 應混合物2小時’接著在真空下濃縮，獲得褐色油狀物。 接著在屹下將其逐滴添加至3(15.5 g，5l3 _〇ι)及 聊寧ml，206.7 _1}於乙腈（⑽叫中之溶液中且 在至溫下授拌16小時。在真空下完全濃縮反應混合物，獲 得殘餘物。再平行進行—批類似反應且將兩種殘餘物在乙 酸乙醋中合併在一起。乙酸乙醋層以Η—、⑽
NaHC〇3溶液及鹽水洗務，經無水仏抓乾燥，過渡且濃 縮。使用管柱層析(Si〇2 ’含15·2〇%乙酸乙能之石油⑷純 化粗物質，得到呈白色固體狀之化合物4(25g，59.7%)。 步驟-5 :化合物5
153333.doc •413· 201134825 向4(10 g，24.5 mmol)於乙醇（200 mL)中之授拌溶液中 添加3-硝基苯胺（4.4 g，31.85 mmol)及濃鹽酸（0.2 ml)。接 著在密封管中在6〇t下攪拌反應混合物16小時，期間分離 出淡黃色固體。藉由過濾收集所得固體（化合物5)，以石油 醚洗滌且乾燥（11.7 g，93.6%)。 步驟-6:化合物6
向5(11.7 g，23 mmol)於乙酸乙酯（120 mL)中之攪拌溶液 中逐份添加氣化亞錫（26 g，115 mmol)。接著將反應混合 物回流3小時。將其冷卻至室溫，以乙酸乙酯稀釋且以碳 酸氫鈉溶液洗務。過濾移除不溶物；據液以鹽水洗條，經 無水NazSCU乾燥且濃縮，獲得呈淡褐色黏性油狀之化合物 6(9.98 g · 90.6%) 〇 步驟-7 :中間物a
在0C下向密封管中6(9.98 g，20.8 mmol)於無水甲醇（5〇 mL)中之溶液中添加飽和曱醇氨溶液（5〇 mL)。接著在8〇<t 下加熱反應混合物4天。濃縮反應混合物且藉由管柱層析 • 414· 153333.doc
S 201134825
(Si02 ’含4%曱醇之 體狀之中間物A(6.2g 製備中間物B 氣仿）純化所得粗產物，獲得呈白色固 ，66%)。MS m/z: 450.1，452.0 (M+H+) °
B 類似地按照針對中間物A所述之合成程序，但在步驟5中 使用4-硝基苯胺來製備中間物B。MS m/ζ: 45〇.1，452.0 (M+H+)。 以類似方式’製備中間物C及中間物D :
0 0
實例166 0 0
153333.doc •415· 201134825 在〇C下向中間物α(〇·5 g，i.ii mm〇l)、（s)-5-側氧基四 氫咬喃-2-甲酸（〇·29 g，2.23 mmol)及 DIPEA(0.3 m卜 1.72 mmol)於二氣甲烧（2.5 ml)中之溶液中添加T3p(2丙烷膦酸 酐，乙酸乙酯中之50〇/〇溶液，18 ml，2 83 mm〇1)，且在室 下攪拌反應混合物1 6小時。將反應混合物直接吸附於鹼 性氧化鋁上且進行管柱層析（以二氯甲烷溶離）。以碳酸氫 鈉溶液處理蒸發管柱溶離份後獲得之殘餘物且以二氯曱烷 萃取。有機層經硫酸鈉乾燥且濃縮，獲得淡黃色固體。以 乙醚進一步洗滌產物且在真空下乾燥，獲得呈淡黃色固體 狀之標題化合物（0.13 g，20.8%)。 JHNMR (DMS〇.,6): δ=1.28 (Sj 6H)> 1 65 ^ 2 22 (m, 1H), 2.54 (m, 3H), 3.11 (m, 2H), 3.41 (m, 2H), 5.06 (m, 1H), 7.08-7.21 (m, 5H), 7.45 (m, 1H)5 7.64 (tj J=6 Hz, 1H), 7.99 (s，1H)’ 8.03 (s，1H)，9.34 (s，1H)，1〇18 (s，1H); LCMS: m/e: 562.0, 564.0 (M+l)。 實例167
〇 XI-26 步驟-1 : 2-(3-(4-(3-(3-胺基-2,2-二f基_3_側氧基丙醢胺 153333.doc •416· 201134825 基）丙胺基）-5·溴嘧啶-2-基胺基）苯胺基）_2_側氧基乙基胺基 甲酸第三丁酯
將中間物 A(102 mg ’ 0.23 mmol)、Boc-甘胺酸（44 mg， 0.25 mmol)溶解於DMF(1 mL)中。添加羥基苯并三唑（38
mg，0.25 mmol)，接著添加N-乙基二甲胺基丙基） 碳化二亞胺鹽酸鹽（48 mg，〇_25 mmol)及N-曱基嗎啉（75 μί，0.68 mmol)。在室溫下攪拌1小時，以飽和碳酸氫鈉 溶液（2 mL)與乙酸乙酯（5 mL)分配，分離各層且有機層經 硫酸鈉乾燥；過濾且經由旋轉蒸發移除溶劑，得到164 mg 黃色油狀物。LC/MS: RT=2.27 分鐘，m/e 607.0/609.2 (M+1)。 步驟-2 : Nl-(3-(2-(3-(2-胺基乙醢胺基）苯胺基）_5_溴嘧啶_ 4-基胺基）丙基）-2,2-二甲基丙二酿胺（鹽酸鹽）
向2-(3-(4-(3-(3-胺基-2,2-二甲基_3_側氧基丙醯胺基）丙 153333.doc -417· 201134825 胺基）-5-溴嘧啶-2-基胺基）苯胺基）-2-側氧基乙基胺基甲酸 第三丁 S旨（164 mg，0.27 mmol)於DCM(5 mL)中之溶液中添 加HC1(4 N於1 mL二噁烷中）。在室溫下攪拌隔夜；經由旋 轉蒸發移除溶劑，得到170 mg白色固體。LC/MS: RT=2.13 分鐘，m/e: 507.1/509.1 (M+1)。 步驟-3 : XI-26
將Nl-(3-(2-(3-(2-胺基乙醢胺基）苯胺基）-5-溴嘧啶-4-基 胺基）丙基）-2,2-二甲基丙二醢胺（來自步驟2之鹽酸鹽）（31 mg，0.06 mmol)饋入DMF(500 μ!^)中。向其中添加5-側氧 基四氫0塞吩-3-曱酸（8 mg，0.06 mmol)、DIPEA(40 μί， 0.23 mmol)及 HATU(22 mg，0.06 mmol)且在室溫下授拌30 分鐘。使用製備型HPLC直接純化混合物，得到9 mg呈TFA 鹽形式之白色固體。LC/MS: RT=2.02 m/e 635.1/637.0 (M+1)。 實例168 153333.doc 418- 201134825
XI-41
在室溫下向中間物 D(125 mg，0.25 mmol)、HATU(0.50 mmol)及DIPEA(過量）於DMF中之溶液中添加（lS，4S)-2-氧 雜-5-氮雜雙環[2.2.1]庚-3-酮（TFA鹽，0.50 mmol)歷時16小 時。處理後，獲得呈膠狀物質之粗產物（125 mg，LCMS純 度為約58%)。經製備型HPLC純化後獲得標題化合物（20 mg)。LCMS: m/e: 599.6, 601.6 (M-1)。 以類似方式，根據上述程序且自適當中間物A、B、C或 D製備下表中之化合物。
化合物結構 MS (M+1) 自中間物 XI-21 578.1/580.0 A XI-22 635.1/637.0 A XI-23 578.1/580.0 A XI-24 635.1/637.0 A XI-25 626.1/628.0 A XI-26 635.1/637.0 A XI-27 578.1/580.0 A XI-28 617.1/619.0 A XI-29 588.2/590.1 A XI-30 602.1/604.0 A XI-31 561.0/563.1 A XI-32 691.0/693.2 A XI-33 660.2/662.1 A XI-34 649.0/651.0 A XI-35 624.1/626.1 B XI-36 623.6/625.6 (M-1) A XI-37 — A XI-38 619.2/621.2 A XI-39 504.1/506.1 B XI-40 602.1/604.1 D 153333.doc -419- 201134825
XI-41 599.6/601.6 (M-1) D XI-42 562.1/564.1 B XI-43 562.1/564.1 B XI-44 602.1/604.1 C XI-45 602.1/604.1 C XI-46 532.0/534.0 A XI-47 648.1/650.0 A XI-48 645.0/647.0 A XI-49 645.0/647.0 A XI-50 562.0/564.0 A XI-51 547.0/549.0 A XI-52 562.0, 564.0 A XI-53 504.2/506.2 A XI-55 603.2/605.2 A XI-56 1202.4/1204.3 A XI-57 716.1/718.0 A XI-58 627.2/629.1 A XI-59 590.0/592.2 A
實例169
XXXVI-1 實例170 中間物E之合成流程：
153333.doc -420· 201134825
OlBu
NaOH 步驟4 0 〇<OBn 3ΛαΛ nh2 nh2
NaHSO, MeCN 步驟-7 NH2
,N、 Mn02 NH-·- 步驟·6 Bn0
Pd/C Boc 步— NH2 6 〇 〇 ,〇H boc-nJ V
E-8 E-9 OH P'Bu I.CS2CO3, BnBr :n、nh ,2T^dcm nh 步驟-5 H0、
E.10 步驟-1:製備4-第三丁氧基-3-側氧基丁酸乙酯（E-l) OEt 在 〇°C 下向 NaH(39 g，1.61 mmol)於 DMF(200 mL)中之懸 浮液中緩慢逐滴添加4-氣-3-側氧基丁酸乙酯（50 g，0.303 mmol)，接著添加 t-BuOH(58 mL，0.607 mmol)且在環境溫 度下攪拌14小時。反應完成後，將反應混合物酸化至pH=4 至5且以乙酸乙酯稀釋，以水及鹽水溶液洗滌，經Na2S04
*BuO
乾燥且蒸發。藉由管柱層析[矽膠（60-120目），含7%乙酸乙 酯之己烷]純化粗化合物，得到呈黃色油狀液體狀之化合 物E-l(27 g，45.7%)。TLC系統：含5%乙酸乙酯之己烷， (R,): 0.4。'H NMR (CDC13): δ=1·20 (s，9H)，1.29 (t，3H)， 3·55 (s，2H)，4.01 (s, 2H)，4.20 (q, 2H)。 步驟-2 :製備2-乙酿基-4-第三丁氧基-3-側氧基丁酸乙酯 (E-2) 153333.doc -421 - 201134825
在〇C下向4-第三丁氧基-3-側氧基丁酸乙酯（75 g , 〇 37 mmol)於DCM(300 mL)中之溶液中添加吡啶（292 mL， 4.455 mmol) ’ 接著添加乙醯氣（3〇 mL，〇 44 mm〇1)及 MgCl2(l 7.5 g，0.185 mmol)且在室溫下攪拌16小時。將反 應混合物傾入乙酸乙酯中’以水、稀鹽酸及鹽水溶液洗 滌，得到呈淡黃色液體狀之化合物E_2(40 g，44%)。 (R/):0.5，TLC系統：含10%乙酸乙酯之己烷。 步驟-3:製備3-(第三丁氧基甲基）·5_甲基·ιη-吡唑-4-甲暖 乙酯（Ε-3)
在5-10°C下向2-乙醯基-4-第三丁氧基-3-側氧基丁酸乙醋 (26 g，0.106 mmol)於冰乙酸（1〇〇 mL)中之溶液中逐滴添加 水合肼（6·1 g ’ 0.12 mmol)且攪拌30分鐘。反應完成後，以 飽和NaHC〇3中和反應混合物，以乙酸乙酯萃取且以 NaHC03、鹽水溶液洗滌，經Na2S04乾燥且蒸發。藉由管 柱層析（矽膠（60-120)，含乙酸乙酯之己烷）純化粗化合 物，得到呈淡黃色固體狀之化合物E-3(8 g，32%)。（Rj: 0.2 ’ TLC系統：含10%乙酸乙酯之己烷。NMR (CDC13): 5=1.28 (s, 9H), 1.35 (t, 3H), 2.50 (s, 3H), 4.30 (q, 2H), 4.78 (s，2H)，7.60 (br，1H)。 153333.doc -422- 201134825 步驟-4:製備3-(第三丁氧基甲基）·5_甲基_1Η·吡唑-4-甲酸 (Ε-4) O^u
0 向3-(第三丁氧基甲基）-5-曱基-1H-吡唑-4-曱酸乙酯（19 g，0_07 mmol)於乙醇（130 mL)中之溶液中添加10% NaOH(31 g ’ 0.79 mmol)溶液且在82°C下回流16小時。反 應完成後，酸化反應混合物，調節至pH< 1且過濾固體，得 到呈無色固體狀之化合物E-4(14 g，87%)。（Rr) : 0.5， TLC系统：含10%甲醇之氣仿。NMR (DMSO〇: 5 = 1.20 (s, 9H), 2.31 (s, 3H), 4.54 (s, 2H), 12.6 (br, 2H) 〇 步琢-5 :製備3-(經甲基）_5_甲基唾-4-甲酸苯甲醋 (E-5)
〇 向含3-(第二丁氧基曱基）-5 -曱基-1Η-π比β坐·4 -曱酸（5 g， 0.0235 mmol)之甲醇（30 mL)中添加 Cs2C〇3(7 66 g，〇 23 mmol)，且在環境溫度下攪拌丨小時，接著完全移除甲醇且 在&氛圍下向其中添加DMF(25 mL)，接著添加苯曱基溴 (4·03 g，0.023 mmol)，且在室溫下攪拌4小時。反應完成 後’以乙酸乙酯稀釋反應混合物，以水、i n HU、 NaHC〇3及鹽水溶液洗滌’經Na2S〇4乾燥且在減壓下蒸 153333.doc -423· 201134825 發。藉由管柱層析（矽膠（60-120)，含3%曱醇之氣仿）純化 粗化合物。在環境溫度下以TFA處理所得粗化合物24小 時。接著濃縮反應混合物且以戊烷濕磨，得到呈無色固體 狀之化合物 E-5(1.8 g，37%)。（R/) : 〇_6，TLC 系統：含 10%曱醇之氣仿。 步驟-6 :製備3-甲醯基-5-甲基·1Η-吡唑-4-甲酸苯甲酿（E-6)
向3-(經甲基）-5-甲基-1Η-。比。坐-4-甲酸苯甲醋（8.5 g， 0.034 mmol)於二曱氧基乙烷（200 mL)中之攪拌溶液中添加 Mn〇2(29.7 g)且加熱至80°C維持2小時。反應完成後，經由 矽藻土床過濾反應混合物且濃縮。以戊烷濕磨所得粗化合 物’得到呈灰色固體狀之化合物E-6(7 g，83%)。（Rj : 0·6，TLC系統：含40°/。乙酸乙酯之己烷。 步驟-7 :製備2-(4-(苯甲氧羰基）_5_甲基·1Η•吡唑-3_基）_ 1Η·苯并[d】咪唑-5-甲酸乙酯（Ε-7)
向3,4-一胺基本曱酸乙S旨（3.8 g，0.022 mmol)於乙腈 (100 mL)中之攪拌溶液中添加NaHS04(3.61 g，0.43 mmol) 且加熱至回流’接著緩慢添加3-甲醯基-5-甲基-1H-吡唑-4- 153333.doc •424· 201134825 甲酸苯曱酯（7 g，0.0286 mmol)且保持相同溫度3小時。反 應完成後，濃縮反應混合物且以乙酸乙酯稀釋，以水洗 滌，經Na2S04乾燥且濃縮。以乙醚濕磨所得粗化合物，得 到呈白色固體狀之化合物E-7(5.5 g，43.5%)。（Rd: 0.7， TLC系統··含10%乙酸乙酯之己烷。LCMS: m/e: 405.0 (M+1)。 步驟-8 :製備3-(5-(乙氧羰基）-1Η-苯并[d】咪唑_2·基）-5_甲 基-1Η-吡唑-4-甲酸（Ε-8)
向2-(4-(苯甲氧羰基）·5-甲基-1Η-°比唑_3·基）·1Η-苯并[d] 咪唑-5-曱酸乙酯（5.5 g，13.6 mmol)於 THF:MeOH(l:l， 100 mL)中之溶液中添加10% Pd/C(l g)且在100 psi氫氣壓 力下在室溫下攪拌16小時。反應完成後，經由矽藻土床過 濾反應混合物且濃縮。藉由以乙醚濕磨來純化所得粗化合 物，得到呈褐色固體狀之化合物E-8(3 g，71%)。（R/): 0.1，TLC 系統：含 10% 曱酵之氣仿。LCMS: m/e: 315.0 (M+1)。 步驟-9 :製備2-(4-(1-(第三丁氧羰基）哌啶-4-基胺甲醯基）-5-甲基-1H-吡唑-3-基）-1Η-苯并[d】咪唑-5-甲酸乙酯（E-9) 153333.doc • 425 - 201134825 Ο
向3-(5-(乙氧羰基）-111-苯并[(1]咪唑-2-基）-5-甲基-111-'>比 唑-4·甲酸（500 mg，0.00159 mol)於DMF(2 mL)中之溶液中 添加4-胺基哌啶·ι·甲酸第三丁酯（637 mg，0.00318 mol)， 接著添加 EDC.HC1(606 mg，0.00318 mol)、HOBT(434 mg ’ 0.00138 mol)、DIPEA(404 g，0.00318 mol)且在室溫 下攪拌2小時。反應完成後，將反應混合物傾入水中且撥 拌1小時，濾出所沈澱之固體且經Na2S04乾燥。藉由管柱 層析（矽膠（60-120目），含3%曱醇之氣仿）純化所得粗化合 物’得到呈白色固體狀之化合物E-9(600 mg，76%)。（R/): 〇·4，TLC 系統：含 10% 甲醇之氣仿。LCMS: m/e: 497.1 (M+1) ° 步驟-10 :製備2-(4-(1-(第三丁氧羰基）哌啶-4-基胺甲醯 基）-5-甲基-1Η-β«ι峻-3-基）-1Η-苯并[d]味嗤-5-甲酸（E-10)
向2-(4-(1-(第三丁氧羰基）哌啶-4-基胺甲醯基）_5-曱基-1H-吡唑-3-基）-1Η-苯并[d]咪唑-5-甲酸乙酯（600 mg，1.909 mmol)於 THF(15 mL)中之溶液中添加 NaOH(484 mg，12.9 153333.doc -426· 201134825 mmol)且加熱回流16小時。反應完成後，濃縮反應混合物 且以水稀釋且以稀鹽酸酸化至ρΗ=4·5 ’滤出所沈殿之固體 且在真空下乾燥’得到呈白色固體狀之化合物E_1〇(48〇 mg ’ 42.5%)。（R，)： 0.2，TLC系統：含10%曱醇之氣仿（含 NH3)。LCMS: m/e: 469.1 (M+1)。 步驟-11 :製備4-(5-甲基·3-(5-甲基-1H-苯并[d】咪唑-2-基）- 1H-*比唾-4-甲醯胺基）娘咬·甲酸第三丁酯（E)
向2-(4-(1-(第三丁氧羰基）哌啶_4_基胺曱醯基）_5_曱基· im »坐-3-基）-iH-笨并[d]咪唑-5-曱酸（450 mg，0.9615 mol)於曱苯（8 mL)中之溶液中依次添加dppa(〇.318 g， 1·44 mmol)、DIPEA(183 mg，1.44 mmol)且在環境溫度下 # 攪拌2小時，接著添加苯甲醇且加熱至回流維持16小時。 反應凡成後’濃縮反應混合物。藉由管柱層析（矽膠（6〇_ 120目），含3%甲醇之氯仿（含Nh3))純化所得粗化合物，得 到呈灰白色固體狀之經cbz保護之化合物E(27〇 mg， 49%)。（R，)： 〇·4，TLC系統：含ι〇%甲醇之氣仿（含Nh3)。 LCMS: m/e: 574.1 (Μ+1)。 將上述化合物添加至THF:MeOH之混合物（1:1，20 mL) 中，接著添加10% Pd/C(27 mg)且在100 PSI氫氣壓力下攪 摔16小時。反應完成後，經由矽藻土床過濾反應混合物且 153333.doc •427- 201134825 濃縮。以乙醚濕磨所得粗化合物，得到呈黑色固體狀之化 合物 E(130 mg，63%)。（R，）： 0.1，TLC 系統：含10% 甲醇 之氣仿（含 NH3)。LCMS: m/e: 440.1 (M+1)。 實例171 步驟·12
Ε
Gly-Ot-Bu HOBt, EDC DIPEA
1) HOBt, EDC DIPEA 2) TFA 步驟-14 步驟-12 :製備（S)-2-(5-側氧基四氫呋喃-2-甲醯胺基）乙酸 第三丁酯（E-12) 〇
向（S)-5-側氧基四氫呋喃-2-曱酸（300 mg，00230 mol)於 DMF(4 ml)中之溶液中添加HATU(2.622 g，0.0069 mol)、 DIPEA(584 mg，0.0046 mol)，接著添加甘胺酸第三丁酯 (578 mg，0.0034 mol)且在環境溫度下攪拌20分鐘。反應 完成後，將反應混合物傾入水中，以乙酸乙酯萃取，乾燥 且濃縮，得到呈淡黃色液體狀之化合物E-12( 120 mg， 21%)。（R/) : 0.8，系統：含 10%丙酮之氣仿。LCMS: m/e: 242.1 (M-l) 〇 步驟-13 :製備（S)-2-(5-側氧基四氫呋喃-2-甲醯胺基）乙酸 153333.doc -428- 201134825 (E-13) ο
OH
在環境溫度下以含TFA(7當量）之DCM(5 ml)處理（S)-2-(5-側氧基四氫呋喃-2-甲醯胺基）乙酸第三丁酯（120 mg， 0.493 mmol)之溶液3小時。反應完成後，蒸發DCM以及過 量TFA。藉由以乙醚濕磨來純化所得粗化合物，得到呈淡 黃色液體狀之化合物E-13(107 mg，90%)。（R/) : 0.1， TLC系統：含 1〇%丙酮之氣仿。LCMS: m/e: 186·1 (M-1)。 步驟-14 :製備（S)-5·甲基-3-(5-(2-(5-側氧基四氫呋喃-2-甲 酿胺基）乙醯胺基）-1Η-苯并[d]咪唑-2-基）-N_(哌啶-4-基）-1H-吡唑-4-甲醯胺（XXXVI-1)
向（S)-2-(5-側氧基四氫呋喃·2·曱醯胺基）乙酸（3〇 mg， 0.16 mmol)於DMF(2 ml)中之溶液中添加4·(3·(5_胺基_1H_ 笨并[d]咪嗤-2-基）-5 -曱基-1H·。比唑-4-甲醯胺基）0辰淀_ι_曱 酸第三丁酯（70 mg，0.11 mm〇i)，接著添加 EDC Η(：ι(44 mg > 0.23 mmol) ^ HOBT(31 mg , 〇.23 mmol)^ DIPEA(3〇 mg，〇,23 mmol) ’接著在環境溫度下攪拌3小時。反應完 成後，將反應混合物傾入水中；濾出所沈澱之固體且在真 空下乾燥。藉由製備型HPLC純化粗化合物，#到呈固體 153333.doc -429- 201134825 狀之Boc-標題化合物。在室溫下以含三氟乙酸之DCM處理 固體2小時以移除Boc*團。濃縮反應溶液且以乙醚濕磨殘 餘物，得到呈固體狀之標題化合物（40 mg，HPLC純度： 93%)。LCMS: m/e: 509.0 (M+1) 0 實例172 以類似方式，以中間物E為起始物，製備以下化合物：
(R)-5-甲基-3-(5-(2-(5-側氧基四氫呋喃-2-甲醢胺基）乙醯 胺基）-1Η-苯并[d]咪唑-2·基）(哌啶-4-基）-1Η-吼唑-4-甲 醯胺：5.0 mg，HPLC純度：95%。LCMS: m/e: 509.1 (M+1) 〇 C.PDPK-1生物學資料 實例173 簡言之，在由 20 mM Tris(pH 7.5)、5 mM MgCh、1 mM EGTA、5 mM β-甘油磷酸酯、5%甘油（l〇x儲備液’ KB002A)及0.2 mM DTT(DSOOIA)組成之lx激酶反應緩衝 液中製備來自 Invitrogen 之 PDPK1 酶（P3001)或 BPS(40080) 4SignalChem(P14，10H)、1.13XATP(AS001A)&ST28-Sox 肽受質（KNZ1281C)之l〇x儲備液。在25°C下在 Corning(#3574)384孔白色非結合表面微量滴定板（Corning， NY)中與0.5 μι體積之50% DMSO及在50% DMSO中製備之 153333.doc -430· 201134825 連續稀釋化合物一起預培育5 μί酶30分鐘。藉由添加45 λί ST28-Sox肽受質來開始激酶反應且在來自BioTek (Winooski, VT)之 Synergy4板讀取器中在Xex360/kem485 下 每7 1秒進行監測持續3 0-60分鐘。在各檢定結束時，檢查 各孔之進展曲線的線性反應動力學及適合度統計（R2，95% 信賴區間，絕對平方和）。自相對螢光單位相對於時間（分 鐘）之圖的斜率評估各反應之延滯後速度（Post-lag velocity)(+10分鐘至20+分鐘）且相對於無酶及無抑制劑對 照組關於抑制％進行校正。接著針對抑制劑濃度繪製所得 抑制值以自log[抑制劑]相對於反應、GraphPad軟體（San Diego，CA)之GrapjhPad Prism中之可變斜率模型來評估 IC50。 臨時方案中所用之[試劑]:Invitrogen-[PDPKl]=5-10 ηΜ、[ΑΤΡ] = 5 μΜ 且[ST28-Sox] = 5 μΜ 或 10 μΜ(ΑΤΡ KMapp=4-6 μΜ) ； BPS-[PDPK1] = 10-15 ηΜ、[ATP]=5 μΜ 且[ST28-Sox] = 10 μΜ(ΑΤΡ KMapp=3-5 μΜ) ; SignalChem-[PDPK1]=5-10 ηΜ、[ATP] = 5 μΜ且[ST28-Sox]=5 μΜ或 10 μΜ(ΑΤΡ KMapp ND) 表5展示PDK1-OMNIA檢定中所選化合物之活性。具有 指定為「A」之活性的化合物的IC50 $10 ηΜ ;具有指定為 「Β」之活性的化合物的IC50>10 ηΜ且$100 ηΜ;具有指 定為「C」之活性的化合物的IC50>100 ηΜ且£1000 ηΜ ; 具有指定為「D」之活性的化合物的IC50>1000 ηΜ且 <10,000 ηΜ;且具有指定為「Ε」之活性的化合物的IC50 153333.doc -431 - 201134825 $10,000 nM。 表5
化合物名稱 酶/檢定 抑制/修飾指定 XI-21 PDK1-OMNIA A XI-22 PDK1-OMNIA A XI-23 PDK1-OMNIA B XI-24 PDK1-OMNIA B XXXVI-1 PDK1-OMNIA XXXVI-2 PDK1-OMNIA XI-25 PDK1-OMNIA A XI-26 PDK1-OMNIA B XI-27 PDK1-OMNIA A XI-28 PDK1-OMNIA XI-29 PDK1-OMNIA B XI-30 PDK1-OMNIA B XI-31 PDK1-OMNIA B XI-32 PDK1-OMNIA C XI-33 PDK1-OMNIA B XI-56 PDK1-OMNIA C 可逆性心福苦(Vemalis Reversible) PDK1-OMNIA B XI-34 PDK1-OMNIA B XI-35 PDK1-OMNIA XI-36 PDK1-OMNIA B XI-37 PDK1-OMNIA B XI-38 PDK1-OMNIA B XI-39 PDK1-OMNIA B XI-40 PDK1-OMNIA A XI-41 PDK1-OMNIA A XI-42 PDK1-OMNIA B XI-43 PDK1-OMNIA C XI-44 PDK1-OMNIA B XI-45 PDK1-OMNIA B XI-46 PDK1-OMNIA B XI-47 PDK1-OMNIA A XI-48 PDK1-OMNIA A XI-49 PDK1-OMNIA A XI-50 PDK1-OMNIA B XI-51 PDK1-OMNIA XI-52 PDK1-OMNIA B XI-53 PDK1-OMNIA XI-55 PDK1-OMNIA A D.與本發明化合物接觸之PDPK-1的質譜分析 實例174 153333.doc -432- 201134825 在相對於蛋白質10倍過量之化合物XI-27下培育完整 PDPK1 3小時。以10 μΐ 0_1% TFA稀釋樣品之3 μΐ等分試 樣，隨後使用芥子酸作為解吸附基質（10 mg/mL於0.1% TFA:乙腈（50:50)中）用微C4吸管尖直接吸移於MALDI目標 板上。圖12之上圖展示完整PDPK-1蛋白之質譜跡線（m/z 59,255 Da)。圖12之下圖展示與XI-27(mw=578.5) —起培育 3小時之PDPK-1的質譜跡線（m/z為59,823)，其展示質量偏 移568 Da，無59255之m/z，表明在3小時内XI-27完全修飾 PDPK1 。 化合物XI-27修飾PDPK1上之肽164NGELLKYIR172，如溶 液中胰蛋白酶消化後之肽MS分析所證實。在相對於蛋白 質10倍過量之化合物D下培育完整PDPKl(Millipore, 14-452)3小時。反應後，如下對約5 gg蛋白質進行標準胰蛋白 酶溶液消化：以DTT還原蛋白質，以碘乙醯胺將硫醇烷基 化，添加胰蛋白酶（1:20，蛋白酶：蛋白質）且在3 7°C下培育 1.5小時。消化後，使用C18吸管尖純化肽，以α氰基4-羥 基肉桂酸作為解吸附基質（10 mg/mL於0.1% TFA:乙腈 (50:50)中）點潰於MALDI目標板上，且以反射模式分析。 圖13之上圖展示對照PDPK1消化產物之胰蛋白酶消化型 態。圖B展示在消化前以化合物XI-27處理之PDPK1的胰蛋 白酶消化型態。圖13中之箭頭指向在1,741 Da之峰，其對 應於 164NGELLKYIR172(1，106 Da)、化合物 XI-27(mw 578.50)及將化合物之硫醇烷基化之碘乙醯胺（+57)的質 量。選擇肽進行MSMS分析以證實所修飾之確切胺基酸。 153333.doc -433 - 201134825 如MSMS分析所證實，化合物XI-27修飾PDPK1上之 K169。自化合物XI-27處理之PDPK1胰蛋白酶消化產物選 擇相關1，741 Da肽以供進行MSMS分析。圖14展示經化合 物XI-27修飾之肽164NGELLKYIR172的MSMS光譜。b與y 離子之比對證實K169為經化合物XI-27修飾之胺基酸。 實例175 在相對於蛋白質10倍過量之化合物XI-21下培育完整 PDPK1 3小時。以10 μΐ 0.1% TFA稀釋樣品之3 μΐ等分試 樣，隨後使用芥子酸作為解吸附基質（10 mg/mL於0.1% TFA:乙腈（50:50)中）用微C4吸管尖直接吸移於MALDI目標 板上。圊15之上圖展示完整PDPK1蛋白之質譜跡線（m/z 59,275 Da)。圖15之下圖展示當PDPK1與化合物XI-21(mw=578.50) —起培育時之質譜跡線。質心質量 (m/z=60,284 Da)展示質量偏移1,009 Da(175%)，表明化合 物XI-21完全多重修飾PDPK1。 化合物XI-21修飾三種肽，亦即PDPK1上之 ,64NGELLKYIR172 ' ^GSFDETC(IAA)m,83 ' ^GKILGEGSFSTWLAR100 > 如溶液中胰蛋白酶消化後之肽MS分析所證實。在相對於 蛋白質10倍過量之化合物XI-21下培育完整PDPK1 (Millipore，14-452)3小時。反應後，如下對約5 gg蛋白質 進行標準胰蛋白酶溶·液消化：以DTT還原蛋白質，以碘乙 醯胺將硫醇烷基化，添加胰蛋白酶（1:20，蛋白酶：蛋白質） 且在37°C下培育1.5小時。消化後，使用C18吸管尖純化 肽，以α氰基4-羥基肉桂酸作為解吸附基質（10 mg/mL於 153333.doc •434· 201134825 0.1% TFA:乙腈（50:50)中）點潰於MALDI目標板上，且以反 射模式分析。圖16之上圖展示對照PDPK1消化產物之胰蛋 白酶消化型態。圖16之下圖展示在消化前以化合物XI-21 處理之PDPK1的胰蛋白酶消化型態。圖16上圖中之箭頭指 向在 1，740 Da之峰，其對應於 164NGELLKYIR172(1，106 Da) 及化合物XI-21(mw 578.50)之質量；在1,950 Da之峰，其 對應於 173KIGSFDETC(IAA)TRm(l,3 13 Da)及化合物 XI-21 與2個碘乙醯胺之質量；及在2,417 Da之峰，其對應於 84FGKILGEGSFSTVVLAR100(1，780 Da)與化合物 XI-21 及填 乙醯胺之質量。選擇所有三種肽進行MSMS分析以證實所 修飾之確切胺基酸》 如MSMS分析所證實，化合物XI-21修飾PDPK1上之 K169。自化合物XI-21處理之PDPK1胰蛋白酶消化產物選 擇相關1，740 Da肽以供進行MSMS分析。圖17展示經化合 物XI-21修飾之肽164NGELLKYIR172的MSMS光譜。b與y離 子之比對證實K1 69為經化合物XI-21修飾之胺基酸。 如MSMS分析所證實，化合物XI-21修飾PDPK1上之 K173。自化合物B處理之PDPK1胰蛋白酶消化產物選擇相 關1，950 Da肽以供進行MSMS分析。圖18展示經化合物XI-21修飾之肽 173KIGSFDETCTR183的 MSMS光譜。 b與 y離子 之比對證實K173為經化合物XI-21修飾之胺基酸。 如MSMS分析所證實，化合物XI-21修飾PDPK1上之 K86。自化合物B處理之PDPK1胰蛋白酶消化產物選擇相 關2,417 Da肽以供進行MSMS分析。圖19展示經化合物XI- 153333.doc -435- 201134825 21修飾之肽84FGKILGEGSFSTVVLARi〇()的 MSMS光譜。b 與y離子之比對證實K86為經化合物XI-21修飾之胺基酸。 本文所揭示之PDPK1抑制劑的其他實例顯示類似於上述 質量偏移及消化結果的PDPK1之共價修飾。舉例而言，表 6列出修飾PDPK1全蛋白質之化合物的非限制性實例、每 個蛋白質中之修飾數目及蛋白質内經修飾之離胺酸。化合 物XI-27、XI-26、XI-22及XI-21各自具有硫内酯彈頭，然 而顯示對蛋白質之不同修飾型態。另外，在PDPK-1中經 XI-27、XI-26、XI-22及XI-21修飾之離胺酸對於各化合物 並不相同。不希望受任何特定理論約束，如骨架所呈現之 彈頭位置及至結合位點中離胺酸之繫鏈對於修飾PDPK-1 之結合位點中之不同離胺酸實現不同結果。 表6
化合物 結構 對全蛋白質 之修飾數目 Lys 86 Lys 169 Lys 173 XI-49 0 0 广kVV HN Η Η 〇 U 1 X XI-53 0 0 广 MVNH2 HN Η H 1 X X XI-39 0 0 广 MVNH2 HN H BrX>K0Nr 1 X X 153333.doc -436 - 201134825 化合物 結構 對全蛋白質 之修飾數目 Lys 86 Lys 169 Lys 173 ΧΙ-27 0 0 ΗΝ^ 1 X ΧΙ-26 0 0 hn"ux^nh2 Η H 0 1 X X ΧΙ-22 0 0 hn^x^nh2 / HN 0 Η H 0 2 X X X ΧΙ-21 0 0 HN 从X^NH2 / HN> Η H 2 X X X 等效物 熟習此項技術者將僅僅使用常規實驗即可認識到或能夠 確定本文明確描述之特定實施例的眾多等效物。此等等效 物意欲涵蓋於以下申請專利範圍之範疇中。 【圖式簡單說明】 圖1展示在XIAP中鄰近所結合Smac模擬配位體具有關鍵 離胺酸之X射線共晶體結構（2JK7)。 圖2描繪武器化（weaponizing)Smac模擬配位體之非限制 性實例。 圖3描繪與HCV NS3蛋白酶接觸之化合物,XVI-26的質譜 153333.doc •437· 201134825 分析。 圖4描繪以HCV NS3蛋白酶（WT) ; HCV NS3蛋白酶 (C159S);及HCV NS3蛋白酶（C159S/K136A)處理之化合物 XVI-26的質譜分析。 圖5描繪以HCV NS3蛋白酶（WTlb)處理之化合物XVI-1 的質譜分析。 圖6描繪與XIAP接觸之化合物VII-1的質譜分析。 圖7描繪XIAP(上圖）及與化合物VII-1接觸之XIAP(下圖） 的胰凝乳蛋白酶消化之質譜分析。 圖8描繪與XIAP接觸之化合物VII-21的質譜分析。 圖9描繪XIAP(上圖）及與化合物VII-21接觸之XIAP(下 圖）的胰凝乳蛋白酶消化之質譜分析。 圖10描繪探針化合物XVI-27，修飾NS3/4A C159S。 圖11描繪XVI-26之作用的延長之持續時間》 圖12描繪與PDPK-1 (全蛋白質）接觸之化合物XI-27的質 譜分析。 圖13描繪與鑑別肽164NGELLKYIR172之化合物XI-27接觸 之PDPK-1(全蛋白質）的胰蛋白酶消化之質譜分析。 圖14描繪來自圖13中描繪之消化產物的經XI-27修飾之 肽164NGELLKYIR172及鑑別K169作為經XI-27修飾之離胺 酸的MSMS分析。 圖15描繪與PDPK-1 (全蛋白質）接觸之化合物XI-21的質 譜分析。 圖16描繪與鑑別三種肽164NGELLKYIR172 、 153333.doc •438· 201134825 173KIGSFDETCTR183 及 84FGKILGEGSFSTVVLAR100 之化合 物XI-21接觸之PDPK-1 (全蛋白質）的胰蛋白酶消化之質譜 分析。 圖17描繪來自圖16中描繪之消化產物的肽 164NGELLKYIR172及鑑別K169作為經XI-21修飾之離胺酸 的MSMS分析。 圖18描繪來自圖16中描繪之消化產物的肽 173KIGSFDETCTR183及鑑別K173作為經XI-21修飾之離胺 酸的MSMS分析。 圖19描繪來自圖16中描繪之消化產物的肽 84FGKILGEGSFSTVVLAR1gq及鑑別 K86作為經 XI-21 修飾之 離胺酸的MSMS分析。 圖20描繪與PDPK-1(全蛋白質）接觸之化合物XXXVI-2的 質譜分析。 圖21描繪與PDPK-1(全蛋白質）接觸之化合物XXXVI-1的 質譜分析。 圖22描繪與ΡΙ3Κγ(全蛋白質）接觸之化合物XXII-33的質 譜分析。 153333.doc 439-

Claims (1)

  1. 201134825 七、申請專利範圍·· 1 · 一種設計共價結合目標蛋白質之配位體的方法，該方法 包含： A) 提供在目標蛋白質中之配位體結合位點内或附近對 接的可逆性配位體之結構模型； B) 鑑別該目標蛋白質中處於該配位體結合位點中或附 近的離胺酸殘基，其中當該可逆性配位體在該配位體結 合位點中或附近對接時，該離胺酸殘基距該可逆性配位 體小於約15 A ; C) 產生在該配位體結合位點内或附近對接之至少一種 配位體-彈頭（warhead)化合物的至少一種結構模型，其 中該配位體-彈頭化合物包含步驟（b)中之該可逆性配位 體或其一部分、包含反應性化學部分之彈頭，及視情況 存在之繫鏈（Tether)，及 D) 鑑別配位體·彈頭化合物，其結構模型使步驟（b)中 之該離胺酸殘基易於呈現使該離胺酸殘基之側鏈一級胺 基處於彈頭親電子劑之成鍵近程（b〇nd_f〇rming proximity)以内的構形。 2.如請求項1之方法，其進一步包含： E) 針對步驟D)所鑑別之該配位體-彈頭化合物，形成配 位體-蛋白質共價加合物’其係在步驟B)所鑑別該離胺酸 殘基之該側鏈一級胺基與步驟D)所鑑別配位體_彈頭化合 物中該彈頭親電子劑之間形成共價鍵，同時實質上維持 該配位體之藥效團與該配位體結合位點之間的非共價相 153333.doc 201134825 互作用》 3. 如請求項2之方法，其進一步包含： F)藉由分析該所得構形之整體能量（gl〇bal energy)或藉 由分析該繫鏈之該構形之能量來評估步驟e)中所形成該 所得配位體-蛋白質共價加合物之構形。 4. 如請求項3之方法，纟中由㈣A)_F)迭代變化形成該繫 鏈，且該所得構形之整體能量小於前一迭代。 5. 如請求項2之方法，其進一步包含： F)當在處於該配位體結合位點中或附近之該離胺酸殘 基之该側鏈一級胺基與該彈頭親電子劑之間形成該共價 鍵時’判定該配位體結合位點是否阻塞。 6. 如請求項2之方法，其中步驟E)中形成之該共價鍵係使 用計算法形成’其中該彈頭及該離胺酸殘基之該側鏈為 可挽性’且該配位體_彈頭化合物及該配位體結合位點之 其餘結構為固定。 7. 如晴求項1之方法，其中在步驟B)中，鑑別處於該目標 蛋白質之該配位體結合位點中或附近之每一個離胺酸殘 基’其中當該可逆性配位體在該配位體結合位點中或附 近對接時’該離胺酸殘基距該可逆性配位體小於約15 A 〇 8. 如請求項1之方法，其中步驟c)包含提供該配位體-彈頭 化合物之複數個模型，其中該彈頭鍵結於該配位體-彈頭 化合物之各模型中該配位體或該配位體之一部分的不同 可取代位置，視情況在該彈頭與該可取代位置之間具有 153333.doc 201134825 該繫鏈。 9.如請求们之方法，其中該目標蛋白質為經鑑別蛋白質 ㈣之經鑑別成員，且該蛋白質家族之該等經鑑別成員 中沒有保留該離胺酸殘基。 10. 如請求们之方法’其中該目標蛋白質為經鑑別蛋白質 家族之經鑑別成員，且該經鑑別蛋白質家族之一個以上 經鑑別成員中保留該離胺酸殘基。 11.
    长項10之方法，其中该蛋白質家族之該等經鑑別成 員中保留該離胺酸殘基。 12·如請求項1之方法，其中該目標蛋白質具有催化活性。 13.如請求们之方法，其中該蛋白質家族係選自_以下組 成之群：BCL-2、鈣蛋白酶（Calpain)、卡斯蛋白酶 (CaSpase)、組織蛋白酶（Cathepsin)、HCV、HDAC、 HSP70、HSP90、ΙΑΡ、激酶、MDM2、MMP、NHR、 PI3K、磷酸酶、PARP及HIV蛋白酶。 鲁14.如凊求項13之方法，其中該目標蛋白質係選自由以下組 成之群：XIAP、ciAP1&cIAP2、ρπκβ/γ、pDpK1& HCV-NS3。 15. 如明求項丨之方法，其中該配位體結合位點為受質或輔 因子之配位體結合位點。 16. 如請求項丨之方法，其中該離胺酸殘基不為催化性殘 基。 17·如請求項〖之方法，其中該配位體彈頭化合物具有式夏之 結構： 153333.doc 201134825
    其中 骨架為 a) 移除配位體中能夠結合或接心該隸體結合位 點之氫所產生的基團；或 b) 截短藥效®後所產生之配㈣之㈣效團的一部 分，以使得該骨架能夠結合或接近於該配位體結合位 點； 彈頭為視情況含有-或多個選自〇、之雜原子的 有機部分；該有機部分具有約14道爾頓（dalton)至約200 道爾頓之分子量；彈頭能夠與離胺酸殘基之側鏈一級胺 基反應；且彈頭經由繫鏈連接至骨架；且 繫鏈不存在、為一鍵或二價C1_C15飽和、不飽和、直 鏈、分支鏈、環狀、雙環、三環烷基、烯基、炔基；橋 聯雙環、雜環、雜芳基或芳基部分；其中視情況該烴鏈 之一或多個亞甲基單元獨立地經以下置換：_NR1_、-〇_、 -C(〇)_、-S-、-so-、-S〇2-、_c(=s)-或 CpNR,)-;視情 況一或多個氫獨立地經雜原子置換；且視情況該Ci_Cl5 炫·基之一或多個次曱基當存在時可獨立地經十置換； X為0、1或2 ; y為1、2或3 ;且 Ri為氫或CVCs统基； 153333.doc -4- 201134825 其限制條件為該式i化合物不為 渥曼青黴素（wortmannin):
    或經由與渥曼青黴素實質上相同之機制共價修飾離胺酸 之已知渥曼青黴素類似物：
    OH
    153333.doc 201134825
    153333.doc -6- <b 201134825
    任何基於該機制之不可逆抑制劑 或 1 8 ·如請求項1 7之方 之結構： 法，其_該配位體、 $領化合物 具有式I
    方法，其中 彈頭為移除式“、；一 19.如請求項18之 :-d e 、、 η 、 I-o 、 基團： g、I-h、 P q '* ' I-k ^ I-I . I_m . J_ I_s及I-t之化合物之氫所產生之
    153333.doc 201134825 其中 各Χι及X8獨立地為-〇-、-S-或-NR6-; 各X2獨立地為-R6、-〇R6或-NR6R7 ; ΛΛΛΛ ΛΛΛΛ 各Χ9獨立地為+Ν-丨-或-丨」一R6 ; 各R2、R3、R4、r5、r6、獨立地為氣或Ci C6^ 基；其中該q-C6烷基之一或多個亞曱基可經以下置 換：-NR】·、-〇-、_C(0)_、_S_、-S〇_、_s〇2 或 _c(=s)_ ; 該(^-0：6烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經+^十 置換； R!為氫或CVCs烷基； 其中視情況適當時R2、R3、R4、R5、r6、尺7及心中之 任何兩者當結合在一起時形成3至8員碳環或雜環或芳基 或雜芳基；且視情況X2與R2、R3及R4中之任一者當結合 在一起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基； A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或三環 之芳基或雜芳基；且 11為2_4之整數；各〜及助獨立地為〇·2之整數；n3為N2 之整數；n4為1·3之整數；且…、n]〇、n"及η。中之每一 者為0-1之整數；且⑴3為〇_2之整數，其中當該等前述n 整數中之任一者大於丨時，該整數所代表之相鄰碳可形 成單鍵或雙鍵。 20.如請求項19之方法’其中式pb及之該等化合物之尺2 及R3中之至少一者為氫。 21·如請求項19之方法，其中式I-a、wΗ 153333.doc 201134825 之該化合物為式11-3、11-13、11_(：、11-3、11-6、114、11-g、II-h、II-i、II-j、II-k、II-l、II-m、II-n、II-o、II-p'II-q、II-r、II-s、II-t、II-u、II_v、II-w、II-x、II-y、II-z、II-aa、II-bb、II-cc、II-dd、II-ee、II-ff、II-gg、II-hh、II-ii、II-jj、II-kk、11-11、II-mm、ΙΙ-nn、 II-oo或II-pp之化合物；
    其中 各m獨立地為0-4之整數； 153333.doc 201134825 各m5獨立地為0-3之整數； 各m4獨立地為〇-5之整數； 各n2獨立地為0-2之整數； 各 R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R1()、Rn、 Rl2、Rl3、Rl4及Ru獨立地為氫或CVC6烷基；Rz為氫、 Ci-〇6烧基、鹵素、cf3或硝基；其中 該Cl-C6烷基之一或多個亞甲基可經以下置換：_NRi_、 -Ο-、-C(O)-、-S-、-SO-、-S〇2-或 _C(=S)_ ;該心-匕烷基 I 之一或多個次甲基當存在時可獨立地經-卜y十置換； Ri為氫或Ci-C8燒基；且 視情況適當時 R2、R3、R4、R5、R6、R7、H” R1〇、Rm、R12、R13、Rl4及Ri5中之任何兩者當結合9 — 起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基。。— 22.如請求項19之方法’其巾式丨·^奴該化合 叫;式 ΠΙ-i之化合物； 或
    r7 r2 nuc
    ΙΙΙ-e lily
    其中 n3為0-2之整數； 153333.doc 201134825 各、r3、r4、R5、、心及化獨立地為氩或c丨_c6烷 基； 各B1 β2、β4及I獨立地為（：117或N且各63為NR7、ο 或S ; 21 Rz2 Rz3、Rz4&Rz5為氫、c丨-c6烷基、鹵素、 cf3或確基，· 該c〗-c6烷基之—或多個亞甲基可視 換：-NR】-、_〇、〜 c c A _ (0)-、-s-、-s〇-、-so2-或-cps)-;該 拖广之—或多個次甲基當存在時可獨立地經十tl置 一 燒基；且 視情況適當抽_ U 田時 R2、r3、r4、r5、R R 兩者當結合在R7及尺8中之任令 雜芳基。 _時’形成3至8員碳環或雜環或芳基^ 23.如請求項19 ' ΤΛ7 , 法’其中式I-h之該化厶榀* IV-b > iy.c 。物為式 IV-a 、iv-d、Iv e、IV_f 合物： g Iv-h或IV-i之>1
    153333.doc •11- 201134825 其中該化合物之I雜環上之任何可取代氫均可經烧基、 烧氧基、醢胺基、酿基、醯氧基、側氡基酿基或_素取 代。 24.如請求項19之方法，其中移除式La、Id、或之化 合物之虱所產生的該基團為式'^_3、^_(>、'\/1-<:、\^、¥· e、V-f、V-g、V_h、v-i 或 V-j之基團；
    V-g V-h V-i 其中 in〗及m2各自獨立地為〇至2之整數； 各 Κ·2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R1(^Rn 獨立 地為氫或(：1-(：6烷基； 該G-C6烧基之一或多個亞甲基可視情況經以下置 換：-NR]-、-〇·、_c(0)-、-S-、-SO-、-S02-或_c(=s)-; 該Ci-C6烧基之一或多個次曱基當存在時可獨立地經 ΛΛΛΛ •HH·置換； R!為氫或C^-Cs烷基；且 視情況適當時 R2、R3、R4、Κ·5、R6、R7、R8、R9、Ri〇 及Rii中之任何兩者當結合在一起時形成3至8員碳環或雜 153333.doc • 12- 201134825 環或芳基或雜芳基。 25.如請求項 19之方法，其 *Sl-a、I-b、I-c、I-d、I-e、I-f、I-g、I-h、I-i、I-j、I-k、1-1、I-m、I-n、I-o、I-p、 I-q、I-r、I-s及I-t之該等化合物係選自由以下組成之 群：
    153333.doc -13- 201134825
    000 其中任何可取代氫均可經如由式1-8、1-1)、1-(：、1-(1、1-e、I-f、I-g、I-h、I-i、I-j、I-k、1-1、I-m、. I-n、1-〇、 I-p、I-q、I-r、I-s及I-t中之R2-R8所定義之取代基取 代。 26.如請求項19之方法，其中移除式I-a、I-d、I-k或I-m之 化合物之氫所產生的該基團為式¥1-3、丫1-1)、¥1-(^、¥1-d ' VI-e ' VI-f ' VI-g ' Vl-h ' Vl-i > Vl-j ' Vl-k ' VI-1、Vl-m、Vl-n、VI-o、VI-p或 Vl-q之基團： 153333.doc 14- 201134825
    |\ VI-a Vl-b
    Vn’、 ^_vT.Cf0 1-NK^
    Vl-g VM Vl-f K Η- π n -!/a a今々d 0 〇 ^—0 0 Vl-i Vl-j Vl-k VI-1 Vl-m
    Vl-n
    VI-p°
    Vl-q 其中Rzz為氫、曱基、乙基、丙基、異丙基、環丙基、 -CH2OCH3及-CH2CH2OCH3。 27.如請求項19之方法，其中骨架係選自由以下組成之群： 式 VII、VIII、IX_a、IX-b、XI、XII、XVI、XVII、 XVIII、XIX、XX、XXI、XXII、XXIII、XXXIV、 XXV、XXVI、XXVII、XXVIII、XXIX、XXXVI 及 XXXVII。 Φ 28.如請求項18之方法，其中骨架為移除式VII化合物之一 或多個氫所產生之基團：
    VII 其中 V及 W各自獨立地為-(CRMR15)qX3(CRi6R17)r-; 153333.doc -15- 201134825 q及r各自獨立地為〇、1、2、3或4 ; X3 為-CR,8R丨9-或-NR20-;且 Rx、Ry、R丨2、R丨3、R丨4、R丨5、R〗6、r17、R丨8、Ri9及 R20各自獨立地為氫或q-Ce烷基；其中該〇^-(：6烷基之一 或多個亞甲基可經以下置換：-NR丨-、-0-、-C(O)-、_s_ 、_SC>_、'S〇2-、_C(=S)-、視情況經取代之芳基或雜芳 基十;該CVC6烷基之—或多個次甲基當存在時可獨立地經 •Μ-置換；叫為氫或Ci_C8烧基。 、- 29.如請求項28之方法 合物： 其中式VII之該化合物為式¥11_效化
    其中 ▽及W各自獨立地為_(CRmRi5VC3(cR47)。 q及Γ各自獨立地為〇、1、2、3或4; Γ χ3 為-CR丨 8R19·或 _Nr2〇_ ; P為0、1、2、3或 4; 立地 2“Rl3、Rl4、Rl5、Rl6、R”、R"、R—i 甲A;JCl_C6炫基；其中該Μ院基之-或“ 土 ° 經以下置換：-NRl_、_〇-、-c(o)-、_s.、_sc 153333.doc -16. 201134825 _ S Ο -、 、視情況經取代之芳基或雜芳基；該CV 6凡基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經十t丨置 Rl為氫或C〗-C8烷基；且； 為氣、Cl-C6烷基、鹵素、胺基或硝基；其中Ci-C6 院基之一+ 或多個亞甲基可視情況經以下置換：·Ν _〇· 、-C(0)-、ς 一為夕 _ ' _S〇_、-S〇2_或_C(=S)-;該匚广匕烷基之 3夕個次甲基當存在時可獨立地經+1 視愔、、w r* $見佚，且 環。彳^與1123結合在一起可形成4至8員碳環或雜 30.如請求項19 物· ，/、中式Γ之該化合物為式VII-b化合
    vn-b 其中 VAW各自獨立地為·(CRMUqX/CR丨6Rn)r·； q&r各自獨立地為0、1、2、3或4; X3為-CR丨8尺丨9_或_取2。·； P為〇、1、2、3或 4 ; 153333.doc 17 201134825 、R】9及R_2〇各自獨 Rl2 ' R13 ' R14 ' R15 ' R16 ' R1? ' R 立地為氫或CrC：6烷基；其中該c丨-C6烷基之一或多個亞 甲基可經以下置換：-NR丨-、·0_、_(：(〇>、_s_、_SC)_、 -scv、-c(=s)_、視情況經取代之芳基或雜芳基；該a· C6烷基之一或多個次曱基當存在時可獨立地經卜^:丨置 換； Ri為氫或c〗-c8烷基；且； R·23為氩、C丨-C6烧基、鹵素、胺基或石肖基；其中 烷基之一或多個亞曱基可視情況經以下置換：_NRi_、·〇_ 、-c(o)-、-s-、_so·、_s〇2-或·c(=s)__;該。'烷基之 或夕個次曱基當存在時可獨立地經+^十置換；且 視隋况尺^與尺23結合在一起可形成4至8員碳環或 環； 〆” τ為繫鍵；且 R\vh為彈頭。 31.如请求項3〇之方法 化合物； ’其中式Vll-b之該化合物為式VII_h
    32.如請求項31之方法 其中式VII-h之該化合物為式νιι^、 153333.doc 201134825 VII-k、VII-l、VII-m、VII-η 或 VII-o之化合物：
    33 ·如請求項3 1之方法，其中該化合物係選自由以下組成之 群：
    153333.doc -19 - 201134825
    VII-7 VII-8 VII-9
    VII-13 VII-14 VII-15 153333.doc -20- 201134825
    VII-16 VII-17 VII-18
    VII-19 VII-20 VII-21
    VII-22 VII-23 VII-24
    VII-25 VII-26 VII-27 153333.doc -21 - 201134825
    VII-32 VII-33
    VII-34 VII-38
    153333.doc -22·
    201134825
    VII-43 VII-44 153333.doc •23- 201134825
    VII-45 VII-46
    VII-49。 34.如請求項19之方法，其中骨架為移除式VIII化合物之氫 所產生之基團： 153333.doc -24- 201134825
    其中 X4為-CR33-或-N-;
    S及p各自獨立地為〇、1、2、3或4. 12 丨3 R2I R22、R“、R25、R26、R27、R28 R29、R3Q、R31、R32及R33各自獨立地為氫或Cl_C6烷基； R·23為氫、CVC6烷基、鹵素、胺基或硝基；其中h e 烧基之-或多個亞甲基可視情況經以下置換：_NR1、、o·6 、-C(〇)-、-S-、-s〇_、_s〇2”t_c(=s)_,;該 C1_C6烷基之 一或多個次甲基當存在時可獨立地經+1卜置換； Ri為虱或Ci-C8院基；且 視情況尺^與尺23結合在一起可形成4至8員碳環或雜 環0 ’、 35.如請求項18之方法，其_該式r之化合物為式v出 VIII-b之化合物： 竦 I53333.doc •25· 201134825
    其中 X 4 為" C R 3 3 -或-N -; s及p各自獨立地為ο、1、2、3或4 ;
    R,2、Rl3、R2 丨、R22、R24、R25、R26、R27、R28 及 R33 各自獨立地為氫或Ci-C6烷基； R23為氮、c丨-c：6院基、鹵素、胺基或硝基；其中c丨_C6 烷基之或多個亞甲基可視情況經以下置換：_NRi_、_〇_ (〇) _s·' -s〇-、-so2-或-c(=s)-;該 c】-c6烷基之 一或多個次甲基當存在時可獨立地經-丨ΐ丨-置換； Ri為氫或c】-c8烷基；且 視If況RZ1與尺23結合在一起可形成4至8員 滚；且 火嚷或雜
    彈頭為移除式J_a、I b、r c r d J e J f I Ι_ϊ、H、I_k、I-I、I_m、“、“、J p、J q I s及I-t之化合物之氫所產生之基團：
    153333.doc ·26· 201134825
    I-S I-t 其中 各Xl及χ8獨立地為-ο-、-S-或-NR6-; 各X2獨立地為-R6、_OR64_NR6R7 ; 各X9獨立地為U十或-丨」tRs ; …、中邊Cl-C6烷基之一或多個亞甲基可經以下置
    換：撕丨·、-〇-、-c(0)-、-s·、抓、KC(=S)-; 该CVC说基之—或多個:欠曱基當存在時可獨立 言 置換； β Ri為氫或CVCs烧基； 其中視情況適當時R2、R3、R4、R5、R6、m8k 任何兩者當結合在一起時形成3至8員碳環或雜環或 或雜芳基；且視情況x2_2、m4中之任_者當^ 在一起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基Q A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或=環 153333.doc -27· 201134825 之芳基或雜芳基；且 η為2_4之整數；各⑴及!^獨立地為〇_2之整數；2 之整數’ 114為1_3之整數，且n9、η丨〇、η丨丨及η丨2中之每 者為0-1之整數；且⑴3為〇_2之整數，其中當任一前述 整數大於丨時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙" 鍵。 36.如請求項35之方法， 選自由以下組成之群 其中式VIIKVI„_b之該化合物係 Boc
    HN
    VIII-1 VIII-2
    VIII-3 VIII-4 153333.doc -28. 201134825
    VIII-7。 37.如請求項19之方法，其中骨架為移除式IX-a或IX-b之化 合物之氫所產生之基團：
    其中 X5 為-〇-、-CR42R43 -或-NR42-， Rl2 ' Rl3 ' R27 ' R28 ' R-29 ' R-30 ' ^31 ' R-32 ' R-33 153333.doc -29- 201134825 R34、R35、R36、R”、R”、R39、R4。、&、及‘各 自獨立地為氫或Ci-C6烷基；其中c丨-C：6烷基之一 H 4夕個 亞甲基可視情況經以下置換：-NR丨_、-〇_、 _L(〇)-、-S- 、-SO-、-S〇2-或_c(=S)_ ;該匚,-^烷基之一 就十 签灸或多個次曱 卷虽存在時可獨立地經-|-N十置換； R1為氫或CrCs烷基；
    D、E、F、G及η各自獨立地為視情況經取代之芳某或 雜芳基；以WG稠合在一起形成視情況經取代 之芳基或雜芳基。 38.如請求項18之方法，其中該式！，之化合物為式 d之化合物： 》1X_
    Ri2、Rn、I,各自獨立地為氫或Ci_Ce烷基；其中c丨 C6院基之-或多個亞甲基可視情況經以下置換：视” 〇- -C(〇)·、-S-、-S0·、_s〇2-或-c(=s)_ ;該 Cl_C6^ 基之或多個次甲基當存在時可獨立地經备|·置換； Ri為氫或CVC8撰:基； F G及Η各自獨立地為視情況經取代之芳基或雜芳 153333.doc •30· 201134825 基；其中F與G稠合在一起形成視情況經取代之雙環之芳 基或雜芳基； T為繫鍵； R\vh為彈頭，其為移除式1-3、1-11、1-〇、1-6、1-6、1-f、I-g、Ι·Ιι、I-i、I-j、I-k、1-1、I-m、I-n、1-〇、I-p、 I-q、I-r、l_s及I-t之化合物之氫所產生之基團：
    ο
    l-s I-t 其中 各Xi及X8獨立地為_〇·、_s_或-Nr6·; 各X2獨立地為16、_〇尺6或以^ ; 各&獨立地為·卜7Γ+或l±:R6; 各R2、R3、r4、R5、R6、獨立地為氫或Cl·。烷 基’其中該c丨·c6燒基之一或多個亞甲基可經以下置 153333.doc -31- 201134825 -so-、 -S02-或-C(=s)-; 換：-NR】-、-〇-、-C(O)-、-s_、 該^成基之-或多個M基當存在時可獨立地經# 置換； Ri為氫或C「C8烷基； 其中視情況適當時R2、R3'R4、R5、R6、m〜 任何兩者當結合在i時形《3至8員碳環或雜環或芳基 或雜芳基；且視情況X2與I、心及尺4中之任一者當纟士人 在一起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基. A及B各自獨立地為視情況經取代之單雔 ^ 又艰或三環 之芳基或雜芳基；且 η為2-4之整數；各…及〜獨立地為〇_2之整數；〇為^ 2 之整數；W為1-3之整數；且η?、ηι〇、叫及〜2中^每—2 者為0-1之整數；且η丨3為〇·2之整數，其中春 丁田任一前述η 整數大於丨時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵 鍵。 又 39. 如請求項18之彳法，纟中該式Γ之化合物為式幻化人 物： °
    153333.doc -32- 201134825 其中 ρ為0至4之整數，u為1至4之整數； B6及B7各自獨立地為cr7或n ; &為氫、CVC6烷基、鹵素、胺基、硝基或 -NH(CO)NR78R79 ; 一 R70為氫、c】-c6烧基、鹵素、胺基、硝基； m2、R73、r74、R75、R76、R”、〜及‘各 自獨立地為氫或Cl_c6絲；Ri為氫或Ci.c成基；其中 該CVC6烷基之一或多個亞曱基可經以下置換：屮、 -Ο-、-C(〇)-、-S-、-SO-、_s〇2-或-C(=S、·兮广 η 4 5)丄，^Ci_c6烷基之 一或多個次甲基當存在時可獨立地經-丨-I丨-置換； 視情況R78與R79結合在一起形成4至8員碳環或雜環； τ為繫鏈；且 RWh為彈頭，其為移除式I-a、^、I-c、Ld、^、 f、ι-g、I-h、I-i、Η、w、“、I 〇 ] p I-q、I-r、I-s及I-t之化合物之氫所產生之基團： 153333.doc 33- 201134825
    Ο
    R3 I-f
    ο
    l*s Μ 其中 各χι及χ8獨立地為-〇-、-s-或-NR6·; 各X2獨立地為-R6、_〇尺6或_NR6R7 ; 各X9獨立地為如十或-丨」—r6 ; 各 R2、R3、R4、R5、r6 基；其中該Ci-C6烷基之 、R7&Rs獨立地為氫或c「c6烷 一或多個亞曱基可經以下置 換 -NR, •U-、 七(U)· S〇2K( = S)_ 該以6烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地“ 置換； ’ Ri為氫或CVCs烷基； 其令視情況適當時R2、Rm、r6、尺7及R8中 任何兩者當結合在-起時形成3至8員碳環或雜 或雜芳基；且視情況 153333.doc -34- 201134825 在一起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基； A及B各自獨立地為視情況經取代之 跫展或三環 之方基或雜芳基；且 n為2-4之整數；各…及&獨立地為〇-2之整數* . ，為 1 -2 之整數；n4為1-3之整數；且119、ηι〇、ηι丨及ηί2中之每一 者為0-1之整數；且⑴3為〇·2之整數，其中當任—前述η 整數大於1時’該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙 鍵。 4〇·如請求項39之方法，其中式XI之該化合物為式XI_a、 Xl-b或XI-c之化合物：
    41 ·如請求項4〇之方法’其令式ΧΙ-a、ΧΙ-b或XI-c之該化合 物為式 ΧΙ-d、ΧΙ-e、ΧΙ-f、ΧΙ-g、ΧΙ-h、ΧΙ-i 或 ΧΙ-j 之化 合物： 153333.doc •35- 201134825
    42.如請求項41之方法，其中式XI-d、XI-e、XI-f、XI-g、 XI-h、XI-i 或 XI-j 之該化合物為式 XI-k、XI-1、XI-m、 Xl-n、XI-o、XI_p或ΧΙ-q之化合物；
    153333.doc -36· 201134825
    其中 R88及R89各自獨立地為氫或C丨·C6燒基；Ri為氫或C!-C8 烷基； -0- 5亥CrC6烧基之一或多個亞曱基可經 、’c(0)-、、-s〇_、_s〇2_或 _c(==s)_ ; f CrC6烷基之—或多個次曱基當存在時可 十置換；且 苟立 115為0至3之整數。 、 Xi-t、 43.如請求項42之方法，其中式XI_d、XI-e、幻q XI_h、XI-i或幻-j之該化合物為式XI-r、Xl_s xi-u、χι-ν、xi_w.XI_x之化合物； 153333.doc .37· 201134825
    44.如請求項41之方法，其中式XI-d、XI-e、XI-f、XI-g、 XI-h、XI-i 或 XI-j 之該化合物為式 XI-y、XI-z、XI-aa 或 XI-bb之化合物；
    45.如請求項41之方法，其中式XI-d、XI-e、XI-f、XI-g、 153333.doc • 38 - 201134825 XI-h、ΧΙ-i 或 ΧΙ-j 之該化合物為式 XI-cc、XI-dd、ΧΙ-ee 或 XI-ff之化合物；
    46.如請求項39之方法，其中式XI之該化合物係選自由以下 組成之群·
    153333.doc -39^ 201134825
    XI-19
    XI-21
    0 0 0 0
    XI-23 XI-24 153333.doc ·40· -5 201134825
    XI-25 XI-26
    XI-29 XI-30 153333.doc •41 · 201134825
    XI-31 XI-32
    XI-33 XI-34
    153333.doc -42- 1 201134825
    • 43- 153333.doc 201134825
    XI-45 XI-46
    XI-47 o o
    N
    0 0 0 0
    XI-51 XI-52 153333.doc • 44· 201134825 Br、
    物 Xl-5
    Me Nhb 其中 心及汉2各自獨立地為氫或Cl_Cs烷基；其中該Ci_C6烷基 之一或多個亞甲基可經以下置換：_NRi_、_〇、_c(〇) _、 -S-、-SO-、_s〇2_或_c(=s)_ ;該^七烷基之一或多個次 ΛΛΛΛ 甲基當存在時可獨立地經-卜1H-置換； τ為繫鏈； Rwh 為彈頭’其為移除式1_3、1_1)、1_<;、1_(1、1_6、1- f、ι-g、I-h、I-i、I_j、I_k、1-1、I_rn、I-H、1-0、I-p、 I-q、I-i·、1_8及i_t之化合物之氫所產生之基團： 153333.doc ·45· 201134825
    I-S Μ
    其中 各Xl及Χ8獨立地為·〇_、-Sj_NR6_ ; 各X2獨立地為-R6、_〇尺6或_NR6R7 ; 各X9獨立地為ϋ十或-丨土·Re; 凡7及躅立地為氫或c 谷 Κ·2、r3、r4、R5
    基，其中該C丨-C6烷基之一或多個亞甲基可經以下 換：-Nm(0)_、_s·、_so·、_s〇2 或 c㈣) 該CrC6烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地蛵 置換； 。 R】為氫或CVC8烷基； 其中視情況適當時R2、R3、R4、R5、R6、R7^k :兩者當結合在-起時形成3至8員碳環或雜環 或雜♦基’·且視情況 I53333.doc -46 - 201134825 在一起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基； A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、产 叉衣或三環 之芳基或雜芳基；且 η為2-4之整數；各〜及!^獨立地為〇_2之整數；n為丄2 之整數；114為1-3之整數；且“、η丨〇、η"及η。中之每一 者為0-1之整數；且⑴3為〇_2之整數，盆中告紅 ^ 〆、丁田任一前述η 整數大於1時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙 鍵。 48·如請求項18之方法，其中該式Γ，之化合物為式 合物：
    其中 Rv為Η、視情況經取代之c^-C〗分支鍵或直鏈院基，或 視情況經取代之匚！-^分支鏈或直鏈醯基； T為繫鏈；且 RWh為彈頭，其為移除式1-8、1-1)、1-(：、1-(1、1-6、1-f、ϊ-g、I-h、I-i、I-j、I-k、1-1、I-ro、I-n、I_〇、I-p、 工-q、I-r、I-s及I-t之化合物之氫所產生之基團： 153333.doc • 47- 201134825
    各Xl及獨立地為_〇. 从- ΓΝΛ6_ 各Χ2獨立地為-R6、-〇r6或-nr6r7 ; 各X9獨立地為-卜A十或+J_Re; 各、R3、R4、R5、R6、gR8獨立地為氫或㈣烷 ,，其中該（VC6院基之—或多個亞f基可經以下置 該 c =Rl ·、·〇…C(〇)_、_s_、抓、鳥或-C(=S)-; ”置換？貌基之-或多個次甲基當存在時可獨立地經南 I53333.doc 院基 任何…η:〜〜㈣中之 或雜芳基Τ 3至8員碳環或雜環或芳基 •48· 201134825 在一起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基； A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環戈一 之芳基或雜芳基；且 晨 η為2-4之整數；各⑴及“獨立地為〇_2之整數；〜為^ 2 之整數；η4為1-3之整數；且幻、η丨〇、ηη及ηΐ2中之每—2 者為0-1之整數；且11〗3為〇_2之整數，其中當‘ 刖述η 整數大於1時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或錐 鍵。 —又 49.如請求項18之方法，其中該式！’之化合物係選自由以下組 成之群：
    50.如請求項19之方法，其中骨架為移除式XVI_a、XVI_b或 XVI-c之化合物之氫所產生之基團： 153333.doc 49- 201134825
    XVI-a
    R90、R9丨、R92、R93、R94、R95、r96、r97、r98、 R99、Rl00、R丨 〇2、R丨 〇4、R丨 〇5、R1〇6、Ri〇7、Ri〇8、r"9、 Rlio、R丨丨丨、R丨丨2、R丨丨3及R丨丨4各自獨立地為氫或C丨_c6烧 基；其中CrC6烷基之一或多個亞曱基可視情況經以下置 換：-NRr、_〇·、_c(〇)_、_s·、_S0·、_s〇2 或 _c( = s)_ ; R103為氫' C丨-C6烷基或C2-C8烯基； ^CrC6烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經 置換； Ri為氫或Ci-Cs烷基； 各Rigi及R丨。丨獨立地為氫、c丨-C6烷基、c2-c、陆·《 8;基、鹵 素、胺基、硝基、視情況經取代之芳基或雜芳烏. 116及117各自獨立地為〇至4之整數；且 n8為0至2之整數。 153333.doc •50· 201134825 合物為式XVI-d、 51.如請求項18之方法’其中該式j，之化 XVI-e或χνΐ-f之化合物：
    其中 Κ·9〇及R!〗4各自獨立地為氫或C丨_c6燒美. Rl03為虱、C]-C6烧基或C2_C8稀基； Rioi為氫、C〗-C6烷基、C2-C8烯基、鹵素、胺基、硝 基、視情況經取代之芳基或雜芳基；且 為0至4之整數； 118為0至2之整數； 其中匸丨-匕院基之一或多個亞曱基可視情況經以下置 換· -NR”、-〇_、-C(O)-、-S-、-SO·、·§〇2_ 或 · 153333.doc •51 · 201134825 且 Rwh 為彈頭，其為移除式1_3、1_13、1_(^、1_(1、14、1-I g、I-h、I-i、I-j、1-k、1-1、I-m、Ι-η、1-〇、I-p、 q、hr、1-8及之化合物之氫所產生之基團：
    其中 各X!及X8獨立地為·0_、-S_4_NR6_ ; 各x2獨立地為-R6、·〇尺6或_;^尺6117 ; 各X9獨立地為·Ηη_或-丨J—Re; 各R2、R3、R4、r5、R6、化及心獨立地為氫或^心烷 基’其中該CVC6院基之一或多個亞甲基可經以下置 換 m·、_c(0)_、各、·δ0…s〇2 或 _c(=s)_ · 該C丨-c6烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經南- 153333.doc •52· 201134825 置換； Ri為氫或cvc8烷基； 其中視情況適當時R2、Rm r6、中之 任何兩者當結合在一起時形成3至8員碳環或雜環或芳基 或雜芳基；且視情況&與R2、m4中之任-者當結: 在起時形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基； A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或三環 之芳基或雜芳基；且 η為2-4之整數；各〜及以獨立地為〇_2之整數；〜為^·^ 之整數；η4為1-3之整數；且η9、ηι0、η"及ηΐ2中之每— 者為0-1之整數；且以3為0-2之整數，其中當任一前述η 整數大於1時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙 鍵；且 Τ為繫鏈。 52.如請求項5 i之方法，其中式XVI-d、XVI-e或XVI_f之該 化合物為式XVI-g、XVI-h或XVI-i之化合物： 153333.doc •53· 201134825
    53.如請求項18之方法，其中式XVI-d、XVI-e或XVI-f之該 化合物係選自由以下組成之群：
    153333.doc • 54· 201134825
    153333.doc -55- 201134825
    XVI-8 XVI-7
    XVI-9
    XVI-10 153333.doc -56- S 201134825
    153333.doc •57- 201134825
    XVI-17 XVI-18
    153333.doc -58 - c: 201134825
    XVI-21 XVI-22 153333.doc -59- 201134825
    54.如請求項18之方法，其中該式Γ之化合物為式XXII-a、式 XXII-b或式XXII-c之化合物： 153333.doc -60- 201134825
    其中 式 XXII-a及式 XXII-b之 η、m、Λ 办上 各自獨立地為〇、
    1、2、3 ·，其限制條件為η與q不同味 ⑽； 時為〇,且m與q不同時 T為繫鏈；
    Rwh為彈頭且為移除式I-a [-g、I-h、I-i、I-j、1_让、τ b、i. m q O. 、I-r、I-s及I-t之化合物之氫 d、I-e、I· I-o、I-p o
    1-b I-c R2 R3
    153333.doc * 61 201134825 其中 各x丨及獨立地為-〇-、-s-或-nr6_ . 各X2獨立地為-R6、-or6或-nr6r7 ; 各X9獨立地為-丨-N-丨-或·丨」一r6 · 叫儿地马氫或C丨- C<t:拉 基；其中該C,-C6院基之一或多 A .. 此〒基可經以下罟 換：视丨-、·〇·、_c(0)_、_s_、s〇_ s〇2-或-c(=s)-; I ,-c6烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立 置換； ξ Ri為虱或Ci-C8烷基； 其中視情況適當時R2、R3、R4、R5、R6、R7^k 任何兩者當結合在—起時形成3至8員碳環或雜環或芳基 或雜芳基；且視情況χ2與H及RJ之卜者當社入 在一起時，形成3至8員碳環或雜環或芳基或料基；° Α及Β各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或 之芳基或雜芳基；且 η為2-4之整數；各〜及以獨立地為〇_2之整數、為μ 之整數；〜為卜3之整數；且^、〜。、叫及η12中之每— 者為〇-1之整數’·且η,3為〇·2之整數，其中當任一前述η 整數大於1時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙 Α2為視情況經取代之選自以下之環：具有_或兩個獨 立地選自H、氧或硫之雜原子的4,飽和或部分不飽和 雜環’或具有至少-個氮、至少一個氧及視情況存在之 153333.doc -62. 201134825 1-2個獨立地選自氮、氧或硫之其他雜原子的5·1〇員飽和 或部分不飽和橋聯雙環雜環； Β·為視情況經取代之選自以下之基團：苯基、8至1〇員 雙環芳環、具有1-4個獨立地選自&、氧或硫之雜原子的 5至6員雜芳環，或具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜 原子的8至ίο員雙環雜芳環；4_T Rwh;且 C為氫或視情況經取代之選自以下之環：3至7員飽和 或部刀不飽和碳環、7至1〇員飽和或部分不飽和雙環碳 衣具有1-2個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的*至7員 飽和或口P分不飽和雜環、具有卜3個獨立地選自氮、氧或 瓜之雜原子的7至丨Q貢飽和或部分不飽和雙環雜環、苯 土 8至1〇員雙環芳環、具有1-3個獨立地選自氮氧或 :之雜原子的5至6員雜芳環，或具有Μ個獨立地選自 、氧或硫之雜原子的8至㈣雙環雜芳環。 ^如請求項54之方法，其中式xxn_a、腦如xxn_c之 該化合物係選自由以下組成之群：.
    153333.doc •63· 201134825
    153333.doc • 64- ο 201134825
    XXII-9 XXII-10
    XXII-13 XXII-14 153333.doc -65- 201134825
    XXII-15 XXII-16
    rK XXII-19 153333.doc -66- 201134825
    ΧΧΙΙ-22 ΧΧΙΙ-23
    ΧΧΙΙ-24 ΧΧΙΙ-25 153333.doc •67- 201134825
    ΧΧΙΙ-26 η
    153333.doc •68- 201134825
    XXII-34 〇
    56.如請求項18之方法，其中該式Γ之化合物為式XXIII化合 物： 0
    其中： 153333.doc -69· 201134825 RWh為彈頭，其為移除式1_3、1-»)、1-(；、1-(1、1_6、1-f、I-g、I-h、I-i、I-j、Lk、ϊ·ι、Ι-m、ϊ_η、](_〇、I p、 1-q、i-r、I_s及I_t之化合物之氫所產生之基團：
    l-s I-t 其中 各X丨及X8獨立地為_〇_、_3_或_：^116_ ; 各χ2獨立地為劣6、-OR6或-NR6R7 ; Λ/Ιλλ I 各X9獨立地為-丨-A十或_plR6 ; 各R2、R3、r4' R5、R6、心及以獨立地為氫或^心烷 基，其中該Cl-C6烷基之一或多個亞甲基可經以下置 換：-NR,、-〇-、_c(0)_、_s_、_s〇_、_s〇2 或 _c(=s)_ ; 該CrC6烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經·卜t十 置換； 153333.doc -70- 201134825 Ri為氫或cvc8烷基； 其中視情況適當時R2、r3、R4、R5、R6、尺7及R8中之 任何兩者當結合在一起時，形成3至8員碳環或雜環或芳 基或雜芳基；且視情況X2與I、尺3及1中之任一者當結 合在一起時，形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基胃^ A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或三環 之芳基或雜芳基；且 η為2-4之整數；各〜及〜獨立地為〇_2之整數；^為Μ
    η"及n】2中之每_ 其中當任一前述η 之整數；n4為1-3之整數；且〜、n1() 者為0-1之整數；且⑴3為〇_2之整數， 整數大於1時’該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙 鍵； Κ·201為氫或Cw烷基； Rm為氫或視情況經取代之選自以下之基團：Cw烷 基、c丨.6烷氧基或（C丨_6伸烷基）_r2〇3 ;或 • R2G丨及R2G2與插入碳結合在一起形成視情況經取代之選 自以下之環：3至7員碳環或具有卜2個獨立地選自氮、氧 或硫之雜原子的4至7員雜環； R2〇3為3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至1〇員飽和或 部分不飽和雙環碳環、具有Η個獨立地選自氮、氧或疏 之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有卜3個獨 立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至1()貢飽和或部分不 飽和雙環雜環、苯基、8至1〇員雙環芳環、具有卜3個獨 立地選自t、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有 153333.doc •71- 201134825 1-4個獨立地選自氮、氡或硫之雜原子的8至1〇員雙環雜 芳環；且 環A6不存在、或為視情況經取代之選自以下之基團： 具有1-2個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員雜 環’或具有1-3個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6 員雜芳環。 57. 153333.doc 如請求項56之方法，其中式XXIII之該化合物係選自由 以下組成之群：
    XXIII-1
    -72- 201134825
    153333.doc ·73· 201134825
    XXIII-6 XXIII-7 Π
    XXIII-8。 5 8.如請求項18之方法，其中該式Γ之化合物為式XXIV-a或 式XXIV-b之化合物：
    (R206)n XXIV-a / R204
    (R206)n 153333.doc -74- 201134825 其中 Rwh為彈頭，其為移除式f_a、i-b、fc、l d、 f、I-g、j_h、、J_j、r_k、置-I、I-m、I-n、I-〇、ι· I-q、I-r、Ι-s及I-t之化合物之氫所產生之基團：
    其中 各Χι及X8獨立地為_〇_、-S-或-NR6_ ; 各χ2獨立地為-R6、-0R6或-NR6R7 ; 各X9獨立地為十或-丨丄Re ; A各：：二、R4、R5、R6、〜及R8獨立地為氫或LC為 …中叫c6烷基之一或多個亞甲基可經以下置 換m .叫、各、娘、鳥或-c(=s)-; 該CVM基之-或多個次甲基當存在時可獨立地經由 153333.doc • 75- 201134825 置換； K1為氫或C^-Cs烧基； 其中視情況適當時R2、R3、R4、R5、R6、R7^k 7兩者當結合在-起時’形成⑴員碳環或雜環或芳 基或雜芳基；且視情況乂机、gR4中之任_者當姓 合在-起時，形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基:’。 A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或三 之芳基或雜芳基；且 —々 η為2-4之整數；各ηι及n2獨立地為0-2之整數；Al 之整數；以為^之整數.且n , 為2 ^级，且η9、π丨〇、η"及ni2中之每一 者為0-1之整數；且叫為〇_2之整數，其中當任—前述n 整數大於1時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙 鍵； X R2〇4為氫或視情況經取代之選自以下之基團：Cw脂族 基、_(CH2)m-(3至7員飽和或部分不飽和碳環）' _(CH2)m_ (7至10員飽和或部分不飽和雙環碳環）、_(CH2)m (具有卜 2個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員飽和或部 分不飽和雜環）、-(CH2)m-(具有1_3個獨立地選自氮、氧 或硫之雜原子的7至10員飽和或部分不飽和雙環雜環）、 -(CH2)m-苯基、_(CH2)m_(8 至 1〇 員雙環芳環）、_(cH2)m_ (具有1-3個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜 芳環）或-(CH2)^^具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜 原子的8至10員雙環雜芳環）； 各 R205 及 R206獨立地為 _R"、函素、_n〇2、-CN、-OR"、 153333.doc -76- 201134825 -SR"、-N(R")2、·(：(〇)!{_"、_c〇2R"、-C(0)C(0)R"、 -C(0)CH2C(0)R"、_s(〇)R"、_s(〇)2R·’、-c(〇)N(R")2、 -so2n(r’’)2、-oc(o)r"、-N(R")C(0)R"、-N(R")N(R")2、 -N(R")C(=NR")N(R")2 . -C(=NR")N(R")2 ' -C=NOR" ' -N(R")C(0)N(R")2、-N(R’’)s〇2N(R")2、-N(R")s〇2R"或 -0C(0)N(R")2 ； 各RM獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基團： φ Cl·6脂族基、3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至10員飽 和或部分不飽和雙環碳環、具有1_2個獨立地選自氮、氧 或硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有^ 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至1〇員飽和或部 分不飽和雙環雜環、苯基、8至1〇員雙環芳環、具有13 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環’或 具有1·4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙 環雜芳環；或 • 同一氮上之兩個R,’基團與其所連接之該氮結合在—起 形成具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的視情況 經取代之5-8員飽和、部分不飽和或芳族環； m為包括〇至包括6之整數； XXIV·3或式XXIV-b之各η獨立地為〇、1或2;且 %Α5為具有I-2個氮之視情況經取代之6員雜環或雜芳 環。 ” 59.如請求項58之方法，其中式χχιν·&或式xxiv_b之該化 合物係選自由以下組成之群： 153333.doc -77- 201134825
    60.如請求項18之方法，其中該式Γ之化合物為式XXV化合 物：
    (R206)n 153333.doc -78 - 201134825 其中 RWh為彈頭，其為移除式、υ、i-c、u、 i、e f、I-g、I-h、I_i、工-j、、Ι-η、J 〇 A' I-q、I-r、I-s及i_t之化合物之氫所產生之基團：
    Ο
    l*s I*t
    其中 各Xl及χ8獨立地為-ο-、-s-或-NR6-; 各χ2獨立地為-R6、-OR6或-NR6R7 ; 各X9獨立地為或-丨」tRe; 廿Λ: 3、Κ·4、R5、R6、尺7及R8獨立地為氫 基：其中該…基之一或多個亞甲基可經：， 換.-NRr、_〇_、_c(〇)_、_s_、s〇· 置 au2-或 _c(=s)_ . “ Ci C6烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經痛· 153333.doc •79· 201134825 置換； R1為氫或CVCs烧基； 其中視情況適當時R2、R3、R4、R5、R6、R7^k 任何兩者當結合在一起時，形成3至8員碳環或雜環或芳 :或雜芳基；且視情況橡2、咖4中之任一者當結 合在一起時，形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基；° A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或三環 之芳基或雜芳基；且 、 η為2-4之整數；各ni及h獨立地為0-2之整數；〜為1-2 之整數；n4M_3之整數；且以^丨及^中之每― 者為0 1之整數，且ηπ為〇_2之整數，其中當任一前述〇整 數大於1時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙鍵； 各R2〇5及R206獨立地為_Rn、鹵素、·Ν〇2、_CN、 -OR、-SR、-N(R")2、-C(〇)R"、_c〇2R"、_c(〇)c(〇)R"、 -C(0)CH2C(0)R”、-S(0)R"、_s(〇)2R"、_c(〇)N(R")2、 -S02N(R")2、-〇c⑼R"、_N(R")c(〇)R"、_N(Rm、 •N(R")C(=NR")N(R")2、_c(=NR")N(R")2、-C=NOR，'、 -N(R")C(0)N(R")2、-N(R'’)S〇2N(RM)2、-n(rm)so2rm 或 -〇C(0)N(R")2 ; 各RM獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基團： C!·6脂族基、3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至10員飽 和或部分不飽和雙環碳環、具有1 _2個獨立地選自氮、氧 或硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有1-3 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至1〇員飽和或部 153333.doc -80 - 201134825 分不飽和雙環雜環、苯基、 個獨立地撰“ $ 雙環芳環、具有卜3 且右 、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或 二-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的⑴ 環雜芳環；或 夂 人^況’同_氮上之兩個Rn基團與其所連接之該氮結 α -起形成具有1·4個獨立地選自t '氧或硫之雜 的視情況經取代之5·8員飽和、部分不飽和或芳族環^ m為包括0至包括6之整數；
    式XXV之各η獨立地為〇、1或2 ;且 環Α為具有1-2個氮之視情況經取代之6員雜環或雜芳環。 61.如凊求項60之方法，其中式XXV之該化合物係選自由以 下組成之群：
    153333.doc 201134825
    62.如請求項18之方法，其中該式Γ之化合物為式XXVII化合 物：
    XXVII， 其中： Τ為繫鏈； Rwh 為彈頭，其為移除式1-3、1-1)、1-<;、1-(1、14、1-f、I-g、I-h、I-i、I-j、I-k、1-1、I-m、I-n、1-〇、I-p、 I-q、I-r、I-s及I-t之化合物之氫所產生之基團：
    153333.doc •82- 201134825
    其中
    各又丨及心獨立地為_〇…_s或· 各X2獨立地為-r6、_OR64 6. 、 ‘ 丄 βϊ^7 y 各X9獨立地為-丨十或-卜L_Re . 各 R2、R3、R4、r5、R6、R 其.甘士斗p 及汉8獨立地為氫或CVC,泸 基，其中該CVC6烷基之—或 揸· ^ 一飞夕個亞甲基可經以下詈 換.-NR】-、_〇_、_c(0)_、s· 卜置 ◦ -、_ s 〇 2 -或 _ d (=§、. 該匚丨_(：6烷基之一或多個次甲某 置換； 7基曰存在時可獨立地經-丨；Γ+ Ri為氫或c^-Cs烷基； 其中視情況適當時R2、R 及 ,y 4、R5、R6、心及厌8中之 任何兩者當結合在一起時，形点 〈 形成3至8員碳環或雜環 基或雜芳基；且視情叫叫、Μ、中之任_者當: 合在-起時，形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基'結 A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或=’ 之芳基或雜芳基；且 環 η為2-4之整數；各ηι及η2獨立地為〇_2之整數； ，^^3 ^ 1^2 之整數；n4為1-3之整數；且n9、n10、nn&n丨2中之每— 153333.doc -83* 201134825 為1之整數；且Πη為〇_2之整數，其中當任—< 整數大於1時，該整數所代表之相鄰碳可 ⑴述η 鍵。 ❿驭皁鰱或雙 63·如清求項62之方法，其中式XXVII之該化合物係選自由 以下組成之群：
    153333.doc • 84- 201134825 其中該式Γ之化合物為式XXXVII化 64.如請求項18之方法 合物：
    ^^Rwh τ
    XXXVII， 其中 τ為繫鏈； Rwh 為彈頭’其為移除式 I-a、1-b、Ι-C、Ι-d、I-e、1_ f I g U、Ι·ϊ、i_j、、i-l、I-m、I-n、I-o、i-p、 I-q、I-r、1-8及I-t之化合物之氫所產生之基團： 0
    I-c I-e Ut
    153333.doc •85 201134825
    各x】及又8獨立地為_0-、_s或_机·： 各X2獨立地為·!r偶或·nr而； 各A獨立地為-丨十或-!」tR6; 各:2、R3、r4、r5、R6' 獨立 基；其中該C丨-c6烷美之.., ^Cl 換：-仰。 或多個亞甲基可經以下置 換叫、_〇、,·、』、_s〇、餐或· 該〇〗-(：6烷基之一或多個 置換丨 人^基田存在時可獨立地經-|冬|- 反丨為氫或c丨-c8烷基； 其中視情況適當時R、R R t t 3 K4 R5、R6、RAR8 中之 任何兩者當結合在一起時， ^ ^ ^形成3至8員碳環或雜環或芳 土或雜芳基；且視情況又獻2、RAR4中之任—者當結 合在一起時’形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基Y A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或三環 之芳基或雜芳基；且 彈頭中之η為2-4之整數；各以及“獨立地為〇_2之整 數；“為丨^之整數；η4為1-3之整數；且助、ηι〇、&丨及 〜2中之每一者為〇4之整數；且nu為〇 2之整數，其中當 任一前述η整數大於1時，該整數所代表之相鄰碳可形成 單鍵或雙鍵；且 153333.doc -86 - 201134825 式XXXVII中之各η為0、1或2。 65.如請求項64之方法，其中式XXXVII之該化合物係選自由 以下組成之群：
    XXXVII-1 η
    XXXVII-2
    Ω
    XXXVII-4 153333.doc -87 201134825
    XXXVII-5。 66. —種設計共價結合目標蛋白質之離胺酸殘基的配位體之 方法，該方法包含： A) 提供在目標蛋白質中之配位體結合位點中或附近對 接之可逆性配位體的結構模型，其中該可逆性配位體產 生至少一個與該配位體結合位點之非共價接觸； B) 鑑別處於該目標蛋白質之該配位體結合位點中或附 近的離胺酸殘基’其中當該可逆性配位體在該配位體結 合位點中或附近對接時，該離胺酸殘基鄰接該可逆性配 位體； C) 產生在該配位體結合位點中或附近對接之複數種配 位體·彈頭化合物之結構模型，其中各配位體-彈頭化合 物包含彈頭共價連接至步驟中該可逆性配位體之可取 代位置’該彈頭包含反應性化學部分及視情況存在之連 接子； D) 在步驟C)中之該等結構模型中鑑別至少一種配位體_ 彈頭化合物’其結構模型使步驟B)中該離胺酸殘基之側 鍵一級胺基處於彈頭親電子劑之鍵結距離以内；及 I53333.doc 201134825 E) 在步驟D)中鑑別之該等結構模型中進一步鑑別處於 該配位體結合位點中或附近之含氫鍵供體的胺基酸殘 基，其中該氫鍵供體部分處於該彈頭親電子劑之氫鍵結 距離以内，及/或步驟D)中鑑別之該離胺酸殘基之該側鍵 級胺基的庫to相互作用距離（Coulombic interaction distance)以内。 67_如請求項66之方法，其進一步包含： F) 針對步驟E)所鑑別之配位體-彈頭化合物，形成配位 體·蛋白質共價加合物，其係在步驟B)所鑑別之該離胺酸 殘基之該側键一級胺基與該彈頭親電子劑之間形成共價 鍵；以及在該氫鍵供體部分與該彈頭親電子劑之間形成 氯鍵，或在該氫鍵供體部分與步驟D)所鑑別該離胺酸殘 基之該側鏈一級胺基之間形成氫鍵，同時實質上維持該 配位體之藥效團與該配位體結合位點之間的非共價相互 作用。
    如請求項67之方法，其進一步包含： G) 藉由分析該所得構形之整體能量來評估該配位體-蛋 白質共價加合物之所得構形。 69. 70. 71. 如清求項68之方法，其中由步驟A)_G)迭代變化形成該 連接子，且其中該所得構形之整體能量小於前一迭代。 ^清求項66之方法，其中該含氫鍵供體之胺基酸殘基為 月匕夠充田氫鍵供體之任何胺基酸殘基。 膏求項66之方法’其中該含氫鍵供體之胺基酸殘基係 選^自由精> 厢^西念 毁、離胺酸、蘇胺酸、絲胺酸、組胺酸及酪 153333.doc •89· 201134825 胺Sic組成之群。 72. 如請求 ^ ’ 71之方法，其中該含氫鍵供體之胺基酸殘基係 選自由精胺酸及離胺酸組成之群。 73. 如μ求項66之方法，其中該目標蛋白質係選自由ΧΙΑΡ、 ML_IAP、PDPK1 及 ΡΙ3Κβ/γ 組成之群。 74. 如凊求項73之方法，其中該目標蛋白質為ΧΙΑΡ且該所鑑 別之離胺酸為Κ297或Κ299。 75. 如請求項66之方法，其中該配位體_彈頭化合物係選自由 以下組成之群：VII、VIII、IX_a、IX b、χι χιι XVI、xVII、xvm、XIX、χχ、XXI、χχπ χχ出 xxxiv、XXV、XXVI、XXVII、χχνιπ χχιχ XXXVI及 XXXVII。 76·如請求項66之方法，其中該彈頭為移除式丨^^^^^ h、：!-〇、ϊ-ρ、^、kU及U之化合物之氮所產生 之基團：
    I-a
    Η A—=—R2
    153333.doc ·90· 201134825
    合λι及Xs獨立地為·〇 « · -nr6.
    各X2獨立地為y°R6或撕而·， 各A獨立地為或-丨±%; 其：^〜〜〜〜及〜獨立地為氫仏。 基；其中該Cl.C6烧基之—或多個亞甲^ 1 6: 換：-NRl-、_〇_、_c⑼…·s、s〇、^ 經=下- =⑽之一或多個次甲基當存在時可;蜀立:二 其中視情況適當時r2、R3、R4、Rs、 任何兩者當結合在一起時， 7 8 ^ f形成3至8員碳環或雜環或 基或雜芳基；且視情況X獻2、中之任—者L 合在一起時，形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基田 A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或二 之芳基或雜芳基；且 η為2-4之整數；各〜及!!2獨立地為〇2之整數；〜為 之整數；…為^之整數；且η9、ηι〇、η"及ni2中^每 153333.doc -91· 201134825 者為0-1之整數，·且η丨3為0-2之整數，其中當任一前述n 整數大於1時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵或雙 鍵。 & 77. 如請求項76之方法，其中該彈頭為移除式化合物之氫 所產生之基團且又2為_;^1^6117。 78. —種鑑別至少一種蛋白質内之至少一個離胺酸殘基之方 法，其中該至少一個所鑑別離胺酸可經共價修飾，該方 法包含： A) 鑑別至少一種具有配位體結合位點之蛋白質； B) 提供該所鑑別蛋白質之三維結構模型； C) 使可逆性配位體在該結構模型中該所鑑別蛋白質之 配位體結合位點中或附近對接，其令該可逆性配位體產 生至少一個與該配位體結合位點之非共價接觸，藉此產 生可逆性配位體結合於或接近於所鑑別蛋白質之配位體 結合位點的結構模型；及 D) 在可逆性配位體結合於或接近於所鑑別蛋白質之配 位體結合位點的該結構模$中鑑別一或多㈤處於該所鑑 別蛋白質之该配位體結合位點中或附近的離胺酸殘基， 其中该離胺酸殘基距該可逆性配位體小於約丨5 A。 79. 如清求項78之方法’其包含鐘別複數種具有結構上同源 之配位體結合位點之蛋白質。 80. 如請求項79之方法，其中該方法包含 A) 提供至少一種該等所鑑別蛋白質之三維結構模型； B) 使可逆性配位體在至少一種該等所鑑別蛋白質之該 153333.doc 201134825 配位體結合位點之該結構模型中或附近對接，其中該可 逆性配位體產生至少一個與該配位體结合位點之非共價 接觸’藉此產生可逆性配位體結合於或接近於所鑑別蛋 白質之配位體結合位點的結構模型；及 c)在可逆性配位體結合於或接近於所鑑別蛋白質之配 位體結合位點的該結構模型中鑑別一或多個處於該所鑑 別蛋白質之該配位體結合位點中或附近的離胺酸殘基， 其中該離胺酸殘基距該可逆性配位體小於約丨5人。 8 1.如請求項80之方法，其中該方法包含比較該複數種所鑑 別蛋白質中一種以上之該等同源性配位體結合位點之三 維等效胺基酸位置，及決定在該等所鑑別蛋白質之該等 配位體結合位點中或附近該離胺酸殘基之分佈 (prevalence) ° 82.如請求項81之方法，其中在該等所鑑別蛋白質之該等配
    位體結合位點中或附近該離胺酸殘基的分佈僅出現在一 種該等所鑑別蛋白質中。 83. 如凊求項81之方法，其中在該等所鑑別蛋白質之該等配 位體結合位點中或附近該離胺酸殘基的分佈出現在一種 以上該等所鑑別蛋白質中。 84. 如請求項81之方法，其中在該等所鑑別蛋白質之該等配 位體結合位點中或附近該離胺酸殘基的分佈出現於 10%的該等所鏗別蛋白質中。 、 85·如請求項81之方法，Μ在該等所鑑料自質之該等配 位體結合位點中或附近該離胺酸殘基的分佈出現在少於 153333.doc -93- 201134825 50%的該等所鑑別蛋白質中。 86. 87. 88. 89. 90. 91. mr1之方法’其中在該等所㈣蛋白質之該等配 Μ位點中或附近該離胺酸殘基的分佈出現於 50%的該等所鑑別蛋白質中。 ； 如請求項81之方法，其中在該等所鑑別蛋白質之該等配 位體結合位點中或附近該離胺酸殘基的分佈出現在多於 75%的該等所鑑別蛋白質中。 ； 如請求項81之方法，其中在該等所鑑別蛋白質之該等配 位體結合位點中或附近該離胺酸殘基的分佈出現在所有 該等所鑑別蛋白質中。 如請求項78之方法，其中該蛋白質係選自由以下組成之 群：BCL-2、鈣蛋白酶、卡斯蛋白酶、組織蛋白酶、 HCV、HDAC、HSP70、HSP90、ΙΑΡ、激酶、MDM2、 MMP、NHR、ΡΙ3Κβ/γ、磷酸酶、pARP及 HIV蛋白酶。 如請求項89之方法，其中該蛋白質係選自由χΐΑρ、 ΡΙ3Κ、PDPK1 及 HCV-NS3 組成之群。 一種選擇可與蛋白質配位體結合位點内之目標離胺酸結 合之彈頭的方法，該方法包含 (a) 鑑別至少一種具有配位體結合位點之蛋白質； (b) 提供該所鑑別蛋白質之三維結構模型； (c) 鑑別至少一個處於步驟之該配位體結合位點中或 附近的離胺酸之位置； (d) 提供至少一個接近於該至少一個所鑑別離胺酸之彈 頭； 153333.doc •94- 201134825 Ο)在該至少一個所鑑別離胺酸之一級胺的鍵結距離以 内對準該彈頭之親電子性原子； (f) 在該彈頭之親電子性原子與該至少一個離胺酸之一 級胺之間形成共價鍵； (g) 在步驟（f)之該共價連接彈頭的15 A以内，使可逆性 配位體在該所鑑別蛋白質之配位體結合位點中對接，其 中該可逆性配位體與該配位體結合位點主要保持已知非 共價相互作用； (h) 對準該配位體與步驟（f)之該共價結合彈頭的最接近 原子，且提供在該配位體與步驟（f)之該共價結合彈頭之 間設計繫鏈時所需要的幾何條件，其亦與該彈頭與該配 位體之間的區域中之蛋白質表面互補。 92. —種共價修飾處於蛋白質之配位體結合位點中或附近之 離胺酸殘基的方法，該方法包含： A)使式I化合物：
    與含有處於聚合蛋白質之配位體結合位點中或附近之離 胺酸殘基的蛋白質接觸； B)在該離胺酸殘基之側鏈一級胺基與該化合物之彈_ 之間形成共價鍵； # 其中 骨架為 153333.doc •95- 201134825 a) 由能夠結合於或接近於該配位體結合位點之配位 體移除氫後所產生的基困；或 b) 截短藥效團後所產生配位體之藥效團的一部分， 以使得該骨架能夠結合於或接近於該配位體結合位 點； 彈頭為視情況含有一或多個選自〇、N及s之雜原子的 有機部分；該有機部分具有約14道爾頓至約2〇〇道爾頓 之分子量’彈頭能夠與離胺酸殘基之側鏈一級胺基反 應；且彈頭經由繫鏈連接至骨架； 繫鏈不存在、為一鍵或二價Cl_Ci5飽和、不飽和、直 鏈、分支鏈、環狀、雙環或三環烴部分；其中視情況該 煙鍵之一或多個亞甲基單元獨立地經以下置換：_NRi·、 -〇-、-C⑼-、-s-、-SO-、-S02-、-c(=s)_ 或(：(=服,)_ ;視 情況一或多個氩獨立地經雜原子置換；且視情況el_c15 烷基之一或多個次曱基當存在時可獨立地經-丨4十置換； X為〇、1或2 ; y為1、2或3;且 Ri為氫或Κ8烧基； 其中該式I化合物不為經由共價結合離胺酸之固有能力 發揮其生物作用的天然存在之化合物；該式〗化合物亦不 為主要基於胺基酸核苷/核苷酸衍生藥物、簡單離胺酸烷 基化劑、酐、類固醇衍生離胺酸烷基化劑或基於糖之離 胺酸烷基化劑的天然或合成化合物， 其限制條件為該式I化合物不為 153333.doc 201134825 渥曼青黴素：
    經由與渥曼青黴素實質上相同之機制共價修飾離胺酸之 已知渥曼青黴素類似物：
    153333.doc -97- 201134825
    153333.doc • 98 - s 201134825
    94.如請求項93 I-d、I 93.如請求項92之方法，其中該式i化合物
    η •e •ο 、 之方法， 。 ’其中彈頭為移降 I-f、I 夕降式 ϊ-a、I-b、I-c g、ϊ-h、I]、•P、_ J 、1-1、I-m、 基團： r I_s& I_t之化合物之氮所產生 之
    I-d
    复·β
    I-f Ra
    1-k
    I-l
    I-p
    153333.doc 99 201134825 其中 各XJX8獨立地為_〇·、_s•或视6_; 各χ2獨立地為·R6、·〇Ι^或-NR6R7 ; 各X9獨立地為·卜7Γ十或·丨:tRe; 基各^中^、R4、R5 ' R6、^及R8獨立地為氫或W成 ，其中該CVC6烷基之一或多個 τ基可經以下置 ^ _NRm⑼·、n、nc(=s)_; 炫基之—或多個次甲基當存在時可獨立地經-A- 置換； Rl為氫或Ci-C8貌基； 其中視情況適當時R2、m R6、尺7及R8中之 任何兩者當結合在一起時，形成3至8員碳環或雜環或芳 ^或雜芳基；且視情％XAR2、R^R4中之任_者當結 合在一起時，形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基； A及B各自獨立地為視情況經取代之單環、雙環或三環 之芳基或雜芳基；且 η為2·4之整數；各h及〜獨立地為〇2之整數；〜為1 2 之么數’ n4為1-3之整數；且恥、〜、n丨丨及η”十之每一 者為0 1之整數，且ηι：3為〇_ 2之整數，其中當任—前述打 整數大於】時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵&或錐11 鍵。 又 95. 96. 如請求項94之方法，其中式ϊ-b及][_c之該等化合物之h 及尺3中之至少一者為氫。 如請求項94之方法，其中式l-a、i_d、l_e、i_j、夏里 153333.doc -100- 201134825 之該化合物為式11-3、11-1)、11-(：、11-(1、11-6、114、11· g、II-h、II-i、II-j、II-k、II-l、II-m、II-n、II-o、II-p、II-q、II-r、II-s、II-t、II-u、II-v、II-w、II_x、II-y、n-z、II-aa、II-bb、II-cc、II-dd、II-ee、II-ff、II-gg、Il-hh、Il-ii、Il-jj、Il-kk、II_11、Il-mm、Il-nn、 II-oo或II-pp之化合物；
    各m獨立地為0-4之整數； 各m5獨立地為0-3之整數； 153333.doc -101 - 201134825 各m4獨立地為0-5之整數； 各n2獨立地為0-2之整數； 各 R2 ' R3、R4、R5、R6、r7、r8、r9、Ri❶、R 1、 、R13、R丨4及R15獨立地為氫或Ci_c6烷基；Rz為氫、 Ci-C6烧基、鹵素、CF3或硝基；其中 該CVC6烷基之一或多個亞甲基可經以 一⑼ 、-S0— ^ 之一或多個次甲基當存在時可獨立地經置換； R1為氫或C 1 - C 8炫基；且 視情況適當時r2 IV- 、Rh、R12、Rn、R14及心中之任何兩者#結合在 起時，形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基。 97.如請求項94之方法，其中， 之化合物； e'ln-fIII-8'ni-h^n R?n
    IIUa nub
    IH-c IU-d
    n3為0-2之整數； 各汉2、R3、R_4、R5、D η 汉7及反8獨立地為氫或cvce烷 153333.doc 201134825 基； 或s; 各 B 1、B2、R R η 4及心獨立地為叫或N且各b_R7、 Ο 各％ RZ2、Rz3、UR 為 CF3或硝基； 乳C丨-C6烷基、鹵素、 換該燒：之—或多個亞甲基可視情況經以下置 換； 或夕個次甲基當存在時可獨立地經-丨-ΤΓ十置 R, 為氫或烷基； 且 雜芳基 ==適當時R2、R3、m、κ7及R8中之任何 兩曰、’、。合在一起時，形成3至8員碳環或雜環或芳基或 98·如請求項94之方法，其中式K該化合物為 SlV-a lV· b IV C、IV_d、Iv_e、IV-f、IV-g、IV-h 或 IV_i 之化合 物
    IV-a
    IV-b
    IV-f IV-c IV^I
    其中該化合物之該氮雜環上之任何可取代氫均可經烧 基、烷氧基、醯胺基、醯基、醢氧基、側氧基醯基、鹵 153333.doc •103· 201134825 素取代》 99.如清求項94之方法，其中移除式[a、w或im之化 合物之氫所產生的該基團為式^3、11>、¥_(；、¥-(1、孓 e、V-f、V-g、V-h、V-i 或 V_j之基團； Vnn ,r2
    r4 r5 其中
    R3 R4 V-b p Ή1、R
    冷條R7令 Tl1
    v-g v-h v-i R2 R3 V-j m丨及m2各自獨立地為0至2之整數； 各 R2 R3、R4、R5、r6、r7、Rg、R9、Ri〇及 Rn 獨立 地為氫烷基； 〇亥C 1 - C 6烧基之一或吝摘25田甘 兄夕個亞甲基可視情況經以下置 換 NR, -〇-、_C(〇)·、_s•、-s〇、·犯2 或 _c該 1 6烧基之或多個次甲基當存在時可獨立地經料十置 換； Ri為氫或C「C8烷基；且 視情況適當時R2、R3、、R D 3 K4 R5、R6、R7、r8、r9、R 〇 及Rll中之任何兩者當结人力一如 0 σ在起時，形成3至8員碳環或 雜環或芳基或雜芳基。 說如請求項94之方法，其中式I a、i b、κυ、η '厂 153333.doc -104- 201134825 f、I-g、I-h、I-i、I-j、I-k、I-l、I-m、I-n、I-o、I-p、 I-q、I-r、I-s及I-t之該等化合物係選自由以下組成之 群：
    -105- 153333.doc 201134825
    ddd zz aaa bbb ccc
    ooo 其中任何可取代氫均可經如由式I-a、I-b、I-c、I-d、I e、I-f、I-g、I-h、I-i、I-j、I-k、1-1、I-m、I-n、I-o、 I-p、I-q、I-r、I-s及I-t中之R2-R8所定義之取代基取 代。 101.如請求項94之方法，其中移除式I-a、I-d、I-k或I-m之 化合物之氫所產生的該基團為式丫1-3、¥1-1)、¥1-(：、¥1-d ' Vi e ' VI-f ' VI-g ' Vl-h ' Vl-i ' Vl-j ' Vl-k > VI-1、Vl-m、Vl-n、VI-o、VI-p 或 Vl-q 之基團：
    VM Vl-g VI-a VI-b VI-c Vl-d VI-e 153333.doc -106- 201134825
    Vl-j Vl-k VI-1 Vl-m
    Vl-n VI-h Vl-i
    Vl-q 其中Rzz為氫、甲基、乙基、丙基、異丙基、環丙基、 -CH2OCH3及-CH2CH2OCH3 〇 • 102•如請求項94之方法，其中骨架係選自由以下組成之群： 式 VII、VIII、IX-a、IX-b、XI、XII、XVI、XVII、 XVIII、XIX、XX、XXI ' XXII、XXIII、XXXIV、 XXV、XXVI、XXVII、XXVIII、XXIX、XXXVI 及 XXXVII。 103.—種式I化合物，
    其中 骨架為 a) 由能夠結合於或接近於配位體結合位點之配位體 移除氫後所產生的基團；或 b) 截短藥效團後所產生配位體之藥效團的一部分， 以使得該骨架能夠結合於或接近於該配位體結合位 153333.doc -107- 201134825 彈頭為視情況含有一或多個選自Ο、N及S之雜原子的 有機部分，該有機部分具有約14道爾頓至約2〇〇道爾頓 之分子量；彈頭能夠與離胺酸殘基之側鏈一級胺基反 應；且彈頭經由繫鍵連接至骨架； 繫鏈不存在、為一鍵或二價Ci_C|5飽和、不飽和、直 鏈、分支鏈、環狀、雙環或三環烴部分；其中視情況該 炫鏈之一或多個亞甲基單元獨立地經以下置換：_Nr丨—、 -0- ' -C(O). > -S- X -SO- > -S〇2. , -C(=S)-^ C(=NR〇-； 視情況一或多個氫獨立地經雜原子置換；且視情況該Ci_ C〗5烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經丨丨置 換； X為0、1或2 ; y為1、2或3 ;且 Ri為氫或CVC8烷基， 其限制條件為該式I化合物不為 渥曼青黴素：
    胺酸之 已知渥曼青黴素類似物： 153333.doc -108- 201134825
    153333.doc •109- 201134825
    任何基於該機制之不可逆抑制劑。 104.如請求項103之化合物，其中該式I化合物為式Γ化合 物： 153333.doc · 110· S 201134825
    Γ Η)5.如請求項1〇4之方法，Α 窃、I-b、I_c、 、I-m、I- 之氫所產生之 ，、τ彈碩為移除式 I-d、I-e、I-f、T_„ T k g 、 I-h 、 I-i 、 T_i 、 、1-8及14之化合物
    l-s i-t π、I_o、I-p、Kq 基團： 其中 5 各χι及Xs獨立地為〇-、_s-或-nr6_ ; 各X2獨立地為汰6、-or6或-nr6r7 ; 各a獨立地為+7Γ十或·丨」tR6; 各 Ri、R t> 3、 4、R5、R6、R7&R8獨立地為氫或。丨心烷 153333.doc -Ill - 201134825 基；其中該c,_c：4基之_或多個 換：-NR】-、_〇_、<(〇)、_s_ n !以下置 n _ 、-S〇2-或-C(=S)-. s〆丨-匸6烷基之一或多個 ’ 置換； τ丞s存在時可獨立地經'以十 Rl為氫或c丨-c8烷基； 其令視情況適當時r2、R 任何兩者當結合在—起時4 5員R^R8中之 基或雜芳基;且視情心成:至^ 合在一起時，形成3 3 4中之任-者當結 成至8員石反環或雜環或芳基或雜芳基. A及B各自獨立地為視情況經土’ 之芳基或雜芳基，·且 料又¥或三環 η為2-4之整數；各一獨立地為〇·2之整數 之整數；〜為Μ之整數；且n9、n】。、nnh12中之每— 者為0-1之整數；且ni3為〇_2之整數，其中當任—前述打 整數大於1時，該整數所代表之相鄰碳可形成單鍵 鍵。 又 106. 如請求項105之化合物，其中及I-c之該等化合物之 R·2及R3中之至少一者為氫。 107. 如請求項1 〇5之化合物’其中式I-a、I d、夏 . A-J ' I-k 或I-丨之該化合物為式II-a、、II-c、Π-d、Τϊ 、ιι_ f、Il-g、II-h、Il-i、Ii_j、n_k、n•卜 n_m u n u o、II-p、II-q、U_r、n_s、n t、n U、H 、II- x II-y ' II-z ' II-aa ' II-bb ' II-cc ' Il-dd ' H-ee ff、II-gg、Π-hh、II-ii ' u_jj、H-kk、II-U “•mm、 153333.doc •112- 201134825 ΙΙ-ηη、II-oo或 II-pp之化合物；
    其中 各m獨立地為0-4之整數； 各m5獨立地為0-3之整數； 各m4獨立地為0-5之整數； 各n2獨立地為0-2之整數； 各 R_2、R3、尺4、尺5、尺6、Κ·7、尺8、尺9、RlO、Rll、 R12、R13、R14及R15獨立地為氫或CVC6烷基；Rz為氫、 CVC6烷基、鹵素、CF3或硝基；其中 153333.doc •113- 201134825 該<^-<：6烷基之一或多個亞甲基可經以下置換： 、-〇-、-c(0)_、_s_、_so_、_s〇2.或 _c(=s)_;該 〇1心烷 基之一或多個次曱基當存在時可獨立地經·卜I卜置換； Ri為氫或C丨-C8烧基；且 視情況適當時 r2、r3、r4、R5、&、I、^、^、 lo、Kh ' R12 ' R13、R〗4及Rl5中之任何兩者當結合在一 起時，形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基。 108.如請求項105之化合物，其中式1-(1或之該化合物為式 Ili a、ΠΙ-b、III-c、m_d、m_e、m f、m g、m h 或ΙΙΙ-i之化合物； %、
    R4 o r5 Re Re R2 n3 Rr Ill-a III-b III-c 111-d
    其中 n3為0-2之整數； 各R2、R3、R4、R5、R6、尺7及尺8獨立地為氫或Cl_c6烷 基； 各、B2、B4及B5獨立地為cr7*N且各B3為NR7、Ο 或S ; 各Rzi、RZ2、Rz3、Rz4及rz5為氫、CrQ烷基、鹵素、 CF3或硝基； 153333.doc •114· 201134825 該C1 卜仁6烷基之一或多個亞曱美 換：A J 叫卜、-ο-、-C(o)-、_s_ 該 C i ~ c 置換； 視情況經以下置 、 s〇·、-s〇2-或-C(=S)-; 6元基之一或多個次甲基冬 二 τ *存在時可獨立地經-卜
    R1為氫或Ci_c8烷基 視情况適當時R2、 兩者當結合在一起時 雜芳基。 :且 3 R4 R5 ' R6、Κ·7及R8中之任何 ，形成3至8員碳環或雜環或芳基或 109.如請求項 a ' IV-b χ 化合物： 1 05之化合物，其中τ 再中式Ι·1ι之該化合物為式IV_ IV-c、IV-d、iv-e、IV f、τ'/ iv-f、Iv_g、IV h 或 IV“之
    丁 R4 r2
    IV-f
    其中該化合物之該氮雜環上之任何可取代氫均可經烷 基、烧氧基、醯胺基、酿基、醯氧基'側氧基酿基或函 素取代。 110.如請求項105之化合物，其中移除式、I-d、I k4I n 之化合物之氫所產生的該基團為式V-a、V-b、y_e、V d、V-e、V-f、V-g、V-h、V-i 或 V-j 之基團； 153333.doc -115· 201134825
    I，八 JLJU 2 各尺2、R3、r4、r5、r6、r7、r8、r Rio及Ru獨立 地為氫或CrQ烷基； 該C丨-C0烷基之一或多個亞曱基可稍 祝If况經以下置 換：-NR,-、_〇_、-C(0)_、-s-、_s〇-、> 叫或-C(=S)-; ，該c丨·〇6烷基之一或多個次甲基當存 •杂置換； #切可獨立地經 R1為氫或Ci-Cs烷基；且 視情況適當時r2、r3、R4、r5、R 及 R * ^ 6 R7、、R9、Rr 及Ru中之任何兩者當結合在一起時， 雜頊·^ /成3至8員碳環或 雜環或芳基或雜芳基。 in.如請求項1〇5之化合物，其中式^ e , T f l~h ' I c ' I-d > I A'f ' I-g ' I-h ' I-i ' I-J ' ϊ-k x j . r n T ' 1-111 ' I-n ' I-o、 P、ϊ-q、I-r、I-s及I-t之該等化合物 之群· 初係選自由以下組4 153333.doc 116- 201134825
    θ 0^。伙。 zz aaa bbb ccc -117·
    ddd 153333.doc 201134825
    eee h2n
    mmm
    其中任何可取代氩均可經如由式、i_c、^ e、I f、I-g、I-h、i-i、I-j、i-k、i_i、、][·„、j.o、 I-P、ϊ-q、i-r、ϊ-s及U中之R2_R8所定義之取代基取 代。 112.如明求項105之化合物，其中移除式I-a、I-d、I-k或I-m 0物之氫所產生的該基團為式VI_a、VI_b、、 d Vl_e、Vl-f、vj_g、vi h、ντ · \τύ · y JJ I \ \r γ
    vi.a g V1_h、VI-ι、vi-j、VI-k、 m VI_n > Vi_〇 ' vfp或 VI q之基困
    Vl-b
    Vl*h VM
    vij Vl-k VM
    VI-m Vl-n 153333.doc 201134825
    其中Rzz為氫、曱基、乙基、丙基、異丙基、環丙基、 -CH2OCH3及-CH2CH2OCH3。 113. 如請求項104之化合物，其中骨架係選自由以下組成之 群 式 VII、VIII、IX-a、IX-b、XI、XII、XVI、 XVII、XVIII、XIX、XX、XXI、XXII、XXIII、 XXXIV、XXV、XXVI、XXVII、XXVIII、XXIX、 XXXVI及 XXXVII。 114. 如請求項105之化合物，其中骨架為移除式VII化合物之 一或多個氫所產生之基團：
    其中V及W各自獨立地為-(CR14R15)qX3(CR16Ri7)r-; q及r各自獨立地為0、1、2、3或4 ; X3為-CRigRi9-或-NR2。-，且 Rx、Ry、R12、R13、Rl4、Rl5、Rl6、Rl7、Rl8、Rl9 及 R20各自獨立地為氫或C^-Ce烷基；其中該烷基之一 或多個亞曱基可經以下置換：-NR丨-、-0-、-(：(0)-、-8-、-SO-、-S02-、-C(=S)-、視情況經取代之芳基或雜芳 153333.doc -119- 201134825 基•，該Ci-C6烧基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經 ΛΛΛΤ -卜A十置換；且 Ri為氫或Ci-Cs院基》 115.如請求項114之化合物，其中該式νπ之化合物為式VIj_a 化合物：
    其中 V&W各自獨立地為-(CRMR丨5)qX3(CR丨6Ri7)r·; P、q及r各自獨立地為〇、夏、2、3或4; X3為-CRi8R|9-或-nr2〇-;且 R：n及R22各自獨立地為氫或C丨_C6烷基； R23為氫、c〗-<：6烷基、鹵素、胺基或硝基；其中 烷基之一或多個亞甲基可視情況經以下置換：、·〇_ 、-c(〇)_、_s_、_so·、_s〇2 或_c(=s)_ ;該 c丨心烷基之 或夕個次曱基當存在時可獨立地經十置換； Ri為氫或Ci-C8统基；且 起可形成4至8員碳環或雜 視情況尺^與尺23結合在— 環。 其中該式Γ之化合物為式VII 116.如請求項ι〇5之化合物， 153333.doc 201134825 化合物：
    vn-b
    其中 ¥及貨各自獨立地為-(CUi5)qX3(CR16R17)r-; P、q及r各自獨立地為〇、1、2、3或4; X3 為-CRl8Ri9-或-NR2〇-;且 尺2*及R22各自獨立地為氫或C!-C6烷基；
    R23為氳、c丨-C6烷基、鹵素、胺基或硝基；其中 烧基之一或多個亞甲基可視情況經以下置換：_NRi、Ο 、-c(o)-、_s_、_so_、_s〇2^_c(=s)_」該^^烷基之 一或多個次甲基當存在時可獨立地經十置換； Ri為氫或CrCs烷基；且 視情況Rh與R23結合在一起可形成4至8員碳環或雜 環； ’、 T為繋鏈；且 Rwh為彈頭。 117.如請求項Π6之化合物，其中式VII-b之該化合物i 7馬式 VII-h化合物： 153333.doc •121- 201134825
    118.如請求項117之化合物，其中式VII-h之該化合物為式 VII-j、VII-k、VII-丨、VII-m、VII-n 或 VIIo之化合物：
    其中 各R2、R3、R4及R5獨立地為氮或Ci-C^烧基， 153333.doc -122- 201134825 該CrCe烷基之一或多個亞曱基可視情況經以下置 換 · -NRi·、-Ο-、-C(O)-、-S-、-SO-、-S〇2-或， 該Ci-Cs烷基之一或多個次曱基當存在時可獨立地經 I ΑΛΛΓ 置換； Rl為氮或Ci-Cs炫基。 119.如請求項117之化合物，其中式VII-h之該化合物係選自 由以下組成之群：
    VII-4 VII-5 VII-6
    VII-7 VII-8 VII-9 153333.doc -123- 201134825
    VII-13 VII-14 VII-15
    VII-16 VII-17 VII-18
    VII-19 VII-20 VII-21 153333.doc •124- 201134825
    VII-22 VII-23 VII-24
    VII-29 VII-30 VII-31 153333.doc -125- 201134825
    VII-34 VII-38
    153333.doc -126- 201134825
    VII-43 VII-44
    VII-45 VII-46
    153333.doc •127· 201134825
    VII-49 〇 120.如請求項105之化合物’其中骨架為移除式¥111化合物之 氫所產生之基團：
    其中 Χ4為-CR33-或-Ν-， s為0、1、2、3或 4;且 R丨 2、R丨 3、R2 丨、R22、R24、R25、R26、R”、R28、 R29、R3〇、R”、R32及R33各自獨立地為氫或c丨_c6烷基； R23為氫、CVC6烷基、鹵素、胺基或硝基；其中 烷基之一或多個亞曱基可視情況經以下置換：_NR1_、七_ (〇) s so_、-s〇2-或-c(=s)-;該(^-(：6烧基之 -或多個以基當存在時可獨立地經病·置換； Ri為氫或C「C8烷基；且 153333.doc 201134825
    視情況R2!與R23結合在一起可形成4至8員碳環戈雜 環。 121.如請求項104之化合物，其中該式Γ之化合物為式 或VIII-b之化合物：
    其中 X4為-CR33-或-N-; s為 0、1、2、3或 4 ; iV21 22 八24、K25、R26、R27、％、 R29 R3q、R31、R32及R33各自獨立地為氫或c丨烷基.
    R23為氫' C〗-C6烧基、齒素、胺基或硝基；其中c 烧基之-或多個亞甲基可視情況經以下置換：撕·/6 C(O). . _s_ . -so- , -S〇2.^ -C(=S). ； ^ c,-c6^ K 一或多個次甲基當存在時可獨立地經命-置換；'土之 R1為氫或C丨-C8烷基；且 視情況R21與R23結合在一起 環； 〜成4至8員妷環或雜 τ為繫鍵；且 Rwh為彈頭。 153333.doc -129- 201134825 122·如請求項121之化合物，其中式VIII-a或VIII-b之該化合 物係選自由以下組成之群：
    VIII-2
    -130- 153333.doc S 201134825
    VIII-7。 123·如請求項105之化合物’其中骨架為移除式IX-a或IX-b 之化合物之氫所產生之基團：
    其中 χ5為-〇-、-CR42R43-或-NR42-;
    R"、Ru、R27、R28、R29、r3。、R31、R32、r” “、R35、R36、R37、R38、R39、R40、R41、R4aR4^ 自獨立地為氫或CA院基；其中Cl_c说基之—或多個 亞甲基可視情況經以下置換：-NRi-、 、-SO-、-S〇2-或 _c(=S)_ ; ) Ri為氫或C 當存在時可獨 D、E、f、 1-CS院基；該匸！-^院基之一布夕 十 4夕個次曱基 立地經+N+置換；Rl為氫或CrQ烷義. G及Η各自獨iL地為視情況經取代=基或 153333.doc • 131 · 201134825 雜芳基，其中F與G稍合在一起形成視情況經取代之雙環 之芳基或雜芳基。 124·如凊求項105之化合物，纟中該式t，之化合物為式π·。 或IX-d之化合物：
    R!2、及I丨各自獨立地為氫或c广烷基；其中Ci· C6烷基之一或多個亞曱基可視情況經以下置換：以心_ 、-〇-、·(：（〇)-、、_s〇、s〇2 或 _c(=s)_ ; Rl為氫或Cl_C8烷基ί該CrC6烷基之一或多個次曱基 田，在時可獨立地經r】為氮或院基； G及Η各自獨立地為視情況經取代之芳基或雜芳 基；其中铜合在—起形成視情況經取代 基或雜芳基； τ為繫鍵；且 Rwh為彈頭。 青求項105之化合物，其中該式1，之化合物為式幻化合 物： 153333.doc 201134825
    其中 P為0至4之整數，福丨至4之整數； Β6及Β7各自獨立地為cr74N ;
    為氫、Cl_C6烷基、商素、胺基、硝基或 -NH(CO)NR78R79 ; R70為氫、CVC6烷基、鹵素、胺基、硝基； Hi、R72、R73、R74、r75、R76、R”、“及〜各 自獨立地為氫或烧基；R〗為氫或C^C8烧基；其中 該C!-C6烷基之一或多個亞甲基可經以下置換：_nr 該Ci_C6烷基之 •置換； 兔環或雜環。 -ο-、-C(〇)-、-s-、-SO-、-so2-或-C(=s)-; 一或多個次甲基當存在時可獨立地經·丨 視情況R78與R79結合在一起形成4至8員 126.如請求項125之化合物，其中式幻之該化合物為式幻 a、ΧΙ-b或XI-c之化合物；
    153333.doc •133- 201134825
    其中 R_7。為-F、-Cl、-Br 或-I I T為繫鏈；且 Rwh為彈頭。 127.如請求項126之化合物，其中式ΧΙ-a、ΧΙ-b或XI-c之該化 合物為式 ΧΙ-d、ΧΙ-e、ΧΙ-f、ΧΙ-g、ΧΙ-h、ΧΙ-i 或 ΧΙ-j 之 化合物：
    R5 R4 呷 Rb〇r K81 153333.doc •134- ^83 201134825
    其中 R2、R3、尺4、尺5、尺6、尺7、尺80、R81、尺82、R83、 Rg4、尺85、R86及R87各自獨立地為氫或C「C6烧基；Rl為 氩或CVC8烷基； 該（^-<：6烷基之一或多個亞甲基可經以下置換：…!^-、-0、-C(O)-、-S-、-SO-、-S〇2·或-C(=S)- ’ 該Ci-Ce烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經 I ΛΛΛΛ ·ΗΗ·置換。 128.如請求項127之化合物，其中式ΧΙ-d、ΧΙ-e、ΧΙ-f、XI-g 、 ΧΙ-h 、 ΧΙ-i 或 ΧΙ-j 之 該化合 物為式又1-1^、\1-1、\1-m、ΧΙ-η、XI-o、ΧΙ-ρ 或 ΧΙ-q 之化合物；
    153333.doc •135· 201134825
    其中 X6 為 CH2、NH、〇或 s ; Rl為氫或CVC Rss及R89各自獨立地為氫或C丨_C6烷基 院基； :-Nr,. 立地經 該Ci-C6烷基之一或多個亞甲基可經以下置 -0-、_c(0)-、-S-、-SO-、-叫-或々,-;換 ,C”C6烷基之一或多個次甲基當存 η « 田卄在時可獨 ns為0至3之整數。 129.如請求項ι27之化合物’ g、ΧΙ-h、χΐ-i或ΧΙ-j之該化合物為式乂工-^、XI_s、χι_ *、XI-u ' χι_ν、χΐ-w或ΧΙ-χ之化合物： 153333.doc -136- 201134825
    130.如請求項127之化合物，其中式叉1-(1、乂1-6、乂1-£、\1· g、ΧΙ-h、ΧΙ-i或ΧΙ-j之該化合物為式XI-y、XI-z、XI-aa 或ΧΙ-bb之化合物：
    153333.doc -137 201134825 131.如請求項127之化合物，其中式乂1-(1、\1-6、又1-£、又1-g、ΧΙ-h、ΧΙ-i 或 ΧΙ-j 之該化合物為式 XI-cc、ΧΙ-dd、 ΧΙ-ee或ΧΙ-ff之化合物：
    132.如請求項126之化合物，其中式XI之該化合物係選自由 以下組成之群：
    153333.doc -138- 201134825
    Ο Ο Ο
    ΧΙ-22 Βγ
    Η彳ucu
    ΧΙ-24 ΧΙ-23 153333.doc •139- 201134825 〇〇 0 0
    XI-25 XI-26
    XI-29 XI-30 153333.doc -140- s 201134825
    XI-31 XI-32 0 0 0 0
    a XI-33 XI-34
    XI-36 XI-35 153333.doc -141 - 201134825
    XI-39 XI-40
    0 0 O O
    XI-43 XI-44 153333.doc •142- 201134825
    XI-51 XI-52 153333.doc -143 - 201134825
    合物：
    其中 Ri及I各自獨立地為氫或Cl-C8烷基；其中該C|_C6^a 之一或多個亞甲基可經以下置換：_nr丨-、、
    各、二s〇-、-S〇2-或-C(=S)-上該C丨-c6烷基之—或多個次 甲基當存在時可獨立地經·丨_7^丨_置換； T為繫鏈；且 Rwh為彈頭。 其中該式I，之化合物為式χχχνι 134.如請求項1〇5之化合物 化合物： 153333.doc 144- 201134825
    XXXVI， 其中 Rv為Η、視情況經取代之(^-(：3分支鏈或直鏈烷基，或 視情況經取代之匚！-^分支鏈或直鏈醯基； Τ為繫鏈；且 Rwh為彈頭。 135.如請求項134之化合物，其中式XXXVI之該化合物係選 自由以下組成之群：
    136.如請求項105之化合物，其中骨架為移除式XVI-a、XVI-b或XVI-c之化合物之氫所產生之基團： 153333.doc -145- 201134825
    其中 R9。、R9丨、R92、R93、r94、R95、r96、R”、、 R99、R丨。。、R丨。2、R丨。4、R丨。5、R丨。6、R丨。7、R丨。8、R丨。” R110 Rm、Rm、R!丨3及Rm各自獨立地為氫或C「C6烷 基；其中CA烧基之一或多個亞甲基可視情;兄經以下置 換.-NR,·、' -C(O)-、-S-、-SO-、· Rl〇3為氩、CVC6烷基或c2-c8烯基； 4亥。丨-(:6烷基之一或多個次曱基當存在時可獨立地經 _|4十置換； Rl為氫或CVC8烷基； 各R1〇1及R101獨立地為氫、Ci-C6烷基、C2_C8稀基、画 素、胺基、硝基、視情況經取代之芳基或雜芳其. 116及117各自獨立地為〇至4之整數；且 n8為0至2之整數。 153333.doc •146- 201134825 137.如請求項1〇5之化合物，其中該式〗,之化合物 d、xVl-e或χνΐ-f之化合物： 為式XVI-
    R9〇&Rm各自獨立地為氫或c丨烷基； Ri〇3為氫、C丨-C6烷基或C2-C8烯基； Ri為氫或CVCs烧基； RlOl為氫、Ci-C6烧基、C2-C8稀基、鹵素、胺基、硝 基、視情況經取代之芳基或雜芳基；且 n6為〇至4之整數； ns為0至2之整數； 其中該Ci-Ce烧基之一或多個亞甲基可經以下置換： 153333.doc -147· 201134825 -NR,-、-〇-、_C(0)_、' _s〇_、捣·或 _c㈣；該 Ci-C6烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經·卜冗丨·置 換；且 Ri為氫或C^-Cs炫基。 138.如清求項137之化合物，其中式xyi_d、XVI_e或XVI_f之 該化合物為式xvi-g、XVI-h或XVI-i之化合物：
    各R2、1、R4及Rs獨立地為氫或Cl_c6烷基；其中該 c^-c：6烷基之一或多個亞曱基可經以下置換：_nRi 、_〇_ 153333.doc 201134825 '•亥Ci_C6燒基之 置換； _c(0)-、-s-、-SO-、_s〇2 或 c(=s)_ ; 或夕個次甲基當存在時可獨立地經 Ri為氫或CVC8烷基； 其中視情況適當時r2、、R 、R Ώ ,, 3 R4 R5、R6、RjR8 中之 可兩者當結合在一起時，形成3至8員碳環或雜環或芳 基或雜芳基；且視情
    合在-起時’形成3至8員碳環或雜環或芳基或雜芳基h 139·如請求 項37之化3物，其t該式Γ之化合物係選自由以 下組成之群：
    153333.doc -149· 201134825
    XVI-3 XVI-4
    153333.doc - 150- s 201134825
    XVI-9 XVI-10 153333.doc • 151 - 201134825
    XVI-14 153333.doc .152-
    201134825
    XVI-15 XVI-16
    XVI-17 XVI-18 153333.doc -153· 201134825
    XVI-21 XVI-22
    153333.doc - 154- '•龟 Ο 201134825
    140.如請求項105之化合物，其中該式Γ之化合物為式XXII-a、式XXII-b或式XXII-c之化合物：
    XXII-a XXII-b XXII-c， 153333.doc -155· 201134825 其中 式XXII-a之η、m、p及q各自獨立地為〇、1、2、3 ;其 限制2條件為〇與9不同時為〇,且m與q不同時為0; A2為視情況經取代之選自以下之環：具有一或兩個獨 立地選自H、氧或硫之雜原子的4,8M飽和或部分不飽和 雜環’或具有至少-個氮 '至少—個氧及視情況存在之 12個獨立地選自氮、氧或硫之其他雜原子的5,員飽和 或部分不飽和橋聯雙環雜環； &為視情況經取代之選自以下之基團：苯基、8至1()員 雙環芳環、具有W個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的 5至6員雜芳環，或具…，獨立地選自氮、氧或硫之雜 原子的8至10員雙環雜芳環；或-T_Rwh ;且 。為氫或視情況經取代之選自以下之環：3至7員飽矛 或P刀不飽和石反環、7至10員飽和或部分不飽和雙環喊 環、具有卜2個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員 =和或部分残和雜環、具有〗_3個獨立地選自氮、氧或 :之雜原子W員絲或部分不飽和雙環雜環、笨 ^ 8至1G貝雙環芳環、具有卜3個獨立地選自氮、氧或 硫之雜原子的5至6昌雜；p ,, ” 或具有1-4個獨立地選自 氮氧或硫之雜原子的8至1〇員雙環雜芳環； τ為繫鍵；且 Rwh為彈頭。 ^ ' XXII-b ^ XXJJ H1·如請求項140之化合物，其^χχιι c之該化合物係選自由以下組成之群: 153333.doc 201134825
    XXII-7 XXII-8 153333.doc -157- 201134825
    XXII-13 XXII-14 153333.doc -158- 201134825
    r\
    XXII-19 153333.doc •159· 201134825
    XXII-23
    XXII-24 XXII-25 153333.doc •160-
    201134825
    XXII-28 XXII-29
    153333.doc -161 - 201134825
    XXII-34。 142.如請求項105之化合物，其中該式Γ之化合物為式XXIII 化合物： 〇
    其中： 153333.doc - 162- 201134825 Rwh為彈頭； Κ·2〇ι為氫或C丨·6烷基； R2〇2為氫或視情況經取代之選自以下之基團：C16统 基、CK6烷氧基或（Ci6伸烷基）_r2㈢；或 20 1及R2〇2與插入;5反結合在一起形成視情況經取代之選 自以下之環：3至7員碳環或具有1-2個獨立地選自氮、氧 或硫之雜原子的4至7員雜環； φ R2Q3為3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至10員飽和或 部分不飽和雙環碳環、具有1-2個獨立地選自氮、氧或硫 之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有13個獨 立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至1〇員飽和或部分不 飽和雙環雜環、苯基、8至1〇員雙環芳環、具有Μ個獨 立地選自It、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有 1 4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙環雜 芳環；且 • a〆不存在或為視情況經取代之選自以下之基團：具 有1 2個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員雜環， 或具有1-3個獨立地選自氮、氧或崎之雜原子的5至6員雜 芳環。 143.如切求項142之化合物，其中該式χχπΐ2化合物係選自 由以下組成之群： 153333.doc -163- 201134825
    XXIII-l
    η
    153333.doc -164 201134825
    Ο
    153333.doc -165- 201134825
    I44·如請求項105之化合物，其中該式I化合物為式XXIV_aa 式XXIV-b之化合物：
    R\vh為彈頭； R2〇4為氫或視情況經取代之選自以下之基團：C16脂族 基、-(CH2)m-(3至7員飽和或部分不飽和碳環）、_(cH2)m_ (7至1〇員飽和或部分不飽和雙環碳環）、_(CH2)m (具有 獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員飽和或部 分不飽和雜環）、_(CH2)m_(具有13個獨立地選自氮氧 或硫之雜科的7至1G貞鮮或部分不飽和雙環雜環）、 153333.doc 201134825 -(CH2)m-苯基、-(CH2)m-(8 至 10 員雙環芳環）、·((：η2)πι_ (具有1-3個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的$至6員雜 芳環）或-(CH2)m-(具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜 原子的8至10員雙環雜芳環）； 各R205及R206獨立地為-R"、齒素' _n〇2、_CN、 -OR"、-SR"、_N(R")2、_C(0)R"、<〇#"、 -C(0)C(0)R"、，C(0)CH2C(0)R"、-S(〇)R"、_s(〇)2r，，、 _ -C(0)N(R ')2 ' -S02N(R")2 ' -OC(0)R" ^ -N(R")C(0)R" ' -N(R-)N(R-)2 . -N(R")C(=NR-)N(R-)2 . -C(=NR")N(R-)2 . -C=NOR- ^ -N(R")C(0)N(R'-)2 . -N(R-)S〇2N(R-)2 > -N(R")S02R"或-〇c(〇)N(R")2 ; 各R"獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基團： Cm脂族基、3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至1〇員飽 和或部分不飽和雙環碳環、具有1-2個獨立地選自氮、氧 或硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有卜3 • 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至10員飽和或部 分不飽和雙環雜環、苯基、8至1〇員雙環芳環、具有^ 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或 具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙 環雜芳環；或 同一氮上之兩個R，，基團與其所連接之該氮結合在一起 形成具有Μ個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的視情況 經取代之5-8員飽和、部分不飽和或芳族環； m為包括0至包括6之整數； 153333.doc -167- 201134825 式XXIV-a或式XXIV-b之各η獨立地為0、1或2 ;且 環Α5為具有1-2個氮之視情況經取代之6員雜環或雜芳 環。 145.如請求項144之化合物，其中該式XXIV-a或式XXIV-b之 化合物係選自由以下組成之群：
    XXIV-3。 146.如請求項105之化合物，其中該式Γ之化合物為式XXV化 合物： 153333.doc -168- S 201134825
    (^20β)η 或其醫藥學上可接受之鹽； 其中 、卤素 -C(0)R， N〇2、-CN 、-C02Rn
    各R2Q5及Κ·206獨立地為-R' -OR'’ 、 -SRM 、 -N(R")2 、 -C(0)C(0)R"、-C(0)CH2C(0)R"、-S(0)R"、-S(0)2R"、 -C(0)N(Rn)2、-S〇2N(R")2、-0C(0)R"、-N(R'，)C(0)R’'、 -N(R")N(R")2、-N(R")C(=NR")N(R")2、-C(=NR")N(R'，)2、 -C=NOR"、_N(R，，)C(0)N(R，，)2、_N(R，，)s〇2N(RM)2、 -N(Rn)S02R"或-〇c(〇)N(RM)2 ; 各R '獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基 團· Cm脂族基、3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至 1〇員飽和或部分㈣和雙環碳環、具有卜2個獨立地選 自氮、氧或硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜 環、具有Μ個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至 1〇員飽和或部分不飽和雙環雜環、苯基、⑴〇員雜 具有卜3個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的 5至6員雜芳環，或具有丨，獨立地選自氮、氧或硫之 雜原子的8至1〇員雙環雜芳環；或 —IL 153333.doc •169- 201134825 視’月況’同-氮上之兩做"㈣與其所連接之該氣 結合在一起形成具有卜4個獨立地選自氮、氧或硫之雜 原子的視情況經取代之5·8員飽和、部分不飽和或芳族環； m為包括0至包括6之整數； 各η獨立地為〇、1或2 ; 環Α5為具有1 -2個氮之視情況經取代之6員雜環或雜 芳環；且 R\vh為彈頭。 147.如請求項146之化合物，其中式XXV之該化合物係選自 由以下組成之群： v °^V 〇=^V°
    153333.doc -170· 201134825
    105之化合物，其中該式Γ之化合物為式χχνπ 148.如請求項 化合物：
    XXVII， 或其醫藥學上可接受之鹽； 其中： τ為繫鏈； Rwh為彈頭；且 尺為H、烷基或烷氧基。 149.如請求項148之化合物，其中式χχνίΐ之該化合物係選自 由以下組成之群：
    153333.doc 171 - 201134825
    XXVII-13
    XXVII-14 〇 150.如請求項1 05之化合物，其中該式Γ之化合物為式 XXXVII化合物：
    或其醫藥學上可接受之鹽； 153333.doc -172- 201134825 其中 τ為繫鏈；且 Rwh為彈頭。 151.如請求項150之化合物，其中式XXXVII之該化合物係選 自由以下組成之群：
    XXXVIII 〇
    XXXVII-2
    XXXVII-3 XXXVII-4 153333.doc -173· 201134825
    152. —種式XIII之蛋白質-修飾劑-配位體接合物，
    Y] Yl ΧΙΠ
    其中 骨架為 a) 由能夠結合於或接近於配位體結合位點之配位體 移除氫後所產生的基團；或 b) 截短藥效團後所產生配位體之藥效團的一部分， 以使得該骨架能夠結合於或接近於該配位體結合位點； 彈頭為視情況含有一或多個選自〇、N及S之雜原子的 有機部分；該有機部分具有約14道爾頓至約200道爾頓 之分子量；彈頭能夠與離胺酸殘基之側鏈一級胺基反 應；且彈頭經由繫鏈連接至骨架；且 繫鏈不存在、為一鍵或二價^/“飽和或不飽和、直 153333.doc •174· 201134825 鍵 視 換 刀支鏈或環狀烴部分、芳基部分或 t X雜方基部分，且 價况該烴鏈之一或多個亞曱基單 獨立地經以下置 :-NR丨…0_、_c(0)_、_s_、·8〇 ' -C(=S)- :NRl)· ; ^該Ci•⑽基之—或多個次曱基當存在時 了獨立地經-丨十置換； X為0、1或2 ; y為1 ' 2或3 ;
    R1為氫或Ci-Cs烷基；且 γι 為移除式 XIV-a、XIV-b、XIV-C、Υτ、7』 xIV-d、Xiy_e、 xiv-f' XIV_g、XIV_h或ΧΠΜ之基團之氫所產生之二價 或三價部分， 具
    XIV-e XlV.f
    XIV-c
    XIV-d
    •κ 督5
    xiv-h 各 X丨及 X2獨立地為-CR2R3R4、·〇κ2* _NR2R3 . 各 R2、R3、R4、R5、R6、r7&r8 獨立地為氫或 153333.doc •175· 201134825 烧基； 視情況適當時Κ·2、Κ·3、R4、Κ·5、R6、R7及尺8中之任 何兩者可連接在一起形成3至8員碳環或雜環； 該CrCe烷基之一或多個亞曱基可經以下置換：-NR】-、-Ο-、-C(O)-、-S-、-SO-、-S〇2_或-C(=S)-，該 Ci- 1 ΛΛΛΛ C6烷基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經+N十置 換；且 η為2-4之整數，m4為1至2之整數； Μ連接至標記為「*」之位置； 二=為單鍵或雙鍵； Α為視情況經取代之芳基或雜芳基； 式 XIV-a、XIV-b、XIV-c、XIV-d、XIV-e、XIV-f、 XlV-g、XlV-h或Xiv-i之基團之氫經繫鏈-骨架取代；且 Μ為-NH-或=N-，Μ之氮原子為多肽之該離胺酸殘基之 該側鏈一級胺基的氮。 153.如請求項152之接合物，其中式XIII之該接合物為式 ΧΙΙΓ接合物：
    XIII' 〇 154.如請求項1 53之接合物，其中骨架係選自由以下組成之 群：式 VII、VIII、IX-a、IX-b、XI、XII、XVI、 XVII 、XVIII 、XIX 、XX 、XXI 、XXII 、XXIII 、 XXXIV、XXV、XXVI、XXVII、XXVIII、XXIX、 153333.doc -176- 201134825 155.如請求項153之接合物，其中M(CH2)4-蛋白質係選自由 以下組成之群：M(CH2)4-K1236-HCV-NS3、M(CH2)4-K2016-HCV-NS3、M(CH2)4-K2560-HCV-NS3、M(CH2)4-K191-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質1)、M(CH2)4-K199-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質1)、M(CH2)4-K305-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質2)、M(CH2)4-〖291-(含桿狀病毒1八？重複段之蛋白質3)、1^[((：112)4-K297-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質4)、M(CH2)4-K299-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質4)、M(CH2)4-011-(含桿狀病毒1八？重複段之蛋白質4)、厘((：112)4-K062-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質5)、M(CH2)4-K079-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質5)、M(CH2)4-K121-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質7)、M(CH2)4-K135-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質7)、M(CH2)4-K146-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質7)、M(CH2)4-• K036-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質8)、M(CH2)4- K050-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質8)、M(CH2)4-K061-(含桿狀病毒IAP重複段之蛋白質8)、M(CH2)4-K776-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元α同功異 型物）、1^(0^2)4-{：802-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催 化次單元α同功異型物）、M(CH2)4-K777-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元β同功異型物）、M(CH2)4-K805-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元β同功異 型物）、M(CH2)4-K802-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催 153333.doc -177- 201134825 化次單元γ同功異型物）、M(CH2)4_K807-(磷脂醯肌醇· 4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元γ同功異型物）、m(Ch2)4_ K83 3-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元γ同功異 型物）、M(CH2)4_K890-(磷脂醯肌醇-4,5-雙磷酸3_激酶催 化次單元γ同功異型物）、M(CH2)4_K086-(3-磷酸肌醇依 賴性蛋白激酶1)、M(CH2)4_K163-(3-磷酸肌醇依賴性蛋 白激酶1)、M(CH2)4-K169-(3-磷酸肌醇依賴性蛋白激酶 1)及M(CH2)4-K207-(3-磷酸肌醇依賴性蛋白激酶丨）。 156.如請求項153之接合物’其中繫鏈不存在、為一鍵或二 價C ! -C 1 5飽和或不飽和、直鍵、分支鍵或環狀烴部分， 且視情況該烴鏈之一或多個亞曱基單元獨立地經以下置 換：-NR丨-、-〇-、-C(o)-、-S-、-SO-、-S〇2_、_c(=s) 或-CpNR])-;且該Ci-Ce烧基之一或多個次甲基當^_才 ΛΛΛΛ * 時可獨立地經+^十置換；且 Ri為氫或c^-Cs烷基。 157.如請求項153之接合物’其中移除式xIV_a、XIVj XIV-h或XIV-i之基圈之氫所產生的該二價或三價部分為 式 xv-a、xv_b、xv_c、xv_d、xv_e、xv_f或 之 分； 。
    XV-a
    XV-b
    m4 XV-c
    R2^n\ «3 F^Rs XV-d 153333.doc -178 201134825
    其中 rru為1至2之整數；
    各心鳴、114、115及116獨立地為氫或^6烷基；其中 視情況適當時m、m6中之任何兩者可連 接在一起形成3至8員碳環或雜環；且 該匸心烧基之—或多個亞甲基可經以下置換：職·、-〇- ' -C(O)- > -s- > -so- x -S02-^.C(=S).. gcvcw基之一或多個次甲基當存在時可獨立地經 置換； Μ連接至標記為「*」之Υι的位置；且 繫鏈連接至標記為「**」之1的位置。 158.如請求項157之接合物，其中式xv_am XV-d、Xv…xv_f或xv_g之該二價邹分為式綱、^ ϋ】、XV-k、ΧΛΜ、XV_m、Χν、η、χν。χν p
    χν-ι XV-q、χν-r、XV-s 或 XV-t之二價部分；
    ** *VnH **
    XV-n 0 XV-m
    XV-o
    XV-p 153333.doc •179- 201134825
    Μ連接至標記為「*」之γ,的該位置；且 繫鏈連接至標記為「**」之Y丨的該位置。 159. —種XIAP抑制劑之用途’其係用於製造用於治療χΐΑρ ”導性病症之藥物，其中該ΧΙΑΡ抑制劑藉由共價修飾在 XIΑΡ之Κ29 7之等效位置保留之離胺酸殘基依不可逆性 抑制ΧΙΑΡ。 160· —種式Κ297-連接子-抑制劑部分之接合物，其中該κ297 為 ΧΙΑΡ之 Κ297。 161.如請求項160之接合物，其中該抑制劑部分具有式a :
    153333.doc 180· 201134825 hi及Ru各自獨立地為氫或c = 基二基；其中㈣ 坑基之—或多個亞甲基可視情況經以下置換：_nRi·、_〇 (夕〇)、u〇_、_s〇2_或-c(=s)-;扣-匕院基之 3夕個次甲基當存在時可獨立地經·丨T+置換； R1為氫或c「c8烷基；且 見If况{^與尺23結合在一起可形成4至8員 環。 火碾或雜 月求項160之接合物，其中該抑制劑部分具有式b :
    Φ B， 其中 X4為々33-或-N-; P&s各自獨立地為〇、i、2、3或4; Rib ' R21 > R22 , r24 , r25 χ Rz6 > r2? R29、R r. n 28、 30、R31、R32及R33各自獨立地為氫或燒義. 尺23為氫、Ci_C6烷基、鹵素、胺基或硝基；其 ,v> 技 、T L 1 - C 土之—或多個亞甲基可視情況經以下置換：-Kf良丨_、 _c(〇)-、-S-、-so-、-S〇2_或 _c(=s)_ ;該。·^烷基之 153333.doc 201134825 一或多個次甲基當存在時可獨立地經+^十置換； R!為氫或Ci-C8烧基；且 視情况R2!與R23結合在一起可形成4至8員碳環或雜 環。 163·—種PDPK1抑制劑之用途，其係用於製造用於治療 PDPK1介導性病症之藥物，其中該pDpK1抑制劑藉由共 價修飾在PDPK1之等效位置K169保留之離胺酸殘基依不 可逆性抑制PDPK1。 164. —種PDPK1抑制劑之用途，其係用於製造用於治療 PDPK1介導性病症之藥物，其中抑制劑藉由共 價修飾在PDPK1之等效位置Kl73保留之離胺酸殘基依不 可逆性抑制PDPK1。 165. —種PDPK1抑制劑之用途，其係用於製造用於治療 PDPK1介導性病症之藥物，其中該pDpK1抑制劑藉由共 價修飾在PDPK1之等效位置K86保留之離胺酸殘基依不 可逆性抑制PDPK1。 166·—種式Κ169-連接子-抑制劑部分之接合物，其中該尺丨仍 為 PDPK1 之 Κ169。 167. —種式Κ173-連接子-抑制劑部分之接合物，其中該κΐ73 為 PDPK1 之 Κ173。 168. —種式Κ86-連接子-抑制劑部分之接合物，其中該為 PDPK1 之Κ86。 169·如請求項166至168中任一項之接合物，其中該抑制劑部 分具有式C : 153333.doc -182· ^73 201134825
    c， 其中 Βό及B7各自獨立地為017或1^ ; R69為氫、Cl-c6烷基、鹵素、胺基 -NH(CO)NR78r79 ； R70為氫、C1-C6烷基、鹵素、胺基、硝基； £肖基或 7 R71 汉72、R73、R74、Κ·75、R76、R77 自獨立地為氫或(:丨-(:6烷基： Ri為氫或CVC8烷基；其中該CVC6烷基之一式夕y 4夕個亞 甲基可經以下置換：-NRi_、_〇_、·(：（〇)-、_s、 '、-S〇-、 S〇2-或-C(-S)_ ;該C〗-C6院基之一或多個次甲I a 十 丫暴§存在 時可獨立地經十NX置換； 及R79各 視情況R>78與Κ·79結合在一起形成4至8員 Ρ為0至4之整數，U為1至4之整數。 170.如請求項166至168中任一項之接合物， 分具有式D : 碳環或雜環；且 其中該抑制劑部 153333.doc -183- 201134825
    u f 其中Rv為H、視情況經取代之C! -C3分支鍵或直鏈舞 基’或視情況經取代之C, -C3分支鏈或直鍵醯基。 171· —種HCV蛋白酶抑制劑之用途，其係用於製造用於治病 HCV蛋白酶介導性病症之藥物，其中該hcv蛋白酶抑帝 劑藉由共價修飾在NS3/4AiHCV蛋白酶亞型之等效位羞 K136保留之離胺酸殘基依不可逆性抑制hcv蛋白酶。 —種式κ136-連接子_抑制劑部分之接合物，其中該κΐ3 為 NS3/4A之 Κ136。 173‘如請求項172之接合物，其 或i G ·
    Τ。亥抑制劑部分具有式Ε、]
    153333.doc -184- 201134825
    其中 R9〇、R94、R95、r96、r97、R98、R99、R l〇〇 K102、
    丨 04、R105、R106、R1〇7、R 丨。8、R丨。9、R"〇、R…、R 、 Rm及Rm各自獨立地為氫或C〗_C6烷基；盆 之一或多個亞甲基可視情況經以下置換：七h 〇 -C(O)·、-S-、-so-、-so2-或-C(=s)-; Ri〇3為氫、CrCe烷基或C2-C8烯基； 時可獨立地經 該CrC6院基之一或多個次曱基當存在 ΛΛΑΛ U十置換； Ri為氫或CVCs烷基； 各Rioi獨立地為氫、C〗-C6烷基、Cz-C：8烯基、鹵素、胺 基 '硝基、視情況經取代之芳基或雜芳基；〇6為〇至4之 整數；且n8為0至2之整數。 174.—種PI3K抑制劑之用途，其係用於製造用於治療pi3K介 導性病症之藥物’其中該ΡΙ3Κ抑制劑藉由共價修飾在 ΡΙ3Κ之等效位置Κ777保留之離胺酸殘基依不可逆性抑制 ΡΙ3Κ。 175.—種式Κ777-連接子-抑制劑部分之接合物，其中該Κ777 為 ΡΙ3Κβ之 Κ777。 153333.doc -185- 201134825 176. —種PI3K抑制劑之用途，其係用於製造用於治療PI3K介 導性病症之藥物，其中該PI3K抑制劑藉由共價修飾在 PI3K之等效位置K802保留之離胺酸殘基依不可逆性抑制 PI3K。 177. —種式K802-連接子-抑制劑部分之接合物，其中該K802 為 ΡΙ3Κγ之 K802。 178. —種ΡΙ3Κ抑制劑之用途，其係用於製造用於治療ΡΙ3Κ介 導性病症之藥物，其中該ΡΙ3Κ抑制劑藉由共價修飾在 ΡΙ3Κγ之等效位置Κ890保留之離胺酸殘基依不可逆性抑 制 ΡΙ3Κ。 179. —種式Κ890-連接子-抑制劑部分之接合物，其中該Κ890 為 ΡΙ3Κγ之 Κ890。 180. 如請求項175、177或179之接合物，其中該抑制劑部分 具有式Η、J或Κ :
    其中 η、m、ρ及q各自獨立地為0、1、2、3 ;其限制條件為 η與q不同時為0，且m與q不同時為0 ; A2為視情況經取代之選自以下之環··具有一或兩個獨 153333.doc •186· 201134825 立地選自氮、氧或炉 雜产“士 — 雜原子的4·8員飽和或部分不飽和 雜％，或具有至少— 々 ,個氮、至少一個氧及視情況存在之 1-2個獨立地選自氣、 A 氧或硫之其他雜原子的5-10員飽和 或°卩分不飽和橋聯雙環雜環； B'為視情況經取抖>A 生取代之選自以下之基團：苯基、8至10員 又^環二具有獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的 :至6貝雜方環’或具有卜4個獨立地選自氮、氧或硫之雜
    原子2的8至10員雙環雜芳環；或-T-Rwh;且 c2為氫或視情況經取代之選自以下之環：3至7員飽和 =部分不飽和碳環、7至_飽和或部分不飽和雙環碳 衣具有1 2個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員 飽和或部分不飽和雜環、具有1-3個獨立地選自氮、氧或 硫之雜原子的7至1G貢飽和或部分不飽和雙環雜環、苯 基、8至H)員雙環芳環、具有1〇個獨立地選自氣、氧或 硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有14個獨立地選自 氣、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙環雜芳環。 ⑻.如請求項175、177或179之接合物，其中該抑制劑部分 具有式L或Μ :
    (^20δ)η 153333.doc -187- 201134825 其中 Rm為氫或視情況經取代之選自以下之基團：Ci 6脂族 基、-(CH2)m-(3至7員飽和或部分不飽和碳環）、 (7至10員飽和或部分不飽和雙環碳環）、具有卜 2個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員飽和或部 分不飽和雜環）、_(CH2)m·(具有1-3個獨立地選自氮、氧 或硫之雜原子的7至10員飽和或部分不飽和雙環雜環）、 -(CH2)m-苯基、_(CH2)m-(8 至 1〇 員雙環芳環）、_(CH2)m· (具有1-3個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜 芳環）或-(CH2)m-(具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜 原子的8至10員雙環雜芳環）； 各 Κ·2〇5 及 R2〇6 獨立地為-R"、_ 素、-N〇2、-CN、 -OR"、-SR’’、-N(R’丨)2、-C(0)R，，、-C〇2R"、-C(0)C(0)R"、 -C(0)CH2C(0)R" ^ -S(0)R" - -S(0)2R" > -C(0)N(R")2 --S02N(R")2 ' -0C(0)R" ' -N(R")C(0)R" ' -N(R")N(R")2 ' -N(R'丨)C(=NR|，)N(R，，)2、-C(=NR丨|)N(R，')2、-C=NOR丨，、 N(Rn)C(0)N(R")2、-N(R")S02N(R")2、-N(R")S02R"或 -〇c(o)n(r")2 ; 各R"獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基團： cI·6脂族基、3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至10員飽 和或部分不飽和雙環碳環、具有1-2個獨立地選自氮、氧 或硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有1-3 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至1〇員飽和或部 分不飽和雙環雜環、苯基、8至10員雙環芳環、具有1-3 153333.doc • 188 · 201134825 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳产 。 具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原 或 卞的8至1 〇員雔 環雜芳環；或 又 同一氮上之兩個R"基團與其所連接之該氮結合在— 形成具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的視产， 經取代之5-8員飽和、部分不飽和或芳族環； m為包括〇至包括6之整數； 各η獨立地為〇、1或2 ;且 環Α5為具有1_2個氮之視情況經取代之6員雜環或雜芳 環。 ’ 182.如請求項175、177或179之接合物，其中該抑制劑部分 具有式Ν: ^ 〇
    其中： Κ·201為氫或C^.6烷基； 尺2〇2為氫或視情況經取代之選自以下之基團：CI 6^ 基、C!.6烷氧基或（Cl6伸烷基）_R2G3 ;或 R2〇i及R^2與插入碳結合在一起形成視情況經取代之選 自以下之環：3至7員碳環或具有丨_2個獨立地選自氮、氧 153333.doc •189· 201134825 或硫之雜原子的4至7員雜環； R203為3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至⑺員飽和或 部分不飽和雙環碳環、具有Μ個獨立地選自氮、氧或硫 之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有卜3個獨 立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至1()貝飽和或部分不 飽和雙環雜環、苯基、8至10員雙環芳環、具有卜3個獨 立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜芳環，或具有 1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至1〇員雙環雜 芳環；且 環A不存在或為視情況經取代之選自以下之基團·且 有1-2個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的4至7員雜環， 或具有1-3個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的5至6員雜 芳環。 183·如請求項175、177或179之接合物，其中該抑制劑部分 具有式Ο :
    其中 各 Κ·205 及 Κ·206 獨立地為-R"、_ 素、-N02、-CN、 -OR"、-SR"、-N(R，，)2、-C(0)R"、-C02R"、-C(0)C(0)R"、 -C(0)CH2C(0)R"、-S(0)R"、-S(0)2R"、-C(0)N(R’，)2、 153333.doc .190- 201134825 -S02N(R")2 ' -〇C(0)R" , -N(R")C(0)R'f > -N(RM)N(R")2 ' -N(R")C(=NR")N(R")2 . -C(=NRm)N(R")2 、-C=NORM、 -n(r")c(o)n(r’’)2、-N(R")s〇2N(R")2、-N(RM)s〇2R"或 -oc(o)n(r")2 ; 各R"獨立地為氫或視情況經取代之選自以下之基團： Cl-6¾私基、3至7員飽和或部分不飽和碳環、7至員飽 和或部分不飽和雙環碳環、具有卜2個獨立地選自氣、氧 φ 《硫之雜原子的4至7員飽和或部分不飽和雜環、具有卜3 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的7至1〇員飽和或部 分不飽和雙環雜環、苯基、8至10員雙環芳環、具有卜3 個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的…員雜芳環，或 具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原子的8至 環雜芳環；或 視情況，氮上之兩個R"基團與其所連接之該氮結 合在一起形成具有1-4個獨立地選自氮、氧或硫之雜原^ • 的視情況經取代之5_8員飽和、部分不飽和或芳族環Γ m為包括〇至包括6之整數； 各η獨立地為〇、1或2;且 % Α5為具有1-2個氮之視情況經取代之6 環。 貝雜環或雜芳 184.如請求項1 75 具有式Ρ : 、177或179之接合物，其中 該抑制劑邹分 153333.doc 201134825
    p。
    153333.doc •192- 3
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